##fileformat=VCFv4.1
##FILTER=<ID=GOF,Description="Variant fails goodness-of-fit test.">
##FILTER=<ID=HapScore,Description="Too many haplotypes are supported by the data in this region.">
##FILTER=<ID=MQ,Description="Root-mean-square mapping quality across calling region is low.">
##FILTER=<ID=Q20,Description="Variant quality is below 20.">
##FILTER=<ID=QD,Description="Variants fail quality/depth filter.">
##FILTER=<ID=QualDepth,Description="Variant quality/Read depth ratio is low.">
##FILTER=<ID=REFCALL,Description="This line represents a homozygous reference call">
##FILTER=<ID=SC,Description="Variants fail sequence-context filter. Surrounding sequence is low-complexity">
##FILTER=<ID=alleleBias,Description="Variant frequency is lower than expected for het">
##FILTER=<ID=badReads,Description="Variant supported only by reads with low quality bases close to variant position, and not present on both strands.">
##FILTER=<ID=hp10,Description="Flanking sequence contains homopolymer of length 10 or greater">
##FILTER=<ID=strandBias,Description="Variant fails strand-bias filter">
##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
##FORMAT=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allelic frequency for the alt alleles in the order listed">
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read depth">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##GATKCommandLine.CombineVariants=<ID=CombineVariants,Version=3.4-0-g7e26428,Date="Thu Mar 30 18:37:47 EDT 2023",Epoch=1680215867888,CommandLineOptions="analysis_type=CombineVariants input_file=[] showFullBamList=false read_buffer_size=null phone_home=AWS gatk_key=null tag=NA read_filter=[] disable_read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=/data/MoCha/patidarr/ref/ucsc.hg19.fasta nonDeterministicRandomSeed=false disableDithering=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=10000 baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 refactor_NDN_cigar_string=false fix_misencoded_quality_scores=false allow_potentially_misencoded_quality_scores=false useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 performanceLog=null BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 globalQScorePrior=-1.0 validation_strictness=SILENT remove_program_records=false keep_program_records=false sample_rename_mapping_file=null unsafe=null disable_auto_index_creation_and_locking_when_reading_rods=false no_cmdline_in_header=false sites_only=false never_trim_vcf_format_field=false bcf=false bam_compression=null simplifyBAM=false disable_bam_indexing=false generate_md5=false num_threads=2 num_cpu_threads_per_data_thread=1 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false variant_index_type=DYNAMIC_SEEK variant_index_parameter=-1 logging_level=INFO log_to_file=null help=false version=false variant=[(RodBindingCollection [(RodBinding name=HC source=/lscratch/61832947//HC.vcf)]), (RodBindingCollection [(RodBinding name=Platypus source=/lscratch/61832947//PL.vcf)])] out=/gpfs/gsfs6/users/MoCha/processedDATA/485368/20170910/485368~065-R3~J5-PDC~WES/calls/485368~065-R3~J5-PDC~WES.merged.vcf genotypemergeoption=PRIORITIZE filteredrecordsmergetype=KEEP_IF_ANY_UNFILTERED multipleallelesmergetype=BY_TYPE rod_priority_list=HC,Platypus printComplexMerges=false filteredAreUncalled=false minimalVCF=false excludeNonVariants=false setKey=set assumeIdenticalSamples=false minimumN=1 suppressCommandLineHeader=false mergeInfoWithMaxAC=false filter_reads_with_N_cigar=false filter_mismatching_base_and_quals=false filter_bases_not_stored=false">
##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=ALERT,Number=0,Type=Flag,Description="Variant is adjacent to other variants, but case was too complex for joinAdjacentSNPs to handle. Please review.">
##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
##INFO=<ID=BRF,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of reads around this variant that failed filters">
##INFO=<ID=BaseQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt Vs. Ref base qualities">
##INFO=<ID=ClippingRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref number of hard clipped bases">
##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP membership">
##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Combined depth across samples">
##INFO=<ID=END,Number=1,Type=Integer,Description="Stop position of the interval">
##INFO=<ID=ExcessHet,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled p-value for exact test of excess heterozygosity">
##INFO=<ID=FR,Number=.,Type=Float,Description="Estimated population frequency of variant">
##INFO=<ID=FS,Number=.,Type=Float,Description="Fisher's exact test for strand bias (Phred scale)">
##INFO=<ID=HP,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolymer run length around variant locus">
##INFO=<ID=HapScore,Number=.,Type=Integer,Description="Haplotype score measuring the number of haplotypes the variant is segregating into in a window">
##INFO=<ID=InbreedingCoeff,Number=1,Type=Float,Description="Inbreeding coefficient as estimated from the genotype likelihoods per-sample when compared against the Hardy-Weinberg expectation">
##INFO=<ID=JOINED,Number=0,Type=Flag,Description="Variant is the result of joining adjacent SNPs/MNPs. Please use caution when interpreting sample-specific values.">
##INFO=<ID=MGOF,Number=.,Type=Integer,Description="Worst goodness-of-fit value reported across all samples">
##INFO=<ID=MLEAC,Number=A,Type=Integer,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele counts, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=MLEAF,Number=A,Type=Float,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=MMLQ,Number=1,Type=Float,Description="Median minimum base quality for bases around variant">
##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
##INFO=<ID=MQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read mapping qualities">
##INFO=<ID=NF,Number=.,Type=Integer,Description="Total number of forward reads containing this variant">
##INFO=<ID=NR,Number=.,Type=Integer,Description="Total number of reverse reads containing this variant">
##INFO=<ID=PP,Number=.,Type=Float,Description="Posterior probability (phred scaled) that this variant segregates">
##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant-quality/read-depth for this variant">
##INFO=<ID=ReadPosRankSum,Number=.,Type=Float,Description="Mann-Whitney Rank sum test for difference between in positions of variants in reads from ref and alt">
##INFO=<ID=SC,Number=1,Type=String,Description="Genomic sequence 10 bases either side of variant position">
##INFO=<ID=SOR,Number=1,Type=Float,Description="Symmetric Odds Ratio of 2x2 contingency table to detect strand bias">
##INFO=<ID=START,Number=.,Type=Integer,Description="Start position of reference call block">
##INFO=<ID=SbPval,Number=.,Type=Float,Description="Binomial P-value for strand bias test">
##INFO=<ID=Size,Number=.,Type=Integer,Description="Size of reference call block">
##INFO=<ID=Source,Number=.,Type=String,Description="Was this variant suggested by Playtypus, Assembler, or from a VCF?">
##INFO=<ID=TC,Number=1,Type=Integer,Description="Total coverage at this locus">
##INFO=<ID=TCF,Number=1,Type=Integer,Description="Total forward strand coverage at this locus">
##INFO=<ID=TCR,Number=1,Type=Integer,Description="Total reverse strand coverage at this locus">
##INFO=<ID=TR,Number=.,Type=Integer,Description="Total number of reads containing this variant">
##INFO=<ID=WE,Number=1,Type=Integer,Description="End position of calling window">
##INFO=<ID=WS,Number=1,Type=Integer,Description="Starting position of calling window">
##INFO=<ID=set,Number=1,Type=String,Description="Source VCF for the merged record in CombineVariants">
##SentieonCommandLine.Haplotyper=<ID=Haplotyper,Version="sentieon-genomics-201711",Date="2023-03-30T22:28:34Z",CommandLine="/data/MoCha/patidarr/sentieon/sentieon-genomics-201711/libexec/driver --temp_dir /lscratch/61832560// -t 26 -r /data/MoCha/patidarr/ref/ucsc.hg19.fasta -i 485368/20170910/485368~065-R3~J5-PDC~WES/485368~065-R3~J5-PDC~WES.bwa.final.bam --interval /data/MoCha/patidarr/ref/design/Sureselect.v5.refseq.ensembl.noUTR.notfound.targetbp.hg19.bed --algo Haplotyper -d /data/MoCha/patidarr/ref/dbsnp_138.hg19.vcf --min_base_qual 20 --min_map_qual 30 /lscratch/61832560//485368~065-R3~J5-PDC~WES.HC_DNASeq.raw.vcf">
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##fileDate=2023-03-30
##joinAdjacentSNPs_command=/data/MoCha/patidarr/ngs_pipeline/scripts/joinAdjacentSNPs.py -v 485368/20170910/485368~065-R3~J5-PDC~WES/calls/485368~065-R3~J5-PDC~WES.HC_DNASeq.raw.vcf -o /lscratch/61832947//HC.vcf.tmp 1 485368/20170910/485368~065-R3~J5-PDC~WES/485368~065-R3~J5-PDC~WES.bwa.final.bam /data/MoCha/patidarr/ref/ucsc.hg19.2bit
##platypusOptions={'assemblyRegionSize': 1500, 'trimReadFlank': 0, 'assembleBadReads': 1, 'bamFiles': ['485368/20170910/485368~065-R3~J5-PDC~WES/485368~065-R3~J5-PDC~WES.bam'], 'minVarDist': 9, 'trimSoftClipped': 1, 'minReads': 2, 'qualBinSize': 1, 'refFile': '/data/MoCha/patidarr/ref/ucsc.hg19.fasta', 'maxHaplotypes': 50, 'filterVarsByCoverage': 1, 'maxSize': 1500, 'originalMaxHaplotypes': 50, 'skipDifficultWindows': 0, 'parseNCBI': 0, 'skipRegionsFile': None, 'noCycles': 0, 'trimAdapter': 1, 'minPosterior': 5, 'assembleAll': 1, 'trimOverlapping': 1, 'filterDuplicates': 1, 'abThreshold': 0.001, 'minFlank': 10, 'bufferSize': 1000000, 'fileCaching': 0, 'useEMLikelihoods': 0, 'coverageSamplingLevel': 30, 'calculateFlankScore': 0, 'logFileName': 'log/platypus.485368.20170910.485368~065-R3~J5-PDC~WES', 'nCPU': 32, 'filterReadsWithUnmappedMates': 1, 'qdThreshold': 10, 'maxVariants': 8, 'scThreshold': 0.95, 'filterReadsWithDistantMates': 1, 'maxReads': 100000000.0, 'badReadsWindow': 11, 'genIndels': 1, 'largeWindows': 0, 'minMapQual': 20, 'maxVarDist': 15, 'maxGOF': 30, 'rlen': 150, 'minGoodQualBases': 20, 'refCallBlockSize': 1000, 'countOnlyExactIndelMatches': 0, 'longHaps': 0, 'HLATyping': 0, 'filterReadPairsWithSmallInserts': 1, 'minBaseQual': 20, 'getVariantsFromBAMs': 1, 'genSNPs': 1, 'assemble': 0, 'assemblerKmerSize': 15, 'minVarFreq': 0.05, 'alignScoreFile': '', 'verbosity': 2, 'sourceFile': None, 'compressReads': 0, 'rmsmqThreshold': 40, 'filteredReadsFrac': 0.7, 'outputRefCalls': 0, 'badReadsThreshold': 15, 'hapScoreThreshold': 4, 'regions': ['/data/MoCha/patidarr/ref/design/Sureselect.v5.refseq.ensembl.noUTR.notfound.targetbp.hg19.bed'], 'sbThreshold': 0.001, 'output': '485368/20170910/485368~065-R3~J5-PDC~WES/calls/485368~065-R3~J5-PDC~WES.Platypus.raw.vcf', 'assembleBrokenPairs': 0, 'mergeClusteredVariants': 1, 'maxGenotypes': 1275, 'nInd': 1}
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chr1	752894	rs3131971	T	C	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=25.10;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	762273	rs3115849	G	A	7778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=113;NR=192;PP=2965;SC=CTGCCAAGGAGGAGCCCGCTT;SOR=1.635;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=305;TCF=113;TCR=192;TR=305;WE=762281;WS=762263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr1	762589	rs71507461	G	C	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.36;QD=40.46;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	762592	rs71507462	C	G	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.76;QD=44.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	762601	rs71507463	T	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.16;QD=43.12;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	762632	rs61768173	T	A	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.37;QD=24.75;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	792263	rs1044922	A	G	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.44;QD=24.95;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	792480	rs2905036	C	T	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=53;PP=1502;SC=TTGTGTTCAACATATTTCATT;SOR=1.132;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=92;WE=792488;WS=792470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	866319	rs9988021	G	A	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=19;PP=1044;SC=GTGGCCCAGCGGGGCACTGAC;SOR=1.196;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=57;WE=866327;WS=866309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	866511	.	C	CCCCT	1940.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=34;PP=1866;SC=GGCCGTGACTCCCCTCCCTCC;SOR=7.614;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=34;WE=866519;WS=866501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	871334	rs4072383	G	T	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=41;PP=1194;SC=GAGGACGGTGGCGTCTCCACT;SOR=3.486;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=47;WE=871342;WS=871324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	876499	rs4372192	A	G	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=9;PP=674;ReadPosRankSum=0.600;SC=AGCCGGGGGGATCACTGCTGT;SOR=1.382;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=44;WE=876507;WS=876488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,58:0.97:60
chr1	877715	rs6605066	C	G	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=4;PP=108;SC=CGAGACGGACCGGGTAGGGGA;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=877723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	877831	rs6672356	T	C	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=3;PP=151;SC=GATGTTCGCCTGGCAGCAGGA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=877839;WS=877821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	879676	rs6605067	G	A	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=29;PP=846;SC=TCAAAGGAAAGGAACAAATTT;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=879695;WS=879666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	879687	rs2839	T	C	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=24;PP=714;SC=GAACAAATTTTCAAAGACTTG;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=879695;WS=879666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	880238	rs3748592	A	G	6847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=143;NR=80;PP=2965;SC=AGCCAGCCTTAGAGGTTACTC;SOR=1.251;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=225;TCF=143;TCR=82;TR=223;WE=880246;WS=880228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	881627	rs2272757	G	A	3374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	881918	rs35471880	G	A	6744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=3.286;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.94;ReadPosRankSum=0.474;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,259:1.00:260
chr1	883625	rs4970378	A	G	3483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	884091	.	C	G	2828	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=59.93;NF=12;NR=53;PP=2828;QD=20;SC=CACCTGGCTGCACCCTGGTCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=221;TCF=89;TCR=132;TR=65;WE=884109;WS=884081;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:156,65:0.29:221
chr1	884091	.	C	CACCCTGGTCCCCCTGGTCCCTTTGGCCCTGCACCTGGCTGG	8300.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=10.685;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.34;ReadPosRankSum=0.005;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,245:0.98:249
chr1	884101	.	A	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=21;MQ=59.93;NF=43;NR=62;PP=2962;QD=20;SC=CACCCTGGTCACCCTGGTCCT;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=177;TCF=60;TCR=117;TR=105;WE=884109;WS=884081;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:72,105:0.59:177
chr1	886788	rs10465242	G	A	9237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=229;PP=2965;SC=TGGGGCTGCAGGTACCTTACC;SOR=2.079;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=343;TCF=114;TCR=229;TR=341;WE=886796;WS=886778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr1	886817	rs10465241	C	T	5849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=149;PP=2965;SC=AGCTTTATTTCAACACGGTGG;SOR=2.618;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=42;TCR=150;TR=191;WE=886825;WS=886807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	887560	rs3748595	A	C	8776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=153;NR=142;PP=2965;SC=CCAGGCTGACAAGTCAGGCTG;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=297;TCF=153;TCR=144;TR=295;WE=887568;WS=887550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr1	887801	rs3828047	A	G	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=35;PP=2224;SC=CCTTCTTGCGAGTGGTCATGG;SOR=1.322;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=74;TCR=35;TR=109;WE=887809;WS=887791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	888639	rs3748596	T	C	12662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=240;NR=217;PP=2965;SC=GCAGAGACTCTTCCCCAGTGC;SOR=0.761;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=458;TCF=241;TCR=217;TR=457;WE=888647;WS=888629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr1	888659	rs3748597	T	C	12654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.73;QD=26.09;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr1	889158	rs13303056	GA	CC	3875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=12;PP=2904;SC=ACTGGGCCACGAACCTTGAGC;SOR=2.330;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=79;TCF=63;TCR=16;TR=69;WE=889167;WS=889148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	889638	rs13303206	G	C	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=44;PP=1302;SC=AGGGGCTTAGGAGGACCCTCT;SOR=2.958;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=55;WE=889646;WS=889628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	891620	rs192262159	C	A	5381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=97;PP=2965;SC=GTACCAGGGGCGTCAGGGGAG;SOR=1.208;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=75;TCR=97;TR=172;WE=891628;WS=891605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	892745	rs13303227	G	A	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=29;PP=843;SC=CTTCACAAGGGTTACCAACTA;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=49;WE=892753;WS=892735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	894573	rs13303010	G	A	9925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr1	897325	rs4970441	G	C	18942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=337;NR=317;PP=2965;SC=TTGCCGATGCGCACTCCTGCA;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=654;TCF=337;TCR=317;TR=654;WE=897333;WS=897315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,697:1.00:697
chr1	897564	rs13303229	T	C	21073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=796;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=340;NR=378;PP=2965;SC=CCGAGACCTTTCTGGATCTGG;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=722;TCF=342;TCR=380;TR=718;WE=897572;WS=897554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,775:1.00:775
chr1	898323	rs6605071	T	C	9412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=178;NR=135;PP=2965;SC=CGTTTCCCTCTTGCCCTGTGC;SOR=0.835;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=313;TCF=178;TCR=135;TR=313;WE=898331;WS=898313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr1	899928	rs6677386	G	C	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.78;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	899937	rs143296006	GG	TC	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.43;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	899942	rs71509448	G	A	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=53.16;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	899989	rs6669071	A	C	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.23;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	900001	rs28754834	G	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=53.64;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	900285	rs4970435	CA	TG	3942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=11;PP=2947;SC=TTTTGTGGTGCAGCCCCTCCC;SOR=2.915;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=86;TCF=72;TCR=14;TR=74;WE=900294;WS=900275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	909768	rs2340593	A	G	8466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=146;NR=144;PP=2965;SC=CTGCCTCCTGAGGTGAGTGCC;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=146;TCR=144;TR=290;WE=909776;WS=909758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr1	911595	rs7417106	A	G	3031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	912049	rs9803103	T	C	3089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=75;PP=1888;ReadPosRankSum=-0.660;SC=CACTCAGAGATGGCCCCGCAC;SOR=0.941;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=125;TCF=47;TCR=78;TR=122;WE=912057;WS=912039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr1	912103	rs9803017	G	A	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=37;PP=943;SC=CACCAACCCCGGGAACCGCCT;SOR=7.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=37;WE=912111;WS=912093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	912126	.	G	A	485	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=8;HapScore=3;MGOF=74;MMLQ=26;MQ=53.31;NF=0;NR=4;PP=485;QD=129.942803137;SC=CACTCCCCCCGCCAACCCCGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=4;WE=912136;WS=912115;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:20,4:0.17:24
chr1	914192	rs2340595	G	C	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=4;PP=207;SC=GCGGCCCCCTGCTTGGCCAAG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=914200;WS=914182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	914333	rs13302979	C	G	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=17;PP=1023;SC=CCCGCCCCCTCGGAGGCCGAC;SOR=1.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=54;WE=914341;WS=914323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	914852	rs13303368	G	C	8154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=102;NR=57;PP=2965;SC=GCTGAGGCCTGTCCTGAGCCT;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=102;TCR=57;TR=159;WE=914860;WS=914842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	914876	rs13302983	T	C	9697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=133;NR=86;PP=2965;SC=TTATTGGGGCTGGGCCCAGCC;SOR=1.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=133;TCR=86;TR=219;WE=914884;WS=914866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	914940	rs13303033	T	C	10113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=192;NR=155;PP=2965;SC=CCAGTGCGGGTGCCCCAGAGC;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=347;TCF=192;TCR=155;TR=347;WE=914948;WS=914930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr1	915227	rs13303355	A	G	3361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=54;PP=2151;SC=TCCGTGTCCAATTGTGGCTTG;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=112;WE=915235;WS=915217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	916549	rs6660139	A	G	6797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=140;NR=101;PP=2965;SC=GGCTCCATCCATGCCCTGAAA;SOR=0.972;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=141;TCR=102;TR=241;WE=916557;WS=916539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	935222	rs2298214	C	A	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=51;PP=1345;SC=CGGTCGCCCCCCTCACGCCCG;SOR=1.923;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=75;WE=935230;WS=935212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	948846	rs3841266	T	TA	1820.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=10;PP=839;SC=GCCTCAGGCTTATAATAGGGC;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=19;WE=948854;WS=948836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	948870	rs4615788	C	G	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=12;PP=606;SC=TGCTGCCTGCCGAAGCCGGCG;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=948878;WS=948860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	948921	rs15842	T	C	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=20;PP=825;SC=TACAGGAGCTTGTGCCGTGGC;SOR=0.744;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=54;WE=948929;WS=948911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	949654	rs8997	A	G	9746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=173;NR=158;PP=2965;SC=CCTACGAGGTACGGCTGACGC;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=331;TCF=173;TCR=158;TR=331;WE=949662;WS=949644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr1	949925	rs2799070	C	T	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=39;PP=1147;SC=GAGAAATGGCCGCCTCTGTGT;SOR=1.516;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=66;WE=949933;WS=949915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	970549	rs70949545	TGG	T,TG	609.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.03;ReadPosRankSum=1.120;SOR=4.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,11,16:0.38,0.55:29
chr1	976481	.	CGGAGCGGGGCG	C	1293	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=0.9998;HP=8;HapScore=1;MGOF=30;MMLQ=20;MQ=59.71;NF=8;NR=0;PP=1293;QD=163.25;SC=GCCTGGGGGGCGGAGCGGGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=8;WE=976499;WS=976471;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,8:0.67:12
chr1	976514	rs79290478	C	A	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;QD=18.95;SOR=3.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	977330	rs2799066	T	C	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.11;SOR=1.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	977570	rs2710876	G	A	3339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=65;PP=1991;SC=GAGGCCAGGCGGGGTGGGCTG;SOR=1.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=40;TCR=65;TR=105;WE=977578;WS=977560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	978603	rs35881187	CCT	C	7107.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=61;PP=2966;SC=CCACTGAGCCCCTGTGTCCTT;SOR=0.968;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=94;WE=978612;WS=978593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	981087	rs3128098	A	G	13202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.89;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr1	981931	rs2465128	A	G	16672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=248;NR=432;PP=2965;SC=CGCCCTCATCACGACCTCGGA;SOR=1.305;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=681;TCF=248;TCR=433;TR=680;WE=981939;WS=981921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,650:1.00:650
chr1	982941	rs3128102	T	C	11397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=208;NR=203;PP=2965;ReadPosRankSum=2.162;SC=CCTTGCCTACTCCCTGCCACA;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=413;TCF=210;TCR=203;TR=411;WE=982949;WS=982931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,429:1.00:431
chr1	982994	rs10267	T	C	11660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=178;NR=212;PP=2965;SC=AGAAGGATTTTCGGAGTGTCC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=395;TCF=180;TCR=215;TR=390;WE=983002;WS=982984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr1	984147	rs199866572	CAAAAAAAAAAA	C	624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.05;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	984171	rs140904842	CAG	C	709.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=5;PP=628;SC=AAAAAAAAAGCAGGGGGCGGT;SOR=1.371;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=984180;WS=984137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	984302	rs9442391	T	C	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	984494	rs60881902	GC	G	256.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=0;PP=847;SC=GAGGGGACGGGCGGGGGAGGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=984502;WS=984484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	985266	rs2275813	C	T	9176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr1	985446	rs2275812	G	T	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.51;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	985449	rs2799067	G	A	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.08;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	986443	rs2710887	C	T	12251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=218;NR=198;PP=2965;SC=GCCTCTCATCCGCTCACCGTC;SOR=0.724;Source=Platypus;TCF=218;TR=416;WE=986451;WS=986433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr1	987200	rs9803031	C	T	5111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;PP=2965;SC=CGAGAGGTAACGTGCCATCCT;SOR=0.878;Source=Platypus;TCF=94;WE=987208;WS=987190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	988932	rs2710871	G	C	4437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	990280	rs4275402	C	T	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=19;PP=747;SC=GCTTGCGGGACGTGGTGGTGG;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=47;WE=990288;WS=990270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	990517	rs2710872	C	T	185.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=106;SC=GACCTAGTGCCGAGGGATGGA;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=990525;WS=990507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	1007203	rs4633229	A	G	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.34;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	1007432	rs4333796	G	A	4845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	1018144	rs9442395	T	C	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=28;PP=1508;SC=GCGGAGGGACTCAGAGCCGAG;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=78;WE=1018152;WS=1018134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	1019175	rs2298215	C	G	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.59;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	1019180	rs9442396	T	C	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.93;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	1021415	rs3737728	A	G	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=41;PP=1166;SC=ACCGCTGAGCAGACGGGCAGG;SOR=2.019;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=56;WE=1021423;WS=1021405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	1022534	rs183314105	C	T	8599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=169;NR=136;PP=2965;SC=TGTGGCCGCCCGGGGGTCCCT;SOR=0.862;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=309;TCF=173;TCR=136;TR=305;WE=1022542;WS=1022524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr1	1026707	rs4074137	C	A	2510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	1026801	rs4562563	T	A	5331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	1103471	.	C	T	377	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=23;MQ=56.36;NF=3;NR=18;PP=377;QD=19.6081529784;SC=GGCGGAGGGCCGAGCGGGGCC;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=21;WE=1103479;WS=1103461;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr1	1115994	rs13376597	G	A	4669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=66;PP=2965;SC=AGCGGGAGCCGGCACCAGAGG;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=92;TCR=66;TR=158;WE=1116002;WS=1115984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	1116311	rs12096125	A	G	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=30;PP=990;SC=CTGCCCCTGCACCCGCCCCAC;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=30;WE=1116319;WS=1116301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	1117398	rs12097586	A	G	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=45;PP=1310;SC=GGCTCAGGCCACGCTCTCCGC;SOR=2.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=62;WE=1117406;WS=1117388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	1120307	rs7539911	G	A	3381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.596;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.292;NF=82;NR=38;PP=2459;ReadPosRankSum=-0.745;SC=CAGGCCCTCCGGACAGTCTGG;SOR=0.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=126;TCF=85;TCR=41;TR=120;WE=1120315;WS=1120297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,121:0.98:124
chr1	1133077	rs2274789	A	G	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=41;PP=1433;SC=GTCCCCGGCCACCCGGCCCCG;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=50;TCR=41;TR=91;WE=1133085;WS=1133067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	1133273	rs12031928	T	C	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=20;NR=19;PP=445;SC=GCCCCAGCCGTGCTGCCTGCC;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=1133281;WS=1133263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	1158631	rs6603781	A	G	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=35;PP=1379;SC=CACTTTCCTCATCCACTTTGA;SOR=0.909;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=88;WE=1158639;WS=1158621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	1192773	.	ACC	A	264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.06;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,11:0.92:12
chr1	1196863	rs6659787	T	C	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=23;PP=641;SC=GTTGGGGGAGTAGCTCATCTC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=1196871;WS=1196853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	1225503	.	CCGTCCCCCGTGTCTCTGCTCCGTCCCGTGTCTCTGCTCCGTCCCGTGTCCCTGCTCCGTCCCGTGTCCCTGCT	C	2614.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQRankSum=5.674;QD=30.76;ReadPosRankSum=-4.699;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,64:0.75:85
chr1	1225506	.	TCC	T	334	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=55;MMLQ=23;MQ=42.08;NF=10;NR=6;PP=334;QD=22.8125;SC=CTCTGCTCCGTCCCCCGTGTC;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=16;WE=1225515;WS=1225502;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr1	1225553	.	C	T	966	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=54;MMLQ=21;MQ=53.83;NF=36;NR=13;PP=966;QD=20.4239022969;SC=GTCCCGTGTCCCTGCTCCGTC;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=49;WE=1225561;WS=1225543;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:13,49:0.79:62
chr1	1225612	rs1570866	G	A	6183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=126;NR=91;PP=2965;SC=CCATGTCTCCGCTCCATCCCA;SOR=0.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=126;TCR=93;TR=217;WE=1225620;WS=1225602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	1229680	rs2477781	G	T	8415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.89;ReadPosRankSum=-0.410;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,321:0.99:325
chr1	1239339	rs11260584	T	G	3750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=22;PP=2405;SC=GACCAGGACCTGGAGCACCAC;SOR=2.567;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=103;TCR=22;TR=125;WE=1239347;WS=1239329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	1242707	rs2274262	A	G	12058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=211;NR=242;PP=2965;SC=CACGTTTCCAAGCACCCTACC;SOR=1.023;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=457;TCF=214;TCR=243;TR=453;WE=1242715;WS=1242697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr1	1243896	rs61766198	C	T	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=0;PP=238;SC=TGGCGCGGTGCCACCGCGCAG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=13;WE=1243904;WS=1243893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	1245368	rs11590283	G	A	3349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=77;PP=2224;SC=ACAGCTGGAGGGGATTCGCCC;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=32;TCR=77;TR=108;WE=1245376;WS=1245358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	1246004	rs2296474	A	G	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=23;PP=1195;SC=ACAGGTACGTATTTTTCCAGG;SOR=1.195;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=66;WE=1246012;WS=1245994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	1247494	rs12103	T	C	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	1249187	rs12142199	G	A	10579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=178;NR=191;PP=2965;SC=TCCTCTGCACGAAAGTCTTGC;SOR=0.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=370;TCF=178;TCR=192;TR=369;WE=1249195;WS=1249177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr1	1254136	rs4970432	G	A	4919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=120;NR=28;PP=2965;SC=ACCTAATATAGTTTCAAGAAA;SOR=2.419;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=120;TCR=28;TR=148;WE=1254144;WS=1254126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	1254436	rs1886773	A	G	16190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.73;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr1	1254443	rs1886772	G	A	16233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr1	1254841	rs10907179	C	G	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=46;PP=1561;SC=TGTAGATGGGCCCGTCGTAGC;SOR=1.261;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=84;WE=1254849;WS=1254831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	1260168	rs61766199	C	A	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.527;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.43;ReadPosRankSum=2.612;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,15:0.83:18
chr1	1262591	rs2296472	C	T	7336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr1	1262966	rs307349	C	T	13601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=241;NR=231;PP=2965;SC=TCGTGCGCCGCGCCGTCACCG;SOR=0.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=473;TCF=242;TCR=231;TR=472;WE=1262974;WS=1262956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,515:1.00:515
chr1	1263144	rs307350	G	A	4669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=91;PP=2737;SC=CCTGCCCTAGGGGCGGGAAGC;SOR=1.272;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=61;TCR=93;TR=152;WE=1263152;WS=1263134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	1268847	rs307378	T	G	16347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=276;NR=271;PP=2965;SC=GCCCACAGGGTACAAGACGAA;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=547;TCF=276;TCR=271;TR=547;WE=1268855;WS=1268837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,602:1.00:602
chr1	1269554	rs307377	T	C	10774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=59.95;NF=214;NR=169;PP=2965;SC=CCAGCCGGGCTGCTACAACCG;SOR=0.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=383;TCF=214;TCR=169;TR=383;WE=1269562;WS=1269544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr1	1273116	rs307371	A	G	8648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr1	1273278	rs307370	A	G	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.29;SOR=5.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	1273874	rs186806059	C	T	13287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr1	1275264	.	A	ACAGCCGCATGTCCCCCAGCAGCCCCCACAGACCCACCCG	2617.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=30.44;ReadPosRankSum=1.636;SOR=2.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr1	1275291	.	G	A	1435	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=24;MQ=58.96;NF=15;NR=70;PP=1435;QD=17.29142603;SC=AGCAGCCCCCGCAGACCCACC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=23;TCR=110;TR=85;WE=1275299;WS=1275281;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:48,85:0.64:133
chr1	1275329	.	TA	CG	941	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=4;HapScore=3;MGOF=32;MMLQ=23;MQ=58.35;NF=0;NR=23;PP=941;QD=43.2377336897;SC=CAGCAGCCCCTACAGACCCAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=67;TCF=12;TCR=55;TR=23;WE=1275338;WS=1275319;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:44,23:0.34:67
chr1	1276973	rs145370195	G	GACAC	24334.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=136;PP=2975;SC=ACCTCATGCAGACACATGCAC;SOR=0.911;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=232;TCF=79;TCR=153;TR=201;WE=1276986;WS=1276963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,535:1.00:535
chr1	1277533	rs307362	T	C	4697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	1278237	rs307361	T	C	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=69;PP=1609;SC=GCCCACACAATGTCACTCTGT;SOR=1.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=33;TCR=69;TR=102;WE=1278245;WS=1278227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	1284490	rs150789461	G	A	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=40;PP=1101;SC=GCCCGGCCCGGGGCTCGGACG;SOR=1.577;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=63;WE=1284498;WS=1284480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	1288471	rs3766183	C	T	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=11;PP=869;SC=GGGGAGCTCTCGGTGGCAGGC;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=1288479;WS=1288465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	1288583	rs3845295	C	G	5041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=58;PP=2676;SC=TCCCAGCCCCCGACGAGCAGA;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=105;TCR=58;TR=162;WE=1288591;WS=1288573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	1288823	rs2296471	A	G	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=22;PP=869;SC=AGCCCCTGGGAGAGGGGTGTG;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=1288831;WS=1288813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	1289367	rs140777846	CTG	C	13930.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=134;PP=2957;SC=CAGCCCGGGACTGGGAGCCGC;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=46;TCR=138;TR=177;WE=1289376;WS=1289357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr1	1289911	rs4970365	G	A	2259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=53;PP=1527;SC=GCGGGGTCGGGGCGGCGTCAG;SOR=2.103;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=72;WE=1289919;WS=1289901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	1291159	.	GA	G	188	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=27;MQ=56.8;NF=1;NR=3;PP=188;QD=54.75;SC=GTCGGTGGGGGAAGGGGTGGG;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=1291167;WS=1291149;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	1293764	rs34841888	G	C	6125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	1296691	rs2765025	C	G	7125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=155;PP=2965;SC=CGTTTGCTGACCACCTCCTGG;SOR=1.272;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=99;TCR=155;TR=254;WE=1296699;WS=1296681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr1	1310074	rs2765035	C	G	4512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	1323078	rs12729599	A	G	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=28;PP=1147;SC=ACAAGAAACCACCTCAGGGTG;SOR=0.822;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=60;WE=1323086;WS=1323068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	1323143	rs35654872	CCT	C	3442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=25;PP=2413;SC=CTGGGTGCGCCCTGAGGCACA;SOR=1.310;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=51;WE=1323152;WS=1323133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	1323945	rs111530797	GTC	G	514.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=795;ReadPosRankSum=0.982;SC=GTGAGTGTGTGTCTCTCTCTC;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=18;WE=1323954;WS=1323935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr1	1387667	rs1781144	C	G	19064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=341;NR=319;PP=2965;SC=CTGTGTCAAGCCCTCACCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=660;TCF=341;TCR=319;TR=660;WE=1387675;WS=1387657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,722:1.00:722
chr1	1417696	rs819970	C	G	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.47;QD=27.32;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	1418531	rs819973	G	A	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.51;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	1469289	rs28370384	G	C	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=18;PP=1293;SC=TCCCTCAGCTGCCTCTCTCCC;SOR=1.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=65;WE=1469297;WS=1469279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	1551927	rs7418389	T	C	3751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=84;NR=33;PP=2195;SC=GTCCCAAAGTTTCCAGGCATC;SOR=1.539;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=84;TCR=33;TR=117;WE=1551935;WS=1551917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	1558792	rs12755088	T	C	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=7;PP=746;SC=CGGCCCACCATGGACCCCTCT;SOR=1.981;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=41;WE=1558800;WS=1558782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	1562437	rs28510084	C	G	3716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=70;PP=2254;SC=CACCACTAACCTCAGCCCTGC;SOR=1.273;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=49;TCR=70;TR=119;WE=1562445;WS=1562427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	1562536	rs11544452	G	A	4056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=61;PP=2470;SC=TGGAGGTGGCGCTGGGTAACG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=79;TCR=61;TR=140;WE=1562544;WS=1562526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	1564712	rs61774907	G	T	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.233;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.07;ReadPosRankSum=0.928;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr1	1566068	rs28730454	A	G	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=571;ReadPosRankSum=0.930;SC=GGGGGCGAGGAGGGGGGGCCC;SOR=1.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=47;WE=1566076;WS=1566057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,35:0.92:38
chr1	1571640	rs377058079	G	T	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.15;QD=28.98;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	1573811	rs144744578	A	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.80;QD=26.25;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	1575616	rs80012316	T	C	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.88;QD=31.51;SOR=5.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	1580738	rs149767621	T	A	8638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.53;QD=25.71;SOR=1.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr1	1581558	rs117719933	C	T	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.85;QD=30.29;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	1581586	rs61774914	T	C	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.93;QD=30.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	1581604	rs199669493	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.89;MQRankSum=-1.092;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.628;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr1	1581713	rs76922129	A	C,G	3434.77	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=79,25;NR=41,0;PP=1769,387;SC=GTACTTTTTAAAACACTAAGA;SOR=1.341;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=145;TCF=104;TCR=41;TR=120,25;WE=1581721;WS=1581703;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:132
chr1	1581759	rs61774915	G	A	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.739;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-11.080;NF=72;NR=43;PP=1426;ReadPosRankSum=-4.091;SC=AGGGATCACCGTATGCCTCAT;SOR=1.098;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=332;TCF=196;TCR=136;TR=115;WE=1581767;WS=1581749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,88:0.27:326
chr1	1581881	rs61774916	T	C	3157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.376;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.780;NF=74;NR=98;PP=2441;ReadPosRankSum=0.627;SC=GTAATTATTTTATACAATCGT;SOR=0.656;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=377;TCF=168;TCR=209;TR=172;WE=1581889;WS=1581871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,165:0.44:379
chr1	1581926	rs61774917	G	T	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.154;NF=30;NR=55;PP=1206;ReadPosRankSum=0.469;SC=AGGAGAGATAGTTACAGGATA;SOR=0.837;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=197;TCF=77;TCR=120;TR=85;WE=1581934;WS=1581916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,75:0.40:188
chr1	1581958	rs200481124	T	C	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-5.885;NF=13;NR=33;PP=774;ReadPosRankSum=-1.194;SC=CTACACTTGCTATCTGCAGTG;SOR=0.760;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=108;TCF=35;TCR=73;TR=46;WE=1581966;WS=1581948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,38:0.40:95
chr1	1582106	rs79942991	T	C	6180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=158;NR=93;PP=2965;SC=CAGGGAATGTTGTTCGTTCCC;SOR=1.309;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=253;TCF=160;TCR=93;TR=251;WE=1582114;WS=1582096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	1582202	rs61774918	C	T	4291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.275;NF=122;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.426;SC=TGCCTTCTGGCCTCCATTGTT;SOR=0.821;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=388;TCF=220;TCR=168;TR=205;WE=1582210;WS=1582192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,206:0.53:388
chr1	1582794	rs4648754	C	A	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=9;PP=628;SC=GTTCCTTCCCCCATGCCTATT;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=1582802;WS=1582786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	1582841	rs61774920	A	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=4.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.74;MQRankSum=0.701;QD=16.87;ReadPosRankSum=-0.094;SOR=1.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	1582844	rs61774921	G	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.77;MQRankSum=0.249;QD=16.87;ReadPosRankSum=-0.330;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	1582880	rs61774922	G	C	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=4.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.55;MQRankSum=-1.492;QD=9.30;ReadPosRankSum=1.145;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr1	1582961	rs61774949	G	C	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=6.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.76;MQRankSum=2.287;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.533;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,91:0.54:168
chr1	1583003	rs72468214	C	T	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-3.521;NF=46;NR=57;PP=1241;ReadPosRankSum=0.760;SC=TCTGCCAGGTCCTTTCACGCA;SOR=0.817;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=211;TCF=103;TCR=108;TR=103;WE=1583011;WS=1582993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,76:0.40:191
chr1	1583088	.	A	G	199	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=23;MQ=47.1;NF=0;NR=12;PP=199;QD=19.4809343789;SC=GTCTTTGGCGAGATCACAGCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=12;WE=1583096;WS=1583078;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr1	1583276	.	TC	T	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.708;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.359;NF=9;NR=0;PP=245;ReadPosRankSum=0.802;SC=CCTCCGTGCTTCCCAAGTGCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=9;WE=1583284;WS=1583266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr1	1583495	rs61774952	T	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=18.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQRankSum=-7.758;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.528;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,16:0.13:124
chr1	1585597	rs7531938	A	G	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	1585642	rs3936009	G	T	4976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	1586752	rs11486023	T	C	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=17;PP=1069;SC=GTTGTCACAGTGACCCTAGGA;SOR=1.463;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=65;WE=1586760;WS=1586742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	1588670	rs61774958	G	A	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.246;NF=30;NR=5;PP=636;ReadPosRankSum=-0.029;SC=ATATTTGAATGTTTTTGTTAA;SOR=0.796;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=66;TCF=55;TCR=11;TR=35;WE=1588678;WS=1588660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr1	1588717	rs61774959	G	A	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=2.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQRankSum=-0.895;QD=7.62;ReadPosRankSum=3.242;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,45:0.40:113
chr1	1588737	rs61776760	C	T	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=3.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.43;MQRankSum=-0.760;QD=12.07;ReadPosRankSum=2.801;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,46:0.34:134
chr1	1588743	rs61776761	A	T	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=4.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.01;MQRankSum=-0.477;QD=11.29;ReadPosRankSum=2.514;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,47:0.32:145
chr1	1588744	rs79724854	AGCG	A	1603.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.240;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.114;NF=7;NR=19;PP=2614;ReadPosRankSum=2.291;SC=TCACCGAAGAAGCGTTGTTCT;SOR=0.417;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=90;TCF=34;TCR=56;TR=26;WE=1588754;WS=1588727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,47:0.31:153
chr1	1599812	rs12729295	C	T	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=36.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.44;MQRankSum=-4.157;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.805;SOR=4.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr1	1599888	rs2072923	A	G	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=7.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.935;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=5.553;NF=50;NR=29;PP=1114;ReadPosRankSum=-0.504;SC=AGCTCTTCCCACTCCTCCCGA;SOR=1.278;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=206;TCF=117;TCR=89;TR=79;WE=1599896;WS=1599878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,81:0.46:175
chr1	1599940	rs61776767	C	T	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-8.831;NF=31;NR=44;PP=867;ReadPosRankSum=2.210;SC=GGTACTCTATCGGTTTCCATT;SOR=0.628;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=189;TCF=83;TCR=106;TR=75;WE=1599948;WS=1599930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,43:0.27:161
chr1	1599974	rs113499489	A	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=3.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQRankSum=-10.707;QD=3.68;ReadPosRankSum=-3.145;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,39:0.27:147
chr1	1602787	rs4639697	G	T	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=3;PP=486;SC=AAACTTACCTGCCGGGGATAC;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=1602795;WS=1602777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	1608229	rs143080014	C	T	218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=35.98;QD=21.88;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	1644836	rs2179382	G	A	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.070;NF=25;NR=21;PP=769;ReadPosRankSum=0.417;SC=ATAATTACACGTACAGTTGGA;SOR=0.069;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=46;WE=1644844;WS=1644826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,46:0.56:82
chr1	1644908	rs2179383	C	T	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=32;PP=1395;SC=AAATTACATACGTTTAGCATA;SOR=0.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=61;WE=1644916;WS=1644898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	1645050	rs77869096	C	T	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.68;QD=26.45;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	1645190	rs113713941	T	C	154.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.11;QD=22.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	1645838	rs33938712	CA	C	1364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=33.00;QD=35.91;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	1646074	rs201159473	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.50;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	1646077	rs76473385	G	T	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.50;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	1646113	rs199941510	G	C	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.44;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	1646231	rs200994957	T	C	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.86;QD=40.97;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	1646236	rs202149796	C	T	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.86;QD=40.97;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	1646657	rs760926	T	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.67;QD=25.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	1646789	rs760927	T	C	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.61;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	1647722	rs114460890	G	T	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-1.393;QD=12.13;ReadPosRankSum=-0.750;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,34:0.33:102
chr1	1647725	rs368680882	GT	AG	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-1.346;QD=13.45;ReadPosRankSum=-1.178;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,37:0.35:106
chr1	1647729	.	CA	TG	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.820;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-1.345;QD=12.95;ReadPosRankSum=-0.797;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,42:0.35:120
chr1	1647745	rs72634830	G	A	2569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=2.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-1.187;QD=14.85;ReadPosRankSum=-1.449;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,71:0.41:173
chr1	1647753	rs74045984	C	T	2755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=2.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.007;QD=13.64;ReadPosRankSum=-0.372;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,81:0.40:202
chr1	1647778	rs72901773	C	G	2937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=2.105;NF=85;NR=40;PP=1702;ReadPosRankSum=-1.697;SC=TGACCCAGCCCACTCACCTTT;SOR=0.691;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=275;TCF=174;TCR=101;TR=125;WE=1647786;WS=1647768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,150:0.48:314
chr1	1647814	rs72901775	T	C	5836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.154;QD=11.18;ReadPosRankSum=-0.687;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,272:0.52:522
chr1	1647871	rs72909014	T	C	7565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=60.08;MQRankSum=2.080;NF=105;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.140;SC=CTTCTCGATGTCGTTTCCGAC;SOR=0.617;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=520;TCF=247;TCR=273;TR=218;WE=1647879;WS=1647861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:317,369:0.54:686
chr1	1647893	rs144636354	C	CTTTCTT	10828.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=4;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.670;NF=12;NR=76;PP=2970;ReadPosRankSum=0.187;SC=TTCGTGCTCTCTTTCTTTCAC;SOR=0.762;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=261;TCF=27;TCR=234;TR=88;WE=1647901;WS=1647883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,280:0.52:535
chr1	1647928	rs1883424	A	G	3748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.974;NF=81;NR=101;PP=2412;ReadPosRankSum=-0.413;SC=CTAATGAGAAATAAAGTGTCA;SOR=0.605;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=291;TCF=120;TCR=171;TR=182;WE=1647936;WS=1647918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,188:0.49:384
chr1	1647968	rs146207119	C	CAT	3959.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=6.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-2.363;QD=20.73;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,100:0.52:191
chr1	1647971	rs77394327	G	A	3890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=6.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-2.818;QD=20.70;ReadPosRankSum=-1.121;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,96:0.51:188
chr1	1647983	rs74429813	T	A	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=7.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-3.421;QD=16.62;ReadPosRankSum=0.146;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,75:0.47:158
chr1	1647990	rs76519969	C	T	2382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=9.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQRankSum=-3.455;QD=18.47;ReadPosRankSum=0.156;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,61:0.47:129
chr1	1648002	rs77107184	C	T	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=7.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQRankSum=-3.350;QD=15.62;ReadPosRankSum=-2.245;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,52:0.52:100
chr1	1648018	rs79409185	C	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=11.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQRankSum=-4.385;QD=11.42;ReadPosRankSum=0.037;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr1	1648027	rs61776857	T	C	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.86;QD=34.86;SOR=2.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	1650657	.	C	G	601	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=24;MQ=59.77;NF=29;NR=6;PP=601;QD=18.1648917871;SC=CTTTCAGCTACAGTTTGCTTT;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=73;TCF=62;TCR=11;TR=35;WE=1650665;WS=1650655;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
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chr1	1650801	rs1137004	T	C	7630.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FS=1.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.48;ReadPosRankSum=-0.500;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:289,204:0.41:493
chr1	1650807	rs1137005	T	C	5909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=1.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=0.123;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,272:0.57:480
chr1	1650832	rs72909030	A	G	5261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.374;SC=TCTGTGATGAACTTTTTCTTT;SOR=0.751;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=525;TCF=277;TCR=248;TR=236;WE=1650853;WS=1650822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,255:0.47:548
chr1	1650845	rs1059831	G	A	6266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.013;SC=TTTTCTTTCCGAGACATTTGC;SOR=0.644;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=538;TCF=283;TCR=255;TR=291;WE=1650853;WS=1650822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,300:0.53:568
chr1	1650920	rs36191908	G	A	7727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=108;PP=2335;ReadPosRankSum=0.976;SC=ACAGCACTGCGTCATGCTTGA;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=432;TCF=194;TCR=238;TR=195;WE=1650928;WS=1650910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,217:0.47:460
chr1	1650938	.	CGG	C	7450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.63;ReadPosRankSum=-1.250;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,196:0.49:400
chr1	1650942	.	A	AAG	7161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=0.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.85;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,183:0.48:380
chr1	1650960	rs72634834	G	A	5545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.32;ReadPosRankSum=-1.149;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,139:0.48:287
chr1	1650967	rs75384210	T	C	4933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.27;ReadPosRankSum=-1.146;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,124:0.48:256
chr1	1650996	rs74223875	T	C	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.77;ReadPosRankSum=0.665;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,63:0.44:144
chr1	1651003	rs76941027	G	A	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.94;ReadPosRankSum=1.385;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,54:0.42:128
chr1	1651047	.	C	T	683	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=120;MMLQ=25;MQ=58.16;NF=6;NR=31;PP=683;QD=19.3992219607;SC=TCTCCAACTTCAGGCATCTTT;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=84;TCF=18;TCR=66;TR=37;WE=1651055;WS=1651037;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:47,37:0.44:84
chr1	1651077	.	CGG	C,CTCGCTCTGTCACCCAGGCTGG	2897	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=88;MMLQ=23;MQ=55.21;NF=0,0;NR=18,18;PP=439,2897;QD=27.1822381798;SC=TTTTTTTAGACGGAGTCTCGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18,18;WE=1651089;WS=1651053;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:18
chr1	1653004	rs36039898	T	C	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=88;NR=37;PP=2424;SC=CTGTGTACAGTTGGGTCTTGC;SOR=1.540;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=88;TCR=38;TR=125;WE=1653012;WS=1652994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	1653028	rs16825265	C	T	5233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=69;PP=2965;SC=TCTGTACATCCGCTCACCTGT;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=113;TCR=69;TR=182;WE=1653036;WS=1653018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	1654013	rs74045997	C	G	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.09;QD=24.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	1654038	rs61777494	G	A	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=1;PP=475;SC=TGCGACATTTGGAAGTACAAA;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=1654046;WS=1654028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	1654058	rs61777495	C	T	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.89;QD=46.34;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	1654064	rs200615789	A	T	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.17;QD=44.86;SOR=2.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	1654065	rs35174499	AGCG	A	2278.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=10;PP=1148;SC=TCACCGAAGAAGCGTTGTTCT;SOR=2.049;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=23;WE=1654075;WS=1654048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	1657021	rs9439499	T	C	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=27;PP=557;SC=CTCGCTCTGTTGCCCAGGCTG;SOR=3.352;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=31;WE=1657029;WS=1657011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	1663831	rs3817856	C	T	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	1664019	rs2294488	T	C	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=20;PP=487;SC=GCTGCGTGCGTGGTGCACAGC;SOR=1.552;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=1664027;WS=1664009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	1666175	rs61777509	C	T	360.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.01;MQRankSum=2.765;QD=18.04;ReadPosRankSum=0.761;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,18:0.90:20
chr1	1666338	rs2072924	G	A	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.32;QD=40.93;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	1666342	rs76084492	A	G	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.81;QD=43.12;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	1669734	rs80140081	G	T	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=57;NR=21;PP=1401;SC=GGCGCAGGCGGAGGGGTGGGG;SOR=1.639;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=57;TCR=21;TR=78;WE=1669742;WS=1669724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	1670570	rs150051592	T	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.44;QD=28.72;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	1685213	rs2072928	C	G	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=54;PP=1606;SC=GCGGACGGTGCAGTGCACGTC;SOR=2.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=15;TCR=54;TR=69;WE=1685221;WS=1685203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	1686040	rs4751	G	T	14423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=278;NR=235;PP=2965;ReadPosRankSum=0.735;SC=CCTGCGAGCCGTTCTCACCCA;SOR=0.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=515;TCF=280;TCR=235;TR=513;WE=1686048;WS=1686030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,548:1.00:549
chr1	1686943	rs2072929	T	C	3676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=53;PP=1450;SC=GGTCACTCAGTGCCCACGCCG;SOR=1.511;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=85;WE=1686951;WS=1686933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	1686962	rs2076327	C	T	3191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=45;PP=1302;SC=CGTGCACCCCCGCACCACCCA;SOR=1.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=67;WE=1686970;WS=1686952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	1687625	rs34306661	T	C	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=10;PP=689;SC=ATGGAAGCCATGCTTGTGAGC;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=1687633;WS=1687615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	1688192	rs2281173	A	G	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	1688469	rs4648623	C	G	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=16;PP=572;SC=CCCAGACACCCGGCAGATCCC;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=1688477;WS=1688459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	1688513	rs4648624	G	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=8;PP=569;SC=AGCAGCCGTTGCCCAGCACTT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=1688521;WS=1688503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	1689762	rs2235537	T	C	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=13;PP=649;SC=CCACAGACCTTAGCCCATCGC;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=1689770;WS=1689752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	1690126	rs79655042	A	AAC	2640.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.75;QD=41.92;SOR=3.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	1696659	rs5021859	A	G	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=10;PP=544;SC=CATCCCTCCCAGTTGTACCTG;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=1696667;WS=1696649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	1724503	rs33952351	C	CA	327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.39;ReadPosRankSum=1.737;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr1	1823922	rs6688000	A	G	13534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=239;NR=244;PP=2965;ReadPosRankSum=2.066;SC=ACCTGTCCGCATCATTTCTGG;SOR=0.266;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=486;TCF=240;TCR=246;TR=483;WE=1823930;WS=1823912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,520:1.00:521
chr1	1846582	rs2748987	A	G	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=8;PP=698;SC=CCTGTACAAGATGGTCAAGCG;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=1846590;WS=1846572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	1853615	rs113294876	T	TCTGA	1492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=1443;SC=CCTATTGGAATCTGGCAGAGG;SOR=3.545;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=26;WE=1853623;WS=1853605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	1854321	rs2250833	A	G	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=15;PP=633;SC=CCCGGCTGTCAGGACAAGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=1854329;WS=1854311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	1855450	rs28423370	A	G	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=25;PP=747;SC=ATAGAGCTCTACACCCTGCCC;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=1855458;WS=1855440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	1856098	rs752965	C	T	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=9;PP=275;SC=CGCCAGCACACGTGGCGGTTT;SOR=1.329;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=15;WE=1856106;WS=1856088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	1859131	rs4648734	C	T	9254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr1	1870210	rs2803323	G	A	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=5;PP=891;SC=GGTCAGGGGCGGGGATGTGGT;SOR=3.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=40;WE=1870218;WS=1870200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	1873625	rs12758705	G	A	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	1886500	.	GCGGCTC	G	1096.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.23;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	1886507	.	ACACCGGAAGTGC	A	1096.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.23;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	1886519	.	C	A	427	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=46;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=18;NR=6;PP=427;QD=19.2404671895;SC=ACCGGAAGTGCGGCTCACACA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=1886527;WS=1886509;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	1886859	rs3795290	C	T	8868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=176;NR=127;PP=2965;SC=CCGCCCTGTGCGGCTCCGCCC;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=303;TCF=176;TCR=127;TR=303;WE=1886867;WS=1886849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr1	1887019	rs28548017	A	G	7379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=153;NR=156;PP=2965;SC=TCGAAGGCCTAGGAAAATTCT;SOR=1.282;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=309;TCF=153;TCR=156;TR=309;WE=1887027;WS=1887009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	1887091	rs139735565	CG	C	8319.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=162;PP=2973;SC=AGGCCCTCACCGCCCGCCCAC;SOR=2.237;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=184;TCF=19;TCR=165;TR=181;WE=1887099;WS=1887078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	1887111	rs3838975	GC	G	8336.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=161;PP=2975;SC=CCCTGGCTTGGCCTGGCAGCC;SOR=2.220;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=18;TCR=162;TR=179;WE=1887119;WS=1887101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	1887245	rs28575980	G	A	4864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=26.58;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	1888193	rs3820011	C	A	7584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=132;NR=128;PP=2965;SC=ACGTAGCTGCCGAAGTCAATG;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=132;TCR=128;TR=260;WE=1888201;WS=1888183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr1	1888330	rs28535696	C	T	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=37;PP=1060;SC=AGCATTTGTGCGCGTTGTGCA;SOR=3.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=45;WE=1888338;WS=1888320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	1895177	rs7523728	C	T	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	1896440	rs16824585	G	A	4796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	1896553	rs28625839	C	T	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=35;PP=1072;SC=ACCTGGGCGGCGCCGGTGGCA;SOR=0.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=70;WE=1896561;WS=1896543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	1897753	rs4648600	C	G	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=60;PP=2717;SC=AGGTGGCGAGCCGGCGACAGA;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=99;TCR=61;TR=159;WE=1897761;WS=1897743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	1900024	rs56985589	TG	T	810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=587;SC=AGGCCCCACCTGCCCTCCACA;SOR=2.636;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=1900032;WS=1900014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	1900106	rs145742571	T	TCTC	3161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=20;PP=1864;SC=ACTGTGGTCTTCTTGCAAAAG;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=37;WE=1900114;WS=1900096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	1900232	rs16824588	T	C	3433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=25.44;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	1900332	rs55709963	A	G	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.15;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	1900339	rs56126097	A	G	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	1916890	rs3795280	C	T	4737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	1918488	rs4350140	A	G	7063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	1918535	rs4535948	A	T	5475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=95;NR=93;PP=2965;SC=CCAAAGTGACAGTGGGCGTGG;SOR=0.825;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=95;TCR=93;TR=188;WE=1918543;WS=1918525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	1918584	rs4603072	C	T	3539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=62;PP=2062;SC=CCCCCAGAGCCCCCCTCACCC;SOR=1.005;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=54;TCR=62;TR=116;WE=1918603;WS=1918574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	1918595	rs4466593	G	A	3085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=63;PP=1948;SC=CCCCTCACCCGGGCCAGGGGT;SOR=1.392;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=41;TCR=63;TR=104;WE=1918603;WS=1918574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	1920434	rs144487103	TA	T	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.334;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,30:0.34:87
chr1	1922303	rs13303195	C	T	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=37;PP=1345;SC=CTGAAACTTCCGTTACTGTGA;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=87;WE=1922311;WS=1922293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	1956362	rs2376805	G	A	10450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=205;NR=159;PP=2965;SC=CTGTCTGACCGGTGGCTTTGC;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=365;TCF=205;TCR=160;TR=364;WE=1956370;WS=1956352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr1	1957037	rs2229110	T	C	18515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=326;NR=336;PP=2965;SC=AGACCCTGGGTCTGGACAGCC;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=662;TCF=326;TCR=336;TR=662;WE=1957045;WS=1957027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,694:1.00:694
chr1	1960926	rs28581504	T	C	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=13;PP=1210;SC=GTCACAGGCATCAAGGCTGGG;SOR=1.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=57;WE=1960934;WS=1960916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	2005740	rs2459986	T	C	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	2106840	rs12135175	T	C	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=65;PP=1909;SC=ACCCCAATATTCACCCAACCC;SOR=8.051;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=1;TCR=67;TR=66;WE=2106848;WS=2106830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	2106896	rs12135178	T	C	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=1;NR=27;PP=830;SC=AACCCCAAATTCATCCAACCC;SOR=3.611;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=28;WE=2106904;WS=2106886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	2126139	rs6662296	C	G	245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	2399119	rs2494632	A	G	3112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.06;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	2399149	rs2494631	A	G	3037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=26;PP=852;SC=TGGTCCCCGTAGGGAGCCCAG;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=55;WE=2399157;WS=2399139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	2409892	rs12727342	A	G	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=37;PP=1379;SC=CTCCGCTGACAGCCGTGTCTC;SOR=0.797;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=86;WE=2409900;WS=2409882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	2411451	rs10797428	A	G	4976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=76;PP=2955;SC=ATGCAGACCCAGGGACCGGCC;SOR=0.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=93;TCR=76;TR=169;WE=2411459;WS=2411441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	2418935	rs10910082	C	T	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=13;PP=624;SC=TTCTGTGTCCCTCACTGAGCA;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=2418943;WS=2418933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	2420590	rs10752744	T	C	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=11;PP=839;SC=GAGGTGGGGCTTACCCATCCT;SOR=1.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=42;WE=2420598;WS=2420580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	2420913	rs6668720	A	G	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=44;PP=1218;SC=CATGCCATCCATGGGCATATC;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=57;WE=2420921;WS=2420903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	2422614	rs2477699	G	A	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=26;PP=917;SC=CAACAGGCCGGCCTCTGGCTC;SOR=0.971;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=62;WE=2422622;WS=2422604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	2426766	rs3001347	A	G	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=16;PP=1003;SC=TCGAGAGGGCACCGAGGAGGC;SOR=1.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=54;WE=2426774;WS=2426756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	2428874	rs2477706	T	C	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.57;SOR=6.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	2430617	rs2296442	C	T	9286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr1	2433900	rs12736998	C	T	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=28;PP=1173;SC=GTGCGGCCCCCGCGTGTCCTG;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=71;WE=2433908;WS=2433890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	2444414	rs7535528	G	A	12871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=239;NR=204;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.091;SC=CCAGCCCAGCGCGTCCAGGGA;SOR=0.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=445;TCF=240;TCR=205;TR=443;WE=2444422;WS=2444404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,493:1.00:494
chr1	2452569	rs2985862	T	C	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=27;PP=1599;SC=CGATGAGGTCTTTGAACTTGT;SOR=1.374;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=61;TCR=27;TR=88;WE=2452577;WS=2452559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	2518186	rs10752746	A	G	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	2522392	rs2296443	G	A	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=11;PP=628;SC=TCCGAGCAGCGGGTGGGCGTG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=35;WE=2522400;WS=2522382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	2527678	rs2260976	A	G	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=44;PP=1354;SC=TGGGCCTCTCAGGTGAGGTGT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=62;WE=2527686;WS=2527668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	2528133	rs2843401	T	C	8600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=151;NR=151;PP=2965;SC=CAGCGCCTGGTGGGGCCACCC;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=302;TCF=151;TCR=151;TR=302;WE=2528141;WS=2528123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr1	2530341	rs34705971	A	AG	541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=483;SC=ATAAGAGAGAAGTGCAGGTAA;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=2530349;WS=2530331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	2560735	rs4648657	A	G	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	2560882	rs4648658	G	A	7140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=89;PP=2820;SC=CTGCACGGCCGGCGCTCTCCA;SOR=1.185;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=176;TCF=87;TCR=89;TR=168;WE=2560890;WS=2560872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	2560903	rs4648659	T	G	6798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.96;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	2573199	rs4648662	A	G	5313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=88;NR=82;PP=2965;SC=AACTCCTGCAACTCGGCCAGG;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=88;TCR=82;TR=170;WE=2573207;WS=2573189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	2700117	rs4648502	C	G	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=20;PP=970;SC=TCCCCCACCCCTGCTTGCCCA;SOR=1.512;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=62;WE=2700125;WS=2700107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	2938265	rs4576609	C	T	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=17;PP=1029;SC=TTAATCCGCACGCTTTAGACT;SOR=1.418;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=62;WE=2938273;WS=2938255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	2938407	rs4013154	CAGA	C	10980.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=83;PP=2971;SC=AGAGGCCAACCAGAAGAAGTA;SOR=1.207;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=154;TCF=68;TCR=86;TR=151;WE=2938417;WS=2938397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	2938697	rs3795262	T	G	8811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=155;NR=150;PP=2965;SC=TCTACGCCTCTGCCTGTGTCA;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=305;TCF=155;TCR=150;TR=305;WE=2938705;WS=2938687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr1	3301721	rs2282198	C	T	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=30;PP=2085;SC=AGCAGATCTCCGAAGACCTGG;SOR=1.940;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=77;TCR=30;TR=107;WE=3301729;WS=3301711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	3310928	rs145881072	C	CCG	739.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=447;SC=TCCAGGAGGGCCGCCCAGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=3310936;WS=3310918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	3311212	rs2493253	C	G	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=17;PP=458;SC=ACCTGCCCCACGGGCATCAGC;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=3311220;WS=3311202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	3311261	rs6702992	C	T	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=7;PP=178;SC=TCCACTTGCGCCTGCTACAAT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=3311269;WS=3311251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	3312914	rs871822	T	G	6417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.370;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.586;SC=AGTTCCATAGTGGACCCTCTT;SOR=0.499;Source=Platypus;TCF=108;WE=3312922;WS=3312904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,238:1.00:239
chr1	3328358	rs870124	T	C	28004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1047;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1045:1.00:1045
chr1	3342109	rs41303861	G	T	5529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.833;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.428;SC=ATGCAGAGCCGGGGCCTGCAC;SOR=0.228;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=130;TCR=77;TR=205;WE=3342117;WS=3342099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,207:0.99:209
chr1	3342804	rs870171	G	T	6209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr1	3350134	rs10752734	T	C	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.306;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.342;NF=54;NR=15;PP=1517;ReadPosRankSum=1.286;SC=CCTGCCTGTCTGGGATGGCCC;SOR=1.930;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=57;TCR=16;TR=69;WE=3350142;WS=3350124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,70:0.93:75
chr1	3385250	rs1417897	C	A	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.08;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	3385330	rs2493249	T	C	2571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	3390238	rs2493323	T	A	4021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=3.625;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.29;ReadPosRankSum=0.859;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,158:0.99:159
chr1	3394456	rs4638054	T	C	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=11;PP=826;SC=CACTGATCTCTGCCTCCCGGT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=46;WE=3394464;WS=3394446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	3394674	rs4534324	T	C	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=46;PP=1132;SC=TACAGGGAGTTGGCCCTGAGC;SOR=1.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=78;WE=3394682;WS=3394664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	3395229	rs4553117	T	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=15;PP=296;SC=ATTAGCTCCATGGGGACCGGG;SOR=3.383;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=3395237;WS=3395219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	3397062	rs56309807	G	A	7012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr1	3397188	rs2487677	T	C	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=34;PP=1032;SC=ACAGCCTGTCTCCAATCAGCA;SOR=1.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=52;WE=3397196;WS=3397178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	3413514	rs61759245	C	G	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=20;PP=1197;SC=CGCCAGGCAGCACTGCCGAGT;SOR=1.197;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=56;WE=3413522;WS=3413504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	3418613	rs139503756	CCG	C	881.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=25.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQRankSum=2.505;QD=25.19;ReadPosRankSum=0.958;SOR=3.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr1	3418616	rs57408931	G	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=25.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQRankSum=2.505;QD=25.45;ReadPosRankSum=0.313;SOR=3.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr1	3418618	rs57082253	G	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=23.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQRankSum=2.401;QD=26.99;ReadPosRankSum=0.056;SOR=3.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr1	3421658	rs2821009	A	T	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=14;PP=1233;SC=GGGCTTAGGCAAAGGGGGCCG;SOR=1.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=62;WE=3421666;WS=3421648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	3421897	rs2821008	A	G	9854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr1	3424388	rs947345	G	A	7658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=150;NR=115;PP=2965;SC=ACTGACACCCGGGGGGCAGCG;SOR=0.862;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=270;TCF=150;TCR=120;TR=265;WE=3424396;WS=3424378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	3428160	rs2820999	T	G	5857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=60;PP=2965;SC=CGCGGGGACATGTGCACAGGG;SOR=1.340;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=121;TCR=60;TR=181;WE=3428168;WS=3428150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	3428424	rs4648391	G	T	4645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.59;QD=42.62;SOR=2.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	3428428	rs4648514	C	T	4470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.55;QD=44.27;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	3428608	rs11585362	G	A	3346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	3440647	rs2794322	T	C	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=15;PP=583;SC=TAGGGATGGCTGAAGCCAGGA;SOR=1.075;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=38;WE=3440655;WS=3440637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	3440943	rs12049449	A	C	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=588;SC=TGAGCCCCTCACCCACATCTG;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=3440951;WS=3440933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	3518944	rs7521546	T	C	2226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=26;PP=1230;SC=GACGGGGTCCTGGCCTCAGCT;SOR=1.367;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=78;WE=3518952;WS=3518934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	3527944	rs10797402	C	G	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=62;PP=2377;SC=CCCGCGCCCGCTCCGCGGAGC;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=70;TCR=62;TR=131;WE=3527952;WS=3527934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	3528082	rs10797403	T	C	5235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=83;NR=88;PP=2965;SC=TGCCCCGGACTCAGAGCCTGG;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=83;TCR=90;TR=171;WE=3528090;WS=3528072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	3549862	.	G	GT	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=3.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.834;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,22:0.22:101
chr1	3563428	rs76161888	C	T	2963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=50;PP=1621;SC=TTAAACGCAGCGGAGACCCGA;SOR=0.862;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=52;TCR=50;TR=102;WE=3563436;WS=3563418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	3563512	rs34514629	GC	G	983.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.42;NF=0;NR=21;PP=895;SC=CTTAAAACCAGCAGAGACCCG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=3563520;WS=3563502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	3566706	rs2251098	G	A	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=14;PP=359;SC=AGCGCCGCCGGCTTCCGCGCG;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=3566714;WS=3566696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	3598900	rs2273953	G	A	10109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.96;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	3598910	rs1801173	C	T	10141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.71;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	3607532	rs12122732	G	A	6429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=113;NR=105;PP=2965;SC=GCCATTCATAGGATCTCTTCG;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=115;TCR=105;TR=218;WE=3607540;WS=3607522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr1	3638674	rs1801174	C	T	21365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=838;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=351;NR=424;PP=2965;SC=CCCCAGGCACCGCCATCCGGG;SOR=0.928;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=785;TCF=360;TCR=425;TR=775;WE=3638682;WS=3638652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,828:1.00:828
chr1	3640085	rs6424091	C	G	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=29.85;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	3640134	rs35939665	TCTGC	T	498.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=28;PP=1397;SC=AGTTGGCTGATCTGCCTGCCT;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=28;WE=3640145;WS=3640124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	3644349	rs2181486	A	G	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=57;PP=1708;SC=GCGGCCGGCCAGGGGAACTGG;SOR=1.477;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=92;WE=3644357;WS=3644339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	3644374	rs2146657	A	G	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=44;PP=1325;SC=GTGTGGGAGGAGAAGGGGACA;SOR=1.905;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=65;WE=3644382;WS=3644364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	3645835	rs2254530	C	A	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.99;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	3645844	rs2096224	G	A	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.58;SOR=2.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	3646137	rs11589885	C	T	8835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=154;NR=143;PP=2965;SC=GCAGCAGGGTCCAGAGCAGAG;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=298;TCF=155;TCR=143;TR=297;WE=3646145;WS=3646127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr1	3646192	rs1885867	G	A	12746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=128;NR=145;PP=2965;SC=AGCACTTGGGGCTGCCCTGGG;SOR=0.913;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=273;TCF=128;TCR=145;TR=273;WE=3646200;WS=3646182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr1	3646214	rs1885866	T	C	12065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=139;PP=2965;SC=CCCTGGGTCATGGCCCTTGCT;SOR=1.027;Source=Platypus;TCF=112;TR=251;WE=3646222;WS=3646204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr1	3646291	rs1885865	G	A	5419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=101;PP=2965;SC=GGTGGCCAGAGTGACCATGAC;SOR=0.933;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=92;TCR=101;TR=193;WE=3646299;WS=3646281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr1	3647962	rs1745813	T	C	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=25;PP=1239;SC=CTCTCAGAGATGGGGGCTCGC;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=74;WE=3647970;WS=3647952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	3659657	rs2298222	G	A	3927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=53;PP=2627;SC=AGAGGCCGCCGGGAACAGGCA;SOR=1.210;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=86;TCR=53;TR=139;WE=3659665;WS=3659647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	3662845	rs3737589	A	G	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=6;PP=173;SC=GAGTTACCCTACAGACCAGTA;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=3662853;WS=3662835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	3669201	rs10797410	A	G	21044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.21;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr1	3669205	rs10910021	C	G	21047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.97;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr1	3672156	rs4648555	C	A	3542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=84;PP=2290;SC=AGGGCCTCTGCCTGCACCTGC;SOR=1.779;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=38;TCR=84;TR=122;WE=3672164;WS=3672146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	3673496	rs4648405	T	G	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=8;PP=213;SC=CCCACCCCTCTCTCTGCGTCC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=3673504;WS=3673486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	3677933	rs1181883	T	C	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=43;NR=40;PP=1050;SC=GCCCTGAAGATGCAGCTGAAA;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=83;WE=3677941;WS=3677923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	3679139	rs1181879	T	C	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.35;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	3679146	rs4648556	G	A	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.75;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	3679307	rs4648557	T	C	140.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=105;SC=AGGCACGCAGTGGGGGACCCG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=3679315;WS=3679297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	3679775	rs10910024	C	T	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	3732103	rs4648409	T	C	7455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=132;NR=126;PP=2965;SC=GCACAGGACCTGCATTAGGAG;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=259;TCF=132;TCR=127;TR=258;WE=3732111;WS=3732093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr1	3732172	rs4233019	C	T	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=26.25;SOR=1.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	3732639	rs6702916	T	A	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=5;PP=214;SC=CACAGCCAGTTTGCAGGTGGA;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=3732647;WS=3732629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	3732707	rs6702935	T	C	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=9;PP=499;SC=AACCAGAACATGAAGACAGGC;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=3732715;WS=3732697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	3732782	rs6703035	T	C	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=14;PP=888;SC=CGGGGATGCTTTTTTGAATAA;SOR=1.382;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=50;WE=3732790;WS=3732772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	3743433	rs5772126	T	TG	2758.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=54;PP=2432;SC=TTCTACTGGCTGGCAAGGTGG;SOR=2.215;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=3;TCR=60;TR=57;WE=3743441;WS=3743423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	3746583	rs2275828	G	T	3250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.53;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	3746589	rs2275826	C	G	3225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.80;SOR=1.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	3747580	rs6424058	C	T	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=168;SC=TGCTGGGCCGCGTGGTGTGTC;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=3747588;WS=3747570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	3747603	rs6413779	T	C	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=4;PP=409;SC=ACGCGAGGTCTGCTTACCTTC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=3747611;WS=3747593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	3753136	rs2275824	A	T	6368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr1	3755675	rs1891941	T	C	19923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=763;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=354;NR=350;PP=2965;SC=TCCCAAGGCGTTCACCAACCT;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=705;TCF=354;TCR=351;TR=704;WE=3755683;WS=3755665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,757:1.00:757
chr1	3756120	rs1539649	A	G	2369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=22;PP=1186;SC=CTAAGTATACATAAAACCTAT;SOR=1.533;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=76;WE=3756128;WS=3756110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	3759784	rs10797347	A	G	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	3761479	rs2275822	C	T	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	3761650	rs2275821	A	G	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=21;PP=659;SC=GCAAGGTTCAATGATCCTCAT;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=3761658;WS=3761640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	3765095	.	C	CAAAAAAAAAA	171.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=57.27;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	3775454	rs4376673	C	G	2822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=60;PP=1856;SC=TGGCACTCTCCGAGGTCCTGG;SOR=1.374;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=97;WE=3775462;WS=3775444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	3782608	rs10909809	C	T	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=16;PP=561;SC=TTCTTTGGAGCCTGAGGTGCC;SOR=1.148;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=30;WE=3782616;WS=3782598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	3784454	rs76754622	T	C	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=29;PP=1381;SC=TCTGCCCTGCTTGGCACCTGG;SOR=1.058;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=75;WE=3784462;WS=3784444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	3788978	.	G	GA	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=5.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=-0.368;SOR=2.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,18:0.22:82
chr1	3789194	.	G	GCGGCCC	4057.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.85;ReadPosRankSum=1.621;SOR=1.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,155:0.99:157
chr1	3789195	.	T	C	1767	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=20;MQ=59.96;NF=60;NR=98;PP=1767;QD=11.4036152693;SC=GTCCCTGCCGTGGCCCTGTCC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=61;TCR=99;TR=158;WE=3789203;WS=3789168;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,158:0.99:160
chr1	3789195	.	T	TGTCCCTGCCGC	6320.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.20;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	3789211	.	AT	GC	2893	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=59;MMLQ=22;MQ=59.95;NF=33;NR=42;PP=2893;QD=20;SC=TGTCCCTGCCATGGCCCTGTC;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=122;TCF=43;TCR=79;TR=75;WE=3789220;WS=3789201;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:47,75:0.61:122
chr1	3789229	.	C	T	963	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=74;MMLQ=15;MQ=59.93;NF=23;NR=28;PP=963;QD=19.5641414225;SC=GTCCCTGCCACGGCCCTGTCC;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=96;TCF=33;TCR=63;TR=51;WE=3789237;WS=3789219;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:45,51:0.53:96
chr1	3789362	rs35930817	C	T	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=6;PP=403;SC=CCACTGTCAGCATGTGTACCT;SOR=2.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=3789370;WS=3789352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	3806643	rs4520357	T	A	5553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.992;SC=AGGTCCTTAGTGGAGAAGAAA;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=77;TCR=113;TR=189;WE=3806651;WS=3806633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,206:1.00:207
chr1	3807122	rs7513321	G	A	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=72;NR=41;PP=1994;SC=GGAGGAAGGCGCCGCTCTTAC;SOR=1.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=72;TCR=41;TR=113;WE=3807130;WS=3807112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	3807388	rs4131373	G	A	8622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=154;NR=143;PP=2965;SC=TGCAGCCACCGAGAGGAAGAC;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=298;TCF=154;TCR=144;TR=297;WE=3807396;WS=3807378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr1	3807593	rs4274008	G	C	5777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=91;PP=2965;SC=GGACGTTCGCGTGTCTGTGGC;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=94;TCR=91;TR=185;WE=3807601;WS=3807583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr1	3809326	rs72849326	C	T	3713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=49;PP=2474;SC=CAATAGTCCCCCTCTGGCAGA;SOR=1.273;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=79;TCR=49;TR=128;WE=3809334;WS=3809316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	3816587	rs35704040	GC	G	3416.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=13;PP=1319;SC=GTGGCCTGGAGCCCCCCAACT;SOR=2.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=42;WE=3816612;WS=3816577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	3816598	rs112821673	A	C	4047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.48;SOR=1.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	3816604	rs112886428	G	A	4188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.18;SOR=1.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	3816683	rs113529609	A	G	7401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr1	3816908	rs12095854	C	A	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.78;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	3816910	rs12095856	C	A	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.71;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	4834606	rs389959	T	C	3217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=59;PP=1650;SC=AGACGCCGTGTGTCTGTTTCA;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=57;TCR=59;TR=116;WE=4834614;WS=4834596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	4847845	rs4654460	G	A	9773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=176;NR=178;PP=2965;SC=CTTGGCCCACGGGGCACGGGC;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=354;TCF=176;TCR=178;TR=354;WE=4847853;WS=4847835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr1	5922697	rs562118	C	T	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=6;PP=520;SC=GTCTCAGAGCCGGGGTCTCAG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=5922705;WS=5922687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	5925371	rs1287634	G	A	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.72;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	5926507	rs555164	T	C	6554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=108;NR=105;PP=2965;SC=TGTCCCGTGGTTCCCCGGGGC;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=108;TCR=105;TR=213;WE=5926515;WS=5926497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr1	5933530	rs905469	A	G	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=58;PP=1612;SC=GGCAGCAACCATCACCAACCG;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=27;TCR=58;TR=85;WE=5933538;WS=5933520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	5934490	rs868163	A	G	10748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.35;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr1	5934500	rs905467	T	C	11376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.45;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr1	5934837	rs1287638	C	T	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=11;PP=602;SC=CAAATCGCCCCGGCTCTCGGG;SOR=0.984;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=31;WE=5934845;WS=5934827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	5935162	rs1287637	A	T	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=29;PP=942;SC=CTGCTGCGCCAGCAGACAAGA;SOR=1.249;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=55;WE=5935170;WS=5935152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	6029086	.	C	CA	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=-0.847;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr1	6111757	rs11589347	G	A	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	6150637	rs12081978	C	T	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=32;PP=900;SC=GCTGGGCACCCGGGTGAGCCG;SOR=2.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=45;WE=6150645;WS=6150627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	6155332	rs1555144	T	C	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=8;PP=821;SC=CCCGGCAGCCTCCCGCCTGCT;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=6155340;WS=6155322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	6157282	rs749434	C	T	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=16;PP=1011;SC=CCATCAGGGGCCCCTGTGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=6157290;WS=6157272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	6157434	rs2311802	C	T	5654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=118;NR=78;PP=2965;SC=GTGAGAGGCCCTGCTGGGCAG;SOR=0.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=118;TCR=78;TR=196;WE=6157442;WS=6157424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	6158562	rs2229002	A	G	8542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr1	6162054	rs6696489	T	C	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=19;NR=22;PP=678;SC=CTGGCGCGCCTTGCACCCAGC;SOR=1.067;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=6162062;WS=6162044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	6186961	rs2746060	A	G	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=23;PP=642;SC=TGATCACCCCAGCCCTAGCTA;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=6186969;WS=6186951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	6202423	rs41307755	C	A	8950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=2.953;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.12;ReadPosRankSum=1.070;SOR=0.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,328:0.99:330
chr1	6211257	rs6700735	C	A	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	6239937	rs70981314	C	CG	9513.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=69;PP=2936;SC=GCCCGCGCTCCGCCCTGGGCC;SOR=1.206;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=129;TCF=54;TCR=75;TR=123;WE=6239945;WS=6239927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr1	6257856	rs2294713	G	A	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	6266793	rs72853039	G	C	7129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=132;PP=2965;SC=GCCAGTAAGTGTCCCAAAGTT;SOR=0.975;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=103;TCR=132;TR=235;WE=6266801;WS=6266783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr1	6291918	.	TA	T	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,21:0.24:86
chr1	6305292	rs61760836	C	A	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=15;PP=1454;SC=CCCCCTGGTGCCCGAGAGCGC;SOR=2.331;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=61;TCR=16;TR=76;WE=6305311;WS=6305282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	6305303	rs61760837	C	A	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=21;PP=1636;SC=CCGAGAGCGCCGCCGGCAGCA;SOR=2.252;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=66;TCR=22;TR=87;WE=6305311;WS=6305282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	6309319	rs1883608	C	G	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	6313938	rs12735670	C	T	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=34;PP=1821;SC=GAAGGCGCGGCGGTCGGCCTG;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=66;TCR=34;TR=99;WE=6313946;WS=6313928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	6314349	rs6696630	A	G	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=29;PP=926;SC=CCAGTGTGGCAGGGCCTTGTT;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=6314357;WS=6314339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	6314479	rs12740426	C	T	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=15;PP=1446;SC=ACAGCAGCCCCTCCTGAGCCT;SOR=2.211;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=53;TCR=15;TR=68;WE=6314487;WS=6314469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	6314822	rs11590458	T	C	4564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=79;PP=2391;SC=TGGCCGCGAGTGTACACAGCA;SOR=0.996;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=71;TCR=79;TR=150;WE=6314830;WS=6314812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	6453520	rs76483502	C	CG	427.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=124;SC=GCGCCGGGGGCAATCGAACGC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=6453528;WS=6453510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	6500604	.	C	CG	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.31;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	6500610	rs200454180	AC	A	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.31;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	6500626	.	C	CG	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=289;SC=GTACAGGGGGCGGGCCTACAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=5;WE=6500634;WS=6500616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	6511582	rs9434774	A	G	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.39;SOR=4.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	6520024	rs3138159	C	A	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	6521150	rs2986758	A	C	6415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=146;NR=71;PP=2965;SC=TCCCCTTCGAATCCCTCGAGA;SOR=1.307;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=217;TCF=146;TCR=71;TR=217;WE=6521158;WS=6521140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr1	6525915	rs1536593	T	C	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=4;PP=222;SC=GGGACACTGATAATGCTCTGC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=6525923;WS=6525905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	6526008	rs3007416	A	G	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=49;NR=25;PP=1216;SC=GAGATCGGAAAGGGCGGCCAA;SOR=1.151;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=74;WE=6526016;WS=6525998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	6526183	rs3007417	G	A	4095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;QD=41.37;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	6526202	rs45616733	CCGTGCTCT	C	3816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=32;PP=2942;SC=CTTCCCGGCTCCGTGCTCTCT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=6526217;WS=6526192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	6526240	rs45542640	GCGCC	G	2072.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=162;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=27;PP=2970;SC=CTTCAGCCCCGCGCCCGCAGG;SOR=1.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=6526251;WS=6526230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	6527745	rs9435269	C	T	4181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=62;NR=81;PP=2255;SC=CTGCCCACCACAGCCCCCTGC;SOR=1.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=62;TCR=82;TR=143;WE=6527753;WS=6527735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	6528589	rs3138150	C	T	5377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=96;NR=78;PP=2813;SC=GGGAGGACAGCGTGTCCCCAG;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=97;TCR=78;TR=174;WE=6528597;WS=6528579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	6529182	.	TTCCTCC	T,TTCC	4748.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.24;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=18,18;NR=48,48;PP=2989,194;SC=TGTCCTCGCCTTCCTCCTCCT;SOR=0.836;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=91;TCF=23;TCR=68;TR=66,66;WE=6529195;WS=6529172;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.12,0.88:118
chr1	6529443	rs730600	A	G	12253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=222;NR=220;PP=2965;SC=AGGCCTGGCCACTGGCCTGGA;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=442;TCF=222;TCR=220;TR=442;WE=6529451;WS=6529433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr1	6529807	rs77492523	C	T	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=10;PP=260;SC=GCACCAGCCTCCCCTGGGAGC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=6529815;WS=6529797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	6530435	rs2986753	A	G	8070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NR=107;PP=2965;SC=GATGGCGTGAACGTAGGGGAG;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCR=108;WE=6530443;WS=6530425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr1	6530965	rs111312565	C	CG	2404.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=41;PP=2613;SC=GGAGTGGGGGCGGGCTCAGGG;SOR=1.545;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=63;WE=6530973;WS=6530955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	6531589	rs74809741	C	T	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=40;PP=1750;SC=TGTAGCAGCGCTCGCGTGCGC;SOR=0.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=57;TCR=40;TR=96;WE=6531597;WS=6531579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	6531966	rs75682285	C	T	2897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=77;PP=2196;SC=TTCCCCTTCCCCGTTCCAGGA;SOR=3.454;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=14;TCR=77;TR=91;WE=6531974;WS=6531956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	6533393	rs61741379	G	C	2845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=47;NR=40;PP=1651;SC=GCTGTCGCCAGTGTTGGTGCT;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=87;WE=6533401;WS=6533383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	6534781	rs2986751	G	A	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=41;PP=1146;SC=AGGGAAGCCCGCATGGGATCA;SOR=6.138;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=42;WE=6534789;WS=6534771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	6579521	rs17438786	G	C	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.09;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	6579607	rs1556035	C	T	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=23;PP=679;SC=CTGCCTGGACCTCCAGCCACA;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=41;WE=6579615;WS=6579597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	6585804	rs13513	C	T	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=6;PP=1152;SC=AACACTGTTGCTAATAAGGGC;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=49;WE=6585812;WS=6585794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	6586070	rs7548042	C	T	7256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=134;PP=2965;SC=CACGCTGAAACGGAAACACAG;SOR=1.080;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=110;TCR=134;TR=244;WE=6586078;WS=6586060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	6591937	rs932112	T	C	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=498;SC=GAGCGAGGAGTTATGTAGTGG;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=6591945;WS=6591927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	6601773	rs3761927	T	C	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=195;SC=GACCATGAGTTTGGTAGGCGC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=6601781;WS=6601772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	6609559	rs11122091	C	A	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=624;SC=AAGACAACATCCTACATAGTC;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=6609567;WS=6609549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	6609851	rs10864622	A	G	4534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=63;NR=92;PP=2605;SC=AACTATAAACATTAGGAGAGT;SOR=1.254;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=63;TCR=92;TR=155;WE=6609859;WS=6609841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	6609896	rs11579888	G	A	2463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=55;PP=1509;SC=TCAGGGGGCCGTACTACATAC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=83;WE=6609904;WS=6609886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	6610366	rs2063805	T	C	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=449;SC=GCTGGGATTATAGGCGTGAGC;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=6610374;WS=6610364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	6610382	rs2063806	C	T	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=7;PP=617;SC=TGAGCCACCGCGCCTGGCCCT;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=6610390;WS=6610372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	6614391	rs6693391	A	C	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=12;PP=607;SC=TCCACGCCGGACGCCTGGGCT;SOR=1.096;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=6614399;WS=6614381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	6614415	rs6693400	A	G	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.95;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	6614535	rs4908923	G	A	2871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	6614653	rs4908924	C	G	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=19;PP=564;SC=GAGGGGCCTCCGAGCCGCCGG;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=6614661;WS=6614643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	6615690	rs925745	A	G	2978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.37;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	6615695	rs925744	C	T	2834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.00;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	6635231	rs10864628	A	G	9903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=199;NR=134;PP=2965;SC=GGCAGACAAGAAGGCCCCTAG;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=335;TCF=199;TCR=136;TR=333;WE=6635239;WS=6635221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr1	6646959	rs3833475	GCCTGCCTTC	G	13416.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=125;PP=2986;SC=CTGTCAGGGAGCCTGCCTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=198;TCF=46;TCR=152;TR=161;WE=6646975;WS=6646949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr1	6679848	rs2072948	C	T	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=20;PP=964;SC=GAATCTGCCACCTTTGTCTTT;SOR=1.077;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=51;WE=6679856;WS=6679838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	6681375	rs6695474	C	T	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=25;PP=1485;SC=TGGAAGTGTTCTCGTCAGTAG;SOR=1.395;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=54;TCR=25;TR=79;WE=6681383;WS=6681365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	6681744	rs3747994	C	T	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=65;PP=1790;SC=GAAGCGACCGCGGGCTTTTTT;SOR=2.425;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=18;TCR=65;TR=82;WE=6681752;WS=6681734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	6685442	rs12746591	A	G	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=224;SC=CGGGAGGCCCAAAGGCGTGCG;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=6685450;WS=6685432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	6690140	rs742394	A	G	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=0;PP=176;SC=CACTCTGACCATGATTTGAGG;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=6690148;WS=6690137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	6692273	.	C	CAAA	70.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=-1.316;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	6694927	rs2294532	C	T	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=255;SC=CTGGTCCTGTCCTCTTGAGCT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=6694935;WS=6694917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	6695802	rs6577583	A	G	4841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	6704635	rs200458	A	G	6338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr1	6713114	rs2235564	C	T	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=25;PP=654;SC=AAGGTGCAGACGATTCCTCTG;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=6713122;WS=6713104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	6866978	rs660880	G	A	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=8;PP=541;SC=GTGAACATTGGTTATTGTTAT;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=6866986;WS=6866968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	7151479	rs72640073	T	C	8644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=164;NR=135;PP=2965;SC=CATAAGTGGATTGATTTGCAT;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=301;TCF=165;TCR=136;TR=299;WE=7151487;WS=7151469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr1	7289777	rs4243824	G	A	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=13;PP=376;SC=CACAGAGGGCGGGGGTTGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=28;WE=7289785;WS=7289767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	7723957	rs12128526	G	A	18504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=685;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=341;NR=310;PP=2965;SC=CGGGCAGCTCGGAGAGCCTGT;SOR=0.784;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=652;TCF=342;TCR=310;TR=651;WE=7723965;WS=7723947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,684:1.00:684
chr1	7724486	.	G	A	23611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1028;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.64;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,999:1.00:999
chr1	7725284	rs4908671	C	A	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	7792411	rs2301488	C	T	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	7796641	rs2071985	A	G	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=20;PP=507;SC=AGCCTCGCACATCCTCGCTCA;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=7796649;WS=7796631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	7797734	rs1417986	T	A	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=697;ReadPosRankSum=0.322;SC=TACATTTCAGTTTTTTTGTTA;SOR=0.922;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=37;WE=7797742;WS=7797724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr1	7807897	rs12133253	A	G	6575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr1	7807966	rs34083763	GT	G	826.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=3.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=2.396;SOR=1.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,60:0.71:84
chr1	7809728	rs60799863	C	CT	960.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.34;ReadPosRankSum=-0.188;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,56:0.84:67
chr1	7811014	rs1573753	G	A	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=21;PP=1266;SC=AGAAGGGCAAGATATTTTGAT;SOR=1.379;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=66;WE=7811022;WS=7811004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	7811215	rs10779689	A	G	4621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=82;NR=75;PP=2734;SC=GAGCCCGTGCAGCCCCTGTTG;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=82;TCR=75;TR=157;WE=7811223;WS=7811205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	7812398	rs9919223	A	G	108.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=78;SC=CATCTTTAACATATGCTGTTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=7812406;WS=7812388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	7847362	rs35115980	C	CT	272.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=145;SC=TTTAGTATATCTTTTTTAATC;SOR=1.445;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=5;WE=7847370;WS=7847352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	7861153	rs34433622	C	CT	959.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=11;PP=667;SC=TTAAATGGGTCTTTGTTTTTT;SOR=0.880;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=7861161;WS=7861143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	7861345	rs488728	G	A	247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=101;SC=TATACATTATGTAATTGAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=7861353;WS=7861335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	7863293	rs228642	C	T	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=19;PP=583;SC=CTCATTAGAGCGCAACCTTTA;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=7863301;WS=7863283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	7869915	rs228668	G	C	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.87;SOR=1.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	7870048	rs228669	T	C	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=55;PP=1569;SC=GTGAGGCCAGTGGGCACCGTG;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=55;TCR=56;TR=110;WE=7870056;WS=7870038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	7870144	rs228670	A	C	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=32;PP=975;SC=CTCGGTTCTGAATGTGGTGAC;SOR=1.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=59;WE=7870152;WS=7870134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	7880469	rs228691	A	G	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=14;PP=822;SC=TGGGTCTTTTATGTAAATTTC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=33;WE=7880477;WS=7880459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr1	7906914	rs10864317	T	C	4308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=77;PP=2531;SC=GTTTCAATGTTAAAAGATTAA;SOR=1.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=56;TCR=78;TR=133;WE=7906922;WS=7906904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	7911099	rs228651	C	T	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=263;SC=AAACTTCCAACGCTGAGTTCA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=7911107;WS=7911089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	7913430	rs228648	G	A	4125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	7998963	rs226476	T	G	3728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=70;PP=2197;SC=AAGTTTACAATAAAATAAGAT;SOR=1.301;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=48;TCR=70;TR=118;WE=7998971;WS=7998953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	8022772	rs144768319	CAG	C	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=1;PP=617;SC=TGGGGTATCTCAGGGTTGCAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=8022781;WS=8022762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	8022800	rs370370394	CT	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-1.175;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
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chr1	8029644	rs35540656	CTT	C	199.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=62;SC=TTAACTCAAACTTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=4;WE=8029653;WS=8029634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	8384268	rs6702047	T	C	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=17;PP=1285;SC=TTTCGGGGGATGGTGTTTGAC;SOR=1.952;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=71;WE=8384276;WS=8384258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	8390495	rs1058619	A	G	6206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=135;NR=112;PP=2965;SC=CCCCGTCCCCACCCGTCCTGC;SOR=0.800;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=251;TCF=139;TCR=112;TR=247;WE=8390503;WS=8390485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr1	8397803	rs7520373	C	T	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	8418644	rs11121172	C	A	8981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.13;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	8418650	rs1058766	T	C	9260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.68;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	8421092	rs2784735	C	T	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.85;ReadPosRankSum=-0.947;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,59:0.97:61
chr1	8421203	rs13596	T	C	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	8422676	rs2252865	T	C	3655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	8526142	rs4908760	G	A	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.11;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	8557320	rs7518608	C	G	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=231;SC=GAGCCAGGGTCCCGATTACAG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=8557328;WS=8557310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	8557691	rs7530745	A	C	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=36;PP=1049;SC=TTTTACTGAGACTCTTTCCTT;SOR=2.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=47;WE=8557699;WS=8557681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	8926752	rs2781065	T	C	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=12;PP=383;SC=GAGACAGGGTTTCACTATACT;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=8926760;WS=8926742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	8928125	rs2071412	G	T	3963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=72;PP=2155;SC=TTCTACGAGGGAGAGGGGAGA;SOR=1.149;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=128;WE=8928133;WS=8928115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	8930369	rs2781060	T	C	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	8930385	rs2765511	G	A	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.88;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	8935149	rs2038904	A	G	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=58;PP=1673;SC=GAAAGCAGTGAGAATTCTCCT;SOR=2.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=14;TCR=58;TR=72;WE=8935157;WS=8935139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	9017204	rs2274333	A	G	9156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=198;NR=145;PP=2965;SC=AGTGCAGATCAGCCTGCCCTC;SOR=0.964;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=343;TCF=198;TCR=145;TR=343;WE=9017212;WS=9017194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr1	9073801	rs7537425	C	T	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=15;PP=457;SC=GTTGGGGACCCTGGGACAGGA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=9073809;WS=9073791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	9074861	rs12402973	C	T	3390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=72;PP=2033;SC=GCGCTCGGCCCGGGCCTCCGC;SOR=1.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=51;TCR=73;TR=123;WE=9074869;WS=9074851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	9074932	rs1556757	G	A	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=28;PP=937;SC=TCAGAGCTGCGGAAAGCAGAA;SOR=1.280;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=44;WE=9074940;WS=9074922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	9075369	rs12410702	G	C	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=22;PP=507;SC=CACTGTGCTCGGAAGGTCACG;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=9075377;WS=9075359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	9084924	rs2027222	T	C	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=80;NR=39;PP=2107;SC=GGCAAGATGGTGCCTCCTACA;SOR=1.498;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=80;TCR=39;TR=119;WE=9084932;WS=9084914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	9098742	rs11121306	G	A	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=26;PP=1130;SC=CAGGACACACGGTCCCCAGAT;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=61;WE=9098750;WS=9098732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	9117351	.	T	TA	44.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=1.611;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr1	9165868	rs1705303	A	G	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=4;PP=130;SC=GGTGGAGCCCAGATCCTTCTC;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=9165876;WS=9165858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	9323463	rs141143158	C	CTGAGGCAG	1681.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=5;PP=1281;SC=AGGGGCTTCCCTGAGGCAGGG;SOR=3.675;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=20;WE=9323471;WS=9323453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	9633387	.	G	GT	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,12:0.20:59
chr1	9658465	rs9430181	T	G	4339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=46;PP=2811;SC=AGGCAGCTCATCCACCCCTGC;SOR=1.463;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=97;TCR=47;TR=143;WE=9658473;WS=9658455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	9658707	rs9430182	G	A	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.530;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=61;PP=1806;ReadPosRankSum=-0.669;SC=TCCACAGGGCGGGGGTGGGGG;SOR=1.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=32;TCR=62;TR=92;WE=9658715;WS=9658697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr1	9661061	rs9430184	A	G	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=6;PP=1203;SC=AGGATGTGTGAGAACATGGGT;SOR=2.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=47;TCR=6;TR=53;WE=9661069;WS=9661051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	9670483	rs4244632	T	A	6517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=133;NR=86;PP=2965;SC=AATAGAAGAATGCCCCCAGAA;SOR=1.113;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=133;TCR=86;TR=219;WE=9670491;WS=9670473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr1	9670834	rs4926472	C	T	4621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=98;PP=2886;SC=CCCCGGAAGCCGCCCCTGCAG;SOR=1.267;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=61;TCR=98;TR=159;WE=9670842;WS=9670824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	9671257	rs70979767	CT	C	1043.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.365;QD=9.75;ReadPosRankSum=-1.001;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,86:0.80:107
chr1	9770690	.	CAG	C	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=1.184;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr1	9777586	rs28730669	G	C	2960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=36;PP=1351;SC=CTGCTTCCCCGGCCCCCAGCC;SOR=0.951;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=96;WE=9777594;WS=9777576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	9781412	rs12735071	C	G	2988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=58;PP=1949;SC=GGCTTGCTCCCTCCTGCCTGG;SOR=1.287;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=100;WE=9781420;WS=9781402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	9782556	rs11589267	C	T	4165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	9792105	rs377673198	G	GA	500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.77;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	9816620	rs6680090	T	C	5294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.86;ReadPosRankSum=-0.502;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,211:0.99:213
chr1	10001235	rs137978085	TTTCG	T	2366.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=29;PP=1395;SC=CTTTTCTTTCTTTCGTTCGTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=29;WE=10001246;WS=10001225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	10027540	rs2890358	G	A	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=23;PP=729;SC=AAAGCAAAGCGAGAAATAAAT;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=10027548;WS=10027530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	10041298	.	AT	A	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.625;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.206;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,25:0.24:105
chr1	10068111	rs372996268	CA	C	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=3.314;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr1	10177680	rs370862898	TA	T	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=1.366;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr1	10335315	rs6685773	G	A	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	10339317	.	A	G	3683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=70;PP=2101;SC=CAGACAGAGCATAGTATAGAA;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=124;WE=10339325;WS=10339307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	10402009	.	C	CA	95.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.665;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr1	10468005	.	CA	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.51;ReadPosRankSum=2.114;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,34:0.24:144
chr1	10479055	rs5772408	G	GT	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=8.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.520;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.421;SOR=0.114;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr1	10502307	rs33919161	AT	A	787.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.28;NF=12;NR=12;PP=427;SC=ATAAATACAGATTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=10502315;WS=10502297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	10511330	rs3838398	AT	A	158.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=2;PP=27;SC=CTTTTAGATCATTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=10511338;WS=10511320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	10511544	rs628462	C	T	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=33;PP=1165;SC=GAGAGGAAGCCCGGGAGGTGG;SOR=0.824;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=65;WE=10511552;WS=10511534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	10511589	rs666103	T	C	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=24;PP=673;SC=CCCAGCAATCTGCGCGCCGGG;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=45;WE=10511597;WS=10511579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	10529194	rs2781233	T	C	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=6;PP=736;SC=ATGGATGCTGTACTGCATAGG;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=10529202;WS=10529184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	10555257	rs622623	C	T	3849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=47;PP=2148;SC=CGTTTGAGAACGGAACATCTT;SOR=1.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=82;TCR=47;TR=129;WE=10555278;WS=10555247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	10596388	rs2480779	A	G	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=39;PP=1111;SC=AGCACGGCCTACAGGGGGACT;SOR=1.376;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=61;WE=10596396;WS=10596378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	10713765	rs284294	T	C	5298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=71;PP=2899;SC=CCAGGGGGATTGAGCCAGGCA;SOR=0.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=105;TCR=71;TR=176;WE=10713773;WS=10713755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	10719645	rs475980	A	G	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.58;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	11026381	.	T	TA	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.568;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.656;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,38:0.21:180
chr1	11036050	rs79323519	T	C	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=4;PP=462;SC=TGCCGCTTCCTTGTTGGGAGA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=11036058;WS=11036040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	11042201	rs56848003	C	CAG	1285.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=824;SC=GTGCAGGTCTCGGGTCACTCA;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=11042209;WS=11042191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	11079077	rs2273348	A	G	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=16;PP=403;SC=CCCTTAGTGCATGCTGAATAT;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=11079085;WS=11079067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	11080723	rs143130606	T	TG	1336.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=15;PP=800;SC=CCCAGCACTTTGGAGGCCGAG;SOR=1.151;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=19;WE=11080731;WS=11080713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	11082106	rs202106921	C	CT	1475.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=6;PP=1533;SC=TGCTTGTAATCTAAGTTTTGT;SOR=3.312;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=32;WE=11082114;WS=11082096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	11086097	rs3215616	A	AT	3842.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=38;PP=1938;SC=CTTATTTCTAATGCCACTTTT;SOR=1.189;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=42;WE=11086105;WS=11086087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	11087524	rs1782455	G	A	6874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=120;PP=2965;SC=TGTCCAGGGCGGATGCATCAT;SOR=0.730;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=248;TCF=128;TCR=120;TR=244;WE=11087532;WS=11087514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	11087835	rs1782454	T	C	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=23;PP=650;SC=GGTGGGTGACTACCTATACAG;SOR=2.165;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=31;WE=11087843;WS=11087825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	11090916	rs12711521	C	A	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=37;PP=1226;SC=CTGGGTAGATCATCAGGAGGG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=67;WE=11090924;WS=11090906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	11094665	rs11121684	G	A	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.09;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	11094757	rs70977538	G	GA	296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.49;ReadPosRankSum=-1.017;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr1	11095039	rs6695096	C	T	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=184;SC=GCTCTCACAGCAGTTCCTATT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=11095047;WS=11095029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	11104845	rs9430347	T	C	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=15;PP=489;SC=CAGAGACACGTGGCAGCAGGT;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=11104853;WS=11104835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	11105106	rs2273345	C	T	3093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;SC=GCTGCCCACGCCCCAGAGCAC;SOR=0.747;Source=Platypus;TCF=39;WE=11105114;WS=11105096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	11105122	rs2273344	C	T	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;SC=AGCACTGGCCCGTCCCACAGT;SOR=0.747;Source=Platypus;TCF=38;WE=11105130;WS=11105112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	11119899	rs7545802	T	C	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=24;NR=41;PP=974;SC=CCACCTGCAGTGACAGGGCCT;SOR=1.556;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=65;WE=11119907;WS=11119889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	11126569	rs2791659	C	A	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=7;PP=464;SC=TCACCATAACCCCCGGAGCAC;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=11126577;WS=11126559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	11126941	rs6701726	C	T	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=24;PP=795;SC=GAGAACTCGGCGGCCCACCAG;SOR=1.364;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=40;WE=11126949;WS=11126931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	11128001	rs2791657	A	G	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=10;PP=629;SC=CCCACGGACCACACCACGCAG;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=11128009;WS=11127991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	11128329	rs2791656	A	G	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=281;SC=GAACAGGAGCACCCCAAAGCA;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=11128337;WS=11128319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	11128654	rs2791655	G	A	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=30;PP=1959;SC=GAGGAGGTCAGAAACAGGCGC;SOR=1.462;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=65;TCR=31;TR=95;WE=11128662;WS=11128644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	11129848	rs2791653	A	G	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=15;PP=567;SC=AGGGAACTCCACCGGCCTCAG;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=11129856;WS=11129838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	11132217	rs1130683	G	A	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	11133956	.	A	AAAG	945.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=67.04;QD=33.78;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	11134157	rs2748876	T	G	2909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=39;PP=1881;SC=TGCTGGTGCCTTGTCAGCGTC;SOR=0.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=59;TCR=39;TR=98;WE=11134165;WS=11134147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	11134470	.	A	AT	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.436;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,17:0.27:64
chr1	11137778	rs2259886	C	T	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=9;PP=260;SC=CAGTCTCCAGCGCTGACTGTA;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=11137786;WS=11137768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	11140622	rs9430364	C	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.923;SOR=0.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr1	11141187	rs2258621	C	G	6581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=130;NR=103;PP=2965;SC=GCAGCTGCACCGGCTGCCCGT;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=130;TCR=103;TR=233;WE=11141195;WS=11141177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr1	11151779	rs1148482	A	G	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=6;PP=278;SC=GCAGTGGCGCAATCTTGCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=11151787;WS=11151769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	11156028	rs151027964	G	C	2848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=74;PP=2192;SC=ATGTGGCTCAGACTGTTCCCA;SOR=1.935;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=29;TCR=75;TR=103;WE=11156036;WS=11156018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	11187893	rs1770344	T	C	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=27;PP=852;SC=GAGAGAAGCATCAAGAATCAG;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=11187901;WS=11187883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	11205058	rs1057079	C	T	9581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=173;NR=166;PP=2965;SC=CTCCTGCCATCGCAGTTAATT;SOR=0.726;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=341;TCF=175;TCR=166;TR=339;WE=11205066;WS=11205048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr1	11288758	rs1064261	G	A	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	11292666	rs10864495	T	A	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=22;PP=629;SC=GCACGGTGGCTCATGCCTGTA;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=11292674;WS=11292656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	11294474	rs718206	T	A	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=23;PP=618;SC=AGCAACAGACTTTTCTGCAAC;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=11294482;WS=11294464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	11298790	rs2024627	T	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	11301714	rs1135172	A	G	8247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=153;NR=136;PP=2965;SC=AGACTGTGGCATCCACCTGCA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=289;TCF=153;TCR=136;TR=289;WE=11301722;WS=11301704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr1	11317320	rs2092642	C	T	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=17;PP=500;SC=CGGCCAGGCACGGTGGCTCAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=11317328;WS=11317310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	11318763	rs2076657	C	G	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=16;PP=433;SC=TAGTTCAAACCAAAGAAGACA;SOR=3.716;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=19;WE=11318771;WS=11318753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	11319587	rs4845988	A	G	201.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=163;SC=CTTGTCAGGCAGGGGATTCTA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=11319595;WS=11319577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	11561593	rs2817580	G	A	7860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=151;NR=117;PP=2965;SC=CTCACTCGGTGGCCCAGGCCC;SOR=0.837;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=151;TCR=117;TR=268;WE=11561601;WS=11561583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr1	11575375	rs2594318	T	A	3535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=30;PP=2296;SC=GTGGGGTTTGTGTCCCATGAG;SOR=1.792;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=80;TCR=30;TR=110;WE=11575383;WS=11575365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	11579470	rs2072994	G	A	7823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.57;ReadPosRankSum=0.341;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,304:0.99:306
chr1	11585139	rs12044052	G	T	4634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=109;NR=51;PP=2965;SC=GACTGAGCTCGTTAGTCGACA;SOR=1.638;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=112;TCR=51;TR=160;WE=11585147;WS=11585129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	11593793	rs113116961	T	TGCACACACGCAC	2966.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.698;NF=13;NR=29;PP=2475;ReadPosRankSum=0.469;SC=CAGACACGCATGCACACACAC;SOR=0.462;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=42;WE=11593801;WS=11593783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,97:0.95:102
chr1	11708736	rs1055547	T	C	7253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=134;NR=106;PP=2965;SC=TGGGGGAGAGTGGAGGCAGGG;SOR=0.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=134;TCR=106;TR=240;WE=11708744;WS=11708726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	11709051	rs56192923	A	AG	1438.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.60;SOR=4.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	11709052	.	C	G	907	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=86;MMLQ=27;MQ=59.25;NF=3;NR=31;PP=907;QD=27.6991533102;SC=GCCCAGCCCACCCCAGCCCAG;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=34;WE=11709060;WS=11709042;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,34:0.87:39
chr1	11709052	.	C	CCCAGCCCAGCCCAG	1438.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.32;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	11710779	rs148874459	C	CGCG	1140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=13.800;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=-1.755;NF=3;NR=35;PP=1831;ReadPosRankSum=1.736;SC=CGTCCAGGTACGCGGCGGCGG;SOR=4.892;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=38;WE=11710787;WS=11710769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,48:0.92:52
chr1	11714368	rs2272983	T	G	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	11735652	rs2233025	G	A	4708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	11735877	rs2233022	A	G	3725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=67;PP=2154;SC=TTGCTGGCTCAGCAGCACCCC;SOR=1.138;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=54;TCR=67;TR=121;WE=11735885;WS=11735867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	11737051	rs2294638	G	C	6876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=2.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	11740358	rs7417320	A	G	4657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.08;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	11766424	rs11121804	C	T	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	11772229	rs60437934	A	G	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=8;PP=691;SC=ACACGCTTCCATGTTTCCACT;SOR=2.242;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=11772237;WS=11772219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	11772303	rs1883574	A	G	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=29;PP=2168;SC=CATGCTGTAGAGTGGTGGTAT;SOR=1.672;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=74;TCR=29;TR=103;WE=11772311;WS=11772293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	11779499	rs4846028	T	C	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=7;PP=610;SC=TTTAAGCTCATTGGGGCTGCC;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=11779507;WS=11779494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	11782781	rs7533583	G	C	3618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	11782885	.	C	CT	39.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.299;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr1	11782886	rs6540990	C	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.19;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,34:0.76:45
chr1	11796168	rs146190997	CGGGCG	C	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.13;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	11804497	rs192115881	G	A	5102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=126;NR=48;PP=2965;SC=GCTCCTTCCCGAGGCCCTCAG;SOR=2.052;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=179;TCF=126;TCR=53;TR=174;WE=11804505;WS=11804487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	11807426	rs12752700	C	T	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=45;PP=1851;SC=GGCCCTGAGACGCCGGAGCAG;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=66;TCR=46;TR=111;WE=11807434;WS=11807416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	11808706	rs11121819	T	G	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=51;PP=1370;SC=CACCGCTCCCTTCTCTCCCTT;SOR=2.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=14;TCR=51;TR=65;WE=11808714;WS=11808696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	11827180	rs6540995	A	G	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.71;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	11827304	rs6540996	A	G	7764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;NR=132;PP=2965;SC=TCACAGCCCCAGAGTCTGAGG;SOR=0.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=270;TCF=138;TCR=132;TR=270;WE=11827312;WS=11827294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr1	11832289	rs61773952	C	A	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=50;PP=1377;SC=CCACTGAGCCCCCAGCACCAG;SOR=1.247;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=88;WE=11832297;WS=11832279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	11836441	rs6699669	T	C	5899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.04;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	11836450	rs12132479	A	G	6265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.50;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	11838646	rs12134663	A	C	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=32;PP=1612;SC=AGGGTAGGGTAGCCCCTGCTT;SOR=1.462;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=63;TCR=33;TR=95;WE=11838654;WS=11838636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	11839850	rs140897322	CT	C	1792.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=12;PP=959;SC=TGGACCCTCCCTTTCCCAGCA;SOR=1.179;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=25;WE=11839858;WS=11839840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	11839972	rs41275462	G	A	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=27;PP=809;SC=TGGCGTCAGCGGCTGCTGCAG;SOR=1.067;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=45;WE=11839980;WS=11839962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	11839998	rs4846044	T	C	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=23;PP=596;SC=GCTGGTGGAGTGGTGGGCCCA;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=11840006;WS=11839988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	11844214	rs12135232	A	T	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	11845113	rs11587953	G	A	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=16;PP=1015;SC=GGCTGGGCCCGGAAGGCCCCC;SOR=1.647;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=55;WE=11845121;WS=11845103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	11848139	rs11559040	G	A	4962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=83;PP=2965;SC=TGGTGGGTCCGAGGGATGGGG;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=93;TCR=83;TR=175;WE=11848147;WS=11848129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	11848879	rs2077360	A	G	3795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=68;PP=2113;SC=TGCCACAGCCACGCACCGTGG;SOR=1.054;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=57;TCR=68;TR=125;WE=11848887;WS=11848869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	11849447	rs868014	A	G	2917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=44;PP=1460;SC=GGAAGCCGCCAGAGCACCGCG;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=91;WE=11849455;WS=11849437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	11851003	rs3818762	G	C	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.695;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=682;ReadPosRankSum=2.133;SC=CACACACACAGAGGCAAGATT;SOR=1.739;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=31;WE=11851011;WS=11850993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,36:0.95:38
chr1	11852300	rs1476413	C	T	4897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=91;NR=75;PP=2596;SC=AACGAAGGGCCTGGTACTCTG;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=167;TCF=91;TCR=76;TR=166;WE=11852308;WS=11852290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	11854457	rs4846051	G	A	10751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.53;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr1	11854476	rs1801131	T	G	11357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.91;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	11860458	rs2066471	C	T	3112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=63;PP=1795;SC=TACCTAGCCCCGACACCCAGG;SOR=1.490;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=102;WE=11860466;WS=11860448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	11879685	rs198393	C	T	2978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=57;PP=1816;SC=AGAAATGGGTCTAACAGTAAG;SOR=1.287;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=96;WE=11879693;WS=11879675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	11884555	rs198400	A	G	4752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=78;NR=85;PP=2747;SC=CTCTTCGTGGAGAAGGAAGGC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=79;TCR=85;TR=163;WE=11884563;WS=11884545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	11888384	rs198401	A	G	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=66;PP=2801;SC=ACTTCCAGGGACACATCTCAC;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=63;TCR=67;TR=128;WE=11888392;WS=11888374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	11889468	rs535107	A	G	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=18;NR=21;PP=692;SC=ACTAATAGATATGTTGGGTTC;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=11889476;WS=11889458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	11897592	rs198406	A	G	4601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=86;PP=2657;SC=GCCAGGCCAGACCTGACGAAG;SOR=1.070;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=69;TCR=86;TR=155;WE=11897600;WS=11897582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	11899033	rs1023252	G	T	7618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.847;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.166;SC=CCTGCGTAGGGATTTGCGCAT;SOR=0.835;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=116;TCR=154;TR=268;WE=11899041;WS=11899023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,290:1.00:291
chr1	11900035	rs198410	G	A	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=14;PP=1578;SC=TTGGCCTCCAGTGTGTGAGCC;SOR=2.271;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=58;TCR=14;TR=72;WE=11900043;WS=11900025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	11917620	rs35207557	T	TA	1511.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=15;PP=622;SC=ATAAATACATTAAAAAAATGA;SOR=0.899;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=22;WE=11917628;WS=11917610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	11982544	rs2639453	T	C	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=1.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	12004479	.	TAC	T	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=214;ReadPosRankSum=0.018;SC=CATGCACGCGTACACACACAC;SOR=0.593;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=15;WE=12004490;WS=12004469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr1	12056440	rs2236056	C	T	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=612;SC=CGTTGTGACACGGCTGACCTC;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=12056448;WS=12056430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	12062205	rs2236057	A	G	3171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=61;PP=1821;SC=CTGCCGAGACAAGGGTGCTCC;SOR=1.227;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=107;WE=12062213;WS=12062195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	12071680	rs1042842	A	G	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=18;PP=469;SC=CCTAAGTGCCATGTGGGCTCC;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=12071688;WS=12071670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	12082926	rs2295283	A	G	3688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=64;PP=2207;SC=TGCAGTTCCTAAGAGGAGCTG;SOR=1.055;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=50;TCR=64;TR=114;WE=12082934;WS=12082916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	12091210	rs946461	T	C	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=7;PP=1178;SC=AGGCCCTGCCTTGGTGGGGGC;SOR=3.219;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=51;WE=12091218;WS=12091200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	12144434	rs1201113	G	A	5202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=64;PP=2690;SC=ACAAAGCTCCGTCTCAGGCCT;SOR=1.094;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=108;TCR=64;TR=172;WE=12144442;WS=12144424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	12157076	rs11121856	A	C	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=19;PP=1363;SC=GAGGGGCGTCAGGGATGAGAG;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=73;WE=12157084;WS=12157066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	12175729	rs1763642	C	T	8860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr1	12183174	rs4846096	A	C	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=4;PP=466;SC=GTGTGAGCCAATGTGCCTGGC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=12183182;WS=12183164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	12198635	rs6419481	T	C	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=15;PP=442;SC=TTCACCCCAATTGAAGTTTCT;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=12198643;WS=12198625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	12248942	rs945439	A	G	4868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=97;PP=2831;SC=GCTGCAGCAAATGCTCGCCGG;SOR=1.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=76;TCR=97;TR=173;WE=12248950;WS=12248932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	12248965	rs945438	A	G	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=68;PP=2089;SC=GAGGGCAGCCACGGGGGCACT;SOR=1.207;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=45;TCR=68;TR=113;WE=12248973;WS=12248955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	12249020	rs1815530	C	T	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=29;PP=817;SC=GGGGCTGGGGCGCAAGAGCAT;SOR=1.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=12249039;WS=12249010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	12249031	rs1201157	A	G	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=24;PP=758;SC=GCAAGAGCATAGCCCTTGATT;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=12249039;WS=12249010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	12251191	rs472093	T	A	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=37;PP=891;SC=TGCCTCCAACTTCCCCCGGCA;SOR=3.126;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=44;WE=12251199;WS=12251181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	12251765	rs498906	T	G	3893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=53;PP=2271;SC=TGCTGGGCTGTCTGGGAGGGC;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=73;TCR=53;TR=126;WE=12251773;WS=12251755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	12251808	rs653667	T	G	6568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=2.044;SC=GCGTGACCGTTTGCCGCCCTC;SOR=0.306;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=127;TCR=90;TR=216;WE=12251816;WS=12251798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,244:1.00:245
chr1	12252333	.	CTGTGTG	C,CTG	973.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=37.45;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,14,12:0.54,0.46:26
chr1	12252892	rs1768642	C	T	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=44;NR=20;PP=1193;SC=CCCCTGCTGCCTCCTGACCAA;SOR=1.340;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=64;WE=12252900;WS=12252882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	12252955	rs1061622	T	G	4649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=45;PP=2920;SC=AATGCAAGCATGGATGCAGTC;SOR=1.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=103;TCR=45;TR=148;WE=12252963;WS=12252945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	12253351	rs636964	T	C	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=23;PP=566;SC=GTGCGTGGGCTGGATGCAGTG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=12253359;WS=12253341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	12254201	rs2275416	G	A	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=21;PP=570;SC=AGCTGGATATGGGGGTCCTTG;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=12254209;WS=12254191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	12261972	rs5746051	A	G	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	12401868	rs28551666	A	C	5526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.50;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	12418700	rs10864552	T	C	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=47;PP=1145;SC=AACCATTGGCTGATGACCTCA;SOR=2.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=66;WE=12418708;WS=12418690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	12567232	rs7554257	A	G	4295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=63;PP=2624;SC=CTCAGCAGGAACTCATTTAGG;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=83;TCR=63;TR=146;WE=12567240;WS=12567222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	12638964	rs2275875	T	C	3346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=65;PP=1666;SC=CCAGCATACGTGGCAGGAAGG;SOR=1.119;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=54;TCR=65;TR=119;WE=12638972;WS=12638954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	12639018	rs2275874	C	T	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=37;PP=1127;SC=GTGGAGCAGCCGCAGCTCTGA;SOR=1.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=57;WE=12639026;WS=12639008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	12639168	rs3128461	A	G	3280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=24;PP=1921;SC=AGTCTGATGTATCCTAGAGCT;SOR=1.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=75;TCR=24;TR=98;WE=12639176;WS=12639158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	12776218	rs3000860	A	C	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=1;PP=384;SC=CAGCAGCCTGAGTGTTCTCAC;SOR=3.160;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=12776226;WS=12776208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	12776344	rs3000859	A	T	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	12779560	rs3010876	T	C	9764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.90;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr1	12779563	rs78912772	C	T	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=1.630;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,80:0.26:312
chr1	12779618	rs3010877	T	C	5035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=76;NR=99;PP=2965;SC=GCTGTACCAATCCAAGGCATC;SOR=1.166;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=76;TCR=99;TR=175;WE=12779626;WS=12779608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	12785093	rs4361998	T	G	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=5;PP=399;SC=TTTCACAAAGTGAAGTGAATG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=12785101;WS=12785083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	12785494	rs7513079	G	T	7845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=125;NR=133;PP=2965;SC=ATCTGCTACTGTTTTTTTCAA;SOR=0.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=127;TCR=135;TR=258;WE=12785502;WS=12785482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr1	12786070	rs3000930	A	G	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=200;SC=GCTAGGGAGGAGGTAGAGGTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=12786078;WS=12786060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	12820870	rs1132185	T	C	5318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=117;PP=2965;SC=CCTGCATCCTTTCCCACACTT;SOR=1.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=67;TCR=117;TR=184;WE=12820878;WS=12820860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	12835868	rs1812242	T	C	3894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=78;PP=2086;SC=AAGAATGGGATGCTGGATGAA;SOR=1.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=63;TCR=78;TR=141;WE=12835876;WS=12835858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	12837634	rs848578	T	A	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	12837840	rs848577	G	C	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=13;PP=292;SC=CAATGTGAACGGGAAAGGAAA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=12837848;WS=12837830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	12854428	rs1769774	C	T	5002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.451;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=6.378;NF=120;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.551;SC=CATGTCCTGGCCACGTCTGAT;SOR=1.093;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=217;TCF=129;TCR=88;TR=192;WE=12854436;WS=12854404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:19,205:0.92:224
chr1	12854530	rs1063776	C	G	9286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=151;NR=165;PP=2965;SC=TAATGAACTCCAAGGACGGTT;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=317;TCF=152;TCR=165;TR=316;WE=12854552;WS=12854520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr1	12854544	rs1063778	T	C	8155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=130;NR=151;PP=2965;SC=GACGGTTAGTTGCCAAATTCA;SOR=0.999;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=130;TCR=151;TR=281;WE=12854552;WS=12854520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr1	12888601	rs113914674	G	GC	1809.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=33;PP=1475;SC=AGCAGGCTCCGCCCGCAAGCT;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=35;WE=12888609;WS=12888591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	12888706	rs61777005	C	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.242;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.905;NF=7;NR=2;PP=100;ReadPosRankSum=-0.109;SC=CACTCTCAGGCCAAGCCCATG;SOR=1.356;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=9;WE=12888714;WS=12888696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr1	12907282	rs139731855	G	C	3977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=5.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQRankSum=-9.673;QD=16.85;ReadPosRankSum=3.011;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,104:0.44:236
chr1	12907284	rs149796618	TG	CC	3971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=7.377;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQRankSum=-9.639;QD=16.62;ReadPosRankSum=3.101;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,105:0.44:239
chr1	12907316	rs112607517	T	C	2237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=19.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQRankSum=-13.517;QD=7.43;ReadPosRankSum=3.529;SOR=0.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,120:0.40:301
chr1	12907350	rs2359486	CA	TG	3426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=20.545;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQRankSum=-15.407;QD=9.68;ReadPosRankSum=2.005;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,101:0.29:354
chr1	12907370	rs2076063	A	T	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=9.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQRankSum=-15.271;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,84:0.20:411
chr1	12907379	rs74055698	T	C	12881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.12;QD=30.24;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr1	12907380	rs141207681	C	A	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=16.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQRankSum=-14.177;QD=4.53;ReadPosRankSum=-2.621;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:355,72:0.17:427
chr1	12907385	rs150590256	G	A	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FS=15.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQRankSum=-13.843;QD=4.10;ReadPosRankSum=-4.357;SOR=1.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:370,69:0.16:439
chr1	12907400	rs149302457	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=17.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.22;MQRankSum=-11.894;QD=0.16;ReadPosRankSum=-4.079;SOR=2.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:411,40:0.09:451
chr1	12907777	rs28391533	T	C	2791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=50.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQRankSum=-13.184;QD=8.95;ReadPosRankSum=-3.088;SOR=2.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,81:0.26:312
chr1	12907781	rs28441396	T	C	3286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=51.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQRankSum=-12.364;QD=10.27;ReadPosRankSum=-2.752;SOR=2.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,89:0.28:320
chr1	12907798	rs150096254	A	C	4776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=43.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQRankSum=-9.900;QD=13.16;ReadPosRankSum=-1.507;SOR=2.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,126:0.35:363
chr1	12907800	rs201112865	A	G	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=26.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQRankSum=-7.631;QD=1.96;ReadPosRankSum=0.644;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:310,61:0.16:371
chr1	12907802	rs138087690	CC	TT	4997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=41.779;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQRankSum=-9.402;QD=13.26;ReadPosRankSum=-0.937;SOR=1.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,136:0.36:377
chr1	12907837	rs1736811	C	T	4977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.412;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-7.213;NF=147;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=2.780;SC=CGTACATCTCCGCTGCTGATC;SOR=1.379;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=449;TCF=263;TCR=186;TR=220;WE=12907845;WS=12907827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,233:0.49:475
chr1	12907885	rs848418	T	C	4496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.051;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=5.706;NF=107;NR=122;PP=2644;ReadPosRankSum=-0.640;SC=CTTTTGGCTCTGCAGCCAGGT;SOR=0.608;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=559;TCF=298;TCR=261;TR=229;WE=12907893;WS=12907875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:353,238:0.40:591
chr1	12908234	rs12568448	C	T	1856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=4.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.80;MQRankSum=3.446;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,82:0.48:171
chr1	12908236	rs1736809	G	T	2580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=10.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.85;MQRankSum=-4.501;QD=16.13;ReadPosRankSum=-0.420;SOR=1.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,77:0.48:160
chr1	12908243	rs1736808	A	G	2309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=21.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.85;MQRankSum=-5.145;QD=17.24;ReadPosRankSum=2.219;SOR=2.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,59:0.44:134
chr1	12918963	rs9661554	G	T	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=11;PP=792;SC=AGCTGCCCAGGGTGCTCTATC;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=12918971;WS=12918953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	12919064	rs3204790	T	G	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.62;QD=25.54;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	12919079	rs9659529	C	G	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=43;PP=1386;SC=CTGATGAAGACGCTTCATCTG;SOR=0.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=86;WE=12919087;WS=12919069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	12919173	rs9308464	A	G	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=577;SC=CAGGAGGGCTAGTAGATAGGG;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=12919181;WS=12919163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	12919928	rs72472698	A	G	9949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.62;QD=44.22;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	12919934	rs3204805	A	G	10387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.34;QD=43.10;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr1	12919963	rs72472699	T	G	8026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.17;QD=26.15;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr1	12920067	rs17038709	C	G	4789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=63;NR=97;PP=2880;SC=TGGAACACCTCCAGTTGCTTA;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=63;TCR=97;TR=160;WE=12920075;WS=12920057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	12921110	rs12139546	A	G	3815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.61;MQRankSum=-0.242;QD=25.78;ReadPosRankSum=-0.534;SOR=0.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
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chr1	12921132	rs12139550	A	G	6890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.65;QD=44.75;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	13182899	rs28537666	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.697;NF=3;NR=3;PP=72;ReadPosRankSum=-0.413;SC=TGCTGAAGATACTAAGGGAGA;SOR=0.036;SbPval=0.03;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=6;WE=13182907;WS=13182891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr1	13183439	rs28713604	T	C	10721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.00;MQRankSum=-0.541;QD=26.34;ReadPosRankSum=-1.852;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,405:1.00:407
chr1	13183511	rs72864546	T	C	7061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.840;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-9.088;NF=73;NR=107;PP=2782;ReadPosRankSum=2.990;SC=GTACATCCCATCATAATAATC;SOR=0.938;SbPval=0.84;Source=Platypus;TCR=190;TR=180;WE=13183519;WS=13183501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,194:0.50:388
chr1	13183528	rs76937665	A	C	6637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=17.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQRankSum=-9.395;QD=17.75;ReadPosRankSum=0.073;SOR=1.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,170:0.45:374
chr1	13183530	rs200046163	A	G	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=10.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQRankSum=-5.462;QD=3.18;ReadPosRankSum=-1.128;SOR=1.224;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,82:0.22:373
chr1	13183532	rs77505369	CC	TT	6339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=17.760;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQRankSum=-9.718;QD=16.77;ReadPosRankSum=-0.202;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,165:0.44:378
chr1	13183567	rs78160026	C	T	2461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=64.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQRankSum=-12.901;QD=8.23;ReadPosRankSum=-3.371;SOR=2.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,81:0.27:299
chr1	13183573	rs76669210	G	T	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=88.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQRankSum=-14.448;QD=8.18;ReadPosRankSum=-3.312;SOR=4.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,65:0.23:278
chr1	13183966	rs80025711	G	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=13.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.34;MQRankSum=3.419;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr1	13183973	rs3929664	G	A	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=18.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.31;MQRankSum=-3.888;QD=14.22;ReadPosRankSum=1.839;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr1	13695974	rs142734546	T	C	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.28;QD=26.22;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	13696022	rs201136502	A	G	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=35.36;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	13936822	rs404658	G	T	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=3;PP=334;SC=TAAGGCAGGGGATATATTTTA;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=13936830;WS=13936812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	13937089	rs2487643	G	T	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=21;PP=530;SC=TCAACAAATAGAATAATCAAT;SOR=2.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=27;WE=13937097;WS=13937079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	13940864	rs2486188	C	G	5712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	14096635	rs2884788	A	T	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=15;PP=698;SC=ACCTACTGCAAATGGCTTCTC;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=45;WE=14096643;WS=14096625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	14099763	rs10803426	C	T	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=56;PP=1608;SC=TTTATATTGTCCTTCTGAGAA;SOR=1.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=87;WE=14099771;WS=14099753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	14105139	rs2076324	T	A	5605.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.158;SC=AAGAAGAAGATGATGATGATG;SOR=0.695;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=284;TCF=130;TCR=154;TR=265;WE=14105147;WS=14105126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:17,231:0.93:248
chr1	14105298	rs1203678	G	A	8902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=174;NR=133;PP=2965;SC=ACTGCTCAGAGGTAACACCTG;SOR=0.899;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=307;TCF=174;TCR=133;TR=307;WE=14105306;WS=14105288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr1	14106394	rs2308040	A	ACTC	11552.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=86;PP=2970;SC=AGATAAACTAACTCCTGCAGG;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=44;TCR=99;TR=123;WE=14106402;WS=14106384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr1	14109114	rs1203651	A	G	6918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr1	14109408	rs35153743	CT	C	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=2.492;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr1	14143003	rs1046331	A	G	8546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=164;NR=150;PP=2965;SC=TCAAAGCTCCAGCTGCAGCCC;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=316;TCF=165;TCR=151;TR=314;WE=14143011;WS=14142993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr1	14149505	rs2697970	C	A	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=11;PP=699;SC=TCACTGTGAACATTCATCAAG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=14149513;WS=14149495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	14149601	rs2697969	C	T	3884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=45;PP=2204;SC=CCACCATGGTCGGCACTGAAT;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=77;TCR=46;TR=122;WE=14149609;WS=14149591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	14149622	rs2697968	T	C	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	14220186	rs1358577	A	G	5908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=116;NR=85;PP=2965;SC=GCGACATCCAATTCTGCCACA;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=116;TCR=85;TR=201;WE=14220194;WS=14220176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr1	14925346	.	G	C	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=4;PP=845;SC=CGGAGGAACCGGCGCTGCCGG;SOR=3.365;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=14925354;WS=14925340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	15427982	rs502918	G	A	5190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	15428358	rs477953	T	C	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=11;PP=321;SC=GTCCACCCACTACCCGTCTAT;SOR=2.985;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=15428366;WS=15428348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	15439083	rs140963536	A	AAGGTCTTTTTTTTCTTCTCCCAGCGGC	4557.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=16;PP=2900;SC=AGACCCGGGAAAGGTCTTTTT;SOR=2.415;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=6;TCR=57;TR=18;WE=15439091;WS=15439073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	15497727	rs6429722	T	C	3335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	15541537	rs3753314	C	T	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=23;PP=1196;SC=GCCTTGTATACATTTATTTTC;SOR=1.445;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=73;WE=15541545;WS=15541527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	15573689	rs1780596	A	G	98.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=2;PP=112;SC=GCCCTCATCTATTAGGCTGGA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=15573697;WS=15573679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	15573711	rs1752018	C	A	136.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=83;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=3;PP=120;SC=CCCGCGGCGCCTGGCGGCGTT;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=8;WE=15573719;WS=15573701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	15573758	rs1780597	G	A	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.98;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	15573769	rs1752017	G	A	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.88;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	15573775	rs1780598	A	G	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.39;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	15573950	rs1780599	A	C	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=6;PP=154;SC=GGGGCGGCCCAGCGAGGACTA;SOR=1.127;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=15573958;WS=15573940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	15574076	rs1752016	C	T	138.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=2;PP=53;SC=AGATGCAGGCCCCACCCCGCC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=15574084;WS=15574066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	15578195	rs1622686	T	C	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=529;SC=TTCATTCATTTTAAGTATGAT;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=21;WE=15578203;WS=15578185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	15616139	rs486557	G	A	7441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=117;NR=148;PP=2965;SC=GACGACGCCCGCAAGCCACCC;SOR=1.029;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=266;TCF=117;TCR=149;TR=265;WE=15616147;WS=15616129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr1	15616183	rs487338	T	C	5852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=126;PP=2965;SC=GGGCTGCCATTGGTGGCTTGG;SOR=1.199;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=88;TCR=126;TR=214;WE=15616191;WS=15616173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	15714809	rs4661625	G	C	170.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.47;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	15714831	rs6669577	C	T	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=8.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.64;ReadPosRankSum=1.571;SOR=0.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr1	15723843	rs2294490	G	A	4177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=48;PP=2330;SC=GAGAGATGCTGAGGAAAGAGA;SOR=1.074;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=91;TCR=48;TR=137;WE=15723851;WS=15723833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	15724033	rs2253372	A	G	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=52;PP=1515;SC=CTAGTGTTTCATTTCCTAGAC;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=87;WE=15724041;WS=15724023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	15754484	rs2473356	T	C	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=20;PP=929;SC=CGCCCTTGCTTTGCAGCAGCC;SOR=0.886;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=15754492;WS=15754474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	15755248	rs3765372	C	T	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=136;SC=CGCCCTGCTCCGGCCCCAGTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=15755256;WS=15755238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	15769876	rs35149641	G	GC	3897.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=22;PP=2425;SC=TGGGGCCAGGGCCTCCTGCCC;SOR=1.631;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=56;WE=15769884;WS=15769866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	15772057	rs10927786	G	T	2226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=18;PP=1406;SC=TCTGGGGGGGGGCCTGGTGGC;SOR=1.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=57;TCR=18;TR=75;WE=15772065;WS=15772047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	15772933	rs555015	A	G	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=5;PP=656;SC=AGACCCCTTGAACAGGGACAA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=15772941;WS=15772923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	15783081	rs2303194	T	C	5918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=134;NR=77;PP=2965;SC=TAGGGTGACATTTGGGAGGAA;SOR=1.194;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=134;TCR=78;TR=211;WE=15783089;WS=15783071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr1	15783096	rs5772641	GA	G	5649.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=1.311;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.80;MQRankSum=-0.473;QD=19.62;ReadPosRankSum=-0.240;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,279:0.97:288
chr1	15783117	rs5772642	C	CA	13755.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=131;PP=2967;SC=TATTTGGACACAGCTCTTTTT;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=63;TCR=133;TR=191;WE=15783125;WS=15783107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr1	15788491	rs3737697	C	T	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	15788630	rs7512589	G	A	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.28;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	15788693	rs7536007	C	T	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=272;SC=TGGAACTCACCGGAGTTTCTG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=15788701;WS=15788683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	15789176	rs3815786	C	T	6070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=143;NR=63;PP=2965;SC=CCAGCATTATCCAAAGCCAGG;SOR=1.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=143;TCR=65;TR=206;WE=15789184;WS=15789166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	15789297	rs3815787	A	C	15999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.083;NF=286;NR=281;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.700;SC=GCTCGCTGGCAGTCAGTGTCT;SOR=0.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=568;TCF=286;TCR=282;TR=567;WE=15789305;WS=15789287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,617:1.00:618
chr1	15812432	rs6429745	A	G	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=44;PP=1998;SC=AAGCAGGGCCAGTTGCTGGTT;SOR=1.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=80;TCR=44;TR=124;WE=15812440;WS=15812422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	15813751	rs2011159	C	T	7223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.06;SOR=1.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr1	16011005	.	G	GGGC	2516.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;MQRankSum=0.122;QD=42.66;ReadPosRankSum=1.264;SOR=0.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr1	16047970	rs114598853	T	C	2481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=51;PP=1547;SC=CAGCTCCTTATTATTTATAAT;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=31;TCR=51;TR=82;WE=16047978;WS=16047960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	16073524	rs201466858	C	CGA,CGAT	11711.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=67;PP=2924;SC=GGCGTCCGCACCCTGCTTGAC;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=21;TCR=73;TR=86;WE=16073535;WS=16073514;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:256
chr1	16073525	rs114267265	C	T	11906.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.80;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	16073526	.	CT	TG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=70;NR=66;PP=2947;QD=20;SC=CGTCCGCACCCTGCTTGACCT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=81;TCR=74;TR=136;WE=16073535;WS=16073514;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:19,136:0.88:155
chr1	16073527	rs199908593	T	TG	11975.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.19;SOR=1.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	16095316	rs2271545	C	T	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=24;PP=661;SC=TACCTAAATTCTATTTAAAAT;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=16095324;WS=16095306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	16096934	rs10927851	C	T	2822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=19;PP=1608;SC=AAGACCGTGTCCCCCCGAGAG;SOR=1.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=63;TCR=19;TR=82;WE=16096942;WS=16096924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	16097237	rs10803398	G	A	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=29;PP=818;SC=GAAGGCGATTGGTTTCCTAGG;SOR=4.021;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=16097245;WS=16097227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	16101332	rs114077715	G	A	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=39;PP=1367;SC=TGCAGGGACAGGGCGAGACCC;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=46;TCR=39;TR=85;WE=16101340;WS=16101322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	16256007	rs848209	T	C	5361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=82;PP=2965;SC=CTGGGAGAACTAGCAGGTGAA;SOR=1.003;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=108;TCR=82;TR=189;WE=16256015;WS=16255997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	16259813	rs848210	A	G	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=41;PP=2359;SC=CCCTGAATCCAACCAAGCTCA;SOR=1.364;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=78;TCR=41;TR=119;WE=16259821;WS=16259803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	16265422	rs848214	A	G	6127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=119;PP=2965;SC=GGTGGGGCTGATCAGGGTAGG;SOR=1.025;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=98;TCR=119;TR=217;WE=16265430;WS=16265412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	16271260	rs9661939	G	A	6549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr1	16272250	rs848217	A	G	4322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=88;NR=65;PP=2464;SC=CAGCTTCTGCAGCAGCCATGC;SOR=0.857;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=88;TCR=65;TR=153;WE=16272258;WS=16272240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	16358520	rs12131197	T	C	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=8;PP=1585;SC=AAATCATGGCTACCCTCCCTT;SOR=3.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=53;TCR=8;TR=61;WE=16358528;WS=16358510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	16359052	rs10927893	A	G	9607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=155;NR=202;PP=2965;SC=TGACACACGCAGCCCCCGGGG;SOR=1.211;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=358;TCF=155;TCR=203;TR=357;WE=16359060;WS=16359042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr1	16360071	.	T	TC	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=9.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQRankSum=-5.298;QD=0.89;ReadPosRankSum=-2.445;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,11:0.15:72
chr1	16361875	rs11807054	A	G	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.44;QD=30.43;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	16361916	rs11811753	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.41;MQRankSum=1.722;QD=4.11;ReadPosRankSum=-1.762;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr1	16362621	rs2009044	G	A	11745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=211;NR=204;PP=2965;SC=GAAGAAACTCGGGCTGAGAAA;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=417;TCF=211;TCR=206;TR=415;WE=16362629;WS=16362611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,454:1.00:454
chr1	16370899	rs945394	G	A	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=93;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=2;PP=379;SC=TTCATGGGTGGGGAGAGCACT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=16370907;WS=16370889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	16371067	rs2015352	G	T	7376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr1	16371932	rs6604909	A	C	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=15;PP=946;SC=ACCCCAGAGTATACCACCAAG;SOR=1.382;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=16371940;WS=16371922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	16372003	rs6604910	G	C	3913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=80;NR=41;PP=2153;SC=GGATGGGACTGTCTGTGCCTC;SOR=1.210;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=80;TCR=41;TR=121;WE=16372011;WS=16371993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	16372283	rs6604911	T	G	426.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.08;ReadPosRankSum=1.300;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr1	16373124	rs5257	A	G	5382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.30;QD=25.51;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr1	16373199	rs35820664	CCTT	C	10499.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=103;PP=2948;SC=CTGGCCAAAACCTTCTCAGAT;SOR=0.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=17;TCR=103;TR=120;WE=16373209;WS=16373189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr1	16373282	rs2095540	A	G	2419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=55;PP=1573;SC=TGGCTTGCCCAAAGGGACACA;SOR=1.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=82;WE=16373290;WS=16373272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	16374533	rs2014562	G	C	7142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=118;PP=2965;SC=TCTTCCTCGGGAAAGTGGTAT;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=111;TCR=119;TR=229;WE=16374551;WS=16374523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr1	16374622	rs2863440	C	G	3514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=93;PP=2965;SC=ACGAAAGCTGCGTCAGAGGGG;SOR=2.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=46;TCR=94;TR=139;WE=16374630;WS=16374612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	16374656	rs2902490	A	G	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;SC=CCTGCCTTCCAGGAACTCAGT;SOR=1.880;Source=Platypus;TCF=33;WE=16374664;WS=16374646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	16374994	rs1889788	C	T	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.42;QD=29.44;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	16375063	rs1889789	CA	GC	3301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.65;QD=44.62;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	16376191	rs7367494	C	T	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=16;PP=1563;SC=TTTTTTGTGGCGCTGGGGTGA;SOR=2.630;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=61;TCR=16;TR=77;WE=16376199;WS=16376181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	16376230	rs59006537	A	AT	7134.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=51;PP=2966;SC=TGAGAGTCCAAAAGGCATTCC;SOR=1.364;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=89;WE=16376252;WS=16376220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	16376232	rs59924562	A	T	7143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.36;QD=44.37;SOR=1.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	16376238	rs34589727	TC	T	5289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=59;PP=2732;SC=CAAAAGGCATTCCCCCCAAGG;SOR=1.192;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=107;TCF=41;TCR=66;TR=90;WE=16376252;WS=16376220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	16376278	rs7365182	G	A	7512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=150;NR=117;PP=2965;SC=TACTGGGGTCGGGCTCTGGGC;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=151;TCR=117;TR=267;WE=16376286;WS=16376268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr1	16376319	rs7368151	T	C	9606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=176;NR=160;PP=2965;SC=GGGGTCTCTGTGGCATCCTGG;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=337;TCF=176;TCR=161;TR=336;WE=16376327;WS=16376309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr1	16376458	rs7368166	T	C	2781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=64;PP=2148;ReadPosRankSum=-0.758;SC=AGCTCCCCCCTCACCGTACTC;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=34;TCR=66;TR=97;WE=16376466;WS=16376447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,109:0.97:112
chr1	16377108	rs35480349	G	C	16579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=295;NR=312;PP=2965;ReadPosRankSum=0.488;SC=AAGGGGCCTTGAGTGGGGTGG;SOR=0.276;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=608;TCF=295;TCR=313;TR=607;WE=16377116;WS=16377098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,628:1.00:629
chr1	16379008	rs2050522	C	T	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=31;PP=882;SC=TAGCTGACCTCGGACATGGGG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=44;WE=16379016;WS=16378998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	16380196	rs5253	T	C	9213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=157;NR=176;PP=2965;SC=GCCAAGGACATGCCACTGGAG;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=333;TCF=157;TCR=176;TR=333;WE=16380204;WS=16380186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr1	16381718	rs1414498	T	C	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=3;PP=403;SC=CACTCAGCCATCCTCAGCTAC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=16381726;WS=16381711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	16382877	rs7517792	A	G	20671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=816;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.76;MQRankSum=-0.208;QD=25.58;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,806:1.00:808
chr1	16382880	rs7512547	T	A	36576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=834;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.76;QD=44.17;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,828:1.00:828
chr1	16383267	rs12728542	A	G	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.73;QD=26.09;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	16383329	rs138507185	T	TC	1996.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.60;QD=41.60;SOR=6.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	16383336	rs12746138	G	C	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=82;PP=2965;SC=ACATCCCCCCGCACCTCCACC;SOR=4.575;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=15;TCR=82;TR=97;WE=16383356;WS=16383319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	16383348	rs61769892	C	T	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=77;PP=2965;SC=ACCTCCACCCCCTTTCTCTGT;SOR=1.751;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=110;TCF=32;TCR=78;TR=102;WE=16383356;WS=16383319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	16383448	rs10803415	A	C	3291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=68;NR=68;PP=2245;SC=ACCCCAGCTGACCTGGTACTG;SOR=0.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=68;TCR=68;TR=136;WE=16383456;WS=16383438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	16383515	rs12402924	C	T	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=41;PP=1304;SC=CTCCCTCCAGCCCAGCTCCAT;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=65;WE=16383523;WS=16383505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	16383581	rs1057844	G	T	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.87;QD=39.76;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	16383605	rs1057845	A	G	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.99;QD=39.63;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	16383668	rs6660218	T	G	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=33;PP=1314;SC=TATCTGCCAGTTGCTCAGTGA;SOR=0.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=84;WE=16383676;WS=16383658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	16383742	rs1057857	C	G	3391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.07;QD=25.70;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	16383808	rs28690440	G	C	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=23;PP=722;SC=CCCAGAGCTGGTGTCCATCCC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=16383816;WS=16383798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	16385175	rs17853748	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.58;MQRankSum=-2.793;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.717;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	16385797	rs3978478	C	G	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=18;PP=1603;SC=TGTGCTCACTCTCTCCTTCCT;SOR=2.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=68;WE=16385805;WS=16385787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	16385815	rs2019456	G	A	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=31;PP=2011;SC=CCTGCTCCTGGCACTGCCGGG;SOR=1.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=97;WE=16385823;WS=16385805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	16385980	rs3884058	G	A	5122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=140;PP=2965;SC=TGGACCCTCTGGGCTGTACCT;SOR=2.506;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=211;TCF=71;TCR=140;TR=206;WE=16385988;WS=16385970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	16386008	rs2863452	T	C	3987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=92;PP=2796;SC=GGACGATGCCTTGGGGGCTGT;SOR=2.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=51;TCR=92;TR=143;WE=16386016;WS=16385998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	16386247	rs2095543	T	C	142.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.80;QD=28.58;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	16386305	rs372070031	G	GC	434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.22;MQRankSum=3.118;QD=21.74;ReadPosRankSum=1.804;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr1	16386416	rs9442230	G	A	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=17;PP=573;SC=AGTAATGCTCGTCCTCAGCTG;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=16386424;WS=16386406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	16386447	rs11576236	G	C	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.92;QD=24.88;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	16388534	rs2863454	C	T	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.93;QD=41.58;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	16388556	rs2863455	C	T	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.98;QD=42.98;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	16388580	rs3978467	C	T	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=7;PP=147;SC=AGGAGAGTTGCGGCCAGAACC;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=16388588;WS=16388570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	16388646	rs2863456	T	C	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.19;QD=25.64;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	16388737	rs3978468	G	A	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=2;PP=270;SC=GCTGCCGGCCGACATCCCTCC;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=16388745;WS=16388727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	16388766	rs3978469	C	T	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=5;PP=426;SC=CACCCATCCCCGTCTCCCAGC;SOR=1.609;Source=Platypus;TCF=21;TR=26;WE=16388774;WS=16388756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	16388852	rs202226162	AC	A	602.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.15;QD=30.14;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	16388875	rs34673312	GCCC	G,GC	682.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.75;QD=31.03;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,7,15:0.32,0.68:22
chr1	16388904	rs2902491	A	T	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.45;QD=35.51;SOR=4.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	16388909	rs2863457	T	C	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.92;QD=33.36;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	16389026	rs2863458	T	C	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=15;PP=626;SC=TCCATCTGTTTGTCCTAAAAC;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=16389034;WS=16389016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	16451767	rs3754334	G	A	6025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	16456176	rs3768294	G	A	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=33;PP=925;SC=TGATTGACTCGGCTGCCCCGT;SOR=4.514;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=35;WE=16456184;WS=16456166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	16458814	rs2291805	C	T	9105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=136;NR=187;PP=2965;SC=CTGAACCCGCCAGGCCAGCCC;SOR=1.142;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=325;TCF=137;TCR=188;TR=323;WE=16458822;WS=16458804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr1	16459745	rs10907223	G	A	14055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=286;NR=208;PP=2965;SC=CGGCCTCGCCGAGGAAGTCCA;SOR=1.000;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=500;TCF=287;TCR=213;TR=494;WE=16459753;WS=16459735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,534:1.00:534
chr1	16460339	rs6669624	G	A	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	16460541	rs6603855	T	C	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.61;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	16460840	rs6603856	G	A	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=19;PP=1306;SC=CGCACCATCCGGAGGCAGGGA;SOR=1.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=71;WE=16460848;WS=16460830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	16464260	rs11260742	T	C	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=7;PP=977;SC=TGCCTCTCTCTAAACACACCC;SOR=2.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=42;WE=16464268;WS=16464250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	16528218	rs6676143	G	T	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=27;PP=1341;SC=AGGATGGGAGGGGAGGAGAGC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=69;WE=16528226;WS=16528208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	16528469	rs58225172	GCCTACCCTAGGGAC	GTACCCTAGGGAC,G	2343.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=28;PP=2935;SC=TAGGACCCAGGCCTACCCTAG;SOR=2.522;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=29;WE=16528492;WS=16528459;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:55
chr1	16528472	rs200243292	TACCCTAGGGACC	T	2342.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.60;SOR=2.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	16528484	.	C	T	835	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=5;NR=28;PP=835;QD=26.3567034105;SC=CCCTAGGGACCCATGTCTGCC;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=33;WE=16528492;WS=16528459;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,33:0.87:38
chr1	16528843	rs1693540	A	G	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	16533022	rs221052	C	T	10980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.01;MQRankSum=0.034;QD=24.96;ReadPosRankSum=-0.669;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,439:1.00:440
chr1	16543175	rs221024	A	C	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=47;PP=1271;SC=GCTTACCCTGAGCCAAACCCT;SOR=1.275;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=80;WE=16543183;WS=16543165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	16559541	rs3738631	C	G	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=53;PP=1606;SC=CAGCCACTCACCATGGGAGAG;SOR=1.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=38;TCR=53;TR=91;WE=16559549;WS=16559531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	16562968	rs6603850	C	A	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=3;PP=801;SC=GGTCCCAGAGCTAGGGCTTTC;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=34;WE=16562976;WS=16562958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	16577908	rs12069239	G	C	5233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=67;PP=2965;SC=TATCCTTCAGGAGCAGATGGA;SOR=0.964;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=102;TCR=67;TR=168;WE=16577916;WS=16577898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	16583030	rs3830890	C	CA	726.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.375;NF=16;NR=4;PP=500;ReadPosRankSum=1.648;SC=ACTCTTGACACAAAAAAACAA;SOR=0.619;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=20;WE=16583038;WS=16583020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr1	16621183	rs1007150	C	T	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=7;PP=777;SC=CCCAGTAACCCATCCTTGAGA;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=16621191;WS=16621173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	16693725	rs142845497	T	TG	214.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	16731510	rs525409	C	G	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=36;PP=1633;SC=GCCAGCGTCACAGAGAAGCCC;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=91;WE=16731518;WS=16731500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	16731646	rs3106498	T	C	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=36;PP=1021;SC=TTCTTGTTTCTGTCATTCATC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=70;WE=16731654;WS=16731636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	16778265	rs279782	G	T	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	16802890	rs696095	G	A	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=4;PP=183;SC=GGTGCACAGCGTACCTGGGTG;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=16802898;WS=16802880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	16803267	rs156846	T	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=365;SC=AGGTCTGTGGTCTGTGACAAA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=16803275;WS=16803257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	16862296	rs1759227	G	C	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=6.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.696;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.614;NF=72;NR=14;PP=1467;ReadPosRankSum=1.520;SC=AAACCGAGACGGGCTGGATGG;SOR=0.782;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=209;TCF=173;TCR=36;TR=86;WE=16862304;WS=16862286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,85:0.42:202
chr1	16862340	rs200564364	G	A	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.16;MQRankSum=-8.468;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.685;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:355,85:0.19:440
chr1	16862454	rs71248115	T	G	30644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1198;ExcessHet=3.0103;FS=0.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.15;MQRankSum=-18.419;QD=25.64;ReadPosRankSum=-1.679;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:418,777:0.65:1195
chr1	16862461	rs145386412	T	A	30936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1208;ExcessHet=3.0103;FS=1.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.13;MQRankSum=-18.642;QD=25.61;ReadPosRankSum=-0.070;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:421,787:0.65:1208
chr1	16862502	rs141629643	A	G	19483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1247;ExcessHet=3.0103;FS=0.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.15;MQRankSum=-11.634;QD=15.66;ReadPosRankSum=2.968;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:382,862:0.69:1244
chr1	16862708	rs1762987	T	G	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=10.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.08;MQRankSum=-7.127;QD=23.40;ReadPosRankSum=-3.325;SOR=1.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,63:0.61:104
chr1	16862712	rs61769538	G	T	2347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=6.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.16;MQRankSum=-7.146;QD=24.20;ReadPosRankSum=-3.535;SOR=1.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,58:0.60:97
chr1	16862714	rs61769539	T	G	2289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=8.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.23;MQRankSum=-7.083;QD=24.62;ReadPosRankSum=-3.176;SOR=1.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,54:0.58:93
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chr1	16863352	rs61769544	C	T	17285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=767;ExcessHet=3.0103;FS=6.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQRankSum=-12.058;QD=22.57;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,472:0.62:766
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chr1	16946562	rs1762938	C	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQRankSum=-0.502;QD=14.14;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr1	16948473	rs446948	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=1.344;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr1	16948474	rs2781579	C	G	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=-1.199;QD=20.45;ReadPosRankSum=-0.491;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr1	16969246	rs11260857	G	A	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.316;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.440;NF=40;NR=37;PP=741;ReadPosRankSum=0.016;SC=AGGAGGGGCCGCCCACCCAGC;SOR=0.443;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=256;TCF=144;TCR=112;TR=77;WE=16969254;WS=16969236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,85:0.31:275
chr1	16969381	rs9727604	C	T	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=-10.565;QD=3.15;ReadPosRankSum=-1.350;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,74:0.23:317
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chr1	16973114	rs367931952	AGCCATGGTT	A	4170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.718;NF=12;NR=44;PP=2964;ReadPosRankSum=0.573;SC=CAATGTGAGCAGCCATGGTTG;SOR=0.671;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=147;TCF=30;TCR=117;TR=56;WE=16973130;WS=16973104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,111:0.46:242
chr1	16973919	rs141898836	A	G	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.85;MQRankSum=-1.942;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.138;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,70:0.35:200
chr1	16973996	rs200256873	A	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.72;MQRankSum=-3.422;QD=1.31;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,18:0.17:104
chr1	16974010	rs201140718	G	C	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.03;MQRankSum=-2.960;QD=2.19;ReadPosRankSum=-2.460;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,17:0.20:85
chr1	16974256	.	G	C	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=6.610;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.615;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.746;NF=24;NR=1;PP=428;ReadPosRankSum=-1.848;SC=GCTCGGGGCCGGACCTATCTC;SOR=2.876;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=93;TCF=76;TCR=17;TR=25;WE=16974264;WS=16974246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,26:0.27:95
chr1	16974312	rs368199873	G	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=57.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQRankSum=-9.136;QD=0.27;ReadPosRankSum=1.169;SOR=5.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,33:0.10:316
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chr1	16974662	rs28460410	C	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=19.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQRankSum=-1.929;QD=2.30;ReadPosRankSum=-2.134;SOR=2.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,43:0.20:217
chr1	16974869	rs4570422	G	C	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.870;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.845;NF=28;NR=12;PP=584;ReadPosRankSum=-0.300;SC=TGCCAGCGCGGGTCCGCTGAG;SOR=0.960;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=40;WE=16974877;WS=16974859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr1	16975202	rs28602904	T	C	7345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=748;ExcessHet=3.0103;FS=4.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.77;MQRankSum=-13.909;QD=9.83;ReadPosRankSum=2.655;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:376,371:0.50:747
chr1	16975230	rs2761535	G	C	12015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=722;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.60;MQRankSum=-17.270;QD=16.71;ReadPosRankSum=3.273;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,539:0.75:719
chr1	16975278	rs111244008	A	ACC	1311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FS=8.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.43;MQRankSum=-6.413;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=1.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:496,80:0.14:576
chr1	16976032	rs2483047	A	C	2494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.507;NF=67;NR=58;PP=1579;ReadPosRankSum=0.763;SC=TATGTGGACAACCTGGGAGGG;SOR=0.591;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=399;TCF=223;TCR=176;TR=125;WE=16976040;WS=16976022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,136:0.34:402
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chr1	16976539	rs199931165	A	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=15.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.82;MQRankSum=-6.582;QD=3.60;ReadPosRankSum=-2.187;SOR=2.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,23:0.26:88
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chr1	17023511	rs563144	C	A	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.112;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=754;ReadPosRankSum=0.202;SC=TTCCCAACTCCAGATTGGATG;SOR=2.924;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=35;WE=17023519;WS=17023501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr1	17029257	rs12125112	T	C	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.21;QD=28.20;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
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chr1	17034250	rs61773400	C	G	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.30;QD=24.18;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr1	17044695	rs2773186	A	G	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.97;NF=10;NR=18;PP=448;SC=CCAGCGCCCAATCACACACAG;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=17044703;WS=17044685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	17083872	rs61635893	G	A	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.24;QD=26.24;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	17083929	.	A	C	367	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=27;MQ=40.28;NF=21;NR=2;PP=367;QD=17.468313589;SC=GGGCCACAGCAATGACTAGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=23;WE=17083937;WS=17083919;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:58,23:0.28:81
chr1	17084968	rs2761533	G	C	3807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.23;MQRankSum=-0.554;QD=14.21;ReadPosRankSum=0.824;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,173:0.65:268
chr1	17085165	rs2490828	G	C	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.17;QD=28.83;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr1	17085427	rs2002186	T	C	7150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-14.824;NF=131;NR=119;PP=2927;ReadPosRankSum=5.728;SC=CGGAGGTAAATGTGAACCGAG;SOR=0.749;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=438;TCF=224;TCR=214;TR=250;WE=17085435;WS=17085417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,252:0.56:448
chr1	17085502	rs2329006	T	C	3675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=4.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.877;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.215;NF=55;NR=95;PP=2794;ReadPosRankSum=0.267;SC=GTCCCAGACATCAAAGCATGC;SOR=1.089;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=227;TCF=90;TCR=137;TR=150;WE=17085510;WS=17085492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,149:0.65:230
chr1	17085542	rs2261754	G	A	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.22;MQRankSum=-3.377;QD=7.10;ReadPosRankSum=1.612;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,44:0.26:169
chr1	17085564	rs3851921	A	G	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=5.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.97;MQRankSum=-4.324;QD=7.44;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=1.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,34:0.24:143
chr1	17085589	rs371449598	AGCGCTG	A	567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=5.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.15;MQRankSum=-4.572;QD=5.02;ReadPosRankSum=-1.183;SOR=1.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,21:0.19:113
chr1	17085671	rs3863806	C	G	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=3.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.05;MQRankSum=-6.901;QD=7.52;ReadPosRankSum=2.581;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,23:0.24:95
chr1	17085677	rs3863805	G	A	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=6.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.64;MQRankSum=-6.489;QD=7.49;ReadPosRankSum=2.256;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,24:0.25:96
chr1	17085712	rs3863803	C	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=7.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.78;MQRankSum=-4.276;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.629;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,30:0.29:103
chr1	17085834	rs2005622	G	T	5717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=87;PP=2965;SC=CGGGCCGCAGGGTGAAGCACC;SOR=1.042;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=118;TCR=87;TR=205;WE=17085842;WS=17085824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	17085995	.	G	GC	550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.089;HP=10;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.443;NF=0;NR=56;PP=616;ReadPosRankSum=-0.730;SC=CCCAACGCCCGCCCCCCCGCC;SOR=0.100;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=142;TCF=6;TCR=136;TR=56;WE=17086003;WS=17085980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,37:0.30:125
chr1	17086052	rs1057286	T	C	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.10;QD=26.37;SOR=7.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	17086085	rs200532237	G	GC	894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.29;QD=35.79;SOR=6.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	17087365	rs2446556	C	G	5521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=5.692;NF=127;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.458;SC=TGTAGTGGAACGCCCTGGAGA;SOR=0.773;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=391;TCF=207;TCR=184;TR=234;WE=17087373;WS=17087355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,237:0.59:404
chr1	17087432	rs2446554	G	T	2238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-11.290;NF=64;NR=68;PP=1425;ReadPosRankSum=1.294;SC=GTCTTATCTAGGCCCAGTGGC;SOR=0.676;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=413;TCF=210;TCR=203;TR=132;WE=17087440;WS=17087422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,135:0.31:429
chr1	17087465	rs11260924	G	A	2643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FS=1.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQRankSum=-1.935;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.639;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,146:0.35:421
chr1	17087541	rs113982165	GGTGCT	G	4420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.274;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-15.432;NF=11;NR=68;PP=2943;ReadPosRankSum=0.894;SC=GCATGTAGCAGGTGCTGTAGC;SOR=0.789;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=237;TCF=26;TCR=211;TR=79;WE=17087553;WS=17087531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,126:0.31:400
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chr1	17197615	rs146936960	C	A	7397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=7.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQRankSum=-17.720;QD=15.01;ReadPosRankSum=2.200;SOR=1.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,196:0.40:493
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chr1	17197690	rs72642967	T	G	7887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=8.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQRankSum=-15.591;QD=23.06;ReadPosRankSum=1.396;SOR=0.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,204:0.60:342
chr1	17197694	rs72642969	G	A	7819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=6.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.58;MQRankSum=-15.226;QD=23.70;ReadPosRankSum=1.133;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,199:0.60:330
chr1	17197710	rs114564385	G	C	6466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=10.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQRankSum=-13.833;QD=23.86;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,169:0.62:271
chr1	17197715	rs202012907	G	A	6343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=10.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQRankSum=-13.573;QD=25.17;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,155:0.62:252
chr1	17197722	.	G	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.408;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=9.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQRankSum=-5.314;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.706;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,49:0.22:218
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chr1	17197758	rs143100028	C	G	2653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=11.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQRankSum=-9.252;QD=21.93;ReadPosRankSum=0.746;SOR=0.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,70:0.58:121
chr1	17197764	rs150815118	G	C	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=17.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQRankSum=-8.068;QD=17.85;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,64:0.60:106
chr1	17197771	rs139655267	G	A	2250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=8.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.68;MQRankSum=-7.874;QD=24.20;ReadPosRankSum=-0.722;SOR=0.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,56:0.60:93
chr1	17197777	rs149102001	T	G	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=7.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQRankSum=-7.654;QD=25.56;ReadPosRankSum=-0.794;SOR=0.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,51:0.60:85
chr1	17197779	rs138448635	G	A	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.77;MQRankSum=-7.152;QD=24.15;ReadPosRankSum=-0.031;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,48:0.58:83
chr1	17198518	rs141922545	T	G	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.70;QD=22.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	17248500	rs6683035	A	G	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=15;PP=784;SC=AGGCATGCCCACAGCCTCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=17248508;WS=17248490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	17248532	rs6586566	A	G	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=27.71;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	17249395	rs6586567	A	G	10128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=142;NR=215;PP=2965;SC=ACTGTAACTCACTGTGGGGCA;SOR=1.256;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=358;TCF=142;TCR=216;TR=357;WE=17249403;WS=17249385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr1	17251055	rs9435703	C	T	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=21;PP=636;SC=GGCCCACACACGGGGCAAAAG;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=46;WE=17251063;WS=17251045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	17281003	rs2076606	T	C	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=18;PP=416;SC=AGCCCCCATCTGAGGGAGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=17281011;WS=17280993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	17287414	rs2273113	T	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=4;PP=146;SC=GGGCCGAGGCTGCAGAGCTGG;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=17287422;WS=17287404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	17295679	rs4920574	T	C	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=50;PP=1639;SC=GGGCCCTGGCTAAGGTGGAGG;SOR=1.067;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=88;WE=17295687;WS=17295669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	17297289	rs9435656	C	T	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=14;PP=374;SC=TCCGGGACCCCAACTTCATCC;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=17297297;WS=17297279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	17299014	rs6661019	A	C	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.426;HP=10;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=45;PP=775;ReadPosRankSum=-0.340;SC=CAGCCCCCCCACCCAGAGCCC;SOR=3.258;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=52;WE=17299022;WS=17298996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,46:0.92:50
chr1	17301672	rs761423	T	C	2438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	17301780	rs761422	A	G	3082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=48;PP=1538;SC=GGAGCTCCTCATGGGCACACA;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=105;WE=17301788;WS=17301770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	17303589	rs2235932	C	T	5075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=97;NR=76;PP=2720;SC=CTCGGTGACCCGGCAAGGCCC;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=97;TCR=76;TR=173;WE=17303597;WS=17303579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	17303792	rs4920588	C	T	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=15;PP=384;SC=AGGTCAGGCCCATAAGAGCCT;SOR=2.303;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=20;WE=17303800;WS=17303782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	17312743	rs3170740	C	T	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=22;PP=987;SC=CGGGCAGCGGCGGCCAGGGCT;SOR=0.986;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=53;WE=17312751;WS=17312733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	17313157	rs2076605	G	A	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=30;PP=842;SC=TCAGGCAGGAGCCACGCCCCC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=17313165;WS=17313147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	17313343	rs9435659	G	A	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=14;PP=982;SC=CCTTGGACACGGCTGCAGCCA;SOR=1.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=17313351;WS=17313333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	17313654	rs761421	C	T	6481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=118;NR=106;PP=2965;SC=CCGGTGGCCGCACCCGTCCCA;SOR=0.701;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=226;TCF=118;TCR=108;TR=224;WE=17313662;WS=17313644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr1	17314942	rs9435662	G	A	5675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=114;PP=2965;SC=AGTCATTGGCGCCGTCTCCGC;SOR=1.141;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=81;TCR=114;TR=195;WE=17314950;WS=17314932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	17319011	rs2076603	G	A	6767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=106;NR=124;PP=2965;SC=CCCAAAGTGGGGGTCTCATCA;SOR=0.957;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=106;TCR=124;TR=230;WE=17319019;WS=17319001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	17323449	rs9435736	T	C	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=4;PP=376;SC=CCACCCTGCCTCACTCCACCT;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=17323457;WS=17323448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	17359676	rs1022580	C	A	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=36;PP=1004;SC=ATTTATGTAACGTTCAACCTC;SOR=2.024;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=51;WE=17359684;WS=17359666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	17371152	rs12073028	T	C	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=7;PP=540;SC=AACAGAGCCATCGGATGATCT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=17371160;WS=17371142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	17371494	rs9435745	C	T	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=12;PP=337;SC=ACATTACTGACACATAATCTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=17371502;WS=17371484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	17380497	rs2746462	G	T	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=48;PP=1360;SC=TCAAGGAGAGGGCGACCACCG;SOR=1.240;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=83;WE=17380505;WS=17380487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	17395480	rs2076599	G	A	2194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=8;PP=1545;SC=GGCTCTGGGCGTGTGAGGGAG;SOR=3.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=64;TCR=8;TR=72;WE=17395488;WS=17395470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	17395521	rs2076598	G	A	5266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=119;NR=60;PP=2965;SC=GGAGGCAAACGCCAGGGCCCC;SOR=1.447;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=119;TCR=61;TR=179;WE=17395529;WS=17395511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	17396498	rs2076596	T	C	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=6;PP=673;SC=GGCCTCCCCATTGGACAGCTT;SOR=2.546;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=17396506;WS=17396488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	17396703	rs2076595	T	C	6551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=115;NR=106;PP=2965;SC=GGTTCCAGTCTAGGCAGCGCT;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=117;TCR=107;TR=221;WE=17396711;WS=17396693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	17398066	rs875219	G	C	3450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.13;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	17398069	rs875218	T	C	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.36;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	17401283	rs3818041	C	T	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=1;PP=136;SC=TTATCTGCCCCACCCTCCCGA;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=17401291;WS=17401273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	17402116	rs3818035	G	T	4656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.23;SOR=1.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	17402135	rs3818034	T	C	5643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=128;NR=64;PP=2965;SC=ATTGGTTTGCTGCTACCCCAT;SOR=1.263;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=129;TCR=64;TR=192;WE=17402143;WS=17402125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	17402159	rs3818033	G	A	7430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=151;NR=105;PP=2965;SC=CTCCAGCCTCGGGAGGCTAGC;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=151;TCR=105;TR=256;WE=17402167;WS=17402149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr1	17402255	rs3818032	C	T	8773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=161;NR=149;PP=2965;SC=GCTCCACGGGCGCCTGCACCT;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=311;TCF=162;TCR=149;TR=310;WE=17402263;WS=17402245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr1	17402347	rs2647205	C	T	6164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=93;NR=116;PP=2965;SC=GGAGTTTCAGCAAATTACCCA;SOR=1.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=210;TCF=94;TCR=116;TR=209;WE=17402355;WS=17402337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	17402418	rs3818031	A	G	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=60;PP=1807;ReadPosRankSum=-0.827;SC=ACCCAGAGTGACATCAGCAGA;SOR=0.639;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=94;WE=17402426;WS=17402408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr1	17405809	rs2057096	G	A	4628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=91;NR=68;PP=2534;SC=ATGTCTTGCCGTTCACGGTCA;SOR=0.812;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=93;TCR=68;TR=159;WE=17405817;WS=17405799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	17405916	rs2057095	C	T	3477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=1.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	17405949	rs2057094	C	T	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=50;PP=1521;SC=TCTTCTGCAGCCAGGGTCCTC;SOR=1.440;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=82;WE=17405957;WS=17405939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	17406015	rs2057093	C	T	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=18;PP=507;SC=TGTGGGCACCCAGTTTCCAGG;SOR=1.121;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=17406023;WS=17406005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	17406045	rs2057092	C	T	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=375;SC=CACGGTCTTCCTATGATTAAC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=17406053;WS=17406035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	17410364	rs1883913	G	A	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	17418883	rs2647184	A	G	3385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=28;PP=1127;SC=TCTAGGCTGGACTGGGCTGGG;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=68;WE=17418902;WS=17418873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	17418894	rs2273111	A	G	3658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.58;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	17419066	rs11203298	T	C	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=40;PP=1391;SC=GATCTATCTGTTGCTGGAGCC;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=84;WE=17419074;WS=17419056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	17422226	rs2076609	C	T	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=17;PP=1454;SC=GCTCTGTTGCCGTCTCTAGGA;SOR=2.365;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=69;WE=17422234;WS=17422216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	17422302	rs2076608	T	C	5411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=108;NR=77;PP=2965;SC=TGTCTTGGGCTTTAGTCTCCT;SOR=1.025;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=108;TCR=77;TR=185;WE=17422310;WS=17422292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	17431618	rs11203300	A	G	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=35;PP=1045;SC=GAGGGGCTTCAAGAGGAGACT;SOR=1.234;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=59;WE=17431626;WS=17431608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	17431681	rs2647172	C	A	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=18;PP=566;SC=TGAGCCCAGGCGTTTGAGACC;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=17431689;WS=17431671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	17550225	rs3003481	T	C	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	17551034	rs2293915	A	T	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=31;PP=810;SC=CAGGGTCTGTAGTATCCAACC;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=32;WE=17551042;WS=17551024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	17555316	rs2977233	C	G	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.09;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	17555508	rs2977234	G	T	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	17557039	rs10888010	T	C	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=23;PP=1275;SC=AAAAGGTCACTGTGGCTTTTT;SOR=1.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=53;TCR=23;TR=76;WE=17557047;WS=17557029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	17557133	rs3003406	A	C	6516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=127;NR=97;PP=2965;SC=TGACTCCCCCAGGAACAGGGG;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=127;TCR=97;TR=224;WE=17557141;WS=17557123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	17557310	rs3003407	G	A	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=30;PP=809;SC=GAGGTGGGATGTCAGCAAACT;SOR=4.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=17557318;WS=17557300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	17563967	rs2977306	T	C	7103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=129;PP=2965;SC=CGTCCCCTCCTTCCCTGCCTG;SOR=0.937;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=113;TCR=129;TR=242;WE=17563975;WS=17563957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr1	17564990	rs2977310	T	C	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=7;PP=623;SC=GGCTGGGGTGTAGACCGAGTG;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=17564998;WS=17564980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	17567331	rs112842996	G	T	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=76;PP=2377;SC=CCCAGGGCAGGCTGGTGCAGA;SOR=1.263;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=53;TCR=76;TR=129;WE=17567339;WS=17567321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	17570466	rs2293921	T	C	5629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=104;NR=79;PP=2965;SC=ACAGCACTTATAGCCAGACAG;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=104;TCR=79;TR=183;WE=17570474;WS=17570456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	17593144	rs2272628	C	G	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=29;PP=1510;SC=AGGCCAGGCTCGGGTTCCTGG;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=79;WE=17593152;WS=17593134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	17597314	rs3215408	T	TC	1823.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=1142;ReadPosRankSum=-1.648;SC=GGAATCAGAGTCCCCCCAGGC;SOR=0.669;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=35;WE=17597322;WS=17597304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr1	17601083	rs2293917	C	T	6367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=122;NR=90;PP=2965;SC=TGGTTCAGGCCCTTCCTGGTA;SOR=0.878;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=122;TCR=90;TR=212;WE=17601091;WS=17601073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	17609745	rs16824888	C	A	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=42;PP=1060;SC=CCATGCCTCACCTGCAACCCA;SOR=2.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=53;WE=17609753;WS=17609735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	17660601	rs57744451	T	C	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=43;PP=1411;SC=ACCTGGAGCTTACTTTAGACT;SOR=1.259;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=74;WE=17660609;WS=17660591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	17707739	rs1204898	T	C	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=39;PP=1315;SC=TCCAGACTAATTTTCTCCACC;SOR=1.329;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=64;WE=17707747;WS=17707729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	17707798	rs10788668	C	T	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=25;PP=744;SC=GCTGATCAAACCTTTTGTCCT;SOR=1.552;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=37;WE=17707806;WS=17707788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	17708349	rs7556072	G	A	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=10;PP=1792;SC=GCAAAAGGCAGGGGGTCCTTG;SOR=3.521;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=69;WE=17708357;WS=17708339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	17718418	rs72637462	C	T	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	17718671	rs10709483	AG	A	3612.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=41;PP=2042;SC=AGCAACAGCCAGGGTGGCATC;SOR=0.791;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=50;WE=17718679;WS=17718661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	17720391	rs6678552	G	A	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	17720439	rs6695849	T	C	2656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=37;PP=1274;SC=GATGTGTGACTGGCAAACAAT;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=87;WE=17720447;WS=17720429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	17720615	rs10458537	A	C	3823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=51;PP=2202;SC=AGCTCAGTCCAATCTCTCAGG;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=115;WE=17720623;WS=17720605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	17720686	rs34075690	AG	A	3593.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;SC=GTGGCCTCTGAGGGGGGAGGG;SOR=0.859;Source=Platypus;TCF=27;WE=17720694;WS=17720676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	17721388	rs6691485	C	T	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=47;SC=CACCAAGTGGCGGGTGACCAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=17721396;WS=17721382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	17721695	rs369334834	GTTT	G	666.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.559;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.34;ReadPosRankSum=1.042;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr1	17721721	rs147310450	TGA	T	527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=37.70;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	17723476	rs61476146	C	CCA	755.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=545;SC=AGGAATGCACCCAGGTGGCTG;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=17723484;WS=17723466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	17723739	rs12129196	G	A	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=35;PP=989;SC=AGTGTTGGGCGGCGGGGGGCA;SOR=1.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=17723747;WS=17723729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	17725157	.	C	CA	539.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=41.52;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	17725158	.	C	CCCACCCA	623.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=41.58;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	17725358	rs2244936	C	G	6056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	17739586	rs942457	G	A	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=3;PP=494;SC=CCAGGCTCCGGATTCTCCAGC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=17739594;WS=17739576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	17739820	rs1075535	T	C	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=27;PP=720;SC=GTGGCGTGCCTGTGCAGTCCT;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=17739828;WS=17739810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	17764627	rs113663016	G	A	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=10;PP=559;SC=GAGGGAGCGTGACGCGAGGCG;SOR=1.911;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=32;WE=17764635;WS=17764617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	17914846	rs1193343	C	T	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=2.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	17944984	.	CCCT	C	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.411;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.312;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,14:0.12:120
chr1	17991052	rs6695710	T	C	6159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=113;NR=94;PP=2810;SC=CTGTGGGCCCTGGGTCACTGT;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=113;TCR=94;TR=207;WE=17991060;WS=17991042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr1	18017522	rs871087	T	C	8331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=1.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr1	18017558	rs871088	A	G	11363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=227;NR=187;PP=2965;SC=TTCCACTCGCATACTCGACTG;SOR=0.864;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=416;TCF=228;TCR=188;TR=414;WE=18017566;WS=18017548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr1	18017704	rs871089	C	T	6529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=140;PP=2965;SC=TGAACACTGCCGCATTAAGTC;SOR=1.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=87;TCR=140;TR=227;WE=18017712;WS=18017694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr1	18021406	rs905389	T	C	6276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=123;NR=83;PP=2965;SC=AATGCATCCGTATGGCAGCCC;SOR=0.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=123;TCR=83;TR=206;WE=18021414;WS=18021396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	18023290	rs2270979	C	T	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	18023365	rs2270978	C	T	5846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr1	18023509	rs2270977	T	C	4553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=80;NR=70;PP=2721;SC=CCATGCCCGATAGCCACGTGG;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=80;TCR=71;TR=150;WE=18023517;WS=18023499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	18023690	rs2270976	A	G	7180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr1	18023997	rs3835471	G	GC	433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=479;SC=AACTACTTGGGCAGAGCAAAG;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=18024005;WS=18023987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	18434518	rs9660391	G	C	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=4;PP=237;SC=CCACCGCCTCGGCCAGTGGCC;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=14;WE=18434526;WS=18434514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	18702988	rs10796450	T	C	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=31;PP=719;SC=ACTCTTCCTTTGATCCCCAGC;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=18702996;WS=18702978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	18704862	rs1043459	A	G	4770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	18960722	rs4920523	G	C	5787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=127;NR=80;PP=2965;SC=ACTGGAGTCAGGGAGTGTACT;SOR=1.253;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=127;TCR=80;TR=207;WE=18960730;WS=18960712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr1	19071153	rs142874250	C	CGGAT	472.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.51;ReadPosRankSum=-0.835;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr1	19071183	rs71027398	A	AATGG	1290.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.75;MQRankSum=0.444;QD=43.02;ReadPosRankSum=-0.695;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr1	19175846	rs28374389	T	C	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=33;PP=1169;SC=GTGTTGTTGATGGTGTGCCAG;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=74;WE=19175854;WS=19175836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	19186129	rs9701796	G	C	4927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=88;NR=76;PP=2715;SC=GAACAGGGAGGAGATGGTCTT;SOR=0.747;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=165;TCF=88;TCR=77;TR=164;WE=19186137;WS=19186119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	19201928	rs2230709	C	T	7027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr1	19202770	rs7550822	T	C	4364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=89;NR=65;PP=2671;SC=TCCGGTGGGATTGTCCTCCTC;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=89;TCR=65;TR=154;WE=19202778;WS=19202760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	19203997	rs2230705	C	G	5004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	19204173	rs6426814	A	G	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=371;SC=GGGGCCCAAAACACCACCTAC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=19204181;WS=19204163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	19205672	rs28497538	T	G	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=44;NR=29;PP=1165;SC=GCAGTGCTGGTGCCTGAAATG;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=73;WE=19205680;WS=19205662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	19208145	rs112548638	G	GGGTTGCCT	5090.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=18;PP=2978;SC=CAGGTGAGCAGGTGAACGTCC;SOR=1.343;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=39;WE=19208153;WS=19208135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	19208944	rs28566028	A	G	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=7;PP=552;SC=GCTGGGCTGCACCTCCCCCAC;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=19208952;WS=19208934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	19209543	rs6426611	A	G	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=20;PP=1159;SC=CAAGGGGCTCAGGGTGGCCTC;SOR=1.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=67;WE=19209551;WS=19209533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	19210018	rs28508407	G	A	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=38;PP=1020;SC=GCACTGAGCCGGGCCCCAGGA;SOR=3.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=44;WE=19210026;WS=19210008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	19215834	rs941495	T	C	9768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=194;NR=140;PP=2965;SC=GGGGCTGAGCTCTGCCCACCC;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=334;TCF=194;TCR=140;TR=334;WE=19215842;WS=19215824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr1	19238001	.	T	TTTTA,TTTTATTTA	978.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.21;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=0,0;NR=12,12;PP=111,373;SC=GGACAGTTTATTTTATTTATT;SOR=1.708;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=12,12;WE=19238009;WS=19237991;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.22,0.78:23
chr1	19243589	rs3748586	A	G	3835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=76;PP=2435;SC=CTAGGATGGAAGGTAGGGGTG;SOR=1.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=52;TCR=76;TR=128;WE=19243597;WS=19243579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	19245996	rs59133926	G	A	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=12;PP=880;SC=GGGAGGGGGCGGGAGGAGGGT;SOR=1.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=19246004;WS=19245986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	19247794	rs112199704	G	A	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=49;PP=1406;SC=TGGTGTGAGAGGACAGCCAGG;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=59;WE=19247802;WS=19247784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	19282981	rs1886768	A	C	112.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=82;SC=GCCTCCGCAGAGACGGCAGGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=19282989;WS=19282971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	19401405	rs2281748	G	A	10233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=25.39;ReadPosRankSum=-1.169;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,401:1.00:403
chr1	19408294	rs67232976	G	GC	19315.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=185;PP=2966;SC=TTCTTCCCTGGCCCCATGTCT;SOR=0.837;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=241;TCF=46;TCR=195;TR=229;WE=19408302;WS=19408284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,594:1.00:594
chr1	19408380	rs12164540	T	C	6086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=126;PP=2965;SC=ACGTTCACAATCTCCCCAACA;SOR=1.460;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=62;TCR=126;TR=188;WE=19408388;WS=19408370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	19411129	rs1043905	A	G	3413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	19412464	rs2274009	C	T	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=387;SC=TTGAGTAAGCCTCCATCCCCC;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=19412472;WS=19412461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	19413261	rs12584	T	A	3424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=46;PP=1642;SC=TTATTCTCCATCTCCTCCAAG;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=106;WE=19413269;WS=19413251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	19413420	rs2274008	T	G	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=453;ReadPosRankSum=1.218;SC=ATGCCTTGGGTTTCAGGTTGC;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=24;WE=19413428;WS=19413410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr1	19415304	rs1043899	C	T	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=13;PP=845;SC=TGGCCATGCGCTTCTTCTCTG;SOR=1.802;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=48;WE=19415312;WS=19415294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	19420392	rs1106839	G	A	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=17;PP=922;SC=GACCTAGTTCGGCGTTTTAGT;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=19420400;WS=19420382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	19426199	rs2236377	G	A	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=66;PP=1846;SC=TGAAGCTGTTGTTCCAAATAA;SOR=1.209;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=41;TCR=66;TR=107;WE=19426207;WS=19426189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	19433449	rs6426677	A	G	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	19440107	rs9661719	A	G	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=265;SC=CTGGACTGCTAGATGAGAGAG;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=19440115;WS=19440098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	19447843	rs1044010	C	G	3169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=50;PP=1775;SC=TGCTGCCGCACAGAGCACAGG;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=99;WE=19447851;WS=19447833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	19448326	rs6681662	C	T	2522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	19448608	rs7535738	C	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=313;SC=TTGGACTACACCTGAACATGA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=19448616;WS=19448598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	19474975	rs2296108	T	G	3730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	19476307	.	G	GA	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.153;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,26:0.22:118
chr1	19483209	rs10799710	A	G	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=11;PP=658;SC=GGGGAGAGAAAATGACTAGAA;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=19483217;WS=19483199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	19486839	rs946419	T	C	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=32;PP=779;SC=GGATAATACTTGTAAAAATCA;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=19486847;WS=19486829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	19487656	rs3748759	T	C	2988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=67;PP=1568;SC=GGACAGAAAATGTCAGAGTCC;SOR=1.476;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=42;TCR=69;TR=109;WE=19487664;WS=19487646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	19491857	rs3748757	T	C	6125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	19499835	rs951908	G	C	6427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=107;PP=2965;SC=TTTAGGAGATGACTATAGGCA;SOR=0.974;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=201;TCF=94;TCR=107;TR=201;WE=19499843;WS=19499825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr1	19500729	rs6694521	G	A	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=21;PP=1490;SC=CAATAAACTGGTTACATTTCA;SOR=1.557;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=57;TCR=21;TR=78;WE=19500737;WS=19500719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	19510394	rs3762396	A	G	7523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=151;NR=101;PP=2965;SC=GATGAACCTTAAAGACAAGTA;SOR=1.016;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=253;TCF=151;TCR=102;TR=252;WE=19510402;WS=19510384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	19513570	rs59833909	TTA	T	1510.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.71;MQRankSum=0.691;QD=25.60;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,54:0.92:59
chr1	19518659	rs11588032	G	A	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=12;PP=1057;SC=CAAAATATAAGTTATAATCAA;SOR=2.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=55;WE=19518667;WS=19518649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	19519782	rs10799734	C	T	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=14;PP=1764;SC=AAGCTGGATGCCTACCTCTTA;SOR=3.312;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=66;TCR=14;TR=79;WE=19519790;WS=19519772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	19519887	rs72651403	G	C	10950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr1	19549343	rs2073106	G	C	5702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=100;NR=104;PP=2818;SC=AGGGATAGGAGGTGGCAGCTC;SOR=0.858;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=204;TCF=100;TCR=104;TR=204;WE=19549351;WS=19549333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	19549864	rs2073105	T	C	3982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=93;NR=44;PP=2617;SC=TGGAGCTACCTTGGGTCCCTG;SOR=1.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=93;TCR=45;TR=137;WE=19549872;WS=19549854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	19554099	rs7515397	T	G	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=16;PP=461;SC=AGTGGCTCATTCTTGTAATCC;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=19554107;WS=19554089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	19557713	rs2275403	G	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.10;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	19564650	rs2073104	C	G	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=42;PP=1542;SC=GTACAGACAGCACGTGTCAAC;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=96;WE=19564658;WS=19564640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	19565344	rs709683	C	G	4296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=79;NR=61;PP=2306;SC=AGAACTGCTACTTTTCTGCTA;SOR=0.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=80;TCR=61;TR=140;WE=19565352;WS=19565334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	19566296	rs2273046	T	C	4943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	19568722	rs710866	G	C	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=401;SC=ACACTCCATGGAACACCAACA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=19568730;WS=19568712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	19568972	rs710865	A	G	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=42;PP=1322;SC=TGGAAACTGAACACAAGTACA;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=75;WE=19568980;WS=19568962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	19578027	rs2294943	C	T	9042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr1	19578385	rs17522898	G	C	5340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=100;NR=91;PP=2627;SC=CGGGACCCTGGGGGGAGCTCC;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=100;TCR=93;TR=191;WE=19578393;WS=19578375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	19581226	rs735026	G	A	3683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=45;PP=2156;SC=TAAGTCTCCAGTGCATTTAGA;SOR=1.043;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=128;TCF=81;TCR=47;TR=126;WE=19581234;WS=19581216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	19581442	rs112100063	G	GAA,GAAA	2552.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=38.10;SOR=1.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,23,43:0.34,0.64:67
chr1	19581467	rs1774081	C	T	2656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=45;PP=1157;SC=TCCAAGCTGCCAATCCAGGCC;SOR=1.727;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=61;WE=19581475;WS=19581457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	19582563	rs1557133	G	A	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=49;PP=1607;SC=GGCAGGGGGAGGAAGGCCCTT;SOR=1.190;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=86;WE=19582571;WS=19582553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	19583400	rs1774075	A	G	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=9;PP=647;SC=AAGGGACCCCAACGTGGGGAC;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=19583408;WS=19583390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	19583680	rs75881622	C	T	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.75;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	19583684	rs1774074	C	T	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.38;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	19583725	rs1738017	T	C	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=13;PP=683;SC=CCCCAGCCATTGGCAGGCCGG;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=19583733;WS=19583715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	19583874	rs80329141	C	T	4486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	19584004	rs1042380	G	A	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=36;PP=1136;SC=GCACAAAGGAGGAGGTGAATG;SOR=2.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=19584012;WS=19583994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	19584030	rs76779645	G	A	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=29;PP=840;SC=GTACTGCTGAGGAACGGAGGG;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=19584038;WS=19584020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	19584557	rs78298527	G	A	5800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	19585115	rs2294941	C	G	10929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.86;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr1	19585124	rs2294940	C	T	10482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.61;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	19585207	rs2294939	G	A	4007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=75;PP=2540;SC=CTGAATTCAAGGTGACCATCA;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=57;TCR=75;TR=132;WE=19585215;WS=19585197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	19593676	rs145751450	GT	G	882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=6;PP=789;SC=CTACTGTTAGGTTTTTTTCCA;SOR=2.613;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=27;WE=19593684;WS=19593666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	19593826	rs2982534	A	C	4376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=59;PP=2287;SC=TCGTGGGCAAACAAATGCCAG;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=78;TCR=59;TR=137;WE=19593834;WS=19593816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	19594016	rs61764915	T	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.77;QD=25.48;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	19595159	rs116631486	C	T	4781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	19595696	rs140814189	C	T	17009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=338;NR=271;PP=2965;SC=ACCCCAGGAGCAGCCCAGGAC;SOR=0.966;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=611;TCF=338;TCR=273;TR=609;WE=19595704;WS=19595686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,658:1.00:658
chr1	19595760	rs76554243	A	G	22002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=843;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=393;NR=404;PP=2965;SC=AGCACCCCCAACTAACTGATT;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=799;TCF=393;TCR=406;TR=797;WE=19595768;WS=19595750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,839:1.00:839
chr1	19597156	rs115567428	T	A	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=31;PP=986;SC=ACCCTGGAACTGCCCTGGTGC;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=50;WE=19597164;WS=19597146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	19597274	rs140586925	TC	T	1946.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=14;PP=1407;SC=GCACGCAGTGTCTCTTCCACC;SOR=1.480;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=19597282;WS=19597264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	19597289	rs116080943	C	T	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=39;NR=16;PP=902;SC=TCCACCGGGGCGCTGTGGTCA;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=55;WE=19597297;WS=19597279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	19597328	rs190747734	A	G	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	19597477	rs115245335	C	T	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=17;PP=583;SC=TGGTGGCTCACGCCTATAATC;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=37;WE=19597485;WS=19597467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	19600323	rs115848326	C	G	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=8;PP=297;SC=AGCTCTGCACCGTGCAGAGGG;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=19600331;WS=19600313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	19600370	rs184687027	T	C	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.31;QD=42.94;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	19600376	.	TT	GC	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.98;QD=46.65;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	19600388	rs375898295	G	A	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.62;QD=42.49;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	19600395	rs370005459	A	C	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.62;QD=42.49;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	19600478	.	CTGCGGCGCTGGTGGGCGCGTCCA	C	683.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=2612;SC=GCGCGCGTGACTGCGGCGCTG;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=5;WE=19600508;WS=19600468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	19600590	rs189961258	TG	CA	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.62;QD=42.18;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	19600614	rs148802056	C	G	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=5;PP=106;SC=CCGCGCGCAGCGGTCGGAAGC;SOR=2.093;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=19600622;WS=19600604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	19609204	rs116787495	G	A	5987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=121;NR=83;PP=2965;SC=AGAGCCTTGGGCAGCCTGAGA;SOR=0.960;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=121;TCR=84;TR=204;WE=19609212;WS=19609194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	19609254	rs1738025	T	C	7526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=141;NR=117;PP=2965;SC=CATTCGTGAGTAACCAAATGC;SOR=0.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=258;TCF=141;TCR=117;TR=258;WE=19609262;WS=19609244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr1	19609437	rs12070508	T	C	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.92;QD=31.93;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	19610598	rs116050237	A	G	4306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	19610999	rs116582396	C	A	5045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.46;SOR=5.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	19611006	rs114307705	C	A	5220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.15;SOR=4.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	19611241	rs1738023	T	C	14692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=200;NR=300;PP=2965;SC=TGTTTCCCATTCTTGTCCTCA;SOR=1.181;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=500;TCF=200;TCR=300;TR=500;WE=19611249;WS=19611231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,531:1.00:531
chr1	19611759	rs79752186	AA	GG	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=9;NR=23;PP=1433;SC=CTGGTGAAAGAAGCTTATGCC;SOR=1.845;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=32;WE=19611768;WS=19611749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	19612477	rs2231198	C	T	3935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=25.56;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	19615023	rs115242113	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=-5.019;QD=5.66;ReadPosRankSum=1.060;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
chr1	19615030	rs199899317	A	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQRankSum=-5.256;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.060;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,10:0.19:52
chr1	19615062	.	C	G	127	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MMLQ=20;MQ=54.15;NF=5;NR=3;PP=127;QD=20.2214015684;SC=TCGCTGTACACGAAGGCCGTG;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=8;WE=19615070;WS=19615041;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr1	19638309	rs2227295	A	G	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=10;PP=392;SC=GAGGATCTGCAGCTACTGTTA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=19638317;WS=19638299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	19638643	rs6143148	G	GCCGGGGGCCCCGGGGGCC	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.68;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	19651007	.	A	G	3427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=34;PP=2096;SC=CCGCCAGGCCACTTCCTCTCC;SOR=1.470;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=82;TCR=34;TR=116;WE=19651015;WS=19650997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	19651087	rs12142349	G	A	11808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=227;NR=185;PP=2965;SC=CCCCTGTAAGGTGGCCTGAGC;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=412;TCF=227;TCR=185;TR=412;WE=19651095;WS=19651077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr1	19654019	.	A	ACCC	157	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=42;MMLQ=23;MQ=56.73;NF=0;NR=4;PP=157;QD=46.75;SC=CCGTCCATCCATCCATCCCTC;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=4;WE=19654031;WS=19654009;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,4:0.25:16
chr1	19669235	rs12124843	A	G	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=13;PP=891;SC=CGCGGCTCTCAGGCAGGGTAC;SOR=1.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=51;WE=19669243;WS=19669225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	19683301	rs169957	G	T	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=31;PP=984;SC=AGTGGCCCCTGGAATTCAGGG;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=52;WE=19683309;WS=19683291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	19775246	rs10442634	C	T	6113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	19775492	rs10442635	A	G	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=26;PP=848;SC=TGACGTGACTAGGGACGCTGC;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=19775500;WS=19775482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	19934900	rs61740466	G	A	6955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=120;PP=2965;SC=ATCCAACTCCGGGCCACAGGA;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=117;TCR=121;TR=237;WE=19934908;WS=19934890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr1	20097285	rs41311997	T	G	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=32;PP=802;SC=TTAAATCCACTTACTTTCCCT;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=20097293;WS=20097275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	20097822	rs11551819	G	A	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=52;PP=1561;SC=CCGTCGGGTCGTCCTTCAAGA;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=52;TCR=52;TR=104;WE=20097830;WS=20097812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	20097941	rs10917536	G	T	1889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=39;PP=1187;SC=TCCAGCCACTGCACCAGGCCT;SOR=1.211;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=66;WE=20097949;WS=20097931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	20304857	rs2307246	G	A	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=10;PP=496;SC=GGGTAGGGAGGGATAGGTGGC;SOR=0.984;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=20304865;WS=20304847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	20304926	rs4744	G	A	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	20395401	rs11573185	C	A	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=20;PP=1742;SC=CACACTCCCCCCTACGTCCTT;SOR=2.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=67;TCR=20;TR=87;WE=20395409;WS=20395391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	20411234	rs2020886	T	A	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=7;PP=559;SC=TGGGGCCTGGTGGAGAGCCAG;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=20411242;WS=20411224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	20411332	rs2020887	C	T	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=3.046;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.00;ReadPosRankSum=-0.625;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr1	20446170	rs11298078	GT	G	1656.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=25.49;SOR=2.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	20470148	rs6657574	C	T	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=37;PP=1065;SC=TCAGACTGACCTTGCCCTCCA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=50;WE=20470156;WS=20470138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	20490518	rs6426616	T	C	3449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	20501442	rs10916718	T	C	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=16;PP=689;SC=TCTCTGGCTTTGAGCATGAAC;SOR=1.154;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=44;WE=20501450;WS=20501432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	20503710	rs10753483	G	A	244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.48;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	20637374	rs10916761	T	C	4952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=107;PP=2965;SC=AATGGTGAGATTCTTTCTGCT;SOR=1.596;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=55;TCR=107;TR=162;WE=20637382;WS=20637364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	20649814	rs4655194	T	C	5904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=1.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr1	20657352	rs2072753	T	C	5118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	20664128	rs57312184	T	C	5451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr1	20671833	rs10799629	C	A	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=17;PP=1016;SC=TTAAAGGCTTCTTTAATCCCA;SOR=1.316;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=20671841;WS=20671823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	20676932	rs179471	T	A	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=235;SC=CACAGAGTACTCTGGTGACAG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=20676940;WS=20676922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	20680760	rs230180	A	G	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.75;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	20810302	.	C	T	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=45;PP=1216;SC=AGTGGGAGGTCGGGAGAGGAG;SOR=1.519;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=71;WE=20810310;WS=20810292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	20829560	rs2641114	G	A	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=9;PP=493;SC=TAATCTTAGCGATCACAAAGC;SOR=1.284;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=20829568;WS=20829550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	20940258	rs488991	T	A	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=19;PP=831;SC=ACAGACCGAGTCTCAGGGCCT;SOR=0.994;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=48;WE=20940266;WS=20940248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	20960230	rs45530340	C	T	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=10;NR=5;PP=246;SC=GGCTCGGGCTCCCTAACCGTC;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=20960238;WS=20960220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	20964328	rs2298298	A	G	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=8;PP=950;SC=TTCTTTTCTCATCACAGGCAA;SOR=2.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=48;WE=20964336;WS=20964318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	20971911	rs56125389	G	C	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.07;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	20971980	.	C	CAAAAA	37.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr1	20972048	rs3131713	G	A	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=56;NR=38;PP=1715;SC=TCCCCTCTCCGCCAGCTATCC;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=56;TCR=38;TR=94;WE=20972056;WS=20972038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	20974802	rs2298299	A	G	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=478;SC=TGCAGCCTGTACTTACTGGAG;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=20974810;WS=20974800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	20977221	rs686658	A	T	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=36;PP=1062;SC=CTAAAAGAACATGGCATCCTC;SOR=2.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=48;WE=20977229;WS=20977211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	20978832	rs6893	T	C	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=24;PP=1340;SC=ACCCCCCTCCTTGCCCCGTCT;SOR=1.418;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=68;WE=20978840;WS=20978822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	20979307	rs11428148	G	GT	6407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=78;PP=2936;SC=GCCTGGGGCCGTTTCTGGCAG;SOR=0.702;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=128;TCF=42;TCR=86;TR=118;WE=20979315;WS=20979297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr1	20981806	rs592851	G	A	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=14;PP=956;SC=ACTCGGCCTTGATATAACAAA;SOR=1.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=50;WE=20981814;WS=20981796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	20987873	rs537816	G	C	4281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=75;PP=2653;SC=GACCCAGCACGTGCACACCGG;SOR=1.194;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=69;TCR=75;TR=144;WE=20987881;WS=20987863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	20991273	rs56070322	G	A	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=20;PP=618;SC=GAAGAGGGCAGAGGTGCTGGT;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=20991281;WS=20991263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	20992819	rs631357	G	C	4101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=79;PP=2486;SC=TGTAGCGGTCGTCCTCCTGCC;SOR=1.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=52;TCR=79;TR=131;WE=20992827;WS=20992809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	21024901	rs522496	C	T	3525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	21030902	rs900039	G	T	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=61;NR=26;PP=1431;SC=TTCTCCTGGGGACCTGGCCCT;SOR=1.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=61;TCR=26;TR=87;WE=21030910;WS=21030892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	21040079	rs10799661	C	A	4051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	21042300	rs554111	C	G	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=15;PP=401;SC=GGAGTTGACTCTCTGGTGGGG;SOR=2.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=21042308;WS=21042290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	21043913	rs604659	T	C	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=27;PP=1597;SC=CCCTGGGGACTCTCGGGGCGG;SOR=1.305;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=84;WE=21043934;WS=21043903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	21043926	rs604645	T	C	3398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=40;PP=1982;SC=CGGGGCGGCCTCATGCCCTGC;SOR=1.099;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=72;TCR=41;TR=112;WE=21043934;WS=21043903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	21044161	rs601329	A	G	5294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=78;NR=82;PP=2694;SC=GGTTCATGGGACGGCAGCGCA;SOR=1.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=78;TCR=82;TR=160;WE=21044169;WS=21044151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	21044219	rs601392	A	C	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=31;PP=1014;SC=CCCAGGACCAACGGGACCAGA;SOR=1.073;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=58;WE=21044227;WS=21044209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	21050958	rs592060	C	T	7535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=150;PP=2965;SC=TCTGAGAGAGCTGATCACGGC;SOR=1.080;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=265;TCF=115;TCR=150;TR=265;WE=21050966;WS=21050948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr1	21083867	rs58898561	T	TA	706.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.58;MQRankSum=0.000;QD=30.71;ReadPosRankSum=1.182;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,21:0.91:23
chr1	21083870	.	T	A	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.58;QD=40.16;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	21099846	rs589755	A	G	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=6;PP=476;SC=AGGAAGCAGAACAAGATTTAT;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=21099854;WS=21099836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	21102502	rs11459072	C	CA	43.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=0.648;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	21106204	rs200327876	G	GAA	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.606;QD=16.03;ReadPosRankSum=0.538;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr1	21143774	rs12126757	A	T	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	21167404	rs2230573	A	G	3673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=77;NR=41;PP=1924;SC=TGATAGAGTAATTGGCCCATG;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=77;TCR=41;TR=118;WE=21167412;WS=21167394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	21175855	rs7525082	C	A	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.69;SOR=2.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	21179969	rs7542882	G	A	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=18;PP=877;SC=CATAAGGATTGCTATCAAAAC;SOR=1.196;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=57;WE=21179977;WS=21179959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	21183819	rs145504996	TTG	T	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=1.661;SOR=0.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
chr1	21188871	rs17409373	C	A	3478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=83;PP=2503;SC=GAAACTTAAACGTAATTTTAC;SOR=2.147;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=31;TCR=84;TR=114;WE=21188879;WS=21188861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	21219050	rs6685306	C	T	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=13;PP=653;SC=ATAAAAAGAGCGTAACAGAAA;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=21219058;WS=21219040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	21295864	rs2271115	C	T	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=5;PP=412;SC=TGCGAGACAACTGATGGAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=21295872;WS=21295854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	21299363	rs6700718	C	A	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	21307743	rs74258939	AT	A	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=1.187;QD=3.55;ReadPosRankSum=0.562;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	21325360	rs885363	C	A	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	21327637	rs1395508	C	T	5524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=124;NR=76;PP=2965;SC=GTCAAAAATACTAAGTGCCAG;SOR=1.217;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=124;TCR=76;TR=200;WE=21327645;WS=21327627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	21377314	rs6426663	C	T	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=10;PP=737;SC=AAAATGATGCCTTTACAGGGA;SOR=1.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=21377322;WS=21377304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	21494634	rs61779121	C	T	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=21;PP=583;SC=TGGTGGCTCACGCCTGTAATC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=33;WE=21494642;WS=21494624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	21502724	rs34197724	TGCC	T	5199.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.74;QD=40.31;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	21554319	rs6426676	A	G	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=2;PP=385;SC=CTGCAACCTGAAGCACTGGGG;SOR=2.737;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=19;WE=21554327;WS=21554309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	21560253	rs28368029	G	C	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=12;PP=386;SC=AGATTAATCTGCAGGCTGGAG;SOR=0.906;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=21560261;WS=21560243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	21571601	rs12562197	G	A	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=60;PP=1779;SC=AGCAGGCTGCGGGGAGAGGAG;SOR=1.436;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=35;TCR=60;TR=94;WE=21571609;WS=21571591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	21671943	rs2072654	T	G	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	21751116	rs200628132	G	C	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.75;QD=28.86;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	21751142	rs150916531	A	G	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.81;QD=28.40;SOR=1.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	21751214	rs72476501	G	A	6276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.53;QD=25.52;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	21752746	rs140646278	G	A	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.14;QD=26.77;SOR=1.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	21753562	rs146549873	A	C	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.68;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	21754711	.	G	C	108.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.64;QD=27.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	21754920	rs183181907	G	T	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=6.214;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.20;MQRankSum=0.154;QD=21.30;ReadPosRankSum=-1.230;SOR=0.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,43:0.93:46
chr1	21754996	rs12024079	C	T	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.84;QD=26.84;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	21755345	rs41302023	T	C	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.82;QD=25.81;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	21755408	rs41312003	A	G	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=31;PP=969;SC=GCCACGTGGAAGACGTCGTTG;SOR=0.966;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=58;WE=21755416;WS=21755398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	21755453	rs3856177	G	A	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.18;QD=31.46;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	21755517	rs41300136	C	T	197.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=32.97;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	21755539	rs3855556	C	A	163.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=32.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	21755756	rs56343055	G	C	4269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.74;QD=25.88;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	21755867	rs7522332	A	G	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=54;PP=1865;SC=TTCCAGCAGCACTACCAGTAC;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=51;TCR=54;TR=105;WE=21755875;WS=21755857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	21755906	rs3738922	G	A	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=41;PP=1436;SC=AGGGAGCAGCGCCTGAGGAGC;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=78;WE=21755914;WS=21755896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	21756008	rs3894725	G	T	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.48;QD=27.48;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	21756069	rs7532750	G	A	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=349;SC=TGGGGTGTGTGGGGGATAAAA;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=21756077;WS=21756059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	21804815	rs7535654	T	G	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=26;PP=683;SC=GTACTCCATTTTGAAGGTGAT;SOR=1.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=21804823;WS=21804805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	21880818	.	C	CATAT	118	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.9999;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=118;QD=42.6666666667;SC=ACTCTTTTCCCATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=21880826;WS=21880808;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,3:0.60:5
chr1	21887290	rs1767430	C	A	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=33;PP=962;SC=TAGCTAGGAGCCCCGGGAGCC;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=21887298;WS=21887280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	21889635	rs1780316	T	C	6994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=1.830;SC=TCCCTGACAGTGCCGGCACCG;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=250;TCF=129;TCR=121;TR=247;WE=21889643;WS=21889625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,276:0.99:278
chr1	21890464	rs1767428	A	G	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.27;SOR=3.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	21896767	rs1256328	C	T	7012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=126;NR=105;PP=2965;SC=CCCTAGCCCCCGGCATGTGCT;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=231;TCF=126;TCR=105;TR=231;WE=21896775;WS=21896757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr1	21904131	rs34605986	T	C	5755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=125;PP=2965;SC=CCCCTGAGCGTCCTGTTCTGA;SOR=1.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=55;TCR=125;TR=180;WE=21904139;WS=21904121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	21925108	rs2794278	T	C	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=15;PP=504;SC=ACCCGTACCCTCTGCGAGGAG;SOR=2.400;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=21925116;WS=21925098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	21929260	rs829368	A	G	5996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	21929456	rs3215988	GC	G	1804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=45;PP=1018;SC=GAGCCCCAGTGCCCCCCCCAC;SOR=2.797;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=45;WE=21929464;WS=21929446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	21934693	rs72660316	T	C	8236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr1	21935467	rs12130950	G	A	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=28;PP=884;SC=AGGAAGGGAAGTTGAGATGAC;SOR=1.412;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=48;WE=21935475;WS=21935457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	21935884	.	G	GA	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=-1.107;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,16:0.22:72
chr1	21939741	rs1256282	G	C	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=65;PP=2152;SC=GGAGATAAGGGAGGGGTGTGA;SOR=1.149;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=46;TCR=66;TR=111;WE=21939749;WS=21939731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	21945389	rs12143471	C	T	2968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=63;NR=34;PP=1664;SC=CCCCTACCCCCGCACCTGGCA;SOR=1.054;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=99;TCF=65;TCR=34;TR=97;WE=21945397;WS=21945365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	21946396	rs12134357	T	C	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=8;PP=1080;SC=CATCTTCTACTGGCGTGGCCT;SOR=2.746;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=48;WE=21946404;WS=21946386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	21946415	rs1681255	G	A	2590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=19;PP=1697;SC=CTGTCCTCAGGGAGGTGAAGG;SOR=2.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=60;TCR=19;TR=79;WE=21946423;WS=21946405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	21948936	rs829415	G	C	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.62;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	21953436	rs829412	A	G	13806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.76;ReadPosRankSum=0.759;SOR=0.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,535:1.00:536
chr1	21961339	rs10799706	A	T	9443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr1	22013561	rs829420	C	A	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=4;PP=479;SC=TCTACTGTAACAATATGTGGA;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=22013569;WS=22013551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	22027858	rs35780642	C	CA	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.521;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr1	22030189	rs829372	T	C	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=34;PP=816;SC=TAAAAACATATGTCAAAGTTA;SOR=2.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=42;WE=22030197;WS=22030179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	22032472	rs11426922	A	AT	825.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=5;PP=951;SC=TATTCATTTAATTAATAGAAA;SOR=2.670;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=23;WE=22032480;WS=22032462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	22032570	rs333173	T	G	3590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=4.281;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;MQRankSum=0.185;QD=26.80;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=1.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr1	22033228	rs56167338	G	A	5821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=107;NR=80;PP=2965;SC=TGTCAGTAGCGTTCAGTACCT;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=107;TCR=81;TR=187;WE=22033236;WS=22033218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	22033385	rs112985732	G	GA	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.448;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.824;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
chr1	22050649	rs2275668	C	A	3224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=71;PP=2206;SC=CTAAGTGATACATTCATTTTT;SOR=1.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=35;TCR=71;TR=106;WE=22050657;WS=22050639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	22063149	rs10753517	G	A	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=25;PP=698;SC=TAAAAGAAACGTTGGATAACA;SOR=1.390;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=44;WE=22063157;WS=22063139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	22082923	rs10458384	G	A	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.13;SOR=2.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	22082967	rs35545280	CA	C	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.534;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,36:0.75:48
chr1	22141206	rs10917051	A	C	5817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=124;PP=2965;SC=TGCGGCCTGAACATCCCGGTG;SOR=1.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=75;TCR=124;TR=199;WE=22141214;WS=22141196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	22147764	rs6684152	A	G	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=226;SC=GAGCCAGACCATGTGAGTTCA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=22147772;WS=22147760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	22148164	rs6695528	G	A	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=49;PP=1452;SC=TAGGTGATGGGGACGGGGCAG;SOR=2.124;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=20;TCR=50;TR=69;WE=22148172;WS=22148154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	22149935	rs897467	T	C	5413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=104;NR=83;PP=2806;SC=CTGTGATGCCTGAGGAGAATC;SOR=0.762;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=105;TCR=83;TR=187;WE=22149943;WS=22149925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	22150120	rs3736360	C	T	5812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	22150160	rs3736358	G	T	6086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=110;NR=96;PP=2965;SC=CCTGGGGACCGGCCGCTGACC;SOR=0.764;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=110;TCR=96;TR=206;WE=22150168;WS=22150142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	22154845	rs2228347	A	G	8819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;NR=157;PP=2965;SC=ATGGGGAGCTATCATAGCATT;SOR=0.921;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=295;TCF=138;TCR=157;TR=295;WE=22154853;WS=22154835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr1	22154987	rs10917052	G	A	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=46;PP=1507;SC=TACCAGCAGGGAGAAGAATGC;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=72;WE=22154995;WS=22154977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	22155841	rs12042189	T	C	7262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=147;NR=95;PP=2965;SC=CAAGGCTTGGTGTGCAGAGCC;SOR=0.971;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=243;TCF=148;TCR=95;TR=242;WE=22155861;WS=22155831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr1	22155853	rs12023794	C	T	8144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr1	22157689	rs3736355	G	A	8545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=144;NR=182;PP=2965;SC=GCCAGGTGGTGTGTGGGGTGT;SOR=1.052;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=328;TCF=146;TCR=182;TR=326;WE=22157697;WS=22157679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr1	22158120	rs2270701	G	T	4260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.575;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=82;PP=2755;ReadPosRankSum=1.165;SC=AGGGCTGGAAGTAGCAGTATG;SOR=0.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=73;TCR=82;TR=154;WE=22158128;WS=22158110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,163:0.99:164
chr1	22159008	rs2229487	C	A	5912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=113;NR=95;PP=2965;SC=GCCTTCCCCCCACGAGGCCGA;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=208;TCF=113;TCR=95;TR=208;WE=22159016;WS=22158998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	22160111	rs17459139	C	T	3946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	22161275	rs2229492	G	A	13257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
chr1	22161635	rs11338283	CT	C	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=6.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=-2.692;SOR=1.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr1	22165901	rs2291826	A	G	7496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=153;NR=116;PP=2965;SC=CAGCGTGCCCAGCAGGGCTAG;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=269;TCF=153;TCR=116;TR=269;WE=22165909;WS=22165891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr1	22165987	rs2291827	G	A	6243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=117;PP=2965;SC=TCCAGCCGGTGCTGCCAGGGC;SOR=0.868;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=229;TCF=112;TCR=117;TR=227;WE=22165995;WS=22165977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	22167988	rs2270697	G	T	5462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	22168216	rs7556412	C	T	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=38;PP=1064;SC=TGGTCCTTCTCGTGTCTTGGT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=62;WE=22168224;WS=22168206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	22170648	.	C	G	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=9;PP=396;SC=TACCTGGTGCCGGGCAGGGAG;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=22170656;WS=22170638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	22170828	rs2270698	C	G	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	22170874	rs7520679	C	T	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=9;PP=309;SC=GATACTAGGACCAGAGGCCAT;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=22170882;WS=22170864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	22173762	rs12023884	G	A	4553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	22174426	rs2290501	T	G	17989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=680;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=322;NR=318;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.833;SC=CACTTGTCTGTACCCCCTGCC;SOR=0.696;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=642;TCF=323;TCR=319;TR=640;WE=22174434;WS=22174416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,677:1.00:679
chr1	22174600	rs3767138	A	G	4327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=94;PP=2681;SC=CAGGAAGCAGATGGCAGGAGG;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=54;TCR=94;TR=148;WE=22174608;WS=22174590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	22176831	rs2290500	C	T	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=32;PP=1447;SC=GGTCCCCAGCCCTGCCCTCCC;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=69;WE=22176839;WS=22176821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	22180248	rs67258784	AT	A	2446.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.84;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	22180250	.	AAAAT	A	646.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=10.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.02;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=2.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr1	22180548	rs12117402	T	C	10213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=189;NR=160;PP=2965;SC=TCAACCTCCTTCTCTCTCTGA;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=351;TCF=189;TCR=162;TR=349;WE=22180556;WS=22180538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr1	22183471	rs12024579	A	C	3225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=38;PP=1930;SC=TGGGGGAGAGACAGGAGGGGA;SOR=1.217;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=69;TCR=38;TR=106;WE=22183479;WS=22183461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	22186234	rs10917056	A	G	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=22;PP=1044;SC=AGCCCCATGCACAAGGACAGC;SOR=1.051;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=50;WE=22186242;WS=22186224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	22190826	rs3217649	G	GC	706.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=355;SC=ACAGGCCGGCGCCCCTCCTTC;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=10;WE=22190834;WS=22190816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	22199081	rs2501266	A	T	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=4;PP=464;SC=AGGTGGCAACACCGCCTGGGG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=22199089;WS=22199071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	22199245	rs2229482	C	T	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	22199821	rs2454290	G	A	3582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	22200067	rs2247741	A	G	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=31;PP=878;SC=AACTGGGCAGAGAAGAGCAGG;SOR=2.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=22200075;WS=22200057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	22200082	rs2445136	T	C	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=24;PP=476;SC=AGCAGGGACGTGCCCTGGACC;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=22200090;WS=22200072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	22200835	rs2445135	C	G	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=114;SC=CTGGATGAAGCGGGTGTGGGA;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=22200843;WS=22200829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	22201331	rs2290494	C	T	4517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=82;PP=2805;SC=GGAGAAGGAGCGGGAAGCACC;SOR=1.199;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=148;TCF=66;TCR=82;TR=146;WE=22201339;WS=22201321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	22202109	rs2501265	C	T	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=19;PP=1449;SC=CCTCCTGCCCCGGCTCCAGAC;SOR=1.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=69;WE=22202117;WS=22202099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	22204630	rs7513608	G	A	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=6;PP=502;SC=CCTCCCAGCTGTGGTGCTGGG;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=22204638;WS=22204620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	22205408	rs2454294	T	C	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=4;PP=376;SC=CCAAGTCTCCTGCCTCCCTGC;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=22205416;WS=22205404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	22205466	rs2454293	T	C	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=10;PP=799;SC=AAACCCCCCCTGACCCGGAGC;SOR=1.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=22205474;WS=22205456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	22206649	rs989994	T	C	4683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=55;PP=2684;SC=GCCATTGCAATTGCAACCAGA;SOR=1.153;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=99;TCR=55;TR=154;WE=22206657;WS=22206639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	22206942	rs1874793	G	A	8625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=152;NR=149;PP=2965;SC=GTCCCACGCTGGCCATCTTGG;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=153;TCR=149;TR=301;WE=22206950;WS=22206932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr1	22207235	rs1874792	T	C	3201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=66;PP=1568;SC=CCGGCACCCATGAGGACCACG;SOR=1.463;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=41;TCR=66;TR=107;WE=22207243;WS=22207225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	22207804	rs139046040	ACCCAGGGTGGCAG	A	9605.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=79;PP=2970;SC=TTCTTTCCCCACCCAGGGTGG;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=18;TCR=86;TR=95;WE=22207824;WS=22207794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	22208030	rs921847	C	T	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=21;PP=601;SC=AGGGCTGCAGCCTGGGCCTGC;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=22208038;WS=22208020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	22211217	rs2290493	G	A	10066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.35;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr1	22211222	rs4654994	T	C	10332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.60;SOR=1.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr1	22214040	rs41310388	G	A	6692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=100;NR=123;PP=2965;SC=TGACGGAACCGGGAAGCAGGG;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=100;TCR=123;TR=223;WE=22214048;WS=22214030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr1	22214127	rs2229478	A	G	3963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=70;PP=2373;SC=TCGTCTCCACAAGGAGAGAGA;SOR=1.063;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=127;TCF=57;TCR=70;TR=126;WE=22214135;WS=22214117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	22215088	rs2445140	T	C	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	22216279	rs3767141	C	T	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=16;PP=724;SC=TCGGGTCTAACGGGTATGTGC;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=42;WE=22216287;WS=22216269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	22217108	rs2501260	G	A	18161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=680;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=291;NR=361;PP=2965;SC=ACACCTCTCGGAACTCTCTGG;SOR=0.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=656;TCF=292;TCR=364;TR=652;WE=22217116;WS=22217098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,676:1.00:676
chr1	22303702	rs4415533	C	A	3827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=80;PP=2358;SC=TCAGCTTGTACCCGGGGGCAT;SOR=1.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=42;TCR=80;TR=122;WE=22303710;WS=22303692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	22304889	rs141038744	G	A	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.30;QD=42.78;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	22304891	.	C	T	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.30;QD=42.78;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	22304909	rs138865928	A	C	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.36;QD=31.58;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	22307340	rs7528228	C	T	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=4;PP=394;SC=ATGAGAAAAGCGGAAGCTTCT;SOR=2.531;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=23;WE=22307348;WS=22307330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	22307358	rs7528300	C	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.28;QD=24.38;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	22307538	rs7528405	C	T	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=34;PP=1071;SC=CAGGAGCTCCCGGACCTACCA;SOR=0.961;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=70;WE=22307546;WS=22307528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	22310080	rs10799723	G	A	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=10;PP=825;SC=TTTGGAGGGTGAAGGAGCTGG;SOR=1.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=22310088;WS=22310070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	22310139	rs10733031	T	G	4485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.24;QD=47.22;SOR=1.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	22310145	rs10733032	C	T	4543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.40;QD=42.87;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	22310262	rs10733033	G	C	6210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=127;NR=109;PP=2965;SC=CACTCCCTCCGGCTGGTGACA;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=127;TCR=110;TR=236;WE=22310270;WS=22310252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	22310411	rs28468423	A	G	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.47;QD=43.52;SOR=1.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	22310411	.	AGA	GGG	1161	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=48.67;NF=14;NR=35;PP=1161;QD=24.7850586707;SC=CACCAAGACCAGACCTTGTAC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=49;WE=22310421;WS=22310401;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,49:0.92:53
chr1	22310413	rs7549398	A	G	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.67;QD=44.40;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	22310662	rs6426735	G	T	17138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=309;NR=294;PP=2965;SC=CCCCTGACTCGGTGCTTTTTA;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=606;TCF=311;TCR=295;TR=603;WE=22310682;WS=22310652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,650:1.00:650
chr1	22310674	rs7538207	C	T	15859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,609:1.00:609
chr1	22310725	rs3820287	G	C	10233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=154;NR=213;PP=2965;SC=CCCTGCTGCCGGTGGTGGACT;SOR=1.114;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=367;TCF=154;TCR=213;TR=367;WE=22310733;WS=22310715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr1	22310824	rs1803531	T	C	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=46;PP=1042;SC=CCGGCTGCAATGTGAGTCAGC;SOR=5.747;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=47;WE=22310832;WS=22310814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	22313161	rs1803530	T	C	3997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=81;PP=2041;SC=CCGCCTTCATTGACTGGATTG;SOR=1.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=61;TCR=81;TR=142;WE=22313169;WS=22313151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	22313371	rs34262568	G	A	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	22313469	rs3806296	G	C	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.99;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	22313521	rs71638814	G	T	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.15;QD=25.14;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	22315662	rs12082371	C	T	3659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=1.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.03;MQRankSum=-0.419;QD=18.21;ReadPosRankSum=0.308;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,97:0.48:201
chr1	22315666	rs55665598	G	A	3656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=1.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.69;MQRankSum=-0.488;QD=18.28;ReadPosRankSum=0.174;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,95:0.47:200
chr1	22315710	rs12071902	G	A	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.00;MQRankSum=-0.904;QD=9.57;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,87:0.47:184
chr1	22315738	rs4655006	C	T	3995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.43;QD=28.34;SOR=1.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	22324705	rs7534936	T	C	4393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.76;QD=25.25;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	22328279	rs12751986	C	T	7423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=26.51;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr1	22329041	rs71016961	GC	G	2906.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-10.270;NF=26;NR=23;PP=1629;ReadPosRankSum=1.351;SC=TTGCTATGTTGCCCAGGCTGG;SOR=0.692;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=118;TCF=59;TCR=59;TR=49;WE=22329049;WS=22329031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,71:0.49:145
chr1	22329062	rs143337942	CC	GT	3660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.48;MQRankSum=-10.914;QD=17.77;ReadPosRankSum=1.232;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,96:0.47:206
chr1	22329220	rs55638883	G	A	2534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.438;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.427;NF=52;NR=73;PP=1721;ReadPosRankSum=-0.617;SC=AGGGCTCATCGAGGGCCAGGC;SOR=0.793;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=271;TCF=119;TCR=152;TR=125;WE=22329228;WS=22329210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,129:0.46:280
chr1	22329407	rs12756442	G	C	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.25;QD=28.50;SOR=1.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	22329407	.	GTTGAAGGCAT	CTTGAAGGCAC,CTTGAAGGCAT	1176	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=53.57;NF=11,58;NR=0,25;PP=102,1176;QD=14.1334431693;SC=CACACAGCCAGTTGAAGGCAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=83;TCF=58;TCR=25;TR=11,83;WE=22329425;WS=22329397;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.13:83
chr1	22329417	rs7533677	T	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=10.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQRankSum=-6.110;QD=0.78;ReadPosRankSum=-2.929;SOR=2.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,14:0.14:103
chr1	22329465	rs41311995	A	C	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=3.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQRankSum=-2.846;QD=5.58;ReadPosRankSum=-1.235;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,71:0.33:218
chr1	22329645	rs4543768	T	C	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=43;PP=993;SC=TCTAATGGCGTGGCATCCAGC;SOR=2.786;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=56;WE=22329653;WS=22329635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	22333688	rs3820289	T	C	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=11;PP=1492;SC=TGTTTTGGTATCTTCTGTGTG;SOR=2.939;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=58;WE=22333696;WS=22333686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	22336277	rs3820285	C	G	4193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=25.89;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	22336305	rs9187	C	T	6753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.26;MQRankSum=8.730;QD=40.93;ReadPosRankSum=4.607;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,159:0.96:165
chr1	22336308	rs12908	G	A	6728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.01;MQRankSum=7.392;QD=41.03;ReadPosRankSum=4.290;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,158:0.96:164
chr1	22405379	rs34952712	CT	C	357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.55;ReadPosRankSum=0.348;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr1	22408106	rs2501282	G	A	4417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=60;PP=2323;SC=GGATGGACTAGGGGACGATTA;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=79;TCR=60;TR=139;WE=22408114;WS=22408096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	22447148	rs12756110	G	C	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=21;PP=454;SC=CCTCCTCTTAGGAATTACGCG;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=22447156;WS=22447138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	22447645	rs41420150	C	CTG	2321.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=7;PP=1789;SC=GTGGGAGAGTCTGGGGCCCTG;SOR=3.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=41;WE=22447653;WS=22447635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	22818139	.	AT	A	348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=-1.563;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr1	22837586	.	CTT	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=0.039;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,8:0.15:52
chr1	22846709	rs209720	G	A	3958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=62;NR=73;PP=2099;SC=GGAGCGGCACGTGGTGACCCA;SOR=1.031;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=62;TCR=73;TR=135;WE=22846717;WS=22846699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	22912910	rs12034618	C	T	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=2;PP=840;SC=ACAGTGTGAGCGGTCCCCAAG;SOR=3.417;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=35;WE=22912918;WS=22912900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	22913153	rs638058	T	C	12209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=212;NR=214;PP=2965;SC=GAGATGCCAGTACCCTTGAGC;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=432;TCF=212;TCR=220;TR=426;WE=22913161;WS=22913143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr1	22913273	rs60727050	T	TG,TGG	776.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=31.07;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,17:0.32,0.68:25
chr1	22915753	rs606002	T	C	5254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=89;NR=84;PP=2965;SC=TTCCCCTGCCTCAGACCCATC;SOR=0.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=89;TCR=84;TR=173;WE=22915761;WS=22915743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	22915978	rs521570	A	T	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=497;SC=TCTGTGCCTCAGTTTCCTCCC;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=22915986;WS=22915968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	22919904	rs209696	C	T	6243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=126;NR=90;PP=2965;SC=AGCAGCCGAACGGCATCATCC;SOR=1.009;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=127;TCR=90;TR=216;WE=22919912;WS=22919894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr1	22922546	rs209692	G	A	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=7;PP=384;SC=TTGGGGTCAGGTCCCGGGCTA;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=22922568;WS=22922536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	22922560	rs209691	G	A	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=9;PP=583;SC=CGGGCTAGGGGTGGCCTGGCC;SOR=1.387;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=31;WE=22922568;WS=22922536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	22922800	rs209690	G	A	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=8;PP=225;SC=CAGATTCCAGGGTGTCACAGA;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=22922808;WS=22922790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	22924418	rs12030727	T	C	4748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.06;NF=64;NR=89;PP=2927;SC=GGCCTCTGGGTCCATCCCCTC;SOR=1.152;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=64;TCR=89;TR=153;WE=22924426;WS=22924408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	22924536	rs66665740	GT	G	3033.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=30;PP=2454;SC=GCACCCTGGGGTTTCCAGTGC;SOR=0.997;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=59;WE=22924544;WS=22924526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	22925292	rs664340	C	G	6224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=135;NR=84;PP=2965;SC=CAGGCGCCTCCCCGGGCTTTC;SOR=1.118;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=135;TCR=84;TR=219;WE=22925300;WS=22925282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr1	22927314	rs209702	A	G	8195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=148;NR=108;PP=2965;SC=GTGAGTGCCAAGCCCTGGCAG;SOR=0.879;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=148;TCR=109;TR=256;WE=22927334;WS=22927304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr1	22927326	rs209701	T	G	7871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=144;NR=101;PP=2965;SC=CCCTGGCAGGTCCGCGGGCGG;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=144;TCR=101;TR=245;WE=22927334;WS=22927304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr1	22928265	rs209700	A	G	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=49;PP=1475;SC=GGCAGCCACCAAGCCCACCCC;SOR=1.408;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=78;WE=22928273;WS=22928255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	22928349	rs209699	A	G	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=16;PP=435;SC=CCCTCCTCTCAGGTGCTGGAG;SOR=3.160;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=22928357;WS=22928339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	22965438	rs172378	A	G	8976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=171;NR=119;PP=2965;SC=GCCCCCTCGGAGCCCGTGGCA;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=171;TCR=119;TR=290;WE=22965446;WS=22965428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr1	22987958	rs10580	A	G	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=64;PP=1896;SC=CCCTTGCCCAACCAATGCACA;SOR=2.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=23;TCR=64;TR=87;WE=22987966;WS=22987948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	23045943	rs2869513	A	G	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=27;PP=917;SC=ATCTGGTTTCACAGGGCCCAC;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=58;WE=23045951;WS=23045933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	23101688	rs1561624	T	G	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=23;PP=914;SC=GTTGTGAAAATAGATGGATGT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=50;WE=23101696;WS=23101678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	23107811	rs71020449	TA	T	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=-1.639;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr1	23108089	rs2817904	A	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=25;PP=685;SC=TTCAGGACCCAGAGCCAGGCC;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=23108097;WS=23108079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	23111341	.	C	T	16528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=308;NR=263;PP=2965;SC=TGTCTTCTACCGCAAGTGCCC;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=573;TCF=308;TCR=265;TR=571;WE=23111349;WS=23111331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,618:1.00:618
chr1	23219493	rs309472	T	C	8885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=158;NR=145;PP=2965;SC=CCGTGGCAGGTTACGGGCGCT;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=303;TCF=158;TCR=145;TR=303;WE=23219501;WS=23219483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr1	23289568	rs10799777	T	C	2839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=34;PP=1574;SC=GCCCAGCCCATATGCCCAGTT;SOR=1.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=92;WE=23289576;WS=23289558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	23291582	rs4655138	G	A	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=416;SC=TTTTATACACGAGGACATCGA;SOR=2.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=23291590;WS=23291572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	23342230	.	C	CA	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.61;ReadPosRankSum=-1.605;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
chr1	23342362	rs681648	A	G	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=43;PP=1253;SC=TGTTTAATGTATACAGAATTT;SOR=0.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=81;WE=23342370;WS=23342352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	23356864	rs10799788	G	A	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=213;SC=CCCTTAAAATGTGAGGTTAAC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=23356872;WS=23356856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	23357282	rs6682560	A	T	178.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=143;SC=GTGTGTGTGTATACATATACA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=23357290;WS=23357272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	23380198	rs579785	A	G	1683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=1.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	23385826	rs79588010	CTT	C	3189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=37;PP=2378;SC=TTTCTTAACTCTTGAGCTATG;SOR=1.226;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=53;WE=23385835;WS=23385816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	23399932	rs967605	C	T	4696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=90;PP=2903;SC=ATTGCACATGCCTTTGAGAGG;SOR=0.956;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=76;TCR=90;TR=166;WE=23399940;WS=23399922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	23405794	rs2072945	A	C	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=20;PP=518;SC=TTGTGACATCAGGGCTGAGGC;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=23405802;WS=23405784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	23418153	rs10799790	C	T	4846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=76;PP=2763;SC=TCTGGCCTGTCCTTCAGGGGC;SOR=0.902;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=76;TCR=76;TR=152;WE=23418161;WS=23418143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	23419261	rs477717	G	A	4589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=63;PP=2434;SC=CCTTCAGTCCGCTCTCGGTGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=77;TCR=63;TR=140;WE=23419269;WS=23419251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	23419374	rs3765407	G	T	9987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.19;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	23419383	rs477830	C	T	10183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	23419855	rs1983965	T	C	3580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=61;PP=2083;SC=GTTTGATTTGTGTCTTAAGTT;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=67;TCR=61;TR=128;WE=23419863;WS=23419845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	23519477	rs623988	C	T	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	23519508	rs113803399	T	TA	1395.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.797;QD=14.10;ReadPosRankSum=1.613;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,85:0.86:99
chr1	23664511	rs11586100	T	G	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=353;SC=GTGCCAGAGATTGGAGCAGAC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=23664519;WS=23664501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	23688933	rs2849028	A	G	7713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.07;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr1	23693422	rs2849025	T	C	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=10;PP=815;SC=GTCAAGCCAATATCCAATTAA;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=23693430;WS=23693412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	23696152	rs665977	G	A	2627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=51;PP=1478;SC=GAGGCTGGCCGAGAAACCACC;SOR=1.261;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=87;WE=23696160;WS=23696142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	23710805	rs605468	A	G	3316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=44;PP=2060;SC=GTATGTGGATAACAGGGAAGG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=69;TCR=45;TR=113;WE=23710813;WS=23710795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	23713952	rs676363	T	G	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	23720260	rs2486078	T	G	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=6;PP=1193;SC=GAGGCTGGTTTGAAAAGCTCC;SOR=3.109;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=45;WE=23720268;WS=23720250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	23724183	rs2275355	C	T	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=29;PP=1072;SC=TGTTCCTGTACCATCCCTTGG;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=59;WE=23724191;WS=23724173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	23735241	rs1198423	G	T	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	23755513	rs1198430	T	C	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	23758134	rs1198434	A	G	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=50;SC=AAATCAATGGATGCTCAGAGA;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=23758142;WS=23758130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	23758497	.	AT	A	73.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.293;SOR=1.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	23758499	rs72661455	T	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-0.342;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	23758500	.	T	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.440;SOR=1.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	23760253	rs80255798	C	T	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=30;PP=820;SC=GAGATTAAGACGGGCCTCTGG;SOR=2.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=23760261;WS=23760243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	23761028	rs74415268	G	A	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=52;PP=2268;SC=GCTCTCACCCGTTCTGGATGA;SOR=1.032;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=132;TCF=79;TCR=53;TR=131;WE=23761036;WS=23761018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	23765472	rs1767148	A	G	1978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=31;PP=1178;SC=CAAGGATGTGAAGTGTAGACT;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=23765480;WS=23765462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	23765807	rs12132844	C	G	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=35;PP=1018;SC=TTGCCCCCACCTGTATGATCT;SOR=1.692;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=52;WE=23765815;WS=23765797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	23767669	rs12117542	A	G	4407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=79;PP=2492;SC=GGTGGATGCTATAGCCACATC;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=71;TCR=79;TR=150;WE=23767677;WS=23767659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	23782722	rs78337828	C	T	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=30;PP=840;SC=TCAGGGATGCCAAGCTGGAAT;SOR=1.150;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=55;WE=23782730;WS=23782712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	23885498	rs11574	T	C	2462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	23885599	rs2067053	T	C	4662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=89;NR=57;PP=2757;SC=TTCAGCCCTGTCCCGACTTCG;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=90;TCR=57;TR=146;WE=23885607;WS=23885589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	23954126	rs34020220	T	TAC	899.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.787;NF=18;NR=6;PP=1104;ReadPosRankSum=1.233;SC=CTTCCAATTGTACACACACAC;SOR=0.976;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=24;WE=23954134;WS=23954116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr1	23955186	.	T	TTTATTATTATTATTATTA	1647.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=9;PP=2992;SC=CATTTATTCATTTATTATTAT;SOR=1.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=9;WE=23955194;WS=23955176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	24018277	rs10917413	C	G	6815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=119;NR=114;PP=2965;SC=ATAAGGCCCTCGGCCGGAAGC;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=234;TCF=119;TCR=115;TR=233;WE=24018285;WS=24018267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr1	24085913	.	A	AT	3683.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=21;PP=2237;SC=ACAGCCAAGAATAGCAGAGCT;SOR=1.563;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=51;WE=24085921;WS=24085903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	24106510	rs3831910	A	AT	1374.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=37;PP=1513;SC=GAATAGTATCATTTTCTTCTT;SOR=2.746;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=37;WE=24106518;WS=24106500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	24122986	rs760941	C	T	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.93;SOR=5.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	24133612	rs1018396	G	A	3779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=59;PP=2144;SC=TGTCCTGAGCGTGATCAGGAT;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=71;TCR=59;TR=130;WE=24133620;WS=24133602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	24134721	rs719400	T	C	6508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=93;PP=2965;SC=TGACAGCAGATAGCATGTCTT;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=128;TCR=93;TR=221;WE=24134729;WS=24134711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr1	24143932	rs2076344	A	G	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=35;NR=22;PP=920;SC=TTTCATCCCTAGAGAAAGGCC;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=57;WE=24143940;WS=24143922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	24180806	rs55699941	TA	T	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=1.013;QD=1.16;ReadPosRankSum=-1.351;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,25:0.25:101
chr1	24200903	rs2229586	G	C	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=259;SC=TCAGCAAAAAGGGGTCCGTGT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=24200911;WS=24200893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	24200921	rs2229585	T	C	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=399;SC=TGTCTAGGTGTCTGGGACTGG;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=24200929;WS=24200911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	24200969	rs2229584	T	C	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.27;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	24200983	rs2229583	C	T	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.60;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	24201094	rs2229581	G	C	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=37;PP=2449;SC=CCTCTGTCTCGGTGACTGAGG;SOR=1.577;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=93;TCR=37;TR=130;WE=24201102;WS=24201084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	24201109	rs2229580	C	T	4270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=44;PP=2721;SC=CTGAGGATCTCGGGGCTTCTT;SOR=1.457;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=93;TCR=44;TR=137;WE=24201117;WS=24201099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	24201262	rs2502993	A	G	8465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=137;NR=147;PP=2965;SC=TGGAGCAGAAAGCAAAGGCCT;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=137;TCR=147;TR=284;WE=24201270;WS=24201252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr1	24201357	rs4649124	A	G	6113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=99;NR=101;PP=2965;SC=AGCACAGCCAACACTAGCCCT;SOR=0.817;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=99;TCR=101;TR=200;WE=24201365;WS=24201347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	24201448	rs3003336	C	T	6435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=104;NR=99;PP=2965;SC=ACAAGCTGGCCACATGCTGAT;SOR=0.805;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=104;TCR=99;TR=203;WE=24201456;WS=24201438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	24201643	rs2501431	G	A	3486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	24201919	rs2502992	TT	CC	8567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=88;PP=2947;SC=TCCGGCGGAGTTGGTGGGAGG;SOR=0.908;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=77;TCR=91;TR=164;WE=24201928;WS=24201909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	24255844	rs71575785	C	CTATTATTAT	666.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=41.67;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	24288476	rs72540327	T	C	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=4;PP=86;SC=GTAAAAAAAATAGACCATCTC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=24288484;WS=24288466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	24294450	rs200961364	C	CA	279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.63;MQRankSum=-4.423;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr1	24294587	rs145191744	G	A	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.34;QD=24.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	24388371	rs4649168	T	C	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=17;PP=675;SC=ACTGACCCAGTGTGCCCAGAC;SOR=0.960;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=49;WE=24388379;WS=24388361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	24397473	rs34631595	G	GC	710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=530;SC=CCTCATCACTGCAACAGCAAA;SOR=2.419;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=14;WE=24397481;WS=24397466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	24400584	rs6660949	G	C	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.69;SOR=1.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	24400633	rs10903083	C	G	5318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=76;PP=2965;SC=TGGCAGGGAGCGGGGTAGGTG;SOR=0.787;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=179;TCF=103;TCR=76;TR=178;WE=24400641;WS=24400623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	24406535	rs35446243	G	A	9271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr1	24416059	rs4393101	T	C	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=39;PP=1789;SC=TGGTGCTCTGTCCCGGGGGCT;SOR=1.089;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=65;TCR=39;TR=104;WE=24416067;WS=24416049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	24434717	rs11447181	T	TC	1353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=38;PP=1317;SC=CAAGGCTGCATCCCCCCGACC;SOR=4.271;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=40;WE=24434725;WS=24434707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	24448084	rs17852648	G	A	6339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=108;NR=113;PP=2965;SC=GAGCTCCTGCGGGCTCCCTGG;SOR=0.872;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=221;TCF=108;TCR=113;TR=221;WE=24448092;WS=24448074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr1	24460797	rs17852649	T	G	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	24484441	rs946671	A	G	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=29;PP=823;SC=CATAATTATCATCATCTGAAT;SOR=1.569;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=46;WE=24484449;WS=24484431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	24485518	rs10751769	T	C	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=27;PP=1959;SC=CCCCACCTGCTGCACACCCCC;SOR=1.970;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=73;TCR=27;TR=100;WE=24485526;WS=24485508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	24485813	rs4649194	T	C	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=38;PP=1007;SC=AACCAAGGTTTGGGGCATTAT;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=24485821;WS=24485803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	24485941	rs4649195	T	C	2957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=33;PP=1522;SC=AAAGTTTCTCTTTCTGCACCA;SOR=1.015;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=91;WE=24485949;WS=24485931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	24486216	rs34545094	GT	G	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.285;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr1	24513768	rs4090311	G	A	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=25;PP=734;SC=CCCCGCCCGGGCCCAGGTCCC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=44;WE=24513776;WS=24513758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	24649416	rs1324663	C	T	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=3;PP=452;SC=GGACCCAGACCTGGTTCAGGC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=24649424;WS=24649406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	24657860	rs2486669	A	G	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	24658063	rs2486668	C	G	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=35;PP=989;SC=GAGATGATGACAGTGTTGCGG;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=53;WE=24658071;WS=24658053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	24668842	rs4648974	T	C	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=35;PP=1176;SC=TCCTCCTAGCTTCTCTGGGTT;SOR=1.382;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=24668850;WS=24668832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	24671464	.	ACCCTCCACACCTGTGCC	A	444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.06;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	24673866	rs6691722	A	G	4806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=1.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	24680915	rs12030057	C	T	4074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	24687653	rs532147	T	C	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=175;SC=GTCACGGCACTGGGGCAGAGC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=24687661;WS=24687643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	24695749	rs35671964	C	G	2930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	24706113	rs3765428	G	A	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=13;PP=600;SC=AATTCGATCTGTATTTAGCAA;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=24706121;WS=24706103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	24706269	rs1064842	A	G	4431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	24706292	rs1142057	T	C	4074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=25.79;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	24706410	rs3765431	T	C	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=32;PP=725;SC=AAGGTCTAAATGCATTTTATA;SOR=2.078;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=44;WE=24706418;WS=24706400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	24706438	rs3835230	A	AG	963.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=24;PP=1066;SC=AAACTCTGGCAGTAACAATGA;SOR=3.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=24;WE=24706446;WS=24706428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	24718075	rs2294520	T	C	7294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr1	24727678	rs2078445	C	T	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=12;PP=730;SC=CCTAAAGCCACCTATTTGGTA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=39;WE=24727686;WS=24727668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	24746205	rs12125143	C	T	5432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr1	24768778	rs4648863	G	C	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=21;PP=604;SC=CAGAGTGCCAGCGCCAGGATC;SOR=1.819;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=24768786;WS=24768768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	24779855	rs2272934	T	C	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=13;PP=1457;SC=TCTCGCCTACTTCTGTGGTCC;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=67;WE=24779863;WS=24779845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	24780521	rs56978150	C	CT	222	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.09;ReadPosRankSum=-1.765;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr1	24784139	rs10903089	A	G	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=9;PP=922;SC=AAGAGGCTAGAAAGTGGCGGA;SOR=2.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=42;WE=24784147;WS=24784129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	24784197	rs195718	T	C	2441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=26;PP=1317;SC=ATGCCCTCACTGCTCTGCTCT;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=53;TCR=26;TR=79;WE=24784205;WS=24784187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	24785393	rs2272935	C	T	5428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=89;PP=2965;SC=TGAGTCAAGCCTCACAGATGT;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=97;TCR=89;TR=186;WE=24785401;WS=24785383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	24792617	rs195725	T	A	6143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.663;SC=AAAAATGAGATCGAGAAACAG;SOR=0.340;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=93;TCR=109;TR=201;WE=24792625;WS=24792607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,232:1.00:233
chr1	24989762	rs4649011	G	T	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=45;PP=1452;SC=GTCAAAAATTGTAGTGACTTA;SOR=0.936;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=42;TCR=45;TR=86;WE=24989770;WS=24989752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	25098245	rs9332415	T	C	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=10;PP=808;ReadPosRankSum=-0.752;SC=ATTGGGGTTTTGTAACTAGCT;SOR=1.220;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=42;WE=25098253;WS=25098235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr1	25098341	rs7548438	C	T	6335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=133;NR=88;PP=2965;SC=GGTTCAAGTCCTATGTGTATC;SOR=1.037;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=133;TCR=88;TR=221;WE=25098349;WS=25098331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr1	25098461	rs192352550	T	A	4945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=95;PP=2890;SC=TGGCTTAAGCTTAGGCTTAGG;SOR=1.154;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=73;TCR=95;TR=168;WE=25098469;WS=25098451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	25153692	rs4649022	G	A	3070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	25234062	rs34878696	T	G	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=102;SC=CACAGAGGTTTTCAAAAGACT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=25234070;WS=25234052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	25570550	rs5773124	A	AT	594.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=270;ReadPosRankSum=-0.649;SC=TAGATACAGCATTTTTTTTTT;SOR=0.960;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=19;WE=25570559;WS=25570540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,33:0.87:38
chr1	25611035	rs2301153	G	C	10466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=225;NR=139;PP=2965;SC=CTTCCCCCTCGTCCTTCTCGC;SOR=1.218;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=366;TCF=227;TCR=139;TR=364;WE=25611043;WS=25611025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr1	25678002	rs79573784	TAA	T,TA	919.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.879;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.07;MQRankSum=0.841;QD=14.60;ReadPosRankSum=0.688;SOR=1.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,17,41:0.27,0.65:63
chr1	25678238	rs3093616	T	A	2440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=51;PP=1519;SC=TTAAGATGAGTATTTCACATG;SOR=1.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=83;WE=25678246;WS=25678228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	25780668	rs34006994	C	T	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=14;PP=845;SC=AAGTTACTGTCGTCAAATTAG;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=25780676;WS=25780658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	25780889	rs141203814	A	ATG	485.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.128;NF=0;NR=18;PP=796;ReadPosRankSum=-1.378;SC=TATTACATAAATGTATGTGTG;SOR=1.501;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=18;WE=25780901;WS=25780879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr1	25780893	rs61775167	A	G	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=19;PP=537;SC=ACATAAATGTATGTGTGTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=26;WE=25780901;WS=25780879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	25785451	rs35530120	A	G	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=36;PP=931;SC=ACATACTCCCATATGGGCCTG;SOR=2.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=46;WE=25785459;WS=25785441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	25889342	rs10687390	CAG	C	2774.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=31;PP=1693;SC=CTTCACCGCTCAGAGTCTCGG;SOR=1.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=25889351;WS=25889332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	25889422	rs12096438	C	T	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=18;PP=1020;SC=AACTGACATCCGAAAGGTTTC;SOR=0.970;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=49;WE=25889430;WS=25889412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	25889632	rs6687605	T	C	3724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=68;PP=2095;SC=CTGCACCCCCTCCTTGAAGAG;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=56;TCR=68;TR=124;WE=25889640;WS=25889622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	25889672	rs6688931	G	A	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=52;PP=1381;SC=AGGGGGATTGGCCATGCGGTG;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=83;WE=25889680;WS=25889662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	25890050	rs6661159	A	G	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=38;PP=1888;SC=GGCCTGGGCAAGGCCACATCA;SOR=1.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=65;TCR=38;TR=103;WE=25890058;WS=25890040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	25890189	rs28969504	A	G	8000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=145;NR=128;PP=2965;SC=TAGAGGAGACAGCTAAGGCCC;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=273;TCF=145;TCR=128;TR=273;WE=25890197;WS=25890179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr1	25890247	rs41291058	C	T	6941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=116;NR=114;PP=2965;SC=CGAGGTGCCGCGGCCACAAGC;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=116;TCR=115;TR=230;WE=25890255;WS=25890237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	26127020	rs13373825	G	A	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=1;PP=244;SC=GGCGGAGGGGGACTGGACGGG;SOR=2.833;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=16;WE=26127028;WS=26127010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	26127425	rs6659086	G	A	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=9;PP=1233;SC=CACTGGGAGAGCTCAGGAAGA;SOR=3.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=55;WE=26127433;WS=26127415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	26131654	rs7349185	G	A	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=1.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	26138136	rs760598	C	A	13011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.66;ReadPosRankSum=-0.844;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,505:1.00:507
chr1	26138262	rs760597	T	C	6179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=132;PP=2965;SC=GCCACCTGCCTTCAGGGGAGC;SOR=1.418;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=82;TCR=133;TR=214;WE=26138270;WS=26138252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	26139137	rs10902685	C	T	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=23;NR=7;PP=641;SC=GGACCCTGGCCGCTTTGATGA;SOR=1.460;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=30;WE=26139145;WS=26139127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	26139392	rs3738451	A	G	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=29;PP=840;SC=TGAGGGCCTCAGGGACTGCCC;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=50;WE=26139400;WS=26139382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	26139444	rs10751726	G	A	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=435;SC=TTTCTGTGCTGAGCCCAGAGG;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=26139452;WS=26139434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	26139919	rs6676509	C	T	183.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=104;SC=AGTACAAGCACGGTGAGTGTT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=26139927;WS=26139909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	26140573	rs2294228	C	A	5394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=2.990;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.86;ReadPosRankSum=-1.189;SOR=0.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,215:0.99:217
chr1	26146884	rs984412	C	G	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=38;PP=1208;SC=AGGCGGCGAGCACTTGGCCGA;SOR=1.539;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=61;WE=26146892;WS=26146874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	26150023	rs11247758	C	T	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=25;PP=1145;SC=TAGAGAGTGCCCTGTCCCTAG;SOR=0.821;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=66;WE=26150031;WS=26150013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	26152666	rs6598923	T	C	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=15;PP=1150;SC=AGGAACCTTCTTCTGCCCCCT;SOR=1.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=59;WE=26152674;WS=26152656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	26152758	rs6598924	A	G	5665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	26227608	.	CAA	C	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr1	26310394	rs2275102	A	G	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	26314564	rs2245979	T	C	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.20;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	26349967	rs1938405	C	T	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=43;PP=1211;SC=CTGGAATAGACGCAAGCCCAA;SOR=1.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=34;TCR=43;TR=77;WE=26349975;WS=26349957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	26357178	rs368362104	AC	A	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
chr1	26357656	rs2736831	C	A	14298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=254;NR=244;PP=2965;ReadPosRankSum=0.207;SC=AACATCAGCTCACCCCTCACT;SOR=0.265;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=501;TCF=255;TCR=246;TR=498;WE=26357664;WS=26357646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,541:1.00:542
chr1	26357855	rs2802321	A	G	6853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=109;NR=107;PP=2965;SC=TCCAAGCCCTAACATTTTTCC;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=109;TCR=108;TR=216;WE=26357863;WS=26357845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr1	26358752	rs5773143	T	TA	4743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=35;PP=2489;SC=TGGATCCAACTAACCCTTCTC;SOR=1.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=91;WE=26358761;WS=26358742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	26365374	rs4659404	T	G	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=31;NR=12;PP=826;SC=TGGTAGAACATTTGCTGAGGA;SOR=1.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=26365382;WS=26365364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	26365549	rs2997452	C	T	3554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=69;NR=48;PP=1928;SC=ACCTGGTTTACAACACAGCTG;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=69;TCR=48;TR=117;WE=26365557;WS=26365539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	26372144	rs6686190	A	G	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=9;PP=1245;SC=CAGGGGTCAGAATCTGGGCTG;SOR=2.546;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=52;WE=26372152;WS=26372134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	26487940	rs3748856	A	G	10214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=176;NR=183;PP=2965;SC=CTCACGCCGCACCCCTGCAAC;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=360;TCF=177;TCR=183;TR=359;WE=26487948;WS=26487930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr1	26496455	rs2232648	C	T	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=47;NR=20;PP=1181;SC=GCCCCTTGGCCGGCCGGGCTG;SOR=1.275;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=67;WE=26496463;WS=26496445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	26509803	rs115769731	C	T	13236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=238;NR=231;PP=2965;SC=CACCTGCAAGCCAGGCCAACC;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=470;TCF=239;TCR=231;TR=469;WE=26509811;WS=26509793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,504:1.00:504
chr1	26510439	rs12733981	G	A	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=14;PP=936;SC=CCCCTGCTGCGCCCCCCTAGC;SOR=1.697;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=30;WE=26510447;WS=26510429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	26510460	.	C	A	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=38;NR=33;PP=1680;SC=TCCCTTCAGACCCCCCCACAG;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=71;WE=26510468;WS=26510450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	26511700	rs2783680	A	G	5480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr1	26514111	.	CTTTT	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.097;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.213;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr1	26520287	.	G	T	4979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.097;ClippingRankSum=0.000;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.82;ReadPosRankSum=-1.144;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,237:0.71:336
chr1	26524706	rs9970046	A	G	3767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=67;PP=2558;SC=GCGTTCATTTACATGACATTT;SOR=1.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=59;TCR=67;TR=126;WE=26524714;WS=26524696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	26526375	rs144835190	G	A	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	26527783	rs6703730	G	A	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=13;PP=870;SC=CCAGGGAAGAGGTGGGAGGGC;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=26527791;WS=26527773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	26528181	rs34161386	C	CTT	323.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.04;ReadPosRankSum=1.964;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr1	26529121	rs6691747	G	C	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=34;PP=965;SC=GCAGAGCCTGGCCAGAGCCCA;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=46;WE=26529129;WS=26529111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	26582091	rs3795686	G	A	12413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr1	26597435	rs4659419	G	A	5604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr1	26597673	rs11247894	G	A	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=463;SC=GGAGGGATACGTGAATTCTTG;SOR=4.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=26597681;WS=26597663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	26601385	rs3795685	G	A	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=23;PP=1380;SC=GTCCAAGCCAGCGGTGATATT;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=75;WE=26601393;WS=26601375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	26608649	rs12750420	G	A	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	26608782	rs34209692	C	T	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	26608811	.	TCCAGGACAGGGACTGGGGCCGGGACCGGGACCGGGACTGGGGCCGGGACCGGGACCGGGACTGGGGCCGGGACCGGGA	T	1105.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=9.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=-1.247;SOR=0.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,36:0.25:143
chr1	26608814	rs6672357	A	G	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=8.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.22;ReadPosRankSum=0.315;SOR=1.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chr1	26608825	.	TGGGGCCG	T	1583.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=10.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.57;ReadPosRankSum=-1.170;SOR=1.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr1	26608835	.	ACCGGGACCGGGACTGGG	A	1614.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=9.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.44;ReadPosRankSum=-1.626;SOR=1.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chr1	26609259	rs7522905	C	T	10185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=179;NR=177;PP=2965;SC=GGGGTGCCGGCGTGTTGGGTG;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=358;TCF=181;TCR=177;TR=356;WE=26609267;WS=26609249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr1	26609307	rs6598952	G	T	9371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=161;NR=163;PP=2965;SC=CCATCAGCACGCGGTGACCCA;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=325;TCF=162;TCR=163;TR=324;WE=26609328;WS=26609297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr1	26610891	rs4332350	A	C	6404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=102;NR=105;PP=2965;SC=CTTGTGCATCAGCTGCCTGCC;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=102;TCR=106;TR=207;WE=26610899;WS=26610881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	26612042	rs11247898	A	G	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=16;PP=523;SC=GCTGCAAGGGAAGAGGAAAAG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=26612050;WS=26612032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	26620846	rs3832184	C	CA	7901.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=96;PP=2966;SC=GGGGGAGATGCGGGGCACCGT;SOR=1.270;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=111;TCF=11;TCR=100;TR=107;WE=26620854;WS=26620825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	26627478	rs2276712	T	C	18067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=702;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,702:1.00:702
chr1	26629465	rs11803933	G	C	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=13;PP=328;SC=CCAAGCCCAGGGGGTAGCCTG;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=26629473;WS=26629455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	26646611	rs111668601	TA	T	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=2.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.497;QD=2.04;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=0.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,37:0.33:113
chr1	26646726	rs1071849	A	G	13308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.92;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr1	26646730	rs17645	A	G	13257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.34;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr1	26648551	rs11247913	G	C	7574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=153;NR=108;PP=2965;SC=CGGCCTCCTGGGGGTGGGATG;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=153;TCR=108;TR=261;WE=26648559;WS=26648541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr1	26654937	rs11589684	G	C	4512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=93;PP=2919;SC=TTCTCCCATGGAGGGATTCCT;SOR=1.013;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=70;TCR=93;TR=163;WE=26654945;WS=26654927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	26662774	rs7517559	C	T	4921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.50;SOR=1.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	26662904	rs72649360	C	T	11140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=199;NR=179;PP=2965;SC=GGGTGCCGGCCCCTAGCCTTG;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=379;TCF=199;TCR=180;TR=378;WE=26662912;WS=26662894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr1	26664219	rs4072445	T	C	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=42;PP=1349;SC=CCCAGCCAGCTCAGGAATGGC;SOR=1.079;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=74;WE=26664227;WS=26664209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	26670444	rs36024412	G	T	4973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=87;NR=71;PP=2603;SC=TCCAAGACGGGAAGTGGGCCT;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=88;TCR=71;TR=158;WE=26670452;WS=26670434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	26670609	rs34370465	C	T	8854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=164;NR=145;PP=2965;SC=CTCCTGCCTGCGCTGGAGCTT;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=309;TCF=164;TCR=145;TR=309;WE=26670617;WS=26670599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr1	26671522	.	GAAATGAGGCATCA	G	1526.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.73;QD=43.62;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	26671538	.	AGCAC	A	1557.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.97;QD=47.20;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	26671544	.	GGGGCCCTTCACGACCTCTTTCCAGGTGGGGAACA	G	1485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.75;QD=42.45;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	26689659	rs11247932	G	A	5063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=87;NR=86;PP=2814;SC=AGTCAGATGCGGGATAAATGC;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=88;TCR=87;TR=173;WE=26689667;WS=26689649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	26691174	rs11247933	C	A	5763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.50;ReadPosRankSum=-0.595;SOR=0.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,225:1.00:226
chr1	26699157	rs11247937	T	C	3091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=70;PP=2117;SC=CTTCCCAACCTACTCTGGTGA;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=21;TCR=70;TR=91;WE=26699165;WS=26699147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	26700795	rs7520030	T	C	7307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=122;NR=127;PP=2965;SC=CCAGCTGTGCTCCCTCCTGGC;SOR=0.840;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=251;TCF=122;TCR=129;TR=249;WE=26700803;WS=26700785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	26752992	rs4659441	T	C	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=26;PP=631;SC=CAGGAAGTTTTGAGGAGCAGG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=26753000;WS=26752982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	26799941	rs2255389	A	G	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=7;PP=1433;SC=AACCACCTCAAAATCTGCAGT;SOR=3.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=55;WE=26799949;WS=26799931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	26801290	rs2045343	A	T	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=18;PP=835;SC=CTTTCCTGTTAACTTAAATCC;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=38;WE=26801298;WS=26801280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	26869610	rs921893	G	A	6440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=1.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr1	26870730	rs1466286	C	G	5299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=100;PP=2965;SC=CTGCCTACCTCTGTCTGTGGT;SOR=1.040;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=79;TCR=100;TR=179;WE=26870738;WS=26870720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	26872346	rs71640330	C	T	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=6;PP=445;SC=GCGGCAGCCCCGGACTCTGCC;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=26872354;WS=26872336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	26872554	rs12723936	A	G	3033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=48;PP=1570;SC=TCTGGTCCTGACCTGGCTGTG;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=98;WE=26872562;WS=26872544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	26879376	rs7543005	T	C	9155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=21.05;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr1	26879792	rs4970489	T	C	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=2;PP=348;SC=CCAGGGTGGCTCTTCAGGACC;SOR=3.383;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=15;WE=26879800;WS=26879791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	26879920	rs4970490	T	C	4143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=82;NR=58;PP=1918;SC=TTTACCTGGCTGAGCTGGCTC;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=82;TCR=58;TR=140;WE=26879928;WS=26879910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	26880989	rs873151	T	C	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=15;PP=1786;SC=ATGGGGGTGATGCCTTCTGGC;SOR=2.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=64;TCR=15;TR=78;WE=26880997;WS=26880979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	26881806	rs897641	C	A	3756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=69;PP=2371;SC=CCTGCCTCAGCTACCCTCTCT;SOR=0.917;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=130;TCF=61;TCR=69;TR=128;WE=26881814;WS=26881796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	26887150	rs34062688	A	G	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=19;PP=1121;SC=CCAAGACCTTAGGTCCTGGGG;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=60;WE=26887158;WS=26887140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	26887592	rs1064196	T	C	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	26898142	rs188158	A	G	5218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=78;PP=2965;SC=GTGAGGGGGAATTGGAGGCCT;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=93;TCR=78;TR=171;WE=26898150;WS=26898132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	26898956	rs282176	T	C	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=118;SC=ACCACCTCCGTACCTTGTTGG;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=26898964;WS=26898946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	26899671	rs2296399	C	G	4591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=95;NR=55;PP=2965;SC=GGGGCCTGCTCCCCTGCAGCC;SOR=1.453;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=95;TCR=55;TR=150;WE=26899679;WS=26899661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	26900428	rs34694705	C	CA	930.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=0.000;QD=17.24;ReadPosRankSum=1.302;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,50:0.93:54
chr1	26900735	rs282179	C	G	6721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=128;PP=2965;SC=TAGCTTGACACAGTCAGCATG;SOR=1.306;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=208;TCF=80;TCR=128;TR=208;WE=26900743;WS=26900725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	27088546	rs113319329	A	T	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=434;SC=AGTGGCTGCTAAAGAAAATGT;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=27088554;WS=27088536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	27094156	rs34502618	A	G	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=3;PP=404;SC=TGAAGGTAGGACAGGTGTTAG;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=27094164;WS=27094154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	27097515	rs76490152	A	G	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=547;SC=TGGTTCTACAAAGATGAATAC;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=27097523;WS=27097505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	27100873	.	AG	A	5656.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=52;PP=2966;SC=AGCGGCACGAAGGGGAGATGT;SOR=1.447;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=57;TCR=57;TR=105;WE=27100881;WS=27100863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	27153703	rs112408368	A	G	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=43;PP=1287;SC=CCTGCTGGGCACTCCGTGCCT;SOR=4.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=53;WE=27153711;WS=27153693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	27158844	rs34924059	G	T	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=17;PP=1552;SC=TTTGGTGGTGGTTGTTGGAAT;SOR=2.245;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=61;TCR=17;TR=76;WE=27158852;WS=27158834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	27174976	rs17370283	C	G	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=4;PP=894;SC=ATGTTTGTTCCTGGGAACCTG;SOR=4.174;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=46;WE=27174984;WS=27174967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	27210721	rs3170660	T	C	2393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=40;PP=1134;SC=TCTTGGGCTCTGAAACAGTAT;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=82;WE=27210729;WS=27210711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	27220625	rs78128878	T	C	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=8;PP=895;SC=TTCCCTAGCCTTTTGTTTGGG;SOR=1.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=27220633;WS=27220615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	27238235	rs41303639	G	C	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=23;PP=1620;SC=GTCTATACAGGCTTGCCCCCT;SOR=1.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=80;WE=27238243;WS=27238225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	27320356	rs6689941	T	C	4965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	27426796	rs4266911	T	C	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=59;NR=30;PP=1411;SC=CTGGCCCTGGTGTTACTGCCC;SOR=1.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=60;TCR=30;TR=89;WE=27426804;WS=27426786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	27427041	rs4418629	T	C	13598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr1	27609980	rs6670124	T	G	5831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=108;PP=2965;SC=AAGCCACAGATCAAGCACAAG;SOR=0.919;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=95;TCR=111;TR=203;WE=27609988;WS=27609970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	27679692	rs11247639	A	G	2510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=17;PP=1685;SC=CATATGTGAGAGAGAATGAGT;SOR=2.247;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=59;TCR=17;TR=76;WE=27679700;WS=27679682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	27679797	rs3813795	A	G	10219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=194;NR=158;PP=2965;SC=GATGACAGCCAGGCCAGCCGC;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=352;TCF=194;TCR=158;TR=352;WE=27679805;WS=27679787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr1	27680292	rs8533	A	G	5411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=105;NR=85;PP=2965;SC=AGCCGTGCGAATGGGTGGATG;SOR=0.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=105;TCR=85;TR=190;WE=27680300;WS=27680282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	27682440	rs36035221	T	TG	3890.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=29;PP=2629;SC=GAGGGCACAGTAGAAGAGCAG;SOR=1.234;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=57;WE=27682448;WS=27682430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	27682481	rs12569127	G	A	3692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=45;PP=2209;SC=GCTTTGGCTGGTGAGGTCAGG;SOR=1.011;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=68;TCR=45;TR=113;WE=27682489;WS=27682471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	27686063	rs7521552	G	C	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=52;PP=1571;SC=GCCAGCAGAAGTAGACCCTCT;SOR=2.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=73;WE=27686071;WS=27686053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	27687466	rs35659744	G	T	4459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.19;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	27688743	rs55841735	T	C	3265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=77;PP=1795;SC=GCTTCATGCCTGGGGGAGAGA;SOR=1.341;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=47;TCR=77;TR=123;WE=27688751;WS=27688733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	27689763	rs4525067	C	T	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=8;PP=600;SC=TCCCCCACCCCGACCCAGGCA;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=27689771;WS=27689753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	27690359	rs4307592	T	C	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	27690644	rs12727507	A	G	7558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=138;NR=118;PP=2965;SC=CCAGCCCACCATACCCTCACC;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=138;TCR=118;TR=256;WE=27690652;WS=27690634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr1	27696011	rs10218730	C	T	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=47;PP=1307;SC=CCCAGCACCACGCCTGGCACC;SOR=2.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=65;WE=27696019;WS=27696001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	27875824	rs4908364	C	T	5759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=102;PP=2965;SC=CAGTCTGAAGCGGCTGGAGTT;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=197;TCF=94;TCR=103;TR=194;WE=27875832;WS=27875814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	27944000	rs1292089	T	A	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=24;PP=654;SC=GTAGGTGCCCTGCAAAGGTTA;SOR=5.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=27944008;WS=27943990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	27995077	rs56015130	G	T	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.555;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=76;PP=2277;ReadPosRankSum=-0.497;SC=CGTAGTGGGGGTGTTGGGGTG;SOR=1.216;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=46;TCR=78;TR=120;WE=27995085;WS=27995067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,120:0.98:123
chr1	28086955	rs10902671	C	A	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	28268573	rs10902678	C	T	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=5;PP=327;SC=CACCCTTCAGCAGTATGTGCC;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=28268581;WS=28268567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	28268829	rs138466566	T	TC	5606.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=40;PP=1781;SC=GCAAAGGGCCTCCCCCAACAT;SOR=0.758;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=55;WE=28268843;WS=28268819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	28268835	rs5018921	A	C	5615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=38;PP=1575;SC=GGCCTCCCCCAACATCCATCC;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=75;WE=28268843;WS=28268819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	28280012	rs11577165	G	C	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=54;PP=1301;SC=GCTTAGAAAAGGCAGTCTTGG;SOR=2.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=72;WE=28280020;WS=28280002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	28282206	rs3813804	C	T	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=9;PP=767;SC=TGTACATTGTCGGCCACGTGC;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=38;WE=28282214;WS=28282196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	28282819	rs4908381	T	C	3348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=83;PP=2520;SC=CTGTCACAGCTTCATACCTGG;SOR=3.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=14;TCR=83;TR=97;WE=28282827;WS=28282809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	28290231	rs4373781	C	G	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=34;PP=965;SC=GGCTGGCCCCCCTGTCGTGGC;SOR=2.540;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=44;WE=28290239;WS=28290221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	28301217	rs12406483	C	T	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=23;PP=589;SC=TAATCATATGCATAAGGACCT;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=28301225;WS=28301207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	28339933	rs6683268	A	T	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=5;PP=110;SC=CTTCTCATTTACCTACCTAAA;SOR=2.303;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=28339941;WS=28339923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	28369279	rs2476547	G	A	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=70;PP=1913;SC=GTAAATCTTCGTGATATCCTT;SOR=2.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=23;TCR=70;TR=93;WE=28369287;WS=28369269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	28374815	rs7541031	C	T	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	28422847	rs2989472	C	T	8570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=190;NR=102;PP=2965;SC=TACGGCCACTCCCTGTCCCGC;SOR=1.496;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=295;TCF=191;TCR=104;TR=292;WE=28422855;WS=28422837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr1	28422967	.	CT	C	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DP=589;ExcessHet=3.0103;FS=2.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=0.27;ReadPosRankSum=1.294;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:432,89:0.17:521
chr1	28786793	rs75590636	C	T	4619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=64;PP=2631;SC=TGTTGGAAGACCCTGAGCAAG;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=88;TCR=64;TR=152;WE=28786801;WS=28786783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	28793149	rs61748637	C	G	19174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=731;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=338;NR=353;PP=2965;SC=CCCCAGCACCCAGGACTCTGC;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=694;TCF=340;TCR=354;TR=691;WE=28793157;WS=28793139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,727:1.00:727
chr1	28817355	.	C	CA	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=0.663;QD=1.41;ReadPosRankSum=1.041;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr1	28823136	rs374378156	T	G	5076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=89;PP=2809;SC=GGAGGGAACTTTAGCACTTCC;SOR=0.872;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=85;TCR=89;TR=174;WE=28823144;WS=28823126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	28995254	rs35229620	T	TGGC	1434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=9;PP=567;SC=AAGCCCGGCCTGGCGGCGGCG;SOR=0.752;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=9;WE=28995262;WS=28995244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	29016715	rs71741875	G	GT	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=2.313;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr1	29063559	rs6697540	A	C	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	29138975	rs1042114	G	T	4863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=58;PP=2733;SC=CCTAGCGCCTGCCCCAGCGCT;SOR=1.073;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=96;TCR=58;TR=153;WE=29138983;WS=29138965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	29189597	rs2234918	C	T	12075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=235;NR=199;PP=2965;SC=TCGCGCTGGGCTACGCCAATA;SOR=0.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=437;TCF=236;TCR=201;TR=434;WE=29189605;WS=29189587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,465:1.00:465
chr1	29320169	.	C	CTTT	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=-2.260;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	29345009	rs5773229	C	CTT	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=955;SC=AGTTTAAACACAACATGGTAT;SOR=2.387;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=29345017;WS=29344999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	29345027	rs2985334	T	G	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=339;SC=TATTGGTTCATTGTTTGCCTA;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=29345035;WS=29345017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	29439016	rs4654390	T	A	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=44;PP=1557;SC=GGAAGACCGATGAATACAGGA;SOR=0.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=92;WE=29439024;WS=29439006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	29475648	rs2230679	T	G	4816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=103;PP=2965;SC=TGCGGCTCTTTTCCTTGCTGG;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=63;TCR=103;TR=166;WE=29475656;WS=29475638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	29522384	rs2291611	G	A	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=32;NR=16;PP=837;SC=CAGAATAGCTGGTCATTTCTG;SOR=1.358;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=29522392;WS=29522374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	29529699	rs1062924	T	C	5185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
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chr1	29542637	rs1128400	A	G	3038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	29557224	rs2640466	C	T	9130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr1	29563411	rs12041477	G	A	3651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=75;PP=2062;SC=TTGTGTGTCCGTGAGTTCTGT;SOR=1.340;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=44;TCR=75;TR=119;WE=29563419;WS=29563401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	29609502	rs111595207	TG	T	2727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=31.00;SOR=1.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	29609536	rs72884571	G	A	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=31;PP=950;SC=CCTTGGAGCAGGCCCAGCGCA;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=29609544;WS=29609526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	29611123	rs2281378	C	T	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=2.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	29630455	rs2295061	C	T	2772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	29633491	rs3835409	T	TCAGCC	1337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=4;PP=931;SC=ACTCTGTGGCTCAGCCCAGCC;SOR=2.546;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=13;WE=29633499;WS=29633481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	29637136	rs2235939	T	C	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=5;PP=1008;SC=CCTAGGGATGTGAGGGAGCAG;SOR=4.047;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=48;WE=29637144;WS=29637126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	29649874	rs10915252	T	C	3654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=42;PP=1837;SC=TCTCCGTGCTTATGCCCAGCC;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=65;TCR=42;TR=107;WE=29649882;WS=29649864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	29652068	rs2076618	T	C	8595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=1.176;SC=ATACTGGAGTTGGGGTCAGGC;SOR=0.279;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=291;TCF=166;TCR=125;TR=290;WE=29652076;WS=29652058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,333:1.00:334
chr1	29842261	rs10915168	A	T	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.882;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.33;MQRankSum=0.000;QD=22.49;ReadPosRankSum=-0.845;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr1	31186254	rs1188405	A	G	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=5;PP=614;SC=ACACATGCACACATACACACA;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=31186262;WS=31186250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	31188089	rs1065755	C	T	4092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=63;PP=2268;ReadPosRankSum=0.687;SC=CTGCCACAGGCTCTGAGGCTA;SOR=0.245;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=137;TCF=73;TCR=64;TR=136;WE=31188097;WS=31188079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,154:0.99:155
chr1	31188901	rs20566	A	G	6581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	31191516	rs10914186	G	C	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	31192128	rs3790493	C	T	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=17;PP=522;SC=GGGCAGGGTCCTCAGGCTGAT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=31192136;WS=31192118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	31196464	rs74975149	C	T	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	31210667	rs1188355	G	A	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=16;PP=399;SC=TGGCACAGCCGTCACCTTGGT;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=31210675;WS=31210657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	31215364	rs1050663	T	C	12914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
chr1	31440921	rs4317854	G	A	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=525;SC=ATCTATCCCTGATTCTGAAAC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=31440929;WS=31440911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	31445932	rs2491135	C	G	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	31446099	rs11376427	T	TA	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.935;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr1	31478638	rs66522510	AAGAGAGAGAG	A	1277.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.779;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;MQRankSum=0.419;QD=21.66;ReadPosRankSum=0.294;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,52:0.88:59
chr1	31654940	rs2297959	C	T	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	31712314	rs12025507	C	T	8297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr1	31732390	rs6425725	G	A	132.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.59;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	31740706	rs3753373	A	G	5856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.24;ReadPosRankSum=2.732;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,230:0.99:232
chr1	31761989	rs1532859	G	A	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=5;PP=601;SC=TGTTATGGGAGATGACTGCTA;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=31761997;WS=31761979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	31764930	rs10733007	T	C	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=26;PP=923;SC=AGTTCTCAGGTCAGGCACGGT;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=55;WE=31764938;WS=31764920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	31838551	rs5773353	T	TA	112.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;MQRankSum=0.230;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.689;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,9:0.82:11
chr1	31838909	.	A	ATGTG	185.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=37.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	31882582	rs4012494	G	GGCCTCA	2302.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=11;PP=1130;SC=CATAAGGGATGGCCCTGCTCT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=31882590;WS=31882572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	31883295	rs6701521	T	C	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.14;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	31886163	rs12042883	C	T	9062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr1	31886750	rs142597528	G	GTCCC	5954.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=36;PP=1421;SC=CCGCCCGTCCGTCCCTCAGTC;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=50;WE=31886758;WS=31886740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	31886833	rs10914377	T	C	4749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=64;PP=2706;SC=TCGCCCCGGATCATCTGGGCC;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=82;TCR=64;TR=146;WE=31886841;WS=31886823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	31897493	rs1320585	A	G	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=14;PP=1426;SC=GTTCTGTGAGAGGTGGGGCTT;SOR=2.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=65;WE=31897501;WS=31897483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	31899684	rs10454445	A	T	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=45;PP=1364;SC=AGCCTGCCTGACCCCCCCTGG;SOR=1.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=70;WE=31899692;WS=31899674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	31899704	rs10454446	C	T	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=38;PP=1010;SC=GCCTGAAGCCCGGCCCCTTAG;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=52;WE=31899712;WS=31899694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	31902418	rs10047085	A	G	4269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=85;PP=2579;SC=GGGAAGGATCATGATTGAGGG;SOR=1.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=61;TCR=85;TR=146;WE=31902426;WS=31902408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	31905889	rs3050461	A	ACAG	10346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.968;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.804;NF=29;NR=64;PP=2980;ReadPosRankSum=-0.601;SC=TAGACGCCACACAGCAGCAGC;SOR=0.420;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=38;TCR=83;TR=93;WE=31905899;WS=31905879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,247:0.92:269
chr1	31906882	rs11587589	A	G	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	31907102	rs7417775	A	G	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=30;PP=950;SC=CTCTCGGCTCAGTGACAGCCA;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=31907110;WS=31907092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	31971684	rs1316427	C	G	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=6;PP=1206;SC=TGTTTCCGCTCTTTGTTTCTG;SOR=3.171;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=44;WE=31971692;WS=31971674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	31973122	rs112889748	GTGGAGTCTGTC	G	4696.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=38;PP=2965;SC=CTGCTTCTATGTGGAGTCTGT;SOR=0.712;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=48;WE=31973146;WS=31973112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	31973138	rs56235358	T	C	4704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=45.24;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	31973215	rs1320577	G	A	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=30;PP=964;SC=GGGTGGGGATGCCACTGTCCA;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=59;WE=31973223;WS=31973205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	31973266	rs10753250	G	A	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=22;PP=1131;SC=GCAGAGGGTTGGGCTCTGTCC;SOR=0.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=66;WE=31973274;WS=31973256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	31973348	rs1574106	A	C	3412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	31973409	rs1574105	G	A	4076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	31973440	rs1574104	G	A	3524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=56;PP=1928;SC=CTCCAGCCCCGAGTCTAGTCC;SOR=0.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=59;TCR=56;TR=115;WE=31973448;WS=31973430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	31973481	rs1573837	C	T	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=41;PP=1285;SC=GCCTCCCCTACTGGGAACAGT;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=77;WE=31973489;WS=31973471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	32045800	.	C	CTCTCTCTCTCTCTG	82.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQRankSum=-0.366;QD=11.83;ReadPosRankSum=-1.309;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	32052145	rs45611233	G	A	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=2;PP=484;SC=ACTTACAGATGTGAGAGTGAG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=32052153;WS=32052141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	32119347	rs376725697	AAC	A	237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.000;QD=6.10;ReadPosRankSum=0.183;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr1	32126135	rs41263967	C	T	6616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr1	32127911	rs2271927	C	T	8744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=168;NR=136;PP=2965;SC=AAGGGGTGCCCGCCCTCCCAG;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=304;TCF=168;TCR=136;TR=304;WE=32127929;WS=32127901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr1	32127953	rs2271928	G	A	7362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr1	32128283	rs1568396	C	G	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.20;SOR=5.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	32133737	rs2292988	C	T	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=62;NR=40;PP=1589;SC=ACCTGGCACCCACTCCCCAGC;SOR=1.028;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=62;TCR=40;TR=102;WE=32133745;WS=32133727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	32136168	rs2292990	G	T	3688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	32145009	rs4949461	C	T	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=17;PP=979;SC=TGACAGCTGACGCAACAGTGC;SOR=1.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=32145017;WS=32144999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	32146425	rs11590964	C	T	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=17;PP=1088;SC=CTGCTAATCCCCCAGAGTACG;SOR=1.355;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=55;WE=32146433;WS=32146415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	32148571	rs10737358	A	G	3420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=46;PP=1949;SC=GAGGTCCCACAGGTCCGGTGG;SOR=1.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=76;TCR=46;TR=122;WE=32148579;WS=32148561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	32149982	rs10914466	A	T	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=6;PP=673;SC=CTAGCAGAGGAGAAGCCCCGA;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=32149990;WS=32149972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	32156869	rs10798884	A	T	14472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=277;NR=244;PP=2965;SC=TCCAGGGACCACTCGCTACAG;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=522;TCF=278;TCR=244;TR=521;WE=32156877;WS=32156859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,547:1.00:547
chr1	32160918	rs6656079	A	G	7221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr1	32163950	rs2297674	G	C	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=22;PP=1231;SC=GGTACTGGTGGGCTGGGGACA;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=53;WE=32163958;WS=32163940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	32164206	rs2228550	T	G	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=33;PP=983;SC=GGGAATACTCTTCTGGAGATG;SOR=0.990;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=63;WE=32164214;WS=32164196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	32165495	rs2228552	G	T	4220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=50;PP=2492;SC=GATGGCAGACGTCTTCATGAG;SOR=1.106;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=88;TCR=51;TR=138;WE=32165503;WS=32165485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	32167526	rs1815465	G	C	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=5;PP=1201;SC=CGAAGACACAGGCACACACAC;SOR=3.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=49;TCR=5;TR=54;WE=32167534;WS=32167516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	32193647	rs1127100	T	C	5796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=118;NR=88;PP=2886;SC=TCCGCTCGGCTGCCCCACCCG;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=118;TCR=88;TR=206;WE=32193655;WS=32193637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr1	32196647	rs909001	C	G	4640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=85;NR=80;PP=2630;SC=GGGTCCCCTCCGGCCGGGCCC;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=85;TCR=80;TR=165;WE=32196655;WS=32196637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	32205254	rs12749187	T	G	6012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=99;PP=2965;SC=GGGAGGAGGGTGGACAGAGAC;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=100;TCR=100;TR=199;WE=32205262;WS=32205244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr1	32207581	rs2297600	T	G	11140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=193;NR=186;PP=2965;SC=GTGGGAGAGGTGAGGCATATG;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=379;TCF=193;TCR=186;TR=379;WE=32207589;WS=32207571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr1	32209650	rs12040661	G	A	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	32210216	rs201510969	C	T	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=21;PP=1372;SC=GTCGGGCCCCCGCCGCAGAGG;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=71;WE=32210224;WS=32210206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	32230280	rs71516323	C	T	4766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=58;PP=2965;SC=CATTTGCTCACCTTCCCATGT;SOR=1.218;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=101;TCR=58;TR=159;WE=32230288;WS=32230270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	32256590	rs35252813	G	A	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=55;PP=2533;ReadPosRankSum=-0.734;SC=CCTCTGGGGGGCCTCTGCCAA;SOR=0.357;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=93;TCR=55;TR=147;WE=32256598;WS=32256580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,162:0.99:163
chr1	32260017	.	G	A	218.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=194;ReadPosRankSum=-0.270;SC=AAATTAAAAAGAAAATCACTT;SOR=0.693;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=11;WE=32260025;WS=32260007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr1	32260034	rs67410810	A	G	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=5;PP=161;SC=ACTTCTTGTCACACCACTCAG;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=32260042;WS=32260024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	32266026	rs552124	A	G	5426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	32541440	.	GGT	G	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=-0.734;SOR=0.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr1	32631598	.	C	CA	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.246;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=6.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.601;QD=2.63;ReadPosRankSum=-1.175;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr1	32860161	rs547329	T	C	7842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=178;PP=2965;SC=CATCATTAGGTCCCGCCTCCC;SOR=2.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=75;TCR=179;TR=253;WE=32860169;WS=32860151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr1	33002066	rs200740861	CT	C	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=6.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=-1.361;SOR=0.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr1	33065947	rs704886	G	C	8284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=143;PP=2965;SC=GATGGGTCTGGTGATCTGGTC;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=135;TCR=143;TR=278;WE=33065955;WS=33065937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr1	33117071	rs583114	T	G	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	33127730	rs1085416	T	C	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.49;NF=16;NR=12;PP=420;SC=TGCGATCTGCTAGCCTTGGCC;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=33127738;WS=33127720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	33133968	rs2762904	T	C	4372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.76;QD=26.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	33134774	rs359955	A	C	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.33;QD=24.32;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	33134989	rs359956	A	G	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	33160878	rs360042	C	T	8284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=165;NR=129;PP=2965;SC=CAGCACTTCCCGGAAATCGGC;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=295;TCF=166;TCR=129;TR=294;WE=33160886;WS=33160868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr1	33161212	rs360041	T	C	15673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=300;NR=265;PP=2965;SC=TTCTCCTCCATGCTGGGGCTC;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=566;TCF=301;TCR=265;TR=565;WE=33161220;WS=33161202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,600:1.00:600
chr1	33233323	rs360523	A	G	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=32;PP=1790;SC=CCTTGCCGTGAGACCTGTGCC;SOR=1.396;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=66;TCR=32;TR=98;WE=33233331;WS=33233313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	33234136	rs360522	T	C	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	33235651	rs12730560	A	G	8612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=1.413;SC=GACAGAGGCCATGCTGCAGCG;SOR=0.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=304;TCF=177;TCR=127;TR=302;WE=33235659;WS=33235641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,334:1.00:335
chr1	33245802	rs699005	C	G	7905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=150;NR=122;PP=2965;SC=CGAACTGTACCAGGCCGCTCA;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=150;TCR=122;TR=272;WE=33245810;WS=33245792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr1	33256884	rs1765223	C	A	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	33276424	rs4951787	G	A	4422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	33282775	rs72654020	C	A	12148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.31;ReadPosRankSum=1.464;SOR=0.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,477:0.99:480
chr1	33293748	rs10753266	T	C	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=19;PP=612;SC=TCTTCCCCTCTCCAGTTTCCT;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=33293756;WS=33293738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	33299816	rs4951773	A	T	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=80;SC=TTGTTTATTGATAATTTATAT;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=33299824;WS=33299806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr1	33402334	rs200262373	GA	G	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.771;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
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chr1	33476403	rs113309753	G	A	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.738;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=9.181;NF=62;NR=52;PP=1675;ReadPosRankSum=1.992;SC=GATGAGCAGTGTTGCAGTCTC;SOR=0.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=64;TCR=55;TR=114;WE=33476411;WS=33476393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,123:0.95:129
chr1	33485789	.	AAC	A	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.314;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=1.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr1	33641932	rs604941	A	G	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.08;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	33642152	rs643402	C	T	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=25;PP=729;SC=GAACCTGAGACGGCCAGAGAG;SOR=1.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=33642160;WS=33642142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	33646950	rs622407	A	G	4595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=79;NR=69;PP=2319;SC=GGCAGAAGTAATGCTCGCAGC;SOR=0.764;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=80;TCR=70;TR=148;WE=33646958;WS=33646940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	33742228	rs4475712	T	C	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.67;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	33746163	rs10914676	T	C	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=18;PP=404;SC=CCCTTAGGGCTGAGGGGCAGG;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=33746171;WS=33746153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	33760743	rs4641276	T	C	14234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=239;NR=270;PP=2965;SC=GCTGTGCCCCTACAGTCTCAC;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=510;TCF=239;TCR=271;TR=509;WE=33760751;WS=33760733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,528:1.00:528
chr1	33795572	rs10914684	G	A	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=335;SC=AGCAGAGTGCGCTGAAGTCGG;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=33795580;WS=33795564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	33795590	rs10914685	A	T	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=385;SC=CGGCAGCTGGAGGGGACCGTG;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=33795598;WS=33795580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	33796834	rs34504596	GA	G	398.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=4;PP=293;SC=GTGGGTCGAGGAACTAGGAAA;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=33796842;WS=33796824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	33797851	rs80231810	G	A	3299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=37;PP=1778;SC=GGGAGGCCGAGAGATTCAGGG;SOR=1.197;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=69;TCR=37;TR=106;WE=33797859;WS=33797841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	33957130	rs3795419	C	A	4886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=81;PP=2965;SC=CAGGAGAGGCCGTGGCACTTC;SOR=0.907;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=158;TCF=75;TCR=83;TR=156;WE=33957138;WS=33957120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	33957152	rs4403594	T	G	5448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=1.554;SC=CAGGCTCGGGTATAGTGACGC;SOR=0.313;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=85;TCR=92;TR=175;WE=33957160;WS=33957142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,195:0.99:196
chr1	33960062	rs9943259	A	G	7081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=136;NR=108;PP=2965;SC=TGTACCTTGCAGAGAAACCCT;SOR=0.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=245;TCF=136;TCR=109;TR=244;WE=33960070;WS=33960052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr1	33961147	rs3795420	T	G	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=25;PP=725;SC=ATGCTAGAGATAAACTTTCCA;SOR=1.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=33961155;WS=33961137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	34038214	rs2641962	T	C	4131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	34038413	rs2794602	A	C	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.734;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.33;MQRankSum=0.354;NF=6;NR=23;PP=717;ReadPosRankSum=1.454;SC=AGGGTAAAGTATCATAATAAA;SOR=2.717;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=29;WE=34038421;WS=34038403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr1	34043169	rs11291100	TC	T	1824.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=27;PP=931;SC=CCCTTTCGTCTCCCCCCCATC;SOR=0.986;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=33;WE=34043177;WS=34043159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	34052605	rs7526990	A	G	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=311;ReadPosRankSum=-0.766;SC=GATAAGGTCCACTGGCCCGAC;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=20;WE=34052613;WS=34052595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr1	34070826	rs12733436	G	A	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=580;SC=GATTGCTCTGGACCAGTCTCC;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=34070834;WS=34070823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	34071434	rs1874044	C	T	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=10;PP=510;SC=ACCAGCCTAACTCCTTTCATG;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=34071442;WS=34071424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	34071525	rs1874045	C	T	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	34158472	rs12757315	C	T	6557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	34158482	rs12757320	C	T	6980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.31;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	34189957	rs11346874	AG	A	2060.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=33;PP=1554;SC=AGAGGGCCTCAGGGGAGCACC;SOR=1.143;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=40;WE=34189965;WS=34189947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	34254108	rs57878978	CA	C	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=2.230;SOR=1.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr1	34270498	rs10737374	G	A	7857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=133;NR=151;PP=2965;SC=GTCTCCTCCCGCCTGGATCAG;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=285;TCF=133;TCR=152;TR=284;WE=34270506;WS=34270488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr1	34276210	rs11418676	T	TA	94.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=118;ReadPosRankSum=0.508;SC=TCGATATTAATAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=7;WE=34276218;WS=34276208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr1	34285342	rs17342512	G	A	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=48;NR=22;PP=1269;SC=GGTCGCTCCAGGCCGCAAACA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=70;WE=34285350;WS=34285332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	34285381	rs11578857	C	T	3274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=41;PP=1764;SC=AGGTGATCCGCTTGGACCCTT;SOR=1.039;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=65;TCR=41;TR=106;WE=34285389;WS=34285371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	34285995	rs3795414	G	A	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=10;PP=730;SC=CCTGCAGGAAGGCCAGCCCCT;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=34286003;WS=34285985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	34286189	rs3843294	A	C	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=22.839;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.60;MQRankSum=-0.734;QD=21.06;ReadPosRankSum=3.202;SOR=2.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,70:0.95:74
chr1	34329897	rs911218	T	C	4308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=98;NR=50;PP=2320;SC=CAAATACCTATGTTGGCTTTA;SOR=1.416;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=98;TCR=50;TR=148;WE=34329905;WS=34329887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	34330067	rs10379	A	C	8948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=160;NR=142;PP=2965;SC=GATCCCCAGGAACCCAGACGG;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=303;TCF=160;TCR=143;TR=302;WE=34330075;WS=34330057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr1	34684463	rs705207	G	A	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	35332926	rs1001616	G	C	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=19;PP=756;SC=TGGGAGACAGGGGGACAAGAG;SOR=0.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=45;WE=35332934;WS=35332916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	35561510	rs2101973	G	A	2768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	35562965	rs2971408	G	A	10183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=210;NR=144;PP=2965;SC=ATCATCTGGCGTGAATAAAAT;SOR=1.016;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=356;TCF=210;TCR=146;TR=354;WE=35562973;WS=35562955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr1	35563206	rs6658571	C	G	4348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=53;NR=94;PP=2758;SC=TATTTCCCTACCTTGTTCTTG;SOR=1.522;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=53;TCR=94;TR=147;WE=35563214;WS=35563196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	35576145	rs2935955	C	T	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=12;PP=335;SC=CAAATTAAACCGACTTTTAAA;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=35576153;WS=35576135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	35826773	.	G	GT	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=-0.049;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr1	35925861	rs2819002	C	A	3073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=28;PP=1886;SC=CCACGAGAGGCAAAAAAATGG;SOR=1.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=67;TCR=28;TR=95;WE=35925869;WS=35925850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	35940279	rs72659618	C	T	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=3;PP=292;SC=GTAGTTCCAGCTACTAGGAAG;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=35940287;WS=35940269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	36203715	rs67465242	AT	A	760.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=3.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.19;ReadPosRankSum=2.731;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr1	36203717	rs376763747	AT	A	57.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=4.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.03;ReadPosRankSum=3.053;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr1	36203718	rs2336141	T	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=5.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=0.582;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr1	36203720	rs201555109	T	A	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=16.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.631;SOR=2.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr1	36205166	rs577483	A	G	3292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=73;PP=2168;SC=AAATGCAACAATGAATATACT;SOR=1.515;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=41;TCR=74;TR=114;WE=36205174;WS=36205156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	36209228	.	AT	A	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=7.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=2.442;QD=1.26;ReadPosRankSum=-1.374;SOR=0.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr1	36213712	rs516992	G	T	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	36216835	rs535638	C	T	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=4;PP=661;SC=AACAAAACAACGTAATTGCCA;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=36216843;WS=36216825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	36282417	rs2791960	A	G	1167.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.49;ReadPosRankSum=0.248;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr1	36298019	.	C	CT	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=3.707;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.658;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,17:0.22:76
chr1	36307412	rs5773512	CAT	C	541.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.67;ReadPosRankSum=-0.780;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr1	36316418	rs11403763	C	CA	883.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.78;ReadPosRankSum=0.870;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,50:0.89:56
chr1	36316571	rs4652895	A	C	4942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=86;PP=2496;SC=GCACTCGCTCAGTCTCTATTC;SOR=1.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=73;TCR=86;TR=159;WE=36316579;WS=36316561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	36553673	rs399393	A	G	5519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=107;NR=76;PP=2873;SC=GCATGGACACACGGCGCAAGC;SOR=0.830;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=108;TCR=76;TR=183;WE=36553681;WS=36553663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	36554820	.	C	T	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=20;PP=516;SC=ATGAGGCTGCCGAGGGCACCG;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=36554828;WS=36554810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	36563158	rs3738360	C	A	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=16;PP=798;SC=GCAGCAGGACCCCCCCCGCGG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=36563166;WS=36563148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	36565584	rs274753	C	G	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=17;PP=1009;SC=TCTGATGGCTCTCAGGGAGGC;SOR=1.284;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=55;WE=36565592;WS=36565574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	36565617	rs274754	G	A	2451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	36602943	rs2231318	C	T	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=27;PP=786;SC=AGTGGGAAAACGAAGGGGTAG;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=36602951;WS=36602933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	36752433	rs6425977	C	T	4996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.99;NF=68;NR=92;PP=2965;SC=GGAGATGAGGCCAAGGAGCAG;SOR=1.185;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=68;TCR=92;TR=160;WE=36752441;WS=36752423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	36762396	rs1566589	C	T	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=16;PP=411;SC=GTTACCCCTTCCAGACTCTTA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=36762404;WS=36762386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	36767400	rs882799	C	T	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=40;PP=1167;SC=ATTAAATGTACGTGCAGGATT;SOR=1.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=36767408;WS=36767390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	36773405	rs35343437	T	G	11237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=191;NR=211;PP=2965;SC=CAGTCAGCCCTGGTCCCCAGC;SOR=0.850;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=402;TCF=191;TCR=211;TR=402;WE=36773413;WS=36773395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr1	36773819	rs11263871	C	G	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	36788356	rs7536394	A	G	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=19;PP=705;SC=GGTCACGGAGAGGCCCGGACG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=38;WE=36788364;WS=36788346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	36824321	rs3795496	C	T	4993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=104;NR=59;PP=2783;SC=GCACCCTCACCCCCATGTCTC;SOR=1.210;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=104;TCR=59;TR=163;WE=36824329;WS=36824311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	36884530	.	G	GA	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.712;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.338;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
chr1	36886364	rs2275478	C	G	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=16;PP=435;SC=TAGAAAGCAGCCTTAACCAAA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=36886372;WS=36886354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	36887702	rs2236565	C	T	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=16;PP=1578;SC=TGTAGACTTCCGTATCTAGAG;SOR=2.245;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=59;TCR=16;TR=75;WE=36887710;WS=36887692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	36888302	rs35889349	C	CT	1665.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.10;ReadPosRankSum=0.416;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,108:0.72:150
chr1	36889197	rs11263892	T	C	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	36909385	rs10908303	G	A	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=3;PP=742;SC=TGGCTTTTTGGTCAGAGTTTG;SOR=3.841;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=36909393;WS=36909375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	36921408	rs35544556	G	A	5079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	36923494	rs12023818	G	C	4031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=1.149;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	36927733	rs7065	G	A	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=23;PP=1050;ReadPosRankSum=-0.655;SC=GCAGCGTAGAGGGAGGTGGGT;SOR=0.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=63;WE=36927741;WS=36927723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
chr1	36935128	rs3917989	G	A	2368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=13;PP=1761;SC=TGAGAACAACGAAGGATCAAG;SOR=3.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=78;TCF=64;TCR=14;TR=77;WE=36935136;WS=36935118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	36937059	rs3917981	A	G	7274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.82;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	36937065	rs3917980	A	G	7132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.43;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	36945307	rs3832027	AG	A	532.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=484;SC=ATGCAAGTCAAGGGCTTTTCA;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=36945315;WS=36945297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	37335458	rs577094	A	G	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=48;PP=1463;SC=AGCCCTCCCCACATCCCCACC;SOR=1.367;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=78;WE=37335466;WS=37335448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	37335485	rs509284	A	G	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.07;SOR=1.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	37335494	rs577813	G	T	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.24;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	37626981	rs215756	T	C	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=1;PP=246;SC=TGGTTTAGTCTAGTGCCCCTG;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=37626989;WS=37626971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	37961305	.	CA	C	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.388;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr1	37975279	rs215214	C	T	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=25;PP=696;SC=ATGCTGAACACAGAAAGCAAC;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=37975287;WS=37975269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	37980446	rs215873	A	C	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=30;PP=651;SC=CGGCTTCCGGAGACGCGTGCA;SOR=2.546;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=37980454;WS=37980436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	38052867	rs11420067	C	CA	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=4.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=1.098;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,19:0.24:80
chr1	38148765	rs684260	A	G	3546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=38;PP=1927;SC=CAACTGTGGTACCCGTGGTCT;SOR=1.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=71;TCR=38;TR=109;WE=38148773;WS=38148755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	38149193	rs686083	C	T	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=37;PP=1062;SC=CAGAGGGAGCCATAAAAGTGA;SOR=1.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=57;WE=38149201;WS=38149183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	38155265	rs586252	G	C	3524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=70;NR=44;PP=1646;SC=AACAGCACTAGGGAGCTGCTT;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=71;TCR=46;TR=114;WE=38155273;WS=38155255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	38161694	rs615530	A	G	4052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=77;PP=2340;SC=CAACTAATAGATGCTTACTGT;SOR=1.225;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=56;TCR=77;TR=133;WE=38161702;WS=38161684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	38164724	rs557290	C	G	4555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=94;PP=2737;SC=GCTCAGGCAGCGCCTTGTTGG;SOR=1.567;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=52;TCR=95;TR=146;WE=38164732;WS=38164714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	38166022	rs513826	T	C	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=25;PP=929;SC=CTTAAGATTGTGTACATTTTA;SOR=1.040;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=65;WE=38166030;WS=38166012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	38166327	rs661460	A	T	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=219;SC=ATGACAAAAGAGATAATTGAC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=38166335;WS=38166317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	38167361	rs67680207	A	AC	1148.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=24.44;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	38174185	rs557897	G	T	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=45;PP=1243;SC=AGACGTGCTAGTCCCACACCA;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=55;WE=38174193;WS=38174175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	38184316	rs609437	T	C	3547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=82;PP=2162;SC=GCCTTGACCTTGGTGCCTTGG;SOR=1.811;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=42;TCR=82;TR=124;WE=38184324;WS=38184306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	38185647	rs2170809	G	A	8575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=136;NR=143;PP=2965;SC=TGATGATGCCGAAGCTCCACA;SOR=0.893;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=279;TCF=136;TCR=143;TR=279;WE=38185655;WS=38185637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr1	38185723	rs6670599	C	T	3083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=56;PP=1598;SC=CGCTGGGCTCCGGCCACTCTG;SOR=1.047;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=100;WE=38185731;WS=38185713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	38186206	rs12726343	C	G	5985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=107;PP=2965;SC=GTTGCCCAGCCACCAGCTGCC;SOR=0.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=101;TCR=107;TR=208;WE=38186214;WS=38186196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	38186310	rs12729055	G	A	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=34;PP=1426;SC=CCTAGCTCTCGCCAGGCTTTA;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=38186318;WS=38186300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	38187447	rs579908	A	G	5973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.58;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	38187453	rs33970734	G	A	6196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.33;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	38187802	rs372211780	CA	C	1692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.225;NF=23;NR=26;PP=899;ReadPosRankSum=0.824;SC=GACTCGGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=49;WE=38187811;WS=38187792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,87:0.97:90
chr1	38187879	rs17511136	C	T	5218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	38187989	rs12123842	T	C	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=54;PP=1695;SC=GGACAGGGCATATGCCAGCAC;SOR=1.237;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=91;WE=38187997;WS=38187979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	38188029	rs12756715	A	G	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=39;PP=1136;SC=CATGTGACCCAGGATGGATGA;SOR=1.850;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=56;WE=38188037;WS=38188019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	38188604	rs7517651	C	T	4047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	38188697	rs16824420	T	C	4172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	38188740	rs12405650	C	T	4448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=66;PP=2544;SC=TCCAGCGTGACGCTTTTCGCA;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=82;TCR=66;TR=147;WE=38188748;WS=38188730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	38188768	rs17464871	C	T	7615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=90;NR=66;PP=2430;SC=CCTTGGCGAACAGATGCACAG;SOR=0.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=92;TCR=66;TR=156;WE=38188776;WS=38188758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	38188787	rs17511304	A	G	7896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=77;PP=2929;SC=AGCCTGCAGCAGGTCCCCACA;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=102;TCR=77;TR=179;WE=38188795;WS=38188777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	38188880	rs11582856	C	T	5938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	38188934	rs11577529	T	C	7057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=130;NR=118;PP=2965;SC=GGCTGAGGAGTGAGGCAGGGT;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=130;TCR=118;TR=248;WE=38188942;WS=38188924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr1	38292160	rs61778079	G	A	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	38292296	.	C	CT	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,19:0.23:83
chr1	38293753	rs77700694	G	A	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=156;SC=ACCTGTAACTGTATGTAATAA;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=38293761;WS=38293743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	38293845	.	T	TA	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=5.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.614;SOR=0.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr1	38293992	rs9329568	C	T	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=20;PP=646;SC=TTCTTTTGTTCTGAGACAGAG;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=38;WE=38294014;WS=38293982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	38294006	rs111933241	C	T	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.64;QD=43.48;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	38301250	rs3912368	A	G	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=6;PP=767;SC=TATATACAGGATCTATATCTC;SOR=3.193;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=38301258;WS=38301240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	38301476	rs3762359	G	A	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.57;SOR=1.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	38301478	.	C	CT	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.950;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.672;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr1	38306356	rs61778082	T	C	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=573;SC=TCTTGGAAGATTTGGTGATGT;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=38306364;WS=38306346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	38327982	rs3843	G	T	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=54;NR=28;PP=1122;SC=GGAGGAGAGAGAGGCTCAGAG;SOR=0.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=82;WE=38327990;WS=38327972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	38328154	rs137861381	GAC	G	2252.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=29;PP=1603;SC=AGGTACTAAAGACACACATCA;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=38328163;WS=38328144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	38329999	rs41311191	C	G	4807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	38332057	.	T	TTCTCTCTC	2577	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5069;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MMLQ=16;MQ=56.4;NF=13;NR=8;PP=2577;QD=20;SC=CTCACTCATATTCTCTCTCTC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=21;WE=38332065;WS=38332047;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,21:0.91:23
chr1	38332078	.	T	TCTCTCTCTCTCA	505.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.230;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.08;MQRankSum=-1.604;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.890;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr1	38338795	rs11488569	A	G	6921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=124;NR=125;PP=2965;SC=TGTAGCTGTCATCTTATTTAC;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=124;TCR=125;TR=249;WE=38338803;WS=38338785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr1	38345896	rs2306427	A	C	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=16;PP=532;SC=AAAAAAAAATATCAGAATAAA;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=38345904;WS=38345886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	38348506	rs41307896	G	A	4221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	38352849	rs2279261	G	C	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=12;PP=537;SC=CCTACGAGTGGCGAGACCCTG;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=38352857;WS=38352839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	38355520	rs61776667	A	G	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=37;PP=1106;SC=AGGCCAAAGTAAAATTTATCT;SOR=3.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=42;WE=38355528;WS=38355510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	38397823	.	GC	G	2159.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.19;SOR=4.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	38397825	.	GCAC	G	2158.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.17;SOR=4.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	38423853	rs9293	G	C	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=5;PP=965;SC=CTACATCCCTGAACACTAGAG;SOR=3.417;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=38423861;WS=38423843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	38425629	rs34993722	CAA	C	361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=8.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.92;ReadPosRankSum=1.790;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr1	38425724	rs17531342	T	C	3560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=54;PP=2258;SC=TTTCACCTCCTTTCTACATGG;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=74;TCR=54;TR=128;WE=38425732;WS=38425714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	38425895	rs28675056	T	C	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=45;PP=1312;SC=GAACATCTGTTGGGTATCCAG;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=89;WE=38425903;WS=38425885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	38442547	rs10890216	G	A	5817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	38444749	rs7555461	T	C	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=25;PP=884;SC=AGAGAAAAATTACAATATTAC;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=38444757;WS=38444739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	38447615	rs7533079	G	T	324.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=2.831;HP=8;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=-1.514;SC=GCTAATTTTGGTTTTTTTTGC;SOR=1.863;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=14;WE=38447623;WS=38447603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr1	38450367	rs6680796	A	G	8246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=140;NR=157;PP=2965;SC=TGAAATTTTCACCCCTACTTA;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=299;TCF=142;TCR=157;TR=297;WE=38450375;WS=38450357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr1	38455389	rs3935867	C	T	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=39;PP=1362;SC=CTCTGGGGCTCCGGACCCCGG;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=63;WE=38455397;WS=38455379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	38462898	rs4274021	T	A	3227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.83;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	38462905	rs12724533	C	G	3261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.92;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	38463504	rs7366048	C	T	11578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=208;NR=200;PP=2965;SC=CTCGATGCCACGGCTGATCAC;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=408;TCF=208;TCR=200;TR=408;WE=38463512;WS=38463494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr1	38464639	rs4570384	C	G	10522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=209;NR=158;PP=2965;SC=AGCCCCTGAACACATACCAGG;SOR=0.905;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=368;TCF=210;TCR=158;TR=367;WE=38464647;WS=38464629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr1	38484665	rs200532400	G	GT	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=1.643;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr1	38485115	.	G	GT	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.462;SOR=1.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr1	38488506	rs34251728	C	CT	1223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.81;MQRankSum=1.577;QD=11.44;ReadPosRankSum=-1.097;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,83:0.78:107
chr1	39325063	rs1925678	T	C	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=14;PP=615;SC=GGCGGGGGACTGGGCGCAGCC;SOR=1.199;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=39325071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	39339449	rs12127091	C	T	2773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	39340282	rs880303	C	T	6283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=117;NR=92;PP=2965;SC=AGGGACACTACGTGATTTGGA;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=117;TCR=92;TR=209;WE=39340290;WS=39340272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr1	39340558	rs75632250	G	A	4779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=74;PP=2743;SC=ACTGTTTGGGGTGACTGCCTC;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=84;TCR=75;TR=158;WE=39340566;WS=39340548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	39352271	rs2147914	G	T	8605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=158;NR=128;PP=2965;SC=GGATCTTTCAGCAGTGCTTTA;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=158;TCR=128;TR=286;WE=39352279;WS=39352261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr1	39352492	rs3790441	G	A	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=26;PP=729;SC=CTAGGGGTAAGGCAAAAGAGA;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=39352500;WS=39352482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	39361615	rs9438984	G	A	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	39385086	rs7522863	A	C	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=40;PP=1166;ReadPosRankSum=2.521;SC=AAAGTTTTCTATGTAATTGTT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=63;WE=39385094;WS=39385076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,70:0.97:72
chr1	39457016	rs11547138	C	T	230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.08;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	39457293	rs111311750	T	C	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.85;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	39466626	rs11205525	A	G	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	39466786	rs10888613	C	G	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	39494666	rs35464164	C	CT	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.368;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=1.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr1	39494687	rs3768323	G	A	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=38;PP=1102;SC=TTTTTGAGACGAAGTCTCACT;SOR=2.007;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=51;WE=39494695;WS=39494677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	39500186	rs6981	G	A	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=54;PP=1507;SC=AGCTGCTGATGTCTGGAGGCT;SOR=2.124;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=20;TCR=55;TR=74;WE=39500194;WS=39500176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	39550210	rs260972	C	T	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=583;SC=CTCACCAGGGCCTCTGACAAA;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=39550218;WS=39550200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	39568249	rs6667815	A	G	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=3;PP=679;SC=ATAACACATTAGAGGCGCTGA;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=39568257;WS=39568239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	39568765	rs2282232	T	C	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=43;PP=1294;SC=TTAGAGAAGCTCTCTAGCCAC;SOR=2.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=57;WE=39568773;WS=39568755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	39571211	rs13374459	T	C	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=3;PP=349;SC=GCACAAAGGGTCGAGGCTGGG;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=39571219;WS=39571201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	39717566	rs2490948	T	C	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=26;PP=729;SC=GCCCTCCTGGTGCCATACAAA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=59;WE=39717574;WS=39717556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	39748921	rs2275188	G	A	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	39749884	rs2039597	G	T	3929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=75;PP=2336;SC=AAATTTTTTTGGTAAAATCTT;SOR=1.088;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=60;TCR=75;TR=134;WE=39749892;WS=39749874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	39751172	rs72084357	C	CT	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.626;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr1	39758993	rs6688708	C	G	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=3;PP=441;SC=TTGTACAAAACTTGAATCCAT;SOR=3.160;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=39759001;WS=39758986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	39763242	rs2275187	G	A	5424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	39766055	rs2275186	C	T	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=38;PP=1113;SC=AGAAAGGGTACCTCTGGGCCA;SOR=1.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=57;WE=39766063;WS=39766045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	39796844	.	CTTTTTTTTTTTTT	C	725.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.787;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.74;MQRankSum=-2.593;QD=27.91;ReadPosRankSum=1.528;SOR=1.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr1	39806610	rs3116396	C	T	4460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=87;PP=2652;SC=TGAACCTCTGCCTCCAACAGT;SOR=1.104;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=61;TCR=88;TR=148;WE=39806618;WS=39806600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	39806707	.	C	CT	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=2.010;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	39812620	rs2490944	G	T	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	39812822	rs2761764	C	A	3535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=67;PP=2132;SC=AACAGACTGCCGCTCAGGTGG;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=49;TCR=67;TR=115;WE=39812830;WS=39812812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	39900058	.	CTT	C	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=1.079;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr1	39927507	rs783820	G	A	2258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	39929240	rs7554206	T	C	5003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=109;NR=73;PP=2965;SC=AATAGGAAGTTTTGCTCTACC;SOR=0.950;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=184;TCF=111;TCR=73;TR=182;WE=39929248;WS=39929230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	39934499	rs56272884	G	C	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=42;PP=1318;SC=GGGTCTGTCTGTTTTTTATTT;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=69;WE=39934507;WS=39934489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	39957913	rs4660269	A	G	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=19;PP=657;SC=GTACCACGCCATGGCTGGCGA;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=50;WE=39957921;WS=39957903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	39958080	rs10888798	C	G	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=12;PP=346;SC=GTGCCGGGCCCTGGCCGAACG;SOR=0.957;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=39958088;WS=39958070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	39988034	rs15733	C	T	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.77;QD=28.10;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	39988084	rs6525	G	A	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.60;QD=27.10;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	40092089	rs2695320	T	C	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=8;PP=683;SC=AGCCAGTCCATGAAGCAAAGC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=40092097;WS=40092079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	40092802	.	G	A	3913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	40097136	rs11206504	T	C	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=18;PP=1365;SC=CCACACAGTATTTCCTCTAGC;SOR=1.997;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=69;WE=40097144;WS=40097126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	40098328	rs784625	T	C	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=30;PP=984;SC=CACCCCTCTGTGTTTCTTCCT;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=73;WE=40098336;WS=40098318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	40209650	.	C	CT	767.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.02;MQRankSum=0.545;QD=18.73;ReadPosRankSum=0.702;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,39:0.95:41
chr1	40229616	rs202005319	T	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.825;NF=1;NR=6;PP=50;ReadPosRankSum=0.091;SC=TCCCTGGAACTCTGCTTGTAC;SOR=0.273;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=7;WE=40229624;WS=40229606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr1	40230336	rs76376226	C	G	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.86;MQRankSum=-5.196;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.352;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,86:0.47:183
chr1	40363054	rs3134614	G	C	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=15;PP=1311;SC=TTAGTAGCCAGTGAGGTATGC;SOR=1.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=56;TCR=15;TR=71;WE=40363062;WS=40363044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	40367592	rs804719	A	G	2712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	40432159	rs41301060	C	T	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=12;PP=919;SC=GGAGACAGTACGCTCCCAGAG;SOR=1.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=40432167;WS=40432149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	40432533	rs373419262	C	T	10318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=184;NR=186;PP=2965;SC=CCGGGGCCTACGGCTGGTCAT;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=370;TCF=184;TCR=186;TR=370;WE=40432541;WS=40432523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr1	40435157	rs41268047	A	G	4543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	40526003	rs3122419	T	C	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=722;SC=GAGTTCAGTCTAGCCACAGAA;SOR=2.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=31;WE=40526011;WS=40525993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	40528445	rs111329903	T	TTGTGTG	382.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=285;SC=TCAAAAAACATTGTGTGTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=40528453;WS=40528435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	40533266	rs11207440	T	G	4839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=95;PP=2965;SC=TGCCGGATCATGTCCTCCTCC;SOR=3.106;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=79;TCR=96;TR=174;WE=40533274;WS=40533256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	40533287	rs6665926	T	G	4746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=73;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=98;PP=2965;SC=CCCTCCACCATGCCCCCCTCC;SOR=3.126;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=32;TCR=99;TR=129;WE=40533295;WS=40533277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	40533315	rs6665933	T	G	4939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.62;QD=44.50;SOR=3.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	40533320	rs6665936	T	G	4997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.61;QD=45.85;SOR=3.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	40533326	rs6665937	T	G	4740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.60;QD=44.72;SOR=3.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	40533347	rs6665944	T	G	4196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=67;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=70;PP=2455;SC=TTCCCGCTCATCACTGTTCGC;SOR=2.376;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=26;TCR=70;TR=95;WE=40533355;WS=40533337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	40536074	rs58190778	C	CT	8095.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=72;PP=2965;SC=TAAAGTTACACGTTGACACAC;SOR=0.863;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=92;TCF=14;TCR=78;TR=86;WE=40536082;WS=40536064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	40545964	rs3122428	T	G	3117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=37;PP=1851;SC=TCTTTCCTAGTGTCTGCCCAG;SOR=1.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=64;TCR=37;TR=101;WE=40545972;WS=40545954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	40554958	.	C	CAAAAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAA	383.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.4;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=0;PP=2986;SC=AACTCCATCTCAAAAAAAAAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=5;WE=40554966;WS=40554948;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:2
chr1	40555321	rs3131651	C	T	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=527;SC=GAAAATAAAGCGCAGAGAACT;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=40555329;WS=40555311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	40556922	rs3122439	T	C	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=28;PP=1416;SC=TGTGCAAATATAGTTCCTAGA;SOR=1.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=56;TCR=28;TR=84;WE=40556930;WS=40556912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	40557656	rs6672053	G	A	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=18;PP=1420;SC=GGATTTATCTGAATAAAAGAA;SOR=1.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=76;WE=40557664;WS=40557646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	40558256	rs4481840	C	G	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=44;PP=1221;SC=AGGCCTCAAACAGCATTATCA;SOR=3.570;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=51;WE=40558264;WS=40558246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	40655039	rs186890017	A	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=477;SC=CCCAGGAGATATAGTCCAAGT;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=40655047;WS=40655029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	40703244	rs35042446	G	A	9522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=176;NR=149;PP=2965;SC=TTTACCTGTGGTTTTGATGGC;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=326;TCF=176;TCR=150;TR=325;WE=40703252;WS=40703234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr1	40737516	rs6677717	T	G	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=10;PP=708;SC=ATAAAGAATGTTTTTTCTTTA;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=40737524;WS=40737506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	40777884	.	CT	C	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.631;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr1	40840270	rs10645094	T	TGC	755.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.352;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.749;NF=12;NR=21;PP=863;ReadPosRankSum=0.440;SC=CGTGCGTGCGTGTGTGTGTGT;SOR=0.128;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=33;WE=40840278;WS=40840260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,35:0.90:39
chr1	40840296	rs3048086	T	TGA	1209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.79;MQRankSum=-1.901;QD=14.23;ReadPosRankSum=2.642;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,60:0.71:85
chr1	40859213	rs35913943	CTT	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.812;QD=4.39;ReadPosRankSum=1.978;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr1	40879808	rs209605	G	T	4722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	40881041	rs209606	C	G	4988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=95;NR=82;PP=2724;SC=CTTCTTCTTCCGGTTCCAGAA;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=96;TCR=82;TR=177;WE=40881049;WS=40881031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	40882900	.	CTTT	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr1	41094320	rs2076334	C	G	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=317;SC=TATGAATCAACTGGGGACAGT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=41094328;WS=41094310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	41095171	rs2076333	A	G	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=363;SC=GATGGCACCAACCACATGGGC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=41095179;WS=41095161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	41101572	rs2253835	A	G	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=27;PP=1129;SC=GGACCACAGCACGGGGCTGCA;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=69;WE=41101580;WS=41101562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	41107360	rs491619	T	C	16553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,640:1.00:640
chr1	41107612	rs2076332	C	G	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=37;PP=1154;SC=CCCGGGGTGGCAGGGCCTCAG;SOR=1.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=54;WE=41107620;WS=41107602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	41204569	rs1057925	C	T	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=11;PP=398;SC=CCCAGCAAAGCCTACAGTCGT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=41204577;WS=41204559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	41228898	.	G	A	240	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=8;PP=240;QD=27.4771212547;SC=ATATATGTATGTCTCTATATA;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=41228906;WS=41228888;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	41229180	rs4660455	G	A	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=12;PP=373;SC=CACTATGCCCGGCTGATTTTT;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=41229188;WS=41229170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	41284366	rs2361660	G	C	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=45;PP=1498;SC=AGGCCTGCAAGCCGCGCGCGG;SOR=0.979;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=88;WE=41284374;WS=41284356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	41284406	rs2361659	A	G	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=26;PP=895;SC=GGGCACGACCAGAGCGGGCAG;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=48;WE=41284414;WS=41284396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	41285087	rs4660468	T	C	13674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=242;NR=247;PP=2965;SC=TCTACCTGGCTGAGAAGGACG;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=491;TCF=243;TCR=248;TR=489;WE=41285095;WS=41285077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,533:1.00:533
chr1	41288105	rs148218398	G	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=13.892;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.68;MQRankSum=7.073;QD=17.79;ReadPosRankSum=2.310;SOR=6.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr1	41289993	rs3767940	T	C	3939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	41298652	rs913378	T	C	8326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=175;NR=119;PP=2965;SC=GTGGCCCCTTTGGTGGGCCAC;SOR=1.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=176;TCR=119;TR=294;WE=41298660;WS=41298642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr1	41453286	rs5773721	GT	G	4127.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=69;PP=2973;SC=TAAGGGCACAGTTAACAGTCA;SOR=1.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=3;TCR=72;TR=72;WE=41453294;WS=41453276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	41454425	rs6675122	G	A	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.26;SOR=1.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	41466550	rs12735455	T	A	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=110;SC=ATATATTAAGTTGATCACTTT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=41466558;WS=41466540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	41466681	rs140062309	CCT	C	2126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=12;PP=972;SC=GCTTTTCTCCCCTGTCTGAAT;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=22;WE=41466690;WS=41466671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	41466803	rs12718433	G	A	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=26;PP=786;SC=AGTAGAGTTCGCTGCCTTGGG;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=41466811;WS=41466793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	41473283	rs41308258	A	G	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=182;SC=TCTTAGGGTGATGCTGTGGCT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=41473291;WS=41473273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	41475085	rs12144160	A	G	3778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=1.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	41483951	rs11209361	G	C	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=16;PP=499;SC=CGGACATCCTGATGCCCCTCA;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=41483959;WS=41483941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	41485902	rs3738368	C	G	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=14;PP=944;SC=ACTTACCTCTCTGTGGCTGAA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=50;WE=41485910;WS=41485892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	41494222	rs11578697	G	T	6220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=115;NR=95;PP=2965;SC=TCTCCACACAGGTTCCTACTG;SOR=0.847;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=211;TCF=115;TCR=96;TR=210;WE=41494230;WS=41494212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	41540853	rs2011981	A	T	5654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.60;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	41540861	rs2011982	T	C	6000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.67;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	41541166	rs41269465	C	T	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=17;PP=473;SC=CTCCCCCCTGCATTCTCATCC;SOR=2.066;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=24;WE=41541174;WS=41541156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	41582470	rs11209563	T	C	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	41582760	rs11209565	G	A	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=14;PP=555;SC=AGCCACCCAGGTGCCGAGGCA;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=37;WE=41582768;WS=41582750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	41618442	rs213768	A	T	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=25;PP=657;SC=CACTGAATGAAGAAATCTAAA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=41618450;WS=41618432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	41627206	rs11209604	C	T	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=54;SC=AAGTAATCCACTTCCGAGATT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=41627214;WS=41627196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	41651697	rs12139225	G	A	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=13;PP=986;SC=AAAGGATAACGAGTAGTCTAA;SOR=1.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=51;WE=41651705;WS=41651687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	41847881	.	C	CGGGACGCCCGCCTACTTCGGCGGCTGCAAGGGCGGCGCCTACGGCGGGGGCGGGGGCTT	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.56;ReadPosRankSum=1.974;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr1	41848060	rs12092825	C	T	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=26;PP=1425;SC=CCTGGCACCGCCGGGCCACGC;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=83;WE=41848068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	41848296	rs4359027	G	A	8385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=151;NR=156;PP=2965;SC=CCCTGCCTCCGCCGCCGCCGG;SOR=0.777;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=316;TCF=151;TCR=165;TR=307;WE=41848304;WS=41848286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr1	41949595	rs2759256	G	A	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=61;NR=28;PP=1742;SC=ATATTAGCCAGTGCCTCCATC;SOR=1.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=89;WE=41949603;WS=41949585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	41949628	rs2759257	A	C	4335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=63;PP=2712;SC=GAGAGATGGAATGTGTCAACG;SOR=1.118;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=82;TCR=63;TR=145;WE=41949636;WS=41949618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	41950312	rs2984691	T	C	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=66;PP=1647;SC=GAGCAGGGAGTGCCTGTTGCC;SOR=1.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=52;TCR=66;TR=118;WE=41950320;WS=41950302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	41976017	rs678110	C	T	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=1.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	41976217	rs72669005	G	A	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=24;PP=733;SC=CTGGTCCTGGGTTCCCCGGAG;SOR=1.280;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=41976225;WS=41976207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	41976328	rs9439043	T	C	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=11;PP=707;SC=TCGGGGTTGGTCGGTGCACGC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=34;WE=41976336;WS=41976318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	41976345	rs140839222	T	C	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=13;PP=988;SC=ACGCGGGGACTCCAAGCGGGG;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=41976353;WS=41976335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	41976529	rs11809423	C	T	8047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=152;NR=128;PP=2965;SC=GGGTAGTCCCCGCCCTCCAGC;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=152;TCR=128;TR=280;WE=41976537;WS=41976519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr1	41978566	rs2991344	T	G	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=19;PP=819;SC=AACCCGTGGGTCCAGCCCCAA;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=46;WE=41978574;WS=41978556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	41978825	rs2483689	C	G	4455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=58;PP=2672;SC=CAAGGGAGAGCGCCCATGCCC;SOR=0.951;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=84;TCR=58;TR=142;WE=41978833;WS=41978815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	41979156	rs615177	A	G	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=31;PP=1723;SC=TGCCTCGTGTAGCCTCCGTGC;SOR=1.046;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=79;WE=41979164;WS=41979146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	41983912	rs2810547	C	A	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.94;SOR=2.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	41990461	rs35122733	G	A	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=44;NR=33;PP=1140;SC=GGACGTCAGTGTGGGTGCGGA;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=77;WE=41990469;WS=41990451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	42045747	rs35730380	T	C	4314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=68;PP=1990;SC=AGGACGTTTCTGACAGAGGCA;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=76;TCR=68;TR=144;WE=42045755;WS=42045737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	42046812	rs2810565	C	T	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	42047208	rs17363472	C	G	6582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=0.199;SC=CAGAGGAAATCTGGGACAATG;SOR=0.233;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=216;TCF=118;TCR=98;TR=215;WE=42047216;WS=42047198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,245:1.00:246
chr1	42048745	rs2810566	T	C	6172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=110;PP=2965;SC=GTGACTGCTGTGGCTCAGGGC;SOR=0.941;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=213;TCF=97;TCR=116;TR=207;WE=42048753;WS=42048735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	42049032	rs2984694	G	A	3270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=45;PP=1965;SC=TGTCGATCTCGCTGGTGTCCA;SOR=0.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=64;TCR=46;TR=109;WE=42049040;WS=42049022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	42049140	rs2475842	C	G	6874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=136;NR=84;PP=2965;SC=CTTCGGTGGACAGGGGCAGGA;SOR=1.102;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=137;TCR=84;TR=220;WE=42049148;WS=42049130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr1	42619139	rs1047047	A	G	3413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=48;PP=1800;SC=GCAGGGCTGCATCAGGGCTCC;SOR=0.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=68;TCR=48;TR=116;WE=42619147;WS=42619129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	42621170	rs80206942	G	C	9271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=166;NR=164;PP=2965;SC=AGAGGGCCCAGGTTCAGGTCA;SOR=0.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=331;TCF=166;TCR=165;TR=330;WE=42621178;WS=42621160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr1	42628748	.	A	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.710;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=19.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.73;ReadPosRankSum=0.388;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr1	42629040	rs2232224	A	G	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=8;PP=635;SC=GTATTCCCGAACCCCACCAAT;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=42629048;WS=42629030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	42647536	rs143175153	TCACA	T	583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.70;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	42654364	rs554500	G	A	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=26;PP=1562;SC=AATTTCGTACGAATGAGAAAA;SOR=1.408;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=61;TCR=26;TR=87;WE=42654372;WS=42654354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	42656868	rs1085252	C	G	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=297;SC=AGCAAGGAAACAGATGTAAAG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=42656876;WS=42656858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	42948562	.	G	GA	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr1	43076555	rs34595968	CT	C	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.940;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr1	43212431	rs4660662	A	G	4445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=44;PP=2475;SC=GTTCGGGGGGACCCTGCTGGG;SOR=1.273;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=89;TCR=44;TR=133;WE=43212439;WS=43212421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	43213499	rs3738499	C	T	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	43228189	rs2816593	T	A	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=41;PP=1315;SC=TCACATCCAATCTCTGAACGT;SOR=1.166;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=73;WE=43228197;WS=43228179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	43239395	rs2760075	G	A	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=62;PP=1649;SC=GTTTATAATCGTTGTGACTTT;SOR=2.252;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=84;WE=43239403;WS=43239385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	43296195	rs33953680	C	T	6279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=121;NR=92;PP=2965;SC=GCTGTCTGTGCATGTGTCAGG;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=121;TCR=92;TR=213;WE=43296203;WS=43296185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr1	43300663	rs4660672	T	C	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=5;PP=439;SC=TGCCAGAAGCTCTTAGACATC;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=43300671;WS=43300653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	43300921	rs4660673	C	G	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=401;SC=CCTGACACTTCTCCATAGGTT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=43300929;WS=43300911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	43301454	rs34475455	G	A	3928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=58;PP=2213;SC=TCTTGGCTGGGGGGCAGGGGA;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=81;TCR=58;TR=138;WE=43301462;WS=43301444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	43393245	rs11282849	G	GGGTGAGAAAT	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=2970;SC=TCATGCGTGCGGGTGAGTATA;SOR=2.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=10;WE=43393253;WS=43393235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	43408966	rs1385129	G	A	11602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=206;PP=2965;SC=CTCCTCCCACGGCCAGCATGA;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCF=206;WE=43408974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr1	43424519	rs11537640	T	G	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=87;PP=2609;SC=GCACGCTCGCTGTTGCTACCT;SOR=4.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=28;TCR=87;TR=114;WE=43424527;WS=43424509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	43610910	rs626842	T	G	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	43611005	rs627263	G	A	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=21;PP=675;SC=TCAAGTGAGTGCAACCCCTGA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=43611013;WS=43610995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	43613786	rs519666	G	T	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	43613850	rs34514362	C	CA	484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=28;PP=1100;SC=GCGGTCCCAGCAAAAACTCTT;SOR=1.863;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=29;WE=43613858;WS=43613840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	43616464	rs375660558	C	T	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=35;PP=1265;SC=CATGTCTTGGCATGATAACCT;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=74;WE=43616472;WS=43616454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	43618596	rs12074551	G	A	4799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	43632536	rs7163	C	T	6475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=125;NR=101;PP=2965;SC=TGCCTTCTTGCGCTGTGCCAG;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=125;TCR=101;TR=226;WE=43632544;WS=43632526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr1	43632815	rs1749438	TT	GC	16396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=177;NR=141;PP=2947;SC=CGTTCCCCTATTAGAGATGTA;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=326;TCF=180;TCR=146;TR=318;WE=43632824;WS=43632805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr1	43632997	rs1691302	A	G	4121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=89;PP=2551;SC=GATTAATACCACTACCCTCTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=47;TCR=89;TR=136;WE=43633005;WS=43632987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	43634867	rs11210797	C	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=15;PP=373;SC=AGCACTTTACCAAAAGTGCCA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=43634875;WS=43634857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	43636484	rs1049276	C	G	4336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	43637549	rs1691289	A	G	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=22;PP=1461;SC=CCCTGTGCCCACGCTCACCAC;SOR=1.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=79;WE=43637557;WS=43637539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	43637932	rs9519	T	C	11702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=165;NR=230;PP=2965;SC=ACCGAATCGCTCCAGCGCCAG;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=395;TCF=165;TCR=230;TR=395;WE=43637940;WS=43637922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr1	43638334	rs2934883	A	T	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=0;PP=275;SC=GGGGAGGGCGAGTCCGGGCCG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=20;WE=43638342;WS=43638329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	43638410	rs1782386	G	C	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	43638457	rs1782387	T	A	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	43642988	rs12094101	G	T	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=21;PP=585;SC=CACCATGTGGGGTGGAAGCAG;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=43642996;WS=43642978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	43649508	rs663824	A	G	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=18;PP=614;SC=GGAACCTACCAATGGCTCAAA;SOR=1.201;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=39;WE=43649516;WS=43649498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	43650741	rs598336	T	C	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=14;PP=1105;SC=CCAGTGACAGTCTTCTTTCTC;SOR=1.942;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=56;WE=43650749;WS=43650731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	43652369	rs6413971	T	C	4905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=25.16;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	43663376	rs513009	A	G	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	43664119	rs603560	A	G	3473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=41;PP=2197;SC=TAGTGAGCTAAGCTTACAATT;SOR=1.342;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=72;TCR=41;TR=112;WE=43664127;WS=43664109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	43664218	rs603123	C	T	9198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=158;NR=145;PP=2965;SC=CATCTGGACACTTCATTGTAG;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=304;TCF=159;TCR=145;TR=303;WE=43664226;WS=43664208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr1	43664319	rs10711519	TA	T	2268.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.790;HP=10;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.327;NF=4;NR=62;PP=1120;ReadPosRankSum=1.524;SC=TGCGGAGAGGTAAAAAAAAAA;SOR=0.456;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=79;TCF=4;TCR=75;TR=66;WE=43664328;WS=43664309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,114:0.96:119
chr1	43665255	rs143705230	AAG	A	1057.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=18;PP=883;SC=AGGTGAACAAAAGAGAGATGG;SOR=2.387;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=19;WE=43665264;WS=43665245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	43675467	rs2453412	G	A	7382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=0.103;SC=TTGTCATCTCGCATTCTGGAC;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=148;TCR=117;TR=263;WE=43675475;WS=43675457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,274:0.99:276
chr1	43680839	rs34721748	T	TG	729.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=7;PP=581;SC=CAGGATTGCATGGGGGGAAGC;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=18;WE=43680847;WS=43680829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	43680855	rs4233492	G	A	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=9;PP=500;SC=GAAGCCTTGCGCAACAGCTGG;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=43680863;WS=43680845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	43681184	rs612626	C	T	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=13;PP=366;SC=CCTGGCTACACCCTATGCCCA;SOR=1.255;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=43681192;WS=43681174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	43688743	rs11585059	G	A	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=26;PP=817;SC=TGGACTGACCGGCCTGGGGGT;SOR=2.235;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=34;WE=43688751;WS=43688733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	43699935	rs2477561	C	T	4109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=54;PP=2470;SC=CAGAAGGAAACGTCTCTGATT;SOR=1.088;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=92;TCR=54;TR=145;WE=43699943;WS=43699925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	43700140	rs2483688	A	G	7669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=123;NR=133;PP=2965;SC=CCTCTCCCTCACTGAGAATCT;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=123;TCR=133;TR=256;WE=43700148;WS=43700130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	43738340	rs10890247	A	C	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	43771016	rs3831248	TA	T	7342.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=107;PP=2951;SC=AGAGCAACGGTAAAGAGGGGC;SOR=1.100;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=125;TCF=14;TCR=111;TR=121;WE=43771024;WS=43771006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr1	43771090	rs3120044	G	A	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=57;PP=1709;SC=TGACCCATGGGACCCTCAGCT;SOR=2.211;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=19;TCR=57;TR=76;WE=43771098;WS=43771080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	43773033	rs2275180	A	G	3433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=51;PP=2407;SC=CTTGGAGGGTAAGGGCGACAG;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=52;TCR=51;TR=103;WE=43773041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	43774437	rs1467809	G	A	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=2;PP=190;SC=GCAGGTATTAGACGGTATCGG;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=43774445;WS=43774427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	43774495	rs2282225	G	C	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=10;PP=898;SC=GATGGGATGTGGGGCTGGGAC;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=47;WE=43774503;WS=43774485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	43777852	rs1999595	C	T	4147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=64;PP=2827;SC=GTTACTTTCCCGTCGACCCCA;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=126;TCF=62;TCR=64;TR=125;WE=43777860;WS=43777842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	43779564	rs3120276	T	C	7654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=146;NR=111;PP=2965;SC=CCATCCTGGCTGCCCTTTTAA;SOR=0.764;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=146;TCR=112;TR=257;WE=43779572;WS=43779554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr1	43779724	rs138876276	TTG	T	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=3.484;QD=1.42;ReadPosRankSum=-1.511;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,29:0.14:200
chr1	43779869	rs2991990	T	G	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.160;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=479;ReadPosRankSum=1.751;SC=AAATATTTAATATTCCCATTT;SOR=2.976;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=22;WE=43779877;WS=43779859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr1	43782846	rs1198982	G	A	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.96;NF=42;NR=20;PP=1090;SC=TGGACCGTCTGCCCTCTTGTC;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=62;WE=43782854;WS=43782836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	43826312	rs710251	C	A	15054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.78;ReadPosRankSum=1.477;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,583:1.00:584
chr1	43851797	rs11541153	G	A	8931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=125;NR=187;PP=2965;SC=GACCACTGCTGCCTGAAGGTC;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=313;TCF=126;TCR=187;TR=312;WE=43851805;WS=43851787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr1	43855578	rs839753	G	C	5105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=96;PP=2965;SC=CCGAGGTAGCGAGGTCAGGGG;SOR=1.338;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=65;TCR=97;TR=160;WE=43855586;WS=43855568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	43855626	rs146927083	G	C	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=56;PP=1387;SC=GGGCCGGCGCGGGAGGGCTGT;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=22;TCR=56;TR=78;WE=43855634;WS=43855616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	43907092	rs12407785	G	A	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.194;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=46;PP=1827;ReadPosRankSum=-0.548;SC=GGGTATGGGTGTGAAGTCACA;SOR=0.384;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=64;TCR=47;TR=109;WE=43907100;WS=43907082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
chr1	43916642	rs6954	T	C	9757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=170;NR=173;PP=2965;SC=GAAGCACTTGTGGCCACCGTC;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=343;TCF=170;TCR=173;TR=343;WE=43916650;WS=43916632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr1	43919413	rs6692611	A	G	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=25;PP=929;SC=GGGAGGCCGGAGAGCTCGGGG;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=43919421;WS=43919403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	43998397	rs11350891	GT	G	490.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=343;SC=GAAAATCCCTGTTTTTTTACT;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=13;WE=43998405;WS=43998387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	44035352	rs1065771	C	T	4711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	44044468	rs11210874	C	T	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=73;NR=40;PP=1934;SC=CCTCTCGCTTCGTGTACCCAC;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=73;TCR=40;TR=113;WE=44044476;WS=44044458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	44057257	rs2304353	A	G	4116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=81;PP=2427;SC=GGCAGCCAACAGCAGAGAAGG;SOR=1.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=57;TCR=81;TR=138;WE=44057265;WS=44057247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	44057668	rs7540068	G	T	3499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=67;PP=2069;SC=GTCCCTGAGGGTCTGTGATGG;SOR=1.072;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=53;TCR=67;TR=120;WE=44057676;WS=44057658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	44057696	rs7553297	A	G	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=54;PP=1612;SC=CCAGGAGGGTATTTTCTGGAT;SOR=1.533;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=82;WE=44057704;WS=44057686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	44058034	rs2117316	G	A	4415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=34;PP=2965;SC=GCCGTGGTGGGTCCAGAGGTG;SOR=2.553;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=117;TCR=34;TR=151;WE=44058042;WS=44058024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	44058265	rs3828151	C	A	5550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=118;PP=2965;SC=CCCGCACAGCCCAGTCCAGTA;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=73;TCR=118;TR=191;WE=44058273;WS=44058255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	44064319	rs17849103	A	G	8046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=167;NR=117;PP=2965;SC=CAGGACCCTCAAGTTTGCTGT;SOR=1.031;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=169;TCR=117;TR=284;WE=44064327;WS=44064309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr1	44067859	rs12023161	A	G	9490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=151;NR=188;PP=2965;SC=GCTAGCCTGCACTGCCAAGAT;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=339;TCF=151;TCR=188;TR=339;WE=44067867;WS=44067849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr1	44071221	rs631248	G	A	4281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=81;PP=2351;SC=TTGTTGTGGTGCCCATTGACC;SOR=1.348;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=57;TCR=82;TR=138;WE=44071229;WS=44071211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	44072018	rs1065772	C	T	7720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr1	44072066	rs10890266	C	T	8893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=164;NR=145;PP=2965;SC=ACAACCGGCCCCTGTCTCCGG;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=310;TCF=165;TCR=145;TR=309;WE=44072074;WS=44072056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr1	44072420	rs539096	A	G	3801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.55;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	44075227	rs517622	T	C	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=51;PP=1214;SC=CCTGTGGGTCTGTTCTGCAGG;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=18;TCR=52;TR=69;WE=44075235;WS=44075217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	44078359	rs3791149	T	A	5265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=47;PP=2194;SC=GTGATGGTGCTGTAAGCAGAA;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=70;TCR=47;TR=116;WE=44078367;WS=44078349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	44078384	rs499257	T	C	6662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=68;PP=2965;SC=TTAACGGGCTTTCTTTTCTTG;SOR=1.034;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=165;TCF=97;TCR=68;TR=162;WE=44078392;WS=44078374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	44079411	rs603542	T	C	6245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr1	44083110	rs571862	C	T	3953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=48;PP=2690;SC=TCTCCATTCTCTGCAGTCCAT;SOR=1.406;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=93;TCR=48;TR=139;WE=44083118;WS=44083100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	44083507	rs641365	T	C	8559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr1	44083519	rs641351	G	A	8144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=139;NR=157;PP=2965;SC=ATTTCTGGAGGATGGTGTGGG;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=297;TCF=139;TCR=158;TR=296;WE=44083527;WS=44083497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr1	44084739	rs1143701	C	T	6979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=126;NR=111;PP=2965;SC=GTGAGAAGCGCGAGCTGCGTC;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=127;TCR=111;TR=237;WE=44084747;WS=44084729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	44086080	rs568639	T	C	8428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr1	44086831	rs1143702	C	T	9804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=169;NR=161;PP=2965;SC=GCATGCGCTACGAGGGCGTGG;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=331;TCF=169;TCR=162;TR=330;WE=44086839;WS=44086821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr1	44087496	rs673485	C	T	5534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=127;NR=49;PP=2965;SC=GGGTCCAGCACCTGCTCTTGG;SOR=1.694;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=127;TCR=49;TR=176;WE=44087504;WS=44087486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	44119038	rs3215842	A	AT	528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=14;PP=429;SC=GAGCAGTAAGATTTTTTTCCT;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=15;WE=44119046;WS=44119028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	44125962	rs3215843	CA	C	3243.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=32;PP=2868;SC=TTTTTACTTTCAAAAAGGTAC;SOR=1.850;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=91;TCF=49;TCR=42;TR=79;WE=44125970;WS=44125952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	44137257	rs586339	C	A	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	44280381	rs37468	A	T	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=15;PP=1018;SC=AACTTGGTCCATCACAAAACA;SOR=1.536;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=53;WE=44280389;WS=44280371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	44280425	rs3791064	T	G	3398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.19;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	44303786	.	C	CAAAAAAAAAA	461.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.57;QD=76.96;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	44323736	rs2906465	T	C	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=27;PP=1073;SC=AACAGGTTTTTGAAGTGAATA;SOR=1.165;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=73;WE=44323744;WS=44323726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	44386305	rs3120802	C	T	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=35;PP=1019;SC=GTGGGTGGGGCAGTGCTTCTG;SOR=2.303;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=45;WE=44386313;WS=44386295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	44386445	rs80055718	G	A	4091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	44386615	rs3120803	A	G	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	44395786	rs2108202	C	T	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	44401384	rs2242637	A	G	5803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	44415415	rs2240447	C	T	11983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=213;NR=197;PP=2965;SC=TGATGCCTGACGCTTGGCCAT;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=410;TCF=213;TCR=197;TR=410;WE=44415423;WS=44415405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr1	44426025	rs2301993	G	A	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=36;PP=1091;SC=CTTGCCCTCCGCTCCCATAGT;SOR=1.048;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=70;WE=44426033;WS=44426015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	44426948	rs2906596	G	A	12937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=208;NR=245;PP=2965;SC=GGTCCTGACCGGGGTCTCTGC;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=457;TCF=209;TCR=248;TR=453;WE=44426956;WS=44426938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr1	44432500	rs4660759	C	G	4282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=81;PP=2611;SC=CCAGTGCCCTCCCCTGCCCAG;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=70;TCR=81;TR=150;WE=44432508;WS=44432490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	44442521	rs12410334	A	C	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=28;PP=956;SC=GTATGAATGCAAAATGCTGGG;SOR=1.094;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=44442529;WS=44442511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	44451111	.	GGGGA	G	107.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=-0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.549;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr1	44451113	.	GGA	G	152.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=-0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.73;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr1	44451124	rs75761202	G	T	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.99;SOR=4.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	44457215	rs12403025	G	A	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=1;PP=478;SC=ACCAAACACGGGAGGGGGCGG;SOR=3.442;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=44457223;WS=44457205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	44457305	rs12403036	G	A	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	44457739	rs11376967	T	TC	931.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=5;PP=902;SC=ATTTCCCACCTCTGCGGGTCC;SOR=2.468;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=20;WE=44457747;WS=44457729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	44594966	rs2485653	G	A	3337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=33;PP=2146;SC=TGGGGATGAAGAGGAGGAACA;SOR=1.590;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=77;TCR=33;TR=110;WE=44594974;WS=44594956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	44595113	rs2429051	G	C	9796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr1	44595410	rs2485652	A	G	8826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=165;NR=128;PP=2965;SC=ATGCCCCCCAATGGGCTGCCA;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=294;TCF=166;TCR=128;TR=293;WE=44595418;WS=44595400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr1	44595426	rs2429050	G	A	9119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=172;NR=138;PP=2965;SC=TGCCAGTCTCGGCTTCCACTG;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=310;TCF=172;TCR=138;TR=310;WE=44595434;WS=44595416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr1	44595995	rs35084281	G	GC	1141.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=28;PP=1063;SC=AGCTAGACTGGCCCCCCGACT;SOR=2.554;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=31;WE=44596003;WS=44595985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	44788398	rs161721	A	T	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	44878509	rs11210991	C	G	138.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.14;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	45166513	rs2355710	T	A	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=831;ReadPosRankSum=0.809;SC=GAGCTTTTAATCCTATTCATA;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=39;WE=45166521;WS=45166503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr1	45169711	rs374584525	TA	T	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=2.143;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.285;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr1	45170012	rs12088087	A	G	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	45206495	rs3795712	G	A	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=341;SC=GTTCCTTCAGGTTAACTCCAC;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=45206503;WS=45206485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	45212979	.	CA	C	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,23:0.26:89
chr1	45223901	rs111920953	TATTAGCTG	T	1796.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=26;PP=2977;SC=GCCAAAAACCTATTAGCTGAT;SOR=2.476;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=26;WE=45223916;WS=45223891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	45241113	rs11211031	T	C	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=7;PP=629;SC=GAGACCCTCCTAGGCTCGTGG;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=45241121;WS=45241103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	45241374	rs3806398	G	A	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=50;PP=1721;SC=CCCGACCCCCGGCCAGGGACA;SOR=1.275;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=83;WE=45241382;WS=45241364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	45250007	rs59895800	C	G	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=9;PP=290;SC=GTGCCTCGCACGCGGCCGAAG;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=17;WE=45250015;WS=45249997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	45252015	rs41269079	T	A	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=26;PP=890;SC=GACTCGCGGTTCCGCGTTCCT;SOR=1.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=45252023;WS=45252005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	45269333	rs17886354	A	G	5589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.950;SC=TCATGCGCACATCCGTTGGCC;SOR=0.964;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=92;TCR=103;TR=194;WE=45269341;WS=45269323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,214:0.99:216
chr1	45270790	rs34617431	T	TAAAG	1824.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.56;QD=49.32;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	45271828	rs17885815	T	C	8906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=137;NR=148;PP=2965;SC=CCACACTGCATACCAGCTTGT;SOR=0.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=285;TCF=137;TCR=148;TR=285;WE=45271836;WS=45271818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr1	45278094	rs4073112	T	C	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.02;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	45292866	rs2295996	G	A	6238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=92;PP=2965;SC=GCTCCTGGGCGTCTCCAGTCT;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=111;TCR=92;TR=203;WE=45292874;WS=45292856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr1	45293518	rs7525308	A	G	7808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=111;PP=2965;SC=GTCTTACCTTAGCATGTGACT;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=141;TCR=111;TR=252;WE=45293526;WS=45293508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr1	45294156	rs2273940	T	C	3776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	45307506	rs3795720	G	A	4698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	45308409	rs6696675	G	A	4841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	45340282	rs9988451	C	T	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=11;PP=993;SC=TAAAATTAACCTTCCTTCAGA;SOR=2.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=51;WE=45340290;WS=45340272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	45345446	rs3738248	T	A	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=3;PP=371;SC=GCTCAGTCTGTTTCTAGGACA;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=45345454;WS=45345442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	45362992	rs263978	T	C	4296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.19;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	45470130	rs7528534	T	C	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=34;PP=1047;SC=TGTGGCCTTTTAGCAGCAGAA;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=45470138;WS=45470120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	45472798	.	TTGTGTGTG	TTG,T	1348.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;NF=6,6;NR=17,17;PP=767,149;SC=CCTCGAGCAGTTGTGTGTGTG;SOR=1.071;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=23,23;WE=45472815;WS=45472788;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:35
chr1	45474157	rs2298006	G	A	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=33;NR=18;PP=822;SC=AGACACACAAGGCTCAATGTT;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=51;WE=45474165;WS=45474147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	45475566	rs6429552	A	G	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=12;PP=1292;SC=ACCCTGTTTTAGTCCTGGCCT;SOR=2.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=54;WE=45475574;WS=45475556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	45479874	rs6698485	G	T	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=23;PP=767;SC=GTGATCTAGCGGAGCAGCCAA;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=45479882;WS=45479864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	45504720	rs7551698	G	C	3896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	45524213	rs3738246	C	T	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=8;PP=584;SC=ATGGCAAGGGCTCATAAACAC;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=45524221;WS=45524203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	45796269	rs3219493	G	C	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	45798555	rs3219487	T	C	13131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=223;NR=244;PP=2965;SC=GTCCCTCTATTGTTCCTATTT;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=470;TCF=224;TCR=246;TR=467;WE=45798563;WS=45798545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr1	45805566	rs3219468	G	C	16330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,612:1.00:612
chr1	45961955	rs937290	A	G	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=2;PP=161;SC=TCATGGGCTCAGGTGGAACCA;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=45961963;WS=45961945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	45965307	rs12568144	G	A	7395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=153;PP=2965;SC=AGCGGCAGGGGTCTGGCTCCC;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=259;TCF=106;TCR=153;TR=259;WE=45965315;WS=45965297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr1	45965340	rs7546268	T	C	4841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=103;PP=2965;SC=CTTGCTCTCCTAGCGGGGGAT;SOR=1.582;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=55;TCR=103;TR=158;WE=45965348;WS=45965330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	45973928	rs2275276	G	A	10369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=193;NR=177;PP=2965;SC=ACTACGAGGTGCACCCCAACC;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=370;TCF=193;TCR=177;TR=370;WE=45973936;WS=45973918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr1	45981270	.	CAAAAA	C	105.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	45981512	rs2356559	T	C	4868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=93;PP=2621;SC=GGTTAGCATTTGACACAGACT;SOR=1.050;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=75;TCR=93;TR=168;WE=45981520;WS=45981502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	46065998	rs3014211	T	C	6887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQ=59.98;NF=139;NR=95;PP=2965;SC=AGATAATGAGTATTTTCATCA;SOR=0.982;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=139;TCR=95;TR=234;WE=46066006;WS=46065988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr1	46081940	rs2356581	T	A	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=1.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	46094027	rs1250	A	G	3689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=64;PP=2154;SC=GGGAGAACAGACTGGAACTGC;SOR=1.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=55;TCR=64;TR=119;WE=46094035;WS=46094017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	46095143	rs10159068	C	A	193.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=11;PP=412;SC=CCCCCCCACCCGATCTTTCTC;SOR=1.863;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=16;WE=46095151;WS=46095133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	46095272	rs1135812	T	C	6446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	46096402	rs10708598	AT	A	433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=427;SC=CAGCCCACAGATTTTTTTCCC;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=16;WE=46096410;WS=46096392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	46124663	rs6671802	A	G	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=90;NR=36;PP=2015;SC=AAACCCTCTCATATTTGAGAA;SOR=1.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=90;TCR=36;TR=126;WE=46124671;WS=46124653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	46160260	rs6658700	C	T	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=52;PP=1807;SC=AAACTTATTTCACATGGTATA;SOR=0.820;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=50;TCR=52;TR=102;WE=46160268;WS=46160250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	46165875	rs5773892	G	GA	705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.444;HP=11;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.435;NF=0;NR=30;PP=338;ReadPosRankSum=1.277;SC=GGTTAAGAGAGAAAAAAAAAA;SOR=0.375;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=30;WE=46165883;WS=46165865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,37:0.90:41
chr1	46166861	rs4564187	G	C	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	46166956	rs139641704	C	CT	443.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;NF=0;NR=10;PP=181;SC=TAGTGTCTTACTTTTTTTTTT;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=10;WE=46166974;WS=46166946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	46195211	rs139068713	TAAC	T	5449.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=35;PP=2971;SC=TGTATAGTAATAACAACAAAA;SOR=1.591;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=73;WE=46195221;WS=46195201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	46195375	rs28375469	T	C	9283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=161;NR=171;PP=2965;SC=TTTGGGAGATTTGCATACTTC;SOR=0.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=333;TCF=161;TCR=172;TR=332;WE=46195383;WS=46195365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr1	46206540	rs28507722	A	G	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=13;PP=1333;SC=TGGATAATTAATCAACTAATT;SOR=2.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=60;WE=46206548;WS=46206530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	46290311	rs10561161	GTA	G	4114.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=57;PP=2717;SC=ATATTTAAGTGTATATTAATT;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=2;TCR=58;TR=59;WE=46290320;WS=46290301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	46347876	rs11211216	A	T	1258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=43.40;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	46347879	rs10890362	T	A	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.77;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	46347910	rs6665193	G	A	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=20;PP=1059;SC=AGAAAAAGTTGTTATTTAGAA;SOR=1.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=59;WE=46347918;WS=46347900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	46348229	rs11211217	C	G	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=14;PP=387;SC=TGACTTCTCCCACTAGGTCAG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=46348237;WS=46348219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	46379518	rs4256763	A	G	3925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=65;NR=71;PP=2270;SC=AAACGGAGGCAAGAGAGACTG;SOR=0.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=65;TCR=71;TR=136;WE=46379526;WS=46379508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	46424964	rs4460582	G	A	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=20;PP=1316;SC=GCGGCCCGTGGAATGGTGTCC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=65;WE=46424972;WS=46424954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	46473802	rs3922887	A	G	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=7;PP=483;SC=AACAAGGTACACTGGAAACTC;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=46473810;WS=46473792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	46473902	rs3922886	A	T	2282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=46;NR=28;PP=1315;SC=GTCTCTGGGGATGGCCATCTT;SOR=1.065;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=74;WE=46473910;WS=46473892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	46476587	rs11211247	T	G	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=28;PP=942;SC=AACTTCAAGATAATTTGGAGA;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=62;WE=46476595;WS=46476577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	46641741	rs11211261	A	G	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=9;PP=810;SC=TAGAGATGGGATTTCACCGTG;SOR=2.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=46641749;WS=46641738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	46655158	rs6659553	T	C	3290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	46810530	rs3737744	A	G	4110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.87;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	46827214	rs324414	A	C	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=6;PP=856;SC=GCTCACTAGTAACTGCTTCTG;SOR=2.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=39;WE=46827222;WS=46827204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	46871986	rs324419	T	C	10737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=209;NR=178;PP=2965;SC=CCCTGCTGTGTGAGGACATGT;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=388;TCF=210;TCR=178;TR=387;WE=46871994;WS=46871976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr1	46976837	rs1886116	C	T	9601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=148;NR=182;PP=2965;SC=AGTCAGCCCCCGAGGATCAGC;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=331;TCF=149;TCR=182;TR=330;WE=46976845;WS=46976827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr1	47013180	rs10890404	A	G	5109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=74;PP=2965;SC=GCGTCCGGCGACACCTTGCTC;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=95;TCR=74;TR=168;WE=47013188;WS=47013170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	47013364	rs1258041	T	C	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=59;PP=1550;SC=GCAGGCAGGATGGGAGGGCAG;SOR=1.170;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=49;TCR=59;TR=108;WE=47013372;WS=47013354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	47014821	.	A	AAAAAG	2957.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.10;QD=39.97;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	47015453	.	AAC	A	45	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=45;QD=18.3333333333;SC=ACGCCTGCACAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=3;WE=47015462;WS=47015443;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr1	47059934	rs1258021	T	C	6425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr1	47099346	rs723333	C	A	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=9;PP=1244;SC=ACACATTTATCCATGGACACA;SOR=2.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=51;TCR=9;TR=59;WE=47099354;WS=47099336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	47108828	rs736188	T	C	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=17;PP=897;SC=TTCAGTGCCATGAGGTAAATC;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=47108836;WS=47108818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	47109089	rs1745377	A	G	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=42;PP=1203;SC=TTGGGTGGCTAGTGAGTTGGA;SOR=1.379;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=67;WE=47109097;WS=47109079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	47110668	rs1258054	G	C	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=114;SC=ATTGAGGAGGGCCTAGAAAAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=47110676;WS=47110658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	47110712	rs1258053	C	T	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=5;PP=251;SC=AATTCATCTGCGCCACAATAA;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=47110720;WS=47110702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	47110766	rs3215990	G	GC	1378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=9;PP=692;SC=TTGAGCCTCAGCAAGGGTTTC;SOR=1.040;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=47110774;WS=47110756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	47133811	rs11211337	T	C	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	47138444	rs616249	C	T	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	47351034	rs5003006	T	A	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.37;QD=26.51;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	47351052	rs5003005	A	T	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.19;QD=25.97;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	47395973	rs1126743	G	A	4107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=77;PP=2365;SC=ATTGTTTCCCGATGCAGTTCC;SOR=1.264;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=55;TCR=78;TR=132;WE=47395981;WS=47395963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	47398743	rs3890011	G	C	5893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=99;PP=2965;SC=TGGAAACAGAGAGAAGACCAA;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=203;TCF=103;TCR=100;TR=202;WE=47398751;WS=47398733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr1	47400059	rs71500102	A	G	2438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.16;QD=29.03;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	47401424	rs2269231	A	T	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=30;PP=829;SC=TTCCTGTAGCATGCAGATATC;SOR=2.115;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=47401432;WS=47401414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	47402487	.	TTGTGTG	T,TTG	5527.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.29;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=15,15;NR=53,53;PP=267,2437;SC=GAATGTGTGTTTGTGTGTGTG;SOR=0.738;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=88;TCF=15;TCR=73;TR=68,68;WE=47402502;WS=47402477;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.19,0.81:135
chr1	47571943	rs10534549	CT	C	592.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=2.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.410;QD=2.35;ReadPosRankSum=-0.777;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,82:0.33:252
chr1	47685455	rs927462	T	C	4869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=79;PP=2825;SC=GGGCCGTGTGTTTGGGCGCGG;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=71;TCR=79;TR=150;WE=47685463;WS=47685445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	47717189	rs2758735	A	G	10478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=191;NR=188;PP=2965;SC=CAAGCTGTTCAGGTATGGACC;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=383;TCF=194;TCR=189;TR=379;WE=47717197;WS=47717179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr1	47735280	rs2742104	T	C	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=8;PP=913;SC=GAAAGTAGGATGAAAGACTAA;SOR=2.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=46;WE=47735288;WS=47735270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	47753405	rs12125261	G	A	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=21;PP=544;SC=TAGATGAAAAGTAGCTCTGAA;SOR=1.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=47753413;WS=47753395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	47770786	rs6692734	T	A	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=19;PP=464;SC=TTTGTAATTTTCAAAGAGTTT;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=47770794;WS=47770776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	47841038	rs3214951	G	GA	699.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=8;PP=397;SC=GGGTAAGCAGGAAAAAAAGAA;SOR=0.826;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=14;WE=47841046;WS=47841028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	47841109	rs2253511	T	C	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.67;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	47842431	rs3125648	G	A	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	47883019	rs6666370	T	C	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.52;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	47883024	rs2820969	A	G	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.52;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	47904668	rs3046924	T	TCCGCAC	8465.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=51;PP=2197;SC=CGGCCCCGCATCCGCACCCGC;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=104;TCF=13;TCR=91;TR=58;WE=47904687;WS=47904658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
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chr1	48902552	rs78784453	G	A	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=31;PP=1190;SC=AAAAATTCCCGGTCAGGTGTA;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=60;WE=48902560;WS=48902542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	48902977	rs2261674	G	C	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=30;PP=849;SC=GTACAAATACGAGAATTATAC;SOR=1.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=48902985;WS=48902967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	48937691	rs2275309	A	T	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr1	49113247	rs17373849	G	A	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr1	49332724	rs6703833	A	C	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=16;PP=837;SC=GGGGAGGAGAAGAATCATTCA;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=58;WE=49332732;WS=49332714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	49332969	rs61785986	A	G	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=17;PP=467;SC=TTAGCAGGTCAGGGCGGACAA;SOR=1.542;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=49332977;WS=49332959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	49711281	rs7528510	C	T	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=5;PP=232;SC=TAAGTCTGATCCCCAGCTGTA;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=49711289;WS=49711271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	50331725	rs10788920	T	C	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=36;PP=1049;SC=GGAGACAAGATTAGAGAAAGA;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=56;WE=50331733;WS=50331715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	50661411	rs2480683	C	T	9465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
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chr1	50884773	rs4027495	CCGGCGG	C	1221.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.13;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	50884784	rs368034286	G	A	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	50956212	.	C	CAAATACAGTGG	2386	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=22;MQ=60.38;NF=56;NR=43;PP=2386;QD=25.1111111111;SC=GCTTCAGTATCAAATACAACC;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=134;TCF=69;TCR=65;TR=99;WE=50956220;WS=50956202;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:35,99:0.74:134
chr1	50957509	rs1149790	A	T	4112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=98;PP=2676;SC=TTTGACATATAACTTTTTTTT;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=48;TCR=98;TR=146;WE=50957517;WS=50957499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	51078089	rs17387761	G	A	3483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	51121039	rs11585301	T	C	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=24;PP=1345;SC=ATTGTGCTTATTATCAAAGCC;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=75;WE=51121047;WS=51121029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	51808567	rs12072333	C	T	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=7;PP=494;SC=TTAGCGTCTACCTCCCATTCC;SOR=1.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=51808575;WS=51808557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	51808623	rs35273278	C	G	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=22;PP=962;SC=CCTGGACCACCACGCCAGCCT;SOR=1.196;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=60;WE=51808631;WS=51808613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	51810587	rs79266992	C	T	7500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.78;ReadPosRankSum=-0.608;SOR=0.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,290:1.00:291
chr1	51826921	rs17567	T	C	7213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.12;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
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chr1	51871438	rs10529789	G	GACTC	1631.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=5;PP=1613;SC=TTTGGATTAGGACTCTCTGCT;SOR=3.383;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=28;WE=51871446;WS=51871428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	51873951	rs1065754	G	A	4642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=94;PP=2675;SC=ATTCTTCTTCGTAAGTGGAGA;SOR=1.134;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=73;TCR=94;TR=167;WE=51873959;WS=51873941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	51905949	rs372668692	CTGTG	C	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.26;QD=39.52;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	51924226	rs6672300	C	T	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	51929504	rs5774101	TA	T	912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=14;PP=643;SC=AGTTAAATAATAAGAGAAAAG;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=15;WE=51929512;WS=51929494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	51956019	rs59040444	C	T	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.97;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	52242432	rs57902123	CT	C	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=1.747;SOR=1.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr1	52293638	rs706495	G	A	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=41;PP=1111;SC=TGGAGATTTAGTTCACAATCC;SOR=4.091;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=47;WE=52293646;WS=52293628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	52402856	rs10888741	T	G	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=7;PP=741;SC=CTGAGGCCAGTAACCATGTCT;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=52402864;WS=52402846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	52402956	rs10888742	G	A	4837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=97;NR=71;PP=2901;SC=AATGAATATGGGTCTCATACC;SOR=0.974;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=97;TCR=71;TR=168;WE=52402964;WS=52402946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	52489267	rs34432780	CAG	C	11484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=120;PP=2967;SC=CAAAATGACACAGAGTTTTGC;SOR=0.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=23;TCR=126;TR=142;WE=52489276;WS=52489257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	52489321	rs2794990	C	A	8021.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;QD=44.32;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	52489321	.	CG	AA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=22;MQ=60.31;NF=70;NR=86;PP=2947;QD=20;SC=CCTGGTACATCGGGCCCTCTG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=72;TCR=87;TR=156;WE=52489330;WS=52489311;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,156:0.98:159
chr1	52489322	rs2783178	G	A	8021.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;QD=44.57;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	52494417	rs2809920	A	T	130.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.81;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	52498370	rs2809917	C	T	2871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=36;PP=1984;SC=CTCCTCTGGTCAGTGCAGGCT;SOR=1.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=71;TCR=36;TR=107;WE=52498378;WS=52498360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	52498861	rs2783175	A	T	10664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr1	52507070	rs2809958	T	A	3277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=84;NR=32;PP=2504;SC=ATGTTAGCCATTATTATTGCT;SOR=1.849;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=84;TCR=32;TR=116;WE=52507078;WS=52507060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	52729432	rs3833531	C	G	3711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=13.671;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.77;ReadPosRankSum=-0.558;SOR=6.221;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,162:0.99:163
chr1	52820226	rs2820334	G	A	8241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr1	52912122	rs55749039	T	TA	677.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.523;HP=12;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=325;ReadPosRankSum=0.969;SC=TTTCTACATATAAAAAAAAAA;SOR=0.402;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=30;WE=52912130;WS=52912112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,42:0.84:50
chr1	52991638	rs12123698	C	T	8592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=141;NR=141;PP=2965;SC=CGGCTTTCACCGGTGAATTAG;SOR=0.820;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=143;TCR=141;TR=282;WE=52991646;WS=52991628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr1	53072454	rs1970951	T	C	9601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr1	53153432	rs443751	T	C	5963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=117;NR=84;PP=2965;SC=CTGCTGTTCTTTGTGTAGCTG;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=117;TCR=84;TR=201;WE=53153440;WS=53153422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	53192187	rs269298	C	T	274.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=227;SC=CTGCTACGCTCCTAGCTTGAG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=53192195;WS=53192177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	53308665	rs532242	C	G	3478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=53;PP=1619;SC=GGGGTGCGGGCGGCGACGCGG;SOR=0.983;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=100;WE=53308673;WS=53308655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	53320274	rs480299	G	T	4066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	53323492	rs10788945	C	A	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=37;PP=1051;SC=ATAGACCAGACTTTTTACTAG;SOR=1.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=57;WE=53323500;WS=53323482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	53333116	rs557847	A	G	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=7;PP=1087;SC=GACTGTTTTCATTATAGGATT;SOR=3.575;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=56;WE=53333124;WS=53333106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	53364976	rs576891	A	G	3029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=60;PP=1845;SC=GCTTTGTTTTAAAGGAGGGAG;SOR=1.462;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=98;TCF=36;TCR=62;TR=96;WE=53364984;WS=53364966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	53387379	rs7552139	G	C	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=29;PP=746;SC=GTGCTTCTCCGGCCCTGCACC;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=53387387;WS=53387369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	53543112	rs946590	C	G	2736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=70;PP=2125;SC=GCCCACATGGCCACAGGTGCT;SOR=4.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=7;TCR=70;TR=77;WE=53543120;WS=53543102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	53544439	rs1288388	G	A	20266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=791;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=327;NR=397;PP=2965;SC=TCACCAGCCCGCAGGTGCACC;SOR=0.942;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=726;TCF=327;TCR=399;TR=724;WE=53544447;WS=53544429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,788:1.00:788
chr1	53544597	rs1288389	T	C	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=61;PP=1515;SC=GGGGCGCTGGTGGGCATGGCT;SOR=1.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=92;WE=53544605;WS=53544587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	53553702	rs1288400	A	G	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=21;PP=1057;SC=TCTCCAGCTCACTGATCTGGA;SOR=1.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=67;WE=53553710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	53553754	rs1288401	T	C	2407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=22;PP=1340;SC=CTCCTCATCCTGCTCCACTTG;SOR=1.455;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=80;WE=53553762;WS=53553744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	53555783	rs1288403	A	C	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=35;NR=37;PP=1161;SC=CACAGTCCTGAAGCCCCATGG;SOR=0.979;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=72;WE=53555791;WS=53555773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	53558270	rs1288406	A	G	5747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=126;NR=72;PP=2965;SC=GCAGGATGCCACGGATGAAGA;SOR=1.065;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=198;TCF=126;TCR=72;TR=198;WE=53558278;WS=53558260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr1	53559310	rs11206091	T	C	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=38;PP=1094;SC=ATGGCTGGCTTCCCAGCAGCC;SOR=3.126;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=43;WE=53559318;WS=53559300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	53571288	rs1288422	C	G	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	53574123	rs1769289	C	T	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=547;SC=CCTTCCTTAACAGAAGTCCTA;SOR=4.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=53574131;WS=53574113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	53600078	rs3737989	A	G	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=27;PP=1157;SC=GGAGCTCTCCAGGGAACTGGA;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=80;WE=53600086;WS=53600068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	53676448	rs1799821	G	A	2958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=47;PP=1746;SC=CTCTACTGCCGTCCACTTTGA;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=99;WE=53676456;WS=53676438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	53683921	rs12140585	C	G	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=58;PP=1840;SC=TCCATACCCTCGCCCCAGCCA;SOR=1.142;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=46;TCR=58;TR=104;WE=53683929;WS=53683911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	53684324	rs3736118	A	G	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=30;PP=960;SC=TGAGGAAAATAAAAAAAGGGC;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=53684332;WS=53684314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	53684525	rs436887	C	G	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=2.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	53686383	rs1679913	C	G	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=36;PP=1010;SC=TTCTGCGCGCCGCTGCTCGCC;SOR=3.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=41;WE=53686391;WS=53686373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	53694388	rs2275087	T	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=1;PP=349;SC=TCCTCAAAAATAATTTGGGGT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=53694396;WS=53694378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	53699129	rs17192655	G	C	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=24;NR=14;PP=685;SC=AGTGAGATAGGCAACAAAAGC;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=53699137;WS=53699119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	53712727	rs5174	C	T	5278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=107;PP=2965;SC=TAATGCCACTCGCTGGGGAGA;SOR=1.374;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=69;TCR=107;TR=176;WE=53712735;WS=53712717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	53716416	rs3737983	G	A	7615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr1	53723190	rs869987	G	T	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=34;PP=1079;SC=GTTGCCTAAGGTATTGCCTCT;SOR=1.257;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=53723198;WS=53723180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	53732315	rs2297660	G	T	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=35;PP=1112;SC=ATGGGCTCTTGCCAGCTGTCA;SOR=1.478;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=58;WE=53732323;WS=53732305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	53736613	rs7542607	A	G	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=4;PP=356;SC=GTGTGCGCACATGTACACGCC;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=53736621;WS=53736610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	53738183	rs7546246	A	G	4545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.41;SOR=1.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	53742506	rs56300220	A	G	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=16;NR=8;PP=383;SC=CGGGGCCCGGACGGCCGCAGA;SOR=0.906;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=53742514;WS=53742496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	53755151	rs12035577	T	C	4723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=101;NR=57;PP=2787;SC=TTCAACTGGTTACCTCTCCTG;SOR=1.153;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=101;TCR=57;TR=158;WE=53755159;WS=53755141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	53792651	rs3820198	A	C	9439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=186;PP=2965;SC=CCTTTTCGCAATCCTTGGCCG;SOR=1.152;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=319;TCF=132;TCR=187;TR=318;WE=53792659;WS=53792641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr1	53793511	rs4926972	T	C	2280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=44;PP=1179;SC=ATGCTGGAGCTGCAGCAGCAG;SOR=1.280;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=76;WE=53793519;WS=53793498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	53930360	rs61738842	G	A	4889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=97;NR=62;PP=2475;SC=TGCCGCCGCCGCCGCCGCCAC;SOR=0.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=97;TCR=62;TR=159;WE=53930368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	53972205	rs2296758	T	C	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.65;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	53974987	rs10749691	G	T	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=25;PP=804;SC=CAGGGGCCGCGTTCACAAAGG;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=53974995;WS=53974977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	53990321	rs541224	C	T	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=7;PP=843;SC=AACGGACGAACGGATGGACGA;SOR=2.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=42;WE=53990329;WS=53990311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	54258880	rs2273139	C	T	3260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	54262750	rs139582452	T	G	7072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=122;PP=2965;SC=ACAGTGATGTTTTAACTAATG;SOR=0.876;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=110;TCR=122;TR=232;WE=54262758;WS=54262740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	54284551	rs72662323	T	C	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=310;SC=CCTATAACTGTAGAAAACACA;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=54284559;WS=54284541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	54284814	rs12089209	C	T	2409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	54298297	rs72662336	T	C	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	54370264	rs2294511	A	T	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=10;PP=579;SC=AGAATTGAACATAGGAGTGAA;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=54370272;WS=54370254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	54387577	rs12090789	T	C	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=11;PP=300;SC=CTACATATAATAGTTGTGGTA;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=54387585;WS=54387567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	54389471	rs12067895	C	A	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.63;QD=23.93;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	54389517	rs3830768	G	GT	1396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=14;PP=962;SC=ATGGAGATAGGTTAAAGTCTA;SOR=1.085;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=24;WE=54389525;WS=54389507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	54432019	rs2294514	G	A	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=38;PP=1524;SC=AGCCACGGGAGACCTCGGAGC;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=93;WE=54432027;WS=54432009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	54483694	rs34764952	C	T	3603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=24.52;SOR=1.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	54561916	rs7555099	C	T	3969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	54605318	rs3841798	T	TG	1959.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;MQRankSum=0.250;QD=26.48;ReadPosRankSum=0.384;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,72:0.97:74
chr1	54606804	rs3766465	C	T	6837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=150;NR=78;PP=2965;SC=CCACGGCCTCCGATGTTGAAG;SOR=1.335;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=152;TCR=78;TR=228;WE=54606812;WS=54606794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	54607051	rs671103	A	G	13003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=204;NR=249;PP=2965;SC=AGTTGTTGGGATACTCAGGAC;SOR=1.002;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=453;TCF=204;TCR=249;TR=453;WE=54607059;WS=54607041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr1	54607157	rs671539	G	A	3779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=86;PP=2336;SC=GTGGCTCCCAGTTTCCTCCCT;SOR=1.626;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=133;TCF=44;TCR=89;TR=130;WE=54607165;WS=54607147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	54636977	rs10493175	T	C	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=36;PP=1575;SC=GGCGGTGGCATACAAAAAGTC;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=52;TCR=36;TR=88;WE=54636985;WS=54636967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	54681920	rs13571	G	C	2746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=49;PP=1572;SC=GACCTGGACTGTAACGAGGGT;SOR=0.973;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=92;WE=54681928;WS=54681910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	54871469	rs183895460	G	A	50.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=12.52;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	54871566	.	ACCGC	A	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=457;SC=CCTGCCTCCCACCGCCCGCCC;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=54871577;WS=54871556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	54871709	.	T	TCGCCGC	3468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=13;PP=899;SC=GCGCCGAGCCTCGCCGCCGCC;SOR=0.971;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=19;WE=54871717;WS=54871699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	55013860	rs116826850	C	T	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.51;SOR=3.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	55014099	rs299874	C	T	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.01;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	55014102	rs12133271	T	C	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.66;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	55014160	rs299872	C	T	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	55066759	rs1655534	T	C	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=68;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=2;PP=270;SC=AGTGTGTGTGTGCATACATGT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=55066767;WS=55066753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	55066789	rs10533779	CAT	C	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.38;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	55066813	rs74310754	C	CAT	1316.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=4;PP=1074;SC=TGTGTGCATACGTGTGTGTGT;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=55066821;WS=55066803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	55069986	rs746503	T	C	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=13;PP=719;SC=AGGAAGGGGGTGGGGTAGTGG;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=55069994;WS=55069976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	55072726	rs1616691	T	C	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=7;PP=1071;ReadPosRankSum=1.438;SC=GGCACTGCAGTGTGGCAGGGC;SOR=1.751;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=51;WE=55072734;WS=55072716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr1	55074840	rs1617287	T	A	8063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;PP=2965;SC=CCCCAAGGACTCACATACAGT;SOR=1.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCF=94;WE=55074848;WS=55074830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr1	55075452	rs1368883	G	A	4180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=75;NR=62;PP=2338;SC=TGCGGGCTCCGCTATTTGCAA;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=75;TCR=62;TR=137;WE=55075460;WS=55075442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	55078046	rs1655528	T	C	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=0;PP=393;SC=GCATGAGCACTGGCAGGGGTT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=18;WE=55078054;WS=55078036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	55080612	rs112970628	G	GGTGTGT,GGTGT	2217.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.4992,0.5008;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.386;NF=2,2;NR=37,37;PP=13,1421;ReadPosRankSum=-1.770;SC=AAGCAGAGCGGGTGTGTGTGT;SOR=0.909;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=55;TCF=4;TCR=51;TR=39,39;WE=55080620;WS=55080602;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.89:81
chr1	55080629	rs1702015	A	G	2297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=0.380;QD=28.37;ReadPosRankSum=-2.744;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,72:0.89:81
chr1	55080635	rs1655525	G	A	3584.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;QD=43.72;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	55085684	rs200147461	GA	G	4760.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.158;NF=11;NR=84;PP=2788;ReadPosRankSum=1.363;SC=TCACAGCCTGGAAGGAATCCC;SOR=0.923;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=100;TCF=11;TCR=89;TR=95;WE=55085695;WS=55085674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,181:0.99:183
chr1	55085687	rs61770426	G	C	4769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.158;NF=76;NR=83;PP=2377;ReadPosRankSum=1.725;SC=CAGCCTGGAAGGAATCCCAAG;SOR=0.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=79;TCR=86;TR=159;WE=55085695;WS=55085674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,181:0.99:183
chr1	55118566	rs1655520	C	G	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	55119289	rs9332417	G	C	11454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=190;NR=181;PP=2965;SC=AGCTGAACCTGAATGTAGCTC;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=373;TCF=190;TCR=183;TR=371;WE=55119297;WS=55119279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr1	55119534	rs17399810	C	T	17128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=312;NR=294;PP=2965;SC=AGCCTGCACTCCAGCACCCAT;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=609;TCF=315;TCR=294;TR=606;WE=55119554;WS=55119524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,637:1.00:637
chr1	55119546	rs1655518	A	G	18036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=324;NR=307;PP=2965;SC=AGCACCCATGAGCCCAACTCC;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=631;TCF=324;TCR=307;TR=631;WE=55119554;WS=55119524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,660:1.00:660
chr1	55167773	rs646356	T	A	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=38;PP=1215;SC=GCACGAGAGGTCGTGCGCTCC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=68;WE=55167781;WS=55167763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	55182300	rs1147990	T	A	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	55197149	rs3815226	T	C	6439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=106;PP=2965;SC=TGTTTCTGTCTTTAACCCAGG;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=109;TCR=106;TR=214;WE=55197157;WS=55197139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr1	55199104	rs60670381	TA	AT	675.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=39.75;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	55199420	.	ATTTTTTTT	A	504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.514;QD=26.56;ReadPosRankSum=-1.397;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr1	55251689	rs586462	T	C	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=28;PP=1446;SC=GCCAGTTGAGTTCTGGATCTC;SOR=1.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=72;WE=55251697;WS=55251679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	55253575	rs665118	T	C	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=39;PP=1441;SC=TGCCCAGGCCTGTGGTGGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=48;TCR=39;TR=87;WE=55253583;WS=55253565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	55266845	rs1147984	C	T	5186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=103;PP=2965;SC=ATGACTGCTCCCTCTGCTCCC;SOR=1.102;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=76;TCR=103;TR=179;WE=55266853;WS=55266835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	55271774	rs757581	A	G	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	55273580	rs9782980	G	T	4181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=51;PP=2267;SC=GCTGGGCCCCGGCTCCTACAA;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=80;TCR=51;TR=131;WE=55273588;WS=55273570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	55277430	rs10788986	T	A	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=18;PP=1066;SC=CAAGGAGTGGTTCTGACAGCC;SOR=4.615;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=49;WE=55277438;WS=55277420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	55277599	rs600499	T	C	9640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=200;NR=122;PP=2965;SC=CCCCCGGCCTTATCAGGTACC;SOR=1.172;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=322;TCF=200;TCR=122;TR=322;WE=55277615;WS=55277589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr1	55279345	rs149536795	CCCGGCCT	C	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=2;PP=340;SC=TTGAGGCTGGCCCGGCCTCCG;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=6;WE=55279359;WS=55279335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	55282556	rs733168	A	G	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=6;PP=904;SC=ACACAATTCAACTCATAACAG;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=55282564;WS=55282546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	55319902	rs718265	A	G	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.14;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,136:0.99:138
chr1	55330966	rs611057	T	C	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=16;PP=981;SC=TACAGAAACCTAAGCCTCACC;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=53;WE=55330974;WS=55330956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	55336950	rs608458	C	G	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=3;PP=524;SC=GGTCAGGATACGGGAACCGGC;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=55336958;WS=55336940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	55446664	rs2253467	G	C	5680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.95;SOR=1.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	55446671	rs2253466	C	T	6001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.57;SOR=1.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	55446697	rs2253465	G	A	6089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=134;NR=69;PP=2965;SC=ACCTGCGCCCGGCTCCCTGCG;SOR=1.440;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=205;TCF=134;TCR=71;TR=203;WE=55446705;WS=55446687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	55457710	rs2500326	G	A	5033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=90;PP=2965;SC=CCGTTTCTGCGGAGACGACAC;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=77;TCR=90;TR=167;WE=55457718;WS=55457700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	55457815	rs2495513	C	T	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=37;PP=1077;SC=ACAAAAATGCCGTGCCTTCTC;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=55457823;WS=55457805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	55464743	rs2500340	T	C	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=11;PP=1163;SC=CTTGAAGCCTTGAGTTGCAGC;SOR=2.468;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=54;WE=55464751;WS=55464733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	55464790	rs2500341	C	G	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=38;PP=2282;SC=AAGCCTGTCTCGGTGTTTAGG;SOR=1.311;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=78;TCR=38;TR=116;WE=55464798;WS=55464780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	55473043	rs6687801	G	A	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.62;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	55505732	rs2495482	A	G	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=61;PP=1806;ReadPosRankSum=-0.620;SC=GGGTGTAGGGATGGGAGGCCG;SOR=0.395;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=51;TCR=62;TR=112;WE=55505740;WS=55505722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
chr1	55516781	rs599037	G	T	4457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	55518190	rs45597632	AC	A	1340.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=24;PP=696;SC=CCTGGGTTGCACCCCCCCCAG;SOR=1.203;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=31;WE=55518198;WS=55518180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	55518316	rs2483205	C	T	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=24.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	55518467	rs2495477	A	G	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	55521905	rs67578329	GA	G	527.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.70;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	55521907	.	GGGCGGA	G	527.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.70;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	55523033	rs509504	A	G	7153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=122;PP=2965;SC=CCAATGCCCAAGACCAGCCGG;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=247;TCF=125;TCR=122;TR=246;WE=55523041;WS=55523023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	55524116	rs585131	C	T	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	55524197	rs540796	A	G	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=10;PP=271;SC=GCAGGACTGTATGGTCAGCAC;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=55524205;WS=55524187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	55524237	rs562556	G	A	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=8;PP=193;SC=GGCCACAGCCGTCGCCCGCTG;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=55524245;WS=55524227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	55525400	rs483462	G	A	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=231;SC=CCCACTGCCCGCGAGGCTTGG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=55525408;WS=55525390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	55527323	rs630431	G	A	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=25;PP=643;SC=ATACCGCCATGCATCAGGGTG;SOR=1.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=38;WE=55527331;WS=55527313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	55529187	rs505151	G	A	4715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=75;PP=2478;ReadPosRankSum=2.229;SC=ACCAGCGAAGGGGCCGTGACA;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=72;TCR=75;TR=147;WE=55529195;WS=55529177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,178:0.99:180
chr1	55538385	rs654674	T	C	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=20;PP=1510;SC=TATTCAGTTCTAGAGATTTTT;SOR=1.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=53;TCR=20;TR=73;WE=55538393;WS=55538375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	55538552	rs10493176	T	G	5105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=89;PP=2690;SC=CCGAGGAGATTTTTATTAGCC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=80;TCR=89;TR=169;WE=55538560;WS=55538542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	55541174	rs487230	A	G	2707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=42;PP=1506;SC=GACTCGCTCTACTTGTATAGG;SOR=1.007;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=81;WE=55541182;WS=55541164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	55546895	rs683880	T	C	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=4;PP=1184;SC=TAGCAAGTAGTCGAATGAGAA;SOR=4.091;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=47;WE=55546903;WS=55546886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	55555285	rs548852	G	A	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=7;PP=841;SC=TTAATTAAAAGACTCCAACAC;SOR=2.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=38;WE=55555293;WS=55555275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	55557859	rs34673217	A	ATT	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=491;SC=ATTATTACACAGTTACGAACT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=55557872;WS=55557849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	55557864	rs3736992	C	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=258;SC=TACACAGTTACGAACTAAATT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=55557872;WS=55557849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	55558661	rs585203	A	G	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=129;SC=ATTTCTAATGATATGTAAAAA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=55558669;WS=55558651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	55560796	rs503495	T	C	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=291;SC=GGATTTATTTTCTTTTTGGAA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=55560804;WS=55560788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	55562125	rs580485	G	T	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=3;PP=594;SC=TATAGAAAACGATAAATAAAA;SOR=2.694;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=29;WE=55562133;WS=55562115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	55566411	rs67540253	TTAGTC	T	1898.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=4;PP=1428;SC=TGGCAAGAGATTAGTCTAAAG;SOR=3.109;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=26;WE=55566423;WS=55566401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	55567143	rs1165282	T	C	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=7;PP=525;SC=ACTAAAGAATTGCAAGTTATG;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=55567151;WS=55567133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	55567410	rs615652	A	G	3298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	55572867	rs594226	G	A	3284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=79;NR=32;PP=1995;SC=GGCAATAACCGAGCACTGAAG;SOR=1.649;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=80;TCR=32;TR=111;WE=55572875;WS=55572857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	55575670	rs534741	A	C	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=403;SC=ATGACTGGTTATGTAACAGAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=55575678;WS=55575661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	55609728	rs201656425	C	CT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.568;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr1	55614036	rs34030121	CAT	C	608.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=0;PP=603;SC=CATCAATAAACATAAAGATAG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=14;WE=55614045;WS=55614026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	55619422	rs1165230	G	A	173.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=168;SC=TAGACATCAAGTTTAATATGA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=55619430;WS=55619416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	55638075	rs1165222	G	A	5142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	55643837	rs11350615	TA	T	1805.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=42;PP=1680;SC=AAAAAGCAAATAAAACTAATT;SOR=2.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=44;WE=55643845;WS=55643827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	57002865	.	T	G	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=10;PP=222;SC=AAAGAGGAACTTCAAGAAAAG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=57002873;WS=57002855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	57111169	rs61772962	C	G	3862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=60;NR=60;PP=2041;SC=AGTACGCGCTCCGGACCGCTG;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=60;TCR=60;TR=120;WE=57111177;WS=57111159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	57158293	rs7419053	G	A	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=22;PP=591;SC=AAAGGAATTAGCTGAAATCTC;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=57158301;WS=57158283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	57170229	rs932447	T	C	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=23;PP=673;SC=CTGAGTTGAGTATTAAGCCCA;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=57170237;WS=57170219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	57185818	rs857141	A	G	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=22;PP=916;SC=AGAATGAAATATTATGAAAGA;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=58;WE=57185826;WS=57185808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	57219631	rs11404547	G	GA	414.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=406;ReadPosRankSum=-1.388;SC=GAGATACCAGGAAAAAAATGA;SOR=3.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=15;WE=57219639;WS=57219621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr1	57221553	rs1774808	GA	TG	4223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.00;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	57224460	rs857103	G	C	3139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	57333312	rs34047108	A	G	5367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	57340860	rs2269118	G	A	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=16;PP=424;SC=ATACTCCTGAGCCCTTCCTCT;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=57340868;WS=57340850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	57349407	rs6694643	A	T	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=40;PP=1180;SC=TACACTGAACACGTATTACCT;SOR=2.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=57349415;WS=57349397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	57349464	rs6697228	T	C	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=20;PP=422;SC=AATTTGCTTGTGTAATTGGAA;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=57349472;WS=57349454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	57372591	rs619545	C	T	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=22;PP=583;SC=ACTGCATAGACGCTAAATACC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=57372599;WS=57372581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	57383357	rs41285938	C	T	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=46;NR=55;PP=1706;SC=GGCCTCGTGTCCAGGGCGGAA;SOR=1.121;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=47;TCR=55;TR=101;WE=57383365;WS=57383347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	57395251	rs605648	T	C	5457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=74;PP=2837;SC=AGAAGGTCAATAAGCATCAAT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=92;TCR=74;TR=166;WE=57395259;WS=57395241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	57406392	rs6669836	T	C	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=5;PP=444;SC=TATTTTCTACTATCGTATATG;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=57406400;WS=57406382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	57422484	rs1013579	C	T	8653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=136;PP=2965;SC=ACTTGACTTCCGCATGGTCTG;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=278;TCF=142;TCR=136;TR=278;WE=57422492;WS=57422474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr1	57477034	rs697580	G	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=532;SC=TGCTTATATTGAAGTCAAATC;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=57477042;WS=57477024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	57480424	rs944923	C	G	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=235;SC=AGTAGTATTACTAGTAATAAT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=57480432;WS=57480417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	57489137	rs3738558	T	C	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	57528772	rs1261611	A	G	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=34;PP=945;SC=GAAAGTATCAAGCCAGGCTCC;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=48;WE=57528780;WS=57528762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	57535198	rs3738556	C	A	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=34;PP=978;SC=CGAGCATTAACGAAGCAGGCA;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=53;WE=57535206;WS=57535188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	58939502	rs12118488	C	A	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=19;PP=1527;SC=AAGCACACTTCCCAAGACTGG;SOR=2.062;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=71;WE=58939510;WS=58939492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	58946861	rs12144759	T	G	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	58971831	rs3087585	G	A	4276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	58971940	rs11207245	C	A	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=30;PP=820;SC=TTTTTAAAAACTACTACTTTA;SOR=1.302;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=52;WE=58971948;WS=58971930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	59004979	rs902925	C	T	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.22;SOR=1.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	59125894	rs12092264	A	G	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.36;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	59125899	rs12082192	G	A	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.45;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	59126676	rs232779	A	C	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=4;PP=628;SC=GGCAACAAAAAACGTTACTAA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=59126684;WS=59126666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	59127024	rs4912364	T	G	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=41;PP=1497;SC=CTCTGAAACATAATTTAATGA;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=78;WE=59127032;WS=59127014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	59131311	rs232790	G	T	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=43;PP=1358;SC=ACTCTACAATGACAAGAAAAA;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=82;WE=59131319;WS=59131301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	59134586	rs11207284	G	C	4762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.37;NF=44;NR=67;PP=2368;SC=TACGGAAAAAGAGTAAGCATT;SOR=1.034;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=44;TCR=67;TR=111;WE=59134594;WS=59134576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	59134607	rs57822474	C	CAG	6454.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=55;PP=2974;SC=TCCTGTTTGACGGGGAAGCGG;SOR=1.079;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=10;TCR=56;TR=64;WE=59134615;WS=59134597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	59137783	rs539141	A	G	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=13;PP=371;SC=ATGTAGAAAGACTGGACAGTA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=59137791;WS=59137773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	59139223	rs2064370	C	G	4123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=54;PP=2445;SC=CATGGATGAGCCATTTGAAAG;SOR=1.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=87;TCR=55;TR=141;WE=59139231;WS=59139213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	59142713	rs579110	T	C	3275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=54;PP=1557;SC=TTAAGTATTTTGGTTTGCATA;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=53;TCR=55;TR=107;WE=59142721;WS=59142703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	59147420	rs11207292	G	A	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=8;PP=782;SC=AGAATATCACGTTTTAAAACA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=59147428;WS=59147410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	59147926	rs12139511	T	C	5280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=66;PP=2965;SC=CTGTCAGAAGTAATGAATTCT;SOR=1.006;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=103;TCR=68;TR=169;WE=59147934;WS=59147916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	59150941	rs2206764	G	A	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	59150997	rs5774421	TA	T	151.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;MQRankSum=0.612;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.822;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,12:0.86:14
chr1	59156155	rs12076049	C	T	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=13;NR=15;PP=393;SC=ATTACTTATACAAAACGTGTG;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=59156163;WS=59156145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	59158632	rs12097333	T	C	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=35;PP=1113;SC=TATTTGTCTTTTTATTTATTG;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=68;WE=59158640;WS=59158622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	59160724	rs66629118	TA	T	179.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.827;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr1	59165838	rs11207297	T	G	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=34;PP=941;SC=GCCCCTCCCGTGCCGGGAGGC;SOR=4.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=36;WE=59165846;WS=59165828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	59248813	rs2760499	G	C	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=53;PP=1650;SC=CAACAGGGCTGTGGCAAGCGG;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=13;TCR=53;TR=66;WE=59248821;WS=59248803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	59844471	rs835435	G	A	6465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=96;PP=2965;SC=TTGATCTCCCGGACTTCTTAT;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=122;TCR=96;TR=218;WE=59844479;WS=59844461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	60228310	rs10626387	T	TTC	7682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=55;PP=2930;SC=CATTAAAGACTTGTCATTTGA;SOR=0.880;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=74;TCF=15;TCR=59;TR=70;WE=60228318;WS=60228300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	60280749	rs113730234	GT	G	2038.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.21;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	60280962	rs41287714	A	G	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=5;PP=158;SC=GTCCCGGCGCACCCTGCCCTT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=60280970;WS=60280952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	60299820	rs618716	C	G	4960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=90;PP=2965;SC=GGCTTTAATCCGTTTCGGTGG;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=94;TCR=90;TR=183;WE=60299828;WS=60299810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	60324585	.	G	C	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.59;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	60466840	rs35944236	TA	T	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=-0.795;QD=0.77;ReadPosRankSum=1.468;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,14:0.23:62
chr1	60466908	.	ACAACAG	A	70.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.80;MQRankSum=-0.581;QD=3.08;ReadPosRankSum=-1.099;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
chr1	60466911	rs67112814	ACAG	A	660.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5743;FS=2.299;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.747;NF=0;NR=15;PP=451;ReadPosRankSum=1.018;SC=GGCAACAACAACAGCAACAAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=15;WE=60466921;WS=60466898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr1	60475930	rs616949	C	G	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=28;PP=1491;SC=TTTTCCTTCACTGGGGAGCTA;SOR=1.230;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=79;WE=60475938;WS=60475920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	60505578	rs680390	A	G	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=14;PP=965;SC=CCAATAGTACAATTGCCATAC;SOR=2.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=55;WE=60505586;WS=60505568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	61548344	rs113913435	TTC	T	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=2.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.579;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,32:0.16:204
chr1	61818381	rs11587835	C	T	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=57;PP=1745;SC=AAAAGACTGTCGGTCTCGTTG;SOR=1.496;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=36;TCR=59;TR=91;WE=61818389;WS=61818371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	61818422	rs7528918	A	G	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.19;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	61818428	rs10544967	TAC	T	1407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=35.19;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	61892301	rs5774558	T	TG	7233.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=77;PP=2859;SC=ACTTGTCTTTTGCACAAAAGG;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=32;TCR=82;TR=106;WE=61892313;WS=61892287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	61921185	rs11423561	A	AT	1100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.050;HP=13;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.200;NF=3;NR=54;PP=683;ReadPosRankSum=1.919;SC=ACCTTTTGGGATTTTTTTTTT;SOR=0.954;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=90;TCF=4;TCR=86;TR=57;WE=61921193;WS=61921175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,69:0.74:93
chr1	62160542	rs1151765	A	G	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=9;PP=200;SC=TATATATCACACTCTTTATAT;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=62160550;WS=62160532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	62189541	rs17312971	T	C	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=8;PP=255;SC=TATATACTCATGTTGATATTC;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=62189549;WS=62189531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	62232031	rs1286835	C	T	4462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	62329885	rs35853578	AT	A	797.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=651;SC=GTAACTTCACATTTTTTTGCA;SOR=2.649;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=24;WE=62329893;WS=62329875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	62330080	rs2799627	T	G	6610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=1.607;SC=AAAGAGAAATTCTTGTTGATG;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=118;TCR=100;TR=217;WE=62330088;WS=62330070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,245:0.99:247
chr1	62330353	rs2275859	G	A	5236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=97;PP=2804;SC=TGCTCTCCTCGCCTGTCCCTG;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=80;TCR=97;TR=177;WE=62330361;WS=62330343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	62365217	rs1412622	C	T	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=1.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	62365428	rs5774578	G	GA	845.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=21;PP=889;SC=TAATGATTGAGAATTGCGATA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=21;WE=62365436;WS=62365418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	62374267	rs2151122	T	C	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=342;SC=CCAAACTATATTTAAAGTATG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=62374275;WS=62374257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	62380124	rs4915789	A	G	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=9;PP=855;SC=GCGAATCTCCATCTCAGAAAA;SOR=2.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=50;WE=62380132;WS=62380114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	62417925	rs367665476	TGA	T	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.924;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr1	62672546	rs2457829	G	A	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=41;PP=1402;SC=CAGTTTTAGGGGGAAAAGCTA;SOR=0.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=78;WE=62672554;WS=62672536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	62673037	rs7542665	T	C	4868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=83;NR=82;PP=2965;SC=CTTACCCTGGTAGCCGACCTT;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=83;TCR=82;TR=165;WE=62673045;WS=62673027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	62673225	rs7533274	G	A	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	62673287	rs2457828	A	C	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	62675619	rs4625314	C	T	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=17;PP=596;SC=ATGAAGAGGCCTCAGGGATGG;SOR=0.798;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=62675627;WS=62675609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	62675892	rs2481694	A	G	3003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	62676612	rs66958136	A	G	2696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=26.97;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	62677048	rs1056517	G	T	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.37;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	62677048	.	GCC	TCT	1424	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=16;NR=24;PP=1424;QD=36.9366968716;SC=ACCTTAGCACGCCAGGGTGAC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=62677058;WS=62677038;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	62677050	rs12137401	C	T	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.37;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	62677118	rs12130050	A	G	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=12;PP=382;SC=TAAAACGAAAATACACTTCTA;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=62677126;WS=62677108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	62704134	rs41289438	A	G	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	62712999	rs111297754	TG	T	451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=1;PP=43;SC=TTTTAAGAGATGGGGGTCTCC;SOR=0.818;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=2;WE=62713007;WS=62712989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	62713224	rs2941679	C	G	3423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	62713246	rs10889315	G	A	3606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	62728784	rs2666472	A	G	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=40;NR=16;PP=936;SC=CAGCAGCTTCACGATGGAGAA;SOR=1.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=56;WE=62728792;WS=62728774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	62728838	rs2258470	T	C	4484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=31;PP=1627;SC=GTTCCCGTTGTGATCGGCCAA;SOR=1.257;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=95;WE=62728846;WS=62728828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	62728861	rs2260581	T	C	5184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=71;NR=44;PP=2060;SC=TGACAAGCAGTTTCAGGAAGT;SOR=0.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=71;TCR=44;TR=115;WE=62728869;WS=62728851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	62728918	rs2262110	G	A	4702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	62729015	rs2262106	G	A	3900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	62733939	rs11207950	G	A	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=3;PP=980;SC=AAGTGCCCGCGTTTGTGTCCA;SOR=4.351;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=39;WE=62733947;WS=62733929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	62737372	rs4609464	A	C	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=36;PP=842;SC=TGGAGAGGTAAGGAGGGACAG;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=62737380;WS=62737362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	62738904	rs7516290	T	C	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=7;PP=526;SC=AGGAGGCCGGTGGCTCCTTGG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=62738912;WS=62738894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	62739198	rs17855078	G	A	7131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=135;NR=115;PP=2965;SC=TCTTTCTGTCGCTGCCCCACA;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=135;TCR=115;TR=250;WE=62739206;WS=62739188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr1	62740065	rs12127930	A	G	7418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr1	62740446	rs2666506	T	C	5512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.52;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,214:0.99:216
chr1	62740449	rs2666507	T	C	9377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.52;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	62939634	rs1168007	C	T	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	62943264	rs1168008	C	T	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=4;PP=678;SC=GAGTAGTTTACTTGGCAAGAT;SOR=3.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=62943272;WS=62943254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	62945418	rs1183260	A	G	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.20;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	62945537	rs116275420	G	A	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=179;SC=TGTACTTTTTGTAGAGATGGG;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=62945545;WS=62945527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	62953183	rs1168025	C	T	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=26;PP=756;SC=TCTCCACAAACAGAAGACAGC;SOR=2.242;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=36;WE=62953191;WS=62953173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	62960250	rs1168041	T	C	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	62961928	rs1168038	T	C	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=161;SC=CCAGCAAAAATCAACTTTTGA;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=62961936;WS=62961918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	62970184	rs1168027	T	C	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=1;PP=314;SC=AGATAGCCTATGATTAGACTA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=62970192;WS=62970179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	62973795	rs1184865	A	G	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=29;PP=815;SC=AAAAGACTTAAGGATGCATAG;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=62973803;WS=62973785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	62976472	rs1168043	T	G	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=26;PP=692;SC=CAGTACAAGTTGAAAAACCTG;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=62976480;WS=62976462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	63001120	rs1168018	A	C	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.72;SOR=1.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	63025000	.	A	G	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.8656;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=619;ReadPosRankSum=-0.499;SC=AACACTAAAAAGTTCAAGTAG;SOR=1.165;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=28;WE=63025008;WS=63024990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chr1	63027411	rs5774610	AG	A	1769.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=30;PP=1301;SC=CAGATGCTTAAGTAGATTATG;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=30;WE=63027419;WS=63027401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	63066704	rs146832988	TTG	T	1402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=10;PP=718;SC=TTTCCCCTAATTGTATATTCA;SOR=1.284;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=63066713;WS=63066694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	63113511	rs746735	C	A	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=20;PP=641;SC=TTATCTTTTTCAGAACTTACT;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=38;WE=63113519;WS=63113501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	63113689	rs1168088	T	C	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=7;PP=689;SC=TGCTTTATCCTCTACATTTTG;SOR=2.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=27;WE=63113697;WS=63113682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	63113719	rs1168089	T	C	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=10;PP=919;SC=ATATCAATCATAATCCCAAAA;SOR=2.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=63113727;WS=63113709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	63270828	.	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=1.580;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr1	63282527	rs142061316	G	A	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=31;PP=921;SC=TTTTTTTGTCGTCGATATTTT;SOR=1.412;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=51;WE=63282535;WS=63282517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	63788890	rs199958231	G	A	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=46;PP=1400;SC=CCGGAGCTGCGCCTGGACGAG;SOR=0.961;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=90;WE=63788898;WS=63788880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	63871881	rs1012872	A	G	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=0;PP=268;SC=TAGTAGGGCAAGAACCTTGTG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=63871889;WS=63871871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	63872871	rs6588028	A	G	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	63881552	rs4630153	C	T	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	63912563	rs3838450	ACAATT	A	1988.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=1128;SC=TTTTCAGAAAACAATTCAAAG;SOR=1.038;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=23;WE=63912575;WS=63912553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	63975830	rs6588047	T	C	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.70;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	63991140	rs9436686	T	C	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=281;SC=TTTTCTTCTATGTATAAAATC;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=63991148;WS=63991130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	63991267	rs217478	T	C	2922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	63999087	rs217454	T	C	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=3;PP=654;SC=CAGTGTATGATTGAATGTTTT;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=63999095;WS=63999077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	64015217	rs217485	G	A	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.57;QD=25.62;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	64017262	rs35587501	GA	G	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.452;HP=11;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=2.004;NF=9;NR=2;PP=162;ReadPosRankSum=0.409;SC=ACTCCGTCTTGAAAAAAAAAA;SOR=1.765;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=11;WE=64017270;WS=64017252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr1	64089432	rs77043134	G	A	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=46;PP=1375;SC=TGCCAATGGGGTGGGTATATG;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=79;WE=64089440;WS=64089422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	64097432	rs1126728	C	T	8857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=147;NR=144;PP=2965;SC=ACTGAAGATCCGTATTGATGC;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=147;TCR=144;TR=291;WE=64097440;WS=64097422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr1	64100478	rs6588052	A	T	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=9;PP=653;SC=TTCTGCATACATTTATTCCAT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=64100486;WS=64100468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	64102114	rs2269248	A	G	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=24;PP=623;SC=AGTCTTCACCATACCCTTCAC;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=64102122;WS=64102104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	64114301	rs11208257	T	C	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.59;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	64117537	rs2269238	G	T	3996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	64515379	rs1772626	C	T	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=29;PP=1963;SC=ACCTGACCCTCGATGAACCAA;SOR=1.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=78;TCR=29;TR=107;WE=64515387;WS=64515369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	64608329	rs2762833	G	T	4552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=73;PP=2388;ReadPosRankSum=-0.592;SC=ACATCCCAGCGTGCGGTAAAT;SOR=0.333;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=74;TCR=75;TR=146;WE=64608337;WS=64608319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,174:0.99:175
chr1	64624612	rs4362024	G	A	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=8;PP=911;SC=GTAATATTATGCATGTTACTT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=44;WE=64624620;WS=64624602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	64680654	rs7534166	G	A	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=17;PP=424;SC=AGTGGCTCACGCCTGTAATCC;SOR=1.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=64680662;WS=64680644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	64680682	rs825174	C	G	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=10;PP=257;SC=TTGGGAGGCTCAGGTGGGTGG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=64680690;WS=64680672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	64707243	rs825189	G	C	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=102;SC=CACATATCAAGTTAATGAGAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=64707251;WS=64707233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	64726414	rs705542	A	C	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=19;PP=571;SC=GCTTTTATAAATAACATATTA;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=64726422;WS=64726404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	65016349	rs2164571	A	T	6326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr1	65016399	rs11808959	G	A	5114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	65045602	rs5774708	TA	T	363.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.6729;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=191;ReadPosRankSum=0.263;SC=AGCCAGATGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.602;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=17;WE=65045611;WS=65045592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr1	65068638	rs6665437	T	C	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.17;NF=20;NR=28;PP=746;SC=TGTATTCTACTGCATTCAAGT;SOR=1.217;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=65068646;WS=65068628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	65099701	rs5774715	G	GT	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=3.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,22:0.25:88
chr1	65099978	rs2118102	G	A	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=25;PP=646;SC=TAGAGGCATAGTAGATAAAGA;SOR=2.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=65099986;WS=65099968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	65107372	rs6664905	C	T	2663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=1.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	65113351	rs7534210	T	C	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=293;SC=GTCCAGAGTCTATGTGGTCTC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=65113359;WS=65113341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	65113568	rs6588100	T	C	2916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	65234216	rs35506383	AT	A	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=2.492;QD=1.48;ReadPosRankSum=-0.772;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,17:0.24:70
chr1	65247394	rs2478151	T	C	112.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=56;SC=CTTTTCCTTTTTTTTAAAAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=65247402;WS=65247384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	65255018	rs2500232	G	A	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=15;PP=1473;SC=CTTTGAAATTGTGTCTTTGTA;SOR=2.505;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=57;TCR=15;TR=72;WE=65255026;WS=65255008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	65301669	rs2254002	C	A	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=1;PP=229;SC=GTGACATTTTCCATTATAATA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=65301677;WS=65301659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	65303510	rs4916004	G	A	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=426;SC=CTAACCTTGAGTCAGGCCAGA;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=19;WE=65303518;WS=65303501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	65311262	rs2230587	G	A	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	65326098	rs200133188	CATGCATTT	C	468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=963;SC=ATACCCCTTGCATGCATTTAT;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=65326113;WS=65326088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	65684425	rs11208611	C	T	3686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	65830297	rs2296478	G	T	223.85	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.99;ReadPosRankSum=-1.326;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr1	65830298	rs111346712	T	TG	32.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	65830299	rs2296479	T	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.144;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=6.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-1.211;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	65830608	rs1570868	T	C	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=450;SC=AGAAATGTCATTGAAGACATA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=65830616;WS=65830598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	65844963	rs3818449	A	G	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=19;PP=1032;SC=TGTTCCCACTATTCCTATCTA;SOR=1.355;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=55;WE=65844971;WS=65844953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	65858088	rs6588144	T	C	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.55;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	65858145	rs4325172	G	A	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=24;PP=891;SC=TCTGTGAGGAGGACCACGCTG;SOR=0.760;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=53;WE=65858153;WS=65858135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	65860687	rs4582839	A	C	10636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=188;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.563;SC=TTCTCCAGCCAACAAGAAGTC;SOR=0.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=369;TCF=181;TCR=188;TR=369;WE=65860695;WS=65860677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,404:1.00:405
chr1	65867391	rs4592284	C	G	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=15;PP=1303;SC=CTGAATTTCACAATTCAGCCT;SOR=1.552;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=65;WE=65867399;WS=65867381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	66036501	rs2186248	G	T	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=24;PP=685;SC=CATTAGCTATGTTTTAAATGT;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=66036509;WS=66036491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	66618316	rs146526475	TACAC	T	494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.23;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	66829262	rs783039	A	G	4723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=84;PP=2517;SC=GACGTGAGTAATTATGACCTG;SOR=1.185;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=67;TCR=85;TR=151;WE=66829270;WS=66829252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	67154730	rs35898963	CA	C	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=3.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.354;QD=3.27;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,42:0.44:95
chr1	67195184	rs1032635	C	G	3385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.80;SOR=1.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	67195192	rs1032634	C	G	3191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.26;SOR=1.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	67242200	rs7541120	G	A	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=51;PP=1469;SC=GTTAAAATGCGTATTTATAAT;SOR=1.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=83;WE=67242208;WS=67242190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	67242243	rs148639880	G	GGT	618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.87;MQRankSum=0.878;QD=22.92;ReadPosRankSum=0.233;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr1	67243024	rs2133173	C	A	6255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr1	67266756	rs549148	T	A	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=33;NR=20;PP=800;SC=GATCCCCTCCTGATGCCTTCT;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=67266764;WS=67266746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	67292473	rs34718535	A	AT	4859.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=26;PP=2154;SC=TGCTTCTACTAAAATTTATGC;SOR=1.314;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=54;WE=67292486;WS=67292463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	67292478	rs36067642	T	A	5072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=32;PP=1605;SC=CTACTAAAATTTATGCAAGAA;SOR=1.266;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=90;WE=67292486;WS=67292463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	67303303	rs6698076	A	G	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=22;PP=1635;SC=AATTTTCTAGACTTTATTTAA;SOR=1.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=80;WE=67303311;WS=67303293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	67306054	rs11208966	C	A	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=486;SC=ATTTAAATTCCTTGTGCCATA;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=67306062;WS=67306044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	67337285	rs1280338	C	A	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=235;SC=AATTACTTTCCTTAATGTGGC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=67337293;WS=67337275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	67436446	rs4553158	A	G	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	67438535	rs12131222	A	T	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	67442210	rs11208978	C	T	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	67442275	rs11208979	C	T	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	67447450	rs12039172	A	G	4457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.69;SOR=1.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	67452322	rs17497828	G	A	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=20;PP=504;SC=CCCAAACAGTGTTAAAAGCCA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=67452330;WS=67452312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	67487407	rs372465218	GAC	G	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=1.564;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,9:0.18:49
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chr1	67795319	rs1495963	T	C	4109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.61;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	67833527	rs2307145	G	C	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=25;PP=1248;SC=CTCCTCGCCAGGTCTCTGCAA;SOR=1.280;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=81;WE=67833535;WS=67833517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	67852141	rs12138812	A	G	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=16;PP=1361;SC=AATTTACCTTATTCTTGAGCA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=67;WE=67852149;WS=67852131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	67861520	rs2229546	C	A	8950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=170;NR=138;PP=2965;SC=ACCCAAAGCCCGAAAACCCAG;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=308;TCF=170;TCR=138;TR=308;WE=67861528;WS=67861510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr1	67891029	rs57690154	A	C	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.92;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	68151980	rs2759219	T	G	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.88;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	68152363	rs3783468	G	A	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=630;SC=GTGGTAGGTGGGGGTCAGGAG;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=68152371;WS=68152353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	68152388	rs681673	T	C	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=13;PP=377;SC=GCTGCCTTTGTCCGACTAGAG;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=68152396;WS=68152378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	68173264	rs2295942	C	T	5172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=74;PP=2625;SC=GTTATCCAGTCGGGGCTTCTT;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=91;TCR=74;TR=165;WE=68173272;WS=68173254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	68613933	rs2303949	C	T	5797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr1	68614013	rs2566789	A	G	2664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=58;PP=1837;SC=ACATTACAGAAATCCTAAAGA;SOR=1.420;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=36;TCR=60;TR=92;WE=68614021;WS=68614003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	68620998	rs2820488	C	G	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=33;PP=883;SC=TAGACTGGCTCTGAATTCTGT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=68621006;WS=68620988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	68943436	rs1924542	G	A	4813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	68943442	rs3790476	A	G	4845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.87;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	68944633	rs12759438	A	T	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	68947318	rs3833522	C	CA	10086.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.239;NF=23;NR=118;PP=2979;ReadPosRankSum=1.401;SC=AATACCCCCCCAAAAATCATC;SOR=0.293;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=158;TCF=24;TCR=134;TR=141;WE=68947326;WS=68947294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,386:1.00:387
chr1	68952564	rs138180992	AAC	A	126.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.08;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr1	68955439	rs34593668	AC	A	142.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	68955440	.	CCT	C	219	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=219;QD=49.2;SC=TCCCATTAAACCTTTAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=68955453;WS=68955430;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	68955444	rs35268401	TA	T	76.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.37;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	68955445	.	A	T	109	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=7;HapScore=4;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=109;QD=28.7542425094;SC=TTAAACCTTTAAAAAAAATAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=68955453;WS=68955430;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	68960476	rs4926345	T	G	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.19;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	70225832	rs17397812	G	A	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=549;SC=CAAGGGCACTGGATAAGCTGT;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=70225840;WS=70225823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	70304758	rs12735430	A	G	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.20;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	70397087	rs7530457	T	C	5951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	70587360	rs641909	C	T	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=544;SC=TAAAAACTGACAACTTTTTGT;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=70587368;WS=70587350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	70654981	.	GAAA	G	405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.622;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=2.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=-1.241;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.939;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr1	70832053	rs6661178	G	A	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=30;PP=903;SC=TATTGTATATGTATTTTTAAT;SOR=1.938;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=70832061;WS=70832043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	70904523	rs112004441	T	TTGTG,TTGTGTG	2823.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.702;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3,3;NR=46,46;PP=397,1320;ReadPosRankSum=-0.722;SC=AGTCTTATTATTGTGTGTGTG;SOR=1.733;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=82;TCF=3;TCR=79;TR=49,49;WE=70904531;WS=70904513;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.23,0.74:66
chr1	71331498	rs1409986	A	G	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=25;NR=28;PP=915;SC=ATCACAGTAGAGGTGGGAAGA;SOR=0.960;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=53;WE=71331506;WS=71331488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	71334870	rs1536537	C	T	2634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=36;PP=1562;SC=GTATGTGTGTCGGGGCAGGGG;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=92;WE=71334878;WS=71334860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	71419499	rs571705	C	T	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	72058405	rs1334005	T	C	172.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=0;PP=53;SC=GGTTGAGTTTTAAAATGAACG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=72058413;WS=72058395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	72058552	rs1413368	G	A	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=12;PP=403;SC=CAGCCACACAGGTATAATTGC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=27;WE=72058560;WS=72058542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	74507711	rs7538410	T	G	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=14;PP=322;SC=ATAAGAACCTTTTATTTACTT;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=74507719;WS=74507701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	74575049	rs12133827	A	T	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=9;PP=267;SC=ATACATTTCAAATAAAAATAA;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=74575057;WS=74575039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	74575182	rs1340472	C	T	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.32;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	74646514	rs6701961	C	T	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=56;PP=1638;SC=AATAAATATTCTTCAAAAAGG;SOR=2.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=23;TCR=56;TR=79;WE=74646522;WS=74646504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	74664149	rs4422957	T	C	3448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=57;PP=1944;SC=TTCTCATCTGTAGGCCTATGA;SOR=0.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=57;TCR=57;TR=114;WE=74664157;WS=74664139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	74665493	rs792310	G	A	4871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=77;NR=83;PP=2694;SC=ACGTTTTTGTGGATCCTGCTG;SOR=0.962;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=77;TCR=83;TR=160;WE=74665501;WS=74665483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	74666344	rs35329584	A	AC	322.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=3;PP=202;SC=GACTGCCACCAGCCTGGCTAA;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=74666352;WS=74666334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	74669973	rs9425024	T	G	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=2;PP=287;SC=TATCGTTAAATATATTTTGAT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=74669981;WS=74669963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	74671519	rs571848	A	G	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=240;SC=TGATGTAGAGATATTTTAAAT;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=74671527;WS=74671509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	74701295	rs505508	T	A	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=21;SC=GCAGCATGTTTTGTGAAAGTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=74701303;WS=74701285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	74716515	rs67159904	CT	C	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.440;QD=2.71;ReadPosRankSum=-1.417;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr1	74801793	.	T	C	2627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.22;ReadPosRankSum=-1.010;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,119:0.73:162
chr1	74819077	rs6424586	T	G	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.139;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=38;PP=1444;ReadPosRankSum=1.410;SC=ACTAGTTCTATATGCTTATCA;SOR=0.348;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=83;WE=74819085;WS=74819067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr1	74841173	rs2880795	A	C	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	75006027	rs3895907	A	G	5634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=94;PP=2965;SC=AGGTTTGTTAAGAAAACTACC;SOR=0.780;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=99;TCR=94;TR=193;WE=75006035;WS=75006017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr1	75006076	rs3845348	G	A	3161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=62;PP=1886;SC=AAGGGAGAAAGCATTGCATAT;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=48;TCR=62;TR=110;WE=75006084;WS=75006066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	75036783	rs9326115	T	C	3912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=33;PP=2192;SC=TTAAACTCACTGTCTGCCAGC;SOR=1.559;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=86;TCR=33;TR=119;WE=75036791;WS=75036773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	75036812	rs9326116	C	T	5284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=52;PP=2965;SC=TAGACCTGCACGTTGTTGGGG;SOR=1.491;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=175;TCF=123;TCR=52;TR=173;WE=75036820;WS=75036802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	75042626	.	TA	T	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=2.771;QD=0.96;ReadPosRankSum=-1.112;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,20:0.25:80
chr1	75072264	rs41289216	G	T	3218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=24;PP=2054;SC=TACAACAAAAGAAACTTGTGT;SOR=2.086;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=85;TCR=24;TR=107;WE=75072272;WS=75072254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	75097426	rs11210490	G	C	4223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=83;NR=56;PP=2371;SC=AAGCCATTTGGAGCAGTGGTT;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=83;TCR=56;TR=139;WE=75097434;WS=75097416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	75108863	rs623171	A	C	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=21;PP=603;SC=ATTCCAACAGATAACTATATT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=75108871;WS=75108853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	75112573	rs151179245	G	GACACAC	382.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=291;SC=AAGACAGACAGACACACACAC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=75112581;WS=75112563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	75172001	rs7527057	T	A	6752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=3.481;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.68;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,262:1.00:263
chr1	75172756	rs71695861	TAA	T	2061.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=25.14;SOR=1.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,75:0.91:82
chr1	75190452	rs1051122	C	T	4914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=106;NR=75;PP=2965;SC=GGACTTCTGGCCCACCAAATT;SOR=0.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=106;TCR=75;TR=181;WE=75190460;WS=75190442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	75199152	rs277373	C	T	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=50;PP=1275;SC=TGCGAAACTTCAGGAGCCCTG;SOR=1.408;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=31;TCR=50;TR=81;WE=75199160;WS=75199142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	75214390	rs749690	G	C	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=35;PP=1053;ReadPosRankSum=-0.998;SC=CAGATGATCTGGTTACCCACA;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=81;WE=75214398;WS=75214380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,95:0.98:97
chr1	75603055	rs1526503	A	G	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=30;PP=825;SC=GTTCTGGGTGAAGGTTGTAGG;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=75603063;WS=75603045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	75614380	rs35220110	CT	C	2297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.102;QD=10.64;ReadPosRankSum=-1.464;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,165:0.76:216
chr1	75622616	rs941032	C	T	3597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=45;PP=2004;SC=ACAAGAAACACGTCAGTCCTA;SOR=1.054;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=80;TCR=45;TR=124;WE=75622624;WS=75622606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	75626420	rs2462955	A	T	3930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=100;NR=39;PP=2695;SC=GATGAAAACAATGCCTTGGAT;SOR=2.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=100;TCR=40;TR=139;WE=75626428;WS=75626410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	75680433	rs687715	G	A	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	75680545	rs688513	T	G	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	75681351	rs594470	A	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=3;PP=447;SC=AACTGCATGAAGTAAAAGTAC;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=21;WE=75681359;WS=75681341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	75681511	rs595009	T	C	4689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=88;NR=67;PP=2490;SC=TCAGGCAGCATTGTAGGAATT;SOR=0.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=88;TCR=67;TR=155;WE=75681519;WS=75681501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	75685403	rs600734	T	C	6515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr1	75716925	rs588098	C	T	3539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	75823084	rs1249833	C	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=12;PP=366;SC=TCTCTGAGCACTGAGTAGAAT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=75823092;WS=75823074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	76143443	rs7513363	A	G	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.56;QD=26.47;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	76143458	rs7516122	T	C	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=26;PP=897;SC=GATGGCCGAATAGGAACAGCT;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=55;WE=76143466;WS=76143448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	76143505	rs1746748	T	C	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=17;PP=442;SC=ACGCAGAAGATGGGTGATTTC;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=76143513;WS=76143495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	76190569	rs1251075	C	G	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=38;PP=1132;SC=GCAGGGGGCCCTGGGCCAAAA;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=64;WE=76190583;WS=76190559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	76194054	rs7524467	C	G	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=21;PP=1003;SC=TTTAACTTATCAAATTTATTT;SOR=1.244;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=64;WE=76194062;WS=76194044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	76194229	rs11316888	GT	G	1871.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=26;PP=1180;SC=AGCTTTATATGTTTTGTTTGG;SOR=0.886;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=31;WE=76194237;WS=76194219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	76194306	rs1146572	A	G	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=352;SC=TCCACAGATAATTTACAATAA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=76194314;WS=76194296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	76198436	rs2275378	T	C	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=17;PP=796;SC=AGTAGGTATATACATTTTAAA;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=76198444;WS=76198426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	76198785	rs3818855	G	A	9993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=184;NR=163;PP=2965;SC=ACCTAGATGCGTTTTTCCTTC;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=348;TCF=184;TCR=164;TR=347;WE=76198793;WS=76198775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr1	76199345	rs2153126	C	G	5452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=89;NR=105;PP=2965;SC=CTACCTAACTCAGCTCTTGTT;SOR=0.962;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=90;TCR=105;TR=194;WE=76199353;WS=76199335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	76205643	rs12127402	C	A	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=21;PP=925;SC=AATTTCATTTCTCTTGTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=57;WE=76205651;WS=76205633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	76216330	rs11161521	T	C	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=255;SC=CAATTTCTACTTTGATAGCAA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=76216338;WS=76216320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	76227022	rs1061337	A	G	2965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=61;PP=1932;SC=AATATCCTGTAGAAAAACTAA;SOR=1.343;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=40;TCR=61;TR=101;WE=76227030;WS=76227012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	76234886	rs1146593	A	G	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=26;PP=843;SC=TCACCTTCCAACATCATTGAA;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=52;WE=76234894;WS=76234876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	76252011	rs1146634	G	A	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	76252687	rs1146636	T	C	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=13;PP=558;SC=TGATATTCTATGGTGTTTATT;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=76252695;WS=76252677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	76255228	rs11161620	G	A	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=21;PP=557;SC=ATTACACTGAGACCTTGGAGG;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=76255236;WS=76255218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	76257074	rs35837562	A	AT	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.940;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,20:0.21:96
chr1	76257892	rs12703	A	T	4112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=85;NR=46;PP=2247;SC=GATTTCTGGCAATTACAAGTC;SOR=1.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=85;TCR=46;TR=131;WE=76257900;WS=76257882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	76258184	rs111724906	T	C	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=521;SC=GAAATACTCATTGATCCTAAT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=19;WE=76258192;WS=76258174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	76260837	rs11161626	C	T	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=3;PP=358;SC=AATCTACCATCTTAAAATGGG;SOR=3.056;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=19;WE=76260845;WS=76260827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	76269372	rs5745323	T	C	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=488;SC=CATCATTGCATAATTCAAATC;SOR=4.804;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=19;WE=76269380;WS=76269362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	76276353	rs12122939	T	C	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.96;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	76280543	rs1144339	A	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	76333163	rs5745433	T	G	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	76342858	rs5745442	T	G	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=2;PP=25;SC=ATAAGTAGAATAAATAGGGTA;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=76342866;WS=76342848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	76344920	rs5745453	G	A	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=291;SC=TGAATGTTCTGTATCTTCTCC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=76344928;WS=76344910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	76346920	rs5745466	C	CAT	2514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=11;PP=1113;SC=TCTTACCAAACGTGTTTTCAG;SOR=1.199;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=23;WE=76346928;WS=76346910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	76378360	.	T	TA	1332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=4.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.000;QD=16.25;ReadPosRankSum=0.374;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,67:0.82:82
chr1	76378362	rs2881857	T	A	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.573;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;MQRankSum=-0.364;QD=18.03;ReadPosRankSum=0.621;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,92:0.93:99
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chr1	76608777	rs184095	C	T	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=19;PP=479;SC=AAATTGAACTCACCCTGTTTA;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=76608785;WS=76608767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	76771475	rs10782610	G	T	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=13;PP=1017;SC=ATCAGTTAGAGAATTATTTAT;SOR=1.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=52;WE=76771483;WS=76771465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	77093010	rs680442	CT	TG	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=9;PP=1523;SC=AGTTTCTCAACTCTTTTTCCT;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=40;WE=77093019;WS=77093000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	77093180	rs1184626	C	A	5232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	77094242	rs41291522	G	A	131.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=74;SC=ATGGATTCTTGTAAATGAGTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=77094250;WS=77094237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	77558057	rs1048575	G	C	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	77627096	rs839825	G	A	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=16;PP=786;SC=TGATGCTATGGAAAGGGGGAA;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=77627104;WS=77627086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	77634948	rs1779199	G	A	4838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=1.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	77759380	rs2815310	C	G	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=3;PP=473;SC=AAAAACAAACCCATTTAATTT;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=77759388;WS=77759370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	77759578	rs2815311	A	G	3994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	77763542	rs1167206	G	A	1968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=26;PP=919;SC=CAGAGATAAAGCAAAAATTGA;SOR=0.955;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=57;WE=77763550;WS=77763532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	77949123	rs7515509	G	A	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.81;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	77949129	rs7528932	A	T	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.49;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	78001764	.	CT	C	395.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.000;QD=13.19;ReadPosRankSum=1.062;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr1	78001881	.	T	C	116	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=4;PP=116;QD=30.1542425094;SC=CACAGTGGCTTATGCCTGTAA;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=78001889;WS=78001871;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	78024284	rs6675743	T	C	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=10;PP=555;SC=CTTTTAAATATAGATAAATGC;SOR=1.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=78024292;WS=78024274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	78024487	rs202043220	C	CTGTT	3441.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=33;PP=2072;SC=CCTGACAGCACTGTTTGCTTC;SOR=1.003;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=38;WE=78024495;WS=78024477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	78031690	rs2291689	G	A	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=8;PP=878;SC=TTCTATGTTTGGAAATCAAAT;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=42;WE=78031698;WS=78031680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	78045369	rs1565852	G	A	3078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=76;PP=2246;SC=TTAAATATTGGATTTCTAAAT;SOR=2.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=21;TCR=76;TR=97;WE=78045377;WS=78045359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	78047628	rs2270539	T	G	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=29;PP=1159;SC=TTGCCAGATATTTTTCTACTT;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=64;WE=78047636;WS=78047618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	78178976	rs6603958	T	A	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=28;PP=822;SC=CCTAAAAAAATATATAAACAT;SOR=1.157;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=78178984;WS=78178966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	78189146	rs199580024	T	TA	937.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=28;PP=608;SC=TGAAAAACATTAAAAAAAAAT;SOR=2.038;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=29;WE=78189154;WS=78189136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	78200005	rs3767037	T	C	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	78201745	rs2296227	G	T	2473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	78414310	.	C	CA	118.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.680;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr1	78415120	rs201574163	CA	C	442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=18;PP=266;SC=CCTTGTTGACCAAAAAAAAAA;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=18;WE=78415128;WS=78415110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	78426231	rs2296455	A	G	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	78426284	rs2296454	T	C	249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.71;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	78430689	rs11409017	A	AG	9201.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=93;PP=2967;SC=TATTAACAAAAGAAGTGGACA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=48;TCR=98;TR=138;WE=78430697;WS=78430679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr1	78432503	rs3736909	G	C	3927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.42;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	78435701	rs202224025	TA	T	237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.982;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr1	78471060	rs11384806	T	TC	171.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	78958491	rs35227129	C	T	4940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.87;ReadPosRankSum=2.584;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,189:0.99:191
chr1	78998049	.	T	TTATATA	141.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.18;ReadPosRankSum=1.981;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	79094593	rs273257	A	G	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	79106967	rs11577394	C	T	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=16;PP=593;SC=TTATATCACACTTTAAAACTG;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=79106975;WS=79106957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	79128320	rs11577395	A	G	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=0;PP=302;SC=TATTGCTTTCATAATTTATAC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=79128328;WS=79128310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	79128570	.	G	GT	6068.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=58;PP=1663;SC=ATAGGTAGATGGTTTGGTGGT;SOR=1.157;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=4;TCR=62;TR=62;WE=79128578;WS=79128559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	79355596	rs1061728	A	G	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	79358743	.	C	CAAA	399.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.51;ReadPosRankSum=1.833;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr1	79383300	rs5775467	CA	C	568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=2;PP=287;SC=ATTGTAATAACAATTTTATAT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=79383308;WS=79383290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	79383458	rs12569007	A	T	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=24;PP=1361;SC=TTATCAAAGAAATGCAAAGCA;SOR=1.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=74;WE=79383466;WS=79383448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	79383748	.	G	GA	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=8.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=-1.970;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,21:0.23:91
chr1	79392756	rs12754818	C	A	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=187;SC=TTATAATATACAAATGCAACT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=79392764;WS=79392746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	79401927	rs61770681	A	G	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=17;PP=685;SC=TGCATGATAAATATTTATTGC;SOR=0.829;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=39;WE=79401935;WS=79401917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	79403750	rs189378914	CT	TG	4278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=38;PP=2930;SC=AAATTCAAAGCTCAATTATAT;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=80;WE=79403759;WS=79403740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	79411888	rs723898	T	C	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=7;PP=677;SC=TTGGTTTGAATATGTTTAACC;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=79411896;WS=79411878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	79472141	rs1571992	C	A	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=40;NR=23;PP=1023;SC=TTGGAATATTCAACTTTAGAG;SOR=1.163;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=63;WE=79472149;WS=79472131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	81970883	.	C	CCA	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQRankSum=0.605;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.016;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	82302600	rs12064537	T	C	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	82415814	rs9438715	T	C	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=20;PP=1367;SC=CATGTGTGCATGACTGTATGT;SOR=1.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=74;WE=82415822;WS=82415804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	82416220	rs2148630	G	A	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=237;SC=AGTAGGTTCTGTATTACAGTG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=82416228;WS=82416210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	82417552	rs7413275	T	G	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=10;PP=505;SC=TCGCAAATTTTTTTCACCACA;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=82417560;WS=82417542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	82421596	rs11163397	C	T	6073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=119;NR=81;PP=2965;SC=TTCTGAGACCCGAAGCTTTGG;SOR=0.879;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=120;TCR=81;TR=200;WE=82421604;WS=82421586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	84365788	rs17534299	C	A	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	84394792	rs12094835	G	A	2324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=33;PP=1286;SC=GGAGATAAATGTCCAAAAGAT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=82;WE=84394800;WS=84394782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	84640691	rs582201	T	G	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=11;PP=451;SC=TTTAATCATTTTCTAATTTAT;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=84640699;WS=84640681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	84641304	rs2812001	A	C	144.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=1;PP=60;SC=ATAAACTTTAAAATCTGATTT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=84641312;WS=84641294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	84641416	rs369090921	CT	C	929.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.357;NF=10;NR=15;PP=419;ReadPosRankSum=0.522;SC=AATTGTCTCTCTTTTTTTTTT;SOR=1.112;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=25;WE=84641424;WS=84641406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,51:0.93:55
chr1	84765340	rs10658515	G	GTATA	775.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=2.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.16;MQRankSum=0.708;QD=9.13;ReadPosRankSum=1.961;SOR=1.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr1	84810815	rs315527	A	G	9385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=169;NR=152;PP=2965;SC=TGTAAGCAGCAGACTGAGAAA;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=321;TCF=169;TCR=152;TR=321;WE=84810823;WS=84810805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr1	84853957	rs665074	A	T	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=17;PP=1167;SC=AAATTTTGCAATAAAGGATAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=64;WE=84853965;WS=84853947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	84944989	rs2292191	A	G	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=11;PP=940;SC=GGATAAGAGCAGCAGCAGCGG;SOR=2.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=49;WE=84944997;WS=84944979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	84946745	rs7413066	C	T	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=14;PP=401;SC=TAGGGAATCCCTCCTGATATT;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=84946753;WS=84946735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	84956161	rs11440073	C	CT	417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=1.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=3.663;QD=1.13;ReadPosRankSum=-0.711;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,79:0.21:370
chr1	84986213	rs5775789	AT	A	329.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=6;PP=216;SC=ACATCAATTGATTTTTTTTTT;SOR=1.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=12;WE=84986221;WS=84986203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	85029376	rs41284597	A	C	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=5;PP=457;SC=TCTAAAAAATATAATAGATAA;SOR=1.981;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=23;WE=85029384;WS=85029366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	85113203	rs2994949	T	C	7026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr1	85113229	rs1057746	A	G	6400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr1	85121255	rs4537578	A	G	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	85128262	rs2911563	A	G	3344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=67;PP=2064;SC=ATGCTTAAGCATCTAAAACTC;SOR=1.075;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=50;TCR=68;TR=117;WE=85128270;WS=85128252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	85128280	rs2994437	T	C	2983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=39;NR=61;PP=2022;SC=CTCTAATGCATTCTATACACG;SOR=1.300;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=100;WE=85128288;WS=85128270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	85128305	rs11164033	G	C	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=40;PP=1387;SC=TGGTGAAAGTGAACCTGGTAT;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=61;WE=85128313;WS=85128295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	85131641	rs2911566	G	C	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=263;SC=GGGTTCCTGAGCTTCCAGTTA;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=85131649;WS=85131631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	85131982	rs3096445	T	G	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=50;PP=1425;ReadPosRankSum=-0.779;SC=ATCCTTAAAATATCAGTAACA;SOR=1.552;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=14;TCR=51;TR=64;WE=85131990;WS=85131972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr1	85331808	rs146269415	G	GAGA	5933.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=60;PP=2965;SC=ATTCATTGTGGAGAAGTGAAC;SOR=1.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=1;TCR=78;TR=61;WE=85331816;WS=85331798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	85412989	rs150462929	CCA	C	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.233;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	85488030	rs2028304	G	A	4311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=75;PP=2370;SC=CAAGCCACACGAGCATGGTAG;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=73;TCR=75;TR=148;WE=85488038;WS=85488020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	85488154	rs2039814	G	C	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=478;SC=ATTGAGGTAAGTATGAGTAAG;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=85488162;WS=85488144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	85537502	rs4907131	T	A	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=3;PP=219;SC=CCAGGGTAAATCTTAGAAAAC;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=85537510;WS=85537492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	85537522	rs4907132	T	C	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=3;PP=264;SC=CATATTCTTATGTTTATTAAA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=85537530;WS=85537512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	85538655	.	A	AAAG	347.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=6.193;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.84;MQRankSum=2.245;QD=15.81;ReadPosRankSum=-2.448;SOR=0.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,19:0.86:22
chr1	85547945	rs7534574	T	C	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=271;SC=TGAATGACCATTGAACATTAA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=85547953;WS=85547935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	85550156	rs146215625	A	AAT	371.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.027;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.696;NF=8;NR=2;PP=337;ReadPosRankSum=-0.312;SC=TTTGTTGCAAAATATATATAT;SOR=2.670;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=10;WE=85550164;WS=85550146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr1	85551468	rs111823967	A	ATCAGTTTTTCT	535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=2967;SC=TTGCCTACACATCAGGGACTT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=8;WE=85551476;WS=85551458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	85555672	rs1417351	A	C	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.56;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	85559118	rs11304107	CT	C	3810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=40;PP=2723;SC=ATCTTAATTGCTTTTTTTATT;SOR=1.908;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=118;TCF=65;TCR=53;TR=98;WE=85559126;WS=85559108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	85559452	rs709762	A	G	11818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=214;NR=204;PP=2965;SC=CTCTGTACTCACTAGGTACCT;SOR=0.761;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=422;TCF=217;TCR=205;TR=418;WE=85559460;WS=85559442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr1	85560313	rs709765	T	C	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=29;PP=636;SC=CAGTTTTTATTGCAAAGTACT;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=85560321;WS=85560303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	85561546	rs709766	T	C	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=19;PP=1594;SC=ACTGTCTTAATATTATTTTCT;SOR=2.084;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=75;WE=85561554;WS=85561536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	85564138	rs817489	A	G	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=6;PP=470;SC=ATTTTAATTGAGATGATGAGT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=85564146;WS=85564128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	85573705	rs11427716	A	AC	5700.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.63;QD=37.26;SOR=1.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	85574021	rs709759	G	A	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=26;PP=722;SC=TCCTTGATTGGGAGGATTTTT;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=85574029;WS=85574011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	85575838	rs376334573	TA	T	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.420;QD=1.25;ReadPosRankSum=2.372;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,34:0.25:136
chr1	85589939	rs11356964	GT	G	8280.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=112;PP=2951;SC=GTTATGGTAAGTTGCCTGCAA;SOR=1.115;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=130;TCF=14;TCR=116;TR=126;WE=85589947;WS=85589929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	85592126	rs817474	G	T	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=8;PP=661;SC=TTAATGAACAGCATGGTGAAT;SOR=1.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=85592134;WS=85592116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	85595645	rs1020770	C	T	4541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	85598527	rs36118758	TC	T	2398.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=20;PP=1018;SC=TTGTTTTTCTTCCCCCCCCAG;SOR=1.552;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=45;WE=85598535;WS=85598517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	85624549	rs709786	C	T	3519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	85624864	rs817412	G	A	6358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=122;PP=2965;SC=TTCTGCCTCAGATAATTCAGA;SOR=1.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=92;TCR=122;TR=214;WE=85624872;WS=85624854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	85647713	rs817444	T	C	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=5;PP=463;SC=ACCTTGAATTTCTTCCCCCAA;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=85647721;WS=85647703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	85648620	rs817443	C	T	3140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=48;PP=1715;SC=GTATGATGAACTTCTCGGCAG;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=102;WE=85648628;WS=85648610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	85648905	rs11161539	T	C	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=1.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	85723318	rs17382844	A	G	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=34;PP=861;SC=TACAGATTGGATAAGAATGTG;SOR=2.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=44;WE=85723326;WS=85723308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	85741921	rs2735594	G	C	4673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	85787114	rs233116	A	T	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.58;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	85787118	rs3087894	G	C	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.46;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	85787323	rs1498375	T	A	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=32;PP=870;SC=GGAGAATCAATTTGATTTGTA;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=46;WE=85787342;WS=85787313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	85787334	rs1498374	C	T	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=26;PP=701;SC=TTGATTTGTACATCTAGGCTT;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=85787342;WS=85787313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	85790633	rs1498373	G	A	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=732;ReadPosRankSum=-0.560;SC=AAGGAAGGCAGTGTGGTAGGA;SOR=1.007;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=39;WE=85790641;WS=85790623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr1	85816134	rs2230820	T	C	3129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	85817295	rs2076699	G	A	8239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=127;NR=167;PP=2965;SC=TAGTGAGCAGGTGGCACCAGT;SOR=1.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=296;TCF=128;TCR=168;TR=294;WE=85817303;WS=85817285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr1	85930272	rs4001153	GAC	G	891.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.46;ReadPosRankSum=0.627;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,32:0.91:35
chr1	85930293	.	ACT	A	536	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=23;MQ=60.27;NF=14;NR=25;PP=536;QD=13.8717948718;SC=ACACACACACACTCGCCCCCC;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=39;WE=85930302;WS=85930283;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:23,39:0.63:62
chr1	86046561	rs2297140	C	A	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=11;PP=1559;ReadPosRankSum=0.112;SC=CCCACCGGGCCCACCGCGCCG;SOR=1.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=60;TCR=11;TR=70;WE=86046569;WS=86046551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr1	86046924	rs2297141	G	A	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=65;PP=1978;SC=CGAGGTGGCCGGGCTGGACGA;SOR=3.083;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=16;TCR=65;TR=80;WE=86046932;WS=86046914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	86119898	rs2274738	A	G	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=12;PP=368;SC=ACAGGGACACACAAACCGCGT;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=86119906;WS=86119888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	86167957	rs1764298	C	T	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.27;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	86171692	rs370671489	TA	T	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.26;MQRankSum=1.833;QD=3.04;ReadPosRankSum=-2.597;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	86173298	rs1539444	C	T	7448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=157;NR=97;PP=2965;SC=TAAATGGAATCCCCCATGCCC;SOR=1.141;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=157;TCR=97;TR=254;WE=86173306;WS=86173288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	86202016	rs1481200	C	T	8191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=159;NR=124;PP=2965;SC=GTCATGGAAACAACTAGAGTC;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=161;TCR=125;TR=283;WE=86202024;WS=86202006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr1	86210241	rs11387251	G	GT	797.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=6;PP=877;SC=TTCTGCCAGGGTTTTATCAAA;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=86210249;WS=86210231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	86210546	rs7547023	G	A	2296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=55;PP=1422;SC=AATTATATAAGCAAAAAAATC;SOR=1.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=82;WE=86210554;WS=86210536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	86211325	rs10747324	G	A	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=9;PP=283;SC=TAACTCTTACGGTTAGACAGA;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=15;WE=86211333;WS=86211315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	86246849	rs313722	A	C	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=1.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	86246998	.	T	TA	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=0.518;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,18:0.24:76
chr1	86249063	rs313724	C	T	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=18;PP=1626;SC=TGAGTTTCTACCTTAAAAGTC;SOR=1.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=62;TCR=18;TR=80;WE=86249071;WS=86249053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	86249911	rs313725	A	G	3542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=71;NR=54;PP=2020;SC=TGTAGAATAAATGCTTGGTGA;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=71;TCR=54;TR=125;WE=86249919;WS=86249901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	86252025	rs12746325	A	G	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	86308225	rs1010058	C	A	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=104;SC=AAAAATAACCCCCCAACTTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=86308233;WS=86308215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	86340193	rs11161696	G	T	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=132;SC=GCTTTTGAAAGTATGAAATGA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=86340201;WS=86340183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	86340262	rs12136023	C	A	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=10;PP=476;SC=TTGAGTGTTTCGAATAATAAG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=86340270;WS=86340252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	86340523	rs1564518	T	C	241.84	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	86340524	rs1564517	G	A	241.84	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	86340794	rs1564516	T	C	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=3;PP=418;SC=CCAAATAGGTTGGGGACTGCT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=86340802;WS=86340784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	86340880	rs1564515	A	G	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=27;PP=1321;SC=GTTAGCAAATATAGGGGATTC;SOR=1.192;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=79;WE=86340888;WS=86340870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	86341153	rs12122234	G	A	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=223;SC=TAGCATAAGAGCAGATTCTTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=86341161;WS=86341143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	86355414	.	CT	C	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.828;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,36:0.32:111
chr1	86361802	rs7541806	C	G	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=26;PP=704;SC=TATGGTCTTACTATGCTAGCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=86361810;WS=86361792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	86375654	rs1502657	C	G	7658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr1	86435957	.	TA	T	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.698;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.951;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,20:0.25:79
chr1	86453237	rs11799965	T	G	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=15;PP=779;SC=AATCAGGAGCTCTAGATAACC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=86453245;WS=86453227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	86487914	rs11161721	C	A	5269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;QD=25.96;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	86487981	rs516213	G	A	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=46;PP=1530;SC=AGCACCCTAAGAGAAGAGAAT;SOR=0.999;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=79;WE=86488000;WS=86487971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	86487992	rs5775882	A	AACAG	3064.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=32;PP=2268;SC=AGAAGAGAATAACAGAAGAGA;SOR=1.042;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=41;WE=86488000;WS=86487971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	86497417	rs145877277	TG	T	849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=913;SC=CATATCTGGTTGAAAAAAATA;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=86497425;WS=86497407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	86497769	rs582141	C	G	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=286;SC=TCCTGAGAAGCACAAACCTAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=86497777;WS=86497759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	86529390	rs12742014	G	A	5575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr1	86554813	rs56934354	G	GA	530.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.95;ReadPosRankSum=-2.279;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr1	86554821	rs12405791	G	A	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.68;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	86590915	rs2174767	G	A	5957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=71;PP=2965;SC=TTAGGAGAGAGCTAAATTTCT;SOR=1.087;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=126;TCR=71;TR=196;WE=86590923;WS=86590905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr1	86591837	rs11161747	G	A	5630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=88;NR=103;PP=2890;SC=TACAGCAGTCGCTGGTGATGA;SOR=1.028;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=88;TCR=103;TR=191;WE=86591845;WS=86591827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr1	86814688	rs272491	C	T	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=321;SC=AAATAATACTCACATCTGATG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=86814696;WS=86814678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	86818572	rs272496	T	C	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	86820267	rs1182098	C	T	6092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr1	86821194	rs10676142	A	ACT	321.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=346;SC=AGGAATTTAAACTAAAATTTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=86821202;WS=86821184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	86821910	rs68126437	CTAAAA	C	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=2;PP=178;SC=CATGAATAAACTAAAATAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=86821922;WS=86821900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	86824496	rs144381853	T	C	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.97;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	86826169	rs12758659	G	A	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	86838158	rs421105	C	T	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	86847955	rs272516	G	A	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=30;NR=18;PP=961;SC=TATCGTTCTCGGCTTCCCTTT;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=86847963;WS=86847945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	86852849	rs932692	A	T	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=80;SC=AAAGGTTATAAGGATGTGTAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=86852857;WS=86852839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	86896354	rs4292929	G	A	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=3;PP=559;SC=CTTTTTTATGGTGGTAGGTGG;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=86896362;WS=86896348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	86896488	rs12076908	G	C	4631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	86897973	rs1334150	T	C	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=3;PP=531;SC=ATCCTTGTAATAATTATATAA;SOR=2.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=25;WE=86897981;WS=86897965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	86904588	rs11161830	C	T	3216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=27;PP=2042;SC=TACAACAAGCCGCAGAATTTT;SOR=1.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=78;TCR=27;TR=105;WE=86904596;WS=86904578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	86904850	rs10493791	C	T	4159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=82;PP=2404;SC=TTTTAGTATACGAGGTTTCCT;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=50;TCR=82;TR=132;WE=86904858;WS=86904840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	86906114	rs1981082	T	C	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=11;PP=298;SC=AATACAGAAATTGTTTTTAAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=86906122;WS=86906104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	86907397	rs17129169	G	A	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=17;PP=427;SC=CAGGCTTTCAGCCCTAGGAGC;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=86907405;WS=86907387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	86909493	rs2390059	C	T	4997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	86909582	rs1413426	G	A	5992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=101;PP=2965;SC=CAGGCCAGTGGTCCTCCTGAG;SOR=0.881;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=97;TCR=101;TR=198;WE=86909590;WS=86909572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	86913074	rs12752909	A	G	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=7;PP=876;SC=GTAGTATTTTAAAAAGTGCAA;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=42;WE=86913082;WS=86913064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	86939130	rs2145412	C	T	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.54;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	86939390	rs2180762	G	A	3095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=1.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	86952324	rs2734705	A	G	2742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=38;PP=1539;SC=CATGTACAAAATGAACTCATA;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=91;WE=86952332;WS=86952314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	86956785	rs2753342	C	G	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=4;PP=314;SC=TAAAAAAATACTATCAAATTC;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=86956793;WS=86956775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	86959173	rs2791494	T	C	3668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=77;NR=55;PP=1856;SC=ACCTGGACAATGCAGCCTCCC;SOR=0.907;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=77;TCR=55;TR=132;WE=86959181;WS=86959163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	86959796	rs1321689	C	T	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=25;PP=1908;SC=AGGGTTTTCCCGTACGTGACA;SOR=1.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=73;TCR=25;TR=98;WE=86959804;WS=86959786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	86965419	rs1882753	T	C	4091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=36;PP=2491;SC=TGAATACTACTGCTCTCATCC;SOR=1.901;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=96;TCR=36;TR=132;WE=86965427;WS=86965409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	87036746	rs772599	C	A	5751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=114;NR=72;PP=2965;SC=CTGTGCTCTGCATTATGTTTG;SOR=1.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=114;TCR=72;TR=186;WE=87036754;WS=87036736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	87045896	rs4001061	TCCTACA	T	17632.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=171;PP=2973;SC=ATGACATTGATCCTACACCTA;SOR=0.769;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=216;TCF=40;TCR=176;TR=207;WE=87045909;WS=87045886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr1	87458695	rs10873810	G	A	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=47;NR=20;PP=1083;SC=CTCCCAGTGTGGGGAGGGTAC;SOR=1.349;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=67;WE=87458703;WS=87458685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	87538182	rs34124612	TTG	T	4030.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=29;PP=1795;SC=CATGCAATCTTTGTGTGTTTG;SOR=0.784;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=36;WE=87538191;WS=87538172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	87538200	rs10782592	G	A	4192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.67;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	87549858	rs2798675	A	G	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	87558066	rs66709085	CCACATA	C	490.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=391;SC=TTCCCAATCGCCACATACACA;SOR=3.611;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=6;WE=87558079;WS=87558056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	87563668	rs1199677	G	A	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	87570398	rs1621247	G	A	4156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=61;NR=81;PP=2402;SC=TGTGACTATTGGATTCTTGAA;SOR=1.164;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=61;TCR=81;TR=142;WE=87570406;WS=87570388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	87598117	rs6686259	T	G	3726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=87;NR=37;PP=2207;SC=CGCGGCGGCCTCGGGAGGCCC;SOR=1.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=87;TCR=37;TR=124;WE=87598125;WS=87598107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	87599697	rs6576865	G	A	4136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=80;PP=2443;SC=CTCTGGCCACGCTTGCACCCT;SOR=0.948;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=69;TCR=80;TR=149;WE=87599705;WS=87599687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	87633761	rs10782593	C	T	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	89225976	rs430600	T	C	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	89236029	rs7541301	T	A	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	89252013	rs3215731	A	AT	421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.447;NF=0;NR=20;PP=205;ReadPosRankSum=1.808;SC=TAGAACTTAGATTTTTTTTTT;SOR=2.400;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=20;WE=89252021;WS=89252003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr1	89271574	rs786906	T	C	6337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=127;NR=97;PP=2965;SC=CTTCTATAAGTGATTCTACAG;SOR=0.887;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=225;TCF=127;TCR=98;TR=224;WE=89271582;WS=89271564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	89280965	rs786918	A	G	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=46;NR=25;PP=1220;SC=CAAGAATACAATGCTGCATTA;SOR=1.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=71;WE=89280973;WS=89280955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	89322982	rs2794318	G	A	6531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr1	89449390	rs112636230	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-2.684;QD=1.09;ReadPosRankSum=-0.445;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,5:0.12:43
chr1	89449508	.	AT	A	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=-1.571;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,25:0.19:132
chr1	89473624	rs61766155	G	A	3626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=77;PP=2153;SC=GATTTATTTAGTACTTAGTTT;SOR=1.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=39;TCR=77;TR=116;WE=89473632;WS=89473614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	89474818	rs17433780	A	G	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	89475135	rs10493821	C	T	4693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.31;QD=25.79;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	89475230	rs4142706	T	G	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=57;PP=1646;SC=GTAAGCAGGTTTTCCTGTTCT;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=39;TCR=57;TR=96;WE=89475238;WS=89475220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	89478854	rs4656076	C	G	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=8;PP=507;SC=GGAAGTACTACGAAGGGGACT;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=89478862;WS=89478848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	89479758	rs3795543	T	C	8443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=162;NR=120;PP=2965;SC=ATGGTACGTCTCTGTTACCTT;SOR=0.840;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=284;TCF=164;TCR=120;TR=282;WE=89479766;WS=89479748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr1	89486037	rs7555039	C	T	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=15;PP=1029;ReadPosRankSum=0.429;SC=ACTCACTACCCTCAGAACAGC;SOR=0.671;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=58;WE=89486045;WS=89486027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr1	89520574	rs10922554	C	A	3475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.83;QD=27.37;SOR=1.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	89520636	rs10922555	G	A	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.31;QD=41.24;SOR=2.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	89520643	rs10922556	C	T	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.91;QD=46.19;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	89520658	rs55880826	C	T	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=16;PP=735;SC=TGCATATGCCCTACTCAGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=89520666;WS=89520648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	89521841	rs1048443	G	C	6246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=131;PP=2965;SC=CTGAAGTAAAGCTGAGCAACG;SOR=1.282;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=84;TCR=131;TR=215;WE=89521849;WS=89521831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
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chr1	89523927	rs60070945	C	T	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=19;PP=517;SC=CCTAGAAAAACATTTAAAAAA;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=89523935;WS=89523917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr1	89525820	rs61798936	C	T	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.02;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	89726592	rs535351	G	A	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=27;PP=729;SC=TACAGTAGCAGTAAACAGTTC;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=89726600;WS=89726582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	89730723	rs9628688	C	T	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=28;PP=847;SC=TTTCTGAGAACGTACATTTAA;SOR=1.197;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=89730731;WS=89730713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	89731959	rs12729209	G	A	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=2;PP=607;SC=ACAATGCAAGGATAATCTTAT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=89731967;WS=89731949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	89732535	rs150724949	AAT	A	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=1.139;SC=GAGCTGGGTGAATATATATAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=2;WE=89732544;WS=89732525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr1	89733273	rs6690597	T	C	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=38;PP=1144;SC=TATTTAAAAATAGGCTCTTGT;SOR=1.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=63;WE=89733281;WS=89733263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	89845926	rs11361992	GT	G	4200.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.548;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.405;NF=37;NR=71;PP=2071;ReadPosRankSum=0.406;SC=TATATTCTCTGTTTTTTTTTA;SOR=1.052;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=43;TCR=81;TR=108;WE=89845934;WS=89845916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,199:0.97:205
chr1	89847372	rs4658359	G	T	6152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=90;PP=2965;SC=GCAGAGGGCAGCTGACTACTA;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=113;TCR=90;TR=203;WE=89847380;WS=89847362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	89847411	rs4658360	C	T	4978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;SC=GCGAGTGAAGCTCCCCACAGA;SOR=0.704;Source=Platypus;TCF=91;WE=89847419;WS=89847401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	89847444	rs4658146	A	G	5778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=110;PP=2965;SC=GCTGCTGGACATGCATGCGGC;SOR=0.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=95;TCR=110;TR=205;WE=89847452;WS=89847434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr1	89849201	rs928652	C	G	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	89849350	rs928653	G	A	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	89849441	rs928654	T	G	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	89849574	rs928655	G	A	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=6;PP=307;SC=TTCAGATTTGGTTTAGTCTCA;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=89849582;WS=89849564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	89849742	rs959460	A	T	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.061;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.58;ReadPosRankSum=-0.615;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr1	89851100	rs369061637	G	GT	406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=5.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.95;ReadPosRankSum=1.751;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr1	89885854	rs6673154	G	A	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.69;QD=25.97;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	89888530	rs4261099	C	T	3954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=89;NR=38;PP=2591;SC=ATCATCAGATCGTTGCTCAGC;SOR=1.768;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=90;TCR=38;TR=127;WE=89888538;WS=89888520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	89888552	rs4282800	T	A	5516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=54;PP=2965;SC=TTACTTCAGGTCATTTTCAGT;SOR=1.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=121;TCR=55;TR=175;WE=89888560;WS=89888542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	89888585	rs4415545	C	G	14234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.87;QD=44.90;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr1	89888588	rs4506445	G	T	14332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.95;QD=44.37;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr1	90048132	rs2279085	T	C	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=2;PP=359;SC=TAGAGTAAAATGCTTATTTGA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=90048140;WS=90048122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	90049040	rs36084789	A	G	8317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr1	90058242	rs34096201	G	GT	759.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=0.730;QD=13.33;ReadPosRankSum=-2.146;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,46:0.81:57
chr1	90171835	rs6657969	C	T	2949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=28;PP=1829;SC=AAGCTGCCTTCGTTTATATGT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=65;TCR=28;TR=93;WE=90171843;WS=90171825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	90178743	rs474536	A	G	4920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=85;PP=2965;SC=GGTCCAGAAGACAGCCTGGTC;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=67;TCR=87;TR=151;WE=90178751;WS=90178733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	90470915	rs11808927	T	A	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=23;PP=638;SC=TGTTTGCTATTGAATCATCAC;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=90470923;WS=90470905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	90486412	rs2816881	T	G	4653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=84;NR=64;PP=2295;SC=CTTGCAGTGTTTATATCCCTG;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=85;TCR=64;TR=148;WE=90486420;WS=90486402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	90493026	rs10922744	G	A	2800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	91447985	rs358691	C	T	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	91727781	rs580070	C	G	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.52;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	91728053	rs585898	G	A	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	91728202	rs555432	T	C	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=203;SC=AAAAACCATTTTAATTTGGAT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=91728210;WS=91728192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	91739208	rs281964	C	T	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.27;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	91739414	rs281963	G	A	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=25;PP=792;SC=AGAAAATATGGAAATTAATCT;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=91739422;WS=91739404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	91742055	rs281959	T	C	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=1;PP=201;SC=TTATGAATAATGGTAATATTC;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=91742063;WS=91742045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	91781304	rs281991	T	C	274.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=0;PP=218;SC=TATTTTTTTTTCAGTAGAATT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=91781312;WS=91781294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	91781644	rs11589490	C	G	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=12;PP=535;SC=ATCTAAGAAACAGAAAATATT;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=91781652;WS=91781634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	91782031	rs11584478	T	C	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=32;PP=1083;SC=GACAATGTTATACCTGTGGAA;SOR=0.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=62;WE=91782039;WS=91782021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	91784887	rs10493845	G	A	3297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=62;NR=45;PP=1861;SC=AAATCTTTGCGGTATCTTGTG;SOR=0.778;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=62;TCR=46;TR=107;WE=91784895;WS=91784877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	91793877	rs281972	T	C	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	91813184	rs281936	C	T	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	91841301	rs282036	T	C	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=41;PP=1227;SC=AACACAAAAATATGTGCATTA;SOR=1.578;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=66;WE=91841309;WS=91841291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	91846374	rs282033	C	A	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	91846595	rs5776097	T	TA	328.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=347;SC=TAGTTACTTTTATTTTAAAAC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8;WE=91846603;WS=91846585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	91846654	rs282032	A	T	158.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=112;SC=TGAGGTTTTAACATTTGCTAT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=91846662;WS=91846644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	91851253	rs282026	T	C	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=20;PP=796;SC=ACTGAAATTTTTGCTTACTAT;SOR=0.808;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=45;WE=91851261;WS=91851243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	91859795	rs282009	T	C	5969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	91859801	rs11165778	A	G	5917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.49;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	91870626	rs55841380	C	T	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=38;PP=1039;SC=CTTCTCTACCCCCACAACCAC;SOR=4.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=40;WE=91870634;WS=91870616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	91967142	rs13447458	G	GC	2855.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=20;PP=1849;SC=CCTTTGGGGGGCAGTAGCATG;SOR=1.281;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=43;WE=91967150;WS=91967132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	91973557	rs553606	T	G	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=22;PP=692;SC=TTTTCCTTTTTTAGTCTTGGT;SOR=1.203;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=91973565;WS=91973547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	91989572	rs488126	T	G	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=18;PP=1936;SC=TTTTTCTGTTTTTGTTTTTTC;SOR=2.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=68;TCR=18;TR=86;WE=91989580;WS=91989562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	92108274	rs142096840	T	TA	751.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=8.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.53;ReadPosRankSum=-0.865;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,46:0.77:60
chr1	92108899	rs2493202	C	T	9113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=163;NR=151;PP=2965;SC=TCTCCTCCATCTGTTGAACGA;SOR=0.699;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=321;TCF=170;TCR=151;TR=314;WE=92108907;WS=92108889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr1	92174260	rs284878	A	G	4959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=81;NR=72;PP=2510;SC=CAAGGGGCTTAGTGAACGTCT;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=81;TCR=72;TR=153;WE=92174268;WS=92174250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	92181678	rs2029355	T	G	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	92184744	rs4658261	C	T	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=7;PP=707;SC=AGAACTGACACTTGGCTTTCT;SOR=2.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=40;WE=92184752;WS=92184734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	92195601	rs10783002	G	A	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=28;PP=861;SC=GAAGGAGGGTGACAGTGAAAC;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=92195609;WS=92195591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	92200593	rs11165376	A	G	4105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=92;PP=2741;SC=GTACTTCTCAAATCGAAGTGC;SOR=1.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=41;TCR=92;TR=133;WE=92200601;WS=92200583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	92200627	rs10874913	T	C	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=59;PP=1408;SC=CTCTTCCCTTTGTTATACAAG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=20;TCR=59;TR=79;WE=92200635;WS=92200617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	92251600	rs72967197	C	G	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	92262874	rs2810904	T	C	2334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=26;PP=1150;SC=GCCCCTGGCCTGCAGTGCGGA;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=76;WE=92262882;WS=92262864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	92428495	rs10783071	C	A	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=51;NR=56;PP=1730;SC=TGTGAAACTACAGTTGCCTGT;SOR=1.039;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=107;WE=92428503;WS=92428485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	92430435	rs59328937	C	CGT	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	92446112	rs11165911	T	C	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=136;SC=ACAAAAGACATTCTTGACTTT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=92446120;WS=92446102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	92446398	rs2303967	T	A	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=25;PP=1230;SC=TATGATAGCTTATTAAGACAA;SOR=1.194;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=72;WE=92446406;WS=92446388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	92447004	rs10875104	A	G	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=8;PP=494;SC=GTCTTGTGATATTGCCCAGGC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=92447012;WS=92446994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	92457843	rs10747493	C	T	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr1	92637073	rs112652323	CTTA	C	485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=338;SC=TTATTTAAAGCTTATTATTTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=92637083;WS=92637063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr1	92647532	rs565156	C	A	2916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=41;PP=1702;SC=TTTTCTGCAACTAAAAAGTTT;SOR=0.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=57;TCR=41;TR=98;WE=92647540;WS=92647522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	92647861	rs566576	G	A	4607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	92649335	rs569593	A	G	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.81;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr1	92763091	.	C	CA,CAA	737.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.983;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=3.007;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.71;MQRankSum=1.056;QD=10.69;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:19,32,18:0.46,0.26:69
chr1	92764828	rs10875348	T	A	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=19;PP=558;SC=CCAGGTAGAGTAGGCCGAAAG;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=92764836;WS=92764818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	92765880	.	C	CT	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=-0.923;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr1	92944314	rs200902533	CAGAGAG	C	1431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.91;SOR=3.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	92946479	rs11164605	G	A	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=26;PP=1218;SC=GGGCGGGTTCGCAGAAGAGGC;SOR=0.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=74;WE=92946487;WS=92946469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	92979354	rs6603979	A	G	5220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=76;PP=2965;SC=AAGACATCGAACCAGATTTTC;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=94;TCR=76;TR=170;WE=92979362;WS=92979344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	93029453	rs6656432	A	G	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=12;PP=402;SC=ACAATTCATAATGAACTATGC;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=93029461;WS=93029443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	93029479	rs68039687	A	T	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.86;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	93071048	rs2050597	G	T	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=61;PP=1923;SC=TAAACCATACGTTAAGTATTA;SOR=1.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=29;TCR=61;TR=90;WE=93071056;WS=93071038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	93073228	rs11808092	C	A	4406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=78;NR=72;PP=2222;SC=GCACTTTCTCCTGTAGGCTAA;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=78;TCR=72;TR=150;WE=93073236;WS=93073218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	93089823	rs7514716	T	C	3913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	93128514	rs11411366	T	TA	73.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.50;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr1	93128854	rs10747450	A	G	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=9;PP=380;SC=ACCACCCAAAAAATTATTTCT;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=93128862;WS=93128844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	93160002	rs34202284	G	A	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	93160902	rs2391199	T	C	5143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	93163633	rs1017008	C	T	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=8;PP=206;SC=CAGCCAACCACAAACATTGTT;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=93163641;WS=93163623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	93167610	rs10218567	C	T	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=189;SC=TATCCACTTACATTTAATAAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=93167618;WS=93167600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	93167854	rs10218670	A	G	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=24;PP=751;SC=GGCAAGACAGACAGATTAAAA;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=93167862;WS=93167844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	93312142	rs12746956	A	G	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=44;PP=1133;SC=TTTAGCTATCATAAATAATGT;SOR=3.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=53;WE=93312150;WS=93312132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	93312192	rs200610101	C	CT	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.822;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr1	93312592	rs12062315	C	T	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.42;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	93426866	rs945629	T	C	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.08;SOR=1.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	93426869	rs1415069	G	C	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.20;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	93426874	rs116489989	G	T	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.58;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	93545157	rs2815419	G	A	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=1.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	93580581	rs2815427	G	C	2707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=49;NR=36;PP=1397;SC=CATATTGATTGCAGTGTGATT;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=49;TCR=36;TR=85;WE=93580589;WS=93580571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	93580992	rs566843	C	T	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=31;PP=1549;SC=AAATTTTAGCCTTCACTCTTT;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=71;WE=93581000;WS=93580982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	93581024	rs2295423	T	C	3670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=63;PP=2640;SC=CCCTCTAATGTAGAGGGGTGG;SOR=0.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=71;TCR=63;TR=132;WE=93581032;WS=93581014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	93602194	rs2281524	C	T	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=64;NR=24;PP=1546;SC=TAAAAAAGCTCAGTAGACAAT;SOR=1.565;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=64;TCR=24;TR=88;WE=93602202;WS=93602184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	93620393	rs1060622	G	A	10572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=172;NR=198;PP=2965;SC=TCTAAGCAGAGTTTGTATGTG;SOR=0.957;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=372;TCF=173;TCR=199;TR=370;WE=93620401;WS=93620383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr1	93621483	rs1057257	A	G	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=3;PP=169;SC=ACCACAAAATAGTTGTGAAAT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=93621491;WS=93621473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	93646207	rs2297707	T	C	6256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=80;PP=2965;SC=CCCCGCGCCTTCGGCGGCGCC;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=117;TCR=80;TR=197;WE=93646215;WS=93646197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	93646418	rs10874763	C	T	9269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr1	93649732	rs6682670	A	G	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=38;PP=1107;SC=ATCTAGTTAAAAGAAGTTTTG;SOR=2.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=93649740;WS=93649722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	93659350	rs2815411	A	T	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	93672723	rs2815413	A	C	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=19;PP=890;SC=GCAGTGAAAAATTCAGAAGTC;SOR=1.011;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=56;WE=93672731;WS=93672713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	93676314	rs555161	A	G	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=4;PP=257;SC=AAGCAAATGCATCTCATTTAC;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=93676322;WS=93676304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	93676578	rs797676	A	G	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=11;PP=352;SC=TCATGCCTGTAATCCCAACAC;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=93676586;WS=93676568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	93711782	rs3754186	T	A	3266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=54;PP=1661;ReadPosRankSum=1.823;SC=CTTGATTATATTTTAATGGAG;SOR=0.249;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=113;WE=93711790;WS=93711772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr1	93998640	rs34814765	AT	A	2003.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=30;PP=1269;SC=GTGCTAAATAATTATCTTTGA;SOR=1.453;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=93998648;WS=93998630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	94012287	rs237425	G	A	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=375;SC=TTAAAAAGATGTGACTCTACT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=94012295;WS=94012277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	94041787	rs25569	G	GAC	1851.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=27;PP=1372;SC=CGATGGCGTGGACACTTTATG;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=28;WE=94041795;WS=94041777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	94312482	rs5776191	T	TC	19037.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=87;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=100;PP=2969;SC=ACCCCGTTTTTCGAACCCCGC;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=74;TCR=101;TR=172;WE=94312490;WS=94312472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,528:1.00:528
chr1	94312528	rs147446599	G	GC	15206.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=99;PP=2969;SC=CACAGACGTCGCGCGGCGGCG;SOR=1.428;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=131;TCF=31;TCR=100;TR=130;WE=94312591;WS=94312518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr1	94312533	rs202198870	G	GC	14984.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=75;PP=2973;SC=ACGTCGCGCGGCGGCGCTCGC;SOR=1.595;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=17;TCR=77;TR=92;WE=94312591;WS=94312518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr1	94312542	.	G	GC	13777.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=47.02;SOR=1.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	94312543	.	C	CCG	2971	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=12;NR=70;PP=2971;QD=20;SC=GCGGCGCTCGCGCGCAGGTCC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=12;TCR=71;TR=82;WE=94312591;WS=94312518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr1	94312544	.	G	C	2367	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=51;NR=69;PP=2367;QD=20.0147601046;SC=CGGCGCTCGCGCGCAGGTCCA;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=159;TCF=52;TCR=107;TR=120;WE=94312591;WS=94312518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:39,120:0.75:159
chr1	94312544	.	G	GC	13372.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=47.09;SOR=1.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr1	94312554	.	A	AG	12112.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=66;PP=2957;SC=GCGCAGGTCCAGCCGCGGCTG;SOR=1.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=10;TCR=67;TR=76;WE=94312591;WS=94312518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	94312558	.	G	GC	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=9;NR=64;PP=2965;QD=20;SC=AGGTCCAGCCGCGGCTGGGTC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=9;TCR=64;TR=73;WE=94312591;WS=94312518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	94312559	.	CGGCTGGGTCGGGCG	C	11167.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;QD=45.77;SOR=1.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr1	94312572	.	CGCGGCGGCCGGG	C	2971	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=7;NR=64;PP=2971;QD=20;SC=CTGGGTCGGGCGCGGCGGCCG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=7;TCR=64;TR=71;WE=94312591;WS=94312518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	94312576	.	G	GC	10852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=46.38;SOR=1.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	94312579	.	G	GT	10447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.29;QD=47.06;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr1	94312584	rs200230769	G	GC	9592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=46.57;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	94335194	rs1051394	A	T	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	94335643	rs373511428	G	GA	89.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=43;SC=AATCTAGGGAGAAAAAATGGC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=2;WE=94335651;WS=94335633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	94336498	rs57384286	C	CA	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=5.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=-1.362;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr1	94341137	rs2273166	C	T	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=3;PP=784;SC=AGTCTTTTACCAAGGACTAAT;SOR=3.545;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=94341145;WS=94341127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	94341267	rs2273165	A	G	6359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr1	94342564	rs3747965	C	A	5112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=97;PP=2965;SC=TTTCTTTCCCCTCATCTGTTA;SOR=1.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=74;TCR=97;TR=171;WE=94342572;WS=94342554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	94343023	rs2391322	A	G	9474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=154;NR=164;PP=2965;SC=TTTTTTCTGTAGGAAGCACAA;SOR=0.845;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=321;TCF=157;TCR=164;TR=318;WE=94343031;WS=94343013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr1	94343233	rs3789457	T	C	6504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=105;PP=2965;SC=CCTCAGAGGTTTCTCCATCCG;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=107;TCR=105;TR=212;WE=94343241;WS=94343223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	94344716	rs2235971	C	T	19523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=745;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=344;NR=340;PP=2965;SC=TTTCCGGCTCCCTCGCGACCA;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=684;TCF=344;TCR=340;TR=684;WE=94344724;WS=94344706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,738:1.00:738
chr1	94471075	rs1762114	A	G	8885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=144;NR=167;PP=2965;SC=GCAGCTCATCAATTGCATCAA;SOR=0.960;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=313;TCF=146;TCR=167;TR=311;WE=94471083;WS=94471065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr1	94476555	rs537831	G	A	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=28;PP=828;SC=CCACAGCACAGGGCCCACTAG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=94476563;WS=94476545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	94480037	rs2275033	C	T	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=8;PP=1061;SC=TGGCTCTGCTCGACCAACACA;SOR=2.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=48;WE=94480045;WS=94480027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	94487354	rs472908	G	A	4357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=60;PP=2280;SC=ATTCATGGTAGTTAAGCAAGT;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=87;TCR=61;TR=146;WE=94487362;WS=94487344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	94495930	rs547806	T	C	2198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=23;PP=1250;SC=AACCCACCGTTGGGTCCTCCC;SOR=1.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=73;WE=94495938;WS=94495920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	94496253	rs2297671	G	A	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=37;PP=981;SC=CTGAACACTCGCAGTGGTCTG;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=43;WE=94496261;WS=94496243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	94544135	rs4147887	A	AC	899.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=12;PP=971;SC=CCATCCTCCAACCCCCCTTAC;SOR=0.760;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=23;WE=94544143;WS=94544125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	94544276	rs4147830	G	A	4296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=69;PP=2353;SC=AAACCAGACAGAGATCAAGAC;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=77;TCR=70;TR=146;WE=94544284;WS=94544266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	94544326	rs3215952	GT	G	3602.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=48;PP=2323;SC=AGAACTTTTGGTTGTGTCTTT;SOR=0.905;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=56;TCF=8;TCR=48;TR=55;WE=94544334;WS=94544316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	94544805	.	TCA	T	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=133;ReadPosRankSum=0.251;SC=CACATCTCTCTCACACACACA;SOR=0.392;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=4;WE=94544814;WS=94544795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr1	94549083	rs574741	T	C	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=39;PP=1150;SC=CTCCTATATGTTTGAAAACTC;SOR=1.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=58;WE=94549091;WS=94549073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	94574053	rs11165073	C	A	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	94576968	rs2297634	T	C	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=6;PP=633;SC=CTTCCTCCCCTGCATGGTAGG;SOR=2.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=94576976;WS=94576958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	94578548	rs4847281	T	C	4060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	94639337	rs1330858	A	G	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.38;SOR=2.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	94639447	rs1999272	C	T	9224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr1	94667430	rs5776210	G	GA	449.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=15;PP=338;SC=AAATATCACAGAAAAAAAAAT;SOR=3.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=15;WE=94667438;WS=94667420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	94668046	rs1541099	C	T	5575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=118;NR=62;PP=2965;SC=ACACCAAACTCCTGGCAGATT;SOR=1.325;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=118;TCR=62;TR=180;WE=94668054;WS=94668036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	94669368	rs139076435	A	G	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=408;SC=TTTGTCAATAAAAAGATCAGC;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=94669376;WS=94669358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	94670784	rs10443184	T	C	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.45;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	94674723	rs6684237	G	A	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	94941376	rs681187	G	A	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=277;SC=AATTGATTTTGTGGACATAAC;SOR=5.283;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=94941384;WS=94941366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	94964139	rs201875475	AT	A	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=-1.368;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,34:0.35:98
chr1	94980671	rs3118109	C	G	3355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	95001600	rs698946	A	C	2977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.45;ReadPosRankSum=1.178;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr1	95211525	rs1333953	G	A	2027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=34;PP=1029;SC=CTGGAAGCCAGCAGGTTTTAC;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=65;WE=95211533;WS=95211515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	95285897	.	C	CCCCAGA	2841.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=4.307;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.89;MQRankSum=0.507;QD=45.83;ReadPosRankSum=1.286;SOR=1.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr1	95286085	rs11165252	G	A	7409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.37;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	95286094	rs10782992	G	T	7489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.04;ReadPosRankSum=1.678;SOR=0.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,173:0.99:174
chr1	95290305	rs6541372	T	C	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.08;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	95290315	rs36094793	A	G	375.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.75;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	95291366	rs10874894	A	G	3733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	95305440	rs859120	A	G	9931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=189;NR=153;PP=2965;SC=TCATCGCAGTACTACCATCAT;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=344;TCF=191;TCR=153;TR=342;WE=95305448;WS=95305430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr1	95330372	rs859098	G	A	7188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.22;ReadPosRankSum=-0.846;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,284:1.00:285
chr1	95332864	rs12137650	C	T	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=40;NR=19;PP=1003;SC=TGACTCTGTTCCTTTGTTCTC;SOR=1.284;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=59;WE=95332872;WS=95332854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	95333068	rs859096	G	T	2085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=43;PP=1341;SC=TCTCTAAGGGGCTAAATTGTG;SOR=1.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=73;WE=95333076;WS=95333058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	95358096	rs859063	A	G	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=43;PP=1292;SC=TTCATTTCCAATTGCAATCTC;SOR=1.153;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=76;WE=95358104;WS=95358086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	95367108	rs10605235	ACC	A	645.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=1;PP=296;SC=TATAAACTACACCCCCCCCCC;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=95367117;WS=95367105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	95367136	rs859059	G	A	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=24.86;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	95367649	rs859058	T	C	5442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=74;PP=2965;SC=GGGAATCTGTTAACCAGCCAT;SOR=0.864;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=101;TCR=74;TR=175;WE=95367657;WS=95367639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	95367894	rs859057	A	C	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=25;PP=775;SC=GTCTTCATAAACAGTTATAAG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=95367902;WS=95367884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	95368574	.	T	TA	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.776;QD=1.34;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,16:0.24:67
chr1	95369211	rs859054	T	G	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=61;PP=1789;SC=ACTCAATAGATCTCAATGGCA;SOR=1.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=28;TCR=61;TR=89;WE=95369219;WS=95369201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	95428455	rs60283438	C	CT	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=-1.272;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
chr1	95614215	rs76921353	G	A	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	95615678	rs76086699	T	C	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	95615888	rs35206271	T	C	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=178;SC=ACAAAGAATATATAGTCTATG;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=95615896;WS=95615878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	95696612	rs6663164	C	T	3906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=69;PP=2229;SC=TTAGACAGAACCAGTAGCACA;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=56;TCR=69;TR=125;WE=95696620;WS=95696602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	95705615	rs640527	G	A	2382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=44;PP=1304;SC=CCTCCTTATAGGGACCCTTGT;SOR=1.429;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=75;WE=95705623;WS=95705605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	95709821	rs259358	T	C	6630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=124;NR=112;PP=2965;SC=TTTATGGATGTGGATATACCT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=125;TCR=112;TR=236;WE=95709829;WS=95709811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr1	95709939	rs2296308	T	G	5253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=65;PP=2965;SC=TGAAAGAGAATTTACTTGAGC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=103;TCR=65;TR=168;WE=95709947;WS=95709929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	97189091	rs3762411	G	A	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	97236130	rs3762409	G	A	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=155;SC=TTCTAATTCTGCTTATCAGAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=97236138;WS=97236129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	97272456	rs6699932	A	G	4036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=67;PP=2167;SC=TGAAGATTTTATACAATAAGA;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=70;TCR=67;TR=137;WE=97272464;WS=97272446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	97278804	rs273886	G	A	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=34;PP=1358;SC=TGTATGAAGTGTCTAATTTTA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=73;WE=97278812;WS=97278794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	97547831	rs290854	G	A	3571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=1.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	97981242	rs2811178	T	C	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=0;PP=497;SC=TTAAAATATATGATAGACATT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=97981250;WS=97981232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	98039541	rs56293913	A	G	4555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=90;PP=2704;SC=AACAAAACAGAACAGAGAAGA;SOR=1.185;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=68;TCR=90;TR=158;WE=98039549;WS=98039531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	98144856	rs3790387	T	C	115.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=85;SC=CCATATAAAATGTGACAACAT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=98144864;WS=98144846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	98165091	rs2297595	T	C	5082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=88;PP=2826;ReadPosRankSum=-0.813;SC=GGGATACTCATTGCTTTGAAT;SOR=0.984;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=81;TCR=90;TR=168;WE=98165099;WS=98165081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,193:0.99:195
chr1	98349390	rs111231337	C	CA	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=0.000;HP=12;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=201;ReadPosRankSum=0.866;SC=TTAGGAATCACAAAAAAAAAA;SOR=0.723;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=15;WE=98349398;WS=98349380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,41:0.82:50
chr1	99127205	rs12723363	A	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.41;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	99127392	rs9728148	T	C	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	99150635	rs9433747	G	A	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	99156634	rs35296149	T	A	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=7;PP=420;SC=TCTTCAGACATCTCGTGGGGA;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=99156642;WS=99156624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	99164246	.	CT	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.750;QD=0.69;ReadPosRankSum=1.216;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,16:0.21:75
chr1	99387628	rs34854879	T	TA	2845.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=66;PP=1249;ReadPosRankSum=0.580;SC=AAACATTCAATAAAAAAAATG;SOR=1.530;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=91;TCF=7;TCR=84;TR=72;WE=99387636;WS=99387618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,124:0.98:126
chr1	99418911	.	TTGTG	T,TTG	622.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.08;ReadPosRankSum=-1.132;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,8,14:0.35,0.61:23
chr1	99470269	rs12057990	T	C	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=82;PP=2564;SC=GAGCGGGCGGTCGACGCGGTG;SOR=1.592;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=41;TCR=82;TR=123;WE=99470277;WS=99470259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	99771270	rs41285712	C	T	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=7;PP=643;SC=ATTTCCTGCCCAGTGATGAGA;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=99771278;WS=99771260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	100133438	rs143626158	CT	C	70.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9991;FS=0.000;HP=17;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=73;SC=ATTTGAATTTCTTTTTTTTTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=100133447;WS=100133428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	100152443	rs1338576	T	C	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=18;PP=653;SC=TAGATTCTATTTTTTAAACTG;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=100152451;WS=100152433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr1	100182884	rs6696586	C	T	3076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=26;PP=2011;SC=AACGCATACACATACACACAT;SOR=1.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=77;TCR=26;TR=103;WE=100182892;WS=100182874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	100184963	rs35626078	C	CA	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=1.187;QD=6.08;ReadPosRankSum=1.520;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr1	100185282	rs6679013	G	T	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=28;PP=811;SC=ATACGGGCAGGGCATGGCAAC;SOR=2.368;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=36;WE=100185290;WS=100185272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	100194305	rs7522921	C	G	4129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=89;PP=2555;SC=GATCGTATGTCCATGCTTTGT;SOR=1.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=49;TCR=90;TR=137;WE=100194313;WS=100194295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	100203501	rs7537095	C	T	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;QD=26.73;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	100203571	rs7548709	A	G	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	100203597	rs7513916	G	A	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=53;NR=34;PP=1398;SC=ATGCCTAGCCGTGATTCTCCT;SOR=0.901;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=53;TCR=35;TR=87;WE=100203605;WS=100203587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	100203648	rs7537296	C	T	4126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	100203693	rs7514021	G	A	4286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	100214391	rs1416237	T	A	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=28;PP=779;SC=TTTACACAACTGGACCATAAT;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=100214399;WS=100214381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	100316765	rs663848	C	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=12;PP=320;SC=TTTTAAAGCTCTAAGATAAAT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=100316773;WS=100316755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	100327026	rs2307129	C	T	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=15;PP=912;SC=TTAAGTCCTACGATGAGTTTA;SOR=1.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=100327034;WS=100327016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	100329889	rs535461	G	C	6748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=153;NR=92;PP=2965;SC=TTCATTTTAGGCTGGTTTTGT;SOR=1.248;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=247;TCF=154;TCR=93;TR=245;WE=100329897;WS=100329879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr1	100336361	rs2230306	C	T	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	100340225	rs634880	G	A	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	100340827	rs17121466	T	C	4134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=81;NR=49;PP=1954;SC=TACTTATTTTTGAACTGCTGC;SOR=0.980;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=81;TCR=49;TR=130;WE=100340835;WS=100340817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	100342227	rs3736295	C	T	3558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=70;PP=2103;SC=ATCTGCTTTACTGATTTTCTT;SOR=1.467;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=41;TCR=70;TR=111;WE=100342235;WS=100342217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	100345409	rs2392077	C	G	1987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=20;PP=1438;SC=TTGTCTCTTTCCTTCCTCCTA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=69;WE=100345417;WS=100345399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	100346741	rs3736296	T	C	4165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=68;PP=2674;SC=CAGGTTTGTTTATATGTTGTT;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=70;TCR=68;TR=138;WE=100346749;WS=100346731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	100350383	rs2234707	G	A	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=557;SC=AGGACCAGCAGTGTCAGCATC;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=100350391;WS=100350373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	100353675	rs555929	G	A	6148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=108;NR=106;PP=2965;SC=GTAAGCAAATGGAAGGATAGC;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=108;TCR=106;TR=214;WE=100353683;WS=100353665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	100357141	rs2035961	T	A	2451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=55;NR=25;PP=1334;SC=AAATTAACTTTCAAATTTATT;SOR=1.280;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=80;WE=100357149;WS=100357131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	100358200	rs594249	G	A	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=65;PP=1966;SC=TATGTAAATCGATAGTATTCG;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=25;TCR=65;TR=90;WE=100358208;WS=100358190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	100366446	.	G	GT	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr1	100572876	rs143305704	T	A	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.71;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	100572883	rs146122041	C	G	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.72;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	100598283	rs142029130	G	A	6716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;NR=96;PP=2965;SC=CCACCCGCGGGCACTGGATGA;SOR=1.037;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=139;TCR=96;TR=234;WE=100598291;WS=100598273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr1	100598866	rs472498	GC	AT	6580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=84;PP=2947;SC=CGCTGGAGCCGCGGAGGTGTG;SOR=1.641;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=45;TCR=85;TR=129;WE=100598875;WS=100598856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	100617887	rs2784177	C	T	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=27;PP=1551;SC=GTTAGTGATACACACATTACT;SOR=1.485;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=58;TCR=27;TR=85;WE=100617895;WS=100617877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	100626182	rs35699743	C	CT	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr1	100671866	.	T	TA	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=3.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=2.805;QD=1.59;ReadPosRankSum=-1.055;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,26:0.24:110
chr1	100672060	rs12021720	T	C	5148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=85;PP=2965;SC=CTGAGCTGACTCACAGAGCCC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=86;TCR=85;TR=171;WE=100672068;WS=100672050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	100680593	rs11431894	C	CT	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.925;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.737;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr1	100700887	rs151132097	T	A	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=140;SC=CGTTTCTCAATTTAAATGGAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=100700895;WS=100700877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	100733207	rs60634058	G	GT,GTT	3621.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=3.086;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.08;ReadPosRankSum=-1.349;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:21,111,80:0.52,0.38:212
chr1	100817384	rs28361189	A	G	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=51;NR=43;PP=1495;SC=GAGGAAACCAATACATGTACT;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=94;WE=100817392;WS=100817374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	100817559	.	T	TGCGCGC	248.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=340;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGCGCGC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=100817567;WS=100817549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	100818464	rs594529	T	C	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=30;PP=1539;SC=GGCGAGTGACTTCAGCTGGCC;SOR=1.130;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=81;WE=100818472;WS=100818454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	100819273	rs2297170	T	C	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.04;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	100856479	rs28361213	C	T	3355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=50;PP=1806;SC=GATTGAGAGACGGTGGAGATT;SOR=0.756;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=114;TCF=64;TCR=50;TR=111;WE=100856487;WS=100856469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	100908324	rs584350	A	G	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=85;SC=TCTTAATGCAATATAACCAGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=100908332;WS=100908318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	100908577	rs78861171	A	T	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	100908678	rs78315260	G	T	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	100961779	rs149672640	ATT	A	500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr1	100970346	rs10875295	T	C	10263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=216;NR=129;PP=2965;SC=ACCTTGCTTATTCTCTTGTTT;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=345;TCF=216;TCR=129;TR=345;WE=100970354;WS=100970336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr1	101188976	.	TA	T	880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.118;HP=14;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=37;PP=400;ReadPosRankSum=-0.193;SC=AGCAGAAAAGTAAAAAAAAAA;SOR=2.339;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=38;WE=101188985;WS=101188966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr1	101194965	rs68164684	G	GT	618.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.19;ReadPosRankSum=1.556;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr1	101203827	rs3176879	G	A	2982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=53;PP=1756;SC=AAGCACAGAAGTCAAAAGTGT;SOR=0.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=103;WE=101203835;WS=101203817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	101354479	rs12747459	T	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	101372607	rs4908106	C	A	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=18;PP=517;SC=GACTTGTTACCAATTGAACAC;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=101372615;WS=101372597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	101473779	rs17123604	T	C	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=11;PP=751;SC=CTAAATGAACTACTCTTAAGT;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=101473787;WS=101473769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	101475901	rs7521424	T	C	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=8;PP=161;SC=TAAGATAGTGTGTATCAACTG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=101475909;WS=101475891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	101476786	rs34915449	G	A	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	101476800	rs35409691	CA	C	324.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.20;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	101476814	rs17123612	C	T	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	101487373	.	AACACACAC	A,AACAC	420.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=46.75;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,3:0.67,0.33:9
chr1	102296144	rs10493974	T	G	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=26;PP=1709;SC=CCAATGCACATTCATTTCTAG;SOR=1.423;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=63;TCR=26;TR=89;WE=102296152;WS=102296134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	102296279	rs10493973	T	C	6486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr1	102462171	rs76470695	G	A	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=399;SC=AAGCAGTGGGGATACGCCAGA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=102462179;WS=102462165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	103352451	rs2229783	A	G	4493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=71;PP=2660;SC=TCATATGCTCAATGTCTTGTT;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=88;TCR=71;TR=157;WE=103352459;WS=103352441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	103354138	rs1676486	A	G	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	103354428	rs1763347	A	G	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=39;PP=1526;SC=TTACTGGTAAACCTGGAGGAC;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=84;WE=103354436;WS=103354418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	103354939	rs113226085	C	CTGTGTGTG,CTGTGTGTGTG	915.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.54;ReadPosRankSum=1.572;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,13,16:0.42,0.52:31
chr1	103356168	rs1085	A	C	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=26;PP=768;SC=TACGGAGTTGAAAATAGTAAT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=103356176;WS=103356158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	103364484	rs201645288	AT	A	434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.321;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr1	103379918	rs3753841	G	A	3450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	103380379	rs34228277	T	TA	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.75;ReadPosRankSum=-2.744;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr1	103400491	rs11164641	GA	AT	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=9;PP=1340;SC=ATTTAAATTTGATTTAATGTC;SOR=2.200;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=36;WE=103400500;WS=103400481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	103428389	rs1841834	G	A	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=27;PP=818;SC=CTCAAAAACAGTATTATTACA;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=103428397;WS=103428379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	103435626	rs2061710	G	A	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=0;PP=177;SC=ATATATATATGTATATTTCAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=103435634;WS=103435616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	103444679	rs11164649	T	G	4871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=93;NR=82;PP=2647;SC=GACAGTTCAATTTCAATATGC;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=93;TCR=82;TR=175;WE=103444687;WS=103444669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	103449598	rs2615978	G	C	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=6;PP=446;SC=AAGTACTCATGATAATATAGA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=103449606;WS=103449588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	103455217	rs1463034	C	T	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=13;PP=317;SC=GTGCTGATAACGAGGGAAAAT;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=103455225;WS=103455207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	103461508	rs2622867	T	A	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	103462473	rs2786125	A	G	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=679;SC=ACATAGTCTAATTTCTAAAAT;SOR=4.548;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=27;WE=103462481;WS=103462463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	103463976	rs2622870	G	T	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=3;PP=82;SC=AAGCTTTAACGTGTACATATA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=103463984;WS=103463966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	103467615	rs2929162	C	T	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=35;PP=895;SC=CTATAGTACACAGTGAGTTAT;SOR=3.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=103467623;WS=103467605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	103468609	rs2251895	A	G	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.10;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	103471456	rs71752747	CCAT	C	6974.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=19;NR=70;PP=2995;SC=CCCTGTAAAACCATCATCATC;SOR=0.718;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=107;TCF=22;TCR=85;TR=89;WE=103471469;WS=103471446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	103471734	rs71592255	A	AAAATAAATAAAT,AAAATAAAT	4976.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.4999,0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5,5;NR=32,32;PP=26,1786;SC=GCAAGGAAGTAAAATAAATAA;SOR=0.896;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=65;TCF=8;TCR=57;TR=37,37;WE=103471742;WS=103471724;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:99
chr1	103483514	rs945748	C	T	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=6;PP=136;SC=CTAGTCCTATCGAAGAGTTCG;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=103483522;WS=103483504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	103487394	rs35291481	CT	C	1689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;MQRankSum=0.568;QD=16.73;ReadPosRankSum=-1.379;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,92:0.91:101
chr1	103496620	rs7523441	G	T	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=369;SC=ACTGCACTGCGATGTCCATAT;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=103496628;WS=103496610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	103496805	rs36076089	GA	G	384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.9994;FS=4.439;HP=13;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.780;NF=1;NR=17;PP=176;ReadPosRankSum=0.130;SC=GTCCCCCTGGGAAAAAAAAAA;SOR=1.072;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=18;WE=103496814;WS=103496795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,29:0.83:35
chr1	103548319	rs11164662	C	G	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=9;PP=621;SC=AGTGTAATAACTTTTAGTAAT;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=103548327;WS=103548309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	103573547	rs6691654	G	A	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.99;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	104076462	rs6697444	C	T	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.55;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	104076495	rs6702220	A	G	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	104076537	rs6702324	A	T	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=13;PP=401;SC=GTGTTTTTTTAAATCAGTTAT;SOR=1.071;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=104076545;WS=104076527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	104080169	rs10736038	G	C	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	104084226	rs10881232	A	G	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=19;PP=583;SC=CTTCCTAGTTACCAAATTTAC;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=104084234;WS=104084216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	104086145	rs10785725	A	G	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=28;PP=724;SC=ATAATGTTTCATATTTTAGTA;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=46;WE=104086153;WS=104086135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	104089773	rs7529928	C	G	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	104094237	.	T	TAAATTAAAAAACCATACTCCCA	1308.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=52.35;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	104116312	rs12132040	A	G	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	107946262	rs12126267	G	A	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=6;PP=759;ReadPosRankSum=0.381;SC=AACCTGGGAGGTGGAGGTTGC;SOR=0.773;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=89;TCF=66;TCR=23;TR=48;WE=107946270;WS=107946252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr1	107946324	rs35555244	C	CA	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=2.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.658;QD=1.60;ReadPosRankSum=2.401;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,49:0.25:196
chr1	107961159	rs12731224	A	G	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.785;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,46:0.27:172
chr1	107979396	rs480392	A	C	4728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.406;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.660;SC=GTCTGCCGGGAAATTCCTGGC;SOR=1.223;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=158;TCF=62;TCR=96;TR=156;WE=107979404;WS=107979386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,170:0.99:171
chr1	108139003	rs3748702	C	T	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.775;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=35;PP=783;ReadPosRankSum=0.913;SC=GATAAGGATACTTTTGTTCTC;SOR=0.390;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=65;TCF=12;TCR=53;TR=45;WE=108139011;WS=108138993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
chr1	108152332	rs1328208	T	A	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=8;PP=1083;ReadPosRankSum=0.935;SC=ATTATCAGTCTAGGGCACTGG;SOR=0.593;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=73;TCF=63;TCR=10;TR=53;WE=108152340;WS=108152322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,53:0.71:75
chr1	108160260	rs5776894	GA	G	1555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.311;HP=12;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.730;NF=8;NR=46;PP=545;ReadPosRankSum=0.886;SC=CTGCCCTAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.686;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=88;TCF=12;TCR=76;TR=54;WE=108160269;WS=108160250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,105:0.62:169
chr1	108185301	rs12403266	C	G	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.042;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,29:0.30:97
chr1	108185309	rs12410676	G	A	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.590;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,34:0.30:113
chr1	108292013	rs17229647	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-1.403;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr1	108292260	rs6672483	A	G	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=45;PP=1403;SC=TGGTTTAGAAACATGGGTTAT;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=77;WE=108292268;WS=108292250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	108299775	rs71865426	ATGTG	A,ATG	874.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.286;QD=27.34;ReadPosRankSum=-1.232;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,10,20:0.31,0.62:32
chr1	108299925	rs17541972	C	T	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=1.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.575;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.677;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,69:0.25:272
chr1	108307642	rs7514025	C	T	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=8;PP=837;SC=TAAAGAGGAACACATTGCTTT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=108307650;WS=108307632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	108307727	rs7528153	T	A	4366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=3.839;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.15;ReadPosRankSum=-0.459;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,166:0.99:167
chr1	108313258	rs6583048	C	T	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=41;PP=1590;SC=GATGACTTACCTTTTCTATTG;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=89;WE=108313266;WS=108313248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	108315256	rs7416884	G	C	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=7;PP=1469;SC=AGCAAGCAAAGGTTAAAAAAA;SOR=3.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=59;TCR=7;TR=65;WE=108315264;WS=108315246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	108315305	rs4611048	C	T	4632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=43;PP=2965;SC=TGTTAATTAGCCTTTCCTAAT;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=112;TCR=43;TR=155;WE=108315313;WS=108315295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	108507209	rs56193625	G	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.656;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=457;ReadPosRankSum=0.263;SC=CTAGACGTTTGCATTTACACA;SOR=0.307;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=26;WE=108507217;WS=108507199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr1	108507541	rs71796067	GGCC	G	1120.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=23;PP=1072;SC=GCAAGGATGCGGCCGCCGCCG;SOR=4.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=23;WE=108507551;WS=108507531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	108679532	rs17513812	C	T	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=40;PP=1031;ReadPosRankSum=-0.522;SC=CAATTATGACCCAGAATGATA;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=63;WE=108679540;WS=108679522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,64:0.81:79
chr1	108681600	rs34563977	T	C	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=590;ReadPosRankSum=0.546;SC=ACAGTCTGCATCTTAGTAGAA;SOR=0.469;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=38;WE=108681608;WS=108681590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr1	108700316	rs829002	G	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=263;ReadPosRankSum=-0.817;SC=TTTTAGAGAAGAATCATGTTA;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=16;WE=108700324;WS=108700306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr1	108724518	rs490680	A	G	1998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.08;ReadPosRankSum=-1.109;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,93:0.65:142
chr1	108724693	rs491785	G	A	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.947;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=570;ReadPosRankSum=-1.002;SC=CTCAGAACTGGTAAGAACCAC;SOR=0.197;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=34;WE=108724701;WS=108724683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr1	108728347	rs694667	T	C	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=505;ReadPosRankSum=-1.657;SC=AAATAATAATTATCATCTAAA;SOR=0.465;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=30;WE=108728355;WS=108728337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr1	108728484	rs862493	T	C	2065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.08;ReadPosRankSum=0.499;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,98:0.72:137
chr1	108734993	rs521545	G	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.337;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=445;ReadPosRankSum=-0.301;SC=GCTGGTCAACGACCTGAACAC;SOR=2.584;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=22;WE=108735001;WS=108734987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr1	108766424	rs3879436	A	G	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=3.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQRankSum=-1.631;QD=4.78;ReadPosRankSum=1.314;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,70:0.29:239
chr1	108771524	rs200205508	C	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.458;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr1	109103207	rs72978732	G	T	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=546;ReadPosRankSum=-1.747;SC=CTCCCGCGCCGCCTCGCCCCT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=111;TCF=28;TCR=83;TR=38;WE=109103215;WS=109103197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,37:0.33:113
chr1	109143457	rs7534348	A	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.458;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=221;ReadPosRankSum=-1.649;SC=TTAAAATACCATGGCAAATAT;SOR=0.368;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=21;WE=109143465;WS=109143447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr1	109154974	rs2358522	G	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=-1.073;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,9:0.18:50
chr1	109170746	rs2133198	C	T	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.72;ReadPosRankSum=0.975;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,44:0.65:68
chr1	109173710	rs17025410	G	A	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=2.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=-2.159;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,53:0.32:164
chr1	109235180	rs115485065	C	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=2.309;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr1	109242056	rs111751551	G	A	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=560;ReadPosRankSum=2.413;SC=AGAAGGGACAGGGATCGAGAA;SOR=0.714;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=42;WE=109242064;WS=109242046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,46:0.43:108
chr1	109255513	rs3006864	G	T	4275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	109260357	rs4970804	G	A	8778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr1	109261502	rs61739598	C	T	2779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=4.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.14;ReadPosRankSum=-0.502;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,78:0.34:229
chr1	109261509	rs17553619	A	G	2905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=1.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.06;ReadPosRankSum=-0.582;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,85:0.35:241
chr1	109265029	rs4423040	G	T	3823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	109268441	rs11582005	G	A	4513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=77;PP=2632;ReadPosRankSum=-0.039;SC=GCTTGGTCCAGTGTAGATCTG;SOR=0.909;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=251;TCF=143;TCR=108;TR=183;WE=109268449;WS=109268431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,201:0.73:277
chr1	109268573	rs4494160	T	C	6729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.612;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=1.692;SC=AGTGTTTTTGTCTATAACAAG;SOR=0.671;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=234;TCF=108;TCR=126;TR=231;WE=109268581;WS=109268556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,254:1.00:255
chr1	109270402	rs10494096	G	A	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=18;PP=1155;SC=TGATGGGACCGCCATTTTCCC;SOR=1.426;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=65;WE=109270410;WS=109270392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	109273456	rs4970809	A	G	11265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=209;PP=2965;ReadPosRankSum=1.750;SC=GCCTCCTAGGATGCATCACAT;SOR=0.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=407;TCF=197;TCR=210;TR=406;WE=109273464;WS=109273446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,426:1.00:427
chr1	109273610	rs4970810	G	A	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=66;PP=1904;SC=ATCCAGGCATGAGCCTTTCCT;SOR=1.802;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=29;TCR=67;TR=95;WE=109273618;WS=109273600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	109289236	rs1124426	C	A	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=50;SC=CCGGAGGGCGCGGTCTGCTAG;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=109289244;WS=109289226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	109289353	rs1124427	C	G	238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.88;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	109289487	rs6604120	C	T	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	109299453	rs1277044	C	G	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=14;PP=468;SC=GGTTTACTAACAGAAAATTCA;SOR=0.906;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=109299461;WS=109299443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	109301019	rs3841723	GC	G	823.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=833;SC=TAAACTTTTAGCCAGTAAAGT;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=20;WE=109301027;WS=109301009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	109301250	rs1277042	G	C	2948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=58;PP=1829;SC=TGTTCAAAATGCCATTGGTTT;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=43;TCR=58;TR=101;WE=109301258;WS=109301240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	109315211	rs1623641	A	G	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=3;PP=380;SC=TACATTATATATAACATAAAT;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=109315219;WS=109315201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	109321824	rs1759481	G	T	2852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=19;PP=2007;SC=TTAGGAAAAGGGTGCTTTGTA;SOR=2.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=75;TCR=19;TR=94;WE=109321832;WS=109321814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	109338861	rs1127635	G	C	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	109350198	.	G	GT	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr1	109358755	rs11453763	A	AT	6184.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=57;PP=2055;SC=TTTTCTTTGCATTTTTTTCTT;SOR=1.279;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=132;TCF=63;TCR=69;TR=108;WE=109358763;WS=109358745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr1	109366286	rs7522157	C	T	4314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.031;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=88;PP=2388;ReadPosRankSum=1.753;SC=AGAATCAGAACAGAAGCTGTG;SOR=0.535;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=294;TCF=150;TCR=144;TR=185;WE=109366294;WS=109366276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,205:0.62:332
chr1	109366370	rs7522260	C	T	3945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=77;PP=2301;SC=TCATAAAATACGGTGTGGAGA;SOR=1.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=52;TCR=77;TR=129;WE=109366378;WS=109366360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	109372968	rs1277221	T	G	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=0;PP=501;SC=TTGTAAAATCTCCCATGGTGA;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=109372976;WS=109372967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	109377157	rs5776950	TA	T	2137.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.201;HP=13;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.847;NF=17;NR=56;PP=904;ReadPosRankSum=-0.855;SC=GTAACTAATTTAAAAAAAAAA;SOR=0.578;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=21;TCR=70;TR=73;WE=109377166;WS=109377144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,139:0.90:155
chr1	109391486	rs1149142	G	A	2768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=37;PP=1782;SC=TTTCTCATGTGTGAATTTGGT;SOR=1.201;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=65;TCR=37;TR=102;WE=109391494;WS=109391476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	109391662	rs11580913	G	C	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=1.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=1.920;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,59:0.30:197
chr1	109394978	rs17563390	G	A	2131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=54;PP=1292;ReadPosRankSum=1.845;SC=ACTTAGAAGCGTCTCCTTCAT;SOR=0.611;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=398;TCF=224;TCR=174;TR=117;WE=109394986;WS=109394968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,126:0.30:419
chr1	109395105	rs1277207	C	T	15074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=262;NR=262;PP=2965;SC=ACAAGTCTCACTATGCATAGC;SOR=0.740;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=525;TCF=263;TCR=262;TR=524;WE=109395113;WS=109395095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,567:1.00:567
chr1	109428249	rs10857987	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=135;ReadPosRankSum=1.363;SC=TTATTTTAAAGTGTTTTTAAC;SOR=0.854;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=16;WE=109428257;WS=109428239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
chr1	109444370	rs2270536	A	T	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=1.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=1.187;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,50:0.29:174
chr1	109445706	rs9662782	T	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.724;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=139;ReadPosRankSum=-0.879;SC=ACATAGGACCTCTTTTCAAAT;SOR=0.357;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=14;WE=109445714;WS=109445696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr1	109456850	rs1664419	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=8.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=0.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr1	109457138	rs114535705	A	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=194;ReadPosRankSum=-1.511;SC=TATAGGTATCACTTTAAAATT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=9;WE=109457146;WS=109457128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
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chr1	109474221	rs1769740	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=128;ReadPosRankSum=-0.537;SC=AGAGTCATAACCTGGAATTAA;SOR=1.195;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=13;WE=109474229;WS=109474211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,13:0.21:62
chr1	109474250	.	TAA	T	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-1.305;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
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chr1	109479978	rs168107	G	T	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=1.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.043;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,105:0.27:384
chr1	109482220	rs338480	C	T	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.926;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=422;ReadPosRankSum=0.548;SC=CGTGAGCCACCGCGCCTGGCC;SOR=1.602;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=98;TCF=65;TCR=33;TR=30;WE=109482228;WS=109482210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,33:0.31:107
chr1	109482826	rs338479	C	T	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=5.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.172;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,77:0.30:255
chr1	109486196	rs338466	A	G	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=-1.248;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:363,140:0.28:503
chr1	109490457	rs839543	T	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.259;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=260;ReadPosRankSum=-0.580;SC=TTTGATCAAGTTTGCATTTAT;SOR=0.434;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=20;WE=109490465;WS=109490447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr1	109525421	.	TA	T	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=1.252;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,47:0.20:235
chr1	109529322	rs61696019	T	TAA	3058.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=49;PP=2448;SC=GAATGAATATTAGTTATCCTA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=1;TCR=54;TR=50;WE=109529330;WS=109529312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	109533754	rs143803063	C	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=310;ReadPosRankSum=-0.703;SC=TCTGCCTCGGCCTCCTGGGTA;SOR=0.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=57;TCR=15;TR=23;WE=109533762;WS=109533744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,26:0.35:74
chr1	109545046	rs184606	C	T	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=28;PP=724;SC=TAGAAAAAAACATATATATTT;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=109545054;WS=109545036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	109608870	rs3217403	CACTT	C	1456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.332;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=596;ReadPosRankSum=-2.636;SC=AAAGAACAATCACTTACTTTT;SOR=0.919;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=64;TCF=7;TCR=57;TR=16;WE=109608881;WS=109608860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,43:0.30:141
chr1	109618308	rs34069017	G	A	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.244;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=375;ReadPosRankSum=-1.090;SC=GATTCTGTACGTGTTTCAGTG;SOR=2.124;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=19;WE=109618316;WS=109618298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr1	109650484	.	GA	G	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.115;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
chr1	109656420	rs536176	T	C	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=1.023;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr1	109656946	rs667524	T	C	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=-1.038;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,105:0.33:323
chr1	109704390	rs643197	C	G	2878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=16;PP=2009;SC=GCTCCCTGCCCGGGGTCCCAG;SOR=2.942;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=87;TCR=16;TR=103;WE=109704398;WS=109704380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	109704618	rs678238	A	G	8909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=146;NR=170;PP=2965;SC=GCCTGACCCCATCAAGGGCAC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=316;TCF=146;TCR=170;TR=316;WE=109704626;WS=109704608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr1	109714750	rs2297758	T	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=0.774;SC=TGTTGTTTTCTCTCTGGAGAG;SOR=1.051;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=10;WE=109714758;WS=109714740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr1	109714919	rs2297757	A	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=92;ReadPosRankSum=1.141;SC=TTTGGTGTCAACGCTCATTTT;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=7;WE=109714927;WS=109714909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr1	109727475	rs649531	T	C	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=5;PP=326;SC=AAAGGGAAGCTTGAGCAGGGT;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=14;WE=109727483;WS=109727465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	109734157	rs606066	T	C	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=53;PP=1681;SC=ATCTGCCCCATTGGTGTGTCC;SOR=1.361;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=86;WE=109734165;WS=109734147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	109734225	rs643785	G	T	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=18;PP=798;SC=AGACTGACCAGCAGGGACTTC;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=109734233;WS=109734222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	109734541	rs645128	C	T	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=54;PP=1633;SC=CCCAGGAGGACTCCTAGCATT;SOR=1.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=80;WE=109734549;WS=109734531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	109735298	rs658779	T	C	9104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr1	109735416	rs659543	A	C	6847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.07;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr1	109735504	rs659659	T	C	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=45;PP=1374;SC=AAGGTACCTGTAGTCTGGCAT;SOR=1.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=66;WE=109735512;WS=109735494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	109737063	rs2359246	C	T	2637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=1.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	109737090	rs2359245	G	A	3452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	109737132	rs2359244	T	C	4424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	109737172	rs2359243	C	T	4613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=83;NR=69;PP=2550;SC=TTCCAAAGGGCTGAAATACTT;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=83;TCR=70;TR=152;WE=109737180;WS=109737162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	109737314	rs2359242	T	C	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.50;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	109737320	rs2359241	G	A	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.16;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	109740310	.	A	AGAGAGAGTGT	1200	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=61.4;NF=1;NR=18;PP=1200;QD=63.3684210526;SC=CTTGTTTGAGAGTGTGTGTGT;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=3;TCR=49;TR=19;WE=109740321;WS=109740300;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:33,19:0.37:52
chr1	109740548	rs2296696	G	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.313;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr1	109742452	rs913178	C	T	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=3;PP=315;SC=AGTGAGAGCTCAGGTCTCTTT;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=109742460;WS=109742442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	109742485	rs913179	G	A	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=402;SC=GAACGTGCTCGGATGGGACCT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=109742493;WS=109742475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	109743622	rs3736956	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.265;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=408;ReadPosRankSum=-1.137;SC=GGATGGGCACCCTGCTCCCCA;SOR=4.579;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=17;WE=109743630;WS=109743612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr1	109745618	rs1052878	T	C	5926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=111;PP=2965;SC=TCAGGAGGCCTAGACATGGAC;SOR=1.035;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=89;TCR=111;TR=200;WE=109745626;WS=109745608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	109771063	rs683182	T	C	3853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=86;PP=2523;ReadPosRankSum=-0.102;SC=CTGTAAGTTATAGTTCTTTTC;SOR=0.655;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=220;TCF=98;TCR=122;TR=155;WE=109771071;WS=109771053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,173:0.70:246
chr1	109771881	rs657511	G	T	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=375;SC=GTGTGTGAAGGAAATCTCAGT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=109771889;WS=109771871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	109773705	rs141018095	ATT	A	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.842;QD=4.38;ReadPosRankSum=-1.412;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	109777764	rs114166723	G	A	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=902;ReadPosRankSum=-1.006;SC=TCTCTTTCTTGTGGTTTCTTA;SOR=0.602;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=58;WE=109777772;WS=109777754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,64:0.66:97
chr1	109778577	rs658092	T	C	2523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.077;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=34;PP=1688;ReadPosRankSum=-0.224;SC=CTGTCACCGTTTCCTTGGGTC;SOR=1.011;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=97;TCR=51;TR=101;WE=109778585;WS=109778567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,109:0.67:162
chr1	109779556	rs631927	T	A	4721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=84;PP=2590;SC=CCAAGTCAGGTGCTTGAAAGG;SOR=1.055;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=69;TCR=84;TR=153;WE=109779564;WS=109779546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	109779621	rs11439617	T	TC	1381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.316;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.962;NF=0;NR=28;PP=1128;ReadPosRankSum=-1.739;SC=AGGGCCCAACTCTCAGAATAC;SOR=1.708;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=28;WE=109779629;WS=109779611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,44:0.70:63
chr1	109794252	rs454107	T	C	4580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=963;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.877;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:668,292:0.30:960
chr1	109795026	rs413380	T	C	3148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=76;PP=1565;ReadPosRankSum=-1.247;SC=AGCTGGACTATGAAGACCAAG;SOR=0.646;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=447;TCF=226;TCR=221;TR=157;WE=109795034;WS=109795016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,174:0.36:481
chr1	109795608	rs437444	T	C	2093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=45;PP=1110;ReadPosRankSum=2.226;SC=CTGAGGTCTTTCAGCTGGACA;SOR=0.589;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=350;TCF=199;TCR=151;TR=104;WE=109795616;WS=109795598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,120:0.31:381
chr1	109796053	rs2359414	C	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=-1.207;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,26:0.32:82
chr1	109807283	rs6657811	A	T	2754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.963;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=66;PP=1836;ReadPosRankSum=-1.102;SC=CGGGCAGGTTATCAGGTGCCT;SOR=0.884;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=170;TCF=72;TCR=98;TR=109;WE=109807291;WS=109807273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,121:0.65:185
chr1	109810544	rs2281894	C	A	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-1.549;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,76:0.27:280
chr1	109813485	rs41279714	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=286;ReadPosRankSum=-2.415;SC=CCCACCTGCCCGCAGCCCTAC;SOR=0.836;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=20;WE=109813493;WS=109813475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr1	109814880	rs4970834	C	T	4779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=998;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=0.540;SC=CACTTACTGACCTCTCTGTTC;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=935;TCF=486;TCR=449;TR=288;WE=109814888;WS=109814870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:696,299:0.30:995
chr1	109815074	rs79868705	G	A	3427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=87;PP=2128;ReadPosRankSum=-1.869;SC=AGGGGCCCACGCATGCTGGAC;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=80;TCR=122;TR=144;WE=109815082;WS=109815064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,154:0.74:209
chr1	109815133	rs79482788	G	A	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=47;PP=1283;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TGTGGCTGACGTGGGGGCCAG;SOR=0.858;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=100;TCF=37;TCR=63;TR=73;WE=109815141;WS=109815123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,72:0.71:101
chr1	109815211	rs75951814	C	A	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=2424;ReadPosRankSum=0.792;SC=GAGACTGGGACCCTGGGCAAG;SOR=0.621;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=47;WE=109815222;WS=109815201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,56:0.67:83
chr1	109815214	rs113683670	T	TG	2238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=2519;ReadPosRankSum=0.290;SC=ACTGGGACCCTGGGCAAGGGG;SOR=0.551;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=41;WE=109815222;WS=109815201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,57:0.69:83
chr1	109815252	rs611917	A	G	4290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=57;PP=2610;SC=GCATGGTCTCATCTTCCTAGG;SOR=1.242;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=100;TCR=57;TR=156;WE=109815260;WS=109815242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	109815368	rs6670347	T	C	5507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.323;SC=CAGAACGCTCTGGCCACCCAG;SOR=0.696;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=376;TCF=216;TCR=160;TR=237;WE=109815376;WS=109815358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,253:0.62:406
chr1	109815746	rs6667814	A	G	6207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.894;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=2.000;SC=CCTCCTGGCTATCTGCCCTCT;SOR=0.949;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=377;TCF=218;TCR=159;TR=256;WE=109815754;WS=109815736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,272:0.69:394
chr1	109816176	rs441853	A	C	10326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=233;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.161;SC=GCAGCCGGGGAGGCCCCCCTC;SOR=0.510;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=399;TCF=165;TCR=234;TR=396;WE=109816184;WS=109816166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,398:1.00:399
chr1	109824250	rs35358959	G	A	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=1.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.80;ReadPosRankSum=1.392;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,98:0.39:252
chr1	109825360	rs643457	C	T	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=23;PP=625;SC=AGATCTGAGCCGGAGAGAAAC;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=109825368;WS=109825350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	109836835	rs3738777	A	G	5247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=0.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.48;ReadPosRankSum=-0.886;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,247:0.73:339
chr1	109836842	rs646335	C	G	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=1.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.188;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,95:0.27:347
chr1	109838833	rs616899	T	C	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=6;PP=394;SC=CTCAGCACAGTGCCCCCCAGA;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=109838841;WS=109838823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	109838918	rs629001	C	T	2836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	109839063	.	AT	A	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=-0.235;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr1	109839392	rs604349	A	G	2323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.220;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=33;PP=2962;ReadPosRankSum=1.906;SC=CATGATCCCCATGCCTCCCTT;SOR=0.813;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=158;TCF=101;TCR=57;TR=96;WE=109839408;WS=109839382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,111:0.62:178
chr1	109839400	rs55660224	C	T	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.736;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,72:0.36:199
chr1	109839433	rs1278285	A	G	7390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=146;NR=100;PP=2965;SC=CGAGGTCCGTAGTGATGGGGG;SOR=0.916;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=146;TCR=100;TR=246;WE=109839441;WS=109839423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr1	109839896	rs7515901	C	T	4260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=86;PP=2605;SC=CCCTTTTTCTCCTCAGTTACC;SOR=1.379;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=56;TCR=86;TR=142;WE=109839904;WS=109839886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	109839954	rs603624	G	C	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=36;PP=1407;SC=GAGCCTTGCCGCAGCTTCCCC;SOR=1.284;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=61;WE=109839962;WS=109839944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	109840169	rs76186504	C	T	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.367;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=705;ReadPosRankSum=-1.274;SC=CTCCCCATTCCGCACACTCAC;SOR=0.545;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=110;TCR=104;TR=68;WE=109840177;WS=109840159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,74:0.30:246
chr1	109840918	rs115030251	C	T	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.737;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=772;ReadPosRankSum=-0.464;SC=GATGGATACTCAGAGAAAGTA;SOR=1.080;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=97;TCF=46;TCR=51;TR=62;WE=109840926;WS=109840908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,67:0.63:106
chr1	109856842	rs372331171	TG	T	1156.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=13.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=-1.498;SOR=0.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,74:0.65:114
chr1	109856843	rs661278	G	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=20.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=3.676;SOR=2.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,37:0.27:135
chr1	109897100	rs72646560	T	C	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.978;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,69:0.36:191
chr1	109898267	rs376387346	GC	G	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.584;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr1	109910013	rs11581665	C	T	6264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FS=1.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.21;ReadPosRankSum=0.435;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,292:0.66:441
chr1	109940503	rs72646553	G	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=0.496;SC=CAGCTCCCCAGGGCCGCTCCA;SOR=0.527;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=10;WE=109940511;WS=109940493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr1	109955569	rs17586966	T	C	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=-1.686;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,41:0.35:118
chr1	109964605	rs17647543	T	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.531;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=116;ReadPosRankSum=-0.382;SC=ATGTAGACACTGAATTCAAGT;SOR=1.112;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=14;WE=109964613;WS=109964595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr1	110018148	rs530565	C	T	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=22;PP=1861;SC=GGTTAGTTCTCGACTTTGGCC;SOR=2.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=66;TCR=22;TR=88;WE=110018156;WS=110018138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	110018196	.	C	A	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.149;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=22;PP=662;ReadPosRankSum=-0.160;SC=GCTTCACTCTCTCTCAGCTCT;SOR=0.567;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=120;TCR=63;TR=63;WE=110018204;WS=110018186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,68:0.35:193
chr1	110019439	rs62623713	A	G	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=35;PP=1227;ReadPosRankSum=0.134;SC=TGCGATGAAGAGTCCAGCTCC;SOR=0.707;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=272;TCF=166;TCR=106;TR=93;WE=110019447;WS=110019429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,97:0.34:284
chr1	110020341	rs57128261	C	T	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=512;ReadPosRankSum=1.012;SC=GGCAACTGTCCTGGCACCCTG;SOR=0.557;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=89;TCF=69;TCR=20;TR=36;WE=110020349;WS=110020331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,34:0.36:95
chr1	110030863	rs146456617	C	G	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=197;ReadPosRankSum=-0.369;SC=AGAAGTTTATCTGGAAGGTAC;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=11;WE=110030871;WS=110030853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr1	110030895	rs72074532	GTC	G	848.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.21;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr1	110030945	rs1144593	A	G	2739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	110035159	rs11590351	T	C	2084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=37;PP=999;ReadPosRankSum=1.470;SC=GTAGGACAGCTGGTAGGCCCC;SOR=0.870;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=70;TCR=49;TR=88;WE=110035167;WS=110035149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,96:0.72:134
chr1	110035318	rs34382032	AT	A	467.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.34;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	110036998	rs17575205	G	C	1901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.378;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=41;PP=1394;ReadPosRankSum=1.469;SC=TTGGAGGAGGGACCCCAGCAG;SOR=0.877;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=127;TCF=61;TCR=66;TR=74;WE=110037006;WS=110036988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,78:0.59:132
chr1	110037838	rs749056	T	G	4588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=68;NR=85;PP=2818;SC=GTTTGGGTATTCCTCACCTCA;SOR=1.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=68;TCR=85;TR=153;WE=110037846;WS=110037828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	110148974	rs1799875	C	T	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.382;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,128:0.29:435
chr1	110199172	.	CTGTGTGTG	C,CTGTG	697.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.61;QD=33.23;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,17,4:0.81,0.19:21
chr1	110200360	rs560018	T	C	13375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=252;NR=232;PP=2965;SC=TGGGGTGCTATGCTCAGAGTG;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=486;TCF=253;TCR=233;TR=484;WE=110200368;WS=110200350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,501:1.00:501
chr1	110201580	rs650985	C	T	13819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr1	110201699	rs506008	T	C	5945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;PP=2965;SC=TGGACGCCTTTCCAAATCTGA;SOR=0.825;Source=Platypus;TCF=98;WE=110201707;WS=110201689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	110201809	rs562996	G	T	15685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.66;QD=45.47;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr1	110201812	rs563003	A	G	16016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.81;QD=43.76;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr1	110207482	rs670439	C	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=571;ReadPosRankSum=0.774;SC=TGAATCTACCCGTCCTTGAAT;SOR=0.907;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=31;WE=110207490;WS=110207472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr1	110210671	rs625456	G	T	4299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.466;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=76;PP=2662;ReadPosRankSum=1.915;SC=ACCCTCTCTGGGCCTCTCACA;SOR=0.590;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=299;TCF=184;TCR=115;TR=196;WE=110210679;WS=110210661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,201:0.66:306
chr1	110210780	rs530021	C	G	7835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr1	110210818	rs2073483	C	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=17.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=2.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,43:0.34:125
chr1	110211956	rs592792	C	T	6589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.215;NF=165;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.100;SC=CCCAGAGCAACGCCATCCTGC;SOR=0.809;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=520;TCF=287;TCR=233;TR=290;WE=110211964;WS=110211946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,310:0.56:555
chr1	110212293	rs3819350	C	A	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.625;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=514;ReadPosRankSum=-0.700;SC=CTGGTGAGTTCTTGGTCTTGC;SOR=0.341;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=121;TCF=27;TCR=94;TR=38;WE=110212301;WS=110212283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,37:0.32:116
chr1	110252010	rs1292098	T	C	11879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=282;NR=302;PP=2965;SC=CTCTGTTCTGTTTTTTGCCCC;SOR=1.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=584;TCF=282;TCR=302;TR=584;WE=110252018;WS=110252000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr1	110252091	rs35677255	G	A	7713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=100;NR=265;PP=2965;SC=CTTAATAAAAGCTTGCTGGTT;SOR=4.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=367;TCF=101;TCR=266;TR=365;WE=110252107;WS=110252081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr1	110255174	rs929166	T	G	3125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=45;PP=2035;SC=GCTGGCCTGGTGCAGAGAAAG;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=57;TCR=45;TR=102;WE=110255182;WS=110255164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	110279701	rs7483	C	T	4852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=49;PP=2965;SC=GCTCAGCATACAGGCTTGTTG;SOR=1.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=122;TCR=50;TR=170;WE=110279709;WS=110279691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	110279821	rs1537234	C	A	11267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.20;ReadPosRankSum=-1.049;SOR=0.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,429:1.00:430
chr1	110279914	rs1571858	C	T	5131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=91;PP=2965;SC=GACAGTGCCTCCAAGGTATAG;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=78;TCR=91;TR=169;WE=110279922;WS=110279904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	110281941	rs10735234	G	A	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=16;PP=759;SC=TATTCTATCCGGGTTAAGATC;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=110281949;WS=110281931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	110282972	rs1332018	G	T	14130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.32;ReadPosRankSum=-0.294;SOR=0.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,554:0.99:558
chr1	110292856	rs15864	G	C	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=5;PP=468;SC=GTTTGCTTCAGCCTCTGGGCC;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=26;WE=110292864;WS=110292846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	110295772	rs1887547	T	C	8208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr1	110295890	rs1887548	C	G	3027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=60;PP=1692;SC=GGGACGCGGACAGGGAGGGGA;SOR=1.487;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=37;TCR=60;TR=97;WE=110295898;WS=110295880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	110300441	rs3818562	G	A	6971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=100;PP=2965;SC=TTGAAGCTGTGCTTGATCTTC;SOR=1.013;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=146;TCR=100;TR=246;WE=110300449;WS=110300431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr1	110300504	rs10776700	A	G	9573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=60.03;NF=174;NR=156;PP=2965;SC=AGGGGCCAAGACGGTGGGCCA;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=331;TCF=174;TCR=157;TR=330;WE=110300512;WS=110300494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr1	110301766	rs373516452	AGTGT	A,AGT	2021.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.293;QD=31.10;ReadPosRankSum=-1.392;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,42,20:0.65,0.31:65
chr1	110304537	rs6676659	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=1.382;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,27:0.34:80
chr1	110452920	rs56222520	G	A	2162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=34;PP=1329;ReadPosRankSum=0.156;SC=GAAGGGGGCTGCCGGCAAACC;SOR=0.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=87;TCR=46;TR=97;WE=110452928;WS=110452910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,101:0.72:141
chr1	110465874	rs149810852	C	T	3568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=796;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=-1.793;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:559,234:0.30:793
chr1	110466338	rs333970	C	A	32363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=574;NR=592;PP=2965;ReadPosRankSum=0.683;SC=TAACTGGTACCGCCTTGCCCA;SOR=0.231;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1169;TCF=574;TCR=595;TR=1166;WE=110466346;WS=110466328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1203:1.00:1204
chr1	110466709	rs333971	T	C	11044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=175;NR=210;PP=2965;SC=GAGGGATCCTTCAGCCCGCAG;SOR=0.921;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=385;TCF=175;TCR=210;TR=385;WE=110466717;WS=110466699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr1	110467745	rs333972	A	G	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=31;PP=1769;SC=GATGTCTAATACCAGCCCTGT;SOR=1.167;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=88;WE=110467753;WS=110467735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	110558276	rs11384766	A	AC	2492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=34;PP=1846;SC=ATTAGATAAAATTTTGAGTTT;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=40;WE=110558284;WS=110558266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	110580693	.	AAT	A	400.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=8;PP=499;SC=AGTTCTATCAAATATATATAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=8;WE=110580714;WS=110580683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	110580704	rs4494133	A	G	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.88;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	110580706	.	A	G	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.42;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	110581780	rs1834	T	G	6358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.626;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=1.415;SC=TGTAACTGGTTTCTTGCCCTG;SOR=0.682;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=132;TCR=85;TR=217;WE=110581788;WS=110581770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,241:1.00:242
chr1	110603286	rs144523285	A	AGGTGCTTCCTCCGTGGTGTCCAGGCAGG	6171.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=12;PP=2965;SC=TTGGAGGCAGAGGTGGGCTGG;SOR=4.671;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=37;WE=110603294;WS=110603276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	110709719	rs7527375	TG	CA	3466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=42;PP=2592;ReadPosRankSum=2.356;SC=AGGAGCTGGATGCAGAGGACC;SOR=0.652;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=117;TCF=60;TCR=57;TR=78;WE=110709728;WS=110709709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,88:0.69:128
chr1	110716511	rs12747833	C	T	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=418;ReadPosRankSum=0.339;SC=ATGGCGCTGCCGACGTGCTGG;SOR=0.435;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=30;WE=110716519;WS=110716501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr1	110735037	rs2603583	T	G	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=10;PP=1907;SC=ACCCATGAGGTTCCCACCTGG;SOR=3.521;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=69;WE=110735045;WS=110735032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	110738296	rs2784140	G	A	6522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.841;SC=ATGACTACTCGGCCACCCTGC;SOR=0.692;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=397;TCF=206;TCR=191;TR=280;WE=110738304;WS=110738286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,302:0.70:433
chr1	110740273	rs2603581	G	T	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.267;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=38;PP=863;ReadPosRankSum=-1.433;SC=CTCAGGCCTTGAATGCAACCA;SOR=1.159;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=58;WE=110740281;WS=110740263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,63:0.70:90
chr1	110740688	rs2761445	C	T	3967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.476;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=56;PP=2503;ReadPosRankSum=0.004;SC=TTAAGGCAGCCCACCCGCAGG;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=243;TCF=152;TCR=91;TR=153;WE=110740696;WS=110740678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,168:0.63:265
chr1	110740931	rs6685009	G	A	3495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=657;ExcessHet=3.0103;FS=2.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=1.610;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:442,213:0.33:655
chr1	110754052	rs114915950	A	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=109;ReadPosRankSum=1.462;SC=CCCCCGTCTGACGCTGCCTCC;SOR=0.831;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=12;WE=110754060;WS=110754042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr1	110765535	rs611587	C	G	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-5.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=14;PP=1191;ReadPosRankSum=-0.916;SC=CCAGCTGGGCCCATCCATCCC;SOR=0.677;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=106;TCF=87;TCR=19;TR=74;WE=110765543;WS=110765525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,75:0.67:112
chr1	110766466	rs12411176	G	A	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FS=0.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=0.726;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:346,120:0.26:466
chr1	110882444	rs814771	A	G	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=25;PP=763;ReadPosRankSum=1.565;SC=GCGGGGGCGAATCGCGCAGCA;SOR=0.646;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=191;TCF=119;TCR=72;TR=63;WE=110882452;WS=110882434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,66:0.32:204
chr1	110888948	rs61787373	G	A	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.124;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.379;NF=49;NR=38;PP=974;ReadPosRankSum=1.161;SC=GTTGAACAGCGGATGAAGATA;SOR=0.837;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=253;TCF=139;TCR=114;TR=87;WE=110888956;WS=110888938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,94:0.34:277
chr1	110949566	rs12408631	G	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=13.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.445;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr1	110949720	rs6671673	C	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,34:0.29:118
chr1	110949857	rs6684395	A	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-0.263;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr1	110950462	rs11102099	G	A	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=0.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.874;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,117:0.31:376
chr1	110998766	rs7551116	T	A	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=7;PP=903;ReadPosRankSum=-0.944;SC=GGGGTGAGACTTTTGCCAGTG;SOR=0.982;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=56;TCR=11;TR=48;WE=110998774;WS=110998756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,53:0.74:72
chr1	110998854	rs7514102	G	A	3320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.16;ReadPosRankSum=0.206;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,146:0.67:219
chr1	111059825	rs3768457	G	A	2775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.04;ReadPosRankSum=0.486;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,120:0.69:173
chr1	111060669	rs1281175	T	C	8110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=139;NR=132;PP=2965;SC=TGACCACCTTTAGCTCCCTAT;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=272;TCF=140;TCR=132;TR=271;WE=111060677;WS=111060659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr1	111061011	rs3748731	C	A	4310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.601;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=82;PP=2523;ReadPosRankSum=0.997;SC=TGGGCCGGTTCCGATCAAAGA;SOR=0.612;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=247;TCF=127;TCR=120;TR=171;WE=111061019;WS=111061001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,191:0.70:271
chr1	111061062	rs1281174	T	C	7333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=119;PP=2965;SC=GCATCCTTTTTTCCCGGTCTC;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=122;TCR=120;TR=241;WE=111061070;WS=111061052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr1	111144526	rs4839071	T	G	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=321;SC=AAATTGCCCTTTGTCAAAAAT;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=111144534;WS=111144516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	111390624	rs112561357	AT	A	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-1.484;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	111434170	rs137933588	CTGGTG	C	892.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=4.157;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,32:0.23:139
chr1	111436857	rs1578956	TC	GT	7319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=94;PP=2947;ReadPosRankSum=0.124;SC=CACCCTGTACTCGTGCAAATG;SOR=1.054;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=249;TCF=149;TCR=100;TR=242;WE=111436866;WS=111436847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,275:0.99:277
chr1	111437129	rs1343817	A	C	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.027;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=609;ReadPosRankSum=-0.434;SC=TAGAGATAGAAATGAAGTGGA;SOR=0.158;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=33;WE=111437137;WS=111437119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,37:0.73:51
chr1	111437176	rs5777031	G	GA	488.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=15;PP=584;SC=TAATTGGGGGGAAAATTTGTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=111437184;WS=111437166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	111441829	rs1803259	C	T	8863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.03;NF=143;NR=155;PP=2965;SC=CTGCAGTAGTCCTGTGGTGAA;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=298;TCF=143;TCR=155;TR=298;WE=111441837;WS=111441819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr1	111492807	rs2232044	G	A	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=33;PP=706;ReadPosRankSum=0.709;SC=ACTTTATTAAGCAACTAAGTG;SOR=0.826;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=38;WE=111492815;WS=111492797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,38:0.79:48
chr1	111661413	rs325916	T	C	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.283;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,82:0.29:282
chr1	111661528	rs325917	T	C	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=3.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,57:0.28:205
chr1	111662723	rs325918	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=64;ReadPosRankSum=-0.649;SC=CACAGCAGTGGTACTGTAAAA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=6;WE=111662731;WS=111662713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr1	111663003	.	CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA	C	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=13.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.10;ReadPosRankSum=0.431;SOR=2.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	111726026	rs2243393	G	A	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=14;PP=460;ReadPosRankSum=1.403;SC=ATGATTTACTGTGTAGTTCAC;SOR=0.843;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=137;TCF=89;TCR=48;TR=48;WE=111726034;WS=111726016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,57:0.38:151
chr1	111726213	rs694180	A	G	3383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=73;PP=2244;SC=TGCCCTGGTAAGTATTGTACT;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=43;TCR=73;TR=116;WE=111726221;WS=111726203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	111726288	rs2275122	T	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=134;ReadPosRankSum=0.866;SC=GACCCAGTCATGAAAGATCGT;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=9;WE=111726296;WS=111726278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr1	111726869	rs3795823	G	A	6811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=1.457;SC=ATCAGATTGCGTCTCACCTGC;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=435;TCF=217;TCR=218;TR=304;WE=111726877;WS=111726859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,316:0.69:460
chr1	111732003	rs35906145	T	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=5.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr1	111737183	rs660173	C	T	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	111737398	rs9970286	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=119;ReadPosRankSum=-3.405;SC=GCAAGATCATGCAGACCCCGA;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=15;WE=111737406;WS=111737388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr1	111739771	rs3833538	G	GCAGGACAAA	3266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=3.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=1.481;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,91:0.31:290
chr1	111742838	rs639306	G	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=188;ReadPosRankSum=2.732;SC=ACTAGCCCCAGAGAGGGCATG;SOR=0.840;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=12;WE=111742846;WS=111742828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr1	111770423	rs755467	T	G	3763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=68;NR=56;PP=1829;SC=CAGCAGGAAATTTGGTGAGGA;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=68;TCR=56;TR=124;WE=111770431;WS=111770413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	111773568	rs2255089	G	C	7013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=129;PP=2965;SC=AAAACCAAGTGAGTAAGATGG;SOR=1.048;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=98;TCR=129;TR=227;WE=111773576;WS=111773558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	111773600	rs2274232	A	G	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.141;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=33;PP=562;ReadPosRankSum=-3.182;SC=TCCTGCATGGATTTTAGAGGA;SOR=0.875;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=143;TCF=50;TCR=93;TR=47;WE=111773608;WS=111773590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,55:0.33:166
chr1	111773830	rs2147789	A	T	4418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=65;PP=2465;SC=CAGCCAGAAAATAAATAATCA;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=84;TCR=65;TR=149;WE=111773838;WS=111773820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	111778241	rs2764544	C	T	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=7;PP=1249;SC=TATTGCACCTCGTTTCTTTGT;SOR=2.998;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=53;WE=111778249;WS=111778231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr1	111783942	rs56403938	C	T	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.235;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,56:0.41:137
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chr1	111784148	rs2764551	T	G	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=40;PP=1167;SC=TGTTCAAAGATAGAAGCTTCT;SOR=1.451;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=64;WE=111784156;WS=111784138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	111784783	rs41313997	G	C	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.91;ReadPosRankSum=1.583;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,73:0.77:95
chr1	111785930	rs1056825	T	C	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=318;ReadPosRankSum=-1.322;SC=CTTGCCAGGCTGGCCTTTGGA;SOR=0.489;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=17;TCR=59;TR=28;WE=111785938;WS=111785920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,32:0.38:84
chr1	111825883	rs4406629	T	C	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=1.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=1.104;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,88:0.34:260
chr1	111826007	rs58982671	C	T	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.568;NF=42;NR=44;PP=851;ReadPosRankSum=-0.473;SC=CGACTGACACCGGCAGCAACG;SOR=0.626;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=288;TCF=141;TCR=147;TR=86;WE=111826015;WS=111825997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,81:0.29:277
chr1	111833441	rs11102235	G	A	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=5.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.567;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,89:0.27:328
chr1	111833488	rs34698010	C	CCT	2696.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.056;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,86:0.26:329
chr1	111833517	rs12026825	G	A	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=-2.469;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,75:0.28:271
chr1	111854207	rs4839122	T	C	3129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=41;PP=1978;ReadPosRankSum=-0.087;SC=CTCACTGAGGTTGTAACAATT;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=120;TCR=60;TR=124;WE=111854215;WS=111854197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,136:0.69:197
chr1	111854223	rs6537695	C	T	3905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=61;PP=2240;ReadPosRankSum=-0.731;SC=CAATTTATGGCAAATTGGAAG;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=143;TCR=87;TR=161;WE=111854231;WS=111854213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,175:0.70:249
chr1	111854755	rs4423003	A	C	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=9;PP=1709;SC=CAAAACTCACAGCACACTTCA;SOR=3.471;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=64;TCR=9;TR=73;WE=111854763;WS=111854750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	111857087	rs2786151	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=0.069;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,26:0.21:121
chr1	111857107	rs56003810	A	G	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.96;ReadPosRankSum=1.041;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,30:0.21:144
chr1	111857120	rs3818820	C	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=2.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.185;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,41:0.24:169
chr1	111857154	rs2786152	T	C	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=2.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.865;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,67:0.27:250
chr1	111857208	rs3818822	G	A	2045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.403;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=50;PP=1234;ReadPosRankSum=-1.328;SC=CTGGAACTTCGGGACTGCCCC;SOR=0.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=348;TCF=191;TCR=157;TR=109;WE=111857216;WS=111857198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,118:0.31:376
chr1	111857276	rs41391244	T	C	2600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.295;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:337,162:0.32:499
chr1	111858291	rs2786155	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.904;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr1	111858444	rs2786156	C	T	8889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=159;NR=150;PP=2965;SC=GCAGTTTGGCCACAGAGTCCA;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=309;TCF=159;TCR=150;TR=309;WE=111858452;WS=111858434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr1	111858499	rs6661725	A	G	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.94;MQRankSum=6.450;QD=5.61;ReadPosRankSum=1.494;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,75:0.33:226
chr1	111858525	rs371155945	TAAATATAAGAATAAGA	T	1664.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=7.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.28;MQRankSum=7.074;QD=10.88;ReadPosRankSum=1.458;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,48:0.31:153
chr1	111858542	rs376128132	CACTATCCTTGGCTT	C	1719.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=4.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.61;MQRankSum=6.402;QD=13.03;ReadPosRankSum=2.324;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,48:0.36:132
chr1	111858589	rs2786157	G	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=5.841;NF=6;NR=19;PP=581;ReadPosRankSum=0.139;SC=AAGACTGAAAGAATATGAACA;SOR=0.601;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=25;WE=111858611;WS=111858579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr1	111858603	rs2786158	G	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=5.719;NF=5;NR=19;PP=581;ReadPosRankSum=-0.400;SC=ATGAACAATGGCAATGCATTG;SOR=0.540;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=24;WE=111858611;WS=111858579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr1	111861714	rs2786161	T	A	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.213;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=20;PP=860;ReadPosRankSum=-0.169;SC=TAACATTTAATAGATTTGAAT;SOR=0.491;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=144;TCF=96;TCR=48;TR=56;WE=111861722;WS=111861704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,60:0.39:155
chr1	111861841	rs2275253	A	G	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=45;PP=1159;ReadPosRankSum=0.898;SC=CTATGACAACATCAAGAGCTT;SOR=0.691;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=148;TCR=123;TR=99;WE=111861849;WS=111861831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,109:0.36:307
chr1	111862074	rs2820092	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=218;ReadPosRankSum=1.295;SC=AGAAGGCCCTCGGCCTGCAGA;SOR=1.220;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=19;WE=111862082;WS=111862064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,22:0.24:92
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chr1	111957097	rs7825	C	G	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=-1.457;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,29:0.27:107
chr1	111957245	rs9629	G	A	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.964;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=42;PP=862;ReadPosRankSum=0.809;SC=GCTGGATGACGGGGCTGGAGG;SOR=0.789;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=279;TCF=139;TCR=140;TR=82;WE=111957253;WS=111957235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,89:0.29:303
chr1	111957501	rs201350653	CTCACAGACTGATGACTCACAGGGG	C	1574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.15;MQRankSum=8.559;QD=7.61;ReadPosRankSum=-1.286;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,53:0.26:207
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chr1	111964144	rs1264885	G	C	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-2.056;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,48:0.30:160
chr1	111966291	rs954739	C	T	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=1.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.121;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,81:0.28:290
chr1	111969294	rs1264892	A	G	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=1.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=-1.200;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,64:0.32:199
chr1	111969307	rs2275795	G	C	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=4.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.549;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,56:0.29:190
chr1	111969719	rs1264894	A	G	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=5.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,94:0.26:364
chr1	111990265	rs2298185	T	C	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;PP=875;ReadPosRankSum=1.774;SC=ACTTCTAGGATTCAAAGAGCC;SOR=0.417;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=162;TCF=62;TCR=100;TR=68;WE=111990273;WS=111990255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,78:0.42:184
chr1	111991845	rs1270853	C	A	2985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=1.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,170:0.34:506
chr1	111992019	rs2298187	T	A	4097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=85;PP=2636;ReadPosRankSum=-1.481;SC=TAATTTTTTTTAAAAATCTCC;SOR=0.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=124;TCR=122;TR=172;WE=111992027;WS=111992001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,185:0.70:263
chr1	111992095	rs1264899	C	T	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=-1.720;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,64:0.27:240
chr1	112018657	rs6703267	G	A	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=713;ReadPosRankSum=-0.008;SC=CAGCATGGGAGGCAATGGCTC;SOR=0.982;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=170;TCF=88;TCR=82;TR=61;WE=112018665;WS=112018647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,61:0.33:187
chr1	112020222	rs3831358	GC	G	1617.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.58;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	112020224	rs115634476	C	A	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=26;PP=1577;SC=TCCGCCCTGCCCCCCACCCAC;SOR=2.649;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=63;WE=112020246;WS=112020212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	112020238	rs2211494	A	C	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.90;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	112106444	rs1591712	G	A	2259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=0.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=1.070;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,133:0.36:373
chr1	112234084	rs10489469	G	T	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=45;PP=813;ReadPosRankSum=-0.483;SC=AATACAAGAAGAATTTTGACA;SOR=0.763;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=220;TCF=93;TCR=127;TR=76;WE=112234092;WS=112234074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,85:0.35:243
chr1	112240038	rs34219774	C	CT	909.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=3.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.494;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.980;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,83:0.39:213
chr1	112269872	rs197434	G	A	22807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=845;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=451;NR=331;PP=2965;SC=CTGTCAGGGCGAACCTGCGGC;SOR=1.045;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=784;TCF=451;TCR=333;TR=782;WE=112269880;WS=112269862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,842:1.00:842
chr1	112298582	rs197392	A	G	2753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.57;ReadPosRankSum=2.228;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,131:0.65:203
chr1	112298829	rs197393	T	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=0.626;SC=GGCCATCCCGTTGGGGCGCTG;SOR=0.593;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=8;WE=112298837;WS=112298819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr1	112302219	rs538779	G	A	2680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.362;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=59;PP=1523;ReadPosRankSum=0.358;SC=TTGGTAACCAGGGCTTTTAAG;SOR=0.544;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=198;TCF=95;TCR=103;TR=117;WE=112302227;WS=112302209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,130:0.60:218
chr1	112303077	rs201858996	A	AT	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.41;ReadPosRankSum=1.421;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,22:0.18:123
chr1	112305406	.	TA	T	539.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.084;QD=2.90;ReadPosRankSum=2.452;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,81:0.44:186
chr1	112308953	rs197412	T	C	3754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.590;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=72;PP=2689;ReadPosRankSum=-0.642;SC=AATAAAGTTATTGAACAGAGA;SOR=0.637;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=238;TCF=122;TCR=116;TR=151;WE=112308961;WS=112308943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,158:0.64:248
chr1	112308972	rs197413	G	A	3624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.697;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=66;PP=2435;ReadPosRankSum=-1.398;SC=GAGTCCCTGTGTTGGCAAGTA;SOR=0.927;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=227;TCF=125;TCR=102;TR=151;WE=112308980;WS=112308962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,157:0.66:239
chr1	112321032	rs640029	T	A	3689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=56;PP=2374;ReadPosRankSum=1.781;SC=GAGAAAAACATCAATTGAATT;SOR=0.882;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=145;TCR=87;TR=149;WE=112321040;WS=112321022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,161:0.64:251
chr1	112524680	rs17215423	C	G	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=-1.426;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:352,132:0.27:484
chr1	112991698	rs2256883	T	C	5629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr1	112999227	rs1175641	G	A	7851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=140;NR=111;PP=2965;SC=TAGAAAACCAGGTGCCTCCAC;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=140;TCR=112;TR=251;WE=112999235;WS=112999217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr1	113033459	rs61820474	T	C	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=3;PP=543;ReadPosRankSum=1.420;SC=ATTTTTGTATTTCAAATCCTA;SOR=0.954;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=92;TCF=82;TCR=10;TR=31;WE=113033467;WS=113033451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,34:0.35:97
chr1	113052155	rs3790605	C	G	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=14;PP=415;SC=CGGGACCAGGCTGTTGCTTCG;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=113052163;WS=113052145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	113052186	rs3790606	G	C	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=14;PP=377;SC=GACGATTCGGGCAGGACTGTC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=113052194;WS=113052176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	113063125	rs910697	A	G	6265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=101;NR=109;PP=2965;SC=GGCTGGACCAAACCTGAACAC;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=101;TCR=109;TR=210;WE=113063133;WS=113063115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr1	113068577	rs35147679	C	T	6335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=130;NR=93;PP=2965;SC=TGTCACTTTACAGATGCTGTT;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=130;TCR=94;TR=223;WE=113068585;WS=113068567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	113083439	rs10745330	C	T	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=24;PP=856;SC=TCAGTGTTTTCATTTTTGGGA;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=58;WE=113083447;WS=113083429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	113113167	.	G	GTATATATATATATATA,GTATATATATATATA	170.90	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.11;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=1;PP=106;SC=AATAAAAGATGTATATATATA;SOR=3.258;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=8;WE=113113175;WS=113113157;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:4
chr1	113113194	rs60579835	C	T	458.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=564;ReadPosRankSum=-2.461;SC=TATATATATACACACACACAT;SOR=0.631;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=31;WE=113113202;WS=113113184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr1	113140583	rs12049572	T	C	4030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=46;PP=2091;ReadPosRankSum=-0.307;SC=TGAACAGATATGATACATACC;SOR=0.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=92;TCR=46;TR=137;WE=113140591;WS=113140573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,155:0.99:156
chr1	113196195	rs373952262	TTA	T	55.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=1.428;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,15:0.25:59
chr1	113196196	rs66520135	TA	T	374.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.547;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr1	113202571	rs12120956	G	A	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=20;PP=556;SC=GAGCTATTCTGAGTTGATAAA;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=113202579;WS=113202561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	113231503	rs12129649	G	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=213;ReadPosRankSum=-1.561;SC=CCGCCGCCCTGCCTCCCTCGA;SOR=0.420;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=16;WE=113231511;WS=113231493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr1	113236681	rs3748656	C	T	7348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=155;NR=102;PP=2965;SC=TGCTACGGGGCGACCACCTGT;SOR=1.102;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=156;TCR=102;TR=257;WE=113236689;WS=113236671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr1	113237171	rs883593	A	G	5972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=117;NR=88;PP=2965;SC=TGGAGCTGACAGGGCGCTGGC;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=117;TCR=88;TR=205;WE=113237179;WS=113237161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	113238665	rs71584764	T	TA	863.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=7;PP=658;SC=CCGTCTCAATTAAAAAAAATA;SOR=2.303;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=27;WE=113238673;WS=113238655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	113239382	rs17030651	G	A	9485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=171;NR=178;PP=2965;SC=CACTGCTGGAGCGGCTGCTCA;SOR=0.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=350;TCF=172;TCR=178;TR=349;WE=113239390;WS=113239372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr1	113239478	rs2999158	T	C	3127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.679;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=78;PP=1614;ReadPosRankSum=1.186;SC=GGTATTCCCATGCCCTTGCCT;SOR=0.513;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=198;TCF=85;TCR=113;TR=140;WE=113239486;WS=113239468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,147:0.70:209
chr1	113240790	rs12133583	G	T	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=51;PP=1764;SC=CCCACTGAAGGTGCAGCCCCT;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=71;WE=113240798;WS=113240780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	113241052	rs2306940	T	C	7397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=133;PP=2965;SC=AGGGCAAAGCTCGCCTGAGCC;SOR=0.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=119;TCR=133;TR=252;WE=113241060;WS=113241042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr1	113243048	rs6679	C	T	6651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.04;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	113244433	rs2279500	T	C	4197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=100;PP=2965;SC=AATGCCTCCTTCTCCAGCCCT;SOR=1.517;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=52;TCR=100;TR=152;WE=113244441;WS=113244423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	113246506	rs2306937	C	T	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=25;PP=714;SC=CCCAAACCTCCCTGGAAACCG;SOR=2.517;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=113246514;WS=113246496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	113254125	rs12040903	G	A	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.868;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=745;ReadPosRankSum=-0.372;SC=TGTGCCACACGTTATTCTAAT;SOR=0.187;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=44;WE=113254133;WS=113254115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,48:0.73:66
chr1	113254467	rs113390824	A	G	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	113254484	rs4839258	A	G	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=236;SC=TTCCCAGTAAAGTGCTTTCTG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=113254492;WS=113254474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	113255389	rs10857971	C	T	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=570;SC=GCATTCTCAACGGCCCCCACT;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=113255397;WS=113255379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	113255456	rs34611728	C	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,18:0.21:86
chr1	113264930	rs35995150	C	G	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.454;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=570;ReadPosRankSum=-0.142;SC=GGCTGTGGACCCACCTGACCT;SOR=0.832;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=124;TCF=56;TCR=68;TR=44;WE=113264938;WS=113264920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,44:0.32:139
chr1	113460676	rs199817200	CAATAAATA	C,CAATA	447.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.47;QD=37.31;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,4,8:0.33,0.67:12
chr1	113616382	rs56062000	G	GA	668.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.558;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.710;NF=0;NR=17;PP=615;ReadPosRankSum=2.222;SC=CCTAAGCTCTGAAGGAAACTG;SOR=1.236;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=17;WE=113616390;WS=113616372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr1	113636924	rs1216802	T	C	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=8;PP=1225;SC=TTTATTTTACTAAATTTTTTC;SOR=2.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=56;WE=113636932;WS=113636914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	113657018	.	A	AT	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=1.008;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,29:0.22:133
chr1	113657092	rs1216793	A	C	7906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=167;NR=115;PP=2965;SC=AGACAGTAACACGAGGTGAAA;SOR=1.029;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=285;TCF=170;TCR=115;TR=282;WE=113657100;WS=113657082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	113658887	rs1216791	G	A	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=13;PP=1159;SC=ACCTTTGAGAGTTAAAAATGT;SOR=1.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=62;WE=113658895;WS=113658877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	113659065	rs10541977	ACT	A	12037.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=127;PP=2965;SC=GACGGTAATGACTCTGTTGTT;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=24;TCR=130;TR=150;WE=113659074;WS=113659055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr1	113662249	rs12568813	G	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=119;ReadPosRankSum=-0.432;SC=GCAAGCAGATGGGTATATAGG;SOR=0.481;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=11;WE=113662257;WS=113662239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr1	113666351	rs1728222	G	T	447.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.39;ReadPosRankSum=-0.855;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,18:0.90:20
chr1	113666353	rs1728223	G	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=1.696;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr1	113933570	rs12568854	G	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.24;ReadPosRankSum=0.399;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr1	114214593	.	A	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=45;ReadPosRankSum=2.092;SC=CAAAATGACAACTCTTGCCTG;SOR=0.446;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=7;WE=114214601;WS=114214583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr1	114224782	rs11438160	A	AT	1607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=1.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.968;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,139:0.45:312
chr1	114242122	rs3752954	T	C	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.66;ReadPosRankSum=1.490;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr1	114301335	rs61817589	C	T	6910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=111;PP=2965;SC=TCTGTGTCTCCAGCCAGAGAA;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=131;TCR=111;TR=242;WE=114301343;WS=114301325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr1	114424601	rs1217381	C	T	4185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=77;PP=2588;SC=TCCACAGTGTCCTGGAGTATA;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=64;TCR=77;TR=141;WE=114424609;WS=114424591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	114429461	rs2358994	G	A	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=13;PP=303;SC=AACCTCTTTCGCTTTAGGTGT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=114429469;WS=114429451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	114443035	rs3789613	C	G	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=57;PP=1628;SC=ATCCAAAAAACAAAACAAAAG;SOR=2.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=15;TCR=57;TR=72;WE=114443043;WS=114443025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	114447034	rs6661817	G	C	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=518;SC=TGATATGGAGGAAACTACCCA;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=114447042;WS=114447030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	114448389	rs11552449	C	T	15508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=243;NR=314;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.195;SC=CTTGCATCGTCACCTACAGGT;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=560;TCF=245;TCR=315;TR=557;WE=114448397;WS=114448379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,592:1.00:594
chr1	114449662	rs3761936	T	C	10776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=223;NR=153;PP=2965;SC=GTGAGAGCCATGTATTACCCC;SOR=0.965;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=377;TCF=223;TCR=154;TR=376;WE=114449670;WS=114449652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr1	114449826	.	GTTTTTT	G	3269.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=30.85;SOR=3.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	114449835	.	T	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.692;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=5.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=1.147;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr1	114449836	.	T	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=5.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.400;SOR=0.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr1	114472218	rs1217441	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,20:0.22:90
chr1	114495348	.	G	GT	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.588;QD=1.56;ReadPosRankSum=0.290;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,37:0.23:161
chr1	114504860	rs41302825	G	A	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=391;ReadPosRankSum=-1.460;SC=TTTGAACAGAGAAGCTGAAAA;SOR=0.906;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=112;TCF=79;TCR=33;TR=30;WE=114504868;WS=114504850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,34:0.28:121
chr1	114505000	rs17852555	G	A	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=1.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=-2.610;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,97:0.28:341
chr1	114512939	rs3811018	A	T	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=550;ReadPosRankSum=-0.147;SC=TCTTAAAGAGACCTTAATTCA;SOR=0.663;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=24;TCR=69;TR=37;WE=114512947;WS=114512929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,37:0.40:93
chr1	114634485	rs1053135	T	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=-0.853;SC=GTGTCTCAGCTTTGACCTACA;SOR=0.569;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=7;WE=114634493;WS=114634475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr1	114641685	rs2774285	A	G	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.446;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,26:0.24:109
chr1	114682632	rs72690087	G	T	3881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=98;PP=2418;ReadPosRankSum=-0.418;SC=AGACAGAGGCGGGGAGAAGCG;SOR=0.656;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=226;TCF=85;TCR=141;TR=158;WE=114682640;WS=114682622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,167:0.70:238
chr1	114940632	rs5777192	CA	C	1450.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.453;HP=12;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.885;NF=2;NR=61;PP=651;ReadPosRankSum=0.015;SC=ATACCAGAGTCAAAAAAAAAA;SOR=0.454;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=80;TCF=2;TCR=78;TR=63;WE=114940643;WS=114940621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,89:0.90:99
chr1	114948281	rs6537825	A	G	12500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=206;NR=224;PP=2965;SC=TGCAGGTTCAATTTTCACATG;SOR=0.905;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=432;TCF=206;TCR=226;TR=430;WE=114948289;WS=114948271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,465:1.00:465
chr1	115006230	.	T	TA	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=-1.797;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr1	115128087	rs222493	A	G	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=237;SC=ATCCTCCTCTAACAGCCTGAC;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=115128095;WS=115128077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	115144703	rs28398	A	G	15449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,591:1.00:591
chr1	115165472	rs222502	T	A	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=5;PP=268;SC=AAACAAAAATTAAAAAAACTA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=115165480;WS=115165462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	115166350	rs148413143	ATTGT	A	1089.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=18;PP=876;SC=TATTTGTTTGATTGTTTGTTT;SOR=3.014;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=18;WE=115166361;WS=115166340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	115168097	rs12136548	T	C	5764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=96;PP=2965;SC=TTCTGAAGAGTCACAATGTTC;SOR=0.873;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=188;TCF=92;TCR=96;TR=187;WE=115168105;WS=115168087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	115222434	rs761755	G	A	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=24;PP=632;SC=GGAAATAATTGTTGGAACAAA;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=115222442;WS=115222424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	115238016	rs68036474	CA	C	392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.705;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr1	115256669	rs969273	G	A	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=34;PP=1028;SC=CACAGGGAATGCAATGCTATT;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=42;WE=115256677;WS=115256659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	115276978	.	G	GA	765.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=3.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=1.323;SOR=1.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,64:0.37:175
chr1	115398044	rs60659641	GC	G	1352.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=13;PP=735;SC=TTCCCCTCCCGCCCCCCCGGG;SOR=1.280;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=27;WE=115398052;WS=115398034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	115401136	rs360615	G	A	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=231;SC=TAGAATTTTGGACAATTAATT;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=115401144;WS=115401126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	115417175	rs61730057	A	G	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.59;ReadPosRankSum=-2.258;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,52:0.72:72
chr1	115430428	rs1146156	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=187;ReadPosRankSum=-1.729;SC=AGTAGAGATTGCTTGATAATA;SOR=1.473;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=13;WE=115430436;WS=115430418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr1	115438047	rs150956388	A	AT	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.372;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,28:0.33:86
chr1	115452848	rs12117860	G	A	158.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=58;ReadPosRankSum=-0.140;SC=TGAATTGTCTGTCATCATGTT;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=7;WE=115452856;WS=115452838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr1	115576023	rs10776792	A	G	5220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=1.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.62;ReadPosRankSum=1.169;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,239:0.67:357
chr1	115601615	rs7523818	A	G	3320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQ=60.05;MQRankSum=0.602;NF=61;NR=76;PP=1939;ReadPosRankSum=-0.958;SC=GAAGAAATACAAGGAAAAATG;SOR=0.631;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=191;TCF=82;TCR=109;TR=137;WE=115601623;WS=115601605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,152:0.74:205
chr1	115631924	rs4240540	C	T	1915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=63;PP=1937;ReadPosRankSum=2.304;SC=TCGGGGACCCCGGCCCCGCGC;SOR=0.510;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=191;TCF=101;TCR=90;TR=136;WE=115631932;WS=115631914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,91:0.71:128
chr1	115829313	rs6330	G	A	3565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.034;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=63;PP=1985;ReadPosRankSum=0.053;SC=AGTCCAGTGGGCTTGGGGGAT;SOR=0.711;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=221;TCF=122;TCR=99;TR=147;WE=115829321;WS=115829303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,164:0.67:244
chr1	116206423	rs4839469	G	A	3362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=90;PP=1977;ReadPosRankSum=0.824;SC=CCTCACCGTCGCCTCTTTTCT;SOR=0.743;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=520;TCF=265;TCR=255;TR=174;WE=116206431;WS=116206413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,188:0.35:539
chr1	116224925	rs10923176	G	A	4330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=39;PP=2727;SC=AGGATTTTTCGTTTAGGACCT;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=102;TCR=40;TR=141;WE=116224933;WS=116224915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	116224940	rs10754330	C	A	5585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=128;NR=63;PP=2965;SC=GGACCTGCTTCTTCAGTGAAA;SOR=1.541;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=128;TCR=64;TR=191;WE=116224948;WS=116224930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	116225180	rs10923177	A	C	5355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=125;PP=2965;SC=ACTATTTAAGATTCATGGTAC;SOR=2.033;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=48;TCR=125;TR=173;WE=116225188;WS=116225170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	116228220	rs12145661	C	T	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=92;PP=2639;SC=TGAATTATAGCGTGTTACTAG;SOR=2.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=35;TCR=92;TR=127;WE=116228228;WS=116228210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	116243877	rs7413162	G	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.709;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,31:0.23:133
chr1	116245809	rs6667224	C	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.235;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=430;ReadPosRankSum=-0.493;SC=AAAGATGACACAGCATAAATT;SOR=1.048;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=30;WE=116245817;WS=116245799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
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chr1	116260532	rs2997741	A	T	3992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.888;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=87;PP=2299;ReadPosRankSum=1.929;SC=GAGAAAAGTAACAAAAGTTAC;SOR=0.896;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=242;TCF=117;TCR=125;TR=163;WE=116260540;WS=116260522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,181:0.67:269
chr1	116260604	rs2997742	G	A	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.577;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=825;ReadPosRankSum=1.993;SC=GCTGGAATGGGAATAGGAGAG;SOR=1.017;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=55;WE=116260612;WS=116260594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,63:0.58:109
chr1	116268178	.	GAA	G	415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.776;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.464;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr1	116283343	rs9428083	A	G	5719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=116;NR=71;PP=2965;SC=GTGTATAAATACTTACATCCA;SOR=1.050;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=116;TCR=72;TR=187;WE=116283351;WS=116283333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr1	116283526	rs7538337	G	A	3512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=77;PP=2251;SC=AGGTCTGGCTGAGGGTTTCTG;SOR=1.523;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=122;TCF=45;TCR=77;TR=120;WE=116283534;WS=116283516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	116287634	rs10801969	A	G	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=38;PP=932;ReadPosRankSum=-0.207;SC=GGTTTCCTCTATACTTGCTGT;SOR=0.569;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=85;TCF=24;TCR=61;TR=54;WE=116287642;WS=116287624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,58:0.65:89
chr1	116287651	rs10801970	G	A	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=762;ReadPosRankSum=0.133;SC=CTGTTACTATGTGACCAAGTT;SOR=0.599;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=17;TCR=53;TR=44;WE=116287659;WS=116287641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,48:0.64:75
chr1	116287682	rs9428211	T	C	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.590;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=246;ReadPosRankSum=1.134;SC=AAAGGAAATGTATTCTTGTCC;SOR=1.185;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=14;WE=116287690;WS=116287672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr1	116310818	rs4484922	G	C	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=5;PP=880;ReadPosRankSum=-0.264;SC=ATAAAGCAGAGTTCAGTATAT;SOR=1.078;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=53;TCR=7;TR=45;WE=116310826;WS=116310808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,43:0.74:58
chr1	116310967	rs4074536	T	C	7387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.055;SC=TGTTTTTGCGTGACCTTATCT;SOR=0.578;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=474;TCF=257;TCR=217;TR=319;WE=116310975;WS=116310957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,343:0.67:513
chr1	116311198	rs4074537	T	C	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=53;PP=1268;SC=CCAAATATGCTGTGTGCAGAA;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=72;WE=116311206;WS=116311188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	116534952	rs10923941	GC	TT	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.078;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=1364;ReadPosRankSum=0.609;SC=TTAAATATCAGCCACATTTTC;SOR=0.229;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=34;WE=116534961;WS=116534942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
chr1	116569530	rs2488429	G	C	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=15;PP=896;SC=TTGGCGGCCTGTTCTTTGCAG;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=51;WE=116569538;WS=116569520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	116577981	rs1935828	G	A	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=42;PP=1076;SC=GAAGTGCACCGTAGAGAATGC;SOR=3.139;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=49;WE=116577989;WS=116577971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	116607254	rs1281748	G	T	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=43;PP=1222;SC=GTGAACCTTGGCCCTTTTAGA;SOR=4.174;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=48;WE=116607262;WS=116607244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	116609126	rs3833541	TC	T	6610.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.875;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.424;NF=39;NR=83;PP=2963;ReadPosRankSum=0.596;SC=TTCATTCCACTCCCCGCCTCT;SOR=0.749;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=190;TCF=57;TCR=133;TR=122;WE=116609134;WS=116609116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,224:0.67:336
chr1	116655492	rs1146356	A	G	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=258;ReadPosRankSum=0.242;SC=AGACATGCTGAGTATAGAATA;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=17;WE=116655500;WS=116655482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,19:0.29:66
chr1	116663724	rs41275550	C	T	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=0.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=-1.316;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,91:0.27:331
chr1	116666569	rs960675	T	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=0.761;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,15:0.22:69
chr1	116670774	rs10754431	A	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=-1.181;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,37:0.30:122
chr1	116670990	rs113454074	AG	A	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.315;NF=0;NR=5;PP=105;ReadPosRankSum=0.049;SC=GAGAAGACCCAGGGGCAGCTT;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=5;WE=116670998;WS=116670980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	116675623	rs76861838	T	C	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=405;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TGTGAATTCATGGTAGATCCA;SOR=0.765;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=130;TCF=96;TCR=34;TR=39;WE=116675631;WS=116675613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,46:0.33:139
chr1	116675909	rs74884121	A	G	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=-1.679;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,89:0.28:316
chr1	116676035	rs10802159	A	C	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=275;ReadPosRankSum=-0.516;SC=CTGGCTTAACATTGTTCTTTG;SOR=0.304;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=20;WE=116676043;WS=116676025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr1	117041471	rs17576615	A	G	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=640;ReadPosRankSum=-2.695;SC=CGTGGAATATATCTCCTGTTC;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=69;TCR=69;TR=58;WE=117041479;WS=117041461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,63:0.41:153
chr1	117122130	rs6703791	T	C	6511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.888;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.687;SC=GCCTGTATCTTGGGGGCTTGC;SOR=0.604;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=403;TCF=210;TCR=193;TR=269;WE=117122138;WS=117122120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,298:0.68:437
chr1	117122285	.	G	GTCC	823.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.506;ClippingRankSum=0.000;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=27.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.12;MQRankSum=4.662;QD=3.45;ReadPosRankSum=3.420;SOR=3.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,37:0.15:239
chr1	117122288	rs647711	G	C	2509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=28.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.13;MQRankSum=4.362;QD=8.74;ReadPosRankSum=3.531;SOR=3.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,84:0.29:287
chr1	117142531	rs631461	G	A	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=17;PP=1466;SC=CAGGCAGCATGGGCACATAGC;SOR=2.271;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=58;TCR=17;TR=75;WE=117142539;WS=117142521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	117236913	rs532777	T	C	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=0.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.33;ReadPosRankSum=-1.113;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,118:0.32:365
chr1	117236970	rs614477	G	C	5236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=119;PP=2965;SC=GGACAGTGCTGCTGCCATGTG;SOR=1.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=56;TCR=119;TR=175;WE=117236978;WS=117236960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	117487270	rs56209138	G	A	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=10;NR=2;PP=168;SC=CGGTGTGGACGGGCTACTGAC;SOR=1.493;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=117487278;WS=117487260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	117487710	rs10159095	AT	GA	9651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=115;PP=2947;SC=TGATCCAGCCATCAGGTGAGC;SOR=1.308;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=187;TCF=71;TCR=116;TR=182;WE=117487719;WS=117487700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr1	117509981	rs12410651	G	A	2838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.57;ReadPosRankSum=0.395;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,74:0.67:111
chr1	117509987	rs12403233	C	T	2712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.60;ReadPosRankSum=1.175;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,68:0.67:102
chr1	117510061	rs12403245	C	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.537;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=335;ReadPosRankSum=-0.628;SC=AATTCATATGCCATACAATGT;SOR=1.931;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=18;WE=117510069;WS=117510051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr1	117527628	rs17579863	T	C	3125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=2.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.90;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,134:0.72:185
chr1	117529458	rs10801922	G	A	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=0.075;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,118:0.29:404
chr1	117555898	rs2764849	G	A	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=5;PP=742;SC=TTTACCTACCGCTATAGAATT;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=117555906;WS=117555894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	117559726	rs2249265	A	G	5842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=122;NR=83;PP=2965;SC=AAGTGTGGTCATGTCTACCAA;SOR=0.932;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=123;TCR=83;TR=205;WE=117559734;WS=117559716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr1	117560036	rs17235766	G	A	2944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.400;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=70;PP=1984;ReadPosRankSum=2.416;SC=GAGAAGTCTCGGAACCAGGCC;SOR=1.085;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=167;TCF=74;TCR=93;TR=116;WE=117560044;WS=117560026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,126:0.65:195
chr1	117560818	rs3736908	A	G	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=1.101;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,34:0.25:137
chr1	117560929	rs3736907	C	A	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=1.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=-1.803;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,127:0.29:433
chr1	117602960	rs2244501	C	A	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.907;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.33;ReadPosRankSum=2.084;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,134:0.99:136
chr1	117603188	rs2244406	G	T	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=49;PP=1387;SC=GAGTAGGTCTGGAGCTGGGCC;SOR=2.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=66;WE=117603196;WS=117603178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	117617705	rs998532	A	G	11142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=195;NR=174;PP=2965;SC=CGATCAAAAGAAAGAACAGAA;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=369;TCF=195;TCR=174;TR=369;WE=117617713;WS=117617695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr1	117618067	rs1289673	C	T	6649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=26.08;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr1	117618722	rs1289672	T	C	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=5;PP=581;SC=AGAGTTTGGGTGTTTCAGGCT;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=117618730;WS=117618712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	117622286	rs2801939	A	G	10328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=159;NR=201;PP=2965;SC=GTGTGGTATTATAAGAGTCAG;SOR=1.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=361;TCF=159;TCR=202;TR=360;WE=117622294;WS=117622276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr1	117628869	rs3831091	ATG	A	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr1	117631391	rs1555792	T	C	7260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr1	117644058	rs41276572	A	G	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.348;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=34;PP=818;ReadPosRankSum=-0.824;SC=GAAAAAAAGAAAGATTTGGCC;SOR=0.548;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=233;TCF=135;TCR=98;TR=75;WE=117644066;WS=117644048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,75:0.30:252
chr1	117658075	rs79788159	T	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=133;ReadPosRankSum=0.071;SC=GTTTCTAAAGTGAAGAAGAAG;SOR=0.752;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=11;WE=117658083;WS=117658065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr1	117660608	rs1289655	C	T	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=8;PP=1051;SC=TCACACACCACCTCCCTGTCC;SOR=2.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=51;WE=117660616;WS=117660598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	117663913	rs3795655	C	T	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=19;PP=583;SC=AAGAGAAAGTCTCCAGAACTT;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=117663921;WS=117663903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	117690272	rs10754339	G	A	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=17;PP=942;SC=TTTTGTGGCCGAGGCACATTA;SOR=1.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=117690280;WS=117690262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	117696083	rs57126217	AT	A	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	117715026	rs6657810	C	T	2486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.74;ReadPosRankSum=-0.788;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,112:0.71:158
chr1	117715987	rs140251705	A	AAC	400.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=567;ReadPosRankSum=0.329;SC=GACACAGATGAACACACACAC;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=18;WE=117716000;WS=117715977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr1	117957288	rs1289948	A	G	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=5;PP=1094;SC=GAGAACAGGAACCTAAAGGGA;SOR=3.300;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=47;WE=117957296;WS=117957278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	117984776	rs2306444	A	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=250;ReadPosRankSum=-0.063;SC=TGTGCTATGTATACTATGAGA;SOR=2.910;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=13;WE=117984784;WS=117984766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr1	118053126	rs41506254	T	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,32:0.32:99
chr1	118065654	rs41312694	G	A	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=927;ReadPosRankSum=-2.002;SC=TTGAAGGGGCGGCTTTTGAAA;SOR=0.676;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=60;WE=118065662;WS=118065644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,66:0.68:97
chr1	118165691	rs1630312	C	T	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.013;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=52;PP=1215;ReadPosRankSum=-0.550;SC=TCAAAGTGCACGACGTCCGGC;SOR=0.930;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=285;TCF=143;TCR=142;TR=96;WE=118165699;WS=118165681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,101:0.33:309
chr1	118320644	rs1780028	A	G	176.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=6;NR=3;PP=123;SC=ATTCCCTAGCAAATTTGTTTC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=118320652;WS=118320634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	118320859	rs1775749	T	A	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=18;PP=995;SC=CATAGTTCTGTTTAGCTTGAG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=51;WE=118320867;WS=118320849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	118321119	rs114485606	T	C	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=54;PP=1718;SC=TACCTCTCTCTACCACCCATC;SOR=1.248;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=87;WE=118321127;WS=118321109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	118424269	rs10923444	C	T	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=2;PP=186;SC=CCCACAAAGGCGCTGGAGTCA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=118424277;WS=118424259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	118429438	rs3054231	G	GACA	1850.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=39;PP=2037;SC=CTACTCTGCAGACAACACCTA;SOR=6.138;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=40;WE=118429446;WS=118429428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	118484265	rs10733098	G	A	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	118492587	rs41276602	T	G	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=1.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.388;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,89:0.27:326
chr1	118501390	rs5777329	C	CT	381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.173;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr1	118514723	.	TA	T	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.767;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=7.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,19:0.21:91
chr1	118526592	rs4347199	G	A	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=344;SC=TTCAACTGTCGCAAATATGTT;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=118526600;WS=118526582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	118565953	rs10923472	G	A	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=456;ReadPosRankSum=-2.240;SC=AATCTCAGATGGTATCGTTTC;SOR=0.742;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=136;TCF=87;TCR=49;TR=43;WE=118565961;WS=118565943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,49:0.31:156
chr1	118583408	rs10923477	G	A	2165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=-1.108;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,121:0.39:308
chr1	118617274	rs1935993	C	T	3764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=702;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=103;PP=2397;ReadPosRankSum=1.222;SC=TTGTTCTTGCCCTGCTGGTTA;SOR=0.587;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=648;TCF=317;TCR=331;TR=206;WE=118617282;WS=118617264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:475,223:0.32:698
chr1	118623681	rs56768861	TACACAC	T	503.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=372;ReadPosRankSum=-1.109;SC=AATAGTGTCTTACACACACAC;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=13;WE=118623694;WS=118623671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
chr1	118644430	rs10754367	A	G	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=465;ReadPosRankSum=1.272;SC=TCACTGGTGCATTTGCCTCAG;SOR=0.622;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=93;TCR=64;TR=48;WE=118644438;WS=118644420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,48:0.29:166
chr1	118644524	rs17185492	T	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,43:0.21:209
chr1	119427454	rs12569041	G	A	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.782;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=828;ReadPosRankSum=-0.665;SC=TGGGTGAAGGGCTAATCATGT;SOR=0.551;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=188;TCF=111;TCR=77;TR=69;WE=119427462;WS=119427444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,74:0.36:208
chr1	119469188	rs10494217	G	T	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=49;PP=1049;ReadPosRankSum=-1.736;SC=TACTGCTGATGTGGATCTAGG;SOR=0.757;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=289;TCF=145;TCR=144;TR=96;WE=119469196;WS=119469178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,112:0.35:320
chr1	119584949	rs33960696	G	A	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.807;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=862;ReadPosRankSum=-1.974;SC=CCGTGCCATCGTGCTTCTGCT;SOR=1.162;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=58;WE=119584957;WS=119584939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,65:0.60:109
chr1	119683063	rs3934789	G	A	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.77;ReadPosRankSum=1.860;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,47:0.66:71
chr1	119683390	rs12096448	G	A	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.778;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=33;PP=788;ReadPosRankSum=0.336;SC=AGCCGCTATCGGGCGGACTGC;SOR=1.364;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=43;WE=119683398;WS=119683380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,47:0.69:68
chr1	119923531	rs2224995	A	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.457;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,21:0.24:86
chr1	119923724	rs2275607	T	C	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=7.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.909;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,80:0.29:280
chr1	119925403	rs1341007	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.220;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=56;ReadPosRankSum=0.026;SC=TCTCAGCCAACTGAACCCACC;SOR=0.184;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=9;WE=119925411;WS=119925394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr1	119925464	rs2298027	G	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.841;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=564;ReadPosRankSum=0.139;SC=GAATCAGGGGGGTCCACCCCA;SOR=1.058;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=107;TCF=77;TCR=30;TR=37;WE=119925472;WS=119925454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,38:0.34:112
chr1	119927680	rs6667679	A	G	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=59;PP=1198;ReadPosRankSum=0.112;SC=TAAAAAGGTAAGAAAGATACC;SOR=0.770;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=348;TCF=154;TCR=194;TR=102;WE=119927688;WS=119927670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,109:0.30:366
chr1	119935507	rs10802092	A	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=57;ReadPosRankSum=-2.040;SC=AAGATCATTGACAGCTCTGGG;SOR=0.859;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=7;WE=119935515;WS=119935497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr1	119936263	rs3765949	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=304;ReadPosRankSum=0.093;SC=ACAGAATTACGTTATTCATTC;SOR=0.516;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=100;TCF=70;TCR=30;TR=31;WE=119936271;WS=119936253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,33:0.30:111
chr1	120057246	rs1047303	C	A	3860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=105;PP=2867;SC=CACAAGGAGACCCTGAAGTCC;SOR=3.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=18;TCR=105;TR=123;WE=120057254;WS=120057236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	120165826	rs12076924	C	T	11538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=775;ExcessHet=3.0103;FS=1.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.04;ReadPosRankSum=-1.929;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,540:0.70:767
chr1	120166681	rs12067843	G	A	7449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.44;ReadPosRankSum=-0.828;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,345:0.67:516
chr1	120263643	rs550174	T	C	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.997;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=13;PP=1090;ReadPosRankSum=0.439;SC=CTAGTGAGTATACCAAAGATA;SOR=1.015;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=95;TCF=76;TCR=19;TR=62;WE=120263651;WS=120263633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,66:0.62:107
chr1	120285546	rs543703	G	A	5865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=119;NR=79;PP=2965;SC=AAGGCACTACGCCTGTACTGC;SOR=0.969;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=120;TCR=79;TR=198;WE=120285554;WS=120285536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr1	120286457	rs2236399	G	T	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=8;PP=746;SC=CCAATCCCTCGCTCCTTTTTC;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=120286465;WS=120286447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	120293367	rs667246	T	C	5904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	120336785	rs1052972	C	T	8400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr1	120378678	rs3009182	C	T	5332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=100;NR=84;PP=2965;SC=TGGCTACATCCTGAGCAGAGC;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=100;TCR=84;TR=184;WE=120378686;WS=120378668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	120380008	rs3009184	T	A	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=31;PP=879;SC=GAAGAGCAGGTCATATTATGC;SOR=1.107;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=55;WE=120380016;WS=120379998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	120381686	rs5777416	G	GT,GTGTGAGTCA	1433.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=2900;SC=GTGATTATATGGAGCACCTAG;SOR=3.407;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=19;WE=120381695;WS=120381682;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:30
chr1	120381687	.	G	C	504	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=59.87;NF=19;NR=3;PP=504;QD=24.4896005703;SC=TGATTATATGGAGCACCTAGC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=22;WE=120381695;WS=120381682;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,22:0.76:29
chr1	120381687	rs34302627	G	GTGAGTCAC	1433.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;QD=47.79;SOR=3.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	120384205	rs2994820	A	G	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=38;PP=1132;SC=CCTGAGAGTGAACCAGGACTT;SOR=3.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=46;WE=120384213;WS=120384195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	120387120	rs12405228	G	A	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=27;PP=783;SC=TGGCAGAAGAGGTGGAGCCAG;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=120387128;WS=120387110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	120437718	rs2793823	G	A	5347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1049;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.706;SC=TGGAACCACAGTCACATTCCT;SOR=0.712;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=990;TCF=508;TCR=482;TR=306;WE=120437726;WS=120437708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:728,318:0.30:1046
chr1	120437884	rs2641348	A	G	3774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=776;ExcessHet=3.0103;FS=0.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.014;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:554,219:0.28:773
chr1	120458004	rs6685892	A	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=283;ReadPosRankSum=-1.046;SC=CTCCTCCAGCACCCCCAGGGG;SOR=0.497;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=91;TCF=65;TCR=26;TR=25;WE=120458012;WS=120457994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,26:0.25:103
chr1	120459433	rs41277624	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=198;ReadPosRankSum=-1.182;SC=TTATCTCCCCGATGAAATATT;SOR=0.582;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=15;WE=120459441;WS=120459423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr1	120461253	rs2793829	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=11.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=1.496;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,15:0.19:81
chr1	120463044	rs41306195	C	T	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=34;PP=1018;ReadPosRankSum=-0.827;SC=ACAATGCTCCCTATCAATCTG;SOR=0.899;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=97;TCF=47;TCR=50;TR=62;WE=120463052;WS=120463034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,67:0.61:110
chr1	120464165	rs835573	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr1	120471857	rs2493392	C	T	2294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=74;PP=1440;ReadPosRankSum=-0.115;SC=AGAAGAGGTACAGAATTATGA;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=385;TCF=169;TCR=216;TR=130;WE=120471865;WS=120471847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,133:0.32:411
chr1	120477998	rs2453056	C	A	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=523;ReadPosRankSum=-0.775;SC=AGCTAGTCTTCCTATCTTTAA;SOR=0.567;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=118;TCF=82;TCR=36;TR=44;WE=120478006;WS=120477988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,47:0.37:127
chr1	120478285	rs5025718	T	C	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.136;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=58;PP=1175;ReadPosRankSum=0.251;SC=AAACAGACCATGAGAGCTAGT;SOR=0.538;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=152;TCF=64;TCR=88;TR=104;WE=120478293;WS=120478275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,121:0.70:172
chr1	120480394	rs2453057	T	C	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=5;PP=756;SC=TCCCTCTTATTCCACAAAAAA;SOR=2.985;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=31;WE=120480402;WS=120480391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	120480709	rs2453058	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=230;ReadPosRankSum=0.524;SC=TATTGTGTTACAAGAAATCAA;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=23;WE=120480717;WS=120480699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,24:0.25:95
chr1	120484421	rs2493420	G	A	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=371;ReadPosRankSum=1.479;SC=AGTAGCATCAGTTTAATCTTA;SOR=0.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=49;TCR=68;TR=40;WE=120484429;WS=120484411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,45:0.34:134
chr1	120496119	rs7534585	A	T	2192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.053;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,69:0.25:281
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chr1	120506108	rs2934381	G	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=290;ReadPosRankSum=0.803;SC=TTAGGTATCTGAGCATATGCC;SOR=0.672;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=23;WE=120506116;WS=120506098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr1	120512104	rs2493409	T	C	3171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=15;PP=2184;SC=GCCCCTTCCCTGTTTCTAGAT;SOR=3.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=79;TCR=15;TR=94;WE=120512112;WS=120512094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	120529750	rs2453040	A	C	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.52;ReadPosRankSum=3.470;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr1	120539304	rs199668763	T	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=795;ExcessHet=3.0103;FS=0.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-0.606;QD=0.44;ReadPosRankSum=-1.262;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:691,102:0.13:793
chr1	120539331	rs2124109	C	T	7927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=916;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-3.854;NF=213;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=2.123;SC=CTTGCCTGTCCCTTTCCCAGA;SOR=0.659;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=885;TCF=445;TCR=440;TR=402;WE=120539339;WS=120539321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:508,405:0.44:913
chr1	120572547	rs141882865	T	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.48;ReadPosRankSum=1.314;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
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chr1	120611496	rs138685616	C	A	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=8.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.58;MQRankSum=-7.563;QD=4.80;ReadPosRankSum=-6.512;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,38:0.18:207
chr1	120611498	rs2489097	G	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=7.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.32;MQRankSum=-6.065;QD=1.89;ReadPosRankSum=-6.170;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,33:0.16:208
chr1	120611554	rs75248693	TT	CG	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.65;MQRankSum=-5.766;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,68:0.17:395
chr1	120611715	rs2794167	A	G	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.176;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.038;NF=47;NR=76;PP=1875;ReadPosRankSum=0.213;SC=GGAGGCGTGTAAGGGGTCCCG;SOR=0.397;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=282;TCF=109;TCR=173;TR=123;WE=120611723;WS=120611705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,96:0.37:259
chr1	120611758	rs61790276	G	A	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.279;NF=22;NR=41;PP=927;ReadPosRankSum=2.126;SC=GGGGAACCCCGGCGGTTGGCG;SOR=0.619;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=57;TCR=108;TR=63;WE=120611766;WS=120611748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,63:0.38:168
chr1	120611830	rs61790277	G	A	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.789;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.220;NF=25;NR=25;PP=810;ReadPosRankSum=-1.934;SC=GAGTGGCCTCGCTCCGCGCCG;SOR=0.389;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=50;WE=120611838;WS=120611820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,55:0.55:100
chr1	120611876	rs11801062	C	T	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-6.020;NF=38;NR=17;PP=909;ReadPosRankSum=0.791;SC=AGAGAAGGACCGAGGGGGAGA;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=92;TCF=59;TCR=33;TR=55;WE=120611884;WS=120611866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,59:0.58:102
chr1	120611964	rs11810554	G	C	2610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQRankSum=-3.077;QD=13.89;ReadPosRankSum=-1.424;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,116:0.62:188
chr1	120612006	rs4021006	G	A	2998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.034;HP=3;HapScore=2;MGOF=99;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.358;NF=47;NR=44;PP=1044;ReadPosRankSum=-1.470;SC=GCAGAGCGGGGCGCAGGGCGG;SOR=0.772;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=181;TCF=95;TCR=86;TR=91;WE=120612014;WS=120611992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,141:0.61:230
chr1	120612040	.	T	TCCTCCGCCG	3506.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-9.283;NF=14;NR=50;PP=2985;ReadPosRankSum=1.672;SC=CGCCTCCTCCTCCGCCGCCGC;SOR=0.708;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=113;TCF=19;TCR=94;TR=64;WE=120612050;WS=120612030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,90:0.48:189
chr1	120612154	rs56375229	C	G	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=4.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.93;MQRankSum=-0.573;QD=4.43;ReadPosRankSum=1.941;SOR=0.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,15:0.17:87
chr1	120612163	rs55899574	C	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=4.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQRankSum=-0.880;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.419;SOR=0.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,15:0.17:86
chr1	120612168	rs11801102	C	T	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQRankSum=-4.093;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.785;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,32:0.42:77
chr1	120612265	rs375584849	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.88;MQRankSum=-3.115;QD=3.32;ReadPosRankSum=-3.030;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr1	120612269	.	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.88;MQRankSum=-3.115;QD=3.32;ReadPosRankSum=-3.100;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr1	120612297	rs138452656	C	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.16;MQRankSum=1.478;QD=5.55;ReadPosRankSum=-1.389;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	121115761	rs150166046	T	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=4.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.18;MQRankSum=0.275;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.748;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr1	121115786	rs199825051	C	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=10.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.57;MQRankSum=-1.548;QD=3.61;ReadPosRankSum=1.640;SOR=2.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,23:0.27:86
chr1	121115958	rs200236715	T	C	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.64;QD=26.07;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	121116121	rs201302047	T	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.85;MQRankSum=-2.368;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.555;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	121116678	rs61806689	C	T	6843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.05;QD=44.73;SOR=1.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	121116688	rs61806690	A	G	7347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.22;QD=41.99;SOR=1.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	121116933	rs79097880	T	C	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=54;PP=1593;SC=ATTAGGAAGATAGCAGCCATG;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=13;TCR=54;TR=67;WE=121116941;WS=121116923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	121116953	rs78187610	A	G	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=37;PP=1050;SC=GATCCATCAGAGTGCTTGCCA;SOR=3.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=43;WE=121116961;WS=121116943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	121124501	rs201210511	C	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=8.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.39;MQRankSum=2.127;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.364;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr1	121124514	rs201833112	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=6.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.16;MQRankSum=2.166;QD=8.73;ReadPosRankSum=-1.674;SOR=0.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr1	144013853	rs6600697	T	C	2481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=1.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=1.153;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,143:0.33:433
chr1	144013865	rs6600696	T	G	2324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=63;PP=2962;ReadPosRankSum=2.387;SC=TATTTAGGGCTGTCTTTCTGA;SOR=0.581;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=465;TCF=279;TCR=186;TR=148;WE=144013873;WS=144013843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,151:0.31:490
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chr1	144854412	rs77812232	A	C	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.134;NF=18;NR=3;PP=323;ReadPosRankSum=-0.461;SC=AATCAGTCTCAACTCCCAACA;SOR=0.985;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=21;WE=144854420;WS=144854407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr1	144854491	rs2798856	T	G	3881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQRankSum=2.991;QD=18.94;ReadPosRankSum=0.211;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,102:0.50:205
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chr1	144854528	rs78461771	A	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=2.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQRankSum=-16.966;QD=0.83;ReadPosRankSum=-1.372;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,28:0.09:314
chr1	144854537	rs3851872	T	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=1.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-15.534;QD=1.06;ReadPosRankSum=-2.100;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,34:0.10:326
chr1	144854581	rs78371650	T	C	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=1.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-10.937;QD=4.27;ReadPosRankSum=3.004;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,51:0.16:310
chr1	144854594	rs79028512	G	T	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=3.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-10.046;QD=5.07;ReadPosRankSum=3.999;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,51:0.18:279
chr1	144854597	rs3851873	T	C	6247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=2.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=-4.004;QD=23.14;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,158:0.59:270
chr1	144854597	.	TC	CT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=26;MQ=58.1;NF=43;NR=50;PP=2944;QD=20;SC=TCTGAAGGAGTCGCTCCTGTT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=116;TCR=134;TR=93;WE=144854606;WS=144854571;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:157,93:0.37:250
chr1	144854598	rs3863691	C	T	3932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=3.839;QD=14.62;ReadPosRankSum=-1.913;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,106:0.39:269
chr1	144859720	rs678786	G	C	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=15;PP=1019;SC=GTGATCTCCCGACTGGCCAAG;SOR=1.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=144859728;WS=144859710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	144860026	rs1699819	G	C	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.672;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.858;NF=25;NR=38;PP=954;ReadPosRankSum=-0.024;SC=TGGTAACATTGACCCAAGTAT;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=47;TCR=71;TR=63;WE=144860034;WS=144860016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,70:0.54:129
chr1	144865850	rs1613780	G	T	3342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=0.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.567;QD=8.62;ReadPosRankSum=1.020;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,174:0.45:388
chr1	144866509	rs924667	G	A	2694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=39;PP=1944;ReadPosRankSum=-0.108;SC=CATAAGGAGCGAGTGAAGTAA;SOR=0.754;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=235;TCF=163;TCR=72;TR=124;WE=144866517;WS=144866499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,123:0.52:238
chr1	144866643	rs1620560	G	A	6766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=735;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.252;SC=TCCCGTAGGCGGTCATTGATG;SOR=0.806;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=710;TCF=350;TCR=360;TR=334;WE=144866651;WS=144866633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:392,340:0.46:732
chr1	144866662	rs1064044	T	C	6134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=668;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.411;SC=TGCAGATGGATTCCTCCAGGC;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=645;TCF=301;TCR=344;TR=298;WE=144866670;WS=144866652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:356,305:0.46:661
chr1	144868170	rs1628310	C	T	3001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.701;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=91;PP=2050;ReadPosRankSum=0.137;SC=ACAGTGCTGGCACCTGGGCAG;SOR=0.394;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=249;TCF=77;TCR=172;TR=138;WE=144868178;WS=144868160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,139:0.56:248
chr1	144868204	rs1747951	A	C	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=5.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=52;PP=1287;ReadPosRankSum=0.683;SC=TAAGAAGCAAATGGGGTGTCA;SOR=0.824;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=13;TCR=92;TR=59;WE=144868212;WS=144868194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,59:0.56:105
chr1	144871738	rs1698605	C	A	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=270;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCCTGCTGAGCCTCAGCCAAG;SOR=0.252;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=19;WE=144871746;WS=144871728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr1	144871755	rs1778159	A	T	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.865;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=332;ReadPosRankSum=0.400;SC=CAAGGAGACCACTGGTGTCTC;SOR=0.160;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=24;WE=144871763;WS=144871745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr1	144871782	rs1778158	A	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=449;ReadPosRankSum=3.194;SC=GCCAAGGAGGAGAGGGCCAGT;SOR=0.776;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=32;WE=144871790;WS=144871772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr1	144871889	rs1698606	A	C	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=-1.614;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,53:0.48:110
chr1	144873818	rs1610566	A	G	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.602;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.824;NF=39;NR=11;PP=910;ReadPosRankSum=-0.686;SC=TTGAAGAAAAATCAAACAGGC;SOR=0.225;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=86;TCF=70;TCR=16;TR=50;WE=144873826;WS=144873808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,48:0.56:86
chr1	144873840	rs1627335	A	G	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.436;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.959;NF=53;NR=21;PP=1257;ReadPosRankSum=1.057;SC=GCAGAGAAAGAGGAGATGAAG;SOR=0.550;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=136;TCF=99;TCR=37;TR=74;WE=144873848;WS=144873830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,74:0.52:143
chr1	144873887	rs1699787	C	T	3273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.082;NF=100;NR=50;PP=2344;ReadPosRankSum=0.314;SC=CTGAATGGGCCTGGTTGGCCT;SOR=0.970;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=298;TCF=190;TCR=108;TR=150;WE=144873895;WS=144873877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,157:0.48:325
chr1	144873962	rs11341221	CT	C	8622.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.977;NF=22;NR=123;PP=2966;ReadPosRankSum=1.459;SC=CCTTAGCCCCCTGAGATGCAC;SOR=0.640;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=319;TCF=42;TCR=277;TR=145;WE=144873970;WS=144873952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,262:0.44:590
chr1	144874038	rs1419160	T	C	3016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.533;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.103;NF=45;NR=92;PP=2179;ReadPosRankSum=-0.621;SC=ATCTATAAAATCCATGAATGA;SOR=0.942;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=295;TCF=109;TCR=186;TR=137;WE=144874046;WS=144874028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,145:0.45:319
chr1	144874070	rs1610565	C	T	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.126;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.154;NF=18;NR=53;PP=1107;ReadPosRankSum=1.772;SC=TGATGTTCTACAGAGAACTGG;SOR=1.084;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=156;TCF=48;TCR=108;TR=71;WE=144874078;WS=144874060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,71:0.44:163
chr1	144874088	rs1419158	G	C	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.990;NF=10;NR=40;PP=958;ReadPosRankSum=-0.147;SC=TGGAATCCTGGCCTTATGTTT;SOR=0.744;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=95;TCF=20;TCR=75;TR=50;WE=144874096;WS=144874078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,50:0.51:98
chr1	144874641	rs1610771	G	C	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=575;ReadPosRankSum=0.156;SC=TCTCCACTCAGCCTAGACAAA;SOR=0.686;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=40;WE=144874649;WS=144874631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
chr1	144874760	rs1610774	T	C	2972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.387;QD=10.29;ReadPosRankSum=-1.140;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,147:0.51:289
chr1	144874950	rs1747957	G	A	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=6.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.955;SOR=0.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,48:0.59:81
chr1	144877176	rs2762875	C	T	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQRankSum=-5.312;QD=11.41;ReadPosRankSum=1.021;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr1	144877366	rs1807092	A	G	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.955;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.860;NF=17;NR=27;PP=630;ReadPosRankSum=-0.976;SC=CTATGAGAACATCTCTAAGGA;SOR=1.037;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=44;WE=144877374;WS=144877356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,46:0.56:82
chr1	144877390	rs1807093	G	A	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.115;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.919;NF=9;NR=24;PP=534;ReadPosRankSum=-0.946;SC=CCCCCAAGCTGAATTCTGGCA;SOR=1.591;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=33;WE=144877398;WS=144877380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr1	144879264	rs2798901	A	G	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.307;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=56;PP=1261;ReadPosRankSum=-0.228;SC=CTCAGCTTCCAGGGTCTTTCC;SOR=0.675;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=346;TCF=186;TCR=160;TR=115;WE=144879272;WS=144879254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,120:0.32:375
chr1	144879375	rs1747958	T	C	2764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.119;NF=58;NR=57;PP=1383;ReadPosRankSum=0.184;SC=TTCAGATCTTTGATGTCCTTT;SOR=0.608;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=194;TCF=108;TCR=86;TR=115;WE=144879383;WS=144879365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,130:0.61:212
chr1	144881711	rs937714	T	G	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=311;ReadPosRankSum=0.245;SC=CCTGTGGACTTTACTCAAGTC;SOR=0.976;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=22;WE=144881719;WS=144881701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr1	144882581	rs1699836	A	G	2128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.768;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.235;NF=45;NR=42;PP=1505;ReadPosRankSum=0.684;SC=TTATTCTTTCAATGGTGCTGG;SOR=0.512;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=152;TCF=75;TCR=77;TR=87;WE=144882589;WS=144882571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,91:0.57:161
chr1	144882823	rs1698647	C	T	10011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=978;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=213;NR=255;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.448;SC=TCAGACATTGCTTCTCCCATC;SOR=0.677;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=936;TCF=426;TCR=510;TR=468;WE=144882831;WS=144882813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:483,492:0.50:975
chr1	144882912	rs1698646	G	T	3148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.621;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=101;PP=2392;ReadPosRankSum=-0.459;SC=TGAGGGCTAGGTCTGGTCCTC;SOR=0.832;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=266;TCF=76;TCR=190;TR=138;WE=144882920;WS=144882902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,137:0.50:275
chr1	144886063	rs1625285	T	C	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.672;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,64:0.53:121
chr1	144886092	rs1343472	C	T	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=32;PP=1252;ReadPosRankSum=-2.212;SC=GGAAGAATGTCCTACCTGATG;SOR=0.614;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=99;TCR=57;TR=88;WE=144886100;WS=144886082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,98:0.59:167
chr1	144886197	rs1698624	A	T	3043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=60;PP=1797;ReadPosRankSum=0.260;SC=TGCTGGTGGAACTCAGCCCTC;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=240;TCF=131;TCR=109;TR=134;WE=144886205;WS=144886187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,144:0.55:260
chr1	144886409	rs1620507	A	C	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.301;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=468;ReadPosRankSum=-1.560;SC=AGGCAGTTTTAAATGAGAACA;SOR=0.368;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=28;WE=144886417;WS=144886399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr1	144890833	rs11447	T	C	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.779;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=636;ReadPosRankSum=0.371;SC=CTTGTTAACTTATAATTACAC;SOR=0.344;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=63;TCF=53;TCR=10;TR=36;WE=144890841;WS=144890823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr1	144892089	rs1614098	G	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.175;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.006;NF=22;NR=10;PP=412;ReadPosRankSum=-1.871;SC=TCCCAAGCAGGTCCTCCGCCC;SOR=0.451;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=32;WE=144892097;WS=144892079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr1	144892149	rs1698709	G	A	2021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.872;NF=52;NR=30;PP=1068;ReadPosRankSum=0.761;SC=TCTGTGGTGCGTTTCAGTTAC;SOR=0.591;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=92;TCR=53;TR=82;WE=144892157;WS=144892139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,96:0.59:162
chr1	144905992	rs373352718	TA	T	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.170;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr1	144909956	rs638260	G	A	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.572;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,41:0.39:105
chr1	144910082	rs638780	A	G	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	144912153	rs1628172	A	G	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=18;PP=624;SC=TTTCCAAGACAGCCAGTGGGG;SOR=0.902;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=144912161;WS=144912143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	144912233	rs1629011	C	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=322;ReadPosRankSum=-1.073;SC=TAAATATTGGCGCAGGGCCTG;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=30;WE=144912241;WS=144912223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr1	144915561	rs1778111	G	A	2959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.676;NF=62;NR=76;PP=1778;ReadPosRankSum=1.464;SC=CTTTCCTTTCGCTGTAGACGC;SOR=0.900;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=265;TCF=123;TCR=142;TR=138;WE=144915569;WS=144915551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,145:0.51:284
chr1	144915624	rs1778112	G	A	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.479;NF=19;NR=32;PP=648;ReadPosRankSum=1.349;SC=TTGCAGAGCAGTGTTGCACTA;SOR=0.321;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=120;TCF=38;TCR=82;TR=51;WE=144915632;WS=144915614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,51:0.43:119
chr1	144916676	rs1698683	C	T	4794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=116;PP=2899;ReadPosRankSum=-1.633;SC=TTCTTTCAGCCACTGGAGGTT;SOR=0.678;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=558;TCF=285;TCR=273;TR=242;WE=144916692;WS=144916666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:329,253:0.43:582
chr1	144916748	rs1747930	C	G	3375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.346;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=83;PP=1948;ReadPosRankSum=1.763;SC=ACTCTCCATACTCTACAGCCA;SOR=0.413;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=312;TCF=135;TCR=177;TR=158;WE=144916756;WS=144916738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,168:0.51:330
chr1	144917546	rs1698682	A	G	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=39;PP=1164;ReadPosRankSum=0.167;SC=AGTCTCTCTAAGTCATGATCT;SOR=0.748;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=137;TCF=72;TCR=65;TR=84;WE=144917554;WS=144917536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,92:0.60:153
chr1	144917827	rs11295415	CA	C	1209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.820;NF=11;NR=16;PP=1722;ReadPosRankSum=0.123;SC=ACCTCCAGAGCAACAGCTTTA;SOR=0.638;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=27;WE=144917849;WS=144917817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,41:0.51:81
chr1	144917841	rs1698681	T	C	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.538;NF=25;NR=20;PP=1737;ReadPosRankSum=-0.684;SC=AGCTTTATCATGTATTCGCTG;SOR=0.589;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=89;TCF=52;TCR=37;TR=45;WE=144917849;WS=144917817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,48:0.52:92
chr1	144918034	rs2655804	A	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=409;ReadPosRankSum=1.102;SC=AGATGTGATCACTCTCCTCAA;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=28;WE=144918042;WS=144918024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr1	144918957	rs1061308	T	A	4387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=1.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-5.384;QD=9.54;ReadPosRankSum=1.591;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,226:0.49:460
chr1	144919008	rs11296953	AC	A	4763.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.396;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.216;NF=8;NR=83;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.770;SC=TAAACATATTACCTTTTTAAA;SOR=0.660;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=183;TCF=15;TCR=168;TR=91;WE=144919016;WS=144918998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,165:0.50:333
chr1	144919094	rs1698680	C	T	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.285;NF=10;NR=33;PP=659;ReadPosRankSum=1.203;SC=GAAAGAGGAGCAGAGGGTGCC;SOR=0.577;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=17;TCR=60;TR=43;WE=144919102;WS=144919084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,43:0.56:77
chr1	144922109	rs1343469	A	G	8802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=866;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.794;SC=CACAAAGACTAAAAATAAAAT;SOR=0.680;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=842;TCF=449;TCR=393;TR=405;WE=144922117;WS=144922099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:446,417:0.48:863
chr1	144922171	rs1343470	C	T	10189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1055;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=238;NR=252;PP=2962;ReadPosRankSum=0.867;SC=TCCTGTCCTACGTGACCCTCA;SOR=0.736;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=1014;TCF=503;TCR=511;TR=490;WE=144922179;WS=144922161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:547,503:0.48:1050
chr1	144922523	rs2455994	C	T	7189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=837;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.043;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:464,371:0.44:835
chr1	144922583	rs1359300	G	A	7567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=877;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.347;SC=CTTTTGAGACGACTCCTGAGC;SOR=0.650;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=837;TCF=395;TCR=442;TR=361;WE=144922591;WS=144922573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:491,382:0.44:873
chr1	144923823	rs11268079	TAGGAAGAAACGGCA	T	11837.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=134;PP=2957;SC=AGTCATGGGCTAGGAAGAAAC;SOR=1.462;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=184;TCF=13;TCR=171;TR=146;WE=144923844;WS=144923813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr1	144923887	rs12140706	T	A	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-0.963;QD=4.64;ReadPosRankSum=-1.689;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,54:0.32:169
chr1	144930571	rs2762866	C	A	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.248;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=17;PP=781;ReadPosRankSum=-0.799;SC=CACTATGTAGCCGTTTTGTAT;SOR=1.068;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=111;TCF=74;TCR=37;TR=54;WE=144930579;WS=144930561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,62:0.47:131
chr1	144930596	rs2762867	C	A	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=33;PP=997;ReadPosRankSum=-1.368;SC=GGACCCGGAGCGGCAAATAAT;SOR=0.765;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=157;TCF=95;TCR=62;TR=81;WE=144930604;WS=144930586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,89:0.50:179
chr1	144930940	rs2147326	T	C	5779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=1.122;SC=TCCTCATCTTTCTGTTGTGGA;SOR=0.789;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=513;TCF=246;TCR=267;TR=264;WE=144930948;WS=144930930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,273:0.51:533
chr1	144931330	rs2762745	C	T	8792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=953;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=207;NR=228;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.199;SC=TGGAGCAGTGCAGAGTATCTC;SOR=0.792;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=932;TCF=454;TCR=478;TR=435;WE=144931338;WS=144931320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:512,440:0.46:952
chr1	144931392	rs2798893	G	A	7226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=748;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=181;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.431;SC=CTTGATCTCCGCGCCAGAGTC;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=728;TCF=345;TCR=383;TR=344;WE=144931400;WS=144931382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:393,354:0.47:747
chr1	144931727	rs2985363	G	A	2447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.720;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=68;PP=1486;ReadPosRankSum=0.692;SC=CTAGCGGGTGGCAAGCTTCCC;SOR=0.441;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=174;TCF=54;TCR=120;TR=100;WE=144931749;WS=144931717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,112:0.57:196
chr1	144946510	rs2488977	C	T	4480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=99;NR=46;PP=2686;SC=TTTAAACTGCCAAGTTTGTAG;SOR=1.495;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=99;TCR=47;TR=145;WE=144946518;WS=144946500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	144946768	rs2762733	G	A	1901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=58;PP=1193;ReadPosRankSum=1.549;SC=AGTAAGGACAGTAATTATGAT;SOR=0.400;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=194;TCF=62;TCR=132;TR=90;WE=144946776;WS=144946758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,93:0.45:205
chr1	144946876	rs2798887	C	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=5.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.72;ReadPosRankSum=-0.239;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
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chr1	145014103	rs1778711	G	C	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.032;NF=73;NR=8;PP=1584;ReadPosRankSum=-0.390;SC=CAGGCTGGCTGGCCTTTGGAG;SOR=0.897;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=165;TCF=143;TCR=22;TR=81;WE=145014111;WS=145014093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,77:0.49:157
chr1	145014186	.	GAA	G	3267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.308;ClippingRankSum=0.000;DP=600;ExcessHet=3.0103;FS=6.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=3.015;QD=5.59;ReadPosRankSum=1.000;SOR=0.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:467,118:0.20:585
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chr1	145014218	rs1778709	G	A	4007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=992;ExcessHet=3.0103;FS=0.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=2.830;QD=4.05;ReadPosRankSum=1.293;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:791,198:0.20:989
chr1	145014263	rs1778708	C	T	18180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1414;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.369;QD=12.90;ReadPosRankSum=1.456;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:681,728:0.52:1409
chr1	145014394	rs1107089	C	T	8288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=5.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=2.139;SC=CTTAGGCACACGTTATATGGT;SOR=0.673;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=475;TCF=137;TCR=338;TR=226;WE=145014402;WS=145014384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,239:0.49:492
chr1	145014411	rs1778707	T	C	7444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.401;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.039;SC=TGGTGCATATTCTTTGCCCAC;SOR=0.789;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=365;TCF=95;TCR=270;TR=183;WE=145014419;WS=145014401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,192:0.51:375
chr1	145015877	rs77741369	G	T	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1023;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.291;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:832,189:0.19:1021
chr1	145016020	rs657162	T	G	20157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=750;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.092;NF=254;NR=393;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.751;SC=AGCTGTCAATTAAACAGAACA;SOR=0.434;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=656;TCF=256;TCR=400;TR=647;WE=145016043;WS=145016010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,745:1.00:746
chr1	145016032	rs112952246	C	CA	3891.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.419;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.323;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:287,243:0.46:530
chr1	145016035	rs80291027	A	C	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FS=0.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=-1.079;QD=0.84;ReadPosRankSum=2.634;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:466,90:0.16:556
chr1	145017784	rs11300211	CT	C	354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=9.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.868;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.717;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr1	145017831	.	T	TCCCTCCCCTCCCCTCCCTTCCCCCTCCCTCCCTCCCTC	795.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=12.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.89;ReadPosRankSum=1.680;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr1	145017851	rs2596284	T	C	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.605;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,36:0.42:86
chr1	145018023	rs2799192	G	T	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.462;NF=30;NR=44;PP=1061;ReadPosRankSum=-0.047;SC=AGAAAAAATTGGAAGACAGGG;SOR=0.824;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=183;TCF=84;TCR=99;TR=74;WE=145018031;WS=145018013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,84:0.40:209
chr1	145018102	.	G	GAGAA	810.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.600;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=3.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=2.756;QD=12.10;ReadPosRankSum=-1.289;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr1	145021024	rs1778692	G	C	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=1.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=-1.519;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,69:0.22:312
chr1	145038686	rs67176560	AG	A	657.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=11.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=3.617;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.396;SOR=2.176;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,40:0.24:168
chr1	145038736	rs1663882	C	G	4016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.847;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=60.12;MQRankSum=1.699;NF=160;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.771;SC=GTGTTTGTACCGTCTTCACTC;SOR=0.630;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=420;TCF=289;TCR=131;TR=238;WE=145038744;WS=145038726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,202:0.58:346
chr1	145038815	rs2442664	A	G	17567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.096;NF=461;NR=518;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.267;SC=AGATGGAAGCATATCTGTTAT;SOR=1.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=985;TCF=463;TCR=522;TR=979;WE=145038823;WS=145038805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,680:1.00:681
chr1	145038952	rs1663881	C	T	7701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=780;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.002;NF=128;NR=236;PP=2962;ReadPosRankSum=2.397;SC=TAAAGTGTGTCTGGGGGAAGG;SOR=0.771;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=757;TCF=274;TCR=483;TR=364;WE=145038960;WS=145038942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:399,365:0.48:764
chr1	145039026	rs1663880	T	C	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=80;PP=1344;ReadPosRankSum=-1.604;SC=AACTGTTGCCTGGCCTCAATA;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=395;TCF=153;TCR=242;TR=129;WE=145039034;WS=145039016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,139:0.34:408
chr1	145039562	rs1663878	C	T	7839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=809;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=236;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=0.171;SC=AAGTCTGGAGCGCGGCGAGAA;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=794;TCF=487;TCR=307;TR=379;WE=145039570;WS=145039552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:420,385:0.48:805
chr1	145039594	rs111958438	T	C	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1206;ExcessHet=3.0103;FS=0.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=-1.060;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1018,179:0.15:1197
chr1	145039633	rs2762750	C	T	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1691;ExcessHet=3.0103;FS=0.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.907;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1425,258:0.15:1683
chr1	145039821	rs7554603	C	A	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=2.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=-1.259;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,90:0.28:324
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chr1	145075519	rs2596337	G	C	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=560;ReadPosRankSum=0.143;SC=TCTTCAGTCCGGGGCCCCAGC;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=38;WE=145075527;WS=145075509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,45:0.51:88
chr1	145075683	rs2762779	C	T	4768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=94;PP=2918;ReadPosRankSum=0.123;SC=CCGCTGCTGCCCAGCTCCCGG;SOR=0.555;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=403;TCF=228;TCR=175;TR=209;WE=145075691;WS=145075673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,228:0.52:437
chr1	145075854	rs1663853	G	C	8759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=834;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=207;NR=200;PP=2962;ReadPosRankSum=1.062;SC=CGCTGTCTGTGCCCTTCATGG;SOR=0.622;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=799;TCF=399;TCR=400;TR=407;WE=145075862;WS=145075844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:406,427:0.51:833
chr1	145075903	rs2596336	C	T	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=728;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=1.011;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:597,131:0.18:728
chr1	145075923	rs6656135	C	T	2377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FS=0.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.638;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:423,148:0.26:571
chr1	145103844	rs2590144	G	A	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.911;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=33;PP=1264;ReadPosRankSum=-1.443;SC=TCATAATATGGTGCTTCTCAC;SOR=0.913;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=280;TCF=178;TCR=102;TR=95;WE=145103852;WS=145103834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,92:0.32:284
chr1	145103928	rs2596251	G	A	2021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=741;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.642;QD=2.74;ReadPosRankSum=-0.654;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:574,165:0.22:739
chr1	145103947	rs2794062	T	C	3917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=758;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=2.105;NF=111;NR=116;PP=2721;ReadPosRankSum=-2.048;SC=TCAGGCTAAGTAACTCTTTCG;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=726;TCF=361;TCR=365;TR=227;WE=145103955;WS=145103937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:519,235:0.31:754
chr1	145104052	.	AGT	A	3073.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.948;NF=0;NR=55;PP=2057;ReadPosRankSum=1.444;SC=TGATCATTTAAGTGTGAAATA;SOR=0.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=185;TCF=8;TCR=177;TR=55;WE=145104061;WS=145104042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,91:0.35:262
chr1	145109430	rs2442653	A	T	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=3.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.516;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,79:0.26:305
chr1	145109456	rs7553975	C	T	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FS=0.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=-1.373;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:401,119:0.23:520
chr1	145109468	rs2442652	A	G	23246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=409;NR=224;PP=2965;SC=GCTTTAAACTATTGTCAGTGC;SOR=1.381;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=634;TCF=410;TCR=224;TR=633;WE=145109476;WS=145109446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,644:1.00:644
chr1	145109493	rs2442651	C	T	3289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=850;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:629,218:0.26:847
chr1	145109549	rs2596331	G	T	5953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1537;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.689;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1131,402:0.26:1533
chr1	145109583	rs2794053	C	A	16331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1726;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=419;NR=375;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.580;SC=TTCCCTAAGACGTTGGCTTTT;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1699;TCF=891;TCR=808;TR=794;WE=145109591;WS=145109573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:909,812:0.47:1721
chr1	145109661	rs2655551	G	A	5389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1809;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-0.627;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1396,407:0.23:1803
chr1	145109809	rs2596327	T	A	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.413;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=43;PP=711;ReadPosRankSum=-2.038;SC=TAGCTTCTGCTTCCTTTTCCA;SOR=1.638;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=156;TCF=10;TCR=146;TR=44;WE=145109817;WS=145109799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,46:0.28:167
chr1	145112284	.	CCG	C	1926.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.34;ReadPosRankSum=1.257;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,60:0.26:231
chr1	145112287	rs2794042	T	C	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=4.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.002;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,68:0.29:235
chr1	145112288	.	G	GCA	2003.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=0.000;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.503;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,60:0.25:238
chr1	145112313	rs2596302	T	C	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=2.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.071;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,100:0.29:341
chr1	145112414	rs2590131	T	C	10389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1421;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.162;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1086,332:0.23:1418
chr1	145112420	rs2794041	C	T	5573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1462;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=-2.168;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1081,378:0.26:1459
chr1	145112428	rs2794040	C	T	10659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1518;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=-2.270;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1160,354:0.23:1514
chr1	145112485	rs2794039	C	T	3743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1346;ExcessHet=3.0103;FS=0.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=2.736;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1045,296:0.22:1341
chr1	145115658	.	TATTTTTAA	T	3814.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DP=481;ExcessHet=3.0103;FS=5.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.466;QD=8.03;ReadPosRankSum=1.747;SOR=1.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:357,118:0.25:475
chr1	145115810	rs2655557	A	G	28065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2101;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=1.497;QD=13.43;ReadPosRankSum=-1.340;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1104,986:0.47:2090
chr1	145115820	rs2655558	T	C	6179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2010;ExcessHet=3.0103;FS=0.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=-1.117;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1519,482:0.24:2001
chr1	145139088	rs150935736	C	CG	2430.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.28;QD=37.40;SOR=8.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	145209323	.	A	AGGC	2787.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.102;NF=12;NR=38;PP=2314;ReadPosRankSum=0.705;SC=GGATCTGCCCAGGCGGCGGCG;SOR=0.705;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=121;TCF=21;TCR=100;TR=50;WE=145209334;WS=145209313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,136:0.55:249
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chr1	145281780	rs190671398	T	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=23.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQRankSum=-2.357;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.555;SOR=2.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,43:0.17:252
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chr1	145456732	.	G	GA	311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DP=479;ExcessHet=3.0103;FS=0.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=3.571;QD=0.71;ReadPosRankSum=1.345;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:355,83:0.19:438
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chr1	145531980	rs4384171	T	C	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=6;PP=797;SC=GGCAAGATGCTTGACCTCAGG;SOR=3.611;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=35;WE=145531988;WS=145531970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	145532010	rs370509438	CTG	C	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.018;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr1	145532549	rs1328584	T	C	6237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=117;NR=96;PP=2965;SC=AGCGATTCTTTTTCAATGTCA;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=117;TCR=96;TR=213;WE=145532557;WS=145532539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	145555653	rs6424379	C	T	11796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr1	145558565	rs11801520	C	G	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=70;PP=2063;SC=GGCTGCTGCTCTCTCTCAGCT;SOR=1.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=34;TCR=70;TR=104;WE=145558573;WS=145558555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	145562087	rs41315701	G	A	4540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=65;PP=2422;SC=CCTGGGGCTCGAGGAGAGCCT;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=84;TCR=67;TR=149;WE=145562095;WS=145562077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	145562293	rs11579366	G	C	8417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=136;NR=132;PP=2965;SC=GCCCAAGCCAGAGGCGCAGGT;SOR=0.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=136;TCR=132;TR=268;WE=145562301;WS=145562283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr1	145585317	rs4128488	A	G	5021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	145587858	.	C	CT	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=0.313;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr1	145588536	rs9286836	C	T	16953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,634:1.00:634
chr1	145589254	rs140457339	G	A	11133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=184;NR=210;PP=2965;SC=GAAGCCTAGCGGAGGCGCCTG;SOR=0.870;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=395;TCF=184;TCR=211;TR=394;WE=145589262;WS=145589244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr1	145597116	rs9728311	C	T	3482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=80;PP=2189;SC=TTCCCAGTCACAGATGGGGTG;SOR=1.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=37;TCR=80;TR=117;WE=145597124;WS=145597106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	145598459	rs9729715	T	C	3926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=45;PP=2756;SC=AGGAGGATGATACTAGGTATC;SOR=1.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=76;TCR=45;TR=121;WE=145598467;WS=145598449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	145601861	rs9286837	G	A	4383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=76;PP=2490;SC=GGCTGAGGAAGAGATTTAGAG;SOR=1.082;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=62;TCR=76;TR=138;WE=145601869;WS=145601851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	145706564	.	C	CA	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.66;ReadPosRankSum=-1.653;SOR=1.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr1	145826770	rs34955113	G	A	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=10;PP=1387;SC=CAGAGTGACTGGCGCAGGACG;SOR=3.091;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=55;TCR=10;TR=65;WE=145826778;WS=145826760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	146656292	rs4950385	A	G	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=30;PP=952;SC=CATACTATCAATGTGACTTAT;SOR=1.057;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=55;WE=146656300;WS=146656282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	146672906	rs894469	C	T	9630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=174;NR=150;PP=2965;SC=CTTCCAGAAACGGAAAGTCAA;SOR=0.704;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=328;TCF=175;TCR=153;TR=324;WE=146672914;WS=146672896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr1	146673178	rs6683215	A	G	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=45;PP=1319;SC=AGGTAAACAGAATGCCAATAA;SOR=3.422;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=53;WE=146673186;WS=146673168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	146680262	rs2354433	A	G	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=11;PP=1057;SC=CCGCCTCCCAAAGTGCTGGGA;SOR=2.001;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=50;WE=146680270;WS=146680252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	146685121	rs1530336	G	A	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=17;PP=423;SC=GATATCACAGGCACTATCACA;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=146685129;WS=146685111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	146687250	rs1822312	A	T	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=4;PP=1741;SC=AAGTAAACATAGGTAACTGAA;SOR=5.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=65;TCR=4;TR=69;WE=146687258;WS=146687240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	146714255	rs1890040	A	G	232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=127;SC=CGCCTCGCTCATAGGTGGGCC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=146714263;WS=146714245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	146714281	rs1890041	C	G	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=2;PP=207;SC=GCGCAGTCGCCCGCCCCCGCG;SOR=3.442;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=146714289;WS=146714271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	146714392	rs1890042	G	C	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	146714588	rs1890043	C	T	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=11;PP=351;SC=GTTTACCCGCCCGCGCCAGGG;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=146714596;WS=146714578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	146724093	rs1890037	A	G	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=33;PP=1700;SC=GAATAAGTCTACTCAAAAAGT;SOR=0.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=76;WE=146724101;WS=146724083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	146728162	rs61409326	T	TA	4215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=24;PP=2557;SC=CCAGCCTTTATACGTGTCTTC;SOR=1.412;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=56;WE=146728170;WS=146728152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	146739277	rs4143738	T	C	7846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=167;PP=2965;SC=CTTACTTTGTTTACTTTGTTT;SOR=1.485;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=94;TCR=167;TR=261;WE=146739285;WS=146739267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr1	146740576	rs11576360	G	A	8338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=145;NR=122;PP=2965;SC=TGAGCTAATGGCTGTTAAAAC;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=268;TCF=145;TCR=123;TR=267;WE=146740584;WS=146740566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr1	146740722	.	C	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=273;ReadPosRankSum=0.393;SC=CTTCCACAATCATTCTTTCGT;SOR=0.468;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=14;TCR=54;TR=20;WE=146740730;WS=146740712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,20:0.28:72
chr1	146747153	rs6680778	T	C	6341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=129;PP=2965;SC=TTTTCTGCTTTCTTGGCTTGC;SOR=1.264;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=215;TCF=86;TCR=129;TR=215;WE=146747161;WS=146747143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	146747232	rs6672850	C	T	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=46;PP=1264;SC=CACTGGGAGCCGAGAGACCAC;SOR=3.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=51;WE=146747240;WS=146747222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	146748008	rs3831929	CAGCCA	C	1492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=18;PP=1058;SC=CAGCACTCACCAGCCACTCTC;SOR=2.049;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=146748020;WS=146747998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	146748072	rs7534963	A	G	196.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=140;SC=AGTGCTGGCTATGTGCAGGGT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=146748080;WS=146748062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	146751782	rs7547279	A	C	2744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=43;PP=1644;SC=TGGAGTCCATACTGGGAGAAA;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=96;WE=146751790;WS=146751772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	146756222	rs146052781	AAAAC	A	2363.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=40;PP=2014;SC=CTCTCATTCTAAAACAAACAA;SOR=2.522;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=53;TCF=2;TCR=51;TR=42;WE=146756233;WS=146756212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	146759528	rs12755465	A	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=488;SC=ACCAGTTGGGAACTGAATTCT;SOR=2.737;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=22;WE=146759536;WS=146759518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	146763089	rs10900333	G	A	5169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=110;NR=60;PP=2965;SC=AATTTGAAGAGGGCGAGATAC;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=110;TCR=60;TR=170;WE=146763097;WS=146763079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	146763415	rs3737854	T	C	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=29;PP=693;SC=TTCTGGAGGCTGAAAGTCCAA;SOR=3.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=34;WE=146763423;WS=146763405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	146766069	rs71083827	C	CAT	8753.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=44;PP=2965;SC=TGAGTGAAGACGTGTTCTTCT;SOR=1.197;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=45;TCR=47;TR=89;WE=146766077;WS=146766059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	146767149	rs4950394	G	T	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=34;PP=1220;SC=TGTCCTTCATGCACAGTCTTC;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=78;WE=146767157;WS=146767139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	146767320	rs6537	A	G	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=21;PP=543;SC=CTGAGTTTCAATTTGGTTCTC;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=146767328;WS=146767310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	147085066	rs35669952	G	A	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=36;PP=1044;SC=TCTGACATTCGACAGAGGCCA;SOR=1.961;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=51;WE=147085074;WS=147085056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	147086504	rs7512513	A	C	4036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.767;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.874;SC=TTTTATTATCACCTAAAGTTA;SOR=2.680;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=27;TCR=106;TR=133;WE=147086512;WS=147086494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,132:0.99:133
chr1	147096794	rs867270	A	G	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=63;PP=1907;SC=TCCTTGTCAAAATGAGATTCC;SOR=1.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=35;TCR=63;TR=98;WE=147096802;WS=147096784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	147096828	rs946902	C	G	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=46;PP=1377;SC=TGCTTTGAGGCAGTTCCAGGA;SOR=2.235;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=62;WE=147096836;WS=147096818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	147119273	rs1344	G	A	6820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=122;NR=118;PP=2965;SC=AGCAGAGTGCGTGGTATTTTT;SOR=0.821;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=241;TCF=123;TCR=118;TR=240;WE=147119281;WS=147119263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr1	147121977	rs6593795	C	T	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	147124310	rs2153463	T	G	2384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	147131465	rs6674938	T	C	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=28;PP=1475;SC=TATCCTCATGTTCAAGACCTT;SOR=1.295;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=83;WE=147131473;WS=147131455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	147131945	rs2275552	T	C	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=488;SC=TTGAAATGTATAGCATTAACA;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=147131953;WS=147131935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	147142296	rs2883202	T	C	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=16;PP=481;SC=CATCCAGCCCTTCAGCAAGCA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=147142304;WS=147142286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	147230217	rs1692141	T	C	4348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=93;NR=47;PP=2718;SC=CACGTCTTTCTTCTCTGAGCC;SOR=1.409;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=93;TCR=47;TR=140;WE=147230225;WS=147230207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	147381397	rs34123490	G	GA	768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.760;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.288;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,52:0.65:80
chr1	147381444	rs1532399	A	C	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	147806559	rs10752439	C	T	3858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	147806874	rs2999607	G	C	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.38;SOR=2.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	147806880	rs537191	T	C	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	149379725	rs2983273	A	C	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=1;PP=25;SC=CCGCCAAGCCACGGGGATGCT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=149379733;WS=149379715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	149676401	rs146138154	A	G	2354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.403;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.600;NF=62;NR=88;PP=2103;ReadPosRankSum=-1.627;SC=GCAGACAACCAGAGGGAGAGC;SOR=1.334;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=385;TCF=196;TCR=189;TR=150;WE=149676409;WS=149676391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,123:0.37:329
chr1	149881221	rs138866201	G	A	3390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=66;PP=2368;SC=TGGGAGGCAGGAGGTGGATAT;SOR=1.362;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=43;TCR=67;TR=109;WE=149881229;WS=149881211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	149900985	rs71664710	CA	C	392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.463;QD=2.39;ReadPosRankSum=0.454;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,59:0.36:164
chr1	149906413	rs11205303	T	C	6257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=133;PP=2965;SC=ACAATGGCCATGGTCACCTGC;SOR=1.169;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=101;TCR=133;TR=234;WE=149906421;WS=149906403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr1	150049934	rs72692897	A	G	3130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=61;PP=1893;SC=GGAAGTAAAAACATGGTCCAT;SOR=1.392;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=40;TCR=61;TR=101;WE=150049942;WS=150049924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	150049982	rs72692898	C	T	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=27;PP=765;SC=CTTGGTTTTGCTTTGTATTTC;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=150049990;WS=150049972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	150122369	rs189274971	A	G	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=12;PP=566;SC=CCCGCGGGGAAGGAGCCCCCG;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=150122377;WS=150122359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	150122493	rs4553237	T	C	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	150129267	rs10749675	G	A	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=39;PP=1098;SC=AACAGCTGTGGCCCACTGAAG;SOR=1.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=150129275;WS=150129257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	150130982	rs143570918	G	GC	13452.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.04;NF=72;NR=59;PP=2936;SC=CCTGATGACAGGTTCCCCACT;SOR=1.396;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=138;TCF=77;TCR=61;TR=131;WE=150130991;WS=150130972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr1	150130983	rs34773647	G	T	13461.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=136;NR=60;PP=2965;SC=CTGATGACAGGTTCCCCACTC;SOR=1.429;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=220;TCF=149;TCR=71;TR=196;WE=150130991;WS=150130972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr1	150193165	rs58395667	G	A	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=63;PP=2035;SC=GGCCTAGCACGGTGGCTCACA;SOR=1.790;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=30;TCR=64;TR=93;WE=150193173;WS=150193155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	150199123	rs7522034	G	T	8843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr1	150201305	rs148013046	A	AT	3371.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.500;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=32;PP=1120;ReadPosRankSum=-2.462;SC=CTTGTTGTGGATTTTTTTTTT;SOR=0.217;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=82;WE=150201313;WS=150201295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,159:0.95:168
chr1	150230422	rs141941429	GCT	G	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.383;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr1	150230795	rs77154154	C	T	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=10;PP=261;SC=GGAGAACTAGCGGCAGGCAGG;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=150230803;WS=150230785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	150234657	rs34714364	G	T	5523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=91;PP=2965;SC=GATCCCCAGGGGGGTCAGAAC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=100;TCR=91;TR=190;WE=150234665;WS=150234647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr1	150297334	.	CTT	C,CT	733.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.541;QD=12.44;ReadPosRankSum=-0.758;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,29,21:0.49,0.36:59
chr1	150300727	rs834225	T	C	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	150307270	rs1260408	T	G	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=6;PP=537;SC=TAACTCCTGGTCTCAAGTGAT;SOR=2.124;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=24;WE=150307278;WS=150307260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	150321486	rs1625468	G	A	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	150389964	.	GA	G	1334.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.563;HP=12;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.553;NF=32;NR=14;PP=842;ReadPosRankSum=-0.018;SC=ATCCATGTAAGAAAAAAAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=46;WE=150389972;WS=150389954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,66:0.97:68
chr1	150432870	.	GGTT	G	1623.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=42.73;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	150445819	rs7002	A	G	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=18;PP=517;SC=GATGGAAACCAAGGGAAAGGC;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=150445827;WS=150445809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	150470322	rs11590324	C	A	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=35;PP=953;SC=AATCCCAACACTTTGGGAGGC;SOR=1.532;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=150470330;WS=150470312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	150471848	rs34802685	A	AT	140.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.9971;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=131;ReadPosRankSum=-0.494;SC=GATACAAAGAATTTTTTTTTT;SOR=1.473;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=9;WE=150471856;WS=150471838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr1	150477061	rs3738487	C	T	9889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr1	150483236	rs9661040	A	C	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=2;PP=806;SC=TCTCATTTCCACTATATCCTC;SOR=3.855;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=34;WE=150483244;WS=150483233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	150483355	rs3737240	C	T	6607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=66;PP=2965;SC=ATTCCAGGAACGCCAGCTCCA;SOR=1.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=224;TCF=158;TCR=66;TR=223;WE=150483363;WS=150483345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr1	150483840	rs4970979	C	T	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=25;PP=1246;SC=CAACCACTGTCTCTTCTTTAT;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=55;WE=150483848;WS=150483830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	150484395	rs149815479	ACC	A	1021.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=15;PP=498;SC=CCATCCATGTACCCCCCCTGC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=150484404;WS=150484385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	150484987	rs13294	G	A	13657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=228;NR=238;PP=2965;SC=CATTGACATCGGTCGAGTCAC;SOR=0.758;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=469;TCF=228;TCR=241;TR=466;WE=150484995;WS=150484977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr1	150485566	rs12031973	T	G	4933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.85;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	150485571	rs12031974	T	C	4982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.49;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	150522471	rs10668635	C	CTG	6311.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=36;PP=2974;SC=GTGGAGGGCTCTGAGGGCCCG;SOR=1.263;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=68;WE=150522479;WS=150522461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	150526044	rs41317515	G	C	20736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=783;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,777:1.00:777
chr1	150526406	rs6681639	C	T	8327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=136;NR=149;PP=2965;SC=GCCAGCAGGGCCAAGGGCCTT;SOR=0.839;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=286;TCF=136;TCR=150;TR=285;WE=150526414;WS=150526396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr1	150528090	rs146160043	G	GACAC	9302.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=66;PP=2973;SC=TATGCACACAGACACATGCCC;SOR=1.162;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=81;TCF=8;TCR=73;TR=74;WE=150528098;WS=150528080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	150528118	rs149100901	T	TACAC	6849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=53;PP=2975;SC=CATACACATGTACACACATAT;SOR=0.998;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=9;TCR=54;TR=62;WE=150528126;WS=150528108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	150528175	rs35233292	GCA	G	3172.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=81;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=33;PP=1595;SC=ACGCATATGCGCACAGACACA;SOR=1.394;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=34;WE=150528184;WS=150528165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	150528208	rs9728540	C	T	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=1.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	150529322	rs34379037	T	TAA	4560.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=36;PP=2965;SC=CTGTTCCCTCTGGGCAGAGCT;SOR=1.029;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=71;WE=150529330;WS=150529312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	150531008	rs10888382	T	C	9797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr1	150531050	rs10749657	G	A	11931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=231;NR=199;PP=2965;SC=CAGGCCCCCCGCAGCCCCCCA;SOR=0.861;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=436;TCF=233;TCR=203;TR=430;WE=150531058;WS=150531040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr1	150531170	rs10749658	C	T	13033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=212;NR=248;PP=2965;SC=TGGGTAACCACGCCCAGGACA;SOR=0.935;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=460;TCF=212;TCR=248;TR=460;WE=150531178;WS=150531160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr1	150531380	rs11204664	T	C	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.08;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	150550019	rs11428742	T	TA	4983.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.07;NF=2;NR=67;PP=2967;SC=TCTGCTCTCTTACAACACTAC;SOR=1.828;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=74;TCF=3;TCR=71;TR=69;WE=150550027;WS=150550009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	150600181	rs2280078	C	T	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=42;PP=1271;SC=CTTGTAAATACGCTATCTCTA;SOR=0.947;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=76;WE=150600189;WS=150600171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	150676485	rs12403609	T	C	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=4;PP=355;SC=AAATATTGAATTTTATTCTAA;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=150676493;WS=150676475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	150676674	rs367543855	TA	T	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=2.143;QD=2.25;ReadPosRankSum=-0.345;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr1	150686633	rs34593358	A	T	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	150687296	rs10888388	C	T	236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=3;PP=143;SC=GGGTCTCACTCTATCACCCAG;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=150687304;WS=150687286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	150730529	.	A	AT	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=3.188;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr1	150771703	rs10788796	T	C	13152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr1	150779755	rs6587522	C	T	7569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr1	150790289	rs35672926	C	CA	309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=-0.976;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,37:0.34:108
chr1	150801466	rs3738483	T	C	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=18;PP=1253;SC=CTCTTTTTCTTAACTGAGGTT;SOR=1.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=63;WE=150801474;WS=150801456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	150849071	rs34415707	AC	A	1131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.76;ReadPosRankSum=0.548;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,48:0.92:52
chr1	150932953	.	GAA	G	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=0.965;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr1	150936280	rs74681459	C	G	3870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=53;PP=2289;SC=TTTCTTTTAACATACTCTATA;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=71;TCR=54;TR=124;WE=150936288;WS=150936270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	150938616	rs267739	G	A	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=1.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	150940625	rs267738	T	G	5899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	150944541	rs267737	A	G	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=9;PP=263;SC=TGCCTGCAAAACAGGGGGTGG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=150944549;WS=150944531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	150958836	rs267733	A	G	5257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=3.053;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.77;ReadPosRankSum=1.878;SOR=0.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,203:1.00:204
chr1	150969992	rs2925740	T	C	8960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=156;NR=145;PP=2965;SC=GGGGAAGGACTCTGAGAGAAG;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=301;TCF=156;TCR=145;TR=301;WE=150970000;WS=150969982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr1	150970577	rs2925741	G	T	4773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=55;PP=2965;ReadPosRankSum=1.548;SC=CTGCAGCTGCGTTTCTGGGGA;SOR=0.590;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=109;TCR=55;TR=163;WE=150970585;WS=150970567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,174:0.99:175
chr1	150970836	rs1673160	T	A	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=53;PP=1486;SC=GCATGTGGACTTTTTTTTTCT;SOR=2.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=67;WE=150970844;WS=150970826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	150972538	rs708909	G	A	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	150974162	rs771204	G	A	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=34;PP=1699;SC=TAGCTCTGGAGCCCCTTGGGT;SOR=1.115;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=95;WE=150974170;WS=150974152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	150975108	rs771205	T	C	3223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=63;PP=1632;SC=AAAAGGGACTTGGCTGAGGGG;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=103;WE=150975116;WS=150975098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	150990466	rs71090118	C	CAT	4446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=42;PP=2086;SC=CACTTACCAGCATTTAGCATT;SOR=1.345;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=43;WE=150990474;WS=150990456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	150990825	rs3738480	A	G	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=3;PP=480;SC=CTGGGTACTTATGGCTTTGAG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=150990833;WS=150990815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	150991285	rs6664220	A	G	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=31;PP=940;SC=TTGGGAGGCCAAGGCGGGCGG;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=150991293;WS=150991275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	150997940	rs3738478	T	C	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=16;PP=1660;SC=TTCTGGTGGTTGTGTGTGAAG;SOR=2.513;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=59;TCR=16;TR=75;WE=150997948;WS=150997930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	150998221	rs55774303	AT	A	833.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.211;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.058;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,59:0.78:76
chr1	151001583	rs6691701	G	A	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=27.95;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	151006539	rs3738476	C	A	8865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=159;NR=151;PP=2965;SC=TGATTTCTGGCCTGAGTCAAG;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=312;TCF=160;TCR=152;TR=310;WE=151006547;WS=151006529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr1	151019180	rs6587553	A	G	6430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr1	151026815	rs2902810	C	T	8706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=160;PP=2965;SC=AAAACAGATGCGAGACACCTT;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=308;TCF=148;TCR=160;TR=308;WE=151026823;WS=151026805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr1	151028234	rs11204767	G	T	5394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=74;NR=111;PP=2965;SC=GCTTCACTCCGCTGTCTGAGG;SOR=1.291;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=74;TCR=111;TR=185;WE=151028242;WS=151028224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	151039609	rs3738481	A	G	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=1.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	151070252	rs35034487	CA	C	1367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;MQRankSum=0.437;QD=12.78;ReadPosRankSum=0.258;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:13,94:0.88:107
chr1	151104598	rs4971005	A	G	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	151104950	rs10788800	G	A	3352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	151105824	rs4971006	C	G	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	151108137	rs4971007	T	G	11292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=226;NR=178;PP=2965;ReadPosRankSum=1.329;SC=CCACCTGGGGTCAGCACCTTC;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=409;TCF=229;TCR=180;TR=404;WE=151108145;WS=151108126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,433:0.99:439
chr1	151114882	rs11464219	C	CT	4241.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=29;PP=2532;SC=TGTTAGCTTCCTGAGGCTGGG;SOR=1.047;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=56;WE=151114890;WS=151114872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	151131581	rs41310905	G	A	12170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=231;NR=201;PP=2965;SC=ACCACCTCACGCCCAAGTCAC;SOR=0.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=432;TCF=231;TCR=201;TR=432;WE=151131589;WS=151131571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,465:1.00:465
chr1	151134579	rs11459817	T	TA	372.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.75;ReadPosRankSum=0.968;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr1	151137793	rs41308397	C	G	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=28;PP=852;SC=GAGACTGCGACTGACAGGCCT;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=151137801;WS=151137783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	151138115	rs41268530	C	G	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=53;PP=2369;SC=TCCCAGCTCTCCCCGGTCCCG;SOR=0.978;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=83;TCR=53;TR=136;WE=151138123;WS=151138105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	151138355	rs41268532	G	C	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=55;PP=1710;SC=GGATCCAGTTGAGCGGCAAGG;SOR=1.489;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=86;WE=151138363;WS=151138345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	151138447	rs41268538	A	C	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.485;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=574;ReadPosRankSum=-0.299;SC=GTTCCCTCCGAGCACCAGAGA;SOR=0.673;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=27;WE=151138455;WS=151138437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr1	151138938	rs41269644	T	C	4143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	151139073	rs78216774	CT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-0.458;SOR=0.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr1	151140742	rs138637165	C	T	7655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr1	151140817	rs75438688	G	A	6010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=94;NR=113;PP=2965;SC=CTTCGAAGGTGAGTATGCCTA;SOR=1.119;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=209;TCF=95;TCR=114;TR=207;WE=151140825;WS=151140807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	151143970	rs28730722	G	C	4668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=49;PP=2749;SC=ATAGGTATTTGCCTTCATTGC;SOR=1.234;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=92;TCR=49;TR=141;WE=151143978;WS=151143960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	151144314	rs200165349	C	CT,CTT	529.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.936;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.76;MQRankSum=0.669;QD=12.92;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:10,16,15:0.39,0.37:41
chr1	151146186	rs7552226	C	G	2760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=65;PP=1941;SC=TAGAATGCTGCGTCACGAAGG;SOR=1.839;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=28;TCR=66;TR=93;WE=151146194;WS=151146176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	151146276	rs7521416	T	C	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=21;PP=563;SC=AGTGCGGGGCTGGGCGCTGTG;SOR=1.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=151146284;WS=151146266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	151149487	rs78427992	A	G	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=37;PP=1298;SC=CAATGCAGACACCGAGGGAGC;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=79;WE=151149495;WS=151149477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	151149601	rs6656261	A	G	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=20;PP=717;SC=AGTGGCTCACACCTGTAATTC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=151149609;WS=151149591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	151156766	rs41269666	T	C	3167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	151205303	rs7544947	A	G	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=31;PP=1043;SC=CAGGCCAGGCACGGTGGCTCA;SOR=1.524;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=151205311;WS=151205293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	151209063	rs12407426	C	T	11452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.34;QD=25.85;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr1	151209297	.	CT	C	148.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.456;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.668;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr1	151212399	rs141190258	C	CCTT	5842.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=31;PP=2967;SC=TGCCGGGCCTCCTAACTCTAT;SOR=1.294;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=59;WE=151212407;WS=151212389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	151220133	.	C	T	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.27;NF=32;NR=8;PP=806;SC=ATCTCCTGACCTCGTGATCCA;SOR=2.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=151220141;WS=151220123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	151227371	rs3811405	A	G	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	151237098	.	A	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=0.262;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr1	151237589	rs3216063	TC	T	3325.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=46;PP=1909;SC=GCGGGTCCTTTCCCCCCCTCG;SOR=0.838;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=69;WE=151237597;WS=151237579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	151238575	rs41269696	G	A	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=44;NR=31;PP=1290;SC=GGATTGCTACGACTGGGACTG;SOR=0.742;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=45;TCR=31;TR=75;WE=151238583;WS=151238565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	151239051	rs7489	T	C	7413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr1	151239290	rs186239934	G	A	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=16;PP=1393;SC=GGTGGGAGCAGCCTGGGCAGT;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=69;WE=151239298;WS=151239280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	151252754	.	C	A	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=33;PP=1055;SC=GTAACGAAACCACTTTTAAAA;SOR=1.316;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=55;WE=151252762;WS=151252744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	151254041	rs3811406	T	C	5808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	151259113	rs112780836	G	A	7303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=140;NR=101;PP=2965;SC=AACTAAAGAAGGGCCTGTGGG;SOR=0.964;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=140;TCR=101;TR=241;WE=151259121;WS=151259103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr1	151265549	rs41270704	G	A	3811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=67;PP=2043;SC=TGGATGGACGGGAGGGGCAGT;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=57;TCR=67;TR=123;WE=151265557;WS=151265539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	151271614	rs138525471	C	T	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=25;PP=784;SC=AAGGCTAAAACTCTTCCCTTT;SOR=1.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=151271622;WS=151271604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	151274572	.	AT	A	1648.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=27;PP=1099;SC=AGCCTGACAGATTTTTTTGGA;SOR=0.904;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=40;WE=151274580;WS=151274562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	151280400	rs1536617	C	G	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=28;PP=817;SC=TCCAGGAAAGCAGCTGCTTTT;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=151280408;WS=151280390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	151288391	rs1752379	A	G	4639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.083;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=75;PP=2707;ReadPosRankSum=-0.579;SC=CATCACCCACATCCTCATCCA;SOR=0.294;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=167;TCF=90;TCR=77;TR=165;WE=151288399;WS=151288381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
chr1	151314379	rs1752387	T	C	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=406;SC=CTAACCTATATATTCATCATA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=151314387;WS=151314375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	151316161	rs1752386	G	A	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=37;PP=1678;SC=ACACACCAGCGAGCCCCATGG;SOR=1.015;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=94;WE=151316169;WS=151316151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	151318378	rs141342315	C	G	11846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr1	151337788	rs10788804	A	G	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=49;PP=1672;SC=TATAAGGAGGACCATAGTGGG;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=85;WE=151337796;WS=151337778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	151341703	rs55906289	G	A	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=29;PP=820;SC=CCCAGGCCACGCCTCTGTCCA;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=151341711;WS=151341693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	151341728	rs35093538	G	GC	867.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=16;PP=954;SC=TGGAAGAGGCGCCCTGTGGAC;SOR=1.528;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=23;WE=151341736;WS=151341718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	151372138	rs7172	G	A	5823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	151372770	rs2495390	A	G	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=51;PP=1633;SC=GGGGGACTGGAAGAGTTGTTG;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=71;WE=151372778;WS=151372760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	151373200	rs2495391	T	C	5249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=104;NR=76;PP=2965;SC=CTAAGATGAATCTAAGGTGAA;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=106;TCR=76;TR=180;WE=151373208;WS=151373190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	151377248	rs6667714	T	C	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=35;NR=37;PP=1834;SC=GTTCCCACCCTCACTCCACAC;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=72;WE=151377256;WS=151377238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	151379250	rs2274535	G	A	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=12;PP=1005;SC=ACTTCAGGTCGGAAGGTTTCT;SOR=2.004;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=151379258;WS=151379240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	151380501	.	AAAAAAAG	A	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=-0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.32;ReadPosRankSum=1.021;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr1	151381320	rs3831142	GA	G	3175.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.71;QD=23.52;SOR=1.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	151384052	.	T	TA	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=0.090;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,28:0.21:131
chr1	151384711	rs1887545	A	G	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=34;PP=1899;SC=TTCATTAGTAAATTCTTTGTA;SOR=1.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=67;TCR=35;TR=100;WE=151384719;WS=151384701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	151384733	rs3748550	G	A	4150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=83;NR=51;PP=2295;SC=TCTTCCTGAGGGCAAAACTGC;SOR=0.998;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=84;TCR=51;TR=134;WE=151384741;WS=151384723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	151395782	rs2274533	T	C	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=11;PP=859;SC=GTTACCCACATGTAAATAAAT;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=151395790;WS=151395772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	151396037	rs2274534	A	C	4976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=111;PP=2680;SC=TCTGTAATAAAGCACAAAGAG;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=72;TCR=111;TR=183;WE=151396045;WS=151396027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	151400942	rs11204811	A	C	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	151402045	rs6587577	A	G	5847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=133;NR=75;PP=2965;SC=TCTGGATGCCAGTTTATTCCA;SOR=1.349;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=135;TCR=76;TR=208;WE=151402053;WS=151402035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	151499635	rs2298168	C	T	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=28;PP=807;SC=GAACACCTGCCTTACCTCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=151499643;WS=151499625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	151501698	rs2096232	A	G	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=5;PP=491;SC=AGAAACTGCCAAACTACTTTC;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=151501706;WS=151501688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	151501737	rs6678068	T	C	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	151508061	rs11204842	A	C	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=4;PP=529;SC=TGGTCCTCTCACCCATCCCCA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=151508069;WS=151508051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	151518484	rs71580387	T	TTC	2433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.26;QD=39.90;SOR=1.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	151535020	rs143684177	A	ATC	542.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.71;ReadPosRankSum=1.808;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr1	151538507	rs11405272	T	TC	278.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.87;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	151542099	rs3748610	G	T	3168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=39;PP=1781;SC=AGAAACTTGAGGGCTTCCCCT;SOR=1.123;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=71;TCR=39;TR=109;WE=151542107;WS=151542089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	151546931	rs6660238	A	G	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=51;PP=1528;SC=AGGGGCCTGCAGGTGGATCGA;SOR=5.318;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=3;TCR=51;TR=54;WE=151546939;WS=151546921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	151551320	rs3748608	G	A	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=29;PP=992;SC=GGGCTGGTTTGTAACCTGCCC;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=60;WE=151551328;WS=151551310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	151552301	rs3833527	TG	T	973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=16;PP=739;SC=GTCTTTGTCATGTCTTGCTGT;SOR=2.215;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=151552309;WS=151552291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	151553918	rs10494267	C	T	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=1;PP=319;SC=ACCCTTGCTACAAGACACATG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=151553926;WS=151553911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	151554503	rs1891592	T	C	3212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=35;PP=1805;SC=ACTCTGGCTGTGCCATAAGCC;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=74;TCR=35;TR=109;WE=151554511;WS=151554493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	151634512	rs3831367	A	AT	1903.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=6;PP=1728;ReadPosRankSum=1.105;SC=AAATGTATTGATTTTTTTCCC;SOR=2.409;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=67;TCF=58;TCR=9;TR=59;WE=151634520;WS=151634502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr1	151634803	rs11808761	G	A	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=61;PP=1739;SC=AAGGAAGATAGATTAAATAAG;SOR=2.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=15;TCR=62;TR=76;WE=151634811;WS=151634793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	151665562	rs35971824	G	GT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=1.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.26;ReadPosRankSum=-0.496;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,19:0.16:118
chr1	151675618	rs1308150	T	C	4515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=59;PP=2599;SC=AAACGCTGGGTACAGAAGGCC;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=88;TCR=59;TR=147;WE=151675626;WS=151675608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	151679480	.	G	T	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=323;SC=CCAACAGGAAGGATCATCCCC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=151679488;WS=151679470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	151687998	rs141638568	GCA	G	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=4.157;QD=0.36;ReadPosRankSum=0.992;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,17:0.10:168
chr1	151700189	rs72506285	C	CCTG	2830.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=40;PP=1140;SC=CAGGATTCTCCCAGAGTCTGG;SOR=2.602;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=41;WE=151700197;WS=151700179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	151733379	.	CAA	C	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=-0.629;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,15:0.21:70
chr1	151740479	rs1196457	C	A	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=1;PP=740;SC=GACACACCCCCATCTGCCTGA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=151740487;WS=151740476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	151740666	rs2495397	T	C	7969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr1	151742550	.	GGAGAGA	G	4362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=46.91;SOR=1.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	151742553	.	GAGAGAGGGAGAGGGAGACCATGGGGAGAC	G	2975	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=16;MQ=61.32;NF=22;NR=21;PP=2975;QD=20;SC=AGACCGTGGAGAGAGAGGGAG;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=43;WE=151742596;WS=151742543;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,43:0.90:48
chr1	151742565	rs140076465	GGGAGACCATGGGGAGACGGAGAC	G	4976.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.89;QD=40.79;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	151742588	.	C	G	2152	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=19;MQ=60.82;NF=59;NR=37;PP=2152;QD=22.7788667974;SC=GAGACGGAGACGGAGAGGGAG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=96;WE=151742596;WS=151742543;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr1	151747043	rs1123855	C	T	5058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=92;NR=78;PP=2658;SC=GCAATGCCAGCGAGGCTCAAA;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=92;TCR=78;TR=170;WE=151747051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	151747733	rs1781421	C	T	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=40;PP=1475;SC=ACTTTAAAGACATTCCTTTGG;SOR=1.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=63;WE=151747741;WS=151747723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	151747799	rs1781419	G	A	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=21;PP=1237;SC=GGTTTCTGAGGAAGAAAAAGT;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=151747807;WS=151747789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	151748425	rs3923394	C	A	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.277;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=40;PP=1374;ReadPosRankSum=1.148;SC=TTGCTGCTTTCAGAAAGAACC;SOR=1.155;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=69;WE=151748433;WS=151748415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr1	151751081	rs1996729	G	A	3190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=68;NR=39;PP=1947;SC=AGACTGAGAAGGCATTCCTTC;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=69;TCR=40;TR=107;WE=151751089;WS=151751071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	151754112	rs35077383	T	C	4048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.36;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	151780177	rs3828057	C	T	2954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=57;PP=1670;SC=GAAGTCCGCTCATTCTTCCTG;SOR=1.209;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=97;WE=151780185;WS=151780167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	151783688	rs939595	A	C	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=2;PP=469;SC=TCTAACAGAGAGTGGTACTCC;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=151783696;WS=151783678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	151789588	rs151171878	C	CTGTGTGTG	996.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.46;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	151789609	rs56273334	C	T	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.56;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	151789609	.	CGC	TGT	880	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MMLQ=22;MQ=60.31;NF=14;NR=8;PP=880;QD=42.4303579483;SC=TGTGTGTGTGCGCGCGCGCGC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=22;WE=151789619;WS=151789597;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,22:0.73:30
chr1	151789611	rs55841824	C	T	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.51;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	151789647	rs12144914	T	G	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	151811226	rs6673556	G	A	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=5;PP=547;SC=GAGGCAGCGAGCAGGTCGCGG;SOR=2.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=151811234;WS=151811216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	151819691	.	AGGAGGCAGGAGGCAGGCAGGGGAGGCAGGAGGCAGGAGGCAGGCAGG	A	1747.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.19;QD=45.99;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	151819738	.	G	GGGAGGCA	399	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MMLQ=16;MQ=56.45;NF=2;NR=4;PP=399;QD=70.3333333333;SC=AGGCAGGCAGGGGAGGCAGGA;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=6;WE=151819746;WS=151819728;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:20,6:0.23:26
chr1	151820298	rs6587624	G	C	5617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr1	151820324	rs6587625	T	C	4835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=79;NR=82;PP=2808;SC=AACCAGAGAGTCCACGGGGAT;SOR=0.938;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=80;TCR=82;TR=161;WE=151820332;WS=151820314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	151825991	rs7556386	G	T	2372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	151862661	rs1060870	G	A	4748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.88;QD=26.09;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	151867560	rs3762427	G	A	3596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.23;QD=26.45;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	151881885	rs3748805	A	C	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=39;PP=985;ReadPosRankSum=1.238;SC=TACTGGCGGCAGGCACAGAGC;SOR=0.672;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=61;WE=151881893;WS=151881875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr1	152009530	rs3811422	T	C	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=12;PP=410;SC=CTCAGACAGCTTCCGCGCCTG;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=152009538;WS=152009520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr1	152085505	rs2515663	A	C	5819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=109;PP=2926;SC=ATTACTGTCAAGATCCAGAAG;SOR=1.048;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=91;TCR=109;TR=200;WE=152085513;WS=152085495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	152086555	rs141946179	AT	A	3752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=104;PP=2146;SC=AAGTGGAGACATTTTTTTTTC;SOR=1.813;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=122;TCF=3;TCR=119;TR=107;WE=152086563;WS=152086545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	152191709	rs6662450	C	G	13988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=229;NR=257;PP=2965;SC=GGAAGAACAACTTGTGCCAGA;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=487;TCF=229;TCR=258;TR=486;WE=152191717;WS=152191699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,524:1.00:524
chr1	152191879	rs10788828	G	A	12525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=239;NR=190;PP=2965;SC=AGCTAGATCCGTGTTGTTCAC;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=432;TCF=239;TCR=193;TR=429;WE=152191887;WS=152191869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr1	152192114	rs7520249	C	T	10044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=136;NR=200;PP=2965;SC=GGACCCATGTCGGCCGCGACT;SOR=1.208;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=336;TCF=136;TCR=200;TR=336;WE=152192122;WS=152192104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr1	152192293	rs7520375	C	T	5122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=70;PP=2965;SC=AGGAATGACCCGAGCTAGATC;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=93;TCR=70;TR=163;WE=152192301;WS=152192283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	152192631	rs6587647	C	T	16455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=298;NR=281;PP=2965;ReadPosRankSum=1.954;SC=CCGTGTTGTCCGTGGCCGGAG;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=582;TCF=300;TCR=282;TR=579;WE=152192639;WS=152192621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,601:1.00:603
chr1	152192687	rs6587648	T	C	16774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=290;NR=297;PP=2965;SC=AGAGGAATGCTCTGAGCTAGA;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=290;TR=587;WE=152192695;WS=152192677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,606:1.00:606
chr1	152192978	rs6587649	T	C	16610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=319;NR=290;PP=2965;SC=AGATCCATGTTGTCCCTGGCT;SOR=0.742;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=614;TCF=322;TCR=292;TR=609;WE=152192986;WS=152192968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,623:1.00:623
chr1	152193052	rs6587650	A	G	14459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=243;NR=283;PP=2965;SC=AGCCAGACTCATGTTGCCCAA;SOR=0.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=527;TCF=244;TCR=283;TR=526;WE=152193060;WS=152193042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,544:1.00:544
chr1	152193121	rs6587651	G	T	10694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=168;NR=188;PP=2965;SC=AGTAACTTGAGCCAGACCCGT;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=357;TCF=168;TCR=189;TR=356;WE=152193129;WS=152193111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr1	152193291	rs6587652	G	T	17839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=355;NR=243;PP=2965;SC=GATCTGTGTCGTTCACCCCTA;SOR=1.089;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=599;TCF=355;TCR=244;TR=598;WE=152193299;WS=152193281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,635:1.00:635
chr1	152193544	rs7535536	A	G	21128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.02;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr1	152193547	rs6587653	G	A	21147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.97;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr1	152193851	rs11204937	C	T	10324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=174;NR=182;PP=2965;SC=GATTTTATTACGAGCCTGAAC;SOR=0.878;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=356;TCF=174;TCR=182;TR=356;WE=152193859;WS=152193841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr1	152193990	rs11204938	A	G	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=55;PP=1606;SC=AGGTACAAAGAGTAGCTCTGT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=17;TCR=55;TR=72;WE=152193998;WS=152193980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	152195728	rs34061715	AT	A	3608.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.476;HP=11;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.615;NF=5;NR=110;PP=1521;ReadPosRankSum=-0.609;SC=GAGTTTAGGCATTTTTTTTTT;SOR=0.402;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=137;TCF=7;TCR=130;TR=115;WE=152195737;WS=152195718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,197:0.94:210
chr1	152276880	rs140287233	T	C	13812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=195;NR=259;PP=2965;SC=CATCTCCTGATTGTTCGTCAT;SOR=1.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=454;TCF=195;TCR=259;TR=454;WE=152276888;WS=152276870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr1	152281621	rs34806697	T	C	20028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=768;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;QD=26.22;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,764:1.00:764
chr1	152287341	.	C	CT	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=2.389;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr1	152329369	rs2282302	C	G	21285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=768;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=362;NR=335;PP=2965;SC=ATGTGACTGACAAGAACTTGA;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=697;TCF=362;TCR=335;TR=697;WE=152329377;WS=152329359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,764:1.00:764
chr1	152384498	rs3215709	G	GT	567.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=480;SC=AATTCCCCAGGCAAGGCCTCT;SOR=2.448;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=12;WE=152384506;WS=152384497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	152384833	rs1923492	T	C	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=42;PP=1422;SC=TGTTTTTAGTTTTCCTTTGTC;SOR=1.673;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=66;WE=152384841;WS=152384823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	152552285	rs512208	C	A	10012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=208;NR=136;PP=2965;SC=AGGGCCACAGCCCCCAGAGCT;SOR=1.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=345;TCF=208;TCR=137;TR=344;WE=152552293;WS=152552275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr1	152636843	rs9793541	A	T	4561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.697;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.611;SC=CCGGCACCAGAGCCCCGATTG;SOR=1.415;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=56;TCR=107;TR=160;WE=152636851;WS=152636833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,173:0.99:174
chr1	152681543	rs1332496	T	C	18698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=721;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.01;ReadPosRankSum=1.797;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,717:1.00:719
chr1	152681680	rs6143428	C	CAGCTCTGGGGGCTGCTGT	11810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=668;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.035;NF=11;NR=109;PP=2900;ReadPosRankSum=-0.958;SC=GCTGTGGCTCCAGCTCTGGGG;SOR=1.525;Source=Platypus;TCF=22;TR=120;WE=152681694;WS=152681669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,418:1.00:420
chr1	152691943	rs1332499	G	A	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=21;PP=1898;SC=AAACCTTCCTGGTTTTACAGT;SOR=2.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=71;TCR=21;TR=92;WE=152691951;WS=152691933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	152692074	rs1332500	G	C	9749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=201;NR=124;PP=2965;SC=GGGCAGGGTAGCAATGGTGCC;SOR=1.188;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=325;TCF=201;TCR=124;TR=325;WE=152692082;WS=152692064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr1	152692472	rs873775	A	C	19604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=720;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.27;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,719:1.00:719
chr1	152692588	rs944682	A	G	14718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=248;NR=275;PP=2965;ReadPosRankSum=1.889;SC=ACACAGGATCATCTGGCTGCT;SOR=0.457;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=524;TCF=249;TCR=275;TR=523;WE=152692596;WS=152692578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,560:1.00:561
chr1	152692781	rs3814350	G	T	3579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.54;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	152692862	rs3814351	G	C	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=25;PP=712;SC=TCATCACTTTGCCTCTGTGCT;SOR=2.517;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=152692870;WS=152692852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	152732436	rs4845480	G	C	9004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=150;NR=148;PP=2965;SC=AGTGCGAAGCGTCACAACCTG;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=298;TCF=150;TCR=148;TR=298;WE=152732444;WS=152732426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr1	152733301	rs4329520	T	A	33276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=1248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=595;NR=583;PP=2965;SC=CCCAGAACCATGCATAAGTCT;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1186;TCF=600;TCR=586;TR=1178;WE=152733309;WS=152733291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1239:1.00:1239
chr1	152759950	rs11205106	A	G	9838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=184;NR=196;PP=2965;SC=CTCTGGGGGCAGCTGTGGCTC;SOR=0.868;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=380;TCF=184;TCR=196;TR=380;WE=152759958;WS=152759948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr1	152777868	rs36107483	A	G	10271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.64;QD=27.99;SOR=1.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr1	152777964	rs17624493	G	A	7470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=26.12;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr1	152882952	.	G	C	262	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=27;MQ=44.31;NF=16;NR=6;PP=262;QD=13.4896005703;SC=GGAGCTCCCAGAGCAGCAGGA;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=22;WE=152882960;WS=152882942;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:47,22:0.32:69
chr1	152882982	.	C	CAGCAGCAGGAGGGGCAGCTGGAGCTCTCTG	1601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.41;QD=94.22;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	152944594	rs3170863	C	T	12371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=183;NR=228;PP=2965;SC=CCTCCAAGAGCAAACAGAAGT;SOR=1.020;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=415;TCF=185;TCR=230;TR=411;WE=152944602;WS=152944584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr1	152957573	rs1611760	T	C	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=9;PP=1285;SC=AATGGGGGAGTTAAGGGAGAT;SOR=2.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=56;WE=152957581;WS=152957563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	152957832	rs1611762	C	A	9686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.132;NF=190;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=1.357;SC=AGCCCTGCCACCCCAAGGTGC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=355;TCF=191;TCR=164;TR=349;WE=152957840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,355:0.99:357
chr1	152957887	rs1611764	G	A	10797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=59.94;NF=205;NR=165;PP=2965;SC=CCAGCCCAAGGTTCCAGAGCC;SOR=0.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=374;TCF=206;TCR=168;TR=370;WE=152957895;WS=152957877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr1	152975495	rs2075739	G	A	8768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=177;NR=136;PP=2965;SC=ATCCTTTGAAGCATGAGTTCT;SOR=0.917;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=313;TCF=177;TCR=136;TR=313;WE=152975503;WS=152975485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr1	152975658	rs67156933	AGAGCCAGGCTGTACCAAGGTCCCT	A	2039.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=32;PP=1243;SC=CAAAGATTCCAGAGCCAGGCT;SOR=1.848;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=102;TCF=15;TCR=87;TR=37;WE=152975689;WS=152975648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	152975763	rs1977734	C	A	4358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.52;MQRankSum=2.112;QD=40.36;ReadPosRankSum=-0.979;SOR=0.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr1	152975829	rs1970328	A	G	7167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.365;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.136;NF=109;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=1.709;SC=AGGTCCCTGAACCAGGCAGCA;SOR=0.496;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=110;TCR=87;TR=194;WE=152975837;WS=152975819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,216:1.00:217
chr1	152975941	rs1055935	C	G	8444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=150;NR=135;PP=2965;SC=CTACACAAAGCTACCAGAGCC;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=286;TCF=151;TCR=135;TR=285;WE=152975949;WS=152975931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr1	153004721	rs1334848	A	T	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=18;PP=1337;ReadPosRankSum=-0.997;SC=GAAAGAACATAGCTTTTTAAG;SOR=0.909;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=70;WE=153004729;WS=153004711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr1	153004778	rs3820141	C	T	5249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=113;NR=74;PP=2965;SC=TTATTCTCTGCTTAAATCATC;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=113;TCR=74;TR=187;WE=153004786;WS=153004768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	153004809	rs3181787	T	C	7724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=153;NR=118;PP=2965;SC=CCAGGACCAGTCACTGTTGCA;SOR=0.922;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=273;TCF=155;TCR=118;TR=271;WE=153004817;WS=153004799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr1	153004848	rs3795381	T	C	16645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=44.87;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr1	153004853	rs3795382	C	T	16660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=44.08;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr1	153004983	rs12195	C	T	8860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.127;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-2.317;NF=192;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=7.466;SC=CCAAAGTGCCCGAGCCCTGCC;SOR=1.040;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=333;TCF=194;TCR=139;TR=325;WE=153004991;WS=153004973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:90,332:0.79:422
chr1	153005156	rs2711	C	T	13252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=194;NR=271;PP=2965;SC=TCCCATTCTGCGTATGAGTCC;SOR=1.074;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=467;TCF=195;TCR=272;TR=465;WE=153005164;WS=153005146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr1	153122310	rs510277	G	A	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=10;PP=619;SC=AGTCCTGGGAGTAAGAAGAGC;SOR=1.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=34;WE=153122318;WS=153122300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	153233510	rs6661601	A	G	7276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=132;PP=2965;SC=TGGCGGCGGCAGCGGCGGTGG;SOR=0.947;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=119;TCR=134;TR=248;WE=153233518;WS=153233497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	153233991	rs11275959	A	ACTCTGGCGGCGG	1600.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.670;NF=3;NR=22;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.185;SC=GTCTGCGGCTACTCTGGCGGC;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=25;WE=153233999;WS=153233981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,58:0.97:60
chr1	153271524	rs821431	C	T	3103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=35;PP=1916;SC=TCCCGCCATGCTTCCCAGACA;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=73;TCR=35;TR=108;WE=153271532;WS=153271514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	153279696	rs55991125	C	T	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=52;PP=1574;SC=GCCCTGCAGGCGAGCGGTCTT;SOR=1.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=76;WE=153279704;WS=153279686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	153313044	rs12063091	C	T	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=46;PP=1268;SC=CGTGGGACAACGCCGGGGCAA;SOR=1.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=65;WE=153313052;WS=153313034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	153315467	rs5777858	T	TAAG	1485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=4;PP=842;SC=ATGAGAAGGATAAGACAGCAG;SOR=1.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=17;WE=153315475;WS=153315457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	153315579	rs3014863	A	G	4136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	153315784	rs1865234	T	C	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=45;PP=1469;SC=GGACTGAAGCTATGTTCACTA;SOR=1.275;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=75;WE=153315792;WS=153315774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	153318451	rs12070717	C	T	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=13;PP=1137;SC=TGGTACTGCTCTCTGCACTTC;SOR=2.259;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=53;WE=153318459;WS=153318441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	153320401	rs12096209	G	A	6601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=105;PP=2965;SC=AAGAAGCCACGGCAGCATCCC;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=122;TCR=105;TR=226;WE=153320409;WS=153320391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr1	153410822	rs10888561	C	A	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=41;PP=1156;SC=TTTCAAAAAGCCTTCAGGAAA;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=70;WE=153410830;WS=153410812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	153412392	rs3006428	T	G	7709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=122;NR=147;PP=2965;SC=AAAAGGCAAATAGGCAGGTGA;SOR=0.958;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=122;TCR=147;TR=269;WE=153412400;WS=153412382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr1	153431406	rs3014837	C	G	4982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=77;PP=2838;SC=GGCTTGGCTTCTCAATCTTGT;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=88;TCR=77;TR=165;WE=153431414;WS=153431396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	153431561	rs12132927	T	C	8407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=148;NR=141;PP=2965;SC=AGGGTCTCTATTTGGGAGTGC;SOR=0.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=292;TCF=150;TCR=142;TR=289;WE=153431569;WS=153431551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr1	153535848	.	C	CA	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=0.199;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,29:0.21:137
chr1	153587256	rs11548102	A	T	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=5;PP=736;SC=TGCAGAGATGAGGACAGGTGC;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=153587264;WS=153587246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	153587308	rs11548104	C	T	3164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=1.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	153588208	rs9792963	G	A	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=14;PP=1192;SC=TGCAGGGCAAGGCCAAGGTGA;SOR=1.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=58;WE=153588216;WS=153588198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	153588279	rs9792967	G	A	4788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	153600778	rs3806233	G	A	3458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=20;PP=2697;SC=TTCCAGCCCAGGAGACAGAGG;SOR=2.833;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=114;TCF=89;TCR=25;TR=108;WE=153600786;WS=153600768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	153604029	rs1046379	C	T	7786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr1	153604112	rs1046381	G	A	7481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr1	153609039	rs4845557	T	C	3258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	153635425	rs3795396	G	A	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=6;PP=614;SC=ACCATATTCCGCTTTGCCTGC;SOR=1.911;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=27;WE=153635433;WS=153635418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	153636432	.	TTACTAC	TTAC,T	391	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=26;MQ=60.35;NF=16,16;NR=0,0;PP=391,92;QD=24.75;SC=AATTTCAGAGTTACTACTACT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=16,16;WE=153636445;WS=153636424;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.76:21
chr1	153636465	.	CTA	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=-0.504;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,4:0.14:29
chr1	153636468	rs369602600	CTA	C	2243.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;QD=35.06;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	153636471	rs372540759	CT	C	909.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.648;QD=31.37;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr1	153636472	.	T	C	1226	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=21;MQ=60.27;NF=46;NR=15;PP=1226;QD=20.6683805336;SC=CTACTACTACTAGTAAATAAG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=61;WE=153636480;WS=153636462;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	153636860	rs4351684	A	G	6159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=131;NR=82;PP=2965;SC=AAATGGTTAGAGAGGGACTCA;SOR=1.068;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=131;TCR=82;TR=213;WE=153636868;WS=153636850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	153637617	rs3862047	G	A	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=26;PP=1277;SC=ATAGCAACAAGCTAAGTAAAC;SOR=1.257;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=69;WE=153637625;WS=153637607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	153642835	rs6663046	G	C	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=62;PP=1886;SC=ACTTACACTTGTCCCCATTCC;SOR=2.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=25;TCR=62;TR=87;WE=153642843;WS=153642825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	153656352	rs9662664	T	G	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=52;PP=1667;SC=GGAGAACCAATAGCAGAGGAG;SOR=2.439;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=14;TCR=52;TR=66;WE=153656360;WS=153656342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	153660514	rs11295572	AC	A	1052.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=8;PP=735;SC=CAGCTCCTCTACCCCCCCAAT;SOR=1.547;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=27;WE=153660522;WS=153660504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	153661374	rs34402066	CG	C	19250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=218;PP=2951;SC=CGGGCGCTCACGGTAGGCTGT;SOR=0.909;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=325;TCF=98;TCR=227;TR=306;WE=153661384;WS=153661364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,528:1.00:528
chr1	153662615	.	TCTCA	ACTCA	418	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000,1.0000;HP=2;HapScore=3;MGOF=59;MMLQ=23;MQ=52.36;NF=2,4;NR=3,9;PP=169,418;QD=40.7542425094;SC=TCTCTCTCTCTCTCACACACA;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=5,13;WE=153662626;WS=153662605;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr1	153662615	.	TCTCA	T	418	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000,1.0000;HP=2;HapScore=3;MGOF=59;MMLQ=23;MQ=52.36;NF=2,4;NR=3,9;PP=169,418;QD=40.7542425094;SC=TCTCTCTCTCTCTCACACACA;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=5,13;WE=153662626;WS=153662605;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr1	153665919	rs5777879	T	TC	1296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=26;PP=1121;SC=CCTCCACACCTCCCTACCCTG;SOR=3.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=26;WE=153665927;WS=153665909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	153701376	rs12074957	G	C	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.42;QD=27.07;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	153742534	.	GGT	G	125.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=20.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	153743317	rs4345834	G	A	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	153750207	rs139720425	C	CCTT	14428.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=102;PP=2924;SC=AATCTTACCTCCCTTCTTCCC;SOR=1.060;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=56;TCR=102;TR=157;WE=153750223;WS=153750197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr1	153750214	rs374974027	TC	T	14944.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;QD=43.70;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr1	153751799	rs141529824	CTG	C	34870.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=793;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=354;PP=2965;SC=GGGGCTTACTCTGTCTCCCAC;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=483;TCF=114;TCR=369;TR=462;WE=153751808;WS=153751789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,786:1.00:786
chr1	153784666	rs11264420	CT	C	743.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=4.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.353;QD=7.67;ReadPosRankSum=-1.392;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,71:0.73:97
chr1	153792297	rs75524443	G	A	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=25;PP=731;SC=AAGGGGGGCCGGGTGCGGTGG;SOR=1.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=37;WE=153792305;WS=153792287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	153800931	.	T	TACAC	85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=85;QD=88.0;SC=CTCTCACACATACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=1;WE=153800939;WS=153800921;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,1:0.09:11
chr1	153906397	rs11264621	A	G	5613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr1	153907278	.	C	CCTG	2990	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=26;MQ=59.68;NF=31;NR=58;PP=2990;QD=20;SC=GACACCTGCTCCTGCTGCTGC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=174;TCF=59;TCR=115;TR=89;WE=153907286;WS=153907268;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:85,89:0.51:174
chr1	153907305	rs35902206	G	GC	4365.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=1.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.75;ReadPosRankSum=4.144;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,189:0.77:246
chr1	153907306	rs2275483	T	C,TGC	10001.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.815;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=154;PP=2939;ReadPosRankSum=3.100;SC=GCTGCTGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=359;TCF=201;TCR=158;TR=353;WE=153907314;WS=153907290;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.19,0.79:240
chr1	153914261	rs72694260	C	G	81.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=98;SC=GCCCTCCCCCCACCCACATCT;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=153914269;WS=153914251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	153925616	rs186538251	G	A	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=5;PP=311;SC=CCGAGATCACGCCACTGCACT;SOR=1.085;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=19;WE=153925624;WS=153925606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	153949135	.	T	TA	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.062;QD=0.77;ReadPosRankSum=-0.609;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,28:0.17:160
chr1	153954674	rs10908578	T	C	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	153954778	rs71584158	AACAC	A,AAC	786.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=29.14;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,7,20:0.26,0.74:27
chr1	153964396	rs34521811	C	CAA	10487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.09;NF=38;NR=74;PP=2930;SC=AGGAAGTAACCAGTGATACAA;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=40;TCR=77;TR=112;WE=153964404;WS=153964386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr1	154027381	.	A	AT	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=2.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,17:0.23:75
chr1	154061855	rs2066135	T	G	2646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=32;PP=1554;SC=AAGCACGGAATATAAAAGTGC;SOR=1.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=55;TCR=32;TR=87;WE=154061863;WS=154061845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	154072601	rs139838869	G	A	11581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=180;NR=222;PP=2965;SC=ACAATGCATTGGTCCAGGTCT;SOR=1.013;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=405;TCF=180;TCR=225;TR=402;WE=154072609;WS=154072591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr1	154076366	rs7521047	T	C	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=4;PP=331;SC=TAGACTATAATTGGTAGTTTC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=154076374;WS=154076360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	154108387	rs3001361	G	A	7129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=113;NR=135;PP=2965;SC=AATGAGACCCGTTAAGTGCAA;SOR=0.990;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=249;TCF=113;TCR=136;TR=248;WE=154108395;WS=154108377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr1	154110733	.	G	GA	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.903;QD=0.44;ReadPosRankSum=1.374;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,18:0.17:105
chr1	154112167	rs2500223	A	C	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=2.586;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,42:0.70:60
chr1	154227292	rs11412846	G	GT	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=3.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.812;QD=0.79;ReadPosRankSum=-1.192;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,65:0.21:317
chr1	154243115	rs1044013	C	T	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=87;PP=2528;SC=GACCCCCAAACATATATCAGC;SOR=3.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=14;TCR=87;TR=101;WE=154243123;WS=154243105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	154243241	.	TTTTTG	T	68.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.18;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr1	154243457	rs12354278	A	T	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	154245917	rs13796	T	C	3947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=52;PP=2750;SC=GGTTCCATAGTCCTCAGCACC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=70;TCR=52;TR=122;WE=154245925;WS=154245907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	154285052	rs11265530	G	A	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.36;QD=25.33;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	154285078	rs11581043	T	G	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.07;QD=25.30;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	154293675	rs6668968	G	A	3688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=52;PP=2019;SC=GGCCACCTCCGGATACGCAGC;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=64;TCR=52;TR=116;WE=154293683;WS=154293665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	154294656	rs1194607	T	C	2965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=50;PP=1725;SC=TTGAACAGTGTCCCAGACTGA;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=100;WE=154294664;WS=154294646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	154295592	rs6685323	C	T	6465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	154303705	rs12727865	C	T	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=76;PP=2338;SC=CCACCTTCATCCAGCACAATT;SOR=5.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=5;TCR=76;TR=81;WE=154303713;WS=154303695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	154303976	rs6702754	T	C	3439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=47;PP=1662;SC=TGCTGATCAATGGAATGTGAG;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=67;TCR=47;TR=114;WE=154303984;WS=154303966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	154305010	rs1209264	A	G	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=10;PP=1052;SC=CTCCAGCCTGAGCAGCAGAGC;SOR=2.124;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=46;WE=154305018;WS=154305000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	154305190	rs12077870	G	C	6356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=102;PP=2965;SC=AATTTTGGAGGAGCAGCCTGA;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=110;TCR=102;TR=212;WE=154305198;WS=154305180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr1	154310223	rs11448687	G	GA	2236.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.211;NF=6;NR=47;PP=639;ReadPosRankSum=1.124;SC=CTGTATTAGAGAAAAAAAAAT;SOR=0.631;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=68;TCF=6;TCR=62;TR=53;WE=154310231;WS=154310213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr1	154317281	rs9660850	G	A	2921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=56;PP=1698;SC=GCTATCCTTAGCTTGGGCAGT;SOR=1.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=48;TCR=56;TR=104;WE=154317289;WS=154317271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	154318172	rs1979575	A	G	3790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=60;PP=2451;SC=AAGGAGCCTCAGAAAATTTCT;SOR=0.809;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=72;TCR=60;TR=132;WE=154318180;WS=154318162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	154321072	rs1194591	A	G	2552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=52;PP=1665;SC=GAAAGGCCTCATGTGAACACT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=88;WE=154321080;WS=154321062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	154422580	.	CTG	C	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=462;ReadPosRankSum=1.553;SC=CAGAAATGTTCTGTGTGTGTG;SOR=1.085;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=11;WE=154422589;WS=154422570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr1	154437896	rs2229238	T	C	7626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=171;PP=2965;SC=CTGTGGATGATAAAACACAAA;SOR=1.922;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=243;TCF=71;TCR=172;TR=242;WE=154437904;WS=154437886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr1	154442960	rs11265621	G	A	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=46;PP=1549;SC=TACAGGGCAGGGGCAGGAAAC;SOR=1.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=84;WE=154442968;WS=154442950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	154459197	rs4845633	C	G	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=32;PP=1093;SC=CAGGCCACTGCGGTGACCCAT;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=65;WE=154459205;WS=154459187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	154474131	rs4845635	C	G	6943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=125;PP=2965;SC=CCTCCGTGGCCCGGGAGTTTT;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=112;TCR=126;TR=237;WE=154474139;WS=154474121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr1	154474557	rs6703672	T	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	154479657	rs10654618	C	CAT	3186.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=25;PP=2072;SC=ATGCCTGACACGTTTCCTTTT;SOR=0.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=41;WE=154479678;WS=154479647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	154479670	rs6664608	C	T	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=28;PP=1230;SC=TTCCTTTTGTCGGAGTCTGAG;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=65;WE=154479678;WS=154479647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	154492702	rs10908842	G	A	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=27;PP=1625;SC=CAGACTAGCTGGCTGGGGATC;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=62;TCR=27;TR=89;WE=154492710;WS=154492692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	154493721	rs6684225	T	C	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	154514331	rs4845647	C	A	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=9;PP=399;SC=CTCAGGATGCCGTGAGGATGG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=154514339;WS=154514321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	154516571	rs6678164	T	C	13894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=207;NR=265;PP=2965;SC=TTTTCTGGGCTATGCACGTCA;SOR=1.047;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=473;TCF=207;TCR=266;TR=472;WE=154516579;WS=154516561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr1	154523215	rs4520411	C	T	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=597;SC=ATCGGTGATACGATCATTTTG;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=154523223;WS=154523205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	154523588	rs10908849	T	G	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=23;PP=662;SC=CTCCCAGCACTGTGGTCTAGT;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=154523596;WS=154523578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	154528086	rs4078519	T	C	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=26;PP=807;SC=GCTCTTAGTTTGGGCCCCACA;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=50;WE=154528094;WS=154528076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	154557685	rs9427094	C	T	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=44;PP=2046;SC=GCTCTCCTGTCTCCTTACCCA;SOR=1.104;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=67;TCR=45;TR=111;WE=154557693;WS=154557675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	154561261	rs9427095	G	C	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=28;PP=841;SC=TGTTGCAGACGTTTCACAGTT;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=154561269;WS=154561251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	154562624	rs201932953	CG	C	78.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.381;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	154562625	rs7532276	G	C	71.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=267;ReadPosRankSum=-1.199;SC=GGACCCCCCCGCCCCAAAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=21;WE=154562633;WS=154562612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	154571174	rs143817514	T	TGGA	1201.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=991;SC=TTTTCACTTGTGGAGATGAAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=19;WE=154571182;WS=154571164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	154573967	rs2229857	T	C	17279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=287;NR=309;PP=2965;SC=TGCGTTTCTTTTGGTCTCAGG;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=597;TCF=288;TCR=309;TR=596;WE=154573975;WS=154573957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,636:1.00:636
chr1	154574820	rs1466731	T	C	9732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=179;NR=165;PP=2965;SC=CCCTGACTTCTGAGATGCACG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=347;TCF=181;TCR=166;TR=344;WE=154574828;WS=154574810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr1	154575040	rs1802645	C	T	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	154600372	rs6426859	A	G	3572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=4.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	154832304	rs4845397	T	C	4421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=73;PP=2236;SC=GAGTGTCCTTTAAGCTGACTT;SOR=1.807;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=31;TCR=74;TR=104;WE=154832312;WS=154832294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	154832322	rs1218586	A	C	3590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=55;PP=1747;SC=CTTTCCTGTTAATTTGACACT;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=19;TCR=55;TR=74;WE=154832330;WS=154832312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	154841415	rs57846577	TCTCTCTCTCTCACA	T	4507.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.07;QD=44.19;SOR=2.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	154842199	.	G	GGCTGCTGCTGCT,GGCTGCTGCTGCTGCT,GGCTGCTGCT	3183.73	.	AC=1,1,0;AF=0.500,0.500,0.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.4995,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.073;NF=10,10;NR=31,31;PP=26,1299;ReadPosRankSum=0.141;SC=GGGATGCGGTGGCTGCTGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=123;TCF=27;TCR=96;TR=41,41;WE=154842230;WS=154842189;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.16,0.73:105
chr1	154917701	rs906594	A	G	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=51;PP=1585;ReadPosRankSum=0.618;SC=AGCAGGCACCACCAAGCATAT;SOR=0.946;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=50;TCR=52;TR=100;WE=154917709;WS=154917691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,113:0.98:115
chr1	154919080	rs2061690	C	T	14142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=233;NR=266;PP=2965;SC=TGGGCCTCTACCCCCACTGAG;SOR=0.898;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=501;TCF=233;TCR=268;TR=499;WE=154919088;WS=154919070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr1	154988957	rs2242195	A	G	18084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=687;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,684:1.00:684
chr1	155003954	rs11582128	G	A	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=38;PP=1756;SC=CCCTCTAATCGTCCTCCTGAG;SOR=0.850;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=69;WE=155003962;WS=155003944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	155026114	rs6660884	C	T	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=38;PP=1105;SC=ATTGTCCTCACTTTATACATG;SOR=2.107;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=52;WE=155026122;WS=155026104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	155026871	rs11548311	G	T	8806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr1	155026942	rs6427128	A	C	10552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=179;NR=198;PP=2965;SC=CACACTCAGAAGCCACCAGAG;SOR=0.891;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=377;TCF=179;TCR=198;TR=377;WE=155026962;WS=155026932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr1	155028522	rs11264302	G	A	20719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=783;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=417;NR=379;PP=2965;SC=CCTGACCATGGCAACCCCTCT;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=799;TCF=417;TCR=382;TR=796;WE=155028530;WS=155028512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,781:1.00:781
chr1	155030557	rs11264303	A	C	20935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=801;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=385;NR=370;PP=2965;SC=GCCTCCAGACAGCTAATACTC;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=755;TCF=385;TCR=370;TR=755;WE=155030565;WS=155030547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,801:1.00:801
chr1	155033317	rs11264304	T	C	4836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=95;PP=2434;SC=AGGTGAGTCCTGGATGCCAGA;SOR=1.136;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=73;TCR=95;TR=168;WE=155033325;WS=155033307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	155057499	rs3766918	A	G	4000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=46;PP=2750;SC=GGGGCTGCGGAGCGGTCAGAT;SOR=1.435;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=93;TCR=46;TR=139;WE=155057507;WS=155057489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	155106550	rs9297	A	G	10644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=162;NR=211;PP=2965;SC=GTGAAGGTGTATGCCACACCT;SOR=1.071;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=373;TCF=162;TCR=211;TR=373;WE=155106558;WS=155106540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr1	155108287	rs11264333	G	A	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=18;PP=1020;SC=GGAGCCGAGTGCGCGGGGCGG;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=155108295;WS=155108277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	155142210	rs4421576	A	G	3930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=58;PP=2249;SC=CATCACAGTAAGATCCAATGC;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=69;TCR=58;TR=127;WE=155142218;WS=155142200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	155142229	rs4276914	G	A	4018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=56;PP=2269;SC=GCCAAAAAACGGAATGCTACA;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=72;TCR=57;TR=128;WE=155142237;WS=155142219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	155148781	rs4971059	G	A	2916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=61;PP=1836;SC=CTGGCATTGTGGGTTTCCAAA;SOR=1.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=32;TCR=61;TR=93;WE=155148789;WS=155148771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	155149718	rs3814316	G	A	24378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=917;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=366;NR=514;PP=2965;SC=ACCAGGACACGGTACAGACCC;SOR=1.096;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=886;TCF=368;TCR=518;TR=880;WE=155149726;WS=155149708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,912:1.00:912
chr1	155162067	rs4072037	C	T	4968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=85;NR=63;PP=2554;SC=GACCAGAACCCGTAACAACTG;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=85;TCR=63;TR=148;WE=155162075;WS=155162057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	155173374	rs185081382	G	A	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	155178782	rs760077	A	T	4842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=83;PP=2825;SC=GCGCCGTGACACTCCGAGGCG;SOR=0.935;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=162;TCF=77;TCR=85;TR=160;WE=155178790;WS=155178772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	155181843	rs2974935	G	T	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=23;PP=1229;SC=GGGGGTACCAGACAGGACTCC;SOR=1.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=70;WE=155181851;WS=155181833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	155182164	rs2075570	C	T	7282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=147;NR=106;PP=2965;SC=TCTTCCTGCCCACCCAATCCA;SOR=0.969;SbPval=0.54;Source=Platypus;TR=253;WE=155182172;WS=155182154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr1	155184975	rs140081212	A	G	10751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;PP=2965;SC=ACAAAGGCAAAGAGACAAAGG;SOR=0.992;Source=Platypus;WE=155184983;WS=155184965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr1	155186729	rs28445596	T	C	3733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=52;PP=2127;SC=CCCCGCTCCCTTGGTCTTGAG;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=114;WE=155186750;WS=155186719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	155186742	rs1057941	G	A	2870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=43;PP=1606;SC=GTCTTGAGCCGAGTGGGTGAT;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=50;TCR=43;TR=93;WE=155186750;WS=155186719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	155202689	rs10796940	A	C	3073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=36;PP=2337;SC=AGGGGACGGGAACACACAGAC;SOR=1.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=90;WE=155202697;WS=155202679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	155203060	rs56310840	G	A	3546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=62;PP=2357;SC=GCTTAGGTGCGGAGGTGGCAC;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=62;TCR=62;TR=124;WE=155203068;WS=155203050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	155205669	rs28559737	G	T	9230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;PP=2965;SC=AGACAAAGGCGCAACACTGGG;SOR=1.046;Source=Platypus;TCF=138;WE=155205677;WS=155205659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr1	155206341	rs9628662	T	G	4022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=81;PP=2407;SC=AATCCTGGAGTTGGGTGACGG;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=58;TCR=81;TR=139;WE=155206349;WS=155206331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	155208183	rs114099990	T	C	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=30.48;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	155209360	rs2075569	C	T	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=8;PP=1418;SC=AAAAGAAAAACGAAAAGTTTC;SOR=3.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=54;TCR=8;TR=62;WE=155209368;WS=155209350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	155217435	.	AGG	A	2572.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.14;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	155217436	.	GGA	ATT	2095	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=18;NR=25;PP=2095;QD=50.1969273224;SC=CCCAGAGGTAGGAGGGAAAGG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=43;WE=155217446;WS=155217426;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr1	155217438	rs199735676	A	ATT	2572.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.36;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	155218168	rs2075568	T	C	10368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=175;NR=179;PP=2965;SC=CCAATCCCCATCCCTGGGGCG;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=354;TCF=175;TCR=179;TR=354;WE=155218176;WS=155218158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr1	155218365	rs734073	T	C	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=30;PP=890;SC=CTTTCACAGCTCCCACGCTCC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=155218373;WS=155218355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	155221837	rs2072647	C	A	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=22;NR=31;PP=826;SC=CCTCCCTCACCCAAAATCAGC;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=53;WE=155221845;WS=155221827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	155224091	rs2075566	C	A	5378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=67;PP=2965;SC=ACCCGGCTGGCACCAACTGGG;SOR=1.130;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=101;TCR=67;TR=168;WE=155224099;WS=155224081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	155224301	rs2242577	C	A	6432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=110;PP=2965;SC=CCTGAGTGAGCCCCTCACCAC;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=103;TCR=110;TR=213;WE=155224309;WS=155224291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	155230131	rs1142287	C	T	6690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=151;NR=81;PP=2965;SC=TAGCTGTGCCCCCCAGGGCAG;SOR=1.316;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=151;TCR=81;TR=232;WE=155230139;WS=155230121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr1	155231545	rs2242576	T	G	4150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=92;PP=2658;SC=GAGACCCGGGTCTCAGCTGGC;SOR=1.502;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=49;TCR=92;TR=141;WE=155231553;WS=155231535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	155239624	rs2361543	G	A	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=33;PP=1100;SC=ACTGTTCTCAGACACTTGTTG;SOR=1.355;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=55;WE=155239632;WS=155239614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	155255837	rs11264352	T	C	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=38;PP=1147;SC=GGTCCCTGCCTCAGTACGCTG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=155255845;WS=155255827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	155257492	rs11264355	C	G	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	155260350	rs1052177	A	G	5636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.71;ReadPosRankSum=-0.991;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,210:1.00:211
chr1	155260383	rs1052176	G	T	8725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr1	155265177	rs2071053	A	G	10120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr1	155265227	.	C	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=0.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.37;ReadPosRankSum=0.863;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:359,53:0.13:412
chr1	155269776	rs3020781	A	G	2302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=24;PP=1446;SC=AATTTTTGTTAAATGAATGAC;SOR=1.248;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=71;WE=155269784;WS=155269766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	155279482	rs2297480	T	G	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	155280104	rs35556344	C	CT	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.62;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr1	155289545	rs11264361	T	G	5973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	155291431	rs12741581	C	T	3602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=95;NR=20;PP=2637;SC=TGTCCTTCCCCGCAGCTCTTG;SOR=2.814;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=96;TCR=20;TR=115;WE=155291439;WS=155291421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	155294274	rs914616	A	G	6754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=128;PP=2965;SC=GCGCTGGGCTACACCTCCCTC;SOR=1.064;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=101;TCR=128;TR=229;WE=155294282;WS=155294264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr1	155294772	rs4971075	A	G	4625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=77;PP=2965;SC=GCTTCCGAATAAACTGCCCTT;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=72;TCR=77;TR=149;WE=155294780;WS=155294762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	155298229	.	AT	A	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=0.524;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.871;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	155311658	rs80187273	C	T	2442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=21;PP=1478;SC=TGAAGATTTTCGCTCAGTGAA;SOR=1.637;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=76;WE=155311666;WS=155311648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	155313047	rs4971051	T	C	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=26.55;SOR=1.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	155408635	rs4971053	T	C	7818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=135;NR=145;PP=2965;SC=GAGTCACTTGTGACTGCAGGC;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=135;TCR=145;TR=280;WE=155408643;WS=155408625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
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chr1	155532316	rs12403379	T	C	21279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.71;QD=45.37;SOR=1.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,469:1.00:469
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chr1	155532341	rs61812107	T	C	25346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.77;QD=43.03;SOR=1.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,589:1.00:589
chr1	155560679	rs369096071	CAA	C	9202.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=83;PP=2973;SC=CCTGAGGTGACAAAGACAATC;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=33;TCR=86;TR=115;WE=155560688;WS=155560669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	155581311	rs141265144	T	C	4645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.50;QD=26.70;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	155583937	rs147713038	A	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.68;QD=31.75;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	155618415	rs5777949	CT	C	9136.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=134;PP=2966;SC=ACTCATGCGCCTTTTCAGATG;SOR=0.745;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=178;TCF=32;TCR=146;TR=164;WE=155618423;WS=155618405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr1	155630752	rs3738590	A	G	4710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	155631307	.	A	AACACACACAC	426.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.05;QD=47.42;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	155658085	rs2666826	T	C	8050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=158;NR=116;PP=2965;SC=CTGGGATCGTTTCCCCTCGCA;SOR=0.982;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=274;TCF=158;TCR=116;TR=274;WE=155658093;WS=155658075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr1	155679543	.	C	CT	305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,33:0.28:116
chr1	155686739	rs377724521	CA	C	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.396;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,35:0.31:114
chr1	155691191	.	GTA	G	41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=41;QD=24.5;SC=ATGTATGTATGTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=2;WE=155691200;WS=155691181;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,2:0.12:16
chr1	155695904	rs377658512	CT	C	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.364;QD=2.34;ReadPosRankSum=-1.030;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr1	155715641	rs11264409	G	A	152.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.88;QD=21.83;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	155719111	rs2002356	A	C	3143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=43;PP=2090;SC=TGGCTTTGTTATGGCAGCCAG;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=63;TCR=43;TR=106;WE=155719119;WS=155719101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	155724315	rs72324609	GT	G	78.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.354;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	155735012	rs2297775	T	C	8581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=144;NR=146;PP=2965;SC=TCAGGATCCATTGAGGACAAA;SOR=0.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=144;TCR=146;TR=290;WE=155735020;WS=155735002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr1	155737385	rs849712	C	T	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.20;QD=26.14;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	155737425	rs5777955	AAC	AACAC,A	31.52	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=43;SC=GATCAAGAGAAACACACACAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=4;WE=155737434;WS=155737415;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:2
chr1	155746340	rs60525991	CT	C	449.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.080;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;MQRankSum=0.416;QD=16.06;ReadPosRankSum=0.224;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr1	155747369	.	C	CA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=1.193;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,13:0.20:64
chr1	155755097	rs822021	G	A	5256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	155785578	rs148569012	CAACT	C	10183.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=76;PP=2947;SC=CAAATATTACCAACTAACATT;SOR=1.213;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=54;TCR=79;TR=126;WE=155785589;WS=155785568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	155823002	rs822491	T	C	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=17;PP=1612;SC=TGTAAAGGTATCCAGAAATAG;SOR=2.362;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=63;TCR=17;TR=80;WE=155823010;WS=155822992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	155829360	rs1749412	C	A	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=173;SC=CTTAGCTCAGCGCATCCCCGG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=155829368;WS=155829353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	155829511	rs3820594	C	T	3445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	155837865	rs822522	G	C	10039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=194;NR=158;PP=2965;SC=AGAAGAAGCAGAAGAACCCAC;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=354;TCF=195;TCR=159;TR=352;WE=155837873;WS=155837855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr1	155838267	rs822521	T	C	10703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=219;NR=152;PP=2965;SC=AGGAGGCCCATGGGCTGCCAG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=371;TCF=219;TCR=152;TR=371;WE=155838275;WS=155838257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr1	155870416	rs1749409	G	A	10203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=165;NR=180;PP=2965;SC=TGACCTTTAAGGGCAAAATGT;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=346;TCF=165;TCR=181;TR=345;WE=155870424;WS=155870406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr1	155880159	rs867549	T	C	3614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=38;PP=2291;SC=AGCCTCAAAATATAAATAGTT;SOR=1.490;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=87;TCR=38;TR=125;WE=155880167;WS=155880149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	155880391	rs867550	T	C	7060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=136;NR=106;PP=2965;SC=GTATCCCATCTGGTCATTTAA;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=136;TCR=108;TR=242;WE=155880399;WS=155880381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	155880573	rs493446	C	G	8800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=164;PP=2965;SC=GGGCCTTCCTCGGTTGCCCCG;SOR=1.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=298;TCF=133;TCR=165;TR=296;WE=155880581;WS=155880563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr1	155880760	rs5777961	C	CA	1547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=22;PP=918;SC=AGAAACCCCCCCATCTTCACC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=22;WE=155880768;WS=155880750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	155891877	rs4020747	C	CAG	1773.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=1049;SC=TTTTTTGAGACAGTCTTGCTC;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=155891885;WS=155891867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	155903310	rs4661150	T	C	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=21;PP=1228;SC=CTCCTGACCTTGTGATCCACC;SOR=1.542;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=67;WE=155903318;WS=155903300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	155904177	rs2275079	T	C	35064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1328;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1327:1.00:1327
chr1	155904392	rs2275081	G	A	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=64;PP=1731;SC=GATGGCTGCTGTGCCTACTAT;SOR=4.434;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=7;TCR=64;TR=71;WE=155904400;WS=155904382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	155912323	.	G	T	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=0.000;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=2.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.96;ReadPosRankSum=1.479;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,107:0.31:350
chr1	155912486	rs2152051	T	C	10416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=165;NR=205;PP=2965;SC=GATCTGCGGTTGAGGCTGTGG;SOR=0.978;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=371;TCF=165;TCR=206;TR=370;WE=155912494;WS=155912476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr1	155917880	rs1010033	T	A	9232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=180;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.807;SC=GACTAATGCCTCCCCATCTGC;SOR=0.375;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=325;TCF=143;TCR=182;TR=323;WE=155917888;WS=155917870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,348:1.00:349
chr1	155927752	rs2364403	G	A	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=41;PP=1138;SC=CCTTCTGGACGAGGACTGAAA;SOR=1.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=58;WE=155927760;WS=155927742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	155928232	rs2364404	T	C	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.49;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	155928242	rs2886069	C	T	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.00;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	155934683	rs11295795	CA	C	320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.595;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr1	155935244	rs2297649	C	A	6316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=97;PP=2965;SC=CCCAGTCGGGCAAAAGATCCC;SOR=0.711;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=209;TCF=112;TCR=97;TR=207;WE=155935252;WS=155935234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	155955076	rs4661216	A	G	3892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=26.48;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	156107534	rs4641	C	T	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=39;PP=1120;SC=ATCACCACCACGTGAGTGGTA;SOR=1.410;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=156107542;WS=156107524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	156203572	.	C	CT	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=-1.153;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr1	156213921	rs7513351	C	T	12427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=195;NR=228;PP=2965;SC=GATGGGGCCTCACTGTTGTTT;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=425;TCF=196;TCR=229;TR=423;WE=156213929;WS=156213911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr1	156215899	rs2075165	G	A	7519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;NR=116;PP=2965;SC=GGCCTGGGGCGGAGCCTCCCC;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=139;TCR=116;TR=254;WE=156215907;WS=156215889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr1	156220056	rs1043165	T	C	3353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=32;PP=2106;SC=CAAGAACCCATTCCAGTGAAA;SOR=1.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=80;TCR=32;TR=112;WE=156220064;WS=156220046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	156222904	rs61814766	G	T	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=27;PP=789;SC=ACAGCTGTGGGGGACCCCTGC;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=156222912;WS=156222894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	156230141	rs2287025	T	A	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=11;PP=813;SC=CCTGTCTGAGTGGAAGAGGGC;SOR=1.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=156230149;WS=156230131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	156230206	rs2287024	C	A	3298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=69;NR=38;PP=1814;SC=TTGTGACTGACAAACAGAGCT;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=69;TCR=38;TR=107;WE=156230214;WS=156230196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	156231266	rs759328	G	C	6082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=132;PP=2965;SC=AGTGAGCAAGGAAAGCACCAC;SOR=1.555;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=67;TCR=132;TR=199;WE=156231274;WS=156231256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	156233479	rs4661036	T	C	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=64;PP=1946;SC=TCCAAGGAATTTGGATATGAA;SOR=1.994;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=25;TCR=64;TR=89;WE=156233487;WS=156233469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	156236592	.	CTT	C,CT	494.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.66;MQRankSum=0.683;QD=13.74;ReadPosRankSum=-0.554;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,11,21:0.31,0.58:36
chr1	156255833	rs2842883	G	C	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=40;PP=1241;SC=GCAGGGCCTGGCTGGTGTGGG;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=156255841;WS=156255823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	156261491	rs3795728	G	C	4351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=81;PP=2622;SC=GCCTAGGACCGCGGTGGGTGG;SOR=1.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=62;TCR=81;TR=143;WE=156261499;WS=156261481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	156279210	rs3001784	T	C	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=26.61;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	156287403	rs2296374	T	C	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	156304782	rs3762281	A	G	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=13;PP=463;SC=AGTAATAGGGAAAAGGGGCAT;SOR=1.302;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=156304790;WS=156304772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	156347834	rs11586833	T	A	10780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=195;NR=180;PP=2965;SC=TTTGGTGCCGTCCTGGGCAAG;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=379;TCF=195;TCR=184;TR=375;WE=156347842;WS=156347824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr1	156351699	rs3748569	G	A	7710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=154;NR=125;PP=2965;SC=CTTCTTGGCTGGGACTGTCTC;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=155;TCR=125;TR=279;WE=156351707;WS=156351689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr1	156351792	rs3748568	G	A	6237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=118;PP=2965;SC=CTTTCCTCCCGCCTCTCCAAC;SOR=0.966;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=100;TCR=118;TR=218;WE=156351800;WS=156351782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr1	156352447	rs954916	G	T	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=12;PP=1014;SC=CTGTTCCCCAGTGTGAGTTCC;SOR=2.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=55;WE=156352455;WS=156352437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	156354367	rs6668857	A	G	15488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=253;NR=299;PP=2965;SC=GACTCCCAGCACTACGAGGAC;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=554;TCF=254;TCR=300;TR=552;WE=156354375;WS=156354357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,586:1.00:586
chr1	156376680	rs6662064	A	G	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=0;PP=236;SC=GGGGCACAGAAGGGGAATTTC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=156376688;WS=156376675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	156446242	rs2274316	C	A	3565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.22;SOR=1.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	156446450	rs12131289	C	T	2451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=59;PP=1566;SC=AGCTCTCCACCGTCCTGACTC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=31;TCR=59;TR=90;WE=156446458;WS=156446440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	156446903	rs2274317	T	C	5098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=106;NR=68;PP=2430;SC=TAGGTGGGGGTGGAGACTTGG;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=106;TCR=70;TR=174;WE=156446911;WS=156446893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	156450740	rs1925950	G	A	5194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=89;NR=101;PP=2965;SC=TGTCGCAGCCGTTGAAGCCCT;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=91;TCR=101;TR=190;WE=156450748;WS=156450730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	156452870	rs2282286	G	A	2870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=25;PP=2045;SC=CAAGAGCTGCGAAGAGGTTGG;SOR=1.993;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=74;TCR=25;TR=99;WE=156452878;WS=156452860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	156496188	rs6427315	A	G	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=22;PP=983;SC=CCTGAGCTCTAGGTGTCTGCA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=58;WE=156496196;WS=156496178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	156503541	rs6699212	T	C	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=5;PP=948;SC=CTAGCTGGCCTCAGCTGCTAA;SOR=3.417;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=156503549;WS=156503531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	156509552	rs1171570	C	G	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=18;PP=1273;SC=TGGTGCCAAACGCACAGACAA;SOR=1.539;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=61;WE=156509560;WS=156509542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	156520173	rs1778819	T	A	3199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	156526234	rs2489139	C	T	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=35;PP=2066;SC=CATCTCATATCGCACTCACAA;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=73;TCR=35;TR=107;WE=156526242;WS=156526224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	156526387	rs11264498	C	G	7273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=1.655;SC=ACAGGGTACACTGGAGGCAGC;SOR=0.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=247;TCF=126;TCR=121;TR=246;WE=156526395;WS=156526377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,273:1.00:274
chr1	156526444	rs2488269	T	C	5447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=100;PP=2965;SC=GCCGCCACTCTCCTCCGGATG;SOR=1.011;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=81;TCR=100;TR=181;WE=156526452;WS=156526434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	156531871	rs1171545	A	G	3896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.25;SOR=1.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	156532344	rs7548309	T	G	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=24;PP=1545;SC=TACCCTGAGGTCACCCCCAAA;SOR=1.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=81;WE=156532352;WS=156532334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	156532908	rs16837492	C	A	5672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.502;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.074;SC=GTCCCTGCAACCCAAGACTAC;SOR=0.595;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=116;TCR=78;TR=193;WE=156532916;WS=156532898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,214:1.00:215
chr1	156532977	rs1171547	T	C	5819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=99;NR=88;PP=2965;SC=CCAGCATCTCTTGGTAGACGG;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=99;TCR=89;TR=187;WE=156532985;WS=156532967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr1	156534525	rs4661184	A	C	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=25;PP=730;SC=GGGAACCTTTAAGCACCACCA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=156534547;WS=156534515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	156534539	rs4661185	G	A	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=23;PP=540;SC=ACCACCAAATGCGGAGAGGGG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=156534547;WS=156534515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	156536123	rs2066378	T	C	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.23;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	156536133	rs4382715	A	G	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.29;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	156536221	rs2066377	G	C	4889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=105;NR=58;PP=2586;SC=TCTTCTTCAAGGGAACCACGG;SOR=1.210;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=106;TCR=59;TR=163;WE=156536229;WS=156536211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	156536251	rs947662	T	C	6309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=82;PP=2965;SC=AACAGTGGCCTAGCTTGGCCA;SOR=0.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=127;TCR=84;TR=208;WE=156536259;WS=156536241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	156536353	rs947663	A	G	7734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.660;SC=GAACATGAGAACACCTTCTCA;SOR=0.277;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=269;TCF=134;TCR=135;TR=266;WE=156536361;WS=156536343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,294:1.00:295
chr1	156536480	rs947664	T	C	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=59;PP=1817;SC=TCCAACTCCCTTCTCTGCCCA;SOR=1.454;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=33;TCR=59;TR=92;WE=156536488;WS=156536470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	156539154	rs6427319	T	C	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=21;PP=1405;SC=TCCATCTTCCTGGACTCCGCT;SOR=1.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=59;TCR=21;TR=80;WE=156539162;WS=156539144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	156551848	rs6682716	A	G	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=30;PP=1316;SC=AGGAGCACTGAGAGGCGACTG;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=63;WE=156551856;WS=156551838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	156553762	rs11264502	A	C	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=48;PP=1529;SC=GTAAGCAGAGACGCTGTTCCC;SOR=3.830;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=8;TCR=49;TR=55;WE=156553770;WS=156553752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	156556321	rs10796961	G	A	12523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=251;NR=200;PP=2965;SC=CCATGGAGTCGGGCATCTGCA;SOR=0.865;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=451;TCF=251;TCR=200;TR=451;WE=156556329;WS=156556311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr1	156561557	.	G	GGGGCCGGGCCGGGCCGGGCC	1606.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=4;PP=2982;SC=CACATGCGCCGGGGCCGGGCC;SOR=1.609;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=8;WE=156561565;WS=156561547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	156561651	rs7516274	G	C	4524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=48;PP=2556;SC=GGGCTCGCGCGTGCCGCGGAT;SOR=1.172;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=88;TCR=48;TR=136;WE=156561659;WS=156561641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	156562008	rs1925949	G	A	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=36;PP=1093;SC=CAAGGTCAGTGGCACAACTCT;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=59;WE=156562016;WS=156561998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	156562143	rs942959	G	A	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=7;PP=697;SC=AACCACCCTTGACTCTGCCTT;SOR=1.721;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=39;WE=156562151;WS=156562133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	156563375	rs6427321	G	A	7163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=131;PP=2965;SC=GTGGGGTGGGGGAGATTGGGG;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=119;TCR=131;TR=249;WE=156563383;WS=156563365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr1	156563726	rs6427322	A	C	3239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=45;PP=1821;SC=ACTTGCTCATATCCCTCACAG;SOR=0.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=58;TCR=45;TR=103;WE=156563734;WS=156563716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	156563813	rs6668178	G	A	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=39;NR=47;PP=1661;SC=CTGCTCTGGAGAAGAAGTACC;SOR=1.759;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=86;WE=156563821;WS=156563802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	156563852	rs942963	C	T	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=34;PP=1062;SC=ACCCTGACACCGAGTGTGTCT;SOR=1.961;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=55;WE=156563860;WS=156563842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	156563898	rs1270	T	C	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=23;PP=695;SC=TGGGTATTCTTCCCAATAAAG;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=156563906;WS=156563888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	156564640	rs3795732	G	A	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=26;PP=2038;SC=AGCAGCTGACGTCCCAGAGAT;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=80;TCR=26;TR=106;WE=156564648;WS=156564630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	156564922	rs3795733	C	T	16328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=302;NR=259;PP=2965;SC=CTAGCCCCGCCATCCTTCTCA;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=562;TCF=303;TCR=259;TR=561;WE=156564930;WS=156564912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,608:1.00:608
chr1	156565049	rs72559129	A	AAC	33525.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=796;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=262;PP=2966;SC=CACCACCTAAAAGTTTCCTCA;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=380;TCF=99;TCR=281;TR=354;WE=156565057;WS=156565039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,780:1.00:780
chr1	156567496	rs879461	C	T	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=9;PP=718;SC=TCCAGATAATCTCTCAGGTCT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=156567504;WS=156567486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	156594656	rs12567958	C	A	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=1005;ReadPosRankSum=1.554;SC=AGCTTGAGATCAGGGCAGGGT;SOR=0.337;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=55;WE=156594664;WS=156594646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr1	156626920	rs7524611	T	C	14265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,550:1.00:550
chr1	156639000	rs1046650	A	G	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=3;PP=978;SC=GCCAGAAACCATATGTCAAGA;SOR=4.317;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=46;WE=156639008;WS=156638990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	156639636	rs11549292	G	A	17658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=655;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=350;NR=317;PP=2965;SC=AGCTACTCAGGGCCTGGAGGC;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=668;TCF=350;TCR=318;TR=667;WE=156639644;WS=156639626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,652:1.00:652
chr1	156639753	rs11582300	G	A	22213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=833;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.73;ReadPosRankSum=-1.241;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,830:1.00:831
chr1	156640156	rs3748570	G	A	27556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=1034;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=527;NR=454;PP=2965;SC=TTCCTCCTGGGGGCCCTCGGG;SOR=0.845;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=984;TCF=529;TCR=455;TR=981;WE=156640164;WS=156640146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1031:1.00:1031
chr1	156640308	rs3748571	C	T	19057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=735;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=309;NR=385;PP=2965;SC=TCGGGGTGTACGTTGGGCTGG;SOR=0.977;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=700;TCF=314;TCR=386;TR=694;WE=156640324;WS=156640298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,730:1.00:730
chr1	156640503	rs3828043	C	T	15294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=291;NR=245;PP=2965;SC=CTCTGCTCTTCCCAGGCAGCT;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=538;TCF=292;TCR=246;TR=536;WE=156640511;WS=156640493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,564:1.00:564
chr1	156640678	rs2886443	G	A	5679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=28;NR=244;PP=2965;SC=CCCCTGCCCCGGGCCTGGCTC;SOR=4.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=274;TCF=29;TCR=245;TR=272;WE=156640686;WS=156640668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr1	156646668	rs4278369	A	G	5534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=116;NR=76;PP=2965;SC=CAGCTCTGCCACCTGGCTACT;SOR=0.951;Source=Platypus;TCF=116;TR=192;WE=156646676;WS=156646658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	156670545	rs4661213	C	T	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=12;PP=636;SC=CCCCCACCACCACCTAGGGAT;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=156670553;WS=156670535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	156696719	.	G	T	17706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=677;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=324;NR=320;PP=2965;SC=CAATCTTGAAGGGTGTGGCAT;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=645;TCF=324;TCR=321;TR=644;WE=156696727;WS=156696709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,676:1.00:676
chr1	156705593	rs4311877	G	C	11484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=222;NR=188;PP=2965;SC=TCAGGCCCACGTGGCCCAGGA;SOR=0.825;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=410;TCF=222;TCR=188;TR=410;WE=156705601;WS=156705583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr1	156706559	rs8658	A	G	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=29;PP=875;SC=AGCCTGAGGAAACATCTCAGA;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=156706567;WS=156706549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	156707775	rs6670122	T	G	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=28;PP=1923;SC=ACAGCACTTTTTGGACCCAGA;SOR=1.567;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=70;TCR=28;TR=98;WE=156707783;WS=156707765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	156713512	rs4437869	C	T	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	156713558	rs4399146	G	A	3682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=69;NR=54;PP=2158;SC=GGGCTCAGAGGGGGTGCTATT;SOR=0.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=125;TCF=69;TCR=56;TR=123;WE=156713566;WS=156713548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	156761618	rs2644615	C	T	9382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=165;NR=174;PP=2965;SC=CCATCTTTGACCGCTGGGCAC;SOR=0.768;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=339;TCF=165;TCR=174;TR=339;WE=156761626;WS=156761608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr1	156845492	.	AGT	A	559.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=1.163;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,38:0.27:141
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chr1	156874874	rs369669784	TG	T	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
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chr1	156875985	rs2644593	G	A	5939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.50;SOR=1.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	156877457	rs1952294	T	C	14463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=248;NR=268;PP=2965;SC=CAGCACCCATTCTTGCCAAAA;SOR=0.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=517;TCF=248;TCR=269;TR=516;WE=156877465;WS=156877447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,542:1.00:542
chr1	156883546	rs12137505	A	G	6849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
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chr1	156890854	rs41273223	C	G	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=61;NR=73;PP=2268;SC=TGAACTCATACATACCTACGT;SOR=1.132;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=61;TCR=73;TR=134;WE=156890862;WS=156890844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	156894006	rs822438	C	G	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=21;PP=623;SC=TGTGAGTCGGCGGTATTCGAC;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=156894014;WS=156893996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	156902259	rs822430	G	A	2877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=25;PP=1571;SC=TCCTCGCCACGGTGCAGTATC;SOR=1.480;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=64;TCR=25;TR=89;WE=156902267;WS=156902249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	156907081	rs945508	T	C	3274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	156907115	rs868188	T	C	3567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=50;PP=1985;SC=AGGGCCAGGCTTGGAGGAGAG;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=59;TCR=50;TR=109;WE=156907123;WS=156907105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	156912453	.	T	A	8271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.418;ClippingRankSum=0.000;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=3.247;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.77;ReadPosRankSum=-0.525;SOR=0.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,320:1.00:321
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chr1	156939175	rs1336149	C	T	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	157485561	rs3811035	G	A	2564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.28;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	157485720	rs1002967	T	C	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=19;PP=441;SC=TCTTCCCTTGTGCCTGCGCTG;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=157485728;WS=157485710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	157491173	rs6427383	T	A	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=21;PP=556;SC=AAAAGTCATATCTCAATCTTG;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=157491181;WS=157491163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	157497263	rs3761961	T	C	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=28;PP=1959;SC=ATACAAAACTTAGAGATGGAG;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=96;WE=157497271;WS=157497253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	157508882	rs6427384	C	T	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=10;PP=1185;SC=TTACCAGTGACGGAGAGGCTC;SOR=2.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=57;WE=157508890;WS=157508872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	157509025	rs2012199	C	T	8047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=143;NR=134;PP=2965;SC=CAGGGCAGCACCCTCATGATG;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=277;TCF=143;TCR=134;TR=277;WE=157509033;WS=157509015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr1	157514097	rs6679793	A	G	4910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=71;PP=2917;SC=ATGACGCTGTAAGGCATTGTT;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=91;TCR=71;TR=161;WE=157514105;WS=157514087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	157550066	rs10489673	T	C	11376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=218;NR=184;PP=2965;SC=TTGCATATTGTGTACTCGGGA;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=404;TCF=218;TCR=186;TR=402;WE=157550074;WS=157550056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr1	157557701	rs2777962	G	A	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=20;PP=1789;SC=CATCATTCTCGTCTCCATATC;SOR=1.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=73;TCR=20;TR=93;WE=157557709;WS=157557691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	157559122	rs11582663	C	T	7421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=128;NR=117;PP=2965;SC=CCAGTAGTGCCGATGATACCA;SOR=0.773;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=246;TCF=129;TCR=117;TR=245;WE=157559130;WS=157559112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr1	157567751	rs1361889	A	G	7890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=146;PP=2965;SC=CTGCTCCAGGATTGGAGAAGG;SOR=0.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=131;TCR=146;TR=277;WE=157567759;WS=157567741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr1	157771880	rs4971154	C	T	11531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=205;NR=210;PP=2965;SC=AGTACAGGATCGGAGGAGAGC;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=416;TCF=206;TCR=210;TR=415;WE=157771888;WS=157771870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr1	157802877	rs2765500	T	C	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=3;PP=470;SC=AGCAGCTTCATGGCGCTTGTG;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=157802885;WS=157802874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	157802979	rs2261295	C	T	4389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	157806006	rs2765503	G	A	8049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=179;PP=2965;SC=CCTTAGGCATGTACTCAGTCA;SOR=1.406;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=106;TCR=179;TR=285;WE=157806014;WS=157805996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr1	157811392	rs2260040	G	A	2875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=25;PP=1693;SC=CCAGGTTGGCGGGGAGAAAGT;SOR=1.462;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=70;TCR=25;TR=95;WE=157811400;WS=157811382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	158056549	rs41273463	G	C	3545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=75;PP=1788;SC=GAGTGGGCTGGGGGGAGCAGT;SOR=1.461;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=44;TCR=76;TR=119;WE=158056557;WS=158056539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	158058109	rs6427419	C	A	6897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=26.53;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	158066834	rs6427420	A	G	3984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=68;PP=2373;SC=TTTTAACTTCACAGGAAGTCT;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=67;TCR=68;TR=134;WE=158066842;WS=158066824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	158067047	rs874844	A	C	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=215;SC=ATTTTCACAAAAACCAGAAAC;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=158067068;WS=158067037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	158067060	rs11339854	TG	T	320.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=229;SC=CCAGAAACCATGGGGGAATCC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=158067068;WS=158067037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	158146946	rs3021477	T	C	4710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=59;PP=2771;SC=CCTGTATGGCTTCTGAGAGAC;SOR=1.009;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=94;TCR=59;TR=153;WE=158146954;WS=158146936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	158151218	rs859013	A	G	2678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=29;PP=1638;SC=CACTTGCTACACGCCTCCAAT;SOR=1.390;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=91;WE=158151226;WS=158151208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	158153996	rs426336	T	C	3836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=87;PP=2679;SC=CTCAGGTTCCTAAGACTTCAG;SOR=2.027;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=35;TCR=88;TR=122;WE=158154004;WS=158153986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	158224575	rs55696033	CTGTGTG	CTG,C	449.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.936;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.590;NF=0,0;NR=81,81;PP=715,2198;ReadPosRankSum=3.214;SC=CTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=184;TCF=2;TCR=182;TR=81,81;WE=158224590;WS=158224549;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.35:84
chr1	158260878	rs375739413	CT	C	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=-0.408;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:315,79:0.20:394
chr1	158580921	rs66981873	GCA	G	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.831;QD=3.03;ReadPosRankSum=-1.207;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,17:0.21:80
chr1	158587784	rs857717	T	G	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=40;NR=29;PP=1258;SC=AATTCTTCCATAATAATATAA;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=69;WE=158587792;WS=158587774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	158607788	rs2518492	T	G	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=16;PP=1074;ReadPosRankSum=-0.919;SC=TACTCGCTTGTATTATCCACA;SOR=1.437;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=57;WE=158607796;WS=158607778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,65:0.97:67
chr1	158619728	rs2482965	A	C	5162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	158624601	.	CA	C	2388.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=31;PP=1461;SC=TACAGCTTACCAGGGGTGAGT;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=158624609;WS=158624591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	158637865	rs5778087	GA	G	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=2.516;QD=2.11;ReadPosRankSum=0.907;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,26:0.33:78
chr1	158647495	rs325996	A	T	9764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=179;NR=162;PP=2965;SC=CACTCATGACAGCAAGATTTC;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=342;TCF=180;TCR=162;TR=341;WE=158647503;WS=158647485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr1	158647522	rs703121	A	G	8056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=142;NR=142;PP=2965;SC=GTCCCTTGTGACTGTGAAACA;SOR=0.740;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=142;TCR=142;TR=284;WE=158647530;WS=158647512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr1	158647631	rs325995	T	A	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=66;PP=1819;SC=ATCCCTGCAGTCATTAACAAG;SOR=2.189;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=26;TCR=66;TR=92;WE=158647639;WS=158647621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	158647669	rs703122	T	C	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=42;PP=1230;SC=ATAGCAAGCATTACAGGGCAA;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=55;WE=158647677;WS=158647659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	158654786	rs385096	C	T	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=3;PP=612;SC=TGTTTCTAAACGGAATCTAAT;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=158654794;WS=158654776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	158654852	rs857937	A	G	3382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=30;PP=2199;SC=TTCCTTCTCTAGAGATCTTAG;SOR=1.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=75;TCR=30;TR=105;WE=158654860;WS=158654842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	158655036	rs435080	G	A	8860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr1	158655162	rs2564859	C	A	3234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=64;PP=1861;SC=GATTCTGTTACTTGCTAGTTC;SOR=1.316;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=42;TCR=64;TR=106;WE=158655170;WS=158655152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	158656281	rs2564858	T	C	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=28.09;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	158656347	rs111674514	C	CAGAG	1485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=4;NR=18;PP=1159;SC=TAAAATGTGTCAGAGAGAGAG;SOR=0.957;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=22;WE=158656355;WS=158656337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	158656432	.	G	GAA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=-2.200;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr1	158687896	rs857705	C	T	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	158735595	rs857824	C	T	5080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=96;NR=70;PP=2652;SC=CTCCTTGTTGCGCAAGCTGTA;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=96;TCR=70;TR=166;WE=158735603;WS=158735585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	158735691	rs857825	T	C	5826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=89;PP=2965;SC=CTTCTTCAGCTGCACATACAT;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=106;TCR=89;TR=195;WE=158735699;WS=158735681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr1	158735740	rs857826	A	G	6213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=88;PP=2965;SC=ACCACAGTGAAGTGGGAGGCA;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=113;TCR=88;TR=201;WE=158735748;WS=158735730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	158735892	rs857827	A	G	6823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=119;NR=103;PP=2965;SC=TAGGACATTTATAGACGTATC;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=222;TCF=119;TCR=103;TR=222;WE=158735913;WS=158735882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr1	158735905	rs75984757	T	G	6664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.506;SC=GACGTATCAGTGCAAGCCAAA;SOR=0.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=222;TCF=116;TCR=106;TR=221;WE=158735913;WS=158735882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,243:1.00:244
chr1	158736215	rs6666753	G	A	3594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=48;PP=1984;SC=TTTTCTCACTGAGCAAGTTTG;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=64;TCR=48;TR=112;WE=158736223;WS=158736205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	158909164	rs2325704	C	A	4156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=42;PP=2965;SC=ACTGAGAATTCACTGCATTTT;SOR=1.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=85;TCR=42;TR=127;WE=158909172;WS=158909154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	158913525	rs856082	A	G	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=10;PP=1058;SC=AGACTTTCCTATATGCACGGT;SOR=2.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=49;WE=158913533;WS=158913515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	158943295	.	TCA	T	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=0.981;SOR=1.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,6:0.15:40
chr1	158986477	rs866484	G	C	12076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr1	158987941	rs856046	A	G	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=18;PP=1362;SC=GCCCTGTGTTATACTGAGGTC;SOR=1.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=71;WE=158987949;WS=158987931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	159002222	rs861318	A	G	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=8;PP=1138;SC=AGACCTATTAAAATCTAATAA;SOR=2.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=47;WE=159002230;WS=159002212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	159002301	rs2518553	T	C	5208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	159002377	rs1057027	C	A	8510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=148;NR=143;PP=2965;SC=CCAGGAACAGCGTCAGCTTCC;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=292;TCF=148;TCR=144;TR=291;WE=159002397;WS=159002367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr1	159002389	rs1057028	T	A	8219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=140;NR=139;PP=2965;SC=TCAGCTTCCATATCCTTCAGA;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=279;TCF=140;TCR=139;TR=279;WE=159002397;WS=159002367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr1	159169641	rs862999	T	C	4383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=72;PP=2112;SC=TCATCTTCCTTGGCCACTACT;SOR=0.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=75;TCR=72;TR=147;WE=159169649;WS=159169631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	159174824	rs863001	G	C	26978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1016;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1016:1.00:1016
chr1	159401992	rs116790194	C	T	10384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=216;NR=117;PP=2965;SC=AGATTCTCCTCAATGCCAAGG;SOR=1.386;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=335;TCF=216;TCR=119;TR=333;WE=159402000;WS=159401982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr1	159402584	rs11419544	G	GT	6661.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=118;PP=2967;SC=CTATCAAGGAGTTATTACTTT;SOR=1.555;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=13;TCR=122;TR=130;WE=159402592;WS=159402574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	159409196	rs6691297	T	C	4521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	159409533	rs10908721	G	A	5392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=129;NR=48;PP=2965;SC=TGCTTTACTGGGACTATGTGA;SOR=1.906;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=178;TCF=130;TCR=48;TR=177;WE=159409541;WS=159409523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	159409734	rs10908722	G	T	20848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=787;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=377;NR=371;PP=2965;SC=TCATCCGAATGGATCTTCATC;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=748;TCF=377;TCR=371;TR=748;WE=159409742;WS=159409724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,784:1.00:784
chr1	159409857	rs12048482	A	G	14199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=234;NR=260;PP=2965;SC=GCCAGCCCATATCATTGGCAG;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=496;TCF=234;TCR=262;TR=494;WE=159409865;WS=159409847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,523:1.00:523
chr1	159410023	.	G	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.38;ReadPosRankSum=-0.717;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,38:0.13:283
chr1	159505297	rs4656837	C	T	9493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=181;NR=146;PP=2965;SC=TGCCACAGAACGGCAAATTGA;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=328;TCF=182;TCR=146;TR=327;WE=159505305;WS=159505287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr1	159558258	rs2808661	A	G	6753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=105;PP=2965;SC=GTTACTTTGTAGAAGCTCAGC;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=215;TCF=110;TCR=105;TR=215;WE=159558266;WS=159558248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	159684047	.	C	CCA	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=-0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr1	159778699	rs12042065	G	A	5543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=130;NR=68;PP=2965;SC=AGCCTCCTGGGGCTTCATCAT;SOR=1.390;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=130;TCR=69;TR=198;WE=159778707;WS=159778689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	159785284	rs4411129	C	G	6041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=0.208;SC=CTCACCCTCTCTCTTACATTT;SOR=0.323;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=123;TCR=87;TR=209;WE=159785292;WS=159785274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,226:1.00:227
chr1	159799599	rs11422063	C	CA	5317.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=49;PP=2935;SC=CAGATGCATGCAAAGAAGGAT;SOR=1.249;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=55;TCR=51;TR=100;WE=159799608;WS=159799589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	159804940	rs75609405	G	A	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	159824967	rs2501340	G	C	13450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr1	159825916	rs11587021	C	T	6170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=128;PP=2965;SC=CACAGCCTGGCAGGTGCCTGA;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=214;TCF=86;TCR=128;TR=213;WE=159825924;WS=159825906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	159827456	rs2494503	A	G	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=5;PP=1016;SC=GGCACTGATAACCCAAGGAAA;SOR=3.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=38;WE=159827464;WS=159827446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	159828128	rs2494504	A	G	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=46;PP=1352;SC=CAGAGCCAAGAAGGGCCATGT;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=72;WE=159828136;WS=159828118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	159828746	rs2501337	G	A	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=34;PP=1015;SC=AGCAGAAGCAGGGCTTCAGGA;SOR=1.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=159828754;WS=159828736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	159832425	rs2494507	G	A	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=70;PP=2027;SC=CACTGCCTGGGGTGGCAGGAA;SOR=2.124;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=29;TCR=70;TR=99;WE=159832433;WS=159832415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	159842088	rs2494518	T	A	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=7;PP=426;SC=GTTCCCCCCATCCTATTTTAC;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=159842096;WS=159842078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	159842103	rs11265289	C	T	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.15;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	159842691	rs4460634	C	G	3213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.19;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	159854392	rs2501325	C	A	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=34;PP=1007;SC=TTAGAAACCCCGGGTCCACAT;SOR=1.382;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=55;WE=159854400;WS=159854382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	159860259	rs2501320	G	A	2463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=28;PP=1504;SC=GGCAGGGGACGGTGTACTCAC;SOR=1.346;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=85;WE=159860267;WS=159860249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	159889686	rs2252815	G	A	3905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=61;NR=75;PP=2239;SC=AGCTCAGCGTGCACCACCCTC;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=61;TCR=75;TR=136;WE=159889694;WS=159889676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	159897681	rs142211405	TAA	T,TA	1736.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.027;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.569;QD=13.06;ReadPosRankSum=-0.244;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:16,44,73:0.33,0.55:133
chr1	159922369	rs2840583	C	T	3032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=70;PP=2074;SC=AATCAGGGATCGGGTCTGTTT;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=33;TCR=70;TR=103;WE=159922377;WS=159922359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	159923111	rs2789417	T	G	3741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=60.08;NF=75;NR=35;PP=2136;SC=TAGACACATATATTGTACTGC;SOR=1.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=75;TCR=35;TR=110;WE=159923119;WS=159923101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	160000435	rs12409352	A	T	10595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=202;NR=165;PP=2965;SC=CCTGCCCTATAAACCATAACA;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=369;TCF=203;TCR=166;TR=367;WE=160000443;WS=160000425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr1	160061934	rs12408242	T	C	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=5;PP=535;SC=GGGCTGGAAGTTGGATTTTTT;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=160061942;WS=160061930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	160061959	rs12401728	C	T	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=2.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	160062340	rs41265757	G	A	10141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=175;NR=166;PP=2965;SC=TGAGCTCTCCGTCCTCTGGTC;SOR=0.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=341;TCF=175;TCR=166;TR=341;WE=160062348;WS=160062330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr1	160062472	rs2295622	C	T	9069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=154;NR=171;PP=2965;SC=ATGCCACAGCCTCCAGCACCA;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=326;TCF=154;TCR=172;TR=325;WE=160062480;WS=160062462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr1	160062727	rs2295621	A	G	5315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	160068068	rs12046504	A	C	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.22;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	160090674	rs2854246	T	C	3702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=44;PP=2007;SC=CCTGACTCTCTGGCTCTCCCT;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=82;TCR=44;TR=126;WE=160090692;WS=160090664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	160090681	rs67915591	CCCTT	C	6674.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=49;PP=2974;SC=CTCTGGCTCTCCCTTCCTCCC;SOR=1.216;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=81;WE=160090692;WS=160090664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	160093222	rs2820581	C	T	11020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=181;NR=189;PP=2965;SC=CCCACACGCCCGACCCGGGAA;SOR=0.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=370;TCF=181;TCR=189;TR=370;WE=160093230;WS=160093212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr1	160093911	rs2820582	T	C	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=31;PP=1023;SC=AGCTCATCTTTTGTCAGCTCC;SOR=1.573;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=52;WE=160093919;WS=160093901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	160095127	rs7548116	T	A	2573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=63;PP=1857;SC=AGTACTTACCTGGCAAAAGCT;SOR=2.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=15;TCR=63;TR=78;WE=160095135;WS=160095117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	160097666	rs6695366	G	A	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=49;PP=1418;SC=TCTTTCCTCAGAGTGATAGAG;SOR=1.384;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=83;WE=160097674;WS=160097656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	160098927	rs5778151	A	AG	1967.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=10;NR=26;PP=1624;SC=GTGTCTCCAAAGCCTCTTGCT;SOR=1.159;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=36;WE=160098935;WS=160098917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	160121746	rs746362	C	T	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=3;PP=342;SC=CCCCCTTGCCCGCGCGCCCTC;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=160121754;WS=160121736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	160122826	rs11265335	G	A	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=17;PP=1239;SC=CTCAAAAAAAGAATTGCAGGG;SOR=1.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=63;WE=160122834;WS=160122808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	160128671	rs4656888	G	A	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=6;PP=514;SC=GAATGATGTGGTGGGTGACAG;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=160128679;WS=160128661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	160128994	rs10908764	C	T	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=17;PP=646;SC=ACACCTGGGCCGTTAGAGAAA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=160129002;WS=160128984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	160134205	rs11265338	C	T	3198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=73;PP=2069;SC=GGCTGTTGGCCACAGTCACTG;SOR=1.891;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=32;TCR=73;TR=105;WE=160134213;WS=160134195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	160137300	rs4656889	A	C	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=41;PP=1328;SC=CACCTCGGAGAAGCAGAGGAG;SOR=1.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=57;WE=160137308;WS=160137290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	160141196	rs625549	C	T	6765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr1	160141268	rs12058214	T	C	6116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.072;SC=AAGAATGGCATCAAAATGGTT;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=240;TCF=127;TCR=113;TR=236;WE=160141276;WS=160141257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,243:0.99:245
chr1	160141286	rs625129	C	G	6353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=104;PP=2965;SC=GTTATTATCCCTGGGGTGAGA;SOR=0.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=229;TCF=125;TCR=104;TR=228;WE=160141294;WS=160141276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	160141636	rs1891265	C	T	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=48;PP=1351;SC=TGCTTAATACCCTTAGTTTAA;SOR=2.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=62;WE=160141644;WS=160141626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	160163732	.	CCA	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=-1.168;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,5:0.13:38
chr1	160164668	rs1186693	T	C	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=11;PP=547;SC=GCACATGCAATCCCCCACACA;SOR=1.005;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=160164676;WS=160164658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	160165095	rs2275703	A	C	5157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=45;PP=2965;SC=CCAGACAAGCACCTCCAGTAT;SOR=2.062;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=124;TCR=45;TR=169;WE=160165103;WS=160165085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	160165451	rs10908769	C	T	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=41;PP=1406;SC=TGCCCCCCCCCCCGGCTCCTC;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=66;WE=160165459;WS=160165441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	160169473	rs959166	T	C	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=4;PP=633;SC=TCCTCTTTTGTTGTTTAGTTC;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=160169481;WS=160169463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	160178356	rs667306	A	G	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	160232929	.	A	AT	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.762;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=4.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.648;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,25:0.20:122
chr1	160233265	rs11455653	C	CA	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.370;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr1	160233345	rs6688586	C	A	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	160246989	rs71846573	C	CT	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.803;QD=0.90;ReadPosRankSum=1.827;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,12:0.20:60
chr1	160247185	rs10594	G	C	4265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=80;PP=2231;SC=TACCTGTCATGGGCAATAGGA;SOR=1.008;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=71;TCR=80;TR=151;WE=160247193;WS=160247175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	160251792	rs2795067	A	G	6227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=87;PP=2965;SC=ATGTGATGGAAAATGAAGAGA;SOR=0.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=119;TCR=87;TR=206;WE=160251800;WS=160251782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	160260233	rs2298104	T	C	2765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.22;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	160263124	rs1317944	C	T	9268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr1	160265515	rs3789042	T	C	2532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=20;PP=1870;SC=ATGGGAGAAATAGGTACTTAC;SOR=2.383;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=66;TCR=20;TR=86;WE=160265523;WS=160265505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	160275434	rs2066320	A	G	3270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.20;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	160302444	rs4656897	G	A	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=287;SC=TGCTTATCCAGTTTTACTTTT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=160302452;WS=160302434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	160303416	rs1802778	G	A	8805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr1	160309664	rs1886419	T	G	6388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.19;SOR=1.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	160313733	rs1886417	C	A	3186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	160318940	rs6669689	A	G	4533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=85;PP=2684;SC=CTGCTGGGAAAACATCCATAG;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=63;TCR=85;TR=148;WE=160318948;WS=160318930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	160393905	rs12086448	A	G	12721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=257;NR=184;PP=2965;SC=AGGAGCAGAAAAACCCCAGGG;SOR=1.025;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=441;TCF=257;TCR=184;TR=441;WE=160393913;WS=160393895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr1	160394173	rs12087593	A	G	6361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=131;PP=2965;SC=CTCACTGTCCACCTCATTTCT;SOR=1.268;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=82;TCR=131;TR=213;WE=160394181;WS=160394163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr1	160394937	rs17380127	A	C	6108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=124;NR=81;PP=2965;SC=TGGCGGCTGGACCTACCATCC;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=124;TCR=82;TR=205;WE=160394945;WS=160394927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	160395003	rs17380141	G	A	6499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=113;PP=2965;SC=GCGAGGAGCCGGTGACCAACG;SOR=0.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=115;TCR=113;TR=227;WE=160395011;WS=160394993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	160458782	rs3795327	A	G	8120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=170;NR=129;PP=2965;SC=TCCTCCCCTCAGTGGTCATTT;SOR=0.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=301;TCF=172;TCR=129;TR=299;WE=160458790;WS=160458772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr1	160519812	rs3832278	C	CA	3572.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=29;PP=1594;SC=AGCCCAGGCCCATCTACAAGT;SOR=1.193;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=35;WE=160519823;WS=160519802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	160519815	rs58960001	C	CT	3572.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=29;PP=1509;SC=CCAGGCCCATCTACAAGTCCC;SOR=1.136;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=34;WE=160519823;WS=160519802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	160582200	rs200238058	T	TA	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=4.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=0.009;SOR=1.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,12:0.20:61
chr1	160585554	rs149160	C	G	7305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=142;NR=117;PP=2965;SC=CTGATGATGACTGTCCTTATA;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=143;TCR=118;TR=259;WE=160585562;WS=160585544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr1	160585706	rs151607	C	T	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=56;PP=1686;SC=GGATTTTCTCCTAAAGCCTCC;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=85;WE=160585714;WS=160585696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	160616703	rs2295612	G	T	11202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=185;NR=200;PP=2965;SC=GAAACAGCACGAAGGTCAAGG;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=386;TCF=186;TCR=200;TR=385;WE=160616711;WS=160616693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr1	160650913	rs4656926	A	G	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=5;PP=887;SC=AGGAGGCTGAATAGGACCCCC;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=160650921;WS=160650903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	160717872	rs527733	T	G	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=210;SC=TCCAGGAGGTTGTTGTGTTGG;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=160717880;WS=160717862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	160722064	rs527342	A	G	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=23;PP=629;SC=GCTTAACTTCATCTTAATGGT;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=160722072;WS=160722054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	160766179	rs3831924	C	CT	276.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=186;SC=CTGGGAGATTCTTTTTTTTGT;SOR=2.303;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=8;WE=160766187;WS=160766169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	160771761	rs1556517	C	A	7629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=1.290;SC=ACCTCACCGCCGCGCAGCAGA;SOR=0.359;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=116;TCR=143;TR=256;WE=160771769;WS=160771751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,285:1.00:286
chr1	160786670	rs560681	A	G	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=43;PP=1317;SC=CTCCATCTCTATTTACTCAGG;SOR=1.463;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=68;WE=160786678;WS=160786660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	160789196	rs537540	A	C	4436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=98;PP=2952;ReadPosRankSum=-1.047;SC=GCTATGGGGTATCTGGTCCAA;SOR=0.362;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=151;TCF=51;TCR=100;TR=149;WE=160789204;WS=160789186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,159:0.99:161
chr1	160793442	rs474131	A	G	11382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=210;NR=192;PP=2965;SC=GATATGAGGTATTTGACCAGG;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=402;TCF=210;TCR=192;TR=402;WE=160793450;WS=160793432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr1	160793560	rs509749	A	G	7652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=116;NR=154;PP=2965;SC=AGAGAACACCATGTATGCACA;SOR=1.063;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=116;TCR=154;TR=270;WE=160793568;WS=160793550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr1	160793962	rs506081	G	C	2027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=24;PP=1214;SC=TGCTGTTGGTGTGTTACAGGG;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=70;WE=160793970;WS=160793952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	160797323	rs577453	T	G	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=4;PP=904;SC=TCTTGTGTTGTCCTTGCAGAG;SOR=3.967;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=160797331;WS=160797313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	160797514	rs576334	C	G	8027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr1	160797684	rs574610	A	G	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=47;PP=1358;SC=CCTGGGGCTCACAGACAGAAG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=68;WE=160797692;WS=160797674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	160801046	rs480104	C	G	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=4;PP=606;SC=AGACTAGGAACTGTTCTATAG;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=160801054;WS=160801036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	160832212	rs11265500	A	G	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=12;PP=1357;SC=AGGGCCAGATACCCCTCTCAC;SOR=2.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=49;TCR=12;TR=61;WE=160832220;WS=160832202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	160920813	rs790059	A	G	12158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=26.55;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr1	161011736	rs144100508	GGA	G	348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=1.045;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr1	161088583	rs41270017	T	G	3750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=71;NR=59;PP=2081;SC=CAGGCTGGGCTTCATCACCAG;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=71;TCR=60;TR=130;WE=161088591;WS=161088573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	161089450	rs111473243	C	CTAAACT	3794.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=35;PP=2276;SC=GCTCTTCTACCTAGATTCTCC;SOR=0.979;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=42;WE=161089458;WS=161089440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	161092761	rs17389237	A	G	6598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=142;NR=99;PP=2965;SC=AATGGCAATCAAAGTGAATCT;SOR=1.057;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=143;TCR=99;TR=241;WE=161092769;WS=161092751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr1	161094190	rs1135783	A	G	5865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=95;NR=105;PP=2965;SC=TGTACAGCCCATGTTCCTGCT;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=95;TCR=106;TR=200;WE=161094198;WS=161094180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	161126641	rs61124670	T	C	3312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=1.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	161126705	rs76617482	A	G	7656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=151;NR=110;PP=2965;SC=CTTGGCCCCAACTACTCTCTC;SOR=0.926;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=151;TCR=110;TR=261;WE=161126713;WS=161126695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr1	161126975	rs12031437	C	G	4870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=75;PP=2965;SC=GGCTGGTGGCCTAAGCCAAGA;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=100;TCR=75;TR=175;WE=161126983;WS=161126965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	161136843	rs2301287	C	G	9058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=164;NR=148;PP=2965;SC=TGACCTCTCGCCGGCGGCTAC;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=313;TCF=164;TCR=149;TR=312;WE=161136851;WS=161136833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr1	161139738	rs36013429	G	A	5203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=95;PP=2926;SC=CCTCTGGCTCGTGCCCTGAGT;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=89;TCR=95;TR=184;WE=161139746;WS=161139728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	161143801	rs3813619	G	A	5295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=1.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	161143969	rs11265561	A	G	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=22;PP=691;SC=AGGCCAAGGCAGGCAGATCAC;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=161143977;WS=161143959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	161145005	rs3813620	C	T	3964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=67;PP=2220;SC=TAAAGGACACCGACACAGGAC;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=66;TCR=67;TR=133;WE=161145013;WS=161144995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	161161284	rs41270041	G	C	7210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=133;PP=2965;SC=CGGTGGCCAGGGTTTCCCTGC;SOR=0.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=115;TCR=134;TR=247;WE=161161292;WS=161161274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr1	161162173	rs7512012	G	A	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=694;SC=GGTGAGTGCCGGCCACCATGT;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=161162181;WS=161162163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	161163037	rs4233367	T	C	3179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=41;PP=1814;SC=GCCCAGTGCCTGGGCCTGGCA;SOR=1.150;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=72;TCR=41;TR=113;WE=161163045;WS=161163027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	161163633	rs3813622	C	T	11121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=192;NR=209;PP=2965;SC=AGGCACAGAACGGAAGTGGGG;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=403;TCF=193;TCR=210;TR=401;WE=161163641;WS=161163623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr1	161167698	rs4589131	T	G	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=10;PP=1305;SC=GCCAGAAGTGTAAGTGGGTGG;SOR=2.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=56;WE=161167706;WS=161167688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	161172233	rs11538340	C	A	4084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=58;PP=2112;SC=GGTGCTGCGGCCTGGGGCTGG;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=73;TCR=58;TR=131;WE=161172241;WS=161172223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	161176137	rs4656993	A	G	3057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=35;PP=1859;SC=ACTCCTTGCTATCTTTTGGGG;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=66;TCR=35;TR=101;WE=161176145;WS=161176127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	161179877	rs4656994	G	A	5461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=116;NR=80;PP=2965;SC=GCCACATTCAGTAGCACTTCC;SOR=1.029;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=116;TCR=81;TR=196;WE=161179885;WS=161179867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	161184059	rs10629771	C	CTGTGTGTG	925.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.93;QD=42.08;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	161191339	rs12721035	C	T	2982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	161191450	.	CTTTTTT	C	2301.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.85;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	161191461	.	T	C	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.92;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	161191522	rs685	A	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=22;PP=688;SC=GTGCAGTGGCACGATGTCAGC;SOR=1.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=161191530;WS=161191512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	161192316	rs6413453	G	A	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	161192845	rs72374375	CCACACACACACA	C,CCA	6472.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.22;QD=37.20;SOR=1.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,49,123:0.28,0.71:174
chr1	161196166	rs3813628	A	C	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.85;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	161200487	rs4073054	C	A	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=10;PP=1587;SC=CTAGACCCCACGATACCTGAA;SOR=3.327;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=54;TCR=10;TR=64;WE=161200495;WS=161200484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	161201350	rs11265567	G	T	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.47;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	161201350	.	GCG	TCA	914	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=10;NR=16;PP=914;QD=37.2103028793;SC=GAGTGCAGTGGCGTGATCTCT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=26;WE=161201360;WS=161201340;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr1	161201352	rs11265568	G	A	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.47;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	161202605	rs2307424	G	A	4099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=65;PP=2315;SC=ACCGGAAGACGGGCAGGTCCT;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=75;TCR=65;TR=140;WE=161202613;WS=161202595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	161204906	rs3123553	G	A	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	161205050	rs7414014	T	C	90.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=11.35;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	161205898	rs6686001	G	T	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=17;PP=526;SC=GGTCCCCAGGGGTGGATAGTA;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=161205906;WS=161205888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	161208254	.	AAG	A	514.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=3.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.620;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.043;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,29:0.25:118
chr1	161209164	rs79769623	G	A	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	161228843	rs16832733	G	A	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=24;PP=626;SC=CGGGATCCCAGGGAGGCGAGG;SOR=2.833;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=28;WE=161228851;WS=161228833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	161253657	rs4255401	C	T	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=18;PP=470;SC=TTTGGAACTACAGTACTATAT;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=161253665;WS=161253647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	161254280	rs4477295	G	C	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=29;PP=935;SC=GAATGGCCAGGCTTGCCCTTC;SOR=1.057;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=56;WE=161254288;WS=161254270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	161276434	rs6674383	A	G	2382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=40;PP=1982;SC=CCCCCAACCTATCAGTCCTCC;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=80;WE=161276442;WS=161276424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	161279518	rs11579939	T	C	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	161309335	.	A	AT	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.002;ClippingRankSum=0.000;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=1.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.20;ReadPosRankSum=-1.625;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,38:0.16:245
chr1	161495477	rs72633678	A	T	11284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=192;NR=194;PP=2965;SC=GGGGCTCCACACGCATCCCCA;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=388;TCF=193;TCR=195;TR=386;WE=161495485;WS=161495467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr1	161495885	rs404508	T	C	9767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=159;NR=162;PP=2965;SC=TAGAGGTGACTTTTGACATTG;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=321;TCF=159;TCR=162;TR=321;WE=161495893;WS=161495875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr1	161518159	rs200225944	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=12.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.37;MQRankSum=1.328;QD=2.03;ReadPosRankSum=-1.457;SOR=0.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,10:0.17:58
chr1	161518172	rs147342954	C	T	2218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=9.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.71;MQRankSum=-0.427;QD=21.33;ReadPosRankSum=0.735;SOR=2.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,85:0.82:104
chr1	161518214	rs148181339	T	C	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=9.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.34;MQRankSum=-4.222;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,59:0.24:251
chr1	161518336	rs77144485	C	T	1863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.927;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-19.479;NF=116;NR=110;PP=2644;ReadPosRankSum=-0.984;SC=TGAGATGAGGCTCTCATTGTG;SOR=0.934;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=669;TCF=339;TCR=330;TR=226;WE=161518344;WS=161518326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:456,142:0.24:598
chr1	161559327	rs3933769	A	G	5284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=131;NR=63;PP=2965;SC=TCTTCCTCACACTACCTCCTC;SOR=1.586;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=199;TCF=132;TCR=67;TR=194;WE=161559335;WS=161559317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	161561236	rs143998157	C	T	3483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.903;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.113;NF=66;NR=121;PP=2721;ReadPosRankSum=1.528;SC=AGGGGATGGACAAGGGCTGAG;SOR=0.847;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=388;TCF=145;TCR=243;TR=187;WE=161561244;WS=161561226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,174:0.48:365
chr1	161561287	rs151302833	A	G	2718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.41;MQRankSum=-1.859;QD=28.03;ReadPosRankSum=0.169;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr1	161565324	rs61801822	C	T	10697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=4.165;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.69;MQRankSum=-1.140;QD=27.15;ReadPosRankSum=-1.357;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,393:1.00:394
chr1	161569419	rs430178	C	G	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.97;QD=30.49;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	161576227	rs145679054	C	G	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.82;QD=27.13;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	161577669	rs61802307	G	A	6489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=101;NR=120;PP=2965;SC=GGCTGAGGATGAGGCCCAGAG;SOR=1.009;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=101;TCR=120;TR=221;WE=161577677;WS=161577659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr1	161594226	rs61803008	C	T	3536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=29;PP=2238;SC=CTCTTATTACCCCCATGGGAT;SOR=1.647;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=87;TCR=30;TR=116;WE=161594234;WS=161594216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	161594246	rs61803009	G	T	4228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=102;NR=47;PP=2690;SC=TGGGGGTCATGTGTCTTGAGG;SOR=1.314;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=103;TCR=47;TR=149;WE=161594254;WS=161594236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	161594525	rs61803010	GT	CG	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=36;PP=2000;SC=TCTTTGACAAGTGCCAACAGG;SOR=2.564;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=42;WE=161594534;WS=161594515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	161596283	rs418215	G	A	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=62;PP=1627;SC=AGATCCTGAGGCATAAGGGAA;SOR=4.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=8;TCR=63;TR=70;WE=161596291;WS=161596273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	161600995	rs34085961	C	T	6847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr1	161601118	rs61803026	G	C	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=44;PP=1297;SC=GTGGGTGGGTGTGCCCCCTTT;SOR=2.546;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=58;WE=161601126;WS=161601108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	161601133	rs61803027	T	C	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=32;PP=981;SC=CCCTTTACTCTCCCAAAGGTC;SOR=3.109;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=39;WE=161601141;WS=161601123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	161643067	rs199544489	C	T	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.45;QD=26.81;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	161644976	rs1674758	C	A	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=5;PP=222;SC=CCAACCCTGGCCCTGGTCCTT;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=161644984;WS=161644966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	161645259	rs1674759	T	G	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=4;PP=82;SC=GGTCAGCTCTTAGTCTAACTC;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=161645267;WS=161645249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	161676904	rs1340977	T	C	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=231;SC=CAAATCTGAATGATGAAAGCC;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=161676912;WS=161676894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	161681661	rs1105238	C	G	2991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=65;NR=38;PP=1541;SC=GTCTCTTCACCTGCATGTGTC;SOR=0.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=65;TCR=38;TR=103;WE=161681669;WS=161681651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	161681780	rs2275603	A	G	6075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=114;NR=98;PP=2965;SC=CCAAGCAGGAAGCCCCATGAC;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=114;TCR=99;TR=212;WE=161681788;WS=161681770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr1	161695639	rs7520519	G	T	4702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=68;PP=2965;SC=TGCCCTATGCGCCAGTGTTCG;SOR=0.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=90;TCR=68;TR=158;WE=161695647;WS=161695629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	161697072	rs72704099	G	C	7127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=164;NR=80;PP=2965;SC=CACCGCCCCAGCTCCATGGGC;SOR=1.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=164;TCR=81;TR=244;WE=161697080;WS=161697062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr1	161721351	rs7540096	A	G	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=7;PP=711;SC=TTGAGAAGCAAAAATGAAGTG;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=161721359;WS=161721341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	161721707	rs1063178	C	T	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=23;PP=831;SC=CAATGGGATACGAAGTGGATA;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=45;WE=161721715;WS=161721697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	161722779	rs35439833	C	CAAA	2403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;QD=37.56;SOR=2.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	161736035	rs2298019	A	G	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=18;PP=1194;SC=TCGTGCGGCAAAAGTAGTTTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=60;WE=161736043;WS=161736025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	161751741	rs1058405	A	G	4202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	161822959	rs2340717	C	T	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=497;SC=GGTGAAACATCCATTTCTATG;SOR=2.753;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=161822967;WS=161822949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	161823011	rs2257107	T	A	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.84;SOR=2.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	161823197	rs3215134	G	GT	8106.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=80;PP=2936;SC=TCCCTAGAAGGTTGGTAAACT;SOR=0.858;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=103;TCF=18;TCR=85;TR=98;WE=161823205;WS=161823187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	161928327	rs9482	A	G	4865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=84;NR=75;PP=2647;SC=AAAGTTCGTCAGTTCCTCCTT;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=85;TCR=75;TR=159;WE=161928335;WS=161928317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	161976234	rs12022536	A	G	5885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=25.26;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	161976272	rs34863451	G	GA	3885.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.326;HP=10;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.534;NF=21;NR=70;PP=1097;ReadPosRankSum=-1.185;SC=TCCTGAGAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=25;TCR=84;TR=91;WE=161976281;WS=161976262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:14,195:0.93:209
chr1	162302635	rs347306	T	C	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=15;PP=1344;SC=TTGTGGAATCTGTTGAAAGTG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=57;TCR=15;TR=72;WE=162302643;WS=162302625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	162302689	rs347307	C	T	5357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=118;NR=71;PP=2965;SC=AGAAGACTTTCTGTAATAACT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=119;TCR=71;TR=189;WE=162302697;WS=162302679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	162313597	rs347278	T	C	11374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr1	162335052	rs905721	C	T	2585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=19;PP=1597;SC=CCCAGATGCCCATGCTGCCCG;SOR=2.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=63;TCR=19;TR=82;WE=162335060;WS=162335042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	162335424	rs1964052	T	C	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=23;PP=667;SC=GTCACTTTCCTTAAGTTTTTG;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=162335432;WS=162335414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	162344390	rs164159	A	G	6738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=145;PP=2965;SC=CGTGCTGGGTATCCCCCAAGC;SOR=1.580;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=80;TCR=145;TR=225;WE=162344398;WS=162344380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr1	162345091	rs164181	G	A	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=27;PP=1229;SC=TGGTGAGAGCGCTGTGTTCTG;SOR=1.136;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=72;WE=162345099;WS=162345081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	162348662	rs164188	C	T	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=6;PP=379;SC=CACCACTCCTCGTAGCAGGTC;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=162348670;WS=162348652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	162367071	rs17852003	C	T	13701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,515:1.00:515
chr1	162473401	rs376976805	CA	C	64.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=9.25;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	162546863	rs12129762	T	C	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=15;PP=410;SC=CACAGACATATTTCTTGTTAC;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=162546871;WS=162546853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	162560360	.	TTC	T	524.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=4.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=1.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,33:0.23:143
chr1	162722846	rs1632311	C	G	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.19;SOR=1.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	162725655	rs1115570	A	C	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.411;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=479;ReadPosRankSum=2.646;SC=TCAACCAATCAGTATTTATTT;SOR=2.226;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=27;WE=162725663;WS=162725645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr1	162740327	rs1780003	T	C	10477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=175;NR=192;PP=2965;SC=GTGGGCAGGGTGTCAAGGGAG;SOR=0.881;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=368;TCF=175;TCR=193;TR=367;WE=162740335;WS=162740317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr1	162742180	rs1704762	T	C	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=30;PP=835;SC=CCTCTGGATTTCAGTATTGGG;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=162742188;WS=162742170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	162743418	rs1355287	G	T	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=65;PP=2002;SC=TTTTCCTTTAGGTATTTCATC;SOR=1.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=44;TCR=65;TR=109;WE=162743426;WS=162743408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	162748588	rs907074	C	A	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=32;PP=880;SC=GCAAGTCCTGCCTTAGCAGGA;SOR=3.145;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=38;WE=162748596;WS=162748578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	162754049	rs11338	G	A	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.59;QD=28.34;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	162754244	rs61812969	T	G	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.06;QD=31.66;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	162760551	rs1704754	C	T	6160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.84;QD=44.64;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	162760554	rs71519246	T	C	6160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.88;QD=44.32;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	162765475	rs2684884	G	C	3133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.83;QD=27.02;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	162766476	rs1780019	C	T	10931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=165;NR=214;PP=2965;SC=AGGTAATTTTCGTTTTATGGA;SOR=1.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=379;TCF=165;TCR=214;TR=379;WE=162766484;WS=162766466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr1	162774236	rs77482353	A	G	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=42;PP=1220;SC=TGAATAATTGAGGTCCCGTTT;SOR=3.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=49;WE=162774244;WS=162774226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	162775267	rs12563263	C	T	5805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=102;NR=112;PP=2965;SC=GAAGAAATTACATTATGACCC;SOR=0.834;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=214;TCF=102;TCR=112;TR=214;WE=162775275;WS=162775257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	162787243	rs2803865	T	A	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.74;QD=30.26;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	162822771	rs2684878	A	C	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.02;SOR=1.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	162822807	rs56072121	G	A	3938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=42;PP=2254;SC=AATAAATTAAGTTTTTGTGAA;SOR=1.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=88;TCR=42;TR=130;WE=162822815;WS=162822797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	163038613	rs7515900	C	A	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=6;PP=704;SC=CCAGCTATTTCTCTCCACCTT;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=163038621;WS=163038603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	163038853	rs10917671	G	A	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=1.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	163117351	rs3768560	G	T	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=40;PP=1242;SC=TTGATGAGGGGTGAAGAGGGA;SOR=2.070;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=57;WE=163117359;WS=163117341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	163122528	rs1354939	G	C	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=49;PP=1510;SC=AAAACAGTCAGCTGGAGAAAT;SOR=2.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=66;WE=163122536;WS=163122518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	163142537	rs10917691	G	A	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=428;SC=GGAGTTCATTGTTCAGGGAAT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=163142545;WS=163142527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	163142555	rs12035879	G	A	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=239;SC=AATGACTAATGTTATTGCATT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=163142563;WS=163142545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	163307754	rs4657262	A	G	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.59;ReadPosRankSum=-2.070;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr1	163308027	rs11330875	TA	T	146.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=82;SC=TGCCTTTTCTTAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=163308035;WS=163308017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	163309302	rs2999852	C	T	2678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	164532325	rs4657364	T	C	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=14;PP=1584;SC=GGACTCTGTATATTAAGTCAT;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=55;TCR=14;TR=69;WE=164532333;WS=164532315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	164789444	rs1538488	A	G	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=45;PP=1385;SC=CCAATATGTCACCAGGTGAAT;SOR=2.173;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=62;WE=164789452;WS=164789434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	165173216	rs1354509	A	G	3549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=60;PP=1799;SC=CTAGGAAACAATCACCCAGGT;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=118;TCF=58;TCR=60;TR=117;WE=165173224;WS=165173206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	165175374	rs4656435	G	A	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=497;SC=GGGATGAGGTGACATCAGTGG;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=165175382;WS=165175364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	165180089	rs1532815	T	A	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=33;PP=905;SC=TATATAATACTTGAGGAGGCC;SOR=1.460;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=53;WE=165180097;WS=165180079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	165218679	rs9970062	C	T	11597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=251;NR=156;PP=2965;SC=CCAGGCTGAGCAGCTCCCGCT;SOR=1.208;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=410;TCF=251;TCR=159;TR=407;WE=165218687;WS=165218669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr1	165375895	rs283697	A	C	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=6;PP=500;SC=CCGCTAGCCCAATGGAATTAA;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=165375903;WS=165375885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	165376043	rs283696	T	C	2526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=37;PP=1418;SC=GCCAGCACTGTCTCACCTGCC;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=44;TCR=37;TR=81;WE=165376051;WS=165376033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	165376227	rs111545739	C	CCG	1253.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.23;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	165376231	.	CTG	C	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.30;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	165377389	rs283692	T	C	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=5;PP=859;SC=GGAGGACCAATAACATGGGAG;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=165377397;WS=165377379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	165378729	rs66800417	TACACAC	TAC,T	4697.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;NF=14,14;NR=39,39;PP=2415,154;SC=CACATGTGTATACACACACAC;SOR=0.967;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=53,53;WE=165378744;WS=165378719;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:117
chr1	165389285	rs157870	C	G	6389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=104;PP=2965;SC=AAGCACAGAGCCAGAGTAAAT;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=218;TCF=114;TCR=104;TR=218;WE=165389293;WS=165389275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr1	165513439	rs285446	A	C	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=17;NR=9;PP=778;SC=TTCTTTCCAGAGCCCCTCCCC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=165513471;WS=165513429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	165513456	rs285445	A	T	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.52;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	165513463	rs285444	C	G	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.89;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	165532746	rs17407838	T	A	5950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=125;NR=77;PP=2965;SC=TCTTAGATGATCTAAATGCCA;SOR=1.153;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=125;TCR=78;TR=202;WE=165532754;WS=165532736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	165533075	rs6676948	C	T	7067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr1	165621129	rs10642555	C	CAAAAAAA	509.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=42.48;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr1	165630475	rs7544840	C	T	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=5;PP=500;SC=TGAAAAGATACATAATTTTAT;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=165630483;WS=165630465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	165630495	rs7511691	T	C	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=11;PP=730;SC=TATATAGGCATAAAATATCAC;SOR=1.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=165630503;WS=165630485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	165630698	rs6667681	A	G	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	165648709	rs1143661	C	T	7555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr1	165651153	rs2882006	T	A	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=187;SC=TGTACAACCTTAACTATAAGC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=165651161;WS=165651152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	165651502	rs1913844	G	C	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=22;PP=632;SC=AGGAGTAAAGGAGGATGCAGG;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=165651510;WS=165651492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	165652273	rs1143659	A	G	7376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr1	165652445	rs4233407	A	G	2526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=60;PP=1777;SC=TTTAAAACTAAAAATAGCTTT;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=22;TCR=60;TR=82;WE=165652453;WS=165652435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	165667512	rs4646883	T	C	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=4;PP=971;SC=GTCACTGTCTTGTGCTCAAGT;SOR=3.664;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=165667520;WS=165667503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	165667548	rs4646882	G	C	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=23;PP=1482;SC=CAGGAAACGGGGGCTGGCCGG;SOR=1.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=74;WE=165667556;WS=165667538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	165697497	rs57581252	C	CT	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=7.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=1.136;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr1	165712555	rs71826578	GA	G	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,21:0.30:71
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chr1	165859630	rs477033	C	G	6170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	166029970	rs4353067	T	C	3833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=26.44;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	166124134	rs896402	A	G	13434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=223;NR=253;PP=2965;SC=TGTAAGTTAAAAATGATTCTG;SOR=0.901;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=476;TCF=223;TCR=253;TR=476;WE=166124142;WS=166124124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,504:1.00:504
chr1	166818566	rs2075946	A	G	11114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=193;NR=190;PP=2965;SC=TGCGGCGGGCATTCCGAGGCC;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=383;TCF=193;TCR=190;TR=383;WE=166818574;WS=166818556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr1	166827602	rs10800270	A	T	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	166838866	rs71253526	A	AATTTT	1433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=11;PP=1263;SC=CTTTATACTTAAAGTATCCAC;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=22;WE=166838874;WS=166838856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	166839174	rs4657609	G	A	3490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=70;PP=2189;SC=TTAAAGAGACGGGGTTTTTTA;SOR=1.479;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=42;TCR=70;TR=112;WE=166839182;WS=166839164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	166944256	rs59211434	TTC	T	1069.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.9995;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=11;NR=6;PP=606;SC=GCCCCCATCATTCTCTCTCTC;SOR=1.708;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=17;WE=166944281;WS=166944246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	166944273	rs12116418	T	A	804.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=657;ReadPosRankSum=1.232;SC=TCTCTCTCTCTCACACACACA;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=26;WE=166944281;WS=166944246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,26:0.90:29
chr1	166958601	rs2296837	T	C	10067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=187;NR=159;PP=2965;SC=TGCCGAACCGTAAGGCCAGCC;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=346;TCF=187;TCR=159;TR=346;WE=166958609;WS=166958591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr1	166958710	rs11578336	T	G	6407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=116;PP=2965;SC=TTACTGCTCCTCAGACTGGGC;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=102;TCR=116;TR=218;WE=166958718;WS=166958700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr1	167042762	rs2274531	C	T	4651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=97;PP=2735;SC=GAGATGGCATCGACGGTCACC;SOR=1.043;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=72;TCR=97;TR=169;WE=167042770;WS=167042752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	167059336	rs2281964	C	T	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=1;PP=1646;SC=GGCACTGGTCCGGAATGTGTA;SOR=6.154;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=59;TCR=1;TR=60;WE=167059344;WS=167059334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	167059462	rs2281963	G	C	12782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=242;NR=197;PP=2965;SC=GGGCACTGGAGAGAAAAGGGG;SOR=0.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=440;TCF=242;TCR=198;TR=439;WE=167059470;WS=167059452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr1	167059575	rs28384507	G	T	11414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.37;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,447:0.99:450
chr1	167082869	rs12122365	G	A	7730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=169;NR=100;PP=2965;SC=TAAAATCAAAGCCAGGTTTCT;SOR=1.337;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=169;TCR=100;TR=269;WE=167082877;WS=167082859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr1	167095163	rs267745	G	C	6349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	167096931	rs267746	A	C	6215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=109;PP=2965;SC=GTCTGAGTACAAAATGGAAAA;SOR=1.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=90;TCR=109;TR=199;WE=167096939;WS=167096921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	167097945	rs267747	G	A	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=13;PP=400;SC=GATACAGAGAGGATCTTCCAG;SOR=1.220;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=167097953;WS=167097935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	167190251	.	G	GC	1166.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.309;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=8.491;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.39;MQRankSum=0.377;QD=22.01;ReadPosRankSum=0.056;SOR=1.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,49:0.92:53
chr1	167272512	rs16858893	A	C	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=3;PP=259;SC=ATGGTCCTTTAGTAAGGGCAG;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=167272520;WS=167272502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	167345218	rs2273963	A	C	3385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	167353258	rs35617253	AT	A	2285.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;MQRankSum=0.346;QD=20.59;ReadPosRankSum=-1.202;SOR=1.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,110:0.99:111
chr1	167358837	rs142378150	A	G	25373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=968;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=468;NR=440;PP=2965;SC=AGCAACCCCAACACGCACAAT;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=913;TCF=469;TCR=444;TR=908;WE=167358845;WS=167358827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,963:1.00:963
chr1	167382374	rs10753757	A	C	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=31;PP=1089;SC=CTTTTTCTTAATTTGGTGGCA;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=167382382;WS=167382364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	167382399	rs67647055	AGTGT	A	1143.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;QD=39.44;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr1	167385178	rs35216157	G	GA	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=18.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=-0.609;SOR=4.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,16:0.21:78
chr1	167385324	rs34032944	TA	T	386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.72;ReadPosRankSum=-0.882;SOR=0.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,29:0.88:33
chr1	167403504	rs952962	A	G	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=57;PP=1604;ReadPosRankSum=-1.162;SC=CACCCCCCTCATCCTCAGCCC;SOR=1.322;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=96;WE=167403512;WS=167403494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,107:0.98:109
chr1	167404078	rs3108156	G	A	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	167404179	rs61806155	G	A	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.43;MQRankSum=-0.318;QD=23.28;ReadPosRankSum=1.028;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
chr1	167673738	rs34762939	T	TA	1131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=5;PP=791;SC=AGTCAATGCATAAAAAAAACT;SOR=3.258;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=32;WE=167673746;WS=167673728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	167817639	rs203795	A	G	7312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;QD=25.66;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr1	167863008	rs113505249	G	GT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=2.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.25;ReadPosRankSum=0.845;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,20:0.17:121
chr1	167871297	rs71735758	GA	G	944.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.484;QD=11.96;ReadPosRankSum=0.272;SOR=1.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,67:0.85:79
chr1	167889145	rs199537893	CA	C	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=-0.748;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,31:0.21:150
chr1	167906239	rs203788	A	C	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.26;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	167971979	rs436256	GC	TG	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=434;SC=GTGGAATGGCGCAGTCACTGG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=167971988;WS=167971969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	168035104	rs380095	G	C	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=27;PP=802;SC=TGACTAGGCAGCAGTAGAGTC;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=168035112;WS=168035094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	168106716	rs6664903	T	C	6172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=120;PP=2965;SC=AGTGAATTCGTCCCGAAGCCA;SOR=1.421;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=71;TCR=120;TR=191;WE=168106724;WS=168106706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	168153090	rs2038035	A	T	3336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=30;PP=2188;SC=AGAAACAAAAATGCCAACAGC;SOR=1.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=81;TCR=30;TR=111;WE=168153098;WS=168153080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	168153370	rs2038034	A	G	4671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=107;PP=2965;SC=AGGTTAAACAAAAGAGAAAAG;SOR=1.849;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=45;TCR=107;TR=152;WE=168153378;WS=168153360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	168165767	rs35234155	CT	C	1637.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.699;QD=12.13;ReadPosRankSum=-0.098;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,113:0.84:135
chr1	168200730	rs113808778	AT	A	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.985;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.478;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,37:0.20:185
chr1	168262522	.	AGTGTGTGT	A,AGT	2285.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.10;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,17,39:0.30,0.68:57
chr1	168274201	rs4656579	G	A	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=22;PP=1345;SC=TTTGGTGTGGGAGTTCACAGA;SOR=1.408;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=76;WE=168274209;WS=168274191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	168278264	rs1883148	G	A	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=43;PP=1242;SC=TGGCAACAGGGTGGAGTTCTT;SOR=2.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=58;WE=168278272;WS=168278254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	168510122	rs470733	T	A	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=11;PP=1717;SC=GTGAGTATAATCTCAGTCCAT;SOR=3.458;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=65;TCR=11;TR=76;WE=168510130;WS=168510112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	168511155	rs76400946	T	C	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=11;PP=743;SC=TTCCTGAGGATGGCAGCATTT;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=168511163;WS=168511145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	168511284	rs4282797	T	C	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=25;PP=548;SC=TTCTGCTAACTGGCAGTCGCT;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=168511292;WS=168511274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	168511321	rs4501820	C	T	272.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.76;QD=38.97;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	168511325	rs4301615	G	C	290.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.06;QD=36.35;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	168511349	rs4478789	A	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.40;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	168513129	rs3820405	C	T	7155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;NR=116;PP=2965;SC=TCACAGACAGCTTCTCCACTT;SOR=0.808;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=256;TCF=140;TCR=116;TR=254;WE=168513137;WS=168513119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr1	168513243	rs1933114	G	A	4305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=86;PP=2836;SC=AGTGAGGATCGGGCTCTTTGA;SOR=1.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=60;TCR=86;TR=146;WE=168513251;WS=168513233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	168513346	rs3820411	A	T	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=30;PP=828;SC=TCTTTGCAATACTGATGCTTT;SOR=4.615;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=168513354;WS=168513336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	168549234	rs376339731	T	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.448;NF=11;NR=4;PP=120;ReadPosRankSum=-1.678;SC=ATTTAACAGATGATTGTTCCT;SOR=0.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=15;WE=168549242;WS=168549224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,13:0.21:62
chr1	168549254	rs5024578	A	G	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-5.384;NF=25;NR=13;PP=569;ReadPosRankSum=-1.693;SC=TGTGATCTGGATAATTGCTTT;SOR=0.572;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=105;TCF=75;TCR=30;TR=38;WE=168549262;WS=168549244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,42:0.35:120
chr1	168549440	rs201148594	T	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=8.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-8.440;QD=1.40;ReadPosRankSum=-3.831;SOR=1.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,27:0.15:175
chr1	168549453	.	T	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.137;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=17.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQRankSum=-11.552;QD=0.29;ReadPosRankSum=-2.276;SOR=3.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,12:0.09:135
chr1	168698173	rs1052591	C	T	7878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=174;NR=106;PP=2965;SC=GGCTCTGTGGCGTGGGCATGC;SOR=1.098;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=282;TCF=176;TCR=106;TR=280;WE=168698181;WS=168698163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr1	169080837	rs1200138	C	T	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=43;PP=1235;SC=ATAATGTAGTCTTAAAGCAAC;SOR=1.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=59;WE=169080845;WS=169080827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	169094100	rs968304	T	A	5095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=3.869;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.13;ReadPosRankSum=1.660;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr1	169099061	rs1200157	G	A	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=5;PP=391;SC=TTTCATTTCAGCAAAATCACA;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=169099069;WS=169099051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	169101257	rs34447553	A	AT	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=8.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.741;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr1	169102223	rs61803315	G	C	4902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=112;PP=2965;SC=GCTCCAGTTTGAAGTTCCATT;SOR=1.665;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=57;TCR=112;TR=169;WE=169102231;WS=169102213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	169138027	rs10919082	A	G	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=40;PP=1366;SC=GTATCTATATATATGTTATGC;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=89;WE=169138035;WS=169138017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	169138307	rs4656656	C	A	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	169138318	rs4656657	T	A	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	169138868	rs3737681	C	T	2257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=56;PP=1600;SC=CTATATGAAACGCTAACTTAT;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=13;TCR=56;TR=69;WE=169138876;WS=169138858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	169159866	rs7526721	G	T	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	169200111	rs10800420	C	T	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=26;PP=748;SC=TTAACTCTCCCCTTTTAATTG;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=169200119;WS=169200101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	169204230	.	C	T	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=5;PP=513;SC=GTCGTTGACACAGAACTTTAG;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=169204238;WS=169204220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	169216412	rs2040445	C	G	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=39;PP=1165;SC=AAATAAAGTACGGTACTGAGT;SOR=1.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=169216420;WS=169216402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	169256501	rs4589164	C	T	5471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=119;NR=75;PP=2965;SC=CATTGCTCTCCTATTAACAAA;SOR=1.157;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=198;TCF=120;TCR=78;TR=194;WE=169256509;WS=169256491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	169272299	rs10919130	A	T	2085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	169272451	rs10800427	A	T	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.45;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	169272451	.	AGG	TGA	898	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=9;NR=16;PP=898;QD=38.0587149945;SC=ATAATCAAAAAGGCAATAGTT;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=25;WE=169272461;WS=169272441;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr1	169272453	rs10800428	G	A	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.43;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	169279196	rs34054662	T	TA	1667.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=24;PP=1021;SC=CTGAAAATGATAAAAAAATTA;SOR=0.990;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=34;WE=169279204;WS=169279186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	169293721	rs1140523	G	A	5868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	169345704	rs12563090	G	A	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	169349608	rs3830533	C	CTA	766.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=747;SC=AGTAACTATACTGTTAAATCT;SOR=3.383;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=15;WE=169349616;WS=169349600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	169351596	rs3905328	A	G	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	169390957	rs35107735	A	T	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=26;PP=1054;SC=GGAGGCAAAAACCCCTGACTG;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=57;WE=169390965;WS=169390947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	169391154	rs3820059	A	G	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=37;PP=1471;SC=ATAATTTTTAAAAGTAGTAGT;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=85;WE=169391162;WS=169391144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	169394226	rs10919168	A	G	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	169435027	rs2678166	C	T	3446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=19;PP=2298;SC=AAAAATCAAACACATCCAGGC;SOR=2.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=88;TCR=19;TR=107;WE=169435035;WS=169435017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	169493953	rs12131397	A	C	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=24;PP=1540;SC=ACTACATTGTAGTAGAGAAAA;SOR=1.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=83;WE=169493961;WS=169493943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	169498834	rs6009	T	C	3340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=78;NR=44;PP=1817;SC=GATCAAAGTCTGAGGAAAATA;SOR=1.241;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=78;TCR=45;TR=122;WE=169498842;WS=169498824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	169510475	rs1046712	G	T	8647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=4.649;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;MQRankSum=9.287;QD=24.92;ReadPosRankSum=0.311;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,343:0.99:347
chr1	169519049	rs6025	T	C	4833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	169525766	rs2239853	T	C	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=4;PP=980;SC=TGTTAGGAACTGAGGAAAGTT;SOR=4.021;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=169525774;WS=169525756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	169528580	rs6012	C	T	6587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=132;PP=2965;SC=AGATAGAAGACGCTCATTAGC;SOR=1.365;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=77;TCR=132;TR=209;WE=169528588;WS=169528570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr1	169529826	rs6022	C	A	4500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	169529973	rs6029	C	T	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=25;PP=691;SC=CCATCTTCTCCGCAGGGAATG;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=169529981;WS=169529963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	169541513	rs6019	C	G	4656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	169551549	rs56901113	T	TA	250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=163;SC=CAGTACTTCTTAAAAAAAAAA;SOR=2.147;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=169551557;WS=169551539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	169555367	rs372224504	TA	T	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr1	169562904	rs6128	C	T	11426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr1	169564130	rs1569471	T	G	3303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=74;PP=2317;SC=AGAAAAGAAATAATGCAAGAG;SOR=1.570;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=39;TCR=74;TR=113;WE=169564138;WS=169564120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	169565346	rs6133	C	A	3549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=3.027;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.00;ReadPosRankSum=2.322;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,140:0.99:142
chr1	169565393	rs3917811	C	A	2639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=45;PP=1387;SC=AAAATGTTTCCATTCAGAGAC;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=84;WE=169565401;WS=169565383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	169566308	rs6132	G	A	10267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.78;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr1	169566313	rs6127	C	T	10049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.31;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	169566326	rs6135	G	A	5046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.75;ReadPosRankSum=-0.831;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,194:0.99:196
chr1	169572545	.	C	CTCTGTGTG,CTCTGTGTGTG	288	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=27;MQ=61.49;NF=1,1;NR=25,25;PP=205,288;QD=8.0;SC=CTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=26,26;WE=169572553;WS=169572535;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.96:27
chr1	169599254	rs732314	T	C	9128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr1	169672343	rs4987314	C	T	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=9;PP=699;SC=CATATCTGCTCATCCATCAGC;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=169672351;WS=169672333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	169672595	rs202128116	GA	G	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.165;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr1	169673838	rs2229569	G	A	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=42;PP=1260;SC=TTTCCCAAAGGGTGAGTACAG;SOR=1.347;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=72;WE=169673846;WS=169673828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	169677709	rs1051091	A	G	10998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=205;NR=189;PP=2965;SC=CTTCTTCAGTAAGAGATTTGT;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=394;TCF=205;TCR=189;TR=394;WE=169677717;WS=169677699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr1	169678024	rs4987285	T	C	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=63;PP=1969;SC=CAGGCTGAGCTAGACACTTAG;SOR=2.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=23;TCR=63;TR=86;WE=169678032;WS=169678014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	169679472	rs4987281	G	GCT	3414.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=14;PP=2451;SC=AGAATTAACAGCTCTGTGAAA;SOR=2.513;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=55;WE=169679480;WS=169679462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	169694918	rs5356	A	G	8679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=174;NR=142;PP=2965;SC=GGTAGCTTCCATCTGATTCAA;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=174;TCR=142;TR=316;WE=169694926;WS=169694908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr1	169696946	rs5368	G	A	5286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=107;NR=68;PP=2965;SC=GTTGATCCATGTAATTCAAAT;SOR=1.018;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=107;TCR=68;TR=175;WE=169696954;WS=169696936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	169697444	rs1076637	C	T	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=49;PP=1396;SC=GAGTACTTGGCGTTTGTTGAG;SOR=1.434;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=81;WE=169697452;WS=169697434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	169698825	rs1534904	T	G	6663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=111;NR=120;PP=2965;SC=CTGAGGATTTTAAAGAGCACC;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=111;TCR=120;TR=231;WE=169698833;WS=169698815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr1	169702705	rs932307	G	A	8561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=159;NR=128;PP=2965;SC=TGGTCTAATGGCACTGACTTA;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=287;TCF=159;TCR=128;TR=287;WE=169702713;WS=169702695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr1	169762807	rs10489177	T	G	5024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=95;PP=2870;SC=CCAGATGGTCTTCTATAGTGA;SOR=1.114;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=76;TCR=95;TR=171;WE=169762815;WS=169762797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	169768033	rs6680938	T	C	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=13;PP=905;SC=ATTACTATGATACTAGTATCT;SOR=1.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=52;WE=169768041;WS=169768023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	169768080	rs6668114	C	A	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	169795214	rs57068023	CT	C	875.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=18;PP=386;SC=TTTAAAACAACTTTTTTTTTC;SOR=0.954;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=20;WE=169795222;WS=169795204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	169795276	rs6682137	A	C	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=11;PP=443;SC=TGCAATGGCGAAATCTCGGCT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=169795284;WS=169795266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	169797127	rs6427223	G	A	3988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=113;PP=2965;SC=CATATATATTGCTACTTTATA;SOR=4.327;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=12;TCR=115;TR=125;WE=169797135;WS=169797117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	169811499	rs115653015	C	T	6043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=131;NR=83;PP=2965;SC=TAAGTCGGCTCTTGGTGGTGC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=133;TCR=84;TR=214;WE=169811507;WS=169811489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr1	169819605	rs6664099	A	G	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=48;PP=1563;SC=TGCTGAGCACAGTGCTGACGA;SOR=0.921;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=47;TCR=48;TR=95;WE=169819613;WS=169819595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	169823296	rs112604424	G	GCTTGA	1482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=1;PP=1324;SC=TTAATTTTGTGCTTGACTTGA;SOR=4.615;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=22;WE=169823304;WS=169823286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	169823718	rs4656197	T	C	9208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=160;NR=171;PP=2965;SC=GCTAATCTTTTGGGGTAAGCT;SOR=0.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=332;TCF=160;TCR=172;TR=331;WE=169823726;WS=169823708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr1	169831993	rs7525259	A	G	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=42;PP=1184;SC=TTTCAGTGAAAAGTATTAAGC;SOR=1.545;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=67;WE=169832001;WS=169831983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	169835950	rs12133843	A	C	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=111;SC=AACCAAATATATGACTCATCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=169835958;WS=169835940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	169839595	rs10919260	A	G	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=39;PP=1072;SC=TATTTATTATACTCAAATCTA;SOR=2.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=50;WE=169839603;WS=169839585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	169847683	rs6683056	G	A	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=8;PP=745;SC=CAATTTCTATGAACACCATAA;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=169847691;WS=169847673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	169890933	rs518928	A	G	6228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=120;PP=2965;SC=CTAAAAAAGAAAAAAAAGAAT;SOR=1.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=90;TCR=121;TR=209;WE=169890941;WS=169890923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	169891056	rs3838393	CT	C	583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.365;NF=0;NR=25;PP=441;ReadPosRankSum=-0.283;SC=ATATCATTAACTTTTTTTTTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=25;WE=169891064;WS=169891046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr1	169941761	rs511443	A	T	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	169947146	rs11396984	C	CA	525.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;MQRankSum=0.634;QD=14.61;ReadPosRankSum=-0.275;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,31:0.86:36
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chr1	169952385	rs2057249	G	T	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=10;PP=1369;SC=CAGTCTATTTGAATAGAAAGC;SOR=2.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=58;WE=169952393;WS=169952375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	170001151	rs11277624	ATACTCATT	A	2699.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=28;PP=2957;SC=AGGATCATCCATACTCATTGA;SOR=1.536;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=170001166;WS=170001141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	170004508	rs12750962	A	T	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=4;PP=354;SC=AACTGAGAGAACAAGTGATCT;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=170004516;WS=170004498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	170135669	rs6427234	C	T	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=32;PP=1732;SC=GAACAGACTGCGCCTTGGACT;SOR=1.282;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=66;TCR=32;TR=98;WE=170135677;WS=170135659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	170135760	rs6427235	T	C	9193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	170135765	rs6669514	T	C	9143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.60;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	170501385	rs7531125	A	C	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=3.188;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.66;ReadPosRankSum=2.122;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr1	170502517	rs1412892	A	G	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	170521376	rs913257	G	A	5967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=90;PP=2965;SC=ATTGCTACACGAACAAGAAGT;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=108;TCR=90;TR=198;WE=170521384;WS=170521366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	170633186	rs11286665	AT	A	141.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=0.000;QD=10.90;ReadPosRankSum=-1.350;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr1	170633229	.	C	CCTCTCTCTCT	888.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;QD=38.64;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	170927572	rs35425940	T	TC	998.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=3.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.473;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,80:0.48:165
chr1	170927573	rs45626233	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,44:0.26:168
chr1	170928671	rs2294740	T	C	4634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	170931180	rs72710535	C	T	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	170993444	rs3077629	G	GGT	864.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.580;QD=19.65;ReadPosRankSum=-0.286;SOR=1.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,33:0.75:44
chr1	171061990	rs2064074	A	G	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=19;PP=518;SC=ATAAGAGCACACTGTGTGCAC;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=171061998;WS=171061980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	171070472	rs12404455	G	T	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=451;SC=GCAGCCACAAGAAACTAATAC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=171070480;WS=171070462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	171072862	rs28363536	G	T	4422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=32;PP=2892;SC=CTTGGAACCAGCCCTGACCAT;SOR=2.444;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=110;TCR=33;TR=142;WE=171072870;WS=171072852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	171076966	rs2266782	G	A	9624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr1	171077165	rs2066529	G	A	2991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.20;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	171077198	rs1920149	G	A	4324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=81;NR=64;PP=2403;SC=AAACTGCCATGTATTTCTCAC;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=81;TCR=64;TR=145;WE=171077206;WS=171077188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	171077502	rs28363550	TC	T	601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=16;PP=590;SC=TAGCTGAGCTTCCCCAAGTAA;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=16;WE=171077510;WS=171077492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	171083174	rs909530	C	T	9400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=197;NR=134;PP=2965;SC=CTGTATTTAACGATGAGCTCC;SOR=0.986;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=331;TCF=197;TCR=134;TR=331;WE=171083182;WS=171083164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr1	171083242	rs2266780	A	G	11755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=212;NR=191;PP=2965;SC=GAATTCACAGAGACCTCGGCC;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=405;TCF=212;TCR=193;TR=403;WE=171083250;WS=171083232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr1	171083537	rs909531	T	C	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=36;PP=862;SC=ATTGCGAAGATGAATGCCAGT;SOR=3.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=41;WE=171083545;WS=171083527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	171085314	rs2066528	A	AT	1255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=9;PP=630;SC=TGCCAGACTCATTAATTACCA;SOR=0.954;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=171085322;WS=171085304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	171112490	rs1736565	C	T	4259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=99;PP=2727;SC=AAGATACATACAGTTTGAGGT;SOR=2.052;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=40;TCR=99;TR=139;WE=171112498;WS=171112480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	171115483	rs72712685	A	G	5289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=71;PP=2965;SC=TAAATTTTCTAGTTTTCTTAA;SOR=1.064;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=112;TCR=71;TR=182;WE=171115491;WS=171115473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	171115567	rs11812044	G	A	10218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.226;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=183;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.618;SC=TTACTGAAAAGGATGGGAAAC;SOR=0.389;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=376;TCF=192;TCR=184;TR=372;WE=171115575;WS=171115557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,392:1.00:393
chr1	171115645	rs11812061	G	T	7216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr1	171116760	rs7063044	C	T	4433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=89;NR=53;PP=2282;SC=CCATGTTCCACTTAGGCCTGG;SOR=0.979;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=89;TCR=53;TR=142;WE=171116768;WS=171116750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	171491264	rs3736679	T	A	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.15;SOR=1.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	171496875	rs139849492	A	G	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=20;PP=1137;SC=AGCATGGGCAACAGAGCAAGA;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=59;WE=171496883;WS=171496865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	171496895	rs10753126	A	G	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=37;PP=1663;SC=ACTGTCTCCAAAATAATAAGA;SOR=1.037;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=94;WE=171496903;WS=171496885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	171509327	rs760644	G	A	8097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=163;NR=121;PP=2965;SC=GACCTTATCCGCTCCTCAAGA;SOR=0.856;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=285;TCF=164;TCR=121;TR=284;WE=171509335;WS=171509317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr1	171511039	rs1687064	C	G	8297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=158;NR=137;PP=2965;SC=GGGATATTTCCGGGAATAAGA;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=299;TCF=159;TCR=140;TR=295;WE=171511047;WS=171511029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr1	171511442	rs2272810	A	G	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=29;PP=815;SC=TGGTTGAATTATGCAAAGAGC;SOR=2.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=40;WE=171511450;WS=171511432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	171514731	rs235468	C	G	5376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr1	171514848	rs144272003	T	TTTTA	782.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5977;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=663;ReadPosRankSum=-0.174;SC=GTTTCTTTCATTTTATTTATT;SOR=1.708;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=13;WE=171514856;WS=171514838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr1	171514884	.	A	ATTTG	351	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=13;PP=351;QD=27.4615384615;SC=TTATTTATTTATTTGCTACAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=13;WE=171514892;WS=171514874;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr1	171519487	rs235470	A	C	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=20;PP=486;SC=TCATTATTCAAGTGTTAAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=171519495;WS=171519477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	171526570	rs1687057	G	A	42040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=1590;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=789;NR=725;PP=2965;SC=CTCCACTTCCGGCAACCTTAA;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1524;TCF=790;TCR=734;TR=1514;WE=171526578;WS=171526560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1582:1.00:1582
chr1	171527322	rs235482	A	G	2488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=66;PP=1932;SC=GGAATGGCATAGGAATACTGA;SOR=2.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=17;TCR=66;TR=83;WE=171527330;WS=171527312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	171546552	.	TA	T	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=3.850;QD=0.41;ReadPosRankSum=-0.004;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,24:0.12:200
chr1	171546833	rs6685179	C	A	5302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=131;PP=2965;SC=TACTAAAATGCTTATTTTTGT;SOR=1.622;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=197;TCF=61;TCR=136;TR=192;WE=171546841;WS=171546823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	171548868	rs235489	T	C	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=24;PP=1669;SC=TAGTATTAATTTTACTCTTTT;SOR=1.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=55;TCR=24;TR=79;WE=171548876;WS=171548858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	171556165	rs235501	G	C	9187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=193;NR=134;PP=2965;SC=TACCAGCATCGCAGCTTTCCT;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=329;TCF=194;TCR=135;TR=327;WE=171556173;WS=171556155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr1	171558447	rs11284338	GT	G	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=2.617;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr1	171558516	rs235503	C	T	7147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NR=132;PP=2965;SC=AGATTCTCTCCCAGCCTAACC;SOR=0.842;Source=Platypus;TCR=132;WE=171558524;WS=171558506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	172001635	rs371154105	G	A	8534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.62;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr1	172038079	rs12760234	T	C	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=37;PP=1175;SC=GGCAGGGAGATTGTGGGAGGT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=64;WE=172038087;WS=172038069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	172222629	rs145316116	TCTCTCCTCTCCTCTC	T	2844.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=43.77;SOR=1.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	172277845	rs200321314	AT	A	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.346;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr1	172308238	rs6697844	C	T	2712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=35;PP=1468;SC=GAACATCTCACTGTGAAATAT;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=82;WE=172308246;WS=172308228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	172356437	rs6688654	A	G	3095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=64;PP=1908;SC=ACATCAGCACAGCCACCGTGT;SOR=1.567;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=34;TCR=64;TR=98;WE=172356445;WS=172356427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	172502479	rs2285144	T	C	2824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=33;PP=1736;SC=TCGGTCACATTCTCGCGCTCC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=93;WE=172502487;WS=172502469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	172522249	rs17370159	A	G	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=263;SC=GAAATAGACAATAATCTTGTA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=172522257;WS=172522239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	172634734	rs2639653	T	C	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=18;PP=1049;SC=CTATTCCTTGTTGAAAGCTCC;SOR=1.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=56;WE=172634742;WS=172634724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	173157764	rs10489270	G	A	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	173490407	rs5778771	TA	T	372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.815;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.127;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,46:0.39:117
chr1	173556699	rs301698	G	T	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=99;SC=AAAGCACAGAGTCTTATTCTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=173556707;WS=173556689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	173638537	rs58611776	CA	C	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.565;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,28:0.38:73
chr1	173794587	.	CATT	C	78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=78;QD=41.5;SC=TTTTTTCCCCCATTATTATTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=2;WE=173794597;WS=173794577;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr1	173797451	.	TC	T	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=31.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=4.559;QD=1.25;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,31:0.16:189
chr1	173839907	rs36119794	C	T	5261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=92;PP=2965;SC=TAGTGCTGTGCTGGATATCAG;SOR=0.916;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=92;TCR=92;TR=184;WE=173839915;WS=173839897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	173930928	rs77941945	G	C	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=23;PP=1096;SC=TCGATCTGTTGGTATCTTTCT;SOR=1.164;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=67;WE=173930936;WS=173930918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	173941617	rs11579488	T	C	7299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=81;PP=2965;SC=CCACAGTGGGTTAACTCTAAG;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=244;TCF=162;TCR=82;TR=243;WE=173941625;WS=173941607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr1	173961837	.	CAG	C	250.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=-1.524;SC=CACACACACACAGAGAGAGAG;SOR=0.307;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=10;WE=173961848;WS=173961825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr1	173961839	rs12754931	G	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=507;ReadPosRankSum=3.808;SC=CACACACACAGAGAGAGAGAG;SOR=0.892;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=35;WE=173961848;WS=173961825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr1	173962216	.	C	CT	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=4.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.960;QD=0.40;ReadPosRankSum=-0.889;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,18:0.16:110
chr1	174210539	.	T	TA	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.73;ReadPosRankSum=0.628;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr1	174417231	rs7516240	G	A	3554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=35;PP=2078;SC=GTCTGCAGGTGTCTTTAAATT;SOR=1.428;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=86;TCR=35;TR=121;WE=174417239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	174926860	rs34143059	CT	C	535.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.851;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.057;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,53:0.75:71
chr1	174927388	rs10798329	G	C	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=506;SC=TGATATTTGAGTTAAAGTATG;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=174927396;WS=174927378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	174945171	rs142125254	CTGTATGACTGTGA	C	15983.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=132;PP=2965;SC=TCTTTACCCTCTGTATGACTG;SOR=0.881;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=196;TCF=44;TCR=152;TR=172;WE=174945191;WS=174945161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr1	174948082	.	AT	A	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=2.588;QD=0.99;ReadPosRankSum=-0.683;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr1	174969271	rs1046439	C	T	9468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=1.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr1	174984072	rs199952908	TTC	T	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=1.034;QD=4.94;ReadPosRankSum=1.012;SOR=0.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr1	175046488	rs2072033	G	A	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=18;PP=1285;SC=GCACATCTCCGTGGCTTTCTT;SOR=1.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=71;WE=175046496;WS=175046478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	175046789	rs2072032	A	G	10918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=188;NR=194;PP=2965;SC=GGGGGAGGCCAGGGAGGAACA;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=385;TCF=189;TCR=196;TR=382;WE=175046797;WS=175046779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr1	175053098	rs11577778	T	C	11295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=1.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr1	175053101	rs2072030	A	T	11157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.99;SOR=1.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr1	175054548	rs1573758	C	T	3088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	175086461	rs6690229	A	G	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=30;PP=785;SC=GTGGGATGGCATCCCTTCATA;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=175086469;WS=175086451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	175087606	rs10912888	T	C	4546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=109;NR=37;PP=2731;SC=CCACACAACATGAAAGGGTTT;SOR=1.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=109;TCR=38;TR=146;WE=175087614;WS=175087596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	175087677	rs6656284	G	A	11592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=26.29;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr1	175087683	rs149150350	A	AT	7722.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.353;HP=10;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.430;NF=49;NR=109;PP=1740;ReadPosRankSum=-0.903;SC=ATTGGTCAGCATTTTTTTTTT;SOR=0.930;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=209;TCF=64;TCR=145;TR=158;WE=175087692;WS=175087667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:36,402:0.92:438
chr1	175087729	rs6696455	T	C	13495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=207;NR=180;PP=2965;SC=GGTCACTGACTGGGTGACAGA;SOR=0.803;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=388;TCF=207;TCR=181;TR=387;WE=175087737;WS=175087719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,515:1.00:515
chr1	175092674	rs2285215	C	T	5542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=88;PP=2965;SC=AGGGAGGTTCCGGTGGGGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=102;TCR=88;TR=189;WE=175092682;WS=175092664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	175092707	rs10798333	C	T	5796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=89;PP=2965;SC=ACTGTCCTGACGGGCCTGAGA;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=107;TCR=89;TR=196;WE=175092715;WS=175092697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	175092840	rs2072041	T	C	6084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=104;NR=110;PP=2965;SC=CTCACACTTATCAGGAGAGAA;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=104;TCR=110;TR=214;WE=175092848;WS=175092830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	175095936	rs7515770	C	T	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=3;PP=595;SC=GTCAGAAAGGCCCTGTGGCAG;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=175095944;WS=175095934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	175097331	rs10912891	G	A	4025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=66;PP=2177;SC=CTGAACGACCGTGCAATGAGA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=68;TCR=67;TR=134;WE=175097339;WS=175097321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	175097349	rs7547567	C	T	3365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=58;PP=1915;SC=AGAACCAGCACCGGAAAGCCT;SOR=0.933;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=57;TCR=59;TR=114;WE=175097357;WS=175097339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	175104796	rs4651324	G	T	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=249;SC=GGCATACTACGGTACATATAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=175104804;WS=175104786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	175105880	rs2072037	G	A	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=9;PP=658;SC=GGTTCTGAAAGCCTCAGACAC;SOR=2.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=175105888;WS=175105870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	175105942	rs4650703	G	A	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	175113578	rs10912897	T	C	5043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	175116046	rs11450833	C	CT	961.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.245;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,66:0.61:109
chr1	175116252	rs4651335	C	G	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=43;PP=1308;SC=CCAGCTGTGGCAGCTTGGGGC;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=67;WE=175116260;WS=175116242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	175129945	rs60195884	TC	T	1875.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=39.08;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	175129947	.	TTCTTCTTG	T	1876.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.31;QD=38.30;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	175129955	.	G	T	481	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=77;MMLQ=23;MQ=61.29;NF=28;NR=8;PP=481;QD=14.3269781263;SC=TCTTCTTCTTGTTCTTCTCTG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=36;WE=175129963;WS=175129945;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr1	175130204	rs1057239	G	A	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=12;PP=345;SC=GCAGGTCCTGGGCTCAAAAGG;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=175130212;WS=175130194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	175293424	rs2213635	T	C	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=1;PP=759;SC=GCTTTTAAAATATAAAGCTAA;SOR=4.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=30;WE=175293432;WS=175293421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	175299301	rs2027867	T	C	8858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=172;NR=125;PP=2965;SC=AGGCGGCCTCTTGGCCATCCC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=297;TCF=172;TCR=125;TR=297;WE=175299309;WS=175299291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr1	175324518	rs55715761	GCA	G	4867.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=26;PP=2603;SC=AAGCTGATGAGCAATCCTTGT;SOR=1.546;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=55;WE=175324529;WS=175324508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	175324521	rs55973835	A	T	4876.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.74;SOR=1.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	175335412	rs1385540	A	C	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=26;PP=783;SC=ACACTTATCTAATATTTTGCT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=175335420;WS=175335402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	175348723	rs859427	C	T	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=23;PP=1581;ReadPosRankSum=-0.606;SC=ACCAATGCCCCTGGGGACCAG;SOR=0.745;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=64;TCR=23;TR=85;WE=175348731;WS=175348713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,88:0.99:89
chr1	175355128	rs859436	C	G	6041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	175355391	rs859437	A	G	4217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=69;PP=2424;SC=CAAAAGCCACAGTGTCCGAGA;SOR=1.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=62;TCR=69;TR=131;WE=175355399;WS=175355381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	175360690	rs859444	C	T	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=23;PP=648;SC=AAAATGGGGGCGATGTCTCTT;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=175360698;WS=175360680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	175362736	rs3752517	G	A	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=672;SC=TCAGCAGGTCGTTACCACATA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=175362744;WS=175362734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	175365663	rs859446	G	A	4331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	175375334	rs859400	C	T	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=15;PP=1688;SC=GACCACGCTGCGAGCTCCCGG;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=66;TCR=15;TR=81;WE=175375342;WS=175375324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	175375683	rs859399	T	C	10403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=213;NR=166;PP=2965;SC=CTTTGCTGGATGTGTTGTAGT;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=379;TCF=213;TCR=166;TR=379;WE=175375691;WS=175375673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr1	175375802	rs859398	T	C	14521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=264;NR=269;PP=2965;SC=ATCAGGTTGATGCCAATGAGC;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=535;TCF=265;TCR=270;TR=533;WE=175375810;WS=175375792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,564:1.00:564
chr1	175916267	rs6674353	T	C	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=13;PP=1236;SC=GGTGTATTTCTATAATCCTGT;SOR=2.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=57;WE=175916275;WS=175916257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	175937540	rs4534339	C	T	5077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=68;PP=2965;SC=AAAGGCTGTACGGAGGGGAAC;SOR=1.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=112;TCR=68;TR=179;WE=175937548;WS=175937530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	175951347	rs10798430	T	A	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=12;PP=1847;SC=TAAAATTAGGTTACAGAAAAA;SOR=3.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=82;TCF=69;TCR=13;TR=81;WE=175951355;WS=175951337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	176012807	rs4233165	G	A	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=6;PP=329;SC=CAAACCAAATGTATGATTCAT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=176012815;WS=176012797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	176050430	rs56720201	GA	G	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.373;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.752;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,33:0.30:110
chr1	176102974	rs2481662	T	C	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	176103954	rs2502845	C	T	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=22;NR=5;PP=493;SC=GTATTCTACTCGCTAACTCTT;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=176103962;WS=176103944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	176105710	rs373330844	CA	C	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=4.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=1.611;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr1	176129276	rs520661	G	A	3335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	176153658	rs791744	T	C	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	176665102	.	ATG	A	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=128;ReadPosRankSum=0.405;SC=ATGTATGTGTATGTGTGTGTG;SOR=0.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=4;WE=176665111;WS=176665092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	176671912	.	TGA	T	159	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=24;MQ=57.48;NF=1;NR=10;PP=159;QD=14.7272727273;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=11;WE=176671923;WS=176671902;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr1	176681165	rs66731142	ATG	A	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=4.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=1.652;SOR=0.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,10:0.20:50
chr1	176734756	rs3737759	C	T	4066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	176905200	rs2076071	A	G	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=30;PP=1640;SC=AAGATAACACATGCAATGTAA;SOR=1.562;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=96;WE=176905208;WS=176905190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	176915022	rs2076070	A	G	5310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=74;PP=2965;SC=AAAGTCCACCAACAGTCTTGA;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=118;TCR=74;TR=191;WE=176915030;WS=176915012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
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chr1	177898799	rs623479	C	T	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=3;PP=186;SC=CATTGTGAAGCTAATCTTAAG;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=177898807;WS=177898789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	177899121	rs545608	G	C	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=21;PP=447;SC=ACTCTGCCCGGGGTTGATTGG;SOR=1.236;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=177899129;WS=177899111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	177901713	rs522367	T	C	16170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,613:1.00:613
chr1	177901741	rs684227	A	G	13359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=253;NR=246;PP=2965;SC=TCCTCTGCTCAGGACTGGGGG;SOR=0.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=501;TCF=254;TCR=247;TR=499;WE=177901749;WS=177901731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,521:1.00:521
chr1	177902753	rs591120	G	C	7629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=140;NR=113;PP=2965;SC=ATACTTCGTGGTCTAGCAGCC;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=253;TCF=140;TCR=113;TR=253;WE=177902761;WS=177902743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr1	177913980	rs532842	T	C	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=13;PP=382;SC=AGTGTTTCACTTCCTCTCCCT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=177913988;WS=177913970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	177915474	rs842192	A	C	3007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	177916890	.	A	AAGGGACAGGGAGGGGAGGTGAGGGG	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=68.79;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	177929554	rs10913472	C	T	8216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr1	177929987	rs12040910	T	C	7340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=143;NR=105;PP=2965;SC=GGGACCTACATGCACCAGCTG;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=143;TCR=105;TR=248;WE=177929995;WS=177929977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr1	177930642	rs945640	G	A	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=14;PP=813;SC=ATGATCCATCGTAAGGCTGAC;SOR=1.514;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=46;WE=177930650;WS=177930632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	177930894	rs945641	C	T	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=11;NR=20;PP=506;SC=CAAAAACACACAGGAAGAAGT;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=177930902;WS=177930884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	177933443	rs3813651	G	A	6045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=108;PP=2965;SC=AGCAGTGAGCGGGGTCCTGGG;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=95;TCR=108;TR=203;WE=177933451;WS=177933433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	177933505	rs3813652	C	T	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=55;PP=1602;SC=TGCTCCAAAGCGTGGGCAGGT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=84;WE=177933513;WS=177933495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	177934351	rs72703030	G	T	5989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=130;PP=2965;SC=TCCTGTTTCTGAAAGTTCTTA;SOR=1.251;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=217;TCF=87;TCR=130;TR=216;WE=177934359;WS=177934341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	177935050	rs1889981	T	A	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	177935203	rs954502	A	G	2697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	177935275	rs1415085	A	G	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=14;PP=386;SC=TGAAAGCCACAGTTAATTCTA;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=177935283;WS=177935265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	178494428	rs6664493	C	T	2380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=11;PP=1867;SC=GAGGAGTGTACGAAAGGGCCT;SOR=3.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=70;TCR=11;TR=81;WE=178494436;WS=178494418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	178499068	rs6675811	T	A	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=5;PP=570;SC=AATAAACAAATGACTTACAGT;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=178499076;WS=178499058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	178514165	rs12141152	C	T	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=55;PP=1843;SC=GGGTTCCAGGCGAGATGAGAC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=45;TCR=55;TR=100;WE=178514173;WS=178514155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	178514560	rs34632529	A	AT	15796.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=214;PP=2966;SC=TTGAAGGTTGATTTTGACTAC;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=304;TCF=62;TCR=242;TR=268;WE=178514568;WS=178514550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,574:1.00:574
chr1	178515135	rs4650992	A	T	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=48;PP=1458;SC=GAAAACTAAGACCTTCCCACT;SOR=3.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=60;WE=178515143;WS=178515125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	178646748	rs2811318	A	T	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	178646752	rs2773075	A	C	221.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	178745798	rs11323887	CT	C	1093.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=6.624;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;MQRankSum=0.354;QD=14.58;ReadPosRankSum=-1.128;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,69:0.92:75
chr1	178746031	rs75184054	C	T	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=55;PP=1543;SC=TGTTTGTTCACATACTTAAAT;SOR=2.173;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=18;TCR=55;TR=73;WE=178746039;WS=178746021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	178776985	rs6690324	G	A	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=219;SC=TTTCATAGTCGTTGTGCTCTC;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=178776993;WS=178776981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	178780650	rs12131426	A	G	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=15;PP=390;SC=GAAAAATAAGACTCATTGATA;SOR=1.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=178780658;WS=178780640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	178820159	rs1544124	C	A	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=7;PP=1073;SC=TAAAAACTTTCTGTGTAGAAA;SOR=3.570;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=47;WE=178820167;WS=178820149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	178854162	rs6425503	C	T	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=36;NR=15;PP=930;SC=TTTCAAGGGACTGAAAAATAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=51;WE=178854170;WS=178854152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	178858624	rs34280213	A	T	175.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=2;PP=123;SC=TAACAGCAGTAATATTAGAAT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=178858632;WS=178858614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	178858711	rs10798635	C	A	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=14;PP=758;SC=TTTATTTTTACATTGTGAAAT;SOR=1.298;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=43;WE=178858719;WS=178858701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	178858759	rs3753534	G	A	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	178866674	rs17674780	A	G	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=12;PP=1151;SC=GAAGTGATACAGCTCAACTCT;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=49;TCR=12;TR=60;WE=178866682;WS=178866664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	179041011	rs3820163	A	G	5642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.907;SC=GATAATGAGAAGTTTTATGTA;SOR=0.405;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=122;TCR=74;TR=194;WE=179041019;WS=179041001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,208:1.00:209
chr1	179051300	rs2296377	T	C	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=7;PP=1201;SC=TTGGCTCTTTTTCCTGCTGCT;SOR=2.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=46;TCR=7;TR=53;WE=179051308;WS=179051290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	179051733	rs78417185	C	T	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=16;PP=889;SC=TGCGCACCCCCCTGGCGCCCG;SOR=0.804;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=46;WE=179051741;WS=179051723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	179052002	rs2274228	T	G	4755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.036;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=85;PP=2965;ReadPosRankSum=1.648;SC=TGACAAGTTGTGTGGCAAGGT;SOR=0.261;Source=Platypus;TCF=86;WE=179052010;WS=179051992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,170:0.99:171
chr1	179054692	rs912758	T	G	6980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=149;NR=140;PP=2965;SC=CTTGGTTTCTTGGCTGTTGGC;SOR=1.133;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=291;TCF=151;TCR=140;TR=289;WE=179054700;WS=179054682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	179066907	rs79003648	T	G	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=20;PP=1321;SC=CAATTACTCCTGAAGGTTAAC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=74;WE=179066915;WS=179066897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	179084080	rs2274230	T	G	7006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr1	179086419	rs56346584	T	TA	3200.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.55;ReadPosRankSum=0.885;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,187:0.85:220
chr1	179100710	rs17277358	C	T	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=51;PP=1463;SC=CAGCTGCTGGCTCCAGAGTAG;SOR=1.211;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=88;WE=179100718;WS=179100700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	179312102	rs4651024	T	C	10314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr1	179312249	rs11350945	AT	A	1511.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=36;PP=1505;SC=GTCTAATTTGATTATAGTAAT;SOR=4.174;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=37;WE=179312257;WS=179312239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	179316687	rs13306729	A	G	3204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=26;PP=1948;SC=GTTGCTTGGTATGTGAGCTAT;SOR=1.652;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=72;TCR=26;TR=98;WE=179316695;WS=179316677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	179317895	rs200924427	ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	A,ATG	1604.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.14;ReadPosRankSum=0.342;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,10,30:0.24,0.73:41
chr1	179319580	rs3753527	T	C	12497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=181;NR=234;PP=2965;SC=AGTATCTTGGTATGCTGTGAG;SOR=1.031;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=415;TCF=181;TCR=234;TR=415;WE=179319588;WS=179319570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr1	179335499	rs35129223	C	CT	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=0.643;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr1	179339334	rs6666358	G	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=497;SC=AAAATTTACAGTATCTTTGAA;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=21;WE=179339342;WS=179339324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	179401379	.	C	CT	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=-1.138;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,15:0.20:76
chr1	179401564	rs10706073	CT	C	2658.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.958;HP=12;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=1.346;NF=9;NR=84;PP=1108;ReadPosRankSum=0.264;SC=ACATCCCATCCTTTTTTTTTT;SOR=0.517;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=141;TCF=9;TCR=132;TR=93;WE=179401573;WS=179401554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:18,167:0.90:185
chr1	179402037	rs199738366	C	CA	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=1.114;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,15:0.19:78
chr1	179437827	rs7514278	G	A	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	179452520	rs76901676	C	A	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=33;PP=940;SC=TTTTTTAAAGCAGAATGTTTC;SOR=2.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=179452528;WS=179452510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	179461975	rs59377201	T	C	4653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	179462149	rs7549194	A	G	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=31;PP=909;SC=AGATTTTTGAAGTTCAATTGA;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=179462157;WS=179462139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	179494612	rs35486954	CTACA	C	1208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=14;PP=832;SC=GTTTTTCCTCCTACATACATA;SOR=1.071;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=17;WE=179494623;WS=179494602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	179494665	rs4620484	C	T	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=10;PP=408;SC=AGGGTCCTGCCCTGTCACCCA;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=179494673;WS=179494655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	179497359	rs6698201	T	C	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=14;PP=814;SC=AAATGGAAAATGTAAGCTTCC;SOR=1.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=179497367;WS=179497349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	179520422	rs3818587	T	C	5323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=95;PP=2965;SC=GGCAATTCAGTAGGTCAAATG;SOR=1.018;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=77;TCR=96;TR=171;WE=179520430;WS=179520412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	179526052	rs73051834	A	T	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=521;SC=TCCCAAAGGGATGGCCCCTAA;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=179526060;WS=179526047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	179533915	rs3738423	G	A	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=25;PP=728;SC=CCCCTAAGCCGGAGGATTTGG;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=179533923;WS=179533905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	179544898	rs1079292	T	C	6788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=130;PP=2965;SC=GCCCGCGGCCTCCGCCGCTCC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=106;TCR=130;TR=235;WE=179544906;WS=179544888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr1	179561645	rs4652418	A	C	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=7;PP=507;SC=TTAAAACTGGAGTCTCAGTTA;SOR=1.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=33;WE=179561653;WS=179561635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	179561683	rs4652419	A	T	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.77;SOR=1.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	179562520	rs78183476	A	G	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=4;PP=829;SC=TAAAAACTGTATAAACACAGA;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=179562528;WS=179562510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	179562740	rs61310274	G	C	11017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=214;NR=194;PP=2965;SC=ACCGAGGAAGGGTTGCCCCTA;SOR=0.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=411;TCF=217;TCR=194;TR=408;WE=179562748;WS=179562730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr1	179604864	rs4628468	C	T	9120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr1	179605058	rs4483370	G	A	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=22;PP=541;SC=TTTTTCACATGTCTCTTAAAT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=179605066;WS=179605048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	179620253	rs6682666	G	A	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=43;PP=1314;SC=ATTTCACCACGTCAAGGTATA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=66;WE=179620261;WS=179620243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	179632347	rs7547484	A	C	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=8;PP=1228;SC=AGGAAAGTCAAACTGATATAG;SOR=3.219;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=55;WE=179632355;WS=179632337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	179816017	rs79921581	C	G	4344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=95;PP=2829;SC=GAGCCAGAAACAAAGCCTGTG;SOR=1.534;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=52;TCR=95;TR=147;WE=179816025;WS=179816007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	179852159	rs78856676	GC	CT	4032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=61;PP=2947;SC=CAGGGAACGCGCGGGGGCGGG;SOR=1.906;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=87;TCF=25;TCR=62;TR=84;WE=179852168;WS=179852149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	179854026	rs10913901	A	T	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=339;SC=ACTCAAGAGTACCAGCCACCC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=179854034;WS=179854016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	179887125	rs627897	G	A	9362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=1.588;SC=ATGAAAACGCGGCCTTCAAAG;SOR=0.886;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=314;TCF=179;TCR=135;TR=313;WE=179887133;WS=179887115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,338:0.99:340
chr1	180013103	rs56271885	CT	C	447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=415;SC=AAGATTTTATCTCATATTACT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=180013111;WS=180013093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	180124379	rs35481032	T	C	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=26;PP=786;SC=GTGGGCAGCCTCCTACTCCGG;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=180124387;WS=180124369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	180144291	rs71118443	C	CA,CAA	991.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.644;QD=14.80;ReadPosRankSum=1.212;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:10,39,18:0.58,0.27:67
chr1	180145088	rs2298206	A	G	5472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=103;NR=78;PP=2859;SC=ACGTGCAGACACTGCGGGAGA;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=103;TCR=78;TR=181;WE=180145096;WS=180145078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	180155376	rs2298207	C	G	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=28;PP=817;SC=AGTGTGCGTTCCTGTAAGGCT;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=180155390;WS=180155366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	180155382	rs3216058	AG	A	1368.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=917;SC=CGTTCCTGTAAGGCTGGGCAC;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=22;WE=180155390;WS=180155366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	180159797	rs3215795	TC	T	1049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=963;SC=GCAGGGAAGCTCCCTTGAATT;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=180159805;WS=180159787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	180180669	rs164980	A	G	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	180241155	rs3806302	G	T	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=26;PP=654;SC=AGCAGGGCTGGAGGGGCCAGG;SOR=1.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=180241163;WS=180241145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	180257692	rs2254465	A	C	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=23;PP=533;SC=AAGTTTACCAAGAGACAGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=180257700;WS=180257682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	180283659	rs2764433	T	C	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=18;NR=8;PP=349;SC=GGATTACAGGTGTGAGCCCTC;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=180283667;WS=180283649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	180471054	rs12723183	C	A	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=-0.029;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,47:0.72:65
chr1	180757117	rs34984251	G	GT	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=549;SC=CACTTAAGAGGATTTTCTTGA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=180757125;WS=180757107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	180849494	rs10914123	T	C	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=20;PP=432;SC=TTGGGTAGCATGTAAGCTAAA;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=22;WE=180849502;WS=180849484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	180885430	rs10732273	T	C	12925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=251;NR=204;PP=2965;SC=ACATCCAGCCTGATGGCCCCC;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=458;TCF=253;TCR=205;TR=455;WE=180885438;WS=180885420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr1	180897521	rs7544551	C	T	15967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,616:1.00:616
chr1	180913597	rs2331995	A	G	13099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=232;NR=223;PP=2965;ReadPosRankSum=1.014;SC=CAGCAAGGGGAACCGGTCCAG;SOR=0.393;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=458;TCF=233;TCR=225;TR=455;WE=180913605;WS=180913587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,494:0.99:497
chr1	181058643	rs1361365	A	G	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=6;PP=291;SC=TGCGCGCCGCAACCAGCGGAG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=181058651;WS=181058633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	181684605	rs12407563	A	G	3089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=64;PP=1928;SC=ATTCAAAAGGAGAGAAAGAAA;SOR=1.322;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=40;TCR=64;TR=104;WE=181684613;WS=181684595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	181686216	rs7540850	T	C	3607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	181708197	rs193004830	G	A	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=14;PP=1081;SC=CAGTGGCAGTGGGGGCACTGC;SOR=1.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=58;WE=181708205;WS=181708187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	181714466	rs375841404	AT	A	450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=3.178;QD=2.29;ReadPosRankSum=-3.363;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,61:0.31:197
chr1	181719679	rs704332	C	T	5495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=125;PP=2965;SC=GTTGGAGGAGCGAGAAAGTAT;SOR=1.518;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=71;TCR=125;TR=195;WE=181719687;WS=181719669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	181726413	rs704330	G	A	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=114;SC=CATTAAATAAGCATTTTCCAA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=181726421;WS=181726403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	181727273	rs704329	G	A	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=58;PP=1835;SC=CACAAGAGCCGACTGAGCCCC;SOR=1.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=25;TCR=58;TR=83;WE=181727281;WS=181727263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	181752783	rs201160192	T	TG,TTG	2994.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=36.08;ReadPosRankSum=1.733;SOR=0.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,63,18:0.76,0.22:83
chr1	181752923	rs36163765	AAGCTT	A	6442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=58;PP=2974;SC=TGCCAAAGGTAAGCTTAGCTT;SOR=0.838;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=77;TCF=15;TCR=62;TR=73;WE=181752935;WS=181752913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	181754314	rs579105	G	C	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=15;PP=2040;SC=GGCACCATGGGGGCCCTCAAT;SOR=3.118;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=76;TCR=15;TR=91;WE=181754322;WS=181754304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	181754803	rs473200	C	T	15338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=307;NR=228;PP=2965;SC=CAGCAAACTCCGTAGTCATTG;SOR=0.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=535;TCF=307;TCR=228;TR=535;WE=181754811;WS=181754793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,574:1.00:574
chr1	181759473	rs593942	T	A	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=17;PP=1327;SC=TGTAAGTTACTAGGTTTACAA;SOR=1.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=66;WE=181759481;WS=181759463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	182025827	.	G	A	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=1.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=-1.890;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,54:0.16:328
chr1	182355046	rs2296519	A	G	4529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	182356399	rs1058111	A	G	7799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr1	182368959	.	G	A	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=523;ReadPosRankSum=-0.629;SC=ATACCAAAAGGAAGAGAAGCC;SOR=0.802;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=140;TCF=71;TCR=69;TR=44;WE=182368967;WS=182368949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,53:0.35:153
chr1	182369078	rs6698722	G	A	5719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=71;PP=2965;SC=AGCCAGAGACGGGTCTGTATA;SOR=1.114;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=120;TCR=72;TR=191;WE=182369086;WS=182369068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	182369233	rs6674281	A	G	12327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=218;NR=201;PP=2965;SC=AGCAGAGAATAAACGTGCAGC;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=419;TCF=218;TCR=201;TR=419;WE=182369241;WS=182369223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,454:1.00:454
chr1	182429295	rs10572829	CTG	C	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.526;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,10:0.16:62
chr1	182429363	.	A	ATG	736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=610;ReadPosRankSum=0.154;SC=TTATGCCTGTATGTGTGTGTG;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=13;WE=182429371;WS=182429353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr1	182443462	rs649437	T	C	10126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=175;NR=146;PP=2965;SC=CTGGCAGGACTTGCAGCATTT;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=321;TCF=175;TCR=146;TR=321;WE=182443470;WS=182443452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr1	182491107	rs607269	A	C	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.29;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	182491111	rs12142736	T	C	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.44;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	182502033	rs266535	G	T	6528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr1	182509269	rs266531	G	A	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=18;PP=1669;SC=GACTATTTCAGTAGGCCAAAA;SOR=2.275;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=63;TCR=18;TR=81;WE=182509277;WS=182509259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	182509292	rs3856115	A	G	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=32;PP=2055;SC=ATGGATCCACAGTCTCCTTTC;SOR=1.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=88;TCR=32;TR=119;WE=182509300;WS=182509282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	182509617	rs3911280	C	A	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=18;PP=564;SC=TAGGACTGCCCAGCAGAAACT;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=182509625;WS=182509607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	182517357	rs6657620	G	C	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=0;PP=625;SC=CTGGCCTTGCGTTTTTTGGGC;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=182517365;WS=182517356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	182544815	rs11807829	T	C	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=34;PP=882;SC=TGATTTCTATTGCAGAATGAA;SOR=1.453;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=53;WE=182544823;WS=182544805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	182549019	rs533259	A	G	5069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=99;NR=72;PP=2600;SC=TCACAGCTTCATGTAGTGGTG;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=99;TCR=72;TR=171;WE=182549027;WS=182549009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	182569626	rs1144566	T	C	7284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.53;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr1	182571003	rs610367	C	T	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=8;PP=836;SC=GGCCCTTCTACCTCTACACCT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=182571011;WS=182570993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	182573227	rs509476	T	C	8607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr1	182640638	rs567397	A	G	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=19;PP=1530;SC=AAAGCAAAGAACAAAGATTTA;SOR=2.115;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=73;WE=182640646;WS=182640628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	182640851	rs569956	T	G	4006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.305;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=57;PP=1802;ReadPosRankSum=1.731;SC=CAGAGAGGCTTCGGGTTAAGG;SOR=1.168;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=91;WE=182640872;WS=182640841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr1	182640864	rs680277	T	C	3680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=50;PP=1563;SC=GGTTAAGGTGTTCTGGGGAAA;SOR=1.347;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=80;WE=182640872;WS=182640841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	182640994	rs681081	T	C	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=12;PP=376;SC=CTCCCACCACTTGAGCCAGGC;SOR=1.382;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=182641002;WS=182640984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	182778367	rs971040	G	A	6215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=103;NR=102;PP=2965;SC=CAAAGTAGACGGAGTAGCTTT;SOR=0.837;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=103;TCR=103;TR=205;WE=182778375;WS=182778357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr1	182784022	rs2275171	T	C	8033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=152;PP=2965;SC=ATGCATGGCATCTCACATGGT;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=282;TCF=129;TCR=153;TR=280;WE=182784030;WS=182784012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr1	182850727	rs6677840	T	C	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=34;PP=1175;SC=TAAGAATGACTTGGGAAGCCA;SOR=1.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=54;WE=182850735;WS=182850717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	183095185	rs3066019	TA	T	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=0.342;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,28:0.26:108
chr1	183100563	.	GGT	G	458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.757;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,27:0.29:92
chr1	183155482	rs684527	C	A	3625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=37;PP=2096;SC=GCGGCCCGGCCCCGCCATGCC;SOR=1.389;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=77;TCR=37;TR=114;WE=183155490;WS=183155472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	183155700	rs6678888	C	A	4212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=85;PP=2375;SC=CCTTCTCCTCCCCTATCTGGG;SOR=1.165;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=148;TCF=63;TCR=85;TR=147;WE=183155708;WS=183155690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	183155715	rs60707856	CT	C	5805.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=68;PP=2969;SC=TCTGGGGCTCCTCCAGAGACG;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=3;TCR=70;TR=71;WE=183155725;WS=183155705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	183155717	rs61418038	C	A	5814.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=68;PP=1938;SC=TGGGGCTCCTCCAGAGACGGA;SOR=1.358;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=117;TCF=48;TCR=69;TR=109;WE=183155725;WS=183155705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	183155778	rs6703054	A	C	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=28;PP=792;SC=AAATAGTAAGACAATAAGCTG;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=183155786;WS=183155768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	183176970	rs10668798	G	GTT,GTTT	2516.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.27;ReadPosRankSum=1.218;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,78,27:0.69,0.24:113
chr1	183177218	rs647347	A	G	2302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=57;PP=1666;SC=GCTGAAAAGGACGGAAAGAGG;SOR=2.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=16;TCR=57;TR=73;WE=183177226;WS=183177208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	183441977	rs3905118	C	T	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=9;PP=220;SC=CCCTACCGCCCGGGCTGAGCT;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=183441985;WS=183441967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	183471295	rs789193	G	T	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=256;SC=CCTTTCACATGAAGTCATTTC;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=183471303;WS=183471285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	183486859	rs789169	G	A	7619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr1	183496658	rs2877978	A	G	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=4;PP=464;SC=TTAATATTGCAATAGGAATGA;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=183496666;WS=183496648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	183525452	rs699244	T	G	6653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.265;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=1.201;SC=ATTTGTTATCTGTCACCCTTC;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=93;TCR=149;TR=240;WE=183525460;WS=183525442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,250:1.00:251
chr1	183592416	rs2761573	G	T	2937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=29;PP=1888;SC=TATTTATGTTGATTACTCTTA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=66;TCR=29;TR=95;WE=183592424;WS=183592406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	183592570	rs17488675	C	T	6287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=105;PP=2965;SC=GTGGGCTTCCCGGGCCTCCTC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=107;TCR=105;TR=212;WE=183592578;WS=183592560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr1	183604905	rs2767305	A	G	5569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=137;PP=2965;SC=TTCCGCTCTGAGGCGTCGCCG;SOR=2.461;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=38;TCR=137;TR=175;WE=183604913;WS=183604895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	183616926	rs1174657	T	C	10723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=207;NR=179;PP=2965;SC=CCAAGGTCCTTGGTTTCCTGG;SOR=0.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=387;TCF=207;TCR=180;TR=386;WE=183616934;WS=183616916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr1	183617105	rs1174658	A	G	6961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=106;PP=2965;SC=CATTTGAAAAAACTGTCCAGG;SOR=0.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=131;TCR=107;TR=237;WE=183617113;WS=183617095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr1	183775638	rs11579867	A	T	4338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	183817016	rs3010054	G	A	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=31;PP=894;SC=AGATATGTGAGGAAAGATTAA;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=183817024;WS=183817006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	183852914	rs10797919	G	C	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.47;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	183861007	rs3814329	G	A	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=0;PP=659;SC=TCTCTCCACAGGGGTGGCCAA;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=183861015;WS=183861004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	183866849	rs12031722	G	T	4728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=41;PP=2965;SC=CGAGAGTTATGCAGGGTTGTG;SOR=1.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=110;TCR=42;TR=151;WE=183866857;WS=183866839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	183871637	rs4604659	G	A	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=19;PP=841;SC=TGTGACCTACGACAACATATG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=47;WE=183871645;WS=183871627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	183876182	rs11591089	C	T	10629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=164;NR=197;PP=2965;SC=CAGCTGCTGACGCCAGCACCA;SOR=0.936;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=361;TCF=164;TCR=197;TR=361;WE=183876190;WS=183876172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr1	183895178	rs4328036	G	A	6985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=159;NR=86;PP=2965;SC=TACAGCTGCCGTTGTCAGTAC;SOR=1.288;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=159;TCR=87;TR=245;WE=183895186;WS=183895168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	183913540	rs17504460	C	T	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=32;PP=872;SC=TAAAAAGTCACGAGTCTAGTA;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=183913548;WS=183913530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	183942950	rs2296714	C	T	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=15;PP=432;SC=GAGAATAACCCAGCCCTTCTG;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=183942958;WS=183942940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	183944089	rs2077202	A	C	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=3;PP=649;SC=CAAAAATTTCATTGTGCCTTT;SOR=3.126;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=30;WE=183944097;WS=183944083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	183944444	rs2378795	C	T	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=23;PP=634;SC=TTCTATCAATCCCAGGAAGTA;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=183944452;WS=183944434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	183947757	rs3833521	G	GA	880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.411;NF=0;NR=34;PP=796;ReadPosRankSum=1.537;SC=GCTACTCCTGGAAAAAAAATT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=0;TCR=49;TR=34;WE=183947765;WS=183947747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr1	184476621	rs9633308	T	C	143.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=0;PP=83;SC=AGGCCACAGGTGAAAGGGTCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=184476629;WS=184476611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	184672179	rs7513276	A	G	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=31;PP=846;SC=AGCCATTAAAAAGATCTATCT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=184672187;WS=184672169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	184677464	rs3736757	G	A	4674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=80;PP=2595;SC=CTTCAGCGTCGATTGAACTAG;SOR=1.005;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=72;TCR=81;TR=152;WE=184677472;WS=184677454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	184677539	rs76786353	T	A	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=25;PP=747;SC=AATTTTTTGATTTCCTAAAGA;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=184677547;WS=184677529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	184681081	rs7525074	A	G	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=33;PP=1049;SC=TTTTTTTTGAAATGGAGTCTC;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=184681089;WS=184681071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	184692999	rs71101940	T	TA	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=3.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.508;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr1	184695571	rs10752941	C	T	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=61;PP=1723;SC=AGACAATGACCTTCTGATAAG;SOR=2.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=17;TCR=61;TR=78;WE=184695579;WS=184695561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	184706212	rs10711907	GT	G	2243.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=21;PP=1164;SC=AGAAACAAGCGTTAACAAGAT;SOR=0.724;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=29;WE=184706220;WS=184706202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	184718750	.	G	GA	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=1.987;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.986;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr1	184760001	rs570441	T	C	3263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=28;PP=2141;SC=CATTAAGTGGTTTCCCTGCAG;SOR=1.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=74;TCR=28;TR=102;WE=184760009;WS=184759991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	184763999	rs79046430	A	G	6503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=138;NR=68;PP=2965;SC=TTATTATTCAAATTAAGAAAA;SOR=1.461;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=139;TCR=69;TR=206;WE=184764007;WS=184763989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	184764681	rs35545276	G	A	9007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=160;NR=157;PP=2965;SC=CTTGGGGAACGTGGCTCTCCC;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=319;TCF=160;TCR=159;TR=317;WE=184764689;WS=184764671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr1	184764824	rs35704242	C	T	9088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=165;NR=149;PP=2965;SC=GGTTCTTCATCCTCAAGGGTC;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=314;TCF=165;TCR=149;TR=314;WE=184764832;WS=184764814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr1	184765072	rs28927681	A	G	10770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=205;NR=182;PP=2965;SC=CTCACTACCCAGAACTCCTGG;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=389;TCF=205;TCR=184;TR=387;WE=184765080;WS=184765062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr1	184777467	rs338566	A	T	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=29;PP=794;SC=ATCAAATGCAAGTTGTTAAAG;SOR=2.613;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=184777475;WS=184777457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	184801065	rs487675	T	C	10318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=167;NR=192;PP=2965;SC=CTAAAAAGGCTTGGGCTTCAA;SOR=0.908;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=359;TCF=167;TCR=192;TR=359;WE=184801073;WS=184801055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr1	185119794	rs1544051	C	T	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=264;SC=GTAATTGTTGCAGCACATGAT;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=185119802;WS=185119784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	185704025	rs115169621	G	T	7740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=3.024;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.81;ReadPosRankSum=-0.821;SOR=0.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,310:0.99:312
chr1	185834851	.	CT	C	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr1	185958904	rs11335599	AT	A	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.658;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	185984517	rs6665753	T	C	6770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=100;NR=135;PP=2965;SC=ATACGTGTCATGTAGCCAATG;SOR=1.157;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=236;TCF=100;TCR=136;TR=235;WE=185984525;WS=185984507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr1	186034655	rs71634151	T	C	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=10;PP=292;SC=GTTTCCGTCGTAGAATTTCAT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=186034663;WS=186034645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	186107048	rs145398864	G	A	6800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=134;PP=2965;SC=CATGGTGGGCGGCCATGTGAA;SOR=1.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=100;TCR=134;TR=234;WE=186107056;WS=186107038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	186265948	rs1293987	T	A	4722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=53;PP=2915;SC=ATGAAAGAGCTGTTTTCTGAT;SOR=1.475;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=102;TCR=55;TR=155;WE=186265956;WS=186265938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	186277088	rs68069719	G	C	22028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=825;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.68;QD=26.83;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,821:1.00:821
chr1	186313249	rs2950829	A	G	6170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.43;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	186330695	.	TA	T	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=2.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=0.582;SOR=0.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,43:0.22:200
chr1	186357523	rs1290390	T	C	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=7;PP=461;SC=TCAACACTCATCTTTTTTTTT;SOR=1.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=186357531;WS=186357513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	186647323	.	AT	A	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=3.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.51;ReadPosRankSum=0.339;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,25:0.18:136
chr1	186839861	rs7547993	G	A	7855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr1	186901738	rs12720584	TTCTTCTTTTAAAA	T	2034.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=7;PP=2971;SC=CGGCCTTATTTTCTTCTTTTA;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=19;WE=186901758;WS=186901728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	186908393	rs12720597	A	G	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=374;SC=CACTGCTTTTATAACAAGTAG;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=186908401;WS=186908383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	186919732	rs4650709	A	T	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.46;SOR=2.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	186919993	rs969357	G	A	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=79;PP=2168;SC=GTAGCTTTCTGTTGAGAGAGA;SOR=2.224;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=30;TCR=79;TR=109;WE=186920001;WS=186919983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	186925168	rs5007825	A	G	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=11;PP=903;SC=CACCGTGCCCAGCCCAAAGAT;SOR=2.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=186925176;WS=186925166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	186925194	rs5007824	T	C	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=16;PP=1342;SC=TTTAAACATGTATTTTGGAGT;SOR=2.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=63;WE=186925202;WS=186925184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	186925552	rs2307199	T	C	3478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=72;PP=2293;SC=GCATTTTAATTATTATTAACA;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=31;TCR=72;TR=103;WE=186925560;WS=186925542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	186946912	rs2307198	G	A	5166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=100;PP=2965;SC=AGAAAGTACAGGGCTCCAGGT;SOR=1.346;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=66;TCR=100;TR=166;WE=186946920;WS=186946902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	187610537	rs10159161	AC	GG	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=692;SC=GGGACAAAGAACCCCGTCTTT;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=187610546;WS=187610527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	187610698	rs10157987	C	A	6127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.606;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=2.021;SC=GAAACCATGCCCCCACCCCTA;SOR=0.668;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=217;TCF=131;TCR=86;TR=215;WE=187610706;WS=187610688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,233:1.00:234
chr1	187610852	rs10159182	A	C	12861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=232;NR=234;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.607;SC=CCATGTGCCCATGGAATCTCC;SOR=0.315;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=467;TCF=233;TCR=234;TR=466;WE=187610860;WS=187610842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,490:1.00:491
chr1	192128139	.	T	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=-1.666;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr1	192335271	rs59139714	C	CTAAT	3219.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=35;PP=2108;SC=TAAAAGTTAACTAATCACTAT;SOR=1.802;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=37;WE=192335279;WS=192335261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	193039658	.	CT	C	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=-1.291;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,23:0.31:75
chr1	193051685	rs2275444	G	A	2992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=33;PP=1739;SC=CTTTTGTTCCGAATTAGATCC;SOR=1.232;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=63;TCR=33;TR=96;WE=193051693;WS=193051675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	193054154	rs10921309	G	A	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	193074371	rs10801175	A	G	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=1;PP=423;SC=ACGCCGCGGCACTCCTGCCCG;SOR=3.056;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=193074379;WS=193074361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	193074651	rs10921310	T	A	4391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=89;PP=2965;SC=GGTCACCTCCTCGCAGCTGAG;SOR=1.083;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=72;TCR=89;TR=161;WE=193074659;WS=193074641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	193090865	rs10737621	C	A	5398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=4.600;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.13;ReadPosRankSum=-0.711;SOR=1.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,198:0.99:199
chr1	193094375	rs4466634	T	C	4337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=81;PP=2673;SC=TACTTATCTATCTATTTATCA;SOR=1.122;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=63;TCR=82;TR=144;WE=193094383;WS=193094365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	193104827	rs10921318	G	A	171.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=110;SC=TTTTTTTCTGGAAAAATTTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=193104835;WS=193104817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	193111228	rs147167392	TGA	T	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=1.063;SOR=0.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr1	193202001	rs10921328	C	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=140;ReadPosRankSum=-0.099;SC=CCACTGCACTCTAGCCTGGGC;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=193202009;WS=193201991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr1	193205272	rs3738244	T	A	3743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=47;PP=2314;SC=ATAAGACTCTTTCACATGAAT;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=86;TCR=48;TR=133;WE=193205280;WS=193205262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	196227526	rs977157	A	G	6131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=107;PP=2965;SC=GGTCCGACTGATCACTGGATG;SOR=0.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=96;TCR=108;TR=202;WE=196227534;WS=196227516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	196242764	rs558895	T	G	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=44;PP=1244;SC=ATTTCTCGTATGGCTTTTGAA;SOR=2.035;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=61;WE=196242772;WS=196242754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	196251522	rs2477357	T	C	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.22;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	196254970	rs2477360	C	T	3725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=84;PP=2507;SC=TGTTGACATACGTAAAAAGTT;SOR=1.663;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=41;TCR=84;TR=125;WE=196254978;WS=196254960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	196303297	rs35078847	TAG	T	622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0;NR=7;PP=366;SC=AATATATATATAGAGAGAGTA;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=196303306;WS=196303287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	196311513	rs6658788	G	A	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=51;PP=1405;SC=GTCTGAAGATGACATTATATG;SOR=4.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=5;TCR=52;TR=56;WE=196311521;WS=196311503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	196398619	rs1538684	T	C	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=1;PP=738;SC=GTTAGATAAATAAGCCACTTT;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=196398627;WS=196398609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	196398974	rs12121250	T	A	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=29;PP=733;SC=CCAAAGCACATTTCATAAAGC;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=196398982;WS=196398964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	196461513	rs4607811	C	T	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=292;SC=ATGCAAGCAACCATATCTTTA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=196461521;WS=196461503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	196874356	rs10801578	G	T	7029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=144;NR=105;PP=2965;SC=CAACAGCAGAGGGAAATTCTT;SOR=0.943;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=145;TCR=106;TR=249;WE=196874364;WS=196874346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr1	197026672	rs1759009	A	G	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=16;PP=444;SC=AATATTCATCATGTCAAGCAT;SOR=3.500;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=18;WE=197026680;WS=197026662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	197030201	rs5997	T	C	4718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=122;PP=2895;SC=GAGCCAAACATGTTTCTAAAA;SOR=2.041;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=170;TCF=47;TCR=123;TR=169;WE=197030209;WS=197030191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	197031021	rs6003	C	T	10280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=179;NR=182;PP=2965;SC=GCAACCATAACGCATGTTCTC;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=362;TCF=180;TCR=182;TR=361;WE=197031029;WS=197031011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr1	197053373	rs12677	G	A	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	197053561	rs200839523	T	TA	468.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=-1.999;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr1	197055925	rs10754213	T	C	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	197059221	.	G	GA	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.38;ReadPosRankSum=-1.243;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,18:0.17:103
chr1	197059878	rs4915315	G	A	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=1;PP=361;SC=CGGCTAATGCGTTAGCTTTTT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=197059900;WS=197059868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	197059892	rs10754214	A	G	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=2;PP=441;SC=GCTTTTTAAAATGGTAACTAT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=197059900;WS=197059868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	197059928	rs4915316	A	G	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=34;NR=13;PP=784;SC=GATATCATGTAGATGAATTGC;SOR=1.524;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=47;WE=197059936;WS=197059918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	197063352	rs41304071	C	T	4610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=75;PP=2577;SC=ATTACTTTAACTTATTCAATG;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=82;TCR=75;TR=157;WE=197063360;WS=197063342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	197070442	rs3762271	G	T	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=38;PP=1313;SC=GTTGCTCTAAGGTGGAGATAA;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=80;WE=197070450;WS=197070432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	197070697	rs41310927	T	C	6738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	197070707	rs41308365	G	A	7184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.02;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	197070815	rs1412640	T	C	6788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=122;NR=107;PP=2965;SC=TTTCTCTTTGTAATTTTGCAG;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=122;TCR=107;TR=229;WE=197070823;WS=197070805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr1	197070901	rs964201	A	G	7748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=140;NR=118;PP=2965;SC=TATGTTCTGTACATCCTGAAA;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=140;TCR=118;TR=258;WE=197070909;WS=197070891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr1	197072420	rs41310925	T	C	7401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=154;NR=100;PP=2965;SC=TCCACTTCTTTTGTTGCACAT;SOR=1.102;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=154;TCR=100;TR=254;WE=197072428;WS=197072410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr1	197073932	rs2878749	T	C	3978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=63;PP=2351;SC=TATAAATATATTTCCGTAATT;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=69;TCR=64;TR=132;WE=197073940;WS=197073922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	197091537	rs4915337	A	T	5715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=65;PP=2965;SC=ATGCTTTAAGAGACATATCCA;SOR=1.333;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=125;TCR=66;TR=190;WE=197091545;WS=197091527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	197091808	rs61819088	T	C	2591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=60;PP=1858;SC=CTGTGAATAATAAAGGCAGAG;SOR=2.330;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=20;TCR=61;TR=80;WE=197091816;WS=197091798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	197097891	rs150344996	AAAAT	A	1216.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=40.56;SOR=3.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	197101303	rs3737110	C	A	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=362;SC=TCAAGCTAACCTAATGACTTT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=197101311;WS=197101293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	197104149	rs35659894	TA	T	891.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=922;SC=TATGTATAATTAAAGAATGAC;SOR=5.211;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=24;WE=197104157;WS=197104139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	197109042	rs1332663	C	T	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=27;PP=736;SC=CATTAAAATACAAATTCCCTA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=197109050;WS=197109032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	197112533	rs6677082	G	A	6320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=88;PP=2965;SC=TAACATTTACGGAATTAAAGG;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=113;TCR=88;TR=200;WE=197112541;WS=197112523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	197113073	rs1571964	G	A	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=20;PP=1065;SC=ATCACAGAATGGTTAAAACAT;SOR=1.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=57;WE=197113081;WS=197113063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	197141243	rs6428389	A	C	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.24;ReadPosRankSum=-0.575;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr1	197147471	rs61819118	A	C	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.699;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=331;ReadPosRankSum=1.885;SC=AATTCAACAAAGTAATAAGAA;SOR=2.130;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=21;WE=197147479;WS=197147461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr1	197390368	rs3902057	A	G	8643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=138;PP=2965;SC=TCAGCTGCCTATGTCCATCTG;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=148;TCR=138;TR=286;WE=197390376;WS=197390358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr1	197398086	rs7534863	A	G	3007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	197407886	rs5779871	A	AT	1201.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=34;PP=1153;SC=TTCTCCTCTAATTTTTTATCT;SOR=2.256;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=35;WE=197407894;WS=197407876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	197407942	rs980371	A	G	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=358;SC=TTCAGACAGAATGAAACAATA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=197407950;WS=197407932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	197446702	rs1135810	G	T	6085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=138;NR=74;PP=2965;SC=AGCTTGCTCTGGTTGGTCTTC;SOR=1.319;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=138;TCR=74;TR=212;WE=197446710;WS=197446692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	197482167	rs2013617	C	G	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=30;PP=897;SC=AATGTGATTTCATAAGAAACA;SOR=2.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=197482175;WS=197482157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	197510025	rs3902061	G	T	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=10;PP=883;SC=TTCTAATTTGGAAGTATAAAC;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=197510033;WS=197510015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	197510299	rs3850628	G	A	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=18;PP=480;SC=TCAGGGATACGCATATCACTT;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=197510307;WS=197510289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	197515253	rs11276673	ATGTTCAG	A	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=2;PP=100;SC=AAATTATTTCATGTTCAGTGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=197515267;WS=197515243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	197576307	rs11411505	A	AT	1900.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=31;PP=1399;SC=TTCACTCTCTATAAAAAAAAC;SOR=1.877;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=31;WE=197576315;WS=197576297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	197741951	rs2477067	C	A	2208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;MQRankSum=0.245;QD=22.77;ReadPosRankSum=1.089;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,94:0.97:97
chr1	197872019	rs4539165	G	T	2962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	197876533	rs1546244	C	A	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=522;SC=GCACATTGATCGTTATTTTCC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=197876541;WS=197876523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	197890422	rs12122995	C	G	5357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=121;NR=56;PP=2965;SC=TGACTCAACTCTTTCCTTCCA;SOR=1.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=121;TCR=56;TR=177;WE=197890430;WS=197890412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	197898023	rs10664707	C	CAA	781.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.441;QD=18.61;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,37:0.88:42
chr1	197898395	rs111260868	G	GT	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=2.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.178;QD=0.92;ReadPosRankSum=-0.467;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,58:0.21:281
chr1	198492562	rs138693600	T	C	8319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=160;NR=138;PP=2965;SC=TCTGGTTTCATGTCACAGACC;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=299;TCF=160;TCR=139;TR=298;WE=198492570;WS=198492552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr1	198691478	.	AAT	A	67	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=2;NR=3;PP=67;QD=15.2;SC=TGTGATATATAATATATATAT;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=5;WE=198691487;WS=198691468;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,5:0.22:23
chr1	198701289	rs1932433	T	C	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=3;PP=517;SC=ATCTTAATTTTGATTACTCTA;SOR=3.160;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=23;WE=198701297;WS=198701287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	198711170	.	C	CA	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=3.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=1.501;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,19:0.21:90
chr1	198717218	rs71286550	G	GT	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr1	200143281	rs1060060	C	T	5284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=91;NR=81;PP=2815;SC=AGCACCTGAACGGGGATGTGC;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=91;TCR=82;TR=172;WE=200143289;WS=200143271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	200182654	rs6427805	T	C	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=27.30;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	200311868	rs2790109	C	G	6454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=113;NR=102;PP=2965;SC=CTTCTCTTCTCCTGTCTCAAA;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=113;TCR=102;TR=215;WE=200311876;WS=200311858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	200312546	rs61101900	CA	C	51.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr1	200342046	rs6677545	A	C	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=32;PP=1576;SC=GATTGGGTTAAATTCAAATCA;SOR=1.039;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=80;WE=200342054;WS=200342036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	200522566	rs12120084	G	C	4162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=47;PP=1962;SC=CTCACTGCTGGGGATGAGCCA;SOR=0.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=79;TCR=47;TR=126;WE=200522574;WS=200522556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	200523514	rs7548174	A	G	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=7;PP=499;SC=GCGAGACTCCATCTCAAAAAA;SOR=1.751;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=28;WE=200523526;WS=200523504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	200534248	rs7543730	C	T	12547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=257;NR=194;PP=2965;SC=CTTGTCTCAACTCATCCTCAA;SOR=0.926;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=452;TCF=257;TCR=195;TR=451;WE=200534256;WS=200534238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,483:1.00:483
chr1	200538885	rs10800711	C	T	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=8;PP=498;SC=ATTTTTGAAGCGGAAGGGGTC;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=200538893;WS=200538875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	200549590	rs10753877	T	C	289.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=210;SC=TGGGGTAGAATAATTTCCCTA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=200549598;WS=200549580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	200555482	rs6691410	C	T	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=16;PP=459;SC=ATTTATATACCCCATAACATT;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=200555490;WS=200555472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	200558363	rs6665951	T	C	4536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=93;NR=62;PP=2470;SC=TAGCCAATGTTTCCATTTCTA;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=93;TCR=64;TR=155;WE=200558371;WS=200558353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	200569392	rs2809357	C	A	7541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=151;NR=105;PP=2965;SC=TAAGGAAGGTCGGAAAAATAC;SOR=1.027;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=151;TCR=105;TR=256;WE=200569400;WS=200569382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr1	200578093	rs2794409	G	A	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=43;PP=1312;SC=AATTTATTTTGATGTTTTGCA;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=76;WE=200578101;WS=200578083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	200594240	rs2809350	G	A	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=70;PP=1908;SC=GAGGTATTAGGTGATCTCAAT;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=20;TCR=70;TR=90;WE=200594248;WS=200594230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	200610525	rs5780032	TA	T	326.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.56;ReadPosRankSum=-1.549;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr1	200617533	rs17416794	G	T	3770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=42;PP=2259;SC=TAAAACTCGTGAACAAAATAG;SOR=1.318;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=76;TCR=42;TR=118;WE=200617541;WS=200617523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	200618238	rs6665604	T	C	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.39;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	200619530	rs2809365	T	C	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=15;PP=1272;SC=CCATAAAACATAGTTAACTGC;SOR=1.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=59;WE=200619538;WS=200619520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	200816658	rs2131834	T	C	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=11;PP=566;SC=TATGTACCTATTTAATTTGTA;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=200816666;WS=200816648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	200842110	rs968497	G	A	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=11;PP=756;SC=CTCCTGCTCAGAGCTGCTGCC;SOR=1.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=200842118;WS=200842100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	200867492	rs2271018	C	G	3913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=75;NR=58;PP=1923;SC=GGTGTCCCCCCTCCCTGCTCT;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=75;TCR=58;TR=133;WE=200867500;WS=200867482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	200876788	.	TA	T	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-1.919;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr1	200877786	rs2279837	T	C	2201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=53;NR=23;PP=1269;SC=GCATGGGCTGTGGTTTGTGGA;SOR=1.497;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=53;TCR=23;TR=76;WE=200877794;WS=200877776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	200878026	rs41313912	A	T	4384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=82;PP=2586;SC=GACCACCCCTATGAGAAGCCC;SOR=1.159;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=65;TCR=82;TR=146;WE=200878034;WS=200878016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	200880978	rs296520	C	T	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.90;QD=31.74;SOR=3.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	200881172	rs296521	C	A	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=29;PP=1070;SC=GGAGCACCCGCCCCCACTCAC;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=69;WE=200881180;WS=200881162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	200943793	rs71991687	CAGGA	C	8989.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.05;NF=45;NR=62;PP=2970;SC=CTGCCCACACCAGGAAGGAGA;SOR=1.428;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=122;TCF=52;TCR=70;TR=107;WE=200943804;WS=200943783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	200944840	rs296563	T	G	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=9;NR=20;PP=639;SC=AGTGGGAGGATGGAAGGCAGG;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=200944848;WS=200944830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	200956404	.	A	AT	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.674;QD=1.70;ReadPosRankSum=0.578;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,20:0.25:81
chr1	200957412	rs76094226	G	A	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=25;PP=1327;SC=CCTGACTTCCGGCGGGGCTCA;SOR=1.409;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=73;WE=200957420;WS=200957402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	200967778	rs7538954	G	T	2615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=59;PP=1718;SC=CCAGTGCTGGGGAGCTGGGAC;SOR=1.561;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=92;TCF=33;TCR=59;TR=90;WE=200967786;WS=200967768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	200974138	.	G	A	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=31;PP=994;SC=ACTGCCATCCGGGAGAGGCAC;SOR=1.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=53;WE=200974146;WS=200974128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	201009897	rs6427875	T	C	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=41;PP=1021;SC=CCAGGAGCCCTGAGTCAACAG;SOR=1.410;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=64;WE=201009905;WS=201009887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	201020105	rs6702590	A	G	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=30;PP=1442;SC=GGCCCTCAGCATCTCACCAGG;SOR=1.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=88;WE=201020113;WS=201020095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	201031307	rs2297903	A	C	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=29;PP=855;SC=GGGGAGTGTGAAGGAGAAATG;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=201031315;WS=201031297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	201031655	.	AGAGG	A	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.100;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=24.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,12:0.08:142
chr1	201079235	rs1325310	C	T	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=27;PP=1972;SC=CCAAGGGGGCCTCCCCAAGCC;SOR=1.938;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=76;TCR=29;TR=103;WE=201079243;WS=201079225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	201079458	rs1325309	T	A	5059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=104;PP=2965;SC=GTTAAGGGGATGAGGGCGCTG;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=172;TCF=68;TCR=104;TR=170;WE=201079466;WS=201079448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	201112981	rs8158	A	G	4139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	201113118	rs3738266	A	G	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	201115822	rs3752978	A	G	6833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=96;PP=2965;SC=GCGATTGGAGAATGGCGTGTG;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=113;TCR=96;TR=208;WE=201115830;WS=201115812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr1	201116018	rs3752979	C	G	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=55;PP=1811;SC=AGGGCCACCACGTCTTAGAGC;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=97;WE=201116026;WS=201116008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	201122784	rs6684980	C	T	2963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	201122947	rs1925361	T	G	6106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=98;PP=2965;SC=GGCCGTGCACTGTGGTCGTGA;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=105;TCR=98;TR=203;WE=201122955;WS=201122937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr1	201163191	rs1107128	G	T	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=18;PP=1251;ReadPosRankSum=-0.589;SC=TCTTGCTCCTGGGGTGAGTGG;SOR=0.823;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=68;WE=201163199;WS=201163181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr1	201166281	rs7533096	C	T	6668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr1	201166383	rs4915221	G	A	7807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=128;NR=141;PP=2965;SC=GATCTGTACCGCTGCACAGCA;SOR=0.891;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=270;TCF=128;TCR=142;TR=269;WE=201166391;WS=201166373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr1	201166435	rs11589317	T	C	5312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=86;NR=98;PP=2549;SC=TGAGACTCACTGTCATCGAAG;SOR=0.936;Source=Platypus;TCF=86;TR=184;WE=201166443;WS=201166425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	201170772	rs10157730	A	G	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=22;PP=1197;SC=ATGGTACCAGAGCCTATGAGG;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=62;WE=201170780;WS=201170762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	201170824	rs10158976	C	G	3998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=62;PP=2244;SC=AGCTCTCCTGCTGGGTGTTTG;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=81;TCR=62;TR=143;WE=201170832;WS=201170814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	201171007	rs10800762	T	G	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=39;PP=1172;SC=CAGGGATGCTTCAGGTCTAGT;SOR=1.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=58;WE=201171015;WS=201170997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	201175227	rs832156	C	A	3477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	201175715	rs1341631	G	T	6381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;PP=2965;SC=GGGTCCAGTCGGCTTCAGGCT;SOR=0.719;Source=Platypus;TCF=106;WE=201175723;WS=201175705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	201176018	rs10753895	A	G	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=32;PP=1221;SC=GAAGCTGGAGACAGCAATGGG;SOR=1.238;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=56;WE=201176026;WS=201176008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	201176108	rs12094334	G	A	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	201176968	rs12063867	A	G	2678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=35;PP=1574;SC=TCCAGGAGAAATGGGGTCCGG;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=53;TCR=35;TR=88;WE=201176976;WS=201176958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	201177210	rs145259930	A	G	7628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.025;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.747;SC=CATGCCAGGCAGGCATGGACC;SOR=0.245;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=274;TCF=146;TCR=128;TR=273;WE=201177218;WS=201177200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,294:1.00:295
chr1	201177246	rs72751165	T	C	6404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=113;NR=118;PP=2965;SC=ATTCAGATGGTGGCCTAGGGA;SOR=0.849;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=231;TCF=113;TCR=118;TR=231;WE=201177254;WS=201177236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	201177278	rs7551098	C	T	6151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=112;PP=2965;SC=ACAGGGTCTGCGGGTAGAGGT;SOR=0.918;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=214;TCF=102;TCR=112;TR=212;WE=201177286;WS=201177268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	201177538	rs7551538	G	T	7352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=140;NR=109;PP=2965;SC=ATGCCCTGGTGCTAAGGCCTC;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=250;TCF=141;TCR=109;TR=249;WE=201177546;WS=201177528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	201178470	rs12757706	G	A	3335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	201178866	.	A	G	1794	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MMLQ=26;MQ=55.36;NF=51;NR=67;PP=1794;QD=15.4980611233;SC=TAGGTTCAGGAAGTAAGGCAG;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=252;TCF=116;TCR=136;TR=118;WE=201178874;WS=201178856;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:134,118:0.47:252
chr1	201178904	.	A	G	1547	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MMLQ=25;MQ=50.63;NF=43;NR=50;PP=1547;QD=17.008292608;SC=GGGGGTTCTGAAGAAATGGGG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=184;TCF=86;TCR=98;TR=93;WE=201178912;WS=201178894;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:91,93:0.51:184
chr1	201178924	.	AAG	GAA	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=26;MQ=47.85;NF=47;NR=42;PP=2944;QD=20;SC=GTCAGTGAATAAGGCAGGTTA;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=164;TCF=79;TCR=85;TR=89;WE=201178934;WS=201178914;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:75,89:0.54:164
chr1	201181217	rs12070918	A	G	16417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.02;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr1	201181223	rs12070919	A	G	16028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.40;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr1	201181920	rs12060924	G	T	6544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=132;NR=101;PP=2965;SC=AAAACCAGGGGTTTAGCCAAG;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=234;TCF=132;TCR=102;TR=233;WE=201181928;WS=201181910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	201182779	rs2282413	A	G	5811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=124;PP=2965;SC=GCTGGCTCCCATGGGCTAGAG;SOR=1.322;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=80;TCR=124;TR=204;WE=201182787;WS=201182769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	201183363	rs2282415	C	T	3217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	201183402	rs1568810	T	C	4251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	201184275	rs2275673	C	T	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=31;PP=886;SC=CCACCCTGACCGTCCAGGGTA;SOR=1.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=53;WE=201184283;WS=201184265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	201187764	rs10920144	T	C	8209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=156;NR=141;PP=2965;SC=CATCGGATGCTGTCTTTGCTC;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=299;TCF=157;TCR=142;TR=297;WE=201187772;WS=201187754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr1	201187828	rs3738268	T	C	6185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=118;PP=2965;SC=GAGGTGAGCATGGGATAGCCC;SOR=0.890;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=226;TCF=108;TCR=118;TR=226;WE=201187836;WS=201187818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr1	201187954	rs6667020	C	T	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=26;PP=847;SC=TGAGCCACATCTTAGGGGCCC;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=201187962;WS=201187944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	201193668	rs6687494	G	T	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=2;PP=855;SC=TTTTCTTGTCGACGTTGTGTT;SOR=4.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=35;WE=201193676;WS=201193665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	201195119	rs3738270	C	T	18035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,693:1.00:693
chr1	201197331	rs3753971	G	A	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=3;PP=1075;SC=ATGGTTCCCCGAGGGGCCAGC;SOR=4.271;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=43;WE=201197339;WS=201197321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	201285712	rs7514146	C	T	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	201285759	rs1779297	A	G	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	201285909	rs1534051	A	G	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=407;SC=GAGATGGGTGAGGGCATCTGC;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=201285917;WS=201285899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	201288032	.	C	T	128	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=128;QD=27.1285354245;SC=ACAGACAACCCGGCACTCCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=201288040;WS=201288022;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	201288898	rs1722759	A	C	6132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=121;NR=79;PP=2965;SC=CCACCCCCAGATCCACTTCTG;SOR=0.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=121;TCR=79;TR=200;WE=201288906;WS=201288888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	201289545	rs6427898	G	A	8097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=187;PP=2965;SC=TGACCCCTAGGCCCAGCCCCC;SOR=1.406;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=297;TCF=110;TCR=187;TR=297;WE=201289553;WS=201289535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr1	201290968	rs1779292	T	G	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=15;PP=1820;SC=CCCAGGCTGATAGTGTGGTGG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=65;TCR=15;TR=80;WE=201290976;WS=201290958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	201290985	rs12122545	C	T	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=19;PP=2042;SC=GTGGTGCCTGCGCTCATCTTT;SOR=2.281;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=79;TCR=19;TR=98;WE=201290993;WS=201290975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	201292092	rs74525695	C	T	8852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=119;NR=61;PP=2965;SC=GGGTTGTGTCCTCTCACAAGG;SOR=1.381;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=181;TCF=120;TCR=61;TR=180;WE=201292100;WS=201292082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	201292110	rs1779288	T	C	10169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=148;NR=79;PP=2965;SC=AGGCTCCCCATTGACCCCCCT;SOR=1.296;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=149;TCR=79;TR=227;WE=201292118;WS=201292100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr1	201293970	rs1620046	C	T	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=5;PP=690;SC=GCTCAGAGCCCGGCAGAAGGC;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=201293978;WS=201293960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	201293985	rs854505	G	A	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=7;PP=675;SC=GAAGGCTATCGAAGAGTGTGG;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=201293993;WS=201293975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	201295107	rs16848334	C	T	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=33;PP=902;SC=ACAGCGTCTACGTGAAAATGA;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=201295115;WS=201295097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	201328824	rs2275863	G	A	6853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=124;PP=2965;SC=AAAGAGCAACGCTGGAGCTGA;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=240;TCF=115;TCR=125;TR=239;WE=201328832;WS=201328814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr1	201328913	rs45509695	G	C	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=63;PP=1464;SC=GGAGGAGCATGGAAGAGTAGG;SOR=1.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=29;TCR=63;TR=92;WE=201328921;WS=201328903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	201330429	rs3730238	T	C	10355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr1	201331554	rs1104859	T	G	4512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=3.242;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.09;ReadPosRankSum=-0.794;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,172:0.99:173
chr1	201334382	rs3729547	G	A	7719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	201335899	rs1573230	C	T	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=17;PP=2440;SC=TACTGCACCCCGTTCCATCAT;SOR=3.200;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=108;TCF=91;TCR=17;TR=106;WE=201335907;WS=201335889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	201337170	rs3729842	A	G	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=20;PP=1317;SC=AATCTTAGTCAATAGGAGAGT;SOR=1.341;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=60;WE=201337178;WS=201337169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	201338553	rs10800776	T	C	3643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=88;PP=2087;SC=CCCTGCTTGGTGCTGTCCAGC;SOR=1.643;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=45;TCR=89;TR=133;WE=201338561;WS=201338543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	201341341	rs868407	C	T	3792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	201355522	rs4128458	T	C	3336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=35;PP=1961;SC=GCCCCCTGCTTTGCCAAAGAG;SOR=1.142;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=70;TCR=35;TR=105;WE=201355530;WS=201355512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	201355943	rs2799677	C	T	5482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=88;PP=2965;SC=GCATGGAGGACTTCTCCAAGA;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=104;TCR=88;TR=192;WE=201355951;WS=201355933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	201356000	rs35016536	GC	G	9722.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.01;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	201356001	.	CCCA	C	2967	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=35;NR=88;PP=2967;QD=20;SC=TGGCTCCCTGCCCACCAAGCT;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=133;TCF=37;TCR=96;TR=123;WE=201356014;WS=201355991;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,123:0.92:133
chr1	201356004	.	ACC	A	9820.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.04;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	201356006	.	C	A	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=100;NR=91;PP=2965;QD=20;SC=CCCTGCCCACCAAGCTCTCCT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=106;TCR=93;TR=191;WE=201356014;WS=201355991;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,191:0.96:199
chr1	201358304	rs3738281	C	A	7057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=125;NR=111;PP=2965;SC=GAAGCAGAGGCCTGCCGGTCT;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=125;TCR=111;TR=236;WE=201358312;WS=201358294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr1	201360379	rs60465361	T	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=391;SC=GACCCCACACTCTACTTTTGG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=201360387;WS=201360369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	201453289	rs576697	T	C	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=19;PP=383;SC=CCTAGGACCCTGCCTGCATGC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=201453297;WS=201453279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	201687406	rs11588142	G	A	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=18;PP=1773;SC=AGGTGGGGAGGAGGTGACAGG;SOR=2.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=67;TCR=18;TR=85;WE=201687414;WS=201687396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	201687451	rs11576721	A	G	5550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=122;NR=79;PP=2965;SC=GCTGGGGTGCATGTGAGGGGA;SOR=1.039;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=122;TCR=79;TR=201;WE=201687459;WS=201687441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr1	201688515	rs9662744	T	A	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=17;PP=935;SC=TGCAACTTCCTAATCCCTACC;SOR=1.136;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=49;WE=201688523;WS=201688505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	201688832	rs67974334	T	C	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	201749520	rs529581	G	C	7983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=157;NR=108;PP=2965;SC=CTGTTTTAACGATTGACCTTC;SOR=0.954;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=159;TCR=109;TR=265;WE=201749528;WS=201749510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr1	201752429	rs527725	A	C	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=9;PP=1696;SC=CTCTGTGCTTAGCAAATAGGC;SOR=3.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=58;TCR=9;TR=67;WE=201752437;WS=201752419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	201754411	rs59543474	T	TC	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=1.269;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,20:0.26:76
chr1	201772863	rs34105833	T	TG	4724.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=94;PP=2936;SC=GTTTGGGGGGTGGGAAGTAGG;SOR=1.997;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=113;TCF=10;TCR=103;TR=102;WE=201772871;WS=201772853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	201773727	.	AAAAT	A	49.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=6.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=0.745;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,15:0.21:70
chr1	201773730	rs377166271	AT	A	196.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.851;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr1	201788804	rs11803449	G	A	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=6;PP=1063;SC=GTAGAGTCAGGGTCTCTCTTT;SOR=3.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=43;WE=201788812;WS=201788794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	201824390	rs11576508	G	A	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	201837934	rs34353605	CGT	C	4937.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=1.488;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;MQRankSum=0.000;QD=29.22;ReadPosRankSum=-1.491;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,162:0.96:169
chr1	201837956	.	TGA	T	1315	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=27;MQ=60.1;NF=13;NR=84;PP=1315;QD=13.6082474227;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGATC;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=120;TCF=18;TCR=102;TR=97;WE=201837965;WS=201837946;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,97:0.81:120
chr1	201840059	rs150361248	GTTATT	G	3314.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=38;PP=2429;SC=TTGGTCCTGAGTTATTTTATT;SOR=1.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=49;WE=201840071;WS=201840049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	201840464	rs2644124	T	C	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.63;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	201844128	rs2678203	G	A	3745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	201860626	rs2250377	A	G	13783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,529:1.00:529
chr1	201861016	rs2279681	C	G	11588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=152;NR=261;PP=2965;SC=TGATGCCAACCTTGGGAGATG;SOR=1.311;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=415;TCF=153;TCR=262;TR=413;WE=201861024;WS=201861006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr1	201865763	rs8028	A	G	7348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.505;SC=GTGCAGTGGGACTGACAGTGA;SOR=0.887;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=260;TCF=121;TCR=139;TR=258;WE=201865771;WS=201865753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,279:0.99:281
chr1	201952294	rs73074403	C	G	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=31;PP=965;SC=TTCCGGCCCCCAGCCGCCCTG;SOR=1.565;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=201952302;WS=201952284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	201952310	rs112370844	T	G	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=29;PP=876;SC=CCCTGCACCCTCACCTACCCC;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=201952318;WS=201952300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	201952574	rs4950806	T	C	3129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=38;PP=2028;SC=TTTCTAACATTTTCCGTGGCT;SOR=1.282;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=72;TCR=39;TR=109;WE=201952582;WS=201952564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	201952755	rs4950807	T	A	3739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=74;PP=2070;SC=GTTAAAGCTCTTATCTTTGTT;SOR=1.478;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=49;TCR=75;TR=123;WE=201952763;WS=201952745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	201969082	rs1130790	G	A	4466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=92;NR=59;PP=2460;SC=TGCTGCGTCAGCACATGGACA;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=92;TCR=59;TR=151;WE=201969090;WS=201969072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	201970562	rs4332408	T	C	9632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=162;NR=171;PP=2965;SC=TCTGCTTTGTTTCATACCTGG;SOR=0.817;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=333;TCF=162;TCR=171;TR=333;WE=201970570;WS=201970552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr1	201970748	rs4131469	G	A	4141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=51;PP=2452;SC=CACTCCCCACGGGGCCAGAGA;SOR=1.149;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=84;TCR=51;TR=135;WE=201970756;WS=201970738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	201983242	rs2819365	C	T	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=53;PP=1565;SC=TGCCACTTGGCTTCTTGCAAC;SOR=2.537;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=17;TCR=53;TR=70;WE=201983250;WS=201983232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	202092046	rs3795593	C	T	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=10;PP=366;SC=GGGCCCCCTGCACTCACCTGC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=202092054;WS=202092036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	202092360	rs3795595	G	A	8741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=160;NR=127;PP=2965;SC=CCTAACCCCGGCAAGGATGGG;SOR=0.881;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=289;TCF=161;TCR=128;TR=287;WE=202092368;WS=202092350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr1	202092415	rs3795596	A	G	12056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=209;NR=191;PP=2965;SC=ATCTGACAGGAGCACCAGGGC;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=400;TCF=209;TCR=191;TR=400;WE=202092423;WS=202092405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr1	202092580	rs7516762	T	C	10700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=192;NR=195;PP=2965;SC=ACCTGAAGAGTGCCTGGAACT;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=389;TCF=193;TCR=196;TR=387;WE=202092588;WS=202092570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr1	202096815	rs3820380	G	A	7067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.931;SC=GTCCTTCCTTGTCCCCATAGA;SOR=1.016;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=263;TCF=155;TCR=108;TR=260;WE=202096823;WS=202096805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,275:0.99:277
chr1	202107422	.	AAC	A	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.105;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=152;ReadPosRankSum=0.427;SC=TGCCCTCCCCAACACACACAC;SOR=1.432;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=10;WE=202107433;WS=202107412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr1	202122840	rs35407093	G	A	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=26;PP=1197;SC=GCCTGGCTCCGGGGGGGTGGT;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=75;WE=202122848;WS=202122830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	202129826	rs4309039	T	C	16919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,643:1.00:643
chr1	202129895	rs3935295	G	A	15217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,589:1.00:589
chr1	202130754	rs3934648	T	C	4117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=93;PP=2319;ReadPosRankSum=-0.880;SC=GCCCCCAACATGCACAATCCA;SOR=1.480;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=55;TCR=94;TR=147;WE=202130762;WS=202130744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,160:0.99:162
chr1	202155543	rs2993432	A	C	8743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=148;PP=2965;SC=ATCCTGGTGCACTGCAGGAGG;SOR=0.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=131;TCR=149;TR=279;WE=202155551;WS=202155533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr1	202156135	.	C	CCCTCGCTCCTCGCTCCTCGCT	1430.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;QD=51.10;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	202156482	rs3010088	G	A	7254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=59.98;NF=147;NR=107;PP=2965;SC=GAAGGAGTACGAGGTACACTT;SOR=1.038;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=257;TCF=147;TCR=110;TR=254;WE=202156490;WS=202156472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr1	202156628	rs3010089	A	C	7158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=138;PP=2965;SC=GCTGGCTCTTACGCACCCCTG;SOR=1.036;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=110;TCR=138;TR=248;WE=202156636;WS=202156618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr1	202163063	rs2361431	T	C	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.42;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	202163364	rs2077598	C	G	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=27;PP=1028;SC=CCTGGTCCTGCGGGCTGCTGG;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=54;WE=202163372;WS=202163354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	202163516	rs1812761	C	A	2793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=31;PP=1631;SC=AAATACCAGGCGAGCAGGGAG;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=59;TCR=31;TR=90;WE=202163524;WS=202163506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	202183308	rs10920362	C	T	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=37;NR=42;PP=1290;SC=GAGGGCCGCTCAGCGAGGGCG;SOR=1.080;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=79;WE=202183316;WS=202183298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	202196931	rs1452070	G	A	3964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=1.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	202197161	rs3795598	C	T	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=53;PP=1473;SC=CCTCATTTTACATAGAGCTGC;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=85;WE=202197169;WS=202197151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	202266547	rs788827	C	T	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.00;SOR=1.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	202266607	rs788826	C	T	5639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	202269785	.	GAA	G	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=0.365;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr1	202274936	rs705762	T	C	4301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=66;PP=2417;SC=GCAAGTCCTGTAGGGAGGTGT;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=84;TCR=66;TR=150;WE=202274944;WS=202274926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	202276494	rs896551	C	T	11032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=200;NR=191;PP=2965;SC=CCATCCACCCCGAGGCCTTCT;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=393;TCF=200;TCR=193;TR=391;WE=202276502;WS=202276484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr1	202287206	rs788795	T	C	7637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=1.605;SC=GGCGGGCCTGTCCCCCTGCCC;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=263;TCF=137;TCR=126;TR=261;WE=202287214;WS=202287195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,287:0.99:289
chr1	202287537	rs788794	G	A	8344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=173;NR=107;PP=2965;SC=TGGCCGCCGCGCTGCCCCTGG;SOR=1.236;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=173;TCR=108;TR=280;WE=202287545;WS=202287527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr1	202287813	rs788793	T	C	14532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=256;NR=263;PP=2965;SC=TCCTCAGCTTTGCCTCCATGC;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=520;TCF=256;TCR=264;TR=519;WE=202287821;WS=202287803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,558:1.00:558
chr1	202318316	rs930734	A	C	5462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.891;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=114;PP=2791;ReadPosRankSum=-0.753;SC=CCTACAGATGAGCCTTTGACC;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=80;TCR=114;TR=193;WE=202318324;WS=202318306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,217:1.00:218
chr1	202386075	rs2843413	T	C	4168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=90;PP=2810;SC=TGTGGCTTTGTAGTATTTGTA;SOR=1.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=50;TCR=90;TR=140;WE=202386083;WS=202386065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	202457784	rs3820374	T	A	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=31;PP=985;SC=TGTCATTTTGTGTATCTACCC;SOR=1.143;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=56;WE=202457792;WS=202457774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	202531741	rs2249811	C	T	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=42;PP=2179;SC=GCCCTGAGGTCTGGGAACGCT;SOR=1.629;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=78;TCR=42;TR=120;WE=202531749;WS=202531731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	202536848	rs2292489	C	T	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=22;PP=1275;SC=CTAGACTGGGCGTTCTACTGG;SOR=1.423;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=75;WE=202536856;WS=202536838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	202572105	rs55968420	GCC	G	22030.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=359;PP=2974;SC=CCCCCACTCTGCCCCCCCACA;SOR=1.645;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=438;TCF=54;TCR=384;TR=407;WE=202572120;WS=202572095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,543:1.00:543
chr1	202574784	rs1968583	G	A	9448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=155;PP=2965;SC=TGTCCTCCTGGCTCTCCCCAG;SOR=0.897;Source=Platypus;TCF=155;WE=202574792;WS=202574774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr1	202703053	rs4310498	G	A	2643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=52;PP=1571;SC=TGTCCGAGATGGCTTGGCCTT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=39;TCR=52;TR=91;WE=202703061;WS=202703043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	202705455	rs1141109	G	C	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=29;PP=782;SC=TCAGATGTACGGGGATAGATC;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=60;WE=202705463;WS=202705445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	202715244	rs3216061	G	GA	5391.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.236;NF=45;NR=77;PP=2082;ReadPosRankSum=0.204;SC=TTTTCCATAGGAAAAAAAATC;SOR=0.921;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=154;TCF=56;TCR=98;TR=122;WE=202715252;WS=202715234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,225:0.99:227
chr1	202715284	rs1141108	G	A	10723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=188;NR=157;PP=2965;SC=ATTTATATTTGTAAGGAGGAC;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=345;TCF=188;TCR=157;TR=345;WE=202715292;WS=202715274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr1	202718028	rs1892163	A	G	2271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=9;PP=1714;SC=ATTTTACTAAATAATACCCAA;SOR=3.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=60;TCR=9;TR=69;WE=202718036;WS=202718019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	202718202	rs1892164	G	A	13472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=234;NR=244;PP=2965;SC=TCATCTCATCGTGGGAAAACA;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=479;TCF=234;TCR=245;TR=478;WE=202718210;WS=202718192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,517:1.00:517
chr1	202722277	rs4950742	G	A	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=18;PP=525;SC=TTTCAGACTCGGCTTTGTAAG;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=202722285;WS=202722267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	202731986	rs140328663	C	CCTCAA	1741.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=27;PP=1628;SC=TTCTCCACTTCCTCATCATCT;SOR=4.021;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=27;WE=202731994;WS=202731976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	202733238	rs3196669	C	T	4232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	202735634	.	TA	T	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.758;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=7.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=-2.406;SOR=1.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,16:0.26:61
chr1	202735751	rs12140729	T	C	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	202827191	rs6663182	G	A	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.73;QD=26.39;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	202827398	rs6687459	A	G	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.31;ReadPosRankSum=-1.307;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,97:0.98:99
chr1	202888947	rs3182429	T	C	4763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=25.89;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	202889207	rs7520522	T	C	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=10;PP=368;SC=TTTGAGAGGCTAAGGCAGGCA;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=202889215;WS=202889197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	202934764	rs56932949	TC	T	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=5.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.594;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	202990110	.	C	CT	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.12;ReadPosRankSum=1.494;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr1	202991830	rs72085275	CA	C	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.473;QD=1.77;ReadPosRankSum=-0.234;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr1	203003870	rs782800	G	A	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=52;NR=48;PP=1620;SC=AGGGAAGGCCGAGGGGAGCTG;SOR=0.806;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=100;WE=203003878;WS=203003860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	203004367	rs10920551	C	T	7064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr1	203004627	rs5780134	A	AC	3342.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.95;ReadPosRankSum=-1.043;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr1	203004930	rs139600380	T	TAGC	1131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=936;SC=TGTTTCTGTGTAGCAGAGAGG;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=17;WE=203004938;WS=203004920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	203006098	rs782803	A	G	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=2;PP=1170;SC=ATGTGGCCACATGTGTATCTG;SOR=5.058;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=52;TCR=2;TR=54;WE=203006106;WS=203006093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	203006179	rs782804	G	A	7038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=87;PP=2965;SC=GCACTACTGCGCCCCTCTGGG;SOR=1.395;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=244;TCF=157;TCR=87;TR=244;WE=203006187;WS=203006169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr1	203006243	rs782805	A	G	15657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=313;NR=265;PP=2965;SC=AACTTTCCTCAGATCTAGACC;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=579;TCF=313;TCR=266;TR=578;WE=203006251;WS=203006233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,606:1.00:606
chr1	203008174	rs61821060	G	C	12567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr1	203012661	rs372177187	CGT	C	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.417;QD=1.06;ReadPosRankSum=-1.004;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,19:0.12:161
chr1	203012906	rs4950908	G	A	4324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=43;PP=2874;SC=CAGTTGGGGCGGGAGCTCTGT;SOR=1.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=103;TCR=43;TR=146;WE=203012914;WS=203012896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	203018190	rs6696772	G	C	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	203025096	rs199570318	CTTT	C,CT	2178.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=32.04;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,46,22:0.68,0.32:68
chr1	203028371	rs61732315	G	T	4370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=84;PP=2550;SC=GGGGACCCAGGCAGAGAAGGA;SOR=1.165;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=64;TCR=84;TR=148;WE=203028379;WS=203028361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	203028711	rs4590732	C	G	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=6;PP=620;SC=TTGGGGTGGTCAGGTGTTCCT;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=203028719;WS=203028701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	203029017	rs2270546	A	C	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=57;PP=1406;SC=AGGGGTCTGGAGGGAAGGATG;SOR=1.485;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=88;WE=203029025;WS=203029007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	203030685	rs2270543	T	C	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=7;PP=624;SC=GATACTGGGATGTCTTTTTCC;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=203030693;WS=203030675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	203036757	rs2275354	T	C	4860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=101;NR=68;PP=2588;SC=TGATGCTGGATGTGAGACAGG;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=101;TCR=69;TR=169;WE=203036765;WS=203036747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	203040673	rs9803710	A	G	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=10;PP=611;SC=AGCAGCTTCAAAAAGGTGTGT;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=203040681;WS=203040663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	203040740	rs11583155	T	C	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=23;PP=1137;SC=CTTGGACCCTTGGAAAATGGT;SOR=1.134;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=72;WE=203040748;WS=203040730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	203040816	rs2270540	G	C	3721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	203040922	rs2270541	G	T	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=42;NR=42;PP=1333;SC=GAGCCTTGGGGATTTGGTCAT;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=84;WE=203040930;WS=203040912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	203045413	rs11578206	G	T	22834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=856;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=465;NR=343;PP=2965;SC=AACCTCTCTCGCAGATGCCCT;SOR=1.023;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=812;TCF=465;TCR=347;TR=808;WE=203045421;WS=203045403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,850:1.00:850
chr1	203045583	rs6682652	T	C	15206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=329;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.669;SC=CTGACCCCTCTTGCTCGTTCC;SOR=0.260;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=532;TCF=203;TCR=329;TR=532;WE=203045591;WS=203045573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,554:1.00:556
chr1	203053741	rs112470728	T	C	5467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=101;NR=82;PP=2943;SC=GACTGAGGGATTGGAGCCAAG;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=101;TCR=83;TR=183;WE=203053749;WS=203053731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	203053768	rs903356	T	C	5851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr1	203055101	rs4950877	A	G	5015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=104;PP=2965;SC=GGGTCGGAAAAGGCTTGTTCC;SOR=1.316;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=67;TCR=104;TR=170;WE=203055109;WS=203055091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	203137784	rs35823777	A	ACT	11401.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=67;PP=2957;SC=TCCTCCCGTGACTTCAGTGTG;SOR=0.887;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=109;TCF=34;TCR=75;TR=99;WE=203137792;WS=203137774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr1	203148633	rs4950927	A	G	3849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.52;ReadPosRankSum=-0.808;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,155:0.99:157
chr1	203152801	rs880633	T	C	3894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=48;PP=2274;SC=TGTTTGTCTCTCCGTCCAGGG;SOR=0.971;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=80;TCR=49;TR=125;WE=203152809;WS=203152791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	203153555	rs12128727	C	T	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=10;PP=1481;SC=CTTTGCTACACATCAGGCAGG;SOR=3.360;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=58;TCR=10;TR=67;WE=203153563;WS=203153545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	203153634	rs2071579	C	G	8379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=177;NR=112;PP=2965;SC=ACAGTGGATGCGGGAGACCCA;SOR=1.120;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=178;TCR=113;TR=289;WE=203153642;WS=203153624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr1	203154532	rs1538372	A	G	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=32;PP=873;SC=GAAGTCTGGGATGGGGCCCGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=203154540;WS=203154522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	203155882	rs4950928	G	C	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=73;PP=2261;SC=TCCACTCCCCGACGCGGCAAA;SOR=4.590;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=7;TCR=73;TR=80;WE=203155890;WS=203155872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	203175107	rs2494296	A	C	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=14;PP=480;SC=GTTTGGGTGGACTGGCTCCCC;SOR=1.071;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=203175115;WS=203175097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	203188692	rs2486958	A	C	3780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=43;PP=2317;SC=ATTCTCTGCAATTGGCATCCT;SOR=1.324;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=82;TCR=43;TR=125;WE=203188700;WS=203188682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	203192137	rs3820145	T	C	5499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=127;NR=62;PP=2965;SC=TTTGTTCTGGTGTAAGGATGG;SOR=1.516;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=127;TCR=62;TR=189;WE=203192145;WS=203192127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	203192567	rs2297949	G	T	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=13;PP=912;SC=GTGCTGTGGGGGCTCCAGCTC;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=203192575;WS=203192557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	203192820	rs10920586	C	T	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=67;PP=2006;SC=TAAGGGCCGGCCTTGGACCAG;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=43;TCR=67;TR=110;WE=203192828;WS=203192810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	203194186	rs2297950	C	T	2916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	203311736	rs1891180	T	C	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=65;PP=1678;SC=AAGTTGGGGATGGAGGGCAGA;SOR=1.526;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=103;WE=203311744;WS=203311726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	203317162	rs7543148	C	T	5258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	203652444	rs1419114	A	G	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=68;NR=52;PP=1938;SC=AGCTGCGTTCAAGGGATGCAC;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=121;TCF=68;TCR=53;TR=120;WE=203652452;WS=203652434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	203667409	rs2228445	T	C	5185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=89;NR=85;PP=2965;SC=ATGTCACGCTTATCATCCTGG;SOR=0.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=91;TCR=85;TR=174;WE=203667417;WS=203667399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	203742915	rs6697274	G	A	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.33;QD=26.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	203743122	rs3820194	G	A	9230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=164;NR=151;PP=2965;SC=TCACTCCCTCGGCACACTGCA;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=316;TCF=164;TCR=152;TR=315;WE=203743130;WS=203743112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr1	203743653	rs3766748	C	T	3620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=61;PP=2069;SC=ATTATGCAGACTTTCAGCCAT;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=60;TCR=61;TR=121;WE=203743661;WS=203743643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	203767822	rs6697388	T	G	9878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=198;NR=160;PP=2965;SC=CAAGGCACTCTGATGCGTGCG;SOR=0.889;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=359;TCF=199;TCR=160;TR=358;WE=203767830;WS=203767812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr1	203786152	rs7555435	A	C	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=11;PP=657;SC=TTGAGGAAGCAGTGGCTTGTT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=37;WE=203786160;WS=203786142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	203787700	rs4951260	T	C	2782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	203799343	rs12239438	C	T	8834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr1	203803016	rs6694647	A	G	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=46;PP=1409;SC=TTTCTTTTCTACTTGTTTGTG;SOR=1.055;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=84;WE=203803024;WS=203803006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	203807233	rs12078328	T	C	4919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=89;PP=2413;SC=TATGTAATTATGACACTTGTG;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=86;TCR=89;TR=175;WE=203807241;WS=203807223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	203807273	rs34947847	A	G	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=53;NR=67;PP=1815;SC=ATGGTTTTTCATTCTTTTGTT;SOR=1.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=53;TCR=67;TR=120;WE=203807281;WS=203807263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	203809380	rs13375025	G	A	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=22;PP=1297;SC=CTGTATTTAAGCTGTAAAAAG;SOR=1.512;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=65;WE=203809388;WS=203809370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	203817549	rs12086293	T	C	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=28;PP=962;SC=AATTTAAGATTATTGTATGGT;SOR=1.199;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=203817557;WS=203817539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	203817608	rs12085020	A	G	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=19;PP=580;SC=TTACCTTACAATAAATTTCTA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=203817628;WS=203817598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	203817620	rs12078932	G	C	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=17;PP=564;SC=AAATTTCTAAGTACTTCATTC;SOR=1.214;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=203817628;WS=203817598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	203819203	rs11240605	A	G	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	203821200	rs7512877	G	A	2799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=35;PP=1792;SC=CTTTGTGTCCGTGAGACTAGG;SOR=1.396;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=65;TCR=35;TR=100;WE=203821208;WS=203821190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	204006538	rs4951291	T	C	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=4;PP=235;SC=ATCACCTTCCTCTCATGCTGC;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=204006546;WS=204006528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	204006597	rs4951039	G	A	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=12;PP=624;SC=ACAAGCCCGCGCGATGGGAGT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=204006605;WS=204006587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	204010389	rs10437107	G	T	5109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=120;PP=2965;SC=GGAATCGGGCGGAGTGATTAG;SOR=1.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=59;TCR=120;TR=179;WE=204010397;WS=204010379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	204081655	rs374243810	A	ACACACT	2270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.9636;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=15;PP=645;SC=ACACACACACACTTTCTCTCT;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=36;WE=204081663;WS=204081645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	204082002	rs2293336	C	T	3280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=73;NR=38;PP=2036;SC=CAGAAGTTTACGACTGGGGAC;SOR=1.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=73;TCR=38;TR=111;WE=204082010;WS=204081992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	204101239	.	C	G	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=195;SC=GGTGTGGATCCCAGAGTGCAG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=204101247;WS=204101229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	204103618	rs2293335	G	A	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=37;PP=2281;SC=TTTTCTCCACGTCCCACCATC;SOR=1.575;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=132;TCF=92;TCR=40;TR=129;WE=204103626;WS=204103608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	204110334	rs10793755	A	G	9216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr1	204130376	rs2272237	G	C	4600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=107;NR=57;PP=2611;SC=ATGCACAGTAGGGCAGGGGGA;SOR=1.436;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=108;TCR=58;TR=164;WE=204130384;WS=204130366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	204167467	rs11576112	T	C	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=9;PP=1270;SC=CCTTCTGGACTTGGGGAGGTC;SOR=2.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=53;WE=204167475;WS=204167457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	204214975	.	TAC	T	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.091;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,18:0.28:64
chr1	204379617	rs3014626	T	C	5690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=112;NR=79;PP=2965;SC=TTGCCCCTTGTTAGCCTGTTG;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=112;TCR=79;TR=191;WE=204379625;WS=204379607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	204394235	.	G	A	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=44;PP=1238;SC=GAGGGAACCCGAGAGGGAGAT;SOR=3.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=52;WE=204394243;WS=204394225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	204409281	rs3014631	C	G	5826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=144;NR=46;PP=2965;SC=ATAAGCAAAGCGGTCCCCTCC;SOR=2.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=145;TCR=47;TR=190;WE=204409289;WS=204409271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	204413297	rs2292459	C	T	7174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.29;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	204413297	.	CGG	TGA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=67;NR=63;PP=2947;QD=20;SC=GGGCCTGTTTCGGAGAAAGGG;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=139;TCF=73;TCR=66;TR=130;WE=204413307;WS=204413287;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,130:0.94:139
chr1	204413299	rs2292460	G	A	4304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.57;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,160:0.99:162
chr1	204418889	rs2999492	C	T	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.18;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	204418939	rs3014637	C	T	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=19;PP=890;SC=CCCTCCTCCCCTTCCAAGGCC;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=55;WE=204418947;WS=204418929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	204426052	rs2999490	A	C	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=73;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=18;NR=3;PP=382;SC=ACACACACACACCAGCCGAAC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=21;WE=204426060;WS=204426042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	204429212	rs5013460	AT	TG	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	204429215	rs5013458	TA	AG	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.94;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	204429285	rs2999485	A	G	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=13;PP=497;SC=AGAGGGAAGAAATGAAACATG;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=204429293;WS=204429275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	204429838	rs2271414	C	G	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=44;PP=1436;SC=GACTCAGTGGCAAGGGAGATA;SOR=0.999;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=84;WE=204429846;WS=204429828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	204433093	rs2271415	A	C	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	204433511	rs11455991	T	TC	2377.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=12;PP=2378;SC=GGAAATCGAGTCAAAACACAG;SOR=2.939;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=52;WE=204433519;WS=204433501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	204434277	rs2942149	T	C	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=40;PP=1641;SC=AAAGAAAGTTTGGAAATGGAT;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=57;TCR=41;TR=97;WE=204434295;WS=204434267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	204438334	rs1124777	C	T	7723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=119;NR=141;PP=2965;SC=GCAGTTTGCCCGGCAATTGTT;SOR=0.964;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=119;TCR=141;TR=260;WE=204438342;WS=204438324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr1	204438643	rs1553921	G	T	5338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=109;NR=78;PP=2965;SC=CCTGTGGGGAGAGTGAGTTGT;SOR=0.905;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=112;TCR=78;TR=187;WE=204438651;WS=204438633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	204494756	.	G	GT	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=3.212;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.206;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,47:0.24:198
chr1	204915347	rs115561045	G	A	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	204915393	rs2595960	A	G	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=62;NR=42;PP=1644;SC=ATGCACCAGGAAGTGAGCTAA;SOR=0.881;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=62;TCR=42;TR=104;WE=204915401;WS=204915383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	204921258	rs12141283	A	G	8864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=0.902;SC=AGTGAAGGGGAAAAAGAGTGC;SOR=0.341;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=306;TCF=142;TCR=164;TR=305;WE=204921266;WS=204921248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,337:1.00:338
chr1	204931137	rs16854813	A	G	5757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=126;NR=70;PP=2965;SC=TGCCCTCCTCAGTTGTTTTTC;SOR=1.274;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=200;TCF=129;TCR=71;TR=196;WE=204931145;WS=204931127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr1	204943285	rs2595945	A	T	3547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.804;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=36;PP=2335;ReadPosRankSum=0.614;SC=GGCACTCGAGATTGCTTCTCT;SOR=1.489;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=89;TCR=37;TR=125;WE=204943293;WS=204943275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,132:0.99:133
chr1	204943947	rs2246662	C	A	4362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=80;PP=2497;SC=GCCTGGAGGTCAAAGGTAAAG;SOR=1.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=59;TCR=80;TR=139;WE=204943955;WS=204943937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	204943991	rs2246661	CA	TG	4470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=57;PP=2947;SC=TGGAGAGGGACAAGGAGGCCA;SOR=1.958;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=83;TCF=24;TCR=59;TR=81;WE=204944000;WS=204943981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	204966170	rs16854920	T	C	2591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=11;PP=2097;SC=TCCGTTATGCTTGGGGAGGCT;SOR=3.611;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=74;TCR=11;TR=83;WE=204966178;WS=204966160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	204966690	rs2794858	G	A	7476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=160;PP=2965;SC=ACCCGTGACTGGATGCTCAGT;SOR=1.484;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=254;TCF=94;TCR=160;TR=254;WE=204966698;WS=204966680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr1	204966749	rs2595944	A	G	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.755;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=67;PP=2013;ReadPosRankSum=0.301;SC=TGACACACACACACTCCTTGG;SOR=2.419;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=24;TCR=68;TR=90;WE=204966757;WS=204966739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,103:0.98:105
chr1	204970148	rs10716288	TC	T	1280.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.28;NF=27;NR=4;PP=1142;SC=TTTCTGACTCTCCCCTTTCCT;SOR=2.891;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=31;WE=204970156;WS=204970138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	204970243	rs4950976	A	G	5655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.05;NF=120;NR=72;PP=2965;SC=GTGTCTCCATATCTCTGGTGC;SOR=1.120;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=120;TCR=73;TR=192;WE=204970251;WS=204970233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr1	204970302	rs4951151	T	C	7229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr1	204970495	rs4951152	C	A	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=41;PP=1138;SC=CATTAAAGAGCTCCTGTGAAC;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=61;WE=204970503;WS=204970485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	204978442	rs5780258	T	TCTG	22874.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=879;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.190;NF=120;NR=192;PP=2924;ReadPosRankSum=-0.582;SC=TGTTCAACCTTCTGCTTATTT;SOR=0.908;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=367;TCF=140;TCR=227;TR=312;WE=204978455;WS=204978432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,849:1.00:851
chr1	204978533	rs1530745	A	G	20435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=790;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=355;NR=321;PP=2965;SC=GTCCTTTAGCAGGGTAGTTTG;SOR=0.791;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=680;TCF=358;TCR=322;TR=676;WE=204978541;WS=204978523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,787:1.00:787
chr1	205038731	rs2305275	C	T	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=54;PP=1617;SC=CCTCCCTGACCCCTCTCCCGC;SOR=1.156;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=93;WE=205038739;WS=205038721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	205039295	rs56283998	A	C	3763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=78;PP=1834;SC=CCATAGGAGGAGGTTGAGAGG;SOR=1.350;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=48;TCR=79;TR=126;WE=205039303;WS=205039285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	205041542	rs3903399	T	C	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=4;PP=555;SC=GAAGGGCTGGTTAAAGGTGAG;SOR=2.765;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=28;WE=205041550;WS=205041532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	205052939	rs4950979	G	A	5104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=74;PP=2945;SC=GCCTCTTGACGAGTCTCAAGT;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=99;TCR=75;TR=173;WE=205052947;WS=205052929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	205053219	rs4951168	C	T	6550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=125;NR=102;PP=2965;SC=TTCTAAGCGCCGAGTCTGACA;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=125;TCR=103;TR=227;WE=205053227;WS=205053209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr1	205085358	rs12025836	T	C	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=4;PP=205;SC=ACTAAATACTTTGTTTTTGAA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=205085366;WS=205085348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	205129319	rs1062715	G	A	4613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=80;NR=81;PP=2595;SC=GGGCACAAGGGAAGTGTCCTC;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=80;TCR=81;TR=161;WE=205129327;WS=205129309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	205130413	rs3851294	A	G	2637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	205240913	rs9659978	A	G	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=8;PP=908;SC=TCCTGAGCGCACACATGCCAG;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=47;WE=205240921;WS=205240903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	205273142	rs41264881	G	C	7655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=135;NR=125;PP=2965;SC=TGGGGAGCAGGGGGGCAGCCT;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=135;TCR=125;TR=260;WE=205273150;WS=205273132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr1	205274174	rs10793728	A	G	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=5;PP=508;SC=CAGAGGTCTCAACATTGGACA;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=205274182;WS=205274166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	205275206	rs4951195	AG	TT	4346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=26;PP=2647;SC=GAGGCTTGAGAGTTGTGCTCT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=58;TCR=27;TR=81;WE=205275215;WS=205275196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	205275421	rs4951197	A	G	3647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=72;PP=2214;SC=GGTTGGAGAGACCGAAGTCAG;SOR=1.256;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=50;TCR=72;TR=122;WE=205275429;WS=205275411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	205312767	rs7526603	G	T	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=50;PP=1315;SC=GCCGGGAGAGGTGCGAGCGCG;SOR=2.439;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=15;TCR=50;TR=65;WE=205312775;WS=205312757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	205325609	rs2298250	C	A	10795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=199;NR=190;PP=2965;SC=ACCAGCAGGCCCTCAGAATGC;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=391;TCF=199;TCR=192;TR=389;WE=205325617;WS=205325599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr1	205417586	rs74141216	C	T	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	205492756	rs7529442	A	G	7630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=111;NR=146;PP=2965;SC=CCATGGAGGTAAGGGCCTCTG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=111;TCR=146;TR=257;WE=205492764;WS=205492746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr1	205495392	rs2297837	A	G	7213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=113;PP=2965;SC=AGCTGGGGGTAGAGGATCATT;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=129;TCR=113;TR=241;WE=205495400;WS=205495382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr1	205495976	rs1544154	A	G	7491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.370;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=1.171;SC=GTGAGGCCTCAGGGGCAGGGT;SOR=0.497;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=287;TCF=136;TCR=151;TR=287;WE=205495994;WS=205495966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,288:1.00:289
chr1	205498021	rs7531230	T	C	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=9;PP=879;SC=AGAGCCACGATCCCTGCAGCC;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=205498029;WS=205498011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	205499355	rs12042887	C	A	3632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=48;PP=2355;SC=GCCCCCCAGCCGGGCCCAATA;SOR=1.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=79;TCR=48;TR=127;WE=205499363;WS=205499345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	205499495	rs12035825	G	A	5372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=97;PP=2965;SC=CTGGGGGTCCGGGAGCAGGGC;SOR=0.773;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=97;TCR=99;TR=194;WE=205499503;WS=205499485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	205499577	rs6668356	C	G	3659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=55;SC=GAGGCCCCAGCCCCAGCAGAG;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=60;TCR=55;TR=115;WE=205499585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	205499595	rs41264891	G	A	3292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=44;PP=2279;SC=GAGCAGCCCCGGGCACCTTGC;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=59;TCR=44;TR=103;WE=205499603;WS=205499585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	205499611	rs41264893	C	T	3404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=46;PP=2363;SC=CTTGCCTCCCCTGCTGGGGTT;SOR=0.986;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=67;TCR=47;TR=113;WE=205499619;WS=205499601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	205499701	rs12748821	T	C	8287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=165;NR=117;PP=2965;SC=GGCCAGTCCTTACTGGAGGCC;SOR=0.932;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=282;TCF=165;TCR=117;TR=282;WE=205499709;WS=205499691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr1	205499921	rs11240505	C	G	4331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=99;PP=2927;SC=CCCATGGTCCCCCCACCACTG;SOR=1.965;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=41;TCR=100;TR=140;WE=205499929;WS=205499911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	205549122	rs77822322	T	A	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=60;PP=1687;SC=GGGGAGGGCATGGGAGCTCCC;SOR=2.557;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=81;TCF=21;TCR=60;TR=78;WE=205549130;WS=205549112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	205553346	.	ATT	A	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr1	205554085	rs7526132	G	C	16656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.82;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr1	205554095	rs7515820	A	C	16193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.61;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr1	205561511	rs6593956	T	A	1084.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.99;SOR=3.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	205568213	rs2282449	C	T	6020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr1	205568390	rs2282450	T	A	4955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=92;PP=2878;SC=GTAAGGAAAGTATCTGTTTCT;SOR=1.249;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=65;TCR=92;TR=157;WE=205568398;WS=205568380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	205568438	rs2282451	G	T	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.140;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=45;PP=1269;ReadPosRankSum=-0.628;SC=GTCGGGGAGCGGGGGAGCAGG;SOR=2.330;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=63;WE=205568446;WS=205568428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr1	205600645	rs7523896	G	A	98.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.48;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr1	205615791	rs6673283	A	G	8970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr1	205615947	rs4951250	C	A	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.94;ReadPosRankSum=1.574;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,70:0.82:85
chr1	205686523	.	GT	G	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=0.994;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,20:0.25:79
chr1	205696671	rs1772147	G	A	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=7;PP=1033;SC=TTGTATACTCGAGCACAGCCT;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=205696679;WS=205696661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	205740668	rs41302139	G	C	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	205740877	rs147585480	C	A	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=22;PP=569;SC=TCAGATGGGGCCACTCACTTT;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=205740885;WS=205740867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	205764640	rs823156	G	A	3320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=54;PP=1859;SC=GACACAGACAGAGGTCAGAGG;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=53;TCR=55;TR=107;WE=205764648;WS=205764630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	205766159	rs5780304	CA	C	6910.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=91;PP=2951;SC=CAAAATGACGCAAAGACCACT;SOR=1.048;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=104;TCF=7;TCR=97;TR=97;WE=205766167;WS=205766149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	205811055	rs74143854	C	T	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=24;PP=1195;SC=TTAGAAAGAACCAATGGGGTG;SOR=0.961;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=68;WE=205811063;WS=205811045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	205811828	rs4951025	A	T	10239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=26.26;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr1	205814485	rs1104899	G	A	16418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.14;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr1	205814497	rs1891460	T	C	16732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=180;NR=169;PP=2965;SC=CCATAGATGATGCCATCACGC;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=349;TCF=180;TCR=169;TR=349;WE=205814505;WS=205814475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr1	205859798	rs12028467	G	C	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=15;PP=475;SC=ATATTTTTATGATGCTGGTTA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=205859806;WS=205859788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	205886381	rs11240591	C	T	8339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr1	205888143	rs11240593	G	C	4403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	205890679	rs12759719	T	C	5786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	205892411	rs3811427	T	C	12491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.76;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr1	205892415	rs3811426	C	T	12540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.54;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr1	205893699	rs9438402	T	C	4936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=85;PP=2818;SC=GCCAAGGCCATTCTCTGTTAG;SOR=1.224;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=65;TCR=85;TR=150;WE=205893707;WS=205893689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	205893753	rs34907090	AT	A	1566.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=43;PP=1443;SC=TTTAAATAGCATTTTTTGCAA;SOR=2.267;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=46;WE=205893761;WS=205893743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	205896235	rs11240594	G	A	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=9;PP=741;SC=GAGACTAAGTGTGACAACAGT;SOR=1.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=205896243;WS=205896225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	205896475	rs7366204	C	T	2838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=33;PP=1496;SC=TCTTGATTTACTTCCAATCCA;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=81;WE=205896483;WS=205896465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	205897876	rs12568779	C	T	7800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr1	205899311	rs9438405	T	A	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=40;PP=1040;SC=CTTGAGGGAATTGGACCATCT;SOR=2.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=51;WE=205899319;WS=205899301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	205901287	rs11240596	T	A	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=23;PP=648;SC=AAGGCTCTTCTCCAACACAAT;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=205901295;WS=205901277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	205901788	rs3811423	G	T	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=7;PP=544;SC=CCCATCCTTGGGGTCTGGGTC;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=205901796;WS=205901778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	206243411	.	G	A	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=32;PP=1385;SC=CAGCCAGGAAGGGTGCTATGT;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=79;WE=206243419;WS=206243401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	206516159	rs199928990	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.88;ReadPosRankSum=1.019;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	206516261	rs201036189	C	T	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.50;MQRankSum=-0.283;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.086;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,57:0.47:120
chr1	206566195	rs200978831	C	T	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.73;MQRankSum=-4.766;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.796;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:382,94:0.20:476
chr1	206566860	rs11361942	TA	T	1648.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.189;HP=11;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-11.152;NF=69;NR=25;PP=968;ReadPosRankSum=0.107;SC=AAGCCCCCCTTAAAAAAAAAA;SOR=1.062;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=194;TCF=128;TCR=66;TR=94;WE=206566869;WS=206566850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,116:0.58:199
chr1	206566904	rs2919105	T	C	8207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-18.046;NF=234;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=0.906;SC=CTTTTCAGCGTCAAGCCAAGT;SOR=0.748;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=547;TCF=350;TCR=197;TR=366;WE=206566912;WS=206566894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,357:0.66:538
chr1	206567100	rs2480377	C	T	3500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FS=1.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQRankSum=-17.856;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:362,197:0.35:559
chr1	206567165	rs2480376	T	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.086;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.122;NF=3;NR=36;PP=563;ReadPosRankSum=-0.824;SC=CCATGATCCATCAGGGTGCTT;SOR=1.861;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=140;TCF=20;TCR=120;TR=39;WE=206567173;WS=206567155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,38:0.27:143
chr1	206579936	rs201644221	A	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.06;MQRankSum=-2.671;QD=14.25;ReadPosRankSum=1.340;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr1	206623685	rs12725078	G	T	6468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr1	206623866	rs11809494	C	T	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=28;PP=783;SC=CAGAAGGAAGCGATTATATAT;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=206623874;WS=206623856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	206626607	rs11120575	G	A	6178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=127;NR=89;PP=2965;SC=CCCGAGAGCTGTCCTTTAAGA;SOR=0.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=127;TCR=89;TR=216;WE=206626615;WS=206626597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr1	206626779	rs2483059	A	G	3447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=70;PP=2006;SC=CTCTATGGGAATGAGACTTCA;SOR=1.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=47;TCR=70;TR=117;WE=206626787;WS=206626769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	206626828	rs2483058	C	G	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=37;PP=1088;SC=GCCAACCCCTCGGGGGTCCAG;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=45;WE=206626836;WS=206626818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	206631518	rs10864212	G	T	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=3;PP=671;SC=GTTACAGTCTGTTTGGAAAAA;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=206631540;WS=206631509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	206631532	rs12565311	T	A	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=2;PP=819;SC=GGAAAAAGAGTCATGCTAAAA;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=206631540;WS=206631509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	206646427	rs1930437	C	A	2645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=15;PP=1964;SC=TGTGGAATGGCCACATGGAGC;SOR=2.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=71;TCR=15;TR=86;WE=206646435;WS=206646417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	206647742	rs1539242	A	G	7184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=136;NR=103;PP=2965;SC=GCGAGGTGCAAGTGAGGGAGT;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=136;TCR=103;TR=239;WE=206647750;WS=206647732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr1	206647787	rs1539243	T	C	6909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	206648378	rs1059704	G	A	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=25;PP=728;SC=TCAGACCAGCGGCAGGCCTGG;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=206648386;WS=206648368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	206665896	rs2336940	C	G	5297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=79;PP=2965;SC=CGAGGGCTGACCTCCAACCCC;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=95;TCR=79;TR=174;WE=206665904;WS=206665886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	206667441	rs2184030	G	A	5264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=116;PP=2965;SC=GTCCATTTTCGAAGAAGCCCT;SOR=1.597;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=60;TCR=116;TR=176;WE=206667449;WS=206667431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	206670827	rs12754274	G	T	5370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	206680983	rs2095124	A	C	7265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr1	206757857	rs4845112	C	A	14966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=269;NR=249;PP=2965;SC=CACGGACAAGCGGACATCCTT;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=518;TCF=269;TCR=249;TR=518;WE=206757865;WS=206757847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,557:1.00:557
chr1	206758077	rs4418597	T	A	3757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=83;PP=2306;SC=AAGCCCACCCTCTAAAACTCC;SOR=1.575;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=42;TCR=84;TR=125;WE=206758085;WS=206758067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	206765254	rs12079722	C	T	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=33;PP=924;SC=GTCCCCGTTGCCTCACAATGT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=206765262;WS=206765244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	206766845	.	AGTGTGTGTGTGCGT	A,AGT	203	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=38;MMLQ=20;MQ=52.69;NF=7,7;NR=7,7;PP=102,203;QD=7.71428571429;SC=AGAGAGAGAGAGTGTGTGTGT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=14,14;WE=206766868;WS=206766833;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.93:15
chr1	206770283	rs11284613	AC	A	1113.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=4;PP=847;SC=TGTTCCAAAGACCCCCCCAAA;SOR=3.442;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=31;WE=206770291;WS=206770273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	206772194	rs373767533	ACT	A	2866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=13;PP=2052;SC=CCAGACAATAACTCTGAGTGT;SOR=2.904;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=45;WE=206772203;WS=206772184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	206772753	rs4845116	A	G	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=19;PP=994;SC=CACTACTCAGATTGAGAGGAA;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=56;WE=206772761;WS=206772743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	206773659	rs6662929	A	G	7929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=147;NR=141;PP=2965;SC=GTCGTCCTTCAGGGCTGATGG;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=288;TCF=147;TCR=141;TR=288;WE=206773667;WS=206773649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr1	206776200	rs6668054	C	T	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.30;SOR=2.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	206776203	rs6675741	T	C	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.46;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	206902471	rs45514798	G	A	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=33;PP=1111;SC=GTGGGAGCACGTGCAGGCAGG;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=60;WE=206902479;WS=206902461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	206904644	rs368231892	CGT	C	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.050;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,15:0.18:83
chr1	206943351	rs3024494	T	C	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=12;PP=331;SC=CCAAATGCCTTGCCTCACAGC;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=206943359;WS=206943341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	207009910	rs2243170	T	C	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=9;PP=677;SC=TCCTCCCGGCTTGCCTTCGAG;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=207009918;WS=207009905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	207014440	rs202020832	G	A	2897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=53;PP=1908;SC=TCTGGGAAGAGGTTGGGGAAG;SOR=0.907;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=52;TCR=54;TR=105;WE=207014448;WS=207014430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	207014472	rs2243188	A	C	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=43;PP=1205;SC=GAGGTAGATCAGGAGGGTGCC;SOR=1.039;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=78;WE=207014480;WS=207014462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	207015957	rs2243191	T	C	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	207040659	rs2232360	G	A	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=11;PP=1119;SC=TAGAGTTTCTGCCTGCTTCAT;SOR=2.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=56;WE=207040667;WS=207040649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	207086194	rs749860	T	G	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=3;PP=471;SC=CTCTATGAACTGAACATAGAC;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=207086202;WS=207086184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	207091073	rs79543561	T	C	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.63;QD=25.82;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	207091138	rs36032902	A	AT	396.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.93;MQRankSum=1.189;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr1	207108191	rs72570603	CAT	C	1683.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=38;PP=1927;SC=ATGTCATATACATATATATAT;SOR=2.833;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=41;WE=207108200;WS=207108181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	207109116	rs2275531	C	T	7630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=120;NR=146;PP=2965;SC=GCCACAGAGCCTCCTGCCACC;SOR=1.006;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=120;TCR=147;TR=266;WE=207109124;WS=207109106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr1	207109167	rs6695632	G	A	4041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=84;PP=2510;SC=GTGGACTCTGGAAGCACAGAC;SOR=1.451;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=49;TCR=84;TR=133;WE=207109175;WS=207109157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	207110363	rs748140	A	G	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=20;PP=1999;SC=ATTGATGAATACACTCAGAGG;SOR=2.117;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=69;TCR=20;TR=89;WE=207110371;WS=207110353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	207110936	rs291096	T	C	6593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=112;PP=2965;SC=AGTTGGGATTTACATAACCAC;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=106;TCR=112;TR=218;WE=207110944;WS=207110926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr1	207111257	rs291095	G	T	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=12;PP=328;SC=GCTTGACAGCGGTCTTCTCCA;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=207111265;WS=207111247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	207113755	rs2007272	G	C	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=8;PP=568;SC=TCTGATTTTAGTGTCCCCAGG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=207113763;WS=207113745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	207132345	rs7556372	A	G	4825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.823;SC=GGGCTTTGCCAAAGGGGGAAA;SOR=0.913;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=91;TCR=96;TR=184;WE=207132353;WS=207132335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,189:0.99:191
chr1	207139046	rs11576146	A	G	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=6;PP=550;SC=ACAAAGGGAGAGTAGGGGTTG;SOR=1.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=29;WE=207139054;WS=207139036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	207139362	rs12569037	C	G	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=15;PP=434;SC=TGCAGCTTCTCCCTCCCACTG;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=207139370;WS=207139352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	207140440	rs11119933	C	T	2330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	207142507	rs17018488	T	C	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=190;SC=CTCCCCCGGGTGAATTTTTCT;SOR=2.303;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=11;WE=207142515;WS=207142503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	207143296	rs1890864	C	T	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=437;SC=ACTCTAGAACCCTTACCTGGC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=207143304;WS=207143295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	207143422	rs1856746	A	G	3287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	207143550	rs1340232	C	T	4096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=71;PP=2291;SC=TAGTTGCTCTCCTTTAAACCT;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=66;TCR=71;TR=137;WE=207143558;WS=207143540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	207195779	rs2842726	A	G	5309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=97;NR=85;PP=2965;SC=TTAGGGATAGAAATTGGCATA;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=183;TCF=97;TCR=86;TR=182;WE=207195787;WS=207195769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	207237233	.	GGT	G	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.649;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,22:0.17:131
chr1	207241440	rs4030464	AGT	A	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=4.984;QD=0.47;ReadPosRankSum=-0.368;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,14:0.16:86
chr1	207243851	rs923109	A	G	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=33;PP=1103;SC=CCCTGTCTCCACTCAAATTAG;SOR=1.257;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=59;WE=207243859;WS=207243841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	207245045	rs11120137	T	C	3194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=70;PP=1616;SC=TACGTCCAAATGTAGTTTGCT;SOR=1.536;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=37;TCR=70;TR=107;WE=207245053;WS=207245035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	207245080	rs35425352	A	AT	1146.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.578;NF=1;NR=33;PP=672;ReadPosRankSum=1.036;SC=TGTTGGAATTATTTTTTTTTT;SOR=1.366;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=34;WE=207245088;WS=207245070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,55:0.95:58
chr1	207262980	rs12711513	T	G	5091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=98;PP=2908;SC=TTTGGTGTCCTTTTGCGGTGT;SOR=1.018;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=83;TCR=98;TR=180;WE=207262988;WS=207262970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	207263829	rs6690037	A	G	4092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	207268779	rs7542292	A	G	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=50;PP=1609;SC=AGGTTCAAGCAGTTCTCATGC;SOR=1.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=72;WE=207268787;WS=207268769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	207297484	rs2842707	G	C	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=51;PP=1980;SC=TGATGCCTTCGCTGAGTATTT;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TCR=51;TR=98;WE=207297492;WS=207297474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	207297680	rs1126618	T	C	7467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr1	207300259	rs2491393	A	G	3673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=78;PP=2309;SC=GGACTGTGACAGAATTTCAAT;SOR=1.476;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=46;TCR=78;TR=124;WE=207300267;WS=207300249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	207304900	rs4844573	T	C	6704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=150;NR=83;PP=2965;SC=GATAGTTGTATTAATTTACCA;SOR=1.304;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=233;TCF=150;TCR=83;TR=233;WE=207304908;WS=207304890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	207500293	rs4844591	C	T	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=41;PP=1256;SC=GCAAACCCACCTTTCAATATA;SOR=1.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=61;WE=207500301;WS=207500283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	207504669	rs2184476	G	A	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=47;PP=1280;SC=TTATATTTTTGCTTTATTCTT;SOR=2.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=64;WE=207504677;WS=207504659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	207510289	rs2490257	T	C	13995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=191;NR=291;PP=2965;SC=ACCAACACCTTAGAAACCCAC;SOR=1.218;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=483;TCF=191;TCR=292;TR=482;WE=207510297;WS=207510279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,504:1.00:504
chr1	207510548	rs10746462	A	G	4262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;NF=94;NR=28;PP=2931;SC=ACAGCCCAAAAATTCACCACA;SOR=2.269;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=123;TCF=94;TCR=29;TR=122;WE=207510556;WS=207510538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	207510596	rs10746463	G	A	8857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.99;NF=188;NR=100;PP=2965;SC=TCAGCAGCACGTAAGTCCACT;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=188;TCR=100;TR=288;WE=207510604;WS=207510586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr1	207512577	rs10641442	T	TTAA	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=734;SC=CTTGATTAAGTTAATGTGTAA;SOR=4.294;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=15;WE=207512585;WS=207512567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	207532861	rs56253023	C	CTTT	1970.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.97;ReadPosRankSum=0.499;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,72:0.77:94
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chr1	207653395	rs17617	C	A	12140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=197;NR=216;PP=2965;SC=AAACACAGAGCACGGTAAGTT;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=414;TCF=198;TCR=216;TR=413;WE=207653403;WS=207653385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr1	207679307	rs4844600	A	G	12530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=26.55;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr1	207760773	rs3737002	C	T	5667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr1	207782916	rs4844609	A	T	6773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=105;NR=124;PP=2965;SC=GAGTTTCTTTACCCTCACTGA;SOR=1.019;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=105;TCR=124;TR=229;WE=207782924;WS=207782906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	207784968	rs3818361	A	G	13139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=236;NR=224;PP=2965;SC=ATAAGATATAACAAAGGAAAT;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=463;TCF=238;TCR=225;TR=460;WE=207784976;WS=207784958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,501:1.00:501
chr1	207795320	rs2296160	A	G	4322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	207888739	rs7553211	G	T	4092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=7.351;NF=66;NR=75;PP=2249;ReadPosRankSum=2.371;SC=TCCAGTGTGTGAACGTGAGTA;SOR=0.980;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=67;TCR=75;TR=141;WE=207888747;WS=207888729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,156:0.99:158
chr1	207941191	rs2724374	G	T	3085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=61;PP=1808;SC=CCTGCTTATAGTTTTTCAAAA;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=100;WE=207941199;WS=207941181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	207959122	.	CTTTT	C,CTT	1541.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.32;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=15;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=16;PP=210;SC=TGCATGCTATCTTTTTTTTTT;SOR=1.483;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=16;WE=207959144;WS=207959112;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.97:39
chr1	207959136	rs373519619	T	TAA	1664.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.69;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	207990951	.	C	T	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=267;SC=GGACCTATGTCCTGGAGAAAG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=207990959;WS=207990941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	208062260	rs2745952	T	C	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=42;PP=1471;SC=GCTCCAGCCCTCTGTGTGTGA;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=75;WE=208062268;WS=208062250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	208063100	rs5780411	G	GA,GAA	2327.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.072;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.405;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.311;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:22,96,38:0.62,0.24:156
chr1	208072567	rs144312803	C	T	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=37;PP=1106;SC=ATTTGACTGTCGTTTCTGGAA;SOR=1.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=208072575;WS=208072557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	208207839	rs3736963	G	A	3926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=84;NR=50;PP=2358;SC=GGTTCTCACCGTATCTGCTGA;SOR=1.067;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=84;TCR=50;TR=134;WE=208207847;WS=208207829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	208208034	rs12128144	G	C	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=55;PP=1242;SC=AGATAGCTGTGGGGTAGAGAG;SOR=1.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=21;TCR=55;TR=76;WE=208208042;WS=208208024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	208208124	rs6540448	C	A	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=276;SC=ATAACCCAATCAAATAGCTAC;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=208208132;WS=208208114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	208211887	rs905100	T	C	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=48;PP=1469;SC=TGTCTCCCGATTGCACCTTCT;SOR=2.115;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=67;WE=208211895;WS=208211877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	208213125	rs1751580	A	G	9215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=0.541;SC=GTGGGCACAGACAGGGCAGGA;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=320;TCF=176;TCR=144;TR=318;WE=208213133;WS=208213115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,351:0.99:353
chr1	208219164	rs1536471	A	C	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=7;PP=949;SC=GCCAGGAGCGAGGGGCGCCCT;SOR=2.786;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=44;WE=208219172;WS=208219154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	208252489	rs2274445	T	C	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=467;SC=CCCCCCACATTAAACTCACTG;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=208252497;WS=208252481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	208255877	rs6540453	T	C	3161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=64;PP=1637;SC=GGCAGAGGCATGGGGCTCATG;SOR=1.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=50;TCR=64;TR=114;WE=208255885;WS=208255867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	208276399	rs10654695	C	CCTCT	9333.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=39;PP=2973;SC=GAGGACAATTCCTCTCTCTGC;SOR=1.669;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=119;TCF=59;TCR=60;TR=90;WE=208276407;WS=208276389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	209605636	rs3842530	TAGCAGCAGCAGCAGC	TAGC,T	10262.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15,15;NR=101,101;PP=146,2994;SC=GCCACCACCGTAGCAGCAGCA;SOR=1.009;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=161;TCF=18;TCR=143;TR=116,116;WE=209605664;WS=209605626;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:231
chr1	209781417	rs143460578	TACAC	T	1120.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;QD=43.11;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	209782343	rs11119314	A	G	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=51;NR=24;PP=1162;SC=GATACCCCCCATTCTATGAAG;SOR=1.141;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=75;WE=209782351;WS=209782333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	209784663	rs10746421	A	C	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=70;NR=13;PP=2048;SC=CACAGAGGAGACCTGCTTGCA;SOR=3.126;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=71;TCR=13;TR=83;WE=209784671;WS=209784653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	209784927	rs2076230	G	T	5476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=114;PP=2965;SC=GGGTGGGAAAGCTGTTCTGGG;SOR=1.256;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=75;TCR=114;TR=189;WE=209784935;WS=209784917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	209785011	rs2076226	G	C	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=37;PP=1607;SC=TTGGAGCTCCGTGTACCCTCT;SOR=1.355;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=58;WE=209785019;WS=209785001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	209785957	rs2272879	T	G	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=2;PP=591;SC=CAGAAGGAAGTGTAGGGGGGC;SOR=3.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=23;WE=209785965;WS=209785947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	209786078	rs2272880	G	A	4143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	209788703	rs1049607	T	C	6400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=127;PP=2965;SC=TCAGGTCCGCTGAGCGCAGCA;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=99;TCR=128;TR=226;WE=209788711;WS=209788693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr1	209792015	rs5780528	A	AC	7343.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=85;PP=2967;SC=CTGGAAGACAACACGCATTTG;SOR=1.184;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=7;TCR=89;TR=92;WE=209792023;WS=209792005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	209795909	rs3179860	T	C	2819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=28;PP=1792;SC=CCTGCTGGATTAGGAGCCGTG;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=65;TCR=28;TR=92;WE=209795917;WS=209795899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	209796329	rs12748250	T	A	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	209799253	rs2179402	A	G	5512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	209804095	rs4844863	G	A	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=47;PP=1279;SC=GAGGGGGACCGTCAGCCATCA;SOR=1.550;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=72;WE=209804103;WS=209804085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	209811829	rs2076355	A	T	2278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=30;PP=1328;SC=CATCCGTCTTATCCTGTGGAG;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=80;WE=209811837;WS=209811819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	209812063	rs2076357	T	C	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=16;PP=443;SC=CGTCCTGAGATCCCAGCATAT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=209812071;WS=209812053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	209823354	rs2228339	G	A	8554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=139;NR=154;PP=2965;SC=TCAGTCCACAGGTAGATGAAG;SOR=0.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=294;TCF=140;TCR=154;TR=293;WE=209823362;WS=209823344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr1	209849002	rs3817870	T	C	5128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	209849399	rs3830766	AG	A	3957.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=39;PP=2100;SC=ACAGACCGAGAGAGGAATGGA;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=45;WE=209849414;WS=209849389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	209849406	rs1473683	T	G	3865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=39;PP=1293;SC=GAGAGAGGAATGGAGAGACAG;SOR=1.090;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=73;WE=209849414;WS=209849389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	209880216	rs72215241	C	CA	8708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=88;PP=2936;SC=TTGGGGTCACCAAGAGCTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=157;TCF=64;TCR=93;TR=150;WE=209880224;WS=209880206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr1	209880259	rs12086634	T	G	10280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=173;NR=146;PP=2965;SC=CAACCCCAGATGATTTCTTAA;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=320;TCF=173;TCR=147;TR=319;WE=209880267;WS=209880249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr1	209880508	rs58182526	GA	G	1034.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;MQRankSum=0.283;QD=18.48;ReadPosRankSum=1.632;SOR=2.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,55:0.98:56
chr1	209905734	rs932335	G	C	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=23;PP=1898;SC=CTGTAAGAAGGTGAAATGGGC;SOR=1.808;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=67;TCR=23;TR=89;WE=209905742;WS=209905724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	209933331	rs6685077	A	G	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=11;PP=489;SC=TGGCAGATCCAGGCATCTATT;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=209933339;WS=209933328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	209933540	rs2076150	A	G	7338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=141;NR=96;PP=2965;SC=TGAGGATCCAACAGAGAGAGC;SOR=0.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=141;TCR=96;TR=237;WE=209933548;WS=209933530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	209933757	rs6696463	G	C	5878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=100;PP=2965;SC=ACATACTGCTGTGTGCTCTGG;SOR=1.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=88;TCR=100;TR=188;WE=209933765;WS=209933747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	209935778	rs10489342	A	G	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=84;NR=33;PP=2399;SC=CATGATGGTTAGTTCTTCCTT;SOR=1.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=84;TCR=33;TR=117;WE=209935786;WS=209935768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	209936060	rs2076152	A	G	4949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.42;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	209936064	rs113990173	T	C	4784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.57;SOR=2.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	209936074	.	C	CTTAGTAACTAGCTGTTACTAAGAGAAAGGAAGCTTTCCTTTGAATATGGAAGGAACCTTATGGATTATCTAT	3915.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.07;SOR=2.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	209936466	rs7548219	A	G	6208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=115;PP=2965;SC=TGAAGGGGTCAAATCAGAAAG;SOR=1.169;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=90;TCR=115;TR=205;WE=209936474;WS=209936456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	209936571	rs6540555	A	G	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=48;PP=1323;SC=GAGCATAGACATGGGGACTAA;SOR=1.450;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=76;WE=209936579;WS=209936561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	209936631	rs6540556	G	A	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=20;PP=691;SC=ACACAAGCCAGCCCAGGCTCT;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=209936639;WS=209936621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	209936914	rs17015169	C	T	6808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=107;PP=2965;SC=TGATTCAGGCCTCTGACAGCT;SOR=0.956;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=91;TCR=107;TR=198;WE=209936922;WS=209936904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr1	209936964	rs34406510	T	TCA	6897.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=71;PP=2930;SC=TGAACAAAGCTTGGGCTTCTA;SOR=1.164;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=86;TCF=10;TCR=76;TR=81;WE=209936972;WS=209936954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	209948711	rs17015183	A	C	5185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=113;NR=68;PP=2965;SC=CCCCTTGGGGAATGAAAAAAG;SOR=1.064;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=113;TCR=68;TR=181;WE=209948719;WS=209948701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	209950760	rs669694	C	G	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.08;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	209950848	rs41305104	G	A	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=17;NR=13;PP=455;SC=CTTCTCCTTGGAGGCCTTGAG;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=209950856;WS=209950838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	209956542	rs7550857	C	A	4943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=96;NR=64;PP=2923;SC=GCAGCCCCTGCAAATGTGTGA;SOR=0.935;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=96;TCR=64;TR=160;WE=209956550;WS=209956532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	209963803	rs2235373	G	A	3946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=48;PP=2290;SC=CTTCCAGAGAGTGATTCCCAC;SOR=1.171;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=88;TCR=48;TR=136;WE=209963811;WS=209963793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	209965587	rs2235375	G	C	3781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	209968684	rs2013162	C	A	7433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=127;PP=2965;SC=CATGGTGCTGCGACTGATCCA;SOR=0.766;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=127;TCR=127;TR=254;WE=209968692;WS=209968674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr1	209969902	rs7552506	G	C	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.99;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	210001586	rs616227	A	G	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=31;PP=1067;SC=CTGGTCTCCCAGATAGTGCTG;SOR=1.054;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=58;WE=210001594;WS=210001576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	210003402	rs599649	T	C	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.01;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	210004199	rs585627	C	G	3872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.89;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	210004332	rs61747285	G	A	4276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	210006437	rs655712	GC	AT	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=2;PP=1124;SC=ATCAATGAACGCTATTGTTGG;SOR=3.841;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=24;WE=210006446;WS=210006427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	210006603	rs656566	C	T	7873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=26.25;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr1	210008367	rs685248	C	G	3299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=21;PP=2392;SC=GGGAAGACCACAAAACCCCTC;SOR=2.628;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=81;TCR=21;TR=101;WE=210008375;WS=210008357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	210008673	rs686582	T	G	3611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=85;PP=2385;SC=TGGGGCACAGTTGTAGCTAGA;SOR=2.009;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=32;TCR=85;TR=117;WE=210008681;WS=210008663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	210012102	rs1962735	A	G	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=14;PP=1283;SC=TGTTGAGCCAAGCCCTGCGCA;SOR=2.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=55;WE=210012110;WS=210012092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	210015568	rs10570454	GCT	G	6343.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=43;PP=2967;SC=ACATGTAAATGCTCTCAGTCA;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=70;WE=210015577;WS=210015558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	210016709	rs1415543	A	T	4718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=29;PP=2965;SC=TTAACACGAGATTGTAATTTG;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=123;TCR=30;TR=152;WE=210016717;WS=210016699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	210017083	rs1073150	G	A	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=50;PP=1418;SC=CTGAAGGGGAGGTGCAGGACA;SOR=2.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=62;WE=210017091;WS=210017073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	210111733	rs12025114	G	A	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.17;SOR=2.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	210406940	rs624270	T	C	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=13;PP=1324;SC=GCAGCAGAGCTGCGCTGCGGG;SOR=2.472;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=65;WE=210406948;WS=210406930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	210407031	rs624706	G	T	7697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.83;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=0.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,297:1.00:298
chr1	210407337	.	T	A	463.88	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.693;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,35:0.83:42
chr1	210407338	rs200920236	T	A	463.88	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.710;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,35:0.83:42
chr1	210407339	rs34824193	T	A	2029.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=41.42;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	210411266	.	G	GT	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=0.246;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,22:0.24:90
chr1	210414871	rs67121079	G	GT	282.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.31;ReadPosRankSum=0.829;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr1	210502580	rs10863819	A	G	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.14;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	210536078	rs2294848	C	G	6519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=141;NR=78;PP=2965;SC=CGTGCCTGCACCTTAGTCCAC;SOR=1.198;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=141;TCR=79;TR=219;WE=210536086;WS=210536068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr1	210577873	rs2066721	G	C	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=24;PP=1397;SC=TTCGCTGCCTGTACTACACCA;SOR=1.264;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=73;WE=210577892;WS=210577863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	210577884	rs2294851	G	A	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=53;NR=28;PP=1370;SC=TACTACACCAGCTTCAGCCTG;SOR=1.166;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=53;TCR=28;TR=81;WE=210577892;WS=210577863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	210591742	rs3215542	TG	T	3589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=79;PP=2595;SC=GGAGCTGGAGTGGGGGGTGAG;SOR=2.262;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=92;TCF=3;TCR=89;TR=81;WE=210591750;WS=210591732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	210686570	rs4545340	A	G	2313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=46;PP=1375;SC=ACATTGAATAACATGTCTATT;SOR=1.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=82;WE=210686578;WS=210686560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	210761462	rs4297293	G	C	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=58;PP=1733;SC=GATCCTTGCTGCTGTGTTAGG;SOR=2.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=19;TCR=58;TR=77;WE=210761470;WS=210761452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	210856585	rs3135473	G	T	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=59;NR=27;PP=1602;SC=GGCAGGGTTGGAGGTATCTGT;SOR=1.559;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=86;WE=210856593;WS=210856575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	210856604	rs34689382	T	G	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=35;PP=1917;SC=GTCTCTGACTTTTTTTTTAAA;SOR=1.397;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=72;TCR=35;TR=107;WE=210856612;WS=210856594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	210857457	rs1135317	A	G	3589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=80;PP=2373;SC=CACGTTTCACATCGCTGATCT;SOR=1.437;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=44;TCR=81;TR=124;WE=210857465;WS=210857447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	210970823	rs142798110	T	TG	7956.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=48;PP=2936;SC=CAGATACCTTTGCCCATCCAG;SOR=1.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=54;TCR=51;TR=99;WE=210970831;WS=210970813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	211280724	rs111658240	TA	T	3722.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=3.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.848;QD=11.42;ReadPosRankSum=0.646;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,267:0.82:326
chr1	211444596	.	A	T	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=2.585;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,66:0.35:190
chr1	211447435	rs5780634	CT	C	215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=197;SC=GTGCCTTTGGCTTTTTTTTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=211447443;WS=211447433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	211447625	rs11580084	G	A	4745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	211452529	rs10708960	TA	T	377.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	211452678	rs3767377	G	A	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	211452728	rs3767378	G	A	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=25;PP=711;SC=ACAGTACTTCGTATTAAGAAA;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=211452736;WS=211452718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	211527609	rs7530570	C	A	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=5;PP=501;SC=TACAGGAGGCCCCTTCTGGGT;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=211527617;WS=211527599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	211545442	rs10717294	CT	C	303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.04;MQRankSum=1.089;QD=10.12;ReadPosRankSum=1.118;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr1	211840278	rs1542140	T	C	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.36;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	211846876	rs701929	A	G	4957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=102;NR=70;PP=2668;SC=AACTCGTGTCATGGTTTAATA;SOR=0.881;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=102;TCR=70;TR=172;WE=211846884;WS=211846866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	212217944	.	G	GA	239.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.781;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr1	212236157	rs4951436	G	T	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=21;PP=1443;SC=TCTACAAAATGTAAACTGAAA;SOR=1.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=74;WE=212236165;WS=212236147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	212240063	rs3738449	G	A	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=12;PP=1527;SC=AGTCAGTCTGGGGAGAAAAGT;SOR=2.425;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=55;TCR=12;TR=67;WE=212240071;WS=212240053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	212241714	rs201294353	TA	T	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=1.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.836;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.039;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,35:0.24:143
chr1	212241848	rs2248191	T	C	2641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=39;PP=1680;SC=CTGATGATGATTCTTATGAAA;SOR=0.737;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=83;WE=212241856;WS=212241838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	212251103	rs6658972	A	G	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=12;PP=368;SC=ATCTGAAGATATATATGCTGT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=212251111;WS=212251093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	212251367	rs5780675	GT	G	1463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.612;NF=34;NR=16;PP=872;ReadPosRankSum=0.836;SC=GAAATCTGTTGTTTTTTTTTT;SOR=0.933;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=50;WE=212251375;WS=212251357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,76:0.94:81
chr1	212273639	rs3135474	C	T	7309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=143;NR=119;PP=2965;SC=GCCCCCAGGGCAAAGTGCAAT;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=263;TCF=143;TCR=120;TR=262;WE=212273647;WS=212273629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr1	212274413	rs6540718	A	C	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.35;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	212521639	rs701908	T	G	8938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=190;NR=110;PP=2965;SC=GATTGAAGCATAGCACTGTTC;SOR=1.232;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=191;TCR=111;TR=300;WE=212521647;WS=212521629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr1	212526288	rs792442	C	T	7764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr1	212530192	rs792439	T	C	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NF=17;SC=ATTTTTTTGCTTATTGTATAC;SOR=1.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TCF=17;WE=212530200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	212538771	.	CTTTT	C	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.624;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr1	212560327	rs792449	A	G	7918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=129;NR=147;PP=2965;SC=GGTAGACCAGAAAGACGGCCA;SOR=0.837;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=277;TCF=130;TCR=147;TR=276;WE=212560335;WS=212560317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr1	212617860	.	CGTGTGT	C,CGT	864.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.33;QD=39.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,9,13:0.41,0.59:22
chr1	212788206	rs11119988	G	A	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=4;PP=563;SC=TTAAGATGAGGATGGCATGAA;SOR=2.753;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=27;WE=212788214;WS=212788203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	212791288	rs3839030	CGT	C	516.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.80;ReadPosRankSum=-0.363;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,18:0.90:20
chr1	212798977	rs3122712	A	G	5931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=111;NR=90;PP=2965;SC=AAACCCACTAATGTGCTCAAT;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=111;TCR=90;TR=201;WE=212798985;WS=212798967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	212799870	rs3122713	A	G	8322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=156;NR=129;PP=2965;SC=CAGAGATGTGAACGTCATGGC;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=286;TCF=156;TCR=130;TR=285;WE=212799878;WS=212799860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr1	212900434	rs3835160	C	CG	759.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=2;PP=624;SC=CTTCATCTTGCCAGTTCACCA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=212900442;WS=212900424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	212900487	rs2244935	A	G	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=23;PP=1049;SC=TTCTCTCCTAAACTGCCCCTA;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=60;WE=212900495;WS=212900477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	212911836	rs15702	T	C	6217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=126;NR=86;PP=2965;SC=TTCAGTACCATGTCAGAGGTT;SOR=1.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=126;TCR=86;TR=212;WE=212911844;WS=212911826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	212912108	rs67229635	ATT	A	582.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.65;ReadPosRankSum=0.221;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
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chr1	212939491	rs10863991	C	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.06;QD=25.99;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	212955454	rs11120026	G	A	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	212969842	rs11421046	C	CT	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.822;QD=8.25;ReadPosRankSum=1.002;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr1	212970375	rs1284800	A	G	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.97;NF=78;NR=24;PP=2193;SC=ACCATGCCCGACCTCTACTTA;SOR=1.928;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=103;TCF=78;TCR=25;TR=102;WE=212970383;WS=212970365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	212985466	rs12130945	C	T	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	213003372	rs12133194	A	T	170.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=4;PP=72;SC=TTTGAAAGTAACTAAAAAACT;SOR=2.833;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=7;WE=213003380;WS=213003363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	213009178	rs369495200	CA	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,15:0.25:59
chr1	213009469	rs10864004	A	G	4372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=91;PP=2644;SC=CATTATTTCAATGGTTCTGTT;SOR=1.373;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=55;TCR=91;TR=146;WE=213009477;WS=213009459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	213031709	rs2201603	C	T	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	213031948	rs11120047	G	C	3868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=34;PP=2509;SC=GGTGAATGGGGCCCCCCGGGA;SOR=1.574;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=84;TCR=34;TR=118;WE=213031956;WS=213031937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	213032568	rs12023052	T	A	3351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	213036924	rs3086478	C	CAAAA	978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;MQRankSum=0.408;QD=39.15;ReadPosRankSum=-0.347;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr1	213056819	rs2644547	A	G	4365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	213056892	rs12125982	A	G	3045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	213058852	rs7536716	T	A	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=24;PP=700;SC=AAGATACGGATTCTAAACACT;SOR=2.226;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=213058860;WS=213058842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	213062017	rs112024320	T	TTTG	3380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=48;PP=2494;SC=CATGGTTTTATTTGTTGTTGT;SOR=2.272;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=75;TCF=2;TCR=73;TR=50;WE=213062025;WS=213062007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	213068192	rs2792558	T	C	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=3;PP=757;SC=TATTATTTTTTAGGCTGTTGG;SOR=3.545;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=213068200;WS=213068182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	213068233	rs12408694	C	T	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=14;PP=1144;SC=CACTACAGTGCATTAAATTTG;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=64;WE=213068241;WS=213068223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	213068595	rs3207090	C	T	7302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr1	213124871	rs3123305	G	A	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=33;PP=1627;SC=CTCGCTCCCCGCCCAGGCCCC;SOR=0.876;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=90;TCF=55;TCR=35;TR=83;WE=213124879;WS=213124861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	213134407	rs71634696	G	T	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=7;PP=549;SC=GCTCTCAGGAGCACCTCTCTC;SOR=1.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=213134415;WS=213134397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	213139748	rs3738805	T	G	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=61;PP=1829;SC=CAATGGGGCTTGTTGTGCCTT;SOR=1.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=95;WE=213139756;WS=213139738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	213140362	rs10779597	G	A	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=26;NR=12;PP=708;SC=GTTGAGATTAGAGGCAGGAGC;SOR=1.501;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=38;WE=213140370;WS=213140352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	213140398	rs10779598	A	C	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=24;PP=1159;SC=GCCAGGGAAAATTCTAAGAGT;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=65;WE=213140406;WS=213140388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	213146944	rs7511930	A	G	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=21;PP=580;SC=CTGGTTTCTGAGGCAATAGAG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=213146952;WS=213146934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	213173457	rs3738806	C	T	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=8;PP=819;SC=GAAACTGAACCTCAGAGATGT;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=213173465;WS=213173447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	213178340	rs11120076	G	A	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=14;PP=1075;SC=GAGCAACTATGTCCACTCCCT;SOR=1.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=55;WE=213178348;WS=213178330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	213180441	rs71147054	G	GA	436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.700;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,34:0.76:45
chr1	213224719	rs4951476	T	C	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.26;ReadPosRankSum=0.619;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,82:0.98:84
chr1	213405414	rs11271079	GGCAACTGAGGAT	G	3649.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=21;PP=2937;SC=AGGCTCCAAAGGCAACTGAGG;SOR=1.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=42;WE=213405433;WS=213405404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	214478459	rs6540819	G	A	6746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	214492091	.	G	GT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.887;QD=0.99;ReadPosRankSum=-1.002;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
chr1	214492286	rs1134647	G	A	8107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr1	214503489	rs2291830	T	G	8591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.34;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,338:1.00:339
chr1	214504604	rs2270704	T	C	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=44;PP=1390;SC=GTTGTATGATTTTATTTCCCC;SOR=2.062;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=65;WE=214504612;WS=214504594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	214505640	rs35345210	A	G	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=22;PP=616;SC=TGCCTAGCGCAGCTGCCTCTT;SOR=1.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=214505648;WS=214505630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	214531239	rs2291831	C	T	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.94;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	214542668	rs3002311	T	C	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=3;PP=615;SC=AAGGAATATATATTTCAATAT;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=214542676;WS=214542658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	214542819	rs1135352	T	C	9103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr1	214551276	rs3013451	G	A	3428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=32;PP=2148;SC=CAGAGAATGAGTCACATTGAC;SOR=1.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=81;TCR=32;TR=113;WE=214551284;WS=214551266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	214558228	rs3013446	A	G	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=15;PP=446;SC=ATTTAAACAAATCATAAAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=214558236;WS=214558218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	214564177	rs12748350	C	T	8210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr1	214564191	rs12729692	A	C	10691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr1	214564340	rs7550799	T	C	11107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=216;PP=2965;ReadPosRankSum=0.297;SC=CCAGAGAGGATCGGCTCCAGG;SOR=0.346;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=402;TCF=185;TCR=217;TR=401;WE=214564348;WS=214564330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,421:1.00:422
chr1	214566845	rs7355212	A	G	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=5;PP=536;SC=TTCTCTCTCTAGGCATATGCA;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=214566853;WS=214566835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	214566952	rs4655342	A	G	3142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=39;PP=2028;SC=AAGAGTGAATAGGAAAAGAGA;SOR=1.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=69;TCR=39;TR=108;WE=214566960;WS=214566942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	214567013	rs11322819	CG	C	4716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=60;PP=2379;SC=GCCATCAAGTCGGGGGGGATT;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=25;TCR=62;TR=84;WE=214567021;WS=214567003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	214571251	rs11580603	A	C	11263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.50;ReadPosRankSum=-0.648;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,424:1.00:425
chr1	214576354	rs55788513	T	C	5088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=88;PP=2965;SC=GCTATTTTGCTTGCAAATCTT;SOR=0.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=86;TCR=88;TR=174;WE=214576362;WS=214576344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	214638172	rs10864100	C	T	9383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=185;PP=2965;SC=GGACGCCGCCCGCCTATCCTG;SOR=1.271;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=309;TCF=124;TCR=185;TR=309;WE=214638180;WS=214638162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr1	214779147	rs111648472	T	C	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=10;PP=327;SC=GGGGCAGCGCTCGTAGAGCGC;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=214779155;WS=214779137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	214792673	rs79890895	G	T	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.55;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	214811244	rs2070065	C	G	5863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=109;NR=88;PP=2965;SC=TTAAGAGTCACTCTGAGCAAA;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=109;TCR=88;TR=197;WE=214811252;WS=214811234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	214814059	rs61732042	T	G	7006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.315;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=1.117;SC=CAGCCTGCCATGCATCATTCC;SOR=0.458;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=238;TCF=114;TCR=124;TR=237;WE=214814067;WS=214814049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,250:1.00:251
chr1	214815492	rs62000407	A	G	9190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.87;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr1	214816224	rs2666839	G	A	6960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=130;NR=106;PP=2965;SC=TTTAGAAGGGGCTGTTTCAGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=130;TCR=107;TR=236;WE=214816232;WS=214816214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	214818223	rs3748693	T	A	5015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=82;PP=2850;ReadPosRankSum=0.979;SC=AAGATATCCATAATCTTCAAC;SOR=0.283;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=170;TCF=87;TCR=83;TR=169;WE=214818231;WS=214818213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,191:0.99:192
chr1	214821220	rs10494982	A	G	9103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr1	214825289	rs111668550	C	CTT	3018.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=2.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.34;ReadPosRankSum=0.742;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,115:0.93:124
chr1	214826810	rs11303309	CT	C	3243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=1.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.133;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.188;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,245:0.80:307
chr1	214828812	rs435043	A	G	4054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=86;PP=2537;SC=AACATATGGTATGCGTGCATA;SOR=1.457;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=50;TCR=86;TR=136;WE=214828820;WS=214828802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	214830617	rs438034	A	G	9456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=168;NR=156;PP=2965;SC=GGAGAATGGTAGAGGACCAAC;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=324;TCF=168;TCR=156;TR=324;WE=214830625;WS=214830607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr1	214837110	rs7289	C	G	4712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=108;PP=2965;SC=TGGAGTCCAACGGCAGTGAGA;SOR=1.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=47;TCR=108;TR=155;WE=214837118;WS=214837100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	215240236	rs61818293	A	G	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=28;PP=767;SC=TACATTTTCAATAAAAAAATA;SOR=2.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=215240244;WS=215240226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	215256780	.	A	AC	1289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=25;PP=787;SC=AGGAGGTGAGACCCCCCCTCC;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=26;WE=215256788;WS=215256770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	215342615	rs41283140	C	T	10606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr1	215345263	rs3834061	GTCTCTC	G	2145.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.80;QD=42.07;SOR=2.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	215741053	rs2275768	T	G	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	215753355	rs11803705	T	G	6719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=134;PP=2965;SC=AGTGTATAATTAATAATGCTT;SOR=1.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=101;TCR=134;TR=235;WE=215753363;WS=215753345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr1	215781574	rs3767255	A	G	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=40;PP=1082;SC=GAAGAAGCATATCAACTAATA;SOR=2.080;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=55;WE=215781582;WS=215781564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	215814186	rs66968954	CA	C	236.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.15;ReadPosRankSum=-0.134;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr1	215848641	rs2797235	T	C	16437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=286;NR=291;PP=2965;SC=CGGCCTGGATTGTCTGATTTC;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=580;TCF=287;TCR=293;TR=577;WE=215848649;WS=215848631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,626:1.00:626
chr1	215853748	rs5780842	GT	G	1628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5289;FS=4.363;HP=14;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.755;NF=1;NR=70;PP=813;ReadPosRankSum=1.520;SC=TTAAGTTGTTGTTTTTTTTTT;SOR=1.199;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=96;TCF=3;TCR=93;TR=71;WE=215853757;WS=215853738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,105:0.80:132
chr1	215901492	rs2820718	C	T	4408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	215916683	rs140003076	AAG	A	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=-0.612;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,12:0.14:87
chr1	215916713	.	C	CATATAT	1081.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=40.06;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	215916750	.	G	GTATATATA	354.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.72;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,17:0.94:18
chr1	215916756	.	G	GTCTATA	724.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.26;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	215916758	rs377724243	G	A	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.98;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	216173953	.	TGAG	T	4823.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=57;PP=1831;SC=TACTTCTTATTGAGGAGATTT;SOR=1.524;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=1;TCR=59;TR=58;WE=216173963;WS=216173942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	216219781	rs6657250	A	G	5768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.150;SC=ACCTGTGACTATGTAGTTCTC;SOR=1.075;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=121;TCR=77;TR=197;WE=216219789;WS=216219771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,213:0.99:215
chr1	216246675	rs35944387	AG	A	2408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=43;PP=1919;SC=TATCGCATAAAGGGCTTGAGT;SOR=1.257;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=47;WE=216246683;WS=216246665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	216258194	rs56110889	G	T	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=79;PP=2557;SC=CCTTGAGACAGCCCACAAAAC;SOR=1.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=60;TCR=79;TR=139;WE=216258202;WS=216258184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	216370108	rs447102	C	T	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=52;PP=1420;SC=CAATGAATGTCGTCCCTATAT;SOR=2.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=12;TCR=52;TR=64;WE=216370116;WS=216370098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	216370130	rs386851	T	G	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=43;PP=1208;SC=TTTTTAAATTTAATTCACACA;SOR=4.091;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=48;WE=216370138;WS=216370120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	216371934	rs646094	A	C	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=61;PP=1849;SC=TTCCTAGAGAAATTAAATAGT;SOR=2.891;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=15;TCR=61;TR=76;WE=216371942;WS=216371924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	216373476	.	G	GA	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.122;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,21:0.23:93
chr1	216495191	rs7515253	T	G	4206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=30;PP=2696;SC=CTACTATTTTTTTTTTAGATT;SOR=2.039;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=97;TCR=30;TR=127;WE=216495199;WS=216495181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	216495400	rs2089947	A	G	6944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=138;PP=2965;SC=TATATGCATTATGTGAATTTA;SOR=1.136;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=102;TCR=138;TR=240;WE=216495408;WS=216495390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr1	216496947	rs1805050	G	A	9852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=170;NR=172;PP=2965;SC=GAAGAGATGGGGTATTATAGA;SOR=0.860;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=342;TCF=170;TCR=172;TR=342;WE=216496955;WS=216496937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr1	216500830	rs1339963	G	C	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=31;PP=1808;SC=TTGCCAAATGGTATAAAGATA;SOR=1.562;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=63;TCR=31;TR=94;WE=216500838;WS=216500820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	216880662	rs11572672	G	A	11904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=239;NR=185;PP=2965;SC=TGGCAACTTTGGTGATCAAGT;SOR=0.969;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=424;TCF=239;TCR=185;TR=424;WE=216880670;WS=216880652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,456:1.00:456
chr1	218458551	rs946213	T	C	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=6;PP=588;SC=CCCGGAACTCTGGGCTAGACG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=218458565;WS=218458541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	218458557	rs3831934	AG	A	1217.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=5;PP=1004;SC=ACTCTGGGCTAGACGACCCCG;SOR=2.147;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=218458565;WS=218458541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	218478490	.	T	TA	2692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=48;PP=1743;SC=TTTTGCCCTTTAAAAAATAAG;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=5;TCR=60;TR=52;WE=218478498;WS=218478480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	218519928	rs113711540	A	AAAAC	1246.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=1;PP=981;SC=TTTCGCATCAAAAACAACAAC;SOR=4.255;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=19;WE=218519936;WS=218519918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	218578726	rs142802402	ACT	A	258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.176;QD=2.97;ReadPosRankSum=-1.794;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,18:0.21:87
chr1	218610662	rs11285412	CT	C	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=1.478;QD=5.41;ReadPosRankSum=1.707;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr1	219366400	rs35359058	T	TG	380.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=5.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.28;ReadPosRankSum=-1.532;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr1	219383848	rs5781096	A	ACTTTTT	2076.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=14;PP=1211;SC=TATGTATTCTACTTTTAAGTA;SOR=1.132;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=19;WE=219383856;WS=219383838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	219383867	rs940571	T	C	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=19;PP=900;SC=TATGTTTTTGTTTTTAGGAGG;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=47;WE=219383875;WS=219383857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	219383905	rs940570	A	G	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=26;PP=1076;SC=GCATGGCAATACATTTAGCAT;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=61;WE=219383913;WS=219383895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	219706428	rs10746385	T	C	18380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=361;NR=325;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.249;SC=TGGGTTTTTATGCATAGAAGG;SOR=0.252;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=688;TCF=363;TCR=325;TR=686;WE=219706436;WS=219706418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,719:1.00:720
chr1	219783279	rs79789352	T	A	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=6.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQRankSum=-13.133;QD=2.03;ReadPosRankSum=1.081;SOR=1.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,66:0.19:340
chr1	220101022	.	A	AC	1073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.04;MQRankSum=0.000;QD=39.77;ReadPosRankSum=1.029;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr1	220101029	.	A	AAAC	1300.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.09;QD=40.65;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	220142023	rs1061248	C	T	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=283;SC=AATAATTGTCCTGTGTGACTT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=220142031;WS=220142013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	220142070	rs1061242	C	T	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=1.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	220145371	rs2795315	T	G	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=12;PP=799;SC=ACAATTTACTTAAATATTCTT;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=220145379;WS=220145361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	220145584	rs1982986	C	T	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=26;PP=749;SC=AAAAGACAACCTGGGAGTGAG;SOR=1.225;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=46;WE=220145592;WS=220145574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	220145655	rs1982984	C	T	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=14;PP=388;SC=ATCAGAGTTACCTTATCATTG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=220145663;WS=220145645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	220151808	rs3215088	C	CAA	2469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=8;PP=1775;SC=TGAGAAACCTCGTTTTATAAA;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=35;WE=220151816;WS=220151798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	220153332	rs34917248	T	TAA	4703.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=19;PP=1862;SC=ACTTATTTTTTAAGAGTCTAC;SOR=1.652;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=48;WE=220153340;WS=220153322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	220154246	rs35193743	AT	A	685.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=1.367;HP=12;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.138;NF=4;NR=30;PP=347;ReadPosRankSum=1.032;SC=GAGCTTTTCAATTTTTTTTTT;SOR=0.375;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=34;WE=220154255;WS=220154236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,48:0.80:60
chr1	220154659	.	TAAAA	T,TA	3680.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=1.954;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.254;QD=23.75;ReadPosRankSum=-0.936;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,38,109:0.25,0.70:155
chr1	220156090	rs2647462	T	C	8792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=167;NR=135;PP=2965;SC=GAGCATTCTCTTGCACTCCAA;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=302;TCF=167;TCR=135;TR=302;WE=220156098;WS=220156080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr1	220156427	rs1391566	T	C	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=13;PP=1496;SC=AACTTTTTAATAAAAATGGCT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=57;TCR=13;TR=70;WE=220156435;WS=220156420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	220192192	rs34320023	TA	T	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=2.139;QD=1.33;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr1	220233219	rs41274790	A	G	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=50;PP=1452;SC=GATAAGAAAAACTGCTTGTTT;SOR=2.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=63;WE=220233227;WS=220233209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	220239448	rs1146773	T	C	4765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=93;PP=2917;SC=TTAACTGCTGTTTTTCATTGT;SOR=1.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=67;TCR=93;TR=160;WE=220239456;WS=220239438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	220239565	rs41274794	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=320;SC=GTGCATTACAATGCTTTATAT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=220239573;WS=220239555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	220269439	rs78836180	A	T	1443.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.18;ReadPosRankSum=0.033;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,73:0.87:84
chr1	220291713	rs78379784	C	T	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=10;PP=250;SC=AGATTTGAAACGCTGATGTTT;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=11;WE=220291721;WS=220291703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	220300035	rs2289191	T	C	8137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=178;NR=115;PP=2965;SC=GGTACAGTATTTGTTGTCTAT;SOR=1.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=294;TCF=178;TCR=116;TR=293;WE=220300043;WS=220300025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr1	220310347	rs74902866	A	C	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=32;PP=1022;SC=TGTAAAAATAAAAACTATCTT;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=220310355;WS=220310337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	220319007	rs75519000	A	G	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=62;PP=1808;SC=TAAGAAGGAGATGAAAGTAAC;SOR=1.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=41;TCR=62;TR=103;WE=220319015;WS=220318997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	220330672	rs11547779	C	T	5666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr1	220331205	rs2289189	C	G	7780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=0.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	220331298	rs3767655	C	G	5329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=100;PP=2965;SC=AACCAGGATACAATACACTGG;SOR=1.018;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=77;TCR=100;TR=177;WE=220331306;WS=220331288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	220332552	rs2789792	C	T	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=608;SC=TAAATTAAAACTGGCCATAGT;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=220332560;WS=220332542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	220332876	rs2808026	G	A	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=6;PP=200;SC=GGCGCTATAAGTAAATGTGAC;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=220332884;WS=220332866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	220345878	rs41303055	A	G	2806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=27;PP=1798;SC=TGTTTTGTACACTACAGACTC;SOR=1.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=75;TCR=27;TR=102;WE=220345886;WS=220345868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	220355433	rs11343960	CT	C	1115.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=5;PP=1178;SC=AATAATATTACTTCTATTAAA;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=29;WE=220355441;WS=220355423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	220362857	rs58019188	ATT	A	96.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
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chr1	220427839	rs146145094	G	A	3738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=81;PP=2486;SC=TAGTGCCAGCGATTATGAAGT;SOR=1.557;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=43;TCR=81;TR=124;WE=220427847;WS=220427829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	220445488	rs2292418	C	T	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=15;PP=1067;SC=AGGCGCAGAGCGAGTAGGAGA;SOR=1.649;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=56;WE=220445496;WS=220445478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	220603310	rs10553491	TGTGAGA	TGA,T	1298.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.717;NF=25,26;NR=41,41;PP=205,1697;ReadPosRankSum=-1.797;SC=TGTGTGTGTGTGTGAGAGAGA;SOR=0.864;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=66,67;WE=220603325;WS=220603298;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.75:85
chr1	220603516	rs34808456	G	A	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=73;PP=2004;SC=GTTGAGTGTGGTTATTGGGAA;SOR=1.652;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=113;TCF=38;TCR=75;TR=111;WE=220603524;WS=220603506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	220607685	rs1361256	G	A	5077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	220607891	rs1338767	A	G	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.45;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	220771740	rs5781180	T	TTA	104	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	220789236	rs2786599	C	T	2438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=32;PP=1390;SC=GGGAAAATTGCGTTTTTTTAA;SOR=0.953;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=83;WE=220789244;WS=220789226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	220789355	rs369680057	AT	A	818.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.130;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=32;PP=565;ReadPosRankSum=-0.913;SC=TCTGAGTGTAATTTTTTTAAA;SOR=1.464;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=36;WE=220789370;WS=220789345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,52:0.93:56
chr1	220789362	rs12137627	T	A	934.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.40;ReadPosRankSum=1.139;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,48:0.84:57
chr1	220808666	rs71794752	CT	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.727;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr1	220809027	rs190988777	T	C	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=15;PP=542;SC=TTGCAGGGACTGACCTGATTT;SOR=1.143;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=220809035;WS=220809017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	220921945	rs337188	G	C	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.36;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	220927771	rs41314538	C	T	5005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=95;PP=2922;SC=CCCCGCATGCCGCGGCAAGTT;SOR=1.124;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=70;TCR=95;TR=165;WE=220927779;WS=220927761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	220935081	rs2275575	G	A	4966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	220970028	rs2642438	A	G	9154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=184;NR=148;PP=2965;SC=TGGCGAGGCCACCGCCCAGTG;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=333;TCF=184;TCR=149;TR=332;WE=220970036;WS=220970018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr1	220986516	rs12144830	C	G	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=9;PP=979;SC=TGAGCTTTGACGGGATGGTGC;SOR=2.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=220986524;WS=220986506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	221507141	rs7555947	C	T	2380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=21;PP=1503;SC=TGTGAACATACTTTCATAGGC;SOR=1.954;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=80;WE=221507149;WS=221507131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	221912361	rs1141714	T	C	4257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=63;PP=2814;SC=CTCGGCTTGGTTCATTGGTAT;SOR=0.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=82;TCR=63;TR=145;WE=221912369;WS=221912351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	221912808	rs1136448	T	C	6286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=95;PP=2965;SC=TGGCTTGGGTTTGGGCCTGAT;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=213;TCF=118;TCR=95;TR=213;WE=221912816;WS=221912798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	222697088	rs3748662	G	A	8087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=135;NR=139;PP=2965;SC=AGATGCAACCGGAAAATCAAG;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=274;TCF=135;TCR=139;TR=274;WE=222697096;WS=222697078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr1	222700416	rs1487523	C	T	7883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr1	222705270	rs4846373	T	C	3950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	222705546	rs17163175	G	A	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=30;PP=900;SC=TGAGTACTAGGACTGAGTCCC;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=222705554;WS=222705536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	222713503	rs3748664	C	G	11648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=189;NR=225;PP=2965;SC=GGCCCTGGCGCGTGATGGGGT;SOR=0.903;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=415;TCF=190;TCR=225;TR=414;WE=222713511;WS=222713493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr1	222713631	rs3748666	G	C	4920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=94;PP=2965;SC=CGCTTGCCATGTGAGCCTGCC;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=61;TCR=94;TR=155;WE=222713639;WS=222713621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	222713750	rs3828079	G	A	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=20;PP=516;SC=GGAAGAGATCGCCCAGAAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=222713758;WS=222713740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	222736498	rs11485180	C	T	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=21;PP=1022;SC=TAGTAATAAACACTGTATGTT;SOR=1.196;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=63;WE=222736506;WS=222736488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	222736778	rs11487813	T	G	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=360;SC=AGCCTTCTGGTTAACAGTTTT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=222736786;WS=222736768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	222737265	rs35877231	G	T	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	222737568	rs3008640	C	T	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=490;SC=TAATATGCTCCCTTTAAATTT;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=222737576;WS=222737558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	222750744	rs3008644	C	T	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=0;PP=846;SC=TCCCTCTGCCCCTCAGTCTCA;SOR=7.328;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=34;WE=222750752;WS=222750736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	222751034	rs2936033	T	C	4554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=99;PP=2965;SC=TAGATAACCATTAGTCAAAAA;SOR=1.639;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=48;TCR=99;TR=147;WE=222751042;WS=222751024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	222791646	rs3008609	C	T	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	222794455	rs2133186	T	A	6184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=128;NR=81;PP=2965;SC=CTGTGAACACTGAATCCTGAT;SOR=1.060;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=128;TCR=81;TR=209;WE=222794463;WS=222794445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	222798106	rs3008617	G	A	4224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	222802006	rs2936053	A	G	6133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=89;PP=2965;SC=GGTACAAGATAAGACAGAATT;SOR=0.795;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=121;TCR=89;TR=210;WE=222802014;WS=222801996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	222802376	rs2936052	A	G	7670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=141;NR=123;PP=2965;SC=AATGGGGCCAAACTGCACACG;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=265;TCF=142;TCR=123;TR=264;WE=222802384;WS=222802366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr1	222802926	rs3008620	C	T	10244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=193;NR=169;PP=2965;SC=TTTTGGATAGCGAAAAAACAA;SOR=0.786;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=364;TCF=195;TCR=169;TR=362;WE=222802934;WS=222802905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr1	222803204	rs2936051	A	G	5734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=84;PP=2965;SC=GAGGACCATGAGAACACAGAG;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=186;TCF=101;TCR=85;TR=185;WE=222803212;WS=222803194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	222805698	rs3008622	T	G	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=49;PP=1500;SC=TTCTACAAAGTGGAGAAATCA;SOR=1.469;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=85;WE=222805706;WS=222805688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	222817670	rs61824281	C	T	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=7;PP=1274;SC=CGGCATAAAGCGAAAGTGCAG;SOR=3.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=50;TCR=7;TR=56;WE=222817678;WS=222817660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	222823738	rs200789891	GT	G	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.246;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr1	222825403	rs3002150	G	A	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=23;PP=791;SC=AAAGCTGACTGTAATTCCTGC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=222825411;WS=222825393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	222825761	rs2936019	G	A	4143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=79;PP=2558;SC=TCTATTTTTAGGGTAATATAT;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=60;TCR=79;TR=139;WE=222825769;WS=222825751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	222833601	rs3002153	T	C	3686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=68;PP=1786;SC=TGGAGCCACCTGTGAGACCTC;SOR=1.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=56;TCR=68;TR=124;WE=222833609;WS=222833591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	222838216	rs2936026	C	T	3485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=63;PP=2081;SC=ATCTATCTCTCTTTTTCAGAT;SOR=1.196;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=51;TCR=63;TR=114;WE=222838224;WS=222838206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	222860734	rs3008638	C	T	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=7;PP=177;SC=GATAGCGCCACTGCATGCCAG;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=222860742;WS=222860724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	222904869	.	G	GT	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.439;ClippingRankSum=0.000;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=1.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=4.186;QD=0.44;ReadPosRankSum=0.288;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,42:0.17:243
chr1	223152868	rs1815607	G	A	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=15;PP=1394;SC=GGTGAATTATGTGGTATATGA;SOR=2.245;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=59;TCR=15;TR=74;WE=223152876;WS=223152858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	223156382	rs2926159	C	T	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	223178561	rs9441941	A	C	17569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=342;NR=292;PP=2965;SC=GTAGCTGCCCAGATGCCTACA;SOR=0.837;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=635;TCF=343;TCR=292;TR=634;WE=223178569;WS=223178551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,665:1.00:665
chr1	223283910	rs7512943	A	G	11227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=224;NR=180;PP=2965;SC=ACATCCTGGAAATCCTCAGGC;SOR=0.779;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=406;TCF=226;TCR=180;TR=404;WE=223283918;WS=223283900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr1	223284528	rs5744174	A	G	5384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=96;NR=91;PP=2965;SC=ACCCCAGAGAACGAGTCAGGG;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=96;TCR=91;TR=187;WE=223284536;WS=223284518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	223397037	rs851149	T	C	4942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=96;PP=2965;SC=AGGCCACCCATACTCCCTCCT;SOR=1.316;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=63;TCR=96;TR=159;WE=223397045;WS=223397027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	223532570	rs1547788	T	C	4512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	223567803	rs10907376	G	A	4622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=68;PP=2692;SC=GAGCAGCGCGGCCTGCGGCGG;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=80;TCR=68;TR=148;WE=223567811;WS=223567793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	223712846	.	T	C	5332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.52;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	223715248	rs36108579	GT	G	2892.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.372;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-5.528;NF=12;NR=48;PP=2541;ReadPosRankSum=0.669;SC=ACAAGATTGAGTTCTTGGCTT;SOR=0.297;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=60;WE=223715256;WS=223715238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,112:0.98:114
chr1	223716349	rs4072246	G	A	5237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=66;PP=2965;SC=GCCACAGAACGTGCATGGTAT;SOR=1.132;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=104;TCR=66;TR=170;WE=223716357;WS=223716339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	223717379	rs61823524	A	C	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=30;PP=1490;SC=CCCTGCCCCAACTTGCACCTT;SOR=1.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=86;WE=223717387;WS=223717369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	223717484	rs34158997	G	A	5182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=99;NR=74;PP=2831;SC=AGTTGATGCCGAGCTTGCTGC;SOR=0.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=99;TCR=75;TR=173;WE=223717492;WS=223717474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	223718462	rs61823525	G	A	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=9;PP=744;SC=TTGTTCCTTCGTGACCAATGT;SOR=1.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=223718470;WS=223718452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	223718518	rs61823552	C	A	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=20;PP=1383;SC=TGTGGTCAGACTACAATGGAC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=69;WE=223718526;WS=223718508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	223718651	rs61823553	G	A	7134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr1	223718670	rs61823554	G	A	7022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr1	223718793	rs72747903	G	C	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=52;PP=1220;SC=CAGAGCAGTGGGGGTGACGGT;SOR=2.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=17;TCR=53;TR=69;WE=223718801;WS=223718783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	223722646	rs34630115	T	TA	674.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=6.042;HP=12;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=275;ReadPosRankSum=0.156;SC=CGGACGAAAGTAAAAAAAAAA;SOR=0.168;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=21;WE=223722654;WS=223722636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,41:0.82:50
chr1	223722780	rs34606532	G	A	5397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.05;NF=100;NR=73;PP=2965;SC=AGTGGGAATCGGATCATTTGA;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=100;TCR=73;TR=173;WE=223722788;WS=223722770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	223728083	rs202073012	A	T	137.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.78;QD=27.58;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	223799857	rs34786756	C	T	3832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	223799871	rs35116708	C	T	4194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	223810318	rs61825177	G	A	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=521;SC=AGCCAGAATCGAAGACTACAG;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=223810326;WS=223810312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	223813586	rs35539373	G	T	4832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=99;PP=2863;SC=GGCTGCACTGGAGACCTGCGT;SOR=1.154;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=73;TCR=99;TR=172;WE=223813594;WS=223813576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	223814671	rs61825208	A	T	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=13;PP=1151;SC=GTGGGGCAGTAGAGAAGCCAT;SOR=2.231;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=54;WE=223814679;WS=223814661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	223815575	rs34187970	G	A	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=10;PP=1638;SC=CTCTCTCTCCGGCTCATGGGG;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=58;TCR=10;TR=68;WE=223815583;WS=223815565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	223816322	rs66602040	A	G	3851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=81;NR=44;PP=2279;SC=AGCCCTAAGAATACGGAAAAC;SOR=1.280;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=81;TCR=44;TR=125;WE=223816330;WS=223816312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	223816347	rs61825210	A	G	5010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=73;PP=2842;SC=ACAAAGGGCCAGAGCAGAGCA;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=105;TCR=73;TR=178;WE=223816355;WS=223816337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	223841836	rs2105405	C	T	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=4;PP=924;SC=GAGGTAGTTCCAGCATTTGGA;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=223841844;WS=223841826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	223841877	rs2105406	C	G	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=28;PP=1905;SC=TTTGGACTCACAGTGAAGAAT;SOR=1.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=63;TCR=28;TR=91;WE=223841885;WS=223841867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	223900408	rs25655	C	G	12249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=235;NR=193;PP=2965;SC=GCTCCCACGACAGGGCCATCA;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=428;TCF=235;TCR=193;TR=428;WE=223900416;WS=223900398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr1	223905532	rs17596	G	A	9971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=169;NR=181;PP=2965;SC=AAGGAGCCCTGGGTAAGTGAT;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=350;TCF=169;TCR=181;TR=350;WE=223905540;WS=223905522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr1	223931648	rs1222137	T	C	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=2;PP=358;SC=CCAAACCCTCTGACCCAACCC;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=223931656;WS=223931638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	223934720	rs17600	G	A	5314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=73;PP=2871;SC=GCTATGAAGCGCTATCAGGGG;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=101;TCR=73;TR=174;WE=223934734;WS=223934710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	223949158	rs6687003	G	A	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	223949314	rs28370127	G	C	8148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=137;NR=144;PP=2965;SC=GGCCAATCTTGAAGAGGTATT;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=137;TCR=144;TR=281;WE=223949322;WS=223949304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr1	223951985	rs737066	C	A	5090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=99;PP=2965;SC=AATCTTTCCCCCTCCATGTCT;SOR=1.026;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=82;TCR=99;TR=181;WE=223951993;WS=223951975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	223959796	rs1153950	G	A	6214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=106;PP=2965;SC=ATGGTGGTCAGTGAAGTCAGT;SOR=0.820;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=208;TCF=102;TCR=106;TR=208;WE=223959804;WS=223959786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	223959959	rs1153949	G	A	3483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.011;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=68;PP=1826;ReadPosRankSum=0.919;SC=AGCAGGCCCCGCCTTGCTTCT;SOR=0.960;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=51;TCR=68;TR=118;WE=223959967;WS=223959949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,135:0.99:136
chr1	223980207	rs1153936	G	C	6067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=99;NR=111;PP=2965;SC=CATCATTGGGGAGGCTTGGGT;SOR=0.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=99;TCR=111;TR=210;WE=223980215;WS=223980197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	223984306	rs28364803	G	GA	162.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=125;ReadPosRankSum=0.100;SC=ATTGGAAAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=8;WE=223984314;WS=223984296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr1	223989966	rs1153933	C	T	6324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=115;PP=2965;SC=GCATAGTAGACGACTGGATAT;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=98;TCR=115;TR=213;WE=223989974;WS=223989956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr1	224008913	rs3738370	G	A	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=12;PP=1158;SC=GGCTGTCAGCGTCTCTCACCA;SOR=2.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=59;WE=224008921;WS=224008903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	224302154	rs3066024	T	TGAG	8226.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=83;PP=2965;SC=GTCTGGGAGATGAGAAGGGAG;SOR=1.292;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=101;TCF=6;TCR=95;TR=89;WE=224302162;WS=224302144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	224318151	rs3065998	T	TTTG	4040.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=19;PP=2220;SC=GTTATTGATTTTTGTTCTTTT;SOR=1.749;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=53;WE=224318159;WS=224318141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	224321984	rs1472167	C	T	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=32;PP=994;SC=TTATGAATTTCTGATTTTAGA;SOR=1.437;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=56;WE=224321992;WS=224321974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	224345012	rs7543762	G	A	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=11;PP=758;SC=CTGGTAGAGAGACATTTTAAG;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=224345020;WS=224345002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	224380234	rs908804	A	G	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=37;PP=1038;SC=ATAAAATGGAATTTTTGCATT;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=50;WE=224380242;WS=224380224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	224415509	rs3767732	A	G	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=30;PP=876;SC=GAGGGTCTTTATAGAGGAGAC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=52;WE=224415517;WS=224415499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	224444628	rs10799556	C	T	15269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,585:1.00:585
chr1	224444901	rs2897055	G	C	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=30;PP=858;SC=AAGAGAAAGTGCATTCACTCA;SOR=3.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=224444909;WS=224444891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	224468986	rs34156240	C	CGT	424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.230;NF=1;NR=9;PP=406;ReadPosRankSum=-2.008;SC=ACTCTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.446;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=10;WE=224468994;WS=224468976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr1	224482216	rs2404783	T	C	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=18;PP=390;SC=TTACAGATTTTGACAGCAACA;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=224482224;WS=224482206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	224492381	rs7522125	C	T	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=16;PP=1171;SC=TAGGCTTTTTCCTCATAACTG;SOR=1.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=55;WE=224492389;WS=224492371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	224492746	rs3754090	C	T	18193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,709:1.00:709
chr1	224495852	rs7534447	C	T	10171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=169;NR=173;PP=2965;SC=TGGAACTTATCCGTGGTGTTG;SOR=0.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=343;TCF=170;TCR=173;TR=342;WE=224495860;WS=224495842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr1	224500881	.	A	AG	109.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,8:0.80:10
chr1	224505570	rs3066969	T	TAA	4683.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=42;PP=2476;SC=GCTCTAACAATAAGACTCACC;SOR=0.955;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=52;WE=224505578;WS=224505560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	224505719	rs4436353	T	G	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=300;SC=AAATAAATTTTCATGAATATT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=224505727;WS=224505709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	224514275	rs4653578	G	A	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=14;PP=353;SC=TAAACTCTTCGTTAATAAAGT;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=18;WE=224514283;WS=224514265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	224517842	rs2896990	C	T	7173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr1	224517907	rs4146965	A	T	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=79;PP=2258;SC=GCCCGCCGCGATCGCCGGGCC;SOR=1.490;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=46;TCR=79;TR=124;WE=224517915;WS=224517897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	224585958	rs7522956	A	C	3312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	224588825	rs7518109	T	A	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	224600910	rs10916612	C	A	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.83;QD=36.36;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	224600920	rs10916613	C	A	3625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;QD=36.26;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	224606249	rs10495219	C	G	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.05;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	224621368	rs2405033	G	C	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=24;PP=1334;SC=TCACCAGCTGGCGGTAAGGGA;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=61;WE=224621376;WS=224621358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	224868596	rs7525096	A	C	9195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=1.773;SC=AATCCACAGAAGCTTTGGACA;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=323;TCF=184;TCR=139;TR=321;WE=224868604;WS=224868586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,356:0.99:358
chr1	224872443	rs3738364	A	G	5270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	224872473	rs3738363	A	G	5994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	225230608	rs2501107	C	T	3598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=55;PP=1866;SC=TAAATCTATGCTTGAGAATTC;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=64;TCR=55;TR=119;WE=225230616;WS=225230598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	225237850	rs2501086	A	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=311;SC=GTCATGGATAATTTTGAAGTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=225237858;WS=225237840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	225266966	rs3105559	C	G	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	225268343	rs3128651	A	G	8871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	225268346	rs3128652	G	A	8871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.58;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	225270409	rs3128655	A	T	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=33;PP=884;SC=GCTTGATAAAAACTGTAAAGT;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=59;WE=225270417;WS=225270399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	225270424	rs201015646	A	T	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=31;PP=813;SC=TAAAGTAGAGAATCTTCTAGC;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=51;WE=225270432;WS=225270414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	225273248	rs3128658	G	T	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=18;PP=1101;SC=CATTTTAGATGTTTCAGTATG;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=62;WE=225273256;WS=225273238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	225273633	rs3105565	T	A	181.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=129;SC=TATTTACTAGTTTGAATACCA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=225273641;WS=225273623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	225511905	rs10799300	T	C	5370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=119;NR=64;PP=2965;SC=ATGTAATACATTAACTGTGTT;SOR=1.225;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=119;TCR=64;TR=183;WE=225511913;WS=225511895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	225512083	rs12032942	A	G	6064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=125;PP=2965;SC=AACATCTGTCATGATTTGGAA;SOR=1.064;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=94;TCR=126;TR=219;WE=225512091;WS=225512073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr1	225519445	rs78032721	G	T	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=50;PP=1490;SC=AAGAAATCCTGTTTGAGTCGT;SOR=2.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=62;WE=225519453;WS=225519435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	225525299	rs5781398	G	GA	996.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=812;SC=AACTGTCAGGGAAAAAATAAT;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=23;WE=225525307;WS=225525289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	225528183	rs3856145	C	A	6237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.998;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.636;SC=CAGAAATAGACAACCCCCATT;SOR=0.942;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=132;TCR=71;TR=202;WE=225528191;WS=225528173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,230:1.00:231
chr1	225533684	rs6667999	A	G	5732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=127;NR=82;PP=2965;SC=AGATGATGACAAAATTGTAGA;SOR=1.169;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=127;TCR=83;TR=209;WE=225533692;WS=225533674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	225533931	rs17522489	A	G	3587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=76;PP=2346;ReadPosRankSum=1.594;SC=AGCAAAGAACAAGAACATAGT;SOR=0.518;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=132;TCF=52;TCR=80;TR=127;WE=225533939;WS=225533921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr1	225534219	rs7527925	T	C	3682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=56;PP=1928;SC=CTTTGCACTGTAATCATGCAA;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=61;TCR=57;TR=117;WE=225534227;WS=225534209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	225534348	rs7535953	G	A	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=19;PP=581;SC=TCCCAGTCTAGACTTACTAGT;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=225534356;WS=225534338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	225539665	rs3856150	T	A	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=19;PP=479;SC=ATGTCGTACATTATCTTACAT;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=225539673;WS=225539655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	225600351	.	T	TA	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.109;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr1	225685621	rs145776060	TAAG	T	1141.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=641;SC=CTCACAGTAATAAGAAGATTA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=225685631;WS=225685611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	225707271	.	GA	G	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=8.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.470;QD=2.36;ReadPosRankSum=-1.001;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,37:0.35:105
chr1	226019774	rs2260863	G	C	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=40;PP=1269;SC=AATTATAGGTGACTGAGATGT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=61;WE=226019782;WS=226019764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	226026616	rs2292567	G	A	8188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=178;PP=2965;SC=TAACTGCCCCGTCCTCGCCAA;SOR=1.379;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=287;TCF=108;TCR=179;TR=286;WE=226026624;WS=226026606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr1	226027067	rs35708670	G	GGT	436.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.22;ReadPosRankSum=1.856;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr1	226044489	rs60955535	G	GC	1684.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=27;PP=1354;SC=TGCTCTATGTGCCCCAGTGAG;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=34;WE=226044497;WS=226044479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	226048744	rs34700682	CA	C	2849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.201;NF=1;NR=54;PP=2265;ReadPosRankSum=1.645;SC=CTCAGGTTACCAAGCACACAT;SOR=1.089;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=56;TCF=1;TCR=55;TR=55;WE=226048752;WS=226048734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,111:0.98:113
chr1	226054681	rs360085	T	A	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=14;PP=1667;SC=GCTCAACAACTCACTAGCTGC;SOR=2.920;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=63;TCR=14;TR=77;WE=226054689;WS=226054671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	226074563	rs360057	T	G	3448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=53;PP=2204;SC=GGGCAGCGAGTCAGTCTCCGA;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=61;TCR=53;TR=114;WE=226074571;WS=226074553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	226075410	rs57114136	GC	G	7242.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=17.657;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.133;NF=14;NR=203;PP=2979;ReadPosRankSum=2.226;SC=ACCCCGCACCGCCCCCCCGCG;SOR=3.829;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=231;TCF=18;TCR=213;TR=217;WE=226075428;WS=226075397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,239:0.99:241
chr1	226076919	rs360058	G	T	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.49;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	226125543	rs60825997	G	GA	1174.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=22;PP=1064;SC=GGTCATCTGGGAGGCTGAAGT;SOR=2.235;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=226125551;WS=226125533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	226252232	rs2036870	C	T	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	226253316	rs1849032	G	T	3394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	226334578	rs1219666	G	A	4490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=97;PP=2939;SC=ACTTGCATCAGGCAATTAAAA;SOR=1.595;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=55;TCR=97;TR=152;WE=226334586;WS=226334568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	226438449	rs6678137	T	C	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=399;SC=AAGGTTTCCTTCCATAGATAT;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=226438457;WS=226438439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	226455934	rs7519835	C	T	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=24;PP=644;SC=TTATTTTTGGCTTAGAGAAAC;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=226455942;WS=226455924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	226549498	rs2271347	G	A	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=17;PP=869;SC=CTCATACCCTGTAAGCCAGGC;SOR=1.238;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=226549506;WS=226549488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	226550924	rs747657	G	C	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=45;PP=1432;SC=CCAACAGTTTGATTAGGAGAA;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=82;WE=226550932;WS=226550914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	226553485	rs118165556	A	C	971.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.27;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	226553486	rs146042055	C	A	971.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.27;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	226553490	rs34917861	C	A	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.37;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	226553494	rs11378196	C	CA	1007.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.81;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	226556094	rs1805400	T	C	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=50;PP=1726;SC=GCTTTCTCTTTTAGCAGGTGG;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=84;WE=226556102;WS=226556084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	226566726	rs907190	A	C	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=8;PP=398;SC=CTCTGTGATTAGATTTCATTC;SOR=1.382;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=23;WE=226566734;WS=226566716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	226570840	rs1805415	T	C	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	226923146	rs11337528	GT	G	2306.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=15;PP=1150;SC=TGTGTAGAAAGTTAAGAAAAA;SOR=1.214;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=28;WE=226923154;WS=226923136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	226923264	rs708775	G	A	3317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=40;PP=1633;SC=TATGCAGGAAGGCTGAGTTGG;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=60;TCR=40;TR=100;WE=226923272;WS=226923254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	226923505	rs708776	G	T	10777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=172;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.916;SC=AGGCTTGTCCGGATCTTGGGG;SOR=0.450;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=378;TCF=205;TCR=173;TR=377;WE=226923513;WS=226923495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,404:1.00:405
chr1	226923938	rs6667260	A	C	9794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=153;NR=181;PP=2965;SC=CAGCTCAGGGAATCAGAGGAC;SOR=0.879;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=336;TCF=154;TCR=182;TR=334;WE=226923946;WS=226923928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr1	226924875	rs147889095	ACTGCCGCTG	A	7243.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=75;PP=2979;SC=TGCTCACGCTACTGCCGCTGC;SOR=1.044;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=112;TCF=22;TCR=90;TR=95;WE=226924891;WS=226924865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	227069677	rs11405	T	C	6435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=97;NR=117;PP=2965;SC=TAATGTCGGCTGAGAGCCCCA;SOR=0.950;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=97;TCR=118;TR=214;WE=227069685;WS=227069667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr1	227071377	rs1295644	T	C	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=6;PP=949;SC=GGGGACATTCTGCGGCCCTCA;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=227071385;WS=227071367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	227073410	rs2236910	G	C	10397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=152;NR=190;PP=2965;SC=CTCCAGCCACGCTTCTCTCCG;SOR=1.033;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=342;TCF=152;TCR=190;TR=342;WE=227073418;WS=227073400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr1	227078955	rs2802267	T	C	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	227081622	rs10753428	A	G	2883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=53;PP=2356;SC=GGGCAAGAGCAGCTGGGCCTT;SOR=2.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=84;TCR=53;TR=137;WE=227081630;WS=227081612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	227085462	rs1800672	T	C	18581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=722;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=328;NR=350;PP=2965;SC=AAGTCCTGTTTGTATGTGGCC;SOR=0.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=679;TCF=329;TCR=350;TR=678;WE=227085478;WS=227085452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,719:1.00:719
chr1	227085646	rs1800673	C	T	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=61;PP=1745;SC=ATAAATGTAGCTCCAGTTCAT;SOR=3.174;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=14;TCR=62;TR=75;WE=227085654;WS=227085636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	227149203	rs11549708	G	A	5730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr1	227170298	rs2297412	A	G	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=7;PP=684;SC=TGGCCAGGGCATCCCAGGAGT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=227170306;WS=227170288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	227171584	rs3215919	GT	G	1479.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=21;PP=1359;SC=CCCCTTGCGTGTTTGCACCAG;SOR=0.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=33;WE=227171592;WS=227171574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	227171736	rs149374145	G	GT	1234.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;MQRankSum=0.000;QD=30.87;ReadPosRankSum=0.478;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr1	227171738	rs377335668	G	T	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;QD=40.34;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	227171958	rs7530213	G	C	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=71;PP=1866;SC=CCAGCAGACAGGTGGGGCCAG;SOR=1.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=40;TCR=71;TR=111;WE=227171966;WS=227171948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	227172290	rs12593	C	T	15345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,588:1.00:588
chr1	227172518	rs1317490	C	T	3990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=48;PP=2518;SC=CTTCCCGGCCCCACACACCCG;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=71;TCR=48;TR=118;WE=227172526;WS=227172508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	227172903	rs2297415	G	A	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=26;PP=1619;SC=CTGGGATGTCGGGAGCTGAGC;SOR=1.538;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=85;WE=227172911;WS=227172893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	227172935	rs2297416	C	G	4136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=59;PP=2433;SC=CCCACGGTCCCCTCCTGTGCC;SOR=1.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=87;TCR=59;TR=146;WE=227172943;WS=227172925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	227174122	rs41303131	C	G	5680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=136;NR=42;PP=2965;SC=TCTGGTGTCTCGCCGCCATTT;SOR=2.253;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=136;TCR=42;TR=178;WE=227174130;WS=227174112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	227174145	rs7552783	T	C	8062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=183;NR=75;PP=2965;SC=CCTTCCTCTCTTGCCCCAGGT;SOR=1.787;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=259;TCF=184;TCR=75;TR=258;WE=227174153;WS=227174135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr1	227174210	rs3738725	T	C	18049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=362;NR=281;PP=2965;SC=CCTTCGCCTCTGATGAGCCTT;SOR=0.939;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=646;TCF=363;TCR=283;TR=643;WE=227174218;WS=227174200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,686:1.00:686
chr1	227181923	rs3795451	C	T	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=225;SC=TGAGAGGAGGCGAGTGGCAGG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=227181931;WS=227181913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	227182033	rs2802269	G	A	2220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.14;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	227182179	rs61833999	C	T	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=15;PP=424;SC=ACCACCGCCCCCTCCAGCCAC;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=227182187;WS=227182169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	227182575	rs1045247	A	G	6031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=118;NR=88;PP=2965;SC=CCATGCCTCCAGAGGACAAAG;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=118;TCR=88;TR=206;WE=227182583;WS=227182565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr1	227192579	rs2297418	A	C	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=11;PP=1446;SC=CACTGCAGCCACTTGAGAATG;SOR=2.463;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=55;TCR=11;TR=66;WE=227192587;WS=227192569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	227198775	rs12403978	C	G	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=86;PP=2501;SC=CTATCAAAAACAAAAGAAAGA;SOR=2.284;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=25;TCR=86;TR=111;WE=227198783;WS=227198765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	227210820	rs11580229	G	A	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	227210888	rs11578479	A	T	3329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=53;PP=1813;SC=ACTTATTATTAATGTGACCTT;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=58;TCR=53;TR=111;WE=227210896;WS=227210878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	227213968	rs7535826	G	T	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=37;PP=1101;SC=AAATCCTATGGGGCTATCATA;SOR=1.503;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=58;WE=227213976;WS=227213958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	227222515	rs113874316	G	GACAA	12643.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=112;PP=2972;SC=GTTTTAGACAGACAAACAGCC;SOR=1.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=16;TCR=134;TR=125;WE=227222523;WS=227222505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr1	227330759	rs12139502	A	G	4963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	227330783	rs58442036	G	C	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	227381326	rs6696485	C	T	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=1;PP=726;SC=CAAATAATAACAACAACAAAG;SOR=6.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=227381334;WS=227381324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	227381373	rs3768436	G	T	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=24;PP=1767;SC=AATTTTTTTTGGTTGACGATA;SOR=1.839;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=62;TCR=24;TR=85;WE=227381381;WS=227381354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	227387143	rs3768435	A	G	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=1;PP=263;SC=CTTACCCTGTATGAAATGCAC;SOR=2.049;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=227387151;WS=227387133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	227387361	rs3768434	A	G	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=38;PP=1225;SC=TGTCTGAAACACAAAAAGAAA;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=71;WE=227387369;WS=227387351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	227834228	rs79145640	AT	A	8962.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.116;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=1.058;NF=89;NR=168;PP=2969;ReadPosRankSum=0.645;SC=ATACGTGTGTATTTTTCCCCC;SOR=0.499;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=308;TCF=111;TCR=197;TR=257;WE=227834241;WS=227834218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:40,404:0.91:444
chr1	227920061	rs1060295	T	G	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=3;PP=632;SC=GCTGCCTCTCTTCCACCCGTC;SOR=3.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=227920069;WS=227920051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	227920103	rs3087908	G	A	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=12;PP=1507;SC=CTATGGGGCCGCAGCAGCATC;SOR=2.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=61;TCR=12;TR=73;WE=227920111;WS=227920093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	227920447	rs751748	C	T	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=65;PP=1995;SC=ACCCGACATGCGCCCAGTCCC;SOR=1.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=28;TCR=65;TR=93;WE=227920455;WS=227920437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	227922918	rs2295994	A	C	13588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.80;ReadPosRankSum=0.287;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,505:1.00:507
chr1	227923081	rs7419238	G	A	15435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,621:1.00:621
chr1	227935280	rs2236361	C	T	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=17;PP=2105;SC=GAGTCAGCCACGTGCTGCAGC;SOR=2.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=83;TCR=17;TR=99;WE=227935288;WS=227935270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	227935355	rs2236360	T	C	8564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=181;NR=131;PP=2965;SC=CTCCAGTCCATGGGTGACGGC;SOR=0.918;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=314;TCF=182;TCR=132;TR=312;WE=227935363;WS=227935345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr1	227935444	rs2236359	A	G	12525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=230;NR=221;PP=2965;SC=ACAGATGAGCAGGGATGTCTG;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=453;TCF=230;TCR=223;TR=451;WE=227935452;WS=227935434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr1	227963491	rs754224	G	T	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	227968107	rs10799448	G	A	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=14;PP=894;SC=CTGCTGGCTCGCAGATGGCAT;SOR=1.453;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=227968115;WS=227968097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	228003839	rs79840641	C	T	6420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=135;NR=96;PP=2965;SC=GGCGTCCCTGCGCCCGAGAGG;SOR=0.901;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=135;TCR=96;TR=231;WE=228003847;WS=228003829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	228033197	rs9426581	A	G	4683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=102;NR=49;PP=2733;SC=GCTGCAGGAGATGCAGCTCCC;SOR=1.357;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=102;TCR=49;TR=151;WE=228033205;WS=228033187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	228033333	rs16848162	T	A	7723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=127;NR=143;PP=2965;SC=TCCTGGTCCATGAGACAGAGG;SOR=0.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=127;TCR=144;TR=270;WE=228033341;WS=228033323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr1	228113163	rs3795768	A	G	4497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=83;PP=2716;ReadPosRankSum=0.017;SC=GCGCCTGGGCAGCCGCCTCTG;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=70;TCR=84;TR=152;WE=228113171;WS=228113153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,170:0.99:172
chr1	228294300	rs12564763	T	C	2079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=52;NR=11;PP=1519;SC=CACTGAGCTCTCTCTGTGCTT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=63;WE=228294308;WS=228294291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	228335081	rs371774092	C	T	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=47;NR=27;PP=1291;SC=CCCTGGCACCCCTGCTGACCT;SOR=1.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=74;WE=228335089;WS=228335071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	228352160	rs4348717	T	C	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=46;PP=1239;SC=TAGCAGTGTGTGGTTCCTGCC;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=84;WE=228352168;WS=228352150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	228391591	rs12022917	G	C	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=14;PP=1285;SC=ATGGTAGAGTGACTGTAGGTA;SOR=2.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=56;WE=228391599;WS=228391581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	228399482	rs11804508	C	G	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=2.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	228399766	rs55971985	T	C	5782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	228400646	rs3121192	T	C	10888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.37;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr1	228400653	rs3121191	A	T	10383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.19;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	228402047	rs1620111	A	G	11794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr1	228402121	rs1771487	A	G	8689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=141;NR=156;PP=2965;SC=ACGTCCACCCAGTTCTGCGTG;SOR=0.936;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=297;TCF=141;TCR=156;TR=297;WE=228402129;WS=228402111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr1	228405118	rs5781507	G	GA	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=288;ReadPosRankSum=0.299;SC=AGTGTCAACTGAAAAAAAAAA;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=24;WE=228405126;WS=228405108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr1	228431095	rs1771455	A	G	3426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=63;PP=1981;SC=CAGGCAAGACAGATGCCGGGG;SOR=1.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=113;WE=228431103;WS=228431085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	228431930	rs10916293	C	T	9031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=193;NR=137;PP=2965;SC=GAATCTTCAGCGCCTGTGAAA;SOR=1.002;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=331;TCF=194;TCR=137;TR=330;WE=228431938;WS=228431920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr1	228433217	rs2487384	A	G	5651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=99;PP=2965;SC=AGCCCCAGACAGAGGTGACGT;SOR=1.008;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=89;TCR=99;TR=188;WE=228433225;WS=228433207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	228434395	rs7517088	T	C	7826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=128;NR=130;PP=2965;SC=GCATAGAGGCTGCGGGCTGCA;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=129;TCR=130;TR=258;WE=228434403;WS=228434385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr1	228434467	rs7517108	T	C	5797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=105;PP=2761;SC=CCTGTGAGGCTGGGGGCCAGC;SOR=1.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=89;TCR=105;TR=194;WE=228434475;WS=228434457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	228437603	rs6426494	T	C	5143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=71;PP=2965;SC=GGCCTTGTCTTCCCAGTGCTG;SOR=1.131;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=108;TCR=71;TR=179;WE=228437611;WS=228437593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	228438045	rs12737540	G	A	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=45;PP=1390;SC=TTCATGTCTCGGGCTTCCCAT;SOR=1.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=65;WE=228438053;WS=228438035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	228444318	rs7532144	T	G	6446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=127;NR=86;PP=2965;SC=GACCTAGATGTTGGTGGTCAC;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=127;TCR=86;TR=213;WE=228444326;WS=228444308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr1	228444565	rs7532342	T	A	5706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.95;NF=98;NR=87;PP=2965;SC=GGCCAGGCGGTCGCCGGGGAG;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=98;TCR=87;TR=185;WE=228444573;WS=228444555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	228444741	rs3795780	C	T	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=22;PP=570;SC=TCCACTTCTCCATGCCCTCAC;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=228444749;WS=228444731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	228451826	rs453140	C	T	8745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr1	228456147	rs878388	T	C	12639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr1	228461129	rs1188724	A	G	4252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=73;NR=70;PP=2360;SC=TCAAAAGTGCACATGGAGGCC;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=73;TCR=70;TR=143;WE=228461137;WS=228461119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	228461408	rs11398292	A	AG	3313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=21;PP=2211;SC=GTGGCCCTGAAGGGAGCGGGG;SOR=1.368;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=52;WE=228461416;WS=228461398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	228461504	rs200483572	G	A	7540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=151;NR=98;PP=2965;SC=AGACCCTGCCGCAGGGAGCCT;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=151;TCR=98;TR=249;WE=228461512;WS=228461494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr1	228463433	rs510931	C	T	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=8;PP=716;SC=CGAGGGCCGCCGTGACCTCCC;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=228463441;WS=228463423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	228464248	rs1188721	T	G	7056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=136;NR=102;PP=2965;SC=CGGACGTGGATGGCAGCTGGA;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=136;TCR=102;TR=238;WE=228464256;WS=228464238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	228464276	rs1188722	T	C	8115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=149;NR=119;PP=2965;SC=CGGTCTGCGGTTCCAGCAGGG;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=149;TCR=119;TR=268;WE=228464284;WS=228464266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr1	228464842	rs936885	C	G	11291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=205;NR=192;PP=2965;SC=GTGCCTGACTCGGCCTCTGCC;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=397;TCF=205;TCR=192;TR=397;WE=228464850;WS=228464832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr1	228465370	rs867599	T	G	7025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=122;NR=121;PP=2965;SC=CCAGGAAGGTTCGAGGACAGG;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=122;TCR=121;TR=243;WE=228465378;WS=228465360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	228468458	rs1188697	G	A	3103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=1.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	228470995	rs1150906	G	T	2922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=54;PP=2052;SC=GGTAAATGCCGCAGGAGCCCC;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=91;WE=228471003;WS=228470985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	228475848	rs437129	G	A	15823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=254;NR=294;PP=2965;SC=GCTGAGCAAGGCAGCCCCTGT;SOR=0.899;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=549;TCF=254;TCR=295;TR=548;WE=228475856;WS=228475838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,583:1.00:583
chr1	228480282	rs1150908	A	G	13630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=245;NR=232;PP=2965;SC=AAGGGGCCACAGCTGTGCTGC;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=477;TCF=245;TCR=232;TR=477;WE=228480290;WS=228480272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,515:1.00:515
chr1	228482010	rs449133	C	T	14465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=247;NR=254;PP=2965;SC=TGAGGCAGGACGGGTCCAGGT;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=501;TCF=247;TCR=254;TR=501;WE=228482018;WS=228482000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,528:1.00:528
chr1	228482285	rs1150909	T	C	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=42;PP=2069;SC=CAGGAGGTGTTCTCATGCTCA;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=84;WE=228482293;WS=228482275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	228492044	rs1150910	G	A	12934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=239;NR=210;PP=2965;SC=CAAACCAGGAGGCCAGAGAAG;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=450;TCF=240;TCR=210;TR=449;WE=228492052;WS=228492034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr1	228494382	rs1150911	T	G	7127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=103;NR=136;PP=2965;SC=AGCGCAGTTCTTGTGCTTTGG;SOR=1.064;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=103;TCR=136;TR=239;WE=228494390;WS=228494372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr1	228494790	rs435776	G	A	6686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=137;NR=99;PP=2965;SC=GCTGGTACGCGGAGTGGAGCA;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=138;TCR=99;TR=236;WE=228494798;WS=228494780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr1	228495696	rs419173	T	C	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=12;PP=1214;SC=ACAGATGGGCTATGGCAAAAG;SOR=2.080;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=56;WE=228495704;WS=228495686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	228497053	rs379620	A	G	7414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=149;NR=106;PP=2965;SC=CTCCATTCAGAAAGGCCTTCC;SOR=1.008;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=255;TCF=149;TCR=106;TR=255;WE=228497061;WS=228497043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr1	228503677	rs1150912	A	G	12173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr1	228504472	rs1188732	T	C	4607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	228504670	rs11810627	C	T	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=27;NR=36;PP=995;SC=GGCCTCTGCGCGGCTCACCGT;SOR=1.058;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=63;WE=228504678;WS=228504660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	228504701	rs111792077	G	GCTCC	710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=546;ReadPosRankSum=1.999;SC=TGGTGGGCGAGCTTTTCCCTC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=16;WE=228504711;WS=228504691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr1	228505668	rs1188729	C	G	8366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=162;NR=111;PP=2965;SC=GAAGATGTCTCTCTGGAGCTT;SOR=0.943;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=274;TCF=162;TCR=112;TR=273;WE=228505676;WS=228505658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr1	228505699	rs1188728	T	C	9720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=199;NR=140;PP=2965;SC=CTGAGGCTGGTGAGGTCATCT;SOR=0.974;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=340;TCF=199;TCR=141;TR=339;WE=228505707;WS=228505689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr1	228509427	rs373610	A	G	11589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=192;NR=198;PP=2965;SC=ACTGGCCTGGACCGTGCTGAT;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=390;TCF=192;TCR=198;TR=390;WE=228509435;WS=228509417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr1	228520763	rs384553	G	A	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=39;PP=1183;SC=CCTTCCTCCAGGCCCTGGCGG;SOR=3.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=228520771;WS=228520753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	228520880	rs416564	C	T	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=10;PP=848;SC=TTATGGCTGACCCCTTTTCTG;SOR=1.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=228520891;WS=228520870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	228520973	rs369909	C	G	3565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	228522029	rs57891072	TA	T	756.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=734;SC=CCTGAGTGTGTAGAGTTCCAG;SOR=2.636;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=16;WE=228522037;WS=228522023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	228522047	rs520552	A	T	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=8;PP=537;SC=CAGGGCTCCAAGGCCCAGGTT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=228522055;WS=228522037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	228523005	.	T	TG	995	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;FR=1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3;NR=12;PP=995;QD=68.0666666667;SC=GGGCCGTGAGTGGGGGTGGGG;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=15;WE=228523013;WS=228522995;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,15:0.71:21
chr1	228523042	rs55678904	T	TG	146.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=0;PP=296;SC=GGCTGGGGCATGGGGGGTGGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=2;WE=228523050;WS=228523032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	228523442	rs1684868	T	C	5647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.18;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	228523447	rs10799473	TG	CA	5734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.16;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	228523618	rs1757160	G	A	3623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=55;PP=2310;SC=AGGAGTGGGGGACAGGACAGC;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=62;TCR=55;TR=117;WE=228523626;WS=228523608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	228524919	rs3795807	G	A	10741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=202;NR=181;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.468;SC=AGGCAGGCCAGGGTGTCATGA;SOR=0.242;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=386;TCF=203;TCR=183;TR=383;WE=228524927;WS=228524909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,401:1.00:402
chr1	228524961	rs3795808	C	A	14000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=264;NR=238;PP=2965;SC=TGCAGGTGCCCGGAGGTGACA;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=503;TCF=264;TCR=239;TR=502;WE=228524969;WS=228524951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,529:1.00:529
chr1	228525627	rs1757127	C	A	6290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=137;NR=96;PP=2965;SC=CACTTCAGCACCCCCATCCCT;SOR=0.989;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=137;TCR=96;TR=233;WE=228525635;WS=228525617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr1	228525898	rs1188717	C	G	5550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=104;NR=70;PP=2965;SC=AGGCCCCTAGCAGGGTCGTCC;SOR=1.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=104;TCR=70;TR=174;WE=228525906;WS=228525888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	228526486	rs58480216	G	A	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=28;PP=1477;SC=TGGGGGCCTCGTGGCCCACAG;SOR=1.414;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=84;WE=228526494;WS=228526476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	228526653	rs200092155	C	A	7245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.17;SOR=1.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	228526665	rs505629	T	C	6718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=59;NR=76;PP=1885;SC=TGCCCATAGCTGTGGCCGGCC;SOR=1.097;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=59;TCR=78;TR=135;WE=228526673;WS=228526643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	228526742	.	CCA	C,CCACACACA	286.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.07;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,4,6:0.36,0.55:11
chr1	228527631	rs200284033	C	T	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.039;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,75:0.26:287
chr1	228527749	rs56065114	C	T	8864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=0.697;SC=CCTGGTGGGGCGTGTGCAGGC;SOR=0.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=292;TCF=151;TCR=141;TR=291;WE=228527757;WS=228527739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,340:1.00:341
chr1	228528412	rs1150916	G	A	15751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=291;NR=287;PP=2965;SC=CCTGACCTTCGCCCCGGCCCC;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=580;TCF=291;TCR=289;TR=578;WE=228528420;WS=228528402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,600:1.00:600
chr1	228528563	rs1188710	C	G	9263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=140;NR=182;PP=2965;SC=AGGCACCCTGCAGGCCCTGGG;SOR=1.041;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=322;TCF=140;TCR=182;TR=322;WE=228528571;WS=228528553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr1	228529429	rs141828109	A	AGACGGCTCAGCCAGCCTGTGGCATGG	1607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=2957;SC=TTCCTGGGACAGACGGCTACA;SOR=3.855;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=11;WE=228529437;WS=228529419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	228560139	rs498382	A	G	4232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=76;PP=2965;SC=TGTCCCAGTCAGAGGAGGAGG;SOR=0.982;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=63;TCR=76;TR=138;WE=228560147;WS=228560129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	228560565	.	C	T	8733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=127;NR=167;PP=2965;SC=TGGGCCCCCACGCAGGCCTGG;SOR=1.104;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=127;TCR=167;TR=294;WE=228560573;WS=228560555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr1	228564025	rs182383372	C	T	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=41;PP=1118;SC=GAGGCCTACACACTTTAGGGG;SOR=2.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=52;WE=228564033;WS=228564015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	228566148	.	T	C	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.66;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	228612838	rs2230656	G	T	9747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.947;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=179;PP=2965;ReadPosRankSum=1.090;SC=GCAACTTGCGGATTAGCAGCT;SOR=0.169;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=321;TCF=140;TCR=181;TR=318;WE=228612846;WS=228612828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,355:0.99:357
chr1	228613052	rs1188474	T	C	6893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=137;PP=2965;SC=GGCCCCGCGGTGTCCTCTGCC;SOR=1.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=243;TCF=106;TCR=137;TR=243;WE=228613060;WS=228613042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr1	228645063	rs10916317	A	G	4801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.301;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=54;PP=2965;ReadPosRankSum=0.531;SC=TTCTCGAGATAGTAGGTGGCT;SOR=1.153;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=101;TCR=56;TR=155;WE=228645071;WS=228645053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,174:0.99:175
chr1	228646356	rs34241565	C	CGT	546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.643;NF=5;NR=14;PP=726;ReadPosRankSum=2.630;SC=GAATCTGAGCCGTGTGTGTGT;SOR=0.941;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=52;TCF=7;TCR=45;TR=19;WE=228646364;WS=228646346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr1	228676645	.	CTTCTT	C	5170.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=37;PP=2822;SC=CCCTGGTGACCTTCTTTTCTT;SOR=0.838;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=56;WE=228676657;WS=228676635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	228676824	rs12034519	C	T	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=30;PP=904;SC=AAAGGGACCACCAGGCCAAGT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=228676832;WS=228676814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	228873640	rs3215603	GT	G	1102.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=875;SC=CAGGGGCCAGGTTATTGGCCG;SOR=2.376;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=228873648;WS=228873630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	229422088	rs237763	A	G	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=3;PP=379;SC=AAGTCAACATATGTATTGTCA;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=229422096;WS=229422078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	229422193	rs237764	T	C	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	229438530	.	C	CT	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,15:0.17:88
chr1	229438828	rs237787	G	A	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=34;PP=1103;SC=TGAAAAAGAGGGGATCCCAGC;SOR=1.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=52;WE=229438836;WS=229438818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	229478290	.	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=197;ReadPosRankSum=0.578;SC=ACACAGAGGCCGCCCCGCCCC;SOR=0.567;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=18;WE=229478298;WS=229478280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr1	229568231	rs527621	T	G	1800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NF=39;SC=GAGGCTAGGCTCTCAGCGCTA;SOR=1.270;Source=Platypus;TCF=40;WE=229568239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	229663064	rs113712941	GAGGAA	G	5717.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=43;PP=2981;SC=TCCTTGTTGAGAGGAAAGGAA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=54;WE=229663076;WS=229663054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	229783236	rs6587349	T	C	3447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	230451935	rs144363709	C	CAT	2769.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=14;PP=1101;SC=TACACATGTGCATGTGTATAC;SOR=1.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=26;WE=230451943;WS=230451925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	230451978	rs11122492	G	A	2908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;QD=25.52;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	230459433	rs35048134	GC	G	1351.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=29;PP=819;SC=CATCCCAAAGGCCCCCCCTCA;SOR=2.461;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=30;WE=230459441;WS=230459423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	230473103	rs10864744	A	C	3892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=93;PP=2900;SC=AGTATTCAGCAAGCACAGATC;SOR=1.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=38;TCR=93;TR=131;WE=230473111;WS=230473093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	230497940	rs828479	G	T	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=47;PP=2237;ReadPosRankSum=-0.725;SC=GCACGAGAGGGTGGGGGAGGA;SOR=0.438;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=84;TCR=48;TR=129;WE=230497948;WS=230497930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,137:0.99:138
chr1	230498061	rs2009265	C	T	9574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=175;NR=154;PP=2965;SC=GTGCAGGGCACGAGGAATGGA;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=331;TCF=176;TCR=155;TR=329;WE=230498069;WS=230498051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr1	230498094	rs74143198	A	C	8266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr1	230498232	rs2820384	C	T	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=28;PP=834;SC=GGAAGCCCTCCTGGGGCTCCA;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=230498240;WS=230498222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	230503684	rs2632571	C	T	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=19;PP=1226;SC=CTCAAGGTCACGCAAGCTGGC;SOR=1.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=68;WE=230503692;WS=230503674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	230513128	rs828463	G	A	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=521;SC=ACATCAACACGTGATAAATCC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=230513136;WS=230513124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	230798864	.	CT	C	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.643;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,17:0.22:79
chr1	230819479	rs5781597	G	GT	508.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.63;MQRankSum=0.618;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.822;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,31:0.86:36
chr1	230820763	rs150768186	C	CACATT	4023.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=23;PP=2546;SC=TCGGAAGTCTCACATTAGACT;SOR=1.637;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=47;WE=230820771;WS=230820753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	230822607	rs1536591	G	A	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=16;PP=1211;SC=TTATTGACGCGCACATATGTA;SOR=1.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=59;WE=230822615;WS=230822597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	230822903	rs2493147	C	T	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=29;PP=809;SC=CAGAATAATTCCAGGTGCTTG;SOR=3.500;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=230822911;WS=230822893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	230825942	rs3000064	A	G	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=36;PP=1048;SC=TGCTTAGAAGAGTCTGCGGCA;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=60;WE=230825950;WS=230825932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	230828987	rs2478534	C	A	4871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	230883484	rs6690251	T	C	6136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=122;PP=2965;SC=GGAAGGAGCATAGATGAGGCC;SOR=1.194;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=87;TCR=122;TR=209;WE=230883492;WS=230883474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	230883499	rs6690254	T	C	4561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=100;PP=2965;SC=GAGGCCGAGGTTCAGCAGCCC;SOR=1.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=49;TCR=100;TR=149;WE=230883507;WS=230883489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	230910469	.	TTTTC	T	1365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.64;QD=39.02;SOR=1.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	230914706	rs1933630	C	A	5633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.68;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	230914729	rs1933631	A	C	5456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.63;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	230916260	rs28359687	C	T	2836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=40;PP=1751;SC=CTGACAAAGACGAACACCTGA;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=92;WE=230916268;WS=230916250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	230923151	rs2297830	T	C	3354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=29;PP=1970;SC=TTGTGCACACTGCCTCAGGAG;SOR=1.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=78;TCR=29;TR=107;WE=230923159;WS=230923141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	230923187	rs12731671	C	G	5687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.48;SOR=1.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	230923313	rs12731961	C	T	7893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=138;PP=2965;SC=GGAGGAGCAGCGGTTTCGGGC;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=267;TCF=129;TCR=138;TR=266;WE=230923321;WS=230923303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr1	230928512	rs7522057	C	G	4802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=64;PP=2965;SC=GTAGCTCCCCCGGGCTGGCTG;SOR=1.248;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=109;TCR=64;TR=172;WE=230928520;WS=230928502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	230975454	rs1202550	A	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=7;PP=454;SC=AAATCTGGCAATATTGACCAG;SOR=1.781;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=25;WE=230975462;WS=230975444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	231042732	rs3811502	T	A	3631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=67;PP=2261;SC=ACGTTTCTGATACTGATGGAA;SOR=0.973;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=54;TCR=68;TR=121;WE=231042740;WS=231042722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	231047310	rs10580953	TAC	T	1675.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=15;PP=773;SC=AAAAAAAAGATACAGACTCAT;SOR=1.236;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=17;WE=231047319;WS=231047300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	231047392	rs2153049	G	A	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	231057310	rs2275334	C	T	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	231059784	rs3748774	C	T	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=21;PP=598;SC=GCTAGTCCATCATATCTAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=231059792;WS=231059774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	231060736	rs3748775	T	C	3673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=65;PP=2139;SC=GAAAGGAATATCGAGAAGAGT;SOR=1.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=55;TCR=66;TR=120;WE=231060744;WS=231060726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	231064578	rs5781609	T	TCTC	1561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=7;PP=893;SC=CCCAGGCAATTCTACCTCACC;SOR=1.418;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=17;WE=231064586;WS=231064568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	231064611	rs950029	G	A	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=12;PP=895;SC=AGGGAGTAGCGTGCCACCATG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=46;WE=231064619;WS=231064601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	231067236	rs11122624	C	T	6666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=103;NR=129;PP=2965;SC=CAAAATGCTGCATTAGTATCA;SOR=1.120;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=235;TCF=106;TCR=129;TR=232;WE=231067244;WS=231067226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr1	231067318	rs11122625	G	T	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=45;PP=1350;SC=GGTTAAACCAGACCTGTAAAC;SOR=1.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=71;WE=231067326;WS=231067308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	231069652	rs1890351	A	C	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.439;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=47;PP=1402;ReadPosRankSum=0.120;SC=ATAATTGTTAAAATTGAGATT;SOR=3.079;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=11;TCR=47;TR=57;WE=231069660;WS=231069642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr1	231081269	rs141457550	T	TA	2088.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=48;PP=2013;SC=AGTTTCTGCTTAAAGCACGTT;SOR=2.115;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=2;TCR=52;TR=48;WE=231081277;WS=231081259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	231081304	rs6673085	T	G	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=37;PP=1067;SC=CAGCTCTACTTCTTTATGCTA;SOR=3.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=45;WE=231081312;WS=231081294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	231093785	rs59207624	CT	C	1816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=21;PP=1103;ReadPosRankSum=0.235;SC=CCATCCAAACCTTTTTTTTTT;SOR=1.101;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=60;WE=231093793;WS=231093775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,90:0.96:94
chr1	231094050	rs60736833	GA	G	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=9.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=-1.572;SOR=1.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,25:0.26:96
chr1	231161817	rs35151430	T	TA	452.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.763;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr1	231396485	.	C	CA	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.762;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=1.666;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr1	231486908	.	T	C	80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=6;NR=0;PP=80;QD=19.1285354245;SC=CTTTCTCTCCTAAAATAGAAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=231486916;WS=231486898;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr1	231486989	rs2474633	A	C	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.03;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	231487017	rs2474634	T	C	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	231488524	rs2437150	C	T	6393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=78;PP=2965;SC=GCTGTAAGACCTAATTCTAAA;SOR=1.025;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=123;TCR=79;TR=201;WE=231488532;WS=231488514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	231502244	.	AT	A	345	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=1.0000;HP=13;HapScore=3;MGOF=12;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=14;PP=345;QD=19.3888888889;SC=AAAAAAAAAAATTTTCATTCA;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=18;WE=231502253;WS=231502220;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:39,18:0.32:57
chr1	231502245	rs1435167	T	A	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.73;ReadPosRankSum=-1.000;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,87:0.78:111
chr1	231502310	rs1435166	T	C	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=45;PP=1111;SC=CCTAAGAGTATGGACAATATT;SOR=1.053;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=84;WE=231502318;WS=231502300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	231506557	rs2256908	G	A	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=15;PP=432;SC=TCACAAATACGTCTCAATAAA;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=231506565;WS=231506547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	231699398	rs11313472	AT	A	65.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr1	231936016	rs2759354	A	G	6939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=148;PP=2965;SC=AGCTACCAGCACATCGTGTTT;SOR=1.224;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=95;TCR=148;TR=243;WE=231936024;WS=231936006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr1	232534776	rs586719	C	T	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=0;PP=414;SC=GCAAAAACATCTACGATTGGT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=232534784;WS=232534772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	232535030	rs629939	C	T	5502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=87;PP=2819;SC=CTGGTCAGAGCAGAAATAAAC;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=90;TCR=87;TR=177;WE=232535038;WS=232535020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	232538234	rs17177525	T	G	3317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=60;PP=1970;SC=CAAATAAGGATAGAATTAGAA;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=47;TCR=60;TR=107;WE=232538242;WS=232538224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	232551416	rs12569188	G	A	6861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=113;NR=120;PP=2965;SC=GTCACAGCACGGGCACCAGCC;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=113;TCR=121;TR=233;WE=232551424;WS=232551406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr1	232564096	rs34949132	CT	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.645;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr1	232564297	rs3210731	T	A	4087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=72;PP=2125;SC=ATGACATCCATCTCACTATAC;SOR=1.026;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=64;TCR=72;TR=136;WE=232564305;WS=232564287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	232568293	rs1547741	A	G	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=45;PP=1273;SC=ATTCAGAGCCACAAGGCTTTA;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=62;WE=232568301;WS=232568283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	232574921	rs2275307	T	C	7729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=154;NR=115;PP=2965;SC=GCGGAGATGGTGGACGCGTAG;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=270;TCF=154;TCR=116;TR=269;WE=232574929;WS=232574911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	232579597	rs4649372	T	A	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=17;PP=490;SC=ATAAACTAAGTATCGGTGATG;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=232579605;WS=232579587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	232581247	rs1409369	C	G	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=6;PP=253;SC=TACAAGGGCCCCCCTTGAGGA;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=232581255;WS=232581237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	232581436	rs12757779	G	A	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.88;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	232581667	rs12723697	G	T	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=8;PP=179;SC=GATGCAGAGCGATCCACCCTT;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=232581675;WS=232581657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	232597987	rs12142629	T	A	9976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=186;NR=161;PP=2965;SC=TCATTAAGTATCACCCGATGA;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=347;TCF=186;TCR=161;TR=347;WE=232597995;WS=232597977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr1	232601241	rs12145798	T	C	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5118;FS=4.856;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=884;ReadPosRankSum=1.136;SC=GACATATATATACACACACAC;SOR=1.555;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=46;WE=232601249;WS=232601223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr1	232601257	rs201794233	TATAC	T	157.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.395;SOR=0.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr1	232601261	rs34840482	CAT	C	832.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.880;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=29;PP=1011;ReadPosRankSum=-0.382;SC=CACACATATACATACACACAC;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=29;WE=232601270;WS=232601247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr1	232607050	rs12116796	T	A	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=11;PP=1035;SC=AACAAAGATATTTTTGGGAAA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=50;WE=232607058;WS=232607040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	232607094	rs12116822	T	C	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=27;PP=1622;SC=GGGAGAATGATAGATCAGGGA;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=87;WE=232607102;WS=232607084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	232629170	rs11294872	TA	T	5683.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.591;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.469;NF=57;NR=101;PP=2986;ReadPosRankSum=-2.219;SC=TCATTAACATTAAAAAAAAAT;SOR=1.115;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=182;TCF=65;TCR=117;TR=158;WE=232629179;WS=232629160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,266:0.98:272
chr1	232629475	rs3737839	C	T	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=28;PP=657;SC=GGATATCTCTCAGTTTGTGTA;SOR=2.432;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=37;WE=232629483;WS=232629465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	232650750	rs3795366	A	G	12599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=257;NR=196;PP=2965;SC=TCTGCAGGACAGAAGTGATGC;SOR=0.896;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=455;TCF=257;TCR=198;TR=453;WE=232650758;WS=232650740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr1	232650867	rs4649383	C	T	17550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=677;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=325;NR=310;PP=2965;SC=TCACACCCATCTTGGGCACAG;SOR=0.723;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=638;TCF=328;TCR=310;TR=635;WE=232650875;WS=232650857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,672:1.00:672
chr1	232941354	rs12567597	G	T	8861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=6.748;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.84;ReadPosRankSum=-1.021;SOR=0.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,341:0.99:343
chr1	233137225	rs140788891	CATAA	C	3008.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.25;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	233225957	rs3215688	CA	C	1649.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.021;HP=11;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.566;NF=3;NR=59;PP=945;ReadPosRankSum=-0.040;SC=TGAGTTAAGGCAAAAAAAAAA;SOR=1.666;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=74;TCF=3;TCR=71;TR=62;WE=233225966;WS=233225947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,90:0.94:96
chr1	233270711	rs139867689	C	T	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=451;SC=TTGATAAGAACAGCCCCCTTT;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=233270719;WS=233270701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	233336129	.	CTTT	C	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=-0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=-1.047;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	233395214	rs2139998	T	A	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=33;PP=907;SC=GATACTTTTTTAATTTTACTT;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=233395222;WS=233395204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	233463785	rs78916182	G	C	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=1;PP=69;SC=ATGGCTTTGCGGGGCGCCGCG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=233463793;WS=233463775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	233515413	rs1402815	G	A	8209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=143;NR=148;PP=2965;SC=AACATAGACCGTCACATCACA;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=291;TCF=143;TCR=148;TR=291;WE=233515421;WS=233515403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr1	233749855	rs2795294	A	G	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=4;PP=560;SC=CGGGGCCAGAAGAGGCGGCGG;SOR=2.753;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=24;WE=233749863;WS=233749847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	233785716	rs17814096	T	G	7794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.025;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.903;SC=CTGATTTGGTTAGAAGATTGT;SOR=0.245;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=268;TCF=145;TCR=123;TR=267;WE=233785724;WS=233785706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,296:1.00:297
chr1	234040742	rs12136133	A	C	5096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	234041422	rs57010808	G	C	20393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=776;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=408;NR=325;PP=2965;SC=CCAGCGGGCCGGTGGGGCTCA;SOR=0.930;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=735;TCF=409;TCR=326;TR=733;WE=234041430;WS=234041412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,775:1.00:775
chr1	234509259	rs10910420	G	C	3962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.78;ReadPosRankSum=-0.584;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
chr1	234510262	rs4300255	A	G	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=50;PP=1490;SC=GCGCAGAGAAAACCTTGCCTG;SOR=1.248;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=82;WE=234510270;WS=234510252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	234519385	rs10797539	T	C	190.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=179;SC=TTATGTTGAATAATATGTTAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=234519393;WS=234519375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	234519452	rs58896934	C	CT	741.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5658;FS=3.047;HP=9;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.369;NF=15;NR=6;PP=213;ReadPosRankSum=0.356;SC=ATTTCAAATCCTTTTTTTTTC;SOR=1.981;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=21;WE=234519460;WS=234519442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr1	234527575	rs3862040	C	T	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=8;PP=183;SC=TTTGTTTATTCACTTATTTTT;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=234527583;WS=234527565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	234528006	rs3754317	A	G	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=5;PP=1021;SC=TGCTTGAGCCAATGAGGCAGA;SOR=3.958;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=47;WE=234528014;WS=234528003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	234529552	rs2175594	C	T	5439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=57;PP=1868;SC=CGGTCCACTCCGCTTGGTTAT;SOR=0.873;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=59;TCR=57;TR=115;WE=234529560;WS=234529542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	234529570	rs2175593	G	A	5176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=54;PP=1745;SC=TATCTGCTTCGACCAAATTAG;SOR=1.028;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=101;WE=234529578;WS=234529560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	234541622	rs2271444	G	T	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=32;PP=1543;SC=GAGAGTGAGGGCGATGAGGTT;SOR=1.211;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=88;WE=234541630;WS=234541612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	234546245	rs1141264	C	T	3264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=41;PP=1647;SC=CTGCTAAAAACGTACAAATGC;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=61;TCR=41;TR=102;WE=234546253;WS=234546235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	234563060	rs443685	T	C	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	234601586	rs270504	G	A	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=37;PP=1067;SC=GATCTCTTACGCTGCAGGCTA;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=65;WE=234601594;WS=234601576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	234603386	rs270502	G	T	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=38;PP=1101;SC=ATGGGTGAAAGAGCCAACATC;SOR=1.512;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=63;WE=234603394;WS=234603376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	234608725	rs34245359	A	AT	154.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=5;PP=102;SC=TCAGAGGGAGATTTTTTTTTG;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=234608733;WS=234608715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	234614921	rs517558	G	T	169.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=4;PP=103;SC=GTGCGCACAGGACCGGCCGGC;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=234614929;WS=234614911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	234745009	rs7545855	A	G	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.52;SOR=1.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	234953834	rs200007946	A	C	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.21;QD=25.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	234953875	rs138215498	C	CA	509.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.35;QD=31.86;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	235299492	rs61837172	C	T	12188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=209;NR=218;PP=2965;SC=GACAGGTCACCCATCTTCTAA;SOR=0.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=429;TCF=211;TCR=218;TR=427;WE=235299500;WS=235299482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr1	235300998	.	C	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.786;NF=7;NR=0;PP=53;ReadPosRankSum=1.435;SC=GCCAGGACTACGTTTTTGAAG;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=7;WE=235301006;WS=235300988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr1	235316185	rs11351017	CT	C	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=1.460;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr1	235357303	rs34768226	A	ATG	3098.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=17;PP=2326;SC=AAATACTTGCACAACAGAACG;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=48;WE=235357322;WS=235357293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	235357314	rs35180803	AT	A	3494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=29;PP=2335;SC=CAACAGAACGATTGTTATGTT;SOR=1.298;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=60;WE=235357322;WS=235357293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	235357543	rs10802438	A	G	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=35;PP=941;SC=TAAGAAAAAAAGTATGTCGTA;SOR=2.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=235357551;WS=235357533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	235383188	rs4659654	A	G	4233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	235392546	rs12731746	T	C	7291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr1	235394541	rs7518225	A	C	538.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=14;PP=374;SC=AAGAAAAAAAACCCAAAATAT;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=235394549;WS=235394531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	235397937	rs35818300	GCA	G	1205.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=17;PP=803;SC=GGGTAAACAGGCACACACACA;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=17;WE=235397946;WS=235397927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	235490391	rs3840452	CA	C	1426.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=20;PP=959;SC=GAAAGAGCCGCAACCAGGCGC;SOR=1.292;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=24;WE=235490399;WS=235490381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	235505313	rs3841735	A	AT	3537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=37;PP=2625;SC=GAAATTTTCAATTTTTTTATT;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=89;WE=235505321;WS=235505303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	235543476	rs10608598	TTGTG	T,TTG	889.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.686;QD=21.18;ReadPosRankSum=-1.672;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,21,14:0.50,0.33:42
chr1	235611535	.	CA	C	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.154;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=5.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=2.612;SOR=2.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr1	235628908	rs1305556	G	A	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=38;PP=1624;SC=AAGATTAAGTGTAAGACATTC;SOR=1.015;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=62;TCR=39;TR=100;WE=235628916;WS=235628898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	235647631	rs291387	G	T	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=12;PP=850;SC=TACAGAGCAGGGCATACCTCT;SOR=1.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=235647639;WS=235647621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	235652513	rs291396	T	C	12250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=254;NR=169;PP=2965;SC=AATAAGGATCTTCCCTGTCTT;SOR=1.084;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=426;TCF=256;TCR=170;TR=423;WE=235652521;WS=235652503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr1	235667690	rs291348	A	G	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=26;PP=788;SC=CGACGTCTGGAGGGCTCCTCG;SOR=1.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=37;WE=235667698;WS=235667677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	235826382	rs36014994	TA	T	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=31;PP=402;ReadPosRankSum=0.384;SC=TGTAAGGCTGTAAAAAAAAAA;SOR=0.726;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=34;WE=235826392;WS=235826372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,53:0.88:60
chr1	235827443	rs3819013	T	C	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=38;PP=867;SC=TTAAAAATCATGTGGAAGGAA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=235827451;WS=235827433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	235827641	rs12092604	C	T	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=3;PP=826;SC=AGAACCTACACCCCAAGGTGA;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=235827649;WS=235827640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	235856901	rs3754232	G	A	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=12;PP=273;SC=ATCATTTGGTGCAAGACCATC;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=235856909;WS=235856891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	235860340	rs7541057	C	T	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=1.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	235878431	rs376528653	AGTT	A	2738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=17;PP=1718;SC=GTCAGTCCTAAGTTGTTGTTG;SOR=1.536;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=35;WE=235878441;WS=235878421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	235887276	rs6667717	G	T	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=5;PP=462;SC=TATAGTTACAGTGGCCCATGA;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=235887284;WS=235887266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	235896726	rs6429275	C	T	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=27;PP=1579;SC=GTCTGAATTCCGGAATACAAA;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=61;TCR=27;TR=88;WE=235896734;WS=235896716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	235910392	rs6676149	A	G	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=9;PP=848;SC=TTGGAATTCAATGCTACAAAA;SOR=1.503;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=49;WE=235910400;WS=235910382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	235910542	rs3754234	C	T	3360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=53;PP=1706;SC=TTTAATGGACCGAAGGAGAAG;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=54;TCR=53;TR=107;WE=235910550;WS=235910532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	235918688	rs149138177	CAAAAG	C	3342.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=43.41;SOR=1.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	235922228	rs3738519	T	C	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=31;PP=1776;SC=CTTTAAAGAATAGTAAAATAA;SOR=1.440;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=68;TCR=31;TR=99;WE=235922236;WS=235922218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	235940450	rs2273584	C	T	3249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=48;PP=1847;SC=GTTGGAGATTCTTTAGATGAT;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=63;TCR=48;TR=111;WE=235940458;WS=235940440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	235945294	rs6696123	T	C	4202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	235972435	rs3820553	T	C	13272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=238;NR=221;PP=2965;SC=AAGCCTGCTGTAGTAAGCGCA;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=459;TCF=238;TCR=221;TR=459;WE=235972443;WS=235972425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr1	235972867	rs1063128	T	C	12934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=231;NR=218;PP=2965;SC=AAGCTGCACTTTGAAGACAAC;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=450;TCF=231;TCR=219;TR=449;WE=235972875;WS=235972857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
chr1	236142565	rs1536132	T	C	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=40;PP=1182;SC=CTGGGGTGGGTCAAGCCTGCA;SOR=2.833;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=50;WE=236142573;WS=236142555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	236205121	rs4297282	T	C	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=8;PP=784;SC=CACCATGTAATGCTCACAACT;SOR=2.613;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=236205129;WS=236205111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	236208688	rs10733131	AT	GA	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=5;PP=2947;SC=ATGATCTATAATACACATTAC;SOR=4.277;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=60;TCF=54;TCR=6;TR=57;WE=236208697;WS=236208678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	236208773	rs10733133	C	T	9309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr1	236209024	rs3768088	C	G	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=68;PP=2023;SC=GGAAAAATATCGATAGATTTT;SOR=2.303;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=23;TCR=69;TR=91;WE=236209032;WS=236209014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	236209081	rs3768089	G	A	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=27;PP=699;SC=CAGTGCTATAGAGCGATGGCA;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=236209089;WS=236209071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	236393654	rs2812471	A	G	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	236395979	rs11388266	C	CT	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=2.290;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr1	236413230	rs2477599	T	A	3874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.279;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=58;PP=2086;ReadPosRankSum=2.960;SC=TTGCTCACAATCTTCTAATTC;SOR=0.247;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=138;TCF=78;TCR=60;TR=136;WE=236413238;WS=236413220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,152:0.99:154
chr1	236433135	rs3834089	AT	A	1772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=17;PP=985;SC=GTCACATATAATACCTTTGAT;SOR=0.823;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=236433143;WS=236433125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	236557771	rs966365	G	A	6299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr1	236557928	rs966364	G	A	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=37;PP=1068;SC=TTTTCGACCCGACTTTTATCT;SOR=1.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=236557936;WS=236557918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	236577762	rs61021118	C	CT	526.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.36;QD=22.90;SOR=4.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	236645670	rs604070	C	T	6852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr1	236700673	rs62670060	GAGC	G	1750.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=7;PP=1413;SC=GCTGGATTCTGAGCAGATTTA;SOR=2.419;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=29;WE=236700683;WS=236700667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	236700807	rs1126407	T	A	7739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.478;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.117;NF=162;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=0.804;SC=GTAATCCCGTTTGTTGGCACC;SOR=0.574;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=280;TCF=164;TCR=116;TR=277;WE=236700815;WS=236700797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,293:1.00:294
chr1	236700823	rs1041934	T	C	8616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.03;QD=25.88;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr1	236700857	rs1041935	C	T	9143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=168;NR=160;PP=2965;SC=GATTGTGATACGTGGGCATGT;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=330;TCF=169;TCR=161;TR=328;WE=236700865;WS=236700847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr1	236700982	rs2737706	T	C	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=62;PP=2020;SC=ATTTGATACTTTGAGGCCCAA;SOR=2.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=24;TCR=62;TR=86;WE=236700990;WS=236700972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	236702153	rs2244808	G	A	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	236702209	rs1041936	CA	TG	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.32;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	236702374	rs2472126	G	A	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	236702447	rs12744425	T	G	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.87;QD=42.91;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	236702450	rs12744427	T	C	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.92;QD=44.73;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	236702475	rs11807205	A	G	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=70;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=62.55;NF=8;NR=11;PP=324;SC=GCCCAGCCTTATATTTCCTAC;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=236702483;WS=236702465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	236702517	rs11807542	T	C	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=86;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=66.33;NF=3;NR=7;PP=206;SC=GCTTTGTAGTTTTTCTCCATA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=236702525;WS=236702507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	236703700	rs2244659	A	G	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=205;SC=AAGCACTGCTAGTGTTTTGGG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=236703708;WS=236703695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	236703734	rs2243405	T	C	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=1;PP=227;SC=CATTTGGTCATGTGTGTGGAG;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=236703742;WS=236703724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	236703767	rs2758994	C	T	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=6;PP=457;SC=AGGTATAAAACTGGACGCAAG;SOR=2.124;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=25;WE=236703775;WS=236703757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	236703832	rs34818366	CG	C	2287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=25;PP=972;SC=TTTTTGGTGGCGGGGGGGGCT;SOR=1.150;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=44;WE=236703840;WS=236703822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	236704888	.	ATAT	AACAGGTTAT,A	637.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.24;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=511;SC=TTATATGTCAATATAAAATAT;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=236704907;WS=236704878;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:14
chr1	236704891	.	TAAA	T	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.34;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	236704894	.	A	AGGTT	602	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=44;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=8;NR=1;PP=602;QD=69.2222222222;SC=GTCAATATAAAATATTTAGAA;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=236704907;WS=236704878;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr1	236704897	.	ATT	A	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.34;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	236706352	rs2758174	A	C	7442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=150;PP=2965;SC=TTTGAAGAGCACCAAATTTTC;SOR=1.079;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=112;TCR=151;TR=262;WE=236706360;WS=236706342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr1	236706371	rs2758175	A	G	5647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=121;PP=2965;SC=TCTTAACTCTATATAAAAATT;SOR=1.189;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=82;TCR=121;TR=203;WE=236706379;WS=236706361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	236706425	rs2244267	G	A	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=46;PP=1277;SC=CCACAATAGAGGCCCAAAGCA;SOR=1.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=63;WE=236706433;WS=236706415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	236706671	rs2243530	T	A	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=488;SC=TGTAATCATGTGTGTTTGCTT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=236706679;WS=236706666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	236706780	rs2243527	C	T	3117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=1.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	236706862	rs2243525	G	C	5113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	236707007	rs2799410	C	T	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	236707036	rs2794786	A	T	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.96;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	236707045	rs2799409	C	T	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.08;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	236708022	rs5781896	GT	G	1289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.479;NF=22;NR=20;PP=648;ReadPosRankSum=-0.903;SC=GTTAATTAAGGTTTTTTTTTT;SOR=0.780;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=42;WE=236708030;WS=236708012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,71:0.91:78
chr1	236708224	rs2244063	A	C	3058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=26.83;SOR=1.149;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	236708316	rs2758181	A	G	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=388;SC=AGTATGTGGAAGTTGTGTATG;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=236708324;WS=236708306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	236708357	rs60495052	C	CCCTT	399.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=61.07;NF=0;NR=7;PP=318;SC=TGTAATTTGCCCCTTTTTATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=236708365;WS=236708347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	236711297	rs2254823	A	T	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=5;PP=579;SC=AATGGCATGTATCCTTTCCTT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=236711305;WS=236711287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	236711323	rs15701	T	C	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=14;PP=824;SC=TGATAATTTATTGTGATGTTA;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=236711331;WS=236711313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	236711586	rs1160	G	A	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=36;PP=939;SC=GCACCATTAGGTCCTGCTGGG;SOR=1.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=54;WE=236711594;WS=236711576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	236714064	rs6989	A	C	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=2;PP=644;SC=GATTTTGTAAAGAAGTGATAA;SOR=4.047;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=236714072;WS=236714058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	236714292	rs373763274	T	TA,TAA	1115.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=12.40;ReadPosRankSum=1.458;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:20,30,40:0.33,0.44:90
chr1	236714335	rs2254487	C	T	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=55;PP=1479;SC=TGAGTCAGTCCGCCTGCCTCG;SOR=1.565;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=72;TCF=17;TCR=55;TR=71;WE=236714343;WS=236714325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	236716741	rs1475132	G	A	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=9;PP=925;SC=ACAAAAGACCGGACCTCTAGT;SOR=2.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=47;WE=236716749;WS=236716731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	236716959	rs2275685	C	T	5829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=102;PP=2965;SC=CCATGGCCACCGAAAACTGTG;SOR=0.817;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=100;TCR=102;TR=201;WE=236716967;WS=236716949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	236717104	rs2275686	A	G	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=24;PP=599;SC=TTGAAAAAATATCCAACATAC;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=236717112;WS=236717094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	236717926	rs2275687	T	C	7244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=124;NR=129;PP=2965;SC=CATCAAGGCTTCTGCTCTCTC;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=253;TCF=124;TCR=129;TR=253;WE=236717934;WS=236717916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	236718524	rs6668848	G	C	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=4;PP=814;SC=CAAGCACTAGGTTGTGTCTTA;SOR=3.145;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=236718532;WS=236718514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	236718561	rs6668926	G	A	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=48;NR=16;PP=1276;SC=GGCACACAGGGCAAGGGTGAC;SOR=1.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=64;WE=236718569;WS=236718551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	236718620	rs1126627	T	C	4629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=50;PP=2758;SC=TTCACCTGGTTCAAGGTGTCA;SOR=1.185;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=102;TCR=50;TR=151;WE=236718628;WS=236718610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	236719135	rs1885532	T	C	7057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=87;PP=2965;SC=AGTCCAGGGCTTCCAGGAAAA;SOR=1.335;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=159;TCR=88;TR=246;WE=236719143;WS=236719125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	236719193	rs1885533	A	G	12256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
chr1	236719259	rs1885534	G	A	12946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=257;NR=265;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.566;SC=ACACAGGAAAGAGATGTGCCA;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=525;TCF=258;TCR=267;TR=522;WE=236719267;WS=236719248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,529:1.00:531
chr1	236720761	rs2799404	T	C	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=538;SC=CGCTATCTGCTTCATAGCCTA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=236720769;WS=236720751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	236721610	rs2275688	G	A	4099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	236721660	rs2275689	T	C	8006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=106;PP=2965;SC=CACAGCAGTGTTCAGCACTGG;SOR=1.068;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=275;TCF=167;TCR=108;TR=272;WE=236721668;WS=236721650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr1	236721731	rs819431	T	C	10121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr1	236722182	rs819432	A	T	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=16;PP=1061;SC=TATATTCAGAAAATAATATAC;SOR=2.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=57;WE=236722190;WS=236722172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	236722489	rs2146122	C	T	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=28;PP=765;SC=AAAAAAAAAACCAACTTCAAT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=236722497;WS=236722479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	236723177	rs10754576	GC	AA	4003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=39;PP=2764;SC=GCAGCTGAAGGCACTCAGAGA;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=81;WE=236723186;WS=236723167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	236724504	rs1077439	G	A	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	236724605	rs1077438	G	T	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	236724715	rs1077437	T	G	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=27;PP=723;SC=CAGGTTCATATCATCTTCATT;SOR=1.487;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=236724723;WS=236724705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	236724766	rs1077436	C	T	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=13;PP=323;SC=ATTTTAATTACATTCTACTGG;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=236724774;WS=236724756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	236729867	rs2758172	C	T	2462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=27.06;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	236732198	rs12135604	C	A	653.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.53;ReadPosRankSum=-0.951;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,36:0.80:45
chr1	236732199	.	A	AC	340.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr1	236735939	rs2853602	T	C	6825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=133;NR=99;PP=2965;SC=TATAGCAAATTGATGAGTATC;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=133;TCR=99;TR=232;WE=236735947;WS=236735929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr1	236739416	rs2115740	C	T	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=22;PP=1504;SC=CTCTTCTGAGCGCACACATGC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=64;TCR=22;TR=86;WE=236739424;WS=236739406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	236740039	rs6658793	G	C	2529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=29;PP=1557;SC=CCAGTACACAGAGGCATGAAC;SOR=1.289;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=87;WE=236740047;WS=236740029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	236744424	rs35257076	A	AT	1021.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=587;ReadPosRankSum=1.636;SC=GCCCTCTGCTATTTTTTTTTA;SOR=0.618;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=33;WE=236744432;WS=236744414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,50:0.94:53
chr1	236744712	rs4518892	C	A	3668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.09;SOR=1.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	236746275	rs2794769	G	C	6193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=126;PP=2965;SC=CAGTTTTGCAGAGTATCACAT;SOR=1.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=82;TCR=126;TR=208;WE=236746283;WS=236746265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	236746443	rs2794768	C	T	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	236748505	rs1006456	T	C	20800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=800;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,796:1.00:796
chr1	236748630	rs1006455	C	T	4359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.33;SOR=3.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	236748636	rs1006454	G	A	4085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.91;SOR=4.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	236749022	rs10925166	G	A	549.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.630;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.33;ReadPosRankSum=1.297;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr1	236749026	rs10925167	T	A	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=7.112;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.99;ReadPosRankSum=0.097;SOR=2.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr1	236749348	rs2794764	C	T	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=14;PP=435;SC=GGTTTGCTTTCTATTTTTCCT;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=236749356;WS=236749338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	236749451	rs3831993	TA	T	778.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=7;PP=345;SC=TACTGGCATATAAGCATGACC;SOR=0.793;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=236749459;WS=236749444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	236749649	rs2794763	T	C	3463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	236749817	rs2799420	C	T	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=25;PP=674;SC=GGCAAAAATTCATCATTACAT;SOR=1.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=236749825;WS=236749807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	236751519	rs34200005	GA	G	879.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=19;PP=848;SC=AGGGCCTTTTGAGATTAATAA;SOR=3.352;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=236751527;WS=236751509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	236755170	rs2794760	G	T	5702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	236755427	rs2794759	A	G	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=45;PP=1364;SC=AGCAATTAAAAAGTGAATTCA;SOR=1.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=67;WE=236755435;WS=236755417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	236755690	rs2794758	G	A	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=190;SC=TCCGATACTCGCCCCTTCTTG;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=236755698;WS=236755680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	236755814	rs2794757	G	A	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.91;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	236755837	rs2564739	C	T	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.49;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	236755937	rs67239913	TA	T	440.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.802;HP=11;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=226;ReadPosRankSum=0.579;SC=TAGAAGGCTGTAAAAAAAAAA;SOR=0.916;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=14;WE=236755945;WS=236755927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr1	236757200	rs2564738	A	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=7;PP=514;SC=AATGATACAGACAAAACAAGA;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=236757208;WS=236757190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	236757229	rs2794754	G	A	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	236757507	rs2794753	A	G	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=349;SC=CGTTCTCAGAATAAAACACAC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=236757515;WS=236757497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	236758887	rs2794751	T	C	8498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=156;NR=150;PP=2965;SC=AAGCATGTAATGCAGAAGAGG;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=306;TCF=156;TCR=150;TR=306;WE=236758895;WS=236758877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr1	236759060	rs2794750	T	C	4503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=46;PP=2959;SC=TCACTTATCTTACAAAAAAAA;SOR=1.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=89;TCR=46;TR=135;WE=236759070;WS=236759050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	236767072	rs1529540	A	G	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=2;PP=391;SC=CTACTCATAAACATTTCAAGC;SOR=4.047;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=236767080;WS=236767066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	236767176	rs1529541	C	G	4522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.49;SOR=1.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	236767178	rs375752396	AG	A	1227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.04;ReadPosRankSum=0.813;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,79:0.77:102
chr1	236767182	rs6650089	G	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=-0.481;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,18:0.17:105
chr1	236767330	rs10802551	A	G	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=67;PP=2311;SC=CTTCATCTCTAGATAAGAGGC;SOR=1.196;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=54;TCR=68;TR=121;WE=236767338;WS=236767320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	236881403	rs2275399	C	T	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=29;PP=861;SC=CCAAAGAAAACCTTTCCAAAG;SOR=2.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=236881411;WS=236881393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	236882110	rs1341865	G	A	3354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	236882303	rs1341864	T	C	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=47;PP=1251;SC=TGGTGTCCATTGGCGCTGAAG;SOR=1.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=75;WE=236882311;WS=236882293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	236883240	rs1768053	T	C	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=4;PP=495;SC=TTATGAATACTGTATTTATAA;SOR=2.494;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=22;WE=236883248;WS=236883230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	236883421	rs1341863	C	T	5133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=77;PP=2854;SC=TTGATGGCAACGTGAAAATGA;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=97;TCR=77;TR=174;WE=236883429;WS=236883411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	236883564	rs1341862	G	A	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=27;PP=748;SC=TGAGCAAGATGTTTTAAAGTC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=236883572;WS=236883554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	236890781	rs1768056	A	G	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=9;PP=628;SC=CAAGGAAGTCAAAAGGAGAGG;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=236890789;WS=236890775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	236897633	rs707203	A	G	4904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=63;PP=2965;SC=ATGGGGGCGAAGGGGGAGGAT;SOR=1.453;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=111;TCR=63;TR=174;WE=236897641;WS=236897623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	236899899	rs11355106	TC	T	3993.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=64;PP=2559;SC=TGTGGAAGGATCCCCCTCCAG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=5;TCR=65;TR=69;WE=236899907;WS=236899889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	236900018	rs7542508	G	A	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=11;PP=296;SC=ATTTCCAAAGGCTAATGTTAT;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=236900026;WS=236900008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	236900598	rs7521191	C	T	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	236902560	rs7527525	C	T	6600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr1	236902594	rs2288601	C	G	10072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=207;NR=167;PP=2965;SC=TTTGTGTTTGCGGAGCAGCTT;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=375;TCF=208;TCR=167;TR=374;WE=236902602;WS=236902584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr1	236902865	rs2288602	A	C	7213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=117;NR=123;PP=2965;SC=TCCTGGCGCCACGGGAAGCCC;SOR=0.876;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=117;TCR=123;TR=240;WE=236902873;WS=236902855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	236902955	rs7544174	T	C	2805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.51;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	236914610	rs3738545	G	C	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=555;SC=CTTGACTTCTGTGTACCTAAA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=236914618;WS=236914600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	236924506	rs2282366	A	G	7084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=136;PP=2965;SC=CTGCTTTAGCAGGAGTCCACT;SOR=1.153;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=237;TCF=101;TCR=136;TR=237;WE=236924514;WS=236924496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	236958532	rs28372871	G	T	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=20;PP=1196;SC=GAGGAGCTCGGGCAGACCAAT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=71;WE=236958540;WS=236958522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	236978992	rs5781924	T	TTCTG	9178.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=90;PP=2918;SC=GCACAATACATTCTTTTATTA;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=5;TCR=111;TR=94;WE=236979000;WS=236978982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	236988593	rs5781926	A	AT	5886.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=51;PP=2969;SC=TACAGTGTATATTTTTAAGGC;SOR=1.179;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=112;TCF=49;TCR=63;TR=96;WE=236988601;WS=236988583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	237001926	rs3820568	A	G	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=23;PP=655;SC=GGCCTAATCCATTGTGTTTCC;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=237001934;WS=237001916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	237013550	rs146375090	AT	A	3390.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.21;SOR=2.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	237013553	rs200399202	T	A	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.59;SOR=2.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	237023333	rs10925254	T	C	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=80;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=19;PP=552;SC=CCACTGATTCTCAACCTGGGG;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=237023341;WS=237023323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	237037998	rs150727404	CT	C	804.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.067;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.199;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,67:0.74:91
chr1	237038008	rs10925256	T	A	1635.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.835;QD=15.58;ReadPosRankSum=1.459;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,87:0.83:105
chr1	237048562	rs2275566	G	A	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=31;PP=817;SC=TAATGTGACTGTTTTTTATGA;SOR=2.531;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=40;WE=237048570;WS=237048552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	237049879	rs12065382	C	T	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=26;PP=749;SC=CTGAGATGGACTCATAGCAGC;SOR=3.690;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=29;WE=237049887;WS=237049869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	237054569	rs2229276	A	G	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=42;PP=1295;SC=ACCTGTACGCAGAGGCTGCTG;SOR=1.154;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=78;WE=237054577;WS=237054559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	237057608	rs2297965	G	A	5723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=136;NR=65;PP=2965;SC=CTGGCGCCACGTTCTTGCTAA;SOR=1.532;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=136;TCR=65;TR=201;WE=237057616;WS=237057598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr1	237058744	rs12070777	C	A	6243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=113;NR=96;PP=2965;SC=CAGACCTGCGCAGGCTGCGGT;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=113;TCR=96;TR=209;WE=237058752;WS=237058734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr1	237058828	rs1131449	C	T	3792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=62;NR=62;PP=2113;SC=TGTGGAGACTCGCAGACATCG;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=62;TCR=62;TR=124;WE=237058836;WS=237058818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	237058996	rs75739277	C	CTATT	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=488;SC=TCACTCGTAGCTATTCTGCAT;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=237059004;WS=237058986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	237060433	rs3820571	G	T	7116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=141;PP=2965;SC=GCTAGCTGTTGCATTATATGT;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=115;TCR=142;TR=256;WE=237060441;WS=237060423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr1	237060945	rs67705775	CT	C	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=1.781;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr1	237061056	rs2853522	A	C	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=10;PP=264;SC=GCTGACACTTACCTGCTTCTG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=237061064;WS=237061046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	237063335	rs1050996	G	C	7695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=160;NR=112;PP=2965;SC=ATTTGCAGACGTTATGATCTT;SOR=1.017;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=273;TCF=160;TCR=113;TR=272;WE=237063343;WS=237063325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr1	237063504	rs9779	A	G	2961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=68;PP=1944;SC=TTAGATATATATATTCATTCT;SOR=1.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=31;TCR=68;TR=99;WE=237063512;WS=237063494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	237551241	rs71561868	G	GTC	945.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=841;SC=AGCAGGCACTGTCTATCTCTG;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=237551249;WS=237551231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	237551376	rs10754602	T	A	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=30;PP=1301;SC=AATGATTTTTTATCCTTACAG;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=76;WE=237551384;WS=237551366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	237580606	rs6673182	G	T	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.95;SOR=4.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	237580612	rs6673187	G	C	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.34;SOR=4.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	237617757	rs3765097	C	T	4611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	237619875	rs5781961	A	AT	2054.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=3.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.032;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,151:0.67:227
chr1	237620049	rs2045955	T	C	4976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=96;PP=2965;SC=AGAAGCATGATTGGGTTCATA;SOR=1.217;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=169;TCF=72;TCR=97;TR=167;WE=237620057;WS=237620039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	237632285	rs35662567	A	AT	2082.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=5;PP=1892;SC=TAGATGTAACAGAGGATATTT;SOR=3.570;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=237632293;WS=237632275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	237632595	rs71561877	T	TGTG	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=41;PP=2091;SC=TTGAGTGAGGTGTGGTGGTGT;SOR=1.270;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=44;WE=237632603;WS=237632585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	237656185	rs139196633	A	AAGGGAGGG	922.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.02;QD=51.26;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	237693610	.	CA	C	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=1.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=0.646;QD=1.17;ReadPosRankSum=1.167;SOR=0.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,42:0.25:165
chr1	237693921	rs2779365	A	G	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	237711644	rs2618661	T	C	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=7;PP=590;SC=GGAAGAACAGTAATGAGGTAG;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=237711652;WS=237711634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	237711797	rs2253273	A	G	4052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=76;NR=58;PP=2194;SC=TCACCCCATCACAAGAAGCAA;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=76;TCR=58;TR=134;WE=237711805;WS=237711787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	237714103	rs2306238	G	A	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=347;SC=TAGTCTAGGTGTGGAATTTCA;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=237714111;WS=237714093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	237730124	rs2805390	A	G	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=34;PP=887;SC=CTGGAGGCTCATCTCCTCTGC;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=53;WE=237730132;WS=237730114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	237730169	rs2779401	C	T	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=489;SC=ACCAGTGTTTCCCACAGCACA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=237730177;WS=237730159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	237732395	rs2805396	G	A	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=3;PP=585;SC=GGGTGGGTGCGATTTTCCTGG;SOR=2.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=29;WE=237732403;WS=237732388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	237753074	rs11331089	AT	A	4529.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.870;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.305;NF=53;NR=69;PP=2174;ReadPosRankSum=-0.894;SC=CTAAAACTTGATTTTTTTTTT;SOR=0.239;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=149;TCF=70;TCR=79;TR=122;WE=237753082;WS=237753064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,218:0.97:224
chr1	237753279	.	C	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=4.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=-2.829;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,35:0.15:230
chr1	237754340	rs1332777	A	G	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=50;PP=1490;SC=TATGTGAGGAAGGTTACAGTC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=74;WE=237754348;WS=237754330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	237755188	rs2618713	C	T	8077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=116;NR=161;PP=2965;SC=TTATTTCTATCTGTCACTCAT;SOR=1.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=277;TCF=116;TCR=161;TR=277;WE=237755196;WS=237755178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr1	237755203	rs2779430	T	C	6221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=130;PP=2965;SC=ACTCATTATGTTTTACATCTC;SOR=1.428;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=80;TCR=130;TR=210;WE=237755211;WS=237755193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	237757027	rs1478915	G	A	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=29;PP=738;SC=TGTGACCAAGGTATTTCTATT;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=237757035;WS=237757017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	237765200	rs2805418	G	A	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=3;PP=385;SC=CACATCAATCGATATGCAAGA;SOR=2.200;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=20;WE=237765208;WS=237765190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	237765470	rs791541	A	T	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=22;PP=595;SC=TATAGCATTGATTTATTCTGA;SOR=1.547;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=237765478;WS=237765460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	237794603	rs1759123	A	G	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=27;PP=1931;SC=GTGGCTTATTAAATACTGTGA;SOR=1.931;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=68;TCR=27;TR=94;WE=237794611;WS=237794593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	237801770	rs707189	T	C	6324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=125;PP=2965;SC=TTGACTTTCTTAGATTTGCTG;SOR=1.009;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=226;TCF=101;TCR=125;TR=225;WE=237801778;WS=237801760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr1	237802559	rs530109	T	C	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.00;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	237824332	rs471647	G	A	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=23;PP=666;SC=TTTTTCTAAAGAATAATCTGA;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=237824340;WS=237824322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	237831103	rs477245	C	A	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	237850666	rs10679267	C	CTT	1344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=3.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.01;ReadPosRankSum=1.940;SOR=1.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,73:0.76:96
chr1	237862164	rs1521745	G	C	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	237862436	rs1521744	T	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=294;SC=GGATTTGTAATAAAGTCTTTA;SOR=2.985;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=237862444;WS=237862426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	237863439	rs12754190	G	A	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=17;PP=1368;SC=TAGAGTAATGGAGAAATAAAC;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=69;WE=237863447;WS=237863429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	237863718	rs2797436	T	G	7165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=25.59;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr1	237863790	.	G	GT	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=1.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=3.141;QD=0.67;ReadPosRankSum=-0.260;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,25:0.21:120
chr1	237865203	rs939699	C	T	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=12;PP=955;SC=CTGAATAGTACATAGCTTAAG;SOR=1.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=47;WE=237865211;WS=237865193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	237872714	rs35261418	GT	G	1804.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.69;MQRankSum=1.321;QD=13.17;ReadPosRankSum=-0.973;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,118:0.86:137
chr1	237881770	rs2797441	C	T	2972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	237890437	rs2685301	C	T	8264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=154;NR=140;PP=2965;SC=AACTACTGTCCAAGCAGAGGA;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=295;TCF=155;TCR=140;TR=294;WE=237890445;WS=237890427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr1	237890590	.	T	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=14.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.830;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr1	237893674	rs2797445	C	T	4546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=76;PP=2477;SC=TTTAGTGGGGCTCTAAGATGA;SOR=1.013;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=72;TCR=76;TR=148;WE=237893682;WS=237893664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	237923053	rs2253831	C	T	4951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=111;NR=58;PP=2855;SC=TCAGTGGCCACGTGGTTTCTA;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=111;TCR=58;TR=169;WE=237923061;WS=237923043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	237924112	rs2056387	C	A	365.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=0;PP=54;SC=ACGGTTGGTACGCAATGAATG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=3;WE=237924120;WS=237924110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	237924114	rs6143694	C	CAATGAATGGAGACATGT	490.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=54.53;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	237955666	.	T	TGTGTGTGCGCGC	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.29;QD=22.70;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	237955696	rs377631533	TGC	T	328.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.50;MQRankSum=-0.325;QD=27.38;ReadPosRankSum=1.767;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,9:0.75:12
chr1	237957146	rs790902	G	A	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=16;PP=1109;SC=TAATTTTAACGTATTTATTTT;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=57;WE=237957154;WS=237957136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	237957161	rs790901	A	G	2643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=28;PP=1643;SC=TATTTTTCCTATGTAGGTCCC;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=85;WE=237957169;WS=237957151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	237957309	rs790900	A	C	4015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=70;PP=2268;SC=TGAGTAAATAATTATATGAGA;SOR=0.988;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=63;TCR=70;TR=133;WE=237957317;WS=237957299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	237958750	rs35572672	A	AT	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.431;NF=0;NR=2;PP=31;ReadPosRankSum=-0.751;SC=TAATGTCTCCATTTTTTTTTT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=237958758;WS=237958740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	237965133	.	AT	A	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=3.815;QD=0.45;ReadPosRankSum=-0.611;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,60:0.20:303
chr1	238045590	rs2794813	C	T	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=596;SC=GTATCAGTTTCTATTCTATTC;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=238045598;WS=238045580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	238045995	rs2275694	T	C	2988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=38;PP=1826;SC=TTGCTTTGATTAGTAATTTAG;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=91;WE=238046003;WS=238045985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	238046253	rs2794814	T	C	182.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=106;SC=CTTGGTTCTATGCCTTACAAA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=238046261;WS=238046243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	238048325	rs2298100	A	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=15;PP=558;SC=TCATGTAATTAGTAACAAGGG;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=238048333;WS=238048315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	238051933	rs2236595	C	T	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=14;PP=330;SC=TAGGTGTCTACTCCATATTGT;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=238051941;WS=238051923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	238053524	rs538499	T	C	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=53;PP=1378;SC=CAGTCTCCAGTGCCAGAAAGG;SOR=1.810;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=73;WE=238053532;WS=238053514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	240254874	rs7521945	T	C	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=84;SC=TCAGTTTTTCTCCGTGTAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=240254882;WS=240254864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	240255203	rs12727981	G	T	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	240255568	rs140531536	GGGC	G	2590.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.34;QD=43.18;SOR=3.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	240256822	rs10926124	C	A	8952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=202;PP=2965;SC=AGCACCGGGCCGACGGCGGCC;SOR=1.953;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=81;TCR=203;TR=282;WE=240256830;WS=240256812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr1	240286773	rs3820506	C	G	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	240370913	.	TGCCCCCTCTACCCGGAGCGGGAATACCTCCTCC	T	3773.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.04;QD=46.02;SOR=2.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	240370985	rs111896385	C	T	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.61;QD=45.91;SOR=2.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	240371028	rs150923193	A	G	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=2.187;QD=31.15;ReadPosRankSum=0.257;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,32:0.82:39
chr1	240371075	rs71646825	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.109;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQRankSum=0.869;QD=17.75;ReadPosRankSum=-3.361;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr1	240371085	rs71646826	A	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQRankSum=0.674;QD=15.68;ReadPosRankSum=-2.881;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	240421383	rs10926181	G	A	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=20;PP=642;SC=TTTGGGCTGAGGGATATGATG;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=240421391;WS=240421373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	240421437	rs10926182	C	T	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=331;SC=CTGTGTAAACCGAGGTTAGTA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=240421445;WS=240421427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	240457973	rs7526497	G	T	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=464;SC=AATTCCTGGTGCAGGCTTTGC;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=240457981;WS=240457963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	240492543	rs6686353	G	A	3611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;SC=ATGCAAATGCGGTGTCTTCAG;SOR=1.160;Source=Platypus;TCF=73;WE=240492551;WS=240492533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	240492896	rs75147245	C	T	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=38;PP=1006;SC=CGCAGTCCCACAGAAGGGAAC;SOR=3.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=43;WE=240492904;WS=240492886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	240497265	rs10157874	A	C	3441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=44;PP=2105;SC=ATTTTTACATATAGTCATATT;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=114;WE=240497273;WS=240497255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	240601269	rs2356386	A	G	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=62;NR=25;PP=1496;SC=ATAATTGTGCATGAATAAAAT;SOR=1.634;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=63;TCR=25;TR=87;WE=240601277;WS=240601259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	240635491	rs2210861	G	C	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=228;SC=ATAAATTAGCGTCTGTAGCTG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=240635499;WS=240635483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	240655330	rs9287248	G	A	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=11;PP=680;SC=TTCTGAGTAAGACACCTTCTG;SOR=1.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=240655338;WS=240655320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	240656824	rs10926280	C	A	6304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=115;PP=2965;SC=CCGTAGAGTACGGGATCAATC;SOR=1.412;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=195;TCF=77;TCR=118;TR=192;WE=240656832;WS=240656814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	240975213	rs2275742	T	C	8499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=185;NR=105;PP=2965;SC=AGCAATGTGTTTTACCTTAAA;SOR=1.239;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=290;TCF=185;TCR=105;TR=290;WE=240975221;WS=240975203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr1	240975435	rs2275744	C	T	3841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=101;PP=2955;SC=ATGTGTGCCTCGAAGTTCCCA;SOR=2.233;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=33;TCR=101;TR=134;WE=240975443;WS=240975425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	240977964	rs12744536	G	T	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=7;PP=428;SC=TTAAACACATGTAATTGTCAT;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=240977972;WS=240977954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	240979803	rs3738068	G	A	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=29;PP=720;SC=CATAAATTCAGTAAGGTCTCT;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=240979811;WS=240979793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	241100122	rs261857	G	T	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=397;SC=CCTCTTGAAAGATTTAATTTC;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=241100130;WS=241100112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	241146322	rs7520707	A	G	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.41;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	241519098	rs4659599	T	A	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=56;PP=1628;SC=CTTGGTCCACTCTCAAGATAC;SOR=1.042;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=47;TCR=56;TR=103;WE=241519106;WS=241519088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	241667244	rs4659607	G	T	3580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=29;PP=2382;SC=GCATCCAGCTGCGGGATAACT;SOR=2.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=89;TCR=30;TR=117;WE=241667252;WS=241667234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	241767930	rs632966	G	A	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=38;PP=1100;SC=GGGGGAAACCGGGCATAAGAG;SOR=1.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=241767938;WS=241767920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	241838057	rs67170285	C	T	3029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.28;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	241838065	rs66585415	T	C	2994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.70;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	241846828	rs41310589	C	T	6122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.85;ReadPosRankSum=-0.460;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,256:0.96:268
chr1	241847018	rs10802979	C	T	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=26;PP=730;SC=GAGTATCATACAGTTAATTTA;SOR=1.378;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=241847026;WS=241847008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	241935987	rs35632793	AC	A	2828.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=16;PP=1921;SC=CTGATCTGGAACTCCTGACCT;SOR=1.675;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=45;WE=241935995;WS=241935977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	241951034	rs6429312	C	T	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=7;PP=697;SC=GGTCTTGAACCCAAGTAAAAA;SOR=1.501;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=34;WE=241951042;WS=241951024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	241951106	rs6429313	A	G	3596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	241954005	rs35435449	TA	T	327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-1.067;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,54:0.34:157
chr1	241958401	rs146518112	C	CTTGT	1436.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=3;PP=1020;SC=AGGGAAGTCCCTTAAGATCAC;SOR=2.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=22;WE=241958417;WS=241958391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	241958409	rs55865277	C	T	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=4;PP=818;SC=CCCTTAAGATCACACATCTAA;SOR=3.086;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=241958417;WS=241958391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	242015820	rs2526704	A	G	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=12;PP=360;SC=AGTGGCTTGCACCTGTTGTCC;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=242015828;WS=242015810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	242020495	rs2995544	C	T	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=12;PP=689;SC=CTAAAACTTACAGTAGAAAAA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=242020503;WS=242020485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	242023898	rs4149909	A	G	6829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.10;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	242030151	rs735943	A	G	6857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.809;SC=TCAAGAAGTCATAGTTGGGAT;SOR=0.917;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=253;TCF=146;TCR=107;TR=249;WE=242030159;WS=242030141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,274:0.99:276
chr1	242042545	rs1776148	A	G	5101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=77;PP=2922;SC=TTACGAGAAGAGGCATGTTCT;SOR=0.714;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=174;TCF=97;TCR=77;TR=172;WE=242042553;WS=242042535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	242042690	rs1418760	A	G	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=54;PP=1544;SC=TATATGTAAGAAAAAATAGAT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=83;WE=242042698;WS=242042680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	242045275	rs1635498	C	T	4185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	242048514	rs10666416	G	GTAAATAAA	951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=504;SC=ATCTCAAAAAGTAAATAAATA;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=7;WE=242048522;WS=242048504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	242048945	rs1635488	C	T	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=8;PP=200;SC=TTTCTCTCTTCCCTTTAGCTA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=242048953;WS=242048935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	242053042	rs851797	A	G	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=34;PP=968;SC=TTTGTATATTAACTTTATAAT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=242053050;WS=242053032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	242271036	rs141070061	C	T	4933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=70;PP=2864;SC=TAAAGTTAAACGTAAGGGGAT;SOR=0.986;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=170;TCF=99;TCR=71;TR=169;WE=242271044;WS=242271026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	242383170	rs5782230	T	TAC	1678.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=7;PP=1066;SC=CTCTTAAAACTACAGTTAAGA;SOR=1.552;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=22;WE=242383178;WS=242383160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	242383201	rs1973498	T	G	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=12;PP=1293;SC=CTGTAGGTTTTAGGATCCTTA;SOR=1.734;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=58;WE=242383209;WS=242383191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	242383510	rs7547029	T	C	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=52;PP=1589;SC=TGGTTCACCATTTGTCCCAAT;SOR=2.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=14;TCR=52;TR=66;WE=242383518;WS=242383500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	242511556	rs112478548	AACAAAG	A	5349.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=66;PP=2974;SC=TGAAAGAGGAAACAAAGACAA;SOR=1.225;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=79;TCF=5;TCR=74;TR=71;WE=242511569;WS=242511546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	243354253	rs140907098	C	A	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=11;PP=1308;SC=TACTAGTAGTCTAGTAAATGA;SOR=3.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=59;WE=243354261;WS=243354243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	243362331	rs2789172	C	T	4792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.77;QD=28.19;SOR=2.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	243388643	rs76382655	A	G	3324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=70;PP=2110;SC=AACATGAAGAAAAATATACGT;SOR=1.777;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=35;TCR=70;TR=105;WE=243388651;WS=243388633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	243481431	rs2783972	A	G	7713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.245;SC=GACAGATTGTATAAAGAAAAT;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=276;TCF=131;TCR=145;TR=274;WE=243481439;WS=243481421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,296:0.99:298
chr1	243493484	rs2636324	C	T	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=241;SC=TGGATACTTACGTATTTCGTG;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=243493492;WS=243493474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	243579112	rs10927011	G	A	3038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=62;PP=1960;SC=AGCAAATGGAGGCCCAGCATG;SOR=1.462;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=39;TCR=62;TR=101;WE=243579120;WS=243579102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	243736210	rs66631932	CT	C	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=1.486;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr1	244218691	.	AAT	A	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=5.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.374;SOR=0.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr1	244579519	rs3123696	T	C	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=13;PP=486;SC=GTTAGGATTATATTTTAAAGC;SOR=0.997;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=244579527;WS=244579509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	244723920	rs7522899	C	G	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=13;PP=1405;SC=AATTGTTAGGCCCGTCTCTAA;SOR=2.269;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=62;WE=244723928;WS=244723910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	244724092	rs7544794	G	A	12144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=228;NR=187;PP=2965;SC=TAAGTCTATCGGTGACTGCTA;SOR=0.810;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=415;TCF=228;TCR=187;TR=415;WE=244724100;WS=244724082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr1	244735858	rs10927267	A	G	5059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=96;NR=75;PP=2965;SC=TAGCTTTCACAACAAAAGACA;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=96;TCR=75;TR=171;WE=244735866;WS=244735848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	244747051	rs6429486	G	C	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=6;PP=548;SC=TCTAGAAATTGGCGTGGGAGG;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=244747059;WS=244747041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	244747150	rs6429487	G	A	4483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.01;SOR=1.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	244747293	rs6429488	CG	TA	6243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=69;PP=2947;SC=AATGTATAGGCGGTCAACCAA;SOR=1.203;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=51;TCR=72;TR=117;WE=244747302;WS=244747283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	244747339	rs6429490	G	A	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=45;PP=1176;SC=ATACCTCCATGCAATACCTCC;SOR=2.070;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=63;WE=244747347;WS=244747329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	244754961	rs41269387	C	A	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	244773784	rs6698173	T	C	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=29;PP=671;SC=ATTTTTAAAATGCTTCATCTT;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=244773792;WS=244773774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	244803205	rs10572994	CT	C	2522.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=2.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.000;QD=11.73;ReadPosRankSum=-0.146;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,179:0.83:215
chr1	245005373	rs10927335	A	G	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=25.43;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	245005492	rs150123625	T	TG	1814.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=16;PP=1031;SC=TGCTTATTTTTACAGGTAGAA;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=23;WE=245005500;WS=245005482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	245005713	rs12095737	A	C	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=11;PP=277;SC=GAAATCTTAAAATGCTTGAAC;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=245005721;WS=245005703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	245006492	rs199795132	T	TAGAAA	2149.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=31;PP=2931;SC=ATCTTGAGCATAGAAGTCAAT;SOR=1.473;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=48;WE=245006500;WS=245006482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	245018456	rs113724064	TAGCA	T	3953.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=51;PP=2755;SC=TAATCTTAGGTAGCAAGCAAT;SOR=1.662;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=4;TCR=57;TR=55;WE=245018467;WS=245018446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	245021132	rs9730334	C	G	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=40;PP=1575;SC=CTTACACTAACGGACAAAAAT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=63;WE=245021140;WS=245021122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	245021291	rs11299108	TA	T	2246.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.018;HP=13;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=40;PP=737;ReadPosRankSum=-0.341;SC=ATGCCACAGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.932;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=87;TCF=34;TCR=53;TR=67;WE=245021301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:19,147:0.89:166
chr1	245025692	rs12124462	A	T	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;QD=40.56;SOR=4.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	245025697	.	T	TAAA	854.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.000;QD=37.16;ReadPosRankSum=1.739;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr1	245133489	rs7545078	T	G	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=31;PP=1494;SC=GGGGGCCGGGTGGCAGACGGG;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=77;WE=245133497;WS=245133479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	245133539	rs7542813	A	G	3783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=45;PP=2544;SC=GTGGCGCGAAACGGGGACAGG;SOR=1.927;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=126;TCF=81;TCR=45;TR=124;WE=245133558;WS=245133529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	245133549	rs10536649	GGC	G	3700.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=49;PP=2973;SC=ACGGGGACAGGGCGCGCGCTC;SOR=2.330;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=92;TCF=39;TCR=53;TR=87;WE=245133558;WS=245133529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	245133623	rs145835471	T	TCCTCC	8343.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=69;PP=2699;SC=GAGCGGCCCCTCCTCCAGGCC;SOR=1.224;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=98;TCF=21;TCR=77;TR=86;WE=245133631;WS=245133613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	245165456	rs111647414	C	T	4700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=99;NR=57;PP=2609;SC=GATAAGGCCTCGGACTTTACT;SOR=1.073;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=100;TCR=57;TR=156;WE=245165464;WS=245165446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	245179011	.	CAA	C,CA	2695.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.835;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.784;QD=12.84;ReadPosRankSum=3.282;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:24,62,124:0.30,0.59:210
chr1	245179171	rs1196365	C	T	8295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.23;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	245179188	rs1196366	G	T	6448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=92;PP=2776;SC=CCGCATCACTGTGCTGCCTGG;SOR=1.373;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=50;TCR=95;TR=142;WE=245179196;WS=245179178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	245180639	rs34180210	AT	A	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.717;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr1	245222634	rs694793	C	G	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=9;PP=847;SC=TTGGAGAAACCTGGCCTTTTC;SOR=2.511;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=45;WE=245222642;WS=245222624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	245222839	rs579269	G	T	2743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=60;PP=1655;SC=AATCCTTACCGGAAACTAAAA;SOR=1.189;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=99;WE=245222847;WS=245222829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	245245378	rs10927386	T	C	4841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=58;PP=1603;SC=ACTTATTGAATGTTTAGGTAG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=112;WE=245245386;WS=245245368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	245245402	rs10927387	C	T	4238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=50;PP=1490;SC=AAGAAGAACCCACTGGATACA;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=89;WE=245245410;WS=245245392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	245318688	rs12409851	C	T	8325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=156;NR=137;PP=2965;SC=GATGTAGCGTCGGTGGAACCT;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=293;TCF=156;TCR=137;TR=293;WE=245318696;WS=245318678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr1	245847709	rs113843114	G	T	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.85;SOR=1.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	245847748	rs12040925	C	T	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=54;PP=1601;SC=CCTTTGGAGCCGTGCCCTGGA;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=35;TCR=54;TR=89;WE=245847756;WS=245847738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	245851304	rs6701084	A	G	13292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=208;NR=245;PP=2965;SC=GCAGGGCGACAGTCAGCCACT;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=454;TCF=208;TCR=246;TR=453;WE=245851312;WS=245851294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,496:1.00:496
chr1	246027034	rs2153404	G	C	5188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=48;PP=2965;SC=ACCTCATTACGACAGGGCTTC;SOR=1.759;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=120;TCR=48;TR=168;WE=246027042;WS=246027024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	246091456	.	ATG	A	3729.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=44.40;SOR=1.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	246091459	.	C	CAG	3729.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=44.40;SOR=1.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	246091465	rs2275317	G	A	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=46.44;SOR=1.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	246091531	rs6669866	T	C	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=81;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=15;PP=403;SC=GCAATTCTCCTCAAGATGCAG;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=246091539;WS=246091521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	246093465	.	G	GA	615.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=5.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=3.399;QD=2.18;ReadPosRankSum=-0.429;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,84:0.30:282
chr1	246489769	.	T	TA	943.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=2.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.901;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,67:0.60:112
chr1	246489842	rs139780901	G	A	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=35;PP=1047;SC=TTGGGAGGCCGAGGCGGGTGG;SOR=1.559;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=50;WE=246489850;WS=246489832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	246490438	rs3737245	T	C	7447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.41;SOR=1.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	246490442	rs3737246	A	G	7727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.46;SOR=1.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	246498866	rs10159376	A	C	2257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=51;PP=1580;SC=ATAAACATTAAATTTTAATAG;SOR=2.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=67;WE=246498874;WS=246498856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	246670281	rs6671418	G	C	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	246670297	rs201911211	CCCT	C	86.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=4.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.631;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr1	246670298	rs150603688	CCT	C	522.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.84;ReadPosRankSum=0.792;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr1	246670333	rs6426303	A	G	4385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.07;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	246670481	rs7520453	C	G	9508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr1	246711816	rs5782396	GA	G	3224.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=34;PP=1916;SC=CACGTAGGGAGAAAAAGGAAA;SOR=1.133;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=52;WE=246711824;WS=246711806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	246712033	rs1890160	A	G	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=39;PP=1095;SC=TTGGATTTAAAAGAAACATGT;SOR=2.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=53;WE=246712041;WS=246712023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	246714426	rs12140400	A	G	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=9;PP=245;SC=GCAGCAAGCTATGATTGTGCC;SOR=0.990;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=246714434;WS=246714421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	246714587	rs10754526	G	A	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	246714631	rs80342781	TG	AA	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.33;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	246714636	rs34850511	T	A	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.40;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	246714728	rs9426201	G	A	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=15;PP=487;SC=ACTAGAATTAGATGCAAAAAG;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=246714736;WS=246714718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	246720174	rs3120710	A	G	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=12;PP=378;SC=CCTTGGCATGAAACTTGGCTT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=246720182;WS=246720164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	246720798	rs3124071	G	A	4483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	246727558	rs3120713	G	T	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=10;PP=839;SC=GATATTCTATGTAAAACACTG;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=246727566;WS=246727548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	246755124	rs6702823	T	C	3831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	246903654	rs3007322	G	C	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=38;PP=1092;SC=CCGTGCAAAGGCTTCATGTTT;SOR=1.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=57;WE=246903662;WS=246903644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	246929483	rs12144408	A	G	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=71;PP=1999;SC=TTTTTTATCTATGTTATATTT;SOR=1.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=37;TCR=71;TR=108;WE=246929491;WS=246929473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	246939610	rs3838991	A	ATATT	12627.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=81;PP=2972;SC=GGGCATCTCTATATTTATTTT;SOR=0.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=54;TCR=98;TR=126;WE=246939618;WS=246939600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr1	246939856	rs3795465	G	A	4671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	246939943	rs6685364	T	C	5460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	246940179	rs3795464	G	A	8325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.50;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	246940182	rs3795463	C	A	8408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.80;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	246940442	rs3795462	T	C	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=25;PP=1207;SC=CCCTGCTGGATGAGAACCCAG;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=59;WE=246940450;WS=246940432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	247006160	rs5021094	G	T	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=23;PP=647;SC=AGGAATACTAGAGCCAAACAC;SOR=1.036;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=247006168;WS=247006150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	247021266	rs111386980	C	CTTCT	748.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.31;QD=35.65;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	247025531	rs55727006	C	T	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=59.52;NF=36;NR=33;PP=1147;SC=GCCTGTAATCCCTGCACTTTG;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=69;WE=247025539;WS=247025521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	247031237	rs2800222	C	G	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=75;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=14;PP=349;SC=CGTGGTAATACTAGCTAAAAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=247031245;WS=247031227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	247048834	rs2642990	T	C	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=4;PP=257;SC=GATAACATCGTTACCACTGGA;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=247048842;WS=247048824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	247054530	rs1472275	T	C	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=23;PP=661;SC=ATCTTTGTATTTAGTTTACTT;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=247054538;WS=247054520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	247067139	rs34620854	CA	C	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.047;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chr1	247067492	rs34554106	AG	A	286.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=227;SC=ATAAAAATGTAGTCCTTTGAA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=247067500;WS=247067482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	247109014	rs2642982	G	C	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=4;PP=779;SC=TCGGGCTGACGCAGCTGGACC;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=247109022;WS=247109004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	247109168	rs6426191	G	A	6517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=26.28;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr1	247109267	rs2642983	A	C	7275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=38.29;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	247109291	rs111328919	CG	C	5908.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=65;PP=2965;SC=TGAGCCACTGCGCCCAGCCTC;SOR=1.353;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=5;TCR=65;TR=70;WE=247109304;WS=247109281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	247109296	rs41267541	A	G	5595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=61;PP=1934;SC=CACTGCGCCCAGCCTCTGAGA;SOR=1.441;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=100;WE=247109304;WS=247109281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	247129945	rs1779985	A	G	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=10;PP=800;SC=CTAATCAGCTAGGTATGGGGG;SOR=1.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=247129953;WS=247129941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	247162658	rs2642973	C	T	19157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=742;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.99;NF=327;NR=373;PP=2965;SC=ACCTGAGTGTCTGGCTGTCTT;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=703;TCF=330;TCR=373;TR=700;WE=247162666;WS=247162648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,736:1.00:736
chr1	247202032	rs10924897	G	T	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=3;PP=219;SC=GTGGTTCTTAGTTGTTTTGTC;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=247202040;WS=247202022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	247241795	rs41310571	C	A	5112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=110;NR=58;PP=2965;SC=GAGGCGCCGGCGGAAACTCGG;SOR=1.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=110;TCR=58;TR=168;WE=247241803;WS=247241785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	247265170	rs115846326	C	T	4897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=63;PP=2851;SC=GTTCACTGTACACAGTGCCCA;SOR=0.944;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=95;TCR=63;TR=158;WE=247265178;WS=247265160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	247419509	rs1778540	T	C	12504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr1	247419664	rs1778541	C	T	17006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=278;NR=308;PP=2965;SC=TGCTCTTCACCCAGGCAATAT;SOR=0.875;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=587;TCF=279;TCR=308;TR=586;WE=247419672;WS=247419654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,631:1.00:631
chr1	247473889	rs61838684	C	T	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=16;PP=431;SC=CTGTTCCTCACAGTTCTGGAG;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=247473897;WS=247473879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	247485932	rs10924984	A	G	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=15;PP=755;SC=TCCTCAGAGCACCCGAGTAAG;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=247485940;WS=247485922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	247486213	rs41268345	G	A	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=41;PP=1287;SC=TCCTGCTATCGTCTGCACAAA;SOR=0.881;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=77;WE=247486221;WS=247486203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	247486421	rs6692645	G	C	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=12;PP=766;SC=GAGGCAAACAGGGGATTTTCA;SOR=1.414;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=247486429;WS=247486411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	247582464	.	A	ATTTT	414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.57;MQRankSum=1.675;QD=18.03;ReadPosRankSum=0.654;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr1	247582466	rs4998423	A	T	803.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.62;QD=34.94;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	247587531	rs4925543	A	G	14049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=248;NR=210;PP=2965;SC=TCCACTGTCGAGAGGTGAGCC;SOR=0.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=458;TCF=248;TCR=210;TR=458;WE=247587539;WS=247587521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,505:1.00:505
chr1	247597329	rs12124866	C	T	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=466;SC=TCAGGTGTGTCCTGATGCTTC;SOR=2.419;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=17;WE=247597337;WS=247597326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	247597349	.	G	GGAGCTCTCTGGTCAGATGTGTTCTGAGGCCTTCTCTATTCCA	353	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=26;MQ=55.32;NF=14;NR=2;PP=353;QD=23.6875;SC=CCTCTGTTCTGGAGCTCTCTG;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=16;WE=247597357;WS=247597339;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,16:0.80:20
chr1	247597364	.	G	GAT	2876.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=82.19;SOR=3.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	247597365	.	G	A	1298	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=57.41;NF=52;NR=6;PP=1298;QD=22.9788140094;SC=CTCTGGTCAGGTGTGTTCTGA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=53;TCR=6;TR=58;WE=247597373;WS=247597355;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr1	247597365	.	G	GTGTTCTGAGGCCTTCTCTATTCCAGAGCTCTCTGGTCAGA	2875.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.77;QD=84.58;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	247614617	rs4925663	C	T	7915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr1	247614693	rs6695302	C	T	10905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=214;NR=181;PP=2965;SC=GTGTCATTCACAGCGGTGTCA;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=396;TCF=214;TCR=182;TR=395;WE=247614701;WS=247614683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr1	247615252	rs12028142	G	A	8570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=164;PP=2965;SC=CTTTAGGGGAGTCCCCTAAGA;SOR=1.035;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=297;TCF=132;TCR=165;TR=295;WE=247615269;WS=247615242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr1	247615261	rs35305980	GA	G	10931.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=149;PP=2967;SC=AGTCCCCTAAGAAGCTATGGT;SOR=1.049;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=174;TCF=18;TCR=156;TR=167;WE=247615269;WS=247615242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr1	247654993	rs10925061	T	C	9090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=165;NR=150;PP=2965;SC=TTGCCATGTCTTGTGAGGAAA;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=315;TCF=165;TCR=150;TR=315;WE=247655001;WS=247654983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr1	247655275	rs12141850	T	C	6903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr1	247690320	rs2141543	C	T	6432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=126;NR=100;PP=2965;SC=GTGTGGAATGCCTGGTGTTTC;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=126;TCR=100;TR=226;WE=247690328;WS=247690310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr1	247695612	rs6657127	G	A	8478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=139;PP=2965;SC=TCCAGGAAGGGGAGGTTGGCA;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=131;TCR=140;TR=270;WE=247695620;WS=247695602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr1	247695756	rs6697472	T	C	5724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=105;PP=2785;SC=GAGGGTCGTGTGGAGAAGCCC;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=99;TCR=105;TR=204;WE=247695764;WS=247695746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	247702118	rs2103336	C	T	7126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr1	247712303	rs41315846	T	C	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.49;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	247726822	rs142922665	CTTTT	C	11031.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=110;PP=2979;SC=CAACCAAATGCTTTTTTTGAA;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=27;TCR=118;TR=135;WE=247726833;WS=247726812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr1	247729206	rs367904043	CT	C	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-0.303;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr1	247752161	rs10925085	T	C	9151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=154;NR=162;PP=2965;SC=ACCCTCACCCTGCAGCTGCCC;SOR=0.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=317;TCF=154;TCR=163;TR=316;WE=247752169;WS=247752151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr1	247752367	rs869111	A	G	8884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=180;NR=136;PP=2965;SC=GTCAGCTACCAGGAGACAGAA;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=317;TCF=181;TCR=136;TR=316;WE=247752375;WS=247752357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr1	247769217	rs61750030	T	G	14829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=238;NR=272;PP=2965;SC=TGGGCTCCACTGAATGTATCC;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=511;TCF=239;TCR=272;TR=510;WE=247769225;WS=247769207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,546:1.00:546
chr1	247769752	rs61730407	A	G	5579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=118;PP=2965;SC=AAATCCTATCATCTATACTTT;SOR=1.333;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=74;TCR=118;TR=192;WE=247769760;WS=247769742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	247875313	rs61730474	G	A	9577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=178;NR=157;PP=2965;SC=TACCAAATGAGCACCACGGTG;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=336;TCF=179;TCR=157;TR=335;WE=247875321;WS=247875303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr1	247921100	rs1552812	T	G	5076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=77;PP=2888;SC=CCAATAGACCTCCTACTGCAA;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=95;TCR=78;TR=171;WE=247921108;WS=247921090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	247921352	rs1552813	C	T	5356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=77;PP=2965;SC=ATCTATCATACGCCATCACAC;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=94;TCR=77;TR=171;WE=247921360;WS=247921342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	247921717	rs10888359	C	A	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	247921789	rs147960387	A	AGT	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=141;ReadPosRankSum=-1.498;SC=AGAGAGAGACAGTGTGTGTGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=5;WE=247921798;WS=247921779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	247978087	rs10888248	G	A	3416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=32;PP=2049;SC=ATTGAAAGAAGAAAAGCAACA;SOR=1.360;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=113;TCF=79;TCR=34;TR=110;WE=247978095;WS=247978077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	247978319	rs6695283	A	G	5848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=104;NR=87;PP=2965;SC=TGGAAGGCAAATAGAGTAGGC;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=104;TCR=87;TR=191;WE=247978327;WS=247978309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	247978541	rs35979231	AAGG	A	12201.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=127;PP=2948;SC=ACAGTAGGATAAGGAGAAGGT;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=24;TCR=132;TR=150;WE=247978551;WS=247978531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr1	247978996	rs10888249	A	G	2620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=44;PP=1516;SC=AAAACCCCATAAGGATAAATT;SOR=1.053;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=84;WE=247979004;WS=247978986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	248004614	rs6667389	G	A	9620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=205;NR=124;PP=2965;SC=TGGTCACCTCGGTGATATAAA;SOR=1.205;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=331;TCF=205;TCR=126;TR=329;WE=248004622;WS=248004604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr1	248004687	rs10888255	C	G	14543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=279;NR=241;PP=2965;SC=AATCTGATTGCGCCCACAGAA;SOR=0.822;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=520;TCF=279;TCR=241;TR=520;WE=248004695;WS=248004677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,541:1.00:541
chr1	248004775	rs10888256	C	T	14035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=227;NR=269;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.641;SC=ACCAACCTGGCACAGAGCCCA;SOR=0.587;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=498;TCF=229;TCR=269;TR=496;WE=248004783;WS=248004765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,530:1.00:531
chr1	248004848	rs4607924	G	C	8305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=114;NR=146;PP=2965;SC=CATAGGCCATGAAGGCCAGGA;SOR=1.047;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=114;TCR=146;TR=260;WE=248004856;WS=248004838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	248004877	rs10888257	C	T	10832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.33;SOR=1.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr1	248004884	rs1339845	T	C	10669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.55;SOR=1.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	248005213	rs7522811	G	C	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=56;PP=1780;SC=TGTGGGGGATGAAAAACATTC;SOR=1.010;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=105;WE=248005221;WS=248005203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	248020448	rs10749636	G	A	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=2;PP=636;SC=GACACCACCCGTCGGCGCCTG;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=248020456;WS=248020438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	248020556	rs11204523	G	C	3867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=88;NR=39;PP=2249;SC=GTCATGGCCTGGGCGCCGCCC;SOR=1.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=88;TCR=39;TR=127;WE=248020564;WS=248020546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	248023966	rs3737277	C	T	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=39;PP=1124;SC=AGTTGGAGGACGCCTTGACTC;SOR=1.141;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=72;WE=248023974;WS=248023956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	248024073	rs3737276	A	C	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=7;PP=156;SC=GATTCGGGTCAGTAATTCTTC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=248024081;WS=248024063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	248058755	rs1337876	A	G	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=610;SC=GCAACTCCATATAACTGTTGG;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=248058763;WS=248058745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	248058797	rs1856248	T	G	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=14;PP=1652;SC=ATAAAAAGCATAGAAGAATGC;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=58;TCR=14;TR=72;WE=248058805;WS=248058787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	248058845	rs4500353	A	C	4681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=109;NR=48;PP=2965;SC=ATCAGCTGTTATTATTATTAT;SOR=1.652;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=110;TCR=49;TR=157;WE=248058853;WS=248058835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	248058879	rs6587387	A	T	8324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=178;NR=99;PP=2965;SC=TCTGTTCAGCAGCAGTAGAGA;SOR=1.288;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=279;TCF=180;TCR=99;TR=277;WE=248058887;WS=248058869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr1	248059423	rs10888267	C	T	12183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=202;NR=226;PP=2965;SC=CCACTTCCTGCGTGAGATGCC;SOR=0.878;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=429;TCF=203;TCR=226;TR=428;WE=248059431;WS=248059413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr1	248059476	rs12139390	A	C	9861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=175;NR=166;PP=2965;SC=TGGCCATCGAAGGCACCGTCT;SOR=0.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=341;TCF=175;TCR=166;TR=341;WE=248059484;WS=248059466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr1	248059703	rs11204545	T	A	13776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.05;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr1	248059712	rs11204546	T	C	13235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.12;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr1	248059856	rs10888268	T	C	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=17;PP=598;SC=CTGACTTCACTTCCATCCAGG;SOR=2.147;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=25;WE=248059864;WS=248059846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	248084434	rs11204563	G	A	5432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.34;QD=26.76;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	248084464	rs11204564	T	C	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=86;PP=2138;SC=CCTGATTCACTGGGACCACCG;SOR=1.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=50;TCR=86;TR=136;WE=248084472;WS=248084454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	248085108	rs4625315	C	T	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=4;PP=701;SC=CCAAATCCCACAGGTCCACTA;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=248085116;WS=248085098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	248085341	rs4925773	T	A	2840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=56;PP=1629;SC=ACACTTTTATTTCTACATCTG;SOR=1.343;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=98;WE=248085349;WS=248085331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	248112627	rs4925787	T	C	17919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=686;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=324;NR=346;PP=2965;SC=TCAATGCTTGTGCTCACACTG;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=674;TCF=325;TCR=349;TR=670;WE=248112635;WS=248112617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,683:1.00:683
chr1	248112745	rs4925788	G	T	12733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=243;NR=234;PP=2965;SC=GGTCTATGAGGGCACAGTGTT;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=477;TCF=243;TCR=234;TR=477;WE=248112753;WS=248112735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr1	248112762	rs4925789	TG	CA	21077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.37;QD=45.62;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr1	248112771	rs4925791	C	T	21274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.60;QD=43.87;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr1	248112809	rs4925583	A	G	17365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.091;NF=320;NR=314;PP=2965;ReadPosRankSum=0.089;SC=TCATGTTCCTATGGCCAGGTT;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=642;TCF=323;TCR=319;TR=634;WE=248112817;WS=248112799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,646:0.99:652
chr1	248112836	rs4925792	A	G	18293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=699;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=331;NR=351;PP=2965;SC=GCTGTCTACCACATGAAATCT;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=684;TCF=331;TCR=353;TR=682;WE=248112844;WS=248112826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,698:1.00:698
chr1	248129240	rs4478844	G	A	6765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=121;PP=2965;SC=ACTATCATTGGTGTGTCAGGA;SOR=1.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=99;TCR=121;TR=219;WE=248129248;WS=248129230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	248224569	rs75239130	G	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQRankSum=-17.015;QD=0.35;ReadPosRankSum=0.993;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1013,161:0.14:1174
chr1	248224595	rs76336532	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1190;ExcessHet=3.0103;FS=0.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQRankSum=-25.214;QD=0.10;ReadPosRankSum=-9.114;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1032,151:0.13:1183
chr1	248457979	rs6667171	C	A	24788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=274;NR=268;PP=2965;SC=CCCCAGCCACCGTTTCAGGGC;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=542;TCF=274;TCR=268;TR=542;WE=248458001;WS=248457969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,576:1.00:576
chr1	248457993	rs11204625	C	G	23810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=246;NR=249;PP=2965;SC=TCAGGGCTTCCTTGACCTCAC;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=496;TCF=246;TCR=250;TR=495;WE=248458001;WS=248457969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr1	248458676	rs6678138	T	C	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=4;PP=819;SC=ACCAGCATCATGTCCATGAGG;SOR=3.321;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=40;WE=248458697;WS=248458666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	248458689	rs6674940	A	G	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=8;PP=1218;SC=CCATGAGGGAAAGTTGGCTCA;SOR=2.531;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=46;WE=248458697;WS=248458666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	248458717	rs12745228	C	G	4380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=62;NR=36;PP=1545;SC=GTACATGGGCCTGTGGAGCCG;SOR=1.167;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=62;TCR=37;TR=98;WE=248458725;WS=248458707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	248458736	rs28409263	A	G	5574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=51;PP=2055;SC=CGGTGGTCCCAGTGAATCAGG;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=72;TCR=51;TR=123;WE=248458744;WS=248458726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	248458760	rs12135684	C	A	6502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.29;QD=39.89;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	248458875	rs11339452	CT	C	4778.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=65;PP=2965;SC=TATTTCTCATCTCCATAATTT;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=6;TCR=66;TR=71;WE=248458883;WS=248458865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	248486895	rs4244184	G	T	5128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=109;NR=69;PP=2965;SC=AAAAGAAGACGTTAGCAGACA;SOR=1.057;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=109;TCR=69;TR=178;WE=248486903;WS=248486885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	248486913	rs4244185	A	G	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr1	248487016	rs4451579	C	T	4583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=84;PP=2436;SC=TGAGAGGATTCAGCATGGGAG;SOR=0.972;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=76;TCR=84;TR=160;WE=248487024;WS=248487006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	248487638	rs7555310	A	G	7627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=154;PP=2965;SC=CATCTTGGGTACAGTGGTGCA;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=101;TCR=155;TR=255;WE=248487646;WS=248487628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr1	248487768	rs7555424	A	G	10694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=213;NR=167;PP=2965;SC=GCCACTGAAAAGATGGCCAGG;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=382;TCF=214;TCR=168;TR=380;WE=248487776;WS=248487758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr1	248512498	rs28448343	A	G	6223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=110;PP=2965;SC=ATCTGCATCCAGATGACACTG;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=103;TCR=110;TR=212;WE=248512506;WS=248512488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	248524937	.	ATGGGACTCTTCAGACAATCCAAACATCCAATGGCCAATATCACCTGGATGGCCAACCACACTGGATGGTCGGATTTCATCCTGT	A	5456.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.20;QD=45.85;SOR=2.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	248525053	rs28415565	A	T	5536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.02;QD=46.14;SOR=2.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	248525060	rs28491677	T	A	4884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.23;QD=47.89;SOR=1.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	248525071	rs28499298	T	C	4379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.50;QD=44.69;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	248525146	rs28482938	C	T	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=55;PP=1871;SC=CCCACCTCCACACCCCCATGT;SOR=1.116;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=103;WE=248525154;WS=248525136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	248525193	rs28655275	C	T	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.13;QD=28.32;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	248525285	rs28637620	T	C	5936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.32;QD=46.02;SOR=3.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	248525290	rs202028348	C	T	6253.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.44;QD=45.98;SOR=3.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	248525291	rs28540568	G	C	6253.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.02;QD=44.04;SOR=3.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	248525328	rs61248663	C	CTA	13237.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=51;PP=2967;SC=CTTCTAGCCACCATGGCCTAT;SOR=1.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=102;TCR=54;TR=148;WE=248525338;WS=248525318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr1	248525330	rs56721857	A	G	13245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=149;NR=55;PP=2965;SC=TCTAGCCACCATGGCCTATGA;SOR=1.837;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=234;TCF=164;TCR=70;TR=204;WE=248525338;WS=248525318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr1	248525647	rs28405645	C	A	22081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.43;QD=45.25;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr1	248525650	rs28602650	C	T	22115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.13;QD=45.51;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr1	248525657	rs28718027	G	A	22137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.21;QD=45.36;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr1	248525780	rs28698997	C	T	16329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQRankSum=1.083;NF=304;PP=2965;ReadPosRankSum=0.273;SC=CTACCACACCCCTGAGAAGGA;SOR=0.319;Source=Platypus;TCF=304;WE=248525788;WS=248525770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,608:1.00:609
chr1	248550976	rs6587467	T	G	12918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.42;ReadPosRankSum=2.176;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,487:1.00:489
chr1	248569282	rs28667896	A	G	2700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=23;PP=1727;SC=AGTAAATGCTAGATATCAGTC;SOR=1.659;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=66;TCR=23;TR=89;WE=248569290;WS=248569272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	248569369	rs28599722	A	G	6367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=1.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr1	248570440	rs6695780	G	A	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=29;PP=892;SC=GGTAAATGGGGGACTCTGTGG;SOR=2.256;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=248570448;WS=248570430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	248604452	rs78822516	A	G	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.045;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.269;NF=13;NR=2;PP=496;ReadPosRankSum=1.179;SC=TTCCAACTTTATCATATCTCT;SOR=1.641;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=15;WE=248604473;WS=248604442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,14:0.23:62
chr1	248604465	rs76925977	C	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=7.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.06;MQRankSum=-1.788;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.096;SOR=1.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,14:0.22:65
chr1	248604559	rs150497047	T	TTC	1704.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.58;QD=51.66;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	248604614	rs201226597	A	T	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=8.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.62;MQRankSum=-0.469;QD=11.35;ReadPosRankSum=0.832;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,78:0.55:141
chr1	248604694	rs199872993	C	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=7.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.13;MQRankSum=-0.071;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.758;SOR=0.975;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,32:0.37:87
chr1	248604765	rs144165631	T	A	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.21;QD=26.16;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	248605436	rs71642447	C	G	4090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.19;QD=42.61;SOR=1.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	248605442	rs71642448	G	T	3826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.04;QD=45.02;SOR=1.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	248617105	rs79923326	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=10.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-11.631;QD=0.70;ReadPosRankSum=-3.867;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:330,30:0.08:360
chr1	248617111	.	G	A	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=9.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=-11.754;QD=1.38;ReadPosRankSum=-3.987;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,35:0.10:348
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chr1	248722566	rs200777722	G	A	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.97;QD=23.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr1	248722671	rs140437806	T	A	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-10.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=27.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.47;MQRankSum=4.250;QD=18.26;ReadPosRankSum=3.235;SOR=0.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,88:0.86:102
chr1	248722722	rs199528787	T	C	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=25.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.90;MQRankSum=-3.711;QD=5.32;ReadPosRankSum=1.653;SOR=2.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,35:0.28:126
chr1	248737095	rs200055265	T	C	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.29;QD=28.18;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	248737259	rs189248971	C	G	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.93;QD=27.65;SOR=8.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	248738133	rs373986839	A	G	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-11.369;NF=13;NR=44;PP=896;ReadPosRankSum=-2.002;SC=TGGCTTTCCTAACCTTTTTCT;SOR=0.572;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=146;TCF=36;TCR=110;TR=57;WE=248738141;WS=248738123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,43:0.32:136
chr1	248738183	rs1782199	G	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQRankSum=-6.121;QD=1.43;ReadPosRankSum=-0.472;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,6:0.15:39
chr1	248789454	rs1892441	G	C	5667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=133;NR=70;PP=2965;SC=TCCTTAGGAAGCCTTATCCTC;SOR=1.314;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=134;TCR=72;TR=203;WE=248789462;WS=248789444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr1	248789504	rs1892442	T	C	9151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=186;NR=144;PP=2965;SC=TGCTACTTTCTGAGCAGATGA;SOR=0.902;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=333;TCF=189;TCR=144;TR=330;WE=248789512;WS=248789494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr1	248790075	rs1892443	A	G	13176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=234;NR=232;PP=2965;SC=GCCACGTAGCAGTCATAGGCC;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=468;TCF=234;TCR=234;TR=466;WE=248790083;WS=248790065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,503:1.00:503
chr1	248801480	.	A	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.42;QD=46.29;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	248801488	.	C	T	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.82;QD=45.64;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	248801505	.	T	TCA	1627.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.60;QD=45.21;SOR=2.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	248801511	.	A	G	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.66;QD=46.54;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	248801514	.	AC	A	2437.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=87;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=4;PP=805;SC=ATCAGTCACCACCCCTGATGC;SOR=2.885;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=248801574;WS=248801495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	248801528	.	G	A	3121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.42;QD=45.91;SOR=1.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	248801538	.	G	A	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.86;QD=46.42;SOR=1.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	248801542	rs372631772	A	G	3751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.17;QD=46.90;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	248801550	rs374446105	C	T	4111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.43;QD=47.26;SOR=1.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	248801556	rs79649486	C	T	4561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.04;QD=46.08;SOR=1.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	248801566	rs74154510	T	G	5551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.51;QD=46.26;SOR=1.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	248801592	rs78622116	C	T	6451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=98;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=76;NR=45;PP=2230;SC=TCCCTGCTAGCCCTTCCTGAT;SOR=1.155;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=76;TCR=45;TR=121;WE=248801619;WS=248801582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	248801602	.	T	TCA	6307.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.08;QD=44.74;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	248801610	rs150878651	G	A	6071.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.21;QD=45.31;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	248801611	rs143981271	C	T	6071.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.21;QD=45.31;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	248801633	rs74901534	A	G	5677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.69;QD=44.36;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	248801778	rs201643849	A	T	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.40;QD=32.11;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	248801944	rs143010547	TCAGCACG	T	14530.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.44;QD=43.77;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr1	248813135	rs4916153	G	A	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=6;PP=632;SC=GGTGGCATGTGGGTCACTTGT;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=248813143;WS=248813125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	248813547	rs201161767	G	C	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.53;QD=31.58;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	248813972	rs147604785	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=11.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.38;MQRankSum=-1.115;QD=5.44;ReadPosRankSum=-1.606;SOR=0.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr1	248814052	rs28533004	T	A	3532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=9.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.00;MQRankSum=-4.526;QD=13.18;ReadPosRankSum=0.952;SOR=1.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,166:0.62:268
chr1	248814080	rs1782242	A	C	8748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.72;QD=25.36;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr1	248814126	rs28418327	G	A	4453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.472;NF=86;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.412;SC=GGAAACGGGCGTTGCTGAACA;SOR=0.699;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=393;TCF=137;TCR=256;TR=234;WE=248814134;WS=248814116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,214:0.65:329
chr1	248814265	rs3033476	GAAC	G	174.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.72;QD=34.97;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	248845097	rs2000390	C	T	10627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=193;NR=185;PP=2965;SC=GTGGATCACACTGGATCTGCA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=380;TCF=195;TCR=185;TR=378;WE=248845105;WS=248845087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr1	248845411	rs11485825	G	A	5882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=105;PP=2965;SC=GATCCAAAACGGAGAGGTTCT;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=98;TCR=106;TR=203;WE=248845419;WS=248845401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	248845458	rs4509608	C	T	4926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=83;PP=2965;SC=AGATGCTGATCGAGAGTGATG;SOR=0.873;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=163;TCF=80;TCR=83;TR=162;WE=248845479;WS=248845448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	248845471	rs4575113	T	C	4643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=81;NR=81;PP=2403;SC=GAGTGATGACTGCAATGATGA;SOR=0.821;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=83;TCR=82;TR=162;WE=248845479;WS=248845448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	248845499	rs4462184	A	G	5309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=86;PP=2911;SC=CCCCACCAGCACTGCCAGATA;SOR=0.864;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=86;TCR=86;TR=172;WE=248845507;WS=248845489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	249108878	.	G	C	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-2.766;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,57:0.31:185
chr1	249110906	rs4926508	G	C	5610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;PP=2965;SC=TTGGGTCCCAGCCCCTCTTGT;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;WE=249110914;WS=249110896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr2	45895	rs4241318	A	G	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=33;PP=1943;ReadPosRankSum=1.112;SC=GGTCTCGGGGATTGCGGGGTC;SOR=1.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=87;WE=45903;WS=45885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,90:0.98:92
chr2	224919	rs2290911	A	G	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.21;ReadPosRankSum=-0.151;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,55:0.77:71
chr2	224970	rs2290912	C	T	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=4.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.13;ReadPosRankSum=0.400;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr2	230912	rs2306060	A	C	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.806;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=17;PP=1136;ReadPosRankSum=-0.421;SC=GAAGTCAGTGAAACTACGAAG;SOR=1.240;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=63;WE=230920;WS=230902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,65:0.83:78
chr2	233416	rs300756	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.538;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=67;ReadPosRankSum=-0.136;SC=AAAACAGGCCGGGGGAAGAAC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=6;WE=233424;WS=233406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr2	242732	rs113405432	T	TAAC	1863.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.21;MQRankSum=2.148;QD=27.41;ReadPosRankSum=0.363;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,45:0.66:68
chr2	242793	rs62114506	G	C	2668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.75;MQRankSum=2.018;QD=17.11;ReadPosRankSum=0.746;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,116:0.74:156
chr2	243567	rs11383620	T	TA	3826.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.920;NF=21;NR=63;PP=1221;ReadPosRankSum=-1.045;SC=ATGTGTCTATTAAAAAAAAAA;SOR=0.630;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=42;TCR=128;TR=84;WE=243585;WS=243557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,214:0.71:302
chr2	253291	rs34931255	A	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=36;ReadPosRankSum=0.849;SC=CATTCCCAGAAGGTTAGGCAT;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=4;WE=253299;WS=253281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	262553	rs7596678	T	C	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=927;ReadPosRankSum=0.137;SC=TGGGATCTTCTCAGAGAAAAT;SOR=0.462;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=73;TCF=53;TCR=20;TR=59;WE=262561;WS=262543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,69:0.82:84
chr2	264019	rs7595075	C	A	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=48;PP=1158;ReadPosRankSum=-0.492;SC=CGTCCCGAGGCTGCCCAGGAA;SOR=0.627;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=99;TCF=32;TCR=67;TR=73;WE=264027;WS=264009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,81:0.75:108
chr2	264895	rs4854300	G	C	3402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=79;NR=41;PP=2244;SC=GGGCAAGAGGGTGGCAGTGCG;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=79;TCR=41;TR=120;WE=264903;WS=264885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	271797	rs59937473	G	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=403;ReadPosRankSum=0.033;SC=GGTGTGTAAAGAAGGGGAGCT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=22;WE=271805;WS=271787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr2	271998	rs112400131	CA	C	1625.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=1.988;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.164;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,138:0.78:177
chr2	272203	rs11553746	C	T	3508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.02;ReadPosRankSum=0.133;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,163:0.74:219
chr2	272840	rs12714401	G	A	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=637;ReadPosRankSum=-0.117;SC=TTTATATTATGAATTAGAAGC;SOR=1.140;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=39;WE=272848;WS=272830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,49:0.79:62
chr2	272926	rs12714402	A	G	4087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.25;ReadPosRankSum=0.870;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,192:0.81:237
chr2	273070	rs12714403	A	G	4399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=79;PP=2533;ReadPosRankSum=0.109;SC=GGGGCTGTGAAGTCCTTCTTG;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=75;TCR=80;TR=153;WE=273078;WS=273060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,171:0.99:173
chr2	277003	rs79716074	A	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.38;ReadPosRankSum=0.502;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr2	283231	rs368562757	A	AT	1597.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.346;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.261;NF=3;NR=39;PP=1239;ReadPosRankSum=0.076;SC=AATAAATCGCATTTTTTTGCA;SOR=1.208;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=42;WE=283239;WS=283221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr2	287448	.	TAAAA	T,TA	1187.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.000;QD=30.45;ReadPosRankSum=0.274;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,20,18:0.51,0.46:39
chr2	675831	rs2293084	G	T	2307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=48;PP=1565;SC=CAGGAGGATGGAAACAGGATT;SOR=1.525;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=75;WE=675839;WS=675821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	676177	rs2293083	C	G	5553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=76;NR=103;PP=2965;SC=CTGCAATACACTGAACTCTCC;SOR=1.129;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=77;TCR=104;TR=179;WE=676185;WS=676167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr2	676457	rs2293082	G	C	13758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=158;NR=76;PP=2965;SC=GCTGCAGCCCGGCACAGCCCT;SOR=1.140;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=158;TCR=77;TR=234;WE=676465;WS=676447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr2	676478	rs3215297	T	TGTAA	20326.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=106;PP=2967;SC=CCAGAACTCCTGTGTCACTAC;SOR=1.084;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=200;TCF=83;TCR=117;TR=185;WE=676487;WS=676468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr2	677213	rs3749138	G	A	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=8;PP=983;SC=GCCACAGGCCGGGTGCTCTGT;SOR=2.540;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=677221;WS=677203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	905385	.	GGTCTGGTCTTTCATTTCCTCCCGGCCTCCTCGCCTGCACTGC	G	1763.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=2.640;QD=28.91;ReadPosRankSum=-2.416;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,47:0.77:61
chr2	905427	.	C	G	399	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MMLQ=26;MQ=46.71;NF=9;NR=7;PP=399;QD=27.1107007842;SC=GCCTGCACTGCGTCTGGTGTT;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=16;WE=905458;WS=905417;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr2	905442	rs62103942	A	T	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=7.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=2.770;QD=30.81;ReadPosRankSum=0.913;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr2	1079130	rs4971429	G	A	7883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.10;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr2	1079130	.	GCG	ACA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=103;NR=47;PP=2947;QD=20;SC=TGAGCAGGAGGCGTGCGTCAC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=161;TCF=109;TCR=52;TR=150;WE=1079151;WS=1079120;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,150:0.93:161
chr2	1079132	rs4971430	G	A	7883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.80;SOR=1.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr2	1079143	rs4971431	A	G	5902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=69;PP=2965;ReadPosRankSum=0.423;SC=TGCGTCACCTATCCCCACCCC;SOR=1.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=129;TCR=71;TR=196;WE=1079151;WS=1079120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,216:0.99:218
chr2	1079320	rs4971432	C	T	6103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=127;PP=2965;SC=TCTGTGTGGGCGGAAGCCACC;SOR=1.241;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=88;TCR=127;TR=215;WE=1079328;WS=1079310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr2	1093965	rs11127460	G	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=2.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=-0.706;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,49:0.22:221
chr2	1133188	rs5828807	G	GCACA	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=1.632;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,5:0.12:43
chr2	1168756	rs4597564	G	A	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.02;ReadPosRankSum=1.151;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,92:0.74:124
chr2	1168982	rs7560649	T	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=1.629;SC=GATAATTGTGTTAGTTTCAGA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=11;WE=1168990;WS=1168972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr2	1241592	rs146197111	C	T	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=6;PP=705;SC=GCATCAGCCTCGAAACTCACG;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=1241600;WS=1241582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	1320143	rs4927635	C	T	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=5.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,45:0.23:198
chr2	1320300	rs35466197	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=-1.606;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr2	1320304	rs74994128	C	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.519;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr2	1320305	rs79534404	G	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.519;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr2	1418192	rs9678281	C	G	2186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=24;PP=1302;SC=TGAGAGCGCTCGCTGTGCTGT;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=73;WE=1418200;WS=1418182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	1426787	rs2276701	G	A	3151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.53;ReadPosRankSum=1.092;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,147:0.72:203
chr2	1437163	rs1473936	A	C	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.174;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=841;ReadPosRankSum=2.295;SC=AGTACCAAAGATACCATAGAC;SOR=0.430;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=48;WE=1437171;WS=1437153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,49:0.65:75
chr2	1437410	rs4927578	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=0.956;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,11:0.16:69
chr2	1440299	rs28909386	A	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=351;ReadPosRankSum=-0.473;SC=CCTCCCCGACATGGCCTCCTG;SOR=0.412;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=22;WE=1440307;WS=1440289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr2	1442417	rs4425120	C	T	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=620;ReadPosRankSum=-0.660;SC=TGTGCAACATCGTGGGCATCC;SOR=0.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=27;WE=1442425;WS=1442407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr2	1442476	rs1969248	T	C	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.431;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=19;PP=1214;ReadPosRankSum=-0.512;SC=GGGGAATCCCTGAGCAAAGCC;SOR=0.441;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=65;TCR=24;TR=71;WE=1442484;WS=1442466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,72:0.81:89
chr2	1442551	rs3036132	ATTTT	A	5531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.115;HP=17;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.558;NF=19;NR=76;PP=1137;ReadPosRankSum=0.087;SC=TTAACTGGAGATTTTTTTTTT;SOR=0.695;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=120;TCF=22;TCR=98;TR=95;WE=1442563;WS=1442541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,156:0.78:200
chr2	1457364	rs2070881	A	G	8472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=181;NR=100;PP=2965;SC=CTCCGGAGAGACCCCACTTAT;SOR=1.327;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=283;TCF=183;TCR=100;TR=281;WE=1457372;WS=1457354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr2	1459806	rs4927610	A	G	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=6;PP=507;SC=CTGCTACCACAGGGTCCTCCT;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=1459814;WS=1459796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	1460004	rs4927611	G	T	2158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=44;PP=1211;ReadPosRankSum=1.655;SC=CGGGGGAGGGGCTGACTGCCA;SOR=0.417;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=87;WE=1460012;WS=1459994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,96:0.86:112
chr2	1460140	rs4927612	A	G	350.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5168;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=272;ReadPosRankSum=-0.764;SC=ACAAAATGTGAAAGTCTGTTT;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=13;WE=1460148;WS=1460130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
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chr2	1497442	rs9679267	A	G	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.559;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=12;PP=808;ReadPosRankSum=-0.585;SC=GCAAACTGCCAGGCAGTGTCA;SOR=1.143;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=47;WE=1497450;WS=1497432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,49:0.72:68
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chr2	1499899	rs732608	C	T	3288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.48;ReadPosRankSum=0.849;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,154:0.63:244
chr2	1499927	rs732609	A	C	3437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=1.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=-0.456;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,162:0.65:248
chr2	1500665	rs867983	C	T	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=121;SC=CAGGAGCAATCTGGGGATAGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=1500673;WS=1500655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	1520676	rs1126799	T	C	4068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=40;PP=2140;SC=CTCCCTCGGGTGACTTGGATC;SOR=1.426;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=132;TCF=92;TCR=40;TR=131;WE=1520684;WS=1520666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr2	1544617	rs12615819	G	A	6924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=124;PP=2965;SC=TTCCTAGTCCGTTCTGCACCT;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=114;TCR=124;TR=238;WE=1544625;WS=1544607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr2	1546361	rs28915689	G	T	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=0.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.033;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,82:0.21:388
chr2	1642537	rs6729142	T	C	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.73;ReadPosRankSum=2.146;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
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chr2	1642545	rs6742039	C	G	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.70;ReadPosRankSum=1.786;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr2	1647171	rs6730800	T	C	4498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.252;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=72;PP=2679;ReadPosRankSum=0.044;SC=CCCGGAGGTCTACCCTGGGGA;SOR=0.851;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=248;TCF=147;TCR=101;TR=181;WE=1647179;WS=1647161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,197:0.71:277
chr2	1652822	rs1863135	T	G	4919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=88;PP=2907;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TGGATGCGTCTATGTAGGAGG;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=249;TCF=138;TCR=111;TR=198;WE=1652830;WS=1652812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,222:0.80:279
chr2	1664654	rs17841813	A	G	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=16;PP=846;ReadPosRankSum=1.013;SC=GCATCTTACCATTCACACTGA;SOR=0.788;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=53;TCR=20;TR=61;WE=1664662;WS=1664644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,65:0.83:78
chr2	1667267	rs2241455	C	G	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=8;PP=861;ReadPosRankSum=-0.461;SC=GCAGAGAGAACAGCCAACGCT;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=53;TCR=12;TR=43;WE=1667275;WS=1667257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,49:0.68:72
chr2	1667310	rs12475392	G	A	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=35;PP=1486;ReadPosRankSum=0.683;SC=TGTCAGCTGCGGAATTCTGTG;SOR=0.635;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=89;TCR=50;TR=96;WE=1667318;WS=1667300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,104:0.70:148
chr2	1683923	rs72763569	G	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=4.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=-2.092;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,8:0.18:45
chr2	1687653	rs13396471	T	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=569;ReadPosRankSum=1.886;SC=AAAGAAATGGTTTTTTTTTCC;SOR=1.150;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=30;WE=1687661;WS=1687643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr2	1696510	rs138859568	AAC	A	4511.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.058;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.625;NF=6;NR=74;PP=2968;ReadPosRankSum=1.962;SC=GAGGTGCAGGAACACACAGAG;SOR=0.877;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=118;TCF=11;TCR=107;TR=80;WE=1696519;WS=1696500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,127:0.70:181
chr2	1926437	rs1529667	G	T	12109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=224;NR=189;PP=2965;ReadPosRankSum=0.716;SC=GCGTCCTTCCGGGGAAGTCCT;SOR=0.277;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=414;TCF=225;TCR=189;TR=413;WE=1926445;WS=1926427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,441:1.00:442
chr2	1982915	rs3214602	GA	G	4345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.563;NF=26;NR=105;PP=2083;ReadPosRankSum=0.441;SC=GCACATTGTGGAAAAAAAAAT;SOR=0.627;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=183;TCF=35;TCR=148;TR=131;WE=1982923;WS=1982905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,243:0.75:323
chr2	1983374	rs2304008	A	C	3219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=46;PP=2041;ReadPosRankSum=1.802;SC=ATCACAAGCGACCCTCTTCCA;SOR=0.659;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=155;TCF=94;TCR=61;TR=120;WE=1983382;WS=1983364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,133:0.79:169
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chr2	3193040	rs17682	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=-0.565;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,40:0.21:195
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chr2	3481502	.	G	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.42;ReadPosRankSum=0.056;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,10:0.14:74
chr2	3481637	rs4535074	T	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=3.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=-0.899;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,21:0.20:105
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chr2	3483205	rs6767	C	T	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=1.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=1.120;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,65:0.20:320
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chr2	3504290	rs6146601	GTGTACCTGCCGCCGCA	G	556.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=1.835;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,18:0.25:72
chr2	3504687	rs9950	A	G	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=0.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=-2.182;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,100:0.25:408
chr2	3504819	rs34240449	A	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.672;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=392;ReadPosRankSum=0.768;SC=ACGCAAGCTCACACCCACCCA;SOR=0.417;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=128;TCF=46;TCR=82;TR=36;WE=3504827;WS=3504809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,37:0.28:133
chr2	3504893	rs35008570	G	GA	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=313;ReadPosRankSum=-0.385;SC=CCATAAAAATGAAACTACACT;SOR=0.317;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=11;WE=3504901;WS=3504883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr2	3518643	rs7566663	T	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=1.825;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr2	3523324	rs10179340	A	G	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	3579760	rs1071625	T	C	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.073;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,48:0.26:183
chr2	3597974	rs10186193	T	C	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.169;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=207;ReadPosRankSum=0.870;SC=AAGGATGGCCTGGCCCCCAGT;SOR=0.257;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=18;WE=3597982;WS=3597964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr2	3605468	rs12711976	A	G	7569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
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chr2	3627648	rs7576238	G	C	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
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chr2	3756073	rs17505481	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.178;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=371;ReadPosRankSum=1.456;SC=TCGTTTCTAAGGAGTCTGGAA;SOR=1.552;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=21;WE=3756081;WS=3756063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr2	3774436	rs357940	C	T	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=1.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr2	3800383	rs357969	C	T	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=1.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=0.588;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,56:0.18:317
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chr2	3815532	rs11404437	A	AT	673.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.919;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,46:0.73:63
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chr2	5834249	rs3841075	G	GTGA	275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=4.413;QD=6.13;ReadPosRankSum=-2.386;SOR=1.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr2	7001233	rs3085147	ACG	A	4362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.20;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	7001247	.	ACACACACACACC	A	73.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,11:0.13:82
chr2	7001249	rs202012587	ACACACACACC	A	1628.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.15;ReadPosRankSum=-0.266;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,60:0.78:77
chr2	7001259	.	C	A	2105	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=90;MMLQ=20;MQ=59.7;NF=76;NR=48;PP=2105;QD=17.256219456;SC=ACACACACACCCACACACTTA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=76;TCR=48;TR=124;WE=7001267;WS=7001249;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	7003879	rs2712039	G	A	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=377;SC=GGACTGGAGTGTTTTATTTTA;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=7003887;WS=7003869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	7005069	rs2595172	C	T	3142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=1.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	7005369	rs11678810	A	G	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=44;PP=1407;SC=GTGCCTCCTGACAGGCGCCCA;SOR=0.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=88;WE=7005377;WS=7005359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	7005992	rs4669108	C	T	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=28;NR=3;PP=738;SC=GGCAGGAGCCCTGGGGCTGGG;SOR=4.047;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=31;WE=7006000;WS=7005982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	7017903	rs10182815	A	G	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=10;PP=1500;SC=TGGCATACAGAGACTGCTCTG;SOR=2.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=55;TCR=10;TR=65;WE=7017911;WS=7017893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	7019079	rs6704746	A	G	6166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=130;NR=95;PP=2965;SC=GATGAATTTCACAAAGCAATC;SOR=0.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=130;TCR=96;TR=225;WE=7019087;WS=7019069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr2	7027323	rs9917321	T	A	2833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.109;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=71;PP=1720;ReadPosRankSum=-0.756;SC=CTTTTGCTGATTTCCTTCAAG;SOR=1.196;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=145;TCF=60;TCR=85;TR=117;WE=7027331;WS=7027313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,125:0.80:156
chr2	7046272	rs377415081	TACACAC	T	1486.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=3.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-0.407;QD=22.53;ReadPosRankSum=1.437;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,52:0.79:66
chr2	7050426	rs6725201	G	C	4191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=24.51;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr2	7050483	.	A	ATGTGTG	748.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.560;QD=29.95;ReadPosRankSum=1.377;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr2	7076975	.	A	AGT	1028.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.381;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=906;ReadPosRankSum=-0.275;SC=CACACACAGTAGTGTGTGTGT;SOR=1.670;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=21;WE=7076986;WS=7076965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,44:0.73:60
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chr2	7164578	rs376219	A	G	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-1.719;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,56:0.26:214
chr2	7164746	rs392709	C	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=183;ReadPosRankSum=0.456;SC=AGCTTGGTGCCTACTCCTGTG;SOR=0.796;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=17;WE=7164754;WS=7164736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr2	7164812	rs392409	C	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=134;ReadPosRankSum=1.544;SC=AACATTAACTCATGAGCGCCA;SOR=0.243;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=9;WE=7164820;WS=7164802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr2	7170388	rs72180357	CTGTGTG	C	347.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.70;ReadPosRankSum=1.623;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
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chr2	7403641	rs111726098	T	TAC	1092.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.924;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=873;ReadPosRankSum=-2.551;SC=CAGGTATAGATACACACACAC;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=20;WE=7403649;WS=7403631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,36:0.73:49
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chr2	7421557	rs4668533	C	G	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=7;PP=1406;SC=TTGGCTCCAACTAGATGCACG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=51;WE=7421578;WS=7421547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	7421778	rs4668534	A	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.973;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,31:0.19:160
chr2	7421860	rs57998976	A	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=65;ReadPosRankSum=-0.884;SC=TGGTGGCCAGATTTCCTGCCA;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=8;WE=7421868;WS=7421850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr2	7471479	rs72249212	T	TTC	57.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.034;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.095;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr2	7471480	rs70942698	T	TCACACACA	944.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.050;QD=21.47;ReadPosRankSum=1.219;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr2	7471732	rs6732990	G	A	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=32;PP=845;SC=TCTGGAATGAGCTGTTCACAT;SOR=4.294;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=36;WE=7471740;WS=7471722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	7540646	rs5829105	C	CA	3119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=34;PP=1702;ReadPosRankSum=-1.273;SC=GAAGGTCAAGCAAGCATTCGA;SOR=0.675;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=43;WE=7540654;WS=7540636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,114:0.72:158
chr2	7540695	rs2163257	C	G	2384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.403;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.920;NF=34;NR=39;PP=1171;ReadPosRankSum=1.425;SC=ACAAACACTTCATGGACAGAT;SOR=0.830;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=111;TCF=56;TCR=55;TR=73;WE=7540703;WS=7540685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,107:0.71:151
chr2	7540784	rs4669196	T	C	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=431;ReadPosRankSum=0.494;SC=AAAGAATATATAAAGTTTATT;SOR=0.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=26;WE=7540792;WS=7540774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr2	7594516	rs1466671	G	A	7820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=1.101;SC=TCTGGTTTGCGCCGCATCTTG;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=459;TCF=267;TCR=192;TR=335;WE=7594524;WS=7594506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,350:0.73:479
chr2	8178735	rs1364054	A	G	4601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr2	8178798	rs62104935	C	T	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=66;PP=2112;SC=CAGATGATGACTAATGGGCCA;SOR=1.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=52;TCR=66;TR=118;WE=8178806;WS=8178788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr2	8822892	rs373887089	CAAAAAAAAAAAA	C	1378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.595;QD=9.38;ReadPosRankSum=1.418;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,49:0.33:147
chr2	8822912	rs3845751	A	C	2528.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=4.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=-1.371;QD=14.05;ReadPosRankSum=0.503;SOR=0.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,120:0.67:180
chr2	8870814	rs6431959	A	G	4189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=89;NR=47;PP=2466;SC=TCTGTCATAAAGGTACAGTAA;SOR=1.216;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=89;TCR=47;TR=136;WE=8870822;WS=8870804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	8877042	rs61742863	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=3.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=-0.308;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,41:0.18:232
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chr2	9552379	rs10929581	C	T	5131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=41.39;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	9552383	rs112462761	A	AT	1749.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.910;HP=12;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=60.08;MQRankSum=0.493;NF=18;NR=28;PP=542;ReadPosRankSum=1.097;SC=GAGTTACGGAATTTTTTTTTT;SOR=0.837;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=46;WE=9552391;WS=9552369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,101:0.78:130
chr2	9554255	rs10208358	G	A	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=13;PP=1363;SC=GTAAAACCACGTGAACATCAA;SOR=2.338;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=61;WE=9554263;WS=9554245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr2	9554461	rs10185646	C	A	5901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=26.47;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr2	9558905	rs35904811	C	CT	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.323;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.340;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,30:0.32:95
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chr2	9571054	rs2002044	C	T	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=20;PP=516;SC=CTCTATATGGCATGTATGGTT;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=9571062;WS=9571044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	9572888	rs12478467	A	T	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=28;PP=736;ReadPosRankSum=1.227;SC=AAGTACTATTAAAAAAAAAAA;SOR=3.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=30;WE=9572896;WS=9572878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr2	9576553	rs6432003	T	C	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=13;PP=306;SC=AAGATAATAATGTGGTCTTGG;SOR=1.051;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=9576561;WS=9576543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	9580540	rs111411247	G	GT	1279.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=3;PP=1416;SC=ATCATTTCTTGTTCTGTGTGT;SOR=4.461;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=34;WE=9580548;WS=9580530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	9583922	rs11681316	A	G	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=65;PP=1783;SC=AGCCTTTCACATGCACTCGGA;SOR=3.070;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=12;TCR=65;TR=77;WE=9583930;WS=9583912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	9597276	.	ATG	A	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.4999;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=30;QD=33.0;SC=TGGAAAGTATATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=1;WE=9597285;WS=9597266;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,1:0.17:6
chr2	9613289	rs2001658	T	C	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=125;SC=ACTGCTAAATTGCTAATTAAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=9613297;WS=9613279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	9615556	rs6432007	T	C	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=34;PP=791;SC=AGTGAGGCGGTGTGGCCTTCA;SOR=2.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=9615564;WS=9615546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	9616035	rs7591166	A	G	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=7;PP=491;SC=CCGAGAAAACAGAAGTTGCCA;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=9616043;WS=9616025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	9616301	rs3831465	TAGG	T	1523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=21;PP=957;SC=AATCAGTATATAGGAGAAGGA;SOR=1.885;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=21;WE=9616311;WS=9616291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	9630231	rs6705408	C	T	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=14;NR=4;PP=295;SC=TCACAAAATACAAGCTGTGAT;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=9630252;WS=9630221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	9630244	rs3833563	AT	A	973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=6;PP=465;SC=GCTGTGATTGATTTGTAGGTC;SOR=1.071;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=9630252;WS=9630221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	9631340	rs10495562	T	C	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=24;PP=851;SC=GTGAGTACTATTTCATCACAG;SOR=1.009;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=47;WE=9631348;WS=9631330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	9633137	rs4622692	T	G	3162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=48;PP=1652;SC=TCCAAACAGTTAATGTCTTGA;SOR=0.762;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=104;WE=9633145;WS=9633127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	9634856	rs1048610	A	G	6303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=108;NR=109;PP=2965;SC=CACAGCGGCCAGAAAGGTCCC;SOR=0.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=109;TCR=111;TR=217;WE=9634864;WS=9634846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr2	9642478	rs34367192	C	T	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=28;PP=763;SC=GCTACAGTTACGTTACAGTGA;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=9642486;WS=9642468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	9642521	rs13031491	C	T	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=357;SC=CTCCTGGCTCCGTCACCCACT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=9642529;WS=9642511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	9650350	rs35431407	C	CATAA	3666.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=55;PP=1386;SC=TAAATAGAGCCTTATAATCAG;SOR=2.476;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=2;TCR=62;TR=57;WE=9650358;WS=9650340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	9661184	rs4328603	T	C	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=12;PP=1767;SC=TGCTGCTACATGGGATGGGGT;SOR=2.895;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=65;TCR=12;TR=76;WE=9661192;WS=9661174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	9662410	rs35744046	T	C	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=10;PP=573;SC=GACATATACATACACTATACC;SOR=1.154;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=9662418;WS=9662400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	9695906	rs12692386	A	G	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=9;PP=209;SC=CGACGCCCCCAGAAGTGCAGG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=9695914;WS=9695896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	9728574	rs67724256	A	G	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.627;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=416;ReadPosRankSum=-1.439;SC=TTTTCTCTGTATGGGTCTTTT;SOR=2.004;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=22;WE=9728582;WS=9728564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr2	9983591	rs35818430	A	AG	4577.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=39;PP=2135;SC=TCCGGCCGGAAGCTTCTCCAG;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=48;WE=9983599;WS=9983581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	9983686	rs2303914	G	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=3.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.750;QD=2.57;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,23:0.24:95
chr2	9983716	rs385513	A	C	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=31;PP=1004;SC=CTGGCGGGCCACGATCGCCGG;SOR=1.287;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=50;WE=9983724;WS=9983706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	9986162	rs287987	C	T	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=548;ReadPosRankSum=-0.416;SC=AATTATTCTTCGTTATCCTTT;SOR=0.417;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=33;WE=9986170;WS=9986152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr2	9991556	rs287991	G	A	46.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr2	9991867	rs287992	G	A	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.947;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=365;ReadPosRankSum=2.199;SC=TAACACTAGGGCTACTGGAAG;SOR=2.262;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=22;WE=9991875;WS=9991857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr2	10023016	rs447465	T	C	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=0.148;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
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chr2	10044946	rs450194	G	T	2564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.15;ReadPosRankSum=2.041;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,68:0.77:88
chr2	10044951	rs2052948	A	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=-1.418;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,21:0.22:95
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chr2	10045147	rs448327	A	G	8256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.512;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.633;SC=TAAGTGTGTGACATATATTGT;SOR=0.597;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=298;TCF=138;TCR=160;TR=295;WE=10045155;WS=10045137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,320:1.00:321
chr2	10050947	rs1054561	T	C	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.341;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,78:0.72:109
chr2	10050960	rs1054565	A	G	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=4.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.05;ReadPosRankSum=1.790;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,62:0.71:87
chr2	10051053	rs10495576	G	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.75;ReadPosRankSum=-0.184;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr2	10051792	rs2241664	A	G	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.6715;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=172;SC=TATACACATAAACACATGTAT;SOR=3.258;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=9;WE=10051800;WS=10051782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr2	10059097	rs2303921	A	C	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=0.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.462;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:305,77:0.20:382
chr2	10059770	rs1820965	G	T	2580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=2.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.98;ReadPosRankSum=-0.814;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,117:0.77:152
chr2	10091952	rs111645870	G	A	2261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=46;PP=1254;ReadPosRankSum=-1.490;SC=CGGCAGCGGCGAGCGGGCGCG;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=55;TCR=61;TR=89;WE=10091960;WS=10091942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,100:0.76:131
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chr2	10092933	rs141313862	CTTAG	C	963.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=3;PP=536;SC=CTCCCAGTTTCTTAGTTATTT;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=11;WE=10092944;WS=10092927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	10093003	rs73913928	G	A	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=775;ReadPosRankSum=0.972;SC=ATTTTGTATGGAGTATCTTAA;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=49;WE=10093011;WS=10092993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,54:0.76:71
chr2	10094992	rs2303918	A	G	2186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=28.40;SOR=1.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	10095020	rs150405807	G	GT	1423.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.589;QD=13.82;ReadPosRankSum=-1.548;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,79:0.77:103
chr2	10095185	rs16867251	T	C	5150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=85;PP=2407;SC=TCAATGGAGATGAAGACAGCG;SOR=0.903;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=82;TCR=85;TR=167;WE=10095193;WS=10095175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr2	10101468	rs16867256	A	G	4446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=78;PP=2661;SC=CGGAATCTCAATACTGACCAG;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=76;TCR=78;TR=154;WE=10101476;WS=10101458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	10102735	rs41264179	T	C	1971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=52;PP=1434;ReadPosRankSum=1.933;SC=ACTTGATAAATCAAAGGTGGC;SOR=0.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=25;TCR=65;TR=72;WE=10102743;WS=10102725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,77:0.80:96
chr2	10103973	rs41264183	C	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=0.599;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr2	10105535	rs41264203	T	C	4634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=26.48;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr2	10105584	.	A	AT	548.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.837;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5036;FS=7.493;HP=13;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.751;NF=2;NR=28;PP=331;ReadPosRankSum=0.755;SC=TTGACAACTGATTTTTTTTTT;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=3;TCR=47;TR=30;WE=10105592;WS=10105574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr2	10105644	rs11884250	T	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=19;PP=553;SC=ACTATCCTCTTCCCTTTTTAT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=10105652;WS=10105634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	10126123	rs1835424	A	T	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.486;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=14;PP=755;ReadPosRankSum=0.188;SC=ACCCTTTTTTAAAAAATGAGA;SOR=1.172;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=52;WE=10126131;WS=10126113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,56:0.77:73
chr2	10126330	rs2303920	G	A	3072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.500;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=54;PP=1513;ReadPosRankSum=-0.881;SC=TAACATTCAAGTTGATACCTA;SOR=0.442;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=145;TCF=72;TCR=73;TR=113;WE=10126338;WS=10126320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,137:0.80:171
chr2	10126416	rs16867274	A	G	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=31;PP=904;SC=ACAAGGTAAGATCGGCAGGGA;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=54;WE=10126424;WS=10126406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	10130973	rs12475243	T	G	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=45;PP=1208;ReadPosRankSum=1.300;SC=GGCTGGAGTTTGCACGCAGAA;SOR=0.741;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=44;TCR=60;TR=79;WE=10130981;WS=10130963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,88:0.76:116
chr2	10136592	rs16867277	T	C	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.249;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=39;PP=1041;ReadPosRankSum=-0.706;SC=TAGGATTTCATTGAAACACTT;SOR=1.085;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=52;WE=10136600;WS=10136582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,55:0.77:71
chr2	10138947	.	TGTAC	T	530.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=44.23;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	10138955	.	TATATATATACGTATATATATGTACACATATATATACGTATATATATGTACACATATATATAC	T	499.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQRankSum=0.692;QD=31.24;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr2	10138983	.	T	C	161	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=67;MMLQ=27;MQ=56.45;NF=10;NR=0;PP=161;QD=19.5771212547;SC=TATGTACACATATATATACGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=10138991;WS=10138973;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr2	10188649	rs11687357	A	T	5203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.906;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=2.091;SC=GGAACTATGTATGCAGCTTCC;SOR=1.157;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=283;TCF=119;TCR=164;TR=217;WE=10188657;WS=10188639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,229:0.77:297
chr2	10225215	rs55815895	G	T	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.448;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=326;ReadPosRankSum=0.601;SC=AGGTTCAGGTGCCCATCCCTG;SOR=0.281;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=22;WE=10225223;WS=10225205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr2	10225241	rs6432058	C	T	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=14;PP=883;SC=CTGAGTAAGACGATGTTTGTG;SOR=1.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=51;WE=10225249;WS=10225231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	10226306	rs34098251	G	GC	4040.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=43;PP=2269;SC=GAATAGACCAGCGAGCTCTGA;SOR=1.138;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=6;TCR=47;TR=49;WE=10226314;WS=10226296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	10262920	rs1130609	T	G	7341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=140;PP=2965;SC=TCGCTGCGCCTCCACTATGCT;SOR=0.977;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=117;TCR=140;TR=257;WE=10262928;WS=10262910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr2	10264057	rs6432065	T	C	7878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr2	10281903	rs5829249	G	GC	3383.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=14;PP=2026;SC=GGTGGCCATGGCCTGGGGCTG;SOR=1.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=48;WE=10281911;WS=10281898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	10282147	rs11896140	T	C	7437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=121;NR=136;PP=2965;SC=GCTATGCCCCTTGCTCTTTCA;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=122;TCR=138;TR=257;WE=10282155;WS=10282137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr2	10332539	rs13392520	A	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=400;ReadPosRankSum=0.430;SC=ACCTCTCCCTACAGCAGCTCG;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=17;WE=10332547;WS=10332532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr2	10332876	rs56228505	AC	A	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=83;ReadPosRankSum=-1.372;SC=CTGCCACTCCACCCCCCCCTG;SOR=0.577;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=8;WE=10332884;WS=10332866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr2	10560335	.	C	CTTT	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.538;SOR=0.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	10563236	rs55737425	G	A	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=5.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.011;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,94:0.80:118
chr2	10566792	rs2270306	C	G	3269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.68;ReadPosRankSum=0.525;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,145:0.74:196
chr2	10566804	rs2270307	A	G	3463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.49;ReadPosRankSum=-1.235;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,155:0.74:210
chr2	10585302	rs2302613	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=-0.603;SC=AGAGATGGAATTGAAAGAAAT;SOR=1.402;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=7;WE=10585310;WS=10585292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	10586780	rs28362380	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=2.056;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr2	10586790	rs7608353	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=2.287;SOR=1.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr2	10595534	rs6721235	T	C	3343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.60;ReadPosRankSum=1.005;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,146:0.77:190
chr2	10717806	rs2287059	C	T	5361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.87;ReadPosRankSum=0.584;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,241:0.80:300
chr2	10762302	rs70953325	TA	T	7553.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=112;PP=2951;SC=GGTAAACAGTTAACACAGGAA;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=7;TCR=116;TR=119;WE=10762310;WS=10762292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr2	10774531	rs77767350	C	T	413.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=200;ReadPosRankSum=-0.658;SC=AACAAGGCTTCAGCTGAAATG;SOR=0.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=14;WE=10774539;WS=10774521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr2	10797921	.	C	A	5100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.41;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,228:0.82:277
chr2	10808776	rs55925118	C	CAA	2857.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=18;PP=1025;SC=ATTACTAAAACTACTCACGCA;SOR=0.724;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=21;WE=10808784;WS=10808766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	10813782	rs6748766	T	C	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=25;PP=777;SC=AGAAATTATATACATACCAGT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=46;WE=10813790;WS=10813772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	10911891	rs1198850	T	C	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=45;NR=21;PP=980;SC=AGTGCCCGGGTGTGGGTGTGT;SOR=1.288;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=66;WE=10911899;WS=10911881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	10912153	rs2171773	T	G	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=24;PP=756;SC=TGGACGAGGATGCTCCCTGCC;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=10912161;WS=10912143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	10912719	rs72777388	G	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=2.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=-1.496;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,67:0.19:348
chr2	10915090	rs58188788	T	A	4446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=1.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.00;ReadPosRankSum=-1.890;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,213:0.77:278
chr2	10922516	rs1686482	A	C	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=145;ReadPosRankSum=-0.612;SC=GTATCCAGAAACAGCAGTATT;SOR=0.960;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=14;WE=10922524;WS=10922506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr2	10924524	rs1198873	T	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=-0.943;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr2	10928777	rs2952626	A	C	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.542;QD=2.95;ReadPosRankSum=-1.943;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,61:0.23:262
chr2	10928906	rs1734432	T	C	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=1.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.380;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,71:0.24:291
chr2	10928962	rs1734431	A	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=3.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.943;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,54:0.25:215
chr2	10929133	rs1734430	A	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=0.085;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,8:0.18:44
chr2	10929867	rs11904084	T	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.067;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,44:0.25:179
chr2	10930050	rs1686514	A	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.719;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr2	10930106	rs199881762	ATTT	A	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.19;ReadPosRankSum=-2.200;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr2	10932082	rs1734421	T	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=-0.029;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,19:0.18:105
chr2	10933249	rs4799	C	T	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=1.367;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,85:0.25:344
chr2	10937095	rs56147885	T	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=-0.148;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,12:0.13:95
chr2	10937396	rs193084860	A	G	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=40;PP=1412;ReadPosRankSum=0.570;SC=ACAAGAACTCATTATCTGCTT;SOR=0.684;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=31;TCR=50;TR=64;WE=10937417;WS=10937386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,69:0.79:87
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chr2	10937980	rs17365181	T	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.383;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
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chr2	10960952	rs56025654	G	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=1.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-1.461;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,27:0.18:152
chr2	10977585	rs76076331	C	T	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=4.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.01;ReadPosRankSum=2.124;SOR=0.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,80:0.65:123
chr2	10994418	rs1198852	T	C	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=7;PP=1076;SC=TGAGCCACTGTGTCCGGCCTC;SOR=2.381;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=52;WE=10994426;WS=10994410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	11053020	rs3732104	A	G	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=2.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=1.440;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,51:0.20:261
chr2	11053740	rs3732105	C	T	1722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=-0.678;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,112:0.27:418
chr2	11264830	rs7560331	G	A	9358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=167;NR=156;PP=2965;SC=CGTGGACCTGGCAACCTGCTC;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=323;TCF=167;TCR=156;TR=323;WE=11264838;WS=11264820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr2	11273407	.	GTC	G	1230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DP=482;ExcessHet=3.0103;FS=0.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-3.246;QD=2.85;ReadPosRankSum=1.377;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:340,92:0.21:432
chr2	11280500	rs138426688	TAA	T	687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.86;MQRankSum=1.049;QD=17.63;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,34:0.87:39
chr2	11295247	.	G	GGGGCGAGGCGAGGTTGGCCAGA	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=504;ReadPosRankSum=0.431;SC=TAGGAGGGGAGGGGCGGGGCG;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=11295261;WS=11295237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr2	11295464	.	A	C	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.17;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	11295867	rs7598570	G	C	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=29;PP=671;SC=AGCTGCTGCCGGCTGGGAGCC;SOR=1.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=11295875;WS=11295857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	11300869	rs6432182	T	C	7615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr2	11300946	rs141171593	AAT	A	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr2	11304453	.	T	TTATATATATA	249.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=35.68;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	11333994	rs2271621	T	G	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=46;PP=1312;SC=CTATAAAAAATTTTGAATAAA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=74;WE=11334002;WS=11333984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	11359031	rs9808228	G	T	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.99;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	11590393	rs374830196	TA	T	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr2	11680896	rs34137466	CAA	C	1300.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=17;PP=683;SC=GGAGGACCGTCAAAGAGTTTA;SOR=1.536;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=17;WE=11680905;WS=11680886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	11702661	rs10929757	A	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=4.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-1.825;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,24:0.19:124
chr2	11706693	rs4669751	T	C	4173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=64;PP=2301;ReadPosRankSum=-0.266;SC=CTCGTGGGGGTCAAGTCCCCC;SOR=0.633;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=114;TCR=80;TR=155;WE=11706701;WS=11706683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,181:0.81:223
chr2	11718591	rs1529868	C	T	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.071;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=43;PP=1075;ReadPosRankSum=0.126;SC=AGCTGCTAAACCCACAGAGCT;SOR=0.431;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=93;TCF=30;TCR=63;TR=65;WE=11718599;WS=11718581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,69:0.69:100
chr2	11720986	rs13004648	G	A	6265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=101;PP=2965;SC=GGCCGTCCTGGGGATCCTGCT;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=99;TCR=101;TR=200;WE=11720994;WS=11720976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr2	11725947	rs35188552	T	C	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	11726061	rs35692894	G	GA	1875.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=655;SC=GAGTCGTGGGGATGGGAGAAC;SOR=0.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=25;WE=11726070;WS=11726051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	11727393	rs70955805	TG	T	22301.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=236;PP=2951;SC=TCCATGAAGTTGTCTTAGATT;SOR=0.878;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=320;TCF=81;TCR=239;TR=310;WE=11727401;WS=11727383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,564:1.00:564
chr2	11727507	rs13394619	G	A	14599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=239;NR=285;PP=2965;SC=GCCCACTGCAGTATTTGTAAA;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=527;TCF=240;TCR=287;TR=524;WE=11727515;WS=11727497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,567:1.00:567
chr2	11729096	rs35587928	G	A	3610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=91;PP=2670;SC=GGCAGGGAGTGGCCACAGCCC;SOR=3.126;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=20;TCR=92;TR=110;WE=11729104;WS=11729086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	11731774	rs2358040	T	G	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=552;SC=TGGGAAGCAATCTGATGATAT;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=11731782;WS=11731764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	11736305	rs36030386	G	A	5254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=97;PP=2965;SC=TTCCTCACTCGCTGCCTCTTC;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=96;TCR=97;TR=192;WE=11736313;WS=11736295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	11738091	rs1435547	T	C	7149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr2	11738765	rs1865575	C	T	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=10;PP=1318;SC=AAACCCAGTGCGCATGTTTGC;SOR=2.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=60;WE=11738773;WS=11738755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	11741157	rs16857679	A	G	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=425;ReadPosRankSum=1.517;SC=CTTGTGTAGCAATATCACTTG;SOR=0.576;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=42;TCR=70;TR=37;WE=11741165;WS=11741147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,38:0.32:117
chr2	11741193	rs11681838	C	A	1683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=46;PP=1282;SC=CATTTAGTAACAGCCTTGACC;SOR=2.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=10;TCR=46;TR=56;WE=11741201;WS=11741183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	11751166	rs55890755	C	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.168;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,29:0.30:97
chr2	11752635	rs2304399	T	C	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=22;PP=681;SC=GGCAGAAAATTGAGGATGTGG;SOR=0.841;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=50;WE=11752643;WS=11752625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	11755443	rs2252958	T	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.061;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=351;ReadPosRankSum=-0.983;SC=CTCAGCCTACTTGTCCCTGTC;SOR=2.712;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=18;WE=11755451;WS=11755433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr2	11757009	rs6735957	A	G	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=28;PP=830;SC=GAGAGTAAATATTGTGGTCAA;SOR=2.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=11757031;WS=11756999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	11757023	rs892868	C	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.416;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=0.594;SC=TGGTCAACTTCGGATCGGAGA;SOR=0.092;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=10;WE=11757031;WS=11756999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr2	11774324	rs2304402	G	A	9895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr2	11778184	rs33962728	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.625;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=361;ReadPosRankSum=1.905;SC=TTGCCATTCAGCTGAGAGAAC;SOR=0.211;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=20;WE=11778192;WS=11778174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr2	11810095	rs6432225	G	A	6274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=104;PP=2965;SC=CACCACGTGCGCGGACAGCGC;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TCF=109;TR=213;WE=11810103;WS=11810085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr2	11817812	rs4669769	G	C	3741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=67;PP=2348;ReadPosRankSum=-2.057;SC=CCAGCTGGGAGACCTCGCAGG;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=116;TCR=85;TR=159;WE=11817820;WS=11817802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,167:0.77:218
chr2	11853774	rs12465629	T	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-0.072;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr2	11853913	rs4614906	G	A	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=22;PP=952;ReadPosRankSum=-0.615;SC=GGGTGGATTCGAAATGTATGG;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=67;WE=11853921;WS=11853903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,82:0.77:106
chr2	11853964	rs4640359	G	A	2508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.458;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=37;PP=1146;ReadPosRankSum=1.354;SC=ATAGAATGTCGTTGTTATGCT;SOR=0.549;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=76;TCR=54;TR=90;WE=11853972;WS=11853954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,114:0.74:154
chr2	11853988	rs12465630	A	T	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=377;ReadPosRankSum=0.134;SC=ACATTTTAAGATTAGAGAAAA;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=79;TCR=59;TR=39;WE=11853996;WS=11853978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,39:0.24:160
chr2	11854099	rs4668739	T	C	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=129;ReadPosRankSum=-2.832;SC=CCGCAGCACTTGCTGGATGCT;SOR=0.939;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=16;WE=11854107;WS=11854089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr2	11905636	rs3214670	GT	G	2173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.816;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.640;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,124:0.73:169
chr2	11905876	rs10209969	C	T	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=53;PP=1267;ReadPosRankSum=0.859;SC=TCTCAGGGCACGGGGACCTGG;SOR=1.008;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=89;TCF=30;TCR=59;TR=78;WE=11905884;WS=11905866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,84:0.90:93
chr2	11928423	rs17603350	C	T	2294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.807;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=30;PP=1502;ReadPosRankSum=0.602;SC=GCTGGAGTCCCGAGCTTTCCT;SOR=0.805;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=80;TCR=40;TR=91;WE=11928431;WS=11928413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,95:0.76:125
chr2	11931770	rs199630662	TTTG	T	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=82;ReadPosRankSum=1.538;SC=GCTTTCTTTTTTTGTTGTTGT;SOR=0.495;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=3;WE=11931780;WS=11931768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
chr2	11959905	rs2716609	T	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.671;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr2	12864613	rs6432324	T	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.070;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr2	12877501	rs5829384	G	GA	12277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=80;PP=2974;SC=GTGAGAATGGGTAGAGGAAGC;SOR=1.051;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=63;TCR=82;TR=142;WE=12877509;WS=12877491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr2	15319070	rs5829492	TA	T	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=-1.318;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,31:0.25:126
chr2	15378822	rs140225141	G	GAATT	713.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=831;SC=TTAAAAAAAAGAATAGTGAGA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=15;WE=15378830;WS=15378812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	15448625	.	A	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=191;ReadPosRankSum=-1.135;SC=AATAATGACTATATTAAAAAT;SOR=0.061;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=11;WE=15448633;WS=15448615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr2	15470848	rs34395824	C	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=209;ReadPosRankSum=-1.473;SC=TGGTCCAGCGCAATAGGTCAG;SOR=0.589;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=22;WE=15470856;WS=15470838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,24:0.30:80
chr2	15491952	.	TCA	T	2307	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=108;MMLQ=22;MQ=59.96;NF=41;NR=39;PP=2307;QD=28.975;SC=ATGTTATATTTCACACACACA;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=80;WE=15491961;WS=15491942;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:19,80:0.81:99
chr2	15491994	rs10605991	GCACACACACA	G	5549.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.649;QD=27.47;ReadPosRankSum=2.637;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,169:0.84:202
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chr2	15519992	rs2058866	G	T	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=404;ReadPosRankSum=2.653;SC=GTTATAGAGAGGGAAGATTCA;SOR=0.538;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=34;WE=15520000;WS=15519982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,41:0.80:51
chr2	15523266	rs6756934	A	T	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=303;SC=ATGGTCATCAATCTTGTATCC;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=15523274;WS=15523256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	15523307	rs3834149	TA	T	562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.40;ReadPosRankSum=0.859;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
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chr2	15533689	rs2380650	T	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=289;ReadPosRankSum=-2.063;SC=AACTATTCACTTACCAAATGA;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=15;WE=15533697;WS=15533679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr2	15533734	rs139494535	G	GAAATGAAAGCGTATGTCTACAC	1813.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=2157;ReadPosRankSum=-0.926;SC=TTGTCTGAGAGAAATGAAAGC;SOR=0.844;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=6;WE=15533742;WS=15533724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr2	15533779	rs9710889	G	A	1918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.550;QD=17.44;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,86:0.78:110
chr2	15533884	rs9710962	C	A	1908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.332;HP=1;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=1696;ReadPosRankSum=0.431;SC=AATACCATTCCGCAAACAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=40;WE=15533907;WS=15533874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,49:0.80:61
chr2	15533895	rs13417550	A	G	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.94;ReadPosRankSum=2.148;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,45:0.79:57
chr2	15533899	rs11689153	A	G	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.18;ReadPosRankSum=2.554;SOR=1.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,43:0.78:55
chr2	15536509	.	G	GA	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.792;QD=1.96;ReadPosRankSum=-0.944;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,19:0.24:80
chr2	15542352	rs16862653	C	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=2.732;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,59:0.22:274
chr2	15564718	rs10929367	T	C	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=30;PP=709;ReadPosRankSum=-0.874;SC=ATGTATGTGGTTTGTGTATCT;SOR=0.968;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=36;WE=15564726;WS=15564708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr2	15567649	rs3796002	T	C	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=309;ReadPosRankSum=0.813;SC=TCCTTTGTAGTATTTAATTTT;SOR=0.346;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=18;WE=15567657;WS=15567639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr2	15601287	rs11411624	A	AT	3323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.41;MQRankSum=1.326;NF=28;NR=24;PP=1548;ReadPosRankSum=0.064;SC=TTATCAATATAAAAAAGAAGG;SOR=0.439;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=52;WE=15601295;WS=15601277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,98:0.75:131
chr2	15601441	rs7590340	C	T	4296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=1.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.80;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,194:0.71:272
chr2	15601574	rs7590458	C	T	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=470;ReadPosRankSum=0.508;SC=TATGAAACACCTTGAAATGAC;SOR=1.871;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=23;WE=15601582;WS=15601564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr2	15607842	rs4668909	T	C	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.86;ReadPosRankSum=0.837;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,53:0.79:67
chr2	15608013	rs4668910	C	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=109;ReadPosRankSum=-0.998;SC=TGACTGATTTCATTATTGATT;SOR=0.892;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=15608021;WS=15608003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	15614404	rs13014906	T	C	3589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.04;ReadPosRankSum=0.830;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,159:0.80:199
chr2	15615910	rs1990754	A	G	4852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.60;ReadPosRankSum=1.486;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,233:0.75:311
chr2	15616013	rs1990755	C	G	2536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=65;PP=1600;ReadPosRankSum=0.742;SC=ATCTAAGAAGCGAAAAACAAA;SOR=0.572;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=133;TCF=49;TCR=84;TR=106;WE=15616021;WS=15616003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,111:0.80:139
chr2	15616030	rs1990756	C	T	2200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.111;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=57;PP=1333;ReadPosRankSum=0.609;SC=CAAATCAATACAAATGCATCT;SOR=0.418;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=116;TCF=41;TCR=75;TR=92;WE=15616038;WS=15616020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,96:0.79:122
chr2	15618339	rs1125534	G	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=398;ReadPosRankSum=2.749;SC=ATCACATTTCGTAGAACTCAC;SOR=0.832;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=29;WE=15618347;WS=15618329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr2	15623608	rs10201564	C	G	526.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5448;FS=3.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=327;ReadPosRankSum=0.585;SC=AAAATTAAGGCCGAAAATGAG;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=20;WE=15623616;WS=15623598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr2	15674686	rs13029846	T	C	3204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.21;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,141:0.80:176
chr2	15676686	rs10208972	G	A	2399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=3.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.90;ReadPosRankSum=-1.539;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,108:0.76:142
chr2	15678368	rs7595512	C	T	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5279;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.460;NF=22;NR=9;PP=466;ReadPosRankSum=-0.895;SC=CATTTGAGCACACATACAGCT;SOR=0.602;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=31;WE=15678376;WS=15678358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,34:0.87:39
chr2	15678482	rs2380657	T	C	2413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.572;NF=55;NR=39;PP=1397;ReadPosRankSum=-2.166;SC=CGTTTTTAGTTTCTCCACTCA;SOR=0.547;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=121;TCF=72;TCR=49;TR=94;WE=15678490;WS=15678472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,107:0.76:140
chr2	15678501	rs66736557	GA	G	1991.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=9;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.016;NF=9;NR=45;PP=863;ReadPosRankSum=-0.890;SC=CATTATTTCTGAAAAAAAAAT;SOR=0.491;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=79;TCF=16;TCR=63;TR=54;WE=15678509;WS=15678491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,111:0.75:148
chr2	15679609	rs2058868	A	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=157;ReadPosRankSum=0.090;SC=TCTCTAATAAAGCTTCCCTCA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=15679617;WS=15679599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr2	15691886	rs7572131	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=0.931;SC=CATATATATGGAATATAGTGA;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=10;WE=15691894;WS=15691876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr2	15694164	rs34789730	T	TA	4474.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=1628;ReadPosRankSum=1.529;SC=CAGAAAAACATTGAATTTCAC;SOR=0.728;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=44;WE=15694172;WS=15694154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,123:0.74:167
chr2	15753307	rs3217220	A	AT	363.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr2	15768981	rs62122280	C	G	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=21;PP=553;SC=TTGTAGGGCTCTATTATATTC;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=15768989;WS=15768971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	15770795	.	A	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.584;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=1.711;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr2	15840505	rs4668460	C	A	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=77;NR=30;PP=1977;SC=ATGTTTGGATCTATTGCAGCC;SOR=1.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=77;TCR=30;TR=107;WE=15840513;WS=15840495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	15840522	rs4668461	G	T	4211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=43;PP=2291;SC=AGCCATACTGGGAACATCAGG;SOR=1.349;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=89;TCR=43;TR=132;WE=15840530;WS=15840512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	15840645	rs4668962	T	C	5613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=91;PP=2965;SC=ACTGCCCCACTTCTGGACTTA;SOR=1.114;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=81;TCR=92;TR=172;WE=15840653;WS=15840635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr2	15841230	rs1421610	T	A	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=337;SC=CTAAAGTGTTTATTGCTTTTT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=15841238;WS=15841220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	15841288	rs1421609	G	A	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=6;PP=785;SC=CATTGATGTGGCTATCTGTGT;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=15841296;WS=15841278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	15884555	rs10186235	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=1.226;SC=GAAGTCTTCTGCTGTAATTGC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=8;WE=15884563;WS=15884545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr2	16734295	rs114377299	A	G	3580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=66;PP=1874;ReadPosRankSum=-0.217;SC=GGTAGAGGTTAGCGGCAAACA;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=84;TCR=79;TR=136;WE=16734303;WS=16734285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,159:0.83:191
chr2	16743453	rs6751062	A	C	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=444;ReadPosRankSum=0.548;SC=GGTGGCCCACAGAGGTCCTTC;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=33;WE=16743461;WS=16743443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,44:0.83:53
chr2	17696573	rs834514	C	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=3.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=1.298;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,30:0.22:137
chr2	17698678	rs665312	A	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.176;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,30:0.24:126
chr2	17773524	rs2680827	G	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.880;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr2	17836722	.	TCA	T	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=0.222;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr2	17883218	rs11681696	T	A	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.87;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	17884495	rs1065381	C	T	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	17888457	rs6734462	G	A	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.38;SOR=2.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	17890091	rs10657992	G	GTATA,GTATATA	1253.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001,0.4992;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=0,0;NR=21,21;PP=686,10;SC=TGAAAATTGTGTATATATATA;SOR=2.753;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=21,21;WE=17890099;WS=17890081;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:29
chr2	17897488	rs35195207	T	C	2589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.32;ReadPosRankSum=0.544;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,118:0.70:169
chr2	17898326	rs12469221	C	T	3137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	17899558	rs77083822	C	G	355.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5066;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=271;ReadPosRankSum=-0.869;SC=AAATAATTATCTATAGTTCAT;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=14;WE=17899566;WS=17899548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr2	17913266	rs2052746	A	C	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=28;PP=808;SC=TGCAAATTAGATTTACATCAA;SOR=3.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=17913274;WS=17913256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	17927275	rs12474069	C	T	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=26;PP=695;SC=ATATTAAACTCAACAAAATAA;SOR=3.767;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=29;WE=17927283;WS=17927265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	17954027	rs300175	G	A	4093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr2	17959405	rs143973077	G	GTA,GTATA	348.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016,0.4984;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=0,0;NR=9,9;PP=372,11;SC=TTGTATATGTGTATATATATA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9,9;WE=17959413;WS=17959395;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:11
chr2	18112473	rs4240213	G	A	7646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=149;NR=114;PP=2965;SC=CCGATAAGGAGTACTACTTTG;SOR=0.832;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=264;TCF=150;TCR=114;TR=263;WE=18112481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
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chr2	18113789	rs3747515	G	A	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=504;ReadPosRankSum=-0.363;SC=ATCCTTTCCCGACATTAGGTT;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=29;WE=18113797;WS=18113779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
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chr2	20101717	rs2304588	A	G	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=498;ReadPosRankSum=-0.036;SC=CTACCTTGACAGCCAACCTTG;SOR=1.096;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=29;WE=20101725;WS=20101707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr2	20130145	rs28502265	T	G	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.40;ReadPosRankSum=0.996;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,90:0.84:107
chr2	20130970	.	C	CT	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=5.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.962;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.026;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,13:0.19:69
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chr2	20131184	rs1191779	C	A	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=71;PP=2216;SC=AAACATTTTTCAAAATTGAGG;SOR=1.099;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=50;TCR=71;TR=121;WE=20131192;WS=20131174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	20135283	rs6741091	T	C	5663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.71;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,254:0.75:339
chr2	20137864	rs2293671	T	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=189;ReadPosRankSum=-0.203;SC=TTTCTGCTTATTTTGAGGACT;SOR=0.250;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=10;WE=20137872;WS=20137854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr2	20160209	rs10169398	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.419;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=281;ReadPosRankSum=-1.327;SC=GGTCATCCTCGTTTTAGAAAA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=14;WE=20160217;WS=20160199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr2	20169509	rs61079224	AT	A	128.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=0.722;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.427;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr2	20173255	rs10153717	A	C	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.241;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=5;PP=534;ReadPosRankSum=1.484;SC=TTCCTTTGTTATTTTTTCCTC;SOR=1.030;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=35;WE=20173263;WS=20173245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr2	20189015	rs1060742	T	C	7116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=0.497;SC=GGATACACACTGCAGCTTCAC;SOR=0.646;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=423;TCF=216;TCR=207;TR=315;WE=20189023;WS=20189005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,331:0.74:448
chr2	20189089	rs3731663	C	T	4129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=104;PP=2852;ReadPosRankSum=1.656;SC=CACGAAGGAGCTGGGAAGTAA;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=86;TCR=132;TR=173;WE=20189097;WS=20189079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,175:0.80:220
chr2	20192696	rs7569975	G	A	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=288;ReadPosRankSum=0.313;SC=TTCCTTGGAAGAATCATGCTG;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=15;WE=20192704;WS=20192686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr2	20194036	rs3820949	G	C	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=19;PP=864;ReadPosRankSum=-0.491;SC=CAGGCAGAAGGAGAAAACCTT;SOR=0.634;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=58;WE=20194044;WS=20194026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,68:0.72:95
chr2	20201920	.	T	TACAC	434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=58;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=236;ReadPosRankSum=1.141;SC=CACTTACAGTTATACACACAC;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=3;WE=20201930;WS=20201910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr2	20201922	rs55977150	T	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=58;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=316;ReadPosRankSum=0.899;SC=CTTACAGTTATACACACACAC;SOR=0.818;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=8;WE=20201930;WS=20201910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr2	20205423	rs5829721	A	AAAAG	1393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.718;NF=18;NR=5;PP=1122;ReadPosRankSum=-0.330;SC=TCCACCAAAAAAGAATAATAC;SOR=0.622;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=23;WE=20205431;WS=20205413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,32:0.82:39
chr2	20205680	rs28401180	C	T	6262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=0.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.62;ReadPosRankSum=1.635;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,281:0.70:401
chr2	20205848	rs28598872	G	A	4546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.622;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=97;PP=2927;ReadPosRankSum=0.740;SC=TTCGACCCACGGCCTGCTTCA;SOR=0.813;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=251;TCF=120;TCR=131;TR=181;WE=20205856;WS=20205838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,199:0.72:276
chr2	20233135	rs1191824	T	C	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=638;SC=TAAATAGGGTTATACAAAACC;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=20233143;WS=20233125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	20302490	.	GAGA	G	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.610;QD=1.86;ReadPosRankSum=1.793;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,16:0.13:123
chr2	20401858	rs11350492	TA	T	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=9.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=-1.584;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
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chr2	20405050	rs6531225	A	C	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=9;PP=668;SC=ACCACTGCCCACAGGCATGAC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=20405058;WS=20405040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr2	20822218	rs4666444	T	C	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=15;PP=390;SC=CACCACAGAGTGGGGGGCCCA;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=20822226;WS=20822208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	20823612	rs13030108	A	G	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.17;ReadPosRankSum=-0.019;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,38:0.84:45
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chr2	20823850	rs6733419	T	C	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=8;PP=154;SC=ATGCCATGGCTGCTCTCTCTC;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=20823858;WS=20823840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	20824498	rs2305458	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=-1.847;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,38:0.23:166
chr2	20824559	rs2305457	C	T	3865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.49;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,173:0.78:221
chr2	20824658	rs10199441	G	A	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.418;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=49;PP=1265;ReadPosRankSum=1.877;SC=TGGAGCTGGAGAATCACAGAC;SOR=1.257;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=79;WE=20824666;WS=20824648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,88:0.74:119
chr2	20824708	rs10191266	T	C	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.885;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=660;ReadPosRankSum=0.291;SC=GTCCAGGTGGTCCGGTCAGAC;SOR=1.389;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=34;WE=20824716;WS=20824698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
chr2	20838222	rs3796065	C	T	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=0.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=1.207;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:367,88:0.19:455
chr2	20838318	rs3796064	G	A	7396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=2.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.13;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,321:0.79:408
chr2	20841059	rs4666449	C	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.582;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=94;ReadPosRankSum=-0.176;SC=GGTACGCCCGCCTGCTGCCCC;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=11;WE=20841067;WS=20841049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr2	20845273	rs2304423	G	A	4380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=89;PP=2872;SC=CGCCTGCCAGGGGAAAAGAAG;SOR=1.267;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=60;TCR=89;TR=149;WE=20845281;WS=20845263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr2	20867122	.	G	GGGCGGCGGC	783.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=46.10;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	20870579	rs13013489	G	A	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=35;PP=1063;SC=CACTGCGGCGGCTGGGCTTCG;SOR=1.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=53;WE=20870587;WS=20870569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	20871190	rs4666457	A	C	6743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=160;PP=2965;SC=AGGTAGCGCGAGGGCCGGGGA;SOR=1.519;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=88;TCR=160;TR=248;WE=20871198;WS=20871180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
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chr2	20884586	rs10182643	G	C	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=1.094;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,58:0.25:235
chr2	20939706	rs2046325	T	C	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=2.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.183;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,52:0.25:211
chr2	20939708	rs653347	C	T	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=2.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.710;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,51:0.24:213
chr2	20974159	rs112264061	C	T	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.65;ReadPosRankSum=-2.320;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,96:0.81:119
chr2	21225281	rs1042034	C	T	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=1215;ReadPosRankSum=-0.979;SC=GATATAATCACTGAAGATTGT;SOR=0.575;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=104;TCF=57;TCR=47;TR=79;WE=21225289;WS=21225271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,91:0.78:116
chr2	21226218	.	G	GA	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.37;ReadPosRankSum=0.606;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,17:0.16:106
chr2	21231524	rs676210	G	A	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=0.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=-1.513;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:295,85:0.22:380
chr2	21232195	rs693	G	A	6020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.847;SC=TATCTTCTAGGGTCTCTCGGA;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=341;TCF=177;TCR=164;TR=248;WE=21232203;WS=21232185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,261:0.72:361
chr2	21232803	rs584542	T	C	8309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.93;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	21232803	.	TG	CA,CG	2169	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=59.95;NF=73,89;NR=68,88;PP=2169,282;QD=15.7621835097;SC=TGCTCAAGAATGTCATTTATT;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=182;TCF=89;TCR=93;TR=141,177;WE=21232812;WS=21232793;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.77:182
chr2	21232804	rs1041968	G	A	3805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=3.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.39;ReadPosRankSum=0.899;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,162:0.78:207
chr2	21235475	rs568413	T	C	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=52;PP=1769;SC=AGACCCATCATATGATAGTGT;SOR=1.077;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=97;WE=21235483;WS=21235465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	21236482	rs488329	A	G	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=32;PP=957;SC=GACCTTCACAACAATATTGTA;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=21236490;WS=21236472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	21250914	rs679899	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=1.089;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,31:0.24:127
chr2	21252365	rs67556837	GAGGA	G	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=4.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=2.001;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=0.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr2	21255573	rs10701091	C	CCATCT	2166.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=33;PP=2190;SC=TCAAATCTAACTTCAAAACCC;SOR=2.655;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=34;WE=21255581;WS=21255563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	23860176	rs7422570	G	A	3374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.071;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=64;PP=1918;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CAGGGCACTCGTTAAAAGCTG;SOR=0.533;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=172;TCF=88;TCR=84;TR=132;WE=23860184;WS=23860166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,149:0.76:197
chr2	23862187	rs540290	C	G	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.645;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,58:0.27:211
chr2	23865260	rs642931	T	C	11935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=228;NR=209;PP=2965;SC=CCACCCTGATTGCACACTCCT;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=437;TCF=228;TCR=209;TR=437;WE=23865268;WS=23865250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr2	23865908	rs527176	G	C	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=-0.690;QD=5.32;ReadPosRankSum=-1.252;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,52:0.33:157
chr2	23907211	.	T	TA	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=10.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=-1.385;SOR=0.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,22:0.23:94
chr2	23919375	rs3795942	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=1.212;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,17:0.22:79
chr2	23925980	rs12466745	T	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=407;ReadPosRankSum=-1.678;SC=AGATGGCAGTTTGCTGCCCTT;SOR=0.617;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=29;WE=23925988;WS=23925970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,29:0.28:103
chr2	23926659	rs3795948	T	C	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.438;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:289,73:0.20:362
chr2	24009163	rs9636434	A	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=367;ReadPosRankSum=0.288;SC=GCATTCTCTCAAAATGTTCTT;SOR=0.745;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=103;TCF=34;TCR=69;TR=31;WE=24009171;WS=24009153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,34:0.31:111
chr2	24042550	rs2879639	C	T	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=9;PP=687;SC=AAAAATATACCATAATTCTAA;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=24042558;WS=24042540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	24055058	rs10432637	G	C	15829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=275;NR=280;PP=2965;SC=ACACCCCACTGTCTTTAGTTT;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=555;TCF=275;TCR=280;TR=555;WE=24055066;WS=24055040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,595:1.00:595
chr2	24103432	rs374010112	CA	C	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=7.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=-0.924;SOR=1.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
chr2	24108652	rs7579201	T	C	8105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr2	24110911	rs34093830	G	GA	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.105;QD=0.98;ReadPosRankSum=1.079;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,14:0.19:74
chr2	24194314	rs1533440	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=1.022;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr2	24246175	rs12989842	C	T	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=1.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.295;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,33:0.21:156
chr2	24246679	rs925228	A	G	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=-1.667;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,26:0.26:99
chr2	24255862	rs10179142	C	G	3403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;SC=CAGAAGTAATCGAGTTAACAT;SOR=1.285;Source=Platypus;TCF=45;WE=24255870;WS=24255852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	24262060	rs3731620	G	A	3675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=68;PP=2319;ReadPosRankSum=0.307;SC=AGTCTGAGACGTCAGCCATTT;SOR=0.895;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=199;TCF=110;TCR=89;TR=154;WE=24262068;WS=24262050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,161:0.74:219
chr2	24272657	rs111634163	C	T	336.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.68;ReadPosRankSum=1.402;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr2	24276736	rs11125393	T	C	3209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.46;ReadPosRankSum=0.064;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,147:0.75:195
chr2	24277104	rs12469126	A	G	3430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=65;PP=1842;ReadPosRankSum=-2.461;SC=TGTTGCAGGTATGGTGGAGCC;SOR=0.641;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=164;TCF=83;TCR=81;TR=133;WE=24277112;WS=24277094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,151:0.82:184
chr2	24283853	rs13016301	A	T	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=762;ReadPosRankSum=0.172;SC=TGGGATCAGCACTCTGCCCTC;SOR=1.174;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=42;WE=24283861;WS=24283843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,46:0.81:57
chr2	24300563	rs10209238	T	C	4063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.247;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=78;PP=2381;ReadPosRankSum=0.033;SC=GCAGCAGACGTTGGGGGCCCT;SOR=0.843;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=202;TCF=104;TCR=98;TR=158;WE=24300571;WS=24300553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,178:0.78:229
chr2	24300740	rs10194831	C	G	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=261;ReadPosRankSum=0.085;SC=TGAAAAAGCACACAGGGACAC;SOR=1.508;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=16;WE=24300748;WS=24300730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr2	24306107	rs70944712	C	CT	903.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=11;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=38;PP=586;ReadPosRankSum=0.111;SC=AAGATCCCCTCTTTTTTTTTT;SOR=1.071;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=70;TCF=3;TCR=67;TR=39;WE=24306115;WS=24306097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,54:0.72:75
chr2	24307250	rs36207095	G	A	3425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.06;MQRankSum=2.719;QD=26.15;ReadPosRankSum=3.490;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,101:0.77:131
chr2	24307260	.	A	ACAGGGCAGGG	3872.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.677;NF=4;NR=36;PP=2976;ReadPosRankSum=-1.648;SC=GCAGGACAGGACAGGGCAGGG;SOR=0.755;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=64;TCF=5;TCR=59;TR=40;WE=24307268;WS=24307240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,110:0.83:132
chr2	24338428	rs1056123	T	G	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.760;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=485;ReadPosRankSum=0.512;SC=AATAATAAAATTGTCTTTCAT;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=29;WE=24338436;WS=24338418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr2	24342505	rs1056122	T	C	2947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=2.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.20;ReadPosRankSum=0.445;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,131:0.81:162
chr2	24342532	rs1134516	G	A	3092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=3.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.09;ReadPosRankSum=0.481;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,141:0.78:181
chr2	24343867	rs67397664	ACTTT	A	838.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.392;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.800;NF=16;NR=1;PP=750;ReadPosRankSum=0.642;SC=TCTTGATAGGACTTTCTTTCA;SOR=3.014;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=17;WE=24343878;WS=24343857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr2	24345196	.	C	CA	191.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr2	24345562	rs7592020	C	G	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.241;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=313;ReadPosRankSum=-0.400;SC=GGTGGTCCATCATTCAGGGCC;SOR=1.609;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=16;WE=24345570;WS=24345552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr2	24358001	rs12329297	G	C	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.87;ReadPosRankSum=0.724;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,40:0.74:54
chr2	24358160	rs12329043	A	C	177.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5018;FS=3.090;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=66;ReadPosRankSum=-1.413;SC=ATATGGAAAAAAGAATTAAAA;SOR=1.773;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=6;WE=24358168;WS=24358150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr2	24369674	rs11693860	C	T	9534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=162;NR=168;PP=2965;SC=ACAAGGATAACGAAAAAAGAA;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=330;TCF=162;TCR=168;TR=330;WE=24369682;WS=24369664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr2	24384424	rs4665667	T	C	4074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	24386925	rs35664527	C	CA	185.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=7.549;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=225;ReadPosRankSum=0.836;SC=TATTTTCACACAAAAAAAGTA;SOR=2.447;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=9;WE=24386933;WS=24386915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr2	24387178	rs113322110	G	GC	1741.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=23;PP=1189;SC=TTGAGCCTCAGCAGGAACGGG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=26;WE=24387186;WS=24387168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	24388096	rs4665668	G	A	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=7;PP=804;SC=AGCTGGCACCGATGTCTCCAG;SOR=2.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=24388104;WS=24388086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	24390517	rs2288072	G	A	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=1.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.797;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,71:0.26:278
chr2	24395269	rs918802	T	C	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=6;PP=750;SC=AGCCTTTCCTTCGTTCAAGTA;SOR=2.368;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=33;WE=24395277;WS=24395259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	24395294	rs918803	T	C	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=20;PP=1301;SC=TAGAAATTTCTTAAGTTTTCT;SOR=1.678;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=67;WE=24395302;WS=24395284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	24395506	rs889830	T	C	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=39;PP=1167;SC=CGGACTCAAGTGATCCTCCCA;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=76;WE=24395514;WS=24395496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	24398281	rs2042467	T	G	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=15;PP=889;SC=CCCAAAGGCCTGGCTCTCAAC;SOR=1.451;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=59;WE=24398289;WS=24398271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	24398446	rs2042468	A	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=1.204;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,28:0.22:127
chr2	24402127	rs61193015	C	CAA	2853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=22;PP=1454;SC=TAAAATGAAACGAGAATGTTG;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=29;WE=24402135;WS=24402117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	24413298	rs2288073	A	G	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.91;ReadPosRankSum=0.669;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,113:0.75:151
chr2	24432211	rs2303293	C	T	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=44;PP=1319;SC=AGGGGTCTAGCGTCTAAGGTC;SOR=1.409;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=72;WE=24432219;WS=24432201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	24432620	rs2303294	A	G	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=13;PP=1148;SC=GTCTGCCAGGAAGGCCTTAAG;SOR=2.381;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=53;WE=24432628;WS=24432610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	24432667	rs2303295	C	G	3633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=45;PP=2183;SC=TGATGCTACCCCCAGACGCGT;SOR=1.373;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=83;TCR=45;TR=128;WE=24432675;WS=24432657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	24440997	rs2551183	A	T	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=38;PP=1128;SC=AATAATGTCAACATAAACTGA;SOR=2.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=24441005;WS=24440987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	24475205	rs4450560	T	C	8825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=199;NR=116;PP=2965;SC=GATTTTAATATCAAAATACCT;SOR=1.343;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=316;TCF=199;TCR=117;TR=315;WE=24475213;WS=24475195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr2	24484150	rs4665680	T	C	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=24;PP=802;SC=TATAAGTATATTTATTTGTTT;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=24484158;WS=24484140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	24498839	rs4411652	T	G	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.32;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	24521493	rs7559133	C	T	3990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
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chr2	24933689	rs7593430	A	C	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=1;PP=712;SC=TTTCTTCATTATCTCAAAGTC;SOR=4.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=30;WE=24933697;WS=24933679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	24951374	rs56265609	T	C	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=616;ReadPosRankSum=-1.017;SC=ATTATTTAACTGATGGAGCCC;SOR=0.407;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=50;WE=24951382;WS=24951364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,56:0.85:66
chr2	24952712	rs375818965	CT	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=2.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-0.483;QD=0.85;ReadPosRankSum=1.114;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,24:0.26:91
chr2	24952740	rs11439247	C	CT	2704.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=39;PP=1849;SC=CGAAGTCTCACCTGTCACCAG;SOR=1.296;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=42;WE=24952748;WS=24952730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	24962533	rs55923052	T	C	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=38;PP=707;ReadPosRankSum=-0.901;SC=TAGTTTTCTTTGAGAATGAAT;SOR=0.387;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=62;TCF=8;TCR=54;TR=45;WE=24962541;WS=24962523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,50:0.76:66
chr2	24974945	rs11125763	T	G	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.30;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr2	24985719	rs12612839	T	G	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.910;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=799;ReadPosRankSum=2.562;SC=GTAGCATCATTAAGAGCCTGA;SOR=0.946;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=50;WE=24985727;WS=24985709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,51:0.64:80
chr2	25022442	rs34475213	TA	T	57.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5900;FS=3.332;HP=13;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.100;NF=2;NR=2;PP=63;ReadPosRankSum=-0.619;SC=AAAGTTCTGGTAAAAAAAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=25022452;WS=25022432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr2	25022598	rs1550116	A	G	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.93;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	25039804	rs2099505	G	A	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=10;PP=222;SC=TTTATATACTGTACATTACTC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=25039812;WS=25039794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	25046090	rs1127568	T	C	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=13;PP=774;SC=AGTCAAAATCTGAGATGATTT;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=25046098;WS=25046080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	25046355	rs4665273	T	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.801;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr2	25047484	rs1814391	G	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-2.599;QD=3.01;ReadPosRankSum=-1.321;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,18:0.23:79
chr2	25048847	rs2289090	A	G	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=33;PP=2022;SC=CTTAGGTCCCAGGGCTGCTTC;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=80;TCR=33;TR=113;WE=25048855;WS=25048837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	25050977	rs7566416	T	C	3882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=62;PP=2310;SC=TGCCCTCCGTTTCCATCCCTG;SOR=1.006;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=58;TCR=62;TR=120;WE=25050985;WS=25050967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	25053828	rs1056074	T	C	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=27;PP=603;SC=GGGAGTCACCTGACAGCTGAC;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=25053836;WS=25053818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr2	25065274	rs41281519	T	G	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.616;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,62:0.26:236
chr2	25100738	rs10865315	C	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=-1.173;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,21:0.18:119
chr2	25100902	rs2033656	C	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.123;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,31:0.27:116
chr2	25141434	rs61732745	G	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=4.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.618;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,56:0.20:274
chr2	25141538	rs11676272	A	G	3338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=843;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.454;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:619,220:0.26:839
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chr2	25194586	rs7593743	G	A	2979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=29;PP=1926;ReadPosRankSum=-0.465;SC=CGGGGGCGGAGAGGAGGCCGG;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=100;TCR=37;TR=110;WE=25194594;WS=25194576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,123:0.81:151
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chr2	25314186	rs2918630	T	C	3087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=8.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.25;ReadPosRankSum=-0.117;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,140:0.74:190
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chr2	25359422	rs3731631	G	A	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=2.585;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,46:0.26:179
chr2	25360196	rs116074763	G	A	3337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=1.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.20;ReadPosRankSum=0.274;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,151:0.78:194
chr2	25362194	rs6718083	G	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.45;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr2	25368005	rs10188516	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=341;ReadPosRankSum=-0.136;SC=CTGCATAGTGGGCTTAAGGCT;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=19;WE=25368013;WS=25367995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr2	25368030	rs10180231	T	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=300;ReadPosRankSum=1.907;SC=GGAAAGCAAGTTTCTCGAGTA;SOR=1.911;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=14;WE=25368038;WS=25368020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr2	25374912	rs17046887	G	A	4308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=89;PP=2681;ReadPosRankSum=0.476;SC=TGACATGGGCGAGTCCCTGGG;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=218;TCF=104;TCR=114;TR=170;WE=25374920;WS=25374902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,187:0.78:241
chr2	25377176	rs2164808	T	C	6653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=117;NR=124;PP=2965;SC=TCCCCGTCTATGAAATGAAGT;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=117;TCR=124;TR=241;WE=25377184;WS=25377166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr2	25377329	rs2118404	C	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=377;ReadPosRankSum=0.401;SC=TAGATGGCAGCGCCTCCCAGG;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=20;WE=25377337;WS=25377319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr2	25384456	rs10654394	C	CGCCGCTGCT	3137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.785;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=39;PP=2978;ReadPosRankSum=0.998;SC=TTCTGCCCTGCGCCGCTGCTG;SOR=0.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=23;TCR=76;TR=51;WE=25384464;WS=25384446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,133:0.70:190
chr2	25384705	rs6713396	T	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=365;ReadPosRankSum=-1.134;SC=GCCTAGGCCCTGGCCGCCCTC;SOR=1.247;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=22;WE=25384713;WS=25384695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr2	25458546	rs2304429	C	T	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=0.289;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,39:0.23:169
chr2	25463483	rs2289195	G	A	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.780;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=346;ReadPosRankSum=0.218;SC=CAGCTGAGAAGGTGGAGGGGA;SOR=0.624;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=28;WE=25463491;WS=25463473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,29:0.28:103
chr2	25466888	rs2289093	G	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=243;ReadPosRankSum=-1.131;SC=TGCAGGCCCAGCGGTGTCCCA;SOR=0.622;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=23;WE=25466896;WS=25466878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,27:0.33:81
chr2	25469913	rs2276599	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=-1.107;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,54:0.20:272
chr2	25472784	rs11681447	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=39;ReadPosRankSum=1.911;SC=GCTGCGAATGCAAACCCATCC;SOR=0.534;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=7;WE=25472792;WS=25472774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr2	25536827	rs41284843	G	A	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=526;ReadPosRankSum=-0.878;SC=TGGTGTCCCCGGGGCCGCTGG;SOR=0.626;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=40;WE=25536835;WS=25536817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,48:0.84:57
chr2	25602142	rs2304426	G	A	9772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=211;NR=120;PP=2965;SC=GGGAGGCAGAGGACTCTTTGT;SOR=1.284;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=332;TCF=212;TCR=120;TR=331;WE=25602150;WS=25602132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr2	25602310	rs2304427	C	T	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FS=2.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=-2.991;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:401,98:0.20:499
chr2	25610287	rs66917623	G	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=59;ReadPosRankSum=-0.310;SC=CAGGGTGGGTGAGCGTGGAGA;SOR=1.019;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=9;WE=25610295;WS=25610277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr2	25650329	rs75591229	A	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-0.871;SOR=0.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,15:0.23:66
chr2	25655772	rs7583475	T	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,19:0.16:119
chr2	25656880	rs1395949	C	G	3958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=78;PP=2315;SC=GTGGGGAAGTCGGGAGAAAGT;SOR=1.540;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=40;TCR=79;TR=118;WE=25656897;WS=25656870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	25830329	.	A	AT	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.854;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=6.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.184;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr2	25875401	rs137982132	T	TAA	2052.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=17.54;ReadPosRankSum=-1.526;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,100:0.85:117
chr2	26082057	rs13422450	T	C	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	26161226	rs11388254	C	CA	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.535;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr2	26174882	rs41285967	T	C	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.112;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,22:0.27:82
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chr2	26204640	rs6721440	G	A	8419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr2	26321526	rs11678157	T	C	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	26350136	rs2289022	G	T	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	26357748	rs2243834	G	T	5125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=58;PP=2965;SC=CTGTTGAATCGTGATTTTATC;SOR=1.313;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=111;TCR=58;TR=169;WE=26357756;WS=26357738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr2	26399214	rs4665830	G	A	11871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=59.99;NF=208;NR=203;PP=2965;SC=CCTTCCCAGGGGAGTACGCCG;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=411;TCF=208;TCR=203;TR=411;WE=26399222;WS=26399204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr2	26405985	rs10779956	A	G	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=35;PP=1045;SC=CTCCCTCACCAGGTGTGGTGT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=26405993;WS=26405975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	26407937	rs181971256	A	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=175;ReadPosRankSum=0.216;SC=GAGGGCGACCAGGAGTACGTG;SOR=0.093;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=13;WE=26407945;WS=26407927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr2	26408064	rs4665833	T	C	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	26415429	rs5001914	A	G	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=25;PP=750;SC=GCCGAGGCGGAGGATCATTTG;SOR=1.480;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=26415437;WS=26415419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	26416301	rs7582341	A	G	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=35;PP=1659;SC=CCTGACTCATAAAATCATTTT;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=55;TCR=35;TR=90;WE=26416309;WS=26416291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	26417533	rs1865324	C	A	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=305;SC=ACATGAGCTCCCTGGCCCTGC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=26417541;WS=26417523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	26420708	rs13387855	T	G	2309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	26420809	rs2289019	G	C	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=9;PP=222;SC=CACCTAGGGGGTTTTGTGTCG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=26420817;WS=26420799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	26454996	rs7593175	A	G	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=8;PP=759;SC=TAAAGAGGGCATATAGCTTCA;SOR=2.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=26455004;WS=26454986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	26477125	rs147970487	G	GACT	2506.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=7;PP=1817;SC=ATTCCAGAATGACTATCTTGA;SOR=3.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=37;WE=26477133;WS=26477115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	26512957	rs1056471	G	C	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=20;PP=569;SC=CTATTAAATAGTTTGCACTTA;SOR=1.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=30;WE=26512965;WS=26512947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	26532491	rs2007556	G	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=1.647;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,15:0.23:64
chr2	26532735	rs3856397	G	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.713;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,12:0.18:65
chr2	26533023	rs3851967	C	T	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.485;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,66:0.29:231
chr2	26534801	rs7568529	G	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=-0.113;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,11:0.17:66
chr2	26536118	rs112243485	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=0.658;SOR=0.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,15:0.17:89
chr2	26536299	rs11886746	C	G	7864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.178;SC=TGCTGTGGACCGGCCCCCAGA;SOR=0.487;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=297;TCF=174;TCR=123;TR=293;WE=26536307;WS=26536287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,313:0.99:316
chr2	26537499	rs10187359	A	C	6392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr2	26539806	rs75819301	A	G	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=1.005;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,33:0.33:101
chr2	26587076	rs11674089	G	A	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=514;ReadPosRankSum=2.316;SC=GCGCCACTGCGCCTGGCTTTA;SOR=0.876;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=35;WE=26587084;WS=26587066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,38:0.75:51
chr2	26590084	rs6748996	T	G	3186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=63;PP=1743;ReadPosRankSum=1.544;SC=TAGCCTACACTCTAGGTAAGG;SOR=0.615;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=191;TCF=98;TCR=93;TR=133;WE=26590092;WS=26590074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,149:0.70:213
chr2	26590118	rs6731447	C	T	2404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.696;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=53;PP=1294;ReadPosRankSum=-2.223;SC=TTACTATAGTCAGTGACTGGT;SOR=0.586;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=135;TCF=60;TCR=75;TR=98;WE=26590126;WS=26590108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,109:0.73:149
chr2	26606347	rs13030294	T	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=-1.063;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr2	26607992	rs934280	T	C	5201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=90;PP=2965;SC=TTGGAACAGCTTTTGCCAACA;SOR=1.026;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=78;TCR=90;TR=168;WE=26608000;WS=26607982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr2	26609469	rs7585892	G	A	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.93;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,68:0.81:84
chr2	26625042	rs13003230	C	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=3.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-0.582;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,25:0.20:124
chr2	26647277	rs7423300	T	G	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=18;PP=538;SC=TGCACTGTGCTGGACTCTTAG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=26647285;WS=26647267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	26652671	rs4356622	A	G	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=34;PP=984;SC=CTGCTCTTGGAGGGCCCCTGG;SOR=1.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=53;WE=26652679;WS=26652661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	26653457	rs4450561	G	A	11630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=229;NR=181;PP=2965;SC=TTGGAGTATCGTCTTCATAAT;SOR=0.827;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=410;TCF=229;TCR=181;TR=410;WE=26653465;WS=26653447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr2	26663187	.	T	TTG	578.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-0.483;QD=19.96;ReadPosRankSum=0.205;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr2	26667273	rs116115107	C	T	2090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.754;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=46;PP=1183;ReadPosRankSum=0.572;SC=ATAGAGGTGACGGGGATGGAG;SOR=0.587;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=117;TCF=52;TCR=65;TR=86;WE=26667281;WS=26667263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,99:0.74:133
chr2	26667615	rs939820	T	C	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=25;PP=1447;SC=TGAGAAGTTTTGGGAGATTTG;SOR=1.321;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=85;WE=26667623;WS=26667605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	26671092	.	CA	C	612.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.821;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,60:0.65:92
chr2	26671544	rs4072407	A	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=298;ReadPosRankSum=1.170;SC=TCTCCTCCCCATGACCCAACT;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=61;TCR=44;TR=31;WE=26671552;WS=26671534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,36:0.30:122
chr2	26676322	rs1402962	A	G	5588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr2	26679394	rs1054737	G	A	2534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.27;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,119:0.72:166
chr2	26739247	rs7575020	T	A	3539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=38;PP=2077;SC=TCCCCGTGTCTTGGGAGCAGT;SOR=1.346;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=82;TCR=38;TR=120;WE=26739255;WS=26739237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	26750557	rs10865425	T	C	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=5;PP=859;SC=CAGCCCAAGATTTCTTCGGTC;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=40;WE=26750565;WS=26750547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	26750645	rs1879760	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.730;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,46:0.19:244
chr2	26795217	rs59491712	GT	G	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr2	26799091	rs2272465	C	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.975;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,16:0.15:106
chr2	26800422	rs1053807	G	A	6549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=118;PP=2965;SC=AAGACAAGACGGGCACAGTGC;SOR=0.932;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=109;TCR=118;TR=227;WE=26800430;WS=26800412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr2	26801586	rs1148956	G	A	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.846;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=25;PP=1164;ReadPosRankSum=0.808;SC=GCCAGGATCTGCCCCCCATCC;SOR=0.143;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=87;TCF=61;TCR=26;TR=74;WE=26801594;WS=26801576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,79:0.85:93
chr2	26804008	rs744538	A	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=171;ReadPosRankSum=-0.651;SC=AGCCCTGGAAAGGGCAGTTCT;SOR=0.293;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=8;WE=26804016;WS=26803998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr2	26804122	rs744539	T	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-2.448;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,32:0.27:119
chr2	26804143	rs744540	T	C	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=-0.314;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,40:0.26:156
chr2	26804218	rs935171	G	A	7629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr2	26804247	rs935172	T	C	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,93:0.29:316
chr2	26818006	rs1148962	T	C	5073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr2	26818021	rs1148963	C	T	5654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr2	26846282	rs1615551	T	C	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=2.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-1.175;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,47:0.19:243
chr2	26863503	rs114010635	C	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=1.643;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,26:0.25:104
chr2	26951449	rs1663002	G	A	4143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=73;PP=2266;SC=GCCCCGAGGGGCCTGGAGCAC;SOR=1.142;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=58;TCR=73;TR=131;WE=26951457;WS=26951439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	26997031	rs13007156	G	A	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=1.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.219;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,60:0.22:278
chr2	27014980	rs12992046	T	C	2864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=53;PP=1755;ReadPosRankSum=-0.742;SC=TCCACTGAACTTACCTTTCTT;SOR=0.603;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=163;TCF=94;TCR=69;TR=117;WE=27014988;WS=27014970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,130:0.68:192
chr2	27015118	rs13014800	G	A	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.082;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.555;NF=14;NR=31;PP=779;ReadPosRankSum=-0.528;SC=GGTAAGCTCCGGGAGCTTCCC;SOR=0.191;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=45;WE=27015126;WS=27015108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,49:0.79:62
chr2	27015141	rs35344721	G	GC	861.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.867;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.619;NF=1;NR=18;PP=676;ReadPosRankSum=0.275;SC=CAACCCCTATGCCACCCTCCT;SOR=0.259;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=19;WE=27015149;WS=27015131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr2	27015903	rs2289017	T	C	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=660;ReadPosRankSum=-0.062;SC=ATTCTGTGAATAGTTTCCTAC;SOR=0.647;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=39;WE=27015911;WS=27015893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr2	27015969	rs2289018	G	A	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=1.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.96;ReadPosRankSum=1.057;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,100:0.70:142
chr2	27157396	rs920437	G	A	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.04;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr2	27167784	rs3739088	C	T	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=28;PP=855;SC=TCTTTTGTGTCCTCTCCTCCC;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=27167792;WS=27167774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr2	27258761	rs2304713	C	G	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=574;ReadPosRankSum=0.432;SC=GGCCTGGGCTCACCGCTGACA;SOR=0.856;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=31;WE=27258769;WS=27258751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr2	27259794	rs13021112	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.709;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,12:0.19:63
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chr2	27261329	rs11690454	A	G	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=34;PP=1762;SC=CCACCTGACTAGGGGGTTGTG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=88;WE=27261337;WS=27261319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	27262763	rs146244277	GGGA	G	8892.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=118;PP=2971;SC=CTGGGTGTCAGGGAGGAGGCG;SOR=1.586;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=146;TCF=15;TCR=131;TR=132;WE=27262773;WS=27262753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	27263122	rs1866654	T	C	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=0.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-1.733;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,103:0.27:379
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chr2	27279416	rs2384570	A	G	4005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=54;PP=2155;ReadPosRankSum=0.920;SC=TCACATGGTCACATACTTGCT;SOR=0.324;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=86;TCR=54;TR=139;WE=27279424;WS=27279406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,159:0.99:160
chr2	27280092	rs6711384	T	A	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=13;PP=1341;SC=TTGCCTCCTTTGACCACCTAA;SOR=2.235;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=63;WE=27280100;WS=27280082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	27280127	rs6721395	G	A	3434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=82;NR=32;PP=2171;SC=TTCTGTCCTGGTATCTGTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=82;TCR=32;TR=114;WE=27280135;WS=27280117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	27290525	rs11681145	A	G	9378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.84;ReadPosRankSum=-0.769;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,362:1.00:363
chr2	27291661	rs7575465	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.339;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=123;ReadPosRankSum=1.295;SC=AACCCAGCAAGGCACTGTTCC;SOR=0.095;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=8;WE=27291669;WS=27291651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr2	27292651	rs10865461	T	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=112;ReadPosRankSum=2.184;SC=TTCAGAATAATTTTCTGCTTC;SOR=0.914;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=10;WE=27292659;WS=27292641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr2	27293150	rs1053609	G	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.816;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,46:0.18:251
chr2	27302165	rs2289360	T	C	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,44:0.26:169
chr2	27303755	rs2736976	A	G	3475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=72;PP=2232;SC=CCCCTGGCCCAGCCTGCCCGC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=44;TCR=72;TR=116;WE=27303763;WS=27303745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	27307769	rs2304682	G	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=2.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=2.254;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,43:0.19:224
chr2	27315252	rs2304681	G	A	6557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=0.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.12;ReadPosRankSum=-2.320;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,298:0.78:383
chr2	27319826	rs9677784	A	G	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=24;PP=684;SC=TTCAGGTGAGAAAACTAAGGC;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=27319834;WS=27319816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	27323385	rs1131375	C	T	2144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.404;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=40;PP=1103;ReadPosRankSum=-1.893;SC=GAATTGGGGCCAACTCCAATA;SOR=0.493;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=70;TCR=55;TR=89;WE=27323393;WS=27323375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,101:0.72:140
chr2	27323468	rs4665371	A	C	2918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	27324036	rs1057394	G	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=210;ReadPosRankSum=0.033;SC=CTGGGACCAGGCAGGGGGCAC;SOR=1.234;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=13;WE=27324044;WS=27324026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr2	27324724	rs2384571	G	C	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=0.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=-1.351;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,96:0.25:388
chr2	27324751	rs2384572	G	T	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=0.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.904;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,103:0.25:415
chr2	27351279	rs1866561	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.804;SOR=0.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,20:0.22:93
chr2	27351948	rs6715286	T	G	8441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.918;SC=GTAGCCAGGATACATACGTCT;SOR=0.273;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=140;TCR=143;TR=282;WE=27351956;WS=27351938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,314:1.00:315
chr2	27353507	rs2304678	G	C	7519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.765;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=0.463;SC=GGCAGCACTGGTACATGAGCC;SOR=0.445;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=407;TCF=184;TCR=223;TR=297;WE=27353515;WS=27353497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,317:0.73:432
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chr2	27355991	rs2289358	G	T	2457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.17;ReadPosRankSum=0.161;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,116:0.72:162
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chr2	27359887	rs11121	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=2.523;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr2	27423962	rs145671789	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=2.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=0.977;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,61:0.19:325
chr2	27424496	rs1006898	G	A	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=15;PP=1197;SC=TCAAAGGAGGGCTTTGAGAAA;SOR=1.410;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=57;WE=27424504;WS=27424486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	27424636	rs1395	G	A	8893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.911;SC=TGGCATGCTGGAGCCCATGCT;SOR=0.324;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=307;TCF=172;TCR=135;TR=305;WE=27424644;WS=27424626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,329:1.00:330
chr2	27426514	rs1275521	G	C	6444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr2	27428147	rs1298361	A	G	3365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=22;PP=2313;SC=TACTATAGCCAAGACCAGCCT;SOR=2.907;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=97;TCR=23;TR=119;WE=27428155;WS=27428137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	27428295	rs1275524	A	G	20347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=789;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=376;NR=361;PP=2965;SC=CTGACCCCACAATGATAACTG;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=739;TCF=378;TCR=361;TR=737;WE=27428303;WS=27428285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,788:1.00:788
chr2	27428702	rs1275525	A	C	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=46;NR=5;PP=1291;SC=CCCTGTTGACATCATTCCCAT;SOR=4.091;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=51;WE=27428710;WS=27428692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	27428815	rs1275526	C	G	9739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr2	27428877	rs1275527	C	G	11980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.77;ReadPosRankSum=0.995;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,463:1.00:465
chr2	27435250	rs1275533	A	G	3685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.10;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr2	27435374	rs11608	G	A	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	27440785	rs1275536	C	T	15783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=292;NR=271;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.685;SC=AGGCCCTCACCGATCCCTCCT;SOR=0.317;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=564;TCF=292;TCR=272;TR=563;WE=27440793;WS=27440775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,587:1.00:588
chr2	27444109	rs146668657	C	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=1.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.663;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,62:0.21:300
chr2	27466258	rs5830040	CT	C	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.285;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr2	27522543	rs141577308	C	CCTAT	1532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.154;NF=6;NR=10;PP=852;ReadPosRankSum=0.688;SC=CGCACTCAGCCCTATCTATCT;SOR=0.620;SbPval=0.02;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=16;WE=27522551;WS=27522533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
chr2	27534397	.	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=88;ReadPosRankSum=2.717;SC=TCTTTATTGTGAGTGTCTGAC;SOR=0.569;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=9;WE=27534405;WS=27534387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr2	27535311	rs5830041	T	TG	14009.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=103;PP=2936;SC=CTTCTTCCCCTGGCTGTCAGC;SOR=0.962;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=174;TCF=66;TCR=108;TR=168;WE=27535319;WS=27535301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr2	27547247	rs76164683	G	C	9818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=221;NR=191;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.343;SC=ACCTTTTACAGACAGCTTACC;SOR=0.771;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=564;TCF=298;TCR=266;TR=412;WE=27547255;WS=27547237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,442:0.73:607
chr2	27549833	rs113469548	C	CA	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.012;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr2	27564740	rs76845159	T	C	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=21;PP=1189;ReadPosRankSum=-1.291;SC=AAAGCTGTCCTTCCTTTCTCA;SOR=0.635;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=91;TCF=65;TCR=26;TR=71;WE=27564748;WS=27564730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,73:0.79:92
chr2	27591804	rs80051818	T	C	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.538;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr2	27598097	rs4665972	T	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.537;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=201;ReadPosRankSum=1.028;SC=GCTCTGCCTCTCAGATTCATG;SOR=0.231;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=18;WE=27598105;WS=27598087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr2	27606098	rs2384629	A	G	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=5;PP=705;SC=TATTTCACAGAAATATAAGAA;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=27606106;WS=27606088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	27728504	rs116482426	G	A	298.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=173;ReadPosRankSum=0.586;SC=ACTATCACATGCATGCCCGGG;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=10;WE=27728512;WS=27728501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr2	27730940	rs1260326	T	C	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=1.012;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,49:0.27:183
chr2	27731212	rs3817588	T	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,9:0.17:54
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chr2	27806793	rs145957642	G	GT	1342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.17;MQRankSum=0.549;NF=1;NR=37;PP=1495;ReadPosRankSum=1.109;SC=TTTTTCTAAGGTTCTTTTGTG;SOR=0.446;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=38;WE=27806801;WS=27806783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,50:0.79:63
chr2	27852389	rs116756341	C	T	4076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=4.578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.42;ReadPosRankSum=-1.306;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,180:0.77:234
chr2	27858167	.	C	CT	308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=5.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=-1.257;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,34:0.32:107
chr2	27861707	rs11692692	G	A	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=4;PP=497;SC=TAAATTTTGCGTTTGTTGGCT;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=27861715;WS=27861697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	27870853	rs145512340	T	C	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=49;PP=1225;ReadPosRankSum=0.766;SC=GAGCATCTGCTTATCCTCACA;SOR=0.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=17;TCR=64;TR=62;WE=27870861;WS=27870843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,66:0.76:87
chr2	27884878	rs1569152	C	T	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=463;SC=TGCCTTCTAACTGGTATCCCT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=27884886;WS=27884868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	27887034	rs9678851	C	A	7532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.161;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=1.938;SC=GTCGCGCCCCCCGACAGCGGT;SOR=0.579;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=259;TCF=151;TCR=108;TR=256;WE=27887042;WS=27887024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,287:0.99:289
chr2	27905389	.	TTC	T	183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	27995781	rs3736594	A	C	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=356;SC=GAAATACTTGAAGGAACCTTT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=27995789;WS=27995771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	28268467	rs6738887	C	T	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=3;PP=189;SC=TCTTGCCTAACGTTAGGAAAA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=12;WE=28268475;WS=28268457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	28464369	rs376402633	CT	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=2.626;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.427;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr2	28464435	rs6737817	T	C	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=15;PP=481;SC=GATCTTGGCTTACTGCAACCT;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=28464443;WS=28464425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	28615812	rs72195155	GGA	G	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=8.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.43;ReadPosRankSum=1.637;SOR=2.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,13:0.15:85
chr2	28718897	rs4665423	A	G	3554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=45;PP=2197;SC=ACACAGAGGAACATAAAAGCA;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=74;TCR=45;TR=118;WE=28718905;WS=28718887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	28748857	rs4666085	T	C	4454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=80;PP=2746;SC=GCCCCTCTCCTTCCCAACACA;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=76;TCR=80;TR=156;WE=28748865;WS=28748847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	28748916	rs10181687	A	C	2924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=53;PP=1768;SC=CCACTTTATCACTGGAGCCCA;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=100;WE=28748924;WS=28748906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	28752498	rs6728486	T	C	5246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=114;NR=59;PP=2965;SC=GGATAAAGCTTAGAGACTGAC;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=114;TCR=60;TR=173;WE=28752506;WS=28752488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr2	28752555	rs4473343	T	C	8195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=3.441;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.70;ReadPosRankSum=-0.559;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,306:1.00:307
chr2	28752727	rs6710800	C	G	3951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=71;PP=2093;SC=TGATGACCCTCGTACCATTTT;SOR=2.502;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=21;TCR=72;TR=92;WE=28752749;WS=28752717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	28752741	rs6725577	A	G	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=58;PP=1604;SC=CCATTTTACCATGAACTCGGC;SOR=2.995;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=12;TCR=59;TR=70;WE=28752749;WS=28752717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	28761257	rs7589169	A	G	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=28;PP=793;SC=AGGTGAGGCCACGGGCCTAGG;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=28761265;WS=28761247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	28761282	rs7589254	A	G	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=23;PP=665;SC=CCCCAAGGGCAGTGGGGCCCA;SOR=1.347;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=28761290;WS=28761272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	28761981	rs6753929	G	C	4431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.38;ReadPosRankSum=-1.579;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,197:0.77:255
chr2	28763374	rs11127162	G	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=7.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=1.229;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,23:0.16:141
chr2	28771452	rs56019402	CTA	C	1026.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=1293;ReadPosRankSum=-0.178;SC=GAAGTCCCTTCTATATATATA;SOR=0.622;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=31;WE=28771463;WS=28771442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,45:0.90:50
chr2	28771579	rs72789777	C	T	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=4.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.30;ReadPosRankSum=0.126;SOR=0.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,58:0.79:73
chr2	28771624	rs11680168	T	G	3133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=39;PP=1808;SC=TCTAATGCGTTCCCTGGTACT;SOR=0.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=99;WE=28771632;WS=28771614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	28771897	rs11680304	T	C	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=16;PP=396;SC=ACCTGAGATGTGAATCCTGTT;SOR=1.942;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=28771905;WS=28771887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	28785754	rs7560628	G	C	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=5;PP=369;SC=CATTGACAAGGATGGGTTTTT;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=28785762;WS=28785744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr2	28789643	rs10186460	T	C	13421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,526:1.00:526
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chr2	28800894	rs877832	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.985;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=-0.061;SC=CTCCACCATACATTTGATTGC;SOR=1.341;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=12;WE=28800902;WS=28800884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr2	28816425	rs10176136	T	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=6.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=374;ReadPosRankSum=-0.894;SC=GGCTCCTGGTTCCATGTCTGC;SOR=2.737;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=17;WE=28816433;WS=28816415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr2	28816814	rs11462230	C	CTTT	2948.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=4.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.369;QD=15.44;ReadPosRankSum=1.651;SOR=0.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,118:0.62:191
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chr2	28821613	rs35746006	C	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=2.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.636;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,41:0.20:208
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chr2	28823571	rs13029421	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.257;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=265;ReadPosRankSum=-1.675;SC=TCTGCCAGCTCATGCAGTGGG;SOR=1.358;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=20;WE=28823579;WS=28823561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr2	28824303	rs1106882	C	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=243;ReadPosRankSum=-0.359;SC=CTAGGATTATCCACCTACACC;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=14;WE=28824311;WS=28824293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr2	28824793	rs7601771	C	G	5056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr2	28824940	rs67381370	G	A	787.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.9979;FS=3.443;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=607;ReadPosRankSum=-0.659;SC=GAGACAGCCAGGGGCATGGAC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=29;WE=28824948;WS=28824930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,31:0.91:34
chr2	28825607	rs67964454	G	A	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=-0.949;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,50:0.23:220
chr2	28827026	rs7573051	T	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=2.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=-0.556;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,43:0.21:205
chr2	28827625	rs34289907	C	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=1.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,57:0.23:252
chr2	28827644	rs36116681	A	G	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=-2.430;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,50:0.21:236
chr2	28836890	rs34183223	T	TTC	1001.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=2.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=1.934;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:319,92:0.22:411
chr2	28840691	rs1534478	C	T	2323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.310;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=60;PP=1582;ReadPosRankSum=-0.676;SC=CAATTAAGGGCCTTGCCGAAT;SOR=0.343;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=119;TCF=37;TCR=82;TR=91;WE=28840699;WS=28840681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,97:0.76:128
chr2	28841021	rs1881256	G	A	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=458;SC=GATAGCCATGGAACCCATTCC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=28841029;WS=28841011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	28841049	rs1881255	G	A	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=474;ReadPosRankSum=0.460;SC=GCCTTGGTTGGTCTGAATGAA;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=31;WE=28841057;WS=28841039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,37:0.82:45
chr2	28843871	rs35800423	G	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=290;ReadPosRankSum=0.677;SC=ACAGGAGGGCGAGTGGAAGGC;SOR=0.675;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=24;WE=28843879;WS=28843861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,26:0.28:92
chr2	28843909	rs35166577	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=229;ReadPosRankSum=0.716;SC=GTGGGAAACCGGAGGAGAGGA;SOR=0.728;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=14;WE=28843917;WS=28843899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr2	28849473	rs899149	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=0.183;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr2	28853352	rs6713038	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.669;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=95;ReadPosRankSum=-0.053;SC=GGCTGCAGGCCCCTGGGGTAG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=8;WE=28853360;WS=28853342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr2	28853377	rs6731155	T	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=106;ReadPosRankSum=-0.304;SC=CTGCTCTGTGTGTCAGAGCCA;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=13;WE=28853385;WS=28853367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,14:0.23:61
chr2	28855088	rs3071742	C	CT	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.434;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.066;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,18:0.29:63
chr2	28855918	rs34314459	A	AG	7013.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=72;PP=2974;SC=TGAGCAGCCAAGGCCTGGTGG;SOR=0.925;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=86;TCF=11;TCR=75;TR=83;WE=28855926;WS=28855908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	28865760	rs2272387	T	C	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-0.315;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:287,72:0.20:359
chr2	28865968	rs57817040	T	C	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.15;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr2	28865977	rs1052358	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=4.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.92;ReadPosRankSum=0.072;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr2	28975107	rs2276547	G	C	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=22;PP=705;SC=CTGCGTCCCCGTCTGCCGCCG;SOR=1.675;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=31;WE=28975115;WS=28975097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	29001691	rs1128416	A	G	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=16;PP=889;SC=TTCATGGACAATATACAGATT;SOR=1.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=53;WE=29001699;WS=29001681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr2	29052283	rs72449240	G	GT	244.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.60;ReadPosRankSum=1.282;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
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chr2	29087799	rs13030945	C	A	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=9;PP=1170;SC=GGTATTTTCCCAAATATCTTT;SOR=2.644;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=52;WE=29087807;WS=29087789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	29129300	rs36066576	AT	A	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=3.032;QD=1.57;ReadPosRankSum=-1.289;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,51:0.27:190
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chr2	29136435	rs35033327	A	G	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=21;PP=1017;ReadPosRankSum=-0.088;SC=GCCTACATCCAGCATTTAGTC;SOR=0.875;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=65;TCR=27;TR=71;WE=29136443;WS=29136425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,72:0.77:93
chr2	29145663	rs70958224	GT	G	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=-1.563;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr2	29152384	rs34113296	T	G	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=680;ReadPosRankSum=0.030;SC=TTATTTTTTTTGTCTCCAAAC;SOR=0.582;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=37;WE=29152392;WS=29152374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,37:0.61:61
chr2	29152456	rs1140697	A	G	5028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=97;NR=63;PP=2764;SC=TTAGCATTGAAGAACGTCTGG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=97;TCR=63;TR=160;WE=29152464;WS=29152446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr2	29161010	rs4233731	G	A	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=22;PP=642;SC=GTTTTACCCCGGGTGCAATGA;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=29161018;WS=29161000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	29169612	rs3087649	T	C	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=1.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,68:0.29:231
chr2	29222070	rs13009279	G	A	3055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=38;PP=1639;SC=TGAGCCAAGAGCCCTGCTGAA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=104;WE=29222078;WS=29222060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	29222388	rs57018089	G	C	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=72;PP=2194;SC=GTCAAGGGCCGCAGGCCTCCA;SOR=4.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=8;TCR=72;TR=80;WE=29222396;WS=29222378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	29226498	rs12613325	G	A	5940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=91;NR=116;PP=2965;SC=TTCCCAGCCCGTTACCTCCAG;SOR=1.109;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=91;TCR=116;TR=207;WE=29226520;WS=29226488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr2	29226512	rs12623297	A	G	4907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=100;PP=2965;SC=CCTCCAGGCCAGGGAGTCCTC;SOR=1.295;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=69;TCR=100;TR=169;WE=29226520;WS=29226488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr2	29226559	rs12619829	C	T	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=60;PP=1568;SC=GTAAGAGCTCCAAGTCAAACC;SOR=2.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=18;TCR=60;TR=78;WE=29226567;WS=29226549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	29239942	rs11685375	T	G	3844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=61;PP=2475;ReadPosRankSum=-0.893;SC=TGGCACACAGTAGAAACATTT;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=218;TCF=134;TCR=84;TR=160;WE=29239950;WS=29239932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,165:0.74:223
chr2	29240005	rs13409097	T	C	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=0.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.968;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:280,94:0.25:374
chr2	29240060	rs11127202	A	G	4875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.982;SC=GAGAAGATGCAGCTGAAGCAG;SOR=0.587;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=119;TCR=134;TR=200;WE=29240068;WS=29240050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,217:0.79:275
chr2	29240582	rs66482868	T	C	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=15;PP=957;ReadPosRankSum=0.324;SC=CAGCCATGGGTCCATTTTCAA;SOR=0.631;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=55;WE=29240590;WS=29240572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,64:0.75:85
chr2	29240673	rs35166194	G	A	3151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=1.588;SC=CTTCCCCTCCGGGGCAGCGGG;SOR=0.655;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=187;TCF=110;TCR=77;TR=127;WE=29240694;WS=29240663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,144:0.68:211
chr2	29240686	rs34261417	A	C	3348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=62;PP=2962;ReadPosRankSum=1.498;SC=GCAGCGGGACACTGTCTGTGC;SOR=0.686;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=207;TCF=115;TCR=92;TR=136;WE=29240694;WS=29240663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,149:0.66:227
chr2	29240783	rs1109758	A	G	2516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=55;PP=1382;ReadPosRankSum=2.253;SC=CAGCATCCCCATCAGCCGGCA;SOR=0.551;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=77;TCR=84;TR=108;WE=29240791;WS=29240773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,118:0.69:172
chr2	29249903	rs11884174	G	C	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=812;ReadPosRankSum=-0.608;SC=GGGCCTGGGGGCAGAGAAGGC;SOR=1.022;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=39;WE=29249911;WS=29249893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,46:0.81:57
chr2	29256374	rs60403047	C	T	2715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.87;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,124:0.77:161
chr2	29258674	rs6752579	T	C	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=348;ReadPosRankSum=-1.922;SC=AGTGGCTGAGTGGGCAAGGGC;SOR=0.527;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=25;WE=29258682;WS=29258664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
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chr2	29274720	rs895591	A	G	18014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.17;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
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chr2	29383374	rs2305450	G	A	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.344;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=655;ReadPosRankSum=-0.219;SC=ATTCTTTAGAGTACAAAAGGT;SOR=1.013;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=37;WE=29383382;WS=29383364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr2	29386646	rs10200936	G	C	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=16;PP=1165;SC=AGTAGCATAAGAGTTTTGGAT;SOR=1.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=59;WE=29386654;WS=29386636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	29416366	rs1881421	G	C	7779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=136;NR=120;PP=2965;SC=GGTTACCCCTGTCGTGTGGCT;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=136;TCR=121;TR=256;WE=29416374;WS=29416356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr2	29416572	rs1670283	T	C	8422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=149;NR=128;PP=2965;SC=CGAACAGAGATCTCTGCAGCT;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=149;TCR=128;TR=277;WE=29416580;WS=29416562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
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chr2	29416794	rs17007646	G	A	4974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=89;PP=2466;SC=GGGTCCTGCCGTAGGGGAAAT;SOR=1.215;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=71;TCR=89;TR=160;WE=29416802;WS=29416784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr2	29432776	rs3738867	T	C	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.930;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,28:0.27:104
chr2	29444095	rs1569156	C	T	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr2	29455267	rs2256740	A	G	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=0.808;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,62:0.23:274
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chr2	29525341	rs11127213	A	G	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.48;SOR=2.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr2	29541104	rs2276549	C	T	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.849;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=381;ReadPosRankSum=-0.023;SC=CTTTCTTAATCTGGGTTCCGG;SOR=0.264;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=24;WE=29541112;WS=29541094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr2	29543663	rs2293564	T	C	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.14;ReadPosRankSum=-1.058;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,54:0.63:86
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chr2	29940529	rs2246745	A	T	7309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr2	30143499	rs4358080	G	C	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=644;ReadPosRankSum=0.512;SC=GCAGCGGCAGGAGCCACAGGA;SOR=0.422;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=30;WE=30143507;WS=30143489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,32:0.82:39
chr2	30381505	rs1137288	T	C	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=668;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TGCAGTACAGTGAAGTTCAAG;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=43;WE=30381513;WS=30381495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,43:0.83:52
chr2	30480196	rs6548005	C	G	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=21;PP=832;ReadPosRankSum=0.971;SC=AGTCCCTGGCCTATGGCATGC;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=63;WE=30480204;WS=30480186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,69:0.79:87
chr2	30682360	rs829574	G	A	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=17;PP=1479;SC=TGATGAGCCCGGTGCACTGTT;SOR=1.939;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=73;WE=30682368;WS=30682350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	30682470	rs55723517	A	T	3384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.074;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=61;PP=1800;ReadPosRankSum=0.636;SC=CAAATGGATGATGTGATATAT;SOR=0.591;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=174;TCF=96;TCR=78;TR=131;WE=30682478;WS=30682460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,153:0.76:201
chr2	30682630	rs829573	T	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=4.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=0.833;SOR=1.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,17:0.23:73
chr2	30756196	rs829624	A	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=1.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=-1.864;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,54:0.25:218
chr2	30756265	rs829625	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.701;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,9:0.17:52
chr2	30775299	rs12053428	G	A	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=6;PP=780;SC=GTTTGTTAGAGTATTATGTAA;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=30775307;WS=30775289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	30791152	rs6749074	A	G	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=16;PP=425;SC=TTGTCTCAAGAAATGAGATAT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=30791160;WS=30791142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	30828792	rs2248777	G	A	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=14;PP=835;SC=TAAGGAGCGCGCAACCTAGAT;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=48;WE=30828800;WS=30828782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	30955528	rs2276567	C	A	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=15;PP=400;SC=AGGGCCCGGCCACCTCCCACC;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=30955536;WS=30955518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	30959262	rs509380	G	T	2521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=31;PP=1386;SC=AGGGGTGAGAGTTCCTCTTCT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=85;WE=30959270;WS=30959252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	30968760	rs57880021	ATTTT	A	731.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.14;ReadPosRankSum=2.439;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,23:0.88:26
chr2	30973825	rs1879283	C	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=149;ReadPosRankSum=-0.487;SC=TAGACTTGGACTGCATGAATG;SOR=0.986;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=11;WE=30973833;WS=30973815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr2	30976058	rs2926304	C	T	3569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.714;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=69;PP=1870;ReadPosRankSum=-1.643;SC=AATCTTGACACGACATCCTGT;SOR=0.578;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=206;TCF=100;TCR=106;TR=138;WE=30976066;WS=30976048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,162:0.69:236
chr2	30977073	rs485100	G	A	6091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr2	30980940	rs508405	C	T	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=26;PP=1470;SC=CTCCATTCGGCCTCGCCCCAG;SOR=1.450;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=81;WE=30980948;WS=30980930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	30986989	rs579016	G	T	3941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=3.515;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.43;ReadPosRankSum=-0.632;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,154:0.99:155
chr2	31009977	rs1915125	G	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.57;ReadPosRankSum=1.585;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr2	31188957	rs889896	C	T	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=1;PP=695;SC=GTGCCTGGCACGTAGTTAGAT;SOR=3.737;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=31188965;WS=31188947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	31401290	rs4952052	A	C	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=26;PP=1317;SC=TAAAGGGCTGAAGGGGACAGA;SOR=1.194;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=72;WE=31401298;WS=31401280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	31401419	rs202203372	G	C	2782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.094;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=51;PP=1574;ReadPosRankSum=-2.131;SC=TGAATTCCTGGATGCTCATAG;SOR=0.469;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=151;TCF=77;TCR=74;TR=109;WE=31401427;WS=31401409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,123:0.73:169
chr2	31410708	rs1822496	C	T	10084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=163;NR=192;PP=2965;SC=CAGAAAGACACAATTATTCAC;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=355;TCF=163;TCR=192;TR=355;WE=31410716;WS=31410698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr2	31414807	rs1562022	C	G	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=1.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	31415967	rs7591444	T	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-1.009;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,22:0.23:97
chr2	31416213	rs11124248	T	C	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.616;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,25:0.22:116
chr2	31416305	rs11124249	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=0.950;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr2	31416309	rs11124250	A	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.545;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr2	31416317	rs12619774	C	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.520;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr2	31420245	rs7568661	A	G	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=32;PP=1020;ReadPosRankSum=1.749;SC=CTGAGTGCAAACATTCCAGAG;SOR=0.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=62;WE=31420253;WS=31420235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,75:0.77:97
chr2	31422452	rs7563977	T	A	2936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.504;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=67;PP=1579;ReadPosRankSum=-0.566;SC=AGCTTATTCTTTGAGTCGTGG;SOR=1.033;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=155;TCF=73;TCR=82;TR=121;WE=31422460;WS=31422442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,134:0.80:168
chr2	31422514	rs7564077	T	A	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.08;ReadPosRankSum=-0.949;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,62:0.77:81
chr2	31422601	rs7576637	A	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=-0.928;SC=TTCTGCAGTGATCATGCCATA;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=31422609;WS=31422591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr2	31423443	rs17011001	G	A	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.65;ReadPosRankSum=-1.017;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,88:0.81:109
chr2	31424693	rs749251	C	A	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=375;ReadPosRankSum=0.774;SC=GAAAAAGAAGCGATGGGAAGG;SOR=0.348;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=26;WE=31424701;WS=31424683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,35:0.74:47
chr2	31424885	rs11692905	C	T	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=4.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,49:0.20:244
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chr2	31426096	.	TAC	GAT	1871	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=22;NR=29;PP=1871;QD=37.734664213;SC=CCCAAAACTGTACTTATGGGG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=51;WE=31426106;WS=31426086;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,51:0.85:60
chr2	31426098	rs1470335	C	T	2648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.28;ReadPosRankSum=-0.294;SOR=1.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,64:0.88:73
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chr2	31467351	rs2295473	T	A	3680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=72;PP=2051;ReadPosRankSum=0.635;SC=TTTCAGGTGCTCTCTTTTCTT;SOR=0.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=56;TCR=72;TR=128;WE=31467359;WS=31467341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,142:0.99:143
chr2	31483890	rs13028669	T	C	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=57;PP=1289;SC=CAGTGCATCATGTGTGTGACA;SOR=4.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=5;TCR=57;TR=62;WE=31483898;WS=31483880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	31484334	rs654650	G	A	2977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=26;PP=1903;SC=GTAGGGGAAGGAATGATGCAA;SOR=1.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=75;TCR=26;TR=101;WE=31484342;WS=31484324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	31488965	rs619002	C	T	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=1.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr2	31565316	rs35235275	C	T	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.363;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=713;ReadPosRankSum=-0.410;SC=ACAATTTGAACCTGTTAACGA;SOR=1.426;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=43;WE=31565324;WS=31565306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,45:0.83:54
chr2	31567743	rs566224	T	C	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.17;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	31569471	rs7599175	A	G	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=8;PP=1062;SC=ACCCAGCCAGAATGAGCATTT;SOR=2.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=47;WE=31569479;WS=31569461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	31570376	rs1366813	T	C	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	31570626	rs4952083	C	T	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.58;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	31570631	rs4952084	A	G	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.49;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	31571241	rs13415401	G	C	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=44;PP=1487;SC=TAGGGAAAGAGAAGGATGCCA;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=37;TCR=44;TR=81;WE=31571249;WS=31571231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	31571786	rs1884725	A	G	3166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	31572482	rs11408029	T	TG	3130.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=20;PP=1720;SC=GCTTCCTATATGGGGTCAGCA;SOR=1.190;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=43;WE=31572490;WS=31572472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	31572732	rs13419410	C	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=341;ReadPosRankSum=-0.183;SC=GCCTTGTTGGCGGCAAGAGAC;SOR=0.665;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=22;WE=31572740;WS=31572722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr2	31587235	rs1018505	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.234;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,28:0.29:98
chr2	31588288	rs2365842	T	A	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=3.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.952;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,66:0.23:284
chr2	31589654	rs13387204	T	C	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=55;ReadPosRankSum=-0.282;SC=TCCCTCTTCCTATTTCCCACA;SOR=0.307;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=6;WE=31589662;WS=31589644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr2	31590759	rs2281550	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=-1.071;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,30:0.25:119
chr2	31596955	rs4952086	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.748;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,3:0.16:19
chr2	31596963	rs4952087	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=-2.352;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr2	31600146	rs10187719	T	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=87;ReadPosRankSum=-0.705;SC=CCTTGCTCTGTAGGGGCTGCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=6;WE=31600154;WS=31600136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr2	31609448	rs477626	A	C	3982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.73;ReadPosRankSum=1.595;SOR=0.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,148:0.99:149
chr2	31611367	rs206847	T	C	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=30;PP=676;SC=AAACAACTCATGGATAAACAA;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=31611375;WS=31611357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	31621598	rs10175754	T	C	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=40;PP=938;SC=ACACCTGGGATGGCAGAACCC;SOR=1.942;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=57;WE=31621606;WS=31621588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	31626045	rs1346644	G	C	3801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=89;PP=2193;SC=ATGAACTCAGGGAGAGGAGTC;SOR=1.514;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=48;TCR=89;TR=137;WE=31626053;WS=31626035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr2	31628705	rs1366814	T	G	7181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=147;NR=98;PP=2965;SC=TAGGAAACAATGTAAGGCCTA;SOR=1.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=247;TCF=147;TCR=100;TR=245;WE=31628713;WS=31628695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr2	31805619	rs619857	T	C	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	31805675	rs522638	A	G	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=17;PP=1023;SC=GGCGCCCGCAAGGGAAAAACG;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=57;WE=31805683;WS=31805665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	31805706	rs523349	G	C	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=23;PP=1218;SC=AAGTAATGTAGGCAGAAGAGG;SOR=1.312;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=53;TCR=23;TR=76;WE=31805714;WS=31805696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	31805880	rs142200057	A	AG	7688.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=72;PP=2936;SC=CCGTAGCCGGAGGCTTCGCGA;SOR=0.840;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=91;TCF=15;TCR=76;TR=84;WE=31805888;WS=31805870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr2	31806031	rs632148	C	G	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.960;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=904;ReadPosRankSum=0.360;SC=CCCCGCAACCCCTTTATGGAG;SOR=1.627;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=42;WE=31806039;WS=31806021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr2	32146160	rs56156729	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr2	32264285	rs141121792	TC	T	2912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=10;PP=1595;SC=TAAAAGCAGATCCCAAGTTTT;SOR=2.602;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=38;WE=32264296;WS=32264275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	32264288	rs62142092	C	T	2921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=10;PP=1090;SC=AAGCAGATCCCAAGTTTTCTC;SOR=2.602;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=51;WE=32264296;WS=32264275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	32312716	rs202142071	C	CTATT	620.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=484;SC=GATTTCAGATCTATTTATTTA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=10;WE=32312724;WS=32312706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	32340026	rs11399176	A	AT	60.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=12.17;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	32369901	rs2365556	T	C	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=9;PP=730;SC=CACAGTGAGCTGAGATCATGC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=32369909;WS=32369891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	32400532	rs28713298	T	C	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=13;PP=370;SC=ACTACTGATATCTTACAAGAA;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=32400540;WS=32400522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	32418808	rs212751	T	A	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=7;PP=468;SC=ATGGGGCTAGTAACTAAGTTC;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=32418816;WS=32418798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	32422366	rs151324916	G	GT	977.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.48;QD=21.73;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	32429880	rs34353191	A	AT	278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=12.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.80;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=0.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr2	32434701	rs212685	A	G	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=20;PP=577;SC=CTGAAAAAAAATATTTCCTTA;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=32434709;WS=32434691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	32460348	rs212714	A	G	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=11;PP=968;SC=TTCATTAGACATATTTATATT;SOR=2.348;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=49;WE=32460368;WS=32460338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	32461493	rs55638726	T	TC	201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=80;SC=AATTCTGAGTTTTATCTTCTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=32461501;WS=32461483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	32466029	rs212721	A	G	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=21;PP=1100;SC=GACACAGCCAATGTCAGAGCC;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=65;WE=32466037;WS=32466019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	32475109	rs455060	G	A	9967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=179;NR=167;PP=2965;SC=TGAAGTCCAGGGCACTTGCAC;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=346;TCF=179;TCR=167;TR=346;WE=32475117;WS=32475099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr2	32476390	rs408813	T	G	4125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=64;PP=2702;SC=GCATGGCAATTCGCTGCAGCA;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=77;TCR=64;TR=141;WE=32476398;WS=32476380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr2	32481793	rs11295492	AT	A	6927.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=60;PP=2951;SC=AATCACCAGTATTTGGTAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=7;TCR=63;TR=67;WE=32481803;WS=32481783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr2	32481795	rs59966205	T	A	6936.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr2	32667058	rs55734616	C	A	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.48;SOR=2.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	32667061	rs60955793	T	A	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.06;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	32667182	rs60197615	G	C	7048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=1.111;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr2	32688601	rs762019	A	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-0.751;SC=AGTCTTTGTGATATTTAAATT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=32688609;WS=32688591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr2	32690189	rs35682129	A	G	9044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.596;QD=15.76;ReadPosRankSum=0.143;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,425:0.74:574
chr2	32690317	rs11353879	AT	A	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=-1.527;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr2	32706579	rs9646977	T	A	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=37;PP=1108;SC=TCATGCCTGTTATCCCAGCAC;SOR=1.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=57;WE=32706587;WS=32706569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	32712875	rs2366891	A	C	3959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=90;PP=2745;SC=TCAGGTATGAATTCAGGAGAA;SOR=2.053;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=38;TCR=90;TR=128;WE=32712883;WS=32712865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	32724566	.	ATC	A	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.404;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,16:0.19:83
chr2	32724590	rs145668508	GTC	G	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=0.307;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,18:0.17:108
chr2	32740138	rs34757266	T	C	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=0.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=0.570;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,96:0.27:357
chr2	32749880	rs2710609	C	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	32749890	rs2710610	C	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.12;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	32749893	rs2710611	A	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.12;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	32749903	rs2710612	T	C	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.05;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	32757201	.	C	CGTGTGTGTGT	468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=58.59;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	32822729	rs2583713	A	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.349;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=63;ReadPosRankSum=0.389;SC=TCTCCAGTTGAGTGGGAGAAG;SOR=0.175;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=8;WE=32822737;WS=32822725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr2	32822957	rs2710625	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=3.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.551;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,35:0.21:163
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chr2	32860415	rs11124286	C	T	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
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chr2	32959024	rs1551177	T	C	9804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=153;NR=177;PP=2965;SC=GTATGGAAATTACTTGGCATT;SOR=0.953;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=331;TCF=153;TCR=178;TR=330;WE=32959032;WS=32959014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr2	32961745	rs10200333	T	A	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=33;PP=1563;SC=TAATTATTTTTACTTGATTTT;SOR=1.125;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=62;TCR=33;TR=94;WE=32961753;WS=32961735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	32961858	rs2273660	A	G	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=1.324;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,46:0.21:216
chr2	32983299	rs71407470	TA	T	489.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.9909;FS=1.597;HP=11;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.572;NF=10;NR=8;PP=195;ReadPosRankSum=1.778;SC=GTATATGTGCTAAAAAAAAAA;SOR=1.165;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=18;WE=32983308;WS=32983289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,34:0.79:43
chr2	32983526	rs2273665	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.688;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,33:0.17:200
chr2	33004907	rs34397390	G	GTCC	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=68;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TAAGGAAGGGGTCCAACTTCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=33004915;WS=33004897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr2	33005238	rs6729463	T	C	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.7760;FS=2.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=150;ReadPosRankSum=2.411;SC=CAGCATTCCTTGAATTTTCCT;SOR=1.445;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=14;WE=33005246;WS=33005228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr2	33036324	rs3731578	G	A	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.703;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=294;ReadPosRankSum=0.921;SC=CTTGCCTTTCGTTTGAACATG;SOR=1.994;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=17;WE=33036332;WS=33036314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr2	33172307	rs112060237	C	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.25;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr2	33335847	rs218226	C	T	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=0.928;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,32:0.17:184
chr2	33414009	rs3922572	T	A	434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=560;ReadPosRankSum=0.158;SC=AATGCTTTTTTAAAAAAAAGG;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=24;WE=33414017;WS=33413999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr2	33488419	rs12468099	G	A	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=4.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.942;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,46:0.19:244
chr2	33500734	rs1814548	A	G	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5087;FS=2.596;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=737;ReadPosRankSum=1.452;SC=CTGGGCAACAAGAGCGAAACT;SOR=0.278;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=42;WE=33500742;WS=33500724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,47:0.94:50
chr2	33500751	.	CA	C	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.750;QD=0.64;ReadPosRankSum=-1.077;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,16:0.21:75
chr2	33500848	rs3816479	A	G	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=1.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=1.758;QD=2.37;ReadPosRankSum=3.005;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,62:0.20:304
chr2	33525382	rs935996	A	C	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=253;ReadPosRankSum=-0.670;SC=TGGAGTGATAAATACTAAAGT;SOR=0.165;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=16;WE=33525390;WS=33525376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr2	33525407	rs2123769	A	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=129;ReadPosRankSum=1.306;SC=AGTGCCAGACATAAGAAGTAC;SOR=1.002;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=14;WE=33525415;WS=33525397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr2	33540138	rs2276591	G	A	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=6;PP=653;SC=AGATTTATTTGCCATCTGTTT;SOR=2.242;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=33540146;WS=33540128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	33540172	rs3216704	A	AT	954.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.473;HP=7;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=647;ReadPosRankSum=-1.277;SC=AATGAAACCGATTTTTTTCAA;SOR=0.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=27;WE=33540180;WS=33540162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,48:0.80:60
chr2	33540248	rs1058840	G	A	5280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=106;NR=77;PP=2901;SC=TCTGTGGTCCGCAAGGGGAGT;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=106;TCR=77;TR=183;WE=33540256;WS=33540238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	33568113	rs10185623	A	G	2370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=946;ReadPosRankSum=-1.108;SC=GCTTTTAAGCAGGTAATTTGG;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=60;WE=33568121;WS=33568103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,70:0.78:90
chr2	33568137	rs5024713	G	A	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=566;ReadPosRankSum=0.018;SC=GAGCTTTATCGTAATTTGATT;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=39;WE=33568145;WS=33568127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,43:0.74:58
chr2	33568191	rs5024712	T	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=-0.730;SC=CTATGTTGGCTGGGTGCATGG;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=11;WE=33568199;WS=33568181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr2	33585796	rs4422143	T	C	8775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=155;NR=153;PP=2965;SC=ACATCAGGCGTGGGATGGGGA;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=155;TCR=153;TR=308;WE=33585804;WS=33585786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr2	33586464	rs11442294	C	CT	497.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.490;QD=11.85;ReadPosRankSum=1.723;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr2	33614187	rs642472	C	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.291;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=516;ReadPosRankSum=0.626;SC=CTCTGAGCTGCGAGGGGGTGG;SOR=1.027;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=33;WE=33614195;WS=33614177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr2	33622448	rs2367734	T	C	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=20;PP=638;SC=GAGTTTCAGTTTGAGAAGATG;SOR=1.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=33622456;WS=33622438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	33622475	rs12053346	T	C	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5140;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=201;ReadPosRankSum=-0.270;SC=GTTCTGGAGATGTACATTAAG;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=15;WE=33622483;WS=33622465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr2	33623306	rs2034693	C	T	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.611;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=2;PP=737;ReadPosRankSum=-1.089;SC=TTGTCTGTGACTGAAGCAATG;SOR=1.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=33;WE=33623314;WS=33623298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,34:0.77:44
chr2	33623387	rs624060	AT	GC	8015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.29;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr2	33623720	rs8970	A	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5123;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=281;ReadPosRankSum=1.635;SC=CTGGAAATACAGAAACAGCAT;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=17;WE=33623742;WS=33623710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr2	33623734	rs622716	A	G	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=322;SC=ACAGCATGGAATTGCAAGTCC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=33623742;WS=33623710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	33643740	rs6724875	T	G	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.89;ReadPosRankSum=0.689;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr2	33643745	rs76703549	T	A	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.96;ReadPosRankSum=0.172;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr2	33744958	rs7597095	C	T	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=7;PP=742;SC=ATTGAGGGCACAGCTGCAGGG;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=33744966;WS=33744948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	33745208	rs2305576	T	C	3767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.24;ReadPosRankSum=0.378;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,177:0.76:232
chr2	33764141	rs199866643	G	GT	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=2.109;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,19:0.26:74
chr2	33764286	rs7592762	T	C	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.035;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=901;ReadPosRankSum=0.720;SC=AGGTAAGTGGTTGAGGGAGAA;SOR=1.077;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=57;WE=33764294;WS=33764276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,61:0.71:86
chr2	33784161	rs2278955	G	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=624;ReadPosRankSum=0.645;SC=TGAGATGAGCGTTACAGAGGG;SOR=1.157;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=47;WE=33784169;WS=33784151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,50:0.74:68
chr2	33784500	rs2278956	G	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.877;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=540;ReadPosRankSum=-0.696;SC=TTAGATAAAGGAGAATTGGAA;SOR=1.609;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=28;WE=33784508;WS=33784490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr2	33784696	rs17598067	G	A	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.050;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=398;ReadPosRankSum=0.837;SC=ATTGATTCAAGATGGAGTTAG;SOR=0.418;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=149;TCF=66;TCR=83;TR=42;WE=33784704;WS=33784686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,50:0.30:168
chr2	33787976	rs10572554	CCTAA	C	2135.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=28;PP=1336;SC=GAGAATTGACCCTAACTAACT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=28;WE=33787987;WS=33787966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	33952456	rs2367810	C	G	10632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.99;NF=196;NR=181;PP=2965;SC=ACACCGCCACCCACCACTCCA;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=378;TCF=196;TCR=182;TR=377;WE=33952464;WS=33952446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr2	35696612	rs4670472	C	T	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=7;PP=170;SC=GTTTTAGTGTCTATGTGCATG;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=35696620;WS=35696602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	36605304	rs4670546	G	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.579;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr2	36605585	rs4670548	A	G	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.424;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,16:0.19:85
chr2	36704144	rs848547	C	T	3587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	36739553	rs848526	T	C	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=49;PP=1092;SC=TGTGTACACATGGCCCTTCCC;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=73;WE=36739561;WS=36739543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	36740643	rs2293254	C	G	2334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=16;PP=1454;ReadPosRankSum=-0.726;SC=GACTCTGTAGCCTGTTTCTCC;SOR=0.981;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=77;TCF=59;TCR=18;TR=74;WE=36740651;WS=36740633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr2	36756288	rs711247	T	C	6436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=113;NR=105;PP=2965;SC=TCTCTTATTTTGGTCCAGGAG;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=113;TCR=105;TR=218;WE=36756296;WS=36756278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr2	36775315	rs2270333	C	G	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.37;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	36779144	rs10180760	T	G	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=11;PP=538;SC=ATGGGAGGGGTCTGCATGGCT;SOR=1.040;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=36779152;WS=36779134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	36781401	rs1533946	T	C	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	36782656	rs10178965	G	A	3840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=35;PP=2548;SC=ATAAAACCATGATATATAATG;SOR=1.981;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=93;TCR=35;TR=127;WE=36782664;WS=36782646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr2	36783127	rs10194100	T	C	2488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=34;PP=1502;SC=TACCTGAGAGTTGCTTCCCTG;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=84;WE=36783135;WS=36783117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	36783215	rs10181664	C	T	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	36805676	rs2075226	A	G	4773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=54;PP=2965;SC=CACCAGCCCCAAAGGCTGGGA;SOR=1.533;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=118;TCR=54;TR=172;WE=36805684;WS=36805666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr2	36806021	rs2072534	G	A	6085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=135;PP=2965;SC=GTGACCAAAAGCAAAATACAG;SOR=1.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=79;TCR=136;TR=213;WE=36806029;WS=36806011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr2	36806051	rs2072533	A	G	3563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=87;PP=2346;SC=AGACAAAAACATTTCAAGGAA;SOR=2.457;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=28;TCR=88;TR=115;WE=36806059;WS=36806041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	36808350	rs848638	C	T	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=30;PP=2026;SC=AGGATGAAATCAAAGCTTTCT;SOR=1.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=73;TCR=30;TR=103;WE=36808358;WS=36808340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	36808732	rs848637	T	G	3428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=66;PP=2129;SC=TCAAAATTTTTACTGTAGGAG;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=45;TCR=66;TR=111;WE=36808740;WS=36808722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	36810473	rs11691767	G	T	3186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=59;NR=50;PP=1878;SC=CTTTCCTTGCGTTGCTGAGGA;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=59;TCR=50;TR=109;WE=36810481;WS=36810463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	36810586	rs14291	T	C	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=32;PP=921;SC=CATCATCTGATGTATCAAAGA;SOR=1.197;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=55;WE=36810594;WS=36810576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	36824956	rs5830430	G	GC	1344.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=12;PP=1064;SC=CGGCCGTAGGGCTGCCGGTCG;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=36824964;WS=36824946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	36825137	rs1544655	G	A	4158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=80;NR=79;PP=2676;SC=GCTGCAGGCCGGGGCCGGGAA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=80;TCR=79;TR=159;WE=36825145;WS=36825127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	36825170	rs2287104	T	C	3950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=77;PP=2366;SC=CCCACCCGCCTCGGCCCCCGC;SOR=1.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=54;TCR=77;TR=131;WE=36825178;WS=36825160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	36825330	rs11441122	C	CG	1446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=20;PP=1037;SC=CGGCCCAGCCCGCCCAGCCCG;SOR=2.247;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=36825338;WS=36825320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	36825359	.	G	GCCCCGC	816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=19;PP=1063;SC=CCGGCCCGAAGCCCCGCCCCC;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=19;WE=36825367;WS=36825349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	36943338	rs4670597	C	G	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=12;PP=828;SC=AGGCCAGCCACTGACATCTCT;SOR=1.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=42;WE=36943346;WS=36943328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	36943419	rs4670598	T	C	4318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=53;PP=2474;SC=TGATGCAGTCTATCCCCACAC;SOR=1.017;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=90;TCR=53;TR=143;WE=36943427;WS=36943409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr2	36965582	rs35608380	TC	T	361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=293;ReadPosRankSum=0.000;SC=TATATTAGGGTCCTTTGTAAA;SOR=0.527;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=9;WE=36965590;WS=36965572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr2	37000797	rs3770784	C	G	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=5;PP=422;SC=TCGCTTGAACCCGGAGGTTGC;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=37000805;WS=37000787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	37000877	rs116154541	A	T	2871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=1.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	37001570	rs974964	C	T	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=34;PP=983;SC=CAGGGTTTGACGGTTTCCACA;SOR=1.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=52;WE=37001578;WS=37001560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	37010574	rs3821147	G	A	5732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr2	37077015	rs723674	C	A	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=42;PP=1086;SC=CTACCATGTCCTGCTGGTTTC;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=56;WE=37077023;WS=37077005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	37078095	rs10668550	A	AT	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.047;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr2	37094945	rs2540923	A	G	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	37096970	rs2160379	C	T	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=477;SC=TGTCAATAAACGATCACTTTG;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=37096978;WS=37096960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	37105262	rs75801886	G	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=1.038;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,6:0.17:36
chr2	37111045	rs2691106	T	A	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	37129618	rs148671880	A	ATAAT	1380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.31;SOR=6.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	37230888	rs2706811	A	G	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5114;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=1027;ReadPosRankSum=-2.808;SC=ATAACTTTATATTGTTAAAAT;SOR=0.829;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=67;WE=37230896;WS=37230878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,71:0.85:84
chr2	37232927	rs139942041	GT	G	2283.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.569;NF=1;NR=28;PP=1740;ReadPosRankSum=-0.248;SC=ATAAAAACATGTTTTTTCACT;SOR=0.796;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=29;WE=37232937;WS=37232917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,62:0.77:80
chr2	37232929	rs369798714	T	G	2292.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.14;MQRankSum=0.569;NF=17;NR=28;PP=1589;ReadPosRankSum=-0.282;SC=AAAAACATGTTTTTTCACTTA;SOR=0.796;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=45;WE=37232937;WS=37232917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,62:0.77:80
chr2	37234519	rs2013223	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=4.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.489;NF=1;NR=5;PP=116;ReadPosRankSum=0.703;SC=CCAAGTCTCGTTCTGTCGCCC;SOR=2.833;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=37234527;WS=37234509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr2	37255015	rs2540998	G	A	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=8;PP=707;ReadPosRankSum=-0.974;SC=GCAGCAAAATGTCTCAAGGTG;SOR=1.149;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=42;WE=37255023;WS=37255005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,44:0.72:61
chr2	37260027	rs5830450	G	GT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=6.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.982;SOR=0.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr2	37302556	rs34545380	GA	G	2515.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.69;ReadPosRankSum=0.508;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,115:0.99:116
chr2	37306343	rs6743906	G	A	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
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chr2	37318041	rs4670655	A	G	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=6;PP=179;SC=TAGTGAGTATAAAATAAAATT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=37318049;WS=37318031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr2	38208606	rs61676428	A	T	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=311;SC=TCACTGAAAAATATGTATAAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=38208614;WS=38208596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	38218281	rs17021813	T	C	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=16;PP=1144;SC=AAAACCACTTTTGAGTTACTA;SOR=1.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=62;WE=38218289;WS=38218271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr2	38298139	rs1800440	T	C	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=-1.077;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,50:0.32:155
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chr2	38298203	rs1056836	C	G	3138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	38302177	rs1056827	C	A	3751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.684;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=77;PP=1994;ReadPosRankSum=-0.788;SC=GAGGCGAAGGCCGGCCGGTCG;SOR=0.851;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=177;TCF=87;TCR=90;TR=149;WE=38302185;WS=38302167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,169:0.85:199
chr2	38302390	rs10012	G	C	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.36;ReadPosRankSum=1.168;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,78:0.74:106
chr2	38302544	rs2617266	G	A	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=37;PP=942;ReadPosRankSum=-0.882;SC=TGGGGACAGAGAGGAGAAGGC;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=68;WE=38302552;WS=38302534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,76:0.83:92
chr2	38526324	rs3816370	A	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.76;ReadPosRankSum=1.182;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
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chr2	38527397	rs369327955	ACT	A	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=4.338;QD=0.35;ReadPosRankSum=-1.146;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,17:0.10:175
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chr2	39042819	rs75709882	T	G	4473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=93;PP=2457;ReadPosRankSum=1.281;SC=GGAAAAACCTTTAAGCAAGGG;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=217;TCF=100;TCR=117;TR=171;WE=39042827;WS=39042809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,195:0.79:248
chr2	39043298	rs72797353	C	T	4275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.799;QD=16.45;ReadPosRankSum=0.396;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,198:0.76:260
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chr2	39050061	rs34582261	AT	A	2474.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=23;PP=1841;SC=CATGCCCTTGATTTCCCCCAT;SOR=1.577;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=45;WE=39050069;WS=39050051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	39050141	rs3770681	A	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-0.637;QD=1.35;ReadPosRankSum=0.767;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,38:0.17:221
chr2	39055337	rs72797362	G	A	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=765;ReadPosRankSum=0.193;SC=CTGATTTCCTGCAGCAAATAG;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=52;WE=39055345;WS=39055327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,59:0.81:73
chr2	39065729	rs17494315	C	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=0.108;SOR=1.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,20:0.19:107
chr2	39075356	rs11124651	A	C	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=82;ReadPosRankSum=1.333;SC=CAAACTTTAAAATAATTATAT;SOR=0.495;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=7;WE=39075364;WS=39075346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr2	39082344	rs7598922	T	C	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=3.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=-1.333;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,45:0.20:226
chr2	39083645	.	CTT	C	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=6.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=2.144;SOR=2.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
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chr2	39107750	rs61736780	G	A	2697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=47;PP=1436;ReadPosRankSum=1.702;SC=GATGGTGACTGTACAAGAACA;SOR=0.576;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=154;TCF=93;TCR=61;TR=112;WE=39107758;WS=39107740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,125:0.70:178
chr2	39117117	rs7565111	G	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.649;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,40:0.21:191
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chr2	39162785	rs5830547	CT	C	480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.642;NF=16;NR=5;PP=379;ReadPosRankSum=0.201;SC=ACTGTAATTTCTTTTTTTTAC;SOR=0.546;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=21;WE=39162793;WS=39162775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr2	39164453	.	C	T	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=54.62;NF=0;NR=4;PP=37;QD=17.9428031368;SC=TTTGTTTCCCCGCCCCTCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=4;WE=39164461;WS=39164443;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr2	39181774	rs10706405	CT	C	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.93;MQRankSum=0.799;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.173;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr2	39185048	rs422854	C	T	2517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=26;PP=1671;SC=TGCAAAGGCCCCTGGAGATAG;SOR=1.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=63;TCR=26;TR=89;WE=39185056;WS=39185038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	39185402	rs79465908	G	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=550;ReadPosRankSum=-0.474;SC=CAGTCTGTGCGGGTTAGCAGG;SOR=1.142;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=28;WE=39185410;WS=39185392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr2	39187190	rs6755527	T	C	6098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=85;PP=2965;SC=GGACTTCGAGTCCTCTCCGGC;SOR=0.995;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=122;TCR=85;TR=207;WE=39187198;WS=39187180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr2	39187217	rs183623259	G	T	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=-0.452;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,65:0.23:280
chr2	39187519	rs958412	A	G	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=30;PP=1134;SC=GCGCCTACAAACTGGAGGCGG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=39187527;WS=39187509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	39198966	rs2305516	A	G	3838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=44;PP=2426;SC=AGCTGAGTTTATGGACTTTGA;SOR=1.461;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=87;TCR=44;TR=131;WE=39198974;WS=39198956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	39201079	.	A	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.568;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.168;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr2	39214821	rs2290445	A	C	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=8;PP=226;SC=AATTGCTTATAATTAAAAGTA;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=39214829;WS=39214811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	39224351	rs1454223	G	T	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=18;PP=1326;SC=AAGTAGTTTAGAAACTTAATC;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=67;WE=39224359;WS=39224341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	39224615	rs5830551	G	GT	880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.26;NF=0;NR=25;PP=727;SC=GAAAATGCAAGTTTTTTTCTG;SOR=3.086;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=25;WE=39224623;WS=39224605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	39233500	rs7577088	G	A	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=130;SC=TTAATGAAATGAGTGTTTTGT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=39233508;WS=39233490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	39240584	.	T	TA	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.996;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,11:0.22:50
chr2	39251375	rs10634554	T	TCAC	706.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=478;SC=TATTCAACTGTCACAATAAAA;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=39251383;WS=39251365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	39262068	rs10153761	C	T	3992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=59;NR=87;PP=2517;SC=AGGTACAAGACAAAAATATCT;SOR=1.248;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=60;TCR=87;TR=146;WE=39262076;WS=39262058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	39281730	rs997344	G	C	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=219;SC=CATTCAATGAGAGGCATATAT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=39281738;WS=39281720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	39406572	rs7566123	C	A	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=45;PP=1395;SC=GAAAATCTTCCAGTTTGTGTA;SOR=1.310;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=75;WE=39406580;WS=39406562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	39411857	rs181555257	G	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=0.462;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr2	39411863	.	ATG	A,ATGTG	390.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.577;QD=17.76;ReadPosRankSum=1.795;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,6,13:0.27,0.59:22
chr2	39431598	rs11898025	T	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=5.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=0.766;SOR=0.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr2	39452861	rs11124663	C	T	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=389;ReadPosRankSum=-0.995;SC=ATGGGGTAGCCAGATGCATTG;SOR=0.732;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=26;WE=39452869;WS=39452851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr2	39479122	rs3770678	G	C	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=4;PP=76;SC=AAACATGATCGCTAAAAATGA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=39479130;WS=39479112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	39494469	rs10865149	C	G	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=439;SC=GATCAGTGCACAAAGGATGAG;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=39494477;WS=39494459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	39499614	rs17023530	T	A	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.070;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=783;ReadPosRankSum=-1.088;SC=TAAAAACTAATATACTTACCA;SOR=0.871;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=49;WE=39499622;WS=39499604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,54:0.70:77
chr2	39526842	rs2111382	A	C	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=13;PP=754;SC=GCAACTTAATAATTCTTGAAT;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=39526850;WS=39526832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr2	39570427	rs3732053	T	C	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.526;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=566;ReadPosRankSum=-0.104;SC=CAATAAAACATAGCTTGCTTT;SOR=0.240;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=29;WE=39570435;WS=39570417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,31:0.86:36
chr2	39570469	rs55797011	A	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=1.414;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,16:0.21:76
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chr2	39664010	rs113021812	C	T	3589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=60;PP=1967;ReadPosRankSum=-0.503;SC=ACGGCCTCGGCGGCGCGCGGC;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=101;TCR=77;TR=140;WE=39664018;WS=39664000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,163:0.79:206
chr2	39944055	rs2540229	G	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.076;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=461;ReadPosRankSum=-0.381;SC=GACTGCCTCAGTGGTTGATCT;SOR=1.688;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=24;WE=39944063;WS=39944045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr2	39982898	rs10688564	G	GAGTAT	398.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=300;SC=CATCTATTTTGAGTAAATAAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=39982906;WS=39982888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	39993167	rs4670959	T	C	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	40006430	rs12620957	A	C	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=30;PP=731;SC=CTCGGGCGCGAGCGGCTCGCT;SOR=2.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=40006450;WS=40006420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	40006442	rs35761077	C	T	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=25;PP=691;SC=CGGCTCGCTCCTGGAGGCGGC;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=40006450;WS=40006420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	40006476	.	G	GGGGAGA	60.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.48;QD=20.12;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	40392313	rs434725	G	C	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=27;PP=760;SC=ATCACTGTGAGAGCAAGTGAT;SOR=2.531;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=35;WE=40392321;WS=40392303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	40402064	rs6760003	A	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=4.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=-1.649;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,29:0.33:89
chr2	40402275	rs6734847	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=61;ReadPosRankSum=-1.253;SC=TGAGGTCAATGGCCCTAAACA;SOR=0.399;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=7;WE=40402283;WS=40402265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr2	40402602	rs10199306	C	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=31;ReadPosRankSum=0.406;SC=TAAACAATCCCAACTGAAATT;SOR=0.527;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=6;WE=40402610;WS=40402592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr2	40403104	rs106706	A	G	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	40404839	rs433572	C	T	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=14;PP=898;ReadPosRankSum=-1.180;SC=TAGGGAGACACGGAGAGAGAA;SOR=0.714;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=81;TCF=61;TCR=20;TR=62;WE=40404847;WS=40404829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,71:0.76:93
chr2	40405782	rs115331905	T	A	1485.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5070;FS=1.790;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=949;ReadPosRankSum=-1.873;SC=TCTTCAAGAATGGGTATCAGA;SOR=0.434;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=53;WE=40405790;WS=40405772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,59:0.91:65
chr2	40564500	rs13406526	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.596;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,29:0.21:138
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chr2	40564647	rs11893826	G	A	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.54;ReadPosRankSum=0.380;SOR=0.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,54:0.77:70
chr2	40564655	rs11893746	C	T	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.81;ReadPosRankSum=-2.373;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,53:0.83:64
chr2	40655563	rs3838567	CCACA	C	543.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.859;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=480;ReadPosRankSum=0.000;SC=ACACACTGAACCACACACACA;SOR=1.350;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=17;WE=40655576;WS=40655553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr2	42165754	rs10192292	C	T	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.62;ReadPosRankSum=0.833;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,64:0.72:89
chr2	42165961	rs7590930	T	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5007;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=9;PP=145;ReadPosRankSum=1.335;SC=TGGCCTCCCCTTGTTGTGCTG;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=12;WE=42165969;WS=42165951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr2	42181051	rs141828337	GCACA	G,GCA	792.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.858;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.66;MQRankSum=0.820;QD=18.02;ReadPosRankSum=1.516;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,13,24:0.30,0.55:44
chr2	42181169	rs76580820	T	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-0.720;QD=2.42;ReadPosRankSum=1.099;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,34:0.21:162
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chr2	42275819	rs11897440	T	C	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,41:0.27:153
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chr2	42557057	rs377618554	G	A	5465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.441;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.247;SC=CAAAGCCCCCGTCTCTTCCAC;SOR=0.539;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=284;TCF=132;TCR=152;TR=226;WE=42557065;WS=42557047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,244:0.80:306
chr2	42719847	rs113015907	T	TG	8600.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=62;PP=2975;SC=TGGCCGCGCCTGGGCCTCGCT;SOR=1.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=34;TCR=62;TR=95;WE=42719868;WS=42719837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr2	42719860	rs112592817	G	GC	10083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=73;PP=2975;SC=GCCTCGCTGGGCGCGCACCCC;SOR=0.918;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=121;TCF=43;TCR=78;TR=110;WE=42719868;WS=42719837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr2	42795954	rs78106475	T	C	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=21;PP=755;SC=TGGGAGCGGGTTCCGGGAGCG;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=48;WE=42795962;WS=42795944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	42836516	rs6720277	A	G	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=9;PP=1544;SC=AATATTGAATAAAATGTTGAT;SOR=3.293;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=54;TCR=9;TR=63;WE=42836524;WS=42836506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	42922888	rs66547039	AT	A	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=1.177;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr2	42925079	rs148782944	TTTC	T	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=43;ReadPosRankSum=0.235;SC=TTTGTGTATCTTTCTTCTTCT;SOR=0.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=2;WE=42925089;WS=42925069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr2	42931217	rs2304658	A	C	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=270;ReadPosRankSum=1.437;SC=TCTTCTTCACACATTTTAAAA;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=42931225;WS=42931207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr2	42935961	rs4953577	C	T	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=24;PP=1194;SC=CAAACAGTAACGTGTTTGGGC;SOR=1.124;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=69;WE=42935969;WS=42935951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	42935979	rs4953578	C	T	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	42990336	rs1992286	T	G	6206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=85;PP=2965;SC=GGTCCAGGGATCGGCAGGCGG;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=107;TCR=85;TR=192;WE=42990344;WS=42990326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr2	42996709	rs35746707	ATGTGTGTGTG	A,ATG	1245.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=36.64;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,26:0.24,0.76:34
chr2	42996759	rs34567167	AAGAG	A	2665.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=24;PP=1105;SC=GTGTGTGTGAAAGAGAGAGAG;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=35;WE=42996770;WS=42996726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	43015612	rs3816181	G	T	6499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr2	43015719	rs3816183	T	C	9212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=157;NR=170;PP=2965;SC=GGGCCTCCGATGAACATGACT;SOR=0.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=327;TCF=157;TCR=170;TR=327;WE=43015727;WS=43015709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr2	43015757	rs3816184	G	A	6627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=127;PP=2965;SC=CCTGCAATGCGCAAAGTGGGG;SOR=1.080;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=100;TCR=127;TR=227;WE=43015765;WS=43015747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr2	43015814	rs62143190	G	A	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=64;PP=1822;SC=CACGGGTCCCGTGGGGGCCAG;SOR=1.632;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=33;TCR=64;TR=97;WE=43015822;WS=43015804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	43015902	rs3816185	G	A	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=523;SC=TCTCATCCCCGGTTCATGCCT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=43015910;WS=43015892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	43019730	rs2304656	A	G	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=52;PP=1543;SC=GGAGGCCCGCAGCTCCGCCCA;SOR=1.477;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=82;WE=43019738;WS=43019720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	43779206	rs142593751	G	GT	1810.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.469;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=1276;ReadPosRankSum=-2.045;SC=ACACAGATACGTATGTTTTTA;SOR=1.199;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=32;WE=43779214;WS=43779196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,56:0.72:78
chr2	43793963	.	T	TA	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=1.159;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr2	43802261	rs970175	C	A	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=25;PP=615;SC=ATTAAATACACAGAATGACCA;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=43802269;WS=43802251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	43871983	rs12105773	T	C	2361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=58;PP=1423;ReadPosRankSum=-1.230;SC=CTATTTAGGGTCTGCTTCATT;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=50;TCR=79;TR=95;WE=43871991;WS=43871973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,103:0.74:139
chr2	43902511	rs755862	G	C	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=25;PP=1595;SC=TATTCTCCAGGCCTCAGTCAT;SOR=1.485;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=58;TCR=25;TR=83;WE=43902519;WS=43902501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	43902763	rs148112877	A	C	1768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=49;PP=1255;ReadPosRankSum=-1.105;SC=AATCCTCTGCATTTTCTGCAT;SOR=0.716;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=361;TCF=193;TCR=168;TR=108;WE=43902771;WS=43902753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,113:0.29:393
chr2	43903066	rs3828297	A	G	10118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=194;NR=161;PP=2965;SC=TGTAGTTGTCACCATACTTTT;SOR=0.800;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=355;TCF=194;TCR=161;TR=355;WE=43903074;WS=43903056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
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chr2	44071743	rs4148211	A	G	5811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.437;SC=GACCTCAACTACCAGGTAGAG;SOR=0.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=141;TCR=147;TR=227;WE=44071751;WS=44071733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,255:0.78:326
chr2	44071833	rs4148212	A	C	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.151;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=43;PP=1114;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGTGGGCCCAACTTGCAGGCC;SOR=1.360;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=9;TCR=59;TR=49;WE=44071841;WS=44071823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,55:0.72:76
chr2	44079004	rs4148214	T	C	4267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=95;PP=2623;ReadPosRankSum=-1.795;SC=TCCAAGAAGCTACAGTGTCCA;SOR=0.497;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=181;TCF=65;TCR=116;TR=150;WE=44079012;WS=44078994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,174:0.84:207
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chr2	44101394	rs4953027	A	G	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=595;SC=CATCTAAATTAGGATGGCTTT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=44101402;WS=44101384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	44101430	rs4952689	T	G	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.113;HP=1;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=708;ReadPosRankSum=-2.512;SC=AAAAAAAAATTAGAGACTTGG;SOR=0.150;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=41;WE=44101438;WS=44101407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,43:0.83:52
chr2	44101538	rs28517482	C	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=-1.136;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.316;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,45:0.20:221
chr2	44101649	rs10667526	G	GC	3198.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=50;PP=1733;SC=GAGAGCAAGTGCCCCCCACCC;SOR=1.279;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=57;TCF=3;TCR=54;TR=52;WE=44101657;WS=44101639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	44102491	rs4148221	C	T	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=1.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=2.893;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,60:0.22:273
chr2	44104610	rs10609687	ACT	A	724.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=364;SC=ATATGGGGAGACTCTGTGAAT;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=44104619;WS=44104608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	44104925	rs6544718	T	C	9061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=161;NR=152;PP=2965;SC=ATCCTCAGTGTCATGGAGCTG;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=313;TCF=161;TCR=152;TR=313;WE=44104933;WS=44104915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr2	44172636	rs13022151	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=0.951;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,10:0.19:54
chr2	44174968	rs35768060	T	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=-0.585;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,25:0.25:102
chr2	44187829	rs10190161	A	C	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=39;PP=887;SC=TATTTTGATAAGCCAAAGATC;SOR=1.318;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=64;WE=44187837;WS=44187819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	44209477	rs6741066	C	T	4229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	44223246	rs149269413	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=5.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.751;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr2	44502788	rs3738985	A	C	9034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=176;NR=142;PP=2965;SC=CGGATCCAGGAAGCTCAACAG;SOR=0.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=319;TCF=177;TCR=142;TR=318;WE=44502796;WS=44502778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr2	44508835	rs11124986	G	A	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=20;PP=521;SC=GTTTCCAGTTGTTATTTACTC;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=44508843;WS=44508825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	44512971	rs3768919	G	A	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=33;PP=1054;SC=GTAAAAATACGTTGCAACCAT;SOR=1.436;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=51;WE=44512979;WS=44512961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	44531484	rs3738984	C	T	3000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=61;PP=1880;SC=GATGGTAAGTCCTCATGACAG;SOR=1.502;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=35;TCR=61;TR=96;WE=44531492;WS=44531474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	44545234	rs11348872	GT	G	1314.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;MQRankSum=0.592;QD=12.29;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:13,94:0.88:107
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chr2	44556298	rs2033951	T	C	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=45;PP=1369;SC=TCTTTTATAATAACTGTTTTA;SOR=2.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=57;WE=44556306;WS=44556288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	44565447	rs2289463	A	T	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=3;PP=275;SC=AAACTGCATAAATATTTTGAT;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=44565455;WS=44565437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	44566504	.	TAG	T	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=123;ReadPosRankSum=-1.000;SC=ACAAAGTAGCTAGAGAGAGAG;SOR=1.251;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=4;WE=44566513;WS=44566494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr2	44569474	rs2304769	G	A	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=642;SC=CAAAATAAACGTTTTAAGTCA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=44569482;WS=44569464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	44569700	rs61004197	AAAT	A	1980.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.260;NF=5;NR=41;PP=2158;ReadPosRankSum=1.076;SC=TTCTGAAAGAAAATAATGAGA;SOR=0.451;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=46;WE=44569710;WS=44569690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,79:0.96:82
chr2	44569739	rs11421998	T	TA	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.776;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr2	44570776	rs17580226	C	T	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=9;PP=739;SC=CATAGGGATACATGAATCAGG;SOR=1.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=44570784;WS=44570766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	44570804	rs12053381	C	A	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=22;PP=1310;SC=CTTCTCCCTCCCTCACATGCG;SOR=1.497;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=73;WE=44570812;WS=44570794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	44573624	rs698763	G	A	80.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=60;SC=TAGACTTAACGTTGTACAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=44573632;WS=44573614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	44573658	.	T	C	23	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=62;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=23;QD=28.8856062736;SC=AAATAGTAGGTATTTCACAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=44573666;WS=44573648;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	44573671	rs698765	G	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	44617324	rs1085486	T	A	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	44622256	rs1067342	A	C	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=7;PP=179;SC=TATGGTCTAAATTTTTAGTTT;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=44622264;WS=44622246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	44858687	rs10191477	T	C	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	44931520	rs343989	C	T	2673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.48;ReadPosRankSum=-1.104;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,122:0.80:153
chr2	44942384	rs343957	C	G	2787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	44981119	rs3738980	T	G	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.166;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=635;ReadPosRankSum=0.493;SC=TAATTAGCCTTGTACTTATCT;SOR=0.520;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=163;TCF=113;TCR=50;TR=51;WE=44981127;WS=44981109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,55:0.32:173
chr2	44993542	rs343937	A	G	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.965;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=27;PP=944;ReadPosRankSum=0.121;SC=GTTTTAAAATATGTGAATTTC;SOR=0.533;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=63;WE=44993550;WS=44993532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,71:0.78:91
chr2	45171842	rs338074	A	G	16346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,644:1.00:644
chr2	45640374	rs3755073	C	A	7168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.67;ReadPosRankSum=-0.757;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,327:0.76:430
chr2	45645512	rs2276655	C	T	3853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=2.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.82;ReadPosRankSum=1.607;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,178:0.68:260
chr2	45715556	rs67396287	G	GAA	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.684;QD=3.43;ReadPosRankSum=1.108;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr2	45773816	rs2276657	C	G	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=13;PP=937;ReadPosRankSum=-1.963;SC=ATCACAAAAGCAACTTTAAAG;SOR=0.832;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=51;WE=45773824;WS=45773806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,57:0.78:73
chr2	45774548	rs1865685	A	C	3711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	45780962	rs3816107	C	G	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=629;ReadPosRankSum=-0.943;SC=AATACAGAAGCGGGGAAAACC;SOR=1.309;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=41;WE=45780970;WS=45780952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,53:0.77:69
chr2	45790000	rs11900809	A	C	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.272;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=36;PP=843;ReadPosRankSum=-2.113;SC=CGTTTATTAAACAAGAATACA;SOR=1.442;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=45;WE=45790008;WS=45789990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,51:0.69:74
chr2	45801621	rs6544833	C	G	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.902;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=636;ReadPosRankSum=0.450;SC=TATATTTGGGCTCTGTTGTTT;SOR=0.180;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=33;WE=45801629;WS=45801611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr2	45806963	rs200554509	T	TA	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.902;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,19:0.26:73
chr2	45808963	rs10611302	CTT	C	3519.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.829;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.293;NF=5;NR=41;PP=1683;ReadPosRankSum=-0.752;SC=AAAAGAGAAACTTTTGTAATA;SOR=1.044;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=62;TCF=8;TCR=54;TR=46;WE=45808972;WS=45808953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,91:0.76:120
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chr2	45829286	rs12998864	A	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=-0.715;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
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chr2	46203796	rs2278786	G	C	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=417;ReadPosRankSum=0.183;SC=TGGGGTAGGGGAGACTATGCA;SOR=0.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=45;TCR=67;TR=36;WE=46203804;WS=46203786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,39:0.31:124
chr2	46211658	rs4953294	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-1.153;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,39:0.21:189
chr2	46228391	rs61190862	C	CAT	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=329;ReadPosRankSum=0.389;SC=TGATGGAAGACATATATATAT;SOR=1.061;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=14;WE=46228402;WS=46228381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr2	46231525	rs4953297	T	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=137;ReadPosRankSum=-1.089;SC=TCATTTTGGCTACTTTGGCGA;SOR=0.492;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=16;WE=46231533;WS=46231515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,18:0.25:71
chr2	46237446	rs1987070	C	A	2903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=1.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.16;ReadPosRankSum=-1.155;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,140:0.68:205
chr2	46602722	rs7567582	T	C	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=370;ReadPosRankSum=-1.186;SC=CGCCCTGTTCTGTCTGTTCCC;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=24;WE=46602730;WS=46602712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr2	46603671	rs7557402	C	G	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.90;ReadPosRankSum=1.452;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,102:0.69:148
chr2	46603747	rs61757375	G	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=-0.185;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,44:0.31:144
chr2	46605659	rs7571218	A	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5299;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=252;ReadPosRankSum=0.336;SC=GTTAATTAGCAGCCCCTCTAC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=18;WE=46605667;WS=46605649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr2	46605954	rs7598371	G	C	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=714;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCTGTCTGGTGGACAGCAAAG;SOR=0.755;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=59;WE=46605962;WS=46605944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,70:0.83:84
chr2	46608542	rs13006131	C	G	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=323;ReadPosRankSum=1.224;SC=CCTTCAGCATCTTATAGCTGA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=15;WE=46608550;WS=46608537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr2	46771134	rs6714484	G	C	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=55;PP=1407;ReadPosRankSum=-0.293;SC=AACAAACAGAGCCGGATAAGC;SOR=0.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=10;TCR=70;TR=63;WE=46771142;WS=46771124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,72:0.79:91
chr2	46803354	rs41281473	C	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=3.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-0.960;QD=2.49;ReadPosRankSum=-3.827;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,37:0.21:174
chr2	46851180	rs183494964	A	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.74;ReadPosRankSum=-0.369;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr2	46986416	rs6738426	A	G	4031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.280;NF=92;NR=74;PP=2233;ReadPosRankSum=1.032;SC=TTTTTGATACATTTGATCCAT;SOR=0.685;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=226;TCF=126;TCR=100;TR=166;WE=46986424;WS=46986406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,186:0.73:254
chr2	46987300	rs3768720	T	G	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=502;ReadPosRankSum=-1.946;SC=TCCCCAAAGGTTGTTAACTAG;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=36;WE=46987308;WS=46987290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,43:0.80:54
chr2	47081092	rs11687883	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=154;ReadPosRankSum=0.105;SC=AAGGATGATACGGTTTGGCTG;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=13;WE=47081100;WS=47081082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr2	47083030	rs3835756	ATG	A	959.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=5.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.84;ReadPosRankSum=0.580;SOR=1.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr2	47083032	.	G	GTA	153.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=5.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=-1.923;SOR=0.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,10:0.18:56
chr2	47083044	rs1079	A	T	1961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.48;ReadPosRankSum=0.087;SOR=1.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,57:0.74:77
chr2	47083252	rs11691225	G	T	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=659;ReadPosRankSum=0.042;SC=TCCCTTTTCTGTTATTGGCAA;SOR=0.648;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=41;WE=47083260;WS=47083242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
chr2	47085398	rs2278711	C	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.895;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=400;ReadPosRankSum=1.036;SC=TGCGTGAGTCCGTCTGAACGA;SOR=1.244;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=26;WE=47085406;WS=47085388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr2	47132945	rs7600882	G	T	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=14;PP=780;SC=TAGATATATAGAGAGAGAATA;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=36;WE=47132953;WS=47132935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	47133055	rs11890177	T	C	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.36;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,93:0.69:134
chr2	47168533	.	CGCCGCCCGGGCCCCCGCT	C	719.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.782;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.279;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.089;NF=6;NR=2;PP=2433;ReadPosRankSum=1.450;SC=GCCCACCCTCCGCCGCCCGGG;SOR=1.683;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=8;WE=47168558;WS=47168530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr2	47168889	.	G	T	4801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;QD=31.59;ReadPosRankSum=-1.640;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,122:0.80:152
chr2	47168892	rs6755386	G	C	4664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;QD=32.62;ReadPosRankSum=-0.745;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,112:0.78:143
chr2	47177787	rs2033533	G	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=89;ReadPosRankSum=1.968;SC=AGCTGCCCTTGCACTTACAGT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=6;WE=47177795;WS=47177777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
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chr2	47220448	rs60188383	C	CT	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.996;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=339;ReadPosRankSum=0.233;SC=TGTTACAACTCTAACTTTTCA;SOR=1.292;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=10;WE=47220456;WS=47220438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
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chr2	47251698	rs13400315	T	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=5.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.471;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,15:0.22:67
chr2	47314052	rs1474394	T	C	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.71;SOR=3.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	47348347	rs1880583	C	T	3491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=60;NR=48;PP=1758;SC=CTCCCCTCACCCCTAGCTGTC;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=60;TCR=48;TR=108;WE=47348355;WS=47348337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	47357458	rs58184321	A	G	6337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=2.595;SC=TCACTTCGTTATCTGTCATTC;SOR=1.081;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=97;TCR=131;TR=226;WE=47357466;WS=47357448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,240:0.99:242
chr2	47357564	rs59073987	A	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=161;ReadPosRankSum=-0.072;SC=GTGGAGCTTCAAAACATTTAA;SOR=0.650;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=11;WE=47357572;WS=47357554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr2	47380203	rs815809	T	C	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=32;PP=862;SC=GGTGATCCCTTGAAATTAAAT;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=64;WE=47380211;WS=47380193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	47382214	rs815806	C	G	2597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=21;PP=1808;SC=GGAACGAGAGCGGCACGAAGG;SOR=1.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=84;WE=47382222;WS=47382204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	47382342	rs815804	G	T	5895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=0.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.24;ReadPosRankSum=1.319;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,276:0.76:363
chr2	47387989	.	CAAAAAA	C	153.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.59;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr2	47749026	.	C	G	72	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=15;MQ=57.57;NF=0;NR=10;PP=72;QD=10.6771212547;SC=GGTGTGGGGGCGGGGGCATGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=10;WE=47749034;WS=47749016;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr2	48010488	rs1042821	G	A	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=1.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,66:0.22:305
chr2	48010558	rs1042820	C	A	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=40;PP=932;ReadPosRankSum=0.813;SC=CCTTGGCGCGCTCCGCGTCAC;SOR=1.339;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=95;TCF=32;TCR=63;TR=59;WE=48010566;WS=48010548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,58:0.66:88
chr2	48010654	rs55927047	C	G	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.43;ReadPosRankSum=0.498;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr2	48018081	rs1800932	A	G	3490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=1.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.94;ReadPosRankSum=1.394;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,163:0.74:219
chr2	48018314	rs3136282	T	A	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=226;ReadPosRankSum=-0.358;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAAACA;SOR=0.362;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=16;WE=48018322;WS=48018304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr2	48022900	rs3136316	A	G	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=8;PP=360;SC=GTGAGCCACCACACCTGGCAT;SOR=1.255;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=48022908;WS=48022890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	48023115	rs1800935	T	C	3456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=2.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.15;ReadPosRankSum=-1.974;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,161:0.75:214
chr2	48025694	rs1800936	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.264;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=154;ReadPosRankSum=2.509;SC=AACTGTCTTACATTATGGTTT;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=48025702;WS=48025684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr2	48030458	rs2072447	G	C	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=18;PP=1758;SC=TGAAAGTTATGTCTTATAATG;SOR=2.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=61;TCR=18;TR=79;WE=48030466;WS=48030448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	48030838	rs2020911	A	T	2532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=60;PP=1419;ReadPosRankSum=0.843;SC=ACTGATTCTTAAAGTTTTGTT;SOR=0.321;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=118;TCF=41;TCR=77;TR=96;WE=48030846;WS=48030828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,109:0.81:135
chr2	48032740	rs267608104	A	AT	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr2	48032874	rs2234731	ACTAT	A	2114.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=28;PP=1638;SC=TCATTTGAAGACTATCTATCT;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=31;WE=48032885;WS=48032864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	48032937	rs3136359	T	C	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=438;SC=TGAAGTACATTTAAACAATAT;SOR=2.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=48032945;WS=48032927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	48033551	rs3136367	C	G	8985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=168;NR=129;PP=2965;SC=GGGCACTTCTCTTGCTAGCAC;SOR=0.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=299;TCF=169;TCR=130;TR=297;WE=48033559;WS=48033541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr2	48033890	rs267608137	CT	C	536.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=9.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.239;QD=3.58;ReadPosRankSum=1.026;SOR=1.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,68:0.45:150
chr2	48040904	rs373765859	G	GA	5074.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=46;PP=2825;SC=TATTAACACAGAAAAAAGATG;SOR=0.960;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=44;TCR=52;TR=84;WE=48040912;WS=48040894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr2	48046012	rs374445177	TA	T	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=3.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.937;QD=0.92;ReadPosRankSum=1.911;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,49:0.25:194
chr2	48132541	.	CCCCG	C	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.48;ReadPosRankSum=-1.119;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	48132690	.	GGCT	G	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=1.934;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,5:0.10:51
chr2	48589683	rs34242257	G	A	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=5;PP=642;SC=ACTCCAGCCTGGGCGGCCAGC;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=48589691;WS=48589673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	48713777	rs33994624	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,37:0.21:174
chr2	48722755	rs4443044	T	C	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=17;PP=989;SC=TTTGTGTATGTTGGATGCAGG;SOR=1.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=48722763;WS=48722745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	48725610	rs3811519	C	T	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=13;PP=674;SC=CTCTAAGATACAACACTCTGT;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=48725618;WS=48725600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	48734576	rs6716341	G	A	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=52;PP=1503;SC=CCCTGCAGGAGTTAGGACACT;SOR=1.354;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=88;WE=48734584;WS=48734566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	48738687	rs4528813	G	C	2882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=59;PP=1845;SC=ATTTCAGGAGGAAGAGGACAT;SOR=1.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=32;TCR=59;TR=91;WE=48738695;WS=48738677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	48807796	rs17039250	A	C	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=1.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.881;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,52:0.19:274
chr2	48807976	rs3828340	T	C	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=0.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.942;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:365,91:0.20:456
chr2	48808152	rs940389	G	C	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.525;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,92:0.23:398
chr2	48808594	rs3749142	C	T	11015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=184;NR=179;PP=2965;SC=AGCCAAAATCCGGATGGTCTT;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=364;TCF=185;TCR=179;TR=363;WE=48808602;WS=48808584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr2	48808882	rs3749144	T	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.718;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,32:0.26:122
chr2	48808898	rs3749145	C	T	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=0.377;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,35:0.30:117
chr2	48809593	rs3792234	G	T	5181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=79;PP=2951;SC=GGAGTTTACAGGAACTTGAAT;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=98;TCR=79;TR=177;WE=48809601;WS=48809583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr2	48809756	rs3792235	T	C	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.240;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=170;ReadPosRankSum=-0.020;SC=TAAATATTCTTACCTTCCTCC;SOR=0.219;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=70;TCF=20;TCR=50;TR=18;WE=48809764;WS=48809746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,19:0.25:77
chr2	48822381	rs2140551	G	A	3193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=43;PP=1728;ReadPosRankSum=-0.029;SC=AAATAGAAAAGAAGTGGATTA;SOR=0.650;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=127;TCF=78;TCR=49;TR=114;WE=48822389;WS=48822371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,130:0.92:142
chr2	48844968	rs2293269	C	G	2835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=33;PP=1683;ReadPosRankSum=-1.367;SC=TCCGAGGGCACTGCGTGCCGC;SOR=0.612;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=134;TCF=94;TCR=40;TR=104;WE=48844976;WS=48844958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,117:0.76:153
chr2	48845247	rs55957451	A	G	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.722;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=41;PP=1001;ReadPosRankSum=0.419;SC=GCCCCGCCAAAAGAACAAGTG;SOR=1.573;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=47;WE=48845255;WS=48845237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,49:0.79:62
chr2	48847918	rs72187525	GAATA	G,GAATAAATA	1400.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7,7;NR=4,4;PP=304,528;ReadPosRankSum=0.129;SC=TCCATCTCAAGAATAAATAAA;SOR=1.280;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=11,11;WE=48847929;WS=48847908;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.26,0.67:42
chr2	48848295	rs13035544	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=5.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.42;ReadPosRankSum=0.999;SOR=1.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,23:0.15:151
chr2	48872113	rs34156631	A	G	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=343;ReadPosRankSum=0.244;SC=GAGATCAGGGAAAAAAAGATA;SOR=0.426;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=23;WE=48872121;WS=48872103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr2	48873582	rs12988176	C	T	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.40;ReadPosRankSum=0.576;SOR=0.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,67:0.83:81
chr2	48896897	rs33987892	A	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=3.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=-1.598;SOR=1.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,28:0.26:107
chr2	48898798	rs3920390	T	A	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	48906625	rs1965508	T	C	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	48925746	rs6755901	C	T	2958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=36;PP=1754;SC=CTTTTGGTTTCTACTTACTCT;SOR=1.118;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=65;TCR=36;TR=101;WE=48925754;WS=48925736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	48925986	rs70946824	AT	A	537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.144;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.46;MQRankSum=0.456;QD=16.29;ReadPosRankSum=0.189;SOR=0.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr2	48952701	rs6545063	C	G	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=2;PP=441;SC=GAGGAACATGCAAATAGTGCC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=48952709;WS=48952691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	48956431	rs11892719	T	A	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=28;PP=975;SC=TCTGCATGATTATGAGCTATG;SOR=1.011;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=58;WE=48956439;WS=48956421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	48956475	rs11887058	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.829;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
chr2	48960123	rs148416853	GATGGCAT	G	7636.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.448;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.08;MQRankSum=0.794;NF=17;NR=79;PP=2954;ReadPosRankSum=1.277;SC=ATCTTCTTGTGATGGCATATT;SOR=0.849;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=24;TCR=107;TR=96;WE=48960137;WS=48960113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,188:0.76:246
chr2	48982755	.	G	GGCTGCA	365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=2;PP=247;SC=TGGCAGCGGCGGCTGCAGCAG;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=48982763;WS=48982745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	49215977	rs2072488	G	A	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=5;PP=662;SC=AGATGAGAGAGGAACGCAGAA;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=49215985;WS=49215967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	49216284	rs2072487	C	T	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=16;PP=380;SC=ATGCGGTCTTCAGCTGAGGTA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=49216292;WS=49216274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	49241849	rs6708637	G	A	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=10;PP=623;SC=TTTCCAATCCGCATTTTCAGA;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=49241857;WS=49241839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	49244559	rs2091787	A	G	3978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=47;PP=2576;SC=AGTATCAAGTAGGCCTTTTAG;SOR=1.362;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=87;TCR=47;TR=134;WE=49244567;WS=49244549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	49381253	rs7589810	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.515;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr2	49381585	rs1394205	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=-0.571;SC=CTGATTTCTTCCTGCATTTGC;SOR=1.329;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=49381593;WS=49381575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr2	49510173	rs7578654	A	C	8058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr2	50201110	rs9636391	A	G	4043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=86;NR=51;PP=2168;SC=AGCTACCTGCAAGTTTTCACA;SOR=1.060;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=86;TCR=52;TR=137;WE=50201118;WS=50201100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	50201383	rs4971883	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=70;ReadPosRankSum=-0.033;SC=AATGGCTGACGCACTACGGCA;SOR=0.392;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=8;WE=50201391;WS=50201373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr2	50246224	rs7571903	C	G	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.146;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=6;PP=2962;ReadPosRankSum=0.585;SC=CCCTGTTTTGCAAATCCTTCC;SOR=1.649;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=62;TCF=52;TCR=10;TR=46;WE=50246257;WS=50246217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,49:0.75:65
chr2	50246232	rs146211469	TCCAAAACATTA	T	2281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.714;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.667;NF=29;NR=6;PP=2935;ReadPosRankSum=0.285;SC=TGCAAATCCTTCCAAAACATT;SOR=1.839;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=35;WE=50246257;WS=50246217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,54:0.71:76
chr2	50246249	rs7586095	T	G	2485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.741;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.640;NF=53;NR=15;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.865;SC=CATTACCTCATCTGTGCTTTC;SOR=1.552;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=93;TCF=71;TCR=22;TR=68;WE=50246257;WS=50246217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,66:0.73:91
chr2	50280283	rs1363050	T	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=91;ReadPosRankSum=0.257;SC=TTAAGCTAGTTTCAAAGGAAG;SOR=1.002;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=8;WE=50280291;WS=50280273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr2	50280338	rs1363049	G	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=263;ReadPosRankSum=-1.901;SC=TAGAAAAGACGCATATGCAGA;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=24;WE=50280346;WS=50280328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr2	50434741	rs17040210	C	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=6.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=2.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,7:0.14:51
chr2	50434759	rs1715984	C	G	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=17;PP=803;SC=GACTTTGAATCAAATATTATA;SOR=0.933;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=49;WE=50434767;WS=50434749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	50539802	rs56403873	C	G	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=1.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=1.780;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,66:0.23:285
chr2	50692459	rs12713101	T	A	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.41;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	50692819	rs10168838	T	G	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=19;PP=509;SC=AACTAGTTTTTAAAGTTCTAG;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=50692827;WS=50692809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	50693504	rs75315267	AAC	A	2603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=18;PP=1321;SC=GAACCCAAATAACAGTTACTG;SOR=0.950;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=50693513;WS=50693494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	50699305	rs2075234	T	A	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=5;PP=501;SC=AATTAAAAACTTGAATAAGGA;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=50699313;WS=50699304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	50733860	rs7584062	A	G	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.55;SOR=1.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	50758657	rs2066948	T	C	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=20;PP=618;SC=TTATCATTTATTTAAGACTTC;SOR=1.542;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=31;WE=50758665;WS=50758647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	50858107	rs961405	T	A	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.11;ReadPosRankSum=1.151;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,44:0.85:52
chr2	50966283	rs1546667	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.216;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=78;ReadPosRankSum=1.749;SC=TTGTATGTCACAAATCTGTAG;SOR=0.949;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=10;WE=50966291;WS=50966273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr2	51125707	rs62140645	C	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=7.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.48;ReadPosRankSum=-0.423;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr2	51148872	rs36106628	T	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.75;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr2	53832072	rs2357490	C	T	5604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr2	54164081	.	AAAC	A	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=23;QD=24.0;SC=TAACTAGAAAAAACAATACTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=2;WE=54164091;WS=54164071;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,2:0.12:16
chr2	54342844	.	C	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.512;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,68:0.23:294
chr2	54342905	.	C	T	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=-0.090;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,64:0.24:271
chr2	54369120	.	TTG	T	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=1.678;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,9:0.19:47
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chr2	54587596	rs2280718	C	T	2384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=50;PP=1351;ReadPosRankSum=0.551;SC=CCCAGCACTCCTGAGAGCAGA;SOR=0.955;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=117;TCF=57;TCR=60;TR=93;WE=54587604;WS=54587586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,104:0.75:139
chr2	54839276	rs3796014	A	G	6525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
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chr2	54844926	rs7569127	T	G	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=41;PP=1014;ReadPosRankSum=-1.236;SC=CTTAACTGTCTCACCGTGGTG;SOR=0.431;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=55;WE=54844934;WS=54844916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,61:0.88:69
chr2	54848728	rs12713274	A	G	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=599;ReadPosRankSum=0.997;SC=CACTCATAAAATTTGCCAATA;SOR=0.936;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=28;WE=54848736;WS=54848718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr2	54855137	rs2971887	T	C	3434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=43;PP=2373;SC=AGGGAAGGCATAGCTTCATTG;SOR=1.360;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=79;TCR=43;TR=122;WE=54855145;WS=54855127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	54855454	rs17046036	G	A	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.532;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=585;ReadPosRankSum=0.936;SC=GAAACACAGTGGGGCTTTTGA;SOR=0.197;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=29;WE=54855462;WS=54855444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr2	54858664	rs2229503	C	T	5426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.418;SC=TGTGGGAGAACAGACAAAATC;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=267;TCF=113;TCR=154;TR=214;WE=54858672;WS=54858654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,228:0.79:289
chr2	54877146	rs3739109	A	G	738.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.638;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=436;ReadPosRankSum=-0.137;SC=GCAGCCACCCAGGGGTGCTGG;SOR=0.264;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=27;WE=54877154;WS=54877136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,30:0.91:33
chr2	54882381	rs2271329	G	A	4103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.97;ReadPosRankSum=-1.666;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,188:0.73:257
chr2	54884870	rs966003	C	T	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=438;SC=TTAGAGTAGACGATAGACTGG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=54884878;WS=54884860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	54894649	rs907136	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=7.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=1.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,18:0.20:90
chr2	54895817	rs201990044	AT	A	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=1.658;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr2	55040426	rs2631840	A	G	5333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr2	55071101	.	T	TTGTGTGTGTG	285.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.62;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	55077061	rs12713278	A	G	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=5;PP=837;SC=TTCTATTTGTAGAATTGCTGC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=55077069;WS=55077051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	55122589	rs6545454	A	G	7607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=157;PP=2965;SC=CTGGGACTAGAGTGAGGCAAA;SOR=1.134;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=269;TCF=112;TCR=157;TR=269;WE=55122597;WS=55122579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr2	55138272	rs2304688	G	A	165.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=6;PP=130;SC=ACTAATATGGGTTATATTTAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=55138280;WS=55138262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	55155672	rs10164886	A	G	14859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=290;NR=252;PP=2965;SC=CACCTGCCACATGCCTCCTGC;SOR=0.814;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=542;TCF=290;TCR=252;TR=542;WE=55155680;WS=55155662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,577:1.00:577
chr2	55155957	rs17418194	C	T	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=55;PP=1691;SC=AGCCAGAGTGCGTTTTCTTTG;SOR=2.275;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=77;WE=55155965;WS=55155947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	55176112	rs13394146	C	T	4215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	55180965	rs4671998	G	A	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=8;PP=987;SC=TGGAGGTTGCGGTGAGCTGAG;SOR=2.636;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=47;WE=55180973;WS=55180955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	55186229	rs12623902	T	C	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=18;PP=1118;SC=GAAGATGTTGTTTTGTTTACA;SOR=1.108;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=65;WE=55186237;WS=55186219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	55186394	rs17346629	A	C	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=40;NR=44;PP=1288;SC=CGGAAAAGAGAGGCCGTAAGC;SOR=0.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=84;WE=55186402;WS=55186384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	55187297	rs58866010	A	AG	2874.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=25;PP=1434;SC=AGAGGGCCGGAGGGGTAGTGG;SOR=0.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=36;WE=55187305;WS=55187287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	55201038	rs2255026	C	T	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=22;PP=735;SC=TCAAAAAGAACGGAATGATTT;SOR=0.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=55201046;WS=55201028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	55214618	rs2580769	A	C	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=19;PP=1429;SC=TGTTTTCCAGACATCTCACCT;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=72;WE=55214626;WS=55214608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	55214912	rs2580770	C	G	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=26;PP=734;SC=AAAACAAAAACGCTACTACAT;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=55214920;WS=55214902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	55258704	rs10173203	C	G	3898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=45;PP=2555;SC=TGGATTATATCGAAGGTCAGA;SOR=1.324;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=84;TCR=46;TR=129;WE=55258712;WS=55258694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
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chr2	55404925	rs6545477	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=-2.442;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,13:0.19:67
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chr2	55407935	rs10183953	G	A	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=32;PP=960;SC=AGCACAGTAGGACTGGATTTT;SOR=2.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=55407943;WS=55407925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	55436934	rs9677948	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=2.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=-0.862;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,31:0.22:142
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chr2	55471407	rs2589083	T	C	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=50;PP=1157;SC=AATGTCATAATGTACTTTAAG;SOR=2.271;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=68;WE=55471415;WS=55471397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	55473371	rs2576724	A	G	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.599;NF=28;NR=9;PP=430;ReadPosRankSum=0.719;SC=AATATTGTTCATGAACTAACA;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=91;TCR=29;TR=37;WE=55473379;WS=55473361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,36:0.29:126
chr2	55473386	rs3833559	CAT	C	7221.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=41;PP=2973;SC=CTAACAATAACATGTAACAAA;SOR=1.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=70;TCR=43;TR=107;WE=55473395;WS=55473376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr2	55473681	rs2589081	A	C	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.975;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=57;PP=1623;ReadPosRankSum=1.626;SC=GTCACATAATACTTGCAAGTT;SOR=3.368;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=11;TCR=58;TR=67;WE=55473689;WS=55473671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr2	55481322	rs2230370	T	A	3835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=77;PP=2138;ReadPosRankSum=0.146;SC=TTAATAAAGCTGGATCTGCCT;SOR=0.687;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=197;TCF=93;TCR=104;TR=150;WE=55481330;WS=55481312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,167:0.77:217
chr2	55489629	rs2589093	T	C	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=83;PP=2384;SC=TTTAGATTTATTCTCAAATAT;SOR=2.235;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=112;TCF=25;TCR=87;TR=108;WE=55489637;WS=55489619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	55490745	.	CA	C	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.528;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
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chr2	55491007	.	G	GA	1054.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.502;HP=10;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=40;PP=526;ReadPosRankSum=3.011;SC=TTCTCCTGGGGAAAAAAAAAA;SOR=1.335;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=73;TCF=4;TCR=69;TR=41;WE=55491015;WS=55490997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,69:0.62:111
chr2	55518742	rs2249856	T	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=141;ReadPosRankSum=-1.647;SC=TGTGCACTTGTTTCACACTTA;SOR=0.839;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=10;WE=55518750;WS=55518732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr2	55522422	rs2589110	A	G	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-1.716;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,55:0.25:224
chr2	55527108	rs1545121	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=-1.318;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,30:0.16:184
chr2	55528257	rs2576699	A	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=0.704;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,14:0.18:79
chr2	55528514	rs2589117	A	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=1.960;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	55544680	rs41281499	A	G	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=765;ReadPosRankSum=-0.284;SC=TTCACAGTACAACAAAATATA;SOR=0.613;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=62;WE=55544688;WS=55544670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,67:0.74:90
chr2	55559651	rs368125112	CA	C	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=-0.370;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr2	55599655	rs3111411	G	A	3022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	55749193	rs17369150	A	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=2.161;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
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chr2	55760842	rs34764925	A	AT	177.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=11.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=0.385;QD=16.16;ReadPosRankSum=0.536;SOR=4.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr2	55760844	rs9808405	A	T	508.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;QD=36.34;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr2	55760940	rs4671248	G	T	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=59;NR=27;PP=1487;SC=CTTAAGGAACGAGAACAGTGA;SOR=1.354;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=86;WE=55760948;WS=55760930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	55762832	rs72803515	T	C	495.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.36;ReadPosRankSum=1.152;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr2	55764754	rs11280083	AATATGAATAC	A	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=6.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.512;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.323;SOR=1.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,13:0.14:93
chr2	55771050	rs3816489	C	G	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=21;PP=1443;SC=ATTCTAATTGCTCTTATTGTC;SOR=1.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=70;WE=55771058;WS=55771040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	55771161	rs1045910	A	G	7446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr2	55785828	rs72803536	A	G	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=13;PP=904;ReadPosRankSum=-1.968;SC=AATTGTTTTGATTATCCAAAT;SOR=0.968;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=55;WE=55785836;WS=55785818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,64:0.84:76
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chr2	55872717	rs72805490	T	C	77.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=43;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TTCACTCATATTCTCTTCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=55872725;WS=55872707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	55873301	.	T	A	29	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=3;PP=29;QD=12.7542425094;SC=TTCCACTTTTTAAAGCAATAT;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=5;WE=55873309;WS=55873291;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,5:0.19:26
chr2	55873357	rs72805494	G	C	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.09;ReadPosRankSum=-0.069;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,46:0.85:54
chr2	55883317	rs2627765	G	T	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=10;PP=500;SC=GGAAAATCTCGGGGAATAACA;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=55883325;WS=55883307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	55889062	rs782604	G	A	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=12;PP=818;SC=ATCATAAAACGTAACAAACAT;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=55889070;WS=55889052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	55894247	rs782637	T	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=0.395;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,19:0.14:132
chr2	55898290	rs782632	C	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.398;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr2	55898929	rs2627771	A	G	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=9;PP=351;SC=GCCACTGCACACCAGCCTGGG;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=55898937;WS=55898919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	55898962	rs147416432	AAAAAC	A	622.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=499;ReadPosRankSum=0.839;SC=ACTCTGTCTCAAAAACAAAAC;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=11;WE=55898974;WS=55898952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr2	55899228	rs782631	A	T	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	55900283	rs782629	A	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr2	55913644	rs72807624	C	A	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.982;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=599;ReadPosRankSum=-0.467;SC=TAAGTAGCAACTGAATAAATC;SOR=1.118;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=41;WE=55913652;WS=55913634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,48:0.74:65
chr2	55914621	rs809732	T	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=138;ReadPosRankSum=-0.247;SC=TGGACTCTGGTTGTCTGGAAT;SOR=1.347;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=10;WE=55914629;WS=55914611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr2	56102019	rs55778215	T	C	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.135;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=15;PP=1077;ReadPosRankSum=0.554;SC=TCCTATAACTTCCTCTTGTCT;SOR=1.116;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=86;TCF=63;TCR=23;TR=60;WE=56102027;WS=56102009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,65:0.71:92
chr2	56102061	rs56280335	GA	G	2465.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.026;NF=21;NR=53;PP=1066;ReadPosRankSum=-1.460;SC=CCTAACATATGAAAAAAAAAA;SOR=0.653;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=120;TCF=33;TCR=87;TR=74;WE=56102069;WS=56102051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,143:0.73:195
chr2	56102281	rs55867135	T	C	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.36;ReadPosRankSum=0.008;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,46:0.72:64
chr2	56103682	rs17047287	T	C	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.95;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,79:0.71:111
chr2	56108689	rs11680866	G	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=220;ReadPosRankSum=-1.497;SC=GAATGCTTGAGGTTGAAACAG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=11;WE=56108697;WS=56108679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr2	56108882	rs3748959	T	C	3171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=63;PP=1450;ReadPosRankSum=0.657;SC=GTCAGAGACATGCAACACAGA;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=89;TCR=83;TR=131;WE=56108890;WS=56108872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,147:0.77:192
chr2	56216052	rs10865292	G	A	7399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr2	56411817	rs35587531	C	T	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.04;SOR=1.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	56569881	rs149233568	A	AT	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=85;ReadPosRankSum=-1.803;SC=TCTGGGAGATATTTTTTTTTC;SOR=2.303;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=6;WE=56569889;WS=56569880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr2	56603118	rs72803075	C	G	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.932;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=477;ReadPosRankSum=1.197;SC=GTTGTGTCGTCGCTTGTTCGC;SOR=0.954;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=151;TCF=78;TCR=73;TR=46;WE=56603126;WS=56603108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,52:0.30:174
chr2	56611543	rs34920355	C	CAAG	7257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=75;PP=2974;SC=TGATAGAAGACAAGAAGAAAA;SOR=1.306;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=92;TCF=4;TCR=88;TR=79;WE=56611551;WS=56611533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	58275666	rs986512	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.625;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,16:0.19:84
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chr2	61175312	rs12479056	T	C	8735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr2	61191995	rs55776317	G	C	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=433;ReadPosRankSum=1.004;SC=ATGTTTGTGTGCTACAACTTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=19;WE=61192003;WS=61191991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr2	61238871	.	G	GA	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.114;QD=0.62;ReadPosRankSum=-1.270;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,15:0.19:80
chr2	61245551	rs12996059	G	C	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=8.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=2.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,9:0.13:69
chr2	61300556	.	C	CT	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.57;ReadPosRankSum=-1.152;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,22:0.19:118
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chr2	61304377	rs10172306	A	T	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.033;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=413;ReadPosRankSum=1.196;SC=AAATGTGGAAAATTGTTTGGA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=21;WE=61304385;WS=61304367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
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chr2	61385248	rs1177309	A	G	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=1.796;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=268;ReadPosRankSum=0.315;SC=CCTTGCTCCAAAGAGAACCCC;SOR=1.270;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=16;WE=61385256;WS=61385238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr2	61389609	rs17006627	G	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=3.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=0.623;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,43:0.19:224
chr2	61389737	rs1729674	T	G	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=53;PP=1409;ReadPosRankSum=0.014;SC=GGTTTTTTTATATAAATGGTA;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=58;TCR=75;TR=95;WE=61389745;WS=61389727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,111:0.72:154
chr2	61389799	rs1729673	G	A	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.230;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=727;ReadPosRankSum=-1.004;SC=TAGCAAATGTGTATAGAAATA;SOR=0.315;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=37;WE=61389807;WS=61389789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,40:0.77:52
chr2	61404514	rs112583316	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=5.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.849;QD=8.98;ReadPosRankSum=2.179;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr2	61412559	rs777585	C	T	286.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.6507;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=108;ReadPosRankSum=-0.466;SC=TGATGTTTTACTGAGAAGACT;SOR=1.061;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=61412567;WS=61412549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr2	61413092	rs67060712	AATAAC	A	346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.297;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=154;ReadPosRankSum=0.699;SC=TGTGTACTGGAATAACATGTT;SOR=1.139;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=4;WE=61413104;WS=61413082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr2	61413723	rs1809028	A	G	3375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=54;PP=1976;SC=TTCATAATGCAGTAATAAGGT;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=64;TCR=54;TR=118;WE=61413731;WS=61413713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr2	61415492	rs14170	A	G	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.610;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.385;NF=25;NR=15;PP=603;ReadPosRankSum=0.121;SC=ATTCTTCCTCAGCTAGGGTAG;SOR=0.804;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=40;WE=61415500;WS=61415482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,48:0.84:57
chr2	61417617	rs777591	A	G	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=34;PP=1035;ReadPosRankSum=0.266;SC=TTAACTAATTAGAAATGACAC;SOR=0.495;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=71;WE=61417625;WS=61417607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,80:0.70:115
chr2	61450454	rs2123111	A	G	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=147;ReadPosRankSum=0.410;SC=ATTAGTGGAAATAAGTTTTTC;SOR=1.096;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=14;WE=61450462;WS=61450444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr2	61456611	rs70959901	C	CAA	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.895;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
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chr2	61483725	rs72811484	T	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr2	61484556	rs2060824	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=20;ReadPosRankSum=0.660;SC=TCAATGAACATATAACAAAAA;SOR=0.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=3;WE=61484564;WS=61484546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr2	61522047	rs35292974	T	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=5.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr2	61522123	rs13014347	T	C	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	61528299	rs11428092	T	TA	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,16:0.19:83
chr2	61538602	rs141750762	G	GAAAAGAGAAAGAAAAAGAAAA	1841.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.30;QD=57.55;SOR=3.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	61552379	rs11448157	A	AT	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=38;ReadPosRankSum=-0.592;SC=ACAAACATACATGTGCCCACT;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=61552387;WS=61552369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr2	61552411	.	T	TA	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.984;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr2	61552484	rs2593624	T	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.588;NF=6;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=0.389;SC=AACAGATTTTTAAAAAGTACT;SOR=0.836;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=12;WE=61552492;WS=61552474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
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chr2	61575308	rs6722430	A	G	9558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=176;NR=177;PP=2965;SC=TCTTTCTGACATGCCTTGGGA;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=353;TCF=176;TCR=177;TR=353;WE=61575316;WS=61575298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
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chr2	61576517	rs811378	G	A	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=43;PP=1286;SC=TCAACAAGATGTAAGTGGAGA;SOR=0.953;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=85;WE=61576525;WS=61576507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	61577667	.	G	GA	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=0.458;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr2	61605614	rs10208769	T	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=1.986;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,10:0.18:56
chr2	61622251	rs3213951	C	T	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.36;ReadPosRankSum=0.864;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr2	61647901	rs778155	A	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=-0.595;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,17:0.19:90
chr2	61713209	rs35844473	GGAAAATC	G	1033.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=1483;ReadPosRankSum=-0.733;SC=ACTGAAAACAGGAAAATCTTG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=14;WE=61713228;WS=61713199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr2	61713218	rs60155512	T	A	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.60;ReadPosRankSum=0.516;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr2	61713218	.	TGT	AGG	1504	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=14;PP=1504;QD=103.831191657;SC=AGGAAAATCTTGTGTTTGTAT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=15;WE=61713228;WS=61713199;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr2	61713220	rs61235340	T	G	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.64;ReadPosRankSum=-0.664;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr2	61726050	.	T	TA	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=5.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=2.002;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr2	61761169	rs1446532	G	A	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=142;SC=TTTAATTACAGAAAACTGAGA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=61761177;WS=61761159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	62053878	rs11392751	G	GA	310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=8;PP=363;SC=TCAAAAAAAAGAAGAAAACGC;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=62053886;WS=62053868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	62063093	rs11299120	TA	T	531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=4.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.678;QD=8.31;ReadPosRankSum=1.539;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,46:0.72:64
chr2	62065759	rs6545910	C	T	5413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=5.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.41;ReadPosRankSum=-1.264;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,241:0.82:294
chr2	62065851	rs17513666	C	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.03;ReadPosRankSum=-0.509;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,22:0.15:142
chr2	62066417	rs36214963	ATATAT	A	1162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.881;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=769;ReadPosRankSum=0.440;SC=ACAAAATATCATATATTATAT;SOR=1.460;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=15;WE=62066429;WS=62066407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,29:0.83:35
chr2	62066927	rs4672457	A	G	4382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=62;PP=2578;SC=TCCTGCATCCACAAGCTGACC;SOR=0.807;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=84;TCR=62;TR=146;WE=62066935;WS=62066917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr2	62067433	rs17513722	T	C	2037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=1.080;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:392,135:0.26:527
chr2	62073918	rs58256183	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.456;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=46;ReadPosRankSum=-0.798;SC=CCTCTGACTGCTTCCTGTCGG;SOR=0.160;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=5;WE=62073926;WS=62073908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr2	62074140	rs113296637	A	AAC	435.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=39.61;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	62081012	rs4270331	A	C	16888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=333;NR=296;PP=2965;SC=CAGCGGGCTGAGCCACTTTCT;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=631;TCF=335;TCR=296;TR=629;WE=62081020;WS=62081002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,654:1.00:654
chr2	62081217	rs1881616	A	G	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=51;PP=1482;SC=CTGGCCCGGGACGGGAAAGCT;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=10;TCR=51;TR=61;WE=62081225;WS=62081207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	62095994	rs4672463	A	G	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.44;QD=24.78;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	62096790	rs149499966	TTCTG	T	1437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.504;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,45:0.25:183
chr2	62099156	rs3828276	T	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=295;ReadPosRankSum=3.029;SC=AACAGATGACTACAAAGCTTT;SOR=1.085;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=17;WE=62099164;WS=62099146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr2	62104343	rs7571143	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.033;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=118;ReadPosRankSum=-0.599;SC=TCCACTGCTGCCTTACTATCA;SOR=2.153;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=9;WE=62104351;WS=62104333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,9:0.20:44
chr2	62104660	rs36062307	TA	T	566.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=1.696;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,44:0.67:66
chr2	62107376	rs5831625	T	TC	2114.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=9;PP=1019;SC=TAAAGTTTGTTTTTTAAACTT;SOR=1.692;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=28;WE=62107384;WS=62107366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	62112222	rs67059162	G	A	643.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=-0.894;QD=2.73;ReadPosRankSum=-1.353;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,35:0.15:236
chr2	62112246	rs57035931	C	CT,CTT	1727.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=3.249;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.490;QD=14.16;ReadPosRankSum=-0.633;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:22,73,27:0.60,0.22:122
chr2	62729653	rs6713096	A	G	3245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=65;PP=1877;ReadPosRankSum=1.154;SC=CAGTGATCACAATGAATTTGT;SOR=0.767;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=93;TCR=87;TR=132;WE=62729661;WS=62729643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,150:0.72:207
chr2	62729674	rs4672527	T	C	4648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=79;PP=2947;SC=AGTAGTCAGGTAAGATTGAAT;SOR=0.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=76;TCR=79;TR=155;WE=62729682;WS=62729664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr2	62729747	rs11443505	G	GA	2996.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.09;NF=20;NR=47;PP=2327;SC=ATTTAAGATAGAAAAAATTAT;SOR=0.710;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=78;TCF=22;TCR=56;TR=67;WE=62729755;WS=62729737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	62733189	rs17854454	C	T	12484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=197;NR=250;PP=2962;SC=GACTCTGGACCGGTCCGATTG;SOR=1.008;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=447;TCF=197;TCR=250;TR=447;WE=62733209;WS=62733179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr2	62733201	rs78110679	A	T	6953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.00;ReadPosRankSum=1.805;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,318:0.78:409
chr2	62733253	rs11676567	C	T	7251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=146;PP=2965;SC=GCACCGGATCCGGCAGCTCCA;SOR=1.350;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=237;TCF=91;TCR=146;TR=237;WE=62733261;WS=62733243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr2	62738883	rs6757222	C	T	2905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=33;PP=1838;SC=TTTTTTGGTTCGGTGGCATTT;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=63;TCR=33;TR=96;WE=62738891;WS=62738873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	62738931	rs6757448	G	C	4152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr2	62739135	rs4405748	A	C	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=10;PP=243;SC=AAAATATTTTATATATTACAC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=62739143;WS=62739125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	63380809	rs7595595	G	A	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=182;SC=ATATTTTAAAGTTTCTGGGTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=63380817;WS=63380799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	63401973	rs2421862	G	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.89;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr2	63457026	.	GA	G	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.623;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr2	63850098	rs12476592	G	C	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=14;PP=334;SC=ACCACCGCACGGCGCCCAAGC;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=63850106;WS=63850088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	64069732	rs6546029	G	A	3796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=87;PP=2488;SC=GAGAAAAGCCGGGTGGGTTTT;SOR=1.576;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=46;TCR=87;TR=133;WE=64069740;WS=64069722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	64082619	rs34900788	G	C	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.70;ReadPosRankSum=-1.626;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,50:0.82:61
chr2	64084005	rs35253921	G	A	2683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.123;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=67;PP=1663;ReadPosRankSum=0.862;SC=TTTTTTACTTGTAAATCAATA;SOR=1.153;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=134;TCF=52;TCR=82;TR=107;WE=64084013;WS=64083995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,115:0.80:143
chr2	64085114	rs10183479	G	A	3536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=53;PP=1731;SC=GTAATCTTGGGCACTGGTTTT;SOR=1.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=108;WE=64085122;WS=64085104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	64114553	rs147051654	G	A	5932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.456;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.359;SC=ATGGAGGCCTGAATGTCATTC;SOR=0.635;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=327;TCF=185;TCR=142;TR=250;WE=64114561;WS=64114543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,267:0.76:351
chr2	64126775	rs78227932	C	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.01;ReadPosRankSum=1.397;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,20:0.24:83
chr2	64139831	.	TA	T	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=-1.402;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,18:0.27:67
chr2	64139901	rs2302809	A	T	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=18;PP=496;SC=CTTATAAAGAACCAGTTTATT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=64139909;WS=64139891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	64140301	rs10207847	A	T	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=13;PP=663;SC=ACATGATGAGAACAGTGACAT;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=64140309;WS=64140291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	64143884	rs13027117	T	C	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.377;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr2	64144020	rs190823081	AA	TC	6540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.219;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=49;PP=2944;ReadPosRankSum=1.181;SC=ACTAAAGAAAAATGTGTCACT;SOR=0.936;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=179;TCF=114;TCR=65;TR=134;WE=64144029;WS=64144010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,159:0.79:202
chr2	64147834	rs1440002	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=245;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TTAGTTTAACGATTATTATAA;SOR=1.739;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=12;WE=64147842;WS=64147824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr2	64195997	rs200094653	CA	C	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=12.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=-1.159;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr2	64331815	.	CT	C	435.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=3.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.171;QD=4.45;ReadPosRankSum=1.578;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,52:0.53:98
chr2	64567680	rs12477412	T	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.78;ReadPosRankSum=1.235;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	64567916	rs12473206	C	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=234;ReadPosRankSum=2.070;SC=TCCCACCCCCCACTCCTGTTT;SOR=0.673;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=16;WE=64567924;WS=64567906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr2	64800239	rs75307105	G	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=5.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=-0.520;SOR=0.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,21:0.19:110
chr2	64819249	rs200722568	TA	T	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr2	65231063	rs35470885	GT	G	2341.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.453;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=60;PP=1039;ReadPosRankSum=0.063;SC=CTAACAGTGGGTTTTTTTTTC;SOR=0.658;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=88;TCF=12;TCR=76;TR=66;WE=65231071;WS=65231053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,130:0.78:166
chr2	65245365	rs759458	G	A	5064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.23;ReadPosRankSum=-2.487;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,230:0.78:294
chr2	65248271	rs7563131	G	A	3983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=93;PP=2418;ReadPosRankSum=-2.558;SC=CCAAGGAGTCGGTTCTGTGAT;SOR=0.821;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=213;TCF=95;TCR=118;TR=163;WE=65248279;WS=65248261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,178:0.76:235
chr2	65315880	rs1420184	G	C	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=62;PP=1996;SC=CTAATTCTTAGTGCATTTCTA;SOR=1.350;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=37;TCR=62;TR=99;WE=65315888;WS=65315870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	65315903	rs1420185	G	A	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=40;PP=1301;SC=ATCCATAATGGAGCGTGAGGA;SOR=1.681;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=59;WE=65315911;WS=65315893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	65473930	rs58944514	AAAATTTTC	A	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=-0.766;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,12:0.16:77
chr2	65481008	rs268871	A	C	3435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=53;PP=1623;SC=GGTAAGTGAAAGGAAAATATC;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=59;TCR=53;TR=112;WE=65481016;WS=65480998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr2	65488538	rs268862	G	A	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=46;PP=1559;SC=TACATTAGAAGTGGTGATTTC;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=56;TCR=46;TR=102;WE=65488546;WS=65488528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	65495570	rs55843720	A	C	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.90;SOR=2.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	65495570	.	AT	CC	1912	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=31;NR=10;PP=1912;QD=47.9382408503;SC=GGTACCAAATATTACGTTCTA;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=41;WE=65495581;WS=65495560;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,41:0.91:45
chr2	65495571	rs60931828	T	C	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.90;SOR=2.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	65495573	rs72536103	A	AC	2395.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=10;PP=1538;SC=ACCAAATATTACGTTCTACTT;SOR=2.437;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=35;WE=65495581;WS=65495560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	65495887	rs268875	G	A	7171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.12;QD=26.86;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr2	65496018	rs11424	C	G	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.636;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=305;ReadPosRankSum=-0.174;SC=CTTGGGGAAGCTTTGTTAAAT;SOR=0.325;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=26;WE=65496026;WS=65496008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,30:0.39:77
chr2	65559027	rs2271198	A	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=1.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=1.397;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,40:0.16:251
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chr2	65604911	rs34928603	G	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,11:0.15:72
chr2	65604914	rs268120	A	G	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=37;PP=1452;ReadPosRankSum=0.592;SC=TCAAAGCGGCAGTCCTCAGCA;SOR=0.615;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=49;WE=65604922;WS=65604901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,55:0.83:66
chr2	66665146	rs2280334	T	C	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=4.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.332;SOR=1.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,67:0.26:262
chr2	66667186	rs2271856	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=2;HapScore=3;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=86;ReadPosRankSum=1.286;SC=CACACACGCGCGCGCGCGCGC;SOR=1.136;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=8;WE=66667209;WS=66667176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr2	66667200	rs9309387	A	AACACACACAC	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.431;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr2	66794834	rs1000756	G	A	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=19;PP=552;SC=TTTGGAGAAGGTGGAAAAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=66794842;WS=66794824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	66798282	rs2861108	G	T	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=3;PP=693;SC=TTAATCACAGGGTTCTCTGGC;SOR=3.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=32;WE=66798290;WS=66798272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	67630980	rs3770657	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-1.145;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,35:0.26:134
chr2	67631831	rs61740794	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,30:0.25:122
chr2	67632125	rs3770655	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=1.468;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,17:0.20:85
chr2	67637196	rs1569	G	A	3882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=69;PP=2137;SC=AAGACTTCACGAAGACTGCTG;SOR=1.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=56;TCR=69;TR=125;WE=67637204;WS=67637186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	68352515	rs6742154	A	C	6389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.736;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=1.660;SC=TGCTCTGAGCACTGGAGAGAA;SOR=0.759;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=224;TCF=100;TCR=124;TR=222;WE=68352523;WS=68352505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,233:1.00:234
chr2	68358341	rs62145930	T	C	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=32;PP=1422;SC=TGAGCCACCGTGCCCAGCCTC;SOR=1.298;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=60;TCR=32;TR=92;WE=68358349;WS=68358331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	68358653	rs17035004	T	C	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.74;QD=26.22;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	68385097	rs2044693	A	G	8971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=154;NR=171;PP=2965;SC=GCAGAGCGCCAGGGCAGAGGA;SOR=0.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=328;TCF=154;TCR=174;TR=325;WE=68385105;WS=68385087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr2	68388823	rs1137930	A	G	4796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.95;ReadPosRankSum=-1.525;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,220:0.78:283
chr2	68389276	rs11402583	G	GA	670.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.422;QD=17.65;ReadPosRankSum=1.661;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,35:0.92:38
chr2	68389481	rs3217588	CTT	C	8220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.655;NF=14;NR=101;PP=2947;ReadPosRankSum=1.076;SC=GGTCTGCGCTCTTGTGTCGCT;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=18;TCR=130;TR=115;WE=68389490;WS=68389471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,204:0.77:264
chr2	68415563	rs11343435	CT	C	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=-1.943;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr2	68415767	rs687	G	A	5705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr2	68444171	rs374427852	C	CGCAG,CACGCAG	5425.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=23,24;NR=25,25;PP=637,328;SC=CACACACACACAGAGAGAGAT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=48,49;WE=68444179;WS=68444158;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.41,0.57:75
chr2	68483396	rs7593613	A	T	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=243;SC=CCTTCCTGCTAAGCAGCAGAG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=68483404;WS=68483386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr2	68511584	rs735815	A	G	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=-1.305;QD=14.45;ReadPosRankSum=-1.560;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
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chr2	68592700	rs3770651	A	G	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=4.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.535;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=461;ReadPosRankSum=0.839;SC=GAGTGGGGATACTCATCCAGC;SOR=5.323;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=20;WE=68592708;WS=68592690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr2	68607846	rs75306265	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=-0.675;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,20:0.21:94
chr2	68607947	rs3816281	G	T	3301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.802;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=52;PP=1625;ReadPosRankSum=-2.163;SC=GGGATATCAAGAAGGCCATTA;SOR=0.573;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=181;TCF=110;TCR=71;TR=126;WE=68607955;WS=68607937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,153:0.70:219
chr2	68615438	rs3217525	A	AG	998.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.975;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=994;ReadPosRankSum=1.336;SC=TCATGGCTGGAGGGGAGGGGG;SOR=1.633;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=28;WE=68615446;WS=68615428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr2	68620151	rs2289689	C	T	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=319;ReadPosRankSum=-1.283;SC=AAGACCTAGGCCGGGATATTG;SOR=1.047;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=18;WE=68620159;WS=68620144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr2	68620463	rs2289688	G	A	2599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=57;PP=1411;ReadPosRankSum=-1.015;SC=TCTCTACTCTGTTGATATCCC;SOR=0.586;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=73;TCR=78;TR=110;WE=68620471;WS=68620453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,125:0.74:169
chr2	68622914	rs1063479	G	A	2324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=51;PP=1444;ReadPosRankSum=-0.146;SC=GAGTGGATCAGAGCCATCCAG;SOR=0.822;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=138;TCF=63;TCR=75;TR=93;WE=68622922;WS=68622904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,100:0.67:149
chr2	68622952	rs1050181	G	C	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.135;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=744;ReadPosRankSum=-0.681;SC=GAAGTAAAGAGACTCCTGCAT;SOR=0.402;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=50;WE=68622960;WS=68622942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,52:0.69:75
chr2	68881938	rs140852128	CA	C	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.899;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.365;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,27:0.36:74
chr2	69002281	rs11685672	C	G	4376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.662;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=68;PP=2534;ReadPosRankSum=0.179;SC=GGGTTCCTCTCTCCTCTCCGC;SOR=0.327;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=212;TCF=132;TCR=80;TR=172;WE=69002289;WS=69002271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,188:0.82:229
chr2	69002760	rs10445945	C	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-1.711;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,35:0.22:157
chr2	69009304	rs2271834	C	T	1166.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.9989;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=10;PP=745;ReadPosRankSum=1.010;SC=TGTTGTCCAACCCAATTTTAG;SOR=0.495;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=43;WE=69009312;WS=69009294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,49:0.89:55
chr2	69043264	rs67399232	CT	C	3605.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=75;PP=2989;ReadPosRankSum=-0.800;SC=AGTTATTTCCCTTTTTTTTTT;SOR=0.698;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=154;TCF=49;TCR=105;TR=109;WE=69043283;WS=69043254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,208:0.77:271
chr2	69043266	rs78107572	T	A	3352.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=2.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=-1.049;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,199:0.72:275
chr2	69043539	rs2271832	G	C	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=26;PP=725;SC=AACCCCATCAGAAAGAAGCTC;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=69043547;WS=69043529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	69045158	rs10197806	C	A	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.086;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=578;ReadPosRankSum=-2.088;SC=AAGCAGGTACCCAGGAAATAA;SOR=1.663;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=29;WE=69045166;WS=69045148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr2	69046719	rs17036006	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5341;FS=3.979;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=117;ReadPosRankSum=-0.497;SC=AGCCCACTCTGAAAGAGAGAC;SOR=2.584;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=7;WE=69046727;WS=69046709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr2	69049941	rs10177248	T	C	4443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.949;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=92;PP=2308;ReadPosRankSum=-0.415;SC=TTGCAGAGGATGGTCCAAGAG;SOR=0.800;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=229;TCF=115;TCR=114;TR=179;WE=69049949;WS=69049931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,197:0.79:248
chr2	69180161	rs7561266	T	A	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=23;PP=606;SC=AGAATTGAGATCCAACCACAT;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=69180169;WS=69180151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	69201894	rs4417751	C	T	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=62;PP=1797;SC=TTTAGGAGGTCTGCTTCTTAT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=34;TCR=62;TR=96;WE=69201902;WS=69201884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	69297622	rs4591376	C	T	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=3;PP=314;SC=TGACCCTGAACGGATAATATA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=69297630;WS=69297616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	69298817	rs13030844	T	C	5049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=67;PP=2776;SC=CAGAGCCCATTATCCACTATG;SOR=0.815;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=163;TCF=95;TCR=68;TR=162;WE=69298825;WS=69298807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr2	69317925	rs4854546	G	A	9393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=167;NR=156;PP=2965;SC=GCTAAAAGCAGAACCCTGATT;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=323;TCF=167;TCR=156;TR=323;WE=69317933;WS=69317915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr2	69318129	rs4241348	T	G	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=33;PP=892;SC=TACTTCATTGTTGGTGGGGTG;SOR=2.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=45;WE=69318137;WS=69318119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	69330118	rs6710260	A	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.889;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=332;ReadPosRankSum=-2.573;SC=AGTGGCTTCAAGGAAGGGAAT;SOR=0.440;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=27;WE=69330126;WS=69330108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,30:0.31:96
chr2	69330284	rs4241349	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.563;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=-0.738;SC=TGGGTGTCCAGCTTGGTAAGC;SOR=0.105;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=11;WE=69330292;WS=69330274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr2	69351617	rs78702803	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.196;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,13:0.20:64
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chr2	69420591	.	T	TCTCA,TCTCACA	535.74	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1,1;NR=45,45;PP=128,760;ReadPosRankSum=1.219;SC=TCTCTCTCTCTCACATACACA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=46,46;WE=69420604;WS=69420581;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.67:42
chr2	69420596	rs7584057	T	C	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.45;QD=41.01;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	69626342	.	CA	C	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.489;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=6.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.612;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,23:0.36:64
chr2	69732571	rs144682650	CAT	C	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.276;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,9:0.13:70
chr2	69741609	rs2276689	C	T	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=18;PP=1191;SC=TTACCGCTGGCTCCTGGGCAG;SOR=1.409;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=68;WE=69741617;WS=69741599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	69741753	rs3832159	CTGT	C	6738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.437;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.436;NF=33;NR=81;PP=2982;ReadPosRankSum=-0.228;SC=GTTGCTGTTGCTGTTGTTGTT;SOR=0.540;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=124;TCF=39;TCR=85;TR=114;WE=69741772;WS=69741737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,161:0.96:168
chr2	69741854	rs6715776	T	G	5354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=90;PP=2965;SC=ATTGCTGGTTTCTGGGTTGCT;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=92;TCR=90;TR=182;WE=69741862;WS=69741844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr2	69759415	rs2276687	G	A	3441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=78;PP=2382;SC=TGTGCACAGGGAAGTTATTCC;SOR=1.629;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=39;TCR=78;TR=117;WE=69759423;WS=69759405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	69771484	rs3771544	C	T	3753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=35;PP=2064;SC=GAGTGCAGTGCACATTAAGTG;SOR=1.381;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=83;TCR=35;TR=118;WE=69771492;WS=69771474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	69784255	rs3771543	C	T	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=42;PP=1095;SC=TGTTGTAGAACACATTCTTAG;SOR=4.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=46;WE=69784263;WS=69784245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	69784278	rs3821277	T	C	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=29;PP=641;SC=TCTCAGAACTTGGAGATATTA;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=69784286;WS=69784268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	70187727	rs12464297	A	C	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.01;ReadPosRankSum=2.150;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr2	70188676	rs3796097	T	C	4145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.034;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=87;PP=2075;ReadPosRankSum=2.804;SC=CGAAGCAGAGTGGGGATGACT;SOR=0.537;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=209;TCF=96;TCR=113;TR=164;WE=70188684;WS=70188666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,186:0.79:234
chr2	70676639	rs538118	A	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=4.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=-0.706;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.808;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,16:0.21:77
chr2	70676769	rs71710818	GA	G	1293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.890;NF=4;NR=38;PP=641;ReadPosRankSum=0.679;SC=TGGAAATGAGGAAAAAAAAAT;SOR=0.715;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=59;TCF=5;TCR=54;TR=42;WE=70676777;WS=70676759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,74:0.73:102
chr2	70677994	rs2166975	G	A	2399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=3.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.90;ReadPosRankSum=0.411;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,109:0.77:142
chr2	70678173	rs3732249	C	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.45;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr2	70678176	rs3732248	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.05;ReadPosRankSum=-1.468;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr2	70679067	rs3771522	G	A	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=45;PP=1070;ReadPosRankSum=-0.759;SC=ATCCTCAAGAGCTGTGGCTCC;SOR=0.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=73;WE=70679075;WS=70679057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,81:0.85:95
chr2	70680211	rs112692567	CT	C	2132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.052;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.123;NF=26;NR=14;PP=1517;ReadPosRankSum=-0.269;SC=TAAACTAAACCTGACTTGGTA;SOR=1.329;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=40;WE=70680219;WS=70680201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,61:0.77:79
chr2	70683753	rs2278791	T	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=2.343;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=380;ReadPosRankSum=-0.251;SC=GCTTTTGCAATTGGAGGGAAA;SOR=1.802;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=22;WE=70683761;WS=70683743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr2	70905099	rs2902577	T	G	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=361;ReadPosRankSum=-1.693;SC=GGGCCCAACATCCTGCATGGA;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=23;WE=70905107;WS=70905089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr2	70917812	rs10084293	C	T	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.03;ReadPosRankSum=0.511;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
chr2	70933659	rs11682965	T	A	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=26;PP=733;SC=CTAGGTTCAGTTGGATTCTCA;SOR=1.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=70933667;WS=70933649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	71036189	rs149426278	CA	C	5446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=45;PP=2957;SC=CGCCAGTTGTCAGACTGATTC;SOR=1.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=75;WE=71036197;WS=71036179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr2	71058184	rs13421115	C	T	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=17;PP=718;SC=TGTCCTGTCACGGTTCTGATG;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=47;WE=71058192;WS=71058174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr2	71062648	rs10489990	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=122;ReadPosRankSum=-0.690;SC=CAGGACGGAGGCGACCAGGAC;SOR=0.446;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=15;WE=71062656;WS=71062638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
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chr2	71186382	rs17006573	G	A	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=38;PP=862;ReadPosRankSum=-1.684;SC=CAACACTGCCGTCAGCACTCC;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=53;WE=71186390;WS=71186372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,58:0.81:72
chr2	71190384	rs2072462	C	T	8048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FS=1.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.88;ReadPosRankSum=0.401;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,364:0.72:507
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chr2	71190655	rs74554978	G	A	3171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.573;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=56;PP=2132;ReadPosRankSum=-1.955;SC=TGAGTGGTTGGAGACCTGGGC;SOR=0.366;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=94;TCR=71;TR=129;WE=71190663;WS=71190645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,132:0.77:172
chr2	71191777	rs2270263	C	T	2363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=48;PP=1827;ReadPosRankSum=1.308;SC=AATTCCTTTCCGAACGGGGTC;SOR=1.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=79;WE=71191785;WS=71191770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,83:0.84:99
chr2	71205976	rs1115049	A	G	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=16;NR=21;PP=584;SC=TCCCGGCTGCAGGGAGCGAGA;SOR=1.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=71205984;WS=71205966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	71206058	rs1115050	A	C	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=181;SC=CCGAGAAGCCAGCAGAGACAG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=71206066;WS=71206048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	71206626	rs3771383	G	T	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=526;ReadPosRankSum=-0.079;SC=GGGCAGGGAGGTTGGGTGGGC;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=25;WE=71206634;WS=71206616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr2	71211417	rs72832792	C	G	2282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.777;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=59;PP=1343;ReadPosRankSum=-1.366;SC=GGGACTGTGTCTCCCATGTCA;SOR=0.946;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=50;TCR=73;TR=98;WE=71211425;WS=71211407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,101:0.78:129
chr2	71211815	rs3796098	G	A	11150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=277;NR=196;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.798;SC=GCCACTCTCTGGTCTCCAATA;SOR=0.684;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=601;TCF=352;TCR=249;TR=473;WE=71211823;WS=71211805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,501:0.79:638
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chr2	71212129	rs3796100	A	T	6657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=0.948;SC=CCTGATGGGCACGGCGGTGCG;SOR=0.723;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=350;TCF=162;TCR=188;TR=256;WE=71212137;WS=71212119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,278:0.75:373
chr2	71212405	rs61732279	T	C	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=90;PP=1816;ReadPosRankSum=0.228;SC=CTCCCCACCCTGCCCTCCCCA;SOR=1.235;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=114;TCF=5;TCR=109;TR=94;WE=71212413;WS=71212395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,85:0.80:106
chr2	71216246	rs2286980	A	C	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=741;ReadPosRankSum=-0.966;SC=AGGGGGCCACACCTGATCTCC;SOR=1.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=35;WE=71216254;WS=71216236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,35:0.80:44
chr2	71220793	rs2276684	T	G	2240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=35;PP=1164;ReadPosRankSum=2.349;SC=GGCAAAAGAGTGAGGAGGACT;SOR=0.697;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=59;TCR=48;TR=80;WE=71220801;WS=71220783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,97:0.77:126
chr2	71221822	rs2302561	A	G	8616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=0.965;SC=TCTCACCGACAGCCAGCGTGA;SOR=0.637;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=466;TCF=245;TCR=221;TR=349;WE=71221830;WS=71221812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,392:0.76:516
chr2	71297057	rs888352	C	T	4423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=111;PP=2639;ReadPosRankSum=-1.690;SC=GCATTTCTAGCAAAGGTGTCT;SOR=0.602;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=233;TCF=92;TCR=141;TR=185;WE=71297065;WS=71297047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,195:0.79:246
chr2	71297528	rs999240	C	T	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=574;ReadPosRankSum=-1.656;SC=TTTGTCGAAGCTGTCTCCTCC;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=32;WE=71297536;WS=71297518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr2	71297695	rs2287328	T	C	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=-1.343;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,28:0.23:120
chr2	71297982	rs2287327	C	T	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=2.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=-0.627;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:304,80:0.21:384
chr2	71305359	rs2302794	G	A	7581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=166;NR=103;PP=2965;SC=AGTACCTCAGGGTCTGGGCGT;SOR=1.183;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=270;TCF=166;TCR=104;TR=269;WE=71305367;WS=71305349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr2	71305456	rs6713	C	T	10887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr2	71351487	rs11541017	G	A	3153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=52;PP=1647;ReadPosRankSum=1.420;SC=AAGAGGGACCGCTTCACTTAC;SOR=0.782;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=154;TCF=81;TCR=73;TR=113;WE=71351495;WS=71351477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,138:0.76:182
chr2	71357417	rs2012479	C	A	3566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=5.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.58;ReadPosRankSum=-2.396;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,186:0.81:229
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chr2	71360723	rs1813159	A	G	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.511;NF=12;NR=26;PP=1130;ReadPosRankSum=-0.325;SC=TTTTGAGAGAAGAGAGAGCAC;SOR=0.775;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=38;WE=71360743;WS=71360713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,54:0.82:66
chr2	71360735	rs138856662	T	TTCC	1964.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.555;NF=2;NR=20;PP=1382;ReadPosRankSum=0.649;SC=AGAGAGCACTTTCCTCCTCAA;SOR=0.610;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=22;WE=71360743;WS=71360713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,49:0.79:62
chr2	71415479	rs357780	T	C	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=3;PP=619;SC=GTCACAGTATTGTGAGACCAC;SOR=3.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=71415487;WS=71415469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	71417065	rs357777	G	T	8107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=136;NR=150;PP=2965;SC=GGTCTCGTGAGGGAATAAACC;SOR=0.891;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=136;TCR=151;TR=286;WE=71417073;WS=71417055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr2	71429725	rs56871884	T	C	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=0.702;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,90:0.25:361
chr2	71429750	rs35398551	A	T	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=-1.354;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,61:0.26:235
chr2	71607539	rs17693408	G	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=190;ReadPosRankSum=-0.881;SC=TATCACTCCAGTTGAATTATT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=12;WE=71607547;WS=71607529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr2	71615571	rs2542529	C	T	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=41;NR=8;PP=911;SC=GGGGCAACAACTACCCACAGA;SOR=2.345;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=49;WE=71615579;WS=71615561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	71620818	rs6741436	C	T	3048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=59;PP=1852;SC=GCTCTCGCTTCCCCTGCAACC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=104;WE=71620826;WS=71620808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	71626679	rs34538815	CT	C	542.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=2.462;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,39:0.21:182
chr2	71627539	rs3771371	C	T	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.48;ReadPosRankSum=1.456;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,50:0.81:62
chr2	71632976	.	AGTGCATATTAAGTGGTCTAATAG	A	647	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=647;QD=345.0;SC=CAGGTACTGGAGTGCATATTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=2;WE=71633006;WS=71632966;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,2:0.33:6
chr2	71633275	rs3732233	T	C	1909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=-0.186;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,93:0.66:141
chr2	71633389	rs6714975	C	T	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=535;ReadPosRankSum=-1.506;SC=GTAATAGAAACAAGGTAACAA;SOR=0.511;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=39;WE=71633397;WS=71633379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,42:0.68:62
chr2	71635931	rs12466025	G	T	2590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=39;NR=43;PP=1366;SC=GACCTTATATGTGGTGTCCTT;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=82;WE=71635939;WS=71635921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	71636036	rs12474072	A	G	374.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=183;ReadPosRankSum=-0.907;SC=TAAATGTATTATGATAGGTAC;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=10;WE=71636044;WS=71636026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr2	71645628	rs72207075	G	GTT	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=114;ReadPosRankSum=0.627;SC=CATTTTTAAGGTTTTTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=8;WE=71645636;WS=71645618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr2	71645828	rs4852783	G	A	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=483;ReadPosRankSum=-0.780;SC=GAATTTTATTGCTGTATTTTA;SOR=0.686;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=38;WE=71645836;WS=71645818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,42:0.79:53
chr2	71645854	rs71402979	TGTA	T	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.334;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=197;ReadPosRankSum=1.576;SC=ATGGCTCACATGTAGTGAAAA;SOR=2.271;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=6;WE=71645864;WS=71645844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr2	71645890	rs4852784	G	C	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=426;SC=TTTATTTTGTGTACATATGGG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=71645898;WS=71645880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	71645946	rs4438512	G	A	84.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=1.282;SC=TAGGAGTTTCGTTTGTTGCTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=71645954;WS=71645936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	71651939	rs12613800	T	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.714;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,16:0.17:96
chr2	71661855	rs35526551	C	CA	480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=2.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=1.310;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,35:0.22:161
chr2	71694113	rs71416709	C	T	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=2.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=0.703;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,79:0.30:262
chr2	71708825	rs71402983	T	TATCC,TATCCATCCATCC	981.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5167;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=571;ReadPosRankSum=-0.336;SC=GGTCTTCATCTATCCATCCAT;SOR=1.532;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=12;WE=71708833;WS=71708815;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.68,0.21:28
chr2	71747235	rs11675897	A	G	4221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=47;PP=2322;SC=TAATGGAATCATATAATGCAC;SOR=1.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=99;TCR=47;TR=146;WE=71747243;WS=71747225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	71747432	rs11687223	G	T	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=57;PP=1669;SC=CCTCCTGGGGGTTTTAGAATC;SOR=1.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=26;TCR=57;TR=83;WE=71747440;WS=71747422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	71747851	rs12713755	T	C	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=21;PP=1273;SC=CCATCCTGGGTTCCCGGATGT;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=65;WE=71747859;WS=71747841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	71747899	rs12713756	G	A	3933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=54;PP=2384;SC=GGGATCACCAGAGGATGTTGT;SOR=1.027;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=87;TCR=55;TR=141;WE=71747907;WS=71747889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	71755380	rs4852800	A	G	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=21;PP=1234;SC=TCAGGGTTTTAGAGGAGAGAC;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=63;WE=71755388;WS=71755370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	71762232	rs4852801	C	T	13772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=222;NR=266;PP=2965;SC=GAGCCTCCTGCCCCCAGCAAA;SOR=0.928;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=491;TCF=223;TCR=268;TR=488;WE=71762240;WS=71762222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,517:1.00:517
chr2	71762310	rs4852802	A	G	5248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=120;PP=2965;SC=GCATCCTGCCAGTATCCCAGA;SOR=2.008;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=48;TCR=120;TR=168;WE=71762318;WS=71762300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr2	71766487	rs7609409	G	A	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=48;PP=1427;SC=TAAGGCCTCTGTTGCCCATTT;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=82;WE=71766495;WS=71766477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	71776345	rs736096	CA	TG	9300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=122;NR=63;PP=2947;SC=GGCCTCGGGCCACATCTGTTT;SOR=1.465;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=192;TCF=128;TCR=64;TR=185;WE=71776354;WS=71776335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr2	71780215	rs2303596	T	C	12627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=219;NR=241;PP=2965;SC=ATGTGGATGATGCCATCCAGT;SOR=0.871;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=460;TCF=219;TCR=241;TR=460;WE=71780223;WS=71780205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,499:1.00:499
chr2	71780821	rs2303597	T	C	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=614;SC=GTGTGGTCCCTTTCCCAGCTC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=71780829;WS=71780814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	71795152	rs2288355	A	T	13276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=276;NR=194;PP=2965;SC=TTGGGCTCTCAGTGGATGAGA;SOR=1.005;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=471;TCF=276;TCR=195;TR=470;WE=71795160;WS=71795142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,496:1.00:496
chr2	71796865	rs10205023	C	G	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=4;PP=719;SC=GGCTGACATACGCAGGGGTGC;SOR=2.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=30;WE=71796873;WS=71796855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	71797176	rs10183967	A	C	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=46;SC=ACCTCCGGAGACTTCATGCTT;SOR=1.005;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=84;WE=71797184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	71797712	rs3764971	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.993;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=300;ReadPosRankSum=-0.237;SC=ATGAGTGACCGGTTCCCCCTC;SOR=0.523;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=25;WE=71797720;WS=71797702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,24:0.30:81
chr2	71817003	rs1473228	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.708;SOR=0.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr2	71817571	rs720541	A	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.133;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,13:0.20:64
chr2	71828423	rs2303604	A	T	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=2;PP=1033;SC=AACCCGAATAAGTAGACTGAA;SOR=5.283;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=40;TCR=2;TR=42;WE=71828431;WS=71828413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	71829821	rs1529408	G	T	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	71838597	rs2303606	C	A	3891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.620;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=87;PP=2259;ReadPosRankSum=-0.103;SC=GTGCTTAGATCCTGGCATGGG;SOR=0.986;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=208;TCF=97;TCR=111;TR=157;WE=71838605;WS=71838587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,175:0.76:229
chr2	71847943	rs12995778	C	A	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=428;ReadPosRankSum=-0.153;SC=AAATGGACACCCCTAGGTTAC;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=31;WE=71847951;WS=71847933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
chr2	71871039	rs84181	A	G	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=46;NR=22;PP=1069;SC=AACTCTGAAGAATGCTGCTTG;SOR=1.013;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=68;WE=71871047;WS=71871029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	71871236	rs84182	A	G	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=22;PP=643;SC=GTGTGTGCGTACTGGGCAGTG;SOR=1.455;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=71871244;WS=71871226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	71886100	rs62145939	G	A	6782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=0.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.71;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,331:0.72:461
chr2	71891361	rs2303599	C	T	2506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=25;PP=1396;SC=TTGGGTGCCCCGTGTTGGCTG;SOR=1.203;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=82;WE=71891369;WS=71891351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	71901286	rs2559081	C	T	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=13;PP=1041;SC=TCTCTCTAACCTTGCTTCCTT;SOR=2.348;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=52;WE=71901294;WS=71901276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	71906171	rs1863812	T	C	2222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.78;SOR=1.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	71907930	rs7558412	G	T	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=239;SC=AGTGGAAGTAGGGGTGGCAGT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=71907938;WS=71907925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	72606790	rs66560019	T	G	2068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=2.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.91;ReadPosRankSum=-1.674;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,97:0.75:130
chr2	72692272	rs5832083	A	AAG	8064.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=49;PP=2930;SC=AGGACAAAGTAAGCAACTGCC;SOR=1.242;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=52;TCR=50;TR=100;WE=72692280;WS=72692262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr2	72707874	rs653220	A	G	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=728;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TAATAATCTGAACAAGCTAGA;SOR=0.786;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=46;WE=72707882;WS=72707864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,52:0.71:73
chr2	72722464	rs11689707	A	C	44.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	72742083	.	GACAC	G,GAC	1911.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.41;ReadPosRankSum=1.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,17,46:0.26,0.71:65
chr2	72958333	rs61736520	T	C	7401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.565;NF=146;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=0.854;SC=TATTTCTCTGTTGTAGTCGAC;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=403;TCF=195;TCR=208;TR=301;WE=72958341;WS=72958323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,329:0.76:432
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chr2	73429808	rs1864492	G	C	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.866;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=390;ReadPosRankSum=2.113;SC=CCTAGCCCCAGGCCGCGAGGC;SOR=1.005;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=121;TCF=89;TCR=32;TR=33;WE=73429816;WS=73429798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,36:0.27:134
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chr2	73450139	rs17008885	A	T	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=2.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-1.189;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,52:0.25:212
chr2	73455747	rs2288631	C	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=0.413;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:518,91:0.15:609
chr2	73460293	rs70965722	AGGGCC	A	719.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.761;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.205;NF=0;NR=11;PP=382;ReadPosRankSum=1.009;SC=GACCATCTCCAGGGCCGGGCC;SOR=1.010;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=11;WE=73460305;WS=73460281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr2	73461483	rs1053329	C	A	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=6.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=1.340;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,30:0.19:154
chr2	73467676	rs3835072	GAA	G	1351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=3.757;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.282;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,47:0.22:210
chr2	73471193	.	G	GT	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=4.505;QD=1.24;ReadPosRankSum=-1.161;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,41:0.25:163
chr2	73471653	rs1018342	T	G	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=546;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CTGATGCAGATTCTGCCCTTG;SOR=0.569;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=99;TCR=58;TR=53;WE=73471661;WS=73471643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,54:0.33:163
chr2	73477351	rs909065	T	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.110;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,13:0.19:67
chr2	73478461	rs7851	A	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=1.632;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,29:0.18:163
chr2	73490412	rs34363861	A	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.476;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,33:0.24:139
chr2	73492614	rs526106	A	T	4387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=88;PP=2817;ReadPosRankSum=-0.262;SC=GGGGGCTGGGACCGCTCTGAG;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=103;TCR=114;TR=166;WE=73492622;WS=73492604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,183:0.77:239
chr2	73493303	rs13021769	T	C	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=8;PP=181;SC=CACAATACCCTGGACCCCAGC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=73493311;WS=73493293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	73613031	rs193922695	T	TGGA	1465.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.667;QD=33.31;ReadPosRankSum=0.305;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,37:0.84:44
chr2	73650122	rs1881246	T	A	6194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=123;PP=2965;SC=TTTATTTGCATGTAACCTTTC;SOR=1.276;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=205;TCF=82;TCR=123;TR=205;WE=73650130;WS=73650112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr2	73675019	rs66492706	CT	C	769.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=623;SC=TCAAAGCTGGCTTTTTTTCCA;SOR=2.899;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=23;WE=73675027;WS=73675009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	73675227	rs34628045	T	TCTC	12729.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=88;PP=2967;SC=GGCTGTAAGTTCTCTAGAAAC;SOR=1.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=66;TCR=95;TR=150;WE=73675235;WS=73675217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr2	73675669	rs2037814	T	G	5403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=71;PP=2965;SC=CACTCACATGTAGAGGACCTC;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=100;TCR=72;TR=169;WE=73675677;WS=73675659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr2	73675844	rs7598901	C	T	10653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=202;NR=163;PP=2965;SC=AACAAGAGTTCGCAGACAGTC;SOR=0.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=366;TCF=202;TCR=164;TR=365;WE=73675852;WS=73675834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr2	73828310	rs1320374	T	C	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=18;PP=1778;SC=TTCTAAAAACTGTTTCCTGTA;SOR=2.380;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=68;TCR=18;TR=86;WE=73828318;WS=73828300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	73828538	rs1052161	G	A	5639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=117;PP=2965;SC=GACCTACTGAGGCCATTTGTG;SOR=1.463;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=68;TCR=117;TR=185;WE=73828546;WS=73828528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr2	73830581	.	GA	G	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr2	73898118	rs7570683	C	T	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=22;PP=1773;SC=GTGACATTGACTGCAGGTAAT;SOR=1.847;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=64;TCR=22;TR=86;WE=73898126;WS=73898108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	73898359	rs4341964	G	A	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=37;PP=941;SC=CTCAATCATAGTAAAGGACAT;SOR=2.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=73898367;WS=73898349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr2	73899955	rs6725284	G	T	6257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=128;NR=73;PP=2965;SC=GTTTGTTCCTGTGGAAAATGT;SOR=1.184;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=129;TCR=73;TR=201;WE=73899963;WS=73899945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr2	73900210	rs4637150	A	G	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=59;PP=1630;SC=TTAGCCCTACATGTAGGGAGA;SOR=2.891;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=15;TCR=59;TR=74;WE=73900218;WS=73900200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	73900918	rs35051622	CT	C	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.790;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.735;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr2	73927931	rs4852974	A	G	6433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=0.480;SC=CTGTAGCCCTAGTCCCGGGCA;SOR=0.485;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=132;TCR=81;TR=211;WE=73927939;WS=73927921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,225:1.00:226
chr2	73928098	rs2001490	C	G	19597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=731;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.99;NF=345;NR=345;PP=2965;SC=TTCAGATTCACCCACCCAGAA;SOR=0.741;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=691;TCF=345;TCR=346;TR=690;WE=73928106;WS=73928088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,729:1.00:729
chr2	73928366	rs2012574	G	C	10533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=164;NR=201;PP=2965;SC=GCCATCCCCCGGGAGAGCAAG;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=366;TCF=164;TCR=202;TR=365;WE=73928374;WS=73928350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr2	73956940	rs67805162	CT	C	189.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;MQRankSum=3.017;QD=11.86;ReadPosRankSum=1.199;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
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chr2	73957227	rs13003035	T	A	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=16;PP=484;SC=TATACAAACATGTGTAAGTGA;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=73957235;WS=73957217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	73957880	.	G	GA	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.095;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=0.951;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr2	73993436	rs34279043	CA	C	113.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.38;ReadPosRankSum=0.126;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr2	73994074	rs2567599	G	A	3894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=88;PP=2756;SC=ACAAAAAGCAGATCTTTCCAG;SOR=1.406;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=144;TCF=53;TCR=91;TR=141;WE=73994082;WS=73994064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	74000701	rs2116367	C	T	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=15;PP=492;SC=AAAGATGAGCCAGTTCAGTTC;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=74000709;WS=74000691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	74007136	rs2272051	T	C	10104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=172;NR=176;PP=2965;SC=CAATGCCAAGTCGGCCAAAAG;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=348;TCF=172;TCR=176;TR=348;WE=74007144;WS=74007126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr2	74007345	rs3813228	A	G	2241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=50;PP=1490;SC=GCCAGAGGCCAGTAGCACAGG;SOR=1.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=71;WE=74007353;WS=74007335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	74071769	rs138606897	G	C	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=382;ReadPosRankSum=0.662;SC=GGCTCTTTAGGGGGATAGAGA;SOR=0.922;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=28;WE=74071777;WS=74071759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr2	74128361	rs1653258	T	G	12519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.20;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr2	74128369	rs1632564	G	A	13500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=4.096;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.06;ReadPosRankSum=1.759;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,320:1.00:321
chr2	74128391	rs1721241	G	C	11749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr2	74128433	rs1050146	C	T	14908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=286;NR=252;PP=2965;SC=CTCAGCCACACACACCATGTG;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=543;TCF=288;TCR=255;TR=538;WE=74128441;WS=74128423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,575:1.00:575
chr2	74128666	.	TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGC	T	3000	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=0.9993;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=60.9;NF=0;NR=14;PP=3000;QD=20;SC=GAAATGTGTGTGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=14;WE=74128721;WS=74128656;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:13,14:0.52:27
chr2	74129664	rs1653256	A	G	17868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=378;NR=287;PP=2965;SC=ATCACCCATCATCATGACCCT;SOR=0.962;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=666;TCF=379;TCR=287;TR=665;WE=74129678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,693:1.00:693
chr2	74129712	rs1721243	C	G	19625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=745;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=364;NR=347;PP=2965;ReadPosRankSum=1.542;SC=AACTCTCCCTCTAAAATGCTT;SOR=0.227;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=714;TCF=364;TCR=350;TR=711;WE=74129720;WS=74129702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,741:1.00:742
chr2	74129895	rs1721244	G	A	5537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=113;PP=2965;SC=CTAAACACAGGTCAGCTCATG;SOR=1.201;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=79;TCR=113;TR=192;WE=74129903;WS=74129885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr2	74135380	rs756127	G	A	3627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	74135797	rs702461	T	C	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=10;PP=774;SC=TTGTCTCCACTAGATCTGGCA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=74135805;WS=74135787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	74135898	rs756128	A	G	3695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	74140581	rs891699	A	T	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=29;PP=2281;SC=AAGAATGAGAATTTTATAAGC;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=88;TCR=29;TR=117;WE=74140589;WS=74140571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	74140789	rs891698	T	C	8423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=125;NR=170;PP=2965;SC=CAGCCCCTTTTCTGATTCTGA;SOR=1.110;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=296;TCF=125;TCR=171;TR=295;WE=74140797;WS=74140779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr2	74140888	rs891697	A	C	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=44;PP=1344;SC=CTCTCCTGAGATAGACTGAGA;SOR=2.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=55;WE=74140896;WS=74140878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr2	74146869	rs1721238	G	A	154.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=92;SC=CCATGCAATAGTGCTGTAAGG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=74146877;WS=74146859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr2	74185876	rs4777	A	T	9343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.618;SC=AATACCATGAAGTTCAGGCTG;SOR=0.232;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=319;TCF=165;TCR=154;TR=318;WE=74185884;WS=74185866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,353:1.00:354
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chr2	74489490	.	CT	C	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=2.044;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
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chr2	74649921	rs11685929	C	A	732.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.80;ReadPosRankSum=-0.129;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr2	74669136	rs3732294	C	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=92;ReadPosRankSum=-0.248;SC=CTTCCACCCCCGCCAAAGGCC;SOR=0.506;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=9;WE=74669144;WS=74669126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr2	74687781	rs61733470	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-1.745;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.358;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,28:0.26:107
chr2	74692191	rs79181168	C	T	8996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=208;NR=173;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.652;SC=CACGCCAGCACCCAGCGCCCC;SOR=0.684;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=522;TCF=283;TCR=239;TR=381;WE=74692199;WS=74692181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,413:0.73:565
chr2	74708756	rs115138061	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=1.182;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,10:0.19:54
chr2	74720002	rs4853026	C	G	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=14;PP=1091;SC=GGCATGGGCTCTCCTGCTTAA;SOR=1.378;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=42;WE=74720010;WS=74719996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	74725144	rs6546908	T	C	6396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=139;NR=84;PP=2965;SC=CTGGAGCGCCTTCGGGCAGTG;SOR=1.108;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=139;TCR=85;TR=223;WE=74725152;WS=74725134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr2	74734983	.	TG	T	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=-1.156;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr2	74789693	rs116670856	T	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=6.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.387;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr2	75099694	rs28363003	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=0.517;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr2	75105798	rs604112	A	G	14440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,545:1.00:545
chr2	75107461	.	C	G	2663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.373;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=51;PP=1642;ReadPosRankSum=0.660;SC=TCCTCCGCTCCGAGGATGGCA;SOR=0.462;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=145;TCF=79;TCR=66;TR=107;WE=75107469;WS=75107451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,118:0.74:159
chr2	75113572	rs2306806	G	A	5737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr2	75113657	rs2229626	C	T	4658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;PP=2965;SC=AGATGCGCAACGTGGAACTGG;SOR=0.818;Source=Platypus;TCF=76;WE=75113665;WS=75113647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr2	75113789	rs2229627	C	G	8283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=25.41;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr2	75115108	rs10194657	A	G	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=20;PP=815;ReadPosRankSum=1.362;SC=AGCGTGGACTACTCTTCCGAG;SOR=0.824;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=54;WE=75115116;WS=75115098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,59:0.72:82
chr2	75116627	rs4853069	C	T	3293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.290;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=77;PP=1956;ReadPosRankSum=0.655;SC=ATCCCAGCCCCCCCTGCCTAC;SOR=1.026;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=194;TCF=82;TCR=112;TR=129;WE=75116635;WS=75116617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,145:0.67:215
chr2	75187573	rs3771799	G	A	2017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.64;ReadPosRankSum=-0.673;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,95:0.74:129
chr2	75187793	rs3821312	A	T	365.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=209;ReadPosRankSum=1.428;SC=AATTTTAGCTACCTAGCCTCA;SOR=0.776;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=13;WE=75187801;WS=75187783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr2	75187869	rs3771800	T	C	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=65;SC=TATGTAGTCATGTGCTGCGTA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=75187877;WS=75187859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	75425623	rs2024512	G	A	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=460;SC=CAGCAATGCCGTGGTCCTCTA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=75425631;WS=75425613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	75425728	rs6715729	A	G	2568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=56;NR=32;PP=1591;SC=CGGCGATGGGAAAGAAGTTGT;SOR=1.053;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=88;WE=75425736;WS=75425718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	75744918	rs2286995	T	C	3122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=43;PP=1588;ReadPosRankSum=-1.017;SC=ACAGTAGCCCTGGGCCACTTC;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=162;TCF=102;TCR=60;TR=120;WE=75744926;WS=75744908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,135:0.75:181
chr2	75745081	rs2286994	T	C	3904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.149;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=84;ReadPosRankSum=-2.520;SC=GATTACGTAGTGTGTCTTTAC;SOR=0.836;SbPval=0.46;Source=Platypus;TCF=130;TR=168;WE=75745089;WS=75745071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,178:0.66:270
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chr2	75923413	rs7560262	T	C	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.24;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,45:0.79:57
chr2	75928233	rs56411132	G	A	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=376;ReadPosRankSum=-1.240;SC=GAATAAATGTGTGTTCTTTTG;SOR=0.243;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=22;WE=75928241;WS=75928225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr2	79253029	rs385742	T	G	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=373;ReadPosRankSum=0.194;SC=TACTGGGAGGTCTCAGGGATG;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=19;WE=79253037;WS=79253019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr2	79253150	rs369967	A	G	3208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=41;PP=1958;ReadPosRankSum=0.717;SC=AGGCAGTAGGATATCTGTGTG;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=117;TCR=57;TR=128;WE=79253158;WS=79253140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,136:0.74:184
chr2	79253375	rs425846	C	T	2331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=64;PP=1530;ReadPosRankSum=0.478;SC=CTGTGTGTCACGTGAGGTAAT;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=132;TCF=45;TCR=87;TR=95;WE=79253383;WS=79253365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,102:0.73:139
chr2	79253818	rs412912	C	G	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=497;ReadPosRankSum=-0.151;SC=ATTTTACTCTCTCCCTTTTCT;SOR=0.086;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=30;WE=79253826;WS=79253808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr2	79253987	.	ATAGGGGAAAGT	A	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-5.303;QD=2.40;ReadPosRankSum=-1.124;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,7:0.13:54
chr2	79254000	.	CATGCA	C	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-6.286;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.783;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,7:0.12:59
chr2	79254029	rs34088535	C	CA	1027.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.478;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.123;NF=21;NR=4;PP=989;ReadPosRankSum=-5.503;SC=GGAGGGTCTCCTTCAGGAGAG;SOR=1.880;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=25;WE=79254037;WS=79254019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,35:0.38:91
chr2	79254065	rs431912	C	T	4264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.634;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-3.497;NF=124;NR=49;PP=2947;ReadPosRankSum=-5.613;SC=GATGAACACGCTTATCTTTCA;SOR=1.050;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=258;TCF=178;TCR=80;TR=173;WE=79254073;WS=79254055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,191:0.69:277
chr2	79254101	rs396461	T	G	9823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FS=0.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQRankSum=-3.158;QD=16.88;ReadPosRankSum=0.265;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,426:0.73:582
chr2	79254261	rs452267	T	C	8229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.127;NF=119;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.353;SC=GTAACAGCTATTCATACATCT;SOR=0.759;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=397;TCF=149;TCR=248;TR=314;WE=79254269;WS=79254251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,344:0.80:431
chr2	79255426	rs383969	G	C	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.714;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=35;PP=986;ReadPosRankSum=0.288;SC=TCAGCAGCCTGAGCTTGGCGT;SOR=0.890;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=68;WE=79255434;WS=79255416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,73:0.70:104
chr2	79312414	rs3739144	G	A	4498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=88;NR=64;PP=2537;SC=TGAATCCTATGGTACAATGAG;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=88;TCR=64;TR=152;WE=79312422;WS=79312404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr2	79313815	rs2073445	G	T	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.59;SOR=1.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	79314081	rs6738657	T	C	2413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=54;PP=1662;SC=AAGGAGATAATTAAGAAAGAA;SOR=1.312;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=86;WE=79314102;WS=79314071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	79314094	rs6723688	G	T	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=46;PP=1372;SC=AGAAAGAATCGCAGGGCAAGG;SOR=1.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=73;WE=79314102;WS=79314071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	79348129	rs11339710	GA	G	1016.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.022;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.839;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,84:0.74:114
chr2	79349372	rs283891	C	G	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=375;SC=GTTTACAGATCCTCTAATGTC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=79349380;WS=79349362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	79350347	rs12228	A	G	9604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=181;NR=139;PP=2965;SC=ACTAGAGGCAACTGGAAAATA;SOR=0.863;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=320;TCF=181;TCR=139;TR=320;WE=79350355;WS=79350337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr2	79385758	rs80188986	A	C	2224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=2.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQRankSum=-6.667;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.176;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,98:0.46:211
chr2	79385786	rs76653007	TG	CA	2156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.038;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.553;NF=12;NR=27;PP=2754;ReadPosRankSum=-2.166;SC=CATCTGCATCTGTCCAGGATT;SOR=1.360;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=133;TCF=50;TCR=83;TR=39;WE=79385795;WS=79385776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,61:0.38:160
chr2	79385823	rs201139260	T	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=6.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-6.677;QD=3.06;ReadPosRankSum=-3.957;SOR=1.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,23:0.21:108
chr2	79422965	rs1434199	C	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-1.907;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,25:0.25:101
chr2	79423062	rs149273901	TTTTG	T	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.556;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=254;ReadPosRankSum=-1.589;SC=GAACTCAGTTTTTTGTTTGTT;SOR=1.874;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=7;WE=79423073;WS=79423052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
chr2	79750282	rs72921161	A	G	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.444;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=960;ReadPosRankSum=3.517;SC=GTTTTTGTGTAACATTGCATT;SOR=0.443;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=59;WE=79750290;WS=79750272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,66:0.80:83
chr2	79914570	.	CT	C	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.197;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.952;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
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chr2	84650707	rs2832	A	G	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=739;ReadPosRankSum=-0.684;SC=TGGTGAAAACATCTTAATTCA;SOR=1.042;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=57;WE=84650715;WS=84650697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,61:0.87:70
chr2	84676163	rs10202632	C	A	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=1.906;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=493;ReadPosRankSum=0.804;SC=TTTACACTTACACAAAATCTA;SOR=0.262;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=33;WE=84676171;WS=84676153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,35:0.85:41
chr2	84676886	.	TAAAAA	T	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.65;ReadPosRankSum=1.743;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr2	84755996	rs35980296	A	AT	835.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=11;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.651;NF=17;NR=17;PP=458;ReadPosRankSum=-0.237;SC=GCAAAGACTCATTTTTTTTTT;SOR=0.553;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=34;WE=84756004;WS=84755986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,50:0.75:67
chr2	84756049	rs4832089	G	A	3604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.533;QD=17.50;ReadPosRankSum=2.040;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,162:0.79:206
chr2	84756341	rs4832090	T	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.051;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=238;ReadPosRankSum=-0.587;SC=AAATAAGATTTCACATATTAT;SOR=3.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=11;WE=84756349;WS=84756331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr2	84771480	rs1037863	G	A	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.60;ReadPosRankSum=0.994;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,76:0.73:104
chr2	84771567	rs1542477	C	T	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.145;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=720;ReadPosRankSum=0.813;SC=ATGTCCGCTCCAAGAAAATCA;SOR=1.127;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=55;WE=84771575;WS=84771557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,64:0.71:90
chr2	84775673	rs60315854	A	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.164;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=159;ReadPosRankSum=0.711;SC=ATATCAAAGCATCATGTTGTA;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=84775681;WS=84775663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr2	84800605	rs11891970	C	A	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.88;ReadPosRankSum=0.878;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,55:0.69:80
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chr2	84822715	rs6761632	C	T	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.009;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=686;ReadPosRankSum=1.401;SC=TATTTCAAACCTGACTTTTAC;SOR=0.047;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=41;WE=84822723;WS=84822705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,49:0.82:60
chr2	84834063	rs4276039	T	C	7062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.25;ReadPosRankSum=-0.715;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,312:0.81:387
chr2	84834237	rs4441485	T	C	3757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=107;PP=2182;ReadPosRankSum=-0.729;SC=AGAATAATTTTGATTCATACA;SOR=0.907;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=74;TCR=138;TR=163;WE=84834245;WS=84834227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,171:0.78:219
chr2	84848210	rs78458012	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=143;ReadPosRankSum=-0.418;SC=TTGTGGTCAGGCTTCAGCGTT;SOR=0.657;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=12;WE=84848218;WS=84848200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr2	84851763	rs11126970	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-1.005;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,30:0.22:137
chr2	84852011	rs11676670	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr2	84852228	rs13405314	T	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=128;ReadPosRankSum=0.896;SC=AAGTGTTTTATGTGTCTTTCT;SOR=0.646;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=11;WE=84852236;WS=84852218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr2	84861723	rs7570005	C	T	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=2.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,57:0.25:228
chr2	84861786	rs115232623	C	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=1.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.276;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,63:0.22:292
chr2	84867866	rs11691074	T	C	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=91;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TGACACAGGCTCTCTCTCTTT;SOR=0.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=8;WE=84867874;WS=84867856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr2	84880445	rs28375417	G	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=228;ReadPosRankSum=-0.960;SC=TTTGACAGTGGAATCATATCT;SOR=0.631;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=18;WE=84880453;WS=84880435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
chr2	84897361	rs12470102	T	A	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=252;SC=TCTCTTTTTATCCTGTTTCTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=84897369;WS=84897351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr2	84899360	rs4832106	G	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=536;ReadPosRankSum=1.721;SC=CCTGTAGGATGTCATTGAGTC;SOR=2.235;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=28;WE=84899368;WS=84899350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
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chr2	85553784	rs1044973	C	T	3887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=73;PP=2388;ReadPosRankSum=-1.054;SC=CCGAAAGTGTCCCTTCACGGT;SOR=0.666;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=204;TCF=109;TCR=95;TR=158;WE=85553792;WS=85553774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,169:0.78:218
chr2	85554080	rs4247303	G	A	12721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=705;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=322;NR=210;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.540;SC=TGGTCTTTCCGGGAAGGCTGC;SOR=0.696;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=685;TCF=413;TCR=272;TR=532;WE=85554088;WS=85554070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,544:0.77:703
chr2	85570186	rs4832001	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.265;NF=11;NR=0;PP=199;ReadPosRankSum=-0.022;SC=CCAGCTGGAAGCAGTGATTCC;SOR=1.999;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=11;WE=85570194;WS=85570181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr2	85570942	rs9309620	G	C	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.469;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=4.478;NF=11;NR=33;PP=903;ReadPosRankSum=-0.619;SC=AAAGGGTGGGGCAGGCATGTG;SOR=1.071;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=44;WE=85570950;WS=85570932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,47:0.82:57
chr2	85571710	rs4832171	A	G	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.567;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=29;PP=1324;ReadPosRankSum=-1.107;SC=ACACACGTGCACCTTACGCCT;SOR=0.521;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=86;TCR=42;TR=87;WE=85571718;WS=85571700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,95:0.69:137
chr2	85573033	rs908302	G	A	3748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.494;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=85;PP=2490;ReadPosRankSum=-0.188;SC=ACACGGAGCAGGTTGGCTCCA;SOR=0.821;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=213;TCF=105;TCR=108;TR=160;WE=85573041;WS=85573023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,172:0.75:228
chr2	85573049	rs908304	G	A	3869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.625;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=85;PP=2496;ReadPosRankSum=0.494;SC=CTCCAGAAGGGGACACATTGG;SOR=0.958;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=203;TCF=96;TCR=107;TR=154;WE=85573057;WS=85573039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,165:0.75:219
chr2	85589223	rs368398168	TA	T	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=6.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=1.031;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr2	85622059	rs6886	T	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=-1.188;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,39:0.24:165
chr2	85662650	rs6547618	A	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=-0.920;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,14:0.16:90
chr2	85769246	rs1078005	G	A	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=21;PP=1184;SC=ATTGTTTGGTGTGATGTTCTG;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=55;WE=85769254;WS=85769236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	85777633	rs11676382	C	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=1.578;SOR=1.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,8:0.17:48
chr2	85781318	rs1254896	T	G	3941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=59;PP=2233;SC=CAAAGAACAGTCCAATGGATC;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=68;TCR=59;TR=127;WE=85781326;WS=85781308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	85788140	rs1254898	C	T	3466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=70;PP=2020;SC=AATATGTGTGCGGGGGTGGGC;SOR=1.353;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=47;TCR=70;TR=117;WE=85788148;WS=85788130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	85788402	rs55829881	AC	A	449.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;NF=1;NR=19;PP=278;SC=CCCACAGAGGACCCCCCCCCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=20;WE=85788411;WS=85788392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	85848747	rs35865728	CT	C	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.817;QD=1.15;ReadPosRankSum=-0.426;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,29:0.27:108
chr2	85863158	.	CCCTT	C	954.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.586;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.954;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.767;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,33:0.21:157
chr2	85890771	rs893159	T	G	3686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=65;PP=2444;SC=GGCTAAGGAGTGGGCAGTGGG;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=120;WE=85890779;WS=85890761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	85893616	rs147140768	CTG	C,CTGTG	816.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.53;QD=27.22;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,21,9:0.70,0.30:30
chr2	85894308	rs3024798	G	T	3192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.96;ReadPosRankSum=1.781;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,147:0.74:200
chr2	85895338	rs2077079	T	G	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5111;FS=4.918;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=838;ReadPosRankSum=2.078;SC=CCCTGCTTGGTGCATGGCCCC;SOR=1.296;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=55;WE=85895346;WS=85895328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,63:0.85:74
chr2	85921992	rs2043760	T	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=63;ReadPosRankSum=0.303;SC=AGATCTCTTCTGTGTTCAAGG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=6;WE=85922000;WS=85921982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr2	85981761	rs17851881	T	C	3470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.737;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=34;PP=1855;ReadPosRankSum=-0.465;SC=GAGCCGGGTCTGCGTCCTCGC;SOR=0.416;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=153;TCF=112;TCR=41;TR=122;WE=85981769;WS=85981751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,142:0.80:177
chr2	86075582	rs11694145	C	T	4209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=64;PP=2332;SC=GAAGGACTCCCGCCTCCCACC;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=69;TCR=64;TR=133;WE=86075590;WS=86075572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr2	86088311	rs1138484	T	C	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=10;PP=496;SC=AACCTTTACATGGTCAGGGTC;SOR=1.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=86088319;WS=86088301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	86094686	rs62147538	C	T	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=20;PP=978;SC=AAGAGGCTGACGAATCCAGTT;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=58;WE=86094694;WS=86094676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	86258784	rs2278536	T	G	2535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=50;PP=1457;SC=GCACAGGCTGTGTCACTTGGG;SOR=1.485;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=80;WE=86258792;WS=86258774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	86259443	rs2276626	C	T	18215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=329;NR=323;PP=2965;SC=CATCGGCGTCCCCCTCCTCAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=652;TCF=329;TCR=323;TR=652;WE=86259451;WS=86259433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,690:1.00:690
chr2	86272191	rs7572386	G	A	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=406;SC=TCAGAACACAGAGCCCTTGGT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=86272199;WS=86272184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	86275985	rs2289239	A	G	4644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=96;NR=58;PP=2499;SC=GTGGGGATAAATGCATGCAAT;SOR=1.096;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=96;TCR=58;TR=154;WE=86275993;WS=86275975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr2	86292656	rs311563	C	T	4923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr2	86302103	rs3815840	A	G	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=177;SC=CAATCACCAGAATCCGAACAG;SOR=1.981;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=86302111;WS=86302093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	86304932	rs67550160	GCGCACACACACA	G	646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.42;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	86305123	rs2288117	T	C	4058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=33;PP=2621;SC=AGAAAAAAGGTCATAAAAAAC;SOR=1.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=95;TCR=34;TR=128;WE=86305131;WS=86305113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	86310110	rs2288118	C	T	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=4;PP=505;SC=GCTACAATCACTACAACTTAA;SOR=2.165;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=86310118;WS=86310100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	86315741	rs2288120	C	T	3143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=69;NR=40;PP=1717;SC=TGGCTGGAAACGTGATAGTCA;SOR=1.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=69;TCR=40;TR=109;WE=86315749;WS=86315731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	86317037	rs4832242	G	C	4066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	86332809	rs4832245	G	A	8369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=1.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr2	86334199	rs2367201	G	A	3728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.46;SOR=3.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	86343476	rs4832022	C	A	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=254;SC=TTGGGTGACACAGCAAGACAC;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=86343484;WS=86343466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	86343494	rs4832248	G	A	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=2;PP=312;SC=CACCCTCTCTGCAAAAAATTT;SOR=1.931;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=86343502;WS=86343484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	86344367	rs2059353	T	C	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=489;SC=TTTCAGTAGCTATTTGAATAC;SOR=2.737;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=21;WE=86344375;WS=86344357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	86346308	rs6715623	G	A	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=22;PP=602;SC=TATATTTTTAGTAGTTTATTT;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=86346316;WS=86346298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	86352010	rs4832250	G	T	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=12;PP=539;SC=ATAATGTATAGAAAGTACTTG;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=86352018;WS=86352000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	86352785	rs4618054	G	A	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=52;PP=1897;SC=GAGATCCAGAGAGGAGAGTAG;SOR=0.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=97;WE=86352793;WS=86352775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	86352825	rs6740228	C	T	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=39;SC=TGTGATTAGTCAAGGGACACA;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=78;WE=86352833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	86359405	rs1559515	G	T	4099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=55;PP=2650;SC=GGCTGACAGGGTATCAGAGTG;SOR=1.246;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=97;TCR=55;TR=152;WE=86359413;WS=86359395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr2	86362204	rs7606421	C	T	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=24;PP=660;SC=CATTTGGCCACATAACACGTA;SOR=1.378;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=86362212;WS=86362194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	86363074	rs3770069	A	G	6601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=133;NR=105;PP=2965;SC=TTTGTCCTGCATGTGGCAGGC;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=133;TCR=105;TR=238;WE=86363082;WS=86363064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr2	86363855	rs7558040	G	C	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=211;SC=TATCTGTGTTGACGGATCATC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=86363863;WS=86363845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	86364706	rs56274257	TG	T	1031.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=1017;SC=GGAGCAGCAATGGGTCTCACC;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=26;WE=86364714;WS=86364696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	86371883	rs8244	T	C	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	86373498	rs112351810	A	AT	91.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr2	86385668	rs1057893	T	C	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.41;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	86385682	rs34945759	TC	T	456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.69;ReadPosRankSum=0.761;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chr2	86385886	rs6739460	A	G	3110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=53;PP=1528;SC=TGAACAAAAAATACCATAAAC;SOR=0.968;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=51;TCR=54;TR=104;WE=86385894;WS=86385876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	86398074	rs2288115	A	G	211.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=172;SC=ATATCAATGCAGGGCATTTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=86398082;WS=86398064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	86398291	rs2288113	G	A	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=239;SC=TCTGATGAGTGTATCATGTAT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=86398299;WS=86398281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	86406438	rs6547663	A	G	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=229;SC=TTGTATCCACAGGAGGTCCTG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=86406446;WS=86406428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr2	86420255	rs11897696	G	A	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=403;SC=GGCTGGGCACGGTGGCTCGTG;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=86420263;WS=86420245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr2	86422421	rs17551815	T	G	12970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.53;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr2	86433240	rs10901	C	T	5158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=104;NR=57;PP=2921;SC=AATCCTACGGCCCCTGAATAT;SOR=1.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=104;TCR=57;TR=161;WE=86433248;WS=86433230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr2	86434569	rs9309634	T	C	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=16;PP=546;SC=CAAGACCAGCTTGGCCAACAT;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=86434577;WS=86434559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	86437551	rs7565645	T	G	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=10;PP=730;SC=TGAAGATACCTGTTGTTTCAT;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=86437559;WS=86437541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	86479035	rs12988844	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.679;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=113;ReadPosRankSum=0.884;SC=AGGGCACACTAGAGGGACTGA;SOR=1.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=7;WE=86479043;WS=86479025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr2	86479287	rs17438687	G	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.885;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=261;ReadPosRankSum=-0.519;SC=TTGGCAGCTTGCCCAATCCTT;SOR=0.806;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=26;WE=86479295;WS=86479277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,24:0.24:100
chr2	86481835	rs2276625	C	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.099;SOR=1.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,20:0.15:130
chr2	86491245	rs1863056	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=2.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=0.401;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,33:0.17:196
chr2	86509267	rs1863058	G	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=1.559;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,41:0.23:175
chr2	86509388	rs1863059	T	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=328;ReadPosRankSum=-1.841;SC=GAGACAAAAATAAATACGATT;SOR=0.855;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=84;TCF=30;TCR=54;TR=25;WE=86509396;WS=86509378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,28:0.30:94
chr2	86682417	.	CT	C	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=1.832;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr2	86683642	rs2030259	A	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	86691250	rs12714187	G	A	4684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr2	86705565	rs2292887	T	C	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=18;PP=1518;SC=TGGGATAGTTTTGTAGTAGAA;SOR=1.810;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=66;WE=86705573;WS=86705555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	86707504	rs4832290	T	C	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=46;PP=1161;SC=TTCCTGCTTTTGTGTTTGTTC;SOR=0.979;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=89;WE=86707512;WS=86707494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	86737649	rs966477	G	A	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=45;PP=1457;SC=GGATGGAATAGAGAGAGACAG;SOR=1.346;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=78;WE=86737657;WS=86737639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	86756209	rs1036940	C	G	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=475;SC=TTTTGCATTTCTACAACACTC;SOR=3.258;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=86756217;WS=86756205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	86756280	rs9284788	G	A	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=17;PP=1251;SC=CAAGGAACCCGTGTTGATAAT;SOR=1.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=64;WE=86756288;WS=86756270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	86847547	rs147202579	T	G	6652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=0.141;SC=TTCGGATGCTTCTTCTTCCTT;SOR=0.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=390;TCF=185;TCR=205;TR=280;WE=86847555;WS=86847537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,298:0.71:417
chr2	86850022	rs396354	T	C	2292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=57;PP=1610;ReadPosRankSum=-0.155;SC=TCCCTGGAGTTTCCTCTCTTT;SOR=0.634;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=107;TCF=34;TCR=73;TR=85;WE=86850030;WS=86850012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,90:0.80:112
chr2	86947783	rs76239019	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.06;MQRankSum=-0.122;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.476;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr2	86978895	rs4832311	G	T	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=1;PP=74;SC=CTTCCTTTGGGACGCTATAAA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=86978903;WS=86978885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	86979093	rs10186663	G	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.86;ReadPosRankSum=2.326;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,44:0.76:58
chr2	86992337	rs3840984	T	TAA	1944.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=31;PP=1549;ReadPosRankSum=2.578;SC=AGTCAGATGTTATTAATGTTT;SOR=0.993;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=33;WE=86992345;WS=86992327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,51:0.73:70
chr2	86998659	rs56328788	CT	C	2537.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=2.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.827;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.537;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,204:0.71:288
chr2	87015633	rs71378806	T	TGA	3006.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=1592;ReadPosRankSum=0.973;SC=GTGAGCAGGCTGAGTTCAAAA;SOR=0.635;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=37;WE=87015641;WS=87015623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,75:0.66:113
chr2	87048702	rs13001400	T	G	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.274;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=13;PP=1031;ReadPosRankSum=0.445;SC=CCGAGTTCGGTTGTTGCTGTA;SOR=0.307;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=76;TCF=60;TCR=16;TR=55;WE=87048710;WS=87048692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,58:0.73:80
chr2	87069379	rs4322832	G	A	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.01;QD=27.39;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	87069431	rs4514875	C	T	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.89;QD=28.29;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr2	87085598	rs28727404	T	C	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.41;QD=25.52;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr2	88411793	rs2970888	C	A	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=3.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=-1.557;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,45:0.25:179
chr2	88472791	rs4129190	G	A	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=3.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.28;ReadPosRankSum=2.428;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,71:0.80:89
chr2	88474370	rs2139100	A	G	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=37;PP=934;ReadPosRankSum=0.523;SC=TTTGGGGCACAAACGCAGAAT;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=34;TCR=53;TR=61;WE=88474378;WS=88474347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,72:0.72:100
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chr2	88748390	rs4972212	A	T	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-1.909;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,43:0.21:201
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chr2	88870632	rs4972221	A	T	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=328;ReadPosRankSum=0.984;SC=ATTATTTAAAAGACTACAAAG;SOR=0.333;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=23;WE=88870640;WS=88870622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,30:0.81:37
chr2	88874891	rs1805165	C	A	7214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=117;NR=118;PP=2965;SC=TCTTTTGTAGCGAAAGGATCC;SOR=0.879;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=117;TCR=118;TR=235;WE=88874899;WS=88874881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr2	88879131	rs1805164	T	C	4814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.073;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.834;SC=GTCCCAGGCATTGAATTGGCT;SOR=0.791;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=253;TCF=113;TCR=140;TR=192;WE=88879139;WS=88879121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,205:0.74:276
chr2	88895123	rs13045	T	C	3390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.62;ReadPosRankSum=-0.046;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,153:0.75:204
chr2	88895351	rs7571971	T	C	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=49;NR=53;PP=1511;SC=CATGAAGCAGTGCAGTCCATC;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=49;TCR=53;TR=102;WE=88895359;WS=88895341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	88926729	rs72416210	CCAG	C	1988.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5175;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=26;PP=1379;SC=GCCGCGAGCCCCAGCAGCAGC;SOR=1.559;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=27;WE=88926742;WS=88926719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	88997878	rs908277	C	T	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.572;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=615;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGCACAGTACCTGTCTTGTAC;SOR=1.739;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=27;WE=88997886;WS=88997868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr2	88999476	rs1158603	G	A	6720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=126;NR=99;PP=2965;SC=ATGACAAGAAGAATAAAGTAA;SOR=0.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=126;TCR=99;TR=225;WE=88999484;WS=88999466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
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chr2	89161322	rs232223	C	G	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=1.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.650;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,67:0.21:317
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chr2	90249092	rs112898704	A	T	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-1.467;QD=3.05;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:370,110:0.23:480
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chr2	91955303	rs184382133	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.33;MQRankSum=2.875;QD=0.79;ReadPosRankSum=0.224;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,17:0.16:105
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chr2	95766553	rs373760483	TA	T	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=-1.351;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
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chr2	95846158	rs3112230	T	C	450.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=298;ReadPosRankSum=-0.658;SC=CAATAGCTTTTATTTTTTTCC;SOR=0.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=16;WE=95846166;WS=95846148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
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chr2	95942203	rs114081176	G	T	6236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.981;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.864;SC=TCTGAAAGCCGCCTCCTCTCC;SOR=0.429;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=308;TCF=99;TCR=209;TR=237;WE=95942211;WS=95942193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,257:0.78:330
chr2	95944902	rs61086044	A	AC	1165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=8;PP=911;SC=GGTGCTGGGCACCGCAGGGTG;SOR=1.418;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=17;WE=95944910;WS=95944892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr2	95947085	rs12992066	A	G	5996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.273;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=1.028;SC=CTGGTGTGCCAGAGCTGGGAG;SOR=0.532;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=342;TCF=168;TCR=174;TR=244;WE=95947107;WS=95947075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,269:0.75:361
chr2	95947099	rs72819488	G	A	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=3.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=-0.491;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,70:0.24:297
chr2	95952177	rs7602232	C	G	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=40;NR=19;PP=1016;SC=GGCTGGGTGACGGGTAGATGG;SOR=1.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=59;WE=95952185;WS=95952167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	95963242	rs2248415	C	G	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.76;ReadPosRankSum=-1.611;SOR=1.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
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chr2	96610479	rs200773992	A	G	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQRankSum=-13.201;QD=2.70;ReadPosRankSum=-6.284;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,35:0.20:177
chr2	96610759	rs377016561	T	A	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=19.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQRankSum=-9.606;QD=5.37;ReadPosRankSum=-3.691;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,18:0.19:94
chr2	96610768	rs376183764	T	G	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=33.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQRankSum=-10.457;QD=6.91;ReadPosRankSum=-4.601;SOR=4.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,28:0.25:112
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chr2	96610805	rs371613132	AAGAAAG	A	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=6.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQRankSum=-1.947;QD=0.81;ReadPosRankSum=-2.650;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,69:0.20:340
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chr2	96614212	rs4907288	A	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.524;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.315;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,10:0.19:54
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chr2	96616378	rs62154611	C	T	2107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.080;HP=4;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.714;NF=46;NR=16;PP=1088;ReadPosRankSum=-0.407;SC=CATGACATGACAAATGTTAAG;SOR=1.193;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=106;TCF=74;TCR=32;TR=62;WE=96616386;WS=96616368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,66:0.57:115
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chr2	96616501	.	C	CAA	4179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.575;ClippingRankSum=0.000;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=5.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.18;MQRankSum=-6.387;QD=18.33;ReadPosRankSum=-0.188;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,113:0.50:228
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chr2	96616571	rs146478446	C	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=4.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.99;MQRankSum=-6.917;QD=6.72;ReadPosRankSum=-1.644;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,18:0.23:77
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chr2	96616580	rs201649771	A	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.71;MQRankSum=-6.411;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.645;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,14:0.20:69
chr2	96616597	rs114583836	A	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.95;MQRankSum=-5.710;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.769;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,11:0.19:59
chr2	96616599	rs116630524	G	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.05;MQRankSum=-5.759;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.913;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,11:0.19:58
chr2	96616607	rs141967446	G	T	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=5.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.39;MQRankSum=-5.537;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.035;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,9:0.17:54
chr2	96616622	rs112338915	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.754;NF=10;NR=8;PP=362;ReadPosRankSum=-1.476;SC=TTCCTATAATCCCAGCTACTC;SOR=1.447;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=18;WE=96616630;WS=96616612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr2	96616654	rs75283408	C	A	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.411;HP=1;HapScore=4;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-3.038;NF=15;NR=8;PP=762;ReadPosRankSum=-0.661;SC=GCAGAAGTATCACTTGAGAAG;SOR=1.012;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=23;WE=96616675;WS=96616644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr2	96616667	rs77249402	A	C	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=8.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.06;MQRankSum=-2.432;QD=23.77;ReadPosRankSum=0.836;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
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chr2	96616951	rs74904196	A	G	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=8.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.21;MQRankSum=-6.027;QD=15.18;ReadPosRankSum=-1.646;SOR=0.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr2	96616957	rs76255864	A	G	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=10.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.40;MQRankSum=-6.110;QD=14.63;ReadPosRankSum=-0.956;SOR=0.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr2	96616967	rs77784489	G	C	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=8.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.06;MQRankSum=-6.346;QD=13.57;ReadPosRankSum=0.668;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
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chr2	96616979	rs80105408	G	C	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.73;MQRankSum=-6.569;QD=15.13;ReadPosRankSum=0.204;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
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chr2	96619853	rs201388512	T	C	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=6.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.732;HP=4;HapScore=4;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.768;NF=8;NR=58;PP=2758;ReadPosRankSum=0.830;SC=AAAAAAATGGTAAAACAAAGT;SOR=1.704;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=152;TCF=26;TCR=126;TR=66;WE=96619861;WS=96619821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,60:0.43:138
chr2	96619873	rs111807008	C	A	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.641;HP=3;HapScore=1;MGOF=89;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.329;NF=4;NR=42;PP=793;ReadPosRankSum=0.629;SC=TCTGAGGAAACTCAGTTATCT;SOR=1.150;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=109;TCF=14;TCR=95;TR=46;WE=96619881;WS=96619863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,43:0.43:99
chr2	96780716	rs2229169	T	G	12444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=791;ExcessHet=3.0103;FS=0.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.77;ReadPosRankSum=0.355;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,567:0.72:789
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chr2	97587049	rs34895357	T	C	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=27;PP=1321;SC=CGCCTTCCCCTTGCTCTCGCC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=61;WE=97587057;WS=97587039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	97595109	rs6725927	T	C	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=40;PP=1065;SC=GAGGGCAGGGTGCACCACTCC;SOR=1.053;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=76;WE=97595117;WS=97595099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
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chr2	97613748	rs1623881	C	A	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=32;PP=889;SC=CCATTTAATTCTCATAAGTCT;SOR=1.421;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=56;WE=97613756;WS=97613738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr2	97637516	rs6714860	T	C	2681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=28;PP=1515;SC=ATGGTCAAGGTGAAGTGTCCG;SOR=1.562;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=64;TCR=28;TR=92;WE=97637524;WS=97637506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	97637905	rs6715329	T	C	5862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=91;NR=96;PP=2965;SC=CAGGTGCCTGTATCTTGGGCT;SOR=1.025;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=91;TCR=96;TR=187;WE=97637913;WS=97637895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
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chr2	97643576	rs1796048	T	C	10632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=186;NR=181;PP=2965;SC=TACTCCAGCGTTGACGGTTTT;SOR=0.740;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=373;TCF=186;TCR=187;TR=367;WE=97643584;WS=97643566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr2	97747978	rs1257094	C	T	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.91;QD=30.44;SOR=3.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	97749730	rs113222096	G	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=-1.736;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.200;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,36:0.19:190
chr2	97751782	rs62155549	TG	CA	2438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.97;QD=46.90;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr2	97827944	rs368021953	AGAAAC	A	103.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.78;MQRankSum=-3.195;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
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chr2	97828929	rs79735975	A	G	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.263;HP=3;HapScore=1;MGOF=72;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.349;NF=25;NR=13;PP=581;ReadPosRankSum=1.924;SC=ACTTGAACCCAGGCGGCGGAG;SOR=0.141;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=38;WE=97828937;WS=97828919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,37:0.86:43
chr2	97828982	rs62153884	C	T	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=5.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.74;MQRankSum=-0.983;QD=12.26;ReadPosRankSum=0.823;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr2	97829003	rs145086333	CAAAAATAA	C	829.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=15.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.48;MQRankSum=-3.608;QD=14.82;ReadPosRankSum=2.387;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
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chr2	97877292	rs10171441	C	A	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=10;PP=1470;SC=GTGTCTTCTCCGAAACAACCA;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=55;TCR=10;TR=65;WE=97877300;WS=97877282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr2	98475979	rs6707750	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=2.744;SC=AATTGTTAGACAAATACATAG;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=98475987;WS=98475969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
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chr2	98544058	rs6707719	T	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.892;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=286;ReadPosRankSum=-2.053;SC=AAAAATGGACTGCTTAATGGT;SOR=1.229;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=25;WE=98544066;WS=98544048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,30:0.81:37
chr2	98611833	rs2279825	T	C	438.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.90;ReadPosRankSum=-0.746;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr2	98611994	rs2279824	G	T	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.37;ReadPosRankSum=0.141;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,64:0.79:81
chr2	98779439	rs62154921	G	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.408;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,10:0.18:56
chr2	98795873	rs11419620	T	TG	9228.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=97;PP=2965;SC=ATTGGCATTGTGGTTATTCTT;SOR=1.038;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=117;TCF=12;TCR=105;TR=109;WE=98795881;WS=98795863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr2	98804314	rs1466156	G	A	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=5;PP=535;SC=ACTAACAAAGGAATGATTGAC;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=98804322;WS=98804304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	98811075	rs7579916	A	G	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=22;PP=597;SC=AAGTGGCTTAACATGTAGACT;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=98811083;WS=98811065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	98828389	rs62154945	G	A	4842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr2	98833166	rs62156665	A	C	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=29;PP=1385;SC=GGCTGACAGCAGCTCCTGGCA;SOR=1.338;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=83;WE=98833174;WS=98833156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	98833445	rs139373261	A	ACCCC	880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=417;SC=CATTGTAAGCACCCGCCCCGC;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=15;WE=98833457;WS=98833435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	98833449	rs62156666	G	A	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=338;SC=GTAAGCACCCGCCCCGCACCC;SOR=2.200;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=16;WE=98833457;WS=98833435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	98834550	rs62156669	G	A	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=33;PP=975;SC=ACAGGCTGGCGGTCCCTGGGT;SOR=2.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=98834558;WS=98834540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	98844575	rs7606220	A	G	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=10;PP=820;SC=AACATAGTGAACCTCTTGTCT;SOR=1.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=98844583;WS=98844565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	98844674	rs7601049	C	G	5162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=70;PP=2871;SC=GAATGAAGATCTGACTCTTTT;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=108;TCR=70;TR=178;WE=98844682;WS=98844664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr2	98862097	rs4851121	A	G	5453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=41.32;SOR=1.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	98862106	rs62156717	G	A	5070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=44.09;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	98862150	rs202044554	A	AGTATTCT	2108.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=27;PP=635;SC=AATGTTGCTTAGTGGTATTGA;SOR=2.400;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=27;WE=98862158;WS=98862140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	98866980	rs370926569	CT	C	342.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=0.756;QD=11.43;ReadPosRankSum=-0.481;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr2	98872662	rs113487988	C	CT,CTT	1291.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.000;QD=21.89;ReadPosRankSum=-1.468;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,14,41:0.24,0.69:59
chr2	98887116	rs4851955	G	C	3211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.66;SOR=1.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	98887120	rs62157894	G	T	3281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.96;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	98887132	rs62157895	C	G	3869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.89;SOR=1.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	98887355	rs62157896	C	A	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=32;PP=867;SC=AGGTGGGTGCCCTGGAGGTCT;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=98887363;WS=98887345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	98906955	rs62155282	T	C	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=386;SC=ATCAATTATTTCTGCTTTGTC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=98906963;WS=98906945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	98907089	.	GT	G	1682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.546;HP=13;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.415;NF=8;NR=45;PP=630;ReadPosRankSum=-0.730;SC=TTTCCAGGTAGTTTTTTTTTT;SOR=0.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=9;TCR=52;TR=53;WE=98907110;WS=98907079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,105:0.88:120
chr2	98914559	rs62155296	C	T	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=161;SC=AATAACAGAACGCCAAGGCCA;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=98914567;WS=98914549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	98928429	rs17428626	C	G	7674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=142;NR=112;PP=2965;SC=CGCCCTCGGACTCGGACGGCT;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=143;TCR=113;TR=254;WE=98928437;WS=98928419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr2	98928494	rs7587534	G	A	7742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=140;NR=132;PP=2965;SC=CCCGAGCCCAGGGTTTGGGTG;SOR=0.714;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=276;TCF=141;TCR=135;TR=272;WE=98928514;WS=98928484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr2	98928929	rs1466944	A	G	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=26;PP=663;SC=CGCGCCGCCTATGCCTGCCCT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=98928937;WS=98928919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	98948224	rs13427344	C	A	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=41;PP=1208;SC=TGAAGGTAAACTGGATAGAGG;SOR=1.310;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=69;WE=98948232;WS=98948214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	98950659	rs10181000	T	C	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.59;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	98994414	rs937725	T	C	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=3;PP=595;ReadPosRankSum=-0.677;SC=AAACTATCAGTGAGTAATTTC;SOR=1.300;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=33;WE=98994422;WS=98994404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,43:0.68:63
chr2	99149946	rs2278211	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=1.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=0.176;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,30:0.16:192
chr2	99154229	rs2278208	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.537;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,18:0.22:82
chr2	99156296	rs6734569	G	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.772;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=352;ReadPosRankSum=-1.088;SC=CTAAGCCTCAGTTTGCTCATT;SOR=1.609;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=20;WE=99156304;WS=99156286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr2	99160508	rs3217304	GCA	G	659.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.082;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=2.475;NF=2;NR=19;PP=620;ReadPosRankSum=-0.661;SC=ACACGCGTGCGCACACACACA;SOR=0.302;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=63;TCF=4;TCR=59;TR=21;WE=99160519;WS=99160498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
chr2	99163261	rs2278207	T	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.819;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
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chr2	99172244	rs2278206	A	G	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=-1.397;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:488,109:0.18:597
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chr2	99766927	.	CT	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=1.136;SOR=0.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
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chr2	99804642	rs10865030	T	C	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	99811894	rs7605843	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=1.355;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,19:0.26:74
chr2	99812070	rs1044575	G	A	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=1.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=1.167;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,56:0.24:230
chr2	99859863	rs17760953	G	A	2478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.20;ReadPosRankSum=0.819;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,116:0.76:153
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chr2	99912307	.	GA	G	50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=50;QD=13.4;SC=GAATCATAGTGAAAAAAAAGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=5;WE=99912315;WS=99912297;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
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chr2	100210074	rs1047281	G	C	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.10;ReadPosRankSum=0.096;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,81:0.69:118
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chr2	100218080	rs4851214	G	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-1.809;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,20:0.27:74
chr2	100265936	rs17782474	A	G	288.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=176;ReadPosRankSum=-0.763;SC=TAAACTCCACACATGCATGAT;SOR=0.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=12;WE=100265944;WS=100265935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr2	100288931	rs4851222	G	A	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=1.112;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,47:0.23:207
chr2	100343557	rs4851223	C	T	6426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr2	100454072	rs5832886	C	CT	5750.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=60;PP=2841;SC=TTAGTCCCCCCCAACAAAAAA;SOR=1.350;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=7;TCR=63;TR=67;WE=100454080;WS=100454062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
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chr2	100910578	rs4850925	C	T	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.27;ReadPosRankSum=1.270;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,50:0.81:62
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chr2	100915772	rs4851287	A	G	4250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=81;PP=2576;SC=GCTCCTTTGAAGTGAGAGATC;SOR=1.386;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=53;TCR=81;TR=134;WE=100915780;WS=100915762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
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chr2	100916315	rs11123823	A	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=-0.113;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,15:0.15:102
chr2	100917109	rs13006224	C	T	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,73:0.20:363
chr2	100925803	rs10195793	A	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.559;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=42;ReadPosRankSum=0.291;SC=TATAAATACAATACAATACAA;SOR=0.061;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=6;WE=100925811;WS=100925793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr2	100938205	rs184118488	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=168;ReadPosRankSum=-0.223;SC=CGCCGCCCGGGTTCTCCGCGG;SOR=0.512;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=10;WE=100938213;WS=100938195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr2	100938226	rs74177694	G	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=0.035;SC=ACAGCGGCCGGTCGCGCAGGC;SOR=1.581;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=12;WE=100938234;WS=100938216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr2	100938328	rs74177695	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.115;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=53;ReadPosRankSum=0.803;SC=CGCCCAGGGCTTCGGGGAGGC;SOR=0.636;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=6;WE=100938336;WS=100938318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr2	100938481	rs74177696	C	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=52;ReadPosRankSum=1.119;SC=CCTCTAAGCGCTGGGCGATCG;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=5;WE=100938489;WS=100938471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr2	100986964	rs1437971	A	C	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=36;PP=1098;SC=GCACTGGGCAAACTTCTGAAC;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=54;WE=100986972;WS=100986954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	101009600	rs1530030	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.405;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=134;ReadPosRankSum=0.496;SC=GACCCCGGGCGTCCTCAAAGG;SOR=0.270;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=14;WE=101009608;WS=101009590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr2	101010082	rs3748930	G	C	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,83:0.28:294
chr2	101011877	rs2241810	T	C	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=4.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=0.443;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,24:0.18:130
chr2	101014247	rs4149517	C	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=5.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=-1.175;SOR=0.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,7:0.13:53
chr2	101014363	rs2241809	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=-1.551;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,43:0.16:263
chr2	101022886	rs4149512	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.642;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,17:0.19:89
chr2	101031561	rs3828193	G	T	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=1.011;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,29:0.24:123
chr2	101096960	rs1519654	C	T	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=28;PP=781;ReadPosRankSum=1.899;SC=CCTTGCAGGGCTCGGGGACTG;SOR=0.581;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=82;TCF=40;TCR=42;TR=57;WE=101096968;WS=101096950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,68:0.72:95
chr2	101126124	rs1829479	T	A	4140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=91;PP=2495;SC=TTTCTCCTTATTATGTTACTT;SOR=1.463;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=52;TCR=91;TR=143;WE=101126132;WS=101126114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr2	101179341	rs2970988	AG	GA	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=1;PP=224;SC=CTTCTGTGCCAGTTCCTTGAA;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=101179350;WS=101179331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	101186088	rs1052117	C	T	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.746;NF=43;NR=14;PP=1015;ReadPosRankSum=-0.498;SC=AGAATAAATTCGGAGAAGTTT;SOR=0.571;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=57;TCR=18;TR=57;WE=101186096;WS=101186078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,62:0.77:80
chr2	101188373	rs138885839	C	CCTGTGTATGAGTGA	2602.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.996;NF=0;NR=25;PP=2897;ReadPosRankSum=0.856;SC=TTCACTTCTGCCTGTGTATGA;SOR=0.498;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=25;WE=101188381;WS=101188363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,64:0.76:84
chr2	101520972	rs5832941	A	AT	616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=501;SC=GCCCAATGAAAGAGTGCCTGT;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=12;WE=101520980;WS=101520962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	101521173	rs57350721	ATT	A	1138.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.70;ReadPosRankSum=1.546;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,46:0.84:55
chr2	101541798	rs356651	C	T	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=31;PP=840;SC=CACCCTGCCCCGTCCATGTGG;SOR=1.412;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=50;WE=101541806;WS=101541788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	101564628	rs10207725	A	G	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.70;SOR=1.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	101566070	rs3739005	C	T	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	101580575	rs41280595	G	A	6311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr2	101581246	rs7581886	C	T	3761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=1.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	101581294	.	C	CT	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.093;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.073;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,38:0.19:205
chr2	101581976	rs4851392	A	G	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=3;PP=336;SC=AGCCTCTCTGATTTTGACCAT;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=101581984;WS=101581972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr2	101594191	rs11541353	C	T	13156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,517:1.00:517
chr2	101598677	rs2278727	C	T	8070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr2	101612051	rs2305158	G	A	3805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=84;PP=2965;SC=ATAATGCCCCGGCACTGAAGT;SOR=1.811;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=140;TCF=56;TCR=84;TR=133;WE=101612059;WS=101612041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	101619283	rs2278724	C	G	9437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr2	101619321	rs2278723	T	C	10060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=171;NR=171;PP=2965;SC=GTCTGGTTGTTACCGAGAGAT;SOR=0.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=342;TCF=171;TCR=171;TR=342;WE=101619329;WS=101619311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr2	101620856	rs34386800	TA	T	3106.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.292;HP=13;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-3.677;NF=6;NR=96;PP=1511;ReadPosRankSum=-1.241;SC=TGTGGAAGTATAAAAAAAAAA;SOR=0.425;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=127;TCF=7;TCR=120;TR=102;WE=101620865;WS=101620846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,179:0.92:194
chr2	101622696	rs34763346	T	TG	2839.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=31;PP=1723;SC=GATCCATATCTGGGATGTAAA;SOR=0.843;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=43;WE=101622704;WS=101622686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	101624471	rs746924	T	C	7483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=130;NR=116;PP=2965;SC=GTCCAGTCCCTTTCTGCCGCC;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=247;TCF=131;TCR=116;TR=246;WE=101624479;WS=101624461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr2	101627343	rs35511736	CA	C	705.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.566;QD=10.69;ReadPosRankSum=-0.081;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,53:0.80:66
chr2	101627852	rs1062059	C	T	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=5;PP=455;SC=AGGGCAACCCCGGTGCCTCCC;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=101627860;WS=101627842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	101638888	rs3739014	A	G	5114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.093;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=86;PP=2943;ReadPosRankSum=1.799;SC=ACTGCCGGGCATCTATGCGGT;SOR=0.423;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=189;TCF=101;TCR=88;TR=186;WE=101638896;WS=101638878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,200:0.99:203
chr2	101640086	.	G	GT	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.771;QD=2.29;ReadPosRankSum=-2.198;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,22:0.25:89
chr2	101646144	rs3739015	G	A	7323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=126;NR=115;PP=2965;SC=AGAGAGAGACGGACGCCAGGG;SOR=0.792;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=127;TCR=115;TR=241;WE=101646152;WS=101646134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr2	101656726	rs2289953	T	C	7748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=145;NR=130;PP=2965;SC=ATCCGCCCCGTGGTGTGACAG;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=145;TCR=130;TR=275;WE=101656734;WS=101656716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr2	101869588	rs2272320	G	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=2.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.764;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,39:0.22:177
chr2	101870073	rs874272	T	C	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.950;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=42;PP=1092;ReadPosRankSum=0.167;SC=TCCGCCTCTCTCTGCGTTCCC;SOR=1.371;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=69;TCF=15;TCR=54;TR=52;WE=101870081;WS=101870063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,53:0.75:71
chr2	101874442	rs6757365	C	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=1.073;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,32:0.22:145
chr2	101881549	rs3768995	A	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,25:0.19:132
chr2	101883027	rs3736586	T	C	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=4;PP=1013;ReadPosRankSum=-0.568;SC=TCAATGCAGATAGTTTTGTAG;SOR=0.571;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=45;WE=101883035;WS=101883017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,48:0.89:54
chr2	101883046	rs1660694	A	G	2292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.114;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=9;PP=1218;ReadPosRankSum=1.089;SC=AGCTTTTTGTATAAAATGCTT;SOR=0.098;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=72;TCF=62;TCR=10;TR=59;WE=101883054;WS=101883036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,64:0.83:77
chr2	101885656	.	A	AT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.53;ReadPosRankSum=-0.762;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,15:0.19:79
chr2	101889306	rs750783	A	G	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=5.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,46:0.30:152
chr2	101889938	.	C	CT	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.162;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr2	101898412	rs13151	G	C	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=24;PP=1194;SC=GTGGACTGCTGTCATCACTTC;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=71;WE=101898420;WS=101898402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	101911385	rs3828194	A	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=3.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.741;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,43:0.19:230
chr2	101925026	rs11123868	T	C	5182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=134;PP=2837;ReadPosRankSum=-1.632;SC=GCCCCGACGCTGGCTTCGCGC;SOR=0.764;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=284;TCF=109;TCR=175;TR=218;WE=101925034;WS=101925016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,231:0.78:295
chr2	101967346	rs6543032	C	T	7707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=166;NR=103;PP=2965;SC=AAAAGGTTTTCATTTAAGTGC;SOR=1.139;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=270;TCF=167;TCR=103;TR=269;WE=101967354;WS=101967336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr2	101971618	rs6753727	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=0.984;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr2	102000210	rs11694978	G	A	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=413;ReadPosRankSum=-1.235;SC=GCTGTGGCTCGACTTGATCTG;SOR=0.544;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=32;WE=102000218;WS=102000200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr2	102003962	rs116287156	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.227;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=19;PP=468;ReadPosRankSum=0.727;SC=CCAGCAGCGCTAGTGCCGGGG;SOR=3.036;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=20;WE=102003970;WS=102003952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr2	102018878	rs11123876	G	A	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=20;PP=1411;SC=CTGTGTGGAAGGGGGTCCTGG;SOR=1.339;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=74;WE=102018886;WS=102018868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	102027050	rs35603034	CT	C	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,44:0.21:207
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chr2	102029548	rs1554070	G	A	2903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.641;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=68;PP=1788;ReadPosRankSum=0.165;SC=AGATAACAGGGAGGCATAATA;SOR=1.060;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=145;TCF=59;TCR=86;TR=111;WE=102029556;WS=102029538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,123:0.78:157
chr2	102031176	rs4851434	A	G	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=16;PP=1313;SC=TCCTCTGCCAATGGCCAGGCA;SOR=1.946;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=63;WE=102031184;WS=102031166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	102031489	rs4851435	C	G	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=923;ReadPosRankSum=0.970;SC=TAAACTGCAACTTCCCCCACC;SOR=1.207;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=59;WE=102031497;WS=102031479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,64:0.86:74
chr2	102035192	rs6709913	C	T	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=6;PP=496;SC=TCCATACACCCCACTATTCAC;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=102035200;WS=102035182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	102038849	rs4851436	T	A	11762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=201;NR=219;PP=2965;SC=TTTCTTTGCCTGTTCTTGCTC;SOR=0.817;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=421;TCF=201;TCR=220;TR=420;WE=102038857;WS=102038839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr2	102038936	rs7589943	T	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.533;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,35:0.22:156
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chr2	102066878	rs4851448	A	T	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.628;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=346;ReadPosRankSum=-0.621;SC=AGAGATGGAGATTTGCCATGT;SOR=2.687;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=20;WE=102066886;WS=102066871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr2	102067083	rs7585228	T	C	2584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.58;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,114:0.78:147
chr2	102068715	rs11123884	C	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.745;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr2	102068872	rs4851449	T	A	2271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=5.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.15;ReadPosRankSum=-1.904;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,105:0.70:150
chr2	102069002	rs4851450	T	C	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=598;ReadPosRankSum=-0.979;SC=ATATTCCTTTTCCTCTTTTCT;SOR=0.572;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=36;WE=102069010;WS=102068992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,38:0.86:44
chr2	102083393	rs11680478	T	C	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	102314633	.	G	GGGCAGCC	446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=7.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.713;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.209;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr2	102314681	.	C	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.124;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.896;SOR=1.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr2	102315057	rs1567385	A	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-1.179;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,12:0.17:72
chr2	102483883	rs17745869	T	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=27;ReadPosRankSum=0.580;SC=CCCTCACAGATTTGAGGAATT;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=5;WE=102483891;WS=102483873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr2	102486605	.	A	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=257;ReadPosRankSum=0.377;SC=ATTCTTTGTTAAAGGGAGAAA;SOR=1.058;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=16;WE=102486613;WS=102486595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr2	102501891	rs57584884	A	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=-1.226;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,5:0.16:32
chr2	102632582	rs3819369	T	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.839;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,13:0.14:90
chr2	102781629	rs3917286	G	A	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=-0.448;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,53:0.18:290
chr2	102785158	rs55639750	G	GT	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=2.562;QD=1.18;ReadPosRankSum=-1.025;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,17:0.22:78
chr2	102785255	rs3917298	G	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-1.281;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr2	102788409	rs2041747	G	A	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	102791086	rs28362304	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,12:0.14:85
chr2	102804538	rs144678772	A	AACC	2787.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.797;NF=1;NR=50;PP=2512;ReadPosRankSum=1.807;SC=GGAAACAGAGAACCAGCTCCA;SOR=0.623;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=74;TCF=1;TCR=73;TR=51;WE=102804546;WS=102804528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,70:0.77:91
chr2	102817954	rs2302623	A	T	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=497;ReadPosRankSum=1.473;SC=TTACCTAAATACTAGGGATCA;SOR=1.279;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=29;WE=102817962;WS=102817944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr2	102828378	rs138145179	A	ATT	475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.40;ReadPosRankSum=-0.034;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr2	102828768	rs1922290	G	C	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=85;SC=TTGGATATACGTGAGCTCATG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=102828776;WS=102828758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	102851470	rs75091099	G	A	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.666;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,60:0.25:240
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chr2	102968075	rs4988957	T	C	7041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.69;ReadPosRankSum=1.167;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,312:0.74:422
chr2	102968211	rs10192036	CA	AG	8577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=102;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.567;SC=GGACTCCCTCCAGCATCTTAT;SOR=0.661;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=256;TCF=115;TCR=141;TR=188;WE=102968220;WS=102968201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,213:0.77:276
chr2	102968285	rs4988958	T	C	2189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.40;ReadPosRankSum=1.485;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,89:0.75:119
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chr2	102968362	rs10206753	T	C	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=7.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.73;ReadPosRankSum=0.720;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr2	102979238	.	G	GT	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=-1.072;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr2	102984624	rs1362348	C	G	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=476;ReadPosRankSum=0.131;SC=CAGATAATCACCACATCCTTT;SOR=0.283;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=25;WE=102984632;WS=102984614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr2	102998279	rs3213732	A	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=7.465;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=391;ReadPosRankSum=-0.913;SC=AAAACTAAGAAAAGAGTGCCA;SOR=3.056;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=19;WE=102998287;WS=102998269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr2	103006448	rs6749014	C	T	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=22;PP=1020;ReadPosRankSum=1.702;SC=TGGACAAGCACGTGATGATGG;SOR=0.792;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=71;WE=103006456;WS=103006438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,84:0.74:114
chr2	103010912	rs1420096	C	T	3265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=50;PP=1858;ReadPosRankSum=-2.214;SC=ATTAAAAGAGCCAATCTTACC;SOR=0.666;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=111;TCR=65;TR=136;WE=103010920;WS=103010902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,148:0.77:191
chr2	103013408	rs7570821	C	T	1397.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=817;ReadPosRankSum=-1.401;SC=GCATATGAACCTGTTCATAAC;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=51;WE=103013416;WS=103013398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,58:0.91:64
chr2	103039584	rs3817465	A	T	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.786;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=6;PP=655;ReadPosRankSum=0.073;SC=CCTGTGTGAGATGCACTTTGT;SOR=0.242;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=37;WE=103039592;WS=103039574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,40:0.74:54
chr2	103040247	rs11377261	T	TG	2896.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=2971;ReadPosRankSum=-1.713;SC=TGTTTCCATGTGCTTTGTTTA;SOR=0.446;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=46;WE=103040257;WS=103040237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,71:0.77:92
chr2	103040249	rs2272129	C	T	2905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=10;PP=2651;ReadPosRankSum=-1.614;SC=TTTCCATGTGCTTTGTTTATT;SOR=0.459;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=69;TCR=15;TR=57;WE=103040257;WS=103040237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,72:0.77:93
chr2	103048738	rs62154972	G	A	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=488;ReadPosRankSum=-1.231;SC=TTGAGTCGCTGGCTGAGCTCT;SOR=0.859;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=31;WE=103048746;WS=103048728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,34:0.85:40
chr2	103057668	rs11465700	G	A	2793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.088;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=42;PP=1629;ReadPosRankSum=-0.725;SC=TGAAGACAGAGCTCCAAGACA;SOR=0.917;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=166;TCF=102;TCR=64;TR=115;WE=103057676;WS=103057658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,124:0.70:177
chr2	103059613	rs1558651	A	G	6170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=127;NR=79;PP=2965;SC=AGGACAAAGTATTCTCACCAG;SOR=1.091;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=128;TCR=79;TR=206;WE=103059621;WS=103059603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr2	103095404	rs11692304	G	A	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=2.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.519;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,96:0.24:408
chr2	103120179	rs7575867	C	T	3819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=79;PP=2255;ReadPosRankSum=-0.905;SC=GAGTACAAACCAAGGATCAAG;SOR=0.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=102;TCR=112;TR=154;WE=103120187;WS=103120169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,167:0.70:237
chr2	103120232	rs2075188	G	A	4059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=72;PP=2250;SC=CATCACATGAGCCAGGCATCT;SOR=1.171;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=58;TCR=72;TR=130;WE=103120240;WS=103120222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	103120311	rs2075187	G	A	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=30;PP=855;SC=AAACTTTTATGAAACCTGATT;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=103120319;WS=103120301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	103125182	rs6724322	C	T	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=222;SC=GCAGCATTTACTCTGTAATAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=103125190;WS=103125172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	103125457	rs6739301	A	G	15191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.28;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr2	103125466	rs6742381	T	C	14965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.08;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr2	103128866	rs4851609	T	C	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=18;PP=450;SC=CTACAGGAAGTGGTTGAAATT;SOR=1.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=103128874;WS=103128856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	103136309	rs1403550	T	C	4079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr2	103136446	rs1403551	T	G	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=37;PP=1044;SC=TGTCCCCATTTTCTGTCCTTG;SOR=1.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=54;WE=103136454;WS=103136436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	103141447	rs2015478	A	G	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=2.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.211;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,32:0.19:168
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chr2	103335441	rs33993717	A	G	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-1.209;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:422,102:0.19:524
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chr2	103375056	rs2732838	T	G	2662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=7.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.29;ReadPosRankSum=-1.082;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,117:0.76:154
chr2	103378581	rs5833037	CT	C	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.182;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr2	103378857	rs2540298	C	G	3264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=81;PP=2291;ReadPosRankSum=1.017;SC=TATGAAGATACCCTTATGTAT;SOR=0.560;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=174;TCF=62;TCR=112;TR=127;WE=103378865;WS=103378847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,137:0.74:186
chr2	103380998	rs2540296	C	G	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=507;ReadPosRankSum=-0.166;SC=CCTGTAATTTCAATATTTTTG;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=31;WE=103381006;WS=103380988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr2	103431404	rs887987	T	C	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=78;PP=1925;SC=GGTTGTTGGATGGCATATTCA;SOR=1.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=50;TCR=78;TR=127;WE=103431412;WS=103431394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	105472055	rs186512421	T	C	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	105472070	.	TGGC	T	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.443;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,4:0.13:31
chr2	105654716	rs3739160	C	T	4219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=71;NR=65;PP=2288;SC=AAGCGGCTTACCTCTGCCGCG;SOR=0.868;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=71;TCR=66;TR=136;WE=105654724;WS=105654706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr2	105654830	rs3739159	G	T	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=25;PP=662;SC=AGGTTGGGGGGGAGGAGGTGG;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=105654838;WS=105654820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	105696591	rs68154520	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=-1.968;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr2	105706476	rs75278939	T	A	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=4.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.16;ReadPosRankSum=-2.589;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,50:0.67:75
chr2	105709023	rs6543282	T	C	3198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=69;PP=1720;SC=TTAGCAAAAGTGAAGGTAATG;SOR=1.252;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=49;TCR=70;TR=118;WE=105709031;WS=105709013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	105713868	rs10206662	A	G	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=685;ReadPosRankSum=-1.333;SC=TGAAGTTCGTAAGAAAATATA;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=33;WE=105713876;WS=105713858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,36:0.82:44
chr2	105885961	rs2241797	T	C	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.465;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=31;PP=946;ReadPosRankSum=1.904;SC=GGGGCCAGCATGCAGGTAGAT;SOR=0.718;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=99;TCF=55;TCR=44;TR=72;WE=105885969;WS=105885951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,82:0.75:110
chr2	105889349	rs11676273	G	A	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.59;ReadPosRankSum=1.950;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,87:0.76:114
chr2	105897261	rs2679833	C	T	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=21;PP=568;SC=TGGAGGGGAGCGCACGGTGGC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=105897269;WS=105897251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	105924017	rs67600221	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=93;ReadPosRankSum=1.482;SC=AGTTTCAACACGCAGTCACCG;SOR=0.346;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=9;WE=105924025;WS=105924007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	105953938	rs3217439	G	GC	3547.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.803;NF=20;NR=25;PP=1856;ReadPosRankSum=1.880;SC=GGCATGCGGCGACTCAGAGTG;SOR=0.500;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=45;WE=105953946;WS=105953928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,97:0.76:127
chr2	105977761	rs11124029	G	A	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=902;ReadPosRankSum=0.109;SC=TCCCACAGTCGGGGCACAGGA;SOR=0.668;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=62;WE=105977769;WS=105977751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,72:0.85:85
chr2	105979730	rs2278502	C	A	8499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=0.653;SC=ATGGGAACCCCGGGACACTCA;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=488;TCF=268;TCR=220;TR=361;WE=105979738;WS=105979720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,378:0.74:513
chr2	106013216	rs11891016	T	C	5608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=131;PP=2965;SC=CTCAGTATAATGCAACTTGAG;SOR=1.301;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=81;TCR=132;TR=211;WE=106013224;WS=106013206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
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chr2	106471393	rs6543345	T	C	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.06;ReadPosRankSum=-0.935;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,76:0.97:78
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chr2	106682226	rs4271786	T	C	1943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.85;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,49:0.78:63
chr2	106682235	rs4266035	C	G	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.64;ReadPosRankSum=-0.685;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,51:0.78:65
chr2	106682365	rs4477942	T	G	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=928;ReadPosRankSum=0.229;SC=GGCGCTTCCATGGTGCCCGGG;SOR=0.642;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=60;WE=106682373;WS=106682355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,68:0.76:90
chr2	106687456	rs13014521	G	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=0.378;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,18:0.18:100
chr2	106690542	rs35317173	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.435;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=58;ReadPosRankSum=-0.574;SC=CCACAGGGAAGGGTGGCAGGG;SOR=0.069;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=7;WE=106690550;WS=106690532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr2	106710668	rs11268588	C	CGCAGGAAGGAAGTGCCACCTT	665.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.61;ReadPosRankSum=0.392;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr2	106715342	rs3820891	G	A	3396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=69;PP=1983;SC=ACCTCCCTGCGCTGCTTCAGC;SOR=1.571;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=40;TCR=69;TR=109;WE=106715350;WS=106715332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	106717274	rs3739136	A	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=93;ReadPosRankSum=1.012;SC=TCTTAGACCCAGGCCCTTCAG;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=9;WE=106717282;WS=106717264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr2	106717656	rs10177888	G	A	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=548;ReadPosRankSum=0.171;SC=CCTCCCAGAAGAAAAATTACC;SOR=0.560;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=27;WE=106717664;WS=106717646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,29:0.85:34
chr2	106742139	rs4851925	C	T	5054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr2	106742177	rs3739137	T	A	5479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=88;NR=82;PP=2843;SC=TGAATTTACATGTGCAGGCAC;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=88;TCR=82;TR=170;WE=106742185;WS=106742167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr2	106780015	rs3910716	C	T	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.58;QD=24.78;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	106780055	rs10631203	C	CTG	2069.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=914;SC=AGCAAACAAACAGAATTAATT;SOR=0.823;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=106780063;WS=106780045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	106781332	rs192712082	C	T	6477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.87;ReadPosRankSum=-0.636;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,292:0.76:384
chr2	106782398	rs4851115	C	G	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=34;NR=15;PP=930;SC=CAAGAACCCACTTTTGTTTTA;SOR=1.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=106782406;WS=106782388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	106810727	rs7604916	A	G	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=1.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr2	106992952	rs4641931	A	G	3594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.854;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.435;NF=43;NR=30;PP=2525;ReadPosRankSum=-2.316;SC=CATCTGACCTATGTGGGCAAA;SOR=1.030;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=73;WE=106992971;WS=106992942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,87:0.76:115
chr2	106992963	rs11464214	A	AG	3731.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.751;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.151;NF=13;NR=33;PP=2864;ReadPosRankSum=-2.207;SC=TGTGGGCAAAATTCCTGTGCT;SOR=0.929;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=46;WE=106992971;WS=106992942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,92:0.77:120
chr2	107007576	rs60043380	A	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.173;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.014;NF=6;NR=19;PP=349;ReadPosRankSum=-1.168;SC=ACCAAAATCCATGCTTCTCAA;SOR=1.017;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=83;TCF=25;TCR=58;TR=25;WE=107007584;WS=107007566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,25:0.29:86
chr2	107107694	rs6543414	A	G	2899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=83;PP=2693;SC=GTGTGGGTAAAAAGCAGGCTC;SOR=1.329;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=133;TCF=48;TCR=85;TR=131;WE=107107702;WS=107107684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	107107765	rs6543415	C	A	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=50;PP=1368;SC=GACCACCAGGCTTCAGTGTGC;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=15;TCR=50;TR=65;WE=107107773;WS=107107755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	107118896	rs4340514	T	C	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=9;PP=1026;SC=AAAAATGTTCTGTGTTGAACA;SOR=2.137;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=51;WE=107118904;WS=107118886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	107119136	rs4365459	G	C	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=31;PP=925;SC=ATTTGCCTCAGAGAACCTGCG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=107119144;WS=107119126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	107121040	rs146000492	T	TA	3532.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.704;NF=19;NR=37;PP=805;ReadPosRankSum=0.985;SC=AGACCCCATCTAAAAAAAAAT;SOR=0.850;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=56;WE=107121048;WS=107121030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,156:0.99:158
chr2	107123363	rs144897643	A	T	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.43;MQRankSum=-1.398;QD=18.61;ReadPosRankSum=1.863;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,62:0.81:77
chr2	107423188	rs1470591	G	A	3117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.32;ReadPosRankSum=0.071;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,142:0.74:191
chr2	107423395	rs1470590	T	G	4254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.269;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=83;PP=2519;ReadPosRankSum=1.119;SC=TGGACATCATTATGAGGATTC;SOR=0.871;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=214;TCF=107;TCR=107;TR=159;WE=107423403;WS=107423385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,183:0.75:243
chr2	107429801	rs6739022	C	T	101.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=73;SC=AGATAATTATCAAACCATTTA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=107429809;WS=107429791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr2	109388846	rs700876	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=-1.588;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
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chr2	109393522	rs58272304	TG	T	1597.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.23;NF=22;NR=9;PP=1164;SC=CTCTAGGTCCTGGGGTAAAGC;SOR=2.400;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=31;WE=109393530;WS=109393512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr2	109393767	rs367802106	TATAAC	T	412.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=6.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.730;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,15:0.21:70
chr2	109393774	rs371189636	A	T	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.880;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
chr2	109393779	rs375449172	A	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=-1.055;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr2	109393780	rs367803624	G	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=-1.077;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr2	109393781	rs371705935	A	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.862;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,10:0.19:52
chr2	109393786	rs371246549	TC	T	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=-1.527;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,10:0.20:50
chr2	109393789	.	TCCCTTACCCCCC	T	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=-1.513;SOR=0.388;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
chr2	109393803	.	GT	G	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr2	109393807	rs199740075	G	GTTTAGT	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.507;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr2	109404474	rs35693674	C	CT	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=1.739;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr2	109408208	rs6740879	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.287;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,27:0.27:101
chr2	109411248	rs111234702	GAATAT	G	664.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.828;NF=0;NR=13;PP=572;ReadPosRankSum=-1.413;SC=TACGAAATTTGAATATAATAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=13;WE=109411260;WS=109411238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr2	109429146	rs975597	T	A	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=594;ReadPosRankSum=-1.507;SC=GAGTTCAAGCTCGTTTAGATA;SOR=0.786;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=45;WE=109429154;WS=109429136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,53:0.71:75
chr2	109490104	rs6737810	A	G	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=27;PP=762;SC=TGATCATTTAAACCAGGGGTT;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=109490112;WS=109490094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	109513321	rs7607563	C	A	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=19;PP=1578;SC=CCCTCGTTGGCTCCTTGGCTT;SOR=1.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=57;TCR=19;TR=76;WE=109513329;WS=109513311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	109513654	rs12623957	G	A	10582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=170;NR=194;PP=2965;SC=TCTTCTCGAGGCAATCAAATG;SOR=0.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=364;TCF=170;TCR=194;TR=364;WE=109513662;WS=109513644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr2	109513786	rs3789738	A	T	2369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.21;ReadPosRankSum=2.111;SOR=1.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,92:0.98:94
chr2	109522720	rs260639	G	A	2220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.88;SOR=1.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	109526969	rs260632	G	A	3787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	109527087	rs260631	G	A	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=38;PP=1232;SC=AGAGCTGCCCGGTGTCTGTGT;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=109527095;WS=109527077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	109527373	rs260630	A	G	3199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=42;PP=1999;SC=GAGTCCAGGAAGCAGGGCACC;SOR=1.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=65;TCR=42;TR=107;WE=109527381;WS=109527363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	109539653	rs260643	A	G	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=6;PP=540;SC=TGTGGCAAACATCCCTCCCTT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=109539661;WS=109539643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	109547597	rs76090664	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=209;ReadPosRankSum=-0.742;SC=GCAAACAGAGGGGAAACTATA;SOR=0.720;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=18;WE=109547605;WS=109547587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,19:0.26:73
chr2	109745782	rs200435574	TGGCCGGTCCCCGCCACGCA	T	2586.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=26;PP=2928;SC=CGGGCTCGGCTGGCCGGTCCC;SOR=1.278;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=30;WE=109745808;WS=109745772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	109929958	rs6748434	A	G	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=25;PP=1372;SC=TTGCTGGGTGAGCGCTGTACC;SOR=1.090;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=76;WE=109929966;WS=109929948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	109964100	rs114324192	C	T	2807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=42;PP=1709;ReadPosRankSum=-1.857;SC=GGGGCATGCCCGGTGACCACA;SOR=0.558;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=137;TCF=88;TCR=49;TR=112;WE=109964108;WS=109964090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,120:0.80:150
chr2	109964431	rs6725756	C	T	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.191;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=45;PP=1058;ReadPosRankSum=0.732;SC=GGGTGGGCCCCGCCAGCCCAT;SOR=1.203;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=70;WE=109964439;WS=109964421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,83:0.76:109
chr2	109988215	rs11680644	C	G	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=19;PP=554;SC=ACCTGACCTTCAAGCCCCTTT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=109988223;WS=109988205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	110259305	rs72627485	C	T	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=33;PP=778;ReadPosRankSum=0.637;SC=GGAAGCTCCACGGCACACAGA;SOR=0.693;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=40;WE=110259313;WS=110259295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,42:0.82:51
chr2	110301827	.	G	GT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=-1.272;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,12:0.20:59
chr2	110372192	rs6594048	A	G	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=23;PP=1186;SC=GGGGCGCCCTAGGCGGCGAAC;SOR=1.079;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=65;WE=110372200;WS=110372182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	110552183	.	G	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.366;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=5.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQRankSum=-1.853;QD=10.77;ReadPosRankSum=-0.451;SOR=1.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	110552184	rs368194978	GC	G	141.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=5.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQRankSum=-1.853;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.451;SOR=1.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	110849298	rs147048026	T	C	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-5.995;NF=62;NR=77;PP=1762;ReadPosRankSum=0.939;SC=CAGCAAGGGGTATACTATGTG;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=325;TCF=147;TCR=178;TR=139;WE=110849306;WS=110849288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,143:0.45:315
chr2	110855123	rs2004273	G	T	7838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=151;NR=124;PP=2965;SC=AGGGGCTGCTGCAGGGGCCGG;SOR=0.893;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=153;TCR=124;TR=275;WE=110855131;WS=110855113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr2	110855270	rs5833366	TG	T	3847.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.382;QD=21.03;ReadPosRankSum=-1.564;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,140:0.77:183
chr2	110873470	rs11375171	G	GA	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=6.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQRankSum=1.366;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.877;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr2	110882699	rs2048243	A	G	3314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.124;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=51;PP=1990;ReadPosRankSum=-0.044;SC=AAAGCCAAGAAGATTTTCCAT;SOR=0.913;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=181;TCF=107;TCR=74;TR=133;WE=110882707;WS=110882689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,148:0.76:195
chr2	110886671	.	C	CA	732	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=12;NR=14;PP=732;QD=28.6923076923;SC=ATCCTAGTAACAAAAAAAAAG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=26;WE=110886679;WS=110886661;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,26:0.59:44
chr2	110886686	rs3838315	A	AGACCAGAT	3038.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.156;NF=12;NR=14;PP=2711;ReadPosRankSum=1.591;SC=AAAAAGGCCTAGACAGAACTC;SOR=0.872;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=26;WE=110886694;WS=110886676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,71:0.61:117
chr2	110889108	rs11240790	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.873;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=229;ReadPosRankSum=0.213;SC=TGAAGATGTCCCATAAGTAAT;SOR=2.093;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=14;WE=110889116;WS=110889098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr2	110905664	rs1509417	G	A	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=348;ReadPosRankSum=-0.750;SC=GGGGTTTGATGTGGTTTGAAT;SOR=1.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=19;WE=110905672;WS=110905654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr2	110919041	rs3817140	A	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=99;ReadPosRankSum=-1.520;SC=AGTTATAAAAATATCGCTATT;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=8;WE=110919049;WS=110919031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr2	110919321	rs2271244	C	T	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.874;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=745;ReadPosRankSum=-0.066;SC=AAAGAAACTCCAAATCAAAAA;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=55;WE=110919329;WS=110919311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,58:0.84:69
chr2	110922064	rs71793890	C	CA	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.475;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,35:0.33:107
chr2	110922703	rs11675767	C	T	11328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=675;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.286;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=222;NR=252;PP=2962;ReadPosRankSum=0.472;SC=CTTCACTTGACTCTTGGCCTT;SOR=0.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=638;TCF=302;TCR=336;TR=474;WE=110922720;WS=110922693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,505:0.75:672
chr2	110959898	rs11240794	C	G	2252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=3.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.47;ReadPosRankSum=-1.264;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,99:0.81:122
chr2	111058854	rs190352639	G	A	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.92;QD=22.40;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	111397237	rs112515450	CT	C	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=0.546;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,29:0.30:97
chr2	111406968	.	GA	G	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=1.752;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr2	111419406	rs200486519	G	T	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.724;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,47:0.22:216
chr2	111526090	.	TGA	T	189	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=24;MQ=59.52;NF=0;NR=11;PP=189;QD=17.5454545455;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=11;WE=111526101;WS=111526080;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
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chr2	111644491	rs66815319	TA	T	2816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=49;PP=2107;SC=ATCAGCCACTTAACTGTTCTG;SOR=1.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=52;WE=111644499;WS=111644481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	111721142	rs200046640	ATGTGTG	A	422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.334;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,17:0.18:92
chr2	111851198	rs67248863	A	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=-1.091;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,21:0.23:91
chr2	111881263	.	A	AT	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=4.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=1.169;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,18:0.22:83
chr2	111886180	rs200489083	CT	C	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.311;QD=2.69;ReadPosRankSum=-1.706;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr2	111907691	rs724710	T	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=2.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=-1.005;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,49:0.24:201
chr2	111909247	rs3789068	A	G	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.370;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=147;ReadPosRankSum=0.739;SC=GTTCTTCAGTATGGAATTTCT;SOR=2.133;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=9;WE=111909255;WS=111909246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr2	112526866	rs137999262	G	A	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.49;QD=24.94;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	112528507	.	G	A	69	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=44.95;NF=7;NR=0;PP=69;QD=14.8244589353;SC=ATTATGTTTCGTAATTTTTGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=7;WE=112528515;WS=112528500;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:27,7:0.21:34
chr2	112536264	rs76115652	G	T	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.06;QD=30.76;SOR=3.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	112541644	rs202016623	C	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	112551673	rs200630962	G	A	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=30.65;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	112552427	rs190739040	C	T	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.95;QD=31.24;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	112558479	rs200015423	A	G	92.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.35;QD=23.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	112582766	rs60136848	CTT	C	4757.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=49;PP=2380;SC=CAAAATGAAACTTAATTTTGA;SOR=1.265;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=53;WE=112582775;WS=112582756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	112583476	rs12614297	C	T	2259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=44;PP=1290;SC=TTTTCAGAGACAGCATCTCAC;SOR=1.248;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=74;WE=112583484;WS=112583466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	112590989	rs3761697	A	T	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=33;PP=966;SC=AAAAACTTACATATGAGAAAG;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=38;WE=112590997;WS=112590979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	112592109	rs375868159	ACAAGGT	A	229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.01;QD=45.95;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	112592117	rs370010910	CCTAT	C	230.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.81;QD=32.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	112605302	rs4848197	C	T	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.00;QD=31.08;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	112605465	rs4848800	T	C	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=22;PP=717;SC=GTAAATACGATACAAATGAAT;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=112605473;WS=112605455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	112621498	rs70962959	GA	G	221	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQRankSum=-0.905;QD=10.05;ReadPosRankSum=-1.063;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr2	112625575	rs6742515	T	C	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	112630412	rs141064868	A	C	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=18;PP=511;SC=AAAGTAACATAATCATTAAAT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=112630420;WS=112630402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	112641111	rs11415302	C	CA	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=2.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.700;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.020;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,46:0.21:215
chr2	112641149	rs17835589	G	C	6080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=25.44;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr2	112641256	rs2037198	GA	AG	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.03;SOR=3.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	112641266	rs71414610	G	C	2266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.26;SOR=2.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	112641283	rs12233011	A	G	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=22;PP=669;SC=ATGGGATGCTACGCACAGCTC;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=112641291;WS=112641273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	112687157	rs138909702	A	ATATTTATTTATT	1872.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=5.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.93;MQRankSum=2.739;QD=29.73;ReadPosRankSum=0.413;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,51:0.81:63
chr2	112704862	rs7601798	A	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.010;HP=7;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=230;ReadPosRankSum=-0.735;SC=CCCGCCCCCCACAAAAAAAGA;SOR=1.229;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=14;WE=112704870;WS=112704852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr2	112705157	rs3761701	T	C	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.9991;FS=5.874;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=768;ReadPosRankSum=-0.154;SC=AAGTCCGAGCTGTGGGCTTAT;SOR=1.845;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=48;WE=112705165;WS=112705147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,53:0.84:63
chr2	112705185	rs3761700	G	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5173;FS=4.947;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=502;ReadPosRankSum=1.171;SC=TTCTCTAATAGCGGACAGGAT;SOR=2.262;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=23;WE=112705193;WS=112705175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr2	112725684	rs113538397	A	ATGTGTG	2093.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.46;MQRankSum=2.643;QD=24.63;ReadPosRankSum=-1.351;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,61:0.72:85
chr2	112740373	rs1996323	G	A	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.9985;FS=1.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=402;ReadPosRankSum=2.586;SC=ATACATCTGTGTGTGCTTTGT;SOR=1.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=25;WE=112740381;WS=112740363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
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chr2	112740598	rs57297275	T	G	5068.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=3.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.70;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,125:0.81:155
chr2	112751928	rs7604639	G	A	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.88;ReadPosRankSum=2.427;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,77:0.71:109
chr2	112752142	rs7592909	A	C	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=301;ReadPosRankSum=-0.434;SC=GAGTTTGAGAACAACCTGGGC;SOR=0.544;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=19;WE=112752150;WS=112752132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr2	112752880	rs6739294	G	A	4800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.795;SC=AGTGAACCAAGTGCTGTGCTC;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=245;TCF=138;TCR=107;TR=192;WE=112752888;WS=112752870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,203:0.79:256
chr2	112753020	rs77702371	A	G	8274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.010;SC=GTTTTTGCCAAACATGACCTT;SOR=0.577;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=436;TCF=215;TCR=221;TR=341;WE=112753028;WS=112753010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,357:0.76:469
chr2	112753097	rs6726639	A	C	6790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.482;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.237;SC=TCCCAGTGACACTGAAACTTG;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=339;TCF=148;TCR=191;TR=274;WE=112753105;WS=112753087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,292:0.80:365
chr2	112753781	rs34346510	TA	T	4911.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.716;NF=13;NR=70;PP=2948;ReadPosRankSum=0.243;SC=TTACCACAGTTAAATAACACC;SOR=0.694;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=122;TCF=17;TCR=105;TR=83;WE=112753789;WS=112753771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,166:0.67:249
chr2	112753883	rs10173553	C	T	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.794;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=718;ReadPosRankSum=-0.284;SC=GCTCTTCAGGCCACCAACCAT;SOR=0.214;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=43;WE=112753891;WS=112753873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,46:0.84:55
chr2	112754828	rs3811632	G	T	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=15;PP=849;ReadPosRankSum=-1.221;SC=TTGACTATTTGTTCTTCCCTG;SOR=0.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=57;TCR=21;TR=58;WE=112754836;WS=112754818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,71:0.72:99
chr2	112755001	rs2230515	A	G	3444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=72;PP=1924;ReadPosRankSum=-1.135;SC=GATTGGGTTGATTTTATACAT;SOR=0.645;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=83;TCR=96;TR=133;WE=112755009;WS=112754991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,154:0.73:211
chr2	112761653	rs4848933	C	G	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.022;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=878;ReadPosRankSum=-1.177;SC=AATCTCAGTTCCCAGTGGGCC;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=51;WE=112761661;WS=112761643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,52:0.80:65
chr2	112765973	rs1131244	A	G	2255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.23;ReadPosRankSum=-0.003;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,107:0.77:139
chr2	112766262	rs10210692	A	G	2261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=33;PP=1199;ReadPosRankSum=-1.660;SC=GGACGCTGATAGGCTCAGGAA;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=132;TCF=79;TCR=53;TR=83;WE=112766270;WS=112766252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,100:0.66:152
chr2	112766304	rs55766181	G	C	2389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=1.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.73;ReadPosRankSum=0.150;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,113:0.65:174
chr2	112766319	rs55799805	T	C	2422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=1.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.17;ReadPosRankSum=-2.550;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,114:0.67:171
chr2	112767406	rs11884641	A	G	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.904;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=8;PP=852;ReadPosRankSum=0.972;SC=GGCGCTCTTGATTTTTTCAAA;SOR=1.306;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=47;WE=112767414;WS=112767396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,49:0.72:68
chr2	112767483	rs11884693	A	G	4557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=0.284;SC=TGGTCACAGTAACAAGGACTC;SOR=0.657;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=258;TCF=153;TCR=105;TR=189;WE=112767491;WS=112767473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,199:0.73:271
chr2	112767739	rs75313362	A	G	3009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.281;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=63;PP=1802;ReadPosRankSum=0.437;SC=TGAAGCCAGGAAGGAGAGGAC;SOR=1.065;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=66;TCR=83;TR=112;WE=112767747;WS=112767729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,126:0.75:168
chr2	112767824	rs77781750	A	G	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.838;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=904;ReadPosRankSum=0.226;SC=GGCCTGCTCCAGGTATTATTA;SOR=0.604;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=61;WE=112767832;WS=112767814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,69:0.71:97
chr2	112767941	rs77306155	A	G	305.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.7082;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=-0.763;SC=CACAACCCTCATGGCCGCATA;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=13;WE=112767949;WS=112767931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,13:0.87:15
chr2	112770770	rs4374383	A	G	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.78;ReadPosRankSum=2.422;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,79:0.76:104
chr2	112770798	rs4500955	TG	CA	3823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.09;ReadPosRankSum=0.483;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,96:0.78:123
chr2	112773366	rs6710591	A	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.862;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=287;ReadPosRankSum=-0.104;SC=TCTAAAGATTATGTTCTTTTA;SOR=0.165;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=21;WE=112773374;WS=112773356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr2	112773500	rs6710733	A	G	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.916;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=473;ReadPosRankSum=-0.405;SC=TAATCCATGAAAAGACTGTCC;SOR=0.303;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=37;WE=112773508;WS=112773490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,44:0.70:63
chr2	112773528	rs111619827	TCTTGTAC	T	1474.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.940;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=958;ReadPosRankSum=0.920;SC=ATTGAGTTGCTCTTGTACCTT;SOR=0.171;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=18;WE=112773542;WS=112773518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,37:0.73:51
chr2	112776913	rs3841094	T	TC	5493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.173;HP=8;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.366;NF=43;NR=79;PP=2372;ReadPosRankSum=2.926;SC=AAGCATCCTTTCCCCCCCCGG;SOR=0.541;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=195;TCF=64;TCR=131;TR=122;WE=112776923;WS=112776903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,264:0.73:361
chr2	112776979	rs3811640	C	A	6731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=0.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.113;QD=16.42;ReadPosRankSum=-2.571;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,314:0.77:410
chr2	112779286	rs10667527	A	ATC	1121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.887;NF=0;NR=23;PP=909;ReadPosRankSum=-0.471;SC=GCTTGCTCAGATCTCTTTTAT;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=23;WE=112779294;WS=112779276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chr2	112785770	rs6738237	A	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=5.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.26;ReadPosRankSum=-0.288;SOR=0.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr2	112786034	rs2230516	C	T	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=0.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-1.265;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,94:0.26:358
chr2	112786523	rs147500027	A	AT	1102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.219;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=26;PP=980;ReadPosRankSum=2.151;SC=TGTTTTTGGTATTTGTCTTCC;SOR=0.465;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=27;WE=112786531;WS=112786513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,46:0.74:62
chr2	112813391	rs9308665	C	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=-1.613;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,28:0.18:156
chr2	112817458	rs58182983	A	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.859;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr2	112832684	rs6542026	G	A	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=19;PP=480;SC=ATTTAAAACCGTATGTTTTCA;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=112832692;WS=112832674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	112865517	rs7562848	G	C	2259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	112896112	rs144500920	C	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=-1.472;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,21:0.23:93
chr2	112917102	rs1320360	G	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.452;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr2	112945188	rs4848281	T	A	3194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=86;PP=2323;SC=GTTCCCGCCCTCTCACCAGTG;SOR=2.733;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=22;TCR=87;TR=108;WE=112945196;WS=112945178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	113082250	rs59100751	CT	C	768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=2.891;QD=4.96;ReadPosRankSum=-0.801;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,51:0.33:155
chr2	113089267	rs7601200	T	C	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=0.782;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,71:0.25:281
chr2	113090047	rs4578863	T	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=5.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=1.080;SOR=1.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,30:0.18:169
chr2	113258671	rs62157516	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQRankSum=-5.531;QD=1.15;ReadPosRankSum=1.111;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,8:0.15:53
chr2	113300001	rs138896228	TTCCGGCGTGTACCGAGAGACTGGCG	T	1501.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FS=1.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=3.595;QD=3.02;ReadPosRankSum=1.375;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:431,67:0.13:498
chr2	113300283	rs2241804	C	G	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=3.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=0.516;SOR=0.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,31:0.21:148
chr2	113300330	rs4849071	G	A	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=50;PP=1357;SC=TATGACCCCAGATGCATGTGC;SOR=3.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=8;TCR=50;TR=58;WE=113300338;WS=113300320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	113303355	rs60518507	C	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=30;ReadPosRankSum=-2.202;SC=TAGCTGGGACCACAGGCGTGC;SOR=0.804;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=5;WE=113303363;WS=113303345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr2	113303381	rs62158582	T	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr2	113303411	rs61669219	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.113;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr2	113303463	rs62158584	T	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr2	113305150	rs11123139	G	C	4437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.782;SC=CAGAGGTAATGACGGGCGTCC;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=226;TCF=88;TCR=138;TR=173;WE=113305165;WS=113305140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,189:0.77:245
chr2	113305157	rs202165074	G	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.105;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,52:0.25:210
chr2	113306827	rs62158585	A	G	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=-0.735;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,11:0.14:77
chr2	113308516	rs2304555	T	A	4854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.396;SC=AAAATGGCACTGTTATGTTGA;SOR=0.886;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=255;TCF=122;TCR=133;TR=197;WE=113308524;WS=113308506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,214:0.78:274
chr2	113308622	rs3816140	C	T	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.765;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=788;ReadPosRankSum=-1.835;SC=AAGAAATTCACTGGGGGTAGT;SOR=0.392;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=46;WE=113308630;WS=113308612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,50:0.77:65
chr2	113309473	rs1545133	C	T	4714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=3.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.59;ReadPosRankSum=1.493;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,209:0.78:268
chr2	113310197	rs11351307	CT	C	1389.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.944;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;MQRankSum=0.435;QD=17.82;ReadPosRankSum=-0.229;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,76:0.97:78
chr2	113315735	rs57858974	CT	C	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.667;NF=2;NR=8;PP=297;ReadPosRankSum=0.221;SC=CCTGAGAGTTCTTTTTAAAAG;SOR=0.184;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=10;WE=113315743;WS=113315725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr2	113321900	rs41280572	T	C	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=2;PP=584;ReadPosRankSum=-0.738;SC=GAATGTTGGATGAAGCATTCT;SOR=1.022;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=31;WE=113321908;WS=113321890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
chr2	113326281	rs6746874	C	G	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=4;PP=620;SC=AAATGTGTAACCAGTTGCAGT;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=30;WE=113326289;WS=113326271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	113326502	rs13010814	C	T	5445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=96;PP=2889;SC=GATGATGTTACAGTCACAATC;SOR=0.973;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=87;TCR=96;TR=183;WE=113326510;WS=113326492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr2	113332421	rs10169344	T	C	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=222;ReadPosRankSum=-0.469;SC=TACTTTTTCCTAGGAGTAAAG;SOR=0.630;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=25;WE=113332429;WS=113332411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,30:0.33:92
chr2	113344047	rs752992	T	C	15941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=275;NR=284;PP=2965;SC=CCCCACCCCATCACCACACAG;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=562;TCF=275;TCR=287;TR=559;WE=113344055;WS=113344037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,597:1.00:597
chr2	113346413	rs3748024	C	G	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.73;ReadPosRankSum=1.427;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,95:0.86:110
chr2	113346512	rs1047652	A	C	2806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=62;PP=2176;SC=GACTGCCCCCACGCCCCTCCC;SOR=1.502;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=105;WE=113346520;WS=113346502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	113405436	rs3817328	G	C	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.953;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,53:0.23:228
chr2	113405483	rs77746742	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.286;SOR=0.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,18:0.24:75
chr2	113479614	rs13386452	G	A	9567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.06;MQRankSum=0.950;NF=206;NR=190;PP=2962;ReadPosRankSum=0.911;SC=CTGCTGGAGCGCCTGGTGTGC;SOR=0.577;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=513;TCF=269;TCR=244;TR=396;WE=113479622;WS=113479604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,423:0.77:549
chr2	113479745	rs34781106	AC	A	9055.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.294;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.148;NF=30;NR=185;PP=2976;ReadPosRankSum=1.631;SC=GTGCCCCCCGACCCCCCGTCT;SOR=1.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=33;TCR=199;TR=215;WE=113479760;WS=113479733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,290:1.00:291
chr2	113480556	rs34912983	GC	G	444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.691;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.659;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,21:0.27:79
chr2	113480938	.	G	GCACACA	2131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.75;ReadPosRankSum=1.754;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,52:0.90:58
chr2	113481439	rs13384583	T	A	3508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=1.458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.18;ReadPosRankSum=-0.350;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,155:0.80:193
chr2	113481547	rs2063919	A	G	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=60;PP=2451;SC=AGGCCTCAGAAGAATGAGCAA;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=55;TCR=60;TR=115;WE=113481555;WS=113481537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	113482779	rs4849116	A	C	14462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=262;NR=251;PP=2965;SC=GTGGGCACCTACACAGGGCCC;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=514;TCF=262;TCR=252;TR=513;WE=113482787;WS=113482769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,547:1.00:547
chr2	113484319	rs2138604	G	A	6597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=121;PP=2965;SC=GATCCAGGTGGGAGCTGGGTG;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=104;TCR=121;TR=225;WE=113484327;WS=113484309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr2	113484353	rs2138605	A	G	4427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=85;PP=2608;SC=CAGGCCCAGCAGGGGCGGAGC;SOR=1.151;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=62;TCR=85;TR=147;WE=113484361;WS=113484343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	113484441	rs2138606	T	G	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=531;ReadPosRankSum=0.753;SC=CTCCTCAGCCTCGCCTGGGCT;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=24;WE=113484449;WS=113484431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr2	113498566	rs3811040	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.562;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,13:0.16:83
chr2	113513825	rs6731822	T	C	12110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=225;NR=200;PP=2965;SC=CTCTGGCTTATGGCTTTTGAC;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=427;TCF=227;TCR=200;TR=425;WE=113513833;WS=113513815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr2	113514883	rs11311327	AT	A	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.304;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=373;ReadPosRankSum=1.229;SC=GCTAAAAAAAATAATCATTTT;SOR=3.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=10;WE=113514891;WS=113514873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr2	113532885	rs3783550	G	T	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.922;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=33;PP=842;ReadPosRankSum=-0.447;SC=GAACAAGATGGTAGAAAAAGG;SOR=0.550;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=60;WE=113532893;WS=113532875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,62:0.72:86
chr2	113535395	rs2071376	G	T	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.234;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=416;ReadPosRankSum=-0.737;SC=TTCTCATAGAGCCTGCCTAGG;SOR=0.328;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=27;WE=113535403;WS=113535385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr2	113535770	.	G	GGTGT	499.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.70;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	113540205	rs1609682	G	T	3129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.88;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,135:0.77:175
chr2	113588302	rs1143643	C	T	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=512;ReadPosRankSum=-0.018;SC=CCCAACTTTCCGTGTGATTAT;SOR=1.209;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=27;WE=113588310;WS=113588292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr2	113590467	rs1143633	C	T	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.025;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=345;ReadPosRankSum=-1.199;SC=TGAGGCGAGGCGGCAAAATTT;SOR=0.197;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=24;WE=113590475;WS=113590457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr2	113671303	rs3811045	T	C	10855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=203;NR=172;PP=2965;SC=TTAAATGGTCTTTGATACCCC;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=375;TCF=203;TCR=172;TR=375;WE=113671311;WS=113671293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr2	113671378	rs3811046	G	T	12959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=249;NR=234;PP=2965;SC=GACCCGGCTGGAAGCCCCCTG;SOR=0.747;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=487;TCF=249;TCR=238;TR=483;WE=113671389;WS=113671368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,497:1.00:497
chr2	113671410	rs3811047	A	G	9701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=3.034;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.94;ReadPosRankSum=-0.232;SOR=0.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,373:1.00:374
chr2	113671518	rs3811048	G	A	2409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=66;PP=1895;SC=TTACAGGGTGGGAGAATTGTA;SOR=3.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=9;TCR=66;TR=75;WE=113671526;WS=113671508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	113763463	rs2305152	A	C	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=3.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.704;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,72:0.24:298
chr2	113763575	rs895497	A	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=-1.284;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,38:0.16:235
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chr2	113875773	rs4251970	A	G	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=-1.413;SC=GGAGGCATCCATGGGAGACCA;SOR=0.666;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=14;WE=113875781;WS=113875763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
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chr2	113877538	rs4251986	G	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=153;ReadPosRankSum=-1.241;SC=AAAGGATAGAGATGGAACCAT;SOR=0.573;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=14;WE=113877546;WS=113877528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr2	113877713	rs878972	A	C	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-2.858;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,8:0.19:43
chr2	113887207	rs419598	T	C	9930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr2	113887262	rs423904	C	T	6677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=126;PP=2965;SC=GCCAGGAAAGCCAATGTATGT;SOR=0.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=112;TCR=126;TR=238;WE=113887281;WS=113887252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr2	113887273	rs446433	G	A	6004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=98;NR=114;PP=2965;SC=CAATGTATGTGGGCATCACGT;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=98;TCR=114;TR=212;WE=113887281;WS=113887252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr2	113887294	rs495282	G	C	4583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=88;PP=2965;SC=CACTTTGCCCGTCTGTCTGCA;SOR=0.995;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=70;TCR=88;TR=158;WE=113887302;WS=113887284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr2	113887338	rs495410	A	C	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=54;PP=1606;SC=CCCTAGGTGCAATGTCCTAAT;SOR=2.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=12;TCR=54;TR=66;WE=113887346;WS=113887328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	113888557	rs451578	G	A	4912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=27;PP=1739;SC=AAAAATACCCGGGGTCTCTTC;SOR=1.440;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=65;TCR=27;TR=92;WE=113888565;WS=113888547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	113888579	rs432014	T	C	6009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=44;PP=2495;SC=TTATTGCTGCTTCCTCTTCTA;SOR=1.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=89;TCR=44;TR=133;WE=113888587;WS=113888569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	113888793	rs454078	A	T	6675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr2	113888900	rs380092	T	A	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=33;PP=983;SC=GCAGAGTGCCTGGCTTGCGCT;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=113888908;WS=113888890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	113940681	rs3748914	T	C	3937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.966;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=67;PP=2200;ReadPosRankSum=1.877;SC=AAGACAGCAGTGAGCCTGAGG;SOR=0.637;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=189;TCF=102;TCR=87;TR=149;WE=113940689;WS=113940671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,167:0.79:212
chr2	113940839	rs4849167	G	C	5561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=4.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.17;ReadPosRankSum=-0.604;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,257:0.75:344
chr2	113942903	rs1975535	A	C	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=31;PP=1172;ReadPosRankSum=0.090;SC=CTCTCTGTGTATCCAGGGCTC;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=62;TCR=40;TR=77;WE=113942911;WS=113942893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,84:0.73:115
chr2	113943063	rs45592842	T	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=-2.274;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,24:0.20:122
chr2	113943096	rs111317174	G	A	1939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.79;ReadPosRankSum=-1.735;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,84:0.86:98
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chr2	113953401	rs923693	A	G	14247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=235;NR=273;PP=2965;SC=CTGTCTTTGGACTGTCCTCCC;SOR=0.896;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=508;TCF=235;TCR=273;TR=508;WE=113953409;WS=113953391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,527:1.00:527
chr2	113953657	rs4849169	A	C	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.672;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,73:0.31:237
chr2	113953952	rs4848318	T	C	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.145;QD=4.81;ReadPosRankSum=-0.864;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,29:0.31:94
chr2	113953973	rs71385890	A	AT	575.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.242;NF=0;NR=11;PP=914;ReadPosRankSum=-0.744;SC=GTGTGCAGAGAGACAGCCCGC;SOR=0.881;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=11;WE=113953984;WS=113953963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,19:0.29:65
chr2	113953974	rs10579377	GACA	G	575.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=914;ReadPosRankSum=-0.225;SC=TGTGCAGAGAGACAGCCCGCG;SOR=1.078;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=11;WE=113953984;WS=113953963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,17:0.27:63
chr2	113955074	rs902695	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=3.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.924;SOR=0.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,33:0.23:145
chr2	113956371	rs2276561	G	C	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=0.238;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,74:0.20:376
chr2	113956821	rs2305133	C	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=5.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.713;SOR=1.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,11:0.15:74
chr2	113977862	rs4849175	T	G	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=20;PP=555;SC=CAGGAATGGTTGGGGAGACAG;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=113977870;WS=113977852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	113994417	rs1110839	G	T	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=316;ReadPosRankSum=1.405;SC=GGTCCTCATCGCCCCCTTCTT;SOR=0.565;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=30;WE=113994425;WS=113994407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,34:0.29:118
chr2	113994461	rs3738913	G	A	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=455;ReadPosRankSum=-1.285;SC=GGCACGTTTCGTTCATGCTCA;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=27;WE=113994469;WS=113994451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr2	113999534	rs4849186	G	C	3088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=58;PP=1920;ReadPosRankSum=1.697;SC=ATCAAAGCCTGAGCAAACTGC;SOR=0.570;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=158;TCF=89;TCR=69;TR=126;WE=113999542;WS=113999524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,135:0.78:174
chr2	113999736	rs13015478	G	T	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.472;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=702;ReadPosRankSum=1.012;SC=AGAGGGTCAGGGGTGGGAGTG;SOR=1.236;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=45;WE=113999744;WS=113999726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,49:0.83:59
chr2	114000458	rs902691	C	A	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=21;PP=557;SC=TGGGTATCTCCAAGGCACTTG;SOR=1.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=30;WE=114000466;WS=114000448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	114386172	rs368603894	A	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=16.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=-1.655;SOR=3.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr2	114387907	rs1964835	C	T	2767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.583;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.258;NF=29;NR=72;PP=1808;ReadPosRankSum=0.494;SC=GACTCAAGAACTACTGCCAAT;SOR=0.493;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=139;TCF=39;TCR=100;TR=101;WE=114387915;WS=114387897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,115:0.74:155
chr2	114387950	rs1040646	G	A	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.063;NF=7;NR=38;PP=992;ReadPosRankSum=0.854;SC=ATCTAAACTCGGTTGGGCTAA;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=45;WE=114387958;WS=114387940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,48:0.76:63
chr2	114392716	rs146907164	C	T	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.611;NF=51;NR=69;PP=1655;ReadPosRankSum=-1.160;SC=TGGTACGAGACGGTGGGGAGG;SOR=0.773;SbPval=0.6;Source=Platypus;TCF=79;TR=120;WE=114392724;WS=114392706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,125:0.71:176
chr2	114425263	rs187515355	T	C	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.97;QD=32.23;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	114426090	rs80162835	C	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=1.023;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,43:0.19:229
chr2	114429542	rs13003858	G	A	3808.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.444;NF=91;NR=71;PP=2296;ReadPosRankSum=2.157;SC=GGGAGCCAGGGGAGAGAGAGA;SOR=0.697;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=213;TCF=118;TCR=95;TR=162;WE=114429550;WS=114429532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,169:0.74:229
chr2	114429576	rs12986781	T	C	3598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.326;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.076;NF=76;NR=69;PP=2098;ReadPosRankSum=-1.818;SC=GACAGAGCTCTAGAGCCACAG;SOR=0.587;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=182;TCF=93;TCR=89;TR=145;WE=114429584;WS=114429566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,159:0.78:203
chr2	114480812	rs3835109	A	AAAC	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=166;ReadPosRankSum=1.320;SC=TTAAAAAATTAAACCAAAGAA;SOR=0.465;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=6;WE=114480820;WS=114480802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,8:0.15:52
chr2	114493509	rs142249018	CT	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.062;NF=1;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=-0.935;SC=TCAGAATTCCCTTTTTTGTTC;SOR=0.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=8;WE=114493517;WS=114493499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,12:0.20:61
chr2	114501112	rs3748906	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=-0.972;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr2	114513787	rs4538208	C	G	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=24;PP=1504;SC=CGCAGGGCTCCGGCGCCCCTG;SOR=1.585;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=64;TCR=24;TR=88;WE=114513795;WS=114513777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	114513901	rs4321376	C	T	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=1.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=0.568;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,70:0.25:275
chr2	114684848	rs3748997	T	C	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	114689047	rs200938275	C	CT	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr2	114691809	rs5833524	G	GT	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.879;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr2	114697516	rs35820702	A	G	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.695;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=427;ReadPosRankSum=-1.030;SC=TAAATTTGGTATCTTTTTTCC;SOR=1.197;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=22;WE=114697524;WS=114697506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr2	114709476	rs13418557	A	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=3.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-1.521;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,24:0.23:105
chr2	115919677	rs7557011	CT	GC	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=9;PP=610;SC=CCGCCTCCCGCTTCCCAGGCT;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=115919686;WS=115919667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	116066984	rs975453	G	A	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=32;PP=861;SC=TGATAATTTCGCATTCAAATG;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=116066992;WS=116066974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	116099725	rs843403	A	T	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=47;PP=1393;SC=CAAACTCATTAAGCACTCTCT;SOR=1.192;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=82;WE=116099733;WS=116099715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	116497479	rs1550854	A	G	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=60;PP=1714;SC=GGTAAGTAACATGGAAGTACT;SOR=1.418;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=39;TCR=60;TR=99;WE=116497487;WS=116497469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	116497528	rs1550853	A	G	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=25;PP=680;SC=GTGACTTGACAGATGGTATTC;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=116497536;WS=116497518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	116510817	rs2053724	G	C	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=1.827;SOR=1.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,26:0.18:146
chr2	116525960	rs1446495	G	A	4391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr2	116534922	rs1374271	A	G	2647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=57;PP=1480;ReadPosRankSum=0.951;SC=AGCGTTGTCAAATGCCATCTT;SOR=0.681;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=143;TCF=62;TCR=81;TR=103;WE=116534930;WS=116534912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,116:0.74:157
chr2	116539846	rs36082071	GA	G	648.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.774;NF=15;NR=9;PP=609;ReadPosRankSum=0.225;SC=CATTTGGGGGGAAAAAACTAT;SOR=0.475;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=24;WE=116539854;WS=116539836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,34:0.76:45
chr2	116548526	rs6735355	A	G	179.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.97;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	116548820	rs3738879	C	T	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	116593675	rs10549769	ATG	A	1825.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=9.390;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.72;ReadPosRankSum=-0.323;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,64:0.90:71
chr2	116594221	rs736335	G	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.426;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=145;ReadPosRankSum=1.060;SC=TAGATCTATAGATACAGATAT;SOR=0.752;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=17;WE=116594229;WS=116594211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr2	116598546	rs272011	G	A	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=16;PP=433;SC=CTCTGTTCCTGATTACACCGA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=116598554;WS=116598536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	116599659	rs272010	A	T	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.11;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	116599927	rs272009	T	C	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=45;PP=1128;SC=AATAATGGACTGTATTTATAC;SOR=1.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=78;WE=116599935;WS=116599917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	118572471	rs3755492	A	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=0.308;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,19:0.16:120
chr2	118583940	rs2303348	C	T	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=498;ReadPosRankSum=-1.299;SC=GTTTTCTTCGCTACTTGAAAC;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=100;TCR=66;TR=47;WE=118583948;WS=118583930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,50:0.28:181
chr2	118677916	rs35891278	T	C	2495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=5.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.87;ReadPosRankSum=-0.430;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,122:0.68:180
chr2	118688754	rs971754	T	C	5353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=94;PP=2501;SC=GAAATGGTGATGAAAAGACAT;SOR=1.018;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=88;TCR=94;TR=181;WE=118688762;WS=118688744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr2	118692929	rs12151445	G	A	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=736;ReadPosRankSum=-0.815;SC=TAAGACGCATGGTGGGAATAC;SOR=0.849;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=42;WE=118692937;WS=118692919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,46:0.61:75
chr2	118694393	rs2303333	C	G	3177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=63;PP=1876;ReadPosRankSum=1.037;SC=TGCAAGCTTGCCTGTCTCCAC;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=80;TCR=85;TR=122;WE=118694401;WS=118694383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,139:0.75:185
chr2	118704478	rs7580124	T	G	4229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=92;PP=2538;SC=TGACATGAACTTTTACAAAAT;SOR=1.236;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=62;TCR=92;TR=153;WE=118704486;WS=118704468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	118704503	rs2303329	A	G	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.157;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,23:0.22:104
chr2	118705570	rs10186396	A	G	2656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=25.30;SOR=1.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	118706879	rs1035598	A	G	4936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.93;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,196:0.99:198
chr2	118716166	rs1991102	C	T	1787.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=40;PP=1041;ReadPosRankSum=-0.048;SC=GCCAGTCACACCAAGCCAGGG;SOR=0.608;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=68;WE=118716174;WS=118716156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,76:0.89:85
chr2	118731573	rs748767	G	A	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.765;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,76:0.26:298
chr2	118732975	rs6722547	T	C	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=22;PP=643;SC=AGCAGCAGCATCCTGAGAGAG;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=118732983;WS=118732965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	118735395	rs889899	G	A	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=11;PP=600;SC=TTGCTCCCCAGTCTGTAGAGG;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=118735403;WS=118735385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	118743630	rs33975708	G	A	2781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=4.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.66;ReadPosRankSum=1.126;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,131:0.78:167
chr2	118753148	rs10633675	A	ATC	3522.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=41;PP=2141;SC=CCACTCAGATATGTCTTATAA;SOR=1.581;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=43;WE=118753156;WS=118753138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	118764242	rs34609704	C	CA	648.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,26:0.25:106
chr2	118766024	rs10864966	A	G	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=16;PP=2211;SC=CAGACATGGAAGAAGTTAAAA;SOR=2.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=77;TCR=16;TR=93;WE=118766032;WS=118766014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	118771566	rs11545372	C	A	2469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.36;ReadPosRankSum=-1.925;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,119:0.69:172
chr2	118771663	rs12477588	A	G	3853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=63;NR=56;PP=2205;SC=GGGGTGGAGTACAAAGCGGAA;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=63;TCR=57;TR=119;WE=118771671;WS=118771653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	118771682	.	TGCCGCC	T,TGCCGCCGCC	3730.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.36;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=11,11;NR=31,31;PP=1769,2990;SC=AAACTCCCTCTGCCGCCGCCG;SOR=0.693;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=42,42;WE=118771695;WS=118771672;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.74,0.26:92
chr2	119604255	rs79126103	C	T	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.126;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=726;ReadPosRankSum=-1.323;SC=CAGCGCCTGGCGCCCGGGTGC;SOR=0.418;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=51;WE=119604263;WS=119604245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,59:0.68:87
chr2	119700096	rs2077344	T	C	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=41;PP=1123;SC=TTGCACGTAATCATCACTAAT;SOR=2.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=54;WE=119700104;WS=119700086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	119727793	rs41279766	C	G	2200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=41;PP=1232;ReadPosRankSum=-0.882;SC=AGTCAGCACACCCTGGAGAAC;SOR=0.575;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=86;WE=119727801;WS=119727783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,96:0.81:118
chr2	119728959	rs140446686	G	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=1.010;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,14:0.20:71
chr2	119732042	rs11693199	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=2.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=1.330;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,30:0.21:145
chr2	119739127	rs10623500	C	CATTT	2896.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.755;NF=12;NR=29;PP=493;ReadPosRankSum=-0.590;SC=TAGGTATTTCCTTTTTTTTTT;SOR=0.762;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=41;WE=119739135;WS=119739117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,89:0.74:120
chr2	119739269	rs56216274	C	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=-0.566;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,41:0.25:163
chr2	119749477	rs2304708	T	G	5827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr2	119749611	rs4848530	C	T	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=34;PP=991;SC=TGTGCTGGGGCTTGCCCTAGG;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=49;WE=119749619;WS=119749601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	119749858	rs3765035	A	G	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=176;SC=CCCGCAGGACATCCCATCCCC;SOR=1.981;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=119749866;WS=119749851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	119915132	rs11308896	CG	C	1127.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=6;PP=1042;SC=CGAGGGTTTACGGGGGCCGGT;SOR=3.026;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=29;WE=119915140;WS=119915122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	119915249	rs7556873	T	C	6111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=127;NR=73;PP=2965;SC=AGATGCCGCGTACCTGGCAGC;SOR=1.108;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=127;TCR=73;TR=200;WE=119915257;WS=119915239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr2	119988565	rs838100	G	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=1.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=1.668;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,62:0.24:261
chr2	120003642	rs838083	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=130;ReadPosRankSum=0.202;SC=CCAGCATGCTCTTTTTGATAT;SOR=0.941;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=8;WE=120003650;WS=120003632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr2	120005840	rs67985074	TC	T,TCC	3291.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=7.425;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.06;ReadPosRankSum=-0.555;SOR=1.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:29,56,108:0.29,0.56:193
chr2	120014985	rs838072	A	G	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=7;PP=1512;SC=GGCTCTGGCAATCTATTTTTG;SOR=3.521;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=56;TCR=7;TR=63;WE=120014993;WS=120014984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	120015376	rs838071	C	T	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=514;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATGGGGACAGCCATGGTTCTT;SOR=0.733;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=26;WE=120015384;WS=120015366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,29:0.88:33
chr2	120059895	rs16744	G	GGAAA	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=150;SC=AAAGAGAGAAGGAAAGACCTG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=120059903;WS=120059885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	120059988	rs1890	T	C	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=13;PP=559;SC=ATTTCAAAAATTCAGCAGTGG;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=120059996;WS=120059978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	120060082	rs1052500	T	C	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.47;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	120075021	rs72829474	T	C	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.96;ReadPosRankSum=-0.745;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,44:0.76:58
chr2	120078778	rs1132267	T	C	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	120125029	rs2084202	A	G	4284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=49;PP=2816;SC=TCCGTGGCCGAGAGCTTGGAG;SOR=1.371;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=91;TCR=49;TR=140;WE=120125037;WS=120125019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	120125363	rs3091405	C	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.099;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=367;ReadPosRankSum=-0.494;SC=GGCTTCGCTGCAGCCCCGGCC;SOR=1.219;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=17;WE=120125371;WS=120125353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr2	120125936	rs2244135	T	C	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=32;PP=947;SC=GCTCAGCAGCTCAGACTGGAA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=60;WE=120125944;WS=120125926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	120187344	rs11123523	A	G	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=5;PP=521;SC=CCTCCTTATTATTCTTAAGTC;SOR=2.303;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=24;WE=120187352;WS=120187334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	120189300	rs2043867	G	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=33;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TCCGAGCCGCGGAGGGCGGCG;SOR=0.850;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=6;WE=120189308;WS=120189290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr2	120189404	rs4340531	A	G	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=9;PP=229;SC=CCTGCGGAGAAGTCCCGGGCT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=120189412;WS=120189394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	120189433	rs4599130	G	C	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.88;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	120194651	rs3217464	A	AGTGTGC	19914.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=127;PP=2957;SC=CACCAACCAGACGATCTGCTT;SOR=0.744;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=207;TCF=61;TCR=146;TR=185;WE=120194659;WS=120194641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr2	120197670	rs1042656	G	A	2222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	120199140	rs1126839	A	G	14261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=244;NR=279;PP=2965;SC=TCACCTCCCCATTGAGGAAGC;SOR=0.858;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=525;TCF=244;TCR=281;TR=523;WE=120199148;WS=120199130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,559:1.00:559
chr2	120209689	rs2587692	A	G	4998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=94;PP=2944;SC=GGTTATGAGCAGGAGCTGTGG;SOR=1.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=77;TCR=94;TR=171;WE=120209697;WS=120209679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr2	120221585	rs2253870	G	A	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=7;PP=653;SC=TTGGTATTAAGTGCAGCCTCA;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=120221593;WS=120221575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	120221984	rs2579647	A	C	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=17;PP=522;SC=TGAATGAGGAACTGGGTCTCC;SOR=0.997;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=29;WE=120221992;WS=120221974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	120230998	rs2579641	G	A	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=17;PP=831;SC=TCCTGTCCCCGGGTTCGTGGG;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=120231006;WS=120230988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	120231165	rs2587701	T	C	2271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=38;PP=1155;SC=AGGTGAGCCATGGGCCCAGGC;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=79;WE=120231173;WS=120231155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	120231303	rs2587702	T	C	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	120303820	rs2579624	A	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=1.310;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,16:0.16:102
chr2	120317621	.	CT	C	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-0.342;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr2	120358804	rs55809171	G	A	3785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.966;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=38;PP=2177;ReadPosRankSum=0.070;SC=GAATAATTCCGGCTAATGGGA;SOR=0.323;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=185;TCF=136;TCR=49;TR=139;WE=120358812;WS=120358794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,161:0.79:205
chr2	120362407	rs1568540	C	T	5419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=98;NR=87;PP=2965;SC=GAAAGGGTGACAGAGGGGCAG;SOR=0.802;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=189;TCF=102;TCR=87;TR=185;WE=120362415;WS=120362387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr2	120362897	rs1521914	T	A	2532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=55;PP=1539;SC=GTATCAAGTGTCAGTACAGTT;SOR=1.635;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=84;WE=120362905;WS=120362887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	120366057	rs11398750	G	GT,GTT	1762.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.333;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.74;ReadPosRankSum=0.197;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:15,66,31:0.59,0.28:112
chr2	120366201	rs371925073	G	A	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=384;ReadPosRankSum=-0.213;SC=CATTTGTTTCGCTAGATGTTT;SOR=0.588;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=36;WE=120366209;WS=120366191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,39:0.34:115
chr2	120369300	rs10864986	T	C	5285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=100;NR=92;PP=2501;SC=ATAAACGGGTTGTTCGCAATC;SOR=0.803;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=100;TCR=92;TR=192;WE=120369308;WS=120369290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr2	120383138	rs77292092	CATT	C	490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.028;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.388;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,18:0.20:90
chr2	120385094	rs71966516	GATATAT	G,GAT	1093.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;NF=21,21;NR=5,5;PP=675,283;SC=AGTAAAAGTGGATATATATAT;SOR=2.531;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=26,26;WE=120385113;WS=120385084;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:30
chr2	120387637	rs12711931	G	C	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=549;SC=TGGTAGATTAGACTGTGTGGC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=120387645;WS=120387627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	120388412	rs2272058	G	A	7457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr2	120404629	rs11349518	AT	A	3743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.838;NF=14;NR=125;PP=1396;ReadPosRankSum=0.315;SC=GTAGAACGGTATTTTTTTTTT;SOR=0.794;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=176;TCF=19;TCR=157;TR=139;WE=120404639;WS=120404619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:18,235:0.93:253
chr2	120409430	rs1521912	A	G	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=4;PP=839;SC=ACAAAAGTAGATGGAACTAAA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=120409438;WS=120409420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	120413984	rs116625089	C	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.185;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,39:0.25:158
chr2	120414083	rs6761357	C	T	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=27;PP=762;SC=ATTTGCTTTCCGTGGGCCACT;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=120414091;WS=120414073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	120438523	rs13011768	A	G	12378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=234;NR=188;PP=2965;SC=TGGAGTTCCAATCTCGTACCA;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=422;TCF=234;TCR=188;TR=422;WE=120438531;WS=120438513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr2	120438696	rs939777	A	G	17317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=293;NR=299;PP=2965;SC=TCACCTTCCAACCTGTGAGTG;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=594;TCF=294;TCR=300;TR=592;WE=120438704;WS=120438686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,638:1.00:638
chr2	120439230	rs1983406	C	G	11116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=182;NR=184;PP=2965;SC=TGGGCAAAGACGGGGAGAAGC;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=366;TCF=182;TCR=184;TR=366;WE=120439238;WS=120439220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr2	120443443	rs939778	A	G	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=46;PP=1300;SC=GTTAGAAGTAACTTTTTCAGG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=73;WE=120443451;WS=120443433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	120689905	rs2292361	A	G	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=5;PP=807;SC=TTGCTCATCTAGAACATAATC;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=120689913;WS=120689895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	120703842	rs2289581	A	G	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=1;PP=79;SC=CATACAAAAAATATGCTTCCT;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=120703850;WS=120703832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	120704164	rs3214717	A	AT	2017.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=834;SC=AGTTATCTAAATGTTTCAAAT;SOR=1.514;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=23;WE=120704174;WS=120704154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	120704166	rs2289580	G	T	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=23;PP=699;SC=TTATCTAAATGTTTCAAATAA;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=120704174;WS=120704154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	120714401	.	CT	C	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.648;QD=1.60;ReadPosRankSum=-0.399;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr2	120718322	rs12618050	A	G	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=6;PP=327;SC=TGATTTTCCTATTCCTGATTA;SOR=1.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=18;WE=120718330;WS=120718312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	120718672	rs6737776	T	G	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=232;SC=AATCATCATGTTTAAGTGCAT;SOR=2.494;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=120718680;WS=120718662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	120725704	rs10194955	A	G	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=21;PP=588;SC=ACTACTGCCCACTAGTCAAAT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=120725712;WS=120725694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	120776972	rs3216703	TG	T	650.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=677;SC=GATCAGGCACTGTAACATTCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=120776980;WS=120776962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	120830815	rs3738970	A	G	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	120885310	rs1034489	G	A	6831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr2	120889173	rs3738968	G	C	3570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	120918585	rs12617570	A	C	4249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=92;PP=2743;SC=ATTTTTGCCAAAGACAGTTTT;SOR=1.436;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=56;TCR=92;TR=147;WE=120918593;WS=120918575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	120980428	rs11550347	G	C	10493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=162;NR=185;PP=2965;SC=GGCAAAGACGGCCCAGTAGCT;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=349;TCF=164;TCR=185;TR=347;WE=120980436;WS=120980418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr2	121038290	.	G	GA	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.688;QD=4.99;ReadPosRankSum=-0.192;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr2	121106850	rs4328642	C	T	4237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.609;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=79;PP=2582;ReadPosRankSum=-1.874;SC=AGCAGGGCCACGGTGACAGGT;SOR=0.676;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=224;TCF=120;TCR=104;TR=176;WE=121106858;WS=121106840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,192:0.79:243
chr2	121223274	rs17050160	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=1.172;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,21:0.17:120
chr2	121708663	rs10864866	A	G	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=4;PP=1137;SC=TGTAATTCACAGATGACCAGG;SOR=4.103;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=51;TCR=4;TR=55;WE=121708671;WS=121708660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	121712729	rs10175446	C	T	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.34;QD=27.28;SOR=6.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	121713022	rs6718382	C	G	4353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.07;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	121713030	rs12614482	G	A	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.00;SOR=3.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	121713041	rs12617878	T	C	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=62;PP=1820;SC=AGGATGGGGCTAGCAGATCTC;SOR=4.294;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=7;TCR=62;TR=69;WE=121713049;WS=121713012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	121726447	rs2592595	G	A	17784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=668;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=279;NR=361;PP=2965;SC=GAAGCAGCTCGGCGGCCAGCG;SOR=1.016;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=641;TCF=279;TCR=362;TR=640;WE=121726455;WS=121726437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,666:1.00:666
chr2	121729323	rs2677507	A	G	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=0;PP=299;SC=TGGCATGCCCAGGTCTGGGTG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=121729331;WS=121729316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	121729360	rs2592592	T	C	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=10;PP=484;SC=CATGTGCCCCTGGCAGGACTG;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=121729368;WS=121729350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	121729490	rs2592591	C	T	5539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr2	121729686	rs2592590	T	C	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=53;PP=1612;SC=AGGACCAGGCTTGTGGGCTGC;SOR=1.364;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=84;WE=121729694;WS=121729676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	121730138	rs3106962	C	G	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=9;PP=870;SC=GGGGTCACTTCAGGGCATGTG;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=121730146;WS=121730128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	121740190	rs1968619	C	T	3473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.71;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	121740194	rs1530580	T	G	3546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.73;SOR=2.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	121740505	rs280196	C	T	3942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=25.94;SOR=1.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr2	121744225	rs2276553	A	G	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=58;PP=1911;SC=GATGGGGCAGAAGAGAGTCTG;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=100;WE=121744233;WS=121744215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	121746956	rs3738880	G	T	9024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=144;PP=2965;SC=CACCGTAGACGCCCTGGCCAG;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=296;TCF=151;TCR=145;TR=295;WE=121746964;WS=121746946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr2	121747406	rs12711538	G	A	12761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.04;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr2	121747429	rs10167980	A	G	11488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=206;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.744;SC=CTGGAGTGCCACCACCTCACC;SOR=0.290;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=397;TCF=189;TCR=208;TR=395;WE=121747437;WS=121747419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,430:1.00:431
chr2	121981950	rs11890430	A	G	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=20;PP=850;SC=TGTGGTAGCCATCATTGCTCT;SOR=0.933;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=54;WE=121981958;WS=121981940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	121989683	.	T	TTTTTG	548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.83;QD=42.21;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	122004596	rs2252862	C	G	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=42;PP=1058;ReadPosRankSum=1.738;SC=AAGCAGGGTGCCCCTGGATCC;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=65;WE=122004604;WS=122004586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,68:0.74:92
chr2	122005928	rs1530124	C	T	4328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.09;ReadPosRankSum=2.004;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,191:0.71:269
chr2	122006851	rs17006283	A	C	244.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=132;ReadPosRankSum=-0.635;SC=CAGCAACAACAGTGATGACTA;SOR=0.527;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=12;WE=122006859;WS=122006841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr2	122220032	rs114715944	T	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=1.749;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=505;ReadPosRankSum=1.581;SC=CAACATTACATAGGCAGAATT;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=30;WE=122220040;WS=122220022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr2	122488301	rs188006580	T	C	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.81;ReadPosRankSum=-0.356;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr2	122520713	.	G	GTT	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=-3.428;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr2	125192068	rs1425745	T	C	2487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=38;PP=1177;SC=CAGAATCAGATGTTGCTGACT;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=49;TCR=38;TR=87;WE=125192076;WS=125192058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	125232609	rs4411700	G	T	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=50;PP=1364;SC=GAGAGAAAGAGAATGGCAGAT;SOR=2.372;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=15;TCR=50;TR=65;WE=125232617;WS=125232599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	125405302	rs924802	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=4.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=-1.273;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,26:0.15:170
chr2	127447763	rs6709803	G	A	1874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=22;PP=1023;ReadPosRankSum=0.141;SC=GATGCAGCTTGGGCCAAGGTG;SOR=0.790;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=68;WE=127447771;WS=127447753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,80:0.82:98
chr2	127453664	rs1050967	A	C	4204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.716;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=81;PP=2168;ReadPosRankSum=0.794;SC=CCCTGCAGGGAGACCCTGCCC;SOR=0.571;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=235;TCF=130;TCR=105;TR=177;WE=127453672;WS=127453654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,194:0.74:262
chr2	127657221	rs3795873	C	T	2453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=13;PP=1717;SC=GCACACGGCCCAGCCCTCCAC;SOR=2.613;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=60;TCR=13;TR=73;WE=127657229;WS=127657211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	127808226	rs2071270	A	T	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=6.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.595;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,35:0.24:143
chr2	127808532	rs2043798	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-1.091;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,29:0.22:134
chr2	127808909	rs6745677	G	A	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,81:0.27:296
chr2	127811712	rs35339559	G	GCA	269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=200;ReadPosRankSum=0.074;SC=CACCACGCATGCAGAGCAAGC;SOR=0.936;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=6;WE=127811720;WS=127811702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr2	127816632	rs2276579	G	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.499;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=360;ReadPosRankSum=0.684;SC=TGGCCCCGCCGGCCGGCTCTG;SOR=0.984;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=123;TCF=78;TCR=45;TR=34;WE=127816640;WS=127816622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,38:0.29:131
chr2	127816846	rs140171337	CTG	C	497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;QD=29.28;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	127821085	rs2071268	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=2.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=0.004;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,24:0.19:125
chr2	127821452	rs2071267	C	T	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=1.394;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,63:0.24:267
chr2	127821499	rs72481904	T	C	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.708;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:347,118:0.25:465
chr2	127826533	rs1060743	A	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:410,80:0.16:490
chr2	127834136	rs2276575	T	C	3203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=4.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.43;ReadPosRankSum=1.137;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,144:0.74:195
chr2	127834369	rs62157856	C	T	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=383;ReadPosRankSum=0.943;SC=ACAGCACAGACCAGGGGCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=23;WE=127834377;WS=127834359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,28:0.88:32
chr2	127834384	rs13387613	T	C	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=309;ReadPosRankSum=0.871;SC=GGCTGGGAAGTCTCTAGCCAA;SOR=1.828;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=18;WE=127834392;WS=127834374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,21:0.91:23
chr2	127839474	rs11682128	G	A	10441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=154;NR=218;PP=2965;SC=GCCCTGTCTCGCCCCTTCCTC;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=374;TCF=155;TCR=219;TR=372;WE=127839482;WS=127839464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr2	127839513	rs61525314	G	A	3287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=90;PP=2168;ReadPosRankSum=-0.269;SC=GGGGGCCACGGAGGCAGGATG;SOR=0.409;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=174;TCF=55;TCR=119;TR=134;WE=127839521;WS=127839503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,139:0.77:181
chr2	127839534	rs11690153	T	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,29:0.22:129
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chr2	127944781	rs11384285	A	AC	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=1.317;SC=GTGATCAGCGAACACAAATAC;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=5;WE=127944789;WS=127944771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr2	127950904	rs885276	A	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.811;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr2	127951458	rs2089109	GC	AT	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.570;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,55:0.23:237
chr2	128015367	rs4662718	C	T	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=19;PP=575;SC=TTTTATAATACTTATAATCAC;SOR=1.206;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=128015375;WS=128015357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	128028792	rs4150499	T	C	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.25;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	128029065	rs11345447	GA	G	540.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5113;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=268;ReadPosRankSum=-0.846;SC=TATATATGAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.675;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=21;WE=128029073;WS=128029055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,34:0.76:45
chr2	128050134	rs4150402	T	C	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=4;PP=429;SC=CACCTATGCCTATTGTTACAT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=128050142;WS=128050124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	128066182	.	T	C	2874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=44;PP=1674;ReadPosRankSum=-0.690;SC=TTTTCTTCCATAGCCTTCTCC;SOR=0.645;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=91;TCR=57;TR=113;WE=128066190;WS=128066172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,128:0.76:169
chr2	128081682	rs12622436	C	A	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-1.122;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,40:0.21:190
chr2	128175862	rs1799808	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.880;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,22:0.25:89
chr2	128175875	rs1799809	G	A	2905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=23;PP=2205;SC=CATCCTTGGTGGGCAGAGGTG;SOR=1.992;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=75;TCR=24;TR=98;WE=128175883;WS=128175852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	128176195	rs2854700	G	A	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=36;PP=1053;SC=AGCTTGGGGTGAAAGGACACA;SOR=2.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=46;WE=128176203;WS=128176185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	128177377	rs1158867	C	T	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=13;PP=738;SC=GACCCTCAATCCCAGCTTCCG;SOR=1.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=128177385;WS=128177367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	128180872	rs5936	G	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=2.079;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,19:0.17:109
chr2	128181028	rs1878844	A	G	5427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr2	128181234	rs2069922	GC	G	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=1.130;SC=TCCTCCGGGCGCCCCCTGCGC;SOR=0.650;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=7;WE=128181242;WS=128181224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr2	128183914	rs2069928	G	T	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=554;ReadPosRankSum=-0.843;SC=CTGCCATTGCGTTTGGGGGAT;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=26;WE=128183922;WS=128183904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr2	128249441	rs334152	C	T	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=374;SC=TCCACTTTACCGACTCGTTTA;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=128249449;WS=128249435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	128261245	rs138089460	AAAAT	A	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.941;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.176;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr2	128271958	rs10432384	C	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=1.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-1.187;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,39:0.19:201
chr2	128281469	rs2303947	C	T	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=45;PP=1310;SC=GCAAAAGTTACCACTGAGGAA;SOR=2.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=57;WE=128281477;WS=128281459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	128321770	rs2404991	G	A	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=5.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.470;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,53:0.23:230
chr2	128338519	rs35136538	T	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,32:0.25:129
chr2	128339456	rs4662740	G	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=2.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-1.495;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,45:0.20:224
chr2	128342547	rs4662741	G	A	3031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=71;PP=1937;SC=CAGGGAGACCGTGGAAAGCAG;SOR=2.348;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=24;TCR=71;TR=95;WE=128342555;WS=128342537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	128345960	rs10928773	T	C	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.310;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,21:0.25:85
chr2	128346228	rs11673952	A	C	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=566;SC=CTCTGGGTCCACAGCATGCAG;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=128346236;WS=128346218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	128350551	rs11678239	G	A	4053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.908;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.491;NF=66;NR=92;PP=2386;ReadPosRankSum=-0.491;SC=GGTCACCTCTGGCCATCCGCG;SOR=0.458;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=203;TCF=81;TCR=122;TR=158;WE=128350559;WS=128350541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,182:0.80:228
chr2	128350578	rs58867441	T	TG	3884.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=72;PP=2936;SC=CCCTCGGCCTTGGCACCTCCA;SOR=2.002;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=4;TCR=78;TR=76;WE=128350586;WS=128350568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	128351346	rs7558838	T	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=328;ReadPosRankSum=0.379;SC=CAGCTCAAAGTGTGGTCCCCA;SOR=0.613;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=22;WE=128351354;WS=128351336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr2	128363530	rs11382004	G	GC	2927.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.37;NF=3;NR=52;PP=2314;SC=GGGCGGCTGGGCCGCGGGACC;SOR=2.140;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=3;TCR=57;TR=55;WE=128363538;WS=128363520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chr2	128369752	rs12053039	A	G	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.9996;FS=1.803;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=21;PP=961;ReadPosRankSum=0.408;SC=GCTCCACCCCAGGAGGCTGTG;SOR=1.467;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=63;WE=128369760;WS=128369742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,63:0.91:69
chr2	128369896	rs777435	A	G	7092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=73;PP=2452;ReadPosRankSum=-0.633;SC=CCCGGATCACAGGCCAGGTGA;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=114;TCR=91;TR=164;WE=128369904;WS=128369886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,184:0.81:226
chr2	128369917	rs12052654	C	T	7005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=71;PP=2303;ReadPosRankSum=0.394;SC=GCCCAGAGCACAGAATCTCTG;SOR=0.542;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=117;TCR=87;TR=164;WE=128369925;WS=128369907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,181:0.82:222
chr2	128370200	rs705092	G	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5034;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=613;ReadPosRankSum=-0.992;SC=CTCCCATCCCGGCCCCATTCA;SOR=0.963;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=33;WE=128370208;WS=128370190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,37:0.84:44
chr2	128377833	rs2248519	C	G	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.876;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=26;PP=1167;ReadPosRankSum=-0.682;SC=CAGAGGTGCACAAGAGCTGTG;SOR=1.061;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=100;TCF=61;TCR=39;TR=71;WE=128377841;WS=128377823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,72:0.69:104
chr2	128382859	rs2245297	C	T	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=368;ReadPosRankSum=-0.109;SC=GGGCAAGAGCCCGGCCACGGG;SOR=0.407;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=20;WE=128382867;WS=128382849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr2	128385224	rs10164978	C	G	6861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.337;SC=GAACTGGTGGCCTGGAGGGTA;SOR=0.620;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=369;TCF=167;TCR=202;TR=276;WE=128385232;WS=128385214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,288:0.75:383
chr2	128386120	rs144295028	TGGGTG	T	495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-0.496;QD=27.54;ReadPosRankSum=-2.719;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr2	128388790	rs13025791	G	A	4452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.948;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=95;PP=2707;ReadPosRankSum=-0.479;SC=GGGCTCCAGAGAAGGACATGG;SOR=0.381;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=241;TCF=128;TCR=113;TR=194;WE=128388798;WS=128388780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,205:0.81:253
chr2	128388862	rs13025959	G	C	4550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.78;ReadPosRankSum=-0.870;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,203:0.79:256
chr2	128389343	rs10208043	C	T	4449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=105;PP=2543;ReadPosRankSum=-3.209;SC=GCTGGGGCGGCGGCCAGCCCA;SOR=0.599;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=85;TCR=128;TR=175;WE=128389351;WS=128389333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,195:0.82:239
chr2	128389422	rs10183797	G	C	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=39;PP=747;ReadPosRankSum=0.084;SC=CACCGCAGCTGGTGGCGGCAG;SOR=1.054;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=43;WE=128389430;WS=128389412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,45:0.82:55
chr2	128391038	.	G	A	3217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.150;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=90;PP=2073;ReadPosRankSum=0.814;SC=ACCCCAGAGAGCCTTTTCTAG;SOR=1.044;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=62;TCR=118;TR=137;WE=128391046;WS=128391028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,143:0.76:189
chr2	128393261	rs2255178	T	C	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=26;PP=1191;ReadPosRankSum=-1.059;SC=GGGCCGCAGCTGGAGACCCAG;SOR=0.454;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=96;TCF=65;TCR=31;TR=78;WE=128393269;WS=128393251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,80:0.79:101
chr2	128393289	rs2255177	T	C	2637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.638;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=36;PP=1771;ReadPosRankSum=0.675;SC=AGTGTGTCCATCACCCAGGAG;SOR=0.543;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=133;TCF=89;TCR=44;TR=105;WE=128393297;WS=128393279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,111:0.77:144
chr2	128393800	rs2255161	T	C	10125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=233;NR=202;PP=2962;ReadPosRankSum=1.784;SC=TTCTAGCCTATGACAAGCATA;SOR=0.640;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=556;TCF=299;TCR=257;TR=435;WE=128393808;WS=128393790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,466:0.78:594
chr2	128394758	rs2255039	T	C	2796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.663;NF=65;NR=41;PP=1372;ReadPosRankSum=-0.097;SC=ACGGCCCCAATGGCAGGAGCC;SOR=0.531;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=96;TCR=59;TR=106;WE=128394766;WS=128394748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,123:0.70:175
chr2	128394875	rs59579995	C	CA	14659.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.908;NF=37;NR=95;PP=2976;ReadPosRankSum=2.559;SC=CTCTGACCCCCCCGTCCCCTG;SOR=0.669;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=220;TCF=58;TCR=162;TR=132;WE=128394885;WS=128394860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,361:0.71:507
chr2	128394877	rs56272236	C	T	14717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.274;QD=28.52;ReadPosRankSum=2.389;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,368:0.71:516
chr2	128394955	rs11686946	A	G	6429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.950;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.648;NF=118;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=0.791;SC=ATGAACAAGCAGCGGGGCTCC;SOR=0.537;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=355;TCF=172;TCR=183;TR=247;WE=128394963;WS=128394945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,293:0.71:414
chr2	128396807	rs891515	A	G	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=15;PP=986;ReadPosRankSum=-1.006;SC=CATGGACAGCAGGAGGGGAGA;SOR=0.928;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=57;TCR=20;TR=61;WE=128396815;WS=128396797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,64:0.80:80
chr2	128400608	rs4662751	C	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.477;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,29:0.19:156
chr2	128401091	rs2244507	A	G	4337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.49;ReadPosRankSum=-0.422;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,198:0.75:263
chr2	128407499	rs2243805	G	A	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.232;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=579;ReadPosRankSum=1.344;SC=CCCTGGTGGTGGATCTACTCT;SOR=0.190;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=40;WE=128407507;WS=128407489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,51:0.82:62
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chr2	128432534	rs79485780	A	G	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.23;ReadPosRankSum=-0.699;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,45:0.82:55
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chr2	128495645	rs6754215	G	A	5045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.013;SC=AAACAAGAAGGGTGCATGAAC;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=256;TCF=122;TCR=134;TR=193;WE=128495653;WS=128495635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,217:0.75:289
chr2	128520547	rs6731093	G	A	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=9;PP=991;ReadPosRankSum=1.422;SC=TTGAATGGAGGTGTAAGCCAG;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=55;TCR=11;TR=54;WE=128520555;WS=128520537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,57:0.79:72
chr2	128526579	.	TTAAA	T,TTAAATAAA	932.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.29;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=0,0;NR=13,13;PP=342,943;SC=TTCTGTTCTGTTAAATAAATA;SOR=2.124;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=13,13;WE=128526590;WS=128526569;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.67,0.33:24
chr2	128615500	rs116376815	A	G	4704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=101;NR=68;PP=2809;SC=GGGCTTGCCCAAGCCGCCGCT;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=101;TCR=68;TR=169;WE=128615508;WS=128615490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr2	128708063	rs2461463	T	C	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=35;PP=792;SC=CCAACAAAGATGATTAAGAAG;SOR=1.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=53;WE=128708071;WS=128708053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	128744580	rs2948068	A	G	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.662;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=43;PP=1010;ReadPosRankSum=0.202;SC=AGAGAGGGAAACAAAATGCCA;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=72;WE=128744588;WS=128744570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,75:0.65:115
chr2	128747023	rs17015839	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-1.338;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
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chr2	128757995	rs17015864	A	C	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.383;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=318;ReadPosRankSum=0.482;SC=TGATTGCTGCAGATGGAGGAT;SOR=0.963;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=123;TCF=64;TCR=59;TR=35;WE=128758003;WS=128757985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,39:0.25:153
chr2	128770731	.	G	GA	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=0.429;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr2	128772310	rs35312230	C	T	2462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=23;PP=1578;SC=TTCTGTGTTACGTATTTTACC;SOR=1.557;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=83;WE=128772318;WS=128772300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	128849114	rs4476299	T	C	5197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	128854948	.	C	CA	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.245;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.482;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,23:0.26:88
chr2	128860835	rs7355336	A	G	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=31;PP=782;SC=CAATTACTACATGCATTTCCT;SOR=4.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=128860843;WS=128860825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	128870808	rs4662775	T	C	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=59;PP=1884;SC=GCAAAATCAATTATGTATTCA;SOR=1.219;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=44;TCR=59;TR=103;WE=128870816;WS=128870798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	128874061	rs10210598	G	A	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=31;PP=980;SC=CCTACGTGGAGAGTCAACCAC;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=38;WE=128874069;WS=128874051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	128877837	rs4662593	G	C	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=487;SC=AGGGTTGGGAGAGGAAAACCA;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=128877845;WS=128877827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	128878014	rs4662594	G	A	8993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr2	128878667	rs6430990	T	C	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=4;PP=613;SC=CATTCGAAGATATTCTTAATT;SOR=2.432;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=31;WE=128878675;WS=128878657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	128879022	rs6430991	G	C	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=750;ReadPosRankSum=1.852;SC=TCTTGTTGCCGAGGCTAGAGT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=128879030;WS=128879012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr2	128880899	rs4480941	T	A	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=10;PP=269;SC=ATCAGCAGCATTTAACAGTGT;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=20;WE=128880907;WS=128880889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	128880993	rs4633871	A	G	195.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=3;PP=71;SC=CAGTATGCACATAACTGAAAG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=128881001;WS=128880983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	128890878	rs34066685	T	TG	8744.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=93;PP=2936;SC=GTTTCTCCCTTGCCTAGTCCC;SOR=0.934;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=121;TCF=19;TCR=102;TR=112;WE=128890886;WS=128890868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr2	128913757	rs3738923	G	A	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=52;NR=21;PP=1257;SC=TTTCTCAGCTGTATGTAAAGT;SOR=1.497;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=73;WE=128913765;WS=128913747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	128932353	.	T	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,32:0.28:115
chr2	128934400	rs2290111	T	C	5936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=92;PP=2865;SC=ACGATGGCACTGATTCTCCCC;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=108;TCR=92;TR=200;WE=128934408;WS=128934390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr2	128941511	.	TGA	T	86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=26;MQ=59.84;NF=1;NR=5;PP=86;QD=14.8333333333;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=6;WE=128941520;WS=128941499;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr2	128944424	rs744265	T	C	3912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=87;PP=2054;SC=GATGTGTGAGTGAATCACGAT;SOR=1.390;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=53;TCR=87;TR=140;WE=128944432;WS=128944414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	129075961	rs61732881	T	C	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-6.641;NF=24;NR=34;PP=762;ReadPosRankSum=-1.036;SC=GGGGGTCGGGTGTGGGGAACA;SOR=0.640;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=58;WE=129075969;WS=129075951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,49:0.62:79
chr2	130737578	rs4233601	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.986;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.063;NF=31;NR=1;PP=600;ReadPosRankSum=0.916;SC=TTGCAGGGGCGCAGAGAGCTC;SOR=2.476;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=55;TCF=53;TCR=2;TR=32;WE=130737586;WS=130737568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr2	130738163	rs144773989	G	A	9044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=155;NR=219;PP=2965;SC=TAGGGCAAAAGCTGGATACAA;SOR=1.247;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=376;TCF=155;TCR=221;TR=374;WE=130738171;WS=130738153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr2	130750446	rs199529770	C	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.74;MQRankSum=-0.437;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.413;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr2	130897055	rs28751929	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=-1.828;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.844;SOR=0.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr2	130897234	rs3177472	C	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.982;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,27:0.31:88
chr2	130900188	rs28743163	A	G	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-7.437;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.363;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,31:0.19:164
chr2	130902067	rs60089935	C	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=6.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQRankSum=-9.599;QD=0.61;ReadPosRankSum=0.820;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,18:0.16:111
chr2	130902194	rs60152285	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.26;MQRankSum=-1.519;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.573;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
chr2	130902549	rs34080706	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.97;MQRankSum=0.223;QD=3.53;ReadPosRankSum=-1.410;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr2	130910847	rs4511676	G	A	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=0.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.237;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:305,112:0.27:417
chr2	130915892	.	C	CT	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=6.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-1.066;QD=0.77;ReadPosRankSum=-1.034;SOR=1.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,16:0.20:82
chr2	130922152	.	CTTCCTTCACACCATCACCAAAAA	C	463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.89;ReadPosRankSum=0.530;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr2	130922178	.	A	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.288;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.486;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=766;ReadPosRankSum=0.196;SC=ACCAAAAAATAACTCAAAATG;SOR=0.052;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=10;WE=130922186;WS=130922142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr2	130930819	rs60309319	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.86;MQRankSum=-0.328;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,32:0.25:129
chr2	130932371	rs111636541	C	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=242;ReadPosRankSum=0.434;SC=AATGGCCAGGCCTCTGTGCCA;SOR=0.430;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=15;WE=130932379;WS=130932361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr2	130939288	rs1968676	A	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.904;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,39:0.22:174
chr2	130939348	rs1817097	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=1.483;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,23:0.21:107
chr2	130940090	rs1968675	G	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=0.175;SOR=1.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr2	130941034	rs34409208	T	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.47;MQRankSum=-1.703;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,14:0.19:74
chr2	130941065	rs6737226	T	C	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=41;PP=1672;SC=GTGGAGCCTCTGTCCCTGCTC;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=65;TCR=41;TR=106;WE=130941073;WS=130941055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	130948303	rs12612244	T	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
chr2	130948319	.	T	TTG	370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.857;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr2	130948327	rs10175962	G	T	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.828;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr2	130949411	rs10208844	G	T	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.84;QD=27.25;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	130951548	rs1052319	G	A	6270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=109;NR=116;PP=2965;SC=TGGTGATCTCGGCCACAGACA;SOR=0.811;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=231;TCF=109;TCR=122;TR=225;WE=130951556;WS=130951538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr2	130951566	rs7340193	G	A	6974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.44;QD=26.12;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr2	130951581	rs1052312	A	G	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQRankSum=-10.464;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,52:0.19:280
chr2	130951584	rs7340507	T	C	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQRankSum=-11.132;QD=4.69;ReadPosRankSum=1.354;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,48:0.17:280
chr2	130952540	rs56151061	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQRankSum=-1.942;QD=3.24;ReadPosRankSum=-0.827;SOR=0.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,19:0.24:79
chr2	130960023	rs4663031	T	C	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQRankSum=-5.710;QD=2.50;ReadPosRankSum=2.011;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:392,106:0.21:498
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chr2	130987792	rs12992461	G	A	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=1.001;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,47:0.19:248
chr2	131114042	rs75367913	G	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.443;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr2	131116404	rs7568956	T	C	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=1.312;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:333,84:0.20:417
chr2	131129928	rs112040677	AGACGGG	A	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.4999;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.147;NF=1;NR=1;PP=22;ReadPosRankSum=-0.149;SC=AGTGGGACGCAGACGGGGACG;SOR=0.551;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=2;WE=131129941;WS=131129918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr2	131130678	rs10189689	T	C	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.148;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=394;ReadPosRankSum=0.105;SC=GTCTGCCAGCTTCCACACACC;SOR=0.414;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=28;WE=131130686;WS=131130668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,28:0.31:91
chr2	131132134	rs78590048	G	A	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=1.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-0.327;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,49:0.33:150
chr2	131487673	rs272128	A	C	10363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=170;NR=186;PP=2965;SC=TGCCATGCTCACATACCTGTA;SOR=0.855;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=357;TCF=170;TCR=187;TR=356;WE=131487681;WS=131487663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr2	131520178	rs77687733	C	G	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.339;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,70:0.27:264
chr2	131520663	rs1905235	T	C	11919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=213;NR=193;PP=2965;SC=CAGGGACCAATCCCGGCTGGA;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=406;TCF=213;TCR=193;TR=406;WE=131520671;WS=131520653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr2	131672950	rs12464119	A	G	12557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=202;NR=216;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.774;SC=AAGGCACCCAACTCGCACCAA;SOR=0.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=420;TCF=203;TCR=217;TR=418;WE=131672958;WS=131672940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,465:1.00:466
chr2	131673316	rs3739129	C	T	8956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=147;NR=154;PP=2965;SC=ACTGCGGCCCCGGGGCTGAGG;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=303;TCF=148;TCR=155;TR=301;WE=131673324;WS=131673306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr2	131674285	rs3739127	A	G	6032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=136;NR=85;PP=2965;SC=TTATTGAGTCAATAGTTCTAG;SOR=1.159;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=136;TCR=86;TR=221;WE=131674293;WS=131674275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr2	131769237	rs13023338	G	A	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=15;PP=1145;SC=AGAGCCCATCGGAGCTGATGG;SOR=1.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=56;WE=131769245;WS=131769227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	131888361	.	AT	A	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.896;QD=0.70;ReadPosRankSum=0.623;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,32:0.21:150
chr2	132110828	rs373666409	G	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=23.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	132111121	rs11895354	G	A	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.48;QD=43.21;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	132111123	rs370814343	T	C	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.42;QD=44.88;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	132111127	rs13410274	G	T	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.42;QD=43.91;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	132111166	.	G	GCC	1626.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.37;QD=43.97;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	132111167	.	G	GCCGCCGCCGC	1626.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.54;QD=43.97;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	132120501	rs146351322	C	CT	2955.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.951;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.565;NF=46;NR=35;PP=2037;ReadPosRankSum=-1.239;SC=AAGACGCTGACTTTTTTTGTG;SOR=1.123;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=81;WE=132120510;WS=132120491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,144:0.73:198
chr2	132121350	rs371054387	G	C	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.69;MQRankSum=-1.353;QD=12.69;ReadPosRankSum=-0.024;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr2	132248584	rs10182785	T	C	5502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=86;PP=2965;SC=CCCTGGCACTTCCCCCATGAA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=97;TCR=86;TR=182;WE=132248592;WS=132248574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr2	132249372	rs6706952	C	T	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=3;PP=142;SC=AGGGCCACGCCGCCGCTGTGC;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=132249380;WS=132249362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	132258259	rs184500548	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.530;NF=4;NR=12;PP=221;ReadPosRankSum=-0.256;SC=AATTGAGGAGCGATTCGTTCC;SOR=1.044;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=16;WE=132258267;WS=132258249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr2	132275366	rs2277880	A	G	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-17.506;QD=1.45;ReadPosRankSum=-1.261;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:520,63:0.11:583
chr2	132275384	rs2277879	T	C	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FS=0.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-19.342;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.841;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:528,54:0.09:582
chr2	132275396	rs2277878	T	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FS=0.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-20.613;QD=1.15;ReadPosRankSum=-0.659;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:490,47:0.09:537
chr2	132275403	rs2277877	C	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FS=3.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-21.924;QD=0.49;ReadPosRankSum=0.252;SOR=1.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:470,40:0.08:510
chr2	132287569	rs140791204	G	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=4.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQRankSum=-2.309;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.822;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,45:0.27:168
chr2	132290733	rs140316434	A	G	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.660;NF=8;NR=20;PP=502;ReadPosRankSum=1.658;SC=GCGCAGAAGCAGAGCTCGCTG;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=28;WE=132290741;WS=132290723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr2	132491544	rs7599401	C	G	3023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=50;PP=1405;SC=TTATTTTTCTCTCTGTGTTTT;SOR=1.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=46;TCR=50;TR=96;WE=132491552;WS=132491534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	132494182	rs11690978	G	C	2398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.393;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.439;NF=51;NR=50;PP=1142;ReadPosRankSum=-0.788;SC=TGGTCAACTTGGTGCCGTGTA;SOR=0.742;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=136;TCF=71;TCR=65;TR=101;WE=132494190;WS=132494162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,111:0.74:149
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chr2	133014619	rs78327226	C	T	3052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1176;ExcessHet=3.0103;FS=0.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-18.378;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.555;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1027,147:0.13:1174
chr2	133014640	rs78867621	C	T	4598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1178;ExcessHet=3.0103;FS=2.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQRankSum=-17.788;QD=3.91;ReadPosRankSum=1.448;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:993,183:0.16:1176
chr2	133014651	rs111708138	A	AC	25172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.672;NF=88;NR=244;PP=2966;ReadPosRankSum=2.036;SC=GGCCCTCGGCACCACCGAGAC;SOR=0.715;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=579;TCF=130;TCR=449;TR=332;WE=133014665;WS=133014630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,744:0.68:1095
chr2	133014657	rs113237573	G	A	4589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1106;ExcessHet=3.0103;FS=1.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQRankSum=-16.972;QD=4.16;ReadPosRankSum=3.000;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:912,190:0.17:1102
chr2	133014678	rs72869462	A	G	26209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1006;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-6.842;NF=242;NR=251;PP=2962;ReadPosRankSum=0.323;SC=CATGAGCCCCAGGTCCCGCCA;SOR=0.652;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=802;TCF=392;TCR=410;TR=493;WE=133014686;WS=133014668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,689:0.69:1002
chr2	133014703	rs72869464	T	C	25432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=898;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.572;NF=219;NR=259;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.644;SC=GACCCCGAGGTGACCTCAGCC;SOR=0.678;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=748;TCF=348;TCR=400;TR=478;WE=133014711;WS=133014693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,619:0.69:894
chr2	133014721	rs72869465	T	C	22513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=803;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=-4.072;QD=28.25;ReadPosRankSum=-1.716;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,558:0.70:797
chr2	133014751	rs75204936	T	C	10128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-0.515;QD=17.55;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,298:0.52:577
chr2	133014776	rs72869466	CA	TG	8566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=71;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.044;NF=63;NR=116;PP=2944;ReadPosRankSum=2.183;SC=GGTCAAGCTCCAGGAGACCGG;SOR=0.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=396;TCF=141;TCR=255;TR=179;WE=133014796;WS=133014761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,215:0.52:414
chr2	133014786	rs72869468	G	A	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=3.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-1.376;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.245;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:317,56:0.15:373
chr2	133075726	rs2598810	A	G	3990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.863;NF=85;NR=83;PP=2861;ReadPosRankSum=0.517;SC=CACACTGGAGAGAAGCCCTAC;SOR=0.653;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=380;TCF=192;TCR=188;TR=168;WE=133075734;WS=133075716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,179:0.45:401
chr2	133075904	rs113311843	C	CA	7501.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.641;NF=45;NR=102;PP=2968;ReadPosRankSum=0.723;SC=AGAAACAATACAATGCAATGT;SOR=0.614;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=325;TCF=93;TCR=232;TR=147;WE=133075914;WS=133075894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,291:0.52:557
chr2	133402607	rs1131671	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=-0.398;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,24:0.21:116
chr2	133425912	rs2709533	C	T	2279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.813;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=27;PP=1457;ReadPosRankSum=2.997;SC=TTTAATGGCCCCCTCACTCCC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=118;TCF=81;TCR=37;TR=88;WE=133425920;WS=133425902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,94:0.73:128
chr2	133426183	rs2709532	G	C	1050.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=650;ReadPosRankSum=-1.667;SC=ACCATCCCACGCCTCAGAGCC;SOR=0.970;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=32;WE=133426191;WS=133426173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,40:0.89:45
chr2	133472385	rs11329925	CA	C	850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=3.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.731;QD=7.40;ReadPosRankSum=2.532;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,76:0.66:115
chr2	133489401	rs17397142	A	G	4482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.956;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=77;PP=2668;ReadPosRankSum=-0.111;SC=CAATGGCGCTATCTGCAGGGC;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=227;TCF=127;TCR=100;TR=177;WE=133489409;WS=133489391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,194:0.79:245
chr2	133489601	rs56284623	A	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=-0.848;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,31:0.26:121
chr2	133539460	rs6717116	A	T	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=8;PP=927;SC=CAACTCTTTTAAAGGTGGTGG;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=133539468;WS=133539450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	133539566	rs6730282	G	A	6039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=83;PP=2965;SC=CAACAGGGCTGTGTCTATTCC;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=132;TCR=83;TR=214;WE=133539574;WS=133539556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr2	133540605	rs13016342	G	T	5106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.091;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.252;SC=TTTTAGGTGTGGTTTGCTGGA;SOR=0.461;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=294;TCF=130;TCR=164;TR=214;WE=133540613;WS=133540595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,224:0.72:312
chr2	133541107	rs16841277	T	A	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=7.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.885;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,45:0.24:189
chr2	133541444	rs12691829	T	C	4391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.92;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	133541454	rs12691830	A	G	4481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	133541575	rs12611515	C	T	2427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=42;PP=1443;ReadPosRankSum=-1.743;SC=AGCAGGGAGACGGACCTGCCT;SOR=0.758;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=121;TCF=67;TCR=54;TR=96;WE=133541583;WS=133541565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,104:0.78:133
chr2	133542014	rs12616282	T	C	8071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.98;NF=147;NR=120;PP=2965;SC=TGCCCATGGGTGCCGAAGACC;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=267;TCF=147;TCR=120;TR=267;WE=133542022;WS=133542004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr2	133542545	rs10191147	G	A	5836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=1.541;SC=GGTTCTCCACGGACTTATCGG;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=281;TCF=155;TCR=126;TR=217;WE=133542553;WS=133542535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,248:0.79:314
chr2	133542574	rs61995744	C	T	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,75:0.21:361
chr2	133542585	rs17325719	C	G	6377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=1.224;SC=GTCTGAAGGACTTTTCTCATC;SOR=0.613;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=323;TCF=164;TCR=159;TR=248;WE=133542593;WS=133542564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,280:0.78:360
chr2	133554288	rs1868076	A	G	5596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=98;PP=2965;SC=GATCCAAGAGACGTGAGTGAA;SOR=1.123;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=78;TCR=99;TR=174;WE=133554296;WS=133554278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	133618220	rs1447549	A	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-1.337;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,12:0.21:58
chr2	133636209	.	ACACACACACACACACACACG	A	385.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.04;ReadPosRankSum=2.868;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr2	133636211	rs140434127	ACACACACACACACACACG	A	493.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=-1.472;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr2	133683658	rs2577634	G	T	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=20;PP=893;SC=ACACACTTTAGGTCCATGTGT;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=57;WE=133683666;WS=133683648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	133721547	rs55724759	G	A	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=40;PP=994;ReadPosRankSum=-0.231;SC=GCATTCTTCCGGGGCTGGGAG;SOR=0.717;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=7;TCR=50;TR=46;WE=133721555;WS=133721537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,48:0.80:60
chr2	133881219	rs2278456	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=3.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.455;SOR=1.224;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,17:0.19:88
chr2	133887421	rs13004057	G	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.615;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr2	133971448	rs13393624	T	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=3.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=-1.691;SOR=1.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,33:0.18:184
chr2	134884700	rs6430498	G	A	3610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=45;PP=1981;SC=GCCCCACGTGGTGAGGATATG;SOR=0.820;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=68;TCR=46;TR=113;WE=134884708;WS=134884690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	135076111	rs4954134	C	G	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=8;NR=3;PP=203;SC=GTTCTTTAGGCCACAGCTTGA;SOR=1.609;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=11;WE=135076119;WS=135076101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	135096097	rs7598410	T	C	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=21;PP=612;SC=AATGATATTCTCTCAGGGTGA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=135096105;WS=135096087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	135102453	rs3214771	TA	T	330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.771;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=311;ReadPosRankSum=-0.091;SC=ACCTTTTAAGTAAATGATTTT;SOR=1.140;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=12;WE=135102461;WS=135102443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr2	135102742	rs2290048	A	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=6.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=0.942;SOR=0.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,35:0.21:169
chr2	135160755	rs3748900	G	A	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=1.643;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,39:0.29:135
chr2	135170699	rs2289464	A	G	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.374;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=483;ReadPosRankSum=-0.486;SC=GGGTGAGGGTATAGAGGCTCA;SOR=2.677;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=26;WE=135170707;WS=135170689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr2	135180550	rs2289467	C	T	1352.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.9995;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=35;PP=851;ReadPosRankSum=0.226;SC=GTGTATAAAACACATCATAGG;SOR=0.864;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=47;WE=135180558;WS=135180540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,53:0.91:58
chr2	135214259	rs2289470	G	A	4035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	135260628	rs80237714	A	G	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-9.727;QD=0.16;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,27:0.12:230
chr2	135260665	rs201742966	A	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=2.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-8.706;QD=2.19;ReadPosRankSum=0.483;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,19:0.12:155
chr2	135260672	rs199988367	T	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQRankSum=-8.498;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,18:0.13:140
chr2	135470735	rs2276161	A	T	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=6;PP=725;SC=GGGCAACAGCAGCACATATTG;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=135470743;WS=135470725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	135471290	rs4953925	T	C	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=56;PP=1340;SC=CACATTCAGCTGGGCCTTCAG;SOR=2.568;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=16;TCR=56;TR=72;WE=135471298;WS=135471280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	135602601	rs6430545	T	A	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=5;PP=527;SC=GAGATAACAGTATTTTCTTCT;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=135602609;WS=135602591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	135602845	.	A	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.039;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,29:0.19:155
chr2	135629927	rs12469941	C	T	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=14;PP=868;SC=AATAGGTCCTCTGTAATTACT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=43;WE=135629935;WS=135629917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr2	135677471	rs3841862	A	AGTTT	3651.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=29;PP=1799;SC=TGTAAGTACTAGTTGTCTGTT;SOR=1.048;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=31;WE=135677479;WS=135677461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	135694354	rs1823118	G	C	2788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=42.90;SOR=1.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	135694379	rs1374289	C	T	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=38.68;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	135700151	rs3816339	A	T	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	135703338	rs57267734	CT	C	2580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=5.666;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;MQRankSum=0.204;QD=19.70;ReadPosRankSum=-0.824;SOR=1.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,128:0.98:131
chr2	135703650	rs201814332	G	GT	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=12.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.415;SOR=1.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,52:0.20:259
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chr2	135710322	rs10166142	A	G	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
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chr2	135711657	rs3814354	G	A	10652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr2	135740876	rs60969462	A	G	8782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=142;NR=167;PP=2965;SC=TTGAAGGAAGATATTTCTTTC;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=309;TCF=142;TCR=167;TR=309;WE=135740884;WS=135740866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr2	135741061	rs12623713	G	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=15;PP=569;SC=CCTTTCAGTCGGATAAAGCAG;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=135741069;WS=135741051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	135744373	rs55867035	G	A	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=1.163;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:344,102:0.23:446
chr2	135745392	rs11888766	G	A	9022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=178;NR=134;PP=2965;SC=TACCATGGCAGTCAATATCCT;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=314;TCF=179;TCR=135;TR=312;WE=135745400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr2	135745545	rs11899779	C	T	6391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=99;PP=2965;SC=CCAGGCATTGCCTGTGATGGT;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=107;TCR=99;TR=206;WE=135745553;WS=135745535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr2	135745722	rs10928526	A	G	9494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=165;NR=157;PP=2965;SC=AAGATGTGAGACTTGGAATGT;SOR=0.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=322;TCF=165;TCR=157;TR=322;WE=135745730;WS=135745712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr2	135748872	rs144837592	AAAAAC	A	1253.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=41.79;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	135781035	rs16831256	C	T	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FS=1.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=1.919;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:357,98:0.22:455
chr2	135887514	rs112212040	AT	A	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr2	135890608	rs2305594	G	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=-2.394;SC=TGAATTTCTAGAGGTTCTATA;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=10;WE=135890616;WS=135890598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr2	135911422	rs17261772	T	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,46:0.24:195
chr2	135965376	rs7578111	T	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=3.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.438;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,40:0.21:187
chr2	135988127	rs59900519	T	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,47:0.26:178
chr2	135988186	rs58917764	G	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=0.336;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,32:0.20:159
chr2	135988416	rs935615	C	T	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.314;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,43:0.21:201
chr2	136107777	rs61744510	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=0.199;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,18:0.17:103
chr2	136107839	rs10496734	G	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=169;ReadPosRankSum=0.780;SC=ACGTTATCATGAACAATACAA;SOR=0.646;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=13;WE=136107847;WS=136107829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr2	136148401	rs2043757	A	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.40;ReadPosRankSum=-1.136;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
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chr2	136396300	rs2278731	T	C	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=1.444;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,43:0.25:175
chr2	136407445	rs1446586	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.304;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,35:0.18:197
chr2	136407479	rs1446585	A	G	7399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=149;NR=106;PP=2965;SC=TAGCCTGTTCATCCTCTGCAG;SOR=0.943;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=150;TCR=106;TR=255;WE=136407487;WS=136407469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr2	136467119	rs2304366	C	T	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,53:0.21:256
chr2	136467164	rs2304367	C	A	3344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=80;PP=2121;SC=AGTTCGATTACTTTCCTTAGG;SOR=2.080;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=33;TCR=80;TR=113;WE=136467172;WS=136467154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	136480009	.	G	T	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=497;ReadPosRankSum=0.204;SC=CATTATTAACGTTGTTTCTCA;SOR=0.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=36;WE=136480017;WS=136479999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,40:0.74:54
chr2	136511817	rs1050115	A	G	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=1.202;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,61:0.20:299
chr2	136527443	rs113881162	G	GTGAT	3983.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.684;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=1907;ReadPosRankSum=3.548;SC=AACTGAGGTTGTGATTGATTA;SOR=0.616;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=34;WE=136527451;WS=136527433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,99:0.71:140
chr2	136545844	rs1042712	C	G	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=8.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.77;ReadPosRankSum=1.200;SOR=0.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,27:0.84:32
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chr2	136548169	rs892716	A	G	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=297;SC=CACTCCTGCAAATAGCAGATG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=136548177;WS=136548159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	136548192	rs1808756	G	A	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=321;SC=TCCAACAGGGGAAGGTGCACG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=136548200;WS=136548182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	136552188	rs3213890	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.462;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr2	136555525	rs2015532	T	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=1.293;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,16:0.24:68
chr2	136561557	rs2304371	G	A	2216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.73;ReadPosRankSum=-1.702;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,98:0.78:125
chr2	136561735	rs2304370	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.291;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=-2.157;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr2	136562472	rs3739022	G	A	3423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=45;PP=1909;ReadPosRankSum=-0.038;SC=AGTGGGACACGCCCAGGTTCT;SOR=0.821;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=168;TCF=105;TCR=63;TR=127;WE=136562480;WS=136562462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,145:0.77:188
chr2	136565028	rs10928549	C	G	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=36;PP=1116;SC=CCTCCATGCACCCAACCCACT;SOR=3.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=43;WE=136565036;WS=136565018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	136570613	rs3769011	A	T	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=367;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CAAGTCAACAACAATGTCAAC;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=25;WE=136570621;WS=136570603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr2	136575534	rs4954449	T	C	5605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=105;NR=86;PP=2965;SC=GCTTCCCAGATTCTCTGATAG;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=105;TCR=86;TR=191;WE=136575542;WS=136575524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr2	136590558	rs3754690	C	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5033;FS=2.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=198;ReadPosRankSum=-0.480;SC=GGAGAACATACACCACTCATT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=14;WE=136590566;WS=136590548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr2	136590746	rs3754689	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=311;ReadPosRankSum=0.671;SC=CGCAGGACAACAGAGAGTTTT;SOR=0.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=104;TCF=58;TCR=46;TR=32;WE=136590754;WS=136590736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,32:0.27:117
chr2	136617181	.	CT	C	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.876;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr2	136622543	rs3087343	T	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=0.995;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,14:0.20:71
chr2	136622825	rs309177	A	G	3797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	136633771	rs191079	T	C	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=12;PP=892;SC=CGGCACCGCCTGGCCCAGACG;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=47;WE=136633779;WS=136633761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	136633962	rs1057031	G	A	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=2.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=-1.452;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,56:0.25:225
chr2	136680534	rs309158	A	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.074;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,21:0.27:78
chr2	136690414	rs34744196	TA	T	2579.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.911;HP=15;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.829;NF=2;NR=80;PP=819;ReadPosRankSum=-0.627;SC=TCTTCCTTCCTAAAAAAAAAA;SOR=0.955;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=117;TCF=4;TCR=113;TR=82;WE=136690433;WS=136690404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,125:0.78:160
chr2	136690425	rs371309040	A	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=3.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=-1.112;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.285;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,40:0.24:170
chr2	136719173	rs6430594	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=5.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=1.468;SOR=1.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,12:0.17:70
chr2	136740900	rs687670	T	C	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=19;PP=821;SC=TTACTTAAAATTTCATTTAGA;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=49;WE=136740908;WS=136740890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	136743143	rs2278682	G	C	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-1.255;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,79:0.28:286
chr2	136956640	rs61193776	G	GA	164.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.30;ReadPosRankSum=-0.281;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr2	137639616	rs1465612	C	T	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=4;PP=678;SC=TAATGAAAAACTTGCAATACC;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=137639624;WS=137639609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	137814477	rs17727482	C	G	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=7.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=1.074;SOR=1.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,47:0.19:244
chr2	137917922	rs4954474	T	A	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=2.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=-1.715;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:356,96:0.21:452
chr2	137999979	rs10490735	G	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=-2.425;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,17:0.14:119
chr2	138000226	rs7605259	T	C	3765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=84;PP=2110;SC=TTGTGGAATGTGAGCACCTTT;SOR=1.437;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=132;TCF=47;TCR=85;TR=131;WE=138000242;WS=138000216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	138030271	rs10182152	G	A	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=37;PP=1025;SC=TAGACCTACTGTAAATTATAA;SOR=1.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=54;WE=138030279;WS=138030261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	138033412	rs72617060	T	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.340;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,14:0.22:63
chr2	138033428	rs67227746	G	A	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.939;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,20:0.24:82
chr2	138163139	.	G	A	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.952;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=20;PP=706;ReadPosRankSum=-0.688;SC=GCAGCTGACTGATTTAATCAA;SOR=0.465;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=109;TCR=52;TR=61;WE=138163147;WS=138163129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,69:0.40:171
chr2	138163391	rs1551281	T	C	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=52;PP=1610;SC=TAGTGTGCATTTTACTCTTTA;SOR=2.239;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=69;WE=138163399;WS=138163381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	138169158	rs1463285	T	C	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=30;PP=1877;SC=TTTAATATCTTAATGTCTCTT;SOR=1.546;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=71;TCR=30;TR=101;WE=138169166;WS=138169148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	138208631	rs1453302	G	T	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=43;PP=1253;SC=AGCTAAAAAAGCTATCCTCAT;SOR=2.794;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=54;WE=138208639;WS=138208621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	138237038	rs1584435	C	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=150;ReadPosRankSum=0.324;SC=CTTCAGGTCCCTGTCAGAATG;SOR=0.354;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=15;WE=138237046;WS=138237028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr2	138375815	rs17692768	T	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=184;ReadPosRankSum=-0.709;SC=ATAAGGGCATTGCATGATGAT;SOR=0.283;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=14;WE=138375823;WS=138375805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr2	138375896	rs7574994	G	A	2615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.39;ReadPosRankSum=0.069;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,65:0.73:89
chr2	138375898	rs73961010	C	A	2615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.74;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,66:0.73:91
chr2	138375972	rs17692792	A	T	2794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.61;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,129:0.72:179
chr2	138376209	rs17743744	C	T	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=360;ReadPosRankSum=0.728;SC=TTAGAGTAAGCGGTGCCAGTA;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=22;WE=138376217;WS=138376199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr2	138399937	rs3828170	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=152;ReadPosRankSum=1.352;SC=ACTAAAAGTGAGATAGGACAG;SOR=3.312;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=8;WE=138399945;WS=138399927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr2	138420996	rs10206850	A	G	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	138433946	rs35368232	A	G	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.994;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=2;PP=1071;ReadPosRankSum=0.330;SC=AAAGCATTCAATATTCACAAA;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=54;TCR=3;TR=42;WE=138433954;WS=138433936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,46:0.70:66
chr2	138434130	rs61750799	A	G	10958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=232;NR=230;PP=2962;ReadPosRankSum=0.382;SC=CACCTCCCCAACAGAAGCCTC;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=611;TCF=308;TCR=303;TR=462;WE=138434138;WS=138434120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,485:0.75:647
chr2	138434220	rs78789846	T	C	4851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=1.832;SC=CCTTAACCGCTTTCTCTTTTG;SOR=0.814;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=268;TCF=107;TCR=161;TR=199;WE=138434228;WS=138434210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,213:0.74:288
chr2	138721942	rs67985366	ATT	A	766.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=23.23;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,29:0.88:33
chr2	138727607	rs3100702	G	A	278.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=170;SC=ATATAATTGGGACATTTCATG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=138727615;WS=138727597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	138762873	rs3842548	C	CTT	352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.464;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=427;ReadPosRankSum=0.641;SC=TTGAAAGAAGCTTATATATTT;SOR=0.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=7;WE=138762893;WS=138762863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr2	138762885	.	G	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=8.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=-1.234;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr2	138771219	rs12475006	G	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=165;ReadPosRankSum=-0.701;SC=TGTACTCCTTGAAATATGAGC;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=13;WE=138771227;WS=138771209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr2	138771760	rs1050891	A	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=62;ReadPosRankSum=0.342;SC=TCACTCATTTATTTCCATATT;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=6;WE=138771768;WS=138771750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr2	139045438	.	GTTTT	G	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.17;MQRankSum=-2.515;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr2	139045445	.	T	TAAAA	60.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQRankSum=-2.638;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.648;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr2	139045446	.	A	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQRankSum=2.638;QD=13.88;ReadPosRankSum=1.111;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	139045457	rs200061382	A	G	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQRankSum=1.189;QD=7.57;ReadPosRankSum=-1.954;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr2	139045855	rs35998722	C	T	6061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=2.884;SC=AAGACCTAAGCGAATAGGATG;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=302;TCF=140;TCR=162;TR=240;WE=139045863;WS=139045845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,258:0.80:321
chr2	139045929	rs13033464	C	T	5499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.694;NF=106;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=0.627;SC=TGCTGTTCTTCGCAGCCTCCT;SOR=0.603;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=271;TCF=133;TCR=138;TR=216;WE=139045937;WS=139045919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,229:0.80:285
chr2	139045972	rs6733578	T	C	5243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.816;NF=107;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.857;SC=TTCTGCCAGATACCTGTGGTA;SOR=0.661;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=143;TCR=134;TR=208;WE=139045980;WS=139045962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,220:0.75:294
chr2	139045987	rs13033503	C	T	5054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.233;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=0.831;SC=GTGGTAGTACCATTTCGTTTT;SOR=0.559;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=150;TCR=127;TR=203;WE=139045995;WS=139045977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,212:0.73:290
chr2	139046301	rs12691943	A	G	9766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FS=0.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-1.846;QD=15.65;ReadPosRankSum=0.155;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,454:0.73:624
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chr2	139308397	rs66690846	TTC	T	858.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.424;QD=27.70;ReadPosRankSum=1.856;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr2	139429068	rs10803570	G	A	6933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.791;SC=TGCTGTCTGCGTACGCCATGG;SOR=0.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=369;TCF=188;TCR=181;TR=286;WE=139429076;WS=139429058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,303:0.76:399
chr2	140992337	rs13387241	C	A	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=1.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-2.944;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,69:0.23:300
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chr2	141004529	rs2129483	A	G	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=6;PP=668;SC=AAAACACCTCAATTGCAGTGG;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=141004537;WS=141004519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	141026986	rs12477489	G	A	2860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.682;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=64;PP=1560;ReadPosRankSum=-0.655;SC=TAAATAAAGCGTCTGACTTGT;SOR=0.517;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=137;TCF=54;TCR=83;TR=109;WE=141026994;WS=141026976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,125:0.80:156
chr2	141032088	rs1386356	C	T	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=0.595;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,56:0.18:306
chr2	141113798	rs13017246	G	A	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.38;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	141128977	rs634115	C	T	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=162;SC=TACTATATAACGACATTTAAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=141128985;WS=141128967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	141260668	rs4444457	A	G	7485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.956;SC=CACACTGTCGATATCCTAGAG;SOR=1.071;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=273;TCF=121;TCR=152;TR=269;WE=141260676;WS=141260658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,289:0.99:291
chr2	141264580	rs201970031	AAT	A	736.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=1438;ReadPosRankSum=-2.150;SC=AATCATATCCAATAATTCATA;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=16;WE=141264595;WS=141264570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr2	141264585	rs199990645	TTCA	T	736.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=1438;ReadPosRankSum=-2.913;SC=TATCCAATAATTCATAGTTAC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=16;WE=141264595;WS=141264570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr2	141267744	rs1948051	T	C	195.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=7;PP=166;SC=AGGAGGCGATTGTAGTTATTG;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=141267752;WS=141267734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	141274576	rs4954672	T	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=2.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=-0.477;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,27:0.22:125
chr2	141283603	rs1352047	T	G	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=47;PP=1443;ReadPosRankSum=-0.581;SC=TACCTCATTTTCAAAGATTAT;SOR=2.015;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=11;TCR=50;TR=58;WE=141283611;WS=141283593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr2	141284041	rs7562323	A	G	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=21;PP=641;SC=AACTCTGGGAAGCCAAACTTG;SOR=2.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=141284049;WS=141284031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	141298467	rs6729619	A	C	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=13;PP=972;ReadPosRankSum=0.125;SC=TCATGAATACACTAACACAAT;SOR=0.462;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=56;WE=141298475;WS=141298457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,60:0.78:77
chr2	141298682	rs11694934	G	C	4263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=92;PP=2441;ReadPosRankSum=-0.876;SC=AATAAAGAGGGTGTATTGGTA;SOR=0.564;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=211;TCF=86;TCR=125;TR=159;WE=141298690;WS=141298672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,183:0.77:239
chr2	141298749	rs11694970	G	C	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=37;PP=971;ReadPosRankSum=1.374;SC=TAAACTATTAGACTGCCTCAA;SOR=0.532;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=50;WE=141298757;WS=141298739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,55:0.82:67
chr2	141299317	rs9287535	A	G	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.196;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=12;PP=1011;ReadPosRankSum=-1.354;SC=TATACAATGAAAAAACACATT;SOR=1.429;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=57;WE=141299325;WS=141299307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,67:0.80:84
chr2	141359287	rs1441465	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=0.484;SC=GCATTTAAGACATACATGTAT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=141359295;WS=141359277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr2	141457985	rs13431727	T	A	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=0.984;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,42:0.30:142
chr2	141458326	rs66521227	T	TA	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.593;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=130;ReadPosRankSum=0.553;SC=AGCTGGTCAATAAAAAATTAA;SOR=0.033;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=7;WE=141458334;WS=141458316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr2	141459964	rs16844555	C	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=2.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.766;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,62:0.22:280
chr2	141460213	rs1372253	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=0.637;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,8:0.16:49
chr2	141527013	rs13002947	A	G	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=38;PP=987;SC=ATCTTAATTTATGTTAACAAA;SOR=3.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=45;WE=141527021;WS=141527003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	141528592	rs7599219	T	C	3345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=65;PP=1643;SC=AGAATGAAAATGAAACAAATT;SOR=1.205;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=47;TCR=66;TR=112;WE=141528600;WS=141528582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	141533573	rs13009144	A	G	162.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.26;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr2	141571329	rs3749010	T	C	4752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr2	141598473	rs35745624	A	AT	6917.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=35;PP=2988;SC=TTTAAAAAAAAAATCATACTT;SOR=1.564;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=103;TCF=67;TCR=36;TR=97;WE=141598481;WS=141598463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr2	141625410	rs12987572	A	C	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.709;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=695;ReadPosRankSum=-0.826;SC=TGACCTACAGAAAGATAAATA;SOR=1.186;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=33;WE=141625418;WS=141625400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr2	141625834	rs34488899	TA	T	751.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=1.952;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,69:0.64:107
chr2	141707694	rs1980343	C	T	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=285;SC=CATGTATATTCTTGCCTAATA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=141707702;WS=141707685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	141709419	rs1429348	T	G	3800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.96;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	141747249	rs1429365	A	T	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=484;ReadPosRankSum=-0.573;SC=GGGAAGCAAGATTAATTATTT;SOR=0.726;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=150;TCF=56;TCR=94;TR=46;WE=141747257;WS=141747239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,48:0.29:163
chr2	141747293	rs1429366	T	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=262;ReadPosRankSum=0.148;SC=TTTTGAATGATAGTTACAGAA;SOR=0.474;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=70;TCF=18;TCR=52;TR=21;WE=141747301;WS=141747283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,21:0.27:78
chr2	141751592	rs13007735	G	A	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=10.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=1.710;SOR=1.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,44:0.22:203
chr2	141762830	rs13413663	C	T	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=10;PP=789;ReadPosRankSum=-0.396;SC=CATTTTAATTCCTTTAGTTTC;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=42;WE=141762838;WS=141762820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,41:0.80:51
chr2	141763087	rs116577113	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=0.014;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,29:0.25:117
chr2	141771058	rs3791766	T	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=282;ReadPosRankSum=-1.795;SC=AAGATAAATCTTTTATAACTT;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=17;WE=141771066;WS=141771048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr2	141773397	rs78806080	C	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=0.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=-1.822;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,63:0.17:375
chr2	141773523	rs79386904	A	G	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.901;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=56;PP=1354;ReadPosRankSum=-1.112;SC=CATACATGTTATTACAACCAG;SOR=1.216;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=124;TCF=48;TCR=76;TR=88;WE=141773531;WS=141773513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,92:0.69:134
chr2	141816621	rs1525579	A	G	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=371;SC=AAAGATGTCTAACCTATAAAG;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=141816629;WS=141816611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	141945949	rs1249434	C	T	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=11;PP=1208;SC=TCTTTTTAAACGCAAACTTTT;SOR=2.546;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=56;WE=141945957;WS=141945939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	142237868	rs4264514	G	A	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.573;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=11;PP=780;ReadPosRankSum=-0.425;SC=TGATATGCTTGTAGTTGAAAG;SOR=1.214;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=50;WE=142237876;WS=142237858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,51:0.84:61
chr2	142567738	rs28529494	G	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.40;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=1.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr2	143643161	rs72849117	C	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=0.623;SC=TTTGCTACTGCATGTGTTTAT;SOR=0.105;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=143643169;WS=143643151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr2	143787161	rs6429999	C	A	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.57;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	143787274	rs6430000	C	T	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=26;PP=783;SC=TTACCTAATGCCATTTTTATT;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=143787282;WS=143787264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	143913004	rs2580857	T	G	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=21;PP=1373;SC=TCATGGAAAATTGTATGTTTA;SOR=1.581;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=54;TCR=21;TR=75;WE=143913012;WS=143912994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	144193151	rs11438710	C	CT	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.713;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.242;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr2	144194565	rs17230746	C	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,12:0.17:70
chr2	144710295	rs56385884	A	G	376.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.84;ReadPosRankSum=0.331;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,18:0.90:20
chr2	144903470	rs77758607	G	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=70;ReadPosRankSum=-0.437;SC=TCTAAGTTTTGATCTCTTAAA;SOR=0.527;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=5;WE=144903478;WS=144903460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr2	144934655	rs5834992	A	AG	476.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=3;PP=242;SC=ACAGCACCAAAGGGGAAATCC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=7;WE=144934663;WS=144934645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	144934819	rs5834993	T	TA	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.237;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr2	145121339	rs10206546	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.216;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,29:0.26:110
chr2	145255210	rs12691693	T	C	3344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	145255397	.	C	CAT	141	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=141;QD=38.0;SC=TCATTCTCAACATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=4;WE=145255405;WS=145255387;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,4:0.20:20
chr2	145255401	.	TATATATATATGTCATTCTCAACATATATATATATATGTCATTCTCAAC	T	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=1.901;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr2	147596973	rs4411641	A	G	415.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5194;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=274;ReadPosRankSum=1.183;SC=CTAAATTTGAATGATAAAATA;SOR=0.610;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=18;WE=147596981;WS=147596963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
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chr2	148701099	rs66919703	GA	G	312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=1.013;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
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chr2	148733548	rs2307399	T	TA	1943.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=31;PP=1029;SC=TCAAATCCTTTAAAAAAATTG;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=148733556;WS=148733538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
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chr2	149449185	rs6724787	G	A	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.754;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:413,96:0.19:509
chr2	149520214	rs10193313	C	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.678;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr2	149798213	rs73970609	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=0.228;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,25:0.15:164
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chr2	150069645	rs56171871	C	CGT	6033.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.293;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.705;NF=13;NR=72;PP=2982;ReadPosRankSum=-1.299;SC=CGGTAAGGATCGTGTGTGTGT;SOR=1.007;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=164;TCF=23;TCR=141;TR=85;WE=150069654;WS=150069635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,181:0.67:269
chr2	150320627	rs34341723	TA	T	394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.155;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.182;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,38:0.43:89
chr2	150428849	.	C	CAAAAAAAAAAAA	1014.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;QD=53.41;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	150432976	rs11545261	C	T	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	150433128	rs11680630	C	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,11:0.17:66
chr2	150443689	rs4667420	C	G	6199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=100;NR=105;PP=2965;SC=ACAAAACAGACGAGTGATCGA;SOR=0.872;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=207;TCF=101;TCR=106;TR=205;WE=150443697;WS=150443679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr2	150443813	rs4667419	C	T	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=47;PP=1382;SC=CCAGAACTCGCCCCCATGCCA;SOR=1.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=75;WE=150443821;WS=150443803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	151328284	rs11338446	GA	G	2158.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;MQRankSum=0.393;QD=14.99;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:16,128:0.89:144
chr2	151343988	rs2334309	A	T,AT	1956.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.512;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.49;ReadPosRankSum=-0.956;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,29,50:0.33,0.57:87
chr2	151900223	rs7589036	T	C	16330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,622:1.00:622
chr2	151900390	rs150701043	TAAAAACAAAAAC	T	4142.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=44.55;SOR=4.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	152108261	rs4665119	T	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=-2.854;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr2	152109159	rs289885	C	T	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=24;NR=7;PP=549;SC=TTGCATTTTCCTTCCTAGAAG;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=152109167;WS=152109149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	152118271	rs55775354	G	A	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=1.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.432;QD=4.30;ReadPosRankSum=-0.268;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,42:0.16:256
chr2	152118275	rs56376752	A	G	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=1.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.431;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.372;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,43:0.16:264
chr2	152118338	rs35240993	G	GT	4636.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.05;NF=12;NR=65;PP=2547;SC=TTTTGGTTTCGTTTTTTGTTC;SOR=0.932;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=92;TCF=12;TCR=80;TR=77;WE=152118346;WS=152118328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr2	152132130	rs289834	A	G	2497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=37;PP=1500;ReadPosRankSum=1.555;SC=TCTTCACGCAATGTGTCAGGA;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=72;TCR=48;TR=93;WE=152132138;WS=152132120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,102:0.78:131
chr2	152135514	rs289831	A	G	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.203;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=773;ReadPosRankSum=-0.471;SC=TCTAATCCAAATGAAAATGTT;SOR=0.466;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=56;WE=152135522;WS=152135504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,60:0.81:74
chr2	152138522	rs3771886	T	C	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.01;ReadPosRankSum=-1.231;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,57:0.79:72
chr2	152139271	rs10169816	C	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=270;ReadPosRankSum=-0.866;SC=TAAAGCCTAACGGCCTCCCAA;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=16;WE=152139279;WS=152139261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr2	152139493	rs10182245	A	G	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=232;ReadPosRankSum=-0.574;SC=AATAAATATTATAAGCATAGC;SOR=0.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=22;WE=152139501;WS=152139483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr2	152224940	rs10432475	A	G	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.549;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr2	152236045	rs35060021	TA	T	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-1.185;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr2	152266473	rs2290368	T	C	2135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=34;PP=1059;ReadPosRankSum=-0.765;SC=CAGCCGGAGCTGGGAAAGTCG;SOR=0.731;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=135;TCF=83;TCR=52;TR=91;WE=152266481;WS=152266463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,97:0.69:141
chr2	152266731	rs2290367	T	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.938;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=464;ReadPosRankSum=-2.008;SC=GAATGTGGCGTGGGCTCAGGT;SOR=1.833;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=24;WE=152266739;WS=152266721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr2	152267072	rs4664045	T	G	2826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.582;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=57;PP=1529;ReadPosRankSum=-0.263;SC=TAGCGGAGAGTGGGGCGCTCT;SOR=0.988;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=134;TCF=62;TCR=72;TR=104;WE=152267080;WS=152267062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,120:0.78:153
chr2	152267672	rs7585604	G	A	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	152267721	rs66862523	AT	A	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=12;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=1.285;SC=TTTTGAGAGTATTTTTTTTTT;SOR=0.832;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=10;WE=152267729;WS=152267711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr2	152267897	rs147405197	G	GT	302.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.59;ReadPosRankSum=1.088;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr2	152271188	rs144193655	GTTTATT	G	505.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=320;ReadPosRankSum=1.812;SC=TTTATTCCTTGTTTATTTTTA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=152271201;WS=152271181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,13:0.93:14
chr2	152289767	rs72860233	G	A	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.836;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=665;ReadPosRankSum=0.410;SC=GTTGACTATAGCACTTTATGT;SOR=0.344;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=49;WE=152289775;WS=152289757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,56:0.81:69
chr2	152292169	rs34105266	GA	G	1249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.437;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.887;NF=2;NR=41;PP=718;ReadPosRankSum=-0.781;SC=TTTGAAGTAGGAAAAAAAAAG;SOR=0.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=3;TCR=62;TR=43;WE=152292177;WS=152292159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,69:0.80:86
chr2	152295141	rs16830036	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=4.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=-1.346;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr2	152298562	.	T	TTTTTATTTTATTTTATTTTA	562.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.20;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	152303171	rs2432941	G	A	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=50;PP=1370;SC=TTTGTGAACTGTCACCTATTA;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=74;WE=152303179;WS=152303161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	152311570	rs2444263	G	A	10689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=195;NR=190;PP=2965;SC=CTCAATCACCGGCATTATTTC;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=385;TCF=195;TCR=190;TR=385;WE=152311578;WS=152311560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr2	152314385	rs16830047	G	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=0.126;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,45:0.25:181
chr2	152314547	rs35044903	C	CA	517.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=495;SC=TACTTTGATTCAAATAATCTT;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=13;WE=152314555;WS=152314537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	152315549	rs2444260	G	T	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=328;SC=CATTGTCAGTGGTGTGGCCTG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=152315557;WS=152315539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	152318713	rs59316798	TATC	T	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=1;PP=39;ReadPosRankSum=-0.063;SC=ATTGTAAGAATATCATCCGGT;SOR=0.593;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=2;WE=152318723;WS=152318703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,3:0.18:17
chr2	152320118	rs2123465	G	A	4612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;SC=AGCAGCAACAGTGGAAAATGC;SOR=0.717;Source=Platypus;TCF=82;WE=152320126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr2	152322095	rs2444257	A	T	6402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=127;NR=88;PP=2965;SC=AATGAAAAATAATGAAGAAAT;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=127;TCR=89;TR=215;WE=152322103;WS=152322085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr2	152331418	rs1065177	C	G	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	152342481	rs16830090	A	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=0.404;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,42:0.23:183
chr2	152346979	rs1061305	T	C	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.18;ReadPosRankSum=1.503;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,110:0.71:154
chr2	152348842	rs2288193	T	A	4340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=92;PP=2630;ReadPosRankSum=1.006;SC=GGTGTGACTATATCCCTTTTT;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=220;TCF=99;TCR=121;TR=166;WE=152348850;WS=152348832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,190:0.76:251
chr2	152349026	rs2288195	G	A	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=32;PP=895;SC=AGGAGAGACCGTGAATGAGTG;SOR=1.692;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=152349034;WS=152349016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	152350462	rs4664455	T	C	3461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=67;PP=2133;SC=GGGGGAAATGTTATGTTTAAT;SOR=1.430;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=42;TCR=68;TR=109;WE=152350470;WS=152350452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	152350903	rs112383145	G	GTA	529.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.98;MQRankSum=0.877;NF=3;NR=7;PP=417;ReadPosRankSum=0.268;SC=ATGGAAAGTAGTATGTTTCCT;SOR=0.346;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=10;WE=152350911;WS=152350893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr2	152352843	rs7575451	C	G	8310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=155;NR=143;PP=2965;SC=GGAGTGACAGCTAAAGGAGTT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=299;TCF=155;TCR=144;TR=298;WE=152352851;WS=152352833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr2	152353395	rs10497081	T	G	2712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.333;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=38;PP=1836;ReadPosRankSum=-0.313;SC=TGTATTATTTTAAATCATGAA;SOR=0.506;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=152;TCF=102;TCR=50;TR=108;WE=152353403;WS=152353385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,115:0.71:161
chr2	152360136	rs3835058	AT	A	42.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=85;SC=AATAGTAAAAATTTTTACTAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=152360144;WS=152360126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	152369117	rs13023600	T	C	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=15;PP=1768;SC=CGTGAGCCACTGCACCTGGTG;SOR=2.400;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=87;TCF=71;TCR=16;TR=86;WE=152369125;WS=152369107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	152374800	rs16830136	G	A	3788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=85;NR=47;PP=2187;SC=ATGAATGTGCGCCAGAGGAAA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=85;TCR=48;TR=132;WE=152374808;WS=152374790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	152382454	rs6721666	C	G	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=18;PP=1085;SC=GCCAAGAGACCGGTGGTTGAT;SOR=1.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=61;WE=152382462;WS=152382444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	152383913	rs2288198	T	C	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	152387553	rs4664475	T	C	5654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=100;NR=106;PP=2802;SC=GCAACATGGGTGTGTCGTGGA;SOR=0.888;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=207;TCF=101;TCR=106;TR=206;WE=152387561;WS=152387543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr2	152388228	rs60806638	G	C	11646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=216;NR=174;PP=2965;SC=CCCAGACTTTGTGACAATTTA;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=390;TCF=216;TCR=174;TR=390;WE=152388236;WS=152388218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr2	152388415	rs56026241	AT	A	3003.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=68;PP=2951;SC=TTTGATCTAAATTGTGGAAGA;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=4;TCR=70;TR=72;WE=152388423;WS=152388405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	152394534	rs3732310	T	G	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=49;PP=1937;SC=TTACCCAAAGTTAATGTAAAT;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=103;WE=152394542;WS=152394524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	152396726	rs66541369	T	TA	1257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.61;QD=24.19;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	152402515	rs10687343	T	TAA	1586.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=14.56;ReadPosRankSum=0.201;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,88:0.81:109
chr2	152403014	rs4664486	C	T	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	152403071	rs11436330	C	CT	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.892;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr2	152404294	rs2288201	C	T	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=44;PP=1244;SC=TAGTAGGGGACGACGAGGGCA;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=61;WE=152404302;WS=152404284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	152409416	rs2288203	C	T	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=63;PP=1876;SC=CTCAACAGACCGAGATGCATT;SOR=1.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=30;TCR=63;TR=93;WE=152409424;WS=152409406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	152409809	rs4575719	C	A	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=13;PP=1207;SC=AGCCACCCCCCAGAGCTGGCC;SOR=2.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=57;WE=152409817;WS=152409799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	152417064	rs2288206	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=29.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.726;SOR=0.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr2	152417311	rs3214502	T	TC	2811.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.514;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.543;NF=0;NR=38;PP=1468;ReadPosRankSum=0.954;SC=TCTCACACACTCCCTACTAAC;SOR=0.422;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=38;WE=152417319;WS=152417301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,96:0.88:109
chr2	152421937	rs7602715	A	G	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.897;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=17;PP=1287;ReadPosRankSum=-0.177;SC=GCAATTATCTAAAGTTAAGCT;SOR=1.290;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=96;TCF=72;TCR=24;TR=75;WE=152421945;WS=152421927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,78:0.80:97
chr2	152422076	rs2288210	C	G	9119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr2	152422087	rs2288211	A	G	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=0.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=2.367;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,77:0.22:348
chr2	152424933	rs3214503	T	TA	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.66;ReadPosRankSum=1.453;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr2	152425692	rs3732312	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.395;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=96;ReadPosRankSum=0.064;SC=ATGGTTAAGATTGCTGATATT;SOR=0.491;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=11;WE=152425700;WS=152425682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr2	152425820	rs149881695	C	T	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.344;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=50;PP=1516;ReadPosRankSum=1.337;SC=GCATGATTGACGGACACGGAG;SOR=0.576;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=152;TCF=88;TCR=64;TR=112;WE=152425828;WS=152425810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,123:0.72:170
chr2	152427249	rs7568873	A	G	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=30;PP=895;SC=AAGAGCATAGATGAGAATCAT;SOR=1.480;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=49;WE=152427257;WS=152427239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	152432886	rs61254943	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=88;ReadPosRankSum=0.956;SC=AGAAAACACAGGTAGAAGCAG;SOR=0.641;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=9;WE=152432894;WS=152432876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr2	152467001	rs11902616	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=192;ReadPosRankSum=0.445;SC=ACAGTGGAGACCACAGAGAGT;SOR=0.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=20;WE=152467009;WS=152466991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,22:0.26:84
chr2	152475938	rs10186656	T	G	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5467;FS=3.651;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=701;ReadPosRankSum=0.766;SC=GCTTTTAACATGCAGAGCTAA;SOR=2.432;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=28;WE=152475946;WS=152475929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,30:0.83:36
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chr2	152476130	rs6717213	C	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,46:0.19:240
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chr2	152490458	rs6710212	A	G	5267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=89;NR=91;PP=2857;SC=AGTTGCTTGCAGTAACCATCT;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=89;TCR=91;TR=180;WE=152490466;WS=152490448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr2	152500449	rs13013209	C	G	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=1.032;QD=4.00;ReadPosRankSum=0.504;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,51:0.26:198
chr2	152527572	rs7426114	C	T	8613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr2	152531077	rs6711382	A	G	9075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=154;NR=147;PP=2965;SC=ATTAAGTCATACCAATCCCGT;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=301;TCF=154;TCR=147;TR=301;WE=152531085;WS=152531067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr2	152536498	rs6735208	T	A	3995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=61;PP=2022;SC=GCAGGTTGTATTTGTGAATAA;SOR=0.974;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=63;TCR=61;TR=124;WE=152536506;WS=152536488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	152552062	rs6433569	A	C	13771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=257;NR=219;PP=2965;SC=TTGTCAGTACATCACATGGTA;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=477;TCF=257;TCR=220;TR=476;WE=152552070;WS=152552052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,518:1.00:518
chr2	152566433	rs12464543	A	G	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=28;PP=847;SC=TACCATTACAAAAATGATTAG;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=152566441;WS=152566423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	152573902	rs34733773	A	AGGC	9008.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=55;PP=2924;SC=TCTTCAAGGGAGGCAATGTCC;SOR=1.000;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=108;TCF=44;TCR=64;TR=96;WE=152573910;WS=152573892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	152573981	rs4611637	A	G	8390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=132;PP=2965;SC=CTGGAGGATCAGCCAGAGGCG;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=131;TCR=132;TR=263;WE=152573989;WS=152573971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr2	152581866	rs4300824	T	C	12101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=263;NR=167;PP=2965;SC=CTCATAGTAATTCAACTGCTC;SOR=1.171;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=431;TCF=264;TCR=167;TR=430;WE=152581874;WS=152581856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr2	152584153	rs4664499	A	C	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=5;PP=396;SC=GAGTTGAGATAAGTAATTTCT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=20;WE=152584161;WS=152584143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	152684704	rs150910136	A	AC	4308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.564;NF=7;NR=78;PP=1501;ReadPosRankSum=0.813;SC=CGGGCAGCGGACCCCCCCCCT;SOR=0.737;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=142;TCF=9;TCR=133;TR=85;WE=152684712;WS=152684694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,182:0.78:234
chr2	152729138	rs770609	T	C	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=449;SC=CTATAAAGAATTTCAAGAATC;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=152729146;WS=152729128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	152827973	rs7567588	A	G	3254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=25;PP=2044;SC=GACTGCAGCTAGCCATCTGAG;SOR=1.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=73;TCR=25;TR=97;WE=152827981;WS=152827963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	152828281	rs7607341	C	G	2805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=63;PP=1766;SC=GAACATCTCTCTCTTCCCCTG;SOR=1.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=24;TCR=63;TR=87;WE=152828289;WS=152828271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	153004816	.	T	TA	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.384;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr2	153192324	rs2003332	C	T	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=66;PP=1790;SC=CACCCCGTGCCGGGAGCGAGC;SOR=5.784;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=73;TCF=7;TCR=66;TR=71;WE=153192332;WS=153192314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	153378459	rs4664114	T	C	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=1.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,70:0.28:252
chr2	153378574	rs4664592	A	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=1.554;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,15:0.21:70
chr2	153405594	rs1155779	G	A	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	153415170	rs6705427	A	C	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=6;PP=1026;SC=CTGGTGGAAAAAACAAAACTT;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=44;WE=153415178;WS=153415160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	153415234	rs200953857	T	TG	8160.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=42;PP=1469;SC=CAATGATTTTTTTTTTTTTTT;SOR=1.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=90;WE=153415255;WS=153415223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr2	153415244	rs72868279	T	C	5223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.508;NF=91;NR=50;PP=2843;ReadPosRankSum=-1.173;SC=TTTTTTTTTTTCCCCAACAGA;SOR=1.146;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=94;TCR=52;TR=141;WE=153415255;WS=153415223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,202:0.99:204
chr2	153415376	rs6434098	T	G	7279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=130;NR=129;PP=2965;SC=GAATTTTATGTGGTCACAGCA;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=130;TCR=129;TR=259;WE=153415384;WS=153415366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr2	153417325	rs6713836	A	G	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=6;PP=473;SC=AGGAACAGCAAGTTATACATG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=153417333;WS=153417315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	153435288	rs12693407	G	A	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=5;PP=553;SC=ATTTATAATGGTGTAAGTTTC;SOR=2.066;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=26;WE=153435296;WS=153435278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	153471255	.	T	TCAAAACAAAACAAAA	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=1.304;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,8:0.20:41
chr2	153473479	.	GAA	G	2425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=1.385;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.449;NF=22;NR=14;PP=1344;ReadPosRankSum=0.252;SC=ACCATTTCCAGAAAACAACTT;SOR=1.080;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=36;WE=153473488;WS=153473469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,60:0.86:70
chr2	153473521	rs12693415	A	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-0.443;QD=1.35;ReadPosRankSum=-2.196;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,21:0.18:118
chr2	153473794	rs2304556	T	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=147;ReadPosRankSum=0.966;SC=TACCTTCATTTCAGAGGAATG;SOR=0.848;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=13;WE=153473802;WS=153473784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr2	153475253	rs13413144	A	T	160.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=3.802;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=0.967;SC=AAGAATTCCCATTCATATGAG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=153475261;WS=153475243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr2	153476066	rs5835439	G	GCCA	3066.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=39;PP=1025;SC=CGCCGCCGCCGCCCCCTCCTC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=39;WE=153476074;WS=153476056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	153478931	rs7609122	T	C	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=4;PP=1450;SC=TGTGCCGCCTTGTGAAATGTG;SOR=3.947;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=54;TCR=4;TR=58;WE=153478939;WS=153478921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	153481943	rs2346532	T	C	2813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=28;PP=1615;SC=TTCTCTTTGATGTCTTTAGCT;SOR=1.699;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=73;TCR=28;TR=100;WE=153481951;WS=153481933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	153482128	rs12478681	G	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=1.435;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,41:0.18:231
chr2	153483281	rs9989874	A	C	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=609;ReadPosRankSum=0.593;SC=GTTTATGATAAAATGAAAATG;SOR=1.408;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=27;WE=153483289;WS=153483271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr2	153492910	rs1561267	G	T	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=25;PP=894;SC=TCCCCATTGAGTTTCACTGGG;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=62;WE=153492918;WS=153492900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	153497168	rs1465818	C	T	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=179;SC=TTCTCTGCAACTGAGCAGAAT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=153497176;WS=153497163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	153504552	rs12693429	G	A	2640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=58;PP=1736;SC=TAGCAAACACGGAAGAATTTT;SOR=1.561;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=90;WE=153504560;WS=153504542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	153514583	rs6713779	G	C	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=31;PP=895;SC=AGATACCATTGTTATATAGGT;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=153514591;WS=153514573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	153514610	rs12999331	T	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=119;ReadPosRankSum=0.741;SC=TAAGAACATCTATGTGTAACA;SOR=1.002;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=9;WE=153514618;WS=153514600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr2	153519524	rs1036526	A	G	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	153520782	rs3762507	A	G	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=8;PP=214;SC=GAGAAAAATTATATTTGGAAA;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=153520790;WS=153520772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	153520819	rs3762506	C	A	278.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=229;SC=GAGAAATAAGCGTCTAACATG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=153520827;WS=153520809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	153529361	rs2304559	T	C	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=574;SC=TTATTAGACATAAAACAACTC;SOR=3.442;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=23;WE=153529369;WS=153529351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	153535670	rs10166987	C	T	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=33;PP=1282;SC=TTAAAATCTACAGAACTGAGA;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=73;WE=153535678;WS=153535660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	153549814	rs10172024	G	C	6540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.60;SOR=1.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr2	153549814	.	GTGTAC	CTGTAC,CTGTAT	2570	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=22;MQ=59.98;NF=121,28;NR=69,11;PP=2570,278;QD=20;SC=TGGTCACCAAGTGTACACAAG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=121;TCR=69;TR=190,39;WE=153549827;WS=153549804;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:190
chr2	153549819	rs13003670	C	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.230;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,56:0.26:217
chr2	153572438	rs2346548	C	T	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=17;PP=1119;SC=GACCTAGATTCTGAAATCTTG;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=59;WE=153572446;WS=153572428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	153575305	rs116506483	G	T	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=0.031;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,70:0.25:283
chr2	153576548	.	G	GTCAGTCTTAAATGATTGGCTGCCAATGTTTCATTTCTTTATCATTCCCCTCCCCCCTTTTTTACCCTTTTTTGAATGTGCATGGAATGTAAATTA	7938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=50.57;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	153576580	.	A	ATTTC	2807	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=25;MQ=59.32;NF=2;NR=52;PP=2807;QD=20;SC=CCAATGTTTCATTTATCATTC;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=91;TCF=4;TCR=87;TR=54;WE=153576588;WS=153576570;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:37,54:0.59:91
chr2	153577013	rs9646744	G	A	6747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=118;NR=113;PP=2965;SC=TTATAGTATTGCTTTCCTACC;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=231;TCF=118;TCR=113;TR=231;WE=153577021;WS=153577003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr2	154800874	rs4318348	A	G	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=0.127;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,12:0.22:55
chr2	154801196	rs72865049	A	G	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.810;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=717;ReadPosRankSum=-0.195;SC=GAGATGAGAAAAGTGGTGCCT;SOR=0.377;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=42;WE=154801204;WS=154801186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,46:0.75:61
chr2	155099146	rs9288324	G	A	243.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=191;ReadPosRankSum=0.183;SC=CATCTTGGTAGTATCTCTGCT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=9;WE=155099154;WS=155099143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr2	155265623	rs1405936	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=3.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=-1.873;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,26:0.22:117
chr2	155294364	rs10714112	TA	T	121.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.53;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	155306885	rs697648	C	T	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=25;PP=1120;SC=AAGCTAAAGACGAAATAAGCT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=70;WE=155306893;WS=155306875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	155555195	rs5835535	T	TC	1252.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.97;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	155711357	rs17642086	T	C	9291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr2	157183211	rs35479735	TC	T	4882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=50;PP=2604;SC=CTGGATTGTCTCCCTCCCTCC;SOR=0.812;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=64;WE=157183219;WS=157183201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	157189011	rs834836	G	C	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	157427593	rs1469652	T	C	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	157467040	rs11892929	A	G	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=269;ReadPosRankSum=-0.935;SC=ACCCTGTATTATTTAACAAAT;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=21;WE=157467048;WS=157467030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr2	157467106	rs11894134	T	C	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=3.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.31;ReadPosRankSum=2.333;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,56:0.71:79
chr2	158157361	rs3214040	C	T	3609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=57;PP=2049;SC=TCTATGGCCACGGAGACCACC;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=63;TCR=57;TR=120;WE=158157369;WS=158157351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr2	158162475	rs3214039	C	T	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=29;PP=929;SC=AGAGAGTCCACCACTAAACAC;SOR=1.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=49;WE=158162483;WS=158162465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	158162521	rs3816595	T	G	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=22;PP=642;SC=GTGTGGGTCCTGCAGTCAACT;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=158162529;WS=158162511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	158165004	rs6728956	C	T	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=3;PP=670;SC=TTAACTGTTGCTAACAAAAAT;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=158165012;WS=158164994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	158275111	rs5835667	T	TA	390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.679;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr2	158283710	rs155614	A	G	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=234;SC=TATTCCTCCAAAGGTAATTGT;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=158283718;WS=158283707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	158284056	rs155613	C	T	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=241;SC=AAACGAAATACAAATGTTACA;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=158284064;WS=158284046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	158291107	rs70987792	T	TAG	317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.722;QD=19.86;ReadPosRankSum=0.061;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr2	158291188	rs11904180	A	C	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.12;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	158395079	rs7576514	C	G	9576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr2	158400908	rs6728987	C	T	4015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=43;PP=2572;SC=AACTAAGTACCTCTATCCTCA;SOR=1.561;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=90;TCR=44;TR=133;WE=158400916;WS=158400898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr2	158401137	rs10432556	T	C	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=80;PP=1957;SC=AACAAGAAAATGTAATTTTGT;SOR=2.073;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=31;TCR=81;TR=111;WE=158401145;WS=158401127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	158412542	rs13010956	T	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=1.384;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,15:0.21:73
chr2	158443889	rs4556933	G	A	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=1.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=1.686;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,68:0.20:338
chr2	158626980	rs1146031	C	T	5242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr2	158636910	rs2227861	G	A	8511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=172;NR=132;PP=2965;SC=AGCACTCCACGGCTTGGCCAG;SOR=0.870;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=304;TCF=172;TCR=132;TR=304;WE=158636918;WS=158636900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr2	158637132	.	A	AG	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=3.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=1.782;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,18:0.20:92
chr2	158637137	rs1866885	A	G	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=4.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.874;SOR=0.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,63:0.69:91
chr2	158655883	rs111834201	C	CAA	1126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;MQRankSum=0.333;QD=27.48;ReadPosRankSum=-0.797;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr2	159028800	rs2222390	A	G	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=15;PP=444;SC=AATTTAAATAACAATTCATTG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=159028808;WS=159028790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	159077019	rs958671	A	C	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.17;ReadPosRankSum=0.538;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,57:0.74:77
chr2	159166069	rs7559772	T	C	5423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=126;PP=2965;SC=AAAGTCTTTCTTATTTTTATT;SOR=1.647;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=62;TCR=126;TR=188;WE=159166077;WS=159166059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr2	159195225	rs11686762	T	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=273;ReadPosRankSum=-0.215;SC=AGGACTCAGTTTTATCTTATC;SOR=1.501;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=13;WE=159195233;WS=159195215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr2	159195562	rs61746487	A	G	2335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=42;PP=1181;ReadPosRankSum=-0.632;SC=TAAGTCTTTCAAAGACAGTTT;SOR=0.643;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=123;TCF=63;TCR=60;TR=89;WE=159195570;WS=159195552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,108:0.72:149
chr2	159312733	rs1111212	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=120;ReadPosRankSum=0.612;SC=ACCTCGTTCCCTTACCAAAAT;SOR=1.148;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=10;WE=159312741;WS=159312723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr2	159312776	rs3796107	GA	TT	2424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=1545;ReadPosRankSum=-1.349;SC=GAGTCTTTCAGAAGAGTTATG;SOR=0.942;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=46;WE=159312785;WS=159312766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,62:0.70:89
chr2	159434492	rs2356188	G	A	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.15;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	159434727	rs10933494	T	G	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=682;ReadPosRankSum=-0.280;SC=TGAATAGAATTCTGTCTGTTG;SOR=0.799;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=49;WE=159434735;WS=159434717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,58:0.73:80
chr2	159434802	rs72184107	ATC	A	1112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=673;ReadPosRankSum=1.474;SC=TGAATTTTTCATCTCTCTTAA;SOR=0.648;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=16;WE=159434811;WS=159434792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,30:0.81:37
chr2	159526461	rs13396528	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=1.902;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,13:0.17:78
chr2	159534863	rs2356505	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.981;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr2	159534874	rs2356506	C	T	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=2;PP=818;SC=CAGCCTGTTTCTGCCATAGTT;SOR=4.235;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=32;WE=159534882;WS=159534856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	159534889	rs2711040	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=2.455;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr2	159661077	rs2271663	C	T	553.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=522;ReadPosRankSum=-1.029;SC=CTGGAGGGATCCCTCTGAGAG;SOR=2.400;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=18;WE=159661085;WS=159661067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,19:0.90:21
chr2	159663599	rs9869	T	C	4108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=1.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.98;ReadPosRankSum=0.995;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,192:0.79:242
chr2	159683006	.	CAT	C	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.54;MQRankSum=2.530;QD=16.31;ReadPosRankSum=1.100;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr2	159954175	rs34588551	C	T	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.52;ReadPosRankSum=1.084;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,70:0.84:83
chr2	159992572	rs35935932	C	T	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=179;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=7;PP=344;SC=CGCGCGCGCGCGTTTAAGGGA;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=159992580;WS=159992562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	160005600	rs72951453	G	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=167;ReadPosRankSum=0.362;SC=ATCCAGATGCGATACTGAAAT;SOR=0.465;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=13;WE=160005608;WS=160005590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr2	160019863	rs12466551	A	G	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	160033174	rs759034	A	G	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=14;PP=394;SC=CCAGAGAGCCAGACTTGGGTG;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=160033182;WS=160033164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	160034919	rs4665031	A	G	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=2;PP=784;SC=ACCTTATCCTATTACACGTTT;SOR=4.351;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=32;WE=160034927;WS=160034916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	160035195	rs12988603	C	T	7696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=2.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.77;ReadPosRankSum=-1.052;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,347:0.76:459
chr2	160035207	rs6748288	T	C	17407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=202;NR=216;PP=2962;SC=TCTCCCTGAATGGCAAGGCCG;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=418;TCF=202;TCR=216;TR=418;WE=160035215;WS=160035185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr2	160050682	rs75263328	T	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=321;ReadPosRankSum=-0.365;SC=ATTAAAATGATACCGAAAATT;SOR=0.892;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=20;WE=160050690;WS=160050672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr2	160055448	rs13430891	T	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.948;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,23:0.17:134
chr2	160073895	rs4665042	G	C	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=16;PP=833;SC=GGTTCAAAGGGGGAGGACATA;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=50;WE=160073903;WS=160073885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	160075886	rs146371641	G	GC	6372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=71;PP=2933;ReadPosRankSum=-1.821;SC=GCAGCGTGATGCCCTCAAAGG;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=28;TCR=113;TR=88;WE=160075894;WS=160075876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,218:0.72:302
chr2	160076026	rs2303334	C	G	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.025;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.641;NF=21;NR=36;PP=964;ReadPosRankSum=-0.800;SC=AGCCACATGCCTGGTATTCCT;SOR=0.967;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=57;WE=160076034;WS=160076016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,61:0.73:84
chr2	160076077	rs2303335	T	A	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=837;ReadPosRankSum=-0.318;SC=ATCCGGCCAGTGTCACCCTTC;SOR=0.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=43;WE=160076085;WS=160076067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,43:0.72:60
chr2	160082354	rs12692544	C	T	7888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.29;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr2	160082354	.	CATAATGGCTA	TATAATGGCTA,TATAATGGCTG	1899	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=11;MQ=60.0;NF=83,54;NR=96,64;PP=225,1899;QD=1.45123582429;SC=TAATTGGGTACATAATGGCTA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=83;TCR=96;TR=179,118;WE=160082372;WS=160082344;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:179
chr2	160082364	rs34344829	A	G	3180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.10;ReadPosRankSum=-0.495;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,139:0.75:186
chr2	160082384	rs13419975	T	A	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=49;PP=1241;ReadPosRankSum=-0.213;SC=TACTGCACAGTCTCCATGTAA;SOR=0.451;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=112;TCF=47;TCR=65;TR=87;WE=160082392;WS=160082374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,96:0.75:128
chr2	160084224	rs2042494	G	A	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=14;PP=670;SC=ATGTTCTGTCGTGGGTTTGCA;SOR=0.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=160084232;WS=160084214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	160084263	rs2042495	A	G	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=17;PP=857;SC=ACGGTGTTCCAGGTGTGGGAG;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=57;WE=160084271;WS=160084253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	160084534	rs2288111	A	G	279.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=9;PP=230;SC=CTTCTCCAGCAGTGAAGGCCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=160084542;WS=160084524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	160086653	rs4664276	CA	TG	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=0.493;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:321,65:0.17:386
chr2	160086692	rs3821296	A	G	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=2.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.636;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:317,76:0.19:393
chr2	160087535	rs3821301	T	G	4054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=59;NR=88;PP=2579;SC=CCTTAAGAAATCCCCATTTGT;SOR=1.201;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=59;TCR=88;TR=147;WE=160087543;WS=160087525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr2	160112881	rs7591849	G	T	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5007;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=41;PP=1081;ReadPosRankSum=0.675;SC=TGTTCTGTGCGCCTTGCTTAA;SOR=0.774;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=76;WE=160112889;WS=160112871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,85:0.84:101
chr2	160114437	rs3213715	G	A	1738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=48;PP=1246;ReadPosRankSum=-0.351;SC=ATTAATACAAGGTGAGGTTAA;SOR=0.408;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=80;TCF=18;TCR=62;TR=64;WE=160114445;WS=160114427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,67:0.82:82
chr2	160116281	rs4665052	A	G	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.02;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,86:0.75:115
chr2	160132196	rs35620648	A	AC	2068.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=33;PP=1051;SC=AAACACTGAAACCCCCCCAAA;SOR=1.011;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=36;WE=160132204;WS=160132186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	160136337	rs174264	G	A	2956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=42;PP=1659;SC=TTCACTATGCGGACACCTCAT;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=56;TCR=42;TR=98;WE=160136345;WS=160136327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	160176943	rs174229	A	C	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=31;PP=1023;SC=AAAGAAAACAAATAATTAGAG;SOR=1.000;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=58;WE=160176951;WS=160176933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	160181543	.	TTA	T	88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=26;MQ=61.46;NF=0;NR=3;PP=88;QD=34.3333333333;SC=CTTTCAGTTATTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=3;WE=160181552;WS=160181533;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,3:0.33:9
chr2	160203934	rs965163	A	T	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=8;PP=1229;SC=ATATTAGGCAAGTAATAAACA;SOR=3.334;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=47;TCR=8;TR=55;WE=160203942;WS=160203924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	160231108	rs6742788	A	G	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	160239378	rs2302927	A	G	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=32;PP=858;SC=TTAAAAGAGCAAAACATGAGT;SOR=2.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=160239386;WS=160239368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	160241936	rs1469015	A	G	176.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=6;PP=172;SC=TACCATAAAAACAATAAGATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=160241944;WS=160241926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	160243183	rs918351	TA	AT	3331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=51;PP=2898;SC=CATGATTTCGTATCTTCTAAA;SOR=3.056;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=66;TCF=12;TCR=54;TR=63;WE=160243192;WS=160243173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	160255276	rs62171541	T	C	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.262;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=10;PP=764;ReadPosRankSum=0.235;SC=ATATAACTGATGCCAGTATAA;SOR=0.532;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=49;WE=160255284;WS=160255266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,57:0.78:73
chr2	160261729	rs74694096	AC	A	553.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.26;QD=34.61;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	160285060	rs57144725	C	T	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=42;PP=1080;SC=ACTCCTCAAACAACCCAAATA;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=47;WE=160285068;WS=160285050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	160285575	rs12473781	C	T	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=7;PP=492;SC=CCCTTTGCTCCGGCTCTTCTG;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=160285583;WS=160285565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	160285660	rs10754963	T	A	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	160295297	rs2302923	C	A	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=31;PP=902;SC=CGGGTACTTTCAAAGTGTTCT;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=160295305;WS=160295287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	160304741	rs12470533	A	T	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=34;PP=1738;SC=TCACTTATGTAAATGTGGATA;SOR=1.292;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=99;TCF=65;TCR=34;TR=97;WE=160304749;WS=160304731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	160335315	rs72947590	T	C	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=361;SC=TTGTATACTTTTAAAAATATA;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=160335323;WS=160335305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	160602258	rs59109898	A	G	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.53;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	160604452	rs11555185	C	T	14225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=258;NR=249;PP=2965;SC=GTTCTAGGGACTCCAGAAATT;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=509;TCF=259;TCR=250;TR=507;WE=160604460;WS=160604442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,543:1.00:543
chr2	160605268	rs1365803	T	C	3556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=57;PP=2179;SC=TTGCAGTCCCTCCAGCACTTG;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=60;TCR=57;TR=117;WE=160605276;WS=160605258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	160605488	rs371758273	TC	T	293.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	160605498	rs4665112	T	C	256.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.53;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	160621354	rs5835760	G	GT	383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.651;QD=13.23;ReadPosRankSum=2.771;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr2	160637267	rs2303552	C	A	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=21;PP=1348;SC=TAGGTGCACACTGAAAATTTA;SOR=1.550;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=69;WE=160637275;WS=160637257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	160637324	rs2303551	A	G	5152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=68;PP=2965;SC=GAGAATTGAAAAGCCATCAGT;SOR=1.026;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=107;TCR=68;TR=174;WE=160637332;WS=160637314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr2	160654524	rs2556106	G	T	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=1;PP=48;SC=GGGCGGGATGGCCGGCCGGGT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=160654532;WS=160654514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	160663435	rs12463589	T	C	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.29;SOR=1.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	160663678	rs7566887	T	C	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=1.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	160673526	rs2059696	A	G	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=57;PP=1525;SC=GTAGTATTATATTCTTCTTTG;SOR=2.174;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=20;TCR=57;TR=77;WE=160673534;WS=160673516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	160676427	rs12692566	C	A	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=47;PP=1380;SC=ACATAAGAGACTTATCTAGAG;SOR=1.265;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=74;WE=160676435;WS=160676417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr2	160729134	rs1397705	A	C	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=13.103;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=73;PP=2360;ReadPosRankSum=2.721;SC=AATTTGTTTTATGGTATTATC;SOR=1.190;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=120;TCF=47;TCR=73;TR=117;WE=160729142;WS=160729124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,121:0.98:124
chr2	160734668	rs17828159	T	C	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=316;SC=AAGGACATAATAGGGAAGACA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=160734676;WS=160734665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	160737495	rs2729712	A	C	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=2;PP=566;SC=CTTACCTTTTATTTTCCAGCT;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=160737503;WS=160737485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	160737560	rs2729711	G	T	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=1.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	160760972	rs1397707	C	T	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=4;PP=521;SC=GCTCCAGAGCCCCCCCGCCCC;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=160760980;WS=160760962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	160805993	rs6726923	C	G	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=4;PP=614;SC=CATCACCAACCAGACCAGAGG;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=160806001;WS=160805983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	160807742	rs952184	A	T	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=8;PP=465;SC=ATATTTATTAATATTTTTGGG;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=28;WE=160807750;WS=160807732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	160808075	rs3828323	C	T	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=34;PP=1021;SC=GTATTTACACCGTGTCCAGAA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=57;WE=160808083;WS=160808065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	160833188	rs2715918	A	G	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	160840370	rs5835784	AC	A	301.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=317;SC=TGGGATACTCACCCCTCAGAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=160840378;WS=160840360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	160872989	rs10563068	GGT	G	3539.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=17;PP=2983;SC=AGAAGGGGGGGGTGCGAGGAG;SOR=2.570;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=69;WE=160872998;WS=160872979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	160873021	rs2715939	G	A	4291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.52;QD=26.01;SOR=1.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr2	160873270	rs2667040	A	G	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=56;PP=1599;SC=CTGTGCTGATACCGATGGGCA;SOR=2.476;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=16;TCR=56;TR=72;WE=160873278;WS=160873260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	160873294	rs3833577	T	TA	872.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=28;PP=646;SC=GCAATTCTTATAAAAAAAATA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=28;WE=160873302;WS=160873284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	160876827	rs1511213	A	G	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=22;PP=564;SC=TGCAAAGGAGATAACACCCTG;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=160876835;WS=160876817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	160885418	rs35771982	G	C	9074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr2	160885442	rs3749117	T	C	10015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=175;NR=162;PP=2965;SC=TTGAGGCCCATCCACACCTCC;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=338;TCF=175;TCR=163;TR=337;WE=160885450;WS=160885432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr2	160889673	rs2203053	G	A	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=70;PP=2132;SC=AAAACAACCAGGTCTTATTTT;SOR=1.214;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=50;TCR=70;TR=120;WE=160889681;WS=160889663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	160901517	rs4665143	A	G	5631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=85;PP=2965;SC=CCAGGCAACCACTGCCTCCTA;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=186;TCF=99;TCR=87;TR=184;WE=160901525;WS=160901507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr2	160919020	rs3749119	C	T	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=49;PP=1376;SC=GAAGCGGATCCGTAGCCTCCT;SOR=1.936;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=70;WE=160919028;WS=160919010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	160919040	rs11285500	AC	A	2096.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=30;PP=1144;SC=TCCGCGCCCCACCCCCTCCGG;SOR=2.925;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=32;WE=160919048;WS=160919030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	160958145	rs7586751	T	C	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=131;SC=CCTATTATTATCTTAAACCAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=160958153;WS=160958135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	160958349	rs34330288	GA	G	612.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5066;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=251;ReadPosRankSum=-0.277;SC=TGGTTCCCTGGAAAAAAAAAA;SOR=0.968;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=21;WE=160958358;WS=160958339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,39:0.87:45
chr2	160964057	rs13009231	G	T	3139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.50;SOR=3.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	160964057	.	GGA	TGG	2270	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=55;NR=11;PP=2270;QD=35.20405871;SC=CAAAGCTGTTGGAGTCATGGC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=56;TCR=12;TR=66;WE=160964067;WS=160964047;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,66:0.97:68
chr2	160964059	rs13008664	A	G	3139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.01;SOR=2.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	160968743	rs66470452	CA	C	1892.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=44;PP=1785;SC=TTAGGTTAAACAAGATTCCAA;SOR=3.570;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=44;WE=160968751;WS=160968733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	161028992	rs1037694	T	C	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=306;SC=TTTCACCAAGTGTATGTTATT;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=161029000;WS=161028982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	161029218	rs2305818	G	A	5515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=93;PP=2965;SC=GGTGGAGGGAGTCATTCCGCC;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=101;TCR=94;TR=194;WE=161029226;WS=161029208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr2	161169828	rs10929977	C	G	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=30;PP=861;SC=AAAAGAACAGCTCTACTTTGT;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=161169836;WS=161169818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	161174693	rs1430	C	T	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	161797329	rs1524626	C	T	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=13;PP=1054;SC=AAACCCTGCCCAGGGACTCTC;SOR=2.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=51;WE=161797337;WS=161797319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	161797513	rs1524625	A	G	6008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=98;PP=2965;SC=TCATGTTTCAAAACACCAGAG;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=108;TCR=98;TR=206;WE=161797521;WS=161797503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr2	162059969	rs11884495	A	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=1.299;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,47:0.24:195
chr2	162091836	rs3754970	T	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=1.699;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,16:0.21:75
chr2	162175290	rs1116165	T	C	3050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=62;NR=39;PP=1790;SC=TGAATAAACATTTTTGTGCTT;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=62;TCR=39;TR=101;WE=162175298;WS=162175280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	162224193	rs58162668	G	GT	3514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=53;PP=2969;SC=TATAAAAGGAGTTTTTATTTT;SOR=0.770;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=90;WE=162224201;WS=162224183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr2	162224495	rs2303318	A	C	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.765;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=690;ReadPosRankSum=2.732;SC=AACTCTCATCATATTACATTT;SOR=1.479;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=34;WE=162224503;WS=162224485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,34:0.76:45
chr2	162241846	rs62188123	T	C	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.27;ReadPosRankSum=-0.012;SOR=1.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,37:0.73:51
chr2	162247772	rs1921674	C	T	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=20;PP=560;SC=GATTTAAATTCGAATTTTTGA;SOR=1.501;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=162247780;WS=162247762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	162265270	rs16845844	A	G	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=12.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.035;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,55:0.81:68
chr2	162274607	.	ATG	A	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.268;QD=7.99;ReadPosRankSum=1.216;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr2	162279850	rs139857158	GCT	G	312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=2.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=3.904;QD=0.76;ReadPosRankSum=-0.808;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:367,45:0.11:412
chr2	162280748	rs890076	G	A	4152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=1.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr2	162730312	rs35292746	T	C	358.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=250;ReadPosRankSum=-0.702;SC=AGAATCCCTCTGACAATGCCT;SOR=0.776;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=15;WE=162730320;WS=162730302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr2	162738781	rs41267443	T	C	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=600;ReadPosRankSum=1.051;SC=CCATTTTCAGTAATTCCTTTG;SOR=0.657;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=28;WE=162738789;WS=162738771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,29:0.83:35
chr2	162751233	rs61748241	G	A	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=-0.342;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,44:0.21:212
chr2	162757381	rs142912867	TAAAAC	T	1429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.139;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=949;ReadPosRankSum=0.355;SC=CACCTGAAATTAAAACAAAAC;SOR=1.685;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=21;WE=162757393;WS=162757371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr2	162804032	rs200941961	C	T	2636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.816;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=30;PP=1753;ReadPosRankSum=-1.542;SC=GAAATGTGTCCGGTTTTTTCT;SOR=0.937;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=94;TCR=38;TR=106;WE=162804040;WS=162804022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,109:0.79:138
chr2	162807073	rs12614520	T	C	498.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=378;ReadPosRankSum=1.221;SC=TATTATTATTTATTATAGGCC;SOR=2.948;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=16;WE=162807081;WS=162807069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr2	162815262	rs12466127	C	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=0.178;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,7:0.16:45
chr2	162821644	rs61748243	C	T	2832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=1.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.38;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,127:0.78:163
chr2	162851358	rs76057000	T	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.94;ReadPosRankSum=-0.923;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr2	162873188	rs2970931	T	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=104;ReadPosRankSum=0.674;SC=TTATATATAATATGAAATACA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=162873196;WS=162873178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr2	162873512	rs41268651	T	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=0.556;SC=GTTCAACTCATTGTCAAGACA;SOR=0.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=5;WE=162873520;WS=162873502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr2	162873552	rs17848906	G	T	537.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.9971;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=407;ReadPosRankSum=1.360;SC=ACAATGCTAAGTACATGTTAG;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=21;WE=162873560;WS=162873542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr2	162876768	rs2302872	G	A	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.69;ReadPosRankSum=-0.020;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,98:0.70:141
chr2	162890175	rs1558957	T	C	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.505;QD=17.70;ReadPosRankSum=0.186;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,67:0.82:82
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chr2	164466039	rs3833554	AT	A	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=-1.234;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,27:0.21:131
chr2	164467427	rs187422879	C	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=1.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=1.006;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,37:0.20:182
chr2	165349459	rs1051160	G	A	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.36;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	165349463	rs11765	T	C	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.37;SOR=3.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	165353712	rs8192673	C	T	10236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=177;NR=186;PP=2965;SC=TGACTATGAACAGACATACCC;SOR=0.806;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=363;TCF=177;TCR=186;TR=363;WE=165353720;WS=165353702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr2	165358655	rs7584035	T	A	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=8;PP=818;SC=AGAGTTACTTTACCAACAGAA;SOR=2.613;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=39;WE=165358663;WS=165358645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	165358672	rs4667463	A	G	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=12;PP=783;SC=AGAAAATAACATAAATTATTA;SOR=2.110;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=47;WE=165358680;WS=165358662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	165364887	rs8192674	G	A	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=23;PP=1164;SC=GAGACTTCACGTTCTGAAATA;SOR=1.375;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=69;WE=165364895;WS=165364877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	165378427	rs13015232	C	A	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=1;PP=106;SC=ACAACAAAGTCAACGTGTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=165378435;WS=165378417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	165383686	rs72005853	AATATATATATATATAT	A	428.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=38.98;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	165476253	rs61748245	A	T	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=1.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.074;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:337,82:0.20:419
chr2	165477903	rs62173895	G	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=133;ReadPosRankSum=-1.823;SC=CGAGGTGCCGGCTAGGCAGCC;SOR=0.999;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=13;WE=165477911;WS=165477893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr2	165578581	rs6414069	A	G	5184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=1.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr2	165584407	rs12692743	C	T	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=2;PP=401;SC=AACACCTTCACACAAACACAA;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=165584415;WS=165584397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	165630460	rs355865	T	C	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=31;PP=680;SC=ATGTGCTTTATGCAATAAAAA;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=32;WE=165630468;WS=165630450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	165636332	rs355897	T	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.01;ReadPosRankSum=1.034;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,24:0.24:98
chr2	165657066	rs62173958	T	C	2544.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=2.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.68;ReadPosRankSum=0.164;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,108:0.88:123
chr2	165657096	rs62173959	G	C	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.51;ReadPosRankSum=-1.304;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,80:0.88:91
chr2	165657142	rs7588491	A	C	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=30;PP=871;SC=TTCATAATGAACCCAAACTGG;SOR=1.238;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=50;WE=165657150;WS=165657132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	165694012	rs200406641	C	CA	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr2	165698715	rs71028447	A	AG	1197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=20;PP=891;SC=TCCCACCGCTAGGCTGCGCTT;SOR=1.885;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=22;WE=165698723;WS=165698705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	165809138	rs71393655	A	ATG	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=167;ReadPosRankSum=0.139;SC=CAGTTGCAGCATGTGTGTGTG;SOR=0.388;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=8;WE=165809147;WS=165809128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,9:0.18:51
chr2	165809426	rs17353791	T	C	2257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=59;PP=1517;ReadPosRankSum=-1.033;SC=AAGTTGCACATAGGACAGAAT;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=36;TCR=84;TR=85;WE=165809434;WS=165809416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,93:0.73:128
chr2	165811554	rs11350253	GA	G	469.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.975;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.406;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,42:0.79:53
chr2	165987772	rs62174900	T	G	3728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=66;PP=2238;ReadPosRankSum=0.946;SC=ATGATCGCAGTACAGACAATC;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=193;TCF=104;TCR=89;TR=146;WE=165987780;WS=165987762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,162:0.76:214
chr2	165988022	rs78280506	C	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.49;ReadPosRankSum=-0.562;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr2	165996107	rs1946892	T	A	3733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.590;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=72;PP=2161;ReadPosRankSum=0.173;SC=CTTCCGTTTCTGTGGTGGTGC;SOR=0.889;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=178;TCF=91;TCR=87;TR=148;WE=165996115;WS=165996097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,165:0.85:195
chr2	166003479	rs16850131	G	A	7510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=0.105;SC=CTTTCCAACAGCTCTCCTAAC;SOR=0.604;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=394;TCF=185;TCR=209;TR=302;WE=166003487;WS=166003469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,335:0.76:439
chr2	166003573	rs58539679	C	T	2580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-5.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.089;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=57;PP=1361;ReadPosRankSum=-0.407;SC=CTATTTAGAACACAGAGCTTT;SOR=0.102;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=128;TCF=43;TCR=85;TR=96;WE=166003581;WS=166003563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,114:0.77:148
chr2	166012203	rs3731760	C	T	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.359;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=15;PP=1261;ReadPosRankSum=0.375;SC=GCCACCACACCCAGCCTATGC;SOR=1.478;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=86;TCF=66;TCR=20;TR=69;WE=166012211;WS=166012193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,76:0.78:97
chr2	166153499	rs7593568	A	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=4;PP=282;SC=TCTAAGTTTTATTTTATGTGT;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=166153507;WS=166153489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	166164215	.	CA	C	33	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=33;QD=12.5;SC=ATAGAAATGGCAAAAAAAAGG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=4;WE=166164223;WS=166164205;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr2	166167166	rs7560348	T	A	497.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=265;ReadPosRankSum=-0.721;SC=ATATTATATATAATGGAAATT;SOR=1.101;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=15;WE=166167174;WS=166167156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr2	166170073	rs13025009	A	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.780;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=220;ReadPosRankSum=0.354;SC=AAACAGGAAAACCAATTAGCA;SOR=0.197;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=17;WE=166170081;WS=166170063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr2	166170127	rs2121371	T	C	3926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr2	166172317	rs1838846	A	G	3087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=65;PP=1972;SC=TTTTTTAAAAAAATATGCCAG;SOR=1.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=35;TCR=65;TR=100;WE=166172325;WS=166172307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	166179650	rs1867864	C	T	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=-1.729;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,49:0.22:227
chr2	166221569	rs3835933	TG	T	1076.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.316;NF=23;NR=5;PP=506;ReadPosRankSum=1.057;SC=ATACAGAAGATGGGGGGGGGG;SOR=1.473;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=28;WE=166221577;WS=166221559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr2	166221883	rs67174953	GTATC	G,GTATCTATC	1092.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=0,0;NR=19,19;PP=1570,849;SC=CTATCTATCTGTATCTATCTA;SOR=3.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=19,19;WE=166221894;WS=166221873;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.63,0.37:27
chr2	166224047	rs2304010	G	A	827.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=551;ReadPosRankSum=-1.040;SC=AGCAATTTTTGTCACTCTGTC;SOR=0.853;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=29;WE=166224055;WS=166224037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,32:0.89:36
chr2	166229922	rs6432821	T	C	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=23;PP=485;SC=CTTTGTACCATGGAAATGTCA;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=166229930;WS=166229912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	166234076	rs1864885	A	G	510.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.25;ReadPosRankSum=-0.515;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,24:0.86:28
chr2	166514594	rs10803800	A	G	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=8;PP=182;SC=TGAGTTAACCATTTTCATATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=166514602;WS=166514584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	166535918	rs777346	C	T	6090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=93;PP=2965;SC=TGCCTTACACCATGACCCCGG;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=112;TCR=93;TR=205;WE=166535926;WS=166535908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr2	166610972	rs67722214	CA	C	497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.433;NF=15;NR=8;PP=401;ReadPosRankSum=1.068;SC=GAGTAAAAACCAAAAAAAAAT;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=23;WE=166610980;WS=166610962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr2	166611006	rs62174818	C	T	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=15;PP=1246;SC=AATTGCCAAACTCAGTCTGAA;SOR=2.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=58;WE=166611014;WS=166610996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	166611086	rs41268661	C	T	4581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=25.89;SOR=1.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr2	166618262	rs1968294	C	T	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=11;PP=544;SC=AGAGCTGTTACCTGCTTGGGC;SOR=1.292;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=34;WE=166618270;WS=166618252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	166621354	rs2113840	T	C	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=18;PP=1003;SC=TACCACAATATGGATTTGGGA;SOR=1.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=60;WE=166621362;WS=166621344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	166758447	rs111488473	TA	T	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=0.872;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,20:0.20:102
chr2	166769289	rs187905434	G	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.091;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=0.736;SC=TCAAAAAGGTGATAAATGAGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=6;WE=166769297;WS=166769279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr2	166770120	rs10176588	A	G	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=27;PP=1002;SC=CAAGGAGAAGAAAAGACCGAG;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=62;WE=166770128;WS=166770110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	166771663	rs7590559	C	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=574;SC=GGAATTAATACTAGTGGCTAA;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=166771671;WS=166771653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	166773971	rs6750044	G	A	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=34;PP=875;SC=TTATCAAATGGTATAAAGGAT;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=166773979;WS=166773961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	166781242	rs58208220	T	TA	1344.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=26;PP=1196;SC=AATATTTACCTAAAATAAACA;SOR=1.958;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=30;WE=166781250;WS=166781232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	166788336	rs7592429	T	C	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=59;PP=1977;SC=GCATCCAATGTATTTCCCAAG;SOR=1.027;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=51;TCR=61;TR=110;WE=166788344;WS=166788326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr2	166799596	rs13000534	T	C	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=1;PP=842;SC=AATGCCAGTCTACCTTACAGC;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=166799604;WS=166799587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	166799893	rs10930190	G	A	4073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=90;PP=2637;SC=TTAGAAATGAGAGAAATAAAT;SOR=1.531;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=50;TCR=91;TR=140;WE=166799901;WS=166799883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr2	166802192	.	C	T	2125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=1.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,116:0.41:282
chr2	166802306	rs5836067	ACTGT	A	1268.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=23;PP=1307;SC=CTATAGTGGTACTGTCTAATA;SOR=3.334;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=25;WE=166802317;WS=166802296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	166810161	.	G	GCCCGCTCA	6825.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=2.640;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.95;MQRankSum=0.946;QD=48.07;ReadPosRankSum=-2.261;SOR=1.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,140:0.99:142
chr2	166810373	rs1347041	A	G	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=22;NR=37;PP=1221;SC=TCGGAGGGAGAGGCGGGCCTG;SOR=1.392;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=59;WE=166810381;WS=166810363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	166810433	rs5836068	GT	G	1090.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=21;PP=931;SC=GGACCCGGAGGTGAGGGCTGC;SOR=1.688;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=166810441;WS=166810423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	166854780	rs142978131	T	TA	186.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=218;SC=AAATTATTCTTACTAATATGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=166854788;WS=166854770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	166892444	rs34673057	TAAA	T	1200.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=41.40;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	166892448	rs114707732	A	T	393.82	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.70;ReadPosRankSum=1.615;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr2	166892788	rs2298771	C	T	3885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=56;PP=2322;SC=CCAATTTCTGCTGTATGATTG;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=70;TCR=56;TR=126;WE=166892796;WS=166892778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	166893081	rs7601520	G	A	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=19;PP=548;SC=TTACACCAATGTAGGGAAGAG;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=166893089;WS=166893071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	166894165	rs67819222	C	CT	705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=6;PP=558;SC=AAATTATACTCTTTTTTTTTA;SOR=2.376;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=24;WE=166894173;WS=166894155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	166894230	rs2020318	T	C	3932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=50;PP=2516;SC=GTTACATATGTATACATGTGC;SOR=1.155;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=86;TCR=51;TR=135;WE=166894238;WS=166894220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	166895819	rs10168027	A	G	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=131;SC=CAAATGTTACAGAAAAACTTA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=166895827;WS=166895809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	166895913	rs199995171	CTT	C	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=6.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.17;ReadPosRankSum=-1.616;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,43:0.96:45
chr2	166896143	rs2126152	T	G	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=20;PP=575;SC=TTCCACCAGATAATAACATAC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=166896151;WS=166896133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	166897864	rs6432860	A	G	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	166897989	rs11394960	G	GA	497	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;MQRankSum=0.918;QD=12.74;ReadPosRankSum=1.260;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,32:0.82:39
chr2	166898017	rs10198801	G	T	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=19;PP=572;SC=CCACCAAAAGGTATACTTTAT;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=166898025;WS=166898007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	166900606	rs6753355	A	C	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=40;PP=1155;SC=TAATATGGACATTTGAATGTG;SOR=4.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=44;WE=166900614;WS=166900596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	166903188	rs538921	A	C	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=32;PP=1683;SC=TTCCTCATACAACCACCTGCT;SOR=1.099;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=55;TCR=32;TR=87;WE=166903196;WS=166903178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	166903228	rs6432861	C	T	3560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	166903445	rs7580482	T	C	5723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=86;PP=2965;SC=AAATGACCAATACAAAAAATA;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=94;TCR=86;TR=180;WE=166903453;WS=166903435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr2	166904346	rs1461193	G	A	4506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=96;PP=2848;SC=ACTATGCTATGATATTGCCTA;SOR=1.511;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=57;TCR=96;TR=153;WE=166904354;WS=166904336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr2	166905375	rs1542484	A	G	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	166905480	rs994399	G	A	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=34;PP=974;SC=AAAGAAAGTCGTATGATGAAC;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=61;WE=166905488;WS=166905470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	166905572	rs1542483	T	A	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=228;SC=TTAAATATATTATTCATTCAA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=166905580;WS=166905562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	166909544	rs3812718	C	T	5940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=117;PP=2965;SC=CTAATCACTTCTTACCTGGAA;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=88;TCR=117;TR=205;WE=166909552;WS=166909534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr2	166909559	rs3812719	C	A	4633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=94;PP=2862;ReadPosRankSum=1.176;SC=CTGGAATTACCGAAATAGTTT;SOR=0.517;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=62;TCR=95;TR=156;WE=166909567;WS=166909549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,170:0.99:171
chr2	166915335	rs10930201	C	A	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=402;SC=TCTAAAGTGCCCCATGAAAAC;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=166915343;WS=166915325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	166930214	rs566839	T	A	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=25;PP=699;SC=TTTTAAAGAGTGGACTAAGAG;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=166930222;WS=166930204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	167060449	rs10180721	A	T	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=11;PP=735;SC=AAAATCTGAAAAATAAATATT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=167060457;WS=167060439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	167060980	rs77944059	GAAAC	G	711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=13;PP=606;SC=CCAAGGTAAAGAAACAAACAA;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=167060991;WS=167060970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	167085124	rs10199799	T	G	3136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.59;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	167085141	rs58519838	CTT	C	6341.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=34;PP=2950;SC=TAAAGAATAACTTATATCCTT;SOR=2.023;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=90;WE=167085150;WS=167085131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	167090042	rs722204	G	A	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=8;PP=283;SC=AGTCAATTCTGAAACTCACTA;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=167090050;WS=167090032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	167099158	rs6746030	A	G	8737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=131;NR=168;PP=2965;SC=GAGAACCTCCATACACAACCT;SOR=0.982;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=300;TCF=131;TCR=169;TR=299;WE=167099166;WS=167099148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr2	167129497	rs13395140	A	T	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=13;PP=433;SC=ACCAGCAACGAAGATTTCTGC;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=167129505;WS=167129487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	167137119	rs6432893	G	A	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=37;PP=1323;SC=GGAGAAAAAAGCAGAGAACAT;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=82;WE=167137127;WS=167137109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	167144974	rs6747673	A	T	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=9;PP=863;SC=CTTTTTTAAGACGGTCTAACA;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=40;WE=167144982;WS=167144964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	167144995	rs13402180	T	C	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=21;PP=1170;SC=TCTGTTGAAATTCTAATTCTT;SOR=1.394;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=64;WE=167145003;WS=167144985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	167145142	rs13414203	A	G	2801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=52;PP=1700;SC=TTTTGCCAGCAGCACGCAGCG;SOR=1.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=44;TCR=52;TR=96;WE=167145150;WS=167145132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	167149693	rs7588632	G	A	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=26;PP=1419;SC=CATACACCAGGTACATATGCC;SOR=1.497;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=78;WE=167149701;WS=167149683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	167262088	rs16852112	T	G	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=187;ReadPosRankSum=-0.269;SC=TGGTAAGTGGTATTAGATCTG;SOR=0.929;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=14;WE=167262096;WS=167262078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr2	167262169	rs35344714	T	C	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=2.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,46:0.21:214
chr2	167262353	rs3791251	C	G	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FS=1.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.226;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:449,122:0.21:571
chr2	167262939	rs33953730	A	G	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=2.052;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,27:0.16:171
chr2	167263204	rs36024626	A	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=-2.269;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
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chr2	167292882	rs7596356	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr2	167328750	rs2293567	C	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=1.001;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,17:0.18:94
chr2	167328754	rs36063236	C	T	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=0.844;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,18:0.18:99
chr2	167334085	rs7565062	G	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=0.317;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,20:0.27:74
chr2	167334234	rs16852181	T	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=-1.245;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
chr2	167760451	rs5836125	AG	A	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.261;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.324;NF=0;NR=8;PP=205;ReadPosRankSum=-0.019;SC=TTCCTTGCCTAGCCTACCATT;SOR=1.659;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=8;WE=167760459;WS=167760441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,10:0.16:62
chr2	167992286	rs6720763	T	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.737;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=85;ReadPosRankSum=-0.329;SC=ACATTTTACCTGAAGCATATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=6;WE=167992294;WS=167992276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr2	168040906	rs10497320	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=-1.026;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,17:0.23:73
chr2	168041152	rs16853169	T	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=2.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=2.365;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,30:0.19:160
chr2	168102774	rs72884678	G	T	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.409;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=37;PP=1309;ReadPosRankSum=0.730;SC=GAGAGATTTTGATTAGTGAAG;SOR=0.459;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=96;TCF=48;TCR=48;TR=77;WE=168102782;WS=168102764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,80:0.80:100
chr2	168986154	rs925846	A	G	4602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr2	168996775	rs2278785	T	C	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.118;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=10;PP=876;ReadPosRankSum=1.212;SC=TCAACCCCGATGTAGTATTTC;SOR=1.371;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=74;TCF=56;TCR=18;TR=52;WE=168996783;WS=168996765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,57:0.73:78
chr2	168997097	rs2278784	A	G	2611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.654;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=47;PP=1620;ReadPosRankSum=-2.687;SC=AAATGTTAGCATATTAATGAT;SOR=0.814;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=148;TCF=82;TCR=66;TR=113;WE=168997105;WS=168997087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,118:0.76:156
chr2	169103796	.	C	CGCCGGG	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.477;NF=0;NR=2;PP=62;ReadPosRankSum=1.465;SC=CAGCCTGTGCCGCCGGGGCCG;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=2;WE=169103804;WS=169103786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr2	169404334	rs79467716	G	A	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.095;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=629;ReadPosRankSum=-1.450;SC=GCTGGAGAACGTGTTGTCAGA;SOR=0.307;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=48;WE=169404342;WS=169404324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,54:0.75:72
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chr2	169674655	rs830026	T	C	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.18;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr2	169681278	rs11374385	T	TTTTGTTTGTTTG	2431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.31;QD=42.66;SOR=2.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	169690729	rs522893	T	C	3537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=46;PP=2211;SC=GTATGTTTTTTACTCTAGGCC;SOR=1.119;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=77;TCR=47;TR=122;WE=169690737;WS=169690719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	169707428	rs540652	C	T	9661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr2	169707552	rs488621	A	G	7884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=136;NR=137;PP=2965;SC=TCCATTTTGCATAACAACTGG;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=136;TCR=137;TR=273;WE=169707560;WS=169707542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr2	169712115	rs58938408	C	CA	453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=7.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.64;ReadPosRankSum=0.540;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,26:0.84:31
chr2	169713084	rs11385898	T	TA	1932.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.709;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=1.164;NF=33;NR=20;PP=607;ReadPosRankSum=-0.567;SC=GACTCCGTCTTAAAAAAAAAA;SOR=0.347;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=53;WE=169713092;WS=169713074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,104:0.89:117
chr2	169717541	rs2632372	T	C	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=52;PP=1212;SC=ATATTTCCATTGGGACCGATT;SOR=1.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=86;WE=169717549;WS=169717531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	169721377	rs479661	G	A	4854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=57;PP=2965;SC=AAAAAAGAAGGAGGATGGTGG;SOR=1.211;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=107;TCR=57;TR=164;WE=169721385;WS=169721367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr2	169727879	rs61598834	G	GA	1003.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=7;PP=634;SC=ATAAAAACAAGAAAAAAAGAG;SOR=1.900;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=23;WE=169727887;WS=169727869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	169728069	.	GAAA	G,GA	2817.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.332;QD=31.66;ReadPosRankSum=1.155;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,73,14:0.82,0.16:89
chr2	169759229	.	C	CA	383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=417;ReadPosRankSum=2.218;SC=GGAAGCAAAGCAAAAAAAATA;SOR=0.793;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=23;WE=169759237;WS=169759219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr2	169763148	rs560887	T	C	9083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.75;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,365:0.99:367
chr2	169764176	rs492594	G	C	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=1.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.340;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,68:0.23:297
chr2	169780366	rs579275	T	C	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=31;PP=750;SC=GATGCAAAGATGCATGATTGC;SOR=3.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=169780374;WS=169780356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	169789016	rs497692	T	C	4011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=74;PP=1990;SC=CAAGAGCTGTTGCACTCAGTA;SOR=0.962;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=68;TCR=74;TR=142;WE=169789024;WS=169789006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	169801488	rs853789	A	G	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=28;PP=772;SC=AAGATAGTAAACAAGAAAGTA;SOR=1.559;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=42;WE=169801496;WS=169801478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	169814347	rs853773	A	G	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=3;PP=307;SC=GAAATTTTTCATTCTTTAGAG;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=19;WE=169814355;WS=169814337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	169814655	rs853772	G	T	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=27;PP=788;SC=CAGAGAGAGGGTTATATTAAT;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=169814663;WS=169814645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	169824739	rs4148789	T	TA	532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=800;ReadPosRankSum=1.068;SC=GATGAGAAGCTAACCAAAAAC;SOR=0.307;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=11;WE=169824757;WS=169824729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr2	169824743	rs2389613	C	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.47;ReadPosRankSum=1.951;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr2	169824749	rs28405534	C	A	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.08;ReadPosRankSum=1.544;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr2	169826877	rs2193831	C	T	4723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=2.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.99;ReadPosRankSum=0.007;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,218:0.78:278
chr2	169828325	rs2241340	A	G	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.469;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=675;ReadPosRankSum=0.433;SC=ATGACCTCTTAGTTTCTCCCA;SOR=0.223;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=31;WE=169828333;WS=169828315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,34:0.79:43
chr2	169830051	rs2389605	C	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5024;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=377;ReadPosRankSum=-0.782;SC=TGGTTATTCACTGAACACTGT;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=19;WE=169830059;WS=169830048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr2	169830155	rs2287623	G	A	3333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.287;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=51;PP=1853;ReadPosRankSum=-1.469;SC=ACACCTTTCTGTTTGATCAAT;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=189;TCF=118;TCR=71;TR=139;WE=169830163;WS=169830145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,153:0.75:203
chr2	169830328	rs2287622	A	G	2212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=50;PP=1395;ReadPosRankSum=-1.906;SC=TGGTTTAATGACCATGTTGAG;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=53;TCR=72;TR=86;WE=169830336;WS=169830318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,96:0.71:136
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chr2	169985418	rs41268683	T	C	3609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.907;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=79;ReadPosRankSum=-1.812;SC=AAGAAGACTATTTGTGGCCAC;SOR=1.045;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=189;TCF=88;TCR=101;TR=143;WE=169985426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,156:0.76:204
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chr2	170092395	rs2229267	A	G	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=1.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=1.827;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,65:0.22:302
chr2	170096018	rs830973	G	A	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.717;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=390;ReadPosRankSum=1.078;SC=AAACTGGCTCGGGTTAGTTCA;SOR=0.421;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=107;TCF=67;TCR=40;TR=36;WE=170096026;WS=170096008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,38:0.33:114
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chr2	170103351	rs2075249	G	T	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=0.628;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,65:0.21:316
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chr2	170127380	rs145964808	TAC	T	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=-1.254;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,8:0.13:61
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chr2	170136129	rs115854094	A	G	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.578;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=465;ReadPosRankSum=0.262;SC=CAAAATTATTATATTTCTTCA;SOR=0.264;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=25;WE=170136137;WS=170136119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr2	170139346	rs831010	C	T	4776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=99;NR=63;PP=2754;SC=AGAATCTGTTCACTGTTCAGA;SOR=1.098;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=99;TCR=63;TR=162;WE=170139354;WS=170139336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr2	170139639	rs831011	A	G	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=27;PP=685;SC=ACCCTCTGGAATTAGGCACAG;SOR=2.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=170139647;WS=170139629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	170150671	rs2229266	G	A	10838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=224;NR=235;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.074;SC=AAGCATGTTCGTCACTGCCGT;SOR=0.695;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=601;TCF=293;TCR=308;TR=459;WE=170150679;WS=170150661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,487:0.77:636
chr2	170151227	.	TAAA	T	353.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.07;ReadPosRankSum=-0.857;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr2	170163768	rs2247506	T	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=0.029;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,41:0.17:245
chr2	170175334	rs2229263	T	C	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=2.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-2.264;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,67:0.24:282
chr2	170218816	rs1559013	T	C	2697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=24;PP=1495;SC=CGAGAGGCTCTGGCTGGGCTC;SOR=1.538;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=64;TCR=24;TR=88;WE=170218824;WS=170218806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	170218847	rs1559014	C	G	4624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=44;PP=2883;SC=CACTGGCCGGCGCTAGGCAGG;SOR=1.482;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=104;TCR=44;TR=148;WE=170218855;WS=170218837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr2	170336024	rs1879466	G	C	7996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=156;NR=109;PP=2965;SC=AGCTAGGCCTGCACGGCTGTG;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=156;TCR=110;TR=265;WE=170336032;WS=170336014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr2	170339003	rs2353187	C	A	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=14;PP=414;SC=AAACAGAAGACAGGATAGGTA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=170339011;WS=170338993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	170359758	rs56293740	G	C	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=634;ReadPosRankSum=-0.996;SC=TAAAATAATGGTGTGTGTGAA;SOR=0.321;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=41;WE=170359766;WS=170359748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,43:0.74:58
chr2	170393925	rs2683423	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=0.778;SC=CGGAGTTTTCGCTCTTGTTGC;SOR=0.648;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=7;WE=170393933;WS=170393915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr2	170394487	rs2290005	T	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=1.684;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,16:0.23:71
chr2	170403030	rs2253680	T	C	4818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=96;PP=2723;ReadPosRankSum=2.138;SC=TCCAAATACATGTGATCATGC;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=85;TCR=97;TR=180;WE=170403038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,190:0.99:192
chr2	170411485	rs2592823	C	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=5.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=-1.338;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr2	170411693	rs2683455	T	C	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	170413601	rs2592824	A	T	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=29;PP=1803;SC=CTTCAAAACAACTGGTAGATT;SOR=1.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=65;TCR=29;TR=94;WE=170413609;WS=170413591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	170413897	rs56157235	G	GA	336.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=18;PP=391;SC=TAACAAATAGGAAAAAAAATA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=18;WE=170413905;WS=170413887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	170425520	rs145912985	A	C	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.87;ReadPosRankSum=-1.825;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr2	170425523	rs2683446	A	C	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.23;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	170463679	rs6759667	A	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.796;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr2	170488454	rs3754921	A	G	2462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.687;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=57;PP=1365;ReadPosRankSum=-0.514;SC=GTATGTGAATATGTATATTTT;SOR=0.904;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=126;TCF=54;TCR=72;TR=97;WE=170488462;WS=170488444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,108:0.78:138
chr2	170492567	rs2290007	A	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=248;ReadPosRankSum=0.407;SC=CTATACTTCTATACATTAATT;SOR=0.560;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=17;WE=170492575;WS=170492557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr2	170492584	rs2290008	T	C	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=358;ReadPosRankSum=0.409;SC=AATTTTTCCCTATTTTAATTT;SOR=0.458;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=20;WE=170492592;WS=170492574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr2	170493103	rs1050354	T	A	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5136;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=501;ReadPosRankSum=0.514;SC=CAGAAAAAGATGACAAGTATA;SOR=0.852;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=33;WE=170493111;WS=170493093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,38:0.78:49
chr2	170502343	rs79104083	A	T	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.921;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=13;PP=960;ReadPosRankSum=-1.493;SC=GTTAAAAATAATTTTTTTCTA;SOR=1.276;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=57;WE=170502351;WS=170502333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,63:0.77:82
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chr2	170504700	rs56136802	A	T	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.59;ReadPosRankSum=0.909;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
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chr2	170558231	rs11685651	T	C	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=356;ReadPosRankSum=0.908;SC=GAAAAGTGTATCACTTAAGAT;SOR=0.533;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=22;WE=170558239;WS=170558221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
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chr2	170605981	rs4667607	C	T	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=23;PP=1617;SC=ATCTAGTCGGCGGACAAACTA;SOR=1.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=64;TCR=23;TR=86;WE=170605989;WS=170605971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	170606436	rs369868964	TATATAC	T	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.68;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr2	170606476	.	CAT	C	261	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=69;MMLQ=22;MQ=51.22;NF=0;NR=7;PP=261;QD=41.1428571429;SC=TATATGTATACATATATATGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=170606485;WS=170606466;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	170606496	.	C	CGTAT	207	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=162;MMLQ=24;MQ=50.01;NF=0;NR=6;PP=207;QD=39.5;SC=TGTATATATACGTATGTATAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=170606504;WS=170606486;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,6:1.00:6
chr2	170606724	rs10164599	A	G	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	170632960	rs150673586	C	CA	5010.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=41.07;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	170632969	rs55969365	C	A	5586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=39;PP=1611;SC=ACAAAAAAAACCACAAGAAGA;SOR=0.840;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=88;WE=170632977;WS=170632950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr2	170633023	rs11422611	T	TA	5560.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=58;PP=2957;SC=CCACAGAAAATAGGAACCTGC;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=19;TCR=58;TR=77;WE=170633031;WS=170633013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	170633067	rs6745191	G	T	3887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=59;PP=2039;SC=TTCAAGGCCTGGAACCTGGAT;SOR=0.792;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=62;TCR=59;TR=121;WE=170633075;WS=170633057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	170633103	rs11325477	GA	G	4410.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=54;PP=2378;SC=GTCTAAGAATGAATCACCTTA;SOR=1.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=7;TCR=55;TR=61;WE=170633111;WS=170633093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	170668106	rs2246149	G	A	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=7;PP=509;SC=ATCATTATTAGTAATTGTGCT;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=170668114;WS=170668096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	170668813	rs3731674	C	T	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=13;PP=1187;SC=TTCAGTGGGGCAATCTCAGCT;SOR=1.905;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=63;WE=170668821;WS=170668803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	170676227	rs1541776	T	C	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=12;PP=310;SC=GATTTAGAAATATTTTCTTCC;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=170676235;WS=170676217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	170677855	rs34089373	G	GT	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.693;NF=2;NR=16;PP=318;ReadPosRankSum=0.595;SC=AAAATTAGCTGTTTTTTTTTT;SOR=1.255;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=18;WE=170677863;WS=170677845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,25:0.89:28
chr2	170684224	rs2303555	C	T	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=9;PP=505;SC=CCGCGGCTGCCGGCGGCGAGG;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=170684232;WS=170684214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	170762487	rs10171268	C	T	4341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=42;PP=2745;SC=TGATATTTAACATGAATGTGT;SOR=1.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=106;TCR=42;TR=148;WE=170762495;WS=170762477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr2	170782037	rs1461958	C	T	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=1;PP=426;SC=ATACTATGATCACATCATTAA;SOR=4.514;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=170782045;WS=170782027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	170782338	rs13016918	C	T	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=20;PP=579;SC=GAGGTGACTGCGTGATGACAT;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=170782346;WS=170782328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	170784049	rs898851	G	A	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=17;PP=416;SC=AAGAACACCAGTTGTGTGCTC;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=170784057;WS=170784039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	170850738	rs1461959	T	C	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=3;PP=700;SC=TGAAATAATTTGAGTTGCTTG;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=170850746;WS=170850728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	170870595	rs10497357	T	C	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=52;PP=1559;SC=AGCTGGAACGTTATCGGTGTT;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=78;WE=170870603;WS=170870585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	170871976	rs13028230	A	G	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=325;SC=TTTGTCTGTTATATATGATCT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=170871984;WS=170871966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	170917983	rs35032863	CT	C	2371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5047;FS=3.628;HP=12;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.702;NF=6;NR=99;PP=1116;ReadPosRankSum=0.671;SC=TAAGAGGGAGCTTTTTTTTTT;SOR=1.107;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=152;TCF=10;TCR=142;TR=105;WE=170917993;WS=170917973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,157:0.81:193
chr2	171055942	rs35521414	T	A	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=44;PP=1313;SC=TTTGGTGTTTTATGCACACTG;SOR=1.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=62;WE=171055950;WS=171055932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	171056569	rs6756347	T	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=404;SC=ATAGTACATATGTTTTACTAA;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=171056577;WS=171056563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	171070850	rs13423313	G	T	4798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=14.925;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.87;ReadPosRankSum=1.243;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,197:0.98:201
chr2	171070912	rs13385825	T	C	5882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=103;NR=98;PP=2692;SC=GCTCAGTCACTGAGCTTGTCA;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=103;TCR=98;TR=201;WE=171070920;WS=171070902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr2	171071369	rs4667626	C	T	3725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=97;PP=2788;SC=GTTTTCTTGACGTGTGCAGTT;SOR=2.268;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=41;TCR=97;TR=138;WE=171071377;WS=171071359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr2	171073887	rs2161916	G	A	7714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=142;NR=131;PP=2965;SC=TTGGCACCCCGTTCTGGATGG;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=273;TCF=142;TCR=131;TR=273;WE=171073895;WS=171073877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr2	171092445	rs1035625	A	G	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=1;PP=234;SC=GGGCCTTTTTAGGACATCTGA;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=171092453;WS=171092435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	171192084	rs12466203	G	A	3880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=79;PP=2452;SC=GTTATGACTCGGGGTTTGTTC;SOR=1.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=57;TCR=79;TR=136;WE=171192092;WS=171192074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr2	171225841	rs4668246	A	G	6792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=2.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.11;ReadPosRankSum=-2.249;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,311:0.78:397
chr2	171242761	rs17497636	G	A	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.610;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,54:0.22:251
chr2	171248778	rs62170829	G	A	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=655;ReadPosRankSum=0.058;SC=ACTTCAGGCTGGGCAACAGAG;SOR=0.922;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=38;WE=171248786;WS=171248768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,43:0.73:59
chr2	171256597	rs7561268	A	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=103;ReadPosRankSum=1.020;SC=AAGAGGGAGAATGGACTTTGG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=10;WE=171256605;WS=171256591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr2	171256912	.	C	CT	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.302;QD=2.44;ReadPosRankSum=-1.384;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr2	171260708	rs10930425	C	A	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=11;PP=882;SC=TCCTGGTGGTCCCAAGGCTAG;SOR=1.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=171260716;WS=171260698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	171260787	rs6736609	G	A	4083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=46;PP=2013;SC=CATTGATGCTGTACCCGTGGA;SOR=0.980;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=86;TCR=46;TR=132;WE=171260795;WS=171260777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr2	171260820	rs6751520	T	C	4812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.89;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr2	171261021	rs6751781	T	G	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=29;PP=779;SC=TATATGGTGGTTTGTAAGAAT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=171261029;WS=171261011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	171264091	rs138990294	T	TGCTCTGGATATGAAA	3181.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=2973;SC=CTTTATCTGGTGCTCTGGATA;SOR=4.103;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=25;WE=171264099;WS=171264081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	171300575	rs17426211	C	A	3074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=2.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.08;ReadPosRankSum=-0.387;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,140:0.78:180
chr2	171300648	rs4667639	T	A	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=845;ReadPosRankSum=0.132;SC=AGTTCCCTTCTAGCAGCCCTC;SOR=0.657;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=53;WE=171300656;WS=171300638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,59:0.78:76
chr2	171323328	rs4359605	T	C	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=9;PP=269;SC=AAACATGTAATTGGCTAGTTG;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=171323336;WS=171323318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	171355198	rs6761297	A	G	6667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr2	171355329	rs6733198	G	C	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=50;PP=1633;SC=AGACTCCAACGTAACAATGGT;SOR=1.637;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=78;WE=171355337;WS=171355319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	171356274	rs10185178	G	A	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	171358211	rs7593940	G	A	3188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	171358474	rs7608168	T	A	190.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=111;SC=TCAGGAGCACTGGAATGAGTC;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=171358482;WS=171358464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	171508262	rs6724627	G	A	3473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.841;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=78;PP=1969;ReadPosRankSum=-1.844;SC=CAAAGTGGCCGTAAAGCTGTT;SOR=0.952;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=181;TCF=82;TCR=99;TR=138;WE=171508270;WS=171508252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,156:0.75:208
chr2	171508490	rs10718459	CA	C	1193.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;QD=22.11;SOR=2.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	171509700	rs13382220	G	A	2371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.913;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=67;PP=1627;ReadPosRankSum=0.795;SC=CTGTCATTGCGTAAGAAAGCA;SOR=1.717;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=115;TCF=34;TCR=81;TR=90;WE=171509708;WS=171509690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,97:0.77:126
chr2	171570151	rs72885464	C	T	5646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.555;SC=TTAGGCTAACCTCTGACGCTG;SOR=0.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=299;TCF=159;TCR=140;TR=231;WE=171570159;WS=171570141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,253:0.77:328
chr2	171570488	rs7563812	C	G	3654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=51;PP=2201;SC=GCGATCCCCGCGTCCGCAGTG;SOR=0.937;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=69;TCR=52;TR=120;WE=171570496;WS=171570478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	171572940	rs3749036	G	A	1879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=1.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:363,128:0.26:491
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chr2	171627676	rs1861462	T	G	6453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=3.028;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.92;ReadPosRankSum=-0.553;SOR=0.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,248:1.00:249
chr2	171632225	rs17694506	C	T	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=84;SC=AGACTTTAGTCCTCTGTGAGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=171632233;WS=171632215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	171632385	rs10626619	C	CTT	3913.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=19;PP=1490;SC=AAAATAAAAACAATACGAAAT;SOR=0.972;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=32;WE=171632393;WS=171632375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	171632401	rs13028382	C	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.621;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,20:0.20:102
chr2	171633554	rs17694562	A	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=171;ReadPosRankSum=1.241;SC=AACAAAATACATACTTAATAC;SOR=0.793;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=14;WE=171633562;WS=171633544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr2	171634104	rs55923006	C	T	1711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.964;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=24;PP=1185;ReadPosRankSum=-0.406;SC=AAGTGTATGTCAGGGACATCA;SOR=0.509;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=61;TCR=30;TR=70;WE=171634112;WS=171634094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,69:0.75:92
chr2	171634347	rs11334749	TA	T	9109.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=120;PP=2972;SC=CAATTGTTACTATAGATAGAA;SOR=1.116;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=8;TCR=122;TR=128;WE=171634355;WS=171634337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr2	171634395	rs1065651	C	T	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=57;PP=1356;ReadPosRankSum=-0.422;SC=GATAAAAATGCAGAAGTATAG;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=94;TCF=24;TCR=70;TR=75;WE=171634403;WS=171634385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,82:0.80:102
chr2	171636496	rs55693618	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=123;ReadPosRankSum=0.641;SC=AGAATTATTTCAGTAGAAGTT;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=8;WE=171636504;WS=171636486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr2	171654663	rs2287111	A	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=-1.695;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,11:0.17:64
chr2	171678379	rs2241165	C	T	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.272;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=433;ReadPosRankSum=0.926;SC=GACACCGTTCCATATTTGAAG;SOR=2.535;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=22;WE=171678387;WS=171678369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr2	171693455	rs769390	A	C	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.947;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=1037;ReadPosRankSum=-0.235;SC=GTTGCTTTAAAAGTTCAGTCC;SOR=0.225;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=62;WE=171693463;WS=171693445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,69:0.85:81
chr2	171702480	rs701492	C	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.33;ReadPosRankSum=-1.315;SOR=0.444;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,35:0.73:48
chr2	171709430	rs769391	A	G	552.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=344;ReadPosRankSum=0.753;SC=CTGAGAGACTACTGCTGCTGT;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=21;WE=171709438;WS=171709420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr2	171786169	rs2676158	A	G	195.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=2;PP=121;SC=CGACTCGGCCAGGGGGCGGCC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=171786177;WS=171786159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	171818289	rs2557804	G	A	11614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=181;NR=236;PP=2965;SC=AGATGTGGCTGATAATAACAG;SOR=1.080;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=417;TCF=181;TCR=236;TR=417;WE=171818297;WS=171818279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr2	171822466	rs4668356	C	T	26315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=1073;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=455;NR=537;PP=2965;SC=ACGCACCCTCCGACCCTGCCA;SOR=0.871;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=1010;TCF=472;TCR=538;TR=992;WE=171822474;WS=171822456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1061:1.00:1061
chr2	171850178	.	T	TAAA	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.47;ReadPosRankSum=2.100;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr2	171851048	rs11397597	C	CA	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.082;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr2	171910256	rs73027271	T	C	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.14;ReadPosRankSum=-2.118;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,92:0.80:115
chr2	171913207	rs200719254	CAA	C,CAAA	272.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.140;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.04;ReadPosRankSum=1.569;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,8,7:0.47,0.41:17
chr2	171916664	rs2676130	A	T	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=25;PP=802;SC=AATCAGACAAATCTGTAGATG;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=48;WE=171916672;WS=171916654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	172016713	.	C	CGGGGCGGGG	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=84;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=0;PP=572;SC=GGAGAAGCCCCGGGGCGGGGG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=172016721;WS=172016703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	172180771	rs10205459	A	G	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=35;PP=1489;SC=ATCCACACTCAGTGCATTTTC;SOR=0.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=59;TCR=35;TR=93;WE=172180779;WS=172180761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	172188368	rs13023973	C	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=297;ReadPosRankSum=-0.600;SC=GAAAGGACTCCGGAGAGTTCC;SOR=0.894;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=26;WE=172188376;WS=172188358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,26:0.30:88
chr2	172216969	rs3731986	T	C	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=-2.775;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,33:0.29:113
chr2	172291616	rs6751956	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=1.822;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,25:0.28:90
chr2	172305177	rs192861143	C	T	408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,17:0.26:65
chr2	172309506	rs3731985	T	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr2	172314644	rs58636477	AT	A	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=4.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.520;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr2	172329458	rs36112363	G	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=0.019;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,16:0.16:103
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chr2	172378889	rs2356782	C	G	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.81;ReadPosRankSum=-0.430;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,43:0.72:60
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chr2	172379781	rs960749	G	A	6461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.441;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.001;SC=AAAGATTGCCGGAGCGAGAAT;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=345;TCF=192;TCR=153;TR=267;WE=172379789;WS=172379771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,286:0.76:376
chr2	172379936	rs960748	G	A	1903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.651;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=52;PP=1234;ReadPosRankSum=0.948;SC=AGTGTGTTTCGCCGCCCTGCC;SOR=1.252;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=91;TCF=26;TCR=65;TR=70;WE=172379944;WS=172379926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,78:0.77:101
chr2	172398311	rs7586144	T	C	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=38;PP=1113;ReadPosRankSum=1.613;SC=CAGGTCAGTATTTCAGTGTAT;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=31;TCR=50;TR=61;WE=172398319;WS=172398301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,64:0.78:82
chr2	172411273	rs10455	G	A	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.864;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=821;ReadPosRankSum=-1.425;SC=GAGTTAAACAGTGAAGTAGCA;SOR=0.235;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=56;WE=172411281;WS=172411263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,59:0.78:76
chr2	172549248	rs6433311	A	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.97;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr2	172563922	rs312925	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=5.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=0.614;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,20:0.16:129
chr2	172564021	rs312924	A	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=1.581;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr2	172569134	rs5836347	AT	A	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr2	172582281	rs139032813	A	ATTAC	1762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=1212;SC=GATTCCTTTTATTATGTATTA;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=21;WE=172582289;WS=172582271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	172644229	rs2292813	T	C	5838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=91;PP=2965;SC=GTGGTAAAGATAGCCACTGAG;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=103;TCR=91;TR=194;WE=172644237;WS=172644219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr2	172650382	rs6745143	G	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=0.779;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr2	172709215	rs3770444	G	C	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	172712480	rs2056202	T	C	5331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=65;NR=112;PP=2965;SC=ATATAAAACGTCATTGGCTGG;SOR=1.378;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=65;TCR=112;TR=177;WE=172712488;WS=172712470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr2	172725301	rs1878583	A	G	8479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.768;SC=CTGGGGTCATATAACGCTCTC;SOR=0.860;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=294;TCF=142;TCR=152;TR=292;WE=172725309;WS=172725291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,321:0.99:323
chr2	172966250	rs2228184	T	C	4056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=63;NR=73;PP=2468;SC=AGGCCAAGTATTGAGTCTTTT;SOR=1.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=63;TCR=73;TR=136;WE=172966258;WS=172966240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	173292709	rs6744873	A	G	6947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.70;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr2	173292713	rs6716540	C	T	6899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.80;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	173292728	rs6731763	T	C	2769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=1.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	173332115	rs2272499	G	A	3043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=51;PP=1828;SC=ACTCAGAGTCGAGGCCATTTG;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=57;TCR=51;TR=108;WE=173332123;WS=173332105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	173333720	rs17676773	G	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=417;ReadPosRankSum=-0.701;SC=TCTGGGATCCGGTCCCAAGAT;SOR=0.495;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=22;WE=173333728;WS=173333710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr2	173333840	rs1574028	C	A	3968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=61;PP=2292;ReadPosRankSum=0.267;SC=TACTTTCTTCCATCTGCTTGC;SOR=0.775;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=209;TCF=125;TCR=84;TR=156;WE=173333848;WS=173333830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,176:0.76:233
chr2	173334161	rs147116420	T	TATGATTTAGTACC	1259.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=2965;SC=ATTTCTGTAATATGATTTAGT;SOR=2.753;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=17;WE=173334169;WS=173334151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	173337495	rs16860497	C	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=0.539;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,43:0.21:202
chr2	173339808	rs11895564	G	A	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=885;ReadPosRankSum=0.663;SC=GTTTGGCATTGCAGTAAAAAA;SOR=0.696;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=59;WE=173339816;WS=173339798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,62:0.73:85
chr2	173340200	rs11464370	C	CA	305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.32;ReadPosRankSum=-1.737;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr2	173340209	rs55867175	A	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=1.609;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr2	173344474	rs1920979	A	G	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=44;PP=1684;SC=TATGGTGAGCATCCCTCTGTC;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=97;WE=173344482;WS=173344464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	173344680	rs2293647	A	C	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,43:0.23:185
chr2	173352103	rs2293649	C	T	6998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=1.572;SC=ATGGCGATGACGCCCATGAGG;SOR=0.714;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=387;TCF=211;TCR=176;TR=282;WE=173352111;WS=173352093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,306:0.74:414
chr2	173352157	rs2293648	A	T	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-2.076;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:317,95:0.23:412
chr2	173352824	rs10930559	C	T	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=3.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.030;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,38:0.21:182
chr2	173353000	rs138348628	A	AT	627.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.721;NF=0;NR=14;PP=453;ReadPosRankSum=0.554;SC=AAAAGCTGACATATACTAGGT;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=1;TCR=54;TR=14;WE=173353008;WS=173352990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,27:0.26:105
chr2	173353060	rs1319059	G	A	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=540;SC=AATAAGCATTGTAAGTAAATC;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=173353068;WS=173353050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	173369000	rs61499296	A	AT	2150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=10;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=36;PP=1174;ReadPosRankSum=1.205;SC=AAAAAAAAAAAGCTTCACAGT;SOR=1.237;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=39;WE=173369008;WS=173368979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,72:0.79:91
chr2	173428874	rs6433368	C	T	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=2.162;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,54:0.23:231
chr2	173429033	rs4972842	T	A	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=313;ReadPosRankSum=1.882;SC=AAGTTTTATTTTGGAGGTCTG;SOR=0.527;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=16;WE=173429041;WS=173429023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr2	173429496	rs10531054	TTAGG	T	648.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.45;MQRankSum=0.651;NF=0;NR=9;PP=364;ReadPosRankSum=-0.487;SC=AAAGTTCCATTTAGGTAGGAA;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=9;WE=173429507;WS=173429486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr2	173435578	.	CT	C	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=4.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.495;QD=0.44;ReadPosRankSum=2.988;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,29:0.20:142
chr2	173435658	rs141130222	CAG	C	1229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-4.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.543;NF=0;NR=31;PP=1138;ReadPosRankSum=0.893;SC=AATCTACTCTCAGGGGAAAAG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=31;WE=173435667;WS=173435648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chr2	173450886	rs373332447	CA	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.891;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr2	173460803	rs1530864	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-1.246;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr2	173600783	rs34574292	C	CG	5641.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=37;PP=2420;SC=AAAGGTAGCTCGCCGGGGGCC;SOR=0.760;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=53;WE=173600791;WS=173600773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	173609286	rs7604773	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=4.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=0.743;SOR=1.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,18:0.20:88
chr2	173659913	rs7585729	T	C	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=23;PP=513;SC=ATGCAACTCTTGTAGTATATT;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=173659921;WS=173659903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	173662354	rs6433382	A	G	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=4.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.11;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,74:0.85:87
chr2	173679371	rs3754766	C	G	355.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5105;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=269;ReadPosRankSum=0.913;SC=GCTCAATTTTCTGTAGTTTGA;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=14;WE=173679379;WS=173679361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr2	173686663	rs2258180	G	T	3681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=71;PP=1990;ReadPosRankSum=-0.760;SC=GGATGTCTGAGAACTTTGAGA;SOR=0.587;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=179;TCF=90;TCR=89;TR=146;WE=173686671;WS=173686653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,164:0.80:205
chr2	173686798	rs2258175	A	G	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=762;ReadPosRankSum=-0.798;SC=GCTCAAAAACATCTCTGGCTT;SOR=0.915;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=50;WE=173686806;WS=173686788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,48:0.80:60
chr2	173793096	rs3835838	GA	G	1112.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=833;SC=GCATTTTTAGGAATGACGTGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=173793104;WS=173793086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	173861105	.	T	TA	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.564;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	173861340	rs2290374	G	A	5469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr2	173861450	rs2290375	A	T	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.63;SOR=1.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	173861456	rs5010643	G	C	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.48;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	173866203	rs2028934	C	T	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=60;PP=1760;SC=CCTCATCACACTGAAATGTGT;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=16;TCR=60;TR=75;WE=173866211;WS=173866193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	174055731	rs2289399	A	G	6075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=129;NR=81;PP=2965;SC=TAATTAGCCAATAAGTAGAAA;SOR=1.114;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=130;TCR=82;TR=210;WE=174055739;WS=174055721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr2	174068513	rs11899707	G	C	6045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr2	174074353	rs2289398	T	G	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=3;PP=237;SC=TTTATTTTGTTATGGTGGGTT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=174074361;WS=174074351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	174074375	rs2289397	T	C	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	174074407	rs2289396	A	G	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=9;PP=510;SC=TCTCTTAAATATCTCCTTTCT;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=174074415;WS=174074397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr2	174228418	rs4972555	C	T	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=8;PP=889;SC=ATCAGAAACTCTGAATGTGTC;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=174228426;WS=174228408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	174228744	rs1529887	T	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=-2.916;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,13:0.25:53
chr2	174230153	rs2288993	C	G	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=33;PP=1413;SC=TTTTGAAGTTCTGTGTTTTGT;SOR=1.007;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=55;TCR=33;TR=87;WE=174230161;WS=174230143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	174230983	rs35959156	G	GT	1057.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.062;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.59;ReadPosRankSum=2.049;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr2	174231184	rs62175733	C	T	2951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=59;PP=1584;ReadPosRankSum=-0.726;SC=AGGGGTTGGTCCTGTGGGCTT;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=70;TCR=78;TR=111;WE=174231192;WS=174231174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,132:0.76:173
chr2	174232452	rs139829082	A	AT	1637.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=804;ReadPosRankSum=1.877;SC=AAAGTTTCCAATTTTTTCACT;SOR=0.837;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=28;WE=174232460;WS=174232442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,78:0.78:100
chr2	174829412	.	C	CCGGCGG	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	174946760	rs11558990	T	C	3403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	174987794	rs34684057	A	G	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	174988189	rs10930639	C	T	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	175199895	rs3856434	G	A	6022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=2.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.78;ReadPosRankSum=-1.902;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,273:0.76:359
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chr2	175244756	rs2358666	T	C	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	175262970	rs41270193	C	T	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=17;NR=6;PP=378;SC=TAAAAGTGTTCTTTTTATTTT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=175262978;WS=175262960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	175264627	.	CTTTTT	C,CT	2384.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.289;QD=32.67;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,24,46:0.33,0.63:73
chr2	175265666	rs13016842	A	G	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.05;SOR=1.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	175268763	rs2358672	A	G	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=3;PP=584;SC=GAATCATGATATACAGATACA;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=175268771;WS=175268753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	175287778	rs2290158	G	A	4612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=91;PP=2618;SC=CCTGAGAGGTGAAGCCACAAA;SOR=1.225;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=66;TCR=91;TR=157;WE=175287786;WS=175287768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr2	175289144	rs3739150	C	A	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	175292364	rs17256082	T	C	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=261;SC=CAAACCTTATTTGTAGAGATG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=175292372;WS=175292354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	175292580	rs145699077	TTCAAATTTATCAG	T	2821.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=23;PP=2973;SC=AAAGATGAAATTCAAATTTAT;SOR=1.214;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=25;WE=175292600;WS=175292570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	175300997	rs6757461	G	A	9060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=176;PP=2965;SC=ATTCATACTCGTTGGTAATAT;SOR=0.893;Source=Platypus;TCF=176;WE=175301005;WS=175300987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr2	175306645	rs34371550	AT	A	380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.075;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;MQRankSum=0.516;QD=16.55;ReadPosRankSum=-0.682;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr2	175306691	rs35594437	G	A	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.04;QD=27.70;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	175309624	rs12993286	C	T	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=6;PP=695;SC=TATAATAATTCGTCTCTACTA;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=175309632;WS=175309614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	175309792	rs34291465	T	C	7073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr2	175318396	rs12614979	G	A	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.35;QD=27.28;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	175335076	rs2358637	G	T	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=5;PP=1007;SC=AATTTTTTTCGACTAAACACA;SOR=3.145;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=40;WE=175335084;WS=175335066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	175426750	rs6732100	A	G	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=106;ReadPosRankSum=-0.679;SC=TTATATTTCTATTGGACAGCT;SOR=0.473;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=11;WE=175426758;WS=175426740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr2	175431707	rs2163236	C	G	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=700;ReadPosRankSum=0.123;SC=CTACCCCACTCCAGGCAAGAA;SOR=0.781;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=45;WE=175431715;WS=175431697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,51:0.84:61
chr2	175436234	rs1044335	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=-1.576;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
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chr2	175439681	rs3049897	T	TA	792.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.779;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,56:0.65:86
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chr2	175613169	rs2305414	A	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=-0.276;SOR=1.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,15:0.14:109
chr2	175613600	rs2646159	T	C	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=231;SC=GAGGCAAGCATAAAACTCTGT;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=175613608;WS=175613590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	175614716	rs2229957	G	A	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.387;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=33;PP=1393;ReadPosRankSum=0.006;SC=TGGGTGAGCGGTGGTGTGTGT;SOR=0.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=84;TCR=46;TR=93;WE=175614724;WS=175614706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,95:0.69:138
chr2	175614908	rs139930312	CAA	C,CA	1372.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=5.396;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.30;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,41,31:0.55,0.41:75
chr2	175622178	rs11327107	TG	T	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.946;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=-3.210;SC=GCCACCATCCTGGGTGATTTA;SOR=0.088;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=5;WE=175622186;WS=175622168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,5:0.17:30
chr2	175622788	rs2646164	G	A	4112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr2	175622907	rs2600687	T	C	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=15;PP=404;SC=GAGGCTGAGGTGGGTGGATCA;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=175622915;WS=175622897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	175624107	rs34695580	GA	G	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,25:0.19:130
chr2	175629021	rs7560774	C	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=1.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,54:0.25:218
chr2	175629220	rs35274388	G	A	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5136;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=511;ReadPosRankSum=1.655;SC=TTTGGAAAGCGAGTCGGCTCA;SOR=1.688;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=24;WE=175629228;WS=175629210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr2	175666656	rs2646153	G	A	371.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5030;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=180;ReadPosRankSum=-0.220;SC=ATGCTTTCTCGTAATTCCTTG;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=16;WE=175666664;WS=175666646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr2	175677022	rs12613075	C	T	3629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=37;PP=2466;SC=GCAACCCGCACTGCAAATGGC;SOR=1.851;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=131;TCF=94;TCR=37;TR=129;WE=175677030;WS=175677012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	175689342	rs149952097	C	CTATA,CTA	1168.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.725;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.540;NF=3,3;NR=22,22;PP=656,76;ReadPosRankSum=1.854;SC=GCCACATATTCTATATATATA;SOR=0.385;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=25,25;WE=175689350;WS=175689332;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.79:38
chr2	175711942	rs14228	C	T	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.607;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=45;PP=1061;ReadPosRankSum=0.962;SC=AGCATTCTGCCAGGCAGCACA;SOR=0.323;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=94;TCF=32;TCR=62;TR=72;WE=175711950;WS=175711932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,75:0.77:97
chr2	176804220	rs148648399	T	TAC	1803.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.106;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=1411;ReadPosRankSum=-1.678;SC=ATCTAGTGTGTACACACACAC;SOR=1.106;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=32;WE=176804232;WS=176804210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,58:0.65:89
chr2	176844508	rs77165351	A	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.93;ReadPosRankSum=-0.051;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr2	176844644	rs12373766	C	T	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.825;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,43:0.77:56
chr2	176866756	rs79273881	G	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=-0.244;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr2	176866967	rs935492	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=1.661;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,41:0.23:176
chr2	176957822	rs2518053	G	A	5268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=1.319;SC=CGGCGGCGGCGGCGGCAGCCT;SOR=0.663;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=277;TCF=153;TCR=124;TR=229;WE=176957830;WS=176957800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,243:0.81:300
chr2	176989023	rs711822	C	T	397.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.89;ReadPosRankSum=0.213;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr2	176995145	.	TGCG	T	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=3.358;QD=0.40;ReadPosRankSum=0.204;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,22:0.08:268
chr2	176996023	rs4972804	C	T	1283.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=23.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-0.347;QD=21.76;ReadPosRankSum=-1.195;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,51:0.86:59
chr2	177016728	rs34727427	T	C	6172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.121;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.285;SC=GCAGCCGCCCTCCGGGACGGC;SOR=0.564;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=325;TCF=185;TCR=140;TR=256;WE=177016736;WS=177016718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,275:0.77:356
chr2	177033779	rs72927183	C	T	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5804;FS=5.358;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=9;PP=891;ReadPosRankSum=-1.103;SC=GCCTGGGGGCCGGCCCAGCTC;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=47;WE=177033787;WS=177033769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,49:0.79:62
chr2	177034121	rs34729309	G	T	6234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.991;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.668;SC=GCATGCGGCCGGGCACTGGGA;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=289;TCF=156;TCR=133;TR=244;WE=177034129;WS=177034111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,263:0.85:309
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chr2	177134172	rs2305161	C	T	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	177193439	rs72925142	G	A	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=134;SC=TTTTTATAACGTACCATCATT;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=177193447;WS=177193429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	178085137	rs9068	G	A	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.63;QD=24.66;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	178098087	rs139080704	CA	C	5328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.474;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.987;NF=14;NR=90;PP=2971;ReadPosRankSum=-1.032;SC=GGGAATGACACAAAGGAAAAC;SOR=0.431;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=144;TCF=19;TCR=125;TR=104;WE=178098095;WS=178098077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,179:0.76:236
chr2	178301428	rs3754989	C	T	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=141;SC=GTCATTCTCTCTAACTGAAGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=178301436;WS=178301418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	178326838	rs1979059	C	G	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.75;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	178326847	rs1979058	G	A	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.79;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	178358072	rs1348849	C	T	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=17;PP=425;SC=TAGACAATTACATAAATGAGT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=22;WE=178358080;WS=178358062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	178362572	rs12468046	G	A	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=18;NR=18;PP=522;SC=TGCACCTATTGTAAGGGTGTT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=178362580;WS=178362562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	178378452	rs2364854	T	A	205.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=136;SC=TAAGAAAATGTCAGACTTGAA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=178378460;WS=178378442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	178417142	rs11694988	C	T	7970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.98;NF=103;NR=177;PP=2965;SC=AGCTTGCAGGCGGAGGACCCG;SOR=1.348;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=285;TCF=108;TCR=177;TR=280;WE=178417150;WS=178417132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr2	178417225	rs11695035	C	T	4207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=52;PP=2799;SC=AGGCCTTGTACAGGGCCTGGG;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=79;TCR=52;TR=131;WE=178417233;WS=178417223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	178481818	rs10497497	G	T	9229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=182;NR=166;PP=2965;SC=TACATTTTCCGATTTGGGTCA;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=348;TCF=182;TCR=166;TR=348;WE=178481826;WS=178481808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr2	178482094	rs28630685	C	T	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.12;QD=31.61;SOR=6.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	178482594	rs61742858	G	T	5725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.918;NF=119;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.309;SC=CTCTGCCCTGGGTGGCATGTC;SOR=0.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=292;TCF=146;TCR=146;TR=235;WE=178482602;WS=178482584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,251:0.80:313
chr2	178494173	rs3830637	G	GGGA	2225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=19;PP=1776;SC=ACACTGGCAGGGGAGGATGAG;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=40;WE=178494181;WS=178494163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	178528703	rs13025391	C	T	6975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=110;NR=131;PP=2965;SC=GGAAGAACCTCGCTTTATTAC;SOR=0.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=241;TCF=110;TCR=131;TR=241;WE=178528711;WS=178528693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr2	178528789	rs13025904	G	A	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=53;PP=1407;SC=TGAACCCTTCGCAAATCACAA;SOR=1.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=24;TCR=54;TR=77;WE=178528797;WS=178528779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	178534110	rs2222711	G	T	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=8;PP=676;SC=TTTCAGGAGTGCTTCCTTAAA;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=178534118;WS=178534100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	178534324	rs6433687	A	G	5033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=87;PP=2864;SC=TTAATCTGTGATTATGTGTAG;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=87;TCR=87;TR=174;WE=178534332;WS=178534314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr2	178540293	rs3770016	A	G	5084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr2	178545660	.	G	GA	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=1.416;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr2	178545713	rs4538242	C	T	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=18;PP=609;SC=ATAAACACATCTATGGGAAAA;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=178545721;WS=178545703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	178561947	rs2886424	G	C	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=21;PP=1751;SC=AAGTTTAGCTGGTTTACACAT;SOR=2.277;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=91;TCF=68;TCR=23;TR=89;WE=178561955;WS=178561937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	178565815	rs10201180	T	C	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	178681447	rs6433697	C	A	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=725;ReadPosRankSum=1.069;SC=TGATTAAGGCCCAATGAATAA;SOR=1.230;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=52;WE=178681455;WS=178681437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,54:0.64:85
chr2	178681534	rs6433698	C	T	3703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.06;ReadPosRankSum=0.761;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,172:0.70:246
chr2	178681716	rs1438059	G	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=0.544;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr2	178682558	rs3841879	A	ATATAAAC	2821.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=1868;ReadPosRankSum=0.297;SC=TGATGACTCCACTTGGTTTAT;SOR=0.665;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=27;WE=178682566;WS=178682548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,67:0.74:91
chr2	178682603	rs6720891	T	C	2684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=5.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.47;ReadPosRankSum=-1.172;SOR=0.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,128:0.79:163
chr2	178682655	rs3821010	A	G	2638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=51;PP=1297;ReadPosRankSum=-0.840;SC=AGCCACTCCTATGGGGAAAGA;SOR=0.788;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=133;TCF=67;TCR=66;TR=99;WE=178682663;WS=178682645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,120:0.77:156
chr2	178684799	rs7581861	T	C	260.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.40;ReadPosRankSum=-0.425;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr2	178684820	rs41440047	G	A	278.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=64;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=175;ReadPosRankSum=-0.766;SC=TTATACGAGAGTGTGAGACAT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=12;WE=178684828;WS=178684810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr2	178684878	rs144786387	A	AAG	856.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=502;ReadPosRankSum=-0.612;SC=TAAAAAAGATATGGGAATATT;SOR=0.593;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=9;WE=178684887;WS=178684868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr2	178684879	rs58796031	T	G	865.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=371;ReadPosRankSum=-1.219;SC=AAAAAAGATATGGGAATATTT;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=16;WE=178684887;WS=178684868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr2	178684921	rs13386827	G	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.43;ReadPosRankSum=-1.025;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr2	178685129	rs13386870	C	T	106.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=66;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CTTTTTAAAGCTATTTTATAC;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=178685137;WS=178685119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr2	178764364	.	A	AATATAT	504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.05;ReadPosRankSum=0.499;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,13:0.93:14
chr2	178769992	rs2695096	T	C	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=32;PP=958;SC=TGCACACTTCTTCTATATGCC;SOR=1.567;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=178770000;WS=178769982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	178936373	rs1435573	T	G	4855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=64;PP=2922;SC=GCAGCAGAGGTGTTCCTGCAT;SOR=0.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=94;TCR=64;TR=158;WE=178936381;WS=178936363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr2	178936614	rs6433711	C	T	10142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=198;NR=166;PP=2965;SC=AGGGGGATACCGAGGCAGATT;SOR=0.810;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=365;TCF=198;TCR=167;TR=364;WE=178936622;WS=178936604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr2	178986130	rs200040728	TACACACAC	TAC,T	1120.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;NF=0,0;NR=21,21;PP=739,128;SC=TATGTATATATACACACACAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=21,21;WE=178986150;WS=178986120;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:33
chr2	178986138	rs201783668	C	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=704;ReadPosRankSum=0.141;SC=TATACACACACACACACACAC;SOR=0.892;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=16;WE=178986150;WS=178986120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr2	178986140	.	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.094;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr2	178990447	rs145771081	GA	G	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=-1.234;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,29:0.21:138
chr2	178990941	rs56809827	CAT	C	6218.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=75;PP=2965;SC=AATTTTAAAACATATTGAGTA;SOR=1.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=3;TCR=77;TR=78;WE=178990950;WS=178990931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	179203797	rs1434087	G	A	11145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=157;NR=213;PP=2965;SC=GAACTCAGTCGGCACCTAACT;SOR=1.057;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=370;TCF=157;TCR=213;TR=370;WE=179203805;WS=179203787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr2	179236831	rs6433724	A	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=4.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.014;SOR=1.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,15:0.18:84
chr2	179250397	rs2276617	A	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.548;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.723;SOR=0.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr2	179258923	rs919177	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=49;ReadPosRankSum=0.202;SC=AGACTCCGTCCGTTACTGTGC;SOR=0.293;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=7;WE=179258931;WS=179258920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr2	179312440	rs150523431	G	GTAC	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=119;ReadPosRankSum=0.238;SC=ATAAAAATATGTACGTTATAT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=4;WE=179312448;WS=179312430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr2	179324025	rs7600176	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=2.254;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,15:0.16:93
chr2	179341953	rs6704545	G	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=4.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-1.402;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,51:0.20:261
chr2	179358665	rs2303536	A	G	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=1.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=-0.379;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.104;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,50:0.20:247
chr2	179366093	rs2303537	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.605;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=55;ReadPosRankSum=-0.362;SC=AGGTTTGTTACTAACTAAGGA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=5;WE=179366101;WS=179366083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr2	179367086	rs967507	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=-1.229;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,14:0.23:62
chr2	179368380	rs16866352	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=114;ReadPosRankSum=0.272;SC=TTAGCCAGAAGCTAAAGGAAT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=12;WE=179368388;WS=179368370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr2	179392080	rs16866373	A	T	5456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=84;PP=2965;SC=TCACTGAAAAAAATAAAGATT;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=93;TCR=84;TR=177;WE=179392088;WS=179392070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	179395958	rs3813250	T	C	7290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=133;NR=125;PP=2965;SC=GAATTCTTGCTGCCAAAGTCG;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=133;TCR=125;TR=258;WE=179395966;WS=179395948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr2	179396162	rs56308529	C	G	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-1.083;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,58:0.20:287
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chr2	179405885	rs3731751	T	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=2;PP=295;SC=CACATTTTGATTGTGGTGGTG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=179405893;WS=179405881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	179406003	rs3731750	C	A	3627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	179406191	rs3731749	C	T	4001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=61;PP=2192;SC=CACTTCTTTGCGCTCCACAAT;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=67;TCR=61;TR=128;WE=179406199;WS=179406181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	179407763	rs58609542	C	CT	369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=-0.186;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,50:0.28:180
chr2	179411665	rs2288327	A	G	4463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=41;PP=2965;SC=GTTAAAATATACCACTCTGAG;SOR=1.562;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=94;TCR=41;TR=135;WE=179411673;WS=179411655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr2	179412966	rs35445420	G	A	5695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.314;SC=CTAAGACTGCGGAGGATTTGC;SOR=0.826;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=285;TCF=159;TCR=126;TR=232;WE=179412974;WS=179412956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,241:0.80:300
chr2	179413110	rs3731748	G	A	13949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=247;NR=247;PP=2965;SC=GAACACCTTCGGCCAGGTCAT;SOR=0.728;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=495;TCF=248;TCR=247;TR=494;WE=179413118;WS=179413100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,517:1.00:517
chr2	179414633	rs890578	C	A	4154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=50;PP=2444;SC=TTTCTTTTTCCTTGTCCATTA;SOR=0.820;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=78;TCR=50;TR=128;WE=179414641;WS=179414623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr2	179421470	rs16866397	T	G	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=3;PP=879;SC=AAAACCCCATTAAGGCACAGA;SOR=4.073;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=179421478;WS=179421460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	179421694	rs9808377	A	G	10304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=189;NR=167;PP=2965;SC=GCCAGAGATGATGAATTGAGT;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=356;TCF=189;TCR=167;TR=356;WE=179421702;WS=179421684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr2	179427186	rs2366751	A	G	15426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=291;NR=253;PP=2965;SC=TTTTGCTGCCACCATCACTTT;SOR=0.777;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=546;TCF=292;TCR=254;TR=544;WE=179427194;WS=179427176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,594:1.00:594
chr2	179427536	rs3829746	T	C	7630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr2	179430997	rs3731746	G	A	7310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=144;NR=103;PP=2965;SC=GATCTCAGGCGTTGGACGACC;SOR=0.939;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=247;TCF=144;TCR=103;TR=247;WE=179431005;WS=179430987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr2	179436020	rs744426	G	A	8418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=125;PP=2965;SC=CTTTCCTTGCGTTCTAGATGA;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=158;TCR=125;TR=283;WE=179436028;WS=179436010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr2	179443217	rs3769864	T	G	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=387;SC=TGTACTGAAATAAAAACACAT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=179443225;WS=179443208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	179444137	rs2288571	A	G	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=33;PP=1021;SC=AATAGCAGAGATAAATTACTG;SOR=1.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=179444145;WS=179444127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	179444768	rs4145333	C	G	11870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=197;NR=217;PP=2965;SC=TCCAAATTAGCTACTCTGAAG;SOR=0.917;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=416;TCF=198;TCR=218;TR=414;WE=179444776;WS=179444758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr2	179444939	rs2303838	C	T	3606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=60;PP=2334;SC=GTCACATTGACAGGTGGCCCA;SOR=0.908;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=58;TCR=60;TR=118;WE=179444947;WS=179444929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	179447848	rs4894029	T	C	10227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.19;ReadPosRankSum=1.190;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,405:1.00:406
chr2	179448911	rs16866400	G	A	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=5;PP=670;SC=ACTACTCTCTGTGTCTTGGAG;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=179448919;WS=179448901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	179451420	rs2042996	G	A	6035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=116;PP=2965;SC=TCTGTAACTAGTGATGTAGCC;SOR=0.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=91;TCR=117;TR=207;WE=179451428;WS=179451410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr2	179454394	rs1560221	A	G	9876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=161;NR=168;PP=2965;SC=GCCACTTTAGATAGACAAATG;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=331;TCF=162;TCR=169;TR=329;WE=179454402;WS=179454384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr2	179455207	rs2163009	T	C	10479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=172;NR=199;PP=2965;SC=TCCATTGTGCTGTGCCAGGTT;SOR=0.895;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=371;TCF=172;TCR=199;TR=371;WE=179455215;WS=179455197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr2	179457147	rs16866406	G	A	8779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=169;NR=136;PP=2965;SC=TGAACCAGCTGGATTCTCCAC;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=306;TCF=169;TCR=137;TR=305;WE=179457155;WS=179457137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr2	179458591	rs2288569	C	T	8183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=113;PP=2965;SC=TGGTCCAGGACGGTCTGCAGA;SOR=0.898;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=269;TCF=152;TCR=117;TR=265;WE=179458608;WS=179458581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
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chr2	179553730	rs35770337	AT	A	298.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.64;ReadPosRankSum=1.270;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,28:0.90:31
chr2	179558282	rs2255167	T	A	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=9;PP=762;SC=TTTACTATGGTATTTGTACTA;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=179558290;WS=179558272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	179558366	rs2042995	T	C	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	179566146	rs2251987	T	G	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=22;PP=1543;SC=ACATGGAAGGTTTTGTTCTGA;SOR=1.489;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=82;WE=179566154;WS=179566136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	179575511	rs72648998	C	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=5.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.582;SOR=1.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,46:0.25:186
chr2	179576596	rs2742331	A	T	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=8;PP=847;SC=TTCCTAAAAAATAGGCCTCCC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=179576604;WS=179576586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	179578108	rs71393436	T	TACAAA	410.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=172;SC=GTCTGAATGATACAAAACAAA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=4;WE=179578116;WS=179578098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	179578730	rs2562839	G	A	9485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=157;NR=161;PP=2965;SC=TCTTAAGGCCGGATACTTTGT;SOR=0.858;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=319;TCF=157;TCR=162;TR=318;WE=179578738;WS=179578720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr2	179579093	rs12693164	T	C	9228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=168;NR=150;PP=2965;SC=TTTTCCAGCATTGGCTGGTTC;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=319;TCF=169;TCR=150;TR=318;WE=179579101;WS=179579072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr2	179579212	rs2562838	T	C	10270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr2	179579822	rs2562836	T	A	8543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.209;SC=GGATACTGGTTAGGAAGTTCT;SOR=0.267;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=286;TCF=147;TCR=139;TR=285;WE=179579830;WS=179579812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,318:1.00:319
chr2	179580583	rs2562834	T	C	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=35;PP=835;SC=AAATAATCTTTGCTAGAGAGG;SOR=2.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=47;WE=179580591;WS=179580573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	179582162	rs62178977	C	T	4045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	179582327	rs13390491	C	T	4308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=90;NR=53;PP=2450;SC=CCCTATGTGGCTCTGGTCAGT;SOR=1.017;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=90;TCR=53;TR=143;WE=179582335;WS=179582317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr2	179582537	rs2627043	G	T	8118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=147;NR=107;PP=2965;SC=AAGTTTGCGCGCTGTAAAGAA;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=254;TCF=147;TCR=107;TR=254;WE=179582545;WS=179582527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr2	179582605	rs6750145	A	G	9661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.84;SOR=1.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr2	179583398	rs62178978	T	C	5523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr2	179583496	rs16866465	T	G	7247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr2	179585266	rs2562831	C	T	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=64;PP=1999;SC=TGTTTCTAACCTGCTTTCGAT;SOR=1.366;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=45;TCR=65;TR=109;WE=179585274;WS=179585256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	179585393	rs2562830	A	G	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=30;PP=953;SC=AGGAGGTGCTACCAGAAAAAA;SOR=1.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=51;WE=179585401;WS=179585383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	179587130	rs12693166	C	G	8203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=154;NR=119;PP=2965;SC=AGATTTTCATCGTCTCTTAAA;SOR=0.881;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=274;TCF=155;TCR=119;TR=273;WE=179587138;WS=179587120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr2	179587687	rs2742327	T	C	10229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NR=159;PP=2965;SC=GGCTCACAGTTAGCAACTGGA;SOR=0.831;Source=Platypus;TCR=161;WE=179587695;WS=179587677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr2	179595117	rs17076	C	G	4576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=71;PP=2786;SC=AAAGAAAAAACAAGCAAAAGA;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=87;TCR=72;TR=158;WE=179595125;WS=179595107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	179598228	rs12993099	A	G	3571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=73;PP=2157;ReadPosRankSum=-0.324;SC=CTGCTCGCTCAATGATTTTGG;SOR=0.797;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=197;TCF=99;TCR=98;TR=143;WE=179598236;WS=179598218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,160:0.72:221
chr2	179600563	rs2742348	G	A	8880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=136;NR=157;PP=2965;SC=CAAACTTGTTGGAAGCCTTAC;SOR=1.010;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=293;TCF=136;TCR=157;TR=293;WE=179600571;WS=179600553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr2	179605180	rs746578	C	T	6005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=91;PP=2965;SC=TCAAGATGAGCGCACTTTGTG;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=96;TCR=91;TR=187;WE=179605188;WS=179605170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr2	179614952	rs10803917	A	G	7667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=129;NR=131;PP=2965;SC=ACCAATGCTAACTCTTCTTCC;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=130;TCR=132;TR=260;WE=179614960;WS=179614942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr2	179615887	rs922984	T	C	3635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=52;PP=2413;SC=GATTTTCATGTCCTCTCTAGA;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=114;WE=179615895;WS=179615877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	179615931	rs922985	C	G	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=48;PP=2100;SC=CTTCACTTCTCAAAGTTCTTG;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=64;TCR=49;TR=112;WE=179615939;WS=179615921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	179615994	rs922986	T	C	4982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr2	179616770	rs58651353	GA	G	574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.78;MQRankSum=1.960;QD=8.33;ReadPosRankSum=1.121;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,49:0.71:69
chr2	179618019	rs3754953	T	A	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=203;SC=AACAGAAAACTACATTCCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=179618027;WS=179618009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	179620951	rs7585334	C	T	6285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr2	179621477	rs6433728	C	T	3397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=65;PP=2091;SC=TGGGACTTGGCGGACTCTCTT;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=54;TCR=65;TR=119;WE=179621485;WS=179621467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	179623758	rs2291310	C	T	9705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=196;NR=144;PP=2965;SC=TACAGCATTACTAGCAACAAA;SOR=0.928;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=340;TCF=196;TCR=144;TR=340;WE=179623766;WS=179623748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr2	179623939	rs6705594	T	C	5469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=130;PP=2965;SC=ACCACAAAAATGAGTGGATTT;SOR=1.523;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=76;TCR=130;TR=206;WE=179623947;WS=179623923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr2	179629363	rs4894043	T	C	4210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=78;NR=55;PP=2270;SC=AAAGCGTGTATTCTTGCCCAT;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=78;TCR=55;TR=133;WE=179629371;WS=179629353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	179629461	rs2291311	C	T	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=44;NR=43;PP=1419;SC=CCGGATATCACGGCACAGAAG;SOR=0.930;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=87;WE=179629469;WS=179629451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	179631362	rs3816782	A	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.144;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,14:0.19:74
chr2	179634376	.	GTA	G	1027	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=19;MQ=60.78;NF=27;NR=12;PP=1027;QD=26.5641025641;SC=ATATATATGTGTATATATATA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=39;WE=179634400;WS=179634366;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:12,39:0.76:51
chr2	179634389	rs66507452	TA	T	2858.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.73;MQRankSum=0.362;QD=39.16;ReadPosRankSum=0.897;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr2	179634391	rs66897330	TA	T	1344.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.202;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.73;MQRankSum=0.700;QD=21.01;ReadPosRankSum=-0.013;SOR=1.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,59:0.92:64
chr2	179634961	rs33917087	C	A	5904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.664;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.489;SC=TTTACTGGAACAGTGTCATGG;SOR=0.547;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=317;TCF=160;TCR=157;TR=232;WE=179634969;WS=179634951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,258:0.74:348
chr2	179635882	rs4894047	C	T	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=430;SC=TCTTTTAAAACGATAACGATC;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=179635890;WS=179635872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	179635919	rs13011633	C	T	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.593;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=6;PP=716;ReadPosRankSum=-1.388;SC=TTGAAAAGGACAAATCCTATG;SOR=1.248;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=41;WE=179635927;WS=179635909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,46:0.78:59
chr2	179639297	rs3816781	C	T	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=26;PP=729;SC=TTATCTCCCCCATACTATCAG;SOR=3.545;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=30;WE=179639305;WS=179639287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	179642425	rs719201	G	A	5996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.89;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr2	179643886	rs2291302	A	G	3572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=63;PP=2321;SC=AATTTACATCAAATAGTTATA;SOR=0.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=60;TCR=63;TR=123;WE=179643894;WS=179643876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	179643934	rs2291301	A	G	3571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=58;PP=2105;SC=GCAAGGAGCTATGATAAATGT;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=58;TCR=58;TR=116;WE=179643942;WS=179643924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	179644035	rs1552280	G	A	3421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	179644855	rs10497520	T	C	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.19;ReadPosRankSum=0.668;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,76:0.64:118
chr2	179647824	rs72647864	G	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,13:0.17:75
chr2	179650701	rs6715406	C	T	2509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.324;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=46;PP=1473;ReadPosRankSum=0.329;SC=GTTGGGGAGGCTCAGCTACCT;SOR=0.483;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=133;TCF=68;TCR=65;TR=96;WE=179650709;WS=179650691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,108:0.72:150
chr2	179650954	rs6715901	G	A	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=467;ReadPosRankSum=0.817;SC=GGCAGATGGCGTCCACATTAT;SOR=0.871;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=26;WE=179650962;WS=179650944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
chr2	179659912	rs16866538	G	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=5.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=1.412;SOR=1.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,33:0.21:158
chr2	179667090	rs3816849	C	T	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	179682415	rs59415652	G	A	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=0.228;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,31:0.23:134
chr2	179702268	rs1032283	A	G	8847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=154;NR=147;PP=2965;SC=ATGGTGCAAGAGGGGACTCAG;SOR=0.724;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=302;TCF=155;TCR=147;TR=301;WE=179702276;WS=179702258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr2	179702577	rs3045731	A	AGG	1473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=23;PP=1155;SC=ACAACCTACAAGGTTAAAATT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=25;WE=179702585;WS=179702567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	179702610	rs2078403	C	T	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=426;SC=GCAAGAATTACGGATGAGAAA;SOR=4.407;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=179702618;WS=179702600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	179732980	rs10165177	A	G	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=26;PP=813;SC=TATGAAGACAAATTTTTTTTT;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=179732988;WS=179732970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	179732997	rs10165253	A	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=89;ReadPosRankSum=-0.455;SC=TTTTAAGCCTAATTTCTATAG;SOR=0.549;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=10;WE=179733005;WS=179732987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr2	179737144	rs12693170	C	A	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=13;PP=379;SC=CAACCAAAGCCGAAGATGGTT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=179737152;WS=179737134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	179753245	rs7573293	C	T	1912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.22;ReadPosRankSum=-0.891;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,84:0.80:105
chr2	179753549	rs1873164	G	A	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=428;ReadPosRankSum=0.471;SC=GGCATAGCAGGAAGCAAAAAT;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=25;WE=179753557;WS=179753539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr2	179783696	rs12467323	C	A	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.906;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=754;ReadPosRankSum=0.107;SC=ATGCTTGTGTCCCCCCGAAAT;SOR=0.109;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=45;WE=179783704;WS=179783686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,52:0.90:58
chr2	179809500	rs9677932	C	T	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=484;SC=TTATATAAACCATCTCATGTA;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=179809508;WS=179809490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	179825838	rs11303440	TG	T	1059.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.635;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.265;NF=23;NR=9;PP=1194;ReadPosRankSum=0.168;SC=GAAAGCTTTTTGGACCAAAGA;SOR=1.167;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=32;WE=179825846;WS=179825828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
chr2	179826241	rs6725028	A	G	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.799;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=467;ReadPosRankSum=-0.485;SC=AAAAAGAATAATGATATTAGC;SOR=1.911;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=25;WE=179826249;WS=179826231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr2	179839833	rs10930846	A	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.309;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,23:0.27:86
chr2	179839888	rs10497529	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
chr2	179979930	rs2289993	T	C	3763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=75;PP=2250;ReadPosRankSum=-0.008;SC=AGCGCAAAGATTGGCATAACA;SOR=0.542;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=213;TCF=114;TCR=99;TR=158;WE=179979938;WS=179979920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,169:0.75:224
chr2	179980070	rs2044479	G	A	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=28;PP=735;SC=TGTCGTTACAGTTAAGTGACA;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=179980078;WS=179980060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	179982125	rs3217565	AAGAT	A	727.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.656;NF=14;NR=1;PP=690;ReadPosRankSum=1.068;SC=ATTCTTCAACAAGATAGATAA;SOR=1.044;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=15;WE=179982136;WS=179982115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr2	179988395	rs5836671	T	TA	861.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.965;QD=14.36;ReadPosRankSum=-1.359;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,50:0.83:60
chr2	179989039	rs2289992	G	A	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=13;PP=861;ReadPosRankSum=2.510;SC=TTACGTGTAGGTAAGTGTTCA;SOR=0.819;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=51;WE=179989047;WS=179989029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,51:0.82:62
chr2	179997177	rs3214766	AT	A	387.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.47;MQRankSum=0.487;NF=0;NR=10;PP=253;ReadPosRankSum=-0.301;SC=TTGAGATAACATTTTTTAAAG;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=10;WE=179997185;WS=179997167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr2	180013896	rs114016928	C	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=65;ReadPosRankSum=-0.501;SC=GAATATTGTACGTCAATTTTG;SOR=1.480;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=8;WE=180013904;WS=180013886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr2	180013981	.	T	C	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.48;ReadPosRankSum=-0.864;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,78:0.81:96
chr2	180039068	rs13013868	C	T	3517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-5.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.985;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=43;PP=2117;ReadPosRankSum=1.919;SC=AATCCAAAAGCTGTTAAAATA;SOR=0.253;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=172;TCF=121;TCR=51;TR=137;WE=180039076;WS=180039058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,152:0.80:189
chr2	180047746	rs1446673	G	C	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=25;PP=1263;ReadPosRankSum=0.623;SC=ACAATAGAAAGAATCATTAGT;SOR=0.633;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=106;TCF=71;TCR=35;TR=80;WE=180047754;WS=180047736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,93:0.77:121
chr2	180047908	rs6757681	T	C	3537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.51;ReadPosRankSum=-0.821;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,159:0.79:202
chr2	180308335	rs10171283	C	G	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=24;SC=GTCAAGAAATCATTATTTTCA;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=180308343;WS=180308325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	180383498	rs4567894	C	A	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=291;SC=AAAGAGTCTCCTTCAACAGTA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=180383506;WS=180383488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	180725481	rs259816	T	C	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	180810180	rs6433817	C	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,58:0.19:305
chr2	180810264	rs6433818	A	T	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FS=0.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.847;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:430,116:0.21:546
chr2	180815528	rs2304858	A	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,12:0.18:65
chr2	180835589	rs4894140	A	G	4849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=83;PP=2965;SC=TATAGCTAAAAGTTAACAGAA;SOR=0.882;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=75;TCR=84;TR=157;WE=180835597;WS=180835579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr2	180835792	rs3768837	T	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=1.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-1.659;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,41:0.23:178
chr2	180837806	rs6433821	T	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.980;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=257;ReadPosRankSum=-0.672;SC=CATCCAACATTTTTATCCCAA;SOR=1.070;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=90;TCF=62;TCR=28;TR=25;WE=180837814;WS=180837796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,30:0.31:97
chr2	180843126	rs2367990	C	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr2	180846743	rs3738943	G	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=103;ReadPosRankSum=-0.611;SC=TAAATTTTTTGAAGAGCAGAA;SOR=0.859;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=12;WE=180846751;WS=180846733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr2	182340444	rs17224277	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.039;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,17:0.20:83
chr2	182344846	rs11412304	G	GT	755.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.378;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;MQRankSum=0.333;QD=20.43;ReadPosRankSum=-1.646;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr2	182350447	rs155102	A	G	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=0;PP=458;SC=CTCAATAAATATTTATTGAAT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=182350455;WS=182350443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	182350743	rs155103	A	G	3748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=75;PP=2329;SC=TCAAATTGGTACTTGATTTCT;SOR=1.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=51;TCR=75;TR=126;WE=182350751;WS=182350733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	182359613	rs165419	G	A	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=20;PP=494;SC=AGTGAAGTACGTAAAACTGGT;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=182359621;WS=182359603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	182360182	rs2305586	T	C	2460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.41;ReadPosRankSum=2.080;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,110:0.73:150
chr2	182374534	rs1143674	A	G	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.623;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=49;PP=1173;ReadPosRankSum=-2.961;SC=TGAAAAAAACAGTAGGAATAT;SOR=0.977;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=112;TCF=42;TCR=70;TR=75;WE=182374542;WS=182374524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,83:0.69:121
chr2	182374660	rs2305582	A	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.799;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr2	182376546	rs1466109	T	G	2324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=36;PP=1252;SC=ATCGAGAGGGTGTAATGAGTG;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=75;WE=182376554;WS=182376536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	182387133	rs7602504	A	G	950.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=593;ReadPosRankSum=-0.767;SC=TTAAAAGTAAATGGTAGAATT;SOR=1.002;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=39;WE=182387141;WS=182387123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,42:0.89:47
chr2	182390107	rs2305580	A	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr2	182395345	rs1143676	G	A	9400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=163;NR=162;PP=2965;SC=GGCATAGTCCGGTTCTTGTCC;SOR=0.762;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=325;TCF=163;TCR=162;TR=325;WE=182395353;WS=182395335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr2	182396568	rs56005177	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=113;ReadPosRankSum=1.824;SC=AAATTCAGTCATATAGGCAGG;SOR=0.449;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=13;WE=182396576;WS=182396558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr2	182399097	rs7562325	T	C	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=31;PP=756;ReadPosRankSum=-2.061;SC=ATGTTGCGCATGTAAGATTAC;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=64;WE=182399105;WS=182399087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,73:0.77:95
chr2	182399497	rs11418738	A	ATT	1292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.44;QD=29.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	182399638	rs2124443	A	G	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=26.08;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	182402790	rs6747500	G	A	136.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=22;SC=CCCCATCCACGGAAAAATTGT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=182402798;WS=182402780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	182403792	rs57234957	A	AT	8212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=45;PP=2936;SC=ACTGGTTGACAATAAGCGGTG;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=63;TCR=47;TR=105;WE=182403800;WS=182403782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr2	182403851	rs10180793	G	A	12227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.148;NF=215;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=0.099;SC=CTTCCATTAAGTCACCATCTA;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=385;TCF=216;TCR=169;TR=382;WE=182403859;WS=182403841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,467:1.00:469
chr2	182412633	rs139036113	G	GACACACACACAC,GACACACACACACAC	5751.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=5,5;NR=55,55;PP=216,1722;SC=CAGACACACAGACACACACAA;SOR=1.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=7;TCR=78;TR=60,60;WE=182412641;WS=182412623;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.13,0.87:123
chr2	182412710	rs56263562	T	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=86;ReadPosRankSum=-0.110;SC=TTCAATTAGATAGTAAGTAAA;SOR=1.140;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=8;WE=182412731;WS=182412700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr2	182412723	rs34890422	C	CGT	1033.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=190;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=23;PP=1123;SC=TAAGTAAAAACGTACAATTTT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=182412731;WS=182412700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	182413238	rs72883670	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=1.045;SOR=0.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
chr2	182413259	rs12997453	A	G	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=17;PP=796;ReadPosRankSum=-0.178;SC=TATTACATTGAGTTTTTACCT;SOR=1.193;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=53;WE=182413267;WS=182413249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,54:0.74:73
chr2	182413602	rs13003064	A	T	2037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.601;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=53;PP=1311;ReadPosRankSum=1.629;SC=ATTACATTAAATATTAATCAG;SOR=0.973;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=119;TCF=45;TCR=74;TR=83;WE=182413610;WS=182413592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,89:0.71:126
chr2	182414358	rs12623687	T	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.238;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,22:0.27:83
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chr2	182794534	rs1051085	G	A	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=23;PP=592;SC=TTGTATGTCAGTATTTTTCAT;SOR=5.136;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=24;WE=182794542;WS=182794524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	182852729	rs16867515	A	G	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=-0.958;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,31:0.27:116
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chr2	183033020	.	G	GA	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=2.420;QD=2.02;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,17:0.24:71
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chr2	183088584	rs3754929	G	A	3213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
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chr2	183584755	rs6729801	G	A	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.53;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	183593451	rs3832045	AT	A	893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=19;PP=546;SC=ATATGTTAGAATTTTTTTTTC;SOR=1.005;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=28;WE=183593459;WS=183593441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	183593697	rs288280	C	T	4831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr2	183597063	rs288282	T	G	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.33;SOR=2.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	183597318	rs825660	A	G	5054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=107;PP=2965;SC=AAAGAAACACATTTAGAAATT;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=183;TCF=75;TCR=108;TR=181;WE=183597326;WS=183597308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr2	183616592	rs3098359	C	T	5747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=122;PP=2965;SC=CTAGATAACTCTGAATCATTA;SOR=1.417;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=69;TCR=122;TR=190;WE=183616600;WS=183616582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr2	183616748	rs3115425	G	C	3786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.86;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	183622319	rs141152570	AATAAT	A	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=364;SC=GTCACTGATAAATAATATAAT;SOR=4.407;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=7;WE=183622331;WS=183622309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	183622547	rs288334	T	G	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=30;PP=872;SC=AAGCTTATCATTATCAGTAAG;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=55;WE=183622555;WS=183622537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	183627504	rs192618	A	G	5487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=93;PP=2965;SC=CAACTGTTAAATTTTATTTCT;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=91;TCR=93;TR=184;WE=183627512;WS=183627494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr2	183627619	rs190830	C	G	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=30;PP=872;SC=TCTGTTTTCTCATCCTTGTCA;SOR=2.891;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=183627627;WS=183627609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	183793383	rs9333279	T	C	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=4;PP=1364;SC=AACTGCAGTTTAGGAAAAGGG;SOR=4.615;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=48;TCR=4;TR=52;WE=183793391;WS=183793373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	183793398	rs9333280	A	G	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=8;PP=1429;SC=AAAGGGAAACAGACTACCCCA;SOR=3.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=64;TCR=8;TR=72;WE=183793406;WS=183793388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	183799558	rs9288088	G	C	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=19;PP=655;SC=GGTAGGATAAGACCTAGGCAG;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=44;WE=183799566;WS=183799548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	183827018	rs2271671	G	A	2954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.635;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=83;PP=2834;ReadPosRankSum=-1.624;SC=TGTGAAGGCAGAATAATAATA;SOR=1.160;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=63;TCR=86;TR=142;WE=183827026;WS=183827006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,122:0.95:128
chr2	183851058	rs10185562	C	T	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=605;SC=ATTATCAATTCAGAAACTGGC;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=183851066;WS=183851048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	183951816	rs138141432	A	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=3.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=1.976;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,26:0.25:104
chr2	183960143	rs57818913	G	GT	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=-1.101;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,25:0.22:116
chr2	183960522	rs13399265	T	C	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=24;PP=690;SC=GGAGGTCAATTTGATTGTCCT;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=183960530;WS=183960512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	183988984	rs2705719	C	G	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=2;PP=263;SC=CTTCCCGGTGCAAAAACCCTT;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=183988992;WS=183988974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	183995742	rs925803	A	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=0.449;SC=CAGGGTCCTGATCAGTTGCCC;SOR=0.793;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=9;WE=183995750;WS=183995732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,9:0.17:53
chr2	183998366	rs34264626	CT	C	156.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.46;MQRankSum=0.952;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.695;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
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chr2	185463815	rs147358574	C	CCT	5961.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=1.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.612;QD=22.75;ReadPosRankSum=1.099;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,190:0.73:262
chr2	185798504	rs4667000	A	C	2775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=52;PP=1710;SC=AACATGACCAAAAAAGGGGTA;SOR=1.225;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=90;WE=185798512;WS=185798494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	185800905	rs12476147	A	T	6404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=104;NR=118;PP=2965;SC=CATCTTCAACAATCTTCACCA;SOR=0.961;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=104;TCR=118;TR=222;WE=185800913;WS=185800895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr2	185801747	rs4667001	G	A	6039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.14;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
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chr2	185801917	rs728534	A	G	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.07;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	185802211	rs5836928	C	CACA	3259.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=33;PP=2289;SC=GTAAAAAGAACACAATACTTT;SOR=0.898;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=43;WE=185802219;WS=185802201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	185802243	rs1366842	C	A	2382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=30;PP=1509;SC=TCAAATGCAACAATGATACAT;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=68;WE=185802251;WS=185802233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	185802363	rs12477430	A	G	4136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=90;NR=61;PP=2407;SC=GATATGAAACACATGAGTCAG;SOR=0.944;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=91;TCR=61;TR=151;WE=185802371;WS=185802353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	185803364	rs3731834	C	G	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:370,112:0.23:482
chr2	186610344	rs11884004	T	G	2836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=65;PP=1785;ReadPosRankSum=1.223;SC=TGGACCCAAATAAGCTGGAAA;SOR=0.966;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=138;TCF=52;TCR=86;TR=102;WE=186610352;WS=186610334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,117:0.76:154
chr2	186610388	rs17813736	G	A	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.058;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=41;PP=988;ReadPosRankSum=0.086;SC=TTTAAGTACTGGACACCATTC;SOR=0.564;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=78;TCF=21;TCR=57;TR=57;WE=186610396;WS=186610378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,63:0.74:85
chr2	186611566	rs6758484	C	A	4565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.687;SC=AAAATATTAACAGAAAAATTG;SOR=0.595;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=58;TCR=104;TR=161;WE=186611574;WS=186611556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,169:0.99:170
chr2	186611938	rs12618129	G	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.032;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=442;ReadPosRankSum=-2.639;SC=CCTGATTTCTGTTAGGCCCTG;SOR=1.432;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=26;WE=186611946;WS=186611928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr2	186625645	rs71411142	TTTGA	T	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr2	186625670	rs10547921	TA	T	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.96;ReadPosRankSum=1.229;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr2	186625770	rs7562137	A	G	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=739;ReadPosRankSum=-0.179;SC=ATTTTACGAAAAAAAACTCAG;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=47;WE=186625778;WS=186625760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,56:0.79:71
chr2	186627943	rs17228441	T	C	2770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=44;PP=1606;ReadPosRankSum=0.231;SC=GGTTCAATTATTTCAGCGCAG;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=80;TCR=58;TR=104;WE=186627951;WS=186627933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,121:0.75:162
chr2	186629191	rs12998112	T	G	395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.441;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=225;ReadPosRankSum=0.552;SC=AAATTTTTTTTTGTGGATCTA;SOR=1.140;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=21;WE=186629199;WS=186629173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,24:0.28:86
chr2	186629349	rs1986166	G	A	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.695;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.945;NF=19;NR=16;PP=433;ReadPosRankSum=-1.639;SC=TCTTTCAACTGACATTTACTG;SOR=0.260;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=35;WE=186629357;WS=186629339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,43:0.77:56
chr2	186654592	rs992822	A	G	2235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=27;PP=1357;ReadPosRankSum=0.195;SC=GAAGCAATCAATGCTATACTA;SOR=0.883;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=108;TCF=69;TCR=39;TR=80;WE=186654600;WS=186654582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,92:0.75:122
chr2	186655726	rs10931199	G	A	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=37;PP=1241;SC=TCTTCATTACGATCTCAACTT;SOR=0.897;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=75;WE=186655734;WS=186655716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	186656657	rs10173807	C	T	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.433;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=1128;ReadPosRankSum=1.146;SC=GGTTTGCCAACGGACATTTAG;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=70;WE=186656665;WS=186656647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,79:0.65:121
chr2	186656956	rs17229201	T	C	2507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.50;ReadPosRankSum=-1.122;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,116:0.76:152
chr2	186657089	rs17229222	C	A	1909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.91;ReadPosRankSum=-0.470;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,85:0.71:120
chr2	186658056	rs60029104	G	A	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=938;ReadPosRankSum=-0.781;SC=CAAAGAGATCGATTTAGATCA;SOR=0.628;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=40;TCR=35;TR=58;WE=186658064;WS=186658046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,69:0.78:88
chr2	186658438	rs10490391	C	T	2962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.650;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=57;PP=1680;ReadPosRankSum=0.453;SC=TTTTGTGATACGTTTCCAAAA;SOR=0.731;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=163;TCF=86;TCR=77;TR=114;WE=186658446;WS=186658428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,131:0.69:189
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chr2	186659184	rs77937204	C	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=1.005;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,17:0.21:81
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chr2	186667121	rs7605884	T	C	3356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.865;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=55;PP=2007;ReadPosRankSum=-0.587;SC=CAGGCTTTCTTTTCTTTCAAT;SOR=0.609;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=139;TCF=76;TCR=63;TR=118;WE=186667129;WS=186667111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,136:0.86:158
chr2	186668935	rs13003744	A	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=0.770;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,26:0.23:113
chr2	186670104	rs7576532	A	C	3383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=49;PP=1979;SC=TTGTATATGAACAGTTCATAG;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=65;TCR=49;TR=114;WE=186670112;WS=186670094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	186670780	rs16827154	T	A	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=626;ReadPosRankSum=-0.853;SC=TGATGAGATATACACACATTT;SOR=1.154;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=39;WE=186670788;WS=186670770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,45:0.82:55
chr2	186670979	rs4666689	T	C	5484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=83;PP=2965;SC=GAAATAAGAATTCGAACATCA;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=101;TCR=83;TR=183;WE=186670987;WS=186670969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr2	186671357	rs17826534	G	A	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=988;ReadPosRankSum=0.632;SC=CAAAACCAACGAGAAAGTAAA;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=59;WE=186671365;WS=186671347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,62:0.74:84
chr2	186671912	rs1862066	G	A	2405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.380;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=47;PP=1419;ReadPosRankSum=0.226;SC=ATTTTCCAACGTCAGGTTAAC;SOR=0.690;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=129;TCF=68;TCR=61;TR=93;WE=186671920;WS=186671902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,104:0.71:147
chr2	186678241	rs34138386	A	AT	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=0.808;SC=TAGGCATTTGATTTTAATATT;SOR=1.270;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=4;WE=186678249;WS=186678231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr2	186678887	rs2161035	T	C	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=41;PP=737;ReadPosRankSum=-0.403;SC=ATCTCAAGCCTGGTGATATTT;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=59;WE=186678895;WS=186678877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,63:0.86:73
chr2	186680041	rs2287606	G	T	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=472;ReadPosRankSum=-1.979;SC=ATGCCATAAGGTAAGAAAATA;SOR=1.148;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=31;WE=186680049;WS=186680031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,35:0.81:43
chr2	186696759	rs2302913	C	T	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=159;SC=TTACTGTTTGCATAAATACCA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=186696767;WS=186696749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	186697876	rs1468999	A	G	10491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=186;NR=180;PP=2965;SC=AATGTCTTCAACTTTGTCAAA;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=366;TCF=186;TCR=180;TR=366;WE=186697884;WS=186697866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr2	187353120	.	A	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=-1.615;SOR=0.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr2	187364878	rs4144785	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.217;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr2	187455278	rs9333287	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=0.692;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,17:0.21:82
chr2	187487160	rs9333288	G	A	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=1.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.586;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,56:0.22:259
chr2	187487269	rs6741369	G	T	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.665;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=569;ReadPosRankSum=1.843;SC=AAGGGCACAGGGTATAACAAC;SOR=1.634;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=32;WE=187487277;WS=187487259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr2	187490371	rs2197787	T	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=1.012;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,9:0.15:62
chr2	187490389	rs28633327	G	T	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=3.371;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,6:0.13:45
chr2	187498107	rs9333289	T	C	2250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=40;PP=1181;ReadPosRankSum=2.751;SC=GCAAGGTAGGTTAATATTTTT;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=60;TCR=56;TR=83;WE=187498115;WS=187498097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,103:0.73:141
chr2	187501682	rs56136540	G	A	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=-1.153;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,33:0.27:123
chr2	187519338	rs9333290	G	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.055;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=262;ReadPosRankSum=-1.167;SC=TGTCTAAACTGAATTATAGAA;SOR=1.640;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=18;WE=187519346;WS=187519328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr2	187521260	rs3738919	C	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=0.140;SC=GGAAATTTAGCTTTGTAAAGT;SOR=0.631;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=6;WE=187521268;WS=187521250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
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chr2	187529823	rs35994921	AT	A	595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=2.189;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,76:0.46:166
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chr2	187532010	rs41265951	G	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=241;ReadPosRankSum=1.258;SC=CTTTTTAAAGGTAACTGTCAG;SOR=1.519;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=21;WE=187532018;WS=187532000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,22:0.24:90
chr2	187532417	rs2230616	G	A	5595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr2	187533368	rs11685758	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=354;ReadPosRankSum=-0.375;SC=TAGAGGTTAACTGTGGAAATT;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=21;WE=187533376;WS=187533358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr2	187540732	rs3213964	G	A	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=-0.516;SC=GTTTTTTAAAGAACGACAGCT;SOR=0.283;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=12;WE=187540740;WS=187540722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr2	187541377	rs35251833	G	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=385;ReadPosRankSum=1.038;SC=TTTCATGTGTGTATGTGCATG;SOR=1.765;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=20;WE=187541385;WS=187541375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr2	187543374	rs1839123	C	T	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.06;ReadPosRankSum=0.937;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,88:0.72:122
chr2	187559029	.	A	ACAG,ACAGCAG	9112.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.584;NF=21,21;NR=119,119;PP=2985,1373;ReadPosRankSum=-0.038;SC=GCCTCATCCAACAGCAGCAGC;SOR=0.579;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=213;TCF=38;TCR=175;TR=140,140;WE=187559049;WS=187559016;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.75,0.22:357
chr2	187559222	rs6705757	T	G	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=33;PP=897;SC=CCCTTCCCTATCCATTCCTAT;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=187559230;WS=187559212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	187611748	rs2247924	G	A	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=20;PP=1228;SC=TTTAAAGTAAGACATCCTGAC;SOR=1.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=69;WE=187611756;WS=187611738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	187626338	rs13026081	C	T	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=30;PP=1030;ReadPosRankSum=0.618;SC=AAGCTGAGGACAAGTCGCAGT;SOR=0.660;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=70;WE=187626346;WS=187626328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,78:0.74:106
chr2	187692908	rs17852916	T	G	4643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.261;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=80;PP=2851;ReadPosRankSum=-0.933;SC=AAAGTTGATCTCTTGTTGTCC;SOR=0.569;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=233;TCF=141;TCR=92;TR=193;WE=187692916;WS=187692898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,210:0.81:258
chr2	187692983	rs17856918	T	C	5770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=1.918;SC=CCTTTGGTCATCCGGCTTAGA;SOR=0.651;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=287;TCF=151;TCR=136;TR=229;WE=187692991;WS=187692973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,254:0.79:320
chr2	187693003	rs10195632	A	T	5059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=102;PP=2782;ReadPosRankSum=1.514;SC=ACTAGTGTGAAATTTTCCACT;SOR=0.804;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=257;TCF=132;TCR=125;TR=202;WE=187693011;WS=187692993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,226:0.78:290
chr2	187693044	rs17852915	C	T	4076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.411;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=89;PP=2323;ReadPosRankSum=0.252;SC=CAGTGGGACACACAATATTCT;SOR=0.953;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=213;TCF=100;TCR=113;TR=161;WE=187693052;WS=187693034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,181:0.75:241
chr2	187693104	rs10172225	C	T	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.418;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=49;PP=1284;ReadPosRankSum=0.248;SC=TCCCAAATGACACAGTGGGTA;SOR=1.324;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=115;TCF=49;TCR=66;TR=83;WE=187693112;WS=187693094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,92:0.75:123
chr2	187693155	rs10195758	A	T	1904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.856;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=1187;ReadPosRankSum=-1.172;SC=TAATTTTATAATCATAGGTTA;SOR=0.312;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=68;WE=187693163;WS=187693145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,77:0.79:98
chr2	187693521	rs59504667	TA	T	877.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.522;NF=2;NR=28;PP=556;ReadPosRankSum=-2.094;SC=TGTGAAACTTTAAAAAAAAGG;SOR=0.485;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=30;WE=187693529;WS=187693511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,48:0.81:59
chr2	187694410	rs6745572	C	T	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=18;PP=994;ReadPosRankSum=-1.485;SC=TTTGTGAAAACTGACCCTACA;SOR=0.599;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=78;TCF=56;TCR=22;TR=60;WE=187694418;WS=187694400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,60:0.76:79
chr2	187697883	rs10164815	A	G	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=617;ReadPosRankSum=1.972;SC=CTTTTCTTCAATCTCATTTTT;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=44;WE=187697891;WS=187697873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,51:0.68:75
chr2	187697996	rs10188850	C	T	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=405;ReadPosRankSum=-0.853;SC=TTTGCAAAGTCGTGGATATTT;SOR=1.542;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=26;WE=187698004;WS=187697986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr2	187698019	rs10189037	G	T	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.109;HP=6;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=296;ReadPosRankSum=-1.059;SC=ATTTTGTGGAGAAAAATTAGT;SOR=1.363;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=20;WE=187698027;WS=187698009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr2	187698037	rs7609183	G	A	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=20;PP=515;SC=AGTTGGTTGCGTATCAATAAT;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=187698045;WS=187698027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	187698053	rs10188869	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.771;HP=4;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=-2.159;SC=ATAATGTGAACAATACACAAT;SOR=1.718;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=11;WE=187698061;WS=187698043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr2	187698707	rs6434197	C	T	2890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.97;ReadPosRankSum=2.224;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,135:0.75:181
chr2	187698751	rs7559533	G	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=2.352;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,23:0.19:124
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chr2	187712685	rs140128829	C	CTGATTTTTCAT	262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=1151;ReadPosRankSum=-0.716;SC=AGTCTCTAGGCTTCATTATTT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=2;WE=187712693;WS=187712675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr2	187713866	rs6725956	C	G	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.600;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=648;ReadPosRankSum=-0.032;SC=ATGCTGGGTGCGGGCGGAGGC;SOR=1.167;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=37;WE=187713874;WS=187713856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,40:0.83:48
chr2	187713922	rs6726153	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=111;ReadPosRankSum=0.349;SC=TCTCCAAGACGACGGCGTGCA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=187713930;WS=187713912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr2	188216807	rs858745	T	C	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=41;PP=2213;SC=AATTCCAAACTTCTCAAGCTG;SOR=1.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=72;TCR=41;TR=113;WE=188216815;WS=188216797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	188243633	rs3771084	A	G	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.04;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	188245640	rs1511877	G	A	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=403;SC=GACATTATATGAAAATCTATA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=188245648;WS=188245630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	188250301	rs698577	T	A	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	188348696	rs144825443	TAAAC	T	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=0;PP=574;SC=TTAAATGTCTTAAACAATTTG;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=188348707;WS=188348694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	189448896	rs2048138	A	T	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=21;PP=1684;SC=TGCAACTGAAATTGTTGTTTA;SOR=2.120;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=83;WE=189448904;WS=189448886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	189860975	.	A	AGTGT	307.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	189861031	rs141685938	T	TAC	64.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.78;MQRankSum=0.253;QD=12.87;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	189862048	rs7579815	G	C	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.24;ReadPosRankSum=-1.859;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,63:0.72:88
chr2	189862097	rs7579903	G	A	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=499;ReadPosRankSum=-1.885;SC=CTGGACCTCAGGGACCCCCAG;SOR=1.015;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=38;WE=189862105;WS=189862087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,45:0.73:62
chr2	189862203	rs3134654	C	T	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=9;PP=342;SC=TCTCTGACACCATGTTGTTAC;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=189862211;WS=189862193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	189864080	rs1800255	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=-1.852;SOR=1.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,17:0.14:118
chr2	189864582	rs1801184	T	C	3618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=62;PP=1796;ReadPosRankSum=0.335;SC=AACCAGGCGGTCCAGGTGCTG;SOR=0.511;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=174;TCF=86;TCR=88;TR=130;WE=189864590;WS=189864572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,160:0.78:204
chr2	189866199	rs2271682	T	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=-0.937;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,47:0.24:193
chr2	189874873	rs10204508	C	A	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.051;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=27;PP=1144;ReadPosRankSum=0.694;SC=GATTTTATAACCAATTCCCAT;SOR=0.428;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=69;TCR=37;TR=79;WE=189874881;WS=189874863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,87:0.77:113
chr2	189875421	rs1516446	T	G	6862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=95;PP=2965;SC=TTGATGTGCATCTGGCATTCC;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=127;TCR=95;TR=222;WE=189875429;WS=189875411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr2	189875695	rs3768660	T	G	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.985;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=95;ReadPosRankSum=-0.491;SC=TTGAATAGAATAAATAAAATT;SOR=1.236;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=10;WE=189875703;WS=189875685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr2	189899541	rs4666770	T	C	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=2;PP=839;SC=TATGCTCATATACAAGGTAAA;SOR=4.351;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=35;WE=189899549;WS=189899539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	189899572	rs7420715	T	C	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=12;PP=1109;SC=GTTCTAGTGCTGTAATAGTAT;SOR=2.338;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=49;TCR=12;TR=61;WE=189899580;WS=189899562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	189901295	rs12693526	G	A	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=4;PP=700;SC=TATGTAATAAGTAGTAAAAAG;SOR=2.554;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=189901303;WS=189901285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	189907937	rs6434312	A	G	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.01;ReadPosRankSum=0.638;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
chr2	189918337	rs6750027	T	C	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=8;PP=166;SC=TTAAGGAAGGTCCTTAAGGAT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=189918345;WS=189918327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	189918787	rs6738371	C	T	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=30;PP=1211;SC=AATGATCTTGCTCAGATACCA;SOR=1.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=55;WE=189918795;WS=189918777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	189922016	.	GAAAA	G	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr2	189923104	rs7556733	A	G	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	189923434	rs12989558	A	C	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=10;PP=890;SC=TCATAGCACAAAATATTTCTC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=189923442;WS=189923424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr2	189925313	rs6414121	G	C	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=0;PP=150;SC=TGGAGATAATGATAGTACCTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=189925321;WS=189925303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	189925548	rs6414122	T	A	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	189927506	rs7424947	C	G	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=8;PP=732;SC=TGAAACTTACCCATAAGTCTT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=42;WE=189927514;WS=189927496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	189932831	rs2229495	T	C	3338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=59;NR=50;PP=1613;SC=CAGAGGTACCTGGAGAGCCCT;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=59;TCR=50;TR=109;WE=189932839;WS=189932821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	189936687	rs6434317	T	G	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=12;PP=686;SC=ACTTTTCAATTAATTAAATGT;SOR=1.378;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=189936695;WS=189936677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	189943121	rs5837122	GA	G	393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.93;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr2	189953660	rs147576264	TTTGA	T	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=64;ReadPosRankSum=-0.660;SC=CTTAAGTTGCTTTGATTGTTT;SOR=0.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=3;WE=189953671;WS=189953650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr2	189974958	rs4128539	G	T	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.86;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	189997838	rs62182417	G	A	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.91;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	190313396	rs6738193	A	G	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=14;PP=628;SC=TGCCTATAGCATATTCTGTGA;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=36;WE=190313404;WS=190313386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	190319966	rs5837143	C	CA	901.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=488;ReadPosRankSum=1.207;SC=GACTTTGCCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.112;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=38;WE=190319974;WS=190319956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,50:0.86:58
chr2	190319990	rs1224958	A	G	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=18;PP=1776;SC=TAAATTCCTTACACATGTTTG;SOR=2.276;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=68;TCR=18;TR=86;WE=190319998;WS=190319980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	190322196	rs10497700	T	C	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=416;SC=TCCAAAGCTATTCCTAGTTTT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=190322204;WS=190322186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	190323530	rs1157910	A	G	7206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=153;NR=113;PP=2965;SC=ACAATTTTACATGTGTAGCAT;SOR=0.909;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=155;TCR=114;TR=266;WE=190323538;WS=190323520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr2	190327076	rs2304703	C	T	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=2;PP=371;SC=TTAAAAGATACGAAGACACTT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=190327084;WS=190327066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	190327126	rs2304702	C	G	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=12;PP=928;SC=AGTACGGTAGCAAAAACAAAA;SOR=1.791;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=46;WE=190327134;WS=190327116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	190333378	rs17198899	T	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=302;ReadPosRankSum=0.390;SC=GACTTAGGGATCATATCATCA;SOR=1.139;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=53;TCF=5;TCR=48;TR=17;WE=190333386;WS=190333368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr2	190339632	rs72916214	T	C	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5548;FS=6.308;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=332;ReadPosRankSum=-0.281;SC=TGTATTTCTTTTTATTTCATA;SOR=2.636;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=16;WE=190339640;WS=190339622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr2	190430177	rs2304704	A	G	4129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.348;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=67;PP=2534;ReadPosRankSum=-1.124;SC=TCCAGAGCAGAACGTACTCCA;SOR=0.852;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=225;TCF=127;TCR=98;TR=167;WE=190430185;WS=190430167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,182:0.75:243
chr2	190443304	rs1439815	C	T	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=45;PP=1144;ReadPosRankSum=1.187;SC=AGATACTATTCCCATCACATG;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=27;TCR=61;TR=65;WE=190443312;WS=190443294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,71:0.74:96
chr2	190444630	rs1439816	C	G	5149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=82;NR=100;PP=2965;SC=GGCGGGGTGACAAAAAGCGAT;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=82;TCR=100;TR=182;WE=190444638;WS=190444620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	190445076	rs4287798	T	G	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=359;ReadPosRankSum=-1.035;SC=CCAGAACTCGTGTAGAGTTGC;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=17;WE=190445084;WS=190445066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr2	190445194	rs11568351	G	C	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=1.690;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,46:0.25:187
chr2	190445284	rs13008848	C	G	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=3.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.238;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,58:0.24:237
chr2	190448047	rs987028	T	C	6412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=133;NR=83;PP=2965;SC=TTTTAAGTTGTCTTTTCACTT;SOR=1.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=135;TCR=84;TR=216;WE=190448055;WS=190448037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr2	190448546	rs71946330	CACATAT	C	317.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=-1.023;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr2	190448548	rs368151678	CATAT	C	401.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=28;PP=284;ReadPosRankSum=0.976;SC=CACACACACACATATACACAG;SOR=0.502;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=28;WE=190448560;WS=190448534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr2	190531426	rs1437880	G	A	5886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=84;PP=2965;SC=TGTCATTTCCGGATGCATTAT;SOR=0.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=110;TCR=84;TR=194;WE=190531434;WS=190531416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr2	190541842	rs67184798	AT	A	253.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.651;QD=9.04;ReadPosRankSum=-0.706;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
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chr2	190611414	rs2254166	T	C	3343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=66;PP=2069;SC=TTATTTTTAATAATGGTAATA;SOR=1.512;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=38;TCR=66;TR=104;WE=190611422;WS=190611404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	190611459	rs2254167	A	G	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=33;PP=891;SC=TTTTTGAATGAAAGTTCTTGA;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=190611467;WS=190611449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	190617643	rs2243876	A	G	4753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr2	190636411	rs6942	C	G	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=3;PP=548;SC=CACATTATCACAGAAACAGTG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=190636419;WS=190636401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	190640475	rs3816196	A	G	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=37;PP=945;SC=TAAATGATCAATATTAAATAC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=56;WE=190640483;WS=190640465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	190643257	rs7591929	G	A	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	190647108	rs10168387	T	C	3810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=38;PP=2576;SC=ACCACTAAACTTAAAACTTTT;SOR=1.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=89;TCR=39;TR=127;WE=190647116;WS=190647098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr2	190728866	.	G	T	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=2.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=1.883;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,43:0.22:200
chr2	191159232	rs188339	A	G	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=5;PP=508;SC=CAGTTCTAGTAGGGGGAAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=191159240;WS=191159222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	191161622	rs1058180	T	C	8720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr2	191175639	rs36074132	GT	G	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.557;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.633;NF=3;NR=8;PP=266;ReadPosRankSum=1.865;SC=AGAACAAAAAGTTTTAAAAGG;SOR=0.850;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=11;WE=191175647;WS=191175629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,21:0.28:75
chr2	191184475	rs291466	A	G	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=-0.926;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:341,89:0.21:430
chr2	191184524	rs3749022	C	T	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=1.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=2.347;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,55:0.21:263
chr2	191231458	rs11544940	G	A	2772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=41;PP=1546;ReadPosRankSum=-0.011;SC=CAACAGAGGAGGAAACAGCAG;SOR=0.561;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=72;TCR=49;TR=100;WE=191231466;WS=191231448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,120:0.84:143
chr2	191235901	rs1882891	A	C	3142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.488;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=66;PP=1552;ReadPosRankSum=-0.270;SC=TGCCATACTGAGGGCCATGGG;SOR=1.032;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=149;TCF=70;TCR=79;TR=120;WE=191235909;WS=191235891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,141:0.81:175
chr2	191301368	rs9646748	A	G	19764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=728;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=344;NR=342;PP=2965;SC=TTTGGAAACAAGGCTCAATGT;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=689;TCF=345;TCR=344;TR=686;WE=191301376;WS=191301358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,726:1.00:726
chr2	191334424	rs10193212	G	A	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=0;PP=306;SC=GTATATTAGGGACTCAGTTTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=191334432;WS=191334414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	191334459	rs145257711	A	ATTTTTAT	1205.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.73;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	191354491	rs3811609	T	C	3820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.45;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,175:0.80:219
chr2	191354658	rs59123011	C	CCT	4372.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=41;PP=2306;SC=ACAAATGCCCCGAGAAGCCTA;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=44;WE=191354666;WS=191354648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	191373775	rs6707244	C	T	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.11;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	191374043	rs13429315	C	T	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=3.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.909;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,27:0.31:88
chr2	191375375	rs6712426	G	A	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=46;PP=1376;SC=TGGGAGGCCTGGGGAGGCGGA;SOR=2.267;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=59;WE=191375383;WS=191375365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	191379268	rs4586658	G	A	2555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.15;ReadPosRankSum=-0.810;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,115:0.77:149
chr2	191383924	rs13395233	C	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.634;NF=5;NR=7;PP=92;ReadPosRankSum=-0.996;SC=AAAACAAGAACAAGCAAATCC;SOR=0.827;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=12;WE=191383932;WS=191383914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr2	191383951	rs144954119	CTCT	C	778.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.712;NF=4;NR=9;PP=579;ReadPosRankSum=0.942;SC=AGAATAACTTCTCTTTTTTGT;SOR=1.127;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=13;WE=191383961;WS=191383941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr2	191389853	rs74975456	T	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.906;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=77;ReadPosRankSum=-0.756;SC=TGTGTGATCCTCAAGTCAGCT;SOR=0.742;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=10;WE=191389861;WS=191389843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr2	191390126	rs10931458	G	A	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=23;PP=595;SC=AAAAGGGAATGCATTTTCTAA;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=191390134;WS=191390116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	191399201	rs12619125	G	A	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=392;ReadPosRankSum=0.325;SC=GTGCCGCCCGGGCCAAAGAGC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=19;WE=191399209;WS=191399191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr2	191399258	.	G	GCGC	2423.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.335;NF=9;NR=20;PP=1290;ReadPosRankSum=1.585;SC=ACGCACGCGCGCGCCGCCGCC;SOR=0.701;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=29;WE=191399266;WS=191399248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,59:0.79:75
chr2	191399378	rs13412879	C	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=1.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=-1.182;QD=1.03;ReadPosRankSum=0.233;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,29:0.16:178
chr2	191399433	rs12693579	T	C	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=45;PP=1175;SC=CCGGCTCCGCTGCGAGGAGCG;SOR=0.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=45;TCR=45;TR=90;WE=191399441;WS=191399423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	191523862	.	C	CT	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=-1.507;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr2	191535311	rs2109957	T	C	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=27;PP=838;SC=TCTATGAAACTAAACAATGCA;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=191535319;WS=191535301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	191537793	rs5837195	GT	G	774.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,64:0.73:88
chr2	191545821	rs12618075	A	G	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=29;PP=1006;SC=AAACAGAGCTATAATTTCTGT;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=60;WE=191545829;WS=191545811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	191552121	.	CAAA	C	2045.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.541;QD=29.65;ReadPosRankSum=1.254;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,63:0.91:69
chr2	191746233	rs78219026	T	G	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.83;ReadPosRankSum=0.299;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,48:0.69:70
chr2	191765206	rs3771313	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=20;ReadPosRankSum=1.478;SC=ATTATTTAAATAGTGTCCTAA;SOR=0.283;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=191765214;WS=191765196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr2	191766899	rs3771312	T	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.09;ReadPosRankSum=-0.046;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr2	191777768	rs11363248	AT	A	129.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9996;FS=4.973;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=-1.414;SC=GCTATTTGTGATTTTTTTTTT;SOR=3.258;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=8;WE=191777776;WS=191777758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr2	191789206	rs7564529	A	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.29;ReadPosRankSum=0.377;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
chr2	191848312	rs12477076	T	C	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=20;PP=1450;SC=GATGCAGCAGTGAGAGCGTGG;SOR=1.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=56;TCR=20;TR=76;WE=191848320;WS=191848302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	191899148	.	C	CA	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=1.373;QD=2.92;ReadPosRankSum=2.857;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr2	191922307	rs56816363	CT	C	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr2	191922841	rs3024866	G	A	2233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=43;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.254;SC=TCGGTTGCTGGAGAGGAAATC;SOR=0.687;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=53;TCR=55;TR=84;WE=191922849;WS=191922831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,98:0.79:124
chr2	191996518	rs1551443	T	C	3500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	192011485	.	T	TA	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=1.122;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,16:0.21:75
chr2	192160839	rs4853574	A	T	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=8;PP=1084;SC=TTTTGCAGACATACATTGGAA;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=48;WE=192160847;WS=192160829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	192160875	rs4853575	C	T	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=1.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	192161058	rs11397643	G	GT	1384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=28;PP=708;SC=GTTTTTGTCAGTTTTTTTTAA;SOR=1.355;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=29;WE=192161066;WS=192161048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	192161103	rs10622945	A	ATTCT	1103.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.88;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	192247808	rs34460997	A	G	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=3;PP=139;SC=GTTTGCTTCAATCAGATTATG;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=192247816;WS=192247804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	192247836	rs4641883	C	T	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=2;PP=300;SC=TAGGCAGCTGCATTGAGAAAG;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=15;WE=192247844;WS=192247826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	192248174	.	T	A	42	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=46;MMLQ=26;MQ=63.51;NF=1;NR=2;PP=42;QD=25.5904041824;SC=TCACTGTTTTTTATATATATA;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=192248182;WS=192248164;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	192250543	rs13000398	A	G	3653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=40;PP=2429;SC=TGATGGTGTAATTAGGAATAA;SOR=1.437;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=123;TCF=83;TCR=40;TR=121;WE=192250551;WS=192250533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	192250568	rs13026888	T	C	4757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=106;NR=58;PP=2965;SC=TAAAACAATATAGTGAGGAAG;SOR=1.166;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=106;TCR=58;TR=164;WE=192250576;WS=192250558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr2	192250726	rs13018796	G	A	6322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=109;PP=2965;SC=AGCATTTTGAGAGCAGGATGA;SOR=0.957;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=210;TCF=100;TCR=110;TR=209;WE=192250734;WS=192250716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr2	192279327	rs2271767	T	C	8790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr2	192701393	rs10167187	A	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=-2.722;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,44:0.24:185
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chr2	196636662	rs1145939	C	G	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=68;PP=1822;ReadPosRankSum=-1.200;SC=AAAGGTCTAACAATAGCTGAA;SOR=0.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=44;TCR=83;TR=104;WE=196636670;WS=196636652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,107:0.81:132
chr2	196659034	rs17442764	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.884;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,12:0.19:64
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chr2	196682630	rs975417	C	A	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-5.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=655;ReadPosRankSum=-0.903;SC=TCAAGTTCTGCCCTTAAAATA;SOR=0.062;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=39;WE=196682638;WS=196682620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,41:0.77:53
chr2	196709683	rs16840768	G	A	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.583;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=7;PP=1034;ReadPosRankSum=0.971;SC=TAAATCTACTGTTATTTAATA;SOR=2.044;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=72;TCF=60;TCR=12;TR=53;WE=196709691;WS=196709673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,57:0.74:77
chr2	196720466	rs16841010	C	T	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.25;ReadPosRankSum=0.022;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr2	196720705	rs16841018	T	C	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.30;ReadPosRankSum=0.639;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,59:0.68:87
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chr2	196749544	rs341947	C	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=411;ReadPosRankSum=0.275;SC=CTGCATTGGACAGATGAGAAG;SOR=0.957;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=21;WE=196749552;WS=196749534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr2	196756535	rs79407338	GAA	G,GA	3201.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.357;QD=22.71;ReadPosRankSum=-0.323;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,92,44:0.65,0.31:141
chr2	196762491	rs5837482	TA	T	299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.159;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.925;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr2	196771780	rs6710775	G	A	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=550;ReadPosRankSum=1.986;SC=CTGATTCAATGTTGCAATGAA;SOR=1.085;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=37;WE=196771788;WS=196771770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
chr2	196791276	rs1489802	T	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,31:0.23:134
chr2	196825402	rs6719500	T	C	6792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.811;SC=CTTACTTTTTTTGTCATTGCC;SOR=0.603;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=332;TCF=170;TCR=162;TR=260;WE=196825410;WS=196825386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,284:0.80:356
chr2	196851911	rs10931715	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,15:0.16:96
chr2	196866420	rs6434811	C	T	6036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=119;NR=86;PP=2965;SC=CAATTAAGTCCGTGAAATCTT;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=119;TCR=86;TR=205;WE=196866428;WS=196866410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr2	196912067	rs4850381	A	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.691;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr2	196915991	rs10174065	A	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.658;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,16:0.21:76
chr2	196933188	rs13028754	T	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr2	196935811	rs12693777	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=-0.440;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,20:0.23:86
chr2	197004439	rs1054537	A	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.409;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,21:0.24:89
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chr2	197010823	rs2271888	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=1.937;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
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chr2	197122662	rs77751899	T	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.646;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,35:0.19:189
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chr2	197157621	.	C	G	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.574;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.494;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=589;ReadPosRankSum=-0.637;SC=TGTATGGAAACAGCAGACAGA;SOR=0.253;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=33;WE=197157629;WS=197157611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,36:0.88:41
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chr2	197172856	rs41510048	A	T	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=257;SC=AGGAGCTGAGATGATTAATAG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=197172864;WS=197172846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr2	197504545	rs1879128	C	G	2357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.37;ReadPosRankSum=-0.218;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,107:0.74:144
chr2	197534692	rs7590083	C	T	3686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=73;PP=2178;SC=GTGCTTCTTACTCTCATCAAA;SOR=1.204;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=49;TCR=74;TR=122;WE=197534700;WS=197534682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	197541296	rs17271281	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=3.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-2.585;SOR=1.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,20:0.17:118
chr2	197584504	rs2680970	C	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.510;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=382;ReadPosRankSum=-0.267;SC=AAAAAAATTGCAAAATGATAT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=21;WE=197584512;WS=197584494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr2	197593787	rs2460436	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=267;ReadPosRankSum=0.202;SC=CTTAATCAGACATTATTATTG;SOR=1.739;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=14;WE=197593795;WS=197593777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr2	197594203	rs2577580	G	C	2106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=52;PP=1365;ReadPosRankSum=-0.283;SC=TAGAACCCTAGCAGCCCCATG;SOR=0.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=39;TCR=66;TR=83;WE=197594211;WS=197594193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,90:0.81:111
chr2	197595762	rs2680967	G	A	3009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.276;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=74;PP=1923;ReadPosRankSum=-0.634;SC=CTTCATTAACGTAGTTGTCAG;SOR=0.556;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=182;TCF=75;TCR=107;TR=129;WE=197595770;WS=197595752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,133:0.70:189
chr2	197597012	rs75295851	A	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.403;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,4:0.16:25
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chr2	197744755	rs77319831	T	C	2227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.58;ReadPosRankSum=2.257;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,109:0.76:143
chr2	197758148	rs332299	C	T	99.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=62;SC=AATGATTTCGCCTGCATTTGA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=197758156;WS=197758138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	197762941	.	C	CA	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.453;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=6.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.854;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr2	197777589	rs12693800	C	T	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=31;PP=2345;SC=GGTTAATGTTCATGTAACAGT;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=86;TCR=31;TR=117;WE=197777597;WS=197777579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	197791434	rs186535521	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=0.552;SOR=0.344;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,27:0.31:86
chr2	197792148	rs11421690	A	AC	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.89;MQRankSum=1.378;QD=24.90;ReadPosRankSum=0.768;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr2	197792152	rs10687155	A	AAC	647.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.65;MQRankSum=1.439;QD=23.13;ReadPosRankSum=0.751;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr2	197854233	rs144034091	T	TAC	750.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=6.807;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=781;ReadPosRankSum=-0.092;SC=GCTGATGAACTACACACACAC;SOR=2.187;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=18;WE=197854241;WS=197854223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
chr2	197863214	rs1966703	C	T	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=43;PP=1195;SC=GAAGTTACTACAAACACAATA;SOR=1.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=69;WE=197863222;WS=197863204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	197863851	rs4850742	C	T	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=428;SC=AAGAAACATGCACAAGGTGTT;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=197863859;WS=197863841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	197864996	rs6434897	A	C	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=6;PP=690;SC=AGGGAAATTTATTTTAATTAT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=197865004;WS=197864986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	197866470	rs12478175	T	A	3299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	197870536	rs149494060	T	C	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=-0.412;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:325,100:0.24:425
chr2	197872727	rs57048274	T	TTCTC	1923.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=26;PP=1423;SC=GACATTCTCTTTCTCCCATTC;SOR=2.935;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=26;WE=197872735;WS=197872717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	197943382	rs139294990	ATG	A	733.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=-0.955;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,47:0.16:303
chr2	197953372	rs146161383	TAAGTC	T	3895.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=29;PP=2552;SC=ACAGACAACTTAAGTCAAGTC;SOR=1.408;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=45;WE=197953384;WS=197953362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	197954780	rs4300850	A	G	6284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.98;MQRankSum=-0.047;NF=84;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.941;SC=AAACAGAGCAACTCACGGCAA;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=84;TCR=117;TR=201;WE=197954788;WS=197954770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,231:0.99:233
chr2	197986048	rs2697270	T	C	4520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=104;NR=52;PP=2504;SC=AGACTAAGAGTGTCATACCTG;SOR=1.371;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=105;TCR=52;TR=156;WE=197986056;WS=197986038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr2	197989945	rs2579395	T	C	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=3;PP=588;SC=CCGACTGGAGTGCACTATGCA;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=197989953;WS=197989935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	197990909	rs2918628	G	A	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=31;PP=845;SC=GTAATATTTGGTAAAGATCAA;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=197990917;WS=197990899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	198001443	rs2579387	C	T	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=49;PP=1417;SC=GCCCTGCCGACGTTAAATCAA;SOR=1.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=70;WE=198001451;WS=198001433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	198011904	rs2249470	G	A	5496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=96;PP=2842;ReadPosRankSum=2.542;SC=ATAGTAAGACGTGTCACTCAC;SOR=0.964;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=97;TCR=99;TR=192;WE=198011912;WS=198011894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,214:0.99:216
chr2	198257652	rs11380582	T	TA	488.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.548;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.869;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,31:0.86:36
chr2	198257795	rs4685	T	C	6407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=131;NR=91;PP=2965;SC=ATGTCTCAAATACATTGGGCC;SOR=1.009;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=131;TCR=91;TR=222;WE=198257803;WS=198257785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr2	198263146	rs16865262	T	C	3038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=30;PP=1925;SC=AATTTGAAAATTGATACTGCT;SOR=1.526;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=70;TCR=30;TR=100;WE=198263154;WS=198263136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	198264903	rs140740106	AAAT	A	11685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=112;PP=2974;SC=ATAATAAAACAAATAATGTTA;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=35;TCR=119;TR=145;WE=198264913;WS=198264893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr2	198265173	rs788017	T	A	1814.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.88;SOR=1.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	198265526	rs788018	A	G	8452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr2	198266943	rs788019	C	T	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=28;PP=790;SC=ATCAACTATTCAGCCAAACTG;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=198266951;WS=198266933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	198267770	rs3217350	G	GAA	2766.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=30;PP=1567;SC=CTGAAAAAGAGAAAAGAGAAG;SOR=1.079;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=198267778;WS=198267760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	198273347	rs77132083	T	C	97.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	198281743	rs699318	T	C	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=19;PP=542;SC=GCTCATTCTCTTTTCTATGTA;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=198281751;WS=198281733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	198283305	rs788023	T	C	3408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	198299530	rs181833955	G	A	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=528;ReadPosRankSum=-0.442;SC=ACGCCATTACGCGGGGCAGTG;SOR=0.614;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=35;WE=198299538;WS=198299520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,41:0.79:52
chr2	198327314	rs3754822	G	A	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=24;NR=27;PP=822;SC=AGGATTACAAGCATTTTGTTC;SOR=0.871;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=51;WE=198327322;WS=198327304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	198355135	rs148517124	T	TTG	1616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=39.43;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	198355153	rs11682567	T	G	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=16;PP=552;SC=TTTTGTTTTTTTTTTGCTTCC;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=198355161;WS=198355143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	198359027	rs7585486	G	C	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	198362018	rs8539	T	C	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=24;PP=1431;SC=CTCCAATGTTTTTGTATTTAT;SOR=1.409;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=71;WE=198362026;WS=198362008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	198363504	rs1050347	A	G	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=48;PP=2083;SC=CATAAGCCCGAGTGAGATGAG;SOR=0.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=68;TCR=48;TR=116;WE=198363512;WS=198363494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	198365043	rs1116734	C	G	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=5;PP=493;SC=TAGCGGCGACCGCTGGGGCGA;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=198365051;WS=198365033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr2	198509058	rs16866940	C	T	4785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=89;PP=2671;SC=CTAATATGCTCATGTGAAAAT;SOR=1.249;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=67;TCR=89;TR=156;WE=198509066;WS=198509048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr2	198563642	rs6743671	T	C	136.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.81;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	198623751	rs73054817	A	G	5941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=124;NR=90;PP=2965;SC=AAAGAGAGGCATGATGTCAGC;SOR=0.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=124;TCR=90;TR=214;WE=198623759;WS=198623741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr2	198643529	.	TAC	T	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=-0.467;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,11:0.13:82
chr2	198669754	rs770659	G	C	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=25;PP=533;SC=GGAGCGCACCGGTGCCTAGCG;SOR=1.421;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=198669762;WS=198669744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr2	198950240	rs1064213	G	A	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=8.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=1.189;SOR=1.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,71:0.25:283
chr2	198950968	rs75433604	A	AT	3496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=56;PP=2460;ReadPosRankSum=0.105;SC=TAGGAGAAACACTCACACTCT;SOR=0.636;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=79;TCF=2;TCR=77;TR=58;WE=198950976;WS=198950958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,98:0.72:137
chr2	198953816	rs3213867	G	A	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=720;ReadPosRankSum=0.157;SC=ATTTTTTTACGTGTGTGTGTG;SOR=0.826;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=60;WE=198953824;WS=198953806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,73:0.77:95
chr2	200173684	rs10153730	T	G	5889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=98;PP=2965;SC=GCCAGCCCTGTAGAGAGAGGA;SOR=0.992;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=89;TCR=98;TR=187;WE=200173692;WS=200173674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr2	200245245	rs1348813	C	G	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=875;ReadPosRankSum=0.402;SC=AATACACAAACCTCAACCAGG;SOR=0.844;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=51;WE=200245253;WS=200245235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,60:0.81:74
chr2	200246318	rs2305262	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=6.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=1.221;SOR=1.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,27:0.23:119
chr2	200298313	rs7596597	A	G	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=36;NR=56;PP=1706;SC=GAAGGGAAGCAACAGTTATAA;SOR=1.251;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=36;TCR=56;TR=92;WE=200298321;WS=200298303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	200323452	rs114693875	A	G	3808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.49;ReadPosRankSum=0.211;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,169:0.82:206
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chr2	200677625	rs2030653	C	T	577.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=461;ReadPosRankSum=1.371;SC=GGCCTGATGTCTTCCTGACAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=18;WE=200677633;WS=200677615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr2	200684249	.	T	TA	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=3.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=1.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,27:0.31:88
chr2	200710706	rs769960	T	G	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=302;ReadPosRankSum=-0.105;SC=GGAGTATTCATATTTACAGAG;SOR=0.343;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=16;WE=200710714;WS=200710696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr2	200800493	rs6435039	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.213;NF=6;NR=3;PP=95;ReadPosRankSum=-1.527;SC=ACACACATACACACACACGCA;SOR=0.250;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=9;WE=200800501;WS=200800491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr2	200803931	rs192918495	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=1.635;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
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chr2	200873144	rs113489455	AATACAAAAAAAACTTG	A	3633.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.730;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=2929;ReadPosRankSum=2.423;SC=AGAATGATGCAATACAAAAAA;SOR=0.824;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=35;WE=200873167;WS=200873134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,90:0.71:127
chr2	201171014	rs3739121	G	C	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-1.255;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,55:0.22:245
chr2	201171191	rs10931898	C	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=2.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,42:0.17:243
chr2	201171207	rs12614621	G	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=2.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=-1.138;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,44:0.18:241
chr2	201194279	rs3739119	C	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.712;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=174;ReadPosRankSum=-1.553;SC=CCTGCAGCTGCCTCCTGGGAG;SOR=1.508;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=15;WE=201194287;WS=201194269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr2	201254049	rs3820881	G	C	6995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr2	201254171	rs4674015	A	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.290;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,27:0.25:107
chr2	201277181	rs6706953	T	C	2502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.55;ReadPosRankSum=1.125;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,110:0.86:128
chr2	201354935	rs3795969	C	G	3957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=69;PP=2305;ReadPosRankSum=0.719;SC=GGAGGGCAGGCAAGGCGCGGT;SOR=0.639;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=188;TCF=103;TCR=85;TR=151;WE=201354943;WS=201354925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,169:0.80:211
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chr2	201397569	rs842940	G	A	163.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=128;SC=CAGATTTTATGTAAAGTTTAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=201397577;WS=201397559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	201397647	rs842939	A	C	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=8;PP=436;SC=TATCAGTTATACTTTTTCTTT;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=201397655;WS=201397637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	201437214	rs17532679	A	G	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.480;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=696;ReadPosRankSum=-1.897;SC=TTAGGCAGAAAGTAAATCGGA;SOR=0.989;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=202;TCF=92;TCR=110;TR=60;WE=201437222;WS=201437204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,62:0.29:213
chr2	201437334	rs12052989	T	C	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=2.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.704;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,59:0.23:253
chr2	201451006	rs4470327	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=3.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=-0.025;SOR=1.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,20:0.20:98
chr2	201462357	rs1405984	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=-1.352;SC=TACAACCTAGCTGGGAACAAG;SOR=0.730;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=7;WE=201462365;WS=201462347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr2	201470233	rs3038607	AT	A	324.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.02;ReadPosRankSum=-0.754;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr2	201474234	rs10497865	C	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=1.917;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,15:0.17:90
chr2	201485747	rs6761252	G	T	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=16;PP=897;SC=AGAGACTGTTGGACAGTTCTT;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=46;WE=201485755;WS=201485737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	201485830	rs6761375	G	A	2043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.84;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,94:0.73:129
chr2	201488758	rs2348021	A	G	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=40;PP=1214;SC=AACAAATATCAGTTAAAATGC;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=78;WE=201488766;WS=201488748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	201501568	rs4622702	A	G	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=1.222;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,32:0.29:111
chr2	201505953	rs11887334	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=1.576;SOR=0.305;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr2	201515939	rs868810	T	C	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=29;PP=654;SC=GTTCTCCAAATGCACATGAGG;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=201515947;WS=201515929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	201521472	rs2287011	G	A	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=388;ReadPosRankSum=0.933;SC=GGGATTCTTGGAGGGAAATAT;SOR=0.459;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=28;WE=201521480;WS=201521462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr2	201521493	rs79540345	A	T	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=515;ReadPosRankSum=2.111;SC=TTCCAAGGAAAATGTTTTAAT;SOR=0.674;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=40;WE=201521501;WS=201521483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,46:0.65:71
chr2	201521731	rs4674302	A	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=-0.818;SC=AAAACTATGAATGGATATTTT;SOR=0.824;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=17;WE=201521739;WS=201521721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,21:0.28:76
chr2	201534136	rs2715907	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=129;ReadPosRankSum=0.345;SC=CACTACACTCCAGTGTCATGC;SOR=1.139;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=10;WE=201534144;WS=201534129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr2	201534173	rs202142577	CA	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=2.222;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr2	201677454	rs2270281	C	T	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.498;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=595;ReadPosRankSum=-0.506;SC=CAGGCATGACCTAGGGTAGGA;SOR=1.440;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=38;WE=201677462;WS=201677444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,46:0.67:69
chr2	201677791	rs2270280	T	C	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=925;ReadPosRankSum=-0.812;SC=TTTGTGCCTGTATCGGGTATA;SOR=0.907;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=54;WE=201677799;WS=201677781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,57:0.74:77
chr2	201683695	rs2881880	T	C	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.685;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=898;ReadPosRankSum=-1.424;SC=TGTGACTATATTTTTCTAAGA;SOR=0.470;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=64;WE=201683703;WS=201683685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,73:0.68:108
chr2	201686122	rs3815501	T	C	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=39;NR=54;PP=1645;SC=TCTGATGCCATTTTGTACCTG;SOR=1.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=93;WE=201686130;WS=201686112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	201686666	rs6705053	C	T	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=9;PP=800;SC=GTGGTGGGCGCCTGTAGTTCC;SOR=1.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=201686674;WS=201686656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	201719258	.	CAA	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.112;SOR=1.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr2	201724360	rs12465952	A	G	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,27:0.28:95
chr2	201760202	.	T	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=7.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=1.914;SOR=2.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr2	202025131	rs2518142	G	A	6592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr2	202025621	rs1594	A	G	3177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.478;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=75;PP=1767;ReadPosRankSum=-0.428;SC=ACAGCTCACCATCCCTGTACC;SOR=1.202;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=153;TCF=60;TCR=93;TR=118;WE=202025629;WS=202025611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,136:0.76:180
chr2	202050677	rs3900115	A	G	2635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	202070735	rs6712872	A	T	647.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=18;PP=507;SC=TAATAAAAAAATTTTTTTTCC;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=202070743;WS=202070724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr2	202139739	.	CT	C	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
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chr2	202152162	rs13113	T	A	3234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=25.88;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	202153225	rs700635	C	A	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=12;PP=833;SC=AATTCAGATGCGAATTCAAAC;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=202153233;WS=202153215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	202153252	rs700636	A	C	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=22;PP=1121;SC=AGACATTCAGAGAGTCAGAGC;SOR=1.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=69;WE=202153260;WS=202153242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	202211443	rs1406122	C	T	4647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=82;PP=2783;SC=ACTTGGAGTGCTGAGATTTTT;SOR=1.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=69;TCR=82;TR=151;WE=202211451;WS=202211433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr2	202212949	rs114465540	CC	GT	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=0.502;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.158;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:332,63:0.16:395
chr2	202215409	rs71022364	C	CAAAACAAAACAAAACAA	1123.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=3;PP=2192;SC=ATCTCAAAAACAAAACAAAAC;SOR=0.892;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=6;WE=202215417;WS=202215399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	202215492	rs13014235	C	G	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=25.33;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	202245244	rs3795966	A	G	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=46;NR=24;PP=1332;SC=ACTTGTATAAAAGGTCAGTTA;SOR=1.281;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=70;WE=202245252;WS=202245234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	202245944	rs3832088	TAA	T	2126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=28;PP=706;SC=ACCCAGAGCTTAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=29;WE=202245963;WS=202245934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	202245955	rs72937131	A	G	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.38;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	202246034	rs3731709	G	C	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=11;PP=266;SC=AGTTATCCTTGGTAAATATAA;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=202246042;WS=202246024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	202248788	rs7579617	T	C	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=22;PP=1093;SC=CATGAAAATATAGCTGAGGAA;SOR=1.230;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=62;WE=202248796;WS=202248778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	202248979	rs7579853	T	A	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=43;PP=1250;SC=AGATTGAAAGTCTAGATTAAT;SOR=1.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=34;TCR=43;TR=77;WE=202248987;WS=202248969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	202257930	rs3815515	C	A	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=24;PP=692;SC=AAGCAAGAAGCGTATATATAT;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=202257938;WS=202257920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	202260049	rs2256584	G	A	5604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr2	202264156	rs13022344	C	T	7752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr2	202264316	rs6732993	C	T	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=27;PP=715;SC=AAAGCAACGTCCTAGAAAGCA;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=202264324;WS=202264306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	202272032	rs11691865	T	A	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=200;SC=CACTGAACAATGGCTACTAAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=202272040;WS=202272022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	202284236	rs113582398	C	CTTAAT	4534.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=25;PP=2358;SC=AACAAGCAAACTTAAAGTGGC;SOR=1.000;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=39;WE=202284244;WS=202284226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	202285100	rs4507084	A	G	2634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=27;PP=1657;SC=ATTTTCTCCTATAAGCGATAG;SOR=1.464;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=86;WE=202285108;WS=202285090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	202325632	rs57250433	G	GT	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=7.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.733;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=2.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr2	202337730	rs1019299	A	G	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.07;QD=24.80;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	202342402	rs12990557	G	T	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=16;PP=1547;SC=TCTCTGGCCTGTCCCATCTGC;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=70;WE=202342410;WS=202342392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	202344179	rs34469362	GT	G	827.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.327;NF=4;NR=17;PP=365;ReadPosRankSum=-0.040;SC=TAATATAAAGGTTTTTTTTTT;SOR=0.788;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=21;WE=202344187;WS=202344169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
chr2	202357949	rs2714482	A	C	3550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	202402250	rs3083390	AAC	A	482.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.617;NF=1;NR=9;PP=390;ReadPosRankSum=0.945;SC=AAAAACAATAAACACATATGT;SOR=1.170;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=10;WE=202402259;WS=202402240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr2	202410147	rs10931955	C	A	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=275;ReadPosRankSum=0.576;SC=AGTGAAATGCCTATTTATTTC;SOR=1.863;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=14;WE=202410155;WS=202410137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr2	202410300	rs10804117	A	T	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.891;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.79;MQRankSum=0.000;QD=21.30;ReadPosRankSum=2.136;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,60:0.91:66
chr2	202410395	.	G	C	326	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=23;MQ=59.04;NF=3;NR=17;PP=326;QD=18.0385606274;SC=AATATATATGGGAAAATATTT;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=20;WE=202410403;WS=202410385;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,20:0.71:28
chr2	202430428	rs35855277	AT	A	506.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=6.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.680;QD=8.45;ReadPosRankSum=-2.328;SOR=1.060;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,47:0.78:60
chr2	202447009	rs13425990	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=350;ReadPosRankSum=-1.122;SC=CACATACATCCAATATACTAT;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=19;WE=202447017;WS=202446999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr2	202468136	rs10205247	T	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=279;ReadPosRankSum=-0.672;SC=TTGTTTCTCATGAAAAATATC;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=18;WE=202468144;WS=202468126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr2	202469361	rs12474206	C	T	5282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=79;PP=2885;ReadPosRankSum=0.977;SC=CCAAATTTGGCGTCTCCTGTG;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=97;TCR=79;TR=176;WE=202469369;WS=202469351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,202:0.99:204
chr2	202469472	rs7572583	A	G	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=36;PP=921;SC=ACATAACTAGATGAAACATCA;SOR=2.004;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=202469480;WS=202469462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	202483923	.	A	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.385;QD=0.83;ReadPosRankSum=-2.377;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,19:0.14:134
chr2	202491995	rs2540450	G	A	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.779;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=21;PP=788;ReadPosRankSum=1.375;SC=GATAAGAAAAGTTGCTGTTAT;SOR=1.078;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=56;WE=202492003;WS=202491985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,62:0.61:101
chr2	202499683	rs56162425	C	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=445;ReadPosRankSum=0.454;SC=AATAGGAGAGCACTAATCTCC;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=112;TCF=40;TCR=72;TR=32;WE=202499691;WS=202499673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,31:0.26:121
chr2	202501448	rs1208081	T	C	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.769;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,23:0.28:82
chr2	202505545	rs56321285	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=102;ReadPosRankSum=0.221;SC=AATGATACTAGTCAATTTTTC;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=10;WE=202505553;WS=202505535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr2	202505740	rs2540424	T	A	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.47;ReadPosRankSum=-0.738;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr2	202507982	rs6723016	T	C	6792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=222;PP=2962;ReadPosRankSum=0.140;SC=CCTTAGTGATTCCCAGCTCGT;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=520;TCF=234;TCR=286;TR=399;WE=202508005;WS=202507972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,310:0.78:397
chr2	202509814	rs3754932	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.396;NF=6;NR=1;PP=111;ReadPosRankSum=-0.723;SC=AATTAATAAATTGCTGCACTT;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=202509822;WS=202509804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr2	202523347	rs2597900	C	T	2192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.736;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=49;PP=1264;ReadPosRankSum=-0.302;SC=CCTTAGTAGACGGCAGCAGAG;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=47;TCR=69;TR=82;WE=202523355;WS=202523337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,95:0.71:134
chr2	202526366	rs62193397	G	A	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=360;ReadPosRankSum=-0.387;SC=CACTTGTGTAGCACTTCCTGT;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=19;WE=202526374;WS=202526356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr2	202528830	rs74887695	A	AT	3677.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=45;PP=2846;ReadPosRankSum=-0.989;SC=TTCATCTATGATTTTTCATGG;SOR=0.723;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=129;TCF=56;TCR=73;TR=81;WE=202528838;WS=202528820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,164:0.75:218
chr2	202531136	rs17384314	G	C	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.666;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=42;PP=1157;ReadPosRankSum=1.066;SC=AATTTAAAATGTGTCTGCATT;SOR=0.476;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=72;WE=202531144;WS=202531126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,81:0.70:116
chr2	202538300	rs11375204	G	GA	1602.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=556;ReadPosRankSum=1.779;SC=AATTAAAAAAGAAAAAAAAAG;SOR=0.760;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=35;WE=202538308;WS=202538290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,79:0.93:85
chr2	202546113	rs1208073	T	C	3035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=30;PP=2007;SC=CAGTCTTGAATCCAGGTCCAA;SOR=1.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=76;TCR=30;TR=105;WE=202546121;WS=202546103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	202549626	rs1812933	A	G	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=4;PP=240;SC=AGCCGAGATCACGCCACTGCA;SOR=1.061;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=17;WE=202549634;WS=202549616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	202549666	rs1812932	A	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=6.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.30;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr2	202549684	rs71025250	GA	G	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.37;ReadPosRankSum=1.607;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr2	202557702	rs6725443	C	T	3955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=91;PP=2638;SC=ACATCTCTGCCGTAGAACAGA;SOR=1.939;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=37;TCR=91;TR=128;WE=202557710;WS=202557692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	202566741	rs7603563	T	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=16;PP=433;SC=ACAGATTTAATTGATTTCACT;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=202566749;WS=202566731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	202566764	rs3731707	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=1.969;SC=TCCCTGTTCCCTTCTAGTTCC;SOR=1.179;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=6;WE=202566772;WS=202566754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr2	202569992	rs3219171	A	T	5223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=98;PP=2965;SC=AATGATACTGATGTCAGAGTG;SOR=0.969;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=82;TCR=98;TR=180;WE=202570000;WS=202569982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr2	202570232	rs3219170	A	G	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	202574825	rs1210940	C	T	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=621;SC=AATCCATCAACAAGAAACAAC;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=202574833;WS=202574815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	202575821	rs3219168	G	A	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	202575907	rs2882231	A	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=135;ReadPosRankSum=-1.255;SC=CACATGAAACACAATCACTAG;SOR=1.148;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=11;WE=202575915;WS=202575897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr2	202580370	rs3219167	G	A	2630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.945;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=24;PP=1784;ReadPosRankSum=0.616;SC=ATGCTCTGCTGTATGTTGAGC;SOR=1.051;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=136;TCF=103;TCR=33;TR=107;WE=202580378;WS=202580360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,114:0.79:144
chr2	202593280	rs3219161	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,25:0.27:93
chr2	202598113	rs2276615	C	T	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.63;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,69:0.68:102
chr2	202606639	rs3731703	G	A	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=64;PP=1619;ReadPosRankSum=1.929;SC=TTATTATGATGTGATTATGAT;SOR=1.120;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=48;TCR=86;TR=100;WE=202606650;WS=202606627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,83:0.71:117
chr2	202608877	rs4673207	C	A	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5472;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=10;PP=778;ReadPosRankSum=0.480;SC=CAGTGCATAGCAAGAAGTAAA;SOR=0.565;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=42;WE=202608885;WS=202608867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,45:0.88:51
chr2	202625615	rs3219156	C	T	6500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr2	202671381	rs2192672	C	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=1.268;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,15:0.22:68
chr2	202672529	rs193603	T	C	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=-1.905;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,42:0.27:153
chr2	202688293	rs4675229	A	G	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=15;PP=878;SC=TGTACTTCGTAATACCTTCTG;SOR=1.524;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=49;WE=202688301;WS=202688283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	202698422	rs66588345	ATCT	A	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=1.345;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr2	202700399	rs34851370	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=0.818;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,14:0.16:89
chr2	202712095	rs917958	A	C	3459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.71;ReadPosRankSum=-0.511;SOR=0.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr2	202737180	rs116483098	A	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.549;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=-1.656;SC=CTGTAGGAAGATGCCTCTGGA;SOR=0.011;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=6;WE=202737188;WS=202737170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr2	202741064	rs2072504	G	A	514.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5084;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=335;ReadPosRankSum=0.927;SC=TTGTTTTCCCGGGACTCTTTC;SOR=0.407;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=20;WE=202741072;WS=202741054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr2	202741247	rs2072503	G	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=1.717;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,22:0.14:154
chr2	202741256	rs4675235	A	T	6570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.52;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	202741269	rs4675236	G	A	6309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.82;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	202741269	.	GCTTTGCCC	ACTTTGCCC,ACTTTGCCG	2292	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=14;MQ=60.0;NF=67,12;NR=60,9;PP=2292,389;QD=18.3210331697;SC=TCACTTGCCCGCTTTGCCCTG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=67;TCR=60;TR=127,21;WE=202741285;WS=202741237;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:127
chr2	202741277	rs2072502	C	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=-3.647;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,25:0.18:139
chr2	202755720	rs59041020	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.618;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr2	202955454	rs1568535	G	C	6968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=91;PP=2965;SC=TGGCTCAGGGGTCAGCAGCTG;SOR=0.926;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=133;TCR=91;TR=224;WE=202955462;WS=202955444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr2	202964528	rs2350722	T	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-1.522;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,38:0.29:133
chr2	202964986	rs6755174	C	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-0.716;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,23:0.21:108
chr2	202965222	rs6726731	A	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.455;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr2	202974360	rs12615065	T	G	4018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=68;PP=2321;ReadPosRankSum=-0.306;SC=CCTCACGATGTGGCCCCACCA;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=110;TCR=88;TR=154;WE=202974368;WS=202974350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,176:0.79:224
chr2	202978198	.	G	GT	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=1.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.36;ReadPosRankSum=-1.944;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,29:0.17:167
chr2	202990704	rs56046075	T	C	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=14;PP=416;SC=TGAGATGGAGTTTCGCTCTTG;SOR=4.294;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=15;WE=202990712;WS=202990694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	203000717	rs7578906	A	T	1035.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.18;ReadPosRankSum=1.090;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,46:0.85:54
chr2	203000729	rs56806886	AA	TT	2552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.55;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	203003066	rs3043926	G	GGTGT,GGT	4842.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.4982,0.5018;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;NF=43,43;NR=14,14;PP=8,2236;SC=ATATGAACTAGGTGTGTGTGT;SOR=2.526;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=57,57;WE=203003074;WS=203003056;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.99:110
chr2	203003085	rs16838883	T	C	6636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=38.59;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr2	203029951	rs7582695	T	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=-1.624;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,12:0.18:65
chr2	203051886	rs6722588	C	T	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=20;PP=558;SC=GGATACCATGCACAGTTGTAT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=203051894;WS=203051876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	203079307	rs3769817	T	C	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=14;PP=373;SC=TTTAGCATTCTTAACAGGTTT;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=203079315;WS=203079297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	203139738	rs11397579	A	AC	292.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=247;SC=AATAGCTTCTACACCTTCATT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=203139746;WS=203139728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr2	203621800	rs16839308	A	C	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=189;ReadPosRankSum=0.195;SC=AACGTGCAACATGAAATCCTA;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=10;WE=203621808;WS=203621794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr2	203630102	rs373287818	CT	C	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=2.424;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,47:0.30:159
chr2	203650558	rs145836386	TA	T	616.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=435;ReadPosRankSum=-0.255;SC=GTGAAAACAATATAAAGTGAT;SOR=0.412;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=12;WE=203650566;WS=203650548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr2	203651278	rs55689177	CA	C	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQRankSum=-2.173;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.800;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr2	203651288	.	AT	A	184.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQRankSum=1.754;QD=3.62;ReadPosRankSum=1.572;SOR=1.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr2	203651289	.	T	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=3.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQRankSum=0.561;QD=1.37;ReadPosRankSum=-1.410;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr2	203651475	rs57934594	A	AT	412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5043;FS=1.670;HP=13;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=183;ReadPosRankSum=0.776;SC=TACATGCATGATTTTTTTTTT;SOR=0.368;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=16;WE=203651483;WS=203651465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr2	203661779	rs6704822	A	G	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=13;PP=386;SC=CAAGTGTTCAATTGACCAAAT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=203661787;WS=203661769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	203680554	rs374333116	TA	T	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=-0.605;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,15:0.25:59
chr2	203690387	rs1344959	G	A	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	203693559	rs4675296	C	G	6389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=125;NR=86;PP=2965;SC=TACATAGAATCCTCAAATTTA;SOR=0.925;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=125;TCR=86;TR=211;WE=203693567;WS=203693549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr2	203748544	rs34788166	A	AT	1161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.282;HP=10;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=36;PP=695;ReadPosRankSum=-0.885;SC=ATTTGTAGAAATTTTTTTTTT;SOR=1.122;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=63;TCF=5;TCR=58;TR=41;WE=203748552;WS=203748534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,65:0.83:78
chr2	203748594	rs10196719	A	G	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=34;PP=926;SC=GGAGTGCAGTAGTGCAATCTT;SOR=2.348;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=203748602;WS=203748584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	203749392	rs3050865	C	CTTT	218.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=211;SC=CTTATTTCTTCCTTTACAATG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=203749400;WS=203749382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	203817257	.	A	AT	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.41;ReadPosRankSum=0.757;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,21:0.16:131
chr2	203820275	rs3731695	T	C	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=1;PP=368;SC=TCTGTAGTTATTGTTAAAATT;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=203820283;WS=203820265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	203880992	rs2351524	T	C	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=7;PP=326;SC=TTTTGCTTTCTTTACTGCTAT;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=203881000;WS=203880982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	203921270	rs4673241	A	G	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=45;PP=1378;SC=TTTACTGAGAACAACTAGGTT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=80;WE=203921278;WS=203921260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	203964456	.	C	CT	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=2.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.43;ReadPosRankSum=1.121;SOR=0.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,23:0.17:137
chr2	203996870	rs6748898	A	G	3338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=74;PP=2255;SC=GAATAAGGCTAATAAAGCTAA;SOR=1.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=45;TCR=74;TR=119;WE=203996878;WS=203996860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	204002809	rs10180815	A	C	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=605;SC=CTCTCAAGCTATTTTGTTTTG;SOR=2.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=27;WE=204002817;WS=204002799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	204036545	rs5837845	C	CT	52.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=69;ReadPosRankSum=0.480;SC=CCTGTTGTACCTTTTTTTTTT;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=204036553;WS=204036535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr2	204054834	rs62182253	G	A	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=120;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=8;PP=833;SC=ACTCCAGCCTGGGCAACAGAG;SOR=2.303;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=41;WE=204054842;WS=204054824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	204054858	.	C	CA	407.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.830;QD=13.59;ReadPosRankSum=3.103;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr2	204054882	rs148174619	TACACACACACACACACACAC	T	2412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=5.873;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;MQRankSum=0.265;QD=41.60;SOR=2.181;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr2	204062061	rs4675323	A	G	11399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=222;NR=200;PP=2965;ReadPosRankSum=0.957;SC=AAAGGCCACCATCCCCAAAAA;SOR=0.273;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=425;TCF=222;TCR=203;TR=422;WE=204062074;WS=204062051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,447:1.00:448
chr2	204090887	rs2351773	C	G	4351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	204110748	rs56317341	G	A	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=6;PP=251;SC=AAGATCGCTTGAGGCCAGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=204110756;WS=204110738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	204111394	rs13015873	T	C	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=2;PP=763;SC=CATTTATTGATACAGTTAATT;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=31;WE=204111409;WS=204111384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	204111398	rs10586509	GTTAA	G	1350.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=1325;SC=TATTGATACAGTTAATTCAGA;SOR=3.056;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=26;WE=204111409;WS=204111384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	204111443	rs6435176	A	G	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=28;PP=1664;SC=TCCAAATTAAATTGATTATTT;SOR=1.233;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=86;WE=204111451;WS=204111433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr2	204116660	rs3731694	A	T	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=26;PP=1618;SC=GATTATTTTGATACAGAAATA;SOR=1.634;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=65;TCR=26;TR=91;WE=204116668;WS=204116650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	204116690	rs2043449	C	T	4240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=49;PP=2426;SC=TCTGTTTCAGCGGACCCTTTT;SOR=1.276;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=93;TCR=49;TR=142;WE=204116698;WS=204116680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	204116887	rs2351771	T	G	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.505;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=51;PP=1283;ReadPosRankSum=1.397;SC=ATAGTATTTATTTTTTGAGTA;SOR=1.308;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=78;WE=204116895;WS=204116877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr2	204154552	rs1048013	C	T	3850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr2	204154686	rs10170454	A	G	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=22;PP=600;SC=TATTTTAGACAGAGGTTTGCT;SOR=2.133;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=32;WE=204154694;WS=204154676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	204206977	rs4675333	C	T	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	204261723	rs3731652	G	C	8781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=180;PP=2965;SC=GCAGGCAGATGCAGTCATCTG;SOR=1.229;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=314;TCF=133;TCR=181;TR=310;WE=204261731;WS=204261713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr2	204305093	rs3814365	T	C	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=1.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	204322298	rs2469953	T	C	5762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr2	204355822	rs2469962	G	A	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=8;PP=669;SC=GAACTTGGTCGAGTTATGCAT;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=204355830;WS=204355812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	204732714	rs231775	A	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=-0.131;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,36:0.18:201
chr2	204732850	rs231776	A	G	4385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=79;PP=2641;SC=CAGCAGTCAAAGGCAGTGATT;SOR=0.964;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=68;TCR=79;TR=147;WE=204732858;WS=204732840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr2	204824178	rs111245028	A	AGT	1028.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.79;MQRankSum=1.135;QD=17.74;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr2	204824283	rs10172036	T	G	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=2.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=-1.162;QD=2.67;ReadPosRankSum=1.464;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,46:0.21:218
chr2	205829991	rs236843	C	T	1936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.45;ReadPosRankSum=0.701;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,88:0.79:111
chr2	205969220	rs2289025	G	A	6654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr2	205978113	rs368750104	CA	C	1389.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=5.185;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.11;ReadPosRankSum=1.639;SOR=1.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr2	205978118	.	GTGT	G,GGT	1373.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.25;ReadPosRankSum=1.057;SOR=1.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,13,21:0.37,0.60:35
chr2	205978347	rs5837953	T	TGATTTGA	5891.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=41;PP=2957;SC=ATGAAAACCCTGATTTGAGCT;SOR=1.078;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=61;TCF=5;TCR=56;TR=46;WE=205978355;WS=205978337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	205986767	rs1434161	C	T	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=465;SC=TTAATTCTCCCTTCATTTAAT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=205986775;WS=205986757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	205990353	rs2276676	C	T	3004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	206036918	rs736320	C	T	5304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=103;NR=68;PP=2888;SC=ATATTGTTTTCCTTTCTTCTG;SOR=0.974;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=103;TCR=68;TR=171;WE=206036926;WS=206036908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	206041366	rs11329569	TA	T	401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=10.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.047;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.074;SOR=2.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
chr2	206364737	rs10197347	T	C	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=475;ReadPosRankSum=-0.437;SC=CAAGGCCATCTGAGTATGACC;SOR=0.385;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=46;WE=206364745;WS=206364727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,62:0.83:75
chr2	206364791	rs11683289	C	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.96;ReadPosRankSum=0.497;SOR=0.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr2	206417900	rs12466943	T	G	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=488;ReadPosRankSum=3.535;SC=TCAATTCCTATAGCAATGTGG;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=27;WE=206417908;WS=206417890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr2	206418032	rs6730102	G	A	3917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr2	206481612	rs35710107	TGA	T	1095.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.84;ReadPosRankSum=0.195;SOR=1.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,35:0.92:38
chr2	206562250	rs849558	C	T	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=20;PP=1218;SC=TTCTTTGGGTCGTTGATTTCT;SOR=1.264;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=50;TCR=20;TR=69;WE=206562258;WS=206562240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	206565500	rs3771051	C	T	3804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=93;PP=2507;ReadPosRankSum=-0.348;SC=TCCAAGGCCACCATCTCTGGT;SOR=0.666;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=76;TCR=122;TR=150;WE=206565508;WS=206565490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,159:0.77:207
chr2	206581033	rs849541	G	A	3384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	206608039	rs849568	T	C	5786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=108;PP=2965;SC=CCCGCCTGGTTAGCAGCCGCT;SOR=0.951;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=92;TCR=108;TR=199;WE=206608047;WS=206608029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
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chr2	206630073	rs35659576	A	AAC	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=1.195;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,8:0.15:55
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chr2	207008675	rs35409448	C	CT	6935.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.283;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=1.318;NF=49;NR=52;PP=2976;ReadPosRankSum=0.236;SC=TACATCCCCCCCTTCATGGCA;SOR=0.958;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=137;TCF=62;TCR=75;TR=101;WE=207008683;WS=207008659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,194:0.75:260
chr2	207008763	rs1127566	C	A	7466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.362;NF=152;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.634;SC=CGCGAGAGAGCGCATCCTCCC;SOR=0.684;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=407;TCF=200;TCR=207;TR=310;WE=207008771;WS=207008753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,335:0.77:437
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chr2	207023620	rs4147708	A	G	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5248;FS=1.991;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=317;ReadPosRankSum=-0.794;SC=AACAAACAGAAGCGTGAGCCA;SOR=1.341;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=17;WE=207023628;WS=207023610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr2	207024886	rs113729178	G	GC	557.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.99;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	207025444	rs11689362	T	C	8810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=211;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=0.993;SC=GGTAAAATCATCTTTGTATAG;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=492;TCF=276;TCR=216;TR=372;WE=207025452;WS=207025434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,397:0.75:526
chr2	207027407	rs35430253	C	CT	2437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.276;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.821;NF=7;NR=26;PP=1212;ReadPosRankSum=-1.029;SC=TTCAACCTTTCCTACAAGACT;SOR=0.789;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=33;WE=207027415;WS=207027397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,69:0.76:91
chr2	207041053	rs3732083	T	C	2907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.710;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=39;PP=1731;ReadPosRankSum=-1.724;SC=TTCTTACTAATTAGGACATAA;SOR=0.955;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=135;TCF=83;TCR=52;TR=108;WE=207041061;WS=207041043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,125:0.80:156
chr2	207041441	rs3732082	G	A	4970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=97;PP=2771;ReadPosRankSum=-0.814;SC=ACTCCACAGTGTCCCGGAAGT;SOR=0.593;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=250;TCF=121;TCR=129;TR=194;WE=207041449;WS=207041431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,222:0.79:281
chr2	207041933	rs3755227	T	C	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.578;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=747;ReadPosRankSum=1.375;SC=AGGAATAGTTTTCAAATTCTT;SOR=1.703;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=40;WE=207041941;WS=207041923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,42:0.74:57
chr2	207169731	rs10932150	G	A	5480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=3.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.91;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,230:0.75:306
chr2	207172627	rs7582864	A	G	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=34;PP=1512;SC=TTTCTGTCCAATCTGTGGCTG;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=83;WE=207172635;WS=207172617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	207174316	rs3732084	T	C	5406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=79;PP=2965;SC=AAGAAGCCAGTCTTCGGAAGG;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=101;TCR=79;TR=180;WE=207174324;WS=207174306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr2	207345826	.	G	A	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=34;QD=17.1928031368;SC=GAAATGAATTGCTATATGATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=4;WE=207345834;WS=207345816;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,4:0.18:22
chr2	207395829	rs2269181	A	G	985.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5438;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=719;ReadPosRankSum=-0.164;SC=ATTAAAATATACAAATGTTTG;SOR=0.608;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=34;WE=207395837;WS=207395819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,37:0.90:41
chr2	207452151	rs3832131	GT	G	829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=22;PP=486;SC=TCATTGGAAAGTTTTTTTTTC;SOR=1.387;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=24;WE=207452159;WS=207452141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	207472573	rs1991537	A	G	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=7;PP=536;SC=TGATAGAGTAATGTTCATTCA;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=207472581;WS=207472563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	207472606	rs5838036	G	GT	692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.65;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	207472683	rs78458117	C	CTA	4642.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=41;PP=2606;SC=TAATCCTAGCCTGTTTTCTGA;SOR=0.946;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=52;WE=207472691;WS=207472673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	207569715	rs16838626	T	C	3310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=77;PP=2020;ReadPosRankSum=-0.836;SC=TTGCAATGTATCTTTGAAGAG;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=176;TCF=68;TCR=108;TR=127;WE=207569723;WS=207569705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,143:0.73:195
chr2	207569803	rs16838630	A	C	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=413;ReadPosRankSum=-0.366;SC=ATTATTGGCTAGCTATTATGA;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=24;WE=207569811;WS=207569793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr2	207570705	rs16838632	A	G	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5605;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=692;ReadPosRankSum=-0.167;SC=ATATGGTGCTATAAGTTCCAA;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=46;WE=207570713;WS=207570695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,49:0.84:58
chr2	207572341	rs16838641	T	G	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=517;ReadPosRankSum=0.220;SC=GTCGCTATTTTCTTTTAAGGG;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=28;WE=207572349;WS=207572331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr2	207610454	rs10532328	CT	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=-1.052;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.746;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr2	207613980	rs13427620	G	A	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=579;ReadPosRankSum=0.613;SC=CCCTGGCTCAGTGGAACTAAG;SOR=0.843;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=35;WE=207613988;WS=207613970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr2	207621759	rs1990849	A	G	6217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=123;PP=2965;SC=TGACATCATAATAAAGCTAAA;SOR=1.174;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=88;TCR=123;TR=211;WE=207621767;WS=207621749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr2	207656613	rs115098389	A	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=-0.533;SC=GAATTGAGCTATCTGCTAAGA;SOR=0.399;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=207656621;WS=207656603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr2	207820276	rs13420911	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=3.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=1.410;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,43:0.20:214
chr2	207824384	rs11903403	T	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=1.345;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,49:0.23:212
chr2	207824548	rs1453168	G	A	2633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=59;PP=1804;SC=TATCCATTCCGGCTCTAAAAA;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=30;TCR=60;TR=89;WE=207824556;WS=207824538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	207824650	rs1453169	A	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=0.083;SC=GTTTAGGCCTAAGGAAGCCTA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=6;WE=207824658;WS=207824640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr2	207825656	rs13397039	A	T	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-1.875;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,71:0.23:309
chr2	207833848	rs7582092	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=1.555;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,24:0.21:115
chr2	207833983	rs7582305	A	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=5.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=0.265;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,34:0.19:180
chr2	207911123	.	AAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAG	A	360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=20.04;ReadPosRankSum=1.112;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr2	207946141	rs2287507	A	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-1.600;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,32:0.21:153
chr2	207946164	rs2287506	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=3.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=-1.110;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,27:0.25:108
chr2	207974818	rs2244923	C	T	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=-1.735;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,55:0.23:240
chr2	207988613	rs2700166	C	T	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=23;PP=998;SC=CTTCAGCCCCCAGCCCTCCTT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=47;WE=207988621;WS=207988603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	207998800	rs2284934	C	T	7147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.90;ReadPosRankSum=-0.891;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,323:0.76:423
chr2	207999021	rs2284933	G	C	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.14;MQRankSum=0.484;NF=15;NR=41;PP=1167;ReadPosRankSum=0.091;SC=ATTACTTCTTGTACTCCAAAG;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=18;TCR=50;TR=56;WE=207999029;WS=207999011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,60:0.83:72
chr2	208031724	rs2269070	G	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=61;ReadPosRankSum=1.085;SC=AGACCTGGTCGGGAGTCCGGC;SOR=0.148;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=5;WE=208031732;WS=208031719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr2	208031796	rs2037893	C	G	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=8;PP=730;SC=TAGAGGGAGCCTAGGTAGACG;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=208031804;WS=208031786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	208031992	rs1269424	T	A	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr2	208447642	rs12478868	A	T	2305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.05;ReadPosRankSum=-1.400;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,102:0.89:115
chr2	208477852	rs2551949	G	A	12169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr2	208477956	rs2709416	C	T	9052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=153;NR=161;PP=2965;SC=GTTCCAGTGTCTGAAGAAGAT;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=315;TCF=153;TCR=162;TR=314;WE=208477964;WS=208477946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr2	208478055	rs17520056	A	G	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=4.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=1.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,48:0.24:199
chr2	208611699	.	CAA	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=1.103;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,8:0.17:47
chr2	208633413	rs4675711	T	C	5050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=101;PP=2965;SC=CCAGCTGCGCTAGGAGCAGCA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=68;TCR=101;TR=168;WE=208633421;WS=208633403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr2	208693261	rs720632	C	G	2744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=48;PP=1576;SC=AAGACTGAAGCCAGCAAGACA;SOR=1.261;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=84;WE=208693269;WS=208693251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	208693307	rs720631	T	C	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=24;PP=612;SC=GTGCAGCTGGTGGCACAATCT;SOR=1.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=208693315;WS=208693297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	208717440	rs10932211	A	G	3394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	208811097	rs10932215	C	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=3.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=0.713;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,38:0.22:175
chr2	208811284	rs10932216	C	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-1.148;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,30:0.27:113
chr2	208841964	rs4441448	A	G	4005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.855;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=72;PP=2243;ReadPosRankSum=0.007;SC=TTGTCAGCTCATTCTGCCGCC;SOR=0.558;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=215;TCF=120;TCR=95;TR=159;WE=208841972;WS=208841954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,181:0.76:239
chr2	208986385	rs2305429	A	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.729;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,25:0.18:140
chr2	208986637	rs2305430	T	C	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.686;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=32;PP=742;ReadPosRankSum=0.422;SC=TGTAGTCCTCTCTCTCATAGA;SOR=0.906;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=183;TCF=89;TCR=94;TR=56;WE=208986645;WS=208986627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,58:0.27:211
chr2	208989037	rs2242074	A	G	2325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQRankSum=-2.335;QD=17.62;ReadPosRankSum=-0.742;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,109:0.83:132
chr2	209007559	rs796287	T	G	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=67;PP=2067;SC=TGAACAGAGATACAGTCGTCT;SOR=1.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=47;TCR=67;TR=114;WE=209007567;WS=209007549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	209010558	rs2854723	A	G	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=4.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.00;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,92:0.71:130
chr2	209010777	rs3214759	GC	G	5212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=99;PP=2966;ReadPosRankSum=-3.294;SC=GGAGTGATTGGCCCCCACTGA;SOR=0.614;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=163;TCF=29;TCR=134;TR=121;WE=209010785;WS=209010765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,242:0.80:301
chr2	209030330	.	G	GT	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.4999;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=25;QD=17.0;SC=TAAGGTCACAGTTTTTTTTTT;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=2;WE=209030338;WS=209030320;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr2	209030572	rs6721025	A	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=4.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=2.417;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr2	209032987	rs62194831	G	A	273.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.6705;FS=4.771;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=139;ReadPosRankSum=0.971;SC=TGGGACAGGGGTGTGAAGAAG;SOR=1.670;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=209032995;WS=209032977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr2	209033138	rs7589065	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=4.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=0.881;QD=3.47;ReadPosRankSum=0.859;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr2	209033173	rs7562540	A	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQRankSum=0.131;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.215;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr2	209035485	rs6435420	T	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=5.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.321;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=273;ReadPosRankSum=0.488;SC=ATTTTGCAGATGAGGAAACTA;SOR=2.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=16;WE=209035493;WS=209035475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
chr2	209035658	rs6748431	C	T	10440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=191;NR=166;PP=2965;SC=AATTTACAATCTCACACCTAC;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=359;TCF=192;TCR=167;TR=357;WE=209035666;WS=209035648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr2	209035849	rs4292037	A	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-1.586;SOR=0.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,10:0.16:64
chr2	209036605	rs10932244	T	C	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.888;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,40:0.25:162
chr2	209036712	rs10804166	T	C	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=1.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-1.281;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,62:0.21:298
chr2	209036778	rs6435421	A	G	5135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=101;PP=2965;SC=AAGGAGAGGCAGAGAGATGAA;SOR=1.253;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=70;TCR=103;TR=171;WE=209036786;WS=209036768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr2	209036888	rs62194836	A	G	1058.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=718;ReadPosRankSum=-0.183;SC=TATTTAATCAACTCAGAATCC;SOR=1.189;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=38;WE=209036896;WS=209036878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,41:0.89:46
chr2	209046162	rs6435425	G	A	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.20;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	209046162	.	GTA	ATG	563	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=24;PP=563;QD=23.7103028793;SC=AATAAAATTGGTATGATTGTT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=209046172;WS=209046152;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	209046164	rs6435426	A	G	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.20;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	209049840	rs10804167	C	T	3678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	209101905	rs57383668	GA	G	957.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=311;SC=TAACGGGAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=16;WE=209101913;WS=209101895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	209138946	rs6705163	C	T	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=650;ReadPosRankSum=1.132;SC=GCTGAATAAGCTGAGCTCCTC;SOR=1.609;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=31;WE=209138954;WS=209138936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr2	209163556	rs7569723	C	T	3781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=92;PP=2259;ReadPosRankSum=1.281;SC=AGAGAATGTTCATGTGACTGA;SOR=0.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=179;TCF=68;TCR=111;TR=147;WE=209163564;WS=209163546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,164:0.82:199
chr2	209168853	rs893256	C	T	4169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=68;PP=2424;ReadPosRankSum=0.759;SC=ACATTGTTGCCATTGAAGGCC;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=118;TCR=84;TR=164;WE=209168861;WS=209168843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,182:0.82:223
chr2	209176807	rs12624141	T	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=1;PP=510;SC=GAGGCATTTTTACCCAAAGCT;SOR=3.352;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=209176815;WS=209176797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr2	209190330	rs2363468	T	C	2839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.728;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=55;PP=1357;ReadPosRankSum=0.037;SC=TTGCTGGAATTGAGGATTGTG;SOR=0.813;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=137;TCF=71;TCR=66;TR=109;WE=209190338;WS=209190320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,127:0.79:160
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chr2	209191099	rs1529978	T	C	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr2	209194696	rs1437414	G	C	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.07;ReadPosRankSum=-1.730;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,50:0.77:65
chr2	209195099	rs1866045	G	A	683.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=512;ReadPosRankSum=0.575;SC=AACTATCACCGTGCTGTAGCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=22;WE=209195107;WS=209195089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,26:0.90:29
chr2	209195133	rs12694109	T	C	986.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.7855;FS=2.471;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=4;PP=602;ReadPosRankSum=-0.403;SC=AGCTGCAGGCTCAGAGCAGCA;SOR=0.343;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=33;WE=209195141;WS=209195123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,40:0.91:44
chr2	209195491	rs112938452	G	GAGA	382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=260;ReadPosRankSum=0.288;SC=TTTTCCTGAGGAGGTTTCCTA;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=209195499;WS=209195481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr2	209199945	rs2363469	A	G	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.7010;FS=1.572;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=16;PP=1336;ReadPosRankSum=-0.234;SC=TGCCTCATAGAATATAGTTGA;SOR=1.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=59;TCR=18;TR=68;WE=209199953;WS=209199935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,69:0.87:79
chr2	209200102	rs35944808	A	G	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=0.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=0.219;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,76:0.20:384
chr2	209201054	rs6744236	T	C	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=17;PP=359;SC=TTTTGTTTCCTGTCACTCTCC;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=209201062;WS=209201044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	209201739	rs7596571	T	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=13;PP=259;SC=TAGTTTAATATGTACTTTAGT;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=17;WE=209201747;WS=209201729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr2	209204714	rs2289171	G	A	2345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.685;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=32;PP=1338;ReadPosRankSum=-1.579;SC=TAATATATAAGTAGACTATTT;SOR=1.042;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=124;TCF=78;TCR=46;TR=94;WE=209204722;WS=209204704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,104:0.76:136
chr2	209209827	rs2304544	G	A	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.52;ReadPosRankSum=1.179;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,104:0.78:133
chr2	209209997	rs2043718	C	T	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=31;PP=755;SC=AGTTTTATTACAGCATTTATC;SOR=2.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=209210005;WS=209209987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr2	209214770	rs2118297	A	G	2454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.93;ReadPosRankSum=2.034;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,114:0.79:145
chr2	209215448	rs994696	A	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.77;ReadPosRankSum=-0.251;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr2	209215586	rs994697	A	G	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.37;ReadPosRankSum=0.004;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,88:0.79:112
chr2	209219190	rs6435453	A	G	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.801;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=649;ReadPosRankSum=-1.897;SC=AGCACTCAATAAAAGTTAACT;SOR=2.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=34;WE=209219198;WS=209219180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,36:0.82:44
chr2	209220157	rs10208191	G	T	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=732;ReadPosRankSum=-1.401;SC=CAGTTCTGTGGCTGTTTAGAC;SOR=1.775;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=33;WE=209220165;WS=209220147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,33:0.82:40
chr2	209224874	rs11357589	CA	C	1723.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.639;NF=11;NR=20;PP=1116;ReadPosRankSum=-1.456;SC=AGCAGTTTGTCAACCAGCATA;SOR=0.552;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=31;WE=209224882;WS=209224864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,54:0.73:74
chr2	209293168	rs962595	C	T	715.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=459;ReadPosRankSum=0.045;SC=TGCAGCAGAACAACAACACTC;SOR=0.399;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=27;WE=209293176;WS=209293158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
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chr2	209345944	.	CTT	C,CT	1263.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.89;ReadPosRankSum=1.558;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,44,34:0.48,0.37:91
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chr2	210659434	rs7603924	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=-1.918;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,12:0.21:57
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chr2	210745681	rs2370838	C	A	8576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=1.954;SC=CTTTCATTTCCTAGGTACTGT;SOR=0.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=293;TCF=172;TCR=121;TR=293;WE=210745689;WS=210745671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,328:1.00:329
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chr2	210874246	rs3738934	T	C	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=12;PP=926;SC=TTTAGTATTATTTAATACTGA;SOR=1.812;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=51;WE=210874254;WS=210874236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr2	210889759	rs6435550	A	G	2899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=26;PP=2071;SC=GTCTCACCCAAAATTCATGCA;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=69;TCR=27;TR=95;WE=210889767;WS=210889749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	211060050	rs2286963	T	G	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=54;PP=1706;SC=TCTGCTAATTTATGTTGCACT;SOR=1.431;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=92;WE=211060058;WS=211060040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	211069438	rs263677	G	A	5073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=108;PP=2965;SC=GTAGAGAATGGTCTCATTTAA;SOR=1.442;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=69;TCR=108;TR=177;WE=211069446;WS=211069428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr2	211074909	rs3764913	T	C	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
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chr2	211163063	rs150329321	TAC	T,TACACACAC	564.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.51;QD=33.22;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,5,12:0.29,0.71:17
chr2	211167132	rs2292300	A	T	3677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=2.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.76;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,163:0.83:196
chr2	211168181	rs35179660	T	TC	509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=261;ReadPosRankSum=-0.994;SC=TCAGTTCCATTTTTGCCTATC;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=9;WE=211168189;WS=211168171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr2	211168346	rs12469767	A	C	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=585;ReadPosRankSum=-2.319;SC=GAGTGGGGTCATCCCTGGCTG;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=48;WE=211168354;WS=211168336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,60:0.67:89
chr2	211302685	rs13420747	T	C	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=1.640;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=444;ReadPosRankSum=0.955;SC=AAAGCATGGCTAAGGGGAAAT;SOR=1.162;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=23;WE=211302693;WS=211302675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr2	211320041	rs59908560	G	GAAA	574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.833;QD=14.02;ReadPosRankSum=-0.369;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr2	211340937	rs3214410	A	AT	886.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.369;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.545;NF=13;NR=9;PP=520;ReadPosRankSum=1.918;SC=CGAATCATGTATTTTTTTAAA;SOR=0.454;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=22;WE=211340945;WS=211340927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,44:0.80:55
chr2	211341204	rs56033100	G	GC	752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=16;PP=714;SC=GAGGGCGGCGGCGGCGCCCAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=17;WE=211341212;WS=211341194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr2	211444533	.	GGT	G	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=4.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.35;ReadPosRankSum=0.971;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,16:0.14:114
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chr2	211456637	.	ACC	GCT	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=119;NR=86;PP=2947;QD=20;SC=CTTGGACAACACCCTCCCTGC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=122;TCR=89;TR=205;WE=211456647;WS=211456627;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,205:0.97:211
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chr2	211473157	rs41272667	C	A	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=1.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=-1.618;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,68:0.23:292
chr2	211481257	rs2287599	C	G	5991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=1.273;SC=CACTGAAAGGCCTCAACAGGT;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=313;TCF=170;TCR=143;TR=231;WE=211481265;WS=211481247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,262:0.74:355
chr2	211504065	rs13409110	G	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=1.130;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr2	211504074	rs13408918	C	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQRankSum=1.010;QD=5.38;ReadPosRankSum=-1.019;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr2	211512655	.	G	C	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=590;ReadPosRankSum=1.253;SC=CTCTATACAAGAATGGTGTCA;SOR=0.656;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=41;WE=211512663;WS=211512645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,45:0.66:68
chr2	211513118	rs4673540	C	T	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=9;PP=876;SC=GGCTACCACTCGAGCTAATGA;SOR=2.208;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=44;WE=211513126;WS=211513108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	211514995	rs34449727	G	T	4406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=99;NR=56;PP=2764;SC=AGCCCCGACTGGAACTATAGG;SOR=1.287;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=99;TCR=56;TR=155;WE=211515003;WS=211514985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr2	211521227	rs58225253	CT	C	1473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.877;QD=12.49;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,104:0.88:118
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chr2	211527827	rs5838215	GT	G	3603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;MQRankSum=0.890;QD=14.19;ReadPosRankSum=0.246;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:32,222:0.87:254
chr2	211532800	.	ATG	A	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-1.119;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr2	211533070	rs10932347	A	G	3674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=63;PP=1804;SC=GAGGGGCAGGATAGAATGTTA;SOR=1.246;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=113;WE=211533078;WS=211533060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	212295590	rs141267844	G	GT	1083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=6;PP=1043;SC=AGGCTTATTGGTTTCTTGTAT;SOR=2.554;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=26;WE=212295598;WS=212295580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	212295875	rs6710946	C	T	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.92;SOR=1.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	212488828	rs146953835	GTC	G	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=10.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQRankSum=-0.933;QD=0.70;ReadPosRankSum=0.000;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,11:0.12:89
chr2	212488870	rs3215298	G	GC	2071.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=41;PP=1934;SC=TTCTTACAAAGAAAAACACAC;SOR=1.919;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=43;WE=212488878;WS=212488860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	212543924	rs4673628	A	G	3211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=44;NR=59;PP=1881;SC=GAAACACCAAAATCAAGGGGA;SOR=1.278;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=44;TCR=59;TR=103;WE=212543932;WS=212543914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	212544024	rs10169970	G	A	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=15;PP=459;SC=TATGGCAAATGACTTTGGTGG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=212544032;WS=212544014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	212569879	rs10221746	T	C	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=3;PP=437;SC=ACAGGGTTTCTCCATGTTGGC;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=212569887;WS=212569869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	212569924	rs10221615	G	A	791.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=582;ReadPosRankSum=-0.601;SC=TGATCCACCCGCCTCAACCTC;SOR=0.653;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=31;WE=212569932;WS=212569914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,32:0.86:37
chr2	212569983	rs6723705	G	A	2955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.63;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	212569994	rs74395874	A	T	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.87;ReadPosRankSum=-0.024;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,69:0.85:81
chr2	212578379	rs67894136	TA	T	1128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=-1.954;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,86:0.71:121
chr2	212587321	rs13002712	G	A	2292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.346;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=67;PP=1543;ReadPosRankSum=-0.215;SC=TTAATGAAACGCTGCCAAAAC;SOR=0.440;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=116;TCF=34;TCR=82;TR=96;WE=212587329;WS=212587311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,96:0.83:115
chr2	212589986	rs35778743	T	C	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	212615516	rs6757068	T	C	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=48;PP=1118;SC=GAAATACTCCTGCTCCTTTAT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=19;TCR=48;TR=67;WE=212615524;WS=212615506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	212989410	rs6723461	G	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.882;SOR=1.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr2	213291199	rs10166403	A	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5085;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.681;NF=6;NR=19;PP=416;ReadPosRankSum=-0.912;SC=TGATATTTTTATTAAATAGTT;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=25;WE=213291207;WS=213291189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,27:0.84:32
chr2	213291226	rs34480397	C	CTCTT	510.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.957;NF=0;NR=10;PP=453;ReadPosRankSum=-0.232;SC=AAACCTCAATCTCTTTATCTC;SOR=1.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=10;WE=213291234;WS=213291216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr2	213872836	rs369935563	TA	T	451.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.640;QD=6.55;ReadPosRankSum=-2.230;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,29:0.42:69
chr2	213872853	rs147995454	TACA	T	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=17;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=343;ReadPosRankSum=-1.361;SC=AAAAAAAAAATACAACAACAT;SOR=0.752;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=21;WE=213872876;WS=213872843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,8:0.12:64
chr2	213872868	rs76705042	A	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=-2.311;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,7:0.15:46
chr2	213886454	rs2291241	A	T	3128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=43;PP=1505;SC=TCTGGTTAGAAAAATGAAAAA;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=50;TCR=43;TR=93;WE=213886462;WS=213886444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	213886647	rs141472671	A	ATTTTATCT	1569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=984;ReadPosRankSum=0.299;SC=ACAGCATAAGATTTTATCTTC;SOR=0.836;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=15;WE=213886655;WS=213886637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,37:0.79:47
chr2	213914343	rs2165444	C	T	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=519;SC=TGGTCATTACCGACTACATAA;SOR=2.468;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=24;WE=213914351;WS=213914333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	213945992	.	G	GA	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=1.512;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,13:0.20:64
chr2	214012405	rs6738070	A	C	6454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=5.023;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.00;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,260:0.97:269
chr2	214012508	rs6709554	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=1.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=-0.953;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,33:0.15:225
chr2	214142631	rs13000409	G	C	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	214228792	rs12469417	C	T	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=10;PP=494;SC=TTGAATTTTACTTTTTAGATT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=214228800;WS=214228782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	214228959	rs4146048	G	A	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=13;PP=880;SC=GATATTTAAAGGTGAGTAAGT;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=214228967;WS=214228949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	214233812	rs6752347	C	A	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=22;PP=635;SC=AGTGTGGAAACAATTTTAATT;SOR=1.118;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43;WE=214233820;WS=214233802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	214239916	.	TATC	T	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=158;ReadPosRankSum=-0.754;SC=ACTCATATGGTATCATTATTT;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=5;WE=214239926;WS=214239906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr2	214261534	rs339815	T	C	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=22;PP=483;SC=ACCCTTTATCTGTGTTCTTTA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=214261542;WS=214261524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	214727150	rs2042790	T	C	2189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.87;ReadPosRankSum=0.199;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,101:0.73:138
chr2	214727221	rs2042791	A	C	3312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=1.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.82;ReadPosRankSum=2.050;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,147:0.75:197
chr2	214727367	rs2042792	C	G	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.458;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=582;ReadPosRankSum=-1.929;SC=GTGCACAGGACCCCTAGAAAT;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=34;WE=214727375;WS=214727357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chr2	215013801	.	G	GTGTA	651.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=5.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.59;MQRankSum=0.000;QD=16.71;ReadPosRankSum=-1.305;SOR=0.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr2	215102929	rs1912207	T	A	5634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.472;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.609;SC=TGTTACCTCATATTGAAGTTG;SOR=0.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=113;TCR=80;TR=192;WE=215102937;WS=215102919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,217:1.00:218
chr2	215593261	rs33960630	C	CT	137.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=-1.643;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr2	215595765	rs6435849	C	G	4450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr2	215595861	rs34664471	G	GA	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=-1.297;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr2	215595872	rs28685662	G	A	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.78;ReadPosRankSum=0.852;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr2	215632095	rs5031005	T	G	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=393;ReadPosRankSum=0.644;SC=ATTTTAGTTGTGAAAGTGAAG;SOR=1.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=19;WE=215632103;WS=215632085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr2	215632125	rs5031007	T	C	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=7;PP=728;ReadPosRankSum=-0.622;SC=AACTTGACTATTTTAAAGTCT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=40;WE=215632133;WS=215632115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,42:0.75:56
chr2	215632164	rs5031010	A	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=3.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.689;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,30:0.27:113
chr2	215645177	rs141351703	GAAAGGTTA	G	676.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.244;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.340;NF=15;NR=1;PP=2468;ReadPosRankSum=0.181;SC=TCATGTCTGTGAAAGGTTAAT;SOR=2.124;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=16;WE=215645192;WS=215645167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr2	215645502	rs28997575	GTGGTGAAGAACATTCAGGCAA	G	6210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.892;NF=21;NR=54;PP=2971;ReadPosRankSum=1.493;SC=TTGCATGAAGGTGGTGAAGAA;SOR=0.830;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=113;TCF=28;TCR=85;TR=75;WE=215645530;WS=215645492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,154:0.72:214
chr2	215657182	.	TAA	T,TA	949.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=-0.762;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,26,35:0.38,0.51:68
chr2	215661680	rs11891694	G	C	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=291;ReadPosRankSum=0.865;SC=TGCAGACTTTGAAAGTTACAC;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=13;WE=215661688;WS=215661670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr2	215661710	rs10498023	T	C	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=821;ReadPosRankSum=-0.206;SC=GTACCATTATTATCAACAAGA;SOR=0.582;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=28;WE=215661724;WS=215661700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,31:0.84:37
chr2	215661716	rs71579844	CA	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.702;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,6:0.15:40
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chr2	215833415	rs4673925	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=1.305;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,14:0.23:61
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chr2	215839570	rs16853022	C	T	6414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.482;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=0.200;SC=CAAGTGCTTCCGTGCTCGGGT;SOR=0.640;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=320;TCF=150;TCR=170;TR=249;WE=215839578;WS=215839560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,278:0.79:351
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chr2	215848034	rs7608150	T	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=282;SC=ATCACCCTGGTTGCTCTTTGA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=215848042;WS=215848024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	215851246	rs7559069	A	G	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=21;PP=1686;SC=ATGGCAATAAATGTCAAAAAG;SOR=2.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=60;TCR=21;TR=81;WE=215851254;WS=215851236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	215851303	rs34351934	A	G	5059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=62;PP=2938;SC=GGCCCCAGCAATGAAGTAATA;SOR=1.088;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=100;TCR=62;TR=162;WE=215851311;WS=215851293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr2	215854156	rs71428357	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=1.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,53:0.18:287
chr2	215862633	rs1326748	C	G	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=29;PP=750;SC=TTACATTGAACTTATGATCGT;SOR=2.891;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=215862641;WS=215862623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	215869066	rs34644785	T	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=269;SC=ACAAGAAAAATCATGTTTGAC;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=13;WE=215869074;WS=215869056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	215875251	rs1409607	A	T	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=42;PP=1231;SC=ATCCATTTCCACATGGCAAAT;SOR=1.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=64;WE=215875259;WS=215875241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	215876118	rs199882016	T	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=257;ReadPosRankSum=-0.051;SC=AGTATTCTTATTGTCATTAAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=13;WE=215876126;WS=215876108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr2	215876166	rs7560008	A	T	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=11;PP=1022;SC=TACTCACTGGAATTTATGGGA;SOR=2.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=52;WE=215876174;WS=215876156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	215876371	rs10198064	T	C	3318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=65;PP=1528;SC=TTCTGTACATTGCCTGTGAGA;SOR=1.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=113;WE=215876379;WS=215876361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	215876589	rs11388414	G	GT	563.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.789;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.437;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr2	215878240	rs7594353	G	A	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.28;SOR=1.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	215878246	rs10192100	C	T	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.31;SOR=1.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	215878264	rs7594270	C	A	3086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	215878433	rs11896277	G	A	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=29;PP=792;SC=AGTAATAATAGTAATTTCATG;SOR=1.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=215878441;WS=215878423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	215880108	rs6753310	C	T	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=419;ReadPosRankSum=2.188;SC=TTCCAAAAGCCGAATAAATGG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=19;WE=215880116;WS=215880098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr2	215890312	rs2177423	A	G	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=241;SC=AAATATTATGAGAAGTGTTAA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14;WE=215890332;WS=215890305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	215890324	rs5838479	G	GT	256.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr2	215890352	rs5838480	GTT	G	580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;MQRankSum=0.558;QD=25.25;ReadPosRankSum=0.164;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
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chr2	215976231	rs2948978	A	T	147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=126;SC=ACAAAAAAAAATTTTTGAAAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=215976239;WS=215976221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr2	216191515	rs6751557	C	T	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=12;PP=807;ReadPosRankSum=-0.115;SC=AAGTGCTGCTCGTGTCTCACA;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=47;WE=216191523;WS=216191505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,52:0.93:56
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chr2	216211655	rs116255553	C	G	4060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=86;PP=2393;ReadPosRankSum=2.472;SC=TGACTGGAACCATTGGCGAGG;SOR=0.648;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=216;TCF=106;TCR=110;TR=168;WE=216211663;WS=216211645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,184:0.79:234
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chr2	216212279	rs4673992	G	C	6017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr2	216213689	rs61469558	A	T	1781.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=27.41;SOR=2.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr2	216248305	rs1250203	G	T	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=28;PP=814;SC=TCGAATGATCGCTTACATGAG;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=216248313;WS=216248295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr2	216256615	rs6709607	T	C	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.567;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=331;ReadPosRankSum=0.980;SC=AAAGGTAAAATCAATATTTCA;SOR=0.307;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=17;WE=216256623;WS=216256605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr2	216257970	rs10168572	T	C	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=1.192;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr2	216262621	rs6725958	A	C	1976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.095;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=40;PP=1000;ReadPosRankSum=1.315;SC=TTTCCAGAGGACTGTTACTGC;SOR=1.072;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=93;TCF=42;TCR=51;TR=71;WE=216262629;WS=216262611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,87:0.78:111
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chr2	216263938	rs3832178	C	CT	1835.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.502;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=1924;ReadPosRankSum=0.131;SC=ACAAGGACAGCTCAGGGCTGT;SOR=1.160;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=32;WE=216263946;WS=216263916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,55:0.77:71
chr2	216269030	.	T	TTTTTTG	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.84;MQRankSum=4.384;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
chr2	216269046	rs56380797	G	T	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.71;MQRankSum=4.465;QD=5.84;ReadPosRankSum=-1.096;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,16:0.21:76
chr2	216269095	rs13306359	C	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=2.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=3.551;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.028;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,31:0.19:159
chr2	216269209	rs1053238	T	G	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.826;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,47:0.25:187
chr2	216269254	rs7589580	T	G	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.708;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=599;ReadPosRankSum=-0.160;SC=GCCTGGGCTGTCCTCTTCGGG;SOR=1.241;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=140;TCF=69;TCR=71;TR=46;WE=216269262;WS=216269244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,47:0.29:160
chr2	216272819	rs7570208	C	G	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=679;ReadPosRankSum=1.117;SC=AAGAGGGGGACGCTTAGCTGA;SOR=0.982;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=36;WE=216272827;WS=216272809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr2	216272900	rs2577301	T	G	6389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.438;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.635;SC=TCCACAGTCGTGTCAGGAGGG;SOR=0.548;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=126;TCR=92;TR=217;WE=216272908;WS=216272890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,244:1.00:245
chr2	216274853	.	A	AACAC	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=1.432;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,10:0.11:90
chr2	216288795	rs11693652	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=3.736;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=194;ReadPosRankSum=-0.103;SC=TAAATGGCTAGAATGCTGGCA;SOR=2.494;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=10;WE=216288803;WS=216288785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr2	216295312	rs1250241	T	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=258;ReadPosRankSum=0.928;SC=TTTTCTTGACTTCCAGAAGTT;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=13;WE=216295320;WS=216295302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr2	216295337	rs7586990	A	G	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.242;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=401;ReadPosRankSum=-0.272;SC=AAGCATGCTGATATACTGGAT;SOR=1.638;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=24;WE=216295345;WS=216295327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr2	216296730	rs113868976	A	AT	2196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.123;NF=8;NR=71;PP=831;ReadPosRankSum=-0.210;SC=GGCAGAACAGATTTTTTTTTT;SOR=0.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=14;TCR=128;TR=79;WE=216296738;WS=216296720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,141:0.61:231
chr2	216296860	rs7567647	G	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=496;ReadPosRankSum=0.508;SC=AGTCAATTCAGTTAAGTGTCT;SOR=0.139;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=29;WE=216296868;WS=216296850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr2	216298084	rs2289202	G	A	7834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.39;ReadPosRankSum=-0.841;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,345:0.81:426
chr2	216298230	rs10202709	C	T	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.644;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=51;PP=1236;ReadPosRankSum=0.776;SC=TAGGTACAAGCTTTTCTAGTT;SOR=0.225;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=90;TCF=27;TCR=63;TR=75;WE=216298238;WS=216298220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,85:0.85:100
chr2	216299281	rs1250246	A	C	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=3;PP=624;ReadPosRankSum=0.402;SC=AAATATAAGCAGTTTTTAAAC;SOR=0.470;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=33;WE=216299289;WS=216299280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr2	216299571	rs10648691	T	TTAC	5630.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.445;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.810;NF=3;NR=75;PP=2921;ReadPosRankSum=-1.455;SC=AAGGAAAACGTTACATTTGCA;SOR=1.358;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=112;TCF=3;TCR=109;TR=78;WE=216299579;WS=216299561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,138:0.76:182
chr2	216299629	rs1250247	C	G	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=33;PP=804;ReadPosRankSum=-0.333;SC=TGAATATTGACGTACATATTT;SOR=0.296;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=55;TCF=5;TCR=50;TR=37;WE=216299637;WS=216299619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,42:0.70:60
chr2	216300482	rs1250259	T	A	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.71;ReadPosRankSum=3.577;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,68:0.70:97
chr2	216808354	rs150285041	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=23;ReadPosRankSum=2.029;SC=GACGAGGTCAGGAGATCGAGA;SOR=0.330;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=5;WE=216808362;WS=216808344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr2	216810468	rs62183184	A	C	5964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr2	216811707	rs1344695	G	T	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	216861273	rs2303845	T	C	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=499;ReadPosRankSum=-0.686;SC=ACAATATCAATTAAAACTTAT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=22;WE=216861281;WS=216861263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr2	216877940	.	C	T	8906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=193;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.056;SC=GATCCCGGCCCGGGCGGCGCA;SOR=0.594;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=449;TCF=206;TCR=243;TR=356;WE=216877948;WS=216877930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,391:0.78:502
chr2	216878008	rs1864253	C	G	6732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.212;SC=CACTCGCACCCGCAGCAGCAG;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=351;TCF=161;TCR=190;TR=265;WE=216878016;WS=216877998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,299:0.76:391
chr2	217002027	.	A	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=411;ReadPosRankSum=-0.629;SC=GTTAATGTTCATGACAATTAC;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=21;WE=217002035;WS=217002017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr2	217012901	rs207906	A	G	4249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.690;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=85;PP=2394;ReadPosRankSum=-0.166;SC=AGGTGACAACAAAAAGTCAGA;SOR=0.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=84;TCR=95;TR=160;WE=217012909;WS=217012891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,185:0.87:212
chr2	217055151	rs12466253	T	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.309;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,23:0.23:102
chr2	217055171	rs12470053	A	G	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=47;PP=1255;SC=CATTCTCAATATGAATAGCAG;SOR=2.406;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=63;WE=217055179;WS=217055161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	217057484	rs1805381	T	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,14:0.18:78
chr2	217069151	rs1438162	A	G	3572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=85;PP=2150;ReadPosRankSum=-2.056;SC=CTGGTGTTCTATGATTGAAGT;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=82;TCR=111;TR=147;WE=217069159;WS=217069141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,158:0.76:209
chr2	217069876	rs2287561	T	G	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=-0.567;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,65:0.24:267
chr2	217148417	rs876771	C	A	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=5.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.544;SOR=1.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,39:0.22:178
chr2	217279850	rs35907255	T	C	4202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=83;PP=2128;ReadPosRankSum=-0.678;SC=TCTTGAGTTATGAGTTAGGTC;SOR=0.753;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=227;TCF=115;TCR=112;TR=172;WE=217279858;WS=217279840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,191:0.78:246
chr2	217280261	rs5838583	GT	G	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.306;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.944;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
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chr2	217329432	.	CA	C	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=10.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.494;QD=1.92;ReadPosRankSum=0.618;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,26:0.29:91
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chr2	217342063	rs205980	A	G	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=455;ReadPosRankSum=-0.014;SC=AAAATTGACTAGTGATGCCCT;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=31;WE=217342071;WS=217342053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,37:0.76:49
chr2	217342773	rs284524	T	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=2.869;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=222;ReadPosRankSum=-1.567;SC=GGGGGCAAATTTTTCAAGATG;SOR=1.942;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=12;WE=217342781;WS=217342763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr2	217343136	rs5838586	G	GC	626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=2.442;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=501;ReadPosRankSum=2.289;SC=ACCTCCCCCAGCCTAGAGCTG;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=14;WE=217343144;WS=217343126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr2	217364013	rs137960636	C	T	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=348;ReadPosRankSum=0.197;SC=CCAAGAAAGTCGGGATCGTCG;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=21;WE=217364021;WS=217364003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr2	217364539	rs284572	C	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=-1.192;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,29:0.16:179
chr2	217498290	rs5838590	C	CGCCGCTGCT	1039.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=1136;SC=CTGCCGCCGCCGCCGCTGCTG;SOR=1.609;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=9;WE=217498298;WS=217498280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	217541582	rs2160549	T	C	11411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.02;QD=26.17;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr2	218577575	rs1835333	T	A	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=334;SC=AGTTTGCATCTGTCACCCACC;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=218577583;WS=218577565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	218604247	rs4672848	A	C	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	218604302	.	G	GA	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=5.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.36;ReadPosRankSum=0.215;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,24:0.16:150
chr2	218604356	rs4294980	G	A	3641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	218694510	rs55877504	CT	C	4040.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=21;PP=1831;SC=TCAAGCCCTGCTTTGAAAAGC;SOR=1.270;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=40;WE=218694520;WS=218694500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	218694512	rs55694913	T	G	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.02;SOR=1.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	218694691	rs10188605	A	G	2736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.37;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	218695102	rs3796028	G	A	4510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr2	218706723	rs918951	G	T	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=14;PP=959;ReadPosRankSum=1.120;SC=AGGGGCCACAGGAGTGGCCAA;SOR=0.564;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=53;WE=218706731;WS=218706713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,53:0.76:70
chr2	218706857	rs918952	T	C	3277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.324;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=62;PP=2230;ReadPosRankSum=1.714;SC=ATGTGGGAGGTTCCAGGACTC;SOR=0.546;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=87;TCR=82;TR=127;WE=218706865;WS=218706847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,136:0.74:184
chr2	218707083	rs60916851	A	AC	385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.793;NF=0;NR=13;PP=477;ReadPosRankSum=1.859;SC=TTCCCCTGAAACTGCTCTTCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=13;WE=218707091;WS=218707073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr2	218712102	rs55763335	A	G	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=422;ReadPosRankSum=0.241;SC=TGGCTAGCATATAGGCTCCTG;SOR=2.910;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=20;WE=218712110;WS=218712101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr2	218712306	rs1004814	C	T	2855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.403;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=55;PP=1693;ReadPosRankSum=-1.583;SC=GGTCTGAAGTCGCTTCCTTTG;SOR=0.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=81;TCR=73;TR=115;WE=218712314;WS=218712296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,125:0.75:167
chr2	218712606	rs1364641	G	A	3359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=58;PP=2265;ReadPosRankSum=0.490;SC=GGGACTGACGGGAGGATCCAG;SOR=0.602;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=152;TCF=86;TCR=66;TR=131;WE=218712614;WS=218712596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,136:0.85:160
chr2	218712726	rs1364642	A	G	4367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=81;PP=2862;ReadPosRankSum=2.353;SC=GCATCAGCATATTGAGTGTTT;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=247;TCF=137;TCR=110;TR=182;WE=218712734;WS=218712716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,188:0.73:259
chr2	218712918	rs3796031	C	T	9531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=4.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.48;ReadPosRankSum=-0.801;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,255:0.71:360
chr2	218712936	rs3796032	C	T	8716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.469;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.545;SC=GTCCCCTTTGCACAGCCTCCC;SOR=0.714;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=324;TCF=168;TCR=156;TR=225;WE=218712944;WS=218712926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,246:0.69:356
chr2	218713282	rs3796033	G	A	6369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.666;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.596;SC=CCCCTCACTGGTGTTGGTGAC;SOR=0.642;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=349;TCF=182;TCR=167;TR=273;WE=218713290;WS=218713272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,285:0.77:372
chr2	218745685	rs10199795	G	A	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=808;ReadPosRankSum=-0.935;SC=TGAGGGGGTCGGAGGTGTTAT;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=253;TCF=124;TCR=129;TR=74;WE=218745693;WS=218745675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,80:0.29:276
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chr2	218940259	rs7423696	C	T	2466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.51;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,113:0.71:159
chr2	219000310	rs2230054	C	T	10620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=202;NR=156;PP=2965;SC=TCTTCCTGCTCTGCTGGCTGC;SOR=0.966;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=360;TCF=202;TCR=158;TR=358;WE=219000318;WS=219000300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr2	219093278	rs60528331	A	G	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=1;PP=381;SC=GCAAAGAAACAAGTGCTCAGC;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=219093286;WS=219093274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	219099260	rs1018288	G	C	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=24;PP=655;SC=TTTCAACTCCGTCCATAAAAA;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=219099268;WS=219099250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	219103313	rs34654904	C	CT	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=-0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=0.298;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	219128506	rs2292549	C	T	4837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=99;PP=2895;SC=CTGTCTCTACCGGGCCCCACT;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=72;TCR=100;TR=171;WE=219128514;WS=219128496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr2	219139573	rs6734242	G	A	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=16;PP=430;SC=TGCTCGTTCTGTTATCTGTCC;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=219139581;WS=219139563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	219140288	rs2292550	G	C	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=42;PP=1346;SC=TGTAGTCCTCGGGGCTGATGG;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=84;WE=219140296;WS=219140278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	219142023	rs2168703	G	A	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=12;PP=854;SC=TCCCTAGTGTGCCGGGGTCCG;SOR=1.656;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=46;WE=219142031;WS=219142013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	219142491	rs2271543	C	T	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=33;PP=2119;SC=AGCTGGGGAACGCCACCAAGT;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=63;TCR=33;TR=96;WE=219142499;WS=219142481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	219142594	rs3817266	C	T	8411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr2	219143229	rs2292551	G	A	9373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=173;NR=153;PP=2965;SC=TTAAGTCTCTGGGACTCACCT;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=326;TCF=173;TCR=153;TR=326;WE=219143237;WS=219143219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr2	219143327	rs2292552	T	C	7336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr2	219144089	rs12987180	G	A	4420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=83;PP=2647;SC=GGACACAGACGGCCGGGCATG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=70;TCR=83;TR=153;WE=219144097;WS=219144079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	219144149	rs12987219	G	A	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=38;PP=953;SC=CCAGCCCCCAGTACTTTCCTC;SOR=1.942;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=55;WE=219144157;WS=219144139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	219144815	rs2045435	T	C	17839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=313;NR=331;PP=2965;SC=TATCACTCACTGCTCTCTCCT;SOR=0.768;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=645;TCF=314;TCR=331;TR=644;WE=219144823;WS=219144805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,689:1.00:689
chr2	219146607	rs7585702	T	C	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	219146868	rs2292554	T	C	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	219146882	rs2292555	G	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=4;PP=63;SC=CACGGGCTGAGGGGGAACCCC;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=219146890;WS=219146858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	219153982	rs34353396	T	C	740.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=12;PP=247;SC=GGTGGGGACCTGAAGTTCTTG;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=18;WE=219153991;WS=219153972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	219153983	rs10707182	GA	G	731.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=499;SC=GTGGGGACCTGAAGTTCTTGT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=219153991;WS=219153972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	219206435	rs62182085	C	G	5566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr2	219206645	rs62182086	A	G	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=37;PP=1775;SC=TGGGATGGGGACAGGGATCAG;SOR=1.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=62;TCR=37;TR=99;WE=219206653;WS=219206635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	219209393	rs1350336	A	G	4402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=38;PP=2965;SC=CCTCCCCAAAACTCTGACCTC;SOR=1.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=100;TCR=38;TR=138;WE=219209401;WS=219209383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	219221982	rs144807145	G	GTC	447.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=4.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.40;ReadPosRankSum=2.071;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,18:0.90:20
chr2	219227756	rs6723716	T	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=-0.803;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,21:0.26:80
chr2	219231807	rs3845833	C	T	3999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	219232354	rs7608923	C	A	3562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=44;PP=2529;SC=AAGGCTCCAGCGCCCCTTAGC;SOR=1.089;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=72;TCR=44;TR=116;WE=219232362;WS=219232344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	219254622	rs2695342	A	G	7638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=152;NR=116;PP=2965;SC=CCCGCCGAGCAGACATCAGAG;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=270;TCF=152;TCR=118;TR=268;WE=219254630;WS=219254612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr2	219257688	rs2045433	T	C	5886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr2	219263277	rs2695344	A	G	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=15;PP=402;SC=CTTCTGGCAGACGCCGCTCCC;SOR=4.407;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=219263285;WS=219263267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	219265094	rs2579958	T	C	4142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=43;PP=1801;SC=GCGCTCCTGTTCGCTCGAGGT;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=94;WE=219265102;WS=219265084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr2	219265136	rs11463820	T	TC	5692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=51;PP=2844;SC=GAGAGGGAACTCTTCGGGGGT;SOR=0.782;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=11;TCR=53;TR=62;WE=219265144;WS=219265126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr2	219266204	rs2252235	T	C	3589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=48;PP=2303;ReadPosRankSum=0.283;SC=TCCTCCTGGCTCAGGGGTTCA;SOR=0.493;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=162;TCF=107;TCR=55;TR=138;WE=219266212;WS=219266194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,151:0.85:177
chr2	219266423	rs2227251	C	A	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=37;PP=770;ReadPosRankSum=0.471;SC=AGGAGAATGGCGCCATCCCTA;SOR=0.763;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=188;TCF=67;TCR=121;TR=55;WE=219266431;WS=219266413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,59:0.30:197
chr2	219267781	rs2227255	C	T	4307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.948;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=1.500;SC=AGCGTCCTCACGTGGATGAGT;SOR=0.443;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=273;TCF=153;TCR=120;TR=200;WE=219267789;WS=219267771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,204:0.76:269
chr2	219267913	rs2227258	A	G	9776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=210;NR=191;PP=2962;ReadPosRankSum=0.736;SC=ATGCAGCCCAATGAACCTGCG;SOR=0.645;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=519;TCF=273;TCR=246;TR=401;WE=219267921;WS=219267903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,425:0.78:547
chr2	219288382	rs4672893	A	G	3458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=86;NR=27;PP=2469;SC=TGCTCCCCCAAGCCCCTGAGC;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=86;TCR=27;TR=113;WE=219288390;WS=219288372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	219288899	rs3731866	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.176;SOR=1.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,16:0.20:79
chr2	219294258	rs6720403	A	C	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=2.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=1.447;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,43:0.19:229
chr2	219295835	rs4674307	G	A	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=34;PP=763;ReadPosRankSum=1.289;SC=ACTTTGGGAGGCTGAGGCGGG;SOR=0.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=49;WE=219295843;WS=219295825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,57:0.77:74
chr2	219296545	rs17572485	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=2.802;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,38:0.21:183
chr2	219296837	rs35716557	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,29:0.15:190
chr2	219305404	rs2305833	G	C	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=20;PP=930;ReadPosRankSum=0.859;SC=AGGTAGCTGTGCACCAGCTAA;SOR=0.577;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=59;WE=219305412;WS=219305394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,64:0.78:82
chr2	219319657	rs6436058	A	G	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	219320207	rs3932856	C	A	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.629;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=2;PP=1122;ReadPosRankSum=1.100;SC=AACCAATCAACTGATGGAAAC;SOR=2.655;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=75;TCF=67;TCR=8;TR=52;WE=219320215;WS=219320197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,41:0.77:53
chr2	219320233	rs139275139	GAAA	G	1761.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=10.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.510;QD=22.02;ReadPosRankSum=-0.028;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,68:0.85:80
chr2	219321692	rs5838699	CA	C	495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.938;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.840;NF=15;NR=7;PP=246;ReadPosRankSum=-1.422;SC=GACTGGATCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.207;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=22;WE=219321700;WS=219321682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr2	219324423	rs199821589	AGTG	A	285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=3.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.479;QD=2.92;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=1.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,14:0.14:98
chr2	219339283	rs549026	T	C	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=13;PP=1176;ReadPosRankSum=-0.199;SC=ATTTGGAGGTTATTTGTCACT;SOR=1.206;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=92;TCF=70;TCR=22;TR=63;WE=219339291;WS=219339273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,69:0.70:99
chr2	219350358	rs141872712	CAAA	C	1786.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=5.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.52;ReadPosRankSum=0.773;SOR=1.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,80:0.78:102
chr2	219353195	rs10932782	C	T	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5024;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=442;ReadPosRankSum=-0.715;SC=ACACAAGAAACACAAATATAC;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=29;WE=219353203;WS=219353185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,33:0.87:38
chr2	219362735	rs114092169	T	C	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.30;ReadPosRankSum=-1.309;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,68:0.82:83
chr2	219433597	rs526897	G	A	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=4.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.19;ReadPosRankSum=-1.627;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,73:0.74:98
chr2	219433888	rs689116	C	A	2607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.630;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=69;PP=1748;ReadPosRankSum=-0.480;SC=CCTTGCCGGACGCCTCTCGCG;SOR=0.402;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=143;TCF=42;TCR=101;TR=100;WE=219433896;WS=219433878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,110:0.71:156
chr2	219445860	rs34214861	GAA	G	1366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=28;PP=1018;ReadPosRankSum=-1.074;SC=CTATGGAAAAGAAATGGGTTT;SOR=0.446;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=29;WE=219445871;WS=219445850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,34:0.81:42
chr2	219447912	rs2952825	A	G	3791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.35;QD=34.47;SOR=1.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	219447950	.	GTGTGTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC	G	1681	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=53;MMLQ=24;MQ=55.81;NF=3;NR=47;PP=1681;QD=33.68;SC=GTGTGTGTGTGTGTGTGTCTC;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=62;TCF=3;TCR=59;TR=50;WE=219447987;WS=219447940;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,50:0.81:62
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chr2	219492924	rs612874	T	C	6110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.461;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.945;SC=ACCAGCTTTGTGGCCAGAGCA;SOR=0.511;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=336;TCF=157;TCR=179;TR=258;WE=219492932;WS=219492914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,283:0.78:365
chr2	219498759	rs7574429	T	G	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=32;PP=1218;ReadPosRankSum=-0.136;SC=AGAGTAGGCATGGTCCTTGGG;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=61;TCR=40;TR=80;WE=219498767;WS=219498749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,95:0.79:120
chr2	219501133	rs2278530	G	A	8607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=182;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.729;SC=AGCCCCTTTGGCCCCTGGCCA;SOR=0.664;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=468;TCF=234;TCR=234;TR=361;WE=219501154;WS=219501123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,384:0.78:494
chr2	219501328	rs1055816	G	A	2258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.053;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=62;PP=1516;ReadPosRankSum=0.027;SC=AAGGGTTGGTGTGCTGGCTTT;SOR=0.298;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=107;TCF=28;TCR=79;TR=87;WE=219501336;WS=219501318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,93:0.82:113
chr2	219508372	rs3770213	A	T	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=2.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.708;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,47:0.20:239
chr2	219508988	rs3770214	T	C	2883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.694;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=56;PP=1808;ReadPosRankSum=-0.815;SC=TCTTCAGCACTCAAGTCAGAA;SOR=0.915;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=157;TCF=79;TCR=78;TR=106;WE=219508996;WS=219508978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,124:0.69:181
chr2	219509618	rs2230115	C	A	4343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=81;PP=2448;ReadPosRankSum=2.821;SC=TAGAGTGGGGCCGGTGTGCCA;SOR=0.576;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=103;TCR=100;TR=165;WE=219509626;WS=219509608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,186:0.80:232
chr2	219513782	rs4674322	T	C	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=3.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.797;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,43:0.26:166
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chr2	219525582	rs6722185	A	G	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=5;PP=623;SC=CCACACAGTAATGCTGACCTG;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=219525590;WS=219525572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	219527005	rs2303561	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,28:0.18:157
chr2	219529348	rs2243911	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=9.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=0.137;SOR=1.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,22:0.22:101
chr2	219532903	rs2556384	C	T	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=-1.225;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,55:0.22:251
chr2	219532905	rs2556385	G	A	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=-1.135;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,55:0.22:254
chr2	219541056	rs2556388	T	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.476;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=76;ReadPosRankSum=1.318;SC=TCTCCCTCTATCTCTGTTCCT;SOR=0.330;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=11;WE=219541064;WS=219541046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,13:0.25:53
chr2	219545309	rs2303565	T	C	2239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FS=2.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.200;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:428,150:0.26:578
chr2	219555262	rs1344642	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=3.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=-0.907;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,34:0.17:201
chr2	219558193	rs55996799	C	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.369;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=102;ReadPosRankSum=-0.092;SC=ATTTGAGACACCCCCTTGGAA;SOR=0.387;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=13;WE=219558201;WS=219558183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr2	219562675	rs1863704	G	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=-1.600;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,52:0.21:253
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chr2	219609995	rs2272190	G	C	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=3.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=0.782;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,34:0.26:133
chr2	219610433	rs586194	A	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=1.496;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,26:0.29:91
chr2	219612282	rs2272188	A	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=-0.144;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,15:0.19:78
chr2	219618237	rs6436073	A	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=129;ReadPosRankSum=0.768;SC=GCTGGAGGGTACCAAGACCCC;SOR=0.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=12;WE=219618245;WS=219618227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr2	219618497	rs6757772	T	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr2	219618708	rs55900247	T	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=103;ReadPosRankSum=0.454;SC=GTAAATAGAATTTTTTTTATG;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=9;WE=219618716;WS=219618697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
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chr2	219692527	rs11385903	G	GC	6735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=51;PP=2936;SC=ATCACCAACAGCCCTTTCCGG;SOR=0.786;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=73;WE=219692535;WS=219692517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
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chr2	219920037	rs394452	A	G	7704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=154;NR=106;PP=2965;SC=CCTCCCCCGGAGTCCAGCTGC;SOR=1.011;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=260;TCF=154;TCR=106;TR=260;WE=219920045;WS=219920027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr2	219920412	rs3731881	A	G	6323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=101;PP=2965;SC=TCAGCCTGTGAGGCTCGCGGT;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=115;TCR=101;TR=216;WE=219920420;WS=219920402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr2	219922073	rs34694069	G	GC	2938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=15;PP=2323;SC=CCCCGGGCGGGCTCTTCACCT;SOR=2.026;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=53;WE=219922081;WS=219922063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	219923410	rs71974827	G	GAGA	8464.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=44;PP=2971;SC=AGCTGACTCTGAGAAGAAGCT;SOR=1.149;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=99;TCF=39;TCR=60;TR=81;WE=219923418;WS=219923400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr2	219941063	rs897477	G	A	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
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chr2	220022176	rs6436120	C	T	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=247;SC=CCCAACCCCACATTCGAATTA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=220022184;WS=220022166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	220022435	rs2030452	G	C	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr2	220028900	rs6753739	A	G	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=22;PP=1077;SC=AGAACTGATCAGGCCACACTG;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=69;WE=220028908;WS=220028890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	220033830	rs3795986	A	G	4189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=69;NR=71;PP=2372;SC=GGAGGCTAGGAAAAGTTTGGG;SOR=0.962;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=69;TCR=71;TR=140;WE=220033838;WS=220033820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	220033956	rs6436121	T	C	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.41;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	220037393	rs4674361	A	G	3873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=64;PP=2341;SC=AAGTGAAAGGAGCACCGGGCT;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=68;TCR=64;TR=132;WE=220037401;WS=220037383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr2	220037666	rs1127102	A	G	4961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.57;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr2	220037756	rs1043160	A	G	6486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr2	220040330	rs1127101	A	G	5718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=25.19;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr2	220041091	rs6436123	G	A	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=52;PP=1621;SC=TGAAGGGCACGGAAAGGTATG;SOR=1.533;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=82;WE=220041099;WS=220041081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	220041433	rs6436124	C	A	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=19;PP=1320;SC=CCGCTCAGGCCGGGAGGGGCG;SOR=1.981;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=73;WE=220041441;WS=220041423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	220041455	rs6436125	C	T	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=31;PP=1969;SC=GCCGGGAGGCCGGGGAGGGGG;SOR=1.848;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=106;TCF=72;TCR=34;TR=103;WE=220041463;WS=220041445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	220046349	rs2272017	G	C	5659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=72;PP=2965;SC=GTTCATCCTGGTTCTCCTGCC;SOR=0.873;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=105;TCR=73;TR=177;WE=220046357;WS=220046339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	220046975	rs3731900	C	A	11434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=25.99;ReadPosRankSum=-0.681;SOR=0.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,439:1.00:440
chr2	220047393	rs3731901	C	T	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=38;PP=1085;SC=GTAGGGCTTCCTGGCTAGGAG;SOR=1.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=54;WE=220047401;WS=220047383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	220071803	rs6714820	C	G	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.41;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	220071879	rs66491679	TG	T	464.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.34;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	220072766	rs4674366	G	T	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=41;PP=1605;SC=GCAGGGTAATGGCAGCCAAGT;SOR=0.934;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=74;WE=220072774;WS=220072756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	220072852	rs4674367	C	T	3535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=33;PP=2465;SC=AGCTTCAACCCTACCCTGTCG;SOR=1.951;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=77;TCR=34;TR=110;WE=220072860;WS=220072842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	220078496	rs2139823	T	C	4636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=97;NR=66;PP=2965;SC=GACACAGGCCTCAGGCCCCCT;SOR=1.083;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=164;TCF=97;TCR=67;TR=163;WE=220078504;WS=220078486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr2	220082365	.	C	CA	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.623;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
chr2	220083279	rs1109866	C	T	4080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr2	220083453	rs1109867	G	T	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=8;PP=251;SC=GGCCGGGACTGGTCACTCGGA;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=220083461;WS=220083443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	220085845	rs2276633	A	G	12527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=228;NR=229;PP=2965;SC=CATGCAGGGCAGTGGTCTCAG;SOR=0.726;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=458;TCF=229;TCR=229;TR=457;WE=220085855;WS=220085835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr2	220088248	rs908196	A	G	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=6;PP=481;SC=CGGTTTTCCCAAAGACACTGT;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=220088256;WS=220088238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	220089590	rs3216709	T	TG	3812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=53;PP=2457;SC=CGGGGTGGGGTGGGGAAGAGA;SOR=1.096;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=8;TCR=58;TR=61;WE=220089598;WS=220089580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	220089685	rs2276637	G	C	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=27;PP=895;SC=TTAAGAGACAGTTCCTGATTT;SOR=1.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=220089693;WS=220089675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	220113242	rs7601549	T	G	12929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=194;NR=232;PP=2965;SC=TGGAGGCGCTTCAGCCCCCAG;SOR=1.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TCF=195;TR=426;WE=220113253;WS=220113232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr2	220113384	rs8447	G	A	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=50;PP=1431;SC=CTTACACTTGGGGGTAGCGGG;SOR=4.029;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=53;WE=220113392;WS=220113374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	220115212	.	C	T	5194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=1.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-1.428;QD=13.49;ReadPosRankSum=-2.115;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,259:0.67:385
chr2	220118531	rs939574	G	C	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	220135208	rs2891733	C	T	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=38;PP=1045;SC=GCACTCTGATCGGGGGGCCAA;SOR=3.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=44;WE=220135216;WS=220135198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	220136155	rs7594971	T	C	16384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=332;NR=277;PP=2965;SC=CATCTGCCACTGCAACCTAGA;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=609;TCF=332;TCR=277;TR=609;WE=220136163;WS=220136145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,613:1.00:613
chr2	220136351	rs3731892	G	A	13049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.182;NF=199;NR=232;PP=2965;ReadPosRankSum=1.744;SC=CTGCAGAAAAGGTATACCACG;SOR=0.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=431;TCF=199;TCR=232;TR=431;WE=220136359;WS=220136341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,470:1.00:471
chr2	220136371	rs3731894	T	C	11280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=184;NR=206;PP=2965;SC=GAGCAGCTGTTGGTGGCAGAG;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=390;TCF=184;TCR=206;TR=390;WE=220136379;WS=220136361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr2	220166611	rs115941911	A	G	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=1.370;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr2	220168332	.	C	T	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=1.434;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,39:0.22:177
chr2	220239534	rs3731904	G	A	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=12;PP=728;SC=GCACTAGAGGGGAAGCAGCCC;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=220239542;WS=220239524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	220239561	rs3731905	C	G	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=15;PP=955;SC=CAGAGAGGGTCTGGGGTGGGT;SOR=1.284;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=56;WE=220239569;WS=220239551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	220246218	rs6436148	T	C	7023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr2	220249299	rs5838737	C	CT	1796.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.08;NF=1;NR=54;PP=968;SC=TTTGTTTTTTCTTTTTTTTGA;SOR=2.568;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=101;TCF=1;TCR=100;TR=55;WE=220249307;WS=220249289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	220249329	rs2002892	C	T	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=39;PP=1105;SC=TCGCTCTTGTCGCCCAGTCTG;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=46;WE=220249337;WS=220249319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	220250147	rs907679	A	G	4364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=55;PP=2335;SC=AGTCCTCACCACAGGCTGGGT;SOR=0.979;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=90;TCR=55;TR=145;WE=220250155;WS=220250137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr2	220250322	rs878437	C	A	6355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=97;NR=103;PP=2965;SC=GGGACTCTGCCGCCCTCCCCA;SOR=0.898;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=97;TCR=103;TR=200;WE=220250330;WS=220250312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr2	220250826	rs2271456	G	A	3993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=63;NR=81;PP=2325;SC=GGGCACTGCAGCCAGCCAGGC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=63;TCR=81;TR=144;WE=220250834;WS=220250816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr2	220250897	rs11352428	AG	A	1816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=35;PP=1714;SC=CAGACTAAGCAGGGTGGTCCT;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=43;WE=220250905;WS=220250887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	220251178	rs2271457	T	C	5486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=93;NR=100;PP=2742;SC=CATGACGATATGTGGAGATGA;SOR=0.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=93;TCR=100;TR=193;WE=220251186;WS=220251168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr2	220251208	rs1040009	T	C	2812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.316;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=61;PP=1894;ReadPosRankSum=0.937;SC=TACTCATAAGTAACAGACAGC;SOR=0.506;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=144;TCF=62;TCR=82;TR=110;WE=220251216;WS=220251198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,119:0.74:160
chr2	220252287	rs138394024	CTCG	C	6694.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=49;PP=2969;SC=TGACTCCTCTCTCGCACCCAC;SOR=1.041;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=73;WE=220252297;WS=220252277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	220264412	rs13018645	A	G	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.796;NF=19;NR=16;PP=515;ReadPosRankSum=-1.777;SC=GATGAGTATTATTCTGTTAAG;SOR=0.454;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=35;WE=220264420;WS=220264402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,45:0.78:58
chr2	220264543	rs58721028	C	CAT	5811.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=28;PP=2466;SC=TGCCTAGGAACGTGTCTGCAC;SOR=1.196;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=51;WE=220264551;WS=220264533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr2	220283259	rs1318299	A	G	4314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	220283277	rs2017800	T	C	5079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=97;NR=64;PP=2701;SC=CCCCGCTGAGTTCGCCCGTGT;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=97;TCR=64;TR=161;WE=220283285;WS=220283267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr2	220283826	rs907677	T	G	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
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chr2	220285309	rs1058261	C	T	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.790;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,82:0.25:322
chr2	220285666	rs12920	G	C	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=2.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-1.085;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:316,82:0.21:398
chr2	220286142	rs1058284	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=2.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=0.629;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,43:0.18:244
chr2	220306413	rs4674398	G	T	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	220308581	rs10932805	A	C	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=14;PP=1511;SC=GGGGGTCCCCAGTGCTGGGCA;SOR=2.406;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=52;TCR=14;TR=66;WE=220308589;WS=220308571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	220316579	rs4674399	C	T	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	220330642	.	TGTGCGCGC	T	3219.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.911;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.24;MQRankSum=1.062;QD=25.35;ReadPosRankSum=1.938;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,123:0.97:127
chr2	220330644	.	TGCGCGCGTGTGC	T	2246	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=20;MQ=61.68;NF=41;NR=45;PP=2246;QD=26.3255813953;SC=CGTGTGTGTGTGCGCGCGTGT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=86;WE=220330669;WS=220330634;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,86:0.93:92
chr2	220330657	rs68012340	GTGCA	G	3408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.959;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.92;MQRankSum=1.002;QD=24.52;ReadPosRankSum=0.997;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,135:0.97:139
chr2	220333950	rs10167209	T	C	8795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr2	220337196	rs1039897	G	A	767.98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.869;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=543;ReadPosRankSum=-1.141;SC=AGCTTTGCCCGTCTTCTCTCC;SOR=2.566;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=26;WE=220337204;WS=220337186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,29:0.91:32
chr2	220341935	rs201853159	A	AG	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=26.25;ReadPosRankSum=-0.595;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr2	220341937	.	G	GGCGGGGCCTGGTACAGCGGC	1373	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=1373;QD=350.0;SC=AGGAGATGAGGCCCTGGCCCC;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=4;WE=220341945;WS=220341927;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr2	220341938	.	C	CGGGGCCTGGTACAGCGGCT	414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=37.70;ReadPosRankSum=0.199;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr2	220346596	rs3731906	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=331;ReadPosRankSum=1.258;SC=GAAACAGGCTCTAATCAGTGA;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=18;WE=220346604;WS=220346586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr2	220348751	rs10755037	C	T	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=2.514;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:577,113:0.16:690
chr2	220353104	rs875097	A	G	4270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=67;PP=2965;SC=GGGAGGGGCTAGGCCGGAGTG;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=72;TCR=68;TR=139;WE=220353112;WS=220353094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	220353532	rs13026308	C	A	6240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=126;NR=94;PP=2965;SC=TCCAGAGGTACCCCAGACCTA;SOR=0.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=126;TCR=94;TR=220;WE=220353540;WS=220353522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr2	220356806	rs907146	C	T	10166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=193;PP=2965;SC=GGTCTGCATACGTCAATCAAG;SOR=0.797;Source=Platypus;TCF=195;WE=220356814;WS=220356796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr2	220361265	rs2385541	A	G	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=31;PP=1011;SC=ACTCTTGAGTAGGGTTTGAGT;SOR=2.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=220361273;WS=220361255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	220362899	rs2029251	C	G	10527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=175;NR=186;PP=2965;SC=TCGCTCGCGTCGACGTGGCCT;SOR=0.817;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=361;TCF=175;TCR=186;TR=361;WE=220362907;WS=220362889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr2	220366953	rs2385539	G	C	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=10;PP=1504;SC=AAGTAGGGAGGGGGAGGGCAG;SOR=3.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=60;WE=220366961;WS=220366943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	220371181	rs10932808	T	A	4073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.150;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=90;PP=2597;ReadPosRankSum=-0.757;SC=GGGGAACCCCTCAGCTGATGG;SOR=1.052;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=57;TCR=90;TR=146;WE=220371189;WS=220371171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,155:0.99:156
chr2	220379560	rs3731909	C	G	15562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=293;NR=268;PP=2965;SC=CTGGAGCAGCCCCCCGAGACC;SOR=0.754;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=563;TCF=295;TCR=268;TR=561;WE=220379568;WS=220379550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,604:1.00:604
chr2	220380125	rs1872858	G	A	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=32;PP=1037;SC=TCCTCAACAGGGCTTCCCTTC;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=220380133;WS=220380115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	220397811	rs6731344	T	C	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=59;PP=1434;SC=TCAGTGGGGTTGGGGAGAGGT;SOR=2.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=23;TCR=59;TR=82;WE=220397819;WS=220397801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	220399951	rs2276643	A	G	2993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	220400061	rs138860330	GT	G	1715.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.85;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	220400064	rs60623120	T	G	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.12;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	220400159	rs150579390	TTGTG	T	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=6;PP=295;SC=GTGTATGTGTTTGTGTGTATG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=220400170;WS=220400149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	220401663	rs72969461	C	T	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=7;PP=1282;SC=TTGGGGAGTCCGGGGGGTAGT;SOR=3.442;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=46;TCR=7;TR=53;WE=220401671;WS=220401653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr2	220401751	rs2385538	G	A	6338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr2	220402665	rs6436153	C	A	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.08;ReadPosRankSum=-0.795;SOR=2.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr2	220404381	rs1976616	A	G	5969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=107;NR=92;PP=2965;SC=GGGCTGCCACATAGTCGGAGT;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=107;TCR=93;TR=199;WE=220404389;WS=220404371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr2	220404648	rs1043833	C	T	4615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=76;NR=77;PP=2322;SC=CCATGAGGCGCAGTGGTGAGG;SOR=0.869;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=78;TCR=77;TR=153;WE=220404656;WS=220404638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr2	220404726	rs1043832	G	A	3918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=63;PP=2113;SC=GCTCTGCCACGTGGGCCTTGA;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=134;TCF=70;TCR=64;TR=133;WE=220404734;WS=220404716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr2	220405230	rs6436154	G	A	7391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=132;PP=2965;SC=AGGAGAAAGCGTGCTGCTCCG;SOR=0.933;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=123;TCR=132;TR=253;WE=220405238;WS=220405220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr2	220405321	rs6436155	T	C	8377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=148;NR=151;PP=2965;SC=AGCAGCTGCCTGGTCCCCATC;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=300;TCF=148;TCR=152;TR=299;WE=220405329;WS=220405311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr2	220406722	rs3731912	T	C	8244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=145;NR=108;PP=2965;SC=GCTCCTCGCCTAGCGTCACCA;SOR=0.878;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=254;TCF=146;TCR=108;TR=253;WE=220406730;WS=220406712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr2	220406944	rs7581251	G	A	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	220407918	rs10932810	G	T	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.48;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr2	220409701	rs10932811	C	T	3911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=75;PP=2346;SC=CTCTGAATCCCTCTACCATCA;SOR=1.324;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=54;TCR=75;TR=129;WE=220409709;WS=220409691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	220412256	rs8179770	T	C	7093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr2	220413661	rs12996466	C	T	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=9;PP=1154;SC=AGCCTAGCAACCTTCCATAAA;SOR=2.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=51;WE=220413669;WS=220413651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	220414016	rs6436156	C	T	6403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.86;SOR=1.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	220414019	rs13023533	T	C	6371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.87;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	220415595	rs146790993	GGA	G	6985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=67;PP=2973;SC=ATGGGGCTGGGGAGAGAAGGG;SOR=0.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=13;TCR=69;TR=79;WE=220415604;WS=220415585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	220415646	rs1043582	T	C	3153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=54;PP=1750;SC=TGGACACCAGTACACAAAGAG;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=46;TCR=54;TR=100;WE=220415654;WS=220415636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	220415752	rs6745782	C	T	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=14;PP=554;SC=GGGCACAGCGCGGCACCTGAA;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=220415760;WS=220415742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	220416164	rs6761575	T	C	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=11;PP=519;SC=CACCCCAAGTTCTGGAAAGCC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=220416172;WS=220416163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	220416570	rs4672931	C	T	2781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=46;PP=1616;SC=GCATGGCCCCCAGGAGGAGAG;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=92;WE=220416578;WS=220416560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	220416591	rs4672932	C	T	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.90;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	220416803	rs4672933	A	T	7926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr2	220416942	rs34490902	G	C	5322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=108;PP=2827;SC=TTCTTCCCTGGGGGTGAGGGG;SOR=1.051;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=83;TCR=108;TR=191;WE=220416950;WS=220416932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr2	220417228	rs60549465	G	T	4131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=63;PP=2410;ReadPosRankSum=-1.053;SC=GGGCAGCGAGGGGCCCGAAAG;SOR=0.293;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=86;TCR=63;TR=148;WE=220417236;WS=220417218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,154:0.99:155
chr2	220417266	rs59332477	C	T	5247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr2	220419236	rs10932813	T	C	4728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=95;NR=63;PP=2472;SC=GGGAATCCGCTGTGAAGGAGA;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=95;TCR=63;TR=158;WE=220419244;WS=220419226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr2	220419339	rs10932814	T	C	6491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=118;NR=109;PP=2965;SC=TGGATACAGCTGTACTCCACC;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=118;TCR=109;TR=227;WE=220419347;WS=220419329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr2	220420785	rs3087971	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.339;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,32:0.16:204
chr2	220420956	rs10932816	A	G	5685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=101;NR=91;PP=2965;SC=CGAGACACACATCCTGGCCTT;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=103;TCR=91;TR=192;WE=220420964;WS=220420946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr2	220421417	rs1983210	C	G	5148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.614;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.008;SC=GTGGTGTCAGCTCCGAGACCA;SOR=0.571;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=291;TCF=119;TCR=172;TR=217;WE=220421425;WS=220421407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,230:0.74:310
chr2	220421456	rs1983211	C	A	3683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=88;PP=2309;ReadPosRankSum=1.649;SC=CTAAGGGGCACGGTAAGGCAG;SOR=0.528;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=192;TCF=71;TCR=121;TR=144;WE=220421464;WS=220421446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,156:0.76:204
chr2	220421479	rs13010015	A	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=8.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=-0.611;SOR=1.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,31:0.21:148
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chr2	220427428	rs55904205	GA	G	801.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=3.257;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.498;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,34:0.22:152
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chr2	220428381	rs2303543	A	T	7902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=183;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.915;SC=CATTGCACAGACACCCCCGCA;SOR=0.652;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=424;TCF=179;TCR=245;TR=321;WE=220428389;WS=220428371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,342:0.76:451
chr2	220430203	rs1039898	C	T	13486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=179;NR=289;PP=2965;SC=CAACGACACCCTGTCCTGGGG;SOR=1.342;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=468;TCF=179;TCR=289;TR=468;WE=220430211;WS=220430193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr2	220431919	rs4674412	A	G	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.01;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=22;PP=1081;SC=GCGGATGGCAAGCCTGTGAGA;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=220431927;WS=220431909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	220432709	rs2292360	A	T	9408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=192;NR=214;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.245;SC=GCGGACAGGAATCCATCAACC;SOR=0.733;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=551;TCF=265;TCR=286;TR=406;WE=220432717;WS=220432699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,431:0.75:576
chr2	220435034	rs10180675	A	G	20876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=785;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=358;NR=372;PP=2965;SC=CCTGGCAGTAAAGCACCTTGA;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=732;TCF=359;TCR=373;TR=730;WE=220435042;WS=220435024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,782:1.00:782
chr2	220435375	rs1061399	G	A	4275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=71;PP=2641;ReadPosRankSum=1.285;SC=AGGATGCGCAGTGCCAGGCTC;SOR=0.832;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=230;TCF=133;TCR=97;TR=173;WE=220435383;WS=220435365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,183:0.77:239
chr2	220437081	rs35118453	C	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=4.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=2.499;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,24:0.28:86
chr2	220439678	rs12720063	C	T	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=701;ExcessHet=3.0103;FS=0.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.260;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:547,153:0.22:700
chr2	220462640	rs681747	G	T	6369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=1.779;SC=CAGACGGGGAGGTTCGGTATG;SOR=0.358;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=231;TCF=139;TCR=92;TR=230;WE=220462648;WS=220462630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,243:1.00:244
chr2	220466199	rs620698	G	T	3432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=54;PP=2029;SC=TGTGCAAGGAGCCCAAGAGAA;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=59;TCR=54;TR=113;WE=220466207;WS=220466189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	220466344	rs11405075	G	GT,GTT	1184.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.346;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=13.31;ReadPosRankSum=-0.951;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:16,39,34:0.44,0.38:89
chr2	220466634	rs144085726	C	T	2051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.65;ReadPosRankSum=-1.133;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,93:0.85:110
chr2	220470622	rs111508481	A	G	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=768;ReadPosRankSum=2.407;SC=CATGCACCACACTCACTTGCG;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=45;WE=220470630;WS=220470612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,51:0.78:65
chr2	220471116	rs633200	C	G	12947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=200;NR=262;PP=2965;SC=GGACCTGGACCCTGCTTACTG;SOR=1.025;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=464;TCF=201;TCR=263;TR=462;WE=220471124;WS=220471106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr2	220476443	rs627530	C	T	11526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=217;NR=167;PP=2965;SC=CCTTCTCCGTCTGCCAGCCCT;SOR=0.897;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=387;TCF=219;TCR=168;TR=384;WE=220476451;WS=220476433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr2	220476645	rs581547	T	C	6321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=111;PP=2965;SC=GGGGCTGCCATGGGCAGGCTG;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=104;TCR=111;TR=215;WE=220476653;WS=220476635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr2	220479312	rs624773	T	C	4860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.58;ReadPosRankSum=-1.639;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,188:0.99:190
chr2	220480639	rs640807	T	C	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=39;PP=1093;SC=GGGAGTGACATGGGCCTGGGG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=79;WE=220480647;WS=220480629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	220480693	rs665845	G	C	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=28;PP=1458;SC=TGAGGCCTTCGCAGAGACCTC;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=65;WE=220480701;WS=220480683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	220494118	rs597306	A	C	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=35;PP=1043;ReadPosRankSum=1.102;SC=GAGCCCCCCCACTCAGGGACC;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=61;WE=220494126;WS=220494107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,66:0.94:70
chr2	220495167	rs612078	A	C	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=21;NR=28;PP=851;SC=GTCCCCTGCTAAGGGCTGAGT;SOR=1.199;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=220495175;WS=220495157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	220500423	rs589767	A	G	6658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.39;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	220500426	rs639214	A	G	6683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.86;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr2	220502137	rs621515	C	T	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=6;PP=830;SC=TGTGTGTGTTCTGTGTGTTCT;SOR=2.409;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=220502145;WS=220502127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	220502367	rs635311	A	C	10294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=176;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.395;SC=GGGTCCCTGGATGCTGGTCTG;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=358;TCF=181;TCR=177;TR=356;WE=220502375;WS=220502357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,384:0.99:386
chr2	220505265	rs684428	T	C	15098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=273;NR=259;PP=2965;SC=GTCCCAGCGTTTGTTGCTCAT;SOR=0.725;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=532;TCF=273;TCR=259;TR=532;WE=220505273;WS=220505255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,569:1.00:569
chr2	220586367	rs368069746	AAG	A	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.122;QD=2.40;ReadPosRankSum=-1.225;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,14:0.19:75
chr2	220771223	rs4674470	C	T	5408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=90;NR=91;PP=2926;SC=AAGATGCCCCCAGGTGACATC;SOR=0.847;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=90;TCR=91;TR=181;WE=220771231;WS=220771213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr2	220771290	rs4674471	G	A	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=54;PP=1591;SC=TGTGCATTTTGCCAGGGAAAC;SOR=1.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=25;TCR=54;TR=79;WE=220771298;WS=220771280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	220771310	rs4674472	A	G	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=42;PP=1332;SC=CCAGAGTTGCACGATTTCTAT;SOR=2.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=58;WE=220771318;WS=220771300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	220771378	rs4674473	A	G	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=418;SC=GCATATGTGTATGGCATGCCT;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=220771386;WS=220771368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	222290829	rs35860178	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.949;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,41:0.22:188
chr2	222290902	rs2303901	A	G	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=44;PP=1333;SC=AAGAAGTCACAGGGACTGACA;SOR=1.218;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=74;WE=222290910;WS=222290892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	222301357	rs3213844	T	C	6320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=138;PP=2965;SC=AGGAACAATCTCATTAGCATT;SOR=1.316;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=86;TCR=139;TR=224;WE=222301365;WS=222301347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr2	222320427	rs2288627	G	A	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=53;PP=1575;SC=GTCTTAGGAGGTAGAACTTCT;SOR=1.094;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=43;TCR=53;TR=96;WE=222320435;WS=222320417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	222321225	rs6718949	C	T	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=4;PP=397;SC=AGCAAAATGTCTGCTGAACCA;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=222321242;WS=222321215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	222435035	rs200647532	TCC	T	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=10;PP=218;SC=CAAGTTTTTCTCCCCCCCCCC;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=222435056;WS=222435025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	222435048	rs2710504	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=296;SC=CCCCCCCCCAAAAAAAGAGGG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=222435056;WS=222435025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	222437136	rs11381414	A	AG	219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=192;SC=AGGGCGGCCGAGCCCCGCCTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=222437144;WS=222437126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	223065753	.	TAC	T	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.35;ReadPosRankSum=2.010;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,24:0.12:200
chr2	223066017	rs199895781	A	ACC	1056.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=33.045;HP=12;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=41;PP=979;ReadPosRankSum=-0.281;SC=CCACTGCCCCACCCCCCCCAA;SOR=4.474;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=85;TCF=10;TCR=75;TR=45;WE=223066025;WS=223066007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,37:0.47:79
chr2	223066919	rs2855268	C	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=5.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-2.178;SOR=1.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,14:0.22:65
chr2	223158385	rs28945096	A	G	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=-2.711;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,68:0.26:258
chr2	223159119	rs2303948	C	A	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.249;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=36;PP=815;ReadPosRankSum=0.484;SC=CAGCCAGGGCCCTAGAGCCGC;SOR=1.688;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=43;WE=223159127;WS=223159109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,48:0.72:67
chr2	223161889	rs12623857	A	G	3121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	223162024	rs6754024	T	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=15;PP=469;SC=CAGTCTTCTGTCCTATCCTCA;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=223162032;WS=223162014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	223423362	rs4674664	A	G	8994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=160;NR=152;PP=2965;SC=ACATCCCACCACTCACCACCT;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=313;TCF=161;TCR=152;TR=312;WE=223423370;WS=223423352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr2	223436428	rs3211018	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=54;ReadPosRankSum=0.751;SC=GCTGGCCTAATATGCAGGGAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=223436436;WS=223436422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr2	223436607	rs7185	C	T	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.96;ReadPosRankSum=0.247;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,44:0.76:58
chr2	223484227	rs28572477	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=1.763;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr2	223489249	rs3214770	GT	G	536.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=529;ReadPosRankSum=2.808;SC=TTTTTTTAATGTTTACATTGT;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=15;WE=223489257;WS=223489239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr2	223489293	rs2290031	C	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5007;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=376;ReadPosRankSum=-0.170;SC=AAACAGTAACCTTTCTTTTTG;SOR=0.446;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=19;WE=223489301;WS=223489283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr2	223493435	rs2019357	G	A	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	223498189	.	GTT	ATC	85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=23;MQ=48.4;NF=2;NR=0;PP=85;QD=69.2339374311;SC=ATCACCTGAGGTTGGGAGTTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=2;WE=223498199;WS=223498179;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,2:0.22:9
chr2	223509221	rs17566294	T	G	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.870;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,55:0.28:199
chr2	223520905	rs2166652	G	C	5214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=95;PP=2965;SC=CATTCTGCTGGCAACAGTTCC;SOR=1.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=80;TCR=95;TR=175;WE=223520913;WS=223520895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr2	223520978	rs2044537	A	G	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=36;PP=1038;SC=ATGTATCTTTATGAGACTAAT;SOR=1.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=54;WE=223520986;WS=223520968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	223536428	rs41272717	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-1.351;SOR=0.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,8:0.20:41
chr2	223559352	rs145970218	C	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=0.586;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,10:0.17:58
chr2	223780921	rs12623448	G	A	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=359;SC=TTATTAAAAAGATAATTCTAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=223780929;WS=223780911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	223781018	rs35780866	T	A	917.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.05;ReadPosRankSum=-1.211;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,52:0.85:61
chr2	223781186	rs145651020	A	G	3017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.022;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=63;PP=1792;ReadPosRankSum=0.814;SC=TGATAGCTGCACAGGCGTGTT;SOR=0.524;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=171;TCF=81;TCR=90;TR=122;WE=223781194;WS=223781176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,136:0.72:190
chr2	223785504	rs6739824	T	C	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=2;PP=1253;SC=GCCACTTGACTATTGTTTCTT;SOR=4.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=50;TCR=2;TR=51;WE=223785512;WS=223785494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	223785740	rs6756323	A	G	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FS=0.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.505;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:376,111:0.23:487
chr2	223785846	rs6728234	G	A	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=60;PP=2325;SC=GACTTGATCTGTTTTGTTGAT;SOR=1.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=38;TCR=60;TR=98;WE=223785854;WS=223785836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	223787559	rs11891410	G	A	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	223787691	rs10932978	G	A	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=8;PP=688;SC=TTCTTAGACTGTAAGTACATT;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=223787699;WS=223787681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	223793480	rs1550420	C	T	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=9;PP=449;SC=GCTGGGGATACCTCAGCCTTA;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=223793488;WS=223793470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	223798141	rs6726737	A	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.402;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=342;ReadPosRankSum=1.209;SC=TTCTCATTGCAGCCATTAGCT;SOR=1.449;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=26;WE=223798149;WS=223798131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
chr2	223799207	rs935030	C	T	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=6;PP=795;SC=CAACACAGTTCACCATTTTGT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=223799215;WS=223799197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	223806193	rs200373690	TC	T	36.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=-1.248;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,14:0.24:59
chr2	223806194	rs1550426	C	T	846.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.35;ReadPosRankSum=1.614;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,45:0.76:59
chr2	223917629	rs3795886	C	T	5412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=24.94;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr2	223917812	rs10201907	T	C	3394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=60;PP=1932;SC=AGCCGCTGCCTGTGGTGTCGG;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=64;TCR=60;TR=124;WE=223917820;WS=223917802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	223917983	rs12621643	T	G	10950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=208;NR=172;PP=2965;SC=GGGCAGACGATGAGCTGGAGG;SOR=0.860;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=380;TCF=208;TCR=172;TR=380;WE=223917991;WS=223917973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr2	223918080	rs10189762	C	G	9000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=149;NR=163;PP=2965;SC=GGACCCCTGCCGGTGGCTCCA;SOR=0.884;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=312;TCF=149;TCR=163;TR=312;WE=223918088;WS=223918070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr2	224463164	rs16864975	G	A	9355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=203;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.758;SC=TCATCTCATCGTTGATTTGTT;SOR=0.763;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=533;TCF=267;TCR=266;TR=398;WE=224463172;WS=224463154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,417:0.74:566
chr2	224640803	rs59118867	C	CAA	22640.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=172;PP=2957;SC=CACGAATATGCAGTCACCTCC;SOR=0.794;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=229;TCF=49;TCR=180;TR=221;WE=224640811;WS=224640793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,519:1.00:519
chr2	224743373	rs571111	C	T	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.622;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,62:0.30:210
chr2	224743591	rs602675	C	T	3012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=69;PP=2054;SC=CATAACACCTCCTTAAGATTT;SOR=1.841;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=32;TCR=69;TR=101;WE=224743599;WS=224743581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	224743652	rs547234	A	G	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=27;PP=816;SC=TGTAATCCCAACACTTTGGGA;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=224743660;WS=224743642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	224744701	rs516849	A	G	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=12;PP=910;SC=GAGGCAAGCAATTTGTTACTC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=224744709;WS=224744691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	224749578	rs60759568	T	TCTTC	901.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.22;QD=37.57;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	224758906	rs625150	C	T	5403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=122;NR=60;PP=2965;SC=AGCCAGGTTCCTGGGGGTCTC;SOR=1.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=122;TCR=60;TR=182;WE=224758914;WS=224758896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr2	224760359	rs150347314	TGA	T	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.833;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,12:0.12:100
chr2	224760494	rs597349	G	A	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=17;PP=485;SC=GGTGTACAACGGGTCATTCAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=224760502;WS=224760484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	224763816	rs530065	C	T	4112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=86;PP=2322;SC=GGATGTAGAACAGAAATCACC;SOR=1.314;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=59;TCR=86;TR=143;WE=224763824;WS=224763806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	224765894	rs604990	G	A	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=36;PP=1939;SC=TGGCTCTGAAGGATACTGCAG;SOR=1.247;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=62;TCR=36;TR=98;WE=224765902;WS=224765884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
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chr2	224777105	rs113054269	G	GTGAT	8500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=79;PP=2957;SC=GTTCTTCAAAGTGATTAAGAA;SOR=1.173;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=7;TCR=89;TR=85;WE=224777113;WS=224777084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr2	224822043	rs3738960	C	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=253;ReadPosRankSum=-1.070;SC=GTCTCCGCCCCTGCCCTCTCT;SOR=0.180;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=18;WE=224822051;WS=224822033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr2	224824617	rs11546405	A	G	3252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=75;PP=2000;ReadPosRankSum=0.249;SC=CACTGAGTGAAGAATTCCCAG;SOR=0.826;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=64;TCR=97;TR=125;WE=224824625;WS=224824607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,137:0.80:171
chr2	224844919	rs729631	C	G	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=587;SC=CCCACACACACTGCCTGGCTG;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=224844927;WS=224844909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	225376032	rs6743816	G	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.891;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=296;ReadPosRankSum=-0.586;SC=CGATAAGGCAGAGTAAGGATT;SOR=0.218;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=96;TCF=69;TCR=27;TR=29;WE=225376040;WS=225376022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,32:0.31:104
chr2	225378382	rs3830376	ATAAT	A	532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.917;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=299;ReadPosRankSum=-0.067;SC=TTATCACTTGATAATTAAATT;SOR=0.346;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=8;WE=225378393;WS=225378372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr2	225664782	rs77823647	TAAA	T	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.734;NF=4;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=-0.810;SC=CATAAATAATTAAAAAAAACC;SOR=0.787;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=5;WE=225664792;WS=225664772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr2	225665074	rs1560859	G	A	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=15;PP=459;SC=TTCAAAGTTTGCTGGCATTTT;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=225665082;WS=225665064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	225668717	rs141021252	ATG	A	641.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.078;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=647;ReadPosRankSum=-1.300;SC=AAATAGAAATATGTGTGTGTG;SOR=0.495;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=23;WE=225668728;WS=225668707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr2	225670901	rs4674941	G	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=2.274;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,31:0.19:162
chr2	225672460	rs12328236	G	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=-1.568;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,54:0.22:249
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chr2	225688041	rs13405571	A	G	506.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.669;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.84;ReadPosRankSum=1.189;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,29:0.91:32
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chr2	225695334	rs66902027	TG	T	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.149;NF=2;NR=5;PP=98;ReadPosRankSum=-0.335;SC=GGAATGCTGTTGGGAAAAAAA;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=7;WE=225695345;WS=225695324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,13:0.18:71
chr2	225699079	rs10177782	T	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=5.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=1.075;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,13:0.20:66
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chr2	225709336	rs16866219	C	A	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.466;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=646;ReadPosRankSum=-0.234;SC=CCTTAACATTCTTCCTTTGTA;SOR=0.099;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=35;WE=225709344;WS=225709326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,36:0.80:45
chr2	225709636	rs11682884	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=2.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.44;ReadPosRankSum=0.407;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,17:0.13:130
chr2	225709926	rs7577271	A	G	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=2.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=0.264;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,53:0.23:233
chr2	225719571	rs72305904	GCCAACCAA	G	6561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.59;QD=42.61;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	225719693	rs16866236	G	A	8142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=0.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.623;QD=16.22;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,370:0.74:502
chr2	225719781	rs145044043	G	GACAC,GACACAC	1876.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=6.984;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.36;ReadPosRankSum=-0.040;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,24,27:0.41,0.47:58
chr2	225727431	rs7589474	T	C	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=1.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=-2.787;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,59:0.22:264
chr2	225729224	rs369411005	TA	T	345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=2.324;QD=3.68;ReadPosRankSum=-2.938;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,34:0.36:94
chr2	225739574	rs10181328	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.201;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=203;ReadPosRankSum=0.434;SC=CTAAGAGGGACGTTGGTGAGC;SOR=1.411;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=14;WE=225739582;WS=225739564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr2	225740593	rs11891443	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,14:0.18:77
chr2	225750348	rs11337772	TA	T	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-1.132;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,26:0.25:105
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chr2	225751256	rs71734299	TA	T	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-2.202;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr2	225751293	rs2304334	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
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chr2	225811581	rs13021295	T	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=0.685;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,53:0.19:277
chr2	225811592	rs78257220	T	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=1.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.361;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,62:0.19:323
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chr2	225848579	rs375205	T	C	4387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.62;ReadPosRankSum=0.449;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,201:0.76:264
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chr2	225907150	rs397052	C	T	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=1.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=1.534;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,52:0.27:196
chr2	226273490	rs2048935	T	C	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=2;PP=652;SC=TGGCCATAATTATTGGAGTTT;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=226273498;WS=226273480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	226273689	rs2048936	T	C	8294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr2	226447735	rs3828256	C	T	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-1.165;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,54:0.24:222
chr2	226447844	rs6436570	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=1.037;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,9:0.20:45
chr2	226491770	rs3748993	A	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=6.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=-2.564;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,45:0.20:223
chr2	226516346	rs11884382	T	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=244;ReadPosRankSum=0.224;SC=TAGACAACTTTCGCATTTGCT;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=21;WE=226516354;WS=226516336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,24:0.26:92
chr2	227773354	rs74659334	G	GAC	498.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=4;PP=607;SC=TCCCTGTAGGGACACACACAC;SOR=1.765;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=13;WE=227773362;WS=227773344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	227773466	rs3820928	T	C	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=20;PP=943;SC=CAGAGAACTTTCTAATTACTG;SOR=0.917;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=55;WE=227773474;WS=227773456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	227779191	rs3820927	C	A	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=19;PP=478;SC=TAGATGAAAACTGTGTGCAGA;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=227779199;WS=227779181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	227807202	rs6436641	G	T	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	227872182	rs2228557	G	A	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=66;PP=2186;SC=ACTTATTTGCGAAAAAGTGGC;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=114;WE=227872190;WS=227872172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	227872995	rs2228555	T	C	4961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=78;NR=90;PP=2874;SC=GCGTGCTAAATACGGGAAGGC;SOR=1.033;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=78;TCR=90;TR=168;WE=227873003;WS=227872985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr2	227873028	rs13419076	A	G	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=65;PP=2033;SC=GACCTTGGGAAGGGAAGAAGA;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=47;TCR=65;TR=111;WE=227873036;WS=227873018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	227874957	rs4423583	C	T	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=24;PP=1105;SC=ATTTAAGGTGCTGATGAATCA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=64;WE=227874965;WS=227874947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	227877037	rs10188770	G	A	5198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=91;PP=2855;SC=TATGATGCTGGTGGTGAAAGC;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=88;TCR=91;TR=179;WE=227877045;WS=227877027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr2	227886773	rs3752895	A	G	5859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=113;NR=79;PP=2965;SC=CCTGGTCCTGAGGGGCCTCTC;SOR=0.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=114;TCR=79;TR=192;WE=227886781;WS=227886763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr2	227886925	rs3752896	C	T	5487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=103;PP=2965;SC=AATGGATGCACGTGCTTATGA;SOR=1.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=189;TCF=86;TCR=103;TR=188;WE=227886933;WS=227886915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr2	227892619	rs2228556	C	T	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=24;PP=1232;SC=GAAGCTCACCCGGAAGACCAG;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=73;WE=227892627;WS=227892609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	227892720	rs2229813	C	T	2948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.08;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	227895125	rs1917127	A	G	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=43;NR=19;PP=995;SC=TAACCAAGTTATTCACATATT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=62;WE=227895133;WS=227895115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	227896652	rs13423714	C	G	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=15;PP=1037;SC=TGTCATGATTCTCTCATACCT;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=227896660;WS=227896642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	227896886	rs2229812	C	T	5350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=3.015;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.57;ReadPosRankSum=1.170;SOR=0.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,225:0.99:227
chr2	227896976	rs10203363	C	T	2681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=49;PP=1741;SC=GACCAGGTGGCCCCACATCAT;SOR=1.167;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=86;WE=227896984;WS=227896966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	227897076	rs10179756	A	G	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=20;PP=599;SC=ACTTCCCAATAGCGGCAGAGG;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=227897084;WS=227897066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	227912331	rs2272200	G	A	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=30;PP=966;SC=ACAGGTGACAGTAACGTTTAT;SOR=1.195;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=57;WE=227912339;WS=227912321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	227914625	rs2272202	T	C	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=464;SC=AACTGTAGAATATTTGGATCT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=227914633;WS=227914621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	227914655	rs2272203	C	G	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=5;PP=690;SC=GACTGTCTAACAAGAGCCCCT;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=227914663;WS=227914645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	227914975	rs2251223	T	G	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=33;PP=969;SC=AACGAAAGTTTAAATGCATGC;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=227914983;WS=227914965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	227915832	rs1800517	G	A	4420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=72;NR=77;PP=2588;SC=GTATCTTCCCGGCTCTCCTCT;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=72;TCR=78;TR=149;WE=227915840;WS=227915822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	227916039	rs2894626	T	C	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=509;SC=AGTGACCTCATTGATGAAAGA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=227916047;WS=227916029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	227917240	rs3769644	C	G	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=27;PP=784;SC=CTACGAAGCTCTATTTATGTA;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=227917248;WS=227917230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	227917270	rs3769643	T	C	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=12;PP=293;SC=ATGTCACCATTGTTGGCTGAT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=227917278;WS=227917260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	227922104	rs7567789	T	C	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.64;SOR=4.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	227922109	rs7567796	T	A	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.44;SOR=4.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	227922454	rs2141829	G	A	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=58;PP=1529;SC=AAGTCTTTGAGTGGATTTTCT;SOR=1.796;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=27;TCR=60;TR=85;WE=227922462;WS=227922444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	227922470	rs2141828	T	C	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=48;PP=1420;SC=TTTCTTATCATAGATGTAATG;SOR=2.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=60;WE=227922478;WS=227922460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	227924817	rs10653430	G	GAAAAA	170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=85.39;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	227925097	rs6436650	C	T	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=438;SC=TTGCCTATCCCGATTTACAAA;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=227925105;WS=227925087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	227927189	rs35717623	GT	G	560.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.815;QD=10.78;ReadPosRankSum=1.668;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,42:0.81:52
chr2	227942764	rs145806603	A	G	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.33;ReadPosRankSum=-0.230;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,77:0.78:99
chr2	227947053	rs10187611	C	G	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=21;PP=574;SC=TCCCTGCCTTCCAAGGTAGTC;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=227947061;WS=227947043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	227954599	rs2229814	G	A	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	228102752	rs1882435	C	A	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=44;PP=1156;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TAAAAACAAACCCTAATACTG;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=78;WE=228102760;WS=228102742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,90:0.74:121
chr2	228102892	rs35499269	T	TA	213.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5128;FS=2.805;HP=13;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=82;ReadPosRankSum=1.013;SC=AACATTAACCTAAAAAAAAAA;SOR=0.177;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=8;WE=228102900;WS=228102882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr2	228104760	rs7579991	C	T	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=21;PP=1080;ReadPosRankSum=-0.289;SC=CAAAGAGTCACCATGAAGTCA;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=66;TCR=28;TR=72;WE=228104768;WS=228104750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,79:0.76:104
chr2	228109626	rs113428834	T	TG	470.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.338;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr2	228109784	rs6750210	C	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.954;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=453;ReadPosRankSum=-0.825;SC=TTAAAACAGTCGTGCAAGAAA;SOR=1.839;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=29;WE=228109792;WS=228109774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr2	228111435	rs10178458	T	C	3143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=49;PP=1461;ReadPosRankSum=-1.628;SC=CCAGGGACACTGGGCTACCCA;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=90;TCR=61;TR=121;WE=228111443;WS=228111425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,140:0.80:176
chr2	228111600	rs10168566	G	T	2874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.04;ReadPosRankSum=0.995;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,73:0.84:87
chr2	228111604	rs10168567	G	T	2791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.05;ReadPosRankSum=1.197;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,68:0.83:82
chr2	228111651	rs10192026	A	G	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=450;ReadPosRankSum=-1.806;SC=GCTTTGTTTTACTTTTGAGAC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=23;WE=228111659;WS=228111641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr2	228112186	rs4321358	A	G	2300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.56;ReadPosRankSum=1.291;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,98:0.75:131
chr2	228113175	rs6436669	A	G	2017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.18;ReadPosRankSum=-0.734;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,90:0.81:111
chr2	228118403	rs12621551	T	G	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=64;PP=1831;SC=GTGTCTAGGATGAAGTCCTTG;SOR=1.565;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=32;TCR=65;TR=96;WE=228118411;WS=228118393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	228121101	rs55703767	G	T	2825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.672;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=55;PP=1600;ReadPosRankSum=-2.773;SC=AATGGGTGAAGATGGCATTAA;SOR=0.626;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=153;TCF=81;TCR=72;TR=119;WE=228121109;WS=228121091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,127:0.77:166
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chr2	228146991	.	AATATAT	A,AAT	1054.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.27;QD=39.06;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,17:0.37,0.63:27
chr2	228149107	rs6436672	A	G	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=25;PP=718;SC=GCTGATTCTCAGGCTAATAAA;SOR=1.140;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=228149115;WS=228149097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	228154095	rs7593281	C	T	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=18;PP=481;SC=CAGAAATTTGCTACTAAATTA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=228154103;WS=228154085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	228158418	rs7569636	T	C	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	228158648	rs7608999	G	C	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=16;PP=446;SC=TTAATTACCTGTTTACCAGCC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=228158656;WS=228158638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	228159063	rs6436675	T	C	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=1;PP=407;SC=CTGGACAAAATCATGGGGTGA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=228159071;WS=228159053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	228159660	rs35803812	GT	G	903.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=10.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.03;MQRankSum=1.841;QD=9.93;ReadPosRankSum=-0.717;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,68:0.75:91
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chr2	228174175	rs34134749	TACAA	T	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=1.450;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr2	228194480	rs3211097	AG	TT	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=2.692;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.838;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,30:0.21:142
chr2	228194570	rs6706656	G	A	2968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	228194639	rs11384091	T	TA	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=6.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.20;ReadPosRankSum=1.033;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr2	228197368	rs4500938	A	G	3408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=76;PP=2234;SC=AGAGAAGAGCAAAGAGGCTTT;SOR=1.837;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=35;TCR=76;TR=111;WE=228197376;WS=228197358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	228204929	rs4420693	C	T	2463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=25;PP=1364;SC=AGCCTTGTATCGAGGTTCTTT;SOR=1.280;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=54;TCR=25;TR=79;WE=228204937;WS=228204919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	228204982	rs4442987	C	T	3902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	228207625	rs6738078	G	A	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=59;PP=1672;SC=GGTAATTGACGTATGCTATCC;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=96;WE=228207633;WS=228207615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	228220528	rs12478005	T	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=384;ReadPosRankSum=1.239;SC=TCATACAATATTTTAAAGTGA;SOR=0.604;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=21;WE=228220536;WS=228220518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr2	228243905	rs7574414	G	A	6078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.781;SC=TAGAGGTATCGCATTGAGAAC;SOR=0.637;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=282;TCF=131;TCR=151;TR=244;WE=228243913;WS=228243895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,260:0.88:295
chr2	228356364	rs11289047	GT	G	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=1.625;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr2	228399781	rs202054394	C	CT	411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.025;HP=9;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=184;ReadPosRankSum=-0.953;SC=TGTGTTTTATCTTTTTTTTCC;SOR=1.325;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=11;WE=228399789;WS=228399771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr2	228476253	rs2138402	C	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=-0.849;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,23:0.19:119
chr2	228477814	rs7586824	G	C	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=50;PP=1490;SC=CTGAGAGTAAGTAAGGGCCTT;SOR=1.538;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=78;WE=228477822;WS=228477804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	228493211	rs28739019	G	A	2384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.90;ReadPosRankSum=-0.172;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,111:0.74:150
chr2	228493338	rs6755667	CA	TG	2495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=1421;ReadPosRankSum=-2.524;SC=CATTCCCAAGCAGGCAAGAGC;SOR=0.672;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=45;WE=228493347;WS=228493328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,64:0.80:80
chr2	228560800	rs11334205	GA	G	6319.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=123;PP=2983;SC=CACAGCCCCTGAAAAAAAACA;SOR=0.722;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=32;TCR=132;TR=153;WE=228560809;WS=228560790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr2	228565656	rs11694828	G	A	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=52;NR=20;PP=1278;SC=TGAGGTTGCTGGAGAAAGCAG;SOR=1.581;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=72;WE=228565664;WS=228565646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	228567111	rs71039629	AT	A	214	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.89;ReadPosRankSum=0.211;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr2	228736313	rs12478068	G	T	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.976;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=12;PP=729;ReadPosRankSum=-0.346;SC=AGGACCGCGCGGTGCAACCTG;SOR=1.593;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=51;WE=228736321;WS=228736303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,62:0.78:79
chr2	228736341	rs56333712	C	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=4.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=-0.745;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,38:0.28:134
chr2	228736527	rs12470042	A	G	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.350;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=40;PP=1047;ReadPosRankSum=-1.134;SC=AGGAGGGCGCAGCCACTGAAA;SOR=1.161;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=65;WE=228736535;WS=228736517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,73:0.76:96
chr2	228736608	rs10933219	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.183;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=359;ReadPosRankSum=-0.765;SC=CCTTCAGATGCTGGACTCTTC;SOR=2.093;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=17;WE=228736616;WS=228736598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr2	228740927	rs4972994	G	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5070;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=388;ReadPosRankSum=0.782;SC=TAGTAGAGACGGGGTTTCACC;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=20;WE=228740935;WS=228740921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr2	228741250	rs7571353	T	A	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.616;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=554;ReadPosRankSum=2.483;SC=TAGGAAAAATTATTCCACTGA;SOR=1.559;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=33;WE=228741258;WS=228741240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr2	228750239	rs4973445	G	T	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.013;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=44;PP=1187;ReadPosRankSum=-0.395;SC=AATACATTATGTTTTAAAAAT;SOR=1.067;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=72;WE=228750247;WS=228750229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,79:0.75:106
chr2	228758456	rs35758334	C	A	4094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=60;PP=2105;ReadPosRankSum=-0.577;SC=AACATGAAGTCTTTATTAACA;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=130;TCR=77;TR=161;WE=228758464;WS=228758446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,184:0.77:240
chr2	228758554	rs1715828	A	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=2.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=-2.094;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,40:0.15:269
chr2	228767618	rs2949014	T	C	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=6;PP=1368;SC=AAGAATTAGATGGAATCTGGT;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=228767639;WS=228767608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	228767631	rs2946931	G	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-5.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.577;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=314;ReadPosRankSum=0.261;SC=AATCTGGTAAGGTAATTGCAT;SOR=0.183;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=62;TCF=54;TCR=8;TR=22;WE=228767639;WS=228767608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr2	228776996	rs3748862	T	C	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=25;PP=1607;SC=TCGCCCAGGCTGGAGTGCAGT;SOR=1.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=85;WE=228777004;WS=228776986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	228783479	rs1533960	C	A	4812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=88;PP=2726;ReadPosRankSum=-0.464;SC=ATATATATCCCCACCCCTCTC;SOR=0.592;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=262;TCF=150;TCR=112;TR=201;WE=228783487;WS=228783469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,220:0.75:295
chr2	228846564	rs61755300	C	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.890;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,37:0.22:168
chr2	228881463	rs144202259	A	G	3853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.601;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=72;PP=2232;ReadPosRankSum=0.942;SC=TCCTCGGGCAATCGAGAGACT;SOR=0.522;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=201;TCF=106;TCR=95;TR=149;WE=228881471;WS=228881453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,165:0.75:220
chr2	228883029	rs3811515	A	C	3670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=64;PP=2408;ReadPosRankSum=1.585;SC=TCTCACTGTGATGAGGGCTTT;SOR=0.575;Source=Platypus;TCF=96;TR=139;WE=228883037;WS=228883019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,151:0.79:191
chr2	228883721	rs3811514	T	C	2993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.015;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=50;PP=1777;ReadPosRankSum=-1.716;SC=AGCAATCCCTTGGCAATGGCT;SOR=0.799;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=165;TCF=93;TCR=72;TR=122;WE=228883729;WS=228883711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,130:0.73:177
chr2	228886413	rs11292511	TG	T	2054.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.144;NF=29;NR=15;PP=1628;ReadPosRankSum=-0.057;SC=AGGCACTAATTGGAAAGTTCT;SOR=0.943;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=44;WE=228886421;WS=228886403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,65:0.76:85
chr2	228973383	rs67714256	A	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,9:0.19:47
chr2	228973660	rs7561798	A	G	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,23:0.17:132
chr2	228992850	rs6734166	T	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=4.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.857;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,28:0.29:95
chr2	228996637	rs4479423	G	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=1.537;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
chr2	228996650	rs4353646	A	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=1.505;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,10:0.18:56
chr2	228996672	rs4585022	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=-1.648;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,19:0.24:80
chr2	229035357	rs4630759	T	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.014;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,8:0.17:47
chr2	229035427	rs11685283	T	C	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=253;ReadPosRankSum=-0.316;SC=TGCTATAAAGTACACATAACT;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=13;WE=229035435;WS=229035417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr2	230092723	rs1362242	G	A	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=26;PP=1053;ReadPosRankSum=-0.220;SC=GTCCTGAATCGATTCCCCAGG;SOR=0.585;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=68;TCR=35;TR=75;WE=230092731;WS=230092713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,85:0.74:115
chr2	230092986	rs5839314	C	CA	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=267;ReadPosRankSum=0.826;SC=TAGGAGCAGTCATTTTCTGTT;SOR=0.120;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=8;WE=230092994;WS=230092976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr2	230096837	rs6743582	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=244;ReadPosRankSum=-1.734;SC=ATGACTTAACCACCTCTTAAA;SOR=1.011;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=19;WE=230096845;WS=230096827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr2	230096893	rs55691132	A	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=-0.248;SC=TAATCCCAGCACTCTGGGAGG;SOR=1.082;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=12;WE=230096901;WS=230096883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr2	230135527	rs1227013	C	T	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=8;PP=409;SC=AACGCCTGAACCCGTGCGTTT;SOR=1.220;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=25;WE=230135535;WS=230135517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	230135711	rs67686611	G	GC	3743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=34;PP=2031;SC=CTGGCCCCCGGCTCCCGGGTG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=44;WE=230135719;WS=230135701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	230231889	rs2302769	A	T	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.055;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=31;PP=716;ReadPosRankSum=-0.075;SC=TTTGAGAATGAGAAGGCCTTT;SOR=0.477;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=50;WE=230231897;WS=230231879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,67:0.74:91
chr2	230282624	rs6760224	G	A	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=258;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GACAGGAAAGGGGGTTGTTTC;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=15;WE=230282632;WS=230282623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr2	230312261	rs10490182	G	A	3723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	230453214	rs11458391	G	GA	662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.44;ReadPosRankSum=0.324;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,35:0.92:38
chr2	230655733	rs722268	C	T	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.035;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=5;PP=921;ReadPosRankSum=0.892;SC=TATTTCTCAACTATATTCAAA;SOR=2.329;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=67;TCF=58;TCR=9;TR=47;WE=230655741;WS=230655723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,52:0.68:76
chr2	230705516	rs11373804	T	TA	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.121;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,20:0.25:80
chr2	230723777	rs544480	G	C	3672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=58;PP=2096;SC=CAGAAGACGAGGAGGAAGTAG;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=72;TCR=58;TR=130;WE=230723785;WS=230723767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr2	230744570	rs479492	C	T	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=2;PP=84;SC=TTTTAAGTACCTGGCTCACAA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=230744578;WS=230744560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	230841074	rs499449	C	T	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	230914766	rs6748654	T	C	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=600;SC=ATGCCAAACATTTTTAGCATG;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=230914774;WS=230914756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	230923648	rs9750739	C	G	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=3;PP=186;SC=CGTGCCTGGCCTAAAATGGTA;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=230923656;WS=230923638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	231025209	rs13400142	G	C	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=59;ReadPosRankSum=0.447;SC=CCCGCCACAGGCTCAAGCGAT;SOR=0.828;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=5;WE=231025217;WS=231025199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr2	231037833	rs10498244	T	C	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.178;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=243;ReadPosRankSum=1.439;SC=TGGGGGAAATTGCAAGACAAA;SOR=1.863;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=17;WE=231037841;WS=231037823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr2	231042276	rs1135791	A	G	8360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.02;ReadPosRankSum=-0.122;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,383:0.73:522
chr2	231042802	rs2241525	C	T	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.888;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,57:0.25:225
chr2	231050569	rs2114591	G	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.950;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=59;ReadPosRankSum=-1.319;SC=CAACAGATCCGTGCTCTGTCT;SOR=0.210;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=9;WE=231050577;WS=231050559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr2	231050715	rs3948464	A	G	11023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=216;NR=176;PP=2965;SC=CTTACCTTTCAATCTGGACTT;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=393;TCF=217;TCR=176;TR=392;WE=231050723;WS=231050705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr2	231072709	rs1365776	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=2.101;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,38:0.19:199
chr2	231076032	rs3769837	G	T	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=372;SC=TCTCCTGCCTGTTCAAGCTCC;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=231076040;WS=231076028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	231076289	rs3820974	T	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=1.415;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,40:0.25:157
chr2	231077725	rs1129411	A	G	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=34;PP=972;ReadPosRankSum=-0.875;SC=CTGCTCTGCCATTCATAGGAA;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=62;WE=231077733;WS=231077715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,70:0.97:72
chr2	231077911	rs7601190	A	C	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=178;SC=GTGGCCCCTTAATATTTTATT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=231077919;WS=231077901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	231120255	rs55829350	CG	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=54;ReadPosRankSum=1.465;SC=CAGGTAAGGACGGGGGGGGGG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=6;WE=231120263;WS=231120245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr2	231149108	rs4972946	G	A	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.95;ReadPosRankSum=-0.019;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr2	231176040	rs139570354	G	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=5.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.13;MQRankSum=-1.692;QD=4.38;ReadPosRankSum=1.693;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr2	231222661	rs61733462	C	T	3070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=79;PP=1892;ReadPosRankSum=-0.887;SC=ATCGGGAACTCATCACAAATA;SOR=0.608;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=52;TCR=97;TR=122;WE=231222669;WS=231222651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,131:0.82:159
chr2	231226218	rs11275282	G	GTCATGTGTAACCC	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=2973;SC=AGAAGTTTAAGTCTGACTTCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=231226226;WS=231226208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	231226488	rs11891724	C	T	3268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=2.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.51;ReadPosRankSum=0.291;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,149:0.75:198
chr2	231253434	rs7586155	T	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=1.113;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,19:0.28:69
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chr2	231258150	rs7590429	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,19:0.18:108
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chr2	231261620	rs6732940	G	A	2633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=67;PP=1808;ReadPosRankSum=-0.042;SC=AGTCTCAGTTGGAGTATGTGG;SOR=0.779;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=155;TCF=61;TCR=94;TR=109;WE=231261628;WS=231261610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,115:0.72:160
chr2	231266526	rs149348058	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.34;MQRankSum=-2.241;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.789;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr2	231282534	.	C	CT	45	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=45;QD=22.0;SC=GGTGTTTGTCCTTTTTTTCGT;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=3;WE=231282542;WS=231282524;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr2	231307584	rs17333189	C	T	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=18;PP=1170;ReadPosRankSum=0.750;SC=TATATGTAAACTCTTACAGCC;SOR=0.840;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=97;TCF=71;TCR=26;TR=70;WE=231307592;WS=231307574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,73:0.72:102
chr2	231307860	rs2303608	A	G	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=503;ReadPosRankSum=1.437;SC=CAGCCCCAAAATAAGTTATGC;SOR=1.501;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=27;WE=231307868;WS=231307850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,31:0.84:37
chr2	231309139	rs55637456	A	T	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.79;ReadPosRankSum=0.176;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,42:0.74:57
chr2	231327291	rs1649863	A	G	3660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	231327430	rs17333468	G	A	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=317;SC=TTATTTTTGAGAATTAGCCTT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=231327438;WS=231327420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	231328696	rs2306274	C	T	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=22;PP=1522;SC=CAAGGTTTTCCAGGTTTTCTT;SOR=1.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=82;WE=231328704;WS=231328686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	231328728	rs2306276	C	T	3826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=1.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr2	231330826	rs113262860	G	A	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=80;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=163;SC=CTGGAACCTGGGAGGCAGAAG;SOR=1.981;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=9;WE=231330834;WS=231330816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	231331694	rs1678159	A	G	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=0;PP=398;SC=CAGATCATGGAGGTTTGAGGC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=231331714;WS=231331684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	231331701	rs3214547	A	AG	714.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=511;SC=TGGAGGTTTGAGGCACGGACA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=13;WE=231331714;WS=231331684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	231331706	rs2303609	C	T	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=384;SC=GTTTGAGGCACGGACATTCTT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=231331714;WS=231331684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	231331799	rs1649869	T	C	3356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=1.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	231331896	rs1050224	G	A	6365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=122;NR=99;PP=2965;SC=CAGAAGCCTCGAGCGGGGCAC;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=122;TCR=100;TR=221;WE=231331904;WS=231331886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr2	231333763	rs12724	A	G	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	231333834	rs1649873	G	A	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=20;PP=748;SC=AAAAACTCTTGATGTAACAAA;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=45;WE=231333842;WS=231333824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	231333852	rs1649874	A	C	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=19;PP=744;SC=AAATGTCTTTATTTGCTGCAA;SOR=0.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=40;WE=231333860;WS=231333842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	231333890	rs1649875	C	T	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=16;PP=563;SC=TATGTTATATCCTTTAAAATA;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=231333898;WS=231333880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	231334010	rs1649877	CA	TG	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=15;PP=1465;SC=ACAAGTGCAACATAAGTTTAT;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=44;WE=231334019;WS=231334000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	231334216	rs1051579	T	C	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	231334299	rs1051580	G	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.85;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	231334421	rs1051581	A	C	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=7;PP=633;SC=TATGACAAGCATATATTGCTT;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=231334429;WS=231334411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	231334504	rs139756804	AAAAG	A	1106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.858;HP=11;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.100;NF=30;NR=35;PP=746;ReadPosRankSum=0.376;SC=TTAAAAAAAAAAAAGAAGAAG;SOR=0.233;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=65;WE=231334515;WS=231334493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,68:0.81:84
chr2	231334679	rs1678162	A	G	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=36;PP=1528;SC=TTCCCTGCTGATTCCTAAGAC;SOR=0.934;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=69;WE=231334687;WS=231334669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr2	231338211	rs1678169	T	G	3186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=76;PP=2275;SC=TCACAGACACTGGGTAGGGAT;SOR=2.197;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=25;TCR=76;TR=101;WE=231338219;WS=231338201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	231359098	rs836230	T	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=-0.608;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,28:0.26:107
chr2	231359225	rs6759377	T	C	2509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=53;PP=1470;ReadPosRankSum=1.286;SC=GTGGTCCTGTTCTTCCTGCCA;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=67;TCR=73;TR=102;WE=231359233;WS=231359215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,113:0.74:153
chr2	231363252	rs34979917	TA	T	537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=146;ReadPosRankSum=0.572;SC=AACAAAGAGGTAAAAAAAAAA;SOR=0.756;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=12;WE=231363261;WS=231363242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,34:0.89:38
chr2	231368897	rs6705605	G	T	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=23;PP=994;ReadPosRankSum=-0.475;SC=ATGCTTCCTTGCAGGTCCAAG;SOR=0.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=62;TCR=35;TR=64;WE=231368905;WS=231368887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,70:0.65:107
chr2	231375974	rs16827319	G	A	3892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=1.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.78;ReadPosRankSum=0.100;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,179:0.77:232
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chr2	231406680	rs836237	T	C	4605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=83;NR=78;PP=2192;SC=AATGAGCAGATGTACACCCGA;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=83;TCR=78;TR=161;WE=231406688;WS=231406670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr2	231407519	rs6717269	C	T	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=20;PP=1363;SC=CATTGCATAACTGCTATATTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=55;TCR=20;TR=75;WE=231407527;WS=231407509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	231407663	rs9288668	C	T	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=1.411;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,59:0.22:264
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chr2	231738263	rs2289234	C	T	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.627;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,64:0.25:252
chr2	231738269	rs2289233	G	A	1790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=1.855;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,55:0.24:233
chr2	231738318	rs3816150	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.934;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,33:0.22:149
chr2	231740276	rs2289231	A	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=36;ReadPosRankSum=-0.430;SC=AGGGGGCCTTACGGAGTGCGT;SOR=0.671;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=6;WE=231740284;WS=231740266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,5:0.14:35
chr2	231742711	rs60237566	T	G	4219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=1.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.48;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,189:0.74:256
chr2	231860838	rs2271369	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=-1.662;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr2	231860848	rs6722863	A	G	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=4;PP=739;SC=CTGGAGGCCCAAGCCAGGCTC;SOR=4.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=48;WE=231860856;WS=231860828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	231861032	rs72362780	TCAGCAGCCTAGCCCTGAATCCACACCA	T	1039.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1870;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQRankSum=21.290;QD=0.73;ReadPosRankSum=3.128;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1214,201:0.14:1415
chr2	231864289	rs2136474	A	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.563;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=48;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGTCAAGAAGACGCAGGGCTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=4;WE=231864297;WS=231864279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr2	231864529	rs6436986	A	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=-1.382;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,23:0.16:147
chr2	231864600	rs7573039	T	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=3.007;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,14:0.14:100
chr2	231864646	rs11684067	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=-2.108;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
chr2	231865018	rs13406394	A	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-0.101;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,18:0.23:77
chr2	231865047	rs3817173	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=1.987;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,26:0.21:126
chr2	231865090	rs2271376	T	C	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=1.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,51:0.26:196
chr2	231865269	rs2271375	G	T	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=-1.492;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,60:0.25:244
chr2	231867220	rs10933364	A	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=-1.762;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,8:0.18:45
chr2	231940295	.	C	CT	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.710;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr2	231944373	rs2303353	A	T	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5007;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=542;ReadPosRankSum=0.861;SC=AAAAGAAGTAATTTTTCTGGG;SOR=0.582;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=37;WE=231944381;WS=231944363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,44:0.83:53
chr2	231949946	rs2303357	G	A	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.760;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=55;PP=1381;ReadPosRankSum=-1.881;SC=GTCTTAGGTTGTGATTCTCAT;SOR=1.321;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=91;TCF=25;TCR=66;TR=72;WE=231949954;WS=231949936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,73:0.76:96
chr2	232030510	rs2303351	C	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=209;ReadPosRankSum=2.569;SC=GCTGCTCAGTCAACTTCAGAT;SOR=0.784;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=12;WE=232030518;WS=232030500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
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chr2	232030861	rs2303349	A	G	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.566;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=342;ReadPosRankSum=-0.103;SC=AAATTATTTAACAAAAGAGAG;SOR=0.314;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=18;WE=232030869;WS=232030851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr2	232035429	rs6749	G	A	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.441;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=329;ReadPosRankSum=0.412;SC=ATGATTAAGGGCCAGAGGTGC;SOR=0.286;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=22;WE=232035437;WS=232035419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr2	232072796	rs112353881	ATTTG	A	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.955;QD=5.72;ReadPosRankSum=-1.102;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr2	232072912	rs11558174	T	C	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.569;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.435;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,54:0.29:185
chr2	232073106	rs12465438	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=303;ReadPosRankSum=0.595;SC=GTTTATAGATGAACTAATAAT;SOR=0.756;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=19;WE=232073114;WS=232073096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,23:0.33:69
chr2	232087474	rs1626450	AT	GA	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.47;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	232121159	.	T	TA	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.511;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=4.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=0.188;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,25:0.19:135
chr2	232121172	rs202122259	C	CA	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=-0.305;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,33:0.17:194
chr2	232225535	rs35889244	C	CG	6435.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=78;PP=2974;ReadPosRankSum=-0.206;SC=CCAGCCCCCACGGGACCCCCC;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=109;TCF=22;TCR=87;TR=99;WE=232225546;WS=232225525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,242:0.99:244
chr2	232260537	rs4972989	T	G	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.49;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	232263127	rs2290130	G	A	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=1.331;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:395,102:0.21:497
chr2	232320856	rs150234462	G	GA	311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.798;NF=1;NR=15;PP=242;ReadPosRankSum=-0.826;SC=CTCTGGGAAGGAAAAAAAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=16;WE=232320864;WS=232320846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr2	232321956	rs7598759	C	T	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=53;PP=1775;ReadPosRankSum=-2.202;SC=ATACTCATGACGTAAGCTAAA;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=76;TCR=72;TR=109;WE=232321964;WS=232321946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,122:0.70:174
chr2	232322829	rs6712148	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=231;ReadPosRankSum=2.075;SC=ATTATCCCCATGGTACAGATG;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=13;WE=232322837;WS=232322819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr2	232325692	rs12996154	A	C	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=443;ReadPosRankSum=0.327;SC=AGTCATGGCAAGAATAGATCA;SOR=0.822;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=42;WE=232325700;WS=232325682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,49:0.68:72
chr2	232326801	rs2595514	A	T	6448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=3.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.829;QD=16.66;ReadPosRankSum=-1.713;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,289:0.75:387
chr2	232326873	rs147456242	TTC	T	3319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.145;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.849;NF=2;NR=60;PP=2682;ReadPosRankSum=0.220;SC=AACTCCAGGCTTCTGTTATGT;SOR=1.105;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=81;TCF=3;TCR=78;TR=62;WE=232326882;WS=232326863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,84:0.74:113
chr2	232378231	rs6750795	T	C	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=0.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,73:0.21:347
chr2	232378381	rs115237337	C	G	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=39;PP=981;ReadPosRankSum=0.526;SC=AGGCACATGACAAGGCCTTCA;SOR=1.117;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=52;WE=232378389;WS=232378371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,50:0.76:66
chr2	232458443	rs10933378	T	C	5875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.016;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.058;SC=GCCCCTGGACTCCAGCCTGTA;SOR=0.496;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=321;TCF=174;TCR=147;TR=234;WE=232458451;WS=232458433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,257:0.73:350
chr2	232572381	rs6737601	A	G	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=1.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.186;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,33:0.20:168
chr2	232576199	.	A	G	4876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.05;ReadPosRankSum=1.232;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,220:0.77:286
chr2	232790053	rs5268	C	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=177;ReadPosRankSum=-0.147;SC=CTCCGAAGGCCGGCTGGGCGG;SOR=1.289;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=16;WE=232790061;WS=232790043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,17:0.25:68
chr2	232888856	rs896990	T	G	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=207;SC=TTAATGAATATTTCTTATACA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=232888864;WS=232888846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	233028070	rs3116181	A	G	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=10;PP=507;SC=AGGGCAGGAGATTTTAAACTT;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=233028078;WS=233028060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	233243660	rs2014448	T	C	6936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=118;NR=114;PP=2965;SC=CTGACCTGATTTTTGCTCTCC;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=233;TCF=118;TCR=115;TR=232;WE=233243668;WS=233243650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr2	233243981	rs13026692	A	T	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-1.577;QD=2.05;ReadPosRankSum=-1.064;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,63:0.19:327
chr2	233244586	rs2853374	C	G	2787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=54;PP=1724;SC=TGCCTGCCTCCGCCCGCCAGG;SOR=1.408;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=88;WE=233244594;WS=233244576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	233244930	rs1048988	G	C	3579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQRankSum=-7.563;QD=15.17;ReadPosRankSum=-1.343;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,159:0.67:236
chr2	233245090	rs2260307	A	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQRankSum=-6.155;QD=3.41;ReadPosRankSum=1.417;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,32:0.24:135
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chr2	233310491	rs809327	C	T	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.93;QD=24.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	233323177	rs2003780	T	C	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=23;PP=974;SC=AAGTTTGAGCTTCAGTTTCCT;SOR=0.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=47;WE=233323185;WS=233323167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	233344991	rs2741279	T	G	7347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=125;NR=113;PP=2965;SC=CACACAGTGTTGGGCCCTGCA;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=125;TCR=113;TR=238;WE=233344999;WS=233344981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr2	233345249	rs1190432	C	T	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=31;PP=1230;SC=GCCCCCTTGCCCCCCACCCAG;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=66;WE=233345257;WS=233345239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	233345872	rs180767588	G	A	5543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.971;SC=TTCACCTGCCGGGAAGGGAAG;SOR=0.783;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=268;TCF=122;TCR=146;TR=219;WE=233345880;WS=233345862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,236:0.80:294
chr2	233346662	rs909432	A	C	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=42;PP=1268;SC=AGGAGGTGGCACAGGGAGGCC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=57;WE=233346670;WS=233346652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	233348647	rs2241755	G	A	6747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr2	233349588	rs1529874	G	A	11929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=236;NR=176;PP=2965;SC=AGGTCGTCATGCTCTGACACA;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=412;TCF=236;TCR=176;TR=412;WE=233349596;WS=233349578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr2	233350548	rs113660447	G	A	3818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=80;NR=55;PP=2191;SC=ATCCGCGGCCGCTGGCAGGGC;SOR=1.002;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=81;TCR=55;TR=135;WE=233350556;WS=233350538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	233385396	rs1550094	G	A	5466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr2	233386229	rs2853444	T	C	6353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.617;SC=GTCTTCACTCTCCTCTTGGGG;SOR=0.478;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=224;TCF=95;TCR=129;TR=223;WE=233386237;WS=233386219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,234:1.00:235
chr2	233386583	rs2853445	T	C	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.733;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,54:0.22:246
chr2	233387635	rs733603	A	G	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=24;PP=1442;SC=AATAGAGTGTAGGGAGGCCGG;SOR=0.987;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=69;WE=233387643;WS=233387625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	233388311	rs733602	C	T	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.12;ReadPosRankSum=-2.288;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,34:0.83:41
chr2	233388813	rs2741299	T	G	3630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=50;PP=2110;SC=TGCTCGGGCCTCGTCCGGGAC;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=71;TCR=50;TR=121;WE=233388821;WS=233388803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	233389167	rs58091792	G	C	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=588;ReadPosRankSum=0.478;SC=CTCCGGAAAGGGCTTACCCCA;SOR=0.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=46;WE=233389175;WS=233389157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,50:0.75:67
chr2	233389918	rs2853447	A	G	4096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=86;NR=47;PP=1891;SC=CCACTCCTCCATCTGTAGGTC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=86;TCR=47;TR=133;WE=233389926;WS=233389908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr2	233390937	rs2245601	A	G	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.474;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=53;PP=1428;ReadPosRankSum=-0.255;SC=TGGAGGGGCCAGTGCTGACAC;SOR=1.480;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=110;TCF=36;TCR=74;TR=72;WE=233390945;WS=233390927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,77:0.68:113
chr2	233391463	rs2278478	A	G	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=928;ReadPosRankSum=-0.004;SC=GGAGGAAGCTAGAAGCCCCCA;SOR=0.362;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=97;TCF=44;TCR=53;TR=67;WE=233391471;WS=233391453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,75:0.72:104
chr2	233391965	rs4973537	A	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.10;MQRankSum=1.173;QD=15.58;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr2	233392020	rs113930536	A	AAAAG	735.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.90;MQRankSum=0.929;QD=17.11;ReadPosRankSum=1.498;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr2	233395974	.	GGGACCCTCTAGGACCGGTGCCCCAAGGTCACAGCT	G	428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.933;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=4.312;NF=4;NR=6;PP=2474;ReadPosRankSum=0.674;SC=GGGCCACAGCGGGACCCTCTA;SOR=0.127;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=10;WE=233396016;WS=233395969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr2	233400074	rs2767	A	G	2092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=49;PP=1289;ReadPosRankSum=-0.101;SC=GAGGAGCCACAGTCCCTAATG;SOR=0.961;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=52;TCR=66;TR=86;WE=233400082;WS=233400064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,94:0.70:135
chr2	233404294	rs11674608	C	G	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.876;HP=2;HapScore=2;MGOF=109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.928;NF=15;NR=9;PP=324;ReadPosRankSum=-0.136;SC=CAGCTGACAACGCTGTGGTCA;SOR=1.214;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=24;WE=233404302;WS=233404284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr2	233404334	rs140146282	C	CGGGCTGGCT	802.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.925;NF=5;NR=10;PP=2979;ReadPosRankSum=0.227;SC=CCAGGCTGGCCGGGCTGGCTG;SOR=1.022;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=15;WE=233404342;WS=233404324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr2	233404590	rs12996322	G	C	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=19;PP=1437;ReadPosRankSum=0.900;SC=GGTCTGAGGGGTATTGGGGCC;SOR=0.716;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=66;WE=233404598;WS=233404580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,74:0.83:89
chr2	233408190	rs34697564	A	AC,ACCC	4187.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63,63;NR=67,67;PP=1299,250;ReadPosRankSum=-1.023;SC=CCCTCCATCCACCCCCCCCAT;SOR=0.645;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=143;TCF=67;TCR=76;TR=130,130;WE=233408198;WS=233408180;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.82,0.14:156
chr2	233408220	rs10714586	AG	A	5756.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=83;PP=2979;SC=AGGAGGCCTGAGGGGGGGCAG;SOR=1.033;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=153;TCF=59;TCR=94;TR=138;WE=233408228;WS=233408210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr2	233408239	rs2573206	C	G	7098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=142;NR=103;PP=2965;SC=AGCCACTAAGCGTGGGGGTGG;SOR=1.055;SbPval=0.58;Source=Platypus;TCR=107;TR=245;WE=233408247;WS=233408229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr2	233408283	rs13018423	C	T	7734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.067;NF=174;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.010;SC=CCTGCCCACCCCACCCTGACA;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=406;TCF=222;TCR=184;TR=315;WE=233408291;WS=233408273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,331:0.78:424
chr2	233408514	rs72991926	A	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=4.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.832;SOR=0.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,21:0.20:107
chr2	233410294	rs2099489	C	T	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=1.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,60:0.25:241
chr2	233412820	rs4973539	A	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,11:0.19:57
chr2	233413648	rs72991949	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=79;ReadPosRankSum=2.065;SC=TAATCTCCTCGTATATCTCCA;SOR=1.536;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=6;WE=233413656;WS=233413638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr2	233414341	rs4973540	C	T	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=13;PP=741;SC=CCACTAAAACCTTCTCCATAT;SOR=1.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=233414349;WS=233414331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	233415978	rs11899983	T	C	5145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=5.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.98;ReadPosRankSum=-0.265;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,234:0.77:303
chr2	233421284	rs3830645	CT	C	4515.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=76;PP=2966;SC=GAACTTGAGACTTTTATTATC;SOR=1.129;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=92;TCF=9;TCR=83;TR=85;WE=233421292;WS=233421274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	233429144	rs10603391	GTATTT	G	3006.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=33;PP=2144;SC=AAGGTTAAAAGTATTTTATTT;SOR=1.263;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=71;TCF=3;TCR=68;TR=35;WE=233429156;WS=233429134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	233470843	rs7571133	G	A	2939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.81;ReadPosRankSum=-0.943;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,133:0.72:186
chr2	233470900	rs55750809	TC	T	4777.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.636;NF=25;NR=67;PP=2963;ReadPosRankSum=1.292;SC=GCTCTTTAAATCCCCTTTCAC;SOR=0.621;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=126;TCF=31;TCR=95;TR=92;WE=233470908;WS=233470890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,163:0.72:227
chr2	233470931	rs10171498	C	G	3857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=2.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.586;QD=17.15;ReadPosRankSum=0.331;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,169:0.75:225
chr2	233498669	rs2276557	G	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,23:0.19:119
chr2	233537125	rs11550699	A	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.898;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,37:0.26:144
chr2	233630577	rs74547374	G	A	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=6.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.82;ReadPosRankSum=1.351;SOR=0.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,43:0.84:51
chr2	233681512	rs1078323	T	G	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=3;PP=453;SC=CGAATACTACTGGTCAGTGCT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=233681520;WS=233681502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	233708806	rs3816334	A	G	4750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.605;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=63;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.843;SC=AGCAGCAGCAACAGCAACAGC;SOR=1.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=129;TCR=64;TR=191;WE=233708814;WS=233708793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,166:0.99:168
chr2	233710713	rs4973054	G	C	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=280;SC=GAGGTCAACTGCTGCACCTGC;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=233710721;WS=233710703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	233712049	rs2305137	G	A	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=16;PP=815;SC=CTCCCCTCCCGTTTTGCAGTT;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=53;WE=233712057;WS=233712039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	233712209	.	TCAGCAGCAGCAGCTGCCACAG	T	567.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.924;NF=4;NR=23;PP=2424;ReadPosRankSum=-0.525;SC=ACCAGCAGCGTCAGCAGCAGC;SOR=0.878;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=27;WE=233712237;WS=233712199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,21:0.25:84
chr2	233712226	rs10555297	CACA	C	2020.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.967;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.093;NF=5;NR=23;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.731;SC=CAGCAGCTGCCACAGCAGCAG;SOR=0.548;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=28;WE=233712237;WS=233712199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,55:0.72:76
chr2	233721455	rs1947105	G	A	3942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.01;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	233723182	rs1284	G	A	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	233740227	rs778338	A	G	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.86;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	233744130	rs58821056	GCC	G,GC	2268.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;NF=33,33;NR=3,3;PP=386,65;SC=GCTTCCCAGAGCCCCCCCCCC;SOR=3.912;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=36,36;WE=233744141;WS=233744120;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.78,0.22:54
chr2	233744132	.	C	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr2	233744133	.	C	G	944.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.18;ReadPosRankSum=-2.019;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,43:0.78:55
chr2	233747015	rs72997493	A	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.40;ReadPosRankSum=1.349;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,33:0.13:247
chr2	233752639	rs2250665	A	T	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=402;SC=AAATTTGCATATTCTAAAAAG;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=233752647;WS=233752635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	233752944	rs72427034	ACACG	A	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.420;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=-2.442;NF=4;NR=68;PP=2990;ReadPosRankSum=2.571;SC=ACACACACACACACGCACGCA;SOR=1.151;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=5;TCR=84;TR=72;WE=233752955;WS=233752932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,92:0.91:101
chr2	233757679	rs748002	G	A	5142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=100;NR=67;PP=2540;SC=AGAAGTGGTCGGCCGCATAAC;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=100;TCR=68;TR=167;WE=233757687;WS=233757669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr2	233757697	rs895432	A	G	5235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr2	233759695	rs938569	G	C	5043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=106;PP=2965;SC=CCTTGGCTGAGACAGAGGAGC;SOR=1.119;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=75;TCR=106;TR=181;WE=233759703;WS=233759685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr2	233785015	rs778354	G	A	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.252;NF=42;NR=15;PP=1022;ReadPosRankSum=-0.626;SC=TAATCTCCTCGGGCTGTAGGA;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=57;WE=233785023;WS=233785005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr2	233791608	rs1878289	C	G	2868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=29;PP=1981;SC=CCATTTAGAGCCAAACATGTC;SOR=1.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=95;WE=233791616;WS=233791598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	233791648	rs2592127	G	T	4985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=1.087;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	233792565	rs2921705	G	A	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	233834975	rs4973588	A	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=2.120;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,26:0.26:99
chr2	233880271	rs60652209	A	G	2801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=28;PP=1777;SC=CCACCCAGCCATCCACCCATT;SOR=1.835;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=77;TCR=28;TR=105;WE=233880279;WS=233880261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	233899126	rs2233391	C	A	14889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=266;NR=246;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.613;SC=TTTGCAGCTTCACGACAGGGC;SOR=0.333;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=514;TCF=266;TCR=248;TR=512;WE=233899134;WS=233899116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,557:1.00:558
chr2	233925491	rs4246649	A	G	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=26;PP=698;SC=AGCTGGTCTCATGGCAGGTTT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=233925499;WS=233925481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	233990412	rs55913569	C	T	4122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=43;PP=2780;SC=CCGGGTTGTGCGCACAGTGTC;SOR=1.739;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=99;TCR=43;TR=141;WE=233990420;WS=233990402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	233997595	rs35276718	A	AT	116.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-0.516;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.687;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr2	234054873	rs1135173	G	A	15661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=292;NR=270;PP=2965;SC=GCCTGTTGTCGTCCATTGAAG;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=562;TCF=292;TCR=270;TR=562;WE=234054881;WS=234054863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,598:1.00:598
chr2	234070171	rs28605534	G	C	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=5;PP=496;SC=CTTTGTTAAAGTCGCACCTTT;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=234070179;WS=234070161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	234070190	rs28609111	G	A	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=8;PP=587;SC=TTGCAGGGGAGTGTCTAGGCC;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=32;WE=234070198;WS=234070180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	234070233	rs28576692	T	C	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=14;PP=1157;SC=TGGACACATGTTTCCAGGTTG;SOR=1.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=53;WE=234070241;WS=234070223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	234072626	rs141642539	T	C	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=24;PP=541;SC=GAGGCAAGGGTGGGCTCAGCC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=234072634;WS=234072616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	234078056	rs11386687	AC	A	6275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=67;PP=2951;SC=AGGTAATGGAACTCCTTCCCC;SOR=0.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=18;TCR=67;TR=85;WE=234078064;WS=234078046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	234078582	rs10754947	G	A	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=13;PP=1084;SC=TATGCTCCTCGCCCCACACCT;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=57;WE=234078590;WS=234078572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	234085792	rs13007032	A	C	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=42;ReadPosRankSum=1.305;SC=GAAATTCTATAAAAAGCCAAC;SOR=0.512;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=6;WE=234085800;WS=234085782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,6:0.19:32
chr2	234102658	.	CG	C	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,12:0.16:73
chr2	234107070	rs7569827	G	A	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=-1.989;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,46:0.34:137
chr2	234112649	rs7609436	T	C	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=253;ReadPosRankSum=-0.022;SC=CAATGTTACATGTCTCTATCT;SOR=0.588;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=24;WE=234112657;WS=234112639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,25:0.32:78
chr2	234113396	rs33926881	T	TTG	521.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.651;QD=5.12;ReadPosRankSum=-0.601;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,23:0.23:102
chr2	234160345	rs2289477	T	G	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.568;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=657;ReadPosRankSum=1.658;SC=CCTCGGGGACTGCCAGTGTGT;SOR=0.340;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=47;WE=234160353;WS=234160335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,50:0.77:65
chr2	234160669	rs10199278	C	G	595.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5585;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=429;ReadPosRankSum=0.416;SC=AACCTGAGGCCGAGTCCCTGG;SOR=0.379;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=24;WE=234160677;WS=234160659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,24:0.89:27
chr2	234173503	rs12994997	G	A	177.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9776;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=135;ReadPosRankSum=-0.765;SC=GGGCTCTGGCGAGGTACTATT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=234173511;WS=234173493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr2	234178624	rs35705047	CT	C	317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=-0.710;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,42:0.38:112
chr2	234181593	rs2289475	G	C	7652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr2	234182240	rs2289472	C	T	2546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=4.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.86;ReadPosRankSum=-0.555;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,109:0.81:135
chr2	234183368	rs2241880	A	G	3512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=77;PP=2292;ReadPosRankSum=-0.174;SC=CAATGTGGATACTCATCCTGG;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=82;TCR=95;TR=143;WE=234183376;WS=234183358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,151:0.79:191
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chr2	234184417	rs3792109	G	A	6040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.191;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=1.198;SC=TGAATGTCACGGTCCCTTTGT;SOR=0.452;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=327;TCF=178;TCR=149;TR=257;WE=234184425;WS=234184407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,274:0.78:351
chr2	234197717	rs4663136	C	G	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=29;PP=829;SC=AGCAGCATGGCGCAACATCGA;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=29;WE=234197725;WS=234197707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	234224643	rs181158151	G	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.786;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.513;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,12:0.22:55
chr2	234227523	rs2304777	A	G	6052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=112;NR=97;PP=2965;SC=GGGCATTTACATGGAAGGAGA;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=112;TCR=97;TR=209;WE=234227531;WS=234227513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr2	234227693	rs2304776	C	T	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=44;PP=1129;ReadPosRankSum=-0.861;SC=AGATGGTAGACGGAGCCCAGG;SOR=0.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=68;WE=234227701;WS=234227683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,66:0.80:82
chr2	234229480	rs74356516	C	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=341;ReadPosRankSum=-0.633;SC=GTGGGTGACTCCTCCGGCCAG;SOR=0.486;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=84;TCF=21;TCR=63;TR=30;WE=234229488;WS=234229470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,34:0.37:92
chr2	234235749	rs2304774	G	C	1954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.44;ReadPosRankSum=-1.223;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,88:0.83:106
chr2	234238254	rs745498	T	G	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=49;NR=45;PP=1514;SC=GTAGAGGGCATAGTCTTCTAG;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=49;TCR=45;TR=94;WE=234238262;WS=234238244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	234247627	rs2241874	T	C	348.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5033;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=186;ReadPosRankSum=1.670;SC=AATGTGTGCATTCTTAGCGCC;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=13;WE=234247635;WS=234247617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr2	234255145	rs35371121	A	C	2474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.07;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,107:0.74:145
chr2	234255547	rs1046974	G	A	2664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.86;ReadPosRankSum=-1.526;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,125:0.74:168
chr2	234294561	rs3075537	T	TTC	13432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=76;PP=2965;SC=AGCACTCTTGTTATAAATAAA;SOR=0.761;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=113;TCF=31;TCR=82;TR=107;WE=234294569;WS=234294551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr2	234294791	rs838716	G	C	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=6.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.49;ReadPosRankSum=-1.174;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr2	234346004	rs55683548	G	A	2456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=33;PP=1343;ReadPosRankSum=0.366;SC=CCTTGGTGACGCGGGGACTCT;SOR=0.731;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=127;TCF=83;TCR=44;TR=98;WE=234346012;WS=234345994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,109:0.79:138
chr2	234375944	rs2305540	C	T	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=21;PP=488;SC=GGCCTTGCAGCTCCTCCCTCT;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=234375952;WS=234375934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	234438246	rs56828432	C	CT	3882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=54;PP=2747;SC=AAGGACTGTCCTAGGAGCTAG;SOR=1.322;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=6;TCR=56;TR=59;WE=234438254;WS=234438236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	234438354	rs12692193	C	T	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=324;SC=GAAAAGTAAACATTTCTTTAA;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=234438362;WS=234438344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	234442437	rs11332355	CA	C	553.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=311;ReadPosRankSum=0.755;SC=TACACAGAAACAAAAAAAAAA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=20;WE=234442445;WS=234442427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr2	234449316	rs2167884	G	A	5673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr2	234449462	rs1545525	T	C	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=33;PP=960;SC=TGAGAAATAATTGCATACTTA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=234449470;WS=234449452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	234450822	rs1901812	T	C	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.75;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	234457900	rs3965793	T	A	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.89;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	234469664	rs6753062	T	C	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=21;PP=1199;SC=CCATAGGGTATAGGCCAAGTC;SOR=1.463;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=70;WE=234469672;WS=234469654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	234526871	rs1042597	C	G	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=-6.060;QD=3.76;ReadPosRankSum=1.001;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,47:0.25:189
chr2	234545039	rs149250772	A	AT	316.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=13.636;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.55;MQRankSum=-0.905;QD=14.40;ReadPosRankSum=0.631;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr2	234580453	rs3832043	AT	A	778.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.203;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=349;ReadPosRankSum=1.247;SC=TCAGTGACTGATTTTTTTTTT;SOR=0.452;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=25;WE=234580461;WS=234580443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,47:0.72:65
chr2	234590527	rs7586110	T	G	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.331;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=17;PP=668;ReadPosRankSum=-1.041;SC=CTTCTTCCACTTACTATATTA;SOR=0.933;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=54;WE=234590535;WS=234590517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,63:0.77:82
chr2	234590616	rs7577677	C	A	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=36;PP=1095;ReadPosRankSum=-2.415;SC=GCCTCCTTCCCCTATATGTGT;SOR=0.585;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=81;WE=234590624;WS=234590606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,87:0.81:107
chr2	234590970	rs17868323	T	G	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=10.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.000;QD=30.68;ReadPosRankSum=-1.623;SOR=2.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,50:0.79:63
chr2	234590974	rs17863778	CG	AA	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=16.709;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.000;QD=32.22;ReadPosRankSum=-0.726;SOR=2.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,43:0.75:57
chr2	234591205	rs11692021	T	C	11926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=671;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.669;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.406;NF=268;NR=233;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.093;SC=GGAGAGAGTATGGAACCACAT;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=628;TCF=333;TCR=295;TR=501;WE=234591213;WS=234591195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,539:0.81:669
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chr2	234599089	rs7608175	C	G	9918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=213;NR=192;PP=2962;ReadPosRankSum=0.051;SC=GGTCTCTCCTCTATTCAAAAT;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=529;TCF=280;TCR=249;TR=405;WE=234599097;WS=234599079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,440:0.75:586
chr2	234599234	.	G	GA	277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.315;ClippingRankSum=0.000;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=2.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.942;QD=1.05;ReadPosRankSum=0.048;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,55:0.21:265
chr2	234599296	rs45615240	T	C	2156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.594;NF=26;NR=58;PP=1502;ReadPosRankSum=-0.202;SC=CCTTGACTCCTACAGCACCAA;SOR=0.695;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=112;TCF=33;TCR=79;TR=84;WE=234599304;WS=234599286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,88:0.75:117
chr2	234601669	rs6759892	T	G	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=31;PP=1093;ReadPosRankSum=1.632;SC=CCTCCTTCGCTCATTTCAGAG;SOR=0.496;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=107;TCF=70;TCR=37;TR=81;WE=234601677;WS=234601659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,91:0.76:120
chr2	234601965	rs1105880	A	G	2800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=42;PP=1775;ReadPosRankSum=0.652;SC=GATCATTCCTAACTGCTCCTC;SOR=0.877;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=138;TCF=81;TCR=57;TR=105;WE=234601973;WS=234601955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,119:0.74:160
chr2	234602191	rs2070959	A	G	4502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.332;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.184;SC=CCTGGAGCATACATTCAGCAG;SOR=0.545;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=239;TCF=135;TCR=104;TR=175;WE=234602210;WS=234602181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,192:0.72:266
chr2	234602202	rs1105879	A	C	4611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.554;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.542;SC=CATTCAGCAGAAGCCCAGACC;SOR=0.597;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=257;TCF=140;TCR=117;TR=183;WE=234602210;WS=234602181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,198:0.70:283
chr2	234626287	rs869283	G	A	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=375;ReadPosRankSum=0.979;SC=ATCCTGGGGCGACCAGGACAA;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=26;WE=234626295;WS=234626277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,33:0.85:39
chr2	234627937	rs2011404	T	C	10274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.83;NF=201;NR=158;PP=2965;SC=TTAACCTCTGTGGGGCGGTGC;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=361;TCF=202;TCR=159;TR=359;WE=234627945;WS=234627927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr2	234637803	rs3821242	T	C	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.679;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.759;NF=32;NR=11;PP=726;ReadPosRankSum=0.439;SC=TCCCCTGCCGTGGCTGGCCAC;SOR=1.207;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=43;WE=234637811;WS=234637793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,49:0.77:64
chr2	234637853	rs6706232	G	A	2010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.720;NF=51;NR=20;PP=1105;ReadPosRankSum=-0.994;SC=CCTGGGCTGAGAGTGGAAAGG;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=65;TCR=26;TR=71;WE=234637861;WS=234637843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,84:0.79:107
chr2	234637912	rs6431625	T	C	2692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.757;NF=62;NR=33;PP=1506;ReadPosRankSum=-1.899;SC=ATGCGGGAGGTCTTGCGGGAG;SOR=0.578;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=80;TCR=42;TR=95;WE=234637920;WS=234637902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,113:0.81:140
chr2	234638249	rs7574296	A	G	6853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.51;MQRankSum=-3.127;NF=160;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.800;SC=TCTGCGCGGCAGTGCTGGCTA;SOR=0.653;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=394;TCF=221;TCR=173;TR=285;WE=234638257;WS=234638239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,311:0.73:426
chr2	234652347	rs13009407	C	G	6027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.838;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=2.285;SC=CGCCCTCCGCCCCCGCCTCGC;SOR=0.521;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=328;TCF=156;TCR=172;TR=253;WE=234652355;WS=234652337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,261:0.77:340
chr2	234663649	rs10929301	C	G	6110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.895;SC=AGCTGAAGACCTACTCGAAGG;SOR=0.814;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=344;TCF=148;TCR=196;TR=258;WE=234663657;WS=234663639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,267:0.75:355
chr2	234668879	rs34983651	C	CAT	532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.22;ReadPosRankSum=-0.118;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr2	234688036	rs6431631	C	A	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=12;PP=415;SC=GCAGCAGTAGCCTCAAGTGAG;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=234688044;WS=234688026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	234702212	rs6738710	G	C	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=250;ReadPosRankSum=1.154;SC=CAGCCTGCTCGCTACGGCAAG;SOR=0.432;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=79;TCF=61;TCR=18;TR=23;WE=234702220;WS=234702202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,23:0.27:84
chr2	234702459	rs1500481	T	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=-1.224;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,34:0.19:175
chr2	234702905	rs10169532	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.103;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr2	234703136	rs6431634	T	C	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=2.221;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,34:0.23:148
chr2	234704150	rs2885297	T	C	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=11;PP=2000;SC=TCAGCAGGACTGGGGTAGGGC;SOR=3.492;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=68;TCR=11;TR=79;WE=234704158;WS=234704140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	234704318	rs2361503	A	G	2405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=971;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=1.167;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:769,200:0.21:969
chr2	234704495	rs11563248	T	G	9020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=167;PP=2965;SC=CGTGCTTCCTTTATCCTGATG;SOR=1.228;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=113;TCR=167;TR=280;WE=234704503;WS=234704485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr2	234704690	rs759173	T	C	8893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=150;PP=2965;SC=TCGTAGCCCTTGGTGAGGCTC;SOR=0.806;Source=Platypus;TCF=150;WE=234704698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr2	234704746	rs759172	G	C	7097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=105;PP=2965;SC=CAGGAGGCCTGTAGGAGTCCC;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=124;TCR=105;TR=229;WE=234704754;WS=234704736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr2	234707341	rs1500479	T	C	3846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr2	234707460	rs11563247	G	C	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.640;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,34:0.20:172
chr2	234708428	rs13013882	G	A	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	234708570	rs11563069	G	A	3417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=51;PP=1716;SC=TACGCAGACCGCAGAGCAGCT;SOR=0.806;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=107;WE=234708578;WS=234708560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr2	234708629	rs13018934	G	A	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=33;PP=1125;SC=GCCACTCAGCGTACCTGTGTT;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=234708637;WS=234708619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	234708720	rs2041652	T	G	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=16;PP=705;SC=CCTAGATATATGCACAGCTCT;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=33;WE=234708728;WS=234708710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	234708824	rs55686299	T	G	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.97;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,68:0.69:98
chr2	234709000	rs11563245	C	T	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=264;ReadPosRankSum=-1.261;SC=TGGGTCACCACGCCAGGCTGG;SOR=1.911;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=16;WE=234709008;WS=234708990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr2	234713812	rs2041651	G	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=3.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.659;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,23:0.21:112
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chr2	234725502	rs726016	T	C	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	234727478	rs6759919	A	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=2.312;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,10:0.19:54
chr2	234727986	rs6754859	C	T	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,36:0.20:182
chr2	234728078	rs1500480	T	C	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=2.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.914;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,30:0.20:152
chr2	234732311	rs17868361	G	A	3160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.99;ReadPosRankSum=0.617;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,81:0.79:102
chr2	234732317	rs11676792	A	G	3066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.29;ReadPosRankSum=1.284;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,77:0.79:98
chr2	234737372	rs7564261	C	A	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.116;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=36;PP=1131;ReadPosRankSum=-0.239;SC=CGAGGCCCTGCGGGTGCTGTC;SOR=0.555;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=76;WE=234737380;WS=234737362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,84:0.78:108
chr2	234738175	rs502059	A	G	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=2;PP=846;SC=CTCTGCAGGGACCAAGGCATT;SOR=3.202;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=34;WE=234738183;WS=234738165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	234738472	rs582432	G	A	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=39;PP=1185;SC=GCTGTTCCCCGAGGAAACAGG;SOR=1.340;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=63;WE=234738480;WS=234738462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	234740136	rs879665	G	A	8782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=177;PP=2962;ReadPosRankSum=1.014;SC=AAGTGATACCGCTACTGATGA;SOR=0.600;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=494;TCF=263;TCR=231;TR=375;WE=234740144;WS=234740126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,394:0.76:518
chr2	234740758	rs213547	A	G	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=13;PP=971;SC=AACACGCTTGATGAATGACAG;SOR=1.257;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=234740766;WS=234740748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	234740797	rs76276350	C	CAAAA	5341.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=22;PP=2203;SC=TCCTCCAAAGCTGTGTGTATC;SOR=1.081;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=36;WE=234740806;WS=234740787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	234740798	rs3064782	T	A	5350.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=23;PP=1156;SC=CCTCCAAAGCTGTGTGTATCA;SOR=1.123;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=59;WE=234740806;WS=234740787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	234740985	rs474242	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=3.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=-0.685;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.192;SOR=1.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,24:0.20:123
chr2	234740987	rs658482	C	G	3637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=55;PP=1257;SC=TCCACCCCGGCACTCGGGGGA;SOR=1.104;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=98;WE=234740995;WS=234740975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	234741022	rs122856	T	C	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=30;PP=1076;SC=GTGGGAGGCATGTGGCAAGCT;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=59;WE=234741036;WS=234741012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	234741028	rs5839496	A	AG	2797.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=26;PP=1740;SC=GGCATGTGGCAAGCTGAGACC;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=234741036;WS=234741012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	234741401	rs2270854	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.55;ReadPosRankSum=-1.411;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr2	234741443	rs213548	G	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.473;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr2	234741808	rs2270856	C	T	2818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.140;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=42;PP=1589;ReadPosRankSum=1.486;SC=CAGCTGGACCCGGATCCCGGG;SOR=0.942;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=152;TCF=93;TCR=59;TR=111;WE=234741816;WS=234741798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,128:0.72:177
chr2	234746104	rs66812989	ATAT	A	1862.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=1096;ReadPosRankSum=-0.485;SC=AATTTCACTAATATTTACTTT;SOR=0.769;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=24;WE=234746114;WS=234746094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,47:0.81:58
chr2	234749151	rs213555	C	T	2407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=20;PP=1789;SC=AAGAATTCGGCTGAGATTCAC;SOR=2.520;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=90;TCF=70;TCR=20;TR=88;WE=234749159;WS=234749141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	234750831	rs3806589	T	C	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;PP=788;ReadPosRankSum=0.690;SC=GGACTCTTTCTGGAGATACGA;SOR=0.662;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=76;WE=234750839;WS=234750821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,94:0.76:123
chr2	234752638	rs7583713	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.60;ReadPosRankSum=0.319;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr2	234753008	rs169925	G	A	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=50;PP=1362;SC=CTCCCCTGACGATGCGGACTG;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=20;TCR=50;TR=70;WE=234753016;WS=234752998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	234754273	rs2302156	T	C	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=8;PP=954;SC=ATGCTCTTTATGGGTTCTGTA;SOR=2.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=48;WE=234754281;WS=234754263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	234758500	rs529963	G	A	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=43;PP=1411;SC=GCTTCATGGAGGAGTCCTCCA;SOR=0.839;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=91;TCF=48;TCR=43;TR=88;WE=234758508;WS=234758490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	234758539	rs685139	T	C	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=4.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.558;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,29:0.26:111
chr2	234758614	rs693637	A	G	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=28;PP=852;SC=GGAGACAGCAAGAGCCTGCCA;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=234758622;WS=234758604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	234761355	rs554699	G	A	6426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=95;NR=126;PP=2965;SC=CAAAGTGACAGGCAAAAAAAA;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=96;TCR=127;TR=221;WE=234761365;WS=234761345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr2	234762480	rs626110	A	T	5155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=97;NR=84;PP=2730;SC=AAGGTGGGGAAGACCCTTACC;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=97;TCR=84;TR=181;WE=234762488;WS=234762470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr2	234763225	rs622954	TC	CT	14890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=143;NR=142;PP=2947;SC=GACTCCGCCCTCCCTGCCTTC;SOR=0.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=146;TCR=146;TR=285;WE=234763234;WS=234763215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr2	234775346	rs13384181	G	A	7013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=0.916;SC=GGGGTGGCTGGTTCACCGCTG;SOR=0.675;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=380;TCF=184;TCR=196;TR=291;WE=234775354;WS=234775336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,312:0.78:400
chr2	234775675	rs213544	G	T	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=1.725;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,49:0.23:209
chr2	234846198	rs1019103	G	A	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=23;PP=582;SC=ATAGGCCAAAGTGACCTGGGC;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=27;WE=234846206;WS=234846188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	234847573	rs9646720	A	G	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=2.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,50:0.28:181
chr2	234847823	rs2302153	A	C	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=-0.604;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,21:0.20:106
chr2	234888643	rs6745987	T	C	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=3;PP=616;SC=GCCAGTGTGCTACCTACTTTC;SOR=2.517;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=28;WE=234888651;WS=234888633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	234888721	rs6736916	C	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.664;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,25:0.23:107
chr2	234890391	rs6708995	G	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.364;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,14:0.23:62
chr2	234892127	rs4663995	T	C	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=20;PP=428;SC=CAATTAACAATGTGGCAATTG;SOR=3.180;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=24;WE=234892135;WS=234892117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	234905078	rs11563208	C	T	3101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.33;ReadPosRankSum=2.008;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,141:0.74:190
chr2	234916771	.	AT	A	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=-1.527;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,22:0.27:82
chr2	234916831	rs6734618	A	G	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=1.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=600;ReadPosRankSum=0.824;SC=AGTAGTTGTGATAATAAAAGA;SOR=1.088;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=39;WE=234916839;WS=234916821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,36:0.80:45
chr2	234923362	rs28948677	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.842;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=135;ReadPosRankSum=-0.802;SC=ACTAATTTAAGATCATGATTT;SOR=0.086;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=10;WE=234923370;WS=234923352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr2	234959703	rs150764101	G	T	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.793;SOR=1.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,30:0.22:136
chr2	234967539	rs593668	T	A	2629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=47;PP=1565;ReadPosRankSum=1.113;SC=TCCGGGAGACTACATGCAGGA;SOR=0.710;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=148;TCF=81;TCR=67;TR=101;WE=234967547;WS=234967529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,115:0.69:167
chr2	235950187	rs1469375	T	C	12352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=688;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=244;NR=274;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.240;SC=CCAAGTCCGATGCTCCCACAT;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=646;TCF=304;TCR=342;TR=518;WE=235950195;WS=235950177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,555:0.81:685
chr2	235951819	rs3795962	A	G	3359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=1.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.26;ReadPosRankSum=0.832;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,151:0.82:184
chr2	235962210	rs10177808	T	C	2796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.862;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=40;PP=1683;ReadPosRankSum=0.161;SC=CTCCCTCCTTTTGTTTTTTAC;SOR=0.407;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=132;TCF=84;TCR=48;TR=104;WE=235962218;WS=235962200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,118:0.80:148
chr2	236403305	.	GCGGCTC	G	1612.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.25;ReadPosRankSum=0.815;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,40:0.80:50
chr2	236403462	rs8178993	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,32:0.16:194
chr2	236403607	rs3738998	C	A	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=13;PP=325;SC=CACGCGGCTGCTCCGCCGAGG;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=236403615;WS=236403597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	236433161	rs62191529	G	A	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=1.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=1.798;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,78:0.22:352
chr2	236433331	rs11689907	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=-2.108;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,23:0.23:98
chr2	236433390	rs10207027	G	A	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=26;PP=639;SC=TAGGGACCTCGTCCCTTTCTT;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=236433398;WS=236433380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	236715907	rs149772875	A	C	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,68:0.26:259
chr2	236716006	rs8178996	T	A	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=47;PP=1138;ReadPosRankSum=-0.016;SC=TCCCTCCCTGTCGCCGGAGAT;SOR=0.664;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=83;WE=236716014;WS=236715996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,93:0.78:119
chr2	236761396	rs13006916	C	T	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=1.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.243;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,50:0.22:231
chr2	236817336	rs57795387	CT	C	646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=3.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.291;QD=3.63;ReadPosRankSum=1.329;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,67:0.38:178
chr2	236923361	rs35361765	C	CT	1313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.39;ReadPosRankSum=2.116;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,73:0.69:106
chr2	237029104	rs2278884	C	T	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.47;ReadPosRankSum=0.476;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr2	237032607	rs11895915	T	G	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=25;PP=1119;ReadPosRankSum=-0.207;SC=GGAACACAGCTCTGGCCTACG;SOR=0.509;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=114;TCF=78;TCR=36;TR=77;WE=237032615;WS=237032597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,83:0.69:120
chr2	237032679	rs143254472	G	A	5087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=3.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.23;ReadPosRankSum=0.487;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,237:0.71:334
chr2	237032703	rs8178994	T	C	6909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=1.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.65;ReadPosRankSum=-2.379;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,308:0.74:415
chr2	237032837	rs11899677	G	A	2753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=67;PP=1707;ReadPosRankSum=1.631;SC=CTCAGAAGTCGCAGCACGTGA;SOR=0.813;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=53;TCR=85;TR=109;WE=237032845;WS=237032827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,117:0.81:144
chr2	237103548	rs10177825	G	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=308;ReadPosRankSum=0.491;SC=CCAAAAGTAGGTAATTCTGCA;SOR=0.664;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=103;TCF=63;TCR=40;TR=28;WE=237103556;WS=237103538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,32:0.26:125
chr2	237103623	rs10166966	A	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=5.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,44:0.35:126
chr2	237103697	rs10177957	G	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=1.416;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr2	237104704	rs12328175	T	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=39;ReadPosRankSum=1.682;SC=CTTGAGGCCATGGCACCGCAA;SOR=0.641;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=5;WE=237104712;WS=237104699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr2	237105050	rs55818776	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.40;ReadPosRankSum=-2.000;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr2	237146643	rs72060634	TGTG	T	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=4.352;QD=1.66;ReadPosRankSum=-1.746;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,8:0.14:56
chr2	237149941	rs6756597	C	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=2.808;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,25:0.21:118
chr2	237150166	rs2015983	A	C	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=44;PP=1187;SC=CTCTCCATTGAGATGCCGTCG;SOR=1.119;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=77;WE=237150174;WS=237150156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	237150311	rs6431443	T	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=66;ReadPosRankSum=1.465;SC=TCCGATGTGATAATGGTTACT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=237150319;WS=237150301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr2	237247036	rs111440161	G	GA	1888.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=38;PP=913;ReadPosRankSum=0.319;SC=CTGGGAGAGAGAAAAAAAAAT;SOR=0.987;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=43;WE=237247044;WS=237247026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,83:0.98:85
chr2	237252454	rs72978647	C	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,25:0.22:114
chr2	237255303	rs62192371	A	G	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	237255484	rs73132718	G	A	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=129;SC=AAGATCTCAGGGGTTGGGCGA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=237255492;WS=237255474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	237285889	rs6431458	G	A	2597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=45;PP=1235;ReadPosRankSum=0.567;SC=CGGTATTTCTGTTAATGATCA;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=57;TCR=57;TR=90;WE=237285897;WS=237285879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,115:0.80:143
chr2	237307967	rs6719078	G	A	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=17;PP=1109;ReadPosRankSum=-1.820;SC=AGAATGTCTCGGTTGTGAGTG;SOR=0.935;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=94;TCF=68;TCR=26;TR=67;WE=237307975;WS=237307957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,73:0.72:102
chr2	237349921	rs146553528	C	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.815;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=-2.080;SC=CTTGAAGAAACTGAAGGTACT;SOR=0.072;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=8;WE=237349929;WS=237349911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr2	237374309	rs35432941	C	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=2.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=0.486;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,29:0.24:122
chr2	237395443	rs1986381	C	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=186;ReadPosRankSum=1.809;SC=TTTAAGAAAACCAGATGCTAT;SOR=0.614;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=19;WE=237395451;WS=237395433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,21:0.27:78
chr2	237396935	rs6751722	G	A	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=39;PP=1133;SC=TCCTGCTAAGGGTCCCCACGG;SOR=2.564;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=51;WE=237396943;WS=237396925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr2	237412168	rs75481888	A	G	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=673;ReadPosRankSum=-0.975;SC=TTCTTCCCCAACTGCAGTCTG;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=42;WE=237412176;WS=237412158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,49:0.82:60
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chr2	238244863	rs35879189	TGCA	T	891.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.564;NF=7;NR=9;PP=588;ReadPosRankSum=0.349;SC=CCACTGGTTTTGCAGCAGCAG;SOR=0.873;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=16;WE=238244873;WS=238244853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,27:0.30:91
chr2	238244923	rs11683438	C	T	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=5.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.789;QD=3.81;ReadPosRankSum=0.068;SOR=1.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,40:0.24:166
chr2	238244963	rs6728818	A	G	5359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.886;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.139;NF=118;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.468;SC=AACAGTGGCCATCTTTGTGGC;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=118;TCR=71;TR=188;WE=238244971;WS=238244953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,207:1.00:208
chr2	238249108	rs61729844	T	C	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.339;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr2	238249630	rs4433949	C	T	5369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.885;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=0.264;SC=TGACCAGGTACGCTATGTACT;SOR=0.551;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=295;TCF=156;TCR=139;TR=219;WE=238249638;WS=238249620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,240:0.74:323
chr2	238249717	rs34558385	G	A	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=4.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,65:0.25:258
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chr2	238259675	rs3790995	G	A	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=14;PP=924;ReadPosRankSum=2.874;SC=CAGTAGTACTGAAGAGGAGGG;SOR=0.613;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=67;TCF=52;TCR=15;TR=57;WE=238259683;WS=238259665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,64:0.84:76
chr2	238261112	rs4663726	GC	AA	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=2.972;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.34;ReadPosRankSum=1.519;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,53:0.33:163
chr2	238261850	rs2646257	T	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=385;ReadPosRankSum=0.087;SC=TTGCACAGCATTGTGGAAGTA;SOR=1.675;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=25;WE=238261858;WS=238261840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr2	238262021	rs36117715	G	A	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=2.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.23;ReadPosRankSum=0.457;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,105:0.73:144
chr2	238271786	rs11287247	GC	G	837.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.323;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=404;ReadPosRankSum=0.375;SC=ATCTACCAAGGCCCCCCCCCC;SOR=2.165;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=26;WE=238271794;WS=238271776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr2	238271882	rs11385011	T	TA	2095.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=1114;ReadPosRankSum=-1.993;SC=TATAAAGACATAAAAAAAACT;SOR=0.535;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=56;WE=238271890;WS=238271872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,110:0.80:138
chr2	238274828	rs2645770	C	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=257;ReadPosRankSum=0.247;SC=CTTTGAGAAGCAATTCTATCC;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=12;WE=238274836;WS=238274818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr2	238277573	rs2645774	C	A	7394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.992;SC=TCAGTGGGGACCCCCCTCTGA;SOR=0.696;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=408;TCF=189;TCR=219;TR=308;WE=238277581;WS=238277563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,339:0.76:449
chr2	238277795	rs2646260	A	G	2330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=44;PP=1217;ReadPosRankSum=1.171;SC=TCAGAAAGACAATGTCTGCAG;SOR=0.970;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=83;WE=238277803;WS=238277785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,102:0.80:128
chr2	238283605	rs12622093	G	A	10863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=626;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=235;NR=228;PP=2962;ReadPosRankSum=1.652;SC=ACAGAGGGAAGCCGCTCCTGA;SOR=0.653;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=591;TCF=302;TCR=289;TR=463;WE=238283613;WS=238283595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,491:0.79:624
chr2	238303906	rs2645778	A	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=276;ReadPosRankSum=-0.643;SC=CTTCCTATCAATGCAAAGCCT;SOR=0.412;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=18;WE=238303914;WS=238303896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr2	238305211	rs1553032	C	T	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=159;SC=TCTGAAAAGGCCTATAAATCC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=238305219;WS=238305210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	238419543	rs71887544	CGT	C	1520.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.61;MQRankSum=0.984;QD=22.04;ReadPosRankSum=-1.126;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,58:0.84:69
chr2	238451167	rs28418886	G	A	6178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.43;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,241:0.99:243
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chr2	238536392	rs10184871	T	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=43;ReadPosRankSum=1.239;SC=AGGTGAGCGCTCCGGGAGGGC;SOR=0.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=6;WE=238536400;WS=238536382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
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chr2	239006879	rs12993309	C	T	3663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.89;ReadPosRankSum=-0.930;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,162:0.84:194
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chr2	239007755	rs68159827	CATT	C	1792.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.174;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.151;NF=19;NR=8;PP=1084;ReadPosRankSum=0.008;SC=CCCTTTTGATCATTATTAACT;SOR=1.463;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=27;WE=239007765;WS=239007745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,46:0.71:65
chr2	239007806	rs1054640	A	G	2151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.266;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.858;NF=61;NR=32;PP=1277;ReadPosRankSum=-1.692;SC=GTGCAGCTCCAGGTCATTCCT;SOR=1.322;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=117;TCF=74;TCR=43;TR=93;WE=239007814;WS=239007796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,98:0.81:121
chr2	239007850	rs1054641	T	A	3559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=3.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.930;QD=17.36;ReadPosRankSum=2.182;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,160:0.78:205
chr2	239007991	rs15787	T	A	2190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.096;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=52;PP=1326;ReadPosRankSum=0.291;SC=AAGGAACTACTTGATGATTTT;SOR=1.088;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=102;TCF=41;TCR=61;TR=84;WE=239007999;WS=239007981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,94:0.82:115
chr2	239010455	rs5839683	GGAA	G	636.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.287;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.109;NF=14;NR=2;PP=657;ReadPosRankSum=0.951;SC=GAGGGAAGGAGGAAGGAGCTG;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=16;WE=239010465;WS=239010454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr2	239010690	rs34878344	C	A	3240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=68;PP=1907;ReadPosRankSum=0.929;SC=GCTAGAGACCCGGGAGGGAGC;SOR=0.871;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=173;TCF=85;TCR=88;TR=130;WE=239010698;WS=239010680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,145:0.76:192
chr2	239010719	rs36066915	T	C	3722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=70;PP=1940;SC=TGCACCACGCTGCCGTCAGTG;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=57;TCR=70;TR=127;WE=239010727;WS=239010709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	239010796	rs10186290	G	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=0.241;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
chr2	239013472	rs116142311	G	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=-1.624;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,25:0.23:110
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chr2	239016640	rs878134	G	T	2345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.678;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=64;PP=1726;ReadPosRankSum=-0.398;SC=GGGAGACAGGGTGAGCAGTCA;SOR=0.927;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=132;TCF=47;TCR=85;TR=97;WE=239016648;WS=239016630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,98:0.74:133
chr2	239025523	rs11903074	T	C	6226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr2	239033901	rs10172440	T	C	24732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=940;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,938:1.00:938
chr2	239034043	rs10170048	A	C	8075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=181;PP=2965;SC=CACAGCCCCAAGTGGGCCACC;SOR=1.497;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=100;TCR=181;TR=281;WE=239034051;WS=239034033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr2	239036416	rs12692214	T	C	8552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=184;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.090;SC=CCGGGGCCCCTAGCCAGCCTC;SOR=1.396;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=302;TCF=116;TCR=186;TR=299;WE=239036424;WS=239036405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,319:0.99:321
chr2	239038912	rs57813708	T	C	4491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=84;PP=2472;ReadPosRankSum=1.276;SC=ACCTGCAGCTTCGGCGCCGCT;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=112;TCR=111;TR=169;WE=239038920;WS=239038902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,198:0.77:257
chr2	239039057	rs13033248	A	G	4896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=47;PP=1624;ReadPosRankSum=0.776;SC=GGAGGCCTCAATCCCAGCGGC;SOR=0.703;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=154;TCF=88;TCR=66;TR=112;WE=239039065;WS=239039047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,127:0.73:174
chr2	239039075	rs13006204	G	T	5058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=49;PP=1841;ReadPosRankSum=-0.437;SC=GGCTGAGCCCGCAGGGTCTGC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=91;TCR=67;TR=117;WE=239039083;WS=239039065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,134:0.74:180
chr2	239039183	rs73102303	G	A	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=2.563;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,64:0.27:237
chr2	239039637	rs4663845	T	C	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=36;PP=1344;SC=CTCAAGACAGTGGCCTGCAGG;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=85;WE=239039645;WS=239039627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	239039896	rs10182906	G	C	11446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr2	239040187	rs12692215	T	C	8259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.724;SC=GCAAGTCAGGTCTGACCCTGC;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;WE=239040195;WS=239040177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,303:0.99:305
chr2	239040218	rs73102309	G	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=3.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=0.344;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,53:0.20:263
chr2	239049540	rs2241985	G	A	10771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=226;NR=205;PP=2962;ReadPosRankSum=0.691;SC=ATGCCACCGCGGCCTCCTGGC;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=559;TCF=290;TCR=269;TR=431;WE=239049548;WS=239049530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,472:0.78:608
chr2	239050033	rs12692216	C	T	3470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=73;PP=2040;ReadPosRankSum=0.064;SC=GCCCGGGCCGCCCACCTGCCC;SOR=0.825;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=71;TCR=101;TR=123;WE=239050041;WS=239050023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,143:0.74:193
chr2	239051550	rs935411	T	C	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	239053436	rs12623661	G	C	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=8;PP=833;ReadPosRankSum=-1.211;SC=CAGTGAGGGGGGCATTTCTGC;SOR=0.516;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=45;WE=239053444;WS=239053426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,45:0.83:54
chr2	239053685	rs13013945	A	C	5086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=107;PP=2691;SC=CACTGGGCTCAGTGCAACTCC;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=76;TCR=107;TR=183;WE=239053693;WS=239053675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr2	239054504	rs11674140	G	T	7308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=125;NR=126;PP=2965;SC=CTTCCCTGGGGCCTGGTTCTA;SOR=0.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=125;TCR=127;TR=251;WE=239054512;WS=239054494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr2	239056746	rs11674655	T	G	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.114;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=304;ReadPosRankSum=1.173;SC=TGGTGAGGATTGGGGCTCCTG;SOR=0.307;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=19;WE=239056754;WS=239056736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr2	239059484	rs7605194	T	C	6122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr2	239072916	rs139530631	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=11.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=1.261;SOR=1.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,22:0.16:138
chr2	239073046	rs6760421	C	T	6142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.512;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.374;SC=TTCGCTCGGCCTCCACAAGCT;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=331;TCF=173;TCR=158;TR=255;WE=239073054;WS=239073036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,277:0.77:358
chr2	239075812	rs3795905	C	T	5025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=0.882;SC=GGAACTCTGCCCACACTGGCC;SOR=0.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=243;TCF=122;TCR=121;TR=191;WE=239075820;WS=239075802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,207:0.79:262
chr2	239075935	rs3820817	A	G	8038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=152;NR=125;PP=2965;SC=CTTATCCAGGAAAGAAAGAGT;SOR=0.830;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=152;TCR=126;TR=277;WE=239075943;WS=239075925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr2	239079791	rs7577745	T	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=98;ReadPosRankSum=0.077;SC=AGGTTTTTTTTTTCTTTTTTC;SOR=0.538;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=10;WE=239079809;WS=239079781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr2	239082166	rs3832064	G	GC	7770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=57;PP=2936;SC=CTCTTATAGGGCCTTTTACCT;SOR=1.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=62;TCR=59;TR=117;WE=239082174;WS=239082156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr2	239092474	rs2305173	C	T	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=837;ReadPosRankSum=-0.618;SC=TCTTATATTTCAAAATGAACC;SOR=0.603;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=58;WE=239092482;WS=239092464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,67:0.82:82
chr2	239093788	rs6431588	T	C	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=15;PP=850;SC=CAATAACCAATTTGAGTATCA;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=46;WE=239093796;WS=239093778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	239096999	rs60823094	A	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-1.023;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,18:0.28:64
chr2	239102856	rs3795903	A	G	2235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=30;PP=1448;ReadPosRankSum=-0.054;SC=TAAATTTCACATAAGAGTAAA;SOR=0.795;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=131;TCF=93;TCR=38;TR=97;WE=239102864;WS=239102846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,105:0.72:146
chr2	239103574	rs35393292	G	A	3788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=2.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.70;ReadPosRankSum=-0.523;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,165:0.77:214
chr2	239103603	rs7558210	C	G	2653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.429;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=56;PP=1461;ReadPosRankSum=-0.930;SC=CCTGCTTTGACACAAGTTTGC;SOR=1.000;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=133;TCF=61;TCR=72;TR=99;WE=239103611;WS=239103593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,118:0.76:156
chr2	239112344	rs113428548	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.72;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
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chr2	239134056	rs7572285	A	G	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=0.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.33;ReadPosRankSum=-1.154;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,64:0.19:341
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chr2	240066526	rs2290088	T	C	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=34;PP=644;ReadPosRankSum=0.355;SC=TCAACACTGCTGTGTTGCTGC;SOR=0.507;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=57;WE=240066534;WS=240066516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,61:0.82:74
chr2	240078488	rs76103770	C	G	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=0.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-0.491;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.841;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,76:0.20:383
chr2	240078587	rs5839723	GAC	G	2258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.518;NF=0;NR=42;PP=1802;ReadPosRankSum=-0.898;SC=CACCTCAACAGACACACCTTT;SOR=0.655;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=1;TCR=56;TR=42;WE=240078596;WS=240078577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,60:0.81:74
chr2	240083528	rs3791515	G	A	12421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=1.087;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr2	240083731	rs3828216	C	T	2632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=33;PP=1540;ReadPosRankSum=0.346;SC=GACTCCTGGGCGAGGGGGCGC;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=96;TCR=46;TR=103;WE=240083739;WS=240083721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,117:0.73:161
chr2	240084053	rs3791516	T	A	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=5.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=1.562;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,40:0.30:133
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chr2	240085674	rs13010577	C	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.85;ReadPosRankSum=-1.710;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
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chr2	240922822	rs958960	C	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=209;ReadPosRankSum=1.300;SC=CTATGAATTTCCAGAAATGGT;SOR=0.807;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=15;WE=240922830;WS=240922812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr2	240923050	rs1530144	C	T	4583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=92;PP=2820;ReadPosRankSum=-1.963;SC=GTCAGGGCCACGGTGCCAGGC;SOR=0.682;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=277;TCF=150;TCR=127;TR=197;WE=240923058;WS=240923040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,210:0.71:297
chr2	240923146	rs6716293	TC	CT	6537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.797;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=77;PP=2944;ReadPosRankSum=2.846;SC=TAGAGAAACATCGGGCAACCC;SOR=0.500;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=189;TCF=82;TCR=107;TR=138;WE=240923155;WS=240923136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,162:0.75:216
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chr2	240954110	rs2289407	A	G	4757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.028;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=79;PP=2789;ReadPosRankSum=0.699;SC=GTGCTGATCTACATTCAAAAT;SOR=0.529;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=138;TCR=100;TR=189;WE=240954118;WS=240954100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,208:0.82:255
chr2	240958129	rs4149540	C	T	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=345;ReadPosRankSum=-0.730;SC=TCACTGCATTCCAGAGAAAAG;SOR=0.407;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=22;WE=240958137;WS=240958119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr2	240961728	rs2083411	T	C	9736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=1.239;SC=CATAGCGCAGTTTGCACTGCA;SOR=0.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=522;TCF=270;TCR=252;TR=401;WE=240961736;WS=240961718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,427:0.77:554
chr2	240961852	rs7596788	A	G	4151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.312;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=102;PP=2719;ReadPosRankSum=0.838;SC=GAAACCTCTTAGTGATAAAAA;SOR=0.944;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=73;TCR=129;TR=160;WE=240961860;WS=240961842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,173:0.81:214
chr2	240969312	rs10187574	A	G	2213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.13;MQRankSum=0.000;QD=18.00;ReadPosRankSum=-0.375;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,98:0.80:123
chr2	240969483	rs145620667	G	A	413.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.94;MQRankSum=-0.183;QD=24.33;ReadPosRankSum=1.181;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr2	240981179	rs6731916	T	C	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=436;ReadPosRankSum=1.001;SC=TTGTCTCTGGTTCAAAAATGT;SOR=0.459;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=23;WE=240981187;WS=240981169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr2	240981375	rs6732185	T	A	5637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=3.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-0.610;QD=15.20;ReadPosRankSum=-1.074;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,269:0.73:371
chr2	240982059	.	CCGTGGGTG	C	519.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQRankSum=2.977;QD=16.77;ReadPosRankSum=0.039;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr2	240982068	.	AAGAGGCATGGACGAAGGGCCGTGGGTGAAGAGGCATGGACGAAGGGCC	A	511.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQRankSum=2.991;QD=14.21;ReadPosRankSum=0.068;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr2	240982116	.	C	A	513	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=16;MQ=50.79;NF=15;NR=21;PP=513;QD=15.2158670152;SC=GACGAAGGGCCGTGGGTGAAG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=36;WE=240982124;WS=240982106;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,36:0.75:48
chr2	240982228	rs10439373	C	T	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.867;NF=19;NR=15;PP=500;ReadPosRankSum=-0.884;SC=GATGAAGGGCCGTGGGTGAAG;SOR=0.514;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=34;WE=240982236;WS=240982218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr2	240984833	rs13389099	C	G	3015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.763;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=54;PP=1891;ReadPosRankSum=-1.114;SC=GGGTGATGTGCGCATATGACA;SOR=0.595;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=80;TCR=65;TR=119;WE=240984841;WS=240984823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,130:0.82:159
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chr2	240985511	rs10933560	A	G	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.391;NF=10;NR=26;PP=644;ReadPosRankSum=0.214;SC=TGGGAGCTGCAGGCCTACAAA;SOR=0.900;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=36;WE=240985519;WS=240985501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,40:0.83:48
chr2	241066280	rs4292120	C	T	4103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=98;PP=2562;ReadPosRankSum=-0.937;SC=ACATTAGCGCCTCCGCCCCCT;SOR=0.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=103;TCR=138;TR=173;WE=241066288;WS=241066270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,183:0.71:256
chr2	241066325	rs12614632	A	C	1924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=54;PP=1067;ReadPosRankSum=0.832;SC=CTCTGTCCAAAGCTGCCACTT;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=40;TCR=79;TR=81;WE=241066333;WS=241066315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,88:0.69:128
chr2	241075809	rs13406410	C	T	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.674;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=38;PP=867;ReadPosRankSum=-0.735;SC=GGTGCCCGCCCGCTGGGGTGC;SOR=1.296;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=51;WE=241075817;WS=241075799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,57:0.69:83
chr2	241078784	rs2279690	A	T	4303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=93;PP=2436;ReadPosRankSum=-2.597;SC=GAAAGACACAAGACACCTGCC;SOR=0.678;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=218;TCF=100;TCR=118;TR=170;WE=241078792;WS=241078774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,190:0.78:243
chr2	241079382	rs2291769	T	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=1.024;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,24:0.25:96
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chr2	241389219	rs13421123	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.042;SOR=1.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr2	241390002	rs3828334	A	G	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=0.767;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:342,67:0.16:409
chr2	241390516	rs3828336	C	T	6331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.496;SC=GGTGAGCGGCCGAGTTCCTTT;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=318;TCF=185;TCR=133;TR=251;WE=241390524;WS=241390506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,271:0.79:345
chr2	241392491	rs4268920	A	G	3929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=63;NR=63;PP=1955;SC=CCTCTCCCGCAGCGCCACCGT;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=63;TCR=63;TR=126;WE=241392499;WS=241392481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	241395353	rs12695019	A	G	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=13;NR=6;PP=306;SC=GGCCGCCTCGATCCAGCCTGC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=241395361;WS=241395343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	241395503	rs2292832	T	C	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	241396765	rs10933605	G	A	442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.985;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=254;ReadPosRankSum=-0.394;SC=AGCGGCAGCCGCCCAAGCCCG;SOR=0.429;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=25;WE=241396773;WS=241396755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,27:0.31:86
chr2	241396969	rs11680576	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=144;ReadPosRankSum=0.370;SC=AGGGGTGACTTCTCTTGCAGT;SOR=0.602;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=13;WE=241396977;WS=241396959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
chr2	241397326	rs13430967	G	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.534;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr2	241397331	rs13390118	C	G	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.17;ReadPosRankSum=1.091;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr2	241401566	rs35971355	G	A	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.30;ReadPosRankSum=-1.203;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,65:0.82:79
chr2	241401741	rs1042829	C	T	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=1.938;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,49:0.25:200
chr2	241403014	rs881029	T	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=0.653;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,9:0.20:44
chr2	241403955	rs3830536	GTGACGCCTGCGTGTGCGTGTCAACGCCTGTGTGCGCGCGT	G	8688.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.071;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.504;NF=25;NR=44;PP=2964;ReadPosRankSum=1.430;SC=TGCACACGTGGTGACGCCTGC;SOR=1.425;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=117;TCF=44;TCR=73;TR=69;WE=241404002;WS=241403945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,220:0.72:304
chr2	241404213	rs41266965	T	C	4272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.296;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=94;PP=2230;ReadPosRankSum=0.380;SC=GTCCTGGATGTGGCCCCATTG;SOR=0.955;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=226;TCF=102;TCR=124;TR=165;WE=241404221;WS=241404203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,193:0.75:258
chr2	241404317	rs2229458	C	T	2235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=4.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.42;ReadPosRankSum=2.044;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,111:0.77:145
chr2	241405400	rs10700206	C	CGTG	706.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.278;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=565;ReadPosRankSum=0.525;SC=TCACCTGGCACGGGCCCTTAC;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=14;WE=241405408;WS=241405399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr2	241405485	rs2228330	C	T	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=21;PP=874;ReadPosRankSum=-1.041;SC=GTGACGACGGCAGCGGCTCGG;SOR=1.020;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=94;TCF=60;TCR=34;TR=65;WE=241405493;WS=241405475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,72:0.72:100
chr2	241405528	rs2228331	A	G	2935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.428;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=49;PP=1813;ReadPosRankSum=-1.052;SC=TGACCTCTGCAGCCGGAAGGT;SOR=0.838;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=164;TCF=99;TCR=65;TR=126;WE=241405536;WS=241405518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,134:0.77:174
chr2	241405873	rs62187180	G	A	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=33;PP=670;ReadPosRankSum=-0.981;SC=GCCTGGCCTCGCCTGCCTTTC;SOR=1.253;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=41;WE=241405881;WS=241405863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,44:0.73:60
chr2	241439326	rs12994525	G	C	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=3.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.73;ReadPosRankSum=1.767;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,36:0.29:124
chr2	241439329	rs12994526	G	T	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=3.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=2.236;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,36:0.28:129
chr2	241439337	rs12994534	G	A	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=3.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.256;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,43:0.29:147
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chr2	241536525	rs73001807	A	G	504.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.6387;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=336;ReadPosRankSum=0.381;SC=CCCATCTCCAACCTCTCAGAG;SOR=0.593;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=18;WE=241536533;WS=241536515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,20:0.83:24
chr2	241537421	rs3749166	G	A	6944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
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chr2	241538074	rs2975766	A	G	7228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=135;NR=114;PP=2965;SC=GCAGGTCTCCATCATGGCAGT;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=135;TCR=114;TR=249;WE=241538082;WS=241538064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr2	241538229	rs2975767	A	G	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=31;PP=872;SC=CCCTGCCAGGAGGCTGCGGCC;SOR=4.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=241538237;WS=241538219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	241555784	rs12052926	G	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.37;ReadPosRankSum=0.428;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr2	241555991	rs1509	G	T	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.79;ReadPosRankSum=0.023;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,75:0.77:98
chr2	241558397	rs6437353	G	A	1918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.54;ReadPosRankSum=1.450;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,87:0.75:116
chr2	241558547	rs7582275	G	A	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=44;PP=1152;ReadPosRankSum=-1.772;SC=GGGGGTTTGTGCCACCTTAGA;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=49;TCR=54;TR=84;WE=241558555;WS=241558537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,85:0.79:107
chr2	241569329	rs2975785	A	G	5050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.354;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.249;SC=CCCCCTGCTCACTCTCTGCTG;SOR=0.969;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=277;TCF=172;TCR=105;TR=219;WE=241569337;WS=241569319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,238:0.80:298
chr2	241570249	rs3749172	A	C	7479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=177;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.327;SC=CGTGGCTCCCAGTGCTAAGGC;SOR=0.488;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=395;TCF=171;TCR=224;TR=318;WE=241570257;WS=241570239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,336:0.81:417
chr2	241570391	rs2975786	A	G	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5028;FS=5.090;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=34;PP=845;ReadPosRankSum=0.483;SC=AAGGAGCCCGAGATCAGCCCT;SOR=2.124;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=40;WE=241570399;WS=241570381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,43:0.86:50
chr2	241622187	rs4081909	C	T	4576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.146;NF=92;NR=86;PP=2913;ReadPosRankSum=-1.421;SC=CTTGGAGGCCCGCCTGGCTGC;SOR=0.635;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=214;TCF=109;TCR=105;TR=178;WE=241622195;WS=241622177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,192:0.85:226
chr2	241622209	rs4081908	T	C	6464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=118;PP=2965;SC=TCACAGAGGGTGAAGGTGGCA;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=114;TCR=118;TR=232;WE=241622217;WS=241622199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr2	241627836	rs1003972	G	C	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=26;PP=1007;ReadPosRankSum=-1.656;SC=GTTCCAGGGCGCAGACTGACC;SOR=0.593;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=67;WE=241627844;WS=241627826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,73:0.77:95
chr2	241627928	rs1560619	A	G	4458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=87;NR=66;PP=2521;SC=TGCACAGGACAGGTAGGCAGA;SOR=0.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=87;TCR=66;TR=153;WE=241627936;WS=241627918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	241631267	rs71428453	A	G	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=4;PP=244;SC=TGTGGGAACCAGCCAGCTCCT;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=241631275;WS=241631257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	241631413	rs71428454	T	G	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=12;PP=534;SC=TCCAAGGCCCTGCTCCCAGTG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=29;WE=241631421;WS=241631403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	241631476	rs4328629	C	G	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=12;PP=470;SC=GCAGCTCGGGCCCTGCTGCCT;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=241631484;WS=241631466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	241659368	rs6437368	C	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=314;ReadPosRankSum=-1.315;SC=GAAGTGCTGCCCACTGCAGGC;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=22;WE=241659376;WS=241659358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr2	241663019	rs2043252	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=80;ReadPosRankSum=0.898;SC=TGATGGGTGGCTGCTCCTCCC;SOR=1.845;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=6;WE=241663027;WS=241663009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr2	241674222	rs3755533	T	C	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=26.34;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr2	241684660	rs1529665	T	C	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=5;PP=304;SC=CAGCTGTAAATCCATCAAGGG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=241684668;WS=241684650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr2	241685586	rs73102625	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=5.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=-0.629;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,35:0.27:130
chr2	241685673	rs60213439	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=153;ReadPosRankSum=0.080;SC=CACAGGCCCACGGGAGGGCTG;SOR=1.051;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=10;WE=241685681;WS=241685663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr2	241686636	rs116040950	G	A	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=3.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.55;ReadPosRankSum=-0.511;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,64:0.70:91
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chr2	241702561	rs11688298	T	A	2566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=4.597;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.19;ReadPosRankSum=-0.658;SOR=1.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,97:0.99:98
chr2	241706139	rs111612411	ATCTCTCTC	ATC,A,ATCTCTCTCTCTC	119.14	.	AC=1,0,0;AF=0.500,0.00,0.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=6,6;NR=3,3;PP=350,144;ReadPosRankSum=1.282;SC=CTCTCTCCAAATCTCTCTCTC;SOR=1.447;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=9,9;WE=241706154;WS=241706133;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.50:8
chr2	241706166	.	T	TCTCA	434	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=20;MMLQ=24;MQ=55.89;NF=6;NR=3;PP=434;QD=48.5555555556;SC=TCTCTCTCTCTCACACACACA;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=9;WE=241706174;WS=241706152;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,9:0.60:15
chr2	241708675	rs2288753	C	T	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=539;ReadPosRankSum=-2.029;SC=GCTTCCAGCACTGGCCTCAGC;SOR=0.848;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=30;WE=241708683;WS=241708665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr2	241713429	rs2288751	T	C	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=6;PP=757;SC=GAACAGGGCCTATGCAGGCCC;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=241713437;WS=241713419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	241713646	rs1063353	A	G	9613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=159;NR=165;PP=2965;SC=GCAGGACTCAAGGCTGCCACC;SOR=0.821;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=324;TCF=159;TCR=165;TR=324;WE=241713654;WS=241713636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr2	241722613	rs2288749	A	G	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.600;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=633;ReadPosRankSum=-2.458;SC=GGACCTGTGCAGTGTGGAGTG;SOR=1.167;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=37;WE=241722621;WS=241722603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,40:0.83:48
chr2	241725637	rs74002922	G	A	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=248;ReadPosRankSum=0.394;SC=CCACACCTCCGCGGGGGCACA;SOR=0.051;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=18;WE=241725645;WS=241725627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr2	241726646	rs2288746	A	G	14367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=272;NR=246;PP=2965;SC=CCCAGCGGCCAACGGCAGGCG;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=518;TCF=272;TCR=246;TR=518;WE=241726654;WS=241726636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,564:1.00:564
chr2	241728843	rs2288745	C	T	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.324;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=647;ReadPosRankSum=0.089;SC=CCAGACAAGCCAGGCCCCCAA;SOR=0.468;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=40;WE=241728851;WS=241728833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,48:0.79:61
chr2	241737017	rs10167412	C	A	4925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=107;NR=59;PP=2816;SC=GACCATGGCCCCCAGCAACCC;SOR=1.287;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=107;TCR=59;TR=166;WE=241737025;WS=241737007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr2	241808314	rs34116584	C	T	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=2.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=-0.909;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,61:0.21:285
chr2	241808463	rs66494441	A	G	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=5.119;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,53:0.16:327
chr2	241808491	.	T	TCCCACCCACAGATCGTGGACGAGGGAAGGGGGTCACTGCTTCCTCACTCGGGGGGCCTGGGTCTCACCCCTGTA	632.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.009;ClippingRankSum=0.000;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=11.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-3.107;SOR=3.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,5:0.02:231
chr2	241808685	rs35698882	C	T	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=2.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.069;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:333,91:0.21:424
chr2	241808792	rs34995778	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=7.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-0.442;QD=2.59;ReadPosRankSum=0.577;SOR=2.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,15:0.18:82
chr2	241808825	rs140694338	AGGCCTCCCT	A	1141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.755;NF=0;NR=22;PP=2976;ReadPosRankSum=-3.141;SC=CCATCCTTCAAGGCCTCCCTG;SOR=0.538;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=22;WE=241808841;WS=241808815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chr2	241810957	rs10196315	C	T	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=593;ReadPosRankSum=0.492;SC=TCCTTCTGCCCCTGGTCCCCA;SOR=0.425;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=36;WE=241810965;WS=241810947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,40:0.75:53
chr2	241812566	rs12997245	G	A	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=34;PP=844;ReadPosRankSum=-1.067;SC=CCGATGCTGCGGATTCGGCCC;SOR=0.621;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=48;WE=241812574;WS=241812556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,56:0.78:72
chr2	241813496	rs11693280	C	T	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=0.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=1.622;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:273,82:0.23:355
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chr2	241815473	rs12695032	G	A	5701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=131;PP=2965;SC=CTGGATTGTCGAGGGCGCGGC;SOR=1.564;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=205;TCF=70;TCR=135;TR=201;WE=241815481;WS=241815463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr2	241816545	rs6732985	C	T	4522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-4.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.935;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=47;PP=2829;ReadPosRankSum=0.483;SC=AGCAGTGCTGCGGAGGATGCC;SOR=0.359;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=235;TCF=174;TCR=61;TR=172;WE=241816553;WS=241816535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,192:0.75:256
chr2	241817516	rs4426527	A	G	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=-0.863;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:335,94:0.22:429
chr2	241818279	rs4273214	C	A	7397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=1.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.37;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,337:0.79:426
chr2	241827618	rs6707763	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.756;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=101;ReadPosRankSum=1.545;SC=GCTGCTGACCTGGGAGAGAAT;SOR=2.266;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=8;WE=241827626;WS=241827608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr2	241827676	rs34927891	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.507;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr2	241827696	rs4675869	A	G	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=9;PP=397;SC=AGGCCCCCGCAGCCAGCACCC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=241827704;WS=241827686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	241828012	rs6708304	T	C	3150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.58;ReadPosRankSum=-0.251;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,138:0.73:190
chr2	241828034	rs6707568	A	G	6486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.55;SOR=1.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr2	241830944	rs10171053	G	T	5470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=39;PP=1869;ReadPosRankSum=0.543;SC=TGACCAGGAGGGTGCGCCTAC;SOR=0.803;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=173;TCF=117;TCR=56;TR=125;WE=241830952;WS=241830934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,138:0.73:190
chr2	241830969	rs10171067	G	A	6578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=62;PP=2576;ReadPosRankSum=-0.381;SC=AGAGCTGGGCGCTGGCCGGCA;SOR=0.740;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=231;TCF=149;TCR=82;TR=172;WE=241830977;WS=241830959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,187:0.74:253
chr2	241831005	rs10195453	C	T	5928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.653;SC=GGCTGAGGATCCTTCTCAAGC;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=313;TCF=190;TCR=123;TR=234;WE=241831014;WS=241830995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,251:0.73:342
chr2	241831264	rs6737320	G	A	11580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FS=0.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.31;ReadPosRankSum=1.110;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,526:0.74:710
chr2	241831296	rs6709469	C	G	10858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=230;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TCACCTGCAGCCCTCTCTGCT;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=577;TCF=281;TCR=296;TR=448;WE=241831304;WS=241831286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,473:0.77:616
chr2	241831471	rs6709742	CA	TG	2560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-4.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.986;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=40;PP=1609;ReadPosRankSum=-1.817;SC=CAGCGTCCTACATGAGGTTTT;SOR=0.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=50;WE=241831480;WS=241831461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,65:0.79:82
chr2	241834770	rs4293565	A	G	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.64;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	241834830	rs3936204	T	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.615;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr2	241834875	rs3936205	G	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=3.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-1.708;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,35:0.31:114
chr2	241834944	rs4468809	T	C	3945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=55;PP=2353;ReadPosRankSum=-0.251;SC=CGATGGCTGCTACCAGCAGGT;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=125;TCR=78;TR=144;WE=241834952;WS=241834934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,167:0.71:234
chr2	241835379	rs12105122	G	A	853.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=448;ReadPosRankSum=-0.174;SC=GCACCTGCACGGCCATGGCTG;SOR=0.385;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=29;WE=241835387;WS=241835369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,36:0.88:41
chr2	241835421	rs13426919	A	G	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=349;ReadPosRankSum=1.191;SC=GCATCCCTTCAACAGTGGCAG;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=16;WE=241835440;WS=241835411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr2	241835432	rs10933514	G	A	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=393;ReadPosRankSum=-0.898;SC=ACAGTGGCAGGTGAGGGCCAG;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=15;WE=241835440;WS=241835411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,20:0.91:22
chr2	241859255	rs4675790	T	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.125;NF=5;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=2.074;SC=CGGGCTCAGATCTGGGACCCC;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=5;WE=241859263;WS=241859245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr2	241861904	rs4514870	G	C	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.25;ReadPosRankSum=-0.969;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,58:0.77:75
chr2	241865156	rs4675847	T	C	3617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	241868956	rs4407242	G	A	630.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.658;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=493;ReadPosRankSum=-0.709;SC=ACTCCGCTCCGTTACAGCCTA;SOR=1.351;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=28;WE=241868964;WS=241868946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,27:0.87:31
chr2	241869378	rs6756731	A	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=301;ReadPosRankSum=-0.398;SC=ACGTCCCCAGATCATCTCCTG;SOR=2.419;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=16;WE=241869386;WS=241869373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr2	241870593	rs34408974	CG	C	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=177;ReadPosRankSum=0.754;SC=CCCGGGGGGTCGGGGCCCATC;SOR=1.134;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=8;WE=241870601;WS=241870583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
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chr2	241872429	rs145183723	TCCAGGGAGGGGCC	T	628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.826;QD=7.06;ReadPosRankSum=-1.557;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,21:0.24:89
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chr2	241889171	rs12479396	G	A	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=172;SC=ACCAGGTCCCGGGGAATGGCA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=241889179;WS=241889161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	241889937	rs4077132	A	G	2994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=41;PP=1568;SC=GGTGATGGTGAGGCTGGGGGG;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=53;TCR=41;TR=93;WE=241889945;WS=241889927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
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chr2	241898947	rs10179839	G	T	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=15;PP=440;SC=GAGTGGGGGTGCCAGGAGGAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=241898955;WS=241898937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	241904001	rs11688859	G	C	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=19;PP=468;SC=GGAGCAGGCAGGGGGGGACGC;SOR=1.051;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=241904009;WS=241903991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	241904498	rs10432571	G	C	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=0.324;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,30:0.17:173
chr2	241904781	rs12467536	C	T	2166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=32;PP=1143;ReadPosRankSum=-0.617;SC=CCTGTCCGTGCGGCCCCACGC;SOR=0.848;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=102;TCF=61;TCR=41;TR=81;WE=241904789;WS=241904771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,95:0.80:119
chr2	241905591	rs13395609	T	C	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=4.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.755;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,80:0.25:322
chr2	241905779	rs12466789	A	G	6719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr2	241976615	rs34203344	CG	C	1343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=1.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.973;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,68:0.20:337
chr2	241979550	rs7571117	T	C	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=4.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=2.103;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,69:0.27:255
chr2	241987554	rs7590504	G	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=164;ReadPosRankSum=0.806;SC=GGGAGATGCTGAGCTCCATGG;SOR=0.765;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=14;WE=241987562;WS=241987544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr2	241991029	rs10206324	A	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,15:0.20:75
chr2	242002828	rs7581709	C	T	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=251;ReadPosRankSum=1.020;SC=GGAGGTGGCACGCCTCCCGAG;SOR=0.503;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=27;WE=242002836;WS=242002818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,30:0.39:77
chr2	242003558	rs34771867	T	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=2.062;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,29:0.18:162
chr2	242004199	rs2286319	G	C	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=0.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-0.585;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,93:0.25:371
chr2	242004219	rs11464431	T	TG	19191.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=119;PP=2957;SC=CAGGGACCCCTGCCACGCCCC;SOR=0.926;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=203;TCF=82;TCR=121;TR=197;WE=242004227;WS=242004209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr2	242007465	rs5839780	AC	A	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=273;ReadPosRankSum=-0.823;SC=TGTGGACTGTACCACCTGCCG;SOR=0.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=10;WE=242007473;WS=242007455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr2	242009273	rs13000549	G	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=1.093;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,18:0.24:75
chr2	242011084	rs17440466	T	C	2816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.159;SC=CTGCCGGAGCTGCGCCTGCTC;SOR=0.495;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=343;TCF=188;TCR=155;TR=273;WE=242011092;WS=242011074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,133:0.76:174
chr2	242011151	rs6760731	A	G	5569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=240;PP=2965;SC=TGCCCCACCCATCGGCCCCAT;SOR=2.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=315;TCF=75;TCR=240;TR=314;WE=242011159;WS=242011141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr2	242011330	rs6746124	C	A	3033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FS=11.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=1.304;SOR=0.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:455,194:0.30:649
chr2	242028741	rs1062748	A	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-1.474;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,26:0.27:98
chr2	242029737	rs61234509	G	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=1.647;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,37:0.24:155
chr2	242033770	rs2302047	T	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=225;ReadPosRankSum=0.179;SC=TGTGGCGATGTGGACGGAGTC;SOR=0.775;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=25;WE=242033778;WS=242033760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr2	242062130	rs2302049	C	G	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,100:0.27:377
chr2	242065601	rs75080735	C	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.196;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,33:0.17:193
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chr2	242072280	rs11684830	G	A	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.948;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,59:0.21:281
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chr2	242079103	rs6728712	G	A	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=1.437;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,28:0.24:117
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chr2	242079553	rs10933532	C	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=-0.935;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,22:0.24:93
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chr2	242082480	rs758068	A	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=2.045;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,13:0.18:72
chr2	242082559	rs2066941	T	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-1.356;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr2	242099961	rs2017989	C	T	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=37;PP=1084;SC=AGCTAGCGGGCTGTGTGTGGA;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=65;WE=242099969;WS=242099951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	242105939	rs11694223	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=4.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-1.322;SOR=0.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr2	242121959	rs34186191	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=146;ReadPosRankSum=0.233;SC=ACACCTGCTCGCCATCTTCTG;SOR=0.363;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=17;WE=242121967;WS=242121949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,17:0.27:62
chr2	242129487	rs11695874	G	T	2344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.28;ReadPosRankSum=-2.303;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,112:0.78:144
chr2	242139491	rs2013250	C	T	6404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=1.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr2	242142737	rs1179530	T	C	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=15;PP=973;SC=CCACAGGCCGTTCGCCCCCAG;SOR=1.355;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=54;WE=242142745;WS=242142727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	242149073	rs10192730	G	A	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	242151585	rs7593101	C	T	14801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,586:1.00:586
chr2	242151748	rs7566006	G	C	3811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=106;PP=2629;SC=CGGAGACCCAGGCAGGGGACA;SOR=2.659;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=28;TCR=106;TR=134;WE=242151756;WS=242151738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	242157228	rs78605785	G	T	7802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=3.476;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.58;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,304:1.00:305
chr2	242157353	.	CG	C	581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.51;QD=38.78;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	242157359	.	CG	C	580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.80;QD=38.72;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	242157565	.	C	CG	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=23;MQ=50.82;NF=4;NR=0;PP=28;QD=12.75;SC=AGGGGCGGGGCGGGGGGGCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=242157573;WS=242157555;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	242163359	rs7590653	G	A	10781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=202;NR=148;PP=2965;SC=TGAGCAGCCCGAGGGCTCAGA;SOR=0.959;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=351;TCF=202;TCR=149;TR=350;WE=242163367;WS=242163349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr2	242179134	rs10153800	G	A	12666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=239;NR=221;PP=2965;SC=CCATCACCCCGCCATACTCTT;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=461;TCF=239;TCR=222;TR=460;WE=242179142;WS=242179124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr2	242192848	rs7578199	T	C	6752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=117;PP=2965;SC=CTGGGCCACATTGACATCCTC;SOR=0.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=119;TCR=117;TR=236;WE=242192856;WS=242192838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr2	242203916	rs11891776	A	C	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	242206956	rs35334418	C	T	8655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=180;NR=123;PP=2965;SC=CTCCTAACAGCGACCTTGGTT;SOR=1.091;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=304;TCF=180;TCR=124;TR=303;WE=242206964;WS=242206946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr2	242255830	rs13006939	C	T	6872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr2	242259614	rs6745662	G	A	3918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=91;NR=49;PP=2200;SC=CCTTTTCTCTGTAGAGGCTTG;SOR=1.164;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=91;TCR=50;TR=140;WE=242259622;WS=242259604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr2	242263803	rs5839771	CT	C	254.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;QD=16.98;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	242283071	rs6750169	C	T	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=3;PP=663;SC=TTGTAGTCAACAGCAATGTGT;SOR=3.477;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=242283079;WS=242283061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	242283094	rs6707518	A	G	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=5;PP=954;SC=AGTCTGTGCTAATGTTCTCGT;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=242283102;WS=242283084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	242289663	rs3217007	C	CATT	2212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=31;PP=1631;SC=CAGTTACTAACATTGTGTCAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=31;WE=242289671;WS=242289653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	242374215	rs35614125	C	T	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=8;PP=320;SC=CACGCCACTGCACTCCACCCT;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=242374223;WS=242374205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	242374519	rs34882686	C	T	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.94;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	242396033	rs2074775	A	G	3934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=30;PP=2663;SC=GTACATACACATTTTACAGGA;SOR=2.521;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=141;TCF=109;TCR=32;TR=138;WE=242396041;WS=242396023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	242396087	rs2074774	A	T	10375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr2	242402061	rs13011791	T	A	6771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=105;NR=134;PP=2965;SC=GATTTTTTTTTAAAATAAATC;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=105;TCR=134;TR=239;WE=242402069;WS=242402051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr2	242407478	rs10933558	A	G	2891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=32;PP=1830;SC=GGCACCTGCCATCAAGGAAAA;SOR=1.526;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=71;TCR=32;TR=103;WE=242407486;WS=242407468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	242407746	rs10933559	A	G	3664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=69;PP=2049;SC=TGCGCCGCCTATGCGGACATT;SOR=1.420;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=45;TCR=69;TR=114;WE=242407754;WS=242407736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	242432704	rs2271030	G	C	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=17;PP=918;SC=ATGCTGTCTTGCAGGATGACT;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=48;WE=242432712;WS=242432694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	242433348	rs2018761	A	G	2444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	242438281	.	G	A	8305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.351;SC=AGCCTGGACCGGGGCGGGCCC;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=431;TCF=226;TCR=205;TR=334;WE=242438289;WS=242438271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,360:0.78:463
chr2	242440221	rs13013693	G	A	9878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=163;NR=182;PP=2965;SC=TCTGGGACCGGAGACAAACCC;SOR=0.868;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=345;TCF=163;TCR=182;TR=345;WE=242440229;WS=242440211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr2	242573211	rs7424328	T	C	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=2.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=1.253;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,83:0.25:332
chr2	242606036	rs6709768	G	C	10516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=177;NR=174;PP=2965;SC=TGCTTGGTTAGTGAAAGCATG;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=351;TCF=177;TCR=174;TR=351;WE=242606044;WS=242606026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr2	242607483	rs7565540	GC	TT	3627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=13;PP=1324;SC=AGGCCCTTGGGCCCCCTATGG;SOR=2.419;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=77;TCF=61;TCR=16;TR=68;WE=242607492;WS=242607473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	242610773	rs7601000	T	A	8407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=160;NR=116;PP=2965;SC=CTGGTGGAGCTGCAGCCTTCA;SOR=0.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=277;TCF=160;TCR=117;TR=276;WE=242610781;WS=242610763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr2	242611050	rs1130910	C	G	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=55;PP=1593;SC=GCTGCCTGCCCGGGCGCTGTG;SOR=3.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=9;TCR=55;TR=64;WE=242611058;WS=242611040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	242612909	rs1130906	A	G	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=221;SC=TCGGGGAGCCAGAGATCCCCG;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=14;WE=242612917;WS=242612904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	242613089	rs7943	A	G	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	242613133	rs7740	T	G	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	242615462	rs5860	T	C	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=11;PP=554;SC=GTCTGGACTCTGCTGGGGACG;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=242615470;WS=242615452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	242617792	rs4076640	A	G	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=5;PP=666;SC=TTGCTGACACAACTGTGCCAG;SOR=2.726;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=35;WE=242617800;WS=242617784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	242618050	rs1131195	A	G	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=84;NR=101;PP=2965;SC=GTTTACACCAATCTAGGGAAA;SOR=0.979;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=84;TCR=101;TR=185;WE=242618058;WS=242618040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr2	242622192	rs35052478	A	AG	783.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=5;PP=333;SC=TAGAAAAATTAGCCGGGCGTG;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=242622200;WS=242622182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	242622326	rs4347866	T	C	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	242625413	rs62191287	A	T	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=38;PP=987;SC=ACTTTACTAAATCTCTAGACA;SOR=2.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=52;WE=242625421;WS=242625403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	242648545	rs7595652	C	T	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=-0.174;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,41:0.32:130
chr2	242648549	rs7568408	G	A	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.78;ReadPosRankSum=-1.514;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,47:0.33:142
chr2	242658779	rs71351113	A	T	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=0.540;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,48:0.74:65
chr2	242659554	rs34766121	C	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=334;ReadPosRankSum=0.436;SC=GTCGGTTGGACCCAAAGCCTG;SOR=0.538;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=21;WE=242659562;WS=242659544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr2	242662761	rs7572153	T	C	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.810;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=36;PP=699;ReadPosRankSum=-3.140;SC=CAGGAGAAGGTGCTCCATGGC;SOR=1.230;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=49;WE=242662769;WS=242662751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,58:0.82:71
chr2	242674959	rs62191977	T	G	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=56;PP=1658;SC=AGCTGCGGCGTTTCCGCGTCC;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=46;TCR=56;TR=102;WE=242674967;WS=242674949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	242680355	.	C	CA	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.040;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,45:0.22:201
chr2	242684394	rs4675884	G	C	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.141;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=35;PP=865;ReadPosRankSum=-0.609;SC=GGGACCCCCCGCCAAGGACAG;SOR=1.786;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=40;WE=242684402;WS=242684384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,44:0.79:56
chr2	242707101	rs6756901	A	G	4752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.62;ReadPosRankSum=-1.113;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,208:0.73:286
chr2	242716380	rs12469459	A	T	5584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.594;SC=GATGATGTCCATGCTGGGCGG;SOR=0.729;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=309;TCF=177;TCR=132;TR=238;WE=242716388;WS=242716370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,246:0.77:319
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chr2	242755465	rs34241734	C	G	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=7;PP=479;SC=ATTTGGGGTGCAGTGGGTGCG;SOR=1.931;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=24;WE=242755473;WS=242755455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	242757820	rs11545301	G	A	9533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=172;NR=170;PP=2965;SC=AGTGGGCCCCGGGAGTCCCCT;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=344;TCF=173;TCR=171;TR=342;WE=242757828;WS=242757810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr2	242758447	rs2293760	G	A	2369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=52;PP=1626;SC=GGTGCCCCACGATAGCTGTGG;SOR=1.429;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=83;WE=242758463;WS=242758437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	242793273	rs2227981	A	G	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=-1.327;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,43:0.26:167
chr2	242793559	rs6705653	T	C	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=10.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=-1.241;SOR=0.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,20:0.31:64
chr2	242813124	rs13016102	T	C	5571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=105;NR=85;PP=2965;SC=AACTGAATCATAGCCTCTCAC;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=105;TCR=85;TR=190;WE=242813132;WS=242813114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr2	242813241	rs28392509	C	T	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.63;SOR=1.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	242813276	rs62193136	C	T	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=24;PP=762;SC=CAGGGCTGCCCGGGCCATGAC;SOR=3.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=242813284;WS=242813266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	242814009	rs7420371	G	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.535;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,45:0.22:205
chr2	242836535	rs28559662	A	G	3751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.61;ReadPosRankSum=-2.549;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,166:0.78:213
chr2	242839363	rs4973668	G	C	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=1.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.953;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,62:0.23:273
chr2	242839614	rs13025557	T	G	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=53;PP=1572;SC=CCTTCCTGGTTCGTGGGGGAT;SOR=2.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=12;TCR=53;TR=65;WE=242839622;WS=242839604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	239555	rs58240971	C	CT	1183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.947;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.230;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,86:0.74:117
chr3	386520	rs1499046	C	T	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=19;PP=615;SC=TAAATTCTGCCGGGCACTGCA;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=386528;WS=386510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	391100	rs13060847	A	G	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	402273	rs5845966	C	CT	100.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.8427;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=97;ReadPosRankSum=1.593;SC=ATTGTACTTTCTTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=8;WE=402281;WS=402263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr3	403288	rs9824311	G	A	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	403297	rs9839027	C	A	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.68;SOR=1.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	403308	rs9824442	G	A	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=12;PP=684;SC=GTATGACTAGGACATAGAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=403316;WS=403278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	403345	rs9846775	A	G	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=1.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	404771	rs4684390	C	T	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=5;PP=535;SC=ATGAAACCCACTGGAACATTT;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=404779;WS=404761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	417994	rs930237	A	G	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=22;PP=1147;SC=TGATTTTGACATGTGACAGAA;SOR=1.501;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=72;WE=418002;WS=417984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	439963	rs6442827	A	G	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	440028	rs6771714	T	C	3140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	440088	rs6771803	T	A	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=26;PP=749;SC=GAGATTATATTTGGGGAAGTC;SOR=1.238;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=46;WE=440096;WS=440078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	447069	rs11705894	C	T	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=102;SC=TCAATGCTAACACAAATGTCC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=447077;WS=447059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	1320271	rs3732517	G	A	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	1337203	rs565499	A	G	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.81;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	1363448	.	A	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.677;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,33:0.25:134
chr3	1424850	rs2291100	T	G	5276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=103;NR=79;PP=2965;SC=TTGTCTACTCTGGGGAAGATG;SOR=0.827;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=103;TCR=79;TR=182;WE=1424858;WS=1424840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr3	1442968	rs34787015	GAATT	G	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=399;SC=ACTGTGATTAGAATTAATATA;SOR=3.611;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=1442979;WS=1442965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	1444243	rs13326014	A	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=18;PP=580;SC=GCTCCATGAAACCTTCCAGTT;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=1444251;WS=1444233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	2671119	rs1351277	A	T	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=1.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	2777622	rs1554198	A	G	3768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr3	2908694	rs6789163	A	G	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=20;PP=615;SC=ATGTGGAGGTATGTTATGTTG;SOR=2.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=2908702;WS=2908684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	3076218	rs9845519	G	A	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=8;PP=599;SC=TGAATGGGTAGATAAATGAAT;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=3076226;WS=3076208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	3076284	rs6765545	G	C	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=30;PP=1587;SC=TGAATACACTGCTCCAATTCT;SOR=1.123;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=98;WE=3076292;WS=3076274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	3076401	rs6790908	C	T	6381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr3	3076443	rs6803232	A	G	4413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=75;PP=2257;SC=CCAGGACTCCATTCTCCGTGG;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=73;TCR=75;TR=148;WE=3076451;WS=3076433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	3080527	rs163543	C	T	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=6;PP=430;SC=AGAGTACTCACTGAAAGTGAG;SOR=2.030;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=23;WE=3080535;WS=3080517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	3081750	rs6802588	A	T	4662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=90;NR=72;PP=2615;SC=AGAATGGTCGAGGCTTTGGTT;SOR=0.762;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=90;TCR=72;TR=162;WE=3081758;WS=3081740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr3	3081825	rs339285	T	C	3880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=61;PP=1902;SC=CCTCAGCTGATGCCTCTAGAT;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=70;TCR=61;TR=131;WE=3081833;WS=3081815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	3115478	rs163897	T	C	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	3115514	rs340807	C	A	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=31;PP=858;SC=AGAGGACCTACAATAACCAAA;SOR=1.412;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=51;WE=3115522;WS=3115504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	3137155	rs11389765	A	AT	629.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=12;PP=145;SC=AAGATCAGTGATTTTTTTTTT;SOR=1.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=12;WE=3137163;WS=3137145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	3139383	rs334802	C	A	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	3143267	rs6771148	G	C	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=6;PP=395;SC=GAGTACTTGAGAAGAACGGGT;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=3143275;WS=3143257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	3170792	rs334773	C	T	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=29;PP=933;SC=CTGTGCCTTCCGAAGCAGTAT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=58;WE=3170800;WS=3170782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	3170910	rs334772	A	G	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=6;PP=191;SC=TTGGAAACCTATATAAATGGA;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=3170918;WS=3170900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	3171460	rs334769	C	T	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=18;PP=879;SC=TGACCTGTTACGTGAAAAAGG;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=53;WE=3171468;WS=3171450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	3171502	rs334768	C	A	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=28;PP=1469;SC=AAGTGCTTTGCCTGTGTTTCT;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=56;TCR=28;TR=84;WE=3171510;WS=3171492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	3171713	rs113671187	G	GCCTGACT	2272.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=1334;SC=TTAGCTAAGTGCCAGTAGCTT;SOR=1.848;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=20;WE=3171721;WS=3171703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	3179262	rs334767	A	T	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=13;PP=376;SC=TATGCCCGTCATAAACCCTGC;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=3179270;WS=3179252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	3189059	rs1621648	T	C	164.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=102;SC=GATACTAAAATGGTGGCAAGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=3189067;WS=3189057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	3189279	rs1705805	A	G	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=19;PP=691;SC=TGAAGATCGCAAAAGAGGAGA;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=40;WE=3189287;WS=3189269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	3189398	rs1669348	A	G	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=14;PP=405;SC=GTAAGTATATACTAGGCTTGG;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=3189406;WS=3189388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	3189432	rs61392123	G	A	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=11;PP=314;SC=GTATCGTCACGAATTTAGAAT;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=3189440;WS=3189422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	3192524	rs4183	A	ATAAC	1942.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=7;PP=1168;SC=AATTTGTTAGATAACTTTATC;SOR=1.954;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=21;WE=3192532;WS=3192514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	3193957	rs1705800	A	C	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.41;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	3196273	rs11300080	AT	A	274.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=190;SC=TAAAATACTCATTTTTTTTCA;SOR=2.985;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=9;WE=3196281;WS=3196263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	3197871	rs1705789	T	C	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	3215954	rs1669321	A	G	2707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=52;PP=1574;SC=TACTATATAAAAACATATATA;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=85;WE=3215962;WS=3215944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	3217035	rs75631454	G	A	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=12;PP=324;SC=CAAAAGAGGGGTACTTCTAAA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=3217043;WS=3217025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	3217128	.	AT	A	43	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=13;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=43;QD=16.3333333333;SC=GTCAGTAGCTATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=3217136;WS=3217118;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	3221430	rs1672753	C	T	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	3886580	rs4685689	A	G	4994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=92;NR=79;PP=2965;SC=ATAACATCGCAAAGACTGTGG;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=93;TCR=79;TR=171;WE=3886588;WS=3886570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr3	3886721	rs3749350	C	A	6258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=117;PP=2965;SC=ATCAGATTACCGAGATGACTG;SOR=0.782;Source=Platypus;TCF=117;WE=3886729;WS=3886711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr3	3886847	rs3749349	G	C	8240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=140;NR=131;PP=2965;SC=GGCTCCACCTGAACTCCAACA;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=140;TCR=131;TR=271;WE=3886855;WS=3886837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr3	3886919	rs3749348	C	T	7827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=133;PP=2965;SC=TTCTCATGATCGGAGAAAACC;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=264;TCF=131;TCR=133;TR=264;WE=3886927;WS=3886909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr3	3887972	rs114810202	C	T	7637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=135;NR=114;PP=2965;SC=ATTCCAATGTCATGACGTCAA;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=250;TCF=135;TCR=115;TR=249;WE=3887980;WS=3887962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr3	4046763	rs62257623	T	G	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=118;SC=CCATAACAAGTGCTTACTAGC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=4046771;WS=4046753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	4344936	rs221109	T	G	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=292;SC=TCCAGGCCACTCCTGAGAAGA;SOR=3.258;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=17;WE=4344944;WS=4344926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	4345033	rs172705	G	A	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	4452737	rs813811	G	A	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=69;PP=1873;SC=CAGAAATGCAGCAAGAGCTTT;SOR=2.356;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=21;TCR=69;TR=90;WE=4452745;WS=4452727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	4461569	rs711667	G	A	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=191;SC=TGAGCAAGGTGCAGTGTTTGG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=4461577;WS=4461559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	4461698	rs711666	C	T	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.96;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	4687470	rs5846330	G	GCT	1069.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5011;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.402;NF=0;NR=21;PP=1058;ReadPosRankSum=-1.491;SC=CTGTATATAGGCTCTCTCTCT;SOR=1.550;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=21;WE=4687478;WS=4687460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,33:0.92:36
chr3	4687548	rs4271897	A	G	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.64;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	4687577	rs4303850	A	G	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	4693656	rs6442894	C	T	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=17;PP=1095;SC=GGATGCTACACGTGACACTGG;SOR=1.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=60;WE=4693664;WS=4693646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	4693937	rs6442895	G	C	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=29;PP=866;SC=CTCTTTCAAGGCTGACGCACC;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=4693945;WS=4693927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	4694010	rs6442896	A	C	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=272;SC=AAATACACTCAGTCACCTTGC;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=4694018;WS=4694000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	4712413	rs2306875	G	A	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.63;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	4716811	rs2306877	A	C	3204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	4722956	rs4684438	A	G	3668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=38;PP=2005;SC=GGTTAACTCAACAGCTTTACC;SOR=1.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=74;TCR=38;TR=112;WE=4722964;WS=4722946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	4725619	rs3215005	CA	C	1498.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=32;PP=1295;SC=ACCAAGATCACAAGCTGTTTG;SOR=2.780;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=32;WE=4725627;WS=4725609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	4726947	rs733018	T	G	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=345;SC=TCCCTGGGTTTCCCCAAACTC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=4726955;WS=4726937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	4732670	rs4685801	G	A	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=2;PP=480;SC=TACTAAAAAAGAAGGTAGTAC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=4732678;WS=4732664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	4738774	rs3749382	A	G	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=9;PP=661;SC=TGAGGCAGCTAATGAGTTCCA;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=4738782;WS=4738764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	4738999	.	GGT	G,GGTGT	434.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=4.031;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0,0;NR=19,19;PP=92,833;ReadPosRankSum=0.164;SC=GAGAGTGAGAGGTGTGTGTGT;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=19,19;WE=4739008;WS=4738989;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.26,0.65:23
chr3	4748193	rs34548572	G	A	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=23;PP=584;SC=AGGGCCAGGAGTGGGAAGTTA;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=4748201;WS=4748183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	4767262	rs7613447	T	C	4745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=86;NR=77;PP=2247;SC=AGAACGCCACTGAGGTGTGTT;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=86;TCR=77;TR=163;WE=4767270;WS=4767252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr3	4776784	rs11920001	A	G	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=15;PP=690;SC=GGTGCGTAGTAAGTATGCAGC;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=4776792;WS=4776774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	4817057	rs6442905	T	C	4360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	4842231	rs2291862	C	T	7219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=135;NR=103;PP=2965;SC=AATTCTACGACTGATATTTTC;SOR=0.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=135;TCR=103;TR=238;WE=4842239;WS=4842221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr3	4856993	rs6442911	C	G	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=20;PP=510;SC=GGCGGGGTGCCTGCCCAGTTA;SOR=4.091;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=23;WE=4857001;WS=4856983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	4859725	rs9844268	G	A	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=8;PP=809;SC=CTTTACCAAGGCTGCTCAGCT;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=4859733;WS=4859715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	4927281	rs4685841	T	C	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=14;PP=1000;SC=ACCATCACAATTTAAAAGGCC;SOR=1.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=55;WE=4927289;WS=4927271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	4927308	rs6794077	A	G	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.02;SOR=1.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	4940658	rs140319238	C	CAGAGAGAGAGAG	106.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	4942300	rs3762783	T	C	4137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr3	4942430	rs3762784	G	A	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=27;PP=766;SC=ATCAGCTGGGGCCTGGATTTC;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=4942438;WS=4942420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	5021403	rs2271566	C	T	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=15;PP=1645;SC=CTCGCCGCGCCATGGAGCGGA;SOR=2.204;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=82;TCF=67;TCR=15;TR=80;WE=5021411;WS=5021393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	5022961	rs13076468	A	C	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.30;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	5022981	rs34085319	CT	C	2150.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=13;PP=603;SC=CACTATTCCACTTTTTTTTTT;SOR=1.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=34;WE=5022989;WS=5022971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	5024415	rs11398309	A	AT	63.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=68;SC=CAGTAAATGCATTTTTTTTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=5024423;WS=5024406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	5024502	rs371023207	C	T	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	5024771	rs908078	T	C	8154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=155;NR=123;PP=2965;SC=CGGCCAAAGGTTCGGAAGGTC;SOR=0.817;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=278;TCF=155;TCR=123;TR=278;WE=5024779;WS=5024761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr3	5241223	rs377120	C	T	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=34;PP=1750;SC=TGTGATGATACAGCCTCAGTT;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=72;TCR=34;TR=106;WE=5241231;WS=5241213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	5241309	rs410509	C	A	4279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=72;NR=72;PP=2451;SC=TCCAGAAAGCCGTCAAGTTAG;SOR=0.837;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=72;TCR=72;TR=144;WE=5241317;WS=5241299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	6828364	rs1533434	A	G	5511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
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chr3	6903601	rs342034	A	G	2908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=62;PP=1699;SC=CCAGGTAGGGATGCGCTCCCT;SOR=1.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=97;WE=6903609;WS=6903591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	7456675	rs712774	C	T	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=7;PP=746;SC=AGCAGTGCCCCGCAAGCAATG;SOR=2.476;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=7456683;WS=7456665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	7494245	rs111752136	TTG	T	594.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.74;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	7494417	rs2229902	A	T	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	7620789	rs1485175	T	C	5007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=98;PP=2745;SC=TCATAGACTATGATGAACACA;SOR=0.944;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=180;TCF=82;TCR=98;TR=179;WE=7620797;WS=7620779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr3	7678010	rs7611935	G	A	4398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	7678090	rs7612048	G	A	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=43;PP=1214;SC=CACTGTCATTGTTTGAAAAAT;SOR=1.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=65;WE=7678098;WS=7678080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	7678134	rs17047754	C	T	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=18;PP=505;SC=ACAAGAACATCGGTTGAGAAT;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=7678142;WS=7678124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	7732726	rs5846531	ATT	AT,A	211.06	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.4973,0.5026;FS=6.410;HP=11;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.856;NF=4,4;NR=6,6;PP=9,94;ReadPosRankSum=0.000;SC=AACTTTGCAGATTTTTTTTTT;SOR=0.061;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=10,10;WE=7732735;WS=7732716;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.84:19
chr3	8299404	rs145434533	AGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAG	A	551.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.44;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	8543713	rs5846598	G	GT	2078.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=18;PP=1043;SC=ACTTTTTCTTGTTCCCCTTCC;SOR=0.752;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=26;WE=8543721;WS=8543703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	8543757	rs2324625	A	C	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=21;PP=463;SC=AAAGGTAATGAGAAGGGAACT;SOR=1.067;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=33;WE=8543765;WS=8543747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	8556617	rs12715649	A	G	2679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	8556784	rs12715650	A	C	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=24;PP=554;SC=GTGAGGCCAAAGCATGGAAAG;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=8556792;WS=8556774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	8609071	rs3774212	G	A	2453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	8667896	rs355058	T	C	15396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=289;NR=252;PP=2965;SC=TGCCACAGCATTGAGACACTG;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=541;TCF=289;TCR=252;TR=541;WE=8667904;WS=8667886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,587:1.00:587
chr3	8669361	rs1533001	C	A	6879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.00;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr3	8669367	rs5846608	TG	T	6747.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=52;PP=2618;SC=ACCGCGGTGCTGGGGAGATGC;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=18;TCR=57;TR=68;WE=8669375;WS=8669351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr3	8671319	rs142926392	C	CTGACTCACCAGTGGTTCACAGA	4686.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=14;PP=2973;SC=CACACCCTCACTGACTCACCA;SOR=0.902;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=18;WE=8671327;WS=8671309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	8675778	rs11131140	T	C	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=4;PP=170;SC=TAGAGAGGAATTGTACCATTT;SOR=1.402;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=8675786;WS=8675768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	8676204	rs3774210	A	G	5726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr3	8676945	rs3816911	T	C	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	8775589	rs1974763	C	T	6039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=117;NR=89;PP=2965;SC=ACACAGATCTCGAGGCCCAGA;SOR=0.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=117;TCR=89;TR=206;WE=8775597;WS=8775579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr3	8784046	.	C	CAAAA	874.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.000;QD=26.51;ReadPosRankSum=0.454;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr3	8787123	rs13060135	G	T	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=287;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=14;PP=550;SC=CTGACCTCTAGGGGATTCTGA;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=8787131;WS=8787113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	8787164	rs139242554	AAGCGGGTGGCTTCTGTG	A	2968.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=14;PP=2965;SC=AAAGCTTGAGAAGCGGGTGGC;SOR=1.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=29;WE=8787188;WS=8787154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	8787220	rs13087941	T	C	2993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=121;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=44;PP=1442;SC=AGGTGGATTTTGAAGACGTGA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=66;TCR=45;TR=110;WE=8787228;WS=8787210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	8809703	rs2228485	G	A	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=54;PP=1477;SC=GCACACACGCGTTCCCGCTCA;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=88;WE=8809711;WS=8809693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	9027704	rs341785	A	G	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=28;PP=804;SC=CTTCGTAGGCAGGTTCCCCAG;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=9027712;WS=9027694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	9074617	rs9839715	C	T	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=198;SC=TTTTAGGGGACCTTAATTTAC;SOR=3.611;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=9074625;WS=9074607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	9089254	rs2244864	C	G	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	9102137	rs6775479	G	C	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.973;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=386;ReadPosRankSum=-0.429;SC=TTGAGACAGGGTGTTGCTCTG;SOR=1.700;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=9102145;WS=9102127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr3	9122948	rs2664089	A	G	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=43;PP=1604;SC=ACCATTGCCTAGATCCTGACA;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=96;WE=9122956;WS=9122938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	9166281	rs735253	G	C	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=3;PP=439;SC=AACCTGCAGAGCCAGGGCCCT;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=9166289;WS=9166277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	9406661	rs2728949	G	A	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=8;PP=530;SC=TGAAATATGAGATGATAATAT;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=9406669;WS=9406651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	9406836	rs1054975	T	C	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	9407022	rs2648536	T	C	1978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.11;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	9408443	rs2648535	A	C	137.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.69;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	9422210	rs2596916	T	C	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=17;PP=703;SC=GGTCTGACTGTTTCCATATTG;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=9422218;WS=9422200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	9425911	rs1129170	G	A	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=14;PP=709;SC=GATCCAAGAAGAGAAACTGGA;SOR=1.280;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=41;WE=9425919;WS=9425901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	9489767	rs2258735	T	C	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=35;PP=1087;SC=CTATAATCCCTAGAAGAAACT;SOR=1.366;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=58;WE=9489775;WS=9489757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	9495385	rs2648580	A	G	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=27;PP=1532;SC=ATAGTTTTAGATAATTATTGA;SOR=1.634;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=58;TCR=27;TR=84;WE=9495393;WS=9495375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	9515054	rs73026975	T	C	3554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=71;NR=56;PP=1750;SC=TTTCCGACACTGGTGCCCATG;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=71;TCR=56;TR=127;WE=9515062;WS=9515044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	9543998	rs376667655	AAG	A	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=3.039;QD=0.33;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,26:0.11:228
chr3	9547950	rs2625890	G	C	3812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.84;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	9547959	rs2625889	C	T	3588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.86;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	9691526	rs11706340	T	C	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	9691542	rs140596074	GGA	G	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=131;ReadPosRankSum=1.217;SC=CTGAGGAAGAGGAGAGAGAGA;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=4;WE=9691551;WS=9691532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr3	9692087	rs56310367	G	A	2955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=59;PP=1689;SC=TGGCAGTGCGGTGGGAATCTT;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=100;WE=9692095;WS=9692077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	9710307	rs12493353	T	C	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	9730529	.	G	GT	623.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.497;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,58:0.31:186
chr3	9743398	rs144534173	TGGAG	T	2913.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=20;PP=1583;SC=ACAGGTGGTATGGAGGGAGGG;SOR=1.196;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=31;WE=9743409;WS=9743388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	9757086	rs697820	C	G	3550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=48;PP=1914;SC=CCCAGGCCCTCCATCCCAGTG;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=65;TCR=48;TR=113;WE=9757094;WS=9757076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	9757754	rs708571	G	A	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=15;PP=581;SC=CTGAAAGCCCGGCAATAAATT;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=9757762;WS=9757744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	9782927	.	C	G	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	9788168	rs2269112	C	T	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=31;PP=811;SC=GTGTGACTCACAGCCACAGAT;SOR=1.197;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=54;WE=9788176;WS=9788158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	9798140	rs2072668	C	G	3665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	9798773	rs1052133	C	G	4823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=104;NR=53;PP=2965;SC=CTGCGCCAATCCCGCCATGCT;SOR=1.489;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=105;TCR=55;TR=157;WE=9798781;WS=9798763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	9801080	rs2304277	G	A	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=10;PP=679;SC=TGTGTGCCCAGTGTGATGCCA;SOR=1.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=9801088;WS=9801070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	9821914	rs14204	C	T	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=205;SC=GGAAGGGCCACGGCCCTCTAG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=9821922;WS=9821910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	9822275	rs3868897	C	T	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=377;SC=CAGCCCACCTCCAGAGAACAA;SOR=3.383;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=16;WE=9822283;WS=9822265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	9823302	rs6443264	T	G	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	9828676	rs7621556	G	C	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=10;PP=1112;SC=CCTCTTTTGGGTTAGGCTGCT;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=52;WE=9828684;WS=9828666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	9834905	rs2276797	C	T	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	9841989	rs6443266	A	G	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=29;PP=830;SC=AGGTAAGTTCACCATGGAGGA;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=9841997;WS=9841979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	9852059	rs34761997	C	CGAT	1434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=12;PP=954;SC=CCCCGGTCCTCGACCCCTCTC;SOR=1.352;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=9852067;WS=9852049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	9859460	rs3806671	C	T	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr3	9896351	rs279563	A	G	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chr3	9920247	rs62247501	C	A	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=14;PP=470;SC=GGGTTCCCATCTCTCTCATTG;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=9920255;WS=9920237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	9951038	rs142612801	TAC	T	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=3.594;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,21:0.17:121
chr3	9958947	rs34605147	T	TG	924.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.34;ReadPosRankSum=1.021;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,36:0.95:38
chr3	9962816	rs376511	A	G	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=11;PP=264;SC=CATTAATTGCAGTATCTGTGC;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=9962824;WS=9962806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	9965582	rs75692599	G	A	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=7;PP=580;SC=CTGGCTCAACGTGTCAGCAGA;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=9965590;WS=9965572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	9970031	rs279549	A	G	7713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=127;NR=129;PP=2965;SC=GCCCGACTGCAACTGCTGACC;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=128;TCR=130;TR=256;WE=9970039;WS=9970021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr3	9972493	rs279545	G	A	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	9975247	rs183956	C	G	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=36;NR=83;PP=2445;SC=TGGGACCAGGCGCGGGACCTG;SOR=1.896;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=121;TCF=36;TCR=85;TR=119;WE=9975255;WS=9975237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	9976159	rs279552	A	G	6010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=120;NR=71;PP=2965;SC=AGTCCCAGCTATGCTCTGGGG;SOR=1.065;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=120;TCR=71;TR=191;WE=9976167;WS=9976149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr3	9991388	rs279601	G	C	5998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=88;PP=2965;SC=GCTTCTTGCTGCAGAAGCTCT;SOR=0.787;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=110;TCR=88;TR=198;WE=9991396;WS=9991378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr3	10030236	rs496181	T	C	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.02;QD=31.59;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	10085035	rs803335	G	T	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=283;SC=CCAGACAGACGACAGTGCAAG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=10085043;WS=10085025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	10088223	rs200221245	T	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-1.803;QD=2.84;ReadPosRankSum=-1.685;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,12:0.23:53
chr3	10088239	rs201770712	G	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-1.826;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,15:0.22:67
chr3	10088242	rs199726231	G	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-1.826;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.221;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,15:0.22:67
chr3	10088266	rs72492997	G	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=4.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-2.193;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.670;SOR=1.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr3	10088299	rs112887807	C	T	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQRankSum=-1.761;QD=13.65;ReadPosRankSum=0.260;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,43:0.39:111
chr3	10088308	rs72492998	T	C	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQRankSum=-1.424;QD=14.19;ReadPosRankSum=0.601;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,43:0.39:110
chr3	10088343	rs73126218	A	G	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.13;MQRankSum=-0.559;QD=8.18;ReadPosRankSum=-1.154;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,42:0.45:94
chr3	10088404	.	C	T	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.94;MQRankSum=-1.624;QD=13.00;ReadPosRankSum=1.007;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr3	10088407	.	AG	A	676.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.70;MQRankSum=-2.236;QD=13.01;ReadPosRankSum=1.360;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr3	10088409	rs375350046	TAAG	T	660.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.70;MQRankSum=-2.236;QD=12.71;ReadPosRankSum=1.321;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr3	10088422	rs144167368	C	T	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.89;MQRankSum=-1.507;QD=16.07;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr3	10088443	rs145517746	C	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.22;MQRankSum=0.388;QD=16.03;ReadPosRankSum=-3.088;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr3	10088443	.	CA	AG	440	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=64;MMLQ=28;MQ=43.63;NF=4;NR=8;PP=440;QD=41.1223229052;SC=TAATCTAAAACAGAAAGCTTT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=12;WE=10088452;WS=10088433;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,12:0.43:28
chr3	10088444	rs142624538	A	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.22;MQRankSum=0.388;QD=16.03;ReadPosRankSum=-3.111;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr3	10088461	rs150415982	T	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=64;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.031;NF=3;NR=8;PP=158;ReadPosRankSum=-2.518;SC=TTTACAGCTCTCATGTAAAAT;SOR=1.085;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=11;WE=10088469;WS=10088451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
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chr3	10089886	rs73811818	G	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.864;NF=2;NR=10;PP=177;ReadPosRankSum=-0.735;SC=CTTGATGAAAGGAAGAGACTT;SOR=1.292;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=12;WE=10089894;WS=10089876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr3	10091252	rs77076948	A	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=7.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.19;MQRankSum=-3.280;QD=5.45;ReadPosRankSum=-1.241;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr3	10091261	rs80128604	G	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.48;MQRankSum=-3.291;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=0.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr3	10128965	.	CTT	C	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=-0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr3	10142949	rs3172417	C	T	5584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.02;QD=26.10;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr3	10143061	.	CT	C	58.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=-0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.431;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.168;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr3	10186447	rs1678593	A	T	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	10186514	rs779811	T	A	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	10188428	rs1678607	T	G	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=29;PP=762;SC=GTCAGGCACGTTATCCAATCT;SOR=3.442;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=10188436;WS=10188418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	10189929	rs1681660	T	C	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	10219510	rs1711109	C	T	6270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr3	10219729	rs1681663	A	G	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=347;SC=GCCCTCCTTGAGTGGGGCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=10219737;WS=10219719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	10241987	rs263410	A	C	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=5;PP=337;SC=GACTTCCAGAACCAGTCTCTC;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=10241995;WS=10241977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	10251196	rs459864	A	G	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=12;PP=990;SC=AGACTGGCATAGTCTGAGGAC;SOR=2.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=47;WE=10251204;WS=10251186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	10254797	rs11465897	C	A	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.80;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	10258493	rs2302862	T	C	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=5;PP=494;SC=GGGGTCAGAGTATGTGGTACC;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=10258501;WS=10258483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	10258514	rs2302861	T	C	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=11;PP=670;SC=TGGGAGGTTATTGGTGGCGTT;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=10258522;WS=10258504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	10258762	rs2302860	G	C	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=50;PP=1163;SC=TCAGAGAATGGGACCAGGCTG;SOR=1.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=74;WE=10258770;WS=10258752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	10261237	rs3895949	A	C	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=4;PP=488;SC=CTCCTGAACTAGTGATCTGCC;SOR=2.124;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=23;WE=10261256;WS=10261227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	10261248	rs3895948	T	C	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=7;PP=574;SC=GTGATCTGCCTGCCTGGGCCT;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=10261256;WS=10261227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	10261294	rs3895947	AC	GT	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=16;PP=1760;SC=GAGCCACCGCACCTGGCTGCC;SOR=1.656;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=46;WE=10261303;WS=10261284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	10302479	rs402330	G	A	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=14;PP=491;SC=GGCCTCCAGGGAACAAACTGA;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=10302487;WS=10302469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	10320865	rs2075355	A	G	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=20;PP=625;SC=TTTGAGTGACATGGTTTGGAA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=10320873;WS=10320855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	10342876	rs696221	C	T	5574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=1.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr3	10345527	rs697232	G	A	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=3;PP=328;SC=AAAGGGGGACGTGTTAATACT;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=10345535;WS=10345517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	10347546	rs3835090	CAACAGT	C	1718.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=25;PP=1370;SC=TCAAGGATCCCAACAGTGTGT;SOR=2.362;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=25;WE=10347559;WS=10347536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	10359628	rs1642977	T	A	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.74;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	10382111	rs171337	T	C	3536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=40;PP=2209;SC=GCTCTCAGGGTCCTGCCCAGG;SOR=1.215;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=72;TCR=40;TR=112;WE=10382119;WS=10382101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	10382148	rs154242	G	A	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=52;PP=2368;SC=TGCCCACCCCGGGCCTGGTTA;SOR=1.017;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=137;TCF=83;TCR=54;TR=135;WE=10382156;WS=10382138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	10396754	rs703907	A	G	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	10400253	rs775019	C	T	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=4;PP=583;SC=GGAAGGAAATCCCCATGGGCA;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=10400274;WS=10400243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	10400264	rs1618260	T	C	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.91;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	10400264	.	TTA	CTG	682	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=26;NR=9;PP=682;QD=21.0133678532;SC=CCCATGGGCATTATGTGGAAA;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=35;WE=10400274;WS=10400243;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr3	10400266	rs1076080	A	G	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.73;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	10400643	rs28113	G	A	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=30;PP=956;SC=GGGGAGCCCAGGGAATGCTCC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=51;WE=10400651;WS=10400633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	10413601	rs2289273	G	A	5491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=101;NR=74;PP=2719;SC=AGTGGACGTCGCCGACATAGG;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=101;TCR=74;TR=175;WE=10413609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr3	10413715	rs2289274	G	A	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=44;PP=1431;SC=GGCGTACCAGGTTGTTGTCCT;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=45;TCR=44;TR=89;WE=10413723;WS=10413705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	10420087	rs751122	T	C	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	10427190	rs725027	C	T	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=250;SC=ATAGAGATGCCGCAGAGGTTG;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=10427198;WS=10427180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	10442539	rs17032820	A	G	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=2;PP=774;SC=AGAGCCAAGGATCAAAGTCTC;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=10442547;WS=10442529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	10452231	rs34907	G	A	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	10967739	rs2272395	T	C	4046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	10976876	rs2245532	A	G	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=42;PP=1192;SC=CGGAGGGGACACTGCCCGAGG;SOR=2.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=59;WE=10976884;WS=10976866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	11075503	rs2246543	T	C	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=17;PP=491;SC=AGGGAGAAACTTCTAGAGGCA;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=11075511;WS=11075493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	11300707	rs901865	T	C	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=27;PP=1233;SC=CCATAACTGGTGGCTGCTCTT;SOR=1.248;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=51;TCR=27;TR=78;WE=11300715;WS=11300697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	11518755	rs4684782	T	C	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=29;PP=654;SC=AGATGAACAATGATGATAAAA;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=11518763;WS=11518745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	11643465	rs2276749	T	C	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=18;PP=544;SC=GCAGGGTCTGTATTCTGGGTT;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=11643473;WS=11643455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	11667714	rs3856802	C	T	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=14;PP=1250;SC=TAACCAAATACGGAAGCTGAA;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=65;WE=11667722;WS=11667704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	11685143	rs34152653	T	TA	317.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=-1.700;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr3	11831953	rs9267	C	T	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=12;PP=730;SC=TTCATCTACACATAACATATA;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=11831961;WS=11831943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	11880816	rs303862	C	A	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=19;PP=548;SC=TGGCACAAAACGGAGTAAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=11880824;WS=11880806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	11912681	rs28417897	A	T	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=3;PP=589;SC=TTTAACAAAGAAGAGATTGGA;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=11912689;WS=11912671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	11912866	rs73813067	T	C	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.10;QD=29.78;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	11912965	rs2287437	A	C	185.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.57;QD=37.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	11912974	rs2287436	G	A	185.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.57;QD=37.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	11924613	rs369394286	AG	A	1101.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.89;QD=28.99;SOR=3.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	11925136	rs423051	T	G	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.79;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	11925489	rs2470561	C	T	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.70;QD=28.47;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	11925610	rs421090	C	T	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=14;PP=378;SC=TGTTAGTGTTCTGAATGTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=11925618;WS=11925600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	12045891	rs79624759	T	C	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.89;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	12045899	rs77368781	C	T	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.18;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	12045923	rs73135622	A	C	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=6;PP=879;SC=GGCTAAGCCGACGCCTCAGCC;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=12045931;WS=12045913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	12045986	rs67270413	G	A	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	12046013	rs72624441	A	C	4100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr3	12046076	rs2618395	T	C	3858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	12046124	rs76272937	AG	GC	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.543;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.88;MQRankSum=0.000;QD=39.42;ReadPosRankSum=-0.528;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr3	12046131	rs74213196	A	C	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=47.53;SOR=1.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	12046148	rs2623874	C	T	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.78;QD=46.72;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	12046168	rs2623875	A	C	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=19;PP=422;SC=GCCTCGGCCTAGGCGGCGCCC;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=21;WE=12046176;WS=12046158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	12046196	rs2600233	A	C	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=202;SC=CCTCGCCGGGACCGGAGCGGA;SOR=1.445;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=12046204;WS=12046186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	12046207	rs2600234	C	G	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	12046215	rs2623876	G	C	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	12046222	rs71624921	A	C	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.37;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	12046235	.	GTAAGA	G	232.80	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.80;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	12046241	.	CGCGCCGA	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.29;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	12046251	.	A	C	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	12046256	.	GCCCCCCCCC	G	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.68;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	12046268	.	GCGCGA	G	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.34;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	12046276	rs71624922	A	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=69.60;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	12046297	rs71624923	A	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.93;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	12046318	rs2923854	G	C	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.66;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	12046321	rs2923855	A	G	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.66;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	12046362	rs2923856	G	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.63;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	12046364	rs2923857	G	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	12046372	rs2623877	G	C	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.54;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	12046445	rs2600235	TT	GC	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=173;SC=GCCGGGCGCCTTCGCCCTCGG;SOR=1.085;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=12046454;WS=12046435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	12202866	rs308950	C	G	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=208;SC=CTAATATGCTCTGTGACCCTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=12202874;WS=12202856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	12208652	rs795008	A	G	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=7;PP=417;SC=GCAACAGTGAACTAAAATTCT;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=12208660;WS=12208642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	12208671	rs795009	G	T	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=10;PP=590;SC=CTGGAAAGTTGCATGCCCTCC;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=12208679;WS=12208661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	12229015	rs794999	A	G	12278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=225;NR=203;PP=2965;SC=CGGCCCCACCACCCACGGAGA;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=430;TCF=225;TCR=205;TR=428;WE=12229023;WS=12229005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr3	12232074	rs310764	A	G	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	12232208	rs310765	T	G	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=199;SC=GCTTGGTGGTTATGTCCCATG;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=12232216;WS=12232198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	12317739	rs151229409	GAAGGGAGGAAGGA	G	4363.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=42.78;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	12571420	.	G	GT	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=1.389;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,15:0.25:60
chr3	12650482	rs2454440	T	A	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=48;PP=1360;SC=AAAAGACAACTTCATTTCTTG;SOR=1.408;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=80;WE=12650490;WS=12650472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	12660291	rs3729926	C	T	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=40;PP=1131;SC=CAAAAGTATTCAACCCAAGAA;SOR=1.550;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=65;WE=12660299;WS=12660281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	12776428	rs3732687	A	C	2524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	12779409	rs2271209	A	G	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=18;PP=556;SC=AGATGGGGGTACTGTCCTTGG;SOR=1.236;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=12779417;WS=12779399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	12791172	rs937915	T	C	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=8;PP=503;SC=GCAACGTGAGTTGAGCAGGGT;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=12791180;WS=12791162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	12810552	rs7641615	C	T	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.67;NF=12;NR=3;PP=298;SC=TCGAGTGCAGCGCCAGTAGGC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=12810560;WS=12810551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	12810629	rs112818257	CCGGGACTGG	C	1652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=15;PP=2941;SC=CCCTCACTGCCCGGGACTGGC;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=12810645;WS=12810619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	12810755	rs7641959	G	C	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.55;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	12810837	rs7619736	A	G	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=142;SC=AGGGCTCCTCAAGTGCGGCCA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=12810845;WS=12810827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	12838082	rs7632698	C	T	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=3;PP=268;SC=GCGGCCGCCACGGCCAAGGCG;SOR=1.493;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=16;WE=12838090;WS=12838073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	12848822	rs11718898	T	C	3577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=73;NR=50;PP=2069;SC=CCTCTGGTGGTCAAAGTGAAG;SOR=0.864;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=73;TCR=51;TR=123;WE=12848830;WS=12848812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	12849011	rs34529773	TA	T	1103.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=26;PP=636;SC=TAGTTTATGGTAAAAAAACAA;SOR=1.562;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=27;WE=12849039;WS=12849001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	12854626	rs2305396	T	C	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=18;PP=807;SC=GGGGATCCCTTTGGGAAGTTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=46;WE=12854634;WS=12854616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	12856856	rs2305398	A	G	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=52;NR=56;PP=1826;SC=CGGCAAACACAGCCCCCGAAG;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=108;WE=12856864;WS=12856846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	12858028	rs3732675	T	C	4112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=60;PP=2532;SC=TGTGGCTGACTCTTTCTACAA;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=69;TCR=61;TR=129;WE=12858036;WS=12858018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	12858822	rs3732677	C	T	2718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=42;PP=1405;SC=CTGGCCTGCACAAGCAGGTGT;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=45;TCR=42;TR=87;WE=12858830;WS=12858812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	12859004	rs3732678	A	C	3444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=47;PP=1822;SC=GGGCCAGGCCACCAGCGGGAG;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=61;TCR=47;TR=108;WE=12859012;WS=12858994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	12859500	rs6801800	A	G	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=17;PP=540;SC=CGGTATCTATACGACAGAGGC;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=12859508;WS=12859490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	12872877	rs9814191	T	G	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=62;NR=41;PP=1843;SC=CAGGTTTCAGTTGTGGGGCCT;SOR=0.955;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=62;TCR=41;TR=103;WE=12872885;WS=12872867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	12872901	rs58996323	G	A	3731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	12873121	rs145605538	CCTCGGCCAGTCGTT	C	1586.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=24;PP=2935;SC=CCTATGGAGTCCTCGGCCAGT;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=24;WE=12873142;WS=12873111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	12877830	rs56204642	G	GT	1469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=17;PP=930;SC=GGGCTGCTTGGTAAGTGGCTG;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=20;WE=12877838;WS=12877820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	12880818	rs2290312	A	C	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=33;PP=1301;SC=ACTTCTGATCACTGAAAACTA;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=81;WE=12880826;WS=12880808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	12881233	rs3901334	A	G	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=14;PP=379;SC=AGGCACCCCCACCATTGCCAC;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=12881241;WS=12881223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	12881757	rs7627602	C	T	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	12892035	rs143622059	GGGGAGA	G	1497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.58;QD=42.79;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	12942328	rs3773309	T	C	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=3;PP=399;SC=ACACCAGCCCTGTGGGCTCCT;SOR=1.942;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=12942336;WS=12942318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	12942850	rs56387830	GC	G	1652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=11;PP=832;SC=TGGGGGGGTGGCCAGGGCTGG;SOR=3.564;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=36;WE=12942860;WS=12942840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	12943094	rs3773310	T	C	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=25;PP=713;SC=TTTTTTTTTTTCAAATGTAAA;SOR=3.193;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=12943102;WS=12943073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	12944158	rs63063761	CA	C	68.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.77;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	12954868	rs2600322	A	G	2956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=37;PP=1585;SC=ACAGCCAGACATGGACCCTGG;SOR=1.238;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=69;TCR=37;TR=106;WE=12954876;WS=12954858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	12956817	rs55881454	C	G	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=43;PP=1349;SC=CCCAGGAAAGCCTGCCAGTGT;SOR=1.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=66;WE=12956825;WS=12956807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	13359433	rs354477	G	A	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=365;SC=GGAAGTCCACGGGCACCTGCT;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=13359441;WS=13359423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	13361238	rs2276748	C	T	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=26;PP=1274;SC=TGGTCTGTCCCAGATGATGTC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=72;WE=13361246;WS=13361228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	13361287	rs354478	C	T	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=33;PP=1534;SC=CGGCGATCCACCACAAAAGCC;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=87;WE=13361295;WS=13361277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	13361391	rs354479	A	G	3765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=61;PP=2081;SC=CGCGGGGTCCAAGACGCCGAC;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=67;TCR=61;TR=128;WE=13361399;WS=13361381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	13364876	rs514084	G	T	5184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.373;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=97;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.948;SC=CCTGGAAGCTGGTCTGGATGG;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=84;TCR=98;TR=180;WE=13364884;WS=13364866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,201:0.99:204
chr3	13367406	rs665064	C	T	2220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=43;PP=1201;SC=TGCTGTTGGCCGAGGAGCTCC;SOR=1.233;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=75;WE=13367414;WS=13367396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	13393166	.	C	CT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=1.863;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr3	13538079	rs2290195	C	G	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=2;PP=857;SC=GGTTGTGGCTCTGGCTCTCAT;SOR=4.294;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=32;WE=13538087;WS=13538069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	13538363	rs149010803	T	TG	1351.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.62;QD=28.16;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	13574068	rs35913726	AC	A	1192.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=14;PP=423;SC=CTTCCCCATAACCCCCCCATC;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=13574076;WS=13574058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	13611731	rs3832210	G	GC	3154.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=36;PP=1934;SC=CTGAGGCTGGGCCCCTGCCCG;SOR=0.820;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=48;WE=13611739;WS=13611721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	13611772	rs78223672	G	A	4169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr3	13611850	rs3732668	T	C	4495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=68;PP=1888;SC=TGGGCTGGCCTGGACCATGGT;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=72;TCR=68;TR=140;WE=13611858;WS=13611840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr3	13612936	rs3732666	A	G	8644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=154;NR=127;PP=2965;SC=GCATGCACCGAGCCTGGGCAA;SOR=0.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=154;TCR=127;TR=281;WE=13612944;WS=13612926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr3	13649762	rs2276747	G	A	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=11;PP=300;SC=CAGGCAGCCCGGAGAGAGTGC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=13649770;WS=13649752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	13655421	rs2276746	C	A	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=428;ReadPosRankSum=-0.776;SC=ATCAGTCCCTCCCCTGAGCCT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=21;WE=13655429;WS=13655411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr3	13659897	rs4596126	A	C	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=22;PP=482;SC=TTACCCCACAAGTTGGAACCC;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=13659905;WS=13659887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	13669537	rs1966825	T	G	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=41;PP=1207;SC=TGGGGGCTTTTAGGGCTTTAG;SOR=1.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=60;WE=13669545;WS=13669527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	13670481	rs2242023	A	G	5674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=87;PP=2915;ReadPosRankSum=-1.026;SC=GCTCCTACACATGCCAGAGGA;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=108;TCR=88;TR=194;WE=13670489;WS=13670471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,222:0.99:224
chr3	13670536	rs9843344	A	G	5493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.503;SC=CGATGATGGGACCAAGTGTGT;SOR=0.300;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=178;TCF=104;TCR=74;TR=177;WE=13670544;WS=13670526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,201:1.00:202
chr3	13670776	rs4684968	T	C	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=42;PP=1124;SC=GGGATGCCTTTGGCCGGGGCT;SOR=1.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=67;WE=13670784;WS=13670766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	13670837	rs4684969	T	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=16;PP=479;SC=ACCTGGCTGGTCCCCTGCCCT;SOR=2.215;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=13670845;WS=13670827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	13679688	rs1061390	T	A	3978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.78;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	13679695	rs1061398	C	A	3978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.78;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	13679708	rs12968	C	A	2740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=25.61;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	13679829	rs7820	C	T	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=21;PP=641;SC=TTTTGTTTAACTATAAAGTAG;SOR=1.005;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=38;WE=13679837;WS=13679819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	13679850	rs71773469	TTA	T	855.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=788;SC=TACATGTACATTATATAAAAA;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=17;WE=13679859;WS=13679840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	13916407	rs3749319	G	T	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=18;PP=1152;SC=CCCTAGAGCCGGTAAGACTCT;SOR=1.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=61;WE=13916415;WS=13916397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	14197987	rs2958057	A	T	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	14485484	rs36107877	C	A	8141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr3	14486392	rs3773189	A	G	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=20;PP=544;SC=CCCCTGCCCCAATGCTTTGCC;SOR=3.180;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=14486400;WS=14486382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	14489370	rs2304511	G	T	3602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.826;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=72;PP=2125;ReadPosRankSum=0.300;SC=GGGTGGGGCAGAGAGGATGGC;SOR=1.209;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=120;TCF=48;TCR=72;TR=117;WE=14489378;WS=14489360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,138:0.99:140
chr3	14526538	rs1062540	G	A	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.34;QD=24.68;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	14526612	rs35363110	AT	A	624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.387;NF=2;NR=17;PP=209;ReadPosRankSum=-0.651;SC=TTGCACTAGGATTTTTTTTTT;SOR=0.307;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=19;WE=14526621;WS=14526602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,39:0.89:44
chr3	14526656	rs1126666	A	G	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=13;PP=421;SC=AATTGTGGGTATGTGTGCGTG;SOR=1.143;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=14526676;WS=14526646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	14537867	rs11918344	A	G	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=12;PP=786;SC=GTCCCACGACAGTGCTCATGG;SOR=1.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=14537875;WS=14537857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	14538072	rs11333211	CA	C	7263.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=79;PP=2951;SC=TGGATGCCTGCAAGGAACACG;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=21;TCR=81;TR=99;WE=14538080;WS=14538062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr3	14551444	rs9845816	A	G	4541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	14552994	rs4685168	A	G	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=36;PP=1084;SC=GCCGCTGGAGAAAAAGAGGCC;SOR=1.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=14553002;WS=14552984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	14555717	rs74558668	G	A	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	14559258	rs9870394	T	C	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=5;PP=379;SC=CTGGCTGAGCTACAGCAGGGC;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=14559266;WS=14559248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	14561627	rs5846840	A	AG	815.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=5;PP=665;SC=CCTGCCTCTGAGGCCTCAGTG;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=14561635;WS=14561617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	14562127	rs1106333	C	A	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=49;PP=1446;SC=CTGATTTAATCCTTGCTGCCT;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=88;WE=14562135;WS=14562117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	14563237	rs7645232	G	A	3323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	14702982	rs2276754	C	A	3870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	14703297	rs9840626	C	G	4714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=77;NR=84;PP=2635;SC=GGGTTGTTATCGAGCCATTTC;SOR=0.926;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=77;TCR=84;TR=161;WE=14703305;WS=14703287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	14706745	rs142447115	T	TATTG	411.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=2;PP=155;SC=AGTAAGGAGATATTGATTGAT;SOR=1.085;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=14706753;WS=14706735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	14708918	rs2280383	A	G	2868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=34;PP=1435;SC=TGGGTAATTCATACTTCTTTC;SOR=1.074;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=64;TCR=34;TR=97;WE=14708926;WS=14708908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	14712473	rs1901	G	A	4259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=29;PP=2771;SC=AGTTTGCCCCGCCGTCAGATT;SOR=2.206;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=134;TCF=103;TCR=31;TR=131;WE=14712481;WS=14712463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	14724345	rs17040154	G	A	5561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=67;PP=2965;SC=GTACCAAAAGGCATCAGAAAC;SOR=1.087;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=116;TCR=67;TR=183;WE=14724353;WS=14724335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr3	14724413	rs9821143	G	A	9157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=188;NR=125;PP=2965;SC=TACCCCGTCCGACATCTTGGG;SOR=1.103;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=315;TCF=188;TCR=127;TR=313;WE=14724421;WS=14724403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr3	14725668	rs12488352	G	A	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.40;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	14745857	rs17040196	G	A	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=27;PP=1224;SC=AGCTGAAAGGGCCACATGGAA;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=70;WE=14745865;WS=14745847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	14755572	rs6765537	A	G	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	14755617	rs6790129	C	G	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	14756730	rs9869372	A	G	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	14768554	rs17255247	G	A	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	14862121	rs61751584	G	A	5521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=98;NR=94;PP=2965;SC=CATTGGAGGTGCCGCAGAGGA;SOR=0.799;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=99;TCR=94;TR=192;WE=14862129;WS=14862111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr3	14905513	rs172429	T	G	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=14;PP=1021;SC=GAAGTAGGAATTTTGTGCCTG;SOR=1.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=14905521;WS=14905503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	14939198	rs2117775	G	A	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=25;PP=785;SC=CTGGACCCCCGGGTTCCACTT;SOR=1.287;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=46;WE=14939206;WS=14939188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	14939364	rs2117774	G	A	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=1;PP=934;SC=ACCCAGGGATGTGACTCCAGG;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=37;WE=14939372;WS=14939354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	14939479	rs2164356	G	T	6010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr3	14939679	rs2307090	G	A	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=45;PP=1156;SC=ATGCAAATCAGTGGGACATCT;SOR=2.035;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=63;WE=14939687;WS=14939669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	14942024	rs2307088	T	C	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=22;PP=531;SC=CGCCAAAGCCTGGACCCTGCC;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=14942032;WS=14942014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	14942675	rs293906	G	A	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=45;PP=1157;SC=GCAGGCAACCGTCTCTCTTGT;SOR=3.296;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=54;WE=14942683;WS=14942665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	14949268	rs9818644	C	T	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=30;PP=959;SC=GGCGAGGCTCCGATAAGCCCC;SOR=1.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=14949276;WS=14949258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	14960170	rs293916	T	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=5;PP=411;SC=TAGGTGGACATGGTCCCTCTG;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=14960178;WS=14960160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	14965466	rs4685234	C	T	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=14;PP=1295;SC=AAAGACAAGCCGCAGGCACGC;SOR=2.494;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=61;WE=14965474;WS=14965456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	14965507	rs4685235	A	G	3724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=45;PP=2260;SC=GGCTTCTTTCAGTTACAGAGC;SOR=1.334;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=88;TCR=45;TR=132;WE=14965515;WS=14965497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr3	15100801	rs13068576	G	A	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=181;SC=TCATCCTGACGCTCCCATAGG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=15100809;WS=15100791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	15115270	rs3831	G	T	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	15127522	rs72400013	CTAG	C	1084.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=662;SC=CTGAGGGAGCCTAGTCTCTAC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=15127532;WS=15127512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	15127643	.	G	A	158	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=7;PP=158;QD=24.0964015684;SC=GGGTATGTACGCCTATAATCC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=15127651;WS=15127633;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	15133088	rs9869512	C	T	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=49;PP=1647;SC=CCAGGTACAACGCAAAGTGCT;SOR=1.138;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=92;WE=15133096;WS=15133078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	15311325	rs1287467	A	G	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=38;PP=1145;SC=CCTTGGCGGCACGGAGCACCT;SOR=1.013;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=73;WE=15311333;WS=15311315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	15311464	rs1287468	G	T	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	15371819	rs3773464	C	A	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=256;SC=ACAACATGTGCAATTGGATCC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=15371827;WS=15371818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	15455717	rs2290537	A	G	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.60;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	15456550	rs148072600	A	AAAAC	770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=40.56;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	15498261	rs11128745	T	C	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=62;SC=GATTCCCTCATCTTCTCAATC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=15498280;WS=15498251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	15498272	rs12494919	G	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=57;SC=CTTCTCAATCGAGTTCCTAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=15498280;WS=15498251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	15507761	rs3732722	G	A	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=302;SC=GAAACACAAGGCATCTCTGCT;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=15507769;WS=15507751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	15509212	rs878946	T	C	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=6;PP=368;SC=GAGCAGTGATTGACACTTGCC;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=15509220;WS=15509202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	15509327	rs878945	C	G	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=30;PP=1124;SC=CTTGGGACTCCTTTCCAGCCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=76;WE=15509335;WS=15509317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	15515695	rs2305616	C	T	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=25;PP=924;SC=GCTACTTGCACTGACATTTAT;SOR=0.853;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=49;WE=15515703;WS=15515685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	15515918	rs28632773	C	G	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=103;SC=CAGGTGACTTCTCCAGGGAAG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=15515926;WS=15515908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	15516481	rs924812	T	C	3304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	15516910	rs3816526	T	C	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.86;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	15517025	rs2305615	G	A	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	15518731	rs2305612	G	C	4471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr3	15518841	rs13095087	G	A	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=25;PP=736;SC=CCCACTCTCCGAAGACTGATG;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=15518849;WS=15518831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	15518889	rs13074638	T	C	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=17;PP=517;SC=TATCATCAAATAAGACCTTAT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=15518897;WS=15518879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	15520639	rs2290538	T	G	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=17;PP=685;SC=TCACGGCCCCTCTGCCATGTC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=15520647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	15520677	rs2255897	G	T	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=17;NR=14;PP=680;SC=TACACCAGTGGTATCCCATAT;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=31;WE=15520685;WS=15520667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	15529543	rs1983085	T	C	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.09;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	15613279	rs200924343	T	TA	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=-0.772;SOR=1.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,15:0.21:73
chr3	15643043	rs2019160	A	G	12346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=206;NR=222;PP=2965;SC=CAAACGCGAAATCGGCAGCAC;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=429;TCF=207;TCR=222;TR=428;WE=15643051;WS=15643033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr3	15676871	.	G	A	6291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=137;NR=84;PP=2965;SC=AGCTGCAAACGTTAAATTCTT;SOR=1.164;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=137;TCR=85;TR=221;WE=15676879;WS=15676861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr3	15717614	rs17041435	G	A	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=24;NR=45;PP=1322;SC=GTACAAACTCGAGAAACCTAG;SOR=1.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=69;WE=15717622;WS=15717604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	15717693	rs2246960	G	A	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=19;PP=446;SC=CCTTGTCAACGTGTAGCTCGG;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=15717701;WS=15717683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	15718652	rs2470540	T	A	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=217;SC=AGTCCATATATTATGTACAAC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=15718660;WS=15718642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	15736385	rs2455814	A	T	7031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr3	15737610	rs2470547	T	C	3303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=36;PP=2021;SC=AAACTCCCATTAGGTCTTTCA;SOR=1.316;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=72;TCR=37;TR=107;WE=15737618;WS=15737600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	15737689	rs2470548	G	A	8793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.97;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr3	15737698	rs2470549	T	C	8750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.42;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr3	15752830	rs2455833	T	C	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=8;PP=185;SC=TATTTTACACTAAAGAATTGT;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=13;WE=15752838;WS=15752820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	15753641	rs2455834	A	G	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	15756039	.	GAAA	G	786.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.86;QD=35.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	15756215	rs924754	A	T	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=22;PP=606;SC=TAATGTGTAAACCTTAGTTTT;SOR=1.552;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=15756223;WS=15756205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	15807725	rs6789076	T	A	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	15838150	.	G	GTT	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.6099;HP=14;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=31;QD=11.6666666667;SC=GCACAGCTGGGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=15838158;WS=15838140;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr3	15900950	.	C	CGCCGCT	4122.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.552;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.350;NF=10;NR=67;PP=1976;ReadPosRankSum=-0.472;SC=CCTCCTCCTCCGCCGCTGCCG;SOR=1.053;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=104;TCF=13;TCR=91;TR=77;WE=15900981;WS=15900940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,166:0.97:172
chr3	15900973	rs62243667	A	C	8334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=62;PP=2143;SC=GCCGCCGCCGACCGGCCCACT;SOR=0.932;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=108;WE=15900981;WS=15900940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr3	15901053	rs71064238	CT	C	1599.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=35;PP=1717;SC=CTGAGAAGACCTGCGGGCAGG;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=15901061;WS=15901043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	16261139	rs13063387	G	A	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=288;SC=AACCATTCACGGTTTAGCAGG;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=16261147;WS=16261129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	16264037	rs2292169	T	A	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=32;NR=14;PP=771;SC=AGACCTCAGCTCTATAGTGGG;SOR=1.262;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=16264045;WS=16264027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	16268974	rs15767	T	A	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.19;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	16268986	rs14576	C	A	3360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	16269066	rs14210	T	G	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	16269117	rs1048619	G	T	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=17;PP=460;SC=GTGTGCTCCTGGTGTTAGGAG;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=16269125;WS=16269107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	16310857	rs842258	G	A	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=15;PP=426;SC=GAAAAACTACGTTTAGTGGTC;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=16310865;WS=16310847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	16313597	.	CT	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.638;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr3	16358584	rs690241	T	C	5082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=98;PP=2747;SC=GCTGCTGTCCTGAAACACAGT;SOR=1.060;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=87;TCR=99;TR=185;WE=16358592;WS=16358574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr3	16364919	rs690216	A	C	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	16368121	rs690145	T	C	238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=148;SC=GTTAAGAATGTGAAATTCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=16368129;WS=16368111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	16635866	rs13067997	C	G	146.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=3;PP=85;SC=ACTGTTGCTCCCATGGGAGTT;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=16635874;WS=16635856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	16639754	rs3773827	G	T	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	16646745	rs9847342	C	G	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=57;NR=48;PP=1597;SC=CGACCGGCTCCAGGAGGAGCA;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=105;WE=16646753;WS=16646735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	16926445	rs138820460	A	AG	393.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=89;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=261;SC=GGAGGAGAGGAGAGGGGCCGC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=16926453;WS=16926435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	16926491	rs6442654	G	A	161.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=180;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=5;PP=162;SC=GGACGCGGGGGCGCGAGGACG;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=16926499;WS=16926481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	16926521	rs200478663	CT	C	392.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=166;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=4;PP=510;SC=GCAGGCGGGTCTGCTGGGGCG;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=12;WE=16926532;WS=16926511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	16926524	.	CT	C	392.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=166;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=4;PP=510;SC=GGCGGGTCTGCTGGGGCGCCC;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=16926532;WS=16926511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	16926539	.	CT	C	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=58.20;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	16926544	rs368284573	T	G	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.23;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	16926548	.	GT	G	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	16926551	.	CG	C	187.87	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	16926553	.	T	C	196.90	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	16926557	rs372006934	T	G	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	16926561	.	CT	C	271.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=54.35;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	16926567	rs373958057	T	C	281.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	16926599	rs7626446	T	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	16926607	rs7626448	T	C	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.99;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	16926642	rs6442655	A	G	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.33;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	16926648	rs6442656	T	G	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.40;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	16926666	rs7626542	T	G	2334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=20;PP=944;SC=GGTCGCCTCGTCCACGGGCGG;SOR=0.804;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=52;WE=16926674;WS=16926656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	17209153	rs56166267	G	C	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=11;PP=578;SC=GGGGATGCTGGCTCTAACATC;SOR=1.151;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=34;WE=17209161;WS=17209143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	17209195	rs2305291	G	A	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	18055220	rs149877768	A	G	3316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=60;PP=1992;SC=ACTAAACCAGAAGACAGTCAC;SOR=1.089;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=111;WE=18055239;WS=18055210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	18055231	rs61978649	A	C	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.921;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=56;PP=1523;ReadPosRankSum=1.239;SC=AGACAGTCACAGTAGTCCAGA;SOR=0.903;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=100;WE=18055239;WS=18055210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,110:0.99:111
chr3	18057982	rs9310538	A	G	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=1;PP=83;SC=GAGGGACCTAATGGGAGGGCG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=18057990;WS=18057972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	18058059	rs9310539	A	G	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	18058093	rs62240226	C	G	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	18419553	rs9310557	C	T	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=20;PP=1548;SC=ATCCTAGACACAGAGGCCTCT;SOR=1.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=62;TCR=20;TR=82;WE=18419561;WS=18419543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	18419859	rs10460976	G	A	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=31;PP=896;SC=TTCATTGGCTGAATTGTTTTG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=18419867;WS=18419849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	18427924	rs2229261	G	T	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=10;PP=569;SC=TGCTGATGAGGGGGGCAGGAC;SOR=1.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=18427932;WS=18427914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	19992432	rs6773437	G	T	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=11;PP=996;SC=GGCCAAATACGGGAAATAAAA;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=19992440;WS=19992422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	20017489	rs4858122	GG	CC	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=366;SC=AAAGATGCTTGGTAACCATTT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=20017498;WS=20017479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	20025665	rs34961993	G	GA	528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=116;ReadPosRankSum=-1.469;SC=AGTCACCTGTGAAAAAAAAAT;SOR=0.425;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=7;WE=20025673;WS=20025655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr3	20027708	rs11128931	A	G	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=40;PP=1045;SC=AGAAATTTTTATCCTAGAGAT;SOR=2.876;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=49;WE=20027716;WS=20027698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	20042462	rs13093485	G	A	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=19;PP=1117;SC=AGCATGAGGGGTTTTGCTGCA;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=61;WE=20042470;WS=20042452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	20042834	rs4103004	C	T	5103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=72;PP=2817;SC=TCTATTGCTGCGTATTCTTCT;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=93;TCR=72;TR=165;WE=20042842;WS=20042824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr3	20053581	rs2686326	C	T	4081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr3	20113830	rs3021408	G	A	4319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=86;NR=59;PP=2467;SC=TTTAGGCCGAGGAGTCTTGTA;SOR=0.995;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=86;TCR=59;TR=145;WE=20113838;WS=20113807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	20113989	rs3749180	C	A	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=38;PP=1169;SC=ATAACGAGTTCATTGTAGCGT;SOR=1.545;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=62;WE=20113997;WS=20113979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	20114044	rs3828349	T	C	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	20114048	rs3828348	G	A	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.41;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	20136611	rs2293140	C	T	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=75;SC=TTCAGTCCTACAGGAGTTCAG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=20136619;WS=20136601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	20136645	rs2293141	A	T	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=129;SC=TTACCAGTGAACTTAAAGGAT;SOR=1.981;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=20136653;WS=20136635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	20141251	rs149949115	AAG	A	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=1.732;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr3	20141301	rs11128939	T	G	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=206;SC=GAGAGAGAGATAGACATACCA;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=20141309;WS=20141291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	20141356	rs35424474	C	T	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=10;PP=642;SC=CTTTGCAGCTCTTGAGAAAGT;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=29;WE=20141364;WS=20141346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	20142360	rs4858764	T	C	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=373;SC=TGATAGCAGGTTTTTGATTAG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=20142368;WS=20142350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	20143020	rs4858155	G	C	3067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=54;PP=1849;SC=ACCTAAAATTGTACTTGACTC;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=44;TCR=54;TR=98;WE=20143028;WS=20143010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	20156302	rs2365794	T	C	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=229;SC=AAGGTGATTGTCACAGATAAT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=20156310;WS=20156292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	20168875	rs41285061	C	G	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=6;PP=675;SC=ATTTATATAACTAGGATAGGT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=20168883;WS=20168865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	20179033	.	CT	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=-0.711;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,24:0.20:118
chr3	20188074	rs2686314	C	T	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=15;PP=450;SC=GCAAATGTTACCCTTTTATGT;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=20188082;WS=20188064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	20212189	rs1052930	A	G	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=13;PP=569;SC=AATATCCAACAAAACCTTCAT;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=39;WE=20212197;WS=20212179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	20218306	rs77405492	A	C	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=203;SC=AAACCAAAGGACACTTATGCT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=20218314;WS=20218296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	20219885	rs6550402	C	T	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	21462754	rs451242	A	G	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=22;PP=1133;SC=GAATGGGTCCAGGAGCTGGCC;SOR=1.347;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=71;WE=21462762;WS=21462744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	21462787	rs427233	G	A	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	21466964	.	C	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.304;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr3	21606027	rs66546661	ATT	AT,A	624.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.4981,0.5019;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10,10;NR=7,7;PP=14,177;ReadPosRankSum=0.524;SC=AGCAAAATGTATTTTTTTTTT;SOR=0.829;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=17,17;WE=21606036;WS=21606017;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.91:44
chr3	23364883	rs9844558	G	A	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=11;PP=624;SC=TATTCTAGACGATTTAAGAAG;SOR=1.455;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=23364891;WS=23364873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	24006477	rs4858097	T	A	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=15;PP=1117;SC=GGTTTGTCCATTGAGTAAGTC;SOR=1.571;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=57;WE=24006485;WS=24006467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	24169361	rs1667765	T	C	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=29;PP=675;SC=ACATTTGTCCTGCATTCTTTG;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=24169369;WS=24169351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	24562877	rs11714172	G	T	4140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	25542571	rs2116703	G	A	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=4;PP=515;SC=CCATCACTTCGTTACTCAAAA;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=25542579;WS=25542564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	25611472	rs67669779	GAC	G	176.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.07;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr3	25639973	rs11372851	A	AT	1044.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.9988;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=30;PP=389;SC=CGGTTTCTAGATTTTTTTTCA;SOR=2.038;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=30;WE=25639981;WS=25639963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	25647497	rs181482666	T	A	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=11;PP=385;SC=CTAAAAGCAATAATACAATAA;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=25647505;WS=25647487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	25659793	rs45438599	T	C	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=2;PP=230;SC=AGTCTCTAAATAGACAACTCA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=25659801;WS=25659783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	25775253	rs1488992	T	C	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=1;PP=726;SC=AATATTCTTGTTTATAAAACA;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=25775261;WS=25775249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	25775356	rs6550987	A	C	4374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	25805879	rs11129208	T	C	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=29;PP=669;SC=CACACAGAAATGTATAATGAA;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=25805887;WS=25805869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	25836023	rs9831075	C	T	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=529;SC=TTTTTAAATGCTATATGTGAA;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=25836031;WS=25836013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	25902401	rs4681082	G	C	77.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	25904394	rs6550999	T	C	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	27338795	rs73047864	AC	GA	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=11;PP=597;SC=TCACATAAATACTCTTACTCC;SOR=1.863;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=17;WE=27338804;WS=27338785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	27759338	rs9866625	C	A	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.760;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr3	27763427	rs368178421	G	GCGGCGC	1148.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=12;NR=5;PP=702;SC=GGCGGCGGCGGCTGCAGCGGC;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=17;WE=27763435;WS=27763417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	28358057	rs11706332	C	T	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=102;SC=AGTTCCAGTACAGTCTTAAAA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=28358065;WS=28358047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	28373462	rs139773536	C	CA	1605.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.82;ReadPosRankSum=-0.337;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,76:0.94:81
chr3	28381887	rs3762797	A	T	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=6;PP=269;SC=AAAAGATAAAAATTACCTTTT;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=28381895;WS=28381877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	28520417	rs1563656	T	A	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.69;ReadPosRankSum=2.508;SOR=0.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr3	28533458	rs13099814	A	G	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=1;PP=177;SC=TAAACAATGGACAGCTCAGTT;SOR=2.147;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=28533466;WS=28533448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	28557206	rs10539083	CTG	C	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	28557236	rs7617655	G	A	238.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=213;SC=GTGTGTGTGTGTATACACATA;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=10;WE=28557244;WS=28557226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	29529907	rs2371695	G	A	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=12;PP=682;SC=AATAACATGGGTTTTTTTCTC;SOR=1.298;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=41;WE=29529922;WS=29529897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	29529913	rs5847572	TTC	T	2139.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=12;PP=1199;SC=ATGGGTTTTTTTCTCTCTCTC;SOR=1.345;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=26;WE=29529922;WS=29529897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	29628479	rs3773103	A	T	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=10;PP=829;SC=TAAGAGCCTAATGTTCAACCA;SOR=2.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=29628487;WS=29628469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	29781465	rs71091076	C	CA	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;QD=11.39;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr3	29804300	rs7340719	C	A	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	29804509	rs1371840	T	C	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=41;PP=1366;SC=AGTGACTGAATGATGCCGAGG;SOR=0.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=99;WE=29804517;WS=29804499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	29977739	rs1449287	T	C	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=60;PP=1886;SC=TCAGATGTGATATTCTCCATT;SOR=1.234;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=48;TCR=60;TR=108;WE=29977747;WS=29977729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	30032626	rs114278295	C	G	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	30686414	rs1155705	A	G	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=63;PP=1881;SC=TATGGTAAGCAAGCCTTTTAA;SOR=1.234;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=113;WE=30686422;WS=30686404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	30713126	rs11466512	T	A	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	30769948	rs7617829	C	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=320;SC=AAGACCAGAACATCAAGGCAT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=30769956;WS=30769938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	30842298	.	GACACACAC	G	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	30935904	rs11921654	G	A	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=16;PP=1119;SC=TAACCTTTTAGGTACGGAAAA;SOR=1.835;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=53;WE=30935912;WS=30935894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	31621228	rs58289734	T	TAAA	986.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=3;PP=729;SC=AATGTAATGATGAAGAGTACA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=31621236;WS=31621218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	31642037	rs11713598	A	T	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=495;SC=TATTTGGTCAATATTATGCAT;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=31642045;WS=31642027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	31663515	rs10662891	A	AGTGTG	533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=523;SC=TTGGTTTTATAGTTTTAAGTA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=31663523;WS=31663505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	31677395	rs11129457	T	G	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=297;SC=TCATCATAGTTCAGTAAACCA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=31677403;WS=31677385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	31774971	rs3813824	T	C	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=31;PP=714;SC=ATGAAATATTTGTACTCACTG;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=31774979;WS=31774961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	31839135	rs7653447	A	G	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=2;PP=351;SC=GCAAAAGGTCACAGCTATTTT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=31839143;WS=31839125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	31839242	rs7643025	T	C	3708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr3	32022333	.	G	GCA	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.854;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.34;ReadPosRankSum=0.307;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr3	32181761	rs9835387	C	T	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=15;PP=719;SC=TCATTTCTGACATCATCCGTG;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=43;WE=32181769;WS=32181751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	32188006	rs9839702	G	A	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=375;SC=ATCCTATCATGAACATGTTAC;SOR=3.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=32188014;WS=32187996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	32200233	rs2305362	G	A	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=3;PP=309;SC=CAAGAGCAGAGCCCGGCATTG;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=32200241;WS=32200223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	32200957	rs35234737	TA	T	92.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.172;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr3	32493682	rs342745	A	G	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=52;PP=1703;SC=CCCAACCTGGAGGACTGGGGC;SOR=1.580;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=77;WE=32493690;WS=32493672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	32568145	rs35822941	CCA	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.714;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,7:0.17:41
chr3	32746522	rs7429569	A	G	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	32758763	rs11129531	G	A	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=22;PP=572;SC=TTTTCAATTTGTGTCTTTCTT;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=32758771;WS=32758753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	32774782	rs9798936	A	G	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=0;PP=155;SC=TGTTTCCATTATCACCAAAAA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=32774790;WS=32774772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	32815231	rs2396631	A	T	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=14;PP=420;SC=TACCCCTGACATTTGGCCAAA;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=32815239;WS=32815221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	32859803	.	G	A	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.97;ReadPosRankSum=-0.890;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,70:0.72:97
chr3	32915214	rs6799979	C	G	4501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=55;PP=2965;SC=GGAAGCTGGTCGTTCGGTTGT;SOR=1.324;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=96;TCR=55;TR=151;WE=32915222;WS=32915204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr3	32927509	rs6774703	G	T	2570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=50;PP=1558;SC=AAGCCGTGACGGCGAGGCATA;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=86;WE=32927517;WS=32927499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	32933344	rs10630076	G	GTC	743.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.356;NF=1;NR=22;PP=941;ReadPosRankSum=0.245;SC=GTGTGTGCGTGTCTCTCTCTC;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=23;WE=32933352;WS=32933334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr3	33055721	rs4302331	A	G	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	33063050	rs13093698	A	G	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=10;PP=768;SC=TTACCTTTGAAGGCCTACCTG;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=33063058;WS=33063040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	33087842	rs35000357	C	G	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=5;PP=102;SC=ATTAAAACCACTTGTTGGGAG;SOR=2.093;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=33087850;WS=33087832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	33099880	rs7637435	T	C	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=18;PP=368;SC=TAATGACTGCTGGAAAAATTT;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=33099888;WS=33099870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	33107060	rs34204221	A	G	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	33118552	.	T	TA	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.418;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr3	33165303	rs4320036	C	G	134.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=1;PP=20;SC=ATTTTTAGTACAGATGGGGTT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=33165311;WS=33165299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	33165436	rs6777433	T	A	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=5;PP=277;SC=ATTGAGGTACTATTTATATAC;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=33165444;WS=33165426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	33175793	rs4234239	C	A	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=44;PP=1399;SC=CTGGTGGCTACGAGAAAATAT;SOR=1.216;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=37;TCR=44;TR=81;WE=33175801;WS=33175783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	33194990	rs6810039	C	A	12779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.51;ReadPosRankSum=-0.561;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,500:1.00:501
chr3	33216350	rs4257493	G	A	3955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=86;NR=41;PP=2382;SC=GTGGGCACGCGAAGGTGGCCC;SOR=1.451;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=86;TCR=42;TR=127;WE=33216358;WS=33216340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	33255592	rs9637517	A	G	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	33418688	rs182451159	G	A	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=32;PP=1638;SC=AAAGACTCAAGTATGCATCAT;SOR=1.306;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=62;TCR=33;TR=94;WE=33418696;WS=33418678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	33444286	rs623244	T	G	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr3	33618551	rs11391504	G	GA	574.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.314;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;MQRankSum=0.392;QD=21.29;ReadPosRankSum=0.194;SOR=1.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
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chr3	33863683	rs3762817	A	T	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=14;PP=374;SC=GATGTTTTCTAAAACGAATGC;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=33863691;WS=33863673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	33866868	rs12488699	A	G	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=25;PP=761;SC=CATGTGAAAAAAAGTGATAAG;SOR=1.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=33866876;WS=33866858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	33866929	rs12495243	G	T	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=259;SC=ATGTCGAGCTGTCCTTCTTGA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=33866937;WS=33866919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	33877626	rs3792594	G	A	4356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	33879602	rs78289090	CTA	C	304.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=273;SC=TATTTATAGACTATGTGAATA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=33879611;WS=33879592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	33887008	rs112754416	G	A	4883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.10;QD=25.70;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr3	33887102	rs11928792	A	G	2738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=53;PP=1639;SC=ACTTTGATGTAGGTTGTCATC;SOR=1.225;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=90;WE=33887110;WS=33887092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	33895391	rs3183982	A	G	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=34;PP=1302;SC=AGGAATTTTCAAAAATGAAAC;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=83;WE=33895399;WS=33895381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	33905566	rs1127732	C	T	6004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr3	33905781	rs9848414	A	G	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=10;PP=240;SC=ACACAGCATCATTCAAGAATT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=33905789;WS=33905771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	33907835	rs5847794	T	TCTCC	2198.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=13;PP=1287;SC=TCTGTTTTCTTCTATCAGGTA;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=21;WE=33907843;WS=33907825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	33907945	rs3183987	A	G	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=25.31;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	35723124	rs73059215	T	C	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	36422064	rs59881573	G	A	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=5;PP=1162;SC=CCTGGCGCGCGGCGGGCAGGG;SOR=3.486;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=45;WE=36422072;WS=36422054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	36422126	rs113135397	C	T	6825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.91;SOR=1.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr3	36422135	rs112766131	G	A	7814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.87;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr3	36422216	rs73052248	T	C	12659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr3	36422392	.	G	GGACCCGCCGAGACTTGAACGTCCGGTAA	2876.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.99;QD=42.94;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	36484823	rs3749279	C	T	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=285;SC=ATCCATTGATCGTAAGAGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=36484831;WS=36484813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	36527872	rs11926471	A	G	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=19;PP=543;SC=GGCACCTGCCAAAGAGAAACC;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=36527880;WS=36527862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	36869879	rs149795549	A	AGAAG	221.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	36884370	rs6771655	C	A	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=21;PP=595;SC=AGGGCCTTTACAGAGGTGACT;SOR=2.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=29;WE=36884378;WS=36884360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	36887973	rs4678910	C	G	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=11;PP=296;SC=TGGGCTTACTCTAATTTTGGA;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=36887981;WS=36887963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	36888064	rs4678911	G	T	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=53;SC=CACAGCACAGGTAAGTGAGGC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=36888072;WS=36888054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	36896653	rs9818599	G	C	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=38;NR=16;PP=937;SC=AAACCCAAGAGCTGGACTTAC;SOR=1.421;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=54;WE=36896661;WS=36896643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	36915814	rs4296548	T	G	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=28;PP=785;SC=TGAGAAGGGGTGTTTGTCATG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=36915822;WS=36915804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	37048633	rs4234259	A	G	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=46;PP=1387;SC=AATTGCTTCTAAGTTTTCAGG;SOR=1.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=65;WE=37048641;WS=37048623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	37053568	rs1799977	A	G	6329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=108;PP=2965;SC=TATTCGCTCCATCTTTGGAAA;SOR=0.939;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=94;TCR=108;TR=202;WE=37053576;WS=37053558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr3	37067095	.	ATATATTTT	A	115.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.93;MQRankSum=0.210;QD=19.29;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=3.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr3	37083740	rs9876116	A	G	2996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.17;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	37096109	rs113420512	T	TAAC	1766.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.24;NF=1;NR=26;PP=1465;SC=CCAAGTAATCTACTAACAAGT;SOR=2.247;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=27;WE=37096117;WS=37096099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	37100166	rs72523902	CAAA	C	887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;QD=30.61;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	37107022	rs7639375	C	A	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=22;PP=2022;SC=CTTTGCAGAACAGTTTGTAGT;SOR=2.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=70;TCR=22;TR=92;WE=37107030;WS=37107012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	37107470	rs2302503	G	A	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=26;PP=733;SC=CAAAAGGCCCGTATGGAAGCT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=37107478;WS=37107460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	37116386	rs2302504	G	T	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=24;PP=1671;SC=TTGAAAATTTGTAGTGTACAG;SOR=1.524;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=69;TCR=25;TR=92;WE=37116394;WS=37116376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	37133124	rs2302506	A	G	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=370;SC=ACTTTTGTATATTCCAGACTA;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=37133132;WS=37133114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	37144535	rs2302507	C	A	4074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.35;SOR=1.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	37150988	rs6806252	C	G	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.92;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	37163039	rs336595	G	A	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=17;PP=709;SC=TGATAAAAATGAAAATAAACA;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=42;WE=37163047;WS=37163029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	37170717	rs3733030	T	C	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	37170750	rs3733029	G	C	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=25;PP=701;SC=GTGGGCAGGAGAAGATATTAT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=37170758;WS=37170740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	37285152	rs2271548	C	T	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=23;PP=645;SC=GTTCCGAATACCTCTTGAACC;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=37285160;WS=37285142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	37308262	rs73059487	A	T	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=45;PP=1478;SC=ACTTTGCAACATGCCATTATG;SOR=0.901;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=42;TCR=45;TR=87;WE=37308270;WS=37308252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	37308532	rs1040073	C	T	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=12;PP=349;SC=TACCATCTCTCAAAGTATCTT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=37308540;WS=37308522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	37327629	rs58146171	C	T	146.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.97;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	37360696	.	A	AT	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=5.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=1.382;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr3	37366459	rs11718848	C	A	3726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	37368755	rs62241896	T	A	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.53;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	37369771	rs5847960	ACTCT	A	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=6;PP=643;SC=TCACTCTCACACTCTCTCTCT;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=11;WE=37369782;WS=37369761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	37376500	rs11396224	C	CT	543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=9;PP=266;SC=ACTAATGCTTCTTTTTTTTCT;SOR=1.051;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=12;WE=37376508;WS=37376490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	37388577	rs3832257	C	CA	112	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=0;PP=145;SC=AATATAAAAGCATGCCTCTCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=37388585;WS=37388567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	37407489	rs17266090	A	G	3684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=44;PP=2278;SC=ACTTGAAAAAACAAATATCCC;SOR=1.230;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=80;TCR=45;TR=124;WE=37407497;WS=37407479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	37407664	rs62241901	G	T	2409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=55;PP=1603;SC=GAATGAAGTTGTCATTCAGGG;SOR=1.939;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=78;WE=37407672;WS=37407654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	37512646	rs11713408	TG	CC	8019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=74;PP=2947;SC=ATTACTGCTGTGGTGGAAATG;SOR=0.962;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=77;TCR=77;TR=148;WE=37512655;WS=37512636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	37627112	rs1155741	T	C	3275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	37627287	rs3044748	G	GC	485.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.500;NF=0;NR=13;PP=323;ReadPosRankSum=1.736;SC=GAAGAAGGGGGCCCCCCCAAT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=37627295;WS=37627277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr3	37774304	rs58228096	C	T	3980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	37778481	rs1118148	G	C	4307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	37778615	rs2276866	A	T	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=24;PP=687;SC=CTTGAGCCGCAAAGTGGAATT;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=37778623;WS=37778605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	37778669	.	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.85;ReadPosRankSum=-0.130;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr3	38105498	.	CT	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=5.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.550;QD=1.59;ReadPosRankSum=0.011;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr3	38134438	rs11129778	A	G	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=28;PP=805;SC=GCCACTGACCACAGTAGCATT;SOR=2.362;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=38;WE=38134446;WS=38134428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	38265482	.	T	G	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=17;PP=472;SC=CTTTTAATTTTTTTTTTATTG;SOR=1.697;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=25;WE=38265490;WS=38265472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	38348686	rs753330	T	G	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	38350479	rs818819	T	C	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	38350519	rs818818	G	A	4470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=65;PP=2204;SC=TGTTGGGGCCGTGTTGCTGAC;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=79;TCR=65;TR=144;WE=38350527;WS=38350509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	38350543	rs818817	A	G	4394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	38350630	rs704929	C	A	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=40;PP=1440;SC=AAGCGAGTACCGGGCATGTAC;SOR=0.896;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=86;WE=38350638;WS=38350620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	38355176	.	T	TGTGCGCGCGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGCGCGC	1240.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=63;SC=TCCGTGTGTGTGCGCGCGTGT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=4;WE=38355184;WS=38355166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	38355225	rs73064822	G	A	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.64;QD=25.23;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	38355509	rs696253	C	T	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=11;PP=241;SC=CCGCCTGCCACGGCCGGCCAC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=38355517;WS=38355499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	38357817	rs2070492	C	T	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=41;PP=1983;SC=ACTTTCAGGGCGACAGGTCTG;SOR=1.434;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=80;TCR=41;TR=121;WE=38357825;WS=38357807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	38390020	rs2615631	C	A	4556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	38401677	rs818851	C	T	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=5;PP=423;SC=TTGCAGCCCTCGTGCCTGTTC;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=38401685;WS=38401667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	38401839	rs818850	T	C	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=34;PP=907;SC=GGACTCAGGGTGGTGTTCATG;SOR=0.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=67;WE=38401847;WS=38401829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	38401918	rs818849	A	G	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=16;PP=467;SC=AGGGATTCCTATTCTCCTTCT;SOR=1.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=38401926;WS=38401908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	38402007	rs818848	T	A	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=129;SC=GCATCTGTTGTCACCAGGTCC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=38402015;WS=38401997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	38404472	rs17118	C	A	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.347;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=908;ReadPosRankSum=-0.585;SC=CGGGCTTCGACTTCTCTCAAG;SOR=0.516;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=57;WE=38404480;WS=38404462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr3	38406648	rs704942	T	C	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=22;PP=741;SC=GCTGTGACACTGGTGTGTGGT;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=53;WE=38406656;WS=38406638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	38406773	rs704943	G	T	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=19;PP=607;SC=ACCAGCAGCTGCAGGTAACTG;SOR=1.067;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=38406781;WS=38406763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	38406793	rs2234608	T	G	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=19;PP=614;SC=GTGGCTACGTTGTGTGAGTGT;SOR=1.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=38406801;WS=38406783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	38408248	rs704946	G	A	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=22;PP=1265;SC=GGAGGTAATTGTTCATTCTGT;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=56;TCR=22;TR=78;WE=38408256;WS=38408238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	38408361	rs843890	G	A	4519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr3	38408459	rs2234617	A	G	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=34;PP=955;SC=GACTGAAAACATTGATAAGCA;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=48;WE=38408467;WS=38408449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	38409600	rs704947	T	G	3208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=46;PP=1633;SC=TTTTCATGCTTTGTGTGTGTC;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=58;TCR=46;TR=104;WE=38409608;WS=38409590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	38411731	rs150130857	G	GCACACACACA	409.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	38442490	rs2070488	G	A	3282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	38519424	rs2070489	A	G	3851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	38521156	rs13097628	T	C	5190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr3	38524742	rs1046048	C	T	6260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr3	38592406	rs1805126	A	G	7593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=134;NR=134;PP=2965;SC=CAGACAGGGCATCGGCAAAGT;SOR=0.825;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=134;TCR=134;TR=268;WE=38592414;WS=38592396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr3	38593128	rs34532982	T	TG	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.732;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr3	38598606	rs41312391	C	T	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=1.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	38601556	rs6799868	T	C	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=9;PP=1309;SC=CACTGCCCCCTCTTCCTGCCC;SOR=2.694;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=57;WE=38601564;WS=38601546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	38622467	rs7430407	T	C	6354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr3	38627629	rs7645173	A	G	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=36;PP=996;SC=TGAAAGCCCAAGGAGCCCTTG;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=38627637;WS=38627619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	38627658	rs112524625	T	TC	576.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.471;QD=24.03;ReadPosRankSum=-0.281;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr3	38655643	rs9856587	C	T	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.34;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	38739574	rs6599241	T	C	4507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=66;PP=2117;SC=ATGTTGACCATGATGAGGAAG;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=82;TCR=66;TR=148;WE=38739582;WS=38739564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	38739845	rs6599242	A	G	3752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=58;PP=2152;SC=TACCGAAGATAGAGTAGATGA;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=63;TCR=59;TR=121;WE=38739853;WS=38739835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	38749026	rs6599248	T	A	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=17;PP=516;SC=TCTTGCCACATCCAGTGTCGG;SOR=1.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=38749034;WS=38749016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	38812650	rs10212338	G	A	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=5;PP=462;SC=TGGAGCAAACGTTCATGGTGT;SOR=2.019;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=26;WE=38812658;WS=38812640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	38938299	rs5848481	C	CT	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.537;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr3	38945560	rs4073113	A	G	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=54;PP=1612;SC=GGTTTTCTCCACAAGGGAGAC;SOR=1.149;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=95;WE=38945568;WS=38945550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
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chr3	39169693	rs1298712	A	G	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=7;PP=460;SC=AGCAGAACAAAACTGGCTAAA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=39169701;WS=39169683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	39169712	rs1274969	T	C	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=1.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr3	39178899	rs784495	C	T	3235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=49;PP=1918;SC=TGGGGACTGGCGGGCATGGGC;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=104;WE=39178907;WS=39178889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	39179909	rs784497	G	A	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=37;PP=1355;SC=GCACGTGAATGGACGTGGGAG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=70;WE=39179917;WS=39179899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	39180099	rs784498	T	C	4533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	39180162	rs811969	A	C	5803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr3	39180263	rs704959	G	A	2801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=40;NR=52;PP=1625;SC=AAGGCCCGAAGGTCCCTGAGG;SOR=1.157;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=40;TCR=52;TR=92;WE=39180271;WS=39180253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	39184959	rs1274958	C	T	4170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=53;PP=2442;SC=TCATCCAGGACGCCTGATGTG;SOR=1.171;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=88;TCR=53;TR=141;WE=39184967;WS=39184949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	39185077	rs1274957	G	A	7670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr3	39185248	rs784519	A	G	4131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=67;PP=2351;SC=AAGATGCTGTAGAAGAATCAG;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=54;TCR=67;TR=121;WE=39185256;WS=39185238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	39185968	rs810743	A	G	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=21;PP=612;SC=AGAGGGATGTAAGAAGCACAG;SOR=2.049;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=39185976;WS=39185958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	39186728	rs784517	C	T	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=38;PP=1248;SC=CCCGGCGAGCCCGCTTCAGGA;SOR=1.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=64;WE=39186736;WS=39186718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	39229900	rs6805248	T	C	4156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=64;PP=2218;SC=AAACAGATGCTGCTGCTGCTG;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=76;TCR=65;TR=140;WE=39229908;WS=39229890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	39307256	rs3732379	C	T	6292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr3	39323163	rs11715522	A	C	3588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.19;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	39373902	rs2853699	C	G	6068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=81;PP=2965;SC=CCCTGTGATGCGGAACTTATT;SOR=0.822;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=116;TCR=81;TR=196;WE=39373910;WS=39373892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr3	39433147	rs1995236	G	A	4094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=70;PP=2284;SC=AGGATAGTTCGGCTTAGCCAC;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=62;TCR=70;TR=132;WE=39433155;WS=39433137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	39437714	rs73058289	A	T	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.39;ReadPosRankSum=1.581;SOR=2.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr3	39437800	rs9877539	A	G	4850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=102;NR=54;PP=2682;SC=TAAACATGGGATAACAGAGAC;SOR=1.237;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=103;TCR=55;TR=156;WE=39437808;WS=39437790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	39448581	rs3772143	T	G	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=38;PP=1147;SC=GCGGTGAGTCTAGGCCCAGGC;SOR=0.987;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=73;WE=39448589;WS=39448571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	39448620	rs11706951	T	C	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=20;PP=658;SC=CTTGGGCTGGTCGGGTTTTCC;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=39448628;WS=39448610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	39449137	rs1803893	T	C	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.67;QD=25.37;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	40231883	rs1317317	C	T	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=56;PP=1772;SC=AAGAGCCCGACTGGGCTCAGA;SOR=1.169;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=100;WE=40231891;WS=40231873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	40286017	rs4618168	T	C	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.473;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=45;PP=1166;ReadPosRankSum=1.964;SC=GCATCCACAGTGGCACTGATG;SOR=0.340;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=92;WE=40286025;WS=40286007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,107:0.98:109
chr3	40352355	rs35523102	AT	A	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=1.522;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
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chr3	40498933	rs4973904	A	G	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
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chr3	40505886	rs11129881	C	G	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=3;PP=656;SC=TGGATGATTTCGGATTACCTG;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=40505894;WS=40505876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	40519429	rs4553952	T	C	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=10;PP=454;SC=TCTTACTTTTTCAAACCTAGA;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=40519437;WS=40519419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	40557271	rs149748710	TTGTG	T,TTG	973.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.590;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.43;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,16,15:0.50,0.47:32
chr3	41268676	.	G	GAT	91	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=91;QD=34.0;SC=TGACTAACAAGATATATATAT;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=3;WE=41268684;WS=41268666;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,3:0.16:19
chr3	41274764	rs2691680	C	A	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=5;PP=647;SC=AAGGCTAGAACAGATATTTAG;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=41274772;WS=41274754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	41607701	rs1565957	C	G	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=18;PP=553;SC=CAAATGATGTCCACTGCTTCA;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=41607709;WS=41607691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	41841716	rs4973986	A	C	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	41923513	rs59960840	GAGGCC	GGGCC,G	1537.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=9;PP=1217;SC=CCAGTAGAATGAGGCCATCAC;SOR=1.675;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=22;WE=41923527;WS=41923503;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:35
chr3	41923515	rs61575884	GGCCA	G	1538.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.96;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	41923519	.	A	G	593	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=20;MQ=60.25;NF=25;NR=9;PP=593;QD=18.4638591926;SC=GAATGAGGCCATCACATCACC;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=34;WE=41923527;WS=41923503;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,34:0.85:40
chr3	41925260	rs113374533	CAGAGAAAAAACAAGTGA	C	496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=2738;SC=CACAATCCCACAGAGAAAAAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=41925284;WS=41925257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	41925301	rs1716685	T	C	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=120;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=4;PP=419;SC=CTGCAGGTTCTAAATTACAGA;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=41925309;WS=41925291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	41925398	rs1052501	C	T	2958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=57;NR=36;PP=1385;SC=TGGAGCTCAGCTGTGTGCGAA;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=93;WE=41925406;WS=41925388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	41925423	rs1716687	T	C	3520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	41937000	rs1717003	C	T	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=180;SC=AAAATATAAACGTTACTTACA;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=41937008;WS=41936990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	41938500	rs1717005	G	C	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	41939993	rs1625226	T	A	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.012;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.16;ReadPosRankSum=1.879;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,46:0.92:50
chr3	41942199	rs1717007	T	C	3573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=26.09;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	41952781	rs1716991	C	T	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=21;PP=1310;SC=TTGTCTTGCACTGATCCCTCT;SOR=1.212;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=57;TCR=21;TR=78;WE=41952789;WS=41952771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	41957466	rs1716698	T	G	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	41960006	rs1716975	T	C	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.83;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	41977214	rs3934103	C	T	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=444;SC=AAATTTTATCCAAAAATAACA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=41977222;WS=41977204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	41977488	rs58069203	CCT	C	7578.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=72;PP=2966;SC=ACAGAGTGCCCCTGAGAGGTT;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=14;TCR=72;TR=86;WE=41977497;WS=41977478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	41996136	rs2272007	T	C	10689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=203;NR=175;PP=2965;SC=TTCAGGCCTTTTGCACTTATC;SOR=0.754;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=378;TCF=203;TCR=175;TR=378;WE=41996144;WS=41996126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr3	41996275	rs7651623	A	G	4266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=90;PP=2722;SC=TCTCACATACAATAGAATAAC;SOR=1.579;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=50;TCR=90;TR=139;WE=41996283;WS=41996265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	42133149	rs4974011	C	G	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=26;PP=804;SC=TCTCTTGCTCCGTGCTGCTTG;SOR=1.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=48;WE=42133157;WS=42133139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	42230746	rs62257336	C	T	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=194;SC=ACCAGGCGCTCGGCAGATGTG;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=42230754;WS=42230736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	42251577	.	CGGA	C	383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=1.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,22:0.12:186
chr3	42305131	rs754635	C	G	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=29;PP=874;SC=ATGGCTGTAGCGAGCAAAGGA;SOR=1.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=42305139;WS=42305121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	42569069	rs2276831	C	A	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=29;PP=815;SC=GTGGCCCAGGCGTGCCCCGAC;SOR=3.003;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=42569077;WS=42569059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	42590371	rs141031743	TCTC	T	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	42599049	.	TA	T	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.386;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr3	42599234	rs2271185	C	T	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	42607384	rs75644663	A	G	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=21;PP=645;SC=ACCTGTAAGAAAAGAAAGTCT;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=42607392;WS=42607374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	42607470	rs78781597	C	T	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=9;PP=234;SC=TTCCTTTTTCCAAAATACTAC;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=42607478;WS=42607453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	42610374	rs2271186	A	G	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	42632470	.	CGCGG	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=7.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.072;SOR=0.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
chr3	42642634	rs57577390	T	TC	834.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=5;PP=326;SC=TCAGCAACCCTCCCCCGGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=42642642;WS=42642624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	42660489	.	CTT	C	1091.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=0.530;QD=22.74;ReadPosRankSum=1.754;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,45:0.94:48
chr3	42676265	rs13093680	G	T	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=7;PP=226;SC=AAGTCCTAGCGTTAATTTTAG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=10;WE=42676273;WS=42676255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	42676925	rs17074693	C	A	175.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=140;SC=GGATTGGATACAATTCTGGAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=42676933;WS=42676915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	42679497	rs35890296	C	T	2738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=36;PP=1568;SC=AAAAAAATAGCGTTTCACATA;SOR=0.905;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=92;WE=42679505;WS=42679487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	42679777	rs33969824	T	G	3193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=49;PP=1943;SC=AAAAAGAACTTTGAAAGAGAA;SOR=0.841;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=100;WE=42679785;WS=42679767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	42680000	rs35770315	C	T	6800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=111;NR=117;PP=2965;SC=ACAACCAAGTCGTCCACAAAT;SOR=0.816;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=111;TCR=117;TR=228;WE=42680008;WS=42679990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr3	42681351	rs80301948	G	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=355;SC=TATCTGAAAGGAATAAGAAGT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=42681359;WS=42681341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	42684133	rs2302352	A	G	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=22;PP=799;SC=CATCATGTCCACTTTTTAAGG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=48;WE=42684141;WS=42684123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	42684787	rs13072295	G	A	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	42700630	rs339723	A	G	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	42700717	rs72864072	A	G	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.95;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	42728144	rs6805421	A	G	4369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=75;NR=65;PP=2301;SC=TCCCTCTCCAACCAGGTCCCC;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=75;TCR=65;TR=140;WE=42728152;WS=42728134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr3	42730603	rs148311297	G	A	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=20;PP=612;SC=GCTTCTGTCAGCCCCAGCAGG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=40;WE=42730611;WS=42730593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	42733468	rs123509	T	C	4366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=73;NR=73;PP=1981;SC=CAATGTGCTGTGCCTGACTAA;SOR=0.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=73;TCR=73;TR=146;WE=42733476;WS=42733458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	42735150	rs11079	T	C	4606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr3	42735274	rs339697	A	G	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=45;PP=1339;SC=CTGGGATCACAGCGGAATGCT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=69;WE=42735282;WS=42735264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	42738297	rs2290973	G	A	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=34;PP=1514;SC=ACACCTGGCAGGATGGCTGTG;SOR=1.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=51;TCR=34;TR=85;WE=42738305;WS=42738287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	42799554	rs111697736	T	TAC	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.4981;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=1;PP=20;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCTCCGGTGGTACACACACAC;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=2;WE=42799565;WS=42799544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr3	42799858	rs339678	T	A	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=17;PP=480;SC=GCATCAGAAATGAAGCCTCAG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=42799866;WS=42799848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	42907112	rs2228468	A	C	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=39;PP=1405;SC=TCTGAGAACTACCCTAACAAG;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=42907120;WS=42907102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	42917047	rs9865715	A	G	4723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=66;PP=2641;SC=TTGAGGATGGAGCCAAAGGAG;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=85;TCR=67;TR=150;WE=42917055;WS=42917037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr3	42947776	rs6789928	T	C	106.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=57;SC=CAGAGCGCTCTTCCGCGACCC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=42947784;WS=42947766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	42954912	rs11129987	C	T	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=226;SC=GGACCAGATCCTTAAATCAAC;SOR=4.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=42954920;WS=42954902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	42955839	.	AAAG	A	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=597;SC=GAAGAGGAAGAAAGAAGATTT;SOR=2.124;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=13;WE=42955849;WS=42955829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	42956273	rs1427801	T	C	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	42956984	rs834579	A	G	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=16;PP=406;SC=AACATTTACCATGTACTCTAG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=42956992;WS=42956974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	43073761	rs658958	G	A	3853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=76;NR=50;PP=1915;SC=TCTCTCAGGCGTCTTGGCTCC;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=76;TCR=50;TR=126;WE=43073769;WS=43073751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	43074430	rs2948619	A	G	5246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.84;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	43074434	rs2936817	C	T	5246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.84;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
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chr3	43602803	rs3772165	C	T	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.98;ReadPosRankSum=0.099;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,129:0.98:131
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chr3	43756577	rs10662733	C	CTG	1267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=6.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.41;ReadPosRankSum=0.429;SOR=1.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,56:0.64:88
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chr3	44283808	rs7645375	C	A	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
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chr3	44296403	rs4682960	T	C	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr3	44329394	rs11294162	TG	T	1476.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=371;SC=ATTGTTTCCATGGGGGGGTAC;SOR=0.733;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=14;WE=44329402;WS=44329384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	44332176	rs1488637	T	C	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=47;NR=27;PP=1295;SC=CTTCTTCCATTAGTGTCTTAG;SOR=1.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=74;WE=44332184;WS=44332166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	44362408	rs9857957	G	A	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=0;PP=21;SC=GAGTACATATGTTTAAGTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=44362416;WS=44362406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	44399668	rs4682970	T	C	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=1.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	44408864	rs372993721	G	GT	635.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=523;SC=GTAATAGAATGTTTAAAAGAT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=44408872;WS=44408854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	44437870	rs6441838	A	C	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=33;PP=913;SC=TGTTAACATGAGTGTGTGCTC;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=66;WE=44437878;WS=44437860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	44496563	rs75480297	C	T	6817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr3	44540791	rs36046723	TTC	T	7930.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=87;PP=2969;SC=CATAAGGTTTTTCTCTCCAGT;SOR=0.703;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=121;TCF=30;TCR=91;TR=112;WE=44540800;WS=44540781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr3	44599103	rs2293600	T	G	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=142;SC=AGAGGGAAAATAGTTTTGTGC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=44599111;WS=44599093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	44612050	rs9873604	C	T	5020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=64;PP=2833;SC=TCCCGACTCACTGACCACCAG;SOR=0.795;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=93;TCR=64;TR=157;WE=44612058;WS=44612040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr3	44612839	rs34437520	C	T	4649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=72;NR=73;PP=2579;SC=GGAGAGAAGTCCTCAGGTCTG;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=72;TCR=73;TR=145;WE=44612847;WS=44612829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr3	44635461	rs13319803	G	A	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=18;PP=875;SC=CCTTCCTCTGGTACAGAGAAT;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=44635469;WS=44635451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	44762830	rs56084453	A	G	3259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	44763037	rs7640654	A	C	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;ReadPosRankSum=-0.599;SC=AAATGCAATGAATGTGGGAAT;SOR=0.258;SbPval=0.51;Source=Platypus;TCF=38;WE=44763045;WS=44763027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr3	44775962	rs4682752	A	G	3124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=41;PP=1626;SC=GAGAGTTAACATGCAGAAGAA;SOR=0.986;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=68;TCR=42;TR=108;WE=44775970;WS=44775952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	44803108	rs56236286	AAAGACAG	A	8104.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=72;PP=2974;SC=AGCTCTGGGTAAAGACAGAAG;SOR=0.832;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=101;TCF=18;TCR=83;TR=88;WE=44803122;WS=44803098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	44816952	rs10574346	CTT	C	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.84;ReadPosRankSum=2.344;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr3	44826315	rs56895721	G	GT	161.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.49;ReadPosRankSum=0.323;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr3	44827793	rs7642843	T	C	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=2;PP=426;SC=ATAGGAAATTTACATCTTGTG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=44827801;WS=44827783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	44840612	rs5848711	A	AT	888.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=749;SC=GTCTTTGGAGATATAGAACTG;SOR=3.014;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=17;WE=44840620;WS=44840602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	44854563	rs3762636	A	G	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	44868018	.	G	GTT	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=12;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=25;QD=12.3333333333;SC=TCTTAATCTTGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=44868026;WS=44868008;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr3	44869026	rs4682999	A	T	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	44882784	rs6766221	C	T	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=3;PP=111;SC=GACCAAGTCTCGCTATGTTGC;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=44882792;WS=44882774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	44884647	rs3804583	C	A	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	44903678	.	G	A	91.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=140;SC=GCGGAGGAGGGGCGCTGCGGG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=5;WE=44903686;WS=44903668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	44906746	rs10429	A	G	3877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=80;PP=2383;SC=GTGGGACTGTATCCTAGGGCG;SOR=1.302;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=52;TCR=80;TR=132;WE=44906754;WS=44906736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr3	44948802	.	CA	C	31.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr3	45017687	.	C	CG	110	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=13;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=6;NR=0;PP=110;QD=20.6666666667;SC=TGACGCGGGGCGGGGGGGGGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=45017695;WS=45017677;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	45049186	rs11130040	A	G	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=10;PP=239;SC=AAACTTGGAGATTTGGGAACA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=45049194;WS=45049176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	45052775	rs6794	G	C	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	45068074	rs2301282	A	G	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=25;PP=722;SC=TCATCTAGGGAACTTGAGTAA;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=35;WE=45068082;WS=45068064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	45077123	rs13963	G	A	5679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=105;NR=76;PP=2965;SC=GGGCACCCTGGGCACCCCTCA;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=105;TCR=76;TR=181;WE=45077131;WS=45077113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr3	45077458	rs8318	G	A	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.08;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	45127515	rs9874077	T	C	4086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=67;NR=68;PP=2297;SC=ATTGATGTTGTCATTGTAGAT;SOR=0.887;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=69;TCR=69;TR=135;WE=45127523;WS=45127505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr3	45134822	rs3749191	T	C	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	45137087	rs2037358	T	G	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=13;PP=409;SC=AAAACAGGCATGAAGCATGGA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=45137095;WS=45137077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	45187671	rs1863837	C	T	8303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr3	45267058	rs33750	G	A	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=5;PP=188;SC=GGAGGCGGCCGGTGCGGCGAC;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=45267066;WS=45267048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	45267310	rs41118	C	T	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.71;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	45267321	rs395917	C	T	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.99;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	45461102	rs11383389	G	GT	4659.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=46;PP=2973;SC=TCAAAGTGTAGTTGTGTATGG;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=73;WE=45461110;WS=45461092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	45500174	rs745551	C	A	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.79;SOR=1.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	45517799	rs3733117	T	C	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=259;SC=CTTCTCAGCTTCTTCCAGGCA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=45517807;WS=45517789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	45527099	rs7640603	C	G	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	45527218	rs7610357	T	C	3091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	45533224	rs2128361	G	A	5431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr3	45537973	rs12638088	C	T	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=20;PP=612;SC=GGGGAAATGCCTGTGCAGATT;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=45537981;WS=45537963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	45557707	rs11549809	G	A	3091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	45559519	rs2170549	T	C	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=53;PP=1413;SC=AGGAGAAAGCTGAGGCCAGGA;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=52;TCR=53;TR=105;WE=45559527;WS=45559509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	45559621	rs2276860	C	T	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=21;PP=619;SC=CTTTGGGAACCTTTGCCTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=45559629;WS=45559611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	45565554	rs267220	A	G	3687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=55;PP=1889;SC=CCCTGATGGTAATGGCTGCTC;SOR=0.814;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=119;WE=45565562;WS=45565544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	45637830	rs13086458	A	G	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=41;PP=1170;SC=GGGGTTCTTGAGATTGGGGAA;SOR=2.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=55;WE=45637838;WS=45637820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	45677635	rs11379880	C	CT	10187.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.88;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr3	45677637	.	GCA	TGC	2937	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=21;MQ=59.99;NF=100;NR=86;PP=2937;QD=20;SC=CTCTTGTCCTGCAAGGAGCCT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=103;TCR=88;TR=186;WE=45677647;WS=45677627;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,186:0.97:191
chr3	45677638	rs5848762	CA	C	10187.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.68;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr3	45715159	rs35737275	CT	C	1069.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=20;PP=863;SC=AATCCCACCCCTTTTAGGAGG;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=45715167;WS=45715149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	45715688	rs2578679	G	A	3958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	45715767	rs2742409	G	A	8938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.90;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr3	45746836	rs1969626	A	G	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=15;PP=383;SC=TTAAGTATTTATCATTAATTT;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=45746844;WS=45746826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	45748429	rs2742441	G	A	4356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.46;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	45748435	rs2673039	A	G	4324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.59;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	45754487	rs2742369	C	A	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=1;PP=340;SC=TACAGATTTGCGGGGGAGATG;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=45754495;WS=45754477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	45754749	rs2248991	G	A	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=24;NR=17;PP=588;SC=TTCAATGCATGCTATAAAGTG;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=41;WE=45754757;WS=45754739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	45755729	rs112928052	GTTT	G	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=36.54;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	45761115	rs2064062	G	C	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=34;PP=1123;SC=GTCAGCATGGGTCATATCTGT;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=72;WE=45761123;WS=45761105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	45763635	rs2673062	A	G	3517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	45764246	rs2742448	A	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=0;PP=309;SC=TTGTCGGTAGATTGTATTAGT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=13;WE=45764254;WS=45764236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	45764544	rs2742449	T	C	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=24;PP=566;SC=CATAAATCAATGTTCAACATC;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=45764552;WS=45764534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	45772742	rs2531755	T	C	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=14;PP=725;SC=TCTGATACCATTCTCTCCTTT;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=45772750;WS=45772732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	45772772	rs2673055	G	A	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	45773732	rs11709306	G	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.05;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	45776900	rs1468543	A	G	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=49;PP=1455;SC=ATTGAAAAACAACACAGCAAA;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=76;WE=45776908;WS=45776890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	45779136	rs1468542	A	T	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=6;PP=363;SC=GAGAAGATTTACAAAAATGGT;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=45779144;WS=45779126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	45781148	rs3733106	C	T	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=30;PP=928;SC=TAAGTCTGCTCCACACATTTG;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=45781156;WS=45781138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	45784963	rs9821974	T	C	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=5;PP=485;SC=GCTAAACAGCTGAAAACTGGG;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=45784981;WS=45784953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	45784972	rs10575376	GGT	G	1210.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=5;PP=994;SC=CTGAAAACTGGGTCTGATATC;SOR=2.468;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=45784981;WS=45784953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	45799871	rs2251347	C	T	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	45799933	rs73060335	A	G	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=15;PP=470;SC=CTTTCTTTATAACTTGTCATC;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=45799941;WS=45799923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	45804391	rs2191027	C	T	4341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr3	45817418	rs758386	A	G	7487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.986;SC=ACGCCTTCTCACACTCCTCAT;SOR=0.763;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=263;TCF=138;TCR=125;TR=260;WE=45817426;WS=45817408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,294:0.99:296
chr3	45821624	rs2252547	T	C	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=30;PP=736;SC=CGCTGAGGACTGAGGATGGCC;SOR=1.162;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=55;WE=45821632;WS=45821614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	45821687	rs2276857	C	T	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=19;PP=485;SC=CTGTGGCGACCGCCCCGGGGT;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=45821695;WS=45821677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	45977866	rs4535265	C	T	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=9;PP=653;SC=TGGTCCCCAGCGCCGGCACTG;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=45977874;WS=45977856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	45977899	rs1873002	T	C	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=1.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	45979877	rs9875616	G	A	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=13;PP=372;SC=CTGTGAATCAGTTTAGGAGGT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=45979885;WS=45979867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	45989044	rs2234358	T	G	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=16;PP=467;SC=AATTTGCAAGTCATGGCTGTG;SOR=2.215;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=45989052;WS=45989034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	45996761	rs1463680	G	A	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=13;PP=658;SC=CATTTGGGTCGAGAGAATCAG;SOR=1.036;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=45996769;WS=45996751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	46001063	rs1532071	G	A	3445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=65;PP=1984;SC=GGAAGAAAAGGAGAGAGAATC;SOR=1.347;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=46;TCR=65;TR=111;WE=46001071;WS=46001053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	46007702	rs1994490	T	C	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=7;PP=550;SC=AAGGTGCATCTTCCCATGGAC;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=46007710;WS=46007692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	46008790	rs3796375	G	A	4587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=74;PP=2306;SC=CAGCAAGCTCGCCTCCATCTG;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=70;TCR=74;TR=144;WE=46008798;WS=46008780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr3	46009864	rs3733100	C	G	4185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=53;PP=2522;SC=TAGCTCCAGGCCCTGCAGGCA;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=76;TCR=53;TR=129;WE=46009872;WS=46009854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	46010077	rs4683158	C	T	8398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=138;NR=137;PP=2965;SC=CATGCGCTCCCGTAGCTGCTT;SOR=0.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=276;TCF=139;TCR=137;TR=275;WE=46010085;WS=46010067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr3	46016599	rs3821884	T	G	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=4;PP=493;SC=GACAATGATATATGTGGAAGG;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=46016607;WS=46016589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	46016851	rs751552	A	T	2393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=36;NR=40;PP=1259;SC=GAAAAAGCAGATTACATAGAG;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=76;WE=46016859;WS=46016841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	46016944	rs751553	C	T	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=15;PP=412;SC=CAAAAAATGTCACCCAATTTT;SOR=1.148;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=46016952;WS=46016934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	46021218	rs4682801	G	T	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=15;PP=1052;SC=ACTTGACAAAGCGGATCCCAT;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=57;WE=46021226;WS=46021208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	46026209	rs11338292	CA	C	1833.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=11;PP=1246;SC=CCAAATATTTCAATATGATGT;SOR=1.702;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=31;WE=46026217;WS=46026199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	46026259	rs3733097	G	A	2713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;QD=26.35;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	46245824	rs371736049	TA	T	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=-0.698;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr3	46399798	rs1799865	T	C	8645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr3	46449978	rs11266744	A	C	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.60;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	46450070	rs3204849	T	A	5531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=107;NR=89;PP=2965;SC=TTGCCTGAATTCGTGGTTTAT;SOR=0.780;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=107;TCR=89;TR=196;WE=46450078;WS=46450060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr3	46479668	rs3213479	A	G	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=31;PP=871;SC=AGAGGAATTTATGGGTTAAAG;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=46479676;WS=46479658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	46480958	rs2073495	C	G	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=53;PP=1424;SC=TAGCCCATGCCTCATTGTTAT;SOR=1.635;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=81;WE=46480966;WS=46480948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	46484898	rs7615975	T	G	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=7;PP=563;SC=ATGAGGTAAGTCCCCATCCTG;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=46484906;WS=46484888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	46487775	rs4682816	C	G	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=12;PP=791;SC=AGAACTATTCCTCTGTGAATT;SOR=1.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=46487811;WS=46487765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	46487787	rs201856214	TTTGCACCCTTAAAATTA	T	2635.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=12;PP=2967;SC=CTGTGAATTATTTGCACCCTT;SOR=2.119;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=29;WE=46487811;WS=46487765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	46490525	rs147868536	C	T	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=25;NR=29;PP=860;SC=GAGGGAAGACCGCAGGTGGCT;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=54;WE=46490533;WS=46490515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	46501284	rs10662431	C	CCTT	1406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=885;SC=ACTGAACACTCCTCCTACGGC;SOR=1.308;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=18;WE=46501292;WS=46501274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	46593147	rs1879325	A	G	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=30;PP=886;SC=ACAAACAGAAAACAGTTTTAA;SOR=1.464;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=46;WE=46593155;WS=46593137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	46620614	rs11130097	T	C	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	46654132	rs2139637	G	A	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=38;PP=1787;SC=GGTCAAGTGCGACACATTTGG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=65;TCR=38;TR=103;WE=46654140;WS=46654122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	46658737	rs9832679	A	G	5037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr3	46666521	rs9829227	T	C	193.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=171;SC=AACACATACATGCAATTTCAG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=46666529;WS=46666511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	46666793	rs9810013	G	A	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	46713457	rs7625303	C	G	8569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr3	46713764	rs61277784	G	A	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=23;PP=668;SC=TCCCAGGGCCGGGCCTGAGTC;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=46713772;WS=46713754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	46715001	rs4682825	C	T	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=37;PP=1188;SC=GGAGATCAGCCTAGGTCATGG;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=73;WE=46715009;WS=46714991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	46717931	rs6808525	T	C	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=52;PP=1540;SC=GACTAAGCACTGGGGTCTGGA;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=93;WE=46717939;WS=46717921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	46717957	rs9876451	A	G	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=29;PP=1149;SC=GCATGCCCACACCAGCCTCCC;SOR=0.849;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=56;WE=46717965;WS=46717947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	46718298	rs6806400	A	G	2681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=130;PP=2965;SC=AGCCCTCCCCAGCCCACCCTA;SOR=4.863;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=152;TCF=22;TCR=130;TR=145;WE=46718306;WS=46718288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	46722692	rs13080080	G	T	5609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=3.547;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.09;ReadPosRankSum=1.151;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,214:1.00:215
chr3	46723777	rs56069285	G	A	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=6.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	46728659	rs7633016	G	A	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=19;PP=592;SC=AGAGGGCCACGCACCACCTTC;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=46728667;WS=46728649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	46729757	rs7642448	C	G	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=37;PP=1029;SC=CGCAGGCACTCTCTGCCCCAG;SOR=0.979;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=71;WE=46729765;WS=46729747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	46730749	rs4076927	A	G	3480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.69;ReadPosRankSum=2.107;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,139:0.99:141
chr3	46750553	rs11130106	G	A	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=11;PP=795;SC=GAAGGAAGGCGGATGCCATTC;SOR=1.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=46750561;WS=46750543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	46751073	.	TAAGAAG	T,TAAG	4507.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.3;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=9,9;NR=40,40;PP=2237,79;SC=CCACAGAGGATAAGAAGAAGA;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=49,49;WE=46751086;WS=46751063;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.12,0.88:110
chr3	46933960	rs1001284	C	G	5680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=101;PP=2965;SC=TGCGCTGCCACTCGCGCGCGC;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=94;TCR=101;TR=195;WE=46933968;WS=46933950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr3	46943028	rs1531137	T	C	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=33;PP=1107;SC=CTGCGTCCCCTGGAACCAGCC;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=62;WE=46943036;WS=46943018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	46944274	rs1138518	T	C	5605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=115;NR=77;PP=2626;SC=GTTTCTGCAATGGCGAGGTAA;SOR=0.851;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=115;TCR=77;TR=192;WE=46944282;WS=46944264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr3	46963502	rs4587	T	C	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=432;SC=AAGACCATCCTCTGCAGGACA;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=46963510;WS=46963492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	46965197	rs2290546	C	G	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=33;PP=1034;SC=CTGTGGAAAACGCGCTGCCAC;SOR=1.211;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=60;WE=46965205;WS=46965187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	46967040	rs2290545	G	A	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=33;PP=1032;SC=AAGAATAGAGGGAACAAGCAG;SOR=1.487;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=46967048;WS=46967030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	46982365	rs6804732	T	C	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=18;PP=632;SC=AGGACAGCCATGGGCAGAAAG;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=46982373;WS=46982355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	47018214	rs936181	T	C	9478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=162;NR=163;PP=2965;SC=CAGCCGTAGTTGCCTCCATCT;SOR=0.779;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=327;TCF=162;TCR=165;TR=325;WE=47018222;WS=47018204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr3	47021509	rs113932344	CGCGCGCGCGG	C	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.82;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	47029661	rs12152493	G	A	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=24;PP=707;SC=AATGGTACACGTGTGTCCTGG;SOR=1.159;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=44;WE=47029669;WS=47029651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	47033937	rs13066214	C	T	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.45;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	47035625	rs936185	G	A	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=71;PP=2139;SC=GAGCAAAGCAGGCGAGCTGGG;SOR=2.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=19;TCR=71;TR=90;WE=47035633;WS=47035615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	47038135	rs11396344	C	CA	3860.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=31;PP=2276;SC=GCTAGGGGTCCGGGGGGAGAA;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=51;WE=47038143;WS=47038125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	47043538	rs2305634	C	T	4430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr3	47044122	rs11928558	A	T	6816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=101;NR=124;PP=2965;SC=CTGACCTATTACCCCCACCCC;SOR=1.028;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=102;TCR=124;TR=225;WE=47044130;WS=47044112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr3	47045739	rs1079276	C	G	14799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=272;NR=277;PP=2965;SC=GCCAGACTCCCAGACCCCAGC;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=550;TCF=272;TCR=278;TR=549;WE=47045747;WS=47045729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,564:1.00:564
chr3	47045846	rs2305637	C	T	8447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=142;NR=163;PP=2965;SC=AGCAGCCGCTCCCCCCAGGAG;SOR=1.120;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=310;TCF=146;TCR=164;TR=305;WE=47045854;WS=47045836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr3	47046842	rs2305638	G	C	2267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=50;PP=1259;SC=GGCAGACTAGGGGGCAGATAA;SOR=1.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=73;WE=47046850;WS=47046832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	47047176	rs5848810	A	AG	2923.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=24;PP=1362;SC=TGGAGTGGCCAGGGGGCAGTC;SOR=0.780;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=36;WE=47047184;WS=47047166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	47050908	rs3214838	AG	A	2035.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=50;PP=1639;SC=TGGGCAGCCCAGGGGGGTGAG;SOR=2.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=2;TCR=54;TR=52;WE=47050916;WS=47050898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	47059323	rs2385867	C	T	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=6;PP=159;SC=GTGAGTAAAGCCAGCCAATCC;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=9;WE=47059331;WS=47059313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	47061183	rs2290547	G	A	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	47079112	rs6768722	G	A	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	47103861	rs10589946	GTT	G	959.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.80;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,39:0.89:44
chr3	47125385	rs4082155	G	A	5299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=74;PP=2965;SC=GCTCTCTTTGGGCTCTATTTC;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=102;TCR=74;TR=176;WE=47125393;WS=47125375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr3	47129781	.	C	CA	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=5.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=1.807;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,17:0.26:65
chr3	47142907	rs60548476	TCC	T	4628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=31;PP=2456;SC=ACAGCCTATTTCCCCATCAGA;SOR=1.412;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=58;WE=47142916;WS=47142897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	47143087	.	AGT	A	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=6.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.273;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr3	47147393	rs55987628	CAA	C	1157.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=5.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.400;QD=20.31;ReadPosRankSum=1.068;SOR=1.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,50:0.88:57
chr3	47161214	rs11923706	T	C	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.40;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	47162661	rs6767907	A	G	4685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.370;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=75;PP=2550;ReadPosRankSum=2.013;SC=CAGGCAGGCGATTATCTATTT;SOR=0.504;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=78;TCR=76;TR=152;WE=47162669;WS=47162651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,175:0.99:176
chr3	47187075	rs6442059	C	G	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	47198826	rs11708451	G	A	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=493;SC=TTGAGCCCAGGAGTTCAGTTA;SOR=3.160;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=47198834;WS=47198816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	47205502	.	CGCGGCGGCG	C	671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=10;PP=2444;SC=CAGGTCCGACCGCGGCGGCGG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=11;WE=47205518;WS=47205492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	47270336	rs73067298	A	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	47276968	rs2276854	C	T	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	47277458	rs1874264	A	G	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.05;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	47277885	rs13094438	G	A	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=8;PP=615;SC=GCCTCTCCCTGAGTCTCCTTG;SOR=2.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=47277893;WS=47277875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	47282303	rs2276853	G	A	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=11;PP=865;SC=TGCTTCTCCCGTAGTGACTTC;SOR=2.356;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=44;WE=47282311;WS=47282293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	47286227	rs6772449	G	T	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=3;PP=434;SC=ATCCTCCCATGCACCCACCGA;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=47286235;WS=47286217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	47287603	rs35871850	A	AT	1812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=14;PP=1244;SC=CAAGAAGAGGAGCTCTTGGAG;SOR=1.280;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=30;WE=47287611;WS=47287593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	47288797	.	T	TG	646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=581;SC=GAGCATGCGTTGGGGTGTGCC;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=47288805;WS=47288787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	47316725	rs903538	G	A	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=3;PP=798;SC=AAATGATAGTGAGTGAGCTTT;SOR=4.680;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=47316733;WS=47316715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	47318747	rs924009	T	G	4424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=3.035;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.58;ReadPosRankSum=-0.794;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,172:0.99:173
chr3	47322496	rs807936	C	T	5778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=96;NR=86;PP=2965;SC=GGTTTCAGTTCCCAAAATTAA;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=97;TCR=86;TR=182;WE=47322504;WS=47322486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr3	47376095	rs295450	A	G	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	47449058	rs900688	T	C	8806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=134;NR=155;PP=2965;SC=CATTGGACACTCTTCAGCCTG;SOR=0.899;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=291;TCF=135;TCR=156;TR=289;WE=47449066;WS=47449048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr3	47452087	rs900689	G	A	13206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,520:1.00:520
chr3	47452786	rs1531875	G	A	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	47454399	rs6789730	G	A	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.22;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	47456225	rs6442066	T	C	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NF=28;SC=CTGTTCTTCATCAGGACTCTT;SOR=0.859;Source=Platypus;TCF=28;WE=47456233;WS=47456215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	47459679	rs12487736	C	T	4692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr3	47460161	.	C	T	4359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=160;PP=2965;SC=AGCGTGACGTCTCCATGGGCC;SOR=1.637;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=218;TCF=53;TCR=165;TR=213;WE=47460169;WS=47460151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	47462200	rs900690	T	C	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=11;PP=420;SC=GCGTTGGCTGTCCCACTGGCT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=47462208;WS=47462190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	47462587	rs900691	A	G	3340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=61;PP=1860;SC=GAGGAGCAGTACCCGGACTGC;SOR=1.441;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=38;TCR=62;TR=99;WE=47462595;WS=47462577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	47464122	rs1038394	A	G	3852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=71;PP=2273;SC=GAGGCATGGCAAGGCCCCCCA;SOR=0.948;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=135;WE=47464130;WS=47464112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	47539751	rs2170814	T	C	3105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	47539969	rs13059519	C	T	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=28;PP=886;SC=GGAAAGGACACCCAGAGTCAG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=47539977;WS=47539959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	47543389	rs3816779	G	A	4559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=96;PP=2677;SC=CTCTACAGATGTTTATCAAGG;SOR=1.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=52;TCR=96;TR=148;WE=47543397;WS=47543379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr3	47545777	rs55867303	C	T	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=367;SC=CCTGGGCCCACCTGCCACGTG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=47545785;WS=47545767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	47555142	rs2291298	C	A	6799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=132;PP=2965;SC=ACGACGGAGGCTGGAGAGCAA;SOR=0.996;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=105;TCR=133;TR=237;WE=47555150;WS=47555132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr3	47604299	rs4858839	C	T	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=12;PP=295;SC=CATACAGCAACCAAATAATAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=47604307;WS=47604289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	47614413	rs2280567	G	A	258.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=9;PP=209;SC=GGCAGCCACGGCCACAGTAAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=47614421;WS=47614403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	47618953	rs3732530	C	A	5450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=104;NR=86;PP=2965;SC=CAGCTCTGGCCCTTGAGGGTC;SOR=0.886;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=200;TCF=104;TCR=96;TR=190;WE=47618961;WS=47618943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr3	47676902	rs3216712	C	CA	408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=345;SC=TCCTTACCTCCACCACTATAA;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=47676910;WS=47676892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	47680066	rs12633923	C	T	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=7;PP=932;SC=ATATTATATCCTGTGAGAACT;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=47680074;WS=47680056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	47680119	rs12636863	T	C	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=34;PP=1716;SC=TAGAATTATTTAGAGTCCCCT;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=95;WE=47680127;WS=47680109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	47712202	rs1141601	T	C	3415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	47762030	rs12495204	A	G	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=9;PP=744;SC=AAAAGACTCCATAAGTGAGAA;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=44;WE=47762038;WS=47762020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	47770380	rs6442081	G	A	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=414;SC=CAGCCTGGGCGACAGACTCCA;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=47770388;WS=47770370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	47891744	rs10537180	CAA	C	1317.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=16;PP=714;SC=CACGGTTCCCCAAAGAGGAAG;SOR=1.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=17;WE=47891753;WS=47891734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	47909017	rs138027588	A	AGTGAAAAAC	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=2;PP=988;SC=CAAGAAGGGGAGTGAAAAACG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=47909025;WS=47909007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	47912703	rs17729010	G	A	2194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=37;PP=1281;SC=ACAAAATGGCGGATGGGCTAT;SOR=0.908;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=71;WE=47912711;WS=47912693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	48019232	rs6770467	A	G	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=6;PP=588;SC=CTCCAACAAGAACACTACCAC;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=48019240;WS=48019222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	48019258	rs6770477	A	G	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	48209486	rs3731539	C	T	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=20;PP=614;SC=ATGGAACTTCCGAAAACATTC;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=48209494;WS=48209476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	48219320	rs3731514	AAC	A	9199.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.03;MQRankSum=0.156;QD=32.05;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,283:0.99:287
chr3	48225509	rs3731503	T	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=11;PP=313;SC=AACACTAGACTTCTAGGTGAA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=48225517;WS=48225499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	48309356	.	C	T	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=11;PP=764;SC=AACAAGAGCCCAGTCAGCCCT;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=48309364;WS=48309346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	48414197	rs9852211	A	T	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=15;PP=778;SC=GGCAAAGCCTATAAATTCAGA;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=39;WE=48414205;WS=48414187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	48414215	rs9815103	G	A	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=18;PP=924;SC=AGAGCAGCCCGGAGAGGAGAA;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=47;WE=48414223;WS=48414205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	48419723	rs7630741	G	T	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=3;PP=136;SC=TTTGGAAGAGGCTTCCAAATA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=48419731;WS=48419713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	48422235	rs6784322	T	A	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=20;PP=1416;SC=GAAGGCAGTGTTCCTCTGTCT;SOR=1.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=71;WE=48422243;WS=48422225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	48422512	.	GTT	G	345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=11.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.80;ReadPosRankSum=0.234;SOR=2.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr3	48450706	rs3217706	TC	T	863.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=5;PP=511;SC=CCCTCACCCATCCCCCCCGTG;SOR=2.546;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=17;WE=48450714;WS=48450696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	48451300	rs3214871	AG	A	3173.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=36;PP=2162;SC=CTACCTTGGCAGGCCCCACCC;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=52;WE=48451308;WS=48451290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	48454468	rs3214041	C	T	5604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=88;PP=2965;SC=GCCCATTCTCCCAGCCACACC;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=92;TCR=88;TR=179;WE=48454476;WS=48454458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr3	48455626	rs6794875	A	G	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=30;PP=813;SC=CCAGTCACACAGTGTCCTCCA;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=48455634;WS=48455616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	48456870	rs115869055	T	G	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=50;PP=1588;SC=ACACGACCCCTTGCCCCTACT;SOR=1.134;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=89;WE=48456878;WS=48456860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	48461313	rs2362450	C	G	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=22;PP=1069;SC=CTACCTCTGACGGTGACAGCG;SOR=0.808;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=49;WE=48461321;WS=48461303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	48462461	rs11130171	A	G	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=19;PP=504;SC=AAGAGGACCCAGGATGAGGGA;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=48462469;WS=48462451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	48463618	rs9883759	T	A	3739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	48463711	rs9883927	T	C	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=58;PP=1912;SC=CTCCCAGCAGTCATGCCCTGG;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=54;TCR=59;TR=112;WE=48463719;WS=48463701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	48474249	rs2279077	A	G	4414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=65;PP=2420;SC=AGGCCCCTCAAGTCCACCATG;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=77;TCR=65;TR=142;WE=48474257;WS=48474239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	48476431	rs13062723	C	G	4804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=74;PP=2810;SC=CTGGGCTGCACAGAGTCCTGG;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=71;TCR=74;TR=145;WE=48476439;WS=48476421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr3	48481647	rs3774808	G	A	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=10;PP=475;SC=GTCTACGACAGAGGGTGGGGC;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=48481655;WS=48481637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	48505302	rs6442124	A	G	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	48505964	rs2242150	C	A	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	48508585	rs11797	C	T	11425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=198;NR=187;PP=2965;SC=GGAAGAGCTACAGCCTAGGCA;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=385;TCF=198;TCR=187;TR=385;WE=48508593;WS=48508575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr3	48518513	.	G	GA	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.437;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.663;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr3	48576483	rs7615170	C	G	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=4;PP=568;SC=GGTTACGAGGCGGAGGTGGGG;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=48576491;WS=48576473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	48602523	rs138595277	G	GGGC	6880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=52;PP=2924;SC=AGACCCCGCTGGCAGCCCCCC;SOR=0.845;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=22;TCR=60;TR=70;WE=48602531;WS=48602513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	48606065	rs2532848	G	T	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=28;PP=1128;SC=AGCGGCCAGGGCCCAGGCCAC;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=61;WE=48606073;WS=48606055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	48625266	rs1264194	T	C	6068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=108;NR=96;PP=2888;SC=CTTCTCCAGCTGGCCCTAGGA;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=108;TCR=96;TR=204;WE=48625274;WS=48625256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr3	48667033	rs116715115	G	A	6788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr3	48681765	rs147930066	CAG	C	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.143;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.13;MQRankSum=1.793;NF=2;NR=13;PP=306;ReadPosRankSum=0.900;SC=CCGGGCAGGGCAGAGAGAGAG;SOR=1.739;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=56;TCF=4;TCR=52;TR=15;WE=48681776;WS=48681755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,17:0.26:66
chr3	48685836	rs144562495	G	A	3718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=64;NR=59;PP=1902;SC=CTGCCCCAGCGCCGCCCACAA;SOR=0.857;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=64;TCR=59;TR=123;WE=48685844;WS=48685826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr3	48693293	rs139167095	G	T	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.129;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.81;ReadPosRankSum=-0.437;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,36:0.95:38
chr3	48709758	.	G	GA	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=0.377;SOR=0.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,17:0.23:74
chr3	48719638	rs7633840	T	C	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=22;PP=745;SC=ATCTAGAGCGTCAGCGAGGCT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=48719646;WS=48719628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	48723302	rs6792510	G	C	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=16;PP=305;SC=ACGCCAGGCCGGGAGCGCCGA;SOR=1.931;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=22;WE=48723310;WS=48723292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	48727112	rs4858798	G	A	3651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=67;NR=58;PP=1879;SC=AAGGCACCTCGTAGCGGGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=125;WE=48727120;WS=48727102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	48845251	rs9311430	C	T	3321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=67;PP=2049;SC=CATAGTCTTCCACACTCAATC;SOR=1.197;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=50;TCR=67;TR=117;WE=48845259;WS=48845241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	48897078	rs6414612	A	G	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=39;NR=43;PP=1350;SC=TGGCAAGAAAAAGGTGAATTA;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=82;WE=48897086;WS=48897068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	48982732	rs9864243	G	A	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=132;SC=GAGAGCTTCAGCCAGCTAGAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=48982740;WS=48982722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	48986399	rs13315711	A	T	6880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr3	48986546	rs371516194	CATTTATTT	C	1336.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.12;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	49004723	rs6446196	A	G	2510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	49044767	rs6781790	C	T	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=30;NR=11;PP=683;SC=TAGCTGAGGGCGCTGTTGATG;SOR=1.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=41;WE=49044775;WS=49044757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	49048517	.	C	T	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	49053219	rs7100	A	G	4429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=64;PP=2494;SC=GTCCCACCCCATTTTGCTGTG;SOR=0.935;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=90;TCR=64;TR=154;WE=49053227;WS=49053209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr3	49054692	rs3087866	T	C	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	49069678	rs76812435	C	T	9781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=175;NR=156;PP=2965;SC=CTGGATTTTCCGTCTGTTCTG;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=332;TCF=175;TCR=157;TR=331;WE=49069686;WS=49069668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr3	49070499	rs4974081	C	T	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=20;PP=738;SC=TCTTGGATAGCTTCCACACTC;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=43;WE=49070507;WS=49070489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	49114544	rs7626445	C	T	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=208;SC=TACCCTTGCACAAGAGTGGAA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=49114552;WS=49114534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	49133310	rs9840050	A	G	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=16;PP=627;SC=TACCACCACCACCAGCATGTC;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=41;WE=49133318;WS=49133300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	49135961	rs13064784	C	G	7153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr3	49137904	rs4521268	G	T	7944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr3	49139966	rs4513485	G	A	2652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=41;PP=1681;SC=GCCCCTGACTGATCCTACCCA;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=55;TCR=41;TR=96;WE=49139974;WS=49139956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	49145741	rs3212	T	C	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	49148890	rs4292260	T	C	20178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=756;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,753:1.00:753
chr3	49166069	rs9865051	C	T	4460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=60;PP=2637;SC=GAGGTTCAGCCCCAGATTAGA;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=82;TCR=60;TR=142;WE=49166077;WS=49166059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	49166220	rs33942096	G	A	4499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=73;PP=2565;SC=GAGTTTCCCCGGGGGTCACCA;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=76;TCR=74;TR=149;WE=49166228;WS=49166210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr3	49200627	rs4955418	A	G	13765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=256;NR=228;PP=2965;SC=GCCTTGGCCCATGCTGCCATG;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=486;TCF=257;TCR=229;TR=484;WE=49200635;WS=49200617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr3	49200692	rs4955419	T	A	16003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=266;NR=284;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.599;SC=AGCCTTGACCTGTGCTGCCTT;SOR=0.276;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=552;TCF=267;TCR=285;TR=550;WE=49200700;WS=49200682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,611:1.00:612
chr3	49210732	rs7617480	A	C	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=147;SC=TCCAACCTAGATTTGAGCTGC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=49210740;WS=49210722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	49211989	rs10865954	T	C	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=280;SC=CTCTGACCCCTGGTGGTCTTG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=49211997;WS=49211979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	49249381	rs9867285	A	G	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=8;PP=249;SC=AGATCACAAGATCAGGAGATC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=49249389;WS=49249371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	49269758	rs2099526	G	T	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=20;PP=693;SC=AATCTAGCATGATTGACTTTA;SOR=1.075;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=38;WE=49269766;WS=49269748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	49273996	rs12631989	C	T	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=13;PP=1039;SC=AGAAGTCATCCAACTGGAATA;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=49;WE=49274004;WS=49273986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	49298139	rs7626076	G	A	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=39;PP=1665;SC=CGGGACACCTGTGGCAGGGCT;SOR=1.081;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=99;WE=49298147;WS=49298129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	49298205	rs4955417	T	C	4644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=63;PP=2519;ReadPosRankSum=-0.476;SC=GGGCCTCTGGTGGCCTGTAGG;SOR=0.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=91;TCR=63;TR=153;WE=49298213;WS=49298195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,172:0.99:173
chr3	49298337	rs35867420	C	T	4884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=85;PP=2687;SC=CTCACCCTGCCCTCTGCCAGC;SOR=1.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=69;TCR=85;TR=154;WE=49298345;WS=49298327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	49354914	.	A	AT	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.454;QD=0.30;ReadPosRankSum=1.318;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,24:0.17:138
chr3	49354975	rs71077785	GT	G	151.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.645;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr3	49365269	rs6795772	C	T	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=1.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	49395673	rs17838762	GGCCGCC	G	638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=8;PP=558;SC=ACACCGACTGGGCCGCCGCCG;SOR=0.818;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=10;WE=49395686;WS=49395663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	49398514	rs892974	C	A	114.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.14;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	49406080	rs2878298	T	C	4710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	49406140	.	C	CT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=6.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.535;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr3	49459114	rs4855873	A	C	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=9;PP=292;SC=AGCCCACCCAAAGTGACTAAC;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=49459122;WS=49459104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	49459376	rs1464566	T	C	2772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.45;SOR=1.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	49463926	rs6762593	A	G	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	49548008	rs2131107	C	G	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=9;PP=989;SC=CTGCCCCTCTCGGGGAGGACC;SOR=1.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=50;WE=49548016;WS=49547998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	49548294	rs2329024	T	C	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=37;PP=1286;SC=GAGTTCTCATTTTCCATTTTA;SOR=1.263;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=63;WE=49548302;WS=49548284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	49568095	rs2311801	G	A	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=111;SC=TCTCTAGGGGGGAGGAATCAG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=49568103;WS=49568085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	49570882	rs1050088	T	C	3516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	49690199	rs4855885	G	A	4562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=60;PP=2820;SC=TCCGCAGCACGGCCCGCAAGA;SOR=1.039;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=99;TCR=60;TR=159;WE=49690207;WS=49690189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	49693344	.	G	A	6444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=103;PP=2965;SC=TGGCAGTGGTGGTGGTGGCCC;SOR=0.820;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=103;TCR=103;TR=206;WE=49693352;WS=49693334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr3	49701298	rs2005557	G	A	4207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=71;PP=2096;SC=GGCCCAGCCAGCACCAGGACC;SOR=1.017;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=63;TCR=71;TR=134;WE=49701306;WS=49701288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	49713753	rs6778597	T	C	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=19;PP=1163;SC=GCACTAGCTTTTAGGAAGCAG;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=58;WE=49713761;WS=49713743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	49720393	rs2960548	C	G	9693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=182;NR=151;PP=2965;SC=GCAGCCCCCTCCTTGCCCTGT;SOR=0.799;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=333;TCF=182;TCR=151;TR=333;WE=49720401;WS=49720383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr3	49722905	.	T	TGGG	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.107;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQRankSum=-8.266;QD=1.63;ReadPosRankSum=2.787;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,22:0.12:191
chr3	49723784	rs9713651	C	A	1852.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=4.924;NF=25;NR=46;PP=1932;ReadPosRankSum=-1.133;SC=GGTGCTGATGCGGGATTTGCG;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=71;WE=49723792;WS=49723774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,80:0.84:95
chr3	49723823	rs7431215	A	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.85;MQRankSum=-6.610;QD=1.10;ReadPosRankSum=-2.626;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,23:0.19:119
chr3	49724014	rs62262684	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.225;NF=4;NR=6;PP=111;ReadPosRankSum=-1.337;SC=ACTCCACGGGGTATGCTCTCA;SOR=1.230;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=10;WE=49724022;WS=49724004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr3	49724808	rs3020779	T	C	4697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=69;SC=TGTGATCATTTGGGAACTTGT;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=87;TCR=69;TR=155;WE=49724816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
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chr3	49726070	rs62262686	G	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQRankSum=-4.760;QD=6.31;ReadPosRankSum=-3.287;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,29:0.38:77
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chr3	49738945	rs6804655	C	T	3980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
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chr3	49751585	rs2291542	C	T	2799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=49;NR=50;PP=1539;SC=AACTTGAGGACGCCAATTTGC;SOR=0.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=49;TCR=50;TR=99;WE=49751593;WS=49751575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	49753788	rs11720705	A	G	5358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=106;NR=83;PP=2965;SC=AAGCAGGAGCATGTGGGTGGC;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=106;TCR=84;TR=189;WE=49753796;WS=49753778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr3	49758764	rs4768	A	G	11556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=223;NR=178;PP=2965;SC=CCATCCTGGAACCTCCACCTT;SOR=0.882;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=402;TCF=223;TCR=179;TR=401;WE=49758772;WS=49758754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr3	49760039	rs1466685	T	C	6574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=109;PP=2965;SC=CTGGATGCGCTGCAGCACTGC;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=117;TCR=109;TR=226;WE=49760047;WS=49760029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr3	49765483	rs2307021	C	G	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=3;PP=716;SC=GGTATGAGCACAACCCAAATC;SOR=2.964;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=49765491;WS=49765480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	49828911	.	GA	G	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=11.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=1.508;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr3	49829326	rs62260715	G	A	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	49832261	rs6802890	A	G	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=26;PP=1124;SC=ACTGCAACACAGGTTGGCTCG;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=61;WE=49832269;WS=49832251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	49836707	rs7629936	G	A	2929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	49842625	rs2234391	A	G	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=798;ReadPosRankSum=1.821;SC=TCTATCGTCCATCCTCTCTGC;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=47;WE=49842633;WS=49842615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr3	49842881	rs11400401	T	TG	3049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=36;PP=1712;SC=CTGGTAGGGGTGGGTTTAGGG;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=43;WE=49842889;WS=49842871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	49843723	rs3819325	T	C	114.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	49846041	rs2234385	G	A	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=12;PP=284;SC=CTTAATTAATGCTACAATCTC;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=49846049;WS=49846031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	49847623	rs1799845	A	G	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=54;PP=2395;SC=CGCCCTGGCAAGGGAGCAGTG;SOR=0.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=74;TCR=54;TR=128;WE=49847631;WS=49847613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr3	49849723	rs1799843	G	A	3412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=62;PP=2179;SC=CTGTGTCCCAGACCTTGCTGC;SOR=0.998;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=117;TCF=53;TCR=64;TR=115;WE=49849731;WS=49849713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	49881134	rs2246832	A	T	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=52;NR=22;PP=1325;SC=AACCAAGGTGATGACTGGAGC;SOR=1.450;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=53;TCR=23;TR=74;WE=49881142;WS=49881124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	49884913	rs13316065	C	T	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	49894030	rs2276864	T	C	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=291;SC=AACACAAAACTTTGGGCGGAG;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=49894038;WS=49894020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	49897830	rs2681780	C	T	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=15;PP=769;SC=GCACCCCTTCCAGGCCTCAAA;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=38;WE=49897838;WS=49897820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	49898000	rs2777888	A	G	3770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=56;PP=2130;SC=CAAAACCAAGAAGGGGATAGT;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=66;TCR=57;TR=121;WE=49898008;WS=49897990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	49898273	rs2681781	A	G	5292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.87;SOR=1.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr3	49899795	rs3796386	G	A	6924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=122;PP=2965;SC=TCTTCTTGTCGCCCAGAGTCA;SOR=1.089;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=107;TCR=122;TR=229;WE=49899803;WS=49899785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr3	49924940	rs1062633	T	C	5782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=96;PP=2800;SC=ACTAGTACTCTGAAGGTGGGT;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=94;TCR=96;TR=190;WE=49924948;WS=49924930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr3	49928691	rs7433231	T	C	3830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=57;PP=1940;SC=TACTCCATGCTGCGGGCTACC;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=74;TCR=58;TR=131;WE=49928699;WS=49928681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr3	49936102	rs2230590	T	C	4020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	49949071	rs868891	A	G	5512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=118;NR=80;PP=2965;SC=GGGAGTACACAGGCTTCCCTG;SOR=0.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=118;TCR=81;TR=198;WE=49949079;WS=49949061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr3	49978069	rs6772095	C	T	4309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=72;PP=2349;SC=TAGCACGTAGCCTCGTCCTCA;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=64;TCR=72;TR=136;WE=49978077;WS=49978059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
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chr3	50098993	rs55703509	CT	C	475.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=7.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.596;QD=13.59;ReadPosRankSum=1.305;SOR=2.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,30:0.86:35
chr3	50112589	rs376657561	CA	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.810;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
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chr3	50131140	rs17225749	T	A	4729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr3	50155887	rs112672304	TGA	T	560.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.646;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.128;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,30:0.30:100
chr3	50192760	rs2526390	C	T	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=2;PP=22;SC=CGGCCCCGAGCGCCCCTGAGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=50192768;WS=50192750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	50212512	rs2624833	G	T	8199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=2.772;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.19;ReadPosRankSum=1.613;SOR=1.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,337:0.99:339
chr3	50225607	.	GAT	G	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=-1.732;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr3	50251833	rs5848902	A	AG	4197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=37;PP=2224;SC=CTGTGCCTACAGGTCGAGGAC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=52;WE=50251841;WS=50251823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	50255663	rs35926495	C	T	19858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.47;QD=44.83;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr3	50255666	rs56048629	C	T	19809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.41;QD=43.73;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr3	50296330	rs71728346	G	GA	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.732;QD=2.25;ReadPosRankSum=2.077;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,16:0.26:62
chr3	50306752	rs67324803	G	GC	2118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=23;PP=988;SC=GCCGCCCCCAGCCCCCACGCC;SOR=0.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=26;WE=50306760;WS=50306742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	50308718	rs4688739	A	G	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=25;PP=1142;SC=AACCTCACTCACTCCCAGAGC;SOR=1.121;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=67;WE=50308726;WS=50308708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	50329826	rs1076872	A	G	6608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=129;NR=83;PP=2965;SC=GCCACACGCCACGCGCGCCAC;SOR=0.926;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=129;TCR=83;TR=212;WE=50329834;WS=50329816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr3	50332697	rs13100173	G	A	3241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	50357869	rs709210	A	C	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=37;PP=1208;SC=ATGGCCCATGACACCGCCAGC;SOR=1.090;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=73;WE=50357877;WS=50357859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	50403830	rs373528734	A	G	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=27;PP=1114;SC=CTTCCACCGCAGGCAGTCCAG;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=55;WE=50403838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	50597092	rs1034405	G	A	5618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=96;NR=95;PP=2965;SC=GGCCACTCACGCATGGATGGC;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=96;TCR=96;TR=191;WE=50597100;WS=50597082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr3	50609123	rs636168	T	C	4374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.00;SOR=1.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr3	50609624	rs2232248	T	G	4628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr3	50645635	rs621975	T	G	3561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=59;PP=2082;SC=ACCAATCCAGTGCAAGTCAAG;SOR=0.988;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=50;TCR=59;TR=109;WE=50645643;WS=50645625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	50645793	rs622502	C	G	4669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=61;PP=2697;SC=TGCCTCCCCCCTCAGACTCAC;SOR=1.198;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=105;TCR=61;TR=166;WE=50645801;WS=50645783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	50678001	rs608961	C	T	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=20;PP=586;SC=CTCCCTGCCACGCTTCTAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=50678009;WS=50677991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	50683809	rs876105	T	C	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	50684489	rs4468971	A	G	3044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=44;PP=1676;SC=AGGATGGAGTAGGGGGAACCA;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=58;TCR=45;TR=101;WE=50684497;WS=50684479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	50685574	rs35676349	CA	C	252.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=9;PP=317;SC=ATTCTTTTAACAAAAGGATTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=50685582;WS=50685564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	51246360	rs4301044	A	G	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=23;PP=716;SC=CAGCACTTAGATTGGTTGGTG;SOR=1.251;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=51246368;WS=51246350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	51266880	rs113104131	TA	T	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.434;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr3	51273711	rs1480362	A	G	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	51273773	rs1480361	T	C	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	51274902	rs11386090	T	TA	3925.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=32;PP=2463;SC=CCTGATGGCTTACTCTCCATA;SOR=1.189;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=56;WE=51274910;WS=51274892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	51393706	rs35251332	C	CAG	1976.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=16;PP=1490;SC=TCTAGGAAAACGGGCAGTACA;SOR=0.829;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=51393714;WS=51393696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	51395571	rs1542574	C	T	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=472;SC=TCCAGACCTACGCCACAAACC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=51395579;WS=51395561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	51418348	rs2241784	G	A	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=9;PP=841;SC=GGAGCTTGCTGCTGAAGAAAC;SOR=2.476;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=42;WE=51418356;WS=51418338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	51422766	rs13091931	G	T	831.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.89;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,36:0.95:38
chr3	51460035	.	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=-0.471;SC=GCTGTCGCATCAAGAGAGGAT;SOR=0.648;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=8;WE=51460043;WS=51460025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr3	51469107	rs4611808	C	T	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	51517625	.	T	TTG	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.75;ReadPosRankSum=-0.370;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr3	51697493	rs904145	A	G	2824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=46;NR=47;PP=1542;SC=CACCAAGCTGAAAGGCAGTGA;SOR=0.987;Source=Platypus;TCF=46;TR=93;WE=51697501;WS=51697483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	51812952	rs11130296	C	T	4925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=82;NR=82;PP=2883;SC=CAGTAACGTCCGGCGCACCAT;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=82;TCR=82;TR=164;WE=51812960;WS=51812942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	51895850	rs986539	C	T	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=15;PP=573;SC=CATTTATGTACTTCCCATTTA;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=51895858;WS=51895840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	51907736	rs7635409	A	G	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=18;PP=1206;SC=GGACACAGATATAGCAGACCT;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=66;WE=51907744;WS=51907726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	51908226	rs1505403	T	C	2510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=42;PP=1795;SC=CAGGGTATGCTAGGAAGGGGC;SOR=1.236;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=73;WE=51908234;WS=51908216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	51908430	rs6794320	T	C	5908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr3	51911103	rs201734789	TTTTTC	T	238.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.01;ReadPosRankSum=-0.368;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr3	51929360	rs34574240	GA	G	930.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=32;PP=875;SC=GGGCTTTCAAGAAAAAAAGAG;SOR=3.664;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=32;WE=51929368;WS=51929350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	51936949	rs7635125	T	C	7086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr3	51978220	rs28547534	A	G	7051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=122;NR=122;PP=2965;SC=TGCTGGAACCACTGGGGCCGT;SOR=0.851;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=244;TCF=122;TCR=122;TR=244;WE=51978228;WS=51978210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr3	51990119	rs28587738	A	C	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;SC=CCTGCTCGGCACGCCGCCCGC;SOR=0.746;Source=Platypus;TCF=20;WE=51990127;WS=51990109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	51990315	rs28651222	A	G	3420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=45;PP=1586;SC=TCCCGACTCCACTCGGACTCT;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=57;TCR=45;TR=102;WE=51990323;WS=51990305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	52242059	rs181637424	C	T	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	52272945	rs11441245	C	CG	277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	52386615	rs149114984	C	T	4442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=65;PP=2126;SC=CACGTGCACACGAGATCGCCA;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=71;TCR=65;TR=136;WE=52386623;WS=52386605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr3	52415865	rs770284	A	G	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=15;PP=453;SC=GAGCGCCTCCAGGGCGTGCTG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=52415873;WS=52415855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	52430526	rs12163565	G	A	7964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;PP=2965;SC=AGTAGCCTTGGTGAAGACTTC;SOR=0.842;Source=Platypus;WE=52430534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr3	52430698	rs365048	A	G	6670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=1.978;SC=CTGGAGCGCCATAAGTTTGGG;SOR=0.297;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=120;TCR=122;TR=241;WE=52430706;WS=52430688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,259:1.00:260
chr3	52453893	rs498778	C	T	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	52471942	rs82825	G	A	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=5;PP=832;SC=GGCCACAGGGGTGAGTTCCAG;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=52471950;WS=52471932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	52477080	rs2016575	T	C	4680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=78;PP=2333;SC=TTTCGGACCATGGCTCCTGGG;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=83;TCR=78;TR=161;WE=52477088;WS=52477070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	52488202	rs1035002	C	T	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=34;PP=1012;SC=TGAGTCCCCACGTCCTCTGCC;SOR=7.328;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=34;WE=52488210;WS=52488192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	52489564	rs968588	A	T	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.73;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	52491836	rs12629472	G	A	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=9;PP=362;SC=CTTGCCACAAGGGCTGTTGGT;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=52491844;WS=52491826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	52492085	rs4687614	G	A	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=13;PP=313;SC=ATATAACTGCGTTCATTAATA;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=52492093;WS=52492075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	52492707	rs1541495	T	C	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	52505758	rs3065763	G	GAT	2257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=10;PP=989;SC=TGACAGAAAAGGTGGAAATCC;SOR=1.201;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=52505766;WS=52505748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	52506282	rs4312651	A	G	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=12;PP=775;SC=TGGGCATGCGACACTGTTCCC;SOR=1.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=52506290;WS=52506272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	52506426	rs6784615	C	T	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	52506491	rs6445486	A	G	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=21;PP=614;SC=TGGGTGTCCTAATTTAATCAT;SOR=1.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=52506499;WS=52506481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	52510592	rs9856575	G	A	4884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr3	52512318	rs2109559	A	G	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	52513940	rs4687618	T	C	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=21;PP=456;SC=GGAGCCAGTTTGGGGGGCTTG;SOR=2.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=52513948;WS=52513930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	52518786	rs4687619	T	C	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=1.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	52523405	rs887515	C	T	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=28;PP=1395;SC=CCGGCCCCAGCGGAAGTCCCA;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=73;WE=52523413;WS=52523395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	52524974	rs4687621	A	C	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=13;PP=359;SC=CCACTTCTTAACCGGGGTGGG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=52524982;WS=52524964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	52536308	rs758801	A	C	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=28;PP=911;SC=CAGATGCAGTACCTACAACCA;SOR=1.514;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=52536316;WS=52536298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	52537969	rs4687545	T	C	3748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	52538300	rs7613444	G	C	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=19;PP=1562;SC=GGTGGCTGTGGGGGGTGCATG;SOR=2.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=62;TCR=19;TR=81;WE=52538308;WS=52538290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	52540773	rs1010553	T	C	6495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr3	52543120	rs111979374	G	A	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=13;PP=771;SC=GAGCTCTCACGGGTAGCAAGA;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=52543128;WS=52543110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	52544470	rs9835659	A	G	3997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=77;PP=2233;SC=TGAGCTGGACATGAGAGGTGG;SOR=1.314;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=55;TCR=77;TR=132;WE=52544478;WS=52544460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	52546487	rs7644763	C	T	4013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	52554304	rs7630214	G	C	12560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=193;NR=242;PP=2965;SC=CCGAACGCGGGCCGTGAGTCT;SOR=0.973;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=435;TCF=193;TCR=242;TR=435;WE=52554312;WS=52554294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr3	52559167	rs58050076	CGG	C	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;QD=32.42;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	52676065	rs376663529	CA	C	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=0.054;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,40:0.35:113
chr3	52678621	rs138200462	G	A	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=4;PP=141;SC=GGATGGTCTCGATCTCTTGAC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=52678629;WS=52678611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	52696310	.	G	GA	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=3.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.135;QD=0.61;ReadPosRankSum=2.191;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,25:0.18:137
chr3	52722266	.	A	AT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.436;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=6.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=2.285;SOR=0.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr3	52725718	.	A	AT	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.883;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr3	52853340	rs7620907	G	C	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=3;PP=591;SC=ACCCCACCCCGCTCTATGGGG;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=52853348;WS=52853330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	52853401	rs3821831	C	T	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=1.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	52867220	rs113621941	G	A	3468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=60;PP=2009;ReadPosRankSum=0.282;SC=CTGGACTGTGGGGGAGGGTGG;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=57;TCR=61;TR=116;WE=52867228;WS=52867210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,132:0.99:134
chr3	52867288	rs4687661	A	T	4574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr3	52867595	rs60332615	C	A	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=32;PP=1577;SC=CACACCTGCACCCCCATCCCC;SOR=1.390;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=98;TCF=64;TCR=34;TR=96;WE=52867603;WS=52867585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	52867715	rs6787916	G	C	5667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=87;PP=2965;SC=TCAGGTCCTCGTCCTTCACAG;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=98;TCR=87;TR=185;WE=52867723;WS=52867705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr3	52867811	rs6776876	A	T	5028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=85;NR=84;PP=2543;SC=GCCTCGGTAGAAAGGCACACC;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=85;TCR=84;TR=169;WE=52867819;WS=52867801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr3	52868610	rs11922961	T	C	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=2;PP=689;SC=GCCGGGCCCATAGCTACAAAT;SOR=2.636;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=33;WE=52868618;WS=52868600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	52868668	rs142854055	G	GCACACA,GCACACACA	2005.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;NF=14,14;NR=26,26;PP=852,148;SC=ACACACAGATGCGCACACACA;SOR=1.845;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=40,40;WE=52868678;WS=52868654;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.30,0.70:43
chr3	52868670	rs62255421	G	A	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.30;QD=41.67;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	52868716	rs77032405	GC	G	6224.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-0.049;NF=31;NR=108;PP=2983;ReadPosRankSum=2.208;SC=ATCTATCTAGGCCCCCCCCAC;SOR=1.004;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=156;TCF=40;TCR=116;TR=139;WE=52868732;WS=52868706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,211:0.99:213
chr3	52870729	rs11431693	C	CA	4741.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=36.76;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	52874446	rs6769789	C	T	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=10;PP=771;SC=AACGATGCTGCGGGATGACCT;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=52874454;WS=52874436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	52874753	rs56019197	T	C	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=268;SC=TCTCACCCTGTCACCCAGGCT;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=52874761;WS=52874743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	52874779	rs7638431	G	A	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=83;SC=GCAATGGCACGATCTCGCCTC;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=52874787;WS=52874769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	52877647	rs55829187	C	CA	2234.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=755;SC=CTGAGGGCTACAGGTGAGCTT;SOR=1.051;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=18;WE=52877657;WS=52877637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	52877649	rs56008508	G	A	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=12;PP=488;SC=GAGGGCTACAGGTGAGCTTTC;SOR=0.994;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=32;WE=52877657;WS=52877637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	52877720	rs4687668	T	C	1987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	52878721	rs7650966	G	C	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=313;SC=CAGACCAAATGCAGGACACAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=52878729;WS=52878711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	52878746	rs10663469	C	CAG	1029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=3;PP=816;SC=AGAGTTAAAACAAGTTTGGTT;SOR=2.925;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=52878754;WS=52878736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	52878825	rs7629528	C	A	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=25.60;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	52881634	rs5848962	T	TG	1790.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=12;PP=592;SC=AAGAGAGCTGTGGTACCTCTT;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=15;WE=52881642;WS=52881624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	52883654	rs3216716	CT	C	1610.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=5;PP=1245;SC=GGAGGGTGTGCTCAAACCCAG;SOR=3.003;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=29;WE=52883662;WS=52883644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	52886914	rs4687675	A	T	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=549;SC=GCCTTTGAAAACCCTAAAAGG;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=52886922;WS=52886904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	52960013	rs11360013	GC	G	1903.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=14;PP=1519;SC=CTGCAGCCCTGCCATAGTGGC;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=37;WE=52960021;WS=52960003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	52960256	rs34584015	AG	A	2709.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=23;PP=1014;SC=ATCATTTTAGAGGGGCGAAAA;SOR=1.143;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=26;WE=52960269;WS=52960246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	52960261	rs34585187	C	A	2718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.85;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	52968726	rs2257216	T	C	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	52968801	rs2710315	T	C	2258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	53003021	rs2245424	G	C	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=5;PP=781;SC=ACTTCAAAGAGCTTCCAGTTC;SOR=2.554;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=53003029;WS=53003011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	53126672	rs141077598	TTGCCCTGGACAAGGC	T	2306.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=30;PP=2933;SC=AGTGGTGACCTTGCCCTGGAC;SOR=1.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=33;WE=53126694;WS=53126662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	53154132	rs373476566	ATTAACT	A	98.25	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	53154139	rs199819350	GCACT	G	98.25	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	53212383	rs2306570	C	T	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=8;PP=494;SC=CCGCTGGTCCCGCCCGGCCGC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=53212391;WS=53212373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	53212716	rs17052826	C	T	183.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=5;PP=108;SC=GCCACTGAGTCGCTATAGGGC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=53212724;WS=53212706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	53213538	rs2035451	C	G	4184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	53213657	rs2230493	T	C	6024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=96;PP=2750;SC=CGACGTTCGATGCCCACATCT;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=95;TCR=96;TR=190;WE=53213665;WS=53213647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr3	53216051	rs6445568	T	C	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=189;SC=CCTCTTTTCCTCGGAGAGGCA;SOR=2.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=53216059;WS=53216041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	53220444	rs6793352	T	C	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=26;PP=1396;SC=GTGTCTCCCCTTCAGGCCACT;SOR=0.729;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=51;WE=53220452;WS=53220434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	53222761	rs2306574	C	T	6377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=115;NR=101;PP=2965;SC=CAATGTGCTGCTGGACCGGGA;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=217;TCF=116;TCR=101;TR=216;WE=53222769;WS=53222751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr3	53223291	rs7630600	T	G	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.78;QD=26.23;SOR=1.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	53223927	rs1075865	C	G	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr3	53224002	rs900495	T	C	3552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	53259996	rs3816767	G	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=14;PP=343;SC=AGGGTGAGCAGTGGTGGGCCC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=53260004;WS=53259986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	53260710	rs2279321	G	A	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.82;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	53260716	rs2279322	C	T	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.19;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	53263200	rs3736155	C	G	7852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=158;NR=125;PP=2965;SC=CCCTACCCCCCCATCCATGGG;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=286;TCF=160;TCR=126;TR=283;WE=53263208;WS=53263190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr3	53263279	rs3736156	A	G	6952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr3	53267133	rs6445573	G	C	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=35;PP=1474;SC=GTGTCTGGGCGAGGGGTGAAG;SOR=0.947;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=51;TCR=35;TR=86;WE=53267141;WS=53267123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	53267155	rs2242301	G	A	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=68;NR=47;PP=1865;SC=TGGGGAGGGCGGCTTGTGCAT;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=68;TCR=47;TR=115;WE=53267163;WS=53267145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	53324767	.	TAAAAAAAA	T	558	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=20;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=22;MQ=56.59;NF=2;NR=4;PP=558;QD=93.5;SC=CGACTAGTCTTAAAAAAAAAA;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=6;WE=53324782;WS=53324757;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr3	53324819	rs201612547	ATGGCAC	A	1653.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=24;PP=1416;SC=CCTTACCGGGATGGCACTGGC;SOR=0.914;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=28;WE=53324832;WS=53324809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	53324915	rs3732834	A	G	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=31;PP=892;SC=AAAGACAGACAGATATAAGAA;SOR=1.341;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=53;WE=53324923;WS=53324905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	53529013	rs312479	T	A	89.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.98;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	53529140	rs312480	T	C	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=42;PP=1728;SC=CGCCCCCGCCTCAACGCCCAG;SOR=1.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=73;WE=53529148;WS=53529130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	53535854	rs55830580	TG	T	2712.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=32;PP=1832;SC=TAGCTATGCATGTCGTGTTTC;SOR=0.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=53535862;WS=53535844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	53744327	rs3774546	C	G	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=9;PP=952;SC=CGTGAGGCAACCTGGCTGGCA;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=45;WE=53744335;WS=53744317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	53766026	rs2612033	T	C	3510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	53766212	rs2306866	A	T	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=344;SC=CAGCGTGCACATGAGCTGCTG;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=53766220;WS=53766202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	53769479	rs1045958	C	T	9487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=169;NR=175;PP=2965;SC=TGCTGAGCAGCGCTGCCCTGG;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=344;TCF=169;TCR=175;TR=344;WE=53769487;WS=53769469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr3	53776995	rs2612026	T	C	2174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=24;PP=1631;SC=TTCTTTTCCTTTGGAGACAAA;SOR=1.319;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=74;WE=53777003;WS=53776985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	53778620	rs28365115	C	G	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=310;SC=GCCTCTGAGTCGTGAAGAGAG;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=53778628;WS=53778610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	53779825	rs3821860	A	G	3383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=58;PP=1973;SC=GCATTTACTTAACTGCCTGTC;SOR=1.188;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=106;WE=53779833;WS=53779815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	53796744	rs3774567	T	C	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=39;PP=1155;SC=TGCCCTTAAATCTCCACACAC;SOR=5.283;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=44;WE=53796752;WS=53796734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	53806803	rs2278517	G	C	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=31;PP=1411;SC=TCAGGCTGTGGCGGGCCGTCA;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=78;WE=53806811;WS=53806793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	53810090	.	C	A	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.567;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=465;ReadPosRankSum=0.093;SC=AGCAACACAGCTCCCCCTCTC;SOR=0.779;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=163;TCF=95;TCR=68;TR=49;WE=53810098;WS=53810080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,57:0.29:196
chr3	53814197	rs1829423	G	A	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=24;PP=726;SC=CAGGAAAGGAGAGAGACATCA;SOR=1.127;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=40;WE=53814205;WS=53814187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	53856653	rs2241808	C	T	5135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=103;PP=2965;SC=AGGCACAGGCCGCGCTCCACC;SOR=1.317;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=66;TCR=103;TR=169;WE=53856661;WS=53856643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr3	53857803	rs12676	A	C	5543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=110;NR=89;PP=2830;SC=GCTCCCCGCGAGCACGTCCTT;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=110;TCR=89;TR=199;WE=53857811;WS=53857793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr3	53880789	rs2232332	A	G	3177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=65;PP=1995;SC=CTGCCGGCTCAAGGGGCATGC;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=44;TCR=65;TR=109;WE=53880797;WS=53880779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	53882663	rs1025690	G	A	5147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=25.23;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr3	53882673	rs5849009	G	GT	4986.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=49;PP=2117;SC=GTGACGCTTGGTTTTTTCTCT;SOR=0.714;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=18;TCR=52;TR=65;WE=53882681;WS=53882653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr3	53883722	rs1025689	C	G	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	53883910	rs4687751	C	T	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	53910919	rs11419180	G	GT	472.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=0;NR=19;PP=250;SC=ATGCTCAAGTGTTTTTTTTTC;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=19;WE=53910927;WS=53910909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr3	54354431	rs41277447	G	T	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	54354510	rs9879885	T	C	2821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.33;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	54401650	rs1868506	C	A	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=15;PP=485;SC=GGGGCTTGAACGACCCCTGGC;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=54401658;WS=54401640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	54401666	rs1868507	G	A	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=14;PP=382;SC=CTGGCCACAAGCTCTGCCCAT;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=54401674;WS=54401656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	54419977	rs9836159	C	T	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.61;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	54420721	rs62967361	G	GTTT	897.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=0.548;QD=24.26;ReadPosRankSum=-1.866;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr3	54596815	rs9814659	T	C	5847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.45;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr3	54604188	rs2251788	T	C	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=35;PP=817;SC=CTTTTGGTAGTGACTGGTTAA;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=50;WE=54604196;WS=54604178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	54615971	rs6782115	A	G	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	54676441	rs3832224	CA	C	536.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=18;PP=583;SC=TTCTTGTTTTCAAAAAATGAA;SOR=2.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=19;WE=54676449;WS=54676431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	54786864	rs34310780	G	GT	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.665;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr3	54913354	rs35536476	CT	C	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=1.571;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr3	54919185	rs11716356	A	G	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=4;PP=446;SC=GCTCCAAGGCAGGTCCCTTAG;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=54919193;WS=54919175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	54919272	rs1405330	A	G	3171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=40;PP=1816;SC=TGGGGGAGTGATACTTATTCA;SOR=1.104;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=69;TCR=40;TR=109;WE=54919280;WS=54919262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	54919480	rs2293662	G	A	4132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=63;PP=2463;SC=TGTAAATATTGACATGCTCTT;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=74;TCR=63;TR=137;WE=54919488;WS=54919470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	54921903	rs3773594	T	C	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=10;PP=568;SC=AGCCTGCAGATGCTGCACAAT;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=54921911;WS=54921893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	54922235	rs2360659	G	A	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=40;PP=1053;SC=GAGCAGATTAGCGGCTCGGGC;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=55;WE=54922243;WS=54922225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	54928496	rs1526595	T	C	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=31;PP=1246;SC=TGAATGTCACTGCCTTAAGTG;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=86;WE=54928504;WS=54928486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	54928762	rs1526594	G	C	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=31;PP=667;SC=GTCCAGGTCAGGTTTATGAAG;SOR=1.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=54928770;WS=54928752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	54930699	rs6445708	A	T	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=11;PP=617;SC=TTACCTGATGAAGGCTGTCGG;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=54930707;WS=54930689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	54930794	rs17054524	C	T	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	54933763	rs41277455	G	A	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=20;PP=1109;SC=CTCTCTTAACGTGTACACTGT;SOR=1.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=63;WE=54933771;WS=54933753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	54961949	rs4245920	C	T	3448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=56;PP=1798;SC=GACTGAGTCTCCTTGGGCGTC;SOR=0.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=56;TCR=56;TR=112;WE=54961957;WS=54961939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	55038898	rs4955827	A	G	3668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	55108055	rs358076	G	A	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NF=28;SC=TCGTTCTTACGTTAGAGAGGG;SOR=1.556;Source=Platypus;TCF=28;WE=55108063;WS=55108045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	55733390	rs4955865	C	T	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=15;PP=1082;SC=TGGAGGTAAGCAGCGATGAAA;SOR=1.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=61;WE=55733398;WS=55733386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	55989276	.	T	TTG,TTGTG	607.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=30.39;ReadPosRankSum=-0.174;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,8,11:0.40,0.55:20
chr3	56019805	rs6806267	T	C	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=199;SC=ACTGACTTATTTCCATCTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=56019813;WS=56019795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	56019905	rs6445762	C	A	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	56020159	rs7613818	G	A	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=241;SC=ATAACTAAACGAAGCAAACTT;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=56020167;WS=56020149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	56026034	rs4974160	C	T	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=4;PP=491;SC=TGGGCAACCACGCAGTCCATG;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=56026042;WS=56026024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	56037025	rs5849124	C	CAT	6103.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=32;PP=2974;SC=GGAAGAAACTCAAATATTTTC;SOR=1.346;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=66;WE=56037033;WS=56037015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	56037241	rs35658351	CA	C	2959.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=45;PP=1806;SC=ATTAGCTCAACAAAATCCATG;SOR=2.338;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=0;TCR=49;TR=45;WE=56037257;WS=56037231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	56037249	rs34984094	A	AG	2959.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=44;PP=2105;SC=AACAAAATCCATGCATTCGCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=44;WE=56037257;WS=56037231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	56041187	rs1379715	C	T	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=281;SC=AAGCATGATTCTTTTTCTTAG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=56041195;WS=56041177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	56114750	rs17825159	G	A	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=670;SC=CTAAAGATTCGTAAAAGATCA;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=56114758;WS=56114740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	56591178	rs73079891	A	G	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.91;QD=27.24;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	56591278	rs150150392	T	TGGGGTAAGCA	3710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=19;PP=2979;SC=GCCATGAACTTGGGGTAAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=22;WE=56591286;WS=56591268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	56593543	rs12486047	C	A	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=6;PP=428;SC=TCTTGCATTACCACCTTAGTA;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=56593551;WS=56593533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	56593680	rs11130525	T	C	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	56597688	rs6781293	A	G	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=4;PP=224;SC=AGTTATAAAGAATAAGCTTCT;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=56597696;WS=56597678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	56597954	rs6769055	C	T	3119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=1.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	56599159	rs73081810	T	C	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	56599208	rs55831745	G	C	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	56599258	rs10687224	G	GTATT	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=665;SC=CAAGATATTTGTATTCCCCTT;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=56599266;WS=56599248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	56601175	rs112310084	T	C	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=11;PP=388;SC=ATACCAGCACTTTGGGAAGCC;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=56601183;WS=56601165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	56605404	.	TA	T	43	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=43;QD=17.3333333333;SC=TAAAGCTTATTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=56605412;WS=56605394;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	56627048	rs1388256	A	G	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=7;PP=278;SC=AAGAACTGCAAAGAAAATGGA;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=56627056;WS=56627038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	56627598	rs1491170	A	G	3166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=40;PP=1594;SC=CTGTTCTCTCAGTCAACACAC;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=62;TCR=40;TR=102;WE=56627606;WS=56627588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	56628031	rs7637449	G	A	9646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=155;NR=179;PP=2965;SC=CGAGACAGACGACGACAAAAA;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=334;TCF=155;TCR=179;TR=334;WE=56628039;WS=56628021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr3	56674190	rs1489949	A	C	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	56808956	rs34038168	A	AC	1806.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.16;MQRankSum=5.296;QD=33.46;ReadPosRankSum=1.306;SOR=1.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,52:0.96:54
chr3	56835761	rs3732508	G	A	4353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=58;PP=2527;SC=CGCTGGCCGGGGGTAGCTCCA;SOR=0.951;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=86;TCR=59;TR=144;WE=56835769;WS=56835751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr3	56836013	rs184010343	C	T	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=6;PP=196;SC=CCGTGCCAGCCACGCCTTGAT;SOR=1.609;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=8;WE=56836021;WS=56836003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	56932708	rs7633179	G	A	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=26;PP=779;SC=AAGGAGGGAAGCCAATAAAGA;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=56932716;WS=56932698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	57041313	rs182952140	C	G	4399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	57130643	rs56914717	TA	T	1007.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=24;PP=936;SC=GGGCTCTGTATAAACGAGGCA;SOR=3.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=24;WE=57130651;WS=57130633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	57132200	rs2291462	A	G	4114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=67;PP=2372;SC=CGGGAGTGCAAGTGGGAACAG;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=64;TCR=67;TR=131;WE=57132208;WS=57132190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	57136585	rs17057718	C	T	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=15;PP=474;SC=GTGATGGCCACGGCTCTGATG;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=57136593;WS=57136575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	57137090	rs2247656	A	G	3885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=26.08;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	57137232	rs3215002	GA	G	2399.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=45;PP=1547;SC=CAGGTAAGTGGAAAAAAATGG;SOR=1.000;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=64;TCF=12;TCR=52;TR=56;WE=57137240;WS=57137222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	57139833	rs1545982	G	A	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=7;PP=365;SC=CCAGTGGCCTGGGGGTCGCTT;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=57139841;WS=57139823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	57139972	rs1545981	A	G	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=26;PP=1140;SC=TGTGCGGTGCATGGTCGAAGG;SOR=1.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=69;WE=57139980;WS=57139962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	57140108	rs2035654	G	A	4946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr3	57176505	rs1386829	A	G	2991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	57233661	rs12715498	A	T	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	57233679	rs143889572	ATAAAT	A	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.63;QD=42.81;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	57276258	rs11346575	GA	G	833.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=21;PP=512;SC=TGTAATAATTGAAAAAAAACC;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=23;WE=57276266;WS=57276248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	57294085	rs10510791	C	G	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=75;PP=2359;SC=GTAGAAAAAACATTTACATGA;SOR=1.553;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=46;TCR=75;TR=120;WE=57294093;WS=57294075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	57294884	rs150865255	CAAATT	C	1583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=25;PP=1352;SC=TAAATTCTTACAAATTAAATT;SOR=3.383;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=26;WE=57294896;WS=57294874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	57321916	rs883244	T	G	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=16;PP=763;SC=TCAGAAACAATGTATTCATTT;SOR=1.067;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=57321924;WS=57321906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	57323170	rs528035	A	G	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=62;PP=1828;SC=AAAAAAATACATATGTAATTC;SOR=1.365;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=37;TCR=62;TR=98;WE=57323178;WS=57323160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	57335705	rs71919228	TACACACACACAC	T,TAC	1457.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=40.49;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,15,21:0.42,0.58:36
chr3	57335876	rs4060726	C	T	5064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=92;NR=78;PP=2749;SC=AGTAAGCTACCGGAGAGTGCC;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=92;TCR=78;TR=170;WE=57335884;WS=57335866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr3	57414097	rs17793014	T	A	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=10;PP=417;SC=GAGGCACATATTTAAAATAAT;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=57414105;WS=57414087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	57414330	rs11915740	C	A	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=19;PP=801;SC=AACAAAGAAACTTGAATAGGT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=57414338;WS=57414320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	57419497	rs6773904	C	T	3547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.29;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	57422824	rs4234394	A	G	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	57430988	rs6768943	G	A	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	57431740	rs139063171	ATAAATAAATAAT	A	3796.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.54;QD=37.97;SOR=1.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	57431985	rs2121743	G	A	4642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr3	57432064	rs2121742	C	T	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=33;PP=917;SC=AAAACAAATACCTAATATTTT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=57432072;WS=57432054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	57443817	rs6768661	T	C	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	57456093	rs35152693	C	CA	121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=30;SC=AACACTTAACCAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=2;WE=57456101;WS=57456083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	57456371	rs9871422	T	C	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	57457123	rs6445886	C	T	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=9;PP=742;SC=TTTTTCTATACTTTTAAATTT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=44;WE=57457131;WS=57457113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	57469053	rs9826084	A	C	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=10;PP=663;SC=CCATGAAAATAATATTTCACA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=57469061;WS=57469043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	57469097	rs9863860	C	T	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	57469272	rs9864150	C	T	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=24;PP=704;SC=AGACTTATGGCAATTAATGTT;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=57469280;WS=57469262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	57475351	rs6806444	T	G	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	57488279	rs10662782	T	TTTC	1340.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=676;SC=ATGTAGATCTTTTTTTTTTTC;SOR=2.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=22;WE=57488287;WS=57488269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	57509103	rs6768974	T	C	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=81;SC=GAGCAAGACCTTGTTTAAAAC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=57509111;WS=57509093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	57542173	rs2241988	C	T	2601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=33;PP=1678;SC=GAAGCTGAGCCGGGCTGAAGC;SOR=1.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=62;TCR=33;TR=95;WE=57542181;WS=57542163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	57582718	rs57877028	GAAA	G	7163.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=58;PP=2780;SC=GCGGGCGGAGGAAAAAAACAG;SOR=1.082;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=24;TCR=64;TR=80;WE=57582728;WS=57582708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	57627500	rs9873675	T	C	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.81;SOR=1.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	57627580	rs9816093	A	C	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=13;PP=533;SC=ACACAGATTGATTTTTCCTTT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=57627588;WS=57627570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	57882601	rs17058639	C	T	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	57912865	rs75226124	C	CA	424.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=239;SC=TGCACTCCCTCACTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=57912873;WS=57912855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	57994719	rs1658338	T	A	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=70;PP=1851;SC=CAGGGGTGGGTTATAGGGGGC;SOR=3.962;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=11;TCR=70;TR=81;WE=57994727;WS=57994709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	58080505	rs7644723	G	T	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=5;PP=472;SC=TGCAGTGGGCGATGGCTCATG;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=58080513;WS=58080495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	58081888	rs1522384	T	C	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	58083374	.	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr3	58083383	.	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr3	58083446	rs939882	G	A	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=5;PP=256;SC=ATCATGGGAGGGTAGGAGAGG;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=58083454;WS=58083436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	58089516	rs6445945	A	G	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=257;SC=TAGCTTTGAAATAATCTCCCA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=58089524;WS=58089508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	58089585	rs6445946	T	A	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=5;PP=395;SC=TATGTATGGTTTATGTTTTGT;SOR=1.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=58089593;WS=58089575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	58089877	rs1522386	A	G	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	58094157	rs2259091	A	G	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	58094852	rs7634236	C	T	3473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=30;PP=2206;SC=GTGACCCTGTCTGATAGAGAC;SOR=1.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=80;TCR=30;TR=110;WE=58094860;WS=58094842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	58095466	rs2708318	G	T	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=544;SC=TCATTGCTCCGTGGGGAAGGC;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=58095474;WS=58095456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	58095500	rs2686635	G	T	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=289;SC=ACGTTTCAATGCCTTTTGAAC;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=58095508;WS=58095490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	58109162	rs1131356	G	A	5091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=88;NR=93;PP=2965;SC=CCTTAGCGTCGACTGCTCGGA;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=88;TCR=93;TR=181;WE=58109170;WS=58109152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr3	58111285	rs3732633	T	G	3282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=46;PP=1886;SC=CAAATATGCGTTTCTGTTTGT;SOR=0.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=115;WE=58111293;WS=58111275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	58112440	rs2362903	A	G	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=21;PP=688;SC=TTCCTTTCGCACCGGGGGATT;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=48;WE=58112448;WS=58112430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	58112488	rs2362904	C	T	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=21;PP=643;SC=CCCACATCCCCGGTGAGCTAT;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=58112496;WS=58112478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	58112556	rs2362905	G	C	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=299;SC=TTTGATTTTGGTTATCTCTCT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=58112564;WS=58112546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	58116316	rs1573890	A	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=1;PP=259;SC=AACAATGAGTAGGCACATGAG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=58116324;WS=58116306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	58116358	rs4475005	C	T	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=3;PP=210;SC=GGGAGCTGACCGAGGCCTGCA;SOR=2.147;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=13;WE=58116377;WS=58116348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	58116369	rs1882692	T	C	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=6;PP=297;SC=GAGGCCTGCATGGCCGAGGTC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=58116377;WS=58116348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	58118555	rs12632456	G	A	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	58118700	rs12638356	A	G	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	58120318	rs151085835	GGT	G	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.778;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=261;ReadPosRankSum=0.061;SC=TATTGACTAGGGTGTGTGTGT;SOR=0.328;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=8;WE=58120327;WS=58120308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,14:0.23:61
chr3	58121626	rs6445948	T	A	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=16;PP=1438;SC=AGGCACTAATTGGAAAATATG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=67;WE=58121634;WS=58121616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	58145263	rs12634123	G	A	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	58154327	rs8640	C	T	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=33;PP=961;SC=ACCTGATCAGCGTCAAATACG;SOR=1.091;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=62;WE=58154335;WS=58154317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	58156176	rs4681660	G	A	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=332;SC=TAATTGCCACGCTCTCCCACC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=58156184;WS=58156166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	58179318	rs9812109	C	T	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=394;SC=CCTGTGACCCCAAAGGACAGT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=58179326;WS=58179308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	58186719	rs3772985	C	A	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=11;PP=577;SC=CACAGCAGTCCTCACCTCCGC;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=58186727;WS=58186709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	58186911	rs4234389	A	G	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=17;PP=502;SC=GAGGGAAACCAGCTGTCCCCT;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=58186919;WS=58186901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	58194051	rs3732631	C	A	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	58196639	rs2292677	C	T	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=31;PP=863;SC=GACATCCTGGCGCTGCTCTGG;SOR=1.078;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=57;WE=58196647;WS=58196629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	58296209	.	C	CT	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=-2.399;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,17:0.19:90
chr3	58351660	.	CT	C	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.286;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr3	58355273	rs9867320	G	C	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=25;PP=663;SC=GGCTGGAGTCGGGGCACGGTG;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=58355281;WS=58355263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	58368219	rs10662181	C	CT	146.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.78;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr3	58368449	rs11917591	T	C	3569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=64;NR=56;PP=2073;SC=AATCTGTGAATTATGGTCACA;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=120;WE=58368457;WS=58368439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	58376992	rs11923253	G	A	3194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	58382846	rs3191903	C	T	3959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	58383174	rs55692656	A	T	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=12;NR=3;PP=291;SC=GGGATACCTCATGAGGTTTTA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=58383182;WS=58383167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	58384995	rs11712213	G	A	5067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=93;NR=70;PP=2682;SC=CGTGTTCTGTGGAACTAAAAT;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=93;TCR=70;TR=163;WE=58385003;WS=58384985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr3	58385194	rs4075152	T	C	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=26;PP=829;SC=GTAGTAAAGATTCTTGCGGTC;SOR=1.559;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=58385202;WS=58385184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	58389462	rs4339119	A	G	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=24;PP=937;SC=GGATTGGGCCAGGGGCTGGAG;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=64;WE=58389470;WS=58389452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	58394850	rs56232415	C	T	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=14;PP=380;SC=TCTCAGCCAGCCTTTAGGCTA;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=58394858;WS=58394840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	58395490	rs140856155	G	GT	1223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.14;QD=23.09;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	58395501	rs34734687	G	GA	922.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=2;NR=31;PP=546;SC=TTTTTTTGGGGAAAAAAAAAG;SOR=1.802;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=33;WE=58395509;WS=58395480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	58395863	rs56384862	A	G	4856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=82;NR=93;PP=2965;SC=CATTCAGCGAAGTACAGCAAC;SOR=1.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=82;TCR=93;TR=175;WE=58395871;WS=58395853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr3	58398447	rs62258134	C	T	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=6;PP=487;SC=GGACCCTGCACCAGAGTAAAA;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=58398455;WS=58398437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	58398466	rs12635366	C	T	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=10;PP=546;SC=AAGCCTGTCACTGGGTCCGGT;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=58398474;WS=58398456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	58398813	rs13071422	A	G	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=318;SC=TCTCAAGAGAAATCAGTGGGA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=58398821;WS=58398803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	58409126	rs6767498	C	A	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=3;PP=569;SC=GTATTGCTATCTTTGAGCATT;SOR=2.362;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=58409134;WS=58409116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	58409300	rs35853090	G	GTT	7251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.12;NF=19;NR=56;PP=2967;SC=TGAGTATTGTGTTGGTGATTC;SOR=0.726;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=79;TCF=19;TCR=60;TR=75;WE=58409308;WS=58409290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr3	58410554	rs34579268	C	T	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	58415590	rs2070662	C	A	3579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=52;PP=2170;SC=ACCACTGTGCCGCCAGCTGTG;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=59;TCR=53;TR=111;WE=58415598;WS=58415580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	58416535	rs1126551	C	T	3809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.79;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	58416538	rs4264746	T	C	3809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	58416770	rs138623728	T	TTTA	591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.88;QD=42.27;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	58417416	rs62259772	C	T	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=42;NR=21;PP=1043;SC=TGGACACTAACAGACATGCCC;SOR=1.410;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=63;WE=58417424;WS=58417406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	58520306	rs7611026	G	C	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=53;PP=1824;SC=CTGGCACCTTGAAATCTTCTC;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=108;WE=58520314;WS=58520296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	58520859	rs4681862	A	G	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=21;PP=541;SC=TCTGGTGACTATGGAGAGACA;SOR=1.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=58520867;WS=58520849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	58621935	rs6791782	C	T	153.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=7;NR=0;PP=126;SC=TTTAAGGCCCCTGGGAGGTGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=58621943;WS=58621933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	58625975	rs3749287	C	G	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	58631184	rs111621495	G	GAAATA	1225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=7;PP=625;SC=ATGAATGAATGAAATAAAATA;SOR=1.101;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=11;WE=58631192;WS=58631174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	58635197	rs9811989	G	A	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	59996927	rs4679626	T	C	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=2;PP=563;SC=GGAAACATATTGTTTGGCAGA;SOR=3.690;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=59996935;WS=59996917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	59996969	rs4679627	C	T	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=15;PP=1065;SC=GGCTCTAACACTGAGGGTCTC;SOR=1.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=60;WE=59996977;WS=59996959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	60898271	rs6793737	G	A	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=13;PP=1045;SC=ACAGGATATAGATTTATAAAG;SOR=1.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=55;WE=60898279;WS=60898261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	61911417	rs35919403	T	TA	180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.803;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.63;ReadPosRankSum=0.149;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr3	62189189	rs2292245	G	A	7204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=127;NR=110;PP=2965;SC=AACCAAGGACGGCGAGGGCAC;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=239;TCF=127;TCR=112;TR=237;WE=62189197;WS=62189179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr3	62189437	rs17634074	G	C	4861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=81;NR=79;PP=2348;SC=CAGACCAGACGGGCGGAAGGA;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=81;TCR=79;TR=160;WE=62189445;WS=62189427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr3	62229553	rs1352882	C	T	3737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	62258871	rs35559789	G	A	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=226;SC=TAATTTACAGGTTTGTATTAG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=62258879;WS=62258861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	62431415	rs6791296	T	C	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.87;SOR=1.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	62477233	rs35911391	A	AACAC	299.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.63;ReadPosRankSum=0.210;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr3	62498378	rs1376917	G	A	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=12;PP=674;SC=AAAACTGAATGTAACTCAACA;SOR=1.278;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=47;WE=62498386;WS=62498368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	62556622	rs833663	A	G	5311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=98;NR=77;PP=2819;SC=ACCTAAGGGAAAGGAGAAAGA;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=99;TCR=77;TR=175;WE=62556630;WS=62556612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr3	62612013	rs2248008	C	T	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=364;SC=CAAGCTGGCACGGATTTACTA;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=62612021;WS=62612003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	62612145	rs2248013	C	A	6496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr3	62612280	rs2367310	C	T	3884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=75;PP=2232;SC=GAAGGAAGAACGTCTTAAATT;SOR=1.186;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=55;TCR=75;TR=130;WE=62612302;WS=62612270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	62612294	rs2367311	T	C	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=64;PP=2023;SC=TTAAATTTGCTAAGCCTTTTT;SOR=1.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=33;TCR=64;TR=97;WE=62612302;WS=62612270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	62612309	rs2367312	G	C	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=55;PP=1618;ReadPosRankSum=0.506;SC=CTTTTTTGTTGTACAAAGAAG;SOR=0.922;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=79;WE=62612317;WS=62612299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,88:0.99:89
chr3	62612342	rs2248023	T	C	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=43;PP=1286;SC=ACGTTTGGAGTTCCTTCTGCA;SOR=3.300;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=50;WE=62612350;WS=62612332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	62612385	rs1349591	G	T	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=76;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=525;SC=TTACTAACATGGTTTTTACTG;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=62612393;WS=62612375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	62631553	rs4588354	G	T	2174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=46;PP=1409;SC=GAGGTTATTGGCAAGGCCCCT;SOR=1.439;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=74;WE=62631561;WS=62631543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	62636826	rs4688302	C	T	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=19;PP=514;SC=GGTCTTTGTCCCATGGCCCAG;SOR=1.819;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=62636834;WS=62636816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	62647928	rs6770658	A	G	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=4;PP=663;SC=TCAATAATCAATGTGCTTCCT;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=62647936;WS=62647918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	62739092	rs478123	A	G	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=15;PP=664;SC=CCACAGCTCTAGGCCCAGGCG;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=62739100;WS=62739082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	63596277	rs6445369	A	C	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=37;PP=1233;SC=GTCTCACAATAATTTTTATTC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=63;WE=63596285;WS=63596267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	63649259	rs7612738	G	T	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=8;PP=424;SC=CTTGGGGGTGGTGAGTGAGTT;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=63649267;WS=63649249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	63649492	rs7634688	A	G	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=19;PP=772;SC=TTTCTTTATAAATCACTCAGT;SOR=0.954;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=36;WE=63649500;WS=63649482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	63817430	rs2291533	G	C	5027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr3	63821914	rs2637982	C	G	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	63825249	rs138554894	TTTGA	T	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	63898360	.	G	GGCAGCAGCA	591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=39.45;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	63967900	rs1053338	A	G	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	63968469	rs142586136	CGTT	C	482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=3;PP=419;SC=AGCACTCACACGTTGTATATT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=63968479;WS=63968459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	63976145	rs2241821	G	A	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=24;PP=634;SC=ATGCCCGTATGTGTGGGACGC;SOR=2.621;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=29;WE=63976153;WS=63976135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	63981676	rs61736567	T	C	3729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.76;ReadPosRankSum=-0.685;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,150:0.96:157
chr3	63982082	rs3774729	G	A	4240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=71;NR=68;PP=2231;SC=AGTGCCAGCCGTGAACAATGT;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=71;TCR=70;TR=139;WE=63982090;WS=63982072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr3	63996262	rs1046025	C	T	160.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=88;SC=TTTTATACAGCTGACCTGGGC;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=63996270;WS=63996252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	64005226	rs2888013	A	G	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=43;PP=1294;SC=TAGGAGTAGAAGTACAACAAG;SOR=1.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=64;WE=64005234;WS=64005216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	64008510	rs3846221	T	C	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=22;PP=636;SC=TATACACACATACTCACATAC;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=64008518;WS=64008500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	64009432	rs3836531	AT	A	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=5;PP=547;SC=GGAGCTTAAAATTTTTTGAAA;SOR=1.552;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=18;WE=64009440;WS=64009422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	64133350	rs27673	A	G	3570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	64145913	rs26942	T	A	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=268;SC=TTAAGGTGAGTCTCTACTAAG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=64145921;WS=64145903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	64184397	rs696017	G	T	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=3;PP=211;SC=CTGGAATGAGGAAGGACCAGT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=64184405;WS=64184392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	64184676	rs695937	G	A	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=26;PP=809;SC=GTGAGAAAGAGGAAAAAACCT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=37;WE=64184693;WS=64184666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	64184685	.	C	CT	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=0.936;SOR=0.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr3	64518994	rs1017537	T	C	5888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr3	64525171	rs11130968	G	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	64525177	rs11130969	C	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	64526610	rs11130970	G	A	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=50;SC=GACTATCCTCGCTGCACTGTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=64526618;WS=64526604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	64526651	rs3841969	CCAATGTG	C	309.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=1;PP=375;SC=TCCATACTAGCCAATGTGCAA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=64526665;WS=64526641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	64526717	rs3796384	G	C	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=7;PP=509;SC=CATGCTTGCTGTCTGAATGGA;SOR=1.942;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=28;WE=64526725;WS=64526707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	64526942	rs3796383	A	C	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=34;PP=1069;SC=AGGATGGGAAAGCATTTCCAG;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=74;WE=64526950;WS=64526932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	64527321	rs1373163	T	C	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=27;PP=1036;SC=TCACAAAAAATAGGGTGTGAT;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=64527329;WS=64527311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	64527336	rs1036919	C	T	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=24;PP=916;SC=TGTGATGATCCGAGATGTGAA;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=64527344;WS=64527326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	64527378	rs1036918	G	A	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=15;PP=850;SC=GACATTGTTCGCACTAAAACT;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=64527386;WS=64527368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	64527465	rs1036917	C	T	3045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=45;PP=1749;SC=TGAACAAAGACATCCTGTTCT;SOR=0.918;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=109;WE=64527473;WS=64527455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	64554254	rs7635677	T	C	5701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=100;PP=2965;SC=GTTTTTTAATTACACGGAGTT;SOR=1.135;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=79;TCR=100;TR=179;WE=64554262;WS=64554244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	64589851	rs9985304	A	G	4998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr3	64599279	rs6806842	T	C	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=324;SC=AGGTGTGTCCTTTTCCCACAG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=64599287;WS=64599269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	64617037	rs13098982	G	C	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.15;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	64617042	rs6768487	G	C	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.35;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	64617070	rs6445420	C	T	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.39;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	64617371	rs13079218	T	C	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=14;PP=1373;SC=TAATCCACCATAACGAGACTG;SOR=2.137;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=53;WE=64617379;WS=64617361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	64617423	rs9882622	G	C	4010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=44;PP=2631;SC=ATTACATGTGGTTAACAATTT;SOR=1.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=97;TCR=44;TR=141;WE=64617431;WS=64617413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	64617690	rs35122501	A	G	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.76;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	64617699	rs7640062	A	G	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.11;SOR=7.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	64619048	rs11717158	C	T	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=13;PP=699;SC=GCCCTGGCAACAGTGCACAGA;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=64619056;WS=64619038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	64633504	rs12715589	A	T	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.96;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	64640206	rs11326156	TA	T	5874.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=56;PP=2764;SC=AAACATGTAGTAAAACGGTTT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=17;TCR=58;TR=72;WE=64640220;WS=64640196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	64640212	rs59517147	G	T	5965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=44.52;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	64641150	rs6768305	C	G	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=7;PP=686;SC=AGTGCCTAAGCTGAGAAACCC;SOR=1.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=64641158;WS=64641140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	65353448	rs7634490	G	A	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	65416648	rs4688566	C	A	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=33;PP=936;SC=TAATTCTTCACGCTTATGCCC;SOR=1.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=65416656;WS=65416638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	65425560	.	TCTG	T	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=1.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=3.044;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.627;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,15:0.10:152
chr3	65456198	rs57455654	G	GA	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-2.225;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr3	65464522	rs11409972	G	GT	504.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=256;SC=AATACTTTGTGTTTTTTTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=13;WE=65464530;WS=65464512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	65464625	rs7636096	G	A	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=46;SC=TGGGTTAGAAGAGATATCTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=65464633;WS=65464615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	65583600	.	TGG	T	909.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.02;QD=33.69;SOR=3.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	66023592	rs28696109	A	G	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=9;PP=1149;SC=GGAGGGAAGCAGGAAATCGAG;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=51;TCR=9;TR=60;WE=66023600;WS=66023582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	66287056	rs146159281	G	A	3605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=56;PP=1931;SC=CAAGGATTTAGTAAGGCTGGT;SOR=0.783;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=70;TCR=56;TR=126;WE=66287064;WS=66287046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	66293851	rs1678092	T	C	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=166;SC=AAGTCATAAATGGCAATAAAT;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=11;WE=66293859;WS=66293841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	66354911	rs813636	G	C	6028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=126;NR=82;PP=2965;SC=GGGGAGGCTTGTGAGCTTCTG;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=126;TCR=82;TR=208;WE=66354919;WS=66354901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr3	66396845	rs332354	G	A	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.34;QD=24.52;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	66406410	rs75462746	A	G	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	66406415	rs783129	A	G	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.12;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	66406605	rs79448160	C	T	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=14;PP=457;SC=AAGTGAAAAACAAAGCCTTCT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=66406613;WS=66406595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	66413111	rs332387	G	T	249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=106;SC=TCTCATTTCTGTGACTTATTT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=66413119;WS=66413101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	66413130	rs332386	T	A	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=193;SC=TTTAGAAAGCTGTTAAGTCTT;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=66413138;WS=66413120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	66419956	rs13874	C	T	3332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=42;PP=1599;SC=ACAAGAATTACGCTGGCAAAG;SOR=0.840;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=65;TCR=42;TR=107;WE=66419964;WS=66419946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	66420862	rs59621621	C	T	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=10;PP=721;SC=ATGAGGGTGACGGGGAGCTGT;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=66420870;WS=66420852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	66428234	rs116677829	C	A	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=49;PP=1656;SC=GTCCTTGAAGCAGAGACAAGC;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=93;WE=66428242;WS=66428224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	66430870	rs61754218	G	A	4152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=61;PP=2488;SC=GTAGCTCTGTGGAGTCCGGGT;SOR=0.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=77;TCR=61;TR=138;WE=66430878;WS=66430860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	66432680	rs332371	A	G	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	66433312	rs900172	A	G	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=0;PP=174;SC=AACACAGTGCAATTCTTTCAA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=66433320;WS=66433302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	66433676	rs900171	A	G	6311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=111;PP=2965;SC=TCAGGGGTCAAGTGGTGCCGC;SOR=0.820;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=217;TCF=106;TCR=111;TR=217;WE=66433684;WS=66433666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr3	66434372	rs4071605	T	TCACACACACACA,TCACACACACACACA	728.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=56.06;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,5,8:0.38,0.62:13
chr3	66434643	rs2306272	T	C	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	66448431	rs80338407	G	A	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=10;PP=673;SC=TCCAAAATATGTACCATGTGA;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=66448439;WS=66448421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	66460819	rs76247263	C	A	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=9;PP=311;SC=CAGTGCACGACAGAACTGTGG;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=66460827;WS=66460809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	66463251	rs4856924	G	A	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=5;PP=912;SC=ACACCACACCGCACAGCAATC;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=66463259;WS=66463241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	66465259	rs4856928	T	C	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=4;PP=203;SC=AAGGAAAGGGTGGCGTTTGGT;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=66465267;WS=66465249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	66550756	rs1403625	G	C	4304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.93;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	66550762	rs1403626	G	C	4279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.12;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	67048762	rs4856833	T	C	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	67058329	.	CT	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=-0.278;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr3	67276059	rs9868022	G	T	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=153;SC=GGGAAATGGAGAGTAACCACT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=67276067;WS=67276049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	67426125	rs1065399	C	T	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=127;SC=TCCCTTTTTACGGAAAAATGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=67426133;WS=67426123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	67459492	rs9824745	G	T	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=41;PP=1210;SC=AAGATATCTTGTATAGGTTTG;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=73;WE=67459500;WS=67459482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	67548852	rs7630024	G	A	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr3	67660049	rs2290175	A	G	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;QD=44.26;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	67660149	rs11286754	GA	G	134.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=16.84;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	68934283	rs17048099	T	C	3231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=39;PP=1923;SC=TCTCAATACTTTGTAAAGATA;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=68;TCR=39;TR=106;WE=68934291;WS=68934273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	68934434	rs4855535	T	G	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=26.68;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	69036524	rs11331317	GA	G	335.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.403;HP=13;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.521;NF=16;NR=4;PP=258;ReadPosRankSum=2.016;SC=AACGTAATGTGAAAAAAAAAA;SOR=3.352;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=20;WE=69036545;WS=69036514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr3	69036678	rs4855540	G	C	6026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	69036683	rs4855541	G	A	6083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	69036782	rs4855350	G	T	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=26;PP=659;SC=TACATTAATAGAACTCTTCTT;SOR=2.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=69036790;WS=69036772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	69053447	rs9860095	A	T	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=35;NR=7;PP=1007;SC=AACATTTTCCATTTGAGAGTC;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=42;WE=69053455;WS=69053437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	69054212	rs11320020	CA	C	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.617;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.557;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr3	69059083	rs56954853	AC	A	198.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=5.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=-0.000;QD=19.85;ReadPosRankSum=1.645;SOR=1.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr3	69091640	rs9985501	C	T	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=11;PP=568;SC=CCCAGAGTTACACACTTTGAA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=69091648;WS=69091630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	69093598	rs2271118	T	C	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=258;SC=AGTATACAGGTTTCCAGAAAA;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=69093606;WS=69093588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	69096614	rs2292199	G	A	4920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=81;PP=2965;SC=TTATTGGTGTGGAAGAAACCA;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=84;TCR=81;TR=165;WE=69096622;WS=69096604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	69104695	rs6549179	T	A	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.08;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	69104752	rs6549180	C	T	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=10;PP=223;SC=AAACAAACTACAGAGTATTAC;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=69104760;WS=69104742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	69137539	rs3853159	T	C	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=197;SC=TGTTCAACAATGGTTCCATCC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=69137547;WS=69137529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	69138788	rs35599045	T	TA	199.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=5.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.767;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr3	69225588	rs11128118	T	G	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=13;PP=556;SC=ACCCCTGAACTAGATTATCTG;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=69225596;WS=69225578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	69225875	rs9872199	T	A	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=14;PP=331;SC=TTAAGGTCATTCAGAGGTACA;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=69225883;WS=69225865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	69225911	rs9868107	A	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=229;SC=TCAGAGGAGAAATTTAAGAGG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=69225919;WS=69225901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	69229976	rs12054011	G	C	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=5;PP=410;SC=CATGATCCGTGAGGCGGTTTT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=69229984;WS=69229966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	69230026	rs9818314	T	C	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=12;PP=870;SC=ATCCAGGTGTTGCGTGTTTTT;SOR=1.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=69230034;WS=69230016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	69230061	rs9831516	G	A	2633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=26;PP=1575;SC=TGAAGAGTACGAGGATGCACG;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=85;WE=69230069;WS=69230051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	69230801	rs9836305	G	A	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=30;PP=819;SC=CGGAGAGCAGGTGGGACTGGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=69230809;WS=69230791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	69242770	rs11310698	CA	C	2181.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.323;NF=28;NR=36;PP=980;ReadPosRankSum=1.661;SC=GTAGGGGACTCAAAAAAAAAA;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=34;TCR=43;TR=64;WE=69242778;WS=69242760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,116:0.92:126
chr3	69244162	rs9853587	G	A	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	69245454	rs9310141	T	C	5599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=97;NR=94;PP=2965;SC=TGACTTTTCGTCTCCAGTGTC;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=97;TCR=94;TR=191;WE=69245462;WS=69245444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr3	69245949	rs9860235	G	C	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=576;SC=AAATCTCAGAGAGCAAAAATA;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=69245957;WS=69245947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	69246152	rs13059488	A	G	6473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=117;NR=103;PP=2965;SC=TGCACAAACAAGCCACTTTGC;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=118;TCR=104;TR=220;WE=69246160;WS=69246142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr3	69246274	rs13059687	A	G	3208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=62;PP=2002;SC=ATTGTAACAAAGCATGTTCCT;SOR=1.397;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=42;TCR=62;TR=104;WE=69246282;WS=69246264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	69249770	rs9868056	T	G	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=4;PP=637;SC=CCTCCCTAATTCTACTCCTTC;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=69249778;WS=69249760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	69249884	rs71115660	GAAGT	G	5613.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=40;PP=2970;SC=TACTTCCTAGGAAGTAAGTTG;SOR=1.075;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=63;WE=69249895;WS=69249874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	69265291	rs7643175	T	C	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=24;NR=9;PP=630;SC=GGCGACAAAGTGAGACTCCAT;SOR=1.885;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=33;WE=69265299;WS=69265281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	69267327	rs73097726	G	A	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=127;SC=ACATTTTAACGTAGCAAGTAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=69267335;WS=69267317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	69271203	rs73097740	G	A	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.82;SOR=1.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	69271206	rs6549189	T	C	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.48;SOR=1.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	69273656	rs9848940	G	T	3482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=36;PP=2146;SC=GATTGGCAATGTGATATTTTT;SOR=1.647;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=76;TCR=37;TR=112;WE=69273664;WS=69273646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	69299233	rs4361282	C	G	4599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=72;PP=2575;SC=TGGTTTCGCTCTCTACTTCGA;SOR=0.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=80;TCR=72;TR=152;WE=69299241;WS=69299223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	69359704	.	A	AAC	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=5.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.707;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.572;SOR=2.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr3	69359726	.	CACACACAGAGAGAGAGAGAG	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.155;NF=0;NR=17;PP=291;ReadPosRankSum=0.563;SC=CACACACACACACACACAGAG;SOR=0.536;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=17;WE=69359754;WS=69359716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,4:0.11:37
chr3	69359734	rs13324422	G	C	629.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=6.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.368;QD=29.99;ReadPosRankSum=1.800;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr3	69359736	rs62254067	G	C	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=6.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.368;QD=29.99;ReadPosRankSum=1.813;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr3	69359738	rs62254068	G	C	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=6.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.368;QD=29.99;ReadPosRankSum=1.690;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr3	69359740	rs62254069	G	C	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=6.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.368;QD=29.94;ReadPosRankSum=1.599;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr3	69359742	.	G	C	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=6.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.368;QD=29.94;ReadPosRankSum=1.567;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr3	69359744	.	G	C	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.755;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=6.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.368;QD=29.94;ReadPosRankSum=1.633;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr3	69359746	rs76180481	G	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=6.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.368;QD=19.56;ReadPosRankSum=1.633;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr3	69362722	rs2314992	C	A	2767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	69988437	.	G	GT	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-1.982;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr3	71007272	.	CT	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.679;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr3	71015021	rs7638391	G	T	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	71025935	rs13068094	C	T	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=7;PP=548;SC=ACCACAATGGCACTATTTTCC;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=71025943;WS=71025925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	71247257	rs939845	A	G	8928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=178;NR=132;PP=2965;SC=ACAGGTGAACACAAAACACTG;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=310;TCF=178;TCR=132;TR=310;WE=71247265;WS=71247247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr3	71247304	rs2037474	A	G	11457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr3	71247572	rs56850311	A	T	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.99;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	71739332	.	G	GA	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=-1.423;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,15:0.21:72
chr3	71748643	rs1447905	T	C	3132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=36;PP=1986;SC=TGGGCCATGATTGGTATCACA;SOR=1.342;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=108;TCF=69;TCR=39;TR=105;WE=71748651;WS=71748633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	71748911	rs62246325	A	T	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=37;PP=1058;SC=TTGATTTATTATGCTGCTAGA;SOR=2.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=50;WE=71748919;WS=71748901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	71759717	rs12487242	C	G	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=318;SC=GAATCTTTCACGTCTTCCTAA;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=71759725;WS=71759707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	71774230	rs113406997	A	G	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.63;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	72495593	rs11460842	T	TA	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.001;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr3	72495777	rs13066407	C	G	3750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=79;NR=54;PP=2345;SC=TTTGGCCTTCCGAGGAGTGGA;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=79;TCR=54;TR=133;WE=72495785;WS=72495767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
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chr3	72891736	rs2036446	A	T	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	72895449	.	CT	C	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.033;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr3	73004157	rs1532190	T	G	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=13;PP=805;SC=GTAGCATTATTTACCTATCAG;SOR=1.238;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=73004165;WS=73004147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	73016974	rs3821379	A	G	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=18;PP=546;SC=CCCAAAGCATAGAGTTATACC;SOR=1.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=73016982;WS=73016964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	73024350	rs1052278	C	A	2620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=47;PP=1504;SC=TGTCTTGTGACCAAGGAAATA;SOR=0.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=45;TCR=48;TR=92;WE=73024358;WS=73024340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	73046508	rs9834246	G	C	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.25;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	73046544	rs9310254	T	C	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.46;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	73046561	rs9873229	C	T	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.47;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	73096591	rs71277513	A	ATAAT	1030.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=587;SC=TGTCTGGTTGATGATTGATTA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=73096599;WS=73096581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	73110076	rs726029	G	A	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	73111368	rs2231924	T	C	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=24;PP=1496;SC=GAACCAATTTTCCACAATGTC;SOR=1.264;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=74;WE=73111376;WS=73111358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	73111809	rs2231926	A	G	3639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=56;PP=2113;SC=TTTGATAGGCATTGCGGCTGG;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=61;TCR=56;TR=117;WE=73111817;WS=73111799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	73111973	rs2231928	A	G	3294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=57;PP=1798;SC=GCTCAAGACCATGGGTTGGAG;SOR=0.998;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=52;TCR=58;TR=109;WE=73111981;WS=73111963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	73111998	rs1060584	C	T	3563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=59;PP=2065;SC=AATGTTCACACTTCTATTTGG;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=58;TCR=59;TR=117;WE=73112006;WS=73111988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	73112919	rs3841614	T	TA	1526.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=16;PP=944;SC=AGATTTTTAATACCTACAGAG;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=22;WE=73112927;WS=73112909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	73112974	rs11708712	A	T	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=16;PP=570;SC=TGTACTTTTTAAAAATTGGGC;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=73112982;WS=73112964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	73433369	rs3205537	G	A	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=42;NR=32;PP=1165;SC=GATGCCCTCCGCCGCTCTCCT;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=42;TCR=32;TR=74;WE=73433377;WS=73433359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	73433494	rs13091636	T	C	2550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=36;PP=1276;SC=CGGTGATATCTGAGAGCTCGT;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=49;TCR=36;TR=85;WE=73433502;WS=73433484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	73437112	rs6549532	A	G	3325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.33;QD=25.98;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	73437225	rs3830251	T	TA	150.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.524;NF=3;NR=4;PP=385;ReadPosRankSum=-1.645;SC=ATTAATCTTTTAAAAAAAAAG;SOR=0.569;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=7;WE=73437242;WS=73437215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr3	73440108	rs35427155	G	GA	1034.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.431;HP=10;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=399;ReadPosRankSum=0.640;SC=TGGTGAACATGAAAAAAAAAA;SOR=1.149;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=26;WE=73440116;WS=73440098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,56:0.85:66
chr3	73453201	rs2291464	C	T	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=3;PP=400;SC=TGGAGGAAAACTATAGGGTGC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=73453209;WS=73453191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	73453325	rs2291463	C	T	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	73673578	rs6763344	G	C	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=21;NR=5;PP=420;SC=GCGCGTCGCAGGCGTCGCGCA;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=73673586;WS=73673568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	74315580	rs615824	C	G	4580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=1.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	74344134	rs1352475	A	G	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=1;PP=410;SC=ATGGAACATCAGATGAAACAA;SOR=4.174;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=22;WE=74344142;WS=74344124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	74474166	rs7619184	T	C	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=11;PP=312;SC=AGACCTTCCTTTCTTTTAGAA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=74474174;WS=74474156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	75386297	rs6769147	G	A	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=16;PP=619;SC=GGATACAAAGGCTGTGCTGAG;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=75386305;WS=75386287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	75386380	rs4677501	T	G	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.72;QD=26.45;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	75679893	rs200917196	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.74;MQRankSum=-2.479;QD=1.58;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,15:0.16:92
chr3	75679937	rs141031386	G	A	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=3.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.34;MQRankSum=-2.753;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.335;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,48:0.21:224
chr3	75679944	rs201399352	C	T	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.84;MQRankSum=1.485;QD=6.50;ReadPosRankSum=-1.493;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,90:0.34:262
chr3	75679958	rs200114452	C	T	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=3.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.02;MQRankSum=-4.389;QD=5.02;ReadPosRankSum=2.198;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,58:0.18:314
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chr3	75679973	rs183720508	A	G	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.27;MQRankSum=-6.480;QD=4.21;ReadPosRankSum=1.302;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:326,76:0.19:402
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chr3	75786684	rs201345045	G	T	4553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.67;QD=42.96;SOR=1.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	75786737	rs78297221	A	T	6925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=59;PP=2632;SC=GTTTTTCCACATTCATTACAT;SOR=0.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=88;TCR=60;TR=147;WE=75786768;WS=75786727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	75786748	rs112332186	C	T	7704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=95;NR=68;PP=2922;SC=TTCATTACATCCATACGGTTT;SOR=0.857;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=95;TCR=68;TR=163;WE=75786768;WS=75786727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	75786760	rs145576551	TC	T	7839.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=81;PP=2969;SC=ATACGGTTTTTCCCCGTGTGA;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=27;TCR=81;TR=108;WE=75786768;WS=75786727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	75786833	rs139448820	G	A	6423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=70;PP=2693;SC=CATTACATACGTAAGGTTTCT;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=78;TCR=70;TR=148;WE=75786853;WS=75786823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	75786845	rs62250105	T	C	6289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=63;PP=2878;SC=AAGGTTTCTCTCCTGTGTGAG;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=80;TCR=63;TR=141;WE=75786853;WS=75786823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
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chr3	75786894	rs144168413	GT	G	5474.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=61;PP=2969;SC=CTGACGAAAGGTTTTTCCACA;SOR=0.902;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=95;TCF=31;TCR=64;TR=87;WE=75786902;WS=75786878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	75787049	rs201485350	C	A	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.63;QD=39.85;SOR=2.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	75787057	rs145650973	G	A	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.21;QD=42.56;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	75787620	rs145606249	T	C	70.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.01;QD=17.51;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	75787702	rs77377261	C	G	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.01;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	75787728	rs75074846	C	T	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.01;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	75788040	rs144355457	G	A	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.12;QD=24.54;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	75788076	rs146581110	A	C	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.50;QD=45.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	75788085	rs201605431	A	G	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.26;QD=41.10;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	75788105	.	C	T	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.38;QD=44.06;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	75788109	.	G	A	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.38;QD=44.06;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	75788114	rs375615433	C	T	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.38;QD=44.06;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	75788130	.	C	T	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.06;QD=44.09;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	75788137	rs199883677	C	T	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.06;QD=44.09;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	75788152	rs148372120	T	C	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.06;QD=23.15;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	75788192	.	T	C	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.23;QD=42.65;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	75788195	.	A	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.23;QD=42.65;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	75788200	.	G	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.07;QD=42.43;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	75788211	rs141743055	C	T	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.45;QD=25.85;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	75788226	rs142645929	CA	GG	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.06;QD=39.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	75790427	rs199946555	C	T	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	75790448	rs141704469	T	C	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	75790783	.	G	GGTCTCCAGCATCATGTCCCTGTACAGGTTTCTTCTGAGCATCATCCAGGTCCTGCTACTCCTCCCAGGTGAAGTGCATAGCTACCTCCTCAAAGGATGCCAACTCCTGTAATGATAGCAGGCTGTTATAA	5065.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.56;QD=120.61;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	75790798	.	G	A	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.16;QD=39.46;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	75790824	rs146969485	C	T	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.91;QD=24.25;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	75790864	.	T	A	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	75790867	.	C	A	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	75986663	rs12171318	C	A	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.952;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.204;NF=36;NR=14;PP=882;ReadPosRankSum=-0.378;SC=AAGACATGAACGTGTCACTAG;SOR=0.344;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=50;WE=75986671;WS=75986653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr3	75986686	rs62269817	A	G	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.345;NF=59;NR=29;PP=1216;ReadPosRankSum=1.306;SC=GGATGTGGACATGGGCTCCGG;SOR=0.641;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=110;TCF=75;TCR=35;TR=88;WE=75986694;WS=75986676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,49:0.68:72
chr3	75986717	rs78834776	G	A	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQRankSum=-3.420;QD=5.47;ReadPosRankSum=2.202;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,37:0.34:109
chr3	75986719	rs62269818	G	C	2404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQRankSum=-5.792;QD=21.86;ReadPosRankSum=1.778;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,74:0.67:110
chr3	75986813	.	T	A	1534	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MMLQ=26;MQ=48.65;NF=44;NR=66;PP=1534;QD=14.2615564777;SC=TTTATGATGATATTATGTGAG;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=198;TCF=93;TCR=105;TR=110;WE=75986821;WS=75986803;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:88,110:0.56:198
chr3	75986833	.	C	T	1035	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=23;MQ=49.4;NF=15;NR=49;PP=1035;QD=16.715175196;SC=GTCTTTGGTTCGACGTTTAAG;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=154;TCF=62;TCR=92;TR=64;WE=75986841;WS=75986823;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:90,64:0.42:154
chr3	75986874	rs7610755	G	C	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5373;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=35;PP=959;SC=CCAGGTTTTTGTTACACGGTA;SOR=1.117;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=63;WE=75986882;WS=75986864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	76484100	rs192856135	A	G	5345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.88;QD=26.60;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr3	78663949	rs4443127	G	A	3810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=42.82;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	78663956	rs1027832	G	A	3673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;QD=44.26;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	78664093	rs1027833	C	T	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=290;SC=CAAACTCTTCCAGCAAATAAC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=78664101;WS=78664083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	78666765	rs9839790	T	C	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=8;PP=613;SC=CCCAGCTTGGTGAAAAGTGTT;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=78666773;WS=78666755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	78676422	rs7614084	G	A	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=11;PP=718;SC=TTCCACTGAGGAGTAGAAATT;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=78676430;WS=78676412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	78676467	rs7636043	A	G	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	78680578	rs6548592	T	C	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=14;PP=373;SC=GAGATAAACATGCTTTTTCAT;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=78680586;WS=78680568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	78688958	rs35926083	G	A	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=23;PP=777;SC=AGCAGCTGATGGAGCAGTCAT;SOR=1.077;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=78688966;WS=78688948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	78700779	rs3925684	C	A	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=5;PP=673;SC=TATATTAAAACAAGTTTTAGA;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=78700787;WS=78700769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	78709068	rs76880412	CTTTT	C	389.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=32.48;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	78711350	rs9864412	T	C	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	78717508	rs2255164	G	A	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=34;PP=1382;SC=ACAGATAAGCGGATAAATGCA;SOR=1.123;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=53;WE=78717516;WS=78717498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	78737962	rs967454	G	A	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=48;PP=1290;SC=TTAAAAGCACGTTGTTATTGT;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=79;WE=78737970;WS=78737952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	78796078	rs2304503	C	A	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=30;PP=820;SC=AATCATTATACCCAAAAGTGA;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=78796086;WS=78796068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	81584268	.	CTT	C,CT	763.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.764;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.578;QD=12.94;ReadPosRankSum=3.260;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:10,23,26:0.39,0.44:59
chr3	81627175	rs2228389	T	C	7297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=25.70;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr3	81627277	rs11376242	G	GA	1784.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5847;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.489;NF=2;NR=45;PP=717;ReadPosRankSum=1.733;SC=GGAGATAAATGAAAAAAAAAA;SOR=0.660;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=67;TCF=2;TCR=65;TR=47;WE=81627285;WS=81627267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,100:0.84:119
chr3	81643167	rs2172397	T	C	5205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=88;PP=2954;SC=AATCTTAAAATTTCCCAGCTA;SOR=0.958;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=172;TCF=84;TCR=88;TR=172;WE=81643175;WS=81643157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr3	81698119	rs17019144	C	T	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	81720076	rs13320194	G	A	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	81792592	rs3772889	T	C	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=14;PP=1225;SC=TGAACACACATACACCCCCAC;SOR=2.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=63;WE=81792600;WS=81792582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	81810702	rs11391701	A	AG	1878.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=21;PP=976;SC=GAGGCCCGAGAGGTCGAGTGG;SOR=1.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=24;WE=81810710;WS=81810692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	81810725	rs2290081	C	T	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=18;PP=560;SC=CCTGAGCGGGCGCTGGAGCTC;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=81810733;WS=81810715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	86010877	rs56162756	G	T	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=482;SC=AATTTTAAGTGCAGTGAACAA;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=86010885;WS=86010867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	87100447	rs9831869	G	A	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=59;PP=1688;SC=TCATAATATCGTGCTTTTTCT;SOR=1.673;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=24;TCR=59;TR=82;WE=87100455;WS=87100437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	87100951	rs34075162	AG	A	1412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=749;SC=CTGCATCCATAGGTGCTTCAA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=87100959;WS=87100941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr3	89498619	rs1028011	A	G	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=239;SC=CTCCTGGTTTATAACACTGAA;SOR=3.611;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=11;WE=89498627;WS=89498609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	89521509	rs73139110	C	A	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=7;PP=693;SC=GAAAGGAACACCATATGAAGT;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=89521517;WS=89521499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	89521602	rs112297761	T	TC	3973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.207;NF=25;NR=29;PP=1933;ReadPosRankSum=0.827;SC=TTTGGTGTTTTTTTTCTTGCA;SOR=0.330;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=54;WE=89521610;WS=89521592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr3	89521693	rs35124509	T	C	2607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=48;PP=1305;SC=TAATGGTGTCTGGACAGCACA;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=86;WE=89521701;WS=89521683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	89521725	rs1054750	T	C	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=47;PP=1240;SC=TCTTCACGGGTGTGGAGTACA;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=79;WE=89521733;WS=89521715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	89521820	.	TTG	T	1002.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=518;SC=TTGAACTTTCTTGGCTTGACA;SOR=2.124;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=11;WE=89521849;WS=89521810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	89521824	rs371736339	CT	C	1001.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.53;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	89521825	.	TTGACATGAAA	T	2940	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=1;NR=10;PP=2940;QD=20;SC=CTTTCTTGGCTTGACATGAAA;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=89521849;WS=89521810;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	89521828	rs376317195	AC	A	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.39;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr3	89521838	rs200459033	TTTG	T	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.04;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	89528461	rs12631313	A	T	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	89528477	rs12636710	G	A	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	93769712	rs11554412	C	G	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=2.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.313;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,54:0.33:166
chr3	97194422	rs7624823	T	G	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=19;PP=515;SC=AGGGATCCCATAAGAATCCAC;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=97194430;WS=97194412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr3	97365074	rs301949	A	G	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	97367230	rs3214668	C	CA	5450.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=47;PP=2359;SC=CTACACCCAACTGGAGATAAT;SOR=0.898;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=52;WE=97367238;WS=97367220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	97466432	rs79617067	T	G	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=366;ReadPosRankSum=0.159;SC=TGATACTAGGTTTATTACTGT;SOR=0.566;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=26;WE=97466440;WS=97466422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr3	97467361	rs138837886	ATCTC	A	905.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.164;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.161;NF=18;NR=7;PP=497;ReadPosRankSum=1.120;SC=CATATTCTGTATCTCTCTCTC;SOR=1.427;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=25;WE=97467372;WS=97467351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,34:0.32:107
chr3	97467607	rs199512839	A	G	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.399;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,27:0.25:108
chr3	97499654	rs10935082	T	A	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=169;SC=ACATTTCCTATTTTAAAAAAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=97499662;WS=97499644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	97541018	rs974572	C	T	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	97605460	.	A	AT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.31;ReadPosRankSum=0.090;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,22:0.16:134
chr3	97605677	rs831902	A	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.647;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=507;ReadPosRankSum=-0.881;SC=AATAGATGACATACATTTTTC;SOR=2.376;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=27;WE=97605685;WS=97605667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr3	97611916	rs1506441	A	C	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=17;PP=535;SC=GCAAAGCAAAAATGATTTGTT;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=97611924;WS=97611906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	97619250	rs5851085	C	CAACTA	983.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=7;PP=711;SC=TTCAAAAAGACAGATTATGTG;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=97619258;WS=97619240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	97651884	rs4857298	A	C	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=48;PP=2287;SC=AATTCCCCAGACACAAGGATA;SOR=1.047;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=81;TCR=48;TR=129;WE=97651892;WS=97651874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	97660106	rs4857302	A	C	2566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=34;PP=1535;SC=TAGTGGAAAGAATACTCAGAT;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=83;WE=97660114;WS=97660096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	97660198	rs832089	A	G	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=27;PP=763;SC=TCTGTTTTTTATTTTGAAAAC;SOR=1.157;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=97660206;WS=97660188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	97664725	rs2172257	C	T	11014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=173;NR=193;PP=2965;SC=TTTTCTTGAGCTTCATCCTTT;SOR=0.891;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=366;TCF=173;TCR=193;TR=366;WE=97664733;WS=97664715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr3	97673268	rs832079	A	C	3524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=50;PP=1916;SC=TCACGTGAGTAGAGTGGGCCA;SOR=0.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=73;TCR=50;TR=123;WE=97673276;WS=97673258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	97680342	.	G	T	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=2.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.930;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,93:0.38:246
chr3	97726747	rs832032	T	A	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.700;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=36;PP=753;ReadPosRankSum=0.439;SC=CATTGTAGGCTTCTAAAACAT;SOR=0.789;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=129;TCF=44;TCR=85;TR=54;WE=97726755;WS=97726737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,54:0.41:131
chr3	97727727	rs832030	G	C	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=583;ReadPosRankSum=0.057;SC=TTAAGAGCATGCTTATTTACA;SOR=0.458;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=41;WE=97727735;WS=97727717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,40:0.43:93
chr3	97727753	rs832029	G	A	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=716;ReadPosRankSum=0.792;SC=GTATGTGATGGTGTGTTCAAA;SOR=0.595;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=129;TCF=86;TCR=43;TR=53;WE=97727761;WS=97727743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,53:0.38:140
chr3	97753931	rs832070	T	C	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=299;ReadPosRankSum=-0.322;SC=AAACAGCATGTCAGGGGAAAT;SOR=0.678;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=21;WE=97753939;WS=97753921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr3	97753954	rs832069	A	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.979;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=138;ReadPosRankSum=-1.607;SC=ATTAGGGGAAAAAGAAAGACA;SOR=0.324;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=10;WE=97753962;WS=97753944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr3	97806944	rs80220955	T	C	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.064;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=36;PP=810;ReadPosRankSum=-0.144;SC=TATAAGGAAGTAAACAGTTCC;SOR=1.064;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=153;TCF=56;TCR=97;TR=54;WE=97806952;WS=97806934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,59:0.34:175
chr3	97806999	rs6439602	T	C	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.874;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=525;ReadPosRankSum=2.026;SC=TTTGCATAAATAAGTCAACAA;SOR=0.193;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=30;WE=97807007;WS=97806989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr3	97983257	rs2132894	C	G	3957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.219;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=81;PP=2426;ReadPosRankSum=-1.696;SC=AAATACCGCTCTTCCTGGCAT;SOR=0.701;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=384;TCF=197;TCR=187;TR=181;WE=97983265;WS=97983247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,193:0.47:412
chr3	97983391	rs2173236	C	T	4241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=88;PP=2913;ReadPosRankSum=-0.505;SC=GTGGATGCTTCGTTATCATCC;SOR=0.726;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=374;TCF=192;TCR=182;TR=179;WE=97983399;WS=97983381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,199:0.49:409
chr3	97983487	rs74203917	TTGTAACCAC	T	8471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.177;NF=29;NR=88;PP=2976;ReadPosRankSum=0.340;SC=TTTTTTTCCCTTGTAACCACT;SOR=0.690;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=325;TCF=69;TCR=256;TR=117;WE=97983503;WS=97983477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,227:0.42:535
chr3	97983561	rs9289564	G	C	4592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FS=1.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-2.835;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,229:0.47:489
chr3	97983711	rs9853887	T	C	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=48;PP=880;ReadPosRankSum=-1.143;SC=ACACTTTTACTGTGACATTAT;SOR=0.572;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=184;TCF=70;TCR=114;TR=82;WE=97983719;WS=97983701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,94:0.45:207
chr3	97983942	rs9853906	A	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=296;ReadPosRankSum=-0.906;SC=TGGCCCCCTCACCTTCAAATA;SOR=0.393;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=20;WE=97983950;WS=97983932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr3	97983981	rs9871143	G	A	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.098;NF=25;NR=8;PP=551;ReadPosRankSum=0.239;SC=GCAAGCAGATGACCAAGATAT;SOR=0.910;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=33;WE=97983989;WS=97983971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr3	98073313	rs9822460	A	G	3835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=70;PP=2511;ReadPosRankSum=-0.799;SC=TTCAATACCAATTCAAATCTT;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=265;TCF=147;TCR=118;TR=157;WE=98073321;WS=98073303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,168:0.58:290
chr3	98073591	rs11288615	TA	T	360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.500;NF=4;NR=19;PP=427;ReadPosRankSum=0.186;SC=TAAATGTTCTTAAAAAAATTA;SOR=0.556;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=68;TCF=5;TCR=63;TR=23;WE=98073599;WS=98073581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,28:0.31:89
chr3	98109489	rs13069360	C	T	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=15;PP=778;ReadPosRankSum=-1.569;SC=CCTCATTCATCTCTCAACAGA;SOR=0.575;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=82;TCF=62;TCR=20;TR=53;WE=98109497;WS=98109479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,62:0.63:98
chr3	98109640	rs13068323	G	A	3665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=68;PP=1954;ReadPosRankSum=-1.721;SC=GGGAACATTGGTTTGGTGGCA;SOR=0.630;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=294;TCF=165;TCR=129;TR=153;WE=98109648;WS=98109630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,174:0.53:326
chr3	98110406	rs144759043	G	GA	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=1.170;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr3	98225441	rs1132750	A	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=134;ReadPosRankSum=-0.018;SC=GGCTGAAGTCATCTGAAGGCT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=98225449;WS=98225440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr3	98225660	rs3762660	T	G	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=846;ReadPosRankSum=0.476;SC=CACATGATCTTTAGGACCTCA;SOR=0.652;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=146;TCF=73;TCR=73;TR=66;WE=98225668;WS=98225650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,70:0.47:150
chr3	98240317	rs142862428	T	TA	1190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.663;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.813;NF=6;NR=22;PP=1061;ReadPosRankSum=0.895;SC=GAAGATAAGTTAGAGTTTACG;SOR=0.484;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=73;TCF=9;TCR=64;TR=28;WE=98240325;WS=98240307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,43:0.38:112
chr3	98252027	rs1529047	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=-1.696;SC=CAACAAAGAAGGAAGTGTTAA;SOR=0.473;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=14;WE=98252035;WS=98252017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr3	98281349	rs9850648	G	T	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=548;ReadPosRankSum=1.147;SC=TCTAATAGCTGGTATCAAAAT;SOR=0.591;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=51;TCR=55;TR=49;WE=98281357;WS=98281339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,57:0.46:125
chr3	98304467	rs1729995	T	C	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=434;ReadPosRankSum=-1.712;SC=TGCCCCGCCGTTCTCCACGAT;SOR=0.723;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=39;WE=98304475;WS=98304457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,48:0.39:122
chr3	98307630	rs2228056	C	T	4605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=87;PP=2519;ReadPosRankSum=-0.704;SC=TGAAAATGGACAGCGTCTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=332;TCF=187;TCR=145;TR=198;WE=98307638;WS=98307620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,220:0.60:366
chr3	98475083	rs893832	A	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.22;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr3	98487206	rs3213958	A	G	3238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=51;PP=2118;ReadPosRankSum=-1.618;SC=CTTATATTTGAGCCATTGTGA;SOR=0.605;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=250;TCF=161;TCR=89;TR=141;WE=98487214;WS=98487196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,150:0.57:264
chr3	98490141	rs844160	A	T	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=28;PP=868;SC=ACCCTTATTAATTTGTGGCTT;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=98490149;WS=98490131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	98501080	rs3772100	C	T	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=35;PP=942;ReadPosRankSum=-0.374;SC=ATGAGGCTTCCGCCTGCTGGA;SOR=0.742;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=153;TCF=83;TCR=70;TR=73;WE=98501088;WS=98501070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,82:0.47:174
chr3	98503683	rs704585	C	T	3365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=42;PP=2020;SC=TTTCTACTTGCGCAACAAGTG;SOR=1.234;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=75;TCR=42;TR=117;WE=98503691;WS=98503673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	98507134	rs73136057	C	A	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=34;PP=849;ReadPosRankSum=0.417;SC=AAACAGACAGCCACACTGTTC;SOR=0.684;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=58;WE=98507142;WS=98507124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,64:0.53:121
chr3	98518160	rs62821060	T	TA,TAA	3407.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=1.471;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.27;ReadPosRankSum=-1.031;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,65,80:0.42,0.52:153
chr3	98519481	rs1822017	G	A	3069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=3.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.95;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,143:0.65:220
chr3	98530352	rs200283275	A	G	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.93;ReadPosRankSum=-0.077;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,105:0.58:180
chr3	98540982	rs852701	A	G	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=506;ReadPosRankSum=-0.350;SC=TAACAGTGATACTGCTGAGAT;SOR=0.749;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=99;TCF=68;TCR=31;TR=32;WE=98540990;WS=98540972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,37:0.35:107
chr3	98541012	rs866873	G	A	4090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=87;NR=50;PP=2529;SC=TCTTAGCCCAGTGCTACCCAG;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=87;TCR=50;TR=137;WE=98541020;WS=98541002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	98541116	rs828616	G	A	3912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.22;ReadPosRankSum=3.067;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,207:0.43:476
chr3	98541422	rs828617	G	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.411;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=343;ReadPosRankSum=0.848;SC=CAAAAGATAAGGATATATGAT;SOR=1.814;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=21;WE=98541430;WS=98541412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr3	98541633	rs828618	G	A	2565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=51;PP=1344;ReadPosRankSum=-0.734;SC=GTATTTTACAGGGAAAAAAGC;SOR=0.650;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=205;TCF=98;TCR=107;TR=104;WE=98541641;WS=98541623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,121:0.53:229
chr3	98542194	rs6440159	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=131;ReadPosRankSum=1.691;SC=AAATTTAAGAGCTAAATGATA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=98542202;WS=98542189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr3	98542485	rs142035943	G	GAAGAA	1695.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=25;PP=1576;SC=ATTCTGCTATGAAGTCATGCT;SOR=1.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=26;WE=98542493;WS=98542475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	98544123	rs11341324	CA	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=-1.103;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr3	98544304	rs73138004	T	C	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.685;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,38:0.49:77
chr3	98544323	rs115286465	T	A	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=391;ReadPosRankSum=1.112;SC=AAAATCTCAATGGCACTGTCA;SOR=0.870;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=29;WE=98544331;WS=98544313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr3	98544353	rs828622	G	A	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=26;PP=784;SC=TAAAAACTTTGCCAACTTTTG;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=98544361;WS=98544333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	98619997	rs17852693	G	C	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=-1.051;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,71:0.55:129
chr3	99643176	rs793440	C	T	10734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=188;NR=184;PP=2965;SC=GGTTTGCCTACGGGATTTTTC;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=373;TCF=189;TCR=184;TR=372;WE=99643184;WS=99643166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr3	99860401	rs7629487	G	A	7938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr3	100015146	rs3772698	G	T	4332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=50;PP=1511;SC=GACCAACTATGTTGTATTTCA;SOR=1.129;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=94;WE=100015154;WS=100015136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	100015166	rs3772697	C	T	3344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=39;PP=1092;SC=ATATTTTGTACATTGTTTTAT;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=68;WE=100015174;WS=100015156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	100015249	rs5851199	AT	A	256.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.48;ReadPosRankSum=2.199;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr3	100016726	rs3832199	A	AT	809.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=573;ReadPosRankSum=1.156;SC=AGAAAGTTTGATTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=28;WE=100016734;WS=100016716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr3	100029173	rs4928168	A	G	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=5;PP=318;SC=AGTCTATAACATGTAGATAAC;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=100029181;WS=100029163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	100030628	rs3217495	A	AT	4240.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=48;PP=1560;ReadPosRankSum=-0.801;SC=AAGCTGTTGCATTTTTTTTAT;SOR=0.559;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=115;TCF=59;TCR=56;TR=96;WE=100030636;WS=100030618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,185:0.99:186
chr3	100034849	rs4928169	A	T	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=3;PP=752;SC=GTAAGGAATAATTACATTTTG;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=100034857;WS=100034839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	100053684	rs3830303	C	CG	146.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=2;PP=75;SC=GTTCGGGCCGCGGGGGAGGCT;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=3;WE=100053692;WS=100053674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	100057846	rs1214381	C	T	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=22;PP=944;ReadPosRankSum=0.823;SC=GGGGACATAACTGCCTTCCAT;SOR=0.878;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=116;TCF=77;TCR=39;TR=70;WE=100057854;WS=100057836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,75:0.60:125
chr3	100058102	rs166747	G	A	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.348;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=645;ReadPosRankSum=0.569;SC=CAAGCAGAACGGTGTTTGCTA;SOR=1.151;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=35;WE=100058110;WS=100058092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr3	100060135	rs1228184	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.839;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=167;ReadPosRankSum=1.016;SC=TGACTGATTGGCACAGGTGGT;SOR=1.061;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=12;WE=100060143;WS=100060125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr3	100064829	rs2289505	C	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=232;ReadPosRankSum=1.036;SC=CTCATCTTTACTCCGCTGATG;SOR=0.874;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=12;WE=100064837;WS=100064819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr3	100064902	rs2289506	C	T	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=20;PP=687;ReadPosRankSum=-0.756;SC=TCTCTGTCCTCAGGTCCTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=83;TCR=41;TR=62;WE=100064910;WS=100064892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,70:0.50:140
chr3	100067468	rs277649	C	T	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=10;PP=676;SC=CTTACGTGTTCGTATTAAAGG;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=100067476;WS=100067458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	100084432	rs277644	G	A	2491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=2.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.03;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,122:0.54:226
chr3	100086861	rs277640	T	C	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=9;PP=1073;SC=AGCTACCATATATTTCCTAAC;SOR=3.126;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=51;WE=100086869;WS=100086851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	100092526	rs11384494	A	AG	4886.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;QD=44.42;SOR=1.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	100092527	.	G	GGTGC	2462	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.45;NF=3;NR=43;PP=2462;QD=54.4565217391;SC=AATTCAACTAGTCCAGTTAAG;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=46;WE=100092536;WS=100092516;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,46:0.87:53
chr3	100092528	.	T	A	1192	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=20;NR=41;PP=1192;QD=20.1110034844;SC=ATTCAACTAGTCCAGTTAAGT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=61;WE=100092536;WS=100092516;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,61:0.92:66
chr3	100092528	rs3832198	T	TGCA	4906.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.86;SOR=1.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	100119548	rs7645509	T	C	3029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.93;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,143:0.56:254
chr3	100119819	rs6786662	C	T	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=45;PP=1194;ReadPosRankSum=0.506;SC=CCACCGCCTCCCTGTCTGTCG;SOR=0.569;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=237;TCF=116;TCR=121;TR=94;WE=100119827;WS=100119809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,101:0.39:257
chr3	100170553	rs7641299	G	A	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.892;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,72:0.40:178
chr3	100354683	rs1520652	G	A	2568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=57;PP=1761;SC=AAAACTCACAGAGCTTTAAAA;SOR=1.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=29;TCR=57;TR=86;WE=100354706;WS=100354673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	100354698	rs1718281	T	A	736.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=8.054;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.02;ReadPosRankSum=1.242;SOR=1.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,41:0.89:46
chr3	100365332	rs74779184	G	C	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=1;PP=581;ReadPosRankSum=-0.399;SC=TTTCTCAGATGACTGTCTTAT;SOR=1.347;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=26;WE=100365340;WS=100365322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr3	100368425	rs7622958	A	G	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=453;SC=TACAAAAGGAAGATATATCTG;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=18;WE=100368433;WS=100368415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	100368475	rs41272975	G	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=460;ReadPosRankSum=-1.075;SC=ACTCTGTGATGTTGACTTTCA;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=29;WE=100368483;WS=100368465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr3	100368692	rs1144118	A	G	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=75;PP=2141;SC=AGAAATTGCTATCTTGATATA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=54;TCR=75;TR=129;WE=100368700;WS=100368682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	100374740	rs9866111	T	C	3464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	100432751	rs374210483	TA	T	51.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr3	100432752	rs9824942	A	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.060;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr3	100432753	.	A	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=-0.060;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr3	100467018	rs11353	T	C	5746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=70;PP=2965;SC=AGACTGGACCTCAACAACCTC;SOR=1.307;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=121;TCR=70;TR=191;WE=100467026;WS=100467008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr3	100473505	rs10936352	C	T	7287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
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chr3	100508189	rs35476532	A	G	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=5;PP=538;ReadPosRankSum=-1.131;SC=GTCTCTGTACATCTCTTATTG;SOR=0.977;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=55;TCR=10;TR=33;WE=100508197;WS=100508179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr3	100511379	rs989794	G	A	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=2;PP=288;SC=ATATTCATATGAGTATTCAGA;SOR=3.767;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=100511387;WS=100511369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	100511428	rs989793	G	A	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=7;PP=692;SC=GACAAAAAAAGTCAAGTAATC;SOR=1.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=100511436;WS=100511418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	100511446	rs989795	T	A	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=11;PP=803;SC=ATCCACTGTGTTGAGAAATGA;SOR=1.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=100511454;WS=100511436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	100514848	rs73152412	C	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=196;ReadPosRankSum=-0.649;SC=ACATTAGATGCCAATCAGAGA;SOR=0.914;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=12;WE=100514856;WS=100514838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr3	100515197	rs201011497	AT	A	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=-0.444;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr3	100523771	rs10511184	A	C	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=771;ReadPosRankSum=-0.700;SC=TCATGCTTAAAACATAAGACA;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=45;WE=100523779;WS=100523761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,46:0.53:86
chr3	100527237	rs73152453	T	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=101;ReadPosRankSum=1.142;SC=GGTAACTTTTTTATATAACAG;SOR=0.760;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=9;WE=100527245;WS=100527227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr3	100529408	rs144286330	AT	A	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.488;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.091;NF=2;NR=11;PP=228;ReadPosRankSum=-0.126;SC=TAACAAATAGATTTTTTTAAA;SOR=0.132;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=13;WE=100529416;WS=100529398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr3	100532510	rs73135513	T	A	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=1.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,83:0.50:166
chr3	100534633	rs17338012	A	G	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,6:0.17:36
chr3	100534705	rs73135528	G	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.413;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,23:0.32:71
chr3	100534714	rs73135529	T	C	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.16;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,25:0.33:75
chr3	100534863	rs73135530	A	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=28;ReadPosRankSum=1.439;SC=AAGACTTTTTAAAAAAAATCC;SOR=0.770;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=6;WE=100534871;WS=100534853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr3	100536252	rs73135535	G	A	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.78;ReadPosRankSum=-1.290;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr3	100539299	rs144488788	A	ATTATAATAGTATGTCTCCTT	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=1.150;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.639;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr3	100539865	rs73135545	G	A	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.969;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=46;PP=1359;ReadPosRankSum=-1.295;SC=TGAGAAGGAAGAACACTTAAT;SOR=0.662;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=216;TCF=118;TCR=98;TR=95;WE=100539873;WS=100539855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,105:0.41:255
chr3	100539887	rs7615467	C	T	3032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.18;ReadPosRankSum=-0.468;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,146:0.59:249
chr3	100542463	rs61061653	C	CA,CAAAA	588.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.253;NF=0,0;NR=18,18;PP=193,75;ReadPosRankSum=-0.385;SC=TCCAGAGAAACAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=18,18;WE=100542471;WS=100542453;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.96:24
chr3	100543585	rs73135561	T	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=94;ReadPosRankSum=0.296;SC=GATGATGCCTTATGCCCTCGT;SOR=0.340;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=8;WE=100543593;WS=100543575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr3	100543871	rs73135562	C	T	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.116;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=473;ReadPosRankSum=-0.956;SC=GTCAGATCTCCTATAGTTCCA;SOR=1.100;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=32;WE=100543879;WS=100543861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr3	100543944	rs13069634	A	G	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=128;ReadPosRankSum=-1.225;SC=TCATTTTATCATTGATGGTAC;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=10;WE=100543952;WS=100543934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr3	100544422	rs56105262	C	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.121;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=227;ReadPosRankSum=0.395;SC=TAAGCTCATGCCTGGCTCTCA;SOR=0.191;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=14;WE=100544430;WS=100544417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr3	100544756	rs56387789	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=61;ReadPosRankSum=0.206;SC=CACATCAAAACGTATCTTGCT;SOR=0.330;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=8;WE=100544764;WS=100544746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr3	100547378	rs73135573	G	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=7.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.71;ReadPosRankSum=1.674;SOR=0.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr3	100548484	rs36077176	T	C	2843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.429;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=64;PP=1369;ReadPosRankSum=-1.368;SC=ATGTGGACGATGAGTTCGTTG;SOR=0.732;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=257;TCF=136;TCR=121;TR=133;WE=100548492;WS=100548474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,146:0.51:285
chr3	100551061	rs73135584	C	T	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=1416;ReadPosRankSum=0.917;SC=ACAGTCCCAACCGTGGTAGAC;SOR=0.641;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=119;TCF=78;TCR=41;TR=45;WE=100551074;WS=100551051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,50:0.37:134
chr3	100551066	rs9845149	G	T	1863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=27;PP=2556;ReadPosRankSum=-0.758;SC=CCCAACCGTGGTAGACTGCTT;SOR=0.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=84;TCR=45;TR=77;WE=100551074;WS=100551051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,87:0.60:144
chr3	100560745	rs66923918	GA	G	132	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.00;ReadPosRankSum=-1.268;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr3	100565031	rs6774830	G	C	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=1;PP=261;SC=GAACATTGCTGAGAGCAATGC;SOR=1.981;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=100565039;WS=100565030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	100567592	rs6773877	T	C	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=23;PP=865;SC=TATAAGAAAATGGACATTGTC;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=64;WE=100567600;WS=100567582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	100567799	rs6807452	C	T	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=26;PP=707;SC=TTTGCAAACTCCAAGTACAAG;SOR=3.545;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=100567819;WS=100567789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	100567811	rs6771476	A	T	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=23;PP=630;SC=AAGTACAAGAACTGCTTTATA;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=100567819;WS=100567789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	100570787	rs60146880	T	TAAA	874.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=30.16;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr3	100581261	rs10567225	AT	A	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.753;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr3	100581351	rs75098731	T	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=-2.147;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr3	100594326	rs3839090	CGGCATA	C	7074.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=57;PP=2965;SC=TGCTTAATCTCGGCATAGATT;SOR=0.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=21;TCR=60;TR=77;WE=100594339;WS=100594316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	100605206	rs1987384	A	G	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=23;PP=692;SC=AAAATCACAGAGGGATTCAGA;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=100605214;WS=100605196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	100617532	rs41273553	T	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=102;ReadPosRankSum=0.425;SC=GTTAAGTCAATGCTAACAGTC;SOR=1.609;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=8;WE=100617540;WS=100617522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr3	100617668	rs34999788	G	T	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=1279;ReadPosRankSum=0.785;SC=GGAAACCCCAGGACAGGAAGA;SOR=0.705;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=117;TCF=70;TCR=47;TR=48;WE=100617688;WS=100617658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,55:0.42:130
chr3	100617680	rs2245370	C	T	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=31;PP=2143;ReadPosRankSum=-0.825;SC=ACAGGAAGACCGAGCTCGGTG;SOR=0.634;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=125;TCF=74;TCR=51;TR=73;WE=100617688;WS=100617658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,81:0.58:140
chr3	100621426	rs2576365	C	A	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.185;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=25;PP=997;ReadPosRankSum=-1.393;SC=GTTCAAAGTTCATAAAAGAAA;SOR=0.901;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=122;TCF=74;TCR=48;TR=70;WE=100621434;WS=100621416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,79:0.58:137
chr3	100621683	rs41273557	TC	AA	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.736;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=445;ReadPosRankSum=-0.748;SC=AGTTGACACTTCCTGAGAAGT;SOR=0.159;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=16;WE=100621692;WS=100621673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr3	100945069	rs146849728	TTATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	T	291.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=2452;ReadPosRankSum=0.967;SC=CTTCTAAACTTTATATATATA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=100945114;WS=100945059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr3	100945983	rs486352	A	T	134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=3;PP=111;SC=TGTGCTAAAAATTTTTTTAAT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=100945991;WS=100945973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	100946742	rs521661	T	G	4221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	100949842	rs348867	G	A	3250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=39;PP=1711;SC=GGTGTGCTTGGAGAGTCCTGA;SOR=1.064;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=69;TCR=39;TR=108;WE=100949850;WS=100949832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	100963154	rs571391	G	A	6602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=122;NR=104;PP=2965;SC=TGGAAAGTGTGTGGATCTGTC;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=122;TCR=104;TR=226;WE=100963162;WS=100963144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr3	100976755	rs7613046	G	C	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=42;PP=1308;SC=TCTCTGAAAAGCCTGGACAAC;SOR=1.897;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=100976763;WS=100976745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	100992385	rs348866	C	T	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.637;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=576;ReadPosRankSum=-0.904;SC=ACTAACATAGCAGGCATACTG;SOR=1.329;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=37;WE=100992393;WS=100992375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr3	100994497	rs533852	C	T	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.251;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,52:0.34:153
chr3	101038339	rs546090	G	A	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=11;PP=1169;SC=CTAAATTATCGTAAATTTTGA;SOR=2.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=59;WE=101038347;WS=101038329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	101039107	rs573908	A	C	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=9;PP=595;SC=TGGAAAGATAAAAACAAATGT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=101039115;WS=101039097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	101046671	rs9849770	C	A	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=75;PP=2282;SC=CTGAAATAATCAACAAATAAG;SOR=1.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=40;TCR=75;TR=115;WE=101046679;WS=101046661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	101051794	rs2068494	C	T	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=339;SC=ATTGAAATATCTTAAATTTAG;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=101051802;WS=101051784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	101060716	rs6441598	T	G	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=25;PP=722;SC=AATGTGACTTTAAAAATCCCT;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=101060724;WS=101060706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	101066964	rs7636229	T	C	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=20;PP=408;SC=AAACATTATATGACACTTGTT;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=101066972;WS=101066954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	101066992	rs2553421	A	T	206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=265;SC=TACTTTTTTTAAAAAAAAGAG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=101067000;WS=101066982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	101070420	rs75017790	A	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.58;ReadPosRankSum=1.171;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr3	101080694	rs7616677	T	C	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=40;PP=1422;SC=ATGGGCATAATTCAGATGACA;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=81;WE=101080702;WS=101080684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	101085413	rs939443	G	A	10077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=168;NR=177;PP=2965;SC=AGTTCTCAACGGTTTCAGTGG;SOR=0.837;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=345;TCF=168;TCR=177;TR=345;WE=101085421;WS=101085403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr3	101136385	rs4482646	C	A	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=16;PP=1909;SC=GTACGGGATTCATATTATTTC;SOR=2.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=70;TCR=16;TR=86;WE=101136393;WS=101136375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	101177644	rs12496159	A	C	3602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=12;PP=2666;SC=AAAATCACAGAAAGTTAGAGA;SOR=4.155;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=95;TCR=12;TR=107;WE=101177652;WS=101177634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	101212596	rs9876655	T	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.722;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=1.335;SC=AATCTGCAATTAAATAACACA;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=4;WE=101212604;WS=101212586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr3	101212889	rs3846088	C	T	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=19;PP=535;SC=AACCACTATACTACCCTGCAT;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=101212897;WS=101212879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	101219818	rs7619540	G	A	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=7;PP=637;SC=GTTTTATACTGTTTTCTTTAA;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=101219826;WS=101219808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	101219889	rs7621830	G	C	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	101231871	rs9681493	C	T	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=32;PP=1187;SC=CAGCTGCCGCCTGCGCCTCCC;SOR=0.963;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=65;WE=101231879;WS=101231861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	101231894	rs9682312	TA	GT	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.503;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=1243;ReadPosRankSum=0.504;SC=TTCCCCCGGGTAGGAGACAAT;SOR=0.619;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=105;TCF=61;TCR=44;TR=42;WE=101231903;WS=101231884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,51:0.45:113
chr3	101231921	rs9682313	T	C	3634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr3	101232057	rs9682739	G	A	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.70;QD=26.67;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	101232093	.	C	A	187	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=16;MQ=56.3;NF=2;NR=8;PP=187;QD=22.1771212547;SC=AAAAAAAGCCCGCAAAGTGCG;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=101232101;WS=101232083;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	101299031	rs144008875	CAAT	C	512.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.532;NF=0;NR=13;PP=463;ReadPosRankSum=-2.471;SC=AATTTTATCTCAATAAAGCTG;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=13;WE=101299041;WS=101299021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr3	101304414	rs3804776	G	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=509;ReadPosRankSum=-1.156;SC=GAAGGTATTAGTGGCAAATTA;SOR=0.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=37;WE=101304422;WS=101304404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
chr3	101308846	rs6441614	G	A	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=317;SC=TTTTTCAGCAGTTTTTTTTCT;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=101308854;WS=101308843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	101308874	rs3762729	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=59;ReadPosRankSum=-0.398;SC=AAATCAGCACCGTAGAAGACA;SOR=0.321;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=7;WE=101308882;WS=101308864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr3	101370529	rs56200814	TA	T	667.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=1.177;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,66:0.73:91
chr3	101371899	rs2303474	G	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=271;ReadPosRankSum=1.435;SC=CAACTTAAAAGAATTCCCTAA;SOR=0.906;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=15;WE=101371907;WS=101371889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr3	101373724	.	A	AT	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.485;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.705;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr3	101383321	rs13081846	T	C	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.028;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=499;ReadPosRankSum=0.950;SC=AACCATGCAGTAAGTTGGATT;SOR=0.229;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=73;TCF=62;TCR=11;TR=32;WE=101383329;WS=101383311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,41:0.49:84
chr3	101383562	rs11712748	G	A	2621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=74;PP=1587;ReadPosRankSum=0.738;SC=GAGCCACCTAGTAAGGGATAG;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=312;TCF=130;TCR=182;TR=127;WE=101383570;WS=101383552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,135:0.41:332
chr3	101383800	rs11720934	C	T	4249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=84;PP=2541;ReadPosRankSum=0.169;SC=ACCCTTCTTACATCATACCTG;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=488;TCF=286;TCR=202;TR=204;WE=101383808;WS=101383790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,219:0.42:521
chr3	101389864	rs9837549	T	C	4895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=44;PP=2965;SC=CTACTGTTGTTAGTGGGCTTC;SOR=1.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=112;TCR=44;TR=156;WE=101389872;WS=101389854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	101400161	rs148283509	A	C	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=-1.255;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,105:0.54:195
chr3	101400167	rs3094296	T	C	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.110;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,83:0.47:177
chr3	101404813	rs2303473	A	G	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.835;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=434;ReadPosRankSum=0.923;SC=TTAACTATACAAAGTACAAGA;SOR=0.829;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=34;WE=101404821;WS=101404803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,45:0.56:81
chr3	101443461	rs994573	T	C	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=6;PP=593;SC=CTCCTTCAGATTACAAGCTCC;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=101443469;WS=101443451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	101446207	rs3070526	AAT	A	2421.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.747;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=1497;ReadPosRankSum=1.025;SC=TAAAAATAACAATATGTTTCC;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=61;TCR=26;TR=37;WE=101446216;WS=101446197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,65:0.52:125
chr3	101484335	rs2625282	G	A	5319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=97;PP=2965;SC=CAGAAGTTCAGGGGCAGCAGC;SOR=1.053;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=82;TCR=97;TR=179;WE=101484343;WS=101484325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr3	101504624	rs2625289	A	C	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=26;PP=772;SC=TTATCGGAAGATTATCGTAGT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=101504632;WS=101504614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	101571550	rs587555	A	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.420;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.920;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=73;ReadPosRankSum=1.028;SC=GTCATTTTGTATACACTAAAT;SOR=0.105;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=5;WE=101571558;WS=101571540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr3	101572558	rs147898842	C	T	4914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=1.875;SC=ACTCTTCAAACACTTCACTGC;SOR=0.757;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=350;TCF=188;TCR=162;TR=214;WE=101572566;WS=101572548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,226:0.60:378
chr3	101572822	rs2925334	C	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.147;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=197;ReadPosRankSum=0.310;SC=GTTGGCTAACCAAGATGACTG;SOR=0.104;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=14;WE=101572830;WS=101572812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr3	101574503	rs677011	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=297;ReadPosRankSum=0.105;SC=GCCATCCTCAGCATTTGTCAT;SOR=0.610;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=18;WE=101574511;WS=101574493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr3	101575877	.	AT	A	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=3.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=-0.777;SOR=1.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,26:0.24:109
chr3	101575882	rs595788	T	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=5.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.788;QD=1.61;ReadPosRankSum=1.832;SOR=1.305;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,30:0.26:115
chr3	101576029	rs3217713	T	TACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC	7223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FS=1.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.015;QD=15.53;ReadPosRankSum=0.715;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:311,154:0.33:465
chr3	101576175	rs14134	T	C	3493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.219;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.649;NF=59;NR=93;PP=2442;ReadPosRankSum=-0.110;SC=TGCTGCCAGCTTGCAGTATCG;SOR=0.829;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=365;TCF=152;TCR=213;TR=152;WE=101576183;WS=101576165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,163:0.42:389
chr3	102157283	rs11340850	GT	G	1428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=825;ReadPosRankSum=2.548;SC=GAGTGAAGGAGTTAAGTGGGA;SOR=0.532;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=26;WE=102157291;WS=102157273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,51:0.36:142
chr3	102157365	rs6784362	A	T	2144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,116:0.42:278
chr3	102157417	rs6784389	A	G	2680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.214;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=48;PP=1578;ReadPosRankSum=-0.262;SC=TGTGATGCCAACCTCCACAGT;SOR=0.663;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=254;TCF=136;TCR=118;TR=119;WE=102157425;WS=102157407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,132:0.47:281
chr3	102174936	rs62272486	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=7.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.399;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr3	102181131	rs12054046	A	G	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=243;ReadPosRankSum=1.706;SC=TTAGGATTCAACCTACAACCA;SOR=0.919;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=20;WE=102181139;WS=102181121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr3	103242867	rs72957904	C	T	85.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.31;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr3	105238890	rs11291806	CT	C	9379.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FS=1.833;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;MQRankSum=0.194;QD=19.30;ReadPosRankSum=0.701;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:15,471:0.97:486
chr3	105238901	rs2291376	T	C	6133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=2.048;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.607;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,314:0.58:538
chr3	105250701	rs13079964	A	G	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=22;SC=GATTCCCCAAATCCAGATTGT;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=105250709;WS=105250695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	105252377	rs2171146	G	C	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.345;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=398;ReadPosRankSum=-0.803;SC=CATTGCCTGAGTTTCTGGAGT;SOR=0.394;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=30;WE=105252385;WS=105252367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,35:0.43:81
chr3	105260518	rs579565	G	A	3559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.15;ReadPosRankSum=0.413;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,173:0.59:293
chr3	105260596	rs599278	T	C	5009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=98;PP=2965;SC=CTTCAACAGCTATCACAGTTC;SOR=1.185;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=68;TCR=100;TR=166;WE=105260604;WS=105260586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr3	105266274	rs16851279	T	C	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=3.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=-1.698;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,42:0.33:126
chr3	105389153	rs11713094	A	G	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=4.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=0.138;SOR=0.444;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,94:0.54:173
chr3	105412286	rs10635036	C	CTT	1196.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=8;PP=581;SC=CAAAACCACTCTACCATATCT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=18;WE=105412294;WS=105412276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	105422844	rs2305037	C	T	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=2.928;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr3	105438806	rs7624400	G	A	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.89;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	105438957	rs2305036	T	G	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.262;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=818;ReadPosRankSum=0.040;SC=CGTCCAAGTCTAGCATCGGCA;SOR=0.801;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=121;TCF=60;TCR=61;TR=68;WE=105438965;WS=105438947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,76:0.58:130
chr3	105439026	rs2305035	G	A	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.291;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=461;ReadPosRankSum=-0.777;SC=GATCAAAGGGGTCCACGATTA;SOR=1.212;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=36;WE=105439034;WS=105439016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,45:0.52:86
chr3	105452751	rs1992520	C	T	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=9;PP=729;SC=TCATTTCAAACAAAGCACTTA;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=105452759;WS=105452741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	105453034	rs6768096	A	G	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=33;PP=973;SC=TTTCCAGCACAAATTGTTAGT;SOR=1.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=51;WE=105453042;WS=105453024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	105453069	rs9657924	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.926;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=112;ReadPosRankSum=1.415;SC=AATAAAATGACGCACAGTCAA;SOR=1.321;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=9;WE=105453077;WS=105453059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr3	105455955	rs2289746	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=204;ReadPosRankSum=0.437;SC=GAGAGTCTTATTTATTTCAAG;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=17;WE=105455963;WS=105455945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr3	105468330	rs1443098	C	T	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=241;SC=TGTCCACATACTAAATAGCAG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=105468338;WS=105468329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	105468352	rs2301034	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=39;ReadPosRankSum=0.515;SC=TTAGGTAATCGTTTAACCAAC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=4;WE=105468360;WS=105468342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr3	105495432	rs9809911	G	T	3035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=71;PP=1967;SC=TAAACACCTAGATGCATGCAA;SOR=1.547;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=37;TCR=71;TR=108;WE=105495440;WS=105495422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	105586538	rs2221379	G	A	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=25;PP=691;SC=TTCCTCCATCGATTAGAGCAA;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=105586546;WS=105586528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	105588069	rs11711088	G	A	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=10;PP=584;SC=CTCGCAGCACGTCAGAAAGGA;SOR=1.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=105588077;WS=105588059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	107451771	rs62262030	A	G	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=22;PP=1150;ReadPosRankSum=-0.851;SC=CTTTATGCTTATAAGTTGGTG;SOR=0.589;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=79;TCR=33;TR=75;WE=107451779;WS=107451761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,84:0.71:119
chr3	107451907	rs4855764	C	T	8100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=59.98;NF=136;NR=135;PP=2965;SC=TCTGCTCATACTGTGGGTTGG;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=272;TCF=137;TCR=135;TR=271;WE=107451915;WS=107451897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr3	107510197	rs150873331	A	ATAAG	6357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.26;NF=6;NR=58;PP=2957;SC=TGGAAATGACATAAGTTGTAT;SOR=1.451;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=80;TCF=6;TCR=74;TR=64;WE=107510205;WS=107510187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	107519843	rs1532325	T	C	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=9;PP=1683;SC=TGGTAGAGAATGTTAGCTCTT;SOR=3.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=65;TCR=9;TR=74;WE=107519851;WS=107519833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	107524097	rs9842741	A	C	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=5;PP=950;SC=TCATTAAATGATGTAAGTAAC;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=42;WE=107524105;WS=107524087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	107646728	rs4855779	G	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=190;ReadPosRankSum=0.330;SC=AGGACGCAGAGATCCATTACT;SOR=0.260;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=11;WE=107646736;WS=107646718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr3	107647001	rs34976355	C	CA	2060.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=1.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.651;QD=6.50;ReadPosRankSum=2.122;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,145:0.46:317
chr3	107769230	rs696364	C	T	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.527;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr3	107776511	rs709436	C	T	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=212;SC=GTTATTCTAACGATCAAAAAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=107776519;WS=107776501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	107777051	rs3762679	C	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.775;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=248;ReadPosRankSum=2.428;SC=TCAATTTTGCCATGAACCAAA;SOR=2.338;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=13;WE=107777059;WS=107777041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr3	107778495	rs7647161	T	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=1.668;SC=AAATATACGTTTCCCTGAAAA;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=107778503;WS=107778485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr3	107809798	rs445541	C	T	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	107882643	rs327168	G	A	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=24;PP=591;SC=TGAATTATGTGTTAAGAAAAT;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=107882651;WS=107882633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	107884211	rs327167	T	C	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=4;PP=1059;SC=GTTAAACCATTTGTAGGTTCT;SOR=3.865;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=42;WE=107884219;WS=107884201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	107910327	.	CT	C	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=3.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=-0.311;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,43:0.25:169
chr3	107937231	rs1289761	T	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=5;PP=448;SC=TCTAATTTTGTCTATACTGGC;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=107937239;WS=107937221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	107937286	rs1289760	A	G	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=18;PP=1045;SC=ATAGTCAAAAAGAATAATTCT;SOR=1.249;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=54;WE=107937294;WS=107937276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	107937571	rs1289759	G	A	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=21;PP=577;SC=TTTAAGCAAAGAACTGCTGAA;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=107937579;WS=107937561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	107937602	rs1289758	C	T	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=241;SC=ACTTTTCTTTCAAATGATTTA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=107937610;WS=107937592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	107938240	rs1289754	G	C	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=25;PP=1396;SC=GGAAAAAGAAGGGTCGTTTAC;SOR=1.637;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=81;WE=107938248;WS=107938230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	108070556	rs9846218	T	C	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,36:0.42:85
chr3	108072243	rs6766283	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.176;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=208;ReadPosRankSum=0.503;SC=GGCATTAATTCTCTTTATAAC;SOR=1.387;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=15;WE=108072251;WS=108072233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr3	108072298	rs6779254	T	C	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,44:0.49:90
chr3	108072704	rs6779650	T	C	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=228;ReadPosRankSum=-0.612;SC=TTTCCTAATATGCCATGAGCT;SOR=1.123;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=20;WE=108072712;WS=108072694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr3	108081247	rs16854512	G	A	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=1.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.285;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,122:0.39:310
chr3	108081277	rs6779094	C	A	3480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=83;PP=2221;ReadPosRankSum=0.103;SC=TGATTTGGAGCGTAAAATGTT;SOR=0.640;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=247;TCF=112;TCR=135;TR=153;WE=108081285;WS=108081267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,162:0.62:261
chr3	108095365	rs2124736	G	A	2700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=55;PP=1535;ReadPosRankSum=0.602;SC=CTCCTGGTGAGCGCTGTCCCA;SOR=0.619;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=229;TCF=129;TCR=100;TR=122;WE=108095373;WS=108095355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,132:0.53:250
chr3	108096098	rs1463426	C	G	6283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=135;NR=88;PP=2965;SC=ATTTTTCTTGCTTCTAGCCTC;SOR=1.140;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=136;TCR=89;TR=223;WE=108096106;WS=108096088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr3	108096227	rs1463425	G	C	7445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=152;PP=2965;SC=GCCTGTCGGAGCAGACAATTC;SOR=1.126;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=116;TCR=152;TR=267;WE=108096235;WS=108096217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr3	108102584	rs141454667	A	AAC	309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.410;SOR=0.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr3	108102586	rs7426463	T	A	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=30.43;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr3	108107704	rs1463431	C	T	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=7;PP=1053;SC=TGAAGGAGAACAAAGATGAAG;SOR=3.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=48;WE=108107712;WS=108107694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	108135606	rs56933265	TAA	T	4165.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.22;NF=25;NR=26;PP=2459;SC=CACTATTTTTTAAAAAAAAAA;SOR=1.585;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=51;WE=108135617;WS=108135596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	108135609	rs116262927	A	T	4175.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=42.61;SOR=1.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	108140148	rs4593038	A	G	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=25;PP=692;SC=GAGTGGCTCCAGGGATCCGCA;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=108140156;WS=108140138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	108147295	rs1350235	C	A	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	108156633	rs113832514	A	AAAAG	2179.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=32;PP=1762;SC=ACCTTCTGGAAAAAGAAAGAC;SOR=2.170;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=33;WE=108156641;WS=108156623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	108158574	rs3996040	C	T	3695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=1.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	108172817	rs6437783	C	T	4562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	108174537	rs3957557	T	C	4970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.102;SC=TACACAGTCTTCCCCCCATTC;SOR=0.868;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=102;TCR=74;TR=172;WE=108174545;WS=108174525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,196:0.98:200
chr3	108179219	rs11303627	CA	C	1906.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=5.577;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;MQRankSum=0.312;QD=15.25;ReadPosRankSum=-0.990;SOR=0.181;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,116:0.93:125
chr3	108188993	rs9868484	G	A	6012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr3	108189627	rs4299484	C	T	8838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=162;NR=146;PP=2965;SC=CCTGTTGATCCGTGCCACTAG;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=162;TCR=146;TR=308;WE=108189635;WS=108189617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr3	108189750	rs12495639	C	T	3375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=71;PP=2071;SC=ATTTTAATCCCGGGCATTCTC;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=41;TCR=71;TR=112;WE=108189758;WS=108189740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	108211869	rs140450152	A	AAAGG	3960.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.52;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,88:0.97:91
chr3	108214537	rs2603140	T	G	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=683;SC=TGGTGTTCTATAATTTTTTCA;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=108214545;WS=108214528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	108216807	rs17539094	G	A	4428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=105;NR=42;PP=2965;SC=GGTGCTTGTGGCCTCACTTCC;SOR=1.899;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=105;TCR=42;TR=147;WE=108216826;WS=108216797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	108224685	.	CA	C	1014.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-0.727;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,114:0.39:292
chr3	108229171	rs2249886	T	C	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=13;PP=881;SC=AGGCTGATCATACCCTAAGCA;SOR=1.662;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=42;WE=108229179;WS=108229161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	108285518	rs2603121	T	A	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=641;SC=AACAAAAAAATTCTCACTTTA;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=108285526;WS=108285508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	108327050	rs10684119	T	TAAC	1471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=44.60;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	108344636	rs5851600	TA	T	382.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.471;NF=12;NR=4;PP=166;ReadPosRankSum=-0.091;SC=TTGTTTATTGTAAAAAAAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=16;WE=108344645;WS=108344626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr3	108347811	rs969256	C	A	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=21;PP=1069;SC=TATCACCACCCTATTTACCAC;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=62;WE=108347819;WS=108347801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	108355423	rs10711079	AT	A	1005.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=13;PP=731;SC=CACATCAGTGATTTTTTTCTA;SOR=1.609;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=26;WE=108355431;WS=108355413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	108355575	rs10711080	CT	C	1286.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=1.145;HP=12;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=34;PP=424;ReadPosRankSum=-0.383;SC=TTGTTTTGTCCTTTTTTTTTT;SOR=0.505;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=36;WE=108355584;WS=108355565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,80:0.86:93
chr3	108356501	rs143129590	T	TTTAAGGTAGTA	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=9;PP=2966;SC=TGCATTAAATTTTAAGGTATG;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=108356509;WS=108356491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	108369954	rs2969900	T	C	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	108373022	rs2969901	G	A	5781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=132;NR=67;PP=2965;SC=AAGAGCAGTTGAGGAAAGAAC;SOR=1.315;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=133;TCR=67;TR=199;WE=108373030;WS=108373012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr3	108403086	rs9856097	T	C	5611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=26.47;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr3	108474524	rs9878093	A	C	3318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=31;PP=2031;SC=AGAATCAGGAATGGAACAAAT;SOR=1.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=79;TCR=31;TR=110;WE=108474532;WS=108474514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	108475993	rs5851607	G	GGGGGATTA	2640.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=1510;SC=AGCTGGAGAAGGGGGATTAGG;SOR=1.688;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=21;WE=108476001;WS=108475983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	108541761	rs9879812	T	C	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=25;PP=723;SC=AAGATTTCTCTGAAAAAAAGA;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=108541769;WS=108541751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	108541931	rs5851618	CAT	C	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=8;PP=341;SC=TATTTTGAAACATGTTAATGA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=108541940;WS=108541921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	108565815	rs2593831	T	C	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	108634973	rs10933973	C	A	4208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=83;NR=55;PP=2338;SC=AGCTCCATTACCATCATTGTT;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=83;TCR=55;TR=138;WE=108634981;WS=108634963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	108639270	rs6791441	C	T	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	108639384	rs6804162	T	C	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	108639423	rs2715687	C	T	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	108678002	rs2197738	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=1.804;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr3	108682218	rs2715755	A	G	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.501;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=33;PP=896;ReadPosRankSum=-0.212;SC=TTCTCGTTCCATAGAGTCTAC;SOR=0.638;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=201;TCF=123;TCR=78;TR=82;WE=108682226;WS=108682208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,92:0.41:226
chr3	108690221	rs2593943	G	A	2464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.930;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=53;PP=1347;ReadPosRankSum=0.617;SC=GGTAGCTGATGCTCAGGAAAA;SOR=0.499;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=280;TCF=162;TCR=118;TR=119;WE=108690229;WS=108690211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,127:0.44:289
chr3	108698627	rs2953338	G	A	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=31;PP=863;SC=ACAAGAACATGCGTGTAATGC;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=108698635;WS=108698617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	108703422	rs1868195	A	G	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=2;PP=274;SC=ATTCTTTCACATCTCTGTTGT;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=108703430;WS=108703412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	108703518	rs2593958	G	T	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=-2.346;SOR=0.975;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,52:0.43:122
chr3	108703548	rs2593959	C	T	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=21;PP=683;ReadPosRankSum=-0.297;SC=ATTTGTATAACTGTAGTACAC;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=78;TCR=45;TR=58;WE=108703556;WS=108703538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,66:0.46:145
chr3	108703702	rs2593960	A	T	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.996;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=455;ReadPosRankSum=0.518;SC=AAATGTTAGCAGTTCATTAAC;SOR=0.312;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=34;WE=108703710;WS=108703692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,39:0.58:67
chr3	108705702	rs116701466	T	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=1.629;QD=11.05;ReadPosRankSum=-1.564;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr3	108705715	rs11433147	A	AT	1284.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.730;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.73;MQRankSum=0.476;QD=29.20;ReadPosRankSum=-0.404;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
chr3	108719400	rs34841653	T	C	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=3.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.196;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,94:0.42:222
chr3	108719470	rs3762698	C	G	3030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.810;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,159:0.41:387
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chr3	108725694	rs2044586	C	T	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=401;SC=TTATATTTTACTTTCTAACTT;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=108725702;WS=108725693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	108725759	rs2044587	C	T	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.171;NF=22;NR=10;PP=476;ReadPosRankSum=-1.150;SC=TTAAAATCTACTAGTGCTTCA;SOR=0.640;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=32;WE=108725767;WS=108725749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,35:0.43:81
chr3	108725848	rs5851630	ATTGC	A	3383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.495;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.430;NF=11;NR=42;PP=2944;ReadPosRankSum=0.667;SC=CATGACACAAATTGCTTAATC;SOR=0.652;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=120;TCF=28;TCR=92;TR=53;WE=108725870;WS=108725838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,91:0.41:223
chr3	108725862	rs2044589	T	C	3674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.292;QD=15.57;ReadPosRankSum=-0.810;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,103:0.44:236
chr3	108725984	rs2044590	G	C	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.162;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.522;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,60:0.43:139
chr3	108754128	.	T	C	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=434;ReadPosRankSum=-0.370;SC=CTTAACACAATGACTTGCATA;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=38;WE=108754136;WS=108754118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr3	108754146	rs9821261	G	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=315;ReadPosRankSum=-1.615;SC=ATATTTAAGAGCCCTTAACAT;SOR=0.843;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=28;WE=108754154;WS=108754136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,35:0.42:84
chr3	108754238	rs4855576	A	T	4812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=59;PP=2051;SC=TGATATTGAAAAGAATTTAAA;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=66;TCR=59;TR=125;WE=108754246;WS=108754228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	108754260	rs3762696	A	G	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,54:0.40:135
chr3	108754320	rs11438791	T	TA,TAA	971.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.70;ReadPosRankSum=-0.884;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,16,23:0.39,0.56:41
chr3	108754346	rs35736028	CA	C	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.653;HP=11;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=217;ReadPosRankSum=-0.795;SC=CAAAGAATAACAAAAAAAAAT;SOR=0.071;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=21;WE=108754354;WS=108754336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr3	108776343	rs1031252	C	T	3663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=87;PP=2499;SC=TCTAGAGTTACATTTAAAAAG;SOR=1.918;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=38;TCR=87;TR=125;WE=108776351;WS=108776333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	108782160	rs895738	T	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.334;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr3	108812154	rs9821382	A	G	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=454;ReadPosRankSum=-0.800;SC=CAACTTTACTAGTAACTAGGG;SOR=0.262;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=52;TCF=46;TCR=6;TR=24;WE=108812162;WS=108812144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr3	108829765	rs6437822	C	T	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=48;SC=AACGTTTCACCGTGCTATTAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=108829773;WS=108829755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	108855774	rs1356071	A	G	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	108855801	rs1356072	T	A	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=305;ReadPosRankSum=-2.258;SC=GGTTGATAATTCCTTTTGTCT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=28;WE=108855809;WS=108855791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr3	109019435	rs9865540	G	A	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=30;PP=836;SC=GTGGGAGGCTGAGGAGGGCAG;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=109019443;WS=109019425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	109027157	rs7611135	C	T	8820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=128;NR=180;PP=2965;SC=ATGAAATTCACGATGAGTATT;SOR=1.117;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=309;TCF=128;TCR=181;TR=308;WE=109027165;WS=109027147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr3	109027820	rs7611871	G	A	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=8;PP=647;SC=GTAGGGACCGGACGAATCATG;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=109027828;WS=109027810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	109047058	rs114426342	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=146;ReadPosRankSum=-0.750;SC=GTAATATATTCCCTGACTTGT;SOR=0.569;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=11;WE=109047066;WS=109047048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr3	109049147	.	CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA	C	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;QD=41.71;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	109051009	rs6791602	C	T	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=14;PP=399;SC=AGTGCAGTGGCGCGATCTTGG;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=109051017;WS=109050999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	109056178	.	TA	T	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.444;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,34:0.22:152
chr3	109178707	rs769534	C	G	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.433;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,80:0.42:191
chr3	109178758	rs769533	C	T	3222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=58;PP=1647;SC=GTTTTCTTCACAATTTCACCA;SOR=0.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=112;WE=109178766;WS=109178748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	110611137	rs1381838	G	A	6117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=125;NR=78;PP=2965;SC=AAGCTCTATCGATTTCAAGTG;SOR=1.042;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=126;TCR=78;TR=203;WE=110611145;WS=110611127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr3	110791113	rs4682228	A	G	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=39;PP=1252;SC=CGTTCTCTGGAGCAGCGAGGC;SOR=2.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=54;WE=110791121;WS=110791103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	110792906	rs2399372	G	A	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=4;PP=406;SC=GGTAGACACTGGTTTTGTATT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=110792914;WS=110792896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	110793050	rs2399373	G	A	4664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	110830746	rs10575342	ATGTGTGTG	ATG,A	916.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=4.559;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.459;NF=7,7;NR=5,5;PP=93,625;ReadPosRankSum=1.389;SC=GTGTGTGTGCATGTGTGTGTG;SOR=1.447;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=12,12;WE=110830761;WS=110830736;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.96:25
chr3	110866195	.	CT	C	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=2.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=-1.054;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,59:0.22:266
chr3	110866437	rs62273799	G	A	3374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=95;PP=2590;SC=TATGCATTAAGTGTTGTTTAG;SOR=3.239;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=19;TCR=95;TR=114;WE=110866445;WS=110866427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	111260975	rs2276873	C	T	3159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=33;PP=1995;SC=ATAAACAGACCCAGGCGTGTG;SOR=1.432;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=73;TCR=33;TR=106;WE=111260983;WS=111260965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	111261242	rs3832264	G	GCTGCTGAAATTGATCACCA	2439.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.18;SOR=3.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	111263826	rs1513325	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=89;ReadPosRankSum=1.313;SC=GAAGTGACTAGGGTTTTTAAT;SOR=0.392;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=8;WE=111263834;WS=111263816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr3	111356083	rs1533270	G	C	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=37;PP=1613;SC=GTTCATCCCCGTCAGGTGCAG;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=96;WE=111356091;WS=111356073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	111451603	rs3821919	G	C	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=33;PP=986;SC=AAAATGAGCAGCATATACAGC;SOR=1.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=111451611;WS=111451593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	111564839	rs937557	A	G	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=626;ReadPosRankSum=0.341;SC=TTACTCCATCATACATATTGG;SOR=1.449;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=44;WE=111564847;WS=111564829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,47:0.63:75
chr3	111603969	rs35404824	T	C	2894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=70;PP=1512;ReadPosRankSum=0.167;SC=CACCTCCTCCTGTGCCTCTGA;SOR=0.628;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=299;TCF=154;TCR=145;TR=146;WE=111603977;WS=111603959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,151:0.47:324
chr3	111604541	rs1283007	G	C	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=65;PP=1517;SC=AGAGGAGTTGGGAATTTTATG;SOR=1.631;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=103;TCF=35;TCR=68;TR=100;WE=111604549;WS=111604531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	111637816	rs16858868	A	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.678;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=127;ReadPosRankSum=-1.731;SC=CTACATGGGCATGGAGACTGT;SOR=0.148;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=13;WE=111637824;WS=111637806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr3	111637904	rs2399399	G	A	3114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=64;NR=38;PP=1678;SC=CCATTTCTGTGTTGATTAATC;SOR=1.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=65;TCR=39;TR=102;WE=111637912;WS=111637894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	111638132	rs951660	A	C	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=314;SC=CTTATTCAGGAATAGGCTTTG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=111638140;WS=111638122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	111638952	rs6779756	C	T	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=633;SC=CTCTCTAGCTCGCTTATATGG;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=27;WE=111638960;WS=111638943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	111639353	rs937551	G	T	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=219;SC=TGCATTACTGGGGTTTTGGAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=111639361;WS=111639343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	111658290	rs712509	T	G	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.700;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=236;ReadPosRankSum=1.947;SC=GTTATCTCAGTGTGTCTTGTT;SOR=1.240;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=19;WE=111658298;WS=111658280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,25:0.35:71
chr3	111658486	rs712510	T	G	3740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=63;PP=2034;SC=AGGTACTTTTTCCAGGTGTCA;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=54;TCR=63;TR=117;WE=111658494;WS=111658476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	111658514	rs2272289	A	G	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=567;ReadPosRankSum=1.758;SC=TGAAAAATCAAAATATATTTC;SOR=0.667;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=43;WE=111658522;WS=111658504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,51:0.47:108
chr3	111659377	rs698358	T	C	4197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr3	111659609	rs3835170	A	AT	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=199;ReadPosRankSum=1.219;SC=TTTAAGGAAGATTTTTATATA;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=7;WE=111659617;WS=111659599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr3	111677526	rs11713044	G	A	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,114:0.41:280
chr3	111685328	rs774859	T	C	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=402;SC=TGGATTTTGTTATGCACCTCC;SOR=2.636;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=19;WE=111685336;WS=111685322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	111685347	rs67645066	CAT	C	677.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.36;ReadPosRankSum=-0.949;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr3	111685348	rs774858	A	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.76;ReadPosRankSum=1.090;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr3	111685365	.	T	G	829.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.73;MQRankSum=1.801;QD=18.86;ReadPosRankSum=-0.905;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr3	111685366	rs199885387	GTGTCT	G	817.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=1.839;QD=18.17;ReadPosRankSum=-0.951;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr3	111685374	.	GGT	G	312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=-1.519;QD=7.11;ReadPosRankSum=1.661;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr3	111685395	.	GTA	G	62.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=0.990;QD=1.12;ReadPosRankSum=2.340;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,8:0.14:56
chr3	111685397	rs1283002	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.722;NF=25;NR=18;PP=626;ReadPosRankSum=-0.170;SC=GTGTGTGTGTATGTATTAGAG;SOR=0.720;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=43;WE=111685405;WS=111685387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr3	111685572	rs774857	C	T	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=898;ReadPosRankSum=1.354;SC=ATTTTCATGCCGGAGGTCTGT;SOR=0.616;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=58;TCR=69;TR=69;WE=111685580;WS=111685562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,79:0.53:150
chr3	111685607	rs774856	G	A	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=641;ReadPosRankSum=0.507;SC=GGAGCCCTGCGCTTGGCATCA;SOR=0.685;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=47;WE=111685615;WS=111685597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,57:0.55:103
chr3	111686738	rs799570	G	A	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=28;PP=728;SC=GAAGACAGCTGTTCTGTGTCT;SOR=4.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=111686746;WS=111686728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	111688578	rs774854	C	T	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.320;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=21;PP=963;ReadPosRankSum=0.413;SC=GGAAGGAAGACTTTGATTTGC;SOR=0.960;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=117;TCF=78;TCR=39;TR=67;WE=111688586;WS=111688568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,75:0.57:132
chr3	111692829	rs774852	C	T	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=10;PP=260;SC=TGGCCGTTCTCTTTGAGGAAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=111692837;WS=111692819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	111705275	rs150902974	G	GTTTGT	1279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.224;QD=22.06;ReadPosRankSum=-1.035;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr3	111705727	rs73232038	A	G	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=335;ReadPosRankSum=-0.326;SC=GTTCTATCTTAAAGACCTAAT;SOR=0.596;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=23;WE=111705735;WS=111705717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr3	111705992	rs3804765	A	G	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.087;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr3	111710201	rs71773737	AT	A	1177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.601;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.889;NF=24;NR=9;PP=1027;ReadPosRankSum=-2.027;SC=AAATACTTTTATTTTTCTTTC;SOR=0.323;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=77;TCF=59;TCR=18;TR=33;WE=111710209;WS=111710191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,57:0.57:100
chr3	111719493	rs774764	A	G	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=23;NR=3;PP=616;SC=GTGCCTTCCTAGGGCCCATGA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=111719501;WS=111719483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	111757212	rs7625876	A	G	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=21;PP=524;SC=GGCTTATGGTATGAGTCCAGC;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=111757220;WS=111757202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	111760771	rs774774	A	G	8885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=162;NR=144;PP=2965;SC=TTACAGGTAAAACAGAAAGCA;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=307;TCF=163;TCR=144;TR=306;WE=111760779;WS=111760761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr3	111763085	rs4682350	C	T	3925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=92;NR=36;PP=2222;SC=TCAGATACCTCAACTATTCTT;SOR=1.691;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=130;TCF=92;TCR=38;TR=128;WE=111763093;WS=111763075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	111763278	rs7650559	G	T	5788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=116;PP=2965;SC=CTTGGAAGTGGTTGGGGATTC;SOR=1.195;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=87;TCR=116;TR=202;WE=111763286;WS=111763268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr3	111765834	rs1561911	G	A	15465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=305;NR=256;PP=2965;SC=GGCTTCGGTCGGATTACTCGT;SOR=0.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=563;TCF=305;TCR=258;TR=561;WE=111765842;WS=111765824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,587:1.00:587
chr3	111766215	rs1318554	A	G	9692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr3	111766559	rs1688304	T	G	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=27;SC=AAAAAGAAAATAAAGGAAAAT;SOR=1.105;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=78;WE=111766567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	111785208	rs11715561	G	A	5645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=91;PP=2897;SC=TCTCAGGCTCGTGAACTTTCT;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=97;TCR=91;TR=188;WE=111785216;WS=111785198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr3	111793316	rs191454	G	T	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=38;PP=1228;SC=TTACCTGTTTGTTATATTTTC;SOR=1.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=67;WE=111793324;WS=111793306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	111794365	rs1907639	A	G	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=26;PP=800;SC=CCTTACTTTCAAGTGGCACTC;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=111794373;WS=111794355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	111799845	rs340151	A	T	9827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=175;NR=179;PP=2965;SC=GGGACATGGAAGTGGACGACC;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=355;TCF=175;TCR=180;TR=354;WE=111799853;WS=111799835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr3	111805438	rs3833596	G	GT	3811.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=55;PP=2725;SC=CGGCGGGACAGTAGTAGGACC;SOR=1.544;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=4;TCR=59;TR=59;WE=111805446;WS=111805428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	111828423	rs340167	G	A	7796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.373;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.118;NF=111;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.578;SC=GCCCTCTCTGGGTCGTTATTT;SOR=0.499;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=112;TCR=147;TR=257;WE=111828431;WS=111828413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,286:1.00:287
chr3	111843883	rs923745	T	C	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	111851903	rs142548681	A	G	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.926;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,71:0.33:213
chr3	111873902	rs11369523	T	TA	944.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=0.873;QD=15.24;ReadPosRankSum=0.815;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,55:0.89:62
chr3	111873996	rs7622733	C	T	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=34;PP=1037;SC=AAATCACACTCAGGACCTGTG;SOR=1.284;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=111874004;WS=111873986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	111885896	rs4682084	A	G	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=226;SC=TAATTTAAAAATGTAACTTCA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=111885904;WS=111885886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	111918215	rs28516377	CA	TG	4734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=32;PP=1317;SC=CCTTTTAAGCCAAAAGCCTTA;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=82;WE=111918224;WS=111918205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	111921010	rs9821935	A	G	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	111921116	rs9288938	C	A	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=15;PP=694;SC=CTGTTTAGAACTTGTAATCTG;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=39;WE=111921124;WS=111921106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	111921225	rs6781844	G	T	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=18;PP=573;SC=TCTATTATTTGCAGCAACTTT;SOR=1.005;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=111921233;WS=111921215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	111923047	rs4422273	G	A	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=163;SC=GAAATTGCACGATTTACTGGT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=111923055;WS=111923037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	111923123	rs4434123	G	A	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	111936118	rs11921877	A	G	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=201;SC=GAGTTAATGAATGAAGCACAC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=111936126;WS=111936109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	111936200	rs1388857	C	A	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=4;PP=536;SC=AGTATAATAACAAAAAATTCA;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=111936208;WS=111936190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	111962851	rs6768523	T	C	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=47;PP=1584;SC=CCTAGTATAGTAACTGCCACT;SOR=0.877;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=49;TCR=47;TR=96;WE=111962859;WS=111962841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	111981696	rs5851826	CA	C	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=0;PP=512;SC=TACCTCACTACAAAAAAACAT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=17;WE=111981712;WS=111981691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	111981704	rs5003791	C	T	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=542;SC=TACAAAAAAACATATATTTTA;SOR=5.994;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=111981712;WS=111981691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	111981849	rs9860819	C	T	8691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr3	111981878	rs9809384	T	C	10275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr3	111981924	rs9809404	T	C	8869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr3	111983197	rs6788397	C	T	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.32;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	111984970	rs4682098	T	C	273.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=239;SC=TTTAGTTGGGTAGTTTTCAAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=111984978;WS=111984969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	111985107	rs9872691	T	C	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	111993691	rs11324928	TC	T	233.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=2;PP=221;SC=ACATCAGCTTTCAGAAAATAC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=111993699;WS=111993681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	111993716	rs6805112	G	A	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=3;PP=135;SC=TTCTGATGTTGAGAAAAATTT;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=9;WE=111993724;WS=111993706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	111996554	rs9828502	T	C	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=53;NR=30;PP=1346;SC=AGGTCTCTTATAGCAGCTGCG;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=83;WE=111996562;WS=111996544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	111996730	rs9809174	G	A	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=24;PP=786;SC=TTTACAATTAGAAAAATCAGA;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=111996738;WS=111996720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	111997510	rs12632408	T	A	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.75;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	111997791	rs13314977	G	A	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=15;PP=398;SC=TCTAACAGTAGAGAAAGACAA;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=111997799;WS=111997781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	111999736	rs147052896	A	ACTTGTTTTCT	636.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=2962;SC=CAGTTTCACTACTTTTCATGA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=111999744;WS=111999726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	112005423	rs7621431	T	C	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=3;PP=204;SC=ATTGAAAATATTGAGCTAAAG;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=112005431;WS=112005413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	112052173	rs9883527	T	C	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=36;PP=915;SC=CTTCGGCTCTTGCCACAATCT;SOR=0.961;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=73;WE=112052181;WS=112052163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	112059768	rs1131199	C	G	3542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.04;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	112066360	rs7612748	C	T	5460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=73;PP=2965;SC=AGGACTCAGACCAGGTGCTTA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=113;TCR=73;TR=186;WE=112066368;WS=112066350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr3	112184927	rs2171513	A	G	5130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=104;NR=59;PP=2965;SC=TGATCATTCAATGGTCCCTGT;SOR=1.275;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=104;TCR=59;TR=163;WE=112184935;WS=112184917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr3	112185025	rs9288952	G	A	10628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=192;NR=176;PP=2965;SC=TCTTGAGTTCGGTCCAATGAC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=368;TCF=192;TCR=176;TR=368;WE=112185033;WS=112185015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr3	112190137	rs2931761	G	T	6514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr3	112253058	rs35560667	C	CA	4544.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.453;NF=54;NR=66;PP=1367;ReadPosRankSum=1.156;SC=CTAAATTTCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.736;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=146;TCF=62;TCR=84;TR=120;WE=112253066;WS=112253048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:20,231:0.92:251
chr3	112253193	rs11381118	C	CA	2859.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=-1.616;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,186:0.69:268
chr3	112267523	rs9809247	G	A	7983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=181;PP=2965;SC=TAACTAGCACGTAATCTGCTA;SOR=1.477;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=100;TCR=181;TR=281;WE=112267531;WS=112267513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr3	112280218	rs2279532	G	A	3181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=39;PP=2076;SC=TTGCCCCGCCGGAGAAAGCGG;SOR=1.302;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=70;TCR=40;TR=109;WE=112280226;WS=112280208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	112289320	rs9869455	G	A	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=7;PP=570;SC=GTAATCAAGTGCAGTGTAATT;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=112289328;WS=112289310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	112289372	rs9869579	G	A	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	112301458	rs5851844	C	CCTTAGTAAT	3597.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=14;PP=2900;SC=TAAGGTTTTCCCTTTAAAAAT;SOR=1.997;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=39;WE=112301466;WS=112301448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	112338027	rs13084615	T	C	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=300;ReadPosRankSum=-0.268;SC=GGTGAAGGCTTTGGGCCTAAT;SOR=0.869;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=19;WE=112338035;WS=112338017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr3	112415652	rs10934180	G	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=1.981;SC=ATCAGGAGCTGAAAGAGGACA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=3;WE=112415660;WS=112415642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr3	112538571	rs35585943	CT	C	1130.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=454;ReadPosRankSum=2.303;SC=TACAATGATACTTTTTTTTTT;SOR=1.199;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=27;WE=112538579;WS=112538561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,56:0.97:58
chr3	112546473	rs1997281	G	A	6030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=120;NR=95;PP=2965;SC=TTCTTAATGCGATAGGAGGGC;SOR=0.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=120;TCR=95;TR=215;WE=112546481;WS=112546463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr3	112642568	rs9865242	C	G	4726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr3	112647613	rs1466872	T	C	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=13;NR=8;PP=378;SC=TTCTTAACTCTTTTAAAAGAA;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=112647621;WS=112647603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	112647832	rs9826308	A	C	3776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	112647988	rs9868053	C	T	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=22;PP=1630;SC=CATTTGTTTCCGTCACAAATC;SOR=1.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=75;WE=112647996;WS=112647978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	112648125	rs6438117	G	T	12841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.78;QD=44.59;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr3	112648127	rs4596117	T	G	12841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.77;QD=44.74;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr3	112648222	rs2171509	T	C	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=67;PP=2160;SC=TGTTTCTTTCTTGTAGGCTTT;SOR=1.502;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=38;TCR=67;TR=103;WE=112648230;WS=112648212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	112666859	rs2133946	C	T	3275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=81;PP=2577;SC=TTTTCACATTCTTCAGACTAT;SOR=2.282;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=29;TCR=82;TR=109;WE=112666867;WS=112666848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	112709828	rs2272393	C	G	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=8;PP=571;SC=TCTCTCTGCCCGTCTTCTGGG;SOR=1.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=112709836;WS=112709818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	112719791	rs200301737	CA	C	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=6.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.535;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr3	112727184	rs2306857	A	T	11091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=159;NR=224;PP=2965;SC=CTTTGCACAAAACTTTTGGCA;SOR=1.165;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=383;TCF=159;TCR=224;TR=383;WE=112727192;WS=112727174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr3	112732309	rs5851869	GT	G	382.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.566;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.20;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,26:0.90:29
chr3	112738318	rs2293560	C	T	7733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr3	112738625	rs7633507	C	T	2302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=60;PP=1737;SC=AGGAGCCCGGCGGGAGGCTGC;SOR=1.694;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=86;WE=112738633;WS=112738615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	112935138	rs4682130	C	G	3151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=68;PP=1778;ReadPosRankSum=-1.329;SC=GAGGTTTTCTCTTCAGTCTGA;SOR=0.756;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=255;TCF=128;TCR=127;TR=134;WE=112935146;WS=112935128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,152:0.53:289
chr3	112991312	rs3814398	C	T	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.014;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,108:0.41:266
chr3	112991842	rs11717833	A	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=241;ReadPosRankSum=0.432;SC=GCTCCTAACTACATCCCTCCC;SOR=0.560;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=14;WE=112991850;WS=112991832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr3	112991959	rs11710894	C	T	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.482;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,66:0.39:169
chr3	112997554	rs775228	A	G	3971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.242;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=93;PP=2457;ReadPosRankSum=-1.806;SC=TGGCCAGCAAAGAGCAGCAGA;SOR=0.561;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=440;TCF=215;TCR=225;TR=191;WE=112997562;WS=112997544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,206:0.43:477
chr3	112998090	rs3856720	T	C	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=312;ReadPosRankSum=0.172;SC=ATACGGTCTTTCCCAGCCCCA;SOR=0.628;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=67;TCF=53;TCR=14;TR=23;WE=112998098;WS=112998080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,29:0.39:74
chr3	112998265	rs2649878	A	G	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=41;PP=891;ReadPosRankSum=0.526;SC=CCATCCCCCCATCGCGGCTGT;SOR=0.660;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=215;TCF=108;TCR=107;TR=84;WE=112998273;WS=112998255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,93:0.39:236
chr3	112999611	rs775229	A	G	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=669;ReadPosRankSum=0.114;SC=ATAAACCTGCATCTGGTGTGA;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=36;TCR=77;TR=49;WE=112999619;WS=112999601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,52:0.42:125
chr3	113003595	rs775222	G	C	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=42;PP=1208;ReadPosRankSum=0.568;SC=GGACTCCCCGGCGTGGCCGTC;SOR=0.603;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=210;TCF=122;TCR=88;TR=95;WE=113003603;WS=113003585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,99:0.45:222
chr3	113005743	rs146459508	G	GT	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.14;MQRankSum=2.118;QD=6.86;ReadPosRankSum=-1.655;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,37:0.45:83
chr3	113005753	.	T	TA	472.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.43;MQRankSum=-1.931;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.761;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,37:0.43:87
chr3	113005754	rs5022662	A	T	608.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.45;MQRankSum=2.129;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.618;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,39:0.44:88
chr3	113010303	rs17321330	G	A	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.31;ReadPosRankSum=2.239;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr3	113010466	rs2291905	T	C	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=33;PP=819;SC=AGGATAAGACTGCCTTTCCTA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=113010474;WS=113010456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	113012797	rs810209	G	A	4341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr3	113012974	rs775217	A	G	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=47;PP=1442;SC=TAGAGTTTGGAATATGCTATA;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=75;WE=113012982;WS=113012964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	113013848	rs11398178	A	AT	1662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=36;PP=1665;SC=TTGATTAAAGATAAGAATATA;SOR=3.080;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=36;WE=113013856;WS=113013838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	113015436	rs808949	G	C	3386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=11;PP=2469;SC=CAAGGCCTAAGATCCTGGGGC;SOR=3.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=91;TCR=11;TR=102;WE=113015444;WS=113015427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	113015553	rs808950	A	C	19455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=739;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=375;NR=312;PP=2965;SC=CCAAAGATCAACCCCCTTCTC;SOR=0.888;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=688;TCF=376;TCR=312;TR=687;WE=113015561;WS=113015543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,736:1.00:736
chr3	113015660	rs2270781	G	A	4365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=106;PP=2469;ReadPosRankSum=1.149;SC=AACAGAAAGCGTTTGAAGGGC;SOR=0.625;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=473;TCF=219;TCR=254;TR=201;WE=113015668;WS=113015650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,223:0.44:511
chr3	113022870	rs4682484	T	C	6548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr3	113022996	rs2270782	G	A	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=31;PP=959;SC=AAAGAAAATAGACAAAAACAC;SOR=1.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=113023004;WS=113022986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	113027214	rs775231	A	C	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=595;SC=TAGTCACTAGAAAAATAACTC;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=113027222;WS=113027204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	113092197	rs1463640	A	G	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.894;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=389;ReadPosRankSum=-1.342;SC=ATCCATGATGAACAAAAGCAT;SOR=0.313;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=29;WE=113092205;WS=113092187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr3	113119301	rs7647220	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=72;ReadPosRankSum=0.437;SC=GGAAAATCCCCAAATGCTCTT;SOR=0.184;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=7;WE=113119309;WS=113119291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr3	113125966	rs73237123	A	G	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.045;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=451;ReadPosRankSum=0.234;SC=AAACATTTACATATTTCATAG;SOR=1.086;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=88;TCF=27;TCR=61;TR=34;WE=113125974;WS=113125956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,39:0.42:93
chr3	113135345	rs12635786	A	C	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.62;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,54:0.55:98
chr3	113135543	rs12630518	G	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=-0.312;SC=GATTAATGCAGTATTTAGCAT;SOR=0.593;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=6;WE=113135551;WS=113135533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr3	113145006	rs73239107	C	T	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=5.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=-1.209;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,71:0.40:179
chr3	113146130	rs59722850	T	C	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.955;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,60:0.39:154
chr3	113152596	rs2291413	T	A	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=470;ReadPosRankSum=-1.640;SC=CATATTTCATTAGCACCAAAC;SOR=0.874;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=32;WE=113152604;WS=113152586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr3	113164109	rs2054823	A	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=212;ReadPosRankSum=-0.393;SC=AGGGAAAGGGAAGTAATAAAT;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=17;WE=113164117;WS=113164099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr3	113165288	rs4619761	A	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.208;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=361;ReadPosRankSum=0.399;SC=TGTTTTTCCTAAAAAGGTAAA;SOR=1.519;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=18;WE=113165296;WS=113165278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr3	113169372	.	G	GA	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.560;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,24:0.25:97
chr3	113207758	rs7625841	G	A	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=750;ReadPosRankSum=-0.777;SC=GAAAAAACCTGAGAGTTGTAA;SOR=0.721;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=122;TCF=82;TCR=40;TR=57;WE=113207766;WS=113207748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,61:0.44:139
chr3	113211953	rs3732804	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=75;ReadPosRankSum=1.090;SC=ACAACTAGCACTTGTTGATAT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=6;WE=113211961;WS=113211950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr3	113225530	.	G	GA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.245;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr3	113233563	rs2306069	C	T	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.927;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=480;ReadPosRankSum=-0.167;SC=CGCTCCCGGTCCCAAAGCACC;SOR=1.218;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=105;TCF=44;TCR=61;TR=35;WE=113233571;WS=113233553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,45:0.36:124
chr3	113251962	rs61738949	C	A	3481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=71;PP=2155;ReadPosRankSum=-1.231;SC=CCCCAGGCAGCCCCCGGCACC;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=371;TCF=215;TCR=156;TR=168;WE=113251970;WS=113251951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,178:0.44:404
chr3	113285423	rs2271495	T	C	1912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.00;ReadPosRankSum=-1.389;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,99:0.41:239
chr3	113286405	rs2292511	C	T	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.375;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,89:0.46:193
chr3	113300183	rs2271494	A	T	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.844;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=23;PP=871;ReadPosRankSum=-0.630;SC=GATGCTTTCCATTTTATTCCT;SOR=0.967;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=143;TCF=89;TCR=54;TR=66;WE=113300191;WS=113300173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,73:0.46:158
chr3	113300351	rs9863703	T	G	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=780;ReadPosRankSum=0.740;SC=ATAGTGTACTTACTGGGCCAG;SOR=0.638;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=96;TCF=39;TCR=57;TR=54;WE=113300359;WS=113300341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,62:0.58:107
chr3	113300390	rs62265520	T	C	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=430;ReadPosRankSum=0.957;SC=ATCCATGATGTGCCTAGGATC;SOR=0.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=35;WE=113300398;WS=113300380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,41:0.67:61
chr3	113302118	rs62265521	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=304;ReadPosRankSum=-2.030;SC=ATGTGAAAGTCCTTTCCAAGG;SOR=0.602;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=16;WE=113302126;WS=113302108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr3	113302425	rs2271493	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=-1.554;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr3	113304171	rs41271363	G	A	2251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.192;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=58;PP=1395;ReadPosRankSum=1.737;SC=TCTGTGTAACGCTTGCAGCAC;SOR=1.059;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=214;TCF=97;TCR=117;TR=98;WE=113304179;WS=113304161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,108:0.44:244
chr3	113320477	rs33990195	C	T	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=2.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=1.110;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,97:0.38:258
chr3	113323787	rs3732797	G	A	3988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=92;PP=2232;ReadPosRankSum=0.980;SC=TGTTTTACGCGCTGCCCGTGA;SOR=0.810;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=393;TCF=200;TCR=193;TR=181;WE=113323795;WS=113323777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,200:0.47:429
chr3	113373930	rs930818	A	G	7423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=145;NR=113;PP=2965;SC=ATCAGGAAGCACTGTGGCTAT;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=259;TCF=146;TCR=113;TR=258;WE=113373938;WS=113373920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr3	113376110	rs10606566	TTGC	T	9381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=100;PP=2997;SC=GTTGTTGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=0.786;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=175;TCF=27;TCR=148;TR=125;WE=113376126;WS=113376084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,227:1.00:228
chr3	113376145	.	GCTT	G	2438	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=27;MQ=60.25;NF=24;NR=100;PP=2438;QD=19.7016129032;SC=TGCTGCTGCTGCTTTATGTAG;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=162;TCF=34;TCR=128;TR=124;WE=113376155;WS=113376135;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:38,124:0.77:162
chr3	113377150	rs190594852	C	A	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.161;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=52;PP=1339;ReadPosRankSum=-0.411;SC=GTTTGCTCTACAAAGGTACAG;SOR=0.639;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=282;TCF=150;TCR=132;TR=107;WE=113377158;WS=113377140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,119:0.39:304
chr3	113442784	.	C	CA	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.310;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=1.776;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr3	113499458	rs1430944	G	A	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=15;PP=841;SC=CTTTAGGTCTGTCTCTCAAAG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=113499466;WS=113499448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	113557690	rs9990079	G	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.032;NF=24;NR=4;PP=459;ReadPosRankSum=1.739;SC=GCGCGCGCTGGAGGTGGGCGC;SOR=1.113;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=80;TCF=65;TCR=15;TR=28;WE=113557698;WS=113557680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,31:0.35:88
chr3	113557787	rs66781755	AGCC	A	16371.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=150;PP=2948;SC=CCGTCAGGTAAGCCGCGGGCC;SOR=0.901;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=215;TCF=57;TCR=158;TR=197;WE=113557797;WS=113557777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr3	113594377	rs13079383	A	G	3522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=1.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.21;ReadPosRankSum=-1.291;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,183:0.43:429
chr3	113595156	rs2712350	C	G	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=33;PP=964;SC=AAGAAAATCTCCCTCATACTC;SOR=1.238;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=55;WE=113595164;WS=113595146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	113619872	rs2632244	C	T	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	113632112	.	T	C	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.861;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=421;ReadPosRankSum=0.428;SC=TGGCGCGCGCTTGTAATCCCA;SOR=2.921;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=24;WE=113632120;WS=113632102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr3	113634682	rs78547874	A	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=350;ReadPosRankSum=-2.018;SC=TAGAAATATAATAGGTTAGTC;SOR=0.610;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=26;WE=113634690;WS=113634672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,32:0.46:69
chr3	113655207	rs3765114	C	T	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.238;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=38;PP=1053;ReadPosRankSum=0.177;SC=GAACCTTCAACCGAACAGCAG;SOR=0.679;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=122;TCR=99;TR=85;WE=113655215;WS=113655197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,91:0.37:244
chr3	113656833	rs1963015	C	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.799;SOR=0.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr3	113656852	rs5851908	C	CA	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=1.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr3	113659308	rs2029228	G	C	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=603;ReadPosRankSum=0.032;SC=CCCCCTGCTAGAGCCAACTAC;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=24;TCR=57;TR=37;WE=113659316;WS=113659298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr3	113664183	rs68028538	CAG	C	792.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.761;NF=16;NR=3;PP=697;ReadPosRankSum=-1.440;SC=GCATAAAAAACAGAAATTTTC;SOR=0.541;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=19;WE=113664192;WS=113664173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr3	113673125	rs11921691	A	G	2405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=50;PP=1410;ReadPosRankSum=-2.683;SC=GGCTCTTCCAAGATGCCAGCT;SOR=0.657;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=274;TCF=139;TCR=135;TR=105;WE=113673133;WS=113673115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,121:0.40:302
chr3	113679725	rs3732785	C	T	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.380;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=576;ReadPosRankSum=-0.570;SC=GATGAGTGATCTTGTGTGGGA;SOR=1.335;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=95;TCF=35;TCR=60;TR=37;WE=113679733;WS=113679715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,39:0.38:103
chr3	113720624	rs6438178	C	T	5794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=137;PP=2965;SC=GATAGTCAAGCGTCTACCAAA;SOR=2.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=55;TCR=137;TR=191;WE=113720632;WS=113720614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr3	113729786	rs201851070	CG	C	2733.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.761;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.336;NF=5;NR=47;PP=1766;ReadPosRankSum=-0.711;SC=TTCAGGAGCTCGGCGCCATGC;SOR=0.953;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=108;TCF=15;TCR=93;TR=52;WE=113729794;WS=113729776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,88:0.53:165
chr3	113784007	rs34428541	A	AT	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=-1.519;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr3	113795834	rs7631864	G	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=309;ReadPosRankSum=0.139;SC=GGGATGCAGGGAAGGAGTGCT;SOR=0.665;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=18;WE=113795842;WS=113795824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr3	113801826	rs13086657	C	T	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.558;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=250;ReadPosRankSum=0.846;SC=TTGTAGACTTCGTCTTGTCAG;SOR=1.062;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=23;WE=113801834;WS=113801816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr3	113858350	rs2251177	C	T	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=6;PP=470;SC=TACTTACTTGCTGGGGGAAGC;SOR=1.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=26;WE=113858358;WS=113858340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	113890815	rs6280	C	T	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	113955055	rs11316836	GA	G	482.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.728;QD=3.33;ReadPosRankSum=0.695;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,50:0.34:145
chr3	113955164	rs3732782	T	G	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.606;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.161;NF=46;NR=37;PP=1072;ReadPosRankSum=1.411;SC=GTAGCCAAAGTCCTTTCTATG;SOR=0.618;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=185;TCF=98;TCR=87;TR=83;WE=113955172;WS=113955154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,95:0.45:213
chr3	113955265	rs6438190	G	A	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.359;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=923;ReadPosRankSum=0.110;SC=CACATTCTTTGCACTCGTAGG;SOR=0.793;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=109;TCF=55;TCR=54;TR=56;WE=113955273;WS=113955255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,59:0.50:118
chr3	113955320	rs6438191	C	T	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.164;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=952;ReadPosRankSum=-0.618;SC=GAAAACAGAGCGGTAGGTGAA;SOR=0.443;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=124;TCF=72;TCR=52;TR=58;WE=113955328;WS=113955310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,62:0.47:133
chr3	114832354	rs6787503	G	C	2594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=54;PP=1592;ReadPosRankSum=-0.759;SC=CTCCAACAGGGTCTGCAGCAC;SOR=0.686;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=182;TCF=97;TCR=85;TR=112;WE=114832362;WS=114832344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,117:0.58:200
chr3	115529068	.	ATC	A	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.718;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=102;ReadPosRankSum=1.197;SC=GGTCTCCCCCATCTCTCTCTC;SOR=0.340;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=4;WE=115529077;WS=115529058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr3	115561556	rs2944401	A	G	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=332;ReadPosRankSum=-0.445;SC=CTCCATTTGTATGAATTATGT;SOR=1.139;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=22;WE=115561564;WS=115561546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr3	115571364	rs3821560	C	T	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=0.906;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,96:0.59:164
chr3	116163634	rs138580275	GAC	G	1063.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=1.445;QD=13.30;ReadPosRankSum=-0.612;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,49:0.61:80
chr3	116728295	rs11381408	G	GA	521.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.647;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=513;ReadPosRankSum=-0.267;SC=CTTAATTAAAGAAAAAATACC;SOR=0.377;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=19;WE=116728303;WS=116728285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr3	118269774	rs9816586	A	G	5054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;QD=25.92;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr3	118269825	rs57227846	GT	G	1087.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.684;QD=13.77;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,65:0.82:79
chr3	118621664	rs36052974	C	A	4703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=106;PP=2835;ReadPosRankSum=0.566;SC=GGCTGACTGACTCTGTGTTTC;SOR=0.721;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=441;TCF=231;TCR=210;TR=222;WE=118621672;WS=118621654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,238:0.50:477
chr3	118621833	rs73185803	T	C	2042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=54;PP=1067;ReadPosRankSum=-0.627;SC=ATAAAGTCGTTGTTAGGATTT;SOR=0.543;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=157;TCF=59;TCR=98;TR=89;WE=118621841;WS=118621823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,99:0.55:179
chr3	118624369	rs62275716	C	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=280;ReadPosRankSum=-1.434;SC=TCAGCAGAACCCTTCATTTTC;SOR=0.804;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=24;WE=118624377;WS=118624359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr3	118624631	rs6782002	G	A	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.151;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=479;ReadPosRankSum=-0.401;SC=AGAAATCAGCGGAAGACCATA;SOR=1.042;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=33;WE=118624639;WS=118624621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr3	118645113	rs74997453	G	C	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.07;ReadPosRankSum=0.143;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr3	118645118	rs9848979	A	G	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.68;ReadPosRankSum=0.127;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr3	118645201	rs16829163	A	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=-0.075;SC=CCCTTAGATTACACTGTTTTG;SOR=0.593;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=10;WE=118645209;WS=118645191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr3	118648879	rs12495725	A	G	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.128;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,42:0.49:85
chr3	118649060	rs2903250	G	T	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,74:0.47:158
chr3	118865801	rs4077931	C	T	2205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.139;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=34;PP=1249;ReadPosRankSum=-1.651;SC=AAAGACCTTCCGTACAGATTG;SOR=0.703;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=159;TCF=89;TCR=70;TR=84;WE=118865809;WS=118865791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,99:0.53:187
chr3	118866376	rs56317615	C	T	3804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=2.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=-1.757;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,192:0.48:399
chr3	118866515	rs9864127	C	T	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=27;PP=796;SC=AGGGGTACAACGGAAGGGCAC;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=118866523;WS=118866505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	118867047	rs9289122	C	G	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-1.556;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,27:0.33:83
chr3	118870025	rs11373158	A	AC	3577.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.023;NF=21;NR=30;PP=1856;ReadPosRankSum=-0.731;SC=TGACCACATAATTTTGCTCAG;SOR=0.681;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=109;TCF=39;TCR=70;TR=51;WE=118870033;WS=118870015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,108:0.49:219
chr3	118870222	rs73185896	G	C	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=516;ReadPosRankSum=-1.119;SC=AACAAAGTACGTACAACTCTG;SOR=0.626;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=28;TCR=51;TR=29;WE=118870230;WS=118870212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,33:0.38:86
chr3	118909159	rs9840317	A	G	3281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=59;NR=53;PP=1831;SC=GCAACACAACAAGACTTTGTG;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=60;TCR=53;TR=112;WE=118909167;WS=118909149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	118909962	rs3796356	T	C	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=52;PP=1188;SC=GTAAGACCTGTGGTCTTGGGG;SOR=1.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=77;WE=118909970;WS=118909952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	118909987	rs3796357	C	T	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=35;PP=985;SC=GCCATTTTTACTTACTGGTGG;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=118909995;WS=118909977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	118913261	rs36002465	T	TC	4975.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=78;PP=2519;SC=TCCTCTCTCCTCCCAAGACTT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=10;TCR=80;TR=88;WE=118913271;WS=118913251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	118922650	rs55795433	C	CA	811.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=1;PP=871;ReadPosRankSum=0.765;SC=AACAAACAAACAAAAAAATCT;SOR=5.892;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=31;WE=118922658;WS=118922645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr3	118930791	rs5868	G	C	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=12;PP=2049;SC=GCTATCAGCAGCTGCAACCAG;SOR=3.080;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=76;TCR=12;TR=88;WE=118930799;WS=118930781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	118931389	rs6784208	C	T	11596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr3	118935284	rs68075325	CACGCACAT	C	473.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-0.494;QD=22.56;ReadPosRankSum=0.706;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr3	118935300	rs73187814	C	T	526.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-0.467;QD=22.90;ReadPosRankSum=-1.236;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chr3	118948618	rs4422293	G	C	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=17;PP=1627;SC=GAGATGTTTTGATACAGGCAA;SOR=2.242;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=57;TCR=17;TR=74;WE=118948626;WS=118948608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	118948716	rs4422294	G	A	7744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=152;NR=107;PP=2965;SC=ACACAGAAGGGCAGTTGTCAA;SOR=0.905;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=152;TCR=107;TR=259;WE=118948724;WS=118948706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr3	119013928	rs3732412	A	T	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.122;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=486;ReadPosRankSum=-1.142;SC=TCGAGTTGTGATAGAGTCGGT;SOR=2.929;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=101;TCF=36;TCR=65;TR=35;WE=119013936;WS=119013918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,23:0.30:77
chr3	119109837	rs78837524	G	A	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,53:0.57:93
chr3	119112559	rs935616	A	G	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=284;ReadPosRankSum=-0.722;SC=TAAATTAACTAGGGGAAGAGG;SOR=1.292;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=14;WE=119112567;WS=119112549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr3	119118104	rs4688001	A	G	6127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=89;PP=2965;SC=CAGTGCCTGTAGAAGGTAAGA;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=119;TCR=89;TR=208;WE=119118112;WS=119118094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr3	119120577	rs10511390	G	C	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=493;ReadPosRankSum=-0.534;SC=TGCCTCTCTAGTATTCAAATG;SOR=1.119;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=79;TCF=56;TCR=23;TR=37;WE=119120585;WS=119120567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,47:0.50:94
chr3	119128628	rs1463139	A	G	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.30;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	119128634	rs1463138	T	C	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.05;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	119133183	rs3732413	G	A	6694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=114;PP=2965;SC=TTCAAAGGGCGGCCCGGAAAG;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=108;TCR=115;TR=222;WE=119133191;WS=119133173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr3	119133554	rs61740281	G	A	2768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.327;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=63;PP=1703;ReadPosRankSum=2.775;SC=TGAAAGACGCGCACAAGGCCC;SOR=0.724;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=311;TCF=157;TCR=154;TR=125;WE=119133562;WS=119133544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,136:0.42:327
chr3	119153798	rs34023538	G	A	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.425;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=47;PP=1128;ReadPosRankSum=-1.259;SC=GGCAAGGCCAGCTGTATTTTT;SOR=0.557;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=127;TCF=46;TCR=81;TR=78;WE=119153806;WS=119153788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,88:0.62:143
chr3	119169978	rs13096213	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=1.104;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr3	119171280	rs1919586	C	G	8407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=149;NR=146;PP=2965;SC=AGAATATAGTCAATGAACTGT;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=295;TCF=149;TCR=146;TR=295;WE=119171288;WS=119171270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr3	119188895	rs6438531	C	G	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.006;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=945;ReadPosRankSum=0.718;SC=AAAATGCTCTCGCATGGGAAA;SOR=1.646;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=49;WE=119188903;WS=119188885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr3	119196166	rs3732420	T	C	2573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=54;PP=1281;ReadPosRankSum=-1.516;SC=ACAGGTGTAGTGGTGTTGAGC;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=108;TCR=90;TR=116;WE=119196174;WS=119196156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,126:0.57:223
chr3	119196334	rs3732419	G	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=265;ReadPosRankSum=0.673;SC=ATGGAGAGTGGTCCTCTAGGA;SOR=0.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=17;WE=119196342;WS=119196324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr3	119197285	rs4688005	A	G	8504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=156;NR=157;PP=2965;SC=ATTGTTTGTCATGAAACTCAC;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=313;TCF=156;TCR=157;TR=313;WE=119197293;WS=119197275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr3	119197387	rs13078816	G	A	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.586;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=43;PP=915;ReadPosRankSum=0.428;SC=AAGTATGACCGTCGGTATACT;SOR=0.535;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=117;TCF=41;TCR=76;TR=68;WE=119197395;WS=119197377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,69:0.58:118
chr3	119198873	rs4688007	G	A	10903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr3	119211294	rs1997341	A	G	2420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=47;PP=1261;ReadPosRankSum=-1.503;SC=AGTAGTCATCATAGGACCATA;SOR=0.638;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=96;TCR=80;TR=102;WE=119211302;WS=119211284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,117:0.60:194
chr3	119211384	rs11556604	T	G	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=602;ReadPosRankSum=-0.989;SC=CTTGAATATCTGCTATCAAGC;SOR=1.059;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=99;TCF=42;TCR=57;TR=44;WE=119211392;WS=119211374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,45:0.42:107
chr3	119222585	rs11358423	CT	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr3	119305169	rs20569	G	A	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.703;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=11;PP=752;ReadPosRankSum=0.834;SC=AGCTGAAGCCGGGCAAGCCCA;SOR=1.059;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=114;TCF=85;TCR=29;TR=48;WE=119305177;WS=119305159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,49:0.41:119
chr3	119305379	rs25676	T	A	3330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=78;PP=2131;ReadPosRankSum=1.044;SC=CAGCCTATGCTGTGAATAGCA;SOR=0.691;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=282;TCF=136;TCR=146;TR=149;WE=119305387;WS=119305369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,158:0.52:303
chr3	119325907	rs2251566	G	A	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=368;ReadPosRankSum=-2.463;SC=GGCAACAAGGGGAGGAATGAA;SOR=1.028;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=22;WE=119325915;WS=119325897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr3	119327604	rs5852212	GC	G	1162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.600;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.09;MQRankSum=1.233;NF=15;NR=15;PP=862;ReadPosRankSum=0.311;SC=TTCTTTTTTGGCCCCCTGTCT;SOR=0.512;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=30;WE=119327612;WS=119327594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,48:0.40:119
chr3	119327653	rs1723969	T	C	2395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.016;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.185;NF=66;NR=42;PP=1458;ReadPosRankSum=1.305;SC=TTGACACATTTATTAGAACCC;SOR=0.823;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=263;TCF=157;TCR=106;TR=108;WE=119327661;WS=119327643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,119:0.42:284
chr3	119328449	rs3832185	CAGGCTTT	C	1704.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=1001;ReadPosRankSum=0.510;SC=GCCCATCCTCCAGGCTTTAGA;SOR=0.605;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=20;WE=119328463;WS=119328439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,46:0.42:109
chr3	119331874	rs2272270	C	T	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.084;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=626;ReadPosRankSum=0.814;SC=GCCTGGACCCCGCTGGACCTG;SOR=0.793;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=131;TCF=73;TCR=58;TR=52;WE=119331882;WS=119331864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,60:0.41:148
chr3	119331892	rs2272269	C	G	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.027;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=685;ReadPosRankSum=0.914;SC=CTGAGTACACCAGGGCCAGTG;SOR=0.768;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=138;TCF=76;TCR=62;TR=56;WE=119331900;WS=119331882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,64:0.41:157
chr3	119332042	rs2272268	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=233;ReadPosRankSum=1.497;SC=TAGCTCTGTGGCCCTGGGCAG;SOR=1.194;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=15;WE=119332050;WS=119332032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr3	119334986	rs2247660	G	A	4800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=79;PP=2758;SC=TGGCAACCCCGGAGATTGAAA;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=72;TCR=79;TR=151;WE=119334994;WS=119334976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr3	119336728	rs4688020	C	T	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=452;SC=CACTAATATTCTGAAAAAGTG;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=119336736;WS=119336718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	119338492	rs61733986	G	A	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.891;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=435;ReadPosRankSum=1.660;SC=CCAGTGCTCCGTACTGCAGTG;SOR=1.064;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=78;TCF=34;TCR=44;TR=35;WE=119338500;WS=119338482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,38:0.42:90
chr3	119338956	rs2280669	A	G	4544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr3	119339010	rs1877595	G	A	4608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=80;NR=73;PP=2289;SC=TAAATGTGAAGTAAAAATGTG;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=80;TCR=73;TR=153;WE=119339018;WS=119339000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr3	119339054	rs1877594	C	T	3418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	119348345	rs3054091	A	AT,ATT	2410.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=5.927;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.32;ReadPosRankSum=0.287;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:52,80,81:0.38,0.38:213
chr3	119361250	rs8007	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.350;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=54;ReadPosRankSum=0.755;SC=GAAAAGAGGCATGCCTATCAG;SOR=0.180;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=7;WE=119361258;WS=119361240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr3	119362318	rs67683909	A	G	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.76;ReadPosRankSum=-0.067;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr3	119362369	rs6783324	G	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=231;ReadPosRankSum=0.221;SC=CTTAAAATACGCTACACATTT;SOR=0.616;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=19;WE=119362377;WS=119362359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr3	119367390	rs2688643	T	C	2977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	119395799	rs2280578	A	C	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=8.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=1.230;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,36:0.34:106
chr3	119395870	.	CGGGG	C,CG	497.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=35.55;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,7,7:0.50,0.50:14
chr3	119395912	rs191351133	G	A	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=1.913;QD=17.10;ReadPosRankSum=-0.641;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr3	119395929	.	GGGCAGAA	G	879.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.804;NF=7;NR=23;PP=1043;ReadPosRankSum=-0.481;SC=AGAGGGCAGAGGGCAGAAGGC;SOR=0.646;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=62;TCF=9;TCR=53;TR=30;WE=119395944;WS=119395919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr3	119395962	rs373100398	GAGGGCAGAGGCCGT	G	1036.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.151;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.831;NF=5;NR=25;PP=2973;ReadPosRankSum=-0.637;SC=GCAGAAGGCAGAGGGCAGAGG;SOR=0.412;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=52;TCF=6;TCR=46;TR=30;WE=119395983;WS=119395952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr3	119422204	rs7624672	T	C	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=38;PP=1191;SC=ACGGTTGTCCTTGGTCGGGTG;SOR=2.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=119422212;WS=119422194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	119428734	rs114121988	C	T	3343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=81;PP=2144;ReadPosRankSum=1.681;SC=TTGTTTATGCCGTATCCAAGT;SOR=0.687;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=273;TCF=131;TCR=142;TR=155;WE=119428742;WS=119428724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,159:0.55:288
chr3	119434527	rs6438544	G	C	5030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr3	119445181	rs75370053	G	A	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=-0.881;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,48:0.59:82
chr3	119445268	rs116774784	C	T	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.28;ReadPosRankSum=-1.402;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr3	119459639	rs34948068	A	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=357;ReadPosRankSum=-2.367;SC=TAATGAAATGATGAAAAAGAA;SOR=1.112;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=23;WE=119459647;WS=119459629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr3	119459682	.	T	TTGTGTGTGTGTG	145	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr3	119501580	rs3841391	G	GC	871.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.747;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=799;ReadPosRankSum=1.031;SC=AGTGCTGGCAGCCCCCTGAGG;SOR=1.596;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=25;WE=119501588;WS=119501570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,36:0.47:76
chr3	119501748	rs116598923	C	T	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.188;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=30;PP=827;ReadPosRankSum=1.423;SC=CCCACAGAACCGAGTCTTGCC;SOR=0.342;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=137;TCF=66;TCR=71;TR=69;WE=119501756;WS=119501738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,76:0.50:151
chr3	119501780	rs2472668	G	A	4421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=60;PP=1893;SC=AGTGCCACCAGGTCCTTCTTC;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=103;WE=119501788;WS=119501770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	119501798	rs2461831	T	A	3788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	119521776	rs115649056	G	T	2958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=2.476;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,150:0.52:290
chr3	119529113	rs3732356	G	T	2772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=73;PP=1981;SC=CGTGGGTGTGGGCATGCTTGT;SOR=2.608;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=18;TCR=74;TR=91;WE=119529121;WS=119529103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	119533733	rs6785049	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.334;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=232;ReadPosRankSum=0.499;SC=TCTTCCTCTCGCCCCCAACTT;SOR=2.140;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=16;WE=119533741;WS=119533723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr3	119533773	rs6797879	T	C	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=27;PP=1814;SC=CTGGTGCCGGTCTGTGGGCTG;SOR=1.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=64;TCR=27;TR=91;WE=119533781;WS=119533763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	119533910	rs4058490	T	C	7730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=1.108;SC=CAGTGTTCAATGCGGAGACTG;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=148;TCR=137;TR=280;WE=119533918;WS=119533900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,305:0.99:307
chr3	119534153	rs2276707	C	T	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.01;ReadPosRankSum=0.333;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,39:0.50:78
chr3	119595503	rs1719895	A	G	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=156;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=74;SC=CATGATTTGAATATGTCCCCC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=119595511;WS=119595493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	119721171	rs12108149	T	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=407;ReadPosRankSum=-1.064;SC=AGGTAAACTATATTCTTTATT;SOR=0.380;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=24;WE=119721179;WS=119721161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr3	119886548	rs9858566	G	C	12371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=213;NR=199;PP=2965;SC=GGCTAAAGCCGAGCTCCTTGG;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=413;TCF=214;TCR=199;TR=412;WE=119886556;WS=119886538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr3	119886705	.	C	CCCA	6833.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DP=424;ExcessHet=3.0103;FS=8.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.47;ReadPosRankSum=-0.055;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,179:0.43:415
chr3	119886706	.	GTGA	G	6830.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.688;ClippingRankSum=0.000;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=6.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.54;ReadPosRankSum=0.192;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,176:0.43:413
chr3	119886776	rs902790	T	A	6648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=134;PP=2965;SC=AGCCGCCTCTTTCTGGTAGGA;SOR=1.134;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=104;TCR=134;TR=237;WE=119886784;WS=119886766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr3	119892121	rs13064815	C	G	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=10;PP=945;SC=ATGATTGGATCCTTTACAGGG;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=119892129;WS=119892111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	119900260	rs1488764	T	C	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=17;PP=357;SC=AAGAGGTCAATGAGCAGTAGG;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=119900268;WS=119900250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	119904125	rs902791	A	G	7693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.06;ReadPosRankSum=-0.883;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,305:0.99:307
chr3	119904315	rs902792	G	C	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=40;PP=1247;SC=TTGTGAACATGCTGGAGCATG;SOR=1.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=59;WE=119904323;WS=119904305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	119905641	rs2319542	G	A	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=47;NR=50;PP=1673;SC=CTGCAAAAGAGTCAAGGTCAA;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=97;WE=119905649;WS=119905631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	119911667	rs2319543	G	A	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=18;PP=1480;SC=ATGAGAAACAGGAACTTTGGA;SOR=1.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=68;WE=119911675;WS=119911657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	119962322	rs1492272	G	C	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=8;PP=1131;SC=GCACAATACCGACCTAGATCT;SOR=2.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=47;WE=119962330;WS=119962312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	120067797	rs4676696	G	A	4519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=76;NR=70;PP=2729;SC=GGTTGTTCTTGGCCAGCAGCG;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=77;TCR=71;TR=146;WE=120067805;WS=120067787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr3	120123953	rs1147701	T	A	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=49;PP=1326;SC=TCAGAGGGCCTTGGCAACAAA;SOR=3.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=59;WE=120123961;WS=120123943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	120130883	rs67083358	GACACACACACACACATACATGC	G	3501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.44;NF=3;NR=37;PP=2296;SC=TCGACACACAGACACACACAC;SOR=1.252;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=40;WE=120130914;WS=120130873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	120134720	rs3215378	A	AG	1534.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=5;PP=1158;SC=TCCGCAAGGTACCACATTGGC;SOR=2.362;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=26;WE=120134728;WS=120134710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	120134883	rs2272515	T	C	7548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr3	120169641	rs1147708	T	C	3263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=85;NR=81;PP=2243;SC=GGCCCCGCGCTGACCTGGGAA;SOR=1.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=86;TCR=81;TR=166;WE=120169654;WS=120169631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	120320851	rs181436575	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=70;ReadPosRankSum=-0.765;SC=TTAGTTCCTCGGATTACTGTT;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=5;WE=120320859;WS=120320841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr3	120365010	rs1862942	G	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=382;ReadPosRankSum=-0.838;SC=GAGAAAAGTGGAAGTTTGAGT;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=27;WE=120365018;WS=120365000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr3	120371414	rs2551607	G	A	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=800;ReadPosRankSum=-0.258;SC=GAGCAGTAGGGAGGGTGTGGA;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=71;TCR=64;TR=61;WE=120371422;WS=120371404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,70:0.45:155
chr3	120389316	rs2255543	T	A	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.408;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,66:0.37:179
chr3	120389491	rs17140269	A	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=108;ReadPosRankSum=-0.871;SC=AACGACCTGTAGGCTCTAATG;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=120389499;WS=120389481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr3	120394604	rs2733825	T	A	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=17;PP=798;ReadPosRankSum=0.571;SC=AGGAATAGGATTCAGAGCTCT;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=79;TCR=36;TR=54;WE=120394612;WS=120394594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,55:0.45:121
chr3	120409526	rs2288096	C	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=253;ReadPosRankSum=-0.496;SC=TCCATAAAAGCCTGCCTCATT;SOR=1.127;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=16;WE=120409534;WS=120409516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr3	120413158	rs7612975	G	A	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=27;PP=818;SC=GCATATTTCTGTAGGCATAAT;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=120413166;WS=120413148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	120428621	rs11720353	T	C	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=3.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=4.062;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,92:0.56:165
chr3	120461576	rs7647895	T	C	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=339;ReadPosRankSum=1.453;SC=AGGGGCGTGGTTCATTTAAGC;SOR=0.760;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=19;WE=120461584;WS=120461566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr3	120500446	rs2229308	T	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=233;ReadPosRankSum=0.136;SC=TGTGCAAAGATTGATGGTAGA;SOR=0.420;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=12;WE=120500454;WS=120500436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr3	120833994	rs17195251	G	A	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=27;PP=735;SC=TATTTGATACGTCTATTACTA;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=120834002;WS=120833984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	121100116	rs35624942	GT	G	1718.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=17;PP=1074;SC=AATTTGTGTGGTTTTTTTTTA;SOR=2.215;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=53;WE=121100124;WS=121100104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	121100414	rs17740072	A	G	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=41;PP=901;ReadPosRankSum=-1.263;SC=CTTCACTGTTACTTTTTCAAA;SOR=0.580;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=144;TCF=53;TCR=91;TR=67;WE=121100422;WS=121100404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,74:0.48:154
chr3	121137976	rs6782025	C	T	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	121138015	rs6782033	C	T	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	121154974	rs1381057	T	C	7037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=151;NR=91;PP=2965;SC=CAAACCTGTTTGGTCACTTTG;SOR=1.192;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=151;TCR=91;TR=242;WE=121154982;WS=121154964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr3	121155198	rs2030531	C	T	3938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=77;PP=2259;SC=GTCCACAGTTCAGTGCTCACA;SOR=1.194;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=57;TCR=77;TR=134;WE=121155206;WS=121155188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	121168344	rs3218650	G	A	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.297;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=596;ReadPosRankSum=1.864;SC=TCATTAGGATGCGAATTTCGG;SOR=1.077;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=119;TCF=49;TCR=70;TR=48;WE=121168352;WS=121168334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,58:0.43:134
chr3	121186543	rs1381058	A	G	4347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=99;PP=2965;SC=ATATATGAAAAAGGTCTGATT;SOR=2.014;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=38;TCR=99;TR=137;WE=121186551;WS=121186533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	121195302	.	TACACAC	T,TAC	4661.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.583;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.84;ReadPosRankSum=1.688;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,18,97:0.15,0.83:117
chr3	121202433	rs201304336	TA	T	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=1.945;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,37:0.33:113
chr3	121208833	rs3218649	G	C	4415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr3	121212277	rs11351457	AT	A	2569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.227;NF=30;NR=37;PP=1244;ReadPosRankSum=0.030;SC=TAAAATTGACATTTTTTTTTT;SOR=1.355;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=67;WE=121212286;WS=121212267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,126:0.98:128
chr3	121228833	rs3732406	A	C	3871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=38;PP=2473;SC=CAGTCATACAACCTCACTAAA;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=94;TCR=38;TR=132;WE=121228841;WS=121228823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	121238749	rs702018	G	A	6970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=138;NR=110;PP=2965;SC=TGCCAGCACGGCCAACCATCT;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=250;TCF=138;TCR=112;TR=248;WE=121238757;WS=121238739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr3	121241058	rs13059229	C	G	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=59;PP=1741;SC=GTGTATCTGTCTAAATCATAA;SOR=1.686;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=92;TCF=30;TCR=62;TR=89;WE=121241066;WS=121241048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	121263720	rs702017	C	A	10798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=186;NR=208;PP=2965;SC=TAGCTTGTCTCTTTCGTAGTC;SOR=0.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=394;TCF=186;TCR=208;TR=394;WE=121263728;WS=121263710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr3	121265176	rs3806614	G	A	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=22;PP=1379;SC=AGATTGAGAAGCATTATGCAA;SOR=1.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=74;WE=121265184;WS=121265166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	121265522	rs11714774	A	C	3692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	121295834	rs67439929	C	T	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.88;ReadPosRankSum=-0.042;SOR=1.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr3	121339354	rs7640859	T	C	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=632;ReadPosRankSum=0.605;SC=AACCTAACTGTTTTTCTTACT;SOR=0.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=69;TCR=29;TR=40;WE=121339362;WS=121339344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,41:0.41:100
chr3	121350583	rs1128159	C	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=3.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.63;ReadPosRankSum=0.511;SOR=0.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr3	121350593	rs1128158	C	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=366;ReadPosRankSum=-1.289;SC=CTGTCCAGAACCTCATCTGGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=17;WE=121350601;WS=121350583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr3	121350616	rs1128154	G	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=438;ReadPosRankSum=0.471;SC=GACATTTGCAGCAGGAATAGG;SOR=2.342;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=24;WE=121350624;WS=121350606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr3	121350966	rs9869984	C	G	5962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr3	121351315	rs150627065	G	GGGCTCAGGCTCA	4313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FS=0.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.87;MQRankSum=4.541;QD=9.10;ReadPosRankSum=5.760;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,211:0.45:474
chr3	121351480	rs9815500	T	C	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=45;PP=1329;SC=ACTGATAAGATCCCCCGCCCT;SOR=3.219;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=53;WE=121351488;WS=121351470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	121352068	rs150795147	C	CT	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.401;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
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chr3	121353328	rs6770842	A	C	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=35;PP=836;ReadPosRankSum=1.078;SC=AGGGCATGGCACTTGAAGGAA;SOR=0.678;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=107;TCF=37;TCR=70;TR=55;WE=121353336;WS=121353318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,59:0.52:113
chr3	121354381	rs7620842	A	T	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=287;SC=CACTTTAGCCACCAAAGTGCT;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=15;WE=121354389;WS=121354373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	121354583	rs3772126	G	A	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=31;PP=1007;ReadPosRankSum=-0.412;SC=AAGCCTCACCGGCTTCTATGG;SOR=0.726;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=174;TCF=99;TCR=75;TR=74;WE=121354591;WS=121354573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,84:0.43:194
chr3	121361646	rs12487377	G	A	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.972;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=623;ReadPosRankSum=0.182;SC=TGAACAAAAAGTAAATAAAAT;SOR=1.231;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=92;TCF=59;TCR=33;TR=45;WE=121361654;WS=121361636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,50:0.49:103
chr3	121361787	rs2070178	G	A	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=712;ReadPosRankSum=0.937;SC=TCTGAGATGTGTGCTTCTCCA;SOR=0.746;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=59;WE=121361795;WS=121361777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,66:0.63:105
chr3	121366123	rs9818402	C	T	2753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.42;ReadPosRankSum=0.561;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,128:0.67:191
chr3	121366377	rs7356043	A	G	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=753;ReadPosRankSum=0.429;SC=GAAGCCTTGAAGTCTGTCCTG;SOR=0.648;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=94;TCF=35;TCR=59;TR=50;WE=121366385;WS=121366367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,53:0.52:102
chr3	121383297	rs7153	G	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.101;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=435;ReadPosRankSum=1.114;SC=CAAGTTTTGAGGGGAGTGGTC;SOR=0.414;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=32;WE=121383305;WS=121383287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr3	121387060	rs56109033	T	C	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.945;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr3	121388362	rs11363204	AT	A	351.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=14;PP=246;SC=AAAAAGCATAATTTTTTTTTG;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=14;WE=121388370;WS=121388352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	121396049	rs3835145	T	TA	1088.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=8.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.325;QD=16.01;ReadPosRankSum=1.115;SOR=1.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr3	121396060	rs78322216	C	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=5.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.693;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.103;SOR=1.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,36:0.42:86
chr3	121400725	rs1463736	G	A	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=412;ReadPosRankSum=-0.275;SC=TTAACCAAAGGGAAAGTAAAA;SOR=0.509;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=28;WE=121400733;WS=121400715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr3	121412892	rs11915822	A	G	6797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=0.288;SC=GTCTCTTCCAAGTGGACTTTT;SOR=0.577;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=556;TCF=274;TCR=282;TR=296;WE=121412900;WS=121412882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,317:0.53:597
chr3	121414061	rs1127412	C	T	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=1029;ReadPosRankSum=-0.240;SC=AGATACATTACCTTCTATCTG;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=67;TCR=81;TR=65;WE=121414069;WS=121414051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,73:0.46:160
chr3	121414217	rs35674179	C	A	2849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.855;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=45;PP=1879;ReadPosRankSum=-0.118;SC=TGTTTCCATACACTCTTTAGC;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=138;TCR=85;TR=118;WE=121414225;WS=121414207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,127:0.52:246
chr3	121415720	rs3732410	T	C	4615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=102;PP=2903;ReadPosRankSum=-0.055;SC=CAAGCGATTATAGTCATCTTT;SOR=0.617;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=512;TCF=278;TCR=234;TR=213;WE=121415728;WS=121415710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,236:0.43:554
chr3	121416623	rs3732407	G	C	4435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.961;NF=111;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.305;SC=CATTTTCTCAGTCATACTAAA;SOR=0.790;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=405;TCF=221;TCR=184;TR=198;WE=121416631;WS=121416613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,207:0.48:429
chr3	121418765	rs11927625	T	C	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=47;PP=1131;ReadPosRankSum=-0.450;SC=CTTTAGAAGATATATGTGGAG;SOR=0.630;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=163;TCF=65;TCR=98;TR=81;WE=121418773;WS=121418755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,87:0.50:175
chr3	121433906	rs55964762	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=40;ReadPosRankSum=1.042;SC=ATACACTGTATGCTGTTTACT;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=121433914;WS=121433896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr3	121433926	rs9854052	T	A	132.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=102;SC=TAGTTTAGTTTCCTTAGTTAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=121433934;WS=121433916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	121435621	rs9832267	T	C	9299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.14;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr3	121435624	rs9812411	C	T	9338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.05;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr3	121437097	rs56286202	C	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr3	121447911	rs1919554	A	C	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.550;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=2;PP=572;ReadPosRankSum=0.511;SC=TAAGAAAAAAAAAAACAAAAC;SOR=2.294;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=53;TCF=47;TCR=6;TR=30;WE=121447919;WS=121447901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr3	121449612	rs7643293	G	T	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=16;PP=798;ReadPosRankSum=-0.520;SC=CTTAATCCTCGCTTCACCTAG;SOR=0.779;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=90;TCF=66;TCR=24;TR=57;WE=121449620;WS=121449602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,66:0.62:107
chr3	121500510	rs57816005	A	AAT	678.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.03;MQRankSum=0.000;QD=10.77;ReadPosRankSum=2.332;SOR=1.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr3	121507415	rs4073474	C	T	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.176;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=30;PP=708;ReadPosRankSum=1.208;SC=CCCAATTCTACTATTTTACCA;SOR=1.469;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=66;TCF=14;TCR=52;TR=36;WE=121507423;WS=121507405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,37:0.53:70
chr3	121508830	rs6802815	A	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=585;ReadPosRankSum=0.663;SC=GTCCAAATTTAAAAAAAAATC;SOR=0.859;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=71;TCF=56;TCR=15;TR=37;WE=121508838;WS=121508820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr3	121514458	rs141330650	TA	T	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.227;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr3	121515940	.	A	AT	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=-0.627;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr3	121518315	rs77787916	G	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=103;ReadPosRankSum=1.569;SC=ACTTGATGCCGGACTGTGTCC;SOR=0.551;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=6;WE=121518323;WS=121518305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr3	121526099	rs4582090	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=-1.610;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr3	121526204	rs4543051	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.685;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr3	121527903	rs35072741	C	CT	333.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.694;QD=10.43;ReadPosRankSum=0.261;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr3	121563271	rs11717089	C	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=225;ReadPosRankSum=-0.783;SC=TTACATTTTACAAAAATTGGT;SOR=0.646;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=18;WE=121563279;WS=121563261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr3	121563494	rs77198814	G	T	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=301;ReadPosRankSum=0.949;SC=ATTGGTTAAAGTAATTAGTAA;SOR=1.262;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=16;WE=121563502;WS=121563484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr3	121573729	rs9834185	T	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=8;HapScore=2;MGOF=64;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=28;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GAAATGTCAATAAAAAATTTA;SOR=0.039;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=4;WE=121573737;WS=121573719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	121613205	rs4603998	G	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=86;ReadPosRankSum=0.901;SC=GAGTTAAACTGAGTTGCTGAA;SOR=0.616;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=10;WE=121613213;WS=121613195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr3	121631841	rs1523519	G	A	5667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr3	121643163	rs2293611	G	C	4175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=42;PP=2676;SC=CTTTTCTTCAGACATCAACTA;SOR=1.564;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=98;TCR=42;TR=139;WE=121643171;WS=121643153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	121659197	rs3817599	G	A	2309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=22;PP=1321;SC=CAGTGAAGGGGGTTTGTTTAC;SOR=1.320;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=71;WE=121659205;WS=121659187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	121712051	rs2877561	A	C	3367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=1.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.02;ReadPosRankSum=-2.030;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,168:0.50:336
chr3	121712805	rs3915061	G	C	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.365;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=621;ReadPosRankSum=0.512;SC=GAGGCTGGACGGCAGGGACAA;SOR=0.545;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=54;WE=121712813;WS=121712795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,66:0.55:119
chr3	121712980	rs3915060	C	T	3935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=1.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.993;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,201:0.48:419
chr3	121720605	.	C	G	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=-1.272;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr3	121724038	rs3942629	G	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.894;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=21;PP=948;ReadPosRankSum=-0.428;SC=GCCAGGCCTGGTGTCTGCACC;SOR=0.316;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=187;TCF=119;TCR=68;TR=64;WE=121724064;WS=121724028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,32:0.35:92
chr3	121810427	rs57304749	CT	C	7385.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.416;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.244;NF=29;NR=172;PP=2986;ReadPosRankSum=0.211;SC=CAAGTTTTACCTTTTTTTTTC;SOR=0.528;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=230;TCF=33;TCR=197;TR=201;WE=121810436;WS=121810410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,338:1.00:339
chr3	121825197	rs2681417	G	A	10405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=225;NR=153;PP=2965;SC=GTATGATGGTGTTATGCAGAA;SOR=1.029;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=378;TCF=225;TCR=153;TR=378;WE=121825205;WS=121825187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr3	121836966	rs10580127	TGA	T	5836.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=54;PP=2974;SC=GAGACATTGATGAGAGAGAGG;SOR=0.721;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=75;TCF=17;TCR=58;TR=68;WE=121836975;WS=121836956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	121838319	rs1129055	G	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=437;ReadPosRankSum=-1.524;SC=ATCTGATGAAGCCCAGCGTGT;SOR=0.909;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=38;WE=121838327;WS=121838309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,43:0.53:81
chr3	121976253	rs9869985	G	A	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=43;PP=1219;SC=GCCTTCTCAGGCGGGGCACTG;SOR=3.098;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=52;WE=121976261;WS=121976243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	122000871	rs4678174	C	T	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=38;PP=2038;SC=TGCCCAAACTCCTCCCTCTTA;SOR=1.125;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=76;TCR=38;TR=113;WE=122000879;WS=122000861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	122003045	rs2036400	G	C	21663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=800;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.15;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,798:1.00:798
chr3	122003832	rs1801726	G	C	14777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=238;PP=2965;SC=GACCCGACACGAGCCATTACT;SOR=0.868;Source=Platypus;TCF=238;WE=122003840;WS=122003822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,542:1.00:542
chr3	122004098	rs4677948	A	T	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=28;PP=839;SC=GTCCCAGGGAAGAGGAATCGC;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=122004106;WS=122004088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	122056432	rs17589	C	T	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=16;PP=757;SC=ATGAGACTTACGGAAAATTGG;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=50;WE=122056440;WS=122056422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	122081659	rs9857709	AA	GC	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=5.316;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=-5.086;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,28:0.19:145
chr3	122128466	rs4306808	G	C	2738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=26;PP=1867;SC=TGCTCAGTGTGCAAGCAGCAG;SOR=1.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=67;TCR=26;TR=93;WE=122128474;WS=122128456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	122128519	rs10511410	G	C	2986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=48;PP=1851;ReadPosRankSum=1.252;SC=GCTGTCATCAGTGCAAGGTAA;SOR=0.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=125;TCR=77;TR=126;WE=122128527;WS=122128509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,137:0.62:222
chr3	122133830	rs3749213	T	G	6076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.669;SC=TACCTGACACTATCAAGGACC;SOR=0.584;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=519;TCF=248;TCR=271;TR=277;WE=122133838;WS=122133820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,292:0.54:542
chr3	122145810	rs4677950	T	A	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.25;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	122168341	rs3749209	C	A	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=15;PP=1020;ReadPosRankSum=-0.507;SC=ATGTACAATCCATTAATATTT;SOR=0.469;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=105;TCF=81;TCR=24;TR=62;WE=122168349;WS=122168331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,67:0.61:109
chr3	122172930	.	G	GA	55	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=55;QD=12.6666666667;SC=TTCTGTACATGAAAAAAAGAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=6;WE=122172938;WS=122172920;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:23,6:0.21:29
chr3	122186141	rs75578364	A	G	2039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=36;PP=1174;ReadPosRankSum=0.397;SC=TTCATCACAAAAACACTGAAA;SOR=0.621;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=154;TCF=92;TCR=62;TR=85;WE=122186149;WS=122186131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,98:0.57:173
chr3	122186188	rs4678193	C	T	7514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr3	122215166	rs10625209	A	AAC,AACACACACACAC	710.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=6.021;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23,23;NR=2,2;PP=688,1172;ReadPosRankSum=-0.310;SC=AGAAGGGGAAAACACACACAC;SOR=3.702;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=25,25;WE=122215177;WS=122215164;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.41,0.38:32
chr3	122247606	rs7628052	A	G	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=49;PP=1091;ReadPosRankSum=0.685;SC=AAAGGAAAAAATAAAATAAAA;SOR=0.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=56;TCR=79;TR=83;WE=122247614;WS=122247596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,89:0.61:146
chr3	122259606	rs9851180	T	C	4899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.200;SC=GTGGGCCTCATACATCTCTTC;SOR=0.715;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=386;TCF=196;TCR=190;TR=215;WE=122259614;WS=122259596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,227:0.56:405
chr3	122259745	rs9831600	G	T	1586.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.17;MQRankSum=5.614;QD=10.72;ReadPosRankSum=-2.221;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,53:0.36:148
chr3	122259782	rs9868934	A	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.436;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=4.544;NF=6;NR=26;PP=555;ReadPosRankSum=1.697;SC=CTGTCTCACAAGCTGGAGTGC;SOR=2.176;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=81;TCF=24;TCR=57;TR=32;WE=122259790;WS=122259772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,22:0.30:73
chr3	122269380	rs1979853	A	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.807;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=137;ReadPosRankSum=0.349;SC=ATGTTGCTGAATGAATGAATG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=122269388;WS=122269376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr3	122274757	rs73192127	G	C	3046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=1.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.329;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,150:0.49:309
chr3	122285005	rs12485294	G	A	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=479;ReadPosRankSum=-2.355;SC=CCCATGTGCTGGGCACGTACA;SOR=0.619;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=28;WE=122285013;WS=122284995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr3	122287289	rs9839782	T	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.781;NF=13;NR=2;PP=263;ReadPosRankSum=-0.853;SC=ATGGTAGGCCTGCATGCTGAG;SOR=1.292;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=15;WE=122287297;WS=122287279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr3	122288210	rs2332285	G	A	2946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.941;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=61;PP=1842;ReadPosRankSum=-1.279;SC=TCCAAGGACAGGCAGGTAGAT;SOR=0.580;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=254;TCF=142;TCR=112;TR=128;WE=122288218;WS=122288200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,144:0.49:291
chr3	122290579	rs2036342	C	T	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=42;PP=1089;ReadPosRankSum=0.460;SC=AGCTGAAAGCCAAAGGAATTG;SOR=0.736;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=78;TCR=71;TR=85;WE=122290587;WS=122290569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,94:0.54:174
chr3	122296647	rs7632426	G	A	2112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.701;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=59;PP=1269;ReadPosRankSum=0.010;SC=CGTGCTGCCGGCCGGGAACCG;SOR=0.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=191;TCF=81;TCR=110;TR=99;WE=122296655;WS=122296637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,106:0.50:211
chr3	122334243	rs6778786	C	T	4380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=101;PP=2642;ReadPosRankSum=-1.713;SC=TGCCCTGCCCCCTGCTCACCT;SOR=0.630;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=423;TCF=206;TCR=217;TR=200;WE=122334251;WS=122334229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,218:0.48:450
chr3	122354037	rs1106346	A	G	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=60;PP=1515;ReadPosRankSum=0.311;SC=GTGCTGGGAAAAATGGTAAGG;SOR=0.781;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=245;TCF=112;TCR=133;TR=106;WE=122354045;WS=122354027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,109:0.42:261
chr3	122354052	rs1106345	A	G	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=56;PP=1354;ReadPosRankSum=0.082;SC=GTAAGGAAGCAAGTAATTTGG;SOR=0.803;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=214;TCF=93;TCR=121;TR=94;WE=122354060;WS=122354042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,97:0.42:231
chr3	122354792	rs12489170	G	A	3286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=79;PP=1974;ReadPosRankSum=1.764;SC=CTTCACAAAGGGACGTGCAGG;SOR=0.733;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=452;TCF=227;TCR=225;TR=157;WE=122354800;WS=122354782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,176:0.36:489
chr3	122406060	rs17270151	T	A	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=644;ReadPosRankSum=-0.007;SC=TGACTTCCACTATGCAGGATG;SOR=0.830;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=139;TCF=60;TCR=79;TR=50;WE=122406068;WS=122406050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,62:0.38:162
chr3	122418750	rs11719086	G	A	2170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.683;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=48;PP=1408;ReadPosRankSum=0.521;SC=GTACAAGTCAGGGAGTTAATA;SOR=0.594;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=196;TCF=99;TCR=97;TR=98;WE=122418758;WS=122418740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,103:0.49:210
chr3	122422536	rs75403907	T	C	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.980;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=370;ReadPosRankSum=1.534;SC=TAGTAATCATTGATGAATGCT;SOR=0.957;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=29;WE=122422544;WS=122422526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr3	122423251	rs62263931	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=90;ReadPosRankSum=0.366;SC=TTCTGATTGCCCTTAATCAGT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=122423259;WS=122423250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr3	122432969	rs79967746	A	G	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=375;ReadPosRankSum=1.458;SC=GTTAAGTCATAGCATTCCATC;SOR=0.776;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=18;WE=122432977;WS=122432959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr3	122437321	rs7645033	T	C	12048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr3	122437834	rs3821688	A	G	3347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.665;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=89;PP=2218;ReadPosRankSum=-0.704;SC=CTTGTCATCCACTATTTCACA;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=268;TCF=106;TCR=162;TR=146;WE=122437842;WS=122437824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,154:0.54:287
chr3	122437863	rs17271133	C	T	1888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.970;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=52;PP=1084;ReadPosRankSum=-0.261;SC=GGGCATAACACTATTTGGTAC;SOR=0.538;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=171;TCF=53;TCR=118;TR=78;WE=122437871;WS=122437853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,90:0.48:188
chr3	122471407	rs72280610	TA	T	1512.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=3.592;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.33;MQRankSum=0.890;QD=12.40;ReadPosRankSum=-1.866;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:18,104:0.85:122
chr3	122474121	rs61756481	G	C	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.024;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,83:0.37:227
chr3	122474284	rs11437723	T	TA	516.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.61;ReadPosRankSum=0.172;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr3	122474305	rs6794019	C	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=368;ReadPosRankSum=0.534;SC=AAAAAAGATACAAGTTAGTAC;SOR=1.314;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=20;WE=122474313;WS=122474295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr3	122477795	rs2137210	G	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=232;ReadPosRankSum=0.761;SC=GCTGACCTGGGAGTGGAATCT;SOR=0.368;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=20;WE=122477803;WS=122477785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr3	122478032	.	C	CCA	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=1.231;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr3	122478041	rs73856704	C	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=5.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.791;SOR=1.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr3	122487796	rs111824677	T	TA	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=215;ReadPosRankSum=0.129;SC=GTTTTTTTTTTAAAATAAAGA;SOR=1.085;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=7;WE=122487804;WS=122487786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr3	122512631	rs3806643	G	A	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=19;PP=521;SC=CCACAGGAAGGAGCCCCGGCG;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=122512639;WS=122512621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	122513964	rs891406	A	C	179.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=55;SC=CCTGCTGCTCAGGACTATTCT;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=122513972;WS=122513954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	122525555	rs35035359	G	GT	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.24;ReadPosRankSum=1.297;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr3	122525895	rs141921733	TA	T	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.871;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=835;ReadPosRankSum=0.862;SC=TAGAAGCGTTTATTTTTTTAC;SOR=1.460;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=0;TCR=53;TR=22;WE=122525903;WS=122525884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr3	122605544	rs9864868	G	A	2461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=39;PP=1217;ReadPosRankSum=-1.518;SC=AAACTGTGCAGATATTTTACA;SOR=0.650;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=105;TCR=73;TR=94;WE=122605552;WS=122605534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,118:0.55:213
chr3	122629589	rs7622250	A	G	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=168;SC=CCCGGGAGGCAGAGCTTGCAA;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=10;WE=122629597;WS=122629579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	122630323	rs2303982	T	G	3803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=43;PP=1498;SC=ATGAGGTAGGTCCGGTTTCTT;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=86;WE=122630331;WS=122630313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	122630346	rs2303983	T	C	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=41;PP=1304;SC=ACCTGCACAGTCGGTGGCCTC;SOR=1.319;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=68;WE=122630354;WS=122630336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	122631896	rs2276782	A	T	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=57;PP=1904;SC=GCGCAGGAGGACCTCCACCAG;SOR=1.390;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=36;TCR=57;TR=93;WE=122631904;WS=122631886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	122640902	rs181328300	C	T	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=3.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=-2.082;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,68:0.38:180
chr3	122642401	rs2276780	G	A	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=43;PP=1847;SC=GAATCAGCTTGTGGCTGGTAA;SOR=0.960;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=64;TCR=43;TR=107;WE=122642423;WS=122642391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	122642415	rs2276779	G	C	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=48;PP=2060;SC=CTGGTAATCTGGGGGTAAGGC;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=74;TCR=48;TR=122;WE=122642423;WS=122642391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	122642590	rs2276778	G	A	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=50;PP=1620;SC=CAGAAGCCGCGATGCTGTTTC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=90;WE=122642598;WS=122642580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	122658093	rs55699792	G	A	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=438;SC=CTCCCTCCACGTACATTGCGG;SOR=2.925;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=122658101;WS=122658083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	122680141	rs13094003	A	G	4038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr3	122680171	rs4677985	A	G	3644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=58;PP=1896;SC=AATTTTGGGTAAGTCATGGAT;SOR=1.027;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=58;TCR=58;TR=116;WE=122680179;WS=122680161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	122680240	rs34020905	C	A	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=38;PP=1180;SC=CCCCAGGGACCACATGGTTGC;SOR=1.134;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=68;WE=122680248;WS=122680230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	122694820	rs895076	A	T	7494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.33;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr3	122694930	rs9968193	C	T	3140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=70;PP=1814;ReadPosRankSum=1.480;SC=CCTTCTGACCCTCACGCAGCC;SOR=0.686;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=303;TCF=144;TCR=159;TR=137;WE=122694938;WS=122694920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,156:0.47:335
chr3	122807995	rs836860	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.124;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=275;ReadPosRankSum=-1.921;SC=ACTCACAGTCGTTGGCTCCTT;SOR=1.318;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=21;WE=122808003;WS=122807985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr3	122811042	rs836863	A	G	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=11;PP=846;SC=CACAGGCCCTAGCACTGTTGA;SOR=1.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=122811050;WS=122811032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	122811187	.	G	GT	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=0.581;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,31:0.18:176
chr3	122821108	rs2717233	C	T	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=8;PP=1073;SC=CACCCTCTAGCTCTCACAGCC;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=122821116;WS=122821098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	122821385	rs2241961	T	C	7063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=107;NR=141;PP=2965;SC=AAGTGCCAAATGCTTTCATTG;SOR=1.138;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=107;TCR=142;TR=248;WE=122821393;WS=122821375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr3	122821478	rs2241962	T	A	1360.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.538;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.62;ReadPosRankSum=-1.601;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,63:0.95:66
chr3	122821671	rs2241963	AT	GA	11226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=111;NR=101;PP=2947;SC=GTTCTCAGCAATGGTGGAGTC;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=216;TCF=111;TCR=105;TR=212;WE=122821680;WS=122821661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr3	122834887	rs836839	A	T	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=10;PP=834;SC=CCACTGATACAGTAAGCTCTT;SOR=2.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=122834895;WS=122834877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	122835210	rs836840	A	G	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	122835232	rs2278668	T	C	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=23;PP=640;SC=GGGACAGGTTTTGAAATGGTG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=122835240;WS=122835222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	122843110	rs861375	G	T	12735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=219;NR=240;PP=2965;SC=GTTTCTCCACGTTTCACAGGA;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=460;TCF=220;TCR=240;TR=459;WE=122843118;WS=122843100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr3	122843212	rs2305051	C	T	7066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=141;PP=2965;SC=GTGTGTGTGTCAGTGGGCGTG;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=112;TCR=141;TR=253;WE=122843220;WS=122843189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr3	122864436	rs8739	G	A	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=2.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=2.190;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,89:0.42:212
chr3	122864587	rs3215241	TAGAC	T	506.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.26;MQRankSum=1.318;NF=0;NR=10;PP=419;ReadPosRankSum=-0.768;SC=TAGAACATCTTAGACAGATGG;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=10;WE=122864598;WS=122864577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr3	122865136	rs2673345	T	A	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.209;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,49:0.45:109
chr3	122869041	rs11720822	C	T	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=5;PP=1810;ReadPosRankSum=0.547;SC=CTAAAAATCTCTCCTTATGGC;SOR=0.849;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=47;TCR=8;TR=38;WE=122869061;WS=122869031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,45:0.70:64
chr3	122869053	rs11720885	G	A	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.988;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=13;PP=1810;ReadPosRankSum=0.648;SC=CCTTATGGCTGCCTCCCCACT;SOR=0.995;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=85;TCF=63;TCR=22;TR=56;WE=122869061;WS=122869031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,63:0.67:94
chr3	122873923	rs2717225	G	C	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=1.180;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,80:0.34:234
chr3	122880118	rs3828393	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.626;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=282;ReadPosRankSum=0.840;SC=TGGGGTCCAGGCCTCAGCCTG;SOR=0.148;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=17;WE=122880126;WS=122880108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr3	123008519	rs4677881	T	G	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=388;SC=GCGGATGCGGTATGGGGTATG;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=123008527;WS=123008516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	123010034	rs149775261	C	T	4380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=70;PP=2789;ReadPosRankSum=1.482;SC=TCCAGCTCAACGTAGAACTCG;SOR=0.849;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=415;TCF=256;TCR=159;TR=193;WE=123010042;WS=123010024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,210:0.47:443
chr3	123010276	rs9809236	G	A	3904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=104;PP=2725;ReadPosRankSum=1.129;SC=CCCAGATGTCGGCCCCTCCAC;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=368;TCF=150;TCR=218;TR=173;WE=123010284;WS=123010266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,178:0.46:384
chr3	123014877	rs9881951	C	T	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=5;PP=1030;SC=CTGTTGTCTCCGCCACCTGCT;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=45;WE=123014885;WS=123014867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	123015094	rs9882534	G	C	4843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=78;NR=87;PP=2262;SC=GGCCTGAGACGGCCGTGGCTC;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=78;TCR=88;TR=165;WE=123015102;WS=123015084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr3	123018963	rs4482616	A	G	4739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr3	123021838	rs9877581	A	G	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=9;PP=1049;SC=GAGCAGCTGCAGTGACAGTGG;SOR=2.958;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=53;WE=123021846;WS=123021828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	123021870	rs9844212	G	C	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.863;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=746;ReadPosRankSum=-2.065;SC=GGACTCTTCAGCACTCCCTTC;SOR=0.279;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=49;WE=123021878;WS=123021860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,51:0.55:92
chr3	123022740	.	G	GAAGAGAAGAA	2011.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.31;QD=34.69;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	123037047	rs4327330	A	C	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=9;PP=320;SC=ACACCCAGGGAAGCCACTCAT;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=123037055;WS=123037037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	123047478	rs9855635	A	G	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.887;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=43;PP=1246;ReadPosRankSum=-0.519;SC=AGCCACCCACAGCTGTCACTC;SOR=0.466;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=217;TCF=133;TCR=84;TR=101;WE=123047486;WS=123047468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,101:0.46:219
chr3	123047666	rs9855969	A	G	6014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=122;PP=2965;SC=ATGGAGCAGGAGTAAAGCTGG;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=83;TCR=122;TR=205;WE=123047674;WS=123047656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr3	123049707	rs9829332	G	T	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=584;ReadPosRankSum=-0.795;SC=CCCAGGGAGGGAGACGGTACC;SOR=0.848;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=107;TCF=77;TCR=30;TR=41;WE=123049715;WS=123049697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,47:0.39:122
chr3	123049938	rs6806529	A	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.469;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=560;ReadPosRankSum=-1.343;SC=GAGAAGCAAAAAGATTCACCC;SOR=1.112;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=70;TCF=16;TCR=54;TR=31;WE=123049946;WS=123049928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr3	123066555	rs112525497	A	AAAGG	9635.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=49;PP=2918;SC=TGCCCACTTGAAAGGAAGTGG;SOR=1.212;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=121;TCF=48;TCR=73;TR=88;WE=123066563;WS=123066545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr3	123167249	rs4678027	G	A	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=10;PP=271;SC=CGCGGGCAGAGCCCCCGGGGG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=123167257;WS=123167239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	123332875	rs11399895	G	GT	592.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=-0.896;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,60:0.34:175
chr3	123338956	rs5852344	T	TA	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=4.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.948;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.116;SOR=0.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,49:0.19:261
chr3	123378534	rs39639	C	G	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=27;PP=884;SC=GATGAAAACTCTCAGAAAAGA;SOR=1.140;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=123378542;WS=123378524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	123411589	rs40305	G	A	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=21;PP=748;ReadPosRankSum=2.801;SC=TACCATCCACGGTGACTTGGC;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=73;TCR=45;TR=55;WE=123411597;WS=123411579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,54:0.43:126
chr3	123418913	rs865358	G	A	18311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=309;NR=357;PP=2965;SC=GGGTCTTTCCGTTCAGCGTCC;SOR=0.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=668;TCF=310;TCR=358;TR=666;WE=123418921;WS=123418903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,699:1.00:699
chr3	123440967	rs820355	G	A	12142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=212;NR=209;PP=2965;SC=GTGCCCAGAGGCTCCTACCAT;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=423;TCF=212;TCR=211;TR=421;WE=123440975;WS=123440957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,464:1.00:464
chr3	123444785	rs820329	A	T	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.65;ReadPosRankSum=-1.009;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,101:0.45:223
chr3	123451773	rs9833275	G	C	3231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=35;PP=1857;SC=CTACAGGACAGCTGGCCTTGG;SOR=1.227;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=67;TCR=35;TR=102;WE=123451781;WS=123451763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	123452838	rs4678047	G	A	5497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=86;PP=2965;SC=GAAGGACCGGGGTCTGCGGGG;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=83;TCR=87;TR=169;WE=123452846;WS=123452828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr3	123456432	rs2168439	C	T	4599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=104;PP=2810;SC=CAAATCTGCTCACCTTCTGGC;SOR=1.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=51;TCR=104;TR=155;WE=123456440;WS=123456422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	123457711	rs2198766	C	A	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=11;PP=1220;SC=CTAATACAGGCTGGATCAGGG;SOR=2.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=59;WE=123457719;WS=123457701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	123457893	rs9840993	G	A	9082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=165;NR=158;PP=2965;SC=TCCACTGCTGGAGCTGAAAAT;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=324;TCF=165;TCR=159;TR=323;WE=123457901;WS=123457883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr3	123633612	rs11551801	G	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.798;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=538;ReadPosRankSum=-0.258;SC=CACCTGATGAGTTTTCTTCTG;SOR=1.521;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=29;WE=123633620;WS=123633602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr3	123634046	rs2700373	G	A	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.412;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=37;PP=1146;ReadPosRankSum=-1.373;SC=CAGCAAGTCCGCTGTTGCTGA;SOR=0.872;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=180;TCF=102;TCR=78;TR=93;WE=123634054;WS=123634036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,107:0.53:201
chr3	123652476	rs6784695	G	A	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=3.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,56:0.43:130
chr3	123694595	rs138944419	C	G	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.75;QD=25.64;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	123698302	rs143684184	TG	T	108	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=27.00;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	123801295	rs58715131	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=0.666;SC=GCTTTATTTGGGGGGTGAGGT;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=11;WE=123801303;WS=123801285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr3	123851972	rs7627646	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=247;ReadPosRankSum=0.911;SC=CTGATGGTGCGGGGTTACTTT;SOR=2.120;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=13;WE=123851980;WS=123851962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr3	123946895	rs2293641	G	A	4070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.212;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=79;PP=2369;ReadPosRankSum=-0.961;SC=TAAAGGAAAAGGTGGCCTTCG;SOR=0.577;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=327;TCF=180;TCR=147;TR=170;WE=123946903;WS=123946885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,197:0.54:368
chr3	123983604	rs2276739	C	T	1807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.333;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=48;PP=1043;ReadPosRankSum=-0.662;SC=ACATTTCTCACGTCCTCTTCT;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=131;TCF=57;TCR=74;TR=79;WE=123983612;WS=123983594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,86:0.61:141
chr3	123988039	rs2272486	T	C	4958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=83;PP=2370;SC=AGATGTGGCATGTGCGCAAGC;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=85;TCR=83;TR=168;WE=123988047;WS=123988029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr3	124044949	rs2289778	C	T	11418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=186;NR=217;PP=2965;SC=GGAAGAGCTTCGCTGCTGCCC;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=404;TCF=187;TCR=217;TR=403;WE=124044957;WS=124044939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr3	124113929	rs482285	A	T	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=19;PP=803;ReadPosRankSum=0.383;SC=CCCTCACCCCAGCCCTGGCCT;SOR=0.794;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=56;WE=124113937;WS=124113919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,59:0.68:87
chr3	124114068	rs9841322	G	A	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=1.032;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,108:0.44:243
chr3	124128938	rs647010	A	G	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=29;PP=1777;SC=GAAACACCAGATACAGAATCC;SOR=1.559;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=89;WE=124128946;WS=124128928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	124132263	rs2289846	A	T	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.215;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=475;ReadPosRankSum=0.595;SC=CCTTAACCTAACAATCTCTCG;SOR=0.380;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=40;WE=124132271;WS=124132253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr3	124193286	rs10576467	CGAGA	C	346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.006;NF=5;NR=0;PP=180;ReadPosRankSum=0.940;SC=GTGTTCACTCCGAGAGAAAGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=5;WE=124193297;WS=124193281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr3	124195987	rs572145	T	C	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=3;PP=1159;SC=TAGACACTGGTGTCTGAGGGT;SOR=4.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=42;TCR=3;TR=45;WE=124195995;WS=124195978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	124196094	rs2289843	A	T	2766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.258;NF=75;NR=51;PP=1623;ReadPosRankSum=-0.713;SC=CTTTTTAGGCAGACAAATTTC;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=222;TCF=130;TCR=92;TR=126;WE=124196102;WS=124196084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,132:0.56:235
chr3	124196238	rs3214750	CT	C	3814.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.123;NF=3;NR=65;PP=2351;ReadPosRankSum=1.930;SC=TGCTTCTCTGCTTTGGCATAA;SOR=0.595;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=118;TCF=8;TCR=110;TR=68;WE=124196246;WS=124196228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,129:0.62:209
chr3	124210344	rs10755077	C	A	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=41;PP=1221;SC=AGTGACACCTCAAAGCTAAGG;SOR=1.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=67;WE=124210352;WS=124210334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	124281980	rs2256831	T	C	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=415;ReadPosRankSum=-0.356;SC=AAGGAGGCCATGAGCGCTGGC;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=42;WE=124281988;WS=124281970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,46:0.52:89
chr3	124303786	rs2250757	G	C	4858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	124351229	rs3816201	C	G	1802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.613;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=34;PP=1091;ReadPosRankSum=1.109;SC=CCTGCCTTCACCACCTCTGAC;SOR=0.464;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=155;TCF=95;TCR=60;TR=81;WE=124351237;WS=124351219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,87:0.52:168
chr3	124351316	rs1708303	G	A	10313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=199;NR=168;PP=2965;SC=CCGAGTCCGTGGCCAACCTGC;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=367;TCF=199;TCR=168;TR=367;WE=124351324;WS=124351306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr3	124351424	rs1660038	T	C	7459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=136;PP=2965;SC=TGCGTCGGCTTAACAGCGGGA;SOR=1.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=247;TCF=111;TCR=136;TR=247;WE=124351432;WS=124351414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr3	124352573	rs652046	A	G	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=16;PP=1183;SC=GGAAATTGCGACTGAACAGTT;SOR=1.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=56;WE=124352581;WS=124352563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	124352868	rs10428097	A	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.058;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=505;ReadPosRankSum=1.346;SC=TTTGTGTGTGATGGGGGTAGT;SOR=0.538;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=16;TCR=51;TR=31;WE=124352876;WS=124352858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr3	124355934	rs2276741	C	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=396;ReadPosRankSum=0.969;SC=CCTCTTCCGTCTAAACACAGA;SOR=0.739;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=24;WE=124355942;WS=124355924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr3	124369640	rs11372663	T	TA	6353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=47;PP=2601;SC=TAAGCCTGTTTTTCTCTCTTT;SOR=0.789;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=59;WE=124369658;WS=124369630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	124369650	rs2291988	T	C	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.914;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.940;NF=19;NR=20;PP=632;ReadPosRankSum=-1.368;SC=TTTCTCTCTTTTCAGAGTCTA;SOR=0.490;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=39;WE=124369658;WS=124369630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,70:0.48:147
chr3	124374259	rs4677938	G	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=0.792;SC=TCTGGCCTTGGTGTCCTCAGC;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=124374267;WS=124374257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr3	124374405	rs4677939	A	C	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=32;PP=1086;ReadPosRankSum=0.556;SC=TTTTTGGCTTAACAATGAAGA;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=183;TCF=110;TCR=73;TR=83;WE=124374413;WS=124374395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,92:0.44:211
chr3	124376653	rs106520	G	A	3076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=81;PP=2074;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TTAAGCACGTGAGTGTCTCCC;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=348;TCF=163;TCR=185;TR=152;WE=124376661;WS=124376643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,156:0.43:360
chr3	124377165	rs2175740	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.881;SOR=0.433;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr3	124377326	rs56106611	T	G	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=835;ReadPosRankSum=-2.190;SC=TAAGCCGCGCTCAGAGTACAT;SOR=0.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=86;TCR=59;TR=66;WE=124377334;WS=124377316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,76:0.46:167
chr3	124377430	rs56342323	G	A	1648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=5.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=-1.189;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,85:0.46:183
chr3	124378386	rs333297	C	G	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=31;PP=922;SC=GTAGAGCTAGCGGTTCTGTCT;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=124378394;WS=124378376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	124379641	rs333291	C	A	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=6;PP=1426;SC=AGCTACTCTACACCATTGCCA;SOR=3.575;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=52;TCR=6;TR=58;WE=124379649;WS=124379631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	124379748	rs333290	G	C	7585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr3	124379817	rs333289	T	C	7711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=137;NR=139;PP=2965;SC=GTTCAGATATTGAGGTGAGTT;SOR=0.873;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=279;TCF=138;TCR=141;TR=276;WE=124379825;WS=124379807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr3	124380793	rs665927	C	T	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.687;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=566;ReadPosRankSum=-1.887;SC=TTTAAGAATGCGTCTAAGCCC;SOR=0.520;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=46;WE=124380801;WS=124380783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,45:0.48:93
chr3	124380839	rs73193769	G	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.51;ReadPosRankSum=-1.858;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr3	124385250	rs76992353	G	T	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=393;ReadPosRankSum=-0.438;SC=GCAGTGGCTCGCTCCCCATTT;SOR=0.502;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=29;WE=124385258;WS=124385240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr3	124385301	rs55689161	T	C	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=699;ReadPosRankSum=0.333;SC=TTCAGGGCACTCTGACTGCTC;SOR=0.578;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=63;TCR=38;TR=50;WE=124385309;WS=124385291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,52:0.50:103
chr3	124385361	rs41264663	A	G	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=39;PP=1010;ReadPosRankSum=-0.781;SC=AGCTGGATGCAGGCATGCAGT;SOR=0.722;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=162;TCF=85;TCR=77;TR=80;WE=124385369;WS=124385351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,85:0.50:169
chr3	124385556	rs73193781	C	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=161;ReadPosRankSum=0.323;SC=AAGACGAGGCCCTGGAGTTGT;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=14;WE=124385564;WS=124385546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr3	124385814	rs2289422	A	T	2234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.56;ReadPosRankSum=-0.550;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,56:0.62:91
chr3	124385823	rs2289421	T	C	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.15;ReadPosRankSum=0.178;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,62:0.60:104
chr3	124385942	rs2289420	T	C	2435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.636;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=52;PP=1105;ReadPosRankSum=-0.063;SC=CTGAGAGGGTTGTTCTGCAAG;SOR=0.631;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=190;TCF=105;TCR=85;TR=107;WE=124385950;WS=124385932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,119:0.55:218
chr3	124385960	rs2289419	C	T	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=42;PP=1037;ReadPosRankSum=-1.755;SC=AAGCCGCCAACGCTGACATCC;SOR=0.763;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=157;TCF=84;TCR=73;TR=85;WE=124385968;WS=124385950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,98:0.53:185
chr3	124390722	rs35653635	G	A	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=45;PP=1118;ReadPosRankSum=2.043;SC=CCACCAGCCTGGGGACAAGTT;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=144;TCF=65;TCR=79;TR=81;WE=124390730;WS=124390712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,92:0.56:165
chr3	124390796	rs3772782	C	T	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=367;ReadPosRankSum=-1.342;SC=GGCATAGCCTCAGGGGTTACT;SOR=0.864;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=31;WE=124390804;WS=124390786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr3	124393610	rs333354	A	G	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=463;SC=TTGAGTGCTGACACCATATGC;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=124393618;WS=124393600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	124396338	rs333349	T	G	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.929;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=587;ReadPosRankSum=0.662;SC=CACACATTAGTTCTTGTCCCA;SOR=0.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=59;TCR=22;TR=40;WE=124396346;WS=124396328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,47:0.51:92
chr3	124397261	rs66958635	T	C	486.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.21;ReadPosRankSum=-0.939;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr3	124398571	rs821365	A	T	2967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=64;PP=1834;ReadPosRankSum=1.597;SC=AGATTTTTTTAAAAAACAAAA;SOR=1.436;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=18;TCR=64;TR=81;WE=124398579;WS=124398561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr3	124398589	rs821364	A	C	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=40;PP=1239;SC=AAAACTTGTTATCTTGAATGC;SOR=7.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=40;WE=124398597;WS=124398579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	124412634	rs333283	G	T	3638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	124416698	rs333277	A	G	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=-0.587;SC=GAATAGAGACAGGCTATTGCT;SOR=0.773;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=9;WE=124416706;WS=124416688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr3	124418846	rs2289427	C	T	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=46;PP=1157;ReadPosRankSum=-0.197;SC=GCCTTCCCAGCGAGCCCTCGG;SOR=0.782;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=175;TCF=74;TCR=101;TR=77;WE=124418854;WS=124418836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,81:0.43:189
chr3	124449252	rs2279199	T	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=231;ReadPosRankSum=0.051;SC=ACTTCGCGGGTGACGTCATCG;SOR=1.421;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=14;WE=124449260;WS=124449246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr3	124449291	rs1139538	A	G	2622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=19;PP=1707;SC=GCGCCTGGGAATTTGAAGCAA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=63;TCR=20;TR=82;WE=124449299;WS=124449281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	124450258	rs4678146	T	C	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	124450321	rs10934681	T	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.985;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr3	124451284	rs16835925	T	C	2372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.023;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=40;PP=1351;ReadPosRankSum=-0.511;SC=ATGAATTACCTGGGAATTTTG;SOR=0.835;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=273;TCF=171;TCR=102;TR=112;WE=124451292;WS=124451274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,121:0.41:294
chr3	124454174	rs3772804	A	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=274;ReadPosRankSum=1.492;SC=TCTGTGCACTAATGTTTTACC;SOR=1.329;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=15;WE=124454182;WS=124454164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr3	124458816	rs694897	C	G	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.31;SOR=1.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	124462710	rs3772807	G	C	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.27;ReadPosRankSum=2.545;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,109:0.51:214
chr3	124462986	rs3836305	CT	C	1168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=31;PP=1195;ReadPosRankSum=0.874;SC=ATATGTGGTCCTCCTGAAAGT;SOR=1.119;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=0;TCR=56;TR=31;WE=124462994;WS=124462976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr3	124482494	rs150512726	TTTGTTGAAC	T	5323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.861;NF=10;NR=60;PP=2973;ReadPosRankSum=0.386;SC=CATTGTAGGATTTGTTGAACT;SOR=0.727;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=127;TCF=21;TCR=106;TR=70;WE=124482510;WS=124482484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,135:0.58:233
chr3	124483089	rs2291079	C	G	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.970;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=358;ReadPosRankSum=-1.161;SC=AATTCTCTCTCTCCAGAACTG;SOR=1.270;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=21;WE=124483097;WS=124483079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr3	124515496	rs61736433	C	T	3015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.475;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=71;PP=1945;ReadPosRankSum=-0.938;SC=GTCCCGCTCCCGTTGCACCTG;SOR=1.125;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=200;TCF=90;TCR=110;TR=118;WE=124515504;WS=124515486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,133:0.58:230
chr3	124627024	rs1127233	T	G	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.806;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=749;ReadPosRankSum=1.315;SC=TGCTGCTGTGTCTTGAATAGG;SOR=0.462;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=55;WE=124627032;WS=124627014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,60:0.65:93
chr3	124629222	rs34208404	TA	T	1222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=3.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=-0.911;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,98:0.43:230
chr3	124632127	rs2270780	A	G	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.356;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=475;ReadPosRankSum=0.401;SC=TTCAGAAACAATCTCTTTAAC;SOR=0.430;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=30;WE=124632135;WS=124632117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr3	124635404	rs4679164	G	A	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.12;ReadPosRankSum=-0.518;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr3	124635444	rs4679165	A	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=264;ReadPosRankSum=1.008;SC=TCCTGTCCCTATGATTCGGAC;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=15;WE=124635452;WS=124635434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr3	124646705	rs10630030	A	AAAG	9901.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=84;PP=2917;SC=AGCTGTTGGGAAAGGTGTATT;SOR=1.122;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=19;TCR=92;TR=101;WE=124646713;WS=124646695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr3	124653710	rs10934701	A	G	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=46;PP=1224;SC=AATACCATAGATCTCTTCCGA;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=71;WE=124653718;WS=124653700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	124692689	rs2270778	C	T	2385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.751;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,128:0.42:303
chr3	124692785	rs2270779	C	T	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.679;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=466;ReadPosRankSum=-0.970;SC=AGCTCAATTCCGTAAAGAAGT;SOR=0.886;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=34;WE=124692793;WS=124692775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,38:0.36:105
chr3	124696807	rs61603696	CA	C	581.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=384;ReadPosRankSum=0.418;SC=GTAAAACAAACAAAAAAGCAT;SOR=0.743;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=16;WE=124696815;WS=124696797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,34:0.46:74
chr3	124728472	rs6438868	C	G	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=24;PP=1585;SC=TTTTGGTTAGCAAGAAAAATA;SOR=1.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=81;WE=124728480;WS=124728462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	124728626	rs6438869	A	G	7783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=147;NR=142;PP=2965;SC=ATTGTTGCACATGGCTGTGGA;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=291;TCF=148;TCR=143;TR=289;WE=124728634;WS=124728616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr3	124729193	rs6784454	T	G	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=12;PP=1570;SC=AAACAGTGTATTTGTCCACAT;SOR=2.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=55;TCR=12;TR=66;WE=124729201;WS=124729183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	124731485	rs10804567	C	G	2554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=43;PP=1495;ReadPosRankSum=-0.185;SC=GAAGAGGACACTGTTGTTGGT;SOR=0.674;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=157;TCF=83;TCR=74;TR=94;WE=124731493;WS=124731475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,114:0.60:190
chr3	124731689	rs78680419	T	A	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.998;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=43;PP=1197;ReadPosRankSum=-0.569;SC=ATCAATCCAGTGGTAGCATCC;SOR=0.707;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=193;TCF=105;TCR=88;TR=88;WE=124731697;WS=124731679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,103:0.47:221
chr3	124732419	.	A	AGAGGAGGAGGAGGAAGAG	1989.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=4.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=3.154;QD=16.05;ReadPosRankSum=0.508;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,48:0.39:124
chr3	124732842	rs6438871	C	A	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=6.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.347;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=641;ReadPosRankSum=0.708;SC=CGACTGTAAACGGAAAAGCCA;SOR=1.500;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=32;WE=124732850;WS=124732832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr3	124733649	rs6438873	T	G	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.92;ReadPosRankSum=-0.626;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,109:0.57:190
chr3	124746347	rs4404487	T	C	2750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=67;PP=1308;ReadPosRankSum=1.803;SC=GAAGACTTTCTGAGGCTGAAA;SOR=0.568;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=90;TCR=111;TR=122;WE=124746355;WS=124746337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,136:0.60:226
chr3	124774432	rs62265663	T	G	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.408;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,35:0.49:72
chr3	124774643	rs186106404	C	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.184;NF=13;NR=7;PP=233;ReadPosRankSum=0.735;SC=CGGCGGGTCCCGCGTCCCGGG;SOR=0.880;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=20;WE=124774651;WS=124774633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr3	124774665	.	G	GCAT	1011.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.675;NF=0;NR=6;PP=203;ReadPosRankSum=-2.003;SC=GCCGCCGGCGGCAGCAGCAGC;SOR=0.633;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=6;WE=124774674;WS=124774654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr3	124774779	rs200147885	A	AGGGCAGC	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.57;ReadPosRankSum=-2.427;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr3	124802677	rs1574340	A	G	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.897;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=462;ReadPosRankSum=-0.164;SC=GAAGGTCCTGAGCTTGGGTCC;SOR=0.340;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=33;WE=124802685;WS=124802667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr3	124802881	rs2981483	A	G	4228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=1.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.96;ReadPosRankSum=0.785;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,114:0.43:265
chr3	124802888	rs2981482	C	T	3962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=1.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.24;ReadPosRankSum=0.537;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,111:0.43:260
chr3	124803043	rs2981481	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=241;ReadPosRankSum=-0.378;SC=TATATGTACAGGTATATATGA;SOR=0.846;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=14;WE=124803051;WS=124803033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr3	124826596	rs76714073	C	A	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=37;PP=1073;ReadPosRankSum=0.665;SC=CCTCTCCTTGCCTGGGCTGGC;SOR=0.641;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=111;TCR=88;TR=83;WE=124826604;WS=124826586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,91:0.43:213
chr3	124837684	rs621383	T	C	2395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=32;PP=1168;SC=AAGACGAAGATGATGTACAGA;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=51;TCR=32;TR=83;WE=124837692;WS=124837674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	124839470	rs863642	G	A	12693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=228;NR=202;PP=2965;SC=CAGGGAGCCCGGGGGAATGCT;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=430;TCF=228;TCR=202;TR=430;WE=124839478;WS=124839460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr3	124854425	rs702048	T	C	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=7;PP=758;SC=ATACCAAGAGTACCTGCAGGC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=124854433;WS=124854415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	124854636	rs2981503	A	T	2681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=-0.816;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,135:0.56:239
chr3	124870443	rs73191256	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=125;ReadPosRankSum=2.243;SC=AAGGGGCAGCCCTGCTTCCGG;SOR=1.426;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=8;WE=124870451;WS=124870433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr3	124896861	rs545103	C	G	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=53;PP=1600;SC=GGACAGAAAGCCATGGGCCCA;SOR=3.360;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=10;TCR=53;TR=63;WE=124896869;WS=124896851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	124906064	rs115374430	C	T	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=14;PP=988;ReadPosRankSum=0.560;SC=GGGAAGCATCCCGGGCGCAGG;SOR=0.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=103;TCR=29;TR=64;WE=124906072;WS=124906054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,63:0.45:139
chr3	124912207	rs13322132	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr3	124930044	rs673881	A	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=94;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGTTAATTACATCTAAAGGGT;SOR=1.402;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=7;WE=124930052;WS=124930034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr3	124930408	rs686088	A	G	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=251;ReadPosRankSum=0.280;SC=TTTGGTACCCAGGTAGATCCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=12;WE=124930416;WS=124930398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr3	124951171	rs35950048	CT	C	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.134;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,80:0.80:100
chr3	124951821	rs1053738	C	T	9704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=183;PP=2965;SC=CATTCTCTGACGGGGTGACCT;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=339;TCF=156;TCR=183;TR=338;WE=124951829;WS=124951811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr3	124998098	rs10665336	C	CAAA	1476.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;QD=33.56;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr3	125179732	rs112803860	C	CATAA	1209.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=13;PP=729;SC=ACACACATTGCATAGAGTTAC;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=15;WE=125179740;WS=125179722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	125195707	rs6785216	T	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=160;ReadPosRankSum=0.732;SC=AACTTGGAAATAGAAAAAAGA;SOR=0.741;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=9;WE=125195715;WS=125195697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr3	125199103	rs35547631	A	G	3946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=90;PP=2376;ReadPosRankSum=0.415;SC=CTCTGACTCGAAGAAGATGTG;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=461;TCF=235;TCR=226;TR=183;WE=125199111;WS=125199093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,205:0.40:508
chr3	125216130	rs9841499	G	T	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.398;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr3	125223456	rs2076724	C	T	9611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=182;NR=157;PP=2965;SC=GGTGTAATTTCTGTTACCCAC;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=342;TCF=184;TCR=158;TR=339;WE=125223464;WS=125223446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr3	125238781	.	T	TGGCCC	886.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=5.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=2.930;QD=12.15;ReadPosRankSum=0.744;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,28:0.38:73
chr3	125250610	rs62270201	A	G	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=1;PP=893;SC=TTTAAAAATAAAGATGTATAA;SOR=5.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=33;WE=125250618;WS=125250600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	125257209	rs6771891	T	A	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=584;ReadPosRankSum=1.634;SC=TGAAGTGACTTGGCCAAGGTC;SOR=0.560;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=101;TCF=79;TCR=22;TR=42;WE=125257217;WS=125257199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,41:0.41:100
chr3	125270985	rs10541213	GTATA	G	5855.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=0.285;QD=37.78;ReadPosRankSum=1.394;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,148:0.95:155
chr3	125297715	rs2922184	A	G	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.45;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	125301711	rs2979382	C	G	6178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr3	125696088	rs145646784	G	A	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.34;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	125726048	rs2279819	G	C	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=60;PP=1967;ReadPosRankSum=-0.712;SC=TCACTTCTGCGAGGTACAGCA;SOR=0.441;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=47;TCR=61;TR=106;WE=125726056;WS=125726038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,115:0.99:116
chr3	125734272	rs2279820	G	A	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=31;PP=2126;SC=CTGCTGTTCCGGTCCAACCCA;SOR=1.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=72;TCR=31;TR=103;WE=125734280;WS=125734262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	125734465	rs9862310	G	A	7683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr3	125741592	rs3817079	C	T	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=15;PP=1071;SC=CCCCCCTCCACGGAGCCTTTG;SOR=1.685;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=58;WE=125741600;WS=125741582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	125741901	rs2270984	A	G	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=26;PP=683;SC=GAGGCTGCTCATTAACTTGCC;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=125741909;WS=125741891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	125741925	rs2270983	T	G	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=18;PP=507;SC=CTCCACAAAGTCCTTGACGTG;SOR=2.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=22;WE=125741933;WS=125741915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	125745433	rs7646705	C	T	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=50;PP=1468;SC=GCTACTGCCTCCTTTCCCTTA;SOR=2.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=64;WE=125745441;WS=125745423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	125775228	rs7613944	T	C	4388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=59.94;NF=89;NR=72;PP=2252;SC=CCAGGCCGGCTGTCATCATGC;SOR=0.829;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=90;TCR=72;TR=161;WE=125775236;WS=125775218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	125786662	rs36125006	G	GA	1201.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.539;HP=11;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.401;NF=23;NR=20;PP=505;ReadPosRankSum=-1.755;SC=CCAATATATAGAAAAAAAAAA;SOR=1.018;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=43;WE=125786670;WS=125786652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,63:0.90:70
chr3	125786879	rs4234270	T	C	6322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=107;NR=123;PP=2965;SC=ATGGACCAGGTGGTCTCCCTG;SOR=0.922;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=107;TCR=125;TR=230;WE=125786887;WS=125786869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr3	125824334	rs4646755	T	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.486;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=185;ReadPosRankSum=0.054;SC=GCCTCCTGGCTGGAGTGTCTC;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=12;WE=125824342;WS=125824324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr3	125824382	rs10934744	C	A	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=477;ReadPosRankSum=-0.400;SC=CCAGCACGACCCCCCTCTGCA;SOR=0.735;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=27;WE=125824390;WS=125824372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr3	125825938	rs9282690	C	T	3112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=1.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.698;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,167:0.42:401
chr3	125826003	rs4646750	T	C	3127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=85;PP=1644;ReadPosRankSum=-0.682;SC=AACCGAGAGATGATCATGACA;SOR=0.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=371;TCF=177;TCR=194;TR=163;WE=125826011;WS=125825993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,168:0.44:385
chr3	125843400	rs3217578	A	AG	1428.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=35;PP=1593;SC=GCAAGCTGGGAGAGTAGCTGC;SOR=4.664;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=35;WE=125843408;WS=125843390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	125844396	rs146408256	T	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=533;ReadPosRankSum=-0.187;SC=TCCTCCCTTATAGAGTGAGTT;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=61;TCR=13;TR=33;WE=125844404;WS=125844386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr3	125844718	rs2278756	G	A	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=57;PP=1549;SC=GGCAGCTCACGCCTGCTGTTT;SOR=2.660;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=16;TCR=57;TR=73;WE=125844726;WS=125844708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	125848911	rs1868125	A	G	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.52;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	125848945	rs2365002	T	C	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=7;PP=304;SC=AAGAAGCACATGGATGGCTGT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=125848953;WS=125848935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	125849031	rs873696	C	T	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=21;PP=979;SC=TGGAAAGCACCGCGAGGCTGC;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=60;WE=125849039;WS=125849021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	125849238	rs2002287	G	A	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	125850101	rs4646733	CA	TG	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=3;PP=713;SC=AAACAGGTGTCATTCCAAGCC;SOR=3.365;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=33;WE=125850110;WS=125850091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	125850169	rs3821451	T	C	3997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	125850193	rs3816366	A	G	5582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr3	125850381	rs2305228	A	G	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=68;PP=2075;SC=TGCCAACCTGACCAGGGTGAG;SOR=1.392;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=42;TCR=68;TR=110;WE=125850389;WS=125850371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	125850434	rs2305227	C	T	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=31;PP=863;SC=GCCTCATCTGCCCTCACAAGG;SOR=4.921;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=125850442;WS=125850424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	125854311	rs3216713	TC	T	11490.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=120;PP=2979;SC=TCCACAGAAGTCCCCCCCGTG;SOR=1.431;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=263;TCF=115;TCR=148;TR=220;WE=125854319;WS=125854301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr3	125856916	rs6799991	A	G	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=22;PP=614;SC=CCCAGCACCGAGAGGTAGCCA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=125856924;WS=125856906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	125874388	rs2276731	C	T	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=53;PP=1461;SC=CAATAGGACCCTGCCTCCTTC;SOR=1.396;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=86;WE=125874396;WS=125874378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	126062762	.	G	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.239;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,9:0.14:66
chr3	126125990	rs6769226	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=350;ReadPosRankSum=-0.126;SC=TCACTGCTGCGGCCCTCACTT;SOR=0.423;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=30;WE=126125998;WS=126125980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,34:0.38:89
chr3	126138778	rs2271630	T	C	3406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=38;PP=1633;SC=TGCTGAAGCTTGGCTGCAGCT;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=70;TCR=38;TR=108;WE=126138786;WS=126138768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	126142496	rs13064828	T	C	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.781;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=59;PP=1396;ReadPosRankSum=-1.739;SC=ATGTAGGTGCTATGCGGTGGC;SOR=0.999;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=204;TCF=86;TCR=118;TR=94;WE=126142504;WS=126142486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,100:0.46:218
chr3	126151894	rs67596011	G	A	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=2.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=-1.877;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,71:0.48:149
chr3	126155325	rs1055451	C	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=361;ReadPosRankSum=-0.185;SC=GGCTGGGTCTCGAGTGGCCCA;SOR=0.957;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=27;WE=126155333;WS=126155315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr3	126157464	rs11444454	T	TG	1119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.526;NF=0;NR=22;PP=844;ReadPosRankSum=0.044;SC=TGTTCTTTGATGAAAAATGAA;SOR=0.631;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=0;TCR=48;TR=22;WE=126157472;WS=126157454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chr3	126158622	rs1799404	A	C	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.93;ReadPosRankSum=1.431;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,75:0.39:191
chr3	126160884	rs63288960	CATTA	C	882.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.537;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.061;NF=1;NR=17;PP=731;ReadPosRankSum=-0.521;SC=ACAGCCTTCCCATTAATTGTC;SOR=1.244;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=18;WE=126160895;WS=126160874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr3	126169091	rs777493	T	C	7428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=158;NR=101;PP=2965;SC=CAACCTTGGATGCGTAAGGGT;SOR=1.046;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=259;TCF=158;TCR=101;TR=259;WE=126169099;WS=126169081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr3	126169230	rs777494	C	T	12712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=229;NR=205;PP=2965;SC=TAGAGATCCACGCACCCTCCC;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=436;TCF=230;TCR=206;TR=434;WE=126169238;WS=126169220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
chr3	126169472	rs777495	T	C	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=43;PP=1335;SC=CCTACCCGCATCTCCCTTCCT;SOR=3.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=50;WE=126169480;WS=126169462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	126184941	rs1799389	C	T	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=7;PP=742;SC=GGCACTGGCACTGTTCCCGTT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=126184949;WS=126184938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	126185238	rs1687463	C	T	2679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=47;PP=1501;SC=TGACACTTCCCCATCAGATCA;SOR=1.190;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=80;WE=126185246;WS=126185228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	126185265	rs3830336	A	AT	1734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=39;PP=1647;SC=CCAGACCTGCATTTTGCACCC;SOR=1.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=41;WE=126185273;WS=126185255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	126189919	rs777499	A	G	3370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	126194076	rs812367	T	C	7945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=123;NR=146;PP=2965;SC=AGCCCTCCAGTGGGCACTTGA;SOR=0.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=123;TCR=146;TR=269;WE=126194084;WS=126194066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr3	126194357	rs7624748	G	C	2302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.74;SOR=1.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	126202257	rs1687477	G	A	13289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=243;NR=236;PP=2965;SC=CTCTCCCCTCGGCCTCCGGGG;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=483;TCF=243;TCR=240;TR=479;WE=126202265;WS=126202247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,516:1.00:516
chr3	126207222	rs777483	A	G	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=31;PP=897;ReadPosRankSum=-0.653;SC=CTGCTAGGCCAGAAGGATGGG;SOR=1.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=38;WE=126207230;WS=126207212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr3	126208249	rs777479	A	C	3992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=83;PP=2749;SC=GCTGTCAGCCAACAGTGTCCA;SOR=1.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=40;TCR=83;TR=123;WE=126208257;WS=126208239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	126211479	rs2307882	C	CCTCT	2792.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=34;PP=1975;SC=AGCCTGAGCGCCTAACAAGGT;SOR=3.021;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=34;WE=126211487;WS=126211469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	126215130	rs6797423	G	A	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=75;PP=2084;SC=AGCAGTGCCAGTGGCCCCATG;SOR=6.330;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=2;TCR=77;TR=77;WE=126215138;WS=126215120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	126216829	rs13098666	T	A	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.013;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=19;PP=893;ReadPosRankSum=-0.270;SC=TAGAAGCTTGTCTCTATGGAG;SOR=0.988;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=93;TCR=44;TR=60;WE=126216837;WS=126216819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,64:0.41:156
chr3	126218159	rs6771670	T	A	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=681;ReadPosRankSum=-1.673;SC=ACACTAGATGTGGCAGCCGCC;SOR=0.636;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=96;TCF=66;TCR=30;TR=47;WE=126218167;WS=126218149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,48:0.47:103
chr3	126218769	rs35907154	T	C	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=3;PP=707;SC=AGAGGCACAGTGAAGCCTCGG;SOR=4.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=126218777;WS=126218765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	126218788	rs6774768	T	C	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=13;PP=1113;SC=GGTCAGGATTTGCTGGGCCAC;SOR=2.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=56;WE=126218796;WS=126218778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	126219030	rs13072404	T	C	6313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=93;NR=122;PP=2965;SC=ACCACCGCTGTGAGGCCCTGG;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=93;TCR=123;TR=215;WE=126219038;WS=126219020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr3	126219086	rs13092625	A	G	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=65;PP=1999;SC=CATGCTCCCCACCAACTTCCA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=35;TCR=65;TR=100;WE=126219094;WS=126219076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	126219117	rs13092793	C	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=543;ReadPosRankSum=-1.807;SC=CTGGACTGCTCCTGCTCCTCG;SOR=0.843;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=34;WE=126219125;WS=126219107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr3	126219627	rs34025926	G	A	3243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=88;PP=1863;ReadPosRankSum=0.855;SC=GGTAGTAGCCGCCATTGAACG;SOR=0.678;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=350;TCF=154;TCR=196;TR=156;WE=126219635;WS=126219617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,167:0.45:371
chr3	126219733	rs79706014	G	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=70;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=383;ReadPosRankSum=0.693;SC=GAAGCCATGCGGTGGTCAGTG;SOR=0.746;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=20;WE=126219741;WS=126219723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr3	126219750	rs201018413	A	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=4.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.855;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=685;ReadPosRankSum=-0.863;SC=AGTGCAAGCCACACACAGCCT;SOR=2.194;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=9;WE=126219771;WS=126219740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr3	126219752	rs139417364	ACACAGCCTGGGC	A	571.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.855;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=2795;ReadPosRankSum=-1.171;SC=TGCAAGCCACACACAGCCTGG;SOR=2.194;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=7;WE=126219771;WS=126219740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr3	126219973	rs1177565	T	C	3963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=40;PP=2469;SC=CTTTGTGTCCTGGCAGCTCCT;SOR=1.643;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=94;TCR=40;TR=134;WE=126219981;WS=126219963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	126220539	rs9844797	A	G	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=6;PP=993;SC=ATATTTTGGGAAACAGAAGAT;SOR=2.448;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=43;WE=126220547;WS=126220529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	126220845	rs7643584	G	A	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=33;PP=1034;SC=TCCTCAGCTCGGGGGTTGCGG;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=126220853;WS=126220835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	126226518	rs9784244	C	T	5417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=72;PP=2965;SC=AATATCACCACTTTGCTTTAT;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=114;TCR=72;TR=185;WE=126226526;WS=126226508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr3	126227185	rs16837531	G	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=4.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.171;SOR=0.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,48:0.33:144
chr3	126228410	rs729456	G	A	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=-0.787;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,69:0.48:144
chr3	126236316	rs139504701	G	A	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=500;ReadPosRankSum=-0.827;SC=GGAGCCCCTGGAGTCCAGGGT;SOR=0.811;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=31;WE=126236324;WS=126236306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr3	126236348	rs1687480	T	C	2440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=28;PP=1353;SC=CAGCTCCCACTAAGAGGGCAG;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=48;TCR=28;TR=76;WE=126236356;WS=126236338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	126243419	rs7613347	A	C	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=558;ReadPosRankSum=1.137;SC=GGCGCTGGTGAGGCACAGAAA;SOR=0.682;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=56;WE=126243427;WS=126243409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,62:0.53:117
chr3	126247973	rs147129828	ACCCTGCACAGGGCGCGAG	A	1471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.594;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.026;NF=13;NR=4;PP=2927;ReadPosRankSum=0.098;SC=CTGTGCCCTCACCCTGCACAG;SOR=1.315;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=17;WE=126247998;WS=126247963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,39:0.50:78
chr3	126261202	rs1056524	G	A	3721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.120;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=62;PP=1997;ReadPosRankSum=0.530;SC=AGTTCGAGACGCTGGCGGAGG;SOR=0.857;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=241;TCF=138;TCR=103;TR=150;WE=126261210;WS=126261192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,172:0.63:272
chr3	126261345	rs1056522	G	A	5807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=2.922;SC=TTCTACCAGCGGCGCCTCTTC;SOR=0.669;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=450;TCF=234;TCR=216;TR=257;WE=126261353;WS=126261335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,281:0.59:479
chr3	126268953	rs869464	T	G	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=309;ReadPosRankSum=0.158;SC=ACGCCTGGCCTTCAGGACCCC;SOR=0.772;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=29;WE=126268961;WS=126268943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,37:0.37:101
chr3	126270735	rs2291509	G	A	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=431;ReadPosRankSum=2.274;SC=AAAGTGGCGCGTGCTGGGAGG;SOR=1.035;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=25;WE=126270743;WS=126270725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr3	126270757	rs13071443	G	T	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=22;PP=1568;SC=TAACATGAACGTCTGCATGCA;SOR=1.952;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=76;WE=126270765;WS=126270747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	126291298	rs73195848	C	A	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=-1.220;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,86:0.51:167
chr3	126328101	rs9856833	A	G	2125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=54;PP=1274;ReadPosRankSum=-0.456;SC=CAGTAAAAGCATACAATAGAT;SOR=0.713;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=201;TCF=98;TCR=103;TR=101;WE=126328109;WS=126328091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,109:0.50:219
chr3	126329910	rs777241	A	G	7297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=25.08;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr3	126340553	rs3732534	G	A	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=18;PP=1065;ReadPosRankSum=-1.502;SC=ATCTTGATCAGGACATTATCT;SOR=0.471;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=90;TCR=33;TR=68;WE=126340561;WS=126340543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,78:0.57:136
chr3	126350531	rs777226	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=311;ReadPosRankSum=-0.863;SC=TGGAATAAGACAGGAAGTAAA;SOR=0.223;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=18;WE=126350539;WS=126350521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr3	126365127	rs11453652	C	CT	5239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=68;PP=2936;SC=GTGAGTTAAACAAAGTGTTAC;SOR=1.505;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=2;TCR=69;TR=70;WE=126365135;WS=126365117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	126373991	rs191955309	C	G	3086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=1.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.50;ReadPosRankSum=1.477;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,153:0.52:294
chr3	126373994	rs3108755	A	G	10410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.65;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr3	126384888	rs73197976	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=339;ReadPosRankSum=0.652;SC=GGGGTGAACCGCCCACAAAAC;SOR=0.596;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=23;WE=126384896;WS=126384878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr3	126633419	rs2303994	C	G	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=24;PP=1653;SC=CTTTGATGCCCGTCAAGAAAT;SOR=1.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=68;TCR=24;TR=92;WE=126633427;WS=126633409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	126644974	rs732462	G	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.821;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=275;ReadPosRankSum=-1.492;SC=CTGAAAGGCTGTCTAAAATCC;SOR=0.187;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=20;WE=126644982;WS=126644964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr3	126676545	rs56031528	C	T	2073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.773;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,94:0.58:161
chr3	126708453	rs6773789	T	C	5555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=140;PP=2837;ReadPosRankSum=1.123;SC=TGCTGTTCACTGTGTTCGCCC;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=425;TCF=181;TCR=244;TR=244;WE=126708461;WS=126708443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,270:0.58:466
chr3	126724151	rs73196539	G	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.253;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=374;ReadPosRankSum=-0.843;SC=TCCAGTTGCCGCCTGTTTAGC;SOR=1.688;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=22;WE=126724159;WS=126724141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr3	126724881	rs12489348	G	C	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=1.087;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,62:0.46:135
chr3	126733053	rs11719489	C	T	6003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=1.019;SC=CGGCCCTGCGCGAGAGCTGCG;SOR=0.624;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=459;TCF=223;TCR=236;TR=260;WE=126733061;WS=126733043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,287:0.57:502
chr3	126739012	rs891762	G	T	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=25;PP=1038;ReadPosRankSum=-0.973;SC=GGCCACCAGGGCATGCTGCCC;SOR=0.767;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=195;TCF=130;TCR=65;TR=79;WE=126739020;WS=126739002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,89:0.42:212
chr3	126739291	rs6439030	T	C	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=52;PP=1312;SC=GCAGCCTGTGTGGCCTGGGGG;SOR=2.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=76;WE=126739299;WS=126739281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	126741478	rs4679325	C	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=120;ReadPosRankSum=-0.525;SC=ACCTGACCTTCGGTGCTGTAG;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=14;WE=126741486;WS=126741468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr3	126746690	rs9851451	A	G	2003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.66;ReadPosRankSum=-0.559;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,97:0.52:188
chr3	126746731	rs9833827	T	G	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.88;ReadPosRankSum=1.411;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,80:0.49:163
chr3	126748688	rs112797556	A	G	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=5.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.407;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=5;PP=1021;ReadPosRankSum=1.200;SC=GTGCCAGCCAACGCGGGCGCT;SOR=2.491;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=78;TCF=66;TCR=12;TR=47;WE=126748696;WS=126748678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,47:0.55:86
chr3	126751478	rs9840115	C	T	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=1.453;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,100:0.47:212
chr3	126751689	rs6439031	G	A	7553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=161;PP=2965;SC=GGTGAACACCGTGGGAGCCCA;SOR=1.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=121;TCR=163;TR=282;WE=126751697;WS=126751679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr3	126752969	rs7621885	C	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=190;ReadPosRankSum=0.199;SC=CGGGCCGCCGCAGTGCAGCGA;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=14;WE=126752977;WS=126752959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr3	126880488	rs7625800	T	C	6555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=152;NR=56;PP=2965;SC=CCTGCCCCTCTCTCTGCCTGG;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=211;TCF=152;TCR=59;TR=208;WE=126880496;WS=126880478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr3	127105975	rs11407470	T	TA	434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=4.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.363;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,58:0.30:194
chr3	127323830	rs893293	C	T	7169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=148;NR=109;PP=2965;SC=AGGAGATGATCGAGAGCATCG;SOR=0.923;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=259;TCF=149;TCR=110;TR=257;WE=127323838;WS=127323820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr3	127334598	rs17497118	G	A	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=512;ReadPosRankSum=0.949;SC=TGTGGAAGTGGGTGTCTTTGA;SOR=0.972;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=35;WE=127334606;WS=127334588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chr3	127336934	rs782427	A	G	12758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=220;NR=233;PP=2965;SC=GGTATAGCTCACATGTGCCCG;SOR=0.837;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=454;TCF=220;TCR=234;TR=453;WE=127336942;WS=127336924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr3	127337009	.	A	G	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=53;PP=1252;ReadPosRankSum=1.487;SC=TGCCCAACACAGGGGACAGGT;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=68;TCR=123;TR=82;WE=127337017;WS=127336999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,87:0.43:203
chr3	127337742	rs17497159	G	A	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=12;PP=954;ReadPosRankSum=2.042;SC=CTGGCACATGGTCAGTGTAGT;SOR=0.261;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=101;TCF=83;TCR=18;TR=55;WE=127337750;WS=127337732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,56:0.52:108
chr3	127388150	rs2304551	A	G	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=8.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=3.006;SOR=0.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,45:0.58:78
chr3	127390525	rs41266485	C	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=2.370;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr3	127391018	rs813633	A	G	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=9;PP=1045;SC=GTGCCGCGGGAACCCCCTGGG;SOR=2.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=42;WE=127391026;WS=127391008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	127391378	rs1056235	G	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.367;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr3	127394820	rs35703629	C	T	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=3.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,59:0.43:137
chr3	127396220	rs1658037	T	C	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=42;PP=1752;SC=CCTTGTGTGGTCCTGGACCAG;SOR=1.194;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=73;WE=127396228;WS=127396210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	127434580	rs627498	G	A	2876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=53;PP=1766;ReadPosRankSum=1.498;SC=GGCAGGTCCCGCACCCAGATG;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=140;TCR=97;TR=128;WE=127434588;WS=127434570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,134:0.52:256
chr3	127434856	rs477554	C	T	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=914;ReadPosRankSum=-2.283;SC=TGAGACCCCCCGCACCTGCCC;SOR=0.490;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=101;TCF=35;TCR=66;TR=58;WE=127434864;WS=127434846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,60:0.58:104
chr3	127641968	rs4141499	C	A	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.295;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=577;ReadPosRankSum=0.141;SC=GAATAAAATTCAGAACATGAA;SOR=1.244;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=93;TCF=64;TCR=29;TR=43;WE=127641976;WS=127641958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,46:0.46:100
chr3	127642561	rs148151101	A	C	3425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.206;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=65;PP=1700;ReadPosRankSum=1.192;SC=TTTTGAAGCAAGTCAGATTGG;SOR=0.819;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=339;TCF=187;TCR=152;TR=153;WE=127642569;WS=127642551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,173:0.47:368
chr3	127703085	rs13100951	G	A	3863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=80;PP=2230;SC=TCATCCCCCCGCCTTCAGATT;SOR=1.410;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=50;TCR=80;TR=130;WE=127703093;WS=127703075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	127774722	rs6802633	AA	GC	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=915;ReadPosRankSum=1.234;SC=AAGAATGTTAAAGTGCTGTGT;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=26;WE=127774731;WS=127774712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr3	127775480	rs9827668	G	T	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.555;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=24;PP=944;ReadPosRankSum=1.251;SC=CAAATTTTGCGTATTCATTTT;SOR=0.886;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=103;TCF=64;TCR=39;TR=66;WE=127775488;WS=127775470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,72:0.62:116
chr3	127775499	rs9827421	C	T	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=30;PP=1091;ReadPosRankSum=0.474;SC=TTTAAAATAACGTACTACGTT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=76;TCR=49;TR=78;WE=127775507;WS=127775489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,85:0.61:140
chr3	127775788	rs9847934	T	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.25;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	127779220	rs9848345	C	T	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=569;ReadPosRankSum=-0.814;SC=CTTTACTGACCGCTCTCTGGG;SOR=0.428;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=29;WE=127779228;WS=127779210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr3	127779306	rs2304018	G	A	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=31;PP=1079;ReadPosRankSum=0.104;SC=AACCATGTCCGTGGGGAGCAG;SOR=0.618;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=149;TCF=93;TCR=56;TR=78;WE=127779314;WS=127779296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,79:0.51:154
chr3	127783698	rs1044843	A	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.419;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=251;ReadPosRankSum=-2.042;SC=TCCTTCATATATGTCTCCTCC;SOR=1.145;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=22;WE=127783706;WS=127783688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr3	127784118	rs13070488	T	C	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=458;ReadPosRankSum=-0.838;SC=AATCATGTTCTTCTGGGTTGG;SOR=0.875;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=49;TCR=63;TR=41;WE=127784126;WS=127784108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,49:0.39:127
chr3	127786551	rs9858267	G	A	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=571;ReadPosRankSum=-0.616;SC=GGTCTGTGACGTGTGCAGATA;SOR=0.876;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=39;WE=127786559;WS=127786541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,45:0.62:72
chr3	127786675	rs2276867	T	G	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=440;ReadPosRankSum=0.867;SC=GTTAGACTTTTTCATATGACT;SOR=0.602;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=27;WE=127786683;WS=127786665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr3	127799983	rs1057220	A	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=172;ReadPosRankSum=2.076;SC=AGCGCTGCAGACCACGCCTGA;SOR=0.139;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=10;WE=127799991;WS=127799973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr3	127800071	rs1057156	A	G	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.780;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
chr3	127983495	rs2811544	T	C	7124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=93;PP=2965;SC=CAACGAGAGATCCCTCGGGAC;SOR=1.099;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=149;TCR=93;TR=242;WE=127983503;WS=127983485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr3	128181777	rs2659690	A	G	10929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=217;NR=162;PP=2965;SC=CCAGGCCACCAAAAAACTCCC;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=380;TCF=217;TCR=163;TR=379;WE=128181785;WS=128181767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr3	128292060	rs2734045	G	A	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.146;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,34:0.36:94
chr3	128292062	rs200346912	CT	C	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=3.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=1.470;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,26:0.28:94
chr3	128292213	rs2734046	A	G	6825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.04;MQRankSum=0.123;NF=139;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=1.493;SC=GCTGGAAACCAGAGCTTGATG;SOR=0.303;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=247;TCF=140;TCR=107;TR=246;WE=128292221;WS=128292203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,263:1.00:264
chr3	128292318	rs147519916	ATC	A	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=0.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=3.231;QD=0.23;ReadPosRankSum=-0.915;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:353,40:0.10:393
chr3	128348735	rs11453536	G	GA	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=230;ReadPosRankSum=-1.540;SC=ATAATTGAAAGAAAAAAATTC;SOR=0.785;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=11;WE=128348743;WS=128348725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr3	128350684	rs4857914	C	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=231;ReadPosRankSum=-0.665;SC=GAACATCAGTCAACCCTAAAC;SOR=0.582;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=13;WE=128350692;WS=128350680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr3	128351054	rs9868579	T	C	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.306;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=359;ReadPosRankSum=0.083;SC=AATGCACCATTAGTTTAAATC;SOR=0.418;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=26;WE=128351062;WS=128351044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr3	128356852	rs1697	C	T	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.761;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=33;PP=938;ReadPosRankSum=-0.460;SC=GGGTTGGATACGGATGAAGCA;SOR=0.668;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=180;TCF=96;TCR=84;TR=74;WE=128356860;WS=128356842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,80:0.40:199
chr3	128363332	rs2811497	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=-1.015;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr3	128618366	.	GGTGT	G	279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=-0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.52;ReadPosRankSum=-1.607;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr3	128720487	rs1871951	A	G	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=404;ReadPosRankSum=-0.221;SC=GCCGGTCAGCACGGGCGCGGA;SOR=0.814;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=30;WE=128720495;WS=128720477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,32:0.46:69
chr3	128755814	rs3732429	T	C	3332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=3.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.44;ReadPosRankSum=1.055;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,158:0.64:248
chr3	128755953	rs3732430	G	A	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=510;ReadPosRankSum=1.709;SC=CAGAGGCTCCGGGACCTGGTA;SOR=1.435;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=29;WE=128755961;WS=128755943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr3	128755971	rs3732431	G	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=428;ReadPosRankSum=1.048;SC=GTAGGCTCACGGGAGAGCTGC;SOR=1.802;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=24;WE=128755979;WS=128755961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr3	128757560	rs2306529	C	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=70;ReadPosRankSum=-1.140;SC=GGGGGAGGAGCTTTATCTGTC;SOR=0.086;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=8;WE=128757568;WS=128757550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr3	128811299	rs59595352	G	C	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.878;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=395;ReadPosRankSum=1.990;SC=TGGGTACCTGGGGGCTCATTA;SOR=0.446;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=36;WE=128811307;WS=128811289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,42:0.51:82
chr3	128853622	rs7646403	C	G	4823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=49;PP=2965;SC=TTTCAAAGGACACAACAGAAA;SOR=1.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=107;TCR=50;TR=156;WE=128853630;WS=128853612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	128859202	rs10664499	C	CTTAG	10928.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=54;PP=2974;SC=CTGTCACAAACTTACTTACGT;SOR=1.650;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=137;TCF=76;TCR=61;TR=125;WE=128859210;WS=128859192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr3	128864520	rs9842978	C	G	4698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	128864540	rs9880527	A	G	5054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.10;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	128877521	rs4452346	C	T	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=48;PP=1373;SC=CATTCATATACAAATATTGTA;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=71;WE=128877529;WS=128877511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	128890350	rs4303883	G	A	9495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr3	128968642	rs62266874	T	C	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.967;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.87;MQRankSum=1.259;NF=27;NR=17;PP=522;ReadPosRankSum=-1.989;SC=CCCGCCGAGCTTTCCTTCTGG;SOR=0.471;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=44;WE=128968650;WS=128968632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,55:0.60:91
chr3	128971113	rs4927953	T	C	6510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=1.443;SC=TCTTTGGTCATTTCTTCTTAG;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=570;TCF=314;TCR=256;TR=304;WE=128971121;WS=128971103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,323:0.53:612
chr3	128973978	rs4927912	A	C	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=41;PP=915;ReadPosRankSum=-0.500;SC=AAGAAAATTTAAGAGTCACAT;SOR=0.679;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=125;TCF=40;TCR=85;TR=62;WE=128973986;WS=128973968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,68:0.52:131
chr3	128976396	rs4927910	T	C	2775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=53;PP=1444;ReadPosRankSum=-0.336;SC=TCACACGGCATGGCCTTAAGT;SOR=0.728;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=227;TCF=127;TCR=100;TR=118;WE=128976404;WS=128976386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,135:0.53:257
chr3	128976451	rs62266876	C	G	2687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.110;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=45;PP=1576;ReadPosRankSum=-0.161;SC=CAGCAAGCAGCTGGAAGAGGA;SOR=0.801;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=215;TCF=118;TCR=97;TR=107;WE=128976459;WS=128976441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,124:0.52:240
chr3	128979256	rs6802965	C	G	4883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=122;PP=2895;ReadPosRankSum=0.299;SC=AAGAGTCCAGCTTGGGGGTTG;SOR=0.833;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=427;TCF=209;TCR=218;TR=228;WE=128979264;WS=128979246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,239:0.54:444
chr3	128986715	rs61128088	A	C	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.461;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=515;ReadPosRankSum=-0.256;SC=TAATGAAGCCATGCAGGATCC;SOR=0.286;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=30;WE=128986723;WS=128986705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr3	128987730	rs10934875	G	A	2278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=42;PP=1257;ReadPosRankSum=0.895;SC=ACACTGCCCCGTGACTCCAGC;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=107;TCR=77;TR=99;WE=128987738;WS=128987720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,108:0.54:200
chr3	128987899	rs10934876	T	A	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=485;ReadPosRankSum=-1.801;SC=CCTCAGGGGGTTCAAGAGTAA;SOR=0.627;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=37;WE=128987907;WS=128987889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr3	128990998	rs6771809	T	C	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=588;ReadPosRankSum=-1.259;SC=CCTTGGTCAATAGGAAAGAGG;SOR=0.701;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=94;TCF=70;TCR=24;TR=37;WE=128991006;WS=128990988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,38:0.38:99
chr3	129020778	rs6765930	A	G	3729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.22;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	129034758	rs6795995	A	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.058;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=369;ReadPosRankSum=0.547;SC=TAGCAAGAGGATTGGTGGCGG;SOR=1.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=21;WE=129034766;WS=129034748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr3	129100288	rs62266952	A	G	4363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=88;PP=2631;SC=GAAGGTAAGCATCTAGCCAGC;SOR=1.301;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=61;TCR=88;TR=148;WE=129100296;WS=129100278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	129147418	rs3796391	G	A	3660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=69;PP=2102;SC=CGGGGTATCAGATAAACCGTA;SOR=1.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=53;TCR=70;TR=122;WE=129147426;WS=129147408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	129152144	rs140695	T	C	3093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=73;PP=1723;SC=GCTGATTTCATGTTCAAGTAG;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=36;TCR=74;TR=109;WE=129152152;WS=129152134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	129152181	.	G	GT	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=2.575;QD=1.10;ReadPosRankSum=-0.018;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr3	129168854	.	C	CT	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=1.278;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,30:0.26:116
chr3	129185661	rs6805886	C	A	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=8;PP=626;SC=GGGCTCCTTGCCAGGATTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=129185669;WS=129185651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	129279597	rs2713627	C	T	6328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr3	129281980	rs2713625	C	T	4397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr3	129293183	rs2625962	T	C	3066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=30;PP=1770;SC=GCTTACCGCGTGGATCTCGGG;SOR=1.588;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=70;TCR=30;TR=100;WE=129293191;WS=129293173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	129303197	rs2811463	T	C	4941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=106;PP=2965;SC=TCTGCCCCTCTGGGGCTGTGC;SOR=1.369;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=66;TCR=106;TR=172;WE=129303205;WS=129303187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr3	129308096	rs13079843	G	A	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=17;PP=882;SC=GGGTCAGGCTGGACCTGTAGC;SOR=1.559;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=129308104;WS=129308086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	129324193	rs7619850	A	G	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=25;PP=1422;SC=GCTTGCGCTCACAGGCCGGTC;SOR=0.950;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=51;WE=129324201;WS=129324183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	129546729	rs784689	T	C	8762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=178;NR=128;PP=2965;SC=ATAGCAGAGCTGGTAGGTGCA;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=306;TCF=178;TCR=128;TR=306;WE=129546737;WS=129546719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr3	129694934	rs784705	C	A	2280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=53;PP=1539;SC=GGAAACCTGCCGGCAAAGGGG;SOR=1.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=75;WE=129694942;WS=129694924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	129695440	rs13097335	G	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=86;ReadPosRankSum=0.434;SC=AGTGGGAGCTGCAGGAAATGT;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=7;WE=129695448;WS=129695430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr3	129695538	rs784704	C	T	3296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=17;PP=2407;SC=CTTTCCTTCCCCAGCGTCCCA;SOR=2.917;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=89;TCR=18;TR=106;WE=129695546;WS=129695528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	129695954	rs5662	T	C	3569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=70;PP=2339;SC=AAGCGGGCCTTCTGCTGGGGC;SOR=1.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=49;TCR=70;TR=119;WE=129695962;WS=129695944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	129696041	rs5663	A	G	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=35;PP=1065;SC=CCTGGGTCAGAGAGCCCCTGG;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=58;WE=129696049;WS=129696031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	129811073	rs13066399	T	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.094;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr3	130095031	rs9835065	C	T	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.706;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=22;PP=874;ReadPosRankSum=1.511;SC=GTCTAAAATACAAAGGTTGAA;SOR=0.366;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=119;TCF=83;TCR=36;TR=65;WE=130095039;WS=130095021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,71:0.56:126
chr3	130098349	rs16845861	G	A	3102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.178;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=67;PP=1863;ReadPosRankSum=0.299;SC=GAAATTTAAGGCATCTTCAGA;SOR=0.823;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=364;TCF=193;TCR=171;TR=150;WE=130098357;WS=130098339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,160:0.41:387
chr3	130103539	rs1453242	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=168;ReadPosRankSum=-0.334;SC=TACGCAAAAACGAAGTCTTCA;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=12;WE=130103547;WS=130103530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr3	130103709	rs1453241	G	A	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=46;PP=2927;ReadPosRankSum=1.333;SC=CAGCATCCAGGAGAAACAGTT;SOR=0.809;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=273;TCF=148;TCR=125;TR=106;WE=130103731;WS=130103699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,115:0.39:295
chr3	130103723	rs58143906	G	A	2298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=3.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.670;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,126:0.40:315
chr3	130104062	rs10212241	T	C	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=49;PP=1031;ReadPosRankSum=2.002;SC=AGCAAATCACTGTTCATGCAG;SOR=0.832;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=197;TCF=100;TCR=97;TR=94;WE=130104070;WS=130104052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,98:0.47:210
chr3	130104206	rs10212372	A	G	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=578;ReadPosRankSum=1.925;SC=GCGCTGAAAAAGGTAAGCAAC;SOR=0.444;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=34;WE=130104214;WS=130104196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr3	130108063	rs57575291	A	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=4.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.240;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=488;ReadPosRankSum=2.061;SC=TCTGGCCCTGACCTCCACCTG;SOR=1.728;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=27;WE=130108071;WS=130108053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr3	130109949	rs73000358	C	T	2230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=3.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.56;ReadPosRankSum=-0.572;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,104:0.54:193
chr3	130110302	rs148235459	C	T	2526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.503;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=56;PP=1627;ReadPosRankSum=0.587;SC=CTCTCAAGCACGCAAATGCCC;SOR=0.477;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=219;TCF=95;TCR=124;TR=106;WE=130110310;WS=130110292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,114:0.49:233
chr3	130110550	rs11917356	A	G	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=445;ReadPosRankSum=0.663;SC=AAACTGAAAGATGTTTTCACA;SOR=0.394;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=34;WE=130110558;WS=130110540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr3	130113635	rs10934938	T	G	129.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=4.771;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=-0.210;SC=CTAATGTAAATCAATTGAAGT;SOR=1.872;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=5;WE=130113643;WS=130113627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr3	130114082	rs1353613	C	G	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=43;PP=1144;ReadPosRankSum=1.203;SC=TGGTTGTTATCACATCTGGAG;SOR=0.778;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=191;TCF=99;TCR=92;TR=83;WE=130114090;WS=130114072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,85:0.42:203
chr3	130114408	rs5852594	AC	A	2951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=49;PP=2079;SC=TATATTTAGAACCATATATTT;SOR=1.754;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=50;WE=130114416;WS=130114398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	130116696	rs12488457	A	C	4247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.384;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=84;PP=2815;ReadPosRankSum=1.134;SC=CAGTGGGCCAACTCATCTGAA;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=348;TCF=195;TCR=153;TR=193;WE=130116704;WS=130116686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,201:0.56:362
chr3	130116972	rs73000368	G	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=1.126;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr3	130122409	rs5852595	TG	T	5898.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=94;PP=2122;SC=TTGACTTTATTGGGGGGGGGT;SOR=0.949;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=110;TCF=9;TCR=101;TR=103;WE=130122418;WS=130122399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr3	130122552	rs377028874	TAC	T	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=11.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=-0.188;SOR=1.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr3	130124270	rs1497313	A	G	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=44;NR=18;PP=1040;SC=AAAAACAGACATAAATGAGTG;SOR=1.577;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=62;WE=130124278;WS=130124260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	130124491	rs10934940	G	A	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=40;PP=959;ReadPosRankSum=-0.528;SC=GTCCAGGGGCGTGGGGTCAGA;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=69;WE=130124499;WS=130124481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,78:0.67:117
chr3	130124989	rs4688761	C	T	3219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=71;PP=1915;ReadPosRankSum=-0.750;SC=GTCATGGAGACGATGGGATTG;SOR=0.797;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=228;TCF=110;TCR=118;TR=135;WE=130124997;WS=130124979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,147:0.58:254
chr3	130125116	rs1497312	G	C	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.905;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=677;ReadPosRankSum=2.150;SC=TTTTAGGGCTGTCATGGATTT;SOR=0.966;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=47;WE=130125124;WS=130125106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,57:0.67:85
chr3	130128793	rs9826225	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=223;ReadPosRankSum=-0.707;SC=ACATCATACCGTTTTGGGGAA;SOR=0.588;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=22;WE=130128801;WS=130128783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr3	130132302	rs11717623	T	A	4230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.77;ReadPosRankSum=2.411;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,107:0.60:178
chr3	130132304	rs11713542	G	T	4230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.37;ReadPosRankSum=3.320;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,107:0.59:181
chr3	130132509	rs2219026	A	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.780;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=219;ReadPosRankSum=1.298;SC=AATCATATCAATGAGCATTTT;SOR=0.315;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=16;WE=130132517;WS=130132499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr3	130132851	rs10512767	A	G	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.334;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=36;PP=1404;ReadPosRankSum=1.338;SC=ATAGTATGAAAAGAAAATCTA;SOR=0.419;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=136;TCF=86;TCR=50;TR=89;WE=130132859;WS=130132841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,94:0.66:142
chr3	130134492	rs16827497	T	C	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.819;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=743;ReadPosRankSum=-0.430;SC=ACTAAAGGGGTCACAGGGAAA;SOR=0.578;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=56;WE=130134500;WS=130134482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,58:0.63:92
chr3	130134563	rs7628563	G	A	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=509;ReadPosRankSum=-0.114;SC=TGAGTGACTCGGAGACATTAG;SOR=0.627;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=45;WE=130134571;WS=130134553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,48:0.48:100
chr3	130135456	rs6439233	T	C	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.17;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,54:0.63:86
chr3	130135575	rs4688798	A	T	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.67;ReadPosRankSum=-0.973;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,91:0.59:154
chr3	130137866	rs13062453	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=5;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=328;ReadPosRankSum=-1.156;SC=CCCAATTATGGGGGGCATGAA;SOR=0.148;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=8;WE=130137879;WS=130137856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr3	130137871	rs13321423	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=397;ReadPosRankSum=1.569;SC=TTATGGGGGGCATGAAAGGTA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=8;WE=130137879;WS=130137856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr3	130141498	.	G	GT	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=2.001;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr3	130142587	rs35980322	AT	A	832.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.10;QD=21.35;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	130144984	rs1874599	G	C	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=377;SC=TTTTTGTTTTGTCTTGTTTTA;SOR=2.200;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=130144992;WS=130144974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	130148341	rs6774248	T	G	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=7;PP=627;ReadPosRankSum=-0.149;SC=TCAGCTTTGTTAAAATGTTGT;SOR=0.809;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=112;TCF=88;TCR=24;TR=41;WE=130148349;WS=130148331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,49:0.40:123
chr3	130158343	rs2403340	C	T	2019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.24;ReadPosRankSum=1.271;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,96:0.58:165
chr3	130159330	rs2201717	C	T	3501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=88;PP=2112;ReadPosRankSum=-0.284;SC=GACTTCCTTCCAACAGCTAAA;SOR=0.706;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=422;TCF=217;TCR=205;TR=171;WE=130159338;WS=130159320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,182:0.41:446
chr3	130162395	rs9883988	A	G	4904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=76;NR=93;PP=2880;SC=GAGAATATTCAAAATGATGGT;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=76;TCR=93;TR=169;WE=130162403;WS=130162385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr3	130174334	rs819085	G	A	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=35;PP=1328;SC=TTTTTGGGAGGTAATGGCTTC;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=80;WE=130174342;WS=130174324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	130187817	rs322113	T	C	9140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.27;ReadPosRankSum=-0.994;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,346:0.99:348
chr3	130189918	rs10668406	T	TTG	335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.43;ReadPosRankSum=1.126;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr3	130190630	rs322117	G	A	5771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=109;NR=85;PP=2965;SC=AATCATAGTAGTGGTTCTGAG;SOR=0.861;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=110;TCR=85;TR=194;WE=130190638;WS=130190620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr3	130190720	rs11355796	AT	A	2647.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.633;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=43;PP=2024;ReadPosRankSum=-0.673;SC=GAAAAAGCACATTTAGAAGAA;SOR=0.894;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=106;TCF=25;TCR=81;TR=58;WE=130190728;WS=130190710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,93:0.54:173
chr3	130190777	rs322118	G	A	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=67;PP=2063;SC=GAAGGTAATCGTGAGTACCAT;SOR=1.238;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=46;TCR=68;TR=113;WE=130190785;WS=130190767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	130284284	rs9830253	G	A	5432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.524;SC=CATAGAGGGCGCCAGCGACAC;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=420;TCF=216;TCR=204;TR=237;WE=130284292;WS=130284274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,261:0.56:468
chr3	130286886	rs9836961	T	C	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=396;ReadPosRankSum=1.205;SC=GTTTTTCCTATGCAGCTTGCA;SOR=1.165;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=30;WE=130286894;WS=130286876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr3	130289617	rs10934949	T	C	7536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=93;PP=2965;SC=TCCCATGCTGTCCAAAGCTAA;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=252;TCF=159;TCR=93;TR=252;WE=130289625;WS=130289607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr3	130300650	rs6439249	T	C	3287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.552;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=63;PP=2081;ReadPosRankSum=0.649;SC=ACTGAATAGCTTGAAGGATAT;SOR=0.787;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=233;TCF=124;TCR=109;TR=138;WE=130300658;WS=130300640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,150:0.60:251
chr3	130308702	rs4515022	A	G	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	130308823	.	T	A	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.05;ReadPosRankSum=2.969;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr3	130311398	rs73868925	C	T	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr3	130313017	rs1467015	T	G	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=84;SC=AAATAGCCTTTGTAGAAAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=130313025;WS=130313007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	130317341	rs4336088	G	A	3690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=60;PP=1797;SC=TTGGTAGAATGTGAAATGCTT;SOR=1.032;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=60;TCR=60;TR=120;WE=130317349;WS=130317331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	130361856	rs16830494	G	A	4313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=72;PP=2385;SC=CAGTATGTGCGAGACCGCAGT;SOR=0.955;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=67;TCR=72;TR=138;WE=130361864;WS=130361846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	130361930	rs10934950	AC	CT	3369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=43;PP=2637;SC=AAGCAGAGAAACCTACACTCA;SOR=1.640;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=60;WE=130361939;WS=130361920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	130367860	rs10695462	C	CT	799.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.8715;FS=3.899;HP=14;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=312;ReadPosRankSum=-0.464;SC=TTCTATGTATCTTTTTTTTTT;SOR=0.210;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=25;WE=130367868;WS=130367850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,50:0.82:61
chr3	130368069	rs7614116	A	G	6101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=130;NR=80;PP=2965;SC=GTGGGAGCGCACATCGCCATC;SOR=1.058;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=131;TCR=80;TR=210;WE=130368077;WS=130368059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr3	130368301	rs7636656	G	A	12334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=199;NR=221;PP=2965;SC=GTCAGTCCGCGGATGCCCACT;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=421;TCF=199;TCR=222;TR=420;WE=130368309;WS=130368291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr3	130427076	rs2306685	A	C	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=0.320;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,36:0.38:96
chr3	130427076	.	ACA	CCG	1137	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=25;NR=8;PP=1137;QD=36.0747840867;SC=TAGCTAAAAAACAGTCTTATG;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=88;TCF=69;TCR=19;TR=33;WE=130427086;WS=130427066;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:55,33:0.38:88
chr3	130427078	rs2306684	A	G	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.56;ReadPosRankSum=-0.356;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,38:0.38:99
chr3	130437189	rs138035318	C	T	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=4;PP=583;ReadPosRankSum=0.959;SC=TTTAAAGAGGCACAGTTTGGA;SOR=1.011;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=70;TCF=60;TCR=10;TR=35;WE=130437197;WS=130437179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,38:0.52:73
chr3	130569557	rs1316658	T	G	3080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=63;NR=45;PP=1851;SC=GGAGGGAAGTTGTCGAGCTAC;SOR=0.877;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=63;TCR=45;TR=108;WE=130569565;WS=130569547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	130659650	rs73201921	A	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=313;ReadPosRankSum=1.264;SC=AGATACTATTAATCTGACACA;SOR=0.857;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=27;WE=130659658;WS=130659640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,35:0.41:86
chr3	130673818	.	A	G	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.360;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=522;ReadPosRankSum=-0.577;SC=TTTACATTTCATCTGGATGTA;SOR=0.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=50;WE=130673826;WS=130673808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,56:0.48:117
chr3	130674022	rs218494	A	G	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=184;SC=ATTGAGAGCAATATTTTATTC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=130674030;WS=130674012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	130711966	.	G	GT	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr3	130748733	rs9864242	A	G	4029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=87;PP=2477;SC=GTAAGTAAAAATGCTTCCTAT;SOR=1.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=42;TCR=87;TR=128;WE=130748741;WS=130748723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr3	130828790	rs9850655	G	A	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.96;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	130851101	rs4974466	A	G	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=375;SC=GTTCTTTATAATTCCATAAAA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=130851109;WS=130851091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	130852185	rs2674613	T	C	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=38;NR=32;PP=894;SC=GGAATAAAAGTGTGCAACTAG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=70;WE=130852193;WS=130852175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	130873723	rs1400013	T	G	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.79;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	130881409	rs1913898	T	C	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	130947435	rs3738000	A	T	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	131186893	rs56928817	CA	C	366.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.67;ReadPosRankSum=-1.105;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr3	131188377	rs3830301	TAC	T	855.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=6;PP=484;SC=AACTAGAGTGTACACACACAC;SOR=1.445;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=11;WE=131188386;WS=131188367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	131220820	rs79180480	A	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TCCCCAAAAAACAGTCCTACC;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=131220828;WS=131220810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr3	131221825	.	A	C	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.074;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=511;ReadPosRankSum=0.974;SC=CGACGGAAAGAAAGCCGCCGG;SOR=0.380;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=40;WE=131221833;WS=131221815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr3	131261662	rs10716194	TG	T	7286.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.158;NF=11;NR=132;PP=2801;ReadPosRankSum=2.456;SC=CCCATGATGATGGGGGGGGGT;SOR=1.120;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=159;TCF=13;TCR=146;TR=143;WE=131261679;WS=131261651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,256:0.98:262
chr3	131274193	.	C	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.235;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=9.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.952;SOR=0.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr3	131388529	.	C	T	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=1.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.030;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,59:0.24:243
chr3	131404572	rs6439314	A	C	3095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=32;PP=2034;SC=TTGCAGTGAGACGAGACTGCG;SOR=1.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=65;TCR=32;TR=97;WE=131404580;WS=131404562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	131404641	rs6439315	C	A	2612.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.92;ReadPosRankSum=3.015;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,134:0.46:293
chr3	131415340	rs2369134	C	T	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.696;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=13;PP=634;ReadPosRankSum=-0.092;SC=AAACTGTGTGCTAGCTTTGTT;SOR=0.781;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=126;TCF=89;TCR=37;TR=47;WE=131415348;WS=131415330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,52:0.38:137
chr3	131418898	.	CTTT	C	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.25;ReadPosRankSum=0.210;SOR=1.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr3	131418966	rs3883881	T	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=10;PP=185;ReadPosRankSum=-0.566;SC=ATTTCAGGGTTTGTCAATGAG;SOR=1.609;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=11;WE=131418974;WS=131418956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr3	131624097	rs3749262	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=357;ReadPosRankSum=-0.105;SC=CATTTCATTGGACATGCCTAC;SOR=0.529;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=32;WE=131624105;WS=131624087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,35:0.41:86
chr3	131756241	rs2141570	T	C	4851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=111;NR=49;PP=2965;SC=AGAATTTACTTCCACCTCTTA;SOR=1.596;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=111;TCR=50;TR=160;WE=131756249;WS=131756231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	131756348	rs9859988	C	T	4059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=100;PP=2390;ReadPosRankSum=0.907;SC=GCCCGCCAGCCACAGTCCCCT;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=543;TCF=284;TCR=259;TR=209;WE=131756356;WS=131756338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:356,221:0.38:577
chr3	131756375	rs1569281	A	G	3852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.996;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,208:0.40:520
chr3	131756546	rs2178384	G	A	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.545;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=741;ReadPosRankSum=-2.110;SC=AGATTCACTCGCCGGGTTTCT;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=43;WE=131756554;WS=131756536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,51:0.70:73
chr3	132047029	.	G	GA	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.437;QD=0.25;ReadPosRankSum=0.055;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,57:0.16:365
chr3	132166148	rs377096498	AT	A	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.130;QD=0.21;ReadPosRankSum=2.274;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,30:0.19:162
chr3	132169705	.	T	TA	46	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;FR=0.5000;HP=12;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=46;QD=10.4;SC=AGTACTATTTTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=5;WE=132169713;WS=132169695;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,5:0.33:15
chr3	132182443	rs11328911	TG	T	1489.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.085;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.14;MQRankSum=0.821;NF=24;NR=9;PP=1182;ReadPosRankSum=-0.415;SC=ACATACTGAATGTTTTTTTCA;SOR=1.010;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=33;WE=132182451;WS=132182433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,49:0.61:80
chr3	132196761	rs2369797	G	A	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=29;PP=846;ReadPosRankSum=0.492;SC=ATATCCTGTCGCATTTGTTTT;SOR=0.645;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=76;TCR=59;TR=65;WE=132196769;WS=132196751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,73:0.50:146
chr3	132196816	rs2369796	A	T	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.069;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,44:0.40:111
chr3	132218196	rs2088712	C	T	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=540;ReadPosRankSum=1.630;SC=CCAGTTTACACACATTATATG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=31;TCR=64;TR=43;WE=132218204;WS=132218186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,49:0.49:101
chr3	132218441	rs3834794	A	AT	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=341;ReadPosRankSum=-0.615;SC=TTTACTATTTATTAACAAATG;SOR=0.283;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=10;WE=132218449;WS=132218431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr3	132218623	rs3762672	G	T	4573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.372;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=94;PP=2799;ReadPosRankSum=-1.883;SC=CTTGACTCGTGCTAGTAAACC;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=355;TCF=187;TCR=168;TR=201;WE=132218631;WS=132218613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,218:0.57:382
chr3	132221076	rs200192843	CTT	C,CT	1558.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=3.893;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.428;QD=12.78;ReadPosRankSum=1.492;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:15,38,69:0.31,0.57:122
chr3	132244313	rs9843883	C	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=277;ReadPosRankSum=0.777;SC=TCGTTGTTCTCTTAGGATTAG;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=15;WE=132244321;WS=132244303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr3	132244406	rs754993	G	A	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.703;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=22;PP=765;ReadPosRankSum=-0.589;SC=GATATTTAGGGCTGTATGAGT;SOR=0.597;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=57;WE=132244414;WS=132244396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,61:0.52:118
chr3	132360883	rs821572	C	T	5833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=111;NR=93;PP=2965;SC=ATTCAAGGAACGTAACTGAGC;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=111;TCR=93;TR=204;WE=132360891;WS=132360873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr3	132384989	rs199595267	A	AT	1024.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.057;NF=2;NR=29;PP=535;ReadPosRankSum=0.636;SC=ACAAGTTAGGATTTTTTTTCT;SOR=0.589;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=81;TCF=3;TCR=78;TR=31;WE=132384997;WS=132384979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,60:0.48:125
chr3	132436901	rs35348816	ATT	AT,A	1208.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.4990,0.5010;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5,5;NR=12,12;PP=5,357;SC=CCCGGCCTTCATTTTTTTTCC;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=17,17;WE=132436910;WS=132436891;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:57
chr3	133098806	rs34111099	C	T	10777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=272;NR=270;PP=2962;ReadPosRankSum=0.547;SC=ATGGCAACACCGACACCCCGT;SOR=0.642;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1340;TCF=656;TCR=684;TR=542;WE=133098814;WS=133098796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:842,571:0.40:1413
chr3	133099245	rs1197314	G	A	6076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.505;SC=CTGTGGAACCGGAGCCCTCTA;SOR=0.677;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=643;TCF=322;TCR=321;TR=288;WE=133099253;WS=133099235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:373,309:0.45:682
chr3	133114893	rs1197300	C	T	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=29;PP=770;SC=TATACAAATACATATATTATA;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=133114901;WS=133114883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	133166403	rs7644197	A	G	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=20;PP=595;SC=CCTCCTTGTAAACATAAAGTA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=133166411;WS=133166393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	133167363	rs2276737	G	A	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.53;ReadPosRankSum=1.420;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,43:0.57:75
chr3	133185834	rs2737717	T	C	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=652;ReadPosRankSum=0.013;SC=CCTGGTGTCCTTGTGCTAATT;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=51;WE=133185842;WS=133185824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,62:0.59:105
chr3	133191093	rs899458	A	G	2380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=1.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	133329943	rs1444601	G	A	3652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.497;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=72;PP=1976;ReadPosRankSum=-0.435;SC=ATTCCAGTCAGAACATCAAGT;SOR=0.537;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=255;TCF=143;TCR=112;TR=153;WE=133329951;WS=133329933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,173:0.60:288
chr3	133331163	rs11712186	T	C	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.322;NF=16;NR=7;PP=305;ReadPosRankSum=-1.038;SC=GGATAACAGGTGTGAGCCACT;SOR=0.446;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=23;WE=133331171;WS=133331153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
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chr3	133358713	rs11712672	A	G	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.169;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=2;PP=647;ReadPosRankSum=-0.896;SC=AAAATCAATGACCCTTCCTAA;SOR=1.951;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=53;TCF=47;TCR=6;TR=29;WE=133358721;WS=133358703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr3	133362154	rs17301889	A	G	2894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=66;PP=1622;ReadPosRankSum=-1.427;SC=TCATTACTGGAACTGGTGTGA;SOR=0.850;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=217;TCF=106;TCR=111;TR=126;WE=133362162;WS=133362144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,139:0.58:241
chr3	133368199	rs10512909	C	T	1912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=29;PP=1238;ReadPosRankSum=-0.459;SC=TTCTTACTAACTACAAATACT;SOR=0.790;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=145;TCF=92;TCR=53;TR=83;WE=133368207;WS=133368189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,90:0.57:157
chr3	133368362	rs3192149	T	G	4397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.381;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=93;PP=2947;ReadPosRankSum=-1.563;SC=CTTTCAGGCTTATGTGAAACT;SOR=0.689;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=343;TCF=177;TCR=166;TR=190;WE=133368370;WS=133368352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,202:0.55:364
chr3	133374030	rs7639941	T	C	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=434;SC=GCCTGGGCAATAGAGCAAGAC;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=133374038;WS=133374020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	133375785	rs2718801	G	A	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=50;PP=1123;ReadPosRankSum=0.168;SC=AATACATTTTGCTGTTGACAG;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=44;TCR=102;TR=71;WE=133375793;WS=133375775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,74:0.47:157
chr3	133377782	rs2718804	G	A	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=330;ReadPosRankSum=0.240;SC=TTTATAATCCGCAAAGAATGT;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=32;WE=133377790;WS=133377772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,35:0.38:92
chr3	133380026	rs11709461	A	T	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.990;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,48:0.52:93
chr3	133380130	rs2718805	T	C	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=25;PP=772;SC=TTCTAAGAAATCCTGGAACTT;SOR=1.556;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=38;WE=133380138;WS=133380120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	133465201	rs8177186	G	T	2479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=2.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=1.340;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,123:0.56:221
chr3	133465283	rs1130459	A	G	4429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=76;PP=2635;SC=CGCACCCGGAAGATGAGGCTC;SOR=0.832;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=76;TCR=76;TR=152;WE=133465291;WS=133465273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr3	133474147	rs8177225	T	G	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=387;ReadPosRankSum=-0.164;SC=GGTGGGGTGATGCCATTGGCT;SOR=0.757;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=24;WE=133474155;WS=133474137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr3	133475722	rs1799852	C	T	2412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=40;PP=1448;ReadPosRankSum=-2.436;SC=GCTGCTTTGCCTGGACAACAC;SOR=0.847;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=230;TCF=138;TCR=92;TR=105;WE=133475730;WS=133475712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,116:0.47:245
chr3	133483696	rs1880669	T	C	2850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=55;PP=1700;ReadPosRankSum=-0.167;SC=TTAATGCCTTTTTCATTTTCT;SOR=0.572;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=179;TCF=102;TCR=77;TR=122;WE=133483704;WS=133483686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,133:0.67:200
chr3	133485133	rs2692696	A	G	7421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=150;NR=101;PP=2965;SC=GTATTTTGCTATAGCAGTGGT;SOR=0.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=151;TCR=101;TR=251;WE=133485141;WS=133485123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr3	133485371	rs1525891	G	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.941;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=317;ReadPosRankSum=-0.200;SC=GGTGCTGTGGGCTCTGGTTCT;SOR=0.275;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=17;WE=133485379;WS=133485361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr3	133486958	rs8649	G	C	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=4.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.630;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,61:0.47:130
chr3	133489583	rs1525890	G	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.557;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=239;ReadPosRankSum=-1.673;SC=ACCTGAGTGCGCAGAATGATC;SOR=0.093;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=17;WE=133489591;WS=133489573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr3	133493705	rs35736766	GT	G	1551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.559;QD=11.16;ReadPosRankSum=0.969;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,110:0.79:139
chr3	133493827	rs2715626	T	C	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.232;NF=33;NR=45;PP=1220;ReadPosRankSum=0.314;SC=GGGAGTCAGATTTAAAATTCT;SOR=0.896;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=130;TCF=60;TCR=70;TR=78;WE=133493835;WS=133493817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,84:0.61:138
chr3	133524717	rs1107413	G	C	3242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=74;PP=2105;ReadPosRankSum=-0.569;SC=CTCGCGCCGGGTGGCAGATGG;SOR=0.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=427;TCF=229;TCR=198;TR=161;WE=133524725;WS=133524707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,174:0.38:459
chr3	133553527	rs2280672	C	T	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=563;ReadPosRankSum=0.187;SC=CAACCCTGGCCCTCCCCTCTG;SOR=0.545;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=39;WE=133553535;WS=133553517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,43:0.56:77
chr3	133556964	rs139009223	ACCGTGCCGGGCC	A	6815.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=43;PP=2965;SC=ACAGGGCTACACCGTGCCGGG;SOR=1.624;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=67;WE=133556983;WS=133556954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	133560005	rs201380383	CGCACACACATGCGTGT	C	3915.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.331;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=2.884;NF=14;NR=28;PP=2954;ReadPosRankSum=2.467;SC=AGGGAGCAATCGCACACACAT;SOR=1.010;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=129;TCF=36;TCR=93;TR=42;WE=133560028;WS=133559995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,107:0.42:252
chr3	133665977	.	C	CA	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.165;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr3	133692497	rs4634113	A	G	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=9;PP=773;SC=AGGGGTTGGAAGCCACTCACC;SOR=1.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=39;WE=133692505;WS=133692487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	133692743	rs4241362	C	T	4163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr3	133698280	rs4640563	C	G	4758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=60;PP=2663;SC=TTGTGGTCAGCGTGGTGCACA;SOR=1.098;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=100;TCR=60;TR=159;WE=133698288;WS=133698270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	133901733	rs9829505	A	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=249;ReadPosRankSum=1.052;SC=AAAAAAATTAAGCTATTCCAC;SOR=0.139;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=21;WE=133901741;WS=133901723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr3	133941320	rs1131262	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.442;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=-0.567;SC=TACTAACAGACTAAAGGATAG;SOR=1.445;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=10;WE=133941328;WS=133941310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr3	133941504	rs9865808	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5030;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=36;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CATCACAAATGGCCCTAACAT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=133941512;WS=133941494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr3	133941534	rs7611104	A	G	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=5;PP=107;SC=TATGAAGCAAAAAAGACACGG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=133941542;WS=133941524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	133969352	rs139860270	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.167;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr3	133969437	.	A	AG	487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=6;PP=314;SC=CGGGGCCCTCAGCCGCGGGCC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=133969445;WS=133969427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	133969487	.	G	GC	331.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=139;SC=CAGCCGCGCCGCCCACGCATG;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=133969495;WS=133969477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	134077470	rs1353776	C	G	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=24;PP=782;ReadPosRankSum=1.033;SC=CTGGGGGGCCCTCAGTCTGGG;SOR=0.901;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=158;TCF=95;TCR=63;TR=66;WE=134077478;WS=134077451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,72:0.41:174
chr3	134080661	rs1077718	A	G	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=59;PP=1921;SC=TGTAGGGAGAAAGAGGCTTGA;SOR=1.039;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=52;TCR=59;TR=111;WE=134080669;WS=134080651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	134085070	rs67655717	GAAGT	G	4846.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.089;NF=29;NR=38;PP=2967;ReadPosRankSum=1.862;SC=TAGAACAAAAGAAGTAAGTCC;SOR=0.631;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=131;TCF=54;TCR=77;TR=67;WE=134085081;WS=134085060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,122:0.63:193
chr3	134214042	rs62269547	T	C	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=11;PP=861;SC=TTTTTCATTATTATGTATGCT;SOR=2.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=134214050;WS=134214032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	134226159	rs6766818	C	T	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=67;PP=1862;SC=TTCTTTTTGACATTTTTATCT;SOR=1.266;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=45;TCR=67;TR=111;WE=134226167;WS=134226138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	134256159	rs12634127	A	G	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=23;PP=750;SC=GGTTTTGATCAAGTTTGAACT;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=46;WE=134256167;WS=134256149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	134264859	rs1357762	A	C	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=2;PP=302;SC=CGTAACTTATAGTCTGACTTC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=134264867;WS=134264849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	134266148	rs12632372	G	C	3489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	134270584	rs148237959	TATATATATATATAC	T	190.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.80;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	134278270	rs1127826	C	T	4333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=96;PP=2807;SC=TTTATATCTTCGGTATGGAAA;SOR=1.624;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=51;TCR=96;TR=147;WE=134278278;WS=134278260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	134280395	rs6777283	T	A	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.58;SOR=1.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	134293619	rs4586863	A	G	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.29;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	134322742	rs2293293	A	G	9158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=152;NR=157;PP=2965;SC=CACAGCATACAAGGTAATTAA;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=310;TCF=152;TCR=158;TR=309;WE=134322750;WS=134322732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr3	134323156	rs4955535	A	G	6844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=117;NR=111;PP=2965;SC=TGCCCTTGGCAAAGATCTGCA;SOR=0.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=117;TCR=111;TR=228;WE=134323164;WS=134323146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr3	134331874	rs7626611	T	C	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=19;PP=837;SC=CTGCCTAGAATGTCTGTGCAT;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=61;WE=134331882;WS=134331864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	134331980	rs9838119	C	T	3373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=56;PP=1732;SC=ACTGATTTAGCGGCGCTGTGG;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=57;TCR=56;TR=113;WE=134331988;WS=134331970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	134514579	rs9852662	T	C	16866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=280;NR=343;PP=2965;SC=CCGGCCGCCTTGGGACTGCTG;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=623;TCF=280;TCR=343;TR=623;WE=134514587;WS=134514569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,655:1.00:655
chr3	134697009	rs373709784	A	AC	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.237;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=338;ReadPosRankSum=1.466;SC=CCACTGAGTTACAAGTCCTAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=9;WE=134697017;WS=134696999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr3	134825512	rs3732567	G	C	2039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=58;PP=1062;ReadPosRankSum=-0.855;SC=GGTGGGTCTGGGGCAAGGAAG;SOR=0.680;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=194;TCF=83;TCR=111;TR=100;WE=134825520;WS=134825502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,103:0.51:202
chr3	134880745	rs2270882	G	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.435;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=291;ReadPosRankSum=-0.236;SC=GATGACAACTGCTAGCAGATA;SOR=3.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=15;WE=134880753;WS=134880735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr3	134884652	rs1159404	A	C	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=402;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TATAACTTAAAAATTGCTGTT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=25;WE=134884660;WS=134884642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr3	134898742	rs1042787	C	T	5435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr3	134967368	rs11717042	G	A	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.476;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=807;ReadPosRankSum=0.978;SC=CTAGTGAAACGGTGATCCCTA;SOR=0.540;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=183;TCF=82;TCR=101;TR=69;WE=134967376;WS=134967358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,80:0.39:206
chr3	134968465	rs4243397	T	C	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.39;SOR=2.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	135720241	rs4678432	T	C	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=6;PP=1124;SC=CCACTGAACATTGTTATTAAA;SOR=3.219;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=46;TCR=6;TR=52;WE=135720249;WS=135720231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	135720851	rs6779903	G	T	7212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=114;PP=2965;SC=CGATGGGAACGCCCCATCCTT;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=121;TCR=115;TR=235;WE=135720859;WS=135720841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr3	135721036	rs34629706	C	T	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=30;PP=950;ReadPosRankSum=-1.141;SC=TAAAGATGTGCTTGGACATCT;SOR=0.631;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=123;TCF=66;TCR=57;TR=69;WE=135721044;WS=135721026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,78:0.57:138
chr3	135742057	rs113986045	G	GTGTTT,GTGTTTTGTTT	2029.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=1,1;NR=27,27;PP=822,481;SC=TGAAATTTGGGTGTTTTGTTT;SOR=4.565;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=87;TCF=3;TCR=84;TR=28,28;WE=135742065;WS=135742047;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.51,0.49:41
chr3	135759669	rs3832193	T	TG	3444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=19;PP=2503;SC=CATTCCCTGTTGGCTTACCCT;SOR=1.956;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=59;WE=135759677;WS=135759659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	135824901	rs6792630	C	A	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.317;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr3	135913665	rs1992952	A	G	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=4;PP=542;SC=AAAGTCCCTCAGCAAGTTTCA;SOR=2.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=135913673;WS=135913660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	135980673	rs2290131	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=209;ReadPosRankSum=0.174;SC=ACCAGTGTTACTGCCTCCTGT;SOR=1.609;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=14;WE=135980681;WS=135980663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr3	136035737	rs9833162	A	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=464;ReadPosRankSum=-1.386;SC=TACATCTTATACTTGTCTTTA;SOR=0.608;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=28;WE=136035745;WS=136035727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,31:0.32:96
chr3	136059537	rs503973	G	C	3989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=91;PP=2806;SC=TTCTAACCAAGTGAAGTATAC;SOR=1.497;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=49;TCR=91;TR=140;WE=136059545;WS=136059527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	136088038	rs9860801	G	A	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=5.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,56:0.47:120
chr3	136139878	rs9819496	G	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=149;ReadPosRankSum=0.933;SC=CTCTCAAAGTGTTGGGGTTAC;SOR=0.627;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=17;WE=136139886;WS=136139868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr3	136196028	rs16843991	T	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=220;ReadPosRankSum=-0.768;SC=AATTTCCACATGATTACAACT;SOR=0.509;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=17;WE=136196036;WS=136196018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr3	136196071	rs1394092	C	T	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	136218930	rs900048	C	T	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=1;PP=242;SC=TAGTGTGACACTGACAGCCAA;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=136218938;WS=136218926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	136573289	rs9865545	G	A	3926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=44;PP=2516;SC=AAATAGAATTGATTATCTGAA;SOR=1.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=88;TCR=44;TR=132;WE=136573297;WS=136573279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr3	136573440	rs9827648	A	G	8518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.04;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr3	136574501	rs1052618	A	G	3069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=66;PP=1972;SC=AATTTAAGAAAGCAGGACTAC;SOR=2.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=30;TCR=66;TR=96;WE=136574509;WS=136574491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	136574521	rs1052620	C	T	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.053;NF=11;NR=24;PP=503;ReadPosRankSum=-0.260;SC=CCAGGAAATACTAGACTCTCC;SOR=0.243;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=70;TCF=17;TCR=53;TR=35;WE=136574529;WS=136574511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,37:0.49:76
chr3	136574578	rs3076229	T	TTAA	1298.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=1347;SC=TGTTCAGTTATTATGTATACT;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=26;WE=136574586;WS=136574568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	136649463	rs7648817	C	T	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=31;PP=907;SC=ATTAAATCCACTGTTTTCTTG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=136649471;WS=136649453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	136699133	rs5852860	CT	C	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=-1.615;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr3	136701295	rs361239	G	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=0.483;SC=GAATAGTCCTGCAAAGCCAGA;SOR=0.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=8;WE=136701303;WS=136701285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr3	136728886	rs361235	G	T	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=7;PP=657;SC=AGTTAAAAATGTAATAATATT;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=136728894;WS=136728876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr3	136739406	rs1385306	C	G	3801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	137781923	rs329388	A	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=328;SC=AAATGGGGACAAATGCAGACT;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=137781931;WS=137781913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	137783700	rs179282	T	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=508;ReadPosRankSum=1.896;SC=CCAGTGTGGATAGAGGGAATG;SOR=0.631;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=28;WE=137783708;WS=137783690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr3	137786442	rs442800	T	C	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.191;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=29;PP=900;ReadPosRankSum=0.597;SC=CAGTCATCCTTGGGCCGGGGC;SOR=0.921;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=122;TCF=72;TCR=50;TR=74;WE=137786450;WS=137786432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,79:0.58:137
chr3	137786696	rs3856632	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.624;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=88;ReadPosRankSum=-0.298;SC=CCCCTGGAGTGCAGCAGCCAC;SOR=0.248;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=9;WE=137786704;WS=137786686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr3	137787047	rs374045	C	T	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=17;PP=1113;SC=CAGTCCGGGGCGTGGAGCGGG;SOR=1.578;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=65;WE=137787055;WS=137787037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	137787192	rs446644	T	C	4230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr3	137787282	rs419075	T	C	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	137787355	rs446847	T	C	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=525;SC=TTCATGACTGTTGCCAAATCA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=137787363;WS=137787345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	137787935	rs382629	G	A	3794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	137787963	rs445025	T	G	5050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr3	137788123	rs425938	T	G	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.582;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=795;ReadPosRankSum=1.538;SC=TTCTTTTCTCTAGCTTACTTT;SOR=2.015;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=39;WE=137788131;WS=137788113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr3	137788141	rs407009	T	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=195;ReadPosRankSum=-0.409;SC=TTTATTGTAATAATACAGCTT;SOR=1.460;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=11;WE=137788149;WS=137788131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr3	137799291	rs384828	A	T	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.38;ReadPosRankSum=-1.354;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,45:0.66:68
chr3	137799498	rs405602	T	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.482;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=155;ReadPosRankSum=-1.313;SC=GCACCAGTGCTCTGGACCCCA;SOR=0.259;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=15;WE=137799506;WS=137799488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr3	137800656	rs2622711	A	G	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.026;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr3	137807259	rs2724693	G	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr3	137816817	rs7629243	A	C	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=630;ReadPosRankSum=-0.043;SC=AATTTAATTTACTGAGCAAGG;SOR=1.263;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=38;WE=137816825;WS=137816807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,43:0.62:69
chr3	137843018	rs1564496	G	C	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=16.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.84;ReadPosRankSum=-0.735;SOR=0.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,47:0.57:82
chr3	137843106	rs2170309	T	C	2535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.938;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=46;PP=1643;ReadPosRankSum=0.160;SC=AGTGTTAGCTTTATTTGTTAC;SOR=0.437;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=188;TCF=116;TCR=72;TR=110;WE=137843114;WS=137843096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,121:0.58:207
chr3	137843476	rs2246945	G	T	4312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=3.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.78;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,206:0.56:366
chr3	137850003	rs2724691	A	G	2970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=67;PP=1735;ReadPosRankSum=0.769;SC=AAGAAGGCAAACAGAAGAGGC;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=127;TCR=129;TR=133;WE=137850011;WS=137849993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,147:0.52:280
chr3	137880695	rs9851548	A	G	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.696;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=14;PP=1284;ReadPosRankSum=-1.938;SC=TCTCAAAAAAACAAAACAAAC;SOR=1.416;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=119;TCF=89;TCR=30;TR=66;WE=137880703;WS=137880685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,66:0.55:121
chr3	137880743	rs2622736	G	A	4056.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.243;NF=117;NR=61;PP=2618;ReadPosRankSum=1.480;SC=AAGCTGCATCGTCATCATCAT;SOR=0.576;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=292;TCF=197;TCR=95;TR=178;WE=137880753;WS=137880730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,182:0.59:307
chr3	137881265	rs3732839	T	A	4618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=111;PP=2910;ReadPosRankSum=-0.014;SC=AAAATTCAGTTGTCTGAGGAT;SOR=0.646;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=365;TCF=165;TCR=200;TR=207;WE=137881273;WS=137881255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,217:0.56:389
chr3	137882377	rs2622734	G	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=281;ReadPosRankSum=0.537;SC=ATATATATTTGTAACAGTCTA;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=19;WE=137882385;WS=137882367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr3	137882752	rs2622733	A	G	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=613;ReadPosRankSum=0.012;SC=AACCACAGGTAATTCTTCATA;SOR=0.515;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=48;WE=137882760;WS=137882742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,55:0.55:100
chr3	137907220	.	G	GT	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=2.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.936;QD=0.85;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,22:0.17:127
chr3	137981439	.	TA	T	376.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=2.248;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,58:0.30:193
chr3	137981525	.	TA	T	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,15:0.19:78
chr3	138006475	.	G	A	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.934;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,75:0.59:127
chr3	138020275	rs7637162	A	G	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=236;SC=TCAAACTCCTAATCTCAGGTG;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=138020283;WS=138020265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	138020677	rs6801411	C	T	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=29;PP=871;SC=AGTCCTGATACGTGTTAGGGA;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=138020685;WS=138020667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	138025136	rs3856636	T	G	3376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=41;PP=2014;SC=CCCCTTAGAATTCATCTTTCT;SOR=1.115;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=73;TCR=41;TR=113;WE=138025144;WS=138025126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	138025396	rs9846480	A	G	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=46;PP=1368;SC=AAACAATGCAACCTCTACACA;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=70;WE=138025404;WS=138025386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	138033181	rs9289556	C	T	8539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=157;NR=136;PP=2965;SC=CACCCATGTCCTCATCTTCAC;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=293;TCF=157;TCR=136;TR=293;WE=138033189;WS=138033171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr3	138043535	rs71940335	TACACACACAC	T,TAC	876.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.15;QD=39.85;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,14:0.36,0.64:22
chr3	138091701	rs1199333	G	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=116;ReadPosRankSum=1.080;SC=ATGTCTTGCTGCCGCAGGTCT;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=12;WE=138091709;WS=138091691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr3	138170788	rs13095961	T	G	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=32;PP=1072;ReadPosRankSum=-1.109;SC=AGGGTTGAGGTGCAGCGCGTG;SOR=0.694;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=193;TCF=118;TCR=75;TR=80;WE=138170796;WS=138170778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,81:0.40:201
chr3	138188485	rs13316499	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.039;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=-1.844;SC=TCAGAATAACCTCACAAAATA;SOR=0.073;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=14;WE=138188493;WS=138188475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr3	138189031	rs2347469	T	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=120;ReadPosRankSum=0.840;SC=TAAGAGGTTTTTAAGCCAGGC;SOR=0.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=13;WE=138189039;WS=138189021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,14:0.24:59
chr3	138189658	rs3813264	A	G	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=547;ReadPosRankSum=1.656;SC=GGGCTCAGATACTAGTAGTGG;SOR=0.606;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=84;TCF=56;TCR=28;TR=38;WE=138189666;WS=138189648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,35:0.39:89
chr3	138189926	.	G	A	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=402;ReadPosRankSum=-0.759;SC=AATGGAGCAAGGTGTACTGCC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=20;WE=138189934;WS=138189916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr3	138193025	.	C	CT	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=1.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.46;ReadPosRankSum=-0.483;SOR=0.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,27:0.18:154
chr3	138213849	rs10593783	ATTTGT	A	488.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.657;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.989;NF=8;NR=3;PP=405;ReadPosRankSum=-1.754;SC=AAATGATTTGATTTGTTTTCA;SOR=1.950;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=11;WE=138213861;WS=138213839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr3	138244400	rs9878436	C	T	2331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	138251302	rs7643973	G	T	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=12;PP=715;SC=AGAAACTTCTGGTGTGAATAC;SOR=1.236;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=138251310;WS=138251292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	138251447	rs10549552	CGGTAT	C	4090.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=37;PP=2429;SC=TTTCAAAATGCGGTATGGTAT;SOR=0.737;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=42;WE=138251459;WS=138251437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	138256252	rs542010	G	A	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=25;PP=675;SC=TATCCTAACAGTATTGTACAC;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=138256260;WS=138256242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	138347957	rs641320	G	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=237;ReadPosRankSum=0.900;SC=AGAAAAAGATGCTATGGACGT;SOR=0.570;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=24;WE=138347965;WS=138347947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr3	138400782	rs145780817	GA	G	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=3.970;QD=0.33;ReadPosRankSum=-2.519;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,34:0.18:184
chr3	138456486	.	A	AAT	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.114;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.919;SOR=0.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,14:0.24:59
chr3	138668233	rs5852928	C	CGT	311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr3	138724757	rs11924188	C	G	9130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=151;NR=151;PP=2965;SC=GCCCAGCAGACGAGTCGTCCT;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=302;TCF=151;TCR=151;TR=302;WE=138724765;WS=138724747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr3	138739617	rs1720230	A	G	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	138882076	rs9843067	C	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=336;ReadPosRankSum=-0.148;SC=ACGGCTGTGACAGTCTTCCCG;SOR=0.663;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=23;WE=138882084;WS=138882066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr3	139065988	rs1610195	C	T	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=36;PP=1105;SC=TCCATAGGCACTAGTGAAAGG;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=47;WE=139065996;WS=139065978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	139066902	rs10755092	A	T	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=8;PP=675;SC=CTTCTTTTCTATGCAGGTTTT;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=139066910;WS=139066892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	139068008	rs11706615	T	A	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=14;PP=766;SC=TGTTTTGTGATGCTTTAATAT;SOR=1.230;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=139068016;WS=139067998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	139068277	rs10935321	G	A	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=294;ReadPosRankSum=-2.551;SC=CATTAATCAGGTGTGTATCAA;SOR=0.614;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=24;WE=139068285;WS=139068267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr3	139075644	rs9878548	C	A	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=191;SC=AATCTGAAAGCCCTTTTTAAG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=139075652;WS=139075634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	139075938	rs7833	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=0.566;SC=AAAAAATGGCCAGATTAAAAG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=139075946;WS=139075928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr3	139081416	rs57549985	TTA	T	439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.22;MQRankSum=2.024;QD=11.57;ReadPosRankSum=-2.401;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr3	139088481	rs11717119	T	C	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=1.211;SC=TTTCAGTAATTATGCAAAAAT;SOR=1.002;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=8;WE=139088489;WS=139088471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr3	139090736	rs7373116	G	A	3084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=85;PP=2197;ReadPosRankSum=-0.657;SC=AGAAGTTAAGGAACAATAATT;SOR=0.602;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=209;TCF=70;TCR=139;TR=131;WE=139090744;WS=139090726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,135:0.61:220
chr3	139098357	rs9831108	A	C	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.92;ReadPosRankSum=-0.250;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr3	139102120	rs7373302	C	A	8234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr3	139108250	rs3215032	C	CTG	2874.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=4;PP=2533;SC=TGGAATCAAACGACCAAGACC;SOR=4.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=47;TCR=4;TR=51;WE=139108258;WS=139108245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	139195177	rs2233815	C	T	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.221;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,86:0.37:230
chr3	139236683	rs2071388	C	T	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=39;PP=911;ReadPosRankSum=0.273;SC=CTCTGCAGCACCCTACAGACA;SOR=0.951;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=82;TCF=17;TCR=65;TR=48;WE=139236691;WS=139236673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,50:0.57:87
chr3	139246212	.	C	CA	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=1.064;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr3	139246382	rs295493	A	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=24;ReadPosRankSum=-0.908;SC=GACCTTCCCCATGAAGGCTGA;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=4;WE=139246390;WS=139246372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr3	139257545	rs34662123	GC	G	942.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.159;NF=14;NR=12;PP=784;ReadPosRankSum=-0.375;SC=TCAGGCCCTTGCCCCCTCTCG;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=26;WE=139257553;WS=139257535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,38:0.44:87
chr3	139280328	rs35898558	G	GA	1353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=917;SC=GCTTTTCTTGGATGTATCGAG;SOR=1.670;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=21;WE=139280336;WS=139280318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	139318241	rs1846021	A	T	6239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=106;NR=106;PP=2965;SC=ACTTTTGCCCATTTTCTTCTT;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=106;TCR=107;TR=212;WE=139318249;WS=139318231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr3	139654444	rs9821708	T	C	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	139654466	rs9821843	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=0.972;SC=CGCCCTGGATTCCCGAAGTCA;SOR=0.976;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=13;WE=139654474;WS=139654456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr3	140122341	rs4683494	G	A	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=398;SC=CTGCTGGCTCGTGGACCACAC;SOR=5.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=140122349;WS=140122331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	140167536	rs2081803	A	G	4515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=79;PP=2581;SC=AATCCCTTCAAAAGTTATGTG;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=65;TCR=80;TR=144;WE=140167544;WS=140167526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr3	140178279	rs9836487	G	A	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.28;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,80:0.53:150
chr3	140178485	rs7632885	G	A	4528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=2.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.70;ReadPosRankSum=1.035;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,228:0.59:387
chr3	140178638	rs10590825	CCCT	C	3488.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.158;NF=6;NR=55;PP=2592;ReadPosRankSum=-0.936;SC=GCCCTTCCACCCCTCCTACCC;SOR=0.765;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=101;TCF=8;TCR=93;TR=61;WE=140178651;WS=140178628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,102:0.60:169
chr3	140251487	rs349536	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=287;ReadPosRankSum=0.070;SC=AGTATAAATCTACAAACTAAA;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=14;WE=140251495;WS=140251477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr3	140281723	rs11714465	C	T	3065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.16;ReadPosRankSum=1.672;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,142:0.61:233
chr3	140282084	rs4683509	C	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=244;ReadPosRankSum=-2.268;SC=GGACACAGGTCGTCATTGTGA;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=20;WE=140282092;WS=140282074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr3	140282861	rs10804675	C	T	3749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=76;PP=2275;ReadPosRankSum=-0.883;SC=TTGTGTTTGTCGTGGCCATGG;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=316;TCF=171;TCR=145;TR=166;WE=140282869;WS=140282851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,184:0.52:351
chr3	140285115	rs4683510	T	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=0.630;SC=GTCTGCTGCCTGGCCCACATG;SOR=0.593;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=10;WE=140285123;WS=140285105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr3	140401693	rs698673	A	G	12585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=215;NR=197;PP=2965;SC=TGCCGCAACAAGCGCATCGCT;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=414;TCF=216;TCR=198;TR=412;WE=140401701;WS=140401683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr3	140406947	rs28594654	G	A	6805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.01;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,340:0.55:618
chr3	140407211	rs138660520	A	T	2854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.251;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=76;PP=1946;ReadPosRankSum=1.821;SC=CCAGTCAGCCACCCCCGCCAA;SOR=1.077;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=314;TCF=143;TCR=171;TR=128;WE=140407219;WS=140407201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,140:0.41:340
chr3	140407260	rs9876490	C	A	3479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.278;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=77;PP=2195;ReadPosRankSum=0.925;SC=AGTGCTGGAGCAGACAGCCAG;SOR=0.424;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=255;TCF=118;TCR=137;TR=150;WE=140407268;WS=140407250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,160:0.56:284
chr3	140419715	rs1540506	C	T	3950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=54;PP=2302;SC=CATGACTCTTCGCTTCTGATT;SOR=0.915;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=74;TCR=55;TR=128;WE=140419723;WS=140419705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	140675313	rs3773837	A	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.323;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr3	140675348	.	CT	C	305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=1.047;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr3	140675583	rs16850924	G	T	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=538;ReadPosRankSum=-1.176;SC=GCGTTAGTGAGTTCCAGATGT;SOR=0.665;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=128;TCF=53;TCR=75;TR=49;WE=140675591;WS=140675573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,60:0.40:150
chr3	140678384	.	TA	T	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.544;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.207;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,41:0.34:122
chr3	140689627	rs3836424	G	GGATTTGTAAAA	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=1084;ReadPosRankSum=-1.715;SC=TTTGTCGTATGTGAAAAGTGT;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=2;WE=140689635;WS=140689619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr3	140692486	rs2555707	G	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.794;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=10.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.532;SOR=0.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr3	140695070	rs3773835	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-4.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=281;ReadPosRankSum=0.411;SC=AAAGATATCAGTAATGTTTAA;SOR=0.094;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=20;WE=140695078;WS=140695060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr3	140979184	rs1511378	T	C	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=25;PP=542;SC=TATAAATGAATGATGAGGCTG;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=140979192;WS=140979174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	140998214	rs13087169	G	A	4758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr3	141595883	rs7616510	G	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=-1.059;SC=CCTAACCCGGGCGGCGGCGGC;SOR=0.512;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=9;WE=141595891;WS=141595873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr3	141625999	rs7622417	G	C	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.853;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr3	141626189	rs3838612	C	CGGTA	515.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.287;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.226;NF=4;NR=4;PP=333;ReadPosRankSum=0.984;SC=GGGCCGGGCACGGTAGCTCAC;SOR=1.206;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=8;WE=141626197;WS=141626179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr3	141641015	rs3765155	C	G	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.834;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=44;PP=1130;ReadPosRankSum=-0.324;SC=TTAATTTGTGCGTCATCTATT;SOR=0.506;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=147;TCF=66;TCR=81;TR=84;WE=141641023;WS=141641005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,94:0.59:160
chr3	141644274	rs1131029	G	C	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=8;PP=536;SC=CTGGGCAACAGTCTCAAAAAG;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=141644282;WS=141644264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	141709083	rs6440055	A	G	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=-1.630;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr3	141812759	rs9877817	G	A	3489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=46;PP=1900;SC=ATATAGCACAGGATTTGGCAC;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=63;TCR=46;TR=109;WE=141812767;WS=141812749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	141923506	rs9830411	C	T	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	141932356	rs6440072	G	A	11544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=219;NR=212;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.685;SC=GCTTATCACAGAATGTACTTA;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=434;TCF=220;TCR=214;TR=431;WE=141932364;WS=141932345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,462:1.00:464
chr3	142051147	rs4608715	T	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=-1.112;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr3	142076059	rs3816805	A	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=178;ReadPosRankSum=1.231;SC=CATCATCAGCATTAGTAAATA;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=13;WE=142076067;WS=142076049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr3	142078759	rs73238159	C	T	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=476;ReadPosRankSum=1.588;SC=AATAGTACATCGGCTTCTCTA;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=42;WE=142078767;WS=142078749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,48:0.50:96
chr3	142083776	.	T	TTA	111	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.67;NF=2;NR=2;PP=111;QD=34.75;SC=ATAAAAAGATTGTTTGTTCCT;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=4;WE=142083784;WS=142083766;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr3	142116151	rs2291363	A	G	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.122;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,47:0.50:94
chr3	142123841	rs2306700	C	T	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=41;PP=1074;ReadPosRankSum=-0.427;SC=ACATTAGGCACTCACTATGTT;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=193;TCF=96;TCR=97;TR=79;WE=142123849;WS=142123831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,86:0.39:221
chr3	142168331	rs1802904	C	T	10086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr3	142178144	rs2229032	C	T	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=54;PP=1256;ReadPosRankSum=1.638;SC=GAGAAATTCTCGGAATACTTT;SOR=0.751;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=243;TCF=124;TCR=119;TR=104;WE=142178152;WS=142178134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,116:0.42:273
chr3	142184163	.	TA	T	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.454;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr3	142255090	rs73240314	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.129;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=0.066;SC=AGAATATGAATACTAAAAAAA;SOR=0.039;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=9;WE=142255098;WS=142255080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr3	142259706	rs201551475	CA	C	530.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=1.059;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,49:0.46:106
chr3	142272275	.	AAC	A	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.535;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=2.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=2.720;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,25:0.22:112
chr3	142272314	rs9869842	G	A	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.684;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=750;ReadPosRankSum=-0.589;SC=ACACACATATGTATCTCCAAT;SOR=0.995;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=100;TCF=35;TCR=65;TR=44;WE=142272322;WS=142272304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,44:0.42:104
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chr3	142277427	.	A	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=25;MQ=61.64;NF=155;NR=85;PP=2962;QD=20;SC=TAGATAGATAAATAAAACAAA;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=558;TCF=351;TCR=207;TR=240;WE=142277435;WS=142277417;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:318,240:0.43:558
chr3	142277427	.	A	ATAG	7997.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.520;ClippingRankSum=0.000;DP=602;ExcessHet=3.0103;FS=34.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.55;MQRankSum=6.349;QD=13.40;ReadPosRankSum=9.238;SOR=3.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,266:0.45:597
chr3	142277575	rs2227930	A	T	13086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=285;NR=326;PP=2962;ReadPosRankSum=2.028;SC=GTGAGAGCATACCACATAAAT;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1332;TCF=629;TCR=703;TR=611;WE=142277583;WS=142277565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:751,646:0.46:1397
chr3	142281612	rs2227928	A	G	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.363;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=23;PP=921;ReadPosRankSum=0.057;SC=AGTAAGAACCATTAATAAAGT;SOR=1.093;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=179;TCF=115;TCR=64;TR=72;WE=142281620;WS=142281602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,80:0.41:193
chr3	142388513	rs3836386	AATG	A	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=296;ReadPosRankSum=0.015;SC=ACTGCTTTAAAATGATGATGA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=6;WE=142388523;WS=142388503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr3	142405348	rs11714087	T	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=-0.981;SC=GCTATCACCATTATCCATCTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=5;WE=142405356;WS=142405338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr3	142408606	rs6793735	G	A	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=1.191;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,40:0.41:97
chr3	142413407	rs6789958	C	T	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=475;ReadPosRankSum=0.449;SC=TTTTATTGTGCTTCAGCTTTA;SOR=0.946;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=34;WE=142413415;WS=142413397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,39:0.38:104
chr3	142417070	rs3773504	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=-0.967;SC=TAATAAATTTGAAGATGAAGG;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=142417078;WS=142417060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr3	142462309	.	CT	C	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.581;QD=2.01;ReadPosRankSum=-0.816;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,24:0.29:82
chr3	142467310	rs56246347	C	T	2345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.732;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=63;PP=1475;ReadPosRankSum=1.409;SC=CAGGTTAGAACATTAAACTTT;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=201;TCF=83;TCR=118;TR=104;WE=142467318;WS=142467300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,110:0.52:210
chr3	142503605	rs7621642	G	A	3328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.493;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=71;PP=2084;ReadPosRankSum=-0.940;SC=GACAGATGTCGGGTTACCGAC;SOR=0.772;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=395;TCF=207;TCR=188;TR=164;WE=142503613;WS=142503595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,176:0.41:428
chr3	142522753	rs56239979	A	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.032;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=188;ReadPosRankSum=1.207;SC=TTTGATATAAACAAATGATTC;SOR=0.273;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=18;WE=142522761;WS=142522743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr3	142523349	rs3821647	G	A	2914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=3.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,150:0.47:322
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chr3	142524858	rs1132030	G	A	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.048;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,44:0.39:112
chr3	142567327	rs893883	G	A	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=731;ReadPosRankSum=0.899;SC=GCCAAGAAAAGCGCCAATTAG;SOR=0.845;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=176;TCF=77;TCR=99;TR=62;WE=142567335;WS=142567317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,68:0.36:188
chr3	142607487	rs1457684	C	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=149;ReadPosRankSum=-0.196;SC=CCCGAAGTCCCGGGCTTAGCC;SOR=1.387;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=12;WE=142607495;WS=142607477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr3	142607767	rs35783198	C	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=4.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.384;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr3	142669479	rs4683440	A	G	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=2.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.013;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,71:0.43:166
chr3	142670467	rs2270767	C	T	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=313;ReadPosRankSum=-2.169;SC=AGAAGAATTACAGGAGTGGAC;SOR=1.453;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=20;WE=142670475;WS=142670457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr3	142670616	rs2270768	A	G	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.020;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=43;PP=1061;ReadPosRankSum=0.191;SC=CTTTGAGAAAATTGATGTCAG;SOR=0.781;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=179;TCF=94;TCR=85;TR=83;WE=142670624;WS=142670606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,91:0.46:198
chr3	142681090	rs2276758	T	G	2291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.204;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=44;PP=1580;ReadPosRankSum=0.240;SC=ACTTCCTGATTACCAGCCCCA;SOR=0.562;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=230;TCF=138;TCR=92;TR=103;WE=142681098;WS=142681080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,107:0.45:240
chr3	142681642	rs78494654	G	A	4091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=84;PP=2300;ReadPosRankSum=0.779;SC=GCAAGCTGAGGCCTGGCAACA;SOR=0.744;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=326;TCF=167;TCR=159;TR=169;WE=142681663;WS=142681632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,191:0.53:361
chr3	142720348	rs766360	G	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=66;ReadPosRankSum=-2.676;SC=CCCTAAGGTCGCTATCTCGAC;SOR=0.340;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=6;WE=142720356;WS=142720346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr3	142729433	rs2173599	T	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=30;ReadPosRankSum=0.566;SC=CACTAGTGTTTATTATATTTT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=4;WE=142729441;WS=142729423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	142730774	rs2124541	T	G	2820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=-1.828;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,149:0.46:323
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chr3	142772377	rs11441481	A	AT	36.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.24;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr3	142773738	rs10935479	C	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=1.493;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr3	142985100	rs1046706	G	T	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=6;PP=220;SC=TAAATAGCTGGGCATTCCCTT;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=142985108;WS=142985090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	143214114	rs838598	T	C	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=734;ReadPosRankSum=-2.201;SC=ACAGAATAATTCGTAAAAGTA;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=70;TCR=19;TR=46;WE=143214122;WS=143214104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,54:0.51:105
chr3	143271176	rs1525862	C	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=176;ReadPosRankSum=-0.288;SC=GAAAAGAGACCAAGTCTGTAG;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=14;WE=143271184;WS=143271166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr3	143293012	rs6763202	A	G	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=800;ReadPosRankSum=1.681;SC=TCGGGAACTCACACAGCTTGG;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=56;TCR=57;TR=60;WE=143293020;WS=143293002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,72:0.55:131
chr3	143296258	rs35417581	A	C	6322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=0.751;SC=GGCCATGCCCAAAACCCACTC;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=505;TCF=244;TCR=261;TR=272;WE=143296266;WS=143296248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,298:0.53:558
chr3	143297591	rs13076949	A	C	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=381;ReadPosRankSum=1.232;SC=GGTGGAGGTTAGTTAGTGACT;SOR=0.645;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=33;WE=143297599;WS=143297581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr3	143412268	rs12488981	T	C	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.598;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=36;PP=789;ReadPosRankSum=-0.423;SC=ATTGCCACCATCCTGCCAAAT;SOR=0.891;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=114;TCF=35;TCR=79;TR=50;WE=143412276;WS=143412258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,55:0.45:122
chr3	143530497	rs72993346	A	G	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	143550848	rs182625594	A	G	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.124;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=546;ReadPosRankSum=1.765;SC=ATAATACCAGACAGGATCCTT;SOR=1.088;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=37;WE=143550856;WS=143550838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,39:0.52:75
chr3	143567207	rs11714060	A	G	5160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=102;PP=2965;SC=ACCTGGATAAAGGCTATTTTA;SOR=1.197;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=71;TCR=102;TR=172;WE=143567215;WS=143567197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr3	145788467	rs6710	T	C	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=729;ReadPosRankSum=0.932;SC=CAGTCATTCATCCAAAATAAA;SOR=0.853;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=63;TCR=30;TR=48;WE=145788475;WS=145788457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,58:0.54:108
chr3	145788803	rs2305274	T	C	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.781;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=474;ReadPosRankSum=-0.379;SC=TTTTGAAAAATCTAAAAACAC;SOR=0.314;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=26;WE=145788811;WS=145788793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr3	145790948	rs7639592	A	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=-0.398;SC=CAGTAATTGAATCAAATAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=145790956;WS=145790938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr3	145794776	rs142623177	CTTTA	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=53;ReadPosRankSum=1.440;SC=TAATTTCTATCTTTATATTTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=2;WE=145794787;WS=145794766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr3	145795559	rs9874388	A	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=221;ReadPosRankSum=0.109;SC=CTAAATGCAAATAAGGCCCTT;SOR=0.269;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=11;WE=145795567;WS=145795549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr3	145796891	rs73010484	T	C	4515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=113;PP=2363;ReadPosRankSum=-0.526;SC=AAGCCATCACTGCATATCTTA;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=455;TCF=224;TCR=231;TR=222;WE=145796899;WS=145796881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,231:0.49:475
chr3	145803138	rs1375583	T	C	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=5.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.17;ReadPosRankSum=0.269;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr3	145803142	rs1375582	T	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=5.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.445;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr3	145804524	rs3804668	C	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.009;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=59;ReadPosRankSum=-1.115;SC=TTTTTCTTAACGTTTCCTTAG;SOR=1.445;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=6;WE=145804532;WS=145804514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr3	145809750	rs3792341	T	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=-1.669;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr3	145820684	rs3762691	G	A	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=507;ReadPosRankSum=-0.996;SC=TAAAATACGTGTGTGTGTGTC;SOR=0.775;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=40;WE=145820692;WS=145820674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,44:0.54:81
chr3	145824478	rs9289716	A	G	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.476;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=43;PP=1007;ReadPosRankSum=1.497;SC=TTCAAAGACCAAAACTGGTGT;SOR=0.548;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=123;TCF=42;TCR=81;TR=67;WE=145824486;WS=145824468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,70:0.53:132
chr3	145824504	rs7614409	G	A	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.418;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=38;PP=886;ReadPosRankSum=-0.036;SC=TAATTTCACTGACCAGTTGAA;SOR=0.361;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=90;TCF=21;TCR=69;TR=52;WE=145824512;WS=145824494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,55:0.58:95
chr3	145828256	rs3842573	G	GT	2299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.086;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.15;MQRankSum=1.311;NF=1;NR=50;PP=2073;ReadPosRankSum=0.167;SC=AGGAAAAAATGTGTTTTAAAA;SOR=1.241;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=94;TCF=3;TCR=91;TR=51;WE=145828264;WS=145828246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,75:0.54:138
chr3	145838895	rs4681297	C	T	15787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=1.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,597:1.00:597
chr3	145840968	rs3804659	C	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=115;ReadPosRankSum=-0.255;SC=TAATATACTACATACTCAAAT;SOR=0.836;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=8;WE=145840976;WS=145840958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
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chr3	145841854	rs6802384	T	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=266;ReadPosRankSum=-0.964;SC=TTACAGATTGTACTGCTGTTA;SOR=0.820;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=19;WE=145841862;WS=145841844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr3	145878591	rs34803917	G	A	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.326;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr3	145878621	rs76718163	C	T	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.06;ReadPosRankSum=0.824;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,50:0.46:108
chr3	145878629	rs116299517	C	T	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.03;ReadPosRankSum=0.789;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,53:0.46:114
chr3	145917761	rs1061409	T	C	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.618;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,55:0.43:128
chr3	145924591	rs35080966	A	AT	399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.003;NF=0;NR=5;PP=103;ReadPosRankSum=1.685;SC=TATTAACACTAAAGTTAGCAT;SOR=0.072;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=5;WE=145924599;WS=145924581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr3	145924632	rs3762688	C	T	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=137;SC=ATAGATCACACGACATCCACT;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=145924640;WS=145924622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	145938528	rs3762686	C	A	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=11;PP=1139;SC=TTAATTTGTTCGCTTAAAAAG;SOR=2.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=55;WE=145938536;WS=145938518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	145938619	rs3762685	T	C	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=35;PP=1152;ReadPosRankSum=0.715;SC=AAAATGAGAATTGTATTCAGG;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=91;TCR=72;TR=79;WE=145938627;WS=145938609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,81:0.47:174
chr3	145938782	rs9850144	C	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.010;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=415;ReadPosRankSum=-1.308;SC=TATTCTTTTTCCTTTCTTATG;SOR=0.965;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=28;WE=145938790;WS=145938772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,32:0.41:79
chr3	145939691	rs3804648	C	T	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=294;SC=ACATAAATAACAAATATATAC;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=145939699;WS=145939681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	145939755	rs3840204	C	CA	785.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.41;ReadPosRankSum=1.124;SOR=0.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr3	145939776	rs3804647	T	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.41;ReadPosRankSum=-1.200;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr3	145940051	rs9821768	A	C	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=-0.842;SC=ACGAGGCACTAATACAGATGT;SOR=0.078;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=145940059;WS=145940041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr3	146113576	rs11340803	CT	C	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=408;ReadPosRankSum=0.580;SC=AGCATCAATGCTTTAATTTTA;SOR=0.425;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=12;WE=146113584;WS=146113566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr3	146159764	rs4355250	T	A	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=104;SC=CAGGTATAAGTTCTCTACCTT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=146159772;WS=146159754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	146167163	.	C	CA	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.533;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.996;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,23:0.23:102
chr3	146167249	rs3765179	T	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.807;NF=0;NR=17;PP=342;ReadPosRankSum=2.443;SC=AATATTATAGTACATTTATGC;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=17;WE=146167257;WS=146167239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr3	146176075	rs12494007	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=-1.152;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr3	146177594	rs201700558	GT	G	370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=5.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.067;SOR=1.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr3	146177815	rs6806535	C	T	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.031;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=599;ReadPosRankSum=-1.486;SC=GGTGGTCAGCCTGTTTCCCAG;SOR=0.792;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=129;TCF=71;TCR=58;TR=49;WE=146177823;WS=146177805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,57:0.39:146
chr3	146177923	rs6806643	C	T	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.80;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,68:0.60:113
chr3	146179536	rs6440440	G	T	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.07;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,85:0.58:146
chr3	146213570	rs72286809	TTAGG	T	1572.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.924;QD=21.25;ReadPosRankSum=-1.285;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,41:0.55:74
chr3	146234853	rs61737861	C	T	2636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=55;PP=1649;ReadPosRankSum=-1.150;SC=CTAAAGGGAACTGGATTCCAA;SOR=0.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=247;TCF=134;TCR=113;TR=124;WE=146234861;WS=146234843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,133:0.49:272
chr3	146303750	rs342902	G	A	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=5;PP=209;SC=ATGAAAAAGAGTTAGATAGCG;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=146303758;WS=146303740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	146307339	rs56763997	T	A	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.317;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=5;PP=628;ReadPosRankSum=0.670;SC=TAAAATATACTCTTTGGGGGT;SOR=1.168;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=65;TCR=11;TR=35;WE=146307347;WS=146307329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,38:0.44:86
chr3	146307371	rs343288	G	A	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=24;PP=992;ReadPosRankSum=0.724;SC=AAATGGGATAGGCTATATTGT;SOR=0.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=96;TCR=50;TR=70;WE=146307379;WS=146307361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,80:0.50:159
chr3	146307635	rs343289	C	A	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=44;PP=1305;SC=TTAAATTTGACAGTGAAAAAA;SOR=2.070;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=62;WE=146307643;WS=146307625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	146309715	rs862912	A	T	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=453;ReadPosRankSum=0.486;SC=AGGTTATCATATTTTAATTTT;SOR=0.413;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=27;WE=146309723;WS=146309705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr3	146311589	rs12107668	C	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=611;ReadPosRankSum=0.749;SC=GAGCAACATACTATTAATAAT;SOR=0.906;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=59;TCR=14;TR=38;WE=146311597;WS=146311579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,40:0.54:74
chr3	146311937	rs147223969	CA	C	500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=12;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=231;ReadPosRankSum=-0.550;SC=ACTAATGGAACAAAAAAAAAA;SOR=0.540;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=0;TCR=50;TR=21;WE=146311945;WS=146311927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr3	146312941	rs6787813	G	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=-0.074;SC=GATACTACTAGTACCCTATTT;SOR=0.648;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=10;WE=146312949;WS=146312931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr3	146313036	rs6787741	C	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=26;ReadPosRankSum=-0.473;SC=TGCAAAAGAACGTAATTTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=5;WE=146313044;WS=146313026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr3	147111779	rs62273364	T	C	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.48;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,96:0.53:181
chr3	147111904	rs142235268	CCT	C	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.206;QD=10.49;ReadPosRankSum=1.333;SOR=1.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr3	147121650	rs78614461	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=211;ReadPosRankSum=-0.217;SC=TCTCTCTCCCCCTCAACGTCC;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=14;WE=147121658;WS=147121640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr3	148459395	rs5182	C	T	8800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=148;NR=153;PP=2965;SC=ATTCAACCCTCCCGATAGGGC;SOR=0.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=302;TCF=149;TCR=153;TR=301;WE=148459403;WS=148459385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr3	148558447	rs2291671	G	A	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=677;ReadPosRankSum=-0.021;SC=TATGTTCATAGGAACACCCAC;SOR=0.699;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=102;TCF=73;TCR=29;TR=46;WE=148558455;WS=148558437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,51:0.47:108
chr3	148562310	rs1059502	G	A	2705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.488;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=39;PP=1844;ReadPosRankSum=1.136;SC=AGAGCTTCTCGACAAGTTAGA;SOR=1.281;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=247;TCF=155;TCR=92;TR=122;WE=148562318;WS=148562300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,126:0.49:256
chr3	148562397	rs13318851	G	C	7792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=10.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.24;ReadPosRankSum=0.978;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,201:0.52:385
chr3	148562397	.	GAG	CAA	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=113;NR=73;PP=2944;QD=20;SC=AATACTGAGAGAGGCTGATGA;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=375;TCF=212;TCR=163;TR=186;WE=148562407;WS=148562387;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:189,186:0.50:375
chr3	148562399	rs13318853	G	A	7792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=8.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.24;ReadPosRankSum=0.904;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,203:0.53:385
chr3	148575156	rs2331407	C	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=276;ReadPosRankSum=0.419;SC=TACTTACATGCTTTGAATGCC;SOR=0.757;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=20;WE=148575164;WS=148575146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr3	148575441	rs1356259	C	T	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=444;ReadPosRankSum=0.954;SC=TGCCTCACAGCAAATTTTTCT;SOR=0.905;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=29;WE=148575449;WS=148575431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,28:0.37:75
chr3	148575476	rs3044024	C	CAA	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.616;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr3	148583231	.	C	CT	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=-0.869;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,45:0.19:233
chr3	148597482	rs1032465	T	G	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=4;PP=895;SC=ACAGGGGAAATAATTGCTTTG;SOR=3.383;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=148597490;WS=148597472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	148597612	rs12489516	C	T	6297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=127;NR=96;PP=2965;SC=GCTATTTTTACGGATTGTGGC;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=127;TCR=96;TR=223;WE=148597620;WS=148597602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr3	148603859	rs41267865	C	A	2814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.477;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=46;PP=1673;ReadPosRankSum=-0.004;SC=TTATTTCACTCTAACTTTCCT;SOR=0.911;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=242;TCF=145;TCR=97;TR=126;WE=148603867;WS=148603849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,136:0.53:259
chr3	148711906	.	G	GT	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,34:0.16:214
chr3	148714841	rs151126996	TTG	T	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=334;ReadPosRankSum=-1.484;SC=CTGGGAAATATTGTGTGTGTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=9;WE=148714850;WS=148714831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr3	148756825	rs6764352	G	A	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=24;PP=1601;SC=AAAATTTACAGAACTACTTAC;SOR=1.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=81;WE=148756833;WS=148756815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	148786108	rs812249	C	T	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=462;ReadPosRankSum=-0.472;SC=CTGCAATGGCCGTAAGAGTTT;SOR=0.902;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=33;WE=148786116;WS=148786098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,39:0.44:89
chr3	148858987	rs10693502	C	CTTTT	1812.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=1.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=2.293;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,80:0.38:211
chr3	148868292	rs150286093	GC	G	462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.746;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.49;MQRankSum=0.714;NF=7;NR=4;PP=357;ReadPosRankSum=-0.454;SC=TGTCACCCCTGCCCATTGCCC;SOR=0.078;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=11;WE=148868300;WS=148868283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr3	148868361	rs2689232	C	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.899;QD=11.20;ReadPosRankSum=0.378;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr3	148868554	rs76471402	A	G	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.130;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=569;ReadPosRankSum=-0.754;SC=GACCTAAGCTAGGCAAGAACA;SOR=0.399;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=38;WE=148868562;WS=148868544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr3	148872987	rs6440589	G	A	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=2.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.845;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,59:0.47:125
chr3	148879878	rs61615092	A	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=368;ReadPosRankSum=0.910;SC=GTATTTCTAAAATGGACAATC;SOR=0.798;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=24;WE=148879886;WS=148879868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr3	148881673	rs3732557	C	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.881;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr3	148885077	rs2681092	C	T	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=425;ReadPosRankSum=0.966;SC=ATAATCAGATCTGATAACCTC;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=22;WE=148885085;WS=148885067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr3	148885851	rs2681096	G	A	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	148890105	.	T	TCACA	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=26.43;ReadPosRankSum=0.908;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr3	148896430	rs16861582	A	G	2524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.280;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=54;PP=1424;ReadPosRankSum=1.132;SC=TGGAAACAAGAAAAATCTTCA;SOR=0.831;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=198;TCF=102;TCR=96;TR=107;WE=148896438;WS=148896420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,123:0.55:224
chr3	148897498	.	T	TAC	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.90;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr3	148901406	rs143522213	AC	A	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=1.215;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr3	148916235	rs701753	T	A	5964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=105;NR=108;PP=2965;SC=CTTTAGTGGGTTCCACAGCAG;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=105;TCR=108;TR=213;WE=148916243;WS=148916225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr3	149039324	rs2015626	G	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.045;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=199;ReadPosRankSum=0.312;SC=TTATAAACTTGGCTTGATTAG;SOR=1.609;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=16;WE=149039332;WS=149039314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr3	149040024	rs74464774	G	A	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=17;PP=612;ReadPosRankSum=0.086;SC=AGCTACAGGTGCCCATGAGAA;SOR=0.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=46;WE=149040032;WS=149040014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,53:0.52:102
chr3	149048180	rs150384722	C	G	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=897;ReadPosRankSum=-1.487;SC=TCTCCAGTACCAGAAGAACTG;SOR=0.651;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=132;TCF=52;TCR=80;TR=64;WE=149048188;WS=149048170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,70:0.49:142
chr3	149050925	rs1526786	T	C	4941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=114;NR=52;PP=2965;SC=TCATTACTTCTACTAGTTACA;SOR=1.544;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=114;TCR=52;TR=166;WE=149050933;WS=149050915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	149087404	rs8479	T	C	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=3;PP=272;SC=AGTCTGTAAATTACCCCCAGA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=149087412;WS=149087394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	149087714	rs6776940	T	C	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.65;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	149093238	rs4771	A	G	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=27;PP=1220;SC=ACTGGCCCTCAGTGCTGGCAA;SOR=0.972;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=71;WE=149093246;WS=149093228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	149238595	rs112399999	C	CTTAA	3052.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.917;NF=21;NR=24;PP=2247;ReadPosRankSum=0.004;SC=GTAGTGATTACAGCCAGGTTA;SOR=0.594;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=45;WE=149238603;WS=149238585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,75:0.55:136
chr3	149243694	rs9854499	G	C	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.56;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	149243715	rs77504578	T	G	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.984;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,48:0.50:96
chr3	149258066	rs17787953	T	C	4141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=0.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.985;QD=10.15;ReadPosRankSum=-1.816;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,208:0.51:408
chr3	149258970	rs5853413	CA	C	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.031;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.898;NF=0;NR=12;PP=344;ReadPosRankSum=0.780;SC=CTTTTCTCCCCAAAAATGTAG;SOR=0.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=12;WE=149258978;WS=149258960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr3	149293847	rs114665175	G	A	1855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.675;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,93:0.53:176
chr3	149374551	.	T	TTC	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=6.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=0.396;QD=13.67;ReadPosRankSum=1.217;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr3	149459341	rs7633238	A	G	3282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.59;SOR=1.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	149459413	rs11549572	C	T	2777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.57;ReadPosRankSum=0.740;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,137:0.57:240
chr3	149468530	rs9843784	T	G	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,97:0.44:221
chr3	149469159	rs41267879	C	G	2442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.142;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=46;PP=1375;ReadPosRankSum=0.603;SC=AAGAATCCAGCCAACACAAAA;SOR=0.558;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=212;TCF=128;TCR=84;TR=109;WE=149469167;WS=149469149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,125:0.50:249
chr3	149479301	rs954714	C	T	10482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=193;NR=172;PP=2965;SC=AGTTTTCACACGCTGTCAGAC;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=365;TCF=193;TCR=172;TR=365;WE=149479309;WS=149479291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr3	149481843	rs73005769	T	C	3467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.420;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=76;PP=2168;ReadPosRankSum=2.242;SC=CATGAAGGATTACATTAGGTT;SOR=0.658;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=277;TCF=131;TCR=146;TR=148;WE=149481851;WS=149481833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,163:0.54:302
chr3	149481974	rs4681189	G	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=332;ReadPosRankSum=-2.483;SC=GTCATTTAGAGGGGTGCTCAG;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=18;WE=149481982;WS=149481964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr3	149484970	rs75077284	G	A	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=0.714;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,78:0.51:154
chr3	149485293	rs7610425	T	C	4230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.459;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=98;PP=2853;ReadPosRankSum=0.028;SC=GGTTTGCTGCTTGCAGTTTGT;SOR=0.626;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=443;TCF=232;TCR=211;TR=196;WE=149485301;WS=149485283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,207:0.45:464
chr3	149485901	rs3839072	T	TG	1790.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.546;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=31;PP=1155;ReadPosRankSum=-2.736;SC=GTGAAACAAGTGGGGAGGGGG;SOR=0.422;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=6;TCR=64;TR=34;WE=149485909;WS=149485891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,69:0.58:118
chr3	149488309	rs7630033	A	G	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=15;PP=763;ReadPosRankSum=-0.262;SC=TAAAAATCACAGCACTTGCTA;SOR=0.637;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=132;TCF=98;TCR=34;TR=62;WE=149488317;WS=149488299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,69:0.48:145
chr3	149488442	rs7630153	A	G	5840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.90;ReadPosRankSum=-1.910;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,305:0.52:590
chr3	149510262	rs4681554	A	G	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=23;PP=684;SC=AGCCAGAGGCAGCTGTCACTG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=149510270;WS=149510252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	149564075	rs6440641	A	G	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=12;PP=434;SC=CTTGACATTGAGGTACCTTAT;SOR=1.609;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=20;WE=149564083;WS=149564065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	149613232	rs143625944	ATT	A	838.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.447;QD=25.42;ReadPosRankSum=0.083;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr3	149678534	rs6768054	C	T	9095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=198;NR=124;PP=2965;SC=CAGCTTATCACTGCAAGTGTG;SOR=1.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=323;TCF=198;TCR=125;TR=322;WE=149678542;WS=149678524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr3	149679148	rs61689176	T	TA	1744.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=13.63;ReadPosRankSum=-0.082;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:22,106:0.83:128
chr3	149686366	rs35842204	AAC	A	695.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=1.612;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,62:0.39:161
chr3	149686367	rs61268501	AC	A	673.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=4.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-1.424;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,62:0.37:166
chr3	149700519	rs7630407	T	C	3040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.387;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.476;NF=75;NR=67;PP=1881;ReadPosRankSum=0.046;SC=AGCTTCTCCATTGACTCTGGT;SOR=0.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=330;TCF=174;TCR=156;TR=142;WE=149700527;WS=149700509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,154:0.44:353
chr3	149701113	rs34404328	CG	C	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.599;NF=0;NR=10;PP=302;ReadPosRankSum=0.254;SC=GCCAGAGAGCCGGCCCCGGTA;SOR=0.846;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=10;WE=149701121;WS=149701103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr3	150128154	rs61734437	T	C	13335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=249;NR=207;PP=2965;SC=TGTCCCTGCCTCCGCAGCCGG;SOR=0.888;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=456;TCF=249;TCR=207;TR=456;WE=150128162;WS=150128144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr3	150128484	rs3749400	C	A	5666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=1.451;SC=GCGGGCAGGTCGCGCCTTGTC;SOR=0.428;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=105;TCR=82;TR=183;WE=150128492;WS=150128474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,216:0.99:219
chr3	150128994	rs34647320	T	G	13214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=239;NR=232;PP=2965;SC=TGAAGCCGCCTGTTGCAGATT;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=472;TCF=240;TCR=232;TR=471;WE=150129002;WS=150128984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr3	150129171	rs3840253	A	AT	2274.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=53;PP=2345;SC=ACTTTGGGAGATTGTTGTCAA;SOR=2.864;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=1;TCR=55;TR=54;WE=150129179;WS=150129161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	150262318	rs1533816	C	T	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=34;PP=992;SC=TTAAAATAAGCTTTGAATAAA;SOR=1.284;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=150262326;WS=150262308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	150276153	rs11379788	C	CT	245.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=2.331;HP=10;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=83;ReadPosRankSum=1.762;SC=TCATTTAAACCTTTTTTTTTT;SOR=0.223;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=8;WE=150276161;WS=150276143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr3	150282211	rs62269102	C	G	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=11;PP=347;SC=TTACTGTAATCGTATACAGTT;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=150282219;WS=150282201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	150286088	rs62283993	T	A	6364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=101;NR=118;PP=2965;SC=ACGTGAGTATTCCAGCAGTCT;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=101;TCR=118;TR=219;WE=150286096;WS=150286078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr3	150332261	rs76738873	A	C	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.00;ReadPosRankSum=0.579;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr3	150384807	rs6440691	T	G	5841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=0.165;SC=TATACCCTGGTCAGGAAGGAA;SOR=0.757;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=195;TCF=78;TCR=117;TR=191;WE=150384815;WS=150384797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,216:0.99:219
chr3	150387059	rs17215176	A	G	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=310;ReadPosRankSum=-1.505;SC=ACAAAATGGCAGCAGCAGGAA;SOR=0.739;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=29;WE=150387067;WS=150387049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr3	150391810	rs73003074	A	C	4424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.776;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,224:0.54:418
chr3	150403749	rs4680107	T	C	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=48;PP=1595;SC=TAAACATTTCTTACCTCCAGC;SOR=1.504;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=78;WE=150403757;WS=150403739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	150420588	rs10663389	G	GTTAAA	9021.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=44.66;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr3	150420608	rs71138466	G	GT	1659.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=2.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=-0.538;SOR=1.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,111:0.78:142
chr3	150420676	.	AGT	A	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=0.640;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr3	150420781	rs111995561	C	CAG,CAGAG	1083.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=38.70;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,7,21:0.25,0.75:28
chr3	150421419	rs17281287	G	A	5340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr3	150603248	rs57919280	G	GAAAAGC	17607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=31;NR=113;PP=2980;SC=GAAAAGAAAAGCATGTTGGTC;SOR=0.737;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=156;TCF=33;TCR=123;TR=144;WE=150603256;WS=150603238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,399:0.99:405
chr3	150661842	rs11914988	T	G	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=31;PP=876;SC=AATAGGGTAATGGGATTTTGA;SOR=3.202;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=38;WE=150661850;WS=150661832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	150690313	rs140094683	C	T	6003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FS=1.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.356;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:341,311:0.48:652
chr3	150690439	rs3796242	T	A	10067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.865;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=209;PP=2965;ReadPosRankSum=1.671;SC=CGAGGGCACATGCAAAACTGA;SOR=0.845;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=363;TCF=151;TCR=212;TR=358;WE=150690447;WS=150690429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,374:1.00:375
chr3	150834015	rs4680158	G	A	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=12;PP=1246;SC=CCTTTCAAGAGTTCTCCTCTA;SOR=2.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=56;WE=150834023;WS=150834005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	150883600	rs2567322	C	T	5729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=71;PP=2965;SC=TATTTTTGGCCTCATTAACCA;SOR=1.135;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=116;TCR=71;TR=187;WE=150883608;WS=150883590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	150910640	rs1231520	G	C	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=36;PP=807;SC=TCTGTAAATTGGAACACTCCT;SOR=3.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=41;WE=150910648;WS=150910630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	151011944	rs12492699	A	C	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=735;ReadPosRankSum=2.300;SC=GATTCCAACAAACAATAAAAG;SOR=0.688;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=121;TCF=82;TCR=39;TR=50;WE=151011952;WS=151011934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,52:0.41:127
chr3	151011969	rs1048408	G	A	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.020;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,61:0.41:148
chr3	151012497	rs2242353	T	C	18659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=678;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=344;NR=285;PP=2965;SC=GACCATTTGTTAGGATGATGT;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=630;TCF=344;TCR=286;TR=629;WE=151012505;WS=151012487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,675:1.00:675
chr3	151045661	rs1491980	G	C	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=1;PP=824;SC=TTCTGTACACGAGGATAATAA;SOR=4.921;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=33;WE=151045669;WS=151045658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	151046308	rs1466684	G	A	4390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=72;PP=2691;SC=GCTCAAGATCGTATTTGGCAG;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=74;TCR=72;TR=146;WE=151046316;WS=151046298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr3	151056598	rs6809699	A	C	3917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.79;SOR=1.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	151056616	rs6785930	G	A	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.491;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=34;PP=726;ReadPosRankSum=-0.600;SC=CAGAGGTGAGGTTGTCGACGG;SOR=0.864;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=112;TCF=46;TCR=66;TR=57;WE=151056624;WS=151056606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,63:0.52:120
chr3	151067730	rs1565574	C	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.120;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=186;ReadPosRankSum=-0.239;SC=GAAGGGAGGGCGGGATGCCAC;SOR=2.599;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=12;WE=151067738;WS=151067720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr3	151073033	rs7615865	T	C	3314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=69;PP=2124;SC=CTCAGGTAGCTATTTAAAGCT;SOR=1.550;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=40;TCR=69;TR=109;WE=151073041;WS=151073023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	151073937	rs1994730	T	C	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=56;PP=1441;SC=CTTGTAATCCTGGCACTTTGG;SOR=1.279;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=38;TCR=56;TR=94;WE=151073945;WS=151073927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	151074925	rs3732759	A	G	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.92;ReadPosRankSum=-1.575;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,45:0.58:78
chr3	151074941	rs3732760	A	C	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.22;ReadPosRankSum=0.286;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,54:0.57:94
chr3	151085578	rs3732764	C	A	6682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr3	151090424	rs3732765	G	A	8209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=161;NR=132;PP=2965;SC=AGAGGTTTGCGATGTGATGGG;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=293;TCF=161;TCR=132;TR=293;WE=151090432;WS=151090414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr3	151096112	rs12497065	T	C	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=18;PP=493;SC=CAAGGCTGTCTTATTCCTAAA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=151096120;WS=151096102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	151100677	rs3821663	T	G	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=36;PP=1101;SC=CTTCCCTGTTTCTAAAGCCTT;SOR=2.252;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=48;WE=151100685;WS=151100667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	151101691	rs10935841	C	T	5255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=101;PP=2965;SC=GTTTTTATCACTTCACATTGA;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=76;TCR=102;TR=177;WE=151101699;WS=151101681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr3	151101746	rs12485508	C	T	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=54;PP=1864;SC=ATACTGATGGCGATTTCTGCC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=88;WE=151101754;WS=151101736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	151105678	.	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=1.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.426;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,39:0.17:223
chr3	151108070	rs56194873	GT	G	468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=326;SC=ACACAGAAATGTTTTTTGTTT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=11;WE=151108078;WS=151108060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	151131183	rs2276764	G	A	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=31;PP=863;SC=TCAATTGCCAGATTCCAAGGA;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=151131191;WS=151131173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	151143354	rs10653830	T	TTG	1768.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.113;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;MQRankSum=0.331;QD=29.00;ReadPosRankSum=0.219;SOR=1.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,57:0.93:61
chr3	151143447	rs6440742	G	T	5287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr3	151154666	rs2172250	T	C	3012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=27;PP=1678;SC=GCATCTCCCATGTGATTTCTG;SOR=1.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=67;TCR=27;TR=94;WE=151154674;WS=151154656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	151155620	rs6781302	G	A	11667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=205;NR=200;PP=2965;SC=TAACAGTTCTGTTTGTATACA;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=407;TCF=207;TCR=200;TR=405;WE=151155628;WS=151155610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr3	151158184	rs937126	A	T	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=5;PP=595;ReadPosRankSum=-0.859;SC=ATTAGAGAAAATTTTTTTTTC;SOR=1.358;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=37;WE=151158192;WS=151158170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,37:0.93:40
chr3	151158265	rs937125	G	A	4925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=1.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr3	151158502	rs10663807	T	TAG	2516.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.36;NF=2;NR=39;PP=2083;SC=ATAATAATGATGTCTGAGTCT;SOR=2.468;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=41;WE=151158510;WS=151158492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	151165678	rs9871952	T	C	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.659;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=25;PP=1162;ReadPosRankSum=0.827;SC=ATGTACGGAGTTGTGCACCTG;SOR=1.066;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=146;TCF=89;TCR=57;TR=69;WE=151165686;WS=151165668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,77:0.48:162
chr3	151166422	rs6798252	C	T	4828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=1.340;SC=AGTACTGGATCTGTAATGTAC;SOR=0.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=447;TCF=219;TCR=228;TR=216;WE=151166430;WS=151166412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,227:0.48:473
chr3	151171439	rs7619322	A	C	2470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=2.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=1.098;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,127:0.48:266
chr3	151171542	rs7621591	A	G	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=642;ReadPosRankSum=0.827;SC=TTCGGACTTTATTATAGCTCA;SOR=0.993;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=113;TCF=42;TCR=71;TR=48;WE=151171550;WS=151171532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,53:0.42:127
chr3	151283646	rs7631281	T	C	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=24;SC=ATTCCTGTATTAATTAATGCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=151283654;WS=151283636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	151283691	rs9842591	C	A	167.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=107;SC=ATGACCCTCTCACCTGATTTC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=151283699;WS=151283681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	151463421	rs1972977	G	T	6849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=123;NR=107;PP=2965;SC=AATCTGCATTGCGGGAGACAG;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=230;TCF=123;TCR=107;TR=230;WE=151463429;WS=151463411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr3	151538304	.	CTTT	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=-0.571;QD=1.30;ReadPosRankSum=0.140;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,8:0.15:52
chr3	151542408	rs148745568	AAAAC	A	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.583;NF=10;NR=0;PP=362;ReadPosRankSum=0.112;SC=CAGTCTAATCAAAACAAACAA;SOR=0.650;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=10;WE=151542419;WS=151542398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr3	151542737	rs13098550	G	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.002;NF=3;NR=15;PP=677;ReadPosRankSum=-3.400;SC=AGGAGATATTGATTTTTTGAA;SOR=0.826;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=18;WE=151542760;WS=151542727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr3	151542749	rs151253803	CTATT	C	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.39;MQRankSum=1.455;NF=0;NR=7;PP=669;ReadPosRankSum=-1.662;SC=TTTTTTGAAACTATTAAAGAG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=7;WE=151542760;WS=151542727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr3	151545318	rs2410837	A	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.24;ReadPosRankSum=0.925;SOR=0.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr3	151545321	rs11306821	GT	G	218.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.15;ReadPosRankSum=0.498;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr3	151545323	rs62272918	T	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.65;ReadPosRankSum=0.363;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr3	151545601	rs1803155	G	A	3109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=55;PP=1853;ReadPosRankSum=-1.376;SC=CTTCAAATTTGTTAATTGGAG;SOR=0.799;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=305;TCF=179;TCR=126;TR=142;WE=151545609;WS=151545591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,153:0.46:330
chr3	151986262	rs17433672	C	T	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=16;PP=714;ReadPosRankSum=1.101;SC=CTAACCTTGCCGGCTTCCTTG;SOR=0.696;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=76;TCR=31;TR=54;WE=151986270;WS=151986252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,53:0.47:112
chr3	151987506	rs148863620	TTTC	T	1708.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=2.879;QD=13.89;ReadPosRankSum=0.808;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,58:0.47:123
chr3	152554357	rs701265	A	G	3577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=86;PP=2458;ReadPosRankSum=-0.394;SC=TTTACCTGGTAATCATTGTAC;SOR=0.757;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=395;TCF=203;TCR=192;TR=170;WE=152554365;WS=152554347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,175:0.42:415
chr3	153839866	rs12493885	G	C	4214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=83;PP=2647;ReadPosRankSum=0.824;SC=GCCCCACCAGGTTCTGGGCCG;SOR=0.782;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=374;TCF=207;TCR=167;TR=191;WE=153839874;WS=153839856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,202:0.51:397
chr3	153839960	rs12497267	T	C	5056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=1.615;SC=GGGACGCTCCTCGCAGCGCAG;SOR=0.628;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=381;TCF=198;TCR=183;TR=217;WE=153839968;WS=153839950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,232:0.57:408
chr3	153840162	rs13073165	C	T	6760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=1.663;SC=CCCCGAAATCCCCAGCAAATG;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=661;TCF=329;TCR=332;TR=316;WE=153840170;WS=153840152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:358,328:0.48:686
chr3	153840389	rs13096373	T	C	4467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=99;PP=2942;ReadPosRankSum=1.128;SC=CGGGGGCTCTTTCCTGGGCCC;SOR=0.730;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=398;TCF=208;TCR=190;TR=198;WE=153840397;WS=153840379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,214:0.49:437
chr3	153842161	.	CT	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=0.920;SOR=1.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr3	153970796	rs355752	A	G	3706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=1.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.91;ReadPosRankSum=-0.584;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,97:0.42:233
chr3	153970802	rs71308481	T	A	3823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.11;ReadPosRankSum=-1.295;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,108:0.43:253
chr3	153972500	rs355749	T	C	3634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.407;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=67;PP=1787;ReadPosRankSum=0.111;SC=TGTCCTCTTTTGGCCTCAGCA;SOR=0.839;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=288;TCF=163;TCR=125;TR=160;WE=153972508;WS=153972490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,178:0.55:321
chr3	154010515	rs71940329	AACAC	A	1127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.06;ReadPosRankSum=-0.991;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr3	154024165	rs355754	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.204;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=236;ReadPosRankSum=-1.357;SC=TCTAGGACTGTTGAAAAATTG;SOR=0.094;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=17;WE=154024173;WS=154024155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr3	154034043	rs3817166	T	C	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=737;ReadPosRankSum=-0.811;SC=GGCTAAGTAATATATGTTCAA;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=37;WE=154034051;WS=154034033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chr3	154802920	rs4607069	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=121;ReadPosRankSum=-0.014;SC=GTTATACAACTGATGTATAAT;SOR=1.270;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=14;WE=154802928;WS=154802910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr3	154834379	.	GTA	G	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-1.015;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,21:0.15:138
chr3	154857897	rs10935999	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=231;ReadPosRankSum=-0.320;SC=TTGTACCTATCCTATATTTTT;SOR=1.071;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=17;WE=154857905;WS=154857887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr3	154866453	rs1436633	T	C	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.474;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,106:0.47:224
chr3	154866545	rs1436632	A	C	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=455;ReadPosRankSum=-0.602;SC=AATATTAAAAAGTACAAAGTC;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=39;TCR=60;TR=45;WE=154866553;WS=154866535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,51:0.44:117
chr3	154878158	rs35450782	GA	G	882.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=211;ReadPosRankSum=0.210;SC=CATTTGTAAAGAGTTCTTATG;SOR=0.722;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=7;WE=154878166;WS=154878148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr3	154890206	rs3816803	G	A	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=479;ReadPosRankSum=-0.996;SC=TTTGAAGAGCGAATGGTTGAG;SOR=1.002;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=27;WE=154890214;WS=154890196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr3	154890512	.	C	CTT	498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.537;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=4.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=2.389;SOR=0.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr3	154898407	rs701109	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.407;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=191;ReadPosRankSum=-0.023;SC=ATTAGGTTGTCCTAGAAAGGG;SOR=0.283;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=15;WE=154898415;WS=154898397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr3	155203398	rs146644809	A	G	4000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.176;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=92;PP=2399;ReadPosRankSum=1.030;SC=GCAGAATTCTATCTCCAATGG;SOR=0.746;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=370;TCF=189;TCR=181;TR=181;WE=155203406;WS=155203388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,195:0.49:401
chr3	155205993	rs368444721	C	CT	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=1.823;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr3	155212325	rs3214639	G	GA	3791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.173;NF=8;NR=66;PP=2490;ReadPosRankSum=1.517;SC=TTTTAATCGAGAAAAAAGGAA;SOR=0.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=9;TCR=75;TR=74;WE=155212333;WS=155212315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr3	155241593	rs9840061	A	G	6165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=162;NR=66;PP=2965;SC=CACAGCCACCATAATTGTGAG;SOR=2.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=162;TCR=67;TR=228;WE=155241601;WS=155241583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr3	155241740	rs9840234	A	G	21329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=834;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=383;NR=403;PP=2965;SC=TGTCCTCATCAGAAACTTCCC;SOR=0.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=788;TCF=385;TCR=403;TR=786;WE=155241748;WS=155241730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,831:1.00:831
chr3	155271825	rs359549	G	A	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.996;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=24;PP=1088;ReadPosRankSum=-0.402;SC=TGCTCCATGCGGGAGGCTACC;SOR=0.405;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=150;TCF=107;TCR=43;TR=75;WE=155271833;WS=155271815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,81:0.51:160
chr3	155314034	rs359569	A	G	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.02;ReadPosRankSum=-1.911;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,57:0.54:105
chr3	155314296	rs359570	A	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.88;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr3	155485302	rs358733	C	T	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=461;ReadPosRankSum=0.240;SC=GCTTACCTTACTCACCAGAAG;SOR=0.724;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=36;WE=155485310;WS=155485292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,44:0.60:73
chr3	155523375	rs10563990	GCGCA	G	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=51;ReadPosRankSum=-0.811;SC=CGATGGGGTAGCGCACGCAAC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=2;WE=155523386;WS=155523365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr3	155611557	rs6441026	T	G	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=10;PP=259;SC=TTATTAATTTTCTTGAGCACT;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=155611565;WS=155611547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	155628877	rs10936021	T	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=150;ReadPosRankSum=1.485;SC=GTTTTGCTCATTTTGATTTTT;SOR=0.827;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=16;WE=155628885;WS=155628867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,20:0.29:70
chr3	155637190	rs1356252	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=-1.989;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,9:0.19:47
chr3	155639959	rs3772117	A	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=111;ReadPosRankSum=-0.518;SC=AAATACTATTATTACTCCTAC;SOR=0.521;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=9;WE=155639967;WS=155639949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr3	155643189	.	C	CT	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=4.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=1.043;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr3	155654432	rs3772113	T	A	341.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=14;PP=373;SC=CTTTTTTTTTTAAATTTTCAC;SOR=3.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=16;WE=155654440;WS=155654422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	155991348	rs1160221	G	T	8609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr3	156009925	rs1551066	C	T	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=1.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	156249407	rs2280030	G	C	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=18;PP=376;SC=GGGGAACAAAGGCAACAGAAC;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=24;WE=156249415;WS=156249397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	156262396	rs35584247	G	GA	131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=108;SC=TTCTTCCACTGAAAAAAAATA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=156262404;WS=156262386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	156266563	rs144621829	T	TTAC	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.858;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,8:0.15:53
chr3	156266642	rs6809188	C	T	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	156266880	rs3773716	C	T	186.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=135;SC=ACTCATATTTCGTACTGGCAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=156266888;WS=156266870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	156395329	rs345986	G	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=73;ReadPosRankSum=-0.243;SC=ACTAAATATAGTATAAGAGGA;SOR=0.593;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=8;WE=156395337;WS=156395319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr3	156411732	rs193197	A	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.442;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=129;ReadPosRankSum=-0.837;SC=TTAATGTCCAATGATATTTTT;SOR=0.154;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=11;WE=156411740;WS=156411722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr3	156413615	rs10631452	C	CT,CTTT	797.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=5.898;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.30;MQRankSum=0.000;QD=22.79;ReadPosRankSum=-1.337;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,19,15:0.54,0.43:35
chr3	156413633	rs112709851	G	C	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.177;HP=19;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.802;NF=18;NR=30;PP=818;ReadPosRankSum=-0.045;SC=TTTTTTTTTTGTTCTGTTTTC;SOR=1.696;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=48;WE=156413641;WS=156413623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,42:0.63:67
chr3	156431750	rs61733487	A	G	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=19;PP=1209;SC=TGTGGACTAAATACCTTCTTG;SOR=1.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=62;WE=156431758;WS=156431740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	156544584	rs344071	C	T	5730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.29;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr3	156570521	rs111501048	T	TA	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=102;ReadPosRankSum=-0.062;SC=TTTTCAGAATTAAAAAAATTT;SOR=0.373;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=6;WE=156570529;WS=156570511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr3	156570680	rs62273959	G	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.261;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=261;ReadPosRankSum=1.129;SC=TCAAGGAAGTGTAGATCGTGA;SOR=0.746;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=26;WE=156570688;WS=156570670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr3	156570811	rs77480839	A	G	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=232;ReadPosRankSum=-0.107;SC=ATTTAGTTGAAAGACAGCTAC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=15;WE=156570819;WS=156570801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr3	156570870	rs62275160	G	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=1.516;SC=TCTACATCAGGTATAGTTTAT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=7;WE=156570878;WS=156570860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr3	156642333	rs77154496	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr3	156697097	rs6780427	G	A	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=230;ReadPosRankSum=0.621;SC=ACTTATAACAGTGCTCTGTAG;SOR=0.473;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=21;WE=156697105;WS=156697087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr3	156864398	rs370594663	TAAAAAA	T	1776.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.66;ReadPosRankSum=1.932;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,51:0.82:62
chr3	156864419	.	TA	T	1151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.88;ReadPosRankSum=1.794;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,64:0.77:83
chr3	156864551	rs6783595	T	A	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.559;QD=17.35;ReadPosRankSum=-2.151;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,45:0.79:57
chr3	156866436	.	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.407;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=397;ReadPosRankSum=0.751;SC=AGATTATTCCGGTGGTTGCTC;SOR=1.085;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=25;WE=156866444;WS=156866426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,25:0.35:72
chr3	156867776	rs377312008	G	GAA	1755.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.142;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.636;NF=10;NR=26;PP=638;ReadPosRankSum=0.276;SC=GCTGTTGGAGGAAAAAAAAGT;SOR=0.897;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=36;WE=156867784;WS=156867766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,64:0.74:87
chr3	156870059	rs73154633	C	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=240;ReadPosRankSum=0.757;SC=AAACTCAATTCAGTATACTGG;SOR=0.770;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=24;WE=156870067;WS=156870049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr3	156870816	rs41272613	A	G	5672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=1.165;SC=TCTGTACTCTACAACTCACCT;SOR=0.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=327;TCF=186;TCR=141;TR=235;WE=156870824;WS=156870806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,252:0.71:353
chr3	156876502	rs6441114	G	A	985.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=5.381;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=566;ReadPosRankSum=-1.695;SC=ATTATTTTAAGTATCAGTGTT;SOR=0.122;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=35;WE=156876510;WS=156876492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,40:0.91:44
chr3	156876574	rs6441115	A	G	2164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.134;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=33;PP=1234;ReadPosRankSum=0.217;SC=ATTCACTTGAAAGGAAAGATG;SOR=0.379;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=103;TCF=65;TCR=38;TR=82;WE=156876582;WS=156876564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,93:0.77:120
chr3	156876803	rs6441116	T	G	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=560;ReadPosRankSum=0.599;SC=ATTGTTAGATTAAACTCACTT;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=40;WE=156876811;WS=156876793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,44:0.71:62
chr3	156877276	rs59715654	CAA	C	2501.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.698;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.081;NF=3;NR=29;PP=1250;ReadPosRankSum=1.089;SC=CACCTGCAGACAAGAGAGGAG;SOR=0.966;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=53;TCF=7;TCR=46;TR=32;WE=156877285;WS=156877266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,64:0.64:100
chr3	156877357	rs10936061	T	C	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.41;ReadPosRankSum=-2.123;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr3	156877530	rs12635088	G	A	760.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=543;ReadPosRankSum=0.274;SC=CGGCGTAGGGGACGGAGGAGA;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=27;WE=156877538;WS=156877528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,28:0.90:31
chr3	156978919	rs11398653	A	AT	9705.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.593;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.501;NF=27;NR=79;PP=2933;ReadPosRankSum=0.159;SC=TGACTTATAAATCCCTACAGA;SOR=0.608;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=175;TCF=46;TCR=129;TR=106;WE=156978927;WS=156978909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,300:0.73:411
chr3	156983273	rs3749214	A	G	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=666;ReadPosRankSum=0.069;SC=TGGAGATCAAAACCTTAAAAA;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=46;WE=156983281;WS=156983263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,52:0.78:67
chr3	156983414	rs7652298	T	C	2884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=52;PP=1567;ReadPosRankSum=-1.033;SC=TCTCTTTAAGTTTTCCTTCTA;SOR=0.658;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=151;TCF=79;TCR=72;TR=110;WE=156983422;WS=156983404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,133:0.73:181
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chr3	157146307	rs1456099	A	T	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.957;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,37:0.29:127
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chr3	157188378	rs1011060	C	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.040;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr3	157296325	.	C	CATATATAT	327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.21;ReadPosRankSum=1.408;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr3	157817517	rs9833383	A	G	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=520;SC=GGTCCACTATATCATCTCAAA;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=157817525;WS=157817507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	157820423	rs4462902	C	T	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=4;PP=504;SC=CAACCCCAGGCTCTCTCTGCT;SOR=3.056;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=28;WE=157820431;WS=157820413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	157822669	rs1915940	T	C	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	157841531	rs6789448	G	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=179;ReadPosRankSum=0.423;SC=ATTTATCTCTGTTTGCTTCCA;SOR=1.402;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=13;WE=157841539;WS=157841521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr3	157849957	rs1609526	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.74;ReadPosRankSum=1.332;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr3	158178856	rs73172119	G	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=-1.271;SC=TGAATAGACCGTAGAATATAA;SOR=0.927;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=7;WE=158178864;WS=158178846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr3	158187189	rs9815348	G	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.960;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr3	158254806	rs73154326	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr3	158289035	rs3817373	T	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.799;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=220;ReadPosRankSum=-0.388;SC=CCGCGGCGAGTTAACATCGTT;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=15;WE=158289043;WS=158289025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr3	158300732	rs2566341	A	G	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.70;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	158306627	rs1075551	A	G	8896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.02;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr3	158306627	.	ATGT	GTGG,GTGT	2034	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=77,118;NR=58,84;PP=2034,791;QD=15.462724999;SC=TCATTTGAGGATGTTGTTTCT;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=206;TCF=120;TCR=86;TR=135,202;WE=158306638;WS=158306617;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.66:206
chr3	158306630	rs2115942	T	G	3457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=-1.346;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,155:0.67:233
chr3	158308875	rs2566339	T	C	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	158310153	rs6771248	A	G	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=15;PP=1168;SC=ATTATTTGTAATATTTACCTG;SOR=1.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=56;WE=158310161;WS=158310143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	158310483	rs6780477	G	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=90;ReadPosRankSum=1.119;SC=TCTTGTTCTAGAAATCACTAT;SOR=0.307;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=10;WE=158310491;WS=158310473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr3	158318015	rs2639656	C	T	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	158320597	rs4875	T	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	158362391	rs28372852	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=82;ReadPosRankSum=0.060;SC=CCACCCGGCGCCACGGGACTT;SOR=0.614;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=10;WE=158362399;WS=158362381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr3	158362441	rs1864507	T	C	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=24;PP=1141;SC=TCCTGGGAGCTGCAGCCGTCG;SOR=1.117;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=68;WE=158362449;WS=158362431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	158362526	rs1864506	A	G	4381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	158362588	rs1864505	C	G	3564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr3	158366900	rs2303909	G	A	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	158367837	rs56167308	C	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=170;ReadPosRankSum=2.053;SC=GAATTGGGATCGCAGGTCTGG;SOR=0.754;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=19;WE=158367845;WS=158367827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,19:0.26:72
chr3	158369789	rs56362855	T	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=21;ReadPosRankSum=1.692;SC=CTTTGTTACCTAAAAAAATAT;SOR=1.432;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=4;WE=158369806;WS=158369779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr3	158369798	rs9810874	A	G	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.29;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	158372477	rs62286656	C	T	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	158372502	rs9884039	T	C	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=17;PP=371;SC=AGAATGACTCTGACTTTTATG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=158372510;WS=158372492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	158373550	rs73028934	T	C	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.719;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=10;PP=800;ReadPosRankSum=-0.153;SC=AATACTGATATATTATTATTA;SOR=0.336;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=64;TCF=52;TCR=12;TR=48;WE=158373558;WS=158373540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,58:0.76:76
chr3	158378836	rs2291594	A	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=-0.726;SC=AGTGCATTTAATACTTCAGAA;SOR=0.430;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=11;WE=158378844;WS=158378826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr3	158384068	rs7628497	A	G	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,37:0.37:101
chr3	158384733	rs56321207	C	A	589.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.42;ReadPosRankSum=1.827;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,28:0.88:32
chr3	158384920	rs9875895	C	T	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=73;SC=GCAAAAATTACATTTAATTTT;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=158384928;WS=158384910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	158386737	rs1492909	C	T	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=453;SC=ACAATACTTTCGATAAATATT;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=158386745;WS=158386727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	158387487	rs6441215	T	C	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=26;PP=756;SC=AAGCATAGGCTCCTAATGGTG;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=158387495;WS=158387477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	158388721	rs56093991	C	CAAAGAAA	844.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.93;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	158388780	rs8455	T	C	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.48;QD=25.53;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	158390395	rs9841	A	T	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=25;PP=887;SC=TCCTTCAGTCAGTCTTCTTCC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=158390406;WS=158390385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	158390396	rs199588226	GTCT	G	491.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.225;NF=0;NR=12;PP=465;ReadPosRankSum=-1.373;SC=CCTTCAGTCAGTCTTCTTCCT;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=12;WE=158390406;WS=158390385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr3	158399757	rs11436468	A	AT	1259.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=328;ReadPosRankSum=1.494;SC=ATAATGCTCCATTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=30;WE=158399765;WS=158399747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,70:0.90:78
chr3	158409093	rs145803239	C	CA	2153.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=25.04;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	158409262	rs1047355	C	T	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=13;PP=467;SC=ACTAACTTTGCTTACTGTGAG;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=158409270;WS=158409252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	158422506	rs4680457	G	A	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=16;PP=1068;SC=TTAGAAGTTCGCATGAATTCA;SOR=1.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=58;WE=158422514;WS=158422496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	158428642	rs2307064	G	A	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=2.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.667;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,91:0.27:339
chr3	158431508	rs2279562	A	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=-1.917;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,26:0.23:111
chr3	158431702	rs2279561	A	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=-1.232;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,30:0.28:109
chr3	158449965	rs6441223	T	C	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr3	158450178	rs6786423	A	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=-1.177;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,27:0.26:104
chr3	158450417	rs6441224	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=23;ReadPosRankSum=0.310;SC=GGCTTAGTGCTAGGATGCGGC;SOR=0.446;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=3;WE=158450425;WS=158450407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr3	158520483	rs2713736	A	G	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=1.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	158526942	.	G	GT	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.276;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=-1.689;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr3	158537415	rs146160361	CTTTTT	C	3424.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.79;QD=43.35;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	158537443	rs3765083	A	G	4697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=37.58;SOR=1.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	158538056	rs4680469	T	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=6.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=1.404;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,25:0.27:94
chr3	158539294	rs1548092	G	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.437;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=0.884;SC=GAAAGAAGCTGATTAAACTTG;SOR=2.285;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=5;WE=158539302;WS=158539284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr3	158541077	rs41272627	C	T	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=9;PP=653;ReadPosRankSum=-0.199;SC=ATTTTGAATACGAATTTTAGC;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=41;WE=158541085;WS=158541067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,47:0.73:64
chr3	158545209	rs61485884	G	GT	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.835;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr3	158546552	rs75704067	ATATT	A	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=415;ReadPosRankSum=0.265;SC=AAACCTCAGAATATTAATTAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=9;WE=158546563;WS=158546542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr3	158546849	rs78482130	G	GT	784.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.261;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.789;NF=2;NR=23;PP=925;ReadPosRankSum=1.472;SC=AAAATTTAGAGTTTAGTCATT;SOR=1.828;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=25;WE=158546857;WS=158546839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
chr3	158970714	rs1020470	T	C	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=11;PP=293;SC=ATGTGCTGCATATTATTTCCT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=158970722;WS=158970704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	158982846	rs11425712	T	TA	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=201;ReadPosRankSum=1.714;SC=ACATTAAATGTAAAAAATAAA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=9;WE=158982854;WS=158982844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr3	158982945	rs191470764	T	C	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.281;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=546;ReadPosRankSum=0.020;SC=AAGAAAACTTTATATGTAGTT;SOR=0.503;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=133;TCF=83;TCR=50;TR=47;WE=158982953;WS=158982935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,50:0.35:142
chr3	158991724	rs2621285	A	T	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=16;PP=517;SC=TATTTTTACAAATGAAGAGAG;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=158991732;WS=158991714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	159733600	rs589545	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.61;ReadPosRankSum=-0.836;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr3	159733692	rs491966	T	C	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.891;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=307;ReadPosRankSum=2.409;SC=CTACACTTGATCCTGAGATCT;SOR=0.335;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=27;WE=159733700;WS=159733682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr3	159736893	rs2647930	T	C	3366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=56;PP=2036;ReadPosRankSum=-0.840;SC=TTAAACATCCTAAGTGGTCAA;SOR=0.656;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=176;TCF=101;TCR=75;TR=128;WE=159736901;WS=159736883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,146:0.72:204
chr3	159737076	rs2647931	G	A	3288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.49;ReadPosRankSum=-1.102;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,147:0.78:188
chr3	159738355	rs62270442	C	G	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.997;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,58:0.31:186
chr3	159744277	rs2936300	C	T	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=2;PP=406;SC=TCCACCACAGCGAAACCAGTT;SOR=3.160;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=21;WE=159744285;WS=159744267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	159744352	rs2279742	C	T	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=16;PP=977;SC=CGAGACCTGACGGGAAGCGGG;SOR=1.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=53;WE=159744360;WS=159744342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	159744438	rs2914119	C	T	5758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.30;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	159744438	.	CTC	TTT	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=63;NR=50;PP=2947;QD=20;SC=AGGACAGGCACTCGCATGGGT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=65;TCR=51;TR=113;WE=159744448;WS=159744428;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,113:0.97:116
chr3	159744440	rs2936301	C	T	5758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.30;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	160003677	rs2275151	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.58;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr3	160021681	rs4680576	G	A	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.53;ReadPosRankSum=0.504;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,44:0.66:67
chr3	160130110	rs2305407	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=221;ReadPosRankSum=1.598;SC=TTTAATTTCTGTAGTTAAACA;SOR=0.802;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=17;WE=160130118;WS=160130100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr3	160135428	rs1451760	C	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.858;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=203;ReadPosRankSum=0.477;SC=TTTCTTAAATCGAATATAAAA;SOR=3.312;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=10;WE=160135436;WS=160135418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr3	160137363	rs142795307	C	CT	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.414;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr3	160142618	rs11718121	A	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=3.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.36;ReadPosRankSum=0.668;SOR=0.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr3	160142810	.	A	ATGTGTGTGTG	453.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.21;ReadPosRankSum=0.319;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr3	160148756	rs7631792	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.36;ReadPosRankSum=-2.099;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr3	160223032	rs721022	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr3	160233406	rs112603907	CT	C	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.196;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr3	160245948	rs1551190	A	G	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	160245980	rs4679890	C	T	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=2;PP=20;SC=GGAATAGCATCATTGGAAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=160245988;WS=160245970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	160254484	rs41272965	C	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.982;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr3	160283126	rs4621370	A	C	3438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.91;ReadPosRankSum=1.382;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,143:0.74:192
chr3	160395093	rs1879797	A	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.911;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr3	160474540	rs71302254	C	CGTGTGTGT,CGTGTGT	551.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;NF=0,0;NR=14,14;PP=208,274;SC=GTGTATGTCTCGTGTGTGTGT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=14,14;WE=160474548;WS=160474530;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:15
chr3	160679422	rs7616249	T	C	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=5;PP=586;SC=AGGGTTGGTTTCACAGTGCTT;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=160679430;WS=160679412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	160679744	rs7629001	A	T	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=36;PP=1024;SC=TGCAAAAAAAATTCATTATAA;SOR=2.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=46;WE=160679752;WS=160679734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	160739920	.	A	AT	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.684;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr3	160821929	rs7651087	T	C	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=839;ReadPosRankSum=-0.247;SC=TCTTATCTGTTAGTAATAAAC;SOR=0.728;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=46;WE=160821937;WS=160821919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,48:0.79:61
chr3	160821969	rs7617204	A	G	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.710;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=29;PP=1300;ReadPosRankSum=1.932;SC=ATACGCGTTCAGTAATTTGTG;SOR=0.995;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=128;TCF=85;TCR=43;TR=96;WE=160821977;WS=160821959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,104:0.76:136
chr3	160939732	rs148371722	A	AATCCCAAC	2147.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=49.95;ReadPosRankSum=-0.040;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr3	160939746	.	CTTTTTTTTTTTTTTTTT	C	2117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=30.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.61;ReadPosRankSum=0.814;SOR=1.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,54:0.86:63
chr3	160939776	rs28711573	T	A	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.914;HP=20;HapScore=2;MGOF=98;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=652;ReadPosRankSum=3.181;SC=TTTTTTTTTTTAAAAGAACTT;SOR=0.906;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=49;WE=160939784;WS=160939766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,71:0.82:87
chr3	160955879	rs4350933	G	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.23;ReadPosRankSum=1.800;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr3	160955882	rs200517975	CTT	C	682.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.932;QD=22.03;ReadPosRankSum=0.175;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr3	160964271	rs73026976	G	A	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.45;ReadPosRankSum=0.761;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr3	160967354	rs4290817	G	A	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.27;ReadPosRankSum=0.023;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,47:0.70:67
chr3	160970437	rs6789388	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=115;ReadPosRankSum=0.188;SC=AGTATTCTTAGTCATATCCCA;SOR=0.721;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=10;WE=160970445;WS=160970427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr3	161064193	rs339101	A	T	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=4.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.22;ReadPosRankSum=1.191;SOR=1.388;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
chr3	161090616	rs2054710	C	T	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=821;ReadPosRankSum=0.030;SC=GGCCGAGACGCTTTCTGCTCG;SOR=0.743;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=89;TCF=35;TCR=54;TR=57;WE=161090624;WS=161090606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,60:0.65:92
chr3	161216812	rs1506481	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.833;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr3	161216845	rs1506482	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=1.250;SC=TCAGATTTTACCATTAGGTCA;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=4;WE=161216853;WS=161216835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr3	161216860	rs1506483	T	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=0.469;SC=AGGTCATTGATACTTATTGAT;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=7;WE=161216868;WS=161216850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr3	161216912	rs1506484	T	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=249;ReadPosRankSum=0.239;SC=TAATGAACTTTAAAAGAGAAA;SOR=1.033;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=17;WE=161216920;WS=161216902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr3	161217218	rs41386047	A	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=205;ReadPosRankSum=1.116;SC=TAAACAGCCAATTGAGAAATT;SOR=0.963;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=12;WE=161217226;WS=161217208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr3	161221705	rs3921595	A	C	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.198;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=32;PP=536;ReadPosRankSum=-0.793;SC=TTGTACCCAGAGGAAACTTCT;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=122;TCF=60;TCR=62;TR=57;WE=161221713;WS=161221695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,60:0.44:136
chr3	164714532	rs4855271	C	T	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=30;PP=785;SC=TTACATATGACATTCCAAACA;SOR=3.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=164714540;WS=164714522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	164733673	rs2290737	C	A	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.785;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=623;ReadPosRankSum=1.036;SC=TCTTCCCCCCCACCTGCTCAT;SOR=0.307;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=42;WE=164733681;WS=164733663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,44:0.48:92
chr3	164733721	rs2290738	G	A	4679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=56;PP=2788;SC=TAAGACTCAGGTAAACTCCAA;SOR=1.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=94;TCR=56;TR=150;WE=164733729;WS=164733711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	164748665	rs11452619	C	CA	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.298;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr3	164755719	rs150246328	T	C	2598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=1.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.28;ReadPosRankSum=1.798;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,138:0.49:280
chr3	164793758	rs9290264	C	A	2753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=46;PP=1448;SC=ACAAAAAGGACAATCAGAGAG;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=87;WE=164793766;WS=164793748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	164905648	rs11391347	G	GA	2093.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.34;ReadPosRankSum=-0.086;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,124:0.85:146
chr3	165491280	rs1803274	C	T	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=814;ReadPosRankSum=-1.340;SC=TCCCATTCTGCTTCATCAATA;SOR=0.618;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=60;WE=165491288;WS=165491270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,73:0.59:124
chr3	165495400	rs2686409	G	A	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.704;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=594;ReadPosRankSum=-0.155;SC=TCTGTGTGCAGGGGCAAAGCA;SOR=1.123;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=111;TCF=75;TCR=36;TR=43;WE=165495408;WS=165495390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,48:0.39:122
chr3	165495420	rs2686410	G	C	2086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=16;PP=776;ReadPosRankSum=0.578;SC=AAATTTGCAAGTACAAATGTT;SOR=1.101;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=150;TCF=99;TCR=51;TR=58;WE=165495428;WS=165495410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,64:0.39:165
chr3	165496622	rs2686411	A	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=555;SC=TAAGATGTCCAGAAAACATTC;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=165496630;WS=165496612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	166966436	rs60512741	C	T	2736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	167000256	rs12638625	G	C	4650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr3	167006568	rs7625639	G	T	5095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=119;NR=47;PP=2965;SC=AAACTAAATTGCAGGTGCCTA;SOR=1.947;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=119;TCR=47;TR=166;WE=167006576;WS=167006558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	167006612	rs7625651	G	T	9191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=188;NR=127;PP=2965;SC=ACTAAAGGAAGTAAGCTGCCA;SOR=1.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=188;TCR=128;TR=315;WE=167006620;WS=167006602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr3	167023493	rs35864545	C	T	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=-1.286;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr3	167023624	rs35190925	A	G	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=4.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=-2.836;SOR=0.427;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,45:0.58:78
chr3	167035501	rs4580553	G	A	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=17;PP=411;SC=TGATGAAACCGTAACTGTACC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=167035509;WS=167035491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	167040185	rs12632964	A	C	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=16;PP=481;SC=AAAGTATTAAATATTGGTAAT;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=167040193;WS=167040175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	167051726	rs10936530	A	G	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=34;PP=1056;SC=CATCCTTTATAAACTGATGGG;SOR=1.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=56;WE=167051734;WS=167051716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	167077691	rs4257551	T	A	3593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	167159831	rs9864094	T	C	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.96;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	167159834	rs9844202	C	T	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.39;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	167159980	rs9810473	A	G	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=280;ReadPosRankSum=0.992;SC=GATTCTAGGGAAAAAAAAACA;SOR=1.681;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=30;WE=167159988;WS=167159966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr3	167164023	rs6768544	G	T	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=5;PP=504;SC=TTTAGGCCTCGGTCATCTCTT;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=167164031;WS=167164013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	167164044	rs28544123	T	A	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=26.22;SOR=1.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	167164049	rs3830596	G	GTA	1883.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=40.95;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	167164187	rs2272138	A	G	3408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	167164352	rs2272140	C	T	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=385;SC=ATTTTGTAGACAGGAAAAGTC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=167164360;WS=167164342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	167167186	rs6770577	T	A	13104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=182;NR=263;PP=2965;SC=ACACTTCAGATGAATCTGGTT;SOR=1.198;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=446;TCF=182;TCR=264;TR=445;WE=167167204;WS=167167176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr3	167184878	rs9841174	T	C	7983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr3	167191652	rs4129073	C	T	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=18;PP=516;SC=AGAATAAAAGCGATATGTTAA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=167191660;WS=167191642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	167217960	rs13061106	C	T	3335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.48;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	167217964	rs13060964	A	G	3335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.48;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	167218188	rs13061345	A	T	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=33;PP=967;SC=ACTTTTATAAATTTAACCTTC;SOR=1.238;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=167218196;WS=167218178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	167218241	rs13061499	C	T	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=21;PP=543;SC=GCAAACCCTACAAACACAGCT;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=167218249;WS=167218231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	167254558	rs138019711	TAA	T	850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.850;NF=9;NR=10;PP=573;ReadPosRankSum=1.205;SC=TATATATATATAAAACAACTG;SOR=0.727;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=19;WE=167254567;WS=167254534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr3	167284676	rs76506630	G	A	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=2.731;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,49:0.42:116
chr3	167351418	rs9845725	T	C	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=37;PP=868;ReadPosRankSum=-0.551;SC=TTGCTACAAATTCTTAGTTTT;SOR=0.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=28;TCR=66;TR=53;WE=167351426;WS=167351408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,59:0.58:101
chr3	167506937	rs33917740	C	G	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=482;ReadPosRankSum=0.789;SC=TTGGACTCTTCTCTTTGCTGG;SOR=0.471;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=32;WE=167506945;WS=167506927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr3	167506967	rs34582040	A	G	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=500;ReadPosRankSum=0.134;SC=GTATGGCTACAGGGGCCACTT;SOR=0.486;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=74;TCR=26;TR=45;WE=167506975;WS=167506957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,52:0.47:110
chr3	167508062	rs13090836	T	C	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=245;SC=GGTGCCTGTTTGGTTAATCTC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=167508070;WS=167508057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	167510472	rs2229697	G	A	2705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=64;PP=1428;ReadPosRankSum=0.901;SC=ACTGGAAGTCGCAGTTTAGGC;SOR=0.808;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=255;TCF=123;TCR=132;TR=118;WE=167510480;WS=167510462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,135:0.47:290
chr3	167727884	rs73037443	C	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.389;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=246;ReadPosRankSum=-0.529;SC=TCTAGACCTACGTTATCAAAA;SOR=1.981;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=15;WE=167727892;WS=167727874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr3	167728445	rs57405643	G	C	2957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=56;PP=1996;ReadPosRankSum=-0.164;SC=CCACTGGTACGTATCCCAAAT;SOR=0.629;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=303;TCF=187;TCR=116;TR=142;WE=167728453;WS=167728435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,148:0.46:323
chr3	167728696	rs56801598	G	C	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=40;PP=1020;ReadPosRankSum=-0.291;SC=ATCATTTAAAGACTTGCAATA;SOR=0.606;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=106;TCF=28;TCR=78;TR=54;WE=167728704;WS=167728686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,57:0.50:114
chr3	167745400	rs74977752	G	A	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=427;ReadPosRankSum=0.803;SC=TTTTCCTTCTGGGCTGAGGAT;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=34;WE=167745408;WS=167745390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr3	167762678	rs57702503	C	CA	643.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=4.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.582;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,46:0.48:96
chr3	168269873	rs200900646	A	AC	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.857;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.645;NF=0;NR=8;PP=230;ReadPosRankSum=-2.202;SC=TTAAAAAAAAAAAAACACGTA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=8;WE=168269881;WS=168269863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr3	168538993	rs603638	A	G	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.812;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=546;ReadPosRankSum=-0.751;SC=TGTCTCGAGGATGCCTACGGA;SOR=1.082;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=35;WE=168539001;WS=168538983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,38:0.41:92
chr3	168542454	.	T	TCACACA	396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-1.846;NF=4;NR=6;PP=309;ReadPosRankSum=-2.152;SC=TGCAGCTCTGTCACACACACA;SOR=0.382;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=10;WE=168542463;WS=168542444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr3	168546914	rs678690	C	T	3088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.370;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=61;PP=1686;ReadPosRankSum=-0.275;SC=CGGTCCAGCCCGATGAAGTAT;SOR=0.718;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=359;TCF=201;TCR=158;TR=143;WE=168546922;WS=168546904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,162:0.42:390
chr3	168810980	rs12634348	C	T	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=468;ReadPosRankSum=0.080;SC=TTGATCAGTGCTGTTTCTTAA;SOR=0.512;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=32;WE=168810988;WS=168810970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr3	168818560	rs9857376	C	T	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=3;PP=505;SC=TATTCAGACACGCATAAAATT;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=168818568;WS=168818550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	168819788	rs9290358	A	G	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=236;SC=AAACAGCAAGACCTTTTGAAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=168819796;WS=168819787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	168840571	rs3851380	A	T	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=57;PP=1785;SC=AAACGGAACAACATTTTATTG;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=94;WE=168840579;WS=168840561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	168840607	rs3851381	C	T	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=36;PP=985;SC=ATTAAAGAAACAAGAAGGAAA;SOR=2.608;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=46;WE=168840615;WS=168840597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	168862967	rs151149708	CACACACACACAGAG	C	534.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=0.617;QD=17.25;ReadPosRankSum=-1.837;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr3	169283921	rs3863106	C	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=178;ReadPosRankSum=0.319;SC=CTCACTATCACAAGAACAGCA;SOR=0.841;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=18;WE=169283929;WS=169283911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr3	169486144	rs9822885	A	G	3255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=52;PP=1790;SC=GGTAACTGTAAGGAAAGCAAT;SOR=1.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=101;WE=169486152;WS=169486134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	169492016	rs34847803	T	TA	3882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=21;PP=2936;SC=GATGAGAACTTACGGTTACTG;SOR=2.153;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=71;WE=169492024;WS=169492006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	169492101	rs10936599	C	T	11333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.02;NF=224;NR=166;PP=2965;SC=ATTCGCACCACTGTGAGCACC;SOR=0.990;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=394;TCF=227;TCR=167;TR=390;WE=169492109;WS=169492091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr3	169500487	rs3772190	G	A	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=42;PP=1181;SC=AAGAAAAAGGGGACTTGGGCC;SOR=2.621;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=55;WE=169500495;WS=169500477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	169514585	rs10936600	A	T	6632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=127;NR=103;PP=2965;SC=GCATCACATAACTGTTGTATA;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=127;TCR=103;TR=230;WE=169514593;WS=169514575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr3	169518455	rs6793295	T	C	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=25;PP=980;SC=ACCTGTTCACTGTACAGTATA;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=66;WE=169518463;WS=169518445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	169526272	rs28626343	T	C	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=9;PP=795;SC=GTGTTGCTCGTGTACTTACTT;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=45;WE=169526280;WS=169526262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	169539812	rs61738871	C	G	3406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.428;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=59;PP=2064;ReadPosRankSum=-1.656;SC=TGCCTCTAATCAGAGCTTGAC;SOR=0.844;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=291;TCF=169;TCR=122;TR=149;WE=169539820;WS=169539802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,162:0.51:316
chr3	169539990	rs61754874	G	A	6882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=0.468;SC=GGGCTGCTGAGCAGCCTGGAG;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=557;TCF=302;TCR=255;TR=297;WE=169539998;WS=169539980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,324:0.55:594
chr3	169540397	rs1920119	T	C	14617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=274;NR=237;PP=2965;SC=GCCCGCGTCCTTGTGCCAGTG;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=512;TCF=274;TCR=238;TR=511;WE=169540405;WS=169540387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,543:1.00:543
chr3	169540882	rs75794543	C	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=50;ReadPosRankSum=1.243;SC=TTGTATTACTCTCTTTTTCCC;SOR=1.981;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=6;WE=169540890;WS=169540872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr3	169550759	rs12486767	G	A	4053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=42;PP=2433;SC=CCACCATTACGAAAAAATCTT;SOR=1.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=90;TCR=42;TR=132;WE=169550767;WS=169550749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	169555162	rs66506858	TTC	T	1240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.315;NF=15;NR=8;PP=851;ReadPosRankSum=1.196;SC=TCACATCCCATTCTCTCCACG;SOR=0.689;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=23;WE=169555171;WS=169555152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,37:0.37:99
chr3	169557842	rs16854445	C	T	2368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=42;PP=1440;ReadPosRankSum=-0.417;SC=GTTCTTCCTCCTGTGAAGCTG;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=223;TCF=131;TCR=92;TR=105;WE=169557850;WS=169557832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,113:0.46:246
chr3	169558025	rs3732451	C	T	5223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=87;PP=2965;SC=TGGTCCACCCCGCATCACAGA;SOR=0.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=86;TCR=87;TR=173;WE=169558033;WS=169558015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr3	169566090	rs9290375	A	G	4335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr3	169569374	rs41273579	A	G	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=2.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=-1.709;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,123:0.46:267
chr3	169569432	rs35923425	C	G	3104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.115;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=71;PP=2001;ReadPosRankSum=-1.473;SC=TCTCACTCTCCAAAGCACAGT;SOR=0.734;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=320;TCF=166;TCR=154;TR=157;WE=169569440;WS=169569422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,163:0.48:343
chr3	169574465	rs11919269	T	G	2156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.141;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,146:0.45:323
chr3	169643757	rs1290671	G	T	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=241;ReadPosRankSum=2.466;SC=TTCAGCTATAGTACCCAGGAG;SOR=0.255;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=13;WE=169643765;WS=169643747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr3	169643861	rs77312716	G	A	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=28;PP=1074;ReadPosRankSum=-0.412;SC=GTCCAATTGAGGACCAAAAAG;SOR=0.684;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=92;TCR=58;TR=73;WE=169643869;WS=169643851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,77:0.49:157
chr3	169643955	rs1290670	C	T	2572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=56;PP=1509;ReadPosRankSum=0.525;SC=TTGAGACTTGCAATGTCTAAT;SOR=0.702;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=243;TCF=131;TCR=112;TR=117;WE=169643963;WS=169643945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,128:0.47:270
chr3	169644710	rs10513680	G	C	4452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=1.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.45;ReadPosRankSum=0.150;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,216:0.56:389
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chr3	169820190	rs114904945	A	T	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=392;ReadPosRankSum=-1.506;SC=TTTTGTGCAAAAGGTGTGGAT;SOR=0.407;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=67;TCF=53;TCR=14;TR=30;WE=169820198;WS=169820180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,35:0.49:72
chr3	169840649	rs199879680	ACTACT	A	1017.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.112;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.944;NF=0;NR=23;PP=1123;ReadPosRankSum=-0.081;SC=GGCAAAAATGACTACTCTAAC;SOR=1.825;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=23;WE=169840661;WS=169840639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr3	169894680	rs1386333	G	A	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.496;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,42:0.46:91
chr3	169988364	.	CT	C	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=6.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.084;QD=2.37;ReadPosRankSum=2.076;SOR=1.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr3	169998240	.	C	CT	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.435;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr3	170078232	rs3772173	C	T	9741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=176;NR=157;PP=2965;SC=GACATTCATGCAAATGGAAAA;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=334;TCF=177;TCR=157;TR=333;WE=170078240;WS=170078222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr3	170099218	rs146524896	ATTAT	A	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=5.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.924;QD=5.86;ReadPosRankSum=-0.523;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr3	170105233	rs6786374	C	T	2657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=1.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	170105378	rs6786542	C	T	4152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=63;PP=2154;SC=CTTCGTCAGTCGGACATTTGC;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=67;TCR=63;TR=130;WE=170105386;WS=170105368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	170197954	rs989997	T	G	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=435;ReadPosRankSum=1.265;SC=AACACAAGGGTCCATAGAACC;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=25;WE=170197962;WS=170197944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr3	170198898	rs3732449	C	T	2644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.329;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=68;PP=1655;ReadPosRankSum=-0.282;SC=CCAGGAACCCCGACACGATGC;SOR=0.858;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=198;TCF=87;TCR=111;TR=115;WE=170198906;WS=170198888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,125:0.57:221
chr3	170198967	rs1861939	G	A	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=406;ReadPosRankSum=-1.263;SC=TGGAGGGGCCGGGCAAGCAGA;SOR=0.597;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=28;WE=170198975;WS=170198957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,29:0.40:73
chr3	170425956	rs495979	G	C	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.878;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=480;ReadPosRankSum=-0.788;SC=GAATGGAATGGGAACGCCAAT;SOR=0.462;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=86;TCF=27;TCR=59;TR=43;WE=170425964;WS=170425946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,47:0.51:93
chr3	170584064	rs35192046	A	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.12;ReadPosRankSum=0.864;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr3	170584074	rs35683888	A	G	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.82;ReadPosRankSum=1.646;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr3	170584249	rs13462	C	A	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=-1.491;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,42:0.48:88
chr3	170586057	rs3732927	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=-1.371;SC=ACTCTGATTACAAAAATAAGC;SOR=1.085;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=9;WE=170586065;WS=170586047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr3	170611304	rs3215293	GT	G	996.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=587;ReadPosRankSum=0.406;SC=TGGATATTTTGTACATATGGA;SOR=0.862;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=16;WE=170611312;WS=170611294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr3	170715830	rs5398	G	A	4293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.638;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=83;PP=2896;ReadPosRankSum=-0.104;SC=TAAAAAATGTGAACAGGGTAA;SOR=0.614;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=354;TCF=192;TCR=162;TR=178;WE=170715838;WS=170715820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,195:0.50:388
chr3	170724883	rs8192675	T	C	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=425;ReadPosRankSum=-0.148;SC=GTAGTGGTACTGTAGAGGATG;SOR=0.808;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=74;TCF=58;TCR=16;TR=34;WE=170724891;WS=170724873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,40:0.43:92
chr3	170727701	.	G	GGTGT	320.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.05;ReadPosRankSum=-0.326;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr3	170732599	rs7356034	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=205;ReadPosRankSum=2.637;SC=TGTTTGTTACGTGTTTAAATA;SOR=1.329;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=13;WE=170732607;WS=170732589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr3	170784256	.	A	AT	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=3.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.385;QD=2.43;ReadPosRankSum=-0.430;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,40:0.34:116
chr3	170801912	rs371989911	TA	T	412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=2.797;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.156;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,56:0.44:126
chr3	170805340	rs188994242	A	C	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.395;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr3	170825905	rs6444960	C	G	3029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	170846676	.	C	CAAAAAA	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=-1.389;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr3	170857167	.	G	GCACACACA,GCACACA	283.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.24;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;NF=4,4;NR=2,2;PP=78,88;SC=ACGCACGCGCGCACACACACA;SOR=1.179;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=6,6;WE=170857175;WS=170857157;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:6
chr3	170857240	rs6444965	T	C	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.860;NF=21;NR=12;PP=501;ReadPosRankSum=-0.396;SC=GGTCAGCTGGTTCTTGGCTTT;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=33;WE=170857248;WS=170857230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr3	170858406	rs2292006	T	G	4122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=85;PP=2594;SC=TTTAATGAGATATGCCTAAAT;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=54;TCR=85;TR=139;WE=170858414;WS=170858396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	171065010	rs5854416	G	GAA	1191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=14.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.500;SOR=1.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,88:0.58:152
chr3	171065031	rs1389047	G	C	5791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.37;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	171087469	rs3796295	G	A	3044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.137;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=71;PP=1712;ReadPosRankSum=1.299;SC=AGATCCCTGCGGGGTCCTGAA;SOR=0.889;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=279;TCF=124;TCR=155;TR=125;WE=171087477;WS=171087459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,145:0.48:305
chr3	171338237	rs9881788	T	G	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.931;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=582;ReadPosRankSum=-0.498;SC=TAAGCTCAGTTACTAGGTTTC;SOR=0.977;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=42;WE=171338245;WS=171338227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,50:0.50:101
chr3	171395468	rs2124147	A	G	2417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=58;PP=1494;ReadPosRankSum=-0.115;SC=TCTGTAAACTACGGATGGACC;SOR=0.893;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=204;TCF=100;TCR=104;TR=109;WE=171395476;WS=171395458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,116:0.52:223
chr3	171405384	rs2305547	A	T	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=266;ReadPosRankSum=-0.511;SC=GCTGAGAAAAATTTTTTTTTA;SOR=1.352;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=16;WE=171405392;WS=171405374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr3	171431912	rs115713729	C	G	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.641;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=303;ReadPosRankSum=-0.964;SC=TATGACAAGTCTTAAGTAATC;SOR=1.296;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=19;WE=171431920;WS=171431902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr3	171442635	rs7647840	C	T	6238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FS=1.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.617;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:287,311:0.52:598
chr3	171442750	rs10710862	AG	A	1910.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.800;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=42;PP=1611;ReadPosRankSum=0.385;SC=CGGGTACCCTAGAGGCGAACC;SOR=1.122;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=94;TCF=2;TCR=92;TR=42;WE=171442758;WS=171442740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,60:0.45:134
chr3	171443607	rs4131284	C	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=183;ReadPosRankSum=-0.040;SC=GTGACAAAGACAGTGGAGCAG;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=9;WE=171443615;WS=171443603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr3	171443955	rs4131283	T	A	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=224;ReadPosRankSum=1.295;SC=GCTGTGTGTATATACTGTTTG;SOR=1.123;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=15;WE=171443963;WS=171443945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr3	171510238	rs3934620	C	T	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=627;ReadPosRankSum=-1.006;SC=ATCAGGGGCCCCTGGCCATCC;SOR=0.560;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=117;TCF=74;TCR=43;TR=54;WE=171510246;WS=171510228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,58:0.47:124
chr3	171844787	rs4894810	A	T	7094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=126;NR=119;PP=2965;SC=ATGTGAATGCATTGGGAGGTG;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=126;TCR=119;TR=245;WE=171844795;WS=171844777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr3	171944627	.	CT	C	2481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=1835;ReadPosRankSum=1.758;SC=ATGTATGTTTCTTCAGCTATT;SOR=0.685;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=49;WE=171944635;WS=171944617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,81:0.53:152
chr3	171969077	rs7652177	C	G	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=33;PP=1200;ReadPosRankSum=-0.246;SC=GGAATGTCAACCTACATCACC;SOR=0.810;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=174;TCF=102;TCR=72;TR=82;WE=171969085;WS=171969067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,95:0.49:193
chr3	172003831	rs67373503	CT	C	339.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.836;QD=7.39;ReadPosRankSum=1.929;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr3	172034350	rs4894416	T	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=1.201;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr3	172034901	rs34251104	T	G	6521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr3	172046861	rs2270568	T	C	6061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr3	172046933	rs6799133	A	G	4035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	172052897	rs71300460	G	GT	630.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=-0.688;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,61:0.37:166
chr3	172059121	rs570549	G	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=313;ReadPosRankSum=-3.048;SC=ATGTATCTTGGTAATGCAACC;SOR=0.631;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=23;WE=172059129;WS=172059111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr3	172060700	rs606797	C	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=402;ReadPosRankSum=0.187;SC=AACCCCTTTTCGGTAACATTT;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=26;WE=172060708;WS=172060690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr3	172064091	rs583550	G	A	2041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.911;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=31;PP=1311;ReadPosRankSum=1.990;SC=ATATACATACGTGTGTGTGCG;SOR=0.860;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=163;TCF=105;TCR=58;TR=90;WE=172064099;WS=172064081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,96:0.55:176
chr3	172162829	rs482204	G	A	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.12;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	172162837	rs477251	T	C	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.19;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	172165727	rs572169	C	T	5414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=1.845;SC=CCAGCTTCACCCGCCCCTTGG;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=421;TCF=222;TCR=199;TR=236;WE=172165735;WS=172165717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,254:0.55:461
chr3	172166033	rs495225	G	A	9873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.05;ReadPosRankSum=0.241;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,377:0.99:379
chr3	172224303	rs1131532	A	G	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=750;ReadPosRankSum=-0.136;SC=AAAAGGCCCCAAAAAAACTGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=74;TCR=41;TR=57;WE=172224311;WS=172224293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,61:0.50:122
chr3	172224769	rs111284464	GC	G	1935.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.353;NF=1;NR=30;PP=1718;ReadPosRankSum=-0.259;SC=AAAGCAAGGAGCTTTTTTGCA;SOR=0.741;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=72;TCF=3;TCR=69;TR=31;WE=172224779;WS=172224759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,53:0.53:100
chr3	172224771	rs17848019	T	A	1944.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.353;NF=9;NR=29;PP=1726;ReadPosRankSum=-0.155;SC=AGCAAGGAGCTTTTTTGCAGC;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=93;TCF=23;TCR=70;TR=38;WE=172224779;WS=172224759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,53:0.53:100
chr3	172227199	rs3815496	C	T	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=421;ReadPosRankSum=2.204;SC=AATCAGCCATCGTAAGCATAC;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=30;WE=172227207;WS=172227189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr3	172236440	rs231983	T	G	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.191;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=413;ReadPosRankSum=1.151;SC=ACAGGCTATTTGTGAAGGTCC;SOR=1.791;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=20;WE=172236448;WS=172236430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr3	172365619	rs9865941	G	A	4440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=123;NR=37;PP=2965;SC=ACTCAGTTACGCATCTCCCCC;SOR=2.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=163;TCF=123;TCR=40;TR=160;WE=172365627;WS=172365609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	172428508	rs7629698	C	T	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=46;NR=14;PP=1132;SC=TGGACCACCTCAAAAAGCGAC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=60;WE=172428516;WS=172428498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	172428782	rs2276805	T	C	8164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=146;NR=144;PP=2965;SC=CATCTTGCCCTGGCTCGGCTC;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=146;TCR=144;TR=290;WE=172428790;WS=172428772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr3	172473484	rs1403088	A	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=1.128;SC=AGCTTAATGAATAGAAACTGT;SOR=1.179;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=5;WE=172473492;WS=172473474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr3	172480173	rs10654513	A	ATT	250.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=230;ReadPosRankSum=0.967;SC=ATTTAAGTTAAACTGGTTTTG;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=172480182;WS=172480170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr3	172480174	rs11313111	AC	A	250.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=209;ReadPosRankSum=1.383;SC=TTTAAGTTAAACTGGTTTTGG;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=172480182;WS=172480170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr3	172501443	rs7649589	A	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=24;ReadPosRankSum=0.160;SC=TTATAAAATAAGTTTGTTCTC;SOR=0.193;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=4;WE=172501451;WS=172501433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr3	172520818	rs7644191	G	C	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=21;PP=647;SC=ATTTTTGTAAGTTCCCTGAAT;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=172520826;WS=172520808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	172534428	rs10936738	C	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=285;ReadPosRankSum=-1.141;SC=TAAATATTCTCATCAGCTGTA;SOR=1.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=20;WE=172534436;WS=172534418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr3	172537850	rs35236458	T	G	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=613;ReadPosRankSum=0.195;SC=TTGTAAAATGTAAAAATAATA;SOR=0.793;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=42;WE=172537858;WS=172537840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,46:0.50:92
chr3	172634025	rs141570329	T	TTG	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.645;QD=2.47;ReadPosRankSum=0.805;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr3	172634027	rs28685083	T	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=-1.449;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.867;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr3	172634363	rs111569973	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=158;ReadPosRankSum=1.723;SC=ATAACGTATTTACATCTTTTG;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=10;WE=172634371;WS=172634353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr3	173322248	rs3844523	T	C	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=9;PP=1107;SC=ATCTGCTGTCTGAAGATCTTT;SOR=3.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=50;WE=173322256;WS=173322238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	173507395	rs4499633	T	C	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=1;PP=469;SC=GAGTTCAAACTAGAACCCAAG;SOR=3.352;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=173507403;WS=173507392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	174581888	rs6445184	T	C	2456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.074;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,126:0.51:249
chr3	174935828	rs34537026	C	T	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.94;ReadPosRankSum=1.114;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
chr3	175087275	rs9869507	A	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr3	175087408	rs78831152	C	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.339;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr3	175165079	rs6802937	C	T	11638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=217;NR=192;PP=2965;SC=CATCTCTGCACCCCTCGTTGC;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=409;TCF=217;TCR=192;TR=409;WE=175165087;WS=175165069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr3	175189406	rs35213579	CT	C	1061.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.648;NF=21;NR=24;PP=579;ReadPosRankSum=-1.411;SC=CAGATAGATCCTTTTTTTTTT;SOR=0.743;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=45;WE=175189415;WS=175189396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,70:0.54:129
chr3	175205148	rs7646041	C	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.514;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=355;ReadPosRankSum=0.561;SC=CAGGAGGACACTGAGGCATAG;SOR=0.399;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=23;WE=175205156;WS=175205138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr3	175205221	rs62287072	T	G	2049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=35;PP=1268;ReadPosRankSum=-1.749;SC=CTTAGTGGGTTCTAAAGTAAT;SOR=1.054;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=160;TCF=93;TCR=67;TR=90;WE=175205229;WS=175205211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,97:0.56:174
chr3	175345143	rs9866564	C	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.971;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr3	175455116	rs62286105	A	G	2446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=-1.043;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,125:0.52:241
chr3	175473047	rs9826737	T	C	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=12;PP=820;SC=GCCATGGCGTTACGCCTGCGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=175473055;WS=175473037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	176752202	rs1905503	A	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr3	176756230	rs77478951	G	A	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.151;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,71:0.49:145
chr3	176765253	rs1201300	G	A	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.22;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	176765269	rs3749234	T	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=191;ReadPosRankSum=1.521;SC=AAATGCTTCATTTACCATCTT;SOR=0.714;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=14;WE=176765277;WS=176765259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr3	176767673	.	A	AGG	526.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.547;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.24;ReadPosRankSum=-1.580;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr3	176769608	rs1881979	G	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=265;ReadPosRankSum=0.081;SC=GAAAATCTTCGTTCCTAAAAA;SOR=0.787;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=18;WE=176769616;WS=176769598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr3	176771833	.	CGTGTGT	C,CGT	439.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=1;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.005;NF=1;NR=14;PP=238;ReadPosRankSum=-2.473;SC=AGACGAAGGTCGTGTGTGTGT;SOR=0.368;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=15;WE=176771848;WS=176771823;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.57:30
chr3	176771861	.	TG	CG	224	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=16;MMLQ=23;MQ=60.11;NF=2,0;NR=6,14;PP=58,224;QD=11.5964015684;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGCGCGT;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=8,14;WE=176771869;WS=176771851;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr3	176771861	.	TG	TGCG	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.926;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.021;HP=2;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.390;NF=2,0;NR=6,14;PP=58,224;ReadPosRankSum=1.729;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGCGCGT;SOR=1.276;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=8,14;WE=176771869;WS=176771851;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.17:30
chr3	178542417	rs9857119	A	C	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=2.886;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr3	178546026	rs9831934	T	C	2023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.002;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,100:0.52:194
chr3	178560581	rs6443583	A	C	3105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.959;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=64;PP=1877;ReadPosRankSum=-0.356;SC=TTATCCTAACAAAACTCTACA;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=116;TCR=117;TR=127;WE=178560589;WS=178560570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,143:0.56:256
chr3	178785549	rs6772028	G	A	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=418;ReadPosRankSum=1.112;SC=ATTGGGTAGGGAAGCCTGGGG;SOR=0.418;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=30;WE=178785557;WS=178785539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr3	178968736	.	GAGA	G	2015.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.105;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.131;NF=8;NR=23;PP=1224;ReadPosRankSum=1.277;SC=TGGGGAAAGGGAGAAGGAGAT;SOR=0.529;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=31;WE=178968746;WS=178968726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,54:0.45:121
chr3	178976591	rs56400023	T	A	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=9;PP=920;SC=GAATGTACACTGATAACAAAT;SOR=2.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=48;WE=178976599;WS=178976581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	178976777	rs11720871	C	T	4737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=84;PP=2816;SC=CTCAGACTTCCTGTGCACCAC;SOR=0.956;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=71;TCR=85;TR=155;WE=178976785;WS=178976767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr3	178976821	rs11720935	G	A	3201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=62;PP=1932;SC=GACATGGTACGGTCTTCTTTG;SOR=1.227;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=39;TCR=62;TR=101;WE=178976829;WS=178976811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	179096006	.	CA	C	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr3	179096508	rs7637065	C	G	3871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	179291308	rs71907893	CT	C	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=2.794;QD=3.31;ReadPosRankSum=2.919;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,31:0.33:93
chr3	179294332	rs74497104	A	G	2327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.015;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=34;PP=1323;ReadPosRankSum=0.719;SC=ATTCACATAAATACACCCACA;SOR=0.465;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=155;TCF=102;TCR=53;TR=97;WE=179294340;WS=179294322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,108:0.65:165
chr3	179298999	rs1132429	C	T	3521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.200;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=83;PP=1760;ReadPosRankSum=0.904;SC=GTGATATTGACATCAGACCAG;SOR=0.861;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=352;TCF=172;TCR=180;TR=160;WE=179299007;WS=179298989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,184:0.47:395
chr3	179304255	rs9818068	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=8.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQRankSum=0.439;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.737;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr3	179305654	rs6443659	A	T	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.920;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr3	179320386	rs371595016	CG	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=167;ReadPosRankSum=0.566;SC=TTGGGCGGGGCGGGGGGGGGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=179320394;WS=179320376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr3	179371154	rs2276803	C	T	2049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=53;PP=1193;ReadPosRankSum=-1.065;SC=TCTACAAGAACGAGTGCGCCT;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=117;TCR=125;TR=102;WE=179371162;WS=179371144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,108:0.43:252
chr3	179399570	rs13080037	C	T	4401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr3	179437971	rs9877605	T	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=256;ReadPosRankSum=-0.551;SC=CATTTACTTCTTGCATTTAAT;SOR=0.502;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=15;WE=179437979;WS=179437961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr3	179437986	rs60372316	A	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=0.408;SC=TTTAATTAGTAGATGTTTTCT;SOR=0.793;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=11;WE=179437994;WS=179437976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr3	179448066	rs11309768	AT	A	1189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=37;PP=577;ReadPosRankSum=1.678;SC=CCAGATTTGTATTTTTTTTTT;SOR=0.625;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=3;TCR=48;TR=40;WE=179448075;WS=179448056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr3	179448383	rs3213761	C	T	2440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=1.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	179463076	rs58527921	A	G	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=9.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=-0.400;QD=31.87;ReadPosRankSum=2.019;SOR=1.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr3	179463081	rs59131484	G	A	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=13.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=-0.258;QD=34.64;ReadPosRankSum=0.168;SOR=1.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chr3	179469995	rs2239639	A	G	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=423;ReadPosRankSum=2.043;SC=TGCCTCAGACAAAGTTGATAT;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=33;WE=179470003;WS=179469985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,34:0.49:69
chr3	179472674	rs2287240	C	T	2317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=3.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=-1.749;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,123:0.40:304
chr3	179481971	rs71917525	CTG	C	980.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.863;NF=1;NR=28;PP=983;ReadPosRankSum=-0.387;SC=GCATGAGAGACTGTGTGTGTG;SOR=0.769;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=73;TCF=3;TCR=70;TR=29;WE=179481986;WS=179481961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,44:0.65:68
chr3	179527459	rs111620765	G	GA	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=3.088;SOR=0.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr3	179592053	rs1609981	G	A	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=7;PP=539;SC=TGAAAATAAAGCATTTATGCT;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=179592061;WS=179592043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	179592240	rs2339914	C	T	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=486;ReadPosRankSum=1.952;SC=GGAAATTAAACGTACACTAGA;SOR=0.605;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=53;TCR=55;TR=46;WE=179592248;WS=179592230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,52:0.42:125
chr3	179593072	rs55664665	T	A	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=518;ReadPosRankSum=0.353;SC=GACTTAACTCTTTGGCTATTT;SOR=1.483;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=32;WE=179593080;WS=179593062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr3	179593352	rs2302743	C	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.575;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=39;PP=820;ReadPosRankSum=-0.422;SC=GAGGGTGGAGCGTGTGGTGCA;SOR=0.217;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=122;TCF=39;TCR=83;TR=55;WE=179593360;WS=179593342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr3	179597979	rs13067789	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.192;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=-1.044;SC=ATAGGTTTCAGTTGGGTACAG;SOR=0.141;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=7;WE=179597987;WS=179597969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr3	179689264	rs3774256	T	C	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.084;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=24;PP=737;ReadPosRankSum=1.821;SC=AATCTTGTTATGCAGGCTTTA;SOR=0.999;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=64;WE=179689272;WS=179689254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,67:0.49:137
chr3	179689365	rs3774257	C	T	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.577;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,82:0.49:167
chr3	179691094	rs12054457	G	A	2552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=60;PP=1534;ReadPosRankSum=-0.435;SC=TTGCTGACCAGAGAACCACAG;SOR=0.590;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=235;TCF=107;TCR=128;TR=115;WE=179691102;WS=179691084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,126:0.50:253
chr3	180334623	rs7612917	C	T	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=1.065;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,45:0.36:124
chr3	180349447	rs184028306	G	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=52;ReadPosRankSum=-0.478;SC=ACTATCAAGTGTTCTTATTGA;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=180349455;WS=180349437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr3	180365043	rs34160752	T	TA	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.229;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr3	180365956	rs6769457	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=226;ReadPosRankSum=2.018;SC=CATCTACCTGGCTGTACATAA;SOR=0.612;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=21;WE=180365964;WS=180365946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr3	180372455	rs1401334	T	C	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.63;ReadPosRankSum=2.467;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,72:0.55:131
chr3	180396974	rs2292896	G	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.03;ReadPosRankSum=-2.230;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr3	180630565	rs1805579	T	C	3268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=0.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.290;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,173:0.45:386
chr3	180633485	rs1805564	G	A	2798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=2.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.233;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,140:0.48:294
chr3	180679156	rs7428473	G	A	120.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.14;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	180679235	.	C	CT	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=-0.462;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr3	180688997	rs11368900	C	CA	1283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=18;PP=800;SC=AAAAAAATGTCTATGTCTGCT;SOR=2.235;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=18;WE=180689005;WS=180688987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	180693215	rs34318725	G	GT	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=6.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=2.703;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr3	182546017	rs9814205	C	A	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=37;PP=1335;SC=ATTACTCAATCTTAAGTTTGT;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=87;WE=182546025;WS=182546007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	182575631	rs661774	G	T	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=320;SC=TAATACATGAGTTGTATGTTT;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=182575639;WS=182575621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	182576923	rs645597	T	A	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=10;PP=622;SC=ATTTTTTCTTTTCAAACAATT;SOR=1.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=182576931;WS=182576913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	182590354	rs771156	C	T	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=23;PP=697;SC=AAAAATATTACTTTTCTCTCA;SOR=1.280;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=182590362;WS=182590344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	182598863	rs796406	A	G	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=20;PP=641;SC=ATTAAAGTACAGTATCAAATT;SOR=1.151;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=34;WE=182598871;WS=182598853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	182605304	.	A	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=341;ReadPosRankSum=-1.100;SC=TTTAATATGCATAGTTGTCAT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=18;WE=182605312;WS=182605294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr3	182681740	rs4859146	C	T	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	182681853	rs4859147	T	C	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	182735182	rs6786878	C	A	5821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=125;PP=2965;SC=TAGATATGTTCATCTGCTTCA;SOR=1.478;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=197;TCF=70;TCR=127;TR=195;WE=182735190;WS=182735172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr3	182755209	rs2270968	T	G	2453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=39;PP=1203;SC=AATGTTGGTGTGCAGTCCAAC;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=78;WE=182755217;WS=182755199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	182757013	rs140957052	G	A	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=36;PP=767;ReadPosRankSum=1.514;SC=TACATTTCACGCTTAATCCTC;SOR=0.638;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=46;TCR=73;TR=59;WE=182757021;WS=182757003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,67:0.51:131
chr3	182757084	rs2270967	G	A	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=23;PP=694;SC=GAGGTTCAGAGGGCTTTGAAA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=182757092;WS=182757074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	182790249	rs7622479	G	A	4372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr3	182804385	rs6806083	G	A	3507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=75;NR=40;PP=2294;SC=TAAAGATCTTGGGAAAGGCTA;SOR=1.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=75;TCR=40;TR=115;WE=182804393;WS=182804375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	182810144	rs3732604	T	G	4006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=31;PP=2120;SC=ACGAAAATACTGACACAGTAA;SOR=1.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=98;TCR=31;TR=129;WE=182810152;WS=182810134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	182817328	rs937652	C	G	17132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=267;NR=336;PP=2965;SC=TGACCCCCGCCGGCCACCGTC;SOR=0.983;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=604;TCF=268;TCR=336;TR=603;WE=182817336;WS=182817318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,647:1.00:647
chr3	182853670	rs482912	T	C	4359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=72;PP=2459;SC=CCTTGGTAAATTGTCTCTGAA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=67;TCR=73;TR=139;WE=182853686;WS=182853660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr3	182858287	rs522235	C	T	2799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=71;PP=1934;ReadPosRankSum=0.157;SC=ACAGAAACAGCGTCATGGCTG;SOR=0.636;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=341;TCF=183;TCR=158;TR=150;WE=182858295;WS=182858277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,149:0.44:340
chr3	182858461	rs831256	A	G	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=35;PP=733;ReadPosRankSum=0.690;SC=ACTTTGTTTAAGATTCCAGCT;SOR=0.803;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=108;TCF=28;TCR=80;TR=46;WE=182858469;WS=182858451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,47:0.42:113
chr3	182870082	rs682396	G	A	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=4;PP=437;SC=CTGAAGTGTGGGGTTGCACCA;SOR=1.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=182870090;WS=182870072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	182870436	rs514636	G	A	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=211;SC=AACACCTCTCGTTTTCAAACT;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=182870444;WS=182870426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	182871962	rs653316	C	T	5229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=101;NR=81;PP=2965;SC=TTTTTGTAGTCGCTGGGGTAG;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=183;TCF=101;TCR=82;TR=182;WE=182871970;WS=182871952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr3	182880629	rs602762	A	C	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.57;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	182880629	.	AG	CA,CG	277	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=8,15;NR=11,26;PP=196,277;QD=13.1298881506;SC=CCTACGGAGCAGGGAGGGGCG;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=19,41;WE=182880638;WS=182880619;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.46:41
chr3	182880630	rs3811731	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.016;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr3	182897920	rs35070271	A	G	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=391;ReadPosRankSum=-1.194;SC=AAAGGTGTCCATGGAGCTAAA;SOR=1.662;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=26;WE=182897928;WS=182897910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr3	182925404	rs6804951	T	C	2679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=22;PP=1430;SC=ACCTTCATGGTCTTCTTGAAG;SOR=1.361;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=59;TCR=23;TR=81;WE=182925412;WS=182925394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	182946002	rs6803121	A	G	7728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr3	182987515	rs3811732	G	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=93;ReadPosRankSum=1.078;SC=TACGAAACACGAAGTTCTATG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=6;WE=182987523;WS=182987505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr3	183245827	rs370002032	G	A	2661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.435;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=59;PP=1439;ReadPosRankSum=1.709;SC=AATGTGAATCGTGCCGAGACC;SOR=0.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=117;TCR=125;TR=115;WE=183245835;WS=183245817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,134:0.48:281
chr3	183368216	rs3755648	A	T	4404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FS=1.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.79;ReadPosRankSum=-1.162;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,219:0.49:450
chr3	183368891	rs2293031	C	T	3287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=63;PP=2098;ReadPosRankSum=1.120;SC=CACTGTTACACGAGCTCCTGA;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=159;TCR=124;TR=142;WE=183368899;WS=183368881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,155:0.50:310
chr3	183432983	rs3736535	C	T	4449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=93;PP=2678;ReadPosRankSum=-1.613;SC=TCAAAGAAACCGACCCTGATT;SOR=0.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=395;TCF=208;TCR=187;TR=201;WE=183432991;WS=183432973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,219:0.51:427
chr3	183469816	rs183519084	C	T	2080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.055;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=38;PP=1276;ReadPosRankSum=-1.693;SC=CTTTCTGTGACATTGATGATG;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=122;TCR=80;TR=97;WE=183469824;WS=183469806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,104:0.48:215
chr3	183491720	rs262960	T	C	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.396;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=336;ReadPosRankSum=0.272;SC=TAGCATTTGCTCAGATGGATT;SOR=2.531;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=18;WE=183491728;WS=183491710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr3	183493991	rs2606220	G	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=253;ReadPosRankSum=0.342;SC=TTACCTTTACGGCTCTGGGAT;SOR=0.730;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=18;WE=183493999;WS=183493981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr3	183535763	rs897604	A	G	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=950;ReadPosRankSum=-1.117;SC=CACCCCTGCTACACCAGCTTC;SOR=0.616;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=105;TCF=74;TCR=31;TR=59;WE=183535771;WS=183535753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,63:0.55:114
chr3	183536063	rs894000	T	C	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.286;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=326;ReadPosRankSum=-0.634;SC=GCAAGGCAAGTGCACTCCCGT;SOR=2.652;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=22;WE=183536071;WS=183536053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr3	183543291	rs263006	G	A	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.80;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	183558402	rs3732581	C	G	3588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	183560195	rs13091	A	G	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	183560292	rs7652031	A	T	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	183562276	rs3811725	A	C	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=10;PP=322;SC=GAATGCTTTTAAAGTATCAGC;SOR=1.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=183562284;WS=183562266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	183604723	rs1829515	A	G	3166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=55;PP=1628;SC=TAGCGGTAGCATGTCAAGGAA;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=113;WE=183604731;WS=183604713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	183604801	rs4420923	G	T	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=32;PP=865;SC=CTCTTGTGGAGGGCCTGACAT;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=183604809;WS=183604791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	183643585	rs56348509	T	C	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=420;ReadPosRankSum=0.490;SC=TACTAAAATGTATTTCATTTA;SOR=0.430;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=29;WE=183643593;WS=183643575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr3	183663833	rs2292998	T	C	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=62;PP=1099;ReadPosRankSum=-2.305;SC=ACTGAGCACATGCAGCAGCTG;SOR=0.812;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=177;TCF=61;TCR=116;TR=93;WE=183663841;WS=183663823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,94:0.51:184
chr3	183669396	rs4148586	C	T	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=4.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.322;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=348;ReadPosRankSum=0.204;SC=GGCCCAGGGACGGCTCTGTTC;SOR=2.584;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=18;WE=183669404;WS=183669386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr3	183679532	rs6443924	A	G	2120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.898;NF=36;NR=58;PP=1369;ReadPosRankSum=0.897;SC=TCTACAGGAGACGAGTTAAGC;SOR=0.529;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=172;TCF=61;TCR=111;TR=94;WE=183679540;WS=183679522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,98:0.56:175
chr3	183685534	rs939336	A	G	3354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.394;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=71;PP=1942;ReadPosRankSum=-1.296;SC=CCACACTGCCACAGATTCCAA;SOR=0.669;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=309;TCF=168;TCR=141;TR=155;WE=183685542;WS=183685524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,170:0.51:334
chr3	183696402	rs1132776	A	G	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.31;ReadPosRankSum=2.355;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,104:0.57:181
chr3	183699516	rs7636910	T	C	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.995;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=10;PP=716;ReadPosRankSum=0.470;SC=TAAACTCACTTTGAACACTCT;SOR=1.094;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=43;WE=183699524;WS=183699506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,50:0.54:92
chr3	183699781	rs2872247	A	C	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=617;ReadPosRankSum=1.769;SC=AGGATGGGCCAAATGTTATGT;SOR=0.822;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=35;WE=183699789;WS=183699771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,40:0.48:83
chr3	183700211	rs2293001	C	T	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=309;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GGAGAAGCTGCCAGGATTCAG;SOR=0.982;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=20;WE=183700219;WS=183700201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr3	183706630	rs6443926	A	C	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.057;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=280;ReadPosRankSum=-1.525;SC=GTCTCCCCAGATGATCTAATC;SOR=1.782;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=18;WE=183706638;WS=183706620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr3	183749731	rs939334	T	C	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.12;ReadPosRankSum=0.826;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr3	183750907	.	A	AT	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=0.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr3	183754029	rs6792482	T	C	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.509;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=301;ReadPosRankSum=0.600;SC=AGAATATGATTATAGGTAGAA;SOR=1.230;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=16;WE=183754037;WS=183754019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr3	183754294	rs6443930	G	C	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=31;PP=908;ReadPosRankSum=-1.743;SC=ATGGACAGAGGTGAACGCTCT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=67;TCR=61;TR=65;WE=183754302;WS=183754284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,71:0.51:138
chr3	183755822	rs1000952	G	A	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=21;PP=910;ReadPosRankSum=-1.325;SC=GCCATCAGGCGCAGGTGCAGG;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=70;TCR=34;TR=65;WE=183755830;WS=183755812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,68:0.61:111
chr3	183756426	rs6799766	T	C	3293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=1.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQRankSum=-12.193;QD=8.90;ReadPosRankSum=-1.678;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,171:0.46:370
chr3	183756702	rs6789754	G	A	6170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=-3.372;QD=9.36;ReadPosRankSum=-1.184;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:351,308:0.47:659
chr3	183756742	rs55674402	C	T	7512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=812;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-3.172;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.496;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:424,385:0.48:809
chr3	183756780	rs6765152	A	C	6726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-3.092;QD=9.71;ReadPosRankSum=-1.451;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:357,336:0.48:693
chr3	183756808	rs6789882	G	A	5052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=3.393;NF=77;NR=105;PP=2233;ReadPosRankSum=0.353;SC=CTTTTTGCCAGAGAACTCCAG;SOR=0.762;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=448;TCF=198;TCR=250;TR=182;WE=183756816;WS=183756798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,252:0.47:537
chr3	183756836	rs11274156	A	AT,ATGTCAGTCCAAAT	5757.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.720;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.269;NF=5;NR=52;PP=2967;ReadPosRankSum=0.558;SC=TCAGGCTCTCAGTCAGCCTTG;SOR=1.147;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=191;TCF=20;TCR=171;TR=57;WE=183756845;WS=183756826;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.46:330
chr3	183756837	rs66883074	G	GTCAGTCCAAATT	5757.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=9.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.893;QD=17.55;ReadPosRankSum=0.523;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,151:0.46:328
chr3	183756897	rs55953689	A	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=31;PP=480;ReadPosRankSum=-0.756;SC=GTAGTTTCAGACCAGACCTGA;SOR=1.179;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=91;TCF=14;TCR=77;TR=33;WE=183756905;WS=183756887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,33:0.36:91
chr3	183774762	rs6766410	C	A	3997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=1.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.740;QD=9.50;ReadPosRankSum=-1.889;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,208:0.49:421
chr3	183774872	rs11432832	G	GA	2961.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.462;NF=3;NR=45;PP=1743;ReadPosRankSum=-0.834;SC=AAGATTCAGGGAAGACATTTG;SOR=0.576;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=6;TCR=95;TR=48;WE=183774880;WS=183774862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,113:0.59:192
chr3	183776469	rs7617316	C	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.227;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=206;ReadPosRankSum=-0.749;SC=AAAGAAGCTCCAGGCCGGGTG;SOR=1.038;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=21;WE=183776477;WS=183776459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr3	183777919	rs6807271	G	A	4409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.618;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.417;NF=112;NR=77;PP=2585;ReadPosRankSum=-1.029;SC=CCATGACTGAGCCTCTGTCCT;SOR=0.823;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=369;TCF=212;TCR=157;TR=189;WE=183777927;WS=183777909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,208:0.52:400
chr3	183778010	rs6807362	G	C	6446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.159;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=0.903;SC=GGGGGCTCAGGATGGACAAAG;SOR=1.102;Source=Platypus;TCF=303;TR=254;WE=183778018;WS=183778000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,273:0.53:514
chr3	183815439	rs6765267	A	G	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=317;ReadPosRankSum=0.131;SC=TCTCTCTAGTAGAACATCTAG;SOR=0.512;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=22;WE=183815447;WS=183815429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr3	183818416	rs7627615	G	A	3894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=1.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,187:0.58:320
chr3	183823576	rs4912524	T	C	3792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=93;NR=31;PP=2732;SC=GCAGGCCCAGTCTCTATGTCA;SOR=2.161;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=93;TCR=31;TR=124;WE=183823584;WS=183823566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	183824557	rs56109847	G	A	6140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=0.190;SC=CCCCTTTCCTGAGTACCAACT;SOR=0.636;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=672;TCF=298;TCR=374;TR=306;WE=183824565;WS=183824534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:371,316:0.46:687
chr3	183856549	rs6787322	A	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.806;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr3	183857809	.	CA	C	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.294;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr3	183861243	rs843358	A	G	3106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=72;PP=1827;ReadPosRankSum=1.620;SC=TGCCTATAACATAAGTCTAAA;SOR=0.812;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=405;TCF=224;TCR=181;TR=163;WE=183861251;WS=183861233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,174:0.40:430
chr3	183861750	rs843357	A	C	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=198;ReadPosRankSum=0.452;SC=ACAACTCCCAAGTCCCTCTGA;SOR=0.723;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=18;WE=183861758;WS=183861740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr3	183884895	rs1709638	C	T	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=52;PP=1188;ReadPosRankSum=-0.327;SC=TCCAGCAACCCCACACTGCAA;SOR=0.551;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=133;TCF=20;TCR=113;TR=62;WE=183884903;WS=183884885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,63:0.47:135
chr3	183896641	rs2231216	T	C	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.248;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=357;ReadPosRankSum=-1.225;SC=CTCTTTTCCCTCAGGAGGAAC;SOR=1.755;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=70;TCF=50;TCR=20;TR=24;WE=183896649;WS=183896631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,25:0.33:75
chr3	183900680	rs843366	G	C	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=28;PP=730;ReadPosRankSum=0.689;SC=GGGGCCTAGAGTCATGCCAGG;SOR=0.674;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=158;TCF=86;TCR=72;TR=63;WE=183900688;WS=183900670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,70:0.41:171
chr3	183900729	rs843365	T	C	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=1.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=-3.036;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,79:0.40:199
chr3	183900836	rs843364	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.217;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=263;ReadPosRankSum=3.423;SC=TACTATTTGTGATGAGGCAAA;SOR=0.404;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=26;WE=183900844;WS=183900826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr3	183903935	rs16833781	C	CG	873.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=11.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.034;SOR=3.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,38:0.40:96
chr3	183904049	rs11539876	A	G	6209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.15;ReadPosRankSum=0.643;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,288:0.56:511
chr3	183904232	rs1709624	T	A	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=42;PP=1700;SC=CTGTCTGGGGTCTGAAACTGC;SOR=1.195;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=68;WE=183904240;WS=183904222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	183905103	rs2942056	G	C	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=333;ReadPosRankSum=-2.052;SC=ATCTGTGTCTGTGCCTGGTTC;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=24;WE=183905111;WS=183905093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr3	183906515	rs843345	T	C	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=21;PP=1060;ReadPosRankSum=1.122;SC=AGACTGCCCCTGCTTAGGCCA;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=102;TCR=40;TR=75;WE=183906523;WS=183906505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,79:0.53:148
chr3	183907032	rs843344	G	C	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=31;PP=921;ReadPosRankSum=0.945;SC=GCCATGTATTGTTTTTCATAG;SOR=0.534;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=158;TCF=78;TCR=80;TR=65;WE=183907040;WS=183907022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,76:0.42:183
chr3	183975365	rs7633387	C	T	7037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=132;PP=2965;SC=GCAGGCTCGCCATGCCCATGT;SOR=0.860;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=123;TCR=132;TR=255;WE=183975373;WS=183975355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr3	183994536	rs843371	A	G	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=46;PP=1204;ReadPosRankSum=2.751;SC=AACAGACTCAAGGCTCAACTC;SOR=0.810;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=177;TCF=85;TCR=92;TR=85;WE=183994544;WS=183994526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,92:0.47:196
chr3	183995341	rs1001817	C	T	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=38;PP=830;ReadPosRankSum=-0.856;SC=AGGCAGTGTCCATGAATGAGG;SOR=0.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=12;TCR=59;TR=46;WE=183995349;WS=183995331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,48:0.62:78
chr3	183995854	rs2272471	G	A	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=35;PP=1244;ReadPosRankSum=-1.513;SC=CCACTGAGCCGGTTGAGGGCA;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=103;TCR=71;TR=87;WE=183995862;WS=183995844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,95:0.51:188
chr3	183996068	rs3752904	C	T	2739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.233;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=56;PP=1433;ReadPosRankSum=1.832;SC=ACATCAGTGCCGACTCTAAGA;SOR=0.557;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=96;TCR=104;TR=109;WE=183996076;WS=183996058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,131:0.56:235
chr3	183996213	rs843372	C	T	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.269;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=522;ReadPosRankSum=1.367;SC=CCCCTACCCCCGCTCGGGAAT;SOR=0.205;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=34;WE=183996221;WS=183996203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr3	183996484	rs140658066	CTTTCTTCT	C	1034.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.924;QD=21.56;ReadPosRankSum=1.292;SOR=1.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr3	183996511	rs1387976	C	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.23;ReadPosRankSum=0.719;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr3	184003194	rs1687230	C	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=226;ReadPosRankSum=0.352;SC=CTTGCATGTTCCTGGGGGCTG;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=14;WE=184003202;WS=184003184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr3	184010048	rs3914188	G	C	2805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.189;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=73;PP=1883;ReadPosRankSum=2.117;SC=GGGAGAAATGGCCAGCTGTCA;SOR=0.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TCF=94;TR=117;WE=184010056;WS=184010038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,127:0.50:252
chr3	184020100	rs71185698	C	CA	878.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=5;PP=690;SC=TAAGTGAATTCATGGGGAAAA;SOR=1.426;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=16;WE=184020108;WS=184020094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	184020905	rs2272473	A	G	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.71;ReadPosRankSum=1.696;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,73:0.49:150
chr3	184037533	rs13319149	A	G	8068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=153;NR=126;PP=2965;SC=CGTGGCCCCCACCCCAGTTTT;SOR=0.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=279;TCF=153;TCR=126;TR=279;WE=184037541;WS=184037523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr3	184039666	rs2178403	A	G	4751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.792;SC=GACAGCATCAATGGCGCCCCC;SOR=0.776;Source=Platypus;TCF=132;WE=184039679;WS=184039656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,208:0.60:346
chr3	184045799	rs939317	A	G	2997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.874;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=69;PP=1800;ReadPosRankSum=0.220;SC=GGGTATGACCAGCTTCTCTGG;SOR=0.451;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=206;TCF=89;TCR=117;TR=127;WE=184045807;WS=184045789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,140:0.63:222
chr3	184046355	rs1879244	C	T	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=-0.138;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,70:0.58:121
chr3	184056101	rs1881973	G	C	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.783;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,58:0.52:112
chr3	184064384	rs41266261	C	T	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=2.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.00;ReadPosRankSum=-1.592;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,80:0.56:142
chr3	184070675	rs3749223	A	G	2751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=45;PP=1779;SC=AGGAAGACACAGGGAGAGGTA;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=53;TCR=45;TR=98;WE=184070683;WS=184070665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	184071063	rs9820367	G	C	10205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=168;NR=186;PP=2965;SC=AGCCTCAGGGGTAGGGGGACC;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=357;TCF=169;TCR=188;TR=354;WE=184071071;WS=184071053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr3	184075047	rs2228291	A	G	3516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=76;PP=2346;ReadPosRankSum=0.537;SC=AGAGGGCTGTAATAGTCTCTA;SOR=0.711;SbPval=0.47;Source=Platypus;TCR=181;TR=168;WE=184075055;WS=184075037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,178:0.41:432
chr3	184090266	rs6141	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=129;ReadPosRankSum=-1.646;SC=GAGCTGTACACGAGACAATGC;SOR=1.005;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=12;WE=184090274;WS=184090256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr3	184091149	rs6142	G	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=491;ReadPosRankSum=-0.076;SC=GGTCTTCTAGGGGGACTGAGT;SOR=0.630;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=106;TCF=63;TCR=43;TR=41;WE=184091157;WS=184091139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,44:0.38:116
chr3	184091383	rs55827759	T	TGGAA	2386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=2.316;QD=18.94;ReadPosRankSum=1.241;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,62:0.49:126
chr3	184099050	rs34095724	C	T	3637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=84;PP=2297;ReadPosRankSum=1.605;SC=TACCAGGGGCCCTGGCAGGGT;SOR=0.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=403;TCF=202;TCR=201;TR=170;WE=184099058;WS=184099040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,183:0.43:430
chr3	184106025	.	GTCCA	G	81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=57.65;NF=2;NR=0;PP=81;QD=43.0;SC=CCATCCATCCGTCCATCCATC;SbPval=0.02;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=2;WE=184106036;WS=184106015;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,2:0.14:14
chr3	184106217	rs1881972	A	G	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.947;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.337;NF=20;NR=6;PP=274;ReadPosRankSum=0.646;SC=CCATCCATCCATCCGTCCCTT;SOR=0.197;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=26;WE=184106225;WS=184106207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr3	184144585	rs62287529	A	G	10517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=192;NR=164;PP=2965;SC=ACCTCTCAACACCTTCCTGTG;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=357;TCF=192;TCR=165;TR=356;WE=184144593;WS=184144575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr3	184293564	rs7640497	C	T	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.590;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=464;ReadPosRankSum=-0.060;SC=CTGCGGAGGTCTGGTGTCTGC;SOR=1.270;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=30;WE=184293572;WS=184293554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr3	184293610	rs9823034	T	C	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=23;PP=910;ReadPosRankSum=-0.040;SC=TCCTCTTCTCTCCCACAGCCT;SOR=0.691;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=147;TCF=98;TCR=49;TR=66;WE=184293618;WS=184293600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,71:0.44:163
chr3	184293769	rs7652597	T	C	5481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.432;SC=ACAGTGCCTGTACCAGTGAGT;SOR=0.627;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=488;TCF=241;TCR=247;TR=249;WE=184293777;WS=184293759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,267:0.51:523
chr3	184295008	rs7644069	C	A	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.181;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=48;PP=1307;ReadPosRankSum=-0.870;SC=GCCTGGGTCACTTTCTCCTGG;SOR=0.502;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=144;TCF=62;TCR=82;TR=87;WE=184295016;WS=184294998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,89:0.61:147
chr3	184295828	rs4072650	C	A	3276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=80;PP=1943;ReadPosRankSum=0.166;SC=CCATGGGCCGCCTCGAACTGC;SOR=0.766;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=303;TCF=138;TCR=165;TR=144;WE=184295836;WS=184295818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,160:0.48:336
chr3	184295921	rs4072651	C	T	2449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.14;ReadPosRankSum=0.325;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,64:0.50:128
chr3	184295921	.	CCA	TCG	1806	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=20;NR=33;PP=1806;QD=35.0842995257;SC=CCTCCTGGGGCCAGCCGTTGC;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=119;TCF=42;TCR=77;TR=53;WE=184295931;WS=184295911;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:66,53:0.45:119
chr3	184295923	rs4072652	A	G	2449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.92;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,63:0.51:123
chr3	184299068	rs9881589	G	A	7437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=704;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=178;PP=2962;ReadPosRankSum=1.078;SC=TGGACCGCACGGTCCCAGATT;SOR=0.666;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=656;TCF=286;TCR=370;TR=319;WE=184299076;WS=184299058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,354:0.50:702
chr3	184299167	rs1138510	T	C	4278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.737;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=86;PP=2794;ReadPosRankSum=-0.294;SC=GGTTTGCATCTTTTGACCTGG;SOR=0.460;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=336;TCF=158;TCR=178;TR=173;WE=184299183;WS=184299157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,192:0.52:372
chr3	184299414	rs2230596	C	T	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.783;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=49;PP=1010;ReadPosRankSum=0.475;SC=GGTCTGACACCGGCTCCCACG;SOR=0.564;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=184;TCF=74;TCR=110;TR=85;WE=184299422;WS=184299404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,96:0.48:198
chr3	184402122	rs9290796	G	A	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=4;PP=716;SC=ACCTGACTCTGGTGGCTCCTG;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=184402130;WS=184402112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	184428903	rs9872799	T	G	9693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=155;NR=178;PP=2965;SC=GAATTCATATTCTGGTGGATT;SOR=0.956;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=334;TCF=156;TCR=178;TR=333;WE=184428911;WS=184428893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr3	184429133	rs10656187	A	ATCC	10519.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.184;NF=26;NR=63;PP=2989;ReadPosRankSum=0.408;SC=CTCCTCCCAGATCCTCCTCCT;SOR=0.339;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=153;TCF=50;TCR=103;TR=89;WE=184429154;WS=184429123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,241:0.98:247
chr3	184429414	rs10937187	C	A	3280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=73;PP=1898;ReadPosRankSum=0.033;SC=CTTGCCAAGGCTTTGGCCGCC;SOR=0.766;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=251;TCF=117;TCR=134;TR=135;WE=184429422;WS=184429404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,150:0.55:272
chr3	184542693	rs71298576	A	AT	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=5.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.093;QD=5.59;ReadPosRankSum=1.401;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr3	184550501	rs9830734	A	G	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=2.059;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,42:0.52:81
chr3	184560969	rs16859344	T	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=1.442;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr3	184561140	rs11384502	G	GA	378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.567;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=138;ReadPosRankSum=1.050;SC=AATGCTTATTGAAAAAAACCC;SOR=0.174;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=7;WE=184561148;WS=184561130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr3	184567039	rs2305240	C	A	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=42;PP=991;ReadPosRankSum=-0.210;SC=GATGAATTTACAAAAACTTAC;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=38;TCR=71;TR=64;WE=184567047;WS=184567029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,66:0.58:113
chr3	184570482	.	T	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TGTATTACAATTACCTGGGAA;SOR=0.527;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=5;WE=184570490;WS=184570472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr3	184573555	rs6443999	C	T	2733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.941;NF=58;NR=60;PP=1633;ReadPosRankSum=0.262;SC=TACAAAATTACGTGAATCCCA;SOR=0.798;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=216;TCF=110;TCR=106;TR=118;WE=184573563;WS=184573545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,130:0.53:243
chr3	184577917	rs7340698	A	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=154;ReadPosRankSum=0.715;SC=TCTATGATATATTAAAGCTAC;SOR=0.591;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=11;WE=184577925;WS=184577907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr3	184580917	rs3733165	A	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=348;ReadPosRankSum=-0.739;SC=GTATTTTGTTATAGTTGTTTT;SOR=0.337;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=21;WE=184580925;WS=184580907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr3	184588420	rs2305239	A	C	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=400;ReadPosRankSum=0.737;SC=AATTCTAATTATGTATTATTT;SOR=0.768;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=59;TCF=51;TCR=8;TR=25;WE=184588428;WS=184588410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr3	184616504	rs9845800	C	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=217;ReadPosRankSum=0.901;SC=TTCTCCTATTCTCCATTTGCT;SOR=0.610;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=12;WE=184616512;WS=184616494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr3	184631103	rs9821657	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=5.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.393;SOR=0.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr3	184633247	rs4686879	A	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.969;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=1.037;SC=GAGAATTTCTAAATGTATTGG;SOR=0.885;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=21;WE=184633255;WS=184633237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr3	184642587	rs11391596	A	AT	805.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=11.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.228;SOR=2.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,56:0.66:85
chr3	184647413	rs4643688	T	C	3803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	184654166	rs6444004	A	G	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=38;PP=1175;SC=ATCTAGTGGAAAGACAATTAT;SOR=1.478;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=62;WE=184654174;WS=184654156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	184658058	rs142586532	T	TTATA,TTATATA	298.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=1,1;NR=6,6;PP=68,210;SC=TAGTCTTTCATTATATATATA;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7,7;WE=184658066;WS=184658048;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:8
chr3	184675095	rs3732934	C	T	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-4.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.520;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=447;ReadPosRankSum=0.433;SC=TTACTGGTAGCTTTTAATTAT;SOR=0.148;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=24;WE=184675103;WS=184675085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr3	184675147	rs3832240	CTTTTA	C	2577.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.14;MQRankSum=1.629;NF=24;NR=14;PP=1720;ReadPosRankSum=-0.351;SC=TTCTCTTTATCTTTTATGTTT;SOR=0.809;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=97;TCF=59;TCR=38;TR=38;WE=184675159;WS=184675137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,69:0.43:159
chr3	184675359	rs4501092	T	C	5160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.60;SOR=1.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr3	184682214	rs6799328	T	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=1.389;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr3	184684313	rs4470487	G	A	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=3;PP=342;SC=AAACAGAAGAGTTTACTTCTG;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=184684321;WS=184684303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	184689554	rs9831190	T	A	3620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=87;PP=2172;ReadPosRankSum=0.332;SC=GGAGAATGACTGTTTAGGTAT;SOR=0.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=362;TCF=178;TCR=184;TR=173;WE=184689562;WS=184689544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,187:0.47:397
chr3	184700356	rs4572747	A	C	4917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=107;NR=63;PP=2906;SC=CATTATAGGCACTTTGGTTTC;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=108;TCR=63;TR=170;WE=184700364;WS=184700346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr3	184700426	rs11555405	C	T	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.883;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=58;PP=1289;ReadPosRankSum=-1.619;SC=TCCTCATCTACACTCTGAAGG;SOR=0.885;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=215;TCF=109;TCR=106;TR=110;WE=184700434;WS=184700416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,121:0.51:235
chr3	184714014	rs9860814	C	T	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=6;PP=984;SC=TCAATTTTAGCTGTTGGTAGT;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=44;WE=184714022;WS=184714004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	184717703	rs2291737	T	C	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=27;PP=821;SC=CCAATGTCATTTGGGCCTGGT;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=184717711;WS=184717693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	184766148	rs3821748	A	G	1976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=35;PP=1058;ReadPosRankSum=0.367;SC=AGCTGGTAGCATGGATTGTTT;SOR=0.668;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=172;TCF=100;TCR=72;TR=87;WE=184766156;WS=184766138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,98:0.55:179
chr3	184766186	rs3821749	A	C	2374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=38;PP=1426;ReadPosRankSum=-0.002;SC=GCACCATGTTATGCTTCAGCA;SOR=0.748;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=204;TCF=116;TCR=88;TR=96;WE=184766194;WS=184766176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,108:0.50:215
chr3	184766203	rs77649285	A	G	2641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=45;PP=1599;ReadPosRankSum=-1.501;SC=AGCATCGTGTAGAGCAAGTTG;SOR=0.724;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=229;TCF=128;TCR=101;TR=109;WE=184766211;WS=184766193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,121:0.50:240
chr3	184766249	rs6779564	TC	CT	4580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.943;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.62;ReadPosRankSum=0.109;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,122:0.47:260
chr3	184766392	rs3821751	G	A	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.150;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;PP=807;ReadPosRankSum=-2.050;SC=CCTATTTATAGTTTACTGCTT;SOR=0.511;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=127;TCF=52;TCR=75;TR=68;WE=184766400;WS=184766382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,83:0.56:147
chr3	184769911	rs2271257	C	T	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=287;ReadPosRankSum=-0.911;SC=CCACCTCCCACGCTTCTGAGA;SOR=0.301;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=15;WE=184769919;WS=184769901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr3	184801494	rs9845482	G	A	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=11;PP=315;SC=ATTCAACATTGGTATAGTCAA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=184801502;WS=184801484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	184907503	.	CT	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.225;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr3	184935807	rs35531967	A	C	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=11;PP=1440;SC=CCCACCTCGGACTCCCAGAGT;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=55;TCR=11;TR=66;WE=184935815;WS=184935797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	184971549	.	TA	T	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-1.233;SOR=0.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr3	185046909	rs34308085	AT	A	1626.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=23;PP=1061;SC=CAGTAGTTTTATTTTTTTTTA;SOR=1.164;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=46;WE=185046918;WS=185046899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	185046975	rs9863304	T	C	4715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=25.91;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	185155430	rs113427759	C	CT	666.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.000;QD=14.18;ReadPosRankSum=-0.798;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,40:0.85:47
chr3	185212593	rs6798873	T	C	2584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=58;PP=1599;ReadPosRankSum=-0.925;SC=AGAAAGGGTCTCCAGGTGTTG;SOR=0.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=186;TCF=89;TCR=97;TR=110;WE=185212601;WS=185212583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,119:0.59:201
chr3	185226492	rs55854644	C	T	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=24;PP=950;ReadPosRankSum=-0.945;SC=CTTTTTCTGCCTTGCAGAAAG;SOR=0.637;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=117;TCF=75;TCR=42;TR=63;WE=185226500;WS=185226482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,69:0.54:127
chr3	185229464	rs61730237	T	C	2278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=54;PP=1403;ReadPosRankSum=0.286;SC=CTTGGTGATATTTCTGAAATG;SOR=0.638;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=179;TCF=80;TCR=99;TR=97;WE=185229472;WS=185229454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,107:0.53:203
chr3	185232169	rs1837882	G	A	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=600;ReadPosRankSum=-1.041;SC=GGGAAATAGCGCACTGCAAAC;SOR=0.576;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=48;WE=185232177;WS=185232159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,55:0.54:102
chr3	185300395	rs7651346	G	A	3764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=45;PP=2222;SC=CAAGCCAAGGGCAGAAATCTC;SOR=0.953;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=74;TCR=45;TR=119;WE=185300403;WS=185300385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	185304018	rs17523471	T	C	5522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=2.609;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.10;ReadPosRankSum=1.432;SOR=1.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,218:0.99:220
chr3	185307879	rs11924016	A	T	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	185308069	rs11916386	G	T	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	185318804	rs13100034	G	A	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=606;SC=TGAACTTAGGGGTGTGTTATA;SOR=2.833;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=31;WE=185318812;WS=185318794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	185330304	rs62877061	TTGA	T	2973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=21;PP=1835;SC=GAGGAATGTCTTGATGTTGTG;SOR=1.318;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=35;WE=185330314;WS=185330294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	185331165	rs6762208	C	A	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=23;PP=863;SC=GATACAGAGACGATGGTCGGA;SOR=0.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=185331173;WS=185331155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	185335156	rs34765114	T	A	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=9;PP=1377;SC=TATATTTTTCTCAAGAGTCAG;SOR=2.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=50;TCR=9;TR=59;WE=185335164;WS=185335146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	185339575	rs13076556	A	G	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=21;PP=1376;SC=CTCCTCTTACATTTAAGATGT;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=60;TCR=21;TR=81;WE=185339583;WS=185339565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	185339739	.	C	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=2.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.683;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,48:0.19:256
chr3	185341970	rs1823238	G	A	9731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=149;NR=193;PP=2965;SC=CTCCCTGCATGCTTTTAAAGT;SOR=1.086;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=343;TCF=149;TCR=194;TR=342;WE=185341978;WS=185341960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr3	185347363	rs34843707	C	CA	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=5.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.375;SOR=0.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr3	185347459	rs6774871	A	G	4832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=117;NR=67;PP=2965;SC=AAATGTCAACACTTAGAAAAA;SOR=1.191;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=185;TCF=118;TCR=67;TR=184;WE=185347467;WS=185347449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr3	185431172	rs55701287	C	T	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.355;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=17;PP=754;ReadPosRankSum=0.753;SC=AAACTTAAGGCATGGCACATT;SOR=0.497;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=119;TCF=85;TCR=34;TR=57;WE=185431180;WS=185431162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,66:0.51:130
chr3	185431197	rs80061571	C	T	2095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.33;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,103:0.56:185
chr3	185635685	rs16860328	A	G	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=713;ReadPosRankSum=1.975;SC=GAAATGAGATAGCAATCTTAA;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=129;TCF=56;TCR=73;TR=59;WE=185635693;WS=185635675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,68:0.48:143
chr3	185655454	rs1862904	A	G	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.993;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=699;ReadPosRankSum=-0.458;SC=CTATCCACAAAGGCTTTTTTT;SOR=0.223;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=72;TCF=61;TCR=11;TR=37;WE=185655462;WS=185655445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,40:0.53:76
chr3	185798025	rs77805826	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=1.050;SC=TTAAATCGCTCGTAGCCCCGA;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=185798033;WS=185798015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr3	185802071	rs373161638	TAA	T	262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.851;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr3	185879296	rs13073156	T	C	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=11;PP=695;SC=ACAGTCCCTGTGACTCTGAGA;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=185879304;WS=185879286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	185882643	rs4686741	C	G	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	185905876	rs13087397	G	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.662;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=287;ReadPosRankSum=0.315;SC=CAGCATATCCGCAGAGCATGG;SOR=2.368;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=15;WE=185905884;WS=185905866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr3	185928354	rs78501975	T	A	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=-1.075;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr3	185960192	rs6799929	A	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=59;ReadPosRankSum=1.348;SC=CCAAGTCCCCAGCGGCCCTGG;SOR=0.307;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=6;WE=185960200;WS=185960182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr3	185960414	rs12489063	G	A	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.060;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=31;PP=984;ReadPosRankSum=0.027;SC=AGTGCAGTGCGGAGGGAAGGG;SOR=0.651;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=163;TCF=90;TCR=73;TR=74;WE=185960422;WS=185960404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,88:0.45:197
chr3	185975470	.	C	CT	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=8.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=1.009;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr3	185975789	rs13315397	A	G	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.119;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=46;PP=967;ReadPosRankSum=2.500;SC=ACATTGATACATGTTGAGTCA;SOR=0.329;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=130;TCF=30;TCR=100;TR=64;WE=185975797;WS=185975779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,67:0.49:138
chr3	185983273	rs11354963	CT	C	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=5.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=-0.559;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr3	186006566	rs710443	T	C	10794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr3	186006618	rs1004588	G	C	3473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.718;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=71;PP=2134;ReadPosRankSum=0.419;SC=TTCCAGGGGGGTCGCAGCCAC;SOR=0.449;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=247;TCF=117;TCR=130;TR=146;WE=186006626;WS=186006608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,160:0.59:273
chr3	186015283	rs3819860	A	G	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=501;ReadPosRankSum=-0.460;SC=CTGAGGAAAAAAAAGAAGATT;SOR=0.585;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=39;WE=186015291;WS=186015273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,43:0.39:109
chr3	186015303	rs3819859	A	G	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=3;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=1057;ReadPosRankSum=1.062;SC=TTAAAGACCAACCCAGGCCCT;SOR=0.698;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=100;TCF=53;TCR=47;TR=37;WE=186015323;WS=186015293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,40:0.36:110
chr3	186015315	rs3819858	T	C	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.734;HP=1;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=1057;ReadPosRankSum=0.342;SC=CCAGGCCCTCTAGCTTCTTGG;SOR=0.478;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=37;WE=186015323;WS=186015293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,41:0.39:106
chr3	186015438	rs3819857	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.707;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=115;ReadPosRankSum=-0.115;SC=GCTGTGTCTCCCCCATTATAG;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=9;WE=186015446;WS=186015428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr3	186276201	.	A	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=123;ReadPosRankSum=-1.174;SC=AGATATAAGGAGTACCTTATT;SOR=0.577;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=14;WE=186276209;WS=186276191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr3	186276393	rs9854418	C	T	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.969;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=235;ReadPosRankSum=0.285;SC=GATGAATAGACGTTTTAAAAC;SOR=0.906;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=24;WE=186276401;WS=186276383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr3	186287777	rs2889755	T	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.669;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr3	186288565	rs3806714	A	G	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=4;PP=692;ReadPosRankSum=-0.012;SC=CTGCGGACCAAGGAGACCCCC;SOR=0.300;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=34;WE=186288573;WS=186288555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr3	186293820	rs2280390	T	G	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=706;ReadPosRankSum=1.132;SC=CAGAAACTTTTGATGAACAGT;SOR=0.891;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=113;TCF=41;TCR=72;TR=51;WE=186293828;WS=186293810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,55:0.44:126
chr3	186295417	rs11386781	A	AT	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.143;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr3	186302391	.	A	AGTGTGTGTGTGT,ATTGTGTGTGTGTGT	330	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=64.82;NF=2,4;NR=29,29;PP=330,313;QD=10.8387096774;SC=ATGGCATATTAGTGTGTGTGT;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=31,33;WE=186302399;WS=186302381;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.69:45
chr3	186330745	rs112673334	G	GT	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=2.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.198;QD=0.38;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,47:0.16:290
chr3	186338425	rs1071592	A	C	5006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=0.031;SC=CAGTCCCCACACCCGTGGTGG;SOR=0.607;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=419;TCF=250;TCR=169;TR=222;WE=186338433;WS=186338415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,234:0.54:434
chr3	186358768	rs66965282	A	G	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=578;ReadPosRankSum=1.017;SC=TGGTCTTTCTAGGTTTCTACT;SOR=0.612;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=61;TCR=21;TR=36;WE=186358776;WS=186358758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr3	186360409	rs3733159	T	G	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=285;ReadPosRankSum=0.194;SC=CTTAACCAGGTCTTTGCCAAG;SOR=0.843;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=21;WE=186360417;WS=186360399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr3	186370333	rs1131364	G	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=-1.327;SC=AGAAGCTGGTGGTCCTGCCTT;SOR=0.667;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=19;WE=186370341;WS=186370323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,24:0.34:70
chr3	186383709	rs78954048	A	G	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=501;ReadPosRankSum=0.080;SC=GAACACCCTCAGTTACACAAC;SOR=0.494;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=37;WE=186383717;WS=186383699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr3	186386664	rs5855108	T	TA	659.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=1;PP=606;SC=CTTTAATACATAAAAAAAAAC;SOR=4.615;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=26;WE=186386672;WS=186386654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	186388028	rs2555515	T	C	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=66;ReadPosRankSum=1.282;SC=CTGGTACTGGTACACCTTCTT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=186388036;WS=186388018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr3	186390627	rs9898	C	T	2452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=58;PP=1463;ReadPosRankSum=-2.122;SC=GCGGAACTGCCCCAGACACCA;SOR=0.684;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=312;TCF=158;TCR=154;TR=117;WE=186390635;WS=186390617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,130:0.37:347
chr3	186393085	.	T	TGA,TGAGAGAGA	382.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.80;MQRankSum=0.235;QD=34.79;ReadPosRankSum=1.743;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,5,5:0.45,0.45:11
chr3	186393087	rs199815402	T	A	433.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.150;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;MQRankSum=0.494;QD=33.37;ReadPosRankSum=1.740;SOR=1.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr3	186393089	rs200614979	T	A	434.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=4.150;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.87;MQRankSum=0.494;QD=33.44;ReadPosRankSum=1.740;SOR=1.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr3	186393091	rs201939393	T	A	434.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=4.150;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.91;MQRankSum=0.494;QD=33.44;ReadPosRankSum=1.740;SOR=1.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr3	186393093	rs34359202	T	A	435.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=4.150;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.91;MQRankSum=0.494;QD=33.52;ReadPosRankSum=1.478;SOR=1.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr3	186393095	rs2378122	T	A	435.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=4.150;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.93;MQRankSum=0.494;QD=33.52;ReadPosRankSum=0.536;SOR=1.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr3	186393097	rs7428891	T	A	678.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.96;QD=39.93;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	186395113	rs2228243	A	G	21245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=809;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=434;NR=338;PP=2965;SC=GCCCAAAGACATTCTCATAAT;SOR=0.966;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=774;TCF=434;TCR=340;TR=772;WE=186395121;WS=186395103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,808:1.00:808
chr3	186395180	rs7629680	T	C	32441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.02;ReadPosRankSum=0.414;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1245:1.00:1247
chr3	186395572	rs1042464	A	T	11484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=239;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.616;SC=AAGCCAGACAATCAGCCCTTT;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=419;TCF=180;TCR=239;TR=418;WE=186395580;WS=186395562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,436:1.00:437
chr3	186435370	rs1050274	G	A	3110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.403;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=69;PP=1816;ReadPosRankSum=-2.552;SC=GCTCCAGGCTGCTACTAAGTT;SOR=0.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=152;TCR=133;TR=145;WE=186435378;WS=186435360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,158:0.49:321
chr3	186438037	rs2304452	T	C	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.693;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=41;PP=1040;ReadPosRankSum=0.807;SC=GGCCTTCTGTTTTCTCCGTTG;SOR=1.106;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=120;TCF=38;TCR=82;TR=56;WE=186438045;WS=186438027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,53:0.44:120
chr3	186440243	rs1469859	G	A	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=2.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.755;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,93:0.41:229
chr3	186442833	rs1656921	G	C	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=241;ReadPosRankSum=0.696;SC=TGCGAATGCTGATTGCGATCA;SOR=0.458;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=18;WE=186442841;WS=186442823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr3	186443018	rs1656922	T	C	2212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=1.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.447;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,120:0.44:271
chr3	186445052	rs2304456	T	G	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.557;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.034;NF=53;NR=30;PP=1290;ReadPosRankSum=0.730;SC=ACTTTCGAATTACCTACTCAA;SOR=1.197;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=172;TCF=100;TCR=72;TR=83;WE=186445060;WS=186445042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,88:0.49:180
chr3	186445186	rs3841557	G	GA	2565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.947;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.987;NF=6;NR=35;PP=1673;ReadPosRankSum=-0.225;SC=TTTACATTTTGTGGTAACTAT;SOR=1.053;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=85;TCF=13;TCR=72;TR=41;WE=186445194;WS=186445176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,75:0.51:146
chr3	186445237	rs5030025	A	C	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=649;ReadPosRankSum=-0.837;SC=TTTAGATGACATTCAGCAATT;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=18;TCR=55;TR=37;WE=186445245;WS=186445227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,39:0.51:76
chr3	186449582	rs1648698	G	C	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=461;ReadPosRankSum=-0.666;SC=GTACCCCTTCGCTGCCCAGTT;SOR=1.105;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=26;WE=186449590;WS=186449572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr3	186459927	rs710446	T	C	4764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=0.123;SC=CCAGCTCCCATACAGAGTGAT;SOR=0.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=474;TCF=264;TCR=210;TR=214;WE=186459935;WS=186459917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,227:0.45:506
chr3	186501502	rs266720	C	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.257;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=382;ReadPosRankSum=0.288;SC=GTGGATGGCACGGAGGCAAAA;SOR=1.267;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=32;WE=186501510;WS=186501492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,39:0.35:110
chr3	186504148	rs266718	T	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=311;SC=ATGTGTTTTGTTGTCGTTCCC;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=186504156;WS=186504138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	186504684	rs372868802	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=248;ReadPosRankSum=0.171;SC=TAATTTCTACGTTTTGAGACT;SOR=0.833;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=21;WE=186504692;WS=186504674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr3	186508247	rs2234751	T	TA	1562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.014;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=31;PP=1261;ReadPosRankSum=-0.992;SC=AGACTAGACATACACTCTGCC;SOR=0.449;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=74;TCF=1;TCR=73;TR=32;WE=186508255;WS=186508237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,51:0.53:96
chr3	186509517	rs187868	G	A	5450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.572;SC=CTCTTACCCCGGCAATGTCTG;SOR=0.591;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=513;TCF=251;TCR=262;TR=242;WE=186509525;WS=186509507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,265:0.48:552
chr3	186519136	rs1648703	A	C	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.22;ReadPosRankSum=-1.112;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr3	186519141	rs1656941	A	C	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.12;ReadPosRankSum=-1.840;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr3	186522293	rs113205972	TA	T	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=5.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.469;SOR=0.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chr3	186522633	rs710450	A	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.124;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=245;ReadPosRankSum=1.117;SC=CCCGAAAATAAACTTAGCCTT;SOR=1.371;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=13;WE=186522641;WS=186522623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr3	186571123	rs1501299	G	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.245;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr3	186791795	rs9821439	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.704;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=138;ReadPosRankSum=0.952;SC=TGGAAGAGAAACCTGTAGTCT;SOR=2.428;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=8;WE=186791803;WS=186791785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr3	186791817	rs2268526	A	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.622;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=102;ReadPosRankSum=0.280;SC=CTGCAAGAAAAGGGCTGTGCC;SOR=1.251;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=12;WE=186791825;WS=186791807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr3	186793242	rs2239612	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=-1.399;SC=AAACTCCAGAGGGAAAGCTCT;SOR=0.536;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=8;WE=186793250;WS=186793241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr3	186917751	rs6764714	C	G	10663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=211;NR=168;PP=2965;SC=GTCGCAGGACCAGACGGGCTC;SOR=0.813;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=379;TCF=211;TCR=168;TR=379;WE=186917759;WS=186917741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr3	186938956	rs3733001	C	T	3074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.11;ReadPosRankSum=1.876;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,155:0.51:304
chr3	186947410	rs850318	C	T	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=5;PP=441;SC=TCCAGTCTAGCCGAGAACTCT;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=186947418;WS=186947400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	186954285	rs710452	A	G	18837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=728;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=329;NR=343;PP=2965;SC=GGAAGAGGCCAGGCTCAGCAT;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=672;TCF=329;TCR=343;TR=672;WE=186954293;WS=186954275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,724:1.00:724
chr3	186954324	rs3774268	G	A	5864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=0.599;SC=TCTTGACCAGGCTTGGCAGGG;SOR=0.602;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=576;TCF=266;TCR=310;TR=281;WE=186954332;WS=186954314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,295:0.48:615
chr3	186961478	rs710460	A	G	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=23;PP=602;SC=TGATGGATCTATCTCATGCAG;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=186961486;WS=186961468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	186965268	rs3774275	A	G	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.896;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=177;ReadPosRankSum=-0.142;SC=CAAGCAAAGCAGAAACAGTTT;SOR=1.289;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=14;WE=186965276;WS=186965258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr3	186969371	rs3214401	C	CG	664.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.093;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=557;ReadPosRankSum=1.823;SC=GGGCAGGTTTCGAGAGTTTCT;SOR=0.269;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=14;WE=186969379;WS=186969361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr3	186969634	rs698092	A	G	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=14;PP=438;SC=ATGAAGGTGAATAAAACATGG;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=25;WE=186969642;WS=186969624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	187003495	rs698105	A	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.15;ReadPosRankSum=-1.137;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr3	187009351	rs16861895	C	G	6884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FS=1.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.81;ReadPosRankSum=0.702;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,318:0.55:583
chr3	187009372	rs16861896	G	A	7183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=1.013;SC=ATTTGACACTGGTCCCCAAAA;SOR=0.733;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=580;TCF=290;TCR=290;TR=315;WE=187009380;WS=187009362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,343:0.55:625
chr3	187009412	rs72549254	G	A	7896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.26;ReadPosRankSum=-0.113;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,373:0.58:644
chr3	187086081	rs5855133	TCAGA	T	1673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=6;PP=1226;SC=TTCTGTGTACTCAGACAGTCT;SOR=2.554;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=23;WE=187086092;WS=187086071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	187088812	rs3821812	C	T	1895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=38;PP=1126;ReadPosRankSum=1.100;SC=GGAAATGGCACGAGGAAGTCT;SOR=0.528;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=179;TCF=103;TCR=76;TR=85;WE=187088820;WS=187088802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,93:0.47:198
chr3	187088903	rs1533595	C	A	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=32;PP=925;ReadPosRankSum=1.188;SC=CTTTGGGCATCTGTGGACAGG;SOR=0.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=116;TCR=80;TR=78;WE=187088911;WS=187088893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,82:0.38:213
chr3	187088926	rs1533594	G	A	6377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=126;NR=93;PP=2965;SC=TTAAAAAGCTGCATGACAAAG;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=220;TCF=126;TCR=94;TR=219;WE=187088934;WS=187088916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr3	187089031	rs1003995	C	A	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=41;PP=1067;ReadPosRankSum=0.312;SC=AACCAGTCAGCTGAGGCAAAA;SOR=0.724;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=178;TCF=87;TCR=91;TR=76;WE=187089039;WS=187089021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,78:0.40:194
chr3	187416253	rs1523468	C	T	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=13;PP=1184;SC=ACTCTCAAGCCCATGTGCCCT;SOR=1.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=52;WE=187416261;WS=187416243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	187416634	rs1973791	C	A	3908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.635;NF=65;NR=65;PP=2632;ReadPosRankSum=0.896;SC=TGTTCTCCTCCAGCATGCTGG;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=66;TCR=66;TR=130;WE=187416642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,142:0.99:144
chr3	187416719	rs11707167	T	C	6043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=117;NR=102;PP=2965;SC=GCCCGCCCGCTGGGCGCGGTC;SOR=0.764;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=219;TCF=117;TCR=102;TR=219;WE=187416727;WS=187416709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr3	187419661	rs113681515	G	GCCTGCC	4232.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=14;PP=2906;SC=ACCAGAATAAGCCCGCGACTG;SOR=2.833;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=56;WE=187419669;WS=187419651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	187420445	rs4389470	C	T	3045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=65;PP=1894;SC=TAGCACAAACCGCTTGACCTG;SOR=1.588;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=36;TCR=65;TR=101;WE=187420453;WS=187420435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	187440506	rs1005099	C	A	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.459;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=978;ReadPosRankSum=1.536;SC=TCTTGCCTCTCCAAGGCCAGG;SOR=1.284;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=56;WE=187440514;WS=187440496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr3	187440572	rs3774310	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=187;ReadPosRankSum=-1.060;SC=CGTTGTGCAAATGTCCGTTCC;SOR=0.317;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=11;WE=187440580;WS=187440562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr3	187447032	rs1056932	G	A	7577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=144;NR=120;PP=2965;SC=TGGCATTCTGGTTGAGGCTGT;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=265;TCF=144;TCR=121;TR=264;WE=187447040;WS=187447022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr3	187447926	rs1491997	C	T	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=31;PP=898;SC=ACATAGGTGACGTGGCTCTGG;SOR=1.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=187447934;WS=187447916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	187451609	rs1880101	A	G	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	187451701	rs1880100	T	C	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.53;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	187451709	rs1880099	C	T	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.34;SOR=2.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	187896912	rs13096262	G	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.42;ReadPosRankSum=1.346;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr3	187897059	rs13096615	G	A	4516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=91;PP=2742;ReadPosRankSum=-0.553;SC=CCCTGTCTTCGCAGCGGAGCT;SOR=0.608;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=398;TCF=228;TCR=170;TR=206;WE=187897067;WS=187897049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,214:0.51:416
chr3	187897424	rs4577458	A	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=3.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr3	188202550	rs2067078	A	T	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=51;PP=1357;SC=TCATGTTTATAAGCCATCCTA;SOR=2.391;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=68;WE=188202558;WS=188202540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	188202582	rs1559814	G	T	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=34;PP=962;SC=AATTTCATGAGTGTTTCTGTG;SOR=4.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=188202590;WS=188202572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	188242669	rs200398269	TTCCTTCCTTCCGTCCG	T	3079.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.262;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;MQRankSum=-0.231;QD=37.56;ReadPosRankSum=1.013;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,79:0.96:82
chr3	188242701	rs138209867	T	G	3162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.337;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;MQRankSum=-0.086;QD=45.84;ReadPosRankSum=0.805;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr3	188242705	rs144299808	T	G	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.490;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.59;MQRankSum=-0.189;QD=43.13;ReadPosRankSum=0.881;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr3	188326926	rs148971918	C	CT	1481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=3.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=-1.639;SOR=1.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,87:0.54:161
chr3	188426021	rs189024620	G	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=166;ReadPosRankSum=-0.669;SC=GGTCTAGGTGGCAATTAAAGG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=9;WE=188426029;WS=188426011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr3	188426084	rs149905073	G	A	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.855;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=603;ReadPosRankSum=2.408;SC=TGGGGCCTTCGTCAGTTGCCC;SOR=0.445;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=82;TCF=59;TCR=23;TR=43;WE=188426092;WS=188426074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,45:0.50:90
chr3	188464174	rs187452857	T	C	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=406;ReadPosRankSum=0.387;SC=AGGAACAATCTACAGGTTAAT;SOR=0.843;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=23;WE=188464182;WS=188464164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr3	188478223	.	TGC	T	71	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=4;PP=71;QD=14.8;SC=TGTGTGTGTGTGCGTGCGCGC;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=5;WE=188478232;WS=188478213;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr3	188590358	rs4687001	C	T	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.293;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=25;PP=981;ReadPosRankSum=0.433;SC=GTTTCCACCTCTTCCTTTTAC;SOR=0.928;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=181;TCF=112;TCR=69;TR=75;WE=188590366;WS=188590347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,83:0.42:197
chr3	188590446	rs1136644	A	G	2748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.055;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,143:0.46:312
chr3	188933213	rs3821734	C	T	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=367;ReadPosRankSum=-0.957;SC=GGAAATACAGCGTTTTCCTTG;SOR=0.798;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=32;WE=188933221;WS=188933203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,39:0.50:78
chr3	188937307	rs5855244	G	GAA	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.692;QD=6.06;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr3	189028117	rs11425320	A	AT	748.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=11.18;ReadPosRankSum=-1.594;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,50:0.75:67
chr3	189028413	rs202013476	CAAAATAAAAT	C	280.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.11;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	189033292	rs6773831	C	G	10496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.05;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr3	189033298	rs9827737	C	T	10602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr3	189349247	rs28673064	A	T	5275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=121;NR=67;PP=2965;SC=ACACAGGTATATGTGTATATT;SOR=1.420;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=121;TCR=68;TR=188;WE=189349255;WS=189349237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr3	189349501	rs13064999	G	A	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.099;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=56;PP=1365;ReadPosRankSum=-2.396;SC=GACTTTCTGTGGACTTAAAGT;SOR=1.095;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=114;TCF=17;TCR=97;TR=65;WE=189349509;WS=189349491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,67:0.55:122
chr3	189507518	rs34201045	C	CAGAG	1218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.85;ReadPosRankSum=-1.840;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,31:0.35:88
chr3	189547652	rs1515491	A	G	138.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=108;SC=CCAGACCAATATAACCTTAAT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=189547660;WS=189547642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	189547697	rs73199745	A	G	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=386;SC=TTTCTGCAGTAAATTTGTATT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=189547705;WS=189547687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	189586630	rs16864880	C	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.23;ReadPosRankSum=-0.737;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr3	189587091	rs6789961	A	G	4362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.636;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=77;PP=2720;ReadPosRankSum=0.019;SC=CCAGGATGAAACTTGCATTTT;SOR=0.990;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=361;TCF=201;TCR=160;TR=189;WE=189587099;WS=189587081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,204:0.54:381
chr3	189587274	rs6790167	A	G	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=651;ReadPosRankSum=-1.600;SC=TCATCATCTCATTATCTGTGA;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=19;TCR=64;TR=42;WE=189587282;WS=189587264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,44:0.51:87
chr3	189590824	rs9840359	G	C	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=454;ReadPosRankSum=0.858;SC=GCATGAGTGAGGGTGACTTTA;SOR=0.588;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=44;WE=189590832;WS=189590814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,51:0.54:94
chr3	189604149	rs1554131	T	G	8808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=187;NR=129;PP=2965;SC=TCAGTGTCCCTTGCTCACCAT;SOR=1.045;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=316;TCF=187;TCR=129;TR=316;WE=189604168;WS=189604139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr3	189604160	rs1345186	T	C	9928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr3	189607065	.	A	G	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.610;ClippingRankSum=0.000;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=32;PP=1397;ReadPosRankSum=0.501;SC=GACAAGATGGACCACTGGGAT;SOR=0.647;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=206;TCF=136;TCR=70;TR=90;WE=189607073;WS=189607055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,99:0.42:233
chr3	189607319	rs35558939	G	A	4167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=121;PP=2858;ReadPosRankSum=-2.250;SC=TAAGCATCCCGGGATGGTGGA;SOR=0.747;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=360;TCF=139;TCR=221;TR=191;WE=189607327;WS=189607309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,200:0.53:375
chr3	189612336	rs34057105	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=-0.025;SC=AACTGCCAGCCCCCTAAAAGC;SOR=0.655;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=7;WE=189612344;WS=189612326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr3	189625218	rs1515488	G	A	6889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=118;NR=109;PP=2965;SC=CTTCCTGTGAGCATGGTTTAG;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=118;TCR=110;TR=227;WE=189625226;WS=189625208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr3	189688569	rs3732920	C	A	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=8;PP=372;SC=TGAGCTAAAACATACTAAATA;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=189688577;WS=189688559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	189689904	rs710543	A	G	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=23;PP=691;SC=GCAAATGGGCAGAGGCAGACA;SOR=1.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=189689912;WS=189689894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	189690800	.	C	T	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=-2.138;QD=11.52;ReadPosRankSum=-1.775;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,64:0.53:121
chr3	189690816	rs71674435	G	GA	498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=2.381;QD=6.31;ReadPosRankSum=2.101;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chr3	189690861	rs710545	T	A	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=30;PP=815;SC=TCATTGGAGGTCGTAAGAAAA;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=189690869;WS=189690851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr3	189692565	rs1985690	G	A	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.435;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=42;PP=1024;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TGCAATTCGAGTGAGTCCATT;SOR=0.478;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=119;TCF=39;TCR=80;TR=65;WE=189692573;WS=189692555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,70:0.53:132
chr3	189702200	rs710558	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=242;ReadPosRankSum=-1.835;SC=GACCTGGATGTAGAGCTCCTA;SOR=1.113;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=15;WE=189702208;WS=189702190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr3	189702395	rs11311050	TA	T	669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.293;NF=5;NR=19;PP=265;ReadPosRankSum=0.298;SC=TTGAATCGAGTAAAAAAAAAA;SOR=0.625;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=24;WE=189702403;WS=189702385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,46:0.55:83
chr3	189705542	rs3114672	A	G	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=574;ReadPosRankSum=-0.700;SC=CGTGTCTACAAAGGTCAGCAT;SOR=0.452;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=84;TCF=20;TCR=64;TR=37;WE=189705550;WS=189705532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,40:0.44:90
chr3	189712089	rs1719599	GG	AA	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=2124;ReadPosRankSum=0.935;SC=TGAAACAGACGGGAAAAAACA;SOR=0.696;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=98;TCF=38;TCR=60;TR=41;WE=189712102;WS=189712079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,46:0.45:102
chr3	189712094	rs139834656	A	AAAAC	872.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=8.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.58;ReadPosRankSum=0.643;SOR=1.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr3	189713205	rs9821880	T	C	2046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=3.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=1.787;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,101:0.49:208
chr3	189713345	rs10645374	G	GT	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=-1.028;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr3	189837993	rs710596	G	A	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=727;ReadPosRankSum=-0.490;SC=TCAAGAGAGCGTGTGAGAGCC;SOR=0.660;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=40;WE=189838001;WS=189837983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr3	189838018	rs35346557	G	T	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.899;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.62;ReadPosRankSum=0.945;SOR=0.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,56:0.97:58
chr3	190025964	rs3172404	C	T	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=4;PP=423;SC=TACCATACTTCAGATTACAAT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=20;WE=190025972;WS=190025954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	190026383	rs12629166	C	T	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=13;PP=322;SC=TCTGAACATACACGCCAAAGA;SOR=3.912;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=14;WE=190026391;WS=190026373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	190030680	rs9869263	A	G	5702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=121;NR=77;PP=2965;SC=GAAATATCGCACCCCCAATGA;SOR=0.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=121;TCR=77;TR=198;WE=190030688;WS=190030670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr3	190157898	rs6767754	G	A	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=15;PP=995;SC=ACTCTCCTCAGTGCAGGCCTT;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=51;WE=190157906;WS=190157888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	190282186	rs6764286	C	T	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.443;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=65;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.173;SC=GCAAGTCATGCGTAGGGTAAT;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=251;TCF=110;TCR=141;TR=115;WE=190282205;WS=190282176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,130:0.47:279
chr3	190282197	rs6764468	G	A	2907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=0.244;SC=GTAGGGTAATGAGTCCACTCT;SOR=0.684;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=97;TCR=133;TR=123;WE=190282205;WS=190282176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,137:0.53:257
chr3	190333162	rs35429399	TG	T	4891.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=55;PP=2974;SC=GTCCTTTTGTTGTTGCTTTTG;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=15;TCR=55;TR=70;WE=190333170;WS=190333152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr3	190338039	rs11368884	C	CT	414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.203;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr3	190341241	rs4687160	C	A	5091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=98;PP=2965;SC=CACTTAGATTCTCTTAATTAC;SOR=0.984;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=85;TCR=98;TR=183;WE=190341249;WS=190341231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr3	190341292	rs4687161	C	T	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=51;PP=1484;SC=AGAAAATAGACGACTGTTGTA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=73;WE=190341300;WS=190341282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	190345098	rs34908328	GT	G	1792.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.87;ReadPosRankSum=-0.742;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,90:0.95:95
chr3	190347391	rs7611887	C	T	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=47;PP=1451;SC=GCACCTAGCCCGACGGCATCT;SOR=1.379;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=74;WE=190347399;WS=190347381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	190578566	rs13075089	A	G	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.11;ReadPosRankSum=-1.109;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,66:0.49:135
chr3	190580150	rs10630111	A	AG	432.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.52;ReadPosRankSum=-1.485;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr3	190580151	.	A	C	33	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=27;MQ=58.83;NF=6;NR=0;PP=33;QD=11.2952020912;SC=TAATAACAGAAAGAGAGAGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=6;WE=190580159;WS=190580147;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr3	190580151	.	A	AGAC	432.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.52;ReadPosRankSum=-0.705;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr3	190580209	rs145134107	A	AAG	661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.177;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
chr3	190594309	rs9880320	G	A	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.38;QD=25.64;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	190594334	rs9842242	A	G	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=49;PP=1806;SC=CAGCCTGGAAACCGCCATCCT;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=50;TCR=49;TR=98;WE=190594342;WS=190594324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	190594452	rs9842514	A	C	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.78;QD=27.13;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	190936482	rs9290979	A	C	2573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.55;ReadPosRankSum=-0.841;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,119:0.58:205
chr3	190967779	rs2034771	A	G	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=407;ReadPosRankSum=0.728;SC=AATAATGATCAATAACTTGCC;SOR=0.995;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=59;TCR=23;TR=36;WE=190967787;WS=190967769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,39:0.43:90
chr3	190980797	rs7644510	A	G	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=21;PP=561;SC=ATCACATTACAGCATTGTTAC;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=190980805;WS=190980787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	190986110	rs10804933	C	T	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=5;PP=208;SC=TTTTATTCCACAGCAATAGTT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=190986118;WS=190986100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	190986388	rs6794154	C	T	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=5;PP=128;SC=TTAAGTTAATCACAATTAAAT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=190986396;WS=190986378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	190991384	rs9857697	G	A	6754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=117;NR=113;PP=2965;SC=GTGCTGTGCTGCAAGCATTGG;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=230;TCF=117;TCR=113;TR=230;WE=190991392;WS=190991374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr3	190991439	rs9877400	T	C	4249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=83;PP=2660;SC=AGATTTAGATTACAACTGTTA;SOR=1.150;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=60;TCR=83;TR=142;WE=190991447;WS=190991429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr3	191074873	rs188384	C	G	2696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=4.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=-0.078;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,129:0.54:240
chr3	191087551	rs697905	G	A	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=581;ReadPosRankSum=1.557;SC=CTGTTAAGCAGTCATCTGGCA;SOR=0.872;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=38;WE=191087559;WS=191087541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,41:0.45:91
chr3	191093434	rs293806	A	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=-3.014;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr3	191093468	rs79835547	TTC	T	405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.467;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=259;ReadPosRankSum=0.999;SC=CAACCTTTCTTTCTCTCTAGT;SOR=1.659;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=7;WE=191093477;WS=191093458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr3	191097908	rs293812	C	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.582;NF=14;NR=5;PP=248;ReadPosRankSum=-1.477;SC=AAAACATCCTCGGTTGTTTTA;SOR=0.627;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=19;WE=191097916;WS=191097898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr3	191097966	rs293813	T	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-0.727;QD=5.91;ReadPosRankSum=-1.798;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,30:0.36:83
chr3	191098121	rs293814	C	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=288;ReadPosRankSum=0.628;SC=TTTTGTGAATCTAGTCCATCT;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=23;WE=191098129;WS=191098111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr3	191098731	rs211043	G	A	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.403;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=577;ReadPosRankSum=0.968;SC=GGTAGAGTGTGTTTTGTTTGT;SOR=0.877;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=120;TCF=56;TCR=64;TR=49;WE=191098739;WS=191098721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,54:0.40:136
chr3	191100448	rs383529	G	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=170;ReadPosRankSum=2.280;SC=ATAAACATACGTTAAACTTAA;SOR=0.223;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=12;WE=191100456;WS=191100438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr3	191100561	rs364519	C	A	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=21;PP=773;ReadPosRankSum=1.027;SC=CAGCAAATTCCAAGTCAAAAG;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=90;TCR=51;TR=57;WE=191100569;WS=191100551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,72:0.44:164
chr3	191107192	rs436393	A	G	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=27;PP=1197;ReadPosRankSum=-0.870;SC=TTCATTTCACAAGAAAATGTT;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=147;TCF=102;TCR=45;TR=87;WE=191107200;WS=191107182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,88:0.59:148
chr3	191179193	rs293833	A	G	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.295;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,105:0.43:243
chr3	191179303	rs176823	C	T	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=402;ReadPosRankSum=0.301;SC=CTTGGTTCTGCCTCCATTTTA;SOR=0.569;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=91;TCF=32;TCR=59;TR=32;WE=191179311;WS=191179293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,44:0.41:108
chr3	191888452	rs34265167	GA	G	1225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=6.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.883;QD=7.43;ReadPosRankSum=-1.485;SOR=1.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,96:0.58:165
chr3	192125768	rs2249551	A	G	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=812;ReadPosRankSum=-0.439;SC=GGAGGGAGAAAGAGGGCGTCC;SOR=0.499;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=132;TCF=82;TCR=50;TR=62;WE=192125776;WS=192125758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,66:0.47:141
chr3	192635348	rs9819230	C	G	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=5;PP=450;SC=CGAGAAGCGGCAATGGGTTTT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=192635356;WS=192635338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	192973318	.	AGTCTTTAATATAGAATGCAGTCTCAATAAATTCTGTATCATTCTGCTTTTATGGAT	A	1571.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=8.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.239;QD=14.69;ReadPosRankSum=-0.964;SOR=1.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,43:0.40:107
chr3	192993762	rs13084990	C	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=-1.511;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr3	192994543	rs2271791	A	G	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=1.684;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr3	193016895	rs1878716	T	C	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	193017204	rs6805083	C	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=178;ReadPosRankSum=1.032;SC=TTCATATTAGCGACAAAAGTC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=9;WE=193017212;WS=193017194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr3	193023255	rs10937578	C	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=270;ReadPosRankSum=0.876;SC=TCTGTTGCAGCATTTATCACT;SOR=1.519;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=20;WE=193023263;WS=193023245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr3	193023585	rs5855481	TA	T	691.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.896;NF=2;NR=16;PP=623;ReadPosRankSum=0.395;SC=GGTCTCTGTTTAATGCTGTCC;SOR=0.770;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=18;WE=193023593;WS=193023575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr3	193031926	rs2280268	C	T	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.876;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=23;PP=977;ReadPosRankSum=1.351;SC=ACTTGGCTGCCTGGAGGGATC;SOR=1.129;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=131;TCF=81;TCR=50;TR=68;WE=193031934;WS=193031916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,75:0.49:152
chr3	193036739	rs73888251	G	C	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=300;ReadPosRankSum=0.166;SC=GCACTTCATGGGCACAGAGCC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=27;WE=193036747;WS=193036729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr3	193036783	rs73888252	G	A	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.409;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,45:0.45:99
chr3	193036794	rs6788770	G	C	3881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=41;PP=1969;SC=CTAAGTGCTCGACTTCTGAAA;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=63;TCR=41;TR=104;WE=193036802;WS=193036773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	193042776	rs11926955	T	C	4418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	193042964	rs11715170	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.468;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=219;ReadPosRankSum=-0.714;SC=CCTTAGCCTGGTATTCAAAGT;SOR=2.303;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=12;WE=193042972;WS=193042954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr3	193044923	rs1387700	T	C	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=31;PP=858;SC=AAAACCCAAGTTTCTAAGATA;SOR=3.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=37;WE=193044931;WS=193044913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	193062906	rs6444706	G	A	3335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=82;PP=2316;SC=GATAGTTCATGTTCTGAAAAC;SOR=2.282;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=29;TCR=82;TR=111;WE=193062914;WS=193062896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	193068800	rs1038719	G	A	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=16;PP=1511;SC=AATACCATGGGCTTTACTTCT;SOR=2.235;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=70;WE=193068808;WS=193068790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	193069126	rs78984196	A	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=408;ReadPosRankSum=1.244;SC=ATTCACTTAGATCTCTATTGA;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=22;WE=193069134;WS=193069116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr3	193071888	rs11300573	CA	C	3516.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.841;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.222;NF=59;NR=46;PP=1954;ReadPosRankSum=-2.090;SC=TCTATTTTTTCAAAAAAAAAA;SOR=1.508;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=138;TCF=75;TCR=63;TR=105;WE=193071897;WS=193071878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,174:0.98:177
chr3	193080414	rs6797429	C	G	7425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=100;NR=142;PP=2965;SC=TTCTGCACTTCCATGCACCGC;SOR=1.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=101;TCR=142;TR=242;WE=193080422;WS=193080404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr3	193081206	rs2367605	G	A	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=49;PP=1311;SC=AAATTCTCAAGTGTTATTCAG;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=63;WE=193081214;WS=193081196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	193081830	rs923496	A	G	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=13;PP=1460;SC=CCACAGAGTTATGCCACAGAG;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=66;WE=193081838;WS=193081820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	193081866	rs4386441	T	A	3979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=38;PP=2407;SC=CGATCATGGCTTTCAAAATAG;SOR=1.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=94;TCR=38;TR=132;WE=193081874;WS=193081856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	193090101	rs57458521	A	AGG	1649.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.46;QD=41.24;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	193090255	rs2171848	C	T	4677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.14;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	193090260	rs6444712	T	C	4464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.56;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	193096529	rs4687419	C	T	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=45;NR=52;PP=1536;SC=ACTCAACCGGCGAGGATCTCT;SOR=1.129;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=97;WE=193096537;WS=193096519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	193120359	rs142743757	GA	G	1271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.976;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=781;ReadPosRankSum=-0.013;SC=GATGTTACAAGAGTCTCATTT;SOR=0.571;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=21;WE=193120367;WS=193120349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
chr3	193120726	rs62285692	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=2.009;SC=CACAGGCCATCATAAGTCACT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=5;WE=193120734;WS=193120716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr3	193153562	rs1996735	T	C	3221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=77;PP=1887;SC=GATAAAGACATGAAAGTAATG;SOR=1.628;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=39;TCR=77;TR=116;WE=193153570;WS=193153552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	193159449	rs12497916	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=324;ReadPosRankSum=-0.072;SC=GCATATCTGAGAGAAGTTAAT;SOR=0.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=19;WE=193159457;WS=193159439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr3	193171979	rs35424709	T	A	2637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.432;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=72;PP=1502;ReadPosRankSum=-0.519;SC=AAATCTGAAGTTCGCTAACAA;SOR=0.722;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=273;TCF=112;TCR=161;TR=119;WE=193171987;WS=193171969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,132:0.45:294
chr3	193180400	rs56312820	A	C	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.546;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=361;ReadPosRankSum=0.596;SC=TTGAAGAATTAAAGATGAGAA;SOR=1.538;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=22;WE=193180408;WS=193180390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
chr3	193180510	rs62285744	G	T	2056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=3.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=-1.215;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,123:0.37:334
chr3	193180592	rs59451116	G	A	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.980;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=59;PP=1195;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GGTCCAAGCCGTCCCTTGTTA;SOR=0.814;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=275;TCF=132;TCR=143;TR=111;WE=193180600;WS=193180582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,116:0.40:292
chr3	193180661	rs60585505	C	T	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=304;ReadPosRankSum=0.390;SC=AGGCAAGGAGCGGTGGCTCAT;SOR=0.512;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=27;WE=193180669;WS=193180651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,28:0.32:88
chr3	193183039	rs7617230	T	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=58.94;MQRankSum=-1.032;NF=5;NR=5;PP=120;ReadPosRankSum=0.327;SC=TACAGTGGTGTGATCTCAGCT;SOR=0.883;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=10;WE=193183047;WS=193183029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr3	193183817	rs3796181	A	G	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=420;ReadPosRankSum=0.411;SC=AGCTTACCCCACTAAGCACAT;SOR=0.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=63;TCR=38;TR=38;WE=193183825;WS=193183807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,45:0.38:117
chr3	193201582	rs9842836	C	A	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=8.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-1.800;SOR=2.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr3	193209178	rs6788448	T	C	2093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.008;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=53;PP=1367;ReadPosRankSum=1.218;SC=TAGGCCCACATATTAACCTCC;SOR=0.997;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=188;TCF=83;TCR=105;TR=88;WE=193209186;WS=193209168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,97:0.47:206
chr3	193210768	rs2130407	A	G	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=265;ReadPosRankSum=-1.620;SC=TGGCAGAACTAAGCCAGTCTT;SOR=0.426;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=22;WE=193210776;WS=193210758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr3	193272417	rs9883845	A	G	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=7;PP=535;SC=AAATTTTAGAAAAGTCTGTGT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=193272425;WS=193272407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	193272442	rs67119318	CGTGTGTGTGTGT	CGTGT,CGTGTGT,C	888.73	.	AC=1,1,0;AF=0.500,0.500,0.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=28;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=4,4;NR=10,10;PP=370,433;SC=GTGATGCGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.874;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=14,14;WE=193272463;WS=193272432;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.52,0.48:25
chr3	193332420	rs145894722	C	CTGTG	507.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=462;ReadPosRankSum=0.462;SC=ACGTATGGGGCTGTGTTTCCT;SOR=0.693;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=11;WE=193332428;WS=193332419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr3	193334991	rs7624750	G	A	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	193336639	rs3772393	T	C	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.912;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,58:0.43:134
chr3	193336676	rs34307082	C	T	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=731;ReadPosRankSum=0.573;SC=GAAGAAACGGCGTTTAGAGCA;SOR=0.844;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=112;TCF=61;TCR=51;TR=58;WE=193336684;WS=193336666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,69:0.52:133
chr3	193355074	rs166850	T	C	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	193355102	rs10451941	T	C	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.76;ReadPosRankSum=-1.455;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,61:0.56:109
chr3	193363695	rs34222475	G	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr3	193364872	rs78767626	A	C	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,84:0.52:161
chr3	193365749	rs113367640	C	T	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=34;PP=1116;ReadPosRankSum=0.989;SC=GGGTCATAGGCGCACTCTCAG;SOR=0.651;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=174;TCF=109;TCR=65;TR=87;WE=193365757;WS=193365739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,89:0.49:183
chr3	193365970	rs144015601	T	A	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=5.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.244;SOR=1.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,41:0.36:113
chr3	193365974	rs9831900	T	G	3657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.56;SOR=1.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	193374964	rs9851685	T	C	3982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	193383973	rs10804957	A	G	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=2;PP=861;SC=GGTAAATCTGAGTACTTTTTA;SOR=3.797;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=34;WE=193383981;WS=193383963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	193384203	rs10937595	T	A	2770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.426;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=73;PP=1643;ReadPosRankSum=-0.795;SC=GACTGCAGTCTTATTTTGACA;SOR=0.909;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=244;TCF=109;TCR=135;TR=125;WE=193384211;WS=193384193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,135:0.52:260
chr3	193385188	rs115528092	G	A	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.362;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.366;NF=20;NR=33;PP=782;ReadPosRankSum=0.800;SC=GGCTGAGCACGGTGGCTCACG;SOR=0.433;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=113;TCF=40;TCR=73;TR=53;WE=193385196;WS=193385178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,68:0.52:132
chr3	193385233	rs114568312	G	A	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.804;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.880;NF=10;NR=14;PP=293;ReadPosRankSum=0.910;SC=GCCAAGATGGGTGGAAAACAA;SOR=0.321;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=24;WE=193385241;WS=193385223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr3	193386159	rs140403973	C	T	4795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.569;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,227:0.55:416
chr3	193386239	rs12494482	C	T	15102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,576:1.00:576
chr3	193854148	.	T	TA	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,32:0.36:89
chr3	194061906	rs4974538	TG	CA	8781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=92;NR=75;PP=2947;SC=GGAGCCCTGCTGAGGAGAGAG;SOR=0.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=94;TCR=78;TR=167;WE=194061915;WS=194061896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr3	194062565	rs3732476	C	T	8624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=161;NR=156;PP=2965;SC=CAACCAGGCACGGGGTGTGGG;SOR=0.729;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=325;TCF=168;TCR=157;TR=317;WE=194062573;WS=194062555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr3	194063153	rs3732474	G	A	8059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=141;NR=143;PP=2965;SC=GCAGCCCCCCGAAGGCATCCG;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=286;TCF=141;TCR=145;TR=284;WE=194063161;WS=194063143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr3	194063300	rs62288099	T	C	7113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=131;PP=2965;SC=GGATGTCCAGTGGGACGGTGG;SOR=0.730;Source=Platypus;TCF=131;WE=194063308;WS=194063290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr3	194080336	rs4974533	G	A	2496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.131;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=56;PP=1697;ReadPosRankSum=-1.728;SC=TAGGCACCTCGGGGACATGGA;SOR=0.839;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=226;TCF=116;TCR=110;TR=109;WE=194080344;WS=194080326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,117:0.47:248
chr3	194080648	rs9682540	G	A	2743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=48;PP=1674;ReadPosRankSum=0.355;SC=GTCTGAGGCGGTTGTTCTGCA;SOR=0.698;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=201;TCF=114;TCR=87;TR=113;WE=194080656;WS=194080638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,125:0.56:223
chr3	194080696	rs9682541	G	A	3059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.59;ReadPosRankSum=-0.206;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,146:0.60:243
chr3	194080916	rs13070515	G	A	2388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=2.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.30;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,117:0.50:232
chr3	194080983	rs13060627	C	T	2539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=47;PP=1559;ReadPosRankSum=-0.469;SC=TGCATGAAGACGCTGGGTGGC;SOR=0.692;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=112;TCR=95;TR=101;WE=194080991;WS=194080973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,115:0.50:228
chr3	194081089	rs11713861	C	T	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=51;PP=1444;ReadPosRankSum=0.695;SC=GGTTCTGCTGCAGAGCCAGTT;SOR=0.562;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=126;TCR=97;TR=115;WE=194081097;WS=194081079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,126:0.54:235
chr3	194081179	rs11715737	G	A	3670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.373;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=85;PP=2281;ReadPosRankSum=-1.002;SC=GGACCTGGAGGTTGCCCAGGT;SOR=0.664;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=350;TCF=181;TCR=169;TR=171;WE=194081187;WS=194081169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,179:0.48:373
chr3	194081392	rs923936	G	A	4151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.412;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=82;ReadPosRankSum=0.731;SC=GGAGAGACTCGAGGCTGTCCA;SOR=0.680;SbPval=0.5;Source=Platypus;TCF=166;TR=167;WE=194081400;WS=194081382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,195:0.55:355
chr3	194081635	rs923935	T	C	2237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.334;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=49;PP=1256;ReadPosRankSum=0.965;SC=GGGTGGGCACTGCCACAATGC;SOR=0.586;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=215;TCF=107;TCR=108;TR=108;WE=194081643;WS=194081625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,111:0.49:228
chr3	194084205	.	G	A	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=662;ReadPosRankSum=1.953;SC=CAGAAAACAAGCTGCCTAAAC;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=46;WE=194084213;WS=194084195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,49:0.59:83
chr3	194118874	rs1223989	T	C	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.992;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=30;PP=1229;ReadPosRankSum=0.792;SC=TGGGCAGGCCTAGCGCGGAGA;SOR=0.903;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=215;TCF=135;TCR=80;TR=88;WE=194118882;WS=194118864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,97:0.41:238
chr3	194126708	.	G	C	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=43;PP=1107;ReadPosRankSum=0.021;SC=TAGCTTCTGTGGTTGTCTGAG;SOR=0.708;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=195;TCF=111;TCR=84;TR=97;WE=194126716;WS=194126698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,111:0.51:219
chr3	194219566	rs2185478	G	A	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=768;ReadPosRankSum=1.610;SC=ATCTGAAGTCGGGAGTGTGAG;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=42;WE=194219574;WS=194219556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,46:0.63:73
chr3	194309210	rs3732473	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=312;ReadPosRankSum=0.503;SC=GTTACTGAACGAACTCCTGAC;SOR=0.551;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=18;WE=194309218;WS=194309200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr3	194313632	rs7373172	G	A	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=-0.663;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,62:0.62:100
chr3	194313832	rs1773184	T	C	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=36;PP=857;SC=ACAGAAAAAGTGTTGGACAGA;SOR=1.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=63;WE=194313840;WS=194313822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	194324939	rs6768028	A	G	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=294;ReadPosRankSum=1.496;SC=ACAGCTGCACAAGCCCCAAGG;SOR=0.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=26;WE=194324947;WS=194324929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr3	194324982	rs745171	C	A	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=427;ReadPosRankSum=-0.098;SC=ACGATGGCACCCACGCACCCG;SOR=0.925;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=36;WE=194324990;WS=194324972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,39:0.55:71
chr3	194325010	rs745168	G	A	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.780;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=486;ReadPosRankSum=-0.360;SC=GGCAACAGCCGTGTACCTCCA;SOR=0.838;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=44;WE=194325018;WS=194325000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,50:0.53:94
chr3	194325058	rs61739645	G	A	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=639;ReadPosRankSum=0.630;SC=AGGAGCTGCCGGAAGACACCC;SOR=0.694;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=45;WE=194325066;WS=194325048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,47:0.42:111
chr3	194325325	rs708632	C	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=344;SC=GGCCATCCAGCTCTCCCCAGG;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=194325333;WS=194325315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	194337708	rs10933663	T	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr3	194337901	rs922282	T	C	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=11;PP=607;SC=CTCAGGGTGCTGGTCGTGGGC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=194337909;WS=194337891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	194338423	rs12695036	C	T	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=44;PP=932;ReadPosRankSum=1.690;SC=GCTGGGAGAACGTGAGGGAGA;SOR=0.535;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=155;TCF=66;TCR=89;TR=82;WE=194338431;WS=194338413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,90:0.54:166
chr3	194346544	rs1773191	T	A	8528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.96;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr3	194346553	rs1773190	T	C	8784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.06;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr3	194346803	rs1773189	A	G	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=26;PP=812;SC=ACCCTGTATCACATGGGTTAC;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=194346811;WS=194346793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	194346822	rs1572979	G	A	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=22;PP=644;SC=ACACTGATGCGGTGCTTTCTT;SOR=1.885;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=194346830;WS=194346812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	194349027	rs1318216	A	G	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=6;PP=770;SC=CAACAAGACAAAAGCCACCAC;SOR=2.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=194349035;WS=194349017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	194349178	rs1563970	C	T	6676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;NR=98;PP=2965;SC=GGAGGCAGCACGCAGCACACA;SOR=0.879;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=140;TCR=98;TR=236;WE=194349186;WS=194349168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr3	194353772	rs11273892	C	CCCGCCCGACAG	595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.759;NF=0;NR=3;PP=1199;ReadPosRankSum=0.753;SC=CGCCCGTTTCCCCGCCCGACA;SOR=0.432;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=3;WE=194353780;WS=194353762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr3	194362721	rs1060827	G	A	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=195;SC=GTCTTGGGACGGTTCCACAGG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=194362729;WS=194362712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	194991220	rs7640099	AA	GC	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=1;PP=836;SC=CCGGGAGCGCAAACTGACCTC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=18;WE=194991229;WS=194991210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	194999996	rs7610022	T	A	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=11;PP=513;SC=AAAATTGTGATTTTTTAGCTG;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=195000004;WS=194999986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	195015337	rs63414060	ATT	A	542.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.500;QD=20.87;ReadPosRankSum=1.534;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr3	195015340	rs371833041	ATAT	A	120.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.870;QD=4.64;ReadPosRankSum=1.006;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr3	195015343	.	T	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=-0.647;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.433;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr3	195028183	rs13059843	G	A	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=607;SC=TTAGAAACAGGGGTTATCAAT;SOR=4.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=195028191;WS=195028173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	195029738	rs10636354	G	GAAAGT	1049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=18;PP=1043;SC=GAAAACTACTGAAAGAACAAA;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=18;WE=195029746;WS=195029728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	195076877	rs6437374	C	G	10962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr3	195245771	rs17847363	C	T	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.43;ReadPosRankSum=-1.285;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,82:0.59:140
chr3	195245805	rs17847362	G	A	2459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-1.589;QD=11.83;ReadPosRankSum=1.690;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,118:0.57:208
chr3	195254670	.	CT	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.537;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr3	195269901	rs183192883	G	C	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=214;ReadPosRankSum=-1.559;SC=TGGGGTCCGCGAAGAGAAGGG;SOR=1.863;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=13;WE=195269909;WS=195269891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr3	195295661	rs7659	C	T	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.78;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	195295708	rs142189206	G	GGGGT	1293.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=0;PP=443;SC=TTTATGGGGGGGGGGTAGGGG;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=29;WE=195295716;WS=195295698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	195300676	rs1568566	A	G	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=15;PP=1041;SC=GTCACTCTGCATCAGCACTCC;SOR=1.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=55;WE=195300684;WS=195300666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	195306055	rs4677691	A	G	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=21;PP=1508;SC=TGCAGTCTTTATCTCAGCAGA;SOR=1.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=71;WE=195306063;WS=195306045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	195345828	rs148520845	AG	GA	17260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1068;ExcessHet=3.0103;FS=1.303;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.83;MQRankSum=-11.469;QD=16.24;ReadPosRankSum=0.933;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,798:0.75:1063
chr3	195345953	rs145174488	C	T	19187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=904;ExcessHet=3.0103;FS=5.521;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.33;MQRankSum=3.556;QD=21.27;ReadPosRankSum=11.933;SOR=0.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:71,831:0.92:902
chr3	195346477	rs7631117	C	T	7687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.535;NF=219;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.515;SC=CTCATCCCCACGGAAGGGGTG;SOR=0.631;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=609;TCF=397;TCR=212;TR=344;WE=195346485;WS=195346467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,350:0.56:625
chr3	195347059	rs2410778	C	T	10312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=4.163;NF=210;NR=278;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.463;SC=ACAGCCACGCCCACCACTGCT;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1069;TCF=457;TCR=612;TR=488;WE=195347067;WS=195347049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:593,505:0.46:1098
chr3	195377629	rs138964810	C	T	4533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=985;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQRankSum=-18.900;QD=4.62;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:790,191:0.19:981
chr3	195377651	rs139047772	T	C	4121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=866;ExcessHet=3.0103;FS=0.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQRankSum=-22.241;QD=4.78;ReadPosRankSum=3.323;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:710,153:0.18:863
chr3	195395289	rs79370883	A	T	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.772;NF=46;NR=23;PP=1028;ReadPosRankSum=-0.876;SC=CACTGAGAAGATGGTGCCCGG;SOR=0.510;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=154;TCF=106;TCR=48;TR=69;WE=195395297;WS=195395279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,68:0.43:159
chr3	195395314	rs79206144	G	A	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.068;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-6.132;NF=61;NR=34;PP=2962;ReadPosRankSum=0.199;SC=TGCCCTGTCCGTTCTGTGATC;SOR=0.518;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=225;TCF=148;TCR=77;TR=95;WE=195395362;WS=195395304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,96:0.41:233
chr3	195395328	rs62287989	T	C	4104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=1.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQRankSum=-7.875;QD=14.77;ReadPosRankSum=1.569;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,110:0.40:278
chr3	195395334	rs75539242	A	T	4209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=1.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQRankSum=-8.275;QD=13.80;ReadPosRankSum=1.937;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,119:0.39:305
chr3	195395347	rs78747381	G	A	5062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=3.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQRankSum=-8.033;QD=13.54;ReadPosRankSum=2.616;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,141:0.38:374
chr3	195395354	rs80181010	A	G	5280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=1.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQRankSum=-7.995;QD=12.94;ReadPosRankSum=2.285;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,153:0.38:408
chr3	195395379	rs73216381	T	G	6962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-6.400;NF=176;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.710;SC=TGCTCTCTGTTGTTTCCATAG;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=518;TCF=309;TCR=209;TR=292;WE=195395387;WS=195395369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,309:0.56:549
chr3	195395533	rs9847770	C	T	5396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=681;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.436;NF=86;NR=115;PP=2617;ReadPosRankSum=0.512;SC=ACGCCTTGCCCGGAAGGCGTT;SOR=0.611;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=527;TCF=222;TCR=305;TR=201;WE=195395541;WS=195395523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:398,283:0.42:681
chr3	195395549	rs58717446	C	CAT	19662.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=4.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.891;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.098;NF=26;NR=211;PP=2966;ReadPosRankSum=1.785;SC=GCGTTCGGCTCGTGTGTCTTG;SOR=1.285;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=269;TCF=29;TCR=240;TR=237;WE=195395557;WS=195395539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,489:0.90:541
chr3	195395624	rs74539433	A	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=3.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQRankSum=-5.910;QD=1.01;ReadPosRankSum=-0.817;SOR=1.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,11:0.10:110
chr3	195395631	rs201911835	A	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQRankSum=-5.838;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.795;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,9:0.09:95
chr3	195395637	rs112256319	C	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQRankSum=0.054;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.629;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,22:0.27:82
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chr3	195399395	rs201046867	C	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.96;MQRankSum=-0.280;QD=0.84;ReadPosRankSum=0.502;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,6:0.15:39
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chr3	195408669	rs199871610	T	C	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	195412859	rs79486430	T	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQRankSum=-0.265;QD=0.44;ReadPosRankSum=2.503;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,6:0.09:70
chr3	195412864	rs80246929	G	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.91;MQRankSum=0.067;QD=0.91;ReadPosRankSum=2.023;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,6:0.11:57
chr3	195412876	rs11185503	T	C	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.377;NF=4;NR=35;PP=1979;ReadPosRankSum=-0.499;SC=TTCTGCACTCTGGGGAAGAAG;SOR=1.349;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=39;WE=195412884;WS=195412849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,41:0.82:50
chr3	195415423	rs150892404	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.77;MQRankSum=-1.775;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.862;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr3	195426305	rs9860655	T	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.424;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.520;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,40:0.16:252
chr3	195426490	rs3107775	A	G	7016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=182;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.650;SC=TTTTTTCAATAAGTCAGCCTT;SOR=0.649;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=533;TCF=217;TCR=316;TR=314;WE=195426498;WS=195426480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,323:0.59:552
chr3	195447775	rs7620138	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.350;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr3	195447886	rs7627924	G	C	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-2.215;NF=24;NR=15;PP=502;ReadPosRankSum=2.492;SC=AGGATGGGCTGTCTCTGGGGT;SOR=0.559;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=100;TCF=63;TCR=37;TR=39;WE=195447894;WS=195447876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,45:0.38:118
chr3	195451880	rs142096782	AG	GA	19634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.28;QD=44.62;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr3	195452005	rs145612981	C	T	1952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=27.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.41;MQRankSum=-4.959;QD=8.64;ReadPosRankSum=-14.064;SOR=1.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,93:0.41:226
chr3	195452018	rs2688539	A	G	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=9.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.55;MQRankSum=-4.010;QD=1.27;ReadPosRankSum=-6.469;SOR=2.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,7:0.05:142
chr3	195452645	.	G	GGCCCCCATCCAGTCATCACCCCGTCACGGGTCTCAGAGAGCAGCGCCTCTTCCGACA	2091.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.36;MQRankSum=-1.601;QD=9.42;ReadPosRankSum=-10.732;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,58:0.26:222
chr3	195452649	rs200981173	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.24;MQRankSum=-0.136;QD=0.37;ReadPosRankSum=0.530;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,33:0.14:229
chr3	195452668	rs201581458	C	G	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=2.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.02;MQRankSum=-0.936;QD=9.61;ReadPosRankSum=2.706;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,89:0.37:238
chr3	195452689	rs141077164	C	T	3122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=1.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.97;MQRankSum=-3.465;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.711;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,108:0.50:214
chr3	195452770	rs2550231	G	A	3090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.25;MQRankSum=2.114;QD=23.96;ReadPosRankSum=0.161;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,77:0.60:129
chr3	195452799	rs2550232	C	T	3652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQRankSum=3.878;QD=20.52;ReadPosRankSum=-0.419;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,107:0.60:178
chr3	195452805	rs138659995	T	C	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.43;MQRankSum=-3.488;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.512;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,76:0.40:190
chr3	195452951	rs2688542	G	C	15876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=19.940;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=6.121;NF=325;NR=271;PP=2965;ReadPosRankSum=1.579;SC=AGCTGCACCTGATGCCACGGT;SOR=0.370;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=624;TCF=329;TCR=295;TR=596;WE=195452959;WS=195452941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:24,613:0.96:637
chr3	195452987	rs9866681	G	A	11139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=887;ExcessHet=3.0103;FS=0.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQRankSum=-13.503;QD=12.60;ReadPosRankSum=3.278;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:579,305:0.35:884
chr3	195452991	rs3828411	C	T	11166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=906;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=-12.994;QD=12.37;ReadPosRankSum=3.747;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:584,319:0.35:903
chr3	195453064	rs2550233	T	G	19179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;PP=2965;SC=GGAATCCCCTTGAAGAAACCT;SOR=0.954;Source=Platypus;WE=195453072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,702:1.00:702
chr3	195453205	rs9870815	G	A	3910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.338;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.944;NF=110;NR=87;PP=2657;ReadPosRankSum=0.024;SC=ACAGCCCCTCGGAAGCCGCCC;SOR=0.500;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=501;TCF=299;TCR=202;TR=197;WE=195453213;WS=195453195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,202:0.39:515
chr3	195453243	rs3828408	C	T	11939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.349;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-9.755;NF=233;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.804;SC=TCAGAGACACCGACCATGGAC;SOR=0.968;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=657;TCF=379;TCR=278;TR=389;WE=195453265;WS=195453233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,404:0.60:673
chr3	195453249	rs3828407	T	C	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FS=5.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQRankSum=-7.623;QD=3.69;ReadPosRankSum=-1.008;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:525,178:0.25:703
chr3	195453257	rs3828406	G	A	4517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=747;ExcessHet=3.0103;FS=0.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQRankSum=-2.585;QD=6.06;ReadPosRankSum=1.794;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:491,254:0.34:745
chr3	195453310	rs9758494	G	A	5877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=992;ExcessHet=3.0103;FS=1.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQRankSum=-4.803;QD=5.93;ReadPosRankSum=2.932;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:654,337:0.34:991
chr3	195453406	rs3210209	G	C	6292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=734;ExcessHet=3.0103;FS=2.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQRankSum=-7.538;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.754;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:538,196:0.27:734
chr3	195453412	rs1063306	C	T	6236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FS=2.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=-7.141;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.101;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:488,181:0.27:669
chr3	195453434	rs113099255	G	A	3215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.892;NF=66;NR=103;PP=1890;ReadPosRankSum=-1.875;SC=GACCACAGACGTGAGTGCAGG;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=446;TCF=174;TCR=272;TR=169;WE=195453442;WS=195453424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,175:0.38:461
chr3	195456478	rs111854338	C	T	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=241;ReadPosRankSum=-0.329;SC=TGAGCCACTGCGCCCAGCCCT;SOR=0.705;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=51;TCR=31;TR=23;WE=195456486;WS=195456468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,30:0.32:94
chr3	195456561	rs3762739	C	G	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=718;ReadPosRankSum=-2.421;SC=AGTGTGGCTTCCCCGGAAGAC;SOR=0.825;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=200;TCF=112;TCR=88;TR=60;WE=195456569;WS=195456551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,65:0.30:214
chr3	195460236	rs712011	G	A	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=601;ReadPosRankSum=-0.783;SC=CCAAGCCCCTGACCCCAGATG;SOR=0.622;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=30;WE=195460244;WS=195460226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr3	195461606	.	C	CT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=1.049;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr3	195466662	rs3844569	T	G	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=270;ReadPosRankSum=-1.938;SC=TTTGGGGCGGTTCTGCTCCCC;SOR=0.452;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=21;WE=195466670;WS=195466652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr3	195467837	rs56381108	A	G	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=377;ReadPosRankSum=2.044;SC=TGGCTGTGTAATTCATTTCAT;SOR=0.671;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=31;WE=195467845;WS=195467827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr3	195467853	rs56050330	C	T	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=371;ReadPosRankSum=0.651;SC=TTCATTTTAGCACTGAATAAT;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=29;WE=195467861;WS=195467843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr3	195475799	rs3205933	C	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=203;ReadPosRankSum=0.027;SC=TGGGCAGGTGCTGGCACTGGC;SOR=0.990;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=18;WE=195475807;WS=195475789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,20:0.31:65
chr3	195475989	rs7621695	G	A	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=1.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=-1.263;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,70:0.25:284
chr3	195476084	rs55798120	C	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=1.487;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr3	195476084	.	CA	TG	191	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=26;MQ=59.52;NF=7;NR=14;PP=191;QD=11.6413273744;SC=TTCAGATCAGCATGGTGGATA;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=21;WE=195476093;WS=195476074;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr3	195476085	rs2688497	A	G	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.50;QD=34.30;SOR=2.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	195477713	rs2291654	G	A	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.48;QD=45.68;SOR=3.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	195477713	.	GCC	ACA	871	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=9;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=25;MQ=53.8;NF=34;NR=5;PP=871;QD=23.7043044836;SC=CTGTTTGCCCGCCCCCCGCAG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=195477723;WS=195477703;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	195477715	rs2291653	C	A	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.65;QD=43.61;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	195477786	rs6808605	C	T	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-0.338;QD=7.00;ReadPosRankSum=1.648;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,53:0.38:138
chr3	195477791	rs2291652	G	A	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.314;QD=12.07;ReadPosRankSum=-0.346;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,86:0.60:143
chr3	195478012	rs2291651	G	C	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=13.976;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=26.69;ReadPosRankSum=2.167;SOR=4.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,110:0.97:113
chr3	195479226	rs6792437	G	A	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.704;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=533;ReadPosRankSum=1.011;SC=CACCCAGAGCGCGGCCTGCAG;SOR=0.453;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=47;WE=195479234;WS=195479216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,53:0.55:97
chr3	195479256	rs2258447	T	C	3844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=54;PP=2176;SC=AGGCGTTGACTTCTGCCATGG;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=74;TCR=54;TR=128;WE=195479264;WS=195479246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	195484244	rs2550270	G	A	2436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=36;NR=45;PP=1447;SC=GAGACTCCTCGGCTCTGTGGT;SOR=1.095;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=81;WE=195484252;WS=195484234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	195487737	rs2246771	A	G	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.630;NF=34;NR=14;PP=686;ReadPosRankSum=2.648;SC=AGGCCTCCCCAGGCCTCGGGC;SOR=0.849;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=48;WE=195487745;WS=195487727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,53:0.70:76
chr3	195489009	rs2246901	C	A	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.050;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,59:0.50:117
chr3	195489067	rs2246980	C	G	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.599;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,81:0.52:156
chr3	195489669	rs2550263	C	T	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=3.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.698;QD=11.87;ReadPosRankSum=-1.231;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,72:0.57:127
chr3	195490284	rs2550261	T	C	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.457;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=540;ReadPosRankSum=-1.451;SC=GCAGGGAGGTTCCCGGCACCC;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=28;WE=195490292;WS=195490274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr3	195490838	rs377595393	ATCCAGAT	AAGAT,A	710.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.890;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=1054;ReadPosRankSum=0.644;SC=CCTACTCCTTATCCAGATGCC;SOR=5.221;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=12;WE=195490854;WS=195490828;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.64:28
chr3	195490842	rs34858176	AGATG	A	707.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=13.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.59;ReadPosRankSum=0.528;SOR=3.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr3	195490846	.	G	A	1062	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.24;NF=14;NR=1;PP=1062;QD=73.1180808365;SC=TTATCCAGATGCCACCTCCCG;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=15;WE=195490854;WS=195490828;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,15:0.50:30
chr3	195492027	rs11926236	T	C	7480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=138;NR=143;PP=2965;SC=AGGCCCAGGCTGGGGCTGCCA;SOR=0.749;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=307;TCF=138;TCR=169;TR=281;WE=195492035;WS=195492017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr3	195495916	rs2550240	G	C	6472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=125;NR=96;PP=2965;SC=TGAGCACCGGGTTGCCTGAGC;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=125;TCR=96;TR=221;WE=195495924;WS=195495906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr3	195496129	rs2688492	C	T	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=27;PP=783;SC=ACGCACAGCACCTGTTCCTGG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=195496137;WS=195496119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	195497174	rs2259102	C	G	4670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr3	195497743	rs2260685	T	C	3160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.346;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=67;PP=1820;ReadPosRankSum=0.425;SC=CTTGTTAGGATAGACCCCCTA;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=128;TCR=122;TR=134;WE=195497751;WS=195497733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,151:0.56:271
chr3	195497809	rs2259153	T	C	3872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=78;PP=2553;SC=CCGTCACCTGTAGGTCTTCTC;SOR=1.211;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=56;TCR=79;TR=134;WE=195497817;WS=195497799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	195501149	rs2259292	C	T	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=444;ReadPosRankSum=0.405;SC=GTCCCCGGCGCCTGCCCCATA;SOR=0.850;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=32;WE=195501157;WS=195501139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr3	195501258	rs2259331	T	C	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=9;PP=179;SC=GAGCGCTCCCTGCAGGCTGCC;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=195501266;WS=195501248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	195505247	rs76650792	G	T	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=1.423;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
chr3	195505417	rs2259419	G	A	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=101;ReadPosRankSum=0.825;SC=GCTGGAAGAGGGAGCTGGAAA;SOR=0.839;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=12;WE=195505425;WS=195505407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr3	195505664	rs2688513	G	A	3261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=43;PP=1690;SC=CAGCTACCTGGTGTTTCCATC;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=59;TCR=43;TR=102;WE=195505672;WS=195505654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	195505788	rs2550253	G	C	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.221;NF=13;NR=16;PP=383;ReadPosRankSum=1.441;SC=GAGGGGTGGCGTGACCTGTGG;SOR=0.842;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=29;WE=195505796;WS=195505778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,35:0.35:99
chr3	195505835	rs58500707	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=5.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQRankSum=1.369;QD=5.72;ReadPosRankSum=-1.393;SOR=1.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,12:0.21:58
chr3	195505838	rs59101491	G	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=5.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.54;MQRankSum=1.078;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.903;SOR=2.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,10:0.18:56
chr3	195511956	.	GTCGGTGACAGGAAGAGAGGTGGCGTGACCTGTGGATACTGAGGAAGTT	G	2948.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQRankSum=4.507;QD=32.40;ReadPosRankSum=1.982;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,73:0.80:91
chr3	195511993	.	A	G	952	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MMLQ=23;MQ=51.57;NF=36;NR=28;PP=952;QD=15.418300196;SC=ACCTGTGGATACTGAGGAAGT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=54;TCR=43;TR=64;WE=195512012;WS=195511983;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:33,64:0.66:97
chr3	195512042	rs6805660	T	C	5934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.67;QD=43.96;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	195512103	rs437805	G	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=0.836;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.380;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,41:0.25:162
chr3	195512107	rs374495657	T	A	6335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;QD=40.10;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	195512186	rs202060675	T	C	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.21;QD=29.76;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	195512212	rs75588776	G	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQRankSum=-1.012;QD=0.87;ReadPosRankSum=1.667;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,16:0.16:102
chr3	195515414	rs71180964	T	TGGTGACAGGAAGAGGGGTGGCGTGACCTGTGGATTCTGAGGAAGTGTC	1283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.06;QD=75.51;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	195515594	rs13095016	C	G	2736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	195515617	rs2641776	G	C	3152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=26;PP=1355;SC=TGTAAGCCCAGTGGATGTGAT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=69;WE=195515625;WS=195515607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	195516630	rs3103954	G	T	6072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=111;PP=2965;SC=TAATTTGTTGGGATGTGTGTC;SOR=0.929;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=96;TCR=111;TR=207;WE=195516638;WS=195516620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr3	195516878	rs2177336	T	C	5641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=103;NR=78;PP=2965;SC=GTGCCAGCTGTCCCTGTAGAT;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=104;TCR=78;TR=181;WE=195516886;WS=195516868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr3	195517258	rs1106502	G	A	5684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=93;PP=2965;SC=GTCTCTGGAGGTTGGCATTCT;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=94;TCR=93;TR=187;WE=195517266;WS=195517248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	195517321	rs1104760	G	A	5866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=89;PP=2965;SC=AGGGGATGAGGTGGTTGTTTC;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=105;TCR=89;TR=194;WE=195517329;WS=195517311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr3	195517553	rs882605	A	C	7269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=124;PP=2965;SC=TCTGGATCAAATGTTACTAAG;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=112;TCR=124;TR=236;WE=195517561;WS=195517543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr3	195518112	rs142781032	T	TGTCTCCTGCGTAACA	7484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.06;NF=9;NR=43;PP=2957;SC=CTGGAGGAGCTGTCTCCATCA;SOR=1.285;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=89;TCF=18;TCR=71;TR=52;WE=195518120;WS=195518102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	195518330	rs3107764	C	G	2746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=47;PP=1519;SC=ACTGGGGCAGCAGTTTTACTT;SOR=1.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=83;WE=195518338;WS=195518320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	195538501	rs143120396	TTC	T	1491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FS=5.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=3.622;QD=3.71;ReadPosRankSum=2.193;SOR=1.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,95:0.24:402
chr3	195594151	rs10579442	CCT	C	10166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=127;PP=2969;ReadPosRankSum=2.796;SC=CACACCCACCCCTGTCAGCAC;SOR=0.672;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=382;TCF=59;TCR=323;TR=152;WE=195594160;WS=195594141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:406,284:0.41:690
chr3	195594950	rs56260729	G	A	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=28;PP=815;ReadPosRankSum=-0.488;SC=AGAGGGGGCCGGGGAGCCGGC;SOR=0.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=91;TCR=66;TR=67;WE=195594958;WS=195594940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,74:0.43:174
chr3	195596501	rs71637188	T	TAG	980.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.124;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=713;ReadPosRankSum=0.973;SC=GGGCAGAGTGTAGAGAGACGA;SOR=1.085;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=16;WE=195596509;WS=195596491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr3	195596636	rs13084875	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=33;ReadPosRankSum=-1.091;SC=TGGAGGAGGCCCCAGGCAGAG;SOR=0.921;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=5;WE=195596644;WS=195596626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr3	195596907	rs2278034	T	C	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=864;ReadPosRankSum=1.068;SC=ACAGCAGCCTTAGGGTGGCCT;SOR=0.702;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=198;TCF=113;TCR=85;TR=66;WE=195596915;WS=195596897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,73:0.34:216
chr3	195597288	rs2278033	T	C	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.145;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=51;PP=865;ReadPosRankSum=0.787;SC=GACCCCAGGATGGAAAGCCTA;SOR=1.185;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=152;TCF=54;TCR=98;TR=73;WE=195597296;WS=195597278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,74:0.47:158
chr3	195599085	rs2241413	T	C	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=572;ReadPosRankSum=-1.063;SC=ACGCGTGCCGTGCTGAGGGCC;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=80;TCR=41;TR=48;WE=195599093;WS=195599075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,54:0.42:129
chr3	195603634	rs11185487	G	A	252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=187;ReadPosRankSum=0.229;SC=AGGGCGGGGCGGGGCACACCC;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=14;WE=195603642;WS=195603624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr3	195603652	rs9815549	T	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=238;ReadPosRankSum=-0.724;SC=CCCACAACCCTCCCAGGAGCA;SOR=1.051;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=13;WE=195603660;WS=195603642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr3	195612034	rs3747672	T	C	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.339;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=332;ReadPosRankSum=1.269;SC=TGCCAAACTGTCAGTGGGGCA;SOR=0.450;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=20;WE=195612042;WS=195612024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr3	195615376	rs3747669	A	G	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=32;PP=594;ReadPosRankSum=-1.974;SC=CGTTGAGGTCATCTCGGAGCC;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=59;TCR=74;TR=57;WE=195615384;WS=195615366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,68:0.45:152
chr3	195686868	rs147286278	G	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.87;MQRankSum=-1.523;QD=1.85;ReadPosRankSum=1.511;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
chr3	195686891	rs201127123	T	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.90;MQRankSum=-2.659;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.896;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr3	195690117	.	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQRankSum=-4.086;QD=1.51;ReadPosRankSum=2.158;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,6:0.11:53
chr3	195690122	rs201722788	A	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQRankSum=-4.165;QD=1.14;ReadPosRankSum=2.294;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,6:0.11:57
chr3	195690139	rs111820207	T	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=4.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQRankSum=-5.293;QD=1.22;ReadPosRankSum=1.703;SOR=2.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,8:0.09:86
chr3	195690149	.	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=4.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQRankSum=-7.310;QD=2.05;ReadPosRankSum=-1.201;SOR=1.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,17:0.15:116
chr3	195690163	rs201372496	A	G	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-9.862;NF=46;NR=13;PP=624;ReadPosRankSum=-4.087;SC=GCTATTATACATAATTACAAA;SOR=0.827;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=178;TCF=129;TCR=49;TR=59;WE=195690171;WS=195690153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,40:0.25:163
chr3	195690216	rs189732960	T	C	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=7.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQRankSum=-17.164;QD=3.69;ReadPosRankSum=3.827;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,93:0.25:379
chr3	195690233	rs199975852	A	G	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.404;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-18.703;NF=78;NR=76;PP=1536;ReadPosRankSum=9.561;SC=CTGGGGGGACAGTGGCACAGT;SOR=0.775;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=498;TCF=260;TCR=238;TR=154;WE=195690241;WS=195690223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,90:0.21:438
chr3	195690251	rs200738162	A	G	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=2.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQRankSum=-19.375;QD=2.12;ReadPosRankSum=8.639;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:372,91:0.20:463
chr3	195690385	.	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.42;MQRankSum=-2.834;QD=3.75;ReadPosRankSum=-1.033;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,15:0.23:65
chr3	195690397	rs148308206	A	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.093;NF=2;NR=27;PP=1043;ReadPosRankSum=-0.737;SC=TACGGCATGTAAACTTTAAGG;SOR=1.286;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=71;TCF=11;TCR=60;TR=29;WE=195690405;WS=195690375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr3	195692311	rs62282793	T	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.872;NF=28;NR=10;PP=537;ReadPosRankSum=1.548;SC=TTCCCAGTGCTGACGTCCACA;SOR=1.101;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=38;WE=195692319;WS=195692301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr3	195692347	rs62282794	G	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQRankSum=-8.732;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.587;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,51:0.43:120
chr3	195692419	rs77887672	C	G	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.329;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-12.127;NF=36;NR=49;PP=987;ReadPosRankSum=3.592;SC=CGCACCTGAGCCCAGAAACAC;SOR=0.756;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=224;TCF=114;TCR=110;TR=85;WE=195692427;WS=195692409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,63:0.30:213
chr3	195692482	rs139593489	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=3.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQRankSum=-8.887;QD=0.77;ReadPosRankSum=-3.629;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,17:0.14:120
chr3	195701483	rs377526928	TCCA	T	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.211;NF=5;NR=25;PP=348;ReadPosRankSum=-1.609;SC=TGCCCATTCCTCCACAAGCCC;SOR=0.752;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=77;TCF=9;TCR=68;TR=30;WE=195701493;WS=195701462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,8:0.13:63
chr3	195702738	rs201183585	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.12;MQRankSum=0.430;QD=1.83;ReadPosRankSum=-1.650;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,24:0.18:135
chr3	195710971	rs4927836	G	T	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.106;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-10.186;NF=73;NR=61;PP=1758;ReadPosRankSum=0.406;SC=GGTGGACGGGGGGCGGCCTTA;SOR=0.783;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=263;TCF=139;TCR=124;TR=134;WE=195710979;WS=195710961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,121:0.46:265
chr3	195710989	rs2620604	G	A	5571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=2.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQRankSum=-11.354;QD=18.57;ReadPosRankSum=0.333;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,145:0.48:300
chr3	195710993	rs4927692	A	G	5549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=3.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQRankSum=-11.289;QD=18.32;ReadPosRankSum=0.686;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,147:0.49:303
chr3	195754164	rs6782834	A	G	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.433;NF=4;NR=15;PP=256;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGAGGCAGGCATCAGAAAACA;SOR=0.634;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=19;WE=195754172;WS=195754154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr3	195779155	rs41298097	C	T	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.35;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	195782176	rs419068	CA	TG	8612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.09;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr3	195782184	rs419059	C	T	8444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.92;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr3	195784997	rs3933	G	A	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.75;SOR=2.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	195789376	rs526860	C	T	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=10;PP=601;SC=TGCACTCCAGCCTGGGCGACA;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=195789384;WS=195789366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	195789428	rs507131	C	A	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=22;PP=1040;SC=TGAATTCATACACAGCTAATG;SOR=1.054;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=58;WE=195789436;WS=195789418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	195798258	rs480760	T	C	15717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,598:1.00:598
chr3	195801917	rs56119775	C	CA	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.861;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.439;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr3	195804021	rs41300435	G	A	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=38;PP=1274;SC=GAATTATTGAGAAAGATACTA;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=76;WE=195804029;WS=195804011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	195926234	rs939892	T	C	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=3;PP=738;SC=CAAGAGCCTTTGCTGTCATGT;SOR=3.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=195926242;WS=195926232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	195926552	rs7630971	C	T	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.130;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=515;ReadPosRankSum=0.330;SC=AGATGGCTCACGCCTGTAATC;SOR=0.399;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=36;WE=195926560;WS=195926542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,44:0.64:69
chr3	195935207	rs12497404	C	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=172;ReadPosRankSum=0.919;SC=CTCTGCAGCCCCCTCCTTGGC;SOR=0.495;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=15;WE=195935215;WS=195935199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr3	195936446	rs4916502	C	T	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.434;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=432;ReadPosRankSum=1.015;SC=GCGGCGGGGGCAGCTCCACGG;SOR=1.516;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=27;WE=195936454;WS=195936436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr3	195937410	rs6795707	G	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.043;NF=19;NR=7;PP=291;ReadPosRankSum=-1.962;SC=TCAGTAGGAAGAGCACTTTAG;SOR=0.854;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=26;WE=195937418;WS=195937400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,30:0.36:84
chr3	195937659	rs6795963	G	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.675;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=439;ReadPosRankSum=-1.303;SC=CAAAGCCCCCGGCCCAAGGCC;SOR=0.187;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=22;WE=195937667;WS=195937649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr3	195937678	rs12718059	G	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.244;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=237;ReadPosRankSum=-0.894;SC=CCTGTGGCTTGCTCAGGTCAG;SOR=2.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=14;WE=195937686;WS=195937668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr3	195941216	rs7642243	C	G	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,39:0.33:118
chr3	195943481	rs56030157	C	T	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=12.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.992;QD=10.20;ReadPosRankSum=2.243;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,96:0.56:170
chr3	195953775	rs68119320	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=6.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=-2.165;SOR=0.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr3	195954078	rs57985677	C	CCGTCACTTT	1647.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=5.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=3.339;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.756;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,49:0.32:155
chr3	195955762	rs939885	G	A	2008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.03;ReadPosRankSum=-1.558;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,95:0.57:167
chr3	195956726	rs144375332	AAG	A	869.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.751;NF=4;NR=10;PP=490;ReadPosRankSum=0.452;SC=CATCTCTTGAAAGAGAGAGAG;SOR=0.746;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=14;WE=195956735;WS=195956716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr3	195956827	rs17852687	T	C	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=2.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.800;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.945;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,72:0.49:148
chr3	195959924	rs1476331	T	C	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.787;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=522;ReadPosRankSum=-1.707;SC=TATTTCACCCTACACTGCAGT;SOR=0.976;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=38;WE=195959932;WS=195959914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,39:0.42:92
chr3	195960225	rs9343	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=333;ReadPosRankSum=-0.211;SC=ACAATGTTAGAATAAAATTGC;SOR=1.278;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=22;WE=195960233;WS=195960215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
chr3	195968643	rs1045075	G	A	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=638;ReadPosRankSum=3.054;SC=AGACCGTAACGGCAGAAACTG;SOR=0.926;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=37;WE=195968651;WS=195968633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,41:0.46:90
chr3	195984818	.	T	TA	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=1.046;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,13:0.22:58
chr3	195994049	.	C	CA	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.94;MQRankSum=1.669;QD=4.16;ReadPosRankSum=2.080;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr3	196051087	rs147354585	GTC	G	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FS=3.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=6.141;QD=0.43;ReadPosRankSum=-1.314;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:355,43:0.11:398
chr3	196054439	rs6785339	T	G	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.022;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=306;ReadPosRankSum=0.919;SC=TGAGCTTGCCTGCGTGCAGGG;SOR=0.223;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=30;WE=196054447;WS=196054429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr3	196054488	rs6782336	A	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=1.322;SC=AGGGAGTCGCAGCAGCTCTGC;SOR=0.465;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=10;WE=196054496;WS=196054478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr3	196096451	rs9860931	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.593;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=88;ReadPosRankSum=-1.246;SC=CCTTCTTATACACCAACATCA;SOR=0.117;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=12;WE=196096459;WS=196096441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr3	196118868	rs6779332	A	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=18;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.904;NF=3;NR=15;PP=215;ReadPosRankSum=-2.123;SC=AAAAAAAAAAACACAAACTTC;SOR=0.829;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=18;WE=196118876;WS=196118858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr3	196130005	rs6799210	A	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.541;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=161;ReadPosRankSum=-1.047;SC=GAAGCACAGTAATAATAAGTT;SOR=1.646;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=9;WE=196130013;WS=196129995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr3	196134294	.	TA	T	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.304;QD=1.97;ReadPosRankSum=0.329;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,27:0.33:81
chr3	196199204	rs3796129	G	T	11558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=198;NR=203;PP=2965;SC=AGAAAAGCATGGATCCTTGAC;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=401;TCF=198;TCR=203;TR=401;WE=196199212;WS=196199194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr3	196202326	rs13090871	T	C	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=330;ReadPosRankSum=0.282;SC=GTGCTTCAGATATTTTGGTCA;SOR=0.368;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=17;WE=196202334;WS=196202316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr3	196210590	rs7643192	A	G	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=4;PP=438;SC=AACAGAAAACACTGGCATACA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=196210598;WS=196210580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	196210808	rs7646174	T	C	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=18;PP=522;SC=GAGAGAACTTTATGATAAAAT;SOR=1.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=196210816;WS=196210798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	196210894	rs7646273	T	C	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=8;PP=230;SC=TCTGTACATCTCTTGAAGAAT;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=11;WE=196210902;WS=196210884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	196215352	rs34023868	C	CA	234.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=5;PP=130;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.836;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=10;WE=196215360;WS=196215342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	196215451	rs62798260	CA	C	957.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5146;FS=5.443;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.347;NF=11;NR=14;PP=321;ReadPosRankSum=0.494;SC=AGAAATATTCCAAAAAAAAAA;SOR=0.081;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=25;WE=196215470;WS=196215441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,52:0.93:56
chr3	196215660	rs11185543	G	A	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=17;PP=454;SC=ATTAATAACTGCAGCAATATC;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=196215668;WS=196215650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	196236244	rs6803596	T	C	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.401;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=460;ReadPosRankSum=-0.763;SC=CAAATTAATCTTTTTTTAAAA;SOR=0.264;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=29;WE=196236252;WS=196236234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr3	196281208	rs9311	T	C	3645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=80;PP=1806;ReadPosRankSum=-1.434;SC=TATTTAGCTTTGGTAAAATGT;SOR=0.601;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=384;TCF=208;TCR=176;TR=169;WE=196281219;WS=196281198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,187:0.45:418
chr3	196294104	rs9842616	C	G	6845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=111;NR=116;PP=2965;SC=CTACAGGCTTCGGGTTTCTGA;SOR=0.890;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=111;TCR=117;TR=227;WE=196294112;WS=196294094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr3	196386964	rs1798631	C	G	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.974;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=47;PP=1052;ReadPosRankSum=-0.397;SC=ACATGGCAGCCCTCATGCTCC;SOR=0.820;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=287;TCF=149;TCR=138;TR=92;WE=196386972;WS=196386954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,102:0.33:309
chr3	196434364	rs67479689	AGTCTG	A	1051.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.926;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=883;ReadPosRankSum=-0.912;SC=TTCCAGAACCAGTCTGGTAAT;SOR=1.521;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=17;WE=196434376;WS=196434354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr3	196435331	rs55901490	CAG	C	2390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.891;NF=13;NR=14;PP=1100;ReadPosRankSum=0.964;SC=CAGTCCCTGACAGAGTCATGA;SOR=0.449;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=27;WE=196435340;WS=196435321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,63:0.57:111
chr3	196435534	rs6776064	T	C	2481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=62;PP=1134;ReadPosRankSum=0.639;SC=ATCATTCCCATGTACATGTCC;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=204;TCF=94;TCR=110;TR=114;WE=196435542;WS=196435524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,124:0.55:224
chr3	196438744	rs7629566	A	G	3626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=1.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=-1.015;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,174:0.53:326
chr3	196438826	rs7639719	G	T	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=1.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.845;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,90:0.52:173
chr3	196443803	rs1906044	T	C	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.52;ReadPosRankSum=-1.311;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,33:0.69:48
chr3	196443826	rs1906045	A	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=5.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.22;ReadPosRankSum=-1.414;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr3	196448103	rs9864896	C	T	1835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.57;ReadPosRankSum=-1.663;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,91:0.62:146
chr3	196453427	rs1976847	C	A	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=17;PP=654;ReadPosRankSum=-0.358;SC=TAATATTGCTCCTGTACTCTA;SOR=0.598;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=124;TCF=84;TCR=40;TR=54;WE=196453435;WS=196453417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,63:0.45:139
chr3	196453467	rs1568603	A	C	2418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,123:0.46:265
chr3	196453654	rs12637375	C	A	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=693;ReadPosRankSum=0.695;SC=TTAGTACATACAGTTTCTACT;SOR=0.715;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=47;WE=196453662;WS=196453644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,51:0.55:92
chr3	196541580	rs11185455	G	A	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=85;PP=2389;SC=CTCCATCTCCGTGCCATTTCA;SOR=1.953;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=36;TCR=85;TR=121;WE=196541588;WS=196541570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	196613683	rs150375675	A	AG	779.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=628;ReadPosRankSum=0.388;SC=TAAACCAGTTAGTCTGCTTGA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=16;WE=196613691;WS=196613673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr3	196626689	rs9842002	G	A	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=524;ReadPosRankSum=0.112;SC=AAAATTTTTGGCATATATGAC;SOR=0.618;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=33;WE=196626697;WS=196626679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr3	196627088	rs9825635	A	G	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.696;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=274;ReadPosRankSum=-2.497;SC=TTTGATTACTATTGGCAGTAA;SOR=0.177;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=15;WE=196627096;WS=196627078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr3	196627335	rs6764463	T	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=-0.265;SC=TGTATTAAAATGAGTAGTTTT;SOR=0.448;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=14;WE=196627343;WS=196627325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr3	196627356	rs9810317	C	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.13;ReadPosRankSum=-1.046;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr3	196627361	rs6772870	G	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.56;ReadPosRankSum=-0.051;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr3	196654507	rs10663759	T	TA	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.969;QD=5.35;ReadPosRankSum=1.345;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr3	196656772	rs1602	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=96;ReadPosRankSum=0.408;SC=AAGTGTGGGTGTCATCCATGT;SOR=1.473;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=9;WE=196656780;WS=196656762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr3	196657670	rs63736860	CT	C	995.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=588;ReadPosRankSum=2.551;SC=TTTCTGGGACCTTTTTTTTTG;SOR=0.808;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=42;WE=196657678;WS=196657660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,66:0.47:140
chr3	196666059	rs553783	A	G	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=876;ReadPosRankSum=-0.910;SC=AGGGACGCTTATGAGCTACCA;SOR=0.618;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=93;TCR=57;TR=66;WE=196666067;WS=196666049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,72:0.45:160
chr3	196669488	rs3214858	C	CA	1676.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.540;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.513;NF=12;NR=19;PP=1160;ReadPosRankSum=0.033;SC=CCGAGGGCGGCGTGTCGTCAT;SOR=0.416;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=75;TCF=20;TCR=55;TR=31;WE=196669496;WS=196669478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,52:0.47:110
chr3	196669912	rs335824	C	T	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.799;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=572;ReadPosRankSum=1.397;SC=GGGCCGAGGCCGCTTGCTTTT;SOR=0.326;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=39;WE=196669920;WS=196669902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr3	196674749	rs4916589	C	T	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.576;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=28;PP=1077;ReadPosRankSum=-2.598;SC=GACTTGCAGCCGTTGCCACGC;SOR=1.064;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=205;TCF=120;TCR=85;TR=76;WE=196674757;WS=196674739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,89:0.38:234
chr3	196674879	rs12636891	A	G	3203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=77;PP=2006;ReadPosRankSum=-0.086;SC=TTGTAGTGCAAGAAGTTGACA;SOR=0.673;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=377;TCF=194;TCR=183;TR=156;WE=196674887;WS=196674869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,167:0.40:414
chr3	196674916	rs1147240	A	C	2997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.279;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=76;PP=1469;ReadPosRankSum=0.058;SC=TCCTGGATGTAGCGGGGCTGG;SOR=0.931;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=366;TCF=179;TCR=187;TR=139;WE=196674924;WS=196674906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,160:0.40:403
chr3	196674972	rs574365	CT	TC	4235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.534;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=45;PP=2915;ReadPosRankSum=-0.103;SC=GCTGTGAGGGCTGCCCCAGGG;SOR=0.761;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=270;TCF=138;TCR=132;TR=94;WE=196674982;WS=196674962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,118:0.39:304
chr3	196735624	rs965666	G	A	4294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=84;PP=2663;ReadPosRankSum=-0.279;SC=GGCAGGCGTCGGCAGGAGGGT;SOR=0.566;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=361;TCF=200;TCR=161;TR=186;WE=196735632;WS=196735614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,200:0.51:393
chr3	196735808	rs41284045	G	A	3080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.750;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=82;PP=1861;ReadPosRankSum=-0.071;SC=TCACGGGCACGCAGCTGGCAT;SOR=0.839;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=354;TCF=167;TCR=187;TR=151;WE=196735816;WS=196735798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,159:0.42:376
chr3	196736575	rs41284047	A	G	2341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.045;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.679;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,119:0.48:247
chr3	196749798	rs2288766	T	G	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=59;NR=28;PP=1464;SC=CTCCCTGCCCTCGGCCCCTCC;SOR=1.265;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=87;WE=196749806;WS=196749788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	196750016	rs2288765	A	G	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=72;PP=2224;SC=GTCACTCAGCAGAACTTTCTT;SOR=0.998;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=63;TCR=72;TR=135;WE=196750024;WS=196750006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	196750841	rs2280294	C	A	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	196751474	rs2280296	C	T	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=570;SC=GCTGTACACACGGATGTGTGC;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=196751482;WS=196751464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	196754819	rs2276788	C	G	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=37;PP=1035;SC=CTCCCCCGCCCTGCCCAGCCC;SOR=1.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=58;WE=196754827;WS=196754809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	196754856	rs12637442	C	A	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=21;PP=545;SC=GTGGCTCCAGCAGTTCTGTGT;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=196754864;WS=196754846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	196756393	.	A	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.580;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=41;ReadPosRankSum=0.606;SC=CTCGACCCCGAGCCCCTGCCT;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=4;WE=196756401;WS=196756383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr3	196795720	rs6804448	T	C	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=-1.186;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr3	196795879	rs57032552	A	ACT	847.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.334;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=723;ReadPosRankSum=1.555;SC=CACAAATAATATTTTTATTTT;SOR=0.499;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=16;WE=196795887;WS=196795869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr3	196803647	rs12632559	T	C	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=410;ReadPosRankSum=0.498;SC=AGCTGACTCCTATGACCACAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=20;WE=196803655;WS=196803637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr3	196869688	rs7628652	A	G	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	197020630	rs364644	G	A	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.415;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
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chr3	197239266	rs9325394	C	G	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.572;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=43;PP=1041;ReadPosRankSum=-1.317;SC=ACCTGCTAAGCCGTTACTGCC;SOR=1.018;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=110;TCF=43;TCR=67;TR=69;WE=197239274;WS=197239256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,72:0.62:117
chr3	197361944	rs11918438	G	T	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.753;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.744;NF=53;NR=12;PP=1290;ReadPosRankSum=0.930;SC=ACAAAAAGGCGAAGTCGGAGA;SOR=0.103;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=83;TCF=70;TCR=13;TR=65;WE=197361952;WS=197361939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,71:0.78:91
chr3	197362030	rs2451791	C	T	2397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.888;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-13.297;NF=77;NR=50;PP=1421;ReadPosRankSum=0.149;SC=CTTCATCTCACGATAAAGACA;SOR=0.863;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=363;TCF=207;TCR=156;TR=127;WE=197362041;WS=197362020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,134:0.36:374
chr3	197362103	rs28434055	G	T	5563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=8.727;NF=122;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=0.568;SC=GAAGAAGAAGGGATTGAGAGA;SOR=0.668;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=422;TCF=197;TCR=225;TR=265;WE=197362111;WS=197362093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,264:0.63:419
chr3	197362179	rs11915811	T	C	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.144;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.227;NF=33;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.904;SC=CGTGAAAGAATTGTACATCAT;SOR=0.465;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=166;TCF=51;TCR=115;TR=99;WE=197362195;WS=197362169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,97:0.60:162
chr3	197362184	rs9867990	C	T	2228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.86;MQRankSum=2.164;QD=15.27;ReadPosRankSum=1.419;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,61:0.42:146
chr3	197362187	rs9867993	C	T	2252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.33;MQRankSum=2.943;QD=16.32;ReadPosRankSum=0.814;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,60:0.43:138
chr3	197432063	rs58507505	T	C	5397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=1.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.85;ReadPosRankSum=1.022;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,257:0.61:420
chr3	197482760	rs13068986	C	G	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.63;QD=27.08;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	197483279	rs6794391	A	G	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=14;PP=1279;SC=AAAATAATTGACATTTCCTCT;SOR=2.015;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=62;WE=197483287;WS=197483269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	197495334	rs3205525	G	A	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	197496984	rs1708460	A	G	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=12;PP=811;SC=GATTAACATAATTTCTTGCCT;SOR=1.519;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=45;WE=197496992;WS=197496974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	197500394	rs3830497	T	TTTTG	4997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.515;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=60;PP=2278;ReadPosRankSum=-0.483;SC=TTGGCAGTGTTTTTGTTTGTT;SOR=0.255;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=89;TCF=11;TCR=78;TR=70;WE=197500410;WS=197500384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,202:0.97:209
chr3	197508639	rs182805681	A	T	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.788;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,60:0.52:115
chr3	197544200	rs55896070	C	CGTGTGTGTGTGT	1233.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.29;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	197544201	.	A	G	571	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;FR=1.0000;HP=1;HapScore=4;MGOF=17;MMLQ=23;MQ=56.42;NF=8;NR=16;PP=571;QD=25.2404671895;SC=ATTGTCCAACATGTGTGTGTG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=24;WE=197544230;WS=197544191;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr3	197544201	.	A	ATTTTGTGTGTGTGTGCG	1236.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=56.22;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	197544209	.	G	GTGTATTT	423	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.7362;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MMLQ=27;MQ=55.77;NF=0;NR=5;PP=423;QD=86.6;SC=ACATGTGTGTGTGTGTGTCTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=5;WE=197544230;WS=197544191;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,5:0.31:16
chr3	197544217	.	C	CTG	63.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.77;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr3	197557635	rs501101	C	T	7823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr3	197574936	rs2306439	G	C	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=26;PP=805;SC=GACTGGCTAAGTGCTTATTTG;SOR=3.737;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=40;WE=197574944;WS=197574926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	197581147	rs9863587	A	G	4023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=53;PP=2629;SC=CTCTATGTCAACGTCTTCAAA;SOR=1.218;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=89;TCR=53;TR=141;WE=197581155;WS=197581137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	197670507	.	C	CA	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr3	197681207	.	G	GT	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=2.531;QD=1.46;ReadPosRankSum=-1.254;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr4	53428	rs2859214	G	A	21804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=810;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=274;NR=491;PP=2965;SC=GGGAGGCCTCGTCGGAACCGG;SOR=1.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=772;TCF=274;TCR=498;TR=765;WE=53436;WS=53418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,805:1.00:805
chr4	60303	rs3864127	G	A	2991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.900;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,141:0.32:447
chr4	60335	rs2780400	A	T	9971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.80;ReadPosRankSum=1.423;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,355:0.85:419
chr4	60335	.	AGACATAGGAG	TGACATAGGAA,TGACATAGGAG	2790	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=13;MQ=60.0;NF=47,162;NR=48,174;PP=831,2790;QD=9.31018815644;SC=TTGCTTTTAGAGACATAGGAG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=397;TCF=191;TCR=206;TR=95,336;WE=60353;WS=60325;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.24:397
chr4	60345	rs4248885	G	A	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=0.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:304,100:0.25:404
chr4	60400	rs3864128	G	A	3699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.613;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=97;PP=2438;ReadPosRankSum=-0.939;SC=TATTATTTTCGCATCATGCCT;SOR=0.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=185;TCF=69;TCR=116;TR=153;WE=60408;WS=60390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,158:0.83:191
chr4	67783	rs35464588	CT	C	983.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FS=0.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.736;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.695;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,135:0.37:361
chr4	67857	rs6599364	C	A	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.742;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=33;PP=673;ReadPosRankSum=1.007;SC=CTCCCATGTTCACACCATTGT;SOR=0.981;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=120;TCF=37;TCR=83;TR=45;WE=67865;WS=67847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,43:0.38:113
chr4	85995	rs61336127	C	CA	11173.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=84;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=70;PP=2974;SC=AGAAACCCTACAATGTGAAAA;SOR=0.730;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=112;TCF=37;TCR=75;TR=107;WE=86003;WS=85985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr4	86016	rs57253237	G	GC	11049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.81;QD=43.50;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr4	86022	rs74490941	C	A	9646.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.10;QD=46.38;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr4	86022	.	CAG	ATA	2937	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MMLQ=23;MQ=46.32;NF=29;NR=27;PP=2937;QD=20;SC=CAAAGCTTTACAGGGTCCACA;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=95;TCF=54;TCR=41;TR=56;WE=86052;WS=86006;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:39,56:0.59:95
chr4	86023	rs78362263	A	T	9556.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.08;QD=46.17;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr4	86024	rs77715101	G	A	9736.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.06;QD=47.27;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr4	86031	rs367720730	CA	C	9502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.05;QD=46.35;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr4	86032	.	AAT	A	2973	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MMLQ=27;MQ=48.05;NF=15;NR=27;PP=2973;QD=20;SC=CAGGGTCCACAATCCACTGAA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=86052;WS=86006;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	86034	rs57594632	TC	T	9502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.03;QD=46.58;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
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chr4	86042	rs17857099	A	G	9756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.14;QD=46.68;SOR=1.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr4	86044	rs17857100	G	A	9621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.13;QD=46.26;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr4	86101	rs58319295	G	GC	14482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=78;PP=2957;SC=ATGTGGCAAAGCTTTAGACGG;SOR=0.871;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=157;TCF=69;TCR=88;TR=144;WE=86110;WS=86091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr4	86738	rs2353625	A	G	8794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.06;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr4	87277	rs2006764	G	C	11984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=60.04;NF=155;NR=155;PP=2965;SC=TGTGGCAAAGGTTTTAATCGG;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=313;TCF=155;TCR=158;TR=310;WE=87285;WS=87267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr4	87313	rs60154095	G	GA	16524.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=150;PP=2957;SC=GTACACAAGCGATTCATACTG;SOR=0.826;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=197;TCF=39;TCR=158;TR=188;WE=87321;WS=87303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr4	135694	rs12504142	G	A	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=3;PP=683;SC=GTTATTTTCAGTGCATGTTTT;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=135702;WS=135684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	264558	rs17775145	G	A	4254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=57;PP=2455;SC=ACATTTGTAGGATTCATCTCC;SOR=0.870;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=80;TCR=57;TR=137;WE=264566;WS=264548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr4	289272	rs112132883	C	T	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=26;PP=985;SC=TTGTAGGGCTCCTTTCTTTGC;SOR=0.844;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=57;WE=289280;WS=289262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	331693	rs5855672	G	GC	7518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.089;NF=37;NR=80;PP=2957;ReadPosRankSum=-1.965;SC=TTCGGCCACAGCTCAGCCTCC;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=38;TCR=81;TR=117;WE=331701;WS=331683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,286:0.99:288
chr4	337983	.	A	C	475	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=51;MMLQ=23;MQ=57.01;NF=6;NR=1;PP=475;QD=72.8244589353;SC=AAATATTCTAAAGATTCTGTC;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=7;WE=338004;WS=337973;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr4	338031	.	A	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQRankSum=-7.238;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.322;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,7:0.13:54
chr4	338036	.	A	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=5.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQRankSum=-7.627;QD=4.01;ReadPosRankSum=-1.330;SOR=0.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,10:0.17:60
chr4	338047	.	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQRankSum=-8.071;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.889;SOR=0.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,11:0.16:67
chr4	338054	.	G	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQRankSum=-8.732;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.215;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,11:0.14:78
chr4	338078	.	A	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQRankSum=-9.601;QD=2.88;ReadPosRankSum=1.337;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,13:0.14:94
chr4	338086	.	T	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=6.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQRankSum=-9.911;QD=2.56;ReadPosRankSum=2.040;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,13:0.13:100
chr4	338100	.	ATT	A	369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=3.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-9.918;QD=2.93;ReadPosRankSum=1.542;SOR=0.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,16:0.13:126
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chr4	338113	.	A	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=6.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-11.211;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.872;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,20:0.13:153
chr4	338129	rs75245145	GC	AG	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.489;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-9.615;QD=4.65;ReadPosRankSum=-1.770;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,35:0.17:200
chr4	338156	rs79227679	T	A	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQRankSum=-8.249;QD=2.62;ReadPosRankSum=-2.279;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,50:0.21:237
chr4	338186	rs78725891	G	T	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-6.378;QD=5.02;ReadPosRankSum=-3.192;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,92:0.32:288
chr4	338197	.	T	TGA	3364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-5.883;QD=11.72;ReadPosRankSum=-0.796;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,94:0.33:287
chr4	338200	.	G	C	3487.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.272;ClippingRankSum=0.000;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-5.702;QD=12.15;ReadPosRankSum=-0.182;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,98:0.34:287
chr4	338201	.	ATC	A	3493.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.168;ClippingRankSum=0.000;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQRankSum=-5.731;QD=12.09;ReadPosRankSum=0.251;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,98:0.34:289
chr4	338205	rs80052234	T	C	3505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQRankSum=-5.760;QD=12.05;ReadPosRankSum=0.909;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,98:0.34:291
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chr4	338252	rs76962477	G	A	3102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=3.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=-3.667;QD=14.04;ReadPosRankSum=0.657;SOR=0.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,84:0.38:221
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chr4	367275	.	A	G	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.946;ClippingRankSum=0.000;DP=557;ExcessHet=3.0103;FS=16.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=-15.528;QD=4.89;ReadPosRankSum=-8.492;SOR=2.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:484,68:0.12:552
chr4	367280	.	T	A	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.828;ClippingRankSum=0.000;DP=538;ExcessHet=3.0103;FS=21.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=-15.217;QD=2.03;ReadPosRankSum=-8.086;SOR=2.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:478,54:0.10:532
chr4	367283	.	AAA	GTT	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.642;ClippingRankSum=0.000;DP=521;ExcessHet=3.0103;FS=23.800;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-15.302;QD=1.35;ReadPosRankSum=-7.957;SOR=3.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:470,46:0.09:516
chr4	466346	.	C	CAT	663.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.292;ClippingRankSum=0.000;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=4.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQRankSum=-16.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=-6.653;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,36:0.12:305
chr4	466361	.	C	T	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.260;ClippingRankSum=0.000;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=6.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQRankSum=-17.858;QD=2.57;ReadPosRankSum=-3.979;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:337,57:0.14:394
chr4	466365	.	T	C	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.130;ClippingRankSum=0.000;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=3.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQRankSum=-17.252;QD=2.44;ReadPosRankSum=-3.137;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:348,57:0.14:405
chr4	466410	.	C	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.962;ClippingRankSum=0.000;DP=512;ExcessHet=3.0103;FS=16.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-17.558;QD=0.09;ReadPosRankSum=2.188;SOR=2.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:452,47:0.09:499
chr4	466424	.	C	A	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.276;ClippingRankSum=0.000;DP=527;ExcessHet=3.0103;FS=7.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQRankSum=-18.796;QD=2.21;ReadPosRankSum=4.223;SOR=1.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:464,63:0.12:527
chr4	466427	.	G	T	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.471;ClippingRankSum=0.000;DP=536;ExcessHet=3.0103;FS=5.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQRankSum=-18.837;QD=2.13;ReadPosRankSum=4.479;SOR=1.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:475,61:0.11:536
chr4	466434	.	G	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.051;ClippingRankSum=0.000;DP=547;ExcessHet=3.0103;FS=4.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQRankSum=-18.901;QD=1.77;ReadPosRankSum=4.213;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:488,59:0.11:547
chr4	500631	rs4690182	A	G	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr4	648643	rs10902758	G	A	4130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr4	651283	.	GGTGCGGCGGGGCAGGACGTCCAGGGGTCACCCAGGGGTCACGGCT	G	4489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=50;PP=2900;SC=AGCTCATCCTGGTGCGGCGGG;SOR=1.085;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=4;TCR=55;TR=54;WE=651335;WS=651273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	663908	rs28675771	A	G	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	727695	rs73221126	A	C	8588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=145;PP=2965;SC=AAAAGCAGGAACCAGGACCAG;SOR=0.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=290;TCF=145;TCR=145;TR=290;WE=727703;WS=727685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr4	727939	rs73221127	C	G	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=53;PP=1517;SC=CCAGTGTGTTCTTCACACCTG;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=88;WE=727947;WS=727929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	738275	rs56187241	C	T	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	738512	.	T	C	675	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=23;MQ=56.5;NF=4;NR=23;PP=675;QD=26.2878226869;SC=AGTGTTAGTGTTCGCCGTGGA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=27;WE=738520;WS=738502;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr4	759733	rs6816483	T	C	3632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=1.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr4	780286	rs10794536	C	G	3119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=31;PP=1606;SC=GTCCCGCGCGCGGCTACTTCT;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=65;TCR=31;TR=96;WE=780294;WS=780276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	786508	rs2306250	T	C	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=54;PP=1609;SC=CTCCATCCACTCGACCCTCTG;SOR=2.995;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=18;TCR=55;TR=71;WE=786516;WS=786498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	843622	.	A	AC	679.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=0.994;QD=16.99;ReadPosRankSum=-2.090;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr4	843638	rs200582369	G	A	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=93;PP=2681;SC=CCCCCGCCCCGCCCCTGAAGG;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=10;TCR=94;TR=103;WE=843646;WS=843628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	843695	rs8093	A	G	4641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=116;PP=2965;SC=CGGGGTGCACAGCCAGCACCG;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=82;TCR=117;TR=197;WE=843703;WS=843685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr4	845772	rs10031922	T	C	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=38;PP=942;SC=CCTGTGGAGATGGAGATCGGA;SOR=1.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=845780;WS=845762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	858874	rs3214922	T	TC	3572.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=20;PP=1508;SC=CAGCTGCACGTCTGGGAGCCC;SOR=0.799;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=33;WE=858882;WS=858864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
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chr4	860192	rs1064207	A	G	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr4	871675	rs1564280	A	G	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=52;PP=1481;SC=TTTCGAATAGAAGTTTTTCAT;SOR=2.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=14;TCR=52;TR=66;WE=871683;WS=871665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	875887	rs2279186	G	A	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=76;PP=2250;SC=AAGGGCTCGCGGGGTCCTCGG;SOR=1.574;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=44;TCR=76;TR=118;WE=875895;WS=875877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr4	877709	rs3736083	T	C	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=1;PP=575;SC=CCTGTGAGTCTGTGGCCACAG;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=877717;WS=877699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	887513	rs33951409	AC	A	875.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.9815;FS=1.648;HP=10;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.858;NF=16;NR=16;PP=471;ReadPosRankSum=-0.924;SC=CTCTCTGGAAACCCCCCCCCC;SOR=0.430;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=32;WE=887522;WS=887504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,40:0.87:46
chr4	892082	rs3830209	TGCA	T	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=13;PP=681;SC=GCCGGGTGCCTGCAGCACCTC;SOR=2.419;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=892092;WS=892072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	906647	rs2279178	A	G	6674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=121;NR=118;PP=2965;SC=CACCCGATGCATCATCTCAGA;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=121;TCR=118;TR=239;WE=906655;WS=906637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr4	942006	rs2290403	G	A	5812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=121;PP=2965;SC=CCCGAGGCTCGACCTGGCACA;SOR=1.396;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=73;TCR=122;TR=194;WE=942014;WS=941996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr4	946226	rs11552301	T	C	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=30;NR=37;PP=1049;SC=TGATCGCCATTGGGGTCGTGC;SOR=1.249;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=67;WE=946234;WS=946216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	946262	.	CTGTGTG	C	515.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.67;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	946974	rs2290405	G	A	7212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=147;NR=102;PP=2965;SC=TGCTTTTCCCGCAGGCACTGA;SOR=1.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=147;TCR=104;TR=249;WE=946982;WS=946964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr4	950231	rs61341809	G	GT	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=5.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr4	954247	rs3733345	G	T	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=10;PP=954;SC=GGATGAGGGCGGGTCCCGCTC;SOR=2.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=954255;WS=954237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	954275	rs3733346	T	C	4039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.39;SOR=1.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	954275	.	TGT	CGC	1174	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=51;NR=23;PP=1174;QD=16.5874037144;SC=GGGAAGATGCTGTGGTCAGGG;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=74;WE=954285;WS=954265;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,74:0.97:76
chr4	954277	rs3733347	T	C	4039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.39;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	954311	rs3733349	C	T	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=65;NR=43;PP=1694;SC=ACCACAGGGCCGGCCACTGTG;SOR=0.921;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=110;TCF=65;TCR=45;TR=108;WE=954319;WS=954301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	960081	rs4690324	G	A	5623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=112;PP=2965;SC=TCTGCAGCTCGAGGCCTCCCT;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=78;TCR=112;TR=189;WE=960089;WS=960071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr4	960713	rs4690196	G	A	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=40;PP=1501;SC=ACCCCCCACCGAGTCTGGCCG;SOR=0.984;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=72;WE=960721;WS=960703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	961191	rs1377587	A	G	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.20;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	961373	rs1377586	G	A	5409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr4	962067	.	CA	TC	269	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=108;MMLQ=24;MQ=59.36;NF=0;NR=2;PP=269;QD=161.233937431;SC=TCCCAGCGCCCACCTGGACCC;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=2;WE=962076;WS=962043;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,2:0.17:12
chr4	980464	rs4690220	A	G	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=10;PP=822;SC=AAAATCGCTGAAGCCCCGGAG;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=980472;WS=980454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	980896	rs11248061	C	A	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=3;PP=110;SC=GCCCCCGCGCCGCGCTGCTGG;SOR=0.976;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=980904;WS=980886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	980932	rs10902762	G	A	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	980971	rs10794537	T	G	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	982852	rs3796621	G	A	5000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=94;NR=70;PP=2839;SC=TGCTCACACCGGCTGCGTCTA;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=94;TCR=70;TR=164;WE=982860;WS=982842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr4	983060	rs3796622	T	C	12469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=226;NR=231;PP=2965;SC=GTAGAGTGACTGCAGGAAGAA;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=457;TCF=226;TCR=231;TR=457;WE=983068;WS=983050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
chr4	983809	rs4690221	C	T	6923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=130;NR=104;PP=2965;SC=GCCCGAAGTGCGACACGAGTG;SOR=0.805;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=130;TCR=104;TR=234;WE=983817;WS=983799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr4	985727	rs3822020	A	G	5538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=102;NR=80;PP=2965;SC=ATCCATCGTGAGGTGAGATGG;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=103;TCR=80;TR=182;WE=985735;WS=985717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr4	1050437	rs7680608	C	G	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=223;SC=TCATAATTTTCGAAATTCACA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=1050445;WS=1050427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	1050636	rs60085185	C	T	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=7;PP=418;SC=CTAAACACTGCCTCTGCAGCA;SOR=1.460;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=1050644;WS=1050626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	1050653	rs3816474	G	A	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=10;PP=470;SC=AGCAGGCTGGGGATGCTGATG;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=1050661;WS=1050643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	1050849	rs10003009	GT	AC	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=19;PP=1320;SC=TGGTGACACGGTAGTTACAGC;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=1050858;WS=1050839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	1050909	rs9992925	A	T	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=11;PP=287;SC=CATCTCTGAGAACCTCGGAGC;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=1050917;WS=1050899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	1052078	rs2290410	A	T	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	1052125	rs11724371	T	C	4634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.32;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	1052166	rs2248083	A	C	5960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.48;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	1052206	rs2045069	T	C	5140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.90;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	1052212	rs2045068	G	A	5092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.53;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	1052355	rs2045067	C	T	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=10;PP=207;SC=AGGTTGCGGGCAGCCCTGGTG;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=1052363;WS=1052345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	1067032	rs9992322	G	A	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=22;PP=584;SC=TGTGTGGGCTGAGGTGGATGT;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=1067040;WS=1067022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	1067267	rs2290408	G	T	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=3;PP=518;SC=CCCATGCACCGGGTGGAAGGA;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=1067275;WS=1067262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	1067638	rs6852155	T	G	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=60;PP=1781;SC=GTGGTAGAGGTGGTGTGGGTG;SOR=1.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=84;WE=1067646;WS=1067628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	1084723	rs658846	G	C	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=17;PP=511;SC=ACTCTCAGGAGAGCTCACAGT;SOR=1.151;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=1084731;WS=1084713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	1084765	rs649243	C	T	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=11;PP=329;SC=CCCCCACAGACGCCCATGGCC;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=1084773;WS=1084755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	1087066	rs608066	G	A	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=433;SC=TTATCTGTTGGTATTTACCCT;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=1087074;WS=1087060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	1087168	rs61648964	A	AAT	6596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=28;PP=2665;SC=TATTGTAACAAATGCCAATAT;SOR=1.219;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=55;WE=1087179;WS=1087158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	1087171	rs59985183	G	T	6636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=29;PP=1695;SC=TGTAACAAATGCCAATATTTA;SOR=1.288;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=93;TCF=59;TCR=34;TR=84;WE=1087179;WS=1087158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr4	1087265	rs1670534	T	C	7694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=25.74;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr4	1087327	rs138488801	G	GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC	7560.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=30;PP=2965;SC=CAGAGCCTGTGACCTCCACGG;SOR=1.319;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=69;TCF=13;TCR=56;TR=35;WE=1087346;WS=1087317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr4	1087329	rs118112880	C	T	7682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=58.20;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr4	1087338	rs11725984	C	T	5648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr4	1087362	rs59057706	C	T	3690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=223;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=64;PP=1722;SC=CTGAGAGGCACGAGAGGCAGA;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=49;TCR=64;TR=113;WE=1087370;WS=1087352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	1087393	rs616196	G	T	4210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=117;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=76;PP=2569;SC=GGCTGGAGGGGCTGGCCGGGT;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=71;TCR=76;TR=146;WE=1087401;WS=1087383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr4	1087531	rs615381	T	C	3513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=47;PP=1911;SC=AAGCAACTTCTGGCCCCAAGG;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=64;TCR=47;TR=111;WE=1087539;WS=1087521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	1087617	rs614945	C	A	3902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=58;PP=2267;SC=TGGTGTTTCCCTGGGCCTCTG;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=73;TCR=58;TR=131;WE=1087625;WS=1087607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr4	1087838	rs140326541	G	GCTTGCTGCAGTGGGATAAC	1582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=14;PP=2957;SC=AAGCAAGGAAGCTCCCAGAGG;SOR=2.649;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=14;WE=1087846;WS=1087828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	1090485	rs662667	T	C	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=20.071;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.975;NF=32;NR=15;PP=898;ReadPosRankSum=3.356;SC=ACACCCCTCATAGCTCCATGG;SOR=1.326;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=47;WE=1090493;WS=1090475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:23,47:0.67:70
chr4	1090502	rs648640	G	A	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=20.006;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=-0.676;NF=36;NR=22;PP=1077;ReadPosRankSum=6.452;SC=ATGGTCTCGGGATAGTGCACC;SOR=1.266;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=58;WE=1090510;WS=1090492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:23,46:0.67:69
chr4	1090762	rs661364	A	C	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=19;PP=433;SC=ATGGCCTCTCAGGGGCCCTGC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=1090770;WS=1090752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	1106994	.	G	T	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	1107278	rs11728360	G	A	3578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=64;PP=2102;SC=GCAGCGGCGAGGCCGGGCCCA;SOR=1.006;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=59;TCR=64;TR=123;WE=1107286;WS=1107268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr4	1161480	rs17164384	C	T	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=1.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	1164059	rs73067775	G	A	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=15;PP=985;SC=AAATCTTCTAGGCACCATCTT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=1164067;WS=1164049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	1164378	rs140283251	AGAG	A	9913.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=85;PP=2974;SC=GGGAGGAAGAAGAGGAGGTTG;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=121;TCF=30;TCR=91;TR=112;WE=1164388;WS=1164368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr4	1164461	rs73067776	G	A	8911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=171;NR=141;PP=2965;SC=CGTCCAGCGTGCCCTCTGCAC;SOR=0.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=313;TCF=171;TCR=142;TR=312;WE=1164469;WS=1164451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr4	1164552	rs13115935	A	G	6571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=119;PP=2965;SC=AGGAAGGGGCAGCCTCCTCGG;SOR=0.875;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=112;TCR=120;TR=231;WE=1164560;WS=1164542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr4	1165741	rs922697	A	G	9610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.29;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr4	1165748	rs6836335	T	C	9486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.96;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr4	1194594	rs13115903	A	T	11084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=220;NR=178;PP=2965;SC=GCTGTGAGCAAGTGGAGAAAG;SOR=0.883;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=401;TCF=223;TCR=178;TR=398;WE=1194602;WS=1194584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr4	1207517	rs11247979	T	C	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=13;PP=242;SC=CCCACGGCCCTGCTCTGCTCG;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=1207525;WS=1207507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	1217056	rs2004531	G	A	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=10;PP=1249;SC=GGGCAGAGGTGTGAGGAACAG;SOR=2.483;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=52;TCR=10;TR=61;WE=1217064;WS=1217046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	1243573	rs1680032	T	C	7656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr4	1243617	rs3755920	T	C	4725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=91;PP=2844;SC=GGTTTGTAGCTAACCAACGTC;SOR=1.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=69;TCR=92;TR=160;WE=1243625;WS=1243607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr4	1244267	rs2291199	A	G	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.94;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	1244416	rs1732115	A	G	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	1244879	rs1564508	A	G	8082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.786;SC=GCCTCCGTCTACACACAGTGT;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=124;TCR=150;TR=272;WE=1244887;WS=1244869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,299:0.99:301
chr4	1291640	rs2293633	T	C	3425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=26;PP=2232;SC=TGGCCTGTGCTCTCATCTGGC;SOR=1.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=83;TCR=26;TR=109;WE=1291648;WS=1291630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr4	1291711	rs2293634	T	G	8426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=181;NR=121;PP=2965;SC=TGTAGCCCCATCCCCTGCCCT;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=304;TCF=182;TCR=122;TR=302;WE=1291719;WS=1291701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr4	1291791	rs2293635	A	G	9814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=171;NR=181;PP=2965;SC=TGCACTGGCCACAGAAGCCGC;SOR=0.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=352;TCF=171;TCR=181;TR=352;WE=1291799;WS=1291781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr4	1303682	rs13112706	G	T	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=343;SC=CCCGGCAGGGGTTGGAAAGTC;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=1303690;WS=1303672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	1369093	rs11941200	CT	GG	3538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.79;SOR=1.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	1373699	rs112142388	C	CTTT	1357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=3;PP=984;SC=TGACCGTGTTCTCCCTGGGTG;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=1373709;WS=1373693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	1373701	rs56108910	C	G	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=3;PP=513;SC=ACCGTGTTCTCCCTGGGTGCT;SOR=3.477;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=19;WE=1373709;WS=1373693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	1374695	rs28614045	C	A	7841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=1.976;SC=GATTGTTCCACGGGACGACGA;SOR=0.623;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=102;TCR=173;TR=275;WE=1374703;WS=1374685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,284:1.00:285
chr4	1374774	rs28522910	C	T	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=68;PP=1927;SC=CAGGAGCGCCCGGGTAGGTCT;SOR=1.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=32;TCR=68;TR=100;WE=1374797;WS=1374764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	1374787	rs114546495	G	A	4000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.96;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	1374787	.	GCA	ACG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=23;NR=61;PP=2947;QD=20;SC=GTAGGTCTGGGCAAGGCGGTC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=24;TCR=62;TR=84;WE=1374797;WS=1374764;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
chr4	1374789	rs28733902	A	G	4000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.46;SOR=2.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	1377615	rs9996817	A	G	4986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=96;PP=2799;SC=ATCTCGGCTCATCCAGGTACA;SOR=0.905;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=181;TCF=84;TCR=97;TR=180;WE=1377623;WS=1377605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr4	1388350	.	G	GTGCCCATGTGGAGTGCCCGCCTGCTCACACA	10740.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.44;QD=53.97;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr4	1388428	rs114966751	C	T	7366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.40;QD=24.39;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr4	1388583	rs9328733	A	G	6649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=1.237;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.45;MQRankSum=11.017;QD=24.01;ReadPosRankSum=3.878;SOR=0.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,267:0.96:277
chr4	1389156	rs71614972	T	C	5808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.69;QD=22.60;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr4	1397297	rs11945310	T	G	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=14;PP=471;SC=CGGTGGGCCCTGGGCAACGGG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=1397305;WS=1397287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	1619865	rs11722375	T	C	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.356;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr4	1659128	rs56214302	T	C	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=26;PP=884;ReadPosRankSum=2.191;SC=GCTCCTAAAGTGCTCACCGTT;SOR=0.531;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=159;TCF=105;TCR=54;TR=71;WE=1659136;WS=1659118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,76:0.45:168
chr4	1698183	rs798719	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=263;ReadPosRankSum=-2.165;SC=TTAAATATTACAGATCACCAG;SOR=0.638;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=21;WE=1698191;WS=1698173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr4	1713586	rs62285070	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.89;ReadPosRankSum=-2.253;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
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chr4	1725651	rs3099555	T	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.323;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=435;ReadPosRankSum=-0.897;SC=TGTCCGATGGTTCTTGCAGGA;SOR=0.388;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=29;WE=1725659;WS=1725641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr4	1729347	rs1793997	AT	GA	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=963;ReadPosRankSum=0.577;SC=TGGTGTGAGAATGTTAAACCT;SOR=0.725;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=31;WE=1729356;WS=1729337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr4	1729425	rs2592828	C	G	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.625;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=33;PP=1083;ReadPosRankSum=0.695;SC=GATTAAGTCTCTTTTAAAAGC;SOR=0.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=155;TCF=88;TCR=67;TR=79;WE=1729433;WS=1729415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,89:0.51:175
chr4	1729660	rs1063742	C	T	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.099;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=43;PP=1378;ReadPosRankSum=-0.991;SC=TGTCTGGCAGCCCTGAGCAAG;SOR=0.845;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=130;TCR=106;TR=94;WE=1729668;WS=1729650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,112:0.43:262
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chr4	1730299	rs798759	A	G	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=41;PP=1278;ReadPosRankSum=-1.088;SC=GGAGCGGAGCAGGAGAGGACC;SOR=0.669;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=223;TCF=129;TCR=94;TR=98;WE=1730307;WS=1730289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,112:0.45:249
chr4	1732410	rs17680831	C	T	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=578;ReadPosRankSum=-1.061;SC=AGGCAAGGCGCGTGTTTTCCT;SOR=0.771;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=103;TCF=57;TCR=46;TR=47;WE=1732418;WS=1732400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,54:0.46:117
chr4	1732573	rs146419121	GGGGT	G	1260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=11.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.81;ReadPosRankSum=-0.130;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr4	1732734	rs10516159	G	A	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=58;ReadPosRankSum=2.046;SC=GCCTGGTCGTGTAGAAGAGTA;SOR=0.666;SbPval=0.43;Source=Platypus;TCF=129;TR=117;WE=1732742;WS=1732724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,128:0.47:272
chr4	1732978	rs17680881	G	A	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.074;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=46;PP=1206;ReadPosRankSum=-0.313;SC=CATCAGCAGGGGCAGCCTGCC;SOR=0.468;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=140;TCF=60;TCR=80;TR=85;WE=1732986;WS=1732968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,90:0.61:147
chr4	1737062	rs3752746	A	G	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.962;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=39;PP=978;ReadPosRankSum=0.980;SC=GGTAGGTACCAGGCAATTCCG;SOR=0.886;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=136;TCF=72;TCR=64;TR=77;WE=1737070;WS=1737052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,87:0.54:162
chr4	1737109	rs3752748	G	A	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=539;ReadPosRankSum=1.148;SC=GAGCAGCCACGGCAGGTCTTG;SOR=0.892;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=40;WE=1737117;WS=1737099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,45:0.48:94
chr4	1737404	rs34859791	C	CCT	3865.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.667;NF=18;NR=22;PP=1622;ReadPosRankSum=0.646;SC=CCTTAGCCCCCGTGTGTGTTA;SOR=0.835;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=110;TCF=31;TCR=79;TR=40;WE=1737412;WS=1737394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,103:0.46:222
chr4	1737585	rs11729657	T	C	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=356;ReadPosRankSum=1.622;SC=CCCTCCCTCATGCATGAAGCC;SOR=0.907;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=27;WE=1737593;WS=1737575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr4	1739196	rs3816352	C	T	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=368;ReadPosRankSum=-1.534;SC=GTTCCCTCGCCGCACTGTCTC;SOR=0.974;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=18;WE=1739204;WS=1739186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr4	1739252	rs41286677	T	C	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.020;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=492;ReadPosRankSum=-0.257;SC=TGTGGGCCTTTCCTCCCTCAC;SOR=0.302;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=27;WE=1739260;WS=1739242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr4	1739592	rs2305188	A	G	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=1.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.539;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,110:0.49:226
chr4	1741325	rs2077363	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=46;ReadPosRankSum=0.530;SC=CCTCTGGGACATTGCTCCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=7;WE=1741333;WS=1741315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr4	1741533	rs140089579	CCGTCCCCATCCCCCTCGCCATCCT	C	1905.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=24.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.00;MQRankSum=4.884;QD=20.06;ReadPosRankSum=2.646;SOR=1.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,58:0.61:95
chr4	1741740	rs2249143	G	A	5654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.104;SC=GTGAGTGCCCGGGCCACCGAG;SOR=0.786;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=552;TCF=254;TCR=298;TR=254;WE=1741748;WS=1741730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,286:0.48:601
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chr4	1795321	rs4450996	C	A	241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.98;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr4	1805296	rs3135883	G	A	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=1;PP=623;SC=CAAGTTGGCGGTGGCTGAGGA;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=1805304;WS=1805288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr4	1807894	rs7688609	G	A	8574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr4	1809127	rs34562534	CGT	C	1123.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=32.11;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	1818594	rs9328763	C	T	7421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=96;NR=154;PP=2965;SC=CTTCCACGTACTTTTCTTCAC;SOR=1.341;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=251;TCF=96;TCR=155;TR=250;WE=1818602;WS=1818584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr4	1834447	rs56223366	G	C	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.63;ReadPosRankSum=-1.149;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,54:0.53:102
chr4	1954945	rs489550	A	G	6056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=128;NR=82;PP=2965;SC=CTTTAGCAGCATGGCTGCCTC;SOR=1.083;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=128;TCR=82;TR=210;WE=1954953;WS=1954935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr4	1961137	rs474235	G	A	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=461;ReadPosRankSum=-1.309;SC=AGTGGTGGGTGTGCAAGGGTA;SOR=0.323;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=37;WE=1961145;WS=1961127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr4	2010397	rs114311037	G	A	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=9;PP=647;ReadPosRankSum=0.406;SC=AGGGAGCGAGGAGGGTCCGGA;SOR=0.600;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=59;TCR=16;TR=41;WE=2010405;WS=2010387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr4	2044128	rs570712	C	T	1051.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.38;ReadPosRankSum=-1.954;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,45:0.96:47
chr4	2158102	rs34241266	CT	C	835.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.39;ReadPosRankSum=1.767;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,49:0.96:51
chr4	2158273	rs3216822	GGA	G	3748.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=44;PP=2240;SC=CCTGCACACTGGAGTGCATGG;SOR=1.218;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=49;WE=2158282;WS=2158263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	2158408	rs428361	C	T	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=13;PP=1079;SC=AGTATGAAGTCCCCTCTTGGA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=2158416;WS=2158398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	2210065	rs2353552	C	A	3221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.121;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=44;PP=1788;ReadPosRankSum=-0.516;SC=CTTGATTATACTGTGGAATTA;SOR=0.331;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=61;TCR=46;TR=105;WE=2210073;WS=2210055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chr4	2275145	rs736455	G	A	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=24;PP=691;SC=AGATCAGTCAGGGAGGGAGGA;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=2275153;WS=2275135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	2275718	rs2182682	G	A	4310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=52;PP=2439;SC=TACACGCCCCGCCTGACCTCC;SOR=1.193;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=92;TCR=52;TR=144;WE=2275726;WS=2275708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr4	2275801	.	C	T	2525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=48;PP=1359;ReadPosRankSum=-1.726;SC=GAAATGCAGACGAACAGGCGG;SOR=0.724;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=265;TCF=146;TCR=119;TR=114;WE=2275809;WS=2275791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,128:0.44:292
chr4	2275835	rs2051561	G	A	6368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr4	2276047	rs11248093	T	C	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=328;SC=TCGCAGACGCTCACCCCACAG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=2276055;WS=2276037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	2306053	rs661301	A	G	5371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=64;PP=2965;SC=TCGTGAGCCGAGGGGCTCCCA;SOR=1.109;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=111;TCR=64;TR=175;WE=2306061;WS=2306043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr4	2307121	rs61742112	G	A	2449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=45;PP=1429;ReadPosRankSum=0.225;SC=GGCCCCTCAGGGGGGAGAGGG;SOR=0.715;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=220;TCF=127;TCR=93;TR=101;WE=2307129;WS=2307111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,115:0.45:256
chr4	2330923	rs60473075	G	C	2140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=51;PP=1177;ReadPosRankSum=0.983;SC=AGAATCTGTAGATCACTTTAT;SOR=0.505;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=239;TCF=116;TCR=123;TR=105;WE=2330931;WS=2330913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,113:0.45:249
chr4	2332799	rs1887364	C	T	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=15;PP=550;SC=CAGGGGTAGACGCTGGGATGG;SOR=0.976;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=25;WE=2332807;WS=2332789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	2339330	rs73203396	G	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.751;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=252;ReadPosRankSum=0.726;SC=GGGCAAGGTGGGGGCGGGGGG;SOR=1.477;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=20;WE=2339338;WS=2339320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr4	2341194	rs2071680	T	C	3194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.23;ReadPosRankSum=2.221;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,164:0.47:346
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chr4	2439701	rs1881185	G	A	2650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=35;PP=1494;ReadPosRankSum=-1.051;SC=CTGTGGCTGCGTGCCCTGACA;SOR=0.651;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=241;TCF=157;TCR=84;TR=105;WE=2439709;WS=2439691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,129:0.47:275
chr4	2439756	rs5855731	C	CT	9257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.285;NF=48;NR=71;PP=2933;ReadPosRankSum=0.879;SC=CCTGGTGCCCCGTGACGTCCC;SOR=0.756;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=286;TCF=91;TCR=195;TR=119;WE=2439764;WS=2439746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,277:0.49:571
chr4	2446725	rs11734990	C	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.512;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=126;ReadPosRankSum=0.053;SC=GAAGTGAGGCCGTCCATCCCA;SOR=0.017;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=11;WE=2446733;WS=2446715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
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chr4	2452791	rs5855732	AC	A	6184.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=82;PP=2972;SC=CTGGGCACCCACCCCTCCAGA;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=20;TCR=85;TR=101;WE=2452799;WS=2452781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr4	2452933	rs3888113	T	C	4151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=26.79;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr4	2460803	rs704346	A	G	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.306;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=641;ReadPosRankSum=-1.002;SC=GCCACCCACCAGCCACCTCAG;SOR=0.348;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=88;TCF=62;TCR=26;TR=48;WE=2460811;WS=2460793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,56:0.56:100
chr4	2461888	rs3135152	A	G	6599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.48;ReadPosRankSum=-1.965;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,257:0.99:259
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chr4	2502637	rs1203863	T	C	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=6.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.11;ReadPosRankSum=-1.440;SOR=0.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr4	2513615	rs1770823	G	C	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.46;ReadPosRankSum=0.564;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
chr4	2513620	rs3128839	G	A	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.73;ReadPosRankSum=0.428;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,44:0.49:90
chr4	2648248	rs34206504	G	A	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.593;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=223;ReadPosRankSum=-0.628;SC=ATGGGGATCTGTTGATCCCTC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=13;WE=2648256;WS=2648238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr4	2691165	rs57273800	G	GT	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=454;ReadPosRankSum=0.145;SC=TCTGTCTGTAGTTTAACTACT;SOR=1.042;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=14;WE=2691173;WS=2691155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr4	2698230	rs16843217	G	A	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=658;ReadPosRankSum=0.073;SC=ATCGGAGGGTGGAGGATTTGT;SOR=0.620;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=113;TCF=57;TCR=56;TR=47;WE=2698238;WS=2698220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,52:0.40:130
chr4	2717690	rs2295499	C	T	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.887;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=286;ReadPosRankSum=-0.220;SC=TGATTTCTTCCGTTCTGATAA;SOR=0.360;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=20;WE=2717698;WS=2717680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr4	2717840	rs80247234	G	A	2374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=1.237;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,117:0.50:234
chr4	2721682	rs58338325	A	G	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=163;ReadPosRankSum=-0.609;SC=ATGCCTGGCTAATTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=10;WE=2721690;WS=2721676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr4	2743983	rs16843316	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=24;ReadPosRankSum=0.566;SC=GTGAGTCTCGGTCACTGGCAG;SOR=0.446;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=3;WE=2743991;WS=2743978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr4	2743999	rs232712	A	G	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=210;SC=GGCAGCACTCAGCCACATGCC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=2744007;WS=2743989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	2744289	rs3208469	C	G	2388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=57;PP=1541;ReadPosRankSum=0.616;SC=GCTGTGCTGACGGTCACAAAG;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=138;TCR=136;TR=114;WE=2744297;WS=2744279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,123:0.40:308
chr4	2746307	rs11728346	A	C	9365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
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chr4	2826400	rs3213501	T	C	10443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
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chr4	2829077	rs2269485	T	C	3125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=60;PP=1781;SC=ACTGCCCGTTTGCCTCTCCCC;SOR=0.960;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=49;TCR=60;TR=109;WE=2829085;WS=2829067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
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chr4	2831383	rs231399	T	G	3766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.375;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=106;PP=2869;ReadPosRankSum=1.197;SC=TTGGCCTGGCTGCTGAGGACT;SOR=0.671;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=417;TCF=206;TCR=211;TR=211;WE=2831391;WS=2831373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,186:0.49:382
chr4	2833226	rs231397	G	C	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.810;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=418;ReadPosRankSum=1.044;SC=GTGGAGTGGGGAGGGGAGCAG;SOR=1.531;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=26;WE=2833234;WS=2833216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr4	2833966	rs231396	G	A	2365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=51;PP=1495;ReadPosRankSum=-0.283;SC=ACAGCGAGAGGACAGAAAGCC;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=117;TCR=97;TR=112;WE=2833974;WS=2833956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,117:0.52:225
chr4	2916931	rs16843589	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=129;ReadPosRankSum=0.652;SC=AGTCACTCAGGCCAGAATGGA;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=10;WE=2916939;WS=2916921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr4	2927646	rs36207100	C	T	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.462;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=417;ReadPosRankSum=-0.626;SC=TCTCAGAGGGCGGCCGAGCGG;SOR=1.457;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=28;WE=2927654;WS=2927636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr4	2928125	rs1263345	C	T	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=48;PP=1504;SC=CTCCTCGTGCCGTGTTGTCAT;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=79;WE=2928133;WS=2928115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	2928413	rs4964	T	C	2635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	2928577	rs16843603	T	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=59;ReadPosRankSum=-1.471;SC=GTCACCTGAGTGCTGTGCTGC;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=7;WE=2928585;WS=2928567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr4	2933031	rs55754437	C	T	1912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=41;PP=1063;ReadPosRankSum=0.682;SC=AGGTGCCCGTCAGCCCAGGGG;SOR=0.702;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=181;TCF=98;TCR=83;TR=86;WE=2933039;WS=2933021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,96:0.47:204
chr4	2933271	rs1263348	G	A	3432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=66;PP=1924;ReadPosRankSum=-0.060;SC=GCTTTGGAGGGAGCCCCCTAC;SOR=0.644;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=268;TCF=134;TCR=134;TR=134;WE=2933279;WS=2933261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,159:0.53:299
chr4	2933409	rs115593582	G	A	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;ReadPosRankSum=1.078;SC=GGGTGTGTTAGTGCAGGGCAC;SOR=0.717;SbPval=0.65;Source=Platypus;TCR=79;TR=62;WE=2933417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,65:0.38:171
chr4	2934308	rs1263349	G	A	14185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,549:1.00:549
chr4	2935251	rs2301374	T	A	8338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr4	2943361	rs1054090	T	C	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.942;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=402;ReadPosRankSum=0.496;SC=GAGGAGGGCTTGGAGAGGCCC;SOR=0.425;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=37;WE=2943369;WS=2943351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,44:0.54:82
chr4	2951804	rs2515960	A	G	4125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=98;PP=2478;ReadPosRankSum=-0.055;SC=TTCCAGGTCCAAGTGGCTATC;SOR=0.763;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=409;TCF=208;TCR=201;TR=194;WE=2951812;WS=2951794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,210:0.48:433
chr4	2955145	rs1475977	T	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=142;ReadPosRankSum=-0.087;SC=AGGAGACAGGTAGAAGAGCCG;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=10;WE=2955153;WS=2955135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr4	2955192	rs1475976	C	G	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=447;ReadPosRankSum=1.093;SC=AAGTCGGTCACCCAAGCTCAG;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=33;WE=2955200;WS=2955182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,37:0.47:79
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chr4	2965676	rs16843684	C	T	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=490;ReadPosRankSum=-0.162;SC=GGATCGTGTCCGGAGCTCGAG;SOR=0.421;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=90;TCF=59;TCR=31;TR=39;WE=2965684;WS=2965666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,40:0.40:101
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chr4	2988752	rs2471324	G	T	2515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=2.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=1.238;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,119:0.45:265
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chr4	2990499	rs2960306	G	T	4139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=81;PP=2453;ReadPosRankSum=-1.861;SC=ATAGGAAGACGTCTCTTCAGG;SOR=0.800;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=394;TCF=213;TCR=181;TR=184;WE=2990507;WS=2990489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,205:0.47:432
chr4	2993980	rs2515941	T	C	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,54:0.51:105
chr4	2994013	rs55646607	T	C	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=452;ReadPosRankSum=-0.031;SC=GATTCTTCAATGATAAGGTGT;SOR=0.874;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=44;WE=2994021;WS=2994003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,43:0.52:82
chr4	3005964	rs34857805	G	A	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.01;ReadPosRankSum=-1.158;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,81:0.51:159
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chr4	3024255	rs74865681	A	G	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=497;ReadPosRankSum=0.536;SC=GGATGCAGAAAGTGGACTTAA;SOR=0.739;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=34;WE=3024263;WS=3024245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr4	3029588	rs2857844	G	A	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=527;ReadPosRankSum=-1.326;SC=TTGTTGTTACGGTGTCATTAC;SOR=0.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=38;WE=3029596;WS=3029578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,47:0.55:86
chr4	3029623	rs7677445	A	G	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=584;ReadPosRankSum=-0.145;SC=GTGTAATAACATATTTGAACA;SOR=0.655;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=102;TCF=63;TCR=39;TR=49;WE=3029631;WS=3029613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,54:0.46:118
chr4	3039150	rs1801058	T	C	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr4	3039310	rs113383212	C	CTG	561.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.73;MQRankSum=1.928;QD=20.80;ReadPosRankSum=-0.324;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr4	3039311	rs2071689	C	T	939.18	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.92;MQRankSum=0.994;QD=34.78;ReadPosRankSum=0.349;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr4	3040279	rs11451355	G	GA	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=1.706;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr4	3042258	rs16843773	C	T	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=645;ReadPosRankSum=-1.645;SC=GTGAAACCTTCGCATCAGCCG;SOR=0.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=65;TCR=42;TR=51;WE=3042266;WS=3042248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,60:0.50:121
chr4	3076603	rs374076986	CCAGCAG	C,CCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAG	1741.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=6,6;NR=12,12;PP=1976,1360;SC=TCAAGTCCTTCCAGCAGCAGC;SOR=0.976;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=18,18;WE=3076619;WS=3076593;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.64:47
chr4	3148653	rs1143646	T	G	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=793;ReadPosRankSum=-0.908;SC=ATGCTTTGATTTTGGCCGGAA;SOR=0.896;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=153;TCF=74;TCR=79;TR=70;WE=3148661;WS=3148643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,82:0.47:173
chr4	3219613	rs2857790	A	C	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=38;PP=1111;SC=CGCCATTGCTAAGGAACATCA;SOR=1.576;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=60;WE=3219621;WS=3219603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	3227592	rs2276882	T	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.509;HP=9;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=206;ReadPosRankSum=1.077;SC=TCCTTTTTTTTAAAAAAAAAT;SOR=1.410;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=13;WE=3227600;WS=3227574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr4	3230410	rs149109767	AGAG	A	815.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.54;ReadPosRankSum=2.298;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr4	3230804	rs2530598	A	C	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.22;ReadPosRankSum=0.373;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr4	3240526	rs2858081	A	G	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=36;PP=1605;SC=ACACTCAGGCACCTGCTTGCT;SOR=0.742;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=75;WE=3240534;WS=3240516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	3241845	rs362307	C	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=-1.110;SC=TGGAAGTCTGCGCCCTTGTGC;SOR=0.512;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=7;WE=3241853;WS=3241835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr4	3255258	rs2798227	A	G	4930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=110;PP=2965;SC=CTCAGCCCCCACCATTTAGAG;SOR=1.481;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=59;TCR=110;TR=169;WE=3255266;WS=3255248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr4	3255292	rs2798226	C	T	3233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=71;PP=2147;SC=GTGGCAAGGCCGGCGGCGGCG;SOR=1.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=33;TCR=71;TR=104;WE=3255300;WS=3255282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	3257373	rs3135173	T	C	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=9;PP=410;SC=CCAGTAGGATTGTCGGGAGGG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=3257381;WS=3257363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	3257593	rs362287	C	T	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=37;PP=1184;SC=AGGTGCGCCGCGTGCTGGACC;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=73;WE=3257601;WS=3257583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	3263138	rs3095073	G	A	4366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=86;PP=2580;SC=CCAGTTGCTCGGGCAGGACGT;SOR=1.193;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=60;TCR=86;TR=146;WE=3263146;WS=3263128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr4	3265479	rs3095078	C	T	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=6;PP=1017;SC=CTTGTGTACACTAGTGAGTTT;SOR=3.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=46;WE=3265487;WS=3265469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	3265710	rs3095077	C	T	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=60;PP=1682;SC=GTGGATGTGTCGGGCCCGCTC;SOR=2.128;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=25;TCR=60;TR=84;WE=3265718;WS=3265700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	3317873	rs16844147	C	G	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.764;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,61:0.46:133
chr4	3318413	rs2236052	A	G	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=39;PP=1014;ReadPosRankSum=-0.030;SC=GATCCCTTTCAGAGTCGGCCG;SOR=0.726;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=70;TCR=65;TR=78;WE=3318421;WS=3318403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,87:0.58:149
chr4	3318726	rs16844152	A	T	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=23;PP=941;ReadPosRankSum=-1.881;SC=CATGAAGATCATGCACGACTG;SOR=0.855;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=137;TCF=81;TCR=56;TR=67;WE=3318734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,81:0.52:155
chr4	3319805	.	C	CGGAGGCCCGGCCTCCTCACTTAGCAGCCTCAGCGT	369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=-0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=6.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.75;ReadPosRankSum=-1.298;SOR=2.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr4	3344680	rs61748736	G	A	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=47;PP=1128;ReadPosRankSum=0.521;SC=AAATTTGGGCGGGGAACTGGA;SOR=0.660;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=197;TCF=98;TCR=99;TR=91;WE=3344688;WS=3344670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,99:0.46:213
chr4	3372263	rs6826720	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=90;ReadPosRankSum=-1.044;SC=CGGGCCCGACACACCCGGCCG;SOR=0.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=7;WE=3372271;WS=3372253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr4	3443917	rs10024987	G	C	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=-1.057;QD=11.33;ReadPosRankSum=1.250;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr4	3443931	rs13108218	A	G	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=38.70;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	3444690	rs73195104	G	A	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=400;ReadPosRankSum=0.967;SC=TTAGGGCTGGGTGGGAGGAGC;SOR=0.625;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=34;WE=3444698;WS=3444680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,35:0.34:104
chr4	3445179	rs113221089	C	T	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.995;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=565;ReadPosRankSum=0.141;SC=CTGGGGCGGGCAGGGGGCACT;SOR=1.418;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=42;WE=3445188;WS=3445169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,43:0.48:90
chr4	3445610	rs6853599	C	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=436;ReadPosRankSum=1.592;SC=CTGTGCCCCTCCCAGGGACCT;SOR=0.799;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=26;WE=3445618;WS=3445600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr4	3445745	rs4690097	C	T	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=1.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.93;ReadPosRankSum=-0.517;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,103:0.52:197
chr4	3446132	rs1987546	C	G	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.316;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=637;ReadPosRankSum=-1.026;SC=GCGAGTGCTTCGGGGGCCGGA;SOR=1.321;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=43;WE=3446140;WS=3446122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,53:0.55:96
chr4	3446284	rs45579537	G	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=304;ReadPosRankSum=1.024;SC=GGTGGACCCCGGCCCCGACTC;SOR=1.027;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=24;WE=3446292;WS=3446274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr4	3446513	rs17805201	C	T	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=790;ReadPosRankSum=0.437;SC=GTGGACCCACCGTGGGCCGGC;SOR=0.734;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=124;TCF=68;TCR=56;TR=58;WE=3446521;WS=3446503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,62:0.45:139
chr4	3465073	rs146168804	G	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=-1.949;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr4	3465177	rs71180187	CGG	C	41.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=0.319;QD=10.44;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr4	3475252	rs4325970	T	C	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr4	3478019	.	T	A	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=26;MQ=65.87;NF=31;NR=18;PP=2962;QD=20;SC=GCCCGTGATGTCCTCTCACCC;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=49;WE=3478058;WS=3478009;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:23,49:0.68:72
chr4	3478025	.	CACCCTGCCCGCCCGTGATGCCCTCTT	C	2964	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=23;MQ=63.58;NF=16;NR=19;PP=2964;QD=20;SC=GATGTCCTCTCACCCTGCCCG;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=35;WE=3478058;WS=3478009;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:31,35:0.53:66
chr4	3478323	rs2699426	T	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=223;ReadPosRankSum=-1.907;SC=CCACTTCCCCTGAGAACTGCT;SOR=0.656;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=22;WE=3478331;WS=3478313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr4	3487151	rs916189	A	G	4947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=76;PP=2965;SC=GGGGCCAGGCAGGGTGTCATT;SOR=0.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=106;TCR=77;TR=181;WE=3487159;WS=3487141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr4	3487237	rs2006791	A	G	9791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=166;NR=163;PP=2965;SC=CTCGGGCCAGACTGACCTGTC;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=329;TCF=166;TCR=163;TR=329;WE=3487245;WS=3487227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr4	3494430	rs6830812	G	A	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=19;PP=1156;ReadPosRankSum=0.532;SC=CATCAGCCACGTCCTGCCCAG;SOR=0.516;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=133;TCF=100;TCR=33;TR=73;WE=3494438;WS=3494420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,80:0.55:145
chr4	3495095	rs9684786	G	A	2311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.927;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=59;PP=1478;ReadPosRankSum=-0.109;SC=GCCCCCCAGGGCAGCGAGGCC;SOR=0.894;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=97;TCR=127;TR=103;WE=3495103;WS=3495085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,110:0.47:236
chr4	3495283	rs11733064	C	G	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=501;ReadPosRankSum=-0.402;SC=CCCCAGATGGCAGAGGAAGTG;SOR=0.995;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=112;TCF=43;TCR=69;TR=38;WE=3495291;WS=3495273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,43:0.35:122
chr4	3498448	rs3135164	T	C	5106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr4	3501802	rs10805009	G	C	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=5;PP=412;SC=CTCAGGATGGGGCAGCGCTGG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=3501810;WS=3501800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	3501835	rs2858035	C	A	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=7;PP=682;SC=CGGTCAGGAACATGGAGCGGG;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=3501857;WS=3501825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	3501849	rs2699409	T	C	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=8;PP=823;SC=GAGCGGGAACTTCCAAGGTGC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=3501857;WS=3501825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	3501873	rs2699408	T	C	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=17;PP=1215;SC=AGAGGCGGAGTGGGGAGGAGG;SOR=1.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=69;WE=3501881;WS=3501863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	3501924	rs2858036	A	G	4145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=47;PP=2343;SC=ACAATCTTTGAGATCTGTGCC;SOR=1.076;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=136;TCF=87;TCR=49;TR=134;WE=3501932;WS=3501914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr4	3502163	rs2858037	A	G	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	3502303	rs2071700	G	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=7;PP=379;SC=CATCCCCTGAGGGTGTCCCCA;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=3502311;WS=3502293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	3514695	rs6789	A	G	2624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=32;PP=1514;SC=GGGCTCCCCAATGCCTTCAGA;SOR=1.099;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=85;WE=3514703;WS=3514685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	3514938	rs1741553	A	G	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.82;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	3516689	rs2515967	T	C	5444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=105;PP=2965;SC=AGTGTTCCCTTCCCGTGCTCG;SOR=1.083;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=81;TCR=105;TR=186;WE=3516697;WS=3516679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr4	3516742	rs1794442	A	G	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=52;PP=1641;SC=AGGACGCCAAAGGACGGCGCC;SOR=2.505;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=67;WE=3516750;WS=3516732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	3517732	rs1794444	G	C	3174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=43;PP=1964;SC=GAAACTGCGAGAATCTTGAGA;SOR=1.140;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=65;TCR=43;TR=108;WE=3517740;WS=3517722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	3521754	rs1799746	G	GT	1184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.249;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=575;ReadPosRankSum=-0.615;SC=AACACTCAACGTAACGGCACC;SOR=0.414;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=15;WE=3521762;WS=3521744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr4	3521939	rs1741547	T	A	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	3533900	rs1799745	CCAGGCCCCGCTCCACCGACCG	C	2736.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=7.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.36;MQRankSum=4.084;QD=19.55;ReadPosRankSum=1.677;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,75:0.54:140
chr4	3589623	rs10937959	G	A	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.765;QD=14.25;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,65:0.64:101
chr4	3589669	.	G	GACTTCCTGGTGCACCTGC	1689.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.606;NF=26;NR=75;PP=2954;ReadPosRankSum=2.644;SC=CCCAGATGCAGACTTCCTGGT;SOR=0.535;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=111;TCF=32;TCR=79;TR=101;WE=3589677;WS=3589659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,52:0.28:188
chr4	3589689	rs7657417	C	A	3103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.965;QD=10.04;ReadPosRankSum=3.294;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,161:0.52:309
chr4	3589719	rs59190481	CA	C	16095.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=156;PP=2951;SC=GGTTCATCTGCAACTTCCTGG;SOR=0.768;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=211;TCF=53;TCR=158;TR=205;WE=3589727;WS=3589709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr4	3589747	rs200944905	T	C	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=1.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=-0.540;QD=2.98;ReadPosRankSum=-2.850;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:328,97:0.23:425
chr4	3589846	rs7672828	T	C	3844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.386;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.504;NF=84;NR=90;PP=2436;ReadPosRankSum=0.605;SC=CTGGTGAGAATCCCTTGAGCA;SOR=0.727;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=336;TCF=160;TCR=176;TR=174;WE=3589854;WS=3589836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,184:0.52:352
chr4	3589893	rs6843750	G	A	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=1.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.980;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,63:0.29:219
chr4	3590537	rs73199384	G	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.776;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=714;ReadPosRankSum=-2.195;SC=GGAGACCCTCGCTGGGGAGGG;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=15;WE=3590557;WS=3590533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr4	3590549	rs73793633	G	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=714;ReadPosRankSum=-0.380;SC=TGGGGAGGGCGCCAAGCAGTG;SOR=0.756;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=19;WE=3590557;WS=3590533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr4	3590577	rs73793634	G	A	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.567;HP=1;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=1315;ReadPosRankSum=-2.367;SC=GGGTTGGGGCGTCAGCCAAGC;SOR=0.337;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=88;TCF=68;TCR=20;TR=40;WE=3590596;WS=3590567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,43:0.45:95
chr4	3590588	rs73199385	A	C	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.514;HP=1;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=1315;ReadPosRankSum=-0.854;SC=TCAGCCAAGCATCAGCCCCTA;SOR=0.409;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=111;TCF=71;TCR=40;TR=48;WE=3590596;WS=3590567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,53:0.45:119
chr4	3590683	rs62272966	T	G	6298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=0.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.84;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,178:0.48:374
chr4	3590711	rs62272967	G	T	6267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.15;MQRankSum=-0.252;NF=78;NR=74;PP=2027;ReadPosRankSum=0.680;SC=AGGATGCTGGGTATCAGGCTA;SOR=0.605;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=333;TCF=167;TCR=166;TR=152;WE=3590719;WS=3590701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,162:0.46:355
chr4	3590730	rs62272968	G	A	5445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.17;MQRankSum=-0.245;NF=72;NR=66;PP=1874;ReadPosRankSum=0.543;SC=TACCTTTGCTGGACAGCTCCA;SOR=0.647;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=302;TCF=153;TCR=149;TR=138;WE=3590738;WS=3590720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,146:0.45:321
chr4	3590817	rs62272969	T	C	2191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.779;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.252;NF=64;NR=38;ReadPosRankSum=-1.926;SC=CACACACACATGCACAGACAC;SOR=0.940;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=222;TCF=134;TCR=88;TR=102;WE=3590852;WS=3590807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,105:0.46:230
chr4	3590823	rs72180705	GACAC	G,GAC	8140.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=2.717;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.03;MQRankSum=0.533;QD=34.49;ReadPosRankSum=1.251;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,185,49:0.78,0.21:236
chr4	3590878	rs62272970	C	T	7749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=1.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=1.978;QD=16.85;ReadPosRankSum=2.280;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,210:0.46:460
chr4	3590911	rs34447251	A	C	8493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.082;NF=142;NR=95;PP=2758;ReadPosRankSum=1.119;SC=GCTCACAAGTAGAGCTCTTCG;SOR=0.787;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=528;TCF=308;TCR=220;TR=237;WE=3590919;WS=3590901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,247:0.45:555
chr4	3591015	rs62272971	A	C	7395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=951;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=1.284;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:552,394:0.42:946
chr4	3591049	rs62272972	C	T	17594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=228;NR=224;PP=2962;ReadPosRankSum=1.004;SC=TAGATGATTTCCCCCAGCTTA;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1043;TCF=523;TCR=520;TR=452;WE=3591057;WS=3591038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:622,477:0.43:1099
chr4	3591069	rs62272973	C	T	17383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1087;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=241;PP=2962;ReadPosRankSum=1.432;SC=ACCTTGAGGACTTTCGAGCAA;SOR=0.733;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=1032;TCF=487;TCR=545;TR=447;WE=3591077;WS=3591059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:611,475:0.44:1086
chr4	3769789	rs11269124	G	GGGGGAGCTTTCCCAGAGACCC	2753.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=18;PP=2969;SC=CGGCCCGGACGGGGGAGCTTT;SOR=3.219;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=78;TCF=5;TCR=73;TR=20;WE=3769797;WS=3769779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	4190507	.	C	CTTG	72.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=3.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-9.772;QD=0.75;ReadPosRankSum=-1.810;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,9:0.09:97
chr4	4190508	.	C	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=3.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-9.772;QD=0.84;ReadPosRankSum=-1.306;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,9:0.09:97
chr4	4190511	.	G	GTCACTTGTTA	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=3.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-9.874;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.944;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,9:0.09:99
chr4	4190576	rs199742451	CG	GC	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQRankSum=-10.791;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.555;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,23:0.14:169
chr4	4190595	rs79218997	G	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=1.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQRankSum=-12.253;QD=1.87;ReadPosRankSum=-1.032;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,42:0.20:208
chr4	4228029	rs36055674	A	AAAG	500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.883;QD=23.84;ReadPosRankSum=-1.669;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr4	4228424	.	TT	CC	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQRankSum=-4.136;QD=7.36;ReadPosRankSum=-1.033;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr4	4239516	rs62286913	C	T	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQRankSum=-7.737;QD=15.39;ReadPosRankSum=2.331;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,45:0.43:104
chr4	4239539	rs62286914	C	T	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=3.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQRankSum=-7.697;QD=13.30;ReadPosRankSum=1.223;SOR=0.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,40:0.37:108
chr4	4239587	rs62286915	G	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=29.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQRankSum=-7.323;QD=2.43;ReadPosRankSum=-3.468;SOR=2.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,20:0.19:108
chr4	4249483	rs2916466	C	T	5858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=114;PP=2965;SC=CAGATATTTCCAGTAATTCGC;SOR=1.315;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=78;TCR=114;TR=192;WE=4249491;WS=4249473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr4	4276132	rs7376390	T	C	9782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=194;NR=153;PP=2965;SC=TGCGCCCACGTGTGCCTCTTC;SOR=0.934;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=350;TCF=195;TCR=155;TR=347;WE=4276140;WS=4276122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr4	4283676	rs2272738	G	A	8059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=144;PP=2965;SC=AGTTGGAGGCGCTAATACCAG;SOR=1.036;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=265;TCF=121;TCR=144;TR=265;WE=4283684;WS=4283666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr4	4285221	rs2980214	A	C	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.85;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	4285265	rs4688927	T	A	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=38;PP=1954;SC=AATTTGCCACTATTTTTCCAA;SOR=1.208;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=69;TCR=38;TR=107;WE=4285273;WS=4285255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	4285545	rs2916439	A	C	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=523;SC=AGACAATTATAATTATAAACT;SOR=3.816;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=4285553;WS=4285535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	4304337	rs2916382	C	T	5721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=107;NR=75;PP=2965;SC=AGCCTTGTGCCGTCAGTCATT;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=107;TCR=75;TR=182;WE=4304345;WS=4304327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr4	4304522	rs2920217	A	C	5892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=1.003;SC=TCACAGAAATACGCAGAGCAA;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=98;TCR=105;TR=201;WE=4304530;WS=4304512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,220:0.99:222
chr4	4315010	rs28458962	C	T	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=447;SC=ATGTGACACACGAGAGAATAA;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=4315018;WS=4315000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	4322275	rs873923	A	G	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=6;PP=522;SC=GCTGAGGAAGAAGGATTGTTT;SOR=2.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=24;WE=4322283;WS=4322265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	4322624	rs34623124	C	G	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.208;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=28;PP=934;ReadPosRankSum=0.068;SC=GACGCTGATGCCAGTGTCGGT;SOR=0.490;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=121;TCF=57;TCR=64;TR=57;WE=4322632;WS=4322614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,63:0.47:135
chr4	4393068	rs3792686	T	C	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=4;PP=420;SC=TTCCAAAAAGTAGTGGCTGTT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=4393076;WS=4393058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	4425422	rs10675705	C	CAG	1093.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=622;SC=GTGGGAGAGACAGGGGGCACA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=4425430;WS=4425412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr4	4862125	rs149370601	AGGGGGCCGGGT	A	2208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=2;NR=28;PP=726;SC=GCGCAGAGGGAGGGGGCCGGG;SOR=1.958;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=30;WE=4862143;WS=4862111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr4	5016972	rs73198523	T	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=2.153;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
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chr4	5017150	rs34659865	C	CATTTCA	309.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=38.72;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr4	5128650	rs895679	T	C	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.12;SOR=2.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr4	5170246	rs34514545	C	CTA	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.556;NF=0;NR=4;PP=120;ReadPosRankSum=1.128;SC=TTCGCCTCTGCTAGAGGGACT;SOR=0.050;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=4;WE=5170254;WS=5170236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr4	5418383	rs2301858	G	A	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=4;PP=921;SC=ATATGCATAAGTTACCAAATG;SOR=2.935;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=5418391;WS=5418373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	5418539	rs168985	C	T	7296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=132;NR=111;PP=2965;SC=CTGCAGCCCACGCTAACTGGA;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=243;TCF=132;TCR=111;TR=243;WE=5418547;WS=5418529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr4	5448293	.	C	CA	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=-1.116;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,25:0.21:120
chr4	5448592	rs34453123	G	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.822;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=104;ReadPosRankSum=-1.568;SC=CAGGGCCCGCGGTGCAGGAAG;SOR=0.048;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=11;WE=5448600;WS=5448582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr4	5461801	rs2301856	A	G	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=649;ReadPosRankSum=-1.679;SC=TGCCCAATTCATGGAAACTCA;SOR=1.206;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=48;WE=5461809;WS=5461791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,55:0.53:104
chr4	5469810	rs2301855	T	C	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.86;ReadPosRankSum=0.810;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,61:0.56:108
chr4	5469916	rs41268643	G	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.930;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=99;ReadPosRankSum=-2.137;SC=GGAAGGTATCGCTGAGGTGAG;SOR=0.154;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=9;WE=5469924;WS=5469906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr4	5500511	rs13116133	A	C	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=7;PP=776;SC=CCATCTGGCTACAGTGCACAG;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=5500519;WS=5500501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	5528115	.	A	AT	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.335;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
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chr4	5617337	rs112863054	G	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.570;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=553;ReadPosRankSum=0.404;SC=CAGCTCCCCCGAGGGCTTTGC;SOR=1.378;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=39;WE=5617345;WS=5617327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,41:0.36:114
chr4	5642161	rs751841	A	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.625;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=208;ReadPosRankSum=-0.199;SC=AGGCAAATGGACAGATGAGTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=11;WE=5642169;WS=5642155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr4	5665081	rs113939285	AG	A	345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=311;ReadPosRankSum=1.461;SC=GCACCCAATCAGCCCCACCAC;SOR=0.204;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=5665089;WS=5665071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr4	5667133	rs75886611	GC	AA	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.998;HP=1;HapScore=3;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=929;ReadPosRankSum=0.958;SC=TTTGTGCACAGCTCCCTCAGC;SOR=0.449;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=31;WE=5667142;WS=5667123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,41:0.49:84
chr4	5686924	rs957727	G	A	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=10;PP=1046;SC=ATTACTAAGGGAGCCCAGTTC;SOR=2.124;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=48;WE=5686932;WS=5686914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	5686967	rs957726	C	T	3028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=31;PP=2020;SC=AGGGCCTATGCCCTTATCTGC;SOR=1.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=68;TCR=31;TR=99;WE=5686975;WS=5686957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	5687257	rs13129960	G	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.35;ReadPosRankSum=2.282;SOR=1.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
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chr4	5734957	rs75063475	G	A	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=520;ReadPosRankSum=1.941;SC=TCAGCATGCTGCAGAATGAGA;SOR=0.725;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=43;WE=5734965;WS=5734947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,50:0.51:99
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chr4	5746916	rs4689313	C	T	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.96;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	5747078	rs2286342	A	G	3084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	5747131	rs13145958	C	A	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	5749784	rs4689312	G	A	3803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=23;PP=1713;SC=GTTTGTGATAGGGAGTGAATT;SOR=1.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=80;WE=5749792;WS=5749774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	5749804	rs4689311	G	A	4563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=34;PP=2083;SC=TGTAATTCCCGAGCACGCACC;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=70;TCR=35;TR=104;WE=5749812;WS=5749794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	5749904	rs4688963	T	C	7269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=136;NR=122;PP=2965;SC=AGATGGCAAATATCCAGCACT;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=136;TCR=123;TR=258;WE=5749912;WS=5749894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr4	5749961	rs4688962	G	C	5500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=86;NR=99;PP=2965;SC=CCCGACAGCTGATGATGACTC;SOR=0.979;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=86;TCR=100;TR=185;WE=5749969;WS=5749951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr4	5750084	rs4688961	A	T	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=734;SC=GACTAGAGATATGGAATCCTG;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=5750092;WS=5750074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	5754544	rs899691	T	C	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=75;NR=48;PP=1797;SC=GCTATGGTCCTGTGTGTTTCT;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=75;TCR=48;TR=123;WE=5754552;WS=5754534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr4	5754579	rs28483498	C	T	4860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=100;NR=70;PP=2765;SC=CTGGAGAGGACGATGGGGCGG;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=100;TCR=70;TR=170;WE=5754587;WS=5754569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr4	5755373	rs7660793	G	C	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=10;PP=515;SC=AAACCCAGGTGTGTCACCAGC;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=28;WE=5755381;WS=5755363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	5755542	rs2302075	C	A	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	5757932	.	G	GA	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.476;QD=0.91;ReadPosRankSum=-2.474;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,27:0.20:132
chr4	5803669	rs1031919	T	C	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	5803904	rs1031918	C	T	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	5812195	rs2279250	A	G	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=43;PP=1225;SC=TGGGCCCCGGACCTGTTGCCT;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=64;WE=5812203;WS=5812185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	5812778	rs2291151	G	A	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=40;PP=1330;SC=AAGACCAGTCGGTGGGACAAG;SOR=1.675;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=62;WE=5812786;WS=5812768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	5830414	rs6818391	T	C	6235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=101;NR=109;PP=2865;SC=ACAGCCTCAGTGTTACTTCCC;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=101;TCR=110;TR=210;WE=5830422;WS=5830404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr4	5863032	rs13130069	G	A	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=36;PP=1024;SC=AAACATTTCTGAGCCAGGCCC;SOR=2.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=5863040;WS=5863022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	5925186	rs4348041	G	A	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=15;PP=373;SC=CTTTTGTGGCGGGGGCGGCTG;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=5925194;WS=5925176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	5961146	rs77621594	T	C	2364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.751;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=46;PP=1172;ReadPosRankSum=-1.035;SC=TGGGAATTGCTGCAAATGCTT;SOR=0.777;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=229;TCF=124;TCR=105;TR=103;WE=5961154;WS=5961136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,119:0.47:252
chr4	5966574	rs4996083	T	C	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=916;SC=AATTAGATCATAGAAGGAGAC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=5966582;WS=5966571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr4	5966665	rs7442168	G	A	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	5966801	rs6839295	T	C	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=38;PP=1293;SC=GGCTCGGGAATAGGCCAGGAC;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=43;TCR=38;TR=81;WE=5966809;WS=5966791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	5966905	rs6857900	C	T	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=23;PP=695;SC=AAGCCTCCACCCAGGAACCTA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=5966913;WS=5966895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	5966943	rs6839512	T	C	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=17;PP=485;SC=TGTCTGAGCCTTGTCATAACC;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=5966951;WS=5966933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	5967001	rs11415729	C	CG	255.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=294;SC=TTCCATGCCCCGGGGCAGAGG;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=5967009;WS=5966991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	5969113	rs9997727	G	A	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.00;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	5969235	rs7690750	A	G	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=38;PP=1190;SC=GGCACTGGAGAGACAGCCTTG;SOR=0.959;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=77;WE=5969243;WS=5969225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	5969252	rs7690889	A	G	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=33;NR=34;PP=1100;SC=CTTGCACAGAAGACTGCAATT;SOR=1.003;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=67;WE=5969260;WS=5969242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	5969292	rs6446420	C	A	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	5969303	rs6446421	T	A	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.18;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	5969364	rs6446422	T	C	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.07;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	5975538	rs16837960	G	A	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=54;PP=1245;ReadPosRankSum=-1.911;SC=TTCCTCTCCCGGCACTTCCGG;SOR=0.872;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=146;TCF=52;TCR=94;TR=81;WE=5975546;WS=5975528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,87:0.55:159
chr4	5977566	rs4689289	C	A	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=9.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.12;ReadPosRankSum=0.301;SOR=1.282;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,90:0.53:171
chr4	5982135	rs6838551	G	T	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=716;ReadPosRankSum=0.497;SC=GCCAACAAACGGTACCCGTTT;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=50;WE=5982143;WS=5982125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,51:0.59:86
chr4	5982158	rs58696068	GT	G	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=1.396;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr4	5990339	rs6845455	G	A	2207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=-1.273;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,112:0.47:240
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chr4	5990791	rs2016083	A	G	5289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.958;NF=127;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.187;SC=GTAAATATTGATCCAGTTCTT;SOR=0.698;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=489;TCF=252;TCR=237;TR=258;WE=5990799;WS=5990781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,266:0.52:508
chr4	5990868	rs143859826	CCT	C	770.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FS=0.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=2.446;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:315,59:0.16:374
chr4	5991384	rs4234711	T	C	3347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.397;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=86;PP=1831;ReadPosRankSum=-0.949;SC=GCACACCTGTTGTGTCCTTTG;SOR=0.566;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=308;TCF=141;TCR=167;TR=162;WE=5991392;WS=5991374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,166:0.51:324
chr4	5991429	rs16838009	C	T	2931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=77;PP=1940;ReadPosRankSum=-0.375;SC=TCAGTGGGTTCGGCCCCTTCA;SOR=0.661;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=264;TCF=124;TCR=140;TR=142;WE=5991437;WS=5991419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,145:0.52:277
chr4	5991476	rs4266238	G	A	2158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=59;PP=1314;ReadPosRankSum=0.877;SC=TGGCAAACCTGTCTCTCCTGC;SOR=0.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=189;TCF=81;TCR=108;TR=101;WE=5991484;WS=5991466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,108:0.53:203
chr4	6055971	rs9995294	C	G	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=579;ReadPosRankSum=1.164;SC=GGGAAACAGACGACTGGCCAC;SOR=0.713;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=74;TCF=19;TCR=55;TR=33;WE=6055979;WS=6055961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,33:0.43:77
chr4	6056379	rs66499852	T	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=301;ReadPosRankSum=-0.800;SC=GCAGGAGTTCTCTGAGAGCGC;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=17;WE=6056387;WS=6056374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr4	6056406	rs16838127	T	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=287;ReadPosRankSum=-0.934;SC=GTGTGGGAAGTGACACCGCCT;SOR=0.604;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=23;WE=6056414;WS=6056396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr4	6056737	rs67965562	CTGTCCCAAATGCCCT	C	312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.722;SC=GGGTTGCTCGCTGTCCCAAAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=7;WE=6056759;WS=6056727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr4	6058620	rs16838135	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.935;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr4	6062061	rs28553970	T	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=-1.461;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr4	6062117	rs6852114	T	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.388;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,47:0.45:105
chr4	6087371	rs73196084	G	A	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=601;ReadPosRankSum=-1.594;SC=AAAGGAGAAAGAATAAGCAGT;SOR=0.896;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=45;WE=6087379;WS=6087361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,54:0.49:111
chr4	6114420	rs1543965	GCC	TAA	7137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.58;ReadPosRankSum=-0.997;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,184:0.45:406
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chr4	6292751	.	G	GTGGCAGGGGCA	2784	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=22;MMLQ=24;MQ=60.69;NF=7;NR=1;PP=2784;QD=20;SC=GAGAGTGGGCGTGGCGCGATG;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=8;WE=6292766;WS=6292746;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,8:0.38:21
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chr4	6292758	rs56102017	G	GCA	512.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.242;QD=16.54;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
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chr4	6292818	rs5018648	C	G	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.075;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.162;NF=33;NR=10;PP=668;ReadPosRankSum=0.382;SC=CTGACACCTTCTATGAGTCTC;SOR=1.183;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=95;TCF=65;TCR=30;TR=43;WE=6292826;WS=6292808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,43:0.43:99
chr4	6292909	rs9998519	C	T	5521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=2.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.22;ReadPosRankSum=1.876;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,146:0.48:303
chr4	6292915	rs10010131	A	G	5634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=1.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.95;ReadPosRankSum=1.048;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,155:0.49:314
chr4	6293446	rs13101355	T	C	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=254;ReadPosRankSum=1.172;SC=CGCTACGTGGTGCTGAGTCCA;SOR=0.770;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=15;WE=6293454;WS=6293436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr4	6293474	rs13147655	A	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=385;ReadPosRankSum=1.246;SC=TACTGGAGGTACAGAGGTGTG;SOR=1.061;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=22;WE=6293482;WS=6293464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr4	6293696	rs1801213	C	G	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=39;PP=1050;ReadPosRankSum=-2.055;SC=AGCAGAGGCGCATGCTGGAGC;SOR=0.589;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=165;TCF=85;TCR=80;TR=85;WE=6293704;WS=6293686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,95:0.51:185
chr4	6302519	rs1801212	G	A	5726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FS=1.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:362,302:0.45:664
chr4	6302707	rs1801206	C	T	5669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.482;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.561;SC=AGGCCGAGGTCAACTTCGGCT;SOR=0.737;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=660;TCF=329;TCR=331;TR=275;WE=6302715;WS=6302697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:401,290:0.42:691
chr4	6303022	rs1801214	C	T	4517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=98;PP=2755;ReadPosRankSum=-0.125;SC=TCGTCCTCAACGTCAGCGTCC;SOR=0.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=460;TCF=230;TCR=230;TR=199;WE=6303030;WS=6303012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,221:0.45:496
chr4	6303354	rs734312	G	A	4128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=78;PP=2430;ReadPosRankSum=-1.144;SC=CTGCTGTTGCGCTGGTGGACC;SOR=0.697;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=304;TCF=161;TCR=143;TR=171;WE=6303362;WS=6303344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,189:0.56:335
chr4	6303955	rs1046314	G	A	2988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.442;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=73;PP=1708;ReadPosRankSum=0.079;SC=GCGAGTTCAAGAGCGTGCTGC;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=279;TCF=125;TCR=154;TR=135;WE=6303963;WS=6303945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,149:0.48:312
chr4	6304087	rs1046316	A	G	1976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=39;PP=1004;ReadPosRankSum=2.078;SC=CCCAGCTCTCACCCACCAGGC;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=103;TCR=91;TR=83;WE=6304095;WS=6304077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,101:0.44:231
chr4	6304242	rs1046317	T	C	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=417;ReadPosRankSum=-1.300;SC=CCATGAGGCCTTTCCCCAGTG;SOR=0.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=25;WE=6304250;WS=6304232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr4	6325018	rs3796402	A	T	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.965;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=8;PP=633;ReadPosRankSum=-2.003;SC=GGGGCCGGGAACTGCACATAC;SOR=0.495;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=62;TCR=14;TR=44;WE=6325026;WS=6325008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,49:0.59:83
chr4	6325086	rs3796403	G	A	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=4.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.50;ReadPosRankSum=1.617;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,100:0.51:196
chr4	6335186	rs4689405	C	T	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=28;NR=18;PP=865;SC=ACCTACATACCGGGCATATGA;SOR=1.067;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=46;WE=6335194;WS=6335176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	6335203	rs10937722	C	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=316;ReadPosRankSum=-0.537;SC=ATGAAAGCCACGCCTGGCTAG;SOR=0.713;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=23;WE=6335211;WS=6335193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr4	6374189	rs6837903	A	G	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	6374230	rs35520578	C	CA	3533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=25;PP=1836;SC=AGGCACTGGCCAGGCCACAGT;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=40;WE=6374238;WS=6374220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	6374468	rs12511721	T	C	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.584;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=221;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GAAGGCCAGGTGGTGGCATCA;SOR=0.372;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=25;WE=6374476;WS=6374458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr4	6374493	rs34231840	G	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.181;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=197;ReadPosRankSum=-1.130;SC=ATAGCATGCCGTGAGCATGTG;SOR=2.093;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=13;WE=6374501;WS=6374483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr4	6377530	rs4688997	C	G	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.66;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	6377534	rs4688998	A	G	2627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.80;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	6377713	rs4234738	G	C	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=26;PP=737;SC=CCGGATGGAAGAGAAGATCCA;SOR=1.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=6377721;WS=6377703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	6384369	rs6845693	C	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=8.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-1.792;QD=1.47;ReadPosRankSum=3.257;SOR=1.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr4	6384394	.	TCTCTCTCTCACACACACA	T	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQRankSum=-0.366;QD=10.10;ReadPosRankSum=1.981;SOR=1.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
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chr4	6415585	rs10213664	T	C	5744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=114;NR=72;PP=2799;SC=AGCTCCACGATGGGGACCCTC;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=114;TCR=72;TR=186;WE=6415593;WS=6415575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr4	6415618	rs4689000	G	A	8154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr4	6415801	rs200269633	GTA	G	1007.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.79;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	6536979	rs13141184	G	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=325;ReadPosRankSum=-1.208;SC=CTGCCCGGCTGTGAGAACGGG;SOR=0.608;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=31;WE=6536987;WS=6536969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,36:0.44:81
chr4	6578487	rs4689485	A	G	3774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=62;PP=2115;SC=TTGGCCCAGTATCCTGGCAAA;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=56;TCR=62;TR=118;WE=6578495;WS=6578477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr4	6594827	rs10937747	A	G	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.109;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=25;PP=1317;ReadPosRankSum=0.139;SC=CTGGGAGAACATGGCACTTGG;SOR=0.984;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=198;TCF=138;TCR=60;TR=98;WE=6594835;WS=6594817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,111:0.51:218
chr4	6596360	rs2301795	G	A	3139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr4	6611813	rs4689487	T	C	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.225;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=42;PP=723;ReadPosRankSum=-1.166;SC=ACGCTCCCAATGGCGCCTTTC;SOR=1.122;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=133;TCF=48;TCR=85;TR=62;WE=6611821;WS=6611803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,68:0.47:144
chr4	6616056	rs61729241	C	T	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=763;ReadPosRankSum=0.628;SC=TCCAACCACACGGAGCACTCT;SOR=0.770;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=123;TCF=51;TCR=72;TR=53;WE=6616064;WS=6616046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,61:0.43:141
chr4	6619052	rs4689488	A	G	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=3;PP=936;SC=TAGACCAGGGACATTGGGGTT;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=6619060;WS=6619044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	6619165	rs4689489	A	G	6407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=134;NR=86;PP=2965;SC=TCTACCACCTATATGAAGTGG;SOR=1.155;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=220;TCF=134;TCR=86;TR=220;WE=6619173;WS=6619155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr4	6619204	rs4689490	G	A	8714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr4	6623032	rs4234768	G	T	7811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr4	6698500	rs113431497	C	CTGAGCCTGAA	590.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=0;PP=1664;SC=GGCCCTGGCCCTGACAGCAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=6698508;WS=6698492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	6698667	rs11734898	T	C	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=36;PP=1333;SC=AGGACCTGGATGCCAATGGAG;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=91;WE=6698675;WS=6698657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	6698706	rs11733989	A	C	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=37;PP=1174;ReadPosRankSum=-0.840;SC=GTGAGTTCATAGTGTTCGTGG;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=86;WE=6698714;WS=6698696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,97:0.98:99
chr4	6860126	rs115635168	C	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.344;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=118;ReadPosRankSum=0.719;SC=TAAGACAAATCTTTCTTAATT;SOR=1.581;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=11;WE=6860134;WS=6860116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr4	6955922	rs4484301	C	G	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=4;PP=661;SC=CCGAGTGCACCCATGGAGTTT;SOR=3.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=6955930;WS=6955912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	6956134	rs11732898	T	C	5838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr4	6968942	rs9291126	C	T	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=6;PP=709;SC=CAGAGGAAAGCTGACTTGTTT;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=31;WE=6968950;WS=6968932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	7002803	rs2301817	C	T	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=15;PP=736;SC=TGGTTCGGGGCTAGGCACGCA;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=7002811;WS=7002793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	7027041	rs6834102	C	T	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=31;PP=922;SC=GCAAGTGGCGCGACTCAGGAA;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=7027049;WS=7027031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	7044357	rs871133	A	G	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=32;PP=1256;SC=CCTCAGCCCCAACCTCGGCCG;SOR=0.933;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=60;WE=7044365;WS=7044347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	7044380	rs871134	C	T	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=21;PP=1006;SC=TCTTCGGGCTCGGGCTGGGGC;SOR=0.900;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=48;WE=7044388;WS=7044370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	7045657	rs6842659	C	A	299.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=7;PP=186;SC=GCGCAGGCAGCGCTGGACCTG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=7045665;WS=7045647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	7064003	rs11422620	A	AC	1187.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.69;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	7064214	rs9291128	T	G	11149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.38;MQRankSum=0.695;QD=43.05;ReadPosRankSum=1.599;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,258:1.00:259
chr4	7064218	rs60881938	TA	T	1629.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=1.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.59;MQRankSum=8.064;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=1.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,105:0.76:138
chr4	7064219	rs28636568	A	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=1.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.71;MQRankSum=-8.058;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.899;SOR=0.433;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,33:0.24:138
chr4	7064220	rs376145748	TATATA	T	1498.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=1.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.79;MQRankSum=8.986;QD=10.48;ReadPosRankSum=-0.699;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,98:0.69:143
chr4	7064243	rs6812318	C	T	2700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.58;MQRankSum=4.074;QD=18.25;ReadPosRankSum=-0.865;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,136:0.92:148
chr4	7064277	rs4689585	C	T	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=77;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=69;PP=1896;SC=CTCTGTATGTCGCTCAGGCTG;SOR=3.083;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=13;TCR=69;TR=82;WE=7064285;WS=7064267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
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chr4	7069606	rs2276969	G	A	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=16;PP=1439;SC=CGGGGCCGAGGCCGGGAAGGA;SOR=2.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=71;WE=7069614;WS=7069596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	7069804	rs3822270	C	A	13022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=226;NR=241;PP=2965;SC=ACCAAGCGTGCGTGCAGGCAG;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=469;TCF=226;TCR=243;TR=467;WE=7069812;WS=7069794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr4	7069901	rs3822269	T	C	6673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.24;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr4	7312054	rs3930439	A	C	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.56;ReadPosRankSum=1.317;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,52:0.53:99
chr4	7397856	rs147185436	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=205;ReadPosRankSum=-0.047;SC=TCTCATGTAGGGTGGCCCAGA;SOR=0.965;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=16;WE=7397864;WS=7397846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr4	7398194	rs9991834	A	G	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=13;PP=365;SC=CCTGTGAGTCAGTGGCCTCGC;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=7398202;WS=7398184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	7434988	rs4318651	A	G	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=598;ReadPosRankSum=-1.684;SC=GGATGGGGAAAGCACCCACCT;SOR=0.605;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=115;TCF=67;TCR=48;TR=50;WE=7434996;WS=7434978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,52:0.42:125
chr4	7435013	rs11721763	G	A	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=30;PP=1125;ReadPosRankSum=0.684;SC=GGCCTCGCTAGCAGGCTCTGG;SOR=0.889;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=144;TCF=85;TCR=59;TR=79;WE=7435021;WS=7435003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,90:0.56:161
chr4	7435379	rs4689746	A	G	8205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=130;PP=2965;SC=TTGCTCTCCAAGTTGTGGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=269;TCF=138;TCR=131;TR=268;WE=7435387;WS=7435369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr4	7435443	rs6843370	G	A	3483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=67;PP=2030;ReadPosRankSum=-1.085;SC=GGTTCTCCGCGTCCCACTCTG;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=262;TCF=137;TCR=125;TR=140;WE=7435451;WS=7435433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,160:0.55:293
chr4	7461661	rs73212545	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.289;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=368;ReadPosRankSum=1.664;SC=GGGAGCATTGGCAGAGTGGGT;SOR=1.639;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=23;WE=7461669;WS=7461651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr4	7461769	rs12512664	A	G	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.138;NF=28;NR=23;PP=636;ReadPosRankSum=-0.420;SC=CATTTAGGGTAACTGAGCTGC;SOR=0.719;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=126;TCF=67;TCR=59;TR=51;WE=7461777;WS=7461759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,75:0.45:165
chr4	7461826	rs10655902	C	CCCA	8924.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=66;PP=2970;SC=CCCAGCAGTCCCTCCCCCTGC;SOR=0.745;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=17;TCR=67;TR=82;WE=7461834;WS=7461816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr4	7461915	rs12498272	T	A	4482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.39;QD=27.17;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr4	7462058	rs34961985	A	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=165;ReadPosRankSum=-1.023;SC=GGCACTAACCAGCCAACCCCA;SOR=0.138;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=11;WE=7462066;WS=7462048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr4	7639974	rs73202520	G	C	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=8;PP=1594;SC=AGGCGCACCTGGCCCAGGCCT;SOR=3.521;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=69;TCF=60;TCR=9;TR=68;WE=7639982;WS=7639964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	7663167	rs2285788	A	T	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.084;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=24;PP=934;ReadPosRankSum=-1.217;SC=TGTGGGGAGCAGCTGGGGGAC;SOR=1.040;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=121;TCF=74;TCR=47;TR=69;WE=7663175;WS=7663157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,81:0.58:140
chr4	7684641	rs4689820	C	A	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=23;PP=684;SC=TCACATCACACACCATCCTTG;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=7684649;WS=7684631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	7684661	rs4689821	CT	AC	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=22;PP=1198;SC=GGCGTGGATGCTAGATATAAC;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=7684670;WS=7684651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	7691193	rs929264	G	C	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,106:0.39:270
chr4	7691419	rs2285785	A	G	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.674;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=758;ReadPosRankSum=-0.928;SC=AGGCCATAGTATGTCCTTTAG;SOR=0.446;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=95;TCF=36;TCR=59;TR=55;WE=7691427;WS=7691409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,58:0.56:104
chr4	7714490	rs4689833	T	C	6040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr4	7716932	rs6816604	T	C	20199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=813;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=399;NR=373;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.072;SC=TGAGCGCTCCTCCTCCTCAGA;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=775;TCF=401;TCR=374;TR=772;WE=7716940;WS=7716921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,785:1.00:787
chr4	7717012	rs2285781	G	A	14393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=231;NR=281;PP=2965;SC=ACTGTGCCCTGGGCCAGACCT;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=513;TCF=231;TCR=282;TR=512;WE=7717022;WS=7717002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,543:1.00:543
chr4	7725693	rs2285778	C	T	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.349;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=526;ReadPosRankSum=0.946;SC=AGGGAAGCCCCCGGGATTGCT;SOR=0.239;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=35;WE=7725701;WS=7725683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chr4	7728472	rs2301746	C	T	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=423;ReadPosRankSum=-0.554;SC=CTGCCTCACTCGGCCAGGCCC;SOR=0.581;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=36;WE=7728480;WS=7728462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,36:0.40:89
chr4	7728658	rs2301745	C	T	2045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.77;ReadPosRankSum=-2.371;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,98:0.52:190
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chr4	7731560	rs1076226	T	A	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=429;ReadPosRankSum=-1.926;SC=TCGCTGCATCTCAGTCTGACT;SOR=0.207;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=33;WE=7731568;WS=7731550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
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chr4	7995559	rs13130459	G	A	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=12;PP=781;ReadPosRankSum=-1.192;SC=GCTGTCAGGAGGGGGCAGCCT;SOR=0.779;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=69;TCR=24;TR=48;WE=7995567;WS=7995549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,51:0.52:99
chr4	8000486	rs13108278	T	C	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=18.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.123;SOR=1.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,51:0.55:93
chr4	8006928	rs11939078	C	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=122;ReadPosRankSum=-1.661;SC=TGCGCTCGCTCTGTCGGCGTC;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=9;WE=8006936;WS=8006918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
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chr4	8009759	rs17180256	G	A	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=39;PP=2112;SC=TGCACATCACGGCTCCTTCTT;SOR=1.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=76;TCR=39;TR=115;WE=8009767;WS=8009749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
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chr4	8062871	rs6853901	A	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=38;ReadPosRankSum=-0.714;SC=GCATGCCCTGAGCACAGGTAC;SOR=0.243;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=7;WE=8062879;WS=8062861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
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chr4	8129326	.	C	T	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.699;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=43;PP=970;ReadPosRankSum=0.073;SC=AAAGGGCCAGCGGGTCGGCGG;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=195;TCF=89;TCR=106;TR=79;WE=8129334;WS=8129316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,92:0.42:218
chr4	8207083	rs2677605	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=140;ReadPosRankSum=-1.188;SC=CCAAGGCGCCAGTGAGAGGCG;SOR=0.481;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=16;WE=8207091;WS=8207073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr4	8207154	rs1298878	C	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=317;ReadPosRankSum=0.446;SC=ACCCCACCCGCCCCGTCCATC;SOR=0.387;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=16;WE=8207162;WS=8207144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
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chr4	8214636	rs1712287	T	C	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=15;PP=286;SC=TGTCTGAGACTGGGGACACAG;SOR=2.066;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=8214644;WS=8214626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	8216099	rs2291069	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.573;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=156;ReadPosRankSum=0.745;SC=GTCCCCCGCCGGGGCCACATC;SOR=1.161;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=11;WE=8216107;WS=8216089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr4	8216391	rs1618403	C	T	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=490;ReadPosRankSum=-0.472;SC=AGATTACAAACTGGTGCTTTG;SOR=0.613;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=32;WE=8216399;WS=8216381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr4	8217026	rs111338056	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=248;ReadPosRankSum=0.208;SC=GGCTCTAACGGAGCCTCCCTG;SOR=0.484;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=16;WE=8217034;WS=8217016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr4	8217829	rs1712290	C	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=152;ReadPosRankSum=-0.136;SC=CTGGGCCTGGCCTCCACAGGC;SOR=0.746;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=16;WE=8217837;WS=8217819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr4	8224414	rs113477900	T	TGTC	535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=41.21;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	8228627	rs1678299	G	C	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.90;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	8228632	rs1678300	A	C	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.63;SOR=1.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	8228731	rs1281145	T	C	4887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr4	8228894	rs1292647	T	C	3451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr4	8228948	rs55642964	T	C	3837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr4	8229218	rs1281146	A	G	4558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=83;NR=69;PP=2848;SC=ACCTGTTCCTAGTGGTGGCTG;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=83;TCR=69;TR=152;WE=8229226;WS=8229208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr4	8229326	rs1281147	T	C	5667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=89;PP=2901;SC=TGGGGACGCCTGACCACATCT;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=96;TCR=89;TR=185;WE=8229334;WS=8229316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr4	8229713	rs1281148	A	G	15908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,594:1.00:594
chr4	8229774	rs1281149	C	T	17886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=326;NR=336;PP=2965;SC=CCAGGCGCTGCGCGGCCCCCT;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=663;TCF=327;TCR=336;TR=662;WE=8229786;WS=8229764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,694:1.00:694
chr4	8230070	rs1281150	T	C	3342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=47;PP=1620;SC=GGCAGGCAGCTGAGAGCTACT;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=58;TCR=47;TR=105;WE=8230078;WS=8230060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr4	8230235	rs1281151	T	C	3128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=51;PP=1579;SC=GGCTGCCCCTTGGGGAGTGTG;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=55;TCR=51;TR=106;WE=8230243;WS=8230225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr4	8233943	rs2276947	G	A	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=1;PP=509;SC=GCGGCGGGGCGGGGGCACAGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=15;WE=8233951;WS=8233933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr4	8237096	rs1678260	G	C	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=24;NR=7;PP=585;SC=GGGGGAGTCCGACCTGGGTGG;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=8237104;WS=8237086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	8238151	rs11603	C	T	5595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
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chr4	8242740	rs8153	G	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=141;ReadPosRankSum=0.731;SC=TGCCTCTCCTGGTGTCGCCGG;SOR=0.874;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=14;WE=8242748;WS=8242730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr4	8284084	rs4696789	T	C	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=9;PP=772;ReadPosRankSum=0.606;SC=GCCTCCTCCTTCTGCCCACTG;SOR=1.470;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=79;TCF=60;TCR=19;TR=44;WE=8284092;WS=8284074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,46:0.55:84
chr4	8288521	rs7692567	G	A	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=-1.671;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,69:0.47:146
chr4	8288581	rs7678398	A	C	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.552;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=300;ReadPosRankSum=1.990;SC=AGACGCCGGAACCCAGAGGCA;SOR=2.799;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=15;WE=8288589;WS=8288571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr4	8288612	rs7678420	A	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.418;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=1.395;SC=ACCTTCCATCAGCCAGGGGGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=10;WE=8288620;WS=8288602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr4	8293974	rs4235258	C	T	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=345;ReadPosRankSum=0.873;SC=TGGTTAGAGGCAGATCTGGAG;SOR=0.678;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=24;WE=8293982;WS=8293964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr4	8294196	rs13130633	C	T	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.434;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,47:0.59:79
chr4	8304038	rs4696797	T	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=407;ReadPosRankSum=0.557;SC=GCAGCTTTGCTGGACCGCAGG;SOR=0.724;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=23;WE=8304046;WS=8304031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr4	8304137	rs13144236	G	A	2354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=42;PP=1473;ReadPosRankSum=-0.930;SC=CTGAGGGAGCGTGGTGGCTTT;SOR=0.754;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=122;TCR=75;TR=109;WE=8304145;WS=8304127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,115:0.54:213
chr4	8372727	rs41264709	G	A	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=1.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.763;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,95:0.44:218
chr4	8383167	rs2293230	A	G	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=451;ReadPosRankSum=0.244;SC=CACAACGGCCAGGGAATTAAG;SOR=0.470;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=39;WE=8383175;WS=8383157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
chr4	8383215	rs62286003	T	G	1928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.78;ReadPosRankSum=1.450;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,99:0.55:179
chr4	8390948	rs13434465	C	T	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=46;PP=1227;ReadPosRankSum=1.746;SC=AACTTCTGGTCAAGGATGCCG;SOR=0.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=108;TCR=87;TR=101;WE=8390956;WS=8390938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,108:0.51:213
chr4	8391620	rs9995201	C	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=339;ReadPosRankSum=-0.358;SC=TCACTTGAAGCCAGGTGTTCA;SOR=0.988;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=22;WE=8391628;WS=8391610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr4	8394094	rs28627156	G	A	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=2.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.791;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,76:0.48:159
chr4	8396576	rs6852348	A	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=121;ReadPosRankSum=-0.173;SC=AGGGCCACACACCCACTAGCG;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=10;WE=8396584;WS=8396566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr4	8451460	rs61739067	C	A	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.374;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,47:0.41:115
chr4	8451676	.	CTTTTTTTTTTT	C	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.87;ReadPosRankSum=2.189;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr4	8454639	rs1880024	A	G	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=1.291;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,78:0.55:141
chr4	8456441	rs62287384	C	T	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=798;ReadPosRankSum=-0.665;SC=TAAGGTTAACCTTTGATTTCT;SOR=0.772;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=115;TCF=76;TCR=39;TR=56;WE=8456449;WS=8456431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,63:0.51:123
chr4	8456701	rs2002860	C	G	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=33;PP=973;SC=GAAAAAGAGACATGAAACTAG;SOR=1.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=8456709;WS=8456691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	8472839	rs17202499	C	T	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=20;PP=676;ReadPosRankSum=-0.559;SC=AAGTAGCCAACGAGCTGGACA;SOR=0.704;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=138;TCF=87;TCR=51;TR=56;WE=8472847;WS=8472829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,64:0.41:157
chr4	8473050	rs2631768	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.64;ReadPosRankSum=0.908;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr4	8473050	.	GCG	ACA	361	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=8;PP=361;QD=41.4467874862;SC=AGCAAGTTCCGCGGTGCCCCA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=10;WE=8473060;WS=8473040;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,10:0.48:21
chr4	8473052	rs62287392	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.28;ReadPosRankSum=1.053;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr4	8582742	rs17844776	C	T	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.799;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=653;ReadPosRankSum=0.131;SC=TGGCGGGTCTCCTGGTGATGG;SOR=0.563;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=41;WE=8582750;WS=8582732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,44:0.46:95
chr4	8582856	rs17844777	T	G	2448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=42;PP=1231;ReadPosRankSum=-2.102;SC=TGAATCTGTCTCTGGGCCACC;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=133;TCR=92;TR=101;WE=8582864;WS=8582846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,125:0.47:265
chr4	8583312	rs17844778	A	C	3696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=73;PP=2210;ReadPosRankSum=-0.271;SC=TGGCACGCAGACACTGCCAGC;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=345;TCF=190;TCR=155;TR=162;WE=8583320;WS=8583302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,181:0.47:386
chr4	8584448	rs6824455	T	C	1912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.836;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=54;PP=1264;ReadPosRankSum=-1.030;SC=CCTCTGAGGTTTCCCAGCAAG;SOR=0.948;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=220;TCF=79;TCR=141;TR=82;WE=8584456;WS=8584438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,92:0.37:247
chr4	8584493	rs6857501	C	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=482;ReadPosRankSum=-0.741;SC=GAGGACCCTCCTCCACACCTG;SOR=1.066;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=100;TCF=19;TCR=81;TR=32;WE=8584501;WS=8584483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,37:0.36:104
chr4	8584511	rs6857510	C	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=297;ReadPosRankSum=-0.691;SC=CTGACGGGCTCAGGGCTGTGC;SOR=0.552;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=10;TCR=58;TR=21;WE=8584519;WS=8584501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,25:0.35:72
chr4	8594574	rs2302583	T	C	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=40;PP=1711;SC=CCGCCCCCGCTGCCGCTGCTG;SOR=1.161;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=75;TCR=40;TR=115;WE=8594582;WS=8594564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr4	8594815	rs4411969	T	G	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=50;PP=1596;SC=GGACTGGTAGTGTGACCTCTC;SOR=1.420;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=84;WE=8594823;WS=8594805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	8601298	rs11723641	G	A	3153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.64;ReadPosRankSum=0.117;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,154:0.57:271
chr4	8601381	rs7671320	A	G	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=51;PP=1161;ReadPosRankSum=0.731;SC=AAAATTAGACATAACAAAAAA;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=62;TCR=89;TR=87;WE=8601389;WS=8601371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,91:0.57:159
chr4	8602793	rs4299567	T	C	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	8602793	.	TGCGTG	CGCGTC,CGCGTG	263	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=11,20;NR=4,6;PP=263,195;QD=21.0978583241;SC=AAATGTCTGATGCGTGACGGT;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=15,26;WE=8602806;WS=8602783;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.58:26
chr4	8602798	rs2241069	G	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.20;ReadPosRankSum=0.940;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr4	8602816	rs4594711	A	G	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=6;PP=658;SC=GGGCCACTGCAGGAGGGACTG;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=8602824;WS=8602806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	8602884	rs4301095	T	C	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=43;PP=1579;SC=GGACCTGCAGTGATGCCGCCT;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=63;TCR=43;TR=106;WE=8602892;WS=8602874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr4	8602935	rs4431213	A	G	5369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr4	8605684	rs116765715	C	A	2565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=1.649;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,136:0.45:301
chr4	8605860	rs28421391	C	A	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.645;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=504;ReadPosRankSum=0.902;SC=GCAGCTTCGACGGCAGGGAGC;SOR=0.484;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=98;TCF=36;TCR=62;TR=43;WE=8605868;WS=8605850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,47:0.44:108
chr4	8607587	rs4696703	G	A	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=7;PP=1060;SC=ATATACAGAGGTTCTTGAGTC;SOR=3.171;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=8607595;WS=8607577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	8608634	rs2302580	C	T	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.559;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=47;PP=1101;ReadPosRankSum=2.176;SC=AGGTAGGAGCCGCCGCTGCCC;SOR=0.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=122;TCF=38;TCR=84;TR=67;WE=8608642;WS=8608624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,68:0.54:127
chr4	8608934	rs2302579	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.081;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=230;ReadPosRankSum=-0.995;SC=AAGCCCAGGGCATGGCTGCGG;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=13;WE=8608942;WS=8608924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr4	8608979	rs2302578	G	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.557;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=539;ReadPosRankSum=1.138;SC=GGGCGGCCTCGTCTGTCCTGG;SOR=1.259;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=86;TCF=62;TCR=24;TR=37;WE=8608987;WS=8608969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,38:0.43:88
chr4	8612963	rs75806178	C	T	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=45;PP=1120;ReadPosRankSum=0.417;SC=GTGAGCCCTTCGCCTGCCTGA;SOR=0.754;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=158;TCF=70;TCR=88;TR=79;WE=8612971;WS=8612953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,87:0.49:178
chr4	8613917	rs12511563	CG	GT	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.25;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	8613961	rs13120023	G	A	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.83;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	8616054	rs2302572	C	T	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.487;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=545;ReadPosRankSum=0.828;SC=GCGGCTGACACCCCTGACGTC;SOR=1.855;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=29;WE=8616062;WS=8616044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr4	8616070	rs2302571	T	C	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.899;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=590;ReadPosRankSum=0.911;SC=ACGTCCCCGCTGTCTCTGTGC;SOR=0.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=40;WE=8616078;WS=8616060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,44:0.54:81
chr4	8616096	rs1131140	T	C	4419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=43;PP=2443;SC=GCATGTCCGATTTCAACTACC;SOR=1.266;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=89;TCR=43;TR=132;WE=8616104;WS=8616086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr4	8616179	rs7378066	T	C	7003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=135;NR=94;PP=2965;SC=GCCCTGTACATACTCTGGCAG;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=135;TCR=94;TR=229;WE=8616187;WS=8616169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr4	8620045	rs4444816	A	G	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=15;PP=1338;SC=TCTGTGGGGTAGTTCCCCCTA;SOR=1.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=60;WE=8620053;WS=8620035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	8620325	rs4696872	A	G	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.663;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=722;ReadPosRankSum=0.218;SC=GGCAGCCGGCACCCTCAGGCA;SOR=0.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=34;TCR=66;TR=49;WE=8620333;WS=8620315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,49:0.49:101
chr4	8620873	rs13132404	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.031;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=274;ReadPosRankSum=-1.282;SC=AGAGGCAAGTGCACATTTGGC;SOR=0.352;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=15;WE=8620881;WS=8620863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
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chr4	8621194	rs28514374	A	G	7505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=98;PP=2965;SC=CCCACGACCCACTGGGAGGTG;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=91;TCR=98;TR=189;WE=8621202;WS=8621184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr4	8621269	rs61734024	C	T	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,63:0.41:152
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chr4	8869587	rs13303225	T	C	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=5;PP=433;SC=CAGCGGCGGCTGCGGCCGGGG;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=8869595;WS=8869577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr4	9785134	rs1967551	T	C	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=604;SC=CGCACAGACATTGACAAGCAC;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=9785142;WS=9785124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	9889448	rs6818572	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=248;ReadPosRankSum=-0.857;SC=CACTCCATCTGCTTATTTTAT;SOR=1.270;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=15;WE=9889456;WS=9889438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr4	9892102	rs10939602	T	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=94;ReadPosRankSum=1.396;SC=AGATGAGATGTCCCCGGGGAG;SOR=0.260;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=8;WE=9892110;WS=9892092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr4	9909923	rs2280205	G	A	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=572;ReadPosRankSum=-0.472;SC=GATCTTTGCCGGAGGGATCCC;SOR=0.650;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=76;TCR=49;TR=50;WE=9909931;WS=9909913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,61:0.41:148
chr4	9922167	rs16890979	C	T	3688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=4.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.188;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,191:0.47:407
chr4	9982191	rs13115193	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.882;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=458;ReadPosRankSum=-0.746;SC=AGAGCAGATGCGGTTGACCAG;SOR=1.254;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=28;WE=9982199;WS=9982181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr4	9982330	rs13125646	A	G	2463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.149;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,118:0.50:236
chr4	9998440	rs10939650	C	T	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.793;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,81:0.55:147
chr4	9998493	rs13113918	A	G	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=35;PP=910;ReadPosRankSum=1.062;SC=GACCAGAGCAAAGTCAGAGTG;SOR=0.690;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=136;TCF=75;TCR=61;TR=74;WE=9998501;WS=9998483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,80:0.54:148
chr4	9998605	rs28592748	T	C	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=382;ReadPosRankSum=-1.162;SC=CCTTCTGTTCTCTCCTGCTGC;SOR=0.976;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=29;WE=9998613;WS=9998595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr4	10020564	rs2240721	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=54;ReadPosRankSum=-1.242;SC=CCGCAGGGCCGCAGCGCCCTC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=10020572;WS=10020554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr4	10020650	rs374679729	G	C	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=270;ReadPosRankSum=0.374;SC=GGAAGGAGGAGCCGAAGGCGC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=20;WE=10020658;WS=10020640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr4	10020757	rs2240722	A	G	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.76;ReadPosRankSum=-2.028;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr4	10022981	rs2276961	C	T	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=536;ReadPosRankSum=-1.010;SC=CCTGGAGGCCCGGCGTGGCTG;SOR=0.551;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=46;WE=10022989;WS=10022971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,56:0.53:106
chr4	10085949	rs2241473	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.187;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr4	10086015	rs2241474	T	C	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=349;ReadPosRankSum=0.520;SC=GAACAGGAAATTCCCCCCTAG;SOR=0.812;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=27;WE=10086023;WS=10086005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr4	10086188	rs2241475	T	G	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=497;ReadPosRankSum=0.018;SC=GGTAAGCTGATGACACACTGC;SOR=1.026;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=33;WE=10086196;WS=10086178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr4	10089865	rs734122	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=98;ReadPosRankSum=1.378;SC=GGACTGACACGTGGACTCGGC;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=9;WE=10089873;WS=10089855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr4	10090178	rs4235349	T	C	8817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=175;NR=133;PP=2965;SC=GGGAGGGCGATGTCTAAGTTC;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=175;TCR=133;TR=308;WE=10090186;WS=10090168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr4	10094671	rs3822247	G	A	3562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.01;ReadPosRankSum=-1.504;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,188:0.53:356
chr4	10094698	rs3822246	G	A	3584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=77;PP=1987;ReadPosRankSum=-1.070;SC=AAGCACTGAGGTCATAATTAA;SOR=0.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=352;TCF=187;TCR=165;TR=167;WE=10094706;WS=10094688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,182:0.48:378
chr4	10094783	rs3822245	T	C	6017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
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chr4	10099340	rs13441	T	C	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr4	10100812	rs2241485	A	G	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.19;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	10105797	rs3756223	T	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=36;ReadPosRankSum=0.175;SC=CTCTGGGTGATAGAATTTCAT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=5;WE=10105805;WS=10105787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr4	10117728	rs35782983	G	A	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,86:0.46:189
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chr4	10118377	rs11557743	C	G	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=691;ReadPosRankSum=-0.335;SC=AGGCCGAGCCCGGGGACTGGA;SOR=0.858;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=103;TCF=46;TCR=57;TR=50;WE=10118385;WS=10118367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,54:0.49:110
chr4	10444650	rs3217	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.155;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=183;ReadPosRankSum=1.290;SC=GTCTGTATTTCTTCTACTGAA;SOR=0.038;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=13;WE=10444658;WS=10444644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr4	10446385	rs9291410	C	T	8817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=157;NR=138;PP=2965;SC=CTGCTGTGAGCTACTGTGTAA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=296;TCF=157;TCR=139;TR=295;WE=10446393;WS=10446375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr4	10446906	rs10016022	A	G	4625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=116;PP=2714;ReadPosRankSum=-0.286;SC=CAACCTTCACATCTATCAACT;SOR=0.652;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=432;TCF=195;TCR=237;TR=215;WE=10446914;WS=10446896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,232:0.50:465
chr4	10447168	rs66538112	C	G	3053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.115;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=48;PP=2066;ReadPosRankSum=0.373;SC=GAGAGAGAAACCTGACAGTTG;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=145;TCR=93;TR=124;WE=10447176;WS=10447158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,135:0.52:259
chr4	10447985	rs35177766	AT	A	1201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.484;NF=0;NR=26;PP=840;ReadPosRankSum=-1.381;SC=GCCAACTAAAATTCAGAAAGT;SOR=0.691;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=26;WE=10447993;WS=10447971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,45:0.48:93
chr4	10502937	rs2903960	T	G	5612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=3.599;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.35;ReadPosRankSum=1.548;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,212:1.00:213
chr4	10509699	rs2868941	T	C	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=47;PP=949;ReadPosRankSum=-1.812;SC=TTAGGGTCAATGGGAAGTATG;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=53;TCR=78;TR=79;WE=10509707;WS=10509689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,85:0.59:145
chr4	10525711	rs148908322	A	AGAG	668.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.40;ReadPosRankSum=1.054;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr4	10527342	rs2108878	C	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=-0.218;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr4	10542058	rs1962796	C	G	6039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr4	10669522	rs13136927	A	C	4964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.41;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=0.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,187:0.99:188
chr4	13545723	.	G	C	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=34;PP=981;ReadPosRankSum=0.330;SC=TCCGCGCAGCGCCGCCTGCTC;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=97;TCR=75;TR=76;WE=13545731;WS=13545713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,82:0.44:188
chr4	13545792	rs9684692	G	T	4763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=72;PP=2789;SC=TCCGCAGTCCGCCCCGCAGCT;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=81;TCR=72;TR=153;WE=13545800;WS=13545782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr4	13548796	rs2080023	T	G	8266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=143;NR=140;PP=2965;SC=GAGGTGGTTGTATGCCCAGAG;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=283;TCF=143;TCR=140;TR=283;WE=13548804;WS=13548786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr4	13578405	rs2052159	A	G	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=4;PP=386;SC=ACCCAGAGCAATTTTCAGATG;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=13578413;WS=13578395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	13589495	rs13104252	G	A	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=14;PP=501;SC=GGAATAAGTTGATATATAAAT;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=33;WE=13589503;WS=13589485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	13593336	rs758975	A	G	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=161;SC=AAAGTTCTTTATCAGTGGGTA;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=13593344;WS=13593326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	13603591	rs17807493	C	T	4061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=87;PP=2522;ReadPosRankSum=-0.855;SC=TCTGTCACAACGCTATTTACA;SOR=0.711;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=393;TCF=205;TCR=188;TR=187;WE=13603599;WS=13603581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,201:0.47:431
chr4	13606576	rs1971278	A	T	6155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr4	13615293	rs2109917	C	A	5055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=93;PP=2888;SC=AATCTTCAAGCGGAAAATAAA;SOR=1.313;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=66;TCR=95;TR=158;WE=13615301;WS=13615283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr4	13629721	rs12499127	G	A	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	15004655	rs7435318	G	A	4245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.94;ReadPosRankSum=1.555;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,236:0.44:535
chr4	15005604	rs112476821	G	A	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=1.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.964;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,111:0.43:258
chr4	15009232	rs1874207	C	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=377;ReadPosRankSum=-0.455;SC=ATGTAAATGACCTTATCTCTA;SOR=0.402;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=25;WE=15009240;WS=15009222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr4	15059987	rs987399	AA	GG	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.66;ReadPosRankSum=1.944;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr4	15443685	rs13108125	T	G	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=2;PP=353;SC=CACTGTTAAATGTTGCCTGAA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=15443693;WS=15443675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	15480225	rs9993580	A	C	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=3;PP=645;SC=ACTGTCCCCCAACTCACACTC;SOR=2.694;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=15480233;WS=15480215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	15482477	rs10000250	A	G	3945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=63;PP=2190;SC=CCATTCAGCTACTGCTTGTTA;SOR=0.883;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=66;TCR=63;TR=129;WE=15482485;WS=15482467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr4	15482809	rs6810461	G	A	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=-1.264;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr4	15513147	rs1058412	C	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.922;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr4	15517756	rs58218122	AT	A	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr4	15530124	rs4698395	C	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=183;ReadPosRankSum=0.128;SC=GATGCTTGAACATCCGTTCCA;SOR=0.871;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=14;WE=15530132;WS=15530114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr4	15538744	rs1558572	T	G	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	15539498	rs1861044	A	G	4829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=102;NR=58;PP=2608;SC=CCTGTTTGATATCATGTTGCC;SOR=1.088;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=102;TCR=58;TR=160;WE=15539506;WS=15539488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr4	15552423	rs2041673	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=174;ReadPosRankSum=0.059;SC=TTTTTATTGGCTATTTCTCTT;SOR=0.607;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=16;WE=15552431;WS=15552413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr4	15560750	rs35309200	G	T	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.369;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,53:0.46:116
chr4	15562342	rs67224550	C	T	59.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=36;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TAAAAATCATCGTATGGTATG;SOR=0.446;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=15562350;WS=15562332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr4	15568992	rs13121363	T	C	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.06;ReadPosRankSum=-1.209;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,45:0.57:79
chr4	15569018	rs73125627	G	A	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=-1.433;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,46:0.42:109
chr4	15569146	rs13116304	A	C	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.220;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,76:0.52:145
chr4	15575718	rs4280723	C	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=66;ReadPosRankSum=1.036;SC=ACTTGCCTCTCAACTTCTGTT;SOR=0.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=15575726;WS=15575708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr4	15575751	rs4280724	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.549;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=74;ReadPosRankSum=-2.181;SC=AGGATGTTTACCAAGTCATAT;SOR=1.981;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=6;WE=15575759;WS=15575741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr4	15587897	rs6832789	A	T	6043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=93;NR=117;PP=2965;SC=ACAGATTTAGAAACTTGAGCT;SOR=1.054;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=93;TCR=117;TR=210;WE=15587905;WS=15587887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr4	15589345	rs28419165	C	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=171;ReadPosRankSum=-0.736;SC=CACTTCAAGACACTAACCTCT;SOR=0.784;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=13;WE=15589353;WS=15589335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr4	15602773	rs80080596	C	CTTA	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=693;SC=ATCCAGAACACTTATCTTAAT;SOR=2.030;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=14;WE=15602781;WS=15602763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	15603069	rs1134634	G	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.063;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=-0.754;SC=TGTACTTTCTGTATCATGTAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=7;WE=15603077;WS=15603059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr4	15632228	rs3775956	A	G	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=569;ReadPosRankSum=1.877;SC=TAATAATTATAAGTACTTAAT;SOR=0.446;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=34;WE=15632236;WS=15632218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr4	15640168	rs3182730	C	T	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=1.624;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,90:0.46:195
chr4	15642515	.	C	CA	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.268;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr4	15657036	rs184805452	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=108;ReadPosRankSum=-0.807;SC=CGCGCCCGGTCGGCTTGGCCG;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=8;WE=15657044;WS=15657026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr4	15689632	rs11729955	G	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.423;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr4	15689928	rs4235380	G	A	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.145;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=651;ReadPosRankSum=-0.348;SC=AATGAACTGAGTTTAAAACTA;SOR=1.033;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=54;WE=15689936;WS=15689918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,67:0.50:134
chr4	15690233	rs6449160	C	A	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=28;PP=1564;SC=TGCTTTTCGACACCCTGAATC;SOR=1.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=88;WE=15690241;WS=15690223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr4	15706466	rs3756247	T	C	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=26;PP=1079;ReadPosRankSum=0.594;SC=CTGATTTTTGTTCCTTCTGTG;SOR=0.593;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=134;TCF=88;TCR=46;TR=69;WE=15706474;WS=15706456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,77:0.53:145
chr4	15706502	rs35181008	G	GTC	4940.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.815;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=2487;ReadPosRankSum=-0.123;SC=TGTTTGTGATGTCTTTCTTGT;SOR=0.882;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=136;TCF=42;TCR=94;TR=60;WE=15706510;WS=15706492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,133:0.53:249
chr4	15717321	rs3213710	G	A	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.470;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,51:0.62:82
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chr4	15739488	rs4283655	A	G	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=31;NR=41;PP=1212;SC=CTCCCACAGCAAGGAAGCCGA;SOR=1.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=72;WE=15739496;WS=15739478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	15937526	rs1042510	G	A	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=24;PP=981;ReadPosRankSum=0.242;SC=CATCTCTTAAGGGAACCCGTT;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=93;TCR=50;TR=68;WE=15937534;WS=15937516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,70:0.44:158
chr4	15937731	rs2072313	T	C	6192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=112;NR=89;PP=2965;SC=TCTCTTTGCCTTTGATGTGCT;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=112;TCR=89;TR=201;WE=15937739;WS=15937721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr4	15964040	rs2286460	G	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr4	15964485	rs758329	G	A	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=28;PP=937;ReadPosRankSum=0.582;SC=TTCCAGTAAGGTTTGGGGTCA;SOR=0.618;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=161;TCF=95;TCR=66;TR=65;WE=15964493;WS=15964475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,64:0.38:170
chr4	15964501	rs2286459	G	A	2340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=42;PP=1462;ReadPosRankSum=0.565;SC=GGTCAGCAGCGAAAGCCTGGC;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=100;TCR=76;TR=97;WE=15964509;WS=15964491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,107:0.57:188
chr4	15964573	rs758328	A	G	6427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=130;NR=99;PP=2965;SC=GGCAGTCGACACGAAGCCAGA;SOR=0.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=130;TCR=99;TR=229;WE=15964581;WS=15964563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr4	15964763	rs4698432	C	T	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.614;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=751;ReadPosRankSum=-0.848;SC=GGCGATACTCCGATAAACTTG;SOR=0.453;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=108;TCF=35;TCR=73;TR=50;WE=15964771;WS=15964753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,55:0.48:115
chr4	15972905	rs11735976	T	C	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=120;ReadPosRankSum=-1.268;SC=AAAAACAGCATAGAAGATAAA;SOR=0.610;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=12;WE=15972913;WS=15972895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr4	15977572	rs11734657	T	C	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=580;SC=ACCCTTGGAGTTCTACTATAG;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=15977580;WS=15977562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	15981874	rs73230219	A	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.73;ReadPosRankSum=-0.404;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr4	15981885	rs3841512	G	GA	720.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.03;ReadPosRankSum=-1.092;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr4	15981926	rs58036643	TA	T	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=-0.781;QD=1.24;ReadPosRankSum=1.849;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,20:0.29:70
chr4	15986042	rs7675574	G	A	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=59;PP=1679;SC=GGAATGAGACGTGCCATTTAC;SOR=1.679;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=88;WE=15986050;WS=15986032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	15986113	rs7659341	T	C	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=24;PP=528;SC=CCCCAACTCCTGGGTCACAGA;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=15986121;WS=15986103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	15987509	.	T	TTTAAG	589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=53.61;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	15987512	.	T	TGCTTATTTAATCTGTATTAAATATTTAATACAGATAA	1038.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=69.25;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	15989191	rs2191004	C	T	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.57;ReadPosRankSum=-0.014;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,48:0.89:54
chr4	15989500	rs34264338	C	CT	240.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.671;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;MQRankSum=0.769;QD=10.95;ReadPosRankSum=1.544;SOR=0.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,18:0.82:22
chr4	15991275	rs2240685	G	A	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=33;PP=1991;SC=AGCATGTGTCGTGAGGCTAAA;SOR=1.421;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=78;TCR=33;TR=111;WE=15991283;WS=15991265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr4	15992783	rs17387037	A	C	2588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=2.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.02;ReadPosRankSum=1.867;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,125:0.53:235
chr4	15994019	rs55708318	G	A	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=469;ReadPosRankSum=1.151;SC=AGTATGCTGCGAAAAAAGGAA;SOR=0.681;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=93;TCF=33;TCR=60;TR=33;WE=15994027;WS=15994009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,38:0.35:108
chr4	16002050	rs6449212	T	C	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=12;PP=798;SC=CTTAAAGTAATGCACAATATA;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=16002058;WS=16002040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	16020162	rs2286455	C	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=178;ReadPosRankSum=-0.162;SC=TCTCCTTGATCGCTATGGAAA;SOR=0.869;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=15;WE=16020170;WS=16020152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr4	16024885	rs2013854	A	G	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=27;PP=1510;SC=AAGAGTGAGCAAGCCTGCCAA;SOR=1.469;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=86;WE=16024893;WS=16024875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	16025837	rs17478336	C	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr4	16025853	rs16892822	A	G	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=-2.286;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr4	16192413	rs7666361	C	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.08;ReadPosRankSum=1.029;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr4	16204226	.	G	GA	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=2.591;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.990;SOR=0.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr4	16228538	rs13136055	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr4	16504184	rs872478	G	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.58;ReadPosRankSum=0.338;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr4	16510131	rs9993371	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.51;ReadPosRankSum=0.049;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr4	16513748	rs6824949	T	C	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.91;ReadPosRankSum=0.117;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr4	16597280	rs1506462	T	A	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=0;PP=186;SC=TCTTTAATGCTCTCAGAGTAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=16597288;WS=16597270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	16753863	rs283027	A	C	132.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=0;PP=74;SC=TCAGTGAACAAGATACAGAGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=16753871;WS=16753853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	16899946	rs7690911	A	G	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.201;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr4	17489003	rs2597767	T	C	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=345;ReadPosRankSum=0.133;SC=CTGGGCGCCATGGCTCACACC;SOR=0.752;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=34;WE=17489011;WS=17488993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr4	17492145	rs731437	T	C	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=10;PP=666;SC=TGATGTGCAATGCATCCTCAG;SOR=2.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=17492153;WS=17492135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	17494054	rs2597772	A	G	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=43;PP=1282;SC=TCTATTCCCTAAAAACTTTAT;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=70;WE=17494062;WS=17494044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	17503382	rs2597775	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=179;ReadPosRankSum=-0.065;SC=CAGCCAAGGTCAGGAGGCCTC;SOR=0.527;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=20;WE=17503390;WS=17503372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr4	17503544	rs2597776	C	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.922;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr4	17503561	rs3733573	T	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=297;ReadPosRankSum=-0.449;SC=AGCCCCACACTCAGGGAGGCC;SOR=0.518;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=26;WE=17503569;WS=17503551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr4	17511595	rs10020171	A	T	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=48;PP=1357;SC=GTTGTTACTCAAATCTGCAAT;SOR=1.145;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=89;WE=17511603;WS=17511585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	17511634	rs10030250	G	A	1365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=35;PP=1053;SC=TAAATAGGGGGAAAAAATAAG;SOR=1.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=57;WE=17511642;WS=17511624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	17513458	rs2244804	A	G	3865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=40;PP=2512;SC=AAGCAACACGAGTCAGGGGGT;SOR=1.575;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=86;TCR=40;TR=126;WE=17513466;WS=17513448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr4	17513724	rs2244788	G	C	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=52;PP=1236;SC=GCCTCGAGCCGGAGCGCCGCG;SOR=1.416;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=81;WE=17513732;WS=17513714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	17513757	rs67496406	CG	C	1358.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=37.74;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	17517099	rs1551091	A	G	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=54;PP=1672;SC=GAGGGTGTAAAGTGCGGCAGT;SOR=1.106;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=44;TCR=54;TR=98;WE=17517107;WS=17517089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	17517242	rs28382333	C	T	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=218;SC=GCTGCCTCAACGTCAGGCATA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=17517250;WS=17517232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	17590686	.	A	AT	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=4.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-1.495;SOR=0.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr4	17634213	rs6825562	A	G	4026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr4	17689901	rs11306510	AT	A	256.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.10;ReadPosRankSum=0.102;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr4	17689974	rs4698646	T	C	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=8;PP=587;SC=CAGCATGTGTTACTGGGGACA;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=17689982;WS=17689964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	17695206	rs3733581	C	G	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=42;PP=1207;SC=CACGTGTTAACGTCACAACAC;SOR=2.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=57;WE=17695214;WS=17695196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	17706928	rs13139898	T	G	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=543;ReadPosRankSum=1.179;SC=GTTTATACACTGTTTTTACAG;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=32;WE=17706936;WS=17706918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr4	17711076	rs3733583	T	C	4809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=95;NR=57;PP=2554;SC=TCAGCCTCTTTTGCAGCTCCA;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=95;TCR=57;TR=152;WE=17711084;WS=17711066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr4	17812615	rs2074974	A	C	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=13;PP=541;SC=ATAGAAGACTACTCGGAGAGC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=17812623;WS=17812605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	17818885	rs2302212	T	C	5435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr4	17841948	rs2286534	T	A	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=209;SC=ATGAATGAAATTTTTTTTCTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=17841956;WS=17841938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	17885296	rs139656197	A	AAC	1247.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.684;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.71;ReadPosRankSum=-1.271;SOR=0.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,39:0.93:42
chr4	20256722	rs1323066	G	A	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=49;PP=1335;SC=TCGCGGTTGCGTGTGGGCCGG;SOR=1.408;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=82;WE=20256730;WS=20256712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	20270600	rs2196476	G	A	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.380;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=583;ReadPosRankSum=0.753;SC=CCTGGAATCTGTTCATCAATA;SOR=1.445;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=39;WE=20270608;WS=20270590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr4	20482554	rs2290752	A	T	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=297;ReadPosRankSum=-1.324;SC=GTGAATACAGAGAAGAGTCTA;SOR=0.521;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=21;WE=20482562;WS=20482544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr4	20487711	rs10019416	C	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=84;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TCATCTCTACCAGGTAGCTGT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=20487719;WS=20487703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr4	20490710	rs543593	T	G	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=229;SC=TCACTAATGTTCAATTGTGCA;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=20490718;WS=20490700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	20492380	rs485909	A	G	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=625;ReadPosRankSum=-0.904;SC=ACAGTTCGTTACTAACCACTT;SOR=0.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=41;WE=20492388;WS=20492370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,45:0.58:78
chr4	20492417	rs7695303	G	T	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=499;ReadPosRankSum=1.403;SC=TTTCCTTTCTGTTTTCTAGAT;SOR=0.735;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=93;TCF=63;TCR=30;TR=38;WE=20492425;WS=20492407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,45:0.40:113
chr4	20520993	rs519813	T	C	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=15;PP=964;SC=TCATTTAAAATATTTTTTTCA;SOR=1.421;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=20521001;WS=20520983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	20526985	rs146437952	C	CAT	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=63.02;NF=0;NR=6;PP=249;SC=TGATGTTAAACATATATTATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=20526993;WS=20526975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	20533700	rs3215198	A	AT	362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.441;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=92;ReadPosRankSum=1.930;SC=CTTGTTAGCTATTTTTTTTAT;SOR=0.413;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=8;WE=20533708;WS=20533690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr4	20535460	rs74466092	T	TTC	612.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=188;ReadPosRankSum=-0.226;SC=CTCTTTCACATTCTCTGTTAC;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=20535468;WS=20535450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr4	20541005	rs35993588	AG	A	3269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=2382;ReadPosRankSum=2.563;SC=ATCCTCAGATAGGCAAAATTG;SOR=0.616;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=38;WE=20541016;WS=20540995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,81:0.57:141
chr4	20541008	rs3842004	C	A	3278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.61;ReadPosRankSum=2.102;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,85:0.59:145
chr4	20547532	rs12501787	C	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5952;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=92;ReadPosRankSum=-0.921;SC=TGGAACACGACATCTTAAAGC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=20547540;WS=20547522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr4	20547578	rs12501870	G	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=3;PP=354;SC=TCAGTTAAGAGTGAAGTACTG;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=20547586;WS=20547568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	20552510	rs17542486	A	C	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.93;ReadPosRankSum=-2.722;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,85:0.50:170
chr4	20555795	.	C	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.349;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=356;ReadPosRankSum=-0.307;SC=CAGAAATAGTCCATTGGTAAT;SOR=0.286;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=25;WE=20555803;WS=20555785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr4	20569099	rs2290750	A	G	6507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=110;NR=100;PP=2965;SC=TGTATGTGCCAAGAACTACTT;SOR=0.813;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=110;TCR=100;TR=210;WE=20569107;WS=20569089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr4	20569254	rs12506323	A	G	3483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.10;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	20569259	rs2290751	C	T	3451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.69;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	20570787	rs17620615	G	A	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=296;SC=CTTAAAGATAGTTTCAGCTAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=20570795;WS=20570777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	20599758	rs3775833	C	T	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=434;SC=ATTTCAGCATCGTTTTCTCAT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=22;WE=20599766;WS=20599752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	20599783	rs67622693	CAT	C	1251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=7;PP=987;SC=ATCAGGAAAACATAAACCATA;SOR=2.019;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=22;WE=20599804;WS=20599773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	20599796	rs12507257	A	G	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=10;PP=779;SC=AAACCATAGTAAAACCTGTTC;SOR=1.552;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=36;WE=20599804;WS=20599773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	20620683	rs1379659	G	A	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=508;ReadPosRankSum=-0.156;SC=CTTCTTGACCGTGTGGGACTA;SOR=0.601;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=39;WE=20620691;WS=20620673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,42:0.50:84
chr4	20760387	rs139642771	A	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=282;ReadPosRankSum=1.514;SC=TAAACTCAACACTGCAAGCAT;SOR=1.353;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=20;WE=20760395;WS=20760377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr4	20852166	rs3765121	A	G	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.455;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr4	20852244	rs3765122	A	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=177;ReadPosRankSum=1.100;SC=CAAGGGCTTCAGGCCGATGCC;SOR=0.793;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=16;WE=20852252;WS=20852234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr4	20884482	rs57696441	G	GA	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=2.017;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr4	21305653	.	T	TGAGAGA	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=-0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.29;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr4	21764761	rs717531	C	T	6609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=105;NR=121;PP=2965;SC=AATTCCTTCACTGTGGTTGAA;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=105;TCR=121;TR=226;WE=21764769;WS=21764751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr4	21950259	rs6448102	A	G	6764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr4	21950414	rs149211629	G	C	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=140;ReadPosRankSum=0.215;SC=CGCGCGGAGCGGGCTGCAGGT;SOR=0.818;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=13;WE=21950422;WS=21950404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr4	22390167	rs9002	C	T	2834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,138:0.54:256
chr4	22416133	rs7658234	C	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.381;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr4	22416195	rs13106386	C	G	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=365;ReadPosRankSum=1.661;SC=CTTCTAACCTCTCTTCTTCTA;SOR=0.584;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=32;WE=22416203;WS=22416185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,41:0.44:94
chr4	22422455	.	G	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=1.396;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,28:0.24:115
chr4	22444692	rs10018144	C	T	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=26;PP=952;SC=AATTTCATAACCAGTTCTGAC;SOR=0.840;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=58;WE=22444700;WS=22444682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	22456574	rs73112202	T	C	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=619;ReadPosRankSum=0.013;SC=AGGAGAAGGGTGGAAAAGTGT;SOR=0.657;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=132;TCF=70;TCR=62;TR=59;WE=22456582;WS=22456564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,63:0.44:144
chr4	22457364	rs61792029	C	G	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=21;PP=733;ReadPosRankSum=-0.984;SC=TTTAATCAGACACCTGCACTG;SOR=0.746;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=120;TCF=74;TCR=46;TR=57;WE=22457372;WS=22457349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,68:0.47:145
chr4	22457478	rs16872669	C	T	2718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=2.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.20;ReadPosRankSum=-1.246;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,129:0.63:206
chr4	22463295	rs61792032	G	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.207;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=300;ReadPosRankSum=-1.403;SC=TCATGTTAAAGTAAGTTGACA;SOR=1.080;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=23;WE=22463303;WS=22463285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr4	22715639	rs1963996	A	G	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=142;ReadPosRankSum=0.330;SC=ATTCTGTTATATATTATACTG;SOR=0.760;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=9;WE=22715647;WS=22715629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr4	22749783	rs10640126	G	GTATA	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=2.744;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr4	22820504	rs358231	A	T	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	23815522	rs3755863	C	T	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=47;PP=1513;ReadPosRankSum=-0.279;SC=AATAGGATTGCGTGCCATCCC;SOR=0.761;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=239;TCF=136;TCR=103;TR=111;WE=23815530;WS=23815512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,127:0.46:277
chr4	23815662	rs8192678	C	T	3906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=76;PP=2170;ReadPosRankSum=-2.016;SC=CTCAGTTCACCGGTCTTGTCT;SOR=0.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=322;TCF=170;TCR=152;TR=166;WE=23815670;WS=23815652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,187:0.52:360
chr4	23815924	rs2970847	T	C	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr4	23886323	rs2946385	G	T	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.945;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=601;ReadPosRankSum=2.179;SC=CATGTTAGTCGGGCCCAAGCC;SOR=1.630;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=34;WE=23886331;WS=23886313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr4	24550431	rs35768649	T	A	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=494;ReadPosRankSum=-1.334;SC=TTATATCTCATAAATCATTAT;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=29;WE=24550439;WS=24550421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr4	24586187	.	T	TGC	573.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.163;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=6.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.87;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=0.114;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr4	24801354	rs8192291	C	T	2263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.283;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=52;PP=1522;ReadPosRankSum=0.593;SC=GTCGGCCACGCTGGACGCCGC;SOR=0.570;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=212;TCF=113;TCR=99;TR=104;WE=24801362;WS=24801344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,109:0.49:222
chr4	24809884	rs1019229	T	C	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=4;PP=763;SC=ACAGGATCAGTGCGTTTTCTC;SOR=3.321;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=24809892;WS=24809875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	24824076	.	G	GA	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.646;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
chr4	24914382	rs113803310	C	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.224;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr4	24914412	.	C	G	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.171;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,64:0.48:134
chr4	25001439	rs7689760	T	C	2165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=38;PP=1350;ReadPosRankSum=-1.162;SC=CCAGTGTGCTTCCTGAAGGCT;SOR=0.899;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=212;TCF=124;TCR=88;TR=98;WE=25001447;WS=25001429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,106:0.46:231
chr4	25001576	rs7665497	C	T	3880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.90;ReadPosRankSum=-0.829;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,99:0.51:195
chr4	25001578	rs7665498	C	T	3880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.80;ReadPosRankSum=-1.023;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,101:0.52:196
chr4	25001632	rs7690185	T	A	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.718;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=566;ReadPosRankSum=-0.373;SC=TCCTCCTTAGTACAACAGAAA;SOR=0.510;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=47;WE=25001640;WS=25001622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,56:0.58:97
chr4	25001685	rs7670138	A	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.706;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=311;ReadPosRankSum=0.941;SC=TGGGGCCTTGAATGTAAAAAG;SOR=0.188;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=20;WE=25001693;WS=25001675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr4	25005023	rs2232029	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-1.425;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr4	25005193	rs2232028	G	A	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.863;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,85:0.52:163
chr4	25028472	rs34396934	A	G	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.881;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,82:0.47:174
chr4	25160732	rs34423002	T	TA	427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.585;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.660;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,50:0.29:172
chr4	25236017	rs313549	T	C	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	25253995	rs313567	C	T	8012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.93;ReadPosRankSum=0.975;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,307:0.99:309
chr4	25262232	rs72548115	TTATATATATA	T	139.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.97;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	25315637	.	C	CTTT	1187.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;MQRankSum=0.625;QD=23.28;ReadPosRankSum=-2.402;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,42:0.82:51
chr4	25316815	rs12508686	T	C	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=3;PP=734;SC=TTTTGTTTTCTCCTGAAATGA;SOR=3.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=30;WE=25316823;WS=25316805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	25363901	rs315675	T	A	6331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=118;PP=2965;SC=CACTGTGAGCTCTGTAATTCT;SOR=0.971;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=221;TCF=103;TCR=118;TR=221;WE=25363909;WS=25363891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr4	25370962	rs315689	A	T	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=345;SC=CTCTGGAGACATGGGGAGTTG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=25370970;WS=25370952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	25382216	rs315676	C	G	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=212;SC=ATAAATATCACTTTGGGAACT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=25382224;WS=25382206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	25391584	rs186408	G	A	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=244;SC=AAAAAGGAATGAGCCTGATGT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=25391592;WS=25391574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	25393889	rs2292407	C	T	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	25394078	rs2292408	A	G	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=21;PP=631;SC=GTGAATATTTATTATCGGCTT;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=25394086;WS=25394068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	25395674	rs17605267	C	A	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=367;SC=TCAGATTTGCCAAAAGGGCTC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=25395682;WS=25395664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	25404553	rs10023139	C	T	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=29;PP=964;SC=ATCCCCCACACACTAATCTTA;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=63;WE=25404561;WS=25404543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	25408516	rs3214034	T	A	2271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=43;NR=36;PP=1177;SC=AGGTAAGAAGTTGATATTTCT;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=79;WE=25408524;WS=25408506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	25408724	rs28616687	A	G	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=4;PP=179;SC=ACTGCCACTCACAGCTCTCTT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=25408732;WS=25408714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	25417244	rs3816587	C	T	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=417;SC=GACTCAGTTACGGTGGTAATA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=25417252;WS=25417234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	25419283	rs9174	T	C	6225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=123;NR=93;PP=2965;SC=CCATGCATTTTGAGAAGCACT;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=124;TCR=93;TR=216;WE=25419291;WS=25419273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr4	25669422	rs79819729	G	A	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=475;ReadPosRankSum=0.147;SC=TACTTCTTTAGAGGATACCAG;SOR=0.606;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=35;WE=25669430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,38:0.52:73
chr4	25674905	.	TCACA	T	1357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=674;SC=CTTGTAGGCCTCACATGTAGT;SOR=2.376;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=25674921;WS=25674895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	25674911	.	G	GAGGGA	1357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=832;SC=GGCCTCACATGTAGTCACTGC;SOR=2.376;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=25674921;WS=25674895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	25674913	rs62409436	A	G	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=308;SC=CCTCACATGTAGTCACTGCAT;SOR=2.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=13;WE=25674921;WS=25674895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	25675943	rs76404281	G	C	2579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=47;PP=1734;ReadPosRankSum=0.083;SC=TTGCATGGTTGACTGGCTACC;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=266;TCF=163;TCR=103;TR=120;WE=25675951;WS=25675933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,127:0.45:285
chr4	25678199	rs6448389	A	G	5210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=83;PP=2965;SC=TTGCTGTGTGACTGCCCCAAG;SOR=0.890;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=79;TCR=83;TR=162;WE=25678207;WS=25678189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr4	25678396	rs3733545	G	T	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.580;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=314;ReadPosRankSum=-1.488;SC=TGTCAGGGATGGGGGGATGGT;SOR=1.270;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=22;WE=25678404;WS=25678386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr4	25758580	rs4401441	G	A	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=53;PP=1597;SC=CAGTTTCTTAGGCTTTTTAAA;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=72;WE=25758588;WS=25758570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	25759078	.	CCAA	C	45	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=55;MMLQ=22;MQ=57.38;NF=6;NR=2;PP=45;QD=12.0662093253;SC=TTCCAGTAGACCAAAAAAAAA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=8;WE=25759089;WS=25759068;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,8:0.57:14
chr4	25759110	rs4697615	T	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.08;ReadPosRankSum=-0.986;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr4	25760693	rs2276954	A	G	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=473;ReadPosRankSum=1.181;SC=AAAAATCCCTAAAAACAAGCC;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=43;TCR=61;TR=37;WE=25760701;WS=25760683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,38:0.35:108
chr4	25767133	rs6823220	A	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.327;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=198;ReadPosRankSum=1.663;SC=TGGCGCATTCACATGAATGCA;SOR=0.281;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=17;WE=25767141;WS=25767123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr4	25767183	rs4697616	G	A	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=10;PP=278;SC=ACATCTTTATGTTTCCCTGAT;SOR=4.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=25767191;WS=25767173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	25769129	rs2290575	CC	GG	2515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.36;ReadPosRankSum=0.857;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,67:0.49:137
chr4	25769135	rs2290577	T	C	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=-1.352;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,77:0.53:146
chr4	25769319	rs2290578	T	C	6410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.26;ReadPosRankSum=-0.930;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,177:0.50:351
chr4	25769327	rs2290579	A	G	6084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.32;ReadPosRankSum=-1.013;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,156:0.50:315
chr4	25780599	rs13121073	C	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.304;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=139;ReadPosRankSum=-1.501;SC=CATGCATGTACAACTGGTAAA;SOR=1.352;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=11;WE=25780607;WS=25780589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr4	25780891	rs4697619	A	G	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=263;ReadPosRankSum=0.144;SC=AGACAAGGTGATGAGATGCTT;SOR=0.495;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=22;WE=25780899;WS=25780881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
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chr4	25915648	rs2305669	G	A	6115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=1.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr4	25930071	rs2309292	G	C	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.367;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=49;PP=1197;ReadPosRankSum=1.743;SC=TTGCCTTGGCGTGGAGAGTGG;SOR=0.970;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=182;TCF=78;TCR=104;TR=81;WE=25930079;WS=25930061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,87:0.45:195
chr4	26097298	rs139788486	GAAGGAAGGAAGGA	G	657.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.11;MQRankSum=3.129;QD=20.55;ReadPosRankSum=-1.157;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr4	26122858	rs6825116	G	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=71;ReadPosRankSum=-0.670;SC=AAGCCAGTGGGCTGCCCTGCT;SOR=0.446;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=5;WE=26122866;WS=26122848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr4	26241366	rs200509512	G	GGGAGA	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.697;QD=7.71;ReadPosRankSum=1.978;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
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chr4	26387959	rs56122711	AT	A	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.28;ReadPosRankSum=1.059;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr4	26407681	rs3109839	A	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=42;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TGTTTTTAAGATTTGCTTATT;SOR=0.120;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=5;WE=26407689;WS=26407671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr4	26417136	rs2270226	T	C	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.101;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,51:0.53:97
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chr4	26491156	rs6850415	G	A	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=492;ReadPosRankSum=-1.448;SC=GATGACAGCAGAATGCTAAAA;SOR=0.687;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=36;WE=26491164;WS=26491146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
chr4	26491974	rs6448456	G	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr4	26585881	rs4692549	C	T	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,65:0.38:172
chr4	26615982	rs260954	C	T	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=190;SC=TGTATGTTTACTTAAAAACTA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=26615990;WS=26615972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	26673761	rs9997999	T	A	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.64;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	26673787	rs7691219	A	G	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	26719569	rs34600164	T	C	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.254;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr4	26721578	rs4590010	T	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr4	26737063	rs33992685	C	CT	755.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.58;ReadPosRankSum=0.630;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,38:0.88:43
chr4	26862546	.	CTT	C,CT	1288.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.278;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.428;QD=14.16;ReadPosRankSum=-1.514;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:10,43,38:0.47,0.42:91
chr4	26862754	rs114264770	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.556;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr4	26862782	rs75058604	C	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.668;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr4	26959207	rs3792685	T	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.837;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=259;ReadPosRankSum=0.861;SC=TGAATTTATATTTAACTTAAT;SOR=1.609;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=14;WE=26959215;WS=26959197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr4	27004011	rs10028164	G	A	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=14;PP=368;SC=TGGACTTACAGGAGAGGTAAG;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=27004019;WS=27004001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	27004490	rs5856961	T	TA	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=1.078;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr4	27022679	.	C	CA	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.127;QD=0.46;ReadPosRankSum=-0.278;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,21:0.16:133
chr4	27022800	rs10031905	A	G	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=21;PP=624;SC=CCTACCGTAAACTTGCCACTC;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=27022808;WS=27022790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	27162341	rs17649944	C	G	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.955;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=431;ReadPosRankSum=1.329;SC=GCTTTCTGGCCTCTACCTACA;SOR=0.984;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=36;WE=27162349;WS=27162331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr4	30132766	rs34540632	ATG	A	231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.870;SOR=0.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,18:0.25:72
chr4	30222301	.	A	AGT	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=162;ReadPosRankSum=-0.778;SC=CATACCTCAAAGTGTGTGTGT;SOR=0.293;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=7;WE=30222309;WS=30222291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr4	30222333	.	CAT	C	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=1.247;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr4	30222355	.	T	C	129	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=7;NR=4;PP=129;QD=14.8882920497;SC=TATATATCAGTACGTGTACAT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=11;WE=30222363;WS=30222345;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:23,11:0.32:34
chr4	30279585	.	GTAGA	G	406	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.36;NF=3;NR=5;PP=406;QD=54.125;SC=ACATATATGTGTAGATAGATA;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=8;WE=30279596;WS=30279575;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,8:0.44:18
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chr4	36109409	rs7688562	C	G	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=12;PP=347;SC=CATTTGAAAACATCTGTAGGC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=36109417;WS=36109399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	36121140	rs143366422	G	GT	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=30;ReadPosRankSum=-0.489;SC=CAACCAATTAGTTTTTTTTTT;SOR=0.859;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=4;WE=36121148;WS=36121130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr4	36122737	rs4832795	A	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=135;ReadPosRankSum=1.202;SC=CTACAACATAAATATTTGTTG;SOR=0.245;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=11;WE=36122745;WS=36122729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr4	36123024	rs1397423	A	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.379;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=314;ReadPosRankSum=-0.163;SC=CAGTTTATCAATTTTTAAACA;SOR=0.199;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=20;WE=36123032;WS=36123014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr4	36126393	rs2271331	G	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=363;ReadPosRankSum=1.204;SC=GAGTTCTTATGATACGTAGAA;SOR=0.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=27;WE=36126401;WS=36126383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr4	36126696	rs3817165	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=0.566;SC=CATTTTAATAGGTGATACAAT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=36126704;WS=36126686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr4	36130099	rs6148397	T	TACACAC,TACACACACACACAC	895.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=13,13;NR=0,0;PP=312,556;SC=GTCTATATTATACACACACAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=13,13;WE=36130107;WS=36130089;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:12
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chr4	36130375	rs5857473	TA	T	2998.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=61;PP=1018;ReadPosRankSum=-0.164;SC=AACCTTTGTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.848;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=2;TCR=75;TR=63;WE=36130383;WS=36130365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
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chr4	36148837	rs73225587	T	C	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=19;PP=844;ReadPosRankSum=0.970;SC=TATTGTTTTCTCCCTCAAGAT;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=65;TCR=32;TR=57;WE=36148845;WS=36148827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,63:0.61:103
chr4	36149025	rs1567483	G	A	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=46;PP=1535;SC=TTAAAACACTGTAATAAACAC;SOR=1.261;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=81;WE=36149033;WS=36149015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	36149113	rs1567484	C	T	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=27;PP=1321;SC=AAGGCTATCACTATTGTATGC;SOR=0.992;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=66;WE=36149121;WS=36149103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
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chr4	36160603	rs17457286	G	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=0.751;SC=ATTTACCAAAGAATAATTACA;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=36160611;WS=36160593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
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chr4	36317970	rs9995922	T	C	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=1.006;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,61:0.53:116
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chr4	37247021	rs892825	C	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.971;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=363;ReadPosRankSum=0.501;SC=CCCTCGCTGGCCGGTTTTGCC;SOR=2.160;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=17;WE=37247029;WS=37247011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
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chr4	37435679	rs114097786	A	G	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=414;ReadPosRankSum=1.729;SC=TAAGAAATATATCATTAATAG;SOR=0.686;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=25;WE=37435687;WS=37435669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr4	37445315	rs4634233	C	A	2514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,123:0.48:257
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chr4	37592674	.	TGCATT	CGCATG,CGCATT	214	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2,6;NR=12,20;PP=214,109;QD=19.1048482044;SC=AGCATGCAGATGCATTTGCTC;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=14,26;WE=37592687;WS=37592664;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.54:26
chr4	37592679	rs937942	T	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.27;ReadPosRankSum=1.906;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr4	37636341	rs11730085	C	T	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=625;ReadPosRankSum=-0.311;SC=TAGGATTCTTCTGTTGTTGGA;SOR=0.551;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=60;TCF=52;TCR=8;TR=34;WE=37636349;WS=37636331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr4	37636750	rs2276943	T	G	4059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=84;PP=2499;ReadPosRankSum=-1.104;SC=ACGGGGCTAATGTGGGGAGGA;SOR=0.714;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=131;TCF=45;TCR=86;TR=129;WE=37636758;WS=37636740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,144:0.99:145
chr4	37651155	rs2292298	A	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=80;ReadPosRankSum=-1.143;SC=TGCATTAGATATCTGTCCAGG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=6;WE=37651163;WS=37651145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr4	37666991	rs6837020	T	G	8295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.21;SOR=1.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr4	37666995	rs1221653	T	C	8024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.60;SOR=1.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr4	37828175	rs2059484	T	C	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=303;SC=TCCCACCCCCTGCAGCGCACC;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=37828194;WS=37828172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	37828186	rs2059483	C	T	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=3;PP=288;SC=GCAGCGCACCCGCAAACGGCA;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=37828194;WS=37828172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	37831850	rs2911907	C	T	187.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=84;SC=ACATGTCTTACCAGCTTGGCT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=37831858;WS=37831840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	37850312	rs35704131	TG	T	3099.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=56;PP=2478;SC=AATAATATTTTGAAATGTTCT;SOR=1.927;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=1;TCR=59;TR=57;WE=37850320;WS=37850302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	37857106	rs6531590	G	A	276.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=231;SC=ATTTCCTCCAGAATGTTTTTC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=37857114;WS=37857096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	37857166	rs6842360	A	G	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=17;PP=1229;SC=CTTATGCAAGAGAAGATATTG;SOR=1.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=63;WE=37857174;WS=37857156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	37903669	rs2279028	A	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.334;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr4	37903756	rs2279027	T	C	2909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=28;PP=1823;ReadPosRankSum=2.275;SC=ACATCTGCTTTCTAACGAGGT;SOR=0.499;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=66;TCR=29;TR=93;WE=37903764;WS=37903746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr4	37904082	rs2279026	T	C	2296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=55;PP=1085;ReadPosRankSum=3.316;SC=AGGAAGACGCTGTCCACCGGC;SOR=0.814;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=195;TCF=97;TCR=98;TR=100;WE=37904090;WS=37904072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,117:0.51:229
chr4	37904228	rs11931763	T	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=247;ReadPosRankSum=-0.444;SC=CTGAAATGAATAAGGAATTAA;SOR=0.385;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=19;WE=37904236;WS=37904218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr4	37922307	rs2925957	G	C	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr4	37922416	rs60244784	A	T	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-0.639;QD=26.44;ReadPosRankSum=-1.567;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr4	37922423	rs36075899	A	G	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-0.685;QD=25.73;ReadPosRankSum=-0.988;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr4	37962133	rs2290740	G	A	2244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=42;PP=1334;ReadPosRankSum=0.348;SC=TGCTGAAGCTGGAGTCTAGAC;SOR=0.753;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=205;TCF=118;TCR=87;TR=98;WE=37962141;WS=37962123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,113:0.48:237
chr4	37962186	rs6811863	G	C	7103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=88;PP=2965;SC=GTTTTAACACGACGTTTTGGC;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=131;TCR=89;TR=219;WE=37962194;WS=37962176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr4	38016395	rs10501	T	G	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.148;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=34;PP=794;ReadPosRankSum=-0.796;SC=CAGGAGCCTGTGCGCAGGCCC;SOR=1.059;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=19;TCR=88;TR=41;WE=38016403;WS=38016385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,44:0.44:100
chr4	38022087	rs10015663	A	G	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.50;ReadPosRankSum=0.855;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,44:0.66:67
chr4	38022102	rs77233308	A	G	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=549;ReadPosRankSum=1.542;SC=TCCATCTCAAAAAGATAATAA;SOR=0.557;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=42;WE=38022110;WS=38022092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,51:0.60:85
chr4	38022167	rs112006400	C	T	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=36;PP=985;ReadPosRankSum=-0.253;SC=GAGGATGGTGCGTCTTCTGGA;SOR=0.631;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=169;TCF=99;TCR=70;TR=82;WE=38022175;WS=38022157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,91:0.47:194
chr4	38047545	rs6845120	A	G	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=-1.653;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,89:0.43:205
chr4	38053788	rs58659939	CTGTGTGTGTG	C	1003.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.35;MQRankSum=1.291;NF=0;NR=18;PP=2997;ReadPosRankSum=0.854;SC=AGCAGAGCCACTGTGTGTGTG;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=18;WE=38053805;WS=38053778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr4	38097478	rs10517469	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.093;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=282;ReadPosRankSum=0.227;SC=TAACAAGTAGGCAGCCATGTT;SOR=0.269;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=21;WE=38097486;WS=38097468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr4	38104799	.	GGAGATGACAATGGAAGTTTCACTCACATGAAAAATCTGAAGAGACTGTCCAAGTTATGTATTGACCTGCCTTTAGGTTTAGCAATCAAAATTT	G	871.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.33;ReadPosRankSum=-1.000;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,38:0.32:119
chr4	38119885	rs623945	G	A	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=48;PP=1295;SC=CTGTCTCTCCGTGGTGATTCT;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=72;WE=38119893;WS=38119875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	38628540	rs168086	A	G	257.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.20;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr4	38776107	rs11096955	T	G	3655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=51;PP=1994;SC=GGCAGTTGGATAGTTCTTTTA;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=65;TCR=51;TR=115;WE=38776115;WS=38776097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	38776303	rs11466652	T	C	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=33;PP=1703;SC=CATGCTCCAATTTTATAGTTC;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=50;TCR=33;TR=83;WE=38776311;WS=38776293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	38776491	rs11096957	T	G	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=36;PP=1263;SC=GTCTTAGCATTTTCTAAACTA;SOR=1.194;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=65;WE=38776499;WS=38776481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	38777173	rs10856838	A	T	3607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.765;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=65;PP=1992;ReadPosRankSum=-0.611;SC=CTGTCATAACAATACTACAAA;SOR=0.789;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=122;TCF=57;TCR=65;TR=121;WE=38777181;WS=38777163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,137:0.99:138
chr4	38777236	rs10856839	T	G	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=40;PP=1218;SC=TTTTACCACTTATTTCCTCAT;SOR=1.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=59;WE=38777244;WS=38777226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	38800214	rs5743611	C	G	3590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=69;PP=2287;SC=ATACTGGATTCTATTATGAGA;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=47;TCR=69;TR=116;WE=38800222;WS=38800204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr4	38829163	rs5743818	A	C	3477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=48;PP=1806;SC=ATGAAATAAAAGCATGAAACT;SOR=0.820;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=65;TCR=48;TR=113;WE=38829171;WS=38829153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr4	38829832	rs3775073	T	C	8600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr4	38830012	rs3821985	G	C	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=31;PP=1014;SC=AAACGTTCTGGGTAAAGTTCA;SOR=0.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=66;WE=38830020;WS=38830002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	38830350	rs5743810	A	G	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=41;PP=1449;SC=AGTAAGGTTGAACCTCTGGTG;SOR=1.409;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=77;WE=38830358;WS=38830340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	38869562	rs75372916	G	A	121.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=82;SC=CGCCTCGTCCGGGACCCACGA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=38869570;WS=38869553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	38879655	rs73236661	C	T	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=20;PP=993;SC=CTTAACAATTCGATGAAAGCA;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=58;WE=38879663;WS=38879645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	38879949	rs11096964	G	A	8447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=151;NR=145;PP=2965;SC=CCCTCTCAATGGAGACGTGAC;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=298;TCF=151;TCR=147;TR=296;WE=38879957;WS=38879939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr4	38880046	rs11555334	T	C	4398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=60.06;NF=67;NR=92;PP=2280;SC=CAGAATTATCTGGTAAGAATG;SOR=1.199;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=67;TCR=92;TR=159;WE=38880054;WS=38880036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr4	38880136	rs11943209	A	T	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.26;NF=8;NR=30;PP=865;SC=GTGGGTGGGAATTGGGAGTTC;SOR=2.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=38;WE=38880144;WS=38880126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	38880167	rs11938589	C	T	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.54;NF=3;NR=16;PP=456;SC=GTGACATCCCCTCTGTCATCA;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=38880175;WS=38880157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	38907022	rs73236670	A	T	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=6.138;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.41;ReadPosRankSum=0.263;SOR=1.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,40:0.93:43
chr4	38916465	rs4563504	A	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=7;PP=447;SC=CAGTCCTCCCAACCTCCCCCA;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=38916473;WS=38916455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	38937372	rs2271031	T	C	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=60;NR=30;PP=1563;SC=AAGTGGCCTCTTTATCAAAGA;SOR=1.037;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=60;TCR=30;TR=90;WE=38937380;WS=38937362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	38942697	rs11398065	C	CT	438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.555;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr4	38944976	rs34903665	A	AT	2358.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=22;PP=1723;SC=ATAATCCAATATGGGGGGTGG;SOR=0.990;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=38;WE=38944984;WS=38944966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	38990334	rs3821986	C	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.157;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=265;ReadPosRankSum=0.891;SC=GTTTTATCTACGTTTTTATTC;SOR=0.210;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=53;TCF=48;TCR=5;TR=22;WE=38990342;WS=38990324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr4	38995310	rs11721954	A	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=387;ReadPosRankSum=-0.086;SC=AATTTTACATATCTATATCGG;SOR=0.512;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=24;WE=38995318;WS=38995300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr4	38995374	rs10212770	T	C	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=27;PP=1104;ReadPosRankSum=-0.413;SC=TATCCATCTCTAGGTGCAAAG;SOR=0.614;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=97;TCR=51;TR=78;WE=38995382;WS=38995364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,90:0.54:166
chr4	39000305	rs11542133	A	G	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,48:0.39:124
chr4	39000569	rs73236699	C	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.314;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=167;ReadPosRankSum=1.211;SC=TACTGTAAAGCTTTGAGTTTT;SOR=2.044;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=10;WE=39000577;WS=39000559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr4	39046586	rs111344840	CA	C	431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=292;SC=GCTGCCCGGACAGGGTCTAGG;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=39046594;WS=39046576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	39046651	rs76308346	C	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.001;QD=9.89;ReadPosRankSum=1.270;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr4	39064126	rs2711942	G	C	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.964;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=548;ReadPosRankSum=-0.369;SC=AGTAATTGTAGATATATATAT;SOR=0.865;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=36;WE=39064134;WS=39064116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr4	39064162	rs2711941	A	C	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=16;PP=863;ReadPosRankSum=1.018;SC=TCCTTTACATATTTTTGTTGT;SOR=0.864;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=105;TCF=72;TCR=33;TR=57;WE=39064170;WS=39064152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,62:0.53:118
chr4	39065091	rs2711940	G	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=-0.650;SC=GAAAGGTTTTGCAAAGAGATG;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=6;WE=39065099;WS=39065081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr4	39094738	rs2566149	G	A	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.319;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=462;ReadPosRankSum=0.406;SC=CCATCAACTGGTGAATGGATA;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=65;TCR=47;TR=38;WE=39094746;WS=39094728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,58:0.38:151
chr4	39104837	rs35745478	CTG	C	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.524;NF=3;NR=2;PP=154;ReadPosRankSum=-0.192;SC=ATTTTTGTATCTGTAATTTCA;SOR=1.329;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=5;WE=39104846;WS=39104827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr4	39109399	rs12508577	A	G	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=19;PP=490;SC=CACCAAATTTATTAAGCTATA;SOR=1.075;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=39109407;WS=39109389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	39114929	rs3796510	G	A	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=61.07;NF=1;NR=7;PP=153;SC=TTTGGAGAACGTGTTGGAGAA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=39114937;WS=39114919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	39114945	rs3839126	A	AG	221.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.34;NF=0;NR=6;PP=179;SC=GAGAATTGGAAGGGAAAGTCG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=39114953;WS=39114935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	39116775	rs10026775	A	T	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=57;NR=27;PP=1344;SC=AAATTTTCTTACAGATATGAT;SOR=1.216;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=84;WE=39116783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	39116911	rs3733276	T	C	4794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr4	39117103	rs3733277	G	A	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=17;PP=477;SC=AAGAGGCAATGTTTAATTTTA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=39117111;WS=39117093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	39122577	rs3733274	A	G	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	39122697	rs3733275	C	T	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=16;PP=392;SC=TTTAGTGCCCCGTTTTCTACA;SOR=1.893;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=23;WE=39122705;WS=39122687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	39128101	rs7694760	A	T	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=22;NR=5;PP=604;SC=CCGTATTGACAGATGTGGGTA;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=39128109;WS=39128095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	39184297	rs148579854	AAG	A	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr4	39187522	rs6839511	G	T	1364.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.24;ReadPosRankSum=0.147;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,72:0.86:84
chr4	39205365	rs1451817	C	T	5569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=93;NR=90;PP=2906;SC=ATCAAATCCACGTGCAAATCA;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=94;TCR=90;TR=183;WE=39205373;WS=39205355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr4	39217352	rs3733287	A	G	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=6;PP=546;SC=CTAGTAAGGAAAATATTTGAA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=25;WE=39217360;WS=39217342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr4	39233719	rs113407055	T	TA	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.332;QD=2.67;ReadPosRankSum=1.199;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr4	39242111	rs9998591	C	A	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=350;SC=TAGTTAAATCCTTTTAAAACA;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=39242119;WS=39242101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	39279907	rs2276888	A	G	6192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=115;PP=2965;SC=CTTCCGAAGCATTCTTCTATT;SOR=1.130;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=91;TCR=115;TR=206;WE=39279915;WS=39279897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr4	39302029	rs2066786	T	C	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	39308187	rs2066789	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=179;ReadPosRankSum=-0.679;SC=TTATCTGTCCGACCACACTGT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=13;WE=39308195;WS=39308177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr4	39343940	rs2306596	C	A	4926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr4	39347146	.	C	CT	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.044;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr4	39352910	rs11729890	T	C	110.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=3;PP=147;SC=AAAAAACTTATAAGAACTGAG;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=39352918;WS=39352900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	39353122	rs4975007	C	T	1889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=33;PP=1073;SC=AGGAGATTCACGAATAAACAT;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=66;WE=39353130;WS=39353112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	39413650	rs58015370	A	T	41.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr4	39436432	rs200875313	C	CT	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=-0.284;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr4	39448529	rs17618244	G	A	3289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.480;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=62;PP=1961;ReadPosRankSum=3.386;SC=CTCTACGACCGGCAGTTCAGG;SOR=0.764;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=293;TCF=152;TCR=141;TR=137;WE=39448550;WS=39448519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,159:0.47:340
chr4	39448542	rs7685429	C	G	8355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=141;NR=131;PP=2965;SC=AGTTCAGGCCCTCACAGCGCG;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=272;TCF=141;TCR=131;TR=272;WE=39448550;WS=39448519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr4	39450229	rs4975017	C	A	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=53;PP=1348;ReadPosRankSum=0.384;SC=TTTTCAAAGGCAGAAGAGAAG;SOR=0.782;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=187;TCF=85;TCR=102;TR=93;WE=39450237;WS=39450219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,97:0.49:196
chr4	39456392	rs1463478	G	A	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=25;PP=723;SC=AATTTAAAAAGCTAATCAAAT;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=39456400;WS=39456382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	39457870	rs3216720	T	TG	1924.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=15;PP=1168;SC=CACCAACAGTTTAAGTGTAAT;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=39457878;WS=39457860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	39458051	rs2125313	A	G	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=29;PP=1211;SC=CCCTGCGGATATATTTTTCAC;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=62;WE=39458059;WS=39458041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	39459724	rs2687958	T	C	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.53;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	39460490	rs2276890	C	G	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=54;PP=1566;ReadPosRankSum=0.379;SC=AGTACCCCCACGAGCACAGAA;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=286;TCF=159;TCR=127;TR=122;WE=39460498;WS=39460480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,133:0.42:313
chr4	39460797	rs2687959	G	A	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=6.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.72;ReadPosRankSum=-1.172;SOR=0.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,61:0.51:120
chr4	39472842	rs2125314	T	A	5026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;QD=25.91;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr4	39472946	.	CTT	C,CT	1410.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.138;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.429;QD=13.06;ReadPosRankSum=1.024;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,42,53:0.39,0.49:108
chr4	39478946	rs11934814	C	T	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=9;PP=251;SC=GTCAGGAGTTCGAGACCAGCC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=39478954;WS=39478936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	39501647	rs58175625	C	CA	189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.25;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	39501722	rs60656244	CAAA	C	1378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.000;QD=28.72;ReadPosRankSum=0.042;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,45:0.94:48
chr4	39505927	.	C	CA	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.658;QD=1.80;ReadPosRankSum=-1.230;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,24:0.24:99
chr4	39510122	rs11735116	G	T	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.489;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=6;PP=605;ReadPosRankSum=-1.848;SC=CTAAAGTGCTGCGATTACAGG;SOR=1.248;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=37;WE=39510130;WS=39510112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr4	39511530	rs71645104	T	TA	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=5.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=1.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,20:0.18:110
chr4	39528752	rs4975020	G	A	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.12;ReadPosRankSum=0.774;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr4	39606533	rs73240622	A	T	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.892;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=288;ReadPosRankSum=-0.780;SC=GCCCGGTCACATTTTAATCAT;SOR=1.193;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=18;WE=39606541;WS=39606525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr4	39700173	rs1055582	C	T	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=10;PP=282;SC=CGCCGCCTTCCCCTCCCCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=39700181;WS=39700163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	39747536	rs302931	A	G	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=11;PP=260;SC=AGCTTTATGAATTGCTTACTG;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=39747544;WS=39747526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	39757480	rs11389468	A	AT	1422.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=773;SC=CAGTAACTTTAAAAGTCTCTT;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=39757488;WS=39757470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr4	40044833	rs28550618	C	A	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=664;ReadPosRankSum=-0.805;SC=AAGCCCTTCTCGTCCTGGGTC;SOR=0.727;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=45;WE=40044841;WS=40044823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,49:0.62:79
chr4	40045093	rs17511578	C	A	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=33;PP=903;ReadPosRankSum=1.153;SC=GTTGGTCTTGCAGTGGCGTGC;SOR=0.791;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=126;TCF=62;TCR=64;TR=60;WE=40045101;WS=40045083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,71:0.47:152
chr4	40045340	rs17439810	G	C	3469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.791;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=81;PP=2295;ReadPosRankSum=-1.690;SC=TCCTGCTCCTGCCGGAAATAC;SOR=0.812;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=326;TCF=164;TCR=162;TR=159;WE=40045348;WS=40045330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,169:0.47:359
chr4	40045727	rs1704151	T	G	2406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=48;PP=1495;SC=CTGGATGGCGTTCGGCGTCTT;SOR=1.347;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=79;WE=40045735;WS=40045717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	40103817	rs61748746	G	A	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.735;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,39:0.44:88
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chr4	40337908	rs10022491	T	C	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.97;ReadPosRankSum=-1.583;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,50:0.62:81
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chr4	40350763	rs10029872	T	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=254;ReadPosRankSum=-1.119;SC=ATTCCAGACTTCCGAGCCACA;SOR=0.430;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=15;WE=40350771;WS=40350753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr4	40356422	rs10009228	A	G	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=43;PP=1470;SC=AAGGCCACCAATTCCAAGGGG;SOR=0.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=86;WE=40356430;WS=40356412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	40428010	rs278981	T	C	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	40435004	rs4861002	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=57;ReadPosRankSum=0.172;SC=TTGAGACAGGGTCTCACTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=6;WE=40435012;WS=40434994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr4	40438576	rs2307046	A	G	2754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=67;PP=1659;ReadPosRankSum=-3.054;SC=ATATACCACGACCAGCAGAAT;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=272;TCF=126;TCR=146;TR=124;WE=40438584;WS=40438566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,140:0.47:300
chr4	40438931	rs12503550	T	C	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.070;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,41:0.43:96
chr4	40438960	.	C	CA	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr4	40440215	rs2291580	T	C	5354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.298;SC=CGATCTCAGGTTCGGCCCAGT;SOR=0.622;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=425;TCF=208;TCR=217;TR=225;WE=40440223;WS=40440205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,254:0.54:467
chr4	40440854	rs1052153	G	C	2639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=66;PP=1240;ReadPosRankSum=-0.193;SC=GCACCTTGGCGGAGGACCCGG;SOR=0.586;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=176;TCF=67;TCR=109;TR=110;WE=40440862;WS=40440844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,128:0.62:207
chr4	40778146	rs2465570	C	T	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=28;PP=1232;SC=TCAATACAGGCTCATGGTACA;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=70;WE=40778154;WS=40778136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	40778162	rs2437323	T	G	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	40788544	rs2953325	A	G	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=4;PP=1142;SC=CAAGATTTGAAGAACTCATTG;SOR=3.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=44;WE=40788552;WS=40788534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	40809207	rs113167696	GA	G	640.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.892;NF=3;NR=18;PP=355;ReadPosRankSum=1.090;SC=GGGAGGTAAGGAAAAAAAATC;SOR=0.472;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=21;WE=40809215;WS=40809197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr4	40810663	rs4861066	A	G	2161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=47;PP=1268;ReadPosRankSum=-0.747;SC=TGTGAAGAACACTTGTCCCTC;SOR=0.692;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=197;TCF=92;TCR=105;TR=92;WE=40810671;WS=40810653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,105:0.48:221
chr4	40810747	rs2261167	A	G	7092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=123;NR=112;PP=2965;SC=GAAACCCATCAAGATTGTTCT;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=235;TCF=123;TCR=112;TR=235;WE=40810755;WS=40810737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr4	40818179	rs112788816	T	C	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=827;ReadPosRankSum=2.040;SC=TCGTTTTACATTGGTTGTGAC;SOR=0.723;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=98;TCF=54;TCR=44;TR=55;WE=40818187;WS=40818169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,65:0.57:115
chr4	40825819	rs3841555	TA	T	1250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.871;NF=1;NR=25;PP=980;ReadPosRankSum=-0.482;SC=TAAAGCCACTTACCACACTCA;SOR=0.804;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=26;WE=40825827;WS=40825809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,37:0.59:63
chr4	40844199	rs1865605	T	C	2907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=31;PP=1748;SC=GGAACGCAGATGCAATTCCAG;SOR=1.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=75;TCR=31;TR=106;WE=40844207;WS=40844189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	40895552	rs6447505	G	C	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=439;SC=GCTTCATTATGTTCAATCATC;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=40895560;WS=40895542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	40937219	rs5857759	GA	G	858.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.667;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.33;MQRankSum=0.436;QD=15.90;ReadPosRankSum=-0.915;SOR=0.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,51:0.94:54
chr4	40946750	rs4327523	A	T	46.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.72;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr4	41015823	rs2292234	G	A	2800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.875;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,141:0.48:293
chr4	41015899	rs4861358	C	T	5160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=92;PP=2965;SC=GTGATTGCCTCGGTTCTGCTC;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=76;TCR=92;TR=168;WE=41015907;WS=41015889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr4	41258970	rs11556271	A	G	3235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=1.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.26;ReadPosRankSum=-1.105;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,87:0.41:212
chr4	41258978	rs9321	C	T	3248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.57;ReadPosRankSum=-1.117;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,91:0.41:223
chr4	41259240	rs112424642	C	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=-1.693;SC=CCAAGCCGCCCGCTGCGAGCA;SOR=0.301;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=7;WE=41259248;WS=41259230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr4	41259633	rs5030732	C	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=147;ReadPosRankSum=1.160;SC=CAGGTGCTGTCCCGGCTGGGG;SOR=0.750;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=12;WE=41259641;WS=41259623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr4	41263718	rs3214812	A	AT	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=-1.255;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr4	41265989	rs3756001	C	G	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.980;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=585;ReadPosRankSum=1.325;SC=CCTCTTGCTTCATAACCAGGC;SOR=0.075;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=37;WE=41265997;WS=41265979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,41:0.66:62
chr4	41266295	rs3775256	C	T	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.183;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=483;ReadPosRankSum=-0.544;SC=GGGTTAATAGCAGTCTTTAGG;SOR=0.404;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=36;WE=41266303;WS=41266285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr4	41526250	rs10014221	G	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.089;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=292;ReadPosRankSum=-0.537;SC=CCAACTTGATGTTGGCAAAGC;SOR=1.629;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=19;WE=41526258;WS=41526240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr4	41526503	rs4266323	C	T	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.243;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=60;PP=1390;ReadPosRankSum=-0.460;SC=CTGGTGAGTACGTGGAATTGA;SOR=0.847;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=221;TCF=93;TCR=128;TR=99;WE=41526511;WS=41526493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,109:0.46:235
chr4	41607754	rs11943304	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=176;ReadPosRankSum=0.380;SC=TTAAAGTGATTTTACATTTAA;SOR=1.721;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=11;WE=41607762;WS=41607747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr4	41611575	rs1105886	A	G	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,85:0.50:169
chr4	41615249	.	A	AT	66	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=5;PP=66;QD=12.4285714286;SC=TTATTTGGGGATTTTTTTAAA;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=7;WE=41615257;WS=41615239;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr4	41615690	rs13146318	T	A	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=596;ReadPosRankSum=-1.322;SC=TAGGTTGGAGTCTTAATAAAC;SOR=0.659;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=13;TCR=53;TR=36;WE=41615698;WS=41615680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr4	41629036	rs5857808	G	GGT,GGTGT	744.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.41;MQRankSum=0.000;QD=32.38;ReadPosRankSum=2.349;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,7,14:0.30,0.61:23
chr4	41640878	rs6836918	C	T	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=2.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.146;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,82:0.47:173
chr4	41646651	rs2304647	G	C	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.957;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=389;ReadPosRankSum=0.531;SC=GATGTGAGTTGTGGCCAAGGC;SOR=1.057;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=74;TCF=42;TCR=32;TR=27;WE=41646659;WS=41646641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,30:0.33:90
chr4	41663621	rs17528897	G	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=240;ReadPosRankSum=1.274;SC=TGAGCCACAGGAAAGTAGTAA;SOR=0.743;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=17;WE=41663629;WS=41663611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr4	41664786	rs75228450	A	T	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.20;ReadPosRankSum=1.732;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,67:0.40:167
chr4	41668465	rs17444537	C	A	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=7;PP=1358;SC=TAAATGTTAACTGTTTGAACT;SOR=3.422;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=55;WE=41668473;WS=41668455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr4	41673604	rs11734372	T	C	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=-1.338;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr4	41678566	rs2304650	T	C	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=501;ReadPosRankSum=0.511;SC=GCACAGGAAATGAATGGAATC;SOR=0.646;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=43;WE=41678574;WS=41678556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,46:0.52:88
chr4	41684580	rs61271673	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=0.114;SC=CATTCAGCTTCGAAATGAATG;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=41684588;WS=41684570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr4	41687911	rs2304652	A	G	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.935;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=555;ReadPosRankSum=0.918;SC=GTTAGAAGGGAGAAGAATGAA;SOR=1.368;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=33;WE=41687919;WS=41687901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr4	41689974	rs1371297	A	G	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=489;ReadPosRankSum=0.141;SC=CTGCTTTGTTATGACTAGAGC;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=40;TCR=42;TR=40;WE=41689982;WS=41689964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,46:0.48:95
chr4	41748511	rs2196822	T	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=0.213;SC=CGCTTCTTATTGCTGTGCATT;SOR=0.307;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=8;WE=41748519;WS=41748501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr4	41749265	rs28647582	T	C	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.125;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=303;ReadPosRankSum=1.077;SC=TAGGTCCTTCTCACTCGAGGC;SOR=0.272;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=19;WE=41749273;WS=41749256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr4	41749668	rs6811325	C	T	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.322;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=39;PP=891;ReadPosRankSum=-1.224;SC=TACCTACACCCGCGCGAGAGA;SOR=1.031;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=161;TCF=78;TCR=83;TR=72;WE=41749676;WS=41749658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,80:0.44:182
chr4	41984118	rs2660320	C	T	10936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=197;NR=185;PP=2965;SC=GCATCATCAGCCTGCGAACTC;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=386;TCF=200;TCR=186;TR=382;WE=41984126;WS=41984108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr4	41985101	rs2660332	A	G	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=38;PP=1004;SC=CGTGTTGTATATAGATCGCAT;SOR=4.317;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=41;WE=41985109;WS=41985091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	41992677	rs2581434	C	G	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	42003671	rs1047626	A	G	4796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr4	42003835	rs2581453	C	G	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=33;PP=975;SC=TTTCTGTATACTGGAATAGTT;SOR=2.208;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=42003843;WS=42003825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	42020142	rs2581423	A	G	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=11;PP=369;SC=AGGTATAGGCACAGAACTCAA;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=42020150;WS=42020132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	42020347	rs2581422	A	G	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=3;PP=219;SC=ATTCTCTTACATATAAACTAA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=42020355;WS=42020337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	42022464	rs15857	C	A	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=14;PP=407;SC=GGGAGTATGGCTCAAAGTACA;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=42022472;WS=42022454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	42024982	rs13107768	A	G	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.96;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	42025049	rs3213766	A	G	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=260;SC=CTTTTTAAAAACAATATTTTT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=42025057;WS=42025039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	42025207	rs3213767	A	G	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=6;PP=511;SC=ATGTTTCTCCAAAAGCACCTT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=42025215;WS=42025197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	42040947	rs12641900	C	T	3089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=68;NR=40;PP=1640;SC=CCACCAGTTACAGTGCTTCTC;SOR=1.078;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=68;TCR=40;TR=108;WE=42040955;WS=42040937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr4	42051257	rs7684837	A	G	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=6;PP=486;SC=TGTTGGCATTATAGGTGTGAG;SOR=1.708;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=23;WE=42051265;WS=42051247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	42051608	rs4241696	T	G	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=283;SC=GCTTGTGGGATAAAATAAAAG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=42051616;WS=42051598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	42065269	rs3804190	A	G	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=384;SC=GTAGGGTTATATATCTATAGT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=42065277;WS=42065259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	42069029	rs12643893	T	C	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=11;PP=727;SC=TGGATACTTATTAAAATGTTA;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=42069037;WS=42069019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	42069331	rs11409064	C	CA	282.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=249;SC=ATGTTAATTCCTACTAATCAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=42069339;WS=42069321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	42146134	.	A	C	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=212;ReadPosRankSum=-0.439;SC=TCTGTCATAAACCAAGATGAC;SOR=0.784;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=16;WE=42146142;WS=42146124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr4	42425852	rs4324577	T	C	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=14;PP=388;SC=AACTCTGAATTCGAACTTATG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=42425860;WS=42425842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	42448789	rs35005173	T	TA	257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=18.41;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	42466641	rs12647640	C	T	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=258;SC=GAAAACGTCTCCATAAAGAAA;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=42466649;WS=42466631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	42526711	rs73235594	C	A	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=399;SC=TAATAAGGATCCTGCAAGGTA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=42526719;WS=42526701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	42527036	rs3811768	T	C	161.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=117;SC=CTAGTGACATTAATAAGTCTC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=42527044;WS=42527026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	42551164	rs3811769	T	C	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=20;PP=490;SC=AAAATTTTACTGTAAAAAATG;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=42551172;WS=42551154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	42571074	rs6845603	A	T	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.58;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	42582047	rs6447171	A	C	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=299;SC=ATGATTTAGCAATCTATACTT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=42582055;WS=42582037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	42588301	rs3214048	G	A	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=12;PP=1361;SC=TCCAGACTTAGAAGACACAGC;SOR=2.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=63;WE=42588309;WS=42588291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	42592935	rs3833615	C	CA	1236.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.89;ReadPosRankSum=0.577;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,74:0.83:89
chr4	42596461	rs77305935	TAC	T	341.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=331;SC=AAGCATAGAATACACAGTAAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=42596470;WS=42596451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	42602606	rs6819419	A	C	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=17;PP=500;SC=ATGAAATAATAATTTTAAACG;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=42602614;WS=42602596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	42626659	rs11306052	GA	G	394.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;MQRankSum=0.400;QD=15.18;ReadPosRankSum=0.937;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr4	42627805	rs1460358	A	C	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=11;PP=331;SC=TCTGTTACTAACATATAAAAA;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=15;WE=42627813;WS=42627795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	42627836	rs2306004	C	T	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=7;PP=194;SC=GAACATTTGCCGGCTGTTTCA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=42627844;WS=42627826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	42639186	rs898500	A	G	4152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr4	42895423	rs57655409	C	T	2409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=50;PP=1486;ReadPosRankSum=-0.155;SC=TCTGAATGTGCCAGTATCTGT;SOR=0.783;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=225;TCF=125;TCR=100;TR=110;WE=42895431;WS=42895413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,119:0.47:253
chr4	42965159	rs10213360	A	C	6504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=102;NR=123;PP=2965;SC=GGGGTAAGTAAGCTGCCCAGG;SOR=0.928;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=103;TCR=124;TR=225;WE=42965167;WS=42965149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr4	43032612	rs4861050	G	A	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=424;ReadPosRankSum=-1.355;SC=CAATACTTTGGTTTATATATA;SOR=0.650;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=38;WE=43032623;WS=43032602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr4	44176960	rs13143747	T	C	3200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.924;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,165:0.50:333
chr4	44295839	rs13117500	G	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.26;ReadPosRankSum=2.022;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr4	44295943	rs13145563	A	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=120;ReadPosRankSum=1.346;SC=CATTTGTTTAACAATTTTCTT;SOR=1.230;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=10;WE=44295951;WS=44295933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr4	44626641	rs60959366	A	G	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=5;PP=447;SC=ACATGGCGCAACCAGACAGGA;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=44626649;WS=44626631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	44626806	rs17600797	C	A	4565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr4	44626846	rs6838327	G	A	3916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=61;NR=62;PP=2054;SC=AATGGACACCGAGAGGAAATC;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=61;TCR=62;TR=123;WE=44626854;WS=44626836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr4	44631587	rs6813809	A	G	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=27;PP=828;SC=AAAAAAGATAAATAATATGAT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=49;WE=44631595;WS=44631577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	44684455	rs13117025	C	T	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=32;PP=962;SC=AACAGTGTTGCTATTTCACTT;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=54;WE=44684463;WS=44684445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	44684507	rs9291245	C	T	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=16;PP=432;SC=TTGTACTATTCATTATATGAG;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=44684515;WS=44684497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	44685224	rs112232487	T	TA	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.45;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	44685225	rs58659516	T	A	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.82;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	44691795	rs11373408	T	TA	1369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.649;QD=11.61;ReadPosRankSum=-0.719;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,88:0.75:118
chr4	44696538	rs12641137	C	G	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.06;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	44709695	rs1491302	C	T	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=426;SC=GAGATTTAACCCCACAGTCAC;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=44709703;WS=44709688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	46042945	rs6447493	C	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.798;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=190;ReadPosRankSum=0.359;SC=GTTACTGAAGCACAAAAGATT;SOR=0.086;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=13;WE=46042953;WS=46042935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr4	46060096	rs112951927	G	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=135;ReadPosRankSum=0.056;SC=ACATGGTATTGTCCCTTAGTT;SOR=1.536;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=8;WE=46060104;WS=46060086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr4	46086060	rs976156	T	C	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=-0.862;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,29:0.32:90
chr4	46263862	rs35496835	A	AG	927.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=808;ReadPosRankSum=0.220;SC=CTTTAATGTCAGTTTTTAGAA;SOR=0.386;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=14;WE=46263872;WS=46263852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
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chr4	47034144	.	G	GACAC	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=2.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
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chr4	47408709	rs6289	A	G	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=29;PP=1004;ReadPosRankSum=-1.117;SC=GAATCACGACAGTGCTTACAA;SOR=0.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=116;TCR=69;TR=77;WE=47408717;WS=47408699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,84:0.41:206
chr4	47465847	rs13115740	A	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=352;ReadPosRankSum=-1.069;SC=GTTTGCAGTGATGTGGCTAAG;SOR=2.004;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=20;WE=47465855;WS=47465837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr4	47514685	rs33995001	C	T	4168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=58;PP=2345;SC=TCCTCTCAGACCCCTAAACTG;SOR=0.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=84;TCR=59;TR=142;WE=47514693;WS=47514675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr4	47524997	rs11368204	CT	C	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=5.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.319;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.305;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr4	47525009	rs5858076	T	A	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=33.01;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	47525054	rs7683838	T	C	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.186;NF=35;NR=28;PP=692;ReadPosRankSum=-0.135;SC=CATTGACCGATGCTGGAAAGA;SOR=0.669;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=149;TCF=87;TCR=62;TR=63;WE=47525062;WS=47525044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,64:0.42:152
chr4	47538360	rs13152689	T	C	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.261;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=399;ReadPosRankSum=-1.260;SC=CCAACCAAAATGAATACTCTC;SOR=1.999;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=23;WE=47538368;WS=47538351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr4	47560002	rs34208443	C	A	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.212;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=736;ReadPosRankSum=0.149;SC=CCCTGGACAGCCATTGGCCTG;SOR=0.456;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=56;WE=47560010;WS=47559992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,65:0.50:130
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chr4	47561141	rs13106043	G	A	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	47561179	rs11730590	C	T	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=26;PP=787;SC=CTCTTTTTACCTTCTCTATTC;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=47561187;WS=47561169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	47562820	rs73237101	T	C	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=358;ReadPosRankSum=-0.814;SC=CCAGGTGGTGTGAGGATATGG;SOR=0.455;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=25;WE=47562828;WS=47562810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr4	47570876	rs17462252	G	A	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=39;PP=1075;ReadPosRankSum=0.729;SC=ATGCTGATGAGCACAATTTTG;SOR=0.674;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=95;TCR=79;TR=87;WE=47570884;WS=47570866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,98:0.50:197
chr4	47578971	rs16851681	G	A	2548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.526;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=63;PP=1492;ReadPosRankSum=-0.544;SC=GAACTTTACAGAAGTGGTCAG;SOR=0.849;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=281;TCF=129;TCR=152;TR=115;WE=47578979;WS=47578961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,130:0.43:299
chr4	47582387	rs2351791	A	C	21663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=827;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=390;NR=367;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.621;SC=TAATCTTACTACCTCCCCGTT;SOR=0.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=758;TCF=391;TCR=367;TR=757;WE=47582395;WS=47582377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,820:1.00:821
chr4	47589299	rs2351790	C	A	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=47;PP=1369;SC=TACACTACTACGAATGGTTGG;SOR=2.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=61;WE=47589307;WS=47589289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	47592997	.	G	GT	117	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=10;HapScore=4;MGOF=3;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=117;QD=25.2;SC=AGTATTTGGGGGGGGGGGTTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=47593016;WS=47592987;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	47593008	rs1316781	T	C	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=1;PP=236;SC=GGGGGGGTTCTGTAATGCATT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=47593016;WS=47592987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	47593283	rs4145944	G	C	3244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=42;PP=1812;SC=AAGTCAGCAAGTTCCTGTGCT;SOR=0.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=67;TCR=43;TR=109;WE=47593291;WS=47593273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr4	47625811	rs3215139	TA	T	4531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=53;PP=2951;SC=CAAACCTTGCTAAATGCTTAG;SOR=0.983;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=89;WE=47625819;WS=47625801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr4	47626034	rs1344122	C	T	2926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=66;PP=1814;SC=AACACTTTACCAGTGAAATAC;SOR=1.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=33;TCR=66;TR=99;WE=47626042;WS=47626024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	47667064	rs11934749	T	C	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=35;PP=1468;SC=AGGAGGGATATGCTCGCCTGT;SOR=1.098;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=98;WE=47667072;WS=47667054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	47682174	rs10517195	A	G	8317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr4	47839929	rs2289433	C	T	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=31;NR=16;PP=837;SC=GGCTCTGCGGCAGCGCTCTTC;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=47839937;WS=47839919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	47853843	rs6822668	T	C	4969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr4	47857040	rs7690499	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.347;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr4	47880494	rs2289435	G	A	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=430;ReadPosRankSum=-1.830;SC=TTGAAAAAACGTTTCAAGAAT;SOR=0.821;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=25;WE=47880502;WS=47880484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr4	47881191	rs9997555	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=0.636;SC=AAAATAATACCTAAAGATGCT;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=13;WE=47881199;WS=47881181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr4	47886319	rs12510002	A	C	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.48;ReadPosRankSum=-1.268;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr4	47887536	rs2053404	T	C	7272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=148;NR=107;PP=2965;SC=GCTTTATTAATGCTTGATCAT;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=149;TCR=107;TR=255;WE=47887544;WS=47887526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr4	47887991	rs6818556	G	A	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=45;PP=1532;SC=TCACATCTACGGTTTCTGGGC;SOR=1.192;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=77;WE=47887999;WS=47887981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	47888137	rs11940441	T	A	275.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=215;ReadPosRankSum=0.987;SC=ATGAAGAAACTACAACAACAT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=10;WE=47888145;WS=47888127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr4	47898491	rs6447592	C	T	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=18;PP=834;SC=TCATTTGATACATTATGATAG;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=50;WE=47898499;WS=47898481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	47900186	rs145577149	CAAAT	C	934.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=825;ReadPosRankSum=0.925;SC=TTTTCAATCACAAATAAACAA;SOR=0.269;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=19;WE=47900197;WS=47900176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr4	47901155	.	CAAA	C	388.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.92;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,13:0.87:15
chr4	47901476	rs12651301	G	A	2918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=2.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.46;ReadPosRankSum=-2.862;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,143:0.51:279
chr4	47905158	rs2119204	A	G	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=14;PP=805;SC=TGACAAGAGCAAAACTCCATC;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=50;WE=47905166;WS=47905148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	47913127	rs4695306	C	T	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	47916346	rs6826122	C	G	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=142;SC=TGCAGGGCGGCGACCGGGTTT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=47916354;WS=47916336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	47944029	rs10709670	CA	C	854.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=8.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.791;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,87:0.71:123
chr4	47945455	rs6819506	C	G	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=9;PP=211;SC=ATATATCTGTCACATAATCAC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=47945463;WS=47945445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	47951945	rs1972883	G	A	5985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=99;NR=103;PP=2965;SC=TGAAATCACAGTAGTCACCAT;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=99;TCR=103;TR=202;WE=47951953;WS=47951935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr4	47953515	rs3845160	A	T	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	47973110	rs7693648	G	A	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.99;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	47973234	rs7677851	T	G	80.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	48034884	rs56001502	C	T	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=12;PP=808;SC=CATGTTACATCATTCTTTTTA;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=48034892;WS=48034874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	48073501	rs906486	G	T	5510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr4	48078593	rs6850108	C	A	4214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=67;PP=2204;SC=TCTGTGTGTACCGCCAAGTCA;SOR=0.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=73;TCR=67;TR=140;WE=48078601;WS=48078583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr4	48082208	rs2352590	T	C	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=53;PP=1743;SC=TGTTTGAACATAACTGGTAGT;SOR=2.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=68;WE=48082216;WS=48082198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	48088419	rs6833403	C	T	2606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=23;PP=1747;SC=GCCTCCAAAGCTCATGTTGTT;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=68;TCR=23;TR=91;WE=48088427;WS=48088409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	48088446	rs6858664	A	G	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=94;NR=44;PP=2174;SC=ACACCAGGGCATGGTATGATA;SOR=1.441;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=140;TCF=94;TCR=46;TR=138;WE=48088454;WS=48088436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr4	48139306	rs3062021	ATTAT	A	2935.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=15;PP=1576;SC=CTAGAAGCAAATTATTTATGT;SOR=1.863;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=34;WE=48139317;WS=48139296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	48139565	rs2661529	C	A	3312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=67;PP=2010;SC=ATCCATTCCACAAAACCTCTC;SOR=1.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=39;TCR=67;TR=106;WE=48139573;WS=48139555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	48147612	rs2661547	T	G	2697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=57;PP=1726;ReadPosRankSum=0.317;SC=GGACAGAAAGTGAAAGTGTTC;SOR=0.865;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=23;TCR=58;TR=80;WE=48147620;WS=48147602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr4	48158524	rs882715	G	A	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=0;PP=478;SC=CTAGAAACTGGATTTGTCAGC;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=48158532;WS=48158514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	48165834	rs13104849	T	C	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=11;PP=307;SC=TGGGAGGTTATTGAAAGAAAG;SOR=0.976;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=18;WE=48165843;WS=48165824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	48165835	rs139629025	T	TGAAA	1200.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=444;SC=GGGAGGTTATTGAAAGAAAGA;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=48165843;WS=48165824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	48165888	rs139950746	CTTA	C	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=165;SC=TTGCTTAAAGCTTATTATAAG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=48165898;WS=48165878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	48169769	rs7689953	A	G	12366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=235;NR=186;PP=2965;SC=CCCACTGCATATCACACACAT;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=422;TCF=235;TCR=187;TR=421;WE=48169777;WS=48169759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr4	48170669	rs2243840	A	G	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	48172218	rs2271174	C	T	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	48172266	rs2271173	G	A	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=39;PP=1345;SC=AATACTTACTGCTCTCAAAAA;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=86;WE=48172274;WS=48172256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	48173547	rs7669393	A	G	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	48177954	rs7696271	A	G	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=4;PP=1024;SC=AAAGACTTAAACAGTTCATGA;SOR=3.365;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=42;WE=48177962;WS=48177944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	48178003	rs11282767	A	AAATCAGCC	5332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=20;PP=2900;SC=ATGAACCTACAAATCAGCCAG;SOR=1.885;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=54;WE=48178011;WS=48177993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	48178064	rs45598338	C	A	7773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=25.83;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr4	48372085	rs1466631	T	G	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=295;ReadPosRankSum=1.249;SC=ATATTGAGCATTGTGTTTTTA;SOR=1.101;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=17;WE=48372093;WS=48372075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr4	48372109	rs149513600	T	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=24;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGCAATTCTTTGGAGCATTTT;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=4;WE=48372117;WS=48372099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr4	48381690	.	C	CT	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.299;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=-1.815;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,15:0.23:66
chr4	48384499	rs6816010	T	C	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.181;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=400;ReadPosRankSum=-1.631;SC=CTTTGAATTTTTCAGTGATAA;SOR=0.416;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=24;WE=48384507;WS=48384489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr4	48396496	rs4694894	C	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.849;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=225;ReadPosRankSum=0.089;SC=TTCTTTGATACATTTTTAAGT;SOR=0.065;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=14;WE=48396504;WS=48396487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr4	48486193	rs6845250	C	G	3551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=89;PP=2327;ReadPosRankSum=-0.100;SC=ATTCCTTGGGCATCTGTCTCA;SOR=0.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=314;TCF=143;TCR=171;TR=160;WE=48486201;WS=48486183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,166:0.49:338
chr4	48487297	rs7676578	T	A	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.21;ReadPosRankSum=1.461;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr4	48492434	rs10008444	G	C	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.10;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr4	48492769	rs74929644	A	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.208;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr4	48493388	rs7340880	T	C	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	48494708	rs35912975	A	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=310;ReadPosRankSum=-1.928;SC=AATATCAAGTAGATCCTTCCC;SOR=1.795;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=22;WE=48494716;WS=48494698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr4	48496368	rs17472127	A	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AAGGCAGTGTATTCTGAAAAA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=48496376;WS=48496358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr4	48516970	rs7434721	C	T	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=1;PP=129;SC=TAAACTGAAACAGAGGGGCAC;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=48516978;WS=48516960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	48517352	rs7661515	C	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=-1.408;SC=TTTTACAACACAATAAATAAG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8;WE=48517360;WS=48517342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr4	48529683	rs11356838	TA	T	778.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.521;QD=11.80;ReadPosRankSum=2.074;SOR=0.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,57:0.86:66
chr4	48529733	rs4695385	G	A	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=20;PP=576;SC=TGCGTATGAGGTATCAGTACC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=48529741;WS=48529723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr4	48558882	rs4694898	C	T	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=2;PP=871;SC=GTCTTCATCCCGGCCCTTGCC;SOR=4.351;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=33;WE=48558890;WS=48558874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr4	48577121	rs28558226	C	T	6368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=109;NR=114;PP=2965;SC=AAAAAATGTACGAACATAGTT;SOR=0.787;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=224;TCF=109;TCR=115;TR=223;WE=48577129;WS=48577111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr4	48582836	rs4695390	A	T	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chr4	48588742	rs34558821	C	T	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=801;ReadPosRankSum=-0.507;SC=GTTTTCTTTCCCCCCTGAAAA;SOR=0.653;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=186;TCF=88;TCR=98;TR=67;WE=48588750;WS=48588732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,75:0.36:208
chr4	48596195	rs78630567	TTATAAG	T	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=340;ReadPosRankSum=1.413;SC=AAATACATGATTATAAGTATA;SOR=1.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=48596208;WS=48596185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr4	48607938	rs2940319	T	C	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	48611149	rs2354348	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.16;ReadPosRankSum=-2.020;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr4	48611153	rs776603	A	T	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.28;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	48611639	rs5858122	G	GA	262.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.109;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.404;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,18:0.86:21
chr4	48625213	rs776579	C	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=2.299;HP=11;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=142;ReadPosRankSum=1.421;SC=TTAAAAAAAACAAACATTAAA;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=16;WE=48625221;WS=48625202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr4	48655635	rs776580	T	A	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.13;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	48655647	rs77422573	T	C	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.980;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=505;ReadPosRankSum=0.253;SC=TCTATTTGGATTGGTCTGAAG;SOR=0.484;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=37;WE=48655655;WS=48655625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,43:0.60:72
chr4	48655824	rs141132438	AAGCAGC	A	742.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.136;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.792;NF=1;NR=13;PP=614;ReadPosRankSum=0.193;SC=TCAGCTGCAAAAGCAGCAGCA;SOR=1.050;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=14;WE=48655837;WS=48655814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,23:0.31:74
chr4	48834896	rs4694906	C	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=1.321;SC=TTATTTTGCACTGGGCCCAGC;SOR=0.941;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=6;WE=48834904;WS=48834886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr4	48851937	rs3761729	C	T	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=6.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.48;ReadPosRankSum=-3.055;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,47:0.59:79
chr4	48852049	rs372331561	C	T	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=49;PP=1343;ReadPosRankSum=-0.097;SC=AAAATTCCCCCCTTGGAGAAG;SOR=0.640;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=239;TCF=130;TCR=109;TR=99;WE=48852057;WS=48852039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,104:0.40:262
chr4	48894981	rs2289065	G	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.50;ReadPosRankSum=-1.484;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,37:0.47:78
chr4	48988450	rs3747690	C	A	3615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr4	48988705	rs2572344	G	A	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=264;SC=TCTGCGAGGCGCCCGCGAGAG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=48988713;WS=48988695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	48990476	rs10537617	CT	C	2087.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.691;QD=11.93;ReadPosRankSum=2.487;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,148:0.85:175
chr4	48994138	rs28678278	G	T	2953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=59;PP=1832;SC=TTTTCTCTTTGCAGAGCTTAC;SOR=1.253;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=104;WE=48994146;WS=48994128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	49063872	rs1051447	C	A	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	52896050	rs225170	A	G	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=44;PP=1265;SC=ACACAAGTCCACTGTTGGTAG;SOR=1.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=61;WE=52896058;WS=52896040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	52927113	rs999634	C	A	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=31;PP=931;SC=TGAGATAAAACGAATCAGAAA;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=52927121;WS=52927103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	52927229	rs784944	A	G	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=14;PP=372;SC=TTGAACAGGTAGAGATCAGAC;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=52927237;WS=52927219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	52928352	rs34989037	GT	G	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.000;QD=11.11;ReadPosRankSum=-2.406;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
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chr4	52942779	rs55839120	G	T	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=380;SC=CAGAAGTCTGGTACCAGATGC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=52942787;WS=52942772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	52945207	rs12641673	G	A	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=264;SC=TTACTTGGTAGCACCTGCCAT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=52945215;WS=52945197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	52945799	rs7689145	C	T	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=5;PP=849;SC=CTTTAACTTGCTTTGGCTCAC;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=52945807;WS=52945789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	52946161	rs7657148	A	G	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=38;PP=1050;SC=AAACAATTTAAGGAAAAGAAC;SOR=2.833;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=50;WE=52946169;WS=52946151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	52951213	rs147423128	CTT	C,CT	1105.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.087;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=17.01;ReadPosRankSum=-1.777;SOR=1.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,24,37:0.37,0.57:65
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chr4	53729429	rs62336792	G	A	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.372;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,59:0.48:124
chr4	53740236	rs2306601	C	T	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr4	54011526	rs7675987	A	G	2765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.95;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,148:0.48:309
chr4	54011603	rs17082453	C	T	2109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=48;PP=1174;ReadPosRankSum=2.441;SC=CTTTGTCTACCGTGAGCTCTC;SOR=0.696;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=92;TCR=97;TR=94;WE=54011611;WS=54011593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,104:0.50:210
chr4	54139975	rs150594118	GT	G	1167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=601;ReadPosRankSum=-0.949;SC=ATCCCACGAGGTTCCCATAGC;SOR=0.560;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=18;WE=54139983;WS=54139965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,40:0.41:97
chr4	54179796	rs80219351	G	A	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.87;ReadPosRankSum=0.401;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,49:0.46:107
chr4	54232110	rs1351514	G	A	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=545;ReadPosRankSum=-0.833;SC=GGCGCTCATGGTTGGGGATTC;SOR=0.781;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=45;WE=54232118;WS=54232100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,47:0.47:101
chr4	54245476	rs1471596	A	T	60.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=3;PP=39;SC=GGTTGTGTGAAACAATGGTTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=54245484;WS=54245466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	54250189	rs10012853	T	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.920;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=163;ReadPosRankSum=1.314;SC=TCATCATGAATATACTTCTTT;SOR=2.303;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=8;WE=54250197;WS=54250179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr4	54257131	rs10517296	A	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.895;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=8.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=1.094;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
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chr4	54292004	rs35792361	G	A	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=430;ReadPosRankSum=-0.794;SC=CATCTAATTAGGTGAAACTGA;SOR=0.646;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=31;WE=54292012;WS=54291994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,34:0.49:69
chr4	54310188	rs11722866	A	G	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.807;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr4	54310281	rs11723755	T	G	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=370;ReadPosRankSum=-0.841;SC=GTAAGTAGTATTATTTAGATG;SOR=0.586;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=33;WE=54310289;WS=54310271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,38:0.46:83
chr4	54310340	rs59279367	TA	T	237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.845;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=202;ReadPosRankSum=0.434;SC=TTTAAAGCAATAAAAACGTGT;SOR=1.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=8;WE=54310348;WS=54310330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr4	54319247	rs143671659	CAG	C	326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=208;ReadPosRankSum=1.003;SC=GAGAACGCACCAGAGAGAGAG;SOR=0.664;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=9;WE=54319258;WS=54319237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,18:0.20:88
chr4	54327032	.	C	CTA	1612.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.041;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=604;ReadPosRankSum=0.432;SC=ACTTCTTAGCCTATTTGTGAT;SOR=0.662;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=17;WE=54327040;WS=54327022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,43:0.52:82
chr4	54327235	rs3811785	T	C	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.395;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr4	54327584	rs3765158	A	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=-1.367;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
chr4	54362150	rs6836800	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=294;ReadPosRankSum=0.464;SC=GCTCATGTCCGGGGTTTCTGA;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=16;WE=54362158;WS=54362140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr4	54362655	rs200916039	T	TA	623.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.112;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=525;ReadPosRankSum=-0.162;SC=ATCCTGTCTTTAAAGACTGCT;SOR=0.203;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=16;WE=54362663;WS=54362645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr4	54362676	rs2271559	A	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.528;HP=5;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=216;ReadPosRankSum=-0.178;SC=CTGCTCTCCCACCTCATCCTG;SOR=1.402;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=14;WE=54362684;WS=54362666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr4	54373464	rs10021772	C	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.266;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
chr4	54852693	rs149656971	CTTTTATTTTATTTTATTTTATTTTA	C	1227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.85;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	54876131	rs68107873	AC	A	660.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,51:0.61:83
chr4	54966830	rs13144341	G	A	6765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=107;PP=2965;SC=TCTGCTTAAGGGCCAGTTCTC;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=115;TCR=107;TR=221;WE=54966838;WS=54966820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr4	55129831	rs55947416	C	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=391;ReadPosRankSum=0.178;SC=TTTTAAACCACAGACCCAGAT;SOR=0.684;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=91;TCF=63;TCR=28;TR=35;WE=55129839;WS=55129821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,40:0.38:104
chr4	55141055	rs1873778	A	G	7557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=136;NR=120;PP=2965;SC=CAATCAGCCCAGATGGACATG;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=136;TCR=120;TR=256;WE=55141063;WS=55141045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr4	55146406	rs6148442	T	TTGTAGGTCCCCCAG	1086.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=2900;SC=ACCTGGCACATAATCATCATC;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=15;WE=55146414;WS=55146405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	55151711	rs2412559	C	A	4303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=78;PP=2664;SC=GGAGTGTGGACGGAGATGCTA;SOR=1.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=67;TCR=78;TR=145;WE=55151719;WS=55151701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr4	55151958	rs3830355	T	TA	2289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=12;PP=1540;SC=GGTGATGCTATTCAGCTACAG;SOR=1.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=55151966;WS=55151948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	55152284	rs4864872	T	G	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=11;PP=298;SC=TTGCCCAGGTTTGAGTGCCAG;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=55152292;WS=55152274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	55153837	rs7695657	A	G	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=33;PP=1001;SC=TGCTGCAGCCACCTCAAACCA;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=51;WE=55153845;WS=55153827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	55156380	rs4864506	G	A	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=2;PP=538;SC=GTAGTTTGGAGATATGTACAG;SOR=3.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=55156388;WS=55156370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	55156400	rs2276948	A	G	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=6;PP=734;SC=GTTAAATAATAGTAAGTTCTG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=55156408;WS=55156390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	55161254	rs3733540	C	T	2652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	55161391	rs7685117	T	C	4010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr4	55524304	rs999020	T	C	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=45;PP=816;ReadPosRankSum=-1.024;SC=AGCCTGTGCCTGGGAGGGTGG;SOR=0.781;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=170;TCF=78;TCR=92;TR=80;WE=55524312;WS=55524294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,86:0.46:186
chr4	55561975	.	T	C	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.634;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=659;ReadPosRankSum=1.118;SC=TGCAGTGCTGTGCTTTCAAGA;SOR=0.634;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=123;TCF=46;TCR=77;TR=57;WE=55561983;WS=55561965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,66:0.45:146
chr4	55599436	rs1008658	T	C	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=52;PP=1547;SC=TTTCCTGTGATTTTCATAATG;SOR=1.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=78;WE=55599444;WS=55599426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	55946081	rs4421048	A	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=7;PP=476;SC=TGTGATGTCCAGGAGTTGGGG;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=55946089;WS=55946071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	55948108	rs2412617	A	G	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=21;PP=1257;SC=TCTTTTTAATATGGCTGAGTC;SOR=1.416;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=70;WE=55948116;WS=55948098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	55955232	rs1531289	T	C	2805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=59;PP=1586;SC=TGTAAAGAGCTGACGAGGTGA;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=44;TCR=60;TR=103;WE=55955240;WS=55955222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	55961159	rs2219471	T	C	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=695;ReadPosRankSum=-1.087;SC=ACTCCTTGAATACAAAATGAG;SOR=0.597;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=50;TCR=66;TR=48;WE=55961167;WS=55961149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,57:0.42:136
chr4	55962545	rs3214870	T	TG	2593.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.349;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=1263;ReadPosRankSum=-1.168;SC=ATCATAGGTATGGACATTTCC;SOR=0.588;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=36;WE=55962553;WS=55962535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,89:0.51:174
chr4	55964101	rs6838752	T	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=212;ReadPosRankSum=1.018;SC=CCCCCTTCACTCTCCAAATGT;SOR=0.722;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=14;WE=55964109;WS=55964091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr4	55964565	rs3816584	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=168;ReadPosRankSum=0.887;SC=ATGGAGTTTGAGAGTGGTCCT;SOR=0.735;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=12;WE=55964573;WS=55964555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr4	55968786	.	A	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=0.136;SC=ACTTGTTGATATATTAACTTC;SOR=0.818;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=10;WE=55968794;WS=55968776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr4	55972974	rs1870377	T	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.249;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr4	55976947	rs5858314	T	TA	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=1.654;QD=4.76;ReadPosRankSum=-0.662;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr4	55980239	rs7692791	C	T	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.112;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,64:0.47:136
chr4	56262374	rs1128141	A	G	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=2.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.195;SOR=0.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,66:0.54:122
chr4	56290496	rs6828454	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=260;ReadPosRankSum=-0.284;SC=TGGGTTATTTCAACTTTTAGG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=15;WE=56290504;WS=56290495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr4	56290558	rs11732723	C	T	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=736;ReadPosRankSum=-0.100;SC=CATTACACCTCTCATAAATTT;SOR=0.429;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=69;TCR=37;TR=50;WE=56290566;WS=56290548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,53:0.49:109
chr4	56290573	rs6810483	T	C	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=26;PP=932;ReadPosRankSum=-0.276;SC=AAATTTATTATACACCTGCAT;SOR=0.549;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=139;TCF=85;TCR=54;TR=68;WE=56290581;WS=56290563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,73:0.51:143
chr4	56291479	rs7677952	C	T	1904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.990;QD=10.13;ReadPosRankSum=1.163;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,96:0.51:188
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chr4	56291620	rs35154686	CAA	C	2592.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.058;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=34;PP=1284;ReadPosRankSum=-1.496;SC=TGGTTTTTAACAAGCTGTTTG;SOR=0.970;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=78;TCF=5;TCR=73;TR=35;WE=56291629;WS=56291610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,68:0.48:143
chr4	56309992	rs3736544	A	G	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=1.215;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr4	56314761	.	A	G	244	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MMLQ=23;MQ=56.48;NF=3;NR=1;PP=244;QD=69.6928031368;SC=GCGCGCGCGCACGCGCGCGTG;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=4;WE=56314785;WS=56314751;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr4	56319088	rs4864996	A	C	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=0.903;SC=ATAAGTAGTAAAGTATAATCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=56319096;WS=56319078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr4	56319105	rs2412647	C	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=188;ReadPosRankSum=0.413;SC=ATCACATCCCCGTTATAAGTG;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=10;WE=56319113;WS=56319095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr4	56322244	rs10529254	TG	T	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.56;ReadPosRankSum=0.232;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr4	56329773	rs1522112	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.055;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr4	56337041	rs3805151	T	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=134;ReadPosRankSum=0.408;SC=AAATAAAAATTTGAGATAAAT;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=9;WE=56337049;WS=56337031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr4	56342326	rs9312661	G	A	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=306;ReadPosRankSum=1.130;SC=GATGACAACCGTAGGCATTAA;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=25;WE=56342334;WS=56342316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr4	56423002	rs71194590	G	GT	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.667;NF=2;NR=4;PP=126;ReadPosRankSum=-0.581;SC=TTATTTATAGGTTTTTTTTTC;SOR=0.368;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=6;WE=56423010;WS=56422992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr4	56428820	rs2279458	C	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.330;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr4	56447146	rs34437483	GA	G	79.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=3;PP=63;SC=TCAATGTCTAGAAAAAAACCG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=56447154;WS=56447136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	56465418	rs1387198	T	C	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	56471551	rs3805382	A	G	2021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=1.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.203;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,108:0.47:231
chr4	56502273	.	GAGC	G	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.388;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=174;ReadPosRankSum=1.453;SC=CGCACCAGGCGAGCAGCAGCA;SOR=1.055;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=5;WE=56502283;WS=56502263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
chr4	56835413	rs1811473	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=1.885;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr4	56840846	rs2290014	A	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=70;ReadPosRankSum=0.716;SC=TATTAATATAATTTACTTGAC;SOR=0.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=8;WE=56840854;WS=56840836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr4	56874517	rs3214045	A	C	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=365;ReadPosRankSum=0.039;SC=TCAAATGAAGATAATGATCTC;SOR=1.392;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=28;WE=56874525;WS=56874507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr4	56877725	.	G	GT	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=6.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-2.081;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr4	56878193	rs11724411	A	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=202;ReadPosRankSum=-0.190;SC=ATTTAGTGAAACAGAAAACAT;SOR=0.610;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=12;WE=56878201;WS=56878183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr4	57167324	rs74499702	AT	A	407.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.617;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=254;ReadPosRankSum=-1.487;SC=AGAAAATGTGATTTTTTTTTT;SOR=1.473;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=20;WE=57167332;WS=57167314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr4	57167507	rs58767323	C	G	2604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.056;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=57;PP=1586;ReadPosRankSum=2.538;SC=GCTTAGTAAGCAGCCTAAGAG;SOR=0.781;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=201;TCF=105;TCR=96;TR=114;WE=57167515;WS=57167497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,124:0.57:216
chr4	57176710	rs13123803	G	A	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=466;SC=CTGGCTCTCTGAGGCCAGCTG;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=57176718;WS=57176700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	57176965	rs5858374	T	C	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.006;SOR=1.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
chr4	57176966	rs60121364	T	C	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.169;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr4	57180473	rs6823339	C	A	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=412;ReadPosRankSum=-0.353;SC=AAGGCAGGAGCTCTTGGAGGA;SOR=0.811;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=30;WE=57180481;WS=57180463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr4	57180563	rs59615456	G	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.965;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=151;ReadPosRankSum=0.594;SC=GGAAGCGCCAGGTTGGGAGGA;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=4;WE=57180584;WS=57180553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr4	57180576	rs138358443	C	CGGAGCGGAGGGAGCGGAG	704.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=1262;ReadPosRankSum=-0.150;SC=TGGGAGGACGCGGAGCGGAGG;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=2;WE=57180584;WS=57180553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr4	57180616	rs11723379	G	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.28;ReadPosRankSum=1.250;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr4	57181629	rs61750793	C	T	2657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=-1.179;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,127:0.47:271
chr4	57181632	rs7672073	G	C	7583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.09;ReadPosRankSum=0.241;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,268:0.99:270
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chr4	57194460	rs6811153	A	G	2118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.739;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=42;PP=1165;ReadPosRankSum=-0.023;SC=AAGAACACCCATTCTCCTGAA;SOR=0.893;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=245;TCF=139;TCR=106;TR=103;WE=57194468;WS=57194450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,113:0.43:263
chr4	57194525	rs6834736	C	G	2675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=58;PP=1637;ReadPosRankSum=-1.354;SC=CTGTGCCCATCTTAGTTTTCA;SOR=0.677;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=146;TCR=134;TR=121;WE=57194533;WS=57194515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,130:0.43:300
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chr4	57219523	rs6554347	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=87;ReadPosRankSum=-0.537;SC=TATGAATACAATTAGTATTAT;SOR=1.270;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=8;WE=57219531;WS=57219513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr4	57219592	rs6554348	G	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=284;ReadPosRankSum=0.860;SC=ATGGTAGAGAGTCGATCAATA;SOR=1.284;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=25;WE=57219600;WS=57219582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr4	57237683	rs6554354	G	A	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=37;PP=1083;ReadPosRankSum=-0.499;SC=GCAACTTGACGGAAGTTGGTA;SOR=0.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=113;TCR=83;TR=86;WE=57237691;WS=57237673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,92:0.42:217
chr4	57269363	rs35136233	TA	T	2720.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.497;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.577;NF=17;NR=29;PP=1572;ReadPosRankSum=0.192;SC=TGGAATTAATTAAATAATTGA;SOR=0.969;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=93;TCF=30;TCR=63;TR=46;WE=57269371;WS=57269353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,96:0.55:174
chr4	57269591	rs34121369	T	TA	1022.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.721;NF=5;NR=17;PP=675;ReadPosRankSum=0.639;SC=AAGAGAAGTTTAATCATCAGA;SOR=0.723;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=58;TCF=8;TCR=50;TR=22;WE=57269599;WS=57269581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,45:0.41:110
chr4	57269646	rs112538106	A	AAAAG	1002.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.160;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=424;ReadPosRankSum=0.977;SC=AACCATAATGAAAATAAGGCA;SOR=0.425;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=12;WE=57269654;WS=57269636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr4	57270197	rs7661712	T	C	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=51;ReadPosRankSum=-0.739;SC=AGACTGGTACTAGTCCCTAGC;SOR=1.229;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=6;WE=57270205;WS=57270187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr4	57273840	rs11538098	C	G	4430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=101;PP=2752;ReadPosRankSum=1.062;SC=ATGTTGGCACCGAACTCCCAT;SOR=0.601;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=447;TCF=241;TCR=206;TR=215;WE=57273848;WS=57273830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,229:0.47:487
chr4	57276739	rs2176785	G	C	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=208;ReadPosRankSum=1.771;SC=TTTGCTAAGTGTCTGGGCAGA;SOR=0.963;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=13;WE=57276747;WS=57276729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr4	57314612	rs138933625	C	G	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.630;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=263;ReadPosRankSum=-0.305;SC=CCACAGTGGTCTGAGGAACAG;SOR=0.255;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=21;WE=57314620;WS=57314602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr4	57396739	.	CG	C	262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=1.012;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr4	57396755	rs28561081	C	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=147;ReadPosRankSum=0.236;SC=GCCCCGGCAGCCCTTATCGTA;SOR=0.582;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=13;WE=57396763;WS=57396745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr4	57397050	rs28550555	A	C	3213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=58;PP=1631;ReadPosRankSum=0.579;SC=GCAAGACCAGAGAGACGAGTC;SOR=0.782;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=328;TCF=189;TCR=139;TR=143;WE=57397058;WS=57397040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,162:0.45:360
chr4	57397082	rs28470886	T	C	3536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=67;PP=1826;ReadPosRankSum=0.655;SC=ATGAGCCTCATGAGTCCTATG;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=350;TCF=202;TCR=148;TR=161;WE=57397090;WS=57397072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,175:0.47:376
chr4	57397196	rs28565512	C	G	3362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=87;PP=2145;ReadPosRankSum=-0.002;SC=CCCGTGAACCCCGCCAGCTCC;SOR=0.773;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=345;TCF=166;TCR=179;TR=162;WE=57397204;WS=57397186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,169:0.46:369
chr4	57415157	.	CT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=-1.915;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr4	57425443	rs7677956	G	A	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=336;SC=CTCCACTCCAGCCTGGGCAAC;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=57425451;WS=57425433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr4	57458942	rs6858341	C	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.238;NF=7;NR=3;PP=131;ReadPosRankSum=0.964;SC=AGCAGCAGTGCCGGCGGGGAC;SOR=0.582;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=10;WE=57458950;WS=57458932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr4	57677780	.	C	CA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=-1.017;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
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chr4	57785786	rs10866440	A	T	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=2;PP=176;SC=TCTGAAATAAATAACTTACAT;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=57785794;WS=57785776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	57793751	rs1105434	G	A	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	57796639	rs61748754	T	C	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=390;ReadPosRankSum=-1.419;SC=TGATGAGGAATCTTCAACAAA;SOR=0.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=28;WE=57796647;WS=57796629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr4	57797467	rs114282228	C	T	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.615;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=30;PP=1037;ReadPosRankSum=0.354;SC=CAAAAAGCCTCCTCTCCGAAA;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=98;TCR=70;TR=72;WE=57797475;WS=57797457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,78:0.44:179
chr4	57830501	rs9996331	G	A	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=23;PP=1300;SC=ACAAAGTGCTGGGATTACAGG;SOR=1.409;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=72;WE=57830509;WS=57830491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	57834747	rs13146090	C	A	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=31;PP=788;SC=TTATGATTTACCCGTAAAATA;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=57834755;WS=57834737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	57843320	rs4865167	A	G	3990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=78;NR=61;PP=2361;SC=GCTCTGCCCCACAGCCCGAGC;SOR=0.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=78;TCR=61;TR=139;WE=57843328;WS=57843310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr4	57861096	rs41560115	GAAAAAAAA	G	309.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=16;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=3;PP=900;SC=AAGTTGAAATGAAAAAAAAAA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=57861125;WS=57861086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	57861117	rs1713951	G	A	317.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=140;SC=AAAAAAGAAAGAAAGATTTTC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=57861125;WS=57861086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	57873296	rs67541678	C	T	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=13;PP=365;SC=TACTGGGTGCCGGGTGTGGTG;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=57873304;WS=57873286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	57883175	rs1718866	G	C	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=8;PP=679;SC=TAAAATACTTGAGGAAGTAGA;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=57883183;WS=57883165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	57887252	rs13146153	G	A	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=23;PP=611;SC=GTTTAACTACGCCGCACTCCA;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=57887260;WS=57887242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	57889332	rs1718862	G	A	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=1;PP=694;SC=TTCTGTGTGGGCTGTAGTATT;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=57889340;WS=57889331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	57889677	rs1056364	C	T	4590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=85;PP=2693;SC=TCAGAACTAGCGAGACGGGCA;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=74;TCR=85;TR=159;WE=57889685;WS=57889667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr4	57891200	rs41554513	GT	G	514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.490;NF=2;NR=14;PP=281;ReadPosRankSum=-0.302;SC=TTTGCCACTTGTTTTTTTTTG;SOR=1.528;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=16;WE=57891208;WS=57891190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr4	57899602	rs2271808	C	T	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=14;PP=429;SC=CCCAGCATTTCACTGAACTAT;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=57899610;WS=57899592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	57906986	rs3755906	A	T	1683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=19;PP=868;SC=TCTGTGCCACAGACCTTGTTC;SOR=1.010;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=53;WE=57906994;WS=57906976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	57976487	rs11573021	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=41;ReadPosRankSum=-0.840;SC=GCGGCGCCGAGGAGCAGGGCG;SOR=0.648;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=5;WE=57976495;WS=57976477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr4	62382943	rs335311	A	G	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=25;NR=8;PP=596;SC=GGCGGCAGAGAGCAGCCTTGG;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=62382951;WS=62382933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	62383315	rs335312	G	C	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=12;PP=359;SC=GGAAATGCCCGAAATGTGTCT;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=62383323;WS=62383305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	62445246	rs10018746	T	C	4405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr4	62449316	rs3075153	GTA	G	3180.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=18;PP=1716;SC=TTCACTAGCTGTATGTTTGAT;SOR=1.340;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=37;WE=62449325;WS=62449306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	62453209	rs2172802	A	G	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=40;PP=1054;SC=AACCTTCAACATCAATCTGTG;SOR=2.628;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=50;WE=62453217;WS=62453199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr4	62758251	rs7691112	A	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=418;ReadPosRankSum=-0.267;SC=ATCAGGTTGAAGACTTCTAGA;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=19;WE=62758259;WS=62758241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr4	62775483	.	G	A	99	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=27;MQ=57.25;NF=1;NR=7;PP=99;QD=16.7214015684;SC=CTAATTATGTGTGTGTGTGTG;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=8;WE=62775491;WS=62775473;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,8:0.36:22
chr4	62778315	rs12503398	A	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.853;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=190;ReadPosRankSum=0.901;SC=TTTCTTCTGAAAAGTAGTGAA;SOR=0.124;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=13;WE=62778323;WS=62778305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr4	62778352	rs41278555	T	C	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=500;ReadPosRankSum=-0.972;SC=TTTGTGTAGATGTGTTCTTTT;SOR=0.504;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=40;WE=62778360;WS=62778342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr4	62800554	rs2305339	G	A	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=481;ReadPosRankSum=0.692;SC=TCATCCTCTTGTAGGCAATGG;SOR=0.586;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=40;WE=62800562;WS=62800544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,47:0.46:102
chr4	62800728	rs734644	T	C	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=260;ReadPosRankSum=-1.058;SC=TCAGGGAGAATACAGACAATA;SOR=0.844;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=24;WE=62800736;WS=62800718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
chr4	62845388	rs1397547	G	C	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.410;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=32;PP=1142;ReadPosRankSum=1.912;SC=GCTTTTTCCGGGGGCTCCAGA;SOR=0.964;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=170;TCF=104;TCR=66;TR=86;WE=62845396;WS=62845376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,95:0.52:184
chr4	62845490	rs1397548	A	G	2561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.150;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=61;PP=1415;ReadPosRankSum=-0.287;SC=CTGACCAACCAGTAAGCAACC;SOR=0.870;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=268;TCF=134;TCR=134;TR=117;WE=62845498;WS=62845480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,133:0.45:293
chr4	62861941	rs17226398	G	C	3527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=77;PP=1801;ReadPosRankSum=-0.170;SC=CTCTGTCACAGGTTCACTCTT;SOR=0.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=400;TCF=219;TCR=181;TR=175;WE=62861949;WS=62861931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,186:0.43:430
chr4	62861964	rs56038622	A	T	4178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=-1.053;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,214:0.46:466
chr4	62903644	rs116757185	G	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.014;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=353;ReadPosRankSum=-3.941;SC=TATGATTGGAGCTAATTTCTA;SOR=0.983;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=29;WE=62903652;WS=62903634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
chr4	62929182	.	CT	C	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.92;ReadPosRankSum=2.064;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,22:0.23:95
chr4	65142710	rs1483713	C	T	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	65142835	rs1483712	G	T	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=22;PP=651;SC=CTTTAACTAAGGTATGTCTGC;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=65142843;WS=65142825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	65145955	rs1483711	T	G	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.46;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	65145966	rs5858871	T	TAA	1116.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=633;SC=TTCTATGAAATGTTATATTAG;SOR=1.220;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=65145974;WS=65145945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	65146700	rs10012755	A	G	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	65146711	rs1483709	T	C	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	65147404	rs10001161	T	C	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=295;SC=GTATTTATAGTAACCTATTTT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=65147412;WS=65147394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	65165660	rs190339457	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.115;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr4	65165661	rs11935568	G	A	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.84;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	65165849	rs13139627	G	A	484.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.6759;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=324;ReadPosRankSum=1.326;SC=CAATAGAACTGTCTAGTATGT;SOR=1.230;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=21;WE=65165857;WS=65165839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr4	65180308	rs35642943	GGTGTGTGTGTGT	G,GGTGT	968.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.40;QD=46.13;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,12,9:0.57,0.43:21
chr4	65240750	rs6551826	T	A	65.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	65240805	rs6551827	A	T	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=133;SC=ATACACTCTAACATATATTGC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=65240813;WS=65240795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	65240822	rs7683730	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.264;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=0.651;SC=TTGCACTTATAGAAAAATTTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=4;WE=65240830;WS=65240812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr4	65240967	rs72614757	A	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=162;ReadPosRankSum=0.674;SC=AAATAGAGTTATTTTTAAAAA;SOR=0.307;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=12;WE=65240975;WS=65240957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr4	66197804	rs7349683	C	T	6529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=108;NR=124;PP=2965;SC=ATCTGTAGGCCCCAGATCCTA;SOR=0.878;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=232;TCF=108;TCR=124;TR=232;WE=66197812;WS=66197794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr4	66214043	rs2290254	G	A	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=31;PP=814;SC=GTTTGACAGCGCGCAGTGTCT;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=66214051;WS=66214033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	66218728	rs3792649	C	T	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	66218980	rs5858955	G	GAAAT	610.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=12;PP=612;SC=TTTATTAAATGAAAGATATTT;SOR=4.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=13;WE=66218988;WS=66218970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	66233029	rs2198104	A	G	2464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=24;PP=1768;SC=ATAACAATAAAGTGTCCCCTA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=60;TCR=24;TR=84;WE=66233037;WS=66233019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	66286088	rs6551921	G	A	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=401;SC=TCTTCTGCAAGTTGGATAATT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=66286121;WS=66286078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	66286100	rs6551922	T	C	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=438;SC=TGGATAATTGTAGTTGCTAAA;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=66286121;WS=66286078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	66286414	rs6551923	T	C	177.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=172;SC=ATTTTAGTTTTTCTATATAAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=66286422;WS=66286404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	66468046	rs5858973	TA	T	801.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=24;PP=535;SC=AATAGAAAGATAAAAAAAATT;SOR=2.012;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=24;WE=66468054;WS=66468036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	66509194	rs4343775	T	C	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=57;PP=1859;SC=TTATCATGAATATTGTATCTC;SOR=1.420;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=89;WE=66509202;WS=66509184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	68214270	.	GAGGAAGGAAGGA	G	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.55;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr4	68358331	rs2254659	G	A	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=50;SC=CATAGCTTGGGCATAGGAATG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=68358339;WS=68358321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	68359499	rs41278557	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=72;ReadPosRankSum=-0.792;SC=ATTTGGGGGGGTGATGATTAA;SOR=0.976;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=5;WE=68359507;WS=68359489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr4	68360694	rs2632453	T	C	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	68360955	rs2646282	A	G	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=26;PP=838;SC=AGATAATATCATAAGAAATGA;SOR=0.719;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=62;WE=68360963;WS=68360945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	68374597	rs1056789	C	T	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=0.000;QD=12.66;ReadPosRankSum=-1.207;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,83:0.62:133
chr4	68376708	rs190255	T	C	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.257;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,80:0.49:162
chr4	68380215	rs11250	G	A	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=662;ReadPosRankSum=2.678;SC=CTACCTTGAAGGAGTGCAGTG;SOR=0.688;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=50;WE=68380223;WS=68380205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,57:0.54:106
chr4	68396525	rs355477	G	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.326;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=456;ReadPosRankSum=-0.376;SC=CATGGAGATGGCACCAACCTG;SOR=1.232;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=30;WE=68396533;WS=68396515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,33:0.36:91
chr4	68406882	rs3775861	A	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=110;ReadPosRankSum=1.431;SC=TATGTAAAATATCTTTACTAT;SOR=1.051;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=9;WE=68406890;WS=68406872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr4	68410009	rs17625547	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=-1.349;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr4	68416393	rs11436062	T	TA	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.64;ReadPosRankSum=-1.113;SOR=1.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr4	68416639	.	GTTGTTTTGTTTTGTT	G	2992	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=61.07;NF=2;NR=8;PP=2992;QD=20;SC=AAAAGTAAGAGTTGTTTTGTT;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=10;WE=68416661;WS=68416629;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,10:0.50:20
chr4	68436883	rs13111555	T	C	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	68441091	rs2306810	T	C	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=13;PP=590;ReadPosRankSum=0.205;SC=TGATCTTCCTTTATCTTTGCA;SOR=0.817;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=117;TCF=79;TCR=38;TR=48;WE=68441099;WS=68441081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,56:0.43:131
chr4	68442968	rs11556614	A	G	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.68;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	68443006	.	C	CT	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=-1.499;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr4	68447040	rs11556615	C	T	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.146;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=10;PP=661;ReadPosRankSum=1.366;SC=TTCCCCAAAACGTGTCACTCC;SOR=1.078;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=82;TCF=62;TCR=20;TR=45;WE=68447048;WS=68447030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,51:0.58:88
chr4	68447200	rs2242331	A	G	2351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.611;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=56;PP=1360;ReadPosRankSum=-0.568;SC=GTAAGTGCACAATGAACTGCA;SOR=0.471;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=196;TCF=90;TCR=106;TR=107;WE=68447208;WS=68447190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,118:0.53:222
chr4	68490019	rs10454253	C	T	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.06;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,48:0.59:81
chr4	68490044	rs10454252	C	T	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=335;ReadPosRankSum=1.864;SC=ATCTATTCAACTTTCACGTTT;SOR=0.901;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=26;WE=68490052;WS=68490034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr4	68490097	rs4860854	T	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=164;ReadPosRankSum=-1.141;SC=TATGGGACTATAGTAATATAA;SOR=0.495;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=12;WE=68490105;WS=68490087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr4	68490650	rs12508337	G	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=237;ReadPosRankSum=0.520;SC=TTGGTATGACGGGGAAGTCAG;SOR=0.302;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=18;WE=68490658;WS=68490640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr4	68492060	rs34742870	A	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=2.969;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr4	68492244	rs35602179	T	TAA	553.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.637;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=374;ReadPosRankSum=0.392;SC=TTCCTGCATCTGTTTGGTTAC;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=9;WE=68492252;WS=68492234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
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chr4	68496080	rs354866	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.453;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=201;ReadPosRankSum=1.368;SC=ATCAAAAAGAGTGATTCTTAT;SOR=1.230;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=15;WE=68496088;WS=68496070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr4	68514739	rs3849642	T	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=-1.372;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,31:0.38:82
chr4	68529402	rs369329408	AT	A	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.029;NF=12;NR=1;PP=259;ReadPosRankSum=-1.007;SC=TTACTTTATCATTTTTTTCTA;SOR=0.756;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=13;WE=68529410;WS=68529392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr4	68531131	rs35765874	G	GT	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=3.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.90;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr4	68543240	rs17571825	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=187;ReadPosRankSum=2.431;SC=TTTCTCAATACACTAGGTTAA;SOR=0.941;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=12;WE=68543248;WS=68543230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr4	68544318	rs28483797	C	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.829;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=304;ReadPosRankSum=-1.704;SC=TCCAGTATTACTGACAATGTA;SOR=1.112;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=25;WE=68544326;WS=68544308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr4	68547165	rs11394457	T	TA	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TGATTTTTTTTAAAAAGTAGA;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=68547173;WS=68547155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr4	68547774	rs2627256	A	C	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.839;NF=9;NR=7;PP=166;ReadPosRankSum=1.785;SC=GATGAAGTTAAGTTATTTAAA;SOR=0.412;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=16;WE=68547782;WS=68547764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr4	68547809	rs34482936	A	ATAC	1173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.207;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.001;NF=4;NR=12;PP=632;ReadPosRankSum=0.747;SC=CAAAAGTGTCAAAAATTAGGA;SOR=0.449;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=16;WE=68547817;WS=68547799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr4	68562176	rs10660788	T	TACAC	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=262;ReadPosRankSum=-0.060;SC=CACATATATATACATATACAT;SOR=0.636;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=5;WE=68562184;WS=68562166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr4	68562236	rs10573467	TAC	T	495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.851;HP=2;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.733;NF=3;NR=8;PP=396;ReadPosRankSum=1.081;SC=CATATATACATACACACACAC;SOR=0.269;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=11;WE=68562247;WS=68562226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr4	68562365	rs17572160	A	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.216;NF=10;NR=12;PP=216;ReadPosRankSum=-1.104;SC=ATTCTTACCTATACAATGCAT;SOR=0.963;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=22;WE=68562373;WS=68562355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr4	68566878	rs377196781	A	AG	1245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.698;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=1452;ReadPosRankSum=0.483;SC=GAAGGTAGGAAGGGGCGGGAC;SOR=1.072;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=9;TCR=70;TR=27;WE=68566899;WS=68566867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,40:0.38:106
chr4	68566891	rs34378415	TG	T	1066.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.85;ReadPosRankSum=0.702;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,30:0.36:83
chr4	68586315	rs13124793	G	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=456;ReadPosRankSum=0.674;SC=CCTGCACACAGAGCAGCAGAT;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=27;WE=68586323;WS=68586305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr4	68586335	rs72643632	TA	CG	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.611;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=742;ReadPosRankSum=0.905;SC=TGCTTCAATGTAAAGGTCATT;SOR=1.942;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=19;WE=68586344;WS=68586325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr4	68619601	rs4986942	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=334;ReadPosRankSum=1.413;SC=CTTTGCTGTTGCTTTTCAAAG;SOR=0.323;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=25;WE=68619609;WS=68619591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,26:0.33:79
chr4	68700956	rs6824984	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=-1.219;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr4	68810246	rs1370840	G	A	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.081;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,51:0.50:102
chr4	68810421	rs28437478	T	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-0.748;SC=TCAATTACAATGGGGCCAATA;SOR=0.120;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=68810429;WS=68810411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr4	68812283	rs11930532	C	T	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=4.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=-1.944;SOR=1.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,44:0.38:115
chr4	68812444	rs34591422	T	TAA	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=165;ReadPosRankSum=0.144;SC=GAAGATGTGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=68812463;WS=68812434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr4	68812455	rs6812971	A	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=115;ReadPosRankSum=0.144;SC=AAAAAAAAAAAATCAGGATCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=68812463;WS=68812434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr4	68829109	rs977728	C	T	3660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=90;PP=2103;ReadPosRankSum=0.156;SC=ACCGATACATCATGTACAGGA;SOR=0.690;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=283;TCF=129;TCR=154;TR=165;WE=68829117;WS=68829099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,178:0.56:318
chr4	68829207	rs6552134	G	A	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=370;ReadPosRankSum=-1.347;SC=AGAAGTCTACGGCTCAAAGAA;SOR=0.368;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=25;WE=68829215;WS=68829197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
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chr4	68935672	rs12504120	G	T	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.051;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
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chr4	69057073	rs4860284	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=113;ReadPosRankSum=0.593;SC=TCAAATTCCAGTACTTATATT;SOR=0.804;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=14;WE=69057081;WS=69057063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
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chr4	69094575	rs2319796	T	G	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr4	69097150	rs5859125	TA	T	1492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=32;PP=903;SC=TTACGCATTATAAAAAAATAT;SOR=1.214;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=33;WE=69097158;WS=69097140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	69098006	rs6552175	C	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=127;ReadPosRankSum=-1.272;SC=GGGATTTCCACATGACATATT;SOR=0.527;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=9;WE=69098014;WS=69097996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr4	69100137	rs35624784	G	GA	441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.476;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=471;ReadPosRankSum=0.339;SC=AAATAATCCAGAAAAAACCTA;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=18;WE=69100145;WS=69100127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr4	69100396	rs13151732	G	A	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=361;ReadPosRankSum=-0.061;SC=TAGAGGTTTTGTGAACACATT;SOR=0.540;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=29;WE=69100404;WS=69100386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
chr4	69416353	rs62316988	T	A	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.96;NF=56;NR=29;PP=1639;SC=GTTGACAAAATAATTTGTAAG;SOR=1.346;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=85;WE=69416361;WS=69416343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	69417570	rs28374627	A	G	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=56.24;NF=9;NR=7;PP=191;SC=GTAACCACTTATACAGTCGAG;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=69417578;WS=69417560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	69434217	rs28672900	G	A	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=70;PP=2054;SC=GTCTTATGCAGTGCTTCTTTT;SOR=1.079;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=63;TCR=70;TR=133;WE=69434225;WS=69434207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr4	69886151	rs11730623	A	T	3114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=61;PP=1654;SC=TATACAGAGAAAAATCAATCA;SOR=1.849;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=29;TCR=61;TR=90;WE=69886159;WS=69886141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	69962610	rs28365063	A	G	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.481;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=573;ReadPosRankSum=1.078;SC=ACATAACTAGAAAGTTCTGTA;SOR=0.342;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=35;WE=69962618;WS=69962600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,36:0.42:85
chr4	69964180	rs7439326	T	C	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.903;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=231;ReadPosRankSum=1.526;SC=TTTGCCTACATTATTCTAACC;SOR=1.394;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=17;WE=69964188;WS=69964170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr4	69964209	rs7438244	A	G	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=-1.184;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,30:0.37:81
chr4	69964234	rs34182209	C	CTT	756.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=-1.986;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,46:0.40:115
chr4	69964337	rs7438284	AT	TC	2744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.84;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,73:0.45:163
chr4	69972777	rs5013211	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.035;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=49;ReadPosRankSum=0.342;SC=ATTAGTCTTTGAGTAGTTCTT;SOR=0.208;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=6;WE=69972785;WS=69972767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr4	69972949	rs4292394	C	G	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=278;ReadPosRankSum=0.623;SC=ATACTCGGCTCTACAAGTGGA;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=25;WE=69972957;WS=69972939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr4	69978554	.	C	CAA	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.323;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr4	70079838	rs4694697	T	C	1759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.790;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.290;NF=48;NR=24;PP=1141;ReadPosRankSum=-0.293;SC=TTTGATCACTTAATTTTGACA;SOR=0.966;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=150;TCF=92;TCR=58;TR=72;WE=70079846;WS=70079828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,80:0.48:165
chr4	70146704	rs7689398	G	A	2549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.115;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=47;PP=1412;ReadPosRankSum=0.146;SC=TGCTGGCTGCGCTACTTAACA;SOR=0.921;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=240;TCF=134;TCR=106;TR=114;WE=70146712;WS=70146694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,128:0.49:263
chr4	70146804	rs148987832	G	C	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-2.317;NF=24;NR=36;PP=1006;ReadPosRankSum=-1.893;SC=CTACATACCTGTTGTTATGTC;SOR=0.946;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=134;TCF=60;TCR=74;TR=60;WE=70146812;WS=70146794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,65:0.43:151
chr4	70160338	rs72552703	G	C	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=2.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQRankSum=-7.853;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.151;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,31:0.25:124
chr4	70160342	rs72552704	TG	CC	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.816;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQRankSum=-7.853;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.228;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,31:0.25:124
chr4	70283908	rs2642841	T	A	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=28;PP=763;SC=AGCTTATTGATTATTTGTTAT;SOR=1.278;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=70283916;WS=70283898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	70288954	rs2736507	C	T	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.81;QD=28.24;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	70288981	rs2736505	C	T	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=22;PP=593;SC=TTTCTTCCTACGACAAAAAAA;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=70288989;WS=70288971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	70346564	rs13142440	GA	TT	2771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.24;ReadPosRankSum=0.271;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,73:0.48:152
chr4	70346680	rs28419590	G	A	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=407;ReadPosRankSum=0.511;SC=AATTTGGCCAGGCACGGAGGC;SOR=0.667;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=34;WE=70346688;WS=70346670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr4	70346711	rs28679647	G	C	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.90;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	70352164	rs41297427	A	AATTATC	288.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=48.14;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr4	70352212	rs146944026	ATTTTAT	A	847.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.22;ReadPosRankSum=2.563;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr4	70352266	rs1826690	A	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.579;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=322;ReadPosRankSum=-0.586;SC=TTTCATGATAACTATTAACAC;SOR=1.211;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=26;WE=70352274;WS=70352256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr4	70355211	rs1845555	T	C	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=17;PP=600;SC=TTTCTTCTGATGTGTTACTGA;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=70355219;WS=70355201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	70360752	rs13104687	C	T	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=666;ReadPosRankSum=0.651;SC=TTGATAAATTCATTACAAAAA;SOR=0.598;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=73;TCR=40;TR=53;WE=70360760;WS=70360742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,63:0.48:130
chr4	70391344	rs10021990	G	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=335;ReadPosRankSum=-0.643;SC=ATCTACTCAGGTATCTATGCA;SOR=1.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=25;WE=70391352;WS=70391334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr4	70391429	rs11732968	G	A	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.22;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,55:0.46:120
chr4	70391454	rs11732996	G	A	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.23;ReadPosRankSum=-0.671;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,56:0.46:121
chr4	70391536	rs66653481	C	T	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=315;ReadPosRankSum=1.472;SC=GAAAGGGCTCCAGGCTGGGCG;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=25;WE=70391544;WS=70391526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr4	70391561	rs68096061	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=204;ReadPosRankSum=-1.829;SC=GGCTCACACCGTTAATCCCAG;SOR=0.896;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=16;WE=70391569;WS=70391551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr4	70455478	rs2288741	G	T	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=15;PP=413;SC=ATAGTTACGTGGAGAAAATAT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=70455486;WS=70455468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	70460328	rs4148304	C	T	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.925;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,58:0.42:139
chr4	70465153	rs3775782	A	T	2357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=2.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.34;ReadPosRankSum=1.568;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,113:0.59:191
chr4	70501451	rs6811810	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr4	70512773	rs41292307	A	G	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=25;PP=865;ReadPosRankSum=-1.465;SC=GAGTTCTGATAAAACAGCAGG;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=168;TCF=105;TCR=63;TR=68;WE=70512781;WS=70512763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,79:0.41:195
chr4	70512801	rs55864295	A	G	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=28;PP=878;ReadPosRankSum=-0.387;SC=GAAGGAGGGTATGGTACCTTC;SOR=0.586;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=182;TCF=115;TCR=67;TR=73;WE=70512809;WS=70512791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,85:0.40:215
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chr4	70592790	rs2292092	G	T	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=717;ReadPosRankSum=-1.076;SC=TTCTTCAGATGTGTGATTTAG;SOR=0.884;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=130;TCF=71;TCR=59;TR=55;WE=70592798;WS=70592780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,55:0.40:139
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chr4	70921337	rs2271644	G	A	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.921;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=642;ReadPosRankSum=-1.280;SC=GACTCTAGTTGCTTGTCTTTC;SOR=0.546;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=46;WE=70921345;WS=70921327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,54:0.68:79
chr4	70921470	.	G	A	38	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=38;QD=18.1928031368;SC=TTCTGAAGCTGTAGATATGTG;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=4;WE=70921478;WS=70921460;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,4:0.40:10
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chr4	70936305	rs17644242	C	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=-1.697;SC=ATTGCTTGAACGTATGGGGAG;SOR=0.903;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=16;WE=70936313;WS=70936295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr4	70944452	rs1399812	G	A	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	70947318	rs2063819	C	T	5111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr4	70947376	rs2063820	T	A	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=55;PP=1619;SC=AAATGAAATTTAAAAAAGAAT;SOR=1.996;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=21;TCR=55;TR=76;WE=70947384;WS=70947366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	70948533	rs7675265	T	C	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	71007339	.	C	CA	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr4	71008313	rs777398	G	T	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=14;PP=511;SC=ATAGTTATCTGTTGTGCTAAA;SOR=1.143;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=71008321;WS=71008303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	71008375	rs777399	T	C	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=10;PP=293;SC=CAAGTAGAAGTTGAAACAAAT;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=71008383;WS=71008365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	71009033	rs777400	A	G	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=6;PP=153;SC=TCATATTTTCATTTATAAAGT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=71009041;WS=71009023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	71020205	rs1709273	C	G	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=17;PP=630;SC=TGTTTATAGGCATTTGTGCTT;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=71020213;WS=71020195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	71021888	rs1709274	C	T	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=10;PP=257;SC=TACAGTGAAACTTAATGACTG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=71021896;WS=71021878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	71024010	rs111347259	T	TACAA	1639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=6;PP=821;SC=ACAGGACAAATACAATCAACT;SOR=1.609;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=15;WE=71024018;WS=71024000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	71065943	rs34093806	GA	G	270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=5.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.52;ReadPosRankSum=1.493;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr4	71067317	rs4694273	C	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=319;ReadPosRankSum=-0.288;SC=TGACCAGGAGCGCACCTCTAA;SOR=0.512;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=22;WE=71067325;WS=71067307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
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chr4	71110639	rs13103289	G	A	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.18;ReadPosRankSum=-0.564;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr4	71115053	rs3775740	T	A	4136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=107;PP=2845;ReadPosRankSum=-0.227;SC=CTGTTGAACCTACACCAGCTC;SOR=0.816;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=404;TCF=199;TCR=205;TR=199;WE=71115061;WS=71115043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,207:0.47:444
chr4	71115152	rs3775738	T	C	2494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=77;PP=1358;ReadPosRankSum=-1.334;SC=CAACCACAGTTGCAGTTACTC;SOR=0.850;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=275;TCF=115;TCR=160;TR=128;WE=71115160;WS=71115142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,135:0.44:306
chr4	71115243	rs3775737	G	A	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.714;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=748;ReadPosRankSum=-0.207;SC=GAGTAATTCCGACAAGAAGCA;SOR=0.283;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=111;TCF=36;TCR=75;TR=53;WE=71115251;WS=71115233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,57:0.47:122
chr4	71201388	rs1351419	C	T	6260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=119;NR=92;PP=2965;SC=ACTGATTCCACTATTCCTGAG;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=119;TCR=92;TR=211;WE=71201396;WS=71201378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr4	71227802	rs1842478	A	G	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.072;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.104;NF=21;NR=11;PP=526;ReadPosRankSum=-0.462;SC=CTGATCACCTATTGTGCTTAC;SOR=1.100;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=32;WE=71227810;WS=71227792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr4	71227998	rs1842477	A	T	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=5.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.97;ReadPosRankSum=-1.486;SOR=1.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr4	71228001	rs1842476	G	A	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.52;SOR=2.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	71232430	rs10024123	T	C	22162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=854;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=26.07;SOR=1.060;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,850:1.00:850
chr4	71232701	rs6853742	C	T	13980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,519:1.00:519
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chr4	71250399	rs7676909	A	G	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=26;PP=718;SC=ATTAATCATCAATGAAACACT;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=71250407;WS=71250389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	71255370	rs7674958	A	T	7203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=56;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.761;SC=TTTACTTCTTATTTCCACAGC;SOR=1.239;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=173;TCR=57;TR=227;WE=71255378;WS=71255360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,250:1.00:251
chr4	71255593	rs2988	G	A	20692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=765;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;PP=2965;SC=TGATGCCCCAGGTTATCCACA;SOR=0.913;SbPval=0.53;Source=Platypus;WE=71255601;WS=71255583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,762:1.00:762
chr4	71255767	rs3733493	A	G	8926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=139;NR=165;PP=2965;SC=TACTGCTTCTACTACCCAAAA;SOR=0.943;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=306;TCF=139;TCR=167;TR=304;WE=71255775;WS=71255757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr4	71265172	rs1844635	A	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr4	71275012	rs1352689	T	C	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=2;PP=388;SC=AGTAGATATATTAATACATAG;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=71275020;WS=71275002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	71384488	rs28674149	C	T	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=14;PP=658;ReadPosRankSum=-0.197;SC=AGGTAGCAATCTGAAACATGA;SOR=0.827;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=94;TCF=64;TCR=30;TR=46;WE=71384496;WS=71384478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,51:0.48:106
chr4	71384579	rs35692424	G	A	2537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=54;PP=1352;ReadPosRankSum=1.132;SC=TTATATGCCAGCCAGTTTCAA;SOR=0.617;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=263;TCF=145;TCR=118;TR=115;WE=71384587;WS=71384569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,129:0.43:297
chr4	71388379	rs28754427	A	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=357;ReadPosRankSum=0.037;SC=TAAAAGATAGACATGTTTGCA;SOR=1.309;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=23;WE=71388387;WS=71388369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
chr4	71388394	rs4123809	T	G	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.386;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=531;ReadPosRankSum=-1.526;SC=TTTGCATTGGTGGCAACCTGG;SOR=1.236;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=77;TCF=58;TCR=19;TR=32;WE=71388402;WS=71388384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,36:0.43:83
chr4	71390795	rs17733287	C	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=324;ReadPosRankSum=-0.064;SC=TATTAACTGACGAATGTTCTG;SOR=0.612;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=26;WE=71390803;WS=71390785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr4	71396989	rs17676820	C	T	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=1.050;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,72:0.47:153
chr4	71398064	rs3852099	G	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=0.319;SC=ACTAAAGAATGATATGGATGC;SOR=1.179;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=4;WE=71398072;WS=71398054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr4	71457954	.	T	TTTCTAATC	812.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=-0.500;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,21:0.29:73
chr4	71457984	rs142316020	AGCAAGTCCCAC	A	1691.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.273;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.399;NF=9;NR=20;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.711;SC=AGAAGTACAGAGCAAGTCCCA;SOR=0.943;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=24;TCR=57;TR=29;WE=71458002;WS=71457974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,49:0.35:141
chr4	71459206	.	G	A	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=802;ReadPosRankSum=0.590;SC=TCCACGCATAGACTCACTTGA;SOR=0.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=54;TCR=81;TR=59;WE=71459214;WS=71459196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,64:0.45:141
chr4	71467593	rs28538959	A	C	3643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	71467710	rs13115627	A	G	2516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=52;PP=1575;SC=GTATTGGAAAAACTGAAAAAA;SOR=1.167;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=89;WE=71467718;WS=71467700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	71521931	.	CA	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=3.394;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
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chr4	71659768	rs58010457	G	A	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=76;SC=AAAGCTTCACGTACTTCAACA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=71659776;WS=71659758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	71665679	rs55821023	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=108;ReadPosRankSum=-0.281;SC=TGTCAGAATAATTAAGAAACT;SOR=1.402;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=8;WE=71665687;WS=71665669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr4	71668571	rs149283324	T	A	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.329;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=585;ReadPosRankSum=0.054;SC=CAGTATTTCTTGTTTGAAAAA;SOR=0.291;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=35;WE=71668579;WS=71668561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr4	71691743	rs6814981	C	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.431;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=330;ReadPosRankSum=-1.164;SC=AACGCAGAAACACTATATTTT;SOR=0.064;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=26;WE=71691751;WS=71691733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr4	71698183	rs4694081	C	A	6394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=131;PP=2965;SC=AAGAAAAAACCCAACAGGGAT;SOR=1.155;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=96;TCR=132;TR=227;WE=71698191;WS=71698173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr4	71704965	rs3775728	C	T	10052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr4	71705262	rs6813092	A	G	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.44;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	71768079	rs1871048	C	G	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,50:0.53:95
chr4	71835822	rs7674402	G	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=197;ReadPosRankSum=-1.114;SC=CTGACCATATGATTTTTCTAC;SOR=0.283;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=14;WE=71835830;WS=71835812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr4	71864013	rs6446988	A	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CTTTAGGTATATATCTTCATC;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=5;WE=71864021;WS=71864003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr4	71888240	rs67437265	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=0.184;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,26:0.28:94
chr4	71892513	rs1486271	A	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=284;ReadPosRankSum=-1.917;SC=TGTTTTTTCTAAAAAAGTGTA;SOR=0.774;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=21;WE=71892521;WS=71892503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr4	71894321	rs35880082	C	CTTTT	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.27;ReadPosRankSum=-0.405;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr4	71895260	rs4643786	C	T	89.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5024;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=0.084;SC=AACTTTTTGACCAGTTTCTTT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=71895268;WS=71895250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr4	72316822	rs10022349	C	T	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=5;PP=468;SC=ACTCCATCTCCCCATTAGCCA;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=72316830;WS=72316812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	72352544	.	TTA	T	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr4	72352587	.	TAA	T	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.63;ReadPosRankSum=0.469;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr4	72352591	.	A	AGGTT	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.547;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=1.199;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr4	72352594	.	A	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.30;ReadPosRankSum=1.488;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr4	72352595	.	C	CTT	262.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.327;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.14;ReadPosRankSum=1.699;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr4	72352596	rs201950603	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.59;ReadPosRankSum=1.857;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr4	72397710	rs3775162	C	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=402;ReadPosRankSum=1.833;SC=GTTCTTCATTCAGTTCAAACA;SOR=0.799;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=52;TCF=46;TCR=6;TR=23;WE=72397718;WS=72397700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr4	72397964	rs10446504	T	C	3218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=75;PP=1782;SC=TAATTTATTGTGTTTCTCTTT;SOR=1.503;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=42;TCR=76;TR=116;WE=72397972;WS=72397954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	72411967	rs4694097	A	G	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=268;SC=CAAGCAAAGCAAGTCAGTTTC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=72411975;WS=72411957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	72412029	rs3733362	G	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.18;ReadPosRankSum=0.436;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr4	72423624	rs1453474	C	T	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=44;PP=1364;SC=TTTAATTGAACGTACCTGTGA;SOR=1.204;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=77;WE=72423632;WS=72423614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	72425863	rs1453458	C	T	5423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=79;PP=2936;SC=TCTCCCAGCACGACCTCAGCT;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=102;TCR=79;TR=181;WE=72425871;WS=72425853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr4	72429452	rs2290397	G	A	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=15;PP=1465;SC=GATGCTAGGAGATAGGAAGGG;SOR=2.406;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=64;WE=72429460;WS=72429442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	72432991	rs965606	A	C	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=389;SC=CCTAGTTACTATTACAAATAA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=72432999;WS=72432981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	72433759	rs1453453	C	T	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=48;SC=CTTGCATAGACACAATCAAGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=72433767;WS=72433749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	72618296	rs9016	T	C	1821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	72618334	rs7041	A	C	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=33;PP=1120;SC=TGGGTGTGGCATCAGGCAATT;SOR=0.934;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=69;WE=72618342;WS=72618324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	72620865	rs71673486	C	CTATTTATT,CTATT	2348.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1,1;NR=24,24;PP=939,67;SC=TATATATTTCCTATTTATTTA;SOR=2.448;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=59;TCF=1;TCR=58;TR=25,25;WE=72620873;WS=72620855;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:54
chr4	72622403	rs222033	A	C	4530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr4	72629669	rs56097748	T	C	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=545;ReadPosRankSum=0.044;SC=GAGGAAAAAATAGAATTGGTC;SOR=0.684;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=34;WE=72629677;WS=72629659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr4	72634975	rs222016	G	A	3864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	72669636	rs187338765	G	A	2582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.443;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=54;PP=1506;ReadPosRankSum=0.346;SC=GAATTAGAACGCAGTACCTCA;SOR=0.644;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=255;TCF=147;TCR=108;TR=124;WE=72669644;WS=72669626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,130:0.48:273
chr4	72934539	rs9884712	A	C	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=3;PP=296;SC=TAGAATATGAATGCCTGAGGT;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=72934547;WS=72934529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	72934555	rs35549647	GT	G	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=0.442;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr4	72934578	rs11444220	C	CT	729.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.32;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	72934632	rs9884478	C	T	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	73154640	.	TACACAC	T	70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=23;MQ=60.77;NF=2;NR=4;PP=70;QD=12.1666666667;SC=ACCATGCACATACACACACAC;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=73154653;WS=73154630;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,6:0.50:12
chr4	73175048	rs12501859	G	A	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=382;ReadPosRankSum=-1.426;SC=CATTTCTAAAGGAAGAAGCCT;SOR=0.479;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=24;WE=73175056;WS=73175038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr4	73175093	rs10024487	C	T	3616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.40;SOR=1.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr4	73414286	rs788908	C	T	5168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr4	73433122	rs33925079	GA	G	5705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.33;NF=12;NR=65;PP=2975;SC=TACCAGCCTGGAAAGGAGGGG;SOR=0.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=82;TCF=14;TCR=68;TR=77;WE=73433130;WS=73433112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr4	73433315	rs6830556	G	C	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=22;PP=659;SC=TTGGGGAAGGGAGTTGTTTGC;SOR=1.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=73433323;WS=73433305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	73434379	rs5859330	GT	G	2324.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.224;NF=20;NR=42;PP=1241;ReadPosRankSum=-0.938;SC=TTGGGTTTGAGTTTTTTTTTA;SOR=0.327;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=62;WE=73434387;WS=73434369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr4	73434535	rs34234669	CA	C	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.757;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=871;ReadPosRankSum=-0.281;SC=AGAGCAAACCCACCCCCCCCG;SOR=0.114;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=0;TCR=53;TR=24;WE=73434543;WS=73434524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr4	73615956	rs1350836	C	T	6019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr4	73931170	rs2306057	T	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.400;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=227;ReadPosRankSum=0.773;SC=AAAGAGAAAATGTCATCTAAG;SOR=1.814;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=19;WE=73931178;WS=73931160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr4	73933671	rs66478166	ATGTG	A,ATG	2633.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=4.117;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.47;MQRankSum=0.512;QD=28.02;ReadPosRankSum=-0.260;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,64,29:0.68,0.31:94
chr4	73991006	rs6822576	T	C	4741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=77;NR=98;PP=2448;SC=CAAGTGTTAGTGCCGTGTCAT;SOR=1.102;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=177;TCF=79;TCR=98;TR=175;WE=73991014;WS=73990996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr4	74014809	rs1534450	A	C	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=38;PP=848;ReadPosRankSum=-0.289;SC=AGCACCATTAAAAAAATCTTG;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=29;TCR=60;TR=56;WE=74014817;WS=74014799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,59:0.60:99
chr4	74281012	rs6832260	T	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.197;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=131;ReadPosRankSum=-1.070;SC=TGGTTTCAATTCTGGAATCTT;SOR=0.105;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=10;WE=74281020;WS=74281002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr4	74282092	rs35807836	A	AT	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=1.662;SC=TTATTGACTGATTTTTTTTAT;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=7;WE=74282100;WS=74282082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr4	74285239	rs962004	C	T	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=2.048;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,55:0.36:152
chr4	74285758	rs2236766	G	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=4.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.120;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr4	74285823	rs2236767	G	A	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.56;ReadPosRankSum=2.551;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr4	74302071	rs3796678	T	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=116;ReadPosRankSum=0.602;SC=ATAGGTGAGATATTTTGTGTT;SOR=0.976;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=11;WE=74302079;WS=74302061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
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chr4	74304118	rs6446932	T	A	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=517;SC=AATGCATTTATATATTTGAAG;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=74304126;WS=74304108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	74310844	rs2298839	A	G	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.954;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=714;ReadPosRankSum=-0.027;SC=GATGGGGTGAAGAGTCTTGCT;SOR=0.486;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=126;TCF=58;TCR=68;TR=58;WE=74310852;WS=74310834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,70:0.47:148
chr4	74313169	rs7667494	T	C	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	74318177	rs35920062	T	C	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.293;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=39;PP=751;ReadPosRankSum=1.174;SC=TAAACCCTGGTGTTGGCCAGT;SOR=0.862;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=167;TCF=92;TCR=75;TR=77;WE=74318185;WS=74318167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,86:0.45:190
chr4	74318330	rs4235117	A	G	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=40;PP=1157;SC=CGCTGCAAACAATGAAGCAAG;SOR=1.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=74318338;WS=74318320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	74349867	rs11939341	A	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=136;ReadPosRankSum=-0.973;SC=TATAGCCATTACAATAGATAA;SOR=0.072;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=9;WE=74349875;WS=74349866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr4	74352916	rs2071098	A	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.617;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
chr4	74354632	rs13107306	T	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=167;ReadPosRankSum=2.695;SC=TAAACATTTTTATAAATAAAC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=74354640;WS=74354622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr4	74357851	rs11733262	A	G	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=110;ReadPosRankSum=-1.382;SC=AAAGAAACTTATAAGATTTGA;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=11;WE=74357859;WS=74357841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr4	74361254	rs10212657	T	C	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=635;ReadPosRankSum=1.242;SC=GAAAATGTGATTGGCTAATCT;SOR=0.577;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=38;WE=74361262;WS=74361244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,39:0.54:72
chr4	74363282	rs1158101	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=-0.812;SC=ACCATAGAAATAAGAAATGCT;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=3;WE=74363290;WS=74363272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr4	74364992	rs67050083	CT	C	461.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=7.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=0.224;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,45:0.42:108
chr4	74365007	rs11947028	T	A	871.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.194;SOR=0.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,52:0.47:111
chr4	74365008	rs28624709	A	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=4.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.538;SOR=1.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,35:0.33:106
chr4	74447452	rs1247670	C	T	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.769;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,39:0.38:104
chr4	74447510	rs1247671	A	C	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.202;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,57:0.47:122
chr4	74447800	rs2008288	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=-0.385;SC=TCAACATCCAATTTAGATTTA;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=74447808;WS=74447790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr4	74448078	rs148589925	ATCT	A	445.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.798;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=302;ReadPosRankSum=0.042;SC=CTTGAACATAATCTTCTTATA;SOR=0.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=8;WE=74448088;WS=74448068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr4	74448134	rs141070355	TTTTG	T	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.55;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr4	74450830	rs7682201	G	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=212;ReadPosRankSum=-0.206;SC=AATTGAATTGGGTGGTATTGT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=10;WE=74450838;WS=74450827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr4	74451073	rs12507775	A	G	3305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=46;PP=1068;ReadPosRankSum=2.095;SC=CTGTGATAAGATAAATAGTCT;SOR=0.787;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=179;TCF=89;TCR=90;TR=89;WE=74451081;WS=74451063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,98:0.49:202
chr4	74451092	rs12508661	T	G	3116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=41;PP=997;ReadPosRankSum=0.539;SC=CTGGGAAGAATAGATTATAAG;SOR=0.775;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=148;TCF=71;TCR=77;TR=76;WE=74451100;WS=74451082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,86:0.52:166
chr4	74453656	rs10019146	G	A	3112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=67;PP=1956;ReadPosRankSum=0.913;SC=GTCATTCTGAGAAGTAATAAA;SOR=0.576;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=300;TCF=153;TCR=147;TR=140;WE=74453664;WS=74453646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,154:0.47:329
chr4	74453691	rs10011419	T	C	2170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=55;PP=1448;ReadPosRankSum=-0.990;SC=CAGTTCCATTTATATTGAAGC;SOR=0.694;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=215;TCF=103;TCR=112;TR=103;WE=74453699;WS=74453681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,107:0.47:227
chr4	74453782	rs10009048	A	G	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.356;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=316;ReadPosRankSum=-1.898;SC=CAAAGTTATAACAATTTTATG;SOR=0.241;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=18;WE=74453790;WS=74453772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr4	74458987	rs34169741	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.86;ReadPosRankSum=0.624;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr4	74464285	rs10632092	T	TTG	1633.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=1023;ReadPosRankSum=-0.826;SC=TCTTCCAGAATTGTGTGTGTG;SOR=1.051;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=21;WE=74464293;WS=74464275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,50:0.93:54
chr4	74464443	rs11368217	TA	T	759.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=426;SC=TCCCTAAAAATAAAAAAAAAT;SOR=1.739;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=74464451;WS=74464433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr4	74714098	rs2367288	G	A	4010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=5.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=-0.397;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,197:0.50:395
chr4	74718941	rs941758	C	A	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=354;ReadPosRankSum=-0.437;SC=CGCTGTCCACCCCAGGCTTCC;SOR=0.889;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=30;WE=74718949;WS=74718931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,34:0.49:69
chr4	74719925	rs11723868	G	A	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=42;PP=1238;SC=TTATATTAACGAAATAAATCA;SOR=1.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=64;WE=74719933;WS=74719915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	74736144	rs4074	A	G	6092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=103;PP=2965;SC=TGCATTCGGAAAACTCTAGAG;SOR=0.903;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=99;TCR=103;TR=202;WE=74736152;WS=74736134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr4	74847292	rs352007	G	C	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.80;QD=25.45;SOR=1.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	74863997	rs425535	T	C	8022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=142;NR=129;PP=2965;SC=GATGAACTCCTTGCGTGGTCT;SOR=0.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=271;TCF=142;TCR=129;TR=271;WE=74864005;WS=74863987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr4	74903134	rs370655	T	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=6.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.10;ReadPosRankSum=-0.764;SOR=0.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr4	75023609	rs6840665	T	C	10649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=189;NR=166;PP=2965;SC=CACTGCACGCTTCCACATCCT;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=356;TCF=189;TCR=167;TR=355;WE=75023617;WS=75023599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr4	75023709	rs2289443	C	T	13975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,526:1.00:526
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chr4	75046310	rs4694183	A	C	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=8;PP=572;SC=GTTTCCATGCATCTCATTTGA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=75046318;WS=75046300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	75046372	rs561583	A	G	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=29;PP=1276;SC=TGGTACTGGGACTGTCACAAG;SOR=1.048;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=76;WE=75046380;WS=75046362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	75046465	rs561844	C	G	4060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=60;PP=2166;SC=CAGGCTTGCTCTTTGTCCAGT;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=72;TCR=60;TR=132;WE=75046473;WS=75046455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr4	75065702	rs141427163	G	A	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=849;ReadPosRankSum=-1.581;SC=GATGCTAGGTGCTGAGCTGAG;SOR=0.809;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=122;TCF=50;TCR=72;TR=62;WE=75065710;WS=75065692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,71:0.55:130
chr4	75107255	rs4694184	T	C	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	75147041	.	CGT	C	97	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=97;QD=33.6666666667;SC=ATTACACATACGTGTGTGTGT;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=3;WE=75147050;WS=75147031;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,3:0.18:17
chr4	75231244	rs1460006	C	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.79;ReadPosRankSum=1.062;SOR=0.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr4	75245343	rs7660209	T	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=-0.335;SC=GATAATTTTTTAAAAAAGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=10;WE=75245351;WS=75245333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr4	75246617	rs4694187	A	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=190;ReadPosRankSum=0.813;SC=TCTCCTTGACAGATTGGCATC;SOR=0.321;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=12;WE=75246625;WS=75246610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr4	75248434	rs2367707	A	G	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=44;PP=965;ReadPosRankSum=0.324;SC=TAAGCAAAGAATATGTGGCTT;SOR=0.967;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=199;TCF=101;TCR=98;TR=83;WE=75248442;WS=75248424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,93:0.42:221
chr4	75248544	rs2367708	C	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=218;ReadPosRankSum=2.263;SC=TCTGCTTTTACAAATTACTTT;SOR=0.701;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=18;WE=75248552;WS=75248534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr4	75673455	rs7699847	T	A	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	75681217	rs11734944	A	G	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr4	75719517	rs28549760	A	C	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=604;ReadPosRankSum=0.519;SC=GCGCCGCTGCACCGGGCGGCC;SOR=0.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=50;TCR=33;TR=42;WE=75719525;WS=75719507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,48:0.49:97
chr4	75858518	rs75120017	G	C	3758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.633;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=81;PP=2561;ReadPosRankSum=-0.840;SC=CCCGGGCTGGGCACCAAATAC;SOR=0.606;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=372;TCF=204;TCR=168;TR=170;WE=75858526;WS=75858508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,186:0.47:394
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chr4	76415985	rs6833496	G	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=398;ReadPosRankSum=0.476;SC=AGAAGATGCAGGCTAACTGCC;SOR=0.350;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=24;WE=76415993;WS=76415975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr4	76416779	rs2045863	G	A	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.118;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,80:0.53:150
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chr4	76467668	rs35304407	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.707;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=196;ReadPosRankSum=-0.593;SC=AATTATTTCTCAGTAACCATC;SOR=1.147;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=20;WE=76467676;WS=76467658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr4	76474792	rs11322239	CT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=1.596;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
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chr4	76474892	rs6535532	A	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.26;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr4	76489582	rs2306174	G	A	3728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=1.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.420;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,184:0.50:367
chr4	76528890	rs143881212	C	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr4	76570994	rs35597810	C	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=324;ReadPosRankSum=0.591;SC=ACACTTTTATCAGCCCCCCAC;SOR=0.798;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=19;WE=76571002;WS=76570984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr4	76571732	rs884871	C	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.187;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=204;ReadPosRankSum=-2.022;SC=GTTATCTCCCCGATCCATTTT;SOR=0.297;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=18;WE=76571740;WS=76571722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr4	76572191	rs2175766	A	C	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=23;PP=1238;SC=TAAAAACTCCAACAGCAAAAT;SOR=1.318;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=65;WE=76572199;WS=76572181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	76573688	rs13129043	G	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=1.837;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=224;ReadPosRankSum=2.307;SC=TTAGCAGGTTGCTCACATCAC;SOR=1.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=16;WE=76573696;WS=76573678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr4	76580894	rs17000733	G	A	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=5.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=0.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,52:0.40:131
chr4	76581064	rs6823013	C	T	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=8.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.11;ReadPosRankSum=1.082;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,60:0.50:121
chr4	76649924	rs2280095	C	G	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	76650176	rs7657871	C	G	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=253;SC=ATGGAGGGGGCATCCACATGC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=76650184;WS=76650166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	76670180	rs3853184	T	C	13677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=252;NR=233;PP=2965;SC=CTCTTAAATTTAGGTCTTTCC;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=485;TCF=252;TCR=233;TR=485;WE=76670188;WS=76670170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,521:1.00:521
chr4	76670545	rs376064383	G	A	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.832;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,56:0.44:126
chr4	76676475	rs28573275	A	G	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=1;PP=332;SC=TAAAACAATCATCATCTCCAA;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=76676483;WS=76676472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	76691828	rs324715	G	C	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=10;PP=444;SC=GATCCACATGGATGTTTCAAG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=76691836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	76691850	rs3215203	CACTT	C	805.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=9;PP=849;SC=ACTATGTAATCACTTAAAGTA;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=76691861;WS=76691840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	76725245	rs381067	G	T	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=12;PP=1772;SC=TAATGCTAACGAGTATGACTT;SOR=3.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=67;TCR=12;TR=79;WE=76725253;WS=76725235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr4	76785716	rs1394913	C	T	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.31;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	76785723	rs1394914	A	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	76785736	rs1394915	T	C	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=269;SC=TGTTCCAATATATAATTAACA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=76785744;WS=76785706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	76787673	rs7654738	T	C	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=58;PP=1798;SC=GAAGCTAGGCTTGCCAGATAA;SOR=1.562;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=90;WE=76787681;WS=76787663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	76788692	rs2135234	C	T	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=21;PP=516;SC=GCTCAGTTTTCGAGGGAGAGC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=76788700;WS=76788682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	76793228	rs1394916	A	G	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	76794345	rs6858658	T	G	7542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=125;NR=123;PP=2965;SC=AGGAATTGCATGTTGTATTTT;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=125;TCR=123;TR=248;WE=76794353;WS=76794335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr4	76797950	rs13132709	G	A	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=17;PP=525;SC=CTCAAGCCCGGGAGTTCAAGA;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=76797958;WS=76797940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	76800729	rs13130621	A	G	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	76804067	rs4859564	A	G	6766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr4	76805902	rs1976518	C	T	3837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=25.25;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr4	76805962	rs1976517	G	A	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=40;PP=1241;SC=GAAGGAAATAGGAAATCAGGT;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=76;WE=76805970;WS=76805952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	76805978	rs1566975	C	T	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=31;PP=927;SC=CAGGTTAAAACCAATAGGCAT;SOR=1.160;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=55;WE=76805986;WS=76805968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	76809319	rs7691712	A	G	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=9;PP=782;SC=CAGGTAGAGCATTCTTCTTTG;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=46;WE=76809327;WS=76809309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	76809386	rs7691755	A	G	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=75;NR=42;PP=1836;SC=TGATCTCCTCACTGTAACAGG;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=75;TCR=42;TR=117;WE=76809394;WS=76809376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr4	76812673	rs13116688	C	G	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=6;PP=297;SC=GCCATTTACTCCTCAGCCCCT;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=76812681;WS=76812663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	76817412	rs11731367	G	A	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=20;PP=789;SC=TTGGAAAGTGGGAAACACGTA;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=76817420;WS=76817402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	76836137	rs6823734	A	G	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	76838929	rs34444403	TA	T	389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=2.515;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,51:0.42:122
chr4	76839108	rs6819442	C	T	5109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=100;PP=2903;SC=GAAATTCCTCCGGAGGATAAA;SOR=1.149;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=70;TCR=100;TR=170;WE=76839116;WS=76839098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr4	76841748	rs2280101	A	G	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=5;PP=424;SC=CTCCCTTCCCAGCCAAGGCAC;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=76841756;WS=76841738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	76846755	rs937788	T	C	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=10;PP=643;SC=AAGATTTATATGCACTTTGCA;SOR=1.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=76846763;WS=76846745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	76861137	rs6847716	G	C	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=8;PP=1232;SC=TACTCCGCGCGGGCTTGGGGC;SOR=2.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=53;WE=76861145;WS=76861127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	76861859	rs2292533	C	T	3667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=81;NR=46;PP=2113;SC=CCCGCAGGGCCGGTGTCCCCG;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=81;TCR=46;TR=127;WE=76861867;WS=76861849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr4	76878716	rs2242471	G	C	3080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=47;PP=1967;SC=CCTCTTCTGGGATTTCCCGGG;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=57;TCR=47;TR=104;WE=76878731;WS=76878706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	76878956	rs2242473	G	A	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=59;PP=1698;SC=AATAAATTACGTCTTAATAAA;SOR=1.282;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=44;TCR=59;TR=103;WE=76878964;WS=76878946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	76878982	rs2242474	T	C	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=42;PP=1021;SC=GGTTATAAGATGAAATTTTCA;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=76878990;WS=76878972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	76890432	.	CATAAT	C	1039.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.548;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=946;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CCAAGAGAAACATAATATAAT;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=20;WE=76890444;WS=76890422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr4	76928632	.	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=-0.999;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,35:0.15:228
chr4	76997157	rs10674212	G	GT	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.087;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,31:0.40:78
chr4	77021288	rs7654988	G	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CATTTAGACTGTGACCGACAA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=77021296;WS=77021278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr4	77021433	rs6532189	C	T	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.981;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,63:0.51:124
chr4	77021782	.	C	CA	58.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.802;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;MQRankSum=0.282;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,7:0.78:9
chr4	77022286	rs17001385	C	G	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=44;PP=1029;ReadPosRankSum=-0.794;SC=CAGAGCTCACCTTAGCTTACT;SOR=0.782;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=138;TCF=53;TCR=85;TR=69;WE=77022294;WS=77022276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,74:0.51:144
chr4	77025273	rs7682766	C	T	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=782;ReadPosRankSum=-0.433;SC=GCTGGGGAAGCGTAGAGAAGT;SOR=0.518;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=87;TCF=26;TCR=61;TR=50;WE=77025281;WS=77025263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,57:0.60:95
chr4	77033590	rs1128864	C	T	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.864;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=49;PP=1261;ReadPosRankSum=-1.038;SC=TCTGCATCCTCGGGCAAACTG;SOR=0.532;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=210;TCF=106;TCR=104;TR=102;WE=77033598;WS=77033580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,114:0.48:237
chr4	77033725	rs14773	C	A	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=419;ReadPosRankSum=-1.107;SC=CTATAGGGATCCACAGGAGAT;SOR=0.884;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=31;WE=77033733;WS=77033715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
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chr4	77045784	.	GA	G	692.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=384;ReadPosRankSum=0.277;SC=CACTGGGGGGGAAAATCCAAA;SOR=0.488;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=11;WE=77045792;WS=77045774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr4	77052530	rs13126384	T	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=-1.068;SC=ACCCTATACCTAGAAGCTATA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=77052538;WS=77052520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr4	77053562	rs4859619	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.532;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=133;ReadPosRankSum=-1.857;SC=AGATATATGACAAGATGATAC;SOR=0.045;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=13;WE=77053570;WS=77053552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr4	77065264	rs11736522	C	T	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=24;PP=1130;ReadPosRankSum=-0.395;SC=CTAGTATCATCACGGTTTTGT;SOR=0.699;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=174;TCF=120;TCR=54;TR=80;WE=77065272;WS=77065254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,84:0.45:186
chr4	77065476	rs145851413	TAA	T	2189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=4.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.566;QD=11.59;ReadPosRankSum=0.977;SOR=0.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,101:0.53:189
chr4	77065518	rs11946345	T	C	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=44;PP=968;ReadPosRankSum=-1.217;SC=TTTACTTCTATGAATGACTTA;SOR=0.692;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=152;TCF=66;TCR=86;TR=79;WE=77065526;WS=77065508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,86:0.56:153
chr4	77066587	rs13151075	T	C	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=1.139;SC=ATTGGCAGACTTGTTGCCAGT;SOR=0.551;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=4;WE=77066595;WS=77066577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr4	77067133	rs735696	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=1.948;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr4	77067389	rs2197104	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.017;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr4	77177415	rs61740422	C	T	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.658;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=26;PP=1073;ReadPosRankSum=0.204;SC=AGGGGCTGGACGACTTCAGGA;SOR=1.373;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=199;TCF=123;TCR=76;TR=82;WE=77177423;WS=77177405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,90:0.40:224
chr4	77189984	rs1876538	T	C	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=510;ReadPosRankSum=1.167;SC=AGTGGTAATATTTAAACCTAC;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=39;WE=77189992;WS=77189974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,44:0.51:87
chr4	77190069	rs1876539	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=-0.086;SC=TCCTCAAAGTCGTAAAGGAAT;SOR=0.264;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=11;WE=77190077;WS=77190059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr4	77192688	rs3733253	G	T	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=516;ReadPosRankSum=1.497;SC=TTCACCGATTGCCCTCAATTC;SOR=0.674;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=35;WE=77192696;WS=77192678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr4	77192868	rs3733250	G	A	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=744;ReadPosRankSum=-1.610;SC=TAAACTGCAGGAGACAGAGTT;SOR=0.555;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=49;WE=77192876;WS=77192858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,53:0.58:91
chr4	77199414	rs964051	C	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.900;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=-1.455;SC=ATCTGAGCTTCAGATGATCAC;SOR=0.275;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=12;WE=77199422;WS=77199404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr4	77201332	rs1036787	G	A	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=4;PP=280;SC=TACTTTATAAGGAACTAAATG;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=77201340;WS=77201322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	77201487	rs1036788	C	T	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=19;PP=985;SC=GGCTACAGGACGCCACGTGTG;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=56;WE=77201495;WS=77201477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	77204398	rs74988469	CAT	C	299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.579;NF=2;NR=3;PP=164;ReadPosRankSum=0.465;SC=AGATTATTAACATGTGATTTT;SOR=0.307;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=5;WE=77204407;WS=77204388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr4	77204500	rs1542096	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.53;ReadPosRankSum=0.778;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr4	77274242	rs12504985	T	C	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=21;PP=828;ReadPosRankSum=-0.055;SC=ACTATTTAGTTGATAATTACT;SOR=0.691;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=103;TCR=44;TR=69;WE=77274250;WS=77274232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,75:0.47:159
chr4	77289047	rs5859510	CT	C	304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;MQRankSum=0.426;QD=13.25;ReadPosRankSum=1.660;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr4	77290561	rs72657825	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=317;ReadPosRankSum=1.487;SC=CGATGGCACAGCCTGTGCAGG;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=21;WE=77290569;WS=77290551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr4	77296600	rs1876535	T	C	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=582;ReadPosRankSum=1.484;SC=TGGCGGTGCATTGGCAGAACT;SOR=0.641;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=104;TCF=62;TCR=42;TR=43;WE=77296608;WS=77296590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,47:0.43:110
chr4	77303898	rs6844174	C	T	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=41;PP=1109;SC=TGGTGATTGTCATTTGATACA;SOR=1.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=66;WE=77303906;WS=77303888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	77305346	rs17001890	A	G	2302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.964;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=53;PP=1346;ReadPosRankSum=1.317;SC=ACATGCTGTCATGTTCACATA;SOR=0.582;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=270;TCF=155;TCR=115;TR=117;WE=77305364;WS=77305336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,125:0.43:293
chr4	77494534	.	CAATAATAAT	C,CAATAAT	332.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.17;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;NF=2,2;NR=2,2;PP=145,94;SC=TGCTGGTTGGCAATAATAATA;SOR=2.833;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=4,4;WE=77494550;WS=77494524;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.62,0.38:8
chr4	77637502	rs344122	A	C	6605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr4	77660162	rs344140	G	C	7268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=117;NR=124;PP=2965;SC=GGCATCTCTGGCCGGGAGCGT;SOR=0.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=118;TCR=124;TR=241;WE=77660170;WS=77660152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr4	77660731	rs344141	C	G	5739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr4	77662248	rs344142	G	A	3743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=60;PP=2346;SC=CCGAGGCGTCGGCCTCCGCCT;SOR=1.068;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=50;TCR=60;TR=110;WE=77662256;WS=77662238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr4	77662309	rs344143	C	T	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=42;PP=1911;SC=TGAGGGCGACCTGGCCAGGCC;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=52;TCR=42;TR=94;WE=77662317;WS=77662299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	77663262	rs344144	T	C	7561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=160;PP=2965;SC=GGTTTCCTTATAAAGATATAG;SOR=1.592;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=83;TCR=160;TR=243;WE=77663270;WS=77663252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr4	77663305	rs77384874	CTCTA	C	4479.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=74;PP=2977;SC=TATACAGATTCTCTATCTATC;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=1;TCR=86;TR=75;WE=77663316;WS=77663295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	77675505	rs3733242	C	T	10875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=199;NR=174;PP=2965;SC=GAGATGCTGCCGCTCTTCCAC;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=373;TCF=199;TCR=174;TR=373;WE=77675513;WS=77675495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr4	77677570	.	C	CTCTCT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.69;MQRankSum=-1.020;QD=2.45;ReadPosRankSum=1.206;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr4	77818132	rs13140552	G	C	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.610;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=427;ReadPosRankSum=2.302;SC=AGGGAGCTGGGGGTCAGCAGC;SOR=0.493;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=38;WE=77818140;WS=77818122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,45:0.44:103
chr4	77818202	rs2645674	T	C	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,58:0.46:126
chr4	77818548	rs2703129	T	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.33;ReadPosRankSum=1.627;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr4	77871016	rs873090	T	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=196;ReadPosRankSum=0.250;SC=GGAGTCGGCGTAAAGCACCCG;SOR=0.740;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=16;WE=77871024;WS=77871006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr4	77871187	rs141562324	C	CGCG	591.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=56;ReadPosRankSum=1.336;SC=TGCTCGGCCCCGCGGCGGCGG;SOR=0.626;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=2;WE=77871195;WS=77871177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr4	77916865	rs6532758	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=1.347;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr4	77917194	rs7356354	A	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=1.309;SC=TTTTTTCACTATGAGTTGACA;SOR=3.241;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=4;WE=77917202;WS=77917184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr4	77917458	rs7685131	A	G	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.865;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=535;ReadPosRankSum=-1.365;SC=GCAGCTGTGGAGGGTCTCCTT;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=36;WE=77917466;WS=77917448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
chr4	77940160	rs3816965	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=30;ReadPosRankSum=0.205;SC=TTGGTTATAAGGGGGGTGGGA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=77940168;WS=77940150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr4	77987351	rs4241602	A	G	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=19;PP=906;SC=GTATGGCAGTAGTATGTTTAT;SOR=1.287;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=51;WE=77987359;WS=77987341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	78079772	rs4150052	G	A	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.066;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,55:0.52:105
chr4	78106441	rs6822800	C	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=265;ReadPosRankSum=1.562;SC=TGTGATATGCCAGACAGCAGG;SOR=0.616;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=16;WE=78106449;WS=78106431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr4	78669454	rs6855336	A	G	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	78697552	rs34417165	T	TA	241.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQRankSum=0.000;QD=13.43;ReadPosRankSum=-1.007;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr4	78740066	rs6811439	T	C	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	78740132	rs6828302	G	C	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	78740160	rs77103397	G	A	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.23;ReadPosRankSum=0.777;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr4	78740203	.	G	GACACACACAC,GACACACACACAC	1209.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=39.02;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,14,17:0.45,0.55:31
chr4	78830272	rs10551874	AAC	A	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=109;SC=AATGAATGTGAACACCAGGAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=78830281;WS=78830262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	78870940	rs4859513	T	A	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=37;PP=1567;SC=ATGTATATTATTTTCTTTCAG;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=96;WE=78870948;WS=78870930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	78979141	rs34237418	C	T	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.79;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,63:0.56:113
chr4	78979257	rs71661147	C	CGTGT	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=1153;ReadPosRankSum=1.526;SC=AGCGGTGCCGCGTGTGTGTGT;SOR=0.792;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=64;TCF=7;TCR=57;TR=31;WE=78979266;WS=78979247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,27:0.28:96
chr4	78987157	rs4859905	A	G	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.14;ReadPosRankSum=2.240;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,104:0.44:236
chr4	79103004	rs113677459	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=3.892;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.274;NF=9;NR=4;PP=178;ReadPosRankSum=0.262;SC=CTGTTTGCCTGCCGCGTTGGA;SOR=1.190;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=13;WE=79103012;WS=79102994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr4	79176325	rs1017647	C	T	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=13;PP=624;SC=ACTGGCTGCACGCCCATGCAG;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=42;WE=79176333;WS=79176315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	79176361	rs1017646	T	C	2257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	79186047	rs6856362	G	A	4697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=101;NR=63;PP=2743;SC=ACTAAGAAATGTTAAATGAGA;SOR=1.121;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=101;TCR=63;TR=164;WE=79186055;WS=79186037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr4	79186171	rs2867014	G	A	5464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=101;NR=94;PP=2965;SC=CCTGTTCTGCGTGTTAAGGAT;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=101;TCR=95;TR=195;WE=79186179;WS=79186161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr4	79187832	rs2008587	G	A	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=678;SC=TTTTCATAGAGGCTATTCCTA;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=79187840;WS=79187822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	79188161	rs2198635	G	A	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=38;PP=1081;SC=TTCTTATTCCGGTGTGTCCTT;SOR=2.019;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=79188169;WS=79188151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	79202486	rs35419939	A	G	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=13;PP=600;SC=TCCTAATGAAAAAATAAAATA;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=79202494;WS=79202476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	79202779	rs34535077	G	A	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=249;SC=TCTTTAGCCAGTTGTTTTATG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=79202787;WS=79202769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	79204209	rs1378236	C	T	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=20;PP=565;SC=TGCTTCTTTTCATTTTTATTT;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=79204217;WS=79204199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	79205699	rs12504081	T	A	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=56;PP=1516;SC=CAGTCTCTGTTTAGGTATGGC;SOR=1.309;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=98;WE=79205707;WS=79205689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	79205747	rs6815945	A	G	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=34;PP=921;SC=TGTGTGGGAGATAGACTCATC;SOR=2.655;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=79205755;WS=79205737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	79229435	rs41537644	C	G	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=18;PP=489;SC=GTATTCAAATCATAGCACATT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=79229443;WS=79229425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	79238448	rs345515	T	C	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=403;ReadPosRankSum=-1.086;SC=CCCAGGCCCGTGAAGCCCAGC;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=54;TCR=24;TR=35;WE=79238456;WS=79238438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,37:0.44:84
chr4	79238496	rs17457087	G	A	2128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.466;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=31;PP=1312;ReadPosRankSum=1.753;SC=GTCCCATGGCGTTCTCCCTCT;SOR=0.970;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=171;TCF=108;TCR=63;TR=92;WE=79238504;WS=79238486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,99:0.54:184
chr4	79238649	rs345514	T	C	4707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=97;PP=2457;SC=ACTCTGACCATGGAGTCTGCA;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=73;TCR=97;TR=170;WE=79238657;WS=79238639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr4	79240063	rs345513	A	G	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.303;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=659;ReadPosRankSum=0.452;SC=CAGCTGTCTGACGTGGGCATC;SOR=1.086;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=50;WE=79240071;WS=79240053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,57:0.45:127
chr4	79240196	rs11727404	C	G	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=232;ReadPosRankSum=-0.051;SC=CTTGAGAGATCCTGTGAGGTG;SOR=0.693;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=14;WE=79240204;WS=79240186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr4	79240473	rs345511	C	T	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=16;PP=1208;SC=ATTTATTATTCCTTCTAATTT;SOR=1.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=62;WE=79240481;WS=79240463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	79240771	rs78630423	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=1.634;SC=CATTGTAAACATATGTTCATT;SOR=0.430;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=11;WE=79240779;WS=79240761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr4	79284694	rs6835769	C	T	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr4	79295418	rs34889042	C	CTG	1535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=26;PP=1423;SC=AACTTGGAGACTGCTGATTAT;SOR=2.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=28;WE=79295426;WS=79295408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	79334264	rs1872268	T	A	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=16;PP=493;SC=AGGCTTGTGGTTTCCACTTAG;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=79334272;WS=79334254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	79340016	rs34936138	A	AT	1448.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=796;ReadPosRankSum=-0.171;SC=GCCCAGAGCAATTTTTTTTTC;SOR=0.634;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=40;WE=79340024;WS=79340006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,67:0.97:69
chr4	79343111	rs78575519	G	A	9916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.182;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.538;SC=GCCCTCCCCCGGCAGCACCCC;SOR=0.357;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=354;TCF=177;TCR=177;TR=348;WE=79343119;WS=79343101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,386:1.00:387
chr4	79350200	rs112867538	C	CTG,CTGTG	2498.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14,14;NR=19,19;PP=191,1152;ReadPosRankSum=0.468;SC=GTGCGTGTCTCTGTGTGTGTG;SOR=0.875;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=33,33;WE=79350208;WS=79350190;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.21,0.71:70
chr4	79353587	rs35219594	C	G	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.830;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=662;ReadPosRankSum=0.337;SC=CCCGGGAAGACAGCATGGAGA;SOR=0.805;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=142;TCF=80;TCR=62;TR=53;WE=79353595;WS=79353577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,61:0.37:167
chr4	79371474	rs17003235	C	T	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=51;PP=1512;SC=GAAGTTTCACCCAGGCAGACA;SOR=2.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=70;WE=79371482;WS=79371464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	79372856	rs10026662	A	C	3635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=47;PP=2200;ReadPosRankSum=0.501;SC=AATTGAATTCACACCTCTTGC;SOR=0.373;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=81;TCR=47;TR=127;WE=79372864;WS=79372846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr4	79372930	rs753752	C	T	6029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr4	79373254	rs753751	T	C	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=455;SC=ACCTTACTTCTTGGCACCAGG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=79373262;WS=79373244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	79385803	rs11933507	G	A	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=407;SC=CAGCTATCACGTTGCAGCTGT;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=79385811;WS=79385793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	79387442	rs7660664	C	T	9401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr4	79387464	rs7684722	A	G	9498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr4	79391020	rs7681619	C	T	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=10;PP=870;SC=TTGCCCATCCCTCATCTCTGA;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=79391028;WS=79391010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	79391036	rs1496602	T	C	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=17;PP=1229;SC=TCTGAAGTGTTAGCAGACTTC;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=60;WE=79391044;WS=79391026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	79391256	rs7664505	T	C	3817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=71;PP=2309;SC=GTAAGGCCTGTCCCTCTGTCA;SOR=1.108;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=57;TCR=71;TR=128;WE=79391264;WS=79391246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr4	79391327	rs11728640	T	C	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=38;PP=1194;SC=TGAATAGAAGTCCAGTTCAGC;SOR=1.539;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=61;WE=79391335;WS=79391317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	79391427	rs11728668	T	G	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=187;SC=GTAGGATCGGTTACGATTGTG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=79391435;WS=79391417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	79403682	rs41327848	C	T	2194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.10;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	79421011	rs11933630	G	T	4965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=93;NR=71;PP=2629;SC=GCAGCACGCGGGATGGCTCTG;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=93;TCR=71;TR=164;WE=79421019;WS=79421001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr4	79430211	rs146398969	GTTGTTCT	G	2839.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=38;PP=2244;SC=GAGAACTGGTGTTGTTCTTTG;SOR=2.730;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=38;WE=79430225;WS=79430201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	79432782	rs11728758	A	G	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.45;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	79434389	rs17429718	C	T	265.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=244;SC=TATATGTATACCCCCTGTTCA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=79434397;WS=79434383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	79434487	rs17469981	G	A	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	79434685	rs35933858	T	G	2050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=38;PP=1224;SC=AGTTACCACCTATGACCTGAG;SOR=1.194;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=66;WE=79434693;WS=79434675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	79434820	rs17470002	T	C	195.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=116;SC=AGAATCCACATATTAGTGGTT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=79434828;WS=79434810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	79437178	rs74632598	C	T	6483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=99;NR=109;PP=2965;SC=GTAGGTGCCCCGGGGCTTGTC;SOR=1.040;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=99;TCR=109;TR=208;WE=79437186;WS=79437168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr4	79440425	rs2903471	T	C	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=2;PP=322;SC=GATGTGGTGATAGTATGTCTT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=79440433;WS=79440415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	79440747	rs10518200	A	T	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=22;PP=568;SC=TGTTATCCCGAAGACAAAGTG;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=79440755;WS=79440737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	79442558	rs76957624	G	A	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=12;PP=646;SC=ATGTTATCTTGTTACATTCAA;SOR=1.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=79442566;WS=79442548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	79442799	rs11360692	GT	G	516.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=17;PP=311;SC=TATCAATGCCGTTTTTTTTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=17;WE=79442807;WS=79442789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	79443774	rs931604	T	A	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=40;NR=15;PP=958;SC=CACAAGTACATTAAATGCATG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=55;WE=79443782;WS=79443764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	79443837	rs931605	A	T	3960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=89;NR=47;PP=2115;SC=CTCTCCCAGAAGTGAAATCTT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=89;TCR=47;TR=136;WE=79443858;WS=79443827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr4	79443850	rs931606	G	A	4390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr4	79444029	rs1496598	G	A	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=31;PP=921;SC=CAGGAGCTTGGGAAATAGTGC;SOR=1.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=79444051;WS=79444019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	79444043	rs11731315	C	T	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=28;PP=820;SC=ATAGTGCTTTCCTCTGAAGGC;SOR=1.567;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=79444051;WS=79444019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	79455858	rs4975140	T	A	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=494;SC=TCTGCTCATATGCTCTCAGTC;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=79455866;WS=79455848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	79458112	rs17471104	A	G	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=20;PP=1261;SC=CTTTCATCTTAAAGTCTGACC;SOR=1.478;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=67;WE=79458120;WS=79458102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	79460647	.	GAA	G	412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=17.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.76;ReadPosRankSum=0.106;SOR=3.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,18:0.82:22
chr4	79462311	rs72659058	T	A	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=22;PP=561;SC=TTTTCTAAAATCATTTTTATA;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=79462319;WS=79462301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	79503230	rs1472365	T	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.18;ReadPosRankSum=0.485;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr4	79512800	rs10003947	T	A	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.975;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=35;PP=804;ReadPosRankSum=-1.217;SC=TTTTTATTTTTTAACTCCCCA;SOR=0.971;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=123;TCF=64;TCR=59;TR=64;WE=79512808;WS=79512790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,71:0.50:143
chr4	79522598	rs6844356	T	C	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=17;PP=723;ReadPosRankSum=-0.890;SC=AAAAAACATATTACTTACTAT;SOR=0.848;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=116;TCF=76;TCR=40;TR=53;WE=79522606;WS=79522588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,58:0.45:129
chr4	79525584	rs201720405	A	ATTTT	1055.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.659;HP=5;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=1161;ReadPosRankSum=-0.475;SC=AGCAAAACATATTTTGCCCTT;SOR=1.148;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=12;WE=79525600;WS=79525574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
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chr4	79832706	rs12507099	C	G	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.177;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.035;NF=34;NR=31;PP=787;ReadPosRankSum=0.321;SC=GGCACGCCAACTAGCACAAAG;SOR=0.613;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=114;TCF=64;TCR=50;TR=65;WE=79832714;WS=79832696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,72:0.54:134
chr4	79845007	rs13108247	C	A	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
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chr4	80828740	rs6819294	T	A	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=326;SC=CCATGTTAACTTGAGACATGA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=80828748;WS=80828730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr4	80906131	rs4444771	C	T	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=7;PP=222;SC=AAGTCCCTCACTGAAGCTTGC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=80906139;WS=80906121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	80945815	rs61744630	C	A	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=6;PP=366;SC=ACTCAGGAGGCTGAAGTAGGA;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=80945823;WS=80945805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	81529380	rs2903671	T	C	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr4	81884610	rs11452353	A	AT	1161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=25.82;SOR=2.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	81884722	rs1052325	G	A	4369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.39;QD=26.17;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr4	81967188	rs6831040	C	T	4533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=77;NR=77;PP=2817;SC=TATCACTCAACTCTTGAGGAA;SOR=0.830;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=77;TCR=78;TR=154;WE=81967196;WS=81967178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr4	81973224	rs12647814	A	T	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	81973260	rs1390318	C	T	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	81973322	.	A	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.509;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=1.332;SC=GCCATGAGAAACATGGCTCAA;SOR=0.346;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=12;WE=81973330;WS=81973312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr4	82013619	rs59866145	A	AAAGGAAGG	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.68;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	82369160	rs1077802	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=285;ReadPosRankSum=0.246;SC=ACAAATATATCGTCTGGTTGC;SOR=0.569;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=21;WE=82369168;WS=82369150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr4	82369205	rs1077803	T	A	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=404;ReadPosRankSum=0.841;SC=TAAAGGGCAATGATGATAACG;SOR=0.828;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=30;WE=82369213;WS=82369195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,32:0.34:93
chr4	83347309	rs34583014	TAAGA	T	1239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.151;NF=4;NR=12;PP=700;ReadPosRankSum=1.838;SC=GAATTCTCATTAAGATAGTTT;SOR=0.650;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=16;WE=83347320;WS=83347299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr4	83350954	rs2516817	C	T	42.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr4	83352177	rs10646358	C	CTT	3611.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=57;PP=2957;SC=GGCGGTGTGGCTGCCTCTTGT;SOR=2.330;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=2;TCR=65;TR=59;WE=83352185;WS=83352167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	83369287	rs4285076	A	G	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=551;ReadPosRankSum=0.423;SC=GATAGGGGATAGAAGTTGCAG;SOR=1.472;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=27;WE=83369295;WS=83369277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr4	83375719	rs6853622	T	C	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=128;SC=TTGGGCAGTATGTTTATTAGA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=83375727;WS=83375718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr4	83552809	rs3857138	A	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=266;ReadPosRankSum=0.918;SC=TTGGTTACTGACTCCAAAGGC;SOR=1.460;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=15;WE=83552817;WS=83552799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr4	83582211	rs3733227	C	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=2.026;SC=GCTCTTCCTTCTTTCTGGATG;SOR=0.564;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=18;WE=83582219;WS=83582201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr4	83601789	rs41279291	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=307;ReadPosRankSum=1.205;SC=GGGGTTATGAGTCCACCTCAT;SOR=2.368;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=15;WE=83601797;WS=83601779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr4	83626429	rs3821972	T	C	2108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=28;PP=1166;ReadPosRankSum=0.313;SC=GGACCCTCCATCCTCACCTGG;SOR=0.588;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=97;TCR=46;TR=86;WE=83626437;WS=83626419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,97:0.60:163
chr4	83626674	rs6853042	G	A	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=48;PP=1452;SC=GTGTCAGGGGGGAAAGCTGCA;SOR=1.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=77;WE=83626682;WS=83626664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	83742336	rs4634209	C	T	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=23;PP=689;SC=TCTCATTGCACTAAACCTTAT;SOR=1.154;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40;WE=83742344;WS=83742326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	83778378	rs4235054	A	T	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=38;PP=1094;SC=ATATATATACATGAATGGAGA;SOR=2.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=49;WE=83778386;WS=83778368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	83784337	rs7666917	G	A	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=15;NR=4;PP=320;SC=AAGAAAAAGGGAAAAAACGCT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=83784345;WS=83784327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	83787845	rs7356522	G	A	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=9;PP=811;SC=ATACCCACAAGTACATCTCAA;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=83787853;WS=83787835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	83788139	rs2290739	C	A	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=23;PP=816;SC=ATAACATAAGCATCCGACCAT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=83788147;WS=83788129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	83788344	rs2045478	A	T	6425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=125;NR=94;PP=2965;SC=CATCTGTGCTACCTCCCATGA;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=125;TCR=94;TR=219;WE=83788352;WS=83788334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr4	83788562	rs2045479	T	C	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=40;PP=1104;SC=ACAAGTATAGTTAAATTGAAT;SOR=2.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=54;WE=83788570;WS=83788552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	83791373	rs10015419	C	T	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	83791649	rs3762902	G	T	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=45;PP=1261;SC=TTCTGCCTAGGTTTTGTAGAT;SOR=1.478;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=69;WE=83791657;WS=83791639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	83792464	rs35679019	TAC	T	1133.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=358;SC=TATACATGCATACACACACAC;SOR=0.846;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=8;WE=83792473;WS=83792454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	83792498	rs7685043	G	T	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.53;QD=38.81;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	83792555	rs7686508	C	A	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.354;NF=18;NR=11;PP=455;ReadPosRankSum=-1.462;SC=TGCAGTAAGTCGTTACTTAAT;SOR=0.306;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=29;WE=83792563;WS=83792545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr4	83793243	rs4693525	A	C	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=55;PP=1867;SC=AATGCATCTGAAGATAGTTAA;SOR=1.261;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=38;TCR=55;TR=93;WE=83793251;WS=83793233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	83793354	rs143845447	A	ATTTTG	928.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=873;SC=GCTGTGGCTTATTTTATTTAT;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=18;WE=83793376;WS=83793344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	83793368	rs11942312	C	T	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=13;PP=371;SC=TATTTATGATCTATTTATTGT;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=83793376;WS=83793344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	83795806	rs10025654	T	C	4632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=82;NR=73;PP=2706;SC=GCTCATTTTTTCTAAGATCCC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=82;TCR=74;TR=155;WE=83795814;WS=83795796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr4	83838217	rs1031639	G	A	7255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=94;PP=2965;SC=TAAAAAGTATGCCTCTCAAGC;SOR=1.075;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=154;TCR=95;TR=248;WE=83838225;WS=83838207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr4	83838262	rs897945	G	T	8265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=119;PP=2965;SC=GTCACAGTTTGCAGGGGTTTA;SOR=0.882;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=162;TCR=119;TR=281;WE=83838270;WS=83838252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr4	83839799	rs6535411	A	G	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=35;PP=1136;SC=TGGGCATATTAATCTTTTTGT;SOR=1.451;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=60;WE=83839807;WS=83839789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	83852065	rs985899	G	A	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=13;PP=1205;SC=TATTTGGGAAGTACTATAAAA;SOR=2.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=60;WE=83852073;WS=83852055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	83857402	rs6535415	T	C	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=38;PP=938;SC=TGGATATTTCTGTCAGTTAAA;SOR=3.657;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=44;WE=83857410;WS=83857392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	83900043	rs6535422	A	G	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=75;NR=40;PP=1964;SC=AACCTGCAATAACTGGTGGTG;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=75;TCR=40;TR=115;WE=83900051;WS=83900033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr4	83900260	rs7674484	A	G	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=20;PP=544;SC=ATGTAAAACCAGCTCACTTAA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=83900268;WS=83900250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	83905258	rs9994716	C	G	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=52;NR=28;PP=1413;SC=AACTATGAATCAGTTAAATTT;SOR=1.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=80;WE=83905266;WS=83905248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr4	84188850	rs1129617	G	A	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=16;PP=536;SC=CACTGAAGCCGCTGAGCCACG;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=35;WE=84188858;WS=84188840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	84205618	rs13113787	A	C	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr4	84230619	rs11099592	T	C	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	84232104	rs6535455	T	C	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=23;PP=694;SC=AGCAAACATATAGCAGTATTT;SOR=2.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=31;WE=84232112;WS=84232094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	84234190	rs6818355	A	G	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.30;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr4	84240654	rs12501123	G	A	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=22;PP=651;SC=TAGAAGGTCTGTTTTCACAGT;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=84240662;WS=84240644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	84240680	rs12501124	G	T	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=16;PP=494;SC=GACTGAAATCGCATATATTTA;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=84240688;WS=84240670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	84255641	rs6832713	G	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
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chr4	84362443	rs4693088	T	C	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=-1.631;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr4	84362588	rs114619599	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.719;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=210;ReadPosRankSum=0.852;SC=CAATTAATACGACATATAAAT;SOR=0.132;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=16;WE=84362596;WS=84362578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr4	84364604	rs6845316	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=180;ReadPosRankSum=-0.889;SC=CCTATGTTTACTACTTTCATT;SOR=0.180;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=12;WE=84364612;WS=84364594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr4	84364808	rs6535473	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=170;ReadPosRankSum=-0.111;SC=TTAAGGAAAATATGTTATTTA;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=15;WE=84364816;WS=84364798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr4	84367050	rs11099599	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=-0.026;SC=TAAAACAAAGGCAAAAAGCTT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=5;WE=84367058;WS=84367040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr4	84367286	rs11099600	G	A	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=1.099;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr4	84368225	rs11272773	GCATTGTGGCCAATGCCTGTAATCC	G	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=2296;ReadPosRankSum=-0.203;SC=AATTGGCCAGGCATTGTGGCC;SOR=2.133;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=4;WE=84368256;WS=84368215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr4	84370124	rs10718573	TA	T	530.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.405;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=28;PP=298;ReadPosRankSum=-1.781;SC=TCTGTGGAATTAAAAAAAAAA;SOR=0.033;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=1;TCR=61;TR=28;WE=84370132;WS=84370114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr4	84374480	rs1494961	C	T	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=408;ReadPosRankSum=2.289;SC=GATGACTCAACTGTTTTCTTA;SOR=0.973;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=34;WE=84374488;WS=84374470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,39:0.49:79
chr4	84376743	rs6831595	A	T	8969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=133;NR=163;PP=2965;SC=ATCTCCGGGCACGAGCTCGGC;SOR=0.986;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=297;TCF=134;TCR=163;TR=296;WE=84376751;WS=84376733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr4	84382058	.	C	CA	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.4999;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=25;QD=11.3333333333;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=3;WE=84382066;WS=84382048;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,3:0.20:15
chr4	84388475	rs56271349	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=180;ReadPosRankSum=-0.886;SC=TCAGAAGGTACATAGCCTTCA;SOR=0.283;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=14;WE=84388483;WS=84388465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr4	84393475	rs6535478	C	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.49;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr4	84393485	rs75295148	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.49;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr4	84403178	rs144237623	G	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=2.264;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr4	84403491	rs35608460	A	AG	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=258;ReadPosRankSum=0.838;SC=TATGTATACAATATGTGCTAC;SOR=0.722;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=7;WE=84403499;WS=84403481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr4	84458001	rs55833887	A	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=116;ReadPosRankSum=-0.082;SC=AGTGGTCGCGAGTCAGGGGTG;SOR=1.002;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=10;WE=84458009;WS=84457991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
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chr4	84465613	rs10516690	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.034;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
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chr4	84509465	rs11394944	T	TG	6411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=52;PP=2936;SC=GAGTATCTGCTCCAATGTGCC;SOR=0.718;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=71;WE=84509473;WS=84509455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
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chr4	84518558	rs3733329	C	T	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.00;ReadPosRankSum=0.977;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr4	84519775	rs71668661	AT	A,ATT	923.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.548;QD=11.00;ReadPosRankSum=-1.388;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,40,36:0.48,0.43:84
chr4	84525973	rs35602893	CT	C	3057.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=78;PP=2302;SC=AATGGAATGGCTTTTTTTGTT;SOR=1.452;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=98;TCF=5;TCR=93;TR=83;WE=84525981;WS=84525963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	85166020	rs348700	C	T	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=434;ReadPosRankSum=-1.903;SC=CCAAGGCCTTCCCTGGCATGT;SOR=0.571;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=36;WE=85166028;WS=85166010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,48:0.51:95
chr4	85465390	.	ATT	A,AT	1301.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.34;QD=22.44;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,30,28:0.52,0.48:58
chr4	85552882	rs41282379	G	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=172;ReadPosRankSum=0.790;SC=GCCTAGCTGTGATACAGCAAA;SOR=0.908;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=18;WE=85552890;WS=85552872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr4	85555196	rs13102661	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=346;ReadPosRankSum=0.376;SC=TGTACTGTTTGTTGTTCTTAT;SOR=1.445;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=18;WE=85555204;WS=85555186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr4	85625701	rs1838039	A	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=-0.588;SC=TGATAACTGTAACACTAAATG;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=12;WE=85625709;WS=85625691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr4	85710824	rs13137042	C	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=7.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.81;ReadPosRankSum=-0.635;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr4	85747829	.	T	TA	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.050;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=0.584;SC=CTTAAACCATTAAAAAAAAAA;SOR=1.483;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=6;WE=85747837;WS=85747819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr4	85750282	.	T	C	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.717;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=49;PP=1324;ReadPosRankSum=0.506;SC=CGACAATTTCTAGGGGAGACA;SOR=0.826;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=184;TCF=92;TCR=92;TR=92;WE=85750290;WS=85750272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,99:0.49:202
chr4	85765541	rs2869216	T	C	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	86921609	rs144475387	A	AC	503.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.70;MQRankSum=0.000;QD=21.87;ReadPosRankSum=-1.746;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr4	87019904	rs4133139	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=0.290;SC=TCAAACCAGCGCTATGCTATT;SOR=0.301;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=87019912;WS=87019894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr4	87024228	rs112946101	C	CTG,CTGTG	790.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.27;ReadPosRankSum=0.602;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,8,17:0.28,0.59:29
chr4	87024409	rs28529458	T	C	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	87463813	rs4529013	G	A	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	87463933	rs72665744	C	T	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=320;SC=ACAGACACTGCTTGCTTTGCT;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=87463941;WS=87463923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	87653616	rs376241896	C	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.482;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,22:0.24:92
chr4	87683889	rs186651045	C	T	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.301;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=322;ReadPosRankSum=-1.117;SC=GTGCCTTCTACTCCTGTGCAT;SOR=1.463;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=21;WE=87683897;WS=87683879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr4	87684031	rs710832	A	G	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=480;ReadPosRankSum=-0.471;SC=CCTTTGGGCCATCTGGGGGCC;SOR=0.698;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=40;WE=87684039;WS=87684021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,46:0.46:101
chr4	87730980	rs61730641	C	T	2429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=2.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.27;ReadPosRankSum=1.278;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,137:0.41:334
chr4	87808810	rs3035472	G	GCA	3993.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=23;PP=2375;SC=CCACCAGTGGGCATTCAAATA;SOR=1.364;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=47;WE=87808818;WS=87808799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	87809387	rs1550931	G	T	6937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr4	87812586	rs55723875	TA	T	3694.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.814;HP=12;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=1.171;NF=24;NR=96;PP=1459;ReadPosRankSum=1.059;SC=TACCCTGATTTAAAAAAAAAA;SOR=0.560;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=144;TCF=32;TCR=112;TR=120;WE=87812595;WS=87812573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:24,222:0.90:246
chr4	87957989	rs340629	T	C	5781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=22.67;SOR=6.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
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chr4	87968979	rs58633957	G	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=184;ReadPosRankSum=0.845;SC=ACCTTTTTATGGAGCCAAAAT;SOR=0.655;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=14;WE=87968987;WS=87968969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
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chr4	88258483	rs9991501	T	C	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr4	88293887	rs6531985	G	A	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.969;NF=30;NR=25;PP=748;ReadPosRankSum=-0.360;SC=AGGGGACCGAGACATGTCCAG;SOR=0.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=59;TCR=51;TR=55;WE=88293895;WS=88293877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,65:0.52:124
chr4	88293992	rs11375790	G	GA	385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.149;NF=2;NR=13;PP=411;ReadPosRankSum=1.459;SC=TATTAAAAGAGAAAAAATACT;SOR=0.571;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=15;WE=88294000;WS=88293982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
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chr4	88403609	rs72654103	G	A	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=-1.343;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,111:0.45:249
chr4	88532182	rs34454141	AGT	A,AGTGT	563.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.31;QD=24.51;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,16,7:0.70,0.30:23
chr4	88533163	rs35939827	TTGTGTGTG	T	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=174;ReadPosRankSum=0.475;SC=GGAAGAATATTTGTGTGTGTG;SOR=1.981;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=3;WE=88533178;WS=88533153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr4	88533441	rs13131929	T	C	2170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.29;ReadPosRankSum=1.005;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,57:0.53:107
chr4	88533445	rs13131936	T	C	2138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.18;ReadPosRankSum=0.621;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,57:0.54:106
chr4	88534235	rs2736982	A	G	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.11;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,77:0.60:129
chr4	88535832	.	A	ATAGCAGTGACAGCAGCAG	5057.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=4.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.81;MQRankSum=7.365;QD=17.56;ReadPosRankSum=3.191;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,124:0.43:288
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chr4	88577573	rs2615480	A	G	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=917;ReadPosRankSum=0.191;SC=AAAAGTTGAAACTACTTTATT;SOR=0.705;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=135;TCF=86;TCR=49;TR=61;WE=88577581;WS=88577563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,59:0.43:136
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chr4	88584507	rs2627724	G	A	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=418;ReadPosRankSum=-0.007;SC=GTCACATAAAGGAGTCTTAGG;SOR=0.839;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=29;WE=88584515;WS=88584497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,32:0.46:69
chr4	88732453	rs4693183	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=142;ReadPosRankSum=1.202;SC=CATGAAATGACGGCCTTAAAT;SOR=0.551;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=10;WE=88732461;WS=88732443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr4	88732531	rs4693878	T	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=-1.263;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr4	88732692	rs1054627	G	A	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=760;ReadPosRankSum=0.452;SC=AGCAGCGGAGGAGACAATGGA;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=66;TCR=59;TR=57;WE=88732700;WS=88732682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,63:0.46:138
chr4	88732746	rs13144371	A	G	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=24;PP=927;ReadPosRankSum=0.195;SC=AATGCAGAAGACACCACAGAG;SOR=0.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=70;TCR=46;TR=60;WE=88732754;WS=88732736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,69:0.53:129
chr4	88732918	rs1054629	A	T	3057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.287;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,150:0.59:256
chr4	88755828	rs7698623	T	C	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.22;ReadPosRankSum=-1.733;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,52:0.40:129
chr4	88813269	rs71594826	G	GC	14973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.09;QD=45.10;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr4	88813270	.	C	CCAAT	2973	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=58.82;NF=28;NR=101;PP=2973;QD=20;SC=CAGGCATTGGCATGACCAAAG;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=150;TCF=28;TCR=122;TR=129;WE=88813279;WS=88813260;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:21,129:0.86:150
chr4	88813271	.	A	T	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=59.03;NF=84;NR=101;PP=2965;QD=20;SC=AGGCATTGGCATGACCAAAGC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=208;TCF=96;TCR=112;TR=185;WE=88813279;WS=88813260;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:23,185:0.89:208
chr4	88813271	rs35753589	A	AATT	15223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.19;QD=45.85;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr4	88813503	rs6532031	T	C	7510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=123;NR=132;PP=2965;SC=TGCATGCTGATCATGGTGAGC;SOR=0.817;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=123;TCR=132;TR=255;WE=88813511;WS=88813493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr4	88813875	rs3828554	T	C	8644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=173;NR=141;PP=2965;SC=GAAACCATGATGACATCACCC;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=315;TCF=173;TCR=142;TR=314;WE=88813883;WS=88813865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr4	88815163	rs3061166	A	ATTAGG	14987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=114;PP=2912;SC=GAAGAAGTCGATTAGGAGTTC;SOR=0.815;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=186;TCF=46;TCR=140;TR=152;WE=88815171;WS=88815153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr4	88928968	rs1805044	G	C	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=10;PP=243;SC=GACCCGGGCCGGCTGATGGCT;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=88928976;WS=88928958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	88929173	.	CGAG	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=113;ReadPosRankSum=0.271;SC=GCTTCGAGGCCGAGGAGGAGG;SOR=0.582;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=4;WE=88929183;WS=88929163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,6:0.11:55
chr4	88957562	rs17786456	T	C	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=39;PP=1143;SC=TTCATTTGGCTTCATCATTTC;SOR=2.437;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=51;WE=88957570;WS=88957552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	88959381	rs2725221	G	A	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	89015857	rs2231164	C	T	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=44;PP=1232;SC=TTTTAAATTTCAAGAAGTTTC;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=70;WE=89015865;WS=89015847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	89016782	rs2231162	A	G	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=38;PP=1103;SC=CAAATACTAAAAGTCAGGCCT;SOR=1.536;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=57;WE=89016790;WS=89016772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	89018565	rs2231157	A	G	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=24;PP=906;ReadPosRankSum=0.780;SC=ATGAAGGAAAAAAACAATTCC;SOR=0.608;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=135;TCF=88;TCR=47;TR=66;WE=89018573;WS=89018555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,70:0.49:144
chr4	89022362	rs2231153	C	T	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=11;PP=1202;SC=GCCCCGTTCCCAGAACAAAGA;SOR=2.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=55;WE=89022370;WS=89022352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	89028236	rs35518113	T	G	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.13;ReadPosRankSum=1.212;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr4	89028478	rs2231148	T	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=136;ReadPosRankSum=0.048;SC=TAAAAACTTATACACACCATT;SOR=1.609;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=9;WE=89028486;WS=89028468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr4	89036386	rs199994188	C	CTCTCTCTCTCTCTG	683.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.40;MQRankSum=0.768;QD=37.99;ReadPosRankSum=1.354;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr4	89400435	rs376253040	CA	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.968;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr4	89415396	rs6857425	T	C	9821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=195;NR=151;PP=2965;SC=TTGCCAACCTTCCTTTCCCAC;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=347;TCF=195;TCR=152;TR=346;WE=89415404;WS=89415386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
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chr4	89689354	rs3756049	A	G	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=32;PP=924;SC=TGTTTAAACTAGTAAAATTAT;SOR=2.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=89689362;WS=89689344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr4	90749463	rs149886412	G	GAAAAA	1028.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.62;QD=41.15;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr4	91246916	rs9284587	G	A	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=20;PP=589;SC=TTATTTTATGGTGTTGAAATT;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=91246924;WS=91246895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	91321314	rs28572332	C	T	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=1.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.45;ReadPosRankSum=-1.185;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,101:0.44:227
chr4	91549156	rs11303496	CT	C	505.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=1.247;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr4	91584811	rs6842658	A	T	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=3;PP=198;SC=ATACTTTATTATTCTTCACAA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=91584819;WS=91584801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	91584992	rs6842926	A	G	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=16;PP=682;SC=ATTGTTACTTATAGGTTCACT;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=40;WE=91585011;WS=91584982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr4	91585018	.	T	C	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.677;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=206;ReadPosRankSum=-1.648;SC=AGGATGAGTGTTTCCAATTCT;SOR=0.877;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=20;WE=91585026;WS=91585008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr4	91585060	rs6843110	A	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=5.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
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chr4	91737057	rs17017644	G	A	2307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	91737150	rs17017647	C	T	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=517;SC=GTCATGAAAACTATAGATCTT;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=91737158;WS=91737140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	92240031	rs9999729	C	G	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=9;PP=811;SC=TGTGCATATTCCCTCATTAGT;SOR=2.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=37;WE=92240039;WS=92240021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	92240080	rs9999885	G	A	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=30;PP=1296;SC=ATTTCATGGAGAGGAAAAAAA;SOR=1.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=78;WE=92240088;WS=92240070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	92240278	rs7653977	A	T	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=23;PP=668;SC=CTTCTGGATAATTTTTTCTAA;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=92240286;WS=92240268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	92240317	rs7683541	T	C	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=16;PP=488;SC=AGATGATGCATAAGTTTACAT;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=92240325;WS=92240307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	92240802	rs6532289	C	T	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	92240892	rs6816636	C	A	3153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr4	92240925	rs6532290	T	G	3213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	92241031	rs6817404	G	T	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=23;PP=658;SC=CTTACTTGTGGTCACCCACAA;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=92241039;WS=92241021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	92241071	rs6816883	A	G	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=490;SC=AATTCCAGAAACAAACCAATC;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=92241079;WS=92241061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	92246344	rs3762827	G	A	4288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=73;NR=67;PP=2175;SC=AGCATAGTAGGTGGCTCTTGC;SOR=0.823;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=73;TCR=67;TR=140;WE=92246352;WS=92246334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr4	92246522	rs116294821	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=210;ReadPosRankSum=1.425;SC=TCATAAGTATGCCATGTGTCA;SOR=1.449;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=14;WE=92246530;WS=92246512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr4	92246541	rs1528572	T	A	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=377;SC=CATCTATAGATGAAAGGGAGC;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=92246549;WS=92246531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	93225752	.	G	GA	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=1.143;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr4	94032125	rs2271385	G	C	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.672;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=433;ReadPosRankSum=-1.633;SC=ATTGTCTTGGGGTGAGAGTTG;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=51;TCR=65;TR=46;WE=94032133;WS=94032115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,49:0.38:129
chr4	94159770	rs13142615	A	G	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	94180159	rs7687990	A	G	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.989;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=358;ReadPosRankSum=0.437;SC=AAGTCAGGAAAATGAGTCTTC;SOR=0.587;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=30;WE=94180167;WS=94180149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr4	94316763	rs1385405	T	G	2314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=47;PP=1486;ReadPosRankSum=1.469;SC=TTCAGCTTGGTTGCTGGAATC;SOR=0.730;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=200;TCF=112;TCR=88;TR=102;WE=94316771;WS=94316753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,110:0.50:220
chr4	94750058	rs10009502	C	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=218;ReadPosRankSum=-0.487;SC=GATCCTGAGCCTCCGAGCCTT;SOR=1.119;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=17;WE=94750066;WS=94750048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr4	95169682	rs10034781	G	T	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=37;PP=828;ReadPosRankSum=1.587;SC=TTTTGAAATGGTTTCTCCAGA;SOR=0.774;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=176;TCF=88;TCR=88;TR=71;WE=95169690;WS=95169672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,78:0.38:203
chr4	95173779	rs7439869	T	C	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=271;ReadPosRankSum=-0.859;SC=ATGCAATATGTATCACAAAGT;SOR=0.152;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=23;WE=95173787;WS=95173769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,29:0.83:35
chr4	95185829	rs41275679	A	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=53;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GATCTGAACTATTCAATTATT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=95185837;WS=95185819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr4	95185854	rs10029551	A	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=158;ReadPosRankSum=-0.334;SC=TTTTTATGCTATAGTTCACAA;SOR=0.437;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=9;WE=95185862;WS=95185844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr4	95197520	rs6823404	C	T	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=3.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.973;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,96:0.47:205
chr4	95206252	rs67631469	TTATC	T	715.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=461;ReadPosRankSum=-0.795;SC=ACTTCAATATTTATCTATATG;SOR=0.681;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=10;WE=95206263;WS=95206242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr4	95229745	rs55710447	T	C	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=14;PP=750;ReadPosRankSum=-3.172;SC=TGGCAGGTGGTATATAATTAA;SOR=0.825;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=71;TCR=30;TR=48;WE=95229753;WS=95229735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,50:0.45:110
chr4	95255637	rs2289186	T	G	1800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	95498617	rs35078286	GAT	G	572.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=701;ReadPosRankSum=-1.169;SC=CTAAAGTTCTGATATATATAT;SOR=0.504;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=20;WE=95498628;WS=95498607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr4	95500628	rs3828518	A	G	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.312;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=0.211;SC=GATTAAAAAAAAATGATGTGG;SOR=1.410;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=12;WE=95500636;WS=95500618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr4	95503670	rs3857212	G	T	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=3;PP=808;SC=TTCATTTTTTGGTCTGTGTTT;SOR=3.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=95503678;WS=95503664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	95503902	rs5013417	T	C	2745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=72;PP=1848;ReadPosRankSum=-0.817;SC=TAACCAATGATTCACTTTGTA;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=259;TCF=110;TCR=149;TR=124;WE=95503910;WS=95503892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,134:0.48:281
chr4	95505975	rs12639887	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=0.911;SC=ATCTGTGTTTCGTATGGCATA;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=95505983;WS=95505967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr4	95506214	rs2172448	G	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=409;ReadPosRankSum=-0.666;SC=TATAAGTGCAGTTTTTTACTT;SOR=0.517;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=33;WE=95506222;WS=95506204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr4	95506842	rs11097431	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.337;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=190;ReadPosRankSum=-0.520;SC=GAACAACTCAGTCTCGCTCTT;SOR=0.595;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=18;WE=95506850;WS=95506832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr4	95508108	rs70946535	CT	C	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=1.226;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr4	95529430	rs10033359	C	T	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=388;SC=GATTACAGAACGGACATCATT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=95529452;WS=95529420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	95529444	rs9307146	C	A	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=349;SC=CATCATTAACCTATAGACAAG;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=95529452;WS=95529420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr4	95531562	rs10007050	T	C	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=18;PP=396;SC=ATAGCTCTATTGTGAGCTCTT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=95531570;WS=95531552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	95539267	rs966845	G	A	5866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=106;NR=99;PP=2965;SC=CAGCCTCACAGCTGCAGCTGC;SOR=0.819;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=207;TCF=106;TCR=101;TR=205;WE=95539275;WS=95539257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr4	95561459	rs7690296	A	G	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.865;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,67:0.56:119
chr4	95561651	.	GTT	G	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.467;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr4	95578588	rs13107595	G	A	6662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr4	95583827	rs10031423	C	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=0.542;SC=TTGTAAATTTCGAAAGTTGTT;SOR=0.343;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=17;WE=95583835;WS=95583817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr4	95585038	rs56921499	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=239;ReadPosRankSum=2.682;SC=CCATTGGGGGGAAAAATCACT;SOR=0.298;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=17;WE=95585046;WS=95585028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr4	95585225	rs1056772	A	G	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.651;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=730;ReadPosRankSum=0.331;SC=TTGAAAGTCAACAGTTCAGGA;SOR=0.602;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=56;WE=95585233;WS=95585215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,63:0.48:132
chr4	95587259	rs11550270	A	C	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=1.236;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,62:0.47:131
chr4	96035796	rs10622489	G	GAC	547.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.56;ReadPosRankSum=-0.611;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr4	96073956	rs1365691	A	T	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=0.496;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,37:0.32:116
chr4	96075965	rs1434536	C	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.568;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=222;ReadPosRankSum=0.226;SC=GACCTCACCTCTCAGGGAGCG;SOR=0.242;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=16;WE=96075973;WS=96075955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr4	96091250	rs2241744	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.43;ReadPosRankSum=0.562;SOR=0.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr4	96091524	rs2241743	G	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=265;ReadPosRankSum=-0.241;SC=TTATTTCTGAGGACAAAAGCA;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=22;WE=96091532;WS=96091514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr4	96106322	rs2289043	A	G	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.474;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=524;ReadPosRankSum=0.170;SC=CTGTCCTCCCATCTGTCTCTC;SOR=0.527;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=113;TCF=46;TCR=67;TR=48;WE=96106330;WS=96106312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,58:0.46:126
chr4	96123981	rs3733212	C	T	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.50;ReadPosRankSum=1.322;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,54:0.58:93
chr4	96127869	rs2276322	T	G	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.052;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=423;ReadPosRankSum=-0.034;SC=TGAGGACGACTGGGCGGGTGA;SOR=1.183;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=82;TCF=51;TCR=31;TR=37;WE=96127877;WS=96127859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,39:0.43:90
chr4	96169733	rs13118653	G	T	2802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.359;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=51;PP=1586;ReadPosRankSum=-0.659;SC=GACAGGACTAGCAGAGTGATC;SOR=0.855;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=229;TCF=128;TCR=101;TR=122;WE=96169741;WS=96169723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,138:0.52:266
chr4	96171681	rs34875919	A	G	3516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.585;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,184:0.51:361
chr4	96256673	rs1843018	G	A	4324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr4	98761900	rs11735193	C	T	2105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=33;PP=1181;ReadPosRankSum=1.532;SC=TTCCTCATAGCTTTATAAGGA;SOR=0.555;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=107;TCR=58;TR=95;WE=98761908;WS=98761890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,101:0.58:175
chr4	98893334	rs13147195	G	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=165;ReadPosRankSum=-0.081;SC=ATAACTATTTGACATCCTTTT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=9;WE=98893342;WS=98893324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr4	98902278	rs35146453	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=111;ReadPosRankSum=0.309;SC=TTATAAAGCCAAAGAGTAGAC;SOR=0.593;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=10;WE=98902286;WS=98902268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr4	99027137	rs2865979	T	C	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.73;ReadPosRankSum=-1.472;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,41:0.61:67
chr4	99027184	rs2903150	T	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.461;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=182;ReadPosRankSum=-1.396;SC=TCTCTCTTGATGTTAACATTT;SOR=1.508;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=18;WE=99027192;WS=99027174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr4	99027218	rs2903151	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.352;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=-1.102;SC=TCTTTTTCCTTCAGAAAATTC;SOR=3.706;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=7;WE=99027226;WS=99027208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr4	99030211	rs10019087	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=0.819;SC=ATATACATTACACCAAAATGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=99030219;WS=99030201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr4	99055406	rs13328042	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=168;ReadPosRankSum=1.106;SC=AAGACAATATAAGCAGAAAAT;SOR=0.495;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=11;WE=99055414;WS=99055396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
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chr4	99408106	rs6838913	T	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=149;ReadPosRankSum=0.411;SC=TAAAGATTATTGCATTTGTCC;SOR=1.292;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=14;WE=99408114;WS=99408096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr4	99802395	rs11729285	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.85;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
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chr4	99824511	.	G	GT	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=5.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.260;QD=4.78;ReadPosRankSum=-1.462;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr4	99824665	rs34445885	T	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.738;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.558;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,23:0.33:69
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chr4	99918661	rs10035037	A	C	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=388;ReadPosRankSum=-1.104;SC=GGGACCTGAAATTAAGAAACA;SOR=0.732;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=28;WE=99918669;WS=99918651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr4	99926965	rs2123782	T	C	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.430;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,52:0.49:107
chr4	99952607	rs1037476	C	T	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=1.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.461;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,87:0.49:177
chr4	99952710	rs1037475	A	G	3778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,194:0.54:359
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chr4	100001247	rs1154412	T	C	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=149;ReadPosRankSum=1.036;SC=ATATTTACAGTAAGAGACACT;SOR=0.387;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=11;WE=100001255;WS=100001237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr4	100006645	rs1154410	A	G	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=24;PP=890;ReadPosRankSum=-0.565;SC=GCATATGCAAAAGCAGGTTAA;SOR=0.616;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=123;TCF=76;TCR=47;TR=60;WE=100006653;WS=100006635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,74:0.50:147
chr4	100009738	rs1154401	G	C	3373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=0.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=-1.269;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,168:0.43:394
chr4	100020987	rs2602844	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=1.242;SC=CTTCAGCTCACGCTCAGTGTG;SOR=0.160;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=100020995;WS=100020978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr4	100021124	rs2851279	T	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=29;ReadPosRankSum=0.637;SC=ACTGGAGCTGTTCCTATTCAG;SOR=1.093;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=6;WE=100021132;WS=100021114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr4	100045500	rs1042365	T	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.191;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr4	100045574	rs1042364	T	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=2.905;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr4	100045616	rs1126673	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.57;ReadPosRankSum=-2.269;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr4	100045647	rs2602894	A	G	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.89;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr4	100047812	rs1126672	G	A	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=764;ReadPosRankSum=-0.758;SC=TGGGTCACCAGTGCATCCAGA;SOR=0.808;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=112;TCF=64;TCR=48;TR=60;WE=100047820;WS=100047802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,76:0.55:138
chr4	100047929	rs10009145	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=201;ReadPosRankSum=-0.222;SC=CACTTGACACGAAGTAGTTTA;SOR=0.559;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=18;WE=100047937;WS=100047919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr4	100048327	rs9307234	G	A	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.33;ReadPosRankSum=-0.936;SOR=1.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,102:0.98:104
chr4	100048414	rs1126671	T	C	2269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=1.499;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,116:0.46:254
chr4	100048506	rs6836440	G	A	5095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.40;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	100048506	.	GCAT	ACAC,ACAT	923	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=27,53;NR=35,68;PP=923,691;QD=15.7494818526;SC=CTGTGATGGAGCATAAAAGAA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=53;TCR=68;TR=62,121;WE=100048517;WS=100048496;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.51:121
chr4	100048509	rs6813415	T	C	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.22;ReadPosRankSum=-0.447;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,76:0.56:136
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chr4	100057858	rs55878268	T	TA	449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=278;ReadPosRankSum=0.981;SC=ACTAGAAAATTAAAAAAAAGA;SOR=0.436;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=16;WE=100057866;WS=100057848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr4	100062675	rs13138294	T	G	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=386;ReadPosRankSum=2.147;SC=CCATTTTTTCTGAATAAAATA;SOR=0.788;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=30;WE=100062683;WS=100062665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr4	100062819	rs2032349	A	G	4086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
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chr4	100064305	rs4699715	C	G	4309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=33;PP=1718;SC=TTTGAAATCACCTCTGAATTA;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=67;TCR=33;TR=100;WE=100064313;WS=100064295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	100064326	rs3919370	A	T	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.934;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,77:0.53:146
chr4	100065509	rs1800759	T	G	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.069;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=371;ReadPosRankSum=-0.684;SC=TCCAATCACTTCCTTTTCTCC;SOR=0.914;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=26;WE=100065517;WS=100065499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
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chr4	100205819	rs28364312	C	A	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-1.462;QD=17.53;ReadPosRankSum=2.378;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,51:0.48:106
chr4	100205829	rs28364311	T	G	1837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-1.463;QD=17.67;ReadPosRankSum=1.550;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
chr4	100212173	rs13134764	A	T	1068.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=1.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=3.337;QD=6.07;ReadPosRankSum=1.293;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,70:0.40:176
chr4	100212197	rs4147531	G	A	2758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=3.109;QD=17.57;ReadPosRankSum=0.245;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,73:0.46:157
chr4	100231602	rs28914783	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=35;ReadPosRankSum=-2.054;SC=ATAATTATGGCTGTTTAAATA;SOR=0.425;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=5;WE=100231610;WS=100231592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr4	100235053	rs1789882	A	G	5585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-14.177;NF=133;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.481;SC=GCACTTCCTGAATGGGTTTCT;SOR=0.672;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=529;TCF=281;TCR=248;TR=251;WE=100235061;WS=100235043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,262:0.48:548
chr4	100239319	rs1229984	T	C	6472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr4	100258007	rs1612735	T	C	6355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.712;SC=GTCCAAGGAGTATTTGAGGTG;SOR=0.690;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=525;TCF=270;TCR=255;TR=286;WE=100258015;WS=100257997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,305:0.54:568
chr4	100258054	rs1693453	C	A	13410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,509:1.00:509
chr4	100258155	rs1614972	C	T	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-4.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.217;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=38;PP=818;ReadPosRankSum=0.538;SC=TCAAAACCTCCTGAGTATGCC;SOR=0.176;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=95;TCF=18;TCR=77;TR=50;WE=100258163;WS=100258145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,53:0.55:97
chr4	100260667	rs66502432	ACGCC	A	169.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.73;MQRankSum=0.210;QD=28.29;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr4	100260677	rs2298754	C	G	208.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.64;MQRankSum=0.180;QD=29.83;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr4	100260789	rs698	T	C	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=-1.531;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,97:0.54:178
chr4	100263834	rs1693481	C	T	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.204;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=645;ReadPosRankSum=-0.769;SC=AAAAAGATGACGGGAAATTTC;SOR=0.253;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=38;WE=100263842;WS=100263824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr4	100263942	rs1789912	C	T	3426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.482;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.905;NF=99;NR=65;ReadPosRankSum=-0.084;SC=GGGCATGTCACGGATCATACC;SOR=0.858;SbPval=0.61;Source=Platypus;TCF=220;TR=164;WE=100263950;WS=100263932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,177:0.43:407
chr4	100263965	rs1693482	C	T	4133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-4.572;NF=110;NR=84;PP=2469;ReadPosRankSum=-1.069;SC=GGTGTCAAGCCGACCGATGAC;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=428;TCF=238;TCR=190;TR=194;WE=100263973;WS=100263955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,208:0.45:462
chr4	100265957	rs283411	C	A	2180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.612;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.027;NF=59;NR=32;PP=1337;ReadPosRankSum=-0.181;SC=CAAGAAATTGCTTCCCTTTTG;SOR=0.515;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=171;TCF=115;TCR=56;TR=91;WE=100265965;WS=100265947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,99:0.52:191
chr4	100266112	rs1693425	C	T	2855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.594;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.566;NF=53;NR=78;PP=1841;ReadPosRankSum=-1.047;SC=CAATTTTGGCCACTGCATTCT;SOR=0.847;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=265;TCF=116;TCR=149;TR=131;WE=100266120;WS=100266102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,138:0.49:283
chr4	100266330	rs1693426	A	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=-1.272;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,30:0.34:88
chr4	100266371	rs1789915	A	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=262;ReadPosRankSum=-0.677;SC=CTGGGTTTTTACAAATTCTGC;SOR=0.800;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=21;WE=100266379;WS=100266361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,23:0.36:64
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chr4	100443720	rs13143848	G	A	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=-1.293;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,53:0.38:139
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chr4	100443784	rs61732380	C	G	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.55;ReadPosRankSum=1.030;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,44:0.44:101
chr4	100443800	rs17029087	G	A	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=362;ReadPosRankSum=-0.296;SC=TGCAGTCCAGGAGAGCCCTGT;SOR=0.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=32;WE=100443808;WS=100443790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,37:0.47:79
chr4	100445589	rs35080520	T	TC	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=98;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AGAAACACTCTATCTATTTCA;SOR=0.105;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=3;WE=100445597;WS=100445579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr4	100475179	rs4699754	T	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=1.078;SC=CCAAAACAAATCCATTCAAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=100475187;WS=100475169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr4	100510859	rs991811	T	C	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=44;PP=1112;ReadPosRankSum=-1.057;SC=TCAAGAGAGGTCTGGCTAGCC;SOR=0.634;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=82;TCR=94;TR=83;WE=100510867;WS=100510849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,101:0.49:208
chr4	100512350	rs11734413	C	T	2151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=1.153;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,108:0.51:212
chr4	100515774	rs2306984	A	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=96;ReadPosRankSum=0.035;SC=TTTGAAAGACATGGCTATATA;SOR=1.414;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=9;WE=100515782;WS=100515764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr4	100516022	rs2306985	C	G	2243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.662;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=53;PP=1285;ReadPosRankSum=-0.140;SC=TCCAGAGCCACTGTAAAGGAT;SOR=0.824;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=197;TCF=93;TCR=104;TR=99;WE=100516030;WS=100516012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,109:0.51:215
chr4	100532253	rs2298747	A	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=393;ReadPosRankSum=-0.090;SC=CTTGGGAAACAGTCATTACAA;SOR=0.909;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=25;WE=100532261;WS=100532243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr4	100542482	rs881981	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=0.957;SC=GAATTAAAACAAAACAGTAGA;SOR=0.269;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=6;WE=100542490;WS=100542472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr4	100570681	rs4699384	T	A	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.405;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=826;ReadPosRankSum=0.036;SC=TCTGCCACCATTGGGGAGAGC;SOR=0.527;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=120;TCF=67;TCR=53;TR=58;WE=100570689;WS=100570671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,64:0.50:128
chr4	100571001	rs1491242	T	C	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.361;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=29;PP=618;ReadPosRankSum=-0.078;SC=AGGCTGTGCCTGCTGGAAGGG;SOR=0.854;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=100;TCF=54;TCR=46;TR=54;WE=100571009;WS=100570991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,60:0.51:118
chr4	100574195	rs4699385	A	G	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.259;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=1107;ReadPosRankSum=2.006;SC=TTTGCTTTGCACGCACGTTGC;SOR=0.898;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=161;TCF=85;TCR=76;TR=82;WE=100574203;WS=100574185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,87:0.48:180
chr4	100574821	rs79703522	C	G	2646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=79;PP=1827;ReadPosRankSum=4.675;SC=CCTCCTCCCCCTCCTCCTGAT;SOR=0.719;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=262;TCF=115;TCR=147;TR=143;WE=100574829;WS=100574811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,142:0.57:247
chr4	100575711	rs17029277	C	T	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,77:0.46:167
chr4	100738035	rs715239	G	T	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=15;PP=852;ReadPosRankSum=-0.804;SC=GAGCAGCCCAGTTGTGTCTCT;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=51;WE=100738043;WS=100738025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr4	100774532	rs144829888	GCT	G	5976.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=68;PP=2971;SC=GTGACCACAAGCTCTCTCCCT;SOR=1.006;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=14;TCR=71;TR=81;WE=100774541;WS=100774522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr4	100784875	rs61359294	G	GT	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=1.268;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr4	100787233	rs77036069	C	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.434;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr4	100789416	rs4699768	G	A	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=51;PP=1403;SC=TCTGCAGCAGGCTTCAAATGA;SOR=1.354;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=89;WE=100789424;WS=100789406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	100815326	rs111412798	G	A	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.531;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=449;ReadPosRankSum=0.294;SC=ACCCCCACAGGTACTCAGCTG;SOR=1.174;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=30;WE=100815334;WS=100815316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,35:0.38:91
chr4	101109385	rs3749603	A	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.634;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=250;ReadPosRankSum=-0.139;SC=TAGAAAAAAAACACCAAGATA;SOR=1.536;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=13;WE=101109393;WS=101109375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr4	101337150	rs4699401	C	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=246;ReadPosRankSum=0.093;SC=ATTAACACCACAGTAATCAGC;SOR=0.955;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=20;WE=101337158;WS=101337140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr4	101337215	.	C	CAT	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=34;QD=15.6666666667;SC=GATACATATGCATATATATAT;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=3;WE=101337223;WS=101337205;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,3:0.18:17
chr4	101338217	rs3733437	T	C	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	101368501	rs1157181	A	G	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=183;ReadPosRankSum=-1.181;SC=GAACACTTAGACATGTCCTTA;SOR=1.148;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=14;WE=101368509;WS=101368491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr4	101368661	rs1157180	A	G	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=348;ReadPosRankSum=0.027;SC=TGAAAATACTAAGAGAGAGAC;SOR=0.610;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=32;WE=101368669;WS=101368651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,40:0.49:82
chr4	101386643	rs78403369	C	T	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.102;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=482;ReadPosRankSum=0.634;SC=GTTACTGTTACGTTTGAAATG;SOR=0.441;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=36;WE=101386651;WS=101386633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,41:0.61:67
chr4	101953322	rs2851060	C	T	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=29;PP=1605;SC=GAAGAAGAACCGAAGACCAAG;SOR=1.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=87;WE=101953330;WS=101953312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	102171591	rs2583404	T	G	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=16;PP=428;SC=ATTTAATAGATTATTGTTATG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=102171599;WS=102171581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	102171606	rs2850958	A	G	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=239;SC=GTTATGTTACATAGAAAGGAT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=102171614;WS=102171596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	102267821	rs2850327	AA	CG	3118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=4.432;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.74;ReadPosRankSum=1.665;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,79:0.50:158
chr4	102642453	rs10856962	T	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=410;ReadPosRankSum=-0.667;SC=TTGAATTTTTTAATTGTCTTA;SOR=0.829;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=32;WE=102642461;WS=102642443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr4	102642526	rs12506517	T	C	2181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=1.919;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,111:0.52:214
chr4	102750922	rs17266594	T	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=203;ReadPosRankSum=-0.481;SC=TTTAACCTGCTGATAGCATTG;SOR=0.559;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=17;WE=102750930;WS=102750912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr4	102751076	rs10516487	G	A	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=-1.416;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,84:0.62:136
chr4	102751276	rs10516486	C	T	3181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=26.08;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr4	102751401	rs58497383	GTTT	G	1642.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.91;QD=37.33;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	102751433	rs35352058	G	GT	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=202;ReadPosRankSum=0.276;SC=AGAATTGCAAGTTGTTTTAGA;SOR=1.071;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=18;WE=102751441;WS=102751423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr4	102776406	rs13145804	T	G	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=4.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.65;ReadPosRankSum=-0.311;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,49:0.60:81
chr4	102783642	rs12647710	C	A	189.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=110;SC=TTAATGTAAACTTTTCCAAAT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=102783650;WS=102783632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	102791905	rs10516483	C	G	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=36;PP=1020;SC=GATTGAATAACAGTGAATTAC;SOR=3.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=42;WE=102791913;WS=102791895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	102816467	rs62321738	C	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.633;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr4	102839362	rs3733198	A	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.867;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr4	102942761	rs2631261	C	T	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=334;SC=TAAGTTTTTCCATGTTATATA;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=102942769;WS=102942751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	102946347	rs2035604	A	G	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=32;PP=965;ReadPosRankSum=0.532;SC=TGCAATCTTCATCATAAACAG;SOR=0.692;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=158;TCF=98;TCR=60;TR=81;WE=102946355;WS=102946337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,88:0.48:183
chr4	102965043	rs3113676	T	C	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	102992517	rs34184671	T	C	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=18;PP=566;SC=ACAGAGTAAATCAATTTCAAT;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=102992525;WS=102992507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	103174425	rs73836548	T	C	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=380;ReadPosRankSum=-1.246;SC=GAAGAGGCTGTATCTTCCTTA;SOR=0.572;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=29;WE=103174433;WS=103174415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,33:0.33:99
chr4	103174491	rs151370	A	G	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=800;ReadPosRankSum=-2.205;SC=GGTCATAACTATGTCATATGC;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=77;TCR=68;TR=61;WE=103174499;WS=103174481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,69:0.40:171
chr4	103174728	rs17032290	T	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TACATGTTCATTGAAGAAAAT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=103174736;WS=103174718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr4	103225513	rs11097773	T	C	2082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,109:0.47:234
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chr4	103553447	rs5860729	GA	G	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=2.275;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr4	103553543	rs735403	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr4	103555992	rs2272697	A	G	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.071;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=594;ReadPosRankSum=-0.728;SC=GGTGAGGACAAGAAGTGGTAG;SOR=1.262;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=41;WE=103556000;WS=103555982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,44:0.43:103
chr4	103556316	rs909349	T	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.539;NF=2;NR=10;PP=123;ReadPosRankSum=0.196;SC=TAAGAGACTATGAAACCTGAG;SOR=1.162;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=12;WE=103556324;WS=103556306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr4	103556367	rs11436517	G	GT	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=61.07;MQRankSum=1.036;NF=0;NR=3;PP=49;ReadPosRankSum=-0.385;SC=ATGTGACTAAGTAACTTCTCA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=103556375;WS=103556357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr4	103557077	rs2866413	G	A	2138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=1.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.48;ReadPosRankSum=-1.025;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,109:0.53:204
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chr4	103557219	rs2866414	C	T	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=619;ReadPosRankSum=0.525;SC=CAGAGAGGCACTGTCCAATGG;SOR=0.725;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=50;WE=103557227;WS=103557209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,55:0.50:109
chr4	103557251	rs10027437	G	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=436;ReadPosRankSum=0.319;SC=GTGGCTCATCGGGGTTCTAAG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=31;WE=103557259;WS=103557241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr4	103557311	rs4496586	G	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=0.195;SC=CCATGTTTGTGAAGCGCTCTG;SOR=0.053;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=7;WE=103557319;WS=103557301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr4	103571871	rs34754408	G	T	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=40;PP=842;ReadPosRankSum=-0.477;SC=TTCAAATAAAGAATAAGAATT;SOR=0.576;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=131;TCF=44;TCR=87;TR=61;WE=103571879;WS=103571861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,65:0.47:139
chr4	103594918	rs227276	T	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=216;ReadPosRankSum=0.096;SC=ATATATAATTTTTAAAATCCT;SOR=0.914;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=12;WE=103594926;WS=103594912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr4	103594938	rs227277	G	A	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=352;ReadPosRankSum=0.762;SC=TGTCCATTCTGAAGTTTCCAT;SOR=0.334;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=21;WE=103594946;WS=103594928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr4	103610872	rs227365	A	G	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=28;PP=765;SC=TCACTCTAATATGTCATATTT;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=103610880;WS=103610862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	103611845	rs227368	C	T	3968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=89;PP=2277;ReadPosRankSum=-1.095;SC=GGGATGGCTACGATCACTTGA;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=396;TCF=203;TCR=193;TR=185;WE=103611853;WS=103611835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,199:0.48:417
chr4	103612018	rs227369	G	T	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=32;PP=810;SC=TTGAAGGTAAGACTAAAGCAG;SOR=4.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=34;WE=103612026;WS=103612008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	103732704	rs201561589	T	TG	371.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=4;PP=145;SC=CCACGCATAGTGCACACGCCT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=103732712;WS=103732698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	103833114	rs371040523	AC	A	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=-3.888;QD=2.16;ReadPosRankSum=-2.161;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr4	103911069	rs2715591	C	A	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	103941410	rs10676315	G	GTT	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.416;QD=1.45;ReadPosRankSum=0.469;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr4	103941507	.	C	T	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=-1.173;QD=12.43;ReadPosRankSum=0.556;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,46:0.59:78
chr4	104065375	.	G	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.832;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=214;ReadPosRankSum=1.647;SC=TTACCGGCTCGAGCCACCGCG;SOR=0.064;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=14;WE=104065383;WS=104065365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr4	104102453	rs188530452	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.458;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=101;ReadPosRankSum=-2.218;SC=CCATTCTAAATTGGTTCTTTC;SOR=1.012;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=10;WE=104102461;WS=104102443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr4	104510766	rs2765	G	A	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=11;PP=873;SC=GACAGGACTGGTAAATAGGAG;SOR=2.038;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=42;WE=104510774;WS=104510756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	105393329	.	CTT	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=2.421;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr4	106154990	rs71971966	TATAGATAG	T	802.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=1047;ReadPosRankSum=1.156;SC=TTAGTATTTTTATAGATAGAT;SOR=0.505;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=11;WE=106155005;WS=106154980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr4	106193653	rs149641287	TAC	T	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.353;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr4	106290829	rs16345	A	ACTTGGGGAAAAAGAGT	3312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=3.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.207;QD=16.82;ReadPosRankSum=0.479;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,81:0.41:197
chr4	106292109	rs72665979	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.561;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=287;ReadPosRankSum=1.212;SC=GTTTTTTCACGAAATTATAGA;SOR=2.093;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=8;WE=106292129;WS=106292099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr4	106292121	rs2726526	G	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=5;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=287;ReadPosRankSum=0.975;SC=AATTATAGAAGAAAGTTTACA;SOR=1.781;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=8;WE=106292129;WS=106292099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr4	106474096	rs6533206	T	C	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=21;PP=474;SC=CTGACAGGACTGAATACAACC;SOR=1.148;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=106474104;WS=106474086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	106510452	rs145953652	C	A	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=-1.145;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,58:0.41:143
chr4	106569976	rs377587421	CCT	C	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=1.245;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr4	106580340	rs13147012	A	G	1880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=38;PP=1097;ReadPosRankSum=-2.319;SC=GCAGCGATCAACGGGAGAGGA;SOR=0.490;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=150;TCF=77;TCR=73;TR=81;WE=106580348;WS=106580330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,90:0.54:167
chr4	106818983	rs11726457	G	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=192;ReadPosRankSum=-0.208;SC=CATTTTTTCTGAAGTAATAAT;SOR=1.106;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=16;WE=106818991;WS=106818973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr4	106848314	rs4546247	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.617;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=134;ReadPosRankSum=1.606;SC=ACATACATAACACATGTGTGT;SOR=0.120;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=10;WE=106848322;WS=106848313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr4	106848703	rs10856978	C	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=118;ReadPosRankSum=0.047;SC=TGTGAGCTGCCATTTTGCTGA;SOR=0.883;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=10;WE=106848711;WS=106848693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr4	106859549	rs35132891	G	C	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=616;ReadPosRankSum=0.055;SC=CTGGCCTGCAGCTGGCTCCTG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=43;WE=106859557;WS=106859539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,48:0.59:81
chr4	106861557	rs4627867	A	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.672;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=108;ReadPosRankSum=-0.065;SC=ATCTGCCAATATTATGTAGAT;SOR=0.334;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=11;WE=106861565;WS=106861553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr4	106861730	rs4340795	A	G	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.816;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=22;PP=770;ReadPosRankSum=2.411;SC=ATGTTATAACATACGTGGGTC;SOR=0.943;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=139;TCF=88;TCR=51;TR=67;WE=106861738;WS=106861720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,77:0.48:160
chr4	106879579	rs73836924	A	G	7752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=772;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.386;QD=10.06;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:377,394:0.51:771
chr4	106880445	rs28560134	A	G	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=21;ReadPosRankSum=-0.699;SC=ATTTCTTTGAAAGAGTTAAAT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=3;WE=106880453;WS=106880435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr4	106888263	rs4597836	A	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.067;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr4	106892210	rs4449421	T	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.346;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=273;ReadPosRankSum=-0.232;SC=TTTCTTCATGTTAAAGGTATA;SOR=2.746;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=13;WE=106892218;WS=106892200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr4	107037630	rs78488187	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=156;ReadPosRankSum=-0.293;SC=AACAATACAGCATATAAGAGA;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=12;WE=107037638;WS=107037620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr4	107154273	rs13138528	T	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.054;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=227;ReadPosRankSum=1.986;SC=TAATCAGCAATAAACCCTTAA;SOR=0.473;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=21;WE=107154281;WS=107154263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,23:0.37:62
chr4	107156365	rs7668276	C	G	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.556;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,55:0.44:124
chr4	107157699	.	TA	T	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.735;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr4	107158823	rs11729801	C	T	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.031;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=366;ReadPosRankSum=-1.474;SC=ATCTTTTACTCAAACTAAGAA;SOR=0.983;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=28;WE=107158831;WS=107158813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr4	107163773	rs9996386	T	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=219;ReadPosRankSum=0.897;SC=ATCCAGTTTATTGTTTCTTCT;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=14;WE=107163781;WS=107163763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr4	107168431	rs3775091	G	C	4906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=91;PP=2926;SC=TTCATTAATTGATCTGGGGTT;SOR=1.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=73;TCR=91;TR=164;WE=107168439;WS=107168421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr4	107171647	rs41277029	G	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=34;ReadPosRankSum=0.967;SC=TAAATAAAATGAGAAAAGAAA;SOR=0.636;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=5;WE=107171655;WS=107171637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr4	107172377	rs13113845	C	G	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=532;ReadPosRankSum=0.704;SC=ATTAACTGTACATATACCACA;SOR=0.880;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=34;WE=107172385;WS=107172367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
chr4	107279518	rs75431821	T	C	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=364;ReadPosRankSum=-1.179;SC=ATATTTATCTTCAGTAAGCCC;SOR=0.675;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=34;WE=107279526;WS=107279508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,39:0.43:91
chr4	107288117	rs3018064	T	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr4	107288449	rs2949646	G	A	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.705;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=969;ReadPosRankSum=-0.471;SC=TGCGGCCCAGGCTACAACATG;SOR=0.591;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=54;TCR=53;TR=68;WE=107288457;WS=107288439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,74:0.62:119
chr4	107956592	.	G	C	2940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=59;PP=1719;ReadPosRankSum=0.269;SC=CCCGCAGATCGATTGGCGGCC;SOR=0.668;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=264;TCF=141;TCR=123;TR=131;WE=107956600;WS=107956582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,146:0.48:302
chr4	108048977	rs2158182	A	C	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.10;ReadPosRankSum=-1.168;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,39:0.55:71
chr4	108581002	rs11291153	GC	G	2014.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=21;PP=791;SC=CAACATCTTTGCCCCCCCAGC;SOR=0.917;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=29;WE=108581010;WS=108580992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	108608100	rs45502094	CTCTAACACT	C	1202.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=5;PP=2965;SC=CTCCAAGTCACTCTAACACTT;SOR=2.147;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=14;WE=108608116;WS=108608090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	108615226	rs371693146	CT	C	1543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=39;PP=846;SC=TGTAGTAATACTTTTTTTTTC;SOR=1.545;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=43;WE=108615234;WS=108615216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	108622169	rs71590193	A	AT	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.127;NF=12;NR=0;PP=350;ReadPosRankSum=0.233;SC=ACAAAAAAAAAAATAACAAGA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=12;WE=108622177;WS=108622159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr4	108622241	rs17510783	C	T	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.209;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,55:0.45:122
chr4	108622475	rs13110240	C	T	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.182;NF=11;NR=29;PP=601;ReadPosRankSum=-0.519;SC=TTCTAGTTTACATGAGTCCTT;SOR=0.311;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=40;WE=108622483;WS=108622465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,45:0.60:75
chr4	108641169	rs2074372	C	G	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=29;PP=1955;SC=CCTCCGCGCTCCTGGAAGGAT;SOR=1.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=66;TCR=29;TR=95;WE=108641177;WS=108641159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	108641300	rs973126	T	C	10167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr4	108641317	rs1127006	G	A	2974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.718;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=64;PP=1675;ReadPosRankSum=0.622;SC=TTCTTGCACAGGCTCCCGGGG;SOR=0.557;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=312;TCF=158;TCR=154;TR=139;WE=108641325;WS=108641307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,158:0.45:354
chr4	108641437	rs2074374	C	G	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=568;ReadPosRankSum=0.797;SC=GGGGCCTCCTCGCGTCGGAGC;SOR=0.563;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=61;TCF=10;TCR=51;TR=32;WE=108641445;WS=108641427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,38:0.59:64
chr4	108641464	rs1319253	AA	GC	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=31;PP=645;SC=GCGCTGACTTAAGCACGCGCC;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=108641473;WS=108641454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	108824655	rs17563907	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.904;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=195;ReadPosRankSum=1.077;SC=TGAAAGAGACGGATGTGTGTG;SOR=2.165;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=10;WE=108824663;WS=108824645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr4	108853384	rs6849089	C	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=198;ReadPosRankSum=1.481;SC=TCCGGCCGCCCGCGCCCCCAG;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=10;WE=108853392;WS=108853374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr4	108855007	rs28477613	A	G	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.08;ReadPosRankSum=0.532;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,35:0.58:60
chr4	108866058	rs10002671	G	A	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=76;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=4;PP=690;SC=AATGCACTCCGTGGTAGGTCT;SOR=3.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=108866066;WS=108866048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	108868411	rs28499367	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=-1.345;SC=CTGAGGCAGAATCAGGCCTGA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=5;WE=108868419;WS=108868401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr4	108868515	rs6856745	T	C	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=16;PP=1072;SC=CTGGTTTATTTTTCCCTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=57;WE=108868523;WS=108868505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	108926170	rs3775973	T	G	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=8;PP=231;SC=ATGTTTATTTTATACTGTAAC;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=108926178;WS=108926160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	108931039	rs4956145	T	C	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=26.62;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	108931133	rs11388783	C	CT	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.87;MQRankSum=1.376;QD=7.37;ReadPosRankSum=1.176;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr4	108935768	.	CT	C	205.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.101;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,32:0.27:117
chr4	108935770	rs7677408	T	C	836.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=3.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.722;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,66:0.57:116
chr4	108935771	.	T	C	152.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=0.058;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,27:0.23:118
chr4	108935871	rs4956147	G	A	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=514;SC=ATATTGTGTAGTGGTGAAGTC;SOR=3.816;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=108935879;WS=108935861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	108944579	rs4956032	C	T	5068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=64;PP=2643;SC=ACCATTCTACCGAAGTTGCTT;SOR=0.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=94;TCR=64;TR=158;WE=108944587;WS=108944569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr4	108944821	rs4956033	C	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=21;PP=620;SC=AAAGAAGGAGCATTGTATACT;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=108944829;WS=108944811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	108944846	rs4956034	A	G	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=12;PP=401;SC=GCTTGTCCACATGCTGTAAAG;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=108944854;WS=108944836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	108969590	rs4245927	A	G	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=6;PP=667;SC=CGCAGATATGAGGGGAGAAAA;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=108969598;WS=108969580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	108985388	rs4613638	A	G	3534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=48;PP=2054;SC=AAAGCATCATAAGTTACAGTC;SOR=0.962;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=69;TCR=48;TR=117;WE=108985396;WS=108985378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr4	108991979	rs2276335	C	T	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=13;PP=427;SC=ATAGCAATAGCATATTTTATG;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=108991987;WS=108991969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	108999300	rs4956156	G	T	4601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=111;NR=57;PP=2965;SC=ACCTGATATGGGATTAAATTG;SOR=1.491;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=111;TCR=57;TR=168;WE=108999308;WS=108999290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr4	108999366	rs4956157	G	A	9586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=191;NR=153;PP=2965;SC=CACATGACTCGGCTACTTACC;SOR=0.893;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=344;TCF=191;TCR=153;TR=344;WE=108999374;WS=108999356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr4	109000536	rs6819640	T	C	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=211;SC=CAGAGGTGCATTGAGTTTCAC;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=109000544;WS=109000526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	109002986	rs7681524	T	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=9;PP=250;SC=TCCCCTTCCTTACCCTCCACC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=109002994;WS=109002976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	109010207	rs16996935	A	G	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.84;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	109576843	rs2851380	G	T	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=29;PP=911;SC=ATGATTTGGTGGTGGGAAAGA;SOR=1.163;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=57;WE=109576851;WS=109576833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	109588238	rs2851374	G	C	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	109664819	rs6533381	T	C	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=11;PP=909;SC=CAACAATAAGTGAACCTAATA;SOR=2.348;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=51;WE=109664827;WS=109664809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	109669412	rs79309044	G	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.933;NF=5;NR=9;PP=180;ReadPosRankSum=-1.996;SC=CATAAGTGAAGATATAATTTA;SOR=0.460;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=14;WE=109669420;WS=109669402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr4	109683422	rs72666462	T	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=2.041;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr4	109735133	rs2305436	T	C	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.03;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	109735146	rs2305435	T	G	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.79;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	109735209	rs11733727	T	C	110.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=32;SC=GCCAACTGACTGGCTATCAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=109735217;WS=109735199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	109748227	rs13104307	C	T	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=37;PP=1517;SC=AAGGGTTAACCGTGTCAGTGA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=88;WE=109748235;WS=109748217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	109759469	rs4956063	C	T	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=44;PP=1155;SC=TTGTCTTGCACGAAACATTAA;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=52;WE=109759477;WS=109759459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	109762918	rs11942576	C	A	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=47;PP=1345;SC=GAATTGATTCCCTGTTTCCCA;SOR=1.143;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=87;WE=109762926;WS=109762908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	109765897	rs60869815	TA	T	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.02;MQRankSum=1.711;QD=4.21;ReadPosRankSum=-1.992;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr4	109766177	rs10015534	G	C	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=350;SC=TATACTTTGTGTATCACTGTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=14;WE=109766185;WS=109766173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	109766290	rs11098004	T	G	3694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=51;PP=2169;SC=GTAAGTAACATGTCAGTGTGT;SOR=0.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=75;TCR=51;TR=126;WE=109766298;WS=109766280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr4	109766476	.	C	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.235;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=437;ReadPosRankSum=-0.584;SC=ACTGAATTTTCTCCCCAAACC;SOR=0.404;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=30;WE=109766484;WS=109766466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr4	109767453	rs5860952	C	CA	6471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=74;PP=2936;SC=AACAGAATTCCGATCAATTTC;SOR=1.236;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=11;TCR=75;TR=85;WE=109767461;WS=109767443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr4	109769844	rs13130308	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.307;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=211;ReadPosRankSum=-0.816;SC=GACATTTTGGCTTCAAACCTA;SOR=0.923;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=14;WE=109769852;WS=109769834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr4	109769899	rs13135591	C	T	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	109769942	rs112032233	T	C	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=26;PP=820;ReadPosRankSum=1.068;SC=CTGGGATTCCTGGAGATCCCT;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=137;TCF=84;TCR=53;TR=68;WE=109769950;WS=109769932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,75:0.50:149
chr4	109782249	rs13133634	C	T	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=283;SC=TGAAAAACAACAGCAACCACC;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=109782257;WS=109782239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	109790373	rs142515007	TAAATA	T	2942.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.68;MQRankSum=0.216;QD=40.87;ReadPosRankSum=-0.291;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,70:0.97:72
chr4	109810573	rs200588468	ATT	A	524.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;QD=24.99;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	109811003	rs12641411	T	C	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	109817962	rs10856995	C	T	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=44;PP=1225;SC=ATGAACACTACATATTAAAAT;SOR=2.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=59;WE=109817970;WS=109817952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	109820141	rs144167011	A	ATATATCTC	1492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5083;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=820;SC=ATCTATATCTATATATCTATA;SOR=3.014;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=17;WE=109820149;WS=109820123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	109820167	rs6853028	A	C	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=19;PP=877;SC=ATATATCTATATACCTACCTA;SOR=1.249;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=56;WE=109820175;WS=109820157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr4	109820446	rs6830868	T	C	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=534;SC=ATGCATGACATTTTCTATTTT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=109820454;WS=109820436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	109841889	rs5860955	G	GA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.771;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr4	109842038	rs2030844	T	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=44;ReadPosRankSum=-1.226;SC=ATTGTTTTTTTAAAAAATACC;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=7;WE=109842046;WS=109842028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr4	109859043	rs111796687	T	TA	461.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.813;NF=2;NR=10;PP=152;ReadPosRankSum=-0.585;SC=TGTAAGTATTTAAAAAAAAAC;SOR=0.423;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=12;WE=109859051;WS=109859033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr4	109859062	rs114504357	C	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.038;NF=6;NR=9;PP=191;ReadPosRankSum=0.065;SC=ACCCTTCAATCATTTTTTCTT;SOR=0.437;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=15;WE=109859070;WS=109859052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr4	109861764	rs140998459	G	T	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.663;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=875;ReadPosRankSum=0.703;SC=GGCCTGGAGGGCCAGGGGGTC;SOR=0.916;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=154;TCF=76;TCR=78;TR=69;WE=109861772;WS=109861754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,81:0.47:172
chr4	109895718	rs70949061	GA	G	606.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.986;NF=1;NR=19;PP=428;ReadPosRankSum=3.625;SC=GGAGGGCCCTGAAAAAAAGAA;SOR=0.829;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=20;WE=109895726;WS=109895708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr4	109931455	rs376144125	AC	A	433.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=269;ReadPosRankSum=-0.308;SC=TTGCAGAAAGACCTCCACACT;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=5;WE=109931465;WS=109931445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr4	109931457	rs4995475	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=283;ReadPosRankSum=-0.339;SC=GCAGAAAGACCTCCACACTGG;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=9;WE=109931465;WS=109931445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr4	109969183	rs3096481	T	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.176;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=158;ReadPosRankSum=0.288;SC=CCACCGCGACTGACCACTTTA;SOR=1.387;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=13;WE=109969191;WS=109969173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr4	109969337	rs3108954	G	T	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=-2.349;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,47:0.48:97
chr4	109969456	rs3096482	T	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=183;ReadPosRankSum=-0.671;SC=GAAGTTTTTTTAAATTCACTG;SOR=0.368;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=12;WE=109969464;WS=109969446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr4	109971378	rs1863291	T	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.759;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr4	109971414	rs1863292	T	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=-0.521;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr4	110370867	rs13123618	C	T	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=475;SC=TCATGGTGGTCCTGCCTTCAT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=110370875;WS=110370857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	110384047	rs70949082	G	GCTTTT	5248.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=20;PP=1553;SC=GTAAATACTTGCTTTTTCAGG;SOR=1.469;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=50;WE=110384058;WS=110384037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	110433282	rs35283007	G	GT	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=4.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=1.216;SOR=0.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr4	110580084	rs1543812	G	T	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=329;ReadPosRankSum=1.051;SC=GTATTAAAAAGAATCTTATGG;SOR=1.476;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=23;WE=110580092;WS=110580074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr4	110585578	rs11405576	C	CT	98.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQRankSum=1.050;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.748;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr4	110585645	rs767598	G	A	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=9;PP=240;SC=CAGTGACGTCGTCATAGCTCA;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=110585653;WS=110585635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	110602430	rs4698780	T	G	4239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.71;SOR=1.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr4	110603784	rs3733611	T	C	3799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=56;PP=2203;SC=ACATGAAATCTTTGGTTCACA;SOR=0.780;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=70;TCR=56;TR=126;WE=110603792;WS=110603774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr4	110605744	rs13846	A	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.57;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr4	110606394	rs3214165	C	CT	825.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.47;MQRankSum=0.669;QD=20.64;ReadPosRankSum=0.281;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr4	110608536	rs13151303	C	T	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=10;PP=1099;SC=ATATATATTTCAGCCATTTGC;SOR=2.564;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=110608544;WS=110608526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	110619534	rs2301717	T	G	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=24;PP=727;SC=AATTATTTTTTACTTATGGCA;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=110619542;WS=110619524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	110638810	rs2285714	C	T	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=772;ReadPosRankSum=0.237;SC=TGCCACAGGTCTCATAGCACC;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=69;TCR=49;TR=58;WE=110638818;WS=110638800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,62:0.48:130
chr4	110661937	rs551	G	A	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	110670807	rs7441380	G	C	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=22;PP=655;SC=ACCCATTAGCGTTTTTAACAC;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=110670815;WS=110670797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	110678819	rs5860990	CA	C	452.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=118;ReadPosRankSum=-1.126;SC=AAAATGTGGTCATATCATGCT;SOR=0.795;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=4;WE=110678827;WS=110678809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr4	110678925	rs11098044	T	C	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=5;PP=178;SC=TTACCTTGAGTCACAGATGCA;SOR=0.776;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=110678933;WS=110678915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	110678979	rs146158558	T	TTTTAA	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=152;SC=AAAGGATAATTTTTGGAAAAA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=110678987;WS=110678969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	110679002	rs7437142	G	T	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.98;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	110681505	rs2298749	C	T	3121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.261;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=80;PP=2148;ReadPosRankSum=1.295;SC=TGCAAACACCCGATTTGCAAT;SOR=0.612;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=337;TCF=159;TCR=178;TR=151;WE=110681513;WS=110681495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,155:0.43:358
chr4	110681618	rs4382037	C	T	4078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=71;PP=2792;SC=AGTAAAGTTGCTTTTCCTCTT;SOR=1.006;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=60;TCR=73;TR=131;WE=110681626;WS=110681608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr4	110682953	rs17610314	A	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=223;ReadPosRankSum=-1.041;SC=CTCATTCTCTATATAGGAGTT;SOR=1.179;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=13;WE=110682961;WS=110682943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr4	110737389	rs2276326	T	C	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=10;PP=641;SC=TCAACCGAGGTGGCAGCAGCA;SOR=1.347;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=110737397;WS=110737379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	110737549	rs6828254	G	A	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	110739025	rs138282830	C	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=1.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=1.660;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr4	110745425	rs3188897	G	A	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	110765361	rs7681770	T	G	3550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=73;PP=2223;ReadPosRankSum=1.758;SC=TGAAATAAGATAAAAGGACAC;SOR=0.531;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=49;TCR=74;TR=122;WE=110765380;WS=110765351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,129:0.99:130
chr4	110765372	rs7657133	A	G	2960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=61;PP=1893;SC=AAAAGGACACACTATCAAAAC;SOR=1.440;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=100;WE=110765380;WS=110765351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	110773067	rs4698797	G	A	6930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=121;PP=2965;SC=TTCCTGGAGAGCTGGACTCAT;SOR=0.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=121;TCR=122;TR=241;WE=110773075;WS=110773057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr4	110786290	rs7679048	C	T	4185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=91;NR=57;PP=2491;SC=TAGAACGTTACGGCTGTAAAA;SOR=1.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=91;TCR=57;TR=148;WE=110786298;WS=110786280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr4	110786517	rs7679303	A	G	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=21;PP=613;SC=ACTAATACGTACAATAATGAC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=110786525;WS=110786507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	110790911	rs764205	A	T	5475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=71;PP=2965;SC=TCTGGCTGGGATGTCAGAAGC;SOR=0.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=110;TCR=71;TR=181;WE=110790919;WS=110790901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr4	110914427	rs4698803	A	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=389;ReadPosRankSum=-0.411;SC=CAACTGGGGGAGCACAGCTGT;SOR=0.544;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=30;WE=110914435;WS=110914417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr4	110972770	.	G	A	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=34;PP=887;ReadPosRankSum=1.456;SC=ACATCACGGCGTGCACGCCAT;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=152;TCF=78;TCR=74;TR=71;WE=110972778;WS=110972760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,78:0.46:170
chr4	111398208	rs10004516	A	G	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=28;PP=804;SC=GAGAACGGACAAGTCAAGTAA;SOR=1.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=111398216;WS=111398198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	111409705	rs1126483	T	C	6069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=25.29;ReadPosRankSum=1.756;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,238:0.99:240
chr4	111437040	rs139525131	CAG	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,8:0.12:65
chr4	111437103	rs2348432	C	T	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=15;PP=491;SC=ACTGGTTCCACCATAAGAGTC;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=111437111;WS=111437093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	111437127	rs2348433	A	C	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=10;PP=360;SC=GCCTCACGATATCATCTAAAT;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=111437135;WS=111437117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	111454153	rs671841	A	G	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	111781650	rs10213399	C	T	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=5;PP=288;SC=TGTGGTCTGTCGTTGACTGGA;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=111781658;WS=111781640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	113066831	rs10002700	G	A	182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=4;PP=96;SC=GCAGGGACCGGGTGGGATCCC;SOR=1.085;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=10;WE=113066839;WS=113066821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	113175742	rs17044344	A	G	246.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=144;SC=TAGGACTGTTAAATATATCAA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=113175750;WS=113175732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	113178894	rs147158310	ATTTGT	A	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.68;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	113179077	rs4834247	C	T	237.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.64;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	113179080	rs4834248	A	T	237.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.64;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	113199056	.	T	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=133;ReadPosRankSum=1.861;SC=GGAGAACTGCTTTGGGAGGAG;SOR=0.465;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=10;WE=113199064;WS=113199046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr4	113199075	rs701759	A	G	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.02;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	113199691	rs6834298	C	T	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=575;SC=GGCAATTTATCTGGACTTTAA;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=113199699;WS=113199681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	113344685	rs1989924	C	T	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.919;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr4	113344826	rs1989925	A	G	4341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr4	113344925	rs1989926	C	T	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=561;ReadPosRankSum=-1.655;SC=AAAACTTCATCTTTCTTTTCA;SOR=0.853;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=45;WE=113344933;WS=113344915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,52:0.43:120
chr4	113346714	rs916868	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=177;ReadPosRankSum=0.751;SC=ACGAGATTGTTTCTCAAAATG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=9;WE=113346722;WS=113346704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr4	113347496	rs9994944	A	G	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=520;ReadPosRankSum=-0.071;SC=ATCTAAGCCTAAGTTTTCCTA;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=33;WE=113347504;WS=113347486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr4	113347609	rs35182774	C	CT	1678.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=1.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=-1.363;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,108:0.47:228
chr4	113349020	rs4834277	C	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=322;ReadPosRankSum=-0.875;SC=AGCACTGTAACAGACACTCAG;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=113349033;WS=113349010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr4	113349025	rs74727833	A	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=224;ReadPosRankSum=0.875;SC=TGTAACAGACACTCAGAGAGT;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=113349033;WS=113349010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr4	113350192	rs11944440	C	T	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=15;PP=760;ReadPosRankSum=-1.148;SC=GAACGGGTTGCGGTGAGGAGT;SOR=0.669;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=111;TCF=79;TCR=32;TR=55;WE=113350200;WS=113350182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,60:0.51:118
chr4	113350415	rs11944513	C	T	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.82;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,70:0.47:149
chr4	113351822	rs61747381	G	A	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.056;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=418;ReadPosRankSum=-0.171;SC=GGGAGACAGGGACGGTCCATG;SOR=1.148;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=29;WE=113351830;WS=113351812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,35:0.38:91
chr4	113352075	rs73841022	A	G	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.320;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=32;PP=819;ReadPosRankSum=-0.627;SC=AATCCTTGACACCTATTCACA;SOR=0.451;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=162;TCF=79;TCR=83;TR=72;WE=113352083;WS=113352065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,82:0.46:180
chr4	113352397	rs2074388	G	A	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=785;ReadPosRankSum=0.716;SC=TACAGCAATGGTGAGGGAGCT;SOR=0.682;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=111;TCF=60;TCR=51;TR=60;WE=113352405;WS=113352387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,68:0.54:127
chr4	113352628	rs13148353	A	G	3552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=54;PP=2027;SC=CATTCATTGCATTCACAGCTT;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=119;WE=113352636;WS=113352618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr4	113352832	rs35633116	C	T	1954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.584;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=30;PP=1252;ReadPosRankSum=-2.864;SC=AGAAATACTTCTGCTCACTCC;SOR=0.763;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=150;TCF=91;TCR=59;TR=81;WE=113352840;WS=113352822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,89:0.55:163
chr4	113352899	rs2074379	G	A	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=34;PP=917;ReadPosRankSum=0.304;SC=CCAAGAATATGGGCACACATC;SOR=0.684;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=161;TCF=84;TCR=77;TR=66;WE=113352907;WS=113352889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,71:0.41:173
chr4	113353285	rs11726117	T	C	6148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=1.325;SC=CTCGACAGCATGGATGTTCCC;SOR=0.300;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=124;TCR=91;TR=213;WE=113353293;WS=113353275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,236:1.00:237
chr4	113353842	rs6841595	A	C	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=28;PP=794;SC=AAGGTATAGAACCCTGGTATG;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=113353850;WS=113353832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	113356259	rs3815071	C	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.204;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr4	113359703	rs231247	A	G	5822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=82;PP=2965;SC=ATGTGGAGCGACAGATGACCG;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=109;TCR=82;TR=191;WE=113359711;WS=113359693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr4	113359883	rs231248	A	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.488;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=397;ReadPosRankSum=-0.441;SC=GGTTCCACATAATCAGGCTAG;SOR=0.434;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=25;WE=113359891;WS=113359873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr4	113362301	rs61574683	T	G	6124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.266;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=81;PP=1865;ReadPosRankSum=-1.292;SC=GTGACAGACCTTAGTGATGCT;SOR=0.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=313;TCF=155;TCR=158;TR=154;WE=113362309;WS=113362291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,172:0.49:348
chr4	113362316	rs1486868	A	G	5864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.306;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=77;PP=1915;ReadPosRankSum=-1.248;SC=GATGCTCTCAAATATCTGGTG;SOR=0.922;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=287;TCF=138;TCR=149;TR=139;WE=113362324;WS=113362306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,155:0.48:320
chr4	113436044	rs901474	T	G	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=19;PP=1175;SC=CGGCGCTGGCTCCTCCCGGGC;SOR=1.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=61;WE=113436052;WS=113436034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	113460927	rs2306775	C	A	3314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;SC=CTTCCCCCAGCAGAGCTGTTC;SOR=0.968;Source=Platypus;TCF=68;WE=113460935;WS=113460917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr4	113527072	rs62316615	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=189;ReadPosRankSum=0.320;SC=TCTGCCTGTGAAAACTCTGAT;SOR=1.432;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=13;WE=113527080;WS=113527062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr4	113533796	rs9993534	T	C	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	113565740	rs79121594	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=1.180;SC=ATTCTCTCAGACAGTTAAAGG;SOR=1.609;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=4;WE=113565748;WS=113565730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr4	113568328	rs75987826	G	T	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=710;ReadPosRankSum=0.215;SC=GAAGTAAGATGAACTAATAAT;SOR=0.677;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=106;TCF=64;TCR=42;TR=51;WE=113568336;WS=113568318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,54:0.49:111
chr4	113569539	rs199971565	CACTT	C	3746.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=37;PP=2246;ReadPosRankSum=1.439;SC=AACATGGAAGCACTTACTTTT;SOR=0.715;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=109;TCF=27;TCR=82;TR=50;WE=113569550;WS=113569529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,98:0.48:205
chr4	113578609	rs1129065	C	T	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=104;SC=CTTTGTTCCTCAACTTGTAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=113578617;WS=113578599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	114028149	rs17625836	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=-0.355;SC=TGCATACTTGGTGTCAAATGG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=114028157;WS=114028139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr4	114028168	rs13134980	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.18;ReadPosRankSum=-1.803;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr4	114067145	rs7689214	G	A	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.517;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr4	114067233	rs3112981	G	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=-0.272;SC=TCATTGGTCAGACCTCTAAAC;SOR=0.784;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=8;WE=114067241;WS=114067223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr4	114081490	rs436855	A	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=182;ReadPosRankSum=1.268;SC=TCAAAGTGCTAGGATTACAGG;SOR=0.503;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=14;WE=114081498;WS=114081480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr4	114171154	rs362495	A	G	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=157;SC=GAATAGGAATATGTATCAAAC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=114171162;WS=114171144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	114185878	rs11452087	C	CA	298.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.74;MQRankSum=0.835;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.880;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr4	114254454	.	ATG	A	48	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=48;QD=17.0;SC=GTGTGTGTATATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=3;WE=114254463;WS=114254444;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,3:0.15:20
chr4	114267023	rs9968405	G	A	5305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr4	114269552	rs2272235	G	A	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.324;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=674;ReadPosRankSum=-1.353;SC=GTTCTTAGACGGGGTAGGCGG;SOR=1.016;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=110;TCF=49;TCR=61;TR=52;WE=114269560;WS=114269542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,57:0.46:123
chr4	114275243	rs33966911	C	T	6238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.531;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:332,309:0.48:641
chr4	114276880	rs28377576	T	C	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.92;ReadPosRankSum=1.423;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,38:0.39:97
chr4	114276884	rs3733615	A	G	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.55;ReadPosRankSum=1.933;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,37:0.38:98
chr4	114279422	rs10013743	A	G	2674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.637;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=53;PP=1517;ReadPosRankSum=1.777;SC=CTACAAAAGAAGCTGTTAGTG;SOR=0.511;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=229;TCF=132;TCR=97;TR=112;WE=114279430;WS=114279412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,130:0.50:258
chr4	114284645	rs35728190	C	T	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=43;PP=1030;ReadPosRankSum=-0.028;SC=GAACTATATGCATATTGGGCT;SOR=0.804;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=170;TCF=85;TCR=85;TR=85;WE=114284653;WS=114284635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,93:0.50:185
chr4	114286357	rs34201791	ATG	A,ATGTGTGTG	1105.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.381;QD=21.68;ReadPosRankSum=1.314;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,33,15:0.65,0.29:51
chr4	114294308	rs2293324	T	C	2352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=46;PP=1133;ReadPosRankSum=-0.241;SC=TTGATGAGCATGGACACACCG;SOR=0.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=137;TCR=97;TR=111;WE=114294316;WS=114294298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,122:0.46:264
chr4	114299187	rs34564840	ATTGT	A	532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.634;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.097;NF=5;NR=4;PP=303;ReadPosRankSum=-0.258;SC=AAAGCAATAGATTGTTTGAAA;SOR=0.242;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=9;WE=114299198;WS=114299177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr4	114299347	rs17483231	A	C	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=4.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=-1.511;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,63:0.46:137
chr4	114309839	rs6533681	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-1.168;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr4	114310106	.	CTG	C,CTGTG	430.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=26.92;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,6:0.62,0.38:16
chr4	114375411	.	AT	A	42	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5725;HP=11;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=42;QD=12.75;SC=AATATTGTGGATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=114375419;WS=114375406;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,4:0.80:5
chr4	114426077	rs5861139	CA	C	476.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.980;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.89;ReadPosRankSum=0.956;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,32:0.86:37
chr4	114458402	rs734348	G	A	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=6;PP=362;SC=TTAGGATGAAGTTTTCCATTT;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=114458410;WS=114458392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	114582860	rs3775975	C	T	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=5;PP=303;SC=ATTAAAAATACGTTCTCACCA;SOR=1.358;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=21;WE=114582868;WS=114582850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	115544714	rs6851610	A	G	7883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=162;NR=123;PP=2965;SC=ACCTGCTGCCAGAGAAGTCCA;SOR=0.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=162;TCR=123;TR=285;WE=115544722;WS=115544704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr4	115577997	rs34115976	C	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=-1.041;SC=CTTCATTTCCCCATATCTACT;SOR=1.179;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=12;WE=115578005;WS=115577987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr4	115585407	rs77858164	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=2.061;SC=TTAGCAAGATGCCCTTGACTT;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=8;WE=115585415;WS=115585397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr4	115586696	rs4833463	A	G	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=55;SC=ATTTGCTGTTACCAAAGCATG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=115586704;WS=115586686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	115586972	.	CT	C	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=0.637;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr4	115589159	rs6831964	C	T	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	115589302	rs11098261	A	G	4195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr4	115748914	.	A	AT	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.9986;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=21;QD=10.2;SC=ATAAAGGTGGATTTATTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=115748926;WS=115748904;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr4	115748918	rs74651225	A	T	331.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=0;PP=158;SC=AGGTGGATTTATTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=115748926;WS=115748904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	115749005	rs6843860	C	T	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	115754674	rs112472038	A	G	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=405;ReadPosRankSum=1.400;SC=AATTCTAGCTAGTATTAATGA;SOR=0.515;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=25;WE=115754682;WS=115754664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr4	115769330	rs10022934	A	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=-2.311;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr4	118975146	rs13152576	C	T	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=26;PP=855;ReadPosRankSum=0.175;SC=TGAGCATTATCATTTCTGCTT;SOR=0.684;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=76;TCR=46;TR=68;WE=118975154;WS=118975136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,77:0.55:140
chr4	119035948	rs5861378	T	TC	6421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=52;PP=2795;SC=GGATAATATTTCCCCCCCTAA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=48;TCR=59;TR=95;WE=119035957;WS=119035938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr4	119064668	rs3749506	G	A	183.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=2;PP=229;SC=AAATTGATTGGAAAAAAAAAA;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=119064676;WS=119064658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	119147975	rs2271577	A	G	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.832;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=455;ReadPosRankSum=0.271;SC=CACAAGTTGGAAAAGCTGGCA;SOR=0.541;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=34;WE=119147983;WS=119147965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,34:0.37:93
chr4	119161619	rs641962	A	G	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=12;PP=586;SC=ACAAAGATTGATTTTTAATTA;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=119161627;WS=119161609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	119161795	rs617430	G	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=350;ReadPosRankSum=0.436;SC=GTTTGGTCCCGGGGTGGTATG;SOR=0.671;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=25;WE=119161803;WS=119161785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr4	119174640	rs5861382	CT	C	339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=7;PP=111;SC=TGTGTGTATTCTTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=119174648;WS=119174630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	119176703	rs7684275	A	G	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.211;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,42:0.49:86
chr4	119200274	rs658642	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.069;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr4	119217114	rs788665	C	G	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=35;PP=1043;SC=ATGTCAAAATCCCTTTTCTCT;SOR=1.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=119217122;WS=119217104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	119219909	rs28661939	C	A	2339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=43;PP=1256;ReadPosRankSum=1.185;SC=TTACCTGAGGCCTTCTTGCCA;SOR=0.661;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=214;TCF=126;TCR=88;TR=101;WE=119219917;WS=119219899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,116:0.47:245
chr4	119237348	rs2292597	T	C	3409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=1.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.66;ReadPosRankSum=-2.121;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,168:0.52:320
chr4	119237594	rs77544980	C	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=280;ReadPosRankSum=2.233;SC=AGGCCTTTTGCTAAACTTACA;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=16;WE=119237602;WS=119237584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr4	119256617	rs3215324	C	CT	1750.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.124;HP=14;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=604;ReadPosRankSum=-1.791;SC=GAACTTTTTTCTTTTTTTTAC;SOR=0.453;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=114;TCF=46;TCR=68;TR=37;WE=119256625;WS=119256607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,98:0.49:198
chr4	119273712	rs13119545	C	G	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=32;PP=859;ReadPosRankSum=-0.864;SC=CGGACGCGTCCTCGGGGGCCG;SOR=0.562;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=68;TCR=61;TR=67;WE=119273720;WS=119273702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,68:0.50:137
chr4	119409830	rs112805522	A	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.183;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.193;NF=2;NR=10;PP=194;ReadPosRankSum=-1.033;SC=TTACTAGACTACTAGTAGATA;SOR=0.105;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=12;WE=119409838;WS=119409820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr4	119414431	rs17595090	A	T	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQRankSum=-0.841;QD=11.57;ReadPosRankSum=-1.457;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,75:0.56:134
chr4	119414828	rs145087150	G	A	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=3.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.45;MQRankSum=-1.170;QD=12.34;ReadPosRankSum=-0.437;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,34:0.53:64
chr4	119428087	rs77576167	T	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.161;NF=6;NR=8;PP=193;ReadPosRankSum=0.421;SC=ACTGACTACATCTGGATTTCA;SOR=1.186;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=14;WE=119428095;WS=119428077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr4	119435862	rs202102941	A	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.53;MQRankSum=-1.645;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr4	119436576	rs371723815	CT	C	347.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=5.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQRankSum=-1.507;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.387;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr4	119475430	.	G	A	52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=55.21;NF=4;NR=2;PP=52;QD=14.4618687579;SC=CAATCCTTTCGAACTATTTAG;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=6;WE=119475438;WS=119475420;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,6:0.25:24
chr4	119608944	rs58763837	TTG	T	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-1.026;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr4	119609039	rs9968326	G	A	3778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr4	119609246	rs13130107	A	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=271;ReadPosRankSum=-0.684;SC=GCTGGAGTACAGTAGCATGAT;SOR=0.527;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=14;WE=119609254;WS=119609236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr4	119613045	rs6821350	T	G	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=397;ReadPosRankSum=0.718;SC=TTGATTGCATTTTATATCACC;SOR=0.235;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=21;WE=119613053;WS=119613035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
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chr4	119625000	rs3733517	A	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=137;ReadPosRankSum=0.057;SC=TGAAACCTCTAGAAAGTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=9;WE=119625008;WS=119624994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr4	119625273	rs298995	G	A	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=22;PP=563;SC=CCAAATAACTGTATACTGTTT;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=119625281;WS=119625263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	119653822	rs2046779	G	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=238;ReadPosRankSum=0.439;SC=TATAACATACGGGAAAGCACA;SOR=0.776;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=15;WE=119653830;WS=119653812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr4	119659284	rs7653962	T	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.029;NF=16;NR=3;PP=313;ReadPosRankSum=-1.043;SC=GCATTCTTAATCTTCTCAGCT;SOR=0.593;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=19;WE=119659292;WS=119659274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr4	119674051	rs71595318	G	GA	655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.205;NF=2;NR=25;PP=292;ReadPosRankSum=-0.941;SC=TCCCTGTAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=6;TCR=76;TR=27;WE=119674059;WS=119674041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,48:0.41:116
chr4	119689549	rs11412557	C	CT	91.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr4	119718988	rs11730993	C	T	2641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=66;PP=1577;ReadPosRankSum=0.040;SC=AAAGGATACACTTAAAACTTG;SOR=0.927;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=198;TCF=78;TCR=120;TR=104;WE=119718996;WS=119718978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,122:0.54:226
chr4	119726949	rs2303513	G	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=287;ReadPosRankSum=-0.878;SC=CTTTAAAAACGGTGAGAAATT;SOR=1.189;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=21;WE=119726957;WS=119726939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr4	119736598	rs6843524	C	T	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=10;PP=453;SC=GCACCCTGTCCGCCTTACCCT;SOR=1.071;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=119736606;WS=119736588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	119736796	rs2389688	A	C	2618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=3.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,129:0.56:229
chr4	119737860	rs3775840	G	A	2756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.50;ReadPosRankSum=-0.174;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,76:0.51:149
chr4	119737885	rs3775839	T	C	3068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.27;ReadPosRankSum=0.462;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,92:0.46:201
chr4	119944611	rs1459058	G	T	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,69:0.44:158
chr4	119947961	rs70944826	AAAG	A	5824.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=62;PP=2964;ReadPosRankSum=1.660;SC=GCTGAGAACCAAAGAAGTGGT;SOR=0.529;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=144;TCF=18;TCR=126;TR=74;WE=119947971;WS=119947951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,148:0.56:265
chr4	119947985	rs12645298	G	C	2657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=57;PP=1612;ReadPosRankSum=1.592;SC=GACTGTGCAGGCAGCTTGAAA;SOR=0.570;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=206;TCF=100;TCR=106;TR=115;WE=119947993;WS=119947975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,123:0.55:223
chr4	119950975	rs111780874	A	AT	557.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=5.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.598;SOR=0.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr4	119951647	rs7698598	A	G	12234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=254;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.633;SC=CTTCAGTGGGACATCTGAGAC;SOR=0.517;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=403;TCF=255;TCR=148;TR=402;WE=119951655;WS=119951637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,432:1.00:433
chr4	119979128	rs61064985	TA	T	2178.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=60;PP=1501;SC=TGTAGTTTTTTAAAAAAAACG;SOR=1.760;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=3;TCR=68;TR=63;WE=119979136;WS=119979118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	120071926	rs6853794	T	C	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=474;SC=TACTTATGATTATGCAATTAG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=120071934;WS=120071916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	120085448	rs7687613	A	G	5796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr4	120133712	rs6851130	G	A	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=11;NR=33;PP=952;SC=AGCCCGCTCCGAGGGGCGGGC;SOR=2.409;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=44;WE=120133720;WS=120133702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	120194619	.	C	T	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.990;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.812;NF=19;NR=9;PP=313;ReadPosRankSum=0.573;SC=CAGTCTTTATCTTCTGTAAAA;SOR=0.586;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=28;WE=120194627;WS=120194609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,37:0.45:82
chr4	120194718	rs35610634	G	GT	3573.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.233;NF=15;NR=53;PP=1030;ReadPosRankSum=-2.131;SC=AACAAATGTTGTTTTTTTTTA;SOR=0.864;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=80;TCF=17;TCR=63;TR=68;WE=120194726;WS=120194708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,166:0.97:172
chr4	120212207	rs35703931	T	TG	1313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=12;PP=1307;SC=AGAGATTACCTTTTATAGAAA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=120212215;WS=120212197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	120212425	rs34076547	AT	A	462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=19;PP=489;SC=AGGTAACCATATTTTTTTTCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=19;WE=120212433;WS=120212415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	120220085	rs111948904	A	AAAAC	1618.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=18;PP=691;SC=TCAGGTCATAAAAACACACAC;SOR=1.151;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=22;WE=120220097;WS=120220075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	120225348	rs1397611	T	C	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=356;SC=TCATAAAATTTCCTTCACTAC;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=120225356;WS=120225338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	120240802	.	C	CATA	570.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=5.051;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.64;ReadPosRankSum=1.423;SOR=1.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr4	120241902	rs1799883	T	C	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	120275268	rs62320725	A	G	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=359;SC=GTTTTAGGTGAGATGAGTGAG;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=120275276;WS=120275258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	120275344	rs62320726	C	T	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=18;PP=780;SC=TAATTGATTACGTTTACACTG;SOR=0.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=41;WE=120275352;WS=120275334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	120275499	rs3817230	A	C	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=21;PP=591;SC=ATTCATTGTGAAAATTGTATT;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=120275507;WS=120275489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	120446868	rs3832310	GA	G	990.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.486;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.01;ReadPosRankSum=-2.006;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,58:0.88:66
chr4	120463856	rs2622497	A	C	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=44;PP=1366;SC=GACTTTAACAAACACACCCAA;SOR=1.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=66;WE=120463864;WS=120463846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	120548222	rs2953295	G	A	5760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=107;NR=92;PP=2965;SC=TGGTGCCACCGGGGCGCCACC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=107;TCR=92;TR=199;WE=120548230;WS=120548212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr4	120550059	rs11342908	GC	G	2693.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=34;PP=926;SC=CAGCTGCTGCGCCCCCCCCAC;SOR=0.715;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=53;WE=120550075;WS=120550049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	120550125	rs10639733	A	AGGC	4513.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=36;PP=1888;ReadPosRankSum=0.286;SC=GGTTCCCAGGAGGCGGCGGCG;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=47;WE=120550133;WS=120550115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,108:0.95:114
chr4	120550144	rs2953291	A	G	5668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=42;PP=1515;SC=CGGCGGCGGCAGCGGCAGCGC;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=94;WE=120550152;WS=120550134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	120982045	rs61752609	T	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.518;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr4	120982135	rs61752610	G	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=315;ReadPosRankSum=1.172;SC=TGGGTGCACTGTCAAAAAAAA;SOR=0.667;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=26;WE=120982143;WS=120982125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr4	120983259	rs2908989	T	C	10381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr4	121631375	rs71597093	G	GAT	622.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.24;MQRankSum=0.940;QD=23.95;ReadPosRankSum=-0.719;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr4	121698199	rs3804163	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=328;ReadPosRankSum=1.924;SC=AAAAAACTGGGTTGTACAATG;SOR=1.609;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=18;WE=121698207;WS=121698189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr4	121702270	rs3761721	T	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=361;ReadPosRankSum=-2.232;SC=ACGTAATCTGTTCAAACTAAC;SOR=0.680;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=26;WE=121702278;WS=121702260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr4	121702634	rs56402218	T	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=0.177;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr4	121706201	rs12499000	A	G	1969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.455;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=24;PP=910;ReadPosRankSum=-1.913;SC=GTCCGGAACAAAGCTTTACAT;SOR=1.061;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=143;TCF=87;TCR=56;TR=73;WE=121706209;WS=121706191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,93:0.54:173
chr4	121719584	rs66792327	T	TA	482.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.136;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=417;ReadPosRankSum=1.050;SC=GTTTTTCTATTAAAAAAATGA;SOR=0.223;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=3;TCR=49;TR=19;WE=121719592;WS=121719574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr4	121720941	rs4833676	C	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.786;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr4	121720960	rs4833677	C	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.287;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=143;ReadPosRankSum=1.601;SC=TTACACAGCTCTCAAGCAAAA;SOR=1.133;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=15;WE=121720968;WS=121720950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr4	121737767	rs2136998	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.002;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=393;ReadPosRankSum=-0.603;SC=GGAAGAAATGGTGAAGACATA;SOR=0.272;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=23;WE=121737775;WS=121737757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr4	121738049	rs343192	T	C	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=2.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=1.631;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,118:0.44:266
chr4	121738182	rs237212	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.716;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=160;ReadPosRankSum=1.177;SC=GTTCGTGATCCCTTTTTTCAT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=10;WE=121738190;WS=121738172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr4	121828519	rs1901135	C	T	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=13;PP=1184;SC=TAAAACATTTCAATACTTAAA;SOR=1.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=59;WE=121828527;WS=121828509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	121957559	rs34766411	G	A	4466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=93;PP=2812;ReadPosRankSum=0.609;SC=GCTTTCTGCAGGTTTTGACTG;SOR=0.590;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=366;TCF=185;TCR=181;TR=193;WE=121957567;WS=121957549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,210:0.54:392
chr4	121957734	rs1397645	T	C	8230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=140;NR=152;PP=2965;SC=CCACGGTGGCTGAGGAACAGG;SOR=0.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=293;TCF=141;TCR=152;TR=292;WE=121957742;WS=121957724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr4	121958091	rs3733558	T	G	3459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.171;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=63;PP=2352;ReadPosRankSum=0.612;SC=TCCCATCTTTTAGCTCGACTG;SOR=0.886;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=267;TCF=150;TCR=117;TR=145;WE=121958099;WS=121958081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,155:0.53:292
chr4	121958187	rs3822230	A	G	3615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.323;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=76;PP=1943;ReadPosRankSum=-0.081;SC=CCACAAATACATCAAAGTAGT;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=308;TCF=164;TCR=144;TR=161;WE=121958195;WS=121958177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,180:0.53:337
chr4	121958691	rs3733559	T	C	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.832;HP=4;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=35;PP=2451;ReadPosRankSum=-0.587;SC=CCAACTGATATAAACCGGATG;SOR=0.588;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=165;TCF=83;TCR=82;TR=77;WE=121958705;WS=121958681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,85:0.47:182
chr4	121958697	rs3733560	G	A	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.870;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=45;PP=2823;ReadPosRankSum=0.025;SC=GATATAAACCGGATGGGGAAC;SOR=0.828;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=160;TCF=81;TCR=79;TR=85;WE=121958705;WS=121958681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,95:0.54:176
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chr4	121961279	rs3775915	A	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=-2.025;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
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chr4	121966807	rs2276959	C	T	2715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	122078284	.	G	GCTGCCTGTCGTCCTCTCT	3485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=6.451;NF=6;NR=17;PP=2964;ReadPosRankSum=2.876;SC=GTCAGGTCGCGCTGCCTGTCG;SOR=0.635;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=20;TCR=62;TR=23;WE=122078292;WS=122078274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,79:0.46:171
chr4	122137662	rs7663440	T	G	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.26;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	122148787	rs2044970	A	G	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=467;SC=AAGATTCACAACCTATGTGAA;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=122148795;WS=122148777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	122251500	rs56169343	C	T	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=5;PP=706;ReadPosRankSum=0.792;SC=AAGTGAACAGCGACACATTTC;SOR=0.978;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=85;TCF=72;TCR=13;TR=44;WE=122251508;WS=122251490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,49:0.53:93
chr4	122255895	rs56351803	A	G	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=453;SC=TCACTTGAAAATTGATAAATA;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=122255903;WS=122255885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	122257942	rs4558890	A	C	7097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.09;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr4	122257950	rs2302309	A	G	7776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.37;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr4	122261495	rs2276956	C	A	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=11;PP=687;SC=AAATTATATTCCAATGCCTAC;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=122261503;WS=122261485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	122261785	rs2276955	C	T	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=44;NR=53;PP=1596;SC=GGAAATAGGACAAATCATACA;SOR=1.211;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=44;TCR=54;TR=97;WE=122261793;WS=122261775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	122590883	rs71599153	T	TA	1290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.944;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.587;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,90:0.68:133
chr4	122590913	rs41278075	G	A	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=25.74;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr4	122599249	rs3756281	G	A	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=20;PP=464;SC=ACTATTTCACGTTATCATCAC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=122599257;WS=122599239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	122599755	rs3733649	T	C	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=29;PP=836;SC=ATAATTATATTTGGTTAACAT;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=122599763;WS=122599745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	122681373	rs4342205	T	C	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=601;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AGATCCACCATCATCTTCTTC;SOR=0.909;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=40;WE=122681381;WS=122681363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
chr4	122683007	rs4370153	G	A	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.224;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=47;PP=971;ReadPosRankSum=-0.303;SC=TAGTGCAACAGCCAAGATTGT;SOR=1.032;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=127;TCF=48;TCR=79;TR=69;WE=122683015;WS=122682997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,71:0.52:137
chr4	122723106	rs67772833	G	A	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=828;ReadPosRankSum=0.755;SC=ATACACATTCGGAAGGGAGAA;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=54;WE=122723114;WS=122723096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,57:0.53:108
chr4	122735225	rs141260260	C	CTTA	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.524;NF=0;NR=6;PP=227;ReadPosRankSum=-0.616;SC=TTATGGCACACTTACTATATA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=122735233;WS=122735215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr4	122737278	rs3217780	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.92;ReadPosRankSum=0.419;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr4	122739121	rs3217773	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.495;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=211;ReadPosRankSum=0.781;SC=TGGCAGATTCATGAATAAGGT;SOR=3.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=14;WE=122739129;WS=122739111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr4	122740162	rs2071486	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.203;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=198;ReadPosRankSum=0.769;SC=CCTTTGATAACGGCTCTGTAG;SOR=2.461;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=11;WE=122740170;WS=122740152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr4	122740454	rs1396080	T	G	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.892;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=0.364;SC=CTAGGTTCCTTTACAAAGGAA;SOR=3.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=122740462;WS=122740444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr4	122742217	rs769242	T	C	2873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.10;ReadPosRankSum=-0.055;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,144:0.56:259
chr4	122749436	rs2706793	G	T	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.255;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=774;ReadPosRankSum=-1.724;SC=TATTTAAAATGAAAAACAGAA;SOR=0.490;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=110;TCF=62;TCR=48;TR=52;WE=122749444;WS=122749426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,60:0.47:128
chr4	122749541	rs1507994	C	T	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=3.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.468;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,139:0.44:317
chr4	122782879	rs56159666	G	A	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.801;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=575;ReadPosRankSum=-1.037;SC=TTACTTTATTGTGAGCATTTT;SOR=0.473;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=41;WE=122782887;WS=122782869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,44:0.49:90
chr4	122854116	rs13121031	G	C	3075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=2.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=-1.919;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,154:0.49:313
chr4	123108762	rs7670081	G	A	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=11;PP=336;SC=AAATTAAATAGTTTTGTGGAG;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=123108770;WS=123108752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	123113352	rs72687029	A	G	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.76;ReadPosRankSum=0.689;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
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chr4	123117955	rs62323937	T	C	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=230;ReadPosRankSum=-1.731;SC=GGGTAATTATTATAATAATAT;SOR=0.595;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=21;WE=123117963;WS=123117945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr4	123128901	rs75034409	T	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-2.093;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr4	123140739	rs6534345	G	C	4583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=90;PP=2943;SC=GTTTACACATGAAAGTAGTCT;SOR=1.106;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=68;TCR=90;TR=157;WE=123140747;WS=123140729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr4	123145890	rs200008166	CT	C	2555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=36;PP=1480;ReadPosRankSum=-1.734;SC=CTCTACCCACCTTCTCAAGAA;SOR=0.694;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=93;TCF=12;TCR=81;TR=43;WE=123145898;WS=123145880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,84:0.47:177
chr4	123180030	rs45495097	C	T	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=319;ReadPosRankSum=0.528;SC=TTAGAGTTATCCAGACTTACA;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=21;WE=123180038;WS=123180020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr4	123184827	rs45515895	G	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=341;ReadPosRankSum=-2.143;SC=TTTTTCAGGGGATGGGTTAAA;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=20;WE=123184835;WS=123184817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr4	123185663	rs77574900	C	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=285;ReadPosRankSum=-0.615;SC=ATAGTACGCACCTTGGAATTC;SOR=1.609;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=18;WE=123185671;WS=123185653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr4	123185682	rs7664976	C	A	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=28;PP=703;SC=TCTAGTGAGGCTATACCTTAC;SOR=3.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=123185690;WS=123185672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	123187869	rs7683061	C	T	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=558;ReadPosRankSum=-0.296;SC=GCTGCATTTTCCTACATGTAA;SOR=0.800;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=35;WE=123187877;WS=123187859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr4	123193246	rs45558836	A	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=408;ReadPosRankSum=-0.228;SC=AGGTAAGACAATGTTTGGAAT;SOR=0.339;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=25;WE=123193254;WS=123193236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr4	123195682	rs62323956	A	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=-0.785;SC=TGAGGTTTGTATATACAATAT;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=7;WE=123195690;WS=123195672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr4	123276961	rs62321696	G	A	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=449;ReadPosRankSum=-1.472;SC=AGCTAAATCTGCTTCGTAATG;SOR=0.764;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=90;TCF=62;TCR=28;TR=38;WE=123276969;WS=123276951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,47:0.45:105
chr4	123277021	rs142747603	G	A	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=46;PP=1250;ReadPosRankSum=-0.035;SC=ATTCTAGTTTGTTGAGTGGAT;SOR=0.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=150;TCR=104;TR=112;WE=123277029;WS=123277011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,127:0.45:284
chr4	123280703	rs62321698	T	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=113;ReadPosRankSum=-1.541;SC=ATCTAAATTTTCCTTATAGCC;SOR=0.954;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=10;WE=123280711;WS=123280693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr4	123280860	rs1127348	T	C	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=451;ReadPosRankSum=1.275;SC=ATACATGGCATCTAGAACCTA;SOR=0.876;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=34;WE=123280868;WS=123280850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr4	123283163	rs33976078	AAT	A	594.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.925;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.941;NF=11;NR=4;PP=562;ReadPosRankSum=-0.458;SC=ACTCCTTAATAATAACTGTAA;SOR=1.432;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=15;WE=123283172;WS=123283153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr4	123304892	rs62321702	T	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=168;ReadPosRankSum=0.110;SC=CCTATGTACATACATTGTTTG;SOR=0.869;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=11;WE=123304900;WS=123304882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr4	123336572	.	G	T	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.578;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=439;ReadPosRankSum=1.534;SC=CTTAGAAATCGCTATAAAGCA;SOR=1.004;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=97;TCF=61;TCR=36;TR=37;WE=123336580;WS=123336562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,40:0.35:114
chr4	123342324	rs1383044	A	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.801;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=190;ReadPosRankSum=0.490;SC=ATCAAGAAATATTTTGTAGAT;SOR=2.336;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=12;WE=123342332;WS=123342314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr4	123342616	rs1383043	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=6.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=-1.564;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr4	123374819	rs368686382	CT	C	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr4	123377482	rs2069763	C	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=250;ReadPosRankSum=2.196;SC=GTAAATCCAGCAGTAAATGCT;SOR=0.997;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=18;WE=123377490;WS=123377472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr4	123533820	rs17886348	C	T	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.498;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=1244;ReadPosRankSum=0.517;SC=ACTTTCACTACTATATTAGAG;SOR=1.193;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=30;WE=123533842;WS=123533810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr4	123533834	rs17879298	G	A	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=1244;ReadPosRankSum=0.089;SC=ATTAGAGTATGTAACATAGTG;SOR=0.946;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=38;WE=123533842;WS=123533810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr4	123536963	rs4833837	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.084;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=254;ReadPosRankSum=-1.944;SC=CCTTCTGAAAGCAGGAAAAAG;SOR=0.438;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=24;WE=123536971;WS=123536953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,26:0.37:70
chr4	123664204	rs309370	G	A	2687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=53;PP=1580;ReadPosRankSum=0.389;SC=GATAGCATGCGGCTTCAAGAA;SOR=0.477;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=237;TCF=138;TCR=99;TR=119;WE=123664212;WS=123664194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,132:0.49:269
chr4	123664445	rs2292493	C	T	2275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.423;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=40;PP=1340;ReadPosRankSum=0.278;SC=ATTGTGTGGGCGACGGGGTCT;SOR=0.829;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=198;TCF=108;TCR=90;TR=99;WE=123664453;WS=123664435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,111:0.49:225
chr4	123814308	rs1048201	C	T	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=44;PP=981;ReadPosRankSum=1.178;SC=GTGCTGTTGCCGAATACTCAG;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=98;TCR=108;TR=84;WE=123814316;WS=123814298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,91:0.40:225
chr4	123833918	rs55691042	T	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.537;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=237;ReadPosRankSum=2.501;SC=GTATTCCTTATCTAAAATGTT;SOR=0.420;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=18;WE=123833926;WS=123833908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr4	123838758	rs12648093	A	G	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=46;NR=42;PP=1284;SC=TGGTGAAAGCAGAAGCCCAGG;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=88;WE=123838766;WS=123838748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	123843716	rs13134412	T	C	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=91;PP=2139;SC=CCCAGCTCAGTGGCTGCCGCA;SOR=2.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=34;TCR=91;TR=125;WE=123843724;WS=123843706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr4	123854495	rs1563706	T	C	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=132;SC=ATTCTTTTGATTAAGTCTATA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=123854503;WS=123854485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	123868279	rs11098682	G	T	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=127;SC=GGACTTAGTAGCCTGGACAGT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=123868287;WS=123868272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	123900457	rs62324113	G	T	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=592;ReadPosRankSum=-0.373;SC=CTGGACTGGTGAAGATTACTC;SOR=0.625;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=113;TCF=69;TCR=44;TR=51;WE=123900465;WS=123900447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,61:0.45:137
chr4	123949267	rs7665828	T	C	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=322;ReadPosRankSum=-1.301;SC=CTGTTAATGATATGTTTTTTA;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=22;WE=123949285;WS=123949257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr4	123949556	rs1472949	G	A	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=45;PP=1215;SC=TAAAGGTAGGGTGTTAAATTT;SOR=1.305;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=76;WE=123949564;WS=123949546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	123977748	rs62322468	T	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=179;ReadPosRankSum=-0.162;SC=TATTTTATTATTTAAAAATGC;SOR=0.618;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=14;WE=123977756;WS=123977738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr4	124323738	rs300574	T	C	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=441;ReadPosRankSum=0.408;SC=TCCTGAACTTTTAGCTTTCAA;SOR=0.940;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=30;WE=124323746;WS=124323728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr4	125631199	rs6820002	T	C	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.051;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,54:0.43:125
chr4	126238924	rs6847454	A	T	4817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=112;PP=2948;ReadPosRankSum=-1.871;SC=GCAGCAGTCCAGGCGCGCTCT;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=400;TCF=190;TCR=210;TR=212;WE=126238932;WS=126238914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,226:0.54:420
chr4	126239986	rs1039808	C	T	3198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.809;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=68;PP=2037;ReadPosRankSum=-1.111;SC=GAGAACGTGGCGCTGGGATAT;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=306;TCF=167;TCR=139;TR=146;WE=126239994;WS=126239976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,155:0.47:330
chr4	126240510	rs2940779	T	C	8530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=143;PP=2965;SC=TAGTGTCATCTTAACAGTTTA;SOR=0.809;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=280;TCF=137;TCR=143;TR=280;WE=126240518;WS=126240500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr4	126241335	rs36052762	C	G	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=39;PP=1318;ReadPosRankSum=0.553;SC=TGAAGAAAGACAGTTTGCTAT;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=124;TCR=88;TR=95;WE=126241343;WS=126241325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,105:0.45:234
chr4	126241871	rs2710555	C	T	10100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr4	126315034	rs925243	T	C	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=62;NR=34;PP=1692;SC=ACCAGAGTTTTACTGCTCAGG;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=96;WE=126315042;WS=126315024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	126315282	rs925242	A	G	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=14;PP=373;SC=TGCAGAAAACATGGAAGTGCC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=126315290;WS=126315272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	126329789	rs958415	T	C	2983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=57;PP=1799;SC=GAGCAGAAGATGGTGGGGGAC;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=50;TCR=57;TR=107;WE=126329797;WS=126329779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	126335978	rs4605670	G	C	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.82;SOR=1.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	126336990	rs10010000	G	T	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=50;PP=1485;SC=AGCAAGTATTGTCTTAATTAT;SOR=2.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=62;WE=126336998;WS=126336980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	126337555	rs7675556	A	G	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=9;PP=707;SC=TTATTTCATGAGATGCATTGT;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=126337563;WS=126337545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	126355609	rs7656135	T	G	2924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.857;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=72;PP=2135;ReadPosRankSum=0.513;SC=GTAAAGTTTGTCTGTTTTCTC;SOR=2.151;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=28;TCR=72;TR=99;WE=126355617;WS=126355599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr4	126369872	rs988863	G	C	12496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=225;NR=208;PP=2965;SC=TCCCTAAAGTGAGAGCCAAAG;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=434;TCF=225;TCR=209;TR=433;WE=126369880;WS=126369862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr4	126373789	rs12650153	G	A	3981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=46;PP=2380;SC=CCTTGCCACAGTGGTGGAACC;SOR=1.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=84;TCR=46;TR=130;WE=126373797;WS=126373779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr4	126384905	rs10010645	A	C	285.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=237;SC=ATGAGTATGAAAGACCAAAAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=126384913;WS=126384895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	126389627	rs6814158	A	G	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=31;PP=1588;SC=TAAAATTTTCATGAAATTTTA;SOR=1.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=67;TCR=31;TR=98;WE=126389635;WS=126389617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	126411002	rs34440486	CTTT	C	386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.17;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr4	126411594	rs62312781	G	A	4494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=79;NR=67;PP=2650;SC=ATCCCAAAGAGGAGAAGAAAC;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=79;TCR=67;TR=146;WE=126411602;WS=126411584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr4	128544514	rs12650360	C	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=431;ReadPosRankSum=1.002;SC=GGGCTGGGACCTGGGTGACCT;SOR=0.502;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=31;WE=128544522;WS=128544504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr4	128544696	rs4834207	A	G	4017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=83;PP=2858;SC=CTTGCCCCGGAAATGTTGGCG;SOR=1.414;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=65;TCR=83;TR=148;WE=128544704;WS=128544686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr4	128554404	rs2255457	G	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=497;ReadPosRankSum=-0.685;SC=TGGGCTGGGGGAACTGCAAGG;SOR=0.784;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=32;WE=128554412;WS=128554394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr4	128565000	rs3749507	A	G	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=43;PP=1144;ReadPosRankSum=1.591;SC=TCCAACAGCGATACAAAGATG;SOR=0.581;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=197;TCF=110;TCR=87;TR=92;WE=128565008;WS=128564990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,89:0.43:208
chr4	128584580	rs4833380	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.19;ReadPosRankSum=-1.558;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr4	128621272	rs12331481	A	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=1.228;QD=7.21;ReadPosRankSum=-2.118;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr4	128627050	rs7683627	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=205;ReadPosRankSum=0.836;SC=AGGGATGCAGCGGTAGGTAGG;SOR=0.818;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=12;WE=128627058;WS=128627040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr4	128632023	rs2305956	A	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.700;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=452;ReadPosRankSum=1.384;SC=TTTAAAATTTACTAAAATTTC;SOR=1.269;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=77;TCF=56;TCR=21;TR=28;WE=128632031;WS=128632013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,32:0.39:82
chr4	128635022	rs34240473	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=156;ReadPosRankSum=1.886;SC=ATTCAGATTACTCTGTGAAAA;SOR=0.387;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=11;WE=128635030;WS=128635012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr4	128665981	rs769293	T	C	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=-0.684;SC=TTTACTTTTTTCTTCCAATAT;SOR=0.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=8;WE=128665989;WS=128665971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr4	128689936	rs2305958	A	G	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.756;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=364;ReadPosRankSum=0.331;SC=AGAAAACTCCATTTCTTGTCT;SOR=0.549;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=29;WE=128689944;WS=128689926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,43:0.43:101
chr4	128723042	rs1380154	T	C	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=434;ReadPosRankSum=-0.827;SC=TATCAGGTCTTGGTTTGTGCT;SOR=0.806;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=40;WE=128723050;WS=128723032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,42:0.48:88
chr4	128807219	rs3811740	T	A	2606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.069;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=50;PP=1557;ReadPosRankSum=-0.853;SC=TGAAATGCCATCTTTTTTGTC;SOR=0.481;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=222;TCF=109;TCR=113;TR=111;WE=128807228;WS=128807209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,121:0.50:241
chr4	128814406	rs200302114	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=137;ReadPosRankSum=-0.803;SC=TTTAAAAAGGATAAGAGAACA;SOR=1.270;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=8;WE=128814414;WS=128814396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr4	128814964	rs17012739	G	T	2506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.683;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,131:0.43:304
chr4	128932965	rs143560884	TG	T	771.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=16.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.79;ReadPosRankSum=0.039;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,33:0.85:39
chr4	128995989	rs6534661	A	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=92;ReadPosRankSum=-0.644;SC=CTGAATATAAATGATTATTTA;SOR=0.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=11;WE=128995997;WS=128995979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr4	129012181	rs2306054	G	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=172;ReadPosRankSum=-0.868;SC=GAGAAAAAAGGGATGATCAAG;SOR=1.204;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=14;WE=129012189;WS=129012171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr4	129012267	rs143377506	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.991;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=147;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGCCGAGGACGGGGAAGAGGA;SOR=1.048;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=13;WE=129012275;WS=129012257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr4	129012638	rs1064205	A	G	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.093;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr4	129029009	rs34678812	G	GA	1438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=805;ReadPosRankSum=-1.489;SC=TCCCTCTTGGGAAAAAATGTG;SOR=0.794;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=30;WE=129029017;WS=129028999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,71:0.56:127
chr4	129043204	rs12508837	C	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.72;ReadPosRankSum=1.327;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr4	129043286	rs3733320	C	T	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=679;ReadPosRankSum=-1.227;SC=ATGGCTTATACTATTATGAAC;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=58;TCR=47;TR=52;WE=129043294;WS=129043276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,55:0.47:118
chr4	129043601	rs3832282	T	TG	2676.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=10.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.77;ReadPosRankSum=1.265;SOR=0.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,67:0.67:100
chr4	129043614	rs3733321	G	T	3225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=13.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.44;ReadPosRankSum=3.369;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,80:0.61:132
chr4	129043617	rs3733322	T	G	3190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=12.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.29;ReadPosRankSum=3.076;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,83:0.61:137
chr4	129043809	rs12509092	G	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.875;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=465;ReadPosRankSum=2.189;SC=AGTCTATGGTGCATGATCTAA;SOR=1.317;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=79;TCF=23;TCR=56;TR=31;WE=129043817;WS=129043799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,34:0.40:85
chr4	129100643	rs12645577	G	A	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=1.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,106:0.49:216
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chr4	129770068	rs11098988	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=1.577;SOR=1.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr4	129805716	rs167618	G	A	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=20;PP=555;SC=ATAAACAATCGGTAAGTAGTT;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=129805724;WS=129805706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	129809801	rs17348757	T	C	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=191;ReadPosRankSum=-0.572;SC=CTTTGAACTGTTTATTATCTA;SOR=0.723;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=20;WE=129809809;WS=129809791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr4	129867280	rs10028124	T	A	4840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr4	129873433	rs10857134	A	G	4397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=40;PP=2875;SC=TTATTCTCCTATAAGCAAGGT;SOR=1.787;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=99;TCR=40;TR=138;WE=129873441;WS=129873423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr4	129878342	rs35006492	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.329;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=77;ReadPosRankSum=-2.378;SC=AATAACAGGTGAAAACCTATC;SOR=1.187;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=10;WE=129878350;WS=129878332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr4	129913345	rs13151322	G	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.69;ReadPosRankSum=-1.573;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr4	129920969	rs13118479	A	T	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.371;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=503;ReadPosRankSum=-1.000;SC=AAGTTTGATAACTCATTAAAT;SOR=0.477;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=114;TCF=49;TCR=65;TR=47;WE=129920977;WS=129920959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,53:0.43:122
chr4	129961179	rs3113489	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.87;ReadPosRankSum=0.785;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr4	130023759	rs1757935	A	T	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=23;PP=882;ReadPosRankSum=-0.553;SC=TCTTTTAGAGACTTCAGATGG;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=93;TCR=48;TR=67;WE=130023767;WS=130023749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,71:0.48:148
chr4	130030644	rs2271570	C	T	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=3.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,53:0.34:155
chr4	130030652	rs337277	A	G	1844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=3.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.22;ReadPosRankSum=0.228;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,52:0.34:151
chr4	130032843	rs17351999	A	G	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.570;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,108:0.55:196
chr4	133357204	rs17494286	A	C	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.563;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=385;ReadPosRankSum=2.891;SC=CTGCAACTTAAGTGATCCTCA;SOR=1.184;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=28;WE=133357212;WS=133357194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr4	133367588	rs1827132	T	C	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	133367655	rs1827133	G	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr4	133368361	rs70948202	T	TC	920.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=552;SC=TGGGTAAGGCTTGAGACTTGC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=14;WE=133368369;WS=133368351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	134074058	rs3749589	A	G	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=27;PP=769;SC=TTGTGGGAGCAGAGATGGGCG;SOR=2.191;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=134074066;WS=134074048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	134076285	rs2271172	C	G	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=432;SC=AGGTCTAATGCTGGTAACTCT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=134076293;WS=134076275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	134085208	rs4461537	C	T	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=33;PP=1079;SC=ATTGTAGTGACAACAATAGGT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=72;WE=134085216;WS=134085198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	138449510	rs58884168	T	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=305;ReadPosRankSum=1.736;SC=CTATAAAACATATTATAAATA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=15;WE=138449518;WS=138449509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr4	138449683	rs10018837	A	G	3839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=90;PP=2451;ReadPosRankSum=0.814;SC=CCTTCACCCAACAGCCTATCT;SOR=0.589;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=396;TCF=211;TCR=185;TR=185;WE=138449691;WS=138449673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,198:0.47:423
chr4	138449812	rs10006580	C	G	1034.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.111;NF=37;NR=47;PP=1264;ReadPosRankSum=-0.281;SC=AGATAAATCACAAAAAAAAAT;SOR=0.615;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=95;TCR=121;TR=84;WE=138449820;WS=138449802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,74:0.34:215
chr4	138453453	rs28566714	G	A	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=46;PP=920;ReadPosRankSum=0.600;SC=TCCAGTCCTTGCGTTTGTTTG;SOR=0.585;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=153;TCF=60;TCR=93;TR=78;WE=138453461;WS=138453443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,85:0.52:165
chr4	139093228	rs4504306	T	C	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=270;SC=GCATTAAAAATAGCAAAATAT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=139093236;WS=139093218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	139100372	rs4479754	C	T	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=0;PP=394;SC=AATTCTTACCCGACATTATTC;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=139100380;WS=139100362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	139103366	rs10016559	A	G	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=3;PP=384;SC=AGAAAGTAAAATACTATCTAA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=139103374;WS=139103356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	139104415	rs35701885	C	T	2669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=65;PP=1594;ReadPosRankSum=-1.374;SC=CAACAAAGATCGGAACTGCTA;SOR=0.534;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=254;TCF=114;TCR=140;TR=123;WE=139104423;WS=139104405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,134:0.50:270
chr4	139140388	rs10025342	G	A	7901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr4	139140494	rs6838248	G	C	2499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.487;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=67;PP=1283;ReadPosRankSum=1.173;SC=TTCCTGAAAAGGCGTCTTTAA;SOR=0.653;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=213;TCF=89;TCR=124;TR=115;WE=139140502;WS=139140484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,125:0.54:231
chr4	139153317	rs6823642	T	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.917;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=137;ReadPosRankSum=0.942;SC=AAAAAGAACATGATGTGAGAG;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=9;WE=139153325;WS=139153312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr4	139482958	rs7694744	G	T	3761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=62;PP=2293;SC=TGACTACATCGCCGGGATGTC;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=61;TCR=62;TR=123;WE=139482966;WS=139482948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr4	139483177	rs7679047	T	G	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=19;PP=560;SC=CCATGTCGTCTCCAGGACCAC;SOR=1.473;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=30;WE=139483185;WS=139483167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	139937071	rs3749515	C	T	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=4;PP=141;SC=GACTCGGTGCCCTCGGCCCCA;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=139937079;WS=139937061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	139964055	rs6819911	C	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.799;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr4	139965724	rs3805213	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=114;ReadPosRankSum=1.217;SC=TGAGTGATGCCAAACCTCCTG;SOR=0.551;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=10;WE=139965732;WS=139965714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr4	139966663	rs373675973	A	ATT	41.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=1.150;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr4	139994863	rs17050688	T	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=108;ReadPosRankSum=2.166;SC=CTCTAAGCCATTGATATCTAT;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=139994871;WS=139994853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr4	140005294	rs4863628	A	G	17573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.027;NF=320;NR=305;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.636;SC=TACCGGCCCGAATGAGCAGAT;SOR=0.228;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=626;TCF=320;TCR=306;TR=625;WE=140005302;WS=140005284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,665:1.00:666
chr4	140039107	rs60424237	C	CA	233.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=2.277;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr4	140039162	rs34114214	CAACT	C	972.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=563;ReadPosRankSum=1.555;SC=TGATGGATACCAACTGTGATT;SOR=0.600;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=16;WE=140039173;WS=140039152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr4	140216412	rs6816703	C	T	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=9;PP=229;SC=TCCCCCATCTCCCACTTAAAC;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=140216420;WS=140216402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	140217010	rs71606834	G	C	5088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=91;NR=76;PP=2808;SC=CCACCTGGCGGCCGGAAGTGC;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=92;TCR=76;TR=167;WE=140217018;WS=140217000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr4	140263849	rs11944434	G	A	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=8;PP=607;SC=TGATCCACCCGCCTTAGCCTC;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=140263857;WS=140263839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	140270875	rs2044810	G	A	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.67;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	140308984	rs998310	C	A	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=5;PP=738;SC=TAATAAATTCCCAGTAAGAAC;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=140309003;WS=140308974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	140375296	rs13128486	C	G	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=13;PP=694;SC=GGCGTAATCTCTCAGCCTTTC;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=140375304;WS=140375286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	140417471	rs4863655	G	T	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=20;PP=1173;SC=GCCATTATCAGTAGGCAGAGT;SOR=1.516;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=64;WE=140417479;WS=140417461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	140417671	rs4863656	G	C	4163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=82;PP=2070;SC=TGATTCTTCTGGCCACTGAAA;SOR=1.130;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=66;TCR=82;TR=148;WE=140417679;WS=140417661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr4	140450077	rs72726570	G	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.901;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=199;ReadPosRankSum=0.348;SC=TAATAAACACGATTAAAGAGA;SOR=0.316;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=12;WE=140450085;WS=140450067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr4	140625323	rs925424	A	G	5525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr4	140651584	rs5862430	TCTG	T	9879.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5235;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=29;NR=95;PP=2990;SC=TCCGCCAAAATCTGCTGCTGC;SOR=0.919;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=140;TCF=29;TCR=111;TR=124;WE=140651597;WS=140651574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr4	140810334	rs3733381	T	C	4431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.86;SOR=1.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr4	140810637	rs11100342	C	T	7002.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=128;NR=101;PP=2962;SC=GTGGAGGTGGCGGCTGCTGCT;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=129;TCR=102;TR=229;WE=140810648;WS=140810627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr4	140810638	.	GGCT	G	314.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.840;ClippingRankSum=0.000;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=1.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=-1.127;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,25:0.10:240
chr4	140811063	.	TTGCTGCTGCTGCTGC	TTGC,T	2997	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5002,0.4998;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=22;NF=13,13;NR=70,70;PP=2997,29;QD=20;SC=TTGAGTGCTGTTGCTGCTGCT;Source=Platypus;TCF=30;TR=83,83;WE=140811104;WS=140811053;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.54:155
chr4	140811083	rs373804063	GC	G	8294.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.19;MQRankSum=1.377;QD=38.22;ReadPosRankSum=0.504;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,211:0.97:217
chr4	140811085	rs58287721	TGCTGCTGCTGC	T	7932.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.20;MQRankSum=1.609;QD=37.96;ReadPosRankSum=1.436;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,203:0.97:209
chr4	140811096	.	C	T	2962	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=27;MQ=60.74;NF=95;NR=85;PP=2962;QD=20;SC=GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=211;TCF=115;TCR=96;TR=180;WE=140811104;WS=140811053;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:31,180:0.85:211
chr4	140811135	rs3733382	T	C	9800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=84;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=107;PP=2965;SC=GCTGTTGCTGTTTCTGCTGCA;SOR=0.894;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=104;TCR=108;TR=210;WE=140811143;WS=140811125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr4	141290574	rs2668577	C	T	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	141311960	rs358329	T	C	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=23;PP=484;SC=ATACAATAAATGGGATTTATT;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=141311968;WS=141311950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	141321425	rs2252427	A	G	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=2;PP=112;SC=TGGGGTACACATTTGTTTTCT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=141321433;WS=141321415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	141364521	.	T	A	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.53;ReadPosRankSum=-0.601;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,10:0.16:62
chr4	141372485	rs6536966	T	C	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=53;SC=GTGTCTTATGTCACCACTTCT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=141372493;WS=141372475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	141383034	rs10644682	T	TAC	1126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.585;QD=15.43;ReadPosRankSum=0.866;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,53:0.73:73
chr4	141458485	rs882930	T	G	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=491;SC=GCTTTCTAAATAGACATATGA;SOR=3.352;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=141458493;WS=141458476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	141481203	.	AT	A	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=2.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.893;QD=0.80;ReadPosRankSum=1.682;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,30:0.23:131
chr4	141489262	rs10537184	CGTGTGTGTGT	C	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=8.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.524;QD=17.14;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr4	141543997	rs1560440	G	A	5010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=84;PP=2945;SC=CTGCCGTGGCGTGGTACAGCT;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=79;TCR=84;TR=163;WE=141544005;WS=141543987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr4	141549393	rs2291711	C	A	5518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=119;NR=79;PP=2965;SC=ACACCTAAAACAGAGACTTCA;SOR=0.967;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=119;TCR=80;TR=198;WE=141549401;WS=141549383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr4	141554949	rs10002459	G	A	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=243;SC=TAGAGGCAACGATTTATCCAT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=141554957;WS=141554940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	141555062	rs6851737	G	T	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=18;PP=1175;SC=CACAACTCCAGCATCCCATCC;SOR=1.512;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=62;WE=141555070;WS=141555052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	141580561	rs3886094	C	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=146;ReadPosRankSum=-0.463;SC=TTAAACTCCACGGGGCTCCTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=11;WE=141580569;WS=141580558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr4	141592206	rs4956473	A	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5105;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=300;ReadPosRankSum=0.776;SC=ATTTTATTGAAGCAAAACTGA;SOR=0.990;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=16;WE=141592214;WS=141592196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr4	141600320	rs4956329	A	G	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=534;ReadPosRankSum=0.764;SC=CATTCTTCTCAAGCTGAGTGA;SOR=0.718;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=40;WE=141600328;WS=141600310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,45:0.57:79
chr4	141607679	rs13112073	C	T	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=428;ReadPosRankSum=-0.793;SC=AAAAACCAGGCTCACTTTTTC;SOR=0.943;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=29;WE=141607687;WS=141607669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr4	141677006	rs70943501	A	AG	2045.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=8;PP=1700;SC=CCTGCAGCCCAGGCCGCGGGC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=42;WE=141677014;WS=141676996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	141677325	rs150827574	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.041;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=212;ReadPosRankSum=-0.814;SC=TGCGGCGGCGGCGGCGGCAGG;SOR=0.207;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=14;WE=141677333;WS=141677315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr4	141866754	rs71584389	ATACATATATATAC	A	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=1;PP=326;SC=ATATACATATATACATATATA;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=1;WE=141866774;WS=141866744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	141866928	.	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=1.960;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr4	141868736	rs2321687	G	T	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=245;SC=CCAGCAGGTCGGGGCCAGGGA;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=141868744;WS=141868726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	141869062	rs6857782	C	T	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=24;PP=652;SC=CTTCCAACCTCTACTTCTTGT;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=141869070;WS=141869052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	141870648	rs4956494	G	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=257;ReadPosRankSum=-1.088;SC=ATGAATGCTAGCAATGACGAC;SOR=0.560;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=15;WE=141870656;WS=141870638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr4	141924668	rs62326020	T	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=1.579;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr4	141924720	rs145185330	TACACACAC	TACAC,T	514.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;NF=7,7;NR=2,2;PP=156,289;SC=CCCTAGCACGTACACACACAC;SOR=3.258;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=9,9;WE=141924737;WS=141924710;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:6
chr4	141927365	.	CATATATATACACATATATATGTGTATGTAT	C	1429	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=19;MQ=60.44;NF=5;NR=0;PP=1429;QD=290.6;SC=TATATACACACATATATATAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=5;WE=141927402;WS=141927355;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,5:0.25:20
chr4	141940074	rs4245936	T	C	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=15;PP=614;SC=TGAAATATTATACAGGTTTTT;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=141940082;WS=141940064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	141940187	.	AATATATATATATATATATAT	A	676.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=10.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.589;QD=30.76;ReadPosRankSum=2.732;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr4	141940234	rs4245937	A	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=261;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=13;PP=198;SC=ATATATATATATGGAACTTTA;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=141940242;WS=141940224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	142155214	rs3822128	T	C	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=197;SC=TTGTGTGTGGTTGTTCAAAAG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=142155222;WS=142155204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	142640462	rs1493013	CC	TT	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.88;ReadPosRankSum=0.767;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr4	142640538	rs2254514	T	C	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.463;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,78:0.45:172
chr4	142640637	rs2857261	A	G	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=742;ReadPosRankSum=0.771;SC=TCGGTAAGAAAAAAAATAGAT;SOR=0.668;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=106;TCF=40;TCR=66;TR=51;WE=142640645;WS=142640627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,60:0.50:121
chr4	142651159	rs12510030	T	C	2323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.068;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,116:0.50:233
chr4	142651265	rs17007610	T	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.72;ReadPosRankSum=1.843;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chr4	143003155	rs11446749	G	GA	1568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=16;PP=1047;SC=GACCTTAAAAGAAAAAAACTT;SOR=1.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=37;WE=143003163;WS=143003145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	143007197	rs336325	C	T	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=22;PP=1313;SC=TGACACCTGGCAACCCAAAGT;SOR=1.666;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=74;WE=143007205;WS=143007187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	143007419	rs336324	A	G	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=35;PP=1025;SC=TCTGAAGGGGAAAAAACAAAG;SOR=2.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=143007427;WS=143007409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	143007460	rs336323	T	G	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=524;SC=GTGTTCACATTAAGCTGCCCA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=143007468;WS=143007450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	143033641	rs3822140	T	C	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=263;ReadPosRankSum=-0.088;SC=TCTCATCATATGCTTAAAAGG;SOR=0.685;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=22;WE=143033649;WS=143033631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr4	143043397	rs34561493	G	A	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=2.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.795;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,87:0.47:184
chr4	143043464	rs78361969	C	T	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=472;ReadPosRankSum=-0.967;SC=AGCTACTATGCCTCCCTGCTG;SOR=0.771;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=37;WE=143043472;WS=143043454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,47:0.39:122
chr4	143044666	rs2645786	A	C	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=284;SC=AGATTCGATTATCAGGTATGT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=143044674;WS=143044656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	143045599	rs978752	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.249;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=355;ReadPosRankSum=0.182;SC=GATATTTATCGTGAATAAGAA;SOR=0.082;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=24;WE=143045607;WS=143045589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr4	143129980	rs139680025	A	AT	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=-1.214;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,28:0.38:73
chr4	143130034	rs1907123	A	T	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr4	143130219	rs1994217	T	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=0.813;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr4	143158979	rs28647625	A	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=126;ReadPosRankSum=-0.133;SC=AATGGTATAAAATAATTAATA;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=13;WE=143158987;WS=143158969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr4	143181748	rs1907111	T	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=7.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr4	143192086	rs150117601	T	TTG	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=0.957;QD=18.88;ReadPosRankSum=1.830;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr4	143226768	rs2627808	G	T	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=54;PP=1547;SC=CAAACAAAATGAGTCTTTAGA;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=24;TCR=54;TR=78;WE=143226776;WS=143226758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	143226784	rs2636640	G	A	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=38;PP=1217;SC=TTAGAAGAATGAAATATTAAA;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=57;WE=143226792;WS=143226774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	143268528	rs882004	T	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=-0.717;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr4	143268702	rs1908968	A	G	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=4.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.787;SOR=0.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr4	143324036	rs1982965	T	C	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=6;PP=1068;SC=AAAAATCCAATCGTGTGGAAA;SOR=3.342;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=49;WE=143324044;WS=143324026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	143324094	rs1982966	G	A	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.827;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,85:0.54:156
chr4	143326312	rs138973882	AAGAG	A,AAGAGAGAGAG	441.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4,4;NR=6,6;PP=233,607;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCGAGCCAGCAAGAGAGAGAG;SOR=0.495;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=10,10;WE=143326325;WS=143326302;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.58:19
chr4	143344785	rs3775712	T	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.775;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=128;ReadPosRankSum=-0.687;SC=ATTGTACCAGTACATATTGTT;SOR=0.105;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=12;WE=143344793;WS=143344775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr4	143348680	rs3775718	C	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr4	144124492	rs4234886	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=-1.146;SC=TTTGTGTTCTGTTTGTAGGCT;SOR=0.693;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=5;WE=144124500;WS=144124482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr4	144130642	rs111830994	CA	C	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=0.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr4	144130979	rs148666231	A	AT	37.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=40;ReadPosRankSum=0.967;SC=AAATATCTAGATTTTTTTTAT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=144130987;WS=144130969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr4	144135718	rs4285045	G	A	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=53;PP=1514;ReadPosRankSum=-0.629;SC=CTTATGCCAGGAATATCACAA;SOR=0.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=226;TCF=116;TCR=110;TR=112;WE=144135726;WS=144135708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,123:0.49:250
chr4	144136193	rs10000911	T	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=226;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GAGTTTTTATTAAATTCTGAA;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=12;WE=144136201;WS=144136183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr4	144264722	rs300919	T	C	2455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=44;PP=1361;ReadPosRankSum=1.370;SC=AGGCCCACTCTCTGCCCTTAA;SOR=0.570;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=198;TCF=112;TCR=86;TR=96;WE=144264730;WS=144264712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,117:0.50:232
chr4	144380399	rs13114896	G	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=105;ReadPosRankSum=-0.682;SC=AACATTCATGGACCTCATTTC;SOR=0.293;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=144380407;WS=144380389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr4	144381401	rs3795246	A	G	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.668;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=373;ReadPosRankSum=-0.264;SC=ATGAATGATTATAAACATAAG;SOR=0.392;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=20;WE=144381409;WS=144381395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr4	144442611	rs11100790	T	C	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.782;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,107:0.50:212
chr4	144442735	rs11541117	C	T	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=43;PP=1084;ReadPosRankSum=1.661;SC=GCAGAACTTACTATCCGTTGG;SOR=0.795;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=159;TCF=71;TCR=88;TR=76;WE=144442743;WS=144442725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,81:0.48:169
chr4	144445789	rs6857360	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.822;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=-0.953;SC=GAGCATATTACAGGATAGTAG;SOR=0.048;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=11;WE=144445797;WS=144445779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr4	144446519	rs2292362	C	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.901;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=476;ReadPosRankSum=-1.081;SC=AAAATAAAGTCAGTAGATATG;SOR=1.375;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=27;WE=144446527;WS=144446509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr4	144447630	rs7694156	T	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.57;ReadPosRankSum=-1.552;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr4	144456124	rs6818251	A	G	3732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=63;PP=1873;SC=AATGGTATGTATTCTCAGATG;SOR=0.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=60;TCR=63;TR=123;WE=144456132;WS=144456114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr4	144459637	rs4690724	T	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.259;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=129;ReadPosRankSum=-0.238;SC=TGTAACCAAGTAGGTAGCTTT;SOR=1.552;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=8;WE=144459645;WS=144459631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr4	144466050	rs7692376	A	G	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.015;NF=14;NR=29;PP=473;ReadPosRankSum=-0.965;SC=TGAAAATGTAATTTTTTTCAT;SOR=0.606;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=30;TCR=64;TR=43;WE=144466058;WS=144466040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,47:0.50:94
chr4	144466100	rs11289994	CT	C	238.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;MQRankSum=0.514;QD=12.56;ReadPosRankSum=-1.564;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr4	144467104	rs13139128	T	C	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	144469383	rs2088415	A	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.761;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=474;ReadPosRankSum=-1.959;SC=AAAAAAATCTATGAAGTAGAC;SOR=1.270;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=31;WE=144469391;WS=144469373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr4	144471402	rs1979776	T	G	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=287;ReadPosRankSum=0.640;SC=TTTTTTTCCTTAAGGGAGAAC;SOR=0.763;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=19;WE=144471410;WS=144471392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr4	144471460	rs6810805	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=130;ReadPosRankSum=0.501;SC=TAGGTAGTGGTATAATTTTTA;SOR=0.582;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=8;WE=144471468;WS=144471450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr4	144617842	rs1545437	G	T	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=31;PP=834;ReadPosRankSum=-0.334;SC=TGGCCTTGAGGATCCGATTTG;SOR=0.622;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=147;TCF=86;TCR=61;TR=72;WE=144617850;WS=144617832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,82:0.50:163
chr4	144618610	rs1034494	G	C	3821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=47;PP=2354;SC=ACTCCCCGACGAAGACCTTGG;SOR=1.006;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=78;TCR=48;TR=124;WE=144618618;WS=144618600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr4	144620758	rs61427459	C	T	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=903;ReadPosRankSum=-0.198;SC=CCTGTTGCCCCGGGTGCCCTG;SOR=0.665;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=176;TCF=90;TCR=86;TR=73;WE=144620766;WS=144620748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,82:0.42:193
chr4	144621199	rs11100802	A	G	2779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=62;PP=1838;ReadPosRankSum=-0.434;SC=GAAGTGGGGTAAGCCGGCACC;SOR=0.702;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=241;TCF=119;TCR=122;TR=119;WE=144621207;WS=144621189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,128:0.48:266
chr4	144621779	rs55935372	A	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.797;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr4	144796798	.	G	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=126;ReadPosRankSum=0.252;SC=GGGTACCTAGGGGTGTTGCCA;SOR=1.058;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=14;WE=144796806;WS=144796788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr4	144801662	rs1132785	C	T	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQRankSum=-3.424;QD=8.33;ReadPosRankSum=1.196;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,115:0.44:262
chr4	144809800	rs143390057	C	A	2768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-6.625;NF=79;NR=66;PP=1865;ReadPosRankSum=-0.239;SC=TTGTCTTGGACAGAATTAACG;SOR=0.702;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=272;TCF=145;TCR=127;TR=145;WE=144809808;WS=144809790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,140:0.55:255
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chr4	144811470	rs4095435	A	G	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=82;SC=AGAACAAAAGAGGATTTCACA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=144811478;WS=144811460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr4	144920596	rs7683365	G	A	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.953;NF=21;NR=23;PP=579;ReadPosRankSum=0.655;SC=AAGTTGTCCCGTTTCTCCTAT;SOR=0.719;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=44;WE=144920604;WS=144920586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,54:0.51:105
chr4	144920638	rs7662277	A	T	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.219;NF=9;NR=14;PP=306;ReadPosRankSum=2.036;SC=TCCAAATAAGAAAGACATGTG;SOR=0.787;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=23;WE=144920646;WS=144920628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr4	144921607	rs1849119	C	T	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=26;PP=773;SC=ATGAGCTGGACATGTGTCCCG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=49;WE=144921615;WS=144921597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	144922436	rs201662569	T	G	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=2.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.61;MQRankSum=-8.692;QD=2.20;ReadPosRankSum=-2.503;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,75:0.21:350
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chr4	144938033	rs5862681	A	AT	858.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.53;QD=34.35;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr4	144938121	rs4561880	G	C	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.23;QD=41.88;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	145020647	rs13135548	C	T	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.431;NF=16;NR=8;PP=913;ReadPosRankSum=0.509;SC=TGCAGCCAGTCTGCATAAGCA;SOR=0.941;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=24;WE=145020666;WS=145020637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr4	145020658	rs13110331	A	G	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.624;NF=18;NR=9;PP=913;ReadPosRankSum=-0.644;SC=TGCATAAGCAAGAGAACAGCA;SOR=0.698;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=27;WE=145020666;WS=145020637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr4	145035788	rs6857303	G	A	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=51;NR=29;PP=1384;SC=GTAACTCACTGGTTTGATTTT;SOR=1.191;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=80;WE=145035796;WS=145035778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	145040962	rs6857144	CA	GT	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=25;PP=1685;SC=TGAGAAAGGGCACAAGAATGA;SOR=1.118;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=45;WE=145040971;WS=145040952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	145041686	rs4867	A	G	4820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=78;PP=2965;SC=CTGAAGAAGAAGTTGAAGTGT;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=88;TCR=79;TR=165;WE=145041694;WS=145041676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr4	145041741	rs4449373	T	G	3404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=66;PP=2255;SC=GCTCACAATTTCTGTATAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=53;TCR=66;TR=119;WE=145041749;WS=145041731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr4	145061822	rs71590434	CA	C	3607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=64;PP=2415;SC=GAAGTTAGTGCAAAAAAACTA;SOR=0.830;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=25;TCR=71;TR=87;WE=145061830;WS=145061812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr4	145573954	rs3215015	GA	G	625.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=1.206;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr4	145579907	rs6537301	G	A	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=1.199;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr4	145580172	rs114633728	T	C	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr4	145655769	rs35694650	T	TA	47.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.180;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr4	145974892	rs115539803	T	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=2.446;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
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chr4	146033368	rs71590488	CTT	C	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.409;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
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chr4	146073850	rs12501862	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.749;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=121;ReadPosRankSum=-0.302;SC=CTTTGCATTACTTATCAGTTT;SOR=1.069;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=13;WE=146073858;WS=146073840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
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chr4	146436322	.	G	GTGTGTC	311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.46;MQRankSum=-0.000;QD=20.78;ReadPosRankSum=1.110;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr4	146463966	rs1497126	T	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=251;ReadPosRankSum=-1.330;SC=AAAAATAGAGTCCAATGTTAA;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=17;WE=146463974;WS=146463956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr4	146475243	rs10715854	CT	C	574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.802;QD=9.74;ReadPosRankSum=-1.813;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,47:0.80:59
chr4	146572140	rs11721510	G	A	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.417;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=297;ReadPosRankSum=2.414;SC=AAGTAGAATGGAAATGGTCAA;SOR=1.139;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=22;WE=146572148;WS=146572130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,22:0.37:60
chr4	146572227	rs11721553	G	A	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.91;ReadPosRankSum=0.864;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,80:0.47:171
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chr4	146601701	rs7682360	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=185;ReadPosRankSum=-0.890;SC=TTAACCCTCTGTATTTTCTTT;SOR=0.446;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=13;WE=146601709;WS=146601691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr4	146617907	rs11733094	G	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.486;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=464;ReadPosRankSum=1.040;SC=ATTGTAGGCCGGGCACTGTGG;SOR=0.399;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=33;WE=146617915;WS=146617897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr4	146697205	rs4835257	A	C	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=39;PP=1193;SC=TCAAGGAAAGAATGGTTCAAG;SOR=1.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=60;WE=146697213;WS=146697195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	146767313	rs34221205	C	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.985;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=363;ReadPosRankSum=-0.361;SC=AGATCCTCCCCATCTTACTGG;SOR=0.330;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=24;WE=146767321;WS=146767303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr4	146770389	rs71973224	GT	G	231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=1.978;HP=11;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=181;ReadPosRankSum=-2.031;SC=TATAATTCAGGTTTTTTTTTT;SOR=0.368;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=10;WE=146770408;WS=146770379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr4	146770400	rs28497499	T	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=-1.093;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
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chr4	147145574	rs17021257	C	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=98;ReadPosRankSum=0.030;SC=CCGTGAACTGCTCTGCTCTTT;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=11;WE=147145582;WS=147145564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr4	147177822	rs28406249	A	G	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.964;NF=22;NR=32;PP=843;ReadPosRankSum=-0.444;SC=CTCTGGATACAAACAGATTTC;SOR=0.509;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=54;WE=147177830;WS=147177812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,57:0.53:108
chr4	147177865	rs58191358	A	T	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.210;HP=3;HapScore=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.970;NF=13;ReadPosRankSum=0.254;SC=AGACTTTGTCATTTCCCCTCC;SOR=0.172;Source=Platypus;TCF=24;WE=147177876;WS=147177855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr4	147177868	rs34063596	T	TC	1237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.855;HP=4;HapScore=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.361;NF=9;NR=13;ReadPosRankSum=0.519;SC=CTTTGTCATTTCCCCTCCCAC;SOR=0.188;Source=Platypus;TCF=16;TR=22;WE=147177876;WS=147177855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,34:0.53:64
chr4	147204535	rs13435691	T	C	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=-1.305;SC=CTGGTGACAGTAGTAATTCTA;SOR=0.538;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=13;WE=147204543;WS=147204525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr4	147213912	rs4516736	T	C	242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.28;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	147213975	rs59811977	T	C	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.42;ReadPosRankSum=2.119;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr4	147215026	rs10032088	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=31;ReadPosRankSum=0.566;SC=CACAGTGCTACGCGTTGCTAT;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=4;WE=147215034;WS=147215016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr4	147247359	rs76976798	A	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=145;ReadPosRankSum=-0.057;SC=GCCTGAAAGCACAACCACCAA;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=9;WE=147247367;WS=147247349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr4	147364052	rs1344140	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=1.730;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr4	147425114	rs7439061	A	T	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=54;PP=1584;SC=AAATAATTTTATAATCATAGA;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=27;TCR=54;TR=81;WE=147425122;WS=147425104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	147431302	rs6816737	G	A	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=12;PP=347;SC=CTTAATTTTGGGTTTTTTCAT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=147431310;WS=147431292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	147438084	rs2357080	C	G	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=415;ReadPosRankSum=-0.016;SC=ATAGTGAATCCTTCAGATTAT;SOR=0.521;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=78;TCF=60;TCR=18;TR=32;WE=147438092;WS=147438074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,35:0.40:87
chr4	147560199	rs35733768	G	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=283;ReadPosRankSum=-0.912;SC=GCCCTTCCCAGCTCCAGCCCC;SOR=0.636;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=76;TCF=59;TCR=17;TR=26;WE=147560207;WS=147560189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
chr4	147560411	rs13152799	T	C	2700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.163;NF=58;ReadPosRankSum=-1.947;SC=TCGGCTCCCATCGCGCCCTCG;SOR=0.640;Source=Platypus;TCF=96;WE=147560419;WS=147560401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,119:0.60:198
chr4	147560457	rs67194443	TGGCGGCGGC	T,TGGCGGCGGCGGC	4220.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.255;NF=15,15;NR=37,37;PP=2992,2992;ReadPosRankSum=-0.245;SC=ACGCTGGTGGTGGCGGCGGCG;SOR=0.245;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=117;TCF=27;TCR=90;TR=52,52;WE=147560473;WS=147560447;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.51,0.48:116
chr4	147560692	rs1504360	T	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=-2.343;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,47:0.45:105
chr4	147561654	rs3827594	C	G	4919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=0.228;SC=TCACACTGTCCCACAATAATA;SOR=0.748;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=498;TCF=264;TCR=234;TR=229;WE=147561662;WS=147561644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,252:0.47:532
chr4	147561971	rs3810843	G	T	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=582;ReadPosRankSum=0.055;SC=AAGACTCTTGGCCTCTCCAGA;SOR=1.214;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=31;WE=147561979;WS=147561961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr4	147788709	rs10013280	C	T	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.809;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,44:0.41:107
chr4	147824864	rs17610219	G	A	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=272;ReadPosRankSum=-0.925;SC=AAGTTATTATGTACATCTTCG;SOR=0.828;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=24;WE=147824872;WS=147824854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,28:0.33:84
chr4	147830297	rs35123039	A	G	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.24;ReadPosRankSum=1.910;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,55:0.49:112
chr4	148457005	rs113823592	CT	C	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=1.691;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,38:0.28:138
chr4	148463840	rs5335	G	C	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=632;ReadPosRankSum=-0.710;SC=GCAACTGTGAGTCCGGGAATC;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=49;TCR=62;TR=49;WE=148463848;WS=148463830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,57:0.44:131
chr4	148560357	rs2654935	C	T	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=291;SC=TAGTACTTGACAGAATGCTTT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=148560365;WS=148560347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	148589677	rs2718454	C	T	3290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr4	148591769	rs2036502	G	T	4936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr4	148601729	rs7666065	C	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=484;SC=CACTATTGAACAATCACCTTA;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=148601737;WS=148601719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	148778685	rs11410393	G	GT	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.725;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr4	148796464	rs7663294	C	G	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=24;PP=680;SC=TTAGGAGAAACACATTCCAGC;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=148796472;WS=148796454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	148800299	rs13147854	A	G	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=21;PP=1357;SC=CGTTTTAGACATTTCCTCTTT;SOR=1.635;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=79;WE=148800307;WS=148800289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	148803101	rs17024037	T	C	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.134;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=722;ReadPosRankSum=-1.402;SC=ATTGGAATTATTGGACATGGT;SOR=0.916;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=112;TCF=47;TCR=65;TR=53;WE=148803109;WS=148803091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,66:0.46:142
chr4	148827697	rs35780665	T	TA	897.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=10;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=345;ReadPosRankSum=1.445;SC=CAGATAAAAGTAAAAAAAAAA;SOR=0.563;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=26;WE=148827705;WS=148827687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,58:0.54:107
chr4	148827747	rs12509618	A	C	2140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.21;ReadPosRankSum=0.197;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,107:0.56:191
chr4	148827933	rs10049932	T	C	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=330;ReadPosRankSum=2.369;SC=CATTCATTTTTATGTTATTTT;SOR=0.641;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=22;WE=148827941;WS=148827923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr4	148827973	rs11099672	A	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=150;ReadPosRankSum=0.358;SC=GTTCCCTTCTATAACAGGTAT;SOR=0.821;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=12;WE=148827981;WS=148827963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr4	148831070	rs4627844	A	G	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=369;ReadPosRankSum=-1.069;SC=ATAATCCTCTATTGCATGTGT;SOR=0.705;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=30;WE=148831078;WS=148831060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,32:0.43:75
chr4	148985720	rs3775327	T	C	2320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=37;PP=1009;SC=GTCTGCAGCATGGAGTGAGCA;SOR=0.959;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=77;WE=148985728;WS=148985710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	148985798	.	T	TGCGTTAGGCTCCCAGACCCCAATGCCAGGG	347.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-0.949;QD=18.30;ReadPosRankSum=0.986;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr4	149002016	rs10708334	AT	A	445.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=8;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=361;ReadPosRankSum=-1.500;SC=ATCTGTATATATTTTTTTATT;SOR=0.922;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=51;TCF=4;TCR=47;TR=19;WE=149002024;WS=149002006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,29:0.40:73
chr4	149035449	rs1879829	T	C	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.257;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,63:0.47:134
chr4	149116035	rs4835500	A	G	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=249;ReadPosRankSum=0.819;SC=AATAAAAAATAACTGTTAAAA;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=21;WE=149116043;WS=149116025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr4	149356516	rs5525	A	G	5923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=110;NR=83;PP=2965;SC=AATAGCTCCCATCATCTGGTT;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=110;TCR=83;TR=193;WE=149356524;WS=149356506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr4	149357475	rs5522	C	T	7499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=141;NR=123;PP=2965;SC=CTTTTAACAACGGCGCGCATG;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=264;TCF=141;TCR=123;TR=264;WE=149357483;WS=149357465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr4	149358014	rs2070951	G	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=225;ReadPosRankSum=-0.536;SC=GGTCTCCATCGCTAACAAATA;SOR=0.734;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=21;WE=149358022;WS=149358004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr4	151145556	.	C	CA	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=1.781;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr4	151161470	rs11931842	A	G	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=2.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.76;ReadPosRankSum=-0.847;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,80:0.56:143
chr4	151161490	rs6838238	T	C	4799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=63;PP=2799;SC=AATACTCCAGTACCATGGAAG;SOR=1.043;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=93;TCR=63;TR=156;WE=151161510;WS=151161480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr4	151161502	rs6813035	G	T	5401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=105;NR=79;PP=2965;SC=CCATGGAAGGGTCTTGGGAGC;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=105;TCR=79;TR=184;WE=151161510;WS=151161480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr4	151177340	rs13152819	CC	TG	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=44;PP=1052;SC=CACCCCCCACCCTCCTCCCGC;SOR=4.332;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=51;TCF=4;TCR=47;TR=47;WE=151177349;WS=151177330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	151177428	rs13101461	C	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.43;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	151177432	rs13101258	A	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.43;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	151231371	rs1813134	T	C	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=10;PP=777;SC=ATAAAGAAAATGAAAATTACC;SOR=2.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=151231379;WS=151231361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	151408800	rs7674989	T	C	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=7;PP=607;SC=TACAGATTAATGTTAATAAGA;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=151408808;WS=151408790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	151505322	rs13105060	T	A	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=53;PP=1626;SC=CACACAACTCTGCTATAAACA;SOR=1.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=88;WE=151505330;WS=151505312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	151511715	rs4401437	T	G	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=35;NR=2;PP=625;SC=AAGGAGAAACTGTAGAAGGGG;SOR=3.258;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=37;WE=151511723;WS=151511713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	151656589	rs1993109	C	T	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=43;PP=1159;SC=TCACTGCTTACGGTGGAGAGG;SOR=2.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=53;WE=151656597;WS=151656579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	151765243	rs186080	G	A	3882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr4	151792401	rs41280457	T	G	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.955;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=459;ReadPosRankSum=0.341;SC=TCTCAAAAAATAAAATAAAAA;SOR=0.171;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=28;WE=151792409;WS=151792391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr4	151829659	rs1201207	T	C	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=19;PP=783;SC=TCAATGATTTTTTTTCCAAAA;SOR=1.143;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=31;WE=151829667;WS=151829649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	151835502	.	GA	G	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=3.740;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,24:0.23:105
chr4	151850226	rs11377335	G	GA	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=3.031;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.953;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,36:0.22:167
chr4	152024326	rs4696658	T	G	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=25;PP=743;SC=AAAGGTCTGTTGAAATCCTGT;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=152024334;WS=152024316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	152048936	rs11099782	A	T	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=38;PP=1036;SC=AACATTTTTTAAAAAAAAACG;SOR=2.001;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=55;WE=152048944;WS=152048926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	152053408	rs7664483	G	A	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=32;PP=1712;SC=ATATTCTCTTGAAAATTATGA;SOR=1.337;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=60;TCR=32;TR=92;WE=152053416;WS=152053398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	152069406	rs150487703	TACACACACACACACAC	T	1206.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=43.10;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	152070633	rs3792611	T	A	2840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	152201053	rs36097019	G	A	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=50;NR=45;PP=1450;SC=AACTTTATCTGTGGAGGTTCC;SOR=0.825;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=95;WE=152201061;WS=152201043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	152201204	rs1875308	A	G	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=414;SC=AAAGTGGTAAAATAGGCAGGG;SOR=2.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=152201212;WS=152201194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	152212486	rs13126069	C	T	5615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.517;SC=GGCTCTCCTGCGTCCCTCCTG;SOR=0.271;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=95;TCR=93;TR=187;WE=152212494;WS=152212476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,216:1.00:217
chr4	152212603	rs2407221	T	G	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=44;PP=1406;SC=CAGGGGCAGATAACTCACAGG;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=74;WE=152212611;WS=152212593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	152212704	rs13102005	T	A	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=16;PP=459;SC=GGGGTTGGAATGTGAAGAGTT;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=152212712;WS=152212694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	152498625	rs17275536	C	T	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=556;ReadPosRankSum=-0.712;SC=TGGAGAAGCACGACCCCTTGA;SOR=0.777;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=41;WE=152498633;WS=152498615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,46:0.46:99
chr4	152507998	rs10683925	G	GCA	2878.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.038;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.410;NF=2;NR=23;PP=973;ReadPosRankSum=-2.345;SC=TTCATTCAGAGCACAAGCACT;SOR=0.542;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=73;TCF=4;TCR=69;TR=25;WE=152508006;WS=152507988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,76:0.51:150
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chr4	152559717	rs11450944	T	TA	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=0.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr4	152583907	rs11378262	C	CT	527.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.630;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.227;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr4	152592469	rs112033226	A	ATTAC	1379.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=941;ReadPosRankSum=-0.229;SC=AAGGACAGAAATTACTTACTT;SOR=1.003;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=2;TCR=50;TR=19;WE=152592477;WS=152592457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,37:0.45:82
chr4	152601146	rs907237	T	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.497;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=0.972;SC=GGGGTAAATATCGGACCCACG;SOR=2.419;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=8;WE=152601154;WS=152601136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
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chr4	152609700	rs6535815	A	C	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.24;ReadPosRankSum=0.686;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr4	152609920	rs11292952	TA	T	546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=6.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.874;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.813;SOR=1.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr4	152609998	rs11390610	C	CA	345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=319;ReadPosRankSum=0.571;SC=CTGAAACTGTCCCCTCTGCCT;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=14;WE=152610006;WS=152609988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr4	152626515	rs113829752	TA	T	539.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.879;QD=7.71;ReadPosRankSum=1.246;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,45:0.64:70
chr4	152643184	rs6817586	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=233;ReadPosRankSum=-0.423;SC=ATAAGCATCAGTCATCACACG;SOR=0.439;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=16;WE=152643192;WS=152643174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr4	152679816	rs3828546	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=92;ReadPosRankSum=-1.732;SC=CTCCCTAAATAAGTATTTCCA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=152679824;WS=152679815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr4	152681952	rs1429559	A	G	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.338;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr4	153267968	rs2714803	A	G	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=7;PP=834;SC=TGATTTCAAAATTCATCCACA;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=38;WE=153267976;WS=153267958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	153549743	.	AAC	A	76.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.37;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	153565641	rs12650966	A	G	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.01;ReadPosRankSum=-2.657;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr4	153565645	rs62320820	A	G	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.67;ReadPosRankSum=-2.360;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr4	153690842	rs4696354	T	C	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=37;PP=943;ReadPosRankSum=-0.301;SC=TTGGTGCATATGGAATCACCA;SOR=0.725;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=174;TCF=99;TCR=75;TR=83;WE=153690850;WS=153690832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,94:0.48:195
chr4	153750918	rs10010297	G	A	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=439;ReadPosRankSum=1.746;SC=AAGAATCATGGTAAGTCTTTA;SOR=0.675;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=35;WE=153750926;WS=153750908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,43:0.55:78
chr4	153793489	rs35670437	CT	C	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=162;ReadPosRankSum=1.595;SC=TTGTGGGAACCTTTTTTTCTT;SOR=0.120;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=8;WE=153793497;WS=153793479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr4	153802060	rs80127385	A	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=116;ReadPosRankSum=0.980;SC=ATGCTCTAGCATTTATATTTT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=8;WE=153802068;WS=153802050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr4	153870242	.	G	GTAATAATAA	496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.60;MQRankSum=-1.944;QD=14.19;ReadPosRankSum=-1.569;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr4	153870267	.	TAATAATAATAAGAAGAAGAAG	T	467.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.371;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.09;MQRankSum=2.614;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.937;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr4	153870355	rs12651510	T	C	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=2;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=2.448;NF=24;NR=30;PP=592;ReadPosRankSum=0.207;SC=GGACCAGGCATGGTGGCTGAA;SOR=0.563;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=54;WE=153870363;WS=153870345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,52:0.51:101
chr4	153881835	rs3811834	C	T	3673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=95;PP=2865;SC=TTATTCTTCACGCAGTAAGAT;SOR=1.948;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=47;TCR=96;TR=140;WE=153881843;WS=153881825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	153889265	rs6535885	A	G	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=3.615;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,49:0.49:100
chr4	153896358	rs3811833	C	T	6843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=123;NR=120;PP=2965;SC=CAGAGCTCGGCGCCAGGGCGT;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=124;TCR=120;TR=243;WE=153896366;WS=153896348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr4	153897770	rs3811832	G	A	3204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=57;PP=2105;SC=GTGCCAACACGGAGGCCCCTC;SOR=0.881;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=50;TCR=57;TR=107;WE=153897778;WS=153897760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	154091111	rs34284701	C	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=49;ReadPosRankSum=-2.039;SC=TAACTTCATCCGCATCTAAAG;SOR=1.112;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=5;WE=154091119;WS=154091101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr4	154178549	rs72727901	G	A	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.438;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=600;ReadPosRankSum=-2.269;SC=CAGACGCTCAGTGAGAAAAAG;SOR=1.165;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=37;WE=154178557;WS=154178539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr4	154178697	rs12643843	A	G	3041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.457;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=68;PP=1820;ReadPosRankSum=-0.072;SC=CTGTGCATGAACTGGCACATC;SOR=0.736;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=239;TCF=117;TCR=122;TR=133;WE=154178705;WS=154178687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,143:0.56:257
chr4	154197234	rs2289409	T	G	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=41;PP=1060;ReadPosRankSum=0.025;SC=AGACAGTCACTGCTGTGGCTG;SOR=1.150;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=151;TCF=72;TCR=79;TR=72;WE=154197242;WS=154197224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,77:0.48:159
chr4	154216710	rs893805	G	A	3151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.846;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=68;PP=1911;ReadPosRankSum=-0.707;SC=ACCTCGGGACGATCTTAACCA;SOR=0.588;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=305;TCF=169;TCR=136;TR=148;WE=154216718;WS=154216700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,159:0.50:319
chr4	154315340	rs9999596	T	C	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.733;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,42:0.43:98
chr4	154330064	.	G	GTATATA	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=-1.381;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr4	154336174	rs11099880	A	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=23;ReadPosRankSum=-0.480;SC=TTTTGGTAGAACAAAAGCAGG;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=154336182;WS=154336164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr4	154387597	rs71620317	G	C	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=9;PP=610;SC=GCCGCACCGCGGCGGCCGTGA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=37;WE=154387605;WS=154387587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	154387808	rs74511273	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=175;ReadPosRankSum=0.329;SC=AAGCTGTTGCGATTCTCCGCT;SOR=0.914;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=13;WE=154387816;WS=154387798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr4	154478300	rs56981750	A	G	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=293;ReadPosRankSum=-0.092;SC=GTGTGTGTATATTTTTAAAAA;SOR=0.874;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=27;WE=154478308;WS=154478290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr4	154479430	rs6848033	T	C	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=677;ReadPosRankSum=-1.450;SC=TTGGCACTCGTAGAATCTCTA;SOR=0.758;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=127;TCF=67;TCR=60;TR=54;WE=154479438;WS=154479420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,62:0.43:144
chr4	154502741	rs79899824	A	C	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=200;ReadPosRankSum=0.285;SC=AAATTTTATTATATTTTCATC;SOR=0.527;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=13;WE=154502749;WS=154502731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr4	154506849	rs183987721	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=1.014;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr4	154513856	rs893628	G	C	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.969;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=374;ReadPosRankSum=0.835;SC=AGTATTAACCGATTAGCTCAT;SOR=1.445;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=21;WE=154513864;WS=154513846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr4	154523683	rs140033515	T	G	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=487;ReadPosRankSum=0.714;SC=AGATGACTCTTTTATTTTCAG;SOR=0.880;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=37;WE=154523691;WS=154523673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,43:0.54:80
chr4	154525138	rs36023829	A	G	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.975;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=51;PP=1445;ReadPosRankSum=-1.465;SC=CAAAACCAGCACAGCTGCGGC;SOR=0.665;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=210;TCF=110;TCR=100;TR=103;WE=154525146;WS=154525128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,108:0.48:223
chr4	154542161	rs3761657	C	A	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=209;SC=AAATGTTTATCTCTTAAGATT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=154542169;WS=154542151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	154542814	rs7663417	G	T	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.56;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	154544267	rs2289319	G	A	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=15;PP=456;SC=AGGCACTCTCGGTGGCCCTTC;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=154544275;WS=154544257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	154553833	rs41280471	A	G	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.83;ReadPosRankSum=2.555;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,52:0.58:90
chr4	154553973	rs35897141	G	A	2113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.440;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=53;PP=1345;ReadPosRankSum=-1.535;SC=TTCAGGAGTCGGCCCCGGTTC;SOR=0.875;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=181;TCF=90;TCR=91;TR=98;WE=154553981;WS=154553963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,104:0.53:197
chr4	154557383	rs142471814	ATG	A	2013.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=1407;ReadPosRankSum=-0.282;SC=GTATTCGCTGATGTGTATTCA;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=36;WE=154557392;WS=154557373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,53:0.65:81
chr4	154557405	rs3214684	CT	C	1148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=10;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=610;ReadPosRankSum=-0.634;SC=CTTTCTAAGGCTTTTTTTTTT;SOR=0.566;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=44;WE=154557413;WS=154557395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,71:0.63:112
chr4	154624656	rs3804099	T	C	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.023;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=42;PP=865;ReadPosRankSum=-0.549;SC=CAATTCAGAATGTAAGTCATC;SOR=0.927;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=183;TCF=93;TCR=90;TR=81;WE=154624664;WS=154624646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,88:0.44:199
chr4	154625682	rs5743700	C	T	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=32;PP=1158;ReadPosRankSum=-0.706;SC=CCTGTGAATTCCTCTCCTTCA;SOR=0.559;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=93;TCR=68;TR=75;WE=154625690;WS=154625672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,79:0.48:165
chr4	154631543	rs2405432	A	T	6567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=129;NR=100;PP=2965;SC=TAGTGAATAGATAATGCCTTG;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=129;TCR=100;TR=229;WE=154631551;WS=154631533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr4	154631587	rs1337	C	G	2238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.14;ReadPosRankSum=1.604;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,118:0.48:245
chr4	154633580	rs33952548	GA	G	958.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.394;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=796;ReadPosRankSum=2.358;SC=TATATCCCCAGAAACATTCAA;SOR=1.215;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=24;WE=154633588;WS=154633570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr4	154633734	rs2289318	G	C	2488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=57;PP=1384;ReadPosRankSum=-0.887;SC=GAAAGCTGAAGCATCTTGTTA;SOR=0.728;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=234;TCF=118;TCR=116;TR=112;WE=154633742;WS=154633724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,126:0.49:258
chr4	154641489	rs1439166	T	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=1.014;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr4	154644454	rs1456384	T	C	3270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr4	154644537	rs10517577	T	C	2598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=-1.437;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,138:0.46:297
chr4	154669733	rs62325093	G	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.951;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=402;ReadPosRankSum=2.321;SC=AACATGTCCTGGAAAAAAACA;SOR=1.791;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=23;WE=154669741;WS=154669723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr4	154669993	rs145820112	C	CAAAA	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=2.556;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.862;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr4	154709480	rs3810765	G	A	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.811;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,57:0.49:116
chr4	154709856	rs6535952	A	C	4024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=69;PP=1948;SC=GCAGGTTGGCAGGGATGGGCT;SOR=1.031;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=62;TCR=69;TR=131;WE=154709864;WS=154709846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr4	155156207	rs7655799	G	A	6391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=135;NR=87;PP=2965;SC=CTTTTCTAACGTCAGCCAGGA;SOR=1.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=223;TCF=135;TCR=88;TR=222;WE=155156215;WS=155156197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr4	155161666	rs6535989	C	T	4949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=56;PP=2965;SC=GCTTTGGTTTCGGCATCTCTT;SOR=1.249;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=107;TCR=56;TR=163;WE=155161674;WS=155161656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr4	155180623	.	TTC	T	42	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=59.76;NF=3;NR=2;PP=42;QD=10.2;SC=CTTGTAATAATTCTCTCTCTC;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=5;WE=155180632;WS=155180618;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,5:0.25:20
chr4	155180652	rs147630053	CCA	C	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=8.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=2.558;QD=6.13;ReadPosRankSum=-2.612;SOR=0.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr4	155190927	rs11412936	T	TA	164.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=61.34;NF=2;NR=1;PP=71;SC=TAGGCTAGCTTAAAAAATTCT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=155190935;WS=155190917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	155225784	rs70947158	AAAACAAAC	A	806.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=3;PP=1151;SC=CTGTCTTAAAAAAACAAACAA;SOR=1.609;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=10;WE=155225799;WS=155225779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	155243573	rs13109747	C	T	5437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=91;NR=94;PP=2957;SC=TATAATCATACGAAAGTATTG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=91;TCR=95;TR=185;WE=155243581;WS=155243563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr4	155243604	rs1352714	T	C	4055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=76;PP=2469;SC=TATTTCACCATTGTTGGCGTC;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=62;TCR=76;TR=138;WE=155243612;WS=155243594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr4	155244401	rs140019361	TTTTG	T	1381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.442;NF=1;NR=15;PP=792;ReadPosRankSum=2.099;SC=CAGGTCAGGATTTTGTTTGTT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=16;WE=155244412;WS=155244391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
chr4	155244475	rs12500437	G	T	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	155250915	rs993975	G	C	98.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	155252934	rs4696548	C	T	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=28;PP=878;SC=CTCGAGCTATCTGAGTTTCAG;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=155252942;WS=155252924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	155256205	rs6858712	G	A	4515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=83;PP=2758;SC=GACCATCAACGAAAGTGTGGT;SOR=1.118;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=66;TCR=85;TR=149;WE=155256213;WS=155256195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr4	155287317	rs10005849	G	C	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=8;PP=422;SC=TAGTTAAGCAGAAACTTTATA;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=155287325;WS=155287307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	155287535	rs10017772	T	C	1937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=34;PP=892;SC=AAACACAGGATGATTATCATT;SOR=0.920;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=67;WE=155287543;WS=155287525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	155295076	rs11721758	A	G	6308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr4	155305491	rs34927139	C	T	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.288;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=484;ReadPosRankSum=1.380;SC=TATGGCCCTCCTCCTCATGCA;SOR=1.460;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=30;WE=155305499;WS=155305481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr4	155312411	rs62331900	G	A	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=1.276;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,108:0.50:214
chr4	155407407	rs4346631	A	T	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=8;PP=696;SC=AGGTCTCGTCAGGGCATGAGA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=155407415;WS=155407397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	155407569	rs12501998	T	C	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=58;NR=60;PP=1563;SC=TTTTATCAGATGACATGGTAT;SOR=0.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=58;TCR=60;TR=118;WE=155407577;WS=155407559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr4	155407680	rs13151559	A	G	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=28;PP=896;SC=AAGCTGTAAAAGAGGAAAACT;SOR=1.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=155407688;WS=155407670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	155410650	rs72731014	T	C	3533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.194;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=42;PP=1140;ReadPosRankSum=0.183;SC=CGGTCTAGAGTCCGGATAGTG;SOR=0.795;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=172;TCF=93;TCR=79;TR=85;WE=155410658;WS=155410640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,97:0.49:196
chr4	155410667	rs55810732	G	A	3677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=44;PP=1110;ReadPosRankSum=-0.505;SC=AGTGCTGATCGCACCGCTTTC;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=95;TCR=83;TR=92;WE=155410675;WS=155410657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,104:0.52:201
chr4	155410731	rs72731016	G	C	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=34;PP=1328;ReadPosRankSum=0.222;SC=ATCTTTGATTGCAGGGAGCCG;SOR=0.576;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=151;TCF=92;TCR=59;TR=82;WE=155410739;WS=155410721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,89:0.53:168
chr4	155410822	rs4696593	G	A	2285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=46;PP=1538;ReadPosRankSum=-0.613;SC=CATCGGAGGCGCTGACCCACA;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=201;TCF=113;TCR=88;TR=105;WE=155410830;WS=155410812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,106:0.50:210
chr4	155411065	rs7656522	T	C	15701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=294;NR=249;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.719;SC=GGCCGCCGGGTAGCAACGCGA;SOR=0.268;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=546;TCF=295;TCR=251;TR=543;WE=155411073;WS=155411055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,584:1.00:585
chr4	155411104	rs6536016	A	C	17206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=665;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=325;NR=296;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.811;SC=CCAAGGACAGAGAGATGCTCC;SOR=0.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=623;TCF=325;TCR=298;TR=621;WE=155411112;WS=155411094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,662:1.00:663
chr4	155411649	rs13130030	G	A	2968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=1.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.36;ReadPosRankSum=1.931;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,161:0.45:355
chr4	155411939	rs17373874	A	C	1979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=41;PP=1194;ReadPosRankSum=-1.131;SC=ATCGTGGGCAACTGGCAGGCG;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=90;TCR=74;TR=91;WE=155411947;WS=155411929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,96:0.55:175
chr4	155412464	rs13149269	C	T	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=717;ReadPosRankSum=-2.184;SC=CGGAGCCCGCCGCTGCTGACG;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=52;TCR=66;TR=58;WE=155412472;WS=155412454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,64:0.48:132
chr4	155457781	rs71970519	CT	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr4	155458728	rs7668014	C	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=366;ReadPosRankSum=-1.042;SC=GGGAATACTACGGTTATAAAA;SOR=0.696;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=29;WE=155458736;WS=155458718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr4	155459194	rs7668818	A	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.856;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr4	155460097	rs62330409	T	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=0.405;SC=AGCAAAATAGTGCATGAGGAA;SOR=0.412;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=5;WE=155460105;WS=155460087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr4	155460459	rs12642770	T	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=57;ReadPosRankSum=1.069;SC=AAAACACATATGTTCTAAATG;SOR=1.179;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=8;WE=155460467;WS=155460449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr4	155461113	rs7671792	T	C	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.65;ReadPosRankSum=-0.223;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,65:0.53:122
chr4	155461687	rs62330410	A	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=272;ReadPosRankSum=0.337;SC=TGAAACCGAAAGTGCACCCTA;SOR=0.608;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=19;WE=155461695;WS=155461677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr4	155462148	rs7700005	A	T	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=584;ReadPosRankSum=-0.335;SC=AATTTTAGAAACCTGATTATT;SOR=0.223;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=40;WE=155462156;WS=155462138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,42:0.55:76
chr4	155465535	rs62330413	A	G	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.463;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,59:0.57:104
chr4	155466869	rs62330417	C	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=170;ReadPosRankSum=2.179;SC=AGTTTTAGGGCTATGAAATAT;SOR=0.656;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=12;WE=155466877;WS=155466859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr4	155466935	rs11935584	T	C	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,55:0.51:108
chr4	155467187	rs11940724	A	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=244;ReadPosRankSum=-0.794;SC=GGAAAATGTCATATAATAGTT;SOR=0.739;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=22;WE=155467195;WS=155467177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
chr4	155469959	rs11451354	G	GA	919.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=5.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=2.157;QD=7.30;ReadPosRankSum=1.755;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,63:0.50:126
chr4	155505241	rs148317511	A	AGAAGACAGAGTGCTCCCATTCCCACTTC	756.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=0;PP=1120;SC=TCTCTAGCAAAGAAGACAGAG;SOR=5.421;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=3;WE=155505249;WS=155505231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	155507590	rs6050	T	C	19481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=738;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=335;NR=352;PP=2965;SC=CAGCTTCCAGTACTTCCAGGT;SOR=0.760;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=689;TCF=336;TCR=353;TR=687;WE=155507598;WS=155507580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,736:1.00:736
chr4	155508627	rs2070018	G	A	8027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr4	155510224	rs7656433	A	T	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=193;SC=TTCCTACCCTATCTCTTCCAG;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=155510232;WS=155510214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	155525276	rs2066865	G	A	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=3;PP=164;SC=GTCAATAAAGGTACCATGTAT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=155525284;WS=155525266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	155525970	rs1049636	G	A	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=31;NR=13;PP=702;SC=GTCAATAGAAGTTAGCAGTTA;SOR=1.414;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=44;WE=155525978;WS=155525960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	155718171	rs57686041	A	ATT	250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=124;SC=GCTTTAAGACATTTTTTTTTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=155718179;WS=155718161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	155719919	rs33918255	AT	A	333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;MQRankSum=1.105;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.776;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr4	155720274	rs156502	T	C	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=42;PP=1064;ReadPosRankSum=-1.083;SC=AGCATCTTAATGGTCAGATTA;SOR=0.573;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=177;TCF=101;TCR=76;TR=94;WE=155720282;WS=155720264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,99:0.51:194
chr4	155747891	rs34828322	CTTT	C	1921.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=9.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.175;QD=15.75;ReadPosRankSum=0.669;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,79:0.65:122
chr4	156135676	rs1047214	C	T	5356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=87;PP=2965;SC=TTGAGATCATCCCGGACTTTG;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=90;TCR=87;TR=177;WE=156135684;WS=156135666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr4	156136027	rs2880415	C	T	5937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr4	156271269	rs17377470	A	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.436;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr4	156273768	rs2305050	T	C	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	156274377	rs1058992	T	C	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=-1.835;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr4	156274584	rs10004913	T	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=57;ReadPosRankSum=1.309;SC=ACATATACATTTATCTTTAGT;SOR=0.446;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=4;WE=156274592;WS=156274574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr4	156274606	rs33994283	CATT	C	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=197;SC=CTCTGATATTCATTATACTTA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=156274616;WS=156274596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	156276076	rs3775248	A	G	155.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5436;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=118;ReadPosRankSum=1.465;SC=AAATGTATAAAGTAAAACAGA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=156276084;WS=156276066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr4	156276096	rs3775249	G	A	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=280;SC=AAGTAAAACCGGAAATCATTT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=156276104;WS=156276086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	156276289	rs2341894	C	T	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	156276317	rs2880181	A	G	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=19;PP=629;SC=CCACTCCTATAAGAACAAGAA;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=156276325;WS=156276307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	156276433	rs2341893	C	T	142.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=83;SC=CTATTCTACTCTAAAAAAGAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=156276441;WS=156276423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	156276742	rs34426198	ACT	A	618.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=711;SC=TTAAAAGGAAACTCTTTCTCA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=156276751;WS=156276732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	156276788	rs6857158	G	T	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=10;PP=874;SC=TTTCTATCAGGATTACTTTAT;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=156276796;WS=156276778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	156276841	rs6834126	T	C	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=38;PP=1615;SC=TCATTCTTCTTCTCTTAAAAA;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=90;WE=156276849;WS=156276831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	156283302	rs6829123	G	A	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	156289900	rs3733390	C	T	3123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.989;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=75;PP=1745;ReadPosRankSum=-1.032;SC=TTTTCTTTTTCAACATACTCC;SOR=0.844;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=260;TCF=124;TCR=136;TR=137;WE=156289908;WS=156289890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,153:0.54:284
chr4	156289917	rs3733391	G	A	2882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.967;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=65;PP=1701;ReadPosRankSum=-1.111;SC=CTCCTTGGCCGAGGTGATGGT;SOR=0.783;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=230;TCF=110;TCR=120;TR=122;WE=156289925;WS=156289907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,136:0.54:253
chr4	156290032	rs3733392	G	C	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=486;ReadPosRankSum=-1.189;SC=CTCTCTGGGTGCTACCATACT;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=24;WE=156290040;WS=156290022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr4	156294624	rs34053877	G	GA	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=94;ReadPosRankSum=-1.211;SC=AAATGGAAAAGAAAAATGTTT;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=156294632;WS=156294614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr4	156295965	rs11723273	T	C	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.460;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=550;ReadPosRankSum=-0.826;SC=CTAAAATTAGTGAATGCTTAG;SOR=0.838;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=112;TCF=71;TCR=41;TR=50;WE=156295973;WS=156295955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,56:0.46:122
chr4	156296868	rs986416	T	A	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.74;ReadPosRankSum=-0.758;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
chr4	156297060	rs17377679	A	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=220;ReadPosRankSum=3.428;SC=TCAACTTCTGATAGTAGCTGA;SOR=0.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=14;WE=156297068;WS=156297050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr4	156632391	rs11944673	A	G	3969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=79;PP=2335;SC=ACTCTGTGAAAAAATCTTCAA;SOR=1.156;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=58;TCR=79;TR=137;WE=156632399;WS=156632381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr4	156643183	rs2306554	C	A	6871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=130;NR=104;PP=2965;SC=TTATTTTTTGCTTTCAGATGC;SOR=0.748;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=130;TCR=104;TR=234;WE=156643191;WS=156643173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr4	156680340	rs1459845	G	T	4713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=3.001;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.90;ReadPosRankSum=-0.838;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,180:0.99:182
chr4	156757789	rs113590442	G	GA	225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=2;PP=168;SC=TTTCAATAAAGAAAAAAAAAT;SOR=2.670;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=9;WE=156757797;WS=156757779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	156757818	rs1399046	A	C	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=5;PP=456;SC=ATTATCAATAATTTAAAAGGC;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=156757826;WS=156757808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	156784970	rs932081	C	T	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=11;PP=295;SC=TAATGCTATCCGTAAAAAAAC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=156784978;WS=156784960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	156787214	rs1399044	A	G	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=1;PP=386;SC=TATATTACTTATATTGTGTTC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=156787222;WS=156787208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	156787340	rs6848883	G	A	3166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr4	156826166	rs2137778	C	G	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=7;PP=490;SC=TACTAAAGTTCATAAAAACCA;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=156826174;WS=156826156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	156832715	rs116105292	A	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=147;ReadPosRankSum=1.122;SC=GCTTGAAAAAAATATCACCAG;SOR=0.641;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=16;WE=156832723;WS=156832705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr4	156839462	rs2292537	C	T	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=24;PP=683;SC=TATACATTTGCTATCTAAAAA;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=156839470;WS=156839452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	156847230	rs1543108	A	G	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;QD=31.84;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	156847237	rs10714400	AG	A	1582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=1033;SC=GGGAAAAAAAAGGAATTATTA;SOR=1.157;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=25;WE=156847245;WS=156847220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	156874833	rs2292538	G	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=63;ReadPosRankSum=-0.769;SC=GAGGGAGCAGGGACAGATCCC;SOR=0.859;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=9;WE=156874841;WS=156874823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr4	156874849	rs7671674	G	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.80;ReadPosRankSum=1.721;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr4	157563266	rs7658059	A	G	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=4;PP=479;SC=TTGCCTGAGAAAGGCTAGACA;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=157563274;WS=157563263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	157563543	rs74666696	A	G	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=579;ReadPosRankSum=2.272;SC=TCATTTTCCTAGACTCTGAGT;SOR=0.712;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=42;WE=157563551;WS=157563533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,49:0.47:105
chr4	157684248	rs3815861	T	C	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=557;ReadPosRankSum=-0.129;SC=GCGGCTATCCTCCTGTGCTCC;SOR=0.759;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=42;WE=157684256;WS=157684238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
chr4	157700394	rs17035231	A	G	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.696;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=44;PP=1049;ReadPosRankSum=0.345;SC=GAATTCATTCAAAAAGTTATC;SOR=0.601;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=42;TCR=77;TR=69;WE=157700402;WS=157700384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,74:0.57:129
chr4	158005913	rs6823927	C	T	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.212;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=242;ReadPosRankSum=-1.955;SC=TTATTCAATGCCACTATATGC;SOR=0.308;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=24;WE=158005921;WS=158005903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr4	158041591	rs11932115	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.56;ReadPosRankSum=-0.855;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr4	158041896	rs3775724	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=0.780;SC=TATTTTATATGTATATGCTTT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=5;WE=158041904;WS=158041886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr4	158043559	rs41280501	C	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=319;ReadPosRankSum=1.388;SC=GGTAAGATTGCAATTAATTTA;SOR=0.428;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=29;WE=158043567;WS=158043549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr4	158065038	rs12507409	T	C	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	158073913	rs1801154	T	C	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=406;ReadPosRankSum=-2.061;SC=GCACAACCCTTGCCGCTGAGC;SOR=0.767;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=94;TCF=56;TCR=38;TR=41;WE=158073921;WS=158073903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,47:0.45:105
chr4	159076679	rs6830475	C	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.139;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=310;ReadPosRankSum=0.343;SC=ATAAAAACTCCAGGTGCTGAA;SOR=2.066;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=16;WE=159076687;WS=159076669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr4	159076826	rs6830702	C	T	5664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=112;NR=79;PP=2965;SC=CAGTACAACCCGATTCAGGCT;SOR=0.977;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=113;TCR=79;TR=191;WE=159076834;WS=159076816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr4	159158677	rs12504074	G	A	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=547;ReadPosRankSum=0.647;SC=GTTTTGTAAGGGGCTGCAGTC;SOR=0.658;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=45;WE=159158685;WS=159158667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,51:0.44:116
chr4	159538140	rs11321888	CA	C	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=6.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.536;QD=2.77;ReadPosRankSum=1.663;SOR=0.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr4	159568383	rs13111939	A	G	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=19;PP=502;SC=ATGTTCACAAATTTTTATTTC;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=159568391;WS=159568373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	159601676	rs11559290	C	T	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	159620035	rs7679753	A	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=39;ReadPosRankSum=0.170;SC=CTTTTGAGTAAAAGAAATTTA;SOR=0.446;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=6;WE=159620043;WS=159620031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr4	159629814	rs17843966	A	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=0.573;SC=AAAATTTTATACTATATGTAA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=159629822;WS=159629804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr4	159630817	rs8396	T	C	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=197;ReadPosRankSum=1.249;SC=ATCATATTCATAGACAAAAAC;SOR=0.385;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=14;WE=159630825;WS=159630807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr4	159631991	rs9410	G	T	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=470;ReadPosRankSum=-1.274;SC=GATGGGTCTAGTTCAAGAGCC;SOR=0.750;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=34;WE=159631999;WS=159631981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,40:0.43:93
chr4	159640565	rs7666472	G	C	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=24;PP=690;SC=CCTGTTTGTCGCTCCCCACCC;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=159640573;WS=159640555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	159644494	rs2070630	G	C	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.69;ReadPosRankSum=-1.062;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,62:0.55:112
chr4	159644501	rs2070629	C	T	2078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.58;ReadPosRankSum=0.944;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,54:0.53:101
chr4	159690622	rs55960593	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=0.557;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr4	159690640	rs59971723	C	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=3.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.08;ReadPosRankSum=-0.822;SOR=0.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr4	159782889	rs62001915	G	T	2148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.005;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=44;PP=1085;ReadPosRankSum=0.203;SC=GAACATGCTGGCCAAAACACA;SOR=0.776;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=191;TCF=97;TCR=94;TR=86;WE=159782897;WS=159782879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,108:0.46:235
chr4	159858736	rs11737459	T	A	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=795;ReadPosRankSum=0.516;SC=CATCCAACTGTTTAATCAAGA;SOR=0.745;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=103;TCF=44;TCR=59;TR=56;WE=159858744;WS=159858726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,61:0.53:115
chr4	159881479	rs9784569	T	C	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=231;ReadPosRankSum=0.017;SC=CAAGAGAAGCTTGACTTAGTT;SOR=0.656;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=18;WE=159881487;WS=159881469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr4	159894250	rs619128	C	T	3949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr4	159894305	rs662473	T	C	5166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=99;NR=79;PP=2454;SC=CCAATTTCACTGACGTACTCA;SOR=0.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=100;TCR=79;TR=178;WE=159894313;WS=159894295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr4	160050073	rs13133931	G	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.58;ReadPosRankSum=1.501;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr4	160050096	rs35299335	G	A	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=-0.748;QD=13.07;ReadPosRankSum=2.297;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr4	160107918	rs10014197	T	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=0.233;SC=TTGAAGCATGTAACAATTTAA;SOR=0.443;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=18;WE=160107926;WS=160107908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr4	160114277	rs6834634	G	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.79;ReadPosRankSum=2.855;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr4	160162315	rs11944449	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-1.525;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr4	160225430	rs13103075	T	A	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.478;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,60:0.47:128
chr4	160244872	rs33969988	A	AT	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=1.072;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr4	160251417	rs10692663	A	ATG	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.489;NF=4;NR=1;PP=236;ReadPosRankSum=-0.854;SC=GTATATGTATATGTGTGTGTG;SOR=1.329;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=5;WE=160251425;WS=160251407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr4	160260209	rs13127789	G	T	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=15;PP=870;ReadPosRankSum=0.595;SC=TTGCTTAATTGCATTGCCATA;SOR=0.659;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=81;TCR=30;TR=57;WE=160260217;WS=160260199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,62:0.52:119
chr4	160271268	rs11320537	GT	G	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.809;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr4	160274180	rs10034898	G	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=120;ReadPosRankSum=1.530;SC=GAATTTTTCTGCCATCCCAGT;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=8;WE=160274188;WS=160274170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr4	160277276	rs1135004	C	T	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.754;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=587;ReadPosRankSum=-0.125;SC=GCCTCGCCCCCTATCAGTCCC;SOR=0.856;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=95;TCF=40;TCR=55;TR=40;WE=160277284;WS=160277266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,45:0.43:105
chr4	162380521	rs140036351	T	TA	542.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=451;ReadPosRankSum=1.073;SC=ACTATTAGTTTAAAGCTAGGC;SOR=0.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=14;WE=162380529;WS=162380511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr4	162431695	rs72683746	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=2.808;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=36;ReadPosRankSum=2.655;SC=TGTATATAAACGTAGTGAAGT;SOR=1.981;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=4;WE=162431703;WS=162431685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr4	162459299	rs4691769	T	C	3282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=35;PP=2106;SC=TGTGTGCTGTTGGGTGGTTCT;SOR=1.589;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=77;TCR=35;TR=112;WE=162459307;WS=162459289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	162463668	rs72685743	A	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr4	162697058	rs72689202	C	T	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.607;SOR=1.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr4	162841814	rs5863499	T	TA	1634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.424;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.237;NF=3;NR=42;PP=676;ReadPosRankSum=0.193;SC=CCTGAAGAATTAAAAAAAAAT;SOR=1.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=4;TCR=55;TR=45;WE=162841822;WS=162841804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr4	162954926	rs60202022	A	G	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.40;ReadPosRankSum=-0.578;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,42:0.61:69
chr4	162954959	rs72372775	A	AT	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=-2.637;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr4	164048199	rs4691895	G	C	4533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr4	164067105	rs28584666	T	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=-1.465;SC=CAACATAATTTAAAAAAAAAT;SOR=0.086;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=164067113;WS=164067095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr4	164085425	rs4691896	T	C	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	164087954	rs936562	A	T	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=43;PP=1192;SC=CCAGAAATAGAAAAACAACTT;SOR=1.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=64;WE=164087962;WS=164087944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	164533316	rs907431	A	G	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=6;PP=345;SC=AAAAAGAACAATGTAAATAAA;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=164533324;WS=164533306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	164621883	rs9308064	T	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.81;ReadPosRankSum=0.062;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr4	165118094	rs1864598	C	A	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=0.000;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,68:0.50:135
chr4	165118253	rs2288676	T	C	4819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.936;NF=124;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=1.338;SC=TTCATCCTCCTCGTCCCCTCC;SOR=0.637;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=493;TCF=263;TCR=230;TR=237;WE=165118261;WS=165118243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,238:0.46:512
chr4	165118652	rs2288675	C	T	3821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=85;PP=2398;ReadPosRankSum=-2.405;SC=CCCTGAGACTCTTAGTTCAAG;SOR=0.771;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=332;TCF=168;TCR=164;TR=169;WE=165118660;WS=165118642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,184:0.51:359
chr4	165118796	rs2288674	G	A	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.179;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.559;NF=21;NR=35;PP=778;ReadPosRankSum=0.844;SC=GTTGTCCAGGGCAAGTTCTTT;SOR=1.087;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=121;TCF=50;TCR=71;TR=56;WE=165118804;WS=165118786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,63:0.45:140
chr4	165878609	rs3196673	T	A	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=616;ReadPosRankSum=0.028;SC=GGTTTGGGTCTGCAGTGGGCT;SOR=0.671;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=43;WE=165878617;WS=165878599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,48:0.57:84
chr4	165891214	rs201160598	T	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.439;NF=13;NR=16;PP=274;ReadPosRankSum=-1.649;SC=GGCCTAGCTCTCTAGAGCTCA;SOR=0.593;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=46;TCR=58;TR=29;WE=165891222;WS=165891204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,24:0.25:97
chr4	165891229	.	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.03;MQRankSum=-3.883;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.499;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,11:0.19:59
chr4	165891236	.	A	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.97;MQRankSum=-3.533;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.698;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,10:0.19:53
chr4	165891247	rs201936482	A	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.73;MQRankSum=-2.323;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.954;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr4	166159933	rs201033884	A	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.53;MQRankSum=-4.561;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.504;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,28:0.31:89
chr4	166199345	rs55806488	C	T	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-0.153;QD=11.42;ReadPosRankSum=-1.194;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,108:0.55:197
chr4	166215662	.	C	CT	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.680;QD=1.74;ReadPosRankSum=1.106;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr4	166231868	rs28678193	A	G	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=348;ReadPosRankSum=-0.865;SC=TAAATGGATTATTATACGCTG;SOR=0.877;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=23;WE=166231876;WS=166231858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr4	166235111	rs140793959	A	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=303;ReadPosRankSum=-0.464;SC=AGTCATTTAAATAAACCTAAT;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=16;WE=166235119;WS=166235101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr4	166243082	rs60759634	A	G	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.406;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=462;ReadPosRankSum=-2.007;SC=TGATTTGTACAGTTCCTCCTG;SOR=1.414;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=32;WE=166243090;WS=166243072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr4	166259161	rs12501541	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr4	166307262	rs11100610	T	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CTTCTCTCTATCTCCCAAATT;SOR=1.492;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=4;WE=166307270;WS=166307252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr4	166307302	rs12509669	G	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.74;ReadPosRankSum=0.117;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr4	166928911	rs12649793	C	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=143;ReadPosRankSum=-1.134;SC=TTCAATATTGCTTTTCAATAT;SOR=1.473;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=10;WE=166928919;WS=166928901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr4	166929276	rs3775321	A	G	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=321;ReadPosRankSum=-0.310;SC=TATGCCTGACATTAGAACTAG;SOR=0.213;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=24;WE=166929284;WS=166929266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr4	167012241	rs377180243	GTTT	G,GTT	2001.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=8;PP=799;SC=TGAGTGATTTGTTTTTTTTTA;SOR=2.356;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=30;WE=167012258;WS=167012231;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:44
chr4	167012250	.	T	TAA	2269.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=2.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	167012381	rs2654492	G	A	6240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=113;NR=94;PP=2965;SC=TTGGACGACTGTGTGGCAACA;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=113;TCR=94;TR=207;WE=167012389;WS=167012371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr4	167012480	rs2646914	T	C	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=58;PP=1910;SC=GCTTTCAAGCTACACATTCTA;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=106;WE=167012488;WS=167012470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr4	167012506	rs2254420	A	G	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	167012543	rs2654493	T	C	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=35;PP=1001;SC=ATCCAGGTTTTTCTTCTGGTG;SOR=2.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=167012551;WS=167012533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	167020778	rs72361647	CA	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.141;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr4	167656278	rs12499704	A	C	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.09;ReadPosRankSum=-1.306;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr4	167675635	rs2305593	G	A	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.997;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=24;PP=990;ReadPosRankSum=-1.078;SC=AACTATTTGCGTCTGTAAGGG;SOR=0.548;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=149;TCF=104;TCR=45;TR=77;WE=167675643;WS=167675625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,87:0.52:166
chr4	167932327	rs2558141	T	C	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=790;ReadPosRankSum=0.422;SC=TAAAATATAATACAAATTGAG;SOR=0.887;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=120;TCF=78;TCR=42;TR=52;WE=167932335;WS=167932317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,53:0.42:126
chr4	167932509	rs10517920	C	T	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=537;ReadPosRankSum=-1.676;SC=CCTATTCAAACAACCTCTCTA;SOR=0.636;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=45;WE=167932517;WS=167932499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,50:0.47:107
chr4	168004426	rs13117458	C	T	2986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=63;PP=1711;ReadPosRankSum=2.092;SC=TTCCTCCAACCAAGCCCAAAT;SOR=0.622;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=266;TCF=135;TCR=131;TR=128;WE=168004434;WS=168004416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,146:0.50:294
chr4	169049106	rs10002305	T	C	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=3;PP=783;SC=AACTCCTGACTTCAGGTGATC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=169049114;WS=169049096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr4	169143035	rs17611179	G	A	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;PP=942;ReadPosRankSum=0.382;SC=AGAGTAACCTGAAAAAATACG;SOR=0.671;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=49;TCR=65;TR=68;WE=169143043;WS=169143025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,75:0.60:125
chr4	169143091	rs72971438	C	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.552;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=165;ReadPosRankSum=-1.565;SC=TTGATAATTTCTTATGTGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=13;WE=169143099;WS=169143081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr4	169145268	rs17526539	T	G	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=82;ReadPosRankSum=1.062;SC=ATATATCTGTTGATACACCCA;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=10;WE=169145288;WS=169145258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr4	169158369	rs7663589	T	G	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	169158471	rs6552559	T	G	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.22;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr4	169158531	rs3805396	T	C	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.03;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,58:0.56:103
chr4	169172006	.	GA	G	59	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=59;QD=16.6;SC=AATTACATGAGAAAAAAAGAA;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=5;WE=169172014;WS=169171996;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr4	169172098	rs17053841	C	T	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=544;ReadPosRankSum=1.331;SC=GAAGAAAATTCACCTACCCTA;SOR=0.785;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=37;WE=169172106;WS=169172088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,38:0.45:84
chr4	169177041	rs17053879	C	T	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.912;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,58:0.55:105
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chr4	169182043	rs142627596	A	G	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.302;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,33:0.36:92
chr4	169183789	rs6552581	A	G	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=7;PP=373;SC=GTTTGTCAATATTATCATCCT;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=169183797;WS=169183779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	169188780	rs576619	T	C	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.375;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr4	169188927	rs575601	C	T	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=28;PP=1530;SC=AAGATCAAGGCAATGGCAGAT;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=77;WE=169188935;WS=169188917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	169189151	rs72693142	A	G	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=631;ReadPosRankSum=-0.551;SC=AAATAAATGTACATATTATTT;SOR=0.595;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=49;WE=169189159;WS=169189141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,54:0.50:109
chr4	169190129	rs33910888	CA	C	429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.562;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,45:0.47:96
chr4	169196430	rs182434816	T	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=-0.273;SC=GCCACAATAATGAGAAACCTC;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=6;WE=169196438;WS=169196420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr4	169197297	rs550625	C	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.757;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr4	169206769	rs823282	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=1.447;SC=TTATTTACATATATCAAGTTC;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=169206777;WS=169206759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr4	169209583	rs9995999	G	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=220;ReadPosRankSum=-1.255;SC=TCCTTGTTTAGGCAAGCCCAT;SOR=0.458;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=15;WE=169209591;WS=169209573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr4	169213139	rs11723321	A	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.223;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=357;ReadPosRankSum=-0.539;SC=ACAAAAGCTGACAGCTACCTT;SOR=1.312;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=21;WE=169213147;WS=169213129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr4	169279170	rs497151	A	G	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=138;SC=AGCAGAGCTGATATCTGAGTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=169279178;WS=169279160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	169282112	rs2684346	C	T	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=102;SC=AAAAAAACAGCGTGACAGTGT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=169282120;WS=169282102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	169282232	rs2684347	G	A	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=10;PP=534;SC=CTTACACAAAGGAAGAGCTAT;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=169282240;WS=169282222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	169282355	rs2684348	T	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.659;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
chr4	169292759	rs6829368	T	C	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=16;PP=1159;SC=ACCCATAAACTTACCCATTTT;SOR=1.778;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=62;WE=169292767;WS=169292749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	169299528	rs13110927	T	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.929;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr4	169299676	rs10517990	T	G	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	169301059	rs1489232	T	C	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=270;SC=ATAGTACACATACATACTATA;SOR=3.442;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=11;WE=169301067;WS=169301049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	169311790	rs34009039	G	GT	95.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=6;PP=86;SC=ATTATTGTCAGTTTTTTTTTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=169311798;WS=169311780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	169312801	rs6840397	A	G	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=2.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.262;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,66:0.61:108
chr4	169315571	rs11337868	TA	T	1226.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=1101;SC=TTCAGCATCATAATATGCACA;SOR=3.321;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=169315579;WS=169315561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	169315760	rs3749499	C	A	6041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr4	169317082	rs4692657	G	A	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.13;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	169317225	rs61995743	T	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.76;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr4	169327191	rs3762856	C	T	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=265;ReadPosRankSum=-0.798;SC=TAATGACTATCTTATTCTTAA;SOR=0.701;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=25;WE=169327199;WS=169327181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr4	169336662	rs4692661	T	C	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	169341435	rs2130145	A	G	4704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr4	169341537	rs62334143	T	A	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=44;PP=1160;ReadPosRankSum=-2.490;SC=AGGGACTGATTGACAAGAAAA;SOR=0.500;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=164;TCF=76;TCR=88;TR=85;WE=169341545;WS=169341527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,87:0.51:171
chr4	169341614	.	TACACACACACACAC	T,TAC	804.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=40.24;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,14:0.30,0.70:20
chr4	169348435	rs2712120	T	C	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.488;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=719;ReadPosRankSum=0.338;SC=GAAATGACTTTTTCTTACTCT;SOR=0.530;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=102;TCF=52;TCR=50;TR=58;WE=169348452;WS=169348425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,64:0.54:118
chr4	169351749	.	C	A	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=490;ReadPosRankSum=0.893;SC=AATCCTGAATCTTTTTCAGGA;SOR=0.625;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=39;WE=169351757;WS=169351739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,42:0.52:81
chr4	169362557	rs13151700	C	G	1903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=1.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.90;ReadPosRankSum=1.517;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,104:0.43:241
chr4	169369820	rs2712113	T	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=-1.505;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr4	169369853	rs2712114	A	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=118;ReadPosRankSum=-1.728;SC=CATACAAGTCAGAAACATGAT;SOR=1.096;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=13;WE=169369861;WS=169369843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr4	169369920	rs12507582	C	T	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.01;ReadPosRankSum=-0.294;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr4	169374487	rs2634953	A	G	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=326;ReadPosRankSum=0.550;SC=GTGAAATGGCATTGAAATAGG;SOR=0.751;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=28;WE=169374495;WS=169374477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,31:0.37:83
chr4	169382822	rs5863935	A	AC	550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=250;ReadPosRankSum=-0.701;SC=AGAAATCAGGAAAAAAATGAG;SOR=0.527;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=11;WE=169382830;WS=169382812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr4	169393179	rs12505232	T	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=137;ReadPosRankSum=-1.030;SC=AGCTACTGTTTGTTGAGTACC;SOR=0.293;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=8;WE=169393187;WS=169393169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr4	169393595	rs13149639	A	G	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.672;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,51:0.55:92
chr4	169393972	rs113626526	G	GA	1422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=32;PP=938;ReadPosRankSum=-0.670;SC=TGTAATAAAAGAAAAAATAGA;SOR=0.770;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=73;TCF=7;TCR=66;TR=34;WE=169393980;WS=169393962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,71:0.58:122
chr4	169432673	rs61051061	C	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.02;ReadPosRankSum=-1.356;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr4	169432841	rs1806729	G	A	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.234;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr4	169433326	rs7655494	TG	CA	2465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.233;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.34;ReadPosRankSum=1.178;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,66:0.38:172
chr4	169433333	rs7673220	C	T	2470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.53;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,67:0.39:170
chr4	169433444	rs72695199	C	T	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.513;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=50;PP=1168;ReadPosRankSum=-0.454;SC=AGCCCCACAGCGCCCTCCACT;SOR=0.824;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=243;TCF=121;TCR=122;TR=97;WE=169433452;WS=169433434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,103:0.39:267
chr4	169589214	rs2723705	T	C	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.276;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=423;ReadPosRankSum=-1.836;SC=AACACTGACATTGTTTTTTTT;SOR=0.283;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=25;WE=169589222;WS=169589204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
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chr4	169835134	rs1059444	A	G	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
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chr4	169923363	.	CA	C	106.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=1.169;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr4	169927109	rs17543549	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=0.399;SC=AGATGGTATACTATTATTTCC;SOR=0.551;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=13;WE=169927117;WS=169927099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr4	169931268	rs28371817	G	A	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=2.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,69:0.49:140
chr4	170017860	rs1471172	G	A	5005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=98;PP=2847;SC=AGAGATTTTGGTTAAGGCGAT;SOR=1.166;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=70;TCR=98;TR=168;WE=170017868;WS=170017850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr4	170315496	rs4692721	C	T	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=8;PP=423;SC=AGAATCTTCACTGAAAAATGG;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=170315504;WS=170315486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	170354836	rs7680152	C	T	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=36;PP=1176;SC=ATAAACGTAACGAGAGACATC;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=71;WE=170354844;WS=170354826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	170354873	rs13139925	T	C	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=28;PP=849;SC=CAAGAGAATATTGAATAAACT;SOR=1.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=170354881;WS=170354863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	170428352	rs11335570	G	T	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.08;ReadPosRankSum=1.496;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr4	170483153	rs62952760	T	A	119.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.04;ReadPosRankSum=1.068;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr4	170501971	rs111989212	C	T	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.00;ReadPosRankSum=-1.417;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr4	170581570	rs4692739	G	A	4500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr4	170616918	rs2062609	G	A	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.20;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	170623928	rs60812626	CAAAAAAAAAAAA	C	669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.12;ReadPosRankSum=1.072;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr4	170628474	rs1566522	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.866;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=98;ReadPosRankSum=-0.290;SC=GAAGAAAGGAAAGCAATAAGC;SOR=0.132;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=10;WE=170628482;WS=170628464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr4	170628524	rs9996636	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.289;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=-1.083;SC=GGCAAGGGACATTATTTTATG;SOR=2.419;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=8;WE=170628532;WS=170628514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr4	170634408	rs1010713	A	G	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=595;ReadPosRankSum=-0.655;SC=ATATTTTCCGAAAGCTGGGAC;SOR=0.740;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=96;TCF=46;TCR=50;TR=45;WE=170634416;WS=170634398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,49:0.45:108
chr4	170663235	rs1047642	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr4	170663321	rs6849004	C	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.860;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=90;ReadPosRankSum=-0.708;SC=AAAGACCTTTCAAAGTTGAGC;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=6;WE=170663329;WS=170663311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr4	170678993	rs11540095	T	C	4548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=66;PP=2699;SC=GCGGCCCCTCTCCGCCGGGCC;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=86;TCR=67;TR=152;WE=170679001;WS=170678983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr4	170985855	rs201368750	A	ACCT	10377.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=62;PP=2921;ReadPosRankSum=0.247;SC=CCAGCCCTTCACCTCCCAGTT;SOR=0.817;SbPval=0.03;Source=Platypus;TC=288;TCF=74;TCR=214;TR=102;WE=170985863;WS=170985845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,271:0.45:601
chr4	170987636	rs1480544	A	G	6527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=106;PP=2965;SC=AACCCTAGAAAAAGAAAACAA;SOR=0.897;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=106;TCR=108;TR=212;WE=170987644;WS=170987626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr4	170989708	rs3214945	C	CA	238.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=21.70;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	170990029	rs17628775	T	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.31;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr4	170994554	rs5864015	GT	G	646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;MQRankSum=0.000;QD=17.96;ReadPosRankSum=0.963;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr4	170999860	rs2622068	G	A	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=25;PP=686;SC=TTGTTTATAAGGGGCCAAACA;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=170999868;WS=170999850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	171010506	rs76680776	C	T	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=39;PP=971;ReadPosRankSum=1.132;SC=CCCCTCCCTTCCAAGGCCGTG;SOR=0.471;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=142;TCF=56;TCR=86;TR=68;WE=171010514;WS=171010496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,72:0.48:151
chr4	172735897	rs3796654	C	G	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=25;PP=723;SC=AAAGATCACACAAGGATTGGT;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=33;WE=172735905;WS=172735887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	172973421	rs1505494	G	A	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=5;PP=336;SC=AGAGCCTCAAGGCAGAGAGGA;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=19;WE=172973432;WS=172973411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	172973423	rs10572855	CAG	C	1011.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=6;PP=686;SC=AGCCTCAAGGCAGAGAGGATA;SOR=2.215;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=16;WE=172973432;WS=172973411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	172973580	rs1505495	C	A	2904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.83;ReadPosRankSum=1.116;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr4	173232679	rs2136033	A	G	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=3;PP=656;SC=AATAGGCGATAATACACATTC;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=173232687;WS=173232669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	173232805	rs9312524	G	A	2387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=47;PP=1507;ReadPosRankSum=0.293;SC=TTACTGAAGAGGACCATGATG;SOR=0.595;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=126;TCR=95;TR=108;WE=173232813;WS=173232795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,115:0.50:230
chr4	173269638	rs333399	T	C	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=31;PP=1162;ReadPosRankSum=0.748;SC=AAGAGTTTTGTATTTGACACA;SOR=0.589;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=146;TCF=90;TCR=56;TR=78;WE=173269646;WS=173269628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,86:0.53:163
chr4	173269915	rs333398	C	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=161;ReadPosRankSum=-0.725;SC=TTAAAAAAGACAATGGGAGCT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=9;WE=173269923;WS=173269905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr4	173873170	rs11322401	TG	T	2621.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=29;PP=2766;SC=ATGACATTTTTGTTTTCCTGC;SOR=1.295;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=60;WE=173873178;WS=173873160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	173930479	rs4696042	A	G	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=25;PP=695;SC=GGCAGTGGGAACCAGTCGGGG;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=173930487;WS=173930469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	174090004	rs3733477	G	A	3456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=6.849;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.20;ReadPosRankSum=-1.026;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,147:0.99:149
chr4	174217122	rs4696055	A	G	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=258;ReadPosRankSum=-1.842;SC=GTTATCCCTCATCTATTTGTT;SOR=0.217;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=16;WE=174217130;WS=174217112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr4	174235094	rs73872552	A	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=1.663;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr4	174310777	rs4695833	A	T	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=5;PP=542;SC=AGGTCTGGGGAGGAGTCCAAG;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=174310785;WS=174310767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	174458022	rs3775588	T	A	2855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=-1.864;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,148:0.47:317
chr4	174458142	rs3775587	C	G	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=34;PP=638;ReadPosRankSum=0.521;SC=GATCAGATCCCTCTGGGAAAA;SOR=0.820;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=59;TCR=89;TR=56;WE=174458150;WS=174458132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,64:0.40:159
chr4	174537063	rs4413383	G	A	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=4;PP=430;SC=TGGAGATCCAGACATAAGTGA;SOR=2.584;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=21;WE=174537071;WS=174537053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	175225452	rs4695918	G	A	4229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr4	175237208	rs4695922	C	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=157;ReadPosRankSum=-0.104;SC=ATGCGGATAGCCATTTTTAAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=9;WE=175237216;WS=175237198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr4	175237408	rs1553669	T	C	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.10;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr4	175237536	rs72993320	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.271;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=106;ReadPosRankSum=-1.298;SC=AAATAGCAAACGCGAATCTTA;SOR=0.160;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=7;WE=175237544;WS=175237526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr4	175414234	rs13126570	T	C	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=0;PP=171;SC=ATTTCTTCCCTTTTTATAGCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=175414254;WS=175414229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	175414246	rs2612694	A	G	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=209;SC=TTTATAGCTTATCTAAATAAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=175414254;WS=175414229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	175414278	rs34299544	G	C	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=302;SC=TCATTTAAAAGAAAATAGACA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=175414286;WS=175414268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	175429213	rs3846298	C	T	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.745;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=475;ReadPosRankSum=1.196;SC=CCATGTTCTTCTTCTCTTTCT;SOR=1.248;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=31;WE=175429221;WS=175429203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr4	175429370	rs5864277	GT	G	2555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=36;PP=1321;ReadPosRankSum=0.107;SC=TGATGTACGAGTTAAGGAATG;SOR=0.741;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=76;TCF=5;TCR=71;TR=38;WE=175429378;WS=175429360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,83:0.52:159
chr4	175429808	rs3775977	G	A	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.295;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=459;ReadPosRankSum=1.551;SC=CAAATTACCAGTAAGAAAATG;SOR=1.127;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=29;WE=175429816;WS=175429798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr4	175443156	rs1050145	C	T	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,52:0.44:119
chr4	175443424	rs11433148	C	CT	1220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=765;ReadPosRankSum=1.011;SC=CGCGGCCTCCCTGTCTCCGCC;SOR=0.822;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=20;WE=175443432;WS=175443414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,40:0.53:76
chr4	175565245	rs4235212	T	C	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.23;ReadPosRankSum=-0.229;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,81:0.54:150
chr4	175580119	rs6553802	T	C	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=169;SC=TCCCAATTGCTTCTCTTTTCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=175580127;WS=175580109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	175580191	rs4365704	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.046;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=135;ReadPosRankSum=0.239;SC=AACCCAATACGTTTAATCACT;SOR=0.177;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=12;WE=175580199;WS=175580181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr4	175598280	rs12648678	A	G	3593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=53;PP=1722;SC=TCGTTAGCACAGTGGTTATCC;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=61;TCR=53;TR=114;WE=175598288;WS=175598270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	175598334	rs6812439	T	C	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=33;PP=882;SC=TGATCCAGAATGAAACCCAGG;SOR=1.150;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=175598342;WS=175598324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	175649861	rs1872548	T	G	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.28;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr4	175899021	rs10009483	T	C	5865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-3.108;QD=10.82;ReadPosRankSum=1.879;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,291:0.54:542
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chr4	177050062	rs71830098	CTATCAAATAAAA	C	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=2455;ReadPosRankSum=0.713;SC=ATTGTGTTTTCTATCAAATAA;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=5;WE=177050081;WS=177050047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr4	177052925	rs7699831	G	C	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.988;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=549;ReadPosRankSum=-0.983;SC=ATACATAATAGTTTTTTGTGT;SOR=0.275;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=82;TCF=20;TCR=62;TR=37;WE=177052933;WS=177052915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,41:0.46:90
chr4	177063096	rs9995480	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.560;SOR=1.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
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chr4	177081358	rs9683850	C	T	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.980;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=38;PP=887;ReadPosRankSum=-0.489;SC=ACTGGCTCACCCTTACATAAT;SOR=1.107;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=137;TCF=59;TCR=78;TR=63;WE=177081366;WS=177081348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,67:0.45:150
chr4	177082032	rs10520338	A	G	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.32;ReadPosRankSum=-1.421;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr4	177082069	rs7693453	G	C	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=678;ReadPosRankSum=-0.110;SC=TAGGCTGCTTGTGAAGGAAAT;SOR=0.486;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=50;WE=177082077;WS=177082059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,52:0.60:87
chr4	177083166	rs2877924	A	G	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=6;PP=290;SC=AAAAAGTATTAGTTTGCTTTT;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=177083174;WS=177083156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	177083333	rs12646277	A	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=-1.739;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr4	177087322	rs4388031	C	T	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=17;PP=487;SC=TTTAAGAACACATTCCTTTAA;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=177087330;WS=177087312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	177093505	rs4538426	T	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.802;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
chr4	177100644	rs11736872	G	A	2657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,133:0.49:270
chr4	177106009	rs28381989	TTCTC	T	4364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.661;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=44;PP=2541;ReadPosRankSum=0.539;SC=TCACATGTATTTCTCTATGTG;SOR=0.552;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=142;TCF=21;TCR=121;TR=55;WE=177106020;WS=177105999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,116:0.43:272
chr4	177113764	rs6857056	A	C	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=12;PP=501;SC=CAGCTGTTTCAAAGGAAAACT;SOR=0.954;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=34;WE=177113772;WS=177113754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	177113779	rs12502935	T	C	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=5.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.131;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr4	177113836	rs6832177	C	T	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=612;ReadPosRankSum=0.398;SC=TGAGGAACTCCGCTTTAAGTT;SOR=0.668;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=44;WE=177113844;WS=177113826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,49:0.48:103
chr4	177116463	rs994252	C	G	5181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.01;SOR=1.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr4	177116779	rs4565028	T	C	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=19;PP=543;SC=GGCGGCGCGGTCTCGTGGGGC;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=177116787;WS=177116769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	177137988	rs6827525	C	T	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.265;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=601;ReadPosRankSum=2.141;SC=GAAGCAATATCCTTTCCACCA;SOR=1.028;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=33;WE=177137996;WS=177137978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr4	177142776	rs10032098	C	A	3514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.46;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr4	177142776	.	CA	AA,AC	623	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=34,13;NR=51,24;PP=623,541;QD=7.7384848535;SC=AATATCCAAACATAAGATTCA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=34;TCR=51;TR=85,37;WE=177142785;WS=177142766;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:85
chr4	177142777	rs13120838	A	C	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=-1.444;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,45:0.45:100
chr4	177142869	rs28415362	T	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=158;ReadPosRankSum=-0.925;SC=AATGTGCACATTAAATATGAC;SOR=0.357;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=12;WE=177142877;WS=177142859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr4	177143378	rs72706385	T	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=-1.113;SC=CTACCGAGAATGAAGGAAAGA;SOR=2.252;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=6;WE=177143386;WS=177143368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr4	177143417	rs13147229	C	T	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=436;ReadPosRankSum=-1.349;SC=TGTTGGATTCCCTCCGTCAGT;SOR=0.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=28;WE=177143425;WS=177143407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr4	177143664	rs6553937	C	G	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=24;PP=709;SC=ATATTTTAGACATCAAAGAAT;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=177143672;WS=177143654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr4	177243366	rs12504337	G	T	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=292;ReadPosRankSum=0.878;SC=GAAGTGATCTGGGATTTATCA;SOR=0.495;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=23;WE=177243374;WS=177243356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr4	177245488	rs35827677	T	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.64;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
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chr4	177605081	rs5864401	CTCA	C	7453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=57;PP=2969;SC=ACAATCTTAGCTCATCATTTG;SOR=1.145;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=90;WE=177605091;WS=177605071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr4	177608707	rs7664413	C	T	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=31;PP=922;SC=TTTACTATACCTTACTTGGTT;SOR=1.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=177608715;WS=177608697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	177608875	rs4529000	A	C	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.873;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=733;ReadPosRankSum=0.433;SC=TCACTTATTTAGAAGAATGAT;SOR=1.577;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=38;WE=177608883;WS=177608865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr4	177650614	rs3836595	T	TA	554.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=0;PP=603;SC=ACACTGAAATTAAAGAACCAG;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=17;WE=177650622;WS=177650607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	178167282	rs1347894	G	A	5227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr4	178167318	rs11737096	G	A	3795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=58;PP=1896;SC=ACAACTGCAGGTCGATCTCAC;SOR=0.825;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=62;TCR=58;TR=120;WE=178167326;WS=178167308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	178231152	rs10013040	C	A	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=6;PP=491;SC=AGAAGATTCGCGCGCGGGTGC;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=178231160;WS=178231142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	178257516	rs2271102	G	A	1938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=45;PP=1298;SC=TTGATTTTTCGGTACTGTGAA;SOR=2.105;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=63;WE=178257524;WS=178257506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	178260872	rs12645561	C	T	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=23;PP=920;SC=ATTGGCAAGGCGTATTATTTC;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=178260880;WS=178260862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	178262613	rs201755762	G	GT	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=-0.217;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,15:0.22:67
chr4	178262784	rs34193982	A	G	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.88;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	178262805	rs35686329	T	C	2922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.62;SOR=1.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	178274377	rs3805173	T	C	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.35;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	178274565	rs2048074	A	G	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=26;PP=1736;SC=AGATCAACAGAAAAACTGCAT;SOR=1.565;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=66;TCR=26;TR=91;WE=178274573;WS=178274555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	178274694	rs10007075	T	G	6107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr4	178274750	rs13112358	C	T	5450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=91;NR=85;PP=2956;SC=ATAACTCAACCATCCAGCAAA;SOR=0.873;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=91;TCR=85;TR=176;WE=178274758;WS=178274740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr4	178274835	rs13112390	A	C	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.51;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	178281754	rs1876268	G	A	5476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=93;PP=2965;SC=CCGAGTTGTGGGGAAGGATGG;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=91;TCR=93;TR=184;WE=178281762;WS=178281744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr4	178352679	rs1061814	T	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=39;ReadPosRankSum=2.132;SC=TAAGAAAGGTTAAATAAAAAT;SOR=1.075;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=5;WE=178352687;WS=178352675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr4	178353046	rs3805167	G	C	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=163;ReadPosRankSum=0.275;SC=TATTTGACTAGACACTGGCTA;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=9;WE=178353054;WS=178353036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr4	178355668	rs4690521	C	G	5226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr4	178357566	rs71599314	A	ATAATTG	759.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=608;ReadPosRankSum=0.508;SC=ATATAACCAAATAATTGAGCA;SOR=0.412;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=12;WE=178357574;WS=178357556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr4	178359960	rs2228119	G	C	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	178361414	rs34241758	A	C	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=1.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.252;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,72:0.47:152
chr4	178361621	rs3792607	T	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=3.963;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr4	178363378	rs11131799	G	A	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=27;PP=1671;SC=CGGCGCAGCCGCCCGCCCAGG;SOR=1.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=87;WE=178363386;WS=178363368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	178881982	rs13109967	G	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.333;SOR=1.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr4	178882120	rs9994032	A	T	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=12;PP=383;SC=CCTGAAATGAAATATTTGAAT;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=178882128;WS=178882110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	178887791	rs12639648	G	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.62;ReadPosRankSum=0.421;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
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chr4	183090306	rs28555566	A	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.407;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
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chr4	183267728	rs33933747	TA	T	307.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,22:0.88:25
chr4	183268148	rs11373586	C	CG	539.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=338;ReadPosRankSum=0.145;SC=GTTGACTCCGCGGGGGGGGAT;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=15;WE=183268156;WS=183268138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr4	183268174	rs6552554	C	T	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.63;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr4	183370056	rs11721730	C	T	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	183370244	rs35591339	AGCG	A	2784.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=26;PP=1332;SC=AAGGTGGGTGAGCGGCGGCGG;SOR=0.790;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=28;WE=183370254;WS=183370234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	183522021	rs141344153	C	CAT	147.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=3;PP=410;SC=TGTGTATATACATATATATAT;SOR=3.611;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=10;WE=183522029;WS=183522011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	183600882	.	G	A	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=2;PP=143;SC=GAGCCTGCTTGAGACGGAGAG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=183600890;WS=183600872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	183601594	rs11934254	G	A	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=19;PP=639;SC=AAAGAAAGGGGGGGGGAGACT;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=183601602;WS=183601584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	183601847	rs2871328	T	C	3025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	183650026	rs58565159	GAA	G	216.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;QD=24.08;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr4	183652175	rs10866256	T	C	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	183659722	rs74988363	G	C	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	183664593	rs7676674	G	A	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=52;PP=1537;SC=CCTAAATTTGGGCTTTTAACC;SOR=1.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=79;WE=183664601;WS=183664583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	183665437	rs6835335	C	G	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=7;PP=172;SC=CAGTATCACACATCATCGAAG;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=183665445;WS=183665427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	183674597	rs71620945	A	C	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=18;PP=1661;SC=CTTCTCTCAAATACAGGAATG;SOR=2.140;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=57;TCR=18;TR=75;WE=183674605;WS=183674587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	183694501	rs6848256	G	A	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=258;SC=ACTCTGCATCGCTCATCCACG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=183694509;WS=183694491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	184170025	rs907357	G	A	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=11;PP=353;SC=TAAGTTATCTGTGCTGAAGAG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=184170033;WS=184170015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	184180920	rs11132172	G	A	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	184181012	rs17074537	G	A	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=3;PP=49;SC=TACTGTTTGAGTGATCAGATT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=184181020;WS=184181002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	184190355	rs11407064	A	AC	3187.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=40;PP=2081;SC=AATAGCACTTAGATTGGGTGG;SOR=1.339;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=46;WE=184190363;WS=184190345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	184190535	rs6858486	G	A	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=55;NR=33;PP=1568;SC=GTGATTTTCTGTAAAAGTTGC;SOR=1.081;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=55;TCR=33;TR=88;WE=184190543;WS=184190525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	184202148	rs11132174	G	T	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=45;PP=1269;SC=ATTCCAGAATGATGGAATGCA;SOR=1.339;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=73;WE=184202156;WS=184202138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	184203706	rs2871353	A	T	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	184242959	rs6839940	C	G	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	184243528	rs7688467	G	A	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	184366629	rs11282266	T	TGCACA	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=353;SC=GCCTGTTTTTTGCACAAGTAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=7;WE=184366637;WS=184366619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	184367558	rs147291711	TCTG	T	4643.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=42;PP=2694;SC=TAAACACGGTTCTGCATCATT;SOR=0.732;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=52;WE=184367568;WS=184367548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	184426387	rs8872	C	T	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=23;PP=793;SC=ACTCGTCGGCCGCGCTCCTGA;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=51;WE=184426395;WS=184426377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
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chr4	184570715	rs10015804	T	G	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	184572341	rs56817841	GA	G	653.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=283;SC=AGAGTGAAATGAAAAGCAGTA;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=184572349;WS=184572331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	184932609	rs4862282	G	A	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=23;PP=760;SC=ACACACATGCGCCTAGCGGGG;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=184932617;WS=184932599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	185038274	rs4642291	G	A	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=222;SC=AATGATAGGAGAAAGGCTATC;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=185038282;WS=185038264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	185074686	rs13147555	A	C	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.38;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	185340725	.	GA	G	143.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.693;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.307;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr4	185550779	rs10660141	T	TA	38.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.8326;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=1.282;SC=GTCATACAAATAAAAAAAAAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=185550787;WS=185550769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
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chr4	185553353	rs1405944	A	T	35.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr4	185578229	rs13108061	G	T	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=451;SC=TTTGTTGTTTGTTTTAGTAGT;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=185578237;WS=185578219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	185583092	rs60624489	C	CTATT	2317.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=1007;SC=TTATTTCTATCCATCTCTTCA;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=19;WE=185583100;WS=185583082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	185587165	rs2463447	A	G	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.07;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	185612953	rs2696035	A	G	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.65;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	185615764	rs14969	C	A	4121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.85;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	185615768	rs3184982	T	G	4094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.51;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	185616631	rs1527870	T	C	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.44;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	185618689	rs141579181	CTG	C	867.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=434;SC=TAGGTGGACTCTGTAATTCTG;SOR=0.990;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=185618698;WS=185618679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	185620623	rs6552801	G	A	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;QD=26.65;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	185620751	rs6552802	C	G	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;QD=25.94;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	185620822	rs10694027	C	CTCTT	486.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;QD=25.62;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	185623312	rs28660669	C	T	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=12;PP=514;SC=AAAAAATACACATGTACATCA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=185623320;WS=185623302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	185631338	rs28666955	A	G	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	185631468	rs28525282	T	C	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=214;SC=AGAGAGGAGGTGCCGTACTCA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=185631476;WS=185631458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	185634144	rs4616798	T	C	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.55;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	185634171	rs34353251	CA	C	87.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5725;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=0.489;SC=GAGTTTTCTACAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=185634179;WS=185634161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr4	185634218	rs28661636	A	C	42.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	185637381	rs2017101	G	A	243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=5;PP=112;SC=GAGCCACCTCGCCCGGCCATA;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=185637389;WS=185637371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	185637418	rs2077205	C	T	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.21;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	185637523	rs745656	C	T	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=3;PP=375;SC=CTTTTTTTGCCCTCCTAGGGG;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=185637531;WS=185637513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	185637699	rs6552804	A	G	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.87;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	185638231	rs6552806	C	T	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=4;PP=129;SC=ATTTTCTGTACTTGCATCCAA;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=185638239;WS=185638221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	185650154	rs6818447	G	A	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	185650276	rs61539306	C	T	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=10;PP=259;SC=CTTGTAATCACTGCTGCCTAA;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=185650284;WS=185650266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	185652213	.	C	CAA	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=-2.013;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr4	185655192	rs876839	G	C	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=46;PP=1542;SC=TGAGGCCGCGGCCGCCGCCGC;SOR=0.856;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=90;WE=185655200;WS=185655182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	185681475	rs6825554	G	C	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=11;PP=1060;SC=ATGGCAATGTGTATGCAGCAA;SOR=2.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=49;WE=185681483;WS=185681465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	185683840	rs939040	A	G	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=14;PP=410;SC=GGTCTGCGAGAGATCTCCAGT;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=185683848;WS=185683830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	185686032	rs2292898	C	T	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=30;PP=1165;SC=CAGGCATGGTCAGGCAGCACC;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=76;WE=185686040;WS=185686022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	185686856	rs3792314	C	G	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=592;SC=TAATTAGCTTCATTTAGCCAT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=185686864;WS=185686846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	185686948	.	AAC	A	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.39;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,13:0.10:124
chr4	185735054	rs7676928	G	A	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=6;PP=139;SC=GAAACTGCACGCAGAGAAGGT;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=185735062;WS=185735044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	185736113	rs2280297	G	C	3435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr4	185772135	rs144295771	T	C	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.70;ReadPosRankSum=0.498;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,73:0.97:75
chr4	185772384	rs1032299	A	G	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=27;PP=754;SC=GAGACTAGTCACCAAGAGTCC;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=185772392;WS=185772374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	185859505	rs6821859	T	G	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	185940461	rs4862491	C	T	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	185941964	rs6841359	G	A	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=38;PP=1044;SC=CGCTTTGGGCGCTTTTAGGAG;SOR=1.194;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=67;WE=185941972;WS=185941954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	185999348	rs10023344	T	C	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=10;PP=539;SC=AAAACATGGGTGGGTTTCATG;SOR=1.493;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=35;WE=185999356;WS=185999338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	185999404	rs10033666	A	T	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=20;PP=984;SC=CAGGAGGCATATGGGATGAAG;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=56;WE=185999412;WS=185999394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	185999543	rs6841061	G	A	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	185999587	rs6818170	T	A	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=23;PP=580;SC=TAAGCCTTGATCTACCCTATA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=185999595;WS=185999577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	186084196	rs5864930	G	GA	583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=547;SC=TCTCGACTAGGATGCACTTCA;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=186084204;WS=186084186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	186091487	rs6820332	G	A	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=5;PP=144;SC=GTGACAGAGCGAGATAGTCTA;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=186091495;WS=186091477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	186097045	rs6855305	C	T	4651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=78;NR=74;PP=2551;SC=TTTTGCTTCCCGGCTTTTCCG;SOR=0.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=78;TCR=74;TR=152;WE=186097053;WS=186097035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr4	186097219	rs370181930	C	CA	380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.630;NF=2;NR=22;PP=289;ReadPosRankSum=1.228;SC=CAGAAAAGAACAAAAAAAAAA;SOR=0.711;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=24;WE=186097227;WS=186097209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr4	186097263	.	C	CTTTT	31.71	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	186097284	rs8180220	T	G	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=9;PP=261;SC=TTTCTCTTTTTAGACGGAGTT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=186097292;WS=186097274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	186272773	rs3822302	T	C	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=20;PP=538;SC=GGTGAGCCGTTGAAAGAGTGA;SOR=0.853;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=186272781;WS=186272763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	186283991	.	CTT	C	44.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.87;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr4	186291747	rs11725789	C	T	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	186294198	rs3797026	C	T	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	186299260	rs2030802	A	G	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	186299519	rs1288549	A	C	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	186339584	rs10003160	A	G	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	186347092	rs10866275	T	C	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=36;PP=879;SC=CCTGAAGTGGTGTCACCGCAC;SOR=1.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=186347100;WS=186347082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	186370676	.	TA	T	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=6.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=1.254;SOR=2.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr4	186378790	rs4279261	T	C	108.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=82;SC=AAATATATACTTAATTCCAAT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=186378798;WS=186378780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	186379104	rs7664578	T	C	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.05;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	186379371	rs7687202	G	A	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=34;PP=1140;SC=TTCTTGAAATGTAAGTTGTTT;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=66;WE=186379379;WS=186379361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	186379899	rs35596415	G	C	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	186380243	rs59319722	A	C	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=8;PP=419;SC=TCTTTGCTGTATTCTTCTGTT;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=186380251;WS=186380233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	186380295	rs36007437	A	G	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	186380515	rs11132306	G	A	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	186380846	rs7698680	A	T	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=13;PP=526;SC=TTACCGTCCAAGTTTTCTTCC;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=186380854;WS=186380836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	186381115	rs7699687	G	T	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=953;ReadPosRankSum=0.833;SC=CATCACATTTGGAGGTGCAGT;SOR=1.217;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=46;WE=186381123;WS=186381104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,59:0.97:61
chr4	186381165	rs7699724	G	A	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=21;PP=846;SC=TCTTCAAGATGTCAGAATTTT;SOR=0.986;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=50;WE=186381173;WS=186381155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	186382206	rs11132309	A	G	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	186423637	rs4635850	G	A	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=24;PP=733;SC=CCACAGCACCGCTGTTGGGGA;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=186423645;WS=186423627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	186423677	rs10866276	G	A	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=18;PP=595;SC=AAAAACCACAGAGCAAAAATA;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=186423685;WS=186423667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	186427841	rs2306705	T	C	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=26;PP=571;SC=CATCGTCAGGTGCTGGGAGGC;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=186427849;WS=186427831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	186444698	rs4862543	A	C	316.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.60;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	186444704	rs4861669	C	T	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	186456617	rs4862545	A	G	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=37;PP=1057;SC=ACCGGGCTCTAAGTGTCCCCG;SOR=1.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=56;WE=186456625;WS=186456607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	186508723	rs3186	G	T	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=3;PP=285;SC=GGTGTTTCAGGCGCGTTGACG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=186508731;WS=186508713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	186528433	rs13144963	T	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	186544435	rs28528960	C	T	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=28;PP=1194;SC=TCTTAGGAGCCGAATTTTTTT;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=71;WE=186544443;WS=186544425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	186545719	rs13119106	G	T	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=258;SC=AGAGAGGAGAGCATGTCAGTA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=186545736;WS=186545709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	186545728	rs3841443	TA	T	378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=321;SC=AGCATGTCAGTAAAGCATCAG;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=186545736;WS=186545709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	186572791	rs4862557	C	T	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=9;PP=626;SC=TTGTTATGCACGCTCTGAGAA;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=186572799;WS=186572781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	186606135	rs72700110	C	T	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.08;SOR=1.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	186997643	rs1568358	C	G	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=2;PP=318;SC=TGGCATAAAACTATGAGTAAT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=15;WE=186997651;WS=186997633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	187026395	rs73025977	C	T	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=20;PP=567;SC=CGACCCTCCTCCGCGCCCTGG;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=187026403;WS=187026385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	187072887	rs2276916	A	G	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=331;SC=CATTTCTCAGAAAGGTAACAG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=187072895;WS=187072877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	187072932	rs2276914	A	G	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=8;PP=539;SC=CAAAGCCACCATCTTTTTACC;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=187072940;WS=187072922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	187073000	rs2276913	A	G	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=36;PP=1235;SC=GCGTTGATCCAGAAGCCCGCA;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=79;WE=187073008;WS=187072990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	187073030	rs2276912	T	C	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	187074833	rs4862650	A	G	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	187075474	rs6552958	G	A	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=71;SC=TTTTAAGGACGTGAGTTTTGT;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=187075482;WS=187075471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	187077206	rs4862653	A	G	2201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=28;PP=1099;SC=GAAATGGCGCAAACTCGGACT;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=74;WE=187077214;WS=187077196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	187077393	rs7670550	T	C	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=14;PP=482;SC=GTCCCTGTTCTTCGGCCCTGG;SOR=1.426;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=23;WE=187077401;WS=187077383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	187077437	rs13114283	G	A	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=188;SC=GACCTAGAACGTGACCAGTGA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=187077445;WS=187077427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	187078785	rs2276924	A	G	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	187078866	rs2276922	C	T	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=30;PP=910;SC=CGTCTGAACCCGCCCCAGGTC;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=187078874;WS=187078856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	187079047	rs2276919	A	G	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=17;PP=618;SC=TCACAGTGTCACAATGCCTGG;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=187079055;WS=187079037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	187083964	.	CTTTTT	C	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=1.180;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr4	187088665	rs370237445	CA	C	30	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=7.50;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	187093018	rs4241814	G	T	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=7;PP=511;SC=TTCTGAGTGGGTGCCTTTGTA;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=187093026;WS=187093008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	187113041	rs1055138	C	G	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.32;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	187120211	rs13146272	C	A	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	187122204	rs11730880	C	T	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=103;SC=TTGAAATAGGCTTAGAAAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=187122212;WS=187122194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	187122319	rs3736455	T	G	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.42;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr4	187126550	rs3216724	TC	T	1985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=32;PP=1264;SC=GCAGGAAGGCTCCCCCACGGG;SOR=1.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=34;WE=187126558;WS=187126540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	187129995	rs2276917	A	G	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=20;PP=733;SC=CTTTCAGGTCATCTTATCTAC;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=50;WE=187130003;WS=187129985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	187149233	rs4253241	T	C	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=3;PP=150;SC=TACCAGTAATTGTGTGCTTTG;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=187149241;WS=187149223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	187159282	rs4253256	G	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	187171355	rs4253299	A	G	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=24;PP=1242;SC=ATTTAGCCTCATGTCATTTCC;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=54;TCR=24;TR=78;WE=187171363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	187173012	rs4253301	T	G	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.288;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;ReadPosRankSum=1.190;SC=TGGGGACAACTCTGGTGAGTA;SOR=0.454;Source=Platypus;TCF=50;WE=187173020;WS=187173002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr4	187178599	rs4253326	C	T	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=220;SC=TAGCATAATTCAATCATAGTT;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=187178621;WS=187178589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	187178613	rs4253327	A	T	206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=7;PP=189;SC=CATAGTTTTTAAAAAAATTCA;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=187178621;WS=187178589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	187201211	rs5974	A	G	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.20;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	187205301	rs5970	T	C	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	187519206	rs1280097	C	G	2652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=34;PP=1142;SC=AGAGGCATGGCTTGGAGGAAC;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=80;WE=187519214;WS=187519196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr4	187530313	rs4862722	C	T	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	187541131	rs35389971	G	A	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=27;PP=1348;SC=TAGCCTGCACGTGGACCACAG;SOR=1.204;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=79;WE=187541139;WS=187541121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	187584771	rs172903	C	G	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=38;PP=1242;SC=ATGACACCTACAGAGAAAAAA;SOR=1.148;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=66;WE=187584779;WS=187584761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	187627659	rs200130748	TA	T	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=3.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.169;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.612;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,38:0.43:88
chr4	187627792	rs11939575	T	C	4063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=77;PP=2262;SC=CCATCTCTTCTGGCGTCCTCA;SOR=0.958;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=144;TCF=67;TCR=77;TR=143;WE=187627800;WS=187627782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr4	187628398	rs1877731	C	G	3139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=40;PP=1749;SC=GTGTCTGTAACAATTGAGTAC;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=53;TCR=40;TR=93;WE=187628406;WS=187628388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	187629140	rs367863	G	C	3233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=46;PP=1861;SC=TTAAACTAAAGAAATCCAGTT;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=55;TCR=46;TR=100;WE=187629148;WS=187629130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	187629497	rs458021	G	A	3087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	187629538	rs3733413	C	T	3032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=61;NR=43;PP=1573;SC=AGGCTCATGACAGTAGTACCA;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=61;TCR=43;TR=104;WE=187629546;WS=187629528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	187629770	rs3733414	A	C	3104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.23;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	189019277	.	GA	G	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.083;QD=3.57;ReadPosRankSum=-0.840;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr4	190329166	rs10622647	G	GCACACA,GCACACACA	950.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.95;QD=41.34;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,17:0.26,0.74:23
chr4	190394938	rs147390696	CAAG	C	1310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=9;PP=971;SC=AGGATGGTGACAAGAAGAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=19;WE=190394951;WS=190394928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	190876160	rs74543744	C	T	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=7.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=63.962;HP=4;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.733;NF=70;NR=4;PP=2962;ReadPosRankSum=-5.148;SC=TTCTCTCAGTCTTTAACTTTT;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=143;TCF=112;TCR=31;TR=74;WE=190876226;WS=190876150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,51:0.40:126
chr4	190876173	.	C	G	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.78;MQRankSum=-4.420;QD=6.81;ReadPosRankSum=-3.458;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,36:0.20:177
chr4	190876175	.	A	G	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.739;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=2.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.52;MQRankSum=-4.523;QD=7.46;ReadPosRankSum=-3.536;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,40:0.21:188
chr4	190876177	rs80264746	G	C	3445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=6.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=57.340;HP=3;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-12.534;NF=100;NR=6;PP=2962;ReadPosRankSum=-6.922;SC=TTTTATCTATGTTATTAATGT;SOR=3.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=224;TCF=170;TCR=54;TR=106;WE=190876226;WS=190876150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,96:0.52:186
chr4	190876186	.	G	A	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.591;ClippingRankSum=0.000;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=1.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.74;MQRankSum=-3.498;QD=8.15;ReadPosRankSum=-2.588;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,73:0.25:292
chr4	190876192	rs200322789	A	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=26.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.69;MQRankSum=-6.045;QD=0.43;ReadPosRankSum=-1.439;SOR=2.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,40:0.11:352
chr4	190876195	rs7684300	C	T	5756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=43.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.84;MQRankSum=-12.318;QD=15.60;ReadPosRankSum=-4.398;SOR=1.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,160:0.43:369
chr4	190876204	rs3207892	G	T,A	6832.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=11.371;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.05;MQRankSum=-15.003;QD=17.04;ReadPosRankSum=-4.892;SOR=1.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:117,99,185:0.25,0.46:401
chr4	190876242	rs1061653	G	A	12631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FS=0.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.45;MQRankSum=-13.989;QD=24.62;ReadPosRankSum=4.407;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,412:0.80:513
chr4	190876256	rs140599307	C	T	3730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.84;MQRankSum=-0.137;QD=7.42;ReadPosRankSum=1.017;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:370,133:0.26:503
chr4	190876278	rs199978807	G	A	3113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.76;MQRankSum=1.386;QD=6.64;ReadPosRankSum=-3.838;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:361,108:0.23:469
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chr4	190876319	rs77450681	A	T	5540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.111;HP=4;HapScore=1;MGOF=73;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-8.216;NF=101;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=2.322;SC=AAGTGCTGTTATTGTTTATAA;SOR=0.484;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=395;TCF=149;TCR=246;TR=255;WE=190876327;WS=190876308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,221:0.68:326
chr4	190876349	rs199599460	C	T	2542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-7.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=77;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.435;NF=10;NR=101;PP=2233;ReadPosRankSum=-1.005;SC=GTCAGTTTAACAGAAAGTCTG;SOR=0.804;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=186;TCF=15;TCR=171;TR=111;WE=190876357;WS=190876339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,97:0.63:155
chr4	190878452	rs372664630	T	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=5.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.53;MQRankSum=-4.817;QD=3.66;ReadPosRankSum=0.702;SOR=1.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,14:0.16:88
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chr4	190878485	rs62345289	G	A	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=41.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.93;MQRankSum=-9.181;QD=8.60;ReadPosRankSum=4.001;SOR=4.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,33:0.27:124
chr4	190878506	rs12643923	C	T	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=38.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQRankSum=-10.479;QD=7.61;ReadPosRankSum=2.255;SOR=3.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,37:0.26:145
chr4	190878538	rs34697501	A	AT	1458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=126.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.16;MQRankSum=-12.117;QD=6.08;ReadPosRankSum=-5.858;SOR=6.087;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,83:0.35:240
chr4	190878563	rs137858630	C	A	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FS=7.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.62;MQRankSum=-2.552;QD=3.74;ReadPosRankSum=-2.570;SOR=1.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:430,126:0.23:556
chr4	190878569	.	T	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DP=611;ExcessHet=3.0103;FS=2.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQRankSum=-3.333;QD=0.38;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:566,45:0.07:611
chr4	190878571	.	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DP=642;ExcessHet=3.0103;FS=2.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.02;MQRankSum=-2.876;QD=0.38;ReadPosRankSum=-1.017;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:593,49:0.08:642
chr4	190878596	.	G	A	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DP=869;ExcessHet=3.0103;FS=0.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.07;MQRankSum=-2.895;QD=1.60;ReadPosRankSum=-1.748;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:779,90:0.10:869
chr4	190878597	rs62345290	C	T	8891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=882;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.003;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.178;NF=264;NR=311;PP=2962;ReadPosRankSum=0.068;SC=TTATTAGATGCAATGAAGCAG;SOR=0.762;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=1093;TCF=526;TCR=567;TR=575;WE=190878605;WS=190878587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:454,420:0.48:874
chr4	190878599	.	A	G	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.157;ClippingRankSum=0.000;DP=902;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.04;MQRankSum=-2.853;QD=1.68;ReadPosRankSum=-1.629;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:807,95:0.11:902
chr4	190878608	.	G	A	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DP=969;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.11;MQRankSum=-2.555;QD=1.60;ReadPosRankSum=-1.050;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:865,104:0.11:969
chr4	190878654	rs78653319	C	G	4026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1024;ExcessHet=3.0103;FS=1.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.38;MQRankSum=-3.841;QD=3.93;ReadPosRankSum=-1.098;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:736,288:0.28:1024
chr4	190878661	rs62345291	A	T	8812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1011;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.790;NF=250;NR=337;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.285;SC=GATCAAGGTAATGATGACATT;SOR=0.637;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=1251;TCF=549;TCR=702;TR=587;WE=190878669;WS=190878644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:548,453:0.45:1001
chr4	190878729	rs201450141	A	G	3615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=42.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.94;MQRankSum=-9.412;QD=25.83;ReadPosRankSum=-2.755;SOR=4.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,96:0.69:140
chr4	190878731	rs201154783	GG	CA	3615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=54.213;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.98;MQRankSum=-9.331;QD=29.40;ReadPosRankSum=-2.141;SOR=5.254;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,81:0.66:123
chr4	190878750	rs113800771	A	G	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=12.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.72;MQRankSum=-4.868;QD=11.85;ReadPosRankSum=1.014;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr4	190878768	.	T	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.518;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.55;MQRankSum=-3.148;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,6:0.15:39
chr4	190882928	rs201058826	G	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.89;MQRankSum=-4.329;QD=3.44;ReadPosRankSum=1.502;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr4	190882973	rs78181874	A	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQRankSum=-7.408;QD=5.86;ReadPosRankSum=4.103;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
chr4	190882998	rs75590332	A	G	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.78;MQRankSum=-5.674;QD=0.85;ReadPosRankSum=1.262;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,11:0.15:74
chr4	190947451	rs140385360	C	T	2848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.80;MQRankSum=-6.682;QD=11.22;ReadPosRankSum=1.690;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,139:0.55:254
chr5	143685	.	T	TG	486.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.609;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.828;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr5	163205	rs3810870	G	C	8209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=128;PP=2965;SC=GGGAACCTGCGCAACCACTGT;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=136;TCR=129;TR=264;WE=163213;WS=163195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr5	163260	rs29674	A	C	9000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.58;ReadPosRankSum=-0.737;SOR=0.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,267:1.00:268
chr5	163260	.	ACCCTGC	CCCCTGC,CCCCTGG	1787	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=130,49;NR=100,36;PP=1787,1221;QD=7.92074440238;SC=GGACGGGGAGACCCTGCGCCC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=133;TCR=103;TR=230,85;WE=163274;WS=163250;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.97:236
chr5	163266	rs3810867	C	G	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.472;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,102:0.37:274
chr5	163769	rs29675	G	A	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=26;PP=722;SC=AAGTAAATCCGCAGACATCCC;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=48;WE=163777;WS=163759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	169361	rs13159868	C	T	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=5;PP=424;SC=CTCATCCCTCCGGGTTTTCAT;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=169369;WS=169351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	169763	rs1108868	A	G	2028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=48;PP=1405;SC=AGCCGGTGTCAGAGAGGCGGG;SOR=2.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=62;WE=169771;WS=169753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	171569	rs4956981	T	C	3582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=65;PP=2127;SC=CGTAAGTGCCTCAGACGCTGG;SOR=1.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=51;TCR=65;TR=116;WE=171577;WS=171559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	171643	rs13171103	C	G	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=38;PP=1026;SC=CAGCAGCACACTTTTCTTGGT;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=171651;WS=171633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	172971	rs6868964	G	A	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=14;PP=1000;SC=CACAGACGCCGGATTTTCTTG;SOR=1.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=172979;WS=172961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	173200	rs6885136	C	T	2954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=54;PP=1726;SC=CCGCCCGGTCCGATTGGGTGC;SOR=1.089;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=45;TCR=54;TR=99;WE=173208;WS=173190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	173258	rs6893369	A	G	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=31;PP=906;SC=TGTCTCACCTAAGGCCAGCAG;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=173266;WS=173248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	174106	rs4956987	G	A	6751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=114;PP=2965;SC=CGCAGGCGGCGGAAATCTCAG;SOR=0.851;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=116;TCR=114;TR=230;WE=174114;WS=174096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr5	174240	rs6875054	GC	AA	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.33;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	174267	rs6862729	A	G	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	181660	rs7717970	T	G	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.30;SOR=1.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	181730	rs12519352	C	G	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	181762	rs11133847	A	G	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=37;PP=1102;SC=TGAGCGACCGAGTCCCCGACA;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=66;WE=181770;WS=181752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	182077	rs4956924	T	A	11173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.850;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=233;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=1.156;SC=GCTGCACTTCTGGAGCGGAAG;SOR=0.755;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=397;TCF=234;TCR=163;TR=386;WE=182085;WS=182067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,422:0.99:425
chr5	191572	rs190963906	G	A	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=470;ReadPosRankSum=0.810;SC=AGGGCAGGCTGCTCACAGCTG;SOR=1.168;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=27;WE=191580;WS=191562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr5	195507	rs13167067	C	T	5094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=82;PP=2965;SC=TGCATTTCAGCCTGCAGGTGC;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=95;TCR=82;TR=177;WE=195515;WS=195497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr5	218598	rs2303740	G	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=-0.869;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr5	225768	rs12520059	G	C	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=189;ReadPosRankSum=-0.604;SC=GGCGGATGTGGCAGCCAAAAG;SOR=0.836;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=18;WE=225776;WS=225758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr5	230980	rs2288461	A	G	2241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=2.752;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,118:0.42:281
chr5	231111	rs1126417	T	C	2554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.677;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.260;NF=57;NR=55;PP=1563;ReadPosRankSum=0.609;SC=AGTTCCACCCTACAGGTAGGG;SOR=0.431;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=195;TCF=92;TCR=103;TR=112;WE=231119;WS=231101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,121:0.56:215
chr5	311478	rs2244029	T	C	17258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=670;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=304;NR=327;PP=2965;SC=GGGGGCAGATTGCCTTCGACG;SOR=0.847;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=631;TCF=304;TCR=327;TR=631;WE=311486;WS=311468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,666:1.00:666
chr5	314011	rs4957018	G	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.941;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,38:0.36:106
chr5	344218	rs6887387	C	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-1.053;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr5	354051	rs2013782	T	C	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=3.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.183;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,92:0.43:212
chr5	376618	.	G	GTGAGAACCGTGGGGTGAACGCGGGGAAACACAGGAAAGATGTGAATGAA	4804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=160.16;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	422955	rs2292596	C	G	2395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.679;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=57;PP=1473;ReadPosRankSum=-0.445;SC=GTTTGGGCAGCCCCCGCCCTT;SOR=0.923;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=163;TCF=75;TCR=88;TR=103;WE=422963;WS=422945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,109:0.61:180
chr5	433952	rs2672724	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=252;ReadPosRankSum=-1.542;SC=AAATGGGCCCCGTCTTTTCTC;SOR=0.859;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=17;WE=433960;WS=433942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr5	434981	rs2672725	G	C	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.664;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr5	435055	rs2672779	G	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=61;ReadPosRankSum=0.533;SC=TAAGACACACGCTTTGCAGAG;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=5;WE=435063;WS=435045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr5	453567	rs2672722	G	A	6753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=134;NR=104;PP=2965;SC=TGGACCTGGAGTGCTCCCGGG;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=134;TCR=105;TR=238;WE=453575;WS=453557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr5	456915	rs2721010	A	G	5346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=1.276;SC=GTGGACATTCATGTGTCAAGT;SOR=1.047;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=116;TCR=80;TR=193;WE=456923;WS=456905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,208:0.99:210
chr5	457955	rs2251843	A	G	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=32;PP=1251;SC=GGTAATTGGCATGACCCTCAG;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=78;WE=457963;WS=457945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	462465	rs890972	C	A	3600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=69;PP=2076;SC=GGGCCGAAGCCCAGTGCTTCC;SOR=1.129;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=55;TCR=69;TR=124;WE=462473;WS=462455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr5	462556	rs2081942	G	A	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=23;PP=624;SC=TTGCATTCCGGTCAGATCGCT;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=462564;WS=462546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	465510	rs1035908	T	C	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=6;PP=162;SC=GGGGGGAGCCTGGGTCCAGGT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=465518;WS=465500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	466075	rs10474780	G	C	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=26;PP=611;SC=CCTGCAGCACGGCAAGGGTTC;SOR=1.845;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=37;WE=466083;WS=466065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	466811	rs2434697	T	C	5833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=65;PP=2965;SC=GGCTGCTAAGTGGGCATGGGC;SOR=1.355;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=120;TCR=65;TR=185;WE=466819;WS=466801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr5	472951	rs890974	T	C	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=44;PP=1499;SC=CGGGGCTCGGTTGGGGGGGCC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=75;WE=472959;WS=472941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	473368	rs34674918	G	A	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.21;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	474945	.	AG	A	175	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=27;MQ=58.21;NF=5;NR=0;PP=175;QD=41.0;SC=GGAGACCTGGAGGGAGAGGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=474953;WS=474935;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	474974	rs2721018	C	T	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=3.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	475104	rs2247114	A	G	2988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	475346	rs2247107	A	T	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=14;PP=354;SC=TTGGAAAGTTAGGGTCACCGG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=475354;WS=475336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	476530	rs2244240	C	G	3922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=76;PP=2456;SC=GCTGTGCCCACCGCCGGACAT;SOR=1.558;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=42;TCR=76;TR=118;WE=476538;WS=476520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr5	476848	rs890976	C	T	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr5	476910	rs890977	T	C	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=20;PP=490;SC=CGCCTTCCCATGGTGGGCACC;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=476918;WS=476900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	477303	rs890980	A	G	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=15;PP=1280;SC=GGGCTTGTGGAAGGAGACACC;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=60;WE=477311;WS=477293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	477639	rs890981	G	A	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=31;PP=814;SC=GGGGGGAAGCGCCCAGAGCTC;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=36;WE=477647;WS=477629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	478574	rs3832380	GGGGGCGCA	G	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=4;PP=2256;SC=CGTGGGGTGGGGGGGCGCAGG;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=478589;WS=478564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	478598	rs3734140	C	T	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=128;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=293;SC=AGAAAGCAGCCGCCCTGGGTG;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=478606;WS=478588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	478655	rs3734141	G	A	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=702;ReadPosRankSum=1.352;SC=CCAGGTGTGGGGACCCCCGCT;SOR=0.616;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=30;WE=478663;WS=478645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr5	479879	rs376525752	G	GC	1968.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=8;PP=1565;SC=TCTCCTCACTGCCCCATGGCA;SOR=2.985;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=40;WE=479887;WS=479870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	479905	rs890986	A	C	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=18;PP=1425;SC=AGCCAGTGCCAGAGCCTGCTG;SOR=2.155;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=69;WE=479913;WS=479895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	481610	rs6872510	T	C	4430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=57;PP=2765;SC=TGGCTTCTGGTTCTTCCGAGT;SOR=1.035;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=93;TCR=57;TR=150;WE=481618;WS=481600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr5	482151	rs11385633	G	GC	189.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.61;ReadPosRankSum=1.356;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr5	482186	rs9885312	C	G	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=38;PP=2104;SC=CACTTACGCGCCCGTGCAGCT;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=78;WE=482194;WS=482176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	482653	rs3777230	T	C	3822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=49;PP=2053;SC=CTGGCTGGGCTGGGCCTCACC;SOR=1.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=78;TCR=49;TR=127;WE=482661;WS=482643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	488310	rs2303737	C	T	4266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=9;PP=2965;SC=GGGACGCCCCCGGGAGGGGAG;SOR=4.884;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=115;TCR=9;TR=121;WE=488318;WS=488302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr5	491826	rs11746373	G	C	3424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=37;PP=2201;SC=ATGAGGCAGCGCCGCCCCTCC;SOR=1.379;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=78;TCR=38;TR=115;WE=491837;WS=491816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr5	619022	rs1617985	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=-1.492;SC=GTTTCTACTCCATATCCAACA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=4;WE=619030;WS=619012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr5	619333	rs1709531	T	C	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=44;PP=1030;ReadPosRankSum=1.325;SC=TCTGCTTACATCTGTATACGG;SOR=0.756;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=180;TCF=79;TCR=101;TR=75;WE=619341;WS=619323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,76:0.39:194
chr5	634130	rs1709550	G	C	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=213;ReadPosRankSum=1.151;SC=TCGTTACTGGGCTTGGAGTCC;SOR=1.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=12;WE=634138;WS=634120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr5	635709	rs1697985	C	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=349;ReadPosRankSum=1.801;SC=GGTACTTACGCGTGTCTTAGT;SOR=1.140;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=21;WE=635717;WS=635699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr5	637514	rs1709553	C	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=275;ReadPosRankSum=-0.677;SC=TGTAAGTGTGCGTGTGTGTCC;SOR=0.363;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=16;WE=637522;WS=637504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr5	639089	rs1709552	G	A	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.855;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=634;ReadPosRankSum=0.010;SC=GGGCCTCAGGGCACCTGTCCT;SOR=0.501;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=49;WE=639097;WS=639079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,55:0.63:87
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chr5	640705	rs868649	A	G	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=618;ReadPosRankSum=0.481;SC=GCTGCACCACACACACAAGGA;SOR=0.603;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=36;WE=640713;WS=640695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
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chr5	745306	rs172870	A	C	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=7.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=71.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-12.840;NF=59;NR=4;PP=1124;ReadPosRankSum=-4.424;SC=ACCTGGAGAAATCCTTTGTCC;SOR=4.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=196;TCF=141;TCR=55;TR=63;WE=745314;WS=745296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,52:0.25:205
chr5	748477	rs3817066	A	C	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=7.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQRankSum=-9.560;QD=15.58;ReadPosRankSum=0.707;SOR=0.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,49:0.41:119
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chr5	756307	rs367198	T	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.817;NF=4;NR=11;PP=193;ReadPosRankSum=-0.125;SC=CAGCCTGGCATGAGGCGTCCC;SOR=0.446;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=15;WE=756315;WS=756297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr5	766910	rs1809933	C	T	7761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-1.122;NF=172;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.087;SC=AGTCACCACCCGGAAGTAGTG;SOR=0.686;Source=Platypus;TCF=245;WE=766918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,355:0.70:504
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chr5	767033	rs1809932	A	C	4647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.269;NF=88;NR=103;PP=2957;ReadPosRankSum=-0.663;SC=GCGGGTGTCCATCTGCAGGAC;SOR=0.632;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=287;TCF=130;TCR=157;TR=191;WE=767041;WS=767023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,207:0.65:318
chr5	796006	.	TGG	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=46;MMLQ=23;MQ=58.66;NF=191;NR=508;PP=2962;QD=20;SC=CCCAGTACTGTGGGCTCCCAT;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=929;TCF=213;TCR=716;TR=699;WE=796015;WS=795996;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:230,699:0.75:929
chr5	796047	rs33929417	CTG	C	50461.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.52;QD=44.46;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1135:1.00:1135
chr5	796053	.	GCT	G	2966	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=23;MQ=58.41;NF=170;NR=700;PP=2966;QD=20;SC=AGTACTGTGTGCTCCCATTTC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=913;TCF=190;TCR=723;TR=870;WE=796072;WS=796031;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:43,870:0.95:913
chr5	796064	rs144616948	T	TCAGTACTGTATGCCCATTTCC	60504.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.42;QD=51.06;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1185:1.00:1185
chr5	796221	rs111848851	G	A	7813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1581;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=-16.386;QD=4.98;ReadPosRankSum=1.616;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1290,280:0.18:1570
chr5	796223	rs373490497	GCCC	G	7905.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1606;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=-16.663;QD=4.95;ReadPosRankSum=2.294;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1315,281:0.18:1596
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chr5	796277	rs386219	T	C	11804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1447;ExcessHet=3.0103;FS=2.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQRankSum=-21.344;QD=8.19;ReadPosRankSum=4.055;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1085,357:0.25:1442
chr5	796297	rs365674	C	T	10824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1283;ExcessHet=3.0103;FS=2.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQRankSum=-18.416;QD=8.46;ReadPosRankSum=1.385;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:957,323:0.25:1280
chr5	796328	rs605011	T	C	8430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=933;ExcessHet=3.0103;FS=1.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQRankSum=-14.820;QD=9.07;ReadPosRankSum=-2.544;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:690,240:0.26:930
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chr5	796343	rs143398223	C	CTCT	5946.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=713;ExcessHet=3.0103;FS=3.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQRankSum=-12.799;QD=8.36;ReadPosRankSum=-3.278;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:533,178:0.25:711
chr5	796352	rs201362497	A	G	3657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FS=9.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQRankSum=-13.262;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.861;SOR=1.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:477,114:0.19:591
chr5	796437	rs140929317	T	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.95;MQRankSum=0.463;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.188;SOR=0.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,19:0.16:117
chr5	801362	rs3867415	A	G	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.103;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.720;NF=5;NR=27;PP=521;ReadPosRankSum=-0.457;SC=CAAAATGTGTAAACAAGAGTA;SOR=1.414;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=97;TCF=22;TCR=75;TR=32;WE=801370;WS=801352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,34:0.34:101
chr5	834075	rs1260864	G	A	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=11;PP=292;SC=AACCACTTACGTGTGCACGTG;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=834083;WS=834065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	837556	rs28449575	T	G	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=11.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQRankSum=-17.171;QD=1.09;ReadPosRankSum=-3.998;SOR=1.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:374,67:0.15:441
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chr5	840506	rs7701283	C	T	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=1.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQRankSum=-11.897;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.463;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,68:0.20:346
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chr5	904395	.	G	GT	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=4.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=1.031;SOR=0.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,28:0.22:129
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chr5	1009425	rs10060716	A	G	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.92;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr5	1035399	rs147352169	T	TAATG	4670.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.386;NF=22;NR=28;PP=2471;ReadPosRankSum=-0.116;SC=ACCAGTGAGTTAATGAATGAA;SOR=1.003;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=87;TCF=32;TCR=55;TR=50;WE=1035417;WS=1035389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,109:0.94:116
chr5	1035482	rs12657514	A	G	8435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=147;NR=129;PP=2965;SC=GGGAGTGAGTAATGGCAGGAC;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=278;TCF=148;TCR=130;TR=276;WE=1035490;WS=1035472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr5	1036521	rs60180971	G	A	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=3.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.42;ReadPosRankSum=0.903;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,108:0.58:187
chr5	1036616	rs367843383	CA	C	275.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=30.64;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	1036900	rs34309815	C	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=-1.129;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,36:0.35:104
chr5	1036962	rs34413936	C	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,18:0.28:65
chr5	1038446	.	GCAC	G	661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DP=436;ExcessHet=3.0103;FS=3.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=4.040;QD=1.69;ReadPosRankSum=-1.184;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:349,43:0.11:392
chr5	1038526	rs3889678	A	G	9370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=167;NR=187;PP=2965;SC=AGCACACCACAGCCCGCGACC;SOR=0.873;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=365;TCF=177;TCR=188;TR=354;WE=1038534;WS=1038516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr5	1052360	rs3810854	C	T	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,43:0.48:90
chr5	1052735	rs4046186	GGAGCA	G	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.410;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=2.043;NF=0;NR=4;PP=134;ReadPosRankSum=-2.189;SC=CAGGCGGGGAGGAGCAGGGCA;SOR=1.880;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=4;WE=1052747;WS=1052725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr5	1053341	rs2241602	A	G	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.584;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=636;ReadPosRankSum=-0.069;SC=TAGCTCCCAGAGCCTGGGGCT;SOR=0.957;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=98;TCF=64;TCR=34;TR=40;WE=1053349;WS=1053331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,46:0.44:105
chr5	1053396	rs2241603	C	G	2238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=4.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=-2.149;SOR=1.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,116:0.52:223
chr5	1057615	rs2241606	A	G	4432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.73;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,220:0.53:413
chr5	1057782	rs12108965	T	C	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=44;PP=1027;SC=GCCCGGGACTTGGTGAGACCA;SOR=2.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=54;WE=1057790;WS=1057772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	1060379	rs35661060	G	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=363;ReadPosRankSum=-0.493;SC=GTGGGCTGCAGGAGGGTCCCA;SOR=0.941;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=19;WE=1060387;WS=1060369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr5	1060400	rs4975568	G	A	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=5;PP=913;SC=GAAAAGACTCGGCGAAGTCGG;SOR=2.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=1060408;WS=1060390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	1060634	rs4246750	C	T	5390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.50;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr5	1060654	rs4246749	G	A	4178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=67;NR=88;PP=2499;SC=AGACCGAGCCGCCCTGAGCGG;SOR=1.124;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=67;TCR=88;TR=155;WE=1060662;WS=1060644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr5	1060685	rs2241608	G	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.821;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=485;ReadPosRankSum=0.596;SC=CACGCGTCCCGGGCCCCACAG;SOR=0.449;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=93;TCF=33;TCR=60;TR=39;WE=1060693;WS=1060675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,40:0.41:98
chr5	1062900	rs13170649	C	G	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.094;NF=36;NR=25;PP=819;ReadPosRankSum=-1.079;SC=TCCTGGGGGACAGCGTGACAG;SOR=0.496;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=110;TCF=69;TCR=41;TR=61;WE=1062908;WS=1062890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,63:0.55:114
chr5	1063187	rs6863419	T	C	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=10;PP=270;SC=GCCCACCAGATCCCCAGGATC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=1063195;WS=1063177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	1063998	rs7722287	G	A	5726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=2.129;SC=TGCGCAAGTGGTACAAGAACA;SOR=0.834;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=406;TCF=227;TCR=179;TR=246;WE=1064006;WS=1063988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,266:0.61:436
chr5	1065290	rs4362981	A	G	6284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=45.54;SOR=2.444;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr5	1065290	.	AGGACAGCGAGGGGACACT	GGGACAGCGAGGGGACACT,GGGACAGTGAGAGGACAGC	2914	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=11;MQ=59.86;NF=86,47;NR=27,16;PP=2618,2914;QD=20;SC=GGACAGTGAGAGGACAGCGAG;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=141;TCF=90;TCR=51;TR=113,63;WE=1065327;WS=1065280;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.80:141
chr5	1065297	rs62331176	C	T	3934.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-4.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=26.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=-1.559;QD=27.52;ReadPosRankSum=-0.729;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,101:0.71:143
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chr5	1065301	rs79273934	G	A	3972.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=26.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=-1.609;QD=27.21;ReadPosRankSum=-0.825;SOR=0.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,105:0.72:146
chr5	1065306	.	ACT	A	3879.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.669;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=23.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=-1.586;QD=27.13;ReadPosRankSum=-0.118;SOR=0.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,102:0.71:143
chr5	1065310	.	A	C	3846.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.479;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=23.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=-1.586;QD=26.90;ReadPosRankSum=0.167;SOR=0.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,102:0.71:143
chr5	1065311	.	GGAGACACAC	G	3834.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.320;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=23.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=-1.586;QD=26.82;ReadPosRankSum=0.315;SOR=0.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,102:0.71:143
chr5	1065399	rs737154	C	T	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=1.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.264;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,114:0.34:340
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chr5	1065689	rs13186367	C	T	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=27;PP=449;SC=CACCACCTCCCCTGTGGACCC;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=1065697;WS=1065673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	1073689	rs10780095	C	T	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=1.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	1074560	rs12523242	A	C	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=1.415;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,44:0.31:141
chr5	1074921	rs7714914	G	A	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=23;PP=623;SC=TGAGGAGGGAGGCCTCCATGC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=1074929;WS=1074911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	1076245	rs11951420	G	A	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-4.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.903;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=22;PP=996;ReadPosRankSum=0.090;SC=CGTGCTGAGTGGCCTCACCAG;SOR=0.450;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=102;TCR=43;TR=75;WE=1076253;WS=1076235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,93:0.57:163
chr5	1076361	rs41280371	C	T	5076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=109;PP=2859;ReadPosRankSum=0.834;SC=CCTGCAGGGACGGCCGGCCAC;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=430;TCF=226;TCR=204;TR=229;WE=1076369;WS=1076351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,253:0.54:465
chr5	1076459	rs11952124	G	T	1852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.406;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=47;PP=1005;ReadPosRankSum=1.188;SC=CCTGCGCCTTGTCTCCCCATG;SOR=0.978;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=170;TCF=74;TCR=96;TR=78;WE=1076467;WS=1076449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,88:0.47:189
chr5	1076521	.	A	ATCCTGTGACCACCT	1166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=2971;ReadPosRankSum=-1.613;SC=AGGCCCCCTCAGGTTCCAGCC;SOR=0.776;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=0;TCR=52;TR=18;WE=1076537;WS=1076509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,32:0.41:78
chr5	1076524	.	T	TCCA	789.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.274;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=5.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.877;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr5	1076526	.	C	CCTGTGACCA,CATCCTGTGACCA	663.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.107;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=2897;ReadPosRankSum=-0.515;SC=CCCTCAGGTTCCAGCCATCCT;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=18;WE=1076537;WS=1076509;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.27:63
chr5	1078898	rs4975564	A	G	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=46;PP=2564;SC=AAGGAAAGGCAGGTCCGTGGG;SOR=0.710;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=119;TCF=59;TCR=60;TR=105;WE=1078906;WS=1078888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	1081668	rs13176210	G	A	4030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.24;ReadPosRankSum=-0.821;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,183:0.65:283
chr5	1081702	rs6865765	A	G	5031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=1.123;SC=CGGTCACGGAAGGGAAGTAGA;SOR=0.649;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=356;TCF=192;TCR=164;TR=215;WE=1081710;WS=1081692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,236:0.62:382
chr5	1081767	rs4526148	C	T	2530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=1.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=1.212;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,143:0.39:364
chr5	1084080	rs200113590	G	C	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=244;ReadPosRankSum=1.007;SC=CCCTGGGCGGGACAGGGAGGC;SOR=1.051;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=14;WE=1084088;WS=1084070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr5	1085604	rs11133624	C	A	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=55;PP=1308;ReadPosRankSum=-0.063;SC=GGAACAAGGCCGGTCGGGAGG;SOR=0.724;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=210;TCF=80;TCR=130;TR=86;WE=1085612;WS=1085594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,89:0.38:232
chr5	1093609	rs56276350	G	GGGGCGGGGACT	1309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5167;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=0;PP=2974;SC=CGGGACACACGGGGCGGGGAC;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=9;WE=1093617;WS=1093599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	1093860	rs6883411	CC	GT	2570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=35;PP=1077;SC=GGAGCTCAGGCCCTCCCCGGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=1093869;WS=1093850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	1094389	rs4975552	T	A	3080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=2.165;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,159:0.50:316
chr5	1116066	rs6554618	C	T	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=23;PP=676;SC=TTTTTTTAAGCGTGGTGAGCC;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=42;WE=1116074;WS=1116056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	1209063	rs72709422	A	T	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.14;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	1212647	rs13180809	C	T	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=35;PP=961;SC=AGGGCGGGTGCGGGCAGCCCT;SOR=2.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=45;WE=1212655;WS=1212637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	1213510	rs77928413	C	T	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.736;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.081;NF=43;NR=49;PP=2965;ReadPosRankSum=0.156;SC=CCCGCCCCCACGTGCCGCCCC;SOR=0.785;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=101;TCF=51;TCR=50;TR=92;WE=1213518;WS=1213500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr5	1214005	rs138649942	CCCT	C	4072.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=17;PP=2375;SC=TGGGAGCACACCCTCCCAGGT;SOR=2.252;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=51;WE=1214015;WS=1213995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	1214264	rs6554663	A	G	5297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr5	1216775	rs4975629	A	G	6117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=0.197;SC=TCCGCGCCACACAGCGCTACG;SOR=0.646;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=460;TCF=237;TCR=223;TR=265;WE=1216783;WS=1216765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,290:0.58:497
chr5	1219874	rs6869718	G	A	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=36;PP=856;ReadPosRankSum=-0.219;SC=TTCAGGGTACGGAGGGAGAGT;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=22;TCR=65;TR=48;WE=1219882;WS=1219864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,50:0.54:92
chr5	1221199	rs12513763	T	C	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=25;PP=1225;ReadPosRankSum=-0.400;SC=TAGCAGAACGTACAGAAAGCT;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=79;TCR=39;TR=75;WE=1221207;WS=1221189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,87:0.64:137
chr5	1225564	rs7728646	T	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=237;ReadPosRankSum=-2.039;SC=GCACCACCCTTGCCCTGAAGC;SOR=1.002;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=15;WE=1225572;WS=1225554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr5	1225613	rs7704058	G	A	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.262;HP=2;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=1151;ReadPosRankSum=-1.034;SC=CCCCAGAACCGGACCCGGCCG;SOR=1.127;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=30;WE=1225634;WS=1225603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr5	1225626	rs7728667	T	A	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=2;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=1151;ReadPosRankSum=-1.372;SC=CCCGGCCGCCTGCGACCTCGG;SOR=0.972;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=59;TCR=23;TR=44;WE=1225634;WS=1225603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,50:0.53:95
chr5	1225687	rs7705355	CT	TC	4017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=4.314;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.08;ReadPosRankSum=2.620;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,102:0.56:182
chr5	1225703	rs7724858	A	G	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.65;ReadPosRankSum=1.951;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,113:0.56:202
chr5	1232491	rs4975623	G	C	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.52;ReadPosRankSum=0.469;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,49:0.62:79
chr5	1240757	rs7447815	C	G	4887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.329;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=104;PP=2772;ReadPosRankSum=2.091;SC=CTAATGACTACGAGCACTGCC;SOR=0.568;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=328;TCF=152;TCR=176;TR=202;WE=1240765;WS=1240747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,228:0.63:363
chr5	1240848	rs6554684	A	C	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=62;PP=1465;SC=GAGAATCCCAAGGCATGAGGA;SOR=2.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=17;TCR=62;TR=79;WE=1240856;WS=1240838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	1243009	rs7721679	A	G	4449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=112;PP=2965;SC=GTAGCCAGGCAGGGCCGTCCA;SOR=2.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=39;TCR=113;TR=150;WE=1243017;WS=1242999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr5	1244286	rs7448994	T	C	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=424;SC=ACACCTCCACTCCCCATCCCC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=1244294;WS=1244276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	1244425	rs4073918	C	T	7052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr5	1255520	rs33954691	G	A	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.306;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=620;ReadPosRankSum=-1.406;SC=GCACACATGCGTGAAACCTGA;SOR=1.034;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=111;TCF=48;TCR=63;TR=46;WE=1255528;WS=1255510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,55:0.44:125
chr5	1271524	rs11133719	T	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.051;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=248;ReadPosRankSum=0.345;SC=TGACACAGAATGTCTCCTCTG;SOR=0.250;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=19;WE=1271532;WS=1271514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr5	1280128	rs7734992	T	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=248;ReadPosRankSum=1.758;SC=GCCACCTCACTGTGCGCACAA;SOR=0.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=19;WE=1280136;WS=1280118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr5	1325767	rs466502	A	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=268;ReadPosRankSum=0.325;SC=AGAGGCCCGCAGTGACTCATC;SOR=0.480;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=20;WE=1325775;WS=1325757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr5	1325803	rs465498	A	G	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.839;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=337;ReadPosRankSum=0.962;SC=TACTCTTTGCACAGGGGGCAA;SOR=0.316;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=80;TCF=59;TCR=21;TR=28;WE=1325811;WS=1325793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,30:0.36:84
chr5	1330253	rs452932	T	C	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=3.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.69;ReadPosRankSum=-0.206;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,57:0.42:135
chr5	1332030	rs200780996	TCTC	T	3353.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.17;MQRankSum=2.535;NF=6;NR=41;PP=1822;ReadPosRankSum=0.312;SC=GCAACTCACATCTCCTGCTGT;SOR=0.716;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=126;TCF=13;TCR=113;TR=47;WE=1332040;WS=1332020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,93:0.39:240
chr5	1334507	rs5865369	GA	G	2223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.654;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.465;NF=6;NR=56;PP=863;ReadPosRankSum=-0.724;SC=CCCTGTCAAGGAAAAAAAAAC;SOR=0.435;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=135;TCF=9;TCR=126;TR=62;WE=1334515;WS=1334497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,128:0.59:218
chr5	1335385	rs3030832	CTG	C	2332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=28;PP=1357;ReadPosRankSum=-0.423;SC=CTTCCCATCCCTGTGTGGCCC;SOR=0.643;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=100;TCF=11;TCR=89;TR=34;WE=1335394;WS=1335375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,69:0.41:168
chr5	1344458	rs31490	G	A	4529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=105;PP=2890;ReadPosRankSum=1.456;SC=TTTGTCCTACGCCCATACCTT;SOR=0.678;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=555;TCF=304;TCR=251;TR=229;WE=1344466;WS=1344448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:343,239:0.41:582
chr5	1409127	rs429699	T	C	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=24;PP=1143;SC=TTGGCTGCCTTCCCCCGGACT;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=66;WE=1409135;WS=1409117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	1411412	rs6347	T	C	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=2.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.035;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,84:0.39:215
chr5	1416142	rs40358	C	A	9250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=198;NR=133;PP=2965;SC=CCAGGGACACCCTATTTCTGG;SOR=0.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=331;TCF=198;TCR=133;TR=331;WE=1416150;WS=1416132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr5	1420588	rs11564758	C	G	2224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=40;PP=1337;ReadPosRankSum=1.147;SC=GTGTCTGCAACTCTGACACCT;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=93;TCR=68;TR=96;WE=1420596;WS=1420578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,102:0.61:167
chr5	1432825	rs460000	G	T	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.461;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=42;PP=849;ReadPosRankSum=-0.375;SC=TAGCGGGAAGGGGGAGGCCAT;SOR=1.282;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=145;TCF=56;TCR=89;TR=61;WE=1432833;WS=1432815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,64:0.40:159
chr5	1432876	rs465130	G	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=4.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=1.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
chr5	1432881	rs465989	C	T	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.00;ReadPosRankSum=0.294;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
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chr5	1466919	rs2277006	G	A	5989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=769;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=1.441;SC=GGTCGGTCACGGTGAGCTCTG;SOR=0.654;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=726;TCF=345;TCR=381;TR=311;WE=1466927;WS=1466909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:448,320:0.42:768
chr5	1470900	rs2277005	G	A	5272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=0.338;SC=TGACTGCACCGCCCTGTCCCC;SOR=0.715;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=380;TCF=226;TCR=154;TR=220;WE=1470908;WS=1470890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,249:0.58:429
chr5	1471109	rs27054	T	C	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=61;PP=1448;SC=GGGTTTCCCATGGGTGCTGGT;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=17;TCR=61;TR=78;WE=1471117;WS=1471099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	1479678	rs27059	G	C	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=37;PP=2070;SC=CCTGGTGTAAGCTCGTGTCTG;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=74;TCR=37;TR=111;WE=1479686;WS=1479668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr5	1481148	rs2447846	A	C	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.682;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=37;PP=1010;ReadPosRankSum=-2.178;SC=GGCCTGCACCAAGCACCTGCG;SOR=0.315;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=61;WE=1481156;WS=1481138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,64:0.69:93
chr5	1490019	rs72717531	C	G	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=589;ReadPosRankSum=-0.259;SC=GCACGGCTCCCGCCAGGCAGG;SOR=0.672;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=51;WE=1490027;WS=1490009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,59:0.60:99
chr5	1494764	rs3733797	C	T	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=4.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=-1.075;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,84:0.54:155
chr5	1494909	rs3733796	C	T	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.195;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=54;PP=1269;ReadPosRankSum=-1.201;SC=ACGAGTGAGGCGCGAGCGTGA;SOR=0.868;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=230;TCF=101;TCR=129;TR=93;WE=1494917;WS=1494899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,101:0.40:251
chr5	1501542	rs1979397	C	A	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5985;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=359;ReadPosRankSum=0.040;SC=GTGACCCCCCCCCAGGAGGAG;SOR=1.123;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=23;WE=1501550;WS=1501532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,32:0.84:38
chr5	1501695	rs17588991	G	A	2504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.813;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,123:0.57:216
chr5	1501780	rs139582215	C	T	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.426;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,42:0.47:90
chr5	1501790	rs1979396	T	C	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=996;ReadPosRankSum=0.621;SC=CGGCAGAGGCTAGCCCAGGGG;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=32;WE=1501798;WS=1501770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,39:0.52:75
chr5	1594664	rs4246747	C	G	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=11;PP=321;SC=GGAACCGCGGCGGGTGGGATG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=1594672;WS=1594654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	1708872	rs62338366	C	T	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=43;PP=984;ReadPosRankSum=0.178;SC=ACTTGGAGCCCGCCCAGGGGC;SOR=0.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=151;TCR=123;TR=95;WE=1708880;WS=1708862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,109:0.36:305
chr5	1708983	rs12523324	G	A	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.336;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,88:0.37:237
chr5	1801426	rs13176353	G	C	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=16;PP=960;SC=CGCGCTCCCCGCCCCCAGGGC;SOR=1.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=42;WE=1801440;WS=1801416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	1801427	rs34372448	C	CG	3598.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=19;PP=1234;SC=GCGCTCCCCGCCCCCAGGGCG;SOR=1.310;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=1801440;WS=1801416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	1801432	rs11745573	A	G	3639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=20;PP=892;SC=CCCCGCCCCCAGGGCGAAATA;SOR=1.206;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=52;WE=1801440;WS=1801416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	1801689	rs2242412	A	C	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=923;ReadPosRankSum=-0.644;SC=TACAGGATGCACCTTCCTCCA;SOR=0.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=54;WE=1801697;WS=1801679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr5	1814369	rs3752844	C	T	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=498;ReadPosRankSum=-0.472;SC=GCTGATGGTACATGAATTTGT;SOR=0.293;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=93;TCF=62;TCR=31;TR=36;WE=1814377;WS=1814359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,35:0.36:98
chr5	1814395	rs36074605	TTGTA	T	5348.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=41;PP=2970;SC=GTGGGTTAAATTGTATGTAGT;SOR=1.217;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=67;WE=1814406;WS=1814385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	1814783	rs4147773	T	C	4762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=98;PP=2434;SC=CTTTCAACTGTGAAGTGGTGG;SOR=1.333;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=63;TCR=98;TR=161;WE=1814791;WS=1814773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr5	1882900	rs6876836	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=28;ReadPosRankSum=-0.230;SC=AGTCCATCCCCGCGCTCCGCA;SOR=0.495;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=4;WE=1882908;WS=1882890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr5	2748427	rs111879512	C	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.83;ReadPosRankSum=2.034;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr5	2748432	rs111347141	G	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.04;ReadPosRankSum=1.240;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr5	2748439	rs112775132	G	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=1.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.43;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr5	2755031	rs62333234	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=111;ReadPosRankSum=0.703;SC=AACCCAGGCGATGGGGGCAGT;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=2755039;WS=2755021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr5	2755191	rs76652220	G	C	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=1.695;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chr5	3599320	rs861185	A	G	3302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=67;PP=1946;ReadPosRankSum=0.638;SC=TCCTCGATGGATCTGCCCTGT;SOR=0.691;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=375;TCF=214;TCR=161;TR=153;WE=3599328;WS=3599310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,169:0.41:408
chr5	3600136	rs61746094	G	A	7192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1050;ExcessHet=3.0103;FS=0.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.518;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:638,403:0.39:1041
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chr5	3610658	rs1373997	T	C	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=18;PP=409;SC=AGGAGTGGAGTGGGCCCAGGA;SOR=1.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=3610666;WS=3610648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr5	4087346	rs141424757	C	CTG	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.280;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=184;ReadPosRankSum=2.492;SC=TTTCGTGTGTCTGTGTGTGTG;SOR=0.384;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=9;WE=4087355;WS=4087336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr5	4087485	rs6869319	G	T	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	4095621	rs16872786	A	G	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.019;NF=33;NR=49;PP=1049;ReadPosRankSum=0.089;SC=CACTGCCACTATAATTTAAGG;SOR=0.911;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=217;TCF=94;TCR=123;TR=82;WE=4095629;WS=4095611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,86:0.39:223
chr5	4095647	.	C	CCTTTCCTTTTCTTTT	342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.257;QD=4.39;ReadPosRankSum=2.378;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,14:0.18:78
chr5	4095683	rs11442944	C	CT	626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=-1.056;QD=20.22;ReadPosRankSum=2.123;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr5	4420188	rs140931368	G	GTGTA	4866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=87;PP=2974;ReadPosRankSum=-0.772;SC=TGCCTGGCATGTGTATGTGTG;SOR=0.809;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=140;TCF=8;TCR=132;TR=94;WE=4420212;WS=4420178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,192:0.96:199
chr5	4702347	.	GT	G	129.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=-1.244;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr5	4702349	.	GTGT	G,GGT	837.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,11:0.42,0.58:19
chr5	4702351	rs57238946	GT	G	216.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=1.378;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr5	4702461	rs4315900	C	T	218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.88;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	4886332	rs1968828	C	T	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=4.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.879;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr5	4930051	rs27416	G	T	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=5;PP=360;SC=GTGATATATAGATGTATCCCT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=4930059;WS=4930041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	4930067	.	A	ATG	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=0.708;QD=1.52;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,5:0.17:30
chr5	4930087	rs147939241	G	GTGAA	1191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.536;NF=15;NR=10;PP=721;ReadPosRankSum=-0.918;SC=GTGTGTGTGTGAGAGAGAGAG;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=4930097;WS=4930076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,36:0.86:42
chr5	4930089	rs1677419	G	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=0.578;QD=0.69;ReadPosRankSum=1.145;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,6:0.12:49
chr5	4930144	rs35167763	AAG	A	5129.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;QD=39.46;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr5	4930181	rs560366	C	T	6167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.30;QD=42.54;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr5	5140632	rs270208	T	C	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=460;ReadPosRankSum=2.349;SC=GTGGATGCTGTTGGCGCAGGT;SOR=1.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=30;WE=5140640;WS=5140622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr5	5140798	rs61754840	C	T	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.657;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=974;ReadPosRankSum=-0.470;SC=CGCCATGGGACCCGCAGCGGC;SOR=0.428;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=105;TCF=61;TCR=44;TR=73;WE=5140806;WS=5140788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,85:0.71:119
chr5	5140958	rs270207	T	A	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.25;ReadPosRankSum=0.537;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,67:0.74:91
chr5	5140970	rs270206	C	T	3330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.19;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	5146200	rs1863969	A	T	6824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=147;NR=84;PP=2965;SC=TTCTTCTCGGAATTCCGAAAT;SOR=1.275;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=147;TCR=85;TR=231;WE=5146208;WS=5146190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr5	5146223	rs1871468	G	C	2048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=43;PP=1221;ReadPosRankSum=0.630;SC=CTCAGCCTCTGCTCACTCTTT;SOR=0.666;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=295;TCF=177;TCR=118;TR=105;WE=5146231;WS=5146213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,116:0.36:325
chr5	5146335	rs2086310	C	G	2829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=72;PP=1792;ReadPosRankSum=1.513;SC=AAGAGCAGTGCCCGTGTCCGA;SOR=0.562;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=408;TCF=196;TCR=212;TR=145;WE=5146343;WS=5146325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,157:0.36:436
chr5	5146395	rs1863968	A	G	7723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=122;NR=159;PP=2965;SC=CGACTTCCACATGGATCTGAG;SOR=1.065;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=282;TCF=123;TCR=159;TR=281;WE=5146403;WS=5146385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr5	5186415	.	GT	G	539.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=6.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=0.398;SOR=0.177;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr5	5186416	rs62339905	T	G	510.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=4.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.198;SOR=1.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr5	5186417	.	GT	G	274.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=5.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.24;ReadPosRankSum=1.093;SOR=0.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr5	5187776	rs1863972	G	A	4501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=91;NR=54;PP=2278;SC=TTCTAGGCCCGCTAGTAAGTA;SOR=0.979;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=91;TCR=54;TR=145;WE=5187784;WS=5187766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr5	5189950	rs6859975	G	A	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=6;PP=512;SC=AAATACACGCGTTAGCTTATA;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=5189958;WS=5189940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr5	5200281	rs6555335	C	T	7666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=117;NR=122;PP=2965;SC=GGAACATGTGCAAAAAGTCCG;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=239;TCF=117;TCR=122;TR=239;WE=5200289;WS=5200271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr5	5200490	rs17762877	T	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=133;ReadPosRankSum=-0.103;SC=CCTGATGTGGTTCCCTTTGAA;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=8;WE=5200498;WS=5200480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr5	5223073	rs12652968	A	G	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=50;PP=1136;ReadPosRankSum=0.219;SC=CTCCTCTTGCATAGGTATTTT;SOR=0.551;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=153;TCF=63;TCR=90;TR=88;WE=5223081;WS=5223063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,99:0.58:172
chr5	5232346	rs2913623	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=733;ReadPosRankSum=-1.302;SC=ATTAGGTGCTGCTTGAGTGTA;SOR=1.234;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=14;WE=5232365;WS=5232336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr5	5232356	rs150710468	AGG	A	653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.733;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.941;NF=14;NR=3;PP=737;ReadPosRankSum=-1.899;SC=GCTTGAGTGTAGGGGGAGGCT;SOR=1.242;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=17;WE=5232365;WS=5232336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr5	5232398	rs2913624	G	A	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.651;NF=25;NR=15;PP=413;ReadPosRankSum=-0.897;SC=ATTCCCCACTGCTCAGCCTTA;SOR=0.632;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=57;TCR=34;TR=40;WE=5232406;WS=5232388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,43:0.43:100
chr5	5232703	rs2195290	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=64;ReadPosRankSum=-0.106;SC=AGTATGCCTGTGTCTCAGCTC;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=7;WE=5232711;WS=5232693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr5	5235001	.	A	AAG	118	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=18;HapScore=4;MGOF=34;MMLQ=16;MQ=60.55;NF=4;NR=3;PP=118;QD=17.2857142857;SC=AAAAAAAAAAAGAATCCACTT;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=7;WE=5235009;WS=5234991;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,7:0.58:12
chr5	5235028	rs2913630	T	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=1.828;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.561;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr5	5235096	rs2913631	A	G	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.134;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.585;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr5	5239921	rs11742341	C	T	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.462;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=36;PP=1044;ReadPosRankSum=1.728;SC=GGCACTGGACCGTGGACTGGC;SOR=0.338;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=145;TCF=71;TCR=74;TR=83;WE=5239929;WS=5239911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,95:0.58:165
chr5	5303349	rs11959893	T	C	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	5303424	rs34586473	G	A	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.378;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,34:0.34:101
chr5	5306548	rs57416330	A	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=132;ReadPosRankSum=-0.733;SC=TATCTCTGATATTTTAACCCA;SOR=0.283;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=9;WE=5306556;WS=5306538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr5	5460569	rs2578565	C	T	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=6;PP=852;SC=TTGGAGAATACACAGATTCCA;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=5460577;WS=5460559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	5460619	rs2619844	G	C	2442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=14;PP=1476;SC=TCTGCTGAGTGTGTTTCAGAA;SOR=2.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=55;TCR=14;TR=69;WE=5460627;WS=5460609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	5462148	rs2578500	G	A	8433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=144;NR=150;PP=2965;SC=TATGTCAACTGTAGCAAAATG;SOR=0.805;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=294;TCF=144;TCR=150;TR=294;WE=5462156;WS=5462138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr5	5476250	rs11416699	T	TG	1393.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=23;PP=825;SC=GGTGGAAGGCTGGGGGGTTAA;SOR=1.378;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=24;WE=5476258;WS=5476240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	6020374	rs464221	A	G	4079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr5	6020418	rs457263	T	G	2852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=48;PP=1329;SC=ATCCAACCCTTTAAGCCAGCA;SOR=1.138;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=92;WE=6020426;WS=6020408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	6020488	rs412953	C	T	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=22;PP=571;SC=CTCCTCAAGTCGGCATTCCTT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=6020496;WS=6020478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	6337065	.	T	TACACACACACACACACACACACACACAC	471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=749;SC=TACACATACATACACACACAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=6;WE=6337073;WS=6337061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	6372585	rs9451	A	G	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.078;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=425;ReadPosRankSum=0.266;SC=TCGCAGTCCCAGGGGATCTTC;SOR=1.078;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=35;WE=6372593;WS=6372575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,38:0.49:78
chr5	6378614	rs7723985	G	C	12864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr5	6600064	rs61744358	G	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.298;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=559;ReadPosRankSum=0.719;SC=GACCCCCGCCGGGTCACAGCC;SOR=1.023;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=53;TCR=11;TR=29;WE=6600072;WS=6600054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
chr5	6600492	.	G	GT	497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=376;SC=CATTTCATCTGGATCCGAGGG;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=6600500;WS=6600482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	6602544	rs2303711	T	C	4479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=48;PP=2303;SC=AAGGCGTGTGTGTCTAAGGGC;SOR=1.172;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=90;TCR=48;TR=138;WE=6602552;WS=6602534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr5	6602668	rs2303710	G	C	6593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=114;NR=125;PP=2965;SC=GGATGCATGCGCTGAGCACAT;SOR=0.873;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=240;TCF=115;TCR=125;TR=239;WE=6602676;WS=6602658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr5	6604931	rs6889694	C	T	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.486;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=628;ReadPosRankSum=0.526;SC=CCGAGAAACCCCGGTTAAGAA;SOR=1.515;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=86;TCF=27;TCR=59;TR=37;WE=6604939;WS=6604921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,45:0.47:95
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chr5	6604970	rs6888601	G	A	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=293;ReadPosRankSum=0.614;SC=TTGTGATTACGTCGTTTGGAG;SOR=0.620;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=21;WE=6604978;WS=6604960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr5	6605532	rs2303707	C	A	3761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=75;PP=2420;SC=CTGTACATAACAACATTGTTG;SOR=1.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=55;TCR=75;TR=130;WE=6605540;WS=6605522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	6607125	rs3217325	GAAC	G	5455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=57;PP=2948;SC=GTGCAACATGGAACGGTTTGC;SOR=0.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=8;TCR=57;TR=65;WE=6607135;WS=6607115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr5	6611757	rs10454287	A	T	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.237;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=17;PP=788;ReadPosRankSum=2.262;SC=AGTTACTCACACGTGAATGCT;SOR=0.895;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=123;TCF=81;TCR=42;TR=55;WE=6611765;WS=6611747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,63:0.47:134
chr5	6611983	rs3733776	C	A	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=564;ReadPosRankSum=-0.288;SC=GTGAAAAAAACCAGACACAGA;SOR=0.629;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=100;TCF=38;TCR=62;TR=50;WE=6611991;WS=6611973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,49:0.48:103
chr5	6612027	rs6884320	T	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.851;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=262;ReadPosRankSum=-0.885;SC=ACAGAAAATGTCCAGGGAAGG;SOR=1.329;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=19;WE=6612035;WS=6612017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr5	6612069	rs34006880	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=75;ReadPosRankSum=-0.294;SC=GATGAGTGGCCGACGGGGTGG;SOR=0.260;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=7;WE=6612077;WS=6612059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr5	6617011	rs6887702	C	A	4747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=84;PP=2809;SC=CAAATGTATCCATGAAGTGCA;SOR=0.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=75;TCR=84;TR=159;WE=6617019;WS=6617001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr5	6618186	rs10475338	T	C	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=72;PP=1686;SC=GGTGGATGACTGCACTTTAAC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=41;TCR=72;TR=113;WE=6618194;WS=6618176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	6620092	rs2288445	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.069;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.227;NF=11;NR=4;PP=216;ReadPosRankSum=-0.435;SC=TTTAGGCTCACGCTATCTTTC;SOR=0.273;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=15;WE=6620100;WS=6620082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr5	6622017	rs2303705	T	G	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=26;PP=942;ReadPosRankSum=-0.007;SC=ACCCAACTGCTTGTCATAGGA;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=127;TCF=85;TCR=42;TR=75;WE=6622025;WS=6622007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,82:0.60:137
chr5	6632875	rs10076470	G	A	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.000;NF=30;ReadPosRankSum=0.089;SC=CAGCCCTGAGGAAGGAAAGAG;SOR=0.705;Source=Platypus;TCF=49;WE=6632883;WS=6632865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,75:0.64:118
chr5	6632909	rs571550	G	A	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=31;NR=37;PP=1146;SC=GGCCCAAGGAGCCGCCCCCTC;SOR=1.079;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=68;WE=6632917;WS=6632899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	6632942	rs193743	G	T	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=26;PP=733;SC=CAGGCCTCGGGGTCCGGGAAG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=48;WE=6632950;WS=6632932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	6633042	rs10062086	C	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=264;ReadPosRankSum=-2.491;SC=CCTCCGCGTCCTCCGGCCGCT;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=17;WE=6633050;WS=6633032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr5	6633779	rs248793	C	G	10091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=201;NR=138;PP=2965;SC=TCTTCGCGCGCAATCGTCAGA;SOR=1.102;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=339;TCF=201;TCR=138;TR=339;WE=6633787;WS=6633769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr5	6645016	rs248805	A	G	5309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=109;NR=73;PP=2965;SC=TGATTCCAAGACGCAGAGAGA;SOR=0.974;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=109;TCR=73;TR=182;WE=6645024;WS=6645006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr5	6645044	rs8192179	G	A	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.855;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,93:0.39:236
chr5	6645158	rs8192181	A	G	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.584;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=37;PP=771;ReadPosRankSum=-0.568;SC=GTAAATCAGTATGAAGTCTTC;SOR=0.764;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=145;TCF=65;TCR=80;TR=65;WE=6645166;WS=6645148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,73:0.45:164
chr5	6651970	rs3822430	A	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.298;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=116;ReadPosRankSum=1.120;SC=TAATTTACCCATTTCTGATGC;SOR=2.027;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=11;WE=6651978;WS=6651960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr5	6652009	rs8192186	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=251;ReadPosRankSum=-1.123;SC=CACTGTTGGCGTGTACAATGG;SOR=0.775;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=24;WE=6652017;WS=6651999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr5	6652252	rs3733773	G	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=165;ReadPosRankSum=0.910;SC=GCAGCACCCCGGAGTCCCATG;SOR=1.329;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=10;WE=6652260;WS=6652242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr5	6656210	rs3736316	G	A	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.761;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=12;PP=743;ReadPosRankSum=0.273;SC=TGTGGTTAACGGGCATGTTGA;SOR=0.950;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=104;TCF=78;TCR=26;TR=51;WE=6656218;WS=6656200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,53:0.51:104
chr5	6737571	rs2279657	A	G	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.81;SOR=3.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	6737571	.	ATGTGG	GTGTGA,GTGTGG	562	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=10,34;NR=1,5;PP=107,562;QD=14.5879886238;SC=AGAACAGAAAATGTGGTGACA;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=11,39;WE=6737584;WS=6737561;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.28:39
chr5	6737576	rs2279656	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=0.704;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr5	6739039	rs573304	T	G	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=406;SC=TTTGCATTTTTCCTCTCACAC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=6739047;WS=6739029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	6739791	rs419128	G	A	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.575;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,62:0.41:153
chr5	6748518	rs274682	A	G	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=8;PP=1031;SC=GAGAAGATCCAAAACATGTGG;SOR=2.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=54;WE=6748526;WS=6748508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	6748659	rs274681	T	C	10920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=216;NR=177;PP=2965;SC=TCAGCCATGCTGTGTCACCGC;SOR=0.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=395;TCF=216;TCR=179;TR=393;WE=6748667;WS=6748649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr5	6748736	rs186767171	C	T	3104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=77;PP=1927;ReadPosRankSum=-0.056;SC=CTGGGCTCAGCGTGCCTGTGG;SOR=0.757;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=280;TCF=130;TCR=150;TR=139;WE=6748744;WS=6748726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,151:0.49:308
chr5	6748810	rs2279653	G	A	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.977;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=669;ReadPosRankSum=-1.612;SC=ATGTTCTGCCGTATTTCAGTA;SOR=1.105;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=88;TCF=25;TCR=63;TR=42;WE=6748818;WS=6748800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,46:0.46:100
chr5	6749639	rs189435298	T	C	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=388;ReadPosRankSum=0.618;SC=CCTGTTGTACTCTGTTGATCT;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=28;WE=6749647;WS=6749629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr5	6754762	rs274676	T	C	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=16;PP=1556;SC=ATCCCTGCTCTCTATGTAACA;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=71;WE=6754770;WS=6754752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	6828015	.	G	A	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.621;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,105:0.39:272
chr5	7690754	rs2914289	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=111;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATTTGGTCATCCCCCGAGGTG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=7;WE=7690762;WS=7690744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr5	7695845	rs11134251	C	A	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.495;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,114:0.54:213
chr5	7696028	rs11134252	C	T	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.989;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=685;ReadPosRankSum=1.329;SC=CTCTTGGTTTCGTTTTTCTTC;SOR=0.389;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=47;WE=7696036;WS=7696018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,55:0.57:97
chr5	7712810	rs6555488	C	T	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=157;SC=TTGATTCACACTTAGGATTAA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=7712818;WS=7712807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	7717396	rs6878196	T	C	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.73;ReadPosRankSum=1.410;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr5	7724521	.	GTT	G	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.114;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr5	7743787	rs62342477	C	T	2341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.455;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=53;PP=1280;ReadPosRankSum=-2.020;SC=GTAGAACGTCCGTCCTGGGCA;SOR=0.733;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=224;TCF=116;TCR=108;TR=107;WE=7743795;WS=7743777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,117:0.46:257
chr5	7757705	rs4072341	T	C	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=14.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.11;ReadPosRankSum=-1.067;SOR=0.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,32:0.44:73
chr5	7757715	rs4479814	C	T	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=7.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.66;ReadPosRankSum=-0.944;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr5	7802363	rs2290910	C	T	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.488;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=594;ReadPosRankSum=-0.597;SC=ACTGCGTCTGCGTCATGTTTG;SOR=0.457;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=115;TCF=77;TCR=38;TR=48;WE=7802371;WS=7802353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,51:0.41:125
chr5	7826648	rs141881348	AAAC	A	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.674;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.458;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr5	7826680	rs6887726	T	C	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.176;NF=21;NR=9;PP=355;ReadPosRankSum=-1.700;SC=CTTTTTTTCTTGTGGATTACT;SOR=0.893;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=30;WE=7826688;WS=7826670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
chr5	7835616	rs34574678	G	GA	1395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.415;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=471;ReadPosRankSum=0.480;SC=TCCTGTCTAGGAAAAAAAAGA;SOR=0.535;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=109;TCF=18;TCR=91;TR=33;WE=7835624;WS=7835606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,88:0.41:214
chr5	7835685	rs179044	G	T	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.491;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=478;ReadPosRankSum=0.045;SC=GGAGCACAGAGGCCAGTTCTT;SOR=0.547;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=98;TCF=38;TCR=60;TR=38;WE=7835693;WS=7835675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,57:0.47:120
chr5	7850898	rs36226128	TGCCCAGCCGCCCAGCCGCCCAGCC	T,TGCCCAGCC	504.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=2,2;NR=9,9;PP=392,1344;SC=CGCCCGCCCCTGCCCAGCCGC;SOR=1.445;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=11,11;WE=7850929;WS=7850888;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:12
chr5	7851181	rs161874	C	A	201.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.30;ReadPosRankSum=2.220;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr5	7859434	rs1046014	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TGCTTTCAGATCACCAGTCTA;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=7859442;WS=7859431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr5	7861470	rs162026	G	T	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=304;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTGGGATTTGGCTATTACTAT;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=14;WE=7861478;WS=7861460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr5	7861985	rs2307116	G	A	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=551;ReadPosRankSum=-0.382;SC=GCTCAATAACGCTAAACCACA;SOR=0.751;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=84;TCF=23;TCR=61;TR=40;WE=7861993;WS=7861975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,41:0.49:84
chr5	7862926	rs3733784	T	C	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=279;ReadPosRankSum=-0.022;SC=AAACTCCTTATACTACTTACC;SOR=0.363;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=24;WE=7862934;WS=7862916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr5	7866135	rs141939619	TTGAGG	T	2838.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=31;PP=1848;ReadPosRankSum=-0.695;SC=TACGTCTGAATTGAGGTATGT;SOR=0.712;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=106;TCF=12;TCR=94;TR=38;WE=7866147;WS=7866125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,76:0.42:181
chr5	7866967	rs162030	G	C	4517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=88;NR=67;PP=2209;SC=GTTCCATTAAGGCAGAAATCT;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=88;TCR=67;TR=155;WE=7866975;WS=7866957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr5	7868030	rs2966952	T	C	7777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=121;PP=2965;SC=ATGATGGAATTTGACCCCGAA;SOR=0.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=125;TCR=121;TR=246;WE=7868038;WS=7868020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
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chr5	7891402	rs71591748	ATT	A,ATTTT	200.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=18.25;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,5:0.55,0.45:11
chr5	7891610	rs2303081	A	G	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,60:0.51:117
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chr5	7893121	rs162049	G	A	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=51;PP=1288;SC=ATTCATTACTGTCATAAGAAA;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=75;WE=7893129;WS=7893111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	7897191	rs10380	C	T	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=40;PP=1120;ReadPosRankSum=-0.426;SC=AGAGCTCAGACATTTCCTTAA;SOR=0.728;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=157;TCF=83;TCR=74;TR=82;WE=7897199;WS=7897181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,92:0.52:176
chr5	7897283	rs12347	G	A	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=39;PP=957;ReadPosRankSum=0.031;SC=CAAAGTATGTGCAAGACAACA;SOR=0.995;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=136;TCF=66;TCR=70;TR=69;WE=7897291;WS=7897273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,80:0.52:155
chr5	8461166	rs341899	T	C	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=34;PP=958;SC=GTTTCTAAGTTTATTATTAAA;SOR=1.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=53;WE=8461174;WS=8461156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	9043142	rs3834271	T	TA	638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=22;PP=335;SC=GAAAATATATTAAAAAAAAAC;SOR=2.066;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=9043150;WS=9043132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	9050410	rs257098	C	T	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=18;PP=1509;SC=TGACTTTCTCCGGTTTTTCAT;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=70;WE=9050418;WS=9050400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	9053945	rs257095	C	T	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.76;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr5	9066464	rs786847	A	G	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.653;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=20;PP=1087;ReadPosRankSum=0.019;SC=CTTGCTGTTTATGACCTTAGA;SOR=0.458;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=106;TCF=76;TCR=30;TR=68;WE=9066472;WS=9066454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,79:0.66:119
chr5	9066802	rs786846	G	A	3778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=55;NR=72;PP=2187;SC=GGGGTAAACAGAGCAACCTCA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=56;TCR=72;TR=127;WE=9066810;WS=9066792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	9154659	rs1806151	G	C	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=5;PP=435;SC=GCTCCCGCAGGCCCACGAACA;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=9154667;WS=9154649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	9201973	rs40683	C	T	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=3;PP=524;SC=AAGATTTTCTCTAAAGTAAAT;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=9201981;WS=9201963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	9265602	rs7734564	C	T	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=38;PP=828;ReadPosRankSum=-0.540;SC=ACTCTTCTGCCGCGGGACTCC;SOR=0.906;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=178;TCF=90;TCR=88;TR=69;WE=9265610;WS=9265592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,76:0.38:200
chr5	9280957	rs6555597	C	A	4564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr5	9380110	rs1805243	T	C	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=693;ReadPosRankSum=-1.028;SC=ACAGAAGCTCTTCTTCTCCTC;SOR=0.495;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=36;WE=9380118;WS=9380100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,40:0.69:58
chr5	10227548	rs2136197	C	A	3486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=35;PP=1893;SC=CACTCCCAGTCAAGTTTATGC;SOR=1.222;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=75;TCR=35;TR=110;WE=10227556;WS=10227538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr5	10227823	rs3080459	C	CCT	1308.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=21;PP=959;SC=CCCAAAATTTCCTGTTTTTAA;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=21;WE=10227831;WS=10227813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	10236856	rs11133605	A	G	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=18;PP=789;SC=CTAAGACATCATTTTAAAATG;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=10236864;WS=10236846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	10236927	rs2292263	C	T	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=30;PP=1656;SC=AACTTAGTTTCCTTGATTGGT;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=60;TCR=30;TR=90;WE=10236935;WS=10236917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	10237155	rs6876650	G	A	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=59;PP=1662;SC=AAAATAACCTGTCAATGAAAA;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=37;TCR=60;TR=96;WE=10237163;WS=10237145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
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chr5	10250047	rs2607301	C	A	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.90;QD=24.38;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr5	10250443	rs2578618	T	C	6505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=100;NR=114;PP=2965;SC=GTAATTCCGGTTGTTGCACCA;SOR=1.025;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=214;TCF=100;TCR=114;TR=214;WE=10250451;WS=10250420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr5	10254504	rs140671145	CT	C	90.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=-1.593;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr5	10254817	rs2578617	A	G	6378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr5	10255021	rs2607294	T	C	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=34;PP=748;SC=ACATGCCTGCTGAGATTGTTG;SOR=1.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=49;WE=10255029;WS=10255011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	10255083	rs2578616	A	C	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=322;SC=AAAACATGCTACAAAACAAAT;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=10255091;WS=10255073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	10256161	rs1042392	T	C	4883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr5	10258125	rs2457156	G	A	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=23;PP=1276;SC=TCAAAACATCGTTTGATTTAT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=69;WE=10258133;WS=10258115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	10261542	rs2607327	C	T	3815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=19;PP=2771;SC=GGAGATGTCTCGGTCAAAGTG;SOR=3.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=98;TCR=20;TR=116;WE=10261550;WS=10261532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr5	10261966	rs2244717	G	A	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=40;PP=1196;SC=AAAAATAATCGTGGTTCTCAA;SOR=1.163;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=69;WE=10261974;WS=10261956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	10262740	rs2578642	C	A	9011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.565;SC=GGTAAGGGATCTGTGCAGACT;SOR=0.254;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=322;TCF=180;TCR=142;TR=319;WE=10262748;WS=10262730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,357:1.00:358
chr5	10263451	.	TGGAG	T	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=60.99;NF=2;NR=79;PP=2947;QD=20;SC=CGCCTCTGCGTGGAGGGGGGG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=2;TCR=89;TR=81;WE=10263472;WS=10263441;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,81:0.89:91
chr5	10263453	rs147103051	GA	G	5596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.80;QD=44.07;SOR=2.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr5	10263457	rs58620077	G	A	5679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;QD=46.18;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr5	10263461	rs370306096	GGGA	G	5282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.34;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	10264962	rs544	A	G	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	10282396	rs10067744	A	G	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	10282479	rs10052785	C	T	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=18;PP=545;SC=CCGCATGATCCCCACACTCAT;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=10282487;WS=10282469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	10390340	rs11449510	G	GT	280.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.55;ReadPosRankSum=0.220;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr5	10417589	rs2967956	G	T	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=28;PP=848;SC=GCCAGGCATGGGGCTTACGCC;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=10417597;WS=10417579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	10442496	rs2567577	T	C	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=70;PP=2023;SC=ACCAGGGGCCTTACGCGGCAC;SOR=6.413;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=2;TCR=71;TR=72;WE=10442504;WS=10442486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	10448247	rs1976360	G	A	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=4;PP=304;SC=ACATAAGCCCGGGATGTTGGT;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=10448255;WS=10448237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	10505467	rs62362463	A	G	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.940;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=235;ReadPosRankSum=0.104;SC=GGAGGACACAATTCAATCCAT;SOR=1.565;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=14;WE=10505475;WS=10505457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr5	10505585	rs17816571	A	G	2691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=53;PP=1621;ReadPosRankSum=-0.257;SC=TTATTTCAAGACTGATTATTC;SOR=0.834;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=261;TCF=143;TCR=118;TR=123;WE=10505593;WS=10505575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,136:0.48:285
chr5	10505851	rs373652829	TAAA	T	341.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=7.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.78;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
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chr5	10564846	rs814576	C	T	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=9;PP=284;SC=CGGCGACCCTCCTGCGCGCCG;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=10564854;WS=10564836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	10565027	rs1103749	C	G	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=6;PP=183;SC=CGCCTCCCAGCTCCTGGCTCC;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=10565035;WS=10565017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	10624866	rs10062687	T	G	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=-1.580;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,121:0.56:216
chr5	10624887	rs1531839	T	C	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.95;ReadPosRankSum=-1.288;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,88:0.54:162
chr5	10638180	rs11745612	T	C	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.331;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,80:0.56:142
chr5	10638364	rs6889196	A	G	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.87;ReadPosRankSum=3.247;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,23:0.37:62
chr5	10649784	rs113222960	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=90;ReadPosRankSum=0.533;SC=TCCTGGCGGCGCGGGCTGCAC;SOR=0.627;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=9;WE=10649792;WS=10649774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr5	10650150	rs56969869	A	G	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=2.054;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr5	10650251	rs140897444	CGGGGCT	C	713.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.765;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.736;NF=2;NR=8;PP=441;ReadPosRankSum=0.939;SC=GCGCTGGGGCCGGGGCTGGGG;SOR=0.769;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=10;WE=10650264;WS=10650241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr5	10650324	rs13354827	T	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=-2.452;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr5	10650324	.	TT	GG	66	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=66;QD=23.8935749724;SC=ATCGCACCACTTCCGCTCCAT;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=5;WE=10650333;WS=10650314;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,5:0.22:23
chr5	10650325	rs13354828	T	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=-2.451;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr5	10664999	rs111384023	C	G	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.82;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr5	10665004	rs115907161	C	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.27;ReadPosRankSum=-0.502;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr5	10665259	rs11954194	C	T	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.726;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=258;ReadPosRankSum=-0.534;SC=TCTCCCGAAACGACTGGCTTA;SOR=0.102;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=19;WE=10665267;WS=10665249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr5	10748231	rs267944	C	T	5346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=59.97;NF=109;NR=72;PP=2965;SC=AATGTTAATGCTTAACCGAAT;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=110;TCR=72;TR=181;WE=10748239;WS=10748221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr5	10748462	rs267943	C	T	3056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=68;PP=2026;SC=TGGAAAGGTTCTGGTTGCTCA;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=38;TCR=68;TR=106;WE=10748470;WS=10748452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	10761009	rs11740244	C	G	155.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.26;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	10761182	rs267927	A	G	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	10981720	rs58618024	G	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=171;ReadPosRankSum=-0.187;SC=CACACACACAGAGACACACAC;SOR=0.368;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=12;WE=10981728;WS=10981710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr5	10981784	rs373010050	GTTCT	G	652.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.476;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=347;ReadPosRankSum=-0.600;SC=TTCTTTTTCAGTTCTTTATGT;SOR=0.393;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=10;WE=10981795;WS=10981774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr5	10986684	rs12515637	G	C	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.232;NF=10;NR=9;PP=207;ReadPosRankSum=-0.519;SC=CAGATTCACAGCTTTCTTTGT;SOR=0.628;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=19;WE=10986692;WS=10986674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,31:0.41:76
chr5	10986722	rs36031475	A	AG	1604.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.518;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.216;NF=2;NR=11;PP=694;ReadPosRankSum=0.557;SC=GCAACATGTAAGGGGAAACAG;SOR=0.655;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=13;WE=10986735;WS=10986712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,44:0.41:107
chr5	10986727	rs35210570	A	G	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=693;ReadPosRankSum=0.657;SC=ATGTAAGGGGAAACAGTGAAT;SOR=0.603;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=18;WE=10986735;WS=10986712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,43:0.41:106
chr5	10986772	rs9312749	G	A	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=238;ReadPosRankSum=-0.106;SC=TAATGAGTTAGGTTCTCCCGT;SOR=0.787;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=22;WE=10986780;WS=10986762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,38:0.41:93
chr5	10986947	rs10434650	C	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-2.296;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr5	10988172	rs879353	T	C	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=544;ReadPosRankSum=-2.680;SC=CTCTGCCTTGTCGCGGGTCAA;SOR=1.165;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=35;WE=10988180;WS=10988162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,35:0.39:90
chr5	11082762	rs2277053	T	C	2791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.87;ReadPosRankSum=-0.396;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,132:0.61:217
chr5	11084189	rs1024621	T	C	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=67;PP=1723;ReadPosRankSum=-0.861;SC=CTACTTTGTATCTCAAGCTCT;SOR=0.599;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=204;TCF=80;TCR=124;TR=113;WE=11084197;WS=11084179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,121:0.56:215
chr5	11365166	rs2074260	C	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=0.475;SC=ATCAGCCTGTCGGCATCACCC;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=11365174;WS=11365156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr5	11412302	rs31750	C	T	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	13701580	.	A	C	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=2.062;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,15:0.19:79
chr5	13729714	rs3777093	A	G	3161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=71;PP=1888;SC=TTCCTTCACTATAAAACAATC;SOR=1.421;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=39;TCR=72;TR=110;WE=13729722;WS=13729704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	13735892	rs3734109	T	C	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=36;PP=1651;SC=TGCACAGATATAGAATTCAGC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=59;TCR=36;TR=95;WE=13735900;WS=13735882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	13737700	rs2401811	A	G	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=15;PP=403;SC=TGAAGCTCCCATACTGTATTT;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=13737708;WS=13737690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	13754394	rs2401809	C	T	2155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.546;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,121:0.38:317
chr5	13759172	rs34516765	TA	T	741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.040;NF=0;NR=23;PP=756;ReadPosRankSum=1.576;SC=AGAACTCAGCTAACGTCACAT;SOR=0.416;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=0;TCR=48;TR=23;WE=13759180;WS=13759162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr5	13762972	rs6554812	T	C	4280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=94;PP=2572;ReadPosRankSum=-0.006;SC=GACTCAAAAATTCTATCACCT;SOR=0.625;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=286;TCF=134;TCR=152;TR=180;WE=13762980;WS=13762962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,196:0.63:312
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chr5	13769356	.	G	GT	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.589;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr5	13770757	rs138234449	C	CA	1540.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=12;PP=1594;SC=CTATGATACACAAAATGTCTC;SOR=1.961;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=40;WE=13770765;WS=13770747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	13776487	rs34413787	C	T	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=1.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.485;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,87:0.41:214
chr5	13788886	rs10513155	C	A	3681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=83;PP=2410;ReadPosRankSum=-0.035;SC=CACAATCCACCAAGAGTTTTT;SOR=0.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=505;TCF=280;TCR=225;TR=194;WE=13788894;WS=13788876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,203:0.37:542
chr5	13810149	rs35732567	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=107;ReadPosRankSum=0.444;SC=GTTCCGTCTGGACGGGCAGGT;SOR=0.035;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=8;WE=13810157;WS=13810139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr5	13810441	rs35058767	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.753;NF=12;NR=16;PP=1156;ReadPosRankSum=2.282;SC=GTTTCAATGGGAACAGTAAAC;SOR=0.627;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=28;WE=13810460;WS=13810431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr5	13810451	rs145443373	CAT	C	956.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.058;HP=4;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.880;NF=1;NR=16;PP=1164;ReadPosRankSum=0.800;SC=GAACAGTAAACATAGAAACAA;SOR=0.990;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=17;WE=13810460;WS=13810431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr5	13810529	rs31238	C	G	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=12;PP=357;SC=AAGAACTGATCTCTGAGAATA;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=13810537;WS=13810519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	13817881	rs6889720	G	A	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=843;ReadPosRankSum=1.330;SC=ACTAATTTGTGGTGTACTGTC;SOR=0.487;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=104;TCF=29;TCR=75;TR=50;WE=13817889;WS=13817871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,52:0.47:110
chr5	13823262	rs10035657	T	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=3.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.421;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr5	13829608	rs1348691	G	A	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.257;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=322;ReadPosRankSum=0.599;SC=AAGACCTCCAGGATGACACAC;SOR=0.096;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=24;WE=13829616;WS=13829598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr5	13829799	rs1348689	G	A	2558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=54;PP=1382;ReadPosRankSum=1.493;SC=CCTGCCGTCCGGCATAGCCAG;SOR=0.607;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=207;TCF=100;TCR=107;TR=109;WE=13829807;WS=13829789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,124:0.55:227
chr5	13829933	rs16902790	G	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.189;NF=4;NR=12;PP=204;ReadPosRankSum=0.641;SC=ACTCATTTACGTATCTCAATC;SOR=0.846;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=16;WE=13829941;WS=13829923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr5	13830048	rs10474996	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=78;ReadPosRankSum=-0.546;SC=TTTCCATTCAGGAAAACAGAT;SOR=0.148;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=13830056;WS=13830047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr5	13839695	rs9312849	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=268;ReadPosRankSum=-0.038;SC=TAAATATACACGTTATTAGCA;SOR=1.230;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=13;WE=13839703;WS=13839685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr5	13842052	rs1910089	A	T	529.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.344;NF=9;NR=33;PP=691;ReadPosRankSum=1.911;SC=AAAAAGCTATAGTCATATAAA;SOR=0.368;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=81;TCF=15;TCR=66;TR=42;WE=13842060;WS=13842042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr5	13845045	rs10041113	G	A	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=604;ReadPosRankSum=-0.415;SC=TCTCTAGAAGGGCAGGATCTG;SOR=0.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=39;WE=13845053;WS=13845035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,38:0.45:84
chr5	13845107	rs4429853	A	G	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=482;ReadPosRankSum=-0.440;SC=AAGTACCTACAAGGAGAGGAA;SOR=0.653;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=22;WE=13845115;WS=13845097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr5	13845151	rs10041099	C	G	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=285;ReadPosRankSum=-0.283;SC=CAAAGCTGGTCGTTCAAGGAA;SOR=0.765;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=14;WE=13845159;WS=13845141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr5	13850651	rs795528	T	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr5	13850739	rs4701988	T	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=629;ReadPosRankSum=1.970;SC=ACCGAGAGCTTTCAAAGAGCC;SOR=0.723;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=19;WE=13850758;WS=13850729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr5	13850750	rs6554820	A	G	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=759;ReadPosRankSum=-1.089;SC=TCAAAGAGCCAGTGAACTTAC;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=25;WE=13850758;WS=13850729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr5	13851016	rs795526	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=155;ReadPosRankSum=0.736;SC=GAGGCTAGAGCTTTAACCAGT;SOR=1.721;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=9;WE=13851024;WS=13851006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr5	13859743	rs1502043	G	T	2404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.51;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,123:0.59:209
chr5	13859807	rs1867677	G	T	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=52;PP=1437;SC=ATTTTTAACCGCTTTCTTTAC;SOR=4.103;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=6;TCR=52;TR=58;WE=13859815;WS=13859797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	13862600	rs7724453	T	G	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=928;ReadPosRankSum=-0.907;SC=TCATTAATTTTAAATGTTTGC;SOR=0.711;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=91;TCF=61;TCR=30;TR=58;WE=13862608;WS=13862590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,60:0.62:97
chr5	13862616	rs7704417	C	T	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=-1.015;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,69:0.61:114
chr5	13864728	rs6554827	C	A	2093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=43;PP=1082;ReadPosRankSum=-0.037;SC=CCTTCAAGGCCCGGGGAAGCT;SOR=0.811;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=130;TCF=68;TCR=62;TR=86;WE=13864736;WS=13864718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,99:0.63:157
chr5	13864885	rs6554828	G	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=-0.647;SC=CTTGCAGGCTGTCTGTTCATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=8;WE=13864893;WS=13864875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr5	13865717	rs7720415	A	G	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.78;ReadPosRankSum=0.610;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr5	13865980	rs7703349	T	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.838;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr5	13866450	rs11748811	A	G	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=438;ReadPosRankSum=-0.769;SC=AATTTCATGAACTCAATCCAT;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=30;WE=13866458;WS=13866440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr5	13867819	rs1445810	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.419;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=69;ReadPosRankSum=0.551;SC=TTTTAGACAACTACATTTTGC;SOR=0.141;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=8;WE=13867827;WS=13867809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr5	13868103	rs35398031	TA	T	342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.828;NF=1;NR=14;PP=217;ReadPosRankSum=2.392;SC=ATAAGATTCCTAAAAAAAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=15;WE=13868111;WS=13868093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr5	13870802	rs114740310	C	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=363;ReadPosRankSum=-0.332;SC=TCACTCCAGACCCAGTCAATA;SOR=0.269;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=23;WE=13870810;WS=13870792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr5	13871925	rs10513159	A	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.738;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=210;ReadPosRankSum=0.417;SC=TGAAAGGCACAATGATATAAG;SOR=0.129;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=14;WE=13871933;WS=13871915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr5	13876664	rs1445804	T	C	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=9;PP=822;SC=GCTGAGCACATACAAGATGCT;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=42;WE=13876672;WS=13876654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	13882841	rs10057007	A	G	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.727;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=472;ReadPosRankSum=0.423;SC=ATTTACCTTGAAGTTCATTTT;SOR=0.981;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=108;TCF=80;TCR=28;TR=37;WE=13882849;WS=13882831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,41:0.36:114
chr5	13886244	rs201639682	CAAA	C,CA	1333.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.093;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.65;ReadPosRankSum=1.616;SOR=0.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,30,20:0.58,0.38:52
chr5	13894894	rs4701997	T	A	8321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=134;NR=150;PP=2965;SC=GCAGCAGGTATTTTTGACTTC;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=134;TCR=150;TR=284;WE=13894902;WS=13894884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr5	13911405	rs3765045	G	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.39;ReadPosRankSum=-0.913;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
chr5	13911704	rs67065537	A	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=159;ReadPosRankSum=0.089;SC=TTGCCAGAAAAAAAATAAGTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=10;WE=13911712;WS=13911694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr5	13919255	rs35925547	T	G	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.07;ReadPosRankSum=-0.195;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,58:0.51:114
chr5	13928085	rs12659700	T	C	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=595;ReadPosRankSum=-1.294;SC=CACACACGCATCTCCCTCCCG;SOR=0.579;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=141;TCF=93;TCR=48;TR=49;WE=13928093;WS=13928075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,56:0.35:158
chr5	13931205	rs1530497	G	C	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=-0.358;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,92:0.50:184
chr5	13931340	rs1530496	C	T	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=6.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=1.900;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,50:0.52:96
chr5	13944512	rs339445	A	C	3484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=51;PP=1977;SC=GAGTGACGCTATGCTTCCAGA;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=61;TCR=51;TR=112;WE=13944520;WS=13944502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr5	14183866	rs354302	T	C	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=4;PP=114;SC=AGGGAAGGCATGCGGCCGCAG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=14183874;WS=14183856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	14183979	rs71597901	CAG	C	2469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=15;PP=1157;SC=TAACCTTTGGCAGATAGTGAC;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=14183988;WS=14183969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	14184022	rs354301	G	A	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=20;PP=911;SC=CGTGGTAACCGTTTTTTAAAA;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=57;WE=14184030;WS=14184012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	14184079	rs354300	G	A	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	14184211	rs354299	T	C	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=17;PP=535;SC=ACAGAGAATGTTGTGTGTTTG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=14184219;WS=14184201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	14184254	rs354298	A	G	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=170;SC=TAAAAATCCAACCGGCTAGTA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=14184262;WS=14184244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	14290805	rs30629	G	A	2316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.309;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=34;PP=1505;ReadPosRankSum=0.037;SC=CTTCTCATACGTGATTTTTTT;SOR=0.443;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=195;TCF=135;TCR=60;TR=102;WE=14290813;WS=14290795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,105:0.51:206
chr5	14366840	rs30784	T	C	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=7;PP=998;SC=TTTAGGATGATGAAGGCATCA;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=46;WE=14366848;WS=14366830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	14377962	rs30769	A	C	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=2;PP=260;SC=GAGGTCTGGTAGACATGCTCA;SOR=2.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=14377970;WS=14377954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	14378068	rs30770	T	G	3915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.01;SOR=1.210;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr5	14388797	rs57751910	G	GT	563.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.053;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,54:0.46:118
chr5	14420027	rs30612	A	C	7598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=121;NR=139;PP=2965;SC=TGGTGCGGACAACTGACCGCT;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=261;TCF=122;TCR=139;TR=260;WE=14420035;WS=14420017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr5	14471666	rs27091	T	A	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=193;SC=CAGCTCTGAATTACCGAGATG;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=14471674;WS=14471656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	14472626	rs26186	T	C	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=16;PP=1297;SC=GGAGTCCATCTTGACCAGGAG;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=62;WE=14472634;WS=14472616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	14476900	.	C	CA	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=0.244;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr5	14479938	rs26173	G	A	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.885;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=333;ReadPosRankSum=0.233;SC=TTTACTGCCAGTGTTGTAGTC;SOR=1.065;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=102;TCF=67;TCR=35;TR=28;WE=14479946;WS=14479928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,32:0.30:108
chr5	14481880	rs34046917	CTTT	C	113.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.98;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr5	14485161	.	G	GT	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.396;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,29:0.22:133
chr5	14485386	rs26098	T	C	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=593;ReadPosRankSum=0.698;SC=AGATGTGTGCTTTCTTTCCTC;SOR=0.551;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=38;WE=14485394;WS=14485376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr5	14498727	rs26107	G	A	3973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=4.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=-0.513;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,195:0.57:342
chr5	14507905	rs26086	A	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=80;ReadPosRankSum=-0.573;SC=GATTCCTTCCACCTCACCATA;SOR=0.653;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=9;WE=14507913;WS=14507895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr5	14601041	rs34891995	CTTT	C	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.31;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr5	14607339	.	G	GA	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=3.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=2.794;QD=0.59;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,12:0.20:61
chr5	14610184	rs25960	C	G	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	14610337	rs114249604	T	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.400;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr5	14664821	rs250435	G	A	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=6;PP=249;SC=CGCTCTGCGGGCCCTCGGAAA;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=14664829;WS=14664811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	14678762	.	C	CT	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.569;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=-0.834;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,16:0.19:83
chr5	14678996	rs31930	G	A	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=15;PP=390;SC=TATAGACGTTGTTATTGGTGT;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=14679004;WS=14678986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	14741921	rs187483	A	C	3242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=1.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.23;ReadPosRankSum=-1.860;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,164:0.52:317
chr5	14741984	rs2288474	T	C	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=48;PP=918;ReadPosRankSum=0.387;SC=TGATGTGGGCTGCCGTGACTG;SOR=0.625;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=83;TCR=97;TR=89;WE=14741992;WS=14741974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,98:0.49:200
chr5	14745814	rs35971379	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=185;ReadPosRankSum=1.205;SC=ACTTGCCCCTGTTATTTTCTG;SOR=0.330;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=16;WE=14745822;WS=14745804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr5	14749551	rs697569	T	C	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=29;PP=632;SC=TAAGGAAAAGTGTCTGTAGAC;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=14749559;WS=14749541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	14751055	rs16903692	G	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=103;ReadPosRankSum=-0.322;SC=TTGGCCTCTGGGTATGACATC;SOR=0.399;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=8;WE=14751063;WS=14751045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr5	14751399	rs697570	C	T	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.23;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	14751399	.	CT	TC,TT	491	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=6,17;NR=12,33;PP=122,491;QD=9.74821527012;SC=CGGGAACCGACTGACAGAAGC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=18,50;WE=14751408;WS=14751389;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.35:51
chr5	14751400	rs2291943	T	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=1.501;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr5	14871620	rs139106733	AGGGGCGAC	A	1514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=12;PP=2460;SC=CGGGGAGGCGAGGGGCGACGG;SOR=1.148;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=17;WE=14871635;WS=14871610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	15927905	rs70938037	A	AAGAC	872.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.46;MQRankSum=3.644;QD=19.83;ReadPosRankSum=-0.335;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr5	15927927	rs66504704	A	G	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.35;MQRankSum=4.763;QD=11.24;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,45:0.41:109
chr5	15928086	.	G	T	2305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.439;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=75;PP=2502;ReadPosRankSum=0.601;SC=AATGGAAGGGGCTCGTCCACC;SOR=0.642;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=380;TCF=197;TCR=183;TR=161;WE=15928094;WS=15928076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,124:0.41:300
chr5	16091242	rs11389357	G	GA	674.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=18;PP=426;SC=AATTAAAAAAGAAAAAAAAAC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=19;WE=16091250;WS=16091232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	16177807	rs2582666	A	G	2487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	16179125	rs342550	C	T	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=12;PP=617;SC=CACCGGCTGCCTCGGGGTCTC;SOR=1.075;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=16179133;WS=16179115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	16474778	rs11428210	C	CT	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=8.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.116;SOR=1.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,30:0.35:86
chr5	16477751	rs162850	C	A	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.198;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=290;ReadPosRankSum=1.281;SC=AAATAAATGTCTCCAGAAATA;SOR=0.445;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=23;WE=16477759;WS=16477741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr5	16478120	rs162849	A	G	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,32:0.44:73
chr5	16478200	rs162848	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=146;ReadPosRankSum=-0.331;SC=TTTTTTCTTTGTCTGCTTCTG;SOR=0.896;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=18;WE=16478208;WS=16478190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,25:0.33:76
chr5	16479151	rs6883888	A	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=-1.081;SC=AAGGCTACGTACATTTCAGTA;SOR=1.329;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=6;WE=16479159;WS=16479141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr5	16479220	rs33692	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=1.290;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr5	16508674	rs332811	A	G	2853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.175;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=40;PP=1681;ReadPosRankSum=0.577;SC=ACGTACGTATATATCACAATT;SOR=0.406;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=187;TCF=125;TCR=62;TR=113;WE=16508682;WS=16508664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,125:0.61:205
chr5	16508898	rs33684	T	C	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.084;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-1.125;NF=16;NR=27;PP=426;ReadPosRankSum=-0.978;SC=CTCAGAAAGTTGGTGTTTACA;SOR=0.481;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=79;TCF=25;TCR=54;TR=43;WE=16508906;WS=16508888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,45:0.57:79
chr5	16617099	rs35003	A	G	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=11;PP=343;SC=GTGCTTCCAGACAGGGACGGG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=17;WE=16617107;WS=16617089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	16667003	rs26743	C	T	5737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=121;PP=2965;SC=CTCCCGTAGCCTTCCATGCTA;SOR=1.484;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=69;TCR=121;TR=190;WE=16667011;WS=16666993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr5	16667065	rs33273	C	G	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=46;PP=1313;SC=CTTTCACCTTCCTCATCAGGG;SOR=4.935;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=49;WE=16667073;WS=16667055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	16670618	rs27431	C	T	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=11;PP=903;SC=CCCCAACACACGGCAGCCAGT;SOR=1.893;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=46;WE=16670626;WS=16670608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	16672639	rs4702164	T	C	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=245;ReadPosRankSum=-0.959;SC=TCGAGAAAAATAGCGGATATG;SOR=0.576;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=15;WE=16672647;WS=16672636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr5	16673975	rs25901	C	G	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.528;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=332;ReadPosRankSum=-1.308;SC=TTCCATCTCGCTTCCTGGAAA;SOR=0.528;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=101;TCF=46;TCR=55;TR=35;WE=16673983;WS=16673965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,45:0.38:120
chr5	16676103	rs28057	T	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=5.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=-1.689;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr5	16679914	rs10060411	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.458;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=570;ReadPosRankSum=0.344;SC=AATTACAGGCGTGAGCCACCG;SOR=1.012;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=10;WE=16679934;WS=16679904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr5	16679926	rs3217321	G	GC	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=541;ReadPosRankSum=0.579;SC=GAGCCACCGTGCCGGCCAACC;SOR=1.061;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=10;WE=16679934;WS=16679904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr5	16679966	rs35580	C	T	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=-2.040;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,37:0.42:88
chr5	16681966	rs399833	G	A	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=2.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=3.103;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,104:0.47:220
chr5	16684109	rs2303703	T	C	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=42;PP=1045;ReadPosRankSum=2.820;SC=ACTACAGTAATACCTCTAGCC;SOR=0.775;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=137;TCF=63;TCR=74;TR=75;WE=16684117;WS=16684099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,83:0.55:151
chr5	16699512	rs256930	G	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=297;ReadPosRankSum=0.453;SC=ATAAAATAACGCCTCGCTCTC;SOR=0.631;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=18;WE=16699520;WS=16699502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr5	16704806	rs3860136	G	A	4218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=95;PP=2562;ReadPosRankSum=0.924;SC=TGCTCAGGACGGAGTCACATG;SOR=0.689;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=463;TCF=228;TCR=235;TR=193;WE=16704814;WS=16704796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,215:0.42:510
chr5	16711365	rs3214558	CA	C	2322.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=52;PP=1044;ReadPosRankSum=1.096;SC=CTAAACCATGCAAAAAAAAAA;SOR=0.877;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=10;TCR=60;TR=61;WE=16711374;WS=16711355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,119:0.95:125
chr5	16711451	rs27552	G	T	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=35;PP=1055;SC=GGTTTACCCCGCTTCAAAACA;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=50;WE=16711459;WS=16711441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	16762646	rs31511	T	C	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	16764255	rs375881422	CA	C	1143.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.695;HP=11;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.647;NF=27;NR=17;PP=649;ReadPosRankSum=-2.172;SC=GACTCCTTCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.426;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=44;WE=16764274;WS=16764244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,67:0.89:75
chr5	16766093	rs2561232	C	T	3563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=47;PP=2056;SC=ATTACAGTTACAACTGTTATT;SOR=1.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=73;TCR=47;TR=120;WE=16766101;WS=16766083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr5	16769273	rs11750538	G	A	3798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr5	16783711	rs4702172	T	C	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=44;PP=1287;SC=AAAATGCCTGTTTCCAAAGAG;SOR=4.935;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=47;WE=16783719;WS=16783701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	16794916	rs396514	G	A	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.694;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.203;NF=43;NR=41;PP=1199;ReadPosRankSum=0.963;SC=AGGGGTTCACGGAGGCCAGGA;SOR=0.576;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=151;TCF=84;TCR=67;TR=84;WE=16794924;WS=16794906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,96:0.56:171
chr5	16795027	rs35681033	CA	C	1704.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.826;NF=3;NR=27;PP=1117;ReadPosRankSum=-0.104;SC=GAGTGTGCGCCAGGGGGAAAG;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=30;WE=16795035;WS=16795017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,55:0.52:106
chr5	16818363	rs12188582	A	G	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=25;PP=729;SC=ATACAATCTCAGTATAATTTC;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=35;WE=16818371;WS=16818353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	16877701	rs7710976	C	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=425;ReadPosRankSum=-0.155;SC=TGGGAAGCTGCAGGGACTTGT;SOR=0.627;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=28;WE=16877709;WS=16877691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,30:0.40:75
chr5	16916071	rs145081788	GAA	G	1038.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;QD=24.16;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,41:0.95:43
chr5	17276053	rs59080603	CCT	C	732.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=0.558;QD=26.17;ReadPosRankSum=1.912;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr5	19520932	rs441865	T	C	2498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.069;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=56;PP=1424;ReadPosRankSum=0.093;SC=ATGCACACTTTAGAGGCTCGG;SOR=0.515;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=197;TCF=85;TCR=112;TR=102;WE=19520940;WS=19520922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,117:0.53:220
chr5	19721490	rs12187552	T	C	7000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=121;NR=118;PP=2965;SC=AGGGTTGTCCTTGGAGAATGC;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=123;TCR=119;TR=239;WE=19721498;WS=19721480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr5	21121275	rs248205	G	C	2240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.37;ReadPosRankSum=1.837;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,106:0.54:197
chr5	21461786	rs4701564	T	A	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=5.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.153;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.358;NF=26;NR=1;PP=601;ReadPosRankSum=2.083;SC=ATTGGAGCCATGCTATAAACT;SOR=2.215;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=50;TCF=46;TCR=4;TR=27;WE=21461794;WS=21461785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr5	21751715	rs10657805	C	CAGAA	360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.832;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.814;NF=33;NR=6;PP=2044;ReadPosRankSum=3.299;SC=AATCTTGTCCCAGAGTGTGTG;SOR=2.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=39;WE=21751749;WS=21751705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr5	21751718	rs66936623	AGTGT	A	690.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.000;QD=14.70;ReadPosRankSum=-2.709;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr5	21751741	rs370990145	T	TTGTGTGTGTG	613.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.000;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.597;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,22:0.33:66
chr5	21752050	rs6451992	A	G	3699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=3.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.70;ReadPosRankSum=2.148;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,103:0.38:270
chr5	21752056	rs6451993	A	G	3711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=4.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.50;ReadPosRankSum=3.735;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,103:0.37:275
chr5	21760602	rs2303748	C	A	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.505;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=442;ReadPosRankSum=-1.081;SC=AGTATTGATTCCTCCCTTTGT;SOR=0.275;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=25;WE=21760610;WS=21760592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr5	21802662	rs6897177	C	T	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=349;SC=TTCTTAATAACTAGTGGGTAA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=21802670;WS=21802652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	21817247	rs114414442	A	G	2648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=61;PP=1538;ReadPosRankSum=0.763;SC=GATGCCTGATAAGACATATAA;SOR=0.582;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=195;TCF=77;TCR=118;TR=104;WE=21817255;WS=21817237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,120:0.57:211
chr5	21854787	rs112146213	G	C	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.729;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr5	23510158	rs34033521	AT	A	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.275;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr5	23510203	rs2973615	A	G	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=33;PP=962;SC=TGCTCTTTTCACCCAGGCTGG;SOR=2.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=48;WE=23510211;WS=23510193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	23521097	rs75883850	G	A	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.92;ReadPosRankSum=-1.291;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,71:0.62:114
chr5	23523348	rs1874165	C	T	5382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=98;NR=75;PP=2965;SC=TAAAATAATTCTTCTGATTTT;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=98;TCR=75;TR=173;WE=23523356;WS=23523338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr5	23527919	rs2099081	A	G	4118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=98;PP=2941;SC=ATAGCCACAAAAAGACAAATG;SOR=2.203;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=34;TCR=99;TR=132;WE=23527927;WS=23527909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr5	23975952	rs10037197	G	C	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=53;ReadPosRankSum=-0.303;SC=TGCTGTTGTTGTAACAATACA;SOR=0.175;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=6;WE=23975960;WS=23975942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr5	23976115	rs1501940	G	A	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=-1.469;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,101:0.43:236
chr5	24509947	rs3797171	C	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=176;ReadPosRankSum=-1.244;SC=AAAAATAAATCATCAAATTAG;SOR=0.527;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=14;WE=24509955;WS=24509937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr5	24511654	rs201402189	CAGAGAGAGAG	C	542.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.138;QD=33.92;ReadPosRankSum=1.516;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr5	25190672	rs55966917	C	T	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=17;PP=715;SC=CCGAAAGAGGCGGCCAAGCCT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=25190680;WS=25190662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	26889902	rs13190383	A	C	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=2;PP=268;SC=TGACTTTGTAAAGAGAAAATA;SOR=2.419;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=26889910;WS=26889892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	26905920	rs5866810	GT	G	427.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.45;NF=17;NR=1;PP=349;SC=GGGAAATTGTGTTTTTTTTTT;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=18;WE=26905928;WS=26905910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	26988328	rs2288466	G	A	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=2.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.119;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,55:0.43:129
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chr5	31305265	rs2287581	C	T	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=1.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,82:0.47:175
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chr5	31322851	rs2962790	A	G	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=16;PP=858;SC=ATTTGAGCACAGTGTTTCTTC;SOR=1.532;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=53;WE=31322859;WS=31322841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	31401447	rs10719	A	G	6932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=152;NR=92;PP=2965;SC=AGCACACTTCATTCATTGTCT;SOR=1.196;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=244;TCF=152;TCR=92;TR=244;WE=31401455;WS=31401437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr5	31435975	rs199971247	CA	C	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.871;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,26:0.21:121
chr5	31449241	rs371567874	CA	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=14.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.108;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr5	31467952	rs17408716	A	G	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=377;ReadPosRankSum=0.635;SC=CTTAATTTTTAAAAAGGAAAC;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=22;WE=31467960;WS=31467942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr5	31472087	rs6885959	T	A	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.497;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=659;ReadPosRankSum=-0.578;SC=ACTTTTAAAATGTGCTGTTAC;SOR=0.952;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=45;WE=31472095;WS=31472077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,57:0.51:111
chr5	31472117	rs3763075	G	C	2027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=31;PP=1070;ReadPosRankSum=-0.367;SC=GAAACATTCAGATCTGGAAAA;SOR=0.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=99;TCR=60;TR=84;WE=31472125;WS=31472107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,99:0.55:179
chr5	31483596	rs10052174	G	A	3266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr5	31483753	rs11341915	GA	G	335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=5.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.977;QD=8.39;ReadPosRankSum=1.285;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr5	31485230	rs7712436	T	C	132.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=58;SC=TAGTTTCAGATGGAAATGAAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=31485238;WS=31485220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	31486540	rs7735863	A	G	8567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr5	31508933	rs56327412	G	GT,GTT	1174.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=30.12;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,14,25:0.36,0.64:39
chr5	31508945	rs4374769	C	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.027;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr5	31511106	rs13183642	G	T	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=467;ReadPosRankSum=-0.280;SC=AGCTATAATCGCAAGGGTCTC;SOR=0.652;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=62;TCR=33;TR=38;WE=31511114;WS=31511096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,45:0.42:108
chr5	31515373	rs7730136	C	T	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=322;ReadPosRankSum=1.515;SC=TACTCTTCCACTGTAAAAACT;SOR=1.136;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=16;WE=31515381;WS=31515363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr5	31515657	rs55656741	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=239;ReadPosRankSum=-0.892;SC=AGGAACAACCGATAAACCGTA;SOR=0.593;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=18;WE=31515665;WS=31515647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr5	31526371	rs61748191	T	C	1973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=42;PP=1209;ReadPosRankSum=0.510;SC=GTTTCAGCCTTTCTGGGGACC;SOR=0.629;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=104;TCR=99;TR=87;WE=31526379;WS=31526361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,96:0.43:225
chr5	31529299	rs6859527	A	G	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.69;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	31529306	rs6450850	T	C	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.55;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	31532429	rs2291109	A	T	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	31532789	rs17409893	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=-1.545;SC=GAGTCGGGGCAACTTATTTAC;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=31532797;WS=31532779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr5	31538692	rs17410000	A	C	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=48;PP=1332;ReadPosRankSum=-1.675;SC=TGCTGCCAGCACTGGGGAAAT;SOR=0.576;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=92;TCR=103;TR=91;WE=31538700;WS=31538682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,101:0.45:224
chr5	31541142	rs17410035	G	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr5	32000483	rs10054504	T	C	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=37;PP=1131;SC=TGTGCACTTGTACGTTTGCCT;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=52;WE=32000491;WS=32000473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	32054092	rs149414	C	G	341.98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9956;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=220;ReadPosRankSum=-0.204;SC=TAGTAGACCTCGGCGGAATCT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=12;WE=32054100;WS=32054082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr5	32057651	rs161545	G	A	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=6;PP=483;SC=GTTATTTTATGTGGTAGTAAA;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=32057659;WS=32057641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	32058115	rs151861	A	G	8485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=172;PP=2965;ReadPosRankSum=0.871;SC=GGGGAGCCTCAGCGGGAGGTT;SOR=1.052;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=305;TCF=133;TCR=172;TR=304;WE=32058123;WS=32058105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,322:0.99:324
chr5	32060985	rs35665699	T	TATC	1835.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=0;PP=1988;SC=CGGGAAAAGATATGAGCTTCT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=36;TCR=0;TR=35;WE=32060993;WS=32060975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	32069910	rs6862076	T	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=0.057;SC=CTCTTGGCTGTTAGTTTTGAT;SOR=2.147;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=12;WE=32069918;WS=32069900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr5	32071267	rs17512228	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.32;ReadPosRankSum=1.090;SOR=0.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr5	32071381	rs72761544	G	C	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.60;ReadPosRankSum=-0.610;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,93:0.48:195
chr5	32072213	rs3797064	A	C	3104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.880;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,154:0.48:318
chr5	32101168	rs2279232	A	T	3672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=49;PP=1899;SC=TGGCATGATGAACAACCCTGT;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=72;TCR=49;TR=121;WE=32101176;WS=32101158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	32135599	rs161539	G	A	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.765;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=441;ReadPosRankSum=-0.310;SC=GCTATTTTGTGTAGGTTCCTT;SOR=0.472;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=93;TCF=65;TCR=28;TR=37;WE=32135607;WS=32135589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,43:0.43:101
chr5	32209751	.	T	TTA	457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQRankSum=-1.039;QD=21.80;ReadPosRankSum=1.034;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr5	32242381	rs7729256	G	T	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	32248077	rs11960898	C	T	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=3.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=1.509;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,97:0.44:222
chr5	32263099	rs61418287	G	T	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=565;ReadPosRankSum=0.015;SC=CTTTTTGGGAGGATGAAAATG;SOR=0.422;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=37;WE=32263107;WS=32263089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr5	32268614	rs72294899	T	TA	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-1.045;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr5	32270747	rs59928961	C	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=127;ReadPosRankSum=0.166;SC=ATGATACACACGCATGCTTTA;SOR=0.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=9;WE=32270755;WS=32270737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr5	32276634	rs57425852	T	C	146.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5340;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=82;ReadPosRankSum=1.465;SC=TGTGTAGTTATTGAACTACAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=32276642;WS=32276624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr5	32379210	rs1862636	G	A	4959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=72;PP=2846;SC=ATACAGTTACGTACTACTTAC;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=99;TCR=72;TR=171;WE=32379218;WS=32379200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr5	32385865	rs7718350	G	A	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.05;ReadPosRankSum=-1.272;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr5	32385870	rs7718355	G	A	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.05;ReadPosRankSum=-0.369;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr5	32388471	rs889318	T	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.769;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=453;ReadPosRankSum=-1.382;SC=TTAAAACACATAGAACTCACA;SOR=0.242;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=15;WE=32388493;WS=32388461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr5	32388485	rs3811972	G	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.607;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=343;ReadPosRankSum=-0.208;SC=ACTCACACCAGAGTTACCAGT;SOR=1.274;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=12;WE=32388493;WS=32388461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr5	32400266	rs1051489	A	G	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=678;ReadPosRankSum=1.001;SC=GGTTCCTTTTATGTCTTCTGC;SOR=0.463;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=104;TCF=39;TCR=65;TR=56;WE=32400274;WS=32400256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,61:0.54:112
chr5	32403346	rs4867440	C	T	8141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=162;NR=129;PP=2965;SC=GACGTTGCAACTGATGACGTA;SOR=0.773;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=292;TCF=163;TCR=129;TR=291;WE=32403354;WS=32403336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr5	32415360	rs5867145	TA	T	472.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=12;PP=450;SC=CCAGTATCCTTAAAAAGCTGG;SOR=1.981;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=32415368;WS=32415350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	32417694	rs178935	G	A	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=22;PP=1144;SC=TTCATTAAACGCAGTAAGTCA;SOR=1.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=65;WE=32417702;WS=32417684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	32419849	rs324428	T	C	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=244;ReadPosRankSum=-1.735;SC=TGAGAAGCAATGGCTAGGGCA;SOR=0.859;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=25;WE=32419857;WS=32419839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr5	32444199	rs2922295	C	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=146;ReadPosRankSum=-0.519;SC=GAGAGGCCGCCGGGCTGGGCC;SOR=1.262;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=14;WE=32444207;WS=32444197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr5	32444286	rs183443	A	G	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=-2.317;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr5	32522994	rs17439827	A	G	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.821;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=608;ReadPosRankSum=-0.771;SC=GATTACGCCAACTCGGATCCA;SOR=0.928;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=43;WE=32523002;WS=32522984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,53:0.62:85
chr5	32523279	rs62363782	A	G	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=5.694;NF=35;NR=35;PP=874;ReadPosRankSum=2.837;SC=ATATTTGGCTATTGCTGGCCT;SOR=0.689;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=164;TCF=80;TCR=84;TR=70;WE=32523287;WS=32523273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,80:0.43:184
chr5	32523298	rs687659	T	A	2159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-7.104;NF=41;NR=49;PP=1492;ReadPosRankSum=0.090;SC=CTCCTATATCTGTCCTGAGGA;SOR=0.828;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=154;TCF=73;TCR=81;TR=90;WE=32523306;WS=32523288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,94:0.57:165
chr5	32523343	rs2457151	C	T	4088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=67;PP=2646;SC=TAAGAATGCTCGGACTGTCAC;SOR=0.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=73;TCR=67;TR=140;WE=32523351;WS=32523333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr5	32710965	rs56022335	GT	G	451.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=2.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.029;QD=4.86;ReadPosRankSum=-1.169;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,45:0.48:93
chr5	32711000	rs34939454	A	ATGTGTGTG	458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=37;PP=1322;ReadPosRankSum=0.423;SC=GTGTGTGTATATGTGTGTGTG;SOR=1.345;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=63;TCF=2;TCR=61;TR=38;WE=32711008;WS=32710955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr5	32716474	rs34628434	C	CT	594.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.889;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.104;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
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chr5	32725072	rs1147224	T	C	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=13;PP=413;SC=GAATCATGTCTTTTGCAGCAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=32725080;WS=32725062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	32775047	rs1173743	G	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.13;ReadPosRankSum=-1.723;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr5	32786465	.	C	CT	500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=1.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,72:0.24:299
chr5	32789852	rs1173756	T	C	3186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=82;PP=1521;ReadPosRankSum=1.000;SC=CAGTCAACAATGAGATGAAGG;SOR=0.682;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=318;TCF=138;TCR=180;TR=144;WE=32789860;WS=32789842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,165:0.47:353
chr5	33441124	rs2304621	C	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.956;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=270;ReadPosRankSum=-0.350;SC=GCCCACCTCCCACCCGCCTCT;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=24;WE=33441132;WS=33441114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr5	33441155	rs115792337	G	A	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.694;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,53:0.56:94
chr5	33441403	rs55759090	A	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=168;ReadPosRankSum=0.155;SC=GAAAGTCGGAACCCCCTTTGG;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=9;WE=33441411;WS=33441393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr5	33448962	rs5867190	A	AT	1201.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=33;PP=1347;SC=AATCTGTTTAATTTGCCTACT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=33;WE=33448970;WS=33448952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	33452643	rs73074385	A	G	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.120;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=451;ReadPosRankSum=1.747;SC=GTGCTCTGATATTTCATCACT;SOR=1.121;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=31;WE=33452651;WS=33452633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,31:0.37:84
chr5	33453367	.	A	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=-1.129;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.538;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr5	33453368	.	CTT	C,CT	937.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.78;MQRankSum=-0.422;QD=19.14;ReadPosRankSum=1.292;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,20,20:0.41,0.41:49
chr5	33455616	rs6880623	A	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=118;ReadPosRankSum=0.015;SC=TCCAAATACTATTTCCAAATG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=33455624;WS=33455606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr5	33455943	rs55749081	AT	A	1263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.38;ReadPosRankSum=-1.715;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,68:0.61:111
chr5	33456210	rs3765144	A	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.452;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr5	33457535	rs2270903	T	A	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=58;PP=1861;SC=TGATGTGTCTTGACTGAGTTT;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=46;TCR=58;TR=104;WE=33457543;WS=33457525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	33457618	rs1003000	G	A	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=582;SC=GAGATGTTGTGGCTTTTTAGT;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=33457626;WS=33457608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	33458636	rs3765145	G	A	4907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr5	33458833	rs3765146	T	C	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=28;PP=808;SC=TTAAATAAGGTCTACTAAAAG;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=33458841;WS=33458823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	33460949	rs58771215	A	G	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=275;ReadPosRankSum=-0.632;SC=AATTAAATATAGCATTACAGA;SOR=0.763;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=18;WE=33460957;WS=33460939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr5	33461226	rs2270904	A	G	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.153;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=395;ReadPosRankSum=-0.193;SC=GTCAAGGAAAATAACTACTGT;SOR=0.437;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=26;WE=33461234;WS=33461216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
chr5	33535060	rs25754	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=127;ReadPosRankSum=-1.615;SC=ACATTGGACAGTCCTCTTCTG;SOR=0.504;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=16;WE=33535068;WS=33535050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,17:0.25:68
chr5	33546113	rs11338120	TA	T	335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;MQRankSum=0.573;QD=12.91;ReadPosRankSum=1.659;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr5	33561028	rs35553442	GA	G	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=1.103;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr5	33588556	rs141518800	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.495;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=255;ReadPosRankSum=-0.133;SC=GTAGTGGACACAGGAAAGGCA;SOR=1.012;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=17;WE=33588564;WS=33588554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
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chr5	33595996	rs10461924	C	T	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=31;PP=991;ReadPosRankSum=-1.094;SC=TCAGACATCACTGTAGGCAGA;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=93;TCR=63;TR=76;WE=33596004;WS=33595986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,89:0.50:177
chr5	33596193	rs10461925	A	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=286;ReadPosRankSum=-0.534;SC=AGATTCACACATATTGAATCC;SOR=1.358;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=18;WE=33596201;WS=33596183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr5	33596224	rs10461703	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=1.895;SC=TGCTCATGGTCAGGTGAGGTA;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=12;WE=33596232;WS=33596214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr5	33596243	rs10461704	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=117;ReadPosRankSum=1.601;SC=TACCTGACCACGTCAACGATC;SOR=0.283;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=8;WE=33596251;WS=33596233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr5	33615904	rs10057235	G	A	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=582;ReadPosRankSum=1.019;SC=TAGCACACATGTCAGCAGTTT;SOR=0.544;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=61;TCR=15;TR=39;WE=33615912;WS=33615894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr5	33616311	rs4078398	T	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=235;ReadPosRankSum=1.015;SC=CCACTGGAATTGGCAGAAGCA;SOR=1.371;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=19;WE=33616319;WS=33616301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr5	33631098	rs79948421	G	A	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.800;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=394;ReadPosRankSum=-0.324;SC=CCGTACTTAGGACCCCCAAGT;SOR=1.542;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=24;WE=33631106;WS=33631088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr5	33637596	rs4076945	G	A	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=16;PP=680;SC=TAAGCTTTGTGTGGATCACAG;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=42;WE=33637604;WS=33637586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	33637891	rs4076946	C	A	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.22;SOR=1.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	33637899	rs4076947	G	A	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.22;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	33642163	rs60892887	G	A	2598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=64;PP=1842;SC=CAAGCAAGCCGGCTTTCTACA;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=21;TCR=64;TR=85;WE=33642171;WS=33642153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	33643395	rs10066043	A	T	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=506;SC=TCCCTTAGAGAGAGTTGCCCT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=33643403;WS=33643386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	33643617	rs4866409	C	T	4410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=78;PP=2671;ReadPosRankSum=2.037;SC=TCAAAACCTGCCACAAAGCAT;SOR=0.264;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=79;TCR=79;TR=157;WE=33643625;WS=33643607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,166:0.99:167
chr5	33648842	rs34079160	GTT	G	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=715;SC=TGGATGTTCAGTTATTTCCAA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=33648851;WS=33648839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	33648906	rs6870538	G	C	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=8;PP=707;SC=CCTGCATATAGCCACCAAGAG;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=33648914;WS=33648896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	33649220	rs4866353	A	G	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=22;PP=564;SC=TAGGCCCATCATGGGAGTTAT;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=33649228;WS=33649210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	33649637	rs4242082	G	A	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=12;PP=812;SC=AGGTGAGGGCGTCATGAGACA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=47;WE=33649645;WS=33649627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	33649807	rs4504387	C	A	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=47;PP=1834;SC=CCGAAGCTGGCAGGGAAGAAC;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=93;WE=33649815;WS=33649797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	33649905	rs4621563	G	A	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=27;PP=752;SC=AGACAGCCACGTTTGTACAGA;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=33649913;WS=33649895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	33751389	rs5867210	T	TA	638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.60;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	33751454	rs1530507	A	T	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.42;ReadPosRankSum=1.090;SOR=0.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr5	33951693	rs16891982	C	G	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=21;PP=950;SC=AGTTGATGCACAAGCCCCAAC;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=53;WE=33951701;WS=33951683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	33954511	rs2287949	T	C	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=55;PP=1634;SC=ACAGGAAGGCTGTCCATCCAA;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=114;WE=33954519;WS=33954501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr5	33963731	rs141348470	AAAC	A	1730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=1309;SC=ACAATTAAAAAAACAACAACA;SOR=2.409;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=22;WE=33963741;WS=33963721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	33964210	rs183671	T	G	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=31;PP=934;SC=GTGGGAAAACTCCCTGAAGAC;SOR=1.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=33964218;WS=33964200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	33964241	rs6451048	A	G	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=19;PP=580;SC=ACCTGGATATAATTGGAAAAG;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=33964249;WS=33964231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	33968890	rs7718382	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=154;ReadPosRankSum=-0.978;SC=GGCATCAGGTGTGTGGCTTGG;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=14;WE=33968898;WS=33968880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr5	33969170	.	C	CTGTG,CTCTCTCTCTCTCTCTCTG	200.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3,0;NR=11,11;PP=2069,264;ReadPosRankSum=1.068;SC=CTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=0.180;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=14,11;WE=33969178;WS=33969160;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.40:20
chr5	33988535	rs15612	C	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=376;ReadPosRankSum=0.357;SC=AAACAGGCCCCGAGTTACTGG;SOR=0.638;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=20;WE=33988543;WS=33988525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
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chr5	33994116	rs10472909	A	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=-1.415;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr5	33994316	rs11742345	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=100;ReadPosRankSum=2.043;SC=ACAGAGTCTCGCTCTGTCACC;SOR=0.412;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=8;WE=33994324;WS=33994306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr5	33998883	rs2287939	A	G	2471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=49;PP=1386;ReadPosRankSum=0.224;SC=CCACAGACTCAATTTCTGAGT;SOR=0.542;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=204;TCF=105;TCR=99;TR=107;WE=33998891;WS=33998873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,124:0.51:244
chr5	34004707	rs10941112	C	T	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.927;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=899;ReadPosRankSum=-0.087;SC=CTGACCCTTGCCAGTGCGTGT;SOR=0.957;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=140;TCF=76;TCR=64;TR=64;WE=34004715;WS=34004697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,66:0.45:148
chr5	34008100	rs3195676	C	T	3039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=3.350;NF=65;NR=72;PP=1688;ReadPosRankSum=-0.560;SC=GACAGCTCCACGACCGAGATG;SOR=0.633;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=306;TCF=142;TCR=164;TR=137;WE=34008108;WS=34008090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,153:0.45:339
chr5	34008206	rs3217251	CCGGCGCCACGCCCCCAGCCG	C	970.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.49;MQRankSum=3.785;QD=15.66;ReadPosRankSum=0.297;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr5	34033670	rs299594	T	C	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=39;PP=940;ReadPosRankSum=-0.059;SC=CCATTCAGAATAATCCCAAAT;SOR=0.845;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=35;TCR=72;TR=57;WE=34033678;WS=34033660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,62:0.54:115
chr5	34035609	rs17583316	T	C	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=80;ReadPosRankSum=-1.194;SC=TCCCAGCCTATGAACCTGGTA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=7;WE=34035617;WS=34035599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr5	34687911	rs2279604	G	A	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=40;PP=1201;SC=TTGCTTTGCCGTGAATTATAT;SOR=1.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=65;WE=34687919;WS=34687901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	34688210	rs142375133	CGACAAA	C	6522.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=47;PP=2957;SC=AAAGAGACTTCGACAAAGACA;SOR=1.073;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=72;WE=34688223;WS=34688200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr5	34716120	rs1867714	G	A	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.88;ReadPosRankSum=0.418;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr5	34716124	rs1867715	A	G	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.17;ReadPosRankSum=-0.648;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr5	34716270	rs1867716	A	C	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.805;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=502;ReadPosRankSum=0.135;SC=TATTATAAAAAATGCACAGAT;SOR=1.078;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=38;WE=34716278;WS=34716260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,42:0.44:95
chr5	34807928	rs6895634	C	T	2522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.477;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=44;PP=1404;ReadPosRankSum=-0.350;SC=CCGAAAGTGTCGACAGCTCTG;SOR=0.753;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=212;TCF=121;TCR=91;TR=107;WE=34807936;WS=34807918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,121:0.51:236
chr5	34808652	rs111951383	G	A	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.78;ReadPosRankSum=2.368;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,56:0.40:141
chr5	34808797	rs113312119	T	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=212;ReadPosRankSum=-0.624;SC=GAGGTAGACATTGGTTTCTAG;SOR=0.391;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=19;WE=34808805;WS=34808787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr5	34810971	rs111531050	G	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=204;ReadPosRankSum=-0.362;SC=ACTCTATAGGGGTACAGAATA;SOR=0.627;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=14;WE=34810979;WS=34810961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr5	34811131	rs35607113	G	A	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.311;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,70:0.44:158
chr5	34811137	rs2271522	T	G	1823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=36;PP=2268;ReadPosRankSum=1.383;SC=TACCGCTGCTTCTTGCTGTAC;SOR=0.677;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=74;TCR=65;TR=75;WE=34811145;WS=34811121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,88:0.54:162
chr5	34811794	rs114935797	T	C	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=365;ReadPosRankSum=-1.248;SC=CTTTTCTCTTTTTTTAAGACA;SOR=0.488;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=24;WE=34811802;WS=34811784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr5	34812165	rs144273070	G	GA	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=-1.524;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr5	34812408	rs112990724	A	G	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.223;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=294;ReadPosRankSum=1.727;SC=TAGTAAAGTAATAAAGACTAT;SOR=1.051;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=24;WE=34812416;WS=34812398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr5	34812489	rs111847320	A	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=191;ReadPosRankSum=-2.813;SC=AAAGGTTGCCAGGCCGGGCCG;SOR=0.460;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=14;WE=34812497;WS=34812479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr5	34814900	rs17522675	A	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.620;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=-1.092;SC=CCTTTTCACCATGAAGTACCC;SOR=0.019;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=9;WE=34814908;WS=34814890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr5	34818976	rs3884194	GT	G,GTT	1040.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.279;QD=15.53;ReadPosRankSum=-0.515;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,36,29:0.54,0.43:67
chr5	34821825	rs10461947	C	T	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=1.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,82:0.49:166
chr5	34822926	rs7730728	T	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.309;NF=5;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=1.738;SC=GTAGCTGGGATCACAGGCGCC;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=6;WE=34822934;WS=34822916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr5	34824555	rs1048944	G	T	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.035;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=260;ReadPosRankSum=0.153;SC=GAAAAGATACGCTGAGAGCTC;SOR=0.465;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=26;WE=34824563;WS=34824545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr5	34840841	rs6451173	A	G	2818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=70;PP=1554;ReadPosRankSum=0.224;SC=TTCTGCTTCCATATGTAAGTA;SOR=0.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=295;TCF=142;TCR=153;TR=134;WE=34840849;WS=34840831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,147:0.45:327
chr5	34845473	rs336486	C	A	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=7;PP=597;SC=TTATTCCTTCCGGTTTATGTT;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=34845481;WS=34845463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	34867303	rs10053214	T	C	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=417;SC=ACCCTGACTTTCCTCCAGATC;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=34867311;WS=34867293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	34880750	rs34549849	C	CT	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.314;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr5	34925328	rs66875519	T	TA	435.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.23;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	34945797	.	CT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=2.265;QD=0.67;ReadPosRankSum=0.029;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr5	34954588	rs37437	T	C	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=5;PP=1134;SC=TTAATCTTGATATTAAAACCT;SOR=3.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=45;WE=34954596;WS=34954578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	34998778	rs16899972	C	A	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=37;PP=1711;SC=CTTGAACATACGTGGCAAATT;SOR=1.069;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=97;WE=34998786;WS=34998768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	35003683	rs11426533	C	CT	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.540;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr5	35010138	rs466067	A	G	7595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr5	35025770	rs344515	G	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=324;ReadPosRankSum=-1.608;SC=TCACAGAGCAGAGGCTTTCTG;SOR=0.877;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=17;WE=35025778;WS=35025760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr5	35026683	rs344513	A	G	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=26.48;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	35032769	rs237252	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=122;ReadPosRankSum=0.178;SC=CTCAGGGATGGGTCTGCCTTT;SOR=0.368;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=8;WE=35032777;WS=35032759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr5	35033047	rs2291698	C	T	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=685;ReadPosRankSum=0.853;SC=CTCATTCTTCCCCCACTTAAG;SOR=0.691;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=48;WE=35033055;WS=35033037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,49:0.54:90
chr5	35033526	rs2291701	C	T	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=454;ReadPosRankSum=0.042;SC=ACATACCCAGCAGTCTTTAAA;SOR=0.771;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=111;TCF=65;TCR=46;TR=42;WE=35033534;WS=35033516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,47:0.36:129
chr5	35033605	rs180749	G	A	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	35033706	rs2291702	T	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=139;ReadPosRankSum=-1.151;SC=CCTGGTCCACTGAGTAGGACA;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=13;WE=35033714;WS=35033696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr5	35035579	rs344156	A	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=-1.111;SC=TAACCACAGTATGAATTCCAT;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=35035587;WS=35035569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr5	35037006	rs171081	T	C	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.07;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	35039437	rs2279651	A	G	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.510;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr5	35039486	rs37370	C	T	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	35047845	rs40201	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.959;QD=13.04;ReadPosRankSum=-1.162;SOR=0.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr5	35641582	rs6897513	A	C	4496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr5	35643615	rs10941252	G	A	3031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr5	35644621	rs7706444	T	C	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=12;PP=279;SC=GTTTTGATATTGAAAAGGTTC;SOR=1.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=35644629;WS=35644611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	35654711	rs2270558	C	T	6154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr5	35659355	rs9292598	T	C	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=18;PP=612;SC=TACTTTTGTTTCTTTCTACCA;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=35659363;WS=35659345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	35667268	rs139580877	G	A	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.875;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=162;ReadPosRankSum=0.851;SC=GCTCAAGCTCGTTATGAAAAG;SOR=0.457;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=16;WE=35667276;WS=35667258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr5	35709095	rs13170082	C	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.781;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,45:0.31:145
chr5	35709184	rs13170390	G	C	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.565;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,44:0.33:133
chr5	35712780	rs10078803	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=0.691;SC=TCAAAGTAAAAACCTGAGCCA;SOR=0.382;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=11;WE=35712788;WS=35712770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr5	35713007	rs10073537	T	G	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=455;ReadPosRankSum=-1.595;SC=GATAAAAATATATATAATTAC;SOR=0.593;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=38;WE=35713015;WS=35712997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,42:0.46:91
chr5	35739960	rs10043875	A	G	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=5;PP=322;SC=TTCTTTTGACACTATTATTCA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=35739968;WS=35739950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	35753715	rs11957963	T	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=234;ReadPosRankSum=-0.574;SC=ATGCCTGTTTTTTCTGTTCAG;SOR=1.230;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=15;WE=35753723;WS=35753705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr5	35763877	rs11298650	AG	A	618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=545;ReadPosRankSum=0.956;SC=ATATGCTATAAGTGGAAAATT;SOR=1.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=14;WE=35763885;WS=35763867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr5	35763895	rs6876874	T	C	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=25;PP=578;SC=ATTGACACAATGCTCTCAAGC;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=35763903;WS=35763885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	35763916	rs6895801	A	G	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=482;SC=ACTGTAGAAAATTGTACCTTC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=35763924;WS=35763906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	35764587	rs4869466	G	A	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=25;PP=1782;SC=CACACCATGGGGAAGATACAC;SOR=1.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=63;TCR=25;TR=88;WE=35764595;WS=35764577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	35764603	rs4869467	A	G	3379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=38;PP=1927;SC=TACACACAGAATTTAACTCAG;SOR=1.304;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=72;TCR=38;TR=110;WE=35764611;WS=35764593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	35764696	rs4242258	C	T	6354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr5	35771703	rs138022749	G	A	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=334;ReadPosRankSum=1.621;SC=TTGCTGTTACGCAACCAGGTG;SOR=0.809;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=30;WE=35771711;WS=35771693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,37:0.43:87
chr5	35776239	rs11749262	A	G	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.619;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=179;ReadPosRankSum=0.911;SC=ATTCTGGTATATTAAACGTGC;SOR=0.120;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=15;WE=35776247;WS=35776229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr5	35789164	rs1494576	G	A	5923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=90;PP=2965;SC=GTATTATTTTGCTTTTTCAGA;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=104;TCR=90;TR=194;WE=35789172;WS=35789154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr5	35792356	rs7730148	A	C	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=316;SC=AGAGAGTTTTAAAATACTCAT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=35792364;WS=35792346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	35795738	rs716971	T	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=33;ReadPosRankSum=0.691;SC=TCAGTCTCTGTGGCTTTTAGA;SOR=0.330;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=5;WE=35795746;WS=35795728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr5	35799994	rs3822735	A	G	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=27;PP=1584;SC=GCTCCTGGGGAGATTCTTCAT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=86;WE=35800002;WS=35799984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	35857207	rs1353251	C	T	3211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=66;PP=2053;SC=TTATCTGTAGCATGGTTTCAG;SOR=1.421;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=46;TCR=66;TR=111;WE=35857215;WS=35857197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	35910419	rs1445899	C	T	2899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.570;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=56;PP=1759;ReadPosRankSum=-0.575;SC=CAACCCAAACCACGTGAAAGC;SOR=0.541;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=261;TCF=146;TCR=115;TR=124;WE=35910427;WS=35910409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,137:0.48:287
chr5	35910529	rs1445898	C	T	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.186;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=48;PP=1260;ReadPosRankSum=1.381;SC=ATCAAACCTCCGGAAAAGTTC;SOR=0.459;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=175;TCF=81;TCR=94;TR=92;WE=35910537;WS=35910519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,94:0.50:189
chr5	35921069	rs6859892	T	C	10734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=195;NR=166;PP=2965;SC=TCCCTGCCACTTGTAGCTGGG;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=362;TCF=195;TCR=167;TR=361;WE=35921077;WS=35921059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr5	35921266	rs3734107	G	A	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=415;ReadPosRankSum=-0.078;SC=AGGCCTCGCCGCTGCCTCTGG;SOR=1.329;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=23;WE=35921274;WS=35921256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr5	35954588	rs700164	C	T	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=-0.455;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,75:0.55:137
chr5	35954615	rs80156976	G	A	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=691;ReadPosRankSum=1.127;SC=TGTTACTGACGTAGCCTCACA;SOR=0.715;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=98;TCF=39;TCR=59;TR=50;WE=35954623;WS=35954605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,58:0.49:118
chr5	35955682	rs768622	C	G	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=357;ReadPosRankSum=-1.297;SC=AATACATACACAGTATCCCTT;SOR=0.930;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=24;WE=35955690;WS=35955672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr5	35956026	rs768621	T	C	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=258;ReadPosRankSum=1.251;SC=GAATACCAGGTAAAGCAGAAA;SOR=0.616;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=21;WE=35956034;WS=35956016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr5	35962984	rs1070895	A	G	3760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=25.58;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr5	35965970	rs3756669	A	C	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=386;ReadPosRankSum=-2.121;SC=AAATAACTACATTGAGTCCCA;SOR=0.589;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=31;WE=35965978;WS=35965960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,41:0.46:90
chr5	35968000	rs10491431	C	A	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.01;ReadPosRankSum=-1.733;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr5	36035727	rs76748392	A	G	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=13;PP=1566;SC=TGGGGCTGCCAGAACTAGTGG;SOR=2.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=67;TCR=13;TR=80;WE=36035735;WS=36035717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	36037778	rs2247611	G	A	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=19;PP=1223;SC=CCCATGTCCTGGAAAATACAG;SOR=1.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=66;WE=36037786;WS=36037768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	36051834	rs72303780	ATCCG	A	817.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.559;NF=2;NR=7;PP=367;ReadPosRankSum=-1.158;SC=CAATCCATCCATCCGTCCATC;SOR=0.619;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=9;WE=36051845;WS=36051824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr5	36111167	rs43189	A	T	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=102;SC=AGATTAAAAAATATTCACAAA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=36111175;WS=36111157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	36123065	rs141044130	TA	T	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.086;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.099;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
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chr5	36137620	rs267759	A	G	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=212;SC=CCAGAAATATATGAATCTCAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=36137628;WS=36137610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr5	36142589	rs267764	T	A	798.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.792;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=485;ReadPosRankSum=1.752;SC=ATATTTTTTTTAAAAAAGGAA;SOR=1.082;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=40;WE=36142597;WS=36142571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,47:0.46:102
chr5	36142648	rs12658867	A	G	2116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=1.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.298;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,107:0.51:211
chr5	36143392	rs267766	C	T	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=39;PP=885;ReadPosRankSum=-0.823;SC=ATCGATGAAGCAGAAATAATG;SOR=0.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=88;TCR=88;TR=78;WE=36143400;WS=36143382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,87:0.44:196
chr5	36147806	rs10071838	C	T	40.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr5	36168582	rs7736391	T	C	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=60;PP=1599;SC=CAAAGGCAGTTGATTTTATGT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=36;TCR=60;TR=96;WE=36168590;WS=36168572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	36168638	rs145823052	A	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=298;ReadPosRankSum=-0.700;SC=CCTTCTAGCCATATCCAGGTG;SOR=0.657;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=24;WE=36168646;WS=36168628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr5	36176874	rs40030	G	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=492;ReadPosRankSum=-0.620;SC=TTTCTTTTTCGGATGATTCTC;SOR=1.371;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=26;WE=36176882;WS=36176864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr5	36195448	rs11952882	A	G	4134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=97;PP=2965;SC=TTTAATCCTGAATTTTAACCT;SOR=1.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=45;TCR=97;TR=141;WE=36195456;WS=36195438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	36201336	rs7705396	C	T	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=30;PP=795;SC=GAATAACCTACTTAAAATATA;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=36201344;WS=36201326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	36207424	rs2303163	G	T	5031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=110;PP=2965;SC=GTAAATAAGAGAGTCTTCTTC;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=68;TCR=110;TR=178;WE=36207432;WS=36207414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr5	36217764	rs111441491	G	GTTAATCA	3812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=15;PP=2957;SC=CTAAAAACAAGTAAATTATTA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=41;WE=36217772;WS=36217754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	36241922	rs62356073	G	A	3620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr5	36241988	rs34888491	G	C	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=38;PP=848;SC=CGCGCCGCCCGGGCCTCTAAC;SOR=1.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=36241996;WS=36241978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	36253937	rs4869473	G	A	5282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=96;PP=2965;SC=CAGTTGACACGGAGGAATTTA;SOR=1.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=80;TCR=96;TR=176;WE=36253945;WS=36253927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr5	36260976	rs6881086	T	A	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.823;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.41;ReadPosRankSum=-0.615;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr5	36268218	rs6869599	A	G	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=18;PP=1288;SC=TGATCGCTAAAAAAGAAAAGT;SOR=1.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=60;WE=36268226;WS=36268208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	36269551	rs1035480	G	C	4286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=69;PP=2333;SC=TACACGCTTTGTTGGAAAACC;SOR=0.895;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=73;TCR=69;TR=141;WE=36269559;WS=36269541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr5	36271491	rs5867310	CT	C	176.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=102;SC=TATTTGAAGACTTTTTTTTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=36271499;WS=36271481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	36301362	rs10941287	T	A	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.80;SOR=1.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	36301369	rs884692	T	G	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.31;SOR=2.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	36301420	rs884694	G	T	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.912;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=26;PP=1332;ReadPosRankSum=1.334;SC=TGAGCTGGACGGACTCACCTT;SOR=0.901;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=54;TCR=26;TR=80;WE=36301428;WS=36301410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr5	36683801	rs56038114	T	C	195.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.47;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	36683903	rs56039629	C	T	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=12;PP=783;SC=TATTTTGCAGCGTATATGCTC;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=36683911;WS=36683893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	37008690	rs147490589	T	C	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=5;PP=327;SC=TTTTCTATTATAAGTTTAACT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=37008698;WS=37008680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	37121983	.	GT	G,GTTT	54	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.38;FR=0.4049,0.5951;HP=15;HapScore=3;MGOF=8;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0,0;NR=3,3;PP=5,54;QD=2.66666666667;SC=GCATGTTCTGGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3,3;WE=37121991;WS=37121973;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.75:4
chr5	37162786	.	AT	A	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=1.030;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr5	37180362	.	G	GT	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=0.838;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr5	37247700	rs6876576	G	A	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	37364443	rs217852	C	T	3869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr5	37516814	rs1967541	C	T	186.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	37516827	rs4540204	A	T	179.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	37605048	rs1400853	A	G	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	37605122	rs150300664	CT	C	463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=19.32;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	37724932	rs3214462	CATT	C	912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=2;PP=419;SC=TCAAGACTGTCATTATGACTT;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=9;WE=37724942;WS=37724922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	37724990	rs7444391	G	A	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.34;QD=25.55;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	37752415	rs1549252	A	G	240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=158;SC=TTTCCTGAACATAATTAAATT;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=37752423;WS=37752408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	37752460	rs1549251	T	C	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=4;PP=385;SC=AGTTTAATGATTTATATTTAA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=37752468;WS=37752450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	37752497	rs2973079	A	G	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	38305547	rs2451018	G	A	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.309;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=693;ReadPosRankSum=0.511;SC=GGTGTTGGAGGATGACTGTCA;SOR=0.813;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=171;TCF=96;TCR=75;TR=58;WE=38305555;WS=38305537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,74:0.37:200
chr5	38407273	rs111320305	A	AT	670.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=496;ReadPosRankSum=-2.844;SC=GAGAGGAAGAAGTGGTGATGA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=13;WE=38407281;WS=38407263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr5	38407888	rs2961882	T	C	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-0.984;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.785;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr5	38412674	rs16903965	C	T	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=32;PP=770;ReadPosRankSum=0.963;SC=GGTTGGCACACGGTTATGCTC;SOR=0.756;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=120;TCF=57;TCR=63;TR=59;WE=38412682;WS=38412664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,64:0.50:128
chr5	38418035	rs56070719	A	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.93;ReadPosRankSum=1.004;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr5	38425008	rs3812046	G	A	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.431;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=434;ReadPosRankSum=-0.664;SC=TGGGGTCAGCGCCACTGTGTT;SOR=1.418;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=24;WE=38425016;WS=38424998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr5	38435130	rs2956598	T	G	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=3;PP=451;SC=GATGGGTCTCTAGGCTCTGTC;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=38435138;WS=38435120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	38445639	.	G	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.996;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=409;ReadPosRankSum=0.547;SC=CATTCCCTAAGAGGACGTTCT;SOR=0.922;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=58;TCR=14;TR=29;WE=38445647;WS=38445629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,29:0.36:80
chr5	38510481	rs34968906	AC	A	766.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.268;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=396;ReadPosRankSum=-1.235;SC=CACTCCTCCCACCCCCCCACT;SOR=0.778;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=18;WE=38510489;WS=38510471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr5	38523740	rs3729598	T	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=472;ReadPosRankSum=-0.175;SC=TGATTTTTCATACTGTAACTC;SOR=0.988;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=26;WE=38523748;WS=38523730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr5	38527228	rs2289779	T	G	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=23;PP=1386;SC=TGACTTACTTTAAAATTGAGT;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=69;WE=38527236;WS=38527218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	38527308	rs3729734	G	A	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=503;ReadPosRankSum=0.366;SC=CCAAAATCATGTAGAGAATTT;SOR=0.646;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=44;WE=38527316;WS=38527298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,48:0.52:93
chr5	38528951	rs34759137	GAC	G	414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=2;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.969;NF=2;NR=23;PP=417;ReadPosRankSum=-0.024;SC=CCCTGGAGGAGACACACACAC;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=25;WE=38528966;WS=38528941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr5	38529002	rs62355821	T	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.792;NF=4;NR=14;PP=252;ReadPosRankSum=0.319;SC=ACACAGAATATGCTGAATAAG;SOR=1.162;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=18;WE=38529010;WS=38528992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr5	38530485	rs11293177	CA	C	151.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=1;PP=121;SC=AAAAAGATGACAAAAAAAATG;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=38530493;WS=38530475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	38820695	rs446650	G	A	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.783;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=450;ReadPosRankSum=1.101;SC=TCATTGAAGCGTTATTCCCAG;SOR=0.563;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=40;WE=38820703;WS=38820685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,52:0.56:93
chr5	38820802	rs542867	A	C	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.70;ReadPosRankSum=-1.396;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr5	38820823	rs113106049	C	CAT	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.003;NF=0;NR=6;PP=232;ReadPosRankSum=-0.754;SC=TGAATATACACATATGTATAC;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=6;WE=38820831;WS=38820813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr5	38820839	rs640966	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.123;NF=0;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=1.324;SC=TATACCTATGCATATATGAAT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=6;WE=38820847;WS=38820829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr5	38822040	rs413278	A	G	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.98;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	38823254	rs369886	C	T	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=496;ReadPosRankSum=0.971;SC=TAAGTGTGTACATGTATACAT;SOR=0.693;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=39;WE=38823262;WS=38823244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,48:0.50:96
chr5	38823318	rs142353288	G	GTGCA	3114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.241;NF=11;NR=22;PP=1664;ReadPosRankSum=1.595;SC=GTGTATACGTGTACATACATG;SOR=0.441;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=33;WE=38823326;WS=38823308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,80:0.55:145
chr5	38823344	.	A	ACGTGCATACATACATGGGTACGTGTGTATACG	3764.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=3.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQRankSum=-3.133;QD=26.33;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,78:0.55:143
chr5	38823377	.	C	CGTGCATACATACCTGGGTACGTGTGTATACGT	3352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQRankSum=-6.169;QD=23.45;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,69:0.48:143
chr5	38876573	rs357271	T	C	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=688;SC=GTTTTGGAAATATATTAGCAG;SOR=4.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=38876581;WS=38876563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	38942554	rs200385182	A	AT	658.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.681;QD=14.97;ReadPosRankSum=-0.234;SOR=1.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,39:0.89:44
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chr5	38953427	rs2115948	T	C	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=9;PP=382;SC=ACACTTATATTGGCAGGAACA;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=38953435;WS=38953417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	38953447	rs2115947	T	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=8;PP=390;SC=AATCCAGTCTTAAATATTAAT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=38953455;WS=38953437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	38953665	rs33912683	G	GA	619.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=228;SC=TCTGGAGAAAGAAAAAAAAAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=11;WE=38953673;WS=38953655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	38954994	rs9292726	T	C	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=24;PP=761;SC=ACTATATCTCTTGGCTAATTT;SOR=1.345;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=38955002;WS=38954984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	38958750	rs6868087	A	G	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=18;PP=683;SC=GTATTAAATTATAAAAAATGA;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=42;WE=38958758;WS=38958740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	38958968	rs6868591	A	C	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.47;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	38959431	.	G	GA	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5032;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=33;ReadPosRankSum=-0.755;SC=AGACTTAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=38959439;WS=38959421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr5	38959794	rs2115946	T	C	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=6;PP=331;SC=ACCAAACACATGTACACAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=38959802;WS=38959784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	38962543	rs7729745	A	G	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	38966903	rs11435048	A	AT	297.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.05;MQRankSum=0.959;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr5	38971912	rs7732615	T	A	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	38990957	.	T	TATGAGATATATGATATATATATGATAG	1199.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.90;QD=74.98;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	39107353	rs404122	T	A	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=134;SC=GTCTTCTGAGTTAACAATTAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=39107361;WS=39107343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	39108309	rs377022	A	G	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=27;NR=18;PP=702;SC=ACTGTTCTCTAGGGTGGTACT;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=45;WE=39108330;WS=39108299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	39108322	rs430630	A	G	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	39119723	rs379707	C	A	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.749;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=308;ReadPosRankSum=-0.385;SC=GCTTTTCCAACATTAGTTCCT;SOR=1.138;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=24;WE=39119731;WS=39119713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr5	39124508	rs2303807	C	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.351;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=265;ReadPosRankSum=0.077;SC=TGTTGACCATCATTTCTTTCT;SOR=1.981;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=16;WE=39124516;WS=39124498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr5	39124593	rs2303806	A	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=-0.653;SC=TGAACCCCAAATGTTTGCCAA;SOR=2.030;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=6;WE=39124601;WS=39124583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr5	39134295	rs4957318	C	T	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=26;PP=752;ReadPosRankSum=0.118;SC=TTCTACAATACGTACTTGCAC;SOR=0.723;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=168;TCF=97;TCR=71;TR=67;WE=39134303;WS=39134285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,84:0.43:197
chr5	39153529	rs41302832	G	A	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.021;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,42:0.48:88
chr5	39342308	rs476569	C	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=236;ReadPosRankSum=-1.192;SC=ACTAAGATAACAGAACATCCC;SOR=0.542;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=20;WE=39342316;WS=39342298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr5	39375082	rs2686162	C	T	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	39377418	rs2738238	G	A	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=15;PP=353;SC=CTTATCAGGAGTCAAGCTTGA;SOR=1.802;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=22;WE=39377426;WS=39377408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	39390061	rs2855512	C	A	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;QD=26.22;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	39394493	rs1050903	G	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.769;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=159;ReadPosRankSum=0.030;SC=CGATGGAGAAGTCTCAAATAA;SOR=1.536;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=10;WE=39394501;WS=39394483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr5	40716153	rs10737963	C	A	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=6;PP=997;SC=TACAACCAGGCGTTCTCCTAT;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=40716161;WS=40716143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	40728383	.	C	CAAAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAA	126	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5129,0.4871;HP=14;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=23;MQ=59.1;NF=9,9;NR=2,2;PP=126,9;QD=11.8181818182;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=11,11;WE=40728391;WS=40728373;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.48:23
chr5	40746885	rs3805497	A	T	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=541;ReadPosRankSum=1.489;SC=TAAAAAAAAAACTTTAAATAC;SOR=0.726;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=98;TCF=62;TCR=36;TR=46;WE=40746893;WS=40746865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,49:0.43:113
chr5	40772071	rs837103	C	G	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=26;PP=819;SC=AAAATCTTCCCAATGAACTTC;SOR=2.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=40772079;WS=40772061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	40777531	rs144157386	T	TTA	2967.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=1354;ReadPosRankSum=0.635;SC=CTATATTTAATATAAACAGAG;SOR=0.639;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=32;WE=40777539;WS=40777521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,77:0.45:171
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chr5	40841741	rs10512747	C	T	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.634;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=34;PP=713;ReadPosRankSum=0.626;SC=TTTCCACAGTCAGCTGCCATT;SOR=0.605;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=56;TCR=66;TR=64;WE=40841749;WS=40841731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,74:0.53:140
chr5	40852451	rs188934	C	G	5891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=120;NR=89;PP=2965;SC=GAGATGTGACCGCTAGGGATT;SOR=0.873;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=211;TCF=122;TCR=89;TR=209;WE=40852459;WS=40852441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr5	40854682	rs1697938	T	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=148;ReadPosRankSum=1.928;SC=TATACATGACTGAATTGGATA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=13;WE=40854690;WS=40854672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr5	40928574	rs2443040	A	C	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=1;PP=360;SC=ATTGAGAAATAATAACATCAC;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=40928582;WS=40928564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	40928792	rs2459467	T	A	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr5	40936669	rs16870528	C	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=287;ReadPosRankSum=2.098;SC=GGTAAGTCTACGAACAAGTCT;SOR=0.685;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=19;WE=40936677;WS=40936659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr5	40947535	rs114345094	C	T	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.873;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=359;ReadPosRankSum=0.223;SC=TTCCTGATTGCGTCCAGTAAG;SOR=1.473;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=22;WE=40947543;WS=40947532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr5	40949997	rs1450656	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.43;ReadPosRankSum=0.153;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr5	40950157	rs149156108	C	CT	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=-2.456;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr5	40954854	rs7726621	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=1.465;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr5	40964816	rs7713884	C	A	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.684;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=495;ReadPosRankSum=-2.311;SC=CAAACTCTTTCCTTTTCCATC;SOR=0.359;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=35;WE=40964824;WS=40964806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr5	40972017	rs11747673	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=123;ReadPosRankSum=1.098;SC=CCTATGAATAATCACTGCTCT;SOR=0.495;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=8;WE=40972025;WS=40972007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr5	40972111	rs10805655	C	T	4346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=61;PP=2634;SC=TAATTTCAGACGGCAAAATAT;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=96;TCR=61;TR=157;WE=40972119;WS=40972101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr5	40972769	rs34641824	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=39;ReadPosRankSum=1.815;SC=GACCTTCATGGTACTGTATCA;SOR=1.071;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=5;WE=40972777;WS=40972759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr5	40979790	rs2876849	A	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.857;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr5	40980102	rs2292727	C	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5009;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=301;ReadPosRankSum=-0.778;SC=AGCAGTGGGCCGAAGAAGATA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=22;WE=40980110;WS=40980092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr5	40981375	rs3749519	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.767;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=100;ReadPosRankSum=-0.640;SC=AATTTATTATGTCATTCCAGG;SOR=0.033;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=10;WE=40981383;WS=40981365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr5	40981398	rs41271065	C	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.209;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=208;ReadPosRankSum=-1.147;SC=GGAGCTTCTACAGCTCTGATC;SOR=0.045;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=17;WE=40981406;WS=40981388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr5	40997996	rs2271707	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.696;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr5	40998196	rs704040	T	C	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.416;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=617;ReadPosRankSum=-1.113;SC=TCAGGAGGGTTTGCAAAGCAG;SOR=0.675;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=95;TCF=58;TCR=37;TR=49;WE=40998204;WS=40998186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,62:0.50:125
chr5	40998851	rs2329435	G	A	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=61;PP=1737;SC=TAGCAGGTTAGACTCTGCACC;SOR=3.116;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=13;TCR=61;TR=74;WE=40998859;WS=40998841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	41000343	rs1001420	G	A	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=-1.626;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,48:0.59:81
chr5	41001023	rs2167229	G	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=5.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.161;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr5	41004396	rs7712140	G	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.52;ReadPosRankSum=-1.456;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr5	41008780	rs2271704	A	G	3733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	41009899	rs1878290	A	G	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=616;SC=CAATTGTTAAATTGTTATTCA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=41009907;WS=41009889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	41018217	rs66881546	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.880;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=310;ReadPosRankSum=0.176;SC=CTAAAAGATGCCTATTTTTAA;SOR=0.340;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=20;WE=41018225;WS=41018207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr5	41018452	rs10054110	A	T	5512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr5	41032998	rs325831	A	G	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=25;PP=1137;SC=CAACCTCATCAGACCATTGGG;SOR=0.831;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=55;WE=41033006;WS=41032988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	41033112	rs4957367	G	A	5702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=71;PP=2965;SC=GAATACTCAGGGCCTTTCTTA;SOR=1.131;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=120;TCR=71;TR=191;WE=41033120;WS=41033102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr5	41033931	.	C	CTATCTATT	2638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.99;QD=43.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	41033992	rs67027762	G	T	2580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.46;MQRankSum=-0.721;QD=9.42;ReadPosRankSum=-1.177;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,135:0.49:274
chr5	41034181	rs325833	A	G	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=50;PP=1463;SC=TCCCCCAGGTAAGTCATGAGT;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=59;WE=41034189;WS=41034171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	41039000	rs325849	A	G	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	41042284	rs325854	G	T	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	41045730	rs11297360	CT	C	899.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=4.584;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;MQRankSum=0.411;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.181;SOR=2.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,54:0.89:61
chr5	41045768	rs325860	G	A	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=32;PP=1884;SC=CTTTGATTGTGATACAGACAA;SOR=1.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=71;TCR=33;TR=103;WE=41045776;WS=41045758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	41045835	rs6864243	C	G	6693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=60.04;NF=133;NR=97;PP=2965;SC=TTCCCCTCAGCTGAAAAACCA;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=133;TCR=97;TR=230;WE=41045843;WS=41045825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr5	41048533	rs13173930	C	T	2598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.078;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,138:0.43:321
chr5	41049389	rs325863	T	C	5753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.26;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr5	41049397	rs325864	C	T	5681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.72;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr5	41050999	rs325866	C	T	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=40;NR=15;PP=891;SC=GGAGAACAAACTCATGTCTTT;SOR=1.410;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=55;WE=41051007;WS=41050989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	41057562	rs618334	T	C	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=24;PP=705;SC=AAAACAAGCTTCTCATCTTCC;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=41057570;WS=41057552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	41061716	rs865093	A	G	3463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	41061871	rs587412	T	C	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=55;PP=1513;SC=AATATAAGGATGGGGCAGACG;SOR=1.159;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=46;TCR=55;TR=101;WE=41061879;WS=41061861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	41069734	rs10512757	C	T	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=9;PP=415;SC=AAAATATATACGAAATGTTGC;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=41069742;WS=41069724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	41069852	rs13174484	T	C	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=25.55;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	41069952	rs35526955	CCTCT	C	842.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=11;PP=586;SC=ATTCATTTATCCTCTCTCTCT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=41069963;WS=41069942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	41070840	rs1423391	C	T	5609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr5	41154150	rs4957374	A	C	2871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=56;PP=1786;ReadPosRankSum=-0.773;SC=GAATAAACAAAAAATTTAGGC;SOR=0.325;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=105;WE=41154158;WS=41154140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,110:0.99:111
chr5	41158671	rs10075985	T	C	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=9;PP=1076;SC=TTAAAGTCAATAGGAGATTAT;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=50;WE=41158679;WS=41158661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	41158863	rs6866352	G	A	4873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=89;PP=2661;SC=TCATTTCTTCGTCATCATTGA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=76;TCR=90;TR=165;WE=41158871;WS=41158853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr5	41199959	rs1801033	G	T	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=42;PP=1502;SC=TACCAGAGGCGCAGTGCATGG;SOR=0.909;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=86;WE=41199967;WS=41199949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	41381901	rs35812696	T	TC	581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=386;SC=ATTTGAGGTTTCCCCCTGACA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=11;WE=41381909;WS=41381891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	41382681	rs319013	G	T	4649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.52;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	41382691	rs545358	C	A	4357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.36;SOR=1.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	41475766	rs318039	C	T	3136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.59;ReadPosRankSum=1.714;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,162:0.50:327
chr5	41739684	rs33967331	G	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=146;ReadPosRankSum=-1.404;SC=CAAGTTCGACGAGGTCGGGTG;SOR=0.440;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=18;WE=41739692;WS=41739674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr5	41843643	rs74778597	T	C	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.283;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=824;ReadPosRankSum=1.427;SC=ACTACCAATTTTGGAGGGAAG;SOR=0.953;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=121;TCF=82;TCR=39;TR=56;WE=41843651;WS=41843633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,68:0.51:134
chr5	41843797	rs4957430	C	T	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.628;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=57;PP=1308;ReadPosRankSum=0.872;SC=TCATCCCTACCGCACCCCCTA;SOR=0.810;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=207;TCF=92;TCR=115;TR=99;WE=41843805;WS=41843787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,107:0.48:223
chr5	41850048	rs75463042	T	C	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=3.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.62;ReadPosRankSum=-0.553;SOR=0.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,68:0.48:141
chr5	41850216	rs78432029	C	A	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=3.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=0.078;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,65:0.55:119
chr5	41915300	rs116716343	C	G	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.271;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,59:0.42:141
chr5	41927423	rs277414	A	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.504;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=181;ReadPosRankSum=-0.197;SC=ATCCAAGTTAATCCTGACCCT;SOR=1.426;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=13;WE=41927431;WS=41927413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr5	41939507	rs77671645	T	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=280;ReadPosRankSum=1.378;SC=CTATTAAAAGTAATGCAAATT;SOR=0.606;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=22;WE=41939515;WS=41939497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr5	42565843	rs12521020	C	T	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=332;ReadPosRankSum=1.137;SC=AAAGACTTACCAGGATTCCTT;SOR=3.160;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=19;WE=42565851;WS=42565833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr5	42566166	rs10941579	A	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=147;ReadPosRankSum=-2.535;SC=TAGCAGCAAAAAGGAAACTTG;SOR=0.754;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=11;WE=42566174;WS=42566156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr5	42700044	rs6179	A	G	5575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=81;NR=118;PP=2965;SC=TTCAGAAAGGATGGATGGTTC;SOR=1.201;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=81;TCR=118;TR=199;WE=42700052;WS=42700034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr5	42713472	rs33972388	TG	T	1337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=7;PP=902;SC=GAAAGGGAAATGTAAACTGTG;SOR=1.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=21;WE=42713480;WS=42713462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	42718335	rs76362844	G	A	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=11;PP=304;SC=ATTTTCTTGTGTCTCTTCTCC;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=42718343;WS=42718325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	42719239	rs6180	A	C	4778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=73;PP=2956;SC=CAAAAAGTGCATCCCTGTGGC;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=81;TCR=73;TR=154;WE=42719247;WS=42719229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr5	42769844	rs1109882	G	T	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=15;NR=17;PP=448;SC=GTTTTTACATGGTTGATAATA;SOR=1.121;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=42769852;WS=42769834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	42779686	rs11427149	G	GA	1003.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5063;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.396;NF=4;NR=21;PP=249;ReadPosRankSum=-1.030;SC=TTCAAATTAGGAAAAAAAAAG;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=25;WE=42779694;WS=42779676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,51:0.91:56
chr5	42779736	rs1423656	T	G	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=26.12;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	42779821	rs33987951	GT	G	92.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=85;ReadPosRankSum=0.887;SC=AGTTTTAAGAGTTTTTTTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=42779829;WS=42779811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr5	43066774	rs316408	T	C	3360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=34;PP=1997;SC=ATGGCGGTGCTGGGACCCTAA;SOR=1.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=74;TCR=34;TR=108;WE=43066782;WS=43066764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	43245922	rs13176855	C	T	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.42;ReadPosRankSum=0.088;SOR=0.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,55:0.60:92
chr5	43292483	rs113830463	C	CTTACTATGAA	594.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=2971;ReadPosRankSum=0.396;SC=TCCCAGAGCCCTTACTCTTCT;SOR=0.859;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=11;WE=43292491;WS=43292473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr5	43292908	rs55794239	C	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=154;ReadPosRankSum=1.314;SC=ATGATATCAGCCCTCCAAATG;SOR=0.105;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=10;WE=43292916;WS=43292898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr5	43294357	rs138459217	TAAGTAA	T	727.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.539;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=657;ReadPosRankSum=-1.313;SC=ATTTAGGCTATAAGTAAAAGT;SOR=0.118;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=14;WE=43294370;WS=43294347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr5	43296165	rs12520012	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=0.366;SC=ATACCTTAAAGTATACATTTA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=43296173;WS=43296155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr5	43297032	rs3733768	C	T	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.683;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,41:0.48:86
chr5	43297144	rs3733769	A	G	2293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.717;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=40;PP=1128;ReadPosRankSum=-0.889;SC=AGTAGACAGAATAGCAGCGGT;SOR=0.565;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=176;TCF=95;TCR=81;TR=95;WE=43297152;WS=43297134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,110:0.54:204
chr5	43298557	rs35239179	C	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=255;ReadPosRankSum=-0.101;SC=AAAGTGTCATCTGGGTCTATT;SOR=1.609;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=16;WE=43298565;WS=43298547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr5	43487874	rs3776423	T	G	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.67;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	43492265	rs6876588	T	C	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=18;NR=6;PP=324;SC=GCTTATTCTCTGTTAGTTAAA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=43492273;WS=43492255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	43492978	rs10039298	G	A	5257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr5	43493592	rs7732089	T	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=7;PP=418;SC=AGTATGGATATAAACAATAAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=43493600;WS=43493582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	43505993	rs7710628	A	G	4186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=48;PP=2447;SC=TGCTGATTTTATTATGAAAAT;SOR=1.112;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=86;TCR=48;TR=132;WE=43506001;WS=43505983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	43509348	rs6872851	T	A	3343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.08;NF=66;NR=49;PP=1918;SC=AAAAATTCAGTGCCACAGGGA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=115;WE=43509356;WS=43509338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	43509462	rs11415989	T	TC	1942.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=32;PP=1530;SC=GGATAAGATATCTTCTAAGTC;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=34;WE=43509470;WS=43509452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	43527673	rs4318791	C	G	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=10;PP=269;SC=CCTAGACTGACTTATAATAGA;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=43527681;WS=43527663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	43530035	rs6866325	G	C	4907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr5	43533992	rs11741521	A	G	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=18;PP=527;SC=GTCTGCACCTAATAATGCAAG;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=43534000;WS=43533982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	43535754	rs6869933	G	C	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.78;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	43609272	rs12187908	T	C	5382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=108;NR=72;PP=2965;SC=AACTGGGGAGTCAGAAAATTG;SOR=0.873;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=110;TCR=72;TR=180;WE=43609280;WS=43609262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr5	43609343	rs10057103	C	T	6706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr5	43612984	rs139409541	T	TA	1276.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=15;PP=691;SC=CAAATATATATTTTTTTTGCC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=43612992;WS=43612974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	44809162	rs3747479	G	C	3425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=70;PP=2156;ReadPosRankSum=1.737;SC=GAAACGACCTGCCAAGACGTC;SOR=0.672;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=367;TCF=198;TCR=169;TR=155;WE=44809170;WS=44809152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,172:0.42:413
chr5	45695986	.	GCCGCCGCCA	G	3394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=2.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=2.644;QD=19.74;ReadPosRankSum=3.000;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,90:0.52:172
chr5	49698180	rs13172025	G	A	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-4.931;NF=28;NR=27;PP=566;ReadPosRankSum=-0.278;SC=GAATTTGACTGTGAAGTTGGT;SOR=0.578;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=55;WE=49698188;WS=49698170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,69:0.47:147
chr5	49698986	rs13154223	C	A	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=1.010;QD=12.19;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,48:0.49:97
chr5	49701519	rs34041280	CTGT	C	1288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.364;NF=4;NR=13;PP=660;ReadPosRankSum=0.109;SC=TAAATGTTTTCTGTTGTTGTT;SOR=0.525;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=17;WE=49701529;WS=49701509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,35:0.43:82
chr5	49701755	rs2271236	A	G	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.605;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.993;NF=4;NR=20;PP=408;ReadPosRankSum=0.343;SC=TAAATGTGCAAATATTGTCTC;SOR=1.417;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=24;WE=49701763;WS=49701745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr5	49963235	rs62366937	C	T	30.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr5	50040778	rs282561	T	C	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=0.084;SC=TTAAGCTTTGTTCTTTCCACG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=50040786;WS=50040768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr5	50045967	rs2442107	G	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.945;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=362;ReadPosRankSum=0.164;SC=AGCCTTTTTTGTTTGTTTGTT;SOR=0.978;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=24;WE=50045975;WS=50045956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,25:0.28:89
chr5	50046131	rs35347195	G	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=59;ReadPosRankSum=-1.343;SC=TGAAACACTGGTAGAGGAAGC;SOR=0.495;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=6;WE=50046139;WS=50046121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr5	50046139	rs282553	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.52;ReadPosRankSum=-2.744;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr5	50052800	rs282551	T	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=212;ReadPosRankSum=0.780;SC=GCATAACGTCTTCCATGTTCA;SOR=0.288;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=13;WE=50052808;WS=50052795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr5	50052888	rs282550	C	A	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=14;PP=674;ReadPosRankSum=-0.529;SC=TGTGTACCTCCGTTTCTTTAT;SOR=0.742;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=75;TCF=54;TCR=21;TR=48;WE=50052896;WS=50052878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,58:0.62:94
chr5	50053015	rs282549	G	A	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.84;ReadPosRankSum=1.721;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,84:0.54:156
chr5	50055456	rs201071119	C	CT	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.207;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.037;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr5	50084508	rs10683094	C	CCTT	546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=572;SC=CAAACAAAAACCTATTCAGTA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=10;WE=50084516;WS=50084498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	50118250	rs41270305	G	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=1.541;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,25:0.36:69
chr5	50122645	.	GTT	G,GT	1171.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.47;ReadPosRankSum=-0.535;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,23,58:0.24,0.62:94
chr5	52084365	rs10067659	G	C	4556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr5	52084441	rs2897351	C	A	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=40;PP=1132;SC=AATTAGTTTTCGTGTCTCTCC;SOR=2.107;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=53;WE=52084449;WS=52084431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	52096889	rs1499280	C	A	3609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=63;PP=2214;SC=CTGCGACTACCTGTTTCAACA;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=62;TCR=63;TR=125;WE=52096897;WS=52096879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	52097764	rs11886	T	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.405;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=422;ReadPosRankSum=1.007;SC=GCTGCAAGAATGGCACTTTTT;SOR=0.284;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=27;WE=52097772;WS=52097754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr5	52157374	rs2447867	T	C	3733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	52193414	rs377107895	C	CA	8174.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=117;PP=2972;SC=CTTCCCTTCCCAAACCAACAT;SOR=1.046;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=140;TCF=19;TCR=121;TR=136;WE=52193424;WS=52193404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr5	52204943	rs1478441	C	T	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=28;PP=901;SC=TAATAAATTCCAATTTTTCAC;SOR=2.252;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=52204951;WS=52204933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	52223350	rs923837	A	G	7087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=132;NR=108;PP=2965;SC=GAAAATTCTGAAAGAACACGT;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=132;TCR=108;TR=240;WE=52223358;WS=52223340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr5	52235802	rs1904165	T	G	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.633;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr5	52235853	rs9637769	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=1.331;SC=ATGCAAGGCACTGTGCTGCTT;SOR=1.061;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=12;WE=52235861;WS=52235843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr5	52243059	rs3764924	A	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=154;ReadPosRankSum=-1.321;SC=ATGTTTTCTCATTATATAGTA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=12;WE=52243067;WS=52243049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
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chr5	52344610	rs1421933	A	G	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.240;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=28;PP=594;ReadPosRankSum=1.252;SC=GGTATGGCTAACAGAAATGCA;SOR=1.975;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=69;TCF=11;TCR=58;TR=31;WE=52344618;WS=52344600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr5	52347369	rs1126643	C	T	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=30;PP=756;ReadPosRankSum=0.282;SC=CAAACACATTCGGAGCAATTC;SOR=0.599;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=160;TCF=83;TCR=77;TR=66;WE=52347377;WS=52347359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,82:0.40:203
chr5	52351413	rs1062535	G	A	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.177;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=35;PP=1240;ReadPosRankSum=-1.624;SC=GAAGTGCTACGAAAGTAATGG;SOR=0.928;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=185;TCF=112;TCR=73;TR=93;WE=52351421;WS=52351403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,99:0.49:204
chr5	52351746	rs3212522	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=0.484;SC=TTCAAAATAGGCTAGAATGTA;SOR=1.492;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=4;WE=52351754;WS=52351736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr5	52354103	rs996765	A	T	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=448;ReadPosRankSum=1.390;SC=AATTTGAAGGATAATAATGTC;SOR=0.619;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=32;WE=52354111;WS=52354093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr5	52355854	rs2303127	T	C	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.71;ReadPosRankSum=-1.671;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,62:0.60:104
chr5	52356692	rs3212538	T	C	2124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=36;PP=1218;ReadPosRankSum=1.636;SC=TTTGCTCAGATAGTCAATGTT;SOR=0.556;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=181;TCF=117;TCR=64;TR=95;WE=52356700;WS=52356682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,104:0.51:205
chr5	52366138	rs2112290	G	A	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=40;PP=992;ReadPosRankSum=2.255;SC=TCCTAAAGACGAGAGAGTGGT;SOR=0.646;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=71;WE=52366146;WS=52366128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,81:0.58:140
chr5	52367666	rs2287872	A	T	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=453;ReadPosRankSum=-2.656;SC=ACTGTGCTCTAAATTGTAAAC;SOR=0.730;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=34;WE=52367674;WS=52367656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,41:0.51:81
chr5	52367706	rs2287871	T	C	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=23;PP=841;ReadPosRankSum=0.207;SC=TGTTTTAATGTTGCTATGCTC;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=114;TCF=72;TCR=42;TR=60;WE=52367714;WS=52367696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,70:0.53:131
chr5	52368922	rs984966	T	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=269;ReadPosRankSum=0.062;SC=TAATGGCTTTTCCCCCCTCCT;SOR=0.446;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=23;WE=52368930;WS=52368912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr5	52370174	rs3212591	G	A	2052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.435;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,98:0.51:191
chr5	52379277	rs2303122	C	T	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.327;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=50;PP=1160;ReadPosRankSum=0.512;SC=ACGGGACTTTCGCATCAGTAA;SOR=0.854;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=197;TCF=95;TCR=102;TR=92;WE=52379285;WS=52379267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,99:0.46:213
chr5	52396500	rs3816326	C	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=183;ReadPosRankSum=0.000;SC=CGTAAACATACAGTTAGAAAA;SOR=0.582;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=12;WE=52396508;WS=52396490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr5	52397311	rs2233216	T	C	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.353;NF=40;NR=54;PP=1391;ReadPosRankSum=-0.100;SC=TAATGACTTTTTTCCCTTCAA;SOR=0.549;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=150;TCF=61;TCR=89;TR=94;WE=52397319;WS=52397301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,104:0.63:166
chr5	52397355	rs149759198	A	AAAAG	1397.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=1.488;QD=22.91;ReadPosRankSum=0.756;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr5	52398005	rs2233213	T	C	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.567;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=980;ReadPosRankSum=0.863;SC=TTCTCGGCAGTAAAGTTTATA;SOR=0.455;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=158;TCF=70;TCR=88;TR=74;WE=52398013;WS=52397995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,81:0.47:171
chr5	52404276	rs140365238	C	CTTA	1298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=5;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.549;NF=14;NR=4;PP=1334;ReadPosRankSum=-0.248;SC=CGAAATTAACCTTTTTACTTT;SOR=0.896;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=18;WE=52404295;WS=52404266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr5	52404287	rs3846488	T	G	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.743;HP=3;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.674;NF=25;NR=13;PP=1327;ReadPosRankSum=-1.778;SC=TTTTTACTTTTATCATTTATG;SOR=0.458;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=78;TCF=56;TCR=22;TR=38;WE=52404295;WS=52404266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,51:0.53:97
chr5	52404312	rs153602	C	T	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.182;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.741;NF=31;NR=21;PP=707;ReadPosRankSum=-0.892;SC=TTGAAAATATCTAAGTGTTAC;SOR=0.507;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=110;TCF=72;TCR=38;TR=52;WE=52404320;WS=52404302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,69:0.50:137
chr5	52405377	rs142643273	C	CCGGGGG	428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.171;HP=2;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=441;ReadPosRankSum=1.044;SC=CAGGAAGGGCCCGGGGGCGGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=8;WE=52405392;WS=52405367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr5	52405481	rs25782	G	A	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.871;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,82:0.44:188
chr5	52781376	rs33951575	GTT	G	879.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.940;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.665;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,43:0.43:100
chr5	52781597	rs722910	A	T	612.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.265;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=654;ReadPosRankSum=-1.136;SC=CTTTAAAAAAATTTTTTTAAC;SOR=0.404;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=95;TCF=29;TCR=66;TR=45;WE=52781605;WS=52781587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,38:0.43:88
chr5	52869553	rs72750147	C	T	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.32;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	52899166	.	CT	C	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=8.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=1.469;SOR=0.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,24:0.27:89
chr5	52942083	rs31304	A	C	2937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=27;PP=1875;SC=CTTTAACTGGAGTTCCAGAAG;SOR=1.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=73;TCR=27;TR=100;WE=52942091;WS=52942073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
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chr5	53371333	rs156384	A	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=-0.886;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
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chr5	53751988	rs7823	T	C	6543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=111;NR=118;PP=2965;SC=TACCAGATGGTGTGGAAATCA;SOR=0.947;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=111;TCR=119;TR=229;WE=53751996;WS=53751978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr5	53814052	rs2548615	T	C	4088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
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chr5	53815560	rs13162502	A	C	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=73;PP=2011;SC=CTAGAGTGTAAGTTGGATTGC;SOR=1.079;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=57;TCR=73;TR=130;WE=53815568;WS=53815550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr5	54153803	rs10040872	C	T	6183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=102;PP=2965;SC=GTACATACTGCGGGAAAGCCT;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=111;TCR=102;TR=212;WE=54153811;WS=54153793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr5	54154209	rs3916738	G	A	5240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.74;QD=25.94;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr5	54154328	rs4242050	C	T	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=40;PP=1246;SC=TTTAGCCCATCGGTTGCCATC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=61;WE=54154336;WS=54154318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	54252345	rs6877572	T	C	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=54;PP=1037;ReadPosRankSum=1.994;SC=TCAAATCTAATGTGGCCTGCA;SOR=0.571;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=161;TCF=71;TCR=90;TR=95;WE=54252353;WS=54252335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,104:0.56:186
chr5	54252463	rs6893219	C	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=332;ReadPosRankSum=-0.162;SC=CCCAGCACACCTCCTGTCTGG;SOR=0.495;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=20;WE=54252471;WS=54252453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr5	54253339	rs2897761	T	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=-0.842;SC=ATCCTTCTGATTGGGGCAAAT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=54253347;WS=54253329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr5	54253555	rs3815922	A	G	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=35;PP=1000;ReadPosRankSum=-2.294;SC=GCTGGGAGCAAGATGGCTGCC;SOR=0.618;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=133;TCF=72;TCR=61;TR=73;WE=54253563;WS=54253545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,81:0.53:153
chr5	54253581	rs3815923	A	G	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=35;PP=958;ReadPosRankSum=-1.472;SC=ACCCAAGCACAACTATATCCA;SOR=0.691;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=75;TCR=62;TR=76;WE=54253589;WS=54253571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,85:0.53:160
chr5	54253615	rs11954366	C	T	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.354;HP=6;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=734;ReadPosRankSum=-1.247;SC=GCTTTTCTTTCTTTGTGATCA;SOR=0.861;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=54;WE=54253623;WS=54253605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,65:0.47:137
chr5	54253635	rs3815924	T	C	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=578;ReadPosRankSum=-0.411;SC=ATTTGCAGGATTCCACACCAC;SOR=0.954;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=106;TCF=51;TCR=55;TR=44;WE=54253643;WS=54253625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,52:0.43:121
chr5	54253754	rs6883914	T	C	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=572;SC=GGAGATGCATTAGGCTTTATC;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=54253762;WS=54253744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	54319997	rs3822315	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.127;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr5	54320700	rs9292078	C	T	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=378;ReadPosRankSum=-0.192;SC=ACAAGAGAAGCTTACCTCTCC;SOR=0.531;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=36;WE=54320708;WS=54320690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,46:0.54:85
chr5	54403957	rs3104233	T	C	2510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=24;PP=1468;SC=CAACAGCTGATGGAAAAAGCA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=61;TCR=25;TR=85;WE=54403965;WS=54403947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	54404015	rs1875506	C	T	5175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=103;NR=75;PP=2712;SC=AAAAGGGGGACGATGTGAAAC;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=103;TCR=76;TR=178;WE=54404023;WS=54404005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr5	54410120	rs3104230	A	C	3491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.25;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,132:0.99:133
chr5	54424226	.	G	GA	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=3.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.732;QD=1.52;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=1.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,20:0.22:90
chr5	54433393	rs336081	G	A	6150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=85;PP=2965;SC=GTATTCAGAGGGCCTCTCAAT;SOR=0.913;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=120;TCR=86;TR=205;WE=54433401;WS=54433383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr5	54439466	rs1021580	G	A	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=41;PP=1286;SC=TGTTCTTTGCGGGATCCTACA;SOR=1.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=81;WE=54439474;WS=54439456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	54459961	rs381852	A	G	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	54468921	rs336115	C	T	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=25;PP=673;SC=GACGCCTAATCGTCAAACCCC;SOR=1.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=54468929;WS=54468911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	54516521	rs6879219	G	A	6600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr5	54516752	rs3111181	C	G	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=13;PP=624;SC=TCTCCTCTCCCGGGCCCCCAC;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=54516760;WS=54516742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	54517102	rs34101652	C	CT	258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=140;SC=AATCAATTTACTTTTTTTTTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=54517110;WS=54517092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	54518660	rs7730048	G	A	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=8;PP=722;SC=ATGAGTTGCTGGAGAGTCGTT;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=54518668;WS=54518650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	54557438	rs400437	T	C	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=30;PP=811;SC=CATTTTAAGCTCAGAGTATTT;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=54557446;WS=54557428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	54563775	rs143912964	TTTA	T	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=408;SC=TTTTCAATATTTTATTATGTT;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=54563785;WS=54563765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	54693374	rs230802	G	A	3310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=66;PP=1805;SC=AATTTCATAAGTTAAGTATAA;SOR=1.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=114;WE=54693382;WS=54693364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr5	54693402	rs230801	G	A	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=44;PP=1213;SC=GTAAATACAGGTAGTGTTTAT;SOR=1.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=67;WE=54693410;WS=54693392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	54706325	rs139320115	T	TTTTAAA	7921.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=37;PP=2966;SC=TATTCTGACATTTTATTCTTT;SOR=1.000;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=61;WE=54706333;WS=54706315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr5	54709943	rs230766	G	A	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	54710072	rs35724444	G	GT	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.532;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr5	54718618	rs230753	G	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=375;SC=ATTAATTATCGTGTGTTCTCC;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=20;WE=54718626;WS=54718608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	54721619	rs3217330	A	AT	793.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=289;ReadPosRankSum=0.356;SC=GATTTTTTGGATTTTTTTTTT;SOR=0.657;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=24;WE=54721627;WS=54721609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,39:0.91:43
chr5	54721642	rs230750	A	C	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=1.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	54737538	rs2278258	T	C	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=24;PP=1668;SC=TACTTCTCAGTATGAAACTTA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=90;TCF=64;TCR=26;TR=88;WE=54737546;WS=54737528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	54737791	rs2278257	G	C	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=37;PP=1149;SC=CAAAAGTATTGTTGATTTCAT;SOR=2.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=54737799;WS=54737781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	54771199	rs201512812	C	G	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.856;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=22;PP=723;ReadPosRankSum=-0.181;SC=TGTAAGGGTACTTGATGGACT;SOR=1.003;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=59;WE=54771207;WS=54771189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,67:0.46:147
chr5	54771380	rs6870449	A	G	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=16;PP=427;SC=TGCATTTGCCATGAAAATAAA;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=54771388;WS=54771370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	54804621	rs7707766	C	T	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=18;PP=1018;SC=GAAGTGAAGACCCAGGTGTAC;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=56;WE=54804629;WS=54804611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	54830295	rs2292280	T	G	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=8;PP=498;SC=GCCCCACAGCTGCGCACGCGT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=54830303;WS=54830285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	54830380	rs11745331	A	G	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	54929780	rs114244819	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.48;ReadPosRankSum=-1.807;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr5	54941810	rs6450329	TG	CA	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=505;ReadPosRankSum=-0.971;SC=AAAAATCAGTTGTCACTGTTT;SOR=0.801;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=13;WE=54941819;WS=54941800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr5	54944976	rs11738633	G	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=117;ReadPosRankSum=-0.140;SC=TTTTAGAATAGCATATGACAA;SOR=1.828;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=8;WE=54944984;WS=54944966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr5	54948586	rs138550751	C	CA	1264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=812;ReadPosRankSum=-0.439;SC=AAGAAGATGACAAAAAACAAA;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=12;WE=54948606;WS=54948576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr5	54948598	rs11424790	C	CA	1261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.68;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr5	54952688	rs11393180	C	CT	336.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;QD=21.05;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	54960609	rs4865614	A	G	2693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=2.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.53;ReadPosRankSum=-1.034;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,129:0.60:215
chr5	54960673	rs4865615	C	G	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.09;ReadPosRankSum=-1.025;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,85:0.61:140
chr5	54960687	rs4865616	C	T	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.62;ReadPosRankSum=0.532;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,69:0.60:115
chr5	54964974	rs7737254	A	G	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.626;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,53:0.47:113
chr5	54965513	rs11749883	C	T	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=482;ReadPosRankSum=-0.330;SC=TTAATTGAGACAAAAATTTAA;SOR=0.796;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=35;WE=54965521;WS=54965503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,41:0.50:82
chr5	54965854	rs2408031	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.707;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=154;ReadPosRankSum=-1.675;SC=GTGCAGTGACGCGATCTCGGC;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=12;WE=54965862;WS=54965844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr5	54986963	rs3846505	A	G	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;ReadPosRankSum=-0.213;SC=AGAGCACCTGAAATGTTCTCA;SOR=0.597;Source=Platypus;TCF=73;WE=54986971;WS=54986953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,94:0.62:151
chr5	54990005	rs7728664	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.213;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=439;ReadPosRankSum=1.804;SC=CATCACACTCCAGTGTGGGCT;SOR=1.390;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=29;WE=54990013;WS=54989995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
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chr5	55080998	rs12659227	T	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=38;ReadPosRankSum=1.242;SC=TTTAATTGTTTCAAGTATTTG;SOR=0.269;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=55081006;WS=55080988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr5	55081694	rs2305123	A	G	2636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.430;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=66;PP=1309;ReadPosRankSum=1.031;SC=ACCACCAGCAATTCTGGTCAG;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=113;TCR=143;TR=118;WE=55081702;WS=55081684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,136:0.47:291
chr5	55082474	rs957459	C	T	2764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.57;ReadPosRankSum=-2.020;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,136:0.57:239
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chr5	55149407	rs10940487	T	C	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=696;ReadPosRankSum=0.193;SC=TGAGTGCTAATTCATTTAGAA;SOR=0.689;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=120;TCF=56;TCR=64;TR=48;WE=55149415;WS=55149397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,53:0.39:136
chr5	55155402	rs1009639	C	T	2396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=1.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.10;ReadPosRankSum=-1.019;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,117:0.54:216
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chr5	55213023	rs161699	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=176;ReadPosRankSum=-2.104;SC=AGACTCGGCACGCAGCGCTTG;SOR=0.593;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=14;WE=55213031;WS=55213013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr5	55246001	rs4865999	A	G	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr5	55398269	rs318818	G	C	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=16;PP=883;SC=TTAGTTGTGTGTAGATATGTT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=51;WE=55398277;WS=55398259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	55466689	rs3846521	C	A	2747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.45;ReadPosRankSum=-1.555;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,75:0.45:167
chr5	55466693	rs3857293	C	T	2759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.36;ReadPosRankSum=-2.145;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,72:0.45:159
chr5	55479223	rs6885745	G	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=250;ReadPosRankSum=1.422;SC=CTGCACATAGGCACAGTATCA;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=15;WE=55479231;WS=55479213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr5	55528815	rs149489	T	C	2192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,107:0.60:179
chr5	55753652	rs16877004	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=111;ReadPosRankSum=-0.595;SC=GGGAGCTCTGCGCAGTTTTGT;SOR=0.648;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=11;WE=55753660;WS=55753642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr5	55753822	rs148833159	C	CA	1665.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.328;NF=6;NR=16;PP=834;ReadPosRankSum=0.763;SC=TTCATGTCAACAGGTTCACTG;SOR=0.768;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=22;WE=55753830;WS=55753812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,55:0.54:102
chr5	55759715	rs157851	T	C	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=4;PP=213;SC=AACTCTCTCATTATCGGTTAT;SOR=1.739;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=16;WE=55759723;WS=55759705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	55807370	rs464605	C	T	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=20;PP=992;SC=GATGTAGCTGCCATTGTGTCT;SOR=1.162;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=60;WE=55807378;WS=55807360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	55828785	rs30365	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.707;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=107;ReadPosRankSum=0.556;SC=AAGAATAAATGCATGGGCTTC;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=10;WE=55828793;WS=55828775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr5	55830865	rs39837	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.173;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=199;ReadPosRankSum=-0.422;SC=CATGCCTCACCGCATTGTCTC;SOR=1.336;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=16;WE=55830873;WS=55830855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr5	56111751	rs28710284	G	C	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=12;PP=470;SC=ACGGAGCCGCGAGCCGCGGCG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=56111759;WS=56111741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	56111927	rs7731700	C	T	165.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=130;SC=GGAGAGCGGGCAGAGGGCAAT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=56111935;WS=56111917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	56152416	rs832567	C	A	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=9;PP=569;SC=TTGTTTCTGCCTGCATTTTAG;SOR=1.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=56152424;WS=56152406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr5	56161787	rs832575	G	A	6068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=123;PP=2965;SC=GTACTTCTACGTCTAGTTCAG;SOR=1.219;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=211;TCF=86;TCR=125;TR=209;WE=56161795;WS=56161777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr5	56177443	rs702689	G	A	8454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=166;NR=125;PP=2965;SC=GCAGTCCATTGATAATTCCCA;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=292;TCF=166;TCR=126;TR=291;WE=56177451;WS=56177433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr5	56177743	rs832582	G	A	9821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=192;NR=122;PP=2965;SC=TGAGTGCACAGTCCATTTAGA;SOR=1.175;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=316;TCF=193;TCR=123;TR=314;WE=56177751;WS=56177733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr5	56177848	rs5868032	TCAA	T	36749.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=986;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.157;NF=75;NR=384;PP=2992;ReadPosRankSum=1.290;SC=ACCTTCTAGTTCAACAACAAC;SOR=0.250;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=529;TCF=91;TCR=438;TR=459;WE=56177861;WS=56177837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,836:1.00:838
chr5	56178217	rs832583	A	C	9770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=166;NR=192;PP=2965;SC=AAAGCCATCTAGACCTACCCC;SOR=0.873;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=358;TCF=166;TCR=192;TR=358;WE=56178225;WS=56178207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr5	56205643	rs252924	A	G	9103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=102;NR=122;PP=2965;SC=GGCGGGACGCAAAGCGGAGAG;SOR=0.828;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=237;TCF=102;TCR=135;TR=224;WE=56205651;WS=56205633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr5	56205662	rs252923	T	G	7159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.19;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr5	56206073	rs33321	G	T	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	56207123	rs2257505	T	A	4870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=90;NR=69;PP=2630;SC=AGAAATCTTGTCTATGCTTCC;SOR=0.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=90;TCR=69;TR=159;WE=56207131;WS=56207113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr5	56209735	rs40497	A	G	2080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=35;PP=1313;ReadPosRankSum=0.670;SC=CGGCCCTTTAAAAATGAGTGA;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=99;TCR=67;TR=87;WE=56209743;WS=56209725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,92:0.51:181
chr5	56210923	rs331499	G	A	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=485;ReadPosRankSum=-0.755;SC=AGATTTTTATGTTCACACCTT;SOR=1.542;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=24;WE=56210931;WS=56210913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr5	56212595	rs832536	C	T	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.31;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	56212764	rs112920436	A	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=187;ReadPosRankSum=-0.470;SC=TTTTCTACTCAGCTATTAATT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=18;WE=56212772;WS=56212754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr5	56221328	rs702679	A	G	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=101;SC=ACACAAGACCATTTACATTAG;SOR=2.093;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=56221336;WS=56221318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	56224485	rs10684065	T	TTGGC	546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=585;SC=TGAAATGCTATAAGGGAACAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=10;WE=56224493;WS=56224475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	56224714	rs252893	T	C	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	56224782	rs150959650	ACT	A	44.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.14;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	56224796	rs11747763	T	A	53.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	56224818	.	T	TCTCACA	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=19.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:0,2:1.00:2
chr5	56224834	rs252891	T	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=0.967;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr5	56224836	rs201429002	T	A	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=0.967;QD=14.24;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr5	56226410	rs252890	T	C	9047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=180;NR=135;PP=2965;SC=GATTGCTCTGTCCCTTAGGAT;SOR=0.933;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=181;TCR=135;TR=315;WE=56226418;WS=56226400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr5	56229288	rs832529	C	T	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=50;PP=1362;SC=TGTACACAAACAATTCTTTGT;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=18;TCR=50;TR=68;WE=56229296;WS=56229278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	56255367	rs111894536	AT	A	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=4.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.720;QD=1.43;ReadPosRankSum=1.294;SOR=1.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,32:0.28:115
chr5	56526565	rs1544737	G	T	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=532;SC=GCAATATGTTGTTCTTAATCA;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=56526573;WS=56526555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	56546749	.	CT	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr5	56777677	rs16886992	G	A	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=2.094;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,78:0.50:156
chr5	57754004	rs697135	C	T	3147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.394;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=64;PP=1828;ReadPosRankSum=-0.476;SC=GTTCCCTAGACGATAAACAAA;SOR=0.652;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=306;TCF=166;TCR=140;TR=141;WE=57754012;WS=57753994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,158:0.47:339
chr5	57754132	rs697134	G	C	2916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.944;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=62;PP=1773;ReadPosRankSum=1.250;SC=TTGCAGACACGAGATCCCAAT;SOR=0.615;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=238;TCF=114;TCR=124;TR=119;WE=57754140;WS=57754122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,134:0.51:263
chr5	57755013	.	C	CA	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.712;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.273;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
chr5	57755843	rs15915	C	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=240;ReadPosRankSum=1.176;SC=GTCACACGTCCGAGCCGGCCG;SOR=0.545;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=17;WE=57755851;WS=57755833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr5	57790337	rs7704785	T	C	4081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=50;PP=2645;SC=TAACACCAAATCACTAAACAG;SOR=1.410;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=90;TCR=50;TR=140;WE=57790345;WS=57790327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
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chr5	58121059	rs3749734	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=239;ReadPosRankSum=1.488;SC=TACAGAGTCCGAGCTAATTGT;SOR=0.553;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=15;WE=58121067;WS=58121049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr5	58270457	.	T	TA	237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=2.543;QD=1.74;ReadPosRankSum=-0.878;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,32:0.23:137
chr5	58271725	.	C	CA	1050.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.228;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.189;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,58:0.58:100
chr5	58284208	rs3805557	C	T	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=2;PP=340;SC=CACATATATACACATCTCAAA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=58284216;WS=58284198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	58284283	rs3805556	G	A	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	58286625	rs1553114	C	T	4983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr5	58286737	rs111523718	G	GA	1576.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.567;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.458;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,105:0.74:141
chr5	58286836	rs1973451	A	G	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=580;SC=GGCCGGGCATAGAGGCTCAAG;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=58286844;WS=58286826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	58287553	rs3840337	AAAC	A	398.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.764;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.50;MQRankSum=0.000;QD=15.34;ReadPosRankSum=1.189;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr5	58289046	rs7737685	G	T	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=5;PP=368;SC=CTCAGAGGCGGATAGTGTCGA;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=58289054;WS=58289036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	58289334	rs7724713	A	G	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=18;PP=482;SC=GAAGAGGAAAATTTAAGTGAA;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=58289342;WS=58289324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	58295380	.	GTA	G	1740.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=24;PP=1148;SC=TTGATTATATGTATATATATA;SOR=1.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=25;WE=58295389;WS=58295370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	58297881	rs2968014	A	G	6731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=109;NR=131;PP=2965;SC=CTTTCAGTTTATTCCTTACCA;SOR=1.010;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=243;TCF=111;TCR=132;TR=240;WE=58297889;WS=58297871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr5	58386812	rs10075104	G	A	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=140;SC=AGGGTGCTCAGAAATGCTGTT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=58386820;WS=58386802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	58475985	rs9292194	G	C	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.40;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	58476117	rs9292195	T	C	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.13;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	58476225	rs62357974	G	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=347;ReadPosRankSum=1.799;SC=AGTAAAAAACGTAAATCGGTA;SOR=0.549;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=27;WE=58476233;WS=58476215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr5	58489218	rs1445950	G	A	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=14;PP=915;SC=ATTTGTATTTGTACTTGTGCT;SOR=2.093;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=51;WE=58489226;WS=58489208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	58489384	rs27175	G	A	5162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr5	58511501	rs6450512	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=130;ReadPosRankSum=-1.723;SC=TACATTGGAGGAGAGTGATAC;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=10;WE=58511509;WS=58511491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr5	58882331	rs11402131	C	CA	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=1.353;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr5	59443507	rs2961899	C	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.17;ReadPosRankSum=0.035;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr5	59725670	rs111271077	T	G	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=6.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.248;QD=14.31;ReadPosRankSum=1.218;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr5	59725671	rs789390	T	G	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=6.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=-1.156;QD=20.47;ReadPosRankSum=-1.207;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr5	59725675	.	GT	G	620.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=4.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.203;QD=14.78;ReadPosRankSum=0.776;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr5	59725679	rs11950623	T	G	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=4.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=-1.107;QD=20.42;ReadPosRankSum=-0.471;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr5	59940502	rs6877561	A	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.217;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr5	59941486	rs3797209	C	T	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=571;ReadPosRankSum=0.937;SC=GAAGGAGAAACGGTAGAAAGA;SOR=0.556;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=41;WE=59941494;WS=59941476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,47:0.59:80
chr5	59982754	rs75885088	A	C	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.783;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=23;PP=1136;ReadPosRankSum=0.135;SC=CATCTCCCCAATTCCTCACCT;SOR=0.921;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=164;TCF=108;TCR=56;TR=78;WE=59982762;WS=59982744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,82:0.49:169
chr5	59984897	rs57521726	A	T	2157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=2.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=-1.858;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,113:0.46:244
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chr5	60186975	rs2306351	C	A	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=3;PP=47;SC=CACAACAAAGCCTAGGAGAAA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=60186983;WS=60186965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr5	60198513	rs4647104	G	A	52.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=29;ReadPosRankSum=1.150;SC=GTTTACAGGGGTATTTCAAAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=60198521;WS=60198503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr5	60200459	.	GTGTATATATATATATATATATATATATA	G	33	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=27;MQ=62.13;NF=3;NR=1;PP=33;QD=11.0;SC=GTGTGTGTGTGTGTATATATA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=60200494;WS=60200449;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,4:0.80:5
chr5	60200665	rs4647100	A	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.411;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr5	60240858	rs4647038	A	C	2548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.587;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=70;PP=1281;ReadPosRankSum=0.532;SC=CACCGGCTGGAGCACTGGACG;SOR=1.001;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=257;TCF=120;TCR=137;TR=122;WE=60240866;WS=60240848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,133:0.49:274
chr5	60241241	rs77149936	G	C	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=42;PP=1064;ReadPosRankSum=-0.471;SC=CGATTGCGTGGTCAGTGATTG;SOR=0.746;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=151;TCF=80;TCR=71;TR=81;WE=60241249;WS=60241231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,85:0.49:174
chr5	60369083	rs10471502	A	G	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=340;ReadPosRankSum=0.727;SC=GAGGTAAGTTATATAACAGTA;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=28;WE=60369091;WS=60369073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr5	60394802	rs115892013	A	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.61;ReadPosRankSum=0.261;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr5	60628153	.	G	GGGC	897.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=3.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.724;QD=14.25;ReadPosRankSum=0.336;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr5	60628181	.	A	AGCG	549.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.875;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=242;ReadPosRankSum=-0.747;SC=CGGGGGCAGCAGCGGCGGCGG;SOR=1.360;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=14;WE=60628189;WS=60628171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr5	60786880	rs7732234	C	T	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=286;SC=AGGGTCTTAGCTGACCAATAG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=60786888;WS=60786870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	60789972	.	CGG	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.912;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=0.984;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr5	60789975	.	A	ACG	64.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=0.629;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr5	60790037	rs77230862	T	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr5	60981850	rs16893680	T	C	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=31;PP=1709;SC=AGAGGTATTTTGGCCTCCTTC;SOR=1.565;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=64;TCR=31;TR=95;WE=60981858;WS=60981840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	60982107	.	C	CTT	729.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.59;MQRankSum=0.537;QD=18.24;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr5	60982841	rs16893687	G	A	8286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=138;NR=148;PP=2965;SC=GGATCTGACCGCTGAAGTTTA;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=138;TCR=148;TR=286;WE=60982849;WS=60982831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr5	61604204	rs4700006	C	A	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=224;SC=TCTGGGTGCACAGCAACACCT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=61604212;WS=61604201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	61604456	rs4441833	T	C	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=16;PP=532;SC=TACCACAACATAGATGGACCT;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=61604464;WS=61604446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	61733348	rs153857	G	A	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=14;PP=406;SC=AATAGATTCAGATGTTTGGCT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=61733356;WS=61733338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	61745737	rs11329383	CT	C	1894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=3.830;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;MQRankSum=0.401;QD=14.46;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:15,116:0.89:131
chr5	61762880	rs35119	A	G	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=7;PP=1189;SC=TAAAACTAAAATATATTACTT;SOR=3.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=47;WE=61762888;WS=61762870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	61772535	rs26635	G	T	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=18;PP=551;SC=CAGATAATGTGTGTAGAGATA;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=61772543;WS=61772525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	61781127	rs26640	C	A	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=195;SC=GTTCCCAAGGCTTTGCTCTTA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=61781135;WS=61781117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	61785936	rs26644	T	C	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	61826663	rs32179	G	T	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=24;NR=25;PP=737;SC=AACCATAATTGGGAGGCATTG;SOR=0.950;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=49;WE=61826671;WS=61826653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	61857118	.	C	CGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGT	1349.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.90;SOR=7.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	61857120	.	A	ATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGATCAT	1356.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=123.34;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	61874619	.	TA	T	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.620;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,44:0.38:117
chr5	62597278	rs148937957	GTT	G	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=8.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-1.005;QD=4.37;ReadPosRankSum=1.448;SOR=2.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr5	63665293	rs56066106	TA	T	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=-1.049;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr5	63665335	rs28615727	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=283;ReadPosRankSum=0.857;SC=ACATAACTCCGCTCAGTGAAA;SOR=0.984;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=22;WE=63665343;WS=63665325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr5	63802636	rs36025131	C	CT	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.933;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr5	63890387	rs4700641	C	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr5	63905068	rs889248	A	G	5237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=85;PP=2958;SC=GTGTTGTCTCATCTCAAGCTA;SOR=0.763;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=103;TCR=85;TR=188;WE=63905076;WS=63905058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr5	63991512	rs275830	G	A	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=43;PP=968;ReadPosRankSum=0.325;SC=TCTATTATTTGTTACCAATTA;SOR=1.095;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=85;TCF=18;TCR=67;TR=53;WE=63991520;WS=63991502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,54:0.59:91
chr5	64020316	rs80170948	T	G	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.86;ReadPosRankSum=2.438;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr5	64023981	rs275819	C	T	162.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.26;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	64070617	rs140062546	A	AAATTATGAC	562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=2639;ReadPosRankSum=0.437;SC=TTTGGAAGGTATGTTGACTTT;SOR=0.818;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=5;WE=64070625;WS=64070607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr5	64077647	rs55793256	A	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.323;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr5	64077966	rs2011079	A	G	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr5	64084746	rs11340181	CT	C	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.191;SOR=1.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr5	64096046	rs79929128	CT	C	1424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=920;ReadPosRankSum=0.792;SC=TATTTCCCCCCTCATGATTAT;SOR=0.820;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=25;WE=64096054;WS=64096036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,45:0.44:103
chr5	64096170	rs6449760	G	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.904;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=452;ReadPosRankSum=1.790;SC=TCCATTGTTGGTATGATCCTA;SOR=0.854;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=32;WE=64096178;WS=64096160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr5	64097145	rs7735338	C	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=-1.702;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr5	64181525	.	GGTGT	G	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.787;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr5	64267431	rs2278352	A	G	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.014;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,43:0.40:108
chr5	64267595	rs2278351	T	C	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.68;ReadPosRankSum=1.118;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,45:0.41:109
chr5	64313879	rs2910769	G	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.45;ReadPosRankSum=-1.863;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr5	64447777	rs17206779	C	T	6076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr5	64766518	rs201319128	TA	T	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr5	64814188	rs3050538	AAGATGGC	A	664.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.945;NF=14;NR=0;PP=706;ReadPosRankSum=0.754;SC=CAATAAAAGTAAGATGGCCTA;SOR=0.957;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=14;WE=64814202;WS=64814178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr5	64825102	rs1017576	C	T	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=6;PP=158;SC=CAAATTTACACAGTGGTCCAG;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=64825110;WS=64825092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	64837105	rs4700085	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=284;ReadPosRankSum=0.076;SC=GGCGACAATCCATTACTGGCA;SOR=1.276;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=16;WE=64837113;WS=64837095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr5	64838584	rs6891597	G	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.48;ReadPosRankSum=-0.118;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr5	64838758	rs6891955	G	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.629;NF=2;NR=7;PP=162;ReadPosRankSum=0.118;SC=GGTTTTCTAAGATACTTCTTT;SOR=1.426;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=9;WE=64838766;WS=64838748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr5	64847543	rs6893491	T	C	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=17;PP=501;SC=ATTCTTAATATTTTAAAACTT;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=64847551;WS=64847533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	64848412	rs3213939	C	T	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.718;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=360;ReadPosRankSum=0.623;SC=AAGTCACACACGATAATTCAC;SOR=0.706;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=35;WE=64848420;WS=64848402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,38:0.42:91
chr5	64848442	rs3213938	T	C	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	64857424	rs10560318	AACAC	A	1356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.778;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=1033;ReadPosRankSum=-1.680;SC=GTTTAATTAAAACACACACAC;SOR=0.320;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=4;TCR=48;TR=24;WE=64857437;WS=64857414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr5	64859884	rs35326591	CTG	C	458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=466;ReadPosRankSum=-1.679;SC=AACCCGAAGTCTGTGGTTTTG;SOR=0.627;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=12;WE=64859893;WS=64859874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
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chr5	64919991	rs154854	G	A	2808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=2.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,151:0.44:341
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chr5	64925256	rs43207	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=-1.097;SC=GGCAGGGTATCCCTACCATAT;SOR=0.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=3;WE=64925264;WS=64925253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr5	64931971	rs5868412	C	CT	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=2.043;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
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chr5	64942799	rs154955	A	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.268;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=304;ReadPosRankSum=0.537;SC=TTATTCCCCTATTCTTTCCAC;SOR=1.696;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=17;WE=64942807;WS=64942789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr5	64942852	.	C	CT	632.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=3.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.44;ReadPosRankSum=1.160;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,47:0.55:85
chr5	64946836	rs154853	G	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.511;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr5	64957686	rs37347	A	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.693;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=-1.556;SC=CAGGTCTGCCAGGCTATTCCA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=9;WE=64957694;WS=64957676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr5	64957718	rs37346	T	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.31;ReadPosRankSum=-1.190;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr5	64960311	rs36031543	A	ATCTC	2325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.636;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=1201;ReadPosRankSum=-0.216;SC=ACTTAGACTCATCTCTCTCTC;SOR=0.433;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=72;TCF=9;TCR=63;TR=28;WE=64960319;WS=64960301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,58:0.56:103
chr5	64968170	rs5868414	AT	A	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.171;NF=0;NR=10;PP=103;ReadPosRankSum=0.184;SC=CTTAGCAAAGATTTTTTTTTT;SOR=0.709;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=10;WE=64968178;WS=64968160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr5	65008946	rs3833969	GT	G	1237.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.401;NF=1;NR=45;PP=778;ReadPosRankSum=-2.035;SC=AAAGAAACAAGTTTTTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=66;TCF=2;TCR=64;TR=46;WE=65008954;WS=65008936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,64:0.94:68
chr5	65016452	rs9291846	A	G	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	65073224	rs34979	C	A	3508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	65075858	rs252648	A	G	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=3;PP=115;SC=TCACCATGTTAGCCAGGCTGG;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=65075866;WS=65075848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	65088175	rs6896574	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.671;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=160;ReadPosRankSum=1.246;SC=AATGTTTAAAGGCATCTCTGG;SOR=0.297;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=13;WE=65088183;WS=65088165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr5	65088578	rs201389767	GA	G	4594.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.317;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.176;NF=7;NR=77;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GGTTTTTTCAGAAGCTGAATG;SOR=0.542;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=142;TCF=9;TCR=133;TR=84;WE=65088586;WS=65088568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,146:0.60:242
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chr5	65108215	rs2254485	A	G	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=22;PP=598;SC=TAATGAATCCAGAGGTATAGT;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=65108223;WS=65108205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr5	65892767	rs200514960	T	TGCC	589.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.64;ReadPosRankSum=0.453;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
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chr5	66085585	rs35948700	A	G	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.633;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,100:0.59:169
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chr5	66212985	rs37567	C	G	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=49;PP=1440;SC=ATCTTATTACCCCTGGTCATT;SOR=1.132;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=88;WE=66212993;WS=66212975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
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chr5	66429329	rs2371882	G	T	4233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
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chr5	66480004	rs1697144	T	C	8201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=152;NR=135;PP=2965;SC=CTTTGGAAGATCGTTGAATCA;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=152;TCR=135;TR=287;WE=66480012;WS=66479983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
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chr5	67522851	rs706714	A	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.631;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr5	67569746	rs171649	G	A	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.157;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=17;PP=718;ReadPosRankSum=1.099;SC=TACATGGTCTGTGGTCTGTTT;SOR=0.994;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=123;TCF=81;TCR=42;TR=57;WE=67569754;WS=67569736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,66:0.47:139
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chr5	67584512	.	AT	A	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.03;ReadPosRankSum=0.067;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,40:0.24:170
chr5	68390284	rs337259	C	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.726;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr5	68396580	rs12522805	G	A	41.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr5	68399959	.	C	CT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=1.513;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
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chr5	68400594	rs149336330	ATAT	A	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.393;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.097;NF=0;NR=11;PP=729;ReadPosRankSum=0.514;SC=TTCATTTTGAATATTATTTTT;SOR=1.545;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=11;WE=68400604;WS=68400573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr5	68409094	rs164393	A	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.364;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=139;ReadPosRankSum=1.141;SC=TCAAGTCTTGAGGAAAACTAG;SOR=3.507;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=14;WE=68409102;WS=68409084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr5	68411010	rs240809	C	T	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.19;ReadPosRankSum=-0.965;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr5	68412048	rs34215592	A	AT	1044.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.767;NF=1;NR=23;PP=816;ReadPosRankSum=3.352;SC=TTGTGTAAGCATTCCCCCCTT;SOR=0.520;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=24;WE=68412056;WS=68412038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,42:0.50:84
chr5	68413042	rs3840519	CT	C	947.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.008;NF=13;NR=27;PP=553;ReadPosRankSum=1.359;SC=ATACTCCTCCCTTTTTTTTTG;SOR=0.722;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=40;WE=68413050;WS=68413032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,61:0.50:123
chr5	68415932	rs164391	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.003;QD=9.24;ReadPosRankSum=1.230;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr5	68417643	rs164578	C	T	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=0.434;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,70:0.55:128
chr5	68417755	rs164577	A	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=152;ReadPosRankSum=0.549;SC=CCTACTTTTCAACTGTGTTCT;SOR=0.976;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=9;WE=68417763;WS=68417745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr5	68419054	rs164572	A	T	2516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.766;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=44;PP=1419;ReadPosRankSum=1.484;SC=TGGCAGATACACTTGGCAGCA;SOR=0.456;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=199;TCF=125;TCR=74;TR=109;WE=68419062;WS=68419044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,119:0.55:215
chr5	68463606	rs163442	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5066;FS=3.923;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=238;ReadPosRankSum=-0.907;SC=TGGGACCCATGTTTTCCCTCG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=13;WE=68463614;WS=68463602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr5	68464234	rs163443	A	G	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=445;ReadPosRankSum=-1.152;SC=TCACTGATACATGCAAGAGCA;SOR=2.274;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=24;WE=68464242;WS=68464224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr5	68470559	rs426392	T	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.676;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=314;ReadPosRankSum=0.231;SC=AGAAATAAACTGACTTTTTCA;SOR=0.352;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=19;WE=68470567;WS=68470549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr5	68470599	rs3087334	C	CATTA	1424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=1325;ReadPosRankSum=-0.800;SC=GATATGGTGTCATTAAGATTT;SOR=0.911;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=27;WE=68470607;WS=68470589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,37:0.41:91
chr5	68485366	rs648489	C	G	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,20:0.32:62
chr5	68491714	rs11283275	T	TAGTCAAG	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=151;ReadPosRankSum=-1.600;SC=CTGAGTGAATTAGTCAAGCAC;SOR=1.501;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=4;WE=68491722;WS=68491704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr5	68513572	rs2242351	C	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=242;ReadPosRankSum=1.104;SC=CGTGACGTCCCGGGAAGCACC;SOR=0.804;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=18;WE=68513580;WS=68513562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr5	68513599	rs2242350	G	T	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.507;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=392;ReadPosRankSum=0.949;SC=AGCTGCCCGGGACTCCAGTGA;SOR=1.241;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=33;WE=68513607;WS=68513589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chr5	68525027	rs2932777	C	T	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=351;ReadPosRankSum=-0.401;SC=TTATTTTTTCCTTTTCAGCGT;SOR=0.498;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=26;WE=68525035;WS=68525017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr5	68531253	rs2972388	C	T	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=1.123;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,55:0.46:120
chr5	68546546	rs12657418	C	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=3.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.512;SOR=0.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,49:0.49:101
chr5	68551507	rs2291519	T	G	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.442;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,34:0.39:87
chr5	68564985	rs59967147	TA	T	552.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.47;ReadPosRankSum=-1.556;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr5	68572668	rs4077460	C	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GAGACTGTGCCGTTTTAGGTA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=68572676;WS=68572658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr5	68581389	rs3890705	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=5.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=-1.855;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr5	68596068	rs28704183	C	G	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=19;PP=533;SC=CTACCCACAACATCGGGCTCC;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=68596076;WS=68596058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	68599932	rs35098133	AT	A	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.405;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr5	68610009	rs28462372	A	C	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.12;QD=30.34;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	68616079	rs10471773	G	A	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.334;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=20;PP=833;ReadPosRankSum=0.174;SC=CTACTTTGTCGTCTGTAATTG;SOR=0.842;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=127;TCF=84;TCR=43;TR=61;WE=68616087;WS=68616069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,67:0.46:145
chr5	68616331	rs10471774	C	T	6857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=104;NR=134;PP=2965;SC=CAGAGCTGCACGTCTGACTCA;SOR=1.027;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=104;TCR=135;TR=238;WE=68616339;WS=68616321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr5	68665462	rs4252217	C	T	2139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=2.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=0.517;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,107:0.51:208
chr5	68692375	rs34097088	T	TAA	397.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=1.585;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr5	68696035	rs142095225	G	GTTTATTTA	697.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=2;PP=140;SC=AAGAAGTAGGGTTTATTTATT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=2;WE=68696043;WS=68696025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	68706252	rs10940223	G	T	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=265;SC=CATCTTTTCAGGTGCTTATTG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=68706260;WS=68706242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr5	68728544	rs299075	G	A	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=69;PP=2309;SC=AGAAGTTGAGGGGCCCCATTT;SOR=1.355;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=43;TCR=69;TR=112;WE=68728552;WS=68728534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	68862365	rs201465285	G	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=5.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.15;MQRankSum=-6.120;QD=1.20;ReadPosRankSum=-0.174;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,30:0.17:175
chr5	69325573	.	CT	C	458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=2.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.64;MQRankSum=-10.807;QD=1.86;ReadPosRankSum=2.115;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,80:0.32:247
chr5	69717719	.	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.56;MQRankSum=0.674;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr5	70200973	rs189447511	C	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.81;MQRankSum=-7.750;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.740;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,26:0.30:86
chr5	70370154	.	C	CT	2336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.187;NF=3;NR=42;PP=1728;ReadPosRankSum=-1.051;SC=AATCTGCAGACTAAAAAGGGA;SOR=0.808;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=104;TCF=8;TCR=96;TR=45;WE=70370162;WS=70370144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,82:0.53:156
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chr5	70762191	rs10079014	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=114;ReadPosRankSum=-1.465;SC=TGTAAATAGAAAAGTGGGTTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=70762199;WS=70762181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr5	70763088	rs7442961	A	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=-1.278;SC=TATGATTGCCATGCTAAACCT;SOR=0.527;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=70763096;WS=70763078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr5	70786726	rs35267960	G	GAC	351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=424;ReadPosRankSum=2.481;SC=TGTAGGAAAAGAGTGTTATAG;SOR=1.151;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=11;WE=70786734;WS=70786716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr5	70791010	rs2059196	T	A	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.521;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr5	70800475	rs3761966	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.095;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr5	70800538	rs3761967	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=204;ReadPosRankSum=0.063;SC=TTTTCAAAATGTGCAGCCAGA;SOR=0.859;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=20;WE=70800546;WS=70800528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr5	70805272	rs36098798	GC	G	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=-2.410;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr5	70806457	rs715748	G	A	2906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=70;PP=1974;ReadPosRankSum=1.003;SC=TGGAAGAGAGGGTTCCTCAAG;SOR=0.782;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=267;TCF=137;TCR=130;TR=135;WE=70806465;WS=70806447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,139:0.50:278
chr5	70806649	rs1961760	T	A	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=878;ReadPosRankSum=-1.605;SC=GCTAGCAGAGTTCAGTGCTAT;SOR=0.741;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=146;TCF=66;TCR=80;TR=67;WE=70806657;WS=70806639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,73:0.46:160
chr5	70806711	rs715747	C	G	3444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=62;PP=2339;SC=ACATTCCCATCATGGAGAAAG;SOR=1.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=108;WE=70806719;WS=70806701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	70806958	rs6886336	G	A	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=25.77;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr5	70807016	rs375426591	CT	C	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.175;NF=0;NR=11;PP=233;ReadPosRankSum=0.076;SC=TTTTTGAATGCTTTTTTCAGA;SOR=0.634;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=11;WE=70807024;WS=70807006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr5	70807073	rs421128	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=71;ReadPosRankSum=-0.928;SC=TCCAACAACACTTAAAAATCT;SOR=0.399;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=7;WE=70807081;WS=70807063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr5	70807991	rs418738	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=102;ReadPosRankSum=-0.530;SC=TTAGAATTTAGTAGACTTTTG;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=7;WE=70807999;WS=70807981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr5	70809169	rs1698063	A	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=61;ReadPosRankSum=-0.260;SC=ATCAGAAACCAAGAAAATGGA;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=8;WE=70809177;WS=70809159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr5	70811821	rs279322	A	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.531;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=63;ReadPosRankSum=2.367;SC=CAAATTTTACATTTTTACATT;SOR=1.022;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=8;WE=70811829;WS=70811811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr5	70834703	rs276591	A	C	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=157;ReadPosRankSum=-1.570;SC=TAAATTGTTTATGTTCTTGCT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=11;WE=70834711;WS=70834693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr5	70834833	rs276590	G	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.50;ReadPosRankSum=-2.372;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr5	70834926	rs276589	T	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=242;ReadPosRankSum=0.627;SC=TCAAGGAAACTGCTAAGACTA;SOR=0.608;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=23;WE=70834934;WS=70834916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr5	70837295	rs6453014	A	C	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.65;ReadPosRankSum=-1.101;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr5	70840233	rs182190	C	T	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.030;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=297;ReadPosRankSum=0.906;SC=ATAAAAACCTCGGACCAGTTA;SOR=0.537;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=23;WE=70840241;WS=70840223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
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chr5	70928083	rs277981	C	T	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=312;ReadPosRankSum=0.588;SC=AGAAGTTTTACGTATTTGTTT;SOR=0.950;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=24;WE=70928091;WS=70928073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
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chr5	70932002	rs7444180	G	A	2435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	70932170	rs7444232	G	T	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=302;SC=ATTTTTAAATGAGGTTTTTAG;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=70932178;WS=70932160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr5	70945075	rs10064079	A	G	3583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	70946113	rs169406	G	C	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.87;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	70946123	rs182191	G	A	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.37;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	70948385	rs6888301	T	G	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=15;PP=920;SC=ATGCACATGTTAGATGTAACA;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=70948393;WS=70948375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	70948654	rs2242372	G	A	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	70952506	rs7443786	A	G	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=15;PP=1061;SC=ATTTCTGCACATGGAGAGTGT;SOR=2.035;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=59;WE=70952514;WS=70952496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	71403273	rs3112401	T	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=245;ReadPosRankSum=-0.527;SC=GCGGAGACAGTACCTTCGGAG;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=15;WE=71403281;WS=71403267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr5	71403306	rs3112402	T	A	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=8;PP=933;SC=CCTGCCGCAGTGGAGAGGAGC;SOR=2.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=42;WE=71403314;WS=71403296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	71411718	rs1531312	T	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=245;ReadPosRankSum=0.874;SC=AAAGACTCTCTTATTGCTAAA;SOR=0.836;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=14;WE=71411726;WS=71411708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr5	71412373	rs1466343	A	G	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=846;ReadPosRankSum=0.758;SC=CTGGCGCTGGAGATGTATTCA;SOR=0.757;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=56;WE=71412381;WS=71412363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,57:0.59:96
chr5	71465361	rs3112399	T	A	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	71489082	rs34485863	G	GT	1285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.226;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=32;PP=824;ReadPosRankSum=-0.134;SC=ACCCACCAAGGTTTTTTCTTT;SOR=0.917;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=89;TCF=15;TCR=74;TR=40;WE=71489090;WS=71489071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,67:0.52:129
chr5	71489169	rs67199223	CT	C	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.673;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr5	71490962	rs1866374	A	G	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,44:0.43:102
chr5	71522125	rs9293821	A	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=1.533;SC=ACCTGGCAGCACTAGAAATAG;SOR=0.914;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=14;WE=71522133;WS=71522115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr5	71618276	rs3749694	C	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=0.124;SC=GCTACAACGTCTACAGCTCTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=71618284;WS=71618266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr5	71739546	rs4267851	C	G	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=-1.839;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr5	71743024	rs10043295	G	C	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=-1.273;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,56:0.50:112
chr5	72112421	rs34648	T	C	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.91;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	72112430	rs34647	C	G	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.41;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	72147269	rs34655	A	G	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=40;PP=1258;SC=GATGTGGGATAAACAGTCTTA;SOR=1.037;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=77;WE=72147277;WS=72147259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chr5	72151858	rs34660	T	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=12;PP=291;SC=TTAAATTGTGTTGGGGAAACT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=72151866;WS=72151848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	72168584	.	C	CT	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,45:0.17:270
chr5	72174320	rs72077277	G	GT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.44;ReadPosRankSum=0.775;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,12:0.17:70
chr5	72174432	rs266435	C	G	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
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chr5	72182857	rs4704045	A	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=-2.355;SC=ATAAGTAATAAGAGGTTAATG;SOR=0.569;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=7;WE=72182865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr5	72183141	.	T	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=-0.707;SC=ATTTCTATTTTGAACCAGATA;SOR=0.627;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=8;WE=72183149;WS=72183131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr5	72183850	rs7720717	A	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.018;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-0.070;SC=TTCATAATCAACCAAAATAAT;SOR=0.559;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=8;WE=72183858;WS=72183840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr5	72184098	rs17606	C	T	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	72204773	.	CA	C	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.03;ReadPosRankSum=-0.315;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,17:0.25:69
chr5	72347090	rs7712673	A	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=233;ReadPosRankSum=0.765;SC=TTTGGTTCCTAAGTAATACCT;SOR=0.941;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=19;WE=72347098;WS=72347080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr5	72347223	rs7712838	A	G	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=361;ReadPosRankSum=0.415;SC=AACCAGAAACAAATCAGAATG;SOR=0.677;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=33;WE=72347231;WS=72347213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr5	72364673	rs470926	A	G	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.92;ReadPosRankSum=0.508;SOR=0.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr5	72419267	rs638333	T	C	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=26;PP=1039;ReadPosRankSum=-0.122;SC=CAAACTCATCTTCTGCTTCTT;SOR=0.612;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=119;TCF=79;TCR=40;TR=70;WE=72419275;WS=72419257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,73:0.57:127
chr5	72419410	rs7731777	A	G	8162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=150;NR=118;PP=2965;SC=CCGTGGTTGGACTTGGGGCTG;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=151;TCR=118;TR=268;WE=72419418;WS=72419400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr5	72742882	rs2972191	T	C	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=259;ReadPosRankSum=-1.036;SC=ACGAGGAGACTGAGGAGGCGG;SOR=0.783;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=26;WE=72742890;WS=72742872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr5	72743299	.	G	GGC	965	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.000;QD=37.12;ReadPosRankSum=1.286;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,24:0.92:26
chr5	72798502	rs200370518	GTT	G,GT	860.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.522;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.64;MQRankSum=0.886;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.987;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,26,29:0.41,0.46:63
chr5	72800408	rs703882	G	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=188;ReadPosRankSum=1.805;SC=GACTTGACTTGGCTTGTTTCT;SOR=1.739;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=14;WE=72800416;WS=72800398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr5	72800863	rs59856963	C	CT	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=7.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.433;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr5	72850282	rs343104	A	G	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=422;ReadPosRankSum=-0.793;SC=ATGCTGCTGTAAGAAGTTTTA;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=28;WE=72850290;WS=72850272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr5	72851535	rs819584	A	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=165;ReadPosRankSum=-1.319;SC=TGCTGACTTTATGTTGGTGTC;SOR=0.387;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=10;WE=72851543;WS=72851525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr5	72872766	rs1220622	C	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.097;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=399;ReadPosRankSum=0.390;SC=AAAGCTTTTCCTTTTTATTAG;SOR=1.102;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=30;WE=72872774;WS=72872756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr5	72873925	rs7443182	G	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=242;ReadPosRankSum=2.352;SC=AGTTCACATGGCACTTTATTT;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=17;WE=72873933;WS=72873915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr5	72874801	rs12652195	G	A	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=804;ReadPosRankSum=1.532;SC=TTTTTTTTGTGCTGTTTTGTC;SOR=0.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=58;TCR=50;TR=53;WE=72874809;WS=72874791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,59:0.50:119
chr5	72980869	rs10755296	G	C	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.989;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=288;ReadPosRankSum=1.825;SC=TGCATGGAGCGTTTTAAAACT;SOR=1.828;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=17;WE=72980877;WS=72980859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr5	73069581	rs4704097	A	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=76;ReadPosRankSum=1.108;SC=CAACTCTGACATTCTTATTAT;SOR=1.781;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=7;WE=73069589;WS=73069571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr5	73072354	rs7714670	T	C	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=585;ReadPosRankSum=1.376;SC=TCAGGGCAGATGGTCCCCAAG;SOR=0.846;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=115;TCF=79;TCR=36;TR=49;WE=73072362;WS=73072344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,60:0.47:128
chr5	73076457	rs11949860	G	A	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=586;ReadPosRankSum=-0.871;SC=ACCTCAAATGGTTTTCTGTGC;SOR=0.675;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=124;TCF=67;TCR=57;TR=52;WE=73076465;WS=73076447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,59:0.44:135
chr5	73076474	rs35525194	GT	G	748.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.558;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,55:0.42:131
chr5	73076511	rs6453022	C	A	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.06;ReadPosRankSum=2.202;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,51:0.43:120
chr5	73090089	rs12653477	T	G	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.091;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.879;NF=21;NR=13;PP=409;ReadPosRankSum=-1.414;SC=GAGAGCTGATTTTTAAGAGGC;SOR=0.410;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=34;WE=73090097;WS=73090079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chr5	73090165	rs10683146	A	AGTT	3074.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.583;NF=7;NR=24;PP=1403;ReadPosRankSum=1.707;SC=GTCAGCTAGTAGTTGTTGTTC;SOR=0.692;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=15;TCR=50;TR=31;WE=73090173;WS=73090155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,81:0.56:145
chr5	73090261	rs7716253	T	C	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.337;QD=10.02;ReadPosRankSum=-0.409;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,61:0.54:114
chr5	73091126	rs2973549	T	A	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=303;ReadPosRankSum=0.427;SC=TGTAATTTTTTAAAAATCCAC;SOR=0.702;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=26;WE=73091134;WS=73091116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,26:0.31:85
chr5	73091228	rs2973548	C	T	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=540;ReadPosRankSum=-0.120;SC=TATGAAATAACGCTTTTACCT;SOR=0.646;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=47;WE=73091236;WS=73091218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,48:0.34:142
chr5	73144845	rs2973568	A	G	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=29;PP=751;ReadPosRankSum=0.805;SC=ATTCTTGCTCATCACCCAAAA;SOR=0.681;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=152;TCF=88;TCR=64;TR=64;WE=73144853;WS=73144835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,69:0.41:170
chr5	73153389	rs10543482	TACAC	T	682.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=214;ReadPosRankSum=0.997;SC=CATATATGTGTACACACACAC;SOR=0.627;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=8;WE=73153404;WS=73153379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr5	73160730	rs1014550	G	A	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=2.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.614;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,68:0.44:155
chr5	73160775	rs1979551	A	G	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.954;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=362;ReadPosRankSum=1.411;SC=ACTCTTTTTTATTACCATCTA;SOR=0.393;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=34;WE=73160783;WS=73160765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,39:0.39:100
chr5	73163831	rs2931423	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-0.716;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,31:0.25:125
chr5	73163861	rs2931422	C	T	2983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=41;PP=1676;SC=GCTGAGTGTGCTTTTACATAT;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=54;TCR=41;TR=95;WE=73163869;WS=73163851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	73163965	rs2973558	C	A	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.746;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,42:0.41:103
chr5	73164138	rs34777247	AT	A	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=66;ReadPosRankSum=-0.924;SC=AGATTGAAGCATTTTTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=6;WE=73164146;WS=73164128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr5	73178550	rs2973528	T	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=1.097;SC=GGAGGTGGAATGTTTGTGACA;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=73178558;WS=73178540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr5	73189145	rs2973529	G	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=1.556;SOR=0.444;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr5	73190119	rs2973530	T	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=6.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.04;ReadPosRankSum=-0.794;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr5	73197185	rs434065	A	C	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.877;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr5	73197200	rs384927	G	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.471;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr5	73207372	rs1478453	T	A	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.353;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=747;ReadPosRankSum=1.498;SC=TTCCTTTCCATGAAAGCAGCA;SOR=0.851;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=122;TCF=57;TCR=65;TR=60;WE=73207380;WS=73207362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,69:0.50:139
chr5	73930442	rs300240	C	T	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=9;PP=748;SC=CAGATCTCACCCCATGTACTG;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=73930450;WS=73930432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	73930751	rs300239	C	T	7376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=127;PP=2965;SC=CATCTCCCACCTTGGTCCACT;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=250;TCF=123;TCR=127;TR=250;WE=73930759;WS=73930741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr5	73931246	rs442425	T	C	16030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=254;NR=272;PP=2965;SC=AGACATCTTTTGAGACCCCAT;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=531;TCF=256;TCR=275;TR=526;WE=73931254;WS=73931236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,614:1.00:614
chr5	73932315	rs9176	T	C	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=37;PP=1197;SC=TGACATTTTGTTTCCACTCCT;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=73932323;WS=73932305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	73981270	rs820878	T	C	24127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=932;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=467;NR=421;PP=2965;SC=CTGCCGCTCTTGGTGAAGATG;SOR=0.799;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=889;TCF=468;TCR=421;TR=888;WE=73981278;WS=73981260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,931:1.00:931
chr5	73992406	rs1696979	T	G	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=0;PP=149;SC=GGTATAACACTATATTCAATT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=73992414;WS=73992396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr5	74011284	rs78084621	CT	C	390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=140;ReadPosRankSum=-0.540;SC=AAAACCAGATCTTTATAATGA;SOR=0.460;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=6;WE=74011292;WS=74011274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
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chr5	74376571	rs4345300	C	T	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=27;PP=837;SC=AATAGCTCTTCCTTGACATTT;SOR=1.562;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=42;WE=74376579;WS=74376561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	74387317	rs10462512	C	G	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=26;PP=730;SC=ACAGGGACCACATATACCCTA;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=74387325;WS=74387307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	74400386	rs961098	G	C	6994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=109;NR=120;PP=2965;SC=AATTGGAAAGGTCCTGATCAC;SOR=0.897;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=109;TCR=120;TR=229;WE=74400394;WS=74400376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr5	74433839	rs5868765	G	GA	826.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.65;QD=20.16;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	74442410	rs1422699	G	A	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=44;PP=1900;SC=AAAACTGTTGGAAACCCATTT;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=52;TCR=44;TR=96;WE=74442418;WS=74442400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	74442920	rs6888707	A	G	7567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=136;NR=110;PP=2965;SC=GGTCATTATGAGTTTCTGGAA;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=136;TCR=110;TR=246;WE=74442928;WS=74442910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr5	74443132	rs1422698	C	T	7380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=134;PP=2965;SC=TATATCTGGTCAAGAGTTGAT;SOR=0.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=113;TCR=134;TR=247;WE=74443140;WS=74443122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr5	74450278	rs7704104	T	A	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=56;PP=1673;SC=TTGAAAATACTGTTTGGATTT;SOR=1.454;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=91;WE=74450286;WS=74450268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	74484275	rs10050948	C	T	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	74491715	rs10563854	TTCA	T	5626.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=97;PP=2967;ReadPosRankSum=1.708;SC=ACTCAATGGGTTCATCAATTC;SOR=0.822;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=124;TCF=24;TCR=100;TR=118;WE=74491725;WS=74491705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,213:0.99:215
chr5	74506658	rs2219745	C	T	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	74518317	rs57235500	T	TA	206.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=193;ReadPosRankSum=-0.404;SC=TCATTTCTTCTAAAAAAAAAC;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=11;WE=74518325;WS=74518307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr5	74526489	rs11295265	GT	G	6428.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=88;PP=2967;SC=GAAGGCACAAGTTGTTAATGT;SOR=1.191;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=8;TCR=90;TR=96;WE=74526497;WS=74526479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr5	74639576	rs3064877	C	CAA	521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=413;SC=GTTCTCATGACTATATAAATG;SOR=2.147;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=74639584;WS=74639566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	74651084	rs3846662	A	G	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=35;PP=1152;SC=ATACATCATAAGTAAGGCAAT;SOR=1.131;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=62;WE=74651092;WS=74651074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	74655726	rs3846663	C	T	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=41;NR=16;PP=907;SC=GATGCCATTACAGTTGCCCTG;SOR=1.263;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=57;WE=74655734;WS=74655716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	74675076	rs7700468	T	C	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=605;SC=AAAAACATAGTAAATACTTTC;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=74675084;WS=74675071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	74681773	rs698912	T	C	6737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr5	74685520	rs3761743	A	G	4689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr5	74864384	rs141109764	TTCTC	T	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.605;NF=5;NR=1;PP=279;ReadPosRankSum=-0.723;SC=GTTGTTAGTTTTCTCTGAAGA;SOR=0.223;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6;WE=74864395;WS=74864374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr5	74876961	rs111536411	T	C	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=341;ReadPosRankSum=-0.581;SC=TCAGAAATAATGTAGGGAAAC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=19;WE=74876969;WS=74876951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr5	74877266	rs3213801	C	T	4954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=96;PP=2790;SC=CACTGACAGCCAGTGCAGGTA;SOR=1.260;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=70;TCR=96;TR=166;WE=74877274;WS=74877256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr5	74877803	rs5744672	T	C	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=8;PP=688;SC=CGCGCCCGACTCATAAATTTC;SOR=1.775;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=37;WE=74877811;WS=74877793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	74882681	rs4703674	C	T	132.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=102;SC=ATCTTACCTACCTATGTTCTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=74882689;WS=74882671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	74921686	rs9332464	G	A	5413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=87;PP=2912;SC=GATGGAATGAGCGCCCTCCAC;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=98;TCR=87;TR=185;WE=74921694;WS=74921676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr5	74921883	rs17739580	C	T	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=20;PP=577;SC=CAGACAGACCCGGCCCTGTAG;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=74921904;WS=74921873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	74921896	rs7717505	G	A	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=19;PP=576;SC=CCCTGTAGCCGGCTCCTCCAT;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=74921904;WS=74921873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	74951747	rs7714554	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=171;ReadPosRankSum=0.503;SC=TGGGCAGTTTCGGTACTTGGG;SOR=0.874;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=10;WE=74951755;WS=74951744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr5	74951901	rs7717355	G	A	2099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=-1.828;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,108:0.46:233
chr5	74962768	rs6453139	C	T	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=825;ReadPosRankSum=0.724;SC=CTGGCCCGTTCGTGGAACTTT;SOR=0.566;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=105;TCF=37;TCR=68;TR=57;WE=74962776;WS=74962758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,57:0.52:110
chr5	74986481	rs4704230	T	C	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=31;PP=881;SC=AGTGTACATATACACATTATT;SOR=5.186;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=74986489;WS=74986471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	74988369	rs888789	A	G	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	75001582	rs17672542	A	G	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	75003678	rs2307111	T	C	5245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=93;NR=88;PP=2309;SC=TATAGCATAATGAAGCAGTTC;SOR=0.823;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=183;TCF=93;TCR=90;TR=181;WE=75003686;WS=75003668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr5	75427518	rs1423099	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=187;ReadPosRankSum=-0.632;SC=AGAGCTGAACCACTGAAAGGA;SOR=0.446;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=17;WE=75427526;WS=75427508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr5	75427935	rs10070440	G	A	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.783;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=46;PP=1306;ReadPosRankSum=-1.090;SC=ACAAGGACCGGCGGGAGCTGG;SOR=0.608;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=189;TCF=106;TCR=83;TR=90;WE=75427943;WS=75427925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,96:0.46:210
chr5	75470033	.	A	G	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=4.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=-0.267;QD=11.22;ReadPosRankSum=-1.120;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,76:0.54:140
chr5	75470086	rs10805899	T	C	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.807;NF=8;NR=18;PP=255;ReadPosRankSum=0.773;SC=CGTCGCCCCGTGCTCCCCGCG;SOR=0.602;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=26;WE=75470094;WS=75470076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr5	75597494	rs246816	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.713;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=0.563;SC=AGTACTTTGGAAGGCCAAGGT;SOR=0.355;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=12;WE=75597502;WS=75597484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr5	75648846	rs246792	T	C	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=-2.519;QD=11.70;ReadPosRankSum=-0.058;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr5	75648938	rs142457579	TA	T	256.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.225;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr5	75648940	rs66963762	AT	A	268.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr5	75757556	rs10045155	C	T	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,77:0.50:154
chr5	75906851	rs7722711	T	C	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=883;ReadPosRankSum=-2.145;SC=CTAGGAGTTGTAGCTGTAGGG;SOR=0.526;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=105;TCF=68;TCR=37;TR=65;WE=75906859;WS=75906841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,71:0.60:118
chr5	75923141	rs2455221	G	A	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=488;ReadPosRankSum=0.412;SC=GAATTTGTGGGAATTATGATT;SOR=0.481;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=27;WE=75923149;WS=75923131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr5	75923285	rs2431351	C	T	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.708;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,96:0.43:223
chr5	75923294	rs2431352	T	G	7531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.77;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr5	75923307	rs2909888	A	G	5950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=103;NR=97;PP=2962;SC=CAACGTGGACAAGGACAGAGC;SOR=0.803;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=103;TCR=98;TR=200;WE=75923315;WS=75923275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr5	75923393	rs2431353	T	C	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=2.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.398;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,54:0.42:129
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chr5	75923494	rs2431354	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=1.755;SC=AGTGATTTGACTCTATCTCCA;SOR=0.446;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=6;WE=75923502;WS=75923484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
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chr5	75927595	rs431160	C	G	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.960;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=715;ReadPosRankSum=0.216;SC=GATACTAATGCATTCCTAAAA;SOR=1.828;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=16;WE=75927614;WS=75927585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
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chr5	75927938	rs441157	A	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=159;ReadPosRankSum=0.039;SC=AAGACAAGTAATGCTTTCAAA;SOR=0.264;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=12;WE=75927946;WS=75927928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr5	75927954	rs3797412	A	G	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=301;ReadPosRankSum=0.921;SC=TCAAATTAACATTTCTGTAAT;SOR=1.802;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=15;WE=75927962;WS=75927944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr5	75932869	rs2910819	C	T	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.084;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=754;ReadPosRankSum=1.042;SC=TGTCTAGTGACGGTTCATGGC;SOR=1.038;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=134;TCF=90;TCR=44;TR=55;WE=75932877;WS=75932859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,60:0.40:150
chr5	75932965	rs2455230	G	C	2034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=53;PP=1352;ReadPosRankSum=0.830;SC=AATCATGCTTGTATAAAGAAT;SOR=0.800;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=283;TCF=141;TCR=142;TR=103;WE=75932973;WS=75932955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,110:0.35:314
chr5	75933097	rs2937415	C	T	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.942;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=401;ReadPosRankSum=-1.607;SC=GAGGAACTAACTGATTTATCT;SOR=0.307;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=26;WE=75933105;WS=75933087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr5	75936944	rs457821	G	A	3043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=59;PP=1602;SC=TGGATCACCTGCCACTGTTTA;SOR=1.208;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=102;WE=75936952;WS=75936934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	75948474	rs2252231	T	C	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.839;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=19;PP=948;ReadPosRankSum=-1.719;SC=CCTGACAGTGTCCCAGCTCCA;SOR=0.969;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=138;TCF=91;TCR=47;TR=62;WE=75948482;WS=75948464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,75:0.46:163
chr5	75948650	rs2431363	A	G	3191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.839;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=67;PP=1873;ReadPosRankSum=0.198;SC=TACTGATTCTATTGTGAAGGT;SOR=0.617;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=293;TCF=148;TCR=145;TR=141;WE=75948658;WS=75948640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,153:0.48:319
chr5	75948685	rs2431362	G	A	2700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=1.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.900;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,138:0.46:303
chr5	75948799	rs2455215	T	C	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=648;ReadPosRankSum=0.571;SC=TGAATCCCAGTTCTGCTGCTC;SOR=0.459;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=37;WE=75948807;WS=75948789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr5	75949844	rs457127	C	A	188.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=109;SC=CTTAAGAAACCTCAGTGAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=75949852;WS=75949834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	75949876	rs466393	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=36;ReadPosRankSum=0.210;SC=GCTTTAGAGATTGATTATTCA;SOR=0.368;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=75949884;WS=75949866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr5	75950193	rs462307	A	G	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=385;SC=TTGAATGGTGAACATGAACAC;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=75950201;WS=75950183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	75950222	rs3815774	T	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=-0.998;SC=TAATGGATCTTAGAACTTCAT;SOR=0.105;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=75950230;WS=75950212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr5	75950707	rs465731	G	A	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=7;PP=657;SC=ATTCAAAAATGATGGAGTAGG;SOR=1.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=75950715;WS=75950697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	75950997	rs459846	G	A	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=37;PP=1005;SC=ACACAGAGGAGCACATGGTGA;SOR=1.536;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=57;WE=75951005;WS=75950987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	75960818	rs11449450	T	TA	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=564;ReadPosRankSum=-0.990;SC=GTATGAGAATTAAAAAGGAGT;SOR=0.446;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=9;WE=75960833;WS=75960808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr5	75960825	rs253092	G	C	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=559;ReadPosRankSum=-1.049;SC=AATTAAAAAGGAGTAATCTCA;SOR=0.668;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=16;WE=75960833;WS=75960808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr5	75960865	rs253093	T	C	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=8;PP=503;SC=TAATTTCACATAGTAAAAAGC;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=28;WE=75960873;WS=75960855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	75964702	rs3764935	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=92;ReadPosRankSum=0.447;SC=AAAAATACCAGTGAATCAATC;SOR=1.179;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=6;WE=75964710;WS=75964692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr5	75967514	rs34357630	GA	G	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.11;MQRankSum=1.382;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
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chr5	75969747	rs41271836	A	G	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=2.241;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,40:0.40:99
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chr5	76259011	rs41272248	A	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=74;ReadPosRankSum=1.290;SC=TCTCTTTTAAATGTCTTTTAA;SOR=0.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=6;WE=76259019;WS=76259005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
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chr5	76376478	rs149659097	G	GT	1005.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=502;ReadPosRankSum=0.488;SC=GCCACAGGCCGTAACAGCCTG;SOR=0.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=12;WE=76376486;WS=76376468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
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chr5	76607930	rs11395504	C	CT	136.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-0.320;QD=8.55;ReadPosRankSum=1.029;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
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chr5	76627436	rs9687030	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=131;ReadPosRankSum=0.060;SC=TCTCATGGGAAAGTAACGAGC;SOR=0.333;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=13;WE=76627444;WS=76627426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr5	76627468	rs73767372	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=-0.790;SC=GAGCTCTTTGCGTTTTTGCTC;SOR=0.243;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=7;WE=76627476;WS=76627458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr5	76633297	rs7717046	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=0.881;SC=CAGTATCTAAGCCAGAAGGCC;SOR=0.116;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=9;WE=76633305;WS=76633287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
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chr5	76696334	rs3733952	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=-1.305;SC=TCATACTGAACGCCCTCCCCA;SOR=0.264;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=12;WE=76696342;WS=76696324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr5	76703374	rs3101866	A	G	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=433;ReadPosRankSum=-0.807;SC=CATGGAGCTCAGTCTAGTGGA;SOR=0.501;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=35;WE=76703382;WS=76703364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,40:0.50:80
chr5	76704849	rs186753	T	C	4118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=69;PP=2423;SC=ATGAAGATCCTCACACCAGTG;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=72;TCR=69;TR=140;WE=76704857;WS=76704839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr5	76707435	.	T	TA	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.004;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.582;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.861;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
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chr5	76709249	rs335615	A	T	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=18;PP=488;SC=CAGCTTTTTTAAAAAAAAATT;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=76709257;WS=76709239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	76709268	rs335616	A	G	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.56;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	76709268	.	AA	GA,GG	214	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=20;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=6,2;NR=13,3;PP=214,20;QD=13.093221713;SC=TTTTGTTACCAAATTGACTAG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19,5;WE=76709277;WS=76709258;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:19
chr5	76709269	rs2279094	A	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=1.177;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr5	76714380	rs2242159	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=-1.031;SC=TCCCACTGTACCAGATGATAA;SOR=1.022;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=11;WE=76714388;WS=76714370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr5	76717583	rs13160107	A	G	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=342;ReadPosRankSum=-0.939;SC=TGCCTGGCGAATTAACCCTTG;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=26;WE=76717591;WS=76717573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
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chr5	76734084	rs33204	C	T	2360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=38;PP=1300;ReadPosRankSum=-1.347;SC=AGTCTGGCAACGTGCAGGACA;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=101;TCR=67;TR=96;WE=76734092;WS=76734074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,115:0.56:207
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chr5	77004275	rs352548	A	T	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr5	77473165	rs4532349	A	G	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=30;PP=1083;ReadPosRankSum=0.197;SC=TGACCTACCTATTGCTACGAA;SOR=0.863;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=113;TCR=70;TR=77;WE=77473173;WS=77473155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,82:0.42:197
chr5	77473419	rs10428660	T	C	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.599;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=354;ReadPosRankSum=-1.386;SC=TGTCCCCCACTCCCAGTGCCC;SOR=0.180;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=20;WE=77473427;WS=77473409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr5	77745853	rs66744502	C	CA	3355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=27;PP=1760;SC=ATAACTGGGGCATTGGTAAGT;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=37;WE=77745870;WS=77745843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	77755035	rs6453391	T	C	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=9;PP=469;SC=TTACATCAACTTTTGCCTAAT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=77755043;WS=77755025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	77755251	rs187898040	T	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=-0.057;SC=TTTCCTATTTTGCTATAATTT;SOR=1.532;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=8;WE=77755259;WS=77755241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr5	77784738	rs2241566	A	G	3914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=81;NR=44;PP=1998;SC=GGCAGATCAGATTTTTCCCCT;SOR=1.017;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=81;TCR=44;TR=125;WE=77784746;WS=77784728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr5	78135241	rs25414	C	T	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=620;ReadPosRankSum=-0.398;SC=GGGGGATGGGCTTCCTTCACT;SOR=0.585;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=108;TCF=57;TCR=51;TR=50;WE=78135249;WS=78135231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,61:0.48:126
chr5	78135276	rs25415	T	G	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=458;ReadPosRankSum=1.051;SC=AAGGGAATGTTAATTTCCTCT;SOR=0.845;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=37;WE=78135284;WS=78135266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr5	78181477	rs1065757	C	T	2399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=-0.942;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,121:0.55:221
chr5	78340062	rs248384	T	C	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.295;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=20;PP=890;ReadPosRankSum=-0.532;SC=ACAGCCATCCTCCAGCCATGG;SOR=0.433;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=133;TCF=94;TCR=39;TR=62;WE=78340070;WS=78340052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,67:0.47:143
chr5	78340257	rs248385	C	G	3016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=76;PP=1897;ReadPosRankSum=2.580;SC=GGAGCACAGGCAGTTCTCGTT;SOR=0.577;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=301;TCF=128;TCR=173;TR=135;WE=78340265;WS=78340247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,146:0.45:325
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chr5	78340411	rs531982	T	C	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=313;ReadPosRankSum=1.841;SC=TGTCAGCCCATATATAAACAC;SOR=1.101;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=20;WE=78340419;WS=78340401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
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chr5	78573970	rs16876598	T	C	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=-1.162;QD=11.12;ReadPosRankSum=-3.109;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr5	78573993	.	TAA	T	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.041;QD=8.83;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
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chr5	78596044	rs10514159	T	C	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=36;PP=998;ReadPosRankSum=0.940;SC=ATTATTATGATCTGCAACTTC;SOR=0.796;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=141;TCF=76;TCR=65;TR=72;WE=78596052;WS=78596034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,80:0.50:160
chr5	78608354	rs35852788	CT	C	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.049;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr5	78742858	rs12516663	T	C	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=23;PP=946;SC=TAATTAAGAATAGAAATGATA;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=56;WE=78742866;WS=78742848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr5	78915992	rs3828602	A	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=-0.550;SC=TATTGTATGGACCCTAAGCCC;SOR=1.675;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=9;WE=78916000;WS=78915982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr5	78936847	.	CT	C	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=0.780;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,18:0.23:79
chr5	79024722	rs61465432	T	C	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=1.704;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,44:0.47:93
chr5	79024734	rs1541813	A	G	3532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=42;PP=2076;SC=GTTATTTGCTATAGGTTATCA;SOR=1.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=77;TCR=42;TR=119;WE=79024742;WS=79024712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	79024779	rs16877109	A	G	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=31;PP=1026;ReadPosRankSum=0.760;SC=AAGCAGGAGTATATCATATCT;SOR=0.567;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=186;TCF=115;TCR=71;TR=77;WE=79024787;WS=79024769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,84:0.42:201
chr5	79025157	rs10942901	A	G	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.125;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,54:0.39:140
chr5	79025317	rs1366270	A	G	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=528;ReadPosRankSum=0.994;SC=TTCCTCTACAATTTTATGGAA;SOR=0.699;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=32;WE=79025325;WS=79025307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr5	79025634	rs1366271	G	A	2858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=59;PP=1643;ReadPosRankSum=-1.334;SC=TCAAGTAGTGGCAGAGCAGAA;SOR=0.789;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=262;TCF=138;TCR=124;TR=129;WE=79025642;WS=79025624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,138:0.50:276
chr5	79026360	rs16877124	G	A	3476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.404;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=77;PP=2211;ReadPosRankSum=-2.551;SC=GTTTCTACTGGTTCTGCTTTT;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=305;TCF=152;TCR=153;TR=154;WE=79026368;WS=79026350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,163:0.51:322
chr5	79026539	rs57544556	A	C	2384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=49;PP=1320;ReadPosRankSum=-0.672;SC=TACATCTGAGAGCTCTCTCTC;SOR=0.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=106;TCR=91;TR=106;WE=79026547;WS=79026529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,113:0.52:216
chr5	79027605	rs6893869	T	C	5418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=1.805;SC=GCATCACAAGTTTCAATCCCT;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=450;TCF=228;TCR=222;TR=234;WE=79027613;WS=79027595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,260:0.52:499
chr5	79027700	rs62621915	T	C	3836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=78;PP=2238;ReadPosRankSum=-1.203;SC=TTATTCCTGCTTTTCAGAAGC;SOR=0.778;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=265;TCF=134;TCR=131;TR=155;WE=79027708;WS=79027690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,177:0.59:301
chr5	79028472	rs4704585	C	T	4966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=74;PP=2965;SC=GGACCTGAGGCTTTATCAGCA;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=96;TCR=75;TR=170;WE=79028480;WS=79028462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr5	79028513	rs16877133	A	G	2210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.96;ReadPosRankSum=0.199;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,109:0.49:222
chr5	79028586	rs16877135	C	T	2567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.035;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,131:0.50:262
chr5	79029288	rs1428223	C	A	2819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.428;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=53;PP=1536;ReadPosRankSum=-0.282;SC=GAGGAAACAGCAAGTTCATCT;SOR=0.724;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=246;TCF=136;TCR=110;TR=124;WE=79029296;WS=79029278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,138:0.49:284
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chr5	79029726	rs16877141	T	A	2136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.906;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=49;PP=1304;ReadPosRankSum=-0.689;SC=AATGAAGAAATTAAACCTTTC;SOR=0.749;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=213;TCF=111;TCR=102;TR=95;WE=79029734;WS=79029716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,104:0.44:235
chr5	79029749	rs1428225	A	G	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.866;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=45;PP=1159;ReadPosRankSum=1.166;SC=TCCCAAGATCATCAGCCTAGA;SOR=0.681;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=224;TCF=119;TCR=105;TR=90;WE=79029757;WS=79029739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,100:0.41:246
chr5	79030045	rs4639193	A	G	7219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
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chr5	79030338	rs16877150	A	G	3158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=6.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.98;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,85:0.46:186
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chr5	79031372	rs6859595	G	C	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.313;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=29;PP=1025;ReadPosRankSum=0.996;SC=CGGTCAAAACGTTAAAGAAAA;SOR=0.360;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=123;TCF=59;TCR=64;TR=62;WE=79031380;WS=79031362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,72:0.52:138
chr5	79031558	rs62621912	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=327;ReadPosRankSum=1.736;SC=TTCACTAATCGGTGAGAAATT;SOR=0.652;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=26;WE=79031566;WS=79031548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr5	79032666	rs28362541	C	T	2828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.05;ReadPosRankSum=-0.901;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,138:0.54:256
chr5	79032711	rs28362542	G	A	2078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=47;PP=1168;ReadPosRankSum=-0.319;SC=ACCCAACCACGTCCTTTAGAA;SOR=0.680;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=177;TCF=82;TCR=95;TR=89;WE=79032719;WS=79032701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,100:0.52:192
chr5	79033306	rs2278239	A	C	3155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.076;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=60;PP=1952;ReadPosRankSum=-0.335;SC=ATGCTGATAAAATGGTTTCTA;SOR=0.811;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=279;TCF=152;TCR=127;TR=140;WE=79033314;WS=79033296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,150:0.50:302
chr5	79034662	rs3828611	C	G	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.893;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=33;PP=1039;ReadPosRankSum=0.544;SC=CAGGCAGTCACGGTAATGAAG;SOR=0.613;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=131;TCF=72;TCR=59;TR=65;WE=79034670;WS=79034652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,69:0.48:145
chr5	79041057	rs12514461	A	G	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.942;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.694;NF=17;NR=8;PP=307;ReadPosRankSum=-2.149;SC=AAACTGTAGTAAAAATGAGAA;SOR=0.566;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=75;TCF=55;TCR=20;TR=25;WE=79041065;WS=79041047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,27:0.34:79
chr5	79048562	rs1366272	C	T	3145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=45;PP=1638;SC=TTTCCCTTTTCGAACATTATG;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=101;WE=79048570;WS=79048552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	79054468	rs144578287	CTATG	C	778.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=716;ReadPosRankSum=0.987;SC=TACTTTTATACTATGTATTTC;SOR=1.101;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=16;WE=79054479;WS=79054466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr5	79086649	rs259096	G	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.270;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=436;ReadPosRankSum=1.411;SC=CATGAGTGAAGTTTTCAGCTG;SOR=0.278;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=23;WE=79086657;WS=79086639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr5	79086883	rs1129770	G	A	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=40;PP=956;ReadPosRankSum=1.858;SC=GAGAGGAGACGGCTGACGGAG;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=150;TCF=67;TCR=83;TR=72;WE=79086891;WS=79086873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,84:0.49:172
chr5	79095119	rs3749682	T	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.821;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=290;ReadPosRankSum=0.914;SC=GAATTGGTTATTCCCAAGTGA;SOR=2.376;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=15;WE=79095127;WS=79095109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr5	79172136	rs265005	A	G	2934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.385;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=63;PP=1740;ReadPosRankSum=0.701;SC=GGACTATAAAATTCTCCAGGG;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=285;TCF=153;TCR=132;TR=139;WE=79172144;WS=79172126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,151:0.47:320
chr5	79281658	rs7734858	T	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=31;PP=892;SC=TCGAATGCTCTAAAACTAAAC;SOR=6.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=79281666;WS=79281648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	79282544	rs2291524	C	T	234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=4;PP=107;SC=GAAGAAGAAACGTAAAAATCC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=79282552;WS=79282534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	79282798	rs9293796	G	C	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=-1.416;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,63:0.48:131
chr5	79351544	rs412379	G	A	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=8;PP=886;SC=CACACCATTTGTTGACCCTCC;SOR=2.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=79351552;WS=79351534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	79351852	rs438042	A	T	11847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.08;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr5	79351859	rs405482	GG	AA	11525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.92;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr5	79354147	rs368936	C	T	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=40;PP=1116;SC=GGTGTGGGCTCTTGGGCAGTT;SOR=3.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=48;WE=79354155;WS=79354137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	79354184	rs2241826	A	G	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=22;PP=606;SC=CACAAACTCCAAAGACCCTGA;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=79354192;WS=79354174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	79354367	rs3214681	A	AT	326.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=258;SC=CATTATCATTATTTTTTTTAG;SOR=4.047;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=11;WE=79354375;WS=79354361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	79354647	rs432267	C	G	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=29;PP=877;SC=GAAAAGCCCTCGTCTTCTTAG;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=49;WE=79354655;WS=79354637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	79354702	rs411943	C	T	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=383;SC=TGCCCAGGCACGGGGGCAGCC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=79354710;WS=79354692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr5	79361265	rs1866389	G	C	6113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr5	79366080	rs256439	T	C	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=5;PP=426;SC=GCCACCAGCTTCCTGCCAGGC;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=79366088;WS=79366070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	79366249	rs256438	T	G	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=44;NR=28;PP=1306;SC=GGGTGTGGGGTGGCAGTAGGC;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=72;WE=79366257;WS=79366239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	79368016	rs256437	T	C	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	79443169	rs7712447	A	G	4102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=66;NR=77;PP=2483;SC=CCTCAGCAAGACAACAGTAAC;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=66;TCR=77;TR=143;WE=79443177;WS=79443159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr5	79473059	rs11429938	C	CT	1513.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=12;PP=1270;SC=ATCAGAGGTACTTGGACTGCG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=31;WE=79473067;WS=79473049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	79498623	rs7723756	A	G	3325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.668;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=54;PP=1927;ReadPosRankSum=0.474;SC=GGGTACATGGACCCCATCTTC;SOR=0.538;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=263;TCF=165;TCR=98;TR=140;WE=79498631;WS=79498613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,155:0.55:280
chr5	79499076	rs35653111	C	CAT,CATAT	230.74	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0,0;NR=7,7;PP=69,197;SC=TATATATACACATATATATAT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7,7;WE=79499084;WS=79499066;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:9
chr5	79551867	rs1966470	A	G	2880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=51;PP=1591;SC=AGCCTCGGCGAAGCGCCTAGG;SOR=1.257;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=88;WE=79551875;WS=79551857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	79616083	rs1862136	G	C	3721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	79616544	rs2047589	G	A	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-0.076;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.587;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,44:0.47:94
chr5	79617357	rs16876315	T	C	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.989;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=521;ReadPosRankSum=-1.092;SC=AAAAGGTGAATCCTTAAAAAA;SOR=1.270;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=28;WE=79617365;WS=79617347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr5	79731608	rs2544599	G	A	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=5;PP=248;SC=TGCTCAGGCTGGTCTTGAACT;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=79731616;WS=79731598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	79733079	rs2544600	T	C	2585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=40;PP=1482;SC=CAGAATGATATCAGTTCTGAA;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=80;WE=79733087;WS=79733069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	79734297	rs259028	T	C	3679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=46;PP=2323;SC=ATTTGTGAAATAGTTGATAAA;SOR=1.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=76;TCR=46;TR=122;WE=79734305;WS=79734287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr5	79734409	rs259029	G	A	6058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=84;PP=2965;SC=ATCAATTATCGGTCTCTGATA;SOR=0.999;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=119;TCR=84;TR=203;WE=79734417;WS=79734399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr5	79735858	rs168939	A	G	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=23;PP=603;SC=AAAGGTGAGTATTAACTTGAT;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=41;WE=79735866;WS=79735848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	79739685	rs259033	G	A	3136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=61;PP=1714;SC=CAGACTTCCAGCCTGGCATCC;SOR=1.437;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=99;WE=79739693;WS=79739675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	79740970	rs62365285	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.852;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=126;ReadPosRankSum=-0.869;SC=TGAGAATTCAGGGGTTGCCAG;SOR=0.065;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=8;WE=79740978;WS=79740960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr5	79741018	rs259034	T	A	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=12;PP=900;SC=TTCACAATCTTTTTGGCATTA;SOR=1.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=79741026;WS=79741008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	79741304	rs34312342	CT	C	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.818;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr5	79743821	rs2251759	T	A	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.488;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=10;PP=819;ReadPosRankSum=-0.503;SC=TGATTTGTTATTTTTTTTATT;SOR=1.959;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=43;WE=79743829;WS=79743811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr5	79745469	rs249038	A	G	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	79747291	rs249039	A	G	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=8;PP=587;SC=TTTACTAATGATTTTATTTGC;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=79747299;WS=79747281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	79751332	rs249040	A	G	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=7;PP=209;SC=CAGCCTGGGCAACAGAGTGAG;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=79751340;WS=79751325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	79773028	rs166062	T	G	2642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
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chr5	79815658	rs369998	T	C	2879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=60;PP=1655;ReadPosRankSum=-1.837;SC=GACACCGTGATATCCTTCTTT;SOR=0.631;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=288;TCF=153;TCR=135;TR=129;WE=79815666;WS=79815648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,148:0.45:332
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chr5	79950497	rs2250063	C	T	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=27;PP=895;ReadPosRankSum=1.876;SC=CGGCCGCGGGCTCGCGCTCCT;SOR=0.614;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=146;TCF=89;TCR=57;TR=71;WE=79950505;WS=79950487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,77:0.50:153
chr5	79950512	rs1105524	A	G	5908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=103;NR=62;PP=2843;SC=GCTCCTCGCCAGGCCCTGCCG;SOR=1.154;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=105;TCR=62;TR=165;WE=79950520;WS=79950502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr5	79950699	rs201874762	TGCAGCGGCTGCAGCGGCC	T	3906.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=14.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.03;ReadPosRankSum=0.929;SOR=0.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,111:0.57:195
chr5	79950741	rs144629981	GCCCCCAGCT	G	3097.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=27.493;HP=6;HapScore=1;MGOF=107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=55;PP=1567;ReadPosRankSum=2.232;SC=CGCCCCCAGCGCCCCCAGCTC;SOR=0.477;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=111;TCF=8;TCR=103;TR=60;WE=79950757;WS=79950731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,78:0.63:123
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chr5	79952165	rs1382540	C	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr5	79952390	rs1643639	T	C	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.292;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=817;ReadPosRankSum=0.893;SC=CAGTCATGGCTCTGGTATTCT;SOR=0.373;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=62;WE=79952398;WS=79952380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,72:0.53:136
chr5	79952426	rs1650694	G	A,C	2291.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=13,22;NR=22,27;PP=410,781;SC=GCAGAAGAGCGTATTAGAATT;SOR=1.240;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=35,49;WE=79952434;WS=79952416;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.42,0.58:93
chr5	79952541	rs1677667	C	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5341;FS=5.229;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=-0.385;SC=GGTAGAGCTACAATTCTGCAA;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=79952549;WS=79952531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr5	79960955	rs1382543	G	A	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.465;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=314;ReadPosRankSum=-2.346;SC=CTTATTTGCTGCCTAAGAGCC;SOR=1.143;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=25;WE=79960963;WS=79960945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr5	79961241	rs1824837	G	A	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=0.473;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr5	79968258	rs1650648	T	A	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=1068;ReadPosRankSum=-0.447;SC=TGTAAGGTGGTAGGTAGGCTT;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=56;TCR=65;TR=47;WE=79968279;WS=79968248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,55:0.40:139
chr5	79968271	rs1677653	A	G	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.564;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=1068;ReadPosRankSum=-0.352;SC=GTAGGCTTCAATTGGTTTAGA;SOR=1.101;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=104;TCF=46;TCR=58;TR=37;WE=79968279;WS=79968248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,44:0.36:121
chr5	79968330	rs1677654	G	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=0.816;SC=TTAGTATTATGTATTTATGAG;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=9;WE=79968338;WS=79968320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr5	79968496	rs1677655	C	T	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=16;PP=884;ReadPosRankSum=-1.224;SC=TTAAACATTTCGAAATGAGTT;SOR=0.549;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=123;TCF=88;TCR=35;TR=58;WE=79968504;WS=79968486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,63:0.48:130
chr5	79974646	rs836807	T	C	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=6;PP=307;SC=TACATACTCCTGAGTGTATCA;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=79974654;WS=79974636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	79974983	rs836806	T	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=225;ReadPosRankSum=1.550;SC=CTGATACTTATTAAAGTTGCT;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=15;WE=79974991;WS=79974973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr5	80021193	rs245016	C	T	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=1.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	80021445	rs32952	A	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=101;ReadPosRankSum=-0.839;SC=TAAAGGTATTAGTATGATTCT;SOR=2.147;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=11;WE=80021453;WS=80021435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr5	80071709	.	C	CTT	123.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.33;ReadPosRankSum=1.940;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr5	80088493	.	G	GT	27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=27;QD=13.0;SC=CTATCTTAGAGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=3;WE=80088501;WS=80088483;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr5	80149981	rs184967	A	G	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.460;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=21;PP=717;ReadPosRankSum=1.519;SC=TATAAAGGACAGAGTACATTT;SOR=0.526;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=81;TCR=42;TR=60;WE=80149989;WS=80149971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,62:0.48:129
chr5	80160596	rs3991216	AAATG	A	2189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.042;QD=18.40;ReadPosRankSum=-1.051;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,58:0.49:119
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chr5	80390225	rs505748	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=2.601;SC=GAATTAGAGGCGGGAGAGAGA;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=13;WE=80390233;WS=80390215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr5	80390318	rs425847	G	A	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=23;SC=CCATCTTTGGGAATTCACATT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=80390326;WS=80390308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr5	80409729	rs10942942	T	C	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.009;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=53;PP=1363;ReadPosRankSum=1.216;SC=TAAAACGAAGTATTCAAAAAG;SOR=0.965;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=104;TCF=20;TCR=84;TR=64;WE=80409737;WS=80409719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,69:0.62:112
chr5	80561943	rs34054011	T	C	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=721;ReadPosRankSum=-1.051;SC=TCATTCATCTTCTTCACTGTC;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=64;TCR=44;TR=50;WE=80561951;WS=80561933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,52:0.46:113
chr5	80639501	rs76125752	T	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=232;ReadPosRankSum=-1.184;SC=TTGTTTCATCTTGACATGACT;SOR=0.473;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=18;WE=80639509;WS=80639491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr5	80689953	rs13178695	C	A	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=4.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.094;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,81:0.46:178
chr5	80736444	rs9596	A	G	2278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=53;PP=1288;ReadPosRankSum=-0.765;SC=CTGACCCAGGACCCATTGGAA;SOR=0.750;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=281;TCF=144;TCR=137;TR=105;WE=80736452;WS=80736434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,123:0.38:324
chr5	80756855	rs6893826	A	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.833;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
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chr5	81354389	rs3734114	T	C	2171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=41;PP=1058;ReadPosRankSum=-0.713;SC=TCTAGGAGCATCTACCCATGG;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=89;TCR=87;TR=83;WE=81354397;WS=81354379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,106:0.50:211
chr5	81548314	rs41271127	C	T	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.743;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=30;PP=1325;ReadPosRankSum=-0.949;SC=AGGAGTAAACCAGATAAATTA;SOR=0.956;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=163;TCF=102;TCR=61;TR=89;WE=81548322;WS=81548304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,94:0.54:175
chr5	81573992	rs226198	C	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.989;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=31;PP=1131;ReadPosRankSum=-0.501;SC=CGCCGGACCACGTGCCTCCTG;SOR=0.544;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=173;TCF=101;TCR=72;TR=77;WE=81574000;WS=81573982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,42:0.47:90
chr5	81574182	rs6880209	C	T	9792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr5	81606181	rs3734115	T	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=94;ReadPosRankSum=1.549;SC=ACGGAAAAGTTGGTGCTGTGA;SOR=0.672;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=12;WE=81606189;WS=81606171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr5	82135819	rs139917914	T	TA	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=1.146;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr5	82135830	.	C	CCA	508.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.40;ReadPosRankSum=0.980;SOR=0.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,34:0.83:41
chr5	82136064	rs113309601	T	TTCTTC	2209.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=21;PP=1477;SC=TTTTTGCTTCTTCTTTGCCTT;SOR=2.078;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=24;WE=82136072;WS=82136054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	82353083	rs7724935	C	T	3064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.89;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,80:0.57:140
chr5	82353087	rs7707143	T	C	3035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.84;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,78:0.56:139
chr5	82360783	rs2306336	T	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=64;ReadPosRankSum=2.178;SC=CATTGAACATTTGTAAGAACT;SOR=0.495;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=8;WE=82360791;WS=82360773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr5	82407098	rs1478482	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.31;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr5	82407105	rs1478481	A	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=0.262;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr5	82648943	rs1805377	G	A	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.14;ReadPosRankSum=-1.824;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,55:0.53:104
chr5	82648977	rs1056503	T	G	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=-1.032;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,83:0.55:152
chr5	82786194	rs12332199	T	C	6119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=115;PP=2965;SC=CCTCCCTCACTGTGGTCAAGC;SOR=1.015;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=215;TCF=100;TCR=115;TR=215;WE=82786202;WS=82786184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr5	82789647	rs4470745	A	G	5024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=89;NR=77;PP=2747;SC=CTCCCAGAGTAGGCTGTTATG;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=167;TCF=89;TCR=78;TR=166;WE=82789655;WS=82789637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
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chr5	82833369	rs309559	A	G	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.909;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=45;PP=1069;ReadPosRankSum=-0.694;SC=GGAACAGCCAAAAAAGGGGCA;SOR=0.880;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=222;TCF=107;TCR=115;TR=82;WE=82833377;WS=82833359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,92:0.37:246
chr5	82834299	rs188703	G	A	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=34;PP=1030;ReadPosRankSum=1.006;SC=ACTCTCCCACGTAGTCCTGCC;SOR=0.792;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=159;TCF=90;TCR=69;TR=81;WE=82834307;WS=82834289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,91:0.54:169
chr5	82834630	rs309557	T	C	2600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=61;PP=1387;ReadPosRankSum=-1.256;SC=ATTTCAGTGGTGACTTTAGAG;SOR=0.650;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=249;TCF=127;TCR=122;TR=126;WE=82834638;WS=82834620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,132:0.49:267
chr5	82835545	rs160279	A	G	2094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=41;PP=1191;ReadPosRankSum=-1.605;SC=AAGGCATGAGACCAACAATTC;SOR=0.700;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=240;TCF=127;TCR=113;TR=92;WE=82835553;WS=82835535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,107:0.40:270
chr5	82835724	rs160278	T	A	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.786;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=856;ReadPosRankSum=0.911;SC=ATTGAAGACTTTAACAGAATG;SOR=0.893;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=134;TCF=70;TCR=64;TR=60;WE=82835732;WS=82835714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,73:0.48:153
chr5	82837631	rs160277	G	T	3773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=83;PP=2138;ReadPosRankSum=1.608;SC=AAACAAAACCGATGGTCAAGT;SOR=0.643;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=325;TCF=171;TCR=154;TR=169;WE=82837639;WS=82837621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,186:0.50:369
chr5	82843711	rs3842065	T	TATC	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=206;ReadPosRankSum=0.822;SC=TCTTGTATGTTATCTTGCAAC;SOR=0.105;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=6;WE=82843719;WS=82843701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr5	82849120	rs6873404	T	A	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.87;ReadPosRankSum=1.084;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr5	82850631	rs2290673	A	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=71;ReadPosRankSum=0.088;SC=AAGGTAGACTAGGAGAGATTT;SOR=0.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=5;WE=82850639;WS=82850630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr5	82868173	rs309585	G	A	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=-1.275;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,79:0.58:137
chr5	82875800	rs308365	C	T	3750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=85;NR=30;PP=2132;SC=TTCCTTTAGTCGCTTGCGGCC;SOR=1.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=85;TCR=30;TR=115;WE=82875808;WS=82875790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	82940273	rs2242128	C	G	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.027;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=53;PP=1427;ReadPosRankSum=0.536;SC=CTGTGTTCTGCCCCCCACAGG;SOR=0.624;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=237;TCF=129;TCR=108;TR=109;WE=82940281;WS=82940263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,128:0.47:272
chr5	82940510	rs1457081	T	C	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.704;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr5	83259225	rs11746605	G	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=201;ReadPosRankSum=-0.978;SC=CAACCAAGTTGTAAACTTCCA;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=12;WE=83259233;WS=83259215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr5	83343964	rs2301088	A	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=45;ReadPosRankSum=1.489;SC=GATCTTCTTTATAGGTGAACC;SOR=0.648;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=7;WE=83343972;WS=83343954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr5	83402456	rs55742505	C	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=278;ReadPosRankSum=-0.856;SC=TTGTCCCATCCCATCTGTTAC;SOR=0.536;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=23;WE=83402464;WS=83402446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr5	83433002	.	TAC	T	1714.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.50;ReadPosRankSum=-1.464;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,61:0.48:127
chr5	83433006	rs200843007	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=1.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.388;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,34:0.25:138
chr5	83476194	rs163715	G	A	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=3.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=0.318;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
chr5	85582712	rs2964837	T	C	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQRankSum=-5.406;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,70:0.37:188
chr5	85586579	rs10066606	T	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.543;NF=8;NR=2;PP=399;ReadPosRankSum=-1.068;SC=CAGGGATGGGTGTTCCGGGAT;SOR=1.270;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=10;WE=85586592;WS=85586569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr5	85586584	rs10038100	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.699;NF=7;NR=3;PP=346;ReadPosRankSum=0.361;SC=ATGGGTGTTCCGGGATTACTT;SOR=0.582;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=10;WE=85586592;WS=85586569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr5	85589133	.	C	T	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.852;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.388;NF=23;NR=37;PP=780;ReadPosRankSum=-1.359;SC=TTCGCTGGCCCGCATGCTTAG;SOR=1.209;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=158;TCF=73;TCR=85;TR=60;WE=85589141;WS=85589123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,66:0.38:176
chr5	86564995	rs3734000	T	A	4134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=60;PP=2965;SC=ACCTGGCGTCTTCCTACATTT;SOR=0.922;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=81;TCR=60;TR=141;WE=86565003;WS=86564985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	86633973	rs3752862	G	A	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	86637164	rs35694079	G	GA	64.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=12.97;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	86667856	rs35014912	G	GA	1813.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=436;ReadPosRankSum=-1.589;SC=TGTTGAATTTGAAAAAAAAAA;SOR=1.185;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=43;WE=86667864;WS=86667846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,87:0.97:90
chr5	86679495	rs368117332	TA	T	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-2.110;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,31:0.42:74
chr5	86697387	rs3093816	A	G	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=155;SC=TCATGCTTCCATAATACAGTA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=86697395;WS=86697377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr5	87497977	rs358289	C	T	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr5	87498069	rs3098676	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=160;ReadPosRankSum=1.104;SC=TTCTACAAGGCTAACAGATCA;SOR=0.260;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=13;WE=87498077;WS=87498059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr5	87498128	rs3099435	T	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.589;NF=0;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=-0.819;SC=CCTCACCATCTTCTTCTGCTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=87498136;WS=87498118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr5	87498849	rs3097146	G	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=229;ReadPosRankSum=-0.313;SC=ACCCAGAGCAGAACCATAAAT;SOR=0.809;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=20;WE=87498857;WS=87498839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr5	87502325	rs357515	G	A	415.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.58;ReadPosRankSum=0.514;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr5	87503087	rs34534189	GACT	G	448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.681;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr5	87963272	rs5869431	G	GA	4237.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=29;PP=2004;SC=TAGGCACCATGGCTTTTTACC;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=87963280;WS=87963262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	87968912	.	CA	C	456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=2.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.969;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,84:0.33:255
chr5	88018388	rs373455781	GA	G	1318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.968;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,105:0.70:151
chr5	88416255	rs139453030	A	AAC	762.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.856;NF=8;NR=4;PP=394;ReadPosRankSum=-1.257;SC=TACATACACAAACACACACAC;SOR=0.817;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=12;WE=88416264;WS=88416245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr5	88416354	rs9293511	C	T	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.867;QD=12.33;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr5	89705390	rs10041922	T	A	9213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=199;NR=119;PP=2965;SC=CCAAACGTCCTCCCTTCCACA;SOR=1.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=319;TCF=199;TCR=120;TR=318;WE=89705398;WS=89705380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr5	89705752	rs11315430	GC	G	797.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.55;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	89769647	rs3763072	G	A	15119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=271;NR=271;PP=2965;SC=GCCCGCGGGGGCCCATTACCA;SOR=0.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=542;TCF=271;TCR=271;TR=542;WE=89769655;WS=89769632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,579:1.00:579
chr5	89769728	rs2162986	T	C	10952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=168;NR=197;PP=2965;SC=GGGCTGGGCGTCCGCACCACC;SOR=0.858;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=365;TCF=168;TCR=197;TR=365;WE=89769736;WS=89769718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr5	89781594	rs2115500	C	T	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=40;PP=981;ReadPosRankSum=-1.063;SC=ATGATTATAGCATCCTCAAGT;SOR=0.665;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=73;WE=89781602;WS=89781584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,82:0.75:110
chr5	89786388	.	AT	A	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=6.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.629;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr5	89791609	.	G	GT	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=-1.820;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,15:0.24:62
chr5	89814604	rs1305059	G	GTGACC	1304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=-0.769;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,38:0.31:122
chr5	89815312	rs34548009	G	GA	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.590;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,20:0.24:82
chr5	89816299	rs171790	C	A	2399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FS=0.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.825;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:337,151:0.31:488
chr5	89820802	rs7722900	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=1.884;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr5	89820984	rs10069050	T	C	2078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=44;PP=1335;ReadPosRankSum=0.122;SC=TGGATCGAAGTTCATACACTT;SOR=0.701;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=290;TCF=163;TCR=127;TR=104;WE=89820992;WS=89820974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,112:0.36:313
chr5	89924976	rs2366771	C	A	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=8;PP=750;SC=AGAGTTTGATCATCTCAGATG;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=89924984;WS=89924966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	89925410	rs56360530	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=21;ReadPosRankSum=0.779;SC=AGTGTACTAACCTGTGTGAAA;SOR=0.484;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=4;WE=89925418;WS=89925400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr5	89931159	rs3838659	CA	C	2352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.378;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=41;PP=1632;ReadPosRankSum=0.470;SC=AAGTAATGTACAGACACTATT;SOR=0.290;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=147;TCF=10;TCR=137;TR=47;WE=89931167;WS=89931149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,75:0.35:213
chr5	89938434	rs1344030	G	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=184;ReadPosRankSum=-1.467;SC=GGTGCCATTTGTCTCTCTGAC;SOR=1.065;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=15;WE=89938442;WS=89938424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr5	89938587	rs2366773	C	T	3585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=72;NR=37;PP=1783;SC=AAAGTAAGTACGAAAAAAACT;SOR=0.978;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=72;TCR=37;TR=109;WE=89938595;WS=89938577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
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chr5	89940771	rs16868903	A	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=68;ReadPosRankSum=-0.295;SC=ATCTGGTAATATATTTTGTGA;SOR=0.148;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=7;WE=89940779;WS=89940761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
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chr5	89968626	rs1028191	A	T	2990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=62;PP=1741;SC=GCAGCTTTTGATTGAAGTGTC;SOR=1.397;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=41;TCR=62;TR=103;WE=89968634;WS=89968616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	89979380	rs4916683	T	C	2732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=3.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.53;ReadPosRankSum=0.497;SOR=1.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,127:0.72:176
chr5	89979589	rs4916684	G	A	7565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=130;PP=2965;SC=CTCTGTGTCAGTCCTCAGTGT;SOR=0.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=249;TCF=119;TCR=130;TR=249;WE=89979597;WS=89979579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr5	89979691	rs41303352	A	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=1130;ReadPosRankSum=0.186;SC=TTCTGAGAAAAACAGACCTGT;SOR=0.754;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=163;TCF=88;TCR=75;TR=47;WE=89979706;WS=89979681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,52:0.29:181
chr5	89979698	rs4916685	C	T	3327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=56;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.268;SC=AAAAACAGACCTGTTAAAGTT;SOR=0.686;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=97;TCR=75;TR=127;WE=89979706;WS=89979681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,141:0.74:191
chr5	89979750	rs16868972	G	T	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=-2.264;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,48:0.21:225
chr5	89985882	rs10037067	A	G	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=34;PP=886;ReadPosRankSum=1.104;SC=GATGACCCCTATGGATTATTT;SOR=1.021;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=58;WE=89985890;WS=89985872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,64:0.70:91
chr5	89988412	rs10040165	G	A	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=20;PP=903;ReadPosRankSum=-0.412;SC=AGTTTTCACTGTATTTTTAGG;SOR=0.701;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=103;TCF=67;TCR=36;TR=60;WE=89988420;WS=89988402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,63:0.59:106
chr5	89988504	rs2366926	A	G	3775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.759;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=62;PP=2089;ReadPosRankSum=2.346;SC=ATTCCTGCCAATGATGATCCT;SOR=0.876;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=244;TCF=141;TCR=103;TR=151;WE=89988512;WS=89988494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,172:0.63:272
chr5	89989779	rs16876822	G	A	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.95;ReadPosRankSum=0.911;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,61:0.63:97
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chr5	89990545	rs10068473	C	A	4370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=91;PP=2896;SC=AATGAATTTCCGTTGCCCCAG;SOR=1.261;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=57;TCR=91;TR=148;WE=89990553;WS=89990535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
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chr5	89999735	rs11959270	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=-1.061;SC=GACCTACTTCGTATGAATTCT;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=6;WE=89999743;WS=89999725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr5	90000210	rs16869016	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=-1.597;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,20:0.26:76
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chr5	90007196	rs7732169	C	T	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=20;PP=542;SC=AATCATTATTCCTTGAGAATT;SOR=1.885;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=90007204;WS=90007186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr5	90015792	rs6881412	C	T	2808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=27;PP=1783;SC=CAGAAATGTTCAGTAGATTTC;SOR=1.681;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=67;TCR=27;TR=93;WE=90015800;WS=90015782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	90016129	rs6452906	A	G	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=537;SC=GGAAATTGATATCTGATTATT;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=90016137;WS=90016119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	90016871	rs16869032	G	A	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=1.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=1.554;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,80:0.26:312
chr5	90020868	rs7723259	A	C	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=20;PP=811;SC=TTAGATGTATAATGAATAACT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=90020876;WS=90020858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr5	90021292	rs16869043	A	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=-2.312;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,28:0.27:103
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chr5	90079820	rs17554631	A	G	2051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.638;QD=15.43;ReadPosRankSum=-1.271;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,96:0.72:133
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chr5	90151589	rs2247870	G	A	5171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=100;PP=2885;ReadPosRankSum=0.957;SC=TTGCAAAGTGGTTGAGGAAAC;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=304;TCF=160;TCR=144;TR=211;WE=90151597;WS=90151579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,235:0.70:334
chr5	90445829	rs35858094	T	TTC	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=2.388;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
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chr5	90669400	rs6452952	A	T	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=168;SC=TGTTCTGTTAACATGATAATC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=90669408;WS=90669392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	90672711	rs62376564	T	G	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.40;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	92936205	rs112499377	C	T	3148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.161;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:420,187:0.31:607
chr5	92956296	rs144804234	A	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=-0.880;SOR=0.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr5	92956623	rs147889267	T	TCGA	3488.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.390;NF=16;NR=44;PP=2954;ReadPosRankSum=-1.433;SC=GGGAGTCCGCTCGACACAAGC;SOR=0.588;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=105;TCF=26;TCR=79;TR=60;WE=92956631;WS=92956613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,88:0.68:129
chr5	92956865	rs6892853	G	C	2170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.48;ReadPosRankSum=2.795;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,101:0.63:161
chr5	93294451	.	C	CA	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=4.161;QD=0.31;ReadPosRankSum=-1.650;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,37:0.17:219
chr5	93410244	rs7732578	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=5.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.665;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,12:0.20:61
chr5	93722050	rs29913	G	T	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=1.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=-0.178;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,58:0.32:182
chr5	93731985	rs308207	A	G	13758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=258;NR=233;PP=2965;SC=ATCTGTCAAGAGAGGCACCTG;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=492;TCF=259;TCR=233;TR=491;WE=93731993;WS=93731975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,513:1.00:513
chr5	93732334	rs308206	C	T	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=343;SC=GATCAAGTGCCTGACATATTC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=93732342;WS=93732324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	93753017	rs29910	C	T	3068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=50;PP=1608;SC=TTAAAGATGGCTTCCATCAAG;SOR=0.955;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=50;TCR=51;TR=100;WE=93753025;WS=93753007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	93788579	rs3797203	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=125;ReadPosRankSum=-0.574;SC=GATATAAGTTCGTTTACATCC;SOR=0.197;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=8;WE=93788587;WS=93788569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
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chr5	93812885	rs10057902	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.115;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
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chr5	94050388	rs62365699	C	T	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.287;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=23;PP=1444;ReadPosRankSum=1.881;SC=AAGGAGTGTCCCCTGCCAAAA;SOR=1.024;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=137;TCF=97;TCR=40;TR=85;WE=94050396;WS=94050378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,92:0.61:150
chr5	94050447	rs2638	C	T	4429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.06;ReadPosRankSum=-1.167;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,207:0.66:315
chr5	94050487	rs2636	T	A	5724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=0.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.91;ReadPosRankSum=-1.713;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,265:0.69:384
chr5	94114594	rs255372	T	C	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=2;PP=1131;SC=TTGTTTGTTCTTGGCAGAAAA;SOR=4.849;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=40;TCR=2;TR=42;WE=94114602;WS=94114584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	94203211	rs159034	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=59;ReadPosRankSum=0.736;SC=TAATAAAGTCGTATTCTGCTA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=5;WE=94203219;WS=94203201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr5	94206202	rs159032	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.37;ReadPosRankSum=2.093;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,42:0.35:121
chr5	94206390	rs293058	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=110;ReadPosRankSum=1.201;SC=AGAACACAACCGCAGCAGCAT;SOR=1.051;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=7;WE=94206398;WS=94206380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr5	94230572	rs34628738	C	CT	370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=5.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.654;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.888;SOR=2.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr5	94278129	rs293035	T	C	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.626;SOR=0.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,48:0.36:134
chr5	94278154	rs159351	C	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=299;ReadPosRankSum=-0.990;SC=AGAGAAAAAGCCTTGTTATAA;SOR=0.641;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=28;WE=94278162;WS=94278144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,33:0.35:93
chr5	94288790	rs6892227	C	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=44;ReadPosRankSum=-1.177;SC=TCATATTATCCATAGATTAGA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=4;WE=94288798;WS=94288780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr5	94619545	rs5869672	G	GC	3484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.11;NF=14;NR=28;PP=1799;SC=CTCCGGCCGCGCCACCGGCAC;SOR=0.754;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=42;WE=94619553;WS=94619535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	94654187	rs255983	C	T	7737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr5	94670706	rs148964669	T	TTTTCCTTCCTTCCTTCCTTTCC	399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.677;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.403;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr5	94728631	rs2546097	G	T	3984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=77;PP=2424;SC=CACATTAAAAGTAGAATACTT;SOR=1.218;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=54;TCR=77;TR=131;WE=94728639;WS=94728621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr5	94741741	rs253714	C	A	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=19;PP=1021;SC=TGACATTTCACGGAGTCAGAA;SOR=1.284;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=58;WE=94741749;WS=94741731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	94741837	rs253715	A	G	3678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=69;NR=49;PP=1790;SC=CTCCCAAGCTATCTCTTGTCC;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=70;TCR=49;TR=118;WE=94741845;WS=94741827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	94741973	rs253716	T	G	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=38;PP=1157;SC=GGAAGGGAAATGAATGGAACT;SOR=1.418;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=64;WE=94741981;WS=94741963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	94759717	rs17084706	G	A	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=656;ReadPosRankSum=0.592;SC=GTATAGCCAAGGATGCAACCG;SOR=0.828;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=36;WE=94759725;WS=94759707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
chr5	94759802	rs17084711	G	A	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.272;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=38;PP=1143;ReadPosRankSum=0.635;SC=GCTGAAGTGCGACAGGCTGAG;SOR=0.733;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=77;WE=94759810;WS=94759792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,88:0.66:133
chr5	94772540	rs6878669	C	T	7677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr5	94845231	rs2560257	C	T	7065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.03;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr5	94849142	rs2731833	C	T	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=5;PP=253;SC=AGCAATCCTCCTGCCTTGGCA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=94849150;WS=94849132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	94903575	.	C	CT	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=-1.928;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,21:0.21:102
chr5	95011426	rs2548125	A	G	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.563;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=509;ReadPosRankSum=0.597;SC=ACTGACTACTATATAACTACA;SOR=1.280;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=28;WE=95011434;WS=95011416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr5	95018382	rs34895	G	T	4117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=59;PP=2654;ReadPosRankSum=-0.808;SC=TGTTTCAAAAGAACATGAAAC;SOR=0.552;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=233;TCF=150;TCR=83;TR=164;WE=95018390;WS=95018372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,175:0.72:244
chr5	95084131	rs34896	G	A	3531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=1.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.30;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,164:0.66:247
chr5	95091194	rs34898	C	T	14096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.35;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,355:0.64:556
chr5	95091201	rs34899	A	G	14305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.54;ReadPosRankSum=0.803;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,369:0.63:583
chr5	95119408	rs888808	T	C	4872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=108;NR=63;PP=2965;SC=CAGCATGTTTTTTTAATTGTT;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=111;TCR=64;TR=171;WE=95119416;WS=95119398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr5	95124328	rs3822753	T	G	3703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=31;PP=2616;SC=TGTCACAGTATACTGAAAGCT;SOR=2.124;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=89;TCR=31;TR=119;WE=95124336;WS=95124318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	95152313	rs4561	A	G	2833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=3.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=0.438;SOR=1.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,137:0.72:191
chr5	95152493	rs955688	T	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=403;ReadPosRankSum=0.497;SC=TTATAAGGGGTAACATTATTA;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=22;WE=95152501;WS=95152483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr5	95159822	rs3756705	G	T	335.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=305;ReadPosRankSum=-0.490;SC=CGTGGTCAGGGCTCCGGACTT;SOR=3.590;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=12;WE=95159830;WS=95159812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr5	95192736	.	CTTTTTT	C	1835.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.794;QD=21.35;ReadPosRankSum=1.505;SOR=1.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,63:0.73:86
chr5	95192776	rs2080947	C	G	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.279;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=40;PP=966;ReadPosRankSum=-0.466;SC=AACTGATAACCATAAAATTTG;SOR=0.033;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=56;WE=95192784;WS=95192766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,43:0.81:53
chr5	95194686	rs17366761	C	T	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=897;ReadPosRankSum=-0.019;SC=AGTGGGTCTGCGCGCACCCCG;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=63;WE=95194694;WS=95194676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,66:0.68:97
chr5	95224700	rs199699795	GA	G	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.394;QD=1.69;ReadPosRankSum=-1.855;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr5	95226655	rs6556893	A	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=133;ReadPosRankSum=0.160;SC=TTCAAGAACTATTTCAAATAT;SOR=0.686;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=13;WE=95226663;WS=95226645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr5	95227061	rs41276259	G	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=1.176;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr5	95234350	rs3777204	A	G	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.834;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,42:0.37:113
chr5	95234377	rs3777203	C	T	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-2.549;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.931;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,55:0.38:143
chr5	95234392	rs3777202	A	C	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=4.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-1.635;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.281;SOR=0.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,54:0.35:155
chr5	95234630	rs3777201	G	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.214;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr5	95236415	rs17085249	G	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.612;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,29:0.29:99
chr5	95236459	rs3815768	C	T	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=-1.052;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,34:0.30:115
chr5	95255379	rs4642392	G	A	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=20;ReadPosRankSum=-2.278;SC=ATACATCCTCGCAGCATTTAA;SOR=0.770;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=4;WE=95255387;WS=95255369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr5	95278679	rs3734131	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-1.066;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,13:0.22:58
chr5	95414786	rs5869706	T	TTAAAA	2444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=5;PP=1578;SC=ACCCATGCACTTAAAGTTAAA;SOR=2.540;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=27;WE=95414794;WS=95414776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	95728898	rs6235	C	G	16143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=279;NR=281;PP=2965;SC=GAGCTTTGCACTTGGGGACTT;SOR=0.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=560;TCF=279;TCR=281;TR=560;WE=95728906;WS=95728888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,599:1.00:599
chr5	95728974	rs6234	G	C	9843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=160;NR=192;PP=2965;SC=AGCATGGCCTGGGAAGGGGCT;SOR=1.024;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=353;TCF=161;TCR=192;TR=352;WE=95728982;WS=95728964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr5	95747963	rs35364611	TCTC	T	6688.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=44;PP=2967;SC=GTTCTTTCCTTCTCCTCATAT;SOR=1.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=82;WE=95747973;WS=95747953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr5	95751785	rs6232	T	C	10586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.97;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,477:0.72:663
chr5	95761432	rs11310306	TA	T	1488.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.612;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.630;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,106:0.84:126
chr5	95767920	rs3792747	T	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.233;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=156;ReadPosRankSum=-2.904;SC=CGGAGCTCCCTAGAGAGTCGC;SOR=0.968;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=13;WE=95767928;WS=95767910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,14:0.23:61
chr5	95865500	rs13186522	T	C	281.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.6715;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=173;ReadPosRankSum=-0.466;SC=TTGCTGGGCATTCATTCTGTC;SOR=0.916;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=13;WE=95865508;WS=95865496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr5	95865526	rs13161802	G	A	385.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=3.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=233;ReadPosRankSum=-0.824;SC=CCACCCTGTGGAGAGGTGCCT;SOR=0.761;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=17;WE=95865534;WS=95865516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr5	95998357	rs146973537	G	GGCAGGTGGCT	398.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=39.87;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	96031569	rs9667	A	G	3761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=50;PP=2184;SC=GCAGCAGTCAATCCTCCAGAA;SOR=1.032;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=78;TCR=50;TR=128;WE=96031577;WS=96031559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	96064633	rs27531	A	C	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=295;SC=TGAATTTTTCATTATTCTGAT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=96064641;WS=96064623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	96064715	rs28042	A	T	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=13;PP=594;SC=CTGTGATCCTAAAGAGTGGGC;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=96064723;WS=96064705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	96066652	rs151904	C	T	6480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=119;PP=2965;SC=AACCTATCATCTGGCAAAACT;SOR=1.028;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=219;TCF=100;TCR=119;TR=219;WE=96066660;WS=96066642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr5	96078309	rs26503	G	A	6688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=136;NR=94;PP=2965;SC=TGGATTGTTCGGGCTCCAGAG;SOR=1.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=136;TCR=95;TR=230;WE=96078317;WS=96078299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr5	96079387	rs26505	C	T	2561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.15;ReadPosRankSum=-0.773;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,124:0.69:181
chr5	96079402	rs26506	C	T	4879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=99;NR=72;PP=2641;SC=AGCTTTGTGACGGTGAACGCA;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=99;TCR=72;TR=171;WE=96079410;WS=96079392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr5	96089658	rs27583	G	A	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=6;PP=765;SC=AAAAGATAGCGTGTGCCTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=96089666;WS=96089648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	96089976	rs27772	A	G	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=19;PP=539;SC=AAACATGACCAGCTGGCTTTT;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=96089984;WS=96089966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	96093222	rs27654	G	A	13060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=252;NR=210;PP=2965;SC=TTTTCTCTGAGGATATCTTTT;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=463;TCF=252;TCR=211;TR=462;WE=96093230;WS=96093212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr5	96093391	.	G	GT	425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=13.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=-1.088;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,37:0.45:82
chr5	96093441	rs27969	C	T	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=37;PP=1155;SC=GTCATCCAGGCGGGAGTACAG;SOR=2.613;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=45;WE=96093449;WS=96093431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	96097895	rs27980	T	G	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=6;PP=627;SC=TTAAGCTATCTTTAAGAGTTA;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=96097903;WS=96097885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	96098214	rs27582	G	A	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=45;PP=1327;SC=CAGAAGAGCCGAGACTGATGA;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=66;WE=96098222;WS=96098204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	96101031	.	TAAAAA	T,TAA	2845.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=5.722;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.10;ReadPosRankSum=0.950;SOR=0.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,39,62:0.37,0.59:105
chr5	96101066	rs11399505	T	TA	4465.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=140;PP=2957;SC=AATTCACTAATAGTGAAATTT;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=7;TCR=142;TR=147;WE=96101074;WS=96101044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	96101944	rs27524	A	G	4217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=97;PP=2695;SC=CTCCTTTACAATAGCATAAAA;SOR=1.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=50;TCR=97;TR=147;WE=96101952;WS=96101934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr5	96107202	rs27689	G	T	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=4.887;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.51;ReadPosRankSum=1.937;SOR=1.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr5	96116031	rs71978924	AACTC	A	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=104;ReadPosRankSum=-2.105;SC=ATCCATTTCTAACTCACCACA;SOR=1.656;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=6;WE=96116042;WS=96116024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr5	96116286	rs67140788	A	G	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=738;ReadPosRankSum=0.705;SC=TCCTATATATAATAGCTTTCA;SOR=0.488;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=43;WE=96116294;WS=96116276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,47:0.75:63
chr5	96116660	rs72773922	A	G	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.747;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=19;PP=1126;ReadPosRankSum=0.196;SC=TTCAATCAAAAAGTACCTTTA;SOR=0.784;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=109;TCF=79;TCR=30;TR=67;WE=96116668;WS=96116650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,71:0.60:119
chr5	96116808	rs17481856	G	A	5497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=0.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.19;ReadPosRankSum=0.228;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,256:0.71:362
chr5	96116940	rs27042	G	A	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=438;ReadPosRankSum=0.031;SC=GCAATGAATAGGTGATGAAAC;SOR=0.892;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=32;WE=96116948;WS=96116930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,34:0.39:87
chr5	96117300	rs27043	G	A	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=17;PP=1577;SC=AGCAGGATAGGCAATTCCTGG;SOR=2.103;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=58;TCR=17;TR=75;WE=96117308;WS=96117290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	96117579	rs72773923	G	A	2302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=54;PP=1371;ReadPosRankSum=-1.305;SC=GAACACACTCGGTGAGAATCT;SOR=0.803;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=62;TCR=91;TR=92;WE=96117587;WS=96117569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,102:0.63:162
chr5	96117624	rs149958925	G	GACTA	1290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=1188;ReadPosRankSum=0.171;SC=GCATAATGGTGACTAACTATG;SOR=0.693;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=24;WE=96117632;WS=96117614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr5	96118852	rs27044	G	C	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=46;PP=1020;ReadPosRankSum=-1.207;SC=AGTAGTAGTTGACTCCGCAGC;SOR=0.782;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=282;TCF=139;TCR=143;TR=90;WE=96118860;WS=96118842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,99:0.32:307
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chr5	96121524	rs469783	C	T	2675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:404,166:0.29:570
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chr5	96122260	rs30379	T	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=0.509;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
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chr5	96124447	rs30186	G	C	9865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.09;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr5	96124453	rs11743410	A	G	3459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=2.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.54;ReadPosRankSum=-0.656;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,156:0.66:238
chr5	96125910	rs26510	C	T	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.940;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=21;PP=947;ReadPosRankSum=0.321;SC=TAATCAAGGACCTCAGAAAGT;SOR=0.876;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=181;TCF=124;TCR=57;TR=69;WE=96125918;WS=96125900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,73:0.38:194
chr5	96126197	rs27710	A	G	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.747;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=59;PP=1229;ReadPosRankSum=2.027;SC=ATGCAGAGATATTCAAAAACA;SOR=0.895;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=342;TCF=168;TCR=174;TR=102;WE=96126205;WS=96126187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,105:0.28:371
chr5	96126308	rs27529	A	G	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=1.230;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,48:0.22:215
chr5	96127833	rs3213809	G	A	6845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.339;SC=TAGACACAGGGTGTGAGGAAT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=407;TCF=209;TCR=198;TR=283;WE=96127841;WS=96127823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,310:0.68:453
chr5	96127905	rs27640	T	C	6835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=126;PP=2965;SC=CCTATTGAGATAGAAAAAAGA;SOR=0.996;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=103;TCR=126;TR=229;WE=96127913;WS=96127895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr5	96129512	rs27434	A	G	3790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=40;PP=2077;SC=ATACCTGGTGAGCCAGTTCAT;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=77;TCR=40;TR=117;WE=96129520;WS=96129502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr5	96129683	rs41276271	A	G	2477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.002;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=57;PP=1577;ReadPosRankSum=0.202;SC=GTAATAAAATACATTACCAGT;SOR=0.515;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=73;TCR=90;TR=105;WE=96129691;WS=96129673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,112:0.64:174
chr5	96130836	rs26618	T	C	1876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,106:0.34:312
chr5	96136525	rs27528	T	C	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=863;ReadPosRankSum=-0.734;SC=AGAGAATCAGTAGATTTTCCT;SOR=0.850;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=58;WE=96136533;WS=96136515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,70:0.71:98
chr5	96139250	rs26653	C	G	5786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=85;PP=2965;SC=TTGCTCCTGACGGGGGTGTTC;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=105;TCR=85;TR=189;WE=96139258;WS=96139240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr5	96139595	rs72773968	G	A	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.080;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=34;PP=777;ReadPosRankSum=-0.729;SC=AAATGACATGGTTGCAAGGGA;SOR=1.384;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=53;WE=96139603;WS=96139585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,60:0.67:89
chr5	96150193	rs10515250	T	C	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=281;ReadPosRankSum=0.795;SC=ATCAAAAAAATAACTGGTGAG;SOR=0.963;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=14;WE=96150201;WS=96150183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr5	96208889	rs113565163	C	CA	338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.91;ReadPosRankSum=-1.301;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr5	96219738	rs113814029	T	TTATC	437.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=8;PP=407;SC=TAATTTGTTTTTATCTATCTA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=8;WE=96219746;WS=96219728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	96222627	rs13189819	G	A	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=333;ReadPosRankSum=-0.081;SC=AAAAAACTAAGTTAAAAATTA;SOR=0.379;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=21;WE=96222635;WS=96222617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr5	96230883	rs371137761	A	ATT	871.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=461;ReadPosRankSum=-0.732;SC=TAACTATTGTATTTTTTGCTA;SOR=0.437;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=15;WE=96230891;WS=96230873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr5	96231000	rs2549782	G	T	3220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.215;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=65;PP=1844;ReadPosRankSum=-0.133;SC=TTTGGCTTAAGGAGGGTTTTG;SOR=0.558;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=221;TCF=121;TCR=100;TR=139;WE=96231008;WS=96230990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,156:0.63:248
chr5	96232142	rs2548538	T	A	2382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=1.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.467;QD=12.16;ReadPosRankSum=0.187;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,115:0.59:196
chr5	96232222	rs2548537	G	C	1967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.001;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.328;NF=30;NR=36;PP=765;ReadPosRankSum=0.595;SC=GTAAATATCAGGTGCAGGTGG;SOR=0.492;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=66;WE=96232230;WS=96232212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,96:0.64:151
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chr5	96232286	rs2549785	C	T	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=640;ReadPosRankSum=2.599;SC=GTTTAAGTCACTGGTGCCAGT;SOR=0.535;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=35;WE=96232294;WS=96232276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr5	96232345	rs56321917	CAT	C	880.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=910;ReadPosRankSum=1.565;SC=AGACATCACACATGTTCCGTA;SOR=0.976;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=21;WE=96232354;WS=96232335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr5	96232402	rs2548536	T	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.987;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=363;ReadPosRankSum=-0.089;SC=ATTTTCTTTATCTCTTTTTTC;SOR=0.215;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=25;WE=96232410;WS=96232392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr5	96235896	rs2248374	A	G	3385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=74;PP=2107;ReadPosRankSum=-0.906;SC=GTAACATGGTAAGGATAAAGA;SOR=0.647;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=85;TCR=101;TR=138;WE=96235904;WS=96235886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,148:0.74:199
chr5	96237114	rs187265	C	G	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=6.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.61;ReadPosRankSum=1.538;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,59:0.72:82
chr5	96237326	rs2287988	G	A	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=40;PP=873;ReadPosRankSum=-0.181;SC=GACTGCAACAGGAGCGCTTCC;SOR=0.762;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=46;TCR=70;TR=67;WE=96237334;WS=96237316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,87:0.62:141
chr5	96237413	rs171647	C	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=219;ReadPosRankSum=-0.591;SC=TTAGGTCTAGCTTACCTCATC;SOR=0.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=13;WE=96237421;WS=96237403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr5	96239294	rs1423568	A	G	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=61;PP=1445;ReadPosRankSum=-0.751;SC=GACTTCATGCAAAATAACTGA;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=55;TCR=96;TR=97;WE=96239302;WS=96239284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,105:0.67:156
chr5	96244549	rs2549794	C	T	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.580;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=4;PP=694;ReadPosRankSum=-0.523;SC=AACTGAATGGCCCAGCTATAA;SOR=1.539;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=77;TCF=66;TCR=11;TR=38;WE=96244557;WS=96244539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,37:0.49:76
chr5	96244585	rs2548527	A	C	2019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=20;PP=1360;ReadPosRankSum=-1.217;SC=ATTGTTCTCTATTTCATATTT;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=114;TCR=36;TR=85;WE=96244593;WS=96244575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,88:0.57:155
chr5	96244638	rs2549795	A	G	5163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.980;SC=ATATGCACAAACCACTGACAT;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=331;TCF=207;TCR=124;TR=214;WE=96244646;WS=96244628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,228:0.66:348
chr5	96245343	rs2549796	C	T	3285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=68;PP=1929;ReadPosRankSum=0.238;SC=GTGACAAGGGCTCAGTCTGGG;SOR=0.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=229;TCF=120;TCR=109;TR=142;WE=96245351;WS=96245333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,155:0.62:249
chr5	96245439	rs1056893	C	T	2681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.291;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=60;PP=1543;ReadPosRankSum=1.778;SC=AACTCTTCTCCCAGTGGATGG;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=63;TCR=93;TR=101;WE=96245447;WS=96245429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,116:0.66:175
chr5	96245518	rs2549797	A	G	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=437;ReadPosRankSum=-1.755;SC=TTTGATGTAAAAGTCTTTGAT;SOR=0.616;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=30;WE=96245526;WS=96245508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,38:0.78:49
chr5	96249115	rs2255546	C	T	5192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=5.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=-0.030;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,243:0.62:389
chr5	96253104	rs1363908	T	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.311;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr5	96322419	rs38034	C	T	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.005;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=42;PP=823;ReadPosRankSum=-0.290;SC=TCACAAGAGGCTCAGAGGACC;SOR=0.614;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=109;TCR=125;TR=80;WE=96322427;WS=96322409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,90:0.34:262
chr5	96329857	rs27304	G	T	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=727;SC=GATGTTTGACGTTACAGGTTA;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=96329865;WS=96329847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	96332085	rs3836862	TC	T	5535.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.062;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=82;PP=2972;ReadPosRankSum=-1.789;SC=TTGTTTTCTCTCCCCCCAGTG;SOR=0.777;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=180;TCF=38;TCR=142;TR=108;WE=96332093;WS=96332075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,207:0.64:324
chr5	96339102	rs3214461	AC	A	413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.038;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,34:0.53:64
chr5	96339273	rs27613	T	G	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=36;PP=837;ReadPosRankSum=-2.383;SC=GGTAATTTATTTAGCTCTTAC;SOR=0.879;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=66;WE=96339281;WS=96339263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,75:0.64:118
chr5	96341750	.	TTA	T,TTATA	392.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7,7;NR=5,5;PP=389,170;ReadPosRankSum=0.036;SC=GGAAAAAGTTTTATATATATA;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=12,12;WE=96341759;WS=96341740;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.38,0.42:24
chr5	96342077	rs3835054	TA	T	248.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=6.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.617;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.757;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr5	96363407	rs27300	C	T	5439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=3.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.11;ReadPosRankSum=1.303;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,243:0.76:318
chr5	96364063	rs27712	C	T	3792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.494;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=66;PP=2249;ReadPosRankSum=-1.268;SC=TGAGGTTTATCGTCCTTTTCT;SOR=0.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=138;TCR=99;TR=157;WE=96364071;WS=96364053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,170:0.67:252
chr5	96519094	rs3806945	A	G	3425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=51;PP=2652;SC=GTCTTATGAAACACATAGTAT;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=106;WE=96519102;WS=96519084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	98109828	rs2547973	G	A	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.68;ReadPosRankSum=-0.709;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,80:0.68:118
chr5	98109838	rs2662263	A	C	3965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.13;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
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chr5	99922081	rs13876	G	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.431;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr5	101575091	rs62370437	C	T	2118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.245;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=51;PP=1319;ReadPosRankSum=-0.887;SC=CAGGAATTGTCCCTAAAAGAA;SOR=0.906;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=134;TCF=61;TCR=73;TR=90;WE=101575099;WS=101575081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,95:0.66:143
chr5	101592742	rs174414	T	C	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=549;ReadPosRankSum=0.087;SC=TTTCTCACCATTTAAGAAAAC;SOR=0.527;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=26;WE=101592750;WS=101592732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr5	101592809	rs261101	T	A	2409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=29;PP=1519;ReadPosRankSum=-0.563;SC=AAGCACTGAATTGTATTTACC;SOR=0.701;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=87;TCR=41;TR=93;WE=101592817;WS=101592799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,101:0.74:136
chr5	101593486	rs398228	CT	AG	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.43;ReadPosRankSum=1.708;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr5	101593522	rs11746537	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.978;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr5	101595792	rs113859065	GTA	G	934.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.501;NF=12;NR=10;PP=591;ReadPosRankSum=-2.363;SC=GGTTGTATTTGTATATATATA;SOR=0.425;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=22;WE=101595801;WS=101595782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr5	101595885	rs148885155	T	TGA	3842.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.196;NF=4;NR=33;PP=1585;ReadPosRankSum=-0.627;SC=TGTATGAGACTGAGAGAGAGA;SOR=0.291;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=37;WE=101595893;WS=101595875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr5	101596032	rs202209380	AAAAT	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.712;NF=1;NR=6;PP=848;ReadPosRankSum=-0.431;SC=ACCTAAAAAAAAAATATATAT;SOR=0.527;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=101596043;WS=101596022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr5	101606518	rs33922930	G	GA	676.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.689;NF=0;NR=24;PP=409;ReadPosRankSum=0.145;SC=TGTCTTTGTGGAAAAAAAAAT;SOR=0.596;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=24;WE=101606526;WS=101606508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr5	101627027	rs841929	T	C	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=466;ReadPosRankSum=-0.085;SC=AAAACAAACATAAACACAATA;SOR=0.657;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=138;TCF=95;TCR=43;TR=39;WE=101627035;WS=101627017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,39:0.26:148
chr5	101627411	rs2600824	C	T	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.65;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	101627411	.	CTTA	TTTA,TTTT	252	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000,0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=6,5;NR=18,11;PP=64,252;QD=4.11546718947;SC=TCTTTTTTTTCTTAAAATGTA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=24,16;WE=101627422;WS=101627401;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.96:25
chr5	101627414	rs2548726	A	T	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=5.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.30;ReadPosRankSum=0.840;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr5	101627435	rs841928	C	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=1;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=155;ReadPosRankSum=-1.467;SC=GTTTTCAAAGCCTCAAAGTTT;SOR=0.283;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=10;WE=101627443;WS=101627425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr5	101631526	rs3114660	C	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=259;ReadPosRankSum=-0.512;SC=CCACGGACCCCGCGCACCTGC;SOR=0.743;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=63;TCF=53;TCR=10;TR=23;WE=101631534;WS=101631516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr5	101631592	rs3114659	A	G	5667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=129;NR=78;PP=2965;SC=CCCGAGCCTCAAGCGGGCGCT;SOR=1.297;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=129;TCR=79;TR=207;WE=101631600;WS=101631582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr5	101631790	rs10479190	T	G	5403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.411;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.03;MQRankSum=0.684;NF=110;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=2.340;SC=GAGATGGCTCTGGTGACTTCT;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=344;TCF=162;TCR=182;TR=233;WE=101631798;WS=101631780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,248:0.69:362
chr5	101724448	rs10055840	G	C	2043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=28;PP=1167;ReadPosRankSum=1.508;SC=ACAACGTCCTGTGTGTCCACA;SOR=0.639;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=69;TCR=38;TR=78;WE=101724456;WS=101724438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,90:0.71:126
chr5	101726648	rs6874612	C	A	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=0.903;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,54:0.65:83
chr5	101726770	rs10073892	T	C	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=-1.487;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,111:0.64:174
chr5	101726851	rs1452065	A	G	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.718;NF=10;NR=23;PP=519;ReadPosRankSum=0.112;SC=TGGTGCATCAATTGTACTAAG;SOR=0.496;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=33;WE=101726859;WS=101726841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,35:0.69:51
chr5	101795490	rs11746217	A	G	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=0.919;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,118:0.67:175
chr5	101795556	rs11749193	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.772;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=38;PP=931;ReadPosRankSum=-0.063;SC=CAAACAGAGTGGAGAAAGTGA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=47;WE=101795564;WS=101795546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
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chr5	105879563	rs6864980	C	T	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,95:0.30:320
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chr5	107560101	rs2044710	A	G	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.137;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=885;ReadPosRankSum=-0.098;SC=TTTAAAAGTCATCTCTTGACC;SOR=0.307;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=81;TCF=24;TCR=57;TR=56;WE=107560109;WS=107560091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,60:0.71:85
chr5	107683989	rs3756573	T	A	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=490;ReadPosRankSum=-0.201;SC=TTTGATTAAGTAGTATTTGAA;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=21;WE=107683997;WS=107683979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr5	107684324	rs1862195	C	T	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=58;PP=1610;SC=AAAATAACCACGTCAGAGTTA;SOR=3.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=8;TCR=58;TR=66;WE=107684332;WS=107684314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	107703446	rs34546708	CAAG	C	1803.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.768;NF=23;NR=7;PP=1259;ReadPosRankSum=0.041;SC=TCTTAAAAAACAAGAAGACAG;SOR=0.322;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=30;WE=107703456;WS=107703436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,45:0.79:57
chr5	108133865	rs141543178	A	T	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.459;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=29;PP=1003;ReadPosRankSum=-1.295;SC=AGTGTGGAGGATAACCAGTGC;SOR=0.547;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=115;TCF=71;TCR=44;TR=74;WE=108133873;WS=108133855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,84:0.65:130
chr5	108168451	rs376837075	CT	C	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=2.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.651;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.138;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,37:0.27:136
chr5	108203451	rs34195313	G	GT	1806.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.286;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.583;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,140:0.62:226
chr5	108206968	rs7709144	C	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=196;ReadPosRankSum=-0.170;SC=TACATTTCAACATTACATTTC;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=13;WE=108206976;WS=108206958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr5	108290403	.	G	GT	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=4.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=1.248;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,17:0.19:88
chr5	108516629	rs6594349	A	G	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=71;PP=2432;SC=TTTTTTTTTTAATGGTAAAAA;SOR=1.016;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=124;WE=108516637;WS=108516608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr5	108679870	rs142828555	T	TTTAA	4061.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=46.69;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	108680647	rs441798	C	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=153;ReadPosRankSum=-0.612;SC=TGCTTTAGTCCTTTGCTCCTT;SOR=0.963;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=9;WE=108680655;WS=108680637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr5	108691738	rs2431253	A	T	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.701;HP=13;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=46;PP=962;ReadPosRankSum=-0.505;SC=CTGAAAAAAAAAAAAAATAAC;SOR=0.933;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=179;TCF=68;TCR=111;TR=72;WE=108691746;WS=108691718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,75:0.42:178
chr5	108713970	rs10042721	C	T	11148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=227;NR=158;PP=2962;SC=TGTTATCCACCTCTTGCCTTC;SOR=1.047;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=388;TCF=229;TCR=159;TR=385;WE=108713990;WS=108713960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr5	108713982	rs12523186	T	C	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=0.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.475;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:319,123:0.28:442
chr5	108714298	rs1045706	T	C	3024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FS=2.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:454,193:0.30:647
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chr5	109152873	rs112578884	ATATATGTATATG	A	1054.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.917;NF=11;NR=5;PP=2986;ReadPosRankSum=0.570;SC=TCTCAAAAATATATATGTATA;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=16;WE=109152892;WS=109152863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
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chr5	109183341	rs11241041	G	T	2840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=1.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=-0.746;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,132:0.64:205
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chr5	109200553	rs12656073	A	C	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=4;PP=568;ReadPosRankSum=0.268;SC=GCTCAGTACAAGTAGGAGAGA;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=32;WE=109200561;WS=109200543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr5	109940707	rs6897672	G	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=1.100;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
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chr5	110079450	rs17446534	T	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=1.826;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,29:0.31:94
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chr5	110408705	rs11466741	C	T	2094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.164;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=53;PP=1214;ReadPosRankSum=-2.012;SC=TATCCTGCTACGTGCAGAACT;SOR=0.358;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=114;TCF=37;TCR=77;TR=82;WE=110408713;WS=110408695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,94:0.75:126
chr5	110409067	rs2289277	C	G	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=581;ReadPosRankSum=-2.299;SC=CTACTCAACCCTGACCTCTTC;SOR=0.616;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=39;WE=110409075;WS=110409057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,38:0.78:49
chr5	110430657	rs144126376	C	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=1.237;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,27:0.34:80
chr5	110434307	rs13153937	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=186;ReadPosRankSum=2.636;SC=AAAAGTTGGGGTACATTTCTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=9;WE=110434315;WS=110434297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
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chr5	110438000	rs35339070	C	CA	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=5.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=2.046;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr5	110439509	rs11241095	A	G	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.42;ReadPosRankSum=0.266;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr5	110441839	rs35703638	G	A	5998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.475;SC=AAAGTTTGCAGCAGGTAAGTA;SOR=0.724;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=423;TCF=198;TCR=225;TR=271;WE=110441847;WS=110441829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,284:0.63:453
chr5	110443228	rs10043631	C	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=290;ReadPosRankSum=2.123;SC=ATAATATTGACTGAAAAAACG;SOR=2.280;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=16;WE=110443236;WS=110443218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
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chr5	110446455	rs34323614	A	AT	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=-1.422;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,19:0.17:111
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chr5	111479750	rs62372418	T	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=375;ReadPosRankSum=-0.167;SC=ATAAACTGCCTTCAGAAACAG;SOR=0.581;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=90;TCF=29;TCR=61;TR=29;WE=111479758;WS=111479740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,30:0.33:91
chr5	111494014	rs80153518	G	A	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.166;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=229;ReadPosRankSum=1.220;SC=ATGTCATTATGTACCACACAC;SOR=0.226;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=18;WE=111494022;WS=111494004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
chr5	111497358	rs3816657	T	G	2679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FS=1.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.535;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,149:0.34:433
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chr5	111500824	rs33929905	T	TAC	727.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.408;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,25:0.18:136
chr5	111504479	rs7703522	C	T	2017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=1.693;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:520,157:0.23:677
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chr5	111506069	rs10040749	G	A	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=1.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-1.795;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,62:0.29:213
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chr5	111519904	rs59653731	C	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.738;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,40:0.27:150
chr5	111530284	rs7719346	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=173;ReadPosRankSum=0.415;SC=TTTTTCCGGTATTCTCTATTA;SOR=0.787;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=18;WE=111530292;WS=111530274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,20:0.29:70
chr5	111545670	rs890757	C	G	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.435;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,25:0.32:79
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chr5	111610875	rs72781647	T	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.18;ReadPosRankSum=-1.291;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr5	111611160	rs139210661	TATA	T	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.054;NF=0;NR=9;PP=335;ReadPosRankSum=-0.041;SC=AAAGTTACAGTATAATATTAT;SOR=2.891;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=9;WE=111611170;WS=111611150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr5	112128202	rs147036141	A	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.693;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,37:0.27:138
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chr5	112164561	rs351771	G	A	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	112175770	rs41115	G	A	11178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=199;NR=176;PP=2965;SC=ATTTTGCCACGGAAAGTACTC;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=377;TCF=200;TCR=177;TR=375;WE=112175778;WS=112175760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr5	112176325	rs42427	G	A	4618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=78;PP=2957;SC=TTAGAGGAGGGGCACAGTCAG;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=76;TCR=78;TR=154;WE=112176333;WS=112176315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr5	112176559	rs866006	T	G	7744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=144;NR=126;PP=2965;SC=CATCTGCGTCTTCTTCTGCAC;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=271;TCF=144;TCR=127;TR=270;WE=112176567;WS=112176549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr5	112176756	rs459552	T	A	5289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=79;PP=2965;SC=AATTCCAAGGTCTTCAATGAT;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=97;TCR=79;TR=176;WE=112176764;WS=112176746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr5	112177171	rs465899	G	A	11425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=174;NR=212;PP=2965;SC=AAAATACTCCGGTTTGCTTTT;SOR=0.986;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=387;TCF=174;TCR=213;TR=386;WE=112177179;WS=112177161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr5	112196949	rs460137	A	C	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=29;PP=1623;SC=GCGGACGCGGAACCATTTCTT;SOR=1.156;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=85;WE=112196957;WS=112196939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	112197986	rs431287	A	T	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=514;ReadPosRankSum=0.214;SC=TCAATCAGAAAGAGGAGTAGG;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=26;WE=112197994;WS=112197979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr5	112198015	rs372492	A	G	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=11;PP=881;SC=CAGTCTGATTAGTTGCTCGAG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=112198023;WS=112198005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	112198071	rs112093457	AAGG	A	4381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=43;PP=2714;SC=CACGCAGAAAAAGGAGGGGTT;SOR=0.888;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=56;WE=112198081;WS=112198061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	112200098	rs351767	A	G	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=349;SC=ACCCAACACTATGGCAGTGTC;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=112200106;WS=112200088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	112256814	rs149190	A	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,28:0.25:114
chr5	112257242	rs33570	G	C	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.72;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	112257591	rs151980	C	G	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=49;ReadPosRankSum=1.670;SC=GGGCAGCCCCCGCGGGGTCCT;SOR=1.402;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=5;WE=112257599;WS=112257581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr5	112257908	rs153556	T	C	2925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=81;PP=1844;ReadPosRankSum=-0.630;SC=GTCTCGCCGCTCGGGGCTGTT;SOR=0.585;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=417;TCF=187;TCR=230;TR=152;WE=112257916;WS=112257898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,162:0.36:445
chr5	112312528	rs33556	T	C	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=2.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.151;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,91:0.30:308
chr5	112312676	rs33555	T	C	19438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=724;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=327;NR=361;PP=2965;SC=CCTGGACGATTTCTGCAGGTA;SOR=0.882;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=688;TCF=327;TCR=361;TR=688;WE=112312684;WS=112312666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,723:1.00:723
chr5	112312736	rs33554	G	C	3060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=5.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.649;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,171:0.43:398
chr5	112321488	rs33543	A	G	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.364;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.698;NF=41;NR=13;PP=705;ReadPosRankSum=-0.355;SC=ATAAATCGTTATAGTTTGTAA;SOR=0.817;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=165;TCF=115;TCR=50;TR=54;WE=112321496;WS=112321478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,57:0.34:170
chr5	112328377	rs3733969	A	G	2777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=47;PP=1487;ReadPosRankSum=0.035;SC=AGGTACTACTAGTTCAGGGGT;SOR=0.674;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=158;TCF=87;TCR=71;TR=106;WE=112328385;WS=112328367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,123:0.69:178
chr5	112343544	rs2052484	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=198;ReadPosRankSum=0.382;SC=TAAAAACTTGGTTCAACCAGC;SOR=0.892;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=11;WE=112343552;WS=112343534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr5	112346431	rs58980024	TG	T	260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=3.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-1.140;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
chr5	112349070	rs9326869	T	C	4259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.434;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=81;PP=1897;ReadPosRankSum=-1.043;SC=TAGAACATGCTGAGGGACAGC;SOR=0.642;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=270;TCF=150;TCR=120;TR=179;WE=112349078;WS=112349060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,204:0.66:311
chr5	112364945	rs1363333	A	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=290;ReadPosRankSum=0.766;SC=GCAGATTTAAACCCATTTCTT;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=13;WE=112364953;WS=112364935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr5	112379083	rs4627978	A	G	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=17;PP=1088;SC=TGGCACCAACAGGCCTTCTCC;SOR=1.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=64;WE=112379103;WS=112379073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	112379095	rs4277906	T	C	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=20;PP=1344;SC=GCCTTCTCCATTTCTGGCTTC;SOR=1.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=74;WE=112379103;WS=112379073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	112379289	rs2227948	G	A	5134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.388;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=0.448;SC=TCCTGAGTTCGGCTAGGGACA;SOR=0.685;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=312;TCF=166;TCR=146;TR=211;WE=112379297;WS=112379279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,233:0.69:340
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chr5	112384725	rs113825892	GGTCACTGGGCA	G	1361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.584;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.082;NF=10;NR=12;PP=2983;ReadPosRankSum=1.767;SC=TGTGGCCAGTGGTCACTGGGC;SOR=0.903;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=22;WE=112384743;WS=112384715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,40:0.32:125
chr5	112384802	rs6594664	G	A	6419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=25.99;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr5	112385004	rs7726296	CA	GC	4844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.84;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,124:0.64:195
chr5	112385035	rs7708603	T	G	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.15;ReadPosRankSum=2.217;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,92:0.64:144
chr5	112389747	rs4705536	C	G	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=39;PP=1140;SC=TCCACATTCCCTCTCCCCAGT;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=112389755;WS=112389737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	112399791	rs2227947	G	A	3779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=2.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.69;ReadPosRankSum=-1.702;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,181:0.66:276
chr5	112399934	rs10477486	C	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.311;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=294;ReadPosRankSum=2.112;SC=AGGGACTATGCATAATTAACT;SOR=1.179;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=24;WE=112399942;WS=112399924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,24:0.25:97
chr5	112406702	rs6888031	T	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=4.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.714;QD=3.36;ReadPosRankSum=1.307;SOR=0.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,16:0.26:61
chr5	112406718	rs4705771	A	G	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=29.79;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	112406785	rs149928825	G	GCCTCGCGCTGTCTT	438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=4.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.492;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.316;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,19:0.14:135
chr5	112406862	rs2227950	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-1.740;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,30:0.26:117
chr5	112406960	rs79420400	C	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=-1.196;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,26:0.32:82
chr5	112439941	rs6594681	T	C	3721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	112440078	rs57248292	G	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=1.399;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,28:0.30:92
chr5	112479004	rs2227949	T	C	6839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr5	112487137	rs1947026	A	C	5041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=113;PP=2736;SC=GACAGAAAGGAGGAGATTAGA;SOR=1.526;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=61;TCR=113;TR=174;WE=112487145;WS=112487127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr5	112629887	rs485210	C	T	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.05;SOR=2.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	112676191	rs10900684	A	G	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	112770027	rs26980	T	G	5436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.386;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=0.703;SC=TCTTGCTTAATGCCATTCGAC;SOR=0.659;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=344;TCF=199;TCR=145;TR=218;WE=112770035;WS=112770017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,239:0.63:379
chr5	112824039	rs348942	T	C	2431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=0.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=-0.680;QD=5.36;ReadPosRankSum=-0.346;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,145:0.32:454
chr5	112849801	rs1862315	A	C	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=1.387;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,50:0.31:159
chr5	112849823	rs2416281	C	T	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.13;ReadPosRankSum=-1.582;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,56:0.39:142
chr5	112850963	rs1035409	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.19;ReadPosRankSum=1.992;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr5	112851109	rs1820057	A	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=-0.642;SC=ATTTGCCCAAAAAAGGGAGAA;SOR=1.104;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=8;WE=112851129;WS=112851096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr5	112851121	rs1035408	C	T	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=15;PP=645;SC=AAGGGAGAAACGTTTCTGAGT;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=112851129;WS=112851096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	112853189	rs1833678	T	C	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.495;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,26:0.28:92
chr5	112868693	rs6594732	C	A	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=-0.771;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,54:0.26:208
chr5	112874987	rs4334877	C	G	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=1.489;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr5	112884197	rs4444963	C	G	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=23;PP=1313;SC=GTTTGAAGTACTTTGGAAATT;SOR=1.340;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=70;WE=112884205;WS=112884187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	112884380	rs6889574	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=0.929;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,42:0.31:137
chr5	112884594	rs6889501	A	G	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.751;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,52:0.29:180
chr5	112884728	rs4639215	G	A	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=75;PP=2097;SC=GTAAAACTTTGTACTATTTTA;SOR=1.463;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=40;TCR=76;TR=115;WE=112884736;WS=112884718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr5	112884752	rs6594734	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.687;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,17:0.22:79
chr5	112889065	rs60871281	G	A	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=645;ReadPosRankSum=0.204;SC=TGGTAAATACGTGTTGTCTAA;SOR=0.873;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=113;TCF=49;TCR=64;TR=49;WE=112889073;WS=112889055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,50:0.41:121
chr5	112889374	rs10071816	G	A	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FS=3.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=1.028;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:371,152:0.29:523
chr5	112889566	rs34947411	ATCT	A	1076.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.904;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.380;NF=2;NR=19;PP=783;ReadPosRankSum=-0.039;SC=GCTTCATAAAATCTTCTTTTT;SOR=1.351;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=61;TCF=11;TCR=50;TR=21;WE=112889576;WS=112889556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,31:0.35:88
chr5	112889608	rs10079758	T	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.145;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=281;ReadPosRankSum=1.542;SC=TTCTGTTTTTTTATTAACTTT;SOR=1.036;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=21;WE=112889616;WS=112889598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,23:0.32:72
chr5	112889821	rs140119986	CCTCTA	C	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=52;ReadPosRankSum=-1.108;SC=TTTAATTTTACCTCTACTCAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=112889833;WS=112889811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr5	112899250	rs6886199	G	A	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=49;PP=1395;SC=AAACTAAAAGGAAATATGTCT;SOR=4.103;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=6;TCR=49;TR=55;WE=112899258;WS=112899240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	112899300	rs6867181	T	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.140;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr5	112899300	.	TG	AA	64	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=23;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=64;QD=19.5779791437;SC=TTTGTCCTCCTGCATGTGTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=6;WE=112899309;WS=112899290;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,6:0.32:19
chr5	112899301	rs6886338	G	A	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=238;SC=TTGTCCTCCTGCATGTGTCCA;SOR=4.615;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=18;WE=112899309;WS=112899290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	112899702	rs6886628	A	G	2749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=76;PP=1726;ReadPosRankSum=-0.447;SC=TTGCTTGCACACTAGCTTATC;SOR=0.602;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=529;TCF=289;TCR=240;TR=162;WE=112899710;WS=112899692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:390,173:0.31:563
chr5	112899752	rs143148329	G	A	9362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.585;SC=TCTCAAAAACGTGCAGCTATG;SOR=0.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=567;TCF=288;TCR=279;TR=396;WE=112899760;WS=112899742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,423:0.70:603
chr5	112899876	rs11241214	G	A	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=55;PP=973;ReadPosRankSum=0.696;SC=GGGTAAACACGTTTCTGGGGC;SOR=0.659;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=266;TCF=102;TCR=164;TR=91;WE=112899884;WS=112899866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,100:0.33:301
chr5	112901494	rs3763139	G	C	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=41;PP=2038;SC=GCAAATTCACGTCGAGGAATT;SOR=1.123;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=65;TCR=41;TR=105;WE=112901502;WS=112901484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	112903585	.	AT	A	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=6.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=-1.860;SOR=0.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,22:0.23:96
chr5	112917278	rs11748794	T	G	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.388;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=66;PP=1417;ReadPosRankSum=-0.328;SC=AACAACCATCTGGGATTGGCC;SOR=1.171;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=356;TCF=162;TCR=194;TR=107;WE=112917286;WS=112917268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,113:0.29:389
chr5	112919941	rs2288449	G	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.595;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=506;ReadPosRankSum=1.158;SC=ATACATAACTGATCTTTGTAT;SOR=0.446;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=112;TCF=74;TCR=38;TR=42;WE=112919949;WS=112919931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,42:0.35:119
chr5	112926982	rs2303717	A	G	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=46;PP=1234;SC=TGTTCTGGCTATAGGTTAAAT;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=74;WE=112926990;WS=112926972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	112927888	rs11344649	AT	A,ATTT	1339.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.75;ReadPosRankSum=0.115;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,50,22:0.62,0.28:80
chr5	112927900	rs73242858	A	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.62;ReadPosRankSum=1.387;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,24:0.30:80
chr5	112929013	rs1132528	T	A	4842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.297;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=72;PP=2745;ReadPosRankSum=1.369;SC=CTAGAACCTCTGGTTGGTGAA;SOR=0.449;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=171;TCF=98;TCR=73;TR=170;WE=112929021;WS=112929003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,187:0.99:188
chr5	113698544	rs40179	G	C	6997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.13;MQRankSum=1.903;NF=155;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.165;SC=GCCGGAACCTGCACGAGATGG;SOR=0.625;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=481;TCF=253;TCR=228;TR=307;WE=113698552;WS=113698534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,320:0.63:511
chr5	113698631	rs111266015	T	TGCC	8460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.767;NF=23;NR=61;PP=2979;ReadPosRankSum=-1.488;SC=CTGCAGCCGCTGCCGCCGCCG;SOR=0.670;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=197;TCF=50;TCR=147;TR=84;WE=113698639;WS=113698621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,209:0.64:327
chr5	113822205	rs12719181	C	T	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=6;PP=835;SC=ACGTAGACTCCGTCAGTTAAT;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=113822213;WS=113822195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	113829121	rs1841251	A	G	5778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=94;PP=2965;SC=TAAAAATGGAACAGAGGAAAC;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=97;TCR=94;TR=191;WE=113829129;WS=113829111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr5	113831986	.	G	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=177;ReadPosRankSum=-1.218;SC=TCCGGGTTCTGATGTCAGAAT;SOR=0.412;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=17;WE=113831994;WS=113831976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,18:0.26:70
chr5	114462355	rs2974617	C	T	11309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=188;NR=199;PP=2965;SC=TCATAGAAATCTACTTTGCCT;SOR=0.792;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=388;TCF=189;TCR=199;TR=387;WE=114462363;WS=114462345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr5	114462589	rs2921623	A	C	5370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.224;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=0.319;SC=TATCTTCAACAATAGATCTAA;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=70;TCR=116;TR=185;WE=114462597;WS=114462579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,200:1.00:201
chr5	114573873	rs7706217	A	T	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	114611356	rs267295	A	C	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=32;PP=867;SC=ATTAACCCTTAATTTTCCATC;SOR=3.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=114611364;WS=114611346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr5	115173610	rs145826751	A	AC	124	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=2;PP=98;SC=TAAAAATGTTAGATTCTTTTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=115173618;WS=115173600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr5	115298518	rs12522632	A	G	10113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.377;SC=AGCCGACGCCAACCCCGAAAC;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=369;TCF=208;TCR=161;TR=364;WE=115298526;WS=115298508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,388:0.99:390
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chr5	115341638	rs10078759	G	C	7283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=116;NR=126;PP=2965;SC=GACTGCAGTTGATTGATGATG;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=116;TCR=126;TR=242;WE=115341646;WS=115341628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
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chr5	115358190	rs7714138	C	T	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=371;ReadPosRankSum=-0.065;SC=TTATGAAATACAATGATAATT;SOR=0.861;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=23;WE=115358198;WS=115358180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr5	115387403	rs62386607	C	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.755;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=141;ReadPosRankSum=-0.336;SC=ATAGAGCTTTCCCTCCTCCCC;SOR=0.174;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=14;WE=115387411;WS=115387393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr5	115387421	rs1541801	A	G	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=24;PP=673;SC=CCCACTGCTCACTGCGGGCTG;SOR=3.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=115387429;WS=115387411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	115389626	rs954763	A	C	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=3;PP=679;SC=TTTATGGTGAAAGTTACAGAA;SOR=3.193;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=115389634;WS=115389616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	115389946	rs2662472	A	C	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.98;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	115394357	rs6860908	T	C	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=203;SC=TGATTGTACATTAATTTATTC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=115394365;WS=115394352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	115394396	rs6880121	C	G	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=5;PP=446;SC=GCACTGTCATCTTAATGTCAT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=115394404;WS=115394386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	115394626	rs6880759	G	A	5033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=92;NR=79;PP=2776;SC=GCACGCTGCCGTTTAATGTTC;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=92;TCR=79;TR=171;WE=115394634;WS=115394616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr5	115426746	rs10065554	T	C	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=1.595;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr5	115428334	rs1129494	G	T	4372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=3.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=-1.328;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,204:0.65:313
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chr5	115469773	rs1129496	C	T	7317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=0.660;SC=AGCTAGAGACCGTTGGATGGC;SOR=0.800;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=498;TCF=266;TCR=232;TR=324;WE=115469781;WS=115469763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,343:0.66:522
chr5	115628120	rs11337562	CT	C	1215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=2.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.331;QD=6.68;ReadPosRankSum=-1.990;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,98:0.54:182
chr5	115628237	rs114923042	G	T	2963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.373;NF=91;NR=74;PP=1952;ReadPosRankSum=-1.966;SC=TCATTATTTTGCATTGAAGAT;SOR=0.628;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=462;TCF=243;TCR=219;TR=165;WE=115628245;WS=115628227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,166:0.35:477
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chr5	115803578	rs10551961	AGTG	A	3303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=26.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=3.823;QD=13.54;ReadPosRankSum=-2.890;SOR=0.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,95:0.39:244
chr5	115811220	rs423834	T	C	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=1.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.685;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:326,138:0.30:464
chr5	115813726	rs34966	A	G	14286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=273;NR=220;PP=2965;SC=CACTTCCCATATCGTTCACAC;SOR=0.847;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=495;TCF=273;TCR=222;TR=493;WE=115813734;WS=115813716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,541:1.00:541
chr5	115814496	rs40102	C	G	2935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=83;PP=2153;ReadPosRankSum=-0.117;SC=ACAGCTGCGACATAGCCTTCT;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=44;TCR=112;TR=116;WE=115814504;WS=115814486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,119:0.73:163
chr5	115827356	rs154599	C	T	5070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=105;NR=61;PP=2859;SC=TGTGACTCCACGAATCCTCTA;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=105;TCR=61;TR=166;WE=115827364;WS=115827346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr5	115827407	rs154600	G	A	6678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=127;NR=104;PP=2965;SC=GCAAAAGCAAGTGCAACGAGG;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=127;TCR=104;TR=231;WE=115827415;WS=115827397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr5	115831092	rs32972	C	T	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.737;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,53:0.29:185
chr5	115831305	rs32973	G	A	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=297;SC=TAAGGTTAAAGTGGAGGTGGC;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=115831313;WS=115831295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	115837772	rs154466	G	A	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=20;PP=1310;SC=TGCTTGATAAGTTAAAGGAGG;SOR=1.457;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=67;WE=115837780;WS=115837762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	115837789	rs6885854	G	T	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=328;ReadPosRankSum=0.968;SC=GAGGCTTTAAGTTAAATAACA;SOR=0.600;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=91;TCF=61;TCR=30;TR=30;WE=115837797;WS=115837779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,33:0.33:100
chr5	115838117	rs54100	C	G	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=12;PP=400;SC=ACAAAAGAAACCCGTGTTTAA;SOR=1.893;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=115838125;WS=115838107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	117329051	rs5870786	T	TAGAC,TAGACAC	5687.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=4,4;NR=40,40;PP=1590,156;SC=ATATTATATATACACACACAC;SOR=0.844;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=44,44;WE=117329059;WS=117329041;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.13,0.87:122
chr5	117896563	rs5870817	T	TATAG	284.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=4;PP=531;SC=TAGATACATATATAATCTATA;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=117896571;WS=117896553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	117896623	rs5870820	GTGTATA	GTA,G	1426.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10,11;NR=13,13;PP=48,835;SC=GTATATGTGTGTGTATATATA;SOR=1.418;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23,24;WE=117896636;WS=117896613;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:34
chr5	117896669	.	ATT	A,AT	1839.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.3;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=11,11;NR=23,23;PP=415,80;SC=TAAAGCAGGAATTTTTTTTTT;SOR=0.904;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=34,34;WE=117896678;WS=117896659;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.77,0.23:71
chr5	117938634	rs147234228	CACAT	C	149.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.40;MQRankSum=0.000;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr5	117938684	rs62370420	C	A	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.03;QD=25.83;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	118176842	rs3813297	T	C	1823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=48;PP=1167;ReadPosRankSum=0.559;SC=ATTCTATCTATATTTTTCATT;SOR=0.542;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=39;TCR=69;TR=76;WE=118176850;WS=118176832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,81:0.70:116
chr5	118456977	rs10056088	T	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.804;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr5	118464816	rs116491457	A	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=348;ReadPosRankSum=0.238;SC=CAAACAAAATATAAATGTAAT;SOR=1.402;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=15;WE=118464824;WS=118464806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr5	118484804	rs7734532	G	A	2501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=-2.153;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:368,153:0.29:521
chr5	118500981	.	TAAA	T	274.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=-0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.42;ReadPosRankSum=0.004;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr5	118513246	rs34139050	C	CTG	4589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=71;PP=2966;SC=AGTAGAAAGACTTTTAGTTTT;SOR=2.235;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=1;TCR=72;TR=72;WE=118513254;WS=118513236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	118532034	rs6595178	A	C	5857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=118;NR=75;PP=2829;SC=CTATAGAAATAGTTAACAGAT;SOR=0.999;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=118;TCR=75;TR=193;WE=118532042;WS=118532024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr5	118556350	rs2271059	C	T	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=58;PP=1819;SC=ATTTACTGAACTAAAACTTTC;SOR=1.561;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=89;WE=118556358;WS=118556340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	118574562	rs11241496	A	G	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=3;PP=585;SC=TTCAAAGGAAAAAAACGATAC;SOR=2.765;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=29;WE=118574570;WS=118574552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	118576096	.	C	CT	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=1.716;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,17:0.22:78
chr5	118669304	rs56329027	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=1.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=1.683;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,43:0.22:199
chr5	118690998	rs3813309	A	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=103;ReadPosRankSum=0.333;SC=AACTGCAGCAATGAGTGCCCG;SOR=0.454;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=11;WE=118691006;WS=118690988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr5	118691693	rs3797339	C	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.375;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr5	118691929	rs6595185	A	T	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=24;PP=667;SC=CTTTGTCCGCATGCCCTGCGC;SOR=1.556;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=38;WE=118691937;WS=118691919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	118727224	rs3733855	A	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=169;ReadPosRankSum=0.855;SC=GGAGGCTGAGATGGGCAGATC;SOR=0.699;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=17;WE=118727232;WS=118727214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr5	118728495	.	C	CT	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=3.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,27:0.22:125
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chr5	118811533	rs25640	G	A	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.40;ReadPosRankSum=-0.218;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,70:0.71:98
chr5	118813240	rs457106	T	C	4755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.397;SC=AGATGTTGTGTCTGGGGGTTC;SOR=0.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=307;TCF=146;TCR=161;TR=217;WE=118813248;WS=118813230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,226:0.71:318
chr5	118813316	rs463513	A	G	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.160;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=39;PP=973;ReadPosRankSum=-1.052;SC=AATATGTACAACCTTTTAACA;SOR=0.521;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=74;TCF=17;TCR=57;TR=52;WE=118813324;WS=118813306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,56:0.72:78
chr5	118837658	rs257969	T	C	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.43;ReadPosRankSum=-1.248;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,81:0.61:132
chr5	118837833	rs460945	CA	TG	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=645;ReadPosRankSum=-0.666;SC=CTTTTATTTCCAGATTAACCT;SOR=0.437;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=19;WE=118837842;WS=118837823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr5	118845089	rs32663	G	A	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.95;ReadPosRankSum=-1.164;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,38:0.83:46
chr5	118845139	rs32664	G	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.354;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=332;ReadPosRankSum=1.123;SC=CCCAATGTGAGGATGATGAGG;SOR=1.445;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=24;WE=118845147;WS=118845129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr5	118861713	rs11205	A	G	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=58;PP=1286;ReadPosRankSum=-2.599;SC=ATTCAAGGCAATTAAGGTAAA;SOR=0.771;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=162;TCF=76;TCR=86;TR=104;WE=118861721;WS=118861703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,112:0.64:176
chr5	118862971	rs2636961	C	T	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.61;ReadPosRankSum=-0.340;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,61:0.79:77
chr5	118867173	rs17145464	G	C	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.687;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.902;NF=12;NR=27;PP=703;ReadPosRankSum=1.470;SC=AACAATTAAAGACCTTTGAAG;SOR=1.845;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=39;WE=118867181;WS=118867163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,41:0.80:51
chr5	118877529	.	T	TA	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.926;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr5	118965609	rs2431372	C	A	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.138;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.129;NF=11;NR=25;PP=1103;ReadPosRankSum=-0.658;SC=TTTTTTGAGACGGAGTCTCGC;SOR=0.383;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=36;WE=118965631;WS=118965599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,40:0.43:93
chr5	118965623	rs2434599	A	G	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.993;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.162;NF=6;NR=15;PP=1103;ReadPosRankSum=0.305;SC=GTCTCGCTCTATCGCCCAGGC;SOR=0.177;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=21;WE=118965631;WS=118965599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr5	118968423	rs328698	T	G	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.03;ReadPosRankSum=2.849;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,101:0.34:295
chr5	118969960	rs328694	C	T	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=38;PP=1129;ReadPosRankSum=0.874;SC=AGGTACTCCCCCCTCTGATGT;SOR=0.815;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=297;TCF=162;TCR=135;TR=88;WE=118969968;WS=118969950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,95:0.30:319
chr5	118970770	rs2434600	C	T	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=0.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-0.819;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,100:0.27:370
chr5	120021586	rs3833650	ATT	A	2555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.262;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.549;NF=31;NR=15;PP=1768;ReadPosRankSum=-1.156;SC=ACAAAAATAAATTGTTTCTAG;SOR=2.099;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=46;WE=120021595;WS=120021576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,72:0.73:99
chr5	120021819	rs1158194	G	A	11864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=225;NR=200;PP=2965;SC=CAGCACACCCGTCTGCTATCC;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=425;TCF=225;TCR=200;TR=425;WE=120021827;WS=120021809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr5	121330223	rs6595336	C	T	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	121362852	.	T	TA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=-1.001;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,13:0.18:71
chr5	121406076	rs3835066	G	GT	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=281;ReadPosRankSum=1.511;SC=TTTATAAATAGTTTGAGGATG;SOR=0.643;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=8;WE=121406084;WS=121406070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr5	121515195	rs11957829	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=68;ReadPosRankSum=0.493;SC=TTCTCTTTGTAGCAATTGTGA;SOR=0.399;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=9;WE=121515203;WS=121515185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr5	121518378	rs2303655	T	C	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.474;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,52:0.31:169
chr5	121726714	rs1946649	G	A	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=12;PP=867;SC=TTGTTTAAATGTAGACATTAT;SOR=1.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=47;WE=121726722;WS=121726704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	121779262	rs2737094	C	T	2461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.633;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=39;PP=1425;ReadPosRankSum=-0.858;SC=TCCTTCCCACCCAGACTAGAC;SOR=0.919;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=172;TCF=101;TCR=71;TR=102;WE=121779270;WS=121779252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,114:0.61:186
chr5	121779438	rs2737095	C	T	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.598;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=896;ReadPosRankSum=-1.486;SC=ATGCAACCTCCCTGAAAGTTG;SOR=1.259;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=59;WE=121779446;WS=121779428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,63:0.70:90
chr5	121785398	rs2737092	T	C	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.636;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=403;ReadPosRankSum=0.927;SC=TTTCTGAACCTGTAAGGATGA;SOR=0.039;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=27;WE=121785406;WS=121785388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr5	122012270	rs17132683	C	T	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-0.321;QD=3.01;ReadPosRankSum=-1.003;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,77:0.23:329
chr5	122012354	rs2407398	A	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.078;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,34:0.20:174
chr5	122111005	rs2276988	G	T	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=74;PP=1917;SC=GTGTTTGCAAGGACCGTCTTG;SOR=4.640;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=17;TCR=75;TR=90;WE=122111013;WS=122110995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	122165470	rs111995591	TACACACACACACACAC	T,TAC	1676.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.88;QD=38.99;SOR=3.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,33:0.23,0.77:43
chr5	122267456	rs246314	C	T	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=6;PP=499;SC=ATAGAACCCCCGTCTGTATTT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=122267464;WS=122267446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	122272641	rs30042	A	G	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=37;PP=1187;SC=CTTTTATCATAAAGTAAATTT;SOR=1.410;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=64;WE=122272649;WS=122272631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	122281651	rs1038078	C	T	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=1;PP=569;SC=CAGTAGTTCACTTTCTTTTAT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=24;WE=122281659;WS=122281641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	122281709	rs5871017	G	GT,GTT	1035.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.437;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.71;ReadPosRankSum=0.381;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,36,13:0.72,0.26:50
chr5	122301079	rs30055	T	G	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	122343354	.	C	CT	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=7.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.48;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,24:0.17:144
chr5	122359502	rs70988555	A	AAC	744.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.722;QD=15.52;ReadPosRankSum=0.913;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr5	122359839	rs144851383	G	GAC	1897.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=1200;SC=TGACTACTAAGCGTTTTTTAT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=24;WE=122359854;WS=122359829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	122359840	rs374638812	CGTTTTTT	C	1897.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=23;PP=1475;SC=GACTACTAAGCGTTTTTTATG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=122359854;WS=122359829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	122372402	rs28373879	G	C	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=71;PP=2169;SC=TGACGGGACTGCCGGCCGGCT;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=25;TCR=71;TR=96;WE=122372410;WS=122372392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	122425578	rs62375306	C	T	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=7.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.79;ReadPosRankSum=-1.176;SOR=0.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,37:0.76:49
chr5	122425832	rs13182369	G	T	2515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=5.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=1.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,140:0.61:229
chr5	122425971	rs199942027	A	ACCTCCGCCT	1536.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.749;NF=2;NR=9;PP=2981;ReadPosRankSum=-0.670;SC=TTCCTCTTCCACCTCCGCCTC;SOR=0.507;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=11;WE=122425979;WS=122425961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr5	122426334	rs72373561	GGGCGCC	G	2890.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=2981;ReadPosRankSum=4.878;SC=CTCTCTCCCGGGGCGCCGGCG;SOR=0.554;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=28;WE=122426354;WS=122426324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,78:0.81:96
chr5	122426346	.	C	T	2916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.77;ReadPosRankSum=4.410;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,78:0.88:89
chr5	122682154	rs2303719	T	G	4271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=114;NR=26;PP=2965;SC=ACTTTTGAGGTTTTTACAAAG;SOR=2.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=114;TCR=26;TR=140;WE=122682162;WS=122682144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	122682348	rs1047438	A	G	23619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=932;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=435;NR=433;PP=2965;SC=TCAAATAATCATCCAAACCTT;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=870;TCF=437;TCR=433;TR=868;WE=122682356;WS=122682338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,926:1.00:926
chr5	122685727	rs1047437	C	G	6739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.546;SC=GTAGTCTCATCTGTTCCAATT;SOR=0.696;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=388;TCF=200;TCR=188;TR=290;WE=122685735;WS=122685717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,308:0.75:408
chr5	122685801	rs485847	G	A	8166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=160;PP=2965;SC=GAAACAAAGAGACAAGTCATA;SOR=1.084;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=283;TCF=122;TCR=161;TR=282;WE=122685809;WS=122685791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr5	122685906	rs35423173	CT	C	672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.085;HP=13;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.497;NF=1;NR=26;PP=431;ReadPosRankSum=-2.418;SC=ACTGCCAATTCTTTTTTTTTT;SOR=2.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=27;WE=122685915;WS=122685896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr5	122713989	rs79535450	C	T	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=1.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,111:0.27:407
chr5	122714134	.	TA	T	462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=7.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=1.099;SOR=1.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,49:0.49:99
chr5	122718341	rs56006955	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=66;ReadPosRankSum=0.490;SC=AAGGTACCTACAGAACATAGA;SOR=1.262;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=7;WE=122718349;WS=122718331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr5	122718736	rs6595440	G	C	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=814;ReadPosRankSum=-1.925;SC=TAATCTTCTAGAGTCACTGTG;SOR=0.909;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=47;WE=122718744;WS=122718726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,52:0.60:87
chr5	122722369	.	TTAA	T	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.19;MQRankSum=2.676;QD=15.98;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr5	122726783	rs17408604	T	C	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.334;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=390;ReadPosRankSum=1.416;SC=GCCAGGGGAATGAAGGAGGGC;SOR=1.501;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=100;TCF=69;TCR=31;TR=34;WE=122726791;WS=122726773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,40:0.34:117
chr5	122727026	rs6876883	G	A	2630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.469;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=55;PP=1344;ReadPosRankSum=-0.612;SC=CACAGCAGAGGTGAATCTAAT;SOR=0.482;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=163;TCF=72;TCR=91;TR=104;WE=122727034;WS=122727016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,121:0.63:191
chr5	122728913	rs35574017	C	T	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=5;PP=686;ReadPosRankSum=-0.240;SC=AGTTTAGGTACTAAACTCTCG;SOR=0.573;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=34;WE=122728921;WS=122728903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr5	122729230	rs17408694	T	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=5.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.467;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=239;ReadPosRankSum=-0.632;SC=TATTACTTTCTAAACTACTGA;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=14;WE=122729238;WS=122729220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr5	122734724	rs11419318	T	TA	384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.359;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=189;ReadPosRankSum=0.458;SC=TTTCAAAAGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.080;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=15;WE=122734732;WS=122734715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr5	122739421	rs7715577	G	C	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.08;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,85:0.64:133
chr5	122754293	rs71574108	GTT	G	837.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=6.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.81;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,39:0.74:53
chr5	122758268	rs6882791	G	C	2611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=56;PP=1653;ReadPosRankSum=1.391;SC=ATCGCAGGAAGCCTGTATTCA;SOR=0.640;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=158;TCF=73;TCR=85;TR=106;WE=122758276;WS=122758258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,114:0.66:173
chr5	122909345	rs7712330	G	C	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=528;SC=AGCGTTTGACGTAATACAAAT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=122909353;WS=122909335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	122930822	rs141285750	G	A	2390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.756;NF=43;NR=51;PP=1520;ReadPosRankSum=0.635;SC=ATGGTGGCTCGGTACAGGTAT;SOR=0.778;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=148;TCF=69;TCR=79;TR=94;WE=122930830;WS=122930812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,105:0.64:163
chr5	123966143	.	A	AGTGT	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=37.47;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr5	123973701	rs6896590	T	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.759;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,32:0.28:115
chr5	123974608	rs4371750	T	C	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.119;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,41:0.38:107
chr5	123974914	rs114805784	G	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.669;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=297;ReadPosRankSum=0.217;SC=AAGCCTAATGGGGAAAAAATG;SOR=0.693;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=32;WE=123974922;WS=123974904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,38:0.38:100
chr5	123983915	rs6862252	G	T	2831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.87;ReadPosRankSum=-0.954;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,134:0.61:220
chr5	123984763	rs7708070	C	T	6659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.280;SC=CAGCAGACCTCGCTCTCTTCC;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=462;TCF=223;TCR=239;TR=296;WE=123984771;WS=123984753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,310:0.65:480
chr5	123985484	rs11422549	C	CA	1091.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=758;ReadPosRankSum=-1.598;SC=TTTTTGCCAGCAAGTTCTATT;SOR=0.900;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=21;WE=123985492;WS=123985474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,41:0.71:58
chr5	124044428	rs11241764	C	T	2911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=59;PP=1638;ReadPosRankSum=0.612;SC=CAACCCTGCCCTCAAGTGCTG;SOR=0.789;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=183;TCF=94;TCR=89;TR=119;WE=124044436;WS=124044418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,134:0.66:204
chr5	125696140	rs11241887	G	A	3143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=67;PP=1961;SC=CAGTGGGTCCGGACCTGGAAC;SOR=1.652;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=36;TCR=67;TR=103;WE=125696148;WS=125696130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	125828803	rs4358517	A	G	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=460;SC=CAGGAAAGTGAGGAGGGAAAT;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=125828811;WS=125828793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	125885803	rs1038380	T	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr5	125887856	rs2306619	A	G	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=502;ReadPosRankSum=-0.723;SC=AAATAAAAAGAATGAAAGCAT;SOR=0.670;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=141;TCF=76;TCR=65;TR=49;WE=125887864;WS=125887846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,54:0.34:160
chr5	125890269	rs57637772	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=168;ReadPosRankSum=0.671;SC=GAGGACATACGTGATCTCCAT;SOR=1.292;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=11;WE=125890277;WS=125890259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr5	125919529	.	C	CA	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=1.680;QD=1.81;ReadPosRankSum=0.222;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,20:0.27:74
chr5	125944219	rs112502491	G	GTGTTTT	2853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=37;PP=2535;SC=TGTTTATCCTGTGTTTTTGTT;SOR=2.267;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=56;TCF=3;TCR=53;TR=40;WE=125944227;WS=125944209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	126145771	rs2271354	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.054;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=77;ReadPosRankSum=-1.817;SC=AACAGGAGGAAGTTCGTGTGT;SOR=1.584;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=7;WE=126145779;WS=126145761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr5	126156538	rs6867254	T	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,23:0.31:75
chr5	126168563	rs5871235	TG	T	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.895;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=189;ReadPosRankSum=0.349;SC=ACCAAGAGTGTGGTTGGGTTT;SOR=1.154;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=7;WE=126168571;WS=126168553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr5	126171999	rs1051643	T	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=4.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.905;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,36:0.42:86
chr5	126206303	rs34150806	C	T	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.47;ReadPosRankSum=-0.407;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
chr5	126250459	.	A	AACAC	778.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=4.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=1.871;QD=17.31;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr5	126387583	rs61730158	C	T	3346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=62;PP=1887;ReadPosRankSum=-0.403;SC=CAAATTTATACCTTTCATACC;SOR=0.669;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=123;TCR=93;TR=144;WE=126387591;WS=126387573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,160:0.67:239
chr5	126705464	rs141639621	AGGAAC	A	777.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=660;ReadPosRankSum=-0.526;SC=AAGAGGGCTGAGGAACGGACT;SOR=0.495;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=14;WE=126705476;WS=126705454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr5	126732399	rs3812055	G	A	4862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.767;SC=AGAGATGCCAGTGCCAGAATG;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=278;TCF=127;TCR=151;TR=205;WE=126732407;WS=126732389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,218:0.72:301
chr5	126734267	rs6595767	A	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.322;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=560;ReadPosRankSum=-0.432;SC=CAATTATTGAACACAGAAAGC;SOR=0.303;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=32;WE=126734275;WS=126734257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr5	126734365	rs6595769	C	T	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=30;PP=961;ReadPosRankSum=-0.260;SC=GTTAATCCCTCAGCTGTGAGG;SOR=0.540;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=70;TCR=49;TR=74;WE=126734373;WS=126734355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,88:0.66:133
chr5	126745933	rs77896531	T	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.71;ReadPosRankSum=-0.905;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr5	126745940	rs76221063	G	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.30;ReadPosRankSum=-1.221;SOR=0.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr5	126746001	rs80313631	C	G	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=544;ReadPosRankSum=-0.672;SC=TTATGCATAACAAAGCCATTC;SOR=0.613;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=36;WE=126746009;WS=126745991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,42:0.60:70
chr5	126746277	rs31483	C	T	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=38;PP=1169;SC=TCCCTGCCACCTGGAAAACAC;SOR=1.236;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=68;WE=126746285;WS=126746267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	126759817	rs75491699	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=132;ReadPosRankSum=-1.248;SC=TTGTGAAAAGGCTATTCTTTC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=126759825;WS=126759807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr5	126769146	rs11950427	T	C	3295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=67;PP=1659;ReadPosRankSum=1.212;SC=CATGCTCCCCTGATGATGGCA;SOR=0.719;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=205;TCF=110;TCR=95;TR=143;WE=126769154;WS=126769136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,154:0.68:226
chr5	126770359	rs79904777	G	A	6936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=0.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=-1.504;QD=15.01;ReadPosRankSum=1.921;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,321:0.69:462
chr5	126774028	rs76148405	C	T	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=14;PP=746;ReadPosRankSum=-1.469;SC=ATGTACACTGCTAACCTCTCA;SOR=0.882;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=50;WE=126774036;WS=126774018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,54:0.67:81
chr5	126778850	rs7737871	C	T	3077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.677;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=67;PP=1642;ReadPosRankSum=0.232;SC=TGTAGCACTGCAGTATTGTGT;SOR=0.570;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=204;TCF=91;TCR=113;TR=125;WE=126778858;WS=126778840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,143:0.62:229
chr5	126781446	rs2270933	T	C	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=811;ReadPosRankSum=0.804;SC=ATTCGGGTTCTTTAAAACTGG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=14;TCR=51;TR=42;WE=126781454;WS=126781436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,43:0.62:69
chr5	126791256	rs56157640	G	A	2663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.981;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=50;PP=1492;ReadPosRankSum=0.831;SC=CATATGCAGAGATCAATAACT;SOR=0.904;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=148;TCF=74;TCR=74;TR=98;WE=126791264;WS=126791246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,117:0.66:178
chr5	126792974	rs3812052	T	A	2282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.697;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=61;PP=1469;ReadPosRankSum=1.110;SC=AGGACAGTGGTGGTAGCAGCA;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=107;TCR=156;TR=102;WE=126792998;WS=126792964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,113:0.40:282
chr5	126859064	.	A	AT	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr5	126860145	rs7733544	G	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=331;ReadPosRankSum=-0.061;SC=TTTGCAAGAAGAAAGTAATTA;SOR=0.402;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=17;WE=126860153;WS=126860135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr5	126865968	rs17164854	T	C	2237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=24;PP=1391;ReadPosRankSum=-2.341;SC=TACTTACATATTGATTTGTTT;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=115;TCR=40;TR=93;WE=126865976;WS=126865958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,104:0.59:176
chr5	126889370	rs435795	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=193;ReadPosRankSum=-0.243;SC=ATAAGGAAATCTTACAGATTC;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=10;WE=126889378;WS=126889360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr5	126993249	rs45074	G	C	4200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=0.074;SC=CATCCCTAGTGCCCCTTGGGA;SOR=0.781;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=227;TCF=145;TCR=82;TR=164;WE=126993271;WS=126993239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,182:0.73:251
chr5	126993263	rs248709	A	T	4818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.110;SC=CTTGGGAACGAATCAGCAGAT;SOR=0.774;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=277;TCF=170;TCR=107;TR=196;WE=126993271;WS=126993239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,216:0.72:302
chr5	127485599	rs2617618	C	T	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=12;PP=644;SC=TGGGGTGTTACGTTGTTATCT;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=127485607;WS=127485589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	127522153	rs11382084	G	GT	1687.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQRankSum=2.062;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.878;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,111:0.69:160
chr5	127613791	rs426987	C	G	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=375;ReadPosRankSum=0.405;SC=ATGGAGATGACATAACTAACT;SOR=0.766;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=28;WE=127613799;WS=127613781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,29:0.31:95
chr5	127614472	rs190450	A	G	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=1.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.960;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,64:0.26:243
chr5	127622983	rs2042327	C	T	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=0.553;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,46:0.30:153
chr5	127640783	rs27713	G	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.093;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,55:0.29:191
chr5	127640861	rs27855	A	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.667;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=277;ReadPosRankSum=-0.771;SC=CTAATCTGCTATTAATTATTA;SOR=0.349;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=20;WE=127640869;WS=127640851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr5	127648188	rs461146	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.614;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=158;ReadPosRankSum=2.034;SC=GTTTCAGAGTGATCACTGAAA;SOR=0.078;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=15;WE=127648196;WS=127648178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr5	127671924	rs32221	A	G	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=641;ReadPosRankSum=0.106;SC=GAGGAAGTAAAATGTTCTCCT;SOR=0.748;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=125;TCF=49;TCR=76;TR=49;WE=127671932;WS=127671914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,51:0.37:138
chr5	127685135	rs154001	C	T	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.214;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,48:0.26:186
chr5	127697589	rs10519991	A	G	2460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=60;PP=1404;ReadPosRankSum=0.827;SC=TTAAGCATCTATTACAGTGGG;SOR=0.661;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=138;TCF=50;TCR=88;TR=96;WE=127697597;WS=127697579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,106:0.71:150
chr5	127777997	rs13180243	G	A	3644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=3.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.06;ReadPosRankSum=-2.095;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,171:0.61:279
chr5	127855152	rs140146961	GTTAAA	G	3491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.118;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.500;NF=2;NR=50;PP=2506;ReadPosRankSum=-0.374;SC=AGGATCTTATGTTAAATTATA;SOR=0.926;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=102;TCF=3;TCR=99;TR=52;WE=127855164;WS=127855142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,90:0.58:156
chr5	128301824	rs2526246	T	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.827;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=236;ReadPosRankSum=-1.433;SC=CTGGCCCAGTTGCCCCCATGC;SOR=2.412;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=16;WE=128301832;WS=128301814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr5	128301885	rs2526247	T	G	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=319;ReadPosRankSum=0.431;SC=CCTGCACTTCTTGCAGAAACT;SOR=0.659;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=110;TCF=79;TCR=31;TR=33;WE=128301893;WS=128301875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,37:0.31:121
chr5	128301971	rs2577541	T	C	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=4.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.149;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,98:0.31:317
chr5	128302368	rs147696009	CCT	C	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=28;PP=728;ReadPosRankSum=1.202;SC=GCTTTCATACCCTTTTTTTTT;SOR=0.614;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=2;TCR=68;TR=29;WE=128302377;WS=128302358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,20:0.28:71
chr5	128321068	rs11743701	G	C	2421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.213;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=52;PP=1402;ReadPosRankSum=1.231;SC=ATGAATGCGAGAAATTTGCAA;SOR=1.015;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=133;TCF=61;TCR=72;TR=92;WE=128321076;WS=128321058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,103:0.69:150
chr5	128359247	rs31271	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=-0.237;SC=AAATTGCTTGTACAAGTAACT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=5;WE=128359255;WS=128359237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr5	128359297	.	AT	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=2.914;SOR=0.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,12:0.20:61
chr5	128430757	rs1127827	T	C	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.904;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=759;ReadPosRankSum=-0.835;SC=CCTCGTGCCGTTGCAGATCCA;SOR=0.905;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=43;WE=128430765;WS=128430747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,48:0.57:84
chr5	128863471	rs6595908	A	G	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	128990138	.	CA	C	2434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.839;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=77;PP=1045;ReadPosRankSum=-0.246;SC=TAAGACATTCCAAAAAAAAAA;SOR=0.565;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=150;TCF=28;TCR=122;TR=96;WE=128990147;WS=128990128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,156:0.65:241
chr5	129015452	rs30645	T	C	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=28;PP=1340;SC=TGAACCTCTTTATAGCTCTCC;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=74;WE=129015460;WS=129015442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	129015668	rs246443	T	C	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=23;PP=745;SC=TGGCAAGGAATATTCCCAGTG;SOR=1.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=129015676;WS=129015658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	129072943	rs1465686	G	T	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=45;PP=1307;SC=CACAGCTCTTGGCAATTACAT;SOR=1.516;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=69;WE=129072951;WS=129072933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	129100819	rs35674869	AC	A	1103.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=27;PP=650;SC=AACATTTGAAACCCCCCCCAC;SOR=2.133;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=29;WE=129100827;WS=129100809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	129240972	rs33917	G	C	3934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=54;PP=1881;SC=ACGGCCGGCCGGGGAGTAGCC;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=77;TCR=54;TR=130;WE=129240980;WS=129240962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr5	129244122	rs32234	C	T	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=24;PP=713;SC=TCTAGGGCAGCGATTCTATTC;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=129244141;WS=129244112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	129244133	rs2431206	A	G	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=22;PP=601;SC=GATTCTATTCATTCTCTCTGT;SOR=2.242;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=129244141;WS=129244112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	129519874	rs10066410	G	A	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=5;PP=639;SC=TTTCTTTTTAGATAAATCTTT;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=129519882;WS=129519864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	129521126	rs2015018	A	G	10661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=173;NR=195;PP=2965;SC=CCCACTGATGATTACTTCATA;SOR=0.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=369;TCF=174;TCR=195;TR=368;WE=129521134;WS=129521116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr5	130498011	.	CA	C	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=1.329;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr5	130766662	rs1291602	T	C	2064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=54;PP=1161;ReadPosRankSum=-0.466;SC=CAATACTCTCTGTTTAACTGT;SOR=0.656;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=328;TCF=172;TCR=156;TR=112;WE=130766670;WS=130766652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,117:0.34:343
chr5	130791482	rs181504211	A	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=55;ReadPosRankSum=-0.684;SC=TCAATAAATAATGTTTTCATA;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=130791490;WS=130791472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr5	130808198	rs31241	T	C	2997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=32;PP=1689;SC=CAAGTAACTCTAGCACTTGCT;SOR=0.951;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=63;TCR=32;TR=95;WE=130808206;WS=130808188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	130831365	rs40400	T	C	4204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=80;PP=2593;SC=TGTGGAAACATAAAAGAGGCA;SOR=1.008;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=68;TCR=80;TR=148;WE=130831373;WS=130831355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr5	130867733	rs1029472	G	A	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=15;PP=1233;SC=CTCATTTACAGTTCAAAATAA;SOR=2.194;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=61;WE=130867741;WS=130867723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	130928249	rs147304515	TA	T	1170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.28;MQRankSum=0.467;NF=0;NR=23;PP=885;ReadPosRankSum=-0.670;SC=CTGATAATAGTACAAATAATT;SOR=1.038;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=23;WE=130928257;WS=130928239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,33:0.87:38
chr5	130982768	rs26006	A	G	14160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,536:1.00:536
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chr5	131008194	rs26008	T	C	13285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=221;NR=254;PP=2965;SC=AGAAATCATCTGGCACTCATC;SOR=0.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=477;TCF=223;TCR=254;TR=475;WE=131008202;WS=131008184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr5	131066575	rs75131543	T	C	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.064;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,36:0.35:104
chr5	131066577	rs7729787	A	C	3533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.72;SOR=1.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	131066725	rs7730228	C	A	5570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
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chr5	131312238	rs11743803	A	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=0.975;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,29:0.21:136
chr5	131312327	rs370652	G	T	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FS=0.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=-2.888;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:328,136:0.29:464
chr5	131322494	rs77938	C	T	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.75;ReadPosRankSum=1.663;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,76:0.61:124
chr5	131322666	rs67212057	CCACACACTCACA	C	605.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.870;NF=1;NR=11;PP=2973;ReadPosRankSum=0.300;SC=ACACACATACCCACACACTCA;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=12;WE=131322685;WS=131322656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr5	131324119	rs71970	T	G	3195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.677;NF=83;NR=38;PP=2072;ReadPosRankSum=-0.522;SC=CAGAAGGCCATGGAACCTCCT;SOR=0.671;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=120;TCR=55;TR=121;WE=131324127;WS=131324109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,131:0.69:189
chr5	131324250	rs3043838	C	CTG	7210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=92;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.749;SC=GGGCTGTACCCTGTGTGGAGG;SOR=0.730;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=238;TCF=45;TCR=193;TR=118;WE=131324259;WS=131324240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,321:0.66:488
chr5	131325888	rs422130	A	G	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.460;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=32;PP=1033;ReadPosRankSum=-0.961;SC=CTTGTGTCAGAGAGGGGTCAG;SOR=0.527;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=74;WE=131325896;WS=131325878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,98:0.70:141
chr5	131326522	rs5871439	AC	A	6582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=5.228;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.31;ReadPosRankSum=-0.993;SOR=0.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,237:0.98:241
chr5	131330054	rs253944	C	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=-0.819;SC=GGCAGGCCCTCGGGGAGTTGG;SOR=0.175;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=7;WE=131330062;WS=131330044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr5	131396478	rs40401	C	T	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=37;PP=1886;SC=CCAGACAACGCCCTTGAAGAC;SOR=1.169;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=67;TCR=37;TR=104;WE=131396486;WS=131396468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr5	131397995	.	G	T	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=695;ReadPosRankSum=0.559;SC=TGTATTCTCTGCCCCGTTAGG;SOR=0.581;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=92;TCR=43;TR=48;WE=131398003;WS=131397985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,52:0.35:147
chr5	131411460	rs25882	T	C	2521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.437;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,148:0.35:422
chr5	131540053	rs159903	C	T	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=20;PP=555;SC=GCAATCAGTTCCTGGCTATTG;SOR=1.949;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=131540061;WS=131540043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	131546280	rs154483	A	G	4196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=94;PP=2757;SC=AGAGATTCCCACTTCAAGGAA;SOR=1.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=42;TCR=94;TR=136;WE=131546288;WS=131546270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr5	131553427	rs188406019	G	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=387;ReadPosRankSum=0.237;SC=ACTAAGGATGGTTGGGGACTT;SOR=0.631;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=77;TCR=51;TR=35;WE=131553435;WS=131553417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,39:0.27:142
chr5	131553665	rs154485	A	G	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=25;PP=689;SC=CAGCTCTCTGAGGATTATGGG;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=131553673;WS=131553655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	131593336	rs70974026	C	CG	583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.72;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	131593363	.	GGCT	G	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.797;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.843;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr5	131593373	.	GCGGCGGCTC	G	471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.053;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr5	131602166	rs1007602	T	C	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.396;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=58;PP=1450;ReadPosRankSum=0.630;SC=GGCCTGAGGGTAGGAGCTGGC;SOR=0.654;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=352;TCF=176;TCR=176;TR=119;WE=131602174;WS=131602156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,125:0.33:376
chr5	131606936	rs2292260	G	A	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.932;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=39;ReadPosRankSum=0.360;SC=CAGACCCCAAGTCCACAGGGT;SOR=0.464;Source=Platypus;TCF=62;TR=60;WE=131606944;WS=131606926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,61:0.31:196
chr5	131607080	rs270619	A	G	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=33;PP=1037;ReadPosRankSum=0.752;SC=TGCGGGAGCCAGCCGAGCCCG;SOR=0.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=294;TCF=183;TCR=111;TR=85;WE=131607088;WS=131607070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,92:0.29:314
chr5	131607297	rs162886	A	G	7239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1598;ExcessHet=3.0103;FS=0.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.078;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1130,464:0.29:1594
chr5	131607588	rs4877	G	T	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FS=0.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=1.022;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,127:0.28:447
chr5	131607942	rs9895	G	C	2958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.197;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=82;PP=1954;ReadPosRankSum=2.881;SC=CTGCTCCCACGCCTGCTTCTT;SOR=0.573;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=431;TCF=184;TCR=247;TR=150;WE=131607950;WS=131607932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,160:0.34:472
chr5	131649222	.	G	A	33	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=4;NR=2;PP=33;QD=11.2952020912;SC=AAAACACTAAGTCTGCATTGA;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=6;WE=131649230;WS=131649212;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:23,6:0.21:29
chr5	131658085	rs270600	T	C	4737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=93;PP=2434;SC=CCCTCTGCTGTGGGTCAGCAC;SOR=1.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=74;TCR=93;TR=166;WE=131658093;WS=131658075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr5	131660119	rs273915	G	C	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=-1.306;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr5	131667548	rs2304081	G	A	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=2.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=-1.754;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,49:0.24:201
chr5	131671769	rs272878	T	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=8.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=-1.073;SOR=0.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr5	131701279	rs367805	T	C	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=1.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=1.581;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,56:0.29:192
chr5	131701410	rs111421603	AGTGGC	A	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=194;ReadPosRankSum=-0.784;SC=GCTGGAGTGCAGTGGCGCGAT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=131701422;WS=131701400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr5	131705949	rs2631365	T	C	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.378;NF=32;NR=40;PP=777;ReadPosRankSum=-0.177;SC=TCTCGGCGCTTGGGCTGGAGC;SOR=0.689;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=232;TCF=104;TCR=128;TR=72;WE=131705957;WS=131705939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,76:0.31:247
chr5	131713774	rs2073642	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=71;ReadPosRankSum=0.655;SC=TAGGAGCAAGCGTTAGAGGCC;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=7;WE=131713782;WS=131713764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr5	131719689	rs71583486	G	T	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=402;ReadPosRankSum=1.769;SC=CATGGGCACTGTGAGACCGAG;SOR=0.596;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=121;TCF=78;TCR=43;TR=36;WE=131719697;WS=131719679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,41:0.30:136
chr5	131719999	rs4551059	A	G	3865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=69;PP=2272;SC=CCTGGGTATGACCATCAGGTT;SOR=1.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=47;TCR=69;TR=116;WE=131720007;WS=131719989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	131720070	rs274559	A	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=1.034;SOR=0.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr5	131721174	rs274558	A	G	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=60;PP=1468;ReadPosRankSum=1.983;SC=CGGGGGTGCTATGCGTGGCAC;SOR=0.694;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=313;TCF=158;TCR=155;TR=116;WE=131721182;WS=131721164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,120:0.36:335
chr5	131721204	rs274557	T	C	2269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=61;PP=1544;ReadPosRankSum=-2.231;SC=GAGTGTGACCTTGTGCCCCAT;SOR=0.770;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=319;TCF=154;TCR=165;TR=112;WE=131721212;WS=131721194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,121:0.34:351
chr5	131722951	rs274555	C	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=210;ReadPosRankSum=-0.321;SC=GCCCTCTCTCCGCCCAAGCCC;SOR=0.604;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=17;WE=131722959;WS=131722941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,21:0.30:71
chr5	131730052	rs60522531	CA	C	721.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=505;ReadPosRankSum=-0.158;SC=CCTTCAGTGACAAAAGGCCTT;SOR=0.474;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=69;TCF=2;TCR=67;TR=20;WE=131730060;WS=131730042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,38:0.33:115
chr5	131755477	rs4451042	G	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr5	131796498	rs2522048	T	C	8858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=144;NR=154;PP=2965;SC=AACAAAACCATCAGCCCTGCT;SOR=0.891;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=300;TCF=144;TCR=156;TR=298;WE=131796506;WS=131796488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr5	131796573	rs2522049	T	C	4584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=86;PP=2183;SC=CCTGTAATGGTGGTTGTGAGG;SOR=1.153;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=66;TCR=86;TR=152;WE=131796581;WS=131796563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr5	131819798	rs2070731	T	C	10038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr5	131819798	.	TAG	CAA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=86;NR=108;PP=2947;QD=20;SC=TGTATGAGGGTAGGGGACGGT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=89;TCR=113;TR=194;WE=131819808;WS=131819788;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,194:0.96:202
chr5	131819800	rs2070730	G	A	10038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.22;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr5	131819921	rs2070729	C	A	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=21;PP=1212;SC=GCATGGCAGCCGTAGCTAATT;SOR=0.823;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=131819929;WS=131819911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	131819970	rs7701588	T	C	3768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.82;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	131819977	rs2070728	C	T	4908.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.32;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	131821188	rs17848418	C	T	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=8;PP=642;SC=CTTCCCTTCCCATGGTGGCTT;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=131821196;WS=131821178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	131821246	rs10068129	G	A	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	131821738	rs2070726	C	A	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=4;PP=732;SC=CCTCCTCTCACCAGCCCCCAC;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=131821746;WS=131821730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	131821788	rs2070725	C	T	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=22;PP=1875;SC=CTAGTGTCCCCGTCGCTTGCC;SOR=1.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=69;TCR=22;TR=91;WE=131821796;WS=131821778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	131821866	rs10214312	T	G	8476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.884;SC=GGAGTTCTGATCATCTTTTCT;SOR=0.372;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=305;TCF=182;TCR=123;TR=304;WE=131821874;WS=131821856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,319:1.00:320
chr5	131822055	rs9282762	T	C	24220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=280;NR=238;PP=2965;SC=TGACAGCACATGGCGACAGTG;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=520;TCF=282;TCR=238;TR=518;WE=131822063;WS=131822045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,545:1.00:545
chr5	131822072	rs2070724	A	G	25848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=311;NR=269;PP=2965;SC=AGTGCTGGGGAACAGCAGAAG;SOR=0.810;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=583;TCF=313;TCR=270;TR=580;WE=131822080;WS=131822062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,612:1.00:612
chr5	131822133	rs9282763	T	C	20689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=760;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=388;NR=357;PP=2965;SC=TCGAGCGCCCTCCGACCAACC;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=747;TCF=389;TCR=358;TR=745;WE=131822141;WS=131822119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,757:1.00:757
chr5	131822224	rs9282761	T	C	17517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=308;NR=306;PP=2965;SC=CTGTGGGGTCTCCTGCCAGAC;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=614;TCF=308;TCR=306;TR=614;WE=131822232;WS=131822214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,634:1.00:634
chr5	131823862	rs35829610	C	CTG	1516.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=1369;SC=CTGGCTTGGACACCCATCTTG;SOR=2.964;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=27;WE=131823870;WS=131823852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	131892357	rs2706335	C	T	8867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr5	131892979	rs4526098	G	A	6523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=139;NR=86;PP=2965;SC=GCCTTTGTGGGCTCCAGGTCC;SOR=1.272;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=140;TCR=86;TR=225;WE=131892987;WS=131892969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr5	131924341	rs104895045	C	T	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=14;PP=867;ReadPosRankSum=-0.962;SC=TTTTAAGCACCAGTTGAAAAA;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=51;WE=131924349;WS=131924331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,56:0.70:80
chr5	131995843	rs1295686	T	C	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=19;PP=856;ReadPosRankSum=0.354;SC=GTTCTACTCATGTGCTGACCT;SOR=0.621;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=62;WE=131995851;WS=131995833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,73:0.69:106
chr5	131995964	rs20541	A	G	5313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.406;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.954;SC=CGCGAGGGACAGTTCAACTGA;SOR=0.660;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=341;TCF=176;TCR=165;TR=232;WE=131995972;WS=131995954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,250:0.68:366
chr5	132035252	.	CTT	C	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-0.410;QD=0.93;ReadPosRankSum=-1.112;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,11:0.17:65
chr5	132036252	rs1468216	T	C	5911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=0.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.67;ReadPosRankSum=0.182;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,279:0.69:403
chr5	132036489	rs1468215	A	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=230;ReadPosRankSum=1.269;SC=TGAGTAATAAAAGTCTCAAAA;SOR=0.495;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=16;WE=132036497;WS=132036479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr5	132038199	rs3213639	C	T	3041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.025;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=36;PP=1784;ReadPosRankSum=-0.635;SC=AAAGAACTCCCTTTTAAAAAA;SOR=0.907;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=169;TCF=110;TCR=59;TR=113;WE=132038207;WS=132038189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,130:0.69:189
chr5	132039132	rs2285700	C	A	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.284;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=868;ReadPosRankSum=0.202;SC=ATCATGAATTCATCTCAATTC;SOR=0.392;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=58;WE=132039140;WS=132039122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,60:0.76:79
chr5	132046789	rs11740584	G	C	5158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.170;SC=TATCCTGTACGAAGTCATTAG;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=322;TCF=113;TCR=209;TR=210;WE=132046797;WS=132046779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,221:0.65:340
chr5	132056147	rs2074529	C	A	3140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.593;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=43;PP=2068;ReadPosRankSum=0.575;SC=TTTCATTCATCTATGCTCTCT;SOR=0.283;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=206;TCF=148;TCR=58;TR=133;WE=132056155;WS=132056137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,139:0.64:218
chr5	132070242	rs7732520	C	T	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=7;PP=171;SC=AATTTATAAACTTTAAAAGGC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=132070250;WS=132070232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	132098242	rs30510	A	G	9309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.740;SC=TCTGGACCCCATTGCTGACCA;SOR=0.749;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=335;TCF=183;TCR=152;TR=332;WE=132098250;WS=132098232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,366:0.99:368
chr5	132149684	rs40274	G	C	6524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=140;NR=83;PP=2965;SC=CCCTTGGTCCGGGTGCCGCGG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=142;TCR=84;TR=223;WE=132149692;WS=132149674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr5	132150948	rs40470	T	G	10796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=169;NR=188;PP=2965;SC=TGCCCAGTTTTCCTCCAACAA;SOR=0.891;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=357;TCF=169;TCR=188;TR=357;WE=132150956;WS=132150938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr5	132198199	rs254286	G	A	6910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=140;PP=2965;SC=AGTGTTCAACGGTAGTAATGC;SOR=1.252;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=99;TCR=140;TR=239;WE=132198207;WS=132198189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr5	132198287	rs254285	C	G	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=45;PP=1281;SC=GCTTGAAAATCAGTCAACACA;SOR=5.507;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=47;WE=132198295;WS=132198277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	132220941	rs3835017	CGTGTGTGT	CGT,C	301.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=1,1;NR=2,2;PP=78,138;SC=CACCAAAATACGTGTGTGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3,3;WE=132220956;WS=132220931;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:8
chr5	132227677	rs6596093	A	G	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=15;PP=1336;SC=CTGACTTACCACCTTCACAGT;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=55;TCR=15;TR=70;WE=132227685;WS=132227667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	132234152	rs34099243	C	CG	1174.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=21;PP=1085;SC=ACATCCAAATCGACAACCAAC;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=23;WE=132234160;WS=132234142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	132234182	rs34333760	CT	C	338.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.13;ReadPosRankSum=0.626;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
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chr5	132437613	.	CTTTTTTT	C	121.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=-0.842;QD=13.55;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
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chr5	132559950	rs2303671	T	G	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	132561277	rs2241583	G	A	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.64;ReadPosRankSum=2.207;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,82:0.66:124
chr5	132561468	rs61741674	C	A	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=858;ReadPosRankSum=-0.188;SC=CCACTCCAGGCTCCTGTGCCT;SOR=0.686;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=73;TCR=85;TR=71;WE=132561476;WS=132561458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,77:0.45:173
chr5	132561546	rs202162962	C	T	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=276;ReadPosRankSum=-0.536;SC=GAGAAAGAGACGGCCCTGACC;SOR=0.873;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=18;WE=132561554;WS=132561536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr5	132569260	rs35758896	GCCT	G	1353.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.830;QD=8.91;ReadPosRankSum=0.813;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,42:0.28:152
chr5	133311842	rs34017723	G	C	3794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=78;PP=2368;SC=ATTAAGGGAAGTCAGAAGTTC;SOR=1.163;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=55;TCR=78;TR=133;WE=133311850;WS=133311832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	133316325	.	TA	T	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.155;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,26:0.33:79
chr5	133316357	.	A	G	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=2.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=1.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,32:0.30:106
chr5	133316707	.	C	CT	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.876;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.989;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,29:0.21:141
chr5	133328560	rs10491289	A	G	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=-0.370;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,88:0.26:333
chr5	133450497	rs173424	A	G	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=4;PP=234;SC=CCGCGATCCGAGCTCGGAGGT;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=133450505;WS=133450487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	133451683	rs5742913	C	A	19213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=763;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.25;ReadPosRankSum=-0.864;SOR=0.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,759:1.00:761
chr5	133459573	rs17167274	A	G	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=630;ReadPosRankSum=0.980;SC=GAACTCGAACAGAGCCAAGGG;SOR=0.847;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=47;WE=133459581;WS=133459563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,56:0.53:105
chr5	133537438	rs2302598	T	A	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=27;PP=1287;SC=TTAAAAAATATCCCCAAAGGG;SOR=1.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=72;WE=133537446;WS=133537428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	133537479	rs2302599	T	G	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.772;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=48;PP=2002;ReadPosRankSum=-0.577;SC=CATAAGCACCTGAACACTAAA;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=129;TCF=79;TCR=50;TR=127;WE=133537487;WS=133537469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,142:0.99:143
chr5	133541548	rs2239543	A	G	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=15;PP=1186;SC=TAACTGGGGGAAAAAAAACTT;SOR=1.487;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=54;WE=133541556;WS=133541538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	133561589	rs3863186	G	C	15308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=244;NR=292;PP=2965;SC=GCTCCGCGCTGCTCCCGCGCC;SOR=0.942;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=540;TCF=245;TCR=295;TR=536;WE=133561597;WS=133561579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,563:1.00:563
chr5	133638034	rs17165388	C	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=298;ReadPosRankSum=-0.261;SC=ACACTACACACAATACAGATA;SOR=0.594;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=24;WE=133638042;WS=133638024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,24:0.35:69
chr5	133657610	rs139337657	G	GA	4677.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=80;PP=1258;ReadPosRankSum=-0.085;SC=ACAGATCAGGGAAAAAAAAAT;SOR=0.977;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=116;TCF=12;TCR=104;TR=92;WE=133657618;WS=133657600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,211:0.97:217
chr5	133861426	rs75304543	G	T	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=7.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=1.903;SOR=0.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,77:0.28:272
chr5	133873572	rs329126	A	C	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=35;PP=2092;SC=TTTCTCCCTCATGAACATTCT;SOR=1.482;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=75;TCR=35;TR=110;WE=133873580;WS=133873562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr5	133887780	rs12163993	G	A	13416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=834;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.759;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=275;NR=292;PP=2962;ReadPosRankSum=1.099;SC=TGAAGATCCCGGACTCATACC;SOR=0.707;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=787;TCF=393;TCR=394;TR=567;WE=133887788;WS=133887770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,599:0.72:834
chr5	133896744	rs2589404	A	G	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=39;PP=1124;SC=TGTGGACAGAAGCCCTTAAGA;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=133896752;WS=133896734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	133897829	rs329304	C	T	5872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=2.126;SC=ATGCAGCTGACTGCTGACCAG;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=391;TCF=222;TCR=169;TR=263;WE=133897837;WS=133897819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,270:0.66:410
chr5	133900111	rs329311	A	C	5324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr5	133909475	rs329322	G	A	6149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.582;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.048;SC=CCCACCTGCCGCCGCCACCTC;SOR=0.639;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=354;TCF=181;TCR=173;TR=261;WE=133909483;WS=133909460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,281:0.74:379
chr5	133942492	rs7728741	T	C	1904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=14;PP=1411;ReadPosRankSum=0.983;SC=TCAATTCTCATTCAAATTAAG;SOR=0.970;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=77;TCR=19;TR=74;WE=133942500;WS=133942482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,77:0.76:101
chr5	133944043	rs201249311	AT	A	963.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.053;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,89:0.71:126
chr5	133956668	rs11558540	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=-0.669;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,23:0.21:112
chr5	133984645	rs61421945	CT	C	2348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.310;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=4.665;NF=19;NR=34;PP=1787;ReadPosRankSum=0.382;SC=GCGCCCCCCCCTCTTCTCCCA;SOR=0.383;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=180;TCF=81;TCR=99;TR=53;WE=133984653;WS=133984635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,88:0.31:280
chr5	134011834	.	C	CT	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=1.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.681;QD=0.54;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,28:0.17:160
chr5	134015276	.	G	GT	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=-1.962;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,32:0.19:166
chr5	134015523	rs10042142	C	G	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=37;PP=1006;SC=TTATTTACCTCTAGTCAATCC;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=44;WE=134015531;WS=134015513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	134033777	rs246341	G	A	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=72;PP=2048;SC=GCGTAGGACTGAATAATATTT;SOR=3.134;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=15;TCR=73;TR=87;WE=134033785;WS=134033767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	134076812	rs12657663	G	A	3705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=48;PP=2056;ReadPosRankSum=1.278;SC=CTCCCTCAGCGTTCCTTCCGT;SOR=0.640;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=131;TCR=69;TR=140;WE=134076820;WS=134076802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,163:0.73:224
chr5	134106761	rs35505581	CTCTT	C	872.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.797;QD=30.09;ReadPosRankSum=-0.519;SOR=0.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr5	134113558	rs254713	G	A	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=4;NR=7;PP=171;SC=TACTTTTTCTGAGTACCAGAG;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=134113566;WS=134113548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	134164284	rs34675300	GT	G	563.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=0.826;QD=11.99;ReadPosRankSum=-0.800;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,36:0.77:47
chr5	134305852	.	AT	A	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.795;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,31:0.30:104
chr5	134344497	rs299376	T	C	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=14;PP=1037;ReadPosRankSum=-1.080;SC=CCACTGGGTCTGGGCCCTCAG;SOR=0.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=74;TCR=24;TR=59;WE=134344505;WS=134344487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,63:0.61:103
chr5	134344929	rs299378	C	G	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=565;ReadPosRankSum=-0.589;SC=GCTTGAGTGGCGGCTGGCCCT;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=31;WE=134344937;WS=134344919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr5	134346304	rs877812	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=102;ReadPosRankSum=0.912;SC=AGTGAAGGGGGTGATGACTGA;SOR=0.340;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=10;WE=134346312;WS=134346294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
chr5	134364406	rs71660434	TCCGCGC	T	856.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=795;ReadPosRankSum=1.985;SC=GCGTGCGTCCTCCGCGCCCGC;SOR=0.996;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=13;WE=134364419;WS=134364396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr5	134364996	rs1131611	G	T	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=43;PP=787;ReadPosRankSum=-1.128;SC=TTGGCTCGCCGGTTCTTGAAC;SOR=0.632;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=267;TCF=115;TCR=152;TR=77;WE=134365004;WS=134364986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,83:0.28:299
chr5	134365070	rs10056994	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.564;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,19:0.24:79
chr5	134365091	rs474853	T	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=227;ReadPosRankSum=0.944;SC=GCCTGGAGCCTTCCGTCGGCC;SOR=0.910;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=15;WE=134365099;WS=134365081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr5	134368400	rs7700313	T	C	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=313;ReadPosRankSum=-0.217;SC=CTCTCTAGGTTTTAAAAATAA;SOR=0.452;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=17;WE=134368408;WS=134368390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr5	134368721	rs10716861	CA	C	348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.429;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=379;ReadPosRankSum=1.657;SC=CCAGCTCGGACAAAAAAAGGC;SOR=1.048;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=19;WE=134368729;WS=134368711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr5	134369258	rs72800397	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=158;ReadPosRankSum=1.700;SC=CCGTCAGGTCGAGAACGGGAA;SOR=0.610;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=12;WE=134369266;WS=134369248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr5	134724622	rs11548903	T	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=-2.194;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,35:0.25:141
chr5	134871440	rs8192558	A	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=1.051;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,11:0.19:59
chr5	134914350	rs2072347	G	A	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=1.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.69;ReadPosRankSum=-1.355;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,119:0.37:318
chr5	134986006	rs801560	G	A	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=15;PP=962;SC=TCCTTGACTGGTACACTCCAA;SOR=1.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=134986014;WS=134985996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	134986196	rs10045717	C	T	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=35;PP=1284;SC=AGGATGACTCCAGGACAAGGG;SOR=0.815;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=69;WE=134986204;WS=134986186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	134986256	rs149152270	A	AAAC	2187.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.28;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	135138782	rs11738183	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.20;ReadPosRankSum=1.258;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr5	135170658	rs17738773	T	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=431;ReadPosRankSum=-0.605;SC=CTGAGGAAACTTTGCCTCTGT;SOR=1.099;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=26;WE=135170666;WS=135170648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,28:0.34:82
chr5	135170682	rs79647085	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=4;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=302;ReadPosRankSum=-0.126;SC=CTGCCATCCCGCTCCCCGTTG;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=25;WE=135170690;WS=135170672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,27:0.34:79
chr5	135170981	rs17738826	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.630;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr5	135178081	rs6596269	T	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=233;ReadPosRankSum=-0.776;SC=GCTGAGTTACTAGGCATTCTT;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=21;WE=135178089;WS=135178071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,21:0.24:86
chr5	135178124	rs2304075	T	C	3318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr5	135178142	rs6596270	A	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.300;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,30:0.22:134
chr5	135178231	rs2304076	T	C	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=2.153;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,23:0.29:79
chr5	135185983	rs113304805	G	A	2727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=39;PP=1610;ReadPosRankSum=0.531;SC=CACCAGCCTGGCCAGGACTGA;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=155;TCF=100;TCR=55;TR=107;WE=135185991;WS=135185973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,118:0.69:172
chr5	135186075	rs2304077	A	G	5821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.064;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.638;SC=GGCTATGAATAACCTCTGCGC;SOR=0.629;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=351;TCF=182;TCR=169;TR=233;WE=135186083;WS=135186065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,259:0.66:390
chr5	135188214	rs2304078	G	C	11803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=237;NR=188;PP=2965;SC=ACGGCAGCCCGGGGTCCTCAC;SOR=0.946;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=426;TCF=237;TCR=189;TR=425;WE=135188222;WS=135188204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr5	135207382	rs2304080	C	T	11463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=192;NR=219;PP=2965;SC=GCCCCTGTGCCGTGTGGCTGG;SOR=0.955;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=411;TCF=192;TCR=219;TR=411;WE=135207390;WS=135207372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr5	135215575	rs2269926	A	T	2477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=18;PP=1793;SC=AGGCAGCACCACTAGCTATTC;SOR=2.331;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=62;TCR=18;TR=79;WE=135215583;WS=135215565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	135215835	.	CT	C	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=3.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-0.662;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,42:0.23:183
chr5	135228165	rs2069885	G	A	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=1.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.536;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,71:0.32:220
chr5	135229633	rs2069882	T	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=105;ReadPosRankSum=-2.117;SC=CATCCTTTTGTGTTCAAACAG;SOR=0.437;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=9;WE=135229641;WS=135229623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr5	135258105	rs39604	G	A	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.54;ReadPosRankSum=0.075;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,81:0.61:132
chr5	135276201	rs1160982	AGTT	A	6534.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=45;PP=2967;SC=CAGCACTTACAGTTGTTTTTA;SOR=1.257;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=81;WE=135276211;WS=135276191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr5	135276314	rs40986	C	T	7257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=125;NR=126;PP=2965;SC=CTAAGACTCCCAAAGATGAGT;SOR=0.830;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=125;TCR=126;TR=251;WE=135276322;WS=135276304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr5	135276701	rs31548	T	C	4759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=67;PP=2965;SC=TGAGAATTTTTCCCAACTTCC;SOR=1.017;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=165;TCF=98;TCR=67;TR=163;WE=135276709;WS=135276691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr5	135276814	rs2066913	G	A	2124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=49;PP=1432;ReadPosRankSum=2.453;SC=TCTCAAGCGAGACTCATGTTA;SOR=0.625;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=268;TCF=137;TCR=131;TR=103;WE=135276822;WS=135276804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,109:0.38:287
chr5	135276847	rs31547	T	C	6485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.063;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=1.545;SC=TTCGAATTGATGTTGTGAGTG;SOR=0.274;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=236;TCF=124;TCR=112;TR=232;WE=135276855;WS=135276837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,250:1.00:251
chr5	135277394	rs11376205	G	GT	1486.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=33;PP=970;SC=TGTTGTTGTTGTTTTTTTAAT;SOR=1.536;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=33;WE=135277402;WS=135277384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	135283222	rs977691	T	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.170;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr5	135287029	rs31517	T	C	8148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=166;PP=2965;SC=GAGCACAAGATGTCCACACCC;SOR=1.040;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=297;TCF=131;TCR=166;TR=297;WE=135287037;WS=135287019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr5	135365006	rs4976361	A	G	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	135379612	rs4976464	A	G	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.62;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	135382989	rs1442	G	C	7682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=149;NR=111;PP=2965;SC=GTGCCCGGCTGCTGAAAGCCG;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=149;TCR=111;TR=260;WE=135382997;WS=135382979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr5	135385172	rs34334509	C	T	5564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.12;ReadPosRankSum=3.524;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,264:0.62:424
chr5	135496820	.	CA	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.48;ReadPosRankSum=1.030;SOR=0.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,22:0.19:115
chr5	135513085	rs55765823	T	TC	7822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=72;PP=2936;SC=GGATTGAGATTATCTTCATGG;SOR=0.764;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=91;TCF=18;TCR=73;TR=88;WE=135513093;WS=135513075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr5	135700760	rs11307237	GA	G	522.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=2;PP=368;SC=TTCTATAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=5.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=23;WE=135700768;WS=135700750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	135700900	rs11404834	G	GA	4685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.065;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=59;PP=1251;ReadPosRankSum=-0.363;SC=ACCTCTACTGGAAAAAAAAAT;SOR=0.227;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=91;TCF=27;TCR=64;TR=82;WE=135700908;WS=135700890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,205:0.98:209
chr5	136315200	rs3217011	AT	A	7480.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=102;PP=2967;SC=AGACATGCAGATGATACTCGG;SOR=1.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=116;TCF=12;TCR=104;TR=113;WE=136315208;WS=136315190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr5	136315221	rs13158661	C	T	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.063;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=540;ReadPosRankSum=-1.185;SC=GGTTAATGCCCGTCAACACAG;SOR=0.434;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=148;TCF=60;TCR=88;TR=49;WE=136315229;WS=136315211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,55:0.35:159
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chr5	136969637	rs7713180	A	G	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=968;ReadPosRankSum=-1.267;SC=CTGCACATGTACCCTCTAAAT;SOR=0.797;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=100;TCF=65;TCR=35;TR=65;WE=136969645;WS=136969627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,74:0.64:115
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chr5	136997776	rs70979550	AC	A	2722.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.17;ReadPosRankSum=-2.426;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,90:0.67:135
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chr5	137013106	rs2967791	C	T	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.46;ReadPosRankSum=-1.838;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,43:0.70:61
chr5	137027953	rs2301710	A	T	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=12;PP=763;SC=GAGGAGGTGCAGCAGTCCGGC;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=137027961;WS=137027943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	137028029	rs2905608	T	C	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	137034169	rs41298968	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=9.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.244;SOR=0.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr5	137056006	rs11741787	A	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.024;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr5	137056027	rs6887727	T	C	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=26;PP=1383;SC=GGAACTCAAGTGACTAAGAAT;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=84;TCF=56;TCR=28;TR=82;WE=137056035;WS=137056017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	137088805	rs200727298	C	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.841;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=266;ReadPosRankSum=-1.132;SC=AGAGCTACCCCTATAGCCACT;SOR=0.958;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=99;TCF=69;TCR=30;TR=27;WE=137088813;WS=137088795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,29:0.26:112
chr5	137206560	rs6890689	A	C	11948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=200;NR=214;PP=2965;SC=TGCTTCTCCCAAGCAGCATGC;SOR=0.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=417;TCF=201;TCR=216;TR=414;WE=137206568;WS=137206550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr5	137217596	.	A	G	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=4.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=1.062;SOR=0.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,19:0.21:92
chr5	137241856	rs700605	T	C	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=27;PP=1547;SC=ATATAAATGCTTGAAATGAAC;SOR=1.337;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=84;WE=137241864;WS=137241846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	137244517	rs1880458	G	A	4526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr5	137257288	rs4304074	A	G	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=18;PP=856;SC=GTATGTACATAAAGGTATATA;SOR=1.132;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=45;WE=137257296;WS=137257278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	137259179	rs12187140	T	C	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	137259251	rs13188503	C	T	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=26;PP=781;SC=CTAAGACAAACCTCATATAGT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=137259259;WS=137259241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	137271968	rs7701617	T	G	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=7;PP=626;SC=ACATGAAAGTTTATTACTGAC;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=137271976;WS=137271958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	137272149	.	C	CT	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=-0.745;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,11:0.20:56
chr5	137281708	rs1125979	A	C	6402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=103;NR=114;PP=2965;SC=AAAAAAAGAAATTGTCTAGTC;SOR=0.943;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=103;TCR=114;TR=217;WE=137281716;WS=137281698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr5	137292133	rs3836896	C	CA	7546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=71;PP=2364;SC=CCATAAAAGGCAAAAAAACTA;SOR=1.179;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=158;TCF=70;TCR=88;TR=131;WE=137292141;WS=137292123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr5	137295823	rs9327802	T	C	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=15;PP=892;SC=TAGGCAAGTTTTTAAAGACTA;SOR=1.140;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=137295831;WS=137295813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	137297923	rs4835738	C	T	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=349;SC=CAAATCCAAACATTTATGGGT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=137297931;WS=137297921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	137323117	rs7714536	A	G	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=6;PP=586;SC=CAATTTTATAACATTTAATAA;SOR=1.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=31;WE=137323125;WS=137323107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	137342589	rs3756686	T	C	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=5;PP=1415;SC=CTTTCACATATAGTTACAGTT;SOR=4.277;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=59;TCR=5;TR=62;WE=137342597;WS=137342579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	137347403	rs12187885	G	A	2773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=37;PP=1632;SC=CACCGTGCCCGGCCTCACATA;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=55;TCR=38;TR=92;WE=137347411;WS=137347393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	137347498	rs10064910	G	A	4212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr5	137354851	rs66908638	CA	C	739.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=28;PP=498;ReadPosRankSum=0.502;SC=AAATGAAAGACAAAAAAAAAA;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=28;WE=137354859;WS=137354841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr5	137372207	rs6596419	A	T	11325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FS=3.054;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.51;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,441:0.99:444
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chr5	137426447	rs6596422	G	A	8106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=130;PP=2965;SC=GCGCAGAGGCGGAACTGATCT;SOR=0.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=151;TCR=130;TR=281;WE=137426455;WS=137426437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr5	137427274	rs3860103	G	C	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=26;PP=839;SC=TAGAGTGTTGGATTTTTTATC;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=137427282;WS=137427264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	137454353	.	T	C	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.552;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=1.553;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.527;SOR=0.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr5	137454358	rs6878575	C	G	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=215;SC=ATTTTTAGTACAGACGGGGTT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=137454366;WS=137454344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	137464887	rs11428296	A	AT	849.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=4.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.543;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,77:0.32:243
chr5	137476416	rs412051	T	C	9980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=185;NR=167;PP=2965;SC=CAGGACTTCTTGCCGCATCTC;SOR=0.725;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=352;TCF=185;TCR=167;TR=352;WE=137476424;WS=137476406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr5	137485292	rs217270	C	T	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=6;PP=372;SC=AACAGAAGTACGAATCTTAAC;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=137485300;WS=137485282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	137501396	rs2269957	A	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=204;ReadPosRankSum=-1.059;SC=GCCTGGATGAAAGAGCAAGAC;SOR=1.473;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=14;WE=137501404;WS=137501386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr5	137502183	rs146949871	T	A	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.168;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=571;ReadPosRankSum=-0.984;SC=AAATTTTAGATCTAGTGGCTG;SOR=1.110;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=38;WE=137502191;WS=137502173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,51:0.68:75
chr5	137506434	rs13155519	G	A	3216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=73;NR=34;PP=1993;SC=CTAAAGGGACGGCAATTGGAG;SOR=1.453;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=73;TCR=34;TR=107;WE=137506442;WS=137506424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	137507104	rs11303706	TA	T	1513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.704;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,115:0.79:145
chr5	137513369	rs10671440	G	GAA,GAAA	2486.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.584;QD=24.14;ReadPosRankSum=1.280;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,70,28:0.68,0.27:103
chr5	137524951	.	G	GT	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.057;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.710;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.895;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr5	137548988	rs76907133	G	A	3821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=685;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=116;PP=2429;ReadPosRankSum=-1.207;SC=GACCATGGAGGTACTCGCAGC;SOR=0.652;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=650;TCF=284;TCR=366;TR=208;WE=137549008;WS=137548978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:463,219:0.32:682
chr5	137589876	rs367624929	CT	C	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=4.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.647;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,41:0.34:121
chr5	137661434	rs3734165	T	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.683;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=138;ReadPosRankSum=0.183;SC=CTATGTCTCATTATGATACCA;SOR=0.339;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=17;WE=137661442;WS=137661424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,18:0.27:67
chr5	137664241	rs11567968	A	G	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=419;ReadPosRankSum=-2.009;SC=ATAAAGAATCAGTAAAAGGAG;SOR=0.500;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=104;TCF=41;TCR=63;TR=36;WE=137664251;WS=137664231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,33:0.29:114
chr5	137665323	rs3734166	G	A	3145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.669;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=72;PP=1757;ReadPosRankSum=-2.411;SC=TCGAGGCAACGTTTTGGGGTT;SOR=0.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=97;TCR=121;TR=132;WE=137665331;WS=137665313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,145:0.63:230
chr5	137665462	rs3734167	C	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=370;ReadPosRankSum=-0.507;SC=CTCTGTCCCCCCAGCTCAAGT;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=18;WE=137665470;WS=137665452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr5	137673623	rs56316522	C	A	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.975;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,56:0.37:151
chr5	137682714	rs2269953	T	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=0.384;SC=AAGTGTCGAGTCCCCAAGGCT;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=8;WE=137682722;WS=137682704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr5	137710013	rs12522867	T	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=4.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr5	137717265	rs6865472	G	A	4818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr5	137733891	rs17294563	A	G	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.416;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=465;ReadPosRankSum=0.638;SC=GAAAAGGGGTACTCCGTGTGG;SOR=0.435;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=103;TCF=63;TCR=40;TR=42;WE=137733899;WS=137733881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,48:0.40:119
chr5	137735754	rs4835680	A	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=147;ReadPosRankSum=-1.463;SC=GGTATGTCCAAGATGTTGTGG;SOR=0.174;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=14;WE=137735762;WS=137735744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr5	137780336	rs4835794	T	C	6095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=109;NR=78;PP=2965;SC=CCAAAGTGACTTGGCAGGGCT;SOR=1.094;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=110;TCR=79;TR=187;WE=137780344;WS=137780326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr5	137846155	rs4835685	A	G	10025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr5	137847080	rs147121305	C	CAT	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr5	137847082	rs35404194	C	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.86;ReadPosRankSum=0.181;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr5	137847090	rs376642798	CAT	C	69.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr5	137847092	rs11738208	T	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.43;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr5	137909973	rs41294564	G	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=128;ReadPosRankSum=-0.041;SC=GTAAATAAAAGATGGCCTTAG;SOR=0.582;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=10;WE=137909981;WS=137909963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr5	138117938	rs700626	A	G	4109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;QD=25.53;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr5	138473077	rs11431215	C	CA	4016.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=48;PP=1777;SC=AGTTTGGCCCCAAAGCCATGC;SOR=0.707;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=69;TCF=15;TCR=54;TR=63;WE=138473087;WS=138473067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	138643062	rs12153162	T	A	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.952;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,51:0.58:88
chr5	138713959	rs6596474	A	C	3699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=61;NR=70;PP=1860;SC=GGGAGCGAGGAGAAGAGGGCC;SOR=1.042;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=61;TCR=70;TR=131;WE=138713967;WS=138713949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr5	138715502	rs33972313	C	T	5254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.287;SC=AGCAGCCACACGGTCATGATG;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=377;TCF=179;TCR=198;TR=222;WE=138715510;WS=138715492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,249:0.61:407
chr5	138718476	rs11242461	T	C	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=14;PP=290;SC=TCTCCCACTTTGCATTGCTTC;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=138718484;WS=138718466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	138718878	rs59914331	C	CA	130.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=32.70;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	138720156	rs12515989	C	T	4399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=698;ExcessHet=3.0103;FS=1.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.764;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:451,246:0.35:697
chr5	138720336	rs6596476	T	C	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=83;PP=2575;SC=CCCCTGCAGATACGGCTCCAT;SOR=2.854;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=21;TCR=83;TR=104;WE=138720344;WS=138720326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	138723112	rs138480317	C	CTCCA	608.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=533;ReadPosRankSum=-0.741;SC=GAACACTGCACTCCAGCCTGG;SOR=1.148;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=14;WE=138723120;WS=138723102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr5	138723168	.	G	GT	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.556;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,31:0.27:114
chr5	138723408	rs62001866	G	A	4325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=84;PP=2748;ReadPosRankSum=1.302;SC=AGTGGAGACCGTCAGAGCAAG;SOR=0.618;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=265;TCF=142;TCR=123;TR=173;WE=138723416;WS=138723398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,188:0.66:286
chr5	138724126	rs33937093	TG	T	2533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=20;PP=1767;SC=AGGAGGGAGGTGGGGGGCAGG;SOR=1.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=55;WE=138724134;WS=138724116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	138724457	rs9327846	A	G	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=7;PP=338;SC=TGGGATGGGGATGGGGGATGG;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=138724465;WS=138724447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	138728483	rs10078623	A	G	7480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=138;NR=102;PP=2965;SC=CTGGGCCTCTACATCCCTGTT;SOR=0.815;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=138;TCR=102;TR=240;WE=138728491;WS=138728473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr5	138728533	rs10063870	C	T	4921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=1.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.43;ReadPosRankSum=2.469;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,229:0.67:341
chr5	138732579	rs10900862	C	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.381;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,54:0.25:215
chr5	138738178	rs4074032	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=168;ReadPosRankSum=0.399;SC=GTGATTTGCCCGCCTTGGCCT;SOR=1.755;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=12;WE=138738186;WS=138738168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr5	138754741	rs4835728	T	C	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=55;NR=50;PP=1490;SC=GCACTGTGACTGAAGAGCTAA;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=106;TCF=55;TCR=51;TR=105;WE=138754749;WS=138754731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	138773090	rs10900864	A	G	9577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr5	138775173	rs3923059	T	C	9028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=191;PP=2965;SC=GCCTCCCCCGTGCCCGAGGCT;SOR=1.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=313;TCF=122;TCR=191;TR=313;WE=138775181;WS=138775163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr5	138852369	rs13153461	G	A	11752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=211;NR=207;PP=2965;SC=GCCAGATGGTGGCATCTACCT;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=422;TCF=212;TCR=210;TR=418;WE=138852377;WS=138852359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr5	138857919	rs1131769	T	C	4139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=85;NR=58;PP=2004;SC=GATGCCAGCATGGTCACCGGT;SOR=0.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=85;TCR=58;TR=143;WE=138857927;WS=138857909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr5	138861146	rs7447927	C	G	8718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=126;PP=2965;SC=CTAGGTGGAGCACCAGGTACC;SOR=0.838;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=286;TCF=160;TCR=126;TR=284;WE=138861154;WS=138861136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr5	139213452	rs4912884	A	G	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=35;PP=1106;SC=TGTGCCTCGTAAAATCCTGGC;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=139213460;WS=139213442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	139216901	rs11440487	A	AG	5038.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=72;PP=2936;SC=GGCACCCCGAAGCCCCAGGCA;SOR=1.195;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=3;TCR=73;TR=75;WE=139216909;WS=139216891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	139422531	.	CGCT	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=3.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=3.309;QD=0.30;ReadPosRankSum=0.906;SOR=1.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,21:0.08:249
chr5	139641896	rs6867870	C	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.829;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=316;ReadPosRankSum=-1.885;SC=CATTTCTTTCCGAGTAAAAGT;SOR=1.638;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=21;WE=139641904;WS=139641886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr5	139660916	rs3777095	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.798;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=121;ReadPosRankSum=0.533;SC=CGTAATTATAGAAAATAAAAA;SOR=0.093;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=10;WE=139660924;WS=139660906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr5	139661279	rs6893253	T	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.761;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=0.431;SC=TTAAACCTTCTTGGCTGAGAA;SOR=4.166;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=139661287;WS=139661269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr5	139722345	rs2074611	G	A	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=4.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=-1.023;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,84:0.29:292
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chr5	139741471	rs148468134	CCCTTT	C	6180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.992;NF=34;NR=62;PP=2943;ReadPosRankSum=2.718;SC=TCCTTGGGGTCCCTTTCCAGT;SOR=0.558;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=155;TCF=61;TCR=94;TR=96;WE=139741483;WS=139741461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,155:0.67:230
chr5	139745154	rs6860077	T	C	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.29;ReadPosRankSum=0.656;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,104:0.72:144
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chr5	139921961	rs9324644	G	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=455;ReadPosRankSum=0.486;SC=TGCAAGAGAGGACCATCCTTA;SOR=0.582;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=29;WE=139921969;WS=139921951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr5	139931628	rs3085220	A	AGT,AGTC	4930.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=2962;ReadPosRankSum=2.171;SC=ATCCTCCATCACAGCCTCAGA;SOR=0.887;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=112;TCF=26;TCR=86;TR=41;WE=139931637;WS=139931618;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.49:255
chr5	139931629	rs5871740	C	CG	4930.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=4.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.96;ReadPosRankSum=2.036;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,128:0.49:260
chr5	139931776	rs60236323	AGG	A	2229.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=32;PP=2304;ReadPosRankSum=0.763;SC=GGGACTGAAAAGGTACAGCAG;SOR=0.574;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=54;TCF=3;TCR=51;TR=33;WE=139931787;WS=139931766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,56:0.64:87
chr5	139931779	rs10589076	T	A	2238.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=2304;ReadPosRankSum=0.317;SC=ACTGAAAAGGTACAGCAGGAT;SOR=0.641;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=52;WE=139931787;WS=139931766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,57:0.66:87
chr5	139936680	rs143712554	ACCC	A,AC	4014.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.417;QD=23.34;ReadPosRankSum=0.534;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:31,67,74:0.39,0.43:172
chr5	139936760	rs250426	G	T	4445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.753;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.299;NF=99;NR=196;PP=2962;ReadPosRankSum=1.564;SC=GGGGTGCGGCGACCCTCTTGG;SOR=1.071;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=406;TCF=139;TCR=267;TR=295;WE=139936768;WS=139936750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,214:0.74:288
chr5	139936980	rs250427	A	G	8178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.992;SC=CCGGGGCGACAACCTAGTGCC;SOR=0.601;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=507;TCF=238;TCR=269;TR=360;WE=139936988;WS=139936970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,378:0.70:538
chr5	139937146	rs2249213	G	A	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.830;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=32;PP=758;ReadPosRankSum=2.724;SC=ATCCGTGGAGGATGGATGCTG;SOR=3.142;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=53;TCF=5;TCR=48;TR=33;WE=139937154;WS=139937136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr5	139940233	rs250431	G	A	13076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=798;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=279;NR=300;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.486;SC=CCTGAATGGGGTGTGCAGTCA;SOR=0.669;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=774;TCF=373;TCR=401;TR=579;WE=139940241;WS=139940223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,593:0.74:796
chr5	139941228	rs250430	A	G	5772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=0.119;SC=ACATCACAGCAAAACACATGG;SOR=0.596;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=339;TCF=163;TCR=176;TR=243;WE=139941236;WS=139941218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,257:0.72:356
chr5	139941318	rs171632	A	G	5474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.173;SC=CTGGGGTAGAAGCTGGTTAGA;SOR=0.602;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=278;TCF=152;TCR=126;TR=201;WE=139941326;WS=139941308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,230:0.73:313
chr5	140012329	.	C	T	2795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.208;ClippingRankSum=0.000;DP=562;ExcessHet=3.0103;FS=1.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.899;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:392,168:0.30:560
chr5	140023818	rs753279	C	T	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.392;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=753;ReadPosRankSum=0.733;SC=ATCTGGTAGTCGGATTGTATG;SOR=0.385;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=52;WE=140023826;WS=140023808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,59:0.71:83
chr5	140024042	rs753280	T	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.327;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=138;ReadPosRankSum=0.606;SC=TGAGAACATGTATGTAGAAGA;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=9;WE=140024050;WS=140024032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr5	140024115	rs150507013	TTGTG	T	1082.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.832;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.773;NF=15;NR=6;PP=843;ReadPosRankSum=-1.152;SC=GTTATGATCTTTGTGTTTCAT;SOR=0.990;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=21;WE=140024126;WS=140024105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,34:0.29:119
chr5	140024432	rs702399	C	T	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=392;ReadPosRankSum=-2.268;SC=CCTGGCTAACCTATATAGGTT;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=22;WE=140024440;WS=140024422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr5	140024491	rs702398	A	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=6.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=341;ReadPosRankSum=1.666;SC=CCTCTGGAGTAGGCTGACCCA;SOR=0.783;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=67;TCF=55;TCR=12;TR=19;WE=140024499;WS=140024481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,19:0.29:66
chr5	140027216	rs778593	T	C	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=52;PP=1162;ReadPosRankSum=1.068;SC=GGCCAAGTGCTCCGGTCTGAC;SOR=0.608;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=298;TCF=126;TCR=172;TR=94;WE=140027224;WS=140027206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,103:0.32:322
chr5	140027304	rs778594	T	C	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=-1.352;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,25:0.27:93
chr5	140027592	rs70988770	G	GGT	360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.676;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr5	140027621	.	GTGTGTGTGTATGTA	G	507.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=5.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.518;SOR=1.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr5	140031537	rs1583005	G	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=-1.456;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,24:0.21:114
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chr5	140048267	rs2530245	T	C	6198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=114;NR=97;PP=2965;SC=AGGTGGTATCTGTCTCTGGGA;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=114;TCR=97;TR=211;WE=140048275;WS=140048257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr5	140051983	rs2530243	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.328;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr5	140052271	rs2563333	A	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-1.587;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr5	140054485	rs2530241	C	T	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.417;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=557;ReadPosRankSum=-0.280;SC=AAGCTGGCACCCTGTTCTTAG;SOR=0.640;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=120;TCF=60;TCR=60;TR=41;WE=140054493;WS=140054475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,51:0.40:129
chr5	140057216	rs811382	G	A	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.325;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=567;ReadPosRankSum=-1.820;SC=TCTGGGAAAAGAAGTCAAGTA;SOR=0.906;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=129;TCF=81;TCR=48;TR=42;WE=140057224;WS=140057206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,44:0.31:143
chr5	140057535	rs2230361	G	A	3795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=76;PP=2194;ReadPosRankSum=0.183;SC=TCAGGATCTCGCACATGATCT;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=137;TCR=118;TR=164;WE=140057543;WS=140057525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,176:0.64:275
chr5	140062547	rs2530239	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=242;ReadPosRankSum=-2.083;SC=TTCTTGTCCCCCTTCTTATTG;SOR=0.266;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=42;TCR=0;TR=15;WE=140062555;WS=140062545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr5	140075011	rs112793807	C	CAGTTGATAT	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.842;NF=4;NR=0;PP=934;ReadPosRankSum=-1.978;SC=GGATGAGATCCAGGCCCAGTC;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=4;WE=140075019;WS=140075005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr5	140077699	rs2530234	A	G	2868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=80;PP=2174;SC=GGGACGAAGTATTTCTGCCTT;SOR=3.611;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=14;TCR=80;TR=94;WE=140077707;WS=140077689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	140081791	rs809635	A	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=284;ReadPosRankSum=-1.701;SC=AGGAAGTGTTAAGGAAGGTCC;SOR=0.515;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=23;WE=140081799;WS=140081781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr5	140167463	rs3733710	C	T	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=939;ReadPosRankSum=0.660;SC=GGAGCTGGAGCTGCTGCAGTT;SOR=0.534;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=101;TCF=61;TCR=40;TR=66;WE=140167471;WS=140167453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,73:0.66:110
chr5	140168070	rs2240696	A	G	3568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=63;PP=2182;ReadPosRankSum=2.643;SC=GAGGGTGCGTATGTGCCGGGC;SOR=0.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=113;TCR=92;TR=139;WE=140168078;WS=140168060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,155:0.68:227
chr5	140168151	rs2240695	G	T	4133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.502;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=79;PP=2517;ReadPosRankSum=-0.551;SC=CAGAGGGTGTGCTCTAGCGAG;SOR=0.692;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=135;TCR=118;TR=166;WE=140168159;WS=140168141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,187:0.66:284
chr5	140174622	rs9686540	G	A	1648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=2.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.613;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,74:0.67:111
chr5	140174865	rs11167600	G	C	2682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=54;PP=1726;ReadPosRankSum=1.221;SC=TAGCATCCACGTGGAGGTGAT;SOR=0.590;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=188;TCF=101;TCR=87;TR=115;WE=140174873;WS=140174855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,121:0.62:195
chr5	140180737	rs3806845	C	T	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.33;ReadPosRankSum=2.031;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,57:0.65:88
chr5	140181648	rs3733709	T	C	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.512;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=40;PP=1382;ReadPosRankSum=-0.066;SC=TCAGCAGATATTCTGTCAAAA;SOR=1.090;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=367;TCF=204;TCR=163;TR=111;WE=140181656;WS=140181638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,124:0.31:403
chr5	140181734	rs3733708	A	G	9933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=226;NR=205;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.411;SC=GTCATATGAAATCCAGGTAGA;SOR=0.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=603;TCF=316;TCR=287;TR=431;WE=140181742;WS=140181724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,455:0.71:638
chr5	140181892	rs3733707	T	C	4770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=100;PP=2909;ReadPosRankSum=1.540;SC=CAGTCATCGCTCTGATCAGCG;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=269;TCF=120;TCR=149;TR=184;WE=140181900;WS=140181882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,207:0.69:301
chr5	140182101	rs7701755	G	T	2089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.14;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,97:0.70:138
chr5	140183058	rs2240694	G	A	6080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.632;SC=CAGAGGGTGTGCTCTGGAGAG;SOR=0.619;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=368;TCF=177;TCR=191;TR=255;WE=140183066;WS=140183048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,278:0.69:403
chr5	140186438	rs3756337	G	C	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.964;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=23;PP=1140;ReadPosRankSum=0.116;SC=CAATCAATCAGTGGTACAATG;SOR=0.541;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=65;WE=140186446;WS=140186428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,68:0.75:91
chr5	140186657	rs4151680	A	G	2766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=59;PP=1748;ReadPosRankSum=1.140;SC=GGAACCATATACACTCTTTGG;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=68;TCR=79;TR=110;WE=140186665;WS=140186647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,117:0.77:152
chr5	140186937	rs11167605	G	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.587;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.930;NF=2;NR=9;PP=222;ReadPosRankSum=0.224;SC=TGGGACTGGAGCTGGCGGAGC;SOR=0.986;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=11;WE=140186945;WS=140186927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
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chr5	140187102	rs3822347	A	G	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.455;NF=49;NR=23;PP=1233;ReadPosRankSum=0.113;SC=AGGTGATCGTAGACAGGCCGC;SOR=0.884;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=138;TCF=90;TCR=48;TR=72;WE=140187110;WS=140187092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,76:0.49:156
chr5	140187322	rs3822346	C	T	4041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=66;PP=2586;ReadPosRankSum=1.973;SC=GGAAAAACCACCTGATGACGA;SOR=0.860;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=232;TCF=132;TCR=100;TR=156;WE=140187330;WS=140187312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,176:0.68:258
chr5	140188383	rs2337987	T	G	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.894;NF=34;NR=20;PP=776;ReadPosRankSum=-0.518;SC=AGGTGACCGCTCGCGATGCCG;SOR=0.516;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=54;WE=140188391;WS=140188373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,65:0.83:78
chr5	140188401	rs2879086	A	G	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=5.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-1.238;QD=17.47;ReadPosRankSum=0.373;SOR=0.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,81:0.80:101
chr5	140188575	rs2879087	G	C	2891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=48;PP=1822;ReadPosRankSum=-0.321;SC=ATGCTGACTCGGGCTACAACG;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=183;TCF=109;TCR=74;TR=122;WE=140188583;WS=140188565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,125:0.66:188
chr5	140201264	rs4151682	C	T	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=15;PP=1050;ReadPosRankSum=-1.081;SC=CTCAGAAAGGCGATAATATAA;SOR=1.004;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=96;TCF=72;TCR=24;TR=67;WE=140201272;WS=140201254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,77:0.73:106
chr5	140201420	rs11958868	T	C	5022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.41;ReadPosRankSum=0.624;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,232:0.71:326
chr5	140203432	rs4141841	C	T	3848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.331;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=85;PP=2553;ReadPosRankSum=-0.218;SC=CCCGAGGCTGCCCTGGTGGAT;SOR=1.070;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=235;TCF=112;TCR=123;TR=153;WE=140203440;WS=140203422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,166:0.66:253
chr5	140209467	rs7710794	T	G	4448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.344;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=85;PP=2803;ReadPosRankSum=1.757;SC=TGCGCGCAGTTGACGCCGACT;SOR=0.678;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=256;TCF=134;TCR=122;TR=171;WE=140209475;WS=140209457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,188:0.68:277
chr5	140214381	rs10067182	G	A	2629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.472;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.522;NF=53;NR=68;PP=1842;ReadPosRankSum=-2.103;SC=GCGACACAAAGGAATCTGTTC;SOR=0.928;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=241;TCF=117;TCR=124;TR=121;WE=140214389;WS=140214371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,125:0.49:255
chr5	140221195	rs199713478	G	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=4.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.70;MQRankSum=-5.628;QD=0.40;ReadPosRankSum=0.386;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,20:0.15:137
chr5	140222157	rs3733705	A	C	3492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.694;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.785;NF=58;NR=94;PP=2241;ReadPosRankSum=0.051;SC=ACCGCGAGAGAGTGTCGGCCT;SOR=0.274;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=214;TCF=75;TCR=139;TR=152;WE=140222165;WS=140222147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,151:0.69:219
chr5	140222641	rs6580012	A	G	3354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.807;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=67;PP=2016;ReadPosRankSum=-0.661;SC=CGCAGCGAGCAAGCTGGTGCC;SOR=0.569;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=205;TCF=114;TCR=91;TR=147;WE=140222649;WS=140222631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,154:0.70:219
chr5	140228164	rs251353	C	A	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=792;ReadPosRankSum=0.076;SC=TGGTGGGGAGCGGCCAGCTCC;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=72;TCR=80;TR=54;WE=140228172;WS=140228154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,57:0.35:163
chr5	140229086	rs251354	C	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.585;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.140;NF=28;NR=10;PP=443;ReadPosRankSum=-1.875;SC=TCATTGTACACTTCTTGTGGA;SOR=0.970;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=116;TCF=76;TCR=40;TR=38;WE=140229094;WS=140229076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,40:0.33:120
chr5	140230370	rs369636	AA	CC	5845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=83;PP=2944;ReadPosRankSum=0.583;SC=TGGCGAGGGTAAGCAGAAGAC;SOR=0.759;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=435;TCF=204;TCR=231;TR=154;WE=140230379;WS=140230360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,164:0.35:474
chr5	140237387	rs251364	T	G	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=22;PP=775;ReadPosRankSum=-0.613;SC=CGGTCGGTGGTTGCGGGTCAC;SOR=0.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=105;TCR=60;TR=60;WE=140237395;WS=140237377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,66:0.36:183
chr5	140237548	rs630162	A	G	4027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=91;PP=2477;ReadPosRankSum=0.563;SC=TCTGGATGAGACTGACTCGCC;SOR=0.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=595;TCF=326;TCR=269;TR=204;WE=140237556;WS=140237538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:420,225:0.35:645
chr5	140242451	rs11321479	GC	G	883.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.226;NF=15;NR=11;PP=784;ReadPosRankSum=-1.870;SC=ATGTGACGCTGCCAGGTATTA;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=26;WE=140242459;WS=140242441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,35:0.29:120
chr5	140242479	rs251369	T	A	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.425;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.177;NF=31;NR=15;PP=548;ReadPosRankSum=-2.275;SC=AACGACAACTTTGTCTGCGCT;SOR=0.868;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=144;TCF=99;TCR=45;TR=46;WE=140242487;WS=140242469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,48:0.30:160
chr5	140248539	rs192231	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.698;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr5	140255792	rs251377	C	A	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.931;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:311,104:0.25:415
chr5	140263290	rs251380	T	G	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.324;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,39:0.25:153
chr5	140307284	rs155361	G	A	3990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=90;PP=2445;ReadPosRankSum=-1.334;SC=GGGAAGTCCAGTACTCCCTAA;SOR=0.684;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=230;TCF=103;TCR=127;TR=165;WE=140307292;WS=140307274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,176:0.71:247
chr5	140307746	rs155820	C	G	4378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.733;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=89;PP=2582;ReadPosRankSum=0.291;SC=GTGGCTCACCCCCACTTAGCA;SOR=0.503;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=279;TCF=153;TCR=126;TR=185;WE=140307754;WS=140307736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,203:0.66:307
chr5	140307969	rs246074	C	G	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=1388;ReadPosRankSum=0.665;SC=CTCTAGCTTGCTGGCAGTGGA;SOR=0.805;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=140;TCF=74;TCR=66;TR=86;WE=140307977;WS=140307959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,88:0.62:141
chr5	140309016	rs155360	C	T	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=900;ReadPosRankSum=1.226;SC=ATCAATTGAACTAAACACTCC;SOR=0.682;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=49;WE=140309024;WS=140309006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,52:0.79:66
chr5	140346468	rs155364	T	A	3762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=76;PP=2137;ReadPosRankSum=-1.779;SC=TACCTGGCCCTGCGGCCTCCC;SOR=0.580;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=282;TCF=159;TCR=123;TR=168;WE=140346476;WS=140346458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,183:0.58:314
chr5	140346712	rs155808	T	C	4684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.723;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=72;PP=2943;ReadPosRankSum=2.203;SC=CCTGCTCAGCTTGGAAGTGCT;SOR=0.966;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=255;TCF=145;TCR=110;TR=177;WE=140346720;WS=140346702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,196:0.71:276
chr5	140347053	rs155807	C	T	9127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=178;PP=2962;ReadPosRankSum=0.794;SC=ATGGGGGCATCCCAGCCCGCT;SOR=0.617;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=558;TCF=292;TCR=266;TR=373;WE=140347061;WS=140347043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,399:0.68:588
chr5	140482483	rs31848	G	A	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.83;MQRankSum=-0.920;QD=19.21;ReadPosRankSum=1.708;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr5	140502177	rs3776100	G	A	3803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=77;PP=2313;ReadPosRankSum=-1.191;SC=ACAAACCACTGGATCGAGAGG;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=114;TCR=117;TR=154;WE=140502185;WS=140502167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,171:0.67:255
chr5	140517174	rs400562	T	C	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=18;PP=906;SC=CAGGGCGGCCTCGGTCGGTCG;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=43;WE=140517182;WS=140517164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	140529711	rs4151693	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=102;ReadPosRankSum=0.217;SC=TCCGGGAAGGCAGTCGTCGCC;SOR=1.179;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=9;WE=140529719;WS=140529701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr5	140529778	rs4151694	C	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=365;ReadPosRankSum=0.379;SC=AGAGGGTCGACGGTAGATGTG;SOR=0.321;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=26;WE=140529786;WS=140529768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr5	140529826	rs144451759	A	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.353;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=230;ReadPosRankSum=-0.446;SC=TTCCGTATTCAGACATAATAG;SOR=1.482;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=23;WE=140529834;WS=140529816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,27:0.31:88
chr5	140530529	rs3776096	G	A	6053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.211;SC=TCAGATCCAGGTTTTGGACAT;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=395;TCF=210;TCR=185;TR=247;WE=140530537;WS=140530519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,263:0.63:418
chr5	140553581	rs2910313	G	C	3839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=71;PP=2422;SC=CCAGGACGATGTCCCCTTCAT;SOR=1.122;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=128;TCF=57;TCR=71;TR=127;WE=140553589;WS=140553571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	140554606	rs11741863	T	C	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.941;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=987;ReadPosRankSum=0.087;SC=AGGGCCCCTTTCCACGACATC;SOR=0.333;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=76;TCF=57;TCR=19;TR=56;WE=140554614;WS=140554596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,59:0.73:81
chr5	140554808	rs6892507	T	A	2784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=74;PP=1806;ReadPosRankSum=-0.211;SC=ATAAAGAATGTAAACTAAATC;SOR=0.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=202;TCF=82;TCR=120;TR=122;WE=140554816;WS=140554798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,130:0.60:216
chr5	140558212	rs2950845	A	C	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=27.709;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.811;NF=35;NR=17;PP=705;ReadPosRankSum=1.332;SC=TGCTGGACAAAGCGCTGGACC;SOR=1.327;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=52;WE=140558220;WS=140558202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,56:0.68:82
chr5	140558308	rs2910316	T	C	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=46.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQRankSum=-10.095;QD=6.42;ReadPosRankSum=-1.748;SOR=4.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,24:0.18:136
chr5	140558313	.	T	TCC	1353.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.710;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=63.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQRankSum=-10.548;QD=9.21;ReadPosRankSum=-1.910;SOR=4.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,31:0.21:147
chr5	140558315	.	GTC	G	1541.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.615;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=55.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQRankSum=-10.059;QD=9.64;ReadPosRankSum=-2.840;SOR=3.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,41:0.26:160
chr5	140558326	rs2910317	T	C	1859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=35.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQRankSum=-8.948;QD=10.51;ReadPosRankSum=-3.693;SOR=2.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,63:0.36:177
chr5	140558345	rs2950844	G	C	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=23.233;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=7.017;NF=46;NR=42;PP=1308;ReadPosRankSum=1.707;SC=CCCTGAATTTGAGCAGCCTTT;SOR=0.666;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=176;TCF=102;TCR=74;TR=88;WE=140558353;WS=140558335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,105:0.52:203
chr5	140564048	rs17844664	G	C	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.867;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.376;NF=12;NR=2;PP=160;ReadPosRankSum=0.679;SC=CAGCCAAGCAGAGGCTGGTGG;SOR=1.786;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=14;WE=140564056;WS=140564038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr5	140564088	rs13176519	C	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.826;NF=18;NR=8;PP=301;ReadPosRankSum=3.001;SC=CGAGCCTCCGCGCTCGGCCAC;SOR=1.255;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=26;WE=140564096;WS=140564078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr5	140564263	rs17844666	C	T	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.587;NF=23;NR=11;PP=657;ReadPosRankSum=0.346;SC=CTGTTCGTGGCGGTGCGGCTG;SOR=0.679;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=34;WE=140564271;WS=140564253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr5	140567264	rs2740588	G	T	4639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.389;NF=100;NR=97;PP=2889;ReadPosRankSum=-1.110;SC=TGAGAGTCAGGGATATAAATG;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=297;TCF=151;TCR=146;TR=197;WE=140567272;WS=140567254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,215:0.66:326
chr5	140567445	rs17844512	A	G	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.890;NF=39;ReadPosRankSum=-2.408;SC=AATTAGTGGCAGTGATGAAGG;SOR=0.657;Source=Platypus;TCF=64;WE=140567453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,76:0.59:129
chr5	140568026	rs2697531	T	C	5424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.505;NF=75;NR=84;PP=2161;ReadPosRankSum=-0.327;SC=CCGGAGAAAATGGAAAGACAT;SOR=0.637;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=244;TCF=112;TCR=132;TR=159;WE=140568042;WS=140568016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,254:0.66:384
chr5	140568034	rs33974901	C	CA	15898.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=122;PP=2957;SC=AATGGAAAGACATTTGCTATG;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=41;TCR=124;TR=161;WE=140568042;WS=140568016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr5	140569353	rs3733691	G	A	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=372;ReadPosRankSum=0.743;SC=AATTGTGTATGCCCACCACAA;SOR=1.329;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=21;WE=140569361;WS=140569343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr5	140572668	rs597064	C	T	3188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=65;PP=2160;ReadPosRankSum=0.257;SC=TCCATATTAACATTAGTGGCG;SOR=0.608;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=87;TCR=86;TR=129;WE=140572676;WS=140572658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,136:0.74:185
chr5	140572763	rs2907323	C	G	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=2.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.910;QD=5.43;ReadPosRankSum=2.300;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,55:0.29:191
chr5	140581510	rs638054	G	T	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.97;MQRankSum=1.780;NF=41;NR=10;PP=860;ReadPosRankSum=1.318;SC=GGGCGGCCTCGGTGGGAAGCT;SOR=1.133;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=51;WE=140581518;WS=140581500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,55:0.75:73
chr5	140589738	rs2910327	C	T	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=6.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=-0.617;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,77:0.28:273
chr5	140590766	rs2910006	A	G	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=812;ReadPosRankSum=0.881;SC=CAGGTCAAATAAGTTCAAATT;SOR=0.583;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=203;TCF=116;TCR=87;TR=65;WE=140590774;WS=140590756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,70:0.32:219
chr5	140594442	rs17844607	A	G	2486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FS=3.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=-15.347;QD=3.88;ReadPosRankSum=-1.456;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:474,167:0.26:641
chr5	140594466	rs17844608	GG	AA	2282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FS=10.334;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-18.910;QD=4.65;ReadPosRankSum=-1.577;SOR=1.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:404,87:0.18:491
chr5	140594470	rs17844610	G	A	2235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FS=7.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQRankSum=-19.680;QD=4.84;ReadPosRankSum=-2.116;SOR=1.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:383,79:0.17:462
chr5	140595106	rs2910329	C	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.110;NF=7;NR=15;PP=341;ReadPosRankSum=0.427;SC=CCTGCACATCCGCAGCGTCAG;SOR=1.469;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=22;WE=140595114;WS=140595096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,22:0.25:87
chr5	140596162	rs2910332	C	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=1.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.369;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,40:0.21:193
chr5	140614203	rs2910001	T	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.570;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=253;ReadPosRankSum=0.391;SC=CTTTGGTGTGTTCTGAGACCG;SOR=0.255;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=21;WE=140614211;WS=140614193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr5	140614830	rs2907308	G	A	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,97:0.36:271
chr5	140615221	rs2910000	C	T	2237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.332;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=58;PP=1309;ReadPosRankSum=-0.189;SC=AGATGGTGGTCGCTGTTTTCA;SOR=0.562;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=350;TCF=167;TCR=183;TR=116;WE=140615229;WS=140615211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,128:0.34:375
chr5	140615269	rs2907307	A	G	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=881;ReadPosRankSum=-1.594;SC=ATGGGAGAACAGTTTGCTCAA;SOR=0.584;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=250;TCF=112;TCR=138;TR=82;WE=140615277;WS=140615259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,92:0.34:269
chr5	140615609	rs2909999	G	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQRankSum=0.521;QD=4.15;ReadPosRankSum=-1.187;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,47:0.28:169
chr5	140615733	rs2907306	A	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,38:0.33:114
chr5	140626566	rs618506	A	C	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.24;MQRankSum=1.249;QD=27.44;ReadPosRankSum=-0.975;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,51:0.67:76
chr5	140626571	rs652104	C	A	2187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQRankSum=1.337;QD=24.86;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,60:0.68:88
chr5	140626627	rs618096	G	A	4432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=91;NR=66;PP=2439;SC=CTGCCGCCCCGGGACCCGCAC;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=91;TCR=66;TR=157;WE=140626635;WS=140626617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr5	140626767	rs3096081	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-4.112;NF=11;NR=18;PP=358;ReadPosRankSum=0.836;SC=CTTCCCGGCGCTGAGCAGCGA;SOR=0.782;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=29;WE=140626775;WS=140626757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,29:0.36:81
chr5	140626790	rs3096082	A	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.974;NF=5;NR=13;PP=168;ReadPosRankSum=0.335;SC=CGCTGGTGCGAGTGCTGGTGC;SOR=0.902;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=18;WE=140626798;WS=140626780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr5	140683265	rs11952797	G	A	4180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=738;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.941;SC=GACCCACTTGGGCGTATGTCT;SOR=0.630;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=683;TCF=314;TCR=369;TR=213;WE=140683273;WS=140683255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:504,227:0.31:731
chr5	140699679	rs17602721	T	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=360;ReadPosRankSum=0.800;SC=GCTACTGCAATAGTTTAAAAC;SOR=0.760;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=18;WE=140699687;WS=140699669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr5	140710705	rs2472647	G	A	3614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;QD=25.46;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	140725828	rs7736541	C	T	3535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.613;NF=77;NR=65;PP=2291;ReadPosRankSum=-0.041;SC=TTTGTGGGCGCGGACGGGGTT;SOR=0.627;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=214;TCF=119;TCR=95;TR=142;WE=140725836;WS=140725818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,152:0.66:232
chr5	140739779	rs17097231	C	G	5197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=0.354;SC=TCTTTGTTCCCCGGGGCTCTC;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=319;TCF=200;TCR=119;TR=223;WE=140739787;WS=140739769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,242:0.69:351
chr5	140750044	rs6860609	T	C	4628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=65;PP=2965;SC=TTAGACCAGGTTCTCTCCGAA;SOR=0.964;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=93;TCR=65;TR=157;WE=140750052;WS=140750034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr5	140751128	rs2240697	C	G	7549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.593;SC=TAAAAGGAAACTTCCCCTTTA;SOR=0.823;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=435;TCF=246;TCR=189;TR=308;WE=140751136;WS=140751118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,324:0.70:463
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chr5	140765000	rs2024141	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=198;ReadPosRankSum=-0.924;SC=ACTTTATAGAGGTAAAAATGA;SOR=0.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=13;WE=140765008;WS=140764990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr5	140767491	rs145222727	CTGCCAG	C	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.02;MQRankSum=-0.096;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.303;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
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chr5	140773388	rs2240700	G	T	4546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=85;PP=2764;ReadPosRankSum=0.081;SC=TGCTCATTTCGGTGGAAGATG;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=311;TCF=170;TCR=141;TR=191;WE=140773396;WS=140773378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,211:0.62:343
chr5	140774288	rs4912749	T	C	6313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=145;NR=58;PP=2965;SC=TGGACAGAGATGCGCTCAAGC;SOR=2.014;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=204;TCF=146;TCR=58;TR=203;WE=140774296;WS=140774287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr5	140778256	rs6867460	G	A	4791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.348;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=0.207;SC=GAAACAGGATGGTAGTAAATA;SOR=0.966;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=272;TCF=167;TCR=105;TR=195;WE=140778264;WS=140778246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,205:0.70:294
chr5	140780321	rs6880273	C	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=222;ReadPosRankSum=-0.733;SC=TTAGCTTCCTCTCTAGCAAAA;SOR=0.776;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=12;WE=140780329;WS=140780311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr5	140783596	rs1363448	C	T	5425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=1.897;SC=TGAGAGAAGACGCACCTCAGG;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=354;TCF=179;TCR=175;TR=226;WE=140783604;WS=140783586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,246:0.63:390
chr5	140784055	rs3749770	T	C	4879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.598;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=90;PP=2716;ReadPosRankSum=-0.446;SC=CAGACACTGGTGTGCTGTATG;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=265;TCF=144;TCR=121;TR=195;WE=140784063;WS=140784045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,215:0.73:293
chr5	140784427	rs3749769	T	C	4078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.746;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=71;PP=2180;ReadPosRankSum=0.554;SC=TAGATAGAGATGCGCTCAAAC;SOR=0.740;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=266;TCF=145;TCR=121;TR=166;WE=140784435;WS=140784417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,186:0.63:294
chr5	140788264	rs58047392	C	T	4939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.094;SC=TAAACATAAACTCAATTAAAG;SOR=0.747;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=292;TCF=136;TCR=156;TR=200;WE=140788272;WS=140788254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,221:0.70:315
chr5	140789933	rs3749767	G	A	9065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=181;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.775;SC=TCTCAGCCCTGCTACTTGGGA;SOR=0.789;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=613;TCF=326;TCR=287;TR=397;WE=140789941;WS=140789923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,416:0.64:647
chr5	140793007	rs4912751	A	G	3723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.755;NF=90;NR=58;PP=2205;ReadPosRankSum=-2.365;SC=CGGCAGCTTGATCACCGCGGG;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=113;TCR=75;TR=148;WE=140793015;WS=140792997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,162:0.78:209
chr5	140795307	rs200127231	GTTTTTTT	G	793.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.40;ReadPosRankSum=1.739;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,25:0.93:27
chr5	140795325	rs200061978	T	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.196;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr5	140797339	rs2240701	C	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.288;NF=21;NR=4;PP=413;ReadPosRankSum=-0.991;SC=GGGACTCCTCCTGTCCTGGGC;SOR=0.741;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=25;WE=140797347;WS=140797329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr5	140797630	rs2015825	G	T	2037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.593;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=50;ReadPosRankSum=-0.828;SC=AGCTGCGAGTGAGCGCGGAGA;SOR=0.753;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=146;TCF=61;TCR=85;TR=84;WE=140797638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,94:0.58:161
chr5	140801104	rs11167744	T	C	2813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=1.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=0.669;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,136:0.67:203
chr5	140801298	rs73792198	C	A	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.036;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=27;PP=1043;ReadPosRankSum=1.788;SC=TGAACTCCCTCCAGAGCTACC;SOR=1.086;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=100;TCF=60;TCR=40;TR=73;WE=140801306;WS=140801288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,81:0.72:112
chr5	140802677	rs62621243	G	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=475;ReadPosRankSum=0.402;SC=GGCGAGGTGCGTACAGCGCGG;SOR=0.695;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=147;TCF=94;TCR=53;TR=43;WE=140802685;WS=140802667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,44:0.27:162
chr5	140803241	rs57195665	C	A	3865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=20.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.64;MQRankSum=2.509;QD=16.31;ReadPosRankSum=-1.173;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,170:0.72:237
chr5	140803323	.	G	GC	3202.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=10.653;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.45;MQRankSum=1.061;QD=31.71;ReadPosRankSum=-0.482;SOR=0.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,95:0.94:101
chr5	140807256	rs3749765	A	C	12243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=820;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=246;NR=258;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.874;SC=CGGAGCCTCCATCCCACAAGT;SOR=0.641;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=764;TCF=370;TCR=394;TR=504;WE=140807264;WS=140807246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,536:0.66:818
chr5	140812775	.	C	CT	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=-0.849;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,30:0.17:181
chr5	140857798	rs1423148	T	C	5577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.736;SC=CTGTGGGGTTTGTGGTCACAG;SOR=0.640;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=329;TCF=173;TCR=156;TR=226;WE=140857806;WS=140857788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,248:0.70:356
chr5	140858245	rs3805695	C	T	2530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=61;PP=1558;ReadPosRankSum=-0.069;SC=TTCAACTGGCCCTTCCTAGAT;SOR=0.570;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=179;TCF=74;TCR=105;TR=106;WE=140858253;WS=140858235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,117:0.58:201
chr5	140867488	rs17097340	A	G	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=729;ReadPosRankSum=-0.657;SC=AGGAGGCTACAGTGCACAGGG;SOR=0.800;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=36;WE=140867496;WS=140867478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,37:0.84:44
chr5	140868658	rs148910315	T	TAAG	345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=222;ReadPosRankSum=-0.094;SC=ACTCGGTGACTAAGAACTGCT;SOR=0.086;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=5;WE=140868666;WS=140868652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr5	140890770	rs2233613	G	A	2857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=77;PP=2002;ReadPosRankSum=-0.559;SC=GCCACAGGGCGGCCTCTCCCC;SOR=0.952;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=165;TCF=56;TCR=109;TR=115;WE=140890778;WS=140890760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,119:0.69:173
chr5	140930162	rs11748064	C	T	3796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=-0.492;QD=17.42;ReadPosRankSum=0.490;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,171:0.78:218
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chr5	140955777	rs2302103	C	T	4352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=1.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.55;ReadPosRankSum=-0.734;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,202:0.72:280
chr5	140957189	rs143356915	A	AAT	1384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.164;NF=6;NR=16;PP=926;ReadPosRankSum=-0.874;SC=AAGGAAAGCAAATATGCAGAA;SOR=0.476;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=22;WE=140957197;WS=140957179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,39:0.61:64
chr5	140963901	rs138815890	TAAGTA	T	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=39;ReadPosRankSum=1.834;SC=GTAAAATGCTTAAGTAAATAA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=140963913;WS=140963891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr5	141014494	rs2530223	T	C	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.788;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=43;PP=1266;ReadPosRankSum=-1.755;SC=ACATGTCATGTTGGGAGGCCT;SOR=0.499;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=86;WE=141014502;WS=141014484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,90:0.77:117
chr5	141016276	rs32954	T	C	30195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=817;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.00;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,816:1.00:816
chr5	141016288	rs1421896	T	G	10388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=792;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=238;PP=2962;ReadPosRankSum=0.525;SC=CTCATGCATATCCCTGTTTCC;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=762;TCF=366;TCR=396;TR=454;WE=141016296;WS=141016266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,478:0.61:790
chr5	141018454	rs11741647	C	G	6028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.859;SC=CCCTTGCTCCCTCTTCTCCAA;SOR=0.651;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=415;TCF=215;TCR=200;TR=268;WE=141018462;WS=141018444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,289:0.65:445
chr5	141019110	rs14251	C	A	3731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.67;ReadPosRankSum=0.545;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,175:0.64:273
chr5	141019569	rs17855844	G	C	2640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=31;PP=1565;ReadPosRankSum=0.480;SC=CTGGGGCTCTGGTGGGGGACA;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=101;TCR=42;TR=106;WE=141019577;WS=141019559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,108:0.74:145
chr5	141019830	rs11742646	C	G	10861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=225;NR=225;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.669;SC=GGCAAATGGGCAGCCAAGCAA;SOR=0.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TCF=327;TR=450;WE=141019838;WS=141019820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,478:0.69:690
chr5	141029072	rs11739451	G	A	6905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=199;PP=2962;ReadPosRankSum=0.811;SC=GCATCCAGCAGGCAGCGCCAG;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=421;TCF=124;TCR=297;TR=280;WE=141029080;WS=141029062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,289:0.67:433
chr5	141034123	rs6580194	T	A	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=427;ReadPosRankSum=-0.660;SC=CATGTATGATTCTGGAACAAC;SOR=0.660;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=27;WE=141034131;WS=141034113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr5	141034792	rs148481472	TACACAC	T	727.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.74;ReadPosRankSum=1.034;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr5	141035955	rs2306339	G	A	3502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=65;PP=2189;ReadPosRankSum=-1.248;SC=AGAAGTCGGGGGCAGGGAAGC;SOR=0.652;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=194;TCF=93;TCR=101;TR=128;WE=141035963;WS=141035945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,145:0.67:216
chr5	141041435	rs3749759	G	A	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=580;ReadPosRankSum=-0.470;SC=GGATTTTTAGGCACAAATGCA;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=30;WE=141041443;WS=141041425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr5	141052870	rs440279	G	C	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.165;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=998;ReadPosRankSum=-0.294;SC=TCACTGCCCCGCCCACACACA;SOR=0.440;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=112;TCF=67;TCR=45;TR=54;WE=141052878;WS=141052860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,42:0.42:99
chr5	141059649	rs417503	A	G	4723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.201;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.175;SC=GGAGAGGAGGAGGCCTTGGGC;SOR=0.849;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=274;TCF=149;TCR=125;TR=197;WE=141059657;WS=141059639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,205:0.71:287
chr5	141243646	rs3797054	A	G	7290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=117;PP=2965;SC=AGATCAGCTCAGCATTGACAC;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=126;TCR=117;TR=243;WE=141243654;WS=141243636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr5	141244356	rs3822357	C	T	5311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.244;SC=TCCGGGAAGGCGACCTCAGTG;SOR=0.596;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=392;TCF=209;TCR=183;TR=230;WE=141244364;WS=141244346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,243:0.59:409
chr5	141247181	.	TA	T	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.459;QD=1.69;ReadPosRankSum=0.721;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,58:0.33:178
chr5	141257977	.	AGGCGGC	A	634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.01;QD=39.67;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	141304314	rs6580206	T	A	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=-2.489;QD=8.55;ReadPosRankSum=4.145;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,101:0.50:201
chr5	141309824	rs351260	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=371;ReadPosRankSum=0.288;SC=TGTTTCCATCGCTTTCAACTT;SOR=0.724;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=103;TCF=44;TCR=59;TR=33;WE=141309832;WS=141309814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,38:0.32:117
chr5	141324955	rs5871792	C	CCTGCTGCTG	6407.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=39;PP=2984;ReadPosRankSum=0.852;SC=TTCACAGGCACCTGCTGCTGC;SOR=0.754;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=164;TCF=34;TCR=130;TR=57;WE=141324965;WS=141324945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,164:0.61:267
chr5	141325249	rs105633	T	C	10781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=179;NR=194;PP=2965;SC=GGAAGGTCCTTGGCTCCTCCG;SOR=0.861;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=373;TCF=179;TCR=194;TR=373;WE=141325257;WS=141325239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr5	141335241	rs164073	A	G	16859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=300;NR=275;PP=2965;SC=AAGATGCCCAACAGTACAGCC;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=578;TCF=301;TCR=277;TR=575;WE=141335249;WS=141335231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,602:1.00:602
chr5	141335284	rs164074	G	A	15386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=291;NR=244;PP=2965;SC=ACATGCTCAAGGCCCCAGGCT;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=540;TCF=291;TCR=249;TR=535;WE=141335292;WS=141335274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr5	141336264	rs164075	G	T	3315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=3.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,157:0.66:237
chr5	141337126	rs164076	C	T	8981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.811;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=191;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.585;SC=ACTGTCGGCACAGCTGCTCTC;SOR=0.569;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=614;TCF=304;TCR=310;TR=389;WE=141337134;WS=141337116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,412:0.64:646
chr5	141337225	rs164077	A	G	13369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=230;NR=235;PP=2965;SC=CCTGGAAGGCAGCCCCAGCTT;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=466;TCF=231;TCR=235;TR=465;WE=141337233;WS=141337215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,503:1.00:503
chr5	141353045	rs113539536	C	T	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=228;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TCAGGTGATCCGCCCGCCTCG;SOR=0.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=18;WE=141353053;WS=141353035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr5	141354220	rs187542	G	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=205;ReadPosRankSum=-2.203;SC=TGGTGGCTACGAAGTTAAAAT;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=11;WE=141354228;WS=141354210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr5	141357719	rs66768569	TTGTA	T	1996.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=5;PP=1952;SC=TTGTACTGTTTTGTATGTAGC;SOR=3.958;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=36;WE=141357730;WS=141357709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	141364511	rs252099	A	G	18980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=762;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.14;ReadPosRankSum=-1.245;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,753:1.00:755
chr5	141364637	rs252100	C	T	4639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=120;PP=2965;SC=AAGGAATTTTCATATTATTTT;SOR=2.259;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=40;TCR=120;TR=160;WE=141364645;WS=141364627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr5	141367202	rs374840	GA	TT	3058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.689;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.87;ReadPosRankSum=0.470;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,78:0.63:123
chr5	141371557	rs143763915	CTTT	C	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.579;SOR=1.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr5	141382584	rs252114	T	C	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=9;PP=1840;SC=GGATGAAAGCTGGATCTACTC;SOR=3.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=70;TCR=9;TR=79;WE=141382592;WS=141382574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	141387336	rs2232196	G	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=1.199;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,30:0.24:125
chr5	141387520	rs2232195	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=99;ReadPosRankSum=1.800;SC=CTGGAAGCCCAGAGGGTTCAC;SOR=0.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=11;WE=141387528;WS=141387510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr5	141391532	rs164080	G	A	5652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.046;SC=ACTGGATGATGCGGTTCCTGA;SOR=0.849;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=341;TCF=160;TCR=181;TR=240;WE=141391540;WS=141391522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,258:0.71:361
chr5	141488792	rs9324865	T	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=0.571;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr5	141524032	rs3850576	T	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=30;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TGATTACCTTTAGCAGAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=141524040;WS=141524022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr5	141532826	rs11437340	A	AT	1339.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.449;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=987;ReadPosRankSum=1.442;SC=CAGCCATTTGATTTTTTTCAT;SOR=0.404;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=39;WE=141532834;WS=141532816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,66:0.77:86
chr5	141533062	rs449454	A	G	3497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.949;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=94;PP=2153;ReadPosRankSum=0.208;SC=TGACATTTCAATGATCCCTCT;SOR=1.075;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=215;TCF=85;TCR=130;TR=146;WE=141533070;WS=141533052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,157:0.67:234
chr5	141975067	rs34003	A	C	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=4.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=1.515;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,49:0.35:142
chr5	141980820	rs34009	G	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=117;ReadPosRankSum=0.078;SC=CTGCACAGGGGTGCCTTTTAA;SOR=1.091;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=9;WE=141980828;WS=141980810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr5	142393562	rs3822397	G	A	3877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr5	142416741	rs192194	T	C	4272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=46;PP=2643;SC=AACTTGACTGTCCTTCTCTTG;SOR=1.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=140;TCF=92;TCR=48;TR=138;WE=142416749;WS=142416731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr5	142421287	rs59126415	GA	G	810.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.670;QD=6.99;ReadPosRankSum=1.222;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,81:0.70:116
chr5	142421415	rs2270068	T	G	8671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=145;PP=2965;SC=GAATTGTGGGTGTCAACTCCA;SOR=0.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=291;TCF=146;TCR=145;TR=291;WE=142421423;WS=142421405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr5	142513686	rs246607	A	G	4347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=93;PP=2568;SC=TCTTTGCTGCATAGGGCCAGC;SOR=1.552;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=51;TCR=93;TR=144;WE=142513694;WS=142513676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr5	142593652	rs258819	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=1.178;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,11:0.20:56
chr5	142596013	rs258822	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=38;ReadPosRankSum=-0.134;SC=TCTGACCTCACGCCCTCACTT;SOR=0.963;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=7;WE=142596021;WS=142596003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr5	142601811	rs72399054	TACACACACACAC	T	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=1.550;QD=12.42;ReadPosRankSum=-0.822;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr5	142671092	rs150299999	A	ATTACTTTTCTTTAGCCTAAG	3859.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=12;PP=2969;SC=CCTGGCTGGGATATATCCTCT;SOR=1.778;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=21;WE=142671100;WS=142671082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	142693846	rs4986593	A	G	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=315;SC=TCTGGCTTCAAGTGCTAGCAG;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=142693854;WS=142693836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	143059433	rs2042253	T	C	5025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=0.118;SC=TGTATGGGATTCCACAGACAA;SOR=0.595;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=292;TCF=175;TCR=117;TR=195;WE=143059455;WS=143059423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,220:0.68:325
chr5	145144419	rs338887	G	T	4326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr5	145176221	rs338898	C	T	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.248;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=642;ReadPosRankSum=-1.562;SC=AAAATAATATCCTTAATAATT;SOR=1.577;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=35;WE=145176229;WS=145176211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
chr5	145197411	rs6870210	C	T	10075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=241;NR=194;PP=2962;ReadPosRankSum=1.197;SC=ACTCATGTGTCCATCCCTGCA;SOR=0.611;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=639;TCF=356;TCR=283;TR=435;WE=145197436;WS=145197401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,464:0.69:671
chr5	145198805	rs624380	T	C	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	145199430	rs11293460	AG	A	1384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=1099;ReadPosRankSum=1.208;SC=CCTTTACATCAGAAAATGCTG;SOR=0.732;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=29;WE=145199438;WS=145199420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,44:0.60:73
chr5	145199681	rs139755910	TTTTTG	T	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.92;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=1.270;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr5	145202461	rs6898776	C	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=357;ReadPosRankSum=-1.318;SC=ACCTGCCACACCTTTCTAAGT;SOR=0.643;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=20;WE=145202469;WS=145202454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr5	145202711	.	T	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=1.388;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,21:0.22:95
chr5	145246085	rs2569006	T	G	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.380;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=590;ReadPosRankSum=-0.057;SC=GGTTTTGGGGTAATGTGCTTT;SOR=0.486;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=133;TCF=95;TCR=38;TR=45;WE=145246093;WS=145246075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,49:0.34:144
chr5	145252239	rs71594518	C	T	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=3.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=1.512;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,71:0.26:277
chr5	145252377	rs34892428	C	T	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=1.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=1.376;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,64:0.25:256
chr5	145393364	rs758037	C	T	16752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=324;NR=273;PP=2965;SC=CCAGTCATCCCGCACAAAAAA;SOR=0.837;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=597;TCF=324;TCR=273;TR=597;WE=145393372;WS=145393354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,624:1.00:624
chr5	145439647	rs2962525	T	C	9767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=163;NR=182;PP=2965;SC=CAGTGAGGCCTGGATCCACTC;SOR=0.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=163;TCR=183;TR=345;WE=145439655;WS=145439637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr5	145442203	rs1056149	G	C	11295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=239;PP=2965;SC=TCAGCTCTTGGCAAGGCCACA;SOR=1.505;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=376;TCF=136;TCR=240;TR=374;WE=145442211;WS=145442193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr5	145463952	.	AG	A	855.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.637;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=656;ReadPosRankSum=-0.141;SC=GAGAGGTTTGAGAGGAGGGTG;SOR=1.315;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=19;WE=145463960;WS=145463942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,30:0.30:99
chr5	145512367	rs11321164	TA	T	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=4.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=-0.203;SOR=0.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr5	145515379	rs2963919	C	T	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=254;SC=AATTTTAGAGCGGTGAAAACT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=145515387;WS=145515369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	145522674	.	T	TTA	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.296;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=6.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=-1.257;SOR=0.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,7:0.16:44
chr5	145522912	rs2962504	A	G	7150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr5	145557028	.	C	CAAAAAA	144	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=0.9997;HP=19;HapScore=4;MGOF=26;MMLQ=23;MQ=50.99;NF=6;NR=1;PP=144;QD=21.0;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=145557036;WS=145557018;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,7:0.70:10
chr5	145631149	.	C	G	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.576;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=389;ReadPosRankSum=-0.606;SC=GAACATCTTTCTGTACTTCTA;SOR=0.318;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=93;TCF=67;TCR=26;TR=35;WE=145631157;WS=145631139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,39:0.39:101
chr5	145647151	rs2963925	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=54;ReadPosRankSum=1.782;SC=AAAAAGTATTCTAAGCATTTC;SOR=1.002;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=6;WE=145647159;WS=145647141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr5	145650963	rs372110410	CA	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=2.192;QD=1.49;ReadPosRankSum=-1.793;SOR=0.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr5	145834529	rs10044956	C	T	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.437;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=8;PP=903;ReadPosRankSum=0.169;SC=ACTTAAGAACCTTTTAAATTT;SOR=0.423;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=55;TCR=10;TR=50;WE=145834537;WS=145834519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,55:0.79:70
chr5	145838440	rs11743333	G	A	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=0.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=1.241;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:295,104:0.26:399
chr5	145850328	rs12657671	T	C	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.19;ReadPosRankSum=-0.170;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr5	145850459	.	G	GT	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5032;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=31;QD=28.0;SC=TCTTAATTCAGTTTTTTCTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=145850467;WS=145850449;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr5	145851163	rs141675712	AT	A	269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.180;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr5	145862419	.	T	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=145;ReadPosRankSum=0.602;SC=TTAAAATTACTGTACATTTTT;SOR=1.473;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=11;WE=145862427;WS=145862409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
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chr5	146030055	rs6866598	C	T	3717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.487;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=57;PP=2248;ReadPosRankSum=2.435;SC=AGCCCACTCGCACCTGAATAC;SOR=0.992;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=239;TCF=145;TCR=94;TR=155;WE=146030063;WS=146030045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,171:0.65:262
chr5	146434047	rs5872003	TA	T	1840.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.214;NF=45;NR=12;PP=1081;ReadPosRankSum=-0.906;SC=TGTCCAACTGTAAAAAAAAAG;SOR=1.480;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=57;WE=146434068;WS=146434037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr5	146434060	rs2400241	C	T	3209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=22;PP=2100;SC=AAAAAAAGTCCATGAGATATC;SOR=2.137;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=79;TCR=22;TR=100;WE=146434068;WS=146434037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	146435163	rs11958187	G	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr5	146460691	rs17524553	T	A	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=-0.298;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,52:0.63:82
chr5	146619206	rs4705132	G	C	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=3.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.975;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,74:0.27:275
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chr5	146722890	rs6884181	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.818;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=-0.191;SC=CACAACTTTTCAGTGTTAGCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=4;WE=146722898;WS=146722880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr5	146728147	rs62377744	T	C	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.84;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,24:0.33:72
chr5	146728149	rs10072514	C	G	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=-0.006;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,25:0.33:76
chr5	146753004	rs4235731	T	C	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.319;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=307;ReadPosRankSum=1.438;SC=AATTGAGACATGCACAGGGTA;SOR=0.368;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=77;TCF=19;TCR=58;TR=29;WE=146753012;WS=146752994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,30:0.35:86
chr5	146775311	rs2288808	A	T	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=491;ReadPosRankSum=0.037;SC=GCATGTCACCATTCATTCATT;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=60;TCR=63;TR=43;WE=146775320;WS=146775299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,48:0.36:135
chr5	146775377	rs2288807	G	C	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=0.044;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr5	146775385	rs34398961	C	A	640.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.87;ReadPosRankSum=0.927;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr5	146775386	rs35309287	TA	T	631.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=692;ReadPosRankSum=0.964;SC=TGGTGGGAGCTAGGAATTAAC;SOR=0.776;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=9;WE=146775394;WS=146775367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr5	146777188	rs2304045	A	G	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=1.230;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,58:0.27:216
chr5	146777447	rs74828553	A	ATAGAAAGAG	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.559;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.559;NF=0;NR=6;PP=1782;ReadPosRankSum=-0.243;SC=CAGTAAGGGTAGAGAAAGAGG;SOR=0.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=6;WE=146777455;WS=146777437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr5	146780521	rs13168262	C	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=317;ReadPosRankSum=-0.548;SC=GCCTCCTCTACCTCTTACTAG;SOR=0.544;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=23;WE=146780529;WS=146780511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,25:0.34:74
chr5	146833273	.	G	GCCGCCTCCGC	305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=2.455;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,11:0.17:63
chr5	146971253	rs7449194	C	T	4516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=95;PP=2756;SC=GGTTACTCTGCAAAACAGAGG;SOR=1.262;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=63;TCR=95;TR=158;WE=146971261;WS=146971243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr5	146975029	rs192123189	G	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=-0.382;SC=GCGCCATCTTGGAAGTAGACA;SOR=0.874;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=17;WE=146975037;WS=146975019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr5	146981164	rs111740872	TCAAAACAAAACAAAA	T	903.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=3;PP=2911;SC=AGACTCTGTCTCAAAACAAAA;SOR=1.230;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=8;WE=146981186;WS=146981162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	146997720	rs34116637	TTGATATCTGGTGTGGGAG	T	346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.17;MQRankSum=2.000;NF=1;NR=11;PP=2927;ReadPosRankSum=-0.528;SC=GAACTTGGCATTGATATCTGG;SOR=0.610;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=12;WE=146997745;WS=146997710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr5	147261236	rs6865419	C	G	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=322;ReadPosRankSum=1.395;SC=GGAGGCTAATCTGCCAAAGGG;SOR=1.011;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=82;TCF=20;TCR=62;TR=25;WE=147261244;WS=147261226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,25:0.29:85
chr5	147261557	rs6890965	T	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=3.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.225;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,21:0.18:118
chr5	147261812	rs3843496	T	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.370;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=943;ReadPosRankSum=1.259;SC=GTATCCAGATTAGTTTTCCCT;SOR=1.755;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=26;WE=147261829;WS=147261802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr5	147261821	rs6866440	C	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.563;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=266;ReadPosRankSum=-1.467;SC=TTAGTTTTCCCTTGGTTCATA;SOR=0.202;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=10;WE=147261829;WS=147261802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr5	147286013	rs7722926	A	T	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=52;PP=1218;ReadPosRankSum=-0.868;SC=CAGGTCAGGAATAAGACAAGC;SOR=0.645;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=315;TCF=153;TCR=162;TR=104;WE=147286021;WS=147286003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,119:0.34:348
chr5	147286054	rs2250145	G	A	4721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.102;SC=GCGAAGTACTGAGACAGCCAT;SOR=0.761;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=300;TCF=135;TCR=165;TR=199;WE=147286062;WS=147286044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,211:0.65:323
chr5	147444785	rs2287772	A	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=235;ReadPosRankSum=0.580;SC=GTGTTCAAAAACCATTTGCGG;SOR=1.493;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=12;WE=147444793;WS=147444779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr5	147444989	rs9325061	G	A	2603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.00;ReadPosRankSum=0.107;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,80:0.65:124
chr5	147445023	rs1609851	C	G	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.48;ReadPosRankSum=-0.112;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,52:0.70:74
chr5	147445108	rs3036741	TCACACA	T	443.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=538;ReadPosRankSum=-1.888;SC=AGCCTCTCTCTCACACACACA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=6;WE=147445132;WS=147445098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr5	147445124	rs1007979	A	G	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.30;ReadPosRankSum=-0.998;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr5	147449855	rs1423001	A	G	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.328;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=215;ReadPosRankSum=-0.067;SC=ATGTACTTTTAGCTAACACAA;SOR=1.981;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=15;WE=147449863;WS=147449845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr5	147450085	rs3752676	C	A	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=324;ReadPosRankSum=2.066;SC=TAAATGTATTCTTTTTCTTTC;SOR=0.503;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=30;WE=147450093;WS=147450075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,35:0.58:60
chr5	147468234	rs7711953	C	G	2229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=50;PP=1154;ReadPosRankSum=-0.829;SC=AGTAGGTGCTCTCCTCTTCCT;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=55;TCR=75;TR=87;WE=147468242;WS=147468224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,101:0.69:147
chr5	147468614	rs10038561	A	G	3709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.08;ReadPosRankSum=-1.507;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,161:0.65:246
chr5	147468971	rs4529181	G	C	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.011;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=24;PP=920;ReadPosRankSum=0.621;SC=CAATGTCAGAGGGACTGAGTT;SOR=1.211;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=100;TCF=60;TCR=40;TR=66;WE=147468979;WS=147468961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,69:0.67:103
chr5	147475386	rs6892205	A	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;MQRankSum=1.931;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.153;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr5	147475388	rs142558269	C	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.61;MQRankSum=-1.847;QD=9.66;ReadPosRankSum=0.328;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr5	147475488	rs11958432	A	G	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.754;NF=10;NR=14;PP=322;ReadPosRankSum=-0.216;SC=AGTTTGATCAATCTAGTTACA;SOR=0.903;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=24;WE=147475496;WS=147475478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr5	147475513	rs76839946	G	GT	671.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.88;MQRankSum=2.177;QD=13.99;ReadPosRankSum=-0.878;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr5	147475590	rs11948406	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.722;NF=0;NR=6;PP=90;ReadPosRankSum=0.945;SC=CACACTACTAGTAGGTTTGCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=6;WE=147475598;WS=147475580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr5	147475609	rs62388363	A	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.489;NF=0;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=-0.414;SC=CTGGAAACTAATTTCTAGTTA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=147475617;WS=147475599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr5	147475627	rs62388364	G	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.65;MQRankSum=0.674;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.383;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr5	147477351	rs140268040	T	TTTTAA	1150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=941;ReadPosRankSum=-0.422;SC=AATTTCTCTTTTTTCTTTGTA;SOR=0.586;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=18;WE=147477359;WS=147477341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr5	147477551	rs34482796	C	T	4498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.844;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=95;PP=2571;ReadPosRankSum=2.189;SC=ATGTGTCAAGCCTACTTGTGA;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=301;TCF=150;TCR=151;TR=188;WE=147477559;WS=147477541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,213:0.62:342
chr5	147478785	rs1422991	C	T	2601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,120:0.58:206
chr5	147478981	rs11168021	C	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.815;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=191;ReadPosRankSum=0.044;SC=CCCAGAATATCTTAACTCTTC;SOR=2.670;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=11;WE=147478989;WS=147478971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr5	147479991	rs2303061	C	T	2461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=49;PP=1442;ReadPosRankSum=-0.299;SC=AAATATATGGCCAACTTACTT;SOR=0.673;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=203;TCF=112;TCR=91;TR=111;WE=147479999;WS=147479981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,118:0.55:216
chr5	147480007	rs2303062	A	G	2547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=50;PP=1493;ReadPosRankSum=-0.164;SC=TACTTCTTCTATCTCGGCAGG;SOR=0.779;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=207;TCF=111;TCR=96;TR=112;WE=147480015;WS=147479997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,120:0.54:221
chr5	147480027	rs2303063	G	A	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=54;PP=1524;ReadPosRankSum=0.252;SC=GAGCTTTGCAGTGAATATCGA;SOR=0.636;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=215;TCF=109;TCR=106;TR=113;WE=147480035;WS=147480017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,120:0.53:227
chr5	147480112	rs2303065	T	C	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=49;PP=962;ReadPosRankSum=-0.924;SC=GGAAAGTGCATGGCAACACCT;SOR=0.780;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=147;TCF=64;TCR=83;TR=86;WE=147480120;WS=147480102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,94:0.59:160
chr5	147480868	rs2303066	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=163;ReadPosRankSum=3.002;SC=CACTTCTAATGTGGCGATTCT;SOR=0.582;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=10;WE=147480876;WS=147480858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr5	147480955	rs2303067	A	G	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=-0.831;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,77:0.65:119
chr5	147481018	rs2303068	G	A	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.054;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=39;PP=1052;ReadPosRankSum=0.558;SC=ATATCCTCCAGCAACTCAGAG;SOR=0.657;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=145;TCF=78;TCR=67;TR=90;WE=147481026;WS=147481008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,104:0.64:162
chr5	147481430	rs6896303	A	G	5017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.53;ReadPosRankSum=0.283;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,225:0.70:323
chr5	147484465	rs34473560	GA	G	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=17;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.088;NF=4;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=-1.271;SC=TCTCAAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.665;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=10;WE=147484473;WS=147484455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr5	147486677	rs880687	C	A	6211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.676;NF=143;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.658;SC=CTGTCCGTGGCCCAGATGGCA;SOR=0.680;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=378;TCF=208;TCR=170;TR=261;WE=147486685;WS=147486667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,282:0.69:409
chr5	147486818	rs3036740	CGT	C	7787.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.475;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.182;NF=9;NR=101;PP=2947;ReadPosRankSum=2.002;SC=GAGTATAGACCGTGAGTTATA;SOR=0.755;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=167;TCF=12;TCR=155;TR=110;WE=147486827;WS=147486808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,194:0.69:283
chr5	147488367	rs2303071	C	T	1903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.70;ReadPosRankSum=-2.346;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,91:0.65:139
chr5	147491532	rs2287768	T	C	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=667;ReadPosRankSum=0.318;SC=AGGGGTGACATTGGAAGTTTT;SOR=1.426;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=32;WE=147491540;WS=147491522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr5	147493831	.	C	CT	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.417;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.675;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr5	147493833	rs35043219	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.417;QD=7.15;ReadPosRankSum=1.673;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr5	147493871	rs3815735	G	A	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.863;QD=13.33;ReadPosRankSum=-0.941;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr5	147497871	rs6891892	T	C	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=2.954;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=567;ReadPosRankSum=-0.411;SC=TGAGCCACCGTACCCGGCAAT;SOR=0.347;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=37;WE=147497879;WS=147497861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,47:0.81:58
chr5	147497932	rs3777135	T	C	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=14;PP=693;ReadPosRankSum=-0.186;SC=CTCAGACTGTTAAAACAATTT;SOR=0.517;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=48;WE=147497940;WS=147497922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,59:0.75:79
chr5	147498019	rs3777134	G	A	2224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=30;PP=1211;ReadPosRankSum=0.927;SC=GCTGAGTATCGGGAACAAATG;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=77;TCR=44;TR=83;WE=147498027;WS=147498009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,98:0.67:147
chr5	147498523	rs3764926	T	C	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=21;PP=1009;ReadPosRankSum=-0.117;SC=GTTAACAAGATGAATATTCAC;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=70;TCR=29;TR=72;WE=147498531;WS=147498513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,82:0.75:109
chr5	147498652	rs9325073	C	G	3760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.717;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=82;PP=2293;ReadPosRankSum=0.986;SC=TGGCAAGAATCGTCTTTCTGT;SOR=0.870;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=251;TCF=125;TCR=126;TR=158;WE=147498660;WS=147498642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,174:0.63:277
chr5	147498669	rs9325074	G	A	6345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.41;ReadPosRankSum=1.673;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,164:0.63:260
chr5	147498672	rs12518996	G	A	6274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.20;ReadPosRankSum=2.161;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,156:0.63:249
chr5	147498763	rs9325075	C	A	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=747;ReadPosRankSum=-0.615;SC=ATCAGTGACTCTCACTGATAA;SOR=0.530;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=46;WE=147498771;WS=147498753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,51:0.68:75
chr5	147499616	rs17704908	C	T	3199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.945;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=49;PP=1819;ReadPosRankSum=0.250;SC=ATGGAAAACTCATCTGCACTC;SOR=0.900;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=221;TCF=134;TCR=87;TR=133;WE=147499624;WS=147499606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,147:0.60:243
chr5	147499670	rs33920397	C	T	3694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.134;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=73;PP=2228;ReadPosRankSum=0.729;SC=AGACACATGGCAATAAGTGTA;SOR=0.707;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=277;TCF=148;TCR=129;TR=162;WE=147499678;WS=147499660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,176:0.58:304
chr5	147504305	rs3036731	C	CT	713.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.080;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=564;ReadPosRankSum=0.244;SC=ATTACCCTATCTTTTTTTTTA;SOR=1.347;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=18;WE=147504323;WS=147504295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,42:0.78:54
chr5	147504315	rs2052537	A	T	1962.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=818;ReadPosRankSum=-0.252;SC=CTTTTTTTTTAATTATTCTGC;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=40;WE=147504323;WS=147504295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,54:0.87:62
chr5	147504557	rs2052536	T	G	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=0.560;SC=ACAAGATTTTTGGGGGTTTGG;SOR=2.147;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=10;WE=147504565;WS=147504547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr5	147505116	rs3764930	G	A	2919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.713;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=38;PP=1449;ReadPosRankSum=-0.969;SC=AGAATGAAGCGGAGGATGCAA;SOR=0.519;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=165;TCF=103;TCR=62;TR=105;WE=147505124;WS=147505106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,131:0.68:192
chr5	147505227	rs2112767	G	A	4457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.783;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=67;PP=2586;ReadPosRankSum=0.919;SC=CAAGTTTGAAGAAATCACTAA;SOR=0.870;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=262;TCF=151;TCR=111;TR=168;WE=147505235;WS=147505217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,192:0.68:284
chr5	147510776	rs6895434	T	C	2251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=29;PP=1676;ReadPosRankSum=1.173;SC=CCACCCCTCTTCTTGAATGCC;SOR=0.531;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=111;TCR=46;TR=98;WE=147510784;WS=147510766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,97:0.61:158
chr5	147510866	rs2400478	T	C	6296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.203;SC=CCAGGATAGGTTATCTTTGTC;SOR=0.792;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=446;TCF=251;TCR=195;TR=276;WE=147510874;WS=147510856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,291:0.62:468
chr5	147516470	rs4334874	C	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.973;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=294;ReadPosRankSum=-0.969;SC=GATTAAGATGCAGCTATAAAT;SOR=1.104;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=109;TCF=80;TCR=29;TR=32;WE=147516478;WS=147516460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,33:0.28:119
chr5	147516598	rs4349706	T	C	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,73:0.28:265
chr5	147516762	rs3088193	C	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=104;ReadPosRankSum=-0.424;SC=ATAAAGACATCTCCACCAAGT;SOR=0.368;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=10;WE=147516770;WS=147516752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr5	147549163	rs4269285	T	C	2749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=33;PP=1686;ReadPosRankSum=0.322;SC=ATACAATGGGTGGAGTAGAGA;SOR=0.707;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=152;TCF=107;TCR=45;TR=108;WE=147549171;WS=147549153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,115:0.72:160
chr5	147554889	rs10052031	A	C	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.192;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.791;NF=21;NR=9;PP=501;ReadPosRankSum=1.844;SC=TTACTAAATGAAATGTTTATT;SOR=0.138;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=30;WE=147554897;WS=147554879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,36:0.78:46
chr5	147554997	rs147123556	TTTTTTCC	T	3268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.658;QD=23.35;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,84:0.60:140
chr5	147555029	rs10074328	C	T	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=1.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.291;QD=11.62;ReadPosRankSum=0.275;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,81:0.55:147
chr5	147585797	.	C	CTCATT	2568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=31;PP=1991;SC=TTTAAAAGAACCTAACCACAC;SOR=3.296;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=31;WE=147585814;WS=147585787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	147585799	.	TAAC	T	3487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.15;SOR=3.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	147585805	.	C	T	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=3.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	147585806	.	AC	A	2572.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.35;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=31;PP=1139;SC=ACCTAACCACACATTCTCATA;SOR=3.296;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=31;WE=147585814;WS=147585787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	147593497	rs12186491	C	A	7956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=147;NR=130;PP=2965;SC=GTTCCAGGACCCCAAGGTCTA;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=277;TCF=147;TCR=130;TR=277;WE=147593505;WS=147593487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr5	147693202	rs17719662	A	G	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=0.674;SC=CCAGCTGAGAAGTTGGTGATG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=147693210;WS=147693192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr5	147693826	rs3749690	G	A	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=747;ReadPosRankSum=-1.550;SC=TCTGGAGTCAGTGCTCTCTAC;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=95;TCF=40;TCR=55;TR=59;WE=147693834;WS=147693816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,68:0.64:106
chr5	147695283	rs3217238	C	CTCA	5342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.165;NF=10;NR=39;PP=2544;ReadPosRankSum=0.999;SC=GAATGATATTCTCATCATCAT;SOR=0.643;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=89;TCF=16;TCR=73;TR=49;WE=147695291;WS=147695273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,131:0.69:189
chr5	147715820	rs6894032	G	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=283;ReadPosRankSum=0.773;SC=TTAAAGATACGTGTGAAGAGC;SOR=0.631;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=15;WE=147715828;WS=147715810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr5	147781732	rs34685718	T	G	4549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.427;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=93;PP=2779;ReadPosRankSum=1.755;SC=GTTGAACATTTTGGCATCAAC;SOR=0.738;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=280;TCF=141;TCR=139;TR=185;WE=147781740;WS=147781722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,203:0.64:316
chr5	147788798	rs10077690	A	G	3040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.853;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=65;PP=1450;ReadPosRankSum=-0.420;SC=TCCTCTTTGTATTGTGTCTCT;SOR=0.409;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=170;TCF=71;TCR=99;TR=118;WE=147788806;WS=147788788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,141:0.72:195
chr5	147793971	rs12717973	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.050;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=225;ReadPosRankSum=0.409;SC=AATGTAAAATGTAGGTATTTC;SOR=0.257;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=14;WE=147793979;WS=147793961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr5	147795697	.	A	AT	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=1.107;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,38:0.40:96
chr5	147803557	rs11168047	G	T	2594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=3.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.09;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,115:0.67:172
chr5	147805120	rs10043775	T	C	4325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=3.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.02;ReadPosRankSum=-0.729;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,198:0.69:288
chr5	147812901	rs6861078	T	G	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.663;QD=16.22;ReadPosRankSum=1.717;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,82:0.71:116
chr5	147819366	rs10051223	T	C	3051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.592;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=61;PP=1779;ReadPosRankSum=0.628;SC=GTAAGTAACTTTGTGGCCCTT;SOR=0.643;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=169;TCF=80;TCR=89;TR=118;WE=147819374;WS=147819356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,134:0.71:188
chr5	147821469	rs3734120	C	T	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.175;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=490;ReadPosRankSum=-0.129;SC=ACCAGCTTATCAGTGATTTTC;SOR=0.210;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=34;WE=147821477;WS=147821459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
chr5	147856232	rs6580550	T	C	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=578;ReadPosRankSum=0.430;SC=AACTTCAGTGTACAAAAACCT;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=32;WE=147856240;WS=147856222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr5	147856257	rs11411672	G	GA	747.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.672;HP=11;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=363;ReadPosRankSum=2.337;SC=TGGGCACTAAGAAAAAAAAAT;SOR=0.374;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=23;WE=147856265;WS=147856247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,45:0.70:64
chr5	147856333	rs7733088	G	A	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=39;PP=1176;ReadPosRankSum=-1.967;SC=CAAAAAGAACGTAATTAATGA;SOR=0.525;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=131;TCF=75;TCR=56;TR=87;WE=147856341;WS=147856323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,103:0.69:150
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chr5	148042230	rs7720668	G	T	3370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.62;ReadPosRankSum=-0.777;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,163:0.61:267
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chr5	148206375	rs1801704	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.265;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,14:0.22:63
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chr5	148206473	rs1042714	G	C	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=-1.579;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,84:0.30:282
chr5	148207659	rs372621803	AC	A	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.37;ReadPosRankSum=-0.648;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
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chr5	148521799	rs11744532	T	C	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=14;PP=429;SC=CCCCAGGCTCTTTTTTGGTGC;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=148521807;WS=148521789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	148562890	rs6886262	G	A	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=6;PP=832;ReadPosRankSum=-1.084;SC=ATGAATTGAAGATACTTTGCA;SOR=0.859;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=72;TCF=60;TCR=12;TR=44;WE=148562898;WS=148562880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,52:0.63:82
chr5	148562981	rs6887628	C	A	4429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.802;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=78;PP=2514;ReadPosRankSum=-0.447;SC=AGAATCAGGGCCTCTGGATAG;SOR=0.901;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=259;TCF=147;TCR=112;TR=182;WE=148562989;WS=148562971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,199:0.69:289
chr5	148578566	rs2068262	C	T	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.672;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=403;ReadPosRankSum=0.413;SC=TTTTTATTATCCTTTTCATTA;SOR=0.871;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=114;TCF=88;TCR=26;TR=35;WE=148578574;WS=148578556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,41:0.34:122
chr5	148578636	rs13362048	T	C	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=1.107;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,87:0.29:299
chr5	148580025	rs6580602	G	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.154;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=602;ReadPosRankSum=-2.330;SC=CCCTGTCCATGGGTGTGATCT;SOR=1.096;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=100;TCF=28;TCR=72;TR=31;WE=148580033;WS=148580015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,33:0.30:109
chr5	148586451	rs5872113	A	AG	956.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=7;PP=890;SC=TTCCAGTGTCAGGTGGGAGCA;SOR=1.609;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=22;WE=148586459;WS=148586441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	148590423	rs2918281	T	C	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=1122;ReadPosRankSum=0.030;SC=GGCAGGGTGATCTGTGCCTCC;SOR=0.742;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=123;TCF=61;TCR=62;TR=75;WE=148590431;WS=148590413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,82:0.60:136
chr5	148596693	rs3839234	TG	T	4872.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.795;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.835;NF=13;NR=72;PP=2948;ReadPosRankSum=1.788;SC=AGTGTTATCTTGGCTTCAGGT;SOR=0.426;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=119;TCF=15;TCR=104;TR=85;WE=148596701;WS=148596683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,150:0.75:201
chr5	148610276	rs2918265	C	A	3743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=66;PP=2146;ReadPosRankSum=0.072;SC=TAAAGGTAAGCAAGCTAGTAG;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=207;TCF=116;TCR=91;TR=152;WE=148610284;WS=148610266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,169:0.75:225
chr5	148618708	rs58203769	A	G	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=787;ReadPosRankSum=-0.053;SC=ACTGCTGCAAACCCTCTCTGC;SOR=0.569;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=46;WE=148618716;WS=148618698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,48:0.69:70
chr5	148618749	rs59032271	C	T	3276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=3.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.86;ReadPosRankSum=0.597;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,79:0.65:122
chr5	148618752	rs59757169	G	A	3306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.63;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,86:0.67:129
chr5	148618964	rs34180939	G	A	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.731;NF=16;NR=23;PP=521;ReadPosRankSum=0.482;SC=AAGCAGGGAAGTGCTGGAGAG;SOR=0.843;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=39;WE=148618972;WS=148618954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr5	148619189	rs11326264	AG	A	2311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.423;NF=55;NR=11;PP=1806;ReadPosRankSum=1.283;SC=CTCAGGGAGGAGGGGGGTCTC;SOR=0.693;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=114;TCF=90;TCR=24;TR=66;WE=148619197;WS=148619179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,88:0.67:131
chr5	148620224	rs3797315	T	G	8449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.074;SC=GGCGACCACTTCCTGCGTGCT;SOR=0.691;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=507;TCF=280;TCR=227;TR=355;WE=148620232;WS=148620214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,379:0.71:537
chr5	148625972	rs34340554	TA	T	1061.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=1.600;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,66:0.67:98
chr5	148627054	rs10035236	G	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=349;ReadPosRankSum=1.172;SC=GTGGCTATCTGCCCATTGTTG;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=20;WE=148627062;WS=148627048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
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chr5	148630191	rs1808828	C	A	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=4.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=-0.309;SOR=0.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr5	148639062	rs1438688	C	T	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5027;FS=1.336;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=657;ReadPosRankSum=-0.624;SC=CATACCATACCCCCGCCAGTC;SOR=1.201;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=40;WE=148639070;WS=148639052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,44:0.77:57
chr5	148651711	rs12054749	T	C	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=313;ReadPosRankSum=-0.428;SC=AAAGGTGCCTTCGGCTGCCGG;SOR=0.495;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=21;WE=148651719;WS=148651701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr5	148679301	rs171286	C	G	4359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=46.704;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=107;PP=2765;ReadPosRankSum=0.238;SC=CGCCCCACCCCCACCCCCAGG;SOR=0.056;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=268;TCF=106;TCR=162;TR=185;WE=148679311;WS=148679291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,191:0.74:258
chr5	148682188	rs352341	G	C	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=48;PP=1528;SC=CTGCAAGCCTGTCACCCTCCC;SOR=1.347;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=78;WE=148682196;WS=148682178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	148886523	rs3756505	T	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.636;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr5	148889672	rs2077482	A	T	710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=19;PP=491;SC=TCTAAAAAAAATTTTTCCCAA;SOR=1.143;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=148889680;WS=148889662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	148977613	rs7709875	C	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=154;ReadPosRankSum=0.541;SC=GCAAGCTTGACAGAAAGGAAG;SOR=1.206;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=14;WE=148977621;WS=148977603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr5	148989122	rs2400891	C	T	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=28;PP=788;ReadPosRankSum=1.527;SC=TAACATATTTCTGGAATTCCA;SOR=0.600;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=57;WE=148989130;WS=148989112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,62:0.65:96
chr5	148989312	rs7443869	A	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.97;ReadPosRankSum=0.652;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr5	148989320	rs7447560	T	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.25;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr5	148997686	rs6579750	A	G	19003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=740;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=391;NR=294;PP=2965;SC=CGTGACATCCACTTTCCTGAG;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=687;TCF=392;TCR=295;TR=685;WE=148997694;WS=148997676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,738:1.00:738
chr5	148998634	rs374402620	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.715;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,11:0.17:64
chr5	148999881	rs11409449	G	GC	485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=-1.117;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,21:0.22:96
chr5	149000039	rs7733761	C	T	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.139;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,88:0.29:301
chr5	149001283	rs78820823	T	C	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=3.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.653;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,57:0.32:178
chr5	149006518	rs147615867	TCAGTGG	T	730.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=668;ReadPosRankSum=-0.388;SC=GGTGGGCCCTTCAGTGGCAGA;SOR=0.941;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=13;WE=149006531;WS=149006508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr5	149006640	rs9324624	C	T	3852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=66;PP=2335;ReadPosRankSum=2.173;SC=CTCTCCCAGCCGCTCCTTCCA;SOR=0.663;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=231;TCF=142;TCR=89;TR=163;WE=149006648;WS=149006630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,171:0.68:251
chr5	149006837	rs7732873	A	G	3443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=69;PP=2086;SC=CACCGGGGGTACGTGAGCCTT;SOR=1.463;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=41;TCR=69;TR=110;WE=149006845;WS=149006827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr5	149006879	rs7733002	A	G	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=37;PP=1056;SC=GGGGAAAACCACCCCACAGAA;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=149006887;WS=149006869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	149008403	rs1056993	A	G	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=39;NR=23;PP=883;SC=CTGGGAAACTACAGCTGTACC;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=62;WE=149008411;WS=149008393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	149008467	rs3733662	C	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=2.643;SC=GAACAAAGACCCCCGATGTCT;SOR=0.616;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=14;WE=149008475;WS=149008457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,18:0.27:66
chr5	149008521	rs1135093	A	G	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=20;PP=543;SC=TATTCCCACCATGAACCAGGT;SOR=1.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=149008529;WS=149008511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	149276567	rs30818	T	G	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=48;PP=1353;SC=ATGCTTCTGATCTTCAGTTTC;SOR=2.658;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=59;WE=149276575;WS=149276557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	149278258	rs30819	A	T	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=13;PP=328;SC=CACACTGTACATAAAGCACTA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=149278266;WS=149278248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	149283406	rs251346	C	G	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=48;PP=1506;SC=AGACAGTTTTCAATTATTCAC;SOR=1.414;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=77;WE=149283414;WS=149283396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	149294595	rs3077235	CT	C	501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=1.586;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,34:0.87:39
chr5	149360877	rs30832	T	C	9895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=163;NR=183;PP=2965;SC=AACCTTCAGATTAAGCCAGGC;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=347;TCF=163;TCR=184;TR=346;WE=149360885;WS=149360867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr5	149361221	rs3776070	A	T	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.314;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=56;PP=1181;ReadPosRankSum=1.671;SC=GTGCAATCCCACTGTGAGGGA;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=310;TCF=134;TCR=176;TR=94;WE=149361229;WS=149361211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,98:0.30:331
chr5	149374879	rs3832324	CT	C	7632.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.489;NF=27;NR=114;PP=2966;ReadPosRankSum=0.322;SC=TCCACCTCTTCTTGATCCTCA;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=206;TCF=42;TCR=164;TR=141;WE=149374887;WS=149374869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,236:0.70:339
chr5	149374932	rs10875553	T	C	7546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=135;NR=136;PP=2965;SC=AAGGTGGCTCTGGTACAGTAC;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=135;TCR=136;TR=271;WE=149374940;WS=149374922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr5	149379897	rs6579765	A	G	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=255;ReadPosRankSum=-0.066;SC=AGAGGGAAAGACTGAGACAGG;SOR=0.307;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=13;WE=149379905;WS=149379896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr5	149380158	rs3812008	C	T	7521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.50;ReadPosRankSum=-0.181;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,342:0.61:557
chr5	149380158	.	CG	TC	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=22;MQ=59.99;NF=165;NR=148;PP=2944;QD=20;SC=TTACTAGACCCGCTCCAAGCC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=519;TCF=275;TCR=244;TR=313;WE=149380167;WS=149380148;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:206,313:0.60:519
chr5	149380159	rs3812009	G	C	21140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=272;NR=241;PP=2703;SC=TACTAGACCCGCTCCAAGCCT;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=520;TCF=275;TCR=245;TR=513;WE=149380167;WS=149380148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,558:1.00:558
chr5	149380493	rs4705403	G	A	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=33;PP=859;ReadPosRankSum=1.575;SC=CGACTCCGAGGAGGGGAAGCG;SOR=0.736;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=192;TCF=103;TCR=89;TR=67;WE=149380501;WS=149380483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,70:0.33:213
chr5	149386314	rs6872735	G	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.616;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr5	149389573	rs11167491	A	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=386;ReadPosRankSum=0.564;SC=TTTGCAGGAAAAAAAAAGAAC;SOR=0.541;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=70;TCR=24;TR=31;WE=149389581;WS=149389560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,32:0.32:99
chr5	149390148	rs2241698	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.645;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,42:0.33:128
chr5	149406271	rs6579767	C	T	8750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=164;NR=139;PP=2965;SC=CTTTTCAGAGCTGACCTGCTT;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=304;TCF=165;TCR=139;TR=303;WE=149406279;WS=149406261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr5	149406733	rs2304069	G	T	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=19;PP=554;SC=CTGCTTCCATGTAATGTATCA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=149406741;WS=149406723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	149417138	rs6887999	G	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.336;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=601;ReadPosRankSum=0.045;SC=AGCAGGCTTGGGAACTGCCTC;SOR=0.862;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=159;TCF=66;TCR=93;TR=52;WE=149417146;WS=149417128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,54:0.33:166
chr5	149421502	rs2276982	A	G	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=575;ReadPosRankSum=1.594;SC=AGAGGAGTGAAGAGAATGTGC;SOR=0.687;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=177;TCF=88;TCR=89;TR=56;WE=149421510;WS=149421492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,60:0.31:191
chr5	149424966	rs2276983	G	A	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr5	149427387	rs2043284	T	G	3793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=73;PP=2287;SC=ACTTTTTAGGTCAGGGATATG;SOR=1.280;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=50;TCR=73;TR=123;WE=149427395;WS=149427377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	149428395	rs216125	C	G	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=7;PP=223;SC=GTGCTACCCCCTGGGCTAGGG;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=149428403;WS=149428385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	149428424	rs216126	G	C	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	149431223	rs216131	G	A	4463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=36;PP=2810;SC=GAGTGTTCTCGTCACCAGATG;SOR=1.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=103;TCR=37;TR=139;WE=149431231;WS=149431213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr5	149431259	rs216132	A	G	7844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=161;NR=104;PP=2965;SC=ATTCCTTCTTATCAAAATGCA;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=265;TCF=161;TCR=104;TR=265;WE=149431267;WS=149431249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr5	149433596	rs2066934	TG	GA	6039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=35;PP=2947;SC=TTGAAGTTTGTGGGAGGGGAG;SOR=1.213;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=116;TCF=77;TCR=39;TR=108;WE=149433605;WS=149433586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr5	149435759	rs216136	G	A	12130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=749;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=257;NR=264;PP=2962;ReadPosRankSum=1.271;SC=CCCCAGCCTGGCCCAAGCCCT;SOR=0.673;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=719;TCF=361;TCR=358;TR=521;WE=149435767;WS=149435749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,546:0.73:744
chr5	149437190	rs216138	C	G	4863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=92;PP=2882;SC=GCAGAGGTCACTCATCATCAC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=65;TCR=93;TR=157;WE=149437198;WS=149437180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr5	149440644	rs170037	C	T	2189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.60;ReadPosRankSum=1.227;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,99:0.66:150
chr5	149441016	rs11286566	AC	A	1705.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.15;ReadPosRankSum=0.646;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,65:0.69:94
chr5	149452793	rs10044553	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=103;ReadPosRankSum=0.284;SC=ATGAGCCAAGCGTCCTGATGC;SOR=0.515;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=9;WE=149452801;WS=149452783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr5	149495395	rs246388	T	C	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=27;PP=930;SC=GTTCCAGCTCTGGCTCCGGCT;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=67;WE=149495403;WS=149495385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	149497090	rs10655131	A	AGC	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.07;MQRankSum=1.097;QD=18.88;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr5	149497109	rs10638773	A	ACG	395.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=5.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.38;MQRankSum=1.952;QD=16.49;ReadPosRankSum=0.540;SOR=1.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr5	149497177	rs246391	T	C	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.75;QD=26.21;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	149498151	rs246394	G	A	4520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=24;PP=2965;SC=AACTCACAGCGCCAGCCCATC;SOR=3.367;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=122;TCR=24;TR=145;WE=149498159;WS=149498141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr5	149498871	rs3832325	AG	A	3725.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=21;PP=2964;SC=CTAGAACAAGAGGTTCCTGAT;SOR=2.419;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=73;WE=149498879;WS=149498861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	149499672	rs246395	T	C	9851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr5	149503670	rs2304061	G	A	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=12;PP=1186;SC=CTCTGGGACCGCGCAGTGAGG;SOR=2.794;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=56;WE=149503678;WS=149503662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	149504115	rs1077724	A	T	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=8;PP=497;SC=GAGGCCAGGGAGAGGAACGCT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=149504123;WS=149504112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	149504158	rs1075846	T	C	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=17;PP=724;SC=TCGGGAGCAGTGCCTGCTGCA;SOR=1.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=149504166;WS=149504148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	149505306	rs10072056	G	A	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=27;PP=745;SC=CAAGGTCTTCGTGGGCTCGGA;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=149505314;WS=149505296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	149516480	rs2240781	C	T	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-1.724;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,26:0.31:85
chr5	149546426	rs2302274	A	G	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=32;PP=1289;ReadPosRankSum=0.246;SC=TGCGCGGGGGACCCCGCGGCC;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=90;TCR=53;TR=87;WE=149546434;WS=149546416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,98:0.62:157
chr5	149546828	rs2302275	C	G	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.419;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=503;ReadPosRankSum=-0.066;SC=GCGCAGAGGCCGACGCCCTAC;SOR=0.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=33;WE=149546836;WS=149546818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,36:0.80:45
chr5	149576233	rs2270145	G	A	3164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=48;PP=2012;ReadPosRankSum=-1.506;SC=TGGGCTTTTGGGGGAGCTGCC;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=201;TCF=126;TCR=75;TR=130;WE=149576241;WS=149576223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,141:0.65:216
chr5	149576273	rs2270146	C	T	5421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.118;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.331;SC=ACCCCGCTCCCGGCAGGCGCC;SOR=0.887;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=333;TCF=196;TCR=137;TR=229;WE=149576281;WS=149576263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,243:0.69:354
chr5	149578999	rs731376	T	A	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=35;PP=800;ReadPosRankSum=0.273;SC=AAGGCAGGGCTTGGACTGAGC;SOR=0.845;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=78;TCF=24;TCR=54;TR=49;WE=149579007;WS=149578989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
chr5	149580819	rs3733680	G	A	4473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=112;PP=2916;ReadPosRankSum=0.863;SC=CAGAGGGAGGGGCCAGGCCTG;SOR=0.672;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=292;TCF=121;TCR=171;TR=192;WE=149580827;WS=149580809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,203:0.66:306
chr5	149582103	rs2240788	C	T	6435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.776;SC=GAAAGGAAGGCCCACTCACCC;SOR=0.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=382;TCF=188;TCR=194;TR=262;WE=149582111;WS=149582093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,287:0.70:410
chr5	149583300	rs2240793	T	C	12157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FS=1.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.796;QD=20.85;ReadPosRankSum=3.322;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,358:0.61:583
chr5	149583336	rs2240794	T	C	10348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.756;QD=24.41;ReadPosRankSum=-0.860;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,271:0.64:424
chr5	149583383	rs35380195	G	GGT	312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=8.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.731;SOR=2.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,23:0.28:81
chr5	149583449	rs187765008	C	A	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.857;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.892;NF=50;NR=63;PP=1717;ReadPosRankSum=-0.777;SC=TTCTGACCCCCAGCCCCTCCT;SOR=0.373;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=200;TCF=83;TCR=117;TR=113;WE=149583457;WS=149583439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,93:0.56:165
chr5	149584341	rs6878880	T	C	2917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	149584863	rs2342283	A	G	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.21;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	149584870	rs4423986	C	A	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.87;SOR=4.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	149584881	rs5024534	G	T	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.19;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	149584881	.	GTT	TTC	852	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=70;MMLQ=23;MQ=59.47;NF=32;NR=3;PP=852;QD=25.8705107103;SC=CCACTTCAGGGTTCGGTACAG;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=35;WE=149584891;WS=149584853;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,35:0.90:39
chr5	149584883	rs5024533	T	C	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.12;SOR=3.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	149584969	rs11428067	A	AG	10165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=51;PP=2933;SC=TCGGGCCTTAAGCAGTTTAGA;SOR=1.047;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=88;WE=149584989;WS=149584959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr5	149584981	rs4705425	A	G	4372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.126;NF=78;NR=52;PP=1843;ReadPosRankSum=-0.892;SC=CAGTTTAGACAAAAGCCCGCA;SOR=0.605;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=111;TCR=72;TR=130;WE=149584989;WS=149584959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,206:0.72:285
chr5	149585025	rs4705426	A	C	11973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=181;NR=157;PP=2965;SC=GCAGGCCCTCATGGTGTATAG;SOR=0.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=338;TCF=181;TCR=157;TR=338;WE=149585033;WS=149585015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr5	149596955	rs980272	C	T	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=436;ReadPosRankSum=0.972;SC=TAGTAGTGCCCTCAGTGGAGG;SOR=0.679;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=25;WE=149596963;WS=149596945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr5	149597160	rs882354	A	G	3232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=65;PP=1841;ReadPosRankSum=-0.115;SC=TCTGCCACGTACATCCGGAGC;SOR=0.639;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=210;TCF=101;TCR=109;TR=130;WE=149597168;WS=149597150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,149:0.63:235
chr5	149597304	rs5872169	G	GT	1010.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.962;NF=1;NR=14;PP=580;ReadPosRankSum=-2.883;SC=CTAGCCCAGGGACGGGGGAGG;SOR=0.843;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=15;WE=149597312;WS=149597294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr5	149602280	rs55976097	T	C	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=40;PP=1047;ReadPosRankSum=-1.465;SC=CCCTCAGCTGTAAGACACACA;SOR=0.866;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=92;TCF=29;TCR=63;TR=57;WE=149602288;WS=149602270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,63:0.57:110
chr5	149602608	rs2241694	A	G	12487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=252;NR=205;PP=2965;SC=GCCATTTGCCATCCCGGCGGT;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=457;TCF=252;TCR=205;TR=457;WE=149602616;WS=149602598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr5	149602824	rs2241695	C	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=391;ReadPosRankSum=0.740;SC=CAACCGGGGGCCTCCTGTCTC;SOR=0.676;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=111;TCF=37;TCR=74;TR=31;WE=149602832;WS=149602814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,31:0.26:117
chr5	149610967	rs139987809	AAATAAT	A,AAAT	2708.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.326;QD=32.64;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,14,63:0.17,0.76:83
chr5	149624901	.	G	GCCTCCT	1334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=4.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.174;QD=22.62;ReadPosRankSum=-0.103;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr5	149629683	rs4958452	T	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.606;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,20:0.29:68
chr5	149631413	rs2288799	A	G	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;ReadPosRankSum=0.410;SC=GACCCCTGGAAAGAGGACCAG;SOR=0.578;SbPval=0.4;Source=Platypus;TCF=102;TR=56;WE=149631421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,62:0.33:190
chr5	149636073	rs10463293	T	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=140;ReadPosRankSum=1.761;SC=CTCTGCAGGATTAGGGACGTG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=7;WE=149636081;WS=149636065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr5	149636109	rs10463294	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=269;ReadPosRankSum=2.186;SC=CTCCCGGGGTGAGCCACACCC;SOR=1.106;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=16;WE=149636117;WS=149636099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr5	149644597	rs891938	T	G	19168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=711;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=340;NR=328;PP=2965;SC=CAGAGGCTCATGTGAGTCCCC;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=669;TCF=340;TCR=329;TR=668;WE=149644605;WS=149644587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,711:1.00:711
chr5	149677851	rs6579784	A	G	10477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=206;NR=157;PP=2965;SC=CGCGCTGGGCATAAAGCATAG;SOR=0.910;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=365;TCF=207;TCR=158;TR=363;WE=149677859;WS=149677841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr5	149737221	rs4565199	T	G	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.07;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	149747355	rs41287124	A	G	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.277;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,86:0.30:291
chr5	149753865	rs55918703	G	A	1880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=0.979;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,87:0.67:129
chr5	149776232	rs15251	C	T	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=1.501;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,77:0.54:142
chr5	149823785	rs2070844	G	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=331;ReadPosRankSum=-1.046;SC=AGGAGAGAAGGCTGGAGTTGA;SOR=1.079;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=22;WE=149823793;WS=149823783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr5	149824067	rs2073472	T	C	2499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.23;ReadPosRankSum=0.474;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,110:0.71:154
chr5	149824223	rs2070842	T	C	3684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.38;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,168:0.75:225
chr5	149824308	rs36146597	G	GC	1561.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=1003;ReadPosRankSum=1.593;SC=AAGGCTGGGCGCGGTGGCTCA;SOR=0.746;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=23;WE=149824316;WS=149824298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,49:0.67:73
chr5	149824355	rs13171800	G	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.938;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=314;ReadPosRankSum=1.399;SC=TTGGGAGACTGAGGCTGGTGG;SOR=1.247;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=18;WE=149824363;WS=149824345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr5	149826526	rs4841	C	T	5963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.209;SC=AGATGGTTTCCCTGGGGACAA;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=402;TCF=199;TCR=203;TR=255;WE=149826534;WS=149826511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,267:0.62:429
chr5	149826572	rs13183077	G	A	3899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.428;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=95;PP=2429;ReadPosRankSum=-0.241;SC=CCAACAAGGAGTGCTTACGAT;SOR=0.729;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=280;TCF=135;TCR=145;TR=179;WE=149826580;WS=149826562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,189:0.62:306
chr5	149931222	rs6579792	T	G	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=9;NR=2;PP=237;SC=GATTCCCTGGTCTCTGCCATT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=149931230;WS=149931216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	150051958	rs194134	T	C	18192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=319;NR=318;PP=2965;SC=CACCGCCATCTCCAAGGGCTA;SOR=0.736;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=640;TCF=319;TCR=321;TR=637;WE=150051966;WS=150051948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,672:1.00:672
chr5	150072693	rs33410	A	G	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.979;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=846;ReadPosRankSum=1.616;SC=GTAGAGCGGCAACATGAACCA;SOR=0.970;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=51;WE=150072701;WS=150072683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr5	150078956	rs252161	A	G	5412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr5	150098028	rs41290555	G	A	4943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr5	150110239	rs35772018	T	C	4905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.816;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.115;SC=GTGGCGAGGATAGAGCTGTGA;SOR=0.640;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=289;TCF=151;TCR=138;TR=202;WE=150110247;WS=150110229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,221:0.70:317
chr5	150282674	rs111355487	A	AT	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=4.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.056;QD=0.41;ReadPosRankSum=2.721;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,22:0.17:127
chr5	150311622	rs12656542	A	G	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=7;PP=666;ReadPosRankSum=0.485;SC=TATTTTTCCAAATATATTATA;SOR=0.573;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=110;TCF=90;TCR=20;TR=42;WE=150311630;WS=150311612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,46:0.39:119
chr5	150311678	rs11167525	A	G	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.369;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=40;PP=1067;ReadPosRankSum=-0.456;SC=TGATGACTACAACTTGCCTGA;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=312;TCF=188;TCR=124;TR=105;WE=150311686;WS=150311668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,117:0.35:339
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chr5	150311857	rs10719367	CT	C	2185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.919;NF=3;NR=44;PP=1630;ReadPosRankSum=-0.018;SC=CTCTCTCTGTCTGAAAAAAAA;SOR=0.778;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=131;TCF=11;TCR=120;TR=47;WE=150311867;WS=150311847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,71:0.38:189
chr5	150323530	rs112582282	GTGGGAGAAGGTCGTGA	G	506.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.45;ReadPosRankSum=2.742;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr5	150404844	.	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.03;ReadPosRankSum=-2.029;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,27:0.16:169
chr5	150407456	rs8177447	T	C	5816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.47;ReadPosRankSum=3.822;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,261:0.65:402
chr5	150409667	rs8177458	G	A	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=1.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.250;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,64:0.29:218
chr5	150410135	rs3924	G	A	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.142;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=3;PP=596;ReadPosRankSum=0.321;SC=AGGGACTGGTGTACAAGCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=31;WE=150410143;WS=150410125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr5	150413406	rs2233305	A	C	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=334;ReadPosRankSum=-0.343;SC=ACAGGCTGCAAAGGACACCCA;SOR=0.509;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=25;WE=150413414;WS=150413396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr5	150415338	rs2287720	C	T	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=45;PP=1135;ReadPosRankSum=-1.906;SC=CAGGCCCAGACTCCCATGCCT;SOR=0.831;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=102;TCF=28;TCR=74;TR=61;WE=150415346;WS=150415328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,65:0.61:106
chr5	150425467	rs2233299	G	A	7199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=0.333;SC=TCTCGGCTGCGCCCAAGGCCA;SOR=0.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=505;TCF=273;TCR=232;TR=340;WE=150425475;WS=150425457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,344:0.66:522
chr5	150429563	rs2233294	A	C	4828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.319;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.308;SC=TAAGAAACCTACAGGGCTCCT;SOR=0.418;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=281;TCF=108;TCR=173;TR=201;WE=150429571;WS=150429553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,212:0.71:297
chr5	150483095	rs4958892	A	G	2493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=1.554;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,122:0.64:192
chr5	150504097	rs373180208	TGA	T	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=4.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-1.975;SOR=0.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr5	150506104	rs374776803	AAC	A	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.654;QD=4.12;ReadPosRankSum=-2.281;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr5	150512589	rs146823252	G	GAAAAT	4952.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.26;MQRankSum=3.229;QD=27.06;ReadPosRankSum=-1.195;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,129:0.70:183
chr5	150516887	rs2303034	G	C	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=558;ReadPosRankSum=-0.258;SC=AATGCCCTGGGGGTAGAAAAA;SOR=0.956;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=43;WE=150516895;WS=150516877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,50:0.68:74
chr5	150518358	rs3213802	AG	GA	8382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=109;PP=2944;ReadPosRankSum=1.251;SC=AGGTCCTGGCAGGTGGGGAAG;SOR=0.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=341;TCF=146;TCR=195;TR=188;WE=150518367;WS=150518348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,215:0.59:365
chr5	150519670	rs10040510	T	A	3800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=1.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.38;ReadPosRankSum=1.155;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,175:0.75:232
chr5	150564059	rs67145573	C	T	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.800;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,85:0.28:300
chr5	150564975	rs248428	T	C	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=-2.421;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,29:0.19:155
chr5	150565008	rs248427	C	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=-1.764;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,38:0.20:189
chr5	150565191	rs3822697	G	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.796;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr5	150565724	rs248426	C	T	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=34;PP=809;ReadPosRankSum=1.676;SC=CAAAGCCTGCCTCATAAATGC;SOR=0.607;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=211;TCF=101;TCR=110;TR=69;WE=150565732;WS=150565714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,75:0.33:228
chr5	150565770	rs193728	G	A	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.351;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=580;ReadPosRankSum=-1.350;SC=GAGGGAGAACGGTTTTGGGTT;SOR=0.911;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=133;TCF=49;TCR=84;TR=44;WE=150565778;WS=150565760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,48:0.34:142
chr5	150567049	rs35221501	CA	C	510.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.088;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,26:0.19:137
chr5	150567074	rs36036156	T	TG	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=0.975;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,19:0.17:113
chr5	150567145	rs454130	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-1.025;SOR=1.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
chr5	150696447	rs369907	C	T	4387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=82;NR=69;PP=2548;SC=CGTCCAGGGCCTGGTAGGTCC;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=82;TCR=69;TR=151;WE=150696455;WS=150696437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr5	150696498	rs428064	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=-0.670;QD=1.56;ReadPosRankSum=1.609;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,24:0.17:139
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chr5	150704758	rs246496	A	G	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=1;PP=374;SC=TCTAGACCTCAGTTTCCCAGC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=150704766;WS=150704748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr5	150838636	rs6891599	C	T	2718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=64;PP=1785;SC=CGAGTGACTGCGCTGAGATTT;SOR=2.327;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=21;TCR=64;TR=85;WE=150838644;WS=150838626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
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chr5	150846663	rs78066852	A	G	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=384;SC=GTACTCCCTAAATCTATTAAA;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=150846671;WS=150846653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	150846706	rs76799041	AGCATT	A	1071.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=4;PP=743;SC=CCCTTCTGGGAGCATTGCATT;SOR=1.893;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=14;WE=150846718;WS=150846696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	150846865	.	G	GA	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.000;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.620;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
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chr5	150847509	rs394736	A	G	13235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.71;QD=46.77;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
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chr5	150847574	rs13357451	T	C	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.88;QD=23.73;SOR=1.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
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chr5	150848653	rs10709981	TA	T	3404.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.765;HP=11;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.547;NF=57;NR=59;PP=1673;ReadPosRankSum=1.616;SC=AAGCATAACTTAAAAAAAAAA;SOR=1.266;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=137;TCF=65;TCR=72;TR=116;WE=150848662;WS=150848643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,187:0.94:199
chr5	150848701	rs357624	A	G	10123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=25.25;SOR=1.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr5	150848874	rs357625	A	G	3095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=80;PP=2249;SC=TTTTGTTTTCATTTTTGAAAC;SOR=2.649;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=104;TCF=24;TCR=80;TR=103;WE=150848882;WS=150848864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	150853193	rs11279332	CTTTTGCTTTG	C	4735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=35;PP=2987;SC=TCTGTATAGCCTTTTGCTTTG;SOR=1.265;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=56;WE=150853210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr5	150856107	rs165352	T	G	8653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.03;MQRankSum=0.110;QD=25.99;ReadPosRankSum=0.808;SOR=0.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,332:1.00:333
chr5	150886616	rs7723079	G	A	3823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=38;PP=2424;SC=GGTTGGATGCGTGGTAGCTAA;SOR=1.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=90;TCR=38;TR=128;WE=150886624;WS=150886606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	150886725	rs7723266	G	A	11523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=222;NR=203;PP=2965;SC=CCATCTCCTCGCTGGACCAGG;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=429;TCF=223;TCR=206;TR=425;WE=150886733;WS=150886715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,454:1.00:454
chr5	150886882	rs1105168	G	A	8218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=126;PP=2965;SC=GCTGGGTTCCGGTTGGTTGAG;SOR=0.769;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=154;TCR=127;TR=278;WE=150886890;WS=150886872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr5	150887184	rs75548276	G	GAGA	4659.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=53;PP=2967;SC=TGCGGAGACAGAGTAGTCAGG;SOR=2.153;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=67;TCF=4;TCR=63;TR=57;WE=150887192;WS=150887174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr5	150889805	rs6870300	A	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=127;ReadPosRankSum=-0.369;SC=GCATTGGCAGACTGGTGTGTT;SOR=0.582;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=16;WE=150889813;WS=150889795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr5	150891663	rs6862750	T	C	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=7;PP=960;SC=CCTGACATGCTTTTCCCACCT;SOR=2.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=42;WE=150891671;WS=150891656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	150891733	rs2304028	A	G	3645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=35;PP=1982;SC=CACCTGCCCCATGGGTCCATG;SOR=1.512;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=87;TCR=37;TR=121;WE=150891741;WS=150891723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	150901111	rs3822699	A	G	25923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=1002;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=466;NR=483;PP=2965;SC=CCAGGAGCACATCCACACCAG;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=951;TCF=468;TCR=483;TR=949;WE=150901119;WS=150901101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1000:1.00:1000
chr5	150901261	rs6650971	C	T	14587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=244;NR=272;PP=2965;SC=AGCCCATCCACATGGCCTGCT;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=517;TCF=245;TCR=272;TR=516;WE=150901269;WS=150901251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,546:1.00:546
chr5	150901300	rs3734046	G	A	14696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,566:1.00:566
chr5	150901597	rs3734047	G	C	2962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.278;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=68;PP=1836;ReadPosRankSum=0.586;SC=CTGTGACATGGACACGGACAG;SOR=1.114;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=149;TCF=57;TCR=92;TR=106;WE=150901605;WS=150901587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,123:0.72:170
chr5	150901613	rs2053028	A	G	3566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=64;PP=2046;SC=GACAGACGTCAAAGACGAGAG;SOR=1.187;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=47;TCR=65;TR=111;WE=150901621;WS=150901603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr5	150901630	rs3734049	G	T	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.647;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=801;ReadPosRankSum=-0.487;SC=AGAGGGGAGGGATGCCACTGT;SOR=1.483;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=54;WE=150901638;WS=150901620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,61:0.73:84
chr5	150905398	rs3734051	C	T	6014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.345;SC=GCCATCCATCCGGGGTCACTC;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=350;TCF=184;TCR=166;TR=235;WE=150905406;WS=150905388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,268:0.69:388
chr5	150905485	rs36092108	C	T	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=44;PP=980;ReadPosRankSum=0.842;SC=CTGGGTCACTCAGGATCAGCT;SOR=0.782;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=256;TCF=123;TCR=133;TR=87;WE=150905493;WS=150905475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,85:0.31:278
chr5	150906721	rs80225398	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=-0.077;SC=GACTAATGCCACTGAGGGGCA;SOR=0.518;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=8;WE=150906729;WS=150906711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr5	150907819	rs11743288	T	C	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=21;PP=521;SC=GGATCACAGTTGTCCCTGCCA;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=150907827;WS=150907809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	150908813	rs2304024	G	A	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.12;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,86:0.77:112
chr5	150921805	rs6579879	G	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.920;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=516;ReadPosRankSum=1.066;SC=GATGTTTTTCGATACATTCCA;SOR=2.030;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=29;WE=150921813;WS=150921795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr5	150923405	rs6892335	A	G	4770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=73;PP=2965;SC=GCTGTTAATGAAGAAGTGCCT;SOR=0.845;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=150;TCF=77;TCR=73;TR=149;WE=150923413;WS=150923395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr5	150925144	rs3797875	A	G	2747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.573;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=48;PP=1670;ReadPosRankSum=-2.106;SC=CAAATAATACAGGGCTTCCTT;SOR=0.895;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=181;TCF=104;TCR=77;TR=117;WE=150925152;WS=150925134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,130:0.65:199
chr5	150942919	rs6872614	A	G	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=36;PP=1949;SC=AATCCCATGTAGTTCCCACTG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=68;TCR=36;TR=104;WE=150942927;WS=150942909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	150942969	rs2304053	G	A	1869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=33;PP=1182;ReadPosRankSum=-0.193;SC=GCTGGAGTCTGGGTCCCAGGC;SOR=0.622;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=128;TCF=76;TCR=52;TR=78;WE=150942977;WS=150942959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,86:0.62:139
chr5	150943085	rs2304054	G	A	2636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=52;PP=1553;ReadPosRankSum=1.159;SC=CCGTAACCTCGATGTAGACTT;SOR=0.705;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=208;TCF=111;TCR=97;TR=116;WE=150943093;WS=150943075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,127:0.55:229
chr5	150945483	rs3734055	C	T	10896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.28;ReadPosRankSum=0.114;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,499:0.70:713
chr5	150945699	rs10085060	G	A	4687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.833;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=101;PP=2841;ReadPosRankSum=-0.817;SC=GGAACCTTCAGCCTGTTGTGT;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=314;TCF=145;TCR=169;TR=187;WE=150945707;WS=150945689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,209:0.60:347
chr5	150945862	rs3734057	A	G	5100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.735;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.702;SC=GGTGTCCTGTAACAACCAGTT;SOR=0.851;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=340;TCF=186;TCR=154;TR=211;WE=150945870;WS=150945852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,226:0.61:369
chr5	150945931	rs3734058	C	T	6549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FS=1.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.65;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,294:0.66:447
chr5	150946132	rs3734059	G	A	4046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=79;PP=2593;ReadPosRankSum=2.048;SC=TTACATTGAGGATGTAGAAAT;SOR=0.645;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=121;TCR=121;TR=158;WE=150946140;WS=150946122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,175:0.65:268
chr5	150946436	rs9324700	A	G	6628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FS=0.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.93;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,300:0.68:444
chr5	150946773	rs1432862	G	A	3812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.906;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;ReadPosRankSum=0.628;SC=CAGTCTTGGCGGATAGACCCT;SOR=0.522;Source=Platypus;TCF=134;WE=150946781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,171:0.66:259
chr5	150946966	rs1465690	G	A	7905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=143;NR=122;PP=2965;SC=TCCCCAGGTAGGGGTCAATAG;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=144;TCR=122;TR=265;WE=150946974;WS=150946956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr5	150947128	rs34166097	G	A	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=2.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=2.452;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,106:0.26:402
chr5	150947719	rs3734060	C	T	2555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=44;PP=1765;ReadPosRankSum=1.074;SC=TCACCACCACCGAAGCAATGG;SOR=0.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=89;TCR=66;TR=102;WE=150947727;WS=150947709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,107:0.63:169
chr5	150948537	rs1469680	T	C	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=23;PP=534;SC=AAAGACAGGGTGCAAGTTAGG;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=150948545;WS=150948527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	151043103	rs1053411	G	C	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=641;ReadPosRankSum=1.016;SC=GGGTTAAAGAGAGAATCCGGT;SOR=0.619;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=191;TCF=112;TCR=79;TR=62;WE=151043111;WS=151043093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,71:0.32:219
chr5	151043213	rs11950384	G	A	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=1.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=-0.635;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,64:0.32:203
chr5	151046928	rs729853	C	T	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=1.212;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,70:0.47:150
chr5	151049404	rs7719521	A	C	8457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=128;NR=159;PP=2965;SC=GCTGATACCAATATCCTTGTC;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=287;TCF=128;TCR=159;TR=287;WE=151049412;WS=151049394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr5	151052659	rs1978707	G	A	5631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=120;NR=76;PP=2965;SC=AGGGCAGCTTGGATGTGCCAA;SOR=1.135;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=120;TCR=76;TR=196;WE=151052667;WS=151052649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr5	151054137	rs2116780	A	C	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=1.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,82:0.33:250
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chr5	151167389	.	GAATATTTTCAATTCATAAAATAAAATTTATGAAT	G	368.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.705;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,12:0.17:72
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chr5	151175139	rs10074267	A	T	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.934;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=626;ReadPosRankSum=-0.768;SC=GTTGTCAGGTAAGAAGATTTT;SOR=0.908;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=200;TCF=112;TCR=88;TR=64;WE=151175147;WS=151175129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,74:0.31:238
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chr5	151239290	rs7729026	G	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.672;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=175;ReadPosRankSum=0.470;SC=TGCCCAGAAGGTAGTGGGGCA;SOR=0.352;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=16;WE=151239298;WS=151239280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
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chr5	151771673	rs4958303	A	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
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chr5	151771852	rs4958532	G	A	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.700;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=1124;ReadPosRankSum=-0.148;SC=TGACTGACATGGGAATTGGGG;SOR=0.618;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=38;WE=151771860;WS=151771828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,42:0.34:125
chr5	151772055	rs1895245	G	T	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=40;PP=769;ReadPosRankSum=0.192;SC=TCAGGTAGAAGAAGACACCTG;SOR=0.855;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=216;TCF=102;TCR=114;TR=69;WE=151772063;WS=151772045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,69:0.30:228
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chr5	151777457	rs72791443	T	C	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.367;SOR=0.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,20:0.31:64
chr5	151777466	rs716257	A	G	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=2.220;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,21:0.24:86
chr5	151777789	rs958955	GC	AT	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=876;ReadPosRankSum=-0.010;SC=TAACTCAAACGCTCATTTTGA;SOR=0.639;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=89;TCF=17;TCR=72;TR=26;WE=151777798;WS=151777779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,32:0.33:96
chr5	152873649	rs17515380	A	G	1912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=53;PP=1138;ReadPosRankSum=-0.362;SC=TCTATTTCTGAGATGTCTTTC;SOR=0.671;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=300;TCF=145;TCR=155;TR=103;WE=152873657;WS=152873639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,110:0.34:326
chr5	153029852	rs35033669	ACTGT	A	2646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=1256;ReadPosRankSum=0.212;SC=ACAAATCCTGACTGTCTGTCA;SOR=0.785;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=25;WE=153029863;WS=153029842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,66:0.70:94
chr5	153085668	rs140268951	T	TTTTGTTTGTTTG	490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-1.415;QD=10.91;ReadPosRankSum=1.131;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr5	153144216	rs3813470	A	G	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=-2.809;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,31:0.27:116
chr5	153174310	.	G	GA	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=3.170;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.061;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,34:0.16:207
chr5	153372525	rs1057772	G	A	7120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr5	153372743	rs6866471	G	A	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=37;PP=1131;SC=TAAGGCAACAGGGGAACAGAT;SOR=3.417;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=42;WE=153372751;WS=153372733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	153381848	rs11748836	C	T	3679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=71;PP=2292;ReadPosRankSum=0.441;SC=GCTGTCACTTCCTGCTTCCTG;SOR=0.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=119;TCR=96;TR=157;WE=153381856;WS=153381838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,165:0.71:231
chr5	153382072	rs35082504	GTCT	G	1069.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=754;SC=AATAAAGAGTGTCTTCTTCTT;SOR=3.014;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=17;WE=153382082;WS=153382062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	153382602	rs75780714	A	G	2749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=70;PP=1709;ReadPosRankSum=1.747;SC=TACCAGGAACACAATAGCATC;SOR=0.571;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=177;TCF=65;TCR=112;TR=115;WE=153382610;WS=153382592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,123:0.65:189
chr5	153406644	rs9324765	C	T	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=2;PP=837;SC=AAAACATACACTTCATCTTCC;SOR=4.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=34;WE=153406652;WS=153406642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	153406987	rs6889563	G	C	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=25;PP=792;SC=AGACAGGTTAGAGTACAGAGG;SOR=1.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=153406995;WS=153406977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	153413390	rs2578377	C	T	4259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr5	153414545	rs34907432	C	CA	1708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=42;PP=1091;SC=AATGAAAGCCCAAAAAAAATT;SOR=2.030;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=52;TCF=4;TCR=48;TR=45;WE=153414553;WS=153414535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	153429459	rs690592	T	C	10967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=199;NR=195;PP=2965;SC=CGGATGATGATGTCATCATAG;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=394;TCF=199;TCR=195;TR=394;WE=153429467;WS=153429449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr5	153432450	rs11451300	A	AT	5638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.943;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.247;NF=62;NR=60;PP=1781;ReadPosRankSum=0.118;SC=TTTTGCTATAATTTTTTTTTC;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=72;TCR=71;TR=122;WE=153432458;WS=153432440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,251:0.98:255
chr5	153432733	rs2578386	T	C	9012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=143;PP=2965;SC=CTGAGAAGGCTATCAATGAGT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=307;TCF=164;TCR=143;TR=306;WE=153432741;WS=153432723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr5	153432970	rs2255493	C	T	6085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=109;PP=2965;SC=TGCGAGTGGACGACCCTGATG;SOR=0.992;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=204;TCF=95;TCR=109;TR=204;WE=153432978;WS=153432960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr5	153674536	rs139016870	TTGTG	T	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=4.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.43;ReadPosRankSum=-2.549;SOR=0.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr5	153677361	.	TGA	T,TTCCCCGA	997.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.18;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=988;SC=CTCTTTGTACTGAGCAAAAAC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=153677371;WS=153677351;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:20
chr5	153677362	.	GA	CT	804	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=16;NR=0;PP=804;QD=53.5917421789;SC=TCTTTGTACTGAGCAAAAACT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=16;WE=153677371;WS=153677351;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,16:0.80:20
chr5	153677363	.	A	ATCCCCCT	997.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.89;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	153709043	rs1004976	G	A	6055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=153;NR=47;PP=2965;SC=AGGAAGTGGGGTTTGCAGTTA;SOR=2.433;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=200;TCF=153;TCR=47;TR=200;WE=153709051;WS=153709033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr5	153735817	rs11167675	G	A	2003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=1.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.891;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,120:0.33:361
chr5	153783587	rs4958733	A	G	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=39;PP=1249;ReadPosRankSum=-1.013;SC=TGCTGAGTGCACTAAGGGATG;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=280;TCF=173;TCR=107;TR=104;WE=153783595;WS=153783577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,113:0.36:314
chr5	153788991	rs2112605	G	C	1936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=3.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=1.472;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,118:0.33:356
chr5	153795274	rs11321246	TA	T	2514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=34;PP=1428;SC=TTCCATAATTTAAAAAAAATG;SOR=1.356;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=61;WE=153795282;WS=153795264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	153835378	rs1007404	C	G	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.214;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=27;PP=986;ReadPosRankSum=-0.179;SC=CAAACAACTCCATTCGCTTCT;SOR=0.928;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=201;TCF=127;TCR=74;TR=78;WE=153835386;WS=153835368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,81:0.37:218
chr5	153856974	rs1846966	C	G	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=34;PP=1088;ReadPosRankSum=-1.765;SC=TGGCCTGAGGCTGCTCACCGC;SOR=0.626;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=154;TCR=97;TR=87;WE=153856982;WS=153856964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,92:0.34:268
chr5	154065382	rs33982250	TA	T	277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=0.268;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,37:0.28:132
chr5	154065495	rs11958012	GG	AC	3818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=48;PP=2652;ReadPosRankSum=-1.424;SC=CTCGTGATTCGGTTAATCCTC;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=322;TCF=165;TCR=157;TR=99;WE=154065504;WS=154065485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,110:0.31:350
chr5	154134818	rs11416035	C	CG	565.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.28;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	154193735	rs863649	A	G	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=69;PP=2079;SC=AGTCCCAGGAAAGGGGACAAT;SOR=1.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=42;TCR=69;TR=111;WE=154193743;WS=154193725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr5	154217924	rs192484632	A	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=244;ReadPosRankSum=0.087;SC=ATGTACAAGAATAGCTAGAAA;SOR=0.483;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=17;WE=154217932;WS=154217914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr5	154247297	rs35471086	TAA	T	394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=203;ReadPosRankSum=0.522;SC=TTGCTTGAGCTAAAAGACATA;SOR=0.582;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=8;WE=154247306;WS=154247287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,14:0.22:63
chr5	154268902	rs816739	C	T	5184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr5	154271391	rs702743	A	C	3111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=60;PP=1997;SC=TTTCTTATCAACCAAGAAGCA;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=41;TCR=61;TR=101;WE=154271399;WS=154271381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	154271948	rs816736	G	A	10382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr5	154275962	rs816747	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=0.936;SC=GGATGATCTCGAGAGCTCTCC;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=12;WE=154275970;WS=154275952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr5	154278888	rs816740	C	T	7425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=135;PP=2965;SC=CAAGAACAGACCCTTTAGCCA;SOR=0.998;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=116;TCR=136;TR=250;WE=154278896;WS=154278878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr5	154282551	rs10515726	T	C	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=12.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=1.055;SOR=0.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,76:0.36:213
chr5	154287016	rs76813157	T	TGAAAAAAAA	1907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.55;QD=48.92;SOR=3.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	154287115	rs6580119	T	C	6666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=146;NR=90;PP=2965;SC=GACACGACCATGAAATCCTAG;SOR=1.134;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=147;TCR=90;TR=236;WE=154287123;WS=154287105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr5	154291219	rs6580121	A	G	2222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=22;PP=1516;SC=TTCCTTGCTCAATCCTGATCA;SOR=1.816;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=81;TCF=59;TCR=22;TR=79;WE=154291227;WS=154291209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	154291409	rs1974777	C	T	5348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=100;PP=2965;SC=CAGTCGACCTCGATGTCCTCG;SOR=0.988;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=81;TCR=101;TR=181;WE=154291417;WS=154291399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr5	154291496	rs1974776	G	A	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=40;PP=1143;SC=GACATTTTCTGGTTATTCTAT;SOR=3.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=45;WE=154291504;WS=154291486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	154296795	rs348735	A	C	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=192;ReadPosRankSum=-2.048;SC=TACAAGTTACAATGCAAATAG;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=15;WE=154296803;WS=154296785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr5	154300940	rs348739	A	C	4560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr5	154306972	rs2258437	T	C	3853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=40;PP=2487;SC=TAGAAAGTAATAGCTGTTTGT;SOR=1.560;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=93;TCR=40;TR=133;WE=154306980;WS=154306962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	154308282	rs2644743	C	T	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=42;PP=1153;SC=ATGAAGTCACCGGTGGTTCAT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=154308290;WS=154308272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	154308307	rs1035368	G	A	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=37;PP=966;SC=CACAGTCTGCGCTGTAAAAGC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=57;WE=154308315;WS=154308297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	154311235	rs2644744	T	C	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=40;PP=1313;SC=AGCTATCTCTTTCATAGGTCT;SOR=1.773;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=59;WE=154311243;WS=154311225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	154311576	rs2544866	T	C	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.09;SOR=1.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	154395158	rs6580126	G	T	11235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=197;NR=192;PP=2965;SC=GAATTGGTTCGTGAACTTCAG;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCF=198;TR=389;WE=154395166;WS=154395148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr5	154395458	rs17116710	G	A	2322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.69;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,100:0.68:148
chr5	154395682	rs56080630	G	A	2785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.973;NF=54;NR=54;PP=1706;ReadPosRankSum=0.149;SC=TGAGGTTATGGTCAGTACTGA;SOR=0.673;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=79;TCR=79;TR=108;WE=154395690;WS=154395672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,119:0.68:176
chr5	154396505	rs60928118	G	A	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=29;PP=1230;ReadPosRankSum=0.692;SC=AAACCTTCTCGTGTTAAAGAA;SOR=0.940;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=76;WE=154396513;WS=154396495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,76:0.72:105
chr5	155756414	rs11740347	G	A	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=30;PP=1436;SC=TGGTCAGCCTGCCCTGCCTTC;SOR=1.116;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=80;WE=155756422;WS=155756404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	155771579	rs1801193	T	C	4046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=61;PP=2188;ReadPosRankSum=-1.010;SC=TGGGGATTTATGGCTGGCGGA;SOR=0.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=84;TCR=61;TR=144;WE=155771587;WS=155771569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,156:0.99:158
chr5	155771773	rs4434364	A	G	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=43;PP=1311;SC=GAAAAGTGATATTATTACAGT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=66;WE=155771781;WS=155771763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	155820696	rs62380730	A	G	5494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.465;SC=AAGATCATCCATCTCCCAGAG;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=354;TCF=198;TCR=156;TR=243;WE=155820704;WS=155820686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,259:0.68:381
chr5	155820716	rs10475703	C	A	10618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=205;NR=169;PP=2965;SC=GCCATTGGTACATAGTTACTA;SOR=0.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=374;TCF=205;TCR=169;TR=374;WE=155820724;WS=155820706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr5	155935708	rs45559835	G	A	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=569;ReadPosRankSum=0.651;SC=ATCCAGTCCCGACCAGTAAGT;SOR=0.677;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=157;TCF=86;TCR=71;TR=51;WE=155935716;WS=155935698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,60:0.33:183
chr5	156074654	rs141437738	TAAATTGA	T	1668.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=30;PP=1713;SC=CGTGAATACATAAATTGAAAG;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=30;WE=156074668;WS=156074644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	156375335	.	C	CA	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=10.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=-0.528;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr5	156376703	rs6873053	A	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=4.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=1.295;SOR=1.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,23:0.26:89
chr5	156381370	rs7724832	G	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=194;ReadPosRankSum=1.551;SC=TGATCCCATTGTCCATTAACC;SOR=0.685;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=19;WE=156381378;WS=156381360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,21:0.29:73
chr5	156381895	.	C	CT	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=-0.867;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr5	156390297	rs6882076	T	C	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=44;PP=1014;ReadPosRankSum=-1.577;SC=GGTGGGACTCTTTAGTTTCAT;SOR=0.623;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=255;TCF=112;TCR=143;TR=78;WE=156390305;WS=156390287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,84:0.30:279
chr5	156464212	rs4704837	T	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=329;ReadPosRankSum=-1.337;SC=CAGGCAATTTTGCTGTACATC;SOR=0.802;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=82;TCF=65;TCR=17;TR=26;WE=156464220;WS=156464202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,26:0.30:87
chr5	156479323	rs1553318	G	C	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=4.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.865;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=6;PP=593;ReadPosRankSum=-0.347;SC=TGGATGGTCCGCAGCTCCTCA;SOR=0.976;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=134;TCF=109;TCR=25;TR=40;WE=156479331;WS=156479313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,42:0.28:148
chr5	156479424	rs1553317	A	C	4130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.964;NF=128;NR=89;PP=2242;ReadPosRankSum=-0.512;SC=AGGTAGAGACAGTTGTTGTCA;SOR=0.816;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=596;TCF=347;TCR=249;TR=217;WE=156479432;WS=156479414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:394,226:0.36:620
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chr5	156479557	rs141023871	GTTGGAACAGTCGTCA	G	8648.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=891;ExcessHet=3.0103;FS=2.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=8.147;QD=11.36;ReadPosRankSum=0.706;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:512,249:0.33:761
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chr5	156482099	.	TTA	CTT	597	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=14;NR=6;PP=597;QD=32.5233937431;SC=GAACAAGAGTTTATTTAAAAA;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=20;WE=156482109;WS=156482089;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:36,20:0.36:56
chr5	156482101	rs2270924	A	T	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.16;ReadPosRankSum=1.326;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
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chr5	156531736	rs1036199	C	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.995;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=167;ReadPosRankSum=0.350;SC=GTCTCTCTGCCGAGTCGGTGC;SOR=0.885;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=19;WE=156531744;WS=156531726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,21:0.29:72
chr5	156644775	rs5872504	T	TC	5819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=46;PP=2936;SC=TCTGTTGTTTTCCTGGGCCCT;SOR=0.804;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=67;WE=156644783;WS=156644765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr5	156670916	rs66943334	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=1.602;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr5	156679423	rs12055362	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=183;ReadPosRankSum=-1.536;SC=TGGTAAAACTGAGATTAAACA;SOR=0.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=14;WE=156679431;WS=156679419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr5	156679576	rs27341	T	C	2658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.392;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=59;PP=1543;ReadPosRankSum=-1.275;SC=CTATGACGCATAAGTACAAGG;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=319;TCF=174;TCR=145;TR=128;WE=156679584;WS=156679566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,143:0.41:351
chr5	156712197	rs2288069	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=128;ReadPosRankSum=-0.079;SC=AGATACACATCGAGAGCACCT;SOR=0.076;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=10;WE=156712205;WS=156712187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr5	156714137	rs2288068	G	A	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.069;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,64:0.29:217
chr5	156715531	rs75809980	G	A	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=28;PP=1025;ReadPosRankSum=-1.383;SC=GGAGAGGTATGCAAGGGCAGA;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=73;WE=156715539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,78:0.78:100
chr5	156715652	rs11747736	G	C	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.350;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,51:0.28:185
chr5	156715833	rs13358909	T	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=-0.026;SC=CAAACAAAAATACACGAAGTT;SOR=0.972;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=9;WE=156715841;WS=156715823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr5	156721863	rs5872508	T	TC	8734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=75;PP=2974;SC=CCCGGGCCATTCCCAGGTGAG;SOR=0.829;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=114;TCF=32;TCR=82;TR=105;WE=156721871;WS=156721853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr5	156723913	rs1600014	T	C	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=483;SC=GCCCTACACATCCCTGGGTGA;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=156723921;WS=156723903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	156727692	rs3815829	T	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=177;ReadPosRankSum=-0.183;SC=GGGAGCACAGTGGACCTTACT;SOR=0.307;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=14;WE=156727700;WS=156727682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr5	156730035	rs77042939	A	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=1.342;SC=CTTGAGAGTGAAATGTAGCTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=7;WE=156730043;WS=156730025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr5	156734632	rs529619	G	A	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=5;PP=807;SC=AATATAATGTGTGTCTCTACA;SOR=2.303;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=29;WE=156734652;WS=156734622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	156734644	rs144622623	G	GGTGTGTGT,GGTGTGTGTGT	1099.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=6.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13,13;NR=4,4;PP=186,398;ReadPosRankSum=-1.320;SC=GTCTCTACAGGGTGTGTGTGT;SOR=2.717;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=17,17;WE=156734652;WS=156734622;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.30,0.67:33
chr5	156738830	rs393178	G	C	4011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=119;PP=2285;ReadPosRankSum=-1.998;SC=CGTGGGCCCAGGGCCAGAAGG;SOR=0.834;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=258;TCF=77;TCR=181;TR=167;WE=156738838;WS=156738820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,189:0.67:282
chr5	156750834	rs34143712	G	GA	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.974;QD=0.70;ReadPosRankSum=-1.732;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,21:0.18:119
chr5	156753257	rs11551374	C	T	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=1.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.697;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,93:0.33:286
chr5	156760416	rs139353471	A	G	2882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=59;PP=1695;ReadPosRankSum=0.431;SC=GGACCAAGCTATCAGCCGCTT;SOR=0.654;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=94;TCR=89;TR=120;WE=156760424;WS=156760406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,132:0.64:207
chr5	156760799	rs1900158	G	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=275;ReadPosRankSum=0.214;SC=TCACAGGTGTGCAGTAGTATA;SOR=0.749;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=78;TCF=59;TCR=19;TR=22;WE=156760807;WS=156760789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,25:0.29:86
chr5	156760842	rs1900157	T	C	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.304;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,47:0.26:181
chr5	156762071	rs10077387	A	G	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.370;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=514;ReadPosRankSum=-1.635;SC=TGGACAAAGTATAAAAATAAA;SOR=0.387;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=136;TCF=83;TCR=53;TR=46;WE=156762079;WS=156762061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,50:0.36:137
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chr5	156763823	rs10038052	G	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=5.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=-3.366;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,29:0.25:117
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chr5	156765981	rs3734026	G	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.752;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=212;ReadPosRankSum=-1.301;SC=TGTCACTTGCGTGAACAGAAG;SOR=0.321;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=20;WE=156765989;WS=156765971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr5	156766037	rs3734027	A	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=412;ReadPosRankSum=2.128;SC=GCAAGTCCTCAGCAGTTGTGG;SOR=0.633;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=78;TCR=34;TR=41;WE=156766045;WS=156766027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,43:0.35:123
chr5	156766273	rs3734028	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=-1.634;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,17:0.24:71
chr5	156770209	rs10214194	G	A	2561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=63;PP=1641;ReadPosRankSum=1.914;SC=GCACCCAAAGGGAGATCTGGG;SOR=0.698;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=357;TCF=182;TCR=175;TR=129;WE=156770217;WS=156770199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,138:0.37:377
chr5	156770344	rs115757838	G	C	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=1.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=1.312;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:310,130:0.30:440
chr5	156770688	rs10061992	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.023;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=44;ReadPosRankSum=-1.181;SC=AATGGAGGCCGAGAGGTTCTG;SOR=0.132;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=156770696;WS=156770678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr5	156786168	rs2289851	C	A	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,67:0.36:186
chr5	156811443	rs10063413	G	A	7029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=109;NR=125;PP=2965;SC=TTTTGAACTCGCATTCCGGCG;SOR=0.956;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=234;TCF=109;TCR=125;TR=234;WE=156811451;WS=156811433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr5	156811612	rs10078836	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=215;ReadPosRankSum=-2.107;SC=CCCAGCCCGGCCCCCGCATGC;SOR=0.669;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=21;WE=156811620;WS=156811602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,25:0.30:84
chr5	156887133	rs1105282	A	G	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=6.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-1.471;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,24:0.27:89
chr5	156889963	rs114432814	T	C	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.520;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=550;ReadPosRankSum=2.321;SC=AACATAATTATTTTTAGGTGG;SOR=1.259;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=34;WE=156889971;WS=156889953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr5	156898690	rs6860507	A	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=217;ReadPosRankSum=1.106;SC=ATATTTCCTGAGGGAGAGTCT;SOR=0.460;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=18;WE=156898698;WS=156898680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr5	156898874	rs10476050	C	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=0.603;SC=GGTTGAACACCCCCTACTACC;SOR=1.022;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=6;WE=156898882;WS=156898864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr5	156898899	rs4704869	G	A	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=9;PP=255;SC=AAAAGGTCAGGTTGGGTTCTG;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=156898907;WS=156898889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	156899290	rs9313607	T	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=276;ReadPosRankSum=1.176;SC=GCCCTAGACATTGCCTGCACC;SOR=0.265;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=24;WE=156899298;WS=156899280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,25:0.35:72
chr5	156899869	rs4704870	T	C	16006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=241;NR=451;PP=2965;SC=AACCCACTGTTATTAGACTGG;SOR=2.416;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=702;TCF=249;TCR=453;TR=692;WE=156899877;WS=156899859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,623:1.00:623
chr5	156900047	rs9313608	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=0.374;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,8:0.15:54
chr5	156908653	rs11134767	C	T	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.773;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,79:0.27:290
chr5	156915323	rs11466803	G	C	3125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=67;PP=2017;ReadPosRankSum=-0.152;SC=CTTGGAGGAGGCCTCCTGGAC;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=100;TCR=102;TR=132;WE=156915331;WS=156915313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,143:0.64:224
chr5	156916037	rs10674185	C	CAAAAAGAA	447.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.238;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr5	156917340	rs10067096	A	C	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=29;PP=801;ReadPosRankSum=-0.368;SC=CTCAGCTTGGAAGGGAGAGCT;SOR=0.668;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=207;TCF=109;TCR=98;TR=64;WE=156917348;WS=156917330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,76:0.32:234
chr5	156920289	rs56353806	G	A	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.826;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=640;ReadPosRankSum=0.602;SC=GCAGGCTTGCGTGGGGTGGGG;SOR=0.111;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=38;WE=156920297;WS=156920279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,41:0.80:51
chr5	156921651	rs11466784	G	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.449;SOR=0.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,32:0.27:117
chr5	156936364	rs1422795	T	C	4462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=68;PP=2101;SC=CGCCTCCAACTGAGAAAGGAC;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=83;TCR=68;TR=151;WE=156936372;WS=156936354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr5	156936549	rs1422794	G	T	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=37;PP=1043;SC=TTTCATTCTGGTGGAGCTTGA;SOR=1.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=56;WE=156936557;WS=156936539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr5	156997785	rs11746737	C	T	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=5.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=-1.303;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,63:0.34:185
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chr5	157002695	rs11465228	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.031;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
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chr5	157075943	rs72284585	TAC	T	1744.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.971;NF=3;NR=35;PP=1655;ReadPosRankSum=0.315;SC=TAATGTGCCATACACACACAC;SOR=0.627;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=5;TCR=60;TR=38;WE=157075952;WS=157075933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,58:0.69:84
chr5	157094771	rs36105993	TAC	T	2660.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.16;ReadPosRankSum=0.964;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,94:0.71:132
chr5	157106794	rs34600005	C	T	2125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=30;PP=1179;ReadPosRankSum=0.638;SC=GCGAAGTAATCCTAATCTCAC;SOR=0.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=78;TCR=46;TR=82;WE=157106802;WS=157106784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,96:0.68:142
chr5	157162936	rs145864613	A	G	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=2.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,81:0.40:203
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chr5	157164962	rs2270812	T	C	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=-2.325;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,75:0.32:237
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chr5	157178592	rs56398160	TA	T	3344.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=52;PP=2431;SC=ATATCTTCTATAATATTTAAA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=3;TCR=54;TR=55;WE=157178600;WS=157178582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	157180930	rs35074350	CT	C	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.976;SOR=0.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr5	157180959	rs141155397	AAAT	A	609.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.031;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=357;ReadPosRankSum=0.361;SC=AAAGCTATACAAATAATAATT;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=18;WE=157180969;WS=157180949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,20:0.25:80
chr5	157236505	rs61251519	T	TA	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=-2.003;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr5	157247160	rs254673	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=-2.633;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr5	158140222	rs3734105	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.900;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=372;ReadPosRankSum=-0.586;SC=CCATTTTTTCGGTGCCAGGTA;SOR=0.490;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=30;WE=158140230;WS=158140212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,30:0.32:93
chr5	158204425	rs1368298	A	G	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=390;ReadPosRankSum=1.138;SC=TCTTACCTGTATAAATGAATC;SOR=0.641;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=95;TCF=63;TCR=32;TR=34;WE=158204433;WS=158204415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,41:0.35:116
chr5	158511579	rs200028682	CA	C	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=-0.836;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.896;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr5	158511794	.	G	GA	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=1.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=3.437;QD=0.47;ReadPosRankSum=0.649;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,27:0.17:160
chr5	158522577	rs12659540	C	A	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=462;ReadPosRankSum=0.431;SC=TCTTGACTGCCCTGAATTTTG;SOR=0.874;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=29;WE=158522585;WS=158522567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr5	158523584	rs6556385	T	C	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.821;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=256;ReadPosRankSum=0.819;SC=CTCCGCCCCCTGTTCCTGACT;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=24;WE=158523592;WS=158523574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr5	158526534	.	TAA	T,TA	2120.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=1.881;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.116;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:28,37,112:0.21,0.63:177
chr5	158588633	rs139682876	GAAAAA	G	4134.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=31;PP=627;SC=CCCAGAACCTGAAAAAAAAAA;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=39;WE=158588647;WS=158588623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	158603571	rs1473247	T	C	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.13;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,111:0.65:170
chr5	158750013	rs2288831	T	C	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.91;ReadPosRankSum=-1.811;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr5	159344083	rs2229181	C	T	8554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=196;PP=2962;ReadPosRankSum=0.951;SC=CCTTCATCCTCTTTGCCATCG;SOR=0.832;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=550;TCF=269;TCR=281;TR=374;WE=159344091;WS=159344073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,396:0.68:579
chr5	159344446	rs3730284	C	T	6605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.669;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.401;SC=TCATCTCCATCGGGCCTCTCC;SOR=0.785;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=402;TCF=199;TCR=203;TR=278;WE=159344454;WS=159344436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,295:0.69:430
chr5	159463687	rs75792355	C	T	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=-0.335;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,33:0.28:120
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chr5	159505208	rs4360078	C	A	3589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=84;PP=2359;ReadPosRankSum=0.570;SC=AAGAAAATGTCGTTAAGCACA;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=92;TCR=120;TR=148;WE=159505216;WS=159505198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,158:0.70:226
chr5	159516404	rs4590210	C	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=195;ReadPosRankSum=-0.448;SC=GAGATGGCAGCGGGGACGGGG;SOR=0.153;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=15;WE=159516412;WS=159516403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr5	159516431	rs4441910	G	C	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=355;ReadPosRankSum=1.357;SC=GTTGCCCAGAGTGGTCTCGAA;SOR=1.255;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=24;WE=159516439;WS=159516421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr5	159535386	rs191566393	G	C	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=6;PP=908;ReadPosRankSum=0.761;SC=CCTCTTCTCTGTTTCACTGTG;SOR=1.170;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=72;TCF=61;TCR=11;TR=44;WE=159535394;WS=159535377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,45:0.62:72
chr5	159640652	rs6556482	G	A	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=4;PP=521;SC=GCTGCTATGAGGAGCTCTGCC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=159640660;WS=159640642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	159661754	rs60865693	C	T	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=-1.275;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,38:0.41:92
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chr5	159665726	rs10071871	C	T	10315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.63;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr5	159665733	rs2277953	C	T	9928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.32;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr5	159696554	rs10071116	A	G	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=52;PP=1069;ReadPosRankSum=1.170;SC=GTTCCGACCTATGCGGGGAAC;SOR=0.640;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=259;TCF=111;TCR=148;TR=93;WE=159696562;WS=159696544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,99:0.36:274
chr5	159703394	rs58686609	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=-0.150;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.578;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr5	159776637	rs10053189	C	T	8338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=192;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.481;SC=CTGGCTCCCCCTTCTTGCCCT;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=505;TCF=279;TCR=226;TR=345;WE=159776645;WS=159776627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,368:0.68:542
chr5	159820931	rs10515808	C	A	2486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.274;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:363,152:0.30:515
chr5	159831736	.	G	GA	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.075;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.517;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,23:0.18:128
chr5	159833442	rs188241706	A	G	3693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.909;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-2.015;NF=101;ReadPosRankSum=-2.434;SC=CAAAACCAACAAGGACACAAA;SOR=0.534;Source=Platypus;TCF=154;WE=159833457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,177:0.67:264
chr5	159835658	rs2961944	A	G	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.32;ReadPosRankSum=-0.011;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,82:0.69:119
chr5	159839317	rs1579074	T	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=-0.502;SC=ATGAACTGTATACAAAGTATC;SOR=0.627;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=159839325;WS=159839307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr5	159839530	.	T	TA,TAAAA	561.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.80;ReadPosRankSum=-0.731;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,11,13:0.41,0.48:27
chr5	159839545	rs2961948	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.625;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr5	159840688	rs2961949	T	C	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=33;PP=1561;ReadPosRankSum=1.432;SC=GAAAACTTCATACAACTTTTA;SOR=1.164;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=73;TCF=17;TCR=56;TR=40;WE=159840708;WS=159840678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr5	159840700	rs12522744	A	C	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.466;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=28;PP=1561;ReadPosRankSum=2.235;SC=CAACTTTTACAGAGTGGGCAC;SOR=1.103;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=34;WE=159840708;WS=159840678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr5	159841492	.	TA	T	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=2.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=3.867;QD=0.24;ReadPosRankSum=-0.117;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,27:0.20:137
chr5	159842465	rs2910190	A	G	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=223;ReadPosRankSum=0.520;SC=CCCCCTCCTCAAGGTCTCTAC;SOR=0.100;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=14;WE=159842473;WS=159842455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr5	159849586	rs1895320	A	G	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.045;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=416;ReadPosRankSum=0.249;SC=TATTAGGCCTATCATAGCCAT;SOR=0.412;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=58;TCR=49;TR=29;WE=159849594;WS=159849576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,27:0.26:104
chr5	159849604	rs55719355	C	A	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=2.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.15;ReadPosRankSum=0.900;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,87:0.69:127
chr5	159851211	rs2910203	G	C	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=6;PP=766;SC=GACTTCCACTGTCACTAACCC;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=159851219;WS=159851201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	159901408	rs2961918	C	A	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=0;PP=100;SC=GCTGCTGAATCTTCAGAAAGG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=159901416;WS=159901398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	159912418	rs2910164	C	G	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	160043071	rs4921308	C	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.022;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.203;NF=5;NR=20;PP=408;ReadPosRankSum=-0.439;SC=CCTGTTTGAACTTCCCTACAT;SOR=1.758;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=25;WE=160043079;WS=160043061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr5	160043108	rs113179038	A	AT	806.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=221;SC=CTTCTCAAAGACTTTTTTTTA;SOR=1.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=12;WE=160043117;WS=160043098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	160043109	rs17052845	C	T	815.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=15;PP=401;SC=TTCTCAAAGACTTTTTTTTAA;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=160043117;WS=160043098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	160044855	rs1363199	G	A	7894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=146;NR=118;PP=2965;SC=AGCACGCTTGGAGGAATTGTT;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=146;TCR=120;TR=264;WE=160044863;WS=160044845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr5	160047265	rs6862674	C	G	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=8;PP=617;SC=CCAGGTGACACTACAACTTGA;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=160047273;WS=160047261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	160049355	rs2032804	C	T	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	160097429	rs3828604	T	C	3679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=45;PP=2032;SC=CTTGCATCCTTTCTATGACTT;SOR=0.867;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=72;TCR=45;TR=117;WE=160097437;WS=160097419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr5	160097453	rs1990888	A	C	4727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr5	160097496	rs958912	A	G	5297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=98;NR=74;PP=2542;SC=TTCACGACACATCTTTGCTTG;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=98;TCR=74;TR=172;WE=160097504;WS=160097486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr5	160097632	rs958911	G	A	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=34;PP=897;SC=AGTCTCCCACGCGCACATCCT;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=47;WE=160097640;WS=160097622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	160763822	rs252958	A	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FS=2.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=0.14;ReadPosRankSum=1.631;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,67:0.17:394
chr5	160972443	.	TAA	T,TA	1847.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.264;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.572;QD=12.83;ReadPosRankSum=1.869;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:17,52,75:0.36,0.52:144
chr5	160973808	rs370064343	TA	T	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.306;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.364;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr5	161116903	rs4921402	C	A	2027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=44;PP=1361;SC=TGCTGTTTTGCAGTGATGAGT;SOR=1.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=68;WE=161116911;WS=161116893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	161119071	rs12522663	G	T	11413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=207;NR=197;PP=2965;SC=TCTTCTCTGCGCTTATCGAGT;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=404;TCF=207;TCR=197;TR=404;WE=161119079;WS=161119061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr5	161119125	rs13184586	C	G	10064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=171;NR=182;PP=2965;SC=CACAGAAGGCCAAAAGGAAGG;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=355;TCF=171;TCR=184;TR=353;WE=161119133;WS=161119115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr5	161128761	rs4277944	C	G	9491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.705;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=0.561;SC=CAATGGAAGTCAGTAGCAGTG;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=316;TCF=141;TCR=175;TR=314;WE=161128769;WS=161128751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,344:1.00:345
chr5	161281245	rs1129647	T	C	6754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=113;NR=105;PP=2965;SC=TCCTAGATGGTTATGACAATC;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=114;TCR=105;TR=218;WE=161281253;WS=161281235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr5	161292685	rs41304896	C	T	13029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=258;NR=211;PP=2965;SC=CTAATAAGGACGGTTGACAGA;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=470;TCF=258;TCR=212;TR=469;WE=161292693;WS=161292675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr5	161302728	rs4260711	G	A	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=70;PP=1827;SC=AGAAAAACGCGTAGATAAGGG;SOR=2.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=23;TCR=70;TR=93;WE=161302736;WS=161302718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr5	161309752	rs11135172	T	G	3369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=83;PP=2484;SC=AGAAGAAGAATAATATTTTGT;SOR=1.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=41;TCR=83;TR=123;WE=161309760;WS=161309742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	161322652	.	G	GT	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=1.365;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,45:0.24:185
chr5	161494852	rs3219203	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=75;ReadPosRankSum=-0.125;SC=TATTAATTCCCTAATCTGGTA;SOR=0.165;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=7;WE=161494860;WS=161494842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr5	161510607	rs62384031	A	C	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=1.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,44:0.32:136
chr5	161528280	rs211037	C	T	4995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.003;SC=AATTGCACAACTTTCCAATGG;SOR=0.798;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=321;TCF=190;TCR=131;TR=213;WE=161528288;WS=161528270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,235:0.66:355
chr5	161529571	rs211035	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr5	161576418	rs211014	C	A	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=42;PP=1234;ReadPosRankSum=-1.620;SC=GCAGTTTGGGCTCCAAGATGA;SOR=0.624;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=38;TCR=60;TR=69;WE=161576426;WS=161576408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,72:0.71:102
chr5	161579441	rs211013	A	G	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.684;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=991;ReadPosRankSum=-0.858;SC=GTCTAGCAGGAAATTTGACAA;SOR=0.514;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=69;WE=161579449;WS=161579431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,83:0.72:115
chr5	162866548	rs299322	T	C	3082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=60;PP=1488;SC=GCTACATTTTTGTAATTTTGC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=46;TCR=60;TR=106;WE=162866556;WS=162866538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr5	162866616	rs2069343	T	TG	641.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.958;HP=9;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=459;ReadPosRankSum=0.719;SC=AAACTTGACCTTTTTTTTTTC;SOR=1.347;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=30;WE=162866624;WS=162866605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,37:0.88:42
chr5	162884145	.	G	GTT	461.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.000;QD=20.99;ReadPosRankSum=0.822;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr5	162890953	rs380101	G	A	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.55;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	162896650	rs299284	C	T	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.727;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=39;PP=843;ReadPosRankSum=0.385;SC=TGTCCAGATTCGTGTTCTTCT;SOR=0.545;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=269;TCF=152;TCR=117;TR=84;WE=162896658;WS=162896640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,93:0.31:300
chr5	162896856	rs299283	T	C	2522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=54;PP=1673;SC=CTCATGATAATATTTACAATT;SOR=1.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=27;TCR=54;TR=81;WE=162896864;WS=162896846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	162898565	rs169920	G	C	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=24;PP=700;SC=TCAACCTTCTGTTAGTACTTA;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=162898573;WS=162898555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	162902516	rs299290	T	C	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=15;PP=952;SC=GAGGAAATGGTTAAAGAGAAG;SOR=1.649;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=50;WE=162902524;WS=162902506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	162902707	rs299291	G	A	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=32;PP=818;SC=TCATGTTTATGTATGACTTCA;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=162902715;WS=162902697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	162909687	rs17600938	G	A	2775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.23;ReadPosRankSum=-1.799;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,132:0.68:195
chr5	162909716	rs299295	C	T	5939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr5	162909955	rs5872824	AG	A	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=6.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr5	162910199	rs184181	G	C	7593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=118;NR=141;PP=2965;SC=ATTAGAACCTGAGTGCCTTGT;SOR=0.972;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=259;TCF=118;TCR=141;TR=259;WE=162910207;WS=162910189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr5	162910438	rs299308	G	A	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=207;SC=CCCTATTATAGTGAGGACAGT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=162910446;WS=162910428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	162917978	rs299320	T	A	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=0;PP=145;SC=TTGGTTGAAATGATAAATCTA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=162917986;WS=162917968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	162932822	rs299299	T	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.498;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=-0.225;SC=CCACCGGGGCTCGGGCGGCTT;SOR=1.222;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=10;WE=162932830;WS=162932812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr5	162940739	rs964945	G	A	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=71;PP=2538;SC=TAGAAATTAAGGTTTTGTAGA;SOR=1.469;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=38;TCR=71;TR=109;WE=162940747;WS=162940729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	162940999	rs11546512	A	G	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=2.078;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,93:0.34:272
chr5	162944709	rs7733775	A	G	4225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=89;PP=2335;ReadPosRankSum=-0.940;SC=AAACCTTTAGATCCATTGCTA;SOR=0.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=111;TCR=137;TR=162;WE=162944717;WS=162944699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,191:0.67:286
chr5	162945387	rs200442777	CT	C	1870.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=2.114;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.760;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,127:0.67:189
chr5	167182055	rs1862875	G	A	3629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=40;PP=2229;SC=CCCAGCTTACGCCGATGGTGA;SOR=1.488;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=83;TCR=41;TR=123;WE=167182063;WS=167182045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	167303317	rs1862198	G	A	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=47;PP=1441;SC=GGGAGCATCAGGGTGAAATGC;SOR=2.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=60;WE=167303325;WS=167303307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	167489049	rs72549552	CT	C	368.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=15.36;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr5	167566600	rs1432822	T	A	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	167576239	rs10040595	A	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.875;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=183;ReadPosRankSum=-0.452;SC=CCGCGTCTCCACTCTCAGCCA;SOR=0.307;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=12;WE=167576247;WS=167576229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr5	167576513	rs35438448	T	TG	1141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=4.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=1.453;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,41:0.28:146
chr5	167589932	rs1560649	G	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=-0.167;SC=TGCCAGGGGGGATCTCTGGGA;SOR=0.627;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=6;WE=167589940;WS=167589922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr5	167622107	rs1472355	G	T	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.743;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=338;ReadPosRankSum=0.382;SC=TGAGGATGAGGGAGCAGAGGC;SOR=0.454;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=35;WE=167622115;WS=167622097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,38:0.40:95
chr5	167653364	rs3733985	T	C	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.405;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=502;ReadPosRankSum=-0.920;SC=TGGGAGGACTTCCAGAGACCC;SOR=0.497;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=124;TCF=46;TCR=78;TR=43;WE=167653372;WS=167653354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,48:0.36:134
chr5	167653394	rs3733986	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=180;ReadPosRankSum=0.015;SC=CTAGCTTTCTATTTTATTCAA;SOR=0.479;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=19;WE=167653402;WS=167653384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,21:0.32:66
chr5	167654788	rs11134494	G	A	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=798;ReadPosRankSum=0.716;SC=TCGACTAATGGCTGCAAAGTA;SOR=0.983;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=44;WE=167654796;WS=167654778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,48:0.77:62
chr5	167671781	.	C	CT	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=2.364;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr5	167674370	rs3733988	C	T	2739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=60;PP=1705;ReadPosRankSum=-0.808;SC=TCAACCAGATCATCACCACTG;SOR=0.700;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=363;TCF=184;TCR=179;TR=123;WE=167674378;WS=167674360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,139:0.34:406
chr5	167674472	rs17070023	G	A	2662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=59;PP=1730;ReadPosRankSum=-0.770;SC=ACTGGATGACGGTGCAATATG;SOR=0.605;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=361;TCF=196;TCR=165;TR=125;WE=167674480;WS=167674462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,136:0.35:391
chr5	167675392	rs12189266	C	T	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=31;PP=947;SC=GATTCTGCCACCAAAGGTGGG;SOR=1.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=167675400;WS=167675382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	167689296	rs17632540	C	T	7398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=131;NR=128;PP=2965;SC=TGCTGAACAACGCCTACTACC;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=259;TCF=131;TCR=128;TR=259;WE=167689304;WS=167689286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
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chr5	167837202	rs888888	C	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=-1.342;SC=CTTCACAAGACAGAGAGTGAA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=7;WE=167837210;WS=167837192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr5	167850748	rs12054944	A	G	8963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=0.167;SC=TCCGGCCCTCAGGCTGCATCA;SOR=0.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=510;TCF=267;TCR=243;TR=363;WE=167850756;WS=167850738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,401:0.72:554
chr5	167851168	rs4976606	A	G	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.956;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=990;ReadPosRankSum=1.295;SC=GTCGATATTTACTGACTGCTT;SOR=0.576;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=51;WE=167851176;WS=167851158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,61:0.69:88
chr5	167858462	rs376809293	TCTGGCTGG	T,TCTGG	2815.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.365;NF=4,4;NR=53,53;PP=1878,1108;ReadPosRankSum=1.691;SC=AAGGGCCGTGTCTGGCTGGCT;SOR=1.996;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=134;TCF=6;TCR=128;TR=57,57;WE=167858481;WS=167858452;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.68,0.30:81
chr5	167868930	rs3948557	G	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=285;ReadPosRankSum=0.518;SC=GTGATCAGGCGTCATGAGAGG;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=15;WE=167868938;WS=167868920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr5	167913459	rs2305725	C	A	3446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=2.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.73;ReadPosRankSum=0.956;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,163:0.70:234
chr5	167913510	rs244903	G	A	3807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.10;ReadPosRankSum=0.101;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,180:0.67:270
chr5	167919623	rs184957	T	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.577;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=468;ReadPosRankSum=-1.021;SC=TGATGATGGTTTTACGTACAT;SOR=0.093;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=32;WE=167919631;WS=167919613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,33:0.82:40
chr5	167919726	rs2305727	A	G	4568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=76;PP=2826;ReadPosRankSum=-0.394;SC=GCCGCCTACAAGAGGTCTTTG;SOR=0.498;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=278;TCF=174;TCR=104;TR=194;WE=167919734;WS=167919716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,206:0.69:298
chr5	167919825	rs2305728	G	A	7427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=1.496;SC=GGGACTATCAGTGTAATAGTG;SOR=0.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=457;TCF=228;TCR=229;TR=326;WE=167919833;WS=167919815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,346:0.71:485
chr5	167920725	rs9647573	G	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=273;ReadPosRankSum=-0.047;SC=CACTTTCTATGCCTCTTGGCA;SOR=2.409;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=15;WE=167920733;WS=167920715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr5	167921047	rs2432642	C	G	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.920;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=525;ReadPosRankSum=-0.331;SC=TTGTATTGAACATGAGTCCTT;SOR=0.242;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=32;WE=167921055;WS=167921037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr5	167922578	rs67012869	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=0.528;SC=TTCTTTACAACCACCCAGTAA;SOR=0.078;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=167922586;WS=167922568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr5	167924123	rs17664493	T	C	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=286;ReadPosRankSum=-0.503;SC=TAAATGGTGATGTACTGGCAT;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=16;WE=167924131;WS=167924113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr5	167924174	rs72830965	T	G	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=478;ReadPosRankSum=0.698;SC=GTTCCTCTAATTTAACTTAAC;SOR=0.628;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=29;WE=167924182;WS=167924164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr5	167924260	rs11557637	C	A	2817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=47;PP=1493;ReadPosRankSum=-3.149;SC=ACTGGGGGACCCAGTTTGGCA;SOR=0.785;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=171;TCF=98;TCR=73;TR=112;WE=167924268;WS=167924250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,130:0.68:192
chr5	167927541	rs17633733	A	T	517.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5031;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=295;ReadPosRankSum=-0.438;SC=TTTTCTAGAAATACAGGATTA;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=19;WE=167927549;WS=167927531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr5	167933060	rs2305733	A	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=363;ReadPosRankSum=0.098;SC=GAAAGATTGTATTTGTCCCAG;SOR=0.512;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=26;WE=167933068;WS=167933050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr5	167933156	rs61744940	A	G	4270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.72;ReadPosRankSum=0.575;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,105:0.76:139
chr5	167933158	rs2305734	T	A	4270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.29;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,107:0.76:141
chr5	167933215	rs2305735	A	G	2480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.00;ReadPosRankSum=-0.101;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,113:0.73:155
chr5	167943827	rs653568	G	A	4699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.406;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=88;PP=2607;ReadPosRankSum=-0.637;SC=CATCCGTTGCGTATGGCTGCA;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=309;TCF=171;TCR=138;TR=197;WE=167943835;WS=167943817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,216:0.64:340
chr5	167944743	rs11269831	A	ATTTCTGATTTACGTGAATCACTTAGTACATAT	841.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.102;HP=3;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=1553;ReadPosRankSum=-1.133;SC=ATCGGTGATAATTTCGAGTGG;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=7;WE=167944751;WS=167944734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr5	167946076	rs2305736	A	G	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.137;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=435;ReadPosRankSum=-1.199;SC=ACTTTTTTCTATCTTTTCAGG;SOR=1.371;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=31;WE=167946084;WS=167946066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,37:0.77:48
chr5	167956362	rs1870053	C	G	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.00;ReadPosRankSum=1.261;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,57:0.63:90
chr5	167956570	rs199911358	G	A	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=313;ReadPosRankSum=-0.850;SC=CGGCGGCTGGGGCAGCTGGGG;SOR=0.756;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=18;WE=167956578;WS=167956560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
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chr5	168098235	rs2277933	A	G	2781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=46;PP=1668;ReadPosRankSum=-1.236;SC=GGGCCTCCTGATCGCAGAGTG;SOR=0.717;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=190;TCF=118;TCR=72;TR=118;WE=168098243;WS=168098225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,127:0.61:209
chr5	168098463	rs292486	A	G	8530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=169;PP=2965;SC=GGCGCAAGGCAGAGAGGCCGG;SOR=1.045;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=300;TCF=131;TCR=169;TR=300;WE=168098471;WS=168098453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr5	168098592	rs55806129	G	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.593;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=440;ReadPosRankSum=0.447;SC=CAGAACTCTGGGCCTCTGCTG;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=19;WE=168098600;WS=168098582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr5	168137885	rs2305992	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=335;ReadPosRankSum=1.164;SC=AGGGTGGGGTGTGGGCGTCAC;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=28;WE=168137893;WS=168137875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr5	168180081	rs10036727	C	T	5559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.923;SC=CTCACACAGCCGATCAAGTTA;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=347;TCF=172;TCR=175;TR=226;WE=168180089;WS=168180071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,251:0.67:375
chr5	168181066	rs76476428	G	A	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=727;ReadPosRankSum=1.146;SC=TGGTCTTGATGCCGGGAGGGG;SOR=0.852;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=55;WE=168181074;WS=168181056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,61:0.73:84
chr5	168181168	rs870723	T	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=153;ReadPosRankSum=-1.050;SC=CTCCCTGAACTTTGGTCTTCA;SOR=0.250;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=9;WE=168181176;WS=168181158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr5	168187760	rs2288797	G	C	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=501;ReadPosRankSum=-0.235;SC=CTGGGAGGGAGTGGAGCAGAG;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=31;WE=168187768;WS=168187750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr5	168188048	rs7725649	A	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.6298;FS=4.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=325;ReadPosRankSum=0.826;SC=TCGGTGAAGGACCACAGAGCC;SOR=2.030;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=17;WE=168188056;WS=168188038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr5	168189501	rs2288796	C	T	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=3.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.31;ReadPosRankSum=-0.889;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,98:0.72:137
chr5	168212687	rs2292141	G	A	315.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.9784;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=173;ReadPosRankSum=-0.756;SC=GCCCTCGGCTGTATCATTTGG;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=12;WE=168212695;WS=168212686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr5	168212951	rs891921	A	G	5899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr5	168233413	rs3797716	G	A	7893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=194;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.600;SC=TGAATTCTCCGGCGACAGTTG;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=504;TCF=287;TCR=217;TR=342;WE=168233421;WS=168233403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,355:0.68:523
chr5	168244506	rs35712765	G	GA	2151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=48;PP=1921;ReadPosRankSum=0.249;SC=CATGGTCACAGGTGAAGTGTG;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=83;TCF=0;TCR=83;TR=48;WE=168244514;WS=168244496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,62:0.60:104
chr5	168250350	rs924875	C	G	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=47;PP=1480;ReadPosRankSum=-1.633;SC=TGGAGATAGACAAGGGAGATG;SOR=0.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=128;TCF=63;TCR=65;TR=90;WE=168250358;WS=168250340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,101:0.71:143
chr5	168250429	rs1875977	C	T	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.141;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=577;ReadPosRankSum=1.481;SC=TGGTTGTGACCGCAAGACCAT;SOR=1.675;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=29;WE=168250437;WS=168250419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr5	168690612	rs62376934	A	G	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=34;PP=889;ReadPosRankSum=-1.832;SC=ACATTGTTACAGCAGCCCTAG;SOR=0.712;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=266;TCF=160;TCR=106;TR=90;WE=168690620;WS=168690602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,95:0.35:275
chr5	169021610	rs4493692	C	T	2324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.37;ReadPosRankSum=-1.696;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,109:0.58:188
chr5	169028481	rs3797713	T	C	6829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.140;SC=AGTTTCTATATACACACCAGT;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=405;TCF=211;TCR=194;TR=290;WE=169028489;WS=169028471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,310:0.72:432
chr5	169031150	rs3777084	T	C	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=733;ReadPosRankSum=-1.611;SC=TGTAAGAAATTACACCCTATT;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=47;WE=169031158;WS=169031140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,53:0.67:79
chr5	169031218	rs2042248	G	T	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.742;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=480;ReadPosRankSum=0.428;SC=GTAAAGACTTGTCTTTAATAA;SOR=0.260;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=33;WE=169031226;WS=169031208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr5	169081525	rs202240320	C	A	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=46;PP=1135;ReadPosRankSum=2.817;SC=GTGCTGGACCCTTGGCTGATG;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=49;TCR=59;TR=83;WE=169081533;WS=169081515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,93:0.76:122
chr5	169096207	rs139378784	T	TAAAAC	3122.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=9;PP=1791;SC=TTTACTAGTTTAAAACAAAAC;SOR=2.376;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=30;WE=169096215;WS=169096197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	169097474	rs2306564	G	C	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	169097505	rs111473735	T	TTTTTA	6258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.839;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=2438;ReadPosRankSum=2.192;SC=GTGATATATCTTTTTATTTTA;SOR=0.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=46;WE=169097513;WS=169097495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,136:0.99:138
chr5	169097940	rs2306565	G	A	3329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=31;PP=2223;SC=GCATAATGTAGTTGGTGTGGC;SOR=1.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=115;TCF=83;TCR=32;TR=114;WE=169097948;WS=169097930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	169101599	rs2244445	C	T	4575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=110;PP=2965;SC=GCTTGCGTGCCGTTGTTACCA;SOR=1.974;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=48;TCR=110;TR=158;WE=169101607;WS=169101589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr5	169116344	rs72841138	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=144;ReadPosRankSum=0.216;SC=CACGGTGAGTGTGCACCCTCT;SOR=0.497;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=16;WE=169116352;WS=169116334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,17:0.24:72
chr5	169122803	rs3734099	C	A	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=-1.241;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:375,100:0.21:475
chr5	169127276	rs264845	A	C	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=62;ReadPosRankSum=-1.484;SC=TGAAGGTAACAACTAAAAATG;SOR=0.457;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=8;WE=169127284;WS=169127266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr5	169129422	rs2306559	A	G	2636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.272;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=56;PP=1496;ReadPosRankSum=-0.453;SC=AGGATGGCAAAACGCTGCCTG;SOR=1.093;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=142;TCF=69;TCR=73;TR=104;WE=169129430;WS=169129412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,116:0.73:160
chr5	169138909	rs2306558	G	A	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.06;ReadPosRankSum=1.165;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr5	169267589	rs113470914	C	CGAT	901.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.09;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	169267784	rs261623	G	A	5983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr5	169291267	rs73801668	C	A	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=2.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.49;ReadPosRankSum=-3.016;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,72:0.64:113
chr5	169302189	rs11390591	T	TA	3434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.473;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=46;PP=1549;ReadPosRankSum=0.219;SC=ATTTTTTACCTAAAAAAATCC;SOR=0.967;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=137;TCF=36;TCR=101;TR=65;WE=169302197;WS=169302179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,171:0.67:257
chr5	169310213	rs17646221	A	C	4200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=78;NR=68;PP=2611;SC=GTATGGAGTTACTTACTTCAG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=78;TCR=68;TR=146;WE=169310221;WS=169310203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr5	169310606	rs145002054	A	T	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.027;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=42;PP=965;ReadPosRankSum=0.018;SC=GACTGGGGGAAGTTTGGATTG;SOR=0.900;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=233;TCF=118;TCR=115;TR=79;WE=169310614;WS=169310596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,82:0.34:240
chr5	169422920	rs2059110	A	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=246;ReadPosRankSum=0.277;SC=AACAGCCCCGAGTCTAGAGTG;SOR=1.085;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=15;WE=169422928;WS=169422910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr5	169454831	rs13175232	G	A	2470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.70;ReadPosRankSum=1.685;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,76:0.27:284
chr5	169454833	rs13157227	T	C	2470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=2.159;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,76:0.27:285
chr5	169454941	rs9791113	C	G	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=0.540;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,82:0.29:287
chr5	169468243	rs2270895	A	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.889;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr5	169468929	rs2270897	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=179;ReadPosRankSum=-0.442;SC=GTGTGTTGGCAGGGTGGTTCC;SOR=1.445;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=15;WE=169468937;WS=169468922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr5	169472765	rs6884561	C	G	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.183;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=535;ReadPosRankSum=1.098;SC=CCTCAGCAAGCGCTCTGCAAA;SOR=0.496;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=76;TCR=53;TR=49;WE=169472773;WS=169472755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,59:0.42:141
chr5	169474325	rs905155	A	C	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=-0.714;SC=AGAGTGATTAACACAGTCCCT;SOR=0.665;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=14;WE=169474333;WS=169474315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr5	169496051	rs6868503	T	C	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=1.246;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,50:0.24:212
chr5	169504743	rs1045168	T	C	4902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=812;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=60.01;MQRankSum=1.383;NF=132;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.676;SC=GAGTGGGCCGTCCCAGGTCTA;SOR=0.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=760;TCF=393;TCR=367;TR=253;WE=169504751;WS=169504733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:528,277:0.34:805
chr5	169535522	rs10063424	T	C	17121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=321;NR=310;PP=2965;SC=TGCTCAGCTATGGAGGATCTG;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=632;TCF=322;TCR=310;TR=631;WE=169535530;WS=169535512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,666:1.00:666
chr5	169661994	rs957998	G	C	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=1.190;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr5	169675693	rs80044664	AT	A	5896.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.163;NF=38;NR=72;PP=2971;ReadPosRankSum=-1.538;SC=TTGCTCGGCTATAACTTGCTA;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=52;TCR=97;TR=110;WE=169675701;WS=169675683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,187:0.75:249
chr5	169678814	rs56860754	G	C	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-2.254;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,46:0.29:159
chr5	169679354	rs1546451	C	T	1758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=23;PP=931;ReadPosRankSum=1.544;SC=AATTCCTAGCCTGTAATTGGT;SOR=0.750;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=110;TCF=72;TCR=38;TR=70;WE=169679362;WS=169679344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,79:0.63:125
chr5	169679947	rs6880961	C	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=298;ReadPosRankSum=-0.485;SC=TCTGAAAGAACGCCAAGGGAA;SOR=0.458;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=17;WE=169679955;WS=169679937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr5	169680306	rs141527769	C	CA	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.560;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=235;ReadPosRankSum=-1.329;SC=CCCACTCCCCCAAAAAAATAC;SOR=1.457;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=13;WE=169680314;WS=169680296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr5	169685163	rs315717	C	T	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=316;ReadPosRankSum=1.344;SC=GCAAAGGTCTCTGATGCACTG;SOR=0.934;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=87;TCF=45;TCR=42;TR=33;WE=169685171;WS=169685153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,37:0.36:104
chr5	169685708	rs1702380	G	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.777;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=197;ReadPosRankSum=0.136;SC=TCCATTTTACGATAGTTATGC;SOR=2.519;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=12;WE=169685716;WS=169685698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr5	169686007	rs432621	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-0.610;SC=CAGTTATACATCTTCATAATA;SOR=0.093;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=169686015;WS=169685997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr5	169689604	rs395407	G	C	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=5;PP=731;SC=GCCGGCCACTGTGAGTGACAA;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=169689612;WS=169689594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	169695446	rs2292254	C	T	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.60;SOR=3.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	169695611	rs366122	C	A	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	169697707	rs315745	G	A	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=6;PP=807;SC=CAGAAAATCCGGAAACGGGCC;SOR=2.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=36;WE=169697715;WS=169697697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	169698028	rs315744	A	G	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=58;PP=1714;SC=ATAACCCGGGACCAGGCAGCC;SOR=2.476;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=19;TCR=58;TR=77;WE=169698036;WS=169698018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	169805629	rs2656841	TG	GT	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=1093;ReadPosRankSum=-1.219;SC=GAAGGCATTGTGCTGCAAGTG;SOR=0.648;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=31;WE=169805638;WS=169805619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr5	169805956	rs2301149	C	G	2921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=69;PP=1932;ReadPosRankSum=-1.160;SC=TAATTGTCCACGCTGCCTGGG;SOR=0.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=224;TCF=103;TCR=121;TR=125;WE=169805964;WS=169805946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,135:0.58:231
chr5	169806001	rs314157	T	C	1961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=56;PP=993;ReadPosRankSum=-1.265;SC=CAAGAGCAGCTGTGGGCTTGG;SOR=0.686;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=163;TCF=67;TCR=96;TR=92;WE=169806009;WS=169805991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,98:0.58:170
chr5	169810966	rs703507	A	C	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=46;PP=1458;SC=CAGGACTGGGATCCTCATCTT;SOR=1.132;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=85;WE=169810974;WS=169810956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	170145584	rs6555913	G	A	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=530;SC=GGTGTTTGACGCAGAGGCTGA;SOR=2.387;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=170145592;WS=170145578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	170149573	rs2277952	C	T	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=9;PP=1485;SC=GAGCTCTTCACAGAGCATAGC;SOR=3.545;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=56;TCR=9;TR=65;WE=170149581;WS=170149564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	170149674	rs12514966	A	T	3351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.902;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=63;PP=2063;ReadPosRankSum=0.656;SC=ACACTGTCTGATGGCTTGATG;SOR=0.517;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=142;TCR=101;TR=151;WE=170149682;WS=170149664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,160:0.63:253
chr5	170159801	rs62392784	C	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=2.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=-3.319;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,39:0.23:167
chr5	170159997	rs17650650	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=277;ReadPosRankSum=0.386;SC=TGTGTCCAACCCTGTACTAAG;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=16;WE=170160005;WS=170159987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr5	170160749	rs4868018	G	A	3622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=73;NR=49;PP=1918;SC=GCTCCAGCTCGTTACTCTGAG;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=73;TCR=50;TR=122;WE=170160757;WS=170160739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr5	170162666	rs1363712	T	C	4377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=50;PP=2965;SC=GTTTTCTCCATATAGGAAACC;SOR=1.522;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=156;TCF=104;TCR=52;TR=154;WE=170162674;WS=170162656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr5	170221185	rs6884917	A	G	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.614;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=376;ReadPosRankSum=0.012;SC=TATAGTATTAAGACAGCTCAT;SOR=0.430;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=115;TCF=78;TCR=37;TR=32;WE=170221193;WS=170221175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,37:0.29:129
chr5	170221379	rs34296291	CA	C	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.594;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr5	170237090	rs6555921	T	C	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.479;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=40;ReadPosRankSum=-2.412;SC=TTGCAAGTTTTATATTAATAT;SOR=2.406;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=5;WE=170237098;WS=170237080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr5	170288922	rs11749349	A	G	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=6;PP=349;SC=GCTGCGAAGGACGAGCGGCGC;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=170288930;WS=170288912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	170289221	rs10475962	T	G	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	170323258	rs2287893	A	G	2622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=57;PP=1575;SC=TTGTGTGTGTATCTGTTTTAT;SOR=1.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=26;TCR=57;TR=83;WE=170323266;WS=170323248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	170336614	rs1833596	G	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.854;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;MQRankSum=0.348;QD=19.82;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr5	170341326	rs34458065	TTA	T	641.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=287;SC=AAAATTCTGTTTATATATTCA;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=170341335;WS=170341316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	170343326	.	G	A	163	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MMLQ=27;MQ=51.56;NF=7;NR=1;PP=163;QD=24.7214015684;SC=ATTATAATGCGTTATATTCTA;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=170343334;WS=170343316;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	170343353	.	G	A	211	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MMLQ=25;MQ=54.69;NF=9;NR=3;PP=211;QD=20.4809343789;SC=ATTATAATGCGTTATATTCTA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=170343361;WS=170343343;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	170380523	rs930891	G	A	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=35;PP=2181;SC=TCATTGTGCTGATTTTGGAAT;SOR=1.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=76;TCR=35;TR=111;WE=170380531;WS=170380513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	170395512	rs2879366	A	T	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=13;PP=546;SC=TGAATTGGTGATGAAGTGCAA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=170395520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	170395820	rs11134672	G	A	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=11;PP=316;SC=TGTGTCCTTAGGAGACTGCAT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=170395828;WS=170395810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	170395885	rs2446049	T	C	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=117;SC=TTAGCATCAGTAAGTTAAGAT;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=170395893;WS=170395875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	170610273	rs6555936	G	A	6772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=148;NR=86;PP=2965;SC=AACATTTTACGAATAGTTGAG;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=148;TCR=86;TR=234;WE=170610281;WS=170610263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr5	170640827	rs4867648	C	A	3159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=75;PP=2073;SC=TGGTTTGTGTCTTTCCAAGGT;SOR=1.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=31;TCR=75;TR=106;WE=170640835;WS=170640817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	170692965	.	AAT	A	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,6:0.12:48
chr5	170720755	rs2914330	T	A	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=5;PP=662;SC=CAGAGTCTAGTCCGTTTGTCC;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=170720763;WS=170720745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	170813951	rs28411383	C	CT	531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.859;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=605;ReadPosRankSum=0.515;SC=GCTGGGGTGCCTCGGAGTTTG;SOR=2.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=15;WE=170813959;WS=170813941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr5	170815125	rs2071276	G	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.16;ReadPosRankSum=-0.776;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
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chr5	170818906	rs3830033	T	A	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.707;QD=32.29;ReadPosRankSum=1.398;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,45:0.82:55
chr5	170818964	rs138910433	G	GGT	494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=0.957;QD=26.04;ReadPosRankSum=0.604;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr5	170818969	rs3830034	A	G	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.76;ReadPosRankSum=-0.299;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr5	170819887	rs3830035	G	A	3625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.868;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=88;PP=2062;ReadPosRankSum=1.450;SC=AACAGCTCTTGTTCATGAGTA;SOR=0.890;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=240;TCF=109;TCR=131;TR=156;WE=170819895;WS=170819877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,170:0.65:263
chr5	170827115	rs6555952	C	A	6013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.19;ReadPosRankSum=1.302;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,157:0.58:271
chr5	170827118	rs6555953	A	G	5994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=1.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.97;ReadPosRankSum=0.561;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,152:0.58:261
chr5	170837513	rs34323200	CT	C	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.448;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr5	170847555	rs6555955	T	C	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=62;PP=1382;SC=TCCTGGGCGCTGAGCCCAGTG;SOR=4.205;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=9;TCR=62;TR=71;WE=170847563;WS=170847545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	171200659	rs27947	T	G	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=7;PP=925;SC=TCAAGCCAGATGCCCTCAAGA;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=41;WE=171200667;WS=171200649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	171200997	rs26400	C	A	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=27;PP=731;SC=TTGTGCATTTCTTGTGTGTGC;SOR=1.140;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=48;WE=171201005;WS=171200987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	171201499	rs12153230	G	C	10964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=191;NR=187;PP=2965;SC=ACCTCGGATGGCCGAGGGGAT;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=379;TCF=192;TCR=187;TR=378;WE=171201507;WS=171201489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr5	171217371	rs11950253	G	A	8996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=185;NR=128;PP=2965;SC=ATGTTAAGGGGACCTCCATAA;SOR=0.988;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=314;TCF=185;TCR=129;TR=313;WE=171217379;WS=171217361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr5	171326223	rs2288816	A	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.614;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=305;ReadPosRankSum=1.505;SC=TAACAGTTCAAAAGCAGGATT;SOR=0.411;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=22;WE=171326231;WS=171326213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr5	171472417	rs4867662	A	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=414;ReadPosRankSum=-0.100;SC=TTTTTTTTTCAAAATACACAT;SOR=0.904;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=28;WE=171472425;WS=171472396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr5	171472575	rs4868136	G	A	3010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.45;ReadPosRankSum=-0.749;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,150:0.57:263
chr5	171480055	rs4569891	G	A	2736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.10;ReadPosRankSum=-0.963;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,124:0.77:160
chr5	171484631	rs13157965	T	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=147;ReadPosRankSum=0.495;SC=CATTAGACCATGTTGGCTGAT;SOR=0.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=14;WE=171484639;WS=171484621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr5	171491650	rs3812022	C	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=-1.421;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,13:0.21:61
chr5	171491682	rs3812021	C	T	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=234;ReadPosRankSum=-1.008;SC=TTCCAGGTCTCGCACCAGCCC;SOR=0.615;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=84;TCF=64;TCR=20;TR=22;WE=171491690;WS=171491672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,23:0.25:93
chr5	171491697	rs3812020	G	A	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.835;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=324;ReadPosRankSum=-2.193;SC=CAGCCCCTGCGCTCCCCAGCT;SOR=0.470;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=78;TCR=29;TR=32;WE=171491705;WS=171491687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,34:0.29:118
chr5	171491935	rs58074697	C	T	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-1.075;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,69:0.28:244
chr5	171509644	rs11741056	T	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=128;ReadPosRankSum=0.143;SC=ACCCCGTTGCTGTGTGACCTG;SOR=0.540;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=12;WE=171509652;WS=171509634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr5	171510180	rs10516093	T	C	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=-0.901;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,37:0.35:106
chr5	171520394	rs113291460	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=9.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-1.218;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,25:0.21:121
chr5	171533629	rs2306963	A	G	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=868;ReadPosRankSum=-0.016;SC=CTCACCACTTAGAGGGCGTGA;SOR=0.290;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=50;WE=171533637;WS=171533619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,54:0.65:83
chr5	171533656	rs2306962	C	T	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=20;PP=862;ReadPosRankSum=-0.791;SC=TGGGAGGGTCCGACTTGGCGA;SOR=0.473;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=62;WE=171533664;WS=171533646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,66:0.63:104
chr5	171533782	rs2306961	T	C	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.987;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=54;PP=1322;ReadPosRankSum=-0.163;SC=AGGGCGTGTCTTTCATGGTCT;SOR=0.943;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=282;TCF=143;TCR=139;TR=98;WE=171533790;WS=171533772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,105:0.34:307
chr5	171534682	rs3836825	T	TGCCCACAGGCTGACCGGGC	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.592;QD=4.74;ReadPosRankSum=1.596;SOR=1.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,7:0.13:52
chr5	171554473	rs2279514	G	A	3856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.186;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=97;PP=2217;ReadPosRankSum=-0.734;SC=CTGCCCAGCCGTCGAGACGGG;SOR=1.012;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=225;TCF=91;TCR=134;TR=160;WE=171554481;WS=171554463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,174:0.72:243
chr5	171554516	rs2029523	A	G	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.056;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=326;ReadPosRankSum=0.690;SC=GGGTCCACCCATGCCCAATGC;SOR=0.232;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=91;TCF=25;TCR=66;TR=31;WE=171554524;WS=171554506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,33:0.33:100
chr5	171583610	rs41275267	A	G	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.082;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=516;ReadPosRankSum=-0.177;SC=GCTGGGACAGACAGGGCGGCA;SOR=0.529;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=108;TCR=52;TR=45;WE=171583644;WS=171583600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,56:0.31:181
chr5	171583809	rs2306960	C	G	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-1.196;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,47:0.23:204
chr5	171621408	rs35441810	A	ATT	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=7.23;ReadPosRankSum=-2.565;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr5	171621430	rs6862632	A	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=-1.498;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr5	171621440	rs6862640	A	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.630;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr5	171627701	rs17074425	G	A	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=41;PP=825;ReadPosRankSum=0.142;SC=TTCAAAAACAGGAACTCAAAG;SOR=0.759;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=208;TCF=80;TCR=128;TR=65;WE=171627709;WS=171627691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,70:0.32:220
chr5	171627773	rs2306959	G	C	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=47;PP=1361;SC=AATGTGGCATGTGTGTGGCAG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=68;WE=171627781;WS=171627763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	171630194	rs76175819	C	CTTT	932.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.04;ReadPosRankSum=-0.496;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr5	171630197	rs201583078	T	TTTTC	686.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=725;ReadPosRankSum=-0.028;SC=AATTTTTCTTTCCCCCCCACC;SOR=0.641;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=16;WE=171630216;WS=171630187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr5	171630202	rs199722799	CCCA	C	950.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.11;ReadPosRankSum=0.224;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr5	171630204	rs372914830	CACCCT	C	887.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=725;ReadPosRankSum=0.943;SC=CTTTCCCCCCCACCCTAACCA;SOR=0.906;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=14;WE=171630216;WS=171630187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr5	171710717	rs78101663	C	T	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=341;ReadPosRankSum=2.799;SC=TCGTCCGGGCCCGCCGCCGCC;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=33;WE=171710725;WS=171710707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,37:0.37:101
chr5	171752212	rs111903822	C	CA	949.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.847;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=451;ReadPosRankSum=-0.324;SC=TTTACCACGACAAAAAAAAAT;SOR=0.833;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=136;TCF=61;TCR=75;TR=42;WE=171752220;WS=171752202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,72:0.33:221
chr5	171760544	rs35951290	TA	T	325.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.23;ReadPosRankSum=-1.035;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr5	171760545	rs1139996	A	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr5	171760546	rs3204110	A	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=0.023;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr5	171760569	rs12033	A	G	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=14;PP=1275;SC=GAAAGAAGTCAAATGGTAAAG;SOR=2.412;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=68;WE=171760577;WS=171760559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	171773345	rs11958108	G	C	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=3.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=1.088;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,43:0.33:129
chr5	171774272	rs111572530	C	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=360;ReadPosRankSum=2.223;SC=TCCCCAGTAGCGAGGATCCAC;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=55;TCR=42;TR=30;WE=171774280;WS=171774262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,33:0.31:107
chr5	171774363	rs17074690	T	C	2630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.78;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,122:0.69:178
chr5	171777393	rs75198607	G	A	2795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=42;PP=1534;ReadPosRankSum=0.774;SC=GTCGGGCACCGGGCGGCCTTC;SOR=0.812;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=159;TCF=93;TCR=66;TR=105;WE=171777401;WS=171777383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,125:0.66:190
chr5	171777495	rs77955907	G	T	2916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=55;PP=1582;ReadPosRankSum=0.982;SC=AAGGGCACCCGGGTGGGAGGG;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=178;TCF=93;TCR=85;TR=123;WE=171777503;WS=171777485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,138:0.73:190
chr5	171781126	rs11402887	A	AC	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=0.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,7:0.16:44
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chr5	171786049	rs75578956	A	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.702;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=307;ReadPosRankSum=-1.547;SC=AACTGCTAAAAGCAGGTCCAG;SOR=0.255;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=20;WE=171786057;WS=171786039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr5	171789689	rs76897113	A	G	2237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=36;PP=1320;ReadPosRankSum=0.599;SC=TTCATGTCCCAGGGGCTTGGT;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=153;TCF=96;TCR=57;TR=99;WE=171789697;WS=171789679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,108:0.62:173
chr5	171789779	rs76299613	G	A	6021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.388;SC=CCTGCCCCACGCTGAGGCTGA;SOR=0.842;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=395;TCF=212;TCR=183;TR=258;WE=171789787;WS=171789765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,281:0.65:432
chr5	171833277	rs79926304	C	T	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.425;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,116:0.27:424
chr5	171833472	rs10476024	C	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=377;ReadPosRankSum=-1.466;SC=AAGTTCACTGCGTTCAGCTTT;SOR=0.756;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=89;TCF=21;TCR=68;TR=27;WE=171833480;WS=171833462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,26:0.29:89
chr5	171849289	rs6873315	A	G	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.108;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=700;ReadPosRankSum=-1.271;SC=GTGAGCCACCACGCCCAGCCA;SOR=1.435;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=46;WE=171849297;WS=171849279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,51:0.65:78
chr5	171881435	rs372849248	G	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=1.123;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,23:0.23:98
chr5	172196711	rs2431663	G	T	9766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=160;NR=176;PP=2965;SC=TCAAGGCAGTGATGCCCAAGG;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=336;TCF=160;TCR=176;TR=336;WE=172196719;WS=172196701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr5	172196997	rs7702178	T	C	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=5;PP=419;SC=GAGCCTACAATTGGAGACTCG;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=172197005;WS=172196988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	172261583	.	G	GC	478.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5053;FS=8.664;HP=9;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=28;PP=325;ReadPosRankSum=0.790;SC=CCCCAGGCGAGCCCCCCCCCT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=28;WE=172261601;WS=172261573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr5	172261593	rs63376061	T	C	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=37;PP=828;SC=GCCCCCCCCCTGCCGCACACG;SOR=3.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=39;WE=172261601;WS=172261573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	172294194	rs793027	G	T	6298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=0.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.33;ReadPosRankSum=1.527;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,284:0.69:411
chr5	172336616	rs2302957	C	T	10263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=200;NR=153;PP=2965;SC=TCCCCCGCAGCTGAGATCTTT;SOR=0.870;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=354;TCF=201;TCR=153;TR=353;WE=172336624;WS=172336606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr5	172347440	rs13187960	G	A	16832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=265;NR=329;PP=2965;SC=GAGACCCCACGGTGACCTCGT;SOR=0.957;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=597;TCF=265;TCR=332;TR=594;WE=172347448;WS=172347430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,644:1.00:644
chr5	172381973	rs80167678	A	AGGT	2004.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.249;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.128;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,60:0.29:210
chr5	172384088	rs72814121	A	G	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=189;ReadPosRankSum=-0.921;SC=TCCAAACCCAAGCGATTTGGG;SOR=0.418;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=13;WE=172384096;WS=172384078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr5	172385267	rs34217217	C	CA	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.348;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.311;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,42:0.56:75
chr5	172395581	rs17075427	C	T	6171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=2.744;QD=14.45;ReadPosRankSum=-1.272;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,295:0.69:427
chr5	172395664	rs11749686	T	C	7332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr5	172396394	rs505788	C	T	9242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=160;NR=146;PP=2965;SC=GAAATAAAGACCTGTTTTCTC;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=308;TCF=161;TCR=147;TR=306;WE=172396402;WS=172396384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr5	172421760	rs11296906	AT	A	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,21:0.30:71
chr5	172494981	rs582067	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=112;ReadPosRankSum=0.932;SC=CCAGCCTGGGCGACAGAGCGA;SOR=0.446;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=9;WE=172494989;WS=172494971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr5	172512686	rs671387	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=0.000;QD=12.74;ReadPosRankSum=2.273;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr5	172517735	.	G	A	3700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.707;ClippingRankSum=0.000;DP=592;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:377,215:0.36:592
chr5	172560793	rs35387209	C	T	2772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.600;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=68;PP=1707;ReadPosRankSum=1.216;SC=CGTTTTGTCACGTTATCCATT;SOR=0.899;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=176;TCF=72;TCR=104;TR=110;WE=172560801;WS=172560783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,123:0.62:197
chr5	172561294	rs2544581	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.170;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr5	172573767	rs29798	T	C	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.960;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=16;PP=606;ReadPosRankSum=-0.089;SC=ATAGTTAGTATGTTAATATTA;SOR=0.285;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=82;TCF=61;TCR=21;TR=54;WE=172573775;WS=172573757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,59:0.66:89
chr5	172578549	rs374928255	AT	A	869.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=4.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.61;MQRankSum=1.995;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.425;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,75:0.64:118
chr5	172585927	rs5745160	TC	T	7316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.884;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.16;MQRankSum=1.490;NF=6;NR=130;PP=2963;ReadPosRankSum=0.467;SC=CCTCTTGTTTTCAGCTTGGTG;SOR=0.992;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=197;TCF=11;TCR=186;TR=136;WE=172585935;WS=172585917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,229:0.70:329
chr5	172588027	rs255303	G	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=-0.130;SC=TGGACAAAAGGAGAAAGCATG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=172588035;WS=172588017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr5	172660523	rs3095871	T	A	231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=-1.039;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr5	172660527	rs55880439	T	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=15.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=3.426;SOR=2.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr5	172662024	rs2277923	T	C	4158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=68;NR=68;PP=2316;SC=GCTGCTGCTGTTCCAGGTTTA;SOR=0.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=69;TCR=69;TR=136;WE=172662032;WS=172662014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr5	172745269	rs67125584	A	AAGAG	419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.246;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr5	172750436	rs2277950	G	A	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=972;ReadPosRankSum=-1.155;SC=GACTTGCCCTGAGAACACACA;SOR=0.938;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=175;TCF=72;TCR=103;TR=67;WE=172750444;WS=172750426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,72:0.39:185
chr5	173035493	rs258860	A	G	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=19;PP=551;SC=CATCACTGACACTCAAAACGC;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=173035501;WS=173035483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	173316729	rs359467	G	A	3509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.63;ReadPosRankSum=-1.128;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,155:0.73:211
chr5	173359331	rs17763373	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=162;ReadPosRankSum=-0.415;SC=ATGCTGATTGATATATCCTCT;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=9;WE=173359339;WS=173359330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr5	173380346	rs969518	C	T	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.15;ReadPosRankSum=1.432;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr5	173380347	rs12153678	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=570;ReadPosRankSum=-1.679;SC=ATATTAGAACGGGAGCATTTT;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=19;WE=173380355;WS=173380336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr5	173416191	rs72814721	C	T	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.10;ReadPosRankSum=1.741;SOR=0.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,44:0.88:50
chr5	173416365	rs61730190	C	A	2723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.958;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=48;PP=1546;ReadPosRankSum=1.264;SC=TGCAACTGGGCGGCCGTGGAG;SOR=0.442;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=153;TCF=87;TCR=66;TR=107;WE=173416373;WS=173416355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,119:0.70:169
chr5	173426709	rs56138314	G	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr5	173428228	rs62378684	T	C	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.41;ReadPosRankSum=-2.372;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,62:0.63:98
chr5	173527846	rs6881757	T	C	6231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=128;NR=79;PP=2965;SC=TAACCTGCTGTTGGCCAGGGG;SOR=1.074;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=128;TCR=80;TR=207;WE=173527860;WS=173527836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr5	173534528	rs201768305	T	TG	6228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.650;NF=29;NR=66;PP=2848;ReadPosRankSum=0.346;SC=CCAGCCAGAATGGGGGGCGGG;SOR=0.801;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=178;TCF=45;TCR=133;TR=95;WE=173534536;WS=173534518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,232:0.71:328
chr5	173534801	rs143265725	CTT	C	4655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.088;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.494;NF=6;NR=61;PP=2579;ReadPosRankSum=0.953;SC=ACTGCTTATTCTTTGTTAGGA;SOR=0.467;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=100;TCF=6;TCR=94;TR=67;WE=173534810;WS=173534791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,118:0.70:169
chr5	173534877	rs4457100	A	G	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=35;PP=961;SC=TGGCTCCATCAGAAGACGTTG;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=173534885;WS=173534867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	174152100	rs2048152	G	A	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=62;PP=1907;SC=GGAGCGGGGGGCGGGTGTTCC;SOR=0.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=60;TCR=62;TR=122;WE=174152108;WS=174152090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr5	174156168	rs4242182	T	C	13670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=286;NR=202;PP=2965;SC=CTAGGACATATGAGCCCTACC;SOR=1.050;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=490;TCF=286;TCR=204;TR=488;WE=174156176;WS=174156158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,525:1.00:525
chr5	174178774	rs7709117	G	A	4816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=83;NR=80;PP=2813;SC=GCTCTTGGGCGGCCGCGTTTC;SOR=0.832;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=84;TCR=80;TR=163;WE=174178782;WS=174178764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr5	174868700	rs686	G	A	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=1.916;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,55:0.44:126
chr5	174868840	rs155417	T	C	7342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=140;NR=113;PP=2965;SC=CCAATATGACTGATAGGGCTG;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=141;TCR=113;TR=253;WE=174868848;WS=174868830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr5	174870150	rs4532	C	T	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=454;ReadPosRankSum=0.157;SC=CTCAAGTTCCCAAGCAGGGAA;SOR=0.832;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=139;TCF=49;TCR=90;TR=43;WE=174870158;WS=174870140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,48:0.32:152
chr5	175112323	rs7730099	G	T	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.54;ReadPosRankSum=0.138;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr5	175112328	rs76827388	A	G	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.52;ReadPosRankSum=1.050;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr5	175112330	rs7729715	A	G	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.34;ReadPosRankSum=1.097;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr5	175307256	rs3822674	T	C	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=-1.254;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,120:0.29:410
chr5	175307373	rs11747985	G	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.174;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=346;ReadPosRankSum=-0.808;SC=CTGCCAGGAGGACCACTGTCC;SOR=1.255;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=64;TCF=10;TCR=54;TR=21;WE=175307381;WS=175307363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr5	175511992	rs62389230	C	T	6734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.992;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.526;NF=163;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.278;SC=GTTGTTGCCTCGAAGGTATGT;SOR=0.870;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=389;TCF=222;TCR=167;TR=279;WE=175512000;WS=175511982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,296:0.72:411
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chr5	175798945	rs10214381	A	C	8000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=191;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.059;SC=CCATAGTTGTACTGCTGCTGC;SOR=0.705;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=484;TCF=211;TCR=273;TR=335;WE=175798953;WS=175798935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,355:0.69:514
chr5	175811094	rs56989856	C	CGT	11857.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=145;PP=2974;ReadPosRankSum=-0.482;SC=GGAGTGTGCACGTGTGTGTAA;SOR=0.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=244;TCF=71;TCR=173;TR=205;WE=175811110;WS=175811084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,446:1.00:448
chr5	175811133	rs1065212	T	C	6754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.738;NF=102;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=1.175;SC=CCTGGCCAGCTCCTCTGGAGC;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=338;TCF=164;TCR=174;TR=215;WE=175811141;WS=175811123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,294:0.66:445
chr5	175811233	rs1065206	C	T	6969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.726;NF=148;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.388;SC=GTAAACCAGTCACTCCACCTC;SOR=0.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=459;TCF=227;TCR=232;TR=300;WE=175811241;WS=175811223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,322:0.66:489
chr5	175813564	rs17078187	A	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=409;ReadPosRankSum=-1.560;SC=TACCCATGCCAGAGATTTACT;SOR=1.329;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=20;WE=175813572;WS=175813554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr5	175815874	rs1060588	T	C	2814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.453;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=34;PP=1568;ReadPosRankSum=-0.365;SC=CATCGAAGCCTCCAGTCATTG;SOR=0.538;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=144;TCF=99;TCR=45;TR=106;WE=175815882;WS=175815864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,122:0.74:165
chr5	175819951	rs13167355	G	A	4608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=108;PP=2901;ReadPosRankSum=-0.995;SC=GATGCCCTGCGGGTGGAGATA;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=118;TCR=153;TR=193;WE=175819959;WS=175819941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,203:0.70:289
chr5	175843461	rs33956988	CG	C	1781.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=49;PP=1851;SC=ACCCGAGCCGCGGGGGAGCCG;SOR=3.690;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=49;WE=175843469;WS=175843451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	175915835	rs2963667	C	T	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=12;PP=826;SC=AGGAACTGTACTTTAGAGGAA;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=175915843;WS=175915825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	175923431	rs2963670	G	A	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=2;PP=701;SC=AAAGTCTAAGGGTTGATCTTT;SOR=3.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=175923439;WS=175923426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	175927262	rs377249587	CAG	C	381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=-0.546;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,27:0.20:135
chr5	175933691	rs113700453	TGTGTGTGC	T	1498.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=6;PP=2363;SC=ACTTCAGAGTTGTGTGTGCGT;SOR=2.115;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=16;WE=175933706;WS=175933681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	175956271	rs890835	A	C	11790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=192;NR=235;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.655;SC=ACCCAGGAGCAGACCTGGGCA;SOR=0.348;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=430;TCF=193;TCR=237;TR=427;WE=175956279;WS=175956261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,456:1.00:457
chr5	175956516	rs2241585	G	A	8373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=151;NR=130;PP=2965;SC=GTGGGGCAGGGTACTCACAGC;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=282;TCF=151;TCR=131;TR=281;WE=175956524;WS=175956506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr5	175957238	rs62402556	A	G	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.09;QD=39.23;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	175957241	rs61430626	A	G	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.71;QD=47.08;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	175992258	rs6556275	A	G	5285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr5	175992519	rs4523018	T	A	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=32;PP=1803;SC=GGGCCAGCCCTGTGCTTGGCT;SOR=0.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=75;WE=175992527;WS=175992509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	175994173	rs11392917	C	CT	1109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=2.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=1.473;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,76:0.70:109
chr5	175995935	rs10056130	C	T	12877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=235;NR=207;PP=2965;SC=GGCTCACCACCGGCCCCTTCT;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=445;TCF=236;TCR=209;TR=442;WE=175995943;WS=175995925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr5	176001975	rs1078450	T	C	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=2;PP=715;SC=CTGGTGCCAGTGGCGTGACTG;SOR=3.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=176001983;WS=176001965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	176002144	rs4242200	A	C	11281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=230;NR=159;PP=2965;SC=ATGGCTCCATAGTCCTCAATG;SOR=1.029;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=389;TCF=230;TCR=159;TR=389;WE=176002152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr5	176002873	rs3762969	C	T	9062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=175;NR=132;PP=2965;SC=CTGTCAGAACCCTGCTCTCTA;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=308;TCF=176;TCR=132;TR=307;WE=176002881;WS=176002863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr5	176002926	rs3762968	C	A	11855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=237;NR=169;PP=2965;SC=TGGCTCTCTGCCCTCTGCCCT;SOR=0.979;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=406;TCF=237;TCR=169;TR=406;WE=176002934;WS=176002916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr5	176004312	rs11749537	A	G	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=18;PP=873;SC=CGGGCGGGGCATCCAGAGATA;SOR=1.498;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=55;WE=176004320;WS=176004302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	176004476	rs11134982	T	C	7290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.926;SC=GAGCGGGCAGTGGGCTCAGCC;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=153;TCR=99;TR=250;WE=176004484;WS=176004466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,271:0.99:273
chr5	176004846	rs1565149	C	T	4965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=99;PP=2965;SC=AGCAAGCGGGCGTGCATGTGT;SOR=1.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=49;TCR=100;TR=147;WE=176004854;WS=176004836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr5	176004866	rs35146200	A	AGT	2837.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5038;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.487;NF=7;NR=48;PP=2168;ReadPosRankSum=-0.383;SC=TGAGTGTGAGAGTGTGTGTGT;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=10;TCR=70;TR=55;WE=176004874;WS=176004856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,84:0.95:88
chr5	176004903	rs11747451	T	C	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=44;PP=1341;SC=GGGGTGGCCATGAGTGAATCT;SOR=1.310;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=68;WE=176004911;WS=176004893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	176005175	rs1565150	A	C	5452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.97;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr5	176005184	rs1565151	G	A	5582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=53;PP=2079;SC=AATAGCTGGGGAAGACCGAAG;SOR=0.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=61;TCR=53;TR=114;WE=176005192;WS=176005182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	176005477	rs2358747	C	T	9949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=177;NR=182;PP=2965;SC=AGGCCACAGACGGCGGGAACC;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=359;TCF=177;TCR=182;TR=359;WE=176005485;WS=176005467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr5	176008238	rs4867840	G	T	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=17;PP=2051;SC=CAGGCCTGATGACTGCCTGCG;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=99;TCF=81;TCR=18;TR=98;WE=176008246;WS=176008228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	176011264	rs752139	T	C	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=46;PP=1655;SC=GATCCAGGTATGTGCTCCCTG;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=59;TCR=46;TR=105;WE=176011272;WS=176011254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	176011889	rs4868660	G	A	8901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr5	176017549	rs4868662	C	T	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr5	176018545	rs11134984	G	A	4226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=87;PP=2562;SC=AGTGACGGTGGTGGTGGTGAT;SOR=1.379;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=56;TCR=87;TR=143;WE=176018553;WS=176018535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr5	176024880	rs4868663	C	T	9595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=210;NR=106;PP=2965;SC=CCCCTGCTTCCCCTGGTGCTG;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=318;TCF=210;TCR=108;TR=316;WE=176024888;WS=176024870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr5	176025938	rs6556276	T	C	8776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=152;NR=161;PP=2965;SC=TCCAAGGGCATGGGATCTGCC;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=313;TCF=152;TCR=161;TR=313;WE=176025946;WS=176025928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr5	176053336	rs72322414	GGTGT	G,GGT	1838.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.414;QD=28.73;ReadPosRankSum=0.278;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,21,39:0.33,0.61:64
chr5	176053645	rs2291441	C	G	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=6.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=0.761;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,78:0.21:369
chr5	176056529	rs4868669	A	G	18468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,727:1.00:727
chr5	176069831	rs901740	G	A	3321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.39;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	176069862	.	C	CT,CCTCCCCG	96.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=40;PP=1235;ReadPosRankSum=2.051;SC=TCCCCCCCCCCCCCCGCCCCA;SOR=0.478;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=85;TCF=7;TCR=78;TR=42;WE=176069874;WS=176069852;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.26:34
chr5	176069863	.	C	CT	434.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=13.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.000;QD=13.17;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=4.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr5	176069866	.	CG	GG	1202	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000,0.5000;HP=13;HapScore=3;MGOF=21;MMLQ=23;MQ=58.3;NF=2,1;NR=40,58;PP=42,1202;QD=1.09523809524;SC=CCCCCCCCCCCGCCCCAGGTG;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=78;TCF=5;TCR=73;TR=42,59;WE=176069874;WS=176069852;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:43,59:0.58:102
chr5	176069866	rs56115420	CG	CGCCCGG,CCGCCCGG,CCCCGG	1162.73	.	AC=1,1,0;AF=0.500,0.500,0.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=17.778;HP=13;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2,1;NR=40,58;PP=42,1202;ReadPosRankSum=2.601;SC=CCCCCCCCCCCGCCCCAGGTG;SOR=5.418;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=78;TCF=5;TCR=73;TR=42,59;WE=176069874;WS=176069852;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.27,0.64:33
chr5	176081856	rs13183320	A	G	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=1.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.045;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,108:0.29:373
chr5	176083175	rs6878977	T	G	3568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=86;PP=2462;SC=GGGTACTGGGTTGGGTATGAG;SOR=1.521;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=44;TCR=86;TR=130;WE=176083183;WS=176083165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr5	176083997	rs4868677	G	A	11930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=162;NR=268;PP=2965;SC=CCTGGCCTACGCAGGCCTCTG;SOR=1.300;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=434;TCF=162;TCR=272;TR=430;WE=176084005;WS=176083987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr5	176295978	rs10053563	A	G	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.412;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=649;ReadPosRankSum=0.248;SC=GGGCCCCGGGACTCCCTGGTC;SOR=0.298;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=156;TCF=40;TCR=116;TR=52;WE=176295986;WS=176295968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,59:0.35:169
chr5	176301381	.	C	G	18630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DP=1215;ExcessHet=3.0103;FS=0.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.38;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:378,833:0.69:1211
chr5	176304399	rs2304517	A	G	5535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=75;PP=2965;SC=GGAAAGAGCTATGCCTAAGCC;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=105;TCR=75;TR=180;WE=176304407;WS=176304389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr5	176304756	rs114202839	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.96;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,26:0.23:114
chr5	176305466	rs2304516	T	A	14669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=973;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=298;NR=323;PP=2962;ReadPosRankSum=0.761;SC=CCTCTCTGCATCCCCATCAGG;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=903;TCF=433;TCR=470;TR=621;WE=176305474;WS=176305456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,676:0.70:970
chr5	176306676	rs2292257	G	A	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.992;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=835;ReadPosRankSum=-1.463;SC=AGGAGGTGTCGGCTGGGGCCA;SOR=0.517;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=59;WE=176306684;WS=176306666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,67:0.74:90
chr5	176308870	rs61042413	C	CAG	6764.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=884;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=1.783;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.060;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:669,211:0.24:880
chr5	176314434	rs2278493	C	T	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=733;ReadPosRankSum=-1.068;SC=CGGTCCCACACTCAGGCCAGG;SOR=0.711;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=221;TCF=115;TCR=106;TR=63;WE=176314442;WS=176314424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,64:0.26:248
chr5	176314459	rs2278492	G	A	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.273;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,65:0.27:243
chr5	176314639	rs6875296	G	A	2697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=77;PP=1786;ReadPosRankSum=-1.515;SC=GGGCAGCCACGGCAGTCACCA;SOR=0.741;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=519;TCF=259;TCR=260;TR=163;WE=176314647;WS=176314629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:379,168:0.31:547
chr5	176315299	rs4976662	C	T	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=3.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=1.222;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,67:0.19:345
chr5	176316559	rs61749653	C	T	4469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=744;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.858;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.011;SC=CGCGTTGGTGCCCGTGTCTGG;SOR=0.820;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=701;TCF=386;TCR=315;TR=237;WE=176316567;WS=176316549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:497,245:0.33:742
chr5	176323298	rs691141	G	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=0.405;SC=GAAGCTGGGAGCAGAATTCAG;SOR=1.085;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=8;WE=176323306;WS=176323288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr5	176333126	rs2292256	C	T	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=854;ReadPosRankSum=0.991;SC=CTTTTGCTTCCGTGCTCTAGG;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=59;WE=176333134;WS=176333116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,70:0.65:107
chr5	176334195	rs2292255	C	T	2975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=47;PP=1476;ReadPosRankSum=0.148;SC=CAGAGAAAAACAGATGAAAAG;SOR=0.672;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=108;TCR=74;TR=116;WE=176334203;WS=176334185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,138:0.66:208
chr5	176338113	rs200691162	GAAGAA	G	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=18.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.18;MQRankSum=-4.114;QD=1.72;ReadPosRankSum=-1.723;SOR=3.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,12:0.12:97
chr5	176338138	.	AAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAG	A	4009.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.71;MQRankSum=8.484;QD=23.87;ReadPosRankSum=0.931;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,111:0.66:168
chr5	176378574	rs365132	G	T	2884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=64;PP=1510;ReadPosRankSum=-0.960;SC=AACTTAGCTGGGTCTCTGTAA;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=76;TCR=99;TR=113;WE=176378582;WS=176378564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,132:0.65:203
chr5	176402401	rs1700490	G	A	5949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=4.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.33;ReadPosRankSum=-1.689;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,270:0.70:388
chr5	176471286	rs11448853	A	AG	717.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.167;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.263;NF=12;NR=4;PP=419;ReadPosRankSum=-0.221;SC=TTAATGTGTGAGGGGGGCCAT;SOR=1.380;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=16;WE=176471294;WS=176471276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr5	176471591	rs149307	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=0.953;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr5	176516631	rs1966265	G	A	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.669;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=376;ReadPosRankSum=0.257;SC=CCTGTTGGGGGTCCTGCTGAG;SOR=0.776;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=107;TCF=64;TCR=43;TR=38;WE=176516639;WS=176516621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,48:0.37:130
chr5	176516953	rs434434	A	G	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=56;PP=1880;SC=TGAGCTCCTTACCTGGGTGTG;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=101;WE=176516961;WS=176516943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	176517136	rs59390048	C	CGT,CGTGT	1738.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=4.795;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15,15;NR=11,11;PP=197,844;ReadPosRankSum=-0.672;SC=TGTGTGTATGCGTGTGTGTGT;SOR=1.518;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=26,26;WE=176517145;WS=176517126;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.24,0.67:54
chr5	176517170	rs387598	G	A	2775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=33;PP=1650;SC=GGCCACTGTCGTGTGCACTAA;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=90;WE=176517178;WS=176517160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	176517292	rs442856	A	G	8277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=167;NR=117;PP=2965;SC=CATGCGTTGCAAAGTGCTTGT;SOR=0.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=167;TCR=118;TR=284;WE=176517300;WS=176517282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr5	176517326	rs422421	T	C	8196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr5	176517461	rs446382	T	G	4612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=72;PP=2965;SC=AGCCTGTGCGTCTGTGCTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=76;TCR=72;TR=148;WE=176517469;WS=176517451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr5	176517797	rs376618	C	T	31872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=1193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=580;NR=552;PP=2965;SC=CATAGGGACCCCTCGAATAGG;SOR=0.736;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1132;TCF=580;TCR=552;TR=1132;WE=176517805;WS=176517787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1189:1.00:1189
chr5	176518784	rs452885	C	T	6211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=109;NR=107;PP=2965;SC=GCAGCATCCGCTATAACTACC;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=110;TCR=107;TR=216;WE=176518792;WS=176518774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr5	176519287	rs393923	G	A	2726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=20;PP=2006;SC=TATGGGTGCCGGTGGTCAGGG;SOR=2.204;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=69;TCR=20;TR=89;WE=176519295;WS=176519277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	176520243	rs351855	G	A	2994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=0.579;SC=GCTGCTGGCCGGGCTGTATCG;SOR=0.809;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=270;TCF=146;TCR=124;TR=181;WE=176520251;WS=176520233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,130:0.66:197
chr5	176522728	rs42409	C	T	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=20;PP=518;SC=CCGGAAGGTACAGGCGCTAGG;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=176522736;WS=176522718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	176523562	rs31777	C	A	12896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=247;NR=215;PP=2965;SC=CCCCGGTCGTCGGGAGGGCGC;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=465;TCF=248;TCR=217;TR=462;WE=176523570;WS=176523552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
chr5	176523597	rs31776	A	G	14542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=267;NR=243;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.729;SC=CCCTGGCCCTACCTCCAGGTG;SOR=0.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=513;TCF=269;TCR=244;TR=510;WE=176523605;WS=176523587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,553:1.00:555
chr5	176630984	rs7721671	T	C	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=208;SC=GTATGATCTATTCTAGGTTGT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=176630992;WS=176630974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	176639304	rs6556305	C	G	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=22;PP=638;SC=TATAAACTAGCGGGGAAGAAT;SOR=2.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=27;WE=176639312;WS=176639294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	176684229	.	CT	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=4.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.298;QD=1.57;ReadPosRankSum=1.900;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr5	176700885	rs12660023	G	A	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=31;PP=1029;SC=AGCATAGTTCGTTTTAGGTAG;SOR=1.238;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=176700893;WS=176700875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	176721198	rs28580074	T	C	6901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=140;NR=93;PP=2965;SC=TCAGAGGCCATTGCTACCTGA;SOR=1.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=233;TCF=140;TCR=93;TR=233;WE=176721206;WS=176721188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr5	176729736	.	ACC	A,AC	8261.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.34;ReadPosRankSum=0.239;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,129,188:0.40,0.58:326
chr5	176731452	rs28362590	G	T	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=4;PP=1234;SC=TGGCGGGAGTGGGAATTTGCC;SOR=4.174;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=48;WE=176731460;WS=176731442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	176733116	rs4631	A	G	6935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=26.47;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr5	176733616	rs9834	T	C	10826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=186;NR=197;PP=2965;SC=AGGCTTAGCCTCTCTGCCCTC;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=384;TCF=187;TCR=197;TR=383;WE=176733624;WS=176733606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr5	176734179	rs149685981	C	T	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,98:0.35:278
chr5	176737720	rs13190036	A	G	5646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr5	176761535	rs11738681	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,24:0.26:93
chr5	176765395	rs11748912	G	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.225;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=363;ReadPosRankSum=0.889;SC=TGGTCCCCACGAGCCACAGGC;SOR=0.296;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=70;TCF=63;TCR=7;TR=25;WE=176765403;WS=176765385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,25:0.34:74
chr5	176798040	rs56235845	T	G	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=4.140;NF=30;NR=8;PP=388;ReadPosRankSum=2.659;SC=CGGGTGAGCTTCCGGGCCGCG;SOR=2.110;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=38;WE=176798048;WS=176798030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,39:0.52:75
chr5	176798063	.	GCGGGGCCGGGCCGGGGCCGGGGCCGGGGC	G	904.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.648;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=9.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.23;MQRankSum=5.298;QD=13.71;ReadPosRankSum=1.956;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr5	176798306	rs11746443	G	A	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=0.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=-1.626;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:280,126:0.31:406
chr5	176813404	rs3812036	C	T	2279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=80;PP=1578;ReadPosRankSum=-0.371;SC=CCTTGGACAACGCTGGCTCAT;SOR=0.618;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=442;TCF=186;TCR=256;TR=140;WE=176813412;WS=176813394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,140:0.30:462
chr5	176814656	rs33921462	G	A	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.508;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=346;ReadPosRankSum=-0.068;SC=AGCATGGCAGGAGCGGCCACT;SOR=0.268;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=97;TCF=79;TCR=18;TR=31;WE=176814664;WS=176814646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,33:0.31:105
chr5	176815124	rs5030873	T	C	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=2.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,137:0.32:430
chr5	176830627	rs17876032	G	A	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=36;PP=1069;SC=GCCTGCGGGGGGGGTAGGGGA;SOR=1.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=176830635;WS=176830617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	176831119	rs17876031	A	G	8920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=146;NR=148;PP=2965;SC=CTGAGGACGGAGAGCCCGCGG;SOR=0.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=146;TCR=148;TR=294;WE=176831127;WS=176831109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr5	176831177	rs35966430	TC	T	8798.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.311;NF=37;NR=161;PP=2986;ReadPosRankSum=1.450;SC=GGCTCCTCCTTCCCCCCCCCA;SOR=0.745;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=221;TCF=46;TCR=175;TR=198;WE=176831194;WS=176831165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,356:0.97:366
chr5	176831826	rs17876030	C	G	3923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=57;PP=2609;SC=TCGCAGAAGGCTCCGGTGTAG;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=73;TCR=57;TR=130;WE=176831834;WS=176831816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	176831980	rs17876029	T	C	13937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,526:1.00:526
chr5	176836532	rs1801020	A	G	11069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr5	176858049	rs867755	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=335;ReadPosRankSum=1.237;SC=GACCTTGCCCCGGAGCAGAGG;SOR=0.719;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=22;WE=176858057;WS=176858039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,24:0.32:76
chr5	176859848	rs2731664	C	A	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=4.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,66:0.26:253
chr5	176862963	rs4976695	T	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=-0.799;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,33:0.33:100
chr5	176863519	rs1130857	G	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.591;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,30:0.21:140
chr5	176867943	rs335435	A	G	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=747;ReadPosRankSum=1.407;SC=AGTGCTTCCAAGAGCTGAATG;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=103;TCR=100;TR=62;WE=176867951;WS=176867933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,70:0.31:229
chr5	176885178	rs28538572	A	G	5678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=85;PP=2965;SC=GCAGCCAGGGACTCCCCTTCC;SOR=0.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=90;TCR=85;TR=175;WE=176885186;WS=176885168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr5	176885499	rs2544809	T	C	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.345;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=41;PP=877;ReadPosRankSum=0.170;SC=GCATCGTGGATCTCCGTGGCG;SOR=0.878;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=248;TCF=108;TCR=140;TR=71;WE=176885507;WS=176885489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,76:0.28:269
chr5	176894756	rs2545794	C	T	2012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FS=1.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.999;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:381,140:0.27:521
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chr5	176916516	rs335462	C	T	6404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=107;NR=94;PP=2965;SC=TGGGCGTGGCCGGCTGGCTGT;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=201;TCF=107;TCR=94;TR=201;WE=176916524;WS=176916506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr5	176917078	rs734825	T	C	3474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=58;PP=1926;SC=GCTCCTGGGGTTCCCCTCATG;SOR=1.075;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=50;TCR=58;TR=108;WE=176917086;WS=176917068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr5	176930135	rs28376231	G	A	5999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=149;NR=65;PP=2965;SC=GCTTGCGTGCGTGGCTGGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=149;TCR=66;TR=214;WE=176930143;WS=176930125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr5	176930171	rs138153794	AGAG	A	15155.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=124;PP=2978;SC=GAGCAGGAGCAGAGGAGGGAA;SOR=1.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=97;TCR=136;TR=211;WE=176930181;WS=176930161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr5	176935215	rs55761704	GC	G	1838.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=8;PP=1633;SC=CAGCCCAATCGCCCCCCTGCT;SOR=3.538;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=52;WE=176935223;WS=176935205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	176936650	rs28565502	T	C	8044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=144;PP=2965;SC=TCCCTCCGTCTAGAGACAGCT;SOR=1.047;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=122;TCR=144;TR=266;WE=176936658;WS=176936640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr5	176938681	rs28695578	C	T	2943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=20;PP=1911;SC=CCTGGCCCATCCCAGGCCAGC;SOR=2.189;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=70;TCR=21;TR=90;WE=176938689;WS=176938671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr5	176939688	rs28544348	C	T	13775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=270;NR=230;PP=2965;SC=CACCATGGGACAGGGGAGTGG;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=506;TCF=275;TCR=231;TR=500;WE=176939696;WS=176939678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,526:1.00:526
chr5	176939735	rs335436	A	G	15562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=293;NR=266;PP=2965;SC=TAGGTAAAGCACTGCTACTGC;SOR=0.785;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=563;TCF=296;TCR=267;TR=559;WE=176939743;WS=176939725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,588:1.00:588
chr5	176940871	rs335439	G	C	7798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=113;NR=149;PP=2965;SC=GAGAGACCCTGAGGTTGGGGC;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=113;TCR=149;TR=262;WE=176940879;WS=176940861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr5	176950794	rs28723606	A	G	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=18;PP=1613;SC=GTGGGTTTTCAGCAGGCAGGC;SOR=2.387;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=68;TCR=18;TR=85;WE=176950802;WS=176950784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	176950879	rs28688891	T	C	8449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=1.738;SC=TTTCTGAGGCTTGAGGCACAA;SOR=1.186;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=289;TCF=183;TCR=106;TR=286;WE=176950887;WS=176950869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,314:0.99:316
chr5	176951276	rs337382	A	G	11388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=205;NR=168;PP=2965;SC=GCTGGGCCTGAGGGCTGCACA;SOR=0.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=374;TCF=206;TCR=168;TR=373;WE=176951284;WS=176951266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr5	176959296	rs2246566	T	G	4068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=58;PP=2965;SC=GCTGTGAGGATCAAGCGAGCA;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=60;TCR=59;TR=118;WE=176959304;WS=176959286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr5	176963349	rs335460	G	A	4250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr5	177019688	rs4607363	G	C	7760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.24;ReadPosRankSum=-1.205;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:21,328:0.94:349
chr5	177022428	rs11545868	C	T	3700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=80;PP=2067;ReadPosRankSum=-0.683;SC=CTGTCCCAGGCGTCACAACCC;SOR=0.674;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=245;TCF=118;TCR=127;TR=154;WE=177022436;WS=177022418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,171:0.63:273
chr5	177027405	rs2306760	T	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=3.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,19:0.19:99
chr5	177031348	rs11537644	T	C	6399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=130;NR=117;PP=2965;SC=GCCCTCCCCGTGCCTGCCCCC;SOR=0.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=131;TCR=118;TR=247;WE=177031356;WS=177031338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr5	177031602	rs28499092	C	G	3428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=81;PP=2444;SC=GCTTCTCAGGCCCTGTGAGAG;SOR=1.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=38;TCR=81;TR=119;WE=177031610;WS=177031592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr5	177031948	rs55763804	G	A	2883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=-0.749;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,80:0.34:237
chr5	177031954	rs28742937	A	G	3023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=2.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,89:0.32:276
chr5	177031967	rs28698736	T	C	11371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=237;NR=90;PP=2965;SC=CTAAAATCCCTGCCCTTACCA;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=329;TCF=237;TCR=92;TR=327;WE=177031984;WS=177031938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr5	177035488	rs142034531	GCCC	G	2183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=4.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.00;ReadPosRankSum=2.465;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,62:0.37:168
chr5	177035964	rs729459	T	C	3340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FS=1.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=2.668;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:394,203:0.34:597
chr5	177036043	rs6600953	A	G	7136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=141;PP=2965;SC=CATTGGGGACAGATAGGTGGT;SOR=1.128;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=107;TCR=141;TR=248;WE=177036051;WS=177036033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr5	177053334	rs5013573	T	C	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=19;PP=1597;SC=CCTCGGCCTCTGAAAATGCTG;SOR=1.939;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=61;TCR=19;TR=80;WE=177053342;WS=177053324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	177054649	rs10585103	AT	A	294.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=5.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=1.453;QD=4.53;ReadPosRankSum=1.083;SOR=1.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
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chr5	177161950	rs201456502	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.96;MQRankSum=-0.434;QD=20.81;ReadPosRankSum=0.510;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
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chr5	177167788	rs200149909	A	G	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.82;QD=28.49;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	177180012	rs199881665	G	A	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=7.085;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.03;MQRankSum=2.137;QD=29.17;ReadPosRankSum=-0.854;SOR=2.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
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chr5	177303486	rs377371277	A	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.13;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr5	177305797	rs201185054	G	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.67;MQRankSum=0.378;QD=15.69;ReadPosRankSum=1.686;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr5	177310717	rs139876295	A	G	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.68;QD=28.08;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	177344152	rs76284623	G	T	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.76;QD=24.69;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	177347910	rs200509090	G	C	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	177348037	.	C	CTTTG	1769.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.21;QD=45.38;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	177348098	rs4958970	G	A	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.41;QD=43.95;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	177348106	rs4958971	A	C	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.41;QD=43.95;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	177348150	rs4958972	C	T	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.47;QD=41.52;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	177348155	rs4958973	A	G	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.14;QD=43.92;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	177422823	rs4072924	C	T	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.382;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=12;PP=606;ReadPosRankSum=-0.520;SC=GACGGTCACTCACCCACCGTG;SOR=0.939;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=142;TCF=103;TCR=39;TR=50;WE=177422831;WS=177422813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,51:0.34:149
chr5	177422876	rs7445271	T	C	6933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=139;NR=99;PP=2965;SC=AGGCAACAGGTTGCTGCCGAC;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=139;TCR=99;TR=238;WE=177422884;WS=177422866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr5	177422908	rs1135320	A	G	3970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.432;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=72;PP=2333;ReadPosRankSum=-1.164;SC=TTGGCTTCTCAGCCTGGCGCC;SOR=0.744;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=281;TCF=160;TCR=121;TR=173;WE=177422916;WS=177422898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,190:0.62:304
chr5	177482472	rs3088218	T	C	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=2;PP=140;SC=GGACCAGCACTGGCACCGGCC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=177482480;WS=177482464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	177482694	rs11953084	T	C	3809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.56;MQRankSum=12.856;QD=22.95;ReadPosRankSum=1.354;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,160:0.96:166
chr5	177483118	rs11953798	T	C	4012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=79;PP=2002;SC=AGCAGGCAAGTGCCCTGAAGA;SOR=1.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=67;TCR=79;TR=146;WE=177483126;WS=177483108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr5	177483154	rs9687038	T	A	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=55;PP=1495;SC=GAAGGAGGAGTTCATCAAGAC;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=36;TCR=55;TR=91;WE=177483162;WS=177483144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	177483184	rs11953029	A	G	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=40;PP=1113;SC=GGAGGAAGAGACCAAGAAATA;SOR=2.428;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=54;WE=177483192;WS=177483174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	177483267	rs34145160	T	TA	150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.71;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr5	177547247	rs7719667	T	C	7021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=130;NR=103;PP=2965;SC=CCATGCAAAGTCTGGCGTCCC;SOR=0.789;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=235;TCF=130;TCR=105;TR=233;WE=177547255;WS=177547237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr5	177547336	rs3812082	G	A	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=30;PP=868;ReadPosRankSum=0.600;SC=CCCGGGCCCCGGGCCAGCCAG;SOR=0.600;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=110;TCR=87;TR=68;WE=177547344;WS=177547326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,79:0.35:224
chr5	177548085	rs7712666	C	A	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.59;ReadPosRankSum=1.142;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,52:0.73:71
chr5	177562183	rs72536798	C	CTG	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQ=57.97;NF=5;NR=3;PP=401;SC=GGGTCTCACTCTTGCTCAGGC;SOR=1.371;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=177562191;WS=177562173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	177562251	rs10060446	G	A	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.93;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	177565520	rs10657977	T	TTGTG	482.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.13;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,12:0.92:13
chr5	177570759	rs6601218	T	C	3965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=76;PP=2686;SC=GCCAGCAGCATTCTGCTTCGA;SOR=1.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=55;TCR=76;TR=131;WE=177570767;WS=177570749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	177574901	rs7380934	C	G	23015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=862;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=406;NR=422;PP=2965;SC=TCCCCGTGCTCTACTCCACCT;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=828;TCF=406;TCR=422;TR=828;WE=177574909;WS=177574891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,859:1.00:859
chr5	177612634	rs7715618	A	C	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=1;PP=110;SC=TTGTTAGTCAACTTAGATGTG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=177612642;WS=177612628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	177612734	rs7720480	T	C	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.19;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	177612734	.	TTTCTGGGTGA	CTTCTGGGTGG,CTTCTTGGTGG	452	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=18,7;NR=5,3;PP=452,130;QD=21.9768641244;SC=TTTTCTGGATTTTCTGGGTGA;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=23,10;WE=177612752;WS=177612724;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.68:34
chr5	177612739	rs72648831	G	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=0.030;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr5	177612744	rs7715796	A	G	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.95;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	177612983	rs13169133	G	A	9802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=199;PP=2962;ReadPosRankSum=0.385;SC=GACCCGCTGCGTGGCTGATTC;SOR=0.625;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=590;TCF=314;TCR=276;TR=415;WE=177612991;WS=177612973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,439:0.70:627
chr5	177613123	rs10479619	T	C	19959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=757;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;QD=26.51;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,753:1.00:753
chr5	177613168	rs13184406	C	T	6955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=168;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.689;SC=CCCTACCTCACGGTCTTGTTC;SOR=0.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=448;TCF=187;TCR=261;TR=291;WE=177613176;WS=177613158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,315:0.65:482
chr5	177614183	rs2913783	T	C	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=1.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.414;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,65:0.31:213
chr5	177614387	rs6886332	A	G	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=39;PP=1281;SC=TTCCCCGAGCACAGGTGCCTA;SOR=1.418;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=64;WE=177614409;WS=177614377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	177614401	rs11960863	C	G	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=212;ReadPosRankSum=-0.490;SC=GTGCCTACACCGCCACCTTCT;SOR=0.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=19;WE=177614409;WS=177614377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr5	177633116	rs3812089	A	G	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=438;SC=CATGTGATTTAAGTGCTTTGG;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=177633124;WS=177633106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	177634401	rs7705458	T	C	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=534;SC=GAAAGACTTCTCAGGCTGGGA;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=177634409;WS=177634391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	177636199	rs1059367	C	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=224;ReadPosRankSum=0.481;SC=GGTGGCCTCCCATACTAGCAT;SOR=1.042;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=15;WE=177636207;WS=177636189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr5	177656900	rs75990575	C	T	9063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=188;PP=2962;ReadPosRankSum=1.878;SC=TCTTTGTTACCGTCTCACCCT;SOR=0.679;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=607;TCF=315;TCR=292;TR=386;WE=177656908;WS=177656890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,413:0.64:649
chr5	177658625	rs3833653	CG	C	1517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.497;NF=11;NR=32;PP=967;ReadPosRankSum=-0.234;SC=TTTCTGGTGGCGGGGGGGAAA;SOR=0.705;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=73;TCF=17;TCR=56;TR=43;WE=177658633;WS=177658615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,60:0.65:92
chr5	177658883	rs2973729	C	A	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=41;PP=1101;SC=ATGGGATGGGCCAGGGCACCA;SOR=2.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=56;WE=177658891;WS=177658873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	177659631	rs2913859	G	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.82;ReadPosRankSum=-1.726;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr5	177669413	rs2241579	T	G	2181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FS=0.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=-2.068;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:366,137:0.27:503
chr5	177674589	rs72819017	C	T	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=1083;ReadPosRankSum=0.667;SC=AGGCTGGCTCCGGACCCTCTT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=57;TCR=44;TR=67;WE=177674597;WS=177674579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,76:0.67:113
chr5	177675217	rs2913851	C	T	7463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=211;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.563;SC=GGCTGTCAGACGCCGACTCCC;SOR=0.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=548;TCF=313;TCR=235;TR=369;WE=177675225;WS=177675207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,351:0.67:522
chr5	177675465	rs6894255	C	A	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.113;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=62;PP=1507;ReadPosRankSum=1.217;SC=CAGCCGCACACATTGTTTTCC;SOR=1.167;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=123;TCF=29;TCR=94;TR=78;WE=177675473;WS=177675455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,80:0.62:128
chr5	177676986	rs201108478	G	GCA	589.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.955;NF=8;NR=7;PP=459;ReadPosRankSum=-0.611;SC=ACATGCACACGCACACACACA;SOR=0.687;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=15;WE=177676995;WS=177676976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,26:0.33:79
chr5	177679447	rs1549612	C	T	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.867;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=696;ReadPosRankSum=-2.000;SC=CCAGGACACCCGGAGGGAAGT;SOR=0.898;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=51;TCR=27;TR=51;WE=177679455;WS=177679437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,56:0.64:87
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chr5	177679680	rs2973751	T	C	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=22;PP=654;SC=CCACCTGGAATCAAGTCCCCG;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=177679688;WS=177679670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	177679728	rs12652833	T	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=46;ReadPosRankSum=-2.552;SC=CCTTGGGGACTGCTTCTTCCC;SOR=0.569;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=8;WE=177679736;WS=177679718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr5	177682664	rs752283	T	C	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=523;ReadPosRankSum=-1.270;SC=GCCTATCCCTTGTGCAGGCTG;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=33;WE=177682672;WS=177682654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr5	177683011	rs890805	C	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=233;ReadPosRankSum=-0.176;SC=AGGCCTGGCCCACTGTGGCAG;SOR=0.169;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=15;WE=177683019;WS=177683001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr5	177683185	rs890803	T	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=265;ReadPosRankSum=-0.029;SC=CAAAAAAGCATGTACTCTGGA;SOR=0.542;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=21;WE=177683193;WS=177683175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr5	177683377	rs890802	T	C	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.47;ReadPosRankSum=-0.891;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,75:0.76:99
chr5	177684022	rs2913848	C	T	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=816;ReadPosRankSum=1.367;SC=CCTGAAGCCTCGCGATTAGGC;SOR=0.984;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=81;TCF=31;TCR=50;TR=54;WE=177684030;WS=177684012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,59:0.67:88
chr5	177684682	rs2913847	T	C	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=-0.404;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,65:0.61:107
chr5	177686815	rs2973747	C	A	2858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=68;PP=1668;ReadPosRankSum=1.062;SC=GGACCCCGGACCTCTTGTTCC;SOR=0.813;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=204;TCF=95;TCR=109;TR=126;WE=177686823;WS=177686805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,137:0.63:219
chr5	177688772	rs2973745	G	A	2619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=1.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.96;ReadPosRankSum=2.086;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,131:0.60:219
chr5	177715291	rs890801	G	A	3850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr5	177715302	rs5873603	CA	C	3693.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=62;PP=2219;SC=GTGAAGAGAGCAAAAAAATAA;SOR=0.870;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=91;TCF=20;TCR=71;TR=80;WE=177715310;WS=177715281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr5	177715477	rs2913833	G	T	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=51;PP=1631;SC=TTCCTCTGCAGCGGGAGGACT;SOR=1.090;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=41;TCR=51;TR=92;WE=177715485;WS=177715467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	177715581	rs2913832	T	C	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=28;PP=987;SC=TCATCGGGGCTCCGGGCACAG;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=52;WE=177715589;WS=177715571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	178030941	.	G	GA	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.619;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,21:0.27:79
chr5	178040919	rs560842	G	A	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=65;PP=1706;SC=CTAAAGCATAGTCTTAATTAC;SOR=3.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=14;TCR=65;TR=79;WE=178040927;WS=178040909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	178049444	rs34183525	C	G	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=38;PP=1273;SC=ATCTGGTAAACAGTCCCAATG;SOR=0.947;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=73;WE=178049452;WS=178049434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	178288190	rs186973024	G	C	180.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.60;MQRankSum=0.349;QD=16.44;ReadPosRankSum=-0.230;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr5	178288214	rs112879314	C	G	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.16;QD=25.52;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	178310446	rs4130052	C	T	2605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=73;PP=1569;ReadPosRankSum=0.635;SC=ACAATCCAGGCAGGAAGGCAT;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=418;TCF=212;TCR=206;TR=146;WE=178310454;WS=178310436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,153:0.34:454
chr5	178358220	rs200888524	ATT	A	681.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.33;NF=18;NR=0;PP=189;SC=GTGCATTTGAATTTTTTTTTT;SOR=3.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=18;WE=178358229;WS=178358217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,25:0.86:29
chr5	178359136	rs961030	A	G	7809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.025;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.595;SC=AGTGTAGTCAATGTGGAAAAG;SOR=0.245;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=268;TCF=143;TCR=125;TR=266;WE=178359144;WS=178359126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,292:1.00:293
chr5	178391860	rs6867221	G	A	6846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr5	178395850	rs11741688	G	C	3584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=85;PP=2310;ReadPosRankSum=0.421;SC=GGACCAAGGCGTGCAGCCACT;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=212;TCF=96;TCR=116;TR=153;WE=178395858;WS=178395840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,162:0.72:226
chr5	178396742	rs4700759	G	C	3525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=91;PP=2804;SC=ACCTCGGAGCGTTCCGAGACC;SOR=3.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=20;TCR=91;TR=111;WE=178396750;WS=178396732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	178401552	rs4700991	C	T	1763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.37;ReadPosRankSum=-0.190;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,78:0.81:96
chr5	178401555	rs7728828	G	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=0.052;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,19:0.20:97
chr5	178401610	rs11740252	C	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=2.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.002;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,56:0.30:189
chr5	178401703	rs11740277	C	G	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.046;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,72:0.28:259
chr5	178407292	rs2856351	C	T	8862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=186;NR=116;PP=2965;SC=GGACATAAAACTCCATAACTT;SOR=1.092;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=303;TCF=186;TCR=117;TR=302;WE=178407300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr5	178410151	rs2071247	C	T	17497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=386;NR=352;PP=2962;ReadPosRankSum=0.316;SC=CGGGGTCCACCGTCCGCTGTT;SOR=0.677;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=1059;TCF=550;TCR=509;TR=738;WE=178410159;WS=178410141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:340,787:0.70:1127
chr5	178410738	rs903988	C	T	6470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=129;NR=110;PP=2965;SC=CCGAGGAGTACTGGAGTCTGT;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=129;TCR=111;TR=239;WE=178410746;WS=178410728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr5	178410839	rs2856348	G	A	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.266;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,85:0.30:283
chr5	178411290	rs11279361	AGCACGCCTC	A	1584.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=2974;ReadPosRankSum=1.488;SC=GGAGCGAGCGAGCACGCCTCA;SOR=0.861;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=23;WE=178411306;WS=178411280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,44:0.37:119
chr5	178411315	rs2645341	C	T	4140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.13;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr5	178412273	rs35715923	T	C	5888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr5	178412592	rs6880010	T	C	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=434;SC=TAGTCCCAGCTACTCGGGAGG;SOR=2.584;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=17;WE=178412600;WS=178412586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	178412660	rs71611475	T	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQRankSum=-1.039;QD=13.17;ReadPosRankSum=1.034;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr5	178412702	.	T	TAA	659.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;QD=50.75;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	178412716	rs11950921	C	A	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.61;QD=29.47;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	178414532	rs10464074	A	G	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.72;ReadPosRankSum=0.399;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,82:0.75:110
chr5	178414565	rs2645340	C	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.161;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,18:0.25:73
chr5	178415982	rs4701014	A	G	4248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=111;NR=44;PP=2619;SC=TCCGCCCATCAGTGGGTTCCA;SOR=1.667;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=112;TCR=44;TR=155;WE=178415990;WS=178415972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr5	178416288	rs2071246	G	A	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.172;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=556;ReadPosRankSum=-1.122;SC=GGGTGGAATCGTCTGACTGGG;SOR=0.472;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=133;TCF=57;TCR=76;TR=44;WE=178416296;WS=178416278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,50:0.33:150
chr5	178419279	rs11283410	G	GGGCAAGGTCT	7775.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=46;PP=1665;SC=TGGAAGCTGTGGTGTTTTGCG;SOR=0.743;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=67;WE=178419296;WS=178419269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr5	178419288	rs2645335	C	T	7483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=57;PP=2453;SC=TGGTGTTTTGCGAGTGGGCCT;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=74;TCR=58;TR=130;WE=178419296;WS=178419269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr5	178419396	rs11449973	A	AC	10112.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=96;PP=2969;SC=CTGAACAAGGACCCCCAGCAG;SOR=0.731;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=143;TCF=42;TCR=101;TR=137;WE=178419404;WS=178419386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr5	178451854	rs35568336	A	G	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr5	178451932	rs34881171	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=247;ReadPosRankSum=1.312;SC=GGCATGCAGGCTGGATGAAAA;SOR=0.906;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=19;WE=178451940;WS=178451922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,21:0.31:68
chr5	178455198	rs10464075	G	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=253;ReadPosRankSum=-1.017;SC=AGGAGGCTGCGCTCAAGGGTC;SOR=0.512;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=21;WE=178455206;WS=178455188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr5	178455247	rs2047354	T	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.471;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=-1.688;SC=GCTGGGAAGGTAGATCCTTTC;SOR=0.148;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=11;WE=178455255;WS=178455237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr5	178459169	rs10516150	G	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=36;ReadPosRankSum=0.932;SC=TTAAAATTCTGAGTTCAAGAG;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=5;WE=178459177;WS=178459159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr5	178459283	rs17078988	A	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=4.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=0.932;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,18:0.28:65
chr5	178459426	rs17078991	A	C	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=580;ReadPosRankSum=2.117;SC=AAGGTGTTGAATTTGGGAAAA;SOR=0.671;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=124;TCF=71;TCR=53;TR=47;WE=178459434;WS=178459416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,56:0.39:142
chr5	178503338	rs4701030	A	C	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=6.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=-2.152;SOR=1.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,49:0.27:182
chr5	178507069	rs1445846	T	C	4110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=76;PP=2541;SC=TCAGAGATTTTTTAAAGGAGA;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=62;TCR=76;TR=138;WE=178507077;WS=178507059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr5	178507090	rs1445845	G	A	3369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.40;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr5	178540975	rs1054480	G	A	5770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.191;SC=ATTAGGTTGGGTGGCTGGACT;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=378;TCF=190;TCR=188;TR=255;WE=178540983;WS=178540965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,266:0.68:394
chr5	178548514	rs2303640	G	C	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=488;ReadPosRankSum=0.660;SC=CGAGCTCAGAGGCCCGGGAGA;SOR=0.777;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=34;WE=178548522;WS=178548504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,40:0.71:56
chr5	178549791	rs2303641	G	A	4722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=95;PP=2601;ReadPosRankSum=0.635;SC=GGGGAGAGTCGCCAGGCAGGG;SOR=0.778;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=266;TCF=133;TCR=133;TR=190;WE=178549799;WS=178549781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,209:0.71:294
chr5	178553185	rs2303643	G	A	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.794;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=379;ReadPosRankSum=-0.595;SC=CTGCCCGAGGGTGCAAGGAGG;SOR=0.350;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=127;TCF=47;TCR=80;TR=39;WE=178553193;WS=178553175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,42:0.31:134
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chr5	178567054	rs2303638	A	G	3085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.140;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=66;PP=1863;ReadPosRankSum=0.000;SC=ACAGGAAGCCAGTCCCTCCAC;SOR=0.607;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=97;TCR=97;TR=132;WE=178567062;WS=178567044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,144:0.68:211
chr5	178567082	rs34369919	C	T	2410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.905;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=50;PP=1389;ReadPosRankSum=1.070;SC=CACACCGGGCCGTGGGGACAG;SOR=0.495;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=150;TCF=73;TCR=77;TR=99;WE=178567090;WS=178567072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,107:0.66:163
chr5	178581797	rs2278222	C	T	2987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.16;ReadPosRankSum=0.934;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,141:0.62:227
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chr5	178608204	rs78222573	G	A	2395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FS=2.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.898;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,143:0.33:436
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chr5	178768439	rs55714836	T	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.566;QD=2.01;ReadPosRankSum=0.961;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,12:0.21:56
chr5	178770759	rs2271213	C	G	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.732;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=575;ReadPosRankSum=0.469;SC=TAGAGAAGTGCGTACTCACCA;SOR=0.506;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=160;TCF=97;TCR=63;TR=53;WE=178770767;WS=178770749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,62:0.33:187
chr5	178770981	rs2271212	A	G	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FS=0.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=1.297;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:355,153:0.30:508
chr5	178949570	rs35579228	G	A	14943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=3.616;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.09;MQRankSum=2.420;QD=44.21;ReadPosRankSum=1.016;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,337:1.00:338
chr5	178949580	rs71596435	C	T	15461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=3.471;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.08;MQRankSum=2.436;QD=43.19;ReadPosRankSum=1.439;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,357:1.00:358
chr5	178949612	rs28550616	CA	TG	17373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.14;QD=44.89;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr5	178949781	rs28420183	A	G	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=6.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5279;FS=34.509;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.565;NF=12;NR=42;PP=1205;ReadPosRankSum=-3.227;SC=TTCCACATCAACCAGAGGCGC;SOR=3.349;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=54;WE=178949789;WS=178949771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,48:0.56:85
chr5	178949876	rs377476632	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=11.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.10;MQRankSum=-3.066;QD=1.66;ReadPosRankSum=-1.314;SOR=3.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,5:0.17:30
chr5	178950207	rs142217072	A	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.12;MQRankSum=-1.061;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr5	178950263	rs34793499	GA	G	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.76;MQRankSum=-0.895;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.472;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr5	178950509	rs28571276	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.149;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.056;NF=6;NR=19;PP=313;ReadPosRankSum=0.386;SC=GCCCCCAGAGGTGACAGCTTC;SOR=1.393;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=79;TCF=28;TCR=51;TR=25;WE=178950517;WS=178950499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,23:0.29:78
chr5	178951351	rs145029017	A	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.56;MQRankSum=-2.750;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.375;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr5	178951365	rs138816614	C	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.26;MQRankSum=-2.934;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.628;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr5	178951598	rs4701188	G	A	23408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=888;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=477;NR=429;PP=2965;SC=GGCCACCTGCGAGCACCCTAT;SOR=0.840;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=918;TCF=480;TCR=438;TR=906;WE=178951606;WS=178951588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,885:1.00:885
chr5	178977537	.	C	CCGCCCGCCCCCACCCCG	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.44;MQRankSum=1.068;QD=33.53;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr5	178986978	rs7704349	C	G	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=1428;ReadPosRankSum=0.379;SC=AGTCTGACCTCCCCACGCTCA;SOR=0.775;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=162;TCF=103;TCR=59;TR=45;WE=178986995;WS=178986968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,53:0.28:187
chr5	178986987	rs12658664	C	T	3113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=46;PP=2962;ReadPosRankSum=0.850;SC=TCCCCACGCTCAGTCCACTAA;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=105;TCR=67;TR=120;WE=178986995;WS=178986968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,138:0.70:197
chr5	179020728	rs67799282	G	A	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=30;PP=759;ReadPosRankSum=1.159;SC=CAAAATGAGCGAGTAGACACA;SOR=0.473;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=32;WE=179020736;WS=179020718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr5	179021717	rs28526620	A	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=5.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-0.483;QD=17.68;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=0.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr5	179023783	rs112105028	G	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.847;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr5	179032755	rs6877888	C	T	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=16;PP=1340;SC=TAACAACTCACGTTCTGGGTC;SOR=2.062;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=69;WE=179032763;WS=179032745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	179034764	rs67550210	G	A	183.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=-0.660;SC=CTCACTGCCCGGTGACTGTGC;SOR=0.582;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=9;WE=179034772;WS=179034754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr5	179036457	rs11541392	G	C	6405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.43;ReadPosRankSum=1.619;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,309:0.65:477
chr5	179036608	rs8087	T	A	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.956;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=872;ReadPosRankSum=-2.165;SC=TTCCCAAGAGTATCAAAGGAA;SOR=0.337;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=53;WE=179036616;WS=179036598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,57:0.73:78
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chr5	179043982	rs34734159	C	CAA	9750.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=79;PP=2927;ReadPosRankSum=0.121;SC=AAAAGGCATACAAGGTTAGCT;SOR=0.711;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=204;TCF=51;TCR=153;TR=117;WE=179044001;WS=179043961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,246:0.66:373
chr5	179043993	rs71591434	T	TA	7117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=8;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=84;PP=2980;ReadPosRankSum=-1.358;SC=AAGGTTAGCTTAAAAAAAAGA;SOR=0.632;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=209;TCF=52;TCR=157;TR=115;WE=179044001;WS=179043961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,230:0.66:350
chr5	179045389	rs13189501	G	A	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=534;ReadPosRankSum=-0.290;SC=TTTTATACAGGTATTTAGTTA;SOR=0.130;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=32;WE=179045397;WS=179045379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr5	179049138	rs4301193	C	A	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=578;SC=ACTGCAAAAACACTTCCCTGG;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=179049146;WS=179049128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	179049924	.	ACCCGG	A	102	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=104;MMLQ=22;MQ=50.87;NF=0;NR=3;PP=102;QD=38.6666666667;SC=CCCGGGTCCCACCCGGCCCGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=179049936;WS=179049923;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:0,3:1.00:3
chr5	179050188	rs1136267	A	C	8686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=201;PP=2962;ReadPosRankSum=0.656;SC=GAGGACCAGAACTGAGAGCGC;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=579;TCF=274;TCR=305;TR=378;WE=179050196;WS=179050178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,399:0.65:610
chr5	179069309	rs6887611	G	C	6280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=149;NR=72;PP=2965;SC=TGTGGGGTGCGCAGATGAGGG;SOR=1.568;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=222;TCF=150;TCR=72;TR=221;WE=179069317;WS=179069299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr5	179071488	rs201130124	A	G	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.37;QD=24.72;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	179071809	rs151013485	GTCC	G	10462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.147;NF=53;NR=105;PP=2968;ReadPosRankSum=0.577;SC=CATTCTCGCTGTCCTCCTCTC;SOR=0.668;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=331;TCF=118;TCR=213;TR=158;WE=179071819;WS=179071799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,269:0.54:500
chr5	179071836	rs4990391	C	T	11348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=670;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-3.071;NF=266;NR=218;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.981;SC=GCACTGAGGACGGCTCCCTGG;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=631;TCF=348;TCR=283;TR=484;WE=179071844;WS=179071826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,511:0.76:669
chr5	179071925	rs141003025	G	A	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=861;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-9.178;QD=2.27;ReadPosRankSum=-0.308;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:686,173:0.20:859
chr5	179071947	rs4645306	A	G	20490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=688;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=282;NR=378;PP=2965;SC=GCTCTGTACCAATAACACTGT;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=660;TCF=282;TCR=378;TR=660;WE=179071966;WS=179071937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,686:1.00:686
chr5	179071958	rs7731123	C	G	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FS=2.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-9.281;QD=2.01;ReadPosRankSum=-1.477;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:488,109:0.18:597
chr5	179078391	rs57380196	C	T	3989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=90;PP=2748;SC=GTCCTCCTTCCTACCAGGACC;SOR=1.626;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=45;TCR=90;TR=135;WE=179078399;WS=179078381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	179078940	rs6882398	T	C	20863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=780;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=359;NR=412;PP=2965;SC=TCAGCTCCTCTCAGCCACCAG;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=774;TCF=360;TCR=414;TR=771;WE=179078948;WS=179078930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,775:1.00:775
chr5	179105533	rs75628693	G	C	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=38;PP=1097;ReadPosRankSum=-0.114;SC=CGCTGGGGCAGTGGCAGACCC;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=265;TCF=152;TCR=113;TR=90;WE=179105541;WS=179105523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,95:0.33:284
chr5	179126090	rs1134924	C	T	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=21;PP=776;SC=CCCGCGGTCCCCGGGAGGCTA;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=51;WE=179126098;WS=179126080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	179136138	rs6601068	A	G	3416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=59.96;NF=52;NR=63;PP=2068;SC=GGCCGGGTGCAGTGGCTCACG;SOR=1.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=52;TCR=63;TR=115;WE=179136146;WS=179136128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr5	179142825	.	G	GT	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=8.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.568;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.053;SOR=0.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,24:0.28:87
chr5	179147641	rs59666900	C	T	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=682;ReadPosRankSum=-0.438;SC=GTAAGGCTGCCAGGTTGGTCA;SOR=0.798;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=148;TCF=51;TCR=97;TR=53;WE=179147649;WS=179147631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,59:0.39:153
chr5	179233663	.	A	AGGC	1698.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=761;ReadPosRankSum=-1.581;SC=AGGGGTCGGAAGGCGGCGGCG;SOR=0.941;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=15;WE=179233671;WS=179233653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,43:0.84:51
chr5	179260153	rs4935	C	T	3220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=68;PP=2066;ReadPosRankSum=3.187;SC=GCTGCTCTGACCCCAGCAAGC;SOR=0.670;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=232;TCF=123;TCR=109;TR=140;WE=179260161;WS=179260143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,151:0.59:255
chr5	179260213	rs4797	G	A	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.192;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=44;PP=1110;ReadPosRankSum=-1.354;SC=AGCAGATGAGGAAGATCGCCT;SOR=1.251;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=103;TCF=33;TCR=70;TR=62;WE=179260221;WS=179260203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,67:0.59:113
chr5	179260478	rs2241350	C	G	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.910;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=471;ReadPosRankSum=-0.199;SC=GCAGCCTTAACTGCACGTGTG;SOR=1.819;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=24;WE=179260486;WS=179260468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr5	179260494	rs155787	G	A	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=6;PP=659;ReadPosRankSum=-1.004;SC=GTGTGCATGCGTGCTCCCCGA;SOR=0.871;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=38;WE=179260502;WS=179260484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,41:0.71:58
chr5	179264731	rs10277	T	C	5999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=3.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.04;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,271:0.77:352
chr5	179264915	rs1065154	G	T	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=627;ReadPosRankSum=0.299;SC=TGCCCTCCATGTGTAAGAACA;SOR=0.671;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=38;WE=179264923;WS=179264905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,46:0.66:70
chr5	179267783	rs248247	G	A	3538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.868;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=64;PP=1945;ReadPosRankSum=0.687;SC=GGTAGGAATCGCACACTTCGT;SOR=0.474;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=220;TCF=128;TCR=92;TR=145;WE=179267791;WS=179267773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,164:0.67:244
chr5	179267949	rs248248	T	C	2708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=70;PP=1364;ReadPosRankSum=1.773;SC=ACGGTGCTCCTGCTCCACTTC;SOR=0.635;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=71;TCR=105;TR=118;WE=179267957;WS=179267939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,129:0.66:195
chr5	179278466	rs4700702	A	G	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=786;ReadPosRankSum=-0.363;SC=AAAATAGAGTAAAGATATAGG;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=49;WE=179278474;WS=179278456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,58:0.81:72
chr5	179280379	rs1650893	T	C	3713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.003;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=70;PP=1659;ReadPosRankSum=0.164;SC=AGGACTCACCTGCAAAAAGGA;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=121;TCR=104;TR=152;WE=179280387;WS=179280369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,178:0.68:263
chr5	179285752	rs10060182	G	A	4654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=52;PP=2803;ReadPosRankSum=-0.597;SC=GGAAGAGGCGGCAGCTGCAGC;SOR=0.810;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=253;TCF=175;TCR=78;TR=172;WE=179285760;WS=179285742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,196:0.69:286
chr5	179287207	rs148609553	CGT	C	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=118;ReadPosRankSum=0.245;SC=TATTTTCTGGCGTGTGTGTGT;SOR=0.439;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=5;WE=179287216;WS=179287197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr5	179287576	rs248254	C	G	10039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.172;QD=22.36;ReadPosRankSum=0.169;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,267:0.59:449
chr5	179287585	rs416974	GC	CT	10101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.183;QD=24.64;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,242:0.59:410
chr5	179287597	rs248253	C	G	8868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.180;NF=80;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.465;SC=CTACCCACACCGGGGATGTTG;SOR=0.677;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=325;TCF=144;TCR=181;TR=184;WE=179287605;WS=179287566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,229:0.59:387
chr5	179287622	rs1611076	G	GTA	7394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.224;NF=17;NR=78;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.089;SC=CTCCCTTGCTGTAGCAAGCTC;SOR=0.691;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=184;TCF=30;TCR=154;TR=95;WE=179287630;WS=179287612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,186:0.57:324
chr5	179290845	rs30386	T	G	16234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=282;NR=291;PP=2965;SC=CTGTGGGGCTTTTCCGAGGTG;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=575;TCF=283;TCR=292;TR=573;WE=179290853;WS=179290835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,601:1.00:601
chr5	179291279	rs172056	A	G	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.246;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=587;ReadPosRankSum=-1.875;SC=CCCATCTCACAGATCAGGACA;SOR=0.429;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=36;WE=179291287;WS=179291269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr5	179298342	rs248252	G	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=382;ReadPosRankSum=0.454;SC=ATCTGTTTCTGTTTTTCTATT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=22;WE=179298350;WS=179298332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr5	179299867	rs532795	T	C	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.916;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=37;PP=977;ReadPosRankSum=0.865;SC=GCCCAGCCCCTGCCCAGCCCT;SOR=2.009;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=46;WE=179299875;WS=179299857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr5	179305655	rs3734003	C	T	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.900;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=586;ReadPosRankSum=-0.949;SC=AGCTGCGAGGCAAGGTTTCCC;SOR=1.351;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=33;WE=179305663;WS=179305645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr5	179321728	rs17079782	A	G	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.625;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=43;PP=1111;ReadPosRankSum=0.008;SC=TAAGGGCTACAGGCACAGCTG;SOR=0.980;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=73;WE=179321736;WS=179321718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,81:0.69:117
chr5	179334631	rs371855129	C	T	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.55;ReadPosRankSum=0.186;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,36:0.84:43
chr5	179334857	rs185073	A	G	4665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=75;NR=92;PP=2809;SC=GGCCCGCGAGACGGAAGCGCC;SOR=0.981;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=169;TCF=75;TCR=94;TR=167;WE=179334865;WS=179334847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr5	179407229	rs28011	C	T	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.666;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,50:0.27:182
chr5	179498595	rs3749821	C	T	5793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr5	179498658	rs3828698	G	T	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.128;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=62;PP=1625;ReadPosRankSum=0.410;SC=TCAGCAGGGCGAGCGCGGCGA;SOR=1.043;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=45;TCR=63;TR=107;WE=179498666;WS=179498648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chr5	179528351	rs67139455	TG	T	1140.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=1;PP=586;SC=ATGGCCACTGTGGGGGGGGGG;SOR=3.528;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=19;WE=179528367;WS=179528348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	179528359	rs113499659	G	C	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.74;SOR=3.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	179529124	rs7725201	G	A	5421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=89;PP=2846;SC=TCTCACTTTCGTAAGAAGCCA;SOR=0.837;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=91;TCR=89;TR=180;WE=179529132;WS=179529114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr5	179542285	.	CT	C	1356	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=5;HapScore=4;MGOF=10;MMLQ=21;MQ=59.84;NF=15;NR=31;PP=1356;QD=30.152173913;SC=AGGTGGCCTCCTTTTTAAAAA;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=133;TCF=56;TCR=77;TR=46;WE=179542299;WS=179542275;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:87,46:0.35:133
chr5	179542290	rs4700873	T	A	1988.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.263;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,118:0.51:230
chr5	179542473	rs35177368	TCACTC	T	4456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.479;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.585;NF=1;NR=65;PP=2954;ReadPosRankSum=0.894;SC=CCCAGACTCTTCACTCCTGAC;SOR=0.850;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=105;TCF=1;TCR=104;TR=66;WE=179542485;WS=179542463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,113:0.67:168
chr5	179546264	rs36055015	A	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=0.380;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,16:0.20:81
chr5	179548294	rs55667285	C	T	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.324;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=376;ReadPosRankSum=-0.820;SC=TTGGTATGTACGCTTTCAGTC;SOR=0.393;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=89;TCF=21;TCR=68;TR=31;WE=179548302;WS=179548284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,33:0.37:89
chr5	179548343	rs13160214	C	T	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.523;NF=9;NR=19;PP=508;ReadPosRankSum=0.405;SC=AGACGGAGTCCCGCTCTGTCG;SOR=0.375;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=28;WE=179548351;WS=179548333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr5	179554602	rs57288534	C	T	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.702;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=449;ReadPosRankSum=2.368;SC=CCGTAAGAGCCTCCTACCTTT;SOR=0.672;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=41;WE=179554610;WS=179554592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,43:0.35:124
chr5	179555407	rs13354066	T	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=6.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=1.947;SOR=0.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,18:0.29:63
chr5	179555654	rs6895192	C	T	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=-0.529;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,48:0.36:134
chr5	179563359	rs55638756	C	T	6025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=126;NR=87;PP=2965;SC=GGTGACGCGACCCCCGCCCAG;SOR=1.054;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=215;TCF=127;TCR=88;TR=213;WE=179563367;WS=179563349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr5	179563435	rs11546322	T	C	2664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=1.456;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:280,149:0.35:429
chr5	179563532	rs2890346	G	C	2775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=76;PP=1467;ReadPosRankSum=0.097;SC=GCAAGCGAGGGGCACCGCGCT;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=178;TCF=75;TCR=103;TR=128;WE=179563540;WS=179563522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,132:0.71:187
chr5	179565071	rs4700878	G	C	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=41;NR=37;PP=970;SC=GCAATGGCAAGGAGCAGTGAG;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=78;WE=179565079;WS=179565061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	179565136	rs4700715	C	A	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=30;PP=850;SC=GCTGCTGGTCCCGGGGCTCCT;SOR=1.107;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=51;WE=179565144;WS=179565126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	179663614	rs6601104	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-0.997;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr5	179665201	rs56333381	C	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.599;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.970;NF=16;NR=4;PP=323;ReadPosRankSum=0.705;SC=ACCCAGGAGGCGGAGGTTGCA;SOR=1.674;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=20;WE=179665209;WS=179665191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr5	179686378	rs33928286	G	A	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=4.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.166;QD=4.30;ReadPosRankSum=-1.988;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,105:0.28:380
chr5	179729519	rs1035411	A	G	3637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.458;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=70;PP=2037;ReadPosRankSum=2.068;SC=GGGGCAGCTCAATTGTCTTAT;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=241;TCF=131;TCR=110;TR=154;WE=179729527;WS=179729509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,174:0.64:273
chr5	179744009	rs2112594	T	G	9986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=674;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=229;PP=2962;ReadPosRankSum=0.793;SC=TATTGAAAACTGATTCTGGCT;SOR=0.695;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=629;TCF=298;TCR=331;TR=435;WE=179744017;WS=179743999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,463:0.69:672
chr5	179763398	rs6891083	T	G	4296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=35;PP=2889;SC=AGAATCTCCATTCTCCGGCGC;SOR=2.131;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=143;TCF=105;TCR=38;TR=139;WE=179763406;WS=179763388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr5	179765467	rs55946431	C	T	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=2;PP=604;SC=GGTCCCCAGCCACGAGGCGGG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=179765475;WS=179765457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	179779339	rs34831746	G	GA	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQRankSum=1.585;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.680;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr5	179780292	rs199818683	CCTCCGTGGG	C	2057.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=2987;SC=TCCGTGGGCTCCTCCGTGGGC;SOR=0.909;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=12;WE=179780308;WS=179780282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	179780340	rs5873687	GT	G	1310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=90;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=11;PP=815;SC=TCCAGCTCCCGTCCGCTCGGC;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=179780348;WS=179780330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	179994815	rs146190811	CTG	C	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,14:0.15:96
chr5	179996111	rs6877400	C	T	6469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=129;NR=85;PP=2965;SC=CTAATGTAGCCGGAAAGCCAC;SOR=0.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=129;TCR=85;TR=214;WE=179996119;WS=179996101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr5	180017399	rs450383	T	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=488;ReadPosRankSum=-0.320;SC=CGCGGGGCCATCTCCGCCTTC;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=24;WE=180017407;WS=180017389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr5	180038248	rs35683852	T	TC	4468.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FS=1.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=3.843;QD=7.42;ReadPosRankSum=1.165;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:407,195:0.32:602
chr5	180041001	rs421662	G	C	21758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.10;SOR=1.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr5	180041008	rs366388	T	C	22535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.44;SOR=1.181;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,531:1.00:531
chr5	180041208	rs659268	T	C	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=1.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-3.241;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.962;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,105:0.28:379
chr5	180043388	rs1130378	G	A	8432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=0.688;SC=GGACGTAGTCGGGGTCTTTGT;SOR=0.655;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=600;TCF=307;TCR=293;TR=347;WE=180043396;WS=180043378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,387:0.59:657
chr5	180043731	rs3765095	C	A	1895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=31;PP=1107;ReadPosRankSum=1.451;SC=AGCCAAGAGACCTTGGGAGGT;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=76;TCR=50;TR=79;WE=180043739;WS=180043721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,88:0.65:136
chr5	180045700	rs3214903	G	GGGTTACCCTA	417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=5.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=-0.260;SOR=1.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,16:0.14:111
chr5	180046209	rs446003	C	T	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=11.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=2.643;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,58:0.38:154
chr5	180046426	rs70973949	C	CTGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG	1266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.83;ReadPosRankSum=1.685;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,35:0.30:117
chr5	180046492	rs201407038	CAG	C	1233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,38:0.26:145
chr5	180046839	rs7707285	G	A	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=33;PP=885;ReadPosRankSum=2.148;SC=GGCGGCGGGGGAGCCCCGTGC;SOR=0.883;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=47;WE=180046847;WS=180046829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,47:0.62:76
chr5	180047412	rs382266	T	C	4925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=94;PP=2965;SC=TCCTGCGGGGTTCTCAGTCAA;SOR=1.325;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=65;TCR=94;TR=159;WE=180047420;WS=180047402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr5	180047739	rs141972439	C	CGTGT	3697.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.129;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=60;PP=2654;ReadPosRankSum=0.918;SC=AAGGGGCCGGCGTGTGTGTGT;SOR=1.006;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=127;TCF=19;TCR=108;TR=69;WE=180047748;WS=180047729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,98:0.62:157
chr5	180047793	rs34419336	G	C	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.780;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=47;PP=1046;ReadPosRankSum=-0.397;SC=CCCTTCTGGTGGCCACGACTT;SOR=0.602;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=36;TCR=69;TR=71;WE=180047801;WS=180047783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,81:0.70:116
chr5	180047863	rs423086	C	G	1978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=31;PP=1345;SC=AGGGGTGCAGCCTGAGGCCAG;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=180047871;WS=180047853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	180048986	rs10635355	G	GCCTC	1502.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.349;NF=1;NR=34;PP=1782;ReadPosRankSum=2.041;SC=GTCTCCTCCTGCCTCCCTCCC;SOR=3.664;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=35;WE=180048994;WS=180048976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr5	180049925	rs201607334	A	AC	384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.02;ReadPosRankSum=1.243;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr5	180049928	rs307828	A	C	1331.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=591;ReadPosRankSum=0.582;SC=GCTGTGCACCACCCCCCCCAA;SOR=1.251;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=53;WE=180049936;WS=180049915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr5	180053307	rs402647	A	G	4125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=81;PP=2449;SC=AGATCCCACCACAGCCCCAAC;SOR=1.441;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=50;TCR=82;TR=131;WE=180053315;WS=180053297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr5	180053387	rs4700964	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.570;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=154;ReadPosRankSum=-0.219;SC=CAGGGTAGGACGGGGAACACT;SOR=0.169;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=14;WE=180053395;WS=180053377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr5	180056044	rs13359473	G	A	9359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=157;NR=165;PP=2965;SC=CTGACCCGTCGTGGACTGACC;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=322;TCF=157;TCR=165;TR=322;WE=180056060;WS=180056034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr5	180056620	rs414348	G	A	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=10;PP=1587;SC=CATCCTCCACGCGGAGGCCCA;SOR=3.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=60;TCR=10;TR=68;WE=180056628;WS=180056610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	180057504	rs12719871	G	A	3257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.190;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=47;PP=2064;ReadPosRankSum=-2.073;SC=GGCGGTGTGGGCCCCAGCTGC;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=205;TCF=126;TCR=79;TR=130;WE=180057512;WS=180057494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,139:0.64:216
chr5	180076403	rs114838148	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.532;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,9:0.20:45
chr5	180076624	.	TGGGGCGGGGCGGGGC	T	207	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=23;MQ=58.74;NF=0;NR=1;PP=207;QD=221.0;SC=CCGGCTGGCCTGGGGCGGGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=1;WE=180076646;WS=180076614;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,1:0.10:10
chr5	180165983	rs2054696	G	C	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.74;QD=30.52;SOR=1.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	180166461	rs10464105	C	G	5035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=70;PP=2965;SC=ACTCGGGCCACAAACATCTTG;SOR=0.965;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=95;TCR=70;TR=164;WE=180166469;WS=180166451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr5	180218668	rs634501	A	G	17529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,682:1.00:682
chr5	180276402	rs168726	C	T	10113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=186;NR=149;PP=2965;SC=ATGGGGTGTCCTGCCAGGGTG;SOR=0.832;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=338;TCF=188;TCR=150;TR=335;WE=180276410;WS=180276392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr5	180278393	rs705441	C	G	21159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=788;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=353;NR=382;PP=2965;SC=TAGATTCAGGCATAGGATCCT;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=736;TCF=353;TCR=383;TR=735;WE=180278401;WS=180278383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,785:1.00:785
chr5	180288239	rs2121117	G	A	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	180326571	rs2619738	T	A	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=664;ReadPosRankSum=-1.154;SC=CCGTGATCGTTGACGGGGACA;SOR=0.929;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=4;TCR=48;TR=33;WE=180326579;WS=180326561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
chr5	180329359	rs7735361	T	C	2429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=35;PP=1509;ReadPosRankSum=1.181;SC=CTCCTCAAGATCGAATGAAGT;SOR=0.600;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=117;TCR=61;TR=103;WE=180329367;WS=180329349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,112:0.59:189
chr5	180329458	rs7712020	C	G	4257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-2.979;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,212:0.60:352
chr5	180329536	rs7712185	C	T	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.159;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.880;NF=31;NR=58;PP=1456;ReadPosRankSum=-0.061;SC=TTTGTTTTTGCTTTTATACTT;SOR=0.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=51;TCR=92;TR=89;WE=180329544;WS=180329526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,95:0.61:157
chr5	180338300	rs2276994	G	A	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.278;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=625;ReadPosRankSum=1.954;SC=GCTTTGGGATGTGATCTTTGC;SOR=1.592;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=38;WE=180338308;WS=180338290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,41:0.79:52
chr5	180338368	rs2276995	A	G	2235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=26;PP=1239;ReadPosRankSum=-1.649;SC=CATTTCCATCACGGGATATGT;SOR=0.562;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=113;TCF=80;TCR=33;TR=87;WE=180338376;WS=180338358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,102:0.78:130
chr5	180374484	rs3733755	C	A	2568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.00;ReadPosRankSum=-0.362;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,125:0.58:214
chr5	180374534	rs3733756	G	A	4408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=84;PP=2610;ReadPosRankSum=-1.755;SC=AGCCTATATCGTGGCACCTGG;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=315;TCF=175;TCR=140;TR=191;WE=180374542;WS=180374524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,207:0.62:336
chr5	180374898	rs7711990	A	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=191;ReadPosRankSum=-0.545;SC=ATAATTTTCCATGAACACCAC;SOR=0.307;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=13;WE=180374906;WS=180374888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr5	180409595	rs4397092	A	G	4757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=77;NR=81;PP=2586;SC=CTTGTTGCTAACAAGCTGGCT;SOR=0.923;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=77;TCR=81;TR=158;WE=180409603;WS=180409585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr5	180430797	rs72494581	T	C	4362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.102;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.197;NF=107;NR=79;PP=2908;ReadPosRankSum=1.917;SC=GGAGCCAGCGTCGTGTTTGTA;SOR=0.502;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=255;TCF=152;TCR=103;TR=186;WE=180430805;WS=180430787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,192:0.72:267
chr5	180430996	rs114244788	G	A	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.697;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-9.932;NF=7;NR=33;PP=1323;ReadPosRankSum=-4.542;SC=CAGGTGGAGGGGAGCAGCTGC;SOR=1.774;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=108;TCF=29;TCR=79;TR=40;WE=180431017;WS=180430986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,38:0.35:108
chr5	180431009	rs200820251	A	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=6.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=23.621;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.391;NF=1;NR=20;PP=1323;ReadPosRankSum=-1.874;SC=GCAGCTGCTCACTCTCTCCAT;SOR=4.363;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=77;TCF=19;TCR=58;TR=21;WE=180431017;WS=180430986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,18:0.24:76
chr5	180432416	rs7726150	C	T	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.915;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.895;NF=33;NR=11;PP=798;ReadPosRankSum=1.238;SC=GAAAAGCTCCCCAGGAGGTGC;SOR=0.255;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=44;WE=180432424;WS=180432406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,48:0.77:62
chr5	180472498	rs28677846	C	T	8334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.71;ReadPosRankSum=0.117;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,383:0.63:608
chr5	180472513	rs6894087	A	G	8777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=680;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=208;NR=188;PP=2962;ReadPosRankSum=0.586;SC=CAGTCTCCCCAGACTCCTTGA;SOR=0.754;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=622;TCF=326;TCR=296;TR=396;WE=180472521;WS=180472503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,421:0.62:677
chr5	180474814	rs13359580	CA	TG	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.909;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.61;ReadPosRankSum=-1.525;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr5	180477449	rs7702426	C	G	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=42;PP=1086;ReadPosRankSum=0.685;SC=TCTATAAAGACACAATGGTAC;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=15;TCR=61;TR=52;WE=180477457;WS=180477439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,53:0.69:77
chr5	180481216	.	C	CT	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.691;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr5	180482303	rs11353483	TA	T	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.789;QD=1.19;ReadPosRankSum=1.491;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,40:0.24:170
chr5	180482795	rs3885614	A	T	4180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.52;ReadPosRankSum=1.357;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,191:0.66:288
chr5	180482899	rs3885615	C	T	4798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=1.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.03;ReadPosRankSum=-0.246;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,240:0.70:342
chr5	180486224	rs7379015	T	G	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=13;PP=976;SC=ACTAACGCTGTGGCTCTGCGC;SOR=1.487;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=180486232;WS=180486214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	180486247	rs6601166	G	T	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=20;PP=1199;SC=TGGATGTGACGCTGGACCCGG;SOR=1.394;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=64;WE=180486255;WS=180486237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	180486785	rs10068763	G	C	2645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=818;ExcessHet=3.0103;FS=2.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=3.028;QD=3.24;ReadPosRankSum=-1.551;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:615,202:0.25:817
chr5	180486841	rs10054109	C	T	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FS=2.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=3.029;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.093;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:374,123:0.25:497
chr5	180486891	rs33927456	C	CG	1023.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.917;QD=4.95;ReadPosRankSum=0.487;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,56:0.27:207
chr5	180552412	rs7724668	G	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=191;ReadPosRankSum=-1.589;SC=TGCTCTGAGAGATGCAGGAGG;SOR=0.538;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=12;WE=180552420;WS=180552402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr5	180622615	rs254460	C	T	3836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=77;PP=2207;ReadPosRankSum=-0.926;SC=AGGCGCACGCCCTTAAGATCC;SOR=0.763;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=232;TCF=113;TCR=119;TR=146;WE=180622623;WS=180622605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,173:0.66:264
chr5	180625254	rs254458	G	A	6359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=1.610;SC=GTGCATGAGCGACACGGGAGA;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=423;TCF=204;TCR=219;TR=276;WE=180625262;WS=180625244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,291:0.64:453
chr5	180626927	rs416574	A	G	5372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.402;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.048;SC=GGTGATCTCAACCCCGAGCTG;SOR=0.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=367;TCF=206;TCR=161;TR=233;WE=180626935;WS=180626917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,242:0.64:381
chr5	180631817	rs2545112	T	C	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.774;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=1058;ReadPosRankSum=-2.762;SC=GCGTGGCCACTGCCGCCAGCT;SOR=0.226;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=28;WE=180631836;WS=180631807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr5	180631828	rs2770945	G	C	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.892;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=1058;ReadPosRankSum=-1.927;SC=GCCGCCAGCTGCCGGTTGGGC;SOR=0.315;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=29;WE=180631836;WS=180631807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr5	180665798	.	C	CA	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.584;NF=4;NR=3;PP=71;ReadPosRankSum=-0.025;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=7;WE=180665806;WS=180665796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr5	180668426	.	CA	C	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.432;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.887;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr6	292658	rs860102	T	C	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FS=1.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=3.054;QD=3.48;ReadPosRankSum=2.611;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:435,129:0.23:564
chr6	292694	rs3832447	GC	G	7570.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.979;NF=3;NR=161;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.806;SC=GGGAGGGGCGGCGCGCCTGGG;SOR=0.698;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=198;TCF=3;TCR=195;TR=164;WE=292702;WS=292684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,209:0.84:248
chr6	311797	.	G	GT	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=1.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=3.798;QD=0.91;ReadPosRankSum=-0.862;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,57:0.21:266
chr6	312023	rs1342789	C	T	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.198;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.418;NF=38;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.809;SC=GGAGTACCTACGACGTTAATG;SOR=0.556;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=275;TCF=102;TCR=173;TR=92;WE=312040;WS=312013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,93:0.32:291
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chr6	335251	.	TGT	CGC	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=57;NR=54;PP=2944;QD=20;SC=ACTGTGAAGTTGTCAGAGCTC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=144;TCR=134;TR=111;WE=335261;WS=335241;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:167,111:0.40:278
chr6	335253	rs3757306	T	C	4708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=1.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.64;ReadPosRankSum=-2.416;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,125:0.42:301
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chr6	346429	rs10642379	G	GACACACAC	4653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=825;ExcessHet=3.0103;FS=2.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.578;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:319,184:0.37:503
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chr6	348080	rs2797333	A	G	4739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=42;PP=2965;SC=GCCCTCACACATGTGCTTCTC;SOR=2.276;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=132;TCR=42;TR=173;WE=348088;WS=348070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr6	348906	rs11242812	G	A	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.799;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=52;PP=1317;ReadPosRankSum=1.237;SC=GCAGTTTTCCGGCACTGGCTC;SOR=0.854;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=43;TCR=77;TR=80;WE=348914;WS=348896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,83:0.72:116
chr6	350829	rs1129085	G	A	3888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.839;NF=100;NR=101;PP=2541;ReadPosRankSum=-0.237;SC=CAGCCGCTCCGGGAATTCTGA;SOR=0.605;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=486;TCF=256;TCR=230;TR=201;WE=350837;WS=350819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,207:0.40:515
chr6	350940	rs11408655	T	TA	4657.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.791;NF=6;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=2.579;SC=AAAAGCAACATAGAGTTTAAG;SOR=0.684;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=150;TCF=13;TCR=137;TR=80;WE=350948;WS=350930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,148:0.61:241
chr6	367243	rs7776416	T	C	2588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.423;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=49;PP=1835;ReadPosRankSum=0.220;SC=CTCAACCCTCTTCTTTGTTTT;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=310;TCF=191;TCR=119;TR=127;WE=367251;WS=367233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,129:0.40:321
chr6	367352	rs7764099	C	T	5054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=741;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.317;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.222;SC=CATGCACATACACACATGTAC;SOR=0.916;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=696;TCF=380;TCR=316;TR=260;WE=367360;WS=367342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:462,275:0.37:737
chr6	367481	rs7738368	T	G	4861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=0.508;SC=TCTGAATGCTTGCATACACAT;SOR=0.799;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=574;TCF=265;TCR=309;TR=242;WE=367489;WS=367471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:345,246:0.42:591
chr6	391623	rs6935510	C	A	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=11;PP=632;SC=CGGCCGGCCCCGGCTCTCGGC;SOR=1.280;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=391631;WS=391613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	397261	rs34318727	G	A	9098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FS=1.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.49;ReadPosRankSum=0.079;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:370,258:0.41:628
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chr6	397290	rs1775589	T	C	2900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=96;PP=2161;ReadPosRankSum=2.954;SC=GAAGAGCTAATTGCTAATGTG;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=344;TCF=97;TCR=247;TR=133;WE=397298;WS=397280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,136:0.38:358
chr6	398701	rs6918132	G	C	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=463;ReadPosRankSum=0.744;SC=CTGGTGCTGGGAGTGGGTGGG;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=32;WE=398709;WS=398691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr6	398775	rs2671422	G	A	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=1.482;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,82:0.59:140
chr6	406552	rs56116020	C	CA	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQRankSum=-0.889;QD=12.34;ReadPosRankSum=0.236;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr6	407629	.	CTT	C	352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.897;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr6	407656	rs1131442	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=284;ReadPosRankSum=1.571;SC=TTTGATACGGGGATACGGGGT;SOR=0.490;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=58;TCF=8;TCR=50;TR=19;WE=407664;WS=407646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr6	497520	rs6909878	G	C	2082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.195;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=58;PP=1492;ReadPosRankSum=-0.799;SC=ATGGTGCTTTGTGGGGCTTTT;SOR=1.001;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=185;TCF=75;TCR=110;TR=92;WE=497528;WS=497510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,96:0.49:196
chr6	554045	rs11399543	C	CT	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=70;ReadPosRankSum=1.370;SC=AGTCACATAACTTTTTTTTTT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=6;WE=554053;WS=554035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr6	556147	rs2476844	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.548;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=182;ReadPosRankSum=0.420;SC=AGGAGGCGTGCGAAGAGTGGG;SOR=0.154;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=13;WE=556155;WS=556137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
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chr6	572480	rs2073009	G	A	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.944;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=643;ReadPosRankSum=-0.069;SC=AGAAATGCACGGTGACTCAGC;SOR=1.012;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=41;WE=572488;WS=572470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,45:0.58:78
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chr6	1313470	rs4435985	C	T	5934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=1.437;SC=ACGACTGCTTCGTCAAGGTGC;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=631;TCF=272;TCR=359;TR=265;WE=1313478;WS=1313460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:393,300:0.43:693
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chr6	1313980	rs147255181	C	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=263;ReadPosRankSum=1.049;SC=CCGCGCCGCCCCTCCTGCTTG;SOR=0.927;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=19;WE=1313988;WS=1313970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr6	1391085	rs147426137	G	GGGC	3932.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;MQRankSum=0.225;QD=43.22;ReadPosRankSum=-1.087;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr6	1395043	rs2293783	T	C	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=-1.314;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,141:0.53:264
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chr6	1742908	rs3734740	C	G	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.295;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=540;ReadPosRankSum=1.324;SC=ATATGGACATCGACAGCTGGA;SOR=1.467;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=26;WE=1742916;WS=1742898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
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chr6	2176244	rs431112	G	T	2674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.41;ReadPosRankSum=-0.658;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,71:0.44:163
chr6	2671394	rs1324496	G	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.696;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=265;ReadPosRankSum=-0.429;SC=GGCCCTCCACGCCAGCCAAAA;SOR=1.284;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=19;WE=2671402;WS=2671384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr6	2675271	rs9328114	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=-1.115;SC=GAGCAAGAAGCCGTGGTCACC;SOR=0.813;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=20;WE=2675279;WS=2675261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,22:0.31:72
chr6	2678750	rs4959699	T	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.823;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=205;ReadPosRankSum=-0.202;SC=CATATTATTGTAATCAAGAAA;SOR=0.191;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=14;WE=2678758;WS=2678740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
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chr6	2838102	rs316340	G	A	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=1.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.02;ReadPosRankSum=-0.614;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,109:0.63:174
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chr6	2854367	rs412303	G	A	2243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,111:0.58:192
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chr6	2948965	rs318426	C	T	5315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=99;PP=2965;SC=CTTTAAGACCCAGGGTGCTGC;SOR=0.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=82;TCR=100;TR=181;WE=2948973;WS=2948955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr6	2949387	rs9378746	G	A	4223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=80;PP=2406;SC=GCCACTCTCTGCAGGGAGAAA;SOR=0.951;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=67;TCR=80;TR=147;WE=2949395;WS=2949377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
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chr6	2953445	rs3818276	A	G	3716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=81;PP=2313;SC=TCAAGACCGCATTAGATAGGG;SOR=1.324;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=51;TCR=81;TR=132;WE=2953453;WS=2953435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr6	2955802	rs2295769	T	C	7448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=122;NR=130;PP=2965;SC=CTGTTGGCCATCCTAAGCAAG;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=122;TCR=130;TR=252;WE=2955810;WS=2955792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr6	3010390	rs1143684	C	T	4067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=77;PP=2360;SC=TGCCATGAACCTTGAGCCGAG;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=69;TCR=77;TR=146;WE=3010398;WS=3010380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
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chr6	3012725	rs11351160	TG	T	3098.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=19;PP=1890;SC=ATGGTTGGGATGGGCTGTGGA;SOR=1.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=47;WE=3012733;WS=3012715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr6	3015790	rs1049115	A	G	5448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=116;NR=79;PP=2965;SC=TCAGCGTGCCAGCCATCCTGA;SOR=0.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=116;TCR=79;TR=195;WE=3015798;WS=3015780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
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chr6	3076931	rs7755818	A	T	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	3076937	rs7759866	T	C	207.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.64;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr6	3104696	rs10498658	C	T	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=359;SC=TAATAATATTCGAGAGTCAAG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=3104704;WS=3104686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr6	3259463	rs9501962	G	T	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.987;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.85;ReadPosRankSum=-0.879;SOR=0.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,59:0.97:61
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chr6	3264101	rs4959785	A	G	3446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=58;PP=1720;SC=GCTAAGAACCATCACCTCATT;SOR=1.170;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=46;TCR=58;TR=104;WE=3264109;WS=3264091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr6	3264487	rs4959786	T	C	4741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
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chr6	3264526	rs4959788	CT	TC	8668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=84;NR=75;PP=2947;SC=ATGCTCCACTCTTCCCACACC;SOR=0.800;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=163;TCF=85;TCR=78;TR=159;WE=3264535;WS=3264516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr6	3264582	rs11757564	G	A	3587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=53;NR=62;PP=1941;SC=TGTGCTCTGCGACCCCCAGCC;SOR=1.027;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=53;TCR=62;TR=115;WE=3264590;WS=3264572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr6	3264671	rs13193012	T	C	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=17;PP=473;SC=CAGCTGCTTCTGCTCTGGAGT;SOR=2.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=24;WE=3264679;WS=3264661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	3285286	rs10793841	A	G	3635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr6	3287118	rs6910086	T	C	3914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=1.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
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chr6	3438738	rs12197689	G	A	4266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
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chr6	3439595	rs35613438	G	GA	1199.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=710;SC=AGGCATTTCTGAAAGTTCCCC;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=18;WE=3439603;WS=3439585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	3439637	rs9502003	G	A	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=403;SC=GAGCCACTGCGGCCCTGGACG;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=3439645;WS=3439627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	3723764	rs1045778	G	T	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=77;SC=CAGAGCTGGGGCAGCAGCTGT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=3723772;WS=3723760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	3727811	rs226959	C	G	7520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=151;NR=101;PP=2965;SC=CCACGCCCAGCTGCTGGTCTC;SOR=1.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=253;TCF=151;TCR=102;TR=252;WE=3727819;WS=3727801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr6	3738897	rs11390464	A	AG	819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=6;PP=427;SC=GAAAAAAGTCAGATCTCTGCC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=3738905;WS=3738887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	3739193	rs4959871	T	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=61;ReadPosRankSum=-1.037;SC=CCGAGGCTGATGCAAACGTGC;SOR=1.002;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=9;WE=3739201;WS=3739183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr6	4020336	rs9392546	C	T	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=330;ReadPosRankSum=1.169;SC=CCACCGCGCCCGGCCCTAACA;SOR=0.711;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=25;WE=4020344;WS=4020326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,29:0.40:73
chr6	4020356	rs9405217	G	A	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=367;ReadPosRankSum=1.283;SC=ATTTCAAAACGTTTGGAATTC;SOR=0.616;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=34;WE=4020364;WS=4020346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,38:0.38:99
chr6	4020540	rs78628853	AT	A	599.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=1.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.392;QD=5.08;ReadPosRankSum=1.963;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,57:0.48:118
chr6	4021554	rs11752006	A	G	4984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr6	4031998	rs9503893	A	G	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,62:0.54:115
chr6	4033065	rs6924389	A	G	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=31;PP=772;SC=CTTGTGGACCATTAAAAATGA;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=4033073;WS=4033055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr6	4040924	rs75972245	A	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=-1.876;SC=GAATTTCTATATATCCCCTGT;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=4040932;WS=4040914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
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chr6	4115758	rs617790	C	T	9336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=157;PP=2965;SC=ATTCAGTCAGCCACTGTTTGT;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=319;TCF=162;TCR=157;TR=318;WE=4115766;WS=4115748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr6	4116262	rs7166	G	A	7020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=141;PP=2965;SC=AATTCTCAAGGCCTGGAAAAA;SOR=1.115;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=108;TCR=142;TR=249;WE=4116270;WS=4116252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr6	4119516	rs2326408	A	G	4762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=72;NR=93;PP=2755;SC=TTGCCTGCAGAGGCAGGAGAG;SOR=1.123;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=72;TCR=94;TR=165;WE=4119524;WS=4119506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
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chr6	4122249	rs643232	C	A	6576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=136;NR=100;PP=2965;SC=AACTGAGAAACCTGCCAACAA;SOR=0.845;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=136;TCR=100;TR=236;WE=4122257;WS=4122239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr6	4122458	rs34646177	C	CT	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
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chr6	4125941	rs660560	A	G	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=9;PP=735;SC=CAATATCACAACAAGTGGGAA;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=4125949;WS=4125931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	4126097	rs661404	G	A	6611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr6	4133855	rs3177253	C	T	7812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=159;NR=103;PP=2965;SC=TCACTTGATTCATTGAATTTT;SOR=1.073;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=264;TCF=161;TCR=103;TR=262;WE=4133863;WS=4133845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr6	4135225	rs35071107	C	A	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.472;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=683;ReadPosRankSum=-0.293;SC=GTTCCCGGGACCCCAGGGAGG;SOR=1.318;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=38;WE=4135233;WS=4135215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr6	4135262	rs45529732	T	C	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=21;PP=1002;SC=GCCGTTACTCTGTACCCGGCC;SOR=1.318;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=60;WE=4135270;WS=4135252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	4715882	rs3812183	A	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=662;ReadPosRankSum=2.474;SC=CTCAGATTCAATGTAGAACTG;SOR=0.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=20;WE=4715902;WS=4715872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr6	4715894	rs3812182	T	G	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=664;ReadPosRankSum=1.628;SC=GTAGAACTGGTGAAAGTCATT;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=23;WE=4715902;WS=4715872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr6	4715980	rs3812180	C	A	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=723;ReadPosRankSum=0.281;SC=TGCAGGTGGTCATCAGAGAAC;SOR=0.589;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=49;WE=4715988;WS=4715970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,55:0.63:87
chr6	4716016	rs3812179	A	G	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.07;ReadPosRankSum=2.029;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,58:0.55:105
chr6	4716037	rs3812178	T	C	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=1.369;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,64:0.56:115
chr6	4716150	rs9502225	C	T	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=389;ReadPosRankSum=0.948;SC=AGTTCTGATGCAGTAGGCAGA;SOR=0.566;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=31;WE=4716158;WS=4716140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,41:0.49:83
chr6	4716185	rs9502226	T	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=401;ReadPosRankSum=-0.703;SC=CCCTTTTATTTAAAAATGATT;SOR=0.379;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=23;WE=4716193;WS=4716175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr6	4716258	rs9502227	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-0.149;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.495;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr6	4734804	rs34585929	G	C	272.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=318;SC=ACGGGCTGCTGCAGCAAGACT;SOR=3.056;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=13;WE=4734812;WS=4734794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	4734868	rs62384814	T	C	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=523;SC=TATGTTCAGTTAGACTCCTAA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=26;WE=4734890;WS=4734858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	4734882	rs71311001	A	AGTGAGGG	1334.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=1;PP=1158;SC=CTCCTAATTCAGGAAGGGGAG;SOR=6.518;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=20;WE=4734890;WS=4734858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr6	4735146	rs35047361	C	T	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=39;PP=1034;SC=ATAGGGGAATCGCCCCACACC;SOR=2.221;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=4735154;WS=4735136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	4936074	rs1539004	T	G	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=31;PP=938;SC=CCTGCCTGGCTGAACTGGCTC;SOR=1.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=44;WE=4936082;WS=4936064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	4937662	rs9502253	A	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=10;PP=566;SC=CCCAGGAGTTAGAGAGCACAG;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=4937670;WS=4937652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	4937728	rs36001374	C	CA	407.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.932;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
chr6	4937742	rs61406305	C	CT	1182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=4.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.295;QD=13.29;ReadPosRankSum=1.373;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,34:0.38:89
chr6	4937747	rs56133250	A	G	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=6.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.288;QD=12.89;ReadPosRankSum=1.299;SOR=1.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,38:0.38:99
chr6	4952413	rs2793263	T	C	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=24;PP=1548;SC=TTGTGAATGTTTCCCTTCGGT;SOR=1.408;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=76;WE=4952421;WS=4952403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	4954412	rs11754078	C	T	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=467;ReadPosRankSum=-0.880;SC=CGCTTGGAAGCAGGACTGGGA;SOR=0.559;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=33;WE=4954420;WS=4954402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
chr6	4996129	rs11755188	C	T	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.988;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=730;ReadPosRankSum=0.647;SC=CTATACTATTCGACATACTGT;SOR=1.045;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=44;WE=4996137;WS=4996119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,45:0.57:79
chr6	4999193	rs396839	A	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=185;ReadPosRankSum=-1.211;SC=TAGTAAAATTATTTTATTCTT;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=15;WE=4999201;WS=4999183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr6	5000724	.	CT	C	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=-1.035;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr6	5001390	rs34471690	A	G	2598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=53;PP=1529;ReadPosRankSum=-0.815;SC=CCTCTCAGAGACAGAGTTCCA;SOR=0.663;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=216;TCF=116;TCR=100;TR=110;WE=5001398;WS=5001380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,122:0.49:250
chr6	5001577	rs912711	G	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=-1.604;SC=CCTTGAAATAGATGAAAGGAA;SOR=1.002;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=5001585;WS=5001567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr6	5003952	rs4960056	T	C	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.980;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=9;PP=837;ReadPosRankSum=-0.663;SC=GCCACTGGCTTAGAGCAGTTA;SOR=0.951;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=108;TCF=82;TCR=26;TR=46;WE=5003960;WS=5003942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,44:0.42:104
chr6	5086070	rs667752	A	G	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=31;PP=1386;SC=CGGAGGACGCACAGCTCGGCC;SOR=1.005;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=78;WE=5086078;WS=5086060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	5086211	rs584962	G	C	4499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=74;NR=61;PP=2382;SC=TCTCGCGCCTGCGAAGCTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=136;TCF=74;TCR=62;TR=135;WE=5086219;WS=5086201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr6	5086260	.	C	T	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=1.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.355;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,75:0.45:165
chr6	5086558	rs436556	C	A	3116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.308;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=50;PP=1936;ReadPosRankSum=1.587;SC=CCAGAGGCACCGTCTGGGGCC;SOR=0.951;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=223;TCF=132;TCR=91;TR=129;WE=5086566;WS=5086548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,145:0.58:250
chr6	5109592	rs9606	T	G	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=100;ReadPosRankSum=0.093;SC=GGAGCCCCCATCTCAAACAGA;SOR=0.194;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=13;WE=5109600;WS=5109582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr6	5138809	rs11301112	GT	G	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=122;ReadPosRankSum=0.342;SC=AATAATGACTGTTTTTTTTAT;SOR=0.495;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=8;WE=5138817;WS=5138799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr6	5139012	rs463054	C	A	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	5148679	.	T	TTCTGAATCGTAATCCTGAGCTGGGCTGGGGGCGCAGAGTCAGAACTCTGAATCGTAATCCTGAGCTGGGCTGGTGGGGCAGAGTCAGAAC	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=2.131;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr6	5187217	rs34616988	TA	T	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr6	5217010	rs41302851	C	T	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.556;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=55;PP=1290;ReadPosRankSum=-1.014;SC=AAGGTGTCAGCGTGTCTGAGG;SOR=0.436;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=132;TCF=39;TCR=93;TR=81;WE=5217018;WS=5217000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,82:0.61:134
chr6	5260816	rs4141761	A	G	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=13;PP=1013;SC=ATTCCGCGTCAGCCCGCACCC;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=5260839;WS=5260806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	5405004	rs35291527	GT	G	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=1.870;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr6	5431340	rs11243011	A	G	3080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=74;PP=1912;ReadPosRankSum=1.463;SC=ATGGAGATCAACTTTCATGGA;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=362;TCF=184;TCR=178;TR=149;WE=5431348;WS=5431330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,164:0.41:403
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chr6	6167558	rs199591949	ATTTTT	A,ATT	1435.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=5.784;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.50;MQRankSum=0.767;QD=24.33;ReadPosRankSum=0.932;SOR=1.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,31,20:0.53,0.34:59
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chr6	6174786	rs380058	G	C	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=8;PP=853;SC=GCGAGTCTCAGAAAGAACCAC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=6174794;WS=6174776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	6174856	rs5986	T	C	3860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=86;NR=51;PP=2450;SC=CCTTCTTGAATTCTGCCTTCG;SOR=1.163;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=86;TCR=51;TR=137;WE=6174864;WS=6174846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
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chr6	6251275	rs3024368	T	TA	1155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.439;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.08;MQRankSum=1.057;NF=3;NR=37;PP=1043;ReadPosRankSum=-1.975;SC=GCCAAATTTTTAAAAAATGCC;SOR=0.313;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=103;TCF=4;TCR=99;TR=40;WE=6251283;WS=6251265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,60:0.48:125
chr6	6318921	rs11414870	G	GA	780.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.546;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,54:0.75:72
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chr6	6321128	rs1024231	T	C	6610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.87;SOR=1.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr6	6588881	rs977785	A	C	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=13;PP=958;SC=CTGAACATCCAACTGCCTTGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=6588889;WS=6588871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	6589192	rs112924538	G	GGA	1309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=3;NR=29;PP=1362;SC=AGTTGGGGTGGGAGGGGAGAG;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=32;WE=6589200;WS=6589182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	6649974	rs3062400	A	AAGG	771.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=191;ReadPosRankSum=-0.280;SC=AGAAGGCTAGAAGGAGGGAAA;SOR=0.495;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=6649982;WS=6649964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr6	7211751	rs1334577	G	A	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=709;ReadPosRankSum=-0.518;SC=CCTCTCTTCCGAAGCCATCCC;SOR=0.425;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=94;TCF=69;TCR=25;TR=52;WE=7211759;WS=7211741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,65:0.60:108
chr6	7211818	rs1334576	G	A	2723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=51;PP=1596;ReadPosRankSum=1.050;SC=GGTAGAAGACGGGCAGTCAGG;SOR=0.655;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=222;TCF=131;TCR=91;TR=118;WE=7211826;WS=7211808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,134:0.53:253
chr6	7230680	rs9502564	G	T	6037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.500;SC=CTGGGCGGGGGCCACAAGGGC;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=468;TCF=247;TCR=221;TR=247;WE=7230688;WS=7230670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,274:0.54:512
chr6	7232186	rs9505086	T	C	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.418;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=45;PP=1141;ReadPosRankSum=1.130;SC=TACTTCCTGGTAGGGGGAGCC;SOR=0.891;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=134;TCF=46;TCR=88;TR=66;WE=7232194;WS=7232176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,68:0.49:139
chr6	7240577	rs2714337	A	T	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=-1.075;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
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chr6	7289957	rs16740	CCA	C	2055.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=1357;ReadPosRankSum=-1.440;SC=AATATTATCGCCACAGACTCT;SOR=0.560;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=33;WE=7289966;WS=7289947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,52:0.63:82
chr6	7290282	rs9505117	C	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.169;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=393;ReadPosRankSum=-0.686;SC=CATGGGTGAACACCATCTAAT;SOR=0.204;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=23;WE=7290290;WS=7290272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr6	7295283	rs7764613	T	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.83;ReadPosRankSum=-1.527;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,39:0.58:67
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chr6	7401382	rs147185967	AAAAC	A	953.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=573;SC=AGAAGAAAGAAAAACAAAGCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=12;WE=7401393;WS=7401372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	7414382	rs2245533	T	C	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=0;PP=214;SC=GAGCCTAAAATCTGAATTCTG;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=7414390;WS=7414372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr6	7558318	rs10484326	T	C	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.809;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=34;PP=1107;ReadPosRankSum=-2.281;SC=TGGTAGTATGTGTTTTCCTTC;SOR=0.834;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=173;TCF=108;TCR=65;TR=89;WE=7558326;WS=7558308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,90:0.48:187
chr6	7563983	rs2806234	T	G	4947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.793;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=64;PP=2721;ReadPosRankSum=0.584;SC=AGAAATCTGCTATCTACCAGT;SOR=0.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=107;TCR=65;TR=171;WE=7563991;WS=7563973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,193:0.99:194
chr6	7565490	rs35266991	A	AT	1106.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.734;HP=10;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=332;ReadPosRankSum=-0.955;SC=TATCCGTGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.269;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=26;WE=7565498;WS=7565480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr6	7567970	rs2076296	C	T	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=52;NR=33;PP=1480;SC=TGAAATTGCTCATTGAGTTGC;SOR=1.029;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=85;WE=7567978;WS=7567960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	7569326	rs11755954	C	T	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=418;ReadPosRankSum=1.018;SC=TTTAATAATTCGCATGTGTTC;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=27;WE=7569334;WS=7569316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr6	7571874	rs926411	G	A	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=21;PP=1112;SC=TTAAAAAGAAGGGAGTTTGCA;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=7571882;WS=7571864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	7572262	rs2076304	A	G	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=64;PP=1843;SC=CAGACCAGGGATCTTCTCACC;SOR=1.322;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=41;TCR=64;TR=105;WE=7572270;WS=7572252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	7574805	rs2259208	C	T	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=12;PP=1071;SC=GACGTTGTTCCCTTTCATTAC;SOR=2.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=7574813;WS=7574795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	7576527	rs1016835	G	A	4312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr6	7577079	rs2260359	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.56;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr6	7577260	rs2064217	C	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=299;ReadPosRankSum=1.022;SC=CTGAACTTTGCGCCAATTCAA;SOR=0.640;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=30;WE=7577268;WS=7577250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,35:0.33:107
chr6	7577354	rs2064218	C	A	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=526;SC=TGTTGTAAAGCGTATACACTT;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=7577362;WS=7577344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr6	7578823	rs2842691	G	A	4182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.98;SOR=1.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	7579363	rs2806227	A	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=124;ReadPosRankSum=-0.080;SC=TTTCTTGAATATTTGCCTAGT;SOR=0.437;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=9;WE=7579371;WS=7579353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
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chr6	7579412	rs2806225	A	G	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=452;ReadPosRankSum=-0.329;SC=AAAGAGAAATAAGAATGCACA;SOR=0.804;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=26;WE=7579420;WS=7579402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
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chr6	7590802	.	GGGGCC	CGGGCC,CGGGCT	66	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=3;MGOF=11;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=4,2;NR=6,4;PP=20,66;QD=5.47712125472;SC=AGGGGCGCCGGGGGCCCTGGA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10,6;WE=7590815;WS=7590792;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:10
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chr6	7602857	rs9502622	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,24:0.27:88
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chr6	7608863	rs1535433	T	A	154.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	7608904	.	A	G	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=157;ReadPosRankSum=0.237;SC=AACTTTGAGTATATGTAAATG;SOR=0.481;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=14;WE=7608912;WS=7608894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr6	7608955	rs141993061	A	ATATTACTGTTGAAAGTGGTG	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.419;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr6	7609117	rs1535434	T	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.261;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=138;ReadPosRankSum=-0.339;SC=ATGAAGTACTTGTACCTATAT;SOR=0.284;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=16;WE=7609125;WS=7609107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr6	7986654	rs197128	A	G	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=4;PP=744;SC=AGGCGGCGGGAAGGTGGCCCG;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=7986662;WS=7986647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	7987883	rs6597293	G	C	5707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=98;PP=2965;SC=TGACCATATGGGTGGCATCCC;SOR=0.862;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=99;TCR=98;TR=196;WE=7987891;WS=7987873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr6	8016089	rs2057185	C	T	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=59;PP=1680;SC=GAAAGTCACACGACATTTTCC;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=26;TCR=59;TR=85;WE=8016097;WS=8016079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	8041545	.	C	CTTTTTT	346.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	8054562	rs9505348	T	C	11911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,469:1.00:469
chr6	8073858	rs67471655	CAG	C	625.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.150;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=619;ReadPosRankSum=-0.240;SC=AAAGTTTTAACAGATATTTTA;SOR=1.473;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=54;TCF=2;TCR=52;TR=17;WE=8073867;WS=8073848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr6	8411882	rs62395730	C	T	11022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr6	8413890	rs3757099	A	G	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=21;PP=746;SC=TGTAAACATTAAGAAATATAC;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=8413898;WS=8413880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	8417376	rs72191300	GA	G	117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=5;PP=106;SC=TTGATTTAATGAAAAAAAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=8417384;WS=8417366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	8417521	rs6905235	G	A	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=316;SC=GGCATGTTATGTTAAAGGAGG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=8417529;WS=8417511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	8419242	rs1360854	G	T	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=257;SC=CCACACAAGAGTGTGATATGA;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=8419250;WS=8419232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	8428137	rs3215958	A	AAGT	4829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=22;PP=2789;SC=CAACTAATATAGAAATATCAA;SOR=1.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=57;WE=8428145;WS=8428127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr6	8429942	rs150276009	G	GTTTTCTGTT	171.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=1;PP=794;SC=ATTTTGATCTGTTAAGAAGCT;SOR=2.833;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=8429950;WS=8429932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	8430049	rs6918877	G	A	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=8;PP=910;SC=CATACTGACCGCAATTATTAT;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=8430057;WS=8430039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	8435454	rs6597317	T	C	2713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	9616231	rs143324041	A	AGAAGAAGAAGAG	1380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.98;MQRankSum=7.275;QD=9.93;ReadPosRankSum=1.831;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,48:0.35:139
chr6	9750730	rs71546885	G	GTAATAATAA,GTAATAA	331.74	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0,0;NR=10,10;PP=297,123;SC=CCTCCTCTATGTAATAATAAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=10,10;WE=9750738;WS=9750720;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:8
chr6	9795489	rs9367879	A	G	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.82;QD=37.37;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	9795492	rs147307504	G	A	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.82;QD=39.75;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr6	10634960	rs34276843	AT	A	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=0.800;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
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chr6	10784851	.	G	GATCTCGCCCACCCTCTGCAC	831.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=33.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.08;ReadPosRankSum=3.484;SOR=5.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
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chr6	10785227	rs70991044	AAAG	A	1890.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.725;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=27;PP=1049;ReadPosRankSum=0.412;SC=TGAAATGGGGAAAGAAGTGCT;SOR=0.570;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=75;TCF=3;TCR=72;TR=27;WE=10785237;WS=10785217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,51:0.42:122
chr6	10785263	rs6936890	C	G	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=43;PP=1220;SC=TACAATTTCCCGTCACCCTAG;SOR=2.015;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=61;WE=10785271;WS=10785253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	10792197	rs521802	T	C	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=64;PP=1499;SC=GTTCCATACATGTAAGGGCAT;SOR=2.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=17;TCR=65;TR=81;WE=10792205;WS=10792187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	10802045	rs569418	C	G	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=12;PP=861;SC=TGAGAATAGACCTGCCTTTGT;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=10802053;WS=10802035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	10802101	rs4712966	G	A	3166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=44;PP=1779;SC=ATTTTTAAAGGTCTAACAGGA;SOR=1.052;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=61;TCR=44;TR=105;WE=10802109;WS=10802091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	10814091	rs6909367	A	G	5326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=115;PP=2965;SC=ATAGATTTATACTCTTAAAGC;SOR=1.457;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=71;TCR=116;TR=186;WE=10814099;WS=10814081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr6	10875238	rs2076257	T	A	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.611;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=494;ReadPosRankSum=-0.288;SC=AACAATAGCCTAGAAGTAAGT;SOR=1.236;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=32;WE=10875246;WS=10875228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr6	10876036	rs2076258	C	T	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.596;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,47:0.47:99
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chr6	10882100	rs2153156	G	A	3129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=69;PP=1950;SC=CGCCAGGTGGGTTTTTTTTCT;SOR=2.019;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=106;TCF=36;TCR=70;TR=103;WE=10882108;WS=10882089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	10887251	rs9366663	T	C	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.42;ReadPosRankSum=0.191;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,41:0.45:91
chr6	10887251	.	TCG	CCC	1141	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=27;NR=8;PP=1141;QD=34.1276535675;SC=CAGGGCTCTTTCGGCAGCGCC;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=35;WE=10887261;WS=10887241;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:48,35:0.42:83
chr6	10887253	rs9358956	G	C	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.51;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,43:0.45:96
chr6	10887276	rs9348724	C	G	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=1.343;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,50:0.41:121
chr6	10891781	rs1538441	C	T	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.28;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	10891842	.	CTCTCTGTGTGTGTGTGTGTG	C	669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=-2.313;QD=31.89;ReadPosRankSum=-1.009;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
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chr6	10911282	rs4713044	G	A	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=22;PP=589;SC=ACCAGAATGCGTTACCAGTAA;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=10911290;WS=10911272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	10924992	rs1225764	A	G	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=18;PP=495;SC=CTGGTCTTTCAAATGCCATGT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=10925000;WS=10924982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	10931587	rs1225729	T	C	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=22;PP=1830;SC=TTGCTTTTAGTGTTAGCATAT;SOR=2.200;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=71;TCR=22;TR=92;WE=10931595;WS=10931577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	10942994	rs34079965	CT	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
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chr6	10955594	rs1225747	T	C	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=36;PP=859;SC=TTTGTGCTTTTGGAGACAAAT;SOR=2.348;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=48;WE=10955602;WS=10955584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	10961454	rs2295599	C	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=223;ReadPosRankSum=0.303;SC=TCTGAAGTATCCTTGTAATCA;SOR=0.167;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=17;WE=10961462;WS=10961444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr6	10961649	rs9791208	T	C	5551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.688;SC=TAAGTTCTTTTTGTGTGGAAC;SOR=0.676;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=383;TCF=207;TCR=176;TR=235;WE=10961657;WS=10961639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,257:0.62:416
chr6	10964194	rs200660369	A	AT	192.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.714;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.998;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
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chr6	10989873	rs5874298	C	CA	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.462;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr6	10990493	rs2281591	A	G	3494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=1.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.164;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,167:0.56:296
chr6	10990751	rs911196	T	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=161;ReadPosRankSum=0.105;SC=TGAGATTCTCTCTCTGCATGG;SOR=2.522;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=9;WE=10990759;WS=10990741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr6	11005686	rs2295601	G	A	2592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,124:0.55:225
chr6	11005842	rs2295602	T	C	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=44;PP=1442;SC=TGCTCCTGTTTAGTCATCAGT;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=66;WE=11005850;WS=11005832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	11010800	rs9295752	T	G	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=2;PP=311;SC=GGTTAAGCAGTAGGAGAAATG;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=11010808;WS=11010790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	11011074	rs9380025	T	G	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	11185257	rs10601	A	T	2395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=23;PP=1560;SC=CTGAAAGTTGACTGACCCATA;SOR=1.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=80;WE=11185265;WS=11185247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	11185967	rs6456968	T	C	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=25;PP=749;SC=GGAAATTCACTAGGCCTTGGA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=11185975;WS=11185957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	11190215	rs35719173	G	A	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=31;PP=1008;ReadPosRankSum=-1.087;SC=GGACGTAATCGTAGTCATCCA;SOR=0.782;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=179;TCF=106;TCR=73;TR=79;WE=11190223;WS=11190205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,86:0.44:195
chr6	11190626	rs941982	A	G	4292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=71;PP=2538;SC=GGGAGTCTTCAACTCGTTGCA;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=72;TCR=72;TR=143;WE=11190634;WS=11190616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr6	11192522	rs5874310	C	CT	3458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=53;PP=2233;SC=CTGCACCCCCCGACACACAGA;SOR=1.923;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=17;TCR=57;TR=69;WE=11192540;WS=11192512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr6	11192575	rs1465131	C	T	5875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=112;PP=2965;SC=GTCACTCACTCACCCCTTTTG;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=85;TCR=113;TR=197;WE=11192583;WS=11192565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr6	11192829	rs112090949	C	CTTT	975.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=34.85;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	11200421	rs2078599	C	T	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=15;PP=1215;SC=CTCACCAAGGCAGGGACCCCA;SOR=1.931;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=65;WE=11200429;WS=11200411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	11201437	rs9368610	C	T	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=59;PP=1677;SC=GGCAGAGCAGCGGCAGCAGAG;SOR=1.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=24;TCR=59;TR=83;WE=11201445;WS=11201427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	11214705	rs1009667	G	A	4863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr6	11232588	rs3215815	G	GC	1872.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=979;ReadPosRankSum=-1.233;SC=TTGCTTGTCTGCTTGCATGTC;SOR=0.911;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=25;WE=11232596;WS=11232578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,58:0.68:85
chr6	11306153	rs16871236	C	T	5986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=67;PP=2965;SC=ATTATTATTGCAGAGAATTTA;SOR=1.442;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=133;TCR=68;TR=198;WE=11306161;WS=11306143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr6	11306381	rs16871239	T	C	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=52;PP=1287;ReadPosRankSum=-0.256;SC=CCTCACAGCTTACTGAATCTG;SOR=0.857;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=163;TCF=58;TCR=105;TR=79;WE=11306389;WS=11306371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,82:0.48:170
chr6	11714639	rs35108078	G	GA	1117.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.90;ReadPosRankSum=0.505;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,66:0.88:75
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chr6	11723538	rs210905	A	G	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=20;PP=1075;SC=GGAGAGGCAGACACGGAAGAA;SOR=1.249;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=60;WE=11723546;WS=11723528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	11779088	rs2076189	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.048;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.52;ReadPosRankSum=-1.140;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
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chr6	12038110	.	CT	C	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=0.192;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,16:0.24:67
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chr6	12120588	rs2228209	C	T	13276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=258;NR=219;PP=2965;SC=TGTGGCACTACGTCCCCCTCC;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=478;TCF=258;TCR=220;TR=477;WE=12120596;WS=12120578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
chr6	12122174	rs2228210	A	G	7405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=154;NR=116;PP=2965;SC=TCTTGTCACCACGTCAACACC;SOR=0.865;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=154;TCR=116;TR=270;WE=12122182;WS=12122164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr6	12122645	rs6900196	A	G	9576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=148;NR=176;PP=2965;SC=CAAAATTGGCACTTTCTATGA;SOR=0.953;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=324;TCF=148;TCR=176;TR=324;WE=12122653;WS=12122635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr6	12124855	rs2228213	G	A	16430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=289;NR=288;PP=2965;SC=TTGACAGCATGTCTAATTCGC;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=578;TCF=289;TCR=289;TR=577;WE=12124863;WS=12124845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,623:1.00:623
chr6	12290728	rs1800997	TA	T	669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=875;ReadPosRankSum=0.871;SC=TTCTCCCCGTTAAAAGGGCAC;SOR=1.038;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=25;WE=12290736;WS=12290718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr6	12292772	rs2070699	G	T	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=82;PP=2417;ReadPosRankSum=-0.618;SC=TGTAACCCTAGTCATTCATTA;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=39;TCR=83;TR=120;WE=12292780;WS=12292762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,131:0.99:132
chr6	12294258	rs5369	A	G	6138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.814;SC=CAGACCGTGAAAATAGATGCC;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=117;TCR=93;TR=208;WE=12294266;WS=12294248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,228:0.99:230
chr6	13182685	rs3778646	G	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.061;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=0.196;SC=CAGCAGGCGGGAAGTGCCACT;SOR=1.402;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=13;WE=13182693;WS=13182675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr6	13273318	rs202054	A	G	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=20;PP=572;SC=ACCTCCCCAAAGAGAAGGCAA;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=13273326;WS=13273308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	13278648	rs3817735	A	G	177.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=5;PP=121;SC=CAGTGGCCTCACCGCTGCCTG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=13278656;WS=13278638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	13281412	rs3846903	A	G	4683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=78;NR=84;PP=2631;SC=GACATTAGTAAAATCCAGGTC;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=78;TCR=84;TR=162;WE=13281420;WS=13281402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr6	13288535	rs202040	C	T	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=1.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	13288578	rs202039	G	A	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.34;QD=25.75;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	13288648	rs202038	A	G	3404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=3.075;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;MQRankSum=0.200;QD=25.04;ReadPosRankSum=1.299;SOR=0.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,135:0.99:136
chr6	13288679	rs67298859	GCT	G	4436.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=47;PP=2687;SC=CAGTTGCAGAGCTCTCTCACC;SOR=0.769;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=62;TCF=10;TCR=52;TR=57;WE=13288688;WS=13288669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	13288737	rs202036	T	A	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=43;PP=1154;SC=GTGGTGGAACTCTCCACCACA;SOR=1.240;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=73;WE=13288745;WS=13288727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	13294866	rs6910418	G	A	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=5;PP=689;SC=CTGACGTGTCGTGGCTTTCCC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=13294874;WS=13294856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	13295502	rs4602719	T	C	4271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.59;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	13295515	rs1550526	A	C	4733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.08;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr6	13295536	rs454563	C	T	4981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.17;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	13295752	rs35194435	AG	A	1296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=25;PP=839;SC=CCAGTGTGGCAGGGGGGTCCC;SOR=1.556;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=13295760;WS=13295742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	13316780	rs56980190	CA	C	554.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=2.943;QD=3.45;ReadPosRankSum=-0.227;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,64:0.40:161
chr6	13361088	rs2496162	A	G	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.727;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=436;ReadPosRankSum=-0.018;SC=CCTGGCAAGAACAGGAGGTGC;SOR=0.989;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=31;WE=13361096;WS=13361078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,35:0.35:99
chr6	13365913	rs9367440	C	G	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=45;PP=985;ReadPosRankSum=1.120;SC=GGGAGGAAGACAGCGGTCAGC;SOR=0.358;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=159;TCF=53;TCR=106;TR=73;WE=13365921;WS=13365903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,79:0.45:174
chr6	13470113	rs766773	A	T	8806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=181;NR=123;PP=2965;SC=TATGTCTCACACCAAATCTGG;SOR=1.047;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=304;TCF=181;TCR=123;TR=304;WE=13470121;WS=13470103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr6	13584583	rs2804918	A	G	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.93;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr6	13584590	.	C	CT	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
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chr6	13659079	rs204232	T	G	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=53;PP=1286;ReadPosRankSum=-1.408;SC=TGGCGGAGGTTGGGGGAGAGA;SOR=0.699;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=285;TCF=153;TCR=132;TR=113;WE=13659087;WS=13659069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,125:0.39:320
chr6	13711279	rs6905991	A	G	2064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=61;PP=1441;ReadPosRankSum=1.383;SC=CCGGGTAGAGACGCTTCAGCC;SOR=0.718;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=241;TCF=106;TCR=135;TR=105;WE=13711287;WS=13711269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,107:0.40:265
chr6	13794110	rs4715568	C	A	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.305;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,72:0.46:157
chr6	13800626	rs3215484	TAA	T	776.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.851;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=283;ReadPosRankSum=0.067;SC=TAAAAACACATAAAAAAAAAG;SOR=1.156;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=17;WE=13800635;WS=13800616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
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chr6	14118138	rs2235368	C	G	11965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=236;NR=224;PP=2965;ReadPosRankSum=0.641;SC=GACACCCCCTCCCGTCGGTCG;SOR=0.372;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=463;TCF=239;TCR=224;TR=460;WE=14118146;WS=14118128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,459:1.00:460
chr6	15373652	rs11757092	T	A	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.080;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=27;PP=1341;ReadPosRankSum=0.509;SC=CTTGTATTCGTTCTGGAGCAA;SOR=1.349;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=172;TCF=111;TCR=61;TR=90;WE=15373660;WS=15373642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,99:0.53:188
chr6	15374508	rs9383050	A	G	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=53;PP=1443;SC=GGAATATCTCATTGGAATGTA;SOR=1.234;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=94;WE=15374516;WS=15374498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr6	15374533	rs13214720	G	A	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=1023;ReadPosRankSum=1.011;SC=ATCTCTGGGCGTGGACTTGTT;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=35;WE=15374552;WS=15374523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,39:0.55:71
chr6	15374544	rs2072820	C	T	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=1023;ReadPosRankSum=0.234;SC=TGGACTTGTTCCTGAATTGGA;SOR=0.601;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=33;WE=15374552;WS=15374523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr6	15401385	.	C	CTA	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.575;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,8:0.18:44
chr6	15487782	rs2076056	C	G	6140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.940;SC=AGGTAAAGTCCAGCAGGGGTG;SOR=0.845;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=445;TCF=190;TCR=255;TR=265;WE=15487790;WS=15487772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,280:0.59:474
chr6	15496662	rs742099	C	T	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=55;PP=1461;ReadPosRankSum=1.068;SC=CCACTGGGCCCGCCGTCAATG;SOR=0.768;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=230;TCF=109;TCR=121;TR=107;WE=15496670;WS=15496652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,109:0.50:220
chr6	15500999	rs13192234	G	A	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=461;ReadPosRankSum=-0.144;SC=CCGGGAGTCTGCTGTTCACCA;SOR=0.616;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=31;WE=15501007;WS=15500989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr6	15504589	rs760659	T	C	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=441;ReadPosRankSum=-0.210;SC=CTTCCTTCTCTGCCTGTCATT;SOR=0.490;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=31;WE=15504597;WS=15504579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr6	15511409	rs35360051	C	T	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=463;ReadPosRankSum=-0.695;SC=CCATCCCTGCCGGCGTGGAGC;SOR=1.096;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=26;WE=15511417;WS=15511399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr6	15511429	rs55742636	C	CCCAT	1224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.146;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=1193;ReadPosRankSum=-0.413;SC=CAGAGCCTCTCGTGTGCTCGG;SOR=1.817;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=23;WE=15511437;WS=15511419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr6	15513482	rs2235258	G	A	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.201;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.873;NF=30;NR=12;PP=609;ReadPosRankSum=0.549;SC=ATACAGAGCTGCGGCAGCGCA;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=42;WE=15513490;WS=15513472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,46:0.58:79
chr6	15520920	rs112303618	G	GCA	968.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=2.498;NF=7;NR=14;PP=746;ReadPosRankSum=-0.041;SC=AGACACACGCGCACACACACA;SOR=0.510;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=21;WE=15520929;WS=15520910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,53:0.50:105
chr6	15533733	rs11753919	C	T	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.703;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=864;ReadPosRankSum=-0.846;SC=AGTCATGCCGCGTTTACAGAC;SOR=0.423;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=91;TCF=54;TCR=37;TR=55;WE=15533741;WS=15533723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,62:0.61:101
chr6	15533951	rs4236167	C	T	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.389;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=59;PP=1368;ReadPosRankSum=1.914;SC=CTTCTCAGGTCGTCCTTCTAC;SOR=0.780;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=296;TCF=142;TCR=154;TR=109;WE=15533959;WS=15533941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,113:0.35:320
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chr6	15662891	rs9476887	G	A	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.588;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=3;PP=669;ReadPosRankSum=-3.231;SC=CGAGGACGCCGGGAAGTTCGT;SOR=0.389;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=68;TCR=5;TR=41;WE=15662899;WS=15662885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
chr6	16143390	rs79992066	A	C	2335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.76;ReadPosRankSum=-0.646;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,111:0.61:183
chr6	16143864	rs2072784	A	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=338;ReadPosRankSum=1.990;SC=GGATCCCACAAAGGCACACAC;SOR=0.928;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=19;WE=16143872;WS=16143854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr6	16143897	rs2072783	A	G	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=536;ReadPosRankSum=-3.261;SC=CACTCCTTCTAGATCTGCTTT;SOR=0.720;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=37;WE=16143905;WS=16143887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr6	16145325	rs9370867	A	G	2086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=50;PP=1430;ReadPosRankSum=0.260;SC=GTTTCAAGAAACAACCAGAGC;SOR=0.752;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=222;TCF=112;TCR=110;TR=96;WE=16145333;WS=16145315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,103:0.41:251
chr6	16274791	rs9396661	G	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=234;ReadPosRankSum=-1.364;SC=GGGGCTTGCGGGGACTGCAGA;SOR=0.563;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=18;WE=16274799;WS=16274781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,21:0.29:72
chr6	16290761	rs1042391	T	A	2225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=58;PP=1303;ReadPosRankSum=-0.498;SC=TGGAGAAGTGTTTGAGAGGAA;SOR=0.813;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=244;TCF=124;TCR=120;TR=111;WE=16290769;WS=16290751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,118:0.44:266
chr6	16327330	rs2075974	T	C	7284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=106;PP=2965;SC=AAGGGGAGGCTTCACGATGAG;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=126;TCR=106;TR=232;WE=16327338;WS=16327320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr6	16327615	rs179990	A	G	11578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=198;NR=214;PP=2965;SC=GGCTGCTCTCAGCTTTCTTGG;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=415;TCF=200;TCR=215;TR=412;WE=16327623;WS=16327605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr6	16327900	.	C	CTGCTGATGCTGA	2995	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MMLQ=24;MQ=58.32;NF=11;NR=22;PP=2995;QD=20;SC=GCTGCTGCTGCTGCTGCTGAT;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=111;TCF=24;TCR=87;TR=33;WE=16327908;WS=16327890;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:78,33:0.30:111
chr6	16327915	.	A	ATGC,ATGCTGCTGCTGCTGC	2328.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.36;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=5,5;NR=24,24;PP=1391,2994;SC=GCTGATGCTGATGCTGCTGCT;SOR=1.270;Source=Platypus;TCF=14;TR=29,29;WE=16327923;WS=16327905;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.09,0.86:78
chr6	16753673	rs114602929	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.461;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=230;ReadPosRankSum=0.722;SC=GTCTATGCACCGAAATACAAA;SOR=1.473;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=18;WE=16753681;WS=16753663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr6	17102596	rs1473744	A	G	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=3.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.56;ReadPosRankSum=1.277;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,42:0.38:112
chr6	17102600	rs2147230	A	G	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=1.323;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,43:0.38:113
chr6	17115478	rs17621526	T	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=72;ReadPosRankSum=-1.284;SC=TTCTGGGCCATGAAGTACATT;SOR=0.217;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=10;WE=17115486;WS=17115468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr6	17282415	rs1108512	G	C	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=24;PP=1200;SC=TGGGGCTGTTGCCCTTGTGTC;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=67;WE=17282423;WS=17282405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	17290459	rs11403725	G	GT	437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.754;NF=1;NR=16;PP=559;ReadPosRankSum=1.308;SC=GCTGTTTTCTGTTTTGAGTTC;SOR=0.862;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=17;WE=17290467;WS=17290449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr6	17507990	rs373415673	G	T	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.80;ReadPosRankSum=1.778;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,60:0.58:104
chr6	17600619	rs6919110	A	G	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=71;ReadPosRankSum=-1.058;SC=CAGGTATCCCAGAGGGTGCTG;SOR=0.836;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=9;WE=17600627;WS=17600609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr6	17605106	rs6916441	A	C	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.306;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=406;ReadPosRankSum=1.537;SC=GTAACTAATTATTTATAACCC;SOR=0.729;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=38;WE=17605114;WS=17605096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,45:0.32:141
chr6	17606413	rs1969830	C	T	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=25;PP=615;SC=TTTTACAGTACACATTTTCAA;SOR=2.303;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=34;WE=17606421;WS=17606403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	17616493	rs7765156	C	G	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.32;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	17628841	rs11422297	T	TA,TAA	673.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=10.014;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.417;QD=16.84;ReadPosRankSum=2.956;SOR=3.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,22,14:0.55,0.35:40
chr6	17629616	rs942467	G	A	4279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=60;PP=2590;SC=ACCCAGAATCGGATGACACAC;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=81;TCR=60;TR=141;WE=17629624;WS=17629606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
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chr6	17648012	rs201490301	T	C	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.27;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,60:0.67:89
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chr6	17675246	rs2228375	T	C	3313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.382;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=70;PP=1834;ReadPosRankSum=-0.972;SC=GTTTTAAGGATTGAAGAATTC;SOR=0.663;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=318;TCF=158;TCR=160;TR=145;WE=17675254;WS=17675236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,168:0.47:358
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chr6	17764530	rs9371018	C	T	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=28;PP=739;ReadPosRankSum=0.701;SC=AATCTTTTCCCTCTGACACTC;SOR=0.715;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=163;TCF=94;TCR=69;TR=64;WE=17764538;WS=17764520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,75:0.42:180
chr6	17777614	rs11396690	C	CT	859.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.79;MQRankSum=2.923;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,68:0.56:121
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chr6	17779474	.	ATATATATATATATATTTTTTTTTTTTTTT	A	1122	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=21;MQ=53.3;NF=0;NR=4;PP=1122;QD=281.75;SC=TAGCATATATATATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=17779510;WS=17779464;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr6	17779731	rs9477524	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.230;NF=5;NR=2;PP=74;ReadPosRankSum=-0.732;SC=TCGAACTCCCGACCTCAGGTG;SOR=0.627;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=7;WE=17779739;WS=17779721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr6	17785948	rs4716186	A	G	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=37;PP=1077;SC=AATAGATTTCAGCCTGGGCAA;SOR=1.249;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=59;WE=17785956;WS=17785938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	17787886	rs148516660	C	CAACAAA	1484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=1020;ReadPosRankSum=0.062;SC=TGTCTTAAAACAACAACAACA;SOR=0.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=20;WE=17787894;WS=17787876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr6	17790191	rs2147211	A	G	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=41;PP=858;ReadPosRankSum=-0.132;SC=TTTTCAAACCACATACAGGGA;SOR=0.663;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=55;TCR=90;TR=67;WE=17790199;WS=17790181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,70:0.45:155
chr6	17794494	rs3734234	G	A	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=706;ReadPosRankSum=-0.461;SC=TAACTGTCCAGCCCTCTTTGG;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=61;WE=17794502;WS=17794484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,69:0.50:137
chr6	17796774	rs10672591	C	CT	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=6.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr6	17799575	rs3734235	A	G	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.679;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,46:0.54:85
chr6	17799766	rs6459573	T	C	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=22;PP=510;SC=TGAAACAAATTGGTCATCCAT;SOR=4.091;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=17799774;WS=17799756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	17809199	rs6913612	G	A	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.12;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	17815716	rs6920106	C	T	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.922;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=397;ReadPosRankSum=-1.205;SC=AGGTAATGGGCGCCTTCTCAG;SOR=0.832;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=32;WE=17815724;WS=17815706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,39:0.54:72
chr6	17817235	rs9383327	C	G	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=4;PP=389;SC=TGGGCTGCCCCCGCTGCAGTT;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=17817243;WS=17817225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	17821965	rs12205910	A	G	2200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=1.765;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,116:0.50:234
chr6	17825888	rs7771879	T	C	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=102;ReadPosRankSum=-0.867;SC=AGCAGTTTTATGTGTTTAAAA;SOR=0.722;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=11;WE=17825896;WS=17825878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr6	17831419	rs2277080	G	A	5806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FS=2.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.61;ReadPosRankSum=1.574;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,280:0.56:500
chr6	17834198	rs4716189	T	G	3627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.394;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=44;PP=1385;ReadPosRankSum=0.520;SC=CTACCTGTGCTATCTCTTCTG;SOR=0.521;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=198;TCF=111;TCR=87;TR=94;WE=17834206;WS=17834188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,96:0.46:207
chr6	17834213	rs4716190	T	C	4000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.554;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=49;PP=1649;ReadPosRankSum=-0.568;SC=CTTCTGTTTTTCTCAGCTTCT;SOR=0.581;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=225;TCF=126;TCR=99;TR=105;WE=17834221;WS=17834203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,115:0.48:242
chr6	17834316	rs4716191	T	C	2533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=4.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.90;ReadPosRankSum=-1.030;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,126:0.49:256
chr6	17834328	rs4716192	G	A	2308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.657;HP=1;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=56;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.016;SC=AGAGATATCTGATGTTCAAAA;SOR=0.928;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=210;TCF=100;TCR=110;TR=101;WE=17834336;WS=17834306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,114:0.49:232
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chr6	17855864	rs624105	G	C	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=46;PP=1423;SC=GAACAGCAAGGAAAAAGAAGA;SOR=1.286;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=78;WE=17855872;WS=17855854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
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chr6	18166640	rs45550835	G	A	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.614;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=56;PP=1342;ReadPosRankSum=-0.426;SC=TGTCTGTGAAGTATTTGTGGA;SOR=0.924;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=174;TCF=83;TCR=91;TR=102;WE=18166648;WS=18166630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,109:0.59:184
chr6	18166802	rs912528	T	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr6	18187916	rs372534	C	T	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=13;PP=1024;SC=AAAAGCATAGCGGGTTAAGGA;SOR=2.187;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=55;WE=18187924;WS=18187906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr6	18207876	rs214598	G	C	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.809;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=227;ReadPosRankSum=-0.663;SC=CCAGGGTCTAGAAGTACTTTT;SOR=0.315;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=18;WE=18207884;WS=18207866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr6	18208319	rs214596	G	A	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.09;ReadPosRankSum=1.254;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,59:0.42:141
chr6	18213988	rs6903583	C	T	3183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=75;PP=1841;ReadPosRankSum=0.638;SC=GGCTTTTTGCCGTGTTCTATG;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=208;TCF=90;TCR=118;TR=129;WE=18213996;WS=18213978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,146:0.61:238
chr6	18215166	rs66551414	C	CA	1709.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.418;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,101:0.50:204
chr6	18215303	rs214585	T	C	4097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
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chr6	18226213	rs7740259	C	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=191;ReadPosRankSum=-0.576;SC=CAGGTCTTATCACTAACTGTT;SOR=0.430;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=12;WE=18226221;WS=18226203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr6	18226340	rs214503	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-1.087;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr6	18256224	rs58144742	CT	C	329.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=19;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.463;NF=3;NR=15;PP=197;ReadPosRankSum=-2.240;SC=AATCTTTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.638;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=18;WE=18256232;WS=18256214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr6	18258516	rs172520	G	A	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=33;PP=1058;ReadPosRankSum=-0.277;SC=AAAATGAAAGGAAGCTAGAAT;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=113;TCR=84;TR=77;WE=18258524;WS=18258506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,84:0.39:213
chr6	18264355	rs214514	G	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=129;ReadPosRankSum=-1.534;SC=TCCCATAGCCGGGACCGCAGC;SOR=0.385;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=10;WE=18264363;WS=18264345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr6	18387768	rs140710411	CTCCTG	C	2168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.468;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.688;NF=13;NR=15;PP=1334;ReadPosRankSum=3.030;SC=AATGGAAGAGCTCCTGTCCGG;SOR=0.359;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=28;WE=18387780;WS=18387758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,55:0.70:79
chr6	18399750	rs2296198	T	C	2313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=39;PP=1179;ReadPosRankSum=-0.894;SC=GACTGAAGAATGCTGAAGACA;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=185;TCF=117;TCR=68;TR=104;WE=18399758;WS=18399740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,112:0.56:201
chr6	18406387	rs6925570	G	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=491;ReadPosRankSum=1.296;SC=TCAACTTTTCGTATGAGACAT;SOR=0.885;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=93;TCF=29;TCR=64;TR=37;WE=18406395;WS=18406377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,38:0.39:97
chr6	18427676	rs6903543	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.510;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=170;ReadPosRankSum=0.925;SC=ATTCACACTTGTGATAACTTA;SOR=1.651;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=13;WE=18427684;WS=18427666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr6	18427753	rs17627311	T	C	1904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.731;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=28;PP=925;ReadPosRankSum=-0.989;SC=GGTTCTGTTATGTAACCTTTC;SOR=0.845;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=116;TCF=74;TCR=42;TR=80;WE=18427761;WS=18427743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,87:0.69:126
chr6	18427784	rs6909275	C	T	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=2.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.257;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,57:0.34:169
chr6	18463633	rs9371061	C	T	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=1039;ReadPosRankSum=-0.446;SC=TTATAGGGAGCGTGACATAAA;SOR=0.761;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=82;TCR=76;TR=81;WE=18463641;WS=18463623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,90:0.50:181
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chr6	22136879	rs6921113	G	T	10043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=163;NR=184;PP=2965;SC=CTTCATCTCTGTGGGTTTCAG;SOR=0.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=348;TCF=164;TCR=184;TR=347;WE=22136887;WS=22136869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr6	22136938	rs6900792	T	C	5865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=113;PP=2965;SC=AGAGTTGTTATAACAATTAGA;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=72;TCR=113;TR=185;WE=22136946;WS=22136928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr6	22146818	rs5874858	AT	A	241.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.27;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	22292976	rs1205955	A	T	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=718;ReadPosRankSum=2.076;SC=GTGTAATTTTAAAAAATTAGA;SOR=0.839;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=110;TCF=41;TCR=69;TR=51;WE=22292984;WS=22292961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,51:0.46:111
chr6	24146672	rs3829810	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.251;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=380;ReadPosRankSum=-0.445;SC=TTTTTAGACTGTATCTTGACA;SOR=0.180;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=22;WE=24146680;WS=24146662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr6	24174955	rs9358755	G	C	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=29;PP=985;ReadPosRankSum=0.635;SC=TTTTAAAAATGTTCTAAGCCA;SOR=0.698;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=159;TCF=100;TCR=59;TR=75;WE=24174963;WS=24174945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,88:0.48:183
chr6	24291203	rs2274305	T	C	2262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.12;ReadPosRankSum=-1.161;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,129:0.41:318
chr6	24302087	rs807703	G	A	8165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=151;NR=119;PP=2965;SC=GGAAAACAGGGGGCAAACCTT;SOR=0.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=270;TCF=151;TCR=119;TR=270;WE=24302095;WS=24302077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr6	24353742	rs813227	A	G	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=-1.877;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,49:0.47:105
chr6	24418348	rs2793422	G	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=314;ReadPosRankSum=1.463;SC=ATGCAGAAGAGATGGAGTTGC;SOR=0.602;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=28;WE=24418356;WS=24418338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr6	24418506	rs201318400	AATT	A	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.784;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
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chr6	24474018	rs35864956	G	C	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=41;PP=1328;SC=ACGCATAATAGACTCAATTTT;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=66;WE=24474026;WS=24474008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
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chr6	24556675	rs807538	A	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=70;ReadPosRankSum=-1.270;SC=GACTACAGGCATGCATCACCA;SOR=0.368;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=9;WE=24556683;WS=24556665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
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chr6	24651320	rs3181245	C	G	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.42;ReadPosRankSum=-0.922;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
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chr6	24653456	rs3181239	T	C	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=295;ReadPosRankSum=-1.864;SC=AATCAGCAGATTGTTCTGTCA;SOR=0.646;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=19;WE=24653464;WS=24653446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
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chr6	24659071	rs2143340	A	G	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=447;ReadPosRankSum=1.445;SC=AAGAGCCCTAAAAGTGACACT;SOR=0.418;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=23;WE=24659079;WS=24659061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
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chr6	24667205	rs17243164	T	TCC	7320.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=101;PP=2967;SC=GGAAATGCGCTGCTCTCGGAA;SOR=2.075;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=112;TCF=5;TCR=107;TR=105;WE=24667213;WS=24667195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr6	24667662	rs3181228	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=271;ReadPosRankSum=0.210;SC=GAATAATTATCTCTTGTTAGG;SOR=0.657;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=19;WE=24667670;WS=24667652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr6	24687765	rs926529	A	G	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=31;PP=1357;SC=GTGTAAAGTCATCTTTATGGA;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=85;WE=24687773;WS=24687755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
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chr6	24698215	rs7765904	G	A	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,102:0.44:234
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chr6	24850715	rs7761191	A	G	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.494;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=541;ReadPosRankSum=-0.534;SC=CTTGTGCAGAAAAGTCTGTGG;SOR=1.981;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=26;WE=24850723;WS=24850705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
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chr6	24871021	rs2817748	C	A	6286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=97;PP=2962;SC=GGATGACAGGCGTGAGCCACC;SOR=0.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=123;TCR=97;TR=220;WE=24871040;WS=24871011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr6	24871032	rs2817749	G	A	3139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=6.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=2.462;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,149:0.58:258
chr6	25082262	rs12197057	T	G	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=2.112;SC=GAATGTGAACTGGAATATGAC;SOR=1.721;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=10;WE=25082270;WS=25082252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
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chr6	25086968	rs895673	G	A	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=241;ReadPosRankSum=0.186;SC=TATCCACAGCGTCCTCAGCAA;SOR=0.220;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=23;WE=25086976;WS=25086958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
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chr6	25097450	rs392852	T	C	4233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=85;PP=2679;SC=AAAGCATTCCTATGTAAGAAA;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=51;TCR=85;TR=136;WE=25097458;WS=25097440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
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chr6	25106783	rs1923195	G	A	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=52;PP=1366;SC=AAAAACACATGTTCTAGCAGA;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=78;WE=25106791;WS=25106773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr6	25108991	rs79916468	C	T	4667.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=65;PP=1934;SC=TCTTGAACACCCATAGTTTGA;SOR=2.237;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=89;TCF=23;TCR=66;TR=85;WE=25108999;WS=25108979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	25115296	rs2273671	G	T	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.747;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=575;ReadPosRankSum=-1.857;SC=AGTTCTAAAAGCAAAAGTCCG;SOR=0.830;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=94;TCF=44;TCR=50;TR=41;WE=25115304;WS=25115286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,44:0.42:105
chr6	25279208	rs6908902	A	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr6	25280119	rs6914799	C	A	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.65;ReadPosRankSum=1.826;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
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chr6	25420344	.	CCTTACA	GCTTACA,GCTTACC	2121	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=132,73;NR=114,60;PP=1385,2121;QD=5.77142769328;SC=TCTTACAGGTCCTTACATCAT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=247;TCF=132;TCR=115;TR=246,133;WE=25420358;WS=25420334;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:247
chr6	25420350	rs41271807	A	C	3320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=3.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.78;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,157:0.56:282
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chr6	25426858	rs969645	T	G	2207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=71;PP=1540;ReadPosRankSum=-1.440;SC=AAAATGTTCCTTGAGACAATG;SOR=0.794;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=196;TCF=62;TCR=134;TR=102;WE=25426866;WS=25426848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,104:0.52:201
chr6	25435872	rs57541514	G	A	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.882;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=578;ReadPosRankSum=0.622;SC=CAAAGAACCTGTTCTTCCTCA;SOR=0.100;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=36;WE=25435880;WS=25435862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr6	25450026	rs9295661	C	A	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=262;SC=TTGAAGTGACCCTCATCTTTG;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=25450034;WS=25450016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr6	25452453	.	A	AT	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.723;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr6	25471559	rs144894905	G	GT	405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=4.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.921;QD=7.96;ReadPosRankSum=-1.297;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr6	25482676	rs7454031	A	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.74;ReadPosRankSum=0.278;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr6	25492296	rs1034051	C	T	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.888;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=40;PP=827;ReadPosRankSum=0.835;SC=GAAGTGTCTTCTTCTGAGAAA;SOR=0.857;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=179;TCF=76;TCR=103;TR=68;WE=25492304;WS=25492285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,71:0.38:188
chr6	25500341	.	C	T	3762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=0.645;SC=TGCATTTTTTCTTTTGGGCAG;SOR=0.843;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=394;TCF=221;TCR=173;TR=195;WE=25500349;WS=25500324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,209:0.48:432
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chr6	25554148	rs2072849	T	G	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=576;ReadPosRankSum=0.051;SC=GGAATCACAGTTGACCTTATC;SOR=0.604;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=44;WE=25554156;WS=25554138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,51:0.54:94
chr6	25554180	rs214049	C	G	3823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=78;NR=48;PP=2307;SC=AAGGGTGGATCATTTTCCCCT;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=78;TCR=48;TR=126;WE=25554188;WS=25554170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr6	25557149	rs57318254	T	TAA	944.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=16;HapScore=3;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=235;ReadPosRankSum=0.630;SC=TTTTTTTTTTTAAATCTCACC;SOR=0.730;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=23;WE=25557157;WS=25557138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
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chr6	25601089	rs41271823	T	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=1.383;SC=CATTTAACTTTCCTTTATGCT;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=25601097;WS=25601079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
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chr6	25665041	rs12213891	C	T	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=395;ReadPosRankSum=-1.341;SC=AACTGCAAACCGAGCTGTTCA;SOR=0.789;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=21;WE=25665049;WS=25665031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr6	25682262	rs3765236	A	C	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=520;ReadPosRankSum=-1.444;SC=GATATCATACATTCAGAAATA;SOR=0.963;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=33;WE=25682270;WS=25682252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,40:0.71:56
chr6	25689378	rs11327870	AT	A	985.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.448;QD=5.73;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,83:0.48:172
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chr6	25726343	rs6940348	C	T	6629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr6	25726621	rs9467583	C	T	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.423;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=49;PP=1538;ReadPosRankSum=1.479;SC=GTGCGCCTGCCCCTATCCGCT;SOR=0.729;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=291;TCF=162;TCR=129;TR=116;WE=25726629;WS=25726611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,123:0.40:306
chr6	25769349	rs1892251	T	C	6128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.12;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr6	25770239	rs2328893	A	G	2934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=34;PP=1876;SC=AGTCCTCACAATGAAAACTGT;SOR=1.322;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=71;TCR=34;TR=104;WE=25770247;WS=25770229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	25773809	rs2275906	A	G	4974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=1.077;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:319,259:0.45:578
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chr6	25778055	rs12201071	C	T	4300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=56;PP=2659;ReadPosRankSum=-1.094;SC=GATATTAACCCTTTGTTTGCA;SOR=1.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=97;TCR=57;TR=152;WE=25778063;WS=25778045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,162:0.99:164
chr6	25801057	rs1165210	T	C	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.13;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	26017675	rs62000984	A	G	5142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.887;SC=GTCTGCACCAACGTTCCCTTG;SOR=0.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=525;TCF=303;TCR=222;TR=239;WE=26017683;WS=26017665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,249:0.45:555
chr6	26021813	rs9467664	A	T	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=7;PP=1476;SC=TTTCAGTCTCAGTGTCCGCTG;SOR=4.244;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=69;TCF=60;TCR=9;TR=67;WE=26021821;WS=26021803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	26027135	rs3752420	G	A	2560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=1.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.594;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,126:0.57:222
chr6	26027433	rs3752419	G	A	8624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=680;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=208;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.849;SC=GGTGACGCTTGGCACCTCCCT;SOR=0.690;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=654;TCF=297;TCR=357;TR=382;WE=26027441;WS=26027423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,400:0.59:676
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chr6	26033506	rs2230655	G	A	7202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr6	26033641	rs2230654	G	A	2389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.946;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=44;PP=1664;ReadPosRankSum=-2.553;SC=GCACCGCCGCGAGATACACCG;SOR=0.815;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=291;TCF=172;TCR=119;TR=114;WE=26033649;WS=26033631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,121:0.39:310
chr6	26033809	rs3842706	T	TAAG	14088.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.37;NF=8;NR=123;PP=2924;SC=CTACTTCTGATAAGGGAAAAT;SOR=1.290;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=157;TCF=9;TCR=148;TR=131;WE=26033820;WS=26033799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr6	26043393	rs72834647	G	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.618;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=156;ReadPosRankSum=-1.081;SC=CTCTAGAACTGAAACAGAATA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=9;WE=26043401;WS=26043383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr6	26044369	rs2032447	A	G	3911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=59;PP=2287;SC=TGTACTTACAATACCTGGCCG;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=71;TCR=59;TR=130;WE=26044377;WS=26044359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr6	26045929	rs3752416	T	C	10123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=59.98;NF=186;NR=163;PP=2965;SC=AGGAGGCTTGTGAGGCCTACC;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=349;TCF=186;TCR=163;TR=349;WE=26045937;WS=26045919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
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chr6	26056549	rs10425	A	G	6378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=112;PP=2965;SC=CCGGGGGACCAGACGCCTTAC;SOR=0.901;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=102;TCR=113;TR=214;WE=26056557;WS=26056539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
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chr6	26184102	rs7766641	G	A	4448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.75;MQRankSum=0.855;NF=110;NR=104;PP=2715;ReadPosRankSum=0.987;SC=GAAGAAGGACGGCAAGAAGCG;SOR=0.579;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=496;TCF=261;TCR=235;TR=214;WE=26184110;WS=26184092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,230:0.43:531
chr6	26199524	rs438534	A	G	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=51;PP=1441;SC=GTAAAAGTGAATTTTGTTAGC;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=14;TCR=51;TR=65;WE=26199532;WS=26199514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	26200083	rs1059486	A	G	3449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.690;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=80;PP=2188;ReadPosRankSum=-0.369;SC=AGACGGCCGTACGCCTGCTGC;SOR=0.780;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=356;TCF=182;TCR=174;TR=159;WE=26200091;WS=26200073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,169:0.44:384
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chr6	26271713	rs9393690	A	T	3274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=76;PP=2224;SC=TTTTCAAAAGACCCGCGCAAC;SOR=2.324;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=26;TCR=76;TR=102;WE=26271721;WS=26271703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
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chr6	26285560	rs2393592	A	G	16380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=292;NR=283;PP=2965;SC=TCAGAACACCACGAGTCTCCT;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=577;TCF=293;TCR=284;TR=575;WE=26285568;WS=26285550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,622:1.00:622
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chr6	26285759	rs41266831	A	G	3459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=83;PP=2244;ReadPosRankSum=-0.866;SC=AACTTAAGAAACCTAAACGCC;SOR=0.677;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=260;TCF=113;TCR=147;TR=150;WE=26285767;WS=26285749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,159:0.58:276
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chr6	26365702	.	C	CTGTG	531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;QD=33.23;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr6	26374549	rs11758089	T	C	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.402;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,46:0.55:83
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chr6	26393021	rs1614887	G	A	2216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.784;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.800;NF=43;NR=42;PP=1456;ReadPosRankSum=0.204;SC=GGGACAGATCGCACATCTACA;SOR=0.545;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=141;TCF=74;TCR=67;TR=85;WE=26393029;WS=26393011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,96:0.61:157
chr6	26411228	.	TA	T	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-1.214;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr6	26422260	rs1796522	G	A	2820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.510;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.146;NF=78;NR=46;PP=1884;ReadPosRankSum=-0.353;SC=GAGAGGTTGGGCCCGACCAGC;SOR=0.919;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=240;TCF=146;TCR=94;TR=124;WE=26422268;WS=26422250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,129:0.50:257
chr6	26428842	rs1741740	A	G	2445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=41;PP=1443;ReadPosRankSum=-1.236;SC=TTCTTCTGTTAAAGACATGAT;SOR=0.615;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=195;TCF=122;TCR=73;TR=104;WE=26428850;WS=26428832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,113:0.55:204
chr6	26444168	rs143665311	C	T	3516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.786;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.271;NF=107;NR=86;PP=2762;ReadPosRankSum=0.293;SC=GATGGAGCTTCCCCCTTGTGC;SOR=1.039;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=375;TCF=202;TCR=173;TR=193;WE=26444176;WS=26444158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,171:0.48:357
chr6	26463321	rs3734540	A	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=-1.108;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
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chr6	26468124	.	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.321;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.49;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,11:0.15:71
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chr6	26509330	rs9393728	C	G	2309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=37;PP=1207;SC=TGGGGGAGGACTCTGCCCCTA;SOR=0.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=74;WE=26509338;WS=26509320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	26545308	rs1884946	C	G	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=8;PP=743;SC=CGTTTACATTCGTCAGTCTTT;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=26545316;WS=26545298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	26545632	rs4871	G	A	2358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=32;PP=1319;SC=GAAAGGATGGGAACAACCCTG;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=77;WE=26545640;WS=26545622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	26597333	rs3800302	A	G	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=779;ReadPosRankSum=0.622;SC=GCAGCAAGAAACGGGTAGTGC;SOR=0.641;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=105;TCF=72;TCR=33;TR=46;WE=26597341;WS=26597323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,48:0.42:115
chr6	26597384	rs114752296	G	A	2692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=2.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.70;ReadPosRankSum=-0.891;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,126:0.59:212
chr6	26598188	rs3800303	A	G	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=39;PP=1124;ReadPosRankSum=0.575;SC=CTGCCGGAGGAAAAAAGCGGT;SOR=0.742;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=255;TCF=147;TCR=108;TR=91;WE=26598196;WS=26598178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,102:0.36:285
chr6	26637796	rs145346169	C	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.97;MQRankSum=-2.784;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.919;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr6	27114425	rs202101103	G	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.01;MQRankSum=-10.878;QD=0.57;ReadPosRankSum=-1.837;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:538,94:0.15:632
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chr6	27220519	rs5030967	C	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.334;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=250;ReadPosRankSum=1.121;SC=GGGACATAGGCCTCTGCACCC;SOR=1.885;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=16;WE=27220527;WS=27220509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr6	27277051	rs41269255	C	T	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=1230;ReadPosRankSum=0.366;SC=GCAATGGGGGCCATAGTCTTT;SOR=0.642;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=64;TCR=53;TR=73;WE=27277059;WS=27277041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,80:0.61:131
chr6	27277402	rs6456773	C	T	2782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=44;PP=1548;SC=GCTGGAATGCCGCCAATGCCT;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=45;TCR=44;TR=89;WE=27277410;WS=27277392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr6	27293049	rs17739298	C	G	6080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=0.996;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,279:0.53:523
chr6	27326863	rs2235232	G	A	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.816;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=611;ReadPosRankSum=-0.774;SC=GCTCTTCTCCGGTGTGAGTTC;SOR=0.464;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=46;WE=27326871;WS=27326853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,55:0.60:91
chr6	27327607	rs34125661	GT	G	562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.383;HP=11;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=33;PP=381;ReadPosRankSum=1.516;SC=TATTTACAAGGTTTTTTTTTT;SOR=1.254;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=7;TCR=63;TR=37;WE=27327615;WS=27327597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,43:0.46:94
chr6	27356527	rs13220817	T	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.582;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=286;ReadPosRankSum=-2.164;SC=GCTGATACGTTGCTCAGTCTC;SOR=0.332;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=19;WE=27356535;WS=27356519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr6	27356647	rs62622793	G	A	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.354;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,83:0.44:190
chr6	27356867	rs4713091	A	G	9574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=168;NR=158;PP=2965;SC=GGGTGCTCTTAGAGGTTCTGG;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=326;TCF=168;TCR=158;TR=326;WE=27356875;WS=27356857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr6	27356902	rs10807020	A	G	10089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=167;NR=180;PP=2965;SC=GGTTCTTCGAAGGAAACGGGC;SOR=0.861;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=347;TCF=167;TCR=180;TR=347;WE=27356910;WS=27356892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr6	27356925	rs10807021	T	G	9059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=156;NR=159;PP=2965;SC=AAGGGTCGCGTGTGGTTTGGC;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=317;TCF=158;TCR=159;TR=315;WE=27356933;WS=27356915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr6	27357308	rs6904883	T	C	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=32;PP=854;SC=AGTACTTGCTTGGCCGGGCGC;SOR=1.341;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=56;WE=27357316;WS=27357298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	27420588	rs61736957	G	A	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=4;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=586;ReadPosRankSum=0.776;SC=CATTACATTTGTAGGGTTTTT;SOR=0.784;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=111;TCF=60;TCR=51;TR=47;WE=27420596;WS=27420578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,51:0.41:124
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chr6	27424960	rs10484398	G	C	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=512;SC=TAGAAATTTAGAAATGGTTGG;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=27424968;WS=27424959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr6	28265595	.	T	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQRankSum=-1.361;QD=3.24;ReadPosRankSum=0.869;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
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chr6	29910730	rs199474436	T	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	29911056	rs1071743	A	C	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr6	29911069	rs1136697	A	T	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	30859335	.	A	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.87;MQRankSum=-2.100;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr6	32489707	.	AC	CA	1050	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=50;MMLQ=23;MQ=42.5;NF=21;NR=13;PP=1050;QD=32.4549374959;SC=TGAAGCTCTCACCAACCCCGT;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=34;WE=32489716;WS=32489697;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,34:0.87:39
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chr6	33382288	rs3116713	G	A	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.65;QD=26.07;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	33382457	rs41267647	G	A	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.320;NF=44;NR=51;PP=1249;ReadPosRankSum=0.705;SC=AGGAGGAACCGTTTTTTACAG;SOR=0.687;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=166;TCF=72;TCR=94;TR=95;WE=33382465;WS=33382447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,83:0.56:148
chr6	33408465	rs138475712	TTC	T	470.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.32;MQRankSum=-5.947;QD=3.59;ReadPosRankSum=2.542;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,25:0.19:131
chr6	33408680	rs75579703	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.45;MQRankSum=-2.429;QD=14.62;ReadPosRankSum=2.029;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
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chr6	33553580	rs394199	C	T	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=21;PP=613;SC=GGGTGCAATACCAGCAGGTAC;SOR=2.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=33553588;WS=33553570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr6	33556605	rs12214669	G	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=0.150;SC=TTTTGTGGCAGGGAGGTGGCT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=5;WE=33556613;WS=33556595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr6	33608379	rs4713647	T	C	4094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=88;PP=2784;SC=GCTGCAGGGTTCTGGACCTGC;SOR=1.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=51;TCR=88;TR=139;WE=33608387;WS=33608369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr6	33623509	rs78064999	T	C	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.52;ReadPosRankSum=-1.434;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,62:0.39:160
chr6	33625592	rs3831080	CTG	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.03;ReadPosRankSum=2.435;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,12:0.15:79
chr6	33630624	rs2296339	C	T	4090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr6	33630816	rs2296338	G	A	4619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=90;PP=2702;SC=GCTGGGGCTCGTGTGTGCATG;SOR=1.267;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=65;TCR=90;TR=155;WE=33630824;WS=33630806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr6	33630846	rs9366827	A	G	3604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=73;PP=2297;SC=GTGTGCGGGAACATGTGTGCA;SOR=1.591;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=41;TCR=74;TR=114;WE=33630854;WS=33630836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
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chr6	33631163	rs3068491	T	C	2717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=11;PP=914;SC=CCTGGGAGGGTGCAGCCTGCC;SOR=1.850;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=52;WE=33631171;WS=33631145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
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chr6	33648097	rs9469554	A	G	1939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.482;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=34;PP=1338;ReadPosRankSum=1.479;SC=CCTCCCGCCCACTGCCCAGGT;SOR=0.460;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=130;TCF=81;TCR=49;TR=87;WE=33648105;WS=33648087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,89:0.67:132
chr6	33648144	rs11967839	C	T	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=5.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.859;SOR=1.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,70:0.35:201
chr6	33648228	rs2229638	C	T	7038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=133;NR=112;PP=2965;SC=TGGACATGGCCCGGGTCTGTC;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=133;TCR=113;TR=245;WE=33648236;WS=33648218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr6	33650430	rs2296331	G	C	5719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.65;ReadPosRankSum=-0.579;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,221:0.99:223
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chr6	33651975	rs35095444	C	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.652;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=285;ReadPosRankSum=-1.906;SC=ATGGGGGCAGCAGGGGTGCAG;SOR=1.161;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=19;WE=33651983;WS=33651965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr6	33653111	rs942637	T	C	3750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=45;PP=2439;SC=GCTGAGGTTGTTCCCTGGCCA;SOR=1.335;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=79;TCR=45;TR=124;WE=33653119;WS=33653101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr6	33653638	rs6915878	C	T	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.477;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=731;ReadPosRankSum=-1.113;SC=CCCCTTCCCCCGCTGGCCAGC;SOR=0.523;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=48;TCR=68;TR=52;WE=33653646;WS=33653628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,53:0.42:126
chr6	33654378	rs4640882	A	G	4690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.99;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr6	33654378	.	ACATAGTGG	GCATAGTGA,GCATAGTGG	963	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=11,44;NR=35,90;PP=683,963;QD=16.0101711927;SC=TGTCAAGTGTACATAGTGGTG;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=134;TCF=44;TCR=90;TR=46,134;WE=33654394;WS=33654368;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.34:134
chr6	33654386	rs79217630	G	A	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=3.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.462;SOR=1.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,47:0.41:115
chr6	33654897	rs942642	T	C	5443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=109;NR=70;PP=2798;SC=GCTGGGCAGGTGGGCAGGCGG;SOR=0.979;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=109;TCR=70;TR=179;WE=33654905;WS=33654887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr6	33655173	rs2281916	T	C	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=28;PP=1200;SC=GCTGCCATCATCCCCCAGTCG;SOR=1.298;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=33655181;WS=33655163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	33655369	rs150517020	G	GGGGT	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=17.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=-2.784;SOR=3.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr6	33655728	rs2281917	G	C	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=449;ReadPosRankSum=1.555;SC=GGGGACACTCGCTGAAGTGTA;SOR=0.772;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=23;WE=33655736;WS=33655727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr6	33656416	rs2296737	G	A	2368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=33;PP=1386;ReadPosRankSum=-0.760;SC=GCAGCTCACCGTTGCCCTCCT;SOR=0.657;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=101;TCR=56;TR=95;WE=33656424;WS=33656406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,106:0.64:166
chr6	33660411	rs653536	T	C	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=2;PP=1043;SC=GGCTGGGTCCTCAATATCACA;SOR=4.223;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=38;WE=33660419;WS=33660404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	33694659	rs34252064	G	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=427;ReadPosRankSum=0.404;SC=GGTGGGGCTCGGACCTCAGAA;SOR=1.367;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=32;WE=33694667;WS=33694649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,35:0.34:104
chr6	33696131	rs13204162	C	T	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.070;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=43;PP=978;ReadPosRankSum=1.508;SC=AGCCTCCACACGGACATGCAG;SOR=1.077;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=140;TCF=52;TCR=88;TR=64;WE=33696139;WS=33696121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,70:0.47:149
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chr6	33740382	rs2296744	G	A	3324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=65;PP=2169;ReadPosRankSum=-0.295;SC=CAGGCTGACCGGGAACAAGTC;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=289;TCF=165;TCR=124;TR=152;WE=33740390;WS=33740372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,158:0.54:295
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chr6	33754396	rs9394167	A	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=146;ReadPosRankSum=0.684;SC=ACTCTGGTACATTACAGGAAG;SOR=0.387;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=11;WE=33754404;WS=33754388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr6	33756026	rs6457741	C	T	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=0;PP=517;ReadPosRankSum=0.061;SC=GAAGGCAGGCCTGGAAATGAG;SOR=0.170;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=44;TCR=0;TR=26;WE=33756034;WS=33756023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr6	33756532	rs13213889	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=-1.766;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr6	33768726	rs34884883	A	T	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.781;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,73:0.55:132
chr6	33768897	rs2281820	A	G	4861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=104;PP=2956;ReadPosRankSum=-0.648;SC=CATGGCAGCTACATGCACCAC;SOR=0.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=392;TCF=197;TCR=195;TR=212;WE=33768905;WS=33768887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,230:0.54:428
chr6	34026938	rs2451359	C	T	13258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=230;NR=244;PP=2965;SC=AGCCCAGCCGCGTCTGTCCAC;SOR=0.810;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=474;TCF=230;TCR=244;TR=474;WE=34026946;WS=34026928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr6	34078463	rs744102	G	A	9688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=828;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=238;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.762;SC=CTCCAGGAGCGTGTGTCTGCC;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=778;TCF=354;TCR=424;TR=437;WE=34078471;WS=34078453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:359,465:0.56:824
chr6	34208843	rs73744860	C	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=176;ReadPosRankSum=-0.409;SC=TGTGTGTACTCCTGCCCCACT;SOR=1.007;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=14;WE=34208851;WS=34208833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr6	34211341	rs35381162	GT	G	5691.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=63;PP=2974;SC=GCTCTTTTGAGTTGAGGGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=10;TCR=65;TR=73;WE=34211349;WS=34211331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr6	34212743	rs2780219	A	G	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=31;PP=931;SC=CACCGCCCCCACCCCTTCCCC;SOR=4.047;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=38;WE=34212751;WS=34212733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	34213296	rs1150783	T	C	4050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=64;PP=2405;SC=CCCCCTTCGGTTACAGGAAGG;SOR=0.852;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=132;TCF=67;TCR=65;TR=131;WE=34213304;WS=34213286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr6	34214322	rs1150781	C	G	10482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=195;NR=172;PP=2965;SC=ACCAGCCGCCCCCATCCCAGA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=367;TCF=195;TCR=172;TR=367;WE=34214330;WS=34214312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr6	34214348	rs34410712	C	T	2801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=63;PP=1495;ReadPosRankSum=1.337;SC=AGCCTCTTCCCATGAGTGCCT;SOR=0.638;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=314;TCF=162;TCR=152;TR=132;WE=34214356;WS=34214338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,149:0.43:346
chr6	34214994	rs3997805	G	GTC	2978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=36;PP=2119;SC=TGGCTGCCTCGTCTCCTCCCT;SOR=1.418;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=45;WE=34215002;WS=34214984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	34263564	rs41269038	G	T	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	34498328	rs41312309	C	T	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.987;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=48;PP=934;ReadPosRankSum=-1.284;SC=GCCACTGGGGCGGTAGAGTCC;SOR=0.763;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=243;TCF=109;TCR=134;TR=86;WE=34498336;WS=34498318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,96:0.37:258
chr6	34622561	rs145294670	AG	A	1744.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.836;NF=3;NR=28;PP=1078;ReadPosRankSum=0.817;SC=AGGTTCCTATAGAAAAAGAGA;SOR=0.695;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=93;TCF=13;TCR=80;TR=31;WE=34622569;WS=34622551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,71:0.38:189
chr6	34622676	rs2252551	A	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.297;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=58;ReadPosRankSum=0.580;SC=CTCCTGGTATACACGTCTTTA;SOR=2.129;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=6;WE=34622684;WS=34622666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr6	34664207	rs3800456	T	G	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=8.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=-2.126;SOR=1.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,46:0.46:99
chr6	34725655	rs34594913	G	GTCA	3037.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=1.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.44;ReadPosRankSum=-0.216;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,85:0.38:226
chr6	34725658	rs28398813	G	T	3043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=2.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.23;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,84:0.37:230
chr6	34735676	rs3831083	C	CCTCAT	633.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=4.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.74;ReadPosRankSum=1.114;SOR=1.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr6	34735883	rs3736896	T	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=-0.371;SC=TGTATGTAGATAGTAATATAA;SOR=0.293;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=7;WE=34735891;WS=34735873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr6	34738203	rs2038841	T	C	2129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=3.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.569;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,106:0.43:248
chr6	34759881	rs13215181	A	G	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-0.994;QD=25.05;ReadPosRankSum=0.404;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr6	34759884	rs6934662	G	C	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-0.994;QD=25.05;ReadPosRankSum=0.201;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr6	34759903	.	T	TGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGC	767.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.900;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.684;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.395;NF=1;NR=3;PP=1927;ReadPosRankSum=2.381;SC=GAAAGCGCCATGGCGGCGGCG;SOR=0.112;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=4;WE=34759911;WS=34759893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
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chr6	34803947	rs4259246	C	T	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.574;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=686;ReadPosRankSum=-1.484;SC=CTCCACCAGCCCCCAGTGCCC;SOR=0.562;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=150;TCF=86;TCR=64;TR=55;WE=34803955;WS=34803937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,64:0.37:173
chr6	34824636	rs11755393	A	G	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.42;ReadPosRankSum=2.402;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,50:0.54:92
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chr6	34827085	rs9469913	A	T	2668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=69;PP=1768;ReadPosRankSum=-2.293;SC=GCAGAACCCAAGCCTCCAGCT;SOR=0.792;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=337;TCF=169;TCR=168;TR=137;WE=34827093;WS=34827075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,140:0.40:352
chr6	34831761	rs9462031	G	T	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.232;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr6	34831866	rs3734264	G	A	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.407;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=378;ReadPosRankSum=1.640;SC=TGAAGAGGACGGTATCTCAAC;SOR=0.597;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=108;TCF=65;TCR=43;TR=36;WE=34831874;WS=34831856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,44:0.34:128
chr6	34949451	rs3817473	C	T	6709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=157;NR=59;PP=2965;SC=ATGTGATCTGCTTGTTAACCC;SOR=1.590;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=217;TCF=158;TCR=59;TR=216;WE=34949459;WS=34949441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr6	34949607	rs2293242	C	T	17585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=678;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=314;NR=323;PP=2965;SC=CAGCACTGTACGGGCGACTGG;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=637;TCF=314;TCR=323;TR=637;WE=34949615;WS=34949597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,677:1.00:677
chr6	34962019	rs11755713	G	C	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=6;PP=638;SC=ATTTGTTCCAGACTGCCTGTC;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=34962027;WS=34962009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	34962060	rs3823438	G	A	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=649;ReadPosRankSum=0.479;SC=AAGATACACTGGATGTTTCTC;SOR=0.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=48;WE=34962068;WS=34962050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,50:0.54:92
chr6	34977663	rs9380481	C	A	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.12;QD=23.26;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	34977679	.	TAAAAAA	T	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=24.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.730;QD=24.36;SOR=4.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr6	34977813	rs12661991	A	G	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=23.62;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	35027814	rs820086	G	C	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=366;ReadPosRankSum=-0.693;SC=TTGGCTGTTTGATGGTAATGA;SOR=0.682;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=27;WE=35027822;WS=35027804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr6	35027927	rs820085	T	C	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	35046154	rs820100	T	C	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=8;PP=852;SC=CAGCTCTGCCTAGCTCCCCTG;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=35046162;WS=35046144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	35047579	rs2762338	G	C	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.699;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=690;ReadPosRankSum=0.538;SC=CTGTCACCTCGCTGCTCCTCA;SOR=0.493;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=40;WE=35047587;WS=35047569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,45:0.48:94
chr6	35047732	rs2689094	T	C	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=3.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.889;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,40:0.40:101
chr6	35050506	rs2177382	G	A	10018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=212;NR=160;PP=2965;SC=TGCGGCCCCCGAGCCTGGCAG;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=374;TCF=212;TCR=162;TR=372;WE=35050514;WS=35050496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr6	35053383	rs66645129	CTAGGAAGAG	C	1227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.891;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.030;NF=13;NR=3;PP=2938;ReadPosRankSum=-1.022;SC=CAACAGAGACCTAGGAAGAGT;SOR=0.132;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=16;WE=35053399;WS=35053382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr6	35054672	rs4276486	G	C	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=10;PP=942;ReadPosRankSum=-0.005;SC=GGGGCCTGCTGCCTCCAGCCC;SOR=0.738;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=79;TCF=63;TCR=16;TR=47;WE=35054680;WS=35054662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
chr6	35054983	rs71650764	GGCAGCGTAGACGCT	G	2084.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.816;NF=0;NR=34;PP=2970;ReadPosRankSum=-0.921;SC=TTGGGCGGGCGGCAGCGTAGA;SOR=0.825;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=96;TCF=2;TCR=94;TR=34;WE=35055004;WS=35054973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,58:0.38:152
chr6	35056443	rs2005	A	G	13088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=204;NR=265;PP=2965;ReadPosRankSum=0.497;SC=ATAGGCTCCCACTGCCACCAC;SOR=1.016;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=472;TCF=206;TCR=266;TR=469;WE=35056451;WS=35056433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,489:1.00:491
chr6	35058117	rs707968	A	G	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.584;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=280;ReadPosRankSum=0.920;SC=GCCACTGCGCACATGCTGGTG;SOR=0.238;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=17;WE=35058125;WS=35058107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
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chr6	35089811	rs2077750	G	A	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=4;PP=552;ReadPosRankSum=-1.037;SC=TGGTCAAGACGATGGCTATAA;SOR=1.483;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=32;WE=35089819;WS=35089801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,33:0.66:50
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chr6	35258539	rs763157	C	A	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=45;PP=1352;SC=GGAGGGTTCTCGTTCTGTTTG;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=75;WE=35258547;WS=35258529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	35259261	rs1894650	C	G	6549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=143;NR=90;PP=2965;SC=GACCTGGAGCCCAGTGCCATC;SOR=1.142;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=143;TR=233;WE=35259269;WS=35259251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr6	35259646	rs9366883	G	C	6814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=2.040;SC=GCTGGTCTGGGGGTAGGGTAT;SOR=0.585;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=257;TCF=90;TCR=167;TR=256;WE=35259654;WS=35259636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,268:1.00:269
chr6	35260503	rs1557567	C	T	14892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=259;NR=273;PP=2965;SC=GCAGTGCCCACGGCGAGCTGG;SOR=0.763;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=532;TCF=259;TCR=273;TR=532;WE=35260511;WS=35260493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,557:1.00:557
chr6	35260530	rs1557568	C	T	13506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=226;NR=240;PP=2965;SC=CGGAGGAGAGCGAGCAGGCCC;SOR=0.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=467;TCF=226;TCR=241;TR=466;WE=35260538;WS=35260520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,499:1.00:499
chr6	35285720	rs2395617	A	C	10591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=182;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.712;SC=AAGACAGCCAACCGCACGTAT;SOR=0.248;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=370;TCF=188;TCR=182;TR=370;WE=35285728;WS=35285710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,398:1.00:399
chr6	35378778	rs2016520	C	T	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr6	35391787	rs2076167	C	T	6220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=140;NR=80;PP=2965;SC=TGACTGCAAACGAGGGGAGCC;SOR=1.389;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=220;TCF=140;TCR=80;TR=220;WE=35391795;WS=35391777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr6	35420628	rs9470029	A	C	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=5;PP=157;SC=TGTCGGGGGAACGACACACAC;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=35420636;WS=35420618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	35423489	rs7757405	A	G	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=13;PP=1073;SC=CCTTCAGCCAAACACTTAACT;SOR=1.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=51;WE=35423497;WS=35423479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	35423662	rs4713867	A	C	6143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr6	35424188	rs3800377	A	G	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=47;PP=1289;SC=GGCTTTATCCATGGGGAAGGC;SOR=1.501;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=76;WE=35424196;WS=35424178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	35424268	rs4713868	A	G	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=502;SC=GGTAGGGTTGAGGGAATGTAG;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=35424276;WS=35424258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	35425416	rs13214239	A	G	12237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
chr6	35443573	rs2076170	T	G	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=28;PP=1176;SC=AGGATCCATCTCTGGCACTCT;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=52;WE=35443581;WS=35443563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	35444349	rs34250016	TACA	T	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=433;SC=TGTGTCCTTGTACAGTGTACA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=35444359;WS=35444339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	35448189	rs760782	T	C	12785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=209;NR=243;PP=2965;SC=GAGGAAAACATAGACAGTGAG;SOR=0.886;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=452;TCF=209;TCR=243;TR=452;WE=35448197;WS=35448179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr6	35471246	rs2067997	T	C	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=25;PP=787;ReadPosRankSum=0.748;SC=GGGTGATGGATGTGCTCAGGG;SOR=0.562;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=102;TCF=66;TCR=36;TR=67;WE=35471254;WS=35471236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,74:0.66:112
chr6	35473318	rs72896709	C	T	3820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=67;PP=2336;ReadPosRankSum=-0.931;SC=TGTAGACTCCCGGGCCCACCC;SOR=0.684;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=327;TCF=199;TCR=128;TR=170;WE=35473326;WS=35473308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,181:0.52:346
chr6	35477025	rs2064318	C	G	11789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.73;SOR=1.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr6	35477025	.	CTTCTTTA	GTTCTTTA,GTTCTTTG	2553	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=182,93;NR=119,67;PP=1860,2553;QD=6.29492097192;SC=TTTGATTGCTCTTCTTTATCA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=182;TCR=120;TR=301,160;WE=35477040;WS=35477015;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:302
chr6	35477032	rs2064317	A	G	4115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=3.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.90;ReadPosRankSum=-1.038;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,190:0.55:346
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chr6	35477303	rs9296155	T	C	2554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=45;PP=1852;SC=ACTCTAGACCTGGCAAACTCC;SOR=0.997;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=81;WE=35477311;WS=35477293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr6	35763786	rs56279340	C	A	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=68;PP=1382;ReadPosRankSum=0.731;SC=CTGTGCCCCCCACCCACGTGA;SOR=0.725;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=270;TCF=80;TCR=190;TR=95;WE=35763794;WS=35763776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,96:0.35:272
chr6	35764943	rs3748051	T	C	3880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=2.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.43;ReadPosRankSum=-1.843;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,187:0.70:269
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chr6	35765177	rs3748048	G	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=-1.423;SC=AGGGCTGGCCGTGGGCAGAGG;SOR=1.314;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=14;WE=35765185;WS=35765167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr6	35803192	rs1049649	C	A	2992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.797;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,147:0.52:280
chr6	35803283	rs2859420	C	T	2932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=4.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,146:0.57:258
chr6	35836705	rs9296168	T	C	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.013;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=26;PP=869;ReadPosRankSum=-1.190;SC=TACAGAATTATGGATGTTTTG;SOR=0.473;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=137;TCF=91;TCR=46;TR=73;WE=35836713;WS=35836695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,86:0.56:154
chr6	35872860	rs9470167	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.500;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr6	35888067	rs662713	G	C	2431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=45;PP=1475;ReadPosRankSum=-0.511;SC=GCCTGGCGTTGAGCAACAGCA;SOR=0.709;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=183;TCF=93;TCR=90;TR=94;WE=35888075;WS=35888057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,108:0.53:203
chr6	35923246	rs2295852	T	C	1598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=1.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,89:0.42:213
chr6	35927158	rs138054927	A	AT	317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=246;ReadPosRankSum=1.388;SC=AGAGGTTTTGATTTTTTTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=19;WE=35927166;WS=35927148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr6	35943339	.	G	GT	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=2.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.923;QD=0.43;ReadPosRankSum=1.226;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,40:0.17:241
chr6	35945219	.	C	CT	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=3.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=-1.440;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,29:0.28:104
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chr6	35980121	rs743923	C	T	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.715;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=47;PP=915;ReadPosRankSum=0.825;SC=ATTGTAAGCACGCATCGTAGG;SOR=1.054;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=221;TCF=96;TCR=125;TR=75;WE=35980129;WS=35980111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,80:0.33:239
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chr6	36098333	rs12191295	T	C	3876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=90;NR=66;PP=2283;SC=GCCGCCACGCTGGGGCCGCCG;SOR=0.959;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=90;TCR=66;TR=156;WE=36098341;WS=36098323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr6	36098410	rs1059227	A	C	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.040;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,97:0.34:285
chr6	36103921	rs2252430	G	A	2508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=45;PP=1446;SC=TTGGAGGGAGGGGACACTGCC;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=42;TCR=45;TR=87;WE=36103929;WS=36103911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr6	36177857	rs2239798	T	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.620;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=0.120;SC=CAGGCCAGGGTGGGCCAGGAC;SOR=1.253;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=12;WE=36177865;WS=36177847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr6	36181481	rs72320718	G	GA	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.547;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
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chr6	36189887	rs2301422	C	G	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.20;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	36193258	rs199593691	GA	G	158.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=1.124;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,24:0.16:153
chr6	36193259	rs41270094	A	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=4.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.36;ReadPosRankSum=0.504;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,21:0.14:153
chr6	36193303	rs59200830	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.785;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=687;ReadPosRankSum=1.311;SC=TAGCAAGGCTCCCAGCTTGGA;SOR=0.320;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=83;TCF=22;TCR=61;TR=39;WE=36193311;WS=36193293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,25:0.35:72
chr6	36198396	rs3833482	TG	T	2515.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.164;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.045;NF=7;NR=43;PP=1703;ReadPosRankSum=0.590;SC=AGGGCAGGGCTGGGCCTGCAT;SOR=0.580;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=100;TCF=13;TCR=87;TR=50;WE=36198404;WS=36198386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,87:0.48:180
chr6	36198421	rs9470234	T	C	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,78:0.48:162
chr6	36260858	rs2239795	C	T	6184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr6	36261885	rs4713949	A	G	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=19;PP=2082;SC=CTGGTGCCATATCCCATGGGC;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=73;TCR=19;TR=92;WE=36261893;WS=36261875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	36274153	rs12197079	C	T	3386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=92;PP=2110;ReadPosRankSum=0.663;SC=CCTTATGTAACGTAAGTTTCC;SOR=0.595;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=426;TCF=187;TCR=239;TR=168;WE=36274161;WS=36274143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,180:0.40:446
chr6	36275458	rs4713956	T	C	8123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr6	36287312	rs743852	G	C	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.714;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=30;PP=756;ReadPosRankSum=-0.259;SC=TGGCTGCGCAGGGTGGCTACC;SOR=0.493;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=134;TCF=71;TCR=63;TR=73;WE=36287320;WS=36287302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,88:0.55:159
chr6	36288879	rs112374394	G	GGTCTCAGCT	938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=3;PP=2015;SC=ATGGAACCCAGGTGGGTAGAT;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=9;WE=36288887;WS=36288869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	36289145	rs763018	A	C	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	36290030	rs12190546	C	G	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=777;ReadPosRankSum=-0.314;SC=CCTGTGAACTCCATGTGGAAG;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=53;TCR=31;TR=51;WE=36290038;WS=36290020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,53:0.61:87
chr6	36291432	rs114568928	C	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr6	36292007	rs7751928	G	A	3053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=83;PP=1758;ReadPosRankSum=2.224;SC=TTGGTGCTACGAAATCTCTTC;SOR=0.840;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=404;TCF=189;TCR=215;TR=149;WE=36292015;WS=36291997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,167:0.38:439
chr6	36294915	rs6923009	T	A	14190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=254;NR=239;PP=2965;SC=CTAAATGCACTGACAACTCCT;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=493;TCF=254;TCR=239;TR=493;WE=36294923;WS=36294905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr6	36341294	rs3213530	C	T	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.065;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,60:0.46:131
chr6	36353169	rs6901513	G	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=417;ReadPosRankSum=1.058;SC=CTTGAACCCAGGAGCTGGAAG;SOR=0.402;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=23;WE=36353177;WS=36353159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr6	36355372	rs2234071	T	C	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.96;ReadPosRankSum=0.575;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
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chr6	36359696	rs199820722	TTA	T	52.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.86;MQRankSum=1.377;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.776;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
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chr6	36475200	rs16888690	T	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.784;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
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chr6	36493265	rs605684	T	C	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=34;PP=1044;ReadPosRankSum=-2.712;SC=TCCTCTGTTATTGAGCCAAAA;SOR=0.801;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=194;TCF=108;TCR=86;TR=80;WE=36493273;WS=36493255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,84:0.41:204
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chr6	36569717	rs58662018	C	CT	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=7.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.073;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.828;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
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chr6	36645696	rs2395655	A	G	3977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=72;NR=63;PP=2149;SC=AACCACAGGGATTTCTTCTGT;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=72;TCR=63;TR=135;WE=36645704;WS=36645686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr6	36651971	rs1801270	C	A	2663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.74;ReadPosRankSum=2.239;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,143:0.42:344
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chr6	36653597	rs1059234	C	T	3956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.761;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=98;PP=2309;ReadPosRankSum=-0.675;SC=AGGAAGCCTGCAGTCCTGGAA;SOR=0.567;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=466;TCF=231;TCR=235;TR=200;WE=36653605;WS=36653587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,211:0.42:500
chr6	36698561	rs13199451	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.107;HP=8;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=411;ReadPosRankSum=-0.353;SC=CCCCCACCCCCCCCCTTGCAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=58;TCF=6;TCR=52;TR=21;WE=36698569;WS=36698546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr6	36723978	rs116076878	C	T	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.461;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=534;ReadPosRankSum=-1.375;SC=GCTTGGGGCTCAGAATGTCTA;SOR=0.435;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=110;TCF=64;TCR=46;TR=45;WE=36723986;WS=36723968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,46:0.39:117
chr6	36759741	rs9366916	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=263;ReadPosRankSum=0.861;SC=CAGGGGCTCAGGGAGGCCAGC;SOR=2.055;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=15;WE=36759749;WS=36759731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr6	36759768	rs9349011	C	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=295;ReadPosRankSum=0.629;SC=TCCATCACCCCCACCCCAACC;SOR=0.826;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=21;WE=36759776;WS=36759758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
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chr6	36767920	rs11419511	T	TG	741.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=668;SC=GGGAGAGCACTGGCTCAGAGC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=36767928;WS=36767910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr6	36884490	rs2293394	C	T	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=449;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTCTAGTTCTCCCCTCCTGCT;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=24;WE=36884498;WS=36884480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
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chr6	36931162	rs2296934	A	G	4327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.386;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=85;PP=2960;ReadPosRankSum=-0.603;SC=GGGCAAGGGAACTCCTACCCC;SOR=0.722;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=300;TCF=155;TCR=145;TR=171;WE=36931170;WS=36931152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,183:0.56:325
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chr6	36937647	rs2140937	T	C	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=448;ReadPosRankSum=-0.124;SC=TTTCTGAAATTATGTAAGATG;SOR=0.684;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=34;WE=36937655;WS=36937637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,39:0.48:81
chr6	36944495	rs708007	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=133;ReadPosRankSum=-0.353;SC=CCTGGCACCTACCCAGGGCTG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=36944503;WS=36944485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
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chr6	36978879	rs1724087	T	C	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.863;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=646;ReadPosRankSum=-0.476;SC=TCTCCTCACCTCACCCCTTCT;SOR=1.085;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=105;TCF=31;TCR=74;TR=40;WE=36978887;WS=36978869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,44:0.39:114
chr6	36982309	rs75479065	C	CT	1966.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.11;MQRankSum=0.740;NF=23;NR=16;PP=1528;ReadPosRankSum=2.408;SC=AGGGCTGCTCCTGGGGGCTGT;SOR=0.937;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=39;WE=36982317;WS=36982299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,64:0.66:97
chr6	36982947	rs831494	C	T	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=547;ReadPosRankSum=-0.848;SC=CTGTCTTTTTCTGCTTTGGCA;SOR=0.657;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=25;WE=36982955;WS=36982937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr6	36988364	rs831504	C	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=512;ReadPosRankSum=-0.169;SC=TCCTGGTGTCCGGGAAGCAGC;SOR=0.548;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=38;WE=36988372;WS=36988354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr6	36988664	rs58421270	A	ATG,ATGTGTG	963.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.535;QD=24.09;ReadPosRankSum=1.917;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,18,15:0.45,0.38:40
chr6	36989391	rs831502	G	C	2649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.466;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=55;PP=1531;ReadPosRankSum=0.655;SC=GTAAATGAAGGCTTTTTCATC;SOR=0.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=226;TCF=115;TCR=111;TR=114;WE=36989399;WS=36989381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,126:0.52:243
chr6	36990736	rs831499	T	C	5627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=0.096;SC=TTGCTGAAGGTACCCCTGAAG;SOR=0.788;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=376;TCF=253;TCR=123;TR=218;WE=36990744;WS=36990726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,236:0.58:405
chr6	37012780	rs41272212	G	A	4132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.365;NF=92;NR=85;PP=2628;ReadPosRankSum=-1.071;SC=CGCGCTCCCCGGGGTGGCAGT;SOR=0.599;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=277;TCF=145;TCR=132;TR=177;WE=37012788;WS=37012770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,191:0.65:295
chr6	37138023	rs59116171	GGCA	G	5279.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=42;PP=2994;SC=CGGCGGGACCGGCAGCAGCAG;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=73;WE=37138039;WS=37138013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
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chr6	37180237	rs1224329	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=404;ReadPosRankSum=-0.434;SC=AGGTAGTCATGAGTTCACTGC;SOR=0.437;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=26;WE=37180245;WS=37180227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
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chr6	37349033	rs2284922	G	A	2175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.435;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=54;PP=1276;ReadPosRankSum=1.813;SC=AGTCCAAAACGTACTCTTTGG;SOR=0.677;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=146;TCR=135;TR=112;WE=37349041;WS=37349023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,117:0.40:290
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chr6	37446061	rs3830396	TCA	T	2617.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.323;NF=15;NR=21;PP=1470;ReadPosRankSum=-0.048;SC=GCTGTGTGCCTCAGTTTCATC;SOR=0.755;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=36;WE=37446070;WS=37446051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,68:0.54:126
chr6	37446163	rs71569377	C	T	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=4.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-1.174;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.809;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,97:0.41:237
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chr6	37451107	rs13220464	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=160;ReadPosRankSum=0.821;SC=AGGCAGTTTAGGCCCGTCTGT;SOR=0.772;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=16;WE=37451115;WS=37451097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr6	37475274	rs13194564	A	T	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.242;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=425;ReadPosRankSum=-1.540;SC=AAGTTATTAAAGTTATTGATT;SOR=0.283;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=27;WE=37475282;WS=37475264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr6	37501866	rs1541227	A	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=180;ReadPosRankSum=1.233;SC=GACAAAATGTAAATTAACTCT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=12;WE=37501874;WS=37501856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr6	37501967	rs2797786	A	G	3142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=36;PP=1703;SC=TTGAGTTACCAAGAGGTGTCC;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=74;TCR=36;TR=110;WE=37501975;WS=37501957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr6	37502110	rs62406767	C	G	2203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.719;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=47;PP=1230;ReadPosRankSum=0.566;SC=GAGTCCTGGACAAATCAAGAT;SOR=0.917;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=155;TCF=77;TCR=78;TR=91;WE=37502118;WS=37502100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,102:0.60:171
chr6	37522966	rs6942122	T	C	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=6;PP=744;SC=AAGCTCTTCATTGGGCCATAA;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=37522974;WS=37522964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	37611796	rs45511994	G	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=440;ReadPosRankSum=-1.724;SC=TCTCTGCCTAGGCCTCTGCGG;SOR=1.140;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=25;WE=37611804;WS=37611786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr6	37615258	rs6901281	A	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=-1.211;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr6	37617519	rs708022	A	C	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.416;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr6	37617529	rs708021	T	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.919;SOR=0.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
chr6	37617569	rs708020	C	T	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.884;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=344;ReadPosRankSum=-1.054;SC=TTTCATCATCCTGTTATCAGA;SOR=0.376;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=107;TCF=69;TCR=38;TR=35;WE=37617577;WS=37617559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,36:0.31:116
chr6	37618202	rs804816	A	G	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=105;ReadPosRankSum=-0.632;SC=GATGGTGATCAGCGGAGAGGT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=8;WE=37618210;WS=37618192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr6	37620129	rs2273109	G	A	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.088;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=51;PP=1249;ReadPosRankSum=-0.327;SC=GTGAGTGGATGGGGAGGGAAG;SOR=0.429;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=144;TCF=53;TCR=91;TR=84;WE=37620137;WS=37620119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,89:0.57:155
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chr6	37626142	rs2273110	C	T	3149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.818;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,176:0.37:475
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chr6	37787689	.	T	TGCCGCCGCCGAGCTCCGCC	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=1814;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCGCCACCGCTGCCGCCGCCG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=2;WE=37787697;WS=37787679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr6	38084569	rs2295791	C	A	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=17;PP=421;SC=CACCTTGGCCCAGCTTTGGAA;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=38084577;WS=38084559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	38147355	rs6458044	A	G	9326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=164;NR=163;PP=2965;SC=CCCACAGCGCAGCTCCTGCCC;SOR=0.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=328;TCF=164;TCR=164;TR=327;WE=38147363;WS=38147345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr6	38312936	rs28360643	A	G	2734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=1.517;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,135:0.56:241
chr6	38455368	rs10559751	CGAGA	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=-1.131;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr6	38455390	.	A	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=1.252;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr6	38472125	rs9380754	GG	CT	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=766;ReadPosRankSum=0.659;SC=AACTGATGATGGGCTATTATT;SOR=0.905;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=17;WE=38472134;WS=38472115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
chr6	38520530	.	G	GA	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.635;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=1.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr6	38702111	.	C	CCA	219	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=8;HapScore=2;MGOF=43;MMLQ=27;MQ=60.63;NF=7;NR=6;PP=219;QD=17.9230769231;SC=GACCCCCCCCCAAAAAAATTA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=13;WE=38702119;WS=38702103;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,13:0.93:14
chr6	38702212	rs1698996	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=97;ReadPosRankSum=0.255;SC=TTGATTAGTTGTGTGATTATA;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=13;WE=38702220;WS=38702202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr6	38718186	rs56323406	C	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.142;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=327;ReadPosRankSum=0.701;SC=CTGAATTTCCCGAGTAAACTT;SOR=1.981;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=19;WE=38718194;WS=38718176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr6	38718402	rs56148146	G	A	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=632;ReadPosRankSum=0.342;SC=TAAACTGAGGGCAGTGGCTCG;SOR=0.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=46;WE=38718410;WS=38718392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,53:0.54:98
chr6	38746090	rs1033526	A	G	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.18;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	38746098	rs1033525	C	T	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.81;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	38750705	rs3800357	A	G	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.588;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=191;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CATTTTACATATAAGTACTTT;SOR=2.030;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=8;WE=38750713;WS=38750695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr6	38750888	rs3823430	A	G	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=34;PP=953;ReadPosRankSum=0.189;SC=CACAGCCTGGATCAGAGAGAT;SOR=0.389;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=125;TCF=64;TCR=61;TR=75;WE=38750896;WS=38750878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,89:0.58:154
chr6	38757378	rs7756191	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=120;ReadPosRankSum=2.205;SC=GAAATTGCTACTGACTTGTTT;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=7;WE=38757386;WS=38757369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr6	38771096	rs12192604	T	C	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.24;ReadPosRankSum=-1.477;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,55:0.47:117
chr6	38773146	rs12665115	T	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.384;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=260;ReadPosRankSum=2.106;SC=AAAACAGTTTTAAAAGTAAGA;SOR=0.180;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=16;WE=38773154;WS=38773136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr6	38773172	rs1678682	A	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=3.085;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr6	38773293	rs874808	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.102;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=319;ReadPosRankSum=-0.214;SC=AGTGAAACAGGAGAGGGTGAA;SOR=1.071;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=26;WE=38773301;WS=38773283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,29:0.38:77
chr6	38775567	rs60716114	AT	A	279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=0.730;QD=21.52;ReadPosRankSum=1.269;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr6	38781866	rs1678690	C	G	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.94;ReadPosRankSum=-0.051;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,54:0.64:85
chr6	38781931	rs1738221	A	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=328;ReadPosRankSum=0.570;SC=TACACTGATAATTTGATAAGG;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=20;WE=38781939;WS=38781921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr6	38783177	rs56093987	G	A	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=473;ReadPosRankSum=-0.935;SC=GGGAATGGAGGTGGTGAAAAT;SOR=1.123;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=27;WE=38783185;WS=38783167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
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chr6	38800164	rs9357283	G	A	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=2.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,90:0.59:152
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chr6	38841101	rs9380795	G	A	2921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=65;PP=1690;ReadPosRankSum=1.515;SC=CATATATGAAGCTAAATCTCA;SOR=0.762;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=243;TCF=120;TCR=123;TR=126;WE=38841109;WS=38841091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,138:0.51:269
chr6	38843279	rs77031115	CC	TT	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.47;ReadPosRankSum=0.587;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
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chr6	38851585	rs72852780	T	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=449;ReadPosRankSum=0.865;SC=CTGACAAGAATGCTCATTATT;SOR=0.874;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=77;TCF=56;TCR=21;TR=32;WE=38851593;WS=38851575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,35:0.43:81
chr6	38851669	rs4714192	C	T	2802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.93;ReadPosRankSum=-0.663;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,137:0.58:235
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chr6	38879109	rs148170738	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=205;ReadPosRankSum=-0.339;SC=TCACCTCTGAGAAACCTTGCT;SOR=0.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=15;WE=38879117;WS=38879099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr6	38885010	rs11291395	TA	T	2118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=10;PP=1859;SC=TAATCCCAAATATAGACTATC;SOR=2.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=43;WE=38885018;WS=38885000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	38897453	rs376615002	TA	T	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=3.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.876;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,28:0.33:84
chr6	38899485	rs9296268	G	C	190.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=111;SC=CCAATTTATTGAAGCGTCACA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=38899493;WS=38899481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	38906072	rs2073037	A	G	3631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=72;PP=2126;SC=TCTTTTAGAAATTGCTTTTTC;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=44;TCR=72;TR=116;WE=38906080;WS=38906062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr6	38913177	rs522327	A	G	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=1.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.200;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,86:0.44:195
chr6	38952246	.	G	GCA	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.39;ReadPosRankSum=0.409;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr6	38952287	rs35676616	G	T	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=9;PP=276;SC=CCAGCAATTGGGCCAGGCATG;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=38952295;WS=38952277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	38957771	rs3737095	T	C	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.892;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=623;ReadPosRankSum=0.660;SC=ATTTCTTTTGTTTTCTCTCAC;SOR=1.362;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=94;TCF=68;TCR=26;TR=36;WE=38957779;WS=38957761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,35:0.36:98
chr6	38957853	rs3737094	A	G	2845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.806;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=54;PP=1844;ReadPosRankSum=1.049;SC=AAATCCCCTTATGCAAAACCT;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=326;TCF=191;TCR=135;TR=133;WE=38957861;WS=38957843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,141:0.40:350
chr6	38976849	rs28360624	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=306;ReadPosRankSum=2.503;SC=TGGTGACTATGTGGCAGATTA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=18;WE=38976857;WS=38976839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
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chr6	38980081	rs10484847	A	G	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=28;PP=1029;ReadPosRankSum=-0.352;SC=AGTCATTTCAATACTCCGCAG;SOR=0.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=78;TCR=50;TR=71;WE=38980089;WS=38980071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,79:0.56:142
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chr6	39034072	rs6923761	G	A	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,119:0.40:297
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chr6	39034248	rs9296277	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.300;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=276;ReadPosRankSum=-0.271;SC=AACACAGGATGTGATACTGTG;SOR=0.395;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=28;WE=39034256;WS=39034238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr6	39040654	rs2235868	A	C	3877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=69;PP=1834;ReadPosRankSum=-0.224;SC=GCACTGCACCAGGAACTACAT;SOR=0.746;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=393;TCF=228;TCR=165;TR=173;WE=39040662;WS=39040644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,196:0.45:432
chr6	39041502	rs1042044	A	C	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=47;PP=1246;ReadPosRankSum=0.285;SC=TCTCGGTCTTATCTGAGCAAT;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=217;TCF=118;TCR=99;TR=100;WE=39041510;WS=39041492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,108:0.46:236
chr6	39047035	rs5875654	CAG	C	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=3.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=0.072;SOR=1.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,17:0.16:105
chr6	39048491	rs1126476	A	C	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.920;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,37:0.38:98
chr6	39077192	rs138538630	T	TTCC	1267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.774;NF=3;NR=8;PP=386;ReadPosRankSum=-2.055;SC=ATGTAGATACTTCCTCATCAA;SOR=0.476;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=11;WE=39077200;WS=39077182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,36:0.40:91
chr6	39162206	rs2815098	A	G	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=33;PP=2148;SC=CTAGAGGAGAAGCTAGCTGGG;SOR=1.192;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=87;WE=39162214;WS=39162196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	39162227	rs1541816	G	A	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=21;PP=1061;ReadPosRankSum=-1.272;SC=TACCCAGCCTGACCCGGGAGG;SOR=0.481;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=103;TCF=68;TCR=35;TR=59;WE=39162235;WS=39162217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,61:0.58:105
chr6	39196662	rs2241595	C	A	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=21;PP=1455;SC=AAAGCTCAAGCCAGCTTCAGA;SOR=1.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=54;TCR=21;TR=75;WE=39196670;WS=39196652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	39278848	.	GCACACACACACACACACACACACACA	G,GCACACACACACACACACACA	1472.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=6.880;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.74;MQRankSum=0.497;QD=31.33;ReadPosRankSum=0.000;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,26,20:0.55,0.43:47
chr6	39313618	rs34799567	G	GA	4500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.860;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.981;NF=6;NR=57;PP=2362;ReadPosRankSum=2.657;SC=ATTTATAGAAGGAAATTCAGG;SOR=1.139;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=137;TCF=16;TCR=121;TR=63;WE=39313626;WS=39313608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,132:0.51:257
chr6	39325078	rs20455	A	G	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.90;ReadPosRankSum=1.853;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,118:0.55:215
chr6	39325224	.	CTT	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.555;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr6	39328450	rs56731267	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=257;ReadPosRankSum=-0.444;SC=ATAGGAGCTTCGGAGGCCAGG;SOR=0.399;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=16;WE=39328458;WS=39328440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr6	39330135	rs56003110	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=187;ReadPosRankSum=-0.326;SC=TAGCTGCAGCCCTGGGAAGCT;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=11;WE=39330143;WS=39330125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr6	39580887	rs144405585	C	CT	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=6.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-1.081;SOR=0.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr6	39585399	rs2466406	A	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr6	39682367	rs303701	G	A	4750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=104;NR=59;PP=2828;SC=TGCAGCCTAAGTATATAATTG;SOR=1.238;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=104;TCR=59;TR=163;WE=39682375;WS=39682357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr6	39688534	rs34016507	T	C	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.231;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,56:0.42:133
chr6	39693193	rs113412831	A	T	2756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=72;PP=1652;ReadPosRankSum=-0.348;SC=GTAGCTAGGGACACTACCCAG;SOR=0.660;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=116;TCR=169;TR=121;WE=39693201;WS=39693183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,133:0.43:307
chr6	39828593	rs2504099	A	T	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=18;PP=1399;SC=GGAGGAAGATAGTAGTAGCCT;SOR=1.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=65;WE=39828601;WS=39828583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	39828862	rs2504098	A	C	6293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=115;PP=2965;SC=CTGCCTTGGCATGCTCATGCA;SOR=1.012;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=92;TCR=115;TR=207;WE=39828870;WS=39828852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr6	39832111	rs2504787	A	G	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=31;PP=1388;ReadPosRankSum=1.815;SC=GGCAGAGCTGAGAAATGAATC;SOR=0.876;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=73;WE=39832119;WS=39832101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,81:0.98:83
chr6	39832363	rs2504094	C	G	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.47;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr6	39839164	rs2504088	T	C	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	39846137	rs2504086	A	G	2645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=40;PP=1466;SC=CATTACTCACATTCTCTCCTT;SOR=0.773;Source=Platypus;TCR=41;TR=91;WE=39846145;WS=39846127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr6	39847279	rs2504797	G	A	10439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=180;PP=2965;SC=GGGGCTGGAGGGCCCATTCTT;SOR=0.876;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=350;TCF=170;TCR=180;TR=350;WE=39847287;WS=39847269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr6	39851818	rs3003929	G	A	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=40;PP=1461;SC=ATTTTGAAAAGATGTTTTCAG;SOR=0.799;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=87;WE=39851826;WS=39851808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	39855112	rs3003945	T	G	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=4;PP=475;SC=TTAGCTATTATCCACCCTCCT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=39855120;WS=39855111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	39855427	rs3008810	C	T	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=18;PP=529;SC=GGTGGAGGAACGGAGTGGTGG;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=39855435;WS=39855417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	39855490	rs5875688	C	CTGGA	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=134;SC=AGGCATTGATCTGGAACTGTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=39855498;WS=39855480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	39864730	rs3008815	C	T	8330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=174;NR=118;PP=2965;SC=TCAACAAGATCGCTGACACCA;SOR=1.048;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=293;TCF=175;TCR=118;TR=292;WE=39864738;WS=39864720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr6	39865047	rs3004067	T	C	5860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=102;PP=2965;SC=TTCCAGAAGCTGCCAAAGTCA;SOR=0.875;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=201;TCF=99;TCR=102;TR=201;WE=39865055;WS=39865037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr6	39866805	rs3830992	A	AACAATGGGC	7492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=69;PP=2975;SC=AGGGGCAAAAAACAATGGGTA;SOR=1.423;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=103;TCF=10;TCR=93;TR=78;WE=39866813;WS=39866795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr6	39869066	rs882559	G	C	5020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=26.15;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr6	39895410	rs3008822	T	C	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=63;PP=1420;SC=GTATTCAGCTTGGGGGTCGGG;SOR=1.958;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=28;TCR=63;TR=91;WE=39895418;WS=39895400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr6	40360465	rs3734557	A	G	11260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=217;NR=178;PP=2965;SC=TGCCGCCCAGAATCTGGCTGT;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=395;TCF=217;TCR=178;TR=395;WE=40360473;WS=40360455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr6	40360755	rs3734555	G	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=9.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=1.558;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
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chr6	40399446	rs7775772	T	C	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=356;ReadPosRankSum=-0.576;SC=CACAGCCGCTTGCTCACCTGT;SOR=1.159;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=34;WE=40399454;WS=40399436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,35:0.39:90
chr6	40996381	rs742492	G	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.757;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
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chr6	40998344	rs9369256	G	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,12:0.20:61
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chr6	41019912	rs181662566	C	T	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=-1.402;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,54:0.25:213
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chr6	41029109	rs2073014	T	C	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=2.537;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,50:0.29:171
chr6	41029342	rs2076472	T	C	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.457;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,62:0.28:222
chr6	41036770	rs2294695	A	G	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=12;PP=316;SC=CCAACATCCCAATAATTAAAA;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=41036778;WS=41036760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	41037778	rs2272986	C	T	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr6	41038845	rs13191323	C	T	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=1.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.596;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,78:0.30:257
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chr6	41052002	rs6908595	A	G	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=13;PP=320;SC=ATTACAACCTATTTGATAATT;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=41052010;WS=41051992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr6	41169021	rs5875743	C	CA	689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=13;PP=547;SC=GGCCCCAAGCCGGGAGGACTC;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=41169029;WS=41169011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr6	41196156	rs2803496	C	T	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.69;QD=26.24;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
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chr6	41196727	rs2101269	C	T	3166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
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chr6	41197857	rs7769759	C	T	2384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=41;PP=1336;SC=GGCTCTGAGACCAGGTAGGTC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=78;WE=41197865;WS=41197847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	41198909	rs4337930	T	C	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=18;PP=426;SC=TATTACAACATGATAATAATA;SOR=1.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=41198917;WS=41198899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	41199973	rs1825409	C	T	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr6	41204049	rs9394776	C	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.984;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,9:0.18:51
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chr6	41243991	rs2234243	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=1.716;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr6	41244020	rs2234242	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.65;ReadPosRankSum=-1.842;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
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chr6	41250594	rs2234236	T	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.72;MQRankSum=0.696;NF=2;NR=7;PP=172;ReadPosRankSum=0.081;SC=ACCACCCATATTTCAGATGAG;SOR=0.275;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=9;WE=41250602;WS=41250584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr6	41250609	rs12524876	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.98;MQRankSum=0.253;NF=1;NR=5;PP=120;ReadPosRankSum=0.084;SC=GATGAGGTTCTTGAGGCCTCC;SOR=0.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=41250617;WS=41250599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr6	41303592	rs9394782	T	C	9664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr6	41309552	rs2236369	T	C	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=15;PP=1069;SC=CACACAGACCTCCTGGACTCC;SOR=1.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=55;WE=41309568;WS=41309542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	41309698	rs2236370	G	C	5566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=108;NR=72;PP=2965;SC=AGCCACACAGGCCTGGGCGGG;SOR=0.839;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=108;TCR=72;TR=180;WE=41309706;WS=41309688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr6	41318438	rs2273962	A	G	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr6	41554993	rs11758591	G	C	7802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=143;NR=119;PP=2965;SC=GTAGAAAGCCGAGTGTTCGTG;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=262;TCF=143;TCR=119;TR=262;WE=41555001;WS=41554983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
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chr6	41740483	.	C	CGT	241.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.052;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
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chr6	41748279	rs10947986	A	G	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=9;PP=213;SC=GGCAGAGGCCATGGAGCCCGC;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=41748287;WS=41748269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	41753084	rs9394831	C	T	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=24;PP=1416;SC=GTGTAGGGAGCTGCTGAAGCC;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=81;WE=41753092;WS=41753074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	41754576	rs9381093	C	T	7829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=152;NR=114;PP=2965;SC=GAACACTCCTCGCTGCTGCCG;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=153;TCR=115;TR=266;WE=41754584;WS=41754566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr6	41755410	rs9471653	C	G	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=34;PP=1780;SC=GGTTCCTCCACCGAGGCCCAT;SOR=1.257;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=59;TCR=34;TR=93;WE=41755418;WS=41755400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	41888827	rs2274578	C	G	3535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.62;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr6	41898096	rs2479726	A	G	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=14;PP=394;SC=TGCCTGCATCACATACTAAAG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=41898104;WS=41898086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	41903782	rs1051130	A	C	2280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=35;PP=1047;SC=CTGGTCTGAGAGGCTTCCCTG;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=74;WE=41903790;WS=41903772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	41905174	rs2479717	T	A	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=22;PP=639;SC=GCTGGAGAAGTGAAGAGGAGG;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=41905182;WS=41905164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	42025058	rs6917299	G	A	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=7;PP=729;SC=GGAGGCTTTGGGGAGAGACCA;SOR=2.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=42025066;WS=42025054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	42025402	rs1134218	A	G	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=12;PP=408;SC=TCACACCTGTAATCCCAGCAT;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=42025410;WS=42025392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	42036395	rs2492926	A	C	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=19;PP=539;SC=ACTGTCGCACACTGCCCTCAG;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=42036403;WS=42036385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	42045026	rs2493839	G	A	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.663;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=530;ReadPosRankSum=-0.536;SC=CCACCGAGGTGGTCTTCTCTG;SOR=1.149;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=29;WE=42045034;WS=42045016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr6	42045086	rs78157979	C	T	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.196;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=18;PP=935;ReadPosRankSum=-1.033;SC=GAAAGCCACTCTGGTGAGAGG;SOR=1.437;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=58;WE=42045094;WS=42045076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,62:0.69:90
chr6	42045171	rs2492931	A	G	3890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=3.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.14;ReadPosRankSum=-0.394;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,182:0.71:257
chr6	42094585	.	CA	C	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.066;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr6	42094699	rs6940849	G	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	42110263	rs6911399	T	C	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=4;PP=146;SC=TCAGCACGGTTTCCCCAGGGG;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=42110271;WS=42110253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr6	42141269	rs9471793	G	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=-1.655;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
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chr6	42602189	.	TTTTA	T	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=6.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
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chr6	42612312	rs7767888	C	T	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	42617961	rs3763234	T	G	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=18;PP=1138;SC=TATCCAAGACTATCTCTCATA;SOR=1.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=66;WE=42617969;WS=42617951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	42626147	rs3830862	TACTC	T	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=163;SC=AGTTGCCAGTTACTCACAACA;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=42626158;WS=42626137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	42627258	rs67388762	TACACAC	T	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	42627466	rs115798367	C	T	2396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.46;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,110:0.71:155
chr6	42630107	rs3736745	A	G	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=26;PP=784;SC=AAAAAAGGAAAAGAACTAAAA;SOR=2.419;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=42630115;WS=42630097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	42634156	.	A	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.447;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=131;ReadPosRankSum=2.481;SC=TGAGCCCCAGAGGTGGAGGCT;SOR=0.707;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=11;WE=42634164;WS=42634146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr6	42641704	rs761537	G	A	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=14;PP=416;SC=GCTTCTCTCAGTAATGAATTA;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=42641712;WS=42641694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	42650766	rs34240626	G	GT	304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=2;PP=208;SC=AGTGTTTTGTGTTTTTCCCCC;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=42650774;WS=42650756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	42652667	rs434505	G	A	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	42666061	rs434102	T	C	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=28;PP=1915;SC=CTGGCCTGCGTCTGCGCCCTC;SOR=1.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=67;TCR=28;TR=95;WE=42666069;WS=42666051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr6	42666145	rs425876	C	T	8186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=153;NR=131;PP=2965;SC=CGGCACGCTCCTCTCCAGCAG;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=153;TCR=131;TR=284;WE=42666153;WS=42666135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr6	42666164	rs390659	G	C	8895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=165;NR=145;PP=2965;SC=AGCCAGCCCTGGCTCTCGCTC;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=310;TCF=165;TCR=145;TR=310;WE=42666172;WS=42666154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr6	42666365	rs389999	G	C	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=25;PP=729;SC=GAGCACTGTGGAGTGTGGGTT;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=42666373;WS=42666355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	42672407	rs3818087	T	C	4298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.86;SOR=1.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	42672416	rs3818086	A	T	4248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.72;SOR=1.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr6	42672434	rs34722725	C	T	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=42;PP=1341;SC=CTCTGGAAACCTAGAATAGTC;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=64;WE=42672442;WS=42672424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	42689411	rs6928781	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=34;ReadPosRankSum=-1.724;SC=CTGGGTGCGGGGAGAGGGGCT;SOR=0.495;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=6;WE=42689419;WS=42689401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr6	42689755	rs7764439	A	G	7064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=134;NR=95;PP=2965;SC=TGTTGAAGAGAACACAGATAG;SOR=0.926;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=134;TCR=95;TR=229;WE=42689763;WS=42689745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr6	42713618	rs2234026	A	G	9046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr6	42832788	rs146816473	T	C	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.689;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=38;PP=1220;ReadPosRankSum=1.672;SC=CCAGATCGGATCATGGTACTG;SOR=0.798;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=112;TCF=56;TCR=56;TR=73;WE=42832796;WS=42832778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,78:0.63:124
chr6	42853842	rs2179719	A	G	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	42891901	rs371498144	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=68;ReadPosRankSum=0.737;SC=GGGCATAGCACTGGGGATGCC;SOR=0.204;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=42891909;WS=42891900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr6	42897532	.	G	C	244.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=125;ReadPosRankSum=-0.518;SC=GCGGAGCAGCGTCGGGGGTTG;SOR=0.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=10;WE=42897540;WS=42897522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr6	42929828	rs143812307	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=140;ReadPosRankSum=1.380;SC=GGCCTGGGGAGAGGAGGCAGA;SOR=0.066;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=11;WE=42929836;WS=42929818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr6	42977092	rs114970216	T	C	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.290;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=46;PP=1103;ReadPosRankSum=-0.915;SC=ACTGGAACAATGAGTACATCA;SOR=0.955;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=127;TCF=61;TCR=66;TR=86;WE=42977100;WS=42977082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,93:0.66:140
chr6	42989057	rs9296409	T	C	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=260;ReadPosRankSum=-0.950;SC=TTGTGGAATATGGTGGAGAAG;SOR=1.358;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=19;WE=42989065;WS=42989047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr6	43014298	rs9394939	TT	CC	6515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=48;PP=2947;SC=TGTTGATGGGTTGGTGGGTTC;SOR=1.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=81;TCR=49;TR=128;WE=43014307;WS=43014288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr6	43038938	.	TAA	T	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=5.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr6	43114211	rs60930750	C	CT	344.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=3;PP=332;SC=TCCCAGTGAACTTCCCCCTGG;SOR=1.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=43114219;WS=43114201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	43154091	rs941849	C	G	6023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=116;PP=2965;SC=AGCAGACACTCCAGCCAGGGA;SOR=1.189;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=87;TCR=117;TR=203;WE=43154099;WS=43154081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr6	43154172	.	C	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.937;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,34:0.37:91
chr6	43156160	rs10498754	T	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=496;ReadPosRankSum=1.057;SC=TAGCCGATAATGTGTTTAAAT;SOR=0.968;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=29;WE=43156168;WS=43156150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr6	43182657	rs1214714	G	A	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=3;PP=283;SC=TGAGGGTGCAGTGAGCTGTGA;SOR=1.981;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=16;WE=43182665;WS=43182647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	43188716	rs2756178	A	T	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=3.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.169;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,35:0.27:131
chr6	43190135	rs62417521	C	T	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.986;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=444;ReadPosRankSum=0.230;SC=GCGGGTGAGTCGGGAGGAAAC;SOR=1.130;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=105;TCF=62;TCR=43;TR=32;WE=43190143;WS=43190125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,36:0.38:96
chr6	43269029	rs1574430	A	C	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=29;PP=1024;SC=GCATGCATATATGTGTGTGGT;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=63;WE=43269037;WS=43269019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	43269179	rs2841648	CC	AA	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=7;PP=535;SC=CATTCGAGACCCACTCGTCTC;SOR=1.473;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=23;WE=43269188;WS=43269169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	43270097	rs2651184	T	C	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=26;PP=735;SC=TCACGCAAGCTGGGACACTGC;SOR=1.123;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=49;WE=43270105;WS=43270087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	43270326	rs2841646	A	G	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=80;SC=GAGACTCCGCACCCTATCCAG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=43270334;WS=43270316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	43273604	rs2242416	A	G	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=26;PP=1403;SC=CACATCGCCAATGTTCACACC;SOR=1.354;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=85;WE=43273612;WS=43273594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr6	43276390	rs2254303	G	A	4223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=94;NR=52;PP=2624;SC=GGTGAAAAGGGTGTCTGGGAC;SOR=1.276;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=94;TCR=52;TR=146;WE=43276398;WS=43276380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr6	43306346	rs1459675	A	G	9835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQRankSum=0.000;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.917;SC=GCTGGTACTTACTCCCTCATC;SOR=0.760;Source=Platypus;WE=43306354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,370:0.99:372
chr6	43336771	rs9381238	C	T	189.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=99;ReadPosRankSum=-0.126;SC=GGGACTCCCCCCGGCTGCTGC;SOR=0.525;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=8;WE=43336779;WS=43336761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr6	43399837	rs700008	A	G	3977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=48;PP=2174;SC=CTGGCTCCTGAGTCAGCCACG;SOR=0.959;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=76;TCR=48;TR=124;WE=43399845;WS=43399827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr6	43401105	rs9394952	G	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=0.258;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,35:0.29:120
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chr6	43414234	rs1214747	G	C	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=360;SC=TTAGTCCACCGCTCTCCCAGA;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=43414242;WS=43414224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr6	43414864	.	G	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQRankSum=-7.067;QD=3.53;ReadPosRankSum=-2.110;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,11:0.17:64
chr6	43414875	.	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.181;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQRankSum=-7.754;QD=1.61;ReadPosRankSum=-2.087;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,9:0.12:77
chr6	43414883	.	C	CGAGAATTTGACATATTATATATAAAGTGCCTGCCTCAAAT	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-8.162;QD=0.74;ReadPosRankSum=-3.287;SOR=0.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,8:0.09:86
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chr6	43418733	rs1214749	G	A	2996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.126;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=44;PP=1610;ReadPosRankSum=-2.496;SC=AGTCGAAGTCGTGGACACGGT;SOR=0.772;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=152;TCF=87;TCR=65;TR=110;WE=43418741;WS=43418723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,128:0.74:174
chr6	43422698	rs72857275	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=194;ReadPosRankSum=-0.190;SC=CAGGAGCCGACGAGGGAGAGG;SOR=0.064;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=14;WE=43422706;WS=43422688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr6	43469814	.	A	ACT	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQRankSum=-0.385;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr6	43473671	rs114849138	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.319;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=203;ReadPosRankSum=0.333;SC=AGGGTCCCCAGTCCAAGCCCT;SOR=0.257;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=14;WE=43473679;WS=43473661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr6	43475554	rs367693858	G	A	2322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.50;ReadPosRankSum=0.998;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,110:0.64:172
chr6	43484532	rs2231763	G	A	3473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.200;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=70;PP=1969;ReadPosRankSum=2.718;SC=CGCCGGCGCCGCTGTAGTTGC;SOR=0.552;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=230;TCF=117;TCR=113;TR=148;WE=43484540;WS=43484522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,161:0.63:254
chr6	43492578	rs2257082	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=42;ReadPosRankSum=1.418;SC=CCAGTGCCTCGTATATCTGGA;SOR=0.746;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=7;WE=43492586;WS=43492568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr6	43494319	rs1150800	A	G	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=14;PP=1093;SC=ACTACATGTAAGGTGTCTTCT;SOR=1.498;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=54;WE=43494327;WS=43494309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	43501580	rs11404474	C	CA	439.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=3;PP=383;SC=TAAAAAACAACAAAAAAGGGG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=12;WE=43501588;WS=43501570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	43521263	.	TAC	T	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=4.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=1.842;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,12:0.19:64
chr6	43533305	rs11362688	TA	T	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.281;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr6	43533525	rs142042692	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=4.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.009;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,28:0.22:129
chr6	43538208	rs35642078	T	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=92;ReadPosRankSum=-0.465;SC=TATTGGAAAATAGAAATGTTA;SOR=0.671;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=11;WE=43538216;WS=43538198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr6	43568980	rs114618874	C	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=1.176;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr6	43738350	rs2010963	C	G	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=46;NR=26;PP=1202;SC=GCAGCGAAAGCGACAGGGGCA;SOR=0.972;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=72;WE=43738358;WS=43738340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	43738977	rs25648	C	T	1924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=2.727;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,90:0.66:137
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chr6	43747450	rs3025009	G	A	8851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=168;NR=141;PP=2965;SC=CCAGAGCGAGGGGATGCGGAA;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=310;TCF=169;TCR=141;TR=309;WE=43747458;WS=43747440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr6	43747577	rs3025010	T	C	7308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=112;NR=133;PP=2965;SC=TCTCTTGGGCTTGGCAGGCAT;SOR=1.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=245;TCF=112;TCR=133;TR=245;WE=43747585;WS=43747567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr6	43748357	rs3025017	G	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
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chr6	43752536	rs3025039	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=48;ReadPosRankSum=-0.410;SC=TGACCCAGCACGGTCCCTCTT;SOR=0.576;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=5;WE=43752544;WS=43752526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
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chr6	44134581	rs914503	C	T	3369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=61;PP=1937;SC=GACTGCAGACCCGTCGTGGCT;SOR=0.958;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=111;WE=44134589;WS=44134571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
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chr6	44136667	rs35889800	A	AT	393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=-0.112;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
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chr6	44136911	rs112447145	T	C	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=544;ReadPosRankSum=1.260;SC=GCTGAAGAGATCCTCCCACCT;SOR=0.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=15;WE=44136919;WS=44136889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr6	44140054	rs57288791	T	TGGCTGCC	706.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=3.050;QD=13.09;ReadPosRankSum=0.009;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr6	44140275	rs1418487	A	G	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=15;PP=400;SC=TGGGTTTTGGACTAATTATCA;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=44140283;WS=44140265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	44140320	rs1418488	C	G	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr6	44140818	rs3813500	C	G	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=36;PP=1026;ReadPosRankSum=0.238;SC=CAAGTGAGTGCTGGGAGCTGA;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=71;WE=44140826;WS=44140808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,71:0.80:89
chr6	44141088	rs6938938	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,28:0.16:177
chr6	44143930	rs142573641	A	AGGAGGAGAACGTCTCCCTGACC	3508.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.955;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:328,93:0.22:421
chr6	44145181	rs4711775	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=1.115;SC=TGGTCTCGCCCGCCACTCACT;SOR=0.190;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=9;WE=44145189;WS=44145171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr6	44147821	rs34710081	A	G	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=4.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.395;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,44:0.49:90
chr6	44149153	rs149157640	CCACA	C	96.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.09;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr6	44149204	.	A	C	52.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.78;MQRankSum=0.967;QD=17.63;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr6	44185254	rs3734701	T	C	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=1.066;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,41:0.31:134
chr6	44219710	rs2070695	A	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.480;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=417;ReadPosRankSum=0.968;SC=CATTTTAGTCACTGAGTTCAT;SOR=0.494;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=112;TCF=68;TCR=44;TR=34;WE=44219718;WS=44219700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,37:0.28:130
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chr6	44233216	rs28362857	G	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=1.147;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,10:0.17:59
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chr6	44240559	rs524533	C	T	8121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=157;NR=120;PP=2965;SC=TCTCTGCACTCTCCTGTACTG;SOR=0.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=280;TCF=158;TCR=122;TR=277;WE=44240567;WS=44240549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr6	44243559	rs3734710	A	G	4773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=72;NR=87;PP=2790;SC=TGGAGAAGCTATTTGGCCTGG;SOR=1.090;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=72;TCR=87;TR=159;WE=44243567;WS=44243549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr6	44245930	rs325018	C	T	3834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=72;NR=51;PP=1808;SC=GCGGGGAGTGCGAGGGGCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=72;TCR=51;TR=123;WE=44245938;WS=44245920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr6	44246049	rs325017	A	G	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=29;PP=820;SC=AGGCTTGGGCAGGGGAAACAG;SOR=1.140;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=44246057;WS=44246039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	44247951	rs484757	T	G	7710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr6	44250165	rs516582	A	G	3867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=54;PP=2100;SC=GCTTGGCAGCACCTCGTGCAC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=74;TCR=54;TR=128;WE=44250173;WS=44250155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr6	44253617	rs324142	C	T	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	44253749	rs324143	A	G	2891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=59;NR=35;PP=1449;SC=AGAGGCAGTCACGGTAGGTGA;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=59;TCR=35;TR=94;WE=44253757;WS=44253739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr6	44255459	rs324146	G	A	4791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=86;PP=2660;SC=TGAGAGCTGTGGGCTTGTGCT;SOR=0.974;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=78;TCR=86;TR=163;WE=44255467;WS=44255449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr6	44268135	rs325009	C	T	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=351;SC=CCTTGTGTCACGTAGGCCCTG;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=14;WE=44268143;WS=44268128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	44268371	rs325008	T	C	5732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr6	44269023	rs325007	T	C	11460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=209;NR=180;PP=2965;SC=GAAAGACAGATGGTGAGCCCA;SOR=0.763;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=390;TCF=209;TCR=181;TR=389;WE=44269031;WS=44269013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr6	44269193	rs498512	C	T	3422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=77;PP=2318;SC=CCTGAGTTTTCTTTGCAGCCT;SOR=1.628;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=39;TCR=78;TR=116;WE=44269201;WS=44269183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr6	44269640	rs325006	G	A	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=2;PP=892;SC=TGGGGGAATGGCCTGGGTGAT;SOR=4.174;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=35;WE=44269648;WS=44269631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	44269680	rs325005	C	G	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.05;SOR=1.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	44270365	rs325004	C	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.10;ReadPosRankSum=-1.570;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr6	44270768	rs325002	G	T	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=27;PP=916;SC=AGGATCCGGGGCCCCTGGGCC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=44270776;WS=44270758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	44270936	rs325001	C	T	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=0.005;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,78:0.35:225
chr6	44273546	rs324137	A	C	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=1.064;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,49:0.35:140
chr6	44274797	rs7740535	T	C	5459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=98;NR=86;PP=2965;SC=CAGACATGAATCCCCAGCGGC;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=98;TCR=86;TR=184;WE=44274805;WS=44274787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr6	44275011	rs324136	T	C	9706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=175;NR=153;PP=2965;SC=CCAGGGAAGATGCCATCAGAG;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=328;TCF=175;TCR=153;TR=328;WE=44275019;WS=44275001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr6	44279111	rs9688508	A	G	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=855;ReadPosRankSum=-0.696;SC=TGAACATAAGAAGGGGGCTGA;SOR=0.790;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=59;WE=44279119;WS=44279101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,63:0.71:89
chr6	44279302	rs139386463	G	GA	741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=7;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.530;NF=1;NR=8;PP=509;ReadPosRankSum=2.067;SC=GGGGTGGGGGGGGAAGACGGG;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=44279317;WS=44279292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr6	44279309	rs41282672	C	T	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.702;HP=3;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.560;NF=3;NR=8;PP=483;ReadPosRankSum=2.551;SC=GGGGGGAAGACGGGTGAGAGG;SOR=1.219;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=11;WE=44279317;WS=44279292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr6	44280812	rs167772	C	T	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.344;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=623;ReadPosRankSum=-0.699;SC=ATGGTTCGGCCCTCACCTGGT;SOR=0.703;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=186;TCF=101;TCR=85;TR=60;WE=44280820;WS=44280802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,70:0.34:207
chr6	44310606	rs883194	C	G	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=28;PP=809;SC=TGGATGGGGGCTGCAGCGAGC;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=44310614;WS=44310596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr6	44403438	rs67182313	A	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=1.493;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr6	44413312	rs11572047	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=39;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CATACATGAACGCATGGTACC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=44413320;WS=44413302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr6	44900253	rs3799986	A	G	127.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=57;SC=CAAGAGAATTATGCCACTTTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=44900261;WS=44900248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	44921320	rs10948187	C	T	211.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=172;SC=GTGAATGGACCTAGTCATGAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=44921328;WS=44921310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	44988149	rs1475534	C	T	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=52;SC=TCGTCCAAACCATGAAGACTA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=44988157;WS=44988143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	45870999	rs35735653	CAG	C	2466.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.273;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.707;NF=1;NR=35;PP=1524;ReadPosRankSum=0.845;SC=CAATCTAAAACAGAGATGGCA;SOR=1.214;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=36;WE=45871008;WS=45870989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,64:0.68:94
chr6	45917141	rs56131491	G	T	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=752;ReadPosRankSum=-0.471;SC=CAAGATTCAGGTGTTGGCTTA;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=45;WE=45917149;WS=45917131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,47:0.65:72
chr6	45922849	rs3734206	C	T	4912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.14;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr6	46108916	rs9472696	C	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.642;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
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chr6	46293328	rs2277121	G	A	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=28;PP=776;SC=CCTTGCTCTGGGGACGGCTGG;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=28;WE=46293336;WS=46293318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	46521339	rs956297	G	A	113.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=2;PP=51;SC=CTGAATTAAGGAGACCGAGTA;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=46521347;WS=46521329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	46521602	rs699939	C	A	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=9;PP=261;SC=CTGGAAGAAACGAATAAAATT;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=46521610;WS=46521592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	46609905	rs2277119	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=-1.398;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr6	46672217	.	A	T	61	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=5;NR=3;PP=61;QD=11.9714015684;SC=TCTCTCTCTCACACACACACA;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=8;WE=46672225;WS=46672214;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr6	46761495	rs2274656	G	A	233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.38;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	46793175	rs6920863	G	A	7202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr6	46794048	rs2297018	C	G	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=1.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	46797329	rs2274657	G	A	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	46801071	rs2274658	G	T	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=44;SC=TGGTTTTGGGGTAACTTTATA;SOR=0.902;Source=Platypus;TCF=44;WE=46801079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	46803345	rs12196017	G	A	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=14;PP=399;SC=GTGCATGCTTGCTCCTGGTAA;SOR=1.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=22;WE=46803353;WS=46803335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	46806809	rs1804211	C	T	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=22;NR=19;PP=590;SC=ATCGGAGGCACGGCTGGCGTG;SOR=0.735;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=41;WE=46806817;WS=46806799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	46826508	rs613870	G	A	4165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.482;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=75;PP=2415;ReadPosRankSum=0.633;SC=AAGAAGTCCGGTTCTTGGTCA;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=243;TCF=131;TCR=112;TR=164;WE=46826516;WS=46826498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,182:0.69:264
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chr6	46826844	rs571247	T	C	3924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.166;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=59.99;MQRankSum=-0.594;NF=83;NR=82;ReadPosRankSum=-0.756;SC=ATGGCATAGTTGTATTGTGGC;SOR=0.394;SbPval=0.44;Source=Platypus;TCF=106;TR=165;WE=46826852;WS=46826834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,176:0.73:240
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chr6	46846043	rs41273668	T	A	3803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=78;PP=2113;ReadPosRankSum=1.312;SC=GCACATCACCTTCATTTCTTC;SOR=0.653;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=216;TCF=111;TCR=105;TR=157;WE=46846051;WS=46846033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,173:0.71:243
chr6	46847501	rs2273265	T	G	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=451;ReadPosRankSum=0.814;SC=CATATTTGCTTCTTTATAAGC;SOR=2.917;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=19;WE=46847509;WS=46847498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
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chr6	46963109	rs142966227	G	GT	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=10;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=143;ReadPosRankSum=1.087;SC=TATAAAATCTGTTTTTTTTTC;SOR=1.035;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=10;WE=46963117;WS=46963099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr6	46976567	.	T	C	517.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5606;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=338;ReadPosRankSum=-1.414;SC=GTTTTTCTGATGGTCTTGCTG;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=19;WE=46976575;WS=46976557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr6	46977277	rs16875406	G	A	2393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=42;PP=1491;ReadPosRankSum=0.181;SC=AAGAGGGACAGGGCTATGTTC;SOR=0.561;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=142;TCF=82;TCR=60;TR=96;WE=46977285;WS=46977267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,104:0.66:157
chr6	47220867	.	CGT	C	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.45;MQRankSum=1.952;NF=3;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=0.371;SC=CAGGCGTATGCGTGTGTGTGT;SOR=0.586;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=4;WE=47220876;WS=47220862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr6	47253631	rs11758366	A	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.88;ReadPosRankSum=0.968;SOR=0.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
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chr6	47575630	rs75839544	A	G	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.306;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=727;ReadPosRankSum=-0.426;SC=TCTTTGGTCTATTATGTCTCT;SOR=0.518;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=41;WE=47575638;WS=47575620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,47:0.78:60
chr6	47577064	rs9395287	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=2.027;SC=CTTTTCTCCTGTGAGTACTAC;SOR=0.746;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=12;WE=47577072;WS=47577054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr6	47591856	rs10948368	T	C	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=2.020;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
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chr6	47624299	rs9369730	A	G	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.758;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,55:0.27:202
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chr6	47676150	rs9369737	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=1.898;SC=TCTGTGCTTACCAGTATTGAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=5;WE=47676158;WS=47676140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
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chr6	47678678	rs944056	C	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.067;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=1.169;SC=AGAAAGTAGACACATTTTTAA;SOR=0.078;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=6;WE=47678686;WS=47678668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
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chr6	47749738	rs201349021	CT	C	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=125;ReadPosRankSum=1.153;SC=TTCAAGCTGGCTTATTCAGGT;SOR=0.826;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=6;WE=47749746;WS=47749718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,15:0.23:65
chr6	47754498	rs1329543	A	G	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=469;ReadPosRankSum=1.014;SC=CGCTTCACAAATCAACTTTCA;SOR=0.313;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=25;WE=47754506;WS=47754488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr6	47754538	rs6900985	T	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=306;ReadPosRankSum=0.499;SC=TGGGGTGCTGTCCGGCTGACA;SOR=0.180;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=19;WE=47754546;WS=47754528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr6	47847179	rs3799276	A	G	3773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=72;PP=2296;ReadPosRankSum=-0.174;SC=AGAGGATGACAACAAATGGCT;SOR=0.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=114;TCR=98;TR=157;WE=47847187;WS=47847169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,173:0.75:231
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chr6	47847683	rs9367307	A	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=6.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.84;ReadPosRankSum=-0.354;SOR=0.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
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chr6	49456545	rs2501965	G	A	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.097;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=519;ReadPosRankSum=0.605;SC=TTATGTTTACGCTATACTGTA;SOR=1.552;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=32;WE=49456553;WS=49456535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr6	49459978	rs2501968	A	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.91;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr6	49479775	rs1480615	A	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-1.552;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
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chr6	49485384	rs2501969	C	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=343;ReadPosRankSum=0.225;SC=CTATACACACCTGTATGTATA;SOR=0.233;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=19;WE=49485392;WS=49485374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr6	49494241	rs9367359	A	G	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.661;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.764;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,91:0.27:340
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chr6	49578876	rs75364298	A	G	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=78;SC=TATAAAAGGAAGAAGGTTTAT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=49578884;WS=49578866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	49580033	rs145988109	CT	C	1057.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=746;ReadPosRankSum=0.608;SC=AACTTAGTAGCTTTTTTTCTG;SOR=0.727;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=32;WE=49580041;WS=49580023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,57:0.65:88
chr6	49580194	rs10485291	C	T	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.720;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=39;PP=951;ReadPosRankSum=0.067;SC=TTGCCATATCCGCACAAGTGC;SOR=1.148;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=105;TCF=48;TCR=57;TR=67;WE=49580202;WS=49580184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,74:0.63:117
chr6	49580247	rs16879498	C	T	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=473;ReadPosRankSum=0.489;SC=TGAATGTGAACCTGTGTGAGC;SOR=0.824;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=32;WE=49580255;WS=49580237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr6	49582617	rs2075714	C	T	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.529;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=192;ReadPosRankSum=-0.500;SC=GAAGACAGTCCAGAGGATGCA;SOR=1.101;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=18;WE=49582625;WS=49582607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr6	49660418	rs12624	A	C	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
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chr6	49665750	rs575562	A	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=87;ReadPosRankSum=-0.182;SC=CAAATATAAAACTGAAAAATG;SOR=0.425;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=9;WE=49665758;WS=49665740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr6	49701523	rs495335	A	G	3819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=2.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,174:0.68:256
chr6	49703378	rs62413629	T	C	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=38;PP=857;ReadPosRankSum=-0.140;SC=TATAATCAGGTTATAGGTTGA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=55;WE=49703386;WS=49703368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,62:0.67:92
chr6	49705182	rs2275597	G	A	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.019;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=40;PP=1143;ReadPosRankSum=-0.630;SC=AGTAACATGGGGGTGGGAGAA;SOR=0.423;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=68;WE=49705190;WS=49705172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,74:0.73:102
chr6	49808716	rs1572882	G	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,26:0.24:108
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chr6	49814174	rs45595734	G	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=0.821;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,23:0.32:72
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chr6	49816081	rs62404907	T	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.370;HP=4;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=636;ReadPosRankSum=1.600;SC=TTTATTGTTTTTAATAATCCA;SOR=0.420;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=21;WE=49816100;WS=49816071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr6	49816092	rs57789146	C	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=636;ReadPosRankSum=0.848;SC=TAATAATCCACGAGATATAAT;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=18;WE=49816100;WS=49816071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr6	49913981	rs7760672	C	T	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
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chr6	49917264	rs9369926	A	C	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=723;SC=CGAATTTAGAAACTGGGGTTT;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=49917272;WS=49917254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	49928116	rs17736782	G	A	5775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=102;NR=100;PP=2965;SC=TACAACGACCGTAACGTTTGG;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=103;TCR=100;TR=202;WE=49928124;WS=49928106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr6	49931783	rs73737276	A	G	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=6;PP=247;SC=TGAAGGTCACATAACACAGAA;SOR=0.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=49931791;WS=49931773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	50681660	rs35537220	AT	A	713.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.439;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=392;ReadPosRankSum=0.926;SC=CCTATAGAACATTTTTTTTTT;SOR=1.189;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=28;WE=50681668;WS=50681650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,47:0.61:77
chr6	50681817	rs35125047	CT	C	495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=-1.009;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,28:0.33:84
chr6	50712784	rs3765306	A	G	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=5;PP=671;ReadPosRankSum=-1.141;SC=AAGGTTGGATACTGGTGAGAA;SOR=0.784;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=35;WE=50712792;WS=50712774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,38:0.75:51
chr6	50789792	rs36011604	AT	A	1105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.102;HP=10;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=39;PP=608;ReadPosRankSum=0.163;SC=GGACTCCTTGATTTTTTTTTT;SOR=0.434;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=130;TCF=47;TCR=83;TR=53;WE=50789800;WS=50789782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,82:0.40:206
chr6	50791584	rs71687472	CACAA	C	711.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=4.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.468;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,40:0.36:111
chr6	50805942	rs2817404	T	G	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=219;SC=TCAAGCGGCTTCTTGAGAGAG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=50805950;WS=50805932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	50811115	rs2857513	A	T	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=-1.271;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,42:0.30:141
chr6	51492046	rs9474033	T	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=220;ReadPosRankSum=0.598;SC=ATATAACATATTCAGAGTTCA;SOR=0.169;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=15;WE=51492054;WS=51492036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr6	51512707	rs2580009	T	C	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=0;PP=54;SC=AAGGAGTTTCTTCCCAAATTA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=51512715;WS=51512697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	51586771	rs9349593	G	A	1759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.993;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,105:0.35:303
chr6	51613177	rs765525	C	T	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=2.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.067;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,45:0.28:159
chr6	51618170	rs1326605	T	G	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=358;ReadPosRankSum=-0.315;SC=ATAGGAGTTGTGGGAAAAAAA;SOR=0.599;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=93;TCF=29;TCR=64;TR=27;WE=51618181;WS=51618160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,33:0.31:106
chr6	51619808	rs9370049	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=0.765;SC=TCCAGAGCAAGAAAAGGAAAT;SOR=0.293;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=7;WE=51619816;WS=51619798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr6	51640751	rs3920621	C	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=203;ReadPosRankSum=0.083;SC=TCATTCAAATCAATTTGAAAT;SOR=0.990;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=12;WE=51640759;WS=51640741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr6	51656236	rs7765455	G	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=99;ReadPosRankSum=0.425;SC=TTATTCTGGGGTTCTCCCAGC;SOR=0.392;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=12;WE=51656244;WS=51656226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr6	51695570	rs1571083	T	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=0.185;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr6	51695647	rs1571084	A	T	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.77;ReadPosRankSum=1.621;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,50:0.61:82
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chr6	51732807	rs12210295	C	T	6782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=105;NR=116;PP=2965;SC=CAGACAGAGACCCATCCAAGT;SOR=0.961;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=105;TCR=116;TR=221;WE=51732815;WS=51732797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
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chr6	52147692	rs2307322	T	A	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	52269151	rs655113	T	C	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=351;ReadPosRankSum=0.095;SC=GAAGCTGACTTTTAAGGCATT;SOR=0.716;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=25;WE=52269159;WS=52269141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
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chr6	52374319	rs57120044	T	TAC	1924.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=938;ReadPosRankSum=0.630;SC=GTCAACAGAATACTCACGGGA;SOR=1.031;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=22;WE=52374327;WS=52374309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,49:0.65:75
chr6	52400484	rs3215574	GA	G	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.29;MQRankSum=1.456;QD=8.20;ReadPosRankSum=1.131;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
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chr6	52541811	rs13211066	G	A	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=1.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
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chr6	52617731	rs2180314	C	G	4143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=78;PP=2018;ReadPosRankSum=-1.674;SC=CTCAGGTTGACTAAAGGGCAG;SOR=0.790;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=218;TCF=106;TCR=112;TR=154;WE=52617739;WS=52617721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,184:0.73:251
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chr6	53010182	rs9367511	A	G	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.823;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=374;ReadPosRankSum=1.050;SC=CACTCAAATCATAGGTCTTGC;SOR=2.226;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=26;WE=53010190;WS=53010172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr6	53134104	rs3830806	C	CACAG	2540.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.196;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.13;MQRankSum=0.564;NF=2;NR=18;PP=1672;ReadPosRankSum=0.717;SC=ACCAAATGACCACAGTTTTCT;SOR=1.010;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=20;WE=53134112;WS=53134094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,63:0.78:81
chr6	53134164	rs70980834	C	CCTTTT	1124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.16;ReadPosRankSum=-1.635;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr6	53138203	rs35189966	TA	T	231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
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chr6	53140161	rs2294862	G	A	245.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=174;ReadPosRankSum=-0.692;SC=ATGTCAACTCGGAGAAGCCCG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=10;WE=53140169;WS=53140151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
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chr6	53379405	rs3736729	A	C	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.571;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=216;ReadPosRankSum=-1.897;SC=CAAATTAGTTATCTAAGACAA;SOR=0.334;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=13;WE=53379413;WS=53379395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr6	53409451	rs146955698	C	CCCTCCT	1792.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=5.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.808;QD=24.23;ReadPosRankSum=-0.959;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,46:0.62:74
chr6	53516876	rs6928338	T	G	5456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=98;NR=87;PP=2965;SC=AGGCGTTGGCTATGTAGCCTC;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=98;TCR=87;TR=185;WE=53516884;WS=53516866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr6	53519062	rs10948758	A	G	8477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;PP=2965;SC=TCTCTATACAAGATGTCTCTG;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;WE=53519070;WS=53519052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr6	53519605	rs3799260	C	T	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=66;NR=42;PP=1764;SC=CACATCTTTACAAGAGTATGG;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=66;TCR=42;TR=108;WE=53519613;WS=53519595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	53519857	rs12210809	G	A	4317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=63;PP=2341;SC=AAGTCACATAGGAAGTTCTCC;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=71;TCR=63;TR=133;WE=53519865;WS=53519847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr6	53520088	rs2038939	T	C	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=29;PP=802;SC=AATACACTGTTACAGGCAAGA;SOR=1.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=53520096;WS=53520078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	53520124	rs2038940	A	G	673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.7061;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=193;SC=AAAAAAAAAAACATGGTTTTG;SOR=2.833;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=22;WE=53520132;WS=53520114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr6	53707098	rs4286781	C	T	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=41;PP=1320;SC=AATATAGCTACGAGTGAGAAC;SOR=1.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=68;WE=53707106;WS=53707088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	53762092	rs9349688	A	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,12:0.19:64
chr6	53762293	rs71775183	GA	G	354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.798;NF=1;NR=11;PP=305;ReadPosRankSum=1.056;SC=GGCACATTTGGAAAAAACATA;SOR=0.646;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=12;WE=53762301;WS=53762283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr6	53764829	rs71558840	T	G	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=-1.326;QD=10.37;ReadPosRankSum=2.414;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr6	53767652	rs79494319	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=187;ReadPosRankSum=0.215;SC=CATCCCAAAACGGTCTTACAA;SOR=1.270;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=12;WE=53767660;WS=53767642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr6	53784275	.	T	TTAA	492.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.02;ReadPosRankSum=-2.040;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr6	53785276	rs2294789	C	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=1.347;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
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chr6	53847672	rs9370251	A	G	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.665;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,44:0.31:142
chr6	53883755	rs41273896	C	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=130;ReadPosRankSum=-0.254;SC=GTAAGCACGTCGAATCATTTT;SOR=0.941;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=9;WE=53883763;WS=53883745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr6	53989526	rs4712056	G	A	2405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.684;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=49;PP=1231;ReadPosRankSum=0.313;SC=CACCGCAGCTGTCCGGCCCAA;SOR=0.610;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=60;TCR=69;TR=93;WE=53989534;WS=53989516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,111:0.73:153
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chr6	54002231	rs2754779	A	C	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=1.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=-2.280;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,77:0.25:302
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chr6	54186147	rs1058768	T	C	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=625;ReadPosRankSum=1.567;SC=CCTTGTTCGTTCAGAATTAAT;SOR=0.610;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=171;TCF=96;TCR=75;TR=52;WE=54186155;WS=54186137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,56:0.29:192
chr6	54191970	rs1848440	T	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=2.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=-1.454;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,34:0.23:145
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chr6	54735122	rs1472679	A	G	4313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.221;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=81;PP=2396;ReadPosRankSum=1.788;SC=ACTACAAGGAATGGTATCGAG;SOR=0.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=132;TCR=118;TR=171;WE=54735130;WS=54735112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,193:0.70:275
chr6	54792525	.	G	T	46	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5024;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=21;MQ=58.52;NF=0;NR=4;PP=46;QD=20.1928031368;SC=TTTCTTAAAAGTAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=54792533;WS=54792515;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr6	54805867	.	AAAG	A	3438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.687;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.623;NF=11;NR=32;PP=1877;ReadPosRankSum=-0.839;SC=AGAAAAGCCCAAAGAAGATTT;SOR=0.555;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=43;WE=54805877;WS=54805857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,85:0.73:116
chr6	55105701	rs9357853	T	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.631;SOR=0.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
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chr6	55113664	rs9396073	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=159;ReadPosRankSum=1.253;SC=AATGTTCAGCCATAGCGATGG;SOR=0.902;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=19;WE=55113672;WS=55113654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
chr6	55142337	rs2653349	A	G	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=22;PP=660;SC=GATGTTGATGATTGTGCTTTT;SOR=1.101;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=45;WE=55142345;WS=55142327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	55196587	rs12199003	C	T	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.14;ReadPosRankSum=1.267;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,61:0.64:95
chr6	55215079	rs1032767	G	A	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=10;PP=241;SC=ATAAAATGCAGCAAAATCATT;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=55215087;WS=55215069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	55216005	rs870806	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=-1.743;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,35:0.28:125
chr6	55223962	.	G	GTCTA	147	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=147;QD=53.0;SC=AAAATTATCTGTCTATCTATC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=3;WE=55223970;WS=55223952;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr6	55264362	rs6936510	T	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.265;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=261;ReadPosRankSum=0.467;SC=TTAAGACATATTAAATCAAGT;SOR=0.197;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=17;WE=55264370;WS=55264352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr6	55266625	rs9370418	T	C	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.69;ReadPosRankSum=1.311;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,71:0.63:112
chr6	55266722	rs12529201	C	T	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.86;ReadPosRankSum=-0.155;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
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chr6	55381262	rs6459082	G	A	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=24;PP=1227;SC=TCTTTAAAACGATAAGAGGCC;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=67;WE=55381270;WS=55381252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	55406399	rs9367638	C	T	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	55428658	rs4398737	A	C	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=6;PP=451;SC=TATGATGGGGATCAGGGCTTC;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=55428666;WS=55428648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	55623922	.	T	TACAC	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=-0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr6	55638792	.	C	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=81;ReadPosRankSum=0.177;SC=ACTTGATTTGCAGCATACGAC;SOR=0.446;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=8;WE=55638800;WS=55638782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr6	55730212	rs2021803	G	A	3238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=55;PP=1858;ReadPosRankSum=-0.126;SC=ACCAAAGGTAGTATGAAAAGC;SOR=0.666;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=176;TCF=106;TCR=70;TR=134;WE=55730220;WS=55730202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,145:0.76:192
chr6	55739553	rs3734444	A	G	5384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.568;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.686;SC=TATAAATAAAACTGGAGTGAA;SOR=0.470;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=294;TCF=158;TCR=136;TR=225;WE=55739561;WS=55739543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,240:0.77:312
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chr6	55935617	rs41271338	T	C	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.03;ReadPosRankSum=-0.035;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,39:0.74:53
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chr6	55990773	rs146607719	GTTTAC	G	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=37;ReadPosRankSum=1.282;SC=TTAGCCCATTGTTTACTTTAT;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=2;WE=55990785;WS=55990763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
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chr6	56021870	rs111577315	T	TAAA	285.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=23.81;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,9:0.75:12
chr6	56033094	rs35471617	G	A	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.35;ReadPosRankSum=0.159;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr6	56044578	rs2038149	T	C	6192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=105;PP=2965;SC=CATCTTGGGATTTGCCATCCG;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=112;TCR=105;TR=217;WE=56044586;WS=56044568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr6	56045043	rs2038150	C	A	126.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=58;SC=TTTAAATTGTCTGTGAAATAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=56045051;WS=56045033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr6	56365814	rs4283892	A	G	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr6	56373536	rs41271862	C	T	4210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.429;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=95;PP=2452;ReadPosRankSum=1.817;SC=ACCATTTGGTCAAGCTTATCC;SOR=0.735;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=285;TCF=135;TCR=150;TR=182;WE=56373544;WS=56373526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,195:0.63:309
chr6	56374754	rs9296849	C	A	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=486;SC=ACATTTTTTACAATTTAATGT;SOR=2.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=21;WE=56374762;WS=56374744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	56381912	rs4715626	G	A	3776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=49;PP=2138;SC=TGTGGATAACGGAGAAGTGTT;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=82;TCR=50;TR=131;WE=56381920;WS=56381902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr6	56394173	rs9357922	T	C	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=7;PP=643;SC=CATAAAATTGTACAGAAATAA;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=31;WE=56394181;WS=56394163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	56395051	rs6939305	C	A	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=20;PP=546;SC=TCTAAGGTTACAATTTAAATC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=56395059;WS=56395041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	56417282	rs4715630	C	T	5727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=96;PP=2965;SC=CATTGCTTGCCATGAGGGCTT;SOR=0.944;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=188;TCF=92;TCR=96;TR=188;WE=56417290;WS=56417272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
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chr6	56471650	rs45564536	C	T	3126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.639;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=47;PP=1728;ReadPosRankSum=-0.018;SC=TCAGCAGTGACGTTTCATAGT;SOR=0.998;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=174;TCF=99;TCR=75;TR=118;WE=56471658;WS=56471640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,138:0.71:195
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chr6	57191021	rs11381745	A	AG	175.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=156;SC=CTAGAAGAAAAGGACTCCTTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=57191029;WS=57191011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	57244672	rs5011404	G	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.124;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=286;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TCAAATTTTTGTAACAGCTTA;SOR=1.402;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=21;WE=57244680;WS=57244662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr6	57244780	rs5011403	G	A	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.069;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,53:0.50:106
chr6	57244830	rs5011402	T	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=378;ReadPosRankSum=0.815;SC=TAGGTTTTGTTAAATATGTCG;SOR=0.901;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=27;WE=57244838;WS=57244820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr6	57244893	rs5011401	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=111;ReadPosRankSum=-0.324;SC=CCTCTCATCATCACAGCTACT;SOR=0.327;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=10;WE=57244901;WS=57244883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr6	57246708	rs6913779	G	T	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=477;ReadPosRankSum=2.218;SC=TAATCATTTTGATATTCTTTT;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=44;TCR=3;TR=26;WE=57246716;WS=57246698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr6	57246773	rs113849959	T	TAGG	3177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=1;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=2921;ReadPosRankSum=0.354;SC=TATGAAGACTTAGGATTTCTT;SOR=0.555;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=43;WE=57246793;WS=57246763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,82:0.47:175
chr6	57246785	rs62415470	A	C	3755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.027;NF=57;NR=35;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.522;SC=GGATTTCTTAATGACAGGTGC;SOR=0.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=202;TCF=127;TCR=75;TR=92;WE=57246793;WS=57246763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,110:0.49:224
chr6	57246815	rs6936571	T	C	3098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.036;NF=76;NR=53;PP=1912;ReadPosRankSum=-1.189;SC=TTGCCTGTTTTACTCTTAATT;SOR=0.620;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=272;TCF=162;TCR=110;TR=129;WE=57246823;WS=57246805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,149:0.49:307
chr6	57246847	rs2230042	C	T	2502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=0.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-0.735;QD=6.10;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,145:0.35:410
chr6	57246884	rs6913546	A	G	4050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FS=1.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.103;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.301;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,213:0.45:470
chr6	57246969	rs4256440	G	A	2267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=58;PP=2683;ReadPosRankSum=-2.416;SC=CTTTGGCAGTGAGTATTTTAC;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=91;TCR=125;TR=100;WE=57246990;WS=57246959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,113:0.47:239
chr6	57246982	rs4585567	G	T	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.605;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=48;PP=2683;ReadPosRankSum=-0.187;SC=TATTTTACTTGATTTCTGTAT;SOR=0.933;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=175;TCF=68;TCR=107;TR=75;WE=57246990;WS=57246959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,83:0.42:196
chr6	57247022	rs4382263	C	T	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=506;ReadPosRankSum=-0.184;SC=AGTTATATACCCCTGGTAGTT;SOR=0.376;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=65;TCF=14;TCR=51;TR=28;WE=57247030;WS=57247012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,31:0.42:74
chr6	57254789	rs2397264	A	G	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=4.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.402;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,65:0.52:124
chr6	57254811	rs941685	A	G	5309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=27.37;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr6	57254839	rs2397265	T	C	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.441;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.092;NF=52;NR=37;PP=1026;ReadPosRankSum=0.194;SC=ATGCTTTCACTTCCACCATTA;SOR=0.661;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=265;TCF=154;TCR=111;TR=89;WE=57254847;WS=57254801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,107:0.37:293
chr6	57254927	rs2397266	A	G	4986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.399;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.911;NF=54;NR=61;PP=1424;ReadPosRankSum=0.269;SC=AAGCCATGAGACTATTAGGAT;SOR=0.655;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=301;TCF=142;TCR=159;TR=115;WE=57254935;WS=57254917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,151:0.45:333
chr6	57254950	rs5876554	A	AT	4575.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.852;NF=2;NR=48;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.888;SC=TGCAAAAGTAATGTGGTTTTT;SOR=0.734;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=139;TCF=11;TCR=128;TR=50;WE=57254963;WS=57254940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,117:0.47:249
chr6	57254955	rs2894842	G	A	4187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=45;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.828;SC=AAGTAATGTGGTTTTTTTCTT;SOR=0.681;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=208;TCF=89;TCR=119;TR=77;WE=57254963;WS=57254940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,104:0.46:225
chr6	57254986	rs2397267	G	A	2081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=719;ReadPosRankSum=0.796;SC=GGCAAAGACTGCAATTACTTT;SOR=0.634;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=145;TCF=54;TCR=91;TR=56;WE=57254994;WS=57254976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,63:0.44:144
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chr6	57255015	rs2894844	G	C	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.742;HP=9;HapScore=3;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=1928;ReadPosRankSum=1.585;SC=CCTAATAACAGAAAAAAAATC;SOR=0.310;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=85;TCF=19;TCR=66;TR=33;WE=57255024;WS=57254991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,37:0.45:82
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chr6	57398028	rs67286646	TG	T	278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=1.221;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,12:0.23:53
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chr6	57398058	rs7771283	C	G	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=7.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.01;ReadPosRankSum=-0.118;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,26:0.25:106
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chr6	57433544	rs562762	G	A	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=3.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-0.433;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=1.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,19:0.17:110
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chr6	57467303	rs1022846	A	G	4503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.992;SC=ATTCCTGTCAAGACCTAGTTT;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=82;TCR=138;TR=178;WE=57467331;WS=57467293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,191:0.81:235
chr6	57467317	rs4637646	G	T	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=3.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.65;ReadPosRankSum=-0.246;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,67:0.37:182
chr6	57467323	rs4424069	G	C	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=3.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.00;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,60:0.36:169
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chr6	57472255	rs9296900	C	T	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=17;PP=1228;ReadPosRankSum=-0.869;SC=ATTAATAAGCCGTTAGACAAT;SOR=0.829;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=93;TCF=70;TCR=23;TR=66;WE=57472263;WS=57472245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,75:0.71:105
chr6	57472299	rs9396358	A	G	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.596;NF=37;NR=27;PP=647;ReadPosRankSum=1.352;SC=CGAGTGTGGTATTGTACTAAG;SOR=0.580;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=208;TCF=129;TCR=79;TR=64;WE=57472307;WS=57472289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,67:0.27:250
chr6	57472315	rs9296901	AG	GA	5393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.771;QD=18.41;ReadPosRankSum=2.629;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,185:0.63:293
chr6	57472344	rs111230027	A	AT	2431.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=2.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.307;QD=6.40;ReadPosRankSum=1.154;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,141:0.37:380
chr6	57472476	rs9382819	T	C	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.672;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=37;PP=1066;ReadPosRankSum=-0.064;SC=TCTGCAGTAATGAGGCCTTAG;SOR=0.498;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=184;TCF=71;TCR=113;TR=65;WE=57472503;WS=57472466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,68:0.33:204
chr6	57472488	rs9382820	C	T	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=1066;ReadPosRankSum=0.833;SC=AGGCCTTAGACAGATCTCTCG;SOR=0.482;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=157;TCF=56;TCR=101;TR=52;WE=57472503;WS=57472466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,56:0.33:171
chr6	57472495	rs62400219	C	G	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=2.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=-1.994;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,55:0.35:155
chr6	57472533	rs9367767	T	C	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=421;ReadPosRankSum=1.047;SC=ATGCTGTGTATTACTTGTCAG;SOR=0.381;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=38;WE=57472542;WS=57472523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,42:0.63:67
chr6	57472534	rs74369127	T	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.783;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,15:0.23:66
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chr6	57512340	rs4364484	C	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=296;ReadPosRankSum=-1.206;SC=GCTGATTAAGCGTTAGAATGC;SOR=0.544;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=17;WE=57512360;WS=57512330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr6	57512352	rs5001077	A	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=6.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=-1.277;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
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chr6	57512476	rs4307164	G	A	4429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.142;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=52;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.736;SC=TTACAGGTGGGTGATTGTGGC;SOR=0.847;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=280;TCF=193;TCR=87;TR=176;WE=57512484;WS=57512466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,183:0.62:295
chr6	57512510	rs4294007	T	G	8182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.324;SC=ATCCTAATCATTTCTTTTGTG;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=448;TCF=272;TCR=176;TR=338;WE=57512518;WS=57512500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,347:0.75:462
chr6	57512529	rs5001076	C	A	3163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FS=0.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=-1.496;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:391,186:0.32:577
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chr6	57512678	rs4398719	G	A	7792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=201;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.143;SC=AAGGACTAGAGGATTACTTTA;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=540;TCF=220;TCR=320;TR=339;WE=57512686;WS=57512668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,356:0.64:560
chr6	57512711	rs5001484	G	C	2885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=1.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=2.430;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,88:0.30:298
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chr6	57512775	rs7773110	T	G	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.84;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,57:0.63:91
chr6	57512779	rs76296076	G	T	2140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.89;ReadPosRankSum=0.009;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,53:0.62:86
chr6	57512787	.	T	TCACCAAGGC	1906.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=3.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.54;ReadPosRankSum=1.406;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,47:0.58:81
chr6	57512788	.	T	TTA	1864.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.957;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=5.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.54;ReadPosRankSum=-0.645;SOR=1.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,39:0.53:73
chr6	57512792	rs372064495	T	C	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.79;ReadPosRankSum=-0.409;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,34:0.49:69
chr6	62390916	rs1204114	T	C	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=32;PP=1412;SC=TGGCTGACCTTTGCGGTGGTG;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=79;WE=62390924;WS=62390906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	62407067	rs1555167	G	T	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=31;PP=1028;ReadPosRankSum=1.623;SC=TGGATGTTCCGATTTCACAGT;SOR=0.585;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=113;TCF=68;TCR=45;TR=72;WE=62407075;WS=62407057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,85:0.63:134
chr6	62442467	.	G	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.130;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=135;ReadPosRankSum=0.631;SC=AATTCAGAAAGATAATGGAGA;SOR=1.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=9;WE=62442475;WS=62442457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr6	62523887	rs35068148	T	TA	1364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=2.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.418;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.535;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,89:0.34:262
chr6	62526443	rs1005815	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.788;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr6	62611334	.	GA	G	593	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=13;HapScore=1;MGOF=36;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=8;PP=593;QD=74.75;SC=CTCAGAGTTGGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=8;WE=62611342;WS=62611324;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr6	62757987	rs9346001	C	T	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=26;PP=679;SC=TATAGGTTTTCCAAACTTTAC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=62757995;WS=62757977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	62887031	rs9346218	C	T	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.77;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	62887033	rs185912562	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.86;ReadPosRankSum=0.324;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
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chr6	63921360	rs10943599	C	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.765;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr6	66005740	rs35045551	G	GA,GAA	1849.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.222;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.623;QD=17.45;ReadPosRankSum=-0.101;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,75,20:0.71,0.19:106
chr6	66005888	rs9342464	C	T	5867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=113;NR=87;PP=2965;SC=CTTTGCAGACCGCTACAGTTA;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=113;TCR=87;TR=200;WE=66005896;WS=66005878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr6	66005970	rs9345601	G	A	4196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=74;PP=2588;SC=AGTCAACATTGACAACACACA;SOR=0.988;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=66;TCR=75;TR=140;WE=66005978;WS=66005960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
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chr6	66053835	rs1502963	T	G	106.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr6	69666183	rs143618979	T	TTA	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.35;MQRankSum=0.425;QD=11.10;ReadPosRankSum=1.089;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr6	69666195	rs28734080	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.21;MQRankSum=0.239;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.317;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr6	69666684	rs1932618	A	G	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=14;PP=425;SC=AGAAGATGCAATGAGCAGCGA;SOR=0.957;Source=Platypus;TCF=13;TR=27;WE=69666692;WS=69666674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	69666747	rs3215965	GA	G	235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.9981;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=89;ReadPosRankSum=-0.813;SC=TTCATAACGTGAAAAAAAAAA;SOR=0.346;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=69666755;WS=69666737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr6	69724069	rs1336655	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=1.209;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr6	69728522	rs2785573	C	T	132.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=102;SC=ATATTTCTAACACTTGGTATC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=69728530;WS=69728512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	69758072	rs3757049	A	T	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=17;PP=825;ReadPosRankSum=1.233;SC=TTTCTTTTTTAATAGTGGCTA;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=56;WE=69758080;WS=69758062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,60:0.71:85
chr6	69759148	rs618372	A	T	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	69772817	rs2793459	C	G	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=9.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.67;ReadPosRankSum=-0.296;SOR=0.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,81:0.63:128
chr6	69786046	rs35445308	G	GA	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.301;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=71;ReadPosRankSum=2.559;SC=TGCATTCAGAGAAAAAAAAAT;SOR=2.133;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=7;WE=69786054;WS=69786036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr6	69943418	rs3215840	A	AG	4018.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=49;PP=2316;SC=GTTGCAGGGTACAAAATTGGG;SOR=1.190;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=2;TCR=50;TR=51;WE=69943426;WS=69943408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	70040500	rs374715480	GA	G	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.948;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.035;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr6	70071173	rs913543	G	A	4292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=86;PP=2703;ReadPosRankSum=-1.445;SC=AAACCTTGCCGCATGAAAGGC;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=290;TCF=158;TCR=132;TR=184;WE=70071181;WS=70071163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,192:0.62:309
chr6	70411157	rs2445969	G	A	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=140;SC=CAACATGTCAGTGTGTAAATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=70411165;WS=70411148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr6	70642660	rs2345783	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5565;FS=2.836;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=120;ReadPosRankSum=0.393;SC=TTTCTTATTACTAATTTTTTC;SOR=2.303;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=9;WE=70642668;WS=70642650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
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chr6	70852493	rs9342783	A	G	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=-0.191;SC=CTTGGTAATCACAAAGCACAT;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=4;WE=70852501;WS=70852491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
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chr6	70852841	rs2296013	A	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=2.931;SC=TCTATGCCACAAAAACTGATC;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=11;WE=70852849;WS=70852831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr6	70854183	rs9364074	A	G	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.51;ReadPosRankSum=0.032;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr6	70854208	rs58591338	CAG	C	1156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=484;ReadPosRankSum=1.972;SC=GAGGAAGAGACAGAGGATCAT;SOR=0.628;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=12;WE=70854217;WS=70854198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr6	70854818	rs34837646	G	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.81;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr6	70854924	rs3841703	A	AT	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=101;ReadPosRankSum=-0.179;SC=TTTTGTTAATATTTTTCTTGC;SOR=0.330;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=70854932;WS=70854914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
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chr6	70859487	rs2346211	A	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=81;ReadPosRankSum=0.588;SC=ACGGTGGCAAACCCTGTTGTT;SOR=0.569;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=8;WE=70859495;WS=70859477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr6	70861135	rs3818327	T	G	147.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=117;SC=CACATTTCTTTATACGAAACA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=70861143;WS=70861125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	70866421	rs3736843	T	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=67;ReadPosRankSum=1.383;SC=GATGTAAAAGTCACTTGCAAA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=70866429;WS=70866411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr6	70866609	rs2229799	C	T	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.23;ReadPosRankSum=-0.898;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr6	70873331	rs2296010	G	A	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.24;ReadPosRankSum=1.412;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,83:0.61:135
chr6	70875976	rs802174	T	G	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.904;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=357;ReadPosRankSum=0.453;SC=AAAGATAAAATTCTTCTGAAT;SOR=1.402;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=23;WE=70875984;WS=70875966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr6	70876046	rs802175	T	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=-1.383;SC=TTTGTTCTCCTTTTGGTTCAG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=70876054;WS=70876036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr6	70877980	rs1464159	G	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=5.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.25;ReadPosRankSum=0.231;SOR=0.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr6	70894909	rs2296005	A	T	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=405;ReadPosRankSum=1.460;SC=CAAATCACCAAATCTATAAAG;SOR=1.082;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=27;WE=70894917;WS=70894899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr6	70897698	rs3749913	A	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=164;ReadPosRankSum=0.000;SC=AATAAGTGCCAGTATGAATCC;SOR=0.776;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=14;WE=70897706;WS=70897688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr6	70909252	rs5877242	AT	A	203.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=2;PP=167;SC=GTATTTTGAAATTTTTTGACA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=70909260;WS=70909242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	70909763	.	T	C	36	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5051;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=36;QD=17.6928031368;SC=TCTAGGAATCTTAGAATTTTT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=70909771;WS=70909753;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,4:0.80:5
chr6	70916830	rs3215860	AT	A	827.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=503;ReadPosRankSum=0.291;SC=CTGCATTGTAATTTTTTTTTT;SOR=0.599;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=36;WE=70916838;WS=70916820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,51:0.68:75
chr6	70916888	rs1200576	A	C	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=29;PP=1320;SC=CCCCAGGCCCACAGGGCCCCC;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=66;WE=70916896;WS=70916878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	70916998	rs1736	G	A	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.28;ReadPosRankSum=-0.033;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,42:0.57:74
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chr6	70944123	rs12197487	G	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=39;ReadPosRankSum=-1.281;SC=TACCCTAAATGTCCTATCTTT;SOR=0.105;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=5;WE=70944131;WS=70944113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
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chr6	70961833	rs1135056	T	C	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=7;PP=400;SC=AGGAAGCCCCTGGGGTCCTCG;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=70961841;WS=70961823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr6	70970501	rs12210870	A	G	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=6.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.42;ReadPosRankSum=1.904;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,43:0.73:59
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chr6	70979125	rs551470	A	G	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=5;PP=235;SC=AAAGATCATAAAAGAACAAAG;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=70979133;WS=70979115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	70979193	rs550675	C	T	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	70979324	rs6935778	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.678;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr6	70983644	rs151025983	TAATA	T	361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.28;ReadPosRankSum=1.029;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr6	70984436	rs592121	A	G	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=1.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.997;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,47:0.28:166
chr6	70984562	rs603304	TG	CA	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=376;ReadPosRankSum=0.319;SC=ATTTATTAATTGTCTACAGGA;SOR=0.602;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=12;WE=70984571;WS=70984552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr6	70989703	rs3806099	A	G	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=42;PP=898;ReadPosRankSum=0.877;SC=CAGGGACAAAATCAAGGACTG;SOR=0.655;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=290;TCF=150;TCR=140;TR=91;WE=70989711;WS=70989693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,103:0.31:334
chr6	70990470	rs7764822	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.047;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=72;ReadPosRankSum=-1.529;SC=CTCGTACCCACCACACACCCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=8;WE=70990478;WS=70990460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr6	70990765	rs6928611	G	C	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=810;ReadPosRankSum=-0.152;SC=GAGAAAAAGAGAGAGCAGTCT;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=43;WE=70990773;WS=70990755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,50:0.81:62
chr6	70991003	.	G	GA	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=1.389;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
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chr6	70993269	rs62420260	A	C	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.08;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
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chr6	71011858	rs71711228	CCTAATTA	C	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.359;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.167;NF=1;NR=5;PP=312;ReadPosRankSum=0.178;SC=ACCTAGTAAACCTAATTAATG;SOR=2.093;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=71011872;WS=71011848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
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chr6	71238105	rs2747701	A	G	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.662;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,44:0.38:115
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chr6	71246206	rs34238069	G	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=1.169;SC=GAACCAGTTTGTCACATACTG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=71246214;WS=71246196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr6	71298323	rs146446063	C	T	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.52;ReadPosRankSum=0.075;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,87:0.56:155
chr6	71298533	rs13654	A	G	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=-1.645;SC=TGTAGTTTGTATAATGTGTTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=71298541;WS=71298523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr6	71547369	rs11431598	C	CT	77.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.27;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	71547371	rs12199707	C	T	86.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.52;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	71569090	rs576516	T	C	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.09;ReadPosRankSum=0.115;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,44:0.58:76
chr6	71571296	rs139514119	C	G	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=1.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.50;ReadPosRankSum=-2.172;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,68:0.36:187
chr6	71666146	rs1320315	T	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=96;ReadPosRankSum=-0.620;SC=GCACGCTCCCTGGCCTCTCGG;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=9;WE=71666154;WS=71666136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr6	72002914	.	T	G	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.35;ReadPosRankSum=0.716;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr6	72084666	.	CATATATAAAT	C	110	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.02;QD=27.50;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	72091267	.	T	TTA	113	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=113;QD=30.75;SC=TCTGATGAATTTATATATATA;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=72091275;WS=72091257;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,4:0.36:11
chr6	72809786	rs144273575	C	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=156;ReadPosRankSum=1.868;SC=AACTATATTTCACAAGAAATT;SOR=0.446;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=12;WE=72809794;WS=72809776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr6	72809825	rs9360527	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.300;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=-1.324;SC=ATTTCCAGCTCTCATGAAAAA;SOR=0.105;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=72809833;WS=72809815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr6	72836421	rs2463696	A	C	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	72836464	.	TAAA	T	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.303;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr6	72858416	rs151080929	GTT	G,GT	3263.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.370;QD=20.79;ReadPosRankSum=-0.192;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,124,25:0.79,0.16:157
chr6	72889711	rs17725666	G	A	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=16;PP=430;SC=CGAGGAATATGTGGAAGTAGT;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=72889719;WS=72889701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	72892257	rs2463730	A	G	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=13;PP=703;SC=ACCCGAACCTAGCTCGGTACC;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=72892265;WS=72892247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	72892383	rs114505309	G	A	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=21;PP=1030;SC=CGGGCGCGGCGCTGCCGGAGG;SOR=1.196;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=58;WE=72892391;WS=72892373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	72945492	rs2807519	C	T	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=48;PP=1572;SC=CTGCATTCATCGGAGTTTCTG;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=98;WE=72945500;WS=72945482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	72945603	rs138366781	A	ATTTTC	801.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=680;SC=AAACTAATGTATTCTGACTAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=12;WE=72945611;WS=72945593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	72947774	rs2807525	C	T	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=245;SC=TTTTAATGCACGAATAAAGAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=72947782;WS=72947764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	72962352	rs9351902	A	G	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=5;PP=362;SC=ATTAGTCTTCATAAGTTTTCA;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=72962360;WS=72962342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	72968609	rs6923891	C	T	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=5;PP=511;SC=ATATTACTCTCAGTTCCTTCA;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=72968617;WS=72968599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	72984277	rs4504440	G	A	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=6;PP=140;SC=AGCCAACTCTGGTAAAGCACC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=72984285;WS=72984267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	73102442	rs2815738	C	T	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.11;ReadPosRankSum=-0.610;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,60:0.60:100
chr6	73102522	rs113359739	AT	A	517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.838;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=176;ReadPosRankSum=-2.234;SC=GGTAAGAATCATTTTTTTTTT;SOR=0.352;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=14;WE=73102530;WS=73102512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
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chr6	73952058	rs12210517	G	A	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=11;PP=722;SC=TGATGAAGGTGGGAGGGGAGA;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=73952066;WS=73952049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	73952103	rs6453660	A	C	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.21;SOR=1.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
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chr6	74072681	rs9446890	G	C	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=3.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.93;ReadPosRankSum=0.615;SOR=1.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
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chr6	74115935	rs57549301	C	CGG	1162.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.22;NF=10;NR=4;PP=610;SC=TTAGTAGAGACGGTTTCTCTA;SOR=1.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=14;WE=74115943;WS=74115934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	74119084	rs4708053	T	C	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=23;PP=818;SC=ACGTATATGCTTAATTACTGT;SOR=0.900;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=45;WE=74119092;WS=74119074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	74123559	rs2280284	T	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=178;ReadPosRankSum=0.718;SC=TTGATTAGGATCATTTCTATT;SOR=0.512;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=18;WE=74123567;WS=74123549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr6	74135016	rs311678	C	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.383;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=278;ReadPosRankSum=1.113;SC=TCAGAAATTCCTTACTTCTTT;SOR=0.357;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=25;WE=74135024;WS=74135006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr6	74138503	rs73754628	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.197;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,32:0.36:88
chr6	74155346	rs610913	G	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.596;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr6	74155491	rs2985419	T	C	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.53;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	74161503	rs9446904	A	G	3264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=67;PP=2083;SC=GCCCGGGCGGAGGTCTTGGCT;SOR=1.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=41;TCR=67;TR=108;WE=74161511;WS=74161493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	74161801	rs9352000	G	T	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=21;PP=734;SC=CGGAGACTCGGTGGGATCCAT;SOR=0.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=48;WE=74161809;WS=74161791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	74171467	rs1713862	C	G	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=5;PP=695;SC=GACGTCCTACCCCGTGATATT;SOR=2.461;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=38;WE=74171475;WS=74171457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	74189574	rs7766570	G	A	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	74228006	rs1874229	A	G	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=27;PP=833;SC=AAAGATTTGCATTCAGTGCAA;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=55;WE=74228014;WS=74227996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	74228049	rs1874230	A	G	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=431;ReadPosRankSum=0.611;SC=AGCCTCTGCAATAAGTTAATG;SOR=0.481;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=30;WE=74228057;WS=74228039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr6	74229258	rs2073466	G	T	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.713;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,97:0.60:162
chr6	74229405	rs4708060	C	A	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=21;PP=607;SC=TTTTATAAGTCGGATCTTAAC;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=74229413;WS=74229395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	74310231	rs11349241	CT	C	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.345;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr6	74432923	rs56093139	C	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=-0.224;SC=TGTATTCTATCATCATATTCA;SOR=0.709;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=14;WE=74432931;WS=74432913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
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chr6	74468860	rs7774119	C	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.79;ReadPosRankSum=-1.958;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
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chr6	74493432	rs10455097	A	C	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=5.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.95;ReadPosRankSum=0.830;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,60:0.57:105
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chr6	74497009	rs2351528	A	G	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.42;ReadPosRankSum=1.830;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,77:0.58:133
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chr6	74498432	rs144408661	TAAG	T	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=28.29;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr6	74502210	rs12662725	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=84;ReadPosRankSum=2.000;SC=GTGTAAAGTTCCAACTCTGTT;SOR=0.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=6;WE=74502218;WS=74502201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr6	74521787	rs1501192	T	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=260;ReadPosRankSum=1.407;SC=TAGCTTTTGATATGTGAGACA;SOR=1.071;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=17;WE=74521795;WS=74521777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr6	74521947	rs2917862	C	T	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.200;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,56:0.32:174
chr6	74528293	rs3005506	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=0.659;SC=TGTTGACAAAACCACTGTGTT;SOR=0.434;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=8;WE=74528301;WS=74528283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr6	74530416	rs11753946	C	T	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=36;PP=1883;ReadPosRankSum=1.787;SC=GTACAGGAGGCGGGGAGGCAG;SOR=0.800;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=63;WE=74530429;WS=74530406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,74:0.72:103
chr6	74530421	rs3005537	A	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=719;ReadPosRankSum=-1.948;SC=GGAGGCGGGGAGGCAGGAAGT;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=27;WE=74530429;WS=74530406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,28:0.28:101
chr6	74533192	rs2917887	T	G	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.163;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.56;ReadPosRankSum=1.221;SOR=0.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr6	75795122	rs112607771	G	GCACA	408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.724;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,17:0.16:108
chr6	75796364	.	G	GTA	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.748;NF=0;NR=10;PP=171;ReadPosRankSum=2.429;SC=AATGGTTAAAGTATATATATA;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=10;WE=75796373;WS=75796354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr6	75797302	rs970547	C	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.064;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=435;ReadPosRankSum=0.208;SC=CCTGGATAGCCTTGCCCGTTG;SOR=1.071;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=29;WE=75797310;WS=75797292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr6	75798722	rs672648	C	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.601;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.578;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr6	75811880	rs556674	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.270;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=124;ReadPosRankSum=0.341;SC=CAGTGTAAGCGTTCAGAATGA;SOR=1.032;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=14;WE=75811888;WS=75811870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr6	75827345	rs41266765	G	T	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=-1.055;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,39:0.35:111
chr6	75830974	rs499018	G	C	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=528;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CAAAGGAAAGGCAAGACATCA;SOR=0.760;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=117;TCF=79;TCR=38;TR=41;WE=75830982;WS=75830964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,48:0.38:126
chr6	75833876	rs240722	C	A	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=746;ReadPosRankSum=1.948;SC=AATTTTATATCGCATTGTTAT;SOR=0.711;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=119;TCF=59;TCR=60;TR=54;WE=75833884;WS=75833866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,60:0.48:125
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chr6	75843845	rs1332778	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=0.701;SC=AAGTAGTGAATAAACGACACA;SOR=0.307;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=7;WE=75843853;WS=75843835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
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chr6	75966269	rs418485	A	G	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=0;PP=35;SC=GTAGTTTCTCAGGTGCTTTTG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=75966277;WS=75966259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr6	75994151	rs240374	A	G	1999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.075;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=33;PP=1371;ReadPosRankSum=-0.566;SC=AGGTGACAAAAATGCCAATGC;SOR=0.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=92;TCR=55;TR=89;WE=75994159;WS=75994141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,90:0.59:152
chr6	76022082	rs9352202	A	G	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=5.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=0.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,63:0.40:157
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chr6	76063133	rs6913979	A	G	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=175;SC=TCAAAAATTGACATTAGACCC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=76063141;WS=76063125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	76124792	rs2808201	G	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=186;ReadPosRankSum=0.223;SC=TTACCACATCGCCAATAAGGA;SOR=0.446;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=12;WE=76124800;WS=76124782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr6	76138146	rs5877455	C	CAG	579.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=265;ReadPosRankSum=-0.554;SC=TCACCACCTCCAGTTTCTGAA;SOR=0.828;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=8;WE=76138154;WS=76138136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr6	76333486	rs655471	G	A	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=130;SC=TGCAAAGACTGTGGTTTGGCC;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=76333494;WS=76333476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	76344431	rs17414086	C	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.761;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=18;PP=564;ReadPosRankSum=-1.824;SC=AGTGAAAATACGCAAAATACG;SOR=1.009;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=157;TCF=99;TCR=58;TR=54;WE=76344439;WS=76344421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,58:0.33:178
chr6	76369054	rs507662	A	G	4131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr6	76376552	rs17414687	G	A	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=37;PP=854;ReadPosRankSum=0.659;SC=TAGAAGCAGCGCTAAATGAAA;SOR=0.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=108;TCR=98;TR=77;WE=76376560;WS=76376542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,87:0.38:227
chr6	76385330	rs17792195	G	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=75;ReadPosRankSum=0.045;SC=ATATATCTTGGTGTAATTTCA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=6;WE=76385338;WS=76385320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr6	76385511	rs2842535	A	G	2389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=51;PP=1313;ReadPosRankSum=-0.668;SC=TTTCCTCACAATTTCCCCCAT;SOR=0.583;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=178;TCF=96;TCR=82;TR=103;WE=76385519;WS=76385501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,115:0.58:199
chr6	76386712	rs35745959	GT	G	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=61.78;MQRankSum=0.431;NF=2;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CTTCTTTTGTGTTTTTTTTTG;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=76386720;WS=76386702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
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chr6	76545684	rs12210963	T	C	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.31;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,40:0.67:60
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chr6	76720990	rs2274349	A	T	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=16;PP=687;SC=CTGCTGGGTCAGTTCTTGCCT;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=76720998;WS=76720980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr6	76744298	rs2274348	C	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=180;ReadPosRankSum=-1.368;SC=GGGAACTGTTCGTGCAGTGTT;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=11;WE=76744306;WS=76744288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr6	76782049	rs1320537	C	A	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=132;SC=CCCGTGAGATCAATTGGTAGC;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=76782057;WS=76782039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	78171941	rs6297	C	T	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
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chr6	79595167	rs146020132	A	ACTTAT	1852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=917;SC=AGAGGTATGTACTTAACAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=15;WE=79595175;WS=79595157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	79612744	rs35533616	CA	C	9525.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.13;MQRankSum=1.853;NF=34;NR=127;PP=2969;ReadPosRankSum=-0.164;SC=TCCCAACCAACAATTACTCCC;SOR=0.860;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=251;TCF=49;TCR=202;TR=161;WE=79612752;WS=79612734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,308:0.64:482
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chr6	79656570	rs2275290	G	A	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.66;ReadPosRankSum=-1.199;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
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chr6	79912189	rs2236543	A	G	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=10;PP=268;SC=CTGTCCAAACACAAGGTGAAG;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=79912197;WS=79912179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	79913379	rs67281239	GA	G	285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=-1.208;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
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chr6	79944096	rs3076135	C	CAG	1351.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=6;PP=1129;SC=GTAGGGGGGACAGAGAGAGGA;SOR=2.368;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=24;WE=79944104;WS=79944086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	79944355	rs9361504	T	G	4707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=80;PP=2671;SC=TGCCTCTGCCTCTGCAGCTGC;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=74;TCR=80;TR=154;WE=79944363;WS=79944345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr6	80196848	rs1875845	C	T	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=1.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=1.941;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,66:0.33:201
chr6	80201519	.	G	GTA	119	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=7;PP=119;QD=18.8571428571;SC=CAGCTGGCATGTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=7;WE=80201528;WS=80201506;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:23,7:0.23:30
chr6	80228541	rs2655655	A	G	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=47;PP=1097;ReadPosRankSum=0.351;SC=AAAATCAGATAAGTAAGAATA;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=96;TCR=113;TR=87;WE=80228549;WS=80228531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,100:0.43:231
chr6	80228673	rs2803195	T	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=91;ReadPosRankSum=1.849;SC=GAGGAGACTATGACAATACTG;SOR=1.051;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=9;WE=80228681;WS=80228663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr6	80341317	rs139243643	A	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr6	80341320	rs6926093	CG	GC	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.84;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	80382916	rs1883878	G	T	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=36;PP=1096;SC=GAGAACTAAGGCACTCTGTCA;SOR=1.163;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=63;WE=80382924;WS=80382906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	80513565	rs149560703	G	GCTCTCTGATATGCCATC	533.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.170;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.718;NF=0;NR=4;PP=2613;ReadPosRankSum=2.406;SC=TCCATCCTGAGCTGCAGGGCA;SOR=0.709;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=4;WE=80513573;WS=80513555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr6	80513740	rs45512496	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=6.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.71;ReadPosRankSum=2.215;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr6	80517147	rs6915687	C	A	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.213;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=825;ReadPosRankSum=-0.516;SC=TTTCTAACAACAAAGTATAAG;SOR=0.380;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=61;WE=80517155;WS=80517137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,69:0.74:93
chr6	80517204	rs6915721	C	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=477;ReadPosRankSum=0.247;SC=TATTTAAAAACGATATATGGG;SOR=0.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=26;WE=80517212;WS=80517194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr6	80580038	rs9361569	T	G	3175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	80631539	rs700483	T	A	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=17;PP=437;SC=GCGTGTTATATACACCAAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=80631547;WS=80631529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	80715838	rs240226	T	G	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=25;PP=753;ReadPosRankSum=0.951;SC=GGCTACATGATGGCAGGGTTT;SOR=0.707;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=123;TCF=69;TCR=54;TR=60;WE=80715846;WS=80715828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,69:0.50:138
chr6	80720487	.	GCAT	G,GTACAT	579.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=816;ReadPosRankSum=0.023;SC=TGGGTGGTGGGCATTTTACTG;SOR=0.551;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=8;WE=80720499;WS=80720477;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.52:29
chr6	80720491	rs199573945	T	TAAAGA	579.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.99;ReadPosRankSum=0.612;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr6	80720733	rs151587	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.35;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr6	80720742	rs239556	A	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.35;ReadPosRankSum=0.253;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr6	80721045	rs239558	A	G	75.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=55;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CTTGGGGACAAGTATTTCCTA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=80721053;WS=80721035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr6	80722857	rs239562	C	T	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr6	80724312	rs239566	A	G	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.42;ReadPosRankSum=-0.112;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
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chr6	80837253	rs9448894	G	T	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=-1.220;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,78:0.56:140
chr6	80878508	rs139630496	A	AAGGAAGGGAGGGAGGGAGGG	783.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=65.31;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr6	80912746	rs3828753	C	T	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=22;PP=1423;SC=CTAATAGTGACATCAGCATTC;SOR=1.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=76;WE=80912754;WS=80912727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	81053642	rs926733	G	A	2217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=49;PP=1394;SC=GGTAAAGTTGGTAAAAGGCAA;SOR=1.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=70;WE=81053650;WS=81053632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	82882980	rs10214788	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.66;ReadPosRankSum=2.816;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr6	82883238	rs197245	T	C	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=241;ReadPosRankSum=1.342;SC=AGAGGAAGAATTGTAAACTCC;SOR=1.136;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=13;WE=82883246;WS=82883228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr6	82898759	rs9361897	G	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=1.323;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr6	82900811	rs9449444	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.580;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=246;ReadPosRankSum=-2.145;SC=TGGTTTGGGGGCTTTTGAAGG;SOR=1.197;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=19;WE=82900819;WS=82900801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr6	82914460	rs9361899	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr6	82921339	rs9341913	G	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=146;ReadPosRankSum=1.556;SC=TACATATTTAGTGAAAAAGAT;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=10;WE=82921347;WS=82921329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr6	82922388	rs9353057	C	T	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=209;ReadPosRankSum=-3.769;SC=TGCCAAAATCCAGACATGAAA;SOR=0.569;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=24;WE=82922396;WS=82922378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,30:0.34:88
chr6	82922571	rs6900750	A	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=0.000;SC=ACATACAACAAAAAATCCAAC;SOR=0.743;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=7;WE=82922579;WS=82922561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr6	82924645	rs6912968	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=0.812;SC=TTTTTTAACAATATTTAGAAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=82924653;WS=82924635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr6	82930437	rs34032511	G	GA	514.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.124;QD=3.16;ReadPosRankSum=-1.491;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,50:0.31:163
chr6	82933309	rs9361904	C	T	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=-3.992;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,40:0.28:141
chr6	82936824	rs372581069	G	GA	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=27;ReadPosRankSum=-0.331;SC=CCTTACAGTTGAAAAAAAAAT;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=4;WE=82936832;WS=82936814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
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chr6	83075914	rs700494	G	A	2922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=50;PP=1648;SC=CCAGATTAACGAACCTCAGTT;SOR=0.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=46;TCR=50;TR=96;WE=83075922;WS=83075904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
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chr6	83822985	rs1925782	G	A	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=24;PP=1394;SC=TCACATTTTCGTGGCAAAAAT;SOR=1.525;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=74;WE=83822993;WS=83822969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	83828724	rs2148010	G	A	5023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=85;PP=2703;SC=TTTGATGTCTGTGGTCATGAT;SOR=0.894;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=85;TCR=85;TR=170;WE=83828732;WS=83828714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr6	83842084	.	CCA	C	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.57;ReadPosRankSum=0.775;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,17:0.11:152
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chr6	83949261	rs1180230	T	C	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.572;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,73:0.44:165
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chr6	84108065	rs4706990	A	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.815;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=161;ReadPosRankSum=0.325;SC=CAAGTTGCATATAAAATAAAA;SOR=1.336;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=19;WE=84108073;WS=84108055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr6	84140772	rs28372716	TGGC	T	477.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=322;SC=ACTGCAGCTGTGGCGGCGGCG;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=84140782;WS=84140762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	84233831	rs504593	G	A	4905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=85;PP=2640;SC=GAGCATCTGCGGGAGAGAGCG;SOR=0.967;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=74;TCR=86;TR=159;WE=84233839;WS=84233821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr6	84284664	rs6941004	G	C	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=481;SC=CAAAATGCACGCTACTTTACA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=84284672;WS=84284654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	84284880	rs2022269	T	A	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.816;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=731;ReadPosRankSum=-0.773;SC=AAACAAAAAATCACAAATCAG;SOR=1.019;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=50;WE=84284888;WS=84284870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,55:0.60:91
chr6	84290137	rs147751300	TAAAG	T	916.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.67;ReadPosRankSum=2.891;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr6	84292139	rs1033653	T	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=221;ReadPosRankSum=1.215;SC=CCATAAAAACTGAATTTAAAA;SOR=0.760;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=16;WE=84292147;WS=84292129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr6	84303342	rs1033655	T	C	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=853;ReadPosRankSum=-0.860;SC=TTGCGGGAACTGGAGGGGCTG;SOR=0.689;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=67;TCR=59;TR=68;WE=84303350;WS=84303332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,78:0.55:142
chr6	84317533	rs7752421	A	T	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.93;ReadPosRankSum=1.107;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,72:0.59:122
chr6	84350654	rs217325	C	G	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=115;SC=AGTTGGATGACACGACTTCCA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=84350662;WS=84350651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	84366385	rs3037027	C	CAAG	4935.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=23;PP=1958;SC=TATTGCCCACCAAGTGAGACA;SOR=1.069;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=36;WE=84366393;WS=84366375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	84368819	rs11368249	TA	T	938.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=3.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.151;QD=7.45;ReadPosRankSum=2.634;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,80:0.63:126
chr6	84375377	rs217302	G	A	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=33;PP=863;SC=GAACATATAAGCCTGTTTACT;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=84375385;WS=84375367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	84764982	rs45563336	C	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=291;ReadPosRankSum=2.289;SC=AACTGTGCAGCTCTGGATGAA;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=26;WE=84764990;WS=84764972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,29:0.32:91
chr6	84772845	rs17730011	A	G	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=407;ReadPosRankSum=-1.647;SC=GTCTGGACCCAGATGCCCGTG;SOR=1.136;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=21;WE=84772853;WS=84772835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr6	85473758	rs172562	C	T	2390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=59;PP=1428;ReadPosRankSum=0.480;SC=TCCACGGCCCCCGCCGCCTCT;SOR=0.695;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=285;TCF=133;TCR=152;TR=111;WE=85473766;WS=85473748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,123:0.40:305
chr6	86180926	rs10944129	A	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.94;ReadPosRankSum=-0.411;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
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chr6	86199329	rs9450284	G	C	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=630;ReadPosRankSum=-0.872;SC=TATGCTCCCAGGCCCAGCTCC;SOR=0.833;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=50;WE=86199337;WS=86199319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,54:0.64:84
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chr6	86240147	rs4640862	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.844;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
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chr6	86248460	rs9294337	T	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.05;ReadPosRankSum=0.396;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
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chr6	87725583	rs6302	C	T	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=41;PP=959;ReadPosRankSum=-0.446;SC=CCATCCAGCACGACCATGTTA;SOR=0.661;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=118;TCR=124;TR=81;WE=87725591;WS=87725573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,83:0.33:254
chr6	87797942	.	C	CA	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=7.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=1.033;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr6	87879217	rs9351117	C	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.515;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=173;ReadPosRankSum=0.267;SC=TCAGCTATTTCATATAAATAA;SOR=1.802;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=10;WE=87879225;WS=87879207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr6	87879378	rs9359738	C	T	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.28;ReadPosRankSum=-2.740;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,48:0.62:77
chr6	87925826	.	GACACACAC	G,GAC	1139.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.912;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.359;QD=35.62;ReadPosRankSum=0.434;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,23,8:0.72,0.25:32
chr6	87942975	rs16878729	A	G	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=115;ReadPosRankSum=1.111;SC=AATATTTCTTATAAGTGTTGG;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=87942983;WS=87942965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr6	87943281	rs16878734	A	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=1.160;SC=ATTATTTTTTAAGTTGAGAAA;SOR=1.863;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=7;WE=87943289;WS=87943271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr6	87953340	rs200888322	C	CT	362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.235;QD=5.50;ReadPosRankSum=-1.274;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr6	87959212	rs41397850	T	G	3352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=73;PP=2026;ReadPosRankSum=3.257;SC=AAACCTTGCTTCTTGTTGCAT;SOR=0.630;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=267;TCF=133;TCR=134;TR=147;WE=87959220;WS=87959202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,160:0.54:299
chr6	87969341	rs16878809	G	A	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.932;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,74:0.57:130
chr6	87970301	rs3812132	C	G	2886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.266;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=73;PP=1862;ReadPosRankSum=-0.189;SC=ATCGGGGGACCAAGCACAGCA;SOR=0.900;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=264;TCF=119;TCR=145;TR=129;WE=87970309;WS=87970291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,136:0.48:282
chr6	87994101	rs41273281	G	A	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.327;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=36;PP=957;ReadPosRankSum=-0.010;SC=GATGAAGATCGTCTTCTCAGT;SOR=0.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=69;TCR=59;TR=78;WE=87994109;WS=87994091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,93:0.62:150
chr6	87994550	rs41273283	G	A	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=619;ReadPosRankSum=-2.697;SC=AGACAAACACGACAGCCAGCC;SOR=0.884;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=45;WE=87994558;WS=87994540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,52:0.51:101
chr6	87994572	rs4707358	G	A	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.984;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=444;ReadPosRankSum=0.395;SC=AATCCATCCAGTCCCAGTGGA;SOR=1.062;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=34;WE=87994580;WS=87994562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,38:0.46:83
chr6	88046967	rs45620640	A	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=237;ReadPosRankSum=1.084;SC=ATTTGATTTTATCATGGAAAT;SOR=0.458;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=18;WE=88046975;WS=88046957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr6	88058675	rs9450659	A	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=101;ReadPosRankSum=0.348;SC=GTTCTTTCACATTTTGGATTT;SOR=0.818;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=8;WE=88058683;WS=88058665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr6	88108048	rs67076383	AGAT	A	5248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.365;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.183;NF=7;NR=68;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.416;SC=GACAGAGAGAAGATGAGTGTT;SOR=0.825;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=177;TCF=18;TCR=159;TR=75;WE=88108058;WS=88108038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,140:0.42:334
chr6	88109304	rs1051550	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=271;ReadPosRankSum=-0.043;SC=GCTTGGGGGTGGGTTGGGGAT;SOR=2.368;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=15;WE=88109312;WS=88109294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr6	88119528	rs11350856	TA	T	776.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.020;NF=6;NR=14;PP=337;ReadPosRankSum=-2.604;SC=ACGGTTTTTTTAAAAAAAATT;SOR=0.491;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=20;WE=88119536;WS=88119518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr6	88119693	rs6454616	G	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=1.782;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
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chr6	88120512	rs6909168	A	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=188;ReadPosRankSum=-0.928;SC=TATACACGAGATATTTTTCTC;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=13;WE=88120520;WS=88120502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
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chr6	88126508	.	CAG	C	1742.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.978;NF=4;NR=19;PP=839;ReadPosRankSum=-0.551;SC=GTTTATTTAACAGAGACTGTG;SOR=0.708;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=65;TCF=7;TCR=58;TR=23;WE=88126517;WS=88126498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,53:0.37:144
chr6	88127819	rs60934391	G	A	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.40;ReadPosRankSum=-1.518;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,41:0.61:67
chr6	88127819	.	GAG	AAA	1360	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=28;NR=10;PP=1360;QD=37.1965230227;SC=TTTGATTGGGGAGAAAAACCC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=38;WE=88127829;WS=88127809;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:27,38:0.58:65
chr6	88127821	rs57091345	G	A	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.69;ReadPosRankSum=-1.072;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,42:0.61:69
chr6	88128089	rs12528249	G	A	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=701;ReadPosRankSum=0.242;SC=TAAAAGAAGCGCTATATAATA;SOR=1.593;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=83;TCF=27;TCR=56;TR=46;WE=88128097;WS=88128079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,48:0.56:85
chr6	88136510	rs12529618	G	A	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=48;SC=TTACTTTGCCGTAATAGTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=88136518;WS=88136500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	88182704	rs9450704	G	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=1.005;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr6	88210467	rs34275744	A	AT	33.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr6	88226641	rs9450723	A	G	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.432;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=751;ReadPosRankSum=0.239;SC=GACTGTACACATTACACTAAG;SOR=0.885;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=113;TCF=48;TCR=65;TR=55;WE=88226649;WS=88226631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,65:0.51:128
chr6	88240358	.	C	CA	35	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5002;HP=10;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=35;QD=11.75;SC=TCTTTCAGCCCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=4;WE=88240366;WS=88240348;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,4:0.33:12
chr6	88251869	rs7773906	T	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=237;ReadPosRankSum=0.670;SC=GACCCCATAATCTGACACAAG;SOR=1.981;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=14;WE=88251877;WS=88251859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr6	88255438	rs4707374	T	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=271;ReadPosRankSum=-0.355;SC=ATAAAGTATATAGTTTCTCAT;SOR=1.085;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=18;WE=88255446;WS=88255428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr6	88274353	rs9450741	C	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=32;ReadPosRankSum=0.571;SC=TGCCACTGCACTCCAGCCTGG;SOR=0.631;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=6;WE=88274361;WS=88274343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr6	88300013	rs9450752	A	G	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=962;ReadPosRankSum=1.205;SC=CTGGCTGGAGAGGAGGGAGGG;SOR=0.578;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=117;TCF=45;TCR=72;TR=64;WE=88300021;WS=88300003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,76:0.57:133
chr6	88303967	rs7750207	A	C	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.506;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=436;ReadPosRankSum=-1.965;SC=CTCTCCCCTAACATCTTTTTT;SOR=0.929;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=30;WE=88303975;WS=88303957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr6	88315741	rs2307391	TA	T	604.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.038;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=353;ReadPosRankSum=-1.779;SC=ATTGTCCAGGTAAAAATATAA;SOR=0.301;Source=Platypus;TCF=2;TR=12;WE=88315749;WS=88315731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr6	88317292	.	CA	C	26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=63.51;NF=1;NR=1;PP=26;QD=19.0;SC=CACATTCTACCAAAAAAAAAA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=2;WE=88317300;WS=88317282;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr6	88317675	rs4706294	G	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=1.354;SC=TTAAAAGTAGGTATTTATTTT;SOR=1.609;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=9;WE=88317683;WS=88317665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr6	88331299	rs7772561	A	G	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=-0.791;SC=GTAGGGAAAGAAATAGTAACC;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=9;WE=88331307;WS=88331289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr6	88331334	rs34542681	TC	T	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=-1.368;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr6	88361017	rs7772351	G	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.161;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr6	88366602	rs1075665	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=-1.492;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr6	88366771	rs2307379	A	G	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=228;ReadPosRankSum=2.535;SC=CTCTAGATTAACTCTGCCTGG;SOR=0.616;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=22;WE=88366779;WS=88366761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr6	88410715	rs35171686	C	T	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.398;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.041;NF=25;NR=42;PP=2566;ReadPosRankSum=0.129;SC=GGGCTGTAGCCTCGCCTCAAA;SOR=1.126;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=134;TCF=55;TCR=79;TR=67;WE=88410723;WS=88410705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,60:0.49:123
chr6	88853635	rs1049353	C	T	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=22;PP=925;ReadPosRankSum=0.400;SC=CAATCTTGACCGTGCTCTTGA;SOR=0.581;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=109;TCF=75;TCR=34;TR=64;WE=88853643;WS=88853625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,76:0.59:129
chr6	89388023	rs11753513	T	C	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.56;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr6	89650922	rs9451108	C	A	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.203;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=34;PP=894;ReadPosRankSum=0.511;SC=GATAGGTAATCATTTCCATAA;SOR=1.196;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=56;WE=89650930;WS=89650912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,58:0.64:91
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chr6	89927155	rs34012805	CA	C	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-1.277;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
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chr6	89974063	rs723041	T	C	5042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=64;PP=2424;SC=CTCTGCCCCCTGGCCCAGAAG;SOR=0.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=99;TCR=64;TR=163;WE=89974071;WS=89974053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr6	89977322	rs58233945	C	CT	1381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.830;NF=8;NR=12;PP=781;ReadPosRankSum=-2.000;SC=ACATATTTTCCTGGGGTTAAG;SOR=0.805;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=20;WE=89977330;WS=89977312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr6	89977906	rs4707535	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=-0.109;SC=CACAACTGAGTAGCTGCCTCC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=89977914;WS=89977896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
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chr6	90039344	rs17798549	T	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=47;ReadPosRankSum=0.617;SC=TTATACCCAATGCAGAATGTT;SOR=0.892;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=6;WE=90039352;WS=90039334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,6:0.19:32
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chr6	90077647	rs200139969	A	AT	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=1.104;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
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chr6	90333599	rs17292811	A	G	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr6	90340276	rs3210511	G	A	4105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=73;PP=2181;ReadPosRankSum=1.448;SC=AGGAGCTGTCGTCTTCTGACT;SOR=0.627;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=273;TCF=150;TCR=123;TR=164;WE=90340284;WS=90340266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,189:0.62:307
chr6	90340446	rs61739327	C	T	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=755;ReadPosRankSum=-0.310;SC=GCCCAGCAACCCGCAGCCAGC;SOR=0.708;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=171;TCF=92;TCR=79;TR=59;WE=90340454;WS=90340436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,67:0.35:194
chr6	90360406	rs56396054	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.864;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=93;ReadPosRankSum=0.999;SC=ATGAAGCTGCCGTCTTCTCAG;SOR=0.053;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=8;WE=90360414;WS=90360396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr6	90360757	rs9359858	A	G	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=636;SC=CTTCCAGCTGAGGGTGGTGGC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=90360765;WS=90360747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	90361811	rs761729	G	A	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=8;PP=618;SC=GGTCCTTTTTGTTAAGGTAAT;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=90361819;WS=90361801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	90362783	rs4707557	A	C	2641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.34;ReadPosRankSum=1.202;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,127:0.59:214
chr6	90366307	rs2273242	A	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=180;ReadPosRankSum=1.132;SC=ATGCAACAACAACAAAAAAAC;SOR=1.473;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=15;WE=90366315;WS=90366297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr6	90366329	rs202054662	CT	C	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.669;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr6	90368380	rs34732313	G	A	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.267;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=22;PP=962;ReadPosRankSum=-0.208;SC=CTTCTTCATCGGCTTCCTTGT;SOR=0.400;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=126;TCF=88;TCR=38;TR=60;WE=90368388;WS=90368370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,60:0.42:142
chr6	90371202	rs9444701	G	A	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.18;ReadPosRankSum=1.009;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,90:0.68:133
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chr6	90371986	rs3818132	C	T	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.698;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=480;ReadPosRankSum=0.348;SC=AAAAAACAATCATCACACTCA;SOR=1.182;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=30;WE=90371994;WS=90371976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr6	90372574	rs36040566	A	C	4206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-1.960;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,219:0.45:491
chr6	90374117	rs188816944	T	C	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=4;PP=681;ReadPosRankSum=-0.503;SC=CAAAAGATTATATTGGGTTCC;SOR=0.046;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=56;TCF=52;TCR=4;TR=39;WE=90374125;WS=90374107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,47:0.73:64
chr6	90381849	rs7764076	A	G	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=322;SC=CGTGGAGGGAAGTAAAGCCCA;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=90381857;WS=90381839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	90385754	rs9451261	A	G	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=4;PP=565;SC=CTGAGAATACAGCCCTGGGAT;SOR=3.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=90385762;WS=90385744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	90387233	rs6454769	C	T	2079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=20;PP=1261;SC=ACAAGGAGTTCTAAATTACTT;SOR=1.578;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=67;WE=90387241;WS=90387223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
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chr6	90390443	rs9353689	C	A	2263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.001;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=44;PP=1213;ReadPosRankSum=1.401;SC=GAAGGAGCAGCGCCCTGACAC;SOR=0.384;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=146;TCF=69;TCR=77;TR=92;WE=90390451;WS=90390433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,104:0.65:160
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chr6	90432584	rs2016744	A	T	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.40;ReadPosRankSum=-0.158;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
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chr6	90450135	rs2180140	A	G	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=497;ReadPosRankSum=0.625;SC=AAGGGCTTATACAATCTTTCT;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=28;WE=90450143;WS=90450125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
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chr6	90459454	rs4053618	G	A	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=512;ReadPosRankSum=1.179;SC=CTTTTCTCATGGCATCAATAA;SOR=0.745;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=35;WE=90459462;WS=90459444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,39:0.55:71
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chr6	90463151	rs200648392	A	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.18;ReadPosRankSum=0.432;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
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chr6	90468465	rs6937244	C	A	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.859;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=6;PP=782;ReadPosRankSum=-0.430;SC=ACAACAACAACAAAAAATCTC;SOR=1.734;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=67;TCF=56;TCR=11;TR=42;WE=90468473;WS=90468455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
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chr6	91281634	rs35467094	TA	T	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=1.202;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr6	91296420	rs282070	C	G	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=41;NR=13;PP=959;SC=TCAGAGCCGGCACCAGGCAGA;SOR=1.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=54;WE=91296428;WS=91296410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
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chr6	94067981	rs164544	C	T	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,47:0.36:130
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chr6	94124530	rs540816	C	A	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.549;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr6	95173764	rs1322420	C	T	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr6	96034612	rs62417813	G	A	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.272;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=883;ReadPosRankSum=2.471;SC=TACCACCTCTGAACAATTATC;SOR=1.128;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=120;TCF=74;TCR=46;TR=58;WE=96034620;WS=96034602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,67:0.49:138
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chr6	97339078	rs6684	A	G	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=-1.017;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,24:0.34:70
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chr6	97339275	rs34213186	C	CA	545.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.8209;FS=2.706;HP=10;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=175;ReadPosRankSum=-1.831;SC=TACCTAGTATCAAAAAAAAAA;SOR=0.269;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=16;WE=97339283;WS=97339265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr6	97575196	rs2206094	C	T	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	97575423	rs1612775	G	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=11;PP=284;SC=AATGCCAAGTGTACACACACA;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=97575431;WS=97575413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	97578888	rs2387931	A	G	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=16;PP=385;SC=AACTTGTTTCATAGACATCTT;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=97578896;WS=97578878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	97613163	rs1209290	T	C	3961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=88;NR=47;PP=2108;SC=ATGATATTGGTGGAATAGTGG;SOR=1.298;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=89;TCR=47;TR=135;WE=97613171;WS=97613153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
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chr6	97627519	rs12202912	C	T	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=15;PP=397;SC=AACATTCTAACATCCCTGCAA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=97627527;WS=97627509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	97630016	rs199987050	G	GT	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,15:0.24:62
chr6	97677118	rs9481410	G	A	5191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr6	97679540	rs34952523	GA	G	1381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=21.93;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	97694582	rs113639235	A	ATAG	2031.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=812;SC=AAGGGAGAAAATAGTGCATCA;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=97694590;WS=97694572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	97702313	rs67917473	AATTT	A	428.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=424;SC=ATACATAAATAATTTATCTCT;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=10;WE=97702324;WS=97702303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	99283376	rs195860	T	G	7888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=144;NR=114;PP=2965;SC=AGCCGGCCGGTCTGCACCACC;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=144;TCR=114;TR=258;WE=99283384;WS=99283366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr6	99353272	rs6935315	A	G	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=2.732;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,42:0.38:111
chr6	99572651	rs11755926	G	A	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.27;ReadPosRankSum=-1.432;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,71:0.43:165
chr6	99572771	rs35787630	AT	A	251.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.95;ReadPosRankSum=-1.692;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr6	99771540	rs221527	T	C	3794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=73;PP=1884;SC=AATAAGCTAATGTCCTGGAAT;SOR=1.047;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=60;TCR=73;TR=133;WE=99771548;WS=99771530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr6	99781218	rs11757364	G	A	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.911;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=405;ReadPosRankSum=1.348;SC=CACCCCAGAGGGGACTCACCA;SOR=1.609;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=25;WE=99781226;WS=99781208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr6	99796886	rs2388906	T	G	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=3;PP=700;SC=TCTGGGCAGCTTGACCGAGGG;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=38;WE=99796894;WS=99796876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr6	99817601	rs4144164	A	G	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=33;PP=1079;SC=TTCACAGCATAAGCTGCATAG;SOR=0.980;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=62;WE=99817609;WS=99817591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr6	99883842	rs7745005	C	T	210.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=200;SC=ACCTGAGAAGCCTGTTTTTTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=99883850;WS=99883832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	99893938	rs4504482	T	C	4998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=69;PP=2965;SC=AATCTTGATCTCCAGTTACAG;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=94;TCR=69;TR=163;WE=99893946;WS=99893928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
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chr6	99951750	rs6934692	G	A	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=16;PP=442;SC=ACCTGAAAAAGTATAAAATTT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=33;WE=99951758;WS=99951740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	99955243	rs11410603	G	GA	434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.459;QD=18.90;ReadPosRankSum=0.087;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
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chr6	99993188	rs330806	C	A	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=212;SC=ACTACACAACCCTCAGAAAAC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=99993196;WS=99993178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	100006244	rs486881	T	G	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=133;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=3;PP=241;SC=AGATATAAAGTTATCCTCAGG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=100006252;WS=100006234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr6	100896243	rs3213541	A	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=107;ReadPosRankSum=0.590;SC=TCCAGGGCCGATTCAGTCGCC;SOR=0.223;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=7;WE=100896251;WS=100896233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
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chr6	100896569	rs3734353	T	G	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.36;ReadPosRankSum=-1.775;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
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chr6	100957763	rs34448975	C	CA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.756;QD=0.96;ReadPosRankSum=-0.044;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr6	100964147	rs240780	G	C	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,37:0.39:95
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chr6	102503317	rs2227283	G	A	5657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=104;NR=82;PP=2965;SC=CAGAAGAGGAGAGCAAAGAGG;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=106;TCR=83;TR=186;WE=102503325;WS=102503307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr6	102513865	rs1034253	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.687;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=161;ReadPosRankSum=-1.186;SC=CCACATAAATCCTTTAATAGA;SOR=1.150;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=15;WE=102513873;WS=102513855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr6	105192107	rs72218235	TAAC	T	1212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.142;QD=16.39;ReadPosRankSum=-0.623;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
chr6	105192363	rs148379395	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.687;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr6	105198124	rs55772282	T	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=100;ReadPosRankSum=-2.670;SC=CATTATTTCATTCATCATAAT;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=105198132;WS=105198118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr6	105198267	rs7752614	A	G	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.363;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,55:0.46:119
chr6	105218982	rs7770269	A	G	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.707;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=459;ReadPosRankSum=-0.312;SC=AAGTTTTTCTACAAGTGCCAG;SOR=0.325;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=34;WE=105218990;WS=105218972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,37:0.47:78
chr6	105219773	rs7741145	T	C	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-0.871;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,52:0.44:118
chr6	105228483	rs2124434	C	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=277;ReadPosRankSum=0.576;SC=GTGAGAGCAACTTGCCAATAT;SOR=0.877;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=16;WE=105228491;WS=105228473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr6	105231930	rs35543340	A	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=-1.521;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr6	105232204	rs2290515	C	T	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=456;SC=TTGAATAGTACGAGAAATAGT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=105232212;WS=105232194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	105232233	rs9322817	A	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.807;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=296;ReadPosRankSum=-0.310;SC=TGTTTAGATGAAACTGTAAGT;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=18;WE=105232241;WS=105232223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr6	105232460	rs71763197	C	CA	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=122;ReadPosRankSum=0.190;SC=GCTTCTAAACCAAAAAAAAAA;SOR=0.948;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=13;WE=105232468;WS=105232450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr6	105232827	rs375598261	GA	G	1007.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=482;ReadPosRankSum=-0.586;SC=ATCTATCAGAGAAAAAAAAAA;SOR=0.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=33;WE=105232835;WS=105232817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,63:0.62:101
chr6	105244526	rs6918700	A	T	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=14;PP=617;SC=CACAAATACAATACCATGTTT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=37;WE=105244534;WS=105244516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr6	105259152	rs2168394	C	T	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=28;PP=1294;SC=TATATATGAGCATATATAGCA;SOR=1.046;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=48;TCR=28;TR=76;WE=105259160;WS=105259142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	105300074	.	CTG	C,CTGTGTG	585.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.41;ReadPosRankSum=1.967;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,21,10:0.55,0.26:38
chr6	105300105	.	C	CGT	442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.737;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr6	105300262	rs10635352	C	CAG	1245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.058;NF=3;NR=15;PP=626;ReadPosRankSum=1.000;SC=TAAAAAAAAACAAAGAGTTCA;SOR=0.598;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=18;WE=105300270;WS=105300242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr6	105388405	rs7766336	T	G	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.76;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	105405220	rs61701350	T	TC	506.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=18;PP=519;SC=TCTTAGACCGTCCCCCCCTTC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=18;WE=105405228;WS=105405210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	105406274	rs17065417	A	C	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.731;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=359;ReadPosRankSum=-0.119;SC=GAAAGACAAAATCTTCCCTGA;SOR=1.467;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=21;WE=105406282;WS=105406264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr6	105505969	rs62419624	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.070;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=173;ReadPosRankSum=1.001;SC=CCTGGCTTGACGGTGCATTTT;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=16;WE=105505977;WS=105505959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,17:0.27:63
chr6	105548850	rs221657	C	T	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=2;PP=573;SC=CCTCCGACTCCACCAGTCTGG;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=105548858;WS=105548847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	105577172	rs9404603	A	G	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=504;SC=TATGCTAGATACTTACTCTTA;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=105577180;WS=105577162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	105577199	rs72932419	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.705;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr6	105577224	rs9404604	A	C	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=13;PP=697;SC=CTTTAAAATCACTTCCTTATT;SOR=1.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=105577232;WS=105577214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	105577401	rs4946656	C	T	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	105595261	rs1190274	G	A	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	105602108	rs1190280	T	G	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=6;PP=567;SC=TATTTATGGCTTTTGTCAAAC;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=105602116;WS=105602098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	105614533	rs41285464	T	A	2693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=-3.183;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,138:0.48:289
chr6	105614712	rs1190292	T	G	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=261;ReadPosRankSum=-0.412;SC=GGGTTACATATTCAAGCATTT;SOR=0.641;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=20;WE=105614720;WS=105614694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr6	105614743	.	TTG	T,TTGTGTG	299	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=15;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1,1;NR=7,7;PP=153,299;QD=19.5;SC=ACATAGATGGTTGTGTGTGTG;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=8,8;WE=105614752;WS=105614733;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.50:16
chr6	105776866	rs12192054	A	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=1.341;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr6	105821449	rs9486069	A	G	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.26;ReadPosRankSum=-1.356;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr6	105821512	rs9500087	T	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=81;ReadPosRankSum=-0.725;SC=CCACGGTCCTTTATGCCATCT;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=9;WE=105821520;WS=105821502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr6	105823966	rs9486071	A	G	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=147;ReadPosRankSum=1.270;SC=TGAGGGTCTTAGGAGTTCCAC;SOR=0.269;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=12;WE=105823974;WS=105823956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr6	105845906	rs6910880	G	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=61;ReadPosRankSum=0.235;SC=GGACAAAAATGCTAATTGGCT;SOR=0.260;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=7;WE=105845914;WS=105845896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr6	105850846	rs115563721	C	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=-1.566;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr6	106547372	rs811925	C	G	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,63:0.44:142
chr6	106555025	rs1010273	G	A	5519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=1.641;SC=CTGCGGCCCCGGCGCCTGGGC;SOR=0.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=422;TCF=209;TCR=213;TR=255;WE=106555033;WS=106555015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,270:0.60:447
chr6	106899726	rs12197698	T	C	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=-1.259;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,29:0.34:86
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chr6	106959936	rs783420	G	C	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.650;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=399;ReadPosRankSum=0.146;SC=GCCCCTAACGGAGCCCCCAGT;SOR=0.799;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=91;TCF=50;TCR=41;TR=33;WE=106959944;WS=106959926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,39:0.39:101
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chr6	107001456	rs1770731	A	T	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
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chr6	107003810	rs2066202	T	C	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=45;PP=1047;SC=CAGAAATGTATGCCTCATATA;SOR=1.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=69;WE=107003818;WS=107003800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	107006347	rs4946763	T	C	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=17;PP=916;SC=AACATTGTTTTTGTTCCTCAA;SOR=1.453;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=52;WE=107006355;WS=107006337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr6	107069273	rs1870867	T	C	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.578;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,51:0.50:103
chr6	107076783	rs1987623	A	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.547;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=188;ReadPosRankSum=0.812;SC=CAGTGCTCCTAGGAGAGGTAG;SOR=1.172;Source=Platypus;TCF=31;TR=19;WE=107076791;WS=107076773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,21:0.31:68
chr6	107088886	rs142129006	CTAAT	C	473.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.384;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.226;NF=1;NR=8;PP=347;ReadPosRankSum=1.641;SC=TAATCTCAGACTAATTATATC;SOR=0.235;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=9;WE=107088897;WS=107088876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr6	107097123	rs34503502	AAC	A	1513.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=718;SC=CCCAAATACAAACAGTCATAA;SOR=1.209;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=107097132;WS=107097113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	107113715	rs2015205	G	A	4264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=73;NR=55;PP=2006;SC=CAATAGGACTGCAGTTTATTG;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=73;TCR=56;TR=128;WE=107113723;WS=107113705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr6	107113953	rs2169463	C	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=759;ReadPosRankSum=-2.422;SC=CTTTGGGAGGCCAAGGCGAGC;SOR=0.395;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=16;WE=107113975;WS=107113943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr6	107113963	rs9373889	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=2.751;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
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chr6	107351195	.	G	GT	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.983;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr6	107351457	rs1665924	G	T	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=34;PP=1045;SC=AGACTTTGCTGTTCTCTGAGT;SOR=1.214;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=58;WE=107351465;WS=107351447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	107361476	rs311207	A	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	107365376	rs7767291	C	T	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=7;PP=345;SC=AGTTTTGTTACGTGGATATAC;SOR=1.101;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=107365384;WS=107365366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	107365411	rs311249	G	T	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=13;PP=434;SC=GTCTGGGCTTGAGTGTACCCA;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=107365419;WS=107365401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr6	107420516	rs4946811	A	C	4880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=72;PP=2965;SC=TAAAAAGACAAAGACAATGTG;SOR=0.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=95;TCR=73;TR=167;WE=107420524;WS=107420506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr6	107827753	rs17068251	T	C	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=10;PP=283;SC=ACCTTATAGGTAAGAAATGTT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=107827761;WS=107827743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	107956095	rs9486659	A	G	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.44;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	108026317	rs1546962	G	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=10;PP=619;SC=GGAGAGTCTAGTTTGTGATGT;SOR=1.536;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=31;WE=108026325;WS=108026307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr6	108026455	rs1546960	A	G	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=34;PP=1088;SC=GTTTCAGTGCAGGTCCCAGCT;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=72;WE=108026463;WS=108026445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	108041801	rs11751218	G	T	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.74;ReadPosRankSum=1.027;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
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chr6	108042334	rs846978	T	C	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=18;PP=572;SC=GAAATGAACCTCACAACATAA;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=108042342;WS=108042324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr6	108194241	rs579120	T	C	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=30;PP=894;SC=AAAGTCCTAATAAATGTTACT;SOR=2.191;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=40;WE=108194249;WS=108194231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	108197998	rs570558	A	G	161.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=133;SC=CAAAATAGGTATTCAAATGAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=108198006;WS=108197988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr6	108219063	rs9373986	T	C	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=24.88;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr6	108230346	rs617920	A	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.977;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=-1.356;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
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chr6	108234721	rs190242037	C	T	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.777;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=662;ReadPosRankSum=-0.601;SC=CCAACCAACTCATTTCTTAGA;SOR=0.452;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=47;WE=108234729;WS=108234711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,47:0.51:92
chr6	108243115	rs142388422	T	TGGG	714.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=4.054;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,54:0.39:138
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chr6	108243123	rs139413431	AAC	A	160.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=-1.246;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,36:0.28:128
chr6	108277287	rs9486756	C	A	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr6	108375581	rs10484902	T	C	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=101;ReadPosRankSum=-0.737;SC=ACTAACTCCTTTACATCATGA;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=7;WE=108375589;WS=108375571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
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chr6	108831463	rs138360237	A	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.254;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=288;ReadPosRankSum=-0.094;SC=TTTTGATACAATATTTTTACG;SOR=1.038;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=20;WE=108831471;WS=108831453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr6	109201129	rs17316116	A	C	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=-1.442;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,66:0.42:158
chr6	109330758	rs148473451	CG	C	211.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=5;PP=116;SC=GCACGGACGGCGGGGGGGCGG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=109330766;WS=109330748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	109468136	rs61738623	A	G	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=-1.064;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,75:0.47:161
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chr6	109479691	.	C	CA	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=30;QD=10.5;SC=GACCCTATCTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=4;WE=109479699;WS=109479681;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,4:0.25:16
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chr6	109691554	rs3831331	G	GTA	12346.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=81;PP=2957;SC=GGCAGAAATTGTAAAGGGCAA;SOR=0.723;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=110;TCF=28;TCR=82;TR=104;WE=109691562;WS=109691544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr6	109703391	rs1885691	C	T	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=14;NR=4;PP=257;SC=GGGAAGCCCACAGGGCCCGCG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=109703399;WS=109703381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	109721228	rs4946972	A	C	3454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=45;PP=2079;SC=TAGATCTACAATATACATACC;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=72;TCR=45;TR=117;WE=109721236;WS=109721218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr6	109752565	rs58424410	C	CA	407.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.456;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.449;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr6	109761352	rs142756236	GGT	G	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.14;ReadPosRankSum=-0.227;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,27:0.11:257
chr6	109761437	rs4945831	A	G	8683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr6	109762600	rs749621	A	C	2799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=64;PP=1909;SC=CGACCGCATGAGGCGCCTGGG;SOR=1.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=28;TCR=64;TR=92;WE=109762608;WS=109762590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	109763947	rs35444917	TC	T	8213.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=101;PP=2969;SC=CCAACCTGGTTCCCCCAGCCA;SOR=0.899;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=165;TCF=51;TCR=114;TR=150;WE=109763955;WS=109763937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr6	109764404	rs1476386	C	T	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=34;PP=1574;SC=GTGGGGTAGCCGGGAGCTGGT;SOR=1.109;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=51;TCR=34;TR=85;WE=109764412;WS=109764394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr6	109764535	rs1476387	G	T	10042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr6	109767631	rs6149743	T	TGTGGTCTGGTCAGTGACCTGCCCAGG	3766.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=14;PP=2965;SC=AAAGCCACCATGTGGAGTGAG;SOR=0.855;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=21;WE=109767652;WS=109767621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	109767644	rs75070108	C	T	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=26;PP=962;SC=GGAGTGAGGTCGGGGGGTGAG;SOR=1.257;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=46;WE=109767652;WS=109767621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	109767803	rs9480959	A	T	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=38;PP=1277;SC=ATGCTAGTAGAAGACGACATT;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=79;WE=109767811;WS=109767793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	109767930	rs9320288	G	T	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr6	109768295	rs910730	G	A	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=58;NR=25;PP=1327;SC=GGTGCTGCTCGTAGCCACCTG;SOR=1.361;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=58;TCR=25;TR=83;WE=109768303;WS=109768285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	109768713	rs41288560	G	A	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=8;PP=583;SC=GCGTACAGATGAACACAAGGG;SOR=1.536;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=28;WE=109768721;WS=109768703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	109769216	rs4946975	A	C	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	109769300	.	G	GACACACACACACAC	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=305;SC=TCCTCTTTCTGACACACACAC;SOR=2.833;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=109769308;WS=109769290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	109769336	rs111385895	TCACACACA	T	776.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;QD=38.84;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	109770808	rs752260	T	C	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=22;PP=730;SC=GGGCCTGACCTGGGGGAAGGG;SOR=1.547;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=109770816;WS=109770798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	109771827	rs148589234	C	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.42;ReadPosRankSum=0.078;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr6	109775366	rs4946977	C	T	3706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=79;PP=2237;SC=TCAAAGTGGGCATGCGCTGGG;SOR=1.510;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=42;TCR=79;TR=121;WE=109775374;WS=109775356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr6	109775436	rs2277113	T	C	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=40;PP=977;SC=TGGGCAGAGATGAGTGGCTGG;SOR=1.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=57;WE=109775444;WS=109775426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	109786980	rs3734652	T	C	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	109797304	rs2236084	A	G	3948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=47;PP=2335;SC=AGAACAATATAAACCTAATGT;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=78;TCR=47;TR=125;WE=109797312;WS=109797294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr6	109798283	rs2232441	T	C	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=21;PP=634;SC=CAATAAAATTTTGGAAGCTGA;SOR=3.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=109798291;WS=109798273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	109815351	rs7755941	T	C	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=36;PP=1173;SC=TGGTTTCTTTTCTTAGTGCCA;SOR=1.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=65;WE=109815359;WS=109815341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	109815440	rs7773950	A	G	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=296;SC=ATATGGTTAGATGACCAGTTA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=109815448;WS=109815430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	109818529	.	T	TCACA	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.637;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=8.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.711;QD=5.99;ReadPosRankSum=0.371;SOR=2.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
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chr6	109818569	rs3932481	T	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=1.001;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
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chr6	109837859	rs10872035	T	C	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=48;PP=1375;SC=AGGAAGAAAATATTCCCTTTT;SOR=3.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=55;WE=109837867;WS=109837849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	109837879	rs7773915	A	G	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=648;SC=TACTATACATATAAAATATGT;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=109837887;WS=109837869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	109849810	rs148271752	C	CTGCAGT	6517.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=31;PP=2984;SC=TGCTTTGTGCCTGCAGTTGCA;SOR=0.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=49;WE=109849818;WS=109849800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr6	109850199	rs72331392	AAC	A	896.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.832;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=1.621;SC=TGAAAAAAAAAACAAAACTAC;SOR=0.916;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=16;WE=109850208;WS=109850189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr6	109863238	rs9386812	A	C	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	109863419	rs202139261	G	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=162;ReadPosRankSum=-0.705;SC=AAAACTCTATGCTAATAATTG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=13;WE=109863427;WS=109863409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr6	109871163	rs9400294	G	A	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=5;PP=616;SC=CACCGCGCCCGGCCTAGATAT;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=109871171;WS=109871153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	109886159	rs10872047	C	T	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=143;SC=ATATGAAATGCCTAATAGAAA;SOR=2.147;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=109886167;WS=109886149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	109900765	rs1998813	C	A	5968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr6	109906329	rs71770197	GCTT	G	1689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=13;PP=655;SC=ATTTTACCTTGCTTCTTCTTC;SOR=0.743;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=14;WE=109906339;WS=109906319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	109931580	rs56107923	T	C	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=17;PP=946;SC=CTCCAAGGACTTCCTGTAAGA;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=109931588;WS=109931570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	109935560	rs55895756	C	A	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=48;PP=1596;SC=ATGATTTGGTCAATAACATCA;SOR=1.130;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=83;WE=109935568;WS=109935550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr6	109954065	rs146518695	C	CATAG	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.309;NF=2;NR=2;PP=181;ReadPosRankSum=-0.049;SC=GACAGATAGACATAGATAGAT;SOR=0.813;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=4;WE=109954073;WS=109954055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr6	109954252	rs1406957	C	T	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chr6	109982160	rs2016207	C	T	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=29;PP=813;SC=TCCTTTAGAACATGATGAAAG;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=54;WE=109982168;WS=109982150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	109993291	rs12197838	G	A	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=35;PP=1034;SC=TGTAATCATAGTTACTTTGAA;SOR=1.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=60;WE=109993299;WS=109993281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	110036274	rs56378532	T	C	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	110048489	rs11459279	C	CT	279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.958;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
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chr6	110053824	rs11377100	G	GT	1074.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=16;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=298;ReadPosRankSum=0.377;SC=AATGTACTTTGTTTTTTTTTT;SOR=0.594;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=24;WE=110053832;WS=110053814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,65:0.87:75
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chr6	110110943	rs9384723	G	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.545;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=196;ReadPosRankSum=0.432;SC=CTTGCAATATGATTTCCACCA;SOR=0.160;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=15;WE=110110951;WS=110110933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr6	110113763	rs200535694	CT	C	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=1.901;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,36:0.26:136
chr6	110113889	rs192209196	A	G	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,29:0.32:91
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chr6	110146303	rs1127771	G	A	4018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.653;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=93;PP=2509;ReadPosRankSum=0.094;SC=CACCCATCTCGGCTTTCTCGC;SOR=0.928;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=275;TCF=132;TCR=143;TR=171;WE=110146311;WS=110146293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,187:0.62:302
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chr6	110775027	rs62421689	A	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=-0.654;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
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chr6	110778128	rs714368	T	C	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.37;ReadPosRankSum=2.075;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,60:0.45:133
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chr6	110797214	rs2428188	C	G	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.04;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	110797563	rs2494551	A	C	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=18;PP=1328;SC=AAGCCCAGCTAGGGGCCGGCG;SOR=2.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=66;WE=110797571;WS=110797553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	110797605	rs2494552	G	A	6394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.35;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr6	110797612	rs6920997	A	G	6758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.98;SOR=1.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr6	110797703	rs150666553	CCGCGGG	C	11588.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.92;SOR=1.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr6	110797713	.	C	CCACCCCT	12060.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=79;PP=2319;SC=CCGCGGGGCCCCTCCCCCATA;SOR=1.685;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=109;TCF=29;TCR=80;TR=103;WE=110797721;WS=110797693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr6	110797821	rs11153236	A	G	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=74;PP=2211;SC=AGCTCCGGGGACTGCGGGTAG;SOR=2.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=43;TCR=74;TR=117;WE=110797829;WS=110797811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr6	110797905	rs6922017	G	C	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=27;PP=632;SC=ACCAGCGCGAGGCTGTATTCT;SOR=4.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=110797913;WS=110797895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	111213927	rs34637914	T	TC	308.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=4;PP=133;SC=TCGGTCTTTTTCCCCCCCCAG;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=6;WE=111213935;WS=111213917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	111280567	rs62420353	G	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=56;ReadPosRankSum=-0.137;SC=ACCTTACAAAGTAGTGAACTC;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=6;WE=111280575;WS=111280557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr6	111281584	.	G	GT	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.416;SOR=0.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
chr6	111346806	rs1044387	C	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.24;ReadPosRankSum=0.999;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr6	111346806	.	CTG	TTA	458	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=7;NR=10;PP=458;QD=30.0863455801;SC=CCAGCCACTACTGTTTCATTG;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=17;WE=111346816;WS=111346796;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr6	111346808	rs1044388	G	A	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.86;ReadPosRankSum=0.679;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr6	111346843	rs1044389	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=-1.474;SC=ATTATCAAGCGTCAATCCATT;SOR=0.275;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=11;WE=111346851;WS=111346833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr6	111527988	rs402940	G	A	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=5.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.11;ReadPosRankSum=-0.772;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,54:0.58:93
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chr6	111543067	rs193282	G	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.520;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
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chr6	111695073	rs455645	C	T	2505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=54;PP=1524;ReadPosRankSum=-0.395;SC=CTTCTGATAACGACCTCGGTT;SOR=0.663;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=120;TCR=107;TR=113;WE=111695081;WS=111695063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,124:0.49:252
chr6	111695268	rs455732	C	T	4399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.793;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=98;PP=2567;ReadPosRankSum=1.603;SC=CCGCTATGCACACAATCTGCT;SOR=0.715;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=353;TCF=185;TCR=168;TR=196;WE=111695276;WS=111695258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,212:0.54:392
chr6	111695887	rs462779	G	A	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=896;ReadPosRankSum=-0.206;SC=CTTAAGTGTTGTATGCTTTCT;SOR=0.668;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=111;TCF=53;TCR=58;TR=68;WE=111695895;WS=111695877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,76:0.60:126
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chr6	111696852	rs458486	T	C	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=690;ReadPosRankSum=0.749;SC=TTTCTAACGTTCCATCTCCAA;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=47;WE=111696860;WS=111696842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,58:0.57:101
chr6	111711232	rs11376056	C	CG	1317.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=10;PP=766;SC=CCACCACACCCGCCGGTCATT;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=17;WE=111711240;WS=111711222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	111793561	rs7772141	T	C	196.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=147;SC=GTTATACTTCTTTGTAATCGT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=111793569;WS=111793551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	111884058	rs2280985	A	G	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr6	111901453	rs1043730	G	T	2819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	111918865	rs174393	G	A	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.39;SOR=3.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	111918869	rs11153302	A	G	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.56;SOR=3.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	111919108	rs6941014	T	C	2359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=49;PP=1265;SC=CAGAGGGCGGTGCCTGGATTG;SOR=1.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=79;WE=111919116;WS=111919098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr6	112024290	rs150477486	C	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=364;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TATCAGCTTGCTTTTTAGGCC;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=19;WE=112024298;WS=112024280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr6	112406955	rs45605633	G	A	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.157;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=549;ReadPosRankSum=-0.207;SC=TCCTACAAAAGATAAAGTAAT;SOR=0.934;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=120;TCF=63;TCR=57;TR=49;WE=112406963;WS=112406945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,55:0.41:135
chr6	112450390	.	ATG	A	83	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=83;QD=31.0;SC=GTGTGTGTGCATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=3;WE=112450399;WS=112450380;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,3:0.17:18
chr6	112493872	rs1050348	A	G	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	112506375	rs9374309	G	A	2566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=32;PP=1505;SC=TGACCAGCCAGCCTCACATCA;SOR=1.109;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=85;WE=112506383;WS=112506365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr6	112506583	rs6908219	G	T	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=34;PP=946;SC=ATAGTCAATGGGCACACCAGG;SOR=1.888;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=112506591;WS=112506573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	112508035	rs9400521	C	T	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=11;PP=366;SC=ATATGGAGGGCCAACTGTATT;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=112508043;WS=112508025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	112508769	rs9387061	TG	GT	4554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr6	114178831	rs113531174	C	CGCT	936.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.617;NF=7;NR=12;PP=1665;ReadPosRankSum=1.064;SC=TTGCCGCCGCCGCTGCTGCTG;SOR=0.694;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=19;WE=114178839;WS=114178821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr6	114279783	rs2243356	A	T	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=12;PP=656;SC=CATTTATCAAAGCAAAACTAC;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=114279791;WS=114279773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr6	116288912	rs11398565	T	TAA	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=-1.228;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr6	116323910	rs1338667	T	A	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.593;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=38;PP=959;ReadPosRankSum=0.166;SC=TACCACATTGTCTCAGTGTCA;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=70;TCR=68;TR=77;WE=116323918;WS=116323900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,88:0.57:155
chr6	116324898	rs3798227	A	G	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=296;ReadPosRankSum=0.858;SC=TATTACTCTTAAGTAGTTTAG;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=18;WE=116324906;WS=116324888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr6	116325142	rs3756772	C	T	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=644;ReadPosRankSum=1.383;SC=TCTGATCTTCCGATTGCTCCA;SOR=0.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=32;TCR=61;TR=46;WE=116325150;WS=116325132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,49:0.49:100
chr6	116427506	rs56295720	CT	C	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.60;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,32:0.84:38
chr6	116429623	rs517352	T	A	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.429;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr6	116439220	rs515745	A	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=32;ReadPosRankSum=0.048;SC=GATTTAATTTAAGCTTAAATA;SOR=1.002;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=6;WE=116439228;WS=116439210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr6	116441229	rs111661664	T	TGGG	939.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=717;ReadPosRankSum=-0.250;SC=ATTAGCTCTGTGTGTACTCAC;SOR=0.602;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=14;WE=116441237;WS=116441219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr6	116446576	rs1064583	A	G	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.12;ReadPosRankSum=-0.238;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,72:0.56:128
chr6	116542500	rs12193974	T	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=89;ReadPosRankSum=0.579;SC=TTTTAAACAATGCTGAGTGAC;SOR=0.631;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=11;WE=116542508;WS=116542490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr6	116574455	rs2232472	G	A	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=447;ReadPosRankSum=-0.304;SC=TGCGCTGCATGTGGAGCCTTC;SOR=0.670;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=94;TCF=68;TCR=26;TR=37;WE=116574463;WS=116574445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,46:0.43:108
chr6	116575083	rs2232470	C	A	3189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=83;PP=1951;ReadPosRankSum=-1.173;SC=GCACTGGTCTCGGTCCGGATC;SOR=0.681;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=379;TCF=172;TCR=207;TR=153;WE=116575091;WS=116575073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,168:0.40:416
chr6	116575344	rs910391	T	G	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.647;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=776;ReadPosRankSum=-0.868;SC=CTCTGCGCGGTTGACTACGCT;SOR=1.088;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=50;WE=116575352;WS=116575334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,50:0.46:109
chr6	116579501	rs11153601	C	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=20;ReadPosRankSum=0.084;SC=TTATAACGTGCTTTATAACTC;SOR=0.283;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=3;WE=116579509;WS=116579491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr6	116600465	rs78371471	T	TCAC	3576.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=3.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.88;ReadPosRankSum=0.857;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,99:0.33:301
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chr6	116600810	rs3828743	G	A	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=38;PP=966;ReadPosRankSum=0.372;SC=GAAGGCGGTGGAGGCGGGAGC;SOR=0.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=169;TCF=88;TCR=81;TR=81;WE=116600818;WS=116600800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,91:0.48:190
chr6	116720487	rs10485183	C	T	6774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=131;NR=102;PP=2965;SC=GCCTACATCACCGACGAGAAC;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=132;TCR=102;TR=233;WE=116720495;WS=116720477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr6	116720514	rs35548455	C	T	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=5.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=1.062;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,92:0.31:299
chr6	116757557	rs560644	T	C	5010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr6	116782488	rs2858833	T	C	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=455;ReadPosRankSum=1.993;SC=GGTAGGGAGATGGAAAGGGTG;SOR=0.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=40;WE=116782496;WS=116782478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,46:0.73:63
chr6	116783390	rs10784	A	G	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.04;ReadPosRankSum=-0.819;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr6	116783619	rs117361304	T	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.174;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr6	116836720	rs881863	G	A	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=749;ReadPosRankSum=1.727;SC=TCCCTAAATGGCTTTGCTTTC;SOR=0.629;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=52;WE=116836728;WS=116836710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,60:0.58:103
chr6	116864570	rs4142087	A	C	1802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=39;PP=1009;ReadPosRankSum=1.755;SC=TATTCTGGAGAAAAAGGGGTA;SOR=0.907;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=122;TCF=59;TCR=63;TR=73;WE=116864578;WS=116864560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,84:0.59:142
chr6	116875427	rs7762318	G	A	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.827;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=488;ReadPosRankSum=-2.329;SC=AAGAGATCCTGGCTGGGTTTC;SOR=0.949;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=41;WE=116875435;WS=116875417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,49:0.52:95
chr6	116878947	rs6906668	C	T	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.803;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=177;ReadPosRankSum=-0.718;SC=ATATTTGATGCATTGATACTT;SOR=0.146;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=20;WE=116878955;WS=116878937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr6	116901640	rs1321534	G	A	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=126;SC=TTACGAATCTGCTATGAATGT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=116901648;WS=116901630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	117045674	rs1150108	A	G	189.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=141;SC=CTGTGTCTTGAAGGATGGTGA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=117045682;WS=117045664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	117073874	.	AATATAT	A,AAT	1427.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=7.901;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1,1;NR=30,30;PP=318,1064;ReadPosRankSum=0.328;SC=GGGGGGAAGAAATATATATAT;SOR=3.357;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=31,31;WE=117073887;WS=117073864;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.27,0.70:37
chr6	117073905	rs370162145	GTA	G	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=845;ReadPosRankSum=-1.026;SC=ATAGATACACGTATATATATA;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=32;WE=117073914;WS=117073895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr6	117086265	rs641338	C	A	4357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.192;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=63;PP=2889;ReadPosRankSum=1.886;SC=CGCACCCTTGCGGCCGGGGAC;SOR=0.604;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=104;TCR=66;TR=166;WE=117086273;WS=117086255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,169:0.99:171
chr6	117086378	rs654128	C	A	9722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=176;NR=160;PP=2965;SC=TCTTGTCGAACTGCGAAGGCC;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=336;TCF=176;TCR=160;TR=336;WE=117086386;WS=117086368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr6	117113653	rs615199	T	C	2369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=33;PP=1097;SC=TCTCCACAGCTGGTACATATT;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=76;WE=117113661;WS=117113643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	117114025	rs6901250	G	A	5157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=107;NR=62;PP=2965;SC=CAAAGCTGAAGGCTAGCAAAA;SOR=1.026;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=108;TCR=62;TR=169;WE=117114033;WS=117114015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr6	117114223	rs6924002	T	A	6008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=89;NR=100;PP=2965;SC=TCACAACAGGTGTGTTCAGGT;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=89;TCR=100;TR=189;WE=117114231;WS=117114213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr6	117114403	rs6901971	G	A	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=26;PP=731;SC=ATAAAAGGCAGTGAGGCATAT;SOR=1.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=117114411;WS=117114393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	117121894	rs6917467	G	A	3613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr6	117130704	rs2274911	G	A	4065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=60;NR=62;PP=1902;SC=TTGACTCCAGGTAAGAGTGTT;SOR=0.984;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=60;TCR=63;TR=122;WE=117130712;WS=117130694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr6	117216401	rs117309016	C	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=169;ReadPosRankSum=-0.459;SC=TATTTTACATCTGCTATAATA;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=14;WE=117216409;WS=117216391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr6	117243181	.	C	CT	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=4.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=1.133;SOR=1.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,15:0.19:78
chr6	117587054	rs433425	T	C	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=777;ReadPosRankSum=-0.072;SC=GCGCCCCCCGTTTGCGGCGGC;SOR=0.877;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=53;WE=117587062;WS=117587044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,57:0.72:79
chr6	117587074	rs439418	A	G	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=534;ReadPosRankSum=-0.499;SC=CATGGCCTGTACGCCAAGGTC;SOR=0.798;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=40;WE=117587082;WS=117587064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,45:0.71:63
chr6	117609529	rs2778	A	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.969;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr6	117622184	rs619203	G	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-1.099;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,7:0.16:45
chr6	117622188	rs529156	T	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=-0.573;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,7:0.15:48
chr6	117622233	rs529038	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.942;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,11:0.17:65
chr6	117631431	rs552183	T	G	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=-1.626;SC=AGGCAATTTCTAGCTGCCAGA;SOR=0.576;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=18;WE=117631439;WS=117631421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr6	117631543	.	A	ATT	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5572;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=-0.524;SC=AAGAGAAACTATTTTTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=117631551;WS=117631533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr6	117639266	rs498251	A	T	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=337;ReadPosRankSum=0.123;SC=TGATCCGTTAAGTCATGTCAT;SOR=0.688;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=29;WE=117639274;WS=117639256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr6	117639419	rs497186	T	C	2008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=49;PP=1263;ReadPosRankSum=-0.542;SC=TCAAAGTCTATACAACATAAA;SOR=0.781;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=224;TCF=112;TCR=112;TR=97;WE=117639427;WS=117639409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,104:0.43:242
chr6	117641246	rs2243386	C	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.48;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
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chr6	117649988	rs581235	T	C	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=31;PP=807;ReadPosRankSum=0.225;SC=TGGGAACACATTGCAAACTGT;SOR=0.750;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=145;TCF=78;TCR=67;TR=64;WE=117649996;WS=117649978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,79:0.46:170
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chr6	117681436	rs150963992	G	GACAC,GACACACACACAC	951.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13,13;NR=5,5;PP=112,217;ReadPosRankSum=-1.421;SC=ACACCAATGGGACACACACAC;SOR=1.101;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=18,18;WE=117681444;WS=117681426;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.41,0.56:27
chr6	117686943	rs2243383	A	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=316;ReadPosRankSum=0.263;SC=GGAGAAAAAAATGGGGATTAT;SOR=0.906;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=20;WE=117686951;WS=117686933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr6	117714346	rs1535330	C	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=264;ReadPosRankSum=-0.249;SC=ATTATTTATTCCCAATGGAAG;SOR=0.776;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=16;WE=117714354;WS=117714336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr6	117725383	rs373760201	CA	C	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=2.384;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.538;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,20:0.28:71
chr6	117804121	.	G	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.916;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=32;ReadPosRankSum=-0.992;SC=AGGGCTGCGGGGCGGGCCGGG;SOR=1.334;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=5;WE=117804129;WS=117804111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr6	117842669	rs72963484	T	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=166;ReadPosRankSum=-1.696;SC=TTAATTGCAATTATCTTTATT;SOR=0.620;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=16;WE=117842677;WS=117842659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr6	117858223	rs72965515	G	C	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.23;ReadPosRankSum=-0.709;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,59:0.54:110
chr6	117858455	rs112120142	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=125;ReadPosRankSum=0.207;SC=CCCAGCACTTTGGGAGGCCGA;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=9;WE=117858463;WS=117858445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr6	117862048	rs2071825	C	A	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.502;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,57:0.38:149
chr6	117864144	rs210619	A	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=321;ReadPosRankSum=0.532;SC=TTGCTTTCCAATATCAGTAAA;SOR=0.760;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=18;WE=117864152;WS=117864134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr6	117865928	rs9320608	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=73;ReadPosRankSum=0.138;SC=TTAATGGCCACTTTACTTTTG;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=7;WE=117865936;WS=117865918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr6	117869286	rs11153674	G	T	4047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.173;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=53;PP=2242;ReadPosRankSum=-0.423;SC=CACGTGCTGCGCGCCCACACG;SOR=0.843;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=227;TCF=138;TCR=89;TR=145;WE=117869294;WS=117869276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,173:0.65:266
chr6	117869424	rs929059	G	A	7093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=1.769;SC=AGGCCACACAGCGCACAGCCT;SOR=0.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=514;TCF=284;TCR=230;TR=318;WE=117869432;WS=117869414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,331:0.61:541
chr6	117869491	rs210621	G	A	16062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=285;NR=279;PP=2965;SC=CCGAAAGCGGGCACCCTGACT;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=568;TCF=285;TCR=283;TR=564;WE=117869499;WS=117869481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,601:1.00:601
chr6	118475798	rs205966	G	A	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=41;PP=1186;SC=GCTCACAAAAGCACCAGGAAT;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=68;WE=118475806;WS=118475788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	118556628	rs9489326	T	C	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=5;PP=864;SC=CAATTTATTCTATTTCAGGAA;SOR=2.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=118556636;WS=118556618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	118635079	rs1572226	C	G	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=529;SC=GCCAACTCATCATGCTGCCTG;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=118635087;WS=118635069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	118635122	rs283049	G	C	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=2;PP=1018;SC=TCATGTTTCTGTGTGCCTCAT;SOR=4.758;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=40;WE=118635130;WS=118635112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	118786486	rs3798420	T	C	3573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=42;PP=2433;SC=GCAAGTCATGTCACTTGCAAC;SOR=1.592;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=90;TCR=42;TR=131;WE=118786494;WS=118786476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr6	118801232	rs67283653	TCA	T	743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=499;SC=ATGATTTGGGTCACACACGTA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=118801241;WS=118801222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	118803195	.	TAA	T	99.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,5:0.62:8
chr6	118832320	rs9489424	T	C	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=230;SC=AGTTGGACACTCTTTGCCACA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=118832328;WS=118832313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	118886547	rs11755088	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.487;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=361;ReadPosRankSum=1.788;SC=AACACTTTTCGGTTTGTAACA;SOR=0.113;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=21;WE=118886555;WS=118886537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr6	118886615	rs763254	T	C	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=38;PP=1786;SC=GAACACTTGTTATATGCTTAC;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=62;TCR=38;TR=100;WE=118886623;WS=118886605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr6	118886961	rs3734382	G	T	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=30;PP=1972;SC=ATGTCTACAGGCTGTCTCCTA;SOR=1.458;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=65;TCR=30;TR=95;WE=118886969;WS=118886951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr6	118887303	rs3734381	T	C	5032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=85;PP=2616;SC=TCCCCCCTACTGTGGTTTCCC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=78;TCR=85;TR=163;WE=118887311;WS=118887293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr6	118973953	rs9489486	A	G	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	118974042	rs9489487	C	T	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=19;PP=527;SC=TTAATGTGCACTAGCTCGTTT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=118974050;WS=118974032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	119136518	rs55779481	C	T	2541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.357;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=46;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.294;SC=GACGCTTCACCGGCAAGGCTG;SOR=0.862;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=190;TCF=105;TCR=85;TR=105;WE=119136538;WS=119136508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,113:0.54:209
chr6	119136530	rs117470188	G	A	2676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=52;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.909;SC=GCAAGGCTGCGTCTCTTCTTG;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=109;TCR=91;TR=113;WE=119136538;WS=119136508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,123:0.56:221
chr6	119149149	rs284921	C	G	2453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr6	119150335	.	G	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=4.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.408;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,38:0.45:84
chr6	119177480	rs36160966	T	G	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=1.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	119300477	rs4946382	A	G	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=15;PP=1244;SC=GAATTTAAAAAATGTTAAAAA;SOR=1.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=60;WE=119300485;WS=119300467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	119323987	rs3756940	A	T	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=5;PP=437;SC=CAGTGAATTAACAGAGTTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=119323995;WS=119323977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	119327112	rs794262	G	A	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=388;SC=AATTGTTATCGGTTGAACTGG;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=119327120;WS=119327110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	119346912	rs6929403	G	A	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=51;PP=1501;SC=CCCCGGAAGCGAAAAGAAGTA;SOR=2.395;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=16;TCR=51;TR=67;WE=119346920;WS=119346902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	119501160	rs117157812	T	C	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=5.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.44;ReadPosRankSum=-2.184;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,56:0.41:135
chr6	119501601	rs35129454	T	TAA	1509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=984;ReadPosRankSum=1.727;SC=GCCTAAATTATAGAGGAGGAA;SOR=0.662;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=79;TCF=3;TCR=76;TR=27;WE=119501609;WS=119501591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,43:0.35:122
chr6	119501618	rs6569054	A	T	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=346;ReadPosRankSum=1.103;SC=GGAAAAAAAAAAGTCACATTT;SOR=0.684;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=29;WE=119501626;WS=119501608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,30:0.34:87
chr6	119509870	rs2142888	G	A	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=14;NR=31;PP=840;SC=AGGACCCTCCGAGGATAACAA;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=119509878;WS=119509860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	119510739	rs2072888	C	T	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=2;PP=309;SC=ATAGGCAGAGCGGATAGTCTT;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=119510747;WS=119510735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	119510777	rs2072889	T	G	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=19;NR=8;PP=515;SC=AAAACTGCATTAAATCAAAGC;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=119510785;WS=119510767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	119510941	rs2072890	C	A	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	119515158	rs17442140	C	T	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=376;ReadPosRankSum=-2.102;SC=ATGTCAACTGCAAGTCACTGT;SOR=0.498;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=25;WE=119515166;WS=119515148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr6	119522252	rs3822996	G	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=411;SC=ACAATCCAGTGTCCTAATAAC;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=119522260;WS=119522242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	119522306	rs9387641	T	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.476;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=503;ReadPosRankSum=1.580;SC=AGCCATGCCCTTTTCTCCTTT;SOR=1.179;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=32;WE=119522314;WS=119522296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr6	119531907	rs2267676	T	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=94;ReadPosRankSum=2.257;SC=CAGACAAAAATGTCTACAAAG;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=8;WE=119531915;WS=119531897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr6	119611708	rs9489670	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.85;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr6	119623079	rs6917129	A	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr6	119623080	rs72966433	T	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr6	119623358	rs11153807	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=64;ReadPosRankSum=-0.221;SC=AGAGGGTAATGCTGGATTTAT;SOR=0.527;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=7;WE=119623366;WS=119623348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr6	119627976	rs6915559	G	A	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=492;ReadPosRankSum=-1.327;SC=GGAGGGCCATGTTACACAGAC;SOR=0.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=82;TCR=45;TR=42;WE=119627984;WS=119627966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,45:0.32:140
chr6	119628029	rs195092	C	T	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.403;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,96:0.40:243
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chr6	121577370	rs7745023	T	C	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr6	121632008	rs9372653	T	A	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=34;PP=900;SC=AACACAATTGTCAGGACATTC;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=54;WE=121632016;WS=121631998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	122720778	rs45504694	C	A	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=639;ReadPosRankSum=0.221;SC=CCAAGATCTGCTGCGCCTGCG;SOR=0.863;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=49;WE=122720786;WS=122720768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,57:0.69:83
chr6	122720806	rs6926219	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.553;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=392;ReadPosRankSum=-0.472;SC=CGTTCTCGGGGAGCTGCTGCC;SOR=0.462;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=106;TCF=61;TCR=45;TR=35;WE=122720814;WS=122720796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,38:0.32:119
chr6	122734078	.	T	TA	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.693;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.061;SOR=0.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr6	122734545	rs12527592	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=1.465;SC=CATTTCATCCCGGGCTTTTGG;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=4;WE=122734553;WS=122734535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr6	122743502	rs487487	T	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=109;ReadPosRankSum=0.687;SC=TATTACAGAGTAAAATTCAAA;SOR=0.446;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=8;WE=122743510;WS=122743492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr6	122752550	rs149578348	T	TTA	101.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AAACAAGTACTTATATATATA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=122752558;WS=122752540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr6	122767817	rs79756345	TCA	T	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=280;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTGAAATATATCAGAGGATAA;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=8;WE=122767826;WS=122767811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr6	122772692	rs510283	T	C	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	122775195	rs499825	A	C	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	122793033	rs1267941	A	G	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=35;PP=992;SC=AGGCCTGGGTAGGATAAAACA;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=122793041;WS=122793023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	123022496	rs4382328	A	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=162;ReadPosRankSum=-0.691;SC=CAGGCTAGACATGGTGATCAG;SOR=1.131;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=16;WE=123022504;WS=123022486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr6	123038887	rs6920792	CT	GC	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=4;PP=962;SC=TGAACATTTACTTCTGAATAG;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=123038896;WS=123038877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	123039201	rs34684181	T	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.70;ReadPosRankSum=1.696;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr6	123101348	rs2171068	G	C	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=320;SC=ACTTTAGAACGTGGATTCCAG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=123101356;WS=123101342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	123101647	rs2243372	A	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr6	123122385	rs9372718	A	C	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.827;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=382;ReadPosRankSum=-0.896;SC=GTCAGTGCTCAAGTAGTGTTT;SOR=0.584;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=32;WE=123122393;WS=123122375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,38:0.44:87
chr6	123122464	rs28385609	C	T	2387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=1.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.06;ReadPosRankSum=-1.554;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,116:0.59:198
chr6	123127597	rs13192569	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=226;ReadPosRankSum=-0.902;SC=AGTCATGTGAGATGTATTTTA;SOR=1.493;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=12;WE=123127605;WS=123127587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr6	123319382	rs11154131	C	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.810;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=279;ReadPosRankSum=-0.005;SC=CGAGTAGTGTCATGGTTTTGT;SOR=0.301;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=28;WE=123319390;WS=123319372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,33:0.39:85
chr6	123369910	rs6900862	T	C	3168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=54;PP=1767;SC=ATCCTTTCTCTTCCGCCATCC;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=46;TCR=54;TR=100;WE=123369918;WS=123369900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	123539609	rs361509	C	T	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.18;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr6	123699042	rs6901953	T	C	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.65;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr6	123869607	rs9490809	G	C	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.717;SOR=0.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,20:0.29:68
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chr6	124759145	rs519362	GA	AC	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=352;ReadPosRankSum=0.722;SC=GAGGCATGTGGATATAGCAAG;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=12;WE=124759154;WS=124759135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr6	124979689	rs1479039	T	C	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=29;PP=888;SC=CAGGTTAAACTAAACCATCCT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=124979697;WS=124979679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	125112614	rs877058	C	A	3989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=60;PP=1941;SC=CCTACTTAGCCTTCCTATTCC;SOR=0.895;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=63;TCR=60;TR=123;WE=125112622;WS=125112604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr6	125229538	rs781733	T	C	3229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=36;PP=1822;SC=AAAGAAATCATGTATCTATTA;SOR=1.227;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=71;TCR=36;TR=106;WE=125229546;WS=125229528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
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chr6	125230575	rs1577203	G	T	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=21;PP=754;SC=ATTTTAAGTTGATTTTTTTAT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=51;WE=125230583;WS=125230565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	125230965	rs1761559	A	G	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	125231037	rs1761560	G	A	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=17;PP=512;SC=GTCCATGAACGTGATATATCT;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=125231045;WS=125231027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	125231246	rs1750578	T	A	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=13;PP=527;SC=CGTATATTGATTTTTGTATTT;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=125231254;WS=125231236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	125232072	rs699387	T	C	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=25;PP=953;SC=CACAATTTTATAGTTTTGGGG;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=55;WE=125232080;WS=125232062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	125232368	rs781740	G	T	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=20;PP=785;SC=ACCAGGGAAGGGAGATCTGAG;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=51;WE=125232376;WS=125232358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
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chr6	125232766	rs11385725	C	CA	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.235;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
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chr6	125597433	rs113374738	AAG	A	351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.529;NF=2;NR=8;PP=371;ReadPosRankSum=2.168;SC=CCATATTGACAAGAGAGTATA;SOR=1.038;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=10;WE=125597442;WS=125597423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
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chr6	125598408	rs2243388	G	A	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=45;PP=981;ReadPosRankSum=-0.225;SC=GACAATTAAAGCAGCATGATT;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=59;TCR=83;TR=77;WE=125598416;WS=125598398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,87:0.55:159
chr6	125614100	rs1417701	C	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.049;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
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chr6	125621618	rs2243390	A	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.914;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=108;ReadPosRankSum=0.669;SC=GGGTCTCAGTAGTAAAAACGG;SOR=0.223;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=13;WE=125621626;WS=125621608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
chr6	125621645	rs2243389	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.754;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=156;ReadPosRankSum=-0.691;SC=ACCCATAGACCAGAATCTCTC;SOR=0.321;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=19;WE=125621653;WS=125621635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,20:0.26:77
chr6	125623185	rs73581683	A	T	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=52;PP=1063;ReadPosRankSum=-2.698;SC=TTACTCTTCTATCTCTTTCTC;SOR=0.555;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=188;TCF=58;TCR=130;TR=76;WE=125623193;WS=125623175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,72:0.44:163
chr6	125623247	rs73581685	C	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.896;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr6	126072853	rs2875881	C	G	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=170;SC=TTGAACTGTGCAATCACTCTG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=126072861;WS=126072846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	126075709	rs10617027	AT	A	393.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=-1.157;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,31:0.86:36
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chr6	126221008	rs11154336	G	A	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	126242004	rs4563736	CG	GC	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=7;PP=792;SC=TTTTCAAGCACGGGTGTCCCT;SOR=1.536;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=25;WE=126242013;WS=126241994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	126278230	rs2295005	G	C	5128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr6	126288023	rs3757212	T	C	2830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=66;NR=29;PP=1821;SC=ACAAATGTTTTTTCCTTTAGA;SOR=1.477;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=95;WE=126288031;WS=126288013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr6	126307962	rs6569448	A	G	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=379;SC=TCCGAGACCAAACCCCTCGGC;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=126307970;WS=126307952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr6	126329366	rs149726458	A	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=115;ReadPosRankSum=0.549;SC=TTTAGTGACTATAGCTTAGGG;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=126329374;WS=126329358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
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chr6	127471533	rs9491699	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=163;ReadPosRankSum=0.397;SC=GTTAAGAGAACATAATGCAAG;SOR=0.850;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=16;WE=127471541;WS=127471523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
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chr6	127476516	rs1892172	G	A	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.37;ReadPosRankSum=-1.201;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,62:0.38:165
chr6	127640190	rs9285460	A	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=120;ReadPosRankSum=-0.760;SC=TTTAGATTACATAAAATTCCA;SOR=0.551;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=11;WE=127640198;WS=127640180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr6	127768762	rs6902288	G	A	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=678;ReadPosRankSum=0.461;SC=GATTCTTCCTGTTTTTCTGTT;SOR=0.481;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=101;TCF=51;TCR=50;TR=54;WE=127768770;WS=127768752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,65:0.55:118
chr6	127768950	rs2236027	A	C	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.849;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr6	127770923	rs3818135	A	C	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=-2.028;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr6	127771452	rs3734447	T	G	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=443;ReadPosRankSum=-0.235;SC=ATCTTAGCACTTTCATTGATA;SOR=0.454;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=32;WE=127771460;WS=127771442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr6	127898305	rs9388590	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=58;ReadPosRankSum=-0.413;SC=AGCCCTGCTACGATCGCAATC;SOR=1.022;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=6;WE=127898313;WS=127898295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr6	128030957	rs490008	G	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=1.967;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr6	128040839	rs675531	T	C	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=889;ReadPosRankSum=1.936;SC=GTACCTGCTATTGCTGTGGCC;SOR=0.825;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=183;TCF=117;TCR=66;TR=64;WE=128040847;WS=128040829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,69:0.33:206
chr6	128176383	rs270032	A	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr6	128294055	rs72975916	C	T	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.478;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=553;ReadPosRankSum=-0.557;SC=GTCCCCACAACGTCTCATTTT;SOR=1.493;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=32;WE=128294063;WS=128294045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr6	128297950	rs376302219	GA	G	407.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.142;QD=4.97;ReadPosRankSum=-2.628;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr6	128297986	rs4321844	G	T	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=28;PP=1306;SC=CTAGTTAGGAGAGTATAAAGC;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=74;WE=128297994;WS=128297976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr6	128321318	rs36043888	C	CT	124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=102;SC=CTTAGGGGAACTTTTTTTTTA;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=128321326;WS=128321308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	128324241	rs717851	T	C	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=23;PP=1067;SC=ATTTTCAAAATCAAGCTGCCT;SOR=1.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=59;WE=128324249;WS=128324231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	128330249	rs9321104	T	C	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=23;PP=1419;SC=GGTAAGTGAGTGGGACAGGAC;SOR=1.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=75;WE=128330257;WS=128330239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	128385731	rs75971828	G	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.588;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=-1.426;SC=CTTCAGTCAAGTACTAGAGGA;SOR=0.105;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=7;WE=128385739;WS=128385721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr6	128385956	.	GA	G	533.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.026;NF=4;NR=20;PP=273;ReadPosRankSum=-0.671;SC=GAGTAAAAATGAAAAAAAAAA;SOR=0.802;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=24;WE=128385964;WS=128385946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
chr6	128385998	rs4897241	A	G	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=28;PP=765;SC=TTCCTGTTTCATAAACTATAA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=128386006;WS=128385988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	128388799	rs35030557	G	T	2804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.505;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=51;PP=1411;ReadPosRankSum=-0.479;SC=TTCCCGGGGGGAGTTCTGCAG;SOR=0.682;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=196;TCF=105;TCR=91;TR=113;WE=128388807;WS=128388789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,130:0.60:218
chr6	128388990	rs4897242	A	G	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=34;PP=985;SC=ATATTTAGAGATTTAAGATAC;SOR=1.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=52;WE=128388998;WS=128388980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	128389074	rs4897243	T	C	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=201;SC=TAACCTGGTATACTCTTTTCA;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=128389082;WS=128389064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr6	129370971	rs117818596	C	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=238;ReadPosRankSum=0.208;SC=TTTAATGCTCCGAAAAATATT;SOR=0.569;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=16;WE=129370979;WS=129370961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
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chr6	129498736	rs2326759	A	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.560;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=186;ReadPosRankSum=-0.168;SC=TGATATATATAAAAAATCTAT;SOR=3.014;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=10;WE=129498744;WS=129498726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr6	129571330	rs3816665	G	A	2803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.92;ReadPosRankSum=-1.318;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,134:0.62:217
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chr6	129612624	rs1015846	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=81;ReadPosRankSum=-0.363;SC=CCTAACAGGGCACTTAACAAA;SOR=0.307;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=9;WE=129612632;WS=129612614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr6	129612808	rs1027199	A	G	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=23;PP=683;ReadPosRankSum=1.560;SC=GCCACAGTCAAACTGGACAGT;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=61;TCR=44;TR=54;WE=129612816;WS=129612798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,65:0.54:120
chr6	129619150	rs1027200	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.852;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=115;ReadPosRankSum=0.210;SC=TTATTTTTACGTTACTTAAAA;SOR=1.863;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=7;WE=129619158;WS=129619140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr6	129622055	rs902373	A	G	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=-0.735;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,22:0.32:69
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chr6	129674561	rs3841288	TC	T	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.247;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.674;QD=10.62;ReadPosRankSum=-0.754;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr6	129691132	rs17057184	C	G	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.807;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=480;ReadPosRankSum=-1.771;SC=AGCTGCTGACCAGGGTAAGGT;SOR=0.595;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=42;WE=129691140;WS=129691122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,50:0.57:87
chr6	129714246	rs141950826	A	G	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.15;ReadPosRankSum=1.567;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,35:0.69:51
chr6	129722389	rs3749877	A	G	2812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=50;PP=1589;ReadPosRankSum=-0.216;SC=AGGCTGTTGAAAGCGGCAAAC;SOR=0.625;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=115;TCR=83;TR=118;WE=129722397;WS=129722379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,133:0.60:223
chr6	129722425	rs3749878	G	A	2936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.38;ReadPosRankSum=1.257;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,144:0.56:258
chr6	129724894	rs2326817	A	G	1999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=38;PP=1189;ReadPosRankSum=1.223;SC=GCCAGATTTCATATAATTAGG;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=92;TCR=67;TR=90;WE=129724902;WS=129724884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,98:0.58:170
chr6	129724942	rs3828735	T	A	6353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.69;ReadPosRankSum=0.166;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,161:0.57:280
chr6	129724944	rs80125253	CT	TG	6402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.916;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.87;ReadPosRankSum=1.133;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,160:0.57:280
chr6	129763197	rs7738519	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.67;ReadPosRankSum=1.736;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr6	129777382	rs1811970	C	T	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=450;ReadPosRankSum=0.689;SC=AACAAGTCTCCGCATTTTATA;SOR=0.519;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=27;WE=129777390;WS=129777372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr6	129785391	rs1414736	T	C	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr6	129796620	rs7741996	C	T	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.334;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=40;PP=1031;ReadPosRankSum=-2.573;SC=ATAAAGCAGCCGTGCAGAAGC;SOR=0.858;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=134;TCF=69;TCR=65;TR=76;WE=129796628;WS=129796610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,80:0.56:143
chr6	129799682	rs2784895	C	T	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=20;PP=849;SC=AACCAGTAGACAATGGAAACC;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=129799690;WS=129799672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	129802302	rs2275214	G	C	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=463;SC=AACCTATGATGTATTTCATAA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=129802310;WS=129802295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	129807483	rs6569604	C	G	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=6;PP=715;SC=TTTTCAAAACCGTTTGAGAAA;SOR=3.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=129807491;WS=129807473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr6	129807699	rs2229849	G	C	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=54;PP=1835;SC=GGAAAATTGTGATCAGACCAG;SOR=0.968;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=106;WE=129807707;WS=129807689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	129807869	rs6938825	C	A	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=8;PP=212;SC=GTGTGTGGACCTACTATGCAT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=129807877;WS=129807859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	129823645	rs7754167	A	G	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=0;PP=267;SC=CTGAGCACTCAATAATAAGTA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=129823653;WS=129823642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	129837610	rs1049476	T	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=190;ReadPosRankSum=0.437;SC=CATAGAATTCTTTCTGTATTC;SOR=0.551;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=12;WE=129837618;WS=129837600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr6	129920298	rs145578474	AAATTTTGGTATTAAAAAAATACT	A	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=1758;ReadPosRankSum=0.160;SC=ATTAAATAAAAAATTTTGGTA;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=4;WE=129920328;WS=129920288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr6	129927014	rs3813366	A	G	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=2.150;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,41:0.29:140
chr6	129932648	rs34046462	A	C	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,27:0.37:73
chr6	129932894	rs7753754	T	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=23;ReadPosRankSum=-0.190;SC=AATGCTATTTTACTACCACTG;SOR=0.495;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=4;WE=129932902;WS=129932884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr6	129937456	rs12524078	A	G	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-0.540;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,39:0.29:135
chr6	129950394	rs4295498	A	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.23;ReadPosRankSum=0.663;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr6	129950394	.	ATA	CTA,CTC	106	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=12,6;NR=5,2;PP=94,106;QD=7.57477720866;SC=CTCTCTCTCTATATATATATA;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=17,8;WE=129950404;WS=129950387;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.81:21
chr6	129950396	rs71543162	A	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr6	129955151	rs113829468	G	GA	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-1.957;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr6	129955171	rs13218300	A	G	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=-1.025;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,27:0.31:86
chr6	129955327	rs12664247	T	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=1.166;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,17:0.26:66
chr6	130031215	rs3752536	T	C	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=30;PP=1022;SC=TTCCCGACGGTCTGGTCCTTG;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=65;WE=130031223;WS=130031205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	130152440	rs9372948	C	T	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=11;PP=577;SC=TTCTATTTAACATTATTTCTG;SOR=1.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=130152460;WS=130152430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	130152452	rs9375666	G	A	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=13;PP=568;SC=TTATTTCTGTGCATTAGAGAA;SOR=0.963;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=130152460;WS=130152430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	130154667	rs9492393	T	C	4826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr6	130154686	rs4629709	A	G	4824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=69;PP=2679;SC=GGAACAAAAAACAATCCACAA;SOR=0.783;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=94;TCR=69;TR=162;WE=130154694;WS=130154676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr6	130164764	rs9321190	G	A	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	130164856	rs9402185	C	T	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=12;PP=330;SC=CTATGCGATTCACCCACATTG;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=130164864;WS=130164846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	130166871	rs17475221	G	T	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=8;PP=545;SC=CCTATTCAATGTTAGCTTTTT;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=130166879;WS=130166861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	130166908	rs17396809	T	G	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=17;PP=910;SC=AATGTGCTACTTACTCAAACA;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=53;WE=130166916;WS=130166898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	130167131	rs12189832	A	G	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=36;PP=1073;SC=GACCCATGGAATGGGAATGAC;SOR=1.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=130167139;WS=130167121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	130370404	rs75575024	C	CCT	3133.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=16;PP=1418;SC=TTAAATTTTGCCTTTCTGCTG;SOR=1.211;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=30;WE=130370412;WS=130370394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	130370731	rs142539365	TTG	T	2320.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=10;PP=1763;SC=ACTGTCTTCTTTGTCCTAATG;SOR=2.001;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=36;WE=130370740;WS=130370721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	130371055	rs3890746	C	T	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=32;PP=865;SC=CTCTTTCTTCCCTAACCCATA;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=130371063;WS=130371045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	130374102	rs9388768	C	A	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=3.582;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.56;ReadPosRankSum=-0.634;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr6	130378833	rs12661188	T	C	232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=131;SC=ACATGTGCCATGTGTGGGTGC;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=130378841;WS=130378823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	130381246	rs7451021	T	C	3778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr6	130387431	.	G	GTATATATATATA,GTATATATATATATATA,GTGTATATATATATA	305.75	.	AC=2,0,0;AF=1.00,0.00,0.00;AN=2;BRF=0.12;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6,7;NR=4,4;PP=154,120;SC=TTATTTTTGTGTATATATATA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10,11;WE=130387439;WS=130387421;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:5
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chr6	130504481	rs370056383	CA	C	91.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;MQRankSum=0.140;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr6	130505374	rs41285310	A	C	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=50;PP=1675;SC=CTTCAAGCAAACCACATTCCT;SOR=1.201;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=88;WE=130505382;WS=130505364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	130530815	rs1932100	C	T	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=20;PP=488;SC=GATCTCACAGCAGCTCTGAAG;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=130530823;WS=130530805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr6	130536494	rs34071457	AT	A	2218.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.196;NF=4;NR=61;PP=1184;ReadPosRankSum=-0.793;SC=TTGTGCCTTAATTTTTTTTTT;SOR=0.553;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=73;TCF=4;TCR=69;TR=65;WE=130536502;WS=130536484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr6	130761532	.	C	CT	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.963;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr6	130761804	rs12200105	C	T	2903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=56;PP=1601;ReadPosRankSum=-1.031;SC=TTGCTATGGCCGTTCTTGGAT;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=108;TCR=94;TR=120;WE=130761812;WS=130761794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,136:0.60:228
chr6	131276138	.	CTG	C	672.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.193;NF=8;NR=4;PP=434;ReadPosRankSum=0.076;SC=TAGTGCAAAACTGTAATCAAC;SOR=0.813;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=12;WE=131276147;WS=131276128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr6	131481130	rs147227838	G	GT	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.945;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr6	131481394	rs67922791	CA	C	392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=203;SC=ATTTAAAGTACAACTAAATGC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=131481402;WS=131481384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	131490229	rs11304126	GA	G	369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.736;NF=10;NR=3;PP=321;ReadPosRankSum=-0.757;SC=ATGTGTTACTGAAAAATGTAT;SOR=0.638;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=13;WE=131490237;WS=131490219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr6	131490472	rs1408027	T	C	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.137;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=732;ReadPosRankSum=-1.440;SC=TTTTTTTCAATTTTGTAACAG;SOR=1.171;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=46;WE=131490480;WS=131490462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
chr6	131520507	rs1190789	A	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=151;ReadPosRankSum=0.250;SC=CTGTAAAATAATTAGTGATTG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=8;WE=131520515;WS=131520497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr6	131520655	rs1190788	G	A	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=38;PP=1077;ReadPosRankSum=-0.542;SC=GAGAGCAGAAGTTTTAAACCT;SOR=0.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=110;TCR=83;TR=87;WE=131520663;WS=131520645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,92:0.42:217
chr6	131540726	rs3822866	A	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=1.447;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr6	131904704	rs60712846	G	GA	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.442;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.381;NF=0;NR=10;PP=279;ReadPosRankSum=-0.754;SC=TCCTTGACCTGAAACCAAGTC;SOR=3.742;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=10;WE=131904712;WS=131904694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr6	131948469	rs60163644	GA	G	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=2.015;QD=2.05;ReadPosRankSum=1.006;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,35:0.34:104
chr6	131948816	.	T	TA	484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=2.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.458;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,41:0.35:117
chr6	131958485	rs9375819	A	C	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=3.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=1.764;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,88:0.42:209
chr6	131998001	.	G	GT	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=3.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.522;QD=2.74;ReadPosRankSum=1.419;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,22:0.31:70
chr6	131998841	rs189732882	T	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=191;ReadPosRankSum=-1.620;SC=TTAGGAAACCTATCCTTGCTG;SOR=0.333;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=14;WE=131998849;WS=131998831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr6	131999103	.	GA	G	598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.142;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.411;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr6	132043349	rs378697	A	T	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.138;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,42:0.37:114
chr6	132271952	rs7451102	G	C	5468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.46;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr6	132271959	rs12206231	T	G	5313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.92;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	132271980	rs6934749	T	G	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	132641675	rs599660	T	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=1.260;SC=CTTTTCTTTCTAAATGGAAAT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=4;WE=132641683;WS=132641665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr6	132641888	rs598762	C	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=211;ReadPosRankSum=-0.149;SC=TTATCAAATACATTTGTACGT;SOR=0.643;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=22;WE=132641896;WS=132641878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr6	132644035	rs604196	G	A	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,47:0.45:105
chr6	132713607	rs56336490	A	G	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.875;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=207;ReadPosRankSum=0.284;SC=CTTGCCTCAAATGGGCACTCA;SOR=0.307;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=13;WE=132713615;WS=132713597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
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chr6	132859437	rs9402420	C	T	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=427;ReadPosRankSum=0.034;SC=CAATGGTGAACAATTTCTCCC;SOR=0.676;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=29;WE=132859445;WS=132859427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr6	132859609	rs2842899	T	A	5293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
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chr6	132860575	rs6930707	T	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=-2.380;SOR=0.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
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chr6	132966279	rs8192620	T	C	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=2.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.538;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,61:0.41:148
chr6	133015271	rs2272996	T	C	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=0.790;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,49:0.34:146
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chr6	133035325	rs4897612	A	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.97;ReadPosRankSum=0.751;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr6	133045812	rs2294758	G	A	2694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.608;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=34;PP=1532;ReadPosRankSum=1.876;SC=GATCTCGTCTGTTCGCTTCTC;SOR=1.107;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=200;TCF=128;TCR=72;TR=109;WE=133045820;WS=133045802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,125:0.56:224
chr6	133045902	rs2294759	A	G	2533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=48;PP=1738;ReadPosRankSum=-0.257;SC=AAGCTTGGTGAAGGTAAACTC;SOR=0.681;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=195;TCF=112;TCR=83;TR=108;WE=133045910;WS=133045892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,115:0.54:213
chr6	133048213	rs9493417	G	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=-0.009;SC=GATGTGATCAGTTAAGTCTTT;SOR=1.981;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=6;WE=133048221;WS=133048203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr6	133052616	rs4895943	C	T	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=2.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.504;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,97:0.49:200
chr6	133055610	rs764262	G	T	5656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.51;ReadPosRankSum=-0.959;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,144:0.55:263
chr6	133055612	rs764263	G	C	5656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.27;ReadPosRankSum=-1.061;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,147:0.55:266
chr6	133070995	rs4895944	G	T	4483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=84;PP=2660;SC=CACTTCAGCAGTGTGCAGACC;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=67;TCR=84;TR=150;WE=133071003;WS=133070985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr6	133072650	rs1883617	A	G	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=782;ReadPosRankSum=-0.851;SC=GTGCATAAATACCACTTCCTG;SOR=0.760;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=122;TCF=59;TCR=63;TR=56;WE=133072658;WS=133072640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,64:0.49:130
chr6	133074645	rs9493425	A	G	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.10;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,72:0.66:109
chr6	133074663	rs9493426	T	C	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.21;ReadPosRankSum=-0.968;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,59:0.67:88
chr6	133077063	rs1883613	T	C	2018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.942;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,104:0.54:192
chr6	133079136	rs3901670	A	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=5;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=123;ReadPosRankSum=0.115;SC=CTTTATCATCATTTTTCTTCT;SOR=1.755;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=7;WE=133079144;WS=133079126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr6	133135807	rs9493450	C	T	2180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=1.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.614;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,109:0.52:210
chr6	133135864	rs12202302	T	G	3200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=-0.988;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,158:0.53:299
chr6	133135886	rs9483504	A	G	3646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=1.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=-2.220;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,174:0.54:320
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chr6	133137111	rs3778174	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=149;ReadPosRankSum=-2.266;SC=GATGGAATTACAGGCACACGC;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=12;WE=133137119;WS=133137101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
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chr6	134494708	rs199505223	G	GA	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.950;QD=0.59;ReadPosRankSum=0.440;SOR=0.282;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,10:0.19:52
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chr6	135299713	rs9376077	C	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=-2.205;SC=GATGTTAATTCAAAATAAATA;SOR=0.269;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=5;WE=135299721;WS=135299706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
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chr6	135358567	rs7742542	T	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=1.580;SC=AACTTCAGTTTCTTTACTAGC;SOR=0.623;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=12;WE=135358575;WS=135358557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr6	135375762	rs2297338	G	A	3115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=2.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=1.059;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,161:0.45:361
chr6	135424179	rs35959442	C	G	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=2.023;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,49:0.44:111
chr6	135424203	rs6930223	G	T	3031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=33;PP=1202;ReadPosRankSum=1.282;SC=CTATAAGAGCGGCCCTCTCTC;SOR=0.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=71;WE=135424225;WS=135424193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
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chr6	135522939	rs743589	T	C	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=302;ReadPosRankSum=1.769;SC=TGGTGCCTCATGAAATCCTGT;SOR=1.244;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=24;WE=135522947;WS=135522929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
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chr6	135524516	rs9385719	A	G	2778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.472;QD=12.03;ReadPosRankSum=2.246;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,135:0.58:231
chr6	135524520	rs113909655	T	TTGG	4357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.450;NF=7;NR=40;PP=2987;ReadPosRankSum=2.158;SC=ACTGTCATCTTTGGTGGTGGT;SOR=0.535;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=108;TCF=10;TCR=98;TR=47;WE=135524528;WS=135524506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,112:0.59:189
chr6	135524553	rs9402696	C	T	2131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.578;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=40;PP=992;ReadPosRankSum=-1.490;SC=GATGGTAGTGCTGGTGGTCTG;SOR=0.452;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=123;TCF=47;TCR=76;TR=61;WE=135524561;WS=135524543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,106:0.59:181
chr6	135639644	rs6914831	C	T	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=9;PP=499;SC=TACGTATGCTCAAAAACATTT;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=135639652;WS=135639634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	135748200	rs2757639	A	G	146.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=116;SC=GGGCACAATTATTATGTGTAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=135748208;WS=135748190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	135752608	rs2614270	T	C	88.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	135754471	rs737561	C	T	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=203;SC=AGAACCAACACAGCCAATGAA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=135754479;WS=135754461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	135763585	rs2614274	T	C	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=227;SC=ACTTTCTTTGTTTGAAGAAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=135763593;WS=135763575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	135763866	rs2757645	G	A	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=23;PP=622;SC=AAAAACATACGTTTAAAAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=135763874;WS=135763856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	135813251	rs9402709	G	T	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr6	136359280	rs34030857	C	CG	2617.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.398;NF=26;NR=32;PP=1532;ReadPosRankSum=1.140;SC=GAGGATCTTACGGGGGTTCGC;SOR=0.598;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=101;TCF=42;TCR=59;TR=58;WE=136359288;WS=136359270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,99:0.61:162
chr6	136359323	rs150803314	T	TAGC	3369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.530;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=41;PP=2026;ReadPosRankSum=-0.695;SC=TCCCCTGTGGTAGCAGCAGCA;SOR=0.519;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=105;TCF=28;TCR=77;TR=50;WE=136359333;WS=136359313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,89:0.56:160
chr6	136359446	rs9376173	A	C	3241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.729;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=62;PP=2099;ReadPosRankSum=-0.507;SC=TGCTAGAGCGATATTTCCACC;SOR=0.535;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=232;TCF=122;TCR=110;TR=134;WE=136359454;WS=136359436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,148:0.56:262
chr6	136472185	rs35539959	G	GA	462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=1.400;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=0.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr6	136472439	rs4896201	G	A	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.372;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=859;ReadPosRankSum=-1.746;SC=CTTGAATAATGGCAATGCATA;SOR=0.314;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=99;TCF=33;TCR=66;TR=57;WE=136472447;WS=136472429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,57:0.55:104
chr6	136472496	rs4896202	T	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=351;ReadPosRankSum=1.137;SC=GATAGATGCATACCTCCAATT;SOR=0.368;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=17;WE=136472504;WS=136472486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr6	136475164	.	C	A	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=389;ReadPosRankSum=-1.410;SC=AGCTAGTATACCACTCCTATT;SOR=0.565;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=36;WE=136475172;WS=136475154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,44:0.54:81
chr6	136582092	rs62431280	C	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.16;MQRankSum=-0.842;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.842;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr6	136582113	rs62431281	A	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.07;MQRankSum=-1.803;QD=13.68;ReadPosRankSum=0.210;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr6	136582194	rs141067744	T	TAAA	262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=-3.518;QD=7.51;ReadPosRankSum=-1.077;SOR=1.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr6	136582203	rs74299323	T	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQRankSum=-3.644;QD=7.18;ReadPosRankSum=-1.382;SOR=1.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr6	136582417	rs62431283	G	A	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=21.726;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.330;NF=49;NR=3;ReadPosRankSum=-1.106;SC=TCTTCCTTGCGTCTGTCCTTC;SOR=2.624;SbPval=0.99;Source=Platypus;TCF=96;TR=52;WE=136582425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,51:0.44:116
chr6	136582497	rs62431284	G	T	8470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FS=0.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-6.974;QD=14.50;ReadPosRankSum=0.625;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,401:0.69:584
chr6	136589431	rs150210620	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=5.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.69;MQRankSum=-4.143;QD=3.84;ReadPosRankSum=-1.600;SOR=1.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
chr6	136590613	rs62431285	T	C	2284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=5.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQRankSum=-4.046;QD=10.78;ReadPosRankSum=-2.873;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,116:0.55:212
chr6	136590640	rs62431286	A	C	3190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=9.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQRankSum=-5.229;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.747;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,170:0.57:300
chr6	136590698	rs62431287	C	T	3396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-6.383;QD=8.80;ReadPosRankSum=1.678;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,184:0.48:386
chr6	136590712	rs62431288	C	T	3328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=-6.113;QD=8.58;ReadPosRankSum=-2.901;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,180:0.46:388
chr6	136594292	rs7381749	T	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=-6.422;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.641;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,34:0.20:167
chr6	136595439	rs5880289	T	TA	59.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=11.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	136597004	rs7762367	A	G	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.996;NF=36;NR=12;PP=763;ReadPosRankSum=-4.345;SC=CAAGAGGAACAGGTGCCATTT;SOR=1.200;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=134;TCF=88;TCR=46;TR=48;WE=136597012;WS=136596994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,82:0.45:184
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chr6	136681291	rs200986298	CT	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr6	136682172	rs2076190	G	A	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=47;NR=21;PP=1198;SC=GCCTCCTCCCGCTCGCGCAGC;SOR=1.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=68;WE=136682180;WS=136682162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	136698697	rs2076192	C	A	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=240;SC=GCCTGCCTGGCGTCTGGTGTC;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=136698705;WS=136698689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	136847116	rs5880298	GT	G	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,19:0.27:71
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chr6	136990283	rs3765259	T	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.610;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr6	137026266	rs9321567	T	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	137113137	rs55666429	G	A	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	137143611	rs1321470	A	T	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=75;SC=TTCAGTTTGGATTCACCCAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=137143619;WS=137143605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	137143709	rs1321471	T	C	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	137143980	rs11283064	G	GGGGGCC	578.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=4;PP=318;SC=AGGCGGAGGCGGGGGCCAGCC;SOR=0.976;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=137143988;WS=137143970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	137166650	rs2295592	A	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.111;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr6	137166682	rs927181	G	A	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.87;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	137167445	rs9321575	T	C	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=49;PP=1547;SC=TTCTTTTGTGTTCTTAAGACT;SOR=2.062;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=67;WE=137167453;WS=137167435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	137187641	rs1884940	G	A	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=348;SC=AAATAAGTCTGAAGGTGGCAA;SOR=2.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=137187649;WS=137187631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	137191825	rs13204996	C	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=-2.109;SC=TTATGTTATTCCTACTATTTA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=137191833;WS=137191815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr6	137191970	rs34118640	G	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.566;NF=0;NR=3;PP=38;ReadPosRankSum=1.368;SC=GAGTAGCTGGGACTACAGGTG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=137191978;WS=137191960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr6	137325847	rs1555498	C	T	3636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr6	137325901	.	TAA	T	549.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.10;ReadPosRankSum=0.664;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr6	137338276	rs433243	A	G	4311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=67;PP=2300;SC=AGGTCTTAGTAGCAGAAAAGG;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=73;TCR=67;TR=140;WE=137338284;WS=137338266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr6	137338352	rs451371	G	T	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.03;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	137338357	rs442663	A	G	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.99;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	137477823	rs2064501	C	T	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr6	137524870	rs201076254	G	GA	243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.924;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.284;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
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chr6	139094629	rs151214491	C	CGGG	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=16.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.586;SOR=3.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,16:0.24:66
chr6	139094937	rs11154999	C	T	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.897;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=758;ReadPosRankSum=-0.775;SC=GGAGCGGGTCCCGGGATGTGA;SOR=1.115;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=53;WE=139094945;WS=139094927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,62:0.61:102
chr6	139097135	rs149236541	AC	A	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=0.366;SC=TCCTCTTTTGACCCTGTGAAA;SOR=1.911;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=139097143;WS=139097125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr6	139114113	rs6570282	A	G	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=278;SC=GCTGTAATTCACCATAACTGG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=139114121;WS=139114103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	139183879	rs12204850	G	A	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=54;PP=1654;SC=GGAGCTGAGCGCCACGTCCAA;SOR=1.078;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=101;WE=139183887;WS=139183869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	139184044	rs1188827	C	G	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=142;SC=TTGCTTAGAACAGGATTATTT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=139184052;WS=139184034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	139186457	rs12198757	C	T	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=279;SC=GTTGCTCACACGGCCTTTCAA;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=139186465;WS=139186447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	139202014	rs1157050	G	C	158.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=105;SC=ACCAGCAAGGGGGGTCTCCGT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=139202022;WS=139202004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	139207910	rs1188831	C	T	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=189;SC=CTGTATCAAGCGCCATAAAAT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=139207918;WS=139207900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	139229695	rs1188867	A	G	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=6;PP=542;SC=GCCTCCCAAAATGCTGGGATT;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=139229703;WS=139229685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	139229743	rs1188868	C	T	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=15;PP=1195;SC=AGTTTGATTACTTTTAATTGT;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=58;WE=139229751;WS=139229733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	139265882	rs1188897	T	A	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=15;PP=383;SC=TTTTCTGTTCTATTAGAAATT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=139265890;WS=139265872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	139487394	rs7768941	T	C	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=3;PP=651;SC=AAATCTGAAATCTGTTCTCTC;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=139487402;WS=139487384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	139487836	rs3173082	T	C	9151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.00;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr6	139563914	rs9495391	C	G	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.04;ReadPosRankSum=0.316;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,90:0.57:157
chr6	139598061	rs66961117	TA	T	513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.874;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=319;ReadPosRankSum=0.641;SC=TTCTTTGCCTTAAAAAAAAAA;SOR=0.359;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=21;WE=139598069;WS=139598051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chr6	140526366	rs4896506	T	A	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=7;PP=225;SC=TTTAAAAATGTCTTAGAGTTT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=140526374;WS=140526356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	141004964	rs5880480	G	GT	2467.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=16;PP=977;SC=GTGTCCCCTGGCACGCTATTT;SOR=0.790;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=24;WE=141004972;WS=141004954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	142400020	rs138994608	G	T	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=380;ReadPosRankSum=0.481;SC=CATGTCCATGGGGTTAACGAT;SOR=0.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=34;WE=142400028;WS=142400010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,42:0.40:106
chr6	142455130	rs225607	C	T	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=717;ReadPosRankSum=0.037;SC=GAGAAGTAAACCTCTTCTGTT;SOR=0.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=48;WE=142455138;WS=142455120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,60:0.46:131
chr6	142487263	rs225655	T	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.43;ReadPosRankSum=1.758;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr6	142487469	rs225656	C	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=0.862;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr6	142490107	rs225661	T	C	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.92;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr6	142491463	rs11446143	C	CG	1128.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=500;SC=TAAACTAGACCGCTCTCTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=142491471;WS=142491453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	142491584	rs225663	A	G	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.82;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr6	142510676	rs3830800	GTATT	G	1943.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=23;PP=1357;SC=ATAATGGTATGTATTTATTTA;SOR=1.508;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=27;WE=142510687;WS=142510666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	142691950	rs71643377	CT	C	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr6	142692039	.	A	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=160;ReadPosRankSum=0.167;SC=ATGTATATTCACACATATAGA;SOR=0.175;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=12;WE=142692047;WS=142692029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr6	142703137	rs2143390	C	T	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=31;PP=909;ReadPosRankSum=-0.571;SC=GCTGTGCAGACCTGGGGACCC;SOR=0.686;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=125;TCF=73;TCR=52;TR=73;WE=142703145;WS=142703127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,81:0.56:144
chr6	142705070	rs41289839	G	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=1.332;SC=CCAACAAAGTGTCTGTTACTG;SOR=0.223;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=9;WE=142705078;WS=142705060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr6	142718801	rs989946	G	A	7033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=114;NR=127;PP=2965;SC=ATACTAATTTGGAAGGAAAAA;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=114;TCR=128;TR=241;WE=142718809;WS=142718791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr6	142724918	rs9496369	C	T	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=668;ReadPosRankSum=-0.183;SC=TTAATAGTGGCATTTTTTGTC;SOR=0.623;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=43;WE=142724926;WS=142724908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr6	142758631	rs1262686	A	G	4655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr6	143090633	rs75657229	T	C	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.91;ReadPosRankSum=1.583;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
chr6	143090734	rs34530989	T	C	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=32;PP=1132;ReadPosRankSum=0.929;SC=GCTTGCCGGTTCCAGGCCTAT;SOR=0.592;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=162;TCF=97;TCR=65;TR=75;WE=143090742;WS=143090724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,91:0.47:192
chr6	143091263	rs109836	A	G	4040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=58;PP=2464;ReadPosRankSum=2.096;SC=CTTGCTGGGCAGGAATGGCTC;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=83;TCR=59;TR=140;WE=143091271;WS=143091253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,154:0.99:156
chr6	143091769	rs34947356	G	A	2788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=1.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.15;ReadPosRankSum=0.312;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,128:0.60:212
chr6	143382254	rs138059311	CGT	C	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=4.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.076;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.944;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,19:0.22:86
chr6	143605472	rs9403480	G	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=1.949;SC=GCTGTGTGCCGCATTTGGTCC;SOR=0.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=143605480;WS=143605462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr6	143754938	rs3761999	G	A	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=11;PP=905;SC=CGAATGGTACGATACATTAAC;SOR=2.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=143754946;WS=143754928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	143759625	rs149001339	C	T	2451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=38;PP=1385;ReadPosRankSum=0.176;SC=CTGGCAGCTACGGGACTATAT;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=116;TCR=64;TR=107;WE=143759633;WS=143759615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,117:0.59:199
chr6	143765993	rs200456994	CT	C	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.64;ReadPosRankSum=0.952;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr6	143772311	rs2272924	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.188;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=0.110;SC=GAGGTGACTTCTTCTAAAATA;SOR=1.449;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=13;WE=143772319;WS=143772301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr6	143784031	rs3830767	AT	A	3276.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=46;PP=1524;SC=GACCTTTTTTATTTTTTTTGT;SOR=1.027;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=66;WE=143784039;WS=143784021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr6	143789181	rs161068	A	T	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=213;SC=AAAAAGTAAAAATAGATCTAT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=143789189;WS=143789171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	143792078	rs3762000	C	G	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.930;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=618;ReadPosRankSum=0.298;SC=GTACCAAATGCTTTTCTTTTC;SOR=1.452;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=38;WE=143792086;WS=143792068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,44:0.77:57
chr6	143792675	rs22908	T	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=173;ReadPosRankSum=-0.148;SC=GGCTTTTAGGTTTGTTTTTTC;SOR=0.600;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=16;WE=143792683;WS=143792665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr6	143806276	rs161058	A	G	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=0.819;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,67:0.56:119
chr6	143816859	rs8161	C	T	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.65;ReadPosRankSum=-0.073;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,58:0.59:99
chr6	143823112	rs3762001	G	A	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.56;ReadPosRankSum=0.097;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,85:0.57:150
chr6	143823157	rs3762002	T	C	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.85;ReadPosRankSum=0.123;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,92:0.58:159
chr6	143823758	rs3789788	AG	CA	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.826;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=960;ReadPosRankSum=-0.273;SC=TTATACAAAAAGAAATGTCAC;SOR=0.336;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=28;WE=143823767;WS=143823748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr6	143824972	rs9390096	A	G	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=275;ReadPosRankSum=1.823;SC=GAAATATTTCAAGAGGTGAAG;SOR=0.784;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=21;WE=143824980;WS=143824962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr6	143825104	rs11155297	G	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.182;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=299;ReadPosRankSum=0.930;SC=TTGATCCGGTGCTCCTCCGTC;SOR=0.407;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=25;WE=143825112;WS=143825094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr6	143828325	rs1569589	T	C	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.87;ReadPosRankSum=1.472;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,47:0.61:77
chr6	144032317	rs2488101	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.883;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=245;ReadPosRankSum=-3.047;SC=CCTCCAAGAAAAAACTACTGT;SOR=1.392;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=18;WE=144032325;WS=144032307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr6	144032822	rs2488102	A	T	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=23;PP=881;ReadPosRankSum=2.584;SC=TACTTAGAATACTCTATTCCT;SOR=0.807;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=108;TCF=65;TCR=43;TR=62;WE=144032830;WS=144032812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,66:0.58:113
chr6	144104142	rs144077213	A	ATGTG	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	144104469	rs1012753	A	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.816;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr6	144179187	rs368542691	T	G	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.288;HP=3;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.116;NF=21;NR=21;PP=633;ReadPosRankSum=-0.043;SC=TATCTTATGTTAAATTTTTTT;SOR=0.404;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=42;WE=144179198;WS=144179177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,44:0.63:70
chr6	144258619	rs1884087	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=40;ReadPosRankSum=-1.803;SC=TTATTTGTCTGTAGCTACCCC;SOR=0.039;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=5;WE=144258627;WS=144258609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr6	144258650	rs1884088	C	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.20;ReadPosRankSum=-1.328;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr6	144258670	rs3215583	C	CA	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.912;NF=5;NR=3;PP=116;ReadPosRankSum=-0.999;SC=CACCTCCCACCAAAAAAAAGG;SOR=0.627;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=8;WE=144258678;WS=144258660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr6	144758647	.	CT	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=3.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=0.838;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,26:0.22:116
chr6	144758799	rs4895642	A	G	3330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=55;PP=1873;SC=CAGACGAAGAAGAATTTGAGA;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=53;TCR=56;TR=108;WE=144758807;WS=144758789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr6	144761429	rs4609044	G	A	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=8;PP=520;SC=AACTGAGTGCGTTTTAAATAG;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=144761437;WS=144761419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	144814647	.	ATC	A	54	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=54;QD=21.0;SC=CTCTCTCTCAATCTCTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=3;WE=144814656;WS=144814637;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,3:0.20:15
chr6	144835040	rs66905872	T	C	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=420;ReadPosRankSum=0.107;SC=TTAATTCCTTTGTAGAACCAT;SOR=0.655;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=31;WE=144835048;WS=144835030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
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chr6	145075724	rs4896740	C	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
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chr6	145076046	.	CCT	GCA	75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=3;PP=75;QD=25.6935749724;SC=TTAGATAGATCCTTGTAAGGA;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=5;WE=145076056;WS=145076036;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr6	145076048	rs4243473	T	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=0.831;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
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chr6	145095545	rs10650309	G	GT	264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=115;ReadPosRankSum=-1.476;SC=CTTGAATTGCGTTTTTTTTTT;SOR=0.846;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=11;WE=145095553;WS=145095535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr6	145114935	rs4243475	A	G	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.241;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr6	145120682	rs9376859	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=269;ReadPosRankSum=1.823;SC=ACATAGATGTATGGGAGAGGG;SOR=0.784;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=19;WE=145120690;WS=145120672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr6	145124397	.	AT	A	40	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=40;QD=13.0;SC=CACTTTGAAGATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=145124405;WS=145124387;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,4:0.44:9
chr6	145148690	rs2066054	A	C	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=427;ReadPosRankSum=1.706;SC=CATTTCTAATAGTAACACCTA;SOR=0.455;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=81;TCF=53;TCR=28;TR=35;WE=145148698;WS=145148680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chr6	145822992	rs380883	A	G	3769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=68;PP=2245;SC=ATCTAAAAGAAGACAGGGATA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=63;TCR=68;TR=131;WE=145823000;WS=145822982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr6	145823580	.	AAT	A	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=92;ReadPosRankSum=-1.068;SC=ACAGCCCCCAAATATATGACT;SOR=1.179;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=3;WE=145823589;WS=145823570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr6	145823642	rs370653	G	A	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=362;SC=CTGGGAGGAGGTGCATACTCA;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=145823650;WS=145823632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	145823844	rs391524	A	G	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=224;SC=TGTAATATACATAGTATTTAG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=145823852;WS=145823834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	145947080	rs1045820	C	T	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=42;PP=1093;SC=GAATCAAACCCAGCTTTGTAT;SOR=2.522;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=54;WE=145947088;WS=145947070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	146125466	rs9403747	T	G	3683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=27;PP=2157;ReadPosRankSum=1.242;SC=ATTATTAAAGTCCTCTTTATG;SOR=0.827;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=115;TCF=88;TCR=27;TR=112;WE=146125474;WS=146125456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,132:0.99:133
chr6	146125535	rs35477513	T	C	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.424;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=38;PP=1284;ReadPosRankSum=0.344;SC=ATGATGAATTTCCTTCTGGAT;SOR=0.747;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=301;TCF=178;TCR=123;TR=97;WE=146125543;WS=146125525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,113:0.34:332
chr6	146125793	rs3811102	A	T	6714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=120;NR=103;PP=2965;SC=ATGACCTCAAATGGCGGTCAT;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=224;TCF=120;TCR=104;TR=223;WE=146125801;WS=146125783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr6	146126419	rs9373475	C	T	9735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=182;NR=150;PP=2965;SC=ACATTCTTCACGTCCCCTAAG;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=332;TCF=182;TCR=150;TR=332;WE=146126427;WS=146126409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr6	146207465	rs1062068	A	G	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=11;PP=426;SC=ATACCAGGTCATATAAAACTA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=146207473;WS=146207455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	146207502	rs11421576	G	GT	1451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=16;PP=868;SC=TATTCCAACTGTTTTATGAGT;SOR=0.767;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=22;WE=146207510;WS=146207492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr6	146207657	rs2256998	A	C	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=11;PP=417;SC=CAGTATATTGAAAAGGACTCA;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=146207665;WS=146207647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr6	146755140	rs2942	G	A	4902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=73;PP=2950;SC=CCGTCATCAAGCCCCTCACTA;SOR=0.947;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=172;TCF=99;TCR=73;TR=171;WE=146755148;WS=146755130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr6	146755324	rs6923492	T	C	6183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=98;PP=2965;SC=GCCTCTGCCGTCCCACCTGAC;SOR=0.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=98;TCR=99;TR=196;WE=146755332;WS=146755314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr6	146755515	rs6923864	T	G	5078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=64;PP=2965;SC=CAGGCCCCGGTGGTCCCGGGA;SOR=1.017;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=99;TCR=64;TR=162;WE=146755523;WS=146755505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr6	146755560	rs1047006	T	G	5145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=73;PP=2965;SC=CCCCGCCACCTCCGCAGCACC;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=101;TCR=73;TR=174;WE=146755568;WS=146755538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr6	146755842	rs9373491	C	A	5461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=95;PP=2965;SC=CCAGCTCCCCCGTGTCCGAGT;SOR=0.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=82;TCR=95;TR=177;WE=146755850;WS=146755832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
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chr6	146975456	rs71778473	TTA	T	1526.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=31;PP=1374;ReadPosRankSum=-1.376;SC=AGTTTTGGTATTATATATATA;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=33;WE=146975465;WS=146975446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,49:0.67:73
chr6	146987930	rs9403802	C	T	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.543;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=17;PP=716;ReadPosRankSum=-0.125;SC=CTACCTGTAACATTATGCATG;SOR=1.000;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=97;TCF=67;TCR=30;TR=58;WE=146987938;WS=146987920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,71:0.62:115
chr6	147022227	rs41285871	G	T	2164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.382;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=50;PP=1244;ReadPosRankSum=-0.846;SC=TACTCTTACTGTTGGCCCAAC;SOR=0.829;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=128;TCF=55;TCR=73;TR=86;WE=147022235;WS=147022217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,100:0.67:150
chr6	147103358	rs1325701	A	G	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=31;PP=915;SC=TATTTGAGTGACTTAATGATT;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=147103366;WS=147103348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	147103416	rs259405	C	T	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=391;SC=AGGACAAAACCGTGAAACATT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=147103424;WS=147103406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	147106841	rs259391	A	G	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
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chr6	147631421	rs11415538	T	TA	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=7.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.205;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr6	147632496	rs78617110	G	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=37;ReadPosRankSum=1.403;SC=ATACTCAAGAGAATGAAACTA;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=5;WE=147632504;WS=147632486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr6	147635385	rs1039083	C	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=3.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,20:0.22:89
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chr6	147830073	rs66812182	C	T	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=3.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.91;ReadPosRankSum=1.125;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,65:0.62:105
chr6	148050992	rs148242389	A	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.796;SOR=1.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr6	148051146	rs13437357	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.072;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr6	148664242	.	T	TGAGCCC	1069.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=3.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=2.857;QD=10.49;ReadPosRankSum=1.351;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,28:0.27:102
chr6	148701197	rs4897000	A	G	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=30;PP=852;SC=ACCAAGAAACAGTTGCTTCAA;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=50;WE=148701205;WS=148701187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr6	148761456	rs2272998	G	C	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.739;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=44;PP=1134;ReadPosRankSum=-0.601;SC=GAAGCCTGCTGCTCTGACCAC;SOR=1.299;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=128;TCF=50;TCR=78;TR=67;WE=148761464;WS=148761446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,67:0.49:137
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chr6	148835403	rs137988330	C	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=249;ReadPosRankSum=-1.037;SC=CATCCAGCCACACGGGCAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=10;WE=148835424;WS=148835393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr6	148835416	rs1057793	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=273;ReadPosRankSum=-0.842;SC=GGGCAAAGCTCGGAGCAATTA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=14;WE=148835424;WS=148835393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr6	148841011	rs13196292	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=0.719;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr6	148848919	rs2110198	C	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=380;SC=CTTTGGGCTGCTCAGCACCGT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=148848927;WS=148848909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	148853867	rs1465307	T	C	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.177;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,37:0.47:78
chr6	148865257	rs208696	A	G	2021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.651;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=44;PP=1270;ReadPosRankSum=-1.382;SC=CCCCTGGAGCAAGACTCTGCT;SOR=0.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=101;TCR=96;TR=91;WE=148865265;WS=148865247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,100:0.46:218
chr6	148869370	rs17643290	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.964;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr6	149068627	rs9498146	A	T	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.75;ReadPosRankSum=-1.787;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,46:0.82:56
chr6	149285719	rs3734377	A	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.038;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr6	149340390	rs2275423	G	C	3885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=73;PP=2202;SC=CTAAAGCAGGGTCATGGCATG;SOR=1.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=55;TCR=74;TR=128;WE=149340398;WS=149340380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr6	149700805	rs2031450	G	A	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=24;PP=650;SC=AGTATTATATGTATATACATT;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=149700813;WS=149700795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	149718650	rs237028	C	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.140;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
chr6	149721690	rs237025	G	A	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,71:0.30:233
chr6	149838318	rs188500953	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=61;ReadPosRankSum=0.069;SC=GCAAAGTATATGTAAGATCTT;SOR=0.293;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=8;WE=149838326;WS=149838308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr6	149842148	rs373268154	CA	C	85.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.120;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr6	149862316	.	C	CT	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr6	149953835	rs9322202	A	G	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=19;PP=1317;SC=CCTCCTCCTAAATATAATCAA;SOR=1.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=64;WE=149953843;WS=149953825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	149953981	rs9800580	C	T	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.693;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=42;PP=1006;ReadPosRankSum=0.939;SC=GAGTGCTGTCCAGTTTAAAGC;SOR=0.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=75;WE=149953989;WS=149953971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,80:0.71:113
chr6	149983216	rs3924871	G	A	1992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.095;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,96:0.60:159
chr6	149997657	rs62439843	T	C	611.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=333;ReadPosRankSum=-0.517;SC=GGTCTAAAGGTCTACTGAGAA;SOR=0.846;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=21;WE=149997665;WS=149997647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,26:0.87:30
chr6	150004779	rs3798761	A	G	3853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=74;PP=2108;ReadPosRankSum=-0.424;SC=CTGTTGTAGCAGAAGGCTGAG;SOR=0.569;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=263;TCF=137;TCR=126;TR=160;WE=150004787;WS=150004769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,186:0.61:304
chr6	150023348	rs4870509	C	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.832;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=391;ReadPosRankSum=-0.160;SC=TGAAAATGATCCTTCAAGGAA;SOR=2.348;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=20;WE=150023356;WS=150023338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr6	150039148	rs12174349	G	A	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.11;ReadPosRankSum=-0.184;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,63:0.59:107
chr6	150064733	rs34447002	CA	C	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.6281;FS=2.622;HP=14;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=84;ReadPosRankSum=-0.427;SC=AACTCCATTTCAAAAAAAAAA;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=8;WE=150064742;WS=150064723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr6	150064968	rs58509133	C	CT	709.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=547;SC=AGCAAAGAGCCATGAGTGCTA;SOR=1.739;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=150064985;WS=150064958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	150064977	rs1572229	T	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=217;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCATGAGTGCTAAGGAAATAA;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=10;WE=150064985;WS=150064958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
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chr6	150093678	rs3805748	C	T	4005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.35;ReadPosRankSum=1.190;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,99:0.65:152
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chr6	150210681	rs9371533	G	A	5581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=4.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.70;ReadPosRankSum=0.599;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,143:0.63:226
chr6	150210685	rs9383921	C	T	5480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=5.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.14;ReadPosRankSum=1.192;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,137:0.63:218
chr6	150210802	rs6933882	A	G	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=488;ReadPosRankSum=0.108;SC=CTCTTTGAGAAGTCCATCATC;SOR=0.551;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=42;WE=150210810;WS=150210792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,53:0.56:95
chr6	150210994	rs6939761	T	C	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.76;ReadPosRankSum=-0.698;SOR=1.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr6	150210999	rs3823021	G	C	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.76;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=1.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr6	150211123	rs2151910	A	T	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=34;PP=1463;SC=CTGGTGGCATATACCTTCTTC;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=77;WE=150211131;WS=150211113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	150212003	rs9383583	C	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.85;ReadPosRankSum=-1.014;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr6	150212150	rs9371539	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=1.166;SC=ATTCTTTACCCTGGAACAACT;SOR=0.180;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=7;WE=150212158;WS=150212140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr6	150239330	rs17079029	C	T	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.355;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=721;ReadPosRankSum=-1.478;SC=AAAGGACTCTCCTCAGCAGCC;SOR=0.488;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=103;TCF=69;TCR=34;TR=55;WE=150239338;WS=150239320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,70:0.56:124
chr6	150239535	.	C	G	1964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.399;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=42;PP=1113;ReadPosRankSum=1.029;SC=AATGGAAGCACAAGAGTGACA;SOR=0.466;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=121;TCF=52;TCR=69;TR=78;WE=150239543;WS=150239525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,87:0.65:133
chr6	150240083	rs9383944	T	C	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=14;PP=943;ReadPosRankSum=-0.138;SC=CATAAACGTGTACACTGGGAT;SOR=0.954;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=63;TCR=22;TR=54;WE=150240091;WS=150240073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,61:0.66:93
chr6	150240829	rs9397449	G	C	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.274;NF=2;NR=24;PP=583;ReadPosRankSum=-0.210;SC=GGGTGTGACTGTCTTGCTGCC;SOR=1.302;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=26;WE=150240837;WS=150240819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr6	150244216	rs71656790	TGTCTGAATGCAGCCC	T	1448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.679;NF=6;NR=25;PP=2954;ReadPosRankSum=0.920;SC=GCTCGCAGGCTGTCTGAATGC;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=13;TCR=57;TR=31;WE=150244238;WS=150244206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,72:0.52:138
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chr6	150263186	rs4343924	A	C	10256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=190;NR=159;PP=2965;SC=CAAGTCTCTCATCCCTAGCGC;SOR=0.814;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=350;TCF=191;TCR=159;TR=349;WE=150263194;WS=150263176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
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chr6	151130691	rs712216	G	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=146;ReadPosRankSum=0.263;SC=CTTTTTGAGAGCGTTCTGGCC;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=10;WE=151130699;WS=151130684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr6	151130920	rs712215	A	G	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.078;QD=8.90;ReadPosRankSum=2.675;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr6	151142261	rs803387	T	C	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=450;ReadPosRankSum=-0.060;SC=CTCATAATCCTCTTATAAAGA;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=33;WE=151142269;WS=151142251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,38:0.72:53
chr6	151152656	rs803411	T	C	2944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=46;PP=1680;ReadPosRankSum=-1.378;SC=ATCAGGCCACTCCCGATCATG;SOR=0.698;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=172;TCF=100;TCR=72;TR=112;WE=151152664;WS=151152646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,130:0.65:200
chr6	151197056	rs77158942	G	C	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.19;ReadPosRankSum=0.813;SOR=0.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr6	151199071	rs2073063	A	G	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=40;ReadPosRankSum=0.102;SC=TTTGCTTGTGACTGAATGTTA;SOR=1.483;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=5;WE=151199079;WS=151199061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr6	151247439	rs803455	A	G	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	151258127	rs742830	G	A	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=367;ReadPosRankSum=-0.397;SC=TGGGGGGAGAGAATTGTAAAA;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=24;WE=151258135;WS=151258117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr6	151259770	rs6933598	C	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=226;ReadPosRankSum=-0.203;SC=TGTCCCTTGGCCTGTGTCCAT;SOR=1.048;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=17;WE=151259778;WS=151259760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr6	151260002	rs3734416	T	C	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=354;ReadPosRankSum=-1.476;SC=ATTAAGGCTCTGAAACCCCAA;SOR=0.463;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=34;WE=151260010;WS=151259992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,42:0.71:59
chr6	151266504	rs803445	C	T	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=112;SC=CTAAATAGTTCGGTTATAAAT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=151266512;WS=151266494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	151266564	rs2073191	T	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.28;ReadPosRankSum=1.807;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr6	151266717	rs803444	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.618;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr6	151270369	rs803471	G	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.43;ReadPosRankSum=1.225;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
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chr6	151336739	rs509474	C	G	2708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=62;PP=1618;ReadPosRankSum=-0.287;SC=ATCACTGGTCCGTTGGTGGAA;SOR=0.823;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=186;TCF=85;TCR=101;TR=110;WE=151336755;WS=151336729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,124:0.60:207
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chr6	151362895	rs140096864	CTTG	C	724.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=353;ReadPosRankSum=0.591;SC=GAAAGCCCCTCTTGTTGTGTC;SOR=0.653;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=10;WE=151362905;WS=151362885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,22:0.32:69
chr6	151362942	rs1983750	T	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=135;ReadPosRankSum=-0.295;SC=CTGGCTCTAGTTGGAGAATCC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=12;WE=151362950;WS=151362932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr6	151413771	rs75272597	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.848;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,17:0.21:81
chr6	151413828	rs2295734	C	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=9.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.23;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=0.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr6	151561921	rs5880922	TG	T	143.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.78;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	151626774	rs9397388	T	G	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=6;PP=499;SC=AACTTCCTTTTCTCTGTATTT;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=151626782;WS=151626764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	151627034	rs2294792	A	G	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=1.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	151627096	rs2294793	C	T	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=15;PP=397;SC=ACTTTGGACTCAGCAGAAAAT;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=151627104;WS=151627086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	151665302	rs6941075	T	A	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=184;SC=TGGGTTTTTCTTGAAATCTTC;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=151665310;WS=151665292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	151669459	rs376944975	CAAAA	C	421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.34;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	151669875	rs10872670	A	G	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=37;PP=2151;SC=AGATGTGAGCAAAAGAGACTC;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=67;WE=151669883;WS=151669865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	151670172	rs3734799	A	C	3766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=53;PP=2184;SC=TGGCGACCACAAGGACCCCAG;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=64;TCR=53;TR=117;WE=151670180;WS=151670162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr6	151670897	rs900654	T	C	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	151674116	rs3842128	T	TGAG	10714.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.04;NF=32;NR=61;PP=2924;SC=GTGTAGCAATTGAGGATTTAG;SOR=0.858;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=106;TCF=38;TCR=68;TR=93;WE=151674124;WS=151674106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr6	151674326	rs3823310	A	C	2938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=58;PP=1953;SC=AAGGAGAGGAACCTCAGGCCT;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=36;TCR=58;TR=94;WE=151674334;WS=151674316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr6	151686905	rs11155787	C	T	7693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=139;NR=126;PP=2965;SC=GACTCCCTTCCTCAAATGTGC;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=266;TCF=140;TCR=126;TR=265;WE=151686913;WS=151686895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr6	151726300	rs1065310	G	C	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=296;ReadPosRankSum=1.703;SC=GCACCGCGCCGGGCCGAACAT;SOR=1.022;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=23;WE=151726308;WS=151726290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr6	151726756	rs3757314	T	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=0.089;SC=CAGCCTCTTTTCTGCTAATAA;SOR=1.371;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=10;WE=151726764;WS=151726746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr6	151726829	rs3757315	C	T	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=322;ReadPosRankSum=-1.765;SC=GGTAACTGATCATAGTACAGA;SOR=0.825;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=29;WE=151726837;WS=151726819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr6	151742541	rs4870017	T	C	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=17;PP=425;SC=AAATCTGAAGTGGCATAATTT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=151742549;WS=151742531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	151743629	rs6912830	A	C	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.78;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr6	151754273	rs6904364	T	C	4882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=1.576;SC=CCTAATGGGGTTTCTTTCCTG;SOR=0.786;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=325;TCF=173;TCR=152;TR=209;WE=151754281;WS=151754263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,224:0.64:352
chr6	151773504	rs13201167	T	C	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.321;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=624;ReadPosRankSum=0.901;SC=AGATTGGGTCTTCTGGCGAGC;SOR=1.238;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=34;WE=151773512;WS=151773494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr6	151857370	rs1532401	T	C	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=15;PP=1205;SC=TGCTTCTGCCTTTAATCTGGC;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=62;WE=151857378;WS=151857360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
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chr6	152201875	rs4986934	T	C	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=46;PP=1555;SC=GCCGGCTCCGTAAATGCTACG;SOR=1.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=81;WE=152201883;WS=152201865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	152265282	rs55740371	A	AT	479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.150;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr6	152265522	rs1801132	G	C	3029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.54;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	152382014	rs9322354	A	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=151;ReadPosRankSum=1.732;SC=TTTTTTGTTAAAGATTTAGAA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=7;WE=152382022;WS=152382004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr6	152382087	rs3841686	C	CT	577.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=448;ReadPosRankSum=-0.113;SC=GTTTTTTAATCTTTTTATTTA;SOR=0.693;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=14;WE=152382095;WS=152382077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr6	152382311	rs2273206	G	T	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=1093;ReadPosRankSum=-0.759;SC=TTTATTTGTAGTTTTCAACCA;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=36;WE=152382333;WS=152382301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,40:0.67:60
chr6	152382325	rs2273207	A	G	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=1093;ReadPosRankSum=1.036;SC=TCAACCAGATACGATCTACCC;SOR=0.631;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=25;WE=152382333;WS=152382301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr6	152464786	rs148376885	G	A	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=185;ReadPosRankSum=0.821;SC=GTCTAGCTCCGGCCCCGTGGG;SOR=0.682;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=19;WE=152464794;WS=152464776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,24:0.26:91
chr6	152464839	rs2256135	A	G	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.62;ReadPosRankSum=-0.744;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,83:0.66:125
chr6	152466623	.	G	A	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.69;ReadPosRankSum=-1.291;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,54:0.62:87
chr6	152489037	rs997389	T	G	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=6.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=1.652;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,76:0.30:252
chr6	152489037	.	TT	GC	887	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=43;NR=25;PP=887;QD=13.8304099244;SC=ATTAACCTTTTTGTCCAGCTC;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=229;TCF=133;TCR=96;TR=68;WE=152489046;WS=152489027;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:161,68:0.30:229
chr6	152489038	rs997769	T	C	8114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=93;PP=2508;SC=TTAACCTTTTTGTCCAGCTCT;SOR=0.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=134;TCR=95;TR=225;WE=152489046;WS=152489027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr6	152489294	rs998147	T	C	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=59;PP=1369;SC=TCCACACAGCTGTCCTCTGCC;SOR=1.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=25;TCR=59;TR=84;WE=152489302;WS=152489284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	152522812	rs2673776	T	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=108;ReadPosRankSum=-1.327;SC=GCCATACAAGTTTCACCTGAG;SOR=1.061;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=11;WE=152522820;WS=152522802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr6	152522926	rs2253512	G	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.533;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,46:0.28:167
chr6	152523143	rs2635441	G	A	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=11.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=-1.993;SOR=0.344;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr6	152534946	rs684807	TT	AA	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=30;PP=749;SC=TTATTCTTACTTCTCTAGCAT;SOR=3.611;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=32;WE=152534955;WS=152534936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	152539350	rs9371243	C	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=149;ReadPosRankSum=0.271;SC=TTTTTGAAGACAGATGGTAAA;SOR=0.752;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=12;WE=152539358;WS=152539340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr6	152539572	rs35809482	TA	T	304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-1.082;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr6	152540278	rs2147377	A	C	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=17;PP=597;SC=TCATGGAGAAAAAAGAGGGAA;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=152540286;WS=152540268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	152542234	rs9397492	G	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.499;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr6	152542548	rs9383976	A	G	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.306;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=193;ReadPosRankSum=0.346;SC=TGTAAAGTTAACATACTCCAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=11;WE=152542556;WS=152542538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr6	152546740	rs1998620	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.782;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=70;ReadPosRankSum=-0.135;SC=AAAAGTACAAGGAGATAATGT;SOR=0.141;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=7;WE=152546748;WS=152546730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
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chr6	152565897	rs3888239	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=-0.152;SC=ATGTAAAACATTCTCAATATA;SOR=2.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=8;WE=152565905;WS=152565887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
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chr6	152658141	rs28385621	CT	AC	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.116;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=1618;ReadPosRankSum=-0.139;SC=CCTGGACAAGCTTTTGTTCAA;SOR=1.073;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=49;WE=152658150;WS=152658131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,63:0.71:89
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chr6	152665261	rs4645434	C	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=1.235;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr6	152665464	rs35003170	TC	T	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.246;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.273;NF=1;NR=9;PP=233;ReadPosRankSum=-0.735;SC=AAATGGATTTTCCCCCCAAGA;SOR=1.833;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=10;WE=152665472;WS=152665454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr6	152671475	rs9478320	A	C	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.840;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=45;PP=1269;ReadPosRankSum=0.628;SC=ATGCTCCTGCAAAACCAGGTG;SOR=0.925;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=140;TCF=74;TCR=66;TR=92;WE=152671483;WS=152671465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,103:0.63:163
chr6	152671553	rs9478321	A	G	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=577;ReadPosRankSum=0.335;SC=AACCCAGTGCAACTCACAGGG;SOR=0.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=38;WE=152671561;WS=152671543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,44:0.66:67
chr6	152671919	rs5880967	G	GA	953.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=439;ReadPosRankSum=0.380;SC=GAATTACAAAGAAAAAAAAAT;SOR=0.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=6;TCR=49;TR=28;WE=152671927;WS=152671909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,56:0.60:93
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chr6	152673147	rs6908392	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.034;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=269;ReadPosRankSum=1.334;SC=ATCTGTCAATGAGTAAACACA;SOR=0.292;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=17;WE=152673155;WS=152673137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
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chr6	152673543	rs11370219	C	CT	87.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=1.607;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr6	152675854	rs9397102	A	G	4439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.70;ReadPosRankSum=1.878;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,205:0.63:324
chr6	152683183	rs7771657	G	T	101.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=3.680;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=61;ReadPosRankSum=0.241;SC=TATACTAAAAGCCCCAAACGT;SOR=0.636;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=5;WE=152683191;WS=152683173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr6	152683199	rs7771662	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=139;ReadPosRankSum=-0.092;SC=AACGTAATTTGCTTATGTGCA;SOR=0.116;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=10;WE=152683207;WS=152683189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr6	152683413	rs4407724	G	T	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.176;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,39:0.53:73
chr6	152688567	rs7775637	C	T	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.913;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=584;ReadPosRankSum=0.347;SC=CAGAGACAAACTGCAAAGCTA;SOR=1.253;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=36;WE=152688575;WS=152688557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,38:0.73:52
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chr6	152697706	rs214955	C	T	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.95;ReadPosRankSum=4.123;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,56:0.49:114
chr6	152793412	rs4523096	C	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,26:0.31:85
chr6	153043035	rs17710008	G	A	2086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=39;PP=1166;ReadPosRankSum=-0.973;SC=TTACACCCACGGCCTCAACAG;SOR=0.542;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=151;TCF=87;TCR=64;TR=89;WE=153043043;WS=153043025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,100:0.60:167
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chr6	153296772	rs9479472	A	G	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=375;SC=AAAAGAACATAACATTTACAT;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=153296780;WS=153296762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	153311001	rs3860814	A	C	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=35.72;QD=25.92;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr6	153323594	rs3818123	C	T	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.65;QD=26.14;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	153323709	rs3818125	T	C	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=5;PP=169;SC=CCGCCCCGGGTGAACAGCTCC;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=153323717;WS=153323699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	153323896	rs3818127	T	C	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=8;PP=263;SC=ACACCCAGAATTTGGAGATAA;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=153323904;WS=153323886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	153332926	rs34837755	AATAAT	A	1317.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.62;QD=42.51;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	153345309	rs545323	C	T	163.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=128;SC=CCTCTCCACACCCCATGCCCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=153345317;WS=153345302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	153345647	rs2073259	G	A	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=19;PP=606;SC=GAGACAGAACGGGGCCGTGAT;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=153345655;WS=153345637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	154412004	rs2075572	G	C	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=212;ReadPosRankSum=1.824;SC=GGCTAAAAATGAATGAGCAAA;SOR=1.085;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=13;WE=154412012;WS=154411997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr6	154414375	rs9282821	A	C	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.716;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;ReadPosRankSum=0.053;SC=AATAATGGCCATTATAAAGTA;SOR=0.906;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=47;WE=154414383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,53:0.57:93
chr6	154414446	rs540825	A	T	2080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.024;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=32;PP=1103;ReadPosRankSum=-0.540;SC=CTCTAGAGCAAGGCTGCTTGG;SOR=1.053;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=137;TCF=81;TCR=56;TR=86;WE=154414454;WS=154414436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,96:0.63:153
chr6	154414563	rs675026	A	G	2390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.21;ReadPosRankSum=1.561;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,65:0.63:103
chr6	154414573	rs562859	C	T	2267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.00;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,55:0.68:81
chr6	154415434	rs660756	G	T	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=6.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.91;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,95:0.71:133
chr6	154428537	rs650825	G	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=103;ReadPosRankSum=-3.079;SC=CAGACAGTCCGCAGAGGAGAA;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=13;WE=154428545;WS=154428527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr6	154428666	rs677830	C	T	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.061;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,37:0.44:85
chr6	154428702	rs650245	A	G	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=25;PP=831;SC=AGTCTAGAGCATTAATTTTGA;SOR=0.758;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=52;WE=154428710;WS=154428692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	154429085	rs71021021	AT	A	267.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=4;PP=173;SC=ATAAACACTGATTTTTTTATT;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=7;WE=154429093;WS=154429075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	154431393	rs497332	C	G	77.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=26;SC=AATCTATGTACCTTTGGGGTA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=154431401;WS=154431383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	154431565	rs606545	G	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.995;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=239;ReadPosRankSum=1.754;SC=ATATTTTCCCGTGAAAGAATA;SOR=0.960;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=24;WE=154431573;WS=154431555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,26:0.35:75
chr6	154567666	rs9479798	T	G	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.58;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr6	154568823	.	G	GA	48.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr6	154732006	rs2275339	G	T	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=4;PP=384;SC=TCCAACTAAGGCAGGGGGCGG;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=154732014;WS=154731996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	154732371	rs62432690	T	C	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=392;SC=ACACAGAAGATAATTTAAATT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=154732379;WS=154732361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	154743909	rs3818848	G	A	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=103;SC=ATAGGCAGGCGTAAGTATGCT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=154743917;WS=154743900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	154749225	rs9384217	A	T	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=19;PP=1182;SC=CTGTTTAAACACACAACAGAT;SOR=1.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=61;WE=154749233;WS=154749215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	154754739	rs9479852	C	T	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=33;PP=1027;SC=CAGCTCAAGACGGTCCCTGAC;SOR=1.075;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=65;WE=154754747;WS=154754729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	154763401	rs6557351	G	A	3032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=54;PP=1591;SC=AGTTCTTCATGTTATCAGTTT;SOR=1.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=46;TCR=54;TR=100;WE=154763409;WS=154763391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	154763522	rs6907693	T	C	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=16;PP=367;SC=TTTGGGAGGCTGAAGTGGGCG;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=154763530;WS=154763512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	154771277	rs9322467	A	G	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=31;PP=1815;SC=CCTGGTGTCCAATCCGTGTGA;SOR=1.524;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=70;TCR=31;TR=101;WE=154771285;WS=154771267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	154771449	rs4870285	T	C	7769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=1.128;SC=ACCCACCCCCTGCAAACTGCC;SOR=0.561;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=140;TCR=151;TR=286;WE=154771457;WS=154771438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,315:0.98:320
chr6	155109168	.	G	GT	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=-1.764;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,22:0.24:92
chr6	155129298	.	A	C	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=461;ReadPosRankSum=-1.716;SC=CTTGAACCTGAAGTCAATTTG;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=48;TCR=60;TR=39;WE=155129306;WS=155129288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,45:0.38:120
chr6	155141313	rs17552819	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.34;ReadPosRankSum=-0.594;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr6	155152311	rs911191	C	G	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=19;PP=551;SC=AAAGAGGTTGCCTCTCTGTAT;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=155152319;WS=155152301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	155448546	rs41284210	C	T	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=2.478;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,28:0.28:99
chr6	155451352	rs931312	G	A	2150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.028;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=60;PP=1263;ReadPosRankSum=-0.625;SC=CTGAGCAACCGTGTCTCTTTT;SOR=0.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=262;TCF=119;TCR=143;TR=108;WE=155451360;WS=155451342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,116:0.41:284
chr6	155485535	rs1032140	G	A	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=21;PP=868;ReadPosRankSum=-0.250;SC=AATCACCTCTGTTTTTGCTTT;SOR=0.724;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=94;TCF=65;TCR=29;TR=66;WE=155485543;WS=155485525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,74:0.69:108
chr6	155485554	rs1032141	G	A	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.57;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,98:0.70:141
chr6	155561564	rs11751085	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=147;ReadPosRankSum=-0.248;SC=CCTCTGAGATCCCTGCTGAGC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=10;WE=155561572;WS=155561554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr6	155561760	rs4259257	T	C	4883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr6	155566889	rs11435976	G	GT,GTT	844.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.325;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.36;ReadPosRankSum=0.590;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,22,27:0.40,0.49:55
chr6	155569249	rs139744562	G	A	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=807;ReadPosRankSum=0.892;SC=TCAAGTACCCGCTGCTGCTCA;SOR=0.522;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=60;WE=155569257;WS=155569239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,66:0.62:106
chr6	155571113	rs3011902	A	G	2997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=58;PP=1732;SC=GGTCCGTGAGACATCTGCACC;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=103;WE=155571121;WS=155571103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	155571135	rs41284222	G	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=347;ReadPosRankSum=-1.961;SC=TGGGAGCCTAGTGCATGTGGT;SOR=0.426;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=33;WE=155571143;WS=155571125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr6	155572986	rs3011899	G	A	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=0;PP=52;SC=CATACGTTTGGAGAGTGTTAC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=155572994;WS=155572976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	155573275	rs77522040	C	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=-1.685;SOR=1.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr6	155574207	rs2274824	T	C	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=38;PP=958;SC=TCGTGCAGTATGATGCCAGAA;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=78;WE=155574215;WS=155574197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr6	155577823	rs1571766	C	T	5435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=87;PP=2965;SC=CAGATTTTGCCGACAATCTCA;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=93;TCR=87;TR=180;WE=155577831;WS=155577813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr6	155579246	rs3734322	A	C	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=32;PP=992;SC=ACAGAAAAATAAGAATTTTAC;SOR=1.318;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=57;WE=155579254;WS=155579236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	155581289	rs4869849	C	A	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=494;SC=CCGTCACAGGCCTGAACTAAG;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=155581297;WS=155581279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	155581619	rs912721	G	A	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=33;PP=991;SC=TAAAACAGGAGGATGGGCTGT;SOR=1.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=51;WE=155581627;WS=155581609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	155596700	rs1014664	T	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=27;ReadPosRankSum=0.765;SC=GGAAGCCTTTTGTTTACTTAC;SOR=0.330;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=5;WE=155596708;WS=155596690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr6	155596901	rs927718	T	C	5460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=80;PP=2558;ReadPosRankSum=2.315;SC=TGGCCTTATCTGGGGTCTCTG;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=102;TCR=80;TR=182;WE=155596909;WS=155596891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,212:0.99:214
chr6	155606325	rs324356	C	T	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr6	155606531	rs324357	A	G	277.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=199;SC=ATTTGAAAAGAATGGGCTATC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=155606539;WS=155606521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	155635585	rs162981	A	C	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.46;ReadPosRankSum=-0.527;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
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chr6	155635637	rs1334687	A	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=6;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=245;ReadPosRankSum=0.765;SC=CGCGCAGGGGAGGAACCTGCG;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=5;WE=155635645;WS=155635614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
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chr6	156268052	rs74553231	C	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.580;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
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chr6	157101072	rs1261893	A	C	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=22;PP=659;SC=GAACTTTCTCACACCTTTAGC;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=157101080;WS=157101062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	157495951	rs372586664	AT	A	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.763;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr6	157713777	rs3199374	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.638;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr6	158014255	rs905924	C	G	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=21;PP=575;SC=CCCTGCGCCACGGAACACTCA;SOR=2.517;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=158014263;WS=158014245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	158049351	.	C	CT	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=-1.044;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr6	158068481	rs616538	T	C	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=20;PP=476;SC=CCGCCCGCCCTGGTGGAATGG;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=158068489;WS=158068471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	158074504	rs636169	A	G	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=30;PP=1246;SC=GTGCTGCTGCATCTCTGGCTT;SOR=1.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=82;WE=158074512;WS=158074494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	158322886	rs11367433	CT	C	329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=6.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.797;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=1.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr6	158327269	rs9365567	T	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=-2.368;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr6	158330765	rs3211067	G	A	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.754;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=767;ReadPosRankSum=-0.714;SC=CAGATCCCAGGAAAGGCTCCA;SOR=0.553;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=58;TCR=37;TR=55;WE=158330773;WS=158330755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,63:0.60:105
chr6	158331150	rs2076573	G	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.678;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=345;ReadPosRankSum=0.064;SC=TTTCCATCCTGTAGAGCAGCA;SOR=1.445;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=23;WE=158331158;WS=158331140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr6	158357201	rs724897	T	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=0.681;SC=GTGTATCTTTTTTAATTGTGT;SOR=1.402;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=7;WE=158357209;WS=158357191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr6	158358654	rs144090871	GAAAC	G	2052.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.411;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.650;NF=3;NR=34;PP=1558;ReadPosRankSum=0.118;SC=TATTAAAAAAGAAACAATCTA;SOR=1.199;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=61;TCF=3;TCR=58;TR=37;WE=158358665;WS=158358644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,54:0.61:89
chr6	158359813	rs11324404	GA	G	2322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=1372;ReadPosRankSum=0.693;SC=GGTGCTGGTGGAAGTTTTTTT;SOR=0.685;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=28;WE=158359825;WS=158359803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,64:0.60:107
chr6	158359817	rs113710023	T	G	2282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.38;ReadPosRankSum=1.125;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,61:0.60:102
chr6	158361899	rs912879	C	T	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.23;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr6	158475941	rs2296510	T	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=366;ReadPosRankSum=-1.856;SC=GGAAAAACCATGGCCTCCTTG;SOR=0.709;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=29;WE=158475949;WS=158475931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr6	158487406	rs1009012	A	T	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.506;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=190;ReadPosRankSum=-0.127;SC=AGGCAGCCTCATCTGTCTTTT;SOR=0.039;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=18;WE=158487414;WS=158487396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr6	158487734	rs3215807	C	CT	1339.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.220;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.28;MQRankSum=0.830;NF=3;NR=17;PP=761;ReadPosRankSum=1.084;SC=ACGCTTGACCCTTTAGTGGCC;SOR=0.461;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=20;WE=158487742;WS=158487724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,56:0.76:74
chr6	158489778	rs2296509	C	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=443;ReadPosRankSum=-1.400;SC=GCCAGGTGTGCGGGGCCAGGC;SOR=0.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=32;WE=158489786;WS=158489768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,39:0.78:50
chr6	158490779	rs751873	C	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=246;ReadPosRankSum=-0.024;SC=TTTGACTTCCCCCTCCTCCCC;SOR=0.756;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=21;WE=158490787;WS=158490769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,23:0.35:66
chr6	158495863	rs12203105	G	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.44;ReadPosRankSum=1.102;SOR=0.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr6	158497717	rs2296508	T	C	2199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=2.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.47;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,104:0.68:152
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chr6	158499302	rs2296507	G	T	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.64;ReadPosRankSum=-0.440;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,50:0.64:78
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chr6	158515111	rs13217929	C	T	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=31;PP=842;SC=CTGCTTCCCCCCTAGAGAGTG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=158515119;WS=158515101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr6	158571501	rs6929274	G	A	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=6;PP=256;SC=TTTCTCCTTTGTCTAAAGAAA;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=158571509;WS=158571491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr6	158833935	rs341159	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.312;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=178;ReadPosRankSum=-1.602;SC=GTGGACTCTCGTGTGAGCTCT;SOR=1.410;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=13;WE=158833943;WS=158833925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr6	158833981	rs341158	A	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=248;ReadPosRankSum=0.980;SC=ATTCGCCCCCAGTCTTCTCCC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=21;WE=158833989;WS=158833971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr6	158870081	rs705956	A	G	3306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=38;PP=1790;SC=GCCACGGCAGAATGCTGGCCC;SOR=0.973;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=59;TCR=38;TR=97;WE=158870089;WS=158870071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr6	158870278	rs341136	T	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.942;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=282;ReadPosRankSum=0.006;SC=CAGAGTAGACTGATGTGGAGG;SOR=0.872;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=23;WE=158870286;WS=158870268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,25:0.29:85
chr6	158873023	rs341139	T	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.615;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=199;ReadPosRankSum=-0.338;SC=ATATAGAATGTTTCATTCAGG;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=14;WE=158873031;WS=158873013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr6	158873376	rs827958	T	C	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=1.403;SC=TCTTGTACACTCTGTGCTTAC;SOR=1.609;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=9;WE=158873384;WS=158873366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr6	158882836	rs587385	A	G	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=439;ReadPosRankSum=-0.304;SC=TATTGTTGACAAATTTTATTT;SOR=0.456;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=31;WE=158882844;WS=158882826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr6	158910491	rs2274884	T	C	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=-1.000;SC=AGCTTCTTTTTGGTTTCAACC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=158910499;WS=158910481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr6	158910543	rs2274883	T	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=105;ReadPosRankSum=-2.003;SC=GTCTGTCTTTTAGTTTATAGT;SOR=0.387;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=12;WE=158910551;WS=158910533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr6	158923434	rs9364968	G	C	4715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.687;SC=CCCAGAACACGTACACCCTCC;SOR=0.617;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=288;TCF=162;TCR=126;TR=185;WE=158923442;WS=158923424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,210:0.65:322
chr6	158924088	rs914690	T	C	6495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.04;MQRankSum=0.160;NF=129;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=0.061;SC=TGGGTGAGGATGTTTGGGTTC;SOR=0.977;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=132;TCR=97;TR=224;WE=158924096;WS=158924078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,245:0.98:249
chr6	158924595	rs3749853	A	G	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=39;PP=949;ReadPosRankSum=1.119;SC=CCGACCTCCAAAGCCACTTGG;SOR=0.788;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=176;TCF=80;TCR=96;TR=66;WE=158924603;WS=158924585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,68:0.36:188
chr6	158927651	rs3828712	A	G	2982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=49;PP=1693;ReadPosRankSum=-0.381;SC=CGTACATTCTAGACTTCCAGT;SOR=0.717;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=190;TCF=117;TCR=73;TR=123;WE=158927659;WS=158927641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,137:0.64:215
chr6	158994577	rs4709217	T	G	4118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=83;PP=2423;SC=TTTTTACTCATTGAATCTTTT;SOR=1.201;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=59;TCR=83;TR=142;WE=158994585;WS=158994567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr6	159047805	rs6149884	C	CTCACTCACACCTCACTCATGCCT	1197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=5.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.968;QD=11.52;ReadPosRankSum=1.227;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,36:0.35:104
chr6	159129551	rs9456341	C	T	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.078;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=215;ReadPosRankSum=2.512;SC=GTGCCTGGAGCGGGTCACAAA;SOR=0.141;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=13;WE=159129559;WS=159129541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr6	159166486	rs6914168	A	G	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=354;ReadPosRankSum=-0.314;SC=GAAGTAACTTATTATATCTGT;SOR=0.843;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=25;WE=159166494;WS=159166476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr6	159172952	.	G	T	2999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=43;PP=1591;ReadPosRankSum=1.010;SC=GCTGTGTTTGGCCCCTAGGTA;SOR=0.884;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=147;TCF=88;TCR=59;TR=112;WE=159172960;WS=159172942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,135:0.76:178
chr6	159181885	rs3127155	G	A	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=365;SC=TCCTTTCTACGTCCCCGTGCC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=159181893;WS=159181875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	159183351	rs9347251	T	C	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.27;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	159184462	rs2291387	A	G	3527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr6	159185427	rs7775997	G	A	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=183;SC=ATGTGGACTTGAGGTGAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=159185435;WS=159185417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	159185563	rs3123101	T	A	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=3.415;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.46;ReadPosRankSum=-0.666;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr6	159188128	rs2242318	A	G	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=36;PP=1219;SC=ATTAAGCAGCATTGGTCTAGT;SOR=0.809;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=80;WE=159188136;WS=159188118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	159188282	rs9364994	T	G	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=23;PP=996;ReadPosRankSum=-0.078;SC=ACAGAGCCCCTTGGGCCTCAC;SOR=0.677;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=121;TCF=81;TCR=40;TR=71;WE=159188290;WS=159188272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,80:0.59:136
chr6	159191788	rs3212308	C	T	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	159192045	rs1038537	A	G	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=643;SC=GGGCCACCCTAGCCTGCTGCC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=159192053;WS=159192035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	159192575	rs3127181	A	G	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=25;PP=755;SC=TCTCGGCACTAGGAATGTGCA;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=159192583;WS=159192565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	159197371	rs9346767	T	C	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=66;NR=39;PP=1991;SC=ACAGTATAACTTGTCCGTTAC;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=66;TCR=39;TR=105;WE=159197379;WS=159197361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	159204426	rs7769862	T	A	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=164;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=3;PP=998;SC=CTTTAAAAAGTTTCCTACTTT;SOR=1.893;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=27;WE=159204434;WS=159204416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	159204430	.	C	CTGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTG	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=22.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.037;SOR=3.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,4:0.16:25
chr6	159204786	rs3123111	C	T	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=557;SC=TAAATTAAGGCGCCTTGTGTA;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=159204794;WS=159204776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	159205475	rs3127217	T	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=0;PP=291;SC=TGAGCTAAACTGCTTCTTTCC;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=159205483;WS=159205465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	159205632	rs9364995	C	T	3588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=48;PP=2123;SC=CATGCTGGAGCGCACGGAGAT;SOR=1.213;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=77;TCR=48;TR=124;WE=159205640;WS=159205622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr6	159205668	rs3103003	G	A	4413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=66;PP=2545;SC=GCAGGGCACAGCACTCACTTG;SOR=0.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=86;TCR=67;TR=152;WE=159205676;WS=159205658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr6	159210662	rs140055516	TTTTC	T	1618.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=17;PP=892;SC=AGTTTTTCTCTTTTCTTTGAG;SOR=1.432;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=19;WE=159210673;WS=159210652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	159291490	rs6455609	G	C	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=412;SC=AACACATCAGGAAACCTCAAA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=159291498;WS=159291480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	159316430	rs9457507	C	T	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=16;PP=450;SC=TGATGGAATACGTGGCATCCT;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=159316438;WS=159316420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	159330886	rs60429477	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=47;ReadPosRankSum=-0.578;SC=CCACCGCGCCCGGCCTATCAT;SOR=1.230;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=6;WE=159330894;WS=159330876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr6	159407416	rs41267751	C	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=273;ReadPosRankSum=2.950;SC=CCTAGCCTCCCGTTGTCTCTG;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=20;WE=159407424;WS=159407406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,24:0.38:64
chr6	159590734	rs295332	T	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=28;ReadPosRankSum=0.840;SC=GGCGGCGGCCTCAGGTACGCG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=6;WE=159590742;WS=159590724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr6	159652931	rs420137	G	C	2393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=26;PP=1486;SC=GGCGGATGTTGAGCAGAACAC;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=80;WE=159652939;WS=159652921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	159653635	rs381639	C	G	8641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=179;NR=129;PP=2965;SC=CCTCGCCGGCCCGGAGGACCC;SOR=0.958;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=310;TCF=181;TCR=129;TR=308;WE=159653643;WS=159653625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr6	159654487	rs404435	G	T	9645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=181;NR=140;PP=2965;SC=CTGCTCGTCCGCCCGCAGCAC;SOR=0.857;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=322;TCF=181;TCR=141;TR=321;WE=159654495;WS=159654477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr6	159654551	rs370434	C	G	10264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.39;ReadPosRankSum=1.047;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,388:1.00:389
chr6	159654994	rs402388	A	C	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=51;PP=2072;SC=GCGCCCGGGTACCCAGCAGGG;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=53;TCR=52;TR=104;WE=159655002;WS=159654984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	159655084	rs420054	C	G	3646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=61;PP=2614;ReadPosRankSum=2.540;SC=CCGAGGACGACGAGGAGGAGG;SOR=0.389;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=140;TCF=76;TCR=64;TR=136;WE=159655092;WS=159655068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,138:0.98:141
chr6	159655102	rs436743	A	G	4389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=87;NR=59;PP=2444;SC=AGGACGCGGGATTTTTTAAAG;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=87;TCR=60;TR=146;WE=159655110;WS=159655092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr6	159655326	rs3003174	T	C	7671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=155;NR=103;PP=2965;SC=CCTTCCCGACTGCCGCCTCGC;SOR=1.024;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=258;TCF=155;TCR=103;TR=258;WE=159655334;WS=159655316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr6	159655383	rs2501176	A	G	20156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=235;NR=187;PP=2965;SC=CCCTGGCCGCAGTACACCACG;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=422;TCF=235;TCR=187;TR=422;WE=159655391;WS=159655373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr6	159655402	rs2932988	A	G	21876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=266;NR=216;PP=2965;SC=CGCGCGCCCCACCTGGCCACT;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=483;TCF=266;TCR=217;TR=482;WE=159655410;WS=159655392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,533:1.00:533
chr6	159655593	rs2501177	C	T	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=77;PP=2069;SC=TATTCTATTGCATTTAGCACC;SOR=3.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=15;TCR=77;TR=92;WE=159655601;WS=159655583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	159657195	rs420339	G	T	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=4;PP=362;SC=CCAACTTCCCGGGCATGTTGA;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=159657203;WS=159657185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	159659481	rs419836	C	T	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=1;PP=379;SC=ACTCACATTACGGTTTCCTTC;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=159659489;WS=159659471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	159659523	rs450538	A	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=8;PP=523;SC=TACATATATAATTGGACTAAT;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=159659531;WS=159659513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	159660779	rs141435210	GCCACCACCCGCCGCACGA	G	1743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.59;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	159660879	rs386360	C	A	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.669;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.62;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,87:0.98:89
chr6	159667961	rs294911	T	G	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=24;PP=1000;SC=AGACTGACACTGCAGTACCTA;SOR=1.031;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=66;WE=159667969;WS=159667951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	159669953	rs28487880	G	C	555.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=3;PP=289;SC=GTGTGTGTGTGTGTCTGTCTG;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=159669961;WS=159669943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	159670276	rs294907	A	G	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=15;PP=548;SC=TTGAAGAAAAACATTACTAAT;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=159670284;WS=159670266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	159670303	rs294906	G	A	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=10;PP=313;SC=GCCTCGCCAAGGCAGTGCATT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=159670311;WS=159670293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	159672455	rs294899	C	T	5765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.783;SC=AGAAGAGTGACCTGCCTCCCC;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=108;TCR=84;TR=190;WE=159672463;WS=159672445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,217:0.99:219
chr6	159677498	rs294890	C	T	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=14;PP=1288;SC=TGGGTTACATCTTGTGTGTGA;SOR=2.235;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=61;WE=159677506;WS=159677488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	159682206	rs294883	C	T	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=44;NR=21;PP=1091;SC=CAAAATATATCTTCTTCCAAC;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=65;WE=159682214;WS=159682196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	159689022	rs117701160	G	A	369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=258;ReadPosRankSum=-0.722;SC=AATAGAGGGGGAAAATCCACA;SOR=0.527;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=16;WE=159689030;WS=159689012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr6	159692321	rs409691	G	A	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=35;NR=20;PP=765;SC=TGGTTCAGGGGCCTCTGACGC;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=55;WE=159692329;WS=159692311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	159692559	rs455162	G	A	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=4;PP=122;SC=GACAGCCAGCGTGCTCAGCCC;SOR=1.402;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=159692567;WS=159692549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	160106088	rs2758332	C	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-1.637;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,25:0.31:80
chr6	160106125	rs2855116	A	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.568;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=111;ReadPosRankSum=-0.684;SC=ATTACAGTAAAATGTTATATT;SOR=1.819;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=8;WE=160106133;WS=160106115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr6	160109051	rs2070994	A	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.931;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=192;ReadPosRankSum=0.212;SC=TCTCAAAAAAACAACAACAAA;SOR=0.346;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=18;WE=160109059;WS=160109041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr6	160113872	rs4880	A	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=-3.746;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,16:0.23:69
chr6	160133957	rs752779	G	A	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=39;PP=931;ReadPosRankSum=-0.536;SC=ATTTAAAAAGGTCTCCCTGTA;SOR=0.518;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=165;TCF=65;TCR=100;TR=67;WE=160133965;WS=160133947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,71:0.40:177
chr6	160148406	.	T	TGGCAGGAGGCGGGAGGC	813	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=28;MQ=63.16;NF=1;NR=6;PP=813;QD=117.714285714;SC=GCGGGGAGGCTGGCGGGAGGC;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=7;WE=160148414;WS=160148396;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,7:0.35:20
chr6	160148410	rs111664512	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=7.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.34;MQRankSum=5.590;QD=7.34;ReadPosRankSum=-1.485;SOR=1.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr6	160174456	rs1440	T	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=1.761;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,44:0.43:103
chr6	160182749	rs2277073	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.70;ReadPosRankSum=1.084;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,34:0.44:78
chr6	160182845	rs2277072	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.799;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=49;ReadPosRankSum=0.333;SC=TCTGCCCGCAAGCCCAGACCC;SOR=1.609;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=7;WE=160182853;WS=160182835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr6	160196343	rs25683	A	G	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.897;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=367;ReadPosRankSum=-1.173;SC=TCAACTAGAAAAGGTGAGTAT;SOR=1.371;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=27;WE=160196351;WS=160196333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,33:0.37:90
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chr6	160199687	rs15982	T	C	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.474;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
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chr6	160206631	rs3818299	T	C	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,39:0.31:125
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chr6	160218605	rs3777423	A	G	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=309;ReadPosRankSum=-0.560;SC=TCTTGGCATTAGATAACTTAC;SOR=0.992;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=21;WE=160218613;WS=160218595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr6	160218957	rs2342479	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=95;ReadPosRankSum=0.871;SC=TCTGAAAAACCGTTGTAGGCT;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=6;WE=160218965;WS=160218947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr6	160219337	rs4739	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=1.633;SC=CAAGAACTACGTTCTGCCCCT;SOR=0.346;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=8;WE=160219345;WS=160219327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr6	160221475	rs733319	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-1.044;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr6	160221690	rs35229038	GCTT	G	574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.753;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=354;ReadPosRankSum=0.860;SC=ACCTCACTTGGCTTCTTGAGC;SOR=0.312;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=10;WE=160221700;WS=160221680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr6	160221992	rs35619423	CTTT	C	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.744;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=151;ReadPosRankSum=-1.260;SC=GAGGACCTTGCTTTTTTCTGT;SOR=0.569;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=7;WE=160222002;WS=160221982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr6	160224346	rs2146163	T	C	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,41:0.32:129
chr6	160225012	rs35435543	T	G	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=2.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.784;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,75:0.38:200
chr6	160225463	rs11757783	G	T	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=440;ReadPosRankSum=0.985;SC=TGATCTAGACGAACTGGCTTA;SOR=0.591;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=35;WE=160225471;WS=160225453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,40:0.37:107
chr6	160225559	rs9364536	G	C	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=31;PP=867;ReadPosRankSum=1.510;SC=TGTTCTGTTTGTTGTTCTGTT;SOR=0.579;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=165;TCF=96;TCR=69;TR=67;WE=160225567;WS=160225549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,72:0.39:184
chr6	160229889	rs35872675	T	C	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.985;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,32:0.35:91
chr6	160234625	rs13220869	G	C	6629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr6	160236976	rs7739963	T	C	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.756;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,42:0.34:125
chr6	160237190	.	C	CA	397.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.77;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	160237192	.	C	G	625	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=6;HapScore=4;MGOF=21;MMLQ=23;MQ=58.03;NF=0;NR=9;PP=625;QD=73.3079125052;SC=TCCCCACCCCCCCACACCCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=160237200;WS=160237178;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,9:0.75:12
chr6	160237192	.	C	CCG	397.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.77;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	160237489	rs2342480	T	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.44;ReadPosRankSum=-1.137;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,11:0.16:70
chr6	160239461	rs41267791	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.785;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=293;ReadPosRankSum=-0.251;SC=GACTTGTGAGGGCAGGAGGGA;SOR=0.147;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=19;WE=160239469;WS=160239451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr6	160239712	rs5012271	C	T	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=48;PP=1080;ReadPosRankSum=0.535;SC=TTGGCCCCCTCGCCCCATTCA;SOR=0.739;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=194;TCF=85;TCR=109;TR=83;WE=160239720;WS=160239702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,89:0.43:206
chr6	160445793	rs2277070	A	G	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.36;ReadPosRankSum=-1.011;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
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chr6	160450402	rs9365125	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.021;HP=11;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=-0.367;SC=TACTTAAAACTTTTTTTTTTT;SOR=1.230;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=6;WE=160450410;WS=160450400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
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chr6	160465486	rs66749494	TTGTC	T	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=2.167;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
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chr6	160481537	rs7746102	T	C	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=2.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=-1.195;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,47:0.37:128
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chr6	160489215	rs8191867	CAG	C	1333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.740;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.396;NF=10;NR=16;PP=897;ReadPosRankSum=0.538;SC=CGTTTCTAGACAGAGTGCCCA;SOR=0.850;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=26;WE=160489227;WS=160489205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,39:0.35:113
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chr6	160505199	rs614754	C	G	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=17;PP=557;SC=CCTGGTCCCTCGTCCACAACG;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=160505207;WS=160505189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	160511250	rs1050026	T	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=151;ReadPosRankSum=-0.060;SC=AACAAAAACCTTGGTCTAATT;SOR=0.307;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=12;WE=160511258;WS=160511240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr6	160524671	rs2297369	A	G	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-1.516;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr6	160524773	rs2297370	T	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.408;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,27:0.32:84
chr6	160543123	rs1867351	T	C	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=31;PP=883;ReadPosRankSum=0.100;SC=ACTGCCAGAGTCCTGGGGTGG;SOR=0.696;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=206;TCF=116;TCR=90;TR=72;WE=160543131;WS=160543113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,81:0.35:232
chr6	160551204	rs683369	G	C	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.684;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=400;ReadPosRankSum=1.512;SC=CGGGCTTCTTGTTTGGCTCTC;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=59;TCR=47;TR=37;WE=160551212;WS=160551194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,46:0.36:129
chr6	160553238	rs45584532	C	T	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.940;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,56:0.43:130
chr6	160557569	rs7762846	C	T	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=27;PP=757;ReadPosRankSum=1.369;SC=CTCTCCCTCCCTCCTAGATGC;SOR=0.777;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=93;TCR=72;TR=62;WE=160557577;WS=160557559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,75:0.39:191
chr6	160560824	rs34130495	G	A	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=45;PP=1521;ReadPosRankSum=-0.117;SC=TGACCGCGTGGGCCGCATCTA;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=86;TCR=68;TR=102;WE=160560832;WS=160560814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,119:0.66:181
chr6	160560845	rs628031	A	G	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=2.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.808;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,55:0.31:179
chr6	160560897	rs113569197	CTGGTAAGT	C	1156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=5.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=-1.130;SOR=1.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,35:0.28:127
chr6	160560933	rs9457843	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=0.680;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,20:0.22:90
chr6	160575985	rs2297374	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr6	160645832	rs316003	C	T	7031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=115;NR=120;PP=2965;SC=CCAAGCCAAGCACGCCTGAAA;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=235;TCF=115;TCR=120;TR=235;WE=160645840;WS=160645822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr6	160645921	rs3219197	C	CT	1885.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=44;PP=819;SC=TTGTTTAAAACTTTTTTTTAG;SOR=1.640;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=4;TCR=56;TR=47;WE=160645929;WS=160645911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	160663230	rs17588242	T	C	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.458;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=467;ReadPosRankSum=-1.550;SC=ACACTGTGTTTTGAAGGTAAG;SOR=1.911;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=24;WE=160663238;WS=160663220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr6	160666660	rs11422119	A	AC	1514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=22;PP=1109;SC=ATAATTTCTTACCGTCCTGAG;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=28;WE=160666668;WS=160666650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	160670282	rs316019	A	C	4058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
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chr6	160769811	rs668871	C	T	1802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=-2.260;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,106:0.35:301
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chr6	160868668	rs3918286	A	G	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=75;ReadPosRankSum=-0.758;SC=GAGCAACATGATGGCTTCAGA;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=6;WE=160868676;WS=160868658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr6	160868687	rs3918287	GC	G	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.738;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=122;ReadPosRankSum=1.057;SC=GAGTGAGCAGGCCCCATGGGA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=5;WE=160868695;WS=160868677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr6	160872151	rs1810126	C	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=-1.448;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,43:0.34:127
chr6	160913931	rs61745804	C	T	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.87;ReadPosRankSum=1.565;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,73:0.67:109
chr6	160963964	rs41265934	C	G	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.280;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=817;ReadPosRankSum=-1.512;SC=ATGGTAAAATCATAAACACTC;SOR=0.407;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=53;WE=160963972;WS=160963954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,53:0.72:74
chr6	160969629	rs1801693	A	G	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.50;QD=25.44;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr6	161007360	rs9365178	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=23;ReadPosRankSum=1.352;SC=TTCCCATTGGCTGTCCATGAC;SOR=0.446;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=5;WE=161007368;WS=161007350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr6	161007496	rs7765781	G	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=299;ReadPosRankSum=-0.798;SC=TCAGAAGGAAGCTCTGTGCTT;SOR=0.728;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=119;TCF=70;TCR=49;TR=33;WE=161007504;WS=161007486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,41:0.31:134
chr6	161007538	rs7765803	G	C	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.654;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=262;ReadPosRankSum=-0.457;SC=GTTGTGAGGAGAGTTGATTCC;SOR=0.528;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=106;TCF=52;TCR=54;TR=29;WE=161007546;WS=161007528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,33:0.29:115
chr6	161010766	rs7453899	A	T	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=3.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.78;ReadPosRankSum=-1.923;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,47:0.39:120
chr6	161011907	rs74334585	C	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.142;NF=25;NR=12;PP=384;ReadPosRankSum=0.430;SC=GCTTCTGTATCACTAAGATTT;SOR=0.556;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=96;TCF=63;TCR=33;TR=37;WE=161011915;WS=161011897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,46:0.43:108
chr6	161132146	rs4757	C	T	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=1.738;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.076;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,64:0.54:119
chr6	161135667	rs147901890	CTTATTGCCAATT	C	412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=2048;ReadPosRankSum=0.071;SC=ATCCTGAGTCCTTATTGCCAA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=6;WE=161135686;WS=161135665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr6	161137663	rs4252109	T	G	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.857;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=13;PP=780;ReadPosRankSum=-1.771;SC=CTAAAATCTTTCTTGTCCATT;SOR=0.832;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=47;WE=161137671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,51:0.60:85
chr6	161139857	rs13231	A	G	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=464;ReadPosRankSum=0.690;SC=CCACGGAACAATTGGCTCCCA;SOR=0.348;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=38;WE=161139865;WS=161139847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr6	161143376	rs4252117	A	G	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=706;ReadPosRankSum=-1.155;SC=TTTTGTCATAAATTGCTTCAT;SOR=0.481;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=43;WE=161143384;WS=161143366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,52:0.70:74
chr6	161143608	rs4252120	T	C	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=28;PP=683;ReadPosRankSum=0.230;SC=GCGTATGTCTTTGATTTTTAC;SOR=0.093;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=34;WE=161143616;WS=161143598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
chr6	161152240	rs4252125	G	A	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.39;ReadPosRankSum=-1.394;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,48:0.61:79
chr6	161152294	rs4252126	A	G	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=361;ReadPosRankSum=0.518;SC=ACATCTACACACTTGGACGCT;SOR=0.882;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=23;WE=161152302;WS=161152284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr6	161153080	rs4252130	A	C	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=310;ReadPosRankSum=-0.975;SC=CAGGGGGCTAAGCTAGAATAT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=23;WE=161153088;WS=161153070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr6	161160083	rs2859879	G	A	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.880;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=589;ReadPosRankSum=1.134;SC=TCCTCTTGACGTCCTCATCTT;SOR=0.314;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=37;WE=161160091;WS=161160073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,39:0.63:62
chr6	161469455	rs9346846	T	A	246.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=239;SC=AAATGGATAATTTTTTTTAAA;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=161469463;WS=161469445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	161469774	rs4559074	G	A	3842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr6	161502094	rs9347479	C	T	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	161509003	rs9355332	T	A	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=21;PP=561;SC=CTCATCTCCATCTTTGCAGCA;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=161509011;WS=161508993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	161517964	rs2177587	T	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=4;PP=385;SC=TATTTGTATATGTAATATTAT;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=161517972;WS=161517954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	161519350	.	CCTGCTG	C,CCTG	4395.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.265;NF=22,22;NR=53,53;PP=2992,462;ReadPosRankSum=0.788;SC=CCATGGCAGCCCTGCTGCTGC;SOR=0.527;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=118;TCF=30;TCR=88;TR=75,75;WE=161519369;WS=161519340;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.16,0.83:167
chr6	161531006	rs4709493	G	C	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=270;SC=GCCCGTGGGAGGTGCTCTGAA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=161531014;WS=161530996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	161532855	rs35961625	CT	C	6589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=126;PP=2974;SC=ACAACTACTTCTTTTCTTTTT;SOR=1.312;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=148;TCF=18;TCR=130;TR=144;WE=161532863;WS=161532845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr6	161557452	rs141862715	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=-0.282;SC=TGGAGAGGTCGTGACTTCCGC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=7;WE=161557460;WS=161557442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr6	161557703	rs6455706	A	G	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=45;PP=1242;SC=GGAGTAGCCCAAACAGACTAC;SOR=1.497;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=72;WE=161557711;WS=161557693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	161565305	rs59871575	G	A	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=74;PP=2294;SC=AGCCCTGCACGGAGAGAGAAA;SOR=1.630;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=38;TCR=74;TR=112;WE=161565313;WS=161565295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr6	161582535	rs6934457	T	C	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.821;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=40;PP=1096;ReadPosRankSum=-3.126;SC=AGCTGATGAATTCACATGGTG;SOR=0.498;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=142;TCF=65;TCR=77;TR=76;WE=161582543;WS=161582525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,89:0.56:160
chr6	161586801	.	ACT	A	132	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=132;QD=26.5;SC=TTTGCAGTTCACTCTCTCACT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=161586810;WS=161586791;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,6:0.75:8
chr6	161771361	rs74497568	T	C	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.827;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=788;ReadPosRankSum=1.144;SC=TCACAAGCAATACAAGGGCAG;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=52;WE=161771369;WS=161771351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,58:0.63:92
chr6	162137099	rs112078090	CATCTT	C	3457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=28;PP=2025;SC=GTGCTGGGCCCATCTTACCGA;SOR=0.718;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=36;WE=162137111;WS=162137089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr6	162137147	rs77332950	C	T	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=25.63;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	162622304	rs4709583	A	G	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=17;PP=548;SC=AAAAAGCAGAAGAAGTGGCTA;SOR=1.005;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=162622312;WS=162622294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	162992294	rs4709639	T	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.35;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr6	163149497	rs2276201	T	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.462;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr6	163587146	rs1124951	C	G	3544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.06;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr6	163587308	rs12198808	A	G	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=-1.221;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,39:0.26:148
chr6	163611793	rs6907521	C	T	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.47;SOR=1.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	163612152	rs6908111	C	T	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=6;PP=167;SC=TATGTATTCACCCTTAGTCCA;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=163612160;WS=163612142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	163612783	rs6937392	C	A	10424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr6	163836376	rs2757578	C	T	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=558;ReadPosRankSum=-0.750;SC=AGGTGAGCGTCTCCAGGGCCC;SOR=1.143;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=47;WE=163836384;WS=163836366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,53:0.41:128
chr6	163837086	rs4055815	TGGGG	T	204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-0.000;QD=29.25;ReadPosRankSum=1.383;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr6	164891959	rs73024871	C	T	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=2.988;QD=12.01;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,37:0.37:100
chr6	164891969	rs75907516	T	TTTC	1116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.335;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.115;NF=2;NR=13;PP=961;ReadPosRankSum=0.223;SC=CAGCTGAGTCTTTCTTTCTTT;SOR=1.252;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=15;WE=164891977;WS=164891949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,31:0.35:88
chr6	165694945	rs1333501	C	G	266.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=137;ReadPosRankSum=0.098;SC=TGCTCTAGTTCTTTTATCATG;SOR=0.307;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=10;WE=165694953;WS=165694935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr6	165703633	rs5881641	CA	C	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=157;ReadPosRankSum=-0.301;SC=GTATTATTAACAATATTATGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=165703641;WS=165703623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr6	165713961	rs510579	A	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.091;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=90;ReadPosRankSum=1.132;SC=TGCACGTGCAAATTTTCTGGA;SOR=1.551;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=7;WE=165713969;WS=165713951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr6	165713998	rs573814	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=71;ReadPosRankSum=1.138;SC=CAGAGTCAGCCCATTTCAGGG;SOR=0.399;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=8;WE=165714006;WS=165713988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr6	165715006	rs479273	G	A	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.933;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=396;ReadPosRankSum=0.409;SC=TGCACCGAGAGCTATGCCCTG;SOR=0.997;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=30;WE=165715014;WS=165714996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr6	165715752	.	CC	AA	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.130;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.65;ReadPosRankSum=-0.070;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr6	165723166	rs575424	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=200;ReadPosRankSum=-0.683;SC=ACTGCTGAGCAACCAGGCACA;SOR=0.737;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=12;WE=165723174;WS=165723156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr6	165752933	.	CTTAA	C	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=330;ReadPosRankSum=0.528;SC=CCCTTTATTCCTTAATTTTCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=8;WE=165752944;WS=165752923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr6	165806114	rs220794	A	C	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.256;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,56:0.35:159
chr6	165808605	rs220792	T	C	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=237;ReadPosRankSum=0.163;SC=GAGGCATATATGTAGAAGGAG;SOR=0.631;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=21;WE=165808613;WS=165808595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr6	165827194	rs220749	A	G	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	165832114	rs77122094	T	A	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=28;PP=993;ReadPosRankSum=-1.784;SC=ATTCTACTTCTAGCTGTACCT;SOR=0.899;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=146;TCF=86;TCR=60;TR=78;WE=165832122;WS=165832104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,92:0.54:169
chr6	165832227	rs220740	C	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=9.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=-1.924;SOR=1.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,34:0.26:130
chr6	165845027	rs148704004	AATATACTATATATC	A	240.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=582;ReadPosRankSum=-0.020;SC=TACTATATATAATATACTATA;SOR=0.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=6;WE=165845049;WS=165845017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr6	165845041	rs13193003	C	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.951;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=1195;ReadPosRankSum=-0.830;SC=TACTATATATCATATGTATAA;SOR=1.508;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=18;WE=165845049;WS=165845017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr6	165846658	rs79469867	T	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.813;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=232;ReadPosRankSum=1.474;SC=TTCAGTGAAATGATCATTAAG;SOR=2.093;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=18;WE=165846666;WS=165846648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr6	165863695	rs57550533	C	CA	4672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=33;PP=2936;SC=AATCTTTGCCCATTTTTTCTA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=66;WE=165863703;WS=165863685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr6	165895824	rs9459421	T	C	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=-1.532;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,73:0.61:120
chr6	165895948	rs112151279	T	TA	718.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=549;ReadPosRankSum=0.354;SC=TGCTTCCTCTTACGAAATCTA;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=14;WE=165895956;WS=165895938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr6	165989776	rs1410479	C	T	2994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=29;PP=1876;SC=AAACAAAGTTCTCATCAATTG;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=70;TCR=29;TR=99;WE=165989784;WS=165989766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	166075362	rs6456003	G	T	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=44;NR=19;PP=1230;SC=CACCCAGCAGGCCAAGCCCCC;SOR=1.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=63;WE=166075370;WS=166075352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	166307718	rs6456029	T	C	2296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=1.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	166308090	rs2140232	AT	TC	5244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.71;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	166401464	rs371673740	CGT	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=-1.004;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,8:0.17:47
chr6	166401512	rs697475	T	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=2.600;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr6	166572045	rs3127328	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=75;ReadPosRankSum=-0.586;SC=GTGACGGCGCCGTTGCTCACA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=10;WE=166572053;WS=166572035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr6	166574246	rs3127334	G	A	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=7;PP=417;SC=AGGACTAAGGGCCTATGGGAA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=166574254;WS=166574236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	166574308	rs3099267	T	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=-3.071;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
chr6	166576233	.	TC	T	42	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=27;MQ=47.72;NF=0;NR=2;PP=42;QD=36.0;SC=GGCCAGGGACTCTCCCTCCAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=2;WE=166576241;WS=166576223;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr6	166578025	rs9459599	C	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.53;ReadPosRankSum=1.464;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr6	166579270	rs2305089	C	T	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=620;ReadPosRankSum=-0.638;SC=GCGCTGTGGACCCCCAACTCT;SOR=0.576;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=48;WE=166579278;WS=166579260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,58:0.59:98
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chr6	166581147	rs3099266	T	C	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.19;ReadPosRankSum=1.345;SOR=0.344;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,46:0.74:62
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chr6	166743760	rs9348119	G	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=5.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.426;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
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chr6	166796433	rs1546854	C	A	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.22;ReadPosRankSum=-0.838;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,85:0.68:125
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chr6	166827436	rs2235295	T	C	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.926;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=477;ReadPosRankSum=-3.354;SC=GGGAAGGTCATGAGAGTCGGG;SOR=0.920;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=44;WE=166827444;WS=166827426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,52:0.65:80
chr6	166831694	rs10946164	C	T	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.75;ReadPosRankSum=1.615;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,78:0.60:129
chr6	166862136	rs7746519	G	A	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=10;PP=710;SC=CCTATGCTCCGTGCTCCCACA;SOR=2.356;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=42;WE=166862144;WS=166862126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	166862233	rs2230730	T	C	2721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.25;ReadPosRankSum=1.160;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,130:0.68:191
chr6	166862431	rs6932660	A	G	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=259;ReadPosRankSum=-0.639;SC=GAAGAGAGGCACCGACTGTGA;SOR=0.474;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=18;WE=166862439;WS=166862421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr6	166952264	rs1003857	G	A	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=33;PP=992;SC=CCTTCACGACGCCTTCTTCCT;SOR=1.146;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=62;WE=166952272;WS=166952254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	167040311	rs10946178	C	T	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=3;PP=289;SC=AACTCCCTGACGGGTCTCGGG;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=167040319;WS=167040301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	167040463	rs10946179	A	G	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	167271711	rs943687	T	C	10968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.70;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr6	167271716	rs9347162	T	C	10725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.14;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr6	167360389	rs2236313	T	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=71;ReadPosRankSum=-1.123;SC=AGAAAGAAGATGCAGGTAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=9;WE=167360397;WS=167360379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr6	167369650	rs12193095	G	A	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=33;PP=917;ReadPosRankSum=-0.680;SC=GCAGGGCCCCGCGCAGGGCTG;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=63;WE=167369658;WS=167369640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,68:0.64:107
chr6	167411211	.	CGT	C	96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=78;MMLQ=27;MQ=53.31;NF=1;NR=2;PP=96;QD=43.6666666667;SC=AACCCAGAGACGTGTTTGGAA;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=3;WE=167411222;WS=167411201;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,3:0.20:15
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chr6	167435747	.	AAC	A	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=66;ReadPosRankSum=0.329;SC=GAGCTGCCCCAACACACACAC;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=2;WE=167435756;WS=167435745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
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chr6	167786961	rs151165498	G	T	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQRankSum=-3.093;QD=18.50;ReadPosRankSum=0.460;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr6	167786961	.	GGC	TGT	1334	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=51.03;NF=5;NR=26;PP=1334;QD=44.7570282214;SC=TAAGTCAGTGGGCGCGGCTGA;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=31;WE=167786971;WS=167786951;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
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chr6	167789404	rs28409124	C	G	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.861;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=4.279;NF=34;NR=18;PP=680;ReadPosRankSum=1.241;SC=AGAAAGCCCCCCACTTTACAG;SOR=0.217;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=52;WE=167789412;WS=167789394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,55:0.96:57
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chr6	167789615	rs58620632	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.12;MQRankSum=3.430;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.182;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
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chr6	167796186	rs6911999	G	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr6	167796309	rs17855834	C	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQRankSum=2.679;QD=14.29;ReadPosRankSum=2.494;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr6	167796319	rs17855833	T	C	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQRankSum=2.362;QD=14.77;ReadPosRankSum=0.508;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr6	167796415	rs9457321	A	C	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=20;PP=752;SC=TCCTTGGGCTACCCGGCCTCG;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=45;WE=167796423;WS=167796405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	167797844	rs75736096	C	T	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.78;QD=26.76;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	167797976	.	G	A	91	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=41.53;NF=4;NR=7;PP=91;QD=11.4337465952;SC=AGCAGCCGACGGTTCCAACGG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=11;WE=167797984;WS=167797966;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:28,11:0.28:39
chr6	167907609	.	T	TAC	196.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=82;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=289;SC=CAAATACACCTACACACATGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=167907617;WS=167907599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	167907677	.	T	TAC,TACACACAC	1418.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.47;ReadPosRankSum=1.258;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,27,12:0.68,0.30:40
chr6	168060261	rs201934756	CACACACAT	C	326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.081;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=1376;ReadPosRankSum=1.063;SC=TGTAGATACACACACACATAC;SOR=0.858;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=16;WE=168060288;WS=168060251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,16:0.24:68
chr6	168060302	.	GCA	G	813	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=2;NR=15;PP=813;QD=48.3529411765;SC=ACATACATATGCACACACACA;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=17;WE=168060311;WS=168060292;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr6	168070425	rs4708607	C	T	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=4.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.50;ReadPosRankSum=0.391;SOR=0.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,49:0.63:78
chr6	168070483	rs9355041	A	G	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=407;ReadPosRankSum=-0.628;SC=ACCAAAGGAAAAAGAGGCTGA;SOR=0.557;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=24;WE=168070491;WS=168070473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr6	168228026	rs201871553	T	TC	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.82;ReadPosRankSum=0.792;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr6	168265102	rs2301530	A	G	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=48;PP=1318;ReadPosRankSum=-0.716;SC=ATCTCTCTACATTAGTCTCAG;SOR=0.712;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=73;WE=168265110;WS=168265092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr6	168314997	rs11355618	AG	A	4693.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=64;PP=2970;SC=CATTTAAGTAAGGAACACATT;SOR=1.061;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=10;TCR=65;TR=74;WE=168315005;WS=168314987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr6	168323754	rs639777	G	A	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=59;PP=1634;SC=TTTTAAAATCGCTGTTAAATA;SOR=1.458;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=35;TCR=59;TR=94;WE=168323762;WS=168323744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr6	168325673	rs610670	T	C	6627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=127;NR=99;PP=2965;SC=AACCTTTGTTTTCATCCTTTA;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=127;TCR=99;TR=226;WE=168325681;WS=168325663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr6	168352105	rs2076664	G	A	10541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=194;NR=161;PP=2965;SC=CAGCCATACCGGCCACCCCTG;SOR=0.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=355;TCF=194;TCR=161;TR=355;WE=168352113;WS=168352095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr6	168431687	rs2257743	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=230;ReadPosRankSum=-0.518;SC=ACTTGCATCCGTGGAGACTAT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=14;WE=168431695;WS=168431677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr6	168457801	rs3734898	A	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=180;ReadPosRankSum=-2.177;SC=CCTGTGGTGGAGCCTCTCCGA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=20;WE=168457809;WS=168457791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,20:0.31:64
chr6	168457966	rs3734899	G	A	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=362;ReadPosRankSum=-1.133;SC=GCTGCATGTCGTCCAGGCCAT;SOR=0.720;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=34;WE=168457974;WS=168457956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,40:0.42:96
chr6	168458074	rs3734900	G	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr6	168459790	rs1465182	G	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.696;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,16:0.24:68
chr6	168459792	rs2269680	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.657;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,16:0.23:70
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chr6	168462765	rs3823460	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-1.736;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
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chr6	168482329	rs4708430	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=-0.968;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
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chr6	168694788	rs56060091	C	G	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=607;ReadPosRankSum=3.286;SC=CCGAAGCACACAGACAGTGAG;SOR=0.919;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=111;TCF=66;TCR=45;TR=39;WE=168694796;WS=168694778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,43:0.36:121
chr6	168695255	rs71777643	GTGTATA	G	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.549;NF=5;NR=5;PP=184;ReadPosRankSum=-0.074;SC=GTGTGTGTGTGTGTATATATA;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=10;WE=168695268;WS=168695245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr6	168695309	rs4708710	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.489;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.900;NF=8;NR=1;PP=78;ReadPosRankSum=1.589;SC=ACATCCTTCCCTACCTGTCAG;SOR=1.022;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=9;WE=168695317;WS=168695299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr6	168695345	rs4708711	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.558;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.952;NF=12;NR=4;PP=186;ReadPosRankSum=0.067;SC=GCCTGCAGGCGGAGCATGCAT;SOR=1.218;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=16;WE=168695353;WS=168695335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr6	168711797	rs899519	G	C	458.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=318;ReadPosRankSum=-0.523;SC=CTGCGTGCCTGCCCCTGTGTC;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=16;WE=168711805;WS=168711787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr6	168719924	rs4292501	C	T	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	168720359	rs9364433	G	A	83.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=1;PP=46;SC=AGCGGCGCCGGAGGCCCAGCG;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=168720367;WS=168720349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	168927213	rs12111003	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=0.630;SC=GAAGGCAGGTGGGGGGAGCCG;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=10;WE=168927221;WS=168927203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr6	168928225	rs2224209	G	A	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=275;SC=AGCCACTGCCGCAGAAAGCAG;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=168928233;WS=168928215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	168928251	rs2609287	C	T	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=5;PP=314;SC=GCCTCGCAGCCGTGAGGCGCT;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=168928259;WS=168928241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	168928519	rs2609286	C	T	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=16;PP=450;SC=CCAGTTTGGCCGGCATTGTGA;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=168928527;WS=168928509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	169064933	rs2275919	T	C	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	169617776	rs71668022	CAGGAGGTG	C	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=1.663;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,3:0.16:19
chr6	169617840	rs12435	A	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.465;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=230;ReadPosRankSum=1.459;SC=GAGAGAAGCCACAAGGACCAC;SOR=0.177;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=18;WE=169617848;WS=169617830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr6	169617889	rs73043837	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=53;ReadPosRankSum=0.315;SC=CATGCACAGGGCATTGCCGGA;SOR=1.135;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=8;WE=169617897;WS=169617879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr6	169617934	rs58423957	GA	G	465.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=237;SC=TCTACAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=169617942;WS=169617924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	169619687	rs9800623	G	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr6	169619933	rs113367461	T	TTTCCTTCC	2890.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.63;QD=43.80;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	169620247	rs9393165	T	C	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr6	169620541	rs36045897	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.744;NF=2;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGGATACTCCGCCCAGGGCTT;SOR=1.270;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=12;WE=169620549;WS=169620531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
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chr6	169632219	rs35935937	G	A	3819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.926;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=76;PP=2038;ReadPosRankSum=-0.384;SC=CGCTGAAGTGGCCCAGGTAGA;SOR=0.769;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=245;TCF=123;TCR=122;TR=157;WE=169632227;WS=169632209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,180:0.62:288
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chr6	169632651	rs11755960	C	A	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=520;ReadPosRankSum=1.164;SC=TCCCATGCCTCTCCCGGGCCA;SOR=0.620;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=37;WE=169632659;WS=169632641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,43:0.65:66
chr6	169637456	rs9283850	G	A	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=2.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,81:0.66:123
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chr6	169637763	rs9766671	G	C	2188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=36;PP=974;ReadPosRankSum=0.353;SC=GTGTCTGGATGGAGGGCCCCA;SOR=0.638;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=77;TCR=58;TR=85;WE=169637771;WS=169637753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,101:0.67:151
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chr6	169641971	rs61730651	C	T	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-1.130;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,39:0.26:151
chr6	169646199	rs73046008	A	C	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=2.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=1.954;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,81:0.24:340
chr6	169646409	rs73046010	A	G	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.634;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=574;ReadPosRankSum=-0.241;SC=AAATAGAGCAACAGATAAACA;SOR=0.773;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=155;TCF=55;TCR=100;TR=49;WE=169646417;WS=169646399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,57:0.33:173
chr6	169648767	rs12178180	G	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.847;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,50:0.28:176
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chr6	169982927	rs6941625	T	A	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=11;PP=830;SC=TCAGCAAGACTGTACCTGGGG;SOR=1.524;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=169982935;WS=169982917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr6	170033086	rs9396946	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=95;ReadPosRankSum=0.458;SC=GTGGGCTTCCGCTATCACCGC;SOR=1.184;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=9;WE=170033094;WS=170033076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr6	170034774	rs9478000	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GAATTAGCTACCTTAATTTTT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=170034782;WS=170034764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr6	170036309	rs7775504	A	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=82;ReadPosRankSum=-0.589;SC=GTTTAAAATGAGTAGGATCTG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=170036317;WS=170036304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr6	170038696	rs41265375	G	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.76;ReadPosRankSum=-1.724;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,33:0.34:98
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chr6	170049421	rs4145868	T	G	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=36;PP=977;SC=GAGGTCTAAGTTTCTTAAGAG;SOR=1.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=170049429;WS=170049411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
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chr6	170102267	rs4716383	A	G	3283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
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chr6	170144292	rs116980543	T	C	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.302;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=473;ReadPosRankSum=0.585;SC=ATATCAGCAATTGAGTCATCA;SOR=0.842;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=33;WE=170144300;WS=170144282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
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chr6	170159023	rs6459660	G	A	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=30;PP=1684;SC=GGTTTATTCAGTAATTCAGTA;SOR=1.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=61;TCR=30;TR=91;WE=170159031;WS=170159013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	170159259	rs17860639	A	G	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=39;PP=836;ReadPosRankSum=3.112;SC=TTTGTGAAAGATAAGTGAGTT;SOR=1.012;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=58;WE=170159267;WS=170159249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,63:0.68:92
chr6	170176407	rs4716398	G	A	2107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=35;PP=1131;ReadPosRankSum=0.392;SC=AACACTTGCCGCGTGTCACGG;SOR=0.795;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=71;TCR=56;TR=78;WE=170176415;WS=170176397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,94:0.64:147
chr6	170176467	rs4716345	A	G	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=1229;ReadPosRankSum=-1.594;SC=GGCTCCCAGAAAGCCGCAGCC;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=127;TCF=71;TCR=56;TR=82;WE=170176475;WS=170176457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,100:0.67:149
chr6	170176647	rs4716399	CA	TG	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=1986;ReadPosRankSum=1.713;SC=TCCGAAGCATCAGCGAACAGT;SOR=0.620;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=108;TCF=54;TCR=54;TR=58;WE=170176656;WS=170176637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,68:0.52:132
chr6	170179507	rs3828738	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=135;ReadPosRankSum=-0.027;SC=GTGGCCCCACCGCCATCTCAG;SOR=0.242;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=11;WE=170179515;WS=170179497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr6	170190200	rs3807067	G	A	2201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	170190418	rs3823467	T	G	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.14;ReadPosRankSum=-2.532;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,77:0.65:119
chr6	170190659	rs3800550	G	T	5025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr6	170591923	rs1033583	T	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=301;ReadPosRankSum=-0.766;SC=ATTTTACTTATTTTAAGAGAA;SOR=0.960;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=19;WE=170591931;WS=170591913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr6	170594819	rs2255020	T	C	2738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=51;PP=1599;SC=CAGATGGACGTTGACTGTTGC;SOR=1.237;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=88;WE=170594827;WS=170594809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	170595430	rs2747757	G	C	2736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=57;PP=1838;SC=CGCCAAGTACGTCCCAACAGG;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=89;WE=170595438;WS=170595420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	170597276	rs2738822	C	T	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.995;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=280;ReadPosRankSum=-0.502;SC=TCCCTGCGCGCGGTCCGTGTT;SOR=0.452;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=25;WE=170597284;WS=170597266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,28:0.29:95
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chr6	170598227	rs2747756	T	G	2751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=22;PP=1117;SC=CTCCGGGTGGTAGCGGTCGCG;SOR=1.079;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=64;WE=170598235;WS=170598217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
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chr6	170627586	rs6917485	G	T	10706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=0.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.38;ReadPosRankSum=-0.456;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,299:0.65:458
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chr6	170627695	.	A	ACCCTGAACCCAGGCAAGAAGTTCCCATGTGTACAGG	6307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=0.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-3.624;QD=30.47;ReadPosRankSum=1.348;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,139:0.67:207
chr6	170627761	rs6900199	A	G	7258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=1.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=-4.645;QD=24.12;ReadPosRankSum=-0.100;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,208:0.69:301
chr6	170627761	.	ATACAGACTCTGAAC	GTACAGACTCTGAAC,GTACAGGCCCTGAAG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MMLQ=11;MQ=55.69;NF=145,34;NR=138,48;PP=2962,2924;QD=20;SC=GTTCCCATGTATACAGACTCT;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=409;TCF=203;TCR=206;TR=283,82;WE=170627783;WS=170627751;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.69:409
chr6	170627797	rs9366138	A	G	7412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQRankSum=-1.679;QD=21.74;ReadPosRankSum=1.206;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,230:0.67:341
chr6	170628009	rs9348266	T	G	6484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.777;SC=AGTTCCCATATGTACAGATCC;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=410;TCF=191;TCR=219;TR=268;WE=170628017;WS=170627999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,284:0.65:437
chr6	170632383	rs3800267	A	G	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=604;ReadPosRankSum=0.556;SC=TAAAGGTTCTATTTGGAGTTG;SOR=0.576;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=39;WE=170632391;WS=170632373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chr6	170704444	rs7738466	C	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=-2.057;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,8:0.17:48
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chr6	170855389	rs17860774	A	G	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.273;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=616;ReadPosRankSum=-0.890;SC=TAATGGGACAAACAGTCACCC;SOR=0.208;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=37;WE=170855397;WS=170855379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,36:0.73:49
chr6	170858045	rs2076319	C	T	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=5;PP=574;SC=CTCACAACATCAAATCATTAC;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=170858053;WS=170858035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	170858228	rs17860777	C	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.263;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,29:0.34:86
chr6	170862051	rs4710839	G	C	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=0.459;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr6	170862300	rs12717	G	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=1.359;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,22:0.19:117
chr6	170862336	rs10946279	G	A	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.15;ReadPosRankSum=0.564;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,62:0.82:76
chr6	170871013	.	A	ACAG	2989	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MMLQ=20;MQ=58.44;NF=41;NR=63;PP=2989;QD=20;SC=AGCAACAACAACAGCAGCAGC;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=133;TCF=50;TCR=83;TR=104;WE=170871021;WS=170871003;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:29,104:0.78:133
chr6	170871037	rs71815788	GCAACAGCAA	GCAGCAA,G	2820.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.173;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46,46;NR=65,65;PP=294,2989;ReadPosRankSum=2.492;SC=AGCAGCAGCAGCAACAGCAAC;SOR=1.038;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=57;TCR=78;TR=111,111;WE=170871068;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.87:100
chr6	170871049	.	G	GCAA	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.670;QD=1.36;ReadPosRankSum=2.751;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,21:0.17:120
chr6	170871051	.	AGC	A	2008.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.286;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=1.520;QD=17.17;ReadPosRankSum=2.259;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,62:0.53:117
chr6	170871052	.	GCAGCAG	ACAGCAA,ACAGCAG	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MMLQ=26;MQ=57.48;NF=32,37;NR=17,21;PP=2944,267;QD=20;SC=AGCAACAGCAGCAGCAGCAGC;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=181;TCF=108;TCR=73;TR=49,58;WE=170871068;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.27:181
chr6	170871054	.	AGCAG	A	1832.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=1.446;QD=14.78;ReadPosRankSum=2.048;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,61:0.49:124
chr6	170878793	rs1042327	T	C	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=38;PP=1268;SC=AGATTCAGAATATGGTGGGGA;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=80;WE=170878801;WS=170878783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	170886531	rs8770	T	C	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=387;SC=GTAAGCAATCTGTCAACATCT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=170886539;WS=170886521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	170886600	rs200568227	G	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=2.000;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr6	170887693	rs3173219	G	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=-1.302;SC=GTGGAGAGCAGTGTAGATATC;SOR=0.963;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=6;WE=170887701;WS=170887683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr6	170888208	rs960744	A	G	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=7;PP=275;SC=ACCTGGCTGTACCAGTGTGCC;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=170888228;WS=170888198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	170888220	rs17860827	C	CT	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=212;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CAGTGTGCCACTAATGCCTTC;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=170888228;WS=170888198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
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chr7	228712	rs73669604	A	G	6495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.220;SC=GCCAGCCTCCACGGCACCTGT;SOR=0.671;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=444;TCF=254;TCR=190;TR=285;WE=228720;WS=228702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,305:0.66:463
chr7	228768	rs77670366	C	T	8339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=1.506;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,397:0.62:642
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chr7	286502	.	C	CGACAGGTGAGCCCTTCCTTCCTCCCTCCATCCGT	1845.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=9.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.66;MQRankSum=1.835;QD=26.00;ReadPosRankSum=-1.103;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,46:0.65:71
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chr7	288169	rs148750123	G	C	3401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.35;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,84:0.70:120
chr7	288174	rs142310673	G	C	3637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.56;ReadPosRankSum=-0.999;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,95:0.72:132
chr7	330104	rs147059305	C	T	3126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=61;PP=2046;ReadPosRankSum=-0.626;SC=CAATTGCAGCCGGGACCCCCA;SOR=0.672;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=214;TCF=128;TCR=86;TR=146;WE=330112;WS=330094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,148:0.69:215
chr7	330822	rs36180337	A	C	14452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=205;NR=306;PP=2965;SC=CGGGTGTCCCAGCGTGGCGAC;SOR=1.276;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=511;TCF=205;TCR=306;TR=511;WE=330830;WS=330812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,556:1.00:556
chr7	330882	rs4077171	T	G	7791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.27;SOR=3.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr7	330882	.	TCA	GCG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=20;NR=130;PP=2947;QD=20;SC=CGCGGCGGCTTCAGGGAGGTC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=156;TCF=22;TCR=134;TR=150;WE=330892;WS=330872;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,150:0.96:156
chr7	330884	rs4077172	A	G	7791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.11;SOR=3.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr7	331086	rs36129019	G	A	2171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.51;ReadPosRankSum=0.411;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,103:0.74:140
chr7	331427	rs141537626	C	A	7429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=180;PP=2962;ReadPosRankSum=3.351;SC=GGCTGGAGAACGTGGGACTCC;SOR=0.540;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=502;TCF=216;TCR=286;TR=324;WE=331435;WS=331417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,349:0.61:569
chr7	538277	rs34223855	G	C	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=2.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.515;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,58:0.27:214
chr7	538284	rs35782510	T	C	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=1.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=1.018;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,55:0.27:201
chr7	538348	rs12720025	A	T	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.321;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=280;ReadPosRankSum=0.612;SC=CAAGTTTTCAAGAAATTTCCA;SOR=0.250;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=26;WE=538356;WS=538338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,29:0.36:81
chr7	540518	rs2070958	T	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.793;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=147;ReadPosRankSum=1.449;SC=GAGACCTGAATCTCCTCTCCT;SOR=0.078;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=16;WE=540526;WS=540508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr7	540741	rs1800814	G	A	9572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=707;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=215;NR=199;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.985;SC=GCCGACGAAGGCAGCCACTCA;SOR=0.605;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=669;TCF=351;TCR=318;TR=414;WE=540749;WS=540731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,437:0.62:705
chr7	550404	.	AGGAGG	A	513.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.418;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.66;ReadPosRankSum=-2.081;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,18:0.90:20
chr7	550737	rs62433334	G	C	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=52;PP=1592;SC=ACCAGGGTAAGCCACAGGCCA;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=65;WE=550745;WS=550727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr7	591125	rs71518309	C	G	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.835;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=39;PP=1081;ReadPosRankSum=-2.404;SC=TGGAGGTGGACAGACGTGAGT;SOR=0.872;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=66;WE=591133;WS=591115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,71:0.70:101
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chr7	720119	rs79037648	C	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=301;ReadPosRankSum=0.199;SC=GCCCCGTGGGCTTCCAGGGAG;SOR=1.863;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=14;WE=720127;WS=720116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr7	766214	rs150662951	G	GACGAT	1660.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=9;PP=1031;SC=GGGCGAGCACGACAAGAGCAC;SOR=1.148;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=17;WE=766228;WS=766204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	766220	rs79984239	A	G	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=42.30;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	766982	rs116986757	C	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-0.765;QD=11.42;ReadPosRankSum=1.878;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
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chr7	780687	rs62432212	T	C	3715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=86;PP=2132;SC=GGTGTCCCTTTGTCCCTGTGC;SOR=1.626;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=46;TCR=86;TR=132;WE=780695;WS=780677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr7	780980	rs6943337	T	G	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=38;PP=1732;SC=CTGTTGTGCCTCAGGCAGCTG;SOR=1.308;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=62;TCR=38;TR=100;WE=780988;WS=780970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr7	794471	rs34761279	A	G	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=37;NR=43;PP=1325;SC=AAGTGGCCGTATTCCAGTCGT;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=80;WE=794479;WS=794461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	794576	rs62432239	C	T	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=249;SC=CCCTCACCCCCGGGCCGCAGG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=794584;WS=794566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	796430	rs73036225	C	T	6775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr7	801634	rs142752861	T	TTGAGCCCCAGGCCTCAAACATGTC	1794.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=2900;SC=CCCTCTGTGCTTGACCAGCAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=11;WE=801642;WS=801624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	813618	rs4719279	T	C	17753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,659:1.00:659
chr7	813867	rs6973746	C	G	3660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=92;PP=2691;SC=CGGTGGACACCGGCCGGGGAC;SOR=4.193;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=10;TCR=93;TR=102;WE=813875;WS=813857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	821798	rs4374882	C	T	4940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.49;QD=24.70;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr7	822523	rs4719314	A	G	16824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=26.62;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,632:1.00:632
chr7	825114	rs67721251	T	C	8668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=174;NR=136;PP=2965;SC=TGGTTTCATGTTTGTTTCTGG;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=310;TCF=174;TCR=136;TR=310;WE=825122;WS=825104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr7	857236	rs143226329	C	A	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=538;ReadPosRankSum=-1.194;SC=ATTGTGTCTTCTAAGCTTCAG;SOR=0.889;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=156;TCF=70;TCR=86;TR=48;WE=857244;WS=857226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,51:0.29:174
chr7	918211	.	CT	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=-0.381;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr7	926827	rs4722203	T	C	9304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=170;NR=138;PP=2965;SC=CTCTGGGGCATATGGCGCTGG;SOR=0.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=310;TCF=172;TCR=138;TR=308;WE=926835;WS=926817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr7	939007	rs79698027	C	G	5410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=1.851;SC=ATCTGGCAACCCCAGCCAGTG;SOR=0.630;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=340;TCF=177;TCR=163;TR=236;WE=939015;WS=938997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,247:0.69:359
chr7	939724	rs147598930	G	A	6778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1158;ExcessHet=3.0103;FS=0.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.875;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:734,416:0.36:1150
chr7	940181	rs10256887	C	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=359;ReadPosRankSum=0.219;SC=TCTGCGTCGCCGGCCCCTGGG;SOR=0.569;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=110;TCF=55;TCR=55;TR=37;WE=940189;WS=940171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,39:0.34:114
chr7	940298	.	C	G	280	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=12;NR=13;PP=280;QD=12.5908485019;SC=GAGGCTGCAGCGCTGGGGTCC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=25;WE=940306;WS=940288;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:58,25:0.30:83
chr7	940298	.	C	CTGGGGTCCCCACAGAGGG	554.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=2.512;SOR=1.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr7	940525	.	C	CGAA,CGAAGGGCCGAA	2494.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.156;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.892;NF=23;NR=13;PP=2986;ReadPosRankSum=1.676;SC=GCCGAAGGGCCGGGCCGGGCC;SOR=1.739;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=36;WE=940539;WS=940515;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.98:59
chr7	940531	.	G	GAAGGGCCA	3836.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.52;QD=42.63;SOR=2.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr7	943868	rs61730955	G	A	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.07;ReadPosRankSum=-1.023;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,81:0.69:118
chr7	943998	rs3824077	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=186;ReadPosRankSum=-0.366;SC=GTGCTGGCGGCGCACCTGCTG;SOR=0.871;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=15;WE=944006;WS=943988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr7	944683	rs1881121	C	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,34:0.28:122
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chr7	1062366	rs1057558	T	C	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.609;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=494;ReadPosRankSum=-0.149;SC=GCTCTCAAATTCTTTAAAGGT;SOR=1.105;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=68;TCF=61;TCR=7;TR=28;WE=1062374;WS=1062356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,30:0.39:76
chr7	1062527	rs3735686	G	A	2777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=1.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.37;ReadPosRankSum=-1.973;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,157:0.36:436
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chr7	1133305	rs1133043	C	G	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=41;PP=745;ReadPosRankSum=-0.867;SC=ACTCCAGCACCTGTGGCTGAC;SOR=0.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=241;TCF=106;TCR=135;TR=73;WE=1133313;WS=1133295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,76:0.28:269
chr7	1197994	rs12702435	T	C	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.771;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=450;ReadPosRankSum=-0.153;SC=AAACGCACTGTGTGGGGAGCA;SOR=0.410;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=121;TCF=33;TCR=88;TR=44;WE=1198002;WS=1197984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,44:0.35:124
chr7	1479642	rs112889477	C	A	3656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=1.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=2.254;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,168:0.69:244
chr7	1481919	rs4236408	C	A	14294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=276;NR=232;PP=2965;ReadPosRankSum=0.262;SC=CTGAGGATTCCGCCAAGTTCC;SOR=0.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=511;TCF=277;TCR=234;TR=508;WE=1481927;WS=1481909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,535:1.00:536
chr7	1484572	rs10435184	A	G	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=51;PP=1742;SC=GGGCTCCCCCACCCTGGGGTG;SOR=1.072;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=94;WE=1484580;WS=1484562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	1486454	rs137919202	A	G	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=3.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=-1.621;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,58:0.28:209
chr7	1516085	.	G	A	5605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=3.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-1.726;QD=15.75;ReadPosRankSum=0.594;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,267:0.75:356
chr7	1516129	.	G	GCCTCTCCCGGATGGGCCACCC	938.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=1.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=2.559;QD=33.53;ReadPosRankSum=-2.917;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr7	1517700	rs10265526	A	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.738;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,14:0.22:63
chr7	1518336	rs11977356	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=171;ReadPosRankSum=0.538;SC=CCCCCCAGCCGTCTGCCAGCC;SOR=1.005;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=12;WE=1518344;WS=1518326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr7	1519011	rs56975547	G	A	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.655;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=703;ReadPosRankSum=1.187;SC=GCCGTCCTGCGGGAGGCAGAG;SOR=0.766;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=115;TCF=71;TCR=44;TR=56;WE=1519019;WS=1519001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,60:0.47:129
chr7	1519361	rs9692164	A	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.892;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,16:0.30:54
chr7	1519946	rs7783971	A	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-2.594;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr7	1522157	rs10227674	T	C	2756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=24;PP=866;ReadPosRankSum=-0.937;SC=CAGCAGCCCCTGCCCAAGCCC;SOR=0.597;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=155;TCF=103;TCR=52;TR=69;WE=1522165;WS=1522147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,73:0.43:171
chr7	1522175	rs10224038	A	G	3121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=32;PP=1116;ReadPosRankSum=-1.565;SC=CCCAGCCTGGACCGTACCGGC;SOR=0.433;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=184;TCF=120;TCR=64;TR=83;WE=1522183;WS=1522165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,94:0.45:211
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chr7	1523956	rs11972722	A	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.144;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.11;ReadPosRankSum=-1.654;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
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chr7	1527735	rs10267772	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=350;ReadPosRankSum=0.321;SC=CAGGGCGCCCGGTAGCATCCA;SOR=0.402;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=19;WE=1527743;WS=1527725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr7	1528947	.	T	TCCCGGGCCCGCCGAGGGGACGTGCGCACTCACTTCAGGCCCTGCTCCCAGC	3065.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.44;MQRankSum=0.872;QD=58.96;ReadPosRankSum=-1.309;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,49:0.94:52
chr7	1529201	rs4425657	G	A	2921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=85;PP=1726;ReadPosRankSum=-1.273;SC=CCACGTGTGCGCATGGGGCGG;SOR=0.738;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=428;TCF=200;TCR=228;TR=158;WE=1529209;WS=1529191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,165:0.37:450
chr7	1529427	rs4380839	C	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=-1.741;SC=GCTCCCAGCTCCTCCCGGGAC;SOR=0.180;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=7;WE=1529435;WS=1529417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr7	1532631	rs10229645	G	A	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.420;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.064;NF=46;NR=29;PP=862;ReadPosRankSum=0.141;SC=AGTGGGGAGCGGGGCGTGGGC;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=227;TCF=138;TCR=89;TR=75;WE=1532639;WS=1532621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,79:0.36:221
chr7	1533513	rs2251226	A	G	1866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=2.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.069;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,105:0.36:295
chr7	1533556	rs2251231	T	C	2162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=1.020;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,69:0.33:212
chr7	1533566	rs2251232	A	G	2067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.88;ReadPosRankSum=1.396;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,59:0.31:190
chr7	1534425	rs752791	A	G	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=649;ReadPosRankSum=1.111;SC=CCCGGCACACAGGAGCCCCAG;SOR=0.651;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=71;TCR=48;TR=53;WE=1534433;WS=1534415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,60:0.43:138
chr7	1534593	rs752792	C	A	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=2.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=-2.681;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,61:0.31:195
chr7	1535051	rs892530	A	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=369;ReadPosRankSum=0.769;SC=CAGGGGCTGTACAGGGCCCCA;SOR=0.658;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=64;TCR=43;TR=32;WE=1535059;WS=1535041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,33:0.28:118
chr7	1536717	rs3735660	T	C	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.372;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=12;PP=610;ReadPosRankSum=-3.017;SC=ACGAGGGGGATGGCGGCGCGT;SOR=0.351;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=106;TCF=83;TCR=23;TR=47;WE=1536725;WS=1536707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,49:0.43:113
chr7	1538539	rs57092311	A	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=164;ReadPosRankSum=-1.774;SC=CGGCAGGAAGACCACGCTGTG;SOR=0.657;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=17;WE=1538547;WS=1538529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr7	1538595	rs2289034	C	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=6.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.357;SOR=0.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr7	1538614	rs2289035	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.375;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=340;ReadPosRankSum=-0.802;SC=CCCGCACCTTGGGGTTCTGCA;SOR=0.275;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=19;WE=1538622;WS=1538604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr7	1538877	rs750005	A	G	2385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.180;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=51;PP=1469;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GGGACCGGGCAGGCACGCAGC;SOR=0.809;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=396;TCF=227;TCR=169;TR=128;WE=1538885;WS=1538867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,141:0.34:419
chr7	1539799	rs2304357	C	T	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=3.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-1.343;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,58:0.29:202
chr7	1540049	rs2304358	A	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.296;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=136;ReadPosRankSum=0.358;SC=GGGCAGGGTCACCCCAAAGCC;SOR=0.423;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=15;WE=1540057;WS=1540039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr7	1542697	rs3752714	G	A	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.028;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,75:0.28:266
chr7	1542814	rs3752715	T	C	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=4.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.49;ReadPosRankSum=-1.000;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,69:0.37:185
chr7	1543476	rs145605530	T	TCCCCAAAGAC	2842.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FS=37.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=3.836;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.701;SOR=3.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:449,92:0.17:541
chr7	1543981	rs1369011	C	A	1864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=46;PP=924;ReadPosRankSum=0.155;SC=GCGACCGGAGCGCCGCCGCCG;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=146;TCR=135;TR=95;WE=1543989;WS=1543971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,107:0.35:307
chr7	1544128	rs2278460	G	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=8.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.329;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,44:0.39:114
chr7	1578890	rs138099109	G	A	2027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=1.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.656;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,131:0.31:422
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chr7	1586662	rs3779607	T	C	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=4.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.559;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.501;SOR=0.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,28:0.30:94
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chr7	1588912	rs3890492	C	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=0.114;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
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chr7	1590368	rs6463921	A	G	4344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.91;SOR=1.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr7	1590368	.	ACTGGCCAT	GCTGGCCAC,GCTGGCCAT	1154	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=17,73;NR=15,41;PP=288,1154;QD=10.6708710894;SC=TGCCCTGGGGACTGGCCATGG;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=114;TCF=73;TCR=41;TR=32,114;WE=1590384;WS=1590358;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.28:114
chr7	1590376	rs2304360	T	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=4.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.880;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,46:0.32:143
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chr7	1627632	rs7800178	T	C	12506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=213;NR=237;PP=2965;SC=CACAGCCACCTGATGGGGAAG;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=451;TCF=213;TCR=238;TR=450;WE=1627640;WS=1627622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr7	1657844	rs10225166	A	C	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	1657923	rs12702990	T	G	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.707;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.51;ReadPosRankSum=-0.866;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
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chr7	1733102	rs4720922	G	T	2880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.92;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,138:0.67:207
chr7	1878377	rs3889573	A	G	3994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=56;PP=2518;SC=ATAGACTGTGATGATGGCTGC;SOR=1.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=86;TCR=56;TR=142;WE=1878385;WS=1878367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr7	1878453	rs1078112	T	A	4032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=1.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQRankSum=1.797;QD=16.53;ReadPosRankSum=1.097;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,182:0.75:244
chr7	1886865	rs6954521	C	A	3194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.86;ReadPosRankSum=2.182;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,80:0.75:107
chr7	1886872	rs6978048	T	G	3259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.63;ReadPosRankSum=2.302;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,82:0.75:110
chr7	1886937	rs6954673	C	T	3053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=45;PP=1981;ReadPosRankSum=-0.226;SC=CTGCAGGAGCCGCTGGATTAC;SOR=0.720;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=170;TCF=111;TCR=59;TR=122;WE=1886945;WS=1886927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,134:0.71:188
chr7	1887362	rs6957894	G	A	5159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=0.857;SC=CCATCGCTTCGGCGTCCCTGG;SOR=0.568;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=313;TCF=141;TCR=172;TR=205;WE=1887370;WS=1887352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,225:0.66:342
chr7	1888185	rs59248873	A	G	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.36;ReadPosRankSum=-1.939;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr7	1888294	rs4719320	C	G	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.777;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=949;ReadPosRankSum=-0.703;SC=GAGAGCCCAGCGCTGAATCCT;SOR=0.465;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=59;WE=1888302;WS=1888284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,69:0.65:106
chr7	1888683	.	TACACACACAC	T	2997	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=23;MQ=59.79;NF=2;NR=57;PP=2997;QD=20;SC=GGTGTACATGTACACACACAC;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=112;TCF=10;TCR=102;TR=59;WE=1888704;WS=1888673;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:53,59:0.53:112
chr7	1894022	rs12699404	A	T	6378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=2.605;SC=GTATTGGTCCACTCGGCCGCT;SOR=0.690;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=463;TCF=249;TCR=214;TR=294;WE=1894030;WS=1894012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,297:0.63:471
chr7	1894116	rs7810038	T	C	2891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,153:0.57:268
chr7	1976457	rs1801368	C	T	4130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.181;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=72;PP=2680;ReadPosRankSum=0.729;SC=GTGGTCCTCGCGCAGGCGCTG;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=294;TCF=175;TCR=119;TR=183;WE=1976465;WS=1976447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,195:0.62:313
chr7	1976556	rs2280550	G	A	5652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.062;SC=ACACAGCACAGGTCACCATGG;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=433;TCF=210;TCR=223;TR=253;WE=1976564;WS=1976546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,269:0.59:459
chr7	2041638	rs1107591	G	A	5421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=2.228;SC=GGGGACAGGCGTCCCTGCCCA;SOR=0.571;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=368;TCF=225;TCR=143;TR=231;WE=2041646;WS=2041628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,252:0.63:401
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chr7	2119174	rs7805774	C	T	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=22;PP=1137;ReadPosRankSum=-1.634;SC=ATCTCGTCAACTGGAATCACC;SOR=0.565;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=108;TCF=76;TCR=32;TR=70;WE=2119182;WS=2119164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,76:0.65:117
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chr7	2269552	rs1637728	G	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.852;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=0.341;SC=ACAGAAGACTGGAAGAGGTCC;SOR=0.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=7;WE=2269560;WS=2269542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
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chr7	2278654	.	ATATATATAT	A	85.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.15;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr7	2279851	rs6962067	T	C	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=26.51;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
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chr7	2290314	rs12699806	C	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=7.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.80;MQRankSum=-1.957;QD=11.27;ReadPosRankSum=1.226;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
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chr7	2290328	rs10230814	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.35;MQRankSum=-2.040;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.696;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr7	2290336	rs10249180	T	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=6.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.69;MQRankSum=-1.754;QD=11.56;ReadPosRankSum=-1.296;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr7	2290372	rs10230822	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.208;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.501;NF=9;NR=7;PP=187;ReadPosRankSum=-0.453;SC=GGATTACAGGCGTGAGCCACC;SOR=0.430;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=16;WE=2290380;WS=2290362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr7	2290433	rs10230928	C	T	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.601;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.397;NF=29;NR=16;PP=662;ReadPosRankSum=-0.579;SC=TGGGTTGCACCTCAGTGCCTC;SOR=0.904;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=76;TCR=43;TR=45;WE=2290441;WS=2290423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,40:0.33:120
chr7	2290522	rs1799832	C	T	2967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,144:0.58:248
chr7	2290685	rs1062492	C	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.569;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=371;ReadPosRankSum=-1.841;SC=GCTGAACAGCCGCAAACCATC;SOR=0.169;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=21;WE=2290693;WS=2290675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr7	2292881	rs3075440	C	CTG	9572.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=59;PP=2957;SC=TCCTTGGGGGCTGTCAGGAGC;SOR=0.786;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=15;TCR=65;TR=73;WE=2292889;WS=2292871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr7	2296493	rs2302070	A	G	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	2296696	rs2302071	C	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=186;ReadPosRankSum=0.462;SC=CCCGGCCCAGCCGGCGACGGG;SOR=0.741;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=20;WE=2296704;WS=2296686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr7	2296722	rs3815313	A	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=162;ReadPosRankSum=-0.485;SC=CAAGGCCCGAACACCAGCGTG;SOR=0.631;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=16;WE=2296730;WS=2296712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr7	2297006	rs6888	A	G	4541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr7	2297212	rs62442513	C	T	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=29;PP=1140;ReadPosRankSum=-0.925;SC=CCTGCGGAGCCGGCCGAGGGA;SOR=0.687;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=69;WE=2297220;WS=2297202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,73:0.64:114
chr7	2303986	rs2286206	T	C	4762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr7	2304191	rs2286205	A	C	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=12;PP=389;SC=CACGGGAGACACAGCAGGTCC;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=2304199;WS=2304181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	2309355	rs6947645	G	A	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=511;ReadPosRankSum=0.188;SC=ACTGTGGAGCGGGAGGTCGTC;SOR=0.805;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=85;TCF=19;TCR=66;TR=33;WE=2309363;WS=2309345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,32:0.40:81
chr7	2315008	rs2398667	G	C	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=39;PP=1180;SC=CCCTGTGACGGCTTCGTATAT;SOR=3.180;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=46;WE=2315016;WS=2314998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr7	2349608	rs7805462	G	A	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=18;PP=481;SC=AGGTCAACGCGGACAAACAGC;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=2349616;WS=2349598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr7	2416822	rs2240347	A	G	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=52;PP=1192;ReadPosRankSum=-0.954;SC=TAAAAACGTGACATTTGCAAG;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=88;TCR=149;TR=83;WE=2416830;WS=2416812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,89:0.36:248
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chr7	2418645	rs6461351	A	G	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=11;PP=641;SC=TGAATGGACTAGCCATTCCTG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=2418653;WS=2418635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	2434522	rs1978169	G	A	6260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr7	2434594	rs10607224	AT	A	401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=1.371;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,29:0.85:34
chr7	2480040	.	A	ATG	406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.617;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=392;ReadPosRankSum=0.320;SC=GTGCAAGAGAATGTGTGTGTG;SOR=0.218;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=0;TCR=53;TR=14;WE=2480049;WS=2480030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr7	2489311	rs11773261	C	G	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=2.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,65:0.30:215
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chr7	2517473	rs11767162	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=-1.151;SOR=0.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
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chr7	2565268	rs893239	C	A	8532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.141;SC=GGGGTGGGACCGTGAGGGGCA;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=300;TCF=142;TCR=158;TR=298;WE=2565276;WS=2565258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,328:0.99:330
chr7	2565926	.	C	G	2795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DP=647;ExcessHet=3.0103;FS=0.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.686;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:461,183:0.28:644
chr7	2577691	rs1043294	C	G	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.792;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,20:0.28:71
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chr7	2578237	rs4719552	TC	CT	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.851;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=49;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.057;SC=AGTCCAGGTCTCGGCTCGCCG;SOR=0.460;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=320;TCF=191;TCR=129;TR=105;WE=2578246;WS=2578227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,123:0.35:355
chr7	2578434	rs4721763	G	T	2081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.821;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=53;PP=1061;ReadPosRankSum=0.185;SC=TGGTTGGTGGGGTGGCAGGAG;SOR=0.509;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=299;TCF=130;TCR=169;TR=102;WE=2578442;WS=2578424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,117:0.35:337
chr7	2578455	rs4721764	G	A	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.627;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=47;PP=890;ReadPosRankSum=2.327;SC=CGAGGCTCCCGCAACAGGACT;SOR=0.818;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=228;TCF=95;TCR=133;TR=77;WE=2578463;WS=2578445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,88:0.34:256
chr7	2580914	rs62442586	C	T	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=1.009;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,66:0.26:258
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chr7	2598757	rs6963930	T	C	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.986;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
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chr7	2613042	rs2304540	G	C	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=26;PP=1295;SC=ATTTGTTTATGTTTCTCTAGG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=78;WE=2613050;WS=2613032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	2618070	rs3214664	C	CA	16975.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=145;PP=2965;SC=CTGGGGGCTACACCGAAGGCC;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=55;TCR=150;TR=198;WE=2618079;WS=2618060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr7	2619334	.	GGTGT	G,GGT	4119.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=1.823;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.432;QD=25.75;ReadPosRankSum=0.296;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,25,128:0.16,0.80:160
chr7	2619363	rs2917739	G	C	6216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=4.976;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;MQRankSum=0.371;QD=37.00;ReadPosRankSum=1.665;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,164:0.98:168
chr7	2619381	.	A	AT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.43;ReadPosRankSum=-1.478;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,14:0.17:80
chr7	2621567	rs7798469	T	C	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=10;PP=317;SC=AGGATGGTCTTGATCTCCTGA;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=2621575;WS=2621557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	2623351	rs13242369	G	A	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=27.31;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	2623801	rs73033665	G	T	8260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=1.581;SC=CTGTGATGTTGGTCTTTTCAG;SOR=0.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=276;TCF=168;TCR=108;TR=276;WE=2623809;WS=2623791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,304:1.00:305
chr7	2625848	rs191503365	G	A	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,60:0.31:191
chr7	2626038	rs3217437	CCAGGGAATGG	C	638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=10;PP=2494;SC=AGGAGGGAGGCCAGGGAATGG;SOR=2.049;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=11;WE=2626055;WS=2626028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	2627310	rs2917733	T	A	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=4;PP=1064;SC=CAAAATTCTCTGGTAGCCAGG;SOR=3.564;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=46;WE=2627318;WS=2627300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	2627578	rs150431779	CAG	C	3148.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=50;PP=2441;SC=GACGGGCTCACAGGGTGCGGA;SOR=2.115;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=2;TCR=50;TR=52;WE=2627587;WS=2627568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	2632477	rs2917730	A	G	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=2;PP=445;SC=GGGCAGGCAGAGCCCTGAGGT;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=2632485;WS=2632467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	2636689	rs12700146	C	T	3025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=48;PP=1387;SC=CACGCAGGAGCGGCGCGTCGG;SOR=1.199;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=89;WE=2636697;WS=2636679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	2638347	rs12700147	C	G	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=19;PP=521;SC=CCAGGAATGACTGGGCCTGGA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=2638355;WS=2638337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	2640985	rs4506100	G	C	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=27.35;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	2644650	rs146213822	C	A	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=61;PP=1351;ReadPosRankSum=-0.091;SC=CTGGACGTCCCAGTGGCCATC;SOR=0.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=309;TCF=129;TCR=180;TR=106;WE=2644658;WS=2644640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,117:0.34:342
chr7	2647048	rs12700160	C	G	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=16;PP=435;SC=CCGCCTTGGCCCAGCTTGTCC;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=2647056;WS=2647038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	2686455	rs3801080	C	A	8075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=4.279;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.22;ReadPosRankSum=0.432;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,307:1.00:308
chr7	2686761	rs3801079	G	C	7020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=133;NR=123;PP=2965;SC=CATCTCACGGGCCCGCCCTCT;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=133;TCR=123;TR=256;WE=2686769;WS=2686751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr7	2689472	rs3801077	A	C	13622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=251;NR=230;PP=2965;SC=ACTCCAGGGGACGGGTTCTAC;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=481;TCF=251;TCR=230;TR=481;WE=2689480;WS=2689462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,507:1.00:507
chr7	2691610	rs13225657	G	A	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=6;PP=729;SC=ACCGGCACACGTGCACACGAA;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=2691618;WS=2691600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	2691736	rs35868808	A	G	4960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=93;NR=59;PP=2606;SC=TGCCCTGAAGATATGCGTGCA;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=93;TCR=59;TR=152;WE=2691744;WS=2691726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr7	2699524	rs139527284	ACT	A	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=6.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=0.887;SOR=1.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,38:0.16:237
chr7	2699687	rs56409742	C	CG	12949.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=134;PP=2936;SC=ACTGACCCACCGGTCCCCCAT;SOR=1.105;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=165;TCF=13;TCR=152;TR=147;WE=2699695;WS=2699675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr7	2749565	rs13224990	G	A	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=15;PP=419;SC=GTCAACTGCCGGGTTCCAGGC;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=2749573;WS=2749555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	2752487	rs7776970	G	A	5680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr7	2946461	rs1124581	T	C	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=50;PP=1152;ReadPosRankSum=0.426;SC=CCGTCTCAGGTCGGGGCAGCA;SOR=0.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=244;TCF=99;TCR=145;TR=84;WE=2946469;WS=2946451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,91:0.34:264
chr7	2954801	rs1182157	T	C	3631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=84;NR=29;PP=2326;SC=CCGATGTTCCTCCAGGTGAGG;SOR=2.419;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=116;TCF=84;TCR=32;TR=113;WE=2954809;WS=2954791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr7	2962753	rs2527509	G	A	3679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr7	2966445	rs1182136	T	G	2254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.113;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=63;PP=1585;ReadPosRankSum=0.412;SC=ACAAGGGAGGTGGGGGAAAGC;SOR=0.484;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=325;TCF=141;TCR=184;TR=116;WE=2966453;WS=2966435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,121:0.34:351
chr7	2968361	rs2527506	G	A	2129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.295;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=71;PP=1612;ReadPosRankSum=0.581;SC=ACACGTTACGGGTGCATAAAT;SOR=0.898;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=336;TCF=144;TCR=192;TR=119;WE=2968369;WS=2968351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,114:0.35:323
chr7	2968486	rs1183431	G	C	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.788;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=262;ReadPosRankSum=0.201;SC=GGCTTGTGCTGAGCCCGGAGC;SOR=1.119;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=16;WE=2968494;WS=2968476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr7	2971977	rs5881948	T	TG	1054.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=710;SC=TTTCAGCAGTTGGGCTCCTGC;SOR=2.448;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=19;WE=2971985;WS=2971974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	2985361	rs3839716	GAC	G	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=290;ReadPosRankSum=0.324;SC=CACTACTGAGGACACACACAC;SOR=1.184;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=11;WE=2985370;WS=2985351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr7	3179968	rs7779230	T	G	15395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.74;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr7	3179973	rs7791857	G	C	15316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.32;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr7	3179991	rs7779245	T	C	7445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=113;NR=139;PP=2965;SC=GTTCAAACTATCGGCAAGACA;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=113;TCR=139;TR=252;WE=3179999;WS=3179981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr7	3180550	rs11374295	C	CT	348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.696;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.290;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr7	3180657	rs6964682	C	T	7081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=141;NR=110;PP=2965;SC=GAACTCCCCACGATGCACACC;SOR=0.807;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=258;TCF=148;TCR=110;TR=251;WE=3180665;WS=3180647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr7	3186992	rs73037730	G	T	2282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=58;PP=1421;ReadPosRankSum=-0.252;SC=AATACACCCCGTGGGATAGTT;SOR=0.729;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=141;TCF=57;TCR=84;TR=93;WE=3187000;WS=3186982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,104:0.64:162
chr7	3188513	rs7810868	C	G	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=4;PP=205;SC=GAGATGTAGACGTCTTGCTAT;SOR=0.976;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=3188521;WS=3188510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	3188549	rs10257432	T	C	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=4;PP=236;SC=AGTCTGTTCTTGCAGTGCTGT;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=3188557;WS=3188539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	3188576	rs10257447	T	C	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=5;PP=319;SC=CTACCTGAAATCAGGTAATTT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=3188584;WS=3188566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	3188712	rs10254519	A	C	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=18;NR=19;PP=532;SC=TCTTACATGGACAGAGGAGAA;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=37;WE=3188720;WS=3188702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	3188738	rs34925290	G	C	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=16;PP=398;SC=AGAAAGAACGGGGAGATGCTA;SOR=1.209;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=3188746;WS=3188728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	3205581	rs7782623	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=101;ReadPosRankSum=2.259;SC=AGCAACATAGCGAGACCTCAT;SOR=0.473;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=9;WE=3205589;WS=3205571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr7	3205635	rs7801306	A	G	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=172;ReadPosRankSum=0.141;SC=ACGGTGGCACACATGGCACGC;SOR=0.616;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=17;WE=3205643;WS=3205625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr7	3205705	rs10951088	T	G	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	3205763	rs10951089	A	C	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.785;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr7	3341615	rs10238520	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.444;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr7	4026944	rs7785899	C	G	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-1.538;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,48:0.27:179
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chr7	4166959	rs77297762	G	A	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=32;PP=904;ReadPosRankSum=2.207;SC=CTGGATCTTTGTATGTAGACA;SOR=0.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=140;TCR=99;TR=77;WE=4166967;WS=4166949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,84:0.32:264
chr7	4171814	rs35849025	A	G	4156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=45;PP=2778;ReadPosRankSum=-1.673;SC=TCATCAGTCCAAAACTTTAGG;SOR=0.853;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=251;TCF=184;TCR=67;TR=177;WE=4171822;WS=4171804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,190:0.70:271
chr7	4171922	rs76692704	C	G	5161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1022;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=0.180;SC=GGAACACTGTCTTGAGATCTG;SOR=0.798;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=960;TCF=496;TCR=464;TR=294;WE=4171930;WS=4171912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:707,315:0.31:1022
chr7	4185592	rs608271	A	G	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=52;PP=1377;ReadPosRankSum=-0.473;SC=TGTTGTGGGCACAGCTTCCTC;SOR=0.615;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=71;TCR=86;TR=96;WE=4185600;WS=4185582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,102:0.63:163
chr7	4189075	rs659182	G	C	6710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.139;NF=144;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=0.713;SC=GCCATGAGGCGACAGCATGCG;SOR=0.638;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=485;TCF=236;TCR=249;TR=294;WE=4189083;WS=4189065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,315:0.61:520
chr7	4189123	rs4720177	G	A	4091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=103;PP=2589;ReadPosRankSum=2.608;SC=GCACCTCCCCGGGGAACGGGG;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=280;TCF=123;TCR=157;TR=182;WE=4189131;WS=4189113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,192:0.64:300
chr7	4213749	rs4723444	T	A	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=11;PP=738;ReadPosRankSum=1.074;SC=CCCACGACTTTCTTCTGTGCA;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=47;WE=4213757;WS=4213739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,51:0.68:75
chr7	4213877	rs601424	T	C	3450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.774;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=70;PP=1568;ReadPosRankSum=1.180;SC=AAAGCCTGAATGGCCTTCTTC;SOR=0.568;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=249;TCF=138;TCR=111;TR=146;WE=4213885;WS=4213867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,166:0.59:282
chr7	4213940	rs671756	T	C	2641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=54;PP=1157;ReadPosRankSum=0.499;SC=GGTCAGGCACTGAGGCCAAGA;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=94;TCR=92;TR=108;WE=4213948;WS=4213930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,128:0.59:217
chr7	4213975	rs671694	A	G	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=3.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.89;ReadPosRankSum=0.580;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,86:0.58:149
chr7	4214041	rs4723445	C	T	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.71;ReadPosRankSum=-1.962;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,35:0.58:60
chr7	4214046	rs600537	T	C	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.48;ReadPosRankSum=-2.052;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr7	4215298	rs4720185	T	C	5135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=91;PP=2630;ReadPosRankSum=-0.313;SC=GCGTGGGAAGTGGCTGGCATC;SOR=0.685;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=306;TCF=176;TCR=130;TR=214;WE=4215306;WS=4215288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,232:0.69:336
chr7	4217969	rs649494	T	A	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.678;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=6;PP=760;ReadPosRankSum=1.596;SC=CCGGTCACAGTGGATGCAGGT;SOR=1.325;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=36;WE=4217977;WS=4217959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,37:0.74:50
chr7	4266887	rs142581792	CT	C	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=1.150;SC=CCCTCATGTGCTGCTTGTCTT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=2;WE=4266895;WS=4266877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr7	4266952	rs74496648	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.720;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr7	4267072	rs597636	T	A	691.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=1.162;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,46:0.34:137
chr7	4304727	rs10270413	A	G	4408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr7	4490854	rs314605	C	T	3629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr7	4490934	rs442775	A	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.267;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,30:0.36:84
chr7	4490934	.	AC	GT	236	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=10;NR=14;PP=236;QD=12.0611614526;SC=GGTACCCTTGACGGAAATAGA;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=24;WE=4490943;WS=4490924;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:51,24:0.32:75
chr7	4490935	rs369198	C	T	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.02;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	4715012	.	G	GT	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,31:0.31:100
chr7	4794203	rs200047032	C	T	5220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=2.114;SC=GCAAAGGCCGCGTCGGAGCAG;SOR=0.692;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=340;TCF=155;TCR=185;TR=224;WE=4794211;WS=4794193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,239:0.65:370
chr7	4802029	rs6976790	T	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.290;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,34:0.28:120
chr7	4841470	rs414035	T	C	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=6.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=-0.560;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,38:0.33:115
chr7	4874420	rs2292498	G	C	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=360;ReadPosRankSum=-0.304;SC=TCCTCCAGGTGGGGCTCAAAC;SOR=0.668;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=129;TCF=66;TCR=63;TR=38;WE=4874428;WS=4874410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,43:0.30:145
chr7	4876057	rs3763384	C	T	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=454;ReadPosRankSum=-0.410;SC=CGCATGGCGTCGGGGCCGGGC;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=71;TCR=49;TR=44;WE=4876065;WS=4876047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,44:0.33:132
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chr7	5105133	rs12334144	C	T	2474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.809;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=48;PP=1195;ReadPosRankSum=-0.717;SC=ATGAATGTAACGAGTGTGGGA;SOR=0.484;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=157;TCF=71;TCR=86;TR=94;WE=5105141;WS=5105123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,114:0.65:176
chr7	5112108	rs6862	G	T	3461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.77;ReadPosRankSum=0.882;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,165:0.56:294
chr7	5112554	rs1130329	A	C	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=626;ReadPosRankSum=-0.226;SC=CTTCCCCAGGAGTCGGGGCTG;SOR=1.157;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=35;WE=5112562;WS=5112544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,35:0.69:51
chr7	5161512	rs117992329	G	T	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.849;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.303;NF=27;NR=13;PP=555;ReadPosRankSum=0.968;SC=TTAAAGCACTGCCACACTGGT;SOR=0.303;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=40;WE=5161520;WS=5161502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,41:0.64:64
chr7	5161640	rs62441986	G	C	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-1.708;NF=35;NR=32;PP=900;ReadPosRankSum=-0.540;SC=TGAAGTCCAGGTTACACATCA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=62;TCR=55;TR=67;WE=5161648;WS=5161630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,64:0.52:122
chr7	5161858	rs11289360	GA	G	1062.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQRankSum=0.296;QD=9.01;ReadPosRankSum=1.598;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,71:0.60:118
chr7	5166400	rs73318773	G	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=1.724;QD=12.58;ReadPosRankSum=-1.271;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,37:0.59:63
chr7	5166500	rs112252777	A	G	2524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQRankSum=0.121;QD=12.14;ReadPosRankSum=-0.836;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,125:0.60:208
chr7	5167160	rs9655048	C	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.292;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.504;NF=26;NR=5;PP=540;ReadPosRankSum=-0.150;SC=CCAGCTTAGCCCTTTTAGTGC;SOR=1.442;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=31;WE=5167168;WS=5167159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr7	5167408	rs888584	G	A	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.648;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.369;NF=36;NR=53;PP=1401;ReadPosRankSum=1.585;SC=ATGTGGAGTGGTTGGCACTGG;SOR=0.407;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=134;TCF=51;TCR=83;TR=89;WE=5167416;WS=5167398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,85:0.68:125
chr7	5171963	rs145071017	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr7	5239319	.	T	TA	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.697;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.391;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr7	5254227	rs4587243	C	G	9419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=196;NR=132;PP=2965;SC=TGGCCATCGTCAGCCTTAAAG;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=328;TCF=196;TCR=132;TR=328;WE=5254235;WS=5254217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr7	5256333	rs117631992	G	C	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.593;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=585;ReadPosRankSum=-1.273;SC=TTCTGATTTTGCCCTTGAAAG;SOR=0.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=167;TCF=80;TCR=87;TR=51;WE=5256341;WS=5256323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,56:0.30:185
chr7	5257490	rs7791896	T	C	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=21;PP=1387;SC=GGACCAAGTGTCAGCCCTGGG;SOR=1.512;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=70;WE=5257498;WS=5257480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	5262151	rs62441068	C	T	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=47;NR=15;PP=1109;SC=AGCCGTGTGGCGCATTTGCAG;SOR=1.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=62;WE=5262159;WS=5262141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	5267583	.	G	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=57;ReadPosRankSum=-0.375;SC=GGCCGTGTGAGCCGAGGTCAG;SOR=0.392;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=6;WE=5267591;WS=5267573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr7	5269424	rs7785898	A	C	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.05;SOR=2.221;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	5331307	rs12667188	A	G	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.22;QD=25.14;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	5334469	rs4724524	G	T	6713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=3.203;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;MQRankSum=0.168;QD=41.70;ReadPosRankSum=1.657;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
chr7	5334472	rs10623123	C	CCT	3088.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.952;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.613;NF=9;NR=39;PP=2055;ReadPosRankSum=0.991;SC=CTGGGTTGTTCCTCTCTCTCT;SOR=0.508;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=13;TCR=59;TR=48;WE=5334481;WS=5334459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,134:0.85:158
chr7	5334582	rs59119551	C	T	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=37;PP=957;ReadPosRankSum=-0.550;SC=ATCTGCAGACCCCCCGGGGAG;SOR=0.657;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=66;TCR=67;TR=75;WE=5334590;WS=5334572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,85:0.55:154
chr7	5336855	rs137903684	TCCCTTCTCTGTC	T	4125.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=37;PP=2937;SC=CCACCTCTGTTCCCTTCTCTG;SOR=1.029;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=40;WE=5336874;WS=5336845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr7	5521611	.	G	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=323;ReadPosRankSum=1.044;SC=GCCACGGAGGGGGCGGAGCCT;SOR=0.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=10;TCR=46;TR=21;WE=5521619;WS=5521601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr7	5528883	rs4724701	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.121;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,20:0.28:72
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chr7	5529758	rs28566736	G	A	2729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=77;PP=1615;ReadPosRankSum=0.313;SC=GGTTGTCGGCGCCCAGTGGCT;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=477;TCF=229;TCR=248;TR=155;WE=5529766;WS=5529748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,160:0.32:494
chr7	5529922	rs4077245	A	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.994;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=270;ReadPosRankSum=0.384;SC=AGGAGCCCTGATCACTCCAGC;SOR=3.312;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=11;WE=5529930;WS=5529912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr7	5530782	rs10951957	C	T	3356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=44;PP=1988;ReadPosRankSum=1.451;SC=GGTAGGCACTCGGTGAAGGCT;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=179;TCF=117;TCR=62;TR=133;WE=5530790;WS=5530772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,145:0.74:195
chr7	5530827	rs3801057	G	A	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=0.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=1.667;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:287,97:0.25:384
chr7	5530954	rs11975313	G	A	5111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.04;ReadPosRankSum=-1.739;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,242:0.66:364
chr7	5540244	rs33941092	A	C	7856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FS=0.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.91;ReadPosRankSum=-0.784;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,350:0.66:527
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chr7	5541009	rs12667381	C	A	4861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.729;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.797;SC=AGGACTTGGGCAGCTGCAGGG;SOR=0.874;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=309;TCF=152;TCR=157;TR=204;WE=5541017;WS=5540999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,222:0.65:339
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chr7	5751250	rs3735289	G	A	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=5;PP=245;SC=CAAAGTACTCGTCCTCATTTG;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=5751258;WS=5751240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	5760971	rs4720636	A	T	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=52;PP=1435;SC=TCTTACCATTAGCCAACCTAC;SOR=2.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=65;WE=5760979;WS=5760961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	5779375	rs10233615	T	C	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=73;PP=2204;SC=CTCATGCCTATAATCGAAGCA;SOR=1.485;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=45;TCR=73;TR=118;WE=5779383;WS=5779365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr7	5800769	rs3857756	A	G	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=51;PP=1494;SC=TTTCAAAAGAACTGAAAAGGA;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=77;WE=5800777;WS=5800759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr7	5920394	rs201796201	T	TA	589.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=4.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=0.295;QD=12.55;ReadPosRankSum=0.132;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,39:0.83:47
chr7	5920406	rs10235465	T	A	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=15;PP=1139;SC=AAAAAAAAAATAATCTAGACA;SOR=1.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=53;WE=5920414;WS=5920384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	5923738	rs3890913	A	C	268.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.96;QD=29.86;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	5938326	rs117593220	C	T	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=50;SC=CTGCGGCGAGCGCTTCCGGGG;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=5938334;WS=5938318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	5941152	rs142883732	C	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.324;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.198;NF=13;NR=4;PP=186;ReadPosRankSum=0.232;SC=ACTTTTTTTTCAGCACGCAAC;SOR=0.430;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=54;TCR=14;TR=17;WE=5941160;WS=5941142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,17:0.25:68
chr7	5941343	rs147443489	T	C	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.91;MQRankSum=0.647;QD=1.96;ReadPosRankSum=0.185;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,43:0.19:228
chr7	5944651	rs55794922	T	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQRankSum=0.010;QD=3.48;ReadPosRankSum=-1.526;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,40:0.23:171
chr7	5949830	rs11771500	C	T	8382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=193;PP=2965;SC=TGCATGGGGGCGTTTCTGATC;SOR=1.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=288;TCF=95;TCR=193;TR=287;WE=5949838;WS=5949820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr7	5958650	rs138701366	G	A	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=70;PP=2190;SC=TGTTGGAGACGGGGTTTCACT;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=35;TCR=70;TR=105;WE=5958658;WS=5958640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	5965258	rs201118476	T	C	2736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=1.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.19;MQRankSum=-3.872;QD=15.38;ReadPosRankSum=0.302;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,130:0.73:178
chr7	5983012	rs150999559	A	G	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.25;QD=30.86;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	5983063	rs148485394	C	T	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.81;QD=26.11;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	5983195	rs138475267	C	A	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=25;PP=729;SC=GTTTTTTTCCCAGACAGAGTC;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=5983203;WS=5983185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	5983553	rs80120223	A	C	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.82;QD=29.62;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	5997562	rs199639000	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.46;MQRankSum=0.298;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.472;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr7	6026775	rs2228006	T	C	7844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=144;PP=2965;SC=TCGTCAGTTTTAGGCGCTTTC;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=267;TCF=123;TCR=144;TR=267;WE=6026783;WS=6026765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr7	6026988	rs1805321	G	A	7618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=148;NR=124;PP=2965;SC=TCTTTCTGAGGTCTCAGGACG;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=272;TCF=148;TCR=124;TR=272;WE=6026996;WS=6026978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr7	6031804	rs373566669	GT	G	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=9.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=-1.348;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,16:0.24:67
chr7	6036980	rs1805319	G	C	4385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=25.65;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr7	6037057	rs60794673	GA	G	945.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=3.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.955;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.341;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,77:0.78:99
chr7	6038722	rs62456182	T	C	1934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=10;PP=1496;SC=GGCGTTGAAGTAACCGGCCAT;SOR=3.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=52;TCR=10;TR=62;WE=6038730;WS=6038712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	6057777	.	CTTT	C,CT	1477.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=25.318;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.856;QD=21.11;ReadPosRankSum=1.184;SOR=1.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:10,21,39:0.30,0.56:70
chr7	6063283	rs4560	C	T	5764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=96;PP=2965;SC=CTTGTGAAAACCTGGCTCCTT;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=99;TCR=96;TR=195;WE=6063291;WS=6063273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr7	6063502	.	C	T	4318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=77;PP=2461;ReadPosRankSum=-1.915;SC=CAAAATCATACGCCATCTACC;SOR=0.694;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=271;TCF=159;TCR=112;TR=177;WE=6063510;WS=6063492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,199:0.66:303
chr7	6064470	rs372712239	CT	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr7	6065914	rs10253000	T	C	3896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=47;PP=2393;SC=CCGGCAGACATACAGACAGCC;SOR=1.155;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=82;TCR=47;TR=129;WE=6065922;WS=6065904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr7	6066057	rs34019419	G	GC	18080.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=124;PP=2936;SC=GCCCCAGGAAGTTTCCTACCG;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=43;TCR=127;TR=165;WE=6066065;WS=6066047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr7	6071060	rs4724769	G	A	6644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr7	6071242	.	G	A	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.716;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=41;PP=908;ReadPosRankSum=-1.515;SC=TTTCTGCTCAGTCACTTCTGG;SOR=0.584;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=118;TCF=46;TCR=72;TR=70;WE=6071250;WS=6071232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,75:0.62:121
chr7	6071277	rs4724770	A	G	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=45;PP=1201;SC=GCTTAGAAAGAAGCATGATCT;SOR=2.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=54;WE=6071285;WS=6071267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	6075823	rs2302334	A	T	12399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=211;NR=220;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.155;SC=TGCAGGAATCATGCTACCAGA;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=434;TCF=213;TCR=221;TR=431;WE=6075831;WS=6075813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,457:1.00:459
chr7	6078376	rs2302331	A	C	4789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.69;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr7	6080853	rs34743814	GA	G	1212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.834;HP=13;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.442;NF=3;NR=45;PP=638;ReadPosRankSum=0.564;SC=ATTGCTCTCTGAAAAAAAAAA;SOR=1.244;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=64;TCF=5;TCR=59;TR=48;WE=6080862;WS=6080843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,74:0.94:79
chr7	6084310	rs511969	G	T	4712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=6.381;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.47;ReadPosRankSum=-0.830;SOR=0.282;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,183:0.99:185
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chr7	6088349	rs523276	A	G	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.93;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	6088533	rs525090	C	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	6097667	rs558030	T	A	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	6097868	rs559842	A	C	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=30.76;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	6151400	.	AT	A	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.561;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr7	6155166	rs62454267	G	T	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.388;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=61;PP=1398;ReadPosRankSum=-0.901;SC=TAAGTGTTCCGTGTTGTGTTT;SOR=0.725;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=363;TCF=175;TCR=188;TR=116;WE=6155174;WS=6155156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,130:0.33:394
chr7	6175633	rs11322306	CT	C	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.364;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.423;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr7	6185968	.	TA	T	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=-0.636;QD=1.76;ReadPosRankSum=-1.497;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr7	6199166	rs7783538	C	T	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=36;PP=1122;SC=TTTGTGGTGGCGCTGAGGGGA;SOR=1.503;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=58;WE=6199174;WS=6199156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	6204999	rs2301910	A	C	8654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=175;NR=113;PP=2965;SC=CGTCGGCCTCAGTCTTACAGG;SOR=1.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=175;TCR=115;TR=288;WE=6205007;WS=6204989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr7	6426941	rs702483	C	T	2746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.40;ReadPosRankSum=0.261;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,131:0.64:205
chr7	6431690	rs836478	C	T	12837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=873;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=271;NR=279;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.178;SC=TTGCAGCTGACTTTTAATGTG;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=817;TCF=402;TCR=415;TR=550;WE=6431698;WS=6431680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,588:0.68:871
chr7	6441799	rs836551	G	C	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=626;ReadPosRankSum=-0.530;SC=GCAAGGCCCTGTGGGTCTTAA;SOR=0.667;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=42;WE=6441807;WS=6441789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,49:0.66:74
chr7	6456669	rs836508	C	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=320;ReadPosRankSum=-1.012;SC=GGATCTGAGACTGCAGAATCA;SOR=1.241;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=17;WE=6456677;WS=6456659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr7	6461348	rs836514	G	A	5319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.837;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=1.036;SC=ACACGAGTCCGCGCTCATACC;SOR=0.562;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=354;TCF=205;TCR=149;TR=226;WE=6461356;WS=6461338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,251:0.65:386
chr7	6472278	rs149304682	G	A	279.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=23.28;ReadPosRankSum=-0.775;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr7	6472354	rs836532	G	A	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.38;ReadPosRankSum=-2.339;SOR=0.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr7	6485556	rs73342964	G	T	2927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=43;PP=1673;ReadPosRankSum=-1.175;SC=AAAAAAATAGGTATCAAATAG;SOR=0.635;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=161;TCF=102;TCR=59;TR=112;WE=6485564;WS=6485546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,132:0.71:187
chr7	6487293	rs3750037	G	C	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=34;PP=2876;SC=TGCTTGGGAAGCCACTTCTGT;SOR=2.237;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=103;TCR=34;TR=137;WE=6487301;WS=6487283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr7	6505901	rs2230263	T	C	3591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=69;PP=2154;SC=TGATCATAAATAGCTGCGGAA;SOR=1.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=50;TCR=69;TR=119;WE=6505909;WS=6505891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr7	6513779	rs17777087	T	C	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=15;PP=948;ReadPosRankSum=-0.350;SC=CTGTGCACTGTAGATGAAATA;SOR=0.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=54;WE=6513787;WS=6513769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,58:0.73:80
chr7	6522129	rs55841143	G	A	5528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.92;ReadPosRankSum=-0.869;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,261:0.61:428
chr7	6537566	rs5882098	CA	C	6444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.009;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.994;NF=31;NR=81;PP=2971;ReadPosRankSum=0.013;SC=GACAGCCCATCAGGGGGTTAG;SOR=0.600;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=177;TCF=52;TCR=125;TR=112;WE=6537574;WS=6537556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,191:0.64:297
chr7	6537821	rs6463568	G	C	6273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=97;NR=122;PP=2965;SC=GCAGCCCGTCGAGCGCCCGAA;SOR=1.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=97;TCR=122;TR=219;WE=6537829;WS=6537811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr7	6537913	rs79970150	A	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.795;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=389;ReadPosRankSum=-1.015;SC=CCAGGGTCTCAGGTGGTGGCC;SOR=0.242;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=21;WE=6537921;WS=6537903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr7	6541347	rs7791451	C	T	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=19;PP=1242;SC=ACTGGAGCCACAGCCAGCTCT;SOR=1.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=64;WE=6541355;WS=6541337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr7	6566442	rs12702526	C	T	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=3.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.190;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,48:0.29:164
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chr7	6590693	rs6463571	G	A	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=9;PP=510;SC=CCGCGTCCGGGCGCTTGCGGC;SOR=1.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=6590701;WS=6590683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	6591041	rs4724818	C	G	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.914;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=669;ReadPosRankSum=0.155;SC=AGCCCTGGTTCGTGGCCGGCG;SOR=0.544;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=183;TCF=89;TCR=94;TR=57;WE=6591049;WS=6591031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,60:0.30:200
chr7	6621277	rs11559146	G	A	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=43;PP=1052;ReadPosRankSum=1.080;SC=TCAGAGAGCCGTGCATGGATT;SOR=0.712;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=108;TCF=43;TCR=65;TR=73;WE=6621285;WS=6621267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,83:0.67:123
chr7	6628242	rs3088114	T	C	3582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=48;PP=2090;ReadPosRankSum=-1.875;SC=TTTTCTCTGCTCCTAGTACCT;SOR=0.785;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=201;TCF=127;TCR=74;TR=139;WE=6628250;WS=6628232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,156:0.70:222
chr7	6639953	rs34300529	G	A	6281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=1.851;SC=CTCTGCAGGTGGCCATGGCCT;SOR=0.865;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=399;TCF=163;TCR=236;TR=272;WE=6639961;WS=6639943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,292:0.70:418
chr7	6641635	rs13246348	C	T	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=29;PP=853;ReadPosRankSum=1.124;SC=ATGAGGCGCTCTTGCTGTCTT;SOR=0.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=256;TCF=158;TCR=98;TR=78;WE=6641643;WS=6641625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,84:0.31:273
chr7	6647738	rs4416743	T	C	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=99;PP=2965;SC=TGCCCACGCATCCCGGCCACA;SOR=2.546;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=20;TCR=99;TR=119;WE=6647746;WS=6647728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	6655932	rs34060186	C	G	3025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=65;PP=1722;ReadPosRankSum=-0.678;SC=TCTGCACGGGCCAGGGTGGAC;SOR=0.613;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=171;TCF=81;TCR=90;TR=122;WE=6655940;WS=6655922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,136:0.72:190
chr7	6656830	rs2243563	G	A	4237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=83;PP=2488;ReadPosRankSum=0.170;SC=GCCGACTCCCGGGAATCGGGG;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=126;TCR=113;TR=177;WE=6656838;WS=6656820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,191:0.73:263
chr7	6656897	rs1806552	A	G	3423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=71;PP=2003;ReadPosRankSum=0.217;SC=CTGGAACTTCAATGTCTTGAG;SOR=0.665;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=207;TCF=107;TCR=100;TR=143;WE=6656905;WS=6656887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,160:0.68:236
chr7	6805524	.	T	C	774	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=42.13;NF=4;NR=52;PP=774;QD=14.4423430812;SC=AAAAGTTGCATGGAACATTTT;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=154;TCF=32;TCR=122;TR=56;WE=6805532;WS=6805514;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:98,56:0.36:154
chr7	6820970	rs202078617	C	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=6.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.21;MQRankSum=1.179;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.601;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,27:0.32:85
chr7	6821050	rs140658665	T	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=4.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.66;MQRankSum=-1.235;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.720;SOR=1.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
chr7	6844574	rs75680229	C	G	9612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=222;NR=214;PP=2965;SC=CAAACCCAGACATCCTCTTGT;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=436;TCF=222;TCR=214;TR=436;WE=6844582;WS=6844564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr7	6854272	rs11769113	A	T	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=12;PP=1265;SC=GACATAAATAACACACTAAGA;SOR=2.568;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=52;TCR=12;TR=64;WE=6854280;WS=6854262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	7135881	.	G	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.858;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=171;ReadPosRankSum=1.672;SC=ACACACAAAGGCACATCATGG;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=13;WE=7135889;WS=7135871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr7	7136061	rs35367486	G	GA	9248.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=67;PP=1163;SC=ATGGTGTCTGGAAAAAAAAAC;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=35;TCR=81;TR=96;WE=7136069;WS=7136051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr7	7136077	rs17163287	C	A	10477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=84;PP=2965;SC=AAAACTGCAACGAATATAAGA;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=87;TCR=84;TR=171;WE=7136085;WS=7136067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
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chr7	7421019	rs1294626	C	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=132;ReadPosRankSum=1.122;SC=TATAGGTAGACAAAGCAATGC;SOR=1.022;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=11;WE=7421027;WS=7421009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr7	7421310	rs1294627	A	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=492;ReadPosRankSum=-1.011;SC=TCTTTGGGTCAGAAACACACT;SOR=1.023;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=142;TCF=58;TCR=84;TR=42;WE=7421318;WS=7421300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,48:0.31:154
chr7	7421365	rs61544045	AAT	A	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.117;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,8:0.16:51
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chr7	7528880	rs12671912	G	A	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=3;PP=456;SC=CAGCCTGGGTGACAGTGAGAT;SOR=2.468;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=7528888;WS=7528870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	7528951	rs6463696	C	T	3406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=75;NR=42;PP=2211;SC=GACCATTTATCCTAAACAGAA;SOR=1.379;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=75;TCR=42;TR=117;WE=7528959;WS=7528941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	7557297	rs1016028	T	C	4333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=46;PP=2558;SC=GATTGCCTTCTTGAGCCATCA;SOR=1.354;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=92;TCR=46;TR=138;WE=7557305;WS=7557287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr7	7557618	.	CAAA	C	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.473;QD=8.62;ReadPosRankSum=-1.231;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr7	7561580	rs10486180	T	C	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.722;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=802;ReadPosRankSum=-0.378;SC=CATTCACAAATCTTGCGTTCA;SOR=0.610;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=57;WE=7561588;WS=7561570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,64:0.59:108
chr7	7571094	rs7804532	G	C	7255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NR=109;PP=2965;SC=CGTAGAAAGTGCAATGGTGAT;SOR=0.738;Source=Platypus;TCR=109;WE=7571102;WS=7571084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr7	7622696	rs4720741	C	T	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=2;PP=393;SC=AACTGACTTACTTTCCAAATA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=7622704;WS=7622686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	7627994	rs6463702	T	C	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	7628275	rs7801367	C	T	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=20;PP=515;SC=TTTATAATTACATATGTATGA;SOR=1.949;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=7628283;WS=7628265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	7645535	rs10276434	A	G	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=17;PP=1952;SC=ATAAAATATTATGATATAGTT;SOR=2.597;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=67;TCR=17;TR=83;WE=7645543;WS=7645525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	7645806	rs2286209	A	G	4604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=93;PP=2896;SC=CCAAAGTATGAATTTTATTTT;SOR=1.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=59;TCR=93;TR=152;WE=7645814;WS=7645796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr7	7646651	rs7806046	G	T	4589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=65;PP=2624;SC=GCCCTGTGTCGGCATGCACGT;SOR=0.907;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=95;TCR=65;TR=159;WE=7646659;WS=7646641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr7	7646687	rs4222	A	G	5243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.05;ReadPosRankSum=0.630;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,216:0.99:218
chr7	7712941	rs148595964	TAGCAGCAGCAGC	T	874.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=4.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.011;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.868;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,51:0.36:143
chr7	7841524	rs6463722	G	T	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.502;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=32;PP=675;ReadPosRankSum=1.493;SC=AGTCAGTGGAGAGCAGTACAG;SOR=1.101;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=65;TCF=11;TCR=54;TR=37;WE=7841532;WS=7841514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
chr7	7841561	rs2348558	C	T	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=659;SC=TGCTAAACTCCTTTAGTGCTA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=7841569;WS=7841551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	8043504	rs38013	A	G	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=23;PP=682;ReadPosRankSum=-0.776;SC=TATTTTATTCACTAATGACTA;SOR=0.586;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=113;TCR=56;TR=69;WE=8043525;WS=8043494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,74:0.41:179
chr7	8110397	rs16872488	A	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=168;ReadPosRankSum=-0.669;SC=ACATACGCAGAAATTAGCTTA;SOR=1.911;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=9;WE=8110405;WS=8110395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr7	8110475	rs10253861	G	A	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=15;PP=1081;SC=ATGAAATCAAGGGAAATACTA;SOR=1.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=60;WE=8110483;WS=8110465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	8110780	rs10486207	A	G	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=34;PP=687;ReadPosRankSum=0.364;SC=GGAATTGTCCACTTAGAGGGT;SOR=0.837;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=109;TCF=20;TCR=89;TR=41;WE=8110788;WS=8110770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,42:0.37:114
chr7	8125964	rs929509	C	T	15422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=271;NR=278;PP=2965;SC=TCAAGAACTCCCCTAACTCTG;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=549;TCF=271;TCR=278;TR=549;WE=8125972;WS=8125954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,584:1.00:584
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chr7	8132252	rs4725069	T	C	4552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=72;PP=2736;SC=TAGCTGACTCTCTGTTCACCT;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=83;TCR=72;TR=155;WE=8132260;WS=8132242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr7	8181286	rs6972885	T	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=1.206;SC=CTTTTCTCAGTTGAAAAAGAA;SOR=0.616;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=7;WE=8181294;WS=8181276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr7	8181555	rs80350640	C	CCA	32706.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=964;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=230;PP=2974;ReadPosRankSum=-1.671;SC=AACACATACACCACACACACG;SOR=0.587;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=382;TCF=102;TCR=280;TR=318;WE=8181573;WS=8181545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:28,878:0.97:906
chr7	8181565	rs6952542	G	A	4687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1011;ExcessHet=3.0103;FS=0.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=3.027;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:676,286:0.30:962
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chr7	8196567	rs200840693	AAAAAAAAAAAAAAAAAAG	A	1920.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=4.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.87;MQRankSum=2.614;QD=10.44;ReadPosRankSum=3.091;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,123:0.67:184
chr7	8267235	.	CT	C,CTT	404.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.652;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,21,19:0.46,0.41:46
chr7	8267551	rs113170164	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=311;ReadPosRankSum=0.648;SC=TATTACTGATGTAGAAAAATG;SOR=0.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=27;WE=8267559;WS=8267541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,30:0.27:111
chr7	8267649	rs3823817	T	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=1.211;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
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chr7	8267924	rs5882159	AT	A	299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=0.058;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,28:0.32:88
chr7	8268155	rs1861032	T	C	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.51;ReadPosRankSum=-1.462;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,39:0.38:102
chr7	8475147	rs6949787	C	T	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.99;ReadPosRankSum=0.400;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr7	8790549	rs10225984	C	T	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.268;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=525;ReadPosRankSum=-0.022;SC=ATTATTTAATCCTGAGACTCA;SOR=0.311;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=30;WE=8790557;WS=8790539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr7	9765662	rs10240050	C	T	198.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.58;ReadPosRankSum=-0.224;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr7	9765716	rs10255217	A	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.473;NF=6;NR=3;PP=122;ReadPosRankSum=0.224;SC=TGGCCGGGCGAGGAGCGGGGC;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=9;WE=9765724;WS=9765706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr7	10973362	rs7789764	C	T	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.71;ReadPosRankSum=-2.104;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr7	11022230	rs218966	A	G	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.89;ReadPosRankSum=0.867;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,45:0.55:82
chr7	11022564	rs218965	G	A	3655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=72;PP=2216;ReadPosRankSum=-1.556;SC=GGAGATCTGCGTCTCAGAAAG;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=128;TCR=115;TR=152;WE=11022572;WS=11022554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,164:0.63:262
chr7	11466166	rs78685752	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=10.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.549;SOR=3.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr7	11485527	rs10262052	T	C	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=8;PP=1157;SC=TGCCATTGAATGTCCTGTTAC;SOR=3.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=49;TCR=8;TR=57;WE=11485535;WS=11485523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	11487100	rs2074434	C	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=1.298;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,20:0.24:85
chr7	11500372	rs118134876	C	T	6478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.897;SC=TTGGCATCTGCGCCATTTGTG;SOR=0.685;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=445;TCF=231;TCR=214;TR=278;WE=11500380;WS=11500362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,302:0.62:486
chr7	11509438	rs56163655	A	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=213;ReadPosRankSum=1.205;SC=TTGCTAGGCCAGAAGACCTCA;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=22;WE=11509446;WS=11509428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,25:0.33:76
chr7	11509561	rs2285744	G	C	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=3.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-1.894;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,45:0.25:182
chr7	11580903	rs2074604	A	G	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.43;ReadPosRankSum=2.308;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,48:0.72:67
chr7	11581121	rs47	T	C	15174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=187;NR=177;PP=2962;SC=GGCTCGCAGTTTCCCAGTCTC;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=366;TCF=187;TCR=179;TR=364;WE=11581142;WS=11581111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr7	11581134	rs2074603	T	C	5463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.839;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=118;PP=2649;ReadPosRankSum=0.680;SC=CCAGTCTCACTGCTTTCCAGT;SOR=0.598;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=339;TCF=164;TCR=175;TR=232;WE=11581142;WS=11581111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,258:0.69:373
chr7	11676694	rs2074597	C	A	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.504;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=48;PP=1205;ReadPosRankSum=0.010;SC=AACTTCCCTGCGGTGTTACAA;SOR=1.236;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=89;TCF=27;TCR=62;TR=66;WE=11676702;WS=11676684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,75:0.76:99
chr7	12257966	rs3887296	A	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=33;ReadPosRankSum=0.212;SC=GCAATTTACTAAAGGAAAGAG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=4;WE=12257974;WS=12257956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr7	12270819	rs73677559	A	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=1.518;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,22:0.26:85
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chr7	12371001	rs6954555	G	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=188;ReadPosRankSum=-0.580;SC=CATACTTAAGGTCCAAGCTGT;SOR=0.818;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=20;WE=12371009;WS=12370991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
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chr7	12375667	rs35608044	G	GT	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.347;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.22;MQRankSum=1.528;NF=11;NR=1;PP=285;ReadPosRankSum=-0.412;SC=GCATGCTGGAGTTTTTTCCCC;SOR=1.718;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=12;WE=12375675;WS=12375657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr7	12376811	rs2192828	A	C	2957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=80;PP=1988;ReadPosRankSum=0.323;SC=ACTTTTTTGGAATCTCCTACC;SOR=0.595;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=478;TCF=250;TCR=228;TR=158;WE=12376819;WS=12376801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:336,171:0.34:507
chr7	12382637	rs1440030	C	T	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.535;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=460;ReadPosRankSum=0.998;SC=GTTCATTTCACGTAGCATTAA;SOR=0.995;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=123;TCF=85;TCR=38;TR=39;WE=12382645;WS=12382627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,44:0.34:130
chr7	12383967	rs1440032	T	A	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=31;PP=880;ReadPosRankSum=-0.769;SC=CAAATACAATTTATCATGCAA;SOR=0.791;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=194;TCF=108;TCR=86;TR=74;WE=12383975;WS=12383957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,79:0.38:209
chr7	12391268	rs11454536	T	TA	841.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.099;NF=3;NR=13;PP=587;ReadPosRankSum=0.255;SC=TCCTCTTCTTTATTTACACTT;SOR=0.570;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=16;WE=12391276;WS=12391258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,33:0.32:104
chr7	12391319	rs6967385	G	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=205;ReadPosRankSum=0.450;SC=GTAGTAAATTGATTTACAAAC;SOR=0.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=18;WE=12391327;WS=12391309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr7	12393966	rs6944618	A	G	9824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=4.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.85;ReadPosRankSum=1.183;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,244:0.64:380
chr7	12393974	rs6944626	A	C	10377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=1.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.48;ReadPosRankSum=0.529;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,277:0.65:424
chr7	12394053	rs6945167	G	T	8855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.413;SC=ATTCAGGCATGCTACTCCCTC;SOR=0.673;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=579;TCF=294;TCR=285;TR=377;WE=12394061;WS=12394043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,402:0.65:615
chr7	12395813	rs2119141	T	C	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=29;PP=1182;ReadPosRankSum=1.945;SC=AAGGGTTGGATTGGCACCCAC;SOR=0.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=115;TCF=72;TCR=43;TR=82;WE=12395821;WS=12395803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,97:0.71:136
chr7	12396040	rs4719307	A	G	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=16;PP=458;SC=ACAGTCATGTATGTTTATGTA;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=12396048;WS=12396030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	12399190	rs4721093	A	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=180;ReadPosRankSum=-0.106;SC=TTGGATTAATAAAGAGTAACT;SOR=0.807;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=17;WE=12399198;WS=12399180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,18:0.28:64
chr7	12400837	rs2053380	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=197;ReadPosRankSum=-0.179;SC=ATATATGACCGTTATTTTGGG;SOR=0.666;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=21;WE=12400845;WS=12400827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,28:0.32:87
chr7	12406989	rs6460939	C	G	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=18;PP=818;ReadPosRankSum=-2.566;SC=ATACCTGTAGCTTAGTAACTT;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=57;WE=12406997;WS=12406979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,64:0.78:82
chr7	12410112	rs963323	G	A	4045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=62;NR=70;PP=2268;SC=CAGTGTGTCAGACATGCTTTT;SOR=1.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=62;TCR=70;TR=132;WE=12410120;WS=12410102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr7	12412588	rs151334237	A	G	2302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=25;PP=1575;ReadPosRankSum=1.010;SC=TTCAATGTTAAAGAATCATAC;SOR=0.593;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=115;TCF=84;TCR=31;TR=89;WE=12412596;WS=12412578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,94:0.76:123
chr7	12414620	rs6945357	G	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=99;ReadPosRankSum=-0.239;SC=CAGTATTAGTGTTGTAATTTG;SOR=0.479;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=9;WE=12414628;WS=12414610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr7	12417407	rs7793993	C	T	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	12418938	rs10499421	G	C	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.416;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=602;ReadPosRankSum=-0.233;SC=AAACTTTGTTGCGCATTAGAA;SOR=1.249;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=40;WE=12418946;WS=12418928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,45:0.54:83
chr7	12418964	rs10270931	T	C	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=24;PP=879;ReadPosRankSum=-1.055;SC=GGGGCTTTTCTTCAAATATGG;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=64;WE=12418972;WS=12418954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,67:0.60:111
chr7	12419039	rs10570724	TCA	T	9048.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.05;NF=22;NR=89;PP=2965;SC=CATGGACAGATCACAGTTTGG;SOR=0.693;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=122;TCF=29;TCR=93;TR=111;WE=12419048;WS=12419029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr7	12419108	rs6967241	A	T	5155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=25.65;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr7	12420092	rs1025787	G	C	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=16;PP=1644;SC=AAAATAAAATGCAACTGTTTT;SOR=2.494;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=58;TCR=16;TR=73;WE=12420100;WS=12420082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	12420447	rs6959370	T	G	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=27;PP=841;SC=TATAACTCTGTGGTTTATCTT;SOR=2.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=12420455;WS=12420437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	12420517	rs6460941	T	A	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=9;PP=215;SC=AAAGTAATACTTTCATATTCT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=12420525;WS=12420507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	12428608	rs6954047	C	A	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=830;ReadPosRankSum=-1.574;SC=CCAATGTAAACAGAAATTTAG;SOR=0.468;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=141;TCF=64;TCR=77;TR=53;WE=12428616;WS=12428598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,56:0.37:151
chr7	12428803	rs848016	G	A	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.073;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=40;PP=1203;ReadPosRankSum=-2.688;SC=TAAGTATACAGAAAAGTTCCC;SOR=0.718;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=265;TCF=136;TCR=129;TR=88;WE=12428811;WS=12428793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,96:0.32:299
chr7	12429112	rs848015	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=2.429;SC=TTATGGCTTGTACCTGTTCTA;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=12429120;WS=12429102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr7	12609988	rs2240571	G	C	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=381;ReadPosRankSum=1.449;SC=CCAGAAATAAGAGGATTAGCG;SOR=1.109;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=19;WE=12609996;WS=12609978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr7	12610594	rs2240572	A	G	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=40;PP=966;ReadPosRankSum=1.165;SC=TTCACCTACCACCTGCACTTC;SOR=0.992;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=63;WE=12610602;WS=12610584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,74:0.60:124
chr7	12611252	rs6460967	T	C	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=40;PP=1146;ReadPosRankSum=1.466;SC=CAGATAGAAGTAAGAAAAAAA;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=126;TCF=55;TCR=71;TR=71;WE=12611260;WS=12611242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,78:0.57:137
chr7	12617224	rs55829483	C	G	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=391;ReadPosRankSum=0.049;SC=ACCTGTAATCCCCAACAATTT;SOR=0.512;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=26;WE=12617232;WS=12617214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr7	12620804	rs17283717	C	T	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.07;ReadPosRankSum=1.232;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,58:0.67:87
chr7	12636026	rs758111	T	C	6964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=115;NR=138;PP=2965;SC=GCCTCCCTGATGTCTGCATTC;SOR=1.054;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=253;TCF=115;TCR=138;TR=253;WE=12636034;WS=12636016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr7	12644334	rs849778	G	T	7893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.292;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.133;NF=109;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.202;SC=ACTCCAACTCGTATGTGTCTG;SOR=0.439;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=110;TCR=128;TR=236;WE=12644357;WS=12644324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,302:1.00:303
chr7	12644348	rs78612532	G	GGT	5838.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=1.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=27.80;ReadPosRankSum=1.189;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,182:0.87:210
chr7	12675546	rs2708655	A	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=248;ReadPosRankSum=1.220;SC=AACAGCTTGTATCATGTTAAA;SOR=1.034;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=15;WE=12675554;WS=12675536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr7	12684340	rs2691810	C	T	2481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=42;PP=1350;SC=TGTAAGTGTCCTTAAAAATAG;SOR=1.006;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=78;WE=12684348;WS=12684330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	12727826	rs2280633	G	C	6401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=82;PP=2965;SC=AAGAGAAGTTGTAAACCAAGA;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=131;TCR=82;TR=213;WE=12727834;WS=12727816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr7	13947605	.	G	GT	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=20;QD=25.5;SC=ATTTATCTCAGTTTTTCCTTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=2;WE=13947613;WS=13947595;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr7	14016939	rs2074670	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.868;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,18:0.23:77
chr7	14017007	rs2066977	CC	TG	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=3.023;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.518;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,24:0.21:112
chr7	14017126	rs5882424	T	TA	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.625;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr7	14025640	rs3801110	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=228;ReadPosRankSum=-0.228;SC=GTCAATTTCAGCAAACATAAC;SOR=1.055;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=12;WE=14025648;WS=14025630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr7	14025727	rs3823704	C	T	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.651;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=423;ReadPosRankSum=0.696;SC=ATTTCCTAAGCATTAGATACA;SOR=0.605;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=97;TCR=49;TR=41;WE=14025735;WS=14025717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,48:0.29:165
chr7	14025766	rs10215655	T	A	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.772;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,83:0.28:297
chr7	14026357	rs3213661	A	G	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=37;PP=983;SC=CAAATCTTTAATCTTCATTAA;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=14026365;WS=14026347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	14027867	rs59844225	G	GCA	630.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.692;NF=0;NR=30;PP=780;ReadPosRankSum=0.414;SC=ACACGCGCGCGCACACACACA;SOR=0.930;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=112;TCF=3;TCR=109;TR=30;WE=14027881;WS=14027857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,30:0.24:124
chr7	14028189	rs11364123	CA	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=0.718;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr7	14028220	rs72368501	GA	G	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr7	14028245	rs11460974	G	GA	1929.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.467;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.73;MQRankSum=0.000;QD=17.87;ReadPosRankSum=-1.646;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,99:0.92:108
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chr7	14217788	rs76810736	T	C	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.713;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=41;PP=1079;ReadPosRankSum=-0.575;SC=TGAAAGAAAGTAGATGCCTTT;SOR=0.846;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=109;TCF=42;TCR=67;TR=65;WE=14217796;WS=14217778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,72:0.58:124
chr7	14517977	rs3823843	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=238;ReadPosRankSum=-0.581;SC=TGCCAAGAAGGTTATGTAAAA;SOR=1.292;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=13;WE=14517985;WS=14517967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr7	14622510	rs17595234	G	A	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.868;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=4;PP=700;ReadPosRankSum=-1.334;SC=TTTGCCAGTTGAATTTTTGAA;SOR=0.237;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=56;TCF=51;TCR=5;TR=37;WE=14622518;WS=14622500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr7	14622870	rs3795245	A	T	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=36;PP=770;ReadPosRankSum=1.797;SC=TATTTTATAAAAACTGTAAAA;SOR=1.251;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=64;TCF=11;TCR=53;TR=42;WE=14622878;WS=14622860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,46:0.67:69
chr7	14646986	rs17168299	C	G	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=616;ReadPosRankSum=1.436;SC=ATTATTTCTACATATGTCAGG;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=42;WE=14646994;WS=14646976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,47:0.76:62
chr7	14653054	rs1525088	T	C	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.85;ReadPosRankSum=0.146;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr7	14712793	rs34768816	AG	A	2757.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=63;PP=2612;SC=AGAGTCATAAAGGAATTCATA;SOR=3.174;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=1;TCR=65;TR=64;WE=14712801;WS=14712783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	14737622	rs145306944	AAAAG	A	1539.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=42.77;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	14758273	rs1997040	C	T	4776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=90;PP=2894;SC=GAGAAGTAGTCCGGGGAGGGG;SOR=0.923;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=81;TCR=90;TR=171;WE=14758281;WS=14758263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr7	14775821	rs139628753	TG	T	743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.636;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=28;PP=1371;ReadPosRankSum=-0.999;SC=ATCTATTGTCTGGAAAAAAAA;SOR=2.362;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=29;WE=14775832;WS=14775811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,39:0.95:41
chr7	14775824	rs80024169	A	C	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.636;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=920;ReadPosRankSum=-1.121;SC=TATTGTCTGGAAAAAAAAAAT;SOR=2.362;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=35;WE=14775832;WS=14775811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,39:0.95:41
chr7	14881079	rs74902981	CAA	C	443.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=270;ReadPosRankSum=1.076;SC=TAAAGAACTGCAAAAAAAAAA;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=16;WE=14881088;WS=14881069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr7	15346196	rs5882493	T	TA	380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.961;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr7	15426956	rs4541808	G	A	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=62;NR=31;PP=1643;SC=TGAAAACAGCGTATGTACAGG;SOR=1.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=62;TCR=31;TR=93;WE=15426964;WS=15426946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	15430259	rs6942879	A	C	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	15430599	rs35830831	GT	G	392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=12;PP=359;SC=CTTCCATCTTGTTTTTTAGAA;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=15430607;WS=15430589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	15458033	rs4469360	C	G	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	15470543	.	G	GTTTTTTTTT	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.68;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	16129153	rs28379235	C	T	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=477;SC=TATATATGTACGTACATACAT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=16129161;WS=16129143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	16129172	rs9691136	A	G	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=5;PP=763;SC=ATATATATGTATATACATGTA;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=16129180;WS=16129162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	16129214	rs11773533	G	A	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.62;ReadPosRankSum=-1.431;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,50:0.68:74
chr7	16131260	rs1528137	C	T	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=17;PP=1007;SC=AGCGGGGGCACAAAGCACAAT;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=61;WE=16131268;WS=16131250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	16255602	rs4389828	A	T	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.58;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	16298434	rs1295153	T	C	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.21;ReadPosRankSum=1.899;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr7	16298438	rs7799150	T	G	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.57;ReadPosRankSum=1.605;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr7	16298766	rs5882563	A	AT	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=-0.769;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr7	16348059	rs62441885	T	C	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=4.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-0.129;SOR=1.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,45:0.26:173
chr7	16445673	rs6461252	A	T	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=26;PP=673;ReadPosRankSum=-0.592;SC=TAGACTCAAGAAAAAAGACTT;SOR=0.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=207;TCF=124;TCR=83;TR=66;WE=16445681;WS=16445663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,72:0.31:234
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chr7	16571976	rs1404172	C	G	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.91;ReadPosRankSum=0.410;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
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chr7	16597174	rs6969347	A	G	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=420;ReadPosRankSum=1.676;SC=ATTTCTGTTGAAAATATATTA;SOR=1.445;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=23;WE=16597182;WS=16597164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr7	16598655	rs6979816	G	A	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=60;PP=1539;SC=ATGGCCATAAGTTAAAATAGT;SOR=1.431;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=35;TCR=60;TR=95;WE=16598663;WS=16598645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	16605861	rs11463350	A	AT	1671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=10;PP=1368;SC=GAATCTCTTAATTTTTTGTAT;SOR=2.602;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=41;WE=16605869;WS=16605851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	16607177	rs11379958	T	TA	567.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=4.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.745;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,45:0.62:72
chr7	16620928	rs562687	A	G	2724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.41;ReadPosRankSum=-1.619;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,121:0.73:166
chr7	16640358	rs543387	T	C	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=14;PP=938;SC=AGGGTGAGGATCATCCACACT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=51;WE=16640366;WS=16640348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	16650427	rs572570	C	G	6512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=120;PP=2965;SC=TTAAAGGAGACACTTGTTCAT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=89;TCR=120;TR=209;WE=16650435;WS=16650417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr7	16676082	rs34755603	T	TA	395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=-1.147;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
chr7	16705132	.	TTG	T	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=2.267;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,27:0.12:218
chr7	16713933	rs11465103	A	AT	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.193;HP=9;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.187;NF=6;NR=1;PP=71;ReadPosRankSum=0.319;SC=TGCTCTGTGGATTTTTTTTTC;SOR=1.802;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=7;WE=16713941;WS=16713928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr7	16722353	rs818503	A	C	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=-2.927;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr7	16736479	rs7796792	C	G	3450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=72;NR=46;PP=2138;SC=GGGCAGCTAGCGGGGAGATGG;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=72;TCR=46;TR=118;WE=16736487;WS=16736469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr7	16745589	rs1149510	T	C	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=5;PP=565;SC=AGTATGCTGGTGCAATGGCAG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=27;WE=16745597;WS=16745579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	16793504	rs6975847	A	G	3041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=20;PP=1911;SC=CGCCTGGGCCAGGCCCCAAAG;SOR=2.221;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=81;TCR=20;TR=101;WE=16793512;WS=16793494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	16793677	rs79436477	C	T	5411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FS=0.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.189;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.444;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,270:0.57:476
chr7	16793779	rs11405941	G	GC	3956.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=65;PP=2957;SC=GGCTTCCCACGTCTGCGCGCC;SOR=2.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=3;TCR=69;TR=68;WE=16793787;WS=16793769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr7	16815786	rs2290836	C	G	2087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=3.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.235;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,116:0.35:330
chr7	16816000	rs2290837	T	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.914;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=253;ReadPosRankSum=-0.721;SC=TGTTGCTATTTTTTGTATCCT;SOR=0.470;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=24;WE=16816008;WS=16815990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,33:0.34:97
chr7	16818558	rs17136569	G	A	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.717;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=12;PP=752;ReadPosRankSum=2.014;SC=AATTTTGTGTGTATGCAGTTT;SOR=0.192;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=49;WE=16818566;WS=16818548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,51:0.82:62
chr7	16818799	rs6461276	A	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=369;ReadPosRankSum=-0.859;SC=GTTTTGCATGACAAAGGGCCT;SOR=0.598;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=24;WE=16818807;WS=16818789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,24:0.36:66
chr7	16823021	rs3840574	AT	A	4741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=12;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.062;NF=41;NR=107;PP=2333;ReadPosRankSum=-1.055;SC=TCTTTACTTTATTTTTTTTTC;SOR=0.801;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=62;TCR=164;TR=148;WE=16823030;WS=16823011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,266:0.73:365
chr7	16823095	rs11491	G	A	2808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-2.163;NF=86;NR=78;PP=1778;ReadPosRankSum=0.290;SC=ACCCCCGCGCGAATCCTAGTG;SOR=0.588;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=520;TCF=261;TCR=259;TR=164;WE=16823103;WS=16823085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:369,170:0.32:539
chr7	16823117	rs17136588	T	G	6519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.128;NF=132;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.154;SC=ATTCCTTTGATGAGAAAACAA;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=435;TCF=202;TCR=233;TR=291;WE=16823125;WS=16823107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,300:0.67:448
chr7	16823169	rs3807498	A	C	2973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.079;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.764;NF=40;NR=80;PP=2121;ReadPosRankSum=0.135;SC=CACTTTCTGTAATTTTCTGTT;SOR=1.275;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=188;TCF=70;TCR=118;TR=120;WE=16823177;WS=16823159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,125:0.64:196
chr7	16832682	rs112853365	CT	C	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=10;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.296;NF=1;NR=19;PP=236;ReadPosRankSum=0.101;SC=TAATGGGATGCTTTTTTTTTT;SOR=0.320;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=20;WE=16832690;WS=16832672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr7	16834444	rs2272246	C	T	2591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=17;PP=1699;SC=AAACTGAGTCCGAGGCGTCCC;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=64;TCR=17;TR=81;WE=16834452;WS=16834434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	16834551	rs4719480	C	A	10080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=184;NR=147;PP=2965;SC=AATTGAAGGTCACACTTACAC;SOR=0.846;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=331;TCF=184;TCR=147;TR=331;WE=16834559;WS=16834541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr7	16837404	rs819010	C	T	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=33;PP=926;SC=TGTCCATTTCCGGCCAGGCAT;SOR=2.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=16837412;WS=16837394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	16839501	rs2272245	A	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=246;ReadPosRankSum=0.438;SC=AGCTTTGTTCAATTTTCAGTT;SOR=0.882;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=22;WE=16839509;WS=16839491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr7	16872913	rs4719482	G	A	3914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=64;PP=2134;SC=GCTTGACTCAGCATCAGTGTA;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=70;TCR=64;TR=134;WE=16872921;WS=16872903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr7	16899197	rs11798	C	T	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=27;PP=832;ReadPosRankSum=-0.554;SC=GGCTTTTTTCCATCATCTCTT;SOR=0.664;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=62;WE=16899205;WS=16899187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,66:0.63:104
chr7	16901185	rs4236289	C	T	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=30;PP=847;SC=TAATTCCATACAACTTTCTGT;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=16901193;WS=16901175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	16913394	rs10249749	A	G	2964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=27;PP=1795;SC=TGAGCTGAGAAGCATGTTACC;SOR=1.566;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=69;TCR=27;TR=96;WE=16913402;WS=16913384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr7	16913520	rs4472406	G	A	4959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=86;PP=2840;SC=AGAAGAGCTCGGAAATGGGTA;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=81;TCR=86;TR=167;WE=16913528;WS=16913510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr7	16913557	rs2892833	A	T	3390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=62;PP=1954;SC=CTACCTACAGATATTTAACTA;SOR=1.125;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=47;TCR=62;TR=109;WE=16913565;WS=16913547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	16913617	rs4389824	A	G	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=30;PP=863;SC=CACAATTTTCACAAGATATGG;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=16913625;WS=16913607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	17349626	rs17779352	T	C	1928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=0.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.804;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,112:0.35:319
chr7	17854532	rs2723501	G	T	3964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.773;QD=13.44;ReadPosRankSum=0.519;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,186:0.63:295
chr7	17854575	rs34649849	G	GAA	1271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.887;QD=10.69;ReadPosRankSum=-0.207;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,78:0.66:119
chr7	17854616	rs2723502	T	C	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=35;PP=578;ReadPosRankSum=0.580;SC=ACTGACAGAATGCTAGAAATT;SOR=1.085;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=85;TCF=25;TCR=60;TR=44;WE=17854624;WS=17854606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,46:0.57:80
chr7	17874271	rs4721660	T	C	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=3;PP=315;SC=ATTGCCATAGTTTATCTTTTT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=17874279;WS=17874261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	17874300	rs4721661	G	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=259;ReadPosRankSum=-0.327;SC=TCTACTTTTAGAAAGTTTTTA;SOR=1.022;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=17;WE=17874308;WS=17874290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr7	17879553	rs12720473	G	A	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=40;PP=990;ReadPosRankSum=-1.967;SC=GCTGTTGGGCGGTAACCCGGT;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=278;TCF=155;TCR=123;TR=92;WE=17879561;WS=17879543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,106:0.34:312
chr7	17890413	rs3839705	CA	C	503.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.217;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=361;ReadPosRankSum=0.140;SC=AATAATACTTCAAAAAAATAT;SOR=0.132;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=16;WE=17890421;WS=17890403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr7	17908130	rs2389858	T	A	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.68;ReadPosRankSum=0.533;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,63:0.81:78
chr7	17913083	rs5882635	A	AC	2993.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=21;PP=1885;SC=GGGTCTTAAGACAAAAATTTT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=43;WE=17913091;WS=17913073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	17932932	rs11971764	T	C	3679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.28;ReadPosRankSum=-2.427;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,166:0.73:226
chr7	17962382	rs11397631	G	GA	1712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.741;NF=6;NR=36;PP=1040;ReadPosRankSum=1.586;SC=AAACTACTGGGAAAAAAAGAT;SOR=0.650;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=9;TCR=54;TR=42;WE=17962390;WS=17962372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,85:0.80:106
chr7	18066569	rs3800962	C	A	10397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=197;NR=164;PP=2965;SC=GCTTCATCTTCTCATCTTGAG;SOR=0.744;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=361;TCF=197;TCR=164;TR=361;WE=18066577;WS=18066559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr7	18067479	rs35708479	ACT	A	6287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=77;PP=2965;SC=TGAAGCACAGACTCTAATGGC;SOR=1.313;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=8;TCR=81;TR=85;WE=18067488;WS=18067469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr7	18166751	rs17138628	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=-0.366;SC=AATCAATATTAGTGTGACTTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=18166759;WS=18166744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr7	18166966	rs79665409	T	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=239;ReadPosRankSum=-1.160;SC=GTGGGTGTCATGTTTTATTAT;SOR=0.685;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=58;TCR=37;TR=27;WE=18166974;WS=18166956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,31:0.27:116
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chr7	18688033	rs145105320	A	ATGTG	703.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=6.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=2.240;SOR=1.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,31:0.30:102
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chr7	18993870	rs2389998	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=58;ReadPosRankSum=-1.738;SC=CTTTAAAGTTCTCTTAAAAAT;SOR=0.948;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=9;WE=18993878;WS=18993860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr7	19184746	rs34966908	C	CTCT	25335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.285;NF=40;NR=174;PP=2974;ReadPosRankSum=0.273;SC=TTCCGCGCTCCTCTTCCTCCT;SOR=0.388;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=239;TCF=43;TCR=196;TR=214;WE=19184757;WS=19184736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,583:0.99:586
chr7	19744417	rs11543308	T	C	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=-1.655;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr7	19768878	rs148023462	A	AG	189.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=1;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=79;ReadPosRankSum=-1.383;SC=TTTATTTGTCAGTTTTTTTTT;SOR=2.584;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=19768887;WS=19768868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,7:0.78:9
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chr7	19813018	rs12673970	T	C	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.01;SOR=1.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr7	20180425	rs10555255	TAC	T	421.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.40;ReadPosRankSum=-0.742;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr7	20180507	rs55989776	G	GAC	766.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.282;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=3.373;NF=4;NR=12;PP=481;ReadPosRankSum=0.561;SC=GACACACACAGACACACACAC;SOR=0.369;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=16;WE=20180516;WS=20180497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr7	20180717	rs3735615	C	G	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=31;PP=668;ReadPosRankSum=-0.558;SC=TAACACATCTCTGTAGTTATT;SOR=0.678;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=200;TCF=105;TCR=95;TR=67;WE=20180725;WS=20180707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,82:0.35:232
chr7	20198440	rs975263	G	A	2744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=63;PP=1752;ReadPosRankSum=0.953;SC=TGGCAGATTCGAGAGTCTTTT;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=379;TCF=203;TCR=176;TR=137;WE=20198448;WS=20198430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,147:0.37:401
chr7	20371395	rs206197	T	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=290;ReadPosRankSum=0.390;SC=CGGAAGGCAGTCAGGCGGCGG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=21;WE=20371403;WS=20371385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr7	20403353	rs35420999	AT	A	2708.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=11;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.391;NF=9;NR=73;PP=1022;ReadPosRankSum=0.706;SC=GAGGTGTGCCATTTTTTTTTT;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=125;TCF=15;TCR=110;TR=82;WE=20403362;WS=20403343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,166:0.73:228
chr7	20406542	rs34556056	A	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=307;ReadPosRankSum=0.206;SC=AAAATGATATAAAATACCAAA;SOR=0.420;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=13;WE=20406550;WS=20406532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr7	20418926	rs1042277	T	C	5151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.781;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.211;SC=TGCAGGTATCTAGGGTTTGAT;SOR=0.816;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=346;TCF=161;TCR=185;TR=213;WE=20418934;WS=20418916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,233:0.63:368
chr7	20421490	rs2230398	T	C	4446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=4.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.44;ReadPosRankSum=-0.663;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,211:0.69:308
chr7	20430900	rs10227623	C	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=188;ReadPosRankSum=-2.690;SC=TAAATGTCTTCAGTAAAACCA;SOR=0.836;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=12;WE=20430908;WS=20430890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr7	20430960	rs3779506	T	C	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=658;ReadPosRankSum=0.846;SC=TTTCTTCATATTAGATGTTTG;SOR=0.623;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=44;WE=20430968;WS=20430950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,49:0.69:71
chr7	20438370	rs6944997	A	C	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.491;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=470;ReadPosRankSum=1.801;SC=ATAGAAACAGACTCTTTGATC;SOR=2.019;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=23;WE=20438378;WS=20438364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr7	20444532	rs2074424	C	T	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,62:0.68:91
chr7	20668236	.	TTG	T	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=-1.526;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,7:0.17:41
chr7	20706645	rs12535128	G	T	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=305;SC=TTAGGTCACAGGAATGATCTA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=20706653;WS=20706635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	20739336	.	G	GA	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=2.171;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr7	20739774	rs5882753	AT	A	912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.298;NF=0;NR=27;PP=498;ReadPosRankSum=-0.980;SC=TGATAAGTTGATTTTTTTTTT;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=27;WE=20739782;WS=20739764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr7	20766943	rs11976861	C	G	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=10;PP=349;SC=TTGAGGGCAACCACAATTAGA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=20766951;WS=20766933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	20768013	rs10254317	G	A	10243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=185;NR=181;PP=2965;SC=TTGCCTATGCGGCAGGGTTTC;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=367;TCF=185;TCR=182;TR=366;WE=20768021;WS=20767990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr7	20778646	rs6461515	G	A	3473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr7	20778773	rs6461516	C	G	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=31;PP=943;SC=GTAAGCACAACTGTGATCTTA;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=57;WE=20778781;WS=20778763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	20782474	rs12669866	T	C	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=15;PP=966;SC=GTCATTCTTCTCAACTCTGTC;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=20782482;WS=20782464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	20802789	rs77333366	T	C	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=50;NR=22;PP=1314;SC=ATTGATACTATCTATTTTTAA;SOR=1.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=72;WE=20802797;WS=20802779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	20803107	rs55827389	T	TC	1181.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=29;PP=1314;SC=AGTCTGTTTTTCTTTAGTGTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=29;WE=20803115;WS=20803097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	20825145	.	GGCAGCCGCGGCTGCTGCCGCGGCCGCC	G	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=3.067;QD=0.77;ReadPosRankSum=2.414;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,5:0.10:50
chr7	21599233	rs10950854	C	T	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=13;PP=766;ReadPosRankSum=1.221;SC=CACCGTCAAACGAAAGGATAA;SOR=0.470;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=64;TCR=20;TR=54;WE=21599241;WS=21599223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,67:0.66:101
chr7	21600902	rs4374884	A	G	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=49;PP=1087;ReadPosRankSum=1.202;SC=GTGATTGCTCATGGCTCTTCT;SOR=0.874;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=94;TCF=26;TCR=68;TR=66;WE=21600910;WS=21600892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,68:0.70:97
chr7	21603678	rs5008148	A	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=0.967;SC=GTAATATAAAAGGAACTATGA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=21603686;WS=21603668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr7	21609691	rs72655982	C	T	2528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,128:0.60:214
chr7	21611399	rs66476925	G	C	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=366;ReadPosRankSum=0.530;SC=GTAGTGGAAAGGTCTTTACTG;SOR=0.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=31;WE=21611407;WS=21611389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr7	21611626	rs72655985	A	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=77;ReadPosRankSum=-0.614;SC=ATTGCATGGGATCCTATAATT;SOR=1.085;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=7;WE=21611634;WS=21611616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr7	21621453	rs72655986	G	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.90;ReadPosRankSum=0.411;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,33:0.75:44
chr7	21621631	rs72655988	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr7	21628237	rs6963535	C	T	10215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=180;NR=178;PP=2965;SC=GGTCAAACTTCGCATCTCTCC;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=358;TCF=180;TCR=178;TR=358;WE=21628245;WS=21628227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr7	21630747	rs145587835	CAG	C	439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.071;NF=4;NR=8;PP=445;ReadPosRankSum=-0.364;SC=ACCTTTAAGACAGAGAAAATA;SOR=0.269;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=12;WE=21630756;WS=21630737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr7	21630982	rs4615458	A	G	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=44;PP=1398;ReadPosRankSum=0.165;SC=GGGTGAGGGCAGCCACGTCCG;SOR=0.671;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=97;TCR=68;TR=105;WE=21630990;WS=21630972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,116:0.62:187
chr7	21639572	rs17144747	A	G	9203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.821;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=204;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.036;SC=CGTTTTTTCAAGCACAAATGA;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=628;TCF=302;TCR=326;TR=395;WE=21639580;WS=21639562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,418:0.65:641
chr7	21639818	rs6461586	T	C	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=17;PP=449;SC=TAGCTCATGCTGGGAATCCCA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=21639826;WS=21639808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	21640361	rs10269582	T	C	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.148;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=39;PP=1142;ReadPosRankSum=1.777;SC=GTGGTGAATGTCATCAACAAA;SOR=0.565;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=253;TCF=153;TCR=100;TR=93;WE=21640369;WS=21640351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,99:0.37:267
chr7	21640405	rs10224537	A	G	9212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=190;NR=137;PP=2965;SC=GGAGACCCACACTTACCTCTG;SOR=0.930;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=327;TCF=190;TCR=137;TR=327;WE=21640413;WS=21640395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr7	21640570	rs11981446	T	C	6529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.399;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.023;SC=CCTTAGCATTTAATGTAGTGA;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=370;TCF=180;TCR=190;TR=256;WE=21640578;WS=21640560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,275:0.70:392
chr7	21641218	rs3827657	G	A	4888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr7	21646233	.	C	CT	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=4.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,28:0.38:73
chr7	21654602	rs7779983	C	T	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=13;PP=893;SC=CCAGTAATTACGCTGCAGATT;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=50;WE=21654610;WS=21654592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	21657130	rs12539987	C	G	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=94;ReadPosRankSum=-1.289;SC=AATGCTTTCACTCTTTTCTAA;SOR=0.307;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=7;WE=21657138;WS=21657120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr7	21658855	rs57208694	A	G	4183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=76;PP=2473;SC=TGTCCTCGGGACTGGGTCATT;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=62;TCR=76;TR=138;WE=21658863;WS=21658845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
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chr7	21737973	rs56376598	G	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=8.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=1.294;SOR=0.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
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chr7	21745061	rs1023542	A	G	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=3.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.229;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,74:0.30:248
chr7	21757287	rs2965409	T	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=146;ReadPosRankSum=-1.086;SC=AAACGTGTCCTTGAAGTGTTG;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=10;WE=21757295;WS=21757282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr7	21757636	rs2074760	G	A	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.748;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=480;ReadPosRankSum=-0.318;SC=GCCCAAGAAAGTGAGAAGATT;SOR=1.031;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=97;TCF=32;TCR=65;TR=38;WE=21757644;WS=21757626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,43:0.39:109
chr7	21765452	rs12536928	C	T	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.244;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,69:0.36:192
chr7	21765497	rs11768670	G	A	3344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.65;ReadPosRankSum=1.528;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,164:0.67:245
chr7	21765636	rs2965424	T	C	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=28;PP=599;SC=TGTATTAGTCTGTTTTCATAT;SOR=2.007;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=39;WE=21765644;WS=21765626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	21775153	rs2072219	A	C	1800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=10;PP=1223;SC=GATTTCAATTATAAAGTGACT;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=56;WE=21775161;WS=21775143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	21775210	rs2270022	A	G	3734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=85;NR=48;PP=2156;SC=TCTCGCACGCACTCTCTCTCT;SOR=1.282;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=85;TCR=48;TR=133;WE=21775218;WS=21775200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr7	21775443	rs2072221	G	A	9004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=3.231;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.25;ReadPosRankSum=-1.128;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,342:1.00:343
chr7	21778449	rs1109806	C	T	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.922;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=46;PP=894;ReadPosRankSum=-0.019;SC=TTCAGCCTCACACCCTGATCC;SOR=0.757;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=279;TCF=142;TCR=137;TR=90;WE=21778457;WS=21778439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,99:0.32:311
chr7	21779084	rs2906686	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=159;ReadPosRankSum=1.571;SC=GAGTGATTATGAAGATAAGGA;SOR=0.260;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=13;WE=21779092;WS=21779074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr7	21779104	rs933353	C	T	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=176;ReadPosRankSum=0.069;SC=AGGTAATCTGCGATGAAGACC;SOR=0.776;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=14;WE=21779112;WS=21779094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr7	21779278	rs9639393	A	G	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.174;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=700;ReadPosRankSum=0.587;SC=TTCACCATCAATCCCAGGCTA;SOR=0.838;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=203;TCF=111;TCR=92;TR=63;WE=21779286;WS=21779268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,72:0.31:231
chr7	21779331	rs933354	T	C	2506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.41;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,116:0.67:174
chr7	21781807	rs1029598	T	C	2740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=69;PP=1355;ReadPosRankSum=-2.150;SC=CTCTATGTTATGCCTCTTGAG;SOR=0.665;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=75;TCR=114;TR=115;WE=21781815;WS=21781797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,132:0.63:208
chr7	21789442	rs4355679	T	C	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=1.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=-1.193;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,94:0.33:284
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chr7	21818486	rs4273751	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
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chr7	21858043	rs10277757	A	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=104;ReadPosRankSum=1.391;SC=CAAGCAGTCTATTGAAATCTT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=7;WE=21858051;WS=21858033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr7	21892023	rs55939718	T	TA	390.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.738;QD=13.02;ReadPosRankSum=-0.429;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,24:0.80:30
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chr7	21901566	rs4722067	T	C	2905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
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chr7	21907452	rs5882827	G	GT	4306.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=23;PP=1568;SC=CACTGATCATGTTTTTATATT;SOR=1.216;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=39;WE=21907466;WS=21907442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
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chr7	21924014	rs6461613	A	G	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	21932044	rs12537531	C	T	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=336;ReadPosRankSum=-0.952;SC=TGGTTCAAGACTGAAGATGAA;SOR=0.527;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=32;WE=21932052;WS=21932034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,34:0.28:122
chr7	21932317	rs9639401	T	C	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.245;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=624;ReadPosRankSum=0.490;SC=TTCTTTTTCATTGAAGTATAA;SOR=0.146;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=41;WE=21932325;WS=21932307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,42:0.84:50
chr7	21939485	rs34245961	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.901;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=98;ReadPosRankSum=-1.582;SC=GTGCCAATGCCCAAGAACCTA;SOR=0.113;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=10;WE=21939493;WS=21939478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr7	21940480	rs56268505	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=68;ReadPosRankSum=0.753;SC=AAGCTCAGTCCGGCCAGCTCA;SOR=1.460;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=5;WE=21940488;WS=21940470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr7	21940557	rs10555456	AACTT	A	3787.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=18;PP=2316;SC=TGCATCAAACAACTTACTTGA;SOR=1.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=46;WE=21940568;WS=21940547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	21940823	rs77448980	A	G	3013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=63;PP=1791;ReadPosRankSum=0.641;SC=AGCGAAGAGAAGACTGCAAAA;SOR=0.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=86;TCR=94;TR=121;WE=21940831;WS=21940813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,133:0.66:202
chr7	21941861	rs60370798	ATCTT	A	2106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.192;NF=13;NR=17;PP=1324;ReadPosRankSum=0.441;SC=CTGTAAAAAAATCTTTCTTAG;SOR=0.769;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=89;TCF=35;TCR=54;TR=30;WE=21941872;WS=21941851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,57:0.42:136
chr7	21945086	rs6953368	C	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=225;ReadPosRankSum=0.626;SC=CCAATGCCTTCGACTCCCAAT;SOR=0.610;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=51;TCR=11;TR=17;WE=21945094;WS=21945076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,16:0.24:67
chr7	21945840	rs4445125	C	T	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=10;PP=1028;SC=GTGACAGTGACGTGCGTTCAC;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=50;WE=21945848;WS=21945830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	21985347	rs1406706	G	A	4220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr7	22190131	.	GAA	G,GA	962.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.34;ReadPosRankSum=2.162;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,28,39:0.36,0.50:78
chr7	22197507	rs7809342	A	G	3739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=56;NR=66;PP=1956;SC=TACAGTGCTGAAAGGAAAAAT;SOR=1.042;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=124;TCF=56;TCR=68;TR=122;WE=22197515;WS=22197497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr7	22202117	rs12592	G	A	6113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr7	22202196	rs1981600	T	A	2856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=59;PP=1749;SC=TTGTTGAAAATTTTAAAATAT;SOR=1.358;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=36;TCR=60;TR=95;WE=22202204;WS=22202186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
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chr7	22233121	rs200461614	C	T	2608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.38;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,123:0.63:195
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chr7	22349769	rs17146668	C	A	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=51;PP=1761;ReadPosRankSum=1.156;SC=GCCAAAAAAACAAAAATGATA;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=64;TCR=89;TR=88;WE=22349777;WS=22349751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,83:0.54:153
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chr7	22357716	rs10950897	T	G	161.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.36;QD=20.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	22459324	rs2177142	G	A	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.766;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=339;ReadPosRankSum=0.778;SC=GTTCATTGTGGCAGAGGGAAA;SOR=0.464;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=32;WE=22459332;WS=22459314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,36:0.38:94
chr7	22478207	rs2528843	G	T	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=1.644;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,47:0.24:198
chr7	22532096	rs373415485	TA	T	531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.959;NF=16;NR=2;PP=587;ReadPosRankSum=-1.539;SC=AAACATTTGTTATTTTTTATG;SOR=0.557;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=52;TCR=6;TR=18;WE=22532104;WS=22532086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,20:0.29:68
chr7	22532260	rs62447564	A	G	17959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.61;QD=26.07;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,689:1.00:689
chr7	22532971	rs186888506	T	A	2778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.018;NF=77;NR=66;PP=1722;ReadPosRankSum=0.010;SC=TAGCAACTTGTATCTGTAGGA;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=428;TCF=230;TCR=198;TR=143;WE=22532979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,154:0.34:454
chr7	22533452	rs201338533	C	T	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.91;QD=28.39;SOR=2.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr7	22849917	rs6952410	C	T	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.741;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=609;ReadPosRankSum=0.509;SC=CGGTGGCTCACGCCTATAATC;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=31;WE=22849925;WS=22849911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,35:0.58:60
chr7	22849938	rs6952668	G	C	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=683;ReadPosRankSum=1.062;SC=CCAGCACTTTGGGAGGCAGAG;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=38;WE=22849946;WS=22849928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,41:0.58:71
chr7	22857305	rs75569325	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=197;ReadPosRankSum=-0.021;SC=TTGTCAGAGCGATATAAAAGG;SOR=1.222;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=18;WE=22857313;WS=22857295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,17:0.27:63
chr7	22857477	rs2286499	T	C	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=311;ReadPosRankSum=-0.669;SC=GAGAAAGTAGTTGCAGTTTTC;SOR=0.957;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=23;WE=22857485;WS=22857467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr7	22857504	rs2286498	T	C	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.995;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=517;ReadPosRankSum=-1.324;SC=CCCAAAACTATACTGACTGAT;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=38;WE=22857512;WS=22857494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr7	22857589	rs7782015	T	C	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=0.755;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,66:0.70:94
chr7	22861639	rs981792	C	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.985;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=480;ReadPosRankSum=1.514;SC=ACCAAAAAAACCCCAAATCCT;SOR=2.189;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=25;WE=22861647;WS=22861632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr7	22861978	rs4354222	G	A	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.601;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=454;ReadPosRankSum=-0.994;SC=CCTAGTGCTAGAGAGTGAATT;SOR=0.403;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=25;WE=22861986;WS=22861968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr7	22862131	rs2270108	A	C	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=4;PP=1372;ReadPosRankSum=0.477;SC=ATAGAACGGGAACTCGAACTC;SOR=0.758;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=88;TCF=83;TCR=5;TR=59;WE=22862139;WS=22862121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,58:0.64:90
chr7	22862183	rs2270107	G	A	5843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.52;ReadPosRankSum=-0.824;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,147:0.64:229
chr7	22862192	rs2270106	A	G	6347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.14;ReadPosRankSum=-0.796;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,170:0.65:263
chr7	22896231	rs1608553	G	C	6404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=60.42;NF=134;NR=79;PP=2965;SC=AATTGAAATTGTGGCCAAGGA;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=134;TCR=80;TR=213;WE=22896239;WS=22896221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr7	22896340	rs5882865	AC	A	6530.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.548;HP=10;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.413;NF=19;NR=168;PP=2988;ReadPosRankSum=0.123;SC=ATGGAATCATACCCCCCCCCC;SOR=0.281;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=199;TCF=21;TCR=178;TR=187;WE=22896362;WS=22896330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,252:0.99:255
chr7	22985868	rs2286491	T	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.20;ReadPosRankSum=1.278;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr7	23000783	rs35493358	G	GCTCT	2114.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=8;PP=959;SC=ACTATGAATGGCTCTCAATTT;SOR=1.329;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=17;WE=23000791;WS=23000773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	23015831	rs3735231	T	C	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.77;ReadPosRankSum=-1.426;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,66:0.70:94
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chr7	23195555	rs141774430	CTTTAT	C	3789.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=36;PP=2119;SC=ACTCTTAGCACTTTATTTTTA;SOR=0.740;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=41;WE=23195567;WS=23195545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr7	23227555	rs373870179	GTC	G	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
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chr7	23530051	rs62468795	G	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=-1.206;SOR=0.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
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chr7	23562175	rs35027244	TA	T	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.950;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr7	23624570	rs227933	G	C	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=274;ReadPosRankSum=-2.432;SC=ATATAGAGAAGCAGCAGGAAG;SOR=1.236;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=17;WE=23624578;WS=23624560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr7	23625234	rs183828585	C	T	5414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.279;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.217;SC=CTTCACACTGCGCTCATGTCG;SOR=0.874;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=376;TCF=208;TCR=168;TR=234;WE=23625242;WS=23625224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,248:0.62:400
chr7	23682857	rs11547479	G	A	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=33;PP=909;ReadPosRankSum=1.126;SC=ACATTTTCAAGGAGTATGCTG;SOR=1.143;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=45;WE=23682865;WS=23682847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,49:0.75:65
chr7	23719766	rs56391241	G	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=11.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.52;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,56:0.77:73
chr7	23719779	rs56359038	G	A	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=16.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.85;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=0.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,66:0.80:83
chr7	23724364	rs7791123	C	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.555;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=89;ReadPosRankSum=-1.363;SC=TTCTACAAATCGTAATGATTG;SOR=1.148;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=10;WE=23724372;WS=23724354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr7	23727944	rs7802834	T	C	118.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=2;NR=3;PP=28;SC=GGATTACAGGTGTGAGCCACC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=23727952;WS=23727934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	23727960	rs13237857	C	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=51;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CCACCGCAACCGGCCTTTAAT;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=23727968;WS=23727950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr7	23730983	rs7782183	T	G	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=201;ReadPosRankSum=-0.651;SC=CTTTAAGAATTTAACTCCCTT;SOR=0.610;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=13;WE=23730991;WS=23730973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr7	23737795	rs5029444	T	C	3532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.84;ReadPosRankSum=-1.715;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,163:0.73:223
chr7	23740501	rs10244532	G	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.695;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,38:0.33:114
chr7	23751736	rs7779633	A	G	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=456;ReadPosRankSum=0.261;SC=GAATTGTTCAAATGGATGAAG;SOR=0.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=55;TCR=12;TR=29;WE=23751744;WS=23751726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr7	23757011	rs138454658	TTTTAAG	T	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=180;ReadPosRankSum=0.363;SC=GCCTAAAATCTTTTAAGTTTA;SOR=0.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=5;WE=23757024;WS=23757001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr7	23757162	rs6945306	G	C	3911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=83;PP=1910;ReadPosRankSum=0.699;SC=TTTGCCCCCAGGCCAGTTCAG;SOR=0.609;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=278;TCF=150;TCR=128;TR=173;WE=23757170;WS=23757152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,188:0.63:299
chr7	23757260	rs2058995	T	G	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.669;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=31;PP=618;ReadPosRankSum=-1.563;SC=GTGTCTTAGATATTTAGTTTT;SOR=1.987;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=137;TCF=53;TCR=84;TR=43;WE=23757268;WS=23757250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,46:0.30:154
chr7	23768907	rs12176610	A	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=-2.070;SC=TAATGAAAGTAAAACTATGTG;SOR=0.412;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=5;WE=23768915;WS=23768897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr7	23794183	rs4722267	A	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=514;ReadPosRankSum=-1.268;SC=ATAACAGGATACATGTGCAGA;SOR=0.653;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=26;WE=23794191;WS=23794173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr7	23808604	rs61564984	C	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=247;ReadPosRankSum=-0.509;SC=AGAAGTATATCTCTCTGCAGG;SOR=0.711;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=15;WE=23808612;WS=23808594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr7	23810517	rs7785154	G	A	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.67;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	23810517	.	GGAAATC	AGAAATC,AGAAATG	248	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=12,9;NR=3,2;PP=34,248;QD=4.58474750315;SC=AAATCACTGCGGAAATCTGTT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15,11;WE=23810531;WS=23810515;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:15
chr7	23810523	rs41273996	C	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.39;ReadPosRankSum=-1.026;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr7	23810845	rs1469001	G	A	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=18;PP=484;SC=TCAGTAAATTGTTATTACTAG;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=23810853;WS=23810835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	23823144	rs10950961	A	G	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=50;NR=21;PP=1186;SC=GAAGAGCAACATGTCAAAATT;SOR=1.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=71;WE=23823152;WS=23823134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
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chr7	23854717	rs2390814	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=1.503;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr7	23871898	rs35517396	A	G	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.633;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.504;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,30:0.28:108
chr7	23872024	rs56362098	C	CTTTG	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.674;NF=0;NR=2;PP=53;ReadPosRankSum=-0.712;SC=TTTTTAAAAACTTTGGTTTGG;SOR=0.250;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=2;WE=23872032;WS=23872014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr7	24324759	rs16141	T	G	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=5.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.73;ReadPosRankSum=2.114;SOR=0.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,77:0.62:125
chr7	24324838	.	G	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.542;ClippingRankSum=0.000;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=3.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=-1.297;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,46:0.16:287
chr7	24325009	rs5573	G	A	3977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.46;ReadPosRankSum=1.349;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,184:0.67:275
chr7	24329001	rs113179092	AT	A	560.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.260;NF=16;NR=4;PP=578;ReadPosRankSum=-0.122;SC=CTTGTTACAGATGAACACCTG;SOR=0.495;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=20;WE=24329009;WS=24328991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr7	24329103	rs35313836	C	CT	1299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=1.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.365;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,91:0.44:209
chr7	24329133	rs5574	C	T	2960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.926;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=60;PP=1730;ReadPosRankSum=0.009;SC=GAAAACGATCCAGCCCAGAGA;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=225;TCF=123;TCR=102;TR=135;WE=24329141;WS=24329123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,145:0.53:272
chr7	24742553	rs2240005	G	A	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=10;PP=268;SC=GTACTTTCCCGCCAGCCAGGC;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=24742561;WS=24742543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	24742576	rs66851582	C	T	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=216;SC=GGGAGGTACTCAGCAGTTGCT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=24742584;WS=24742566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	24746026	rs17209408	C	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=250;ReadPosRankSum=1.065;SC=AGGGTCATGACACAGCTGGAG;SOR=0.906;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=16;WE=24746034;WS=24746016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr7	24860000	rs6979174	G	C	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=35;NR=61;PP=1770;SC=CTCATCAAGTGTGTCCTCAAG;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=35;TCR=61;TR=96;WE=24860008;WS=24859990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr7	24873911	rs2285687	T	G	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	24874459	rs2285688	A	G	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=532;SC=CAATGTTACTATTAAACTCAG;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=24874467;WS=24874449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	24888620	rs757156	T	C	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=7;PP=581;SC=GGTCGTGCAATGGGACAGATG;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=24888628;WS=24888610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	24891947	rs6461822	C	T	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=2;PP=769;SC=GCTATTAAGACTTGGATAGGT;SOR=4.977;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=34;WE=24891955;WS=24891937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	24902762	rs2285690	C	T	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=449;ReadPosRankSum=1.659;SC=TGCTGGCACACGGCATGCAGA;SOR=0.458;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=30;WE=24902770;WS=24902752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr7	24903107	rs2285691	C	G	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.651;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=33;PP=958;ReadPosRankSum=0.389;SC=AAGAGGAGTCCGGCTCACCTG;SOR=0.588;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=63;WE=24903115;WS=24903097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,73:0.54:134
chr7	24904868	rs2040689	T	A	5251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.50;ReadPosRankSum=0.430;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,132:0.69:191
chr7	24904873	rs3735543	G	A	5416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.95;ReadPosRankSum=-0.136;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,140:0.70:201
chr7	24904889	rs2040690	T	C	3990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=54;PP=2760;ReadPosRankSum=-0.367;SC=CACAAATGAATCTGAAGTGTA;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=243;TCF=161;TCR=82;TR=167;WE=24904897;WS=24904879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,175:0.70:250
chr7	24911526	rs10261181	G	A	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.515;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=40;PP=1331;ReadPosRankSum=-0.625;SC=GGTGCTGAGTGGGGCAGTGTG;SOR=0.917;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=109;TCF=54;TCR=55;TR=76;WE=24911534;WS=24911516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,84:0.68:123
chr7	25181912	rs2285738	T	C	4295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.429;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=96;PP=1887;ReadPosRankSum=0.549;SC=CATCTTTTCATGGTAATCATC;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=284;TCF=135;TCR=149;TR=181;WE=25181920;WS=25181902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,208:0.65:319
chr7	25182001	rs2285737	C	T	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.794;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=35;PP=738;ReadPosRankSum=-0.978;SC=CGAAGAACGACAGTTATATTA;SOR=0.514;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=55;WE=25182009;WS=25181991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,59:0.60:99
chr7	25182172	rs2285736	A	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.51;ReadPosRankSum=-0.538;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr7	25182405	rs11984293	G	T	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=-1.190;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,62:0.33:187
chr7	25191044	rs12532548	G	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=58.88;MQRankSum=-0.774;NF=6;NR=2;PP=50;ReadPosRankSum=-0.851;SC=GTTTCACCATGTTGGTCAGGC;SOR=0.293;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=8;WE=25191052;WS=25191034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr7	25194506	rs12538022	T	C	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=177;SC=TGTGAACAAGTTTCCTGATCT;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=25194514;WS=25194496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	25194618	rs2523073	G	A	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	25194665	rs2523072	G	C	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=25;PP=1191;SC=ATAAGCCTTGGTTGGCACCGT;SOR=0.928;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=69;WE=25194673;WS=25194655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	25194753	rs12535348	C	T	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=34;PP=1068;SC=GGGAACATGGCGCCGCGACAG;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=70;WE=25194761;WS=25194743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	25194857	rs2717899	A	T	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=19;PP=515;SC=GAACAGAAAGAAGTATGGTTG;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=25194865;WS=25194847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	25194918	rs2523071	A	G	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=9;PP=286;SC=AATGGCAGAAACTGTTCTAAT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=25194926;WS=25194908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	25200976	rs13221848	A	G	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=4;PP=118;SC=ACATATCCACATATATGTAGA;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=25200984;WS=25200966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	25218661	rs10642607	A	AAAACAAAC	1784.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=52.49;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	25267934	rs877834	T	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.81;ReadPosRankSum=-2.046;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr7	25267963	rs886354	G	C	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	25268094	rs877835	C	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=164;ReadPosRankSum=-1.407;SC=CTATGTGCAGCCCAATGTTTA;SOR=0.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=14;WE=25268102;WS=25268084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr7	25989520	rs6977848	T	G	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=4;PP=554;SC=ACTGGCGGCATCGGCGACCAC;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=25989528;WS=25989510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	25989732	rs111299611	GA	G	2254.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=32;PP=1407;SC=ACCGATAATGGAACGGGTCAT;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=35;WE=25989740;WS=25989722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	26251499	rs150070836	T	C	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=641;ReadPosRankSum=-0.628;SC=CTGGTTACTTTTACTAGTAGT;SOR=1.688;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=30;WE=26251507;WS=26251489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr7	26576535	rs740182	T	C	2370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.925;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=49;PP=1428;ReadPosRankSum=0.772;SC=CTTCAAAGTATTTCTCGGTCC;SOR=0.541;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=266;TCF=133;TCR=133;TR=106;WE=26576543;WS=26576525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,121:0.42:289
chr7	26578283	rs55970331	G	A	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.096;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=386;ReadPosRankSum=1.711;SC=TGCTTCTATAGGATGTTTTCG;SOR=0.070;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=20;WE=26578291;WS=26578273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr7	26678856	rs57000259	A	G	6494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr7	26685934	rs12671270	T	C	7300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.883;SC=TCTCCGCATGTGGGACTCTCG;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=141;TCR=119;TR=258;WE=26685942;WS=26685924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,284:0.99:286
chr7	26724279	rs212850	T	G	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.380;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=22;PP=1575;ReadPosRankSum=1.037;SC=CTTCCCTAGCTCTGTAAATCC;SOR=1.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=68;TCR=23;TR=90;WE=26724287;WS=26724269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr7	26765596	rs1129771	C	A	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.00;ReadPosRankSum=-0.203;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,53:0.59:90
chr7	26778406	rs10951145	A	G	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=26;PP=710;ReadPosRankSum=-0.259;SC=ATTGAACACCAACATTACCTT;SOR=0.768;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=182;TCF=111;TCR=71;TR=68;WE=26778414;WS=26778396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,72:0.37:196
chr7	26883761	rs61646374	T	TA	275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=0.938;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,36:0.22:161
chr7	27135314	rs10951154	C	T	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FS=8.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=-1.833;QD=4.19;ReadPosRankSum=1.700;SOR=1.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:321,133:0.29:454
chr7	27140237	rs117630421	G	A	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=691;ReadPosRankSum=-1.817;SC=AAGGAGGGAAGGGGTAGGTCA;SOR=0.551;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=39;WE=27140245;WS=27140227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,45:0.78:58
chr7	27141267	rs706016	C	T	3438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=31;PP=2315;SC=AGACCCCGTCCCCTCCATCTC;SOR=1.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=74;TCR=31;TR=105;WE=27141275;WS=27141257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	27141488	rs77382168	G	C	10945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=753;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=249;NR=220;PP=2962;ReadPosRankSum=0.373;SC=CATTACACAAGTTCGGGAAAG;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=713;TCF=380;TCR=333;TR=469;WE=27141496;WS=27141478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,490:0.66:748
chr7	27147430	rs73071548	A	G	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.26;ReadPosRankSum=0.503;SOR=2.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr7	27169093	rs2158218	T	G	10815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=168;PP=2965;ReadPosRankSum=0.967;SC=GGGTCAGGTATCGATTGAAGT;SOR=0.486;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=374;TCF=205;TCR=169;TR=373;WE=27169101;WS=27169083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,400:1.00:401
chr7	27169388	rs6957209	A	C	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=34;PP=1192;ReadPosRankSum=0.115;SC=GAAACACCCGAGAGCCATAAA;SOR=0.750;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=117;TCF=68;TCR=49;TR=84;WE=27169396;WS=27169378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,90:0.72:125
chr7	27169617	rs6943542	T	C	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=26;PP=1578;SC=GCAGCCCGGGTCAGATGGGGG;SOR=1.054;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=62;WE=27169625;WS=27169607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	27169934	rs10251056	A	G	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=29;PP=950;SC=GGGCGGCGGCAGCTGGGGCTG;SOR=1.355;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=49;WE=27169942;WS=27169924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr7	27170159	rs6962314	C	T	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.899;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=559;ReadPosRankSum=-0.789;SC=CTCTCGGCCGCCGCCCGCGTG;SOR=0.345;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=35;WE=27170167;WS=27170135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
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chr7	27566053	rs12700813	G	C	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=28;PP=835;SC=TGGAACTGTGGTTCCTTATGT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=27566061;WS=27566043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
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chr7	27582783	rs978447	G	A	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=45;PP=1336;SC=GTTTAGGCAGGTAATAAAATT;SOR=1.678;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=67;WE=27582791;WS=27582773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	27668860	rs6415252	C	T	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=4;PP=680;SC=ATCAGTTTGGCTTTATTTTTA;SOR=3.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=27668868;WS=27668850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	27671899	rs7779990	T	C	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=26;PP=1508;SC=AGTTCTAACATGTGAAATTCA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=60;TCR=26;TR=86;WE=27671907;WS=27671889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	27689338	.	AT	A	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.861;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
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chr7	27807441	rs7807729	G	A	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=5;PP=296;SC=TATAAAGAATGTGAAAATTGC;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=27807449;WS=27807431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	27807589	rs7790914	T	C	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	27807650	rs7808062	G	A	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=15;PP=675;SC=CCTTGATTGTGTCCTAGATTT;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=38;WE=27807658;WS=27807640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	27868483	.	TA	T	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.808;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr7	27885969	rs74847888	CGT	C	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=5;PP=741;SC=TATATATACACGTATACGTGT;SOR=2.066;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=27885978;WS=27885959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	27886171	rs6462054	A	G	7504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=135;NR=123;PP=2965;SC=CATTTTCTGTAGGTATATAAC;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=260;TCF=136;TCR=124;TR=258;WE=27886179;WS=27886161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr7	28319234	rs177484	A	C	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=2.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=1.519;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,102:0.32:318
chr7	28449965	rs12538330	T	C	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=1.057;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,98:0.41:238
chr7	28450381	.	T	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.96;ReadPosRankSum=-0.641;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr7	28534501	rs3216916	C	CT	1856.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.34;ReadPosRankSum=-1.975;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,89:0.93:96
chr7	28673541	rs41305	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=229;ReadPosRankSum=0.321;SC=AATCACTGTTGTCTGTAGCCA;SOR=1.362;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=14;WE=28673549;WS=28673531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr7	28676906	rs41309	A	T	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=539;ReadPosRankSum=-0.120;SC=TTTCTATTCAATCATTCATTT;SOR=0.487;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=36;WE=28676914;WS=28676896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,40:0.69:58
chr7	28857606	rs12531253	G	A	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=29;PP=1786;SC=GAGTTTGCCAGTTTTGTTGTT;SOR=1.565;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=70;TCR=29;TR=98;WE=28857614;WS=28857596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr7	28858456	rs10951205	A	G	3907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr7	28996220	rs1006521	G	A	6238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr7	28996944	rs740250	T	C	3058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	28997497	rs67010340	GC	G	8621.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=111;PP=2951;SC=TGGGGGCTCGGCCAGCGAGCT;SOR=1.018;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=13;TCR=113;TR=124;WE=28997505;WS=28997487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr7	28997596	rs5883174	G	GC	1940.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=32;PP=1487;SC=CACGGGCTCGGCAGCGGCGGG;SOR=2.437;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=33;WE=28997604;WS=28997586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	29070209	rs7313	G	A	7493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=25.84;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr7	29103867	rs644763	T	C	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.674;NF=36;NR=54;PP=1024;ReadPosRankSum=0.042;SC=GAAGGGGCATTGGAAAGACAT;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=53;TCR=79;TR=90;WE=29103875;WS=29103857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,99:0.70:142
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chr7	29544298	.	C	CT	511.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.796;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,42:0.51:83
chr7	29544468	rs73684725	A	G	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=55;PP=1382;ReadPosRankSum=-2.254;SC=ATGCCATCTGACATCCTAACA;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=71;TCR=88;TR=99;WE=29544476;WS=29544458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,111:0.63:175
chr7	29546763	rs11388362	A	AT	947.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.584;QD=11.42;ReadPosRankSum=0.810;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,64:0.77:83
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chr7	29605975	rs2302618	C	G	13567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=290;NR=218;PP=2965;SC=CTGGCAGCTCCGGCCCCTGGT;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=510;TCF=290;TCR=220;TR=508;WE=29605983;WS=29605965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,527:1.00:527
chr7	29688702	rs66956566	A	G	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=3;PP=453;SC=TTAGCTGTATAGTTTTGCATG;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=29688710;WS=29688692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	29688768	rs73090343	T	C	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=1.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	29688773	rs73687726	T	C	3475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.91;SOR=1.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	29688827	rs1641209	T	C	3612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=72;NR=50;PP=1945;SC=ACTCAGGCCATAGGCAGGTAT;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=72;TCR=51;TR=122;WE=29688835;WS=29688817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr7	29688860	rs17150665	T	G	3774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=70;NR=54;PP=1988;SC=CAAAAGAAGTTAAGACGAGGC;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=70;TCR=54;TR=124;WE=29688868;WS=29688850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr7	29689018	rs1641210	T	C	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.83;QD=25.04;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	29689158	rs17136535	C	T	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	29689176	rs111649163	C	T	3798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.17;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	29689180	rs76480599	A	G	3749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.60;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr7	29689338	rs17150667	G	T	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=36;PP=1098;SC=ACTGGGCTGGGCTGCGCCGGA;SOR=1.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=68;WE=29689346;WS=29689328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	29720392	rs113821008	TACA	T	833.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=10.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQRankSum=0.260;QD=16.35;ReadPosRankSum=-1.260;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr7	29720404	rs850108	A	G	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.95;QD=35.93;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	29720482	rs70980562	A	AG	261.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.27;QD=32.72;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	29771546	rs112712037	CT	C	1312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,107:0.67:159
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chr7	29923970	rs174965	A	T	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.080;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.730;NF=38;NR=63;PP=1531;ReadPosRankSum=-0.146;SC=CAAGATGCGCAGGAGCCTCCC;SOR=0.426;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=278;TCF=107;TCR=171;TR=101;WE=29923978;WS=29923960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,63:0.34:185
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chr7	30085766	rs10951259	T	G	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=305;ReadPosRankSum=-1.587;SC=GTTGGGTGGGTTGGAGGCTAC;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=15;WE=30085774;WS=30085761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr7	30100667	rs143386179	CT	C	462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.131;NF=0;NR=17;PP=531;ReadPosRankSum=0.431;SC=TGTCACTGTTCTTTTAAGAGA;SOR=1.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=17;WE=30100675;WS=30100657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
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chr7	30113862	rs149548208	T	TTG,TTGTGTGTG	1932.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.808;NF=1,1;NR=50,50;PP=1291,1403;ReadPosRankSum=0.799;SC=AGAAACAAAGTTGTGTGTGTG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=84;TCF=2;TCR=82;TR=51,51;WE=30113871;WS=30113852;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.25,0.66:73
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chr7	30157472	rs147327175	C	CAGATT	304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=314;ReadPosRankSum=-0.788;SC=ATATTAGAAACAGAAGTATAA;SOR=0.425;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=7;WE=30157480;WS=30157462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
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chr7	30177095	rs6954451	G	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=2;PP=291;SC=AGGCCACCCAGATTTTAAATA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=30177103;WS=30177085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	30177278	rs6954379	C	T	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=1.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,74:0.37:199
chr7	30329598	rs151056013	CTATT	C	5716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=69;PP=2974;SC=AACTTTTAAACTATTTATTAT;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=1;TCR=77;TR=70;WE=30329609;WS=30329588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	30485703	rs55996014	G	GC	908.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=42.303;HP=9;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=1877;ReadPosRankSum=-1.575;SC=AGCAAGGCCCGCCCCCCACAC;SOR=2.022;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=32;WE=30485718;WS=30485693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,46:0.40:114
chr7	30485710	rs6958571	A	C	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=40.586;HP=7;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=1867;ReadPosRankSum=-0.179;SC=CCCGCCCCCCACACACACAGC;SOR=1.992;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=118;TCF=69;TCR=49;TR=48;WE=30485718;WS=30485693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,49:0.41:120
chr7	30485741	rs2907749	A	G	2124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.006;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=40;PP=1258;ReadPosRankSum=-3.254;SC=ACATACATCCATCCCCTTCTA;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=98;TCR=76;TR=91;WE=30485749;WS=30485731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,107:0.55:193
chr7	30490760	rs2075822	A	G	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=379;ReadPosRankSum=-0.666;SC=CTGGTCCATGATGCCATTCCC;SOR=0.741;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=22;WE=30490768;WS=30490750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr7	30491311	rs2075821	C	T	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.379;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,96:0.33:289
chr7	30492237	rs2075820	C	T	2334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=60;PP=1660;ReadPosRankSum=0.753;SC=AACACCTCCTCGGGGTCCCGC;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=353;TCF=182;TCR=171;TR=125;WE=30492245;WS=30492227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,129:0.34:378
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chr7	30496309	rs5743337	G	GC	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=1.161;SC=TCCACACAATGCCATGCCCGT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=4;WE=30496317;WS=30496299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
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chr7	30673512	.	T	TA	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=4.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=1.593;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
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chr7	30739691	rs107540	A	G	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=18;PP=514;SC=CCTGCTGCCCAGCACGGTGGT;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=30739699;WS=30739681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	30791848	rs4723010	G	A	3246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.99;ReadPosRankSum=-0.224;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,147:0.72:203
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chr7	30795436	rs4720015	T	G	3178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=66;PP=2027;SC=GGGGTCTGCTTCATTGTGGCT;SOR=1.568;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=103;WE=30795444;WS=30795426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr7	30805809	.	T	TCA	1107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.508;NF=25;NR=8;PP=974;ReadPosRankSum=1.270;SC=GGATATGATTTCTCACACACA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=33;WE=30805819;WS=30805799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,50:0.85:59
chr7	30805811	rs2013200	T	A	2751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=14;PP=1733;SC=ATATGATTTCTCACACACACA;SOR=2.368;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=84;TCF=62;TCR=22;TR=73;WE=30805819;WS=30805799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	30805913	rs3901848	G	A	11806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.07;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr7	30805920	rs73085896	G	C	2445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=1.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.363;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,144:0.36:405
chr7	30817998	rs11762566	G	A	6145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=1.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.39;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,293:0.69:427
chr7	30825229	rs2269921	C	G	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=225;SC=TTCATGATAACGCACTGGCTG;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=30825237;WS=30825219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	30831082	rs12701034	C	T	14918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.02;QD=31.81;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,469:1.00:469
chr7	30831082	.	CGGACAG	TGGACAA,TGGACAG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=60.02;NF=63,212;NR=65,231;PP=1480,2962;QD=11.9802177724;SC=AGCACAGACACGGACAGGATG;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=443;TCF=212;TCR=231;TR=128,443;WE=30831096;WS=30831072;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.29:443
chr7	30831088	rs35897481	G	A	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.537;QD=4.86;ReadPosRankSum=1.608;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:324,138:0.30:462
chr7	30876432	rs10258097	A	G	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=60;PP=1790;SC=GAATGGATATAGATGGCGTGA;SOR=1.546;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=94;WE=30876440;WS=30876422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr7	30898697	rs17159526	G	C	2937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=79;ReadPosRankSum=0.040;SC=TCAGGTTGTTGCAATGTCCCA;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCF=286;TR=164;WE=30898705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:412,173:0.30:585
chr7	30911984	rs3801323	G	T	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=671;ReadPosRankSum=1.776;SC=GAGAGGGAGAGGTCCTCCTCC;SOR=0.616;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=50;TCR=85;TR=54;WE=30911992;WS=30911974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,54:0.39:139
chr7	30912007	rs3801324	C	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=534;ReadPosRankSum=1.780;SC=CCTCTTGCCCCAGAAAAAGAC;SOR=0.631;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=23;TCR=62;TR=34;WE=30912015;WS=30911997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,33:0.38:86
chr7	30915262	rs10215354	CA	TG	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=537;ReadPosRankSum=-0.791;SC=AGCATTACAACATGTGCCAGG;SOR=0.417;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=21;WE=30915271;WS=30915252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr7	30922467	rs10252929	G	C	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=4.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.508;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,81:0.39:207
chr7	30922478	rs10252754	C	G	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=1.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=1.245;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,95:0.36:262
chr7	31121501	rs2302475	T	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=0.540;SC=CAGGTGACTTTTTTTCTCTGA;SOR=0.446;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=7;WE=31121509;WS=31121491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr7	31125082	rs11410563	A	AG	3305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=42;PP=1960;SC=CAGACCCATTAGGCTCTGCCG;SOR=1.029;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=47;WE=31125090;WS=31125072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	31125133	rs3214344	AT	A	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.873;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=262;ReadPosRankSum=-1.053;SC=CAGGACGCACATTACCTGCCT;SOR=0.214;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=28;WE=31125141;WS=31125123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr7	31127158	rs76824070	C	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.676;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=161;ReadPosRankSum=-0.377;SC=TGTCGGGCACCCAGCTAGGCA;SOR=1.532;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=11;WE=31127166;WS=31127148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr7	31127398	rs55856551	A	G	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=420;ReadPosRankSum=-0.589;SC=GAGTCCCCACACAACCTGACT;SOR=0.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=57;TCR=62;TR=41;WE=31127406;WS=31127388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,47:0.32:148
chr7	31132235	rs112436908	CT	C	510.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,67:0.30:226
chr7	31146260	.	C	T	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=52;PP=1106;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CTCCCAAATCCGCATGTCTGG;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=97;TCR=141;TR=87;WE=31146268;WS=31146250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,92:0.35:262
chr7	31592733	rs7811042	C	A	3773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=75;PP=2220;SC=AGCGCGTGGGCTCCGCTGGAT;SOR=1.211;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=53;TCR=75;TR=128;WE=31592741;WS=31592723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr7	31594166	rs2286710	C	T	8295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=153;NR=141;PP=2965;SC=GTGTGCCTTACATGTTTCTCT;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=295;TCF=153;TCR=142;TR=294;WE=31594174;WS=31594156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr7	31594258	rs12155214	G	T	4620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=95;PP=2965;SC=TTAATTGTACGTGAAGTATTA;SOR=1.213;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=62;TCR=95;TR=157;WE=31594266;WS=31594248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr7	31611758	rs67930674	G	T	9774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=174;PP=2965;SC=TATCCAGAGGGACCAGTTTCA;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=341;TCF=167;TCR=174;TR=340;WE=31611766;WS=31611748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr7	31617733	rs6945679	T	C	11172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr7	31618008	rs10252720	A	G	3547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=68;PP=2120;SC=AGCTTGTCTCATCTTGCAGGC;SOR=1.055;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=56;TCR=69;TR=124;WE=31618016;WS=31617998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr7	31681765	rs10239388	C	T	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	31682453	rs4141001	C	T	4764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=68;PP=2797;SC=AGCCAAGAAGCGAATGCCTTG;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=88;TCR=68;TR=156;WE=31682461;WS=31682443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr7	31683410	rs10247620	G	A	27169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1033;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=497;NR=490;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.161;SC=TGCATCTGCTGTCATCACCAC;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=992;TCF=498;TCR=494;TR=987;WE=31683418;WS=31683400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1029:1.00:1031
chr7	31683610	rs38398	G	A	7740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=176;PP=2965;SC=AGATGCACCCGTGATAAACAC;SOR=1.618;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=269;TCF=91;TCR=178;TR=267;WE=31683618;WS=31683600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr7	31691697	rs3735424	T	C	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	31697913	rs35589779	C	CT	996.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=5.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.65;ReadPosRankSum=-0.384;SOR=1.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,58:0.85:68
chr7	31735263	rs34173	G	C	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=1073;ReadPosRankSum=0.283;SC=CTGCACAGCTGTAAAGGAGAG;SOR=0.676;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=179;TCF=83;TCR=96;TR=75;WE=31735271;WS=31735253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,80:0.41:193
chr7	31830095	rs982857	A	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=265;ReadPosRankSum=-1.300;SC=TACATTTGAAATCTTAATAGT;SOR=3.334;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=13;WE=31830103;WS=31830085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr7	31855420	rs1860789	A	G	3688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=37;PP=2475;ReadPosRankSum=-0.865;SC=AAGGAACTGGATGAGCAGGGA;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=87;TCR=38;TR=123;WE=31855428;WS=31855410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,130:0.98:132
chr7	31855578	rs1860790	G	A	15841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=304;NR=277;PP=2965;SC=CGGCTTTGGAGTTTTTCCCAC;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=582;TCF=304;TCR=278;TR=581;WE=31855586;WS=31855568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,612:1.00:612
chr7	31876766	rs2270218	T	C	4761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=64;PP=2911;ReadPosRankSum=-0.883;SC=ATGATGACAGTCCTGATGGAG;SOR=0.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=96;TCR=65;TR=158;WE=31876774;WS=31876756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,180:0.99:182
chr7	31890104	rs2072430	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.464;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr7	31890104	.	GAT	AAC	100	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=7;NR=1;PP=100;QD=19.1834843578;SC=GATTGAAGCTGATCAGACTGA;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=8;WE=31890114;WS=31890094;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,8:0.35:23
chr7	31890106	rs917756	T	C	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=5;PP=287;SC=TTGAAGCTGATCAGACTGATC;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=31890114;WS=31890094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	31920395	rs61729940	G	A	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=839;ReadPosRankSum=0.810;SC=CAAGCACTGTGGCTGCATATT;SOR=0.771;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=107;TCF=62;TCR=45;TR=64;WE=31920403;WS=31920385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,74:0.59:125
chr7	32091874	rs118158235	C	T	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=1.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.544;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,98:0.65:151
chr7	32092037	rs2190128	G	C	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=934;ReadPosRankSum=0.004;SC=ATATCCCAAAGTTCTTCATAT;SOR=1.003;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=50;WE=32092045;WS=32092027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,56:0.59:95
chr7	32110115	rs30598	C	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=-1.384;SC=CGCGTTTGCCCGGCACTTTCT;SOR=0.760;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=8;WE=32110123;WS=32110105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr7	32209227	rs977623	A	C	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=0;PP=654;ReadPosRankSum=-0.481;SC=TTCAGGAAATACAGCCAGAAG;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=37;TCR=0;TR=29;WE=32209235;WS=32209223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
chr7	32209283	rs977624	T	C	2229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=30;PP=1570;ReadPosRankSum=0.497;SC=TTTTAATTTATTCAGTGCAAA;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=130;TCF=88;TCR=42;TR=97;WE=32209291;WS=32209273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,97:0.75:129
chr7	32209376	rs2072312	T	C	5964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=5.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.03;ReadPosRankSum=2.045;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,267:0.72:372
chr7	32209425	rs977625	A	G	9250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=163;NR=166;PP=2965;SC=AAGACTTCTGAGCTATCCAGC;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=330;TCF=164;TCR=166;TR=329;WE=32209433;WS=32209415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr7	32209459	rs977626	C	T	4203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=95;PP=2622;ReadPosRankSum=0.978;SC=CAGCTAGGATCTCCTCTGGGG;SOR=0.666;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=262;TCF=117;TCR=145;TR=175;WE=32209467;WS=32209449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,185:0.67:278
chr7	32248984	rs10951324	G	A	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.72;ReadPosRankSum=-2.575;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,51:0.80:64
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chr7	32591158	rs3213973	G	A	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.39;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	32593234	rs10717407	CT	C	1582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.387;QD=14.26;ReadPosRankSum=-1.184;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,101:0.91:111
chr7	32593271	rs6961786	G	A	5756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=132;NR=83;PP=2965;SC=TGTTAAGGGGGAAATAACCTT;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=132;TCR=83;TR=215;WE=32593279;WS=32593261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr7	32594278	rs2290210	A	G	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=17;PP=436;SC=ACATTATTTCATAAAATTGAA;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=32594286;WS=32594268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	32598087	rs12673921	G	A	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=33;PP=1805;SC=TCTTATATAAGGAATTTTTCC;SOR=1.232;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=67;TCR=34;TR=100;WE=32598095;WS=32598077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	32598138	rs12673881	C	T	3474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	32598359	rs1562828	G	A	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=18;PP=597;SC=TTAATATGACGTCTTCCTTTT;SOR=1.071;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=32598367;WS=32598349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	32598524	rs1466144	G	A	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.771;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=16;PP=1054;ReadPosRankSum=-0.469;SC=GCTGTTCTTTGATATTGCATA;SOR=1.496;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=53;WE=32598532;WS=32598514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr7	32599204	rs34973430	A	AT	242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=200;SC=TGTAAAGTACAACCAAATACA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=32599212;WS=32599194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	32609565	rs2305320	A	G	2259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=15;PP=1554;ReadPosRankSum=-0.692;SC=CTGTTAGCTCACTAAGTTTAA;SOR=1.480;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=68;TCR=15;TR=82;WE=32609573;WS=32609555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr7	32613020	rs1993050	A	G	3075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=61;PP=1784;SC=TGGCTGCCACACTGCAATTAG;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=96;WE=32613028;WS=32613010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr7	32615553	rs6462381	C	T	5426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=134;NR=59;PP=2965;SC=TTCTTTCAAACATTTACTTGA;SOR=1.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=134;TCR=60;TR=193;WE=32615561;WS=32615543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr7	32619653	rs6462383	T	A	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=4;PP=282;SC=TAATCTTTTCTGGATGTCGTC;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=32619661;WS=32619643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	32620325	rs35499747	T	TTG	2624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=14;PP=1913;SC=AGAGTGACTATTGTGTGTGTG;SOR=2.015;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=41;WE=32620333;WS=32620315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	32623250	rs1817046	C	T	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=5;PP=449;SC=GTGACCACTGCACTGCACTCC;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=32623258;WS=32623245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	32660758	rs2302066	C	A	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=30;PP=809;SC=AAAAATTCTTCTAAATGATAA;SOR=1.140;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=51;WE=32660766;WS=32660748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	32772477	rs2923266	C	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-7.794;NF=15;NR=4;PP=169;ReadPosRankSum=1.042;SC=GTGTCATGGACGTTTCTGCTT;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=19;WE=32772485;WS=32772467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,21:0.29:73
chr7	32854758	rs2305336	A	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=91;ReadPosRankSum=0.612;SC=GTAACATATTATATGTTTTCT;SOR=0.223;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=10;WE=32854766;WS=32854748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr7	32909182	rs752730	G	A	3914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=73;PP=2293;ReadPosRankSum=-0.569;SC=GGTAGGTGACGTATTTAGCTC;SOR=0.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=279;TCF=152;TCR=127;TR=163;WE=32909190;WS=32909172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,181:0.58:311
chr7	33003171	rs3110942	G	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.143;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-9.838;NF=24;NR=18;PP=493;ReadPosRankSum=-0.763;SC=GGGATACAGCGGAGGATAAAG;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=82;TCR=59;TR=42;WE=33003179;WS=33003161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,48:0.29:163
chr7	33014404	rs62467431	G	A	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.275;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-9.476;NF=18;NR=50;PP=1110;ReadPosRankSum=-0.354;SC=TTATAAACACGTCAGCAGAAA;SOR=1.230;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=110;TCF=33;TCR=77;TR=68;WE=33014412;WS=33014394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,72:0.61:118
chr7	33016120	rs3750116	G	T	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=57;PP=1993;SC=TGGTAAGTCCGTCTCCTTCTT;SOR=1.153;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=39;TCR=57;TR=96;WE=33016128;WS=33016110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	33028487	rs35727868	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.87;ReadPosRankSum=1.291;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr7	33059407	rs2392209	A	G	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=279;ReadPosRankSum=1.662;SC=TTATTACAAAACATTCTTCCA;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=23;WE=33059415;WS=33059397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr7	33060946	rs3750117	A	G	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=37;PP=917;ReadPosRankSum=1.038;SC=CAATAGCGTAATATTTTTCCT;SOR=0.861;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=61;WE=33060954;WS=33060936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,78:0.67:116
chr7	33063492	rs6955792	A	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=1.510;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
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chr7	33102514	rs13228827	G	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=237;ReadPosRankSum=1.276;SC=GCCAGGACGCGGCGGGAGGGG;SOR=3.767;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=13;WE=33102522;WS=33102504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr7	33136983	rs6462460	G	A	4504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=78;PP=2533;SC=ACCTAAAAACGAAAAGAGAAA;SOR=0.957;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=68;TCR=79;TR=146;WE=33136991;WS=33136973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr7	33139147	rs17472556	G	A	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.16;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,77:0.71:108
chr7	33186082	rs1969575	C	G	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=46;PP=1476;SC=GGGAGGCCGACGTGGGCAGAT;SOR=2.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=64;WE=33186090;WS=33186072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	33282577	rs7793096	G	A	5059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.557;SC=TAAATCATTTGAACTTTCTTG;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=344;TCF=173;TCR=171;TR=224;WE=33282585;WS=33282567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,234:0.66:357
chr7	33297108	rs142354634	TCA	T	845.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=691;ReadPosRankSum=0.503;SC=AGCTTCAATATCACAAATGAA;SOR=0.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=17;WE=33297117;WS=33297098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr7	33380598	rs11981364	G	T	5385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=99;PP=2965;SC=AGGTGTACTTGCAGATTTTAA;SOR=0.946;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=88;TCR=99;TR=186;WE=33380606;WS=33380588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr7	33380673	rs10486527	T	C	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=50;PP=1576;SC=TAAAGTTTGGTCCTCCAAGTA;SOR=2.439;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=67;WE=33380681;WS=33380663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	33385852	rs6974593	C	T	6762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=151;NR=94;PP=2965;SC=CCAAGATATACAACCATGCAA;SOR=1.152;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=152;TCR=94;TR=245;WE=33385860;WS=33385842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr7	33388618	rs9785054	C	T	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=8;PP=387;SC=TAAGTAGTTACGATAGTCTAT;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=33388626;WS=33388608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	33388829	rs73101660	T	A	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.718;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=814;ReadPosRankSum=-2.108;SC=GTGAATTTTTTAAAAATACTA;SOR=0.613;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=51;WE=33388837;WS=33388819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,55:0.52:106
chr7	33644941	rs1050719	T	C	3881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.19;SOR=1.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr7	33644948	rs1050721	C	T	3715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.45;SOR=1.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	33946636	rs186857155	C	G	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.774;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=31;PP=598;ReadPosRankSum=-1.529;SC=TTGCACATAACTGTACATAGT;SOR=1.733;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=90;TCF=21;TCR=69;TR=36;WE=33946644;WS=33946626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,36:0.39:93
chr7	33977125	rs371111772	GGT	G	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=139;ReadPosRankSum=1.076;SC=GGAGAAGTAGGGTGTGTGTGT;SOR=0.655;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=4;WE=33977134;WS=33977115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr7	34009946	rs10265207	C	T	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.01;ReadPosRankSum=1.317;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,92:0.66:139
chr7	34125420	rs77064045	G	T	2093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.848;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=47;PP=1243;ReadPosRankSum=2.167;SC=TGGCTGCGCCGCATCTCAAGG;SOR=0.576;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=337;TCF=196;TCR=141;TR=108;WE=34125428;WS=34125410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,119:0.32:367
chr7	34192762	rs6968741	G	C	7516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=121;PP=2965;SC=GTATCAAGACGTGTGACAACT;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=124;TCR=121;TR=245;WE=34192770;WS=34192752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr7	34685591	.	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.262;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr7	34685772	rs1582277	A	G	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.47;ReadPosRankSum=-0.368;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,47:0.73:64
chr7	34697982	rs887020	A	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=101;ReadPosRankSum=-2.956;SC=TCCCTCACTCAGCTGCAGGAG;SOR=0.551;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=12;WE=34697990;WS=34697972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr7	34698321	rs2530551	A	G	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=455;ReadPosRankSum=-1.387;SC=AAGTGCTAAAACAACAAGCTG;SOR=0.516;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=25;WE=34698329;WS=34698311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr7	34699826	rs35018938	AG	A	8331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.12;MQRankSum=2.156;NF=21;NR=202;PP=2948;ReadPosRankSum=0.991;SC=CCACTGGACAAGGAGAAAAGC;SOR=0.736;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=363;TCF=33;TCR=330;TR=223;WE=34699834;WS=34699816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,385:0.60:640
chr7	34699973	rs2530553	T	C	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.420;NF=3;NR=25;PP=617;ReadPosRankSum=-0.773;SC=ACTTAGCTTATATTTCTTAGT;SOR=1.769;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=28;WE=34699981;WS=34699963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr7	34724373	rs11290993	CA	C	472.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.425;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
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chr7	34725539	rs1419837	C	T	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=347;ReadPosRankSum=0.285;SC=ACTCCTATAACCGTAGAAGTA;SOR=0.486;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=22;WE=34725547;WS=34725529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
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chr7	34889222	rs10275028	T	C	3591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=58;PP=1722;SC=GGGAGAGAACTGAGAGGCATG;SOR=0.914;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=118;WE=34889230;WS=34889212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	34917740	rs7809642	C	T	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-1.487;QD=4.75;ReadPosRankSum=0.193;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,38:0.31:124
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chr7	35050217	rs7782779	A	G	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=0.541;QD=7.04;ReadPosRankSum=1.647;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,49:0.37:131
chr7	35288458	rs147314121	CAG	C	439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,41:0.15:273
chr7	35289889	rs5883498	C	CA	1648.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=25;PP=1125;SC=ACAGCATAACCAAATGGTCAC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=28;WE=35289897;WS=35289879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	35289941	rs5883499	C	CA	741.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=13;PP=583;SC=AAACTCCAGGCAGGCTGTAGG;SOR=2.200;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=35289949;WS=35289931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	35293193	rs336283	A	G	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=30;PP=1066;SC=CGTTGGCCCGAGAGGAGAGTT;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=66;WE=35293201;WS=35293183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	35414453	rs17608167	T	C	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=11;PP=617;ReadPosRankSum=-1.200;SC=TCCTCTTCAATCCCAGTCTTC;SOR=0.620;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=97;TCR=31;TR=46;WE=35414461;WS=35414443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,50:0.35:144
chr7	35414769	rs2553113	C	T	12900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.73;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr7	35414772	rs2553114	C	T	12688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.52;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr7	35840898	rs59008252	G	GC	2655.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=19;PP=998;SC=TCAGCTTCGGGTGCCGCGACT;SOR=0.957;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=35840906;WS=35840888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	35851753	.	C	CA	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.623;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr7	35854718	rs76311028	C	G	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=36;PP=1240;ReadPosRankSum=0.997;SC=TCAGGTGGCTCTTGTTCATCC;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=84;TCR=56;TR=91;WE=35854726;WS=35854708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,101:0.67:151
chr7	35928678	rs58918750	T	A	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=32;PP=835;SC=AGATATGATGTCACCTGTGAC;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=35928686;WS=35928668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	36124292	rs1986593	G	A	2333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.268;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=50;PP=1278;ReadPosRankSum=1.062;SC=CGGAGTTCACGTGGAGGACGC;SOR=1.222;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=134;TCF=66;TCR=68;TR=90;WE=36124300;WS=36124282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,105:0.66:159
chr7	36320821	rs196586	G	A	6313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr7	36324435	rs196589	C	T	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.89;ReadPosRankSum=0.133;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,61:0.72:85
chr7	36327317	rs196594	C	T	6034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.006;SC=GAGCGAGAATCCCAGCAAGAA;SOR=0.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=367;TCF=194;TCR=173;TR=251;WE=36327325;WS=36327307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,271:0.68:398
chr7	36327410	rs196595	A	G	6608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=109;NR=124;PP=2965;SC=TTTTGCTGTGACTCGGCCACT;SOR=0.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=233;TCF=109;TCR=124;TR=233;WE=36327418;WS=36327400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr7	36338749	rs196613	T	C	10626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=193;NR=182;PP=2965;SC=GCAAGAAGGATGCCCCTCGGA;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=376;TCF=194;TCR=182;TR=375;WE=36338757;WS=36338739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr7	36338841	rs196614	T	C	2941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.283;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=75;PP=1426;ReadPosRankSum=0.281;SC=GTGTCCACCCTGGGACCCAGG;SOR=0.875;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=219;TCF=96;TCR=123;TR=131;WE=36338849;WS=36338831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,143:0.60:237
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chr7	36370555	rs196660	G	T	2990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=41;PP=1497;SC=GCTGATCTGGGGTGTTCGGGG;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=55;TCR=41;TR=96;WE=36370563;WS=36370545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr7	36465606	rs375398580	CT	C	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.610;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
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chr7	36552790	rs57543920	G	GT	9082.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=89;PP=2936;SC=CCCCCATAGGGTTGTGGAATG;SOR=0.736;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=138;TCF=42;TCR=96;TR=129;WE=36552799;WS=36552780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
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chr7	36588405	rs5883561	A	AC	482.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.171;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.185;NF=0;NR=15;PP=491;ReadPosRankSum=0.838;SC=CCTCTTGGCAACTTTTTGCTA;SOR=1.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=15;WE=36588413;WS=36588395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr7	36589186	rs56036432	C	G	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.747;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=324;ReadPosRankSum=-0.093;SC=CATTACTGTTCGGGCAAAGGT;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=32;WE=36589194;WS=36589176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,36:0.31:118
chr7	36656147	rs2727818	A	T	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=42;PP=1058;ReadPosRankSum=0.879;SC=GACTGGGTAGATATAAGAGCG;SOR=0.730;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=96;TCF=29;TCR=67;TR=61;WE=36656155;WS=36656137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,67:0.66:102
chr7	36661423	rs2727822	T	C	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=2.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.56;ReadPosRankSum=-1.590;SOR=0.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,138:0.70:197
chr7	36698684	rs6959295	C	T	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=25;PP=1008;ReadPosRankSum=-0.683;SC=AAACACTGAGCGAGTAAAAGC;SOR=0.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=67;TCR=37;TR=71;WE=36698692;WS=36698674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,75:0.69:109
chr7	36726476	rs58947801	CGTGT	C	942.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.474;QD=34.92;ReadPosRankSum=-0.756;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,25:0.93:27
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chr7	36729822	rs11427708	C	CA	4481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.336;HP=8;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.239;NF=15;NR=67;PP=1505;ReadPosRankSum=0.734;SC=TAAAAAGAAGCAAAAAAAATT;SOR=0.746;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=17;TCR=78;TR=82;WE=36729830;WS=36729812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,199:0.96:208
chr7	36729951	rs6462691	C	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.272;NF=2;NR=16;PP=310;ReadPosRankSum=-1.685;SC=TCATGAACACCCAGGTTGGGC;SOR=1.056;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=18;WE=36729959;WS=36729941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr7	36763672	rs2228410	C	T	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=2.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.580;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,82:0.36:225
chr7	36895342	rs13246439	C	T	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.396;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,37:0.39:95
chr7	36934448	rs6462722	A	G	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	37298800	rs2717968	C	T	2973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.436;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=40;PP=1615;ReadPosRankSum=0.216;SC=TGCCGCTCTCCACCATCTGCG;SOR=0.976;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=182;TCF=115;TCR=67;TR=116;WE=37298808;WS=37298790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,133:0.65:204
chr7	37299056	rs2717969	C	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=344;ReadPosRankSum=0.133;SC=AAGCCAAAAGCGCAAGACTAT;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=21;WE=37299064;WS=37299046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr7	37355590	rs11383031	C	CT	3352.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=43;PP=2088;SC=AAAGGAAATACTTGTTAGTTT;SOR=0.981;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=6;TCR=48;TR=49;WE=37355598;WS=37355580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	37780626	rs61729277	C	T	8697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=173;PP=2962;ReadPosRankSum=1.412;SC=GGTGCAGAAGCTACGCCACTC;SOR=0.619;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=517;TCF=273;TCR=244;TR=361;WE=37780634;WS=37780616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,390:0.70:555
chr7	37889786	rs10271309	A	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.611;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=150;ReadPosRankSum=-0.128;SC=GTTTTAAAAGATGTTATTTGC;SOR=1.179;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=11;WE=37889794;WS=37889776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr7	37901581	rs2249451	G	A	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.073;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=33;PP=820;ReadPosRankSum=0.409;SC=TTAGTTCTTGGTGTGTTCTCC;SOR=0.594;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=218;TCF=124;TCR=94;TR=71;WE=37901589;WS=37901571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,75:0.31:242
chr7	37903853	rs3816419	A	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=2.300;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr7	37903904	rs3816418	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=166;ReadPosRankSum=0.740;SC=ATCCAGACTTCGTGCCAAGAA;SOR=0.747;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=17;WE=37903912;WS=37903894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,18:0.26:70
chr7	37904065	rs3841582	TAAC	T	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
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chr7	37923849	rs1993052	G	A	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=185;SC=TATGTATTGTGTACATAACCA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=37923857;WS=37923839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr7	37934234	rs10261071	G	A	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=9;PP=233;SC=ATACATAATTGTTTGCATTAT;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=13;WE=37934242;WS=37934224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	37947164	rs1802073	G	T	2357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.92;ReadPosRankSum=1.119;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,109:0.69:158
chr7	37951726	rs1132553	G	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=375;ReadPosRankSum=-0.266;SC=CCTACCTTGAGCGCCACTCGT;SOR=0.980;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=27;WE=37951734;WS=37951716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr7	37953720	rs2248554	C	A	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=6;PP=605;ReadPosRankSum=-0.185;SC=GTTTTCTTTACTTTGTGACTA;SOR=0.631;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=36;WE=37953728;WS=37953710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,39:0.61:64
chr7	37953840	rs1132552	C	T	4295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=80;PP=2632;ReadPosRankSum=1.190;SC=TGCTGAGATACGTTGCCAAAG;SOR=0.776;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=312;TCF=170;TCR=142;TR=183;WE=37953848;WS=37953830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,198:0.60:328
chr7	37960262	rs201513905	AAGGCAGTGGCAGC	A	1826.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FS=0.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=4.744;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.929;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:289,118:0.29:407
chr7	37960955	rs4723716	T	G	2645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	37961001	rs10248138	C	A	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.011;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=41;PP=1141;ReadPosRankSum=0.670;SC=CTGCGCCCACCGAGGGCGGCC;SOR=0.742;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=131;TCF=69;TCR=62;TR=82;WE=37961009;WS=37960991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,85:0.59:144
chr7	37966201	rs12666164	T	C	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.429;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.719;NF=25;NR=10;PP=507;ReadPosRankSum=-0.782;SC=CTTTTAAAGATTGCAGGCCAG;SOR=0.340;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=94;TCF=73;TCR=21;TR=35;WE=37966209;WS=37966191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,34:0.35:96
chr7	38253923	rs3778894	C	A	4639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.92;ReadPosRankSum=2.267;SOR=0.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,178:0.99:179
chr7	38259354	rs2392540	T	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=7.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=0.339;SOR=0.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr7	38279663	rs145153957	T	C	77.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=25.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	38282130	rs35917252	G	GGT	3700.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.808;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=61;PP=2371;ReadPosRankSum=2.090;SC=TATTTGTCAAGGTGTGTGTGT;SOR=0.475;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=186;TCF=14;TCR=172;TR=69;WE=38282141;WS=38282120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,130:0.53:247
chr7	38284649	rs112543808	A	T	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.954;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.298;NF=41;NR=21;PP=705;ReadPosRankSum=0.354;SC=TCCTAGAAAAAGAGGGACTAA;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=170;TCF=115;TCR=55;TR=62;WE=38284657;WS=38284639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,70:0.36:194
chr7	38284794	rs2008893	C	T	6716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FS=0.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-3.930;QD=11.72;ReadPosRankSum=1.458;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:376,197:0.34:573
chr7	38284804	rs4629747	T	C	6517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-4.515;QD=12.05;ReadPosRankSum=2.363;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:361,180:0.33:541
chr7	38284808	rs4434531	A	C	6241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FS=1.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-4.669;QD=11.54;ReadPosRankSum=3.388;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:369,172:0.32:541
chr7	38284834	rs67534383	A	G	4384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.339;NF=101;NR=113;PP=2861;ReadPosRankSum=1.216;SC=GGTGACATCTAGAAGAATGAG;SOR=0.571;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=544;TCF=254;TCR=290;TR=214;WE=38284842;WS=38284824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:332,143:0.30:475
chr7	38284854	rs73360756	C	T	3756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=1.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-5.730;QD=9.32;ReadPosRankSum=-3.007;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,110:0.27:403
chr7	38284885	rs377514954	GGT	G	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-2.744;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,25:0.15:168
chr7	38288831	rs58176718	T	C	2319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.154;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-9.956;NF=80;NR=28;PP=1576;ReadPosRankSum=-3.429;SC=AGATGATATGTGTAAACACAT;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=170;TCF=125;TCR=45;TR=108;WE=38288839;WS=38288821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,100:0.59:169
chr7	38292849	.	C	G	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.554;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=1.105;QD=13.28;ReadPosRankSum=0.291;SOR=0.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr7	38292857	rs12701617	G	A	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.522;NF=45;NR=8;PP=2962;ReadPosRankSum=0.137;SC=GTCTCTCCTAGGATTTCTACA;SOR=1.306;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=87;TCF=72;TCR=15;TR=53;WE=38292867;WS=38292839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,55:0.63:87
chr7	38292859	.	A	G	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.391;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=4.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.496;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.310;SOR=0.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,32:0.36:90
chr7	38292890	rs10267672	T	C	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=2.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-0.153;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.386;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,97:0.65:150
chr7	38292916	rs10252198	C	T	3563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.413;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.006;NF=89;NR=62;PP=2212;ReadPosRankSum=-1.624;SC=TTACATTATTCCAGTTTAATC;SOR=0.888;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=227;TCF=130;TCR=97;TR=151;WE=38292924;WS=38292906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,161:0.68:236
chr7	38299727	rs138027161	T	C	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=4.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.92;MQRankSum=-4.719;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.308;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,90:0.46:195
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chr7	38308946	rs2907767	G	A	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.677;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.510;NF=22;NR=3;PP=479;ReadPosRankSum=1.007;SC=TAGTATGAGCGTTTGTTTTAA;SOR=0.223;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=25;WE=38308954;WS=38308940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr7	38309102	rs2075010	A	C	4151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.955;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.883;NF=88;NR=96;PP=2804;ReadPosRankSum=-2.130;SC=CTGTGACAACAAGTGTTGTTC;SOR=0.770;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=272;TCF=135;TCR=137;TR=184;WE=38309110;WS=38309092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,191:0.67:287
chr7	38313079	rs55819448	G	C	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=21;PP=1235;ReadPosRankSum=-1.457;SC=CCTCTCTGGAGATTTCACCAT;SOR=0.786;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=113;TCF=81;TCR=32;TR=78;WE=38313087;WS=38313069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,84:0.69:121
chr7	38429370	rs6977263	C	T	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=4.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.987;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,98:0.33:300
chr7	38429552	rs36122520	T	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=4.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.620;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.347;SOR=0.369;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,32:0.28:114
chr7	38429572	rs35606872	GT	G	607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.231;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.655;NF=1;NR=13;PP=795;ReadPosRankSum=0.934;SC=ACTCTTACAAGTCACTCTCCA;SOR=0.264;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=55;TCF=1;TCR=54;TR=14;WE=38429592;WS=38429562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,23:0.27:84
chr7	38429584	rs34824107	C	G	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=5.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=1.206;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,21:0.28:74
chr7	38431430	rs6949992	A	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.868;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr7	38431644	rs79759611	G	GC	1500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=23;PP=992;SC=CCGTGGCGATGCCGGCAGGGC;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=38431652;WS=38431634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	38433726	rs35024632	T	G	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=2.867;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,82:0.25:333
chr7	38457688	rs10247761	C	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.178;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=313;ReadPosRankSum=-0.028;SC=TGGAGAAAAGCCCCCATTTGC;SOR=1.552;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=19;WE=38457696;WS=38457678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr7	38460546	rs1019287	G	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=200;ReadPosRankSum=0.116;SC=AAACACTGGGGCGTTTTCTTG;SOR=0.970;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=18;WE=38460554;WS=38460536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
chr7	38462154	rs201839612	GTATCTATCTATCTATC	G	333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=2.622;QD=9.82;ReadPosRankSum=-3.066;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr7	38466659	rs78935089	A	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.547;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr7	38467842	rs1544636	A	G	7367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.436;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.010;SC=GCTGAATCCAAGCTTGGCTGC;SOR=0.725;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=452;TCF=238;TCR=214;TR=294;WE=38467850;WS=38467832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,326:0.66:492
chr7	38467923	rs6958300	A	G	12784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=226;NR=226;PP=2965;SC=GTATGACTACAGTTCTCAGTT;SOR=0.805;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=452;TCF=226;TCR=226;TR=452;WE=38467931;WS=38467913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr7	38468463	rs2267808	C	T	3537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.551;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=74;PP=2159;ReadPosRankSum=0.039;SC=TTTTCATTGGCGTTTGTACTT;SOR=0.826;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=239;TCF=123;TCR=116;TR=147;WE=38468471;WS=38468453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,158:0.62:256
chr7	38468695	rs2392572	C	T	11137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=195;NR=189;PP=2965;SC=GAGAATCTTCCATCTTCTGTT;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=387;TCF=197;TCR=190;TR=384;WE=38468703;WS=38468685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr7	38469039	rs2215955	C	A	4571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=85;PP=2509;ReadPosRankSum=0.500;SC=TCTTGGCTGACCCTGTCTGTA;SOR=0.640;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=267;TCF=144;TCR=123;TR=186;WE=38469047;WS=38469029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,208:0.71:292
chr7	38469636	rs10253674	G	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=0.142;SC=TTCCAAAATTGTTTAAGACCA;SOR=0.086;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=10;WE=38469644;WS=38469626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr7	38471753	rs10232299	A	G	3043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=68;PP=1741;ReadPosRankSum=-0.130;SC=TCTGGGGATCAAGATACATGA;SOR=0.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=64;TCR=96;TR=113;WE=38471761;WS=38471743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,133:0.73:183
chr7	38500782	rs12670885	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=-0.735;SC=TTAAAATTATGTTGTTGGTTC;SOR=1.432;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=4;WE=38500790;WS=38500772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr7	38504905	rs722336	C	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=23;ReadPosRankSum=-0.938;SC=GAAGGCCAGACATAAATGTAA;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=4;WE=38504913;WS=38504895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr7	38505014	rs722335	A	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=275;ReadPosRankSum=-1.303;SC=CCACAGATTGAAGAAATTTTA;SOR=0.682;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=20;WE=38505033;WS=38505004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,21:0.29:72
chr7	38505025	rs722334	G	A	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=18;PP=1430;SC=AGAAATTTTAGCAAGCAGGAC;SOR=1.550;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=67;WE=38505033;WS=38505004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	38514868	rs41279585	G	A	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.645;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=363;ReadPosRankSum=0.033;SC=ACAAGATAAGGGATATTCACT;SOR=1.955;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=21;WE=38514876;WS=38514858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr7	38530568	rs2043786	G	T	4018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=39;PP=2645;SC=TTGAGGACTTGTAATAATTCT;SOR=1.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=96;TCR=39;TR=135;WE=38530576;WS=38530558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr7	38530807	rs3837078	T	TA	3072.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=72;PP=2143;SC=ACCAAACTTCTAAAAAAATCT;SOR=1.850;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=85;TCF=3;TCR=82;TR=73;WE=38530815;WS=38530797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr7	38533972	rs3735089	A	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.308;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=190;ReadPosRankSum=0.038;SC=AGAGCAAGTCAGGGGACAGGT;SOR=1.483;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=14;WE=38533980;WS=38533962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr7	38543103	rs10225047	T	G	3713.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.69;SOR=3.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	38543104	rs10268443	G	C,GC	3476.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=15;NF=21;NR=2;PP=368;SC=GCGGGGGGGTGGGTGGTGGAA;SOR=4.351;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=23;WE=38543112;WS=38543093;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.75,0.25:76
chr7	38543371	rs6946268	C	T	4659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=94;PP=2723;SC=GTAAGAAGTGCTAAGTCTCAA;SOR=1.501;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=55;TCR=94;TR=149;WE=38543379;WS=38543361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr7	38725804	rs11980087	C	T	6967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=0.485;SC=GAAAAAGGCTCGCCATCAACT;SOR=0.656;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=472;TCF=230;TCR=242;TR=299;WE=38725812;WS=38725784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,313:0.63:497
chr7	38726473	rs17508140	T	C	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=642;ReadPosRankSum=-0.466;SC=GGCAGGAAGTTTGAGGAGTAA;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=44;WE=38726481;WS=38726463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,58:0.65:89
chr7	38780883	rs6951429	C	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	38780924	rs6975410	T	C	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=8;PP=267;SC=TCTATAGAAGTTACCAGCATC;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=38780932;WS=38780914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	38781018	rs3779128	T	C	149.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=5;PP=88;SC=ATGAAAATAATGAGTTCCACT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=38781026;WS=38781008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	38782944	rs11971020	A	G	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=1069;ReadPosRankSum=-1.414;SC=TAATCTAGACATAACTGGTTA;SOR=0.658;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=31;WE=38782959;WS=38782934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,31:0.33:93
chr7	38782951	rs10254567	G	A	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=14;PP=2497;ReadPosRankSum=1.644;SC=GACATAACTGGTTACACTGAG;SOR=0.771;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=77;TCR=23;TR=63;WE=38782959;WS=38782934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,71:0.65:109
chr7	38785062	rs28520398	G	A	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.292;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=478;ReadPosRankSum=0.977;SC=TCTGTGTTACGTTGGTCTAAA;SOR=1.124;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=37;WE=38785070;WS=38785052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr7	38796748	rs2392599	C	T	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=214;SC=TAACTATACACGACCAATAAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=38796756;WS=38796738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	38805079	rs140853804	TC	T	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=169;ReadPosRankSum=0.090;SC=GAGATAATAATCACGTCCTAA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=38805087;WS=38805069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr7	38805215	rs62444122	C	T	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=361;ReadPosRankSum=1.401;SC=TTATAAACTTCATATTCCCAG;SOR=0.608;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=29;WE=38805223;WS=38805205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,34:0.37:92
chr7	38813711	rs976350	C	T	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.07;SOR=1.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr7	38816441	rs1468347	A	G	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=840;ReadPosRankSum=-0.551;SC=CATCTGGAGGAACACAATGAC;SOR=0.712;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=175;TCF=72;TCR=103;TR=62;WE=38816449;WS=38816431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,66:0.35:191
chr7	38816487	rs4236355	G	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=376;ReadPosRankSum=-0.489;SC=AAAAGCTAACGTAAAGGGGAC;SOR=0.911;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=85;TCF=19;TCR=66;TR=28;WE=38816495;WS=38816477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,29:0.33:88
chr7	38857364	rs2072248	G	A	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.393;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=16;PP=666;ReadPosRankSum=-2.167;SC=TACAGAGTAAGCACACAACAC;SOR=1.072;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=205;TCF=133;TCR=72;TR=58;WE=38857372;WS=38857354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,62:0.28:224
chr7	38860933	rs56002981	A	G	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=36;PP=834;ReadPosRankSum=-0.091;SC=GTCAGTATGAACACATACTAT;SOR=0.538;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=181;TCF=74;TCR=107;TR=63;WE=38860941;WS=38860923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,70:0.34:204
chr7	38869708	rs7790054	C	T	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=21;PP=2080;SC=TATTTTACTTCAATTATGACC;SOR=2.501;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=78;TCR=21;TR=99;WE=38869716;WS=38869698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr7	38908876	rs3735346	T	C	3615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=11.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=-0.144;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,183:0.58:316
chr7	39125413	rs1950001	T	G	2609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=2.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.17;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,115:0.67:172
chr7	39243750	rs4507668	A	G	2055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=-2.012;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,103:0.59:176
chr7	39243963	rs35792719	T	A	2334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.954;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=63;PP=1510;ReadPosRankSum=0.066;SC=GGGCTGCATTTAGGATGGTTT;SOR=0.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=170;TCF=65;TCR=105;TR=100;WE=39243971;WS=39243953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,106:0.59:180
chr7	39243978	rs35489214	A	G	1722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=49;PP=1023;ReadPosRankSum=-1.629;SC=TGGTTTAACCATATAAATCAC;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=42;TCR=84;TR=74;WE=39243986;WS=39243968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,81:0.59:137
chr7	39472669	rs2302125	C	T	5142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=1.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.46;ReadPosRankSum=-0.546;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,240:0.63:382
chr7	39472708	rs2302123	A	G	16719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.04;ReadPosRankSum=-1.625;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,421:0.66:642
chr7	39472717	rs147128853	G	A	17214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.20;ReadPosRankSum=-0.582;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,444:0.65:683
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chr7	39606107	rs1051162	G	A	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.598;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=61;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.277;SC=CGCTCCTGGCGCAGCGGGAAT;SOR=0.904;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=359;TCF=181;TCR=178;TR=115;WE=39606115;WS=39606097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,119:0.32:374
chr7	39610177	rs6947660	A	G	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.190;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,34:0.27:127
chr7	39610241	rs2971	C	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=-2.485;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr7	39611819	rs60942815	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.587;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=183;ReadPosRankSum=0.921;SC=TTGAAAGATAGTCTTATATTT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=11;WE=39611827;WS=39611809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr7	39736796	rs3779203	G	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.333;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=235;ReadPosRankSum=0.636;SC=GCACTAAACCGTTCTTACCTC;SOR=0.260;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=18;WE=39736804;WS=39736786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr7	39873126	.	A	AGCG	826.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.481;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=671;ReadPosRankSum=0.592;SC=CCGGAGCGGTAGCGGCGGCGG;SOR=1.659;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=16;WE=39873134;WS=39873116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr7	40087320	rs57364877	GT	G	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=1.279;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.992;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr7	40134678	rs17538328	A	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=-1.218;SC=TAATAATTCAACAACAGCTTT;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=14;WE=40134686;WS=40134668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr7	40220412	rs7778061	T	C	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=398;ReadPosRankSum=-0.699;SC=TTTACTAGAGTCTTGTGGTCT;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=28;WE=40220420;WS=40220402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr7	40220507	rs2036041	C	G	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=370;ReadPosRankSum=-0.247;SC=AAGAAAATTACTAATGAATTA;SOR=0.629;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=35;WE=40220515;WS=40220497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,43:0.56:77
chr7	40229072	rs4720354	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=326;ReadPosRankSum=-2.711;SC=ATATTGCATAGTGGTGGGGAT;SOR=0.504;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=21;WE=40229080;WS=40229062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr7	40234742	rs11326652	CT	C	822.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=1.734;QD=9.24;ReadPosRankSum=-2.070;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,62:0.70:89
chr7	40314243	rs4637704	A	G	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.576;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=41;PP=840;ReadPosRankSum=1.379;SC=ATTGTAACCTACTGTCATCCC;SOR=1.071;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=190;TCF=72;TCR=118;TR=60;WE=40314251;WS=40314233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,65:0.32:205
chr7	40356315	rs10245165	A	T	2949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=25;PP=1997;SC=GAGTATAGATAAACTAGCTGT;SOR=1.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=71;TCR=25;TR=96;WE=40356323;WS=40356305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	40356554	rs56989808	G	GTTTTTTT	397.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.77;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	40489083	rs7809620	C	T	4432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=90;PP=2630;SC=TATTCATGCGCATAAAGGATA;SOR=1.172;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=65;TCR=90;TR=155;WE=40489091;WS=40489073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr7	40538810	rs10249126	A	C	4725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=100;PP=2543;SC=AACATGGCGTAGGAATGGAGA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=72;TCR=100;TR=172;WE=40538818;WS=40538800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr7	40899967	rs2010706	G	C	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.428;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=47;PP=1298;ReadPosRankSum=0.640;SC=GGCCGCCCCCGCTGCTCGGGC;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=144;TCR=127;TR=99;WE=40899975;WS=40899956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,114:0.37:305
chr7	41368666	rs201816918	TGAAA	T	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQRankSum=-2.586;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr7	41730289	rs80087315	G	C	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=-0.767;SC=GGCTGAAACTGTTTCTGTACT;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=16;WE=41730297;WS=41730279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr7	42003792	rs78794712	A	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.422;NF=4;NR=1;PP=41;ReadPosRankSum=1.692;SC=AAGGAATATAATTGAAACACA;SOR=0.178;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=5;WE=42003800;WS=42003782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr7	42003898	rs77886553	C	A	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.699;NF=37;NR=16;PP=565;ReadPosRankSum=-1.736;SC=CTATTGATTTCCGTTGGTTGC;SOR=0.697;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=166;TCF=110;TCR=56;TR=53;WE=42003920;WS=42003888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,62:0.34:185
chr7	42004062	rs35364414	G	A	2043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.404;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=51;PP=1383;ReadPosRankSum=1.328;SC=GTGGTGAGGCGGGAGGAGCTA;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=352;TCF=195;TCR=157;TR=114;WE=42004070;WS=42004052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,119:0.33:366
chr7	42004600	rs34089404	G	A	2367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FS=2.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:366,145:0.28:511
chr7	42004651	rs35139358	G	A	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=2.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.124;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,133:0.28:469
chr7	42004664	rs35280470	C	T	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FS=2.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=1.007;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,127:0.29:441
chr7	42005845	rs34245321	C	G	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.884;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=45;PP=1159;ReadPosRankSum=-0.138;SC=GCAGGGGCGTCGGCGGCGGCC;SOR=0.695;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=321;TCF=169;TCR=152;TR=102;WE=42005853;WS=42005835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,111:0.31:354
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chr7	42018336	rs34020684	G	A	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FS=0.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.271;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:369,164:0.31:533
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chr7	42088222	rs846266	T	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=4.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=2.811;SOR=1.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,16:0.24:68
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chr7	42187734	rs376925026	GCA	G	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.957;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr7	42212180	rs2286293	C	T	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=49;PP=1235;ReadPosRankSum=0.049;SC=GGTAGCCCATCCAAGAGGATC;SOR=0.658;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=320;TCF=165;TCR=155;TR=108;WE=42212188;WS=42212170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,121:0.35:341
chr7	42262935	rs11266806	GA	G,GAA	454.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.423;QD=11.66;ReadPosRankSum=0.672;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,20,15:0.51,0.38:39
chr7	42950640	rs643138	C	T	3767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=63;PP=2076;SC=TCTATGAACCCGGGCTTGTGT;SOR=1.246;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=117;WE=42950648;WS=42950630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr7	42951515	rs647117	G	A	3370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=1.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr7	42957465	rs71008875	ATT	A	798.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=473;SC=TACTTATATCATTGTTTATAT;SOR=2.419;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=42957474;WS=42957455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	42970733	rs619664	C	T	5548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr7	42974827	rs601057	A	C	3309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=77;PP=2379;ReadPosRankSum=-0.695;SC=ATAAATTATTATCAGATTATA;SOR=1.618;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=38;TCR=77;TR=114;WE=42974835;WS=42974817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr7	42976789	rs630191	A	G	9020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=169;NR=137;PP=2965;SC=AGGTGGAACTAGATGGTGTAT;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=308;TCF=170;TCR=138;TR=306;WE=42976797;WS=42976779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr7	42977091	rs631132	G	A	2992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=66;PP=1916;SC=TGCTGTACACGGGAGAGACAC;SOR=1.547;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=105;TCF=35;TCR=70;TR=101;WE=42977099;WS=42977081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr7	43400648	rs199791749	T	TGTGC	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.56;MQRankSum=2.639;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.106;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr7	43400656	.	C	CGTGCGT	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=4.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.87;MQRankSum=-0.867;QD=2.43;ReadPosRankSum=3.784;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr7	43400658	.	T	TGC	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.00;MQRankSum=-1.151;QD=1.23;ReadPosRankSum=1.171;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr7	43485248	rs6960889	A	G	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.12;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	43540782	.	CT	C	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.260;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr7	43591832	rs56111512	G	A	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=2.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,79:0.37:215
chr7	43591955	rs4724220	A	G	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=54;PP=1606;SC=CAGGAGCTGTAATGATGCAAT;SOR=1.440;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=35;TCR=54;TR=89;WE=43591963;WS=43591945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	43594471	rs9638972	C	T	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.855;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=566;ReadPosRankSum=0.890;SC=AGTGACCATCCTTTGGGATGG;SOR=0.346;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=36;WE=43594479;WS=43594461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,45:0.63:71
chr7	43622806	rs10251937	T	C	4798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.61;ReadPosRankSum=0.734;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,193:0.99:195
chr7	43623123	rs2241738	C	G	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.46;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	43647879	rs11555026	C	T	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=43;PP=1118;ReadPosRankSum=0.613;SC=AAATCTTTGACCAGTGTGTTG;SOR=0.644;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=268;TCF=144;TCR=124;TR=87;WE=43647887;WS=43647869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,92:0.32:289
chr7	43664198	rs10233697	A	G	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=30;PP=713;ReadPosRankSum=-0.379;SC=TCAGGATGGAAAAGGCACTAG;SOR=0.643;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=208;TCF=110;TCR=98;TR=68;WE=43664206;WS=43664188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,80:0.34:232
chr7	43664280	rs1044141	A	G	3854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.96;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr7	43684803	rs2302031	C	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.951;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=256;ReadPosRankSum=-0.056;SC=AGACTCTCCTCTCCTTCAGCA;SOR=1.508;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=15;WE=43684811;WS=43684793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr7	43685150	rs10263142	T	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=239;ReadPosRankSum=0.826;SC=CTACTCTAAATTGTCCATTTT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=13;WE=43685158;WS=43685140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
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chr7	43810695	rs699511	A	G	2481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=20;PP=1612;SC=GAGTTTGGGCAGGTGCCACCA;SOR=1.847;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=68;TCR=20;TR=88;WE=43810703;WS=43810685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	43810764	rs699512	G	A	7054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=89;PP=2965;SC=CAAGATGAATGCAGAGGTGAG;SOR=1.140;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=150;TCR=89;TR=239;WE=43810772;WS=43810754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr7	43810820	rs10234057	C	T	2621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.025;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,156:0.33:476
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chr7	43830888	rs1802846	T	C	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=14;PP=721;ReadPosRankSum=0.363;SC=GCAGATTTCTTTGGAGGATGC;SOR=0.814;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=49;WE=43830896;WS=43830878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,57:0.60:95
chr7	43843423	rs1131372	G	A	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.47;ReadPosRankSum=-1.243;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,49:0.63:78
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chr7	43916199	rs28461223	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=-0.685;QD=2.50;ReadPosRankSum=1.066;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,13:0.20:65
chr7	43916727	rs2232108	T	G	8649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.358;SC=CTCAGTCCCATGAGCAGAGTG;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=536;TCF=297;TCR=239;TR=364;WE=43916735;WS=43916717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,384:0.68:563
chr7	43917013	rs2232105	G	A	8412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=194;NR=176;PP=2962;ReadPosRankSum=1.802;SC=CCAGTCGGACGTGCAGCTCCT;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=598;TCF=311;TCR=287;TR=370;WE=43917021;WS=43917003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,388:0.62:628
chr7	43917274	rs2232103	A	G	14720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=240;NR=284;PP=2965;SC=TGGTGCCCCCATGCTTTGGTC;SOR=0.895;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=524;TCF=240;TCR=284;TR=524;WE=43917282;WS=43917264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,562:1.00:562
chr7	43921477	rs73108120	A	G	4215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=815;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.813;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:554,259:0.32:813
chr7	43945982	rs200939452	G	GC	438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=4;PP=332;SC=CCGCGCGGCCGGTCCGCCCAA;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=43945990;WS=43945972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	43966161	rs2595706	C	A	2868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=2.071;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:409,173:0.30:582
chr7	43982341	rs2074728	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=351;ReadPosRankSum=1.955;SC=TAGACAGTGCGCTGTAATTTA;SOR=0.518;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=34;WE=43982349;WS=43982331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,39:0.41:94
chr7	43988188	rs62458690	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=9.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=338;ReadPosRankSum=0.423;SC=ATTTCCCACACGTCCCTGTGG;SOR=2.948;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=19;WE=43988196;WS=43988178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr7	43992426	rs1045398	C	G	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=405;ReadPosRankSum=1.280;SC=TGGTCACCCACTCTCTCCAGC;SOR=0.573;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=30;WE=43992434;WS=43992416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr7	44005513	rs2595699	G	A	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=1.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=-0.797;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.374;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,86:0.30:283
chr7	44005528	rs11766894	C	T	4731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.127;NF=107;NR=89;PP=2737;ReadPosRankSum=2.818;SC=CCTCCTGCTGCGCCACCCGCA;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=286;TCF=157;TCR=129;TR=196;WE=44005536;WS=44005518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,217:0.69:316
chr7	44012092	rs185445002	C	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.346;NF=11;NR=5;PP=218;ReadPosRankSum=-0.440;SC=GAGTACAGAACGTGGCCCCGG;SOR=0.481;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=16;WE=44012100;WS=44012082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
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chr7	44027322	rs10951747	G	A	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQRankSum=-4.668;QD=12.92;ReadPosRankSum=-0.012;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,85:0.61:139
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chr7	44099664	rs11552797	T	C	2112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.493;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=40;PP=1163;ReadPosRankSum=-1.900;SC=AGCAAGGTGCTGGCTCTGAGC;SOR=0.445;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=124;TCF=71;TCR=53;TR=87;WE=44099672;WS=44099654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,95:0.70:136
chr7	44100373	rs17546439	C	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=-1.456;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,18:0.16:113
chr7	44112694	rs7779139	C	T	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.86;ReadPosRankSum=-1.507;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,40:0.75:53
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chr7	44113656	rs3218661	T	C	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.845;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=53;PP=1607;ReadPosRankSum=1.134;SC=GCTGAGACCATCCGGTGGTGT;SOR=0.925;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=149;TCF=65;TCR=84;TR=88;WE=44113664;WS=44113646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,92:0.57:161
chr7	44114251	rs6955679	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=-0.529;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr7	44121936	rs3218655	C	A	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=885;ReadPosRankSum=1.101;SC=GAGGCTCGACCAGGTAGATGG;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=39;TCR=51;TR=58;WE=44121944;WS=44121926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,75:0.66:114
chr7	44144201	rs28362520	C	G	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=5;PP=1339;SC=TCCGCCCTTTCCCAGAGACCC;SOR=4.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=49;WE=44144209;WS=44144191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	44147567	rs58863562	C	CG	5155.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=80;PP=2936;SC=GCCATGGCCACGGCGCTCTGG;SOR=1.869;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=113;TCF=22;TCR=91;TR=101;WE=44147575;WS=44147557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr7	44148553	rs2595701	A	G	5559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=128;NR=63;PP=2965;SC=AGCGCCAGACAGACGAAGAGA;SOR=1.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=128;TCR=64;TR=191;WE=44148561;WS=44148543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr7	44149374	rs11979310	T	A	9903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=176;NR=176;PP=2965;SC=GTTCTCCAGATGGGGCAGCTG;SOR=0.768;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=353;TCF=176;TCR=177;TR=352;WE=44149382;WS=44149364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr7	44151009	rs62460065	C	T	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=11;PP=1199;SC=GGGTCATGCCCGTCCCTCGCC;SOR=2.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=49;WE=44151017;WS=44151005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	44152119	rs11377645	A	AG	3417.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=26;PP=2484;SC=TAGTGGCCGGAGCTGCAGCCC;SOR=1.295;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=54;WE=44152127;WS=44152109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	44152524	rs144604735	A	AG	12106.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=111;PP=2966;SC=TCAGCCTGGGAGGGGCTGTGG;SOR=0.841;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=191;TCF=69;TCR=122;TR=176;WE=44152532;WS=44152514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr7	44152549	rs41279612	G	A	10977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=165;NR=146;PP=2965;SC=GGCCTGGTCCGGAGAGGGGCT;SOR=0.815;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=314;TCF=168;TCR=146;TR=311;WE=44152557;WS=44152539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr7	44153082	rs67670401	G	GC	2937.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=28;PP=2957;SC=GGAGGGCGGTGCTGGGGGCGG;SOR=1.358;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=67;WE=44153090;WS=44153072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	44153115	rs34515254	G	GC	1676.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=0;PP=2112;SC=GGAGGGCGGGGCTGGGGGCAG;SOR=7.701;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=46;TCR=1;TR=45;WE=44153123;WS=44153105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	44153780	rs13928	A	G	7824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=7.571;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.32;ReadPosRankSum=2.098;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,300:0.97:309
chr7	44154865	rs5883885	A	AG	5830.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=37;PP=2981;SC=TCAGCAAATCAGCCTGGGCCC;SOR=1.314;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=84;TCF=43;TCR=41;TR=79;WE=44154873;WS=44154855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr7	44156146	rs3087367	G	A	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=46;PP=1321;SC=AGGCCCAGGCGAGTCCCAGGC;SOR=2.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=62;WE=44156154;WS=44156136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	44157770	rs34484835	G	GC	2513.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=48;PP=2092;SC=CAGGGCCCTGGCCTTGCCAGG;SOR=2.537;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=49;WE=44157778;WS=44157760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr7	44180079	rs5883888	A	AG	6064.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=104;PP=2974;SC=GTCCCCCAGAAGGCCCAGGCC;SOR=1.637;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=113;TCF=4;TCR=109;TR=107;WE=44180087;WS=44180069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr7	44180226	rs55908146	A	G	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=11;PP=824;SC=AGGGGAGCAGAGTCCTGTCCC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=44180234;WS=44180218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr7	44185805	rs887687	C	G	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.71;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr7	44189321	rs2268574	A	G	5611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=79;PP=2965;SC=AGGGAGCCTCAGCAGTCTGGA;SOR=1.018;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=119;TCR=79;TR=198;WE=44189329;WS=44189311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr7	44190468	rs2268573	T	G	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=6;PP=925;SC=TCTGAGCACATGGTATGGGGG;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=44190476;WS=44190458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	44243953	rs1476892	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=23;ReadPosRankSum=-0.387;SC=TTTGGTGAGCCAGGTAGCAAA;SOR=0.551;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=4;WE=44243961;WS=44243945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr7	44245853	rs917793	A	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.455;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr7	44250279	rs3837149	GCA	G	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=251;ReadPosRankSum=-1.078;SC=ACATGTGCGTGCACACACACA;SOR=1.061;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=7;WE=44250288;WS=44250269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr7	44250826	rs2072439	G	A	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=14;PP=572;SC=TTCTTAGACTGTTGAATCATG;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=44250834;WS=44250816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	44259554	rs149624128	T	TG	2474.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=16;PP=1462;SC=TTCCCAGGCATGGCTCTGCAC;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=44259569;WS=44259544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	44259561	rs138799733	G	GC	2698.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=17;PP=1638;SC=GCATGGCTCTGCACAGGCCCC;SOR=1.430;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=36;WE=44259569;WS=44259544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	44266077	rs10951758	G	A	2299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.22;ReadPosRankSum=-1.422;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,114:0.66:174
chr7	44268785	rs917791	A	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.50;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,24:0.34:70
chr7	44270764	rs13438284	A	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.676;NF=5;NR=21;PP=389;ReadPosRankSum=-0.147;SC=CAGGCTCTGAAGCTGATCTCT;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=16;TCR=72;TR=26;WE=44270772;WS=44270754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr7	44272314	rs5883896	G	GC	486.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=416;SC=GGCGGCCAGGGCATGGGACAT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=44272322;WS=44272304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	44272606	.	G	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.012;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=112;ReadPosRankSum=-0.752;SC=AGAGCAGAGTGGGGGACAGGG;SOR=2.336;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=12;WE=44272614;WS=44272596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr7	44281475	rs2075073	T	A	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=589;ReadPosRankSum=-0.662;SC=GGGTCCCCACTTGCCAAGAGC;SOR=0.632;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=113;TCF=26;TCR=87;TR=44;WE=44281483;WS=44281465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,45:0.37:121
chr7	44281702	rs35663812	A	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=277;ReadPosRankSum=-1.316;SC=AGGGGACCCAAGGGAGCTCTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=15;WE=44281710;WS=44281693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr7	44282369	rs35452037	T	C	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.579;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=594;ReadPosRankSum=0.802;SC=ATTGGGGTCCTCAGCATTCCT;SOR=0.357;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=136;TCF=47;TCR=89;TR=48;WE=44282377;WS=44282359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,55:0.37:149
chr7	44282868	rs11542228	A	G	2148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=1.823;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,59:0.32:187
chr7	44282877	rs11542227	A	G	2142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=1.157;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,65:0.33:198
chr7	44284564	rs2075069	A	G	2634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=0.714;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:425,170:0.29:595
chr7	44284724	rs62459103	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=19.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=-0.626;SOR=3.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,18:0.19:97
chr7	44294380	.	C	T	875	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=64;MMLQ=21;MQ=56.37;NF=8;NR=20;PP=875;QD=32.4918290195;SC=CCAACTACCACCATCACCAGC;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=28;WE=44294397;WS=44294370;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,28:0.85:33
chr7	44294388	.	AGC	A	398	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=64;MMLQ=27;MQ=55.49;NF=0;NR=2;PP=398;QD=212.0;SC=CACCATCACCAGCACCACCAC;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=2;WE=44294397;WS=44294370;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr7	44364862	rs111242776	C	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=238;ReadPosRankSum=1.540;SC=GGCGCGCGGGCCCGCAGTGCG;SOR=0.602;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=15;WE=44364870;WS=44364852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr7	44558268	.	CA	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.623;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.790;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
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chr7	44606098	rs6656	C	T	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.238;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,50:0.30:169
chr7	44606217	rs217381	C	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.498;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=65;ReadPosRankSum=0.424;SC=CAATTCTGACCCAACTGGCAG;SOR=1.785;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=6;WE=44606225;WS=44606207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr7	44610490	rs217376	C	T	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=2.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.546;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,80:0.28:286
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chr7	44612347	rs217374	G	C	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.683;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=50;PP=1152;ReadPosRankSum=0.985;SC=CACAGCTCTGGAGGTGGACAA;SOR=0.520;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=310;TCF=169;TCR=141;TR=97;WE=44612355;WS=44612337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,101:0.30:335
chr7	44612454	rs217373	C	A	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=1.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,75:0.25:302
chr7	44612753	rs217372	T	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=340;ReadPosRankSum=-0.425;SC=CAACACTACTTAGCAGTACTT;SOR=0.455;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=25;WE=44612761;WS=44612743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr7	44613103	rs217371	A	G	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.995;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,12:0.21:58
chr7	44613611	rs11308115	CG	C	1824.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.133;NF=1;NR=42;PP=1366;ReadPosRankSum=0.346;SC=GAAGTGCTGGCGGCCTAGGCT;SOR=0.748;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=136;TCF=6;TCR=130;TR=43;WE=44613619;WS=44613601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,68:0.31:221
chr7	44619302	rs217361	T	C	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=813;ReadPosRankSum=-0.936;SC=CTGCGTGTAATTACTCAACTC;SOR=0.686;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=83;TCR=106;TR=63;WE=44619310;WS=44619292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,68:0.33:209
chr7	44620836	rs8580	C	A	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.966;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=295;ReadPosRankSum=-0.052;SC=CGAGATGCACCCGCTACAAGG;SOR=0.445;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=27;WE=44620844;WS=44620826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,29:0.35:84
chr7	44687175	rs113649447	C	CT	7219.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.607;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=118;PP=2343;ReadPosRankSum=-0.058;SC=TGTAATTTTACTTTTTTTTTA;SOR=0.155;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=229;TCF=74;TCR=155;TR=170;WE=44687189;WS=44687165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,330:0.97:339
chr7	44715476	.	C	CA	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=13.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-1.817;QD=1.20;ReadPosRankSum=1.135;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr7	44797726	rs76416468	T	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=5.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.663;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=486;ReadPosRankSum=1.100;SC=CCAGGTCACCTAGTTTGGGGC;SOR=1.520;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=24;WE=44797734;WS=44797716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
chr7	44802401	rs4720479	A	C	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=29;PP=1813;SC=CTGACACACAACCCCCAGCAC;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=78;WE=44802409;WS=44802389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	44839616	rs6463247	C	T	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=52;PP=1490;SC=CATACATAAACGACAAATATA;SOR=3.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=8;TCR=52;TR=60;WE=44839624;WS=44839606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	44839997	.	CTT	C	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=1.302;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr7	44861542	.	C	T	4539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQ=60.03;MQRankSum=-1.335;NF=115;NR=84;PP=2629;ReadPosRankSum=0.828;SC=TTCACCCCGACGCTTTTTTCC;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=180;TCR=130;TR=199;WE=44861550;WS=44861532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,214:0.64:333
chr7	44862641	rs2012932	T	G	3855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=84;NR=46;PP=2121;SC=CAGGGTCCTCTCAAAGCCTTG;SOR=1.171;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=84;TCR=46;TR=130;WE=44862649;WS=44862631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr7	44869537	rs1297837	C	T	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=18;PP=2137;SC=CAAGGAAAAGCGCTCTGAAAT;SOR=2.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=83;TCR=18;TR=101;WE=44869545;WS=44869527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	44874966	rs41280660	C	T	158.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=111;SC=AATATTTATTCAGATCATTAT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=44874974;WS=44874956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	44880684	rs138616116	CA	C	4462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=73;PP=2951;SC=AAAGGCTGAACAATGTAAGCA;SOR=2.080;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=4;TCR=73;TR=77;WE=44880692;WS=44880674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr7	44924627	rs6966024	A	C	15830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=287;NR=275;PP=2965;SC=CCTCGGCGCCAGCCGCCAGCT;SOR=0.696;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=562;TCF=287;TCR=275;TR=562;WE=44924635;WS=44924617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,601:1.00:601
chr7	45004063	rs7792760	T	C	3725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.27;ReadPosRankSum=-0.538;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,179:0.69:261
chr7	45009325	rs3735484	G	A	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=19;PP=760;ReadPosRankSum=2.197;SC=TGTAGTGTAGGTGATGGCGGT;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=54;WE=45009333;WS=45009315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,65:0.76:86
chr7	45009341	rs3735485	A	G	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=23;PP=809;ReadPosRankSum=1.461;SC=GCGGTGGTGCATGTCCAGGGT;SOR=0.576;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=64;WE=45009349;WS=45009331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,77:0.73:105
chr7	45009723	rs11555636	G	A	2255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,118:0.61:193
chr7	45010734	rs7789375	G	A	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.055;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=43;PP=1179;ReadPosRankSum=0.907;SC=CAAGAAGGAGGAAGGAAAGCA;SOR=0.200;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=71;WE=45010742;WS=45010724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,80:0.83:96
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chr7	45122464	rs10243185	A	C	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=35;PP=1080;ReadPosRankSum=-0.506;SC=CAGGAGGCGCATCGGGGACCT;SOR=0.578;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=229;TCF=131;TCR=98;TR=79;WE=45122472;WS=45122454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,84:0.35:243
chr7	45122723	rs61740895	G	A	2845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=77;PP=1828;ReadPosRankSum=1.126;SC=AGTGGAATCCGCATCTTCCTG;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=445;TCF=215;TCR=230;TR=148;WE=45122731;WS=45122713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,159:0.33:482
chr7	45123925	.	C	T	377	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=15;MMLQ=22;MQ=55.36;NF=10;NR=5;PP=377;QD=27.4514141698;SC=CAGCCACAGGCTTTGGGGCTG;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=15;WE=45123945;WS=45123915;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr7	45123937	.	T	C	377	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MMLQ=23;MQ=56.07;NF=11;NR=6;PP=377;QD=24.2218360322;SC=TTGGGGCTGATGAGAGATCTG;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=17;WE=45123945;WS=45123915;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr7	45124008	rs7777835	T	C	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.305;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.550;NF=33;NR=17;PP=758;ReadPosRankSum=0.963;SC=AGGTCCTCTTTAGCCTGCCTG;SOR=1.079;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=144;TCF=90;TCR=54;TR=50;WE=45124016;WS=45123998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,46:0.32:145
chr7	45124286	rs3735494	A	G	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.843;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=60;PP=1335;ReadPosRankSum=2.272;SC=TCTGGTAGCCACCTCCACCTG;SOR=0.821;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=330;TCF=166;TCR=164;TR=114;WE=45124294;WS=45124276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,121:0.34:356
chr7	45124465	rs3735495	A	T	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.472;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=29;PP=761;ReadPosRankSum=0.063;SC=ACACAGTCCCATCCTGAGCCT;SOR=0.725;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=214;TCF=111;TCR=103;TR=72;WE=45124473;WS=45124455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,85:0.35:242
chr7	45125775	rs9791417	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=1.772;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr7	45139892	rs4553	G	A	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=4.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.367;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,63:0.40:156
chr7	45139919	rs2289373	A	C	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=1.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=1.292;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,83:0.36:228
chr7	45142834	rs2289374	G	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=-1.646;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,17:0.24:72
chr7	45143090	rs59494919	G	GGACAGCC	646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.440;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.941;NF=0;NR=11;PP=848;ReadPosRankSum=-1.300;SC=TCTCTGCCCAGCACGCTGTCC;SOR=1.962;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=11;WE=45143101;WS=45143080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr7	45143093	.	C	G	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.782;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=736;ReadPosRankSum=-0.201;SC=CTGCCCAGCACGCTGTCCTCC;SOR=1.965;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=11;WE=45143101;WS=45143080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr7	45143108	rs2119056	T	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.778;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=124;ReadPosRankSum=0.267;SC=TCCTCCTGCCTGGCTCTGAGT;SOR=2.584;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=12;WE=45143116;WS=45143098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr7	45144403	rs2289375	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=154;ReadPosRankSum=-0.029;SC=CAGTGCAGCCCCTGTGACAGC;SOR=0.439;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=10;WE=45144411;WS=45144393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr7	45144494	rs2289376	T	C	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.965;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=347;ReadPosRankSum=0.360;SC=AGGGAACCCCTGGACCTGGAG;SOR=0.233;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=86;TCF=62;TCR=24;TR=37;WE=45144502;WS=45144484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,40:0.43:92
chr7	45151120	rs117579496	T	A	2958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FS=1.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=-2.512;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:364,178:0.33:542
chr7	45151188	.	G	A	6445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.327;ClippingRankSum=0.000;DP=1334;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=0.496;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:921,407:0.31:1328
chr7	45216761	rs1294940	G	A	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.621;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=21;PP=1128;ReadPosRankSum=0.562;SC=GGTCAGGGTGGAGGGTGAAGG;SOR=0.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=77;TCR=35;TR=67;WE=45216769;WS=45216751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,75:0.61:122
chr7	45697295	rs2461131	C	G	7435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.34;SOR=1.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr7	45697295	.	CCT	GCC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=88;NR=47;PP=2947;QD=20;SC=CAAGGTGGGCCCTAGCCCCAC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=91;TCR=49;TR=135;WE=45697305;WS=45697285;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,135:0.96:140
chr7	45697297	rs2471231	T	C	7435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.26;SOR=1.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr7	45703971	rs1042009	G	A	4285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=70;NR=85;PP=2508;SC=GACTGTGCACGTAGCTTCAGG;SOR=1.077;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=70;TCR=85;TR=155;WE=45703979;WS=45703961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr7	45743128	rs2247685	T	G	20510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=798;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=430;NR=329;PP=2965;SC=GCACTAGCCCTACACTGCTCT;SOR=0.967;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=760;TCF=430;TCR=330;TR=759;WE=45743136;WS=45743118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,797:1.00:797
chr7	45743403	rs2461114	G	A	5024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=117;PP=2965;SC=ATCCTGTTGCGTGGGCAGAGC;SOR=1.872;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=52;TCR=117;TR=169;WE=45743411;WS=45743393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr7	45954692	rs10255707	T	C	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=34;PP=734;SC=ACAAGAGCCATGCGTGCCTAG;SOR=3.160;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=41;WE=45954700;WS=45954682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	45957172	rs55719014	TA	T	340.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=9;PP=337;SC=TTTTTTTTTTTAAAATACCTC;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=45957180;WS=45957162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	45960645	rs2854746	G	C	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=30;PP=1283;SC=ACCCAAGCCCGCCGAGCTCGC;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=68;WE=45960653;WS=45960635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	46728937	rs1404727	T	C	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.191;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=27;PP=1015;ReadPosRankSum=-0.996;SC=GCAAAATCTCTTGTACTTTTG;SOR=0.949;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=200;TCF=126;TCR=74;TR=75;WE=46728945;WS=46728927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,83:0.38:220
chr7	46732428	rs700747	A	G	4515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=61;PP=2621;SC=AGGAAGCAAAACAAGCAAGTC;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=90;TCR=61;TR=151;WE=46732436;WS=46732418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr7	46732627	rs1917602	A	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=153;ReadPosRankSum=-0.766;SC=CCCTTCTATGAAGTAAATAGG;SOR=0.596;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=14;WE=46732635;WS=46732617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr7	46736733	rs71003346	GA	G	631.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=478;SC=TTCAGAGGAGGAAAATGATGC;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=13;WE=46736741;WS=46736723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	46736788	.	T	TA	66	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=6;HapScore=4;MGOF=19;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3;NR=4;PP=66;QD=12.4285714286;SC=GAGCATTTTTTTAAAAAAATC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=7;WE=46736797;WS=46736778;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,7:0.64:11
chr7	46736789	.	T	A	52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=7;HapScore=4;MGOF=19;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=52;QD=28.9237375157;SC=AGCATTTTTTTAAAAAAATCA;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=3;WE=46736797;WS=46736778;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,3:0.16:19
chr7	47242645	rs4720584	A	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.290;NF=5;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=1.658;SC=CTAAATGGTGATTTAACAATT;SOR=0.412;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=47242653;WS=47242636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr7	47319723	rs4720590	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.256;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=251;ReadPosRankSum=-0.823;SC=AGTACAACTGCAGACAAGGAG;SOR=2.376;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=16;WE=47319731;WS=47319713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr7	47323456	rs3750164	A	G	4516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.423;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=101;PP=2667;ReadPosRankSum=-1.189;SC=AGTACCACACATTGCAGGCTG;SOR=0.831;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=297;TCF=147;TCR=150;TR=193;WE=47323464;WS=47323446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,209:0.63:333
chr7	47336893	rs5883997	C	CT	450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.386;NF=1;NR=9;PP=333;ReadPosRankSum=0.464;SC=GGTAGGTCCTCTCCCCTTACT;SOR=0.507;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=10;WE=47336901;WS=47336883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr7	47342497	rs3750166	C	T	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.12;ReadPosRankSum=0.834;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr7	47342500	rs3750167	C	G	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=0.220;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr7	47343083	rs3807589	C	T	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.595;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=643;ReadPosRankSum=-1.216;SC=TACCGGAGAACTCAGCGCTGA;SOR=0.408;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=165;TCF=103;TCR=62;TR=59;WE=47343091;WS=47343073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,66:0.36:182
chr7	47408029	rs2255744	A	G	4822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=70;PP=2724;SC=CCCGGAGCCCACCTCCCACGC;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=94;TCR=70;TR=164;WE=47408037;WS=47408019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr7	47408443	rs2293362	C	G	4492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.234;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=65;PP=2637;ReadPosRankSum=2.049;SC=CGAAGCTATACTGGTGAGCTA;SOR=0.929;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=230;TCF=134;TCR=96;TR=167;WE=47408451;WS=47408433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,190:0.74:256
chr7	47408974	rs1534136	T	A	9120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=141;NR=160;PP=2965;SC=GGTCCAACTCTGCCTTCTCCT;SOR=0.980;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=304;TCF=141;TCR=163;TR=301;WE=47408982;WS=47408964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr7	47436497	rs17544028	G	A	5103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=103;PP=2965;SC=ACAAGTGTTCGGACCCTGCAC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=72;TCR=103;TR=175;WE=47436505;WS=47436487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr7	47436558	rs2177795	A	C	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=62;PP=1881;SC=CCTCCATCCAACCGACTCCAC;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=21;TCR=62;TR=83;WE=47436566;WS=47436548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	47451295	rs834607	A	G	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=29;PP=1702;SC=TGGGGACACCAACCCATCTGC;SOR=1.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=64;TCR=29;TR=93;WE=47451303;WS=47451285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	47463842	rs834599	T	G	2444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=61;PP=1634;SC=ACGTGGGTACTTGACGGGGGA;SOR=2.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=22;TCR=61;TR=83;WE=47463850;WS=47463832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	47467864	rs1799370	C	T	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=15;PP=928;SC=CCATGCAGGCCCAGCTTTTAG;SOR=1.567;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=47467872;WS=47467854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	47479363	rs1810137	A	G	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=18;PP=507;SC=GGGTGTTCACATCAGCACCTG;SOR=1.236;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=32;WE=47479371;WS=47479353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	47481786	rs1620852	A	T	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=29;PP=734;SC=TCGTAACTACAAGCCCACCTT;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=47481794;WS=47481776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	47546375	rs334496	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr7	47546547	rs334497	G	A	649.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.096;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,33:0.29:112
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chr7	47835027	rs9719534	A	G	2258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=39;PP=1166;SC=GAGGCCTCCCAAGTCATGTGG;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=47835035;WS=47835017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr7	47840387	rs13231277	C	T	5127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.415;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=2.286;SC=CCGGGGAAGGCGTCTGTGAAG;SOR=0.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=314;TCF=153;TCR=161;TR=212;WE=47840395;WS=47840377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,238:0.68:350
chr7	47840510	rs1466203	T	C	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=60;PP=1364;SC=GCACTGACCTTGTCACCTCTT;SOR=2.864;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=13;TCR=61;TR=73;WE=47840518;WS=47840500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	47847679	rs1074780	G	A	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=428;SC=AAGCTCTTCAGGCCCTTCACT;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=47847687;WS=47847669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	47851654	rs73103467	A	G	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=39;PP=912;ReadPosRankSum=0.633;SC=TCAGTCCTGTAAAACAGCACA;SOR=0.736;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=103;TCF=42;TCR=61;TR=64;WE=47851662;WS=47851644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,67:0.62:108
chr7	47853498	rs6463449	C	T	9088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=154;NR=145;PP=2965;SC=TCCATTTATTCTTGGAAGCAA;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=299;TCF=154;TCR=145;TR=299;WE=47853506;WS=47853488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr7	47857581	rs78200473	G	A	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.383;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=509;ReadPosRankSum=0.248;SC=TCAAGTATTTGATCTTCATTG;SOR=1.127;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=33;WE=47857589;WS=47857571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr7	47859239	rs3757379	C	A	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.621;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
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chr7	47869751	rs6463451	C	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.290;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=357;ReadPosRankSum=-1.305;SC=CAGTGGTCAGCCCCCTCTAAG;SOR=1.053;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=23;WE=47869759;WS=47869741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr7	47872845	rs921634	A	G	4327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr7	47874062	rs34069037	G	A	2958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=68;PP=1756;ReadPosRankSum=0.705;SC=AAGGATTAGCGGGGACACTAC;SOR=0.639;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=74;TCR=110;TR=114;WE=47874070;WS=47874052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,131:0.62:210
chr7	47874630	rs66755489	G	A	2839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=48;PP=1708;ReadPosRankSum=-0.846;SC=GGCAGACCCCGGGGCTTCCTG;SOR=0.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=100;TCR=74;TR=115;WE=47874638;WS=47874620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,128:0.68:189
chr7	47884539	rs6950328	G	A	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=34;PP=1351;ReadPosRankSum=-0.683;SC=CATCCTGAGTGAACAGTAAAA;SOR=0.761;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=79;TCR=49;TR=91;WE=47884547;WS=47884529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,99:0.70:141
chr7	47884555	rs13237611	A	G	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=1.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=1.857;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,51:0.28:183
chr7	47884829	rs1980279	C	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.703;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=326;ReadPosRankSum=0.857;SC=ATTCACCTGACACCTAAGTTA;SOR=0.368;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=18;WE=47884837;WS=47884819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr7	47886707	rs10280228	G	A	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=36;PP=819;ReadPosRankSum=-0.839;SC=TACAACCTGAGGTTTGCAGAA;SOR=0.668;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=66;TCF=6;TCR=60;TR=40;WE=47886715;WS=47886697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,42:0.63:67
chr7	47898222	rs34177211	T	TG	2395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=1649;ReadPosRankSum=-0.882;SC=GTTAACATCCTGGGATATGGA;SOR=0.632;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=47;WE=47898231;WS=47898212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,86:0.59:147
chr7	47913459	rs62447062	T	C	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=8.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.83;ReadPosRankSum=-1.922;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,65:0.56:116
chr7	47913579	rs1470859	TG	CA	7401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=2.976;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.50;ReadPosRankSum=0.575;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,189:0.57:329
chr7	47913615	rs17131867	G	A	3227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=2.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.53;ReadPosRankSum=1.386;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,159:0.57:280
chr7	47913737	rs73105163	A	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=337;ReadPosRankSum=-1.803;SC=CCAGGCTCCGAGCCACAGGGA;SOR=0.575;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=22;WE=47913745;WS=47913727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr7	47915543	rs12113549	T	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.521;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=-1.909;SC=CTTTCTGCACTAAAAGGTAGA;SOR=0.193;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=8;WE=47915551;WS=47915533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr7	47915651	rs4724654	G	C	3058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=41;PP=1722;ReadPosRankSum=-0.500;SC=GTTTAGAACTGTAGGTTGGCA;SOR=0.777;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=196;TCF=126;TCR=70;TR=123;WE=47915659;WS=47915641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,140:0.62:225
chr7	47915677	rs4724655	A	G	3566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=2.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.21;ReadPosRankSum=2.595;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,170:0.58:292
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chr7	47920298	rs17131896	G	C	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.42;ReadPosRankSum=-1.105;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,56:0.56:100
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chr7	47920450	rs17131899	A	G	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.700;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=727;ReadPosRankSum=0.380;SC=AGTGGTCTCAAGGACAGAGGT;SOR=0.779;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=99;TCF=45;TCR=54;TR=48;WE=47920458;WS=47920440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,59:0.52:113
chr7	47920482	rs78574665	AG	GT	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=1140;ReadPosRankSum=-1.813;SC=CTTGGAAATGAGTTCCACTCT;SOR=0.954;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=32;WE=47920491;WS=47920472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,38:0.49:78
chr7	47920499	rs62447082	A	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=365;ReadPosRankSum=-1.697;SC=CTCTTCCCCCAGGGGTGAAAT;SOR=0.807;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=26;WE=47920507;WS=47920489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr7	47920583	rs9691249	G	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.625;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=144;ReadPosRankSum=-0.389;SC=TAAACAGCCTGTCCTGCCCAA;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=47920591;WS=47920573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr7	47921682	rs10951936	A	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.261;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=249;ReadPosRankSum=0.120;SC=TGGTGTCCTTAGCTAGGAAGA;SOR=1.081;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=19;WE=47921690;WS=47921672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,24:0.32:75
chr7	47921785	.	T	TCG	211.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=-1.083;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
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chr7	47921798	rs12702396	C	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.824;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,3:0.18:17
chr7	47921824	rs12702397	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.449;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
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chr7	47947863	rs1474283	T	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=182;ReadPosRankSum=1.357;SC=AAAATAAGAATGAACGGACAC;SOR=1.519;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=20;WE=47947871;WS=47947853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,22:0.32:68
chr7	47968927	rs2686817	C	A	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.271;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,127:0.31:410
chr7	47971575	rs885337	A	G	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=432;ReadPosRankSum=-1.519;SC=TCCCAGTAGCACACAGCCGCC;SOR=0.581;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=82;TCR=53;TR=45;WE=47971583;WS=47971565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,49:0.33:149
chr7	47976287	rs2708878	A	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.307;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=298;ReadPosRankSum=-1.771;SC=TCAGAACACCATTCTTTTTTC;SOR=1.402;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=90;TCF=75;TCR=15;TR=29;WE=47976295;WS=47976277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,30:0.32:93
chr7	47979922	rs2708913	A	G	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-0.622;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,24:0.30:81
chr7	47983026	.	T	C	4522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.506;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=93;PP=2194;ReadPosRankSum=2.115;SC=GGGCTACAGCTGCACAGATGA;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=303;TCF=160;TCR=143;TR=201;WE=47983034;WS=47983016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,216:0.66:328
chr7	48004962	rs1056663	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=2.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-1.909;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,29:0.18:159
chr7	48005122	rs2037483	G	A	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=3.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=1.060;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,70:0.31:229
chr7	48009018	rs953595	AA	GT	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.230;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=254;ReadPosRankSum=-0.179;SC=GTACCCTACAAAACCTCAAAA;SOR=0.537;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=12;WE=48009027;WS=48009008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr7	48010978	rs2708864	T	C	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=644;ReadPosRankSum=0.300;SC=CATCCCCTCATATACCATCGG;SOR=0.586;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=100;TCR=33;TR=45;WE=48010986;WS=48010968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,48:0.34:143
chr7	48017965	rs2242477	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=174;ReadPosRankSum=-0.370;SC=TATGTCTATTCCTTCGAGGCC;SOR=0.495;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=14;WE=48017973;WS=48017955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr7	48017989	rs2242478	T	C	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.130;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=351;ReadPosRankSum=-0.395;SC=ACTTCTGTGTTAGAAACCCTG;SOR=0.439;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=28;WE=48017997;WS=48017979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr7	48018455	rs2242479	T	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.570;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,31:0.26:120
chr7	48035893	rs2708899	T	C	143.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=108;SC=AGGAAAAGTATGACAGTTTTC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=48035901;WS=48035883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	48086077	rs2708912	C	T	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.39;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr7	48086161	rs10233232	T	C	6180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr7	48089394	rs909059	T	C	6393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr7	48089542	rs2686788	T	C	6418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=102;NR=115;PP=2965;SC=GCCCTAAGAATCCTGCAGGAA;SOR=0.964;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=103;TCR=116;TR=217;WE=48089550;WS=48089532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr7	48089571	rs2708890	C	A	4228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=85;PP=2434;ReadPosRankSum=-1.397;SC=TCCTTCCCCCCCGTGTAAGTG;SOR=0.439;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=151;TCF=64;TCR=87;TR=149;WE=48089579;WS=48089553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,162:0.99:163
chr7	48092486	rs2686791	T	C	3635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=56;PP=2419;SC=GGCTCCAGGATGCAGAGGCTT;SOR=0.905;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=128;WE=48092494;WS=48092476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr7	48092847	rs2686792	C	A	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=516;SC=CAGATCCAAACAATGTTGACC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=48092855;WS=48092837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	48143488	rs117848508	A	G	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.497;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,45:0.35:127
chr7	48211301	rs141832114	C	T	171.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=136;SC=AATCAAAACCCGTCCCAAGGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=48211309;WS=48211291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	48232530	.	AT	A	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=1.035;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,26:0.32:82
chr7	48237802	rs2188	C	T	3323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=80;NR=36;PP=2129;SC=AGCAGGTATACGGACTCATTT;SOR=1.571;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=80;TCR=36;TR=116;WE=48237810;WS=48237792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr7	48269679	rs60553397	G	C	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=40;PP=1173;SC=AAAAAAGTATGAATTGTTTCT;SOR=3.139;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=49;WE=48269687;WS=48269669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	48285485	rs1880738	C	T	5567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=85;PP=2965;SC=GCTGTCTGCCCGAATGGTCGT;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=98;TCR=85;TR=183;WE=48285493;WS=48285475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr7	48311940	.	C	T	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.904;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,105:0.38:275
chr7	48312674	rs1358066	G	A	5975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=78;PP=2965;SC=ATGTCAGTGTGTTCAACAAGT;SOR=0.951;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=116;TCR=78;TR=194;WE=48312682;WS=48312664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr7	48315796	rs1880736	C	A	2441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=35;PP=1418;SC=ATATCTAGAGCAGGCAATTTT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=74;WE=48315804;WS=48315786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr7	48318811	rs2222648	C	T	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=34;PP=1304;SC=TGTCAACTTACGGGAAGAAAT;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=77;WE=48318819;WS=48318801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	48335265	rs10280046	C	T	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=10;PP=564;SC=AGTATGTGTGCTTCTAACCTA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=48335273;WS=48335255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	48336844	rs6583546	C	T	5482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=87;PP=2946;SC=CCAAAAGCCTCGAGGAAACTT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=99;TCR=87;TR=186;WE=48336852;WS=48336834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr7	48412112	rs11357239	TA	T	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr7	48415892	rs2163938	A	G	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=5;PP=771;SC=ATTTCATGAAAAGTTATGGCC;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=48415900;WS=48415882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	48467355	rs13233421	T	C	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=12.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.055;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,45:0.38:119
chr7	48467581	rs13243091	T	C	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.424;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,48:0.44:108
chr7	48467634	rs34541457	T	C	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.069;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.132;NF=2;NR=17;PP=377;ReadPosRankSum=0.763;SC=AAAAAAAACGTTGAGTTTTAT;SOR=1.967;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=19;WE=48467642;WS=48467624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr7	48467653	rs34529024	GAA	G	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.160;QD=8.56;ReadPosRankSum=-1.022;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr7	48506416	rs4917151	G	C	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=153;SC=AAAATTAGCTGTATCTCACTT;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=48506424;WS=48506406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	48506566	rs4917152	A	G	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=5.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=2.428;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,64:0.62:104
chr7	48506642	rs4917153	A	G	2131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=1.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.34;ReadPosRankSum=-1.991;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,107:0.57:188
chr7	48506707	rs4917154	A	G	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.38;ReadPosRankSum=1.762;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,78:0.54:144
chr7	48506727	rs4917155	G	A	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=645;ReadPosRankSum=-0.342;SC=TTCATGATTGGTTATTTCATG;SOR=0.734;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=56;WE=48506735;WS=48506717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,66:0.55:119
chr7	48511297	rs7810026	T	C	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=559;ReadPosRankSum=2.110;SC=AACTGTGTCTTTATAACTTTT;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=32;WE=48511305;WS=48511287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,35:0.49:72
chr7	48511343	rs10251517	T	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.749;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=308;ReadPosRankSum=1.004;SC=GGAAAAGTTTTGTCACATAAA;SOR=2.391;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=20;WE=48511351;WS=48511333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr7	48520780	rs4472462	A	T	4798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.219;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.514;SC=TTGGGTCTTTACTTGTTTGGA;SOR=0.565;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=277;TCF=106;TCR=171;TR=191;WE=48520788;WS=48520770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,208:0.70:296
chr7	48522769	rs59521533	A	AT	993.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=1.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.343;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,66:0.33:199
chr7	48522845	rs1918584	CA	GG	2689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=39;PP=2302;SC=GCACAGGGTTCAGAAGGACCA;SOR=2.457;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=49;WE=48522854;WS=48522835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	48528732	rs17730186	G	A	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=432;ReadPosRankSum=-0.448;SC=AGGTGCCTTGGAAGTTAATTG;SOR=0.648;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=21;WE=48528740;WS=48528729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr7	48545879	rs6583447	A	T	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=622;ReadPosRankSum=-0.930;SC=ATGAGCTGCGATTCACCATGC;SOR=0.686;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=41;WE=48545887;WS=48545869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,45:0.64:70
chr7	48545976	rs6583448	A	G	6208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=121;NR=88;PP=2965;SC=CTTGCTGAACAAGGACAAGAT;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=121;TCR=88;TR=209;WE=48545984;WS=48545966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr7	48546011	rs12669976	T	C	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.913;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,91:0.32:285
chr7	48556566	rs74644650	C	G	2073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=64;PP=1395;ReadPosRankSum=1.247;SC=GCTTTTCTGACTGGAATTCAA;SOR=0.731;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=122;TCF=25;TCR=97;TR=81;WE=48556574;WS=48556556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,86:0.67:129
chr7	48563752	rs11185607	A	C	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=6;PP=952;SC=TGATATCTTCAATTTTTTACA;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=42;WE=48563760;WS=48563742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	48568043	rs1316349	C	A	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=1.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=2.663;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,82:0.33:248
chr7	48634168	rs55735040	C	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=152;ReadPosRankSum=1.469;SC=CAGAGTGCAACAAAGCCAATT;SOR=0.404;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=11;WE=48634176;WS=48634158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr7	48634295	rs55974693	C	A	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=592;ReadPosRankSum=2.083;SC=TCTGTGTTGCCTTTCCTTCAG;SOR=0.640;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=145;TCF=81;TCR=64;TR=51;WE=48634303;WS=48634285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,60:0.36:167
chr7	48654746	rs10255431	C	A	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.291;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=13;PP=954;ReadPosRankSum=1.817;SC=GATTTGGTTACCATGAGATTT;SOR=1.398;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=80;TCF=59;TCR=21;TR=56;WE=48654754;WS=48654736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,56:0.68:82
chr7	48654761	rs10243913	G	A	2415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.107;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=18;PP=947;ReadPosRankSum=0.807;SC=AGATTTCTGTGTAAAAAAATT;SOR=1.137;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=94;TCF=65;TCR=29;TR=64;WE=48654769;WS=48654751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,65:0.67:97
chr7	48886487	rs62454385	T	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=10.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.15;MQRankSum=-1.669;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=1.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,22:0.19:116
chr7	48886648	rs71537796	G	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=4.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.00;MQRankSum=-10.846;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.393;SOR=1.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,39:0.26:150
chr7	48886746	rs4320498	C	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.64;MQRankSum=-8.859;QD=1.69;ReadPosRankSum=-1.762;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,49:0.18:271
chr7	48886783	rs62454386	G	A	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.88;MQRankSum=-7.182;QD=1.77;ReadPosRankSum=1.705;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,65:0.19:344
chr7	48887548	rs4404869	G	C	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.941;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.770;NF=17;NR=38;PP=601;ReadPosRankSum=1.691;SC=CGTCGTCCTGGGGGTCCCAGC;SOR=0.977;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=165;TCF=61;TCR=104;TR=55;WE=48887556;WS=48887538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,61:0.33:185
chr7	48964172	rs6945680	G	C	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.985;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=466;ReadPosRankSum=-1.702;SC=TGGCCGCGGCGGCCTCCAGGA;SOR=0.343;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=34;WE=48964180;WS=48964162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,37:0.76:49
chr7	48964209	rs58317831	TG	T	2228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.457;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.504;NF=24;NR=14;PP=1333;ReadPosRankSum=-1.453;SC=GCGGTCGAGCTGGGCCGCCGC;SOR=0.435;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=38;WE=48964217;WS=48964199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,71:0.82:87
chr7	48964255	rs6968293	A	C	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.740;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.591;NF=59;NR=30;ReadPosRankSum=2.034;SC=TTGACCTCGCAGGGTGTGAAG;SOR=0.419;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=118;TCF=81;TCR=37;TR=89;WE=48964263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,103:0.75:137
chr7	48964322	rs11767646	G	T	3479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=1.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQRankSum=1.031;QD=13.86;ReadPosRankSum=0.343;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,163:0.65:251
chr7	48965000	rs10259692	G	A	3804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.482;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.352;NF=88;NR=70;PP=2648;ReadPosRankSum=0.155;SC=AACGCTTTACGGATGCTGGCT;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=248;TCF=137;TCR=111;TR=158;WE=48965008;WS=48964990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,163:0.65:252
chr7	48965427	rs145470654	A	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=3.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.10;MQRankSum=-10.286;QD=3.30;ReadPosRankSum=-3.098;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,41:0.22:184
chr7	49815390	rs769604	C	G	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=37;PP=1205;ReadPosRankSum=0.425;SC=ACCCCGCAGGCGGAAGCCCTG;SOR=0.695;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=123;TCF=68;TCR=55;TR=85;WE=49815398;WS=49815380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,98:0.66:149
chr7	49951519	rs10639154	G	GCACACA	516.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.45;ReadPosRankSum=0.197;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr7	49951544	rs7792519	T	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.375;NF=15;NR=7;PP=411;ReadPosRankSum=3.642;SC=CACACACACATATATATACTG;SOR=2.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=22;WE=49951552;WS=49951534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr7	50023122	rs988392	C	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=350;ReadPosRankSum=-0.412;SC=TAGCCTAAAACATAAATACAA;SOR=0.569;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=22;WE=50023130;WS=50023112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr7	50070921	rs1351691	C	G	32.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr7	50132500	.	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.51;ReadPosRankSum=-1.916;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,16:0.14:115
chr7	50144059	rs3034461	T	TTA	1103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=998;ReadPosRankSum=0.614;SC=TTTCATTGTATTATATATATA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=23;WE=50144067;WS=50144049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
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chr7	50537677	rs11378977	C	CA	517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=13.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.203;SOR=3.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
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chr7	50544269	rs5884156	AG	A	2001.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.387;NF=19;NR=18;PP=1490;ReadPosRankSum=0.695;SC=GCTGTGGCGTAGCCCCCCAGC;SOR=0.794;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=37;WE=50544277;WS=50544259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,60:0.62:97
chr7	50545191	rs4992502	C	A	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=19;PP=897;ReadPosRankSum=1.154;SC=CCATAGCAGGCCCTGACCATG;SOR=0.838;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=101;TCF=66;TCR=35;TR=61;WE=50545199;WS=50545181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,67:0.61:109
chr7	50547584	rs11575457	A	C	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.13;ReadPosRankSum=1.444;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,48:0.65:74
chr7	50547661	rs11575456	AGCCCT	A	541.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.428;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=295;ReadPosRankSum=-0.945;SC=ACCTGCTCCCAGCCCTGCCCT;SOR=0.358;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=7;WE=50547673;WS=50547651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr7	50566671	rs3807562	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=206;ReadPosRankSum=0.753;SC=AGGACAGGCTGTATGGCTGGG;SOR=1.885;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=12;WE=50566679;WS=50566661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr7	50566762	rs2876829	C	T	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.903;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=522;ReadPosRankSum=0.983;SC=TAGCAAGAGACTGGACGTCAG;SOR=1.063;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=39;WE=50566770;WS=50566752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,46:0.53:86
chr7	50596864	rs3735273	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=307;ReadPosRankSum=-0.102;SC=ACCAAACATTCGGGTCTTGAA;SOR=0.906;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=20;WE=50596872;WS=50596854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr7	50597056	rs6950777	G	A	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.491;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=880;ReadPosRankSum=0.778;SC=TTCAAGAGAAGGTCCAAATGA;SOR=0.860;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=201;TCF=107;TCR=94;TR=61;WE=50597064;WS=50597046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,68:0.30:230
chr7	50611735	rs6264	T	C	6053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr7	50663298	.	T	TGACACACACA	542	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=20;MQ=59.35;NF=0;NR=10;PP=542;QD=57.5;SC=ACACACTCTCTTACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=10;WE=50663308;WS=50663288;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:25,10:0.29:35
chr7	50671481	rs7456867	C	G	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=688;SC=TACAGATACACTCTGGGCAGA;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=50671489;WS=50671475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	50672907	rs4947709	T	C	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=493;ReadPosRankSum=-1.270;SC=CGCATAGAGCTGTTCCTCTGG;SOR=1.542;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=22;WE=50672915;WS=50672899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr7	50673029	rs4947710	T	C	7307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=151;NR=108;PP=2965;SC=TCTGGGCCTCTGCCGGATTCT;SOR=0.947;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=260;TCF=151;TCR=109;TR=259;WE=50673037;WS=50673019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr7	50742118	rs2715128	A	G	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=236;SC=CTCTGCCCATAAGGCCTGGAC;SOR=1.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=50742126;WS=50742108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	50742180	rs1800504	C	T	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=12;PP=898;SC=CCCTCTGCCTCGGGGACACCT;SOR=1.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=50742188;WS=50742170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	50799889	rs2074777	C	T	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=8;PP=550;SC=AGAAACGATCCATGGCTGCTG;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=50799897;WS=50799879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	50800100	.	G	GA	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=2.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.107;QD=0.39;ReadPosRankSum=0.888;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,31:0.19:167
chr7	50800169	rs2108350	T	C	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=64;PP=1901;SC=CAGCTCTTGGTCTTAGCTTGT;SOR=1.320;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=33;TCR=64;TR=97;WE=50800177;WS=50800159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	51085127	rs3214180	A	AT	2723.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.786;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.15;MQRankSum=0.729;NF=12;NR=25;PP=1362;ReadPosRankSum=2.130;SC=AACTGTGCGCATTTGGCCTGT;SOR=0.439;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=37;WE=51085135;WS=51085117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,110:0.80:138
chr7	51093013	rs2240087	A	T	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.47;ReadPosRankSum=0.069;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,69:0.66:105
chr7	51094216	rs2285841	C	T	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.798;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=10;PP=697;ReadPosRankSum=0.519;SC=GAGCTCCTGGCGCCATGGAAG;SOR=1.287;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=44;WE=51094224;WS=51094206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
chr7	51096147	rs61739182	A	G	6691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.738;SC=CCACATCAGCATGGACTTTTG;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=434;TCF=233;TCR=201;TR=295;WE=51096155;WS=51096137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,312:0.69:453
chr7	51097063	rs10230120	T	G	3612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.099;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=75;PP=2215;ReadPosRankSum=0.390;SC=CGCCAGGGAGTCTCTCCTGCT;SOR=1.032;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=231;TCF=113;TCR=118;TR=141;WE=51097071;WS=51097053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,156:0.61:255
chr7	51097216	rs17656599	G	A	2221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.70;ReadPosRankSum=-1.249;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,104:0.59:175
chr7	51153024	rs59837144	GTACAATCAAAGTACTTTGTACCTATGAAGT	GACAATCAAAGTACTTTGTACCTATGAAGT,G	2362.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.965;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=2974;ReadPosRankSum=1.691;SC=AAGAAGGAAAGTACAATCAAA;SOR=1.173;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=24;WE=51153069;WS=51153014;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.55:110
chr7	51153027	.	CAATCAAAGTACTTTGTACCTATGAAGTACAAAGA	C	2351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.894;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.38;ReadPosRankSum=1.438;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,61:0.55:110
chr7	51153056	.	CAAAGA	C	2943	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=56.75;NF=4;NR=22;PP=2943;QD=20;SC=CTATGAAGTACAAAGAAGGCA;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=26;WE=51153069;WS=51153014;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:19,26:0.58:45
chr7	51287470	rs801142	A	G	8616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=162;NR=140;PP=2965;SC=TCTCCAGCCCACTAGGCAGGA;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=302;TCF=162;TCR=140;TR=302;WE=51287478;WS=51287460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr7	53103371	rs72598684	G	T	5449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=117;NR=66;PP=2965;SC=AGCCATGGGCGCTGCAGCTCC;SOR=1.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=117;TCR=66;TR=183;WE=53103390;WS=53103361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr7	53103382	rs72598685	G	T	6002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.979;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.607;SC=CTGCAGCTCCGGCCGAGTCCG;SOR=0.930;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=209;TCF=130;TCR=79;TR=206;WE=53103390;WS=53103361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,224:1.00:225
chr7	53103673	rs1184320	C	A	8502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=1.260;SC=CTGCCCTTCCCGGGGAGACCG;SOR=0.246;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=309;TCF=156;TCR=153;TR=307;WE=53103681;WS=53103663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,325:1.00:326
chr7	53104078	rs72598686	G	A	14313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=255;NR=260;PP=2965;SC=CTCTGAAGCCGAGCCTCGGCC;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=521;TCF=255;TCR=266;TR=515;WE=53104086;WS=53104068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,549:1.00:549
chr7	54614698	rs11432820	C	CG	13688.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=119;PP=2966;SC=AGCGTGAGTGCGGGGCGCGCC;SOR=0.808;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=157;TCF=31;TCR=126;TR=150;WE=54614706;WS=54614688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr7	54618010	rs2293343	C	T	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=70;PP=2025;SC=AGGTGAGCACCGAGCCTGCAC;SOR=2.380;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=23;TCR=70;TR=93;WE=54618018;WS=54618000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	54621526	rs662136	T	C	7091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=164;NR=69;PP=2965;SC=ATATACTAAGTCATTCTCTAC;SOR=1.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=164;TCR=71;TR=233;WE=54621534;WS=54621516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr7	55002836	rs35747839	G	GA	1103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=4;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.720;NF=13;NR=5;PP=1066;ReadPosRankSum=1.215;SC=ATAAATAGTTGAAAATCCAAA;SOR=1.121;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=18;WE=55002849;WS=55002826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,31:0.38:81
chr7	55002841	rs2330916	T	G	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.083;HP=4;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.541;NF=18;NR=6;PP=1058;ReadPosRankSum=1.081;SC=TAGTTGAAAATCCAAAGAAAA;SOR=1.079;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=24;WE=55002849;WS=55002826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,32:0.38:85
chr7	55004546	rs2005868	C	T	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.166;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,43:0.35:123
chr7	55086780	rs712830	A	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=-2.094;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr7	55087139	rs17335738	G	T	569.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=270;ReadPosRankSum=-0.115;SC=GCGCACCGGCGCACCGGCTCG;SOR=0.638;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=20;WE=55087147;WS=55087129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,24:0.86:28
chr7	55214348	rs2072454	C	T	9828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=203;NR=138;PP=2965;SC=CCCTGTGCAACGTGGAGAGCA;SOR=0.987;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=341;TCF=203;TCR=138;TR=341;WE=55214356;WS=55214338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr7	55214367	.	C	T	2676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=62;PP=1540;ReadPosRankSum=-1.450;SC=CATCCAGTGGCGGGACATAGT;SOR=0.645;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=400;TCF=228;TCR=172;TR=141;WE=55214375;WS=55214357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,155:0.35:438
chr7	55218903	rs2075109	T	C	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=28;PP=1278;SC=ATTTATTGAATGTGCTTAACT;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=85;WE=55218911;WS=55218893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	55219159	rs2075110	C	T	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=11;PP=420;SC=CAAAGAGTTACTTTATTACAG;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=55219167;WS=55219149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	55220177	rs11506105	A	G	8416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=1.219;SC=GCTCTGCGACATCCCTGGGAA;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=301;TCF=168;TCR=133;TR=299;WE=55220185;WS=55220167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,327:0.99:329
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chr7	55249063	rs1050171	G	A	5772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.877;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=0.545;SC=CCACCGTGCAGCTCATCACGC;SOR=0.853;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=361;TCF=196;TCR=165;TR=246;WE=55249071;WS=55249053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,266:0.68:391
chr7	55266417	rs1140475	T	C	11600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
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chr7	55468773	rs815929	C	A	873.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=9;PP=630;SC=GCCTCTCTCTCTATATATGTC;SOR=2.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=55468781;WS=55468763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	55495987	rs2272227	T	C	4323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
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chr7	55540791	rs712819	G	C	7001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=102;NR=131;PP=2965;SC=CCATCACACCGCAAGTATGTG;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=102;TCR=131;TR=233;WE=55540799;WS=55540781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr7	55560190	rs74389879	T	C	3240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=2.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.53;ReadPosRankSum=2.852;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,97:0.35:281
chr7	55560198	rs78616515	T	C	3168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.15;ReadPosRankSum=2.371;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,86:0.36:241
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chr7	55560224	rs74451584	A	G	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=794;ReadPosRankSum=-1.182;SC=AATGACTCCCAAATGCACGAG;SOR=0.757;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=141;TCF=52;TCR=89;TR=55;WE=55560232;WS=55560214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,62:0.40:155
chr7	55565133	rs117946845	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.438;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr7	55565286	rs372325187	AAGG	A	759.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.236;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=1485;ReadPosRankSum=-0.150;SC=GGTAGGGAACAAGGAGGAGTT;SOR=1.400;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=33;WE=55565296;WS=55565276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr7	55565513	rs117645790	C	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=251;ReadPosRankSum=-2.445;SC=AAGGACAGAACTGCCTCCACT;SOR=0.446;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=19;WE=55565521;WS=55565503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr7	55588572	rs77077324	A	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=27;ReadPosRankSum=0.773;SC=GCTGTCCTCAACGTAACTGGT;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=5;WE=55588580;WS=55588562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr7	55606342	rs139766541	G	C	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.381;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=51;PP=1224;ReadPosRankSum=-1.413;SC=CAAGAGTTTCGCTGAGCATTG;SOR=0.604;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=320;TCF=151;TCR=169;TR=99;WE=55606350;WS=55606332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,108:0.31:354
chr7	55629723	rs1404563	A	G	2775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.858;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=45;PP=1512;ReadPosRankSum=-0.608;SC=ATCCTCATCTATGCATCAGAA;SOR=0.534;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=161;TCF=95;TCR=66;TR=103;WE=55629731;WS=55629713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,121:0.63:191
chr7	55629801	rs151113425	T	C	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=550;ReadPosRankSum=0.486;SC=CGAAACTCCCTACCTCATTCT;SOR=0.709;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=144;TCF=69;TCR=75;TR=51;WE=55629809;WS=55629791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,62:0.36:171
chr7	55639970	rs200450690	G	A	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.961;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,36:0.40:90
chr7	55750390	rs11238374	A	G	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=13.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQRankSum=-3.652;QD=2.38;ReadPosRankSum=1.468;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,78:0.21:376
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chr7	55832429	rs146909187	G	GT	514.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.005;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.20;MQRankSum=0.080;QD=13.91;ReadPosRankSum=0.512;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,32:0.86:37
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chr7	56051672	rs150298305	T	TTATATGTATA	590.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=2979;SC=ATGTCTAGCATTATATGTATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=56051680;WS=56051662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr7	56059591	rs10435504	G	C	12137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
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chr7	56084856	rs71015158	C	CA	736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=0;PP=681;SC=AGTTGCATTCCAAAGACATTA;SOR=3.014;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=56084864;WS=56084851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr7	56119730	rs3735665	T	A	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.90;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	56122058	rs6593297	A	T	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=4;PP=481;SC=TTTTCTACTTACAGCAAATTC;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=56122066;WS=56122051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	56126360	rs2230197	T	C	8918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=163;NR=151;PP=2965;SC=AAGGCATAGTTGCTCTGCGCA;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=314;TCF=163;TCR=151;TR=314;WE=56126368;WS=56126350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr7	56132122	rs3813505	C	T	4623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr7	56136260	rs4245575	C	A	6460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=122;NR=110;PP=2965;SC=GAGATGGTGACGGGCCTGTGC;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=122;TCR=110;TR=232;WE=56136268;WS=56136250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr7	56141707	.	CAAAAAAAAAAAAAAAAAAA	C	1598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.74;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,46:0.88:52
chr7	56142519	rs4948104	A	G	3136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=64;PP=1875;SC=GGCTGGGCGCAGTGGCTTATG;SOR=1.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=43;TCR=64;TR=107;WE=56142527;WS=56142509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr7	56147589	rs10800	A	G	6382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=134;PP=2965;SC=CACACAAACAATTGGAACAGA;SOR=1.461;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=81;TCR=134;TR=215;WE=56147597;WS=56147579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr7	56151526	rs2242509	G	A	8787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=146;NR=182;PP=2965;SC=GCCACTCTCCGTGGAGAACCA;SOR=0.996;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=330;TCF=146;TCR=184;TR=328;WE=56151534;WS=56151516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr7	56155219	rs6945795	C	T	2493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=17;PP=1341;SC=TGGGGCCACACTCCCTGGCTT;SOR=2.208;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=85;TCF=65;TCR=20;TR=80;WE=56155227;WS=56155209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	56174115	rs10043	A	C	5878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr7	56174140	rs816407	G	T	7168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr7	56717637	rs1906630	T	A	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.295;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=59.99;MQRankSum=-1.858;NF=47;NR=25;PP=869;ReadPosRankSum=-1.349;SC=GGGATCCGTCTTTTGTGTCAT;SOR=0.944;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=198;TCF=123;TCR=75;TR=72;WE=56717645;WS=56717627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,78:0.37:213
chr7	56717788	rs1849659	A	G	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.886;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.814;NF=12;NR=36;PP=773;ReadPosRankSum=0.885;SC=GAAAAAAATAACATGACTCTT;SOR=1.260;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=125;TCF=39;TCR=86;TR=48;WE=56717796;WS=56717778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,55:0.39:141
chr7	56879403	rs10277636	T	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=140;ReadPosRankSum=-0.248;SC=CTGCGGGGGCTGCCCCAAGGC;SOR=1.085;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=11;WE=56879411;WS=56879393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr7	56879527	rs10274643	A	G	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=160;ReadPosRankSum=-0.033;SC=TGGGCCTGGAAAGGCCAACAG;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=13;WE=56879535;WS=56879517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr7	56879552	rs10277871	T	C	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.92;ReadPosRankSum=0.649;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
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chr7	57069669	rs1467279	T	C	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.783;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.582;NF=18;NR=0;PP=285;ReadPosRankSum=-1.765;SC=GGACAGACCATGGTCTTGGAA;SOR=2.964;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=18;WE=57069677;WS=57069659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
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chr7	57188718	rs62464802	T	C	14489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=267;NR=256;PP=2965;SC=GTGCACCTCATATTCACCCAC;SOR=0.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=524;TCF=267;TCR=257;TR=523;WE=57188726;WS=57188708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,545:1.00:545
chr7	57233554	rs34820155	G	C	8258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr7	57245247	rs11763159	A	G	6739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=121;NR=111;PP=2965;SC=TAGGGTGTGAAGATTGTGGTT;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=121;TCR=111;TR=232;WE=57245255;WS=57245237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr7	57528997	rs10272498	T	C	3615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=1.274;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,192:0.38:505
chr7	57529392	rs13235676	A	C	3335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=752;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=0.039;QD=4.45;ReadPosRankSum=-1.094;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:533,217:0.29:750
chr7	63033167	.	T	G,TGAGGAG	927.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.212;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.54;MQRankSum=-1.007;QD=25.77;ReadPosRankSum=0.831;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,26,8:0.72,0.22:36
chr7	63033229	.	T	TACGGCCCCCGGCGCC	1211.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.793;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-1.432;NF=8;NR=7;PP=1128;ReadPosRankSum=-0.492;SC=GCGCTGCAGTTACGGCCCCCG;SOR=1.828;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=15;WE=63033237;WS=63033219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr7	63033297	rs111637000	C	T	2269.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.016;NF=55;NR=41;PP=2788;ReadPosRankSum=-0.407;SC=TGTCTCCGAGCCGCTGCTGCT;SOR=0.679;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=111;TCF=66;TCR=45;TR=96;WE=63033311;WS=63033287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,104:0.70:149
chr7	63033298	.	C	CGCT	1268.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=-0.063;QD=8.87;ReadPosRankSum=0.350;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,40:0.28:143
chr7	63529956	rs4349869	G	A	3787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr7	63537638	rs34875861	CT	C	777.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.89;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,50:0.89:56
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chr7	63538924	rs28360698	G	A	5533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=95;PP=2965;SC=TAAACATAAGGTAATTCATAC;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=85;TCR=95;TR=180;WE=63538932;WS=63538914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr7	63673608	rs10252019	C	T	7146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=1.766;SC=TGAGGTTAACCTCAATACATA;SOR=0.989;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=107;TCR=132;TR=237;WE=63673616;WS=63673598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,267:0.99:269
chr7	63680401	rs10258764	C	T	8610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.999;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.179;NF=140;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=1.486;SC=GAGAGAAACCCTACACATGTG;SOR=0.137;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=301;TCF=143;TCR=158;TR=295;WE=63680409;WS=63680391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,318:0.99:320
chr7	63726645	rs1830035	T	C	8971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.86;ReadPosRankSum=-0.914;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,332:0.99:334
chr7	63726678	rs1830036	T	A	9092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=1.875;SC=ACCCTTCAACTGCTCTTCAAC;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=305;TCF=162;TCR=143;TR=303;WE=63726686;WS=63726668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,331:0.99:333
chr7	63796822	rs60337982	AT	A	2537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=54;PP=1680;SC=TTTTCTTCTGATTTTTTTGGA;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=4;TCR=59;TR=58;WE=63796830;WS=63796812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	63797256	rs2086168	A	C	2712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=59.52;NF=66;NR=24;PP=1590;SC=TTTTTTTCTAATAAAACAGGT;SOR=1.413;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=66;TCR=24;TR=90;WE=63797264;WS=63797233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	63981563	rs10243954	A	G	4407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=54;PP=2501;ReadPosRankSum=-0.875;SC=AATTATTGTCACATTTTTCAG;SOR=0.488;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=102;TCR=56;TR=155;WE=63981571;WS=63981553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,179:0.99:180
chr7	64023198	rs112656525	G	T	4293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.642;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=54;PP=2740;ReadPosRankSum=-1.494;SC=TCGGGCCGCGGATTTTGGAGC;SOR=0.318;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=103;TCR=55;TR=155;WE=64023206;WS=64023188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,171:0.99:173
chr7	64023371	rs6969879	T	C	7445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=114;NR=143;PP=2965;SC=GATAACGGAGTCACAGAGGCT;SOR=1.071;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=257;TCF=114;TCR=143;TR=257;WE=64023379;WS=64023361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr7	64254791	rs10949938	G	T	5548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=122;NR=66;PP=2965;SC=TCTTCCGGGAGGCGGCGGGGT;SOR=1.322;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=122;TCR=66;TR=188;WE=64254799;WS=64254781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr7	64254901	rs11983033	T	C	13577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=253;NR=229;PP=2965;SC=ATCTGGTTATTGGGAGATTCA;SOR=0.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=482;TCF=253;TCR=229;TR=482;WE=64254909;WS=64254891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,519:1.00:519
chr7	64275284	rs7809431	C	T	7341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.829;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=2.729;SC=TTTGTGTGTGCGTGTTTTTCA;SOR=1.240;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=280;TCF=179;TCR=101;TR=271;WE=64275292;WS=64275276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,283:0.97:293
chr7	64275470	.	A	AT	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.061;QD=2.40;ReadPosRankSum=2.466;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,52:0.30:171
chr7	64275548	rs10236928	A	G	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=55;PP=1545;SC=CTGTTTTCAAAAGAATCTTTG;SOR=4.294;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=60;TCF=5;TCR=55;TR=59;WE=64275556;WS=64275538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	64276089	rs9654821	A	G	9121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=139;NR=171;PP=2965;SC=CAAGGAGAAGACCACTCCTTT;SOR=0.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=310;TCF=139;TCR=171;TR=310;WE=64276097;WS=64276079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr7	64291225	rs6460193	G	T	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=18;PP=1050;SC=GGATGTGTCAGGTCTGAAATT;SOR=1.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=62;WE=64291233;WS=64291215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	64291244	rs7787287	T	C	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=24;PP=1608;SC=TTTTTTAGGGTTTTTTTAGTT;SOR=1.657;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=61;TCR=25;TR=85;WE=64291252;WS=64291234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	64291267	rs6460194	A	T	4352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=47;PP=2557;SC=TTCTTGTTTCATCTTAATAGT;SOR=1.290;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=91;TCR=47;TR=138;WE=64291275;WS=64291257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr7	64291333	rs4483043	T	A	6795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr7	64291976	rs10949946	G	A	4431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.037;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=68;PP=2643;ReadPosRankSum=-0.629;SC=GAGTGTAAGGGACACCAAGGA;SOR=0.262;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=81;TCR=69;TR=149;WE=64291984;WS=64291966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,162:0.99:163
chr7	64291991	rs4236203	T	A	3943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=68;NR=67;PP=2296;SC=CAAGGAGGTTTTAATGGACTT;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=68;TCR=67;TR=135;WE=64291999;WS=64291981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr7	64312707	rs7804955	T	C	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=314;SC=TAGTCTTTAATTGAAGCGATG;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=64312715;WS=64312697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	64312825	rs17146448	C	G	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.62;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr7	64389067	rs1830080	G	A	4294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=64;PP=2509;ReadPosRankSum=-0.923;SC=ATTCATACTGGAGCAAAACCT;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=74;TCR=67;TR=136;WE=64389075;WS=64389057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,158:0.98:162
chr7	64389478	rs3663	T	G	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=556;SC=TATAAGATAATTCATACTGGA;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=64389486;WS=64389468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	64437406	rs4607487	A	G	9161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=151;NR=164;PP=2965;SC=GTTTGAGGATAAGTTAAAAGC;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=318;TCF=153;TCR=165;TR=315;WE=64437414;WS=64437396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr7	64437648	rs10949955	G	A	2743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=50;PP=1533;SC=GGTCTGTAAGGTTTGAAGATC;SOR=1.125;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=90;WE=64437656;WS=64437638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	64438403	rs4718175	G	A	3879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=60;PP=2482;SC=TGTTTAGTAAGGGTTGAGAAA;SOR=0.783;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=61;TCR=60;TR=119;WE=64438411;WS=64438393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	64438667	rs1404453	G	A	11927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=209;PP=2965;ReadPosRankSum=1.870;SC=GTTGAAGATCGGTTAAAGGCT;SOR=0.289;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=430;TCF=219;TCR=211;TR=425;WE=64438675;WS=64438657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,441:1.00:442
chr7	64439613	rs3807068	T	G	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=26;PP=831;SC=TGCGACATTCTTTACATTTAA;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=64439621;WS=64439603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	64439701	rs3807069	C	T	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=16;PP=703;SC=ATATTTATTACATTGAAATAT;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=64439709;WS=64439691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	64439938	rs1852016	C	T	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	64451558	rs11771269	G	A	4231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr7	64451656	rs4718177	G	A	6457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NF=115;PP=2965;SC=TTTCTTTGATGACCTTTCCTT;SOR=0.718;Source=Platypus;TCF=115;WE=64451664;WS=64451646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr7	64451699	rs4717229	T	C	4894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=74;PP=2850;SC=GTTAGTAAGGTTGAACTTTCC;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=84;TCR=75;TR=157;WE=64451707;WS=64451689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr7	64451963	rs4618579	T	C	4188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=58;PP=2229;SC=AGGCCATTCATTGTCCTTCCA;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=71;TCR=58;TR=129;WE=64451971;WS=64451953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr7	64453136	rs6460219	G	A	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=47;PP=1943;SC=TTCAAACCAGGTCCCAGGTGA;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=69;TCR=47;TR=116;WE=64453144;WS=64453126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr7	64498782	rs34438629	G	T	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.37;QD=27.51;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	64535312	rs71533998	C	T	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=25.51;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	64535417	rs1852024	T	C	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.62;QD=25.92;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	64535529	rs5001356	C	T	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=9;PP=317;SC=TGGGGCCCTCCGCCCTGGCGG;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=64535537;WS=64535519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	64639920	rs73699606	C	T	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=36;PP=512;SC=CCCTCACCCCCCCCCCCCCCG;SOR=5.031;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=38;WE=64639928;WS=64639909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	64639965	rs113933022	G	A	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=23;PP=596;SC=ACAGTATATCGGGCAGCACAG;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=23;WE=64639973;WS=64639955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	64670116	rs141830477	C	T	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=6;PP=330;SC=AATTATTTTACGTTTCTTTTC;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=64670124;WS=64670106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	64852790	rs143107154	TTGTG	T	11257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.305;NF=57;NR=86;PP=2992;ReadPosRankSum=1.267;SC=ATATGTGTGTTTGTGTGTGTG;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=160;TCF=65;TCR=95;TR=143;WE=64852803;WS=64852780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,259:0.99:262
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chr7	65551931	rs313830	T	C	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=22;PP=719;SC=AGCGGGGGACTCTGCATGGAG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=65551939;WS=65551921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	65552230	.	C	CGT	863.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.579;QD=16.30;ReadPosRankSum=0.541;SOR=1.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,39:0.74:53
chr7	65552497	rs313829	A	G	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=45;PP=1460;SC=TTCATTGCCTATGGGCACTGA;SOR=1.577;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=70;WE=65552505;WS=65552487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	65552614	rs313828	T	C	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=17;PP=1161;SC=CCCCCAGCTGTTGCCCCACCC;SOR=1.651;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=54;WE=65552622;WS=65552604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	65554352	rs160647	C	T	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr7	65556936	rs1167406	G	C	3192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=41;PP=1591;SC=TCCTGGGCCTGGCAGCTTCAG;SOR=0.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=101;WE=65556944;WS=65556926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr7	65599246	rs5884583	CT	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.127;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr7	65599446	rs6958484	G	A	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=23;SC=ATTGATATTCGGCTGGGTTTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=65599454;WS=65599436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	65841981	rs6974355	A	G	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.29;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	66098384	rs3764904	G	A	5211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=4.675;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.06;ReadPosRankSum=1.343;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,204:0.98:208
chr7	66103435	rs57580125	C	CAGGA	3277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.497;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.314;NF=1;NR=41;PP=2335;ReadPosRankSum=-0.467;SC=GTCAGCTGCCCAGGATGGTGG;SOR=1.941;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=42;WE=66103443;WS=66103425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr7	66147057	rs1882655	T	C	2742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr7	66147149	rs3800822	A	G	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=26;PP=825;SC=GGACTGGGGAACCCAGACCTG;SOR=0.986;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=66147157;WS=66147139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	66147697	rs5884599	A	AG	2816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=33.14;SOR=1.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	66147746	rs2003300	C	G	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=695;ReadPosRankSum=0.053;SC=AGAAGCGTCCCGGAGTTGGGA;SOR=1.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=28;WE=66147754;WS=66147736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr7	66416137	rs148803801	TTG	T	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=1.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.24;ReadPosRankSum=-1.052;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,20:0.09:211
chr7	66479597	rs6968334	C	G	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.33;MQRankSum=-0.569;QD=25.64;ReadPosRankSum=-0.831;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,114:0.98:116
chr7	66648029	rs57386346	G	T	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=12;PP=688;SC=GGGTTCTCTGGATTGAAAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=66648037;WS=66648019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	70229595	rs1983487	T	G	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=183;SC=GAAAGTGTGCTCGTACAGGGA;SOR=2.147;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=70229603;WS=70229585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	70249728	rs71077682	TAAAAAAA	T	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=5.119;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.14;SOR=1.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr7	70252185	rs2293500	A	G	8891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr7	70254674	rs941346	G	T	3801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr7	70597675	rs6957446	T	C	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=4;PP=554;SC=GAGCAGGGGCTTGGATCCCTG;SOR=2.376;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=70597683;WS=70597665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	70598059	rs2903458	A	G	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=23;PP=669;SC=CCGGGGCTCGACGCGGGCGGG;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=70598067;WS=70598049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr7	70886107	rs11455716	G	GC	2223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=41;PP=1772;SC=TGGCTGGTGAGCCTGGCGGCC;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=42;WE=70886115;WS=70886097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	71036473	rs10277319	C	T	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=28;PP=920;SC=ATTTAAAGCTCCTTACAGCTG;SOR=1.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=46;WE=71036481;WS=71036463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	71571436	rs10950296	G	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	72193864	rs3015858	T	C	8701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.37;QD=44.17;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr7	72193868	rs2960999	G	A	8702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.67;QD=44.63;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr7	72209527	rs11354897	CA	C	11679.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.162;NF=20;NR=136;PP=2967;ReadPosRankSum=-0.770;SC=CGATGGCTCTCAATTCCATAG;SOR=0.756;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=21;TCR=144;TR=156;WE=72209535;WS=72209517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,324:0.99:328
chr7	72267637	rs200906243	C	CT	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=105;ReadPosRankSum=-0.099;SC=TCTCTAAATTCTTTTTTTTTT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=9;WE=72267645;WS=72267627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr7	72277630	rs67852668	C	A	5279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=117;NR=68;PP=2965;SC=GGGGGAAAGCCTCAAGAGATG;SOR=1.282;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=117;TCR=68;TR=185;WE=72277638;WS=72277620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr7	72277981	rs2286317	T	C	4315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.36;QD=25.39;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr7	72280978	rs11281952	G	GTGTGTT	3362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=12;PP=1669;SC=GTGTGTGCACGTGTGTGTGTG;SOR=1.678;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=28;WE=72280986;WS=72280968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	72281355	rs35534997	C	T	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=32;PP=849;SC=GAACAAAGGGCACCTTCATAA;SOR=3.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=37;WE=72281363;WS=72281345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	72395666	.	C	CCGGCGGCTG	1583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.92;QD=46.58;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	72395789	rs141884613	C	T	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=451;ReadPosRankSum=2.232;SC=GCTGGTTGGCCTCTTACTGTA;SOR=0.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=30;WE=72395797;WS=72395779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr7	72396170	.	GCGCCGCGCTCCCCAC	G	1065.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=42.63;SOR=6.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	72413581	rs71554687	G	A	1915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.261;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-17.844;NF=39;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.607;SC=CATGATCAAGGTCGTGCCTGC;SOR=1.443;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=389;TCF=162;TCR=227;TR=125;WE=72413601;WS=72413571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,120:0.30:404
chr7	72413593	rs71554688	T	C	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=23.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQRankSum=-16.085;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.571;SOR=1.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,97:0.26:375
chr7	72416333	rs237934	C	G	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=15;PP=425;SC=TCTGAGGCCCCGTGAAGATCA;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=72416341;WS=72416323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	72711986	rs62465077	G	T	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.58;QD=39.28;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	72711991	rs62465078	C	T	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.69;QD=43.22;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	72712121	rs62465079	T	C	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.04;QD=24.24;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	72717933	rs11544043	C	T	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=26;PP=1294;SC=GGAAAGTGAGCGCGTGGCACA;SOR=1.011;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=69;WE=72717941;WS=72717923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	72738350	rs55963844	C	CG	2627.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=23;PP=1520;SC=CTGGTCCCCGCGGCCTCTCCA;SOR=0.719;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=35;WE=72738358;WS=72738340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	72738749	rs28626137	A	G	5387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=65;PP=2046;SC=CACTGAAGCCAGTCCTCCAGC;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=113;WE=72738771;WS=72738739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr7	72738762	rs6980258	CA	TG	4856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=50;PP=2947;SC=CCTCCAGCTCCAGCAGGCTCA;SOR=1.314;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=83;WE=72738771;WS=72738739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr7	72750627	rs4717751	G	A	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=298;SC=TTTACAGCATGGGAATAGGCA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=72750635;WS=72750617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	72754919	.	C	CTTTT	46.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	72879898	.	G	GA	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.475;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=4.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.793;QD=1.50;ReadPosRankSum=1.113;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,21:0.28:75
chr7	72966422	.	CA	C	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=5.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=3.200;QD=2.18;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,35:0.33:107
chr7	73008883	.	C	CT	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.409;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=-0.768;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr7	73020301	rs799157	T	C	4171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=74;PP=2179;SC=AGAGAGTGTCTGAGATGTCGG;SOR=0.881;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=145;TCF=71;TCR=74;TR=143;WE=73020309;WS=73020291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr7	73096993	rs8891	T	C	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=11;PP=1120;SC=AGACTATCAATGGCCAAGGGT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=55;WE=73097001;WS=73096983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	73097654	rs1128349	C	T	5842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=2.414;SC=GTCCTCGCTCCTAGGCCCAGG;SOR=0.849;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=96;TCR=94;TR=187;WE=73097662;WS=73097644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,218:0.98:222
chr7	73112057	rs369894399	TG	T	2787.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=30.63;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	73118033	rs35459363	G	A	3012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	73118398	rs7807316	T	C	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=12;PP=1200;SC=GCAGCAGCCTTGAGCCACGCA;SOR=2.215;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=54;WE=73118406;WS=73118388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	73122923	rs2228607	A	G	3386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=1.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr7	73150511	rs1059779	T	C	4677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr7	73151195	rs3215356	AG	A	1105.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.808;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=932;ReadPosRankSum=0.311;SC=CTCCCCTGGTAGGGTCCCCAG;SOR=1.819;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=25;WE=73151203;WS=73151185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr7	73151644	rs6460052	A	G	5020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=90;PP=2791;SC=TGGCTGCCACATAGGTTGCAA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=86;TCR=90;TR=176;WE=73151652;WS=73151634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr7	73152578	rs367606949	AC	A	1414.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=39;PP=1715;SC=GAGAAGCGGGACCCCCCCTGC;SOR=3.306;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=62;WE=73152586;WS=73152568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	73153228	rs3812318	G	T	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=48;PP=1342;SC=CTTGAGCCCCGCCCTCTCCCC;SOR=4.139;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=57;WE=73153236;WS=73153218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	73184435	rs7084	G	C	3280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=60;PP=1552;SC=GGAGACGAGGGGCCGGGGCCG;SOR=1.057;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=50;TCR=62;TR=110;WE=73184443;WS=73184425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	73243786	rs4717822	T	G	5017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr7	73245519	rs8629	T	C	5262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr7	73249165	rs13246460	T	A	5512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.06;ReadPosRankSum=-0.724;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,218:0.99:220
chr7	73249299	rs13232463	G	C	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=30;PP=948;SC=AAGGTTGGACGAGTTGGTCCT;SOR=1.487;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=50;WE=73249307;WS=73249289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	73254464	rs73140869	G	T	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=5.114;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.30;ReadPosRankSum=2.829;SOR=0.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,54:0.92:59
chr7	73254812	rs13241921	T	C	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=41;PP=1109;ReadPosRankSum=-0.696;SC=GCCGGGGGCCTGGGCCTGTTC;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=45;TCR=42;TR=85;WE=73254820;WS=73254802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr7	73254910	rs13242043	T	A	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=22;PP=546;SC=TCAGTCATGGTTCACACCTGC;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=73254918;WS=73254900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	73255647	rs4717823	G	C	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=38;PP=940;SC=AAGCCTGGCTGGGGCTAGCGT;SOR=0.979;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=71;WE=73255655;WS=73255637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	73275396	rs4324825	G	A	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=5;PP=452;SC=GCAGTGGAGCGGCAGGAGCCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=73275404;WS=73275386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	73275501	rs11770024	T	C	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	73275565	rs11770052	T	A	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=1.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr7	73275769	rs11767129	C	T	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=14;PP=458;SC=AACTACAGTGCTGACATTTTC;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=73275777;WS=73275759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	73279233	.	C	CAAA	263	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=1.219;QD=10.96;ReadPosRankSum=-2.451;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr7	73279413	rs118088869	C	T	5344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.45;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,209:1.00:210
chr7	73279482	rs13227841	T	C	3872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=64;PP=1881;SC=CCAGGCTCTCTGGGCTGGGCT;SOR=0.792;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=64;TCR=64;TR=127;WE=73279490;WS=73279472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr7	73280020	rs1136647	C	T	5609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr7	73467650	.	CTG	C	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.515;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.556;NF=0;NR=4;PP=90;ReadPosRankSum=-1.207;SC=GTGAGCTGGGCTGTGTGTGTG;SOR=0.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=4;WE=73467659;WS=73467640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr7	73469169	rs2239691	C	T	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=15;PP=492;SC=AAGGACCCTCCTCTACTTGCC;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=73469177;WS=73469159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	73470714	rs2071307	G	A	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=57;PP=1842;SC=AGGTGTCCCTGGTGTCGGAGG;SOR=1.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=34;TCR=57;TR=90;WE=73470722;WS=73470704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	73470782	rs2856728	C	T	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;SC=CTTAGTCACACCTGGGGACAT;SOR=0.743;Source=Platypus;TCF=21;WE=73470790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	73479946	.	G	GA	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=2.132;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.568;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,21:0.26:81
chr7	73513242	.	CAA	C,CA	510.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=5.714;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.44;MQRankSum=0.633;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.828;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,15,21:0.36,0.50:42
chr7	73530046	rs149618	A	G	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=39;NR=11;PP=860;SC=GGCTGTCTACAGGTTGGCTTG;SOR=1.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=50;WE=73530054;WS=73530036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	73814749	rs2522943	G	C	8893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr7	74016918	.	G	GA	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.00;MQRankSum=1.198;QD=8.27;ReadPosRankSum=3.024;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr7	74114847	rs2301907	T	C	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.44;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr7	74167356	rs116428284	A	T	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=35.73;QD=25.29;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	74167490	rs373607978	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=4.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.96;MQRankSum=-1.047;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.245;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr7	74191707	rs145170670	C	T	3087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=66;PP=1881;SC=AGTGTGGGGACGGAGGAGGGA;SOR=1.309;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=114;WE=74191715;WS=74191697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
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chr7	74197598	.	T	A	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.14;QD=25.14;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr7	74212048	rs707395	C	T	13291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.41;QD=42.88;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr7	74489228	rs75800152	G	A	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=16;PP=1572;SC=GAAGGAGAGAGGGAGGAAGCC;SOR=1.936;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=68;WE=74489236;WS=74489218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	74489486	rs6955671	T	C	2738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=58;PP=1579;SC=CGGGAGCGCCTGGCCGCCGTC;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=97;WE=74489494;WS=74489476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	74524986	rs142604065	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.43;MQRankSum=0.275;QD=6.89;ReadPosRankSum=-1.103;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr7	74536839	.	ATTT	A	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.47;MQRankSum=-0.913;QD=5.47;ReadPosRankSum=2.412;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr7	74582543	.	T	G	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.61;QD=24.25;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	74608637	rs202106138	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.15;MQRankSum=1.373;QD=14.05;ReadPosRankSum=0.341;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr7	75044385	rs236649	C	T	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=13;PP=628;SC=GGCCCCTGTGCTCTGCCTGCC;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=75044393;WS=75044375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	75044830	rs236651	G	A	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.91;QD=27.24;SOR=1.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	75045496	rs201842651	AG	A	3427.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.92;QD=30.07;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	75051324	rs117499978	G	C	3045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=54;PP=1406;SC=CCGGGGCCGGGGCTGCAGAGT;SOR=0.973;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=52;TCR=54;TR=106;WE=75051332;WS=75051314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	75051368	rs398003	T	C	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=40;PP=1268;SC=AAGCTGGGGGTAAGGGCTGGC;SOR=1.194;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=71;WE=75051376;WS=75051358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	75071964	rs376646711	T	C	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.46;QD=24.57;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	75115201	rs186328613	C	A	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=18;PP=517;SC=GGGCTGCTGTCGCTGGCGCGC;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=75115209;WS=75115191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	75145266	rs5884966	TA	T	2639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=3.143;NF=6;NR=84;PP=2191;ReadPosRankSum=1.611;SC=CATTTTTTTTTAACCTTATCA;SOR=1.486;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=92;TCF=7;TCR=85;TR=90;WE=75145274;WS=75145255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,115:0.97:118
chr7	75171438	rs11773745	G	A	138.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.14;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	75176196	rs1167800	G	A	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=3;PP=609;SC=GTCTGTCACCGATGCCTCCTC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=75176204;WS=75176186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	75185985	rs794368	A	G	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.45;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	75398998	rs2302009	A	C	3483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr7	75442855	rs2302004	A	G	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=10;PP=801;SC=TCACTGGGCCACCCTTTCCCC;SOR=1.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=75442863;WS=75442845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	75510561	rs7807392	G	A	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=5;PP=454;SC=GTTTACCTGTGAGATCGGATA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=75510569;WS=75510551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	75511134	rs10255642	A	G	3327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=29;PP=1804;ReadPosRankSum=1.293;SC=CTCTAACCCGACTCCCTCTGC;SOR=0.625;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=79;TCR=31;TR=105;WE=75511142;WS=75511124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,124:0.97:128
chr7	75511667	rs77273947	C	T	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=48;PP=1094;ReadPosRankSum=-0.065;SC=TTTTTCGAAACAGAGTCTCTG;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=73;WE=75511675;WS=75511657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr7	75513062	rs42183	A	G	6926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=141;NR=107;PP=2965;SC=AGCGAGTGGCACTGAAGCTCG;SOR=0.817;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=141;TCR=107;TR=248;WE=75513070;WS=75513052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr7	75513216	rs4728517	T	A	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.69;ReadPosRankSum=1.182;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,54:0.93:58
chr7	75544455	rs3823884	A	C	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	75597545	rs10954724	C	T	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=9;PP=304;SC=TTCCTCCTGGCGGGGACCTGC;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=21;WE=75597553;WS=75597535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	75608674	rs10225188	G	T	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.726;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=14;PP=1576;ReadPosRankSum=0.485;SC=GGGCGGCCTGGAGGGCCCCCG;SOR=2.669;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=63;TCR=15;TR=76;WE=75608682;WS=75608664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr7	75608986	rs10239977	C	T	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=46;PP=1288;SC=AGGGGGAGGCCGGCAGGGAGT;SOR=2.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=59;WE=75608994;WS=75608976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	75610763	rs2286819	G	A	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	75612770	rs13223707	C	G	4297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=18;PP=2140;SC=CAACCAGAAGCGTCCTTGGAG;SOR=2.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=75;TCR=18;TR=92;WE=75612791;WS=75612760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	75612783	rs13240147	G	A	4832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=30;PP=2432;SC=CCTTGGAGACGGAGACTCAGA;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=84;TCR=30;TR=114;WE=75612791;WS=75612760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr7	75613998	rs4732514	C	T	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=8;PP=1455;SC=CACCTGTTGCCGCAGAGCTGG;SOR=3.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=52;TCR=8;TR=60;WE=75614006;WS=75613988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	75614029	rs4732515	T	C	3140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=23;PP=2189;SC=CACCCCCTCCTGCCGCAGCCA;SOR=2.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=80;TCR=23;TR=103;WE=75614037;WS=75614019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	75614082	rs4732516	C	G	6363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.31;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr7	75614863	rs2302431	TG	CT	4224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=31;PP=2947;SC=AGGGCCTCGGTGTGGCGGTGG;SOR=1.354;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=83;WE=75614872;WS=75614853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	75614953	rs2228104	T	C	6469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=129;NR=91;PP=2965;SC=AGACCAAGGCTGGCCGCATCA;SOR=0.928;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=130;TCR=91;TR=220;WE=75614961;WS=75614943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr7	75615287	rs1057870	G	A	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=53;PP=2117;SC=GCCGCCGCTCGGATGAGGACT;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=63;TCR=53;TR=116;WE=75615295;WS=75615277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr7	75616778	rs11767816	A	T	5999.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;QD=43.79;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr7	75616778	.	AC	TA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=18;MQ=60.14;NF=68;NR=47;PP=2947;QD=20;SC=TACTCAGAAGACCCAGTCCCT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=71;TCR=50;TR=115;WE=75616787;WS=75616768;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,115:0.95:121
chr7	75616779	rs11766464	C	A	5999.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;QD=43.79;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr7	75616817	rs201142190	GGACA	G	5087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=54;PP=2979;SC=CGCAGAGGACGGACAGACAGA;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=16;TCR=58;TR=68;WE=75616828;WS=75616807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	75621661	rs2286826	G	C	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=15;PP=382;SC=AGGGCAAACAGGGCCCAGAGA;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=75621669;WS=75621651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	75621827	rs4732519	A	G	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=14;PP=531;SC=CAATTGTTCTAAAGTTTGGTC;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=75621835;WS=75621817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	75621979	rs6467956	T	C	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=176;SC=CTGGGAGGGTTTCGCTCAGCG;SOR=1.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=75621987;WS=75621969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	75628457	.	A	AAAAT	440	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=1;NR=7;PP=440;QD=56.75;SC=CTCCGTCTCAAAAAAAAATAA;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=75628469;WS=75628447;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr7	75628460	.	A	AT	988.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.20;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	75628461	.	A	AAAT	988.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.20;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	75629778	rs3801472	T	C	4275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=65;PP=2509;SC=AGTTAGGAGCTCCGAGTTCCG;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=73;TCR=66;TR=138;WE=75629786;WS=75629768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr7	75630274	rs8565	T	C	4775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr7	75633209	rs2058389	T	C	2320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=36;PP=1064;SC=TCAGGTGGAATGCAGAATGCA;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=80;WE=75633217;WS=75633199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	75643313	rs7798794	C	T	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=29;PP=800;SC=TATTTATTTTCTGAGACAGAG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=48;WE=75643321;WS=75643303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	75658197	rs13240967	C	T	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=35;PP=1040;SC=AACCCCAGCACTTTGGAAGGC;SOR=2.024;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=49;WE=75658205;WS=75658187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	75659815	rs1044483	T	C	5108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=97;PP=2590;SC=AAAGCTCTGTTGGTTCACATA;SOR=1.049;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=176;TCF=78;TCR=98;TR=175;WE=75659823;WS=75659805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr7	75659922	rs141103917	A	C	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=880;ReadPosRankSum=-0.869;SC=ATAATGAATTAAACTCTTTTT;SOR=1.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=37;WE=75659930;WS=75659912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr7	75677430	rs10231092	C	G	3651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr7	75694345	rs3214335	TC	T	1743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=32;PP=1443;SC=TCAGGAGCTCTCCCTGGCCCT;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=35;WE=75694353;WS=75694335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	75806299	rs12538908	A	G	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=8;PP=398;SC=TCAAGGTGCCATACTCCAAGT;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=75806307;WS=75806289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	75912536	rs3839766	TG	T	528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.83;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	75914934	rs75544239	G	GC	2223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=1322;ReadPosRankSum=0.315;SC=TCCCGGCAGCGCCGCAAGCGT;SOR=1.582;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=47;WE=75914944;WS=75914924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
chr7	76023088	rs140509712	C	CG	5655.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=60;PP=2973;SC=TGCCGGCTCCCGGCAGAGCCC;SOR=1.116;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=80;TCF=16;TCR=64;TR=76;WE=76023096;WS=76023078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr7	76023131	rs35508921	A	AG	7456.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=59;PP=2936;SC=CCGCAGACCCAGGCACCGCCA;SOR=0.944;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=79;TCF=19;TCR=60;TR=75;WE=76023139;WS=76023117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr7	76062441	.	T	TTTGGTTTTGGTTGGTTTTGG	2161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=50.27;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	76131586	rs2690683	G	A	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=15;PP=862;SC=CACTGTTGGCGAGCATGACCC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=45;WE=76131594;WS=76131576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	76131645	rs6979487	A	G	4353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.01;QD=44.88;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	76131650	rs6958774	G	A	4412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.27;QD=43.26;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr7	76131695	rs4728775	A	G	3084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.78;QD=26.59;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	76131812	rs6963784	C	G	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=12;PP=364;SC=GGTGGCCCGCCCCCACAGTCC;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=76131820;WS=76131802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	76132898	rs17855260	T	C	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.05;QD=27.62;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	76132962	rs2690526	A	G	114.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.75;MQRankSum=-0.431;QD=19.05;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr7	76134929	.	C	G	6667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.903;ClippingRankSum=0.000;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.946;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.276;SC=CCTCGCACCCCAGCACGCCCG;SOR=0.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=240;TCF=107;TCR=133;TR=239;WE=76134937;WS=76134919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,253:0.99:255
chr7	76135134	rs7398	G	A	4612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr7	76140449	rs145740550	C	T	302.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=5.119;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=1.904;NF=2;NR=10;PP=222;ReadPosRankSum=2.126;SC=CACCAGCAAGCGCCTTCAATG;SOR=1.872;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=12;WE=76140457;WS=76140439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr7	76142536	rs2286988	G	A	5535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=103;PP=2965;SC=TCTCTGGGCCGCCTCTGCTGA;SOR=1.018;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=88;TCR=103;TR=191;WE=76142544;WS=76142526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr7	76144228	rs7455241	A	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=-0.890;QD=2.13;ReadPosRankSum=2.244;SOR=0.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr7	76144229	rs2004545	A	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=1.394;QD=6.76;ReadPosRankSum=-1.262;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr7	76144455	rs1799125	A	C	12100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=209;NR=236;PP=2965;SC=TCCCACCCAGAGAGGCCGCCA;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=447;TCF=210;TCR=237;TR=445;WE=76144463;WS=76144445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr7	76144483	rs1636632	A	G	8633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=149;NR=161;PP=2965;SC=GGTGGGCTGCAAGCCTGGCCT;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=311;TCF=149;TCR=162;TR=310;WE=76144491;WS=76144473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr7	76144560	rs1799126	T	C	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=75;PP=1671;SC=GATGGGGCGCTGGGAGTGAGT;SOR=2.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=26;TCR=75;TR=101;WE=76144568;WS=76144550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	76607938	rs56083327	C	T	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=5;PP=245;SC=GGGAAGATGGCCATGGCCCCA;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=76607946;WS=76607928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	76608143	rs2245368	C	T	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=25;PP=868;SC=CCCTCGCTGGCCCGTTACATT;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=58;WE=76608151;WS=76608133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	76610299	rs62473743	A	G	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.64;QD=28.01;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	76610346	rs71552449	C	T	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.12;QD=28.07;SOR=4.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	76610407	rs62473744	A	G	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.53;QD=25.36;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	76619795	rs149365700	G	A	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.70;QD=22.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	76629830	rs145314075	C	G	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.50;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	76632736	rs3748126	C	G	2619.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=5.821;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=7.398;NF=51;NR=47;PP=1503;ReadPosRankSum=1.527;SC=GGACCATCCTCATAGTTTACA;SOR=0.522;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=110;TCF=60;TCR=50;TR=98;WE=76632744;WS=76632726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,112:0.89:126
chr7	76632802	rs2539660	T	C	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQRankSum=-6.943;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.459;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,9:0.16:57
chr7	76633640	rs79277119	C	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.01;MQRankSum=-0.495;QD=6.51;ReadPosRankSum=-2.131;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr7	76634033	rs1861028	A	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.24;QD=25.93;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	76634077	rs62474183	T	C	181.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=4;PP=113;SC=CCCCCACGCCTGTCTCCGTGG;SOR=1.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=8;WE=76634085;WS=76634067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	76634269	rs77501390	G	A	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.01;QD=22.85;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	76635003	rs76696965	A	T	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.61;QD=42.65;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	76635006	rs200111237	C	T	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.85;QD=43.03;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	76635139	rs62474189	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.10;MQRankSum=-2.189;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr7	76635139	.	CG	TA	149	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=23;MQ=50.44;NF=0;NR=4;PP=149;QD=50.6169687156;SC=GTGCTTGGGGCGGACGCATTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=4;WE=76635148;WS=76635129;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr7	76635140	rs62474190	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.10;MQRankSum=-2.189;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr7	76723361	rs202136286	A	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	76723447	rs200343407	C	T	64.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=21.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	76739462	rs6962677	G	A	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.80;QD=33.15;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	76742649	rs142960161	A	G	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=35.89;QD=26.19;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	76748903	rs139039802	AACTTCTAC	A	9003.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-2.619;NF=19;NR=89;PP=2942;ReadPosRankSum=-1.830;SC=CAATACTTTGAACTTCTACAC;SOR=0.773;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=113;TCF=19;TCR=94;TR=108;WE=76748918;WS=76748893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,206:0.99:208
chr7	76796928	rs28502738	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=4.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQRankSum=-9.369;QD=0.55;ReadPosRankSum=-2.966;SOR=1.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,10:0.11:89
chr7	76796958	rs28431858	T	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=26.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQRankSum=-7.700;QD=1.92;ReadPosRankSum=-1.619;SOR=4.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,21:0.15:142
chr7	76871086	rs74783981	G	A	6372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.449;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=1.007;SC=AGTTTCACCTGCAGCAAGCTG;SOR=0.555;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=108;TCR=121;TR=227;WE=76871094;WS=76871076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,249:1.00:250
chr7	76883685	rs3114318	T	C	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=237;SC=TCAGGAAAGGTGTCATAAAGA;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=76883693;WS=76883675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	76883717	rs2056709	C	A	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=7;PP=427;SC=GTTGCCTGGCCGACAAGCATG;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=76883725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr7	76958730	rs10274222	A	G	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
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chr7	76984426	rs2037751	T	C	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=13;PP=724;SC=ACACCTCAATTAATTGTTACT;SOR=1.251;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=41;WE=76984434;WS=76984416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr7	77026460	rs2286156	G	A	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.641;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=511;ReadPosRankSum=-0.738;SC=ATATGTCAACGGAAGATAAGG;SOR=0.761;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=29;WE=77026468;WS=77026450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr7	77035392	rs6949654	T	C	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr7	77200392	rs17155183	A	T	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.104;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.51;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=0.359;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr7	77227241	rs6955503	C	T	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	77234109	rs150494066	CAT	C	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,7:0.15:46
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chr7	77266492	rs182110047	T	C	178.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=6;PP=99;SC=GGACAACTCTTGTAGAAGCTT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=77266500;WS=77266482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	77469472	rs117427153	T	C	4232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=85;NR=50;PP=1898;SC=TATGTCTGCATGCTGTTCAGT;SOR=0.938;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=85;TCR=50;TR=135;WE=77469480;WS=77469462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr7	77539744	rs711309	G	A	3188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=66;PP=1830;SC=TTTATTTAAGGTTTTATATGG;SOR=1.456;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=43;TCR=66;TR=108;WE=77539752;WS=77539734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
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chr7	77756724	rs7812015	C	T	4366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr7	77756815	rs9656109	G	T	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=30;PP=959;SC=CCAGAGGTGGGCCAGCCATGA;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=77756823;WS=77756805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	77756849	rs2074642	C	T	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=580;SC=CCACTCCTCTCGGTGGTCCTG;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=77756857;WS=77756839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr7	80378148	rs1405743	T	C	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=16;PP=887;SC=TGAGCCTCGCTGAGGGACAGT;SOR=1.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=53;WE=80378156;WS=80378138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	80378175	rs2886793	T	C	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=25;PP=1250;SC=ATGTTCTCTCTGAAGCCCTGA;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=74;WE=80378183;WS=80378165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	80378319	rs2272351	G	C	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr7	80456841	rs4461841	C	T	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=42;PP=1434;SC=ATAATCTCACCTGGACATATG;SOR=0.799;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=86;WE=80456849;WS=80456831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	80817269	rs327695	T	C	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=50;PP=1519;SC=GTGACAATTGTTAATATGCTT;SOR=1.347;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=82;WE=80817277;WS=80817259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	81339304	rs2074725	A	C	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=708;ReadPosRankSum=-0.699;SC=CAGAGCTTACAGTCTGGCAAG;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=35;WE=81339312;WS=81339294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr7	81346685	rs1800793	T	C	6774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=120;NR=120;PP=2965;SC=GATATGACTGTGGAAACAACA;SOR=0.868;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=120;TCR=121;TR=240;WE=81346693;WS=81346675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr7	81350208	rs12536657	A	G	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	81350223	rs10272030	G	A	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=19;PP=506;SC=AAACAAAAAGGTTTTTTACAA;SOR=1.236;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=81350231;WS=81350213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	81355066	rs2887069	G	A	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=9;PP=840;SC=GAAAAATCCAGCTTCAAACTT;SOR=2.110;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=42;WE=81355074;WS=81355056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	81359116	rs5745686	CA	C	1613.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;MQRankSum=0.243;QD=20.69;ReadPosRankSum=-0.966;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,76:0.97:78
chr7	81366210	.	G	GGTGTGTGTGT,GGTGTGTGT	408.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.31;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;NF=0,0;NR=12,12;PP=205,263;SC=TGTGTAGAGGGGTGTGTGTGT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=12,12;WE=81366218;WS=81366200;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:11
chr7	81372156	rs5745676	A	G	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=11;PP=594;SC=ATCAGCTATAAAGATTAGAGA;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=81372164;WS=81372146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	81372452	rs2214826	A	G	132.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=164;SC=AATGTTTTCTATGGATGTGTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=81372460;WS=81372442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	81374500	rs4732406	G	C	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=43;PP=1288;SC=CACCACTGTTGCATTTAAAGA;SOR=1.516;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=65;WE=81374508;WS=81374490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	81381326	rs5745646	C	T	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=10;PP=897;SC=TGCATTTGCACGAACAACATA;SOR=2.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=46;WE=81381334;WS=81381316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	81591114	rs72063149	GTAATGATTATAACAGTATATACAATTTCT	G	905.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=2;PP=2745;SC=AGTTTTTTCTGTAATGATTAT;SOR=3.160;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=7;WE=81591150;WS=81591112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	81593454	rs3735517	G	A	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.76;ReadPosRankSum=-1.117;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,155:0.99:157
chr7	81596813	rs17240387	T	C	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=75;SC=TGTAGTGGTATTGAGAATGTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=81596821;WS=81596803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	81603871	rs141806359	G	GAA	383.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=202;SC=AGTAATCTCTGAAAAAAAAAC;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=81603879;WS=81603861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	81603945	.	AT	A	27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=0.9998;HP=13;HapScore=2;MGOF=34;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=27;QD=16.5;SC=TGAAAACACTATTTTTTTTTT;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=81603953;WS=81603935;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	81626356	rs6944326	G	A	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=25;PP=1891;SC=AAATTTTAATGACAAAGAACA;SOR=1.935;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=69;TCR=26;TR=94;WE=81626364;WS=81626346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	81641570	rs4019047	G	GAAA,GAAAA	2208.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.328;QD=32.01;ReadPosRankSum=-0.803;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,26,37:0.38,0.54:69
chr7	81642634	rs37135	A	C	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	81693768	rs73703113	T	C	309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.12;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	81695842	.	T	TA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=1.532;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr7	82497343	rs4628206	T	A	5455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.429;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=0.789;SC=ATCAACATGATATGTGGTCTG;SOR=0.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=116;TCR=77;TR=191;WE=82497351;WS=82497333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,209:0.99:211
chr7	82581488	rs10630259	T	TTCA	15667.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=96;PP=2969;SC=CAACGGGTTTTTCATCTTCTA;SOR=0.705;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=147;TCF=41;TCR=106;TR=130;WE=82581501;WS=82581478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr7	82763534	rs149498958	A	AATATAT	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=31.52;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,12:0.92:13
chr7	82764425	rs2877	C	G	7853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=135;NR=129;PP=2965;SC=ATCAAATGGGCTGACTTTTTC;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=264;TCF=135;TCR=129;TR=264;WE=82764433;WS=82764415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr7	82785719	rs59705796	TA	T	279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=1.069;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.330;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr7	82996831	rs75164403	A	T	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=9;PP=921;SC=AAGAAGTTGGATGATTTATTT;SOR=2.437;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=49;WE=82996839;WS=82996821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	83021799	rs201556609	TAAA	T	2191.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=33.21;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	83023587	.	TAC	T	6804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=33.85;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr7	83026100	rs150931802	C	CAA	818.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=539;SC=GTACGGTTTTCAAAAAAACCA;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=16;WE=83026108;WS=83026090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	83029280	rs2255906	T	G	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	83029438	rs2722974	C	T	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	83029639	rs2255820	A	T	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.08;ReadPosRankSum=-0.613;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr7	83031907	rs2709930	T	C	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=16;PP=1305;SC=ACCAAAAGTATACTTAAAAAT;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=68;WE=83031915;WS=83031897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	83032187	rs2722976	T	C	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=28;PP=615;SC=TCAAGTCTTTTGGGTAAAGTG;SOR=2.613;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=83032195;WS=83032177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	83034754	rs2245441	T	A	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	83034899	rs2709935	T	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=9;PP=238;SC=CAAAGAAAATTTATTCACCTA;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=83034907;WS=83034889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	83035177	rs3735512	G	A	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=657;SC=TACACAGAAAGCAAGTTTCTA;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=83035185;WS=83035167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	83036367	rs2245312	C	G	3611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.36;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr7	83036602	rs2709941	T	A	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=556;SC=ATATTACAACTAAATGCTAAC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=83036610;WS=83036592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	83037751	rs2722985	C	A	4102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.48;ReadPosRankSum=0.305;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,158:0.98:161
chr7	83047583	rs2723033	T	C	427.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.65;ReadPosRankSum=-0.517;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,11:0.92:12
chr7	83047583	.	TCA	CCC	214	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5001;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=6;NR=2;PP=214;QD=33.4334843578;SC=GCTTCGAGCATCAGAAAATAG;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=8;WE=83047593;WS=83047573;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,8:0.80:10
chr7	83047585	rs2713146	A	C	427.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.90;ReadPosRankSum=-0.609;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,12:0.92:13
chr7	83047666	rs2713145	C	T	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.378;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=554;ReadPosRankSum=-0.539;SC=TTTTAAAATCCTTATGACTAC;SOR=0.574;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=31;WE=83047674;WS=83047656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr7	83095968	rs2713180	C	A	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=48;PP=1454;SC=AAACATGTTTCGTCCTTTTTG;SOR=1.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=76;WE=83095976;WS=83095958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	83098428	rs3842170	A	AT	274.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=303;SC=ATGCCTATATATTTTTTCTTC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=9;WE=83098436;WS=83098418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	83098696	rs12534772	T	A	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=22;PP=625;SC=CACTTTCTTCTACAGTTCAAA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=83098704;WS=83098686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	83098714	rs71074666	CTTT	C	644.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=210;SC=AAAACATTTCCTTTTTTTTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=11;WE=83098724;WS=83098704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	83098749	rs13225391	G	A	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=104;SC=ATAAGATACAGTGGGTCTTTG;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=83098757;WS=83098739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	83277699	rs372307036	CT	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.590;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,17:0.27:63
chr7	83590852	rs797821	T	C	8839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=163;NR=147;PP=2965;SC=ACTCATCCATTGTGTTGAGAT;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=163;TCR=147;TR=310;WE=83590860;WS=83590842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr7	83592491	rs7809708	T	C	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=27;PP=1820;SC=ATCTTAGATATAAATGATCCA;SOR=1.565;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=68;TCR=27;TR=95;WE=83592499;WS=83592481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr7	83606353	rs35361892	T	TGA	1508.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=11;PP=749;SC=TTAAGTATTCTGAGAGATGCA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=15;WE=83606361;WS=83606343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	83606518	rs701320	G	A	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	83606595	.	AAT	A	64	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=64;QD=36.5;SC=AGAGAAATAAAATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=2;WE=83606604;WS=83606585;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr7	83610497	rs7789094	C	A	273.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=0;PP=228;SC=AAACAAAACGCAACAATCCCC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=83610505;WS=83610492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr7	86978347	rs802037	C	A	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	86983715	rs7808249	A	G	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=40;PP=1514;SC=GCTTGGATTTAACTGGACCTA;SOR=0.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=88;WE=86983723;WS=86983705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
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chr7	86998936	rs35374737	AT	A	954.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=964;SC=TTAAAAAAAAATCTATTTGTA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=21;WE=86998944;WS=86998926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr7	87168749	rs4728699	C	T	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	87215114	rs1211152	A	C	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=16;PP=436;SC=ACTGATACCAACCTAGTCCAA;SOR=4.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=87215122;WS=87215104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr7	87229501	rs2214102	T	C	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	87594188	rs1637500	T	G	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=347;SC=GGCAGATTTATGTCATACTGA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=87594196;WS=87594178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	87759588	.	AT	A	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.137;SOR=2.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr7	87825689	rs78031419	A	G	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr7	87911901	rs77925192	G	A	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=7;PP=568;SC=GGAATATGATGTAGCAATAGT;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=87911909;WS=87911891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr7	89797144	rs259136	G	T	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr7	89867369	rs2013992	C	G	5243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=101;NR=68;PP=2775;SC=TGCAGCCATGCCTACATCCTC;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=101;TCR=68;TR=169;WE=89867377;WS=89867359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr7	89884752	rs150000646	A	G	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	89897829	rs17867605	T	C	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=12;PP=379;SC=TTTTTTGTAGTCTTGAGCTCT;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=17;WE=89897837;WS=89897819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	89901039	rs10280053	A	C	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=11;PP=490;SC=ACTTTTGTTTATGTCTAAAAA;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=89901047;WS=89901029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	89906609	rs3761805	C	T	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=15;PP=574;SC=TACTATTCAACGTAATTGTGA;SOR=0.843;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=89906617;WS=89906599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	89912301	rs1029365	G	A	3317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr7	89927191	rs6465256	T	A	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=13;PP=440;SC=AATATGTCTATTAAAGGCCGT;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=89927199;WS=89927181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	89933957	rs146962282	GTAGATAGATAGATAGATAGA	G	695.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=7;PP=1655;SC=TTTTAGATAGGTAGATAGATA;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=11;WE=89933984;WS=89933947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	89937210	rs4728881	A	G	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=12;PP=455;SC=ACAAATAGCCAACTCTTACAG;SOR=1.101;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=89937218;WS=89937200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	89938588	rs7803620	C	G	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.46;ReadPosRankSum=-0.614;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr7	89976137	rs68057103	GTTC	G	17061.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.178;NF=30;NR=171;PP=2971;ReadPosRankSum=-1.366;SC=GACAGCTCTGGTTCTTCTTTG;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=32;TCR=182;TR=201;WE=89976147;WS=89976127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,385:0.99:387
chr7	89982132	rs6972561	T	C	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.019;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.66;ReadPosRankSum=-0.911;SOR=1.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,43:0.96:45
chr7	89983808	rs42663	T	G	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.65;ReadPosRankSum=-1.179;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,61:0.97:63
chr7	90014111	rs9886362	G	T	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=271;SC=AAATGCTGGTGTTGGTTCCCT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=90014119;WS=90014101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	90225928	rs7782773	T	C	3981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=79;NR=55;PP=2188;SC=TTGTCGGGGCTCCGCGTCGCC;SOR=0.861;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=80;TCR=56;TR=134;WE=90225936;WS=90225918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr7	90356175	rs10240049	T	C	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=31;PP=946;SC=AGGAATAGCCTTCTTATGATA;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=90356183;WS=90356165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	90675195	rs3779581	C	T	5730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr7	90742137	rs376151415	GGT	G	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.172;NF=0;NR=14;PP=244;ReadPosRankSum=-0.132;SC=GTGCATTACAGGTGTGTGTGT;SOR=0.635;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=0;TCR=51;TR=14;WE=90742148;WS=90742127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr7	90747315	rs803167	A	T	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.636;HP=9;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=437;ReadPosRankSum=0.121;SC=CCATTTTTTTAAAAAAAAAAC;SOR=2.362;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=39;WE=90747323;WS=90747297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,39:0.95:41
chr7	91503228	rs10266424	C	T	5992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=102;PP=2965;SC=TTGATGTTTGCGTAGCTTCTT;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=105;TCR=102;TR=207;WE=91503236;WS=91503218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr7	91570290	rs4727267	G	C	8256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=170;NR=115;PP=2965;SC=GCGGGGGAGCGCCGGACCGAA;SOR=1.141;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=170;TCR=116;TR=285;WE=91570298;WS=91570280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr7	91632306	rs1989779	C	T	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	91714911	rs1063242	C	T	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=39;PP=1196;SC=GGTTTCAGAACCTTGGCTAGA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=74;WE=91714919;WS=91714901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr7	92027187	rs38793	A	G	4074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=73;PP=2240;SC=GCCTTTCTGAACAGCCTCATT;SOR=1.248;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=57;TCR=73;TR=130;WE=92027195;WS=92027177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr7	92028039	rs38794	C	A	4902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=85;PP=2744;SC=GGATGTGGAACTGGTGCTGCC;SOR=0.944;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=75;TCR=85;TR=160;WE=92028047;WS=92028029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr7	92129161	rs5885806	CA	C	2486.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.812;NF=6;NR=95;PP=1075;ReadPosRankSum=0.219;SC=TACTGAGAAACAAAAAAAAAA;SOR=0.629;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=128;TCF=7;TCR=121;TR=101;WE=92129181;WS=92129150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:23,161:0.88:184
chr7	92131289	rs10278857	G	T	4955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr7	92135802	rs6465359	T	A	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=498;SC=ATACTTCCCATCTCATTTTAT;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=92135810;WS=92135792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	92147584	rs38809	C	T	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=12;PP=334;SC=AACCAACAGACGAAAAGATCA;SOR=1.460;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=19;WE=92147592;WS=92147574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	92164318	rs67142609	C	T	2510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.042;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=43;PP=1443;ReadPosRankSum=-0.921;SC=TTCTAAGACACGATTTGGTTA;SOR=0.296;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=86;WE=92164326;WS=92164308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,98:0.96:102
chr7	92205358	rs7794389	T	G	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=374;SC=ACTCTTAAAATGATAAGTACT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=92205366;WS=92205348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	93067334	rs10713823	TA	T	1685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=13;PP=1051;SC=AACTAAGAGATAATACTACTA;SOR=1.378;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=26;WE=93067342;WS=93067324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	93070811	rs2106735	C	T	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.243;NF=53;NR=34;PP=1398;ReadPosRankSum=0.407;SC=GGTGTACATACGGATGAGAAG;SOR=0.872;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=54;TCR=35;TR=87;WE=93070819;WS=93070801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,107:0.98:109
chr7	93070870	rs5885829	GA	G	1693.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.371;NF=6;NR=36;PP=648;ReadPosRankSum=1.508;SC=GGCTAAAAGAGAAAAAAAAAA;SOR=0.462;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=42;WE=93070879;WS=93070860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,89:0.95:94
chr7	93073147	rs2074123	C	G	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=30;PP=898;SC=AATGTGAAAACAAGCCAAAGT;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=93073155;WS=93073137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	93091238	rs1108233	G	A	138.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=2;PP=105;SC=CACCATGTGAGAGCGTAAAAC;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=93091246;WS=93091228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	93091485	rs3802052	T	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	93091488	rs3802051	C	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	93098135	rs139734304	T	TAAACAAACAAAC	4317.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;MQRankSum=0.000;QD=42.33;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chr7	93107093	rs2074120	A	C	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=66;PP=2028;ReadPosRankSum=-0.580;SC=GTCATAACCAACCACATTTCA;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=33;TCR=67;TR=99;WE=93107101;WS=93107083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr7	93116138	rs9691220	G	A	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=28;PP=1255;SC=GGCTTCTGGAGACCAATGCCT;SOR=1.071;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=74;WE=93116146;WS=93116128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	93116299	rs2301680	A	G	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=25;PP=675;SC=CTCATTTTTGATTTTTGAAGA;SOR=1.524;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=93116307;WS=93116289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	93346066	.	ACT	A	100	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=25;MQ=59.28;NF=3;NR=0;PP=100;QD=36.0;SC=ACTGAGAAAGACTCTCTCTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=3;WE=93346075;WS=93346063;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,3:0.25:12
chr7	93346095	rs2027984	C	A	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=2;PP=271;SC=ATCTATCTATCTATATATGCA;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=93346103;WS=93346085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	93519390	rs59999573	C	T	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=27;PP=1661;ReadPosRankSum=1.544;SC=ACTGGCGAAGCTGCTACCAGC;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=67;TCR=27;TR=93;WE=93519398;WS=93519380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr7	93519855	rs112988173	C	A	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=41;PP=1626;ReadPosRankSum=-0.793;SC=TGGCCCGCTGCGCCCTCTCCG;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=53;TCR=42;TR=93;WE=93519863;WS=93519845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,98:0.98:100
chr7	93540348	rs2798	T	G	134.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.47;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	93551428	rs4262	C	T	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=578;ReadPosRankSum=-0.709;SC=AGAGCTAGCCCGAGCCCGGTT;SOR=1.508;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=38;WE=93551436;WS=93551418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,44:0.96:46
chr7	93555311	rs180233	A	C	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=139;SC=TTAAAAACTTATTGTATTCAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=93555319;WS=93555301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	94038934	rs42518	C	T	5710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=113;NR=88;PP=2965;SC=AGTATACCTGCGTAGCTAAAA;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=113;TCR=88;TR=201;WE=94038942;WS=94038924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr7	94039032	rs42519	C	T	5398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr7	94039187	rs2521206	A	G	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=38;PP=1012;SC=CTCTGCCATCATTTCATCACT;SOR=1.539;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=94039195;WS=94039177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	94039900	rs42520	C	T	35.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	94040133	rs389328	T	A	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=519;SC=TGCTATTTTTTACAAACTCTA;SOR=4.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=94040141;WS=94040123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	94040345	.	G	GT	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.681;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,23:0.22:106
chr7	94043239	rs42524	C	G	3724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=77;NR=58;PP=2215;SC=ACAGGGTCCCCCTGGTCCTCC;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=78;TCR=58;TR=135;WE=94043247;WS=94043229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr7	94043274	rs421587	A	G	4233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=65;PP=2788;SC=GTCAACTCAAACATATACAAT;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=76;TCR=65;TR=141;WE=94043282;WS=94043264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr7	94045576	rs42526	G	A	147.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	94047903	rs3216182	AT	A	876.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.667;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=416;ReadPosRankSum=2.136;SC=TCGTACTTGGATTTTTTTTTT;SOR=0.297;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=26;WE=94047911;WS=94047893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,45:0.96:47
chr7	94051084	rs143308704	CCTACCTCCTACTCCTTGGTCTATTCCTGGTCACATGTA	C	2968.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.381;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.337;NF=9;NR=14;PP=2970;ReadPosRankSum=-0.300;SC=TATGAAGCTGCCTACCTCCTA;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=23;WE=94051129;WS=94051074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,72:0.92:78
chr7	94052495	rs42530	A	G	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=520;ReadPosRankSum=1.943;SC=CCCCTACACAAATCTTCAAGT;SOR=3.442;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=21;WE=94052503;WS=94052485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr7	94056006	rs400218	A	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=344;SC=GCTATTTCATACCAACATGAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=94056014;WS=94055996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	94056244	rs413826	C	G	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.28;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	94056251	rs199900944	GAA	G	734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=38.67;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	94227276	rs10247562	T	G	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.294;NF=17;NR=9;PP=421;ReadPosRankSum=-0.043;SC=CCAAGATCGCTCCATTGCACT;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=26;WE=94227284;WS=94227266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr7	94227509	rs10232398	G	A	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=373;SC=CCTCACCCTTGTCTACTCCTT;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=94227517;WS=94227499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	94247971	rs6465421	C	A	372.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=261;ReadPosRankSum=-0.811;SC=CTTATTAAAACGAAAAATGCA;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=14;WE=94247979;WS=94247961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr7	94257449	rs138881114	T	TAC	810.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.025;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=862;ReadPosRankSum=0.627;SC=CAAATTACAATACACACACAC;SOR=1.464;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=22;WE=94257458;WS=94257439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,35:0.73:48
chr7	94257473	.	C	CAT	271	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=27;MQ=60.15;NF=9;NR=13;PP=271;QD=12.4545454545;SC=CACACACACACACATATATGT;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=22;WE=94257481;WS=94257463;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr7	94879225	rs12690919	A	T	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=6;PP=447;SC=TCTCAAGTGGATTCAGTGATT;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=94879233;WS=94879215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	94953913	rs705380	G	C	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=28;PP=626;SC=CCGCCGGGTCGGCAGCTAGCT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=94953921;WS=94953903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	94989255	.	CT	C	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=2.492;QD=2.16;ReadPosRankSum=-1.739;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,31:0.38:82
chr7	95024189	rs17885341	TG	T	1558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=34;PP=1487;SC=ATTTACATAATGTAGACATTA;SOR=3.664;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=34;WE=95024197;WS=95024179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	95025744	rs149867961	T	C	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=37;PP=1060;SC=CGCGTACGGATTGGGGCCCGC;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=44;WE=95025752;WS=95025734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	95125050	rs10577347	CTT	C	1538.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.749;QD=18.54;ReadPosRankSum=0.761;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:21,62:0.75:83
chr7	95442690	rs35397709	T	TA	772.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=1.295;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,60:0.66:91
chr7	95447785	rs10590197	ATT	A	384.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.094;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr7	95447788	.	T	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.564;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr7	95709602	rs42083	C	T	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=383;SC=TCCAGTTAAACGTATTATTGT;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=95709610;WS=95709592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	95709666	rs42082	C	A	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=12;PP=848;SC=GTTGTGAACCCTTTGGCAGGT;SOR=1.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=48;WE=95709674;WS=95709656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	95727014	rs7794344	T	C	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=580;SC=ATTGCTGTGATATTTTGGGTG;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=95727022;WS=95727004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	95775848	rs72289549	TA	T	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=3.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=-1.747;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,22:0.21:103
chr7	95818475	rs6957286	G	T	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	95818864	.	CAA	C	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.191;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chr7	95864108	rs6957975	T	C	3270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=34;PP=1868;SC=GAAGCATGCTTCTTACCAAAA;SOR=1.336;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=70;TCR=35;TR=104;WE=95864116;WS=95864098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr7	96338929	rs10250534	A	G	5855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.264;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=0.305;SC=GGGCCCGAGCACCCAAGCTAC;SOR=1.053;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=227;TCF=134;TCR=93;TR=218;WE=96338937;WS=96338919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,237:0.96:247
chr7	97486213	rs2074891	T	C	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr7	97784061	rs17435590	T	C	4691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.94;ReadPosRankSum=2.837;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,190:0.97:196
chr7	97816327	rs6465657	C	T	3943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.847;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=79;PP=2440;ReadPosRankSum=-0.304;SC=ATTGGCTTACCGTTTTATTAG;SOR=0.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=146;TCF=65;TCR=81;TR=141;WE=97816335;WS=97816317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,151:0.97:156
chr7	97820868	rs11451148	C	CA	1164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.374;QD=9.10;ReadPosRankSum=1.710;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,90:0.70:128
chr7	97822115	rs11765552	T	A	8904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.025;SC=TAAGCCAGGCTTGTCTTTGTT;SOR=0.619;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=330;TCF=190;TCR=140;TR=314;WE=97822123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,342:0.97:354
chr7	97822210	rs3801294	G	A	8840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.29;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:15,349:0.96:364
chr7	97832915	.	TG	T	7957.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.142;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=93;PP=2969;ReadPosRankSum=-0.818;SC=TGGGGCCCTGTGGAGGAGAGG;SOR=0.516;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=117;TCF=21;TCR=96;TR=112;WE=97832923;WS=97832905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,230:0.97:238
chr7	97846856	rs11471393	CGAG	C	2662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=30;PP=1562;SC=CTCGGGGACTCGAGGATCCTG;SOR=1.571;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=33;WE=97846866;WS=97846846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	97851109	rs4729416	T	C	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=20;PP=535;SC=TTCTCCTCCTTGCATGGGCCA;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=97851117;WS=97851099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	97852899	rs2270595	A	G	3132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=36;PP=2010;SC=CCCGGGGTGCAGGGAACCAGA;SOR=1.570;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=114;TCF=78;TCR=36;TR=112;WE=97852907;WS=97852889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	97874143	rs3816944	C	A	4485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=73;PP=2882;ReadPosRankSum=0.977;SC=CAGGGACAGGCGGGAGGCACC;SOR=0.390;Source=Platypus;TCF=83;TR=153;WE=97874151;WS=97874133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,167:0.98:170
chr7	97911618	rs111849767	G	A	4183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.526;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.91;ReadPosRankSum=-1.994;SOR=0.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,168:0.96:175
chr7	97920270	rs7778015	T	C	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.71;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	97921834	rs6465664	A	G	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=8;PP=527;SC=TTGGCAGCCAAAGATGATTTC;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=97921842;WS=97921824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	97922773	rs12873	T	C	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=2;PP=175;SC=GCAGACAGGATGCGCCCATCA;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=97922781;WS=97922763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	97922851	rs12728	C	T	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.9842;FS=3.047;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=406;ReadPosRankSum=2.299;SC=TGATGGGTGCCGAGCGATCAT;SOR=0.146;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=26;WE=97922859;WS=97922841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
chr7	97922875	rs13008	G	A	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.104;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=561;ReadPosRankSum=-1.099;SC=TCACAGTCGGGCGGAGTTTCA;SOR=0.182;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=38;WE=97922883;WS=97922865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,45:0.96:47
chr7	97933601	rs1045916	C	T	5329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr7	97935671	rs13232181	C	G	4002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.926;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=53;PP=2530;ReadPosRankSum=-1.239;SC=GCCTGCGACACAGCTAGATGG;SOR=1.257;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=88;TCR=55;TR=139;WE=97935679;WS=97935661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,148:0.97:152
chr7	97937258	rs6465666	T	C	6175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.41;ReadPosRankSum=1.625;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,244:0.96:253
chr7	97939998	rs139666268	C	CTATT,CTATTTATT	946.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=41.16;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,4,19:0.17,0.83:23
chr7	97944744	rs2107716	G	A	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.93;ReadPosRankSum=2.214;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,88:0.95:93
chr7	97944931	.	A	AAATAAT	1429	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;FR=1.0000;HP=12;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=27;MQ=61.73;NF=1;NR=21;PP=1429;QD=65.1818181818;SC=CATACTAAAAAAAAAAAAATA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=22;WE=97944945;WS=97944921;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr7	97944933	rs11385557	A	AT	2881.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.31;QD=43.01;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	97944935	rs11385558	A	AT	2881.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.97;QD=45.03;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	97944937	rs372695844	A	ATAAT	2801.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.75;QD=46.70;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	97944986	rs6963210	G	A	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=17;PP=418;SC=ATCAGATAGCGTGCAGCCTGA;SOR=1.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=97944994;WS=97944976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	97991792	rs3801257	A	G	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.72;ReadPosRankSum=-0.978;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,89:0.98:91
chr7	98460824	rs10238224	C	A	8918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=3.218;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.08;ReadPosRankSum=-0.720;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,341:1.00:342
chr7	98461062	rs1548622	G	A	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=49;PP=1380;SC=TCAGAATGGTGTGTGGCAAGG;SOR=1.666;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=76;WE=98461070;WS=98461052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	98495299	rs35409546	G	GTT	551.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.49;QD=39.41;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	98495304	rs56294747	G	T	718.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.49;QD=39.93;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	98500956	rs7777927	C	T	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=25;PP=1458;SC=TTTTTCTTAACACTCTCCTAT;SOR=1.374;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=66;TCR=26;TR=91;WE=98500964;WS=98500946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr7	98501165	.	A	C	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=39;PP=1130;SC=TCTTGTCTTGAATGCTGATGC;SOR=1.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=55;WE=98501173;WS=98501155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	98503707	rs3214239	TG	T	1386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=8;PP=1191;SC=CATATCAGACTGGCGGGCTGG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=98503715;WS=98503697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	98504025	rs139837317	TTTTATTTATTTA	T	589.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5571;FS=5.898;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=469;ReadPosRankSum=-0.596;SC=TTTGTTTTTGTTTTATTTATT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=10;WE=98504048;WS=98504015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr7	98506642	.	ATT	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=-0.525;QD=0.57;ReadPosRankSum=-1.468;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,11:0.20:56
chr7	98513300	rs1859662	C	T	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=7;PP=585;SC=GGGTATAGACCCTCCTCATTT;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=98513308;WS=98513290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	98548682	rs140313456	C	CTGTGTG	213.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=30.53;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	98550654	rs66469618	TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	T	3227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=41.38;SOR=2.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	98553739	rs3214240	T	TC	548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=2;PP=256;SC=GCTCCCATGTTCCGGCGTGAT;SOR=1.739;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=8;WE=98553747;WS=98553729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	98558880	rs160384	G	C	4635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=59;PP=2818;ReadPosRankSum=1.506;SC=GTTGTCCATTGCAGGAGCAGC;SOR=0.404;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=160;TCF=101;TCR=59;TR=158;WE=98558888;WS=98558870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,174:0.99:175
chr7	98608606	rs62472037	T	A	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=32;PP=1698;SC=GAATTGCAATTTGAGAATTTT;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=63;TCR=32;TR=95;WE=98608614;WS=98608596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr7	98645517	rs219824	G	A	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=814;ReadPosRankSum=-0.864;SC=TTGAGAAGAAGAGATGCAGAA;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=41;WE=98645525;WS=98645507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr7	98647139	rs219826	C	T	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=18;PP=990;ReadPosRankSum=-1.242;SC=AGAAAGCATTCGATTACCAAT;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=59;WE=98647147;WS=98647129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,65:0.96:68
chr7	98648517	rs57957340	TG	T	387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=25.85;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	98649755	rs371032343	CA	C	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.03;ReadPosRankSum=-1.247;SOR=0.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,21:0.26:80
chr7	98650051	rs219797	G	C	3739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=80;PP=1989;SC=TCCCAGGCCCGGAGTCTTCAT;SOR=1.308;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=54;TCR=80;TR=133;WE=98650059;WS=98650041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr7	98650099	rs219798	T	C	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=46;PP=968;SC=GCAGGCATGGTGTCACCATGG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=63;WE=98650107;WS=98650089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	98655223	rs61690993	G	T	2728.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.32;QD=43.31;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	98655224	rs34014072	T	TG	2719.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.36;QD=43.87;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	98655229	.	T	TTTG	110.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.60;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-1.171;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr7	98655230	.	T	TTG	118.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.65;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.269;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr7	98775482	.	CCT	C	1605	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=21;NR=11;PP=1605;QD=51.25;SC=GCAGGGTGACCCTCTGCAGAG;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=32;WE=98775494;WS=98775472;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,32:0.82:39
chr7	98775483	rs35863016	CT	C	2206.92	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.05;ReadPosRankSum=0.370;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,54:0.93:58
chr7	98775485	rs35347900	CT	C	2206.92	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.05;ReadPosRankSum=0.185;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,54:0.93:58
chr7	98775486	.	T	C	1059	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=36;NR=11;PP=1059;QD=23.2717279265;SC=GGTGACCCTCTGCAGAGCTGC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=47;WE=98775494;WS=98775472;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,47:0.85:55
chr7	98779740	rs6465740	G	T	4104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr7	98782508	rs10245912	T	C	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=5;PP=392;SC=CCCAGGGCTATTGGAAAGTAG;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=98782516;WS=98782498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	98790607	rs369709836	TA	T	875.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=5.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.81;MQRankSum=1.231;QD=11.83;ReadPosRankSum=-0.770;SOR=1.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,62:0.84:74
chr7	98790669	rs7783606	G	C	4232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.738;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.213;NF=86;NR=59;PP=2336;ReadPosRankSum=0.875;SC=TCAAGGCTAGGAGATGTGGGA;SOR=0.588;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=88;TCR=61;TR=145;WE=98790677;WS=98790659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,167:0.97:172
chr7	98790699	rs7783618	G	A	4595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;MQRankSum=0.077;QD=24.84;ReadPosRankSum=1.944;SOR=0.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,182:0.98:185
chr7	98790885	rs34088480	A	G	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=19;PP=489;SC=GAAGTCTGGCATGGCTGGTGG;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=98790893;WS=98790875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	98793061	rs73401379	C	T	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.67;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	98800690	rs10499949	A	G	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.08;ReadPosRankSum=0.018;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,113:0.96:118
chr7	98800834	rs61749907	A	G	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=30;PP=1110;ReadPosRankSum=-0.782;SC=GGAGCTCCAGACTGACCGCCA;SOR=0.410;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=72;WE=98800842;WS=98800824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,89:0.97:92
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chr7	98804967	rs12705041	C	T	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.493;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.60;ReadPosRankSum=-2.119;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,50:0.94:53
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chr7	99130875	rs3137	G	A	1736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.79;ReadPosRankSum=0.620;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,71:0.97:73
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chr7	99158402	rs3800960	G	A	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.819;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=957;ReadPosRankSum=-0.769;SC=GTTTGAGAGAGGCCAAGAACT;SOR=1.812;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=51;WE=99158410;WS=99158392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,60:0.97:62
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chr7	99160688	rs142839456	G	A	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr7	99217424	rs10282706	G	A	4664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=92;PP=2881;ReadPosRankSum=-0.975;SC=AGCTCCAGGAGCTCTGTCGTC;SOR=0.521;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=81;TCR=95;TR=172;WE=99217432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,184:0.98:187
chr7	99220083	rs7808022	A	C	2657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=32;PP=1421;ReadPosRankSum=0.935;SC=TGAGGTTGTGAGCATCTGGTA;SOR=1.306;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=92;WE=99220091;WS=99220073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,101:0.98:103
chr7	99227172	rs1859690	A	G	8651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.198;SC=CCCTGAGAGAATACCTGATGA;SOR=0.572;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=305;TCF=171;TCR=134;TR=292;WE=99227180;WS=99227162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,328:0.96:340
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chr7	99260362	rs4646453	C	A	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=9;PP=826;ReadPosRankSum=0.192;SC=TCCTGGAATACTTCCTGCACA;SOR=0.399;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=48;WE=99260370;WS=99260352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,60:0.97:62
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chr7	99474729	rs2572022	T	C	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=17;PP=537;SC=TGGGGTCCAGTATACCCAAGG;SOR=0.984;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=33;WE=99474737;WS=99474719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	99499872	rs2527913	A	T	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=32;PP=918;SC=GGTTCTTTTTAGTTTGTTTGT;SOR=1.524;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=99499880;WS=99499862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr7	99567908	rs2527917	C	T	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.67;ReadPosRankSum=0.969;SOR=0.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr7	99569362	.	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=4.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,17:0.24:71
chr7	99669802	rs11550034	A	G	8807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.725;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=1.542;SC=GTCTTCAGAAATTTCTTGATC;SOR=0.579;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=302;TCF=157;TCR=145;TR=297;WE=99669810;WS=99669792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,337:0.99:342
chr7	99693337	rs7799115	T	C	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=8;PP=415;SC=GATTCACCTCTCCTCCTCCCT;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=99693345;WS=99693327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	99703505	rs62485013	A	G	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=21;PP=848;ReadPosRankSum=1.032;SC=ACAGCCCCACATGGAGGTCCC;SOR=0.405;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=58;WE=99703513;WS=99703495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr7	99711470	rs4134899	C	A	6591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.669;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.762;SC=CACCCCCCCCCCGCCTGTCTC;SOR=0.256;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=263;TCF=128;TCR=135;TR=248;WE=99711478;WS=99711451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,260:0.96:270
chr7	99711614	rs4134898	C	T	7749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.33;ReadPosRankSum=0.578;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,295:0.96:306
chr7	99772298	rs10252037	A	C	6488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=114;NR=102;PP=2965;SC=ATACTCAGGCACCCTCCAACC;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=115;TCR=102;TR=216;WE=99772306;WS=99772288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr7	99795215	rs62482167	C	G	3590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=5.576;NF=70;NR=60;PP=2022;ReadPosRankSum=3.216;SC=ATGAGTACTGCTGTGATCCTT;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=73;TCR=62;TR=130;WE=99795223;WS=99795205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,145:0.96:151
chr7	99802812	rs2246713	G	C	7460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=108;PP=2965;SC=TGAGGGCCCAGTAGCCCCTTC;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=133;TCR=109;TR=241;WE=99802820;WS=99802802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr7	99810643	rs1618851	T	G	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	99811204	rs1623264	G	C	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=17;PP=813;SC=GCCTGATCCTGGTGCCCACAC;SOR=1.316;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=54;WE=99811212;WS=99811194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	99811313	rs1624099	G	A	5892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=116;NR=73;PP=2965;SC=CGAAGTGACAGGAGTGTGTAA;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=116;TCR=73;TR=189;WE=99811321;WS=99811303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr7	99811464	rs1727130	C	G	7205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=123;NR=121;PP=2965;SC=ATGTATCCTTCGGAAATGCTG;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=124;TCR=121;TR=244;WE=99811472;WS=99811454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr7	99816179	rs1727142	T	C	5352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.96;QD=25.98;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr7	99816256	rs1727143	C	A	4076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=87;PP=2717;SC=GAGAGTCTTCCGTTACTAGGT;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=77;TCR=87;TR=164;WE=99816264;WS=99816246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr7	99816272	rs1636986	A	G	5230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.88;QD=42.88;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr7	99816275	rs1636987	G	C	5181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.80;QD=44.67;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	99817859	rs2906645	A	G	1683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=24;PP=851;SC=GGGGGGCCCCAACGGTGCTGG;SOR=0.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=51;WE=99817867;WS=99817849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	99818137	rs2906646	G	A	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.73;QD=25.99;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	99818927	rs705867	C	T	4325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=90;PP=2760;SC=CTGGGTGTCACCCCCTTACTT;SOR=1.409;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=58;TCR=90;TR=148;WE=99818935;WS=99818917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr7	99819004	rs141918023	CTCTG	C	2073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=32;PP=1722;SC=CGGATGTGGTCTCTGTGTGTG;SOR=1.911;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=33;WE=99819015;WS=99818994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	99821381	rs858508	C	G	2603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=55;PP=1839;SC=AACCTCTCACCCTGAGACTCT;SOR=1.533;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=88;WE=99821389;WS=99821371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	99821470	rs858509	A	G	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=45;PP=1751;SC=AGGCGGGCCCAAGTGTGCAAG;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=93;WE=99821478;WS=99821460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	99821685	rs863450	C	T	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=33;PP=934;SC=TCAGGTGCTCCGAGGAGGGCA;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=58;WE=99821693;WS=99821675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	99821838	rs372167927	ATTTTTT	A	188.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.77;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	99821894	rs858510	C	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=21;SC=GGCTGGAGTGCCTGGAGTGGT;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=99821902;WS=99821884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	99971313	rs2405442	T	C	10314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr7	99971834	rs1859788	A	G	4960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NR=84;PP=2965;SC=CCACTTCCACAGGCAGTCCTT;SOR=0.857;Source=Platypus;TCR=85;WE=99971842;WS=99971824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr7	100004446	rs1476679	C	T	2200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=43;PP=1225;SC=GATCCTGTTACGGACTCCTGT;SOR=1.367;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=68;WE=100004454;WS=100004436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	100006965	rs2286265	C	T	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=4;PP=481;SC=ACTATATTTACGTAGTATTTA;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=100006973;WS=100006955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	100227188	rs7457868	A	C	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=32;PP=741;SC=TGGGTGCCTGAGGTCATTCTG;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=100227196;WS=100227178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	100240771	rs1052897	A	T	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.74;SOR=1.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	100280896	rs221793	A	C	4596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=63;PP=2893;SC=AGGGTTGTCCACCCAGCCAGC;SOR=0.961;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=153;TCF=87;TCR=66;TR=149;WE=100280904;WS=100280886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr7	100281768	rs221794	T	C	4382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=81;PP=2516;SC=GCGCGCACTGTGGGAGCTGGC;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=70;TCR=81;TR=151;WE=100281776;WS=100281758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr7	100283261	rs221795	C	T	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=8;PP=220;SC=AGAGGGAATGCGGTGCCCTGA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=100283269;WS=100283251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	100284510	rs35436931	TG	T	5242.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;PP=2979;SC=CAAGAAACGTTGGGGGGGCCA;SOR=0.693;Source=Platypus;TCF=41;WE=100284518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr7	100284913	rs221796	C	G	6062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.682;SC=GCCCCCTCCCCGCCCCACCTG;SOR=0.323;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=133;TCR=97;TR=224;WE=100284921;WS=100284903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,235:1.00:236
chr7	100285974	rs221797	A	C	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=43;PP=2204;SC=ACGAAGGAGAACTTTAAAGCG;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=62;TCR=44;TR=105;WE=100285982;WS=100285964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	100333173	.	G	GA	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=0.083;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr7	100350361	.	T	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=17;MQ=51.69;NF=119;NR=102;PP=2962;QD=20;SC=ACGGAAAAACTCACCATCCCC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=257;TCF=137;TCR=120;TR=221;WE=100350369;WS=100350330;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:36,221:0.86:257
chr7	100350394	.	T	C	1007	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MMLQ=17;MQ=41.95;NF=29;NR=26;PP=1007;QD=18.9412947736;SC=ACCATCCCCATTGAAGAGACT;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=107;TCF=42;TCR=65;TR=55;WE=100350402;WS=100350384;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:52,55:0.51:107
chr7	100371100	rs2734880	C	A	3342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=67;PP=2160;ReadPosRankSum=-0.737;SC=ACTGACCCAGCGGGCTCCTAC;SOR=0.423;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=47;TCR=68;TR=114;WE=100371122;WS=100371090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,123:0.99:124
chr7	100371114	rs314298	C	T	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=55;PP=1846;SC=CTCCTACCACCCGGTGAGAGG;SOR=1.354;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=88;WE=100371122;WS=100371090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	100371473	rs314299	C	T	12749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.40;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,302:0.98:308
chr7	100371479	rs71555302	G	C	12267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.81;ReadPosRankSum=-2.042;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,276:0.99:280
chr7	100374087	rs314300	A	G	6929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.327;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.132;SC=GGGAACTTCAATGATGAGGAA;SOR=0.447;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=263;TCF=157;TCR=106;TR=253;WE=100374095;WS=100374077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,271:0.97:280
chr7	100374265	rs149853621	TCCCTC	T	1137.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=6.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	100376978	rs314303	T	C	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=19;PP=1250;SC=CCAGCCTGGGTGACAGAGCAA;SOR=1.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=65;WE=100376986;WS=100376968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	100383605	rs160602	T	A	3245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.97;ReadPosRankSum=-0.641;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,124:0.99:125
chr7	100385561	rs72364644	GGCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT	G	7313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.259;NF=10;NR=43;PP=2905;ReadPosRankSum=-0.124;SC=CACATTTGACGGCTTCAGCTA;SOR=1.116;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=53;WE=100385603;WS=100385551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,168:0.98:171
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chr7	100391581	rs314339	T	C	6293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.670;SC=ATGCCTACAGTGGCACCCAGA;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=221;TCF=113;TCR=108;TR=218;WE=100391589;WS=100391571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,244:0.99:246
chr7	100391644	rs314340	T	C	4475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=81;PP=2632;SC=CTACCAGGTCTGAGCTGGCAG;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=76;TCR=82;TR=157;WE=100391652;WS=100391634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr7	100393141	rs314343	C	G	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=45;SC=ATTAATATATCTTGTATATTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=100393149;WS=100393131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	100395003	rs314344	G	C	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.51;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,39:0.95:41
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chr7	100410657	rs314358	A	G	11653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.654;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=213;NR=211;PP=2965;ReadPosRankSum=0.509;SC=CTCCCGCTCCAGTGTGGCCCT;SOR=0.338;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=442;TCF=219;TCR=223;TR=424;WE=100410665;WS=100410647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:19,463:0.96:482
chr7	100410928	.	GTT	G	49.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.19;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr7	100411278	rs314359	T	C	3604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;MQRankSum=-0.127;QD=25.21;ReadPosRankSum=-1.230;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,139:0.97:143
chr7	100416250	rs144173	A	G	8151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.85;ReadPosRankSum=-1.533;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,322:0.98:328
chr7	100416332	rs314364	T	A	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.21;ReadPosRankSum=-1.088;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,70:0.78:90
chr7	100416354	rs314365	G	C	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=10.353;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=1139;ReadPosRankSum=-0.694;SC=AGACGGAGTCGTGCTCTATCA;SOR=1.753;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=57;WE=100416362;WS=100416344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,65:0.94:69
chr7	100424586	rs35907339	CG	C	2005.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.785;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=39;PP=720;ReadPosRankSum=1.000;SC=CGCCCCCCCCCGCAAGGAAAC;SOR=0.373;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=54;WE=100424595;WS=100424575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,85:0.84:101
chr7	100453208	rs314370	T	C	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=28;PP=2608;SC=ATGAGTGACTTGGGCAAAGCC;SOR=2.183;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=98;TCR=28;TR=126;WE=100453216;WS=100453198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr7	100456595	rs314373	G	A	3830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=49;PP=2342;SC=CCTCCTGGGGGTTTGGGGCTG;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=81;TCR=49;TR=130;WE=100456603;WS=100456585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr7	100456611	rs314374	G	C	4274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=50;PP=2621;SC=GGCTGCCACCGTGAGGGACCC;SOR=1.194;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=90;TCR=50;TR=140;WE=100456619;WS=100456601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr7	100458795	rs314378	T	C	10949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=195;NR=182;PP=2965;SC=ACACACTGGCTGCTGTGGTCA;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=378;TCF=195;TCR=183;TR=377;WE=100458808;WS=100458785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr7	100465355	rs12705089	C	T	2613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=16;PP=1942;SC=GGGGAACAGCCGCCTGCGCTC;SOR=2.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=66;TCR=16;TR=82;WE=100465363;WS=100465345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	100467975	rs10627414	C	CCT	2802.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=8;PP=843;SC=GGACCGAGCCCGATTCCCACC;SOR=1.010;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=17;WE=100467983;WS=100467965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	100468284	rs1054391	A	G	7133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr7	100468398	rs7783543	T	C	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=51;PP=1243;SC=AGGGAGTCAGTGGCTGGATGC;SOR=1.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=87;WE=100468406;WS=100468388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	100481658	rs11310439	GT	G	4755.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=28.48;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr7	100482026	rs15624	T	C	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.58;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	100482526	rs6942607	C	G	4040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.41;ReadPosRankSum=1.675;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,158:0.99:159
chr7	100482720	rs3757868	G	A	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.09;SOR=1.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	100484381	rs12705095	T	G	4541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr7	100484917	rs6954151	C	T	16764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,632:1.00:632
chr7	100486088	rs3087504	C	T	4393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=60;PP=2567;SC=TACCTCTCACCTCACAGGATG;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=83;TCR=60;TR=143;WE=100486096;WS=100486078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr7	100486656	rs13241786	T	G	6090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=107;PP=2965;SC=TGCCTGACCCTACGCAGACTC;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=103;TCR=108;TR=210;WE=100486664;WS=100486646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr7	100486754	rs12666989	G	C	4911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=111;PP=2965;SC=AGCCTCTCCAGCTCCCCGTGC;SOR=1.623;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=68;TCR=111;TR=179;WE=100486762;WS=100486744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
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chr7	100547182	rs76728014	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=-2.088;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,3:0.18:17
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chr7	100549884	rs73163752	C	T	23345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1120;ExcessHet=3.0103;FS=0.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.90;ReadPosRankSum=0.302;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:530,587:0.53:1117
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chr7	100549896	rs79035545	G	C	22297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1096;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.40;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:536,557:0.51:1093
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chr7	100551849	rs77242346	A	T	18845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1097;ExcessHet=3.0103;FS=1.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.18;ReadPosRankSum=0.420;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:600,497:0.45:1097
chr7	100552017	rs9691167	C	T	14455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.436;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=322;NR=318;PP=2962;ReadPosRankSum=1.331;SC=CTCCAGTGTTCTCCACTACCA;SOR=0.597;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=1169;TCF=568;TCR=601;TR=640;WE=100552028;WS=100552007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:553,660:0.54:1213
chr7	100552018	rs76249962	T	G	20244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1205;ExcessHet=3.0103;FS=2.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.86;ReadPosRankSum=0.052;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:664,537:0.45:1201
chr7	100552018	.	TCC	GCT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=23;MQ=59.99;NF=220;NR=252;PP=2944;QD=20;SC=TCCAGTGTTCTCCACTACCAT;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=1143;TCF=555;TCR=588;TR=472;WE=100552028;WS=100552007;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:671,472:0.41:1143
chr7	100552020	rs78680358	C	T	20259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1192;ExcessHet=3.0103;FS=2.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.07;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:658,529:0.45:1187
chr7	100552044	rs73714250	T	G	9037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1088;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.102;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=249;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.559;SC=CTGTTCCTTCTTCACCATACA;SOR=0.963;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=1049;TCF=496;TCR=553;TR=445;WE=100552052;WS=100552034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:618,465:0.43:1083
chr7	100552094	rs62483698	G	C	7680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=927;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.766;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=197;PP=2962;ReadPosRankSum=0.110;SC=TCTATCACAGGCTTTCCTAGT;SOR=0.838;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=889;TCF=415;TCR=474;TR=356;WE=100552102;WS=100552084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:548,373:0.40:921
chr7	100552117	rs62483699	G	T	7632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=903;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=198;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.461;SC=CTCTTCCTCTGCAACTACCAG;SOR=0.798;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=864;TCF=399;TCR=465;TR=360;WE=100552125;WS=100552107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:521,378:0.42:899
chr7	100552135	rs62483700	T	C	7600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=912;ExcessHet=3.0103;FS=0.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=1.151;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:535,372:0.41:907
chr7	100552251	rs9691900	T	C	21748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=802;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=386;NR=395;PP=2965;SC=TCCCTGCCTCTCCCACTGATC;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=782;TCF=386;TCR=396;TR=781;WE=100552259;WS=100552241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,799:1.00:799
chr7	100552311	rs12535515	C	T	5467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FS=0.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=-1.289;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:383,275:0.42:658
chr7	100552338	rs73398798	C	T	7059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=113;PP=2797;ReadPosRankSum=0.136;SC=CCTTTACTACCGAAATGGTCA;SOR=0.716;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=537;TCF=252;TCR=285;TR=209;WE=100552346;WS=100552328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:338,216:0.39:554
chr7	100552358	rs73714254	C	G	6635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=1.823;SC=ACCTGTCCTACCTCCATCAGT;SOR=0.799;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=480;TCF=220;TCR=260;TR=172;WE=100552398;WS=100552348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,177:0.36:495
chr7	100552371	rs73714255	C	G	6313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=0.795;SC=CCATCAGTATCCAAACTACTC;SOR=0.813;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=461;TCF=224;TCR=237;TR=164;WE=100552398;WS=100552348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,169:0.36:474
chr7	100552384	rs75597914	A	G	6083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FS=1.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.525;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:301,159:0.35:460
chr7	100552390	rs73714257	T	C	5729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FS=1.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.73;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,156:0.35:450
chr7	100552412	rs73714259	T	C	6500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=76;PP=1895;ReadPosRankSum=-2.409;SC=TCTTCCATGATGCCAGAAAGT;SOR=0.632;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=414;TCF=224;TCR=190;TR=160;WE=100552420;WS=100552402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,166:0.38:439
chr7	100552435	rs76244845	TC	AT	6512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.47;ReadPosRankSum=-1.273;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:280,170:0.38:450
chr7	100552440	rs80290400	C	T	6290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=-0.376;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,169:0.37:454
chr7	100552535	rs73163758	GT	AC	14543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=959;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=139;PP=2944;ReadPosRankSum=2.053;SC=CTGAGCAACAGTTCTGTGATC;SOR=0.752;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=899;TCF=531;TCR=368;TR=355;WE=100552558;WS=100552525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:562,392:0.41:954
chr7	100552549	rs73163760	CT	AC	8833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=243;NR=158;PP=2944;ReadPosRankSum=2.637;SC=TGTGATCCCCCTACCTCTTCC;SOR=0.822;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=1058;TCF=611;TCR=447;TR=401;WE=100552558;WS=100552525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:675,442:0.40:1117
chr7	100552644	rs2904850	C	A	21088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1967;ExcessHet=3.0103;FS=0.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.74;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1224,739:0.38:1963
chr7	100552657	rs75471530	A	G	28003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2004;ExcessHet=3.0103;FS=1.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.02;ReadPosRankSum=0.380;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1251,747:0.37:1998
chr7	100552659	rs78182596	T	C	28372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2010;ExcessHet=3.0103;FS=1.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.15;ReadPosRankSum=-0.143;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1249,756:0.38:2005
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chr7	100552711	rs75799835	T	A	12916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1999;ExcessHet=3.0103;FS=0.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=3.431;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1263,714:0.36:1977
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chr7	100552854	rs73714265	G	A	17895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1057;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=242;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.784;SC=TTTATCCTGAGCTTCCCTTTC;SOR=0.587;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=1002;TCF=418;TCR=584;TR=433;WE=100552875;WS=100552844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:591,464:0.44:1055
chr7	100552867	rs73714266	T	C	15143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=905;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=208;PP=2962;ReadPosRankSum=1.169;SC=TCCCTTTCTTTCTGTGTTTTC;SOR=0.610;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=847;TCF=348;TCR=499;TR=366;WE=100552875;WS=100552844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:510,393:0.44:903
chr7	100552915	rs2904852	A	C	17297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=244;NR=327;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.294;SC=GGGAACAGGGACAGTGTGCTT;SOR=0.623;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=574;TCF=245;TCR=329;TR=571;WE=100552923;WS=100552905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,604:1.00:607
chr7	100552978	rs73163765	T	C	8381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=0.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.42;ReadPosRankSum=1.871;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,223:0.49:455
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chr7	100553002	rs68094465	A	G	7414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=104;PP=2644;ReadPosRankSum=1.452;SC=ATGGCCTCAAATGCCAGTGCC;SOR=0.695;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=370;TCF=160;TCR=210;TR=185;WE=100553010;WS=100552992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,200:0.49:407
chr7	100553073	rs73714269	T	A	4982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=3.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.55;ReadPosRankSum=2.014;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,136:0.45:301
chr7	100553077	rs73714270	A	C	4842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=1.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.11;ReadPosRankSum=2.055;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,129:0.46:283
chr7	100553117	rs73400705	G	A	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.196;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=52;PP=1135;ReadPosRankSum=-1.330;SC=GGGTGTCACTGACTCTCCCCA;SOR=0.805;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=61;TCR=107;TR=81;WE=100553125;WS=100553107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,91:0.49:184
chr7	100555116	.	A	ATT	826.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.39;MQRankSum=0.762;QD=21.18;ReadPosRankSum=1.703;SOR=0.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,34:0.87:39
chr7	100606332	.	A	ATTTTT	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.06;MQRankSum=1.212;QD=25.64;ReadPosRankSum=-0.764;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr7	100606918	rs4316092	A	G	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=23;PP=661;SC=GGGGTGGAGGAGGTACATAAG;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=100606926;WS=100606908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	100607640	.	G	GCT	1741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.42;ReadPosRankSum=1.698;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,42:0.42:100
chr7	100607642	.	C	T	2134	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MMLQ=29;MQ=60.0;NF=26;NR=8;PP=2134;QD=63.7873886043;SC=TGACCTCTGCCCTCTTTCCCC;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=98;TCF=70;TCR=28;TR=34;WE=100607654;WS=100607632;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:64,34:0.35:98
chr7	100607643	.	CTCT	C,CCT	1738.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.032;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.815;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=2142;ReadPosRankSum=1.384;SC=GACCTCTGCCCTCTTTCCCCC;SOR=1.107;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=25;WE=100607654;WS=100607632;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.41:118
chr7	100607851	rs6960854	C	G	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.991;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=37;PP=906;ReadPosRankSum=1.440;SC=AGGAGGGGCTCCAGAACGCCA;SOR=0.519;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=151;TCF=69;TCR=82;TR=73;WE=100607859;WS=100607841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,79:0.49:160
chr7	100607871	rs6960868	C	T	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.601;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=733;ReadPosRankSum=0.197;SC=AGCCAGGATGCGAACAGCTGC;SOR=0.386;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=113;TCF=43;TCR=70;TR=58;WE=100607879;WS=100607861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,64:0.53:121
chr7	100607903	rs6961167	G	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.394;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=496;ReadPosRankSum=0.517;SC=GAGTGAGCCCGGGCTGGAGGG;SOR=0.352;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=32;WE=100607911;WS=100607893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr7	100608154	rs10250885	G	A	4490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;MQRankSum=0.209;QD=30.55;ReadPosRankSum=0.910;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,143:0.97:147
chr7	100608154	.	GGATAAGGGAGAG	AGATAAGGGAGAG,AGATGAGGCAGGC	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=35;MMLQ=24;MQ=60.17;NF=106,18;NR=24,0;PP=2962,816;QD=20;SC=TATTCAGGGGGGATAAGGGAG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=146;TCF=117;TCR=29;TR=130,18;WE=100608174;WS=100608144;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.89:146
chr7	100608158	rs79221376	A	G	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=26.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.287;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.748;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,26:0.16:160
chr7	100608162	rs79761591	G	C	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=28.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.261;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.357;SOR=4.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,27:0.17:163
chr7	100608165	rs76431635	A	G	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=24.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=3.653;QD=5.35;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=3.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,32:0.19:172
chr7	100608166	rs75884804	G	C	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=26.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=3.622;QD=5.19;ReadPosRankSum=-1.021;SOR=3.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,33:0.19:175
chr7	100608180	rs77646533	C	G	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=41.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=3.805;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.111;SOR=4.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,38:0.17:219
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chr7	100608190	.	C	T	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.897;ClippingRankSum=0.000;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=54.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=3.751;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.233;SOR=4.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,44:0.18:248
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chr7	100609966	rs10274451	T	C	6247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.874;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=63;PP=2259;ReadPosRankSum=-0.912;SC=GACGCCCTCCTTGCCTTCCTC;SOR=0.799;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=299;TCF=166;TCR=133;TR=150;WE=100609974;WS=100609956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,166:0.49:338
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chr7	100615461	rs5021601	T	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=3.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=1.147;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,23:0.32:73
chr7	100615477	rs5021600	G	A	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.46;ReadPosRankSum=0.648;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
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chr7	100675376	rs10229731	A	C	18867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=699;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=323;NR=320;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.917;SC=CAGCACCATGAAGGTGGCCAG;SOR=0.386;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCF=326;TR=643;WE=100675384;WS=100675366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,690:0.99:698
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chr7	100676409	rs34834039	C	T	30265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-0.167;NF=526;NR=551;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.628;SC=GGAAGCACTCCATTAACAAAC;SOR=0.666;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1103;TCF=538;TCR=565;TR=1077;WE=100676417;WS=100676399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:17,1151:0.99:1168
chr7	100677279	rs76184171	G	C	17158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1597;ExcessHet=3.0103;FS=6.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQRankSum=-17.366;QD=10.77;ReadPosRankSum=6.616;SOR=1.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1100,493:0.31:1593
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chr7	100677405	rs141963257	G	A	21269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQRankSum=-18.230;QD=10.13;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1500,600:0.29:2100
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chr7	100680299	rs111850657	G	C	4911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1163;ExcessHet=3.0103;FS=1.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQRankSum=-17.305;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.310;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:975,185:0.16:1160
chr7	100680313	rs201138200	A	G	4220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1134;ExcessHet=3.0103;FS=1.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.34;MQRankSum=-18.293;QD=3.73;ReadPosRankSum=-4.351;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:965,166:0.15:1131
chr7	100680370	rs10257974	C	T	25787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=993;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-1.042;NF=525;NR=483;PP=2965;ReadPosRankSum=1.604;SC=CAACAACTCCCGCTGTCACCA;SOR=0.635;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1032;TCF=536;TCR=496;TR=1008;WE=100680378;WS=100680360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,972:0.98:987
chr7	100680939	rs36120435	C	A	12620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.162;NF=207;NR=220;PP=2965;ReadPosRankSum=0.713;SC=TCTACTGAAGCCAGTTCATCT;SOR=0.610;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=434;TCF=212;TCR=222;TR=427;WE=100680947;WS=100680929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,459:0.98:466
chr7	100680983	rs28593004	G	A	13768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.62;MQRankSum=-2.083;QD=25.64;ReadPosRankSum=-0.220;SOR=0.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,528:0.98:537
chr7	100681172	rs28555173	A	G	20255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=834;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.439;NF=422;NR=356;PP=2965;ReadPosRankSum=0.904;SC=TTATAGTGACAGAAGAACTCC;SOR=0.575;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=823;TCF=454;TCR=369;TR=778;WE=100681180;WS=100681162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:26,805:0.97:831
chr7	100681266	rs142126972	C	A	2794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1278;ExcessHet=3.0103;FS=2.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQRankSum=-27.408;QD=2.19;ReadPosRankSum=11.273;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1123,152:0.12:1275
chr7	100681293	rs141217694	G	A	2700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1307;ExcessHet=3.0103;FS=1.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQRankSum=-27.664;QD=2.07;ReadPosRankSum=4.993;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1153,152:0.12:1305
chr7	100681762	rs10953316	A	G	24488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=993;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.84;MQRankSum=-0.661;NF=468;NR=446;PP=2965;ReadPosRankSum=1.367;SC=GTTTTGAAACAAGCACACTTT;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=946;TCF=484;TCR=462;TR=914;WE=100681770;WS=100681752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:26,962:0.97:988
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chr7	100684550	rs35090328	A	G	25505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=9.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=20.906;NF=517;NR=500;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.003;SC=TCCATTAACAAGTATGCCTGT;SOR=0.695;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1234;TCF=625;TCR=609;TR=1017;WE=100684558;WS=100684543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,1067:0.80:1330
chr7	100684573	rs144023476	G	A	3069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1325;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQRankSum=-26.362;QD=2.32;ReadPosRankSum=1.883;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1135,189:0.14:1324
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chr7	100684593	rs35988443	G	A	33671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.687;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-2.169;NF=556;NR=585;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.942;SC=TCTGAAACGAGCACCCTTTCA;SOR=0.503;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=1184;TCF=578;TCR=606;TR=1141;WE=100684601;WS=100684583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:38,1215:0.97:1253
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chr7	100684619	.	A	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.950;ClippingRankSum=0.000;DP=1238;ExcessHet=3.0103;FS=2.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=-31.645;QD=0.24;ReadPosRankSum=-4.017;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1149,87:0.07:1236
chr7	100691073	rs34411816	T	C	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	100692680	rs10246021	T	G	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=52;NR=53;PP=1580;SC=GTCTGGGCCCTTGGGAAGAGG;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=52;TCR=54;TR=105;WE=100692688;WS=100692670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
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chr7	100731505	rs4524722	C	G	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=14;PP=439;SC=TGGCCAGGGCCGCAGCCGCCT;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=100731513;WS=100731495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	100731748	rs61730718	T	G	3715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=41;PP=2381;ReadPosRankSum=-0.601;SC=ACGGAGCTGGTACCCAGGGAG;SOR=0.501;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=73;TCR=41;TR=113;WE=100731756;WS=100731738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr7	100731829	rs6948536	T	C	5859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=78;PP=2965;SC=AGCCCCAGGCTGGAGATGGAG;SOR=1.071;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=117;TCR=78;TR=195;WE=100731837;WS=100731819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr7	100731896	rs61730716	T	C	6755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.503;SC=AGCCCAGACCTTGGAGGAGGA;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=138;TCR=110;TR=234;WE=100731904;WS=100731886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,255:0.94:270
chr7	100771717	rs6092	G	A	6770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.493;SC=CCTGGGCCTGGCCCTTGTCTT;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=133;TCR=114;TR=238;WE=100771725;WS=100771707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,260:0.97:269
chr7	100774008	rs2227711	T	A	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=653;ReadPosRankSum=1.417;SC=AATCCACATATCCCAGTTGGG;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=38;WE=100774016;WS=100773998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,45:0.94:48
chr7	100775087	rs143613360	A	AAAC	1002.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=6.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.14;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=1.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,24:0.89:27
chr7	100780176	rs2227694	A	G	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=58;NR=3;PP=874;SC=CTGCACTCCCACCTGGGCGAC;SOR=8.287;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=61;WE=100780184;WS=100780166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	100800131	rs4727481	T	C	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=12;PP=300;SC=ATGGTCGTCCTGTAGGTCAGG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=100800139;WS=100800121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	100802316	rs6954408	C	T	3176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.44;ReadPosRankSum=-0.836;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,128:0.98:130
chr7	100802786	rs11983381	A	G	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.222;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.11;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr7	100802899	.	C	CT	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=-0.547;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr7	100803689	rs35208462	C	T	7573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.12;ReadPosRankSum=-1.178;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,287:0.99:290
chr7	100816527	rs2009973	A	G	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	100818193	rs2015923	G	C	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.24;SOR=2.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	100841389	rs2158612	A	C	3676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=47;PP=2021;SC=CGGATCCCCCATGCAGGGACC;SOR=0.898;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=72;TCR=47;TR=118;WE=100841397;WS=100841379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr7	100853231	rs7777930	C	T	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=4;PP=581;SC=CCTTTCTGTTCGGCCTCTGCC;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=100853239;WS=100853221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	100965096	rs11369267	A	AG	3251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=62;PP=2688;SC=AGAGGCCCGCAGGGCCGACGG;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=1;TCR=68;TR=63;WE=100965104;WS=100965086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	101090831	rs17135418	G	A	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.791;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=2;PP=862;ReadPosRankSum=1.965;SC=CACGGACCCCGGCAGTGGTTT;SOR=5.247;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=52;WE=101090839;WS=101090821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chr7	101176505	rs1476655	G	A	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=25;PP=756;SC=GCAACCACTGGGTGTGGCCGT;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=101176513;WS=101176495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	101183108	rs6465817	T	C	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=23;PP=1206;SC=CATGTCCCTGTGTGTCACGCA;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=77;WE=101183116;WS=101183098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	101188852	rs9886175	T	C	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=19;PP=459;SC=TAAAGGATCCTGGGAAGTGGA;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=101188860;WS=101188842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	101192542	rs57977430	G	A	5761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.946;SC=TGTGGGAGGCGGCGGGTGGCG;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=101;TCR=97;TR=196;WE=101192550;WS=101192532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,225:0.99:227
chr7	101194424	rs17135626	C	T	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=951;ReadPosRankSum=2.546;SC=TGGGGCCGTCCGTAAGTGTGG;SOR=0.811;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=60;WE=101194432;WS=101194414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,70:0.97:72
chr7	101194461	rs73715304	C	A	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=14;PP=497;SC=TGGGCCACTCCCAGGCAGAGG;SOR=0.883;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=35;WE=101194469;WS=101194451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	101196488	rs12674244	T	C	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.14;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	101196688	rs13235234	C	T	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=36;PP=1076;SC=CGTTCCCTCCCGCCTCCTTGG;SOR=0.881;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=70;WE=101196696;WS=101196678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	101196756	rs3800980	A	G	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=16;PP=463;SC=ACCGTCAGCCAGCCCCGAGCT;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=101196764;WS=101196746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	101199257	rs4729728	G	A	2753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	101200595	rs17393028	A	G	5724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=2.845;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;MQRankSum=0.377;QD=24.16;ReadPosRankSum=-0.613;SOR=0.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,227:0.96:237
chr7	101200669	rs36008849	A	AG	8519.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=82;PP=2969;SC=GCCTCCCCAGAGGAGGTTCTG;SOR=0.865;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=96;TCF=10;TCR=86;TR=92;WE=101200677;WS=101200659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
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chr7	101200835	rs7809926	A	G	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=15;PP=402;SC=AGGACACCCTATCCTGGCTAG;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=101200843;WS=101200825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr7	101266379	rs7794055	T	C	5164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=1.798;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.82;ReadPosRankSum=-1.540;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,195:0.98:200
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chr7	101459147	rs190979222	C	T	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=503;ReadPosRankSum=-0.835;SC=TCGGGCTCGCCATGGCTGCGG;SOR=0.874;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=30;WE=101459169;WS=101459137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr7	101459161	rs28650922	T	C	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=910;ReadPosRankSum=-0.717;SC=GCTGCGGCGGTGCCGTGAGGA;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=44;WE=101459169;WS=101459137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr7	101559302	rs10231075	C	G	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	101671585	rs448877	A	G	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	101713590	rs377612	T	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=5;PP=440;SC=GCTCTTTGTTTTTCTTTTCTT;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=101713598;WS=101713580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	101870599	rs430841	A	G	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=10;PP=1067;SC=TGGTCGTGGTAAAAGACAGCT;SOR=1.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=53;WE=101870607;WS=101870589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	101892121	rs410825	G	A	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=640;ReadPosRankSum=-0.784;SC=GCTCCGCGCCGCCGCCCAGCA;SOR=1.445;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=44;WE=101892129;WS=101892111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,54:0.96:56
chr7	101892328	rs368214	C	T	1987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=1056;ReadPosRankSum=0.675;SC=TCTGAGGGGCCGCGGCCCTGG;SOR=0.672;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=74;WE=101892336;WS=101892318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,81:0.94:86
chr7	101936555	rs3215392	CCTA	C	337.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9835;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=17;PP=761;ReadPosRankSum=-1.645;SC=GCCGGCTGGACCTACTGTCTA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=17;WE=101936565;WS=101936545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr7	101953534	rs809120	T	G	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=5;PP=250;SC=GGAGGCAGAGTTTGCAGTGAG;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=101953542;WS=101953524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	102036769	rs56992893	CGGAGACTGCGTATGCG	C	139	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=34.75;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	102038153	rs67961431	CTGTG	C	4068.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;MQRankSum=0.207;QD=40.28;ReadPosRankSum=0.664;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,100:0.99:101
chr7	102046070	rs6971258	T	A	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=5;PP=526;SC=AATTTTTTTTTAAAAAGCACC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=102046078;WS=102046060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	102046359	rs6955864	G	C	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	102063363	rs143532608	GGAAACATCC	G	2219.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=6;PP=2983;SC=TCCAAAGTCTGGAAACATCCG;SOR=2.584;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=30;WE=102063379;WS=102063353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	102063527	rs7384395	G	C	4788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=25.47;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr7	102063567	.	C	CTTTTTTTTTTTTT	729.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.573;QD=33.17;ReadPosRankSum=1.203;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,20:0.91:22
chr7	102105566	rs79978502	G	A	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.50;ReadPosRankSum=1.880;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,70:0.92:76
chr7	102105984	rs10953368	T	G	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=10;PP=570;SC=TTAAGTGGTGTGGAGTCGGGA;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=102105992;WS=102105974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	102106306	rs11538919	A	G	7995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.262;SC=TGGACCCCAAACTCCTGTGCC;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=163;TCR=139;TR=294;WE=102106314;WS=102106296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,311:0.99:315
chr7	102106880	rs112664314	G	C	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	102108013	rs111931759	C	T	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.718;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.76;ReadPosRankSum=-0.226;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,85:0.94:90
chr7	102108263	rs35310665	A	G	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.20;ReadPosRankSum=-1.258;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,90:0.98:92
chr7	102108446	rs78815001	C	T	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=15;PP=861;SC=GGGGTCCAGCCTGTGATGGGG;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=48;WE=102108454;WS=102108436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	102108686	rs113296404	T	C	4625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=79;PP=2492;ReadPosRankSum=1.447;SC=GCTGGGCAGCTGTGACCCTTC;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=91;TCR=80;TR=169;WE=102108694;WS=102108676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,177:0.99:179
chr7	102111925	rs374409015	C	T	4041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=69;PP=2468;ReadPosRankSum=-0.355;SC=GTGGTGGCGGCGGTAGTTATG;SOR=0.705;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=157;TCF=87;TCR=70;TR=148;WE=102111933;WS=102111915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,169:0.98:173
chr7	102112100	rs75312819	G	A	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=885;ReadPosRankSum=-0.804;SC=GCTAGCCTCCGAGAGTCAGGT;SOR=0.512;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=50;WE=102112108;WS=102112090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr7	102113093	rs3800988	T	C	14921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=291;NR=233;PP=2965;SC=TCCCGCGGGCTTCCGGGAGCT;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=525;TCF=291;TCR=234;TR=524;WE=102113101;WS=102113083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,567:1.00:567
chr7	102113563	rs61229695	TG	T	2098.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.75;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	102114006	rs7950	C	T	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=915;ReadPosRankSum=1.104;SC=TGGCTGGGACCGGCCGCTCTC;SOR=0.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=55;WE=102114014;WS=102113996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr7	102114151	rs75106520	T	A	3086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;MQRankSum=0.269;QD=23.21;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,126:0.95:133
chr7	102114205	rs370120347	TC	T	1469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.283;NF=1;NR=28;PP=757;ReadPosRankSum=0.714;SC=ATGCCCAGCATCCCCCCCGCC;SOR=0.495;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=29;WE=102114213;WS=102114195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr7	102120834	rs200864556	A	G	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=1.413;NF=18;NR=31;PP=877;ReadPosRankSum=0.259;SC=CCAAGTTGAGAGTGCAGAGGA;SOR=0.605;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=49;WE=102120842;WS=102120824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr7	102136550	rs77782294	G	A	3525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.09;QD=26.51;SOR=1.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr7	102235692	.	G	GCT	535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.31;QD=41.21;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	102246447	rs200418348	C	T	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.882;NF=12;NR=16;PP=371;ReadPosRankSum=-0.418;SC=GTGGGGTCAGCTCAGCCAGGG;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=28;WE=102246455;WS=102246437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr7	102246500	rs144574884	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.706;NF=7;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=-0.587;SC=CAGCCCCACCAGGCACCTTGA;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=16;WE=102246508;WS=102246490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr7	102343967	rs4729850	A	G	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=51;PP=1466;SC=ATTTAGGAGTATCTTCACCTA;SOR=2.480;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=14;TCR=51;TR=64;WE=102343975;WS=102343957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	102389833	rs28695887	G	C	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=14;PP=405;SC=CCTGGCCCGGGGCGCCGAACT;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=102389841;WS=102389823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	102398418	rs369711193	T	C	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=28;PP=779;SC=TTCTTTTTTTTTTTAGTAATT;SOR=1.055;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=48;WE=102398426;WS=102398408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	102401990	rs11412851	A	T	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=344;SC=CCATCTTTTTAAAAAAAAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=16;WE=102401998;WS=102401980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	102417753	rs201667800	T	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.48;MQRankSum=-3.292;QD=3.64;ReadPosRankSum=-0.903;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr7	102427889	rs116082009	C	T	4347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.38;QD=25.28;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr7	102462636	rs10279449	T	C	6057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=2.116;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.83;ReadPosRankSum=0.714;SOR=0.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,241:0.99:244
chr7	102495434	rs2041094	C	T	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=112;SC=ATTTTAGTTGCTGTCATATTT;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=102495442;WS=102495424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	102572433	rs55781834	A	C	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=43;PP=1314;ReadPosRankSum=-0.699;SC=ATGTTTAAACAAAGTTTTTCT;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=66;WE=102572441;WS=102572423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr7	102574999	rs3832497	TGAA	T	11252.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=117;PP=2973;SC=AGTTGTGTAATGAAGAAGAAA;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=171;TCF=38;TCR=133;TR=149;WE=102575009;WS=102574989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr7	102614137	rs6465886	C	A	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr7	102668001	rs7805950	A	C	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=28;PP=814;SC=TCCGCAATAGAATATCTGAAG;SOR=1.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=46;WE=102668009;WS=102667991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	102722505	rs4729868	G	A	4053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=75;PP=2207;SC=AATTCTTTCCGTTCTAAAAAG;SOR=1.386;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=52;TCR=75;TR=127;WE=102722538;WS=102722495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr7	102722516	rs4729869	T	C	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=66;PP=2085;SC=TTCTAAAAAGTTGTGTTTTTA;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=46;TCR=67;TR=111;WE=102722538;WS=102722495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr7	102722529	rs148702264	ATT	A	4359.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=58;PP=2678;SC=TGTTTTTATCATTCTTTCCTT;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=1;TCR=60;TR=59;WE=102722538;WS=102722495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr7	102724372	rs4729871	A	T	6173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=92;NR=113;PP=2965;SC=TCAGACCCTCAATTTCCTCAT;SOR=0.996;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=92;TCR=113;TR=205;WE=102724380;WS=102724362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr7	102739043	rs4729879	C	T	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.29;QD=27.41;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	102743893	rs3181009	C	T	192.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=2;PP=106;SC=TTTTCATCATCATTATTTAGG;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=102743901;WS=102743883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	102755330	rs4729882	A	G	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=5;PP=727;SC=TTCTGACTGTATATGTGTGTA;SOR=2.235;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=30;WE=102755338;WS=102755320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	102760722	rs1974715	A	G	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=19;PP=484;SC=AAAAAGTATTATATCATCATA;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=102760730;WS=102760712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	102789835	rs143789269	C	A	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.02;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr7	102815911	rs60251093	G	C	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.81;QD=29.16;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr7	102839017	rs62480157	C	T	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.13;QD=26.17;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	102839108	rs2411101	C	T	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.42;QD=20.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr7	102854504	rs62481620	C	T	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.09;QD=23.12;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	102854545	rs75435314	CA	TG	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.13;QD=43.87;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	102854662	rs62481621	G	A	110.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.50;QD=22.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	102874211	rs3987882	T	G	2855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.77;QD=24.83;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr7	102874366	rs3987883	C	T	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.07;QD=25.28;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	102883362	rs10271013	C	G	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=48.57;NF=7;NR=2;PP=143;SC=ATTAAATATTCTTTTGATGAG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=102883370;WS=102883352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	102898221	.	C	CATAATAATA	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.87;MQRankSum=-3.364;QD=3.70;ReadPosRankSum=2.470;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr7	102899028	rs62482367	G	C	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=26;PP=776;SC=GTCTTCCTTGGACTCCAGAAT;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=102899036;WS=102899018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	102920515	rs114408985	G	T	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.436;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.02;ReadPosRankSum=2.237;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr7	102940582	rs17156420	T	C	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=8;PP=991;SC=AGATGAAGTATAAAGGGAGTT;SOR=2.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=48;WE=102940590;WS=102940572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	102953552	rs79588426	A	T	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=44;PP=1245;SC=TATGGACCTGATTAAGAAAAA;SOR=2.457;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=58;WE=102953560;WS=102953542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	102953621	rs2878	A	G	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=14;PP=373;SC=GTCCACAAGTATTCGCTAAGT;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=102953629;WS=102953611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	102961255	rs115504811	A	G	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.13;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	103007949	rs4520097	A	C	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=25;PP=967;SC=TTTTGATCCTAGAGGCAATAT;SOR=1.011;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=65;WE=103007957;WS=103007939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	103017132	rs66928926	CAGA	C	1165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=5;PP=669;SC=AGTGATTTTTCAGAAGAACAA;SOR=2.387;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=15;WE=103017142;WS=103017122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	103018016	rs10273883	A	G	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr7	103019613	rs12705120	A	G	2425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	103029915	rs62482415	A	G	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	103033573	rs13240456	T	C	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=20;PP=604;SC=AAAAAAAACCTTGCGACTGCA;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=103033581;WS=103033563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	103053435	rs7779997	A	G	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=25;PP=1707;SC=AGAATATCAAATGTAAGCTTT;SOR=1.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=65;TCR=25;TR=90;WE=103053443;WS=103053425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr7	103132305	.	A	T	114	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MMLQ=22;MQ=55.89;NF=9;NR=4;PP=114;QD=11.4439394267;SC=TCTCTCTCTCACACACACACA;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=13;WE=103132315;WS=103132293;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr7	103138517	rs2711885	C	G	4669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=55;PP=2706;SC=ACAAAAAATTCACTTACTTTG;SOR=1.057;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=94;TCR=55;TR=149;WE=103138525;WS=103138507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr7	103162370	rs10282605	C	T	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=10;PP=642;SC=GGTAACTAACCCTGCATCTTG;SOR=1.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=103162378;WS=103162360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	103175965	rs362706	C	T	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=34;PP=954;SC=GATATAAACACATATCTGCAG;SOR=1.073;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=64;WE=103175973;WS=103175955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	103191428	rs362721	C	T	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=4;PP=601;SC=GGAAATTTCCCCATGATAAAG;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=103191436;WS=103191418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	103557697	rs711443	A	G	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=30;PP=824;SC=TATTTCTGAAATGTTAGACAT;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=103557705;WS=103557687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	103824679	rs17326187	T	C	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=14;PP=452;SC=AATTAGAAATTTATTTTTCAA;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=103824687;WS=103824669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	103824724	rs11384924	T	TA	401.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=314;SC=AAATTTTACTTAACACATTTG;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=103824732;WS=103824714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr7	103838148	rs7784705	G	A	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr7	104110392	rs4727601	C	T	3332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=36;PP=1738;SC=ATAGCACAATCATAGAAAACT;SOR=1.170;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=71;TCR=36;TR=107;WE=104110400;WS=104110382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
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chr7	104681497	rs66645072	C	CA	54.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=0.619;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr7	104704611	.	GTTTTTTTTTT	G	555.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.75;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr7	104745818	rs2299298	G	A	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=1;PP=226;SC=TTCAAATCTGGTATTAGAATA;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=104745826;WS=104745808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	104748407	rs34102092	GT	G	742.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.09;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,56:0.84:67
chr7	104767295	rs3815256	A	G	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=7;PP=413;SC=CTGAGGGGGCATCAAACTCAA;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=104767303;WS=104767285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	104785779	rs7780887	T	G	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.46;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	104800939	rs4730071	C	T	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	104844328	rs2240463	C	T	3066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=64;PP=1961;SC=AAAAATAAAACTTGTCACATA;SOR=1.526;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=37;TCR=64;TR=101;WE=104844336;WS=104844318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr7	104844416	rs34581245	CA	C	781.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=0.616;QD=13.71;ReadPosRankSum=0.393;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,51:0.89:57
chr7	104844519	rs10281422	G	A	4700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;MQRankSum=0.213;QD=25.55;ReadPosRankSum=2.309;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,182:0.99:184
chr7	104845094	rs41562	T	C	2899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=61;PP=1463;SC=TTGCCCGACATGTGAGTGCCA;SOR=1.412;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=101;WE=104845102;WS=104845084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	104845124	rs2237611	A	C	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=42;PP=1299;SC=GCATTTCTGCAACGGCAGCCC;SOR=1.339;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=71;WE=104845132;WS=104845114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	104845964	rs72496750	TCACACACACA	T	257.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.00;MQRankSum=0.000;QD=17.19;ReadPosRankSum=1.125;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,13:0.87:15
chr7	104846375	.	AAC	A	243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=0.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.58;ReadPosRankSum=-0.818;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:365,52:0.12:417
chr7	105122891	rs57080279	TA	T	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=7.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.078;QD=5.17;ReadPosRankSum=-0.119;SOR=1.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr7	105146593	rs11421080	A	AT	4402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=52;PP=2969;SC=AGGAAATGCTATTTTTATACA;SOR=0.778;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=86;TCF=28;TCR=58;TR=79;WE=105146601;WS=105146583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr7	105250905	rs940370	G	A	3490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr7	105254085	rs57819574	T	C	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=14;PP=1023;SC=AGTGAGGTAATAACCGTAAAG;SOR=1.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=51;WE=105254093;WS=105254075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	105258149	rs117933980	G	A	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=6;PP=995;SC=CTGGCCCAGGGAAGTCCCACA;SOR=3.417;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=42;WE=105258157;WS=105258139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	106508978	rs849389	A	G	5935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.15;ReadPosRankSum=-0.821;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,225:0.99:227
chr7	106508987	rs849390	T	C	10205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.88;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr7	106509331	rs17847825	C	A	4096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.038;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=67;PP=2570;ReadPosRankSum=-0.595;SC=CCAGCACTGTCCAGCAAGGCC;SOR=0.264;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=76;TCR=69;TR=142;WE=106509339;WS=106509321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,154:0.99:155
chr7	106519943	rs849370	T	C	4476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=1.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr7	106523670	rs17847822	G	C	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=34;PP=1133;ReadPosRankSum=0.896;SC=TATAGCAGTAGTGGCTTCAAG;SOR=1.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=61;WE=106523678;WS=106523660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,66:0.97:68
chr7	106524689	rs2230460	C	T	6045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr7	106768839	rs34736852	G	GAC	3509.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=30;PP=1822;SC=TTTGTAAGCTGATCACCCTGG;SOR=1.068;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=36;WE=106768847;WS=106768829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	106781445	rs2302453	G	A	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=30;PP=1009;SC=AACCTTTTGTGTAAAATCTCA;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=61;WE=106781453;WS=106781435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr7	106898908	rs376122764	TAC	T	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=-0.195;SOR=0.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,9:0.16:58
chr7	107114400	rs11453718	A	AT	564.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=425;SC=CAATTGAAAGATTTTTTTTCT;SOR=3.528;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=17;WE=107114408;WS=107114390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr7	107208250	rs1468336	T	C	8442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr7	107216738	rs10276604	C	T	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=153;SC=AGATGAAATACCATTTTAGTC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=107216746;WS=107216728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	107217068	rs3839819	TG	T	2151.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=40;PP=972;SC=TTCTTTTAATTGGGGGGGGAA;SOR=1.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=43;WE=107217076;WS=107217058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	107217685	.	T	A	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=18;PP=1220;ReadPosRankSum=-0.687;SC=ATATACTGTTTGCTTCATTGA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=71;WE=107217693;WS=107217675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr7	107255548	rs3801944	T	C	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=21;PP=1626;SC=CAGTTTCTTATGGCCAGTGTC;SOR=2.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=66;TCR=21;TR=87;WE=107255556;WS=107255538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	107303622	rs2248464	A	T	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.08;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	107303628	rs2248465	C	T	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.40;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	107340372	rs35161285	CAAA	C	450.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;MQRankSum=0.530;QD=25.04;ReadPosRankSum=-1.481;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr7	107384849	rs756872	C	T	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	107392891	rs10594774	CTG	C	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,15:0.17:90
chr7	107414419	rs41669	A	G	5321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQ=60.05;NF=109;NR=74;PP=2965;SC=CTGAAAAGTCAAGAATGAGGC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=109;TCR=74;TR=183;WE=107414427;WS=107414409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr7	107531832	rs11373214	G	GC	1558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=31;PP=1561;SC=GCTGGCGGAGGCGGGCGCCTG;SOR=3.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=107531840;WS=107531822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	107593989	rs20556	T	C	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=1.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr7	107635472	rs6968182	G	C	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=12;PP=386;SC=GTGAATAGTTGAGACTATTTT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=107635480;WS=107635462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	107738801	.	A	ACATAGGGGTTGATGGACGCCCCCTCCCCGCCCTCCCACTATGGACTTACGCTGGCAGCC	974.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.91;QD=74.98;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	107738836	rs6974722	T	C	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.93;QD=25.96;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	107738882	rs1735499	G	A	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.31;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	107738948	rs451252	G	A	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	107743409	rs401487	A	G	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=13;PP=636;SC=TTAAGCAGATAAGGTGCGGGC;SOR=1.096;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=107743417;WS=107743399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	107743664	rs402113	A	G	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=32;PP=963;SC=TGGAGTGGCTATTACAGCTGC;SOR=1.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=65;WE=107743672;WS=107743654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	107746214	rs430628	TG	GC	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=6;PP=1281;SC=ACCAGGACAGTGAAAGGCAGG;SOR=2.476;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=30;WE=107746223;WS=107746204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	107746246	rs370495	T	C	3810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.31;SOR=1.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr7	107746253	rs420753	A	G	4109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.37;SOR=1.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	107746865	rs111986177	GA	G	240.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5440;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=91;ReadPosRankSum=-0.846;SC=TCCGTCTCAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.244;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=8;WE=107746873;WS=107746855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr7	107747081	rs5886439	C	CT	323.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=6;PP=139;SC=CAAACACACTCTTTTTTTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=8;WE=107747089;WS=107747071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	107747928	rs446800	A	C	3887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.26;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr7	107747937	rs401066	G	A	3678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.42;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	107748337	rs402264	G	A	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=36;PP=1000;SC=TTGAATATTTGTATTTTCTAA;SOR=1.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=58;WE=107748345;WS=107748327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	107752470	rs369505	A	T	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.35;SOR=2.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr7	107818851	rs428459	T	C	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=36;PP=1632;SC=CAGTACTTGTTTGACGCATGA;SOR=0.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=96;WE=107818859;WS=107818841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	107820911	rs414077	G	T	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=40;PP=1306;SC=GCAGAAAGGAGCAAACAAGAT;SOR=1.116;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=74;WE=107820919;WS=107820901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	107822198	rs2839850	A	G	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=16;PP=897;SC=CTCCTGTGGTATGCATGACAA;SOR=1.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=47;WE=107822206;WS=107822188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	107822396	rs2142325	G	A	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=49;PP=1529;SC=GAAAAGGACAGGGAAGTGGTA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=90;WE=107822404;WS=107822386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	107824556	rs10561815	TTA	T	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.9986;FS=9.208;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.492;NF=19;NR=0;PP=763;ReadPosRankSum=-1.465;SC=ATATGTATCTTTATATATATA;SOR=5.464;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=19;WE=107824565;WS=107824550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr7	107824678	rs6970656	A	G	4223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=26.40;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr7	107824889	rs401433	C	G	3477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=52;PP=1965;SC=ACTGCTCAGACGCCTCGCTGG;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=108;WE=107824897;WS=107824879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr7	107825108	rs427909	T	C	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=466;SC=TTCAGTCAACTCAGGGGTAGC;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=107825116;WS=107825098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	107831520	rs6962066	T	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=0;PP=25;SC=GAAAAATCTGTGGTTATGATG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=107831528;WS=107831519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	107834613	rs6958498	G	C	8928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=161;NR=147;PP=2965;SC=ATCCATGTAGGATCTGAAATG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=308;TCF=161;TCR=147;TR=308;WE=107834632;WS=107834603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr7	107834624	rs6978315	T	C	8354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=150;NR=137;PP=2965;SC=ATCTGAAATGTAGAGTCATCG;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=287;TCF=150;TCR=137;TR=287;WE=107834632;WS=107834603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr7	107834734	rs404287	C	T	7208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=124;NR=122;PP=2965;SC=CTTCATTCTTCGCCATCCCTA;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=124;TCR=122;TR=246;WE=107834742;WS=107834724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr7	107836064	rs34680676	G	GA	398.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.61;ReadPosRankSum=1.334;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,21:0.88:24
chr7	107836117	rs35825013	GT	G	980.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=12;PP=871;SC=TTCCCTGTTTGTTTTTTGAAT;SOR=1.666;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=28;WE=107836125;WS=107836107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	107838464	rs381318	G	T	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=28;PP=1065;SC=TGCACTGATAGACTGCACTTG;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=62;WE=107838472;WS=107838454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	107838637	rs388557	C	A	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=267;SC=ATAAAGACTGCTCTAAGTACA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=107838645;WS=107838627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	107849908	rs1269621	G	A	3547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr7	107872816	rs2072546	G	A	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=11;PP=606;SC=CTCCGCGTTCGTTCCTTGCTG;SOR=1.206;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=107872824;WS=107872806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	107874906	rs1269632	G	A	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=7;PP=543;SC=ATATCCAACTGAAAAAGGAAG;SOR=1.942;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=27;WE=107874914;WS=107874896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	107875170	rs1269633	T	C	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.54;SOR=1.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	108137253	rs11448779	G	GA	2780.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=31;PP=1424;SC=CCCTTATGATGTAAGATTTCC;SOR=1.163;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=31;WE=108137261;WS=108137243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	108524003	rs2280645	T	G	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=2;PP=590;SC=TTTTTATACTTTTGACACATT;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=108524011;WS=108523993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	108524444	.	CA	C	764.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=5.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.737;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.359;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,73:0.66:110
chr7	111372095	rs10953696	T	C	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=195;SC=TGGCTGCGTTTGTGCAGGAGG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=111372103;WS=111372089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	111372467	rs74504826	G	C	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=35;PP=785;SC=CTAAGCAAAGGGGGTGGTGAG;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=50;WE=111372475;WS=111372457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	111474749	rs3214145	TA	T	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.86;MQRankSum=3.008;QD=3.29;ReadPosRankSum=-2.773;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,23:0.36:64
chr7	111580132	rs73428869	T	C	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=15;PP=1397;SC=CCCCTGTGCCTACCCCAGCCA;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=63;WE=111580140;WS=111580122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	111580451	rs74866281	C	A	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=512;SC=TGCTTCAGTTCTGGATTCTCC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=111580459;WS=111580441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	111585013	rs10627423	A	AAGAC	3331.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=52;PP=2973;SC=TAAAAGAAGAAAGAGATGGAC;SOR=2.720;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=53;WE=111585021;WS=111585003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	111585949	rs17159030	T	C	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=409;SC=GTAAGCTAAATATTAGGTTGT;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=111585957;WS=111585939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	111629366	rs2074129	G	A	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=15;PP=403;SC=CAAACTGTTCGCTCACTATCC;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=111629374;WS=111629356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	111634067	rs566714	A	G	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=7;PP=390;SC=GTTAATATCTATATCCCCAAG;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=111634075;WS=111634057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	111634368	rs847541	A	G	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=279;SC=AGATAACTAGAAAAGAAAGCT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=111634376;WS=111634358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	111634389	rs847542	T	C	167.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=128;SC=GCCTAGCTATTGTTCGTTCTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=111634397;WS=111634379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	111958339	rs3823515	T	A	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	111958382	rs4727766	G	A	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=20;PP=551;SC=AAACTCATCAGAACATCCCTA;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=111958390;WS=111958372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	111970342	rs11773393	A	G	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=257;SC=AGGACCAACTAATATTTGAAT;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=111970350;WS=111970332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	111981183	rs11463201	G	GA	1461.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=35;PP=587;ReadPosRankSum=1.159;SC=TAAGCCTACAGAAAAAAAAGG;SOR=1.647;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=36;WE=111981191;WS=111981173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,65:0.97:67
chr7	112101909	rs2708609	T	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.67;ReadPosRankSum=0.954;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr7	112102355	rs2253962	T	G	5596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=105;NR=87;PP=2965;SC=GCCTCCTCTCTTGTGATGATG;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=105;TCR=87;TR=192;WE=112102363;WS=112102345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr7	112112279	rs2074796	G	A	6236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr7	112130009	rs11767398	A	C	7638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr7	112575149	rs10231221	A	C	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=2;PP=339;SC=ATTTATTTCAATGATCAGGCA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=112575157;WS=112575139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	112724417	rs2256044	A	G	4872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=68;PP=2897;SC=CGATAGCTAAATATCTGGTGA;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=91;TCR=68;TR=159;WE=112724425;WS=112724407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr7	112724525	rs1608890	A	G	8216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr7	112757387	rs1051878	T	G	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=49;NR=20;PP=1413;SC=ACACACCAAATCTCAGGTTTA;SOR=1.965;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=50;TCR=20;TR=69;WE=112757395;WS=112757377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	112758324	rs2462665	G	C	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	112758694	rs2250343	A	G	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=12;PP=293;SC=CGTTCCCCCTATAAGTAGCAG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=112758702;WS=112758684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	113518502	rs2974938	A	T	4908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=108;NR=57;PP=2965;SC=AACCTGCCTAAGATCTCTGTT;SOR=1.257;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=108;TCR=57;TR=165;WE=113518510;WS=113518492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr7	113519719	rs2974944	A	T	3933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=61;PP=2475;SC=TTACTTCAATATTTTTAGCTC;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=72;TCR=61;TR=133;WE=113519727;WS=113519709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr7	113519796	rs2974942	C	T	4679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=68;PP=2584;SC=GGTATTTGCACTGTGCCATTG;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=88;TCR=68;TR=156;WE=113519804;WS=113519786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr7	114138751	rs2040658	G	C	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=381;SC=CCAAAAGAAAGATTTTAGTTA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=114138759;WS=114138749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	114210814	rs17137124	T	C	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=54;NR=23;PP=1395;SC=AGCACAAGCCTTAAGATTGAA;SOR=1.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=77;WE=114210822;WS=114210804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	114293360	.	A	AT	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=0.174;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,18:0.17:104
chr7	114296545	rs881732	A	C	6991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.785;SC=TGCGTTTCTCAAACTATGCAG;SOR=0.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=144;TCR=98;TR=240;WE=114296553;WS=114296535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,262:0.99:264
chr7	114303491	rs34735973	A	AT	821.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.11;ReadPosRankSum=0.433;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,41:0.95:43
chr7	114303617	.	CTT	C,CT	1316.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.931;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.63;ReadPosRankSum=0.719;SOR=0.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:10,30,50:0.33,0.56:90
chr7	114304563	rs1378771	C	T	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=17;PP=559;SC=AGAATTTTTCCGAAGTTTTTA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=114304571;WS=114304553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	114304630	rs1378772	A	T	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=10;PP=267;SC=CCACGTTCATAATATGACAAA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=114304638;WS=114304620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	114562833	rs35262508	G	GTT	223.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.30;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	114619598	rs2594449	C	A	3774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=81;NR=49;PP=2101;SC=AGACTTCAGCCCAGGTGCCAA;SOR=1.006;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=81;TCR=50;TR=130;WE=114619606;WS=114619588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr7	116140076	rs2535220	T	C	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=50;PP=1572;SC=CCACCATTGCTACCGGGTCGG;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=16;TCR=50;TR=66;WE=116140084;WS=116140066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	116140275	rs11767363	T	C	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=18;PP=1037;SC=GGCGTCAGGTTGGCTGACAGT;SOR=1.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=58;WE=116140283;WS=116140265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	116140524	rs2270188	G	T	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=26;PP=715;SC=ACACCGGGTGGACCGGCTTTC;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=116140532;WS=116140514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	116145957	rs4730743	A	T	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=7;PP=507;SC=ATCTTTTCATACATGTACAAG;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=116145965;WS=116145947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	116165360	rs1997623	A	C	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=36;PP=1082;ReadPosRankSum=-1.140;SC=GAGGGGGCCTAGGGAGCCCCT;SOR=0.257;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=82;WE=116165368;WS=116165350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr7	116165463	rs2742125	T	C	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=23;PP=716;SC=GGATGCTCCCTTGTCGCGGGA;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=32;WE=116165471;WS=116165453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	116166858	rs138907327	GCA	G	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=7.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=0.680;SOR=0.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,12:0.16:76
chr7	116364823	rs34822187	CA	C	1790.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=15;PP=789;SC=TCTCCCTTTACAGGCAGAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=116364831;WS=116364813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	116435768	rs41736	C	T	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=20;PP=1229;SC=CTTATCCTGACGTAAACACCT;SOR=1.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=67;WE=116435776;WS=116435758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	116436022	rs2023748	G	A	6475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=118;NR=97;PP=2965;SC=GGATATCAGCGATCTTCTCTA;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=118;TCR=97;TR=215;WE=116436030;WS=116436012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr7	116436097	rs41737	G	A	4613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.292;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=78;PP=2546;ReadPosRankSum=0.397;SC=GTGTCGCTCCGTATCCTTCTC;SOR=0.447;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=82;TCR=80;TR=159;WE=116436105;WS=116436087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,174:0.99:175
chr7	116550456	rs2074025	C	T	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=11;PP=288;SC=GTATATCATACACATTTCTTT;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=116550464;WS=116550446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	116596697	rs6960131	A	G	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=46;PP=1327;SC=TTCTGGAGTCATTCTTGGATA;SOR=1.666;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=69;WE=116596705;WS=116596687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	116598735	rs6466595	A	G	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=58;PP=1551;SC=GGCCACTGCAATAAAGTGAGT;SOR=3.383;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=9;TCR=58;TR=67;WE=116598743;WS=116598725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	116600049	rs10262671	A	T	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=13;PP=1356;SC=GACTCTTAATACTTAGTGAAT;SOR=2.566;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=64;WE=116600057;WS=116600039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	116607172	rs35773173	CT	C	189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.59;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	116607501	rs10259502	T	C	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=37;NR=45;PP=1361;SC=GTCAGGCAGCTTGTGCAGGTC;SOR=1.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=82;WE=116607509;WS=116607491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	116660464	rs5886844	AC	A	2575.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=25;PP=1942;SC=TTTCAATCACACCGGGAGAAA;SOR=1.457;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=48;WE=116660472;WS=116660454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	116660803	rs7788320	A	G	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=22;PP=638;SC=TTTTGGCTCTAATTACAAAGG;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=116660811;WS=116660793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	116811037	rs193562	T	C	4362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr7	116962933	rs34431449	T	TC	6828.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=49;PP=2386;SC=ATCTCCAAAATCCCCCGCGCC;SOR=0.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=73;WE=116962945;WS=116962923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr7	117023237	rs10278953	A	G	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=9;PP=232;SC=GAAACTGAACATACGATTATC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=117023245;WS=117023227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	117066718	rs7784156	C	G	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=3;PP=435;SC=CAAATGCAAGCAGAGAGGAAG;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=117066726;WS=117066714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	117067040	rs10242827	C	T	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=551;SC=TTTTTGTTTCCACCTCATCAG;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=117067048;WS=117067030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	117188660	.	ATG	A	766.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.931;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=3.906;NF=12;NR=11;PP=789;ReadPosRankSum=0.339;SC=TTTATTTTTGATGTGTGTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=23;WE=117188689;WS=117188650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chr7	117188736	rs4727853	C	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.11;MQRankSum=-3.496;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.668;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,11:0.15:71
chr7	117199533	rs213950	G	A	2787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	117450792	rs2111204	A	C	276.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=227;SC=TGTTGTGGGGAAAATGACCAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=117450800;WS=117450786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	117451124	rs6973399	T	C	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=5;PP=146;SC=TTTGTGATTATACTTCCAAAT;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=117451132;WS=117451114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	117824239	rs2896242	G	C	10272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=195;NR=160;PP=2965;SC=GCTTGCTGTCGGCACCGCTGC;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=355;TCF=195;TCR=160;TR=355;WE=117824261;WS=117824229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr7	117825549	rs9655829	T	G	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=80;SC=CCTTGGCGTCTAAGAAACTTT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=117825557;WS=117825541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	117825681	rs45604739	A	G	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=15;PP=722;SC=ATTCCCTAAGAAACACTTTCT;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=117825689;WS=117825671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	117825834	rs2041527	A	G	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=26;PP=754;SC=TCTAATGCCTAGACAGCACAT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=50;WE=117825842;WS=117825824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	117832138	rs1061731	G	A	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=22;PP=647;SC=GTTTTTATGAGTGTGTCACTG;SOR=0.919;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43;WE=117832146;WS=117832128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	117867960	rs60066163	C	CT	377.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.750;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr7	117876264	rs10682157	A	ATGTGTG,ATGTG	381.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;NF=0,0;NR=6,6;PP=82,136;SC=GTGTGTGCGTATGTGTGTGTG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6,6;WE=117876272;WS=117876254;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.91:11
chr7	120428607	rs41622	G	A	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=20;PP=1467;SC=CACAAGTCCAGTAAAACAAGT;SOR=2.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=53;TCR=20;TR=73;WE=120428615;WS=120428597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	120428799	rs41623	C	A	4706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=84;PP=2626;SC=GGTCTGTCCCCGGCTCCCTTC;SOR=1.096;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=67;TCR=84;TR=151;WE=120428807;WS=120428789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr7	120450658	rs7805733	G	A	4133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=25.84;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr7	120450678	rs112555207	T	TCA	1151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.559;QD=20.21;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,45:0.79:57
chr7	120590786	.	C	CG	660	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MMLQ=22;MQ=59.27;NF=13;NR=2;PP=660;QD=45.7333333333;SC=AGGCAAGCGCCTCAGGCGCCA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=120590794;WS=120590776;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	120613419	rs2721369	A	G	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=9;PP=243;SC=TATTAGTTATATTATGCTAAT;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=120613427;WS=120613409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	120704289	rs2721375	C	T	8018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=158;NR=114;PP=2965;SC=TCATTCCTTTCAGGCAAACAG;SOR=0.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=272;TCF=158;TCR=114;TR=272;WE=120704297;WS=120704279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr7	120739962	rs199844199	GTT	G,GT	3973.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=1.688;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.82;MQRankSum=0.767;QD=21.48;ReadPosRankSum=1.068;SOR=1.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,152,27:0.82,0.15:185
chr7	120740103	rs798937	G	T	8020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=138;NR=139;PP=2965;SC=TTCATTCGACGGGCACAGTTT;SOR=0.761;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=278;TCF=139;TCR=139;TR=277;WE=120740111;WS=120740093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr7	120740225	rs1917112	C	G	2890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=65;PP=1934;SC=GCCATTTTCCCACCTTTATGG;SOR=1.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=29;TCR=65;TR=94;WE=120740233;WS=120740215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	120764477	rs1524498	G	C	5572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr7	120764573	rs798948	C	A	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.43;SOR=1.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	120765954	rs798949	T	C	6785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=128;NR=103;PP=2965;SC=CAGGTCAGTATGCCAAAGGCC;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=231;TCF=128;TCR=103;TR=231;WE=120765962;WS=120765944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr7	120773954	rs61128227	A	G	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=14;PP=446;SC=AAAGGTAAAAATATAGATATT;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=26;WE=120773962;WS=120773944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	120776097	rs41281692	C	G	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	120781884	rs11979314	G	T	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=0;PP=612;SC=TATTTTCATAGTTTAGGTTTC;SOR=5.211;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=120781892;WS=120781882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	121080929	rs6961822	A	G	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=36;NR=18;PP=898;SC=CCTCTGGCATACTCGAACTTC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=54;WE=121080937;WS=121080919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	121081052	rs6962156	C	T	3201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=48;PP=1753;SC=AGGACGGTGCCGCAGACCTTG;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=62;TCR=48;TR=110;WE=121081060;WS=121081042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr7	121081115	rs6466786	A	C	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=32;PP=1113;SC=CCCACCCTGAAGATGTGGCTG;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=72;WE=121081123;WS=121081105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	121616250	rs4629793	G	A	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	121644628	.	T	A	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=5;PP=308;SC=GCCGAAATAGTTGAATAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=121644636;WS=121644618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	121680783	rs201489367	CGTGTGT	C	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=26.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	121699151	rs59593536	AT	A	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr7	121699789	.	CT	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.37;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,21:0.19:112
chr7	121942832	rs10685687	G	GACA	9647.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=43;PP=2969;SC=AACCATGAGAGACATTTCCTG;SOR=1.133;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=82;WE=121942840;WS=121942822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr7	121942847	rs6968786	G	C	10131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=60;PP=2965;SC=TTCCTGGTTTGCATACCTTTT;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=89;TCR=60;TR=149;WE=121942855;WS=121942837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr7	121944527	rs11761299	T	C	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=32;PP=1173;SC=CGGGGCTGGGTTGCGCCGTCC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=121944535;WS=121944517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	121985541	rs798685	T	C	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=517;ReadPosRankSum=0.329;SC=AAGGAGACTATGCTTTGCAAA;SOR=1.055;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=37;WE=121985549;WS=121985531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,43:0.96:45
chr7	121985556	rs798684	C	G	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=714;ReadPosRankSum=2.341;SC=TGCAAACATACCATCAAAATT;SOR=1.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=38;WE=121985564;WS=121985546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,45:0.96:47
chr7	122019329	rs201225252	A	AT	175.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=2;PP=145;SC=TTTAAACTACATTTTTTCTCA;SOR=1.863;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5;WE=122019337;WS=122019319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	122194751	rs139130136	G	GA	2410.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.613;NF=10;NR=47;PP=1192;ReadPosRankSum=1.353;SC=CACCTGTATGGAAAAAAAAAC;SOR=1.098;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=13;TCR=57;TR=57;WE=122194768;WS=122194741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,109:0.96:113
chr7	122303321	rs2251761	C	T	4527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=37;PP=2499;SC=GCTGGTGTTCCAGTTTTTTAA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=97;TCR=37;TR=134;WE=122303329;WS=122303311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr7	122635024	rs860170	C	T	5665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=102;NR=95;PP=2965;SC=GGCAGTGAAGCGCGCTTTCAT;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=102;TCR=95;TR=197;WE=122635032;WS=122635014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr7	122769378	rs113072605	CTGTGTG	C,CTG	4825.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=2.508;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.266;QD=34.97;ReadPosRankSum=1.512;SOR=1.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,63,71:0.46,0.51:138
chr7	122809111	rs1880178	T	C	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	123102829	rs34691578	G	A	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=16;PP=792;SC=GTTAGCACACGTCTCCATTAT;SOR=1.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=123102837;WS=123102819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	123256427	rs6962756	C	T	3752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=58;PP=1954;SC=GGTCACATTCCTGAGCTCCAG;SOR=1.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=113;WE=123256435;WS=123256417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr7	123264804	rs11769381	C	T	4693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=83;PP=2752;SC=GATTTGGAGTCACACCACTAG;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=81;TCR=83;TR=164;WE=123264812;WS=123264794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr7	123269118	rs4731112	G	C	10373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=160;NR=188;PP=2965;SC=CTGTATTTTGGCGTTTCTAAT;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=349;TCF=161;TCR=188;TR=348;WE=123269126;WS=123269108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr7	123269976	rs3993666	G	GGC	1251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=8;PP=1030;SC=TTATGTATATGATATTAAAAA;SOR=1.942;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=123269984;WS=123269966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	123295964	rs7779099	C	T	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=18;PP=868;SC=TGCTTCTGGCCGCCTTGAATG;SOR=1.238;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=49;WE=123295972;WS=123295954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	123296320	rs12538876	C	A	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=120;SC=CCTTGGCTAACCCCACCTCCC;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=123296328;WS=123296310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	123301940	rs7809453	A	G	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.78;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	123324546	rs5887151	AAT	A	767.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=768;ReadPosRankSum=1.735;SC=TCACCTTAAAAATATATATAT;SOR=0.638;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=17;WE=123324555;WS=123324536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr7	123324745	rs147291543	CCAG	C	2091.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=1354;SC=AATGTGACTCCCAGAAGAATC;SOR=1.298;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=123324755;WS=123324735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	123329060	rs3035629	GTCTC	G,GTC	918.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.92;MQRankSum=0.539;QD=28.71;ReadPosRankSum=-0.977;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,19,11:0.59,0.34:32
chr7	123334696	rs35280100	GT	G	1258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=10;PP=875;SC=ATGTATGAATGTTAACTGGTT;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=22;WE=123334704;WS=123334686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	123360398	rs34980321	CA	C	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-1.354;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,20:0.32:62
chr7	123388732	rs1054706	G	A	4279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=69;NR=70;PP=2262;SC=TGAGCAACAGGGACCCCACGT;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=69;TCR=70;TR=139;WE=123388740;WS=123388722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr7	123599483	rs11773285	G	T	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=5;PP=776;SC=AAATTAATTCGCATTTGAACT;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=123599491;WS=123599473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	123610348	rs11975640	C	T	3910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr7	124387092	rs3735270	C	G	6305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=116;PP=2965;SC=AATACCACCACAGTCTCGCAC;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=94;TCR=116;TR=210;WE=124387100;WS=124387082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr7	124387374	rs724356	A	G	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=23;PP=766;SC=ATAAGGTGAAAGTGGTGACTC;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=124387382;WS=124387364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	124462661	rs17246404	C	T	5536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=88;PP=2934;SC=ATCATCAACACGGAAACACAC;SOR=0.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=91;TCR=89;TR=178;WE=124462669;WS=124462651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr7	124467470	rs10244817	T	C	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=23;PP=655;SC=TTTACTAAAATAACTCAAGAT;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=124467478;WS=124467460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	124475296	.	T	TAAACA	2878.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=12;PP=1521;SC=AAAAGTATAATAAACAAAACA;SOR=1.812;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=26;WE=124475304;WS=124475286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	124477182	rs7787804	A	G	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	124486980	rs7794637	T	C	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	124499002	rs6977407	AT	CA	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=9;PP=1230;SC=TTTTCCTACTATACATCACCT;SOR=1.298;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=38;WE=124499011;WS=124498992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	124533680	rs4377885	C	T	7941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.764;SC=GAGAACGAGTCTGCTGATATC;SOR=1.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=282;TCF=171;TCR=111;TR=278;WE=124533688;WS=124533670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,300:0.99:302
chr7	124533740	rs10954048	C	T	10769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.70;ReadPosRankSum=-0.769;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,417:1.00:419
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chr7	125588500	.	CAAGCAAGA	C	850.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.56;QD=42.54;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr7	125753737	rs4395830	A	C	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=32;PP=1012;SC=TGGGCATGACAAAGGTTTTGA;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=125753745;WS=125753727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	126542667	rs78124913	A	T	8734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.73;QD=25.69;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr7	126544012	rs769199	T	C	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.70;QD=30.27;SOR=3.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	126698351	rs11563750	A	C	3230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr7	127026342	rs6962137	G	A	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=16;PP=405;SC=ACACACACACGCATATATAAT;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=23;WE=127026350;WS=127026332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	127250907	rs712700	T	C	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=22;PP=1163;SC=CTCTTAAGGCTAGTGTGAGAA;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=58;WE=127250915;WS=127250897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	127251188	rs712701	T	G	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=28;PP=935;SC=ACTGGCCAGGTGACAGTGGGA;SOR=0.747;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=62;WE=127251196;WS=127251178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	127251792	rs327518	G	A	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=22;PP=1014;SC=AGAGAACGCCGGGACCCCAGA;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=53;WE=127251800;WS=127251782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	127252096	rs117823055	G	A	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	127253714	rs3835004	A	AG	675.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.57;NF=2;NR=10;PP=518;SC=GGCCACTCACACCTGCACCTC;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=12;WE=127253722;WS=127253704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	127254457	rs594141	G	A	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=10;PP=425;SC=ATCCAAGAAAGAACGAGAAAG;SOR=0.880;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=28;WE=127254465;WS=127254447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	127255285	rs698406	C	G	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=23;PP=1006;SC=TCCAGCCTCACCTTTGAGGGC;SOR=1.096;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=127255293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	127255795	rs327516	C	G	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=44;NR=11;PP=999;SC=TTGCCCATACCCGCCAACTCT;SOR=2.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=55;WE=127255803;WS=127255785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	127347733	rs11972774	G	C	4118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.75;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,153:0.99:154
chr7	127361269	rs918793	G	A	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	127637816	rs17151639	A	G	8576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.850;SC=CTGGCAGTTCACCATATATAC;SOR=0.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=326;TCF=182;TCR=144;TR=324;WE=127637824;WS=127637806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,338:0.99:340
chr7	127721507	rs322825	T	C	5133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=89;PP=2497;SC=TGTTTGTGACTGAGATCACTG;SOR=0.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=91;TCR=89;TR=180;WE=127721515;WS=127721497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr7	127950725	rs12850	G	A	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=6;PP=1095;SC=GGGCACCTCCGAGCACAGTGG;SOR=3.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=48;WE=127950733;WS=127950715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	127957602	rs2290225	A	C	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=1;PP=175;SC=GGGAACTAGGAGCAAAAAAAC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=127957610;WS=127957592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	127991133	rs891215	G	A	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=36;PP=1245;SC=AGGGCAGCGCGGGGGCCTGTC;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=74;WE=127991141;WS=127991123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	127992437	rs1651945	C	G	3881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=71;NR=44;PP=1757;SC=CGGGCGGGCACCGCCAGGGCA;SOR=0.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=72;TCR=45;TR=115;WE=127992445;WS=127992427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr7	128000091	rs359642	G	A	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=24;PP=644;SC=GGACTCAGTTGTTCAGCAGCT;SOR=2.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=128000099;WS=128000081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	128038555	rs2288550	C	G	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=29;PP=1365;SC=CCCCACAGAGCAGCTGCTTCT;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=70;WE=128038563;WS=128038545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	128043612	.	CA	C	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.786;QD=3.24;ReadPosRankSum=1.134;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,31:0.42:74
chr7	128095843	rs2288554	G	A	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=7;PP=778;SC=GTGCGTCCCGGGCGTGCGTGC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=128095851;WS=128095833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	128095876	rs2732393	A	G	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=20;PP=1374;SC=GCGTGCGCGTACCCTCCTGGG;SOR=1.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=65;WE=128095884;WS=128095866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	128102508	rs10647404	C	CTCTT	532.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=9;PP=583;SC=ACATATGGTGCTCTTGTGAGC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=11;WE=128102516;WS=128102498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	128117010	.	G	GCCGGCCACGAGTCAAGCTGCCCTAC	1435.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=47.86;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	128128133	rs2732429	T	C	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.55;QD=31.87;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	128128286	rs140236081	AG	A	1848.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=24;PP=2118;SC=CTAAAAATCAAGGTCTCTGGC;SOR=1.244;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=52;WE=128128294;WS=128128276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	128133984	rs2562741	G	A	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=63;PP=1877;SC=TCTTTCAGCAGTTGTTCCAGA;SOR=1.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=34;TCR=64;TR=97;WE=128133992;WS=128133974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	128141865	rs1053124	T	C	6389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.79;QD=25.77;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr7	128142023	rs12539729	A	T	3519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=92;PP=2629;ReadPosRankSum=1.665;SC=GAGCTTTTTTAAAAAAAAATT;SOR=1.145;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=76;TCR=93;TR=167;WE=128142031;WS=128142012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,168:0.99:170
chr7	128298600	rs73723614	T	A	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=25;PP=1228;SC=GCACTCCCTGTCCCACCTGGT;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=69;WE=128298608;WS=128298590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	128312450	rs11769769	C	T	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=9;PP=628;SC=TACCAAGAACCAATGAGTAAA;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=128312458;WS=128312440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	128312676	rs116918896	T	C	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.72;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	128315588	rs13308199	T	C	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=22;PP=1644;SC=GGGAGGCCAATGAAAAGGATC;SOR=1.770;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=64;TCR=22;TR=85;WE=128315596;WS=128315578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	128317931	rs139645567	CTG	C	667.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=11;PP=501;SC=ATGTAAGTGTCTGTGTATATA;SOR=1.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=128317940;WS=128317921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	128358891	rs745229	C	A	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=28;PP=1661;SC=TCAGGATTCTCCCATTGAGGT;SOR=1.308;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=66;TCR=28;TR=94;WE=128358899;WS=128358881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr7	128363287	rs6971091	G	A	4947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=75;PP=2681;SC=CCAGCCCAGCGAGAGTCTCAT;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=85;TCR=75;TR=160;WE=128363295;WS=128363277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr7	128371206	rs339066	G	A	6510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=0.550;SC=TGCAAGCCTCGTCAACACCAC;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=115;TCR=108;TR=221;WE=128371214;WS=128371196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,251:0.99:253
chr7	128371288	rs41274146	A	T	3142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=66;PP=1930;SC=GGAAGAATAGAGTCATCTCAC;SOR=1.417;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=107;WE=128371296;WS=128371278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr7	128413997	rs56762413	C	CT	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-1.491;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr7	128432556	.	C	G	4487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=81;NR=71;PP=2425;SC=CCTCTGACCCCCAGGCCTCTG;SOR=0.751;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=82;TCR=71;TR=152;WE=128432564;WS=128432546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr7	128450532	rs7799186	G	A	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=13;PP=401;SC=CCAGGGGTAAGGATAAGGCAA;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=128450540;WS=128450522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	128451353	rs111409895	C	CAGAGAGCCTGGGA	2911.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=11;PP=2974;SC=AAGCCAGGCCCAACATGCCCA;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=13;WE=128451361;WS=128451343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	128455767	rs4728137	C	G	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.54;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	128487866	rs2249128	T	C	2707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr7	128498630	rs113516962	TAC	T	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.359;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr7	128533421	rs142712949	G	C	3624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;MQRankSum=0.237;QD=24.33;ReadPosRankSum=1.356;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,147:0.99:149
chr7	128533514	rs34061445	T	TC	3038.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=28;PP=1377;SC=GATACTGGTGTCCTGGTACTC;SOR=1.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=32;WE=128533522;WS=128533504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	128533818	rs12706859	C	T	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=16;PP=1337;SC=TCTCTGCAGCCAAGGCCTGCC;SOR=1.923;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=71;WE=128533826;WS=128533808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	128548304	.	GAAGAAAGAAAGA	G	3442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.06;QD=41.48;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	128550680	rs11335250	GC	G	1885.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=20;PP=1012;SC=CAGCGCCAGGGCCCCCGAGGT;SOR=0.906;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=28;WE=128550688;WS=128550670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	128587351	rs199508964	CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT	C	6154.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=51;PP=2957;SC=AGTGGCCGCCCACTCTGCAGC;SOR=0.814;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=90;TCF=27;TCR=63;TR=74;WE=128587388;WS=128587341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr7	128607384	rs8043	G	A	3000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=43;PP=1933;SC=TCACTGTGACGGCTCCCACGG;SOR=0.907;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=103;WE=128607392;WS=128607374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr7	128610484	rs1691779	A	G	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=39;PP=1188;SC=GTGTGTGTGCACGCGTGGCTG;SOR=1.539;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=60;WE=128610501;WS=128610474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	128630227	rs1154329	C	T	3554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=52;PP=1673;SC=CAGGCTGTGACGACACACAGC;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=59;TCR=52;TR=111;WE=128630235;WS=128630217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr7	128630313	rs6969930	T	C	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=26;PP=781;SC=TTTTCAAATCTTCAAAAAAGA;SOR=1.565;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=128630321;WS=128630303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	128641226	rs2305324	G	C	5691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=97;PP=2965;SC=CAATGGCATAGAGAGCTGAGC;SOR=0.898;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=190;TCF=93;TCR=97;TR=190;WE=128641234;WS=128641216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr7	128694976	rs2242028	C	T	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=29;PP=802;SC=GGGCAGAAGGCTCTCCGTGGA;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=128694984;WS=128694966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	128766505	rs6952057	A	C	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=155;SC=TAGGCGCCGAACGCTCCCGGC;SOR=2.049;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=128766513;WS=128766495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	128766528	rs10464697	G	C	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.28;QD=47.36;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	128766533	rs10464698	A	C	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.56;QD=42.63;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	128766553	rs6952077	A	G	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.38;QD=26.02;SOR=3.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	128767410	rs10247566	A	G	10547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-0.175;NF=173;NR=208;PP=2965;ReadPosRankSum=2.777;SC=ATCTTTGGCCAGCCCGTGGTC;SOR=1.114;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=383;TCF=174;TCR=209;TR=381;WE=128767418;WS=128767400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,399:1.00:401
chr7	128767490	rs7809681	T	C	7387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=116;PP=2965;SC=CAACAGCGGTTACGGGATGGA;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=115;TCR=116;TR=231;WE=128767498;WS=128767480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr7	128767506	rs7809687	T	G	6943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=119;PP=2965;SC=ATGGACAGCCTGCCCGCCATG;SOR=0.993;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=228;TCF=109;TCR=119;TR=228;WE=128767514;WS=128767496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr7	128784723	.	A	G	244	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=15;NR=0;PP=244;QD=18.5847475031;SC=GGGCTCCTGCACGGCGCGGCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=128784731;WS=128784713;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	128785008	rs13243618	C	T	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=39;PP=1064;SC=GCGCGGGAGCCGCACTGCCGA;SOR=1.437;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=128785016;WS=128784998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	128802936	rs919551	T	C	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=28;PP=780;SC=TTTAAGATCATAAGGTGCTTT;SOR=2.419;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=128802944;WS=128802926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	128804218	rs2566892	G	A	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=12;PP=655;SC=GGCAGACTCAGTTAAGAAGGA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=128804226;WS=128804208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	128829066	rs41304185	A	G	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	128845018	rs2703091	C	T	5856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=118;NR=79;PP=2965;SC=TGCCTTGACACCGTCTTTTCC;SOR=0.969;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=120;TCR=79;TR=197;WE=128845026;WS=128845008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr7	128845277	rs2075777	G	C	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=39;PP=1734;SC=GGGCAGGCCCGGGGGGCCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=79;WE=128845285;WS=128845267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	128845325	rs2566872	G	A	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=27;PP=2022;SC=GGGAAGGGGGGCAAAGAGGTC;SOR=1.533;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=87;WE=128845333;WS=128845315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	128845907	rs2075779	T	C	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=11;PP=785;SC=CCTCAGCAGCTGAGGGTCTGG;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=128845915;WS=128845897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	128846328	rs2228617	G	C	6657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=112;NR=123;PP=2965;SC=CTGTGAGTGGGATTTGTTTTG;SOR=0.887;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=235;TCF=112;TCR=123;TR=235;WE=128846336;WS=128846318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr7	128846469	rs2735842	A	G	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=31;PP=888;SC=GCAACAAAATATACTGGGCAC;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=128846477;WS=128846459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	128865130	rs4731565	C	T	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.47;ReadPosRankSum=1.958;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,55:0.96:57
chr7	129028857	rs35404531	AT	A	1978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.529;HP=11;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.553;NF=20;NR=35;PP=807;ReadPosRankSum=-0.424;SC=TAGAGGAAGCATTTTTTTTTT;SOR=0.452;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=55;WE=129028866;WS=129028847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,106:0.94:113
chr7	129029391	rs1541711	C	T	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=11;PP=645;SC=AGGATCTTAACTTAAGAAAAC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=35;WE=129029399;WS=129029381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	129037029	rs17168750	G	C	3058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=46;PP=1719;SC=GTTTGGCCCAGGCTTGCTCAT;SOR=0.838;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=62;TCR=47;TR=108;WE=129037037;WS=129037019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	129049507	rs6467244	A	G	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=36;PP=1116;SC=ATAGTAGCCCACAAAGCCAGC;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=129049515;WS=129049497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	129067053	rs4728164	T	C	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=48;PP=1589;SC=CCTGTGCCTGTAGTGTTGGCC;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=74;WE=129067061;WS=129067043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	129091302	rs4731578	A	G	187.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=3;PP=146;SC=TCCTTTTCCCATACCTTATTC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=129091310;WS=129091298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	129094195	rs581829	T	C	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=200;SC=AGAGACCATCTCTGAGGTCTG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=129094203;WS=129094185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	129098313	rs3214796	AC	A	474.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=473;SC=AGCATCAGGGACCCCTATGCT;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=13;WE=129098321;WS=129098303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	129125352	rs10500117	C	G	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=35;NR=22;PP=925;SC=TCCCATAGACCATGCTCTGTG;SOR=0.892;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=57;WE=129125360;WS=129125342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	129142694	rs691332	C	G	5308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr7	129142775	rs610591	G	A	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=40;PP=1158;SC=CCCTGGGGTCGACCTCAACGC;SOR=2.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=129142783;WS=129142765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	129349101	rs11769146	G	A	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=17;PP=550;SC=TGAGTTGCCTGGTTGCTTTTC;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=129349114;WS=129349091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	129350170	rs3736626	A	C	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=10;PP=1074;SC=AAATAACCAAAGTTCTTTGTG;SOR=2.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=55;WE=129350178;WS=129350160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	129351444	rs1962038	C	G	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=36;PP=1015;SC=TCTGCATCTTCTTAAATACTT;SOR=1.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=52;WE=129351452;WS=129351434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	129356939	rs12154342	T	G	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=17;NR=2;PP=516;SC=ATATTGCAGGTCATGTTAATT;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=129356947;WS=129356929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	129383970	.	CT	C	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=-1.810;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr7	129410144	rs4467881	G	A	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=6;PP=508;SC=CCAGCAGTCCGGGACCTGAGT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=129410152;WS=129410134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	129410195	rs4541843	G	A	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.45;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	129658655	rs2242488	A	G	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=12;PP=295;SC=AATGATCTGGATATGTCTAGG;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=129658663;WS=129658645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	129663496	rs11556924	C	T	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	129664312	rs1464890	T	C	3227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr7	129680994	rs34409527	A	ATG	1081.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.466;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.914;NF=3;NR=35;PP=1128;ReadPosRankSum=2.240;SC=ATGTGTGTGTATGTGTGTGTG;SOR=0.330;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=59;TCF=3;TCR=56;TR=38;WE=129681002;WS=129680984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,41:0.89:46
chr7	129710524	rs1062154	G	C	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.16;ReadPosRankSum=1.028;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr7	129736880	rs12531444	G	A	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	129806441	rs4507710	C	T	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=321;SC=ACATGTTTAACTGATATTTAA;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=129806449;WS=129806431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	129846823	.	TA	T	69.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=1.169;QD=2.91;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr7	129847482	rs2727837	C	T	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=193;SC=GAAAATATAGCATATACAAGT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=129847490;WS=129847480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	129906915	rs7788519	G	A	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=45;PP=1304;SC=TAGATTTGGGGATAAGTCAAT;SOR=2.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=56;WE=129906923;WS=129906905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	129910818	rs3816830	G	A	84.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=3;PP=41;SC=TTCATGTAGGGCCTGAAGTCC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=129910826;WS=129910808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	129913516	.	CTTT	C,CTT	708.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=4.825;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.43;ReadPosRankSum=2.629;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,15,36:0.24,0.58:62
chr7	129916515	rs17590	T	C	6021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr7	129938598	rs34587586	G	T	5183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr7	129940561	rs12538292	G	A	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=306;SC=TGAAAGGGCCGCCATCTTGGC;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=129940569;WS=129940551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	129962360	rs1569133	A	G	5676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=111;NR=86;PP=2965;SC=TCGACTGGGCATATGACAACG;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=111;TCR=86;TR=197;WE=129962368;WS=129962350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr7	129986226	rs6955991	T	A	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=47.19;SOR=5.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	129986236	rs6955995	T	C	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.34;QD=40.73;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	129986338	rs6973851	C	T	4427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=65;PP=2522;SC=TGCAGGGCACCCCTGGAGGCG;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=87;TCR=65;TR=152;WE=129986346;WS=129986328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr7	129986521	rs6467306	T	C	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=36;PP=819;SC=GTGGCTGCCCTGCTGGTGCCT;SOR=1.487;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=129986529;WS=129986511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	129987766	rs375233670	CT	C	1711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=37;PP=1492;SC=TCCTGCCCCCCTTTATCCCAA;SOR=2.540;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=37;WE=129987774;WS=129987756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	129987782	rs67016751	C	T	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=33;PP=919;SC=CCCAAACCTGCCCTCCTGAGG;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=129987790;WS=129987772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	130002199	rs6955110	A	G	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=10;PP=925;SC=AGGATGCCTCAGGGACCTCCT;SOR=2.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=52;WE=130002207;WS=130002189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	130002467	rs6955723	C	G	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=25;PP=875;SC=ACCTTCAGTTCAACAGTTACA;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=130002475;WS=130002457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	130003458	rs17164847	A	G	3538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=73;PP=2317;SC=GGCATGGGACAATGTAGTCAG;SOR=1.187;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=50;TCR=73;TR=123;WE=130003466;WS=130003448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	130003487	rs17164851	G	A	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=60;PP=1843;SC=CATGAGTCACGGCCAGGGACA;SOR=1.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=86;WE=130003495;WS=130003477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr7	130007381	rs11761888	T	C	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.00;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr7	130007913	rs2241273	T	G	3846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=72;PP=2302;SC=GATCTAGCTGTGCTGGCCCAA;SOR=1.398;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=47;TCR=73;TR=119;WE=130007921;WS=130007891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	130008180	rs60493599	A	G	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=29;PP=2004;SC=TCCACCCAGGATGCCTCTGTA;SOR=1.634;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=65;TCR=29;TR=94;WE=130008188;WS=130008170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	130008219	rs17164865	T	G	4365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.29;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
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chr7	130022041	rs968404	C	T	4390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr7	130023539	rs12706927	C	T	17802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=702;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,702:1.00:702
chr7	130067668	rs73152881	C	T	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=1;PP=52;SC=AATCCTGAGCCGAGAAAGACA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=130067676;WS=130067658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	130136107	rs3807348	G	A	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=82;SC=TACTGTTTTAGAAAACTAATG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=130136115;WS=130136097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	130136902	rs2072573	G	T	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr7	130139660	.	T	TA	272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.902;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,29:0.35:84
chr7	130140766	rs765205	C	A	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.45;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	130147307	rs2302826	T	G	2624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=58;PP=1674;SC=GGTGGAAGGGTTTGTTGGTGA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=88;WE=130147315;WS=130147297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	130147427	.	G	GT	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=11.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-1.782;SOR=2.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr7	130148507	rs2072575	G	A	1736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=108;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=31;PP=832;SC=GCAACTGGAGGAGAAGGGAGG;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=55;WE=130148515;WS=130148497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	130148562	rs58927323	T	TTCTTAGGAAGTG	1289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=11;PP=2976;SC=TTTCCATCATTCCATCTGTAC;SOR=0.846;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=18;WE=130148570;WS=130148552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	130148903	rs12706941	A	G	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=45;PP=1864;SC=CTGTGGTAAAAAGCATACAGA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=78;WE=130148911;WS=130148893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	130149061	rs12706942	G	C	2922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=54;PP=1927;SC=TGAGTTTCTAGTATTGGTAAA;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=102;WE=130149069;WS=130149051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr7	130150705	rs12706944	G	A	2700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr7	130292531	rs12706946	T	C	3962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=51;PP=2414;SC=GTGATTTTTGTAGAGTTTAAA;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=74;TCR=51;TR=125;WE=130292539;WS=130292521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr7	130292802	rs35780462	C	T	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=71;PP=1952;SC=CACCACTCCCCAATATTTTCA;SOR=1.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=36;TCR=71;TR=107;WE=130292810;WS=130292792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr7	130297119	rs34699820	GA	G	3377.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.679;HP=12;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.473;NF=5;NR=96;PP=1488;ReadPosRankSum=1.155;SC=GCTAAATACAGAAAAAAAAAA;SOR=0.357;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=6;TCR=117;TR=101;WE=130297128;WS=130297109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,176:0.94:188
chr7	130298550	rs4731696	C	T	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=38;PP=1145;SC=GAAAAACATGCTTATGCAAAA;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=61;WE=130298558;WS=130298540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	130354106	rs10232683	G	C	4025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=77;PP=2460;SC=TAAAGGAGACGCACTTGGAGG;SOR=1.041;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=61;TCR=77;TR=138;WE=130354114;WS=130354096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr7	130356691	.	CTTTAT	C	349	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=7;PP=349;QD=51.1428571429;SC=GAACTATTCACTTTATTTTAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=7;WE=130356703;WS=130356681;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,7:0.47:15
chr7	130418720	rs111359117	A	C	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=17;PP=570;SC=CGGACTCCGGATGCGCCGCAC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=130418728;WS=130418710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	130418883	.	C	CGAGCGCCGTCCGAACGCGGCCGGCCGCGGGCGACGGAGTTCCCGGGAGCGTCCGTCCCGCAGCCTCG	790.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=60.83;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	131060277	rs3823557	G	A	3204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	131155588	rs1733861	G	T	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	131163354	rs10701186	C	CT	335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.91;ReadPosRankSum=-1.202;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,22:0.85:26
chr7	131195535	rs3847113	G	T	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	131195712	rs12670788	G	A	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=79;NR=45;PP=2290;SC=AGGATGCGTCGAAGTGGGTTG;SOR=1.171;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=79;TCR=45;TR=124;WE=131195720;WS=131195702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr7	131195959	rs3735035	C	T	6469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=106;PP=2965;SC=TTGCCTGAGCCGCCTCCTCTA;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=110;TCR=106;TR=216;WE=131195967;WS=131195949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr7	131241029	rs11277659	GGGCGAC	G	912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=299;SC=CATTCTGGGAGGGCGACGGCG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=131241042;WS=131241019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	131241085	rs7780021	G	A	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=25.08;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	131815118	rs10954359	C	T	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=3;PP=511;SC=GAGAGAGAAACAGCGCTGCTC;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=131815126;WS=131815108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	131815220	rs10954360	G	A	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=31;PP=1402;SC=CTCCAGGGCGGCCCTGGAAGG;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=89;WE=131815228;WS=131815210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	131815310	rs2671103	A	G	3255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr7	131815343	rs10954361	G	A	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=44;PP=1405;SC=TCTGCGGAAGGGCCAAGAACA;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=80;WE=131815351;WS=131815333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr7	131832627	rs1450882	A	G	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=8;PP=744;SC=CAGGACACCCAGGCCTCCCTA;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=42;WE=131832635;WS=131832617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	131849204	rs896167	T	A	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=31;PP=828;SC=CTTCTCTCCATCTCCTCATCC;SOR=3.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=131849212;WS=131849194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	131859496	rs7808586	G	A	3086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=32;PP=1899;SC=TTGCCAACACGCTCCCCTGCT;SOR=1.487;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=106;TCF=72;TCR=34;TR=104;WE=131859504;WS=131859486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr7	131864591	rs3734989	T	C	3517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=67;PP=1978;SC=CGCCAGCCACTGCGATGCTGA;SOR=1.095;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=52;TCR=67;TR=119;WE=131864599;WS=131864581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr7	131866972	rs3734983	A	G	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=51;NR=53;PP=1568;SC=AAAGAAGGAGATGTGTAAATG;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=104;WE=131866980;WS=131866962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr7	131908468	rs2290232	T	C	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=37;PP=1154;SC=GGCTTGAGTCTCTATGGTCTA;SOR=1.961;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=54;WE=131908476;WS=131908458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	131908566	rs2290233	A	T	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=226;SC=ACTCCCCAAGACCTCAGGAAG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=131908574;WS=131908556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	131915507	rs1868781	A	G	4421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=84;PP=2633;SC=GAGAGCTGGTACGGGCTTAAA;SOR=0.944;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=73;TCR=85;TR=157;WE=131915515;WS=131915497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr7	131926112	rs3925378	C	G	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=454;SC=ACATATGCATCCAGGGAGACA;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=131926120;WS=131926102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	132070054	rs741664	T	C	4540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr7	132409606	rs594208	T	C	3618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=40;PP=2226;SC=CAGGGGTGACTCCAACAGCAC;SOR=1.353;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=79;TCR=40;TR=119;WE=132409614;WS=132409596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr7	132719349	rs78193687	G	A	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=47;PP=1736;SC=CAGGCAGCTAGGTGATGGCAA;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=80;WE=132719357;WS=132719339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	132766584	rs11769814	C	G	3939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr7	132990536	rs5887620	C	CT	482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=4;PP=451;SC=CGTAAGCTCCCTTTGTTAGTA;SOR=2.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=13;WE=132990544;WS=132990526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	133749164	rs6953296	G	A	3265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=53;PP=2145;SC=ACCGCAGCCAGACTGGGGTGG;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=107;WE=133749172;WS=133749154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr7	133821619	rs13246630	A	G	112.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=86;SC=TAATATGTATATGTTATCAAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=133821627;WS=133821616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	133868368	rs1222420	C	T	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=14;PP=1061;SC=TATTCTTCTACGCAGGGTCTT;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=57;WE=133868376;WS=133868358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	133868507	rs1222419	C	T	6088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=92;PP=2965;SC=GCCTGGATGCCCCTTATCCCA;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=106;TCR=92;TR=198;WE=133868515;WS=133868497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr7	133881919	rs10611703	ATG	A	629.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.65;QD=33.14;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	133933671	rs34245697	G	GT	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.226;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr7	134133291	rs2734653	G	A	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=19;PP=608;SC=GTGGCTACACGCTGATGGGAC;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=41;WE=134133299;WS=134133281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	134134338	rs71531826	CA	C	936.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.550;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;MQRankSum=0.227;QD=13.78;ReadPosRankSum=0.535;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,61:0.90:68
chr7	134135751	rs2734649	C	T	8583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr7	134136584	rs1732035	A	C	3403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=66;PP=2002;SC=AGCCACCGATACCTGCTGACC;SOR=1.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=114;WE=134136592;WS=134136574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr7	134217729	rs3735041	A	G	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	134223127	rs4732035	T	C	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=32;PP=710;SC=CATTGTCTTTTGCCCCCTCCC;SOR=2.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=134223135;WS=134223117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	134225788	rs4732036	C	T	3091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.12;SOR=1.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	134225827	rs4728329	A	G	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=36;PP=1106;SC=CTATCCCTTCAATGCAGAATA;SOR=1.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=56;WE=134225835;WS=134225817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	134552634	rs1452911	G	A	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=36;PP=1193;SC=ATCCTTTTGAGAGGCCAAATG;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=67;WE=134552642;WS=134552624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	134576441	rs6953822	T	C	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	134576547	rs12531510	A	G	110.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=5;PP=160;SC=AGAGGAGGAGACACCAGGCAG;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=134576555;WS=134576537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	134612759	rs11438725	G	GT	2336.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=18;PP=1101;SC=CAAAGTCCCGGTTGGTAGTGT;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=134612767;WS=134612749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	134618710	rs6973420	A	G	2462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=24;PP=1526;SC=GAGAAAAAACATGCCATGCAA;SOR=1.839;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=66;TCR=25;TR=90;WE=134618718;WS=134618700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	134678463	rs12540686	T	C	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=52;PP=1671;SC=ATTCAGACATTAGCAAACTTA;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=86;WE=134678471;WS=134678453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	134678523	rs2252826	C	T	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=29;PP=738;SC=TAGAAAACAGCACATTCCAAC;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=134678531;WS=134678513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	134694939	rs6958457	T	C	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	134701856	rs4236655	G	C	7976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr7	134719551	rs9656447	C	G	6218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=102;PP=2965;SC=TACCCATGCTCAATCCAGATG;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=105;TCR=102;TR=207;WE=134719559;WS=134719541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr7	134730151	rs2348054	G	C	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=4;PP=514;SC=TTTGTTTATAGTGTTTTGCAA;SOR=3.180;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=24;WE=134730159;WS=134730141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	134730441	rs2348055	A	G	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;SC=TTGGGGTTTTAGCACTTAATT;SOR=1.508;Source=Platypus;TCF=30;WE=134730449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	134744060	rs146909058	CA	C	1718.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=39;PP=972;SC=AATAATCAGGCAAAAAAAATT;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=42;WE=134744068;WS=134744050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	134765148	rs10215144	G	A	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=13;PP=344;SC=TTTCTTCCCTGCAGGACCTCA;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=134765156;WS=134765138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	134813853	rs2348282	G	A	3523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=54;PP=2171;SC=CTACTGGTCAGGTCAAAGAGC;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=62;TCR=54;TR=116;WE=134813861;WS=134813843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr7	134819601	rs148526262	C	T	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr7	134833056	rs3735002	C	G	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=29;PP=829;SC=CACAGCTTACCCAGACGTCTA;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=134833064;WS=134833046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	134849213	rs3800592	G	A	3317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=25;PP=2164;ReadPosRankSum=-0.935;SC=CCAAGGCCTCGGTGGCGCGAC;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=86;TCR=25;TR=109;WE=134849221;WS=134849203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,117:0.99:118
chr7	134849280	rs292501	T	A	9251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=3.836;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.84;ReadPosRankSum=1.678;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,357:1.00:358
chr7	134849577	rs2288237	A	C	5273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=89;PP=2833;SC=TGCTGCTGGCAGGCGGCCTGG;SOR=0.843;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=89;TCR=90;TR=178;WE=134849585;WS=134849567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr7	134852399	rs2288238	G	A	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=7;PP=562;SC=GGCAGAGGGCGTCTCTCTTAC;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=134852407;WS=134852389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	134852432	rs292505	C	T	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=14;PP=791;SC=AGGGTCTAGCCTCTGCCCATG;SOR=1.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=134852440;WS=134852422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	134853844	rs9649052	C	A	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=319;SC=GGTGAATTCCCATACCTCCAG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=134853852;WS=134853834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	134871775	rs292557	C	T	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	134872003	rs292558	C	G	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=10;PP=301;SC=ACCCACCCCACAGCAGAGGCT;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=134872011;WS=134871993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	134873355	rs292564	G	A	3351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=76;PP=2163;SC=GAAGGAATCTGCCTGCAGCAG;SOR=1.470;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=45;TCR=76;TR=121;WE=134873363;WS=134873345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	134877935	rs292573	A	G	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=4;PP=1206;SC=CCAGGGGAATACAGAGTGTGT;SOR=3.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=47;WE=134877943;WS=134877925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	134879830	rs292575	G	A	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=14;PP=419;SC=TCCCAGAGCAGTCCACTCTGA;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=134879838;WS=134879820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	134880884	rs292578	G	C	7085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr7	134882680	rs292582	A	G	3407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=69;NR=45;PP=1951;SC=AGAAGAGAAGACCCCCCACAG;SOR=1.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=114;WE=134882701;WS=134882670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr7	134882693	rs292583	T	C	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=51;PP=2211;SC=CCCCACAGTGTTCCTCAGTAG;SOR=1.027;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=75;TCR=51;TR=124;WE=134882701;WS=134882670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr7	134889141	rs292592	G	A	4023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=69;NR=69;PP=2406;SC=GCCCACACGAGGTGACTGGGA;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=69;TCR=69;TR=138;WE=134889149;WS=134889131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr7	134889264	rs17233604	T	C	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=36;PP=838;SC=TCCCGGGCTATGGATGACGTT;SOR=1.539;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=134889272;WS=134889254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	134890855	rs292593	T	G	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr7	134896383	rs292602	T	C	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=19;PP=331;SC=CCGCACGCACTGGGCGACCAG;SOR=2.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=20;WE=134896391;WS=134896373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	134925241	rs34330846	C	CA	2694.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.597;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.421;NF=33;NR=39;PP=709;ReadPosRankSum=-1.342;SC=TTATCTAGGGCAAAAAAAAAA;SOR=0.354;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=99;TCF=49;TCR=50;TR=72;WE=134925249;WS=134925231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:28,154:0.85:182
chr7	134925411	rs7805859	G	A	9011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=163;PP=2965;SC=CCCTGGCAGCGCTCTTCAACA;SOR=0.891;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=308;TCF=145;TCR=163;TR=307;WE=134925419;WS=134925401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr7	134928033	rs62481958	G	T	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=21;PP=1051;SC=CTCAACAGAGGCCTGACTTTT;SOR=1.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=61;WE=134928041;WS=134928023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	134930169	rs113633449	A	AGAG	4948.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=3.023;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.87;MQRankSum=0.774;QD=42.30;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=1.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,115:0.98:117
chr7	134962043	rs10239950	C	G	4153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=62;PP=2247;SC=GGCCACTAGGCAGTTAGTTGG;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=71;TCR=63;TR=133;WE=134962051;WS=134962033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr7	134968479	rs11762990	A	C	6736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=129;PP=2965;SC=TGAAGGTGGAACTCAATTAAC;SOR=0.993;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=111;TCR=129;TR=240;WE=134968487;WS=134968469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr7	135047703	rs6969632	T	C	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	135048804	rs3812265	C	T	4188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr7	135083052	rs376120582	G	GA	249.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=19.21;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	135095270	rs2696877	A	G	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=10;PP=404;SC=CTTACGTATCATACCTCTGCA;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=28;WE=135095278;WS=135095260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	135099044	.	TA	T	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=0.419;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr7	135123060	rs17480616	G	C	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr7	135272535	rs35616673	C	CT	1716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.291;NF=11;NR=39;PP=1171;ReadPosRankSum=-1.122;SC=TTTAAATGTCCTTTTTTTTAT;SOR=1.022;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=50;WE=135272543;WS=135272525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,75:0.97:77
chr7	135285788	rs4296989	T	C	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=13;PP=321;SC=CTATGTTATATATAAATTAAA;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=135285796;WS=135285778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	135304273	rs7810767	G	C	3496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=43;PP=1928;SC=TGAACAGAAGGAAACATCAGT;SOR=0.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=67;TCR=43;TR=110;WE=135304281;WS=135304263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr7	135307419	.	G	GT	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=-0.462;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr7	135357476	rs3110823	A	C	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=9;PP=1732;SC=CATGCACTATAACTCTTACTG;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=57;TCR=9;TR=66;WE=135357484;WS=135357466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	135376893	rs3112335	C	T	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=257;SC=AACCCCAGACCGGGACTCCAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=135376901;WS=135376884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	135387473	rs3112345	A	G	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	135387495	rs3112346	A	G	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=32;PP=1209;SC=GTGGATCTGTAGCTGTTGAAA;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=73;WE=135387503;WS=135387485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	135387656	rs3112347	G	A	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=43;NR=40;PP=1353;SC=GAGGACACAGGAGCCACGTCA;SOR=0.780;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=83;WE=135387664;WS=135387646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	135392876	rs3110800	T	C	8584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=163;NR=127;PP=2965;SC=CCGGCTTGGCTCCGGCCATCA;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=163;TCR=127;TR=290;WE=135392884;WS=135392866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr7	135406330	rs111545354	G	A	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=14;PP=369;SC=CTGAGCGTCCGGATGCAACCC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=135406338;WS=135406320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	135412273	rs3112369	T	C	4471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=65;PP=2247;ReadPosRankSum=0.168;SC=AGCTCGTCCTTGGACCCCGCT;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=92;TCR=66;TR=156;WE=135412281;WS=135412263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,173:0.99:175
chr7	136588109	rs6963819	G	A	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=24;PP=689;SC=TCAAAAGGAAGTCTTACTCTT;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=44;WE=136588117;WS=136588099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	136912903	rs11505752	A	G	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=22;PP=668;SC=AAATAGCCACATTTCTTATAA;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=136912911;WS=136912893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	136921062	rs322295	C	T	3033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=48;PP=1417;SC=ACTTTCTTTACACAGTAGAGT;SOR=1.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=45;TCR=48;TR=93;WE=136921070;WS=136921052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	136939582	rs1162122	G	T	4147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr7	137092745	rs3217275	CA	C	4236.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=68;PP=2951;SC=CTATTAGCTGCAAAGAGAGAC;SOR=1.244;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=79;TCF=6;TCR=73;TR=74;WE=137092753;WS=137092735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr7	137092781	rs7800454	T	C	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=48;PP=1430;SC=CAGGCAGAATTCGGAACAAGG;SOR=1.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=19;TCR=48;TR=67;WE=137092789;WS=137092771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	137097086	rs1731959	G	C	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=22;PP=667;SC=ATATCTTGGTGAAGCAGACCG;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=137097094;WS=137097076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	137154572	rs2293546	T	C	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=17;PP=343;SC=AAAATTAGCATGAGGTTTTTA;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=137154580;WS=137154562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	137304765	.	GCA	GCACA,G	151.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.47;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=2,2;NR=3,3;PP=106,144;SC=ATGTACACACGCACACACACA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5,5;WE=137304774;WS=137304755;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.57:7
chr7	137531147	rs71815938	GT	G	10967.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=24;NR=126;PP=2951;SC=CCCTTGCTGGGTAGAAGAGTG;SOR=0.736;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=25;TCR=126;TR=150;WE=137531155;WS=137531137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr7	137607184	.	G	GTA	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=62;ReadPosRankSum=-0.189;SC=ATATATATACGTATATATATA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=137607192;WS=137607182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr7	137607231	rs371292432	TAC	T	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=49;ReadPosRankSum=0.265;SC=CATATATATATACACACACAC;SOR=0.387;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=4;WE=137607240;WS=137607221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr7	137773587	.	CGT	C	64	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=64;QD=36.5;SC=ATTCATCTTCCGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=2;WE=137773596;WS=137773577;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,2:0.22:9
chr7	137776411	rs112737566	CA	C	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.658;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr7	137782593	rs35402657	CT	C	240.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.730;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.93;MQRankSum=0.588;QD=11.47;ReadPosRankSum=0.660;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr7	138145778	rs112619223	C	T	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=13;PP=873;SC=GGGGGAGGGGCGAGCAGGAGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=138145786;WS=138145768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	138188932	rs10488642	A	G	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=5;PP=805;SC=TGAATTTAAAAAGAATGGACA;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=138188940;WS=138188930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	138200117	rs3757381	A	T	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.73;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	138229990	rs6959574	G	A	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=2;PP=332;SC=TCTTCCTGGCGTGGAGGCACC;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=138229998;WS=138229980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	138261319	rs59147816	TAAC	T	1249.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=26;PP=1187;SC=AAAATTTTAATAACTACTATA;SOR=4.615;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=27;WE=138261329;WS=138261309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	138268563	rs3213902	A	G	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=3;PP=190;SC=GAATTTAGCTATTTGTATTAT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=138268571;WS=138268553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	138270744	.	AT	A	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.043;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.861;QD=0.76;ReadPosRankSum=-2.058;SOR=1.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr7	138279228	rs1439793	A	T	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	138281355	rs1659832	A	G	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=12;PP=314;SC=GAGAAAATACAGATTCACTTC;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=138281363;WS=138281345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	138281906	rs1659831	T	C	5160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr7	138312122	rs2305816	A	C	3756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr7	138334038	rs201274309	CTTTTG	C	144.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=1;PP=35;SC=AGCATTTTGCCTTTTGTTTTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=1;WE=138334050;WS=138334028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	138341097	rs77018123	G	C	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=28;PP=1380;SC=ATTGCAGCGAGCTGGTACCAA;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=82;WE=138341105;WS=138341087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	138341179	rs78756216	C	T	3950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr7	138356659	rs5887893	AG	A	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.52;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	138356662	rs5011821	G	A	646.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.12;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	138356663	rs5011820	G	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.12;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	138356664	rs5887894	C	CA	637.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.52;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	138356722	rs10234595	C	T	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.87;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	138356730	rs202122915	T	TG	1891.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.29;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	138356733	rs5887896	TG	T	1923.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=3.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	138363767	rs10250576	A	G	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=30;PP=979;SC=GGATCGTGACAGGCTCTGTTG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=58;WE=138363775;WS=138363757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	138363896	rs12535253	A	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=12;PP=326;SC=TGCCAGGCACACTACACACAA;SOR=1.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=23;WE=138363904;WS=138363886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	138417596	rs57692175	TA	T	558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.43;ReadPosRankSum=0.126;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr7	138417791	rs3807153	A	G	4415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.131;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=75;PP=2320;ReadPosRankSum=1.731;SC=GATAAAAATCATCTCAGGGAT;SOR=0.465;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=81;TCR=76;TR=154;WE=138417799;WS=138417781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,172:0.98:175
chr7	138441124	rs296910	A	G	2972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr7	138446998	rs3823499	A	G	5257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=118;NR=70;PP=2965;SC=CCCCATTCCAATGGCTATTTG;SOR=1.203;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=118;TCR=70;TR=188;WE=138447006;WS=138446988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
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chr7	138583840	rs7802841	C	A	3547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr7	138588538	.	AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	A	2997	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5015;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=16;MQ=55.65;NF=0;NR=10;PP=2997;QD=20;SC=GTAAAAAAACAGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=10;WE=138588567;WS=138588528;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:26,10:0.28:36
chr7	138595835	rs11379929	T	TA	1387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.410;NF=21;NR=20;PP=663;ReadPosRankSum=0.946;SC=TTTAGAAAGATAAAAAAAAAA;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=41;WE=138595843;WS=138595825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,73:0.89:82
chr7	138596001	rs16873582	G	A	4184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=79;PP=2375;ReadPosRankSum=2.975;SC=CATTTATGACGGATATTGCCG;SOR=1.122;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=64;TCR=80;TR=142;WE=138596009;WS=138595991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,159:0.99:161
chr7	138596064	rs6969074	G	A	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.50;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	138601826	rs2251220	G	A	4501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=3.061;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.87;ReadPosRankSum=0.928;SOR=0.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,173:0.99:174
chr7	138602417	rs2774960	G	A	3480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=59;PP=2322;SC=CAAGTCACTCGGCATCAGAGA;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=59;TCR=59;TR=118;WE=138602425;WS=138602407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	138602523	rs2774962	T	C	3786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr7	138603282	rs59985563	T	C	3479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=44;PP=2030;SC=GCAAGAGGAGTTGAAAGCAAT;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=63;TCR=45;TR=107;WE=138603290;WS=138603272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	138707177	rs10249949	G	A	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.20;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	138713715	rs11767739	G	C	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=54;PP=1648;SC=ACCTGGTACAGAAATGAGGGA;SOR=1.129;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=96;WE=138713723;WS=138713705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr7	138719194	rs10713373	AG	A	1517.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=13;PP=665;SC=GTTGCTTCGAAGGCAATTAAA;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=138719202;WS=138719184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	138719231	rs7810237	T	C	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	138732274	rs3087999	C	G	3676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=38;PP=2271;SC=CTCCTGTCTGCGGCAATTTAG;SOR=1.376;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=80;TCR=38;TR=118;WE=138732282;WS=138732264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr7	138732457	rs3735008	G	A	7562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=128;NR=122;PP=2965;SC=CACAGCTGTCGAACTGTGGAG;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=251;TCF=128;TCR=123;TR=250;WE=138732465;WS=138732447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr7	138732497	rs3735007	G	A	6502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr7	138739816	rs10261597	C	G	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=6;PP=362;SC=GATTACAGGGCTGAGCCACTG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=138739824;WS=138739815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	138740037	rs2297236	G	C	4302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=70;PP=2625;SC=TTTGCTGGCTGATGGCTACAA;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=78;TCR=70;TR=148;WE=138740045;WS=138740027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr7	138740186	rs2297237	A	G	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.58;ReadPosRankSum=0.839;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr7	138740195	rs2297238	T	G	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.53;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	138740224	rs2297239	T	C	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=359;SC=ATCATGTCTTTTAAAAATGCT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=138740232;WS=138740214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	138740240	rs2297240	T	C	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=12;PP=291;SC=ATGCTGCAACTATTCATAATC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=138740248;WS=138740230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	138818744	rs7789074	G	A	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=14;PP=379;SC=TTCCCACGGGGGACAGGGATG;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=138818752;WS=138818734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	138818812	.	A	G	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=7;PP=170;SC=CTCACATTTAAACCACTCGTG;SOR=1.473;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=11;WE=138818820;WS=138818802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	138819610	rs28571193	T	G	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=18;PP=523;SC=GTGAATGCTGTTTGCTATGCT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=138819618;WS=138819600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	138822504	rs10674402	T	TGTTC	746.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=758;SC=GATTGCCTGTTGTCAGTAACC;SOR=3.500;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=13;WE=138822512;WS=138822494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	138822762	rs7809077	A	G	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=21;PP=533;SC=AATAATACATATTCATGGTAA;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=138822770;WS=138822752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	138824842	rs3217610	GA	G	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.859;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=292;ReadPosRankSum=2.107;SC=TTTCTCTTGAGAAAAAAAAAA;SOR=2.531;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=15;WE=138824850;WS=138824832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr7	138826913	rs2354977	G	A	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=1.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr7	138831707	rs10248924	C	T	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=44;PP=1761;ReadPosRankSum=-0.963;SC=CCTCCAGAGGCTATTTCCATT;SOR=0.390;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=59;TCR=45;TR=101;WE=138831715;WS=138831697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,121:0.98:124
chr7	138832936	rs17610533	T	C	3488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=37;PP=2309;SC=TTAACCCTAATTCTTTCATCT;SOR=1.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=81;TCR=37;TR=118;WE=138832944;WS=138832926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr7	138853315	rs112942380	CA	C	920.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.23;ReadPosRankSum=1.204;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,60:0.73:82
chr7	138872345	rs2249070	C	A	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	138957240	rs142378700	T	TTATGTATGTATG,TTATGTATG	882.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0,0;NR=12,12;PP=462,120;SC=TGTATGTACGTTATGTATGTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=12,12;WE=138957248;WS=138957230;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:22
chr7	138960761	rs74719948	T	C	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=3;PP=194;SC=CTACTGAAAATTAAATTACTT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=138960769;WS=138960751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	138960793	rs77129794	T	C	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=323;SC=ACAATTATGTTACTATCTGCT;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=138960801;WS=138960783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	138967814	rs61995684	G	A	3394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=74;NR=43;PP=2002;SC=CATCCCTGGTGGCTTCGGTTA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=74;TCR=43;TR=117;WE=138967822;WS=138967804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	138978499	rs12334279	C	T	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=3;PP=733;SC=AGTAAATTTTCAAAAACGTGC;SOR=3.477;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=138978507;WS=138978489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	139138551	rs10954649	C	T	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=39;PP=1118;SC=TCACCTCTACCGGCCTGGGCA;SOR=2.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=139138559;WS=139138541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	139138871	rs11763327	T	G	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	139138950	rs17160911	C	G	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.92;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	139167934	rs1860150	T	G	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	139168063	rs12707447	G	A	2967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=40;PP=1816;SC=AGCCCCGGGCGCCTCGCCATT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=62;TCR=40;TR=102;WE=139168071;WS=139168053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr7	139415723	rs10224408	G	A	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=32;PP=1614;SC=CCTTGTGGACGGTCTTACCTG;SOR=1.076;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=86;WE=139415731;WS=139415713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr7	139415775	rs7456421	G	C	3989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=73;NR=59;PP=2292;SC=CAGCCTTGGAGACGTGGCTGG;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=73;TCR=59;TR=132;WE=139415783;WS=139415765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr7	139415943	rs4074826	G	A	5156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=76;PP=2903;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TGTATTTGAGGGGCAAGGGGC;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=171;TCF=93;TCR=78;TR=168;WE=139415951;WS=139415933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,194:0.99:196
chr7	139416939	rs10278124	C	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=439;SC=CACTTGAAAACAAGGTTGAAA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=139416947;WS=139416929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	139478175	rs1860509	T	G	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	139653196	rs5768	A	C	6720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=118;NR=106;PP=2965;SC=AAGCCTGCGAACTTCTCCTGG;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=224;TCF=118;TCR=106;TR=224;WE=139653204;WS=139653186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr7	139724169	rs13760	A	G	258.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=167;SC=CTTCTGGTTAATCCACTAGTG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=139724177;WS=139724159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	139724358	rs2269996	G	A	3373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=73;NR=34;PP=1791;SC=ACTCCTGTGCGCTCACTGTCG;SOR=1.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=73;TCR=34;TR=107;WE=139724366;WS=139724348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	139724555	rs3735352	C	T	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=55;PP=1877;SC=CCTTGGCCGGCGGACGGACAA;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=64;TCR=55;TR=119;WE=139724563;WS=139724545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	139724742	rs3735351	G	C	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=21;PP=706;SC=GGAAGGGTCAGCACACTGCGA;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=139724750;WS=139724732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	139726121	rs79970126	G	A	4900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr7	139726207	rs2286198	G	A	2646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	139727135	rs2286196	G	A	2631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr7	139728584	rs2286195	A	C	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	139746633	.	T	TGTGTGTGTCA,TGTGTGTCA	2020.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=1.688;NF=17,17;NR=23,23;PP=52,572;ReadPosRankSum=-0.857;SC=TGTGTGTGTGTCACACACAGA;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40,40;WE=139746641;WS=139746623;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.95:42
chr7	139754451	rs2362460	T	C	5694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=77;PP=2965;SC=AAGGAGCCTCTTCCAACTTAC;SOR=1.190;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=121;TCR=77;TR=198;WE=139754459;WS=139754441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr7	139757980	rs11979771	T	C	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=25;PP=820;SC=AAGAGGTCCATAGGGTGGGCC;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=139757988;WS=139757970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	139797225	rs3214226	TA	T	635.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=4;PP=497;SC=GACCCTGTGCTAATGTAAGTC;SOR=1.863;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=13;WE=139797233;WS=139797215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	139820354	rs59225858	C	G	6036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=2.009;SC=AATATATAAACCAGTCATTTT;SOR=0.411;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=195;TCF=81;TCR=114;TR=194;WE=139820362;WS=139820344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,226:1.00:227
chr7	139827494	rs62491412	T	C	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=61;PP=1426;SC=TATAAAACTATGTAGTCTAGA;SOR=1.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=27;TCR=61;TR=88;WE=139827502;WS=139827484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr7	140036999	rs4332050	G	A	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	140044979	rs6974016	C	T	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=59;PP=1914;SC=ATTTACAGAGCAACAGAAGCA;SOR=0.953;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=62;TCR=59;TR=121;WE=140044987;WS=140044969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr7	140110677	rs2971690	G	A	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=20;PP=1552;SC=GTGAGAGGCTGTGTGAATTGG;SOR=2.016;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=65;TCR=20;TR=85;WE=140110685;WS=140110667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	140111486	rs2948389	A	T	100.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	140111509	rs2971688	G	C	158.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=47;SC=AGTCATCCAGGGAGCAACTGA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=140111517;WS=140111499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	140125524	rs71761236	C	CAA	484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;MQRankSum=0.485;QD=26.93;ReadPosRankSum=-0.658;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr7	140158851	rs2272095	C	G	6836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=112;NR=129;PP=2965;SC=GGATGCAGGACCTGCAGCCCA;SOR=0.924;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=112;TCR=130;TR=241;WE=140158859;WS=140158841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr7	140159798	rs11763850	A	G	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=18;PP=512;SC=TGTAATCCCAACAGTTTGGGA;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=27;WE=140159806;WS=140159788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	140173010	.	CA	C	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.679;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.500;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,22:0.27:82
chr7	140173170	rs79453306	A	G	3790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=61;PP=1944;SC=GAATCCCCCTACTGCTGTGCC;SOR=1.154;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=56;TCR=61;TR=117;WE=140173178;WS=140173160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr7	140225750	rs2252397	G	A	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=16;PP=390;SC=GTAGCCACAGGTAATGAAGAG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=140225758;WS=140225740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	140244560	rs2293177	C	T	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=40;PP=1161;SC=CGGCACAGTTCGATCACCTGC;SOR=1.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=59;WE=140244568;WS=140244550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	140244627	rs2293176	G	A	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=288;SC=GGCCTCTCACGGGTGTCGCAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=140244635;WS=140244617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	140255657	rs11763409	C	T	1978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=1.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	140257841	rs10252031	A	G	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=6;PP=532;SC=GTGCCTCATCAGGGAATCTCA;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=140257849;WS=140257831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	140269625	rs587373	C	T	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=22;PP=585;SC=TCTCCTAGGACGATGGAGGGC;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=140269633;WS=140269615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	140301731	rs269243	G	T	13537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=249;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.173;SC=CACGGAGAGGGGATCGTTCTG;SOR=0.268;Source=Platypus;TCF=250;WE=140301739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,506:1.00:507
chr7	140395554	.	C	CT	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=1.03;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,33:0.21:157
chr7	140396472	rs57717083	C	CG	996.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=2;PP=858;SC=ACGGGAGGCGCGGGCGGAGCG;SOR=3.407;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=21;WE=140396480;WS=140396462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	140421249	.	CCAAA	C	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=4;PP=520;SC=ATGTCTTTGCCCAAACAAAAG;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=140421260;WS=140421239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	140426257	rs3829814	A	G	2909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr7	140434574	.	C	CA	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=9.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr7	140434597	rs60814637	G	GA	530.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.736;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.41;ReadPosRankSum=1.468;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr7	140774467	rs477223	C	G	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=45;PP=1420;SC=GCTTCGACCCCGAGATCGCCG;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=78;WE=140774475;WS=140774457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	141137460	rs13233459	C	T	3035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	141137554	rs1727491	A	G	5068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.08;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr7	141137556	rs1619668	G	A	5068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.46;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	141321395	rs150053901	GGA	G	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=-0.673;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr7	141362431	rs6949729	T	C	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=1;PP=590;SC=CCACGTGAAGTGGCTCCCAGT;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=141362439;WS=141362421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	141386264	rs35707772	AC	A	1611.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=5;PP=1253;SC=TACACACAGCACACGAAGACC;SOR=2.476;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=27;WE=141386272;WS=141386254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	141442213	rs2301924	G	A	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=11;PP=286;SC=CTGAGCCCCTGTTCTCCTTAT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=141442221;WS=141442203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	141463914	rs765007	T	C	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=11;PP=1249;SC=GGAGATTCTATGTATCAACAG;SOR=2.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=56;WE=141463922;WS=141463904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	141464765	rs2270009	C	T	5898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.029;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.756;SC=AGATGATTGGCGAAGTAATGA;SOR=0.251;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=109;TCR=90;TR=198;WE=141464773;WS=141464755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,226:1.00:227
chr7	141478308	rs2233998	T	C	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=5;PP=466;SC=TTATTCTATTTCTCTGCTATT;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=141478316;WS=141478298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	141478574	rs2234001	G	C	6664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=98;PP=2965;SC=CTCGAGCAGTGTCTGGTTTGT;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=215;TCF=117;TCR=98;TR=215;WE=141478582;WS=141478564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr7	141478800	rs2234002	G	A	6589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=1.296;SC=TTTAATATCAGTGAGGGCATC;SOR=0.242;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=232;TCF=126;TCR=106;TR=229;WE=141478808;WS=141478790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,256:1.00:257
chr7	141490107	rs2234012	A	G	155.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=111;SC=GTGTGTTATCACTACCAGGGG;SOR=2.584;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=141490115;WS=141490101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	141490238	rs2227264	G	T	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	141536351	rs370442337	CAG	C	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=4.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=1.467;SOR=1.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,19:0.20:97
chr7	141537735	rs12669721	T	G	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=14;PP=836;SC=GTGGCGAGGGTAAGGGGCTGG;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=141537743;WS=141537725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	141537942	rs145160047	T	TCAA	7867.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=54;PP=2987;ReadPosRankSum=-0.654;SC=GAAGTAATCATCATCATCATC;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=19;TCR=72;TR=69;WE=141537953;WS=141537932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,186:0.95:195
chr7	141537968	rs11765575	A	G	5525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=3.176;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.82;ReadPosRankSum=-0.729;SOR=0.359;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,213:1.00:214
chr7	141538812	rs36029840	TA	T	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.556;QD=1.73;ReadPosRankSum=-1.027;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,23:0.28:83
chr7	141538865	rs12703412	A	G	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=31;PP=1180;SC=ATAACATGTAACACAGGGTTC;SOR=0.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=65;WE=141538873;WS=141538855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	141635534	rs200523567	T	TC	1423.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=11;PP=1083;SC=CCATCCCCACTCCCCCAAGTT;SOR=1.981;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=28;WE=141635542;WS=141635524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	141672604	rs10246939	T	C	5942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=121;NR=99;PP=2965;SC=GAGATCAGGATGGCTGCATGC;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=121;TCR=99;TR=220;WE=141672612;WS=141672594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr7	141673345	rs713598	C	G	5395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.970;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=0.690;SC=TTGCTCAGTGCCTGCCTCTTC;SOR=0.159;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=102;TCR=76;TR=175;WE=141673353;WS=141673335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,200:0.99:202
chr7	141705515	rs1285964	A	T	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	141730618	rs111279755	CTG	C	1049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=31.81;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	141731340	rs4374898	G	A	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=360;SC=TGTGAGCACCGCACCTTCTTA;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=141731348;WS=141731333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	141733994	rs10693852	T	TTG	2372.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=13;PP=1288;SC=TCATTTCGGATTGTGATAGTC;SOR=1.302;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=27;WE=141734002;WS=141733984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	141747658	rs2960746	A	G	5939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=90;PP=2965;SC=TTTCTGGGATAATGGGGAAAC;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=100;TCR=90;TR=190;WE=141747666;WS=141747648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr7	141760293	rs2961073	T	G	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=848;ReadPosRankSum=-0.178;SC=AACACTTAGGTGATGTGTCTT;SOR=0.639;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=139;TCF=53;TCR=86;TR=62;WE=141760301;WS=141760283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,68:0.44:156
chr7	141762625	rs62477625	A	G	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=8;PP=198;SC=TGGACATAGCAGACACTTCTT;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=141762633;WS=141762615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	141765753	rs77524472	G	T	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.04;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	141765768	rs147060456	G	GT	118.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.84;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	141776782	rs10259247	A	G	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=51;PP=1576;SC=TTTTTTGGGGAAAAAAATGAG;SOR=1.423;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=82;WE=141776790;WS=141776772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	141784326	rs10952514	G	C	4589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.78;QD=27.65;SOR=2.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr7	141794763	rs138070479	ATT	A	1037.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.75;MQRankSum=0.505;QD=21.62;ReadPosRankSum=0.242;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,43:0.90:48
chr7	141794790	rs4259331	A	G	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=30;PP=873;SC=TTTGAGACAAAGACTCATTCT;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=141794798;WS=141794780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	141796131	rs6975672	G	A	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.54;QD=27.13;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	141796250	rs6976953	C	T	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=29;PP=729;SC=GGGAGGATCCCAGCTGTGAGG;SOR=1.112;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=49;WE=141796258;WS=141796240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	141837340	rs77600046	T	C	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=54;PP=1856;SC=TCAGGAATACTTGGAGGTATG;SOR=1.035;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=101;WE=141837348;WS=141837330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr7	141847512	rs13241102	G	A	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=288;SC=TTCTTACAGAGTATTTAAGAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=141847520;WS=141847502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	141854436	rs61281471	A	T	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=545;SC=ATGATGTGACAAAGAGGTTCT;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=141854444;WS=141854426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	141854659	rs11770705	A	G	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=51;PP=1747;SC=AGGTCACCAAAAGAAGTGATG;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=52;TCR=51;TR=103;WE=141854667;WS=141854649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	141857846	rs7811706	A	G	4430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=78;NR=76;PP=2548;SC=CTTTTCTACCATGCTCACACC;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=79;TCR=76;TR=154;WE=141857854;WS=141857836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr7	141860199	rs60403744	A	G	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=315;SC=TCCTTTCAAAATTGATCCAAA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=141860207;WS=141860189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	141860861	rs34106041	T	C	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	141861072	rs12703440	C	A	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=16;PP=432;SC=GAAAATTAGTCATCATAGGCT;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=141861080;WS=141861062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	141885944	rs111646116	CT	C	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=3.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,32:0.31:104
chr7	141896059	rs4236467	A	G	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=24;PP=841;SC=ACACAGCTGCATGGGACCAGC;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=57;WE=141896067;WS=141896049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	141897595	rs3110843	T	C	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=38;PP=1128;SC=AAAAGCATTTTAAAGATCATC;SOR=2.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=52;WE=141897603;WS=141897585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	141898522	rs2960768	T	A	3432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=60;PP=2063;SC=AAGAGCCTGCTATGAACACTC;SOR=0.892;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=58;TCR=61;TR=118;WE=141898530;WS=141898512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr7	141898680	rs2961065	T	C	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=179;SC=ATCCTGTGAGTGCTTTCTGAG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=141898688;WS=141898670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	141899660	rs11402165	C	CT	695.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.965;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,47:0.80:59
chr7	141901322	rs6963175	G	A	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	141901506	rs6464469	C	T	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=15;PP=430;SC=TTTCTTGTTACTATTTTGTAA;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=141901514;WS=141901496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	141952110	rs1052406	G	A	6219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=2.949;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.35;ReadPosRankSum=0.735;SOR=0.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,234:0.99:236
chr7	141954756	rs62476761	A	G	2027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=14;PP=1253;ReadPosRankSum=-0.840;SC=GTACAGAGAAAAGGAAAGGGG;SOR=0.929;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=61;WE=141954764;WS=141954746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr7	141955250	rs4470937	C	T	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=642;ReadPosRankSum=-0.685;SC=TCCCAAAGGCCTTTCTAATCC;SOR=0.356;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=28;WE=141955258;WS=141955240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr7	142001030	rs56095598	A	G	3221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=53;PP=1920;SC=GTGATCTTGCACTGTGTCCCC;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=58;TCR=53;TR=111;WE=142001038;WS=142001020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr7	142013384	rs361401	G	C	8646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=144;NR=151;PP=2965;SC=GAAAGTGTGCGAAGTCGCTTC;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=296;TCF=145;TCR=151;TR=295;WE=142013392;WS=142013374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr7	142021521	rs72430962	TCA	T	2143.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=35;PP=1685;SC=TTTCTGCAACTCAGGGCTGGG;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=35;WE=142021530;WS=142021511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	142028108	rs361428	A	C	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.65;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	142028118	rs361429	C	A	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.81;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	142032115	rs10567930	CTG	C	1064.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;QD=31.32;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	142032610	.	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=14.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=-1.045;SOR=2.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,22:0.11:207
chr7	142032613	.	TG	CA	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=15.013;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=-1.003;SOR=2.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,22:0.11:199
chr7	142032633	rs80121287	C	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=7.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=0.097;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,17:0.11:151
chr7	142032646	rs78118526	G	A	3797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.44;SOR=1.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr7	142032646	.	GTGTACATAGTGCAA	ATGTACATAGTGCAA,ATGTACATGGTGAAG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=24;MQ=59.9;NF=54,10;NR=72,15;PP=2962,1514;QD=20;SC=TTAAAAATGTGTGTACATAGT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=54;TCR=72;TR=126,25;WE=142032668;WS=142032623;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:126
chr7	142032654	rs190649630	A	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=1.165;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,15:0.14:111
chr7	142032658	.	C	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=1.263;SOR=1.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,15:0.14:109
chr7	142032660	.	A	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=1.131;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,15:0.14:105
chr7	142032677	rs375896144	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=3.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=2.899;SOR=1.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,10:0.13:79
chr7	142032713	rs371809716	A	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=1.336;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,6:0.14:42
chr7	142032729	.	A	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.136;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr7	142045848	rs17225	T	C	4357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=79;PP=2716;SC=CTTTCCTGTGTAGAAACCTTA;SOR=1.194;SbPval=0.5;Source=Platypus;TCF=59;TR=138;WE=142045856;WS=142045838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr7	142045924	rs1811089	A	G	4091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr7	142099425	.	A	G	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQRankSum=-7.450;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.676;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,53:0.31:171
chr7	142099438	.	A	G	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.756;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=-8.259;QD=3.45;ReadPosRankSum=3.305;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,55:0.26:209
chr7	142099484	.	G	C	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DP=443;ExcessHet=3.0103;FS=3.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-12.052;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.896;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:337,89:0.21:426
chr7	142099495	rs71545367	G	T	8881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.356;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=13.055;NF=208;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.840;SC=GAGTCCTCCTGCTGTGTGCGC;SOR=0.476;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=445;TCF=251;TCR=194;TR=356;WE=142099503;WS=142099474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,384:0.82:471
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chr7	142099537	.	G	T	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DP=618;ExcessHet=3.0103;FS=1.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=-17.907;QD=2.27;ReadPosRankSum=-1.546;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:542,74:0.12:616
chr7	142099541	.	T	C	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DP=629;ExcessHet=3.0103;FS=0.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=-18.360;QD=2.12;ReadPosRankSum=-2.635;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:555,72:0.11:627
chr7	142099548	.	A	G	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DP=650;ExcessHet=3.0103;FS=0.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=-18.982;QD=1.91;ReadPosRankSum=-4.800;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:578,70:0.11:648
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chr7	142120168	rs57417024	T	TCA	1568.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=1600;ReadPosRankSum=0.747;SC=TGTAGTCATCTCACACACACA;SOR=0.861;Source=Platypus;TCF=30;TR=34;WE=142120177;WS=142120158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,64:0.68:94
chr7	142124170	rs361452	C	T	7429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=95;PP=2965;SC=CACAGATGTCCGGGAGGGAGC;SOR=1.106;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=251;TCF=156;TCR=95;TR=250;WE=142124178;WS=142124160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr7	142124424	rs361449	T	G	5668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.280;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=7.428;NF=118;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=4.061;SC=CAGCATTCACTGGACCTGCAG;SOR=0.118;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=237;TCF=134;TCR=103;TR=218;WE=142124432;WS=142124414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,238:0.96:249
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chr7	142124469	.	AAG	A	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.792;ClippingRankSum=0.000;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=25.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQRankSum=-12.326;QD=0.89;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=2.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,29:0.09:320
chr7	142124475	.	A	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.668;ClippingRankSum=0.000;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=27.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQRankSum=-13.341;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.079;SOR=2.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,30:0.10:312
chr7	142124492	rs199752543	C	T	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=8.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQRankSum=-17.802;QD=2.64;ReadPosRankSum=1.547;SOR=1.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,42:0.13:320
chr7	142124496	rs72463875	A	AG	850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=8.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQRankSum=-17.574;QD=2.73;ReadPosRankSum=2.151;SOR=1.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,42:0.13:312
chr7	142124539	rs76007943	C	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=6.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQRankSum=-15.669;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.296;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,63:0.24:259
chr7	142124610	.	A	G	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=3.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQRankSum=-8.683;QD=9.86;ReadPosRankSum=3.082;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,27:0.29:92
chr7	142124612	.	A	G	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=3.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQRankSum=-8.567;QD=10.11;ReadPosRankSum=2.757;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,27:0.30:90
chr7	142124616	.	G	A	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=3.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.46;MQRankSum=-8.448;QD=10.44;ReadPosRankSum=2.453;SOR=1.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,27:0.31:88
chr7	142124624	.	G	C	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.973;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQRankSum=-8.901;QD=11.04;ReadPosRankSum=1.664;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,27:0.32:84
chr7	142124626	.	A	T	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.443;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQRankSum=-8.476;QD=12.29;ReadPosRankSum=2.096;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,24:0.32:76
chr7	142124629	.	C	T	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQRankSum=-8.108;QD=11.24;ReadPosRankSum=1.928;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr7	142131695	.	G	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.068;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=27.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-12.742;QD=1.08;ReadPosRankSum=-2.310;SOR=3.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,17:0.08:216
chr7	142131702	.	A	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=9.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-11.948;QD=1.62;ReadPosRankSum=-2.744;SOR=1.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,23:0.10:230
chr7	142131703	.	A	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=10.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=-11.734;QD=1.61;ReadPosRankSum=-2.771;SOR=1.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,24:0.10:233
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chr7	142131710	.	G	A	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=15.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=-10.775;QD=2.81;ReadPosRankSum=-2.504;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,29:0.12:245
chr7	142131734	.	A	T	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.859;ClippingRankSum=0.000;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=2.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=-10.635;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.456;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,45:0.15:297
chr7	142131738	.	G	GA	1183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=3.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-9.646;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.760;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,48:0.16:307
chr7	142131746	.	T	C	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.834;ClippingRankSum=0.000;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=2.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-9.303;QD=4.53;ReadPosRankSum=1.754;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,51:0.17:307
chr7	142131747	rs368257836	G	A	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=3.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=-9.446;QD=4.40;ReadPosRankSum=1.467;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,54:0.17:317
chr7	142131779	rs370810757	A	T	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=2.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-9.287;QD=2.64;ReadPosRankSum=2.009;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,80:0.23:344
chr7	142131832	rs371240412	C	T	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-6.686;QD=8.57;ReadPosRankSum=-3.311;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,70:0.27:262
chr7	142131836	rs375356148	C	G	2205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=-6.099;QD=8.52;ReadPosRankSum=-3.355;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,67:0.26:259
chr7	142131858	rs367836940	C	A	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-5.933;QD=5.79;ReadPosRankSum=-3.280;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,40:0.20:200
chr7	142131868	rs374575972	C	T	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQRankSum=-6.450;QD=3.82;ReadPosRankSum=-2.049;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,27:0.16:171
chr7	142131872	rs368030585	G	T	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQRankSum=-5.882;QD=3.39;ReadPosRankSum=-1.575;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,22:0.14:155
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chr7	142131889	.	A	C	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQRankSum=-7.930;QD=2.40;ReadPosRankSum=-1.923;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,13:0.12:109
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chr7	142131999	.	T	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQRankSum=-3.750;QD=3.49;ReadPosRankSum=1.973;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
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chr7	142132011	.	TGC	GGA	179	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=23;MQ=57.03;NF=1;NR=2;PP=179;QD=77.4892916207;SC=GTCCTCCCCATGCAGCCTTCC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=3;WE=142132021;WS=142131980;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr7	142139259	rs361374	G	A	3281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.153;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=6.036;NF=81;NR=42;PP=2962;ReadPosRankSum=1.626;SC=CAGGAAGGAGGCGACTATGCC;SOR=1.255;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=137;TCF=93;TCR=44;TR=123;WE=142139280;WS=142139238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,131:0.96:136
chr7	142139271	rs146977487	TG	CA	6672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.960;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=7.353;NF=91;NR=49;PP=2944;ReadPosRankSum=1.368;SC=GACTATGCCATGCTGTGGCTA;SOR=1.287;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=163;TCF=109;TCR=54;TR=140;WE=142139280;WS=142139238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,154:0.96:161
chr7	142139348	rs73742284	C	T	8350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=4.540;NF=166;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=0.733;SC=AGAGTGGAGACGGATCCCTCA;SOR=0.899;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=330;TCF=182;TCR=148;TR=294;WE=142139356;WS=142139338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,318:0.99:320
chr7	142143639	rs377139967	T	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=19.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-6.395;QD=3.51;ReadPosRankSum=2.236;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,19:0.15:125
chr7	142143646	rs369634458	G	A	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=13.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-6.668;QD=3.05;ReadPosRankSum=1.711;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,20:0.14:142
chr7	142143804	rs73742281	A	C	10839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=189;NR=183;PP=2965;SC=AGTAGTAAATAAGCCTCAGCC;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=372;TCF=189;TCR=183;TR=372;WE=142143812;WS=142143794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr7	142148850	.	G	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.895;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQRankSum=-6.781;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.045;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
chr7	142148878	rs370978147	T	C	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=7.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQRankSum=-9.846;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.312;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,34:0.31:110
chr7	142148881	rs374566766	C	A	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=6.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQRankSum=-10.034;QD=9.66;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,36:0.30:122
chr7	142148919	rs376682174	C	T	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=7.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQRankSum=-13.130;QD=4.54;ReadPosRankSum=3.276;SOR=0.388;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,69:0.28:245
chr7	142148963	rs371195527	C	T	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=8.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=-14.800;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:288,51:0.15:339
chr7	142148969	.	AA	TC	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=8.970;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-15.096;QD=3.23;ReadPosRankSum=-0.886;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:304,50:0.14:354
chr7	142149160	rs17217	T	G	3731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=68;PP=2430;SC=TCAGAGTCACTTGCTGTCCTC;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=60;TCR=68;TR=128;WE=142149168;WS=142149150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	142149349	rs140504979	A	C	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.740;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.380;NF=39;NR=44;PP=1497;ReadPosRankSum=0.365;SC=CTCACCTGCTACCAGGAGACA;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=83;WE=142149357;WS=142149339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr7	142162001	rs73742263	A	C	10741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=26.52;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr7	142162148	rs71877	C	T	6401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=116;PP=2965;SC=ATATCCTGGGCACACTGCAGT;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=95;TCR=116;TR=210;WE=142162156;WS=142162138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr7	142162278	rs361443	C	T	4604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.598;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=13.903;NF=73;NR=95;PP=2862;ReadPosRankSum=2.440;SC=GGGGCTGGGCCTTGAAATCTA;SOR=1.119;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=76;TCR=101;TR=168;WE=142162286;WS=142162257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,188:0.97:194
chr7	142162306	rs361442	A	G	3635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.607;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.48;MQRankSum=12.340;QD=23.76;ReadPosRankSum=-0.434;SOR=1.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,147:0.96:153
chr7	142168348	.	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=16.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQRankSum=-10.555;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.142;SOR=3.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,18:0.16:113
chr7	142168351	.	T	C	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.275;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=19.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQRankSum=-11.020;QD=3.08;ReadPosRankSum=1.009;SOR=3.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,18:0.15:123
chr7	142168362	.	A	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=15.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQRankSum=-10.650;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.502;SOR=2.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,23:0.15:152
chr7	142168365	.	C	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.862;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=13.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQRankSum=-11.011;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=1.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,28:0.17:163
chr7	142168371	.	C	T	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=7.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQRankSum=-11.137;QD=4.24;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=1.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,34:0.18:189
chr7	142168414	rs374005717	G	C	2633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=0.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQRankSum=-10.150;QD=7.04;ReadPosRankSum=-6.080;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,143:0.38:374
chr7	142168429	rs55634899	A	G	18459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.80;QD=43.95;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr7	142168452	rs361355	C	A	18764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.93;QD=43.64;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr7	142168662	rs73742240	CG	TC	4421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=7.247;NF=44;NR=45;PP=2947;ReadPosRankSum=-1.062;SC=GTGACTCCAGCGTCCACTGAG;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=48;TCR=46;TR=89;WE=142168671;WS=142168652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,101:0.98:103
chr7	142168799	.	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQRankSum=-4.116;QD=0.82;ReadPosRankSum=1.175;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,11:0.09:121
chr7	142168803	.	C	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQRankSum=-4.091;QD=0.86;ReadPosRankSum=1.763;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,11:0.09:120
chr7	142168818	.	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQRankSum=-3.298;QD=2.06;ReadPosRankSum=2.314;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,11:0.12:92
chr7	142168819	rs361350	G	A	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.246;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=3.313;NF=32;NR=44;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.362;SC=ACAAAGCAGCGCCCAGCAGAG;SOR=0.988;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=76;WE=142168847;WS=142168808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,81:0.88:92
chr7	142168825	.	C	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQRankSum=-2.923;QD=2.57;ReadPosRankSum=2.041;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,11:0.14:81
chr7	142168835	.	CA	TG	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.719;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.032;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQRankSum=-2.574;QD=3.39;ReadPosRankSum=1.722;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,11:0.15:72
chr7	142168839	.	G	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQRankSum=-2.402;QD=3.81;ReadPosRankSum=1.913;SOR=0.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,11:0.16:68
chr7	142168856	rs73742239	C	G	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.577;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.349;NF=16;NR=30;PP=1422;ReadPosRankSum=0.614;SC=GCACAGTGGGCCAGGCAGCAC;SOR=1.449;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=46;WE=142168870;WS=142168846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,47:0.78:60
chr7	142168862	.	A	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.969;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQRankSum=-1.211;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.843;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,13:0.22:58
chr7	142176378	rs361393	A	G	8955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=182;NR=129;PP=2965;SC=TGCTCTGTGCACTGGATCTTC;SOR=0.943;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=311;TCF=182;TCR=129;TR=311;WE=142176386;WS=142176368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr7	142176404	rs55996663	C	T	10192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.853;SC=GGAGACGGATCTCTCAGGCCT;SOR=0.410;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=358;TCF=194;TCR=164;TR=355;WE=142176412;WS=142176394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,391:0.99:394
chr7	142180618	.	TG	CA	2060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.455;ClippingRankSum=0.000;DP=761;ExcessHet=3.0103;FS=5.496;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-22.113;QD=2.72;ReadPosRankSum=-4.784;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:663,96:0.13:759
chr7	142180625	.	T	C	2477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.181;ClippingRankSum=0.000;DP=758;ExcessHet=3.0103;FS=6.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-21.131;QD=3.28;ReadPosRankSum=-3.827;SOR=1.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:651,105:0.14:756
chr7	142180633	.	G	T	3086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.124;ClippingRankSum=0.000;DP=758;ExcessHet=3.0103;FS=9.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-20.035;QD=4.08;ReadPosRankSum=-2.426;SOR=1.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:641,115:0.15:756
chr7	142180635	.	T	G	3083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.752;ClippingRankSum=0.000;DP=756;ExcessHet=3.0103;FS=11.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-19.377;QD=4.09;ReadPosRankSum=-2.157;SOR=1.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:636,118:0.16:754
chr7	142180640	.	GA	TG	3194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.355;ClippingRankSum=0.000;DP=740;ExcessHet=3.0103;FS=10.709;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-18.797;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.743;SOR=1.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:618,120:0.16:738
chr7	142180646	.	AG	CT	3428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.635;ClippingRankSum=0.000;DP=717;ExcessHet=3.0103;FS=14.261;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-17.706;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.425;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:590,125:0.17:715
chr7	142180704	rs368420989	G	T	3395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FS=1.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQRankSum=-13.142;QD=5.73;ReadPosRankSum=2.090;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:395,198:0.33:593
chr7	142180737	rs372013265	T	A	3541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-12.463;NF=68;NR=71;ReadPosRankSum=1.877;SC=CTGGGCACACTGCAGTGTCAT;SOR=0.668;SbPval=0.46;Source=Platypus;TCF=196;TR=139;WE=142180745;WS=142180727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,178:0.37:487
chr7	142180770	rs375278683	T	C	2754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.375;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-13.960;NF=65;NR=73;PP=1539;ReadPosRankSum=0.096;SC=CTTCAGGACCTGGAATTTTGG;SOR=0.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=370;TCF=174;TCR=196;TR=138;WE=142180778;WS=142180760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,150:0.38:397
chr7	142180818	rs377067235	AAGG	A	3658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.111;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-19.166;NF=0;NR=76;PP=2811;ReadPosRankSum=3.113;SC=ACCTGCAGAGAAGGAGAACAA;SOR=0.961;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=260;TCF=34;TCR=226;TR=76;WE=142180828;WS=142180808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,109:0.28:395
chr7	142180849	.	T	C	2650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=4.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQRankSum=-18.556;QD=7.16;ReadPosRankSum=-1.518;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,94:0.25:370
chr7	142180856	rs373727238	GC	G	2371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=5.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQRankSum=-18.262;QD=6.62;ReadPosRankSum=-1.258;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,81:0.23:358
chr7	142180873	.	T	C	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.598;ClippingRankSum=0.000;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=11.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQRankSum=-17.519;QD=4.34;ReadPosRankSum=-1.631;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,56:0.17:332
chr7	142180876	.	C	T	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=11.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQRankSum=-17.206;QD=4.36;ReadPosRankSum=-2.542;SOR=1.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,54:0.17:321
chr7	142180877	.	A	G	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.747;ClippingRankSum=0.000;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=10.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQRankSum=-17.261;QD=4.40;ReadPosRankSum=-2.719;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,54:0.17:323
chr7	142180886	.	T	C	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.651;ClippingRankSum=0.000;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=7.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQRankSum=-16.698;QD=3.36;ReadPosRankSum=-3.329;SOR=1.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,43:0.14:306
chr7	142197606	rs373222208	T	C	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=2.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQRankSum=-4.033;QD=17.06;ReadPosRankSum=-0.760;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,54:0.46:117
chr7	142197613	rs376535639	T	C	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=-4.315;QD=16.70;ReadPosRankSum=-0.317;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,53:0.45:118
chr7	142197835	rs17280	C	T	4411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr7	142197835	.	CGGGAGACTGGGCA	TGGGAGACTGAACC,TGGGAGACTGGGCA	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MMLQ=27;MQ=57.84;NF=8,82;NR=11,89;PP=1316,2962;QD=73.1298881506;SC=ATCTTATATCCGGGAGACTGG;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=171;TCF=82;TCR=89;TR=19,171;WE=142197869;WS=142197825;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.11:171
chr7	142197897	rs17279	C	T	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=48;PP=1775;SC=AATTTGAAAACAGAAGGAAAT;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=51;TCR=50;TR=99;WE=142197905;WS=142197870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	142197961	.	TGC	T	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=10.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-8.078;QD=1.92;ReadPosRankSum=-1.276;SOR=1.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,14:0.11:122
chr7	142197965	.	C	CCA	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=12.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-8.239;QD=1.99;ReadPosRankSum=-1.409;SOR=1.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,15:0.12:121
chr7	142197978	.	G	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=9.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=-8.053;QD=0.83;ReadPosRankSum=-0.425;SOR=1.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,15:0.13:116
chr7	142197983	rs369385273	G	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=12.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=-7.715;QD=0.86;ReadPosRankSum=0.058;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,14:0.12:112
chr7	142197986	rs148941368	T	C	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=42;PP=2962;SC=GAGGGCCGCCTAGCAGAGGAG;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=45;TCR=42;TR=87;WE=142197994;WS=142197952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
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chr7	142231800	.	G	GA	1005.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=26.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=-5.379;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=2.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,33:0.22:147
chr7	142231805	.	C	CTG	975.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.283;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=27.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=-5.500;QD=7.07;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=2.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,30:0.22:138
chr7	142231806	.	C	G	948.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=29.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-5.695;QD=6.98;ReadPosRankSum=-1.703;SOR=3.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,28:0.21:136
chr7	142231808	.	GCC	G	801.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=24.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQRankSum=-5.833;QD=6.12;ReadPosRankSum=-1.814;SOR=2.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,26:0.20:131
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chr7	142247605	rs370122363	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=2;HapScore=1;MGOF=86;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.053;NF=16;NR=18;PP=418;ReadPosRankSum=0.188;SC=CCAGATCAGGGTCACTGTGAG;SOR=0.551;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=50;TCR=57;TR=34;WE=142247613;WS=142247595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,23:0.22:103
chr7	142250938	rs361439	T	G	4328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=72;PP=2867;SC=AGTGTCATGCTCCGTCCTGCT;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=79;TCR=72;TR=151;WE=142250946;WS=142250928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr7	142250988	rs361437	G	A	5399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=105;NR=87;PP=2965;SC=GATCCCAGCAGTCACTGGACC;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=194;TCF=105;TCR=89;TR=192;WE=142250996;WS=142250978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr7	142251132	rs361436	G	T	3070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=56;PP=1779;SC=GGAGCCTGATGCTCATGGCAG;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=97;WE=142251140;WS=142251122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr7	142326909	rs76454382	C	G	4264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=60;PP=2315;SC=ACTACTCACACATAGTAAATG;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=74;TCR=61;TR=134;WE=142326917;WS=142326899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr7	142353577	rs71522189	C	CTTTGT	5016.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=3.237;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;MQRankSum=0.234;QD=42.51;ReadPosRankSum=-1.162;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,117:0.99:118
chr7	142364553	rs17254	G	A	2573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=48;PP=1818;SC=CTGGGCCTACGGTTGATCTAT;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=82;WE=142364561;WS=142364543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	142378633	rs17243	G	A	4087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=92;NR=49;PP=2336;SC=CCTCTGCTACGTGGGCTTTTA;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=142;TCF=92;TCR=50;TR=141;WE=142378641;WS=142378623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr7	142378831	rs76429157	C	G	8596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=148;NR=137;PP=2965;SC=TTGTTATAGGCACAGGAAAGA;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=287;TCF=148;TCR=139;TR=285;WE=142378839;WS=142378821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr7	142423161	rs112325538	A	G	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=5;PP=575;SC=AGGTGGAGACATTACAGAAAC;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=142423169;WS=142423151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr7	142423765	rs17252	G	A	4734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=85;PP=2830;SC=CCTCCTTCAGGAGACCCCTCA;SOR=1.034;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=70;TCR=86;TR=155;WE=142423773;WS=142423755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
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chr7	142458841	rs375181092	AT	A	1563.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.486;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.969;NF=3;NR=14;PP=1663;ReadPosRankSum=-1.451;SC=GCAGGCAAGTATCTTTTGCTG;SOR=0.720;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=17;WE=142458849;WS=142458819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,44:0.35:125
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chr7	142458906	rs374242167	T	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=-7.011;QD=4.94;ReadPosRankSum=-0.730;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,15:0.19:81
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chr7	142458987	rs375094420	C	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQRankSum=-3.451;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.354;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,3:0.14:21
chr7	142460335	rs201550522	A	G	2135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.989;NF=62;NR=66;PP=1656;ReadPosRankSum=-0.256;SC=GAGCCAGGCTAAGTGTGAAGC;SOR=0.793;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=334;TCF=170;TCR=164;TR=128;WE=142460343;WS=142460325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,124:0.36:344
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chr7	142460394	rs377124851	T	C	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=9.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=-11.434;QD=3.32;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=1.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,39:0.14:271
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chr7	142460415	.	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.036;ClippingRankSum=0.000;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=12.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-15.087;QD=1.23;ReadPosRankSum=-1.626;SOR=1.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,26:0.09:275
chr7	142460556	rs374121411	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=3.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-8.634;QD=1.01;ReadPosRankSum=1.042;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,8:0.11:76
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chr7	142460603	rs370565903	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.425;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-6.638;NF=4;NR=8;PP=88;ReadPosRankSum=-0.983;SC=ATGGGCCACCATGAGAAGGAC;SOR=0.425;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=12;WE=142460611;WS=142460593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr7	142460660	.	T	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=7.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQRankSum=-6.431;QD=2.44;ReadPosRankSum=2.046;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,6:0.14:43
chr7	142460669	.	C	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=13.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQRankSum=-6.881;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.972;SOR=1.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,7:0.14:49
chr7	142460671	rs377695327	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=14.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQRankSum=-7.026;QD=2.58;ReadPosRankSum=0.856;SOR=1.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,7:0.14:51
chr7	142460690	.	C	CTCTT	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=18.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQRankSum=-7.645;QD=0.86;ReadPosRankSum=1.636;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,6:0.10:60
chr7	142468205	.	AG	CC	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.099;ClippingRankSum=0.000;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=13.020;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQRankSum=-15.398;QD=5.83;ReadPosRankSum=4.015;SOR=0.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,51:0.20:254
chr7	142468213	.	A	G	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.793;ClippingRankSum=0.000;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=10.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-15.828;QD=4.90;ReadPosRankSum=4.211;SOR=0.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,47:0.18:268
chr7	142468228	.	A	G	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.201;ClippingRankSum=0.000;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=10.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=-17.847;QD=3.73;ReadPosRankSum=1.330;SOR=0.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:280,50:0.15:330
chr7	142468232	.	C	T	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.689;ClippingRankSum=0.000;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=10.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQRankSum=-18.448;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.969;SOR=0.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:295,49:0.14:344
chr7	142468241	.	C	G	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.615;ClippingRankSum=0.000;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=9.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-19.414;QD=2.59;ReadPosRankSum=-0.096;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:334,46:0.12:380
chr7	142468244	.	G	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.670;ClippingRankSum=0.000;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=9.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=-19.877;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:353,45:0.11:398
chr7	142470574	rs3752404	A	G	9199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=15.719;NF=240;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.028;SC=AGAGCACAACATCGAAGTTCT;SOR=0.815;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=460;TCF=280;TCR=180;TR=394;WE=142470590;WS=142470564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,410:0.85:484
chr7	142470582	rs374775884	T	C	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=-15.975;QD=3.38;ReadPosRankSum=2.914;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:465,76:0.14:541
chr7	142470597	.	G	A	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.646;ClippingRankSum=0.000;DP=639;ExcessHet=3.0103;FS=0.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQRankSum=-17.006;QD=2.52;ReadPosRankSum=6.051;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:557,80:0.13:637
chr7	142470612	rs367807406	A	G	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=746;ExcessHet=3.0103;FS=0.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=-18.597;QD=2.22;ReadPosRankSum=5.554;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:649,94:0.13:743
chr7	142470645	rs368963025	T	C	1993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=970;ExcessHet=3.0103;FS=2.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-21.862;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.234;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:853,112:0.12:965
chr7	142478771	rs201689354	A	AC	38.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	142479915	rs377017470	T	C	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.82;QD=27.98;SOR=1.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	142479954	rs201779716	C	T	3314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.71;QD=25.50;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr7	142480002	rs199512312	C	A	4548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.77;QD=24.59;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr7	142480067	rs201659809	C	T	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=57;PP=1637;SC=CTGCTACAAGCCGTAAGTGTG;SOR=1.464;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=93;WE=142480103;WS=142480057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	142480079	rs371397657	T	G	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.69;QD=43.97;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	142480083	.	A	C	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.85;QD=44.62;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	142480095	rs374574556	G	A	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=34;PP=883;SC=TGACTGCAAAGCTCCCAGCCA;SOR=2.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=142480103;WS=142480057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	142480126	rs374398930	C	A	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.65;QD=26.37;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	142480137	rs57353422	A	G	156.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.58;QD=31.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	142480141	rs55775033	C	G	96.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=35.23;QD=48.14;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	142481227	.	A	AGCC	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.86;QD=41.27;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	142481229	.	GATT	G	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.86;QD=41.27;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	142481234	rs57725689	T	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.86;QD=42.18;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	142481239	rs199829700	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.86;QD=42.18;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	142481251	rs200856228	A	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.86;QD=42.18;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	142481269	.	A	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.23;QD=42.65;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	142481287	.	G	T	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.00;QD=42.98;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	142481291	.	AT	GC	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.00;QD=42.98;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	142481299	rs200064853	A	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.00;QD=42.98;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	142481342	rs374804521	G	C	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.37;QD=38.08;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	142481346	rs200370045	T	C	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.62;QD=41.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	142481789	rs374686280	T	C	355.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.169;NF=5;NR=10;PP=146;ReadPosRankSum=-1.410;SC=ACTACCCAGATGAGCTGCAGT;SOR=0.976;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=15;WE=142481797;WS=142481783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr7	142481807	rs4726591	C	T	218.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.50;QD=31.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	142481821	.	C	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.59;MQRankSum=-1.282;QD=14.55;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr7	142481867	rs59320698	C	G	52.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	142481996	.	G	GC	81.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.75;QD=27.08;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	142482024	rs370076329	CA	C	81.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.75;QD=27.08;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	142482044	rs373088593	G	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.75;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	142482049	rs377676351	C	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.75;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	142482104	rs370225703	A	G	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.75;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	142482107	rs374478874	A	G	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.75;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	142482376	.	A	C	227.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.38;MQRankSum=-2.155;QD=16.24;ReadPosRankSum=1.578;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr7	142494030	.	G	GGGCCACAATGATTCAACTCTACGGGAAACCTTTACAAAAACC	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.47;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	142494033	.	C	T	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	142494036	.	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=62.74;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1:1.00:1
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chr7	142498897	rs1042959	A	G	4688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=1.047;SC=GGGTCAGCACAGACCCGCAGC;SOR=0.826;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=532;TCF=280;TCR=252;TR=235;WE=142498905;WS=142498887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,244:0.44:559
chr7	142499071	rs1042960	T	C	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.678;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.997;NF=44;NR=87;PP=1452;ReadPosRankSum=1.120;SC=GGGCCAAACCTGTCACCCAGA;SOR=0.874;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=266;TCF=96;TCR=170;TR=131;WE=142499079;WS=142499061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,143:0.50:287
chr7	142583330	rs17881456	A	C	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=35;PP=1012;SC=AGCCTTGGGGACACATCAGCC;SOR=2.256;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=53;WE=142583338;WS=142583320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	142990207	.	G	GT	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-1.534;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr7	143013285	rs34904831	C	T	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.74;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=2.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,123:0.99:124
chr7	143017807	rs10282312	G	T	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	143028536	rs2242493	G	A	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=28;PP=904;SC=GGGGATGTGGGCAGATAGGAA;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=143028544;WS=143028526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	143029371	rs2367941	G	T	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=10;PP=395;SC=TCAAATATTGGTTTTTTGTGT;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=28;WE=143029379;WS=143029361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	143042837	rs2272251	C	T	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.42;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	143054585	rs6958357	A	G	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=20;PP=549;SC=GGGGTAGGAAAACATCTTAGT;SOR=1.203;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=143054593;WS=143054575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	143057268	rs13244040	C	T	3677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=73;PP=2137;SC=GGTTAGCCGCCGGCCCTCACC;SOR=0.996;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=59;TCR=73;TR=132;WE=143057276;WS=143057258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr7	143078928	rs10808025	C	G	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=56;PP=1710;SC=GGGGGGCAGTCGTTTCGGGAA;SOR=3.943;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=9;TCR=56;TR=65;WE=143078936;WS=143078918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	143079806	rs6464546	G	A	3712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=82;NR=50;PP=2495;SC=AGGAAAAGCAGGGCTCAGGGC;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=82;TCR=50;TR=132;WE=143079814;WS=143079796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr7	143086010	rs73154206	C	T	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=46;PP=1239;SC=CCAGGCCAACCGGCCCCACTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=71;WE=143086018;WS=143086000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	143088531	rs1131883	C	T	3647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr7	143088823	rs1804527	T	C	9396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=147;NR=168;PP=2965;SC=CGGTTCGATATGGGATCCCAT;SOR=1.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=316;TCF=148;TCR=168;TR=315;WE=143088831;WS=143088813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr7	143088867	rs6967117	T	C	6144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=113;PP=2965;SC=CGAAGAGTCATCCTGTGGGAC;SOR=1.163;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=89;TCR=113;TR=201;WE=143088875;WS=143088857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr7	143093538	rs10952549	G	A	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr7	143097100	rs4725617	A	G	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=53;NR=59;PP=1832;SC=GGAGCCAGACACAAGGTCTCG;SOR=1.005;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=53;TCR=59;TR=112;WE=143097108;WS=143097090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr7	143141475	rs4595035	T	C	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=16;PP=450;SC=TGAAGAGTCGTCGTTCCTCAA;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=143141483;WS=143141465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	143295456	rs200633232	A	C	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.43;MQRankSum=-3.138;QD=10.34;ReadPosRankSum=-1.186;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,101:0.53:192
chr7	143982618	rs201930242	T	C	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.770;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.677;NR=72;PP=1242;ReadPosRankSum=0.112;SC=CTGGCTGTTTTGATCTATTTC;SOR=0.482;Source=Platypus;TCR=206;WE=143982626;WS=143982608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,86:0.35:243
chr7	143982776	rs199949243	G	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.36;MQRankSum=-3.175;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.320;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,38:0.43:89
chr7	144015434	rs141871720	A	G	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.16;QD=47.10;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	144015437	rs150229766	C	T	2863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.34;QD=41.50;SOR=1.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	144062222	rs201478085	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.42;MQRankSum=1.324;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr7	144068163	rs146660641	T	C	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.76;QD=30.02;SOR=3.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	144068214	rs376311961	T	C	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-3.956;NF=64;NR=33;PP=1243;ReadPosRankSum=-0.543;SC=AGGGGGTAAATAAAATCCTTA;SOR=0.542;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=265;TCF=182;TCR=83;TR=97;WE=144068222;WS=144068204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,67:0.36:185
chr7	144095600	rs2699503	A	G	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.08;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr7	144096456	rs11769787	C	T	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr7	144096839	rs757388	A	G	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=12;PP=858;SC=AGAAAGAGGAAGAATTCTGAC;SOR=1.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=144096847;WS=144096829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	144098896	rs727712	T	C	3859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr7	144098992	rs727714	G	A	4099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr7	144100874	rs375024030	ACGGGC	A	3082.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=53;PP=2983;SC=TGCAGCCCGCACGGGCCGGGC;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=5;TCR=63;TR=57;WE=144100886;WS=144100864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	144228295	rs34346934	G	GA	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.031;QD=0.55;ReadPosRankSum=-0.451;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,16:0.19:85
chr7	144462951	rs3779087	C	T	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.55;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	144532718	rs200964758	T	TA	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=-1.736;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,15:0.23:64
chr7	144703163	rs35986454	T	G	4527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=77;PP=2568;SC=ACCTGCAGTCTGCCCTGAGCA;SOR=1.126;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=64;TCR=77;TR=141;WE=144703171;WS=144703153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr7	146805228	rs35167289	T	TG	676.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=1;PP=700;SC=TTATTTTTTTTTTTGTTTTAG;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=146805236;WS=146805218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	146997203	rs2692185	T	A	3221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=34;PP=1891;SC=AATTTTAAGATAAAAATGACT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=69;TCR=34;TR=102;WE=146997211;WS=146997193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr7	147183143	rs2286127	A	G	4418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQ=60.06;NF=64;NR=81;PP=2490;SC=TGTGAGTGCCAATTTATCTCA;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=64;TCR=82;TR=145;WE=147183151;WS=147183133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr7	147183278	rs4015951	CAAA	C	390.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.57;MQRankSum=0.577;NF=0;NR=11;PP=172;ReadPosRankSum=1.408;SC=GTCATTTCTCCAAAAAAAAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=11;WE=147183288;WS=147183268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr7	147259374	rs2074715	A	G	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=28;PP=715;SC=TTTATGTTTTATGAAGATGCT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=147259382;WS=147259364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	147335933	rs72463606	CT	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=1.060;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,12:0.21:56
chr7	147600604	rs2538962	C	A	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=12;PP=808;SC=GTGTGGCAGTCTAATGACTGA;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=147600612;WS=147600594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	147914200	rs11384134	C	CT	115.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=1.194;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr7	147926734	rs3779031	A	G	6055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.10;ReadPosRankSum=-0.684;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,231:1.00:232
chr7	147926888	rs3779032	A	C	5316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.643;SC=ATACATGTACATATAAATTAC;SOR=0.458;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=76;TCR=107;TR=182;WE=147926896;WS=147926878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,200:1.00:201
chr7	147963925	rs3801974	C	G	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=325;SC=CACTTACCATCCTCAGATTTT;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=147963933;WS=147963915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	147963983	rs10248273	G	C	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=7;PP=780;SC=TTTTCTCGGGGTGGTGTTTTA;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=147963991;WS=147963973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	147964016	rs3801975	A	G	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=12;PP=1136;SC=ATGAAATAAGATATCAGAAAA;SOR=1.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=58;WE=147964024;WS=147964006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	147964091	rs3801976	G	A	5093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=108;NR=73;PP=2919;SC=GTAGAGACGTGCTTCTAAAAG;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=108;TCR=73;TR=181;WE=147964099;WS=147964081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr7	148080647	rs1637841	T	G	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=10;PP=722;SC=GAAACCTAAATGTAAGCTTTG;SOR=1.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=148080655;WS=148080637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	148106465	.	C	CTCTT	2977	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=25;MQ=60.17;NF=24;NR=35;PP=2977;QD=20;SC=TGACACTTGACTCTTTCTTTC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=59;WE=148106498;WS=148106455;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:16,59:0.79:75
chr7	148106475	rs72268642	C	CTT	8366.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=47.54;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr7	148106477	.	C	G	2083	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.14;NF=70;NR=47;PP=2083;QD=18.1006086542;SC=CTTTCTTTCTCTACAGCCAGT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=70;TCR=47;TR=117;WE=148106498;WS=148106455;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr7	148106477	.	C	CTG	8777.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=46.94;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr7	148106490	rs9648691	G	A	8895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=52;PP=2306;SC=CAGCCAGTGCGGATTTTCCAT;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=78;TCR=53;TR=130;WE=148106498;WS=148106455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr7	148143136	rs2530301	A	G	6755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=120;NR=112;PP=2965;SC=CCTGGGCCTCACGCCAGGGTC;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=120;TCR=112;TR=232;WE=148143144;WS=148143126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr7	148463860	rs1014095	T	C	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=18;PP=545;SC=TAATTATCTGTAGTTTTGATA;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=148463868;WS=148463850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr7	148504854	rs55877618	A	AGACTT	2900.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=30;PP=722;SC=ACATGTGCTGAGACTTAACAC;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=32;WE=148504862;WS=148504844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	148504906	rs35866517	TAAA	T	468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.67;ReadPosRankSum=1.451;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
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chr7	148508833	rs2072407	A	G	4119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
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chr7	148543693	rs3214332	TA	T	2662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.340;NF=1;NR=88;PP=1466;ReadPosRankSum=-0.355;SC=AACATACTCTTAAAAAAAAAA;SOR=0.866;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=104;TCF=2;TCR=102;TR=89;WE=148543702;WS=148543683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,134:0.98:137
chr7	148705221	rs2306172	A	G	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=20;PP=1195;SC=CGGGGTGTCCAGGGCTGGCAT;SOR=1.463;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=66;WE=148705229;WS=148705211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	148809451	rs6464938	T	C	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=58;PP=1364;ReadPosRankSum=-0.761;SC=TTTGGCCGGGTGTGGTGGCTC;SOR=0.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=35;TCR=59;TR=93;WE=148809459;WS=148809441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr7	148844884	rs2693317	G	A	6172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr7	148875632	rs1202461	T	A	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=347;SC=CCTTCTGCTGTATTTCTGATC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=13;WE=148875640;WS=148875627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	148907870	rs1202422	C	T	3719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=62;PP=1928;SC=CTGCCAGCCCCCAGAGTTAGC;SOR=1.092;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=56;TCR=63;TR=118;WE=148907878;WS=148907860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr7	148909687	rs1202425	C	T	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=8;PP=202;SC=ATTTTTTGTTCTTTGAGACGG;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=148909695;WS=148909677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	148936762	rs111428978	A	ACGG	3420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.239;NF=7;NR=29;PP=2040;ReadPosRankSum=2.494;SC=TGGCATCAACACGGCGGCGGC;SOR=0.824;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=36;WE=148936772;WS=148936758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,79:0.98:81
chr7	148937136	rs1202427	C	A	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr7	149256086	rs1978186	C	T	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=10;PP=257;SC=GGCCAGGAGTCTGAGAGCAGC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=149256094;WS=149256076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	149317062	rs1808231	C	T	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=12;PP=580;SC=GTCAGGGCGGCGCCAGTTGCA;SOR=1.148;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=149317070;WS=149317052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	149317216	rs354056	A	G	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	149318409	rs62490571	T	C	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=31;PP=1209;SC=GTTCCTGTTGTGCAGCAGGTT;SOR=1.562;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=55;WE=149318417;WS=149318399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	149318703	rs1723716	C	T	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.32;MQRankSum=-1.640;QD=26.51;ReadPosRankSum=1.003;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr7	149321505	rs11766297	G	C	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=3;PP=190;SC=CCCGGCAGACGCCGCGGCCCT;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=149321513;WS=149321495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	149321643	rs71532786	G	A	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	149321734	rs62490575	G	A	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=11;NR=8;PP=248;SC=CCCGCCTCCCGGTGCTCTCCG;SOR=0.776;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=19;WE=149321742;WS=149321724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	149321803	rs13236202	T	G	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=9;PP=220;SC=GCCCCTGCCCTGCGCCGCCCG;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=149321811;WS=149321793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	149416771	rs10258658	C	T	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=32;PP=1302;ReadPosRankSum=1.972;SC=TGGGTAAGGACGGGAGGGAGC;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=82;WE=149416779;WS=149416761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,91:0.98:93
chr7	149416873	rs56226490	C	T	3161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.51;ReadPosRankSum=2.224;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,127:0.98:129
chr7	149417052	rs56265968	C	T	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=11;PP=872;SC=GTGTGCGAAGCGGAGACCACT;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=149417060;WS=149417042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	149417230	rs10231875	G	A	7137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr7	149418127	rs66544404	G	C	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=41;PP=1243;SC=TCTGCACTCCGCATGATGAAG;SOR=2.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=53;WE=149418135;WS=149418117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	149418856	rs68139633	C	T	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=42;PP=1564;SC=CCTGTCATCCCGCCCCGATCA;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=81;WE=149418864;WS=149418846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	149419635	rs75701347	T	G	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=24;PP=811;SC=GAGAGGGACCTCAGAGGCCGG;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=149419643;WS=149419625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	149419721	rs10240931	G	C	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=15;PP=1014;SC=ATGCTGCTCCGCCGCCTGGGC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=149419729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	149420820	rs11462346	C	CT	3040.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=27;PP=1967;SC=TTCCTTTTTCCTTAGTGAAGA;SOR=0.914;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=45;WE=149420828;WS=149420810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	149421773	rs7791608	A	G	7221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=1.507;SC=CCTCCTCCCCATCCTGATCTT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=137;TCR=120;TR=256;WE=149421781;WS=149421763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,286:0.99:288
chr7	149425872	rs17171280	T	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=19;PP=399;SC=CATGGTGCTCTGGAAACAGAC;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=149425880;WS=149425862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	149426305	rs11424737	G	GC	3882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=21;PP=1900;SC=CTGCGAGTCAGCCGTCTCGGG;SOR=1.127;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=44;WE=149426313;WS=149426295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	149427409	rs709065	T	G	7254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=134;NR=139;PP=2965;SC=CAGAGCCTGATCTCTGGAAGC;SOR=1.082;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=276;TCF=137;TCR=139;TR=273;WE=149427417;WS=149427399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr7	149427728	rs6966081	T	C	3585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=71;PP=2277;SC=ACTGGATCCTTTGAGTCCTGC;SOR=1.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=52;TCR=71;TR=123;WE=149427736;WS=149427718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr7	149428602	rs55727837	G	T	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=3;PP=462;SC=GGCGGGCCCTGCCACCAGAAT;SOR=2.448;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=27;WE=149428610;WS=149428592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	149430367	rs73725583	C	T	4862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr7	149476666	rs57553723	G	GC	5036.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=52;PP=2520;SC=GGCTGTGACAGCCCCTGGGGC;SOR=0.801;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=12;TCR=54;TR=63;WE=149476674;WS=149476656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr7	149481994	rs73168055	G	T	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=879;ReadPosRankSum=-0.608;SC=CAGGGAGCTTGTCTATGCCCC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=49;WE=149482002;WS=149481984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,55:0.98:56
chr7	149499318	rs2074690	C	T	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=134;SC=AGCCTTCCCTCGGGAAAGCCC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=149499326;WS=149499308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	149500472	rs10952229	A	G	6383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=112;NR=99;PP=2965;SC=GGACTGTGGGATGCCCACACA;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=113;TCR=100;TR=211;WE=149500480;WS=149500462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr7	149500992	rs4725830	A	G	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=13;PP=692;SC=GCGATAGTGGAAAGATGGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=149501000;WS=149500982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	149506211	rs71194663	G	GC	7120.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=55;PP=2974;SC=CGAGGCAGCAGCTGCGCAGCC;SOR=0.757;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=80;WE=149506219;WS=149506201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr7	149511985	rs10952230	A	G	8209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=143;PP=2965;SC=TGCCCTGGGAACCACACGCAG;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=268;TCF=125;TCR=143;TR=268;WE=149511993;WS=149511975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr7	149523674	rs117730436	C	T	7020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=127;NR=98;PP=2965;SC=CAGGTGGGTACGGGGTGCTGT;SOR=0.813;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=129;TCR=99;TR=225;WE=149523682;WS=149523664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr7	149530894	rs6960187	G	A	8747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=3.312;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.50;ReadPosRankSum=0.117;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,342:1.00:343
chr7	149556518	rs4725833	C	T	3390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=53;PP=1883;SC=CAGGACCTGCCGCTGCCAAGC;SOR=0.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=118;TCF=64;TCR=54;TR=117;WE=149556526;WS=149556508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	149561049	rs3857764	C	G	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=84;SC=AACAGAGTAGCAACAGATGAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=149561057;WS=149561039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	149571095	rs79377053	G	A	6131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=127;NR=94;PP=2965;SC=CTGGGGACCCGCGCACCTGCA;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=127;TCR=94;TR=221;WE=149571103;WS=149571085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr7	149573187	rs117051141	C	T	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=786;ReadPosRankSum=1.220;SC=AGGTGAGAGGCCAGACGTGGC;SOR=1.238;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=47;WE=149573195;WS=149573177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chr7	149575707	rs6946997	C	G	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=10;PP=922;SC=ACCGAGGCCTCCCCTGGGTGT;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=149575715;WS=149575697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	149575725	rs6947011	C	T	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=21;PP=1090;SC=TGTGGGAGGACCCTCCTGTGC;SOR=1.195;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=60;WE=149575733;WS=149575715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	149575747	rs5888369	TG	T	3585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=28;PP=2117;SC=AGGCTCACCATGCTTTGCTGT;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=45;WE=149575755;WS=149575737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	149575884	rs10246226	T	C	3542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=25.13;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr7	149576818	rs7785847	A	G	3830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=75;PP=2540;SC=CGGGGGAGTCAGTGCCCAGTC;SOR=1.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=55;TCR=75;TR=130;WE=149576826;WS=149576808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr7	149588429	rs4725317	G	A	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.26;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	149589343	rs2626759	G	A	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=17;SC=TAGAGAAGCAGACACCTGTCG;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=149589351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	149589496	rs11428600	A	AC	5502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=6.913;NF=16;NR=60;PP=2965;ReadPosRankSum=0.473;SC=ACCTTAAAAAAACACACACAC;SOR=0.927;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=17;TCR=61;TR=76;WE=149589504;WS=149589480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,159:0.95:167
chr7	149589599	rs4725318	C	A	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=21;PP=565;SC=TGTTAGGGCTCCATGTGGGGT;SOR=2.448;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=149589607;WS=149589589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	149606918	rs200320073	T	TA	145.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.70;MQRankSum=1.282;QD=14.51;ReadPosRankSum=1.036;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr7	149744835	rs141816877	C	T	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=19;PP=802;SC=CCTGCGCCGCCGTCCTCCTCG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=45;WE=149744843;WS=149744825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	149981830	rs4725334	T	G	4125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=63;PP=2936;SC=ACCTTACCCATGCAGCTCATA;SOR=1.240;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=99;TCR=63;TR=162;WE=149981838;WS=149981820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr7	149990318	.	G	GT	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQRankSum=-6.649;QD=1.05;ReadPosRankSum=-0.667;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,17:0.23:75
chr7	150093701	rs940453	A	C	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.20;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr7	150094853	rs7780011	G	A	5060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr7	150217248	rs3735081	A	G	4324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=83;NR=54;PP=2251;SC=TTCTTGTTGTAGACACTCCAG;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=83;TCR=54;TR=137;WE=150217256;WS=150217238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr7	150217335	rs3735079	G	T	5799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=106;NR=85;PP=2965;SC=CCTGCCCAGGGCCCCATGCTA;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=106;TCR=85;TR=191;WE=150217343;WS=150217325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr7	150269087	rs13242186	G	C	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=9;PP=743;SC=ATCTCTGAGTGCAGCAGTAAC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=150269095;WS=150269077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	150269542	rs2293172	G	T	5133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=71;PP=2965;SC=GTTACACTGAGGAAGAGCACA;SOR=0.901;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=99;TCR=71;TR=169;WE=150269550;WS=150269532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr7	150384048	.	A	AAAAG	94.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	150384193	.	C	CGT	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr7	150488616	rs2302479	A	G	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=5;PP=228;SC=GGTCTTTGGCAGCTCACAGGA;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=150488624;WS=150488606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	150488840	rs141812679	C	CA	473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.74;ReadPosRankSum=-1.592;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr7	150490376	rs2072443	C	T	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=52;PP=1679;SC=GCAAAGCCTGCCAGGGTGAGC;SOR=1.337;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=87;WE=150490384;WS=150490366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	150490431	rs2072442	C	G	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;SC=TCATGACACACGCTCCTTCAA;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TCF=19;WE=150490439;WS=150490421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	150490797	rs72471023	GGACA	G	1633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.81;NF=2;NR=22;PP=1186;SC=AGGATCCCAGGGACAGACAAA;SOR=1.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=24;WE=150490808;WS=150490787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	150491084	rs3173833	T	G	11851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=251;NR=187;PP=2965;SC=CCTGAGGCACTCAGCACAGTC;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=440;TCF=252;TCR=188;TR=438;WE=150491092;WS=150491074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,465:1.00:465
chr7	150491851	rs61057705	T	G	6733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr7	150491995	.	CCACACACACA	C,CCA	2321.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.19;QD=38.70;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,11,48:0.18,0.80:60
chr7	150500729	rs741064	A	G	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	150553605	rs10156191	C	T	6168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=2.157;SC=ATGCTGCAGACGGCCATGGCG;SOR=0.535;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=211;TCF=137;TCR=74;TR=210;WE=150553613;WS=150553595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,234:1.00:235
chr7	150554553	rs1049742	C	T	6376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=0.037;SC=CGCTCCTCCTCCGGGCTGCAG;SOR=0.356;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=238;TCF=117;TCR=121;TR=232;WE=150554561;WS=150554543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,238:1.00:239
chr7	150555915	rs10893	A	G	8050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=154;NR=135;PP=2965;SC=CCTGGAGCCCAAGACACCGCG;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=289;TCF=154;TCR=135;TR=289;WE=150555923;WS=150555905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr7	150556055	rs6943147	CG	GC	9429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=89;NR=90;PP=2947;SC=CACAAGCGCACGTACCGCCTG;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=90;TCR=91;TR=179;WE=150556064;WS=150556045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr7	150556152	rs11981217	G	A	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=39;PP=1183;SC=GAAGACCCAGGGGGCCTGGGG;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=150556160;WS=150556142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	150556790	.	C	CAA	277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.14;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	150556880	rs11981415	G	C	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	150556992	rs10952294	C	T	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=23;PP=716;SC=GTGTGCTGGGCGCAGGAGCTC;SOR=1.140;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=150557000;WS=150556982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	150557471	rs2071515	G	C	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.73;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	150557622	rs12179	G	A	4576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=81;PP=2734;SC=ACCGGGAGTCGGAGCTGTGCA;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=160;TCF=79;TCR=81;TR=159;WE=150557630;WS=150557612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr7	150557665	rs1049793	C	G	4614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=76;PP=2582;SC=CGACCCCTGGCACCCGCCCGT;SOR=0.928;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=72;TCR=76;TR=148;WE=150557673;WS=150557655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr7	150557748	rs3735076	G	A	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=37;PP=1219;SC=AGCCCTGCCCGGTGCTGGCCC;SOR=0.961;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=70;WE=150557756;WS=150557738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	150558444	rs34090933	G	GCA	1675.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.332;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.530;NF=2;NR=32;PP=1530;ReadPosRankSum=0.256;SC=GAACAGACGTGCACACACACA;SOR=2.160;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=34;WE=150558452;WS=150558434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr7	150654622	rs11462566	A	AG	672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=16;PP=768;SC=TCAGGCCAGCAGCCCAGGGCC;SOR=2.948;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=17;WE=150654630;WS=150654612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	150672162	rs11410979	T	TC	561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=538;SC=GGGACTGGGGTCCCAGCAGGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=14;WE=150672170;WS=150672152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	150695726	rs1549758	T	C	3452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=67;PP=1760;SC=GGCAGCAGGATGGCTCTGTGC;SOR=1.222;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=49;TCR=68;TR=116;WE=150695744;WS=150695716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr7	150696008	rs1007311	A	G	3270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=34;PP=2106;SC=TCAGCCCCAGAACCCCCTCTG;SOR=1.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=73;TCR=34;TR=107;WE=150696016;WS=150695998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr7	150696111	rs1799983	T	G	10121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=6.042;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.56;ReadPosRankSum=0.101;SOR=0.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,393:0.99:396
chr7	150698879	rs1800780	A	G	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=31;PP=1347;SC=CTGTGCACCCAGGACACCCTC;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=72;WE=150698887;WS=150698869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	150703915	rs2853796	G	T	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=16;PP=1016;SC=TGGGGCTGGGGCTGGGCCTAG;SOR=1.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=150703923;WS=150703905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	150706383	rs753482	C	A	7002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=12.573;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;MQRankSum=0.000;QD=23.82;ReadPosRankSum=1.949;SOR=1.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,286:0.97:294
chr7	150706436	rs142498418	G	GC	1115.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=62;PP=2969;SC=ACATTCTCCCGCCCCCACCCC;SOR=4.294;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=80;TCF=3;TCR=77;TR=63;WE=150706444;WS=150706426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	150707488	rs743507	C	T	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=22;PP=669;SC=TTCTCCTGGCCGACATGCACT;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=150707496;WS=150707478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	150708089	rs891512	A	G	3317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.33;ReadPosRankSum=0.176;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,129:0.98:131
chr7	150708850	rs2256314	G	A	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=15;PP=568;SC=CTGACCTCACGATCCTCCCAC;SOR=1.075;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=36;WE=150708858;WS=150708840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	150709571	rs7830	G	T	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=30;PP=1004;SC=GTGAGGCTGGGGACTAAAGGA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=63;WE=150709579;WS=150709561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	150713636	rs3800787	G	C	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr7	150713740	rs3800788	T	C	234.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=289;ReadPosRankSum=-0.099;SC=CCCACCCCCCTCCACATGCCC;SOR=2.833;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=18;WE=150713748;WS=150713729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr7	150713902	rs11393607	G	GC	1679.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=16;PP=996;SC=GGCCAGGAAGGCTCAGGCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=150713910;WS=150713892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	150715817	rs1835428	A	G	6327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=130;PP=2965;SC=CGAAGAGTGCACCCGCGAAGA;SOR=1.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=66;TCR=130;TR=196;WE=150715825;WS=150715807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr7	150720308	rs12666075	G	T	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=46;PP=1684;SC=CGGGAGGAAGGGGGGGTGCCG;SOR=0.896;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=89;WE=150720316;WS=150720298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	150720902	rs13307588	A	G	18347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=334;NR=316;PP=2965;SC=CCAGCCTGGGATAAGTACTGG;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=653;TCF=334;TCR=319;TR=650;WE=150720910;WS=150720892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,692:1.00:692
chr7	150731338	rs2303923	G	C	1776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=11;PP=1291;SC=AAACATTTGTGCCCTCTGTCT;SOR=2.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=56;WE=150731346;WS=150731328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	150747746	rs2288645	A	G	15610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=320;NR=269;PP=2965;ReadPosRankSum=1.702;SC=ACACCACCTCAGACCCTAAAC;SOR=0.482;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=592;TCF=320;TCR=272;TR=589;WE=150747754;WS=150747736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,610:1.00:611
chr7	150748869	rs10255526	C	G	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	150752066	rs891507	T	C	12745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,501:1.00:501
chr7	150752608	rs2069456	T	G	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=31;PP=1049;SC=ATATCCCATCTTCTAGCTCAC;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=68;WE=150752616;WS=150752598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	150760076	rs34403003	G	C	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.11;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	150761150	rs6464122	C	G	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=7;PP=663;SC=CTGCTGGGGGCATATAGAGCC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=150761158;WS=150761140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	150761314	rs2303929	G	A	2953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=51;PP=1736;SC=TTGGGCCCTGGGACGCCTGGG;SOR=0.884;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=49;TCR=51;TR=100;WE=150761322;WS=150761304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr7	150761880	rs2303931	C	A	4384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=87;NR=62;PP=2661;SC=GCTCCTAGGGCATGTCGGCAG;SOR=0.810;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=87;TCR=62;TR=149;WE=150761888;WS=150761870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr7	150763655	rs2229549	T	A	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=18;PP=768;SC=CCAGTGGCACTGCAGGGGGTG;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=45;WE=150763663;WS=150763645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	150765065	rs2229550	T	C	2751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=38;PP=1399;SC=AGGAGGAGACTGAGCGCTGGG;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=55;TCR=38;TR=93;WE=150765073;WS=150765055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr7	150768786	rs2303937	G	A	5532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=98;NR=88;PP=2965;SC=GAGAGAAGACGCAGGACCTGA;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=100;TCR=89;TR=186;WE=150768794;WS=150768776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr7	150773072	rs2303939	G	C	5105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=114;NR=55;PP=2965;SC=TAGGGAGGAAGCTGGGCTCAC;SOR=1.545;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=115;TCR=55;TR=169;WE=150773080;WS=150773062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr7	150773807	rs7262	A	T	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.29;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	150775306	rs2303942	G	A	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=289;SC=CAGTCCCTCCGGCCTCACAGT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=150775314;WS=150775296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	150783756	.	TGCC	T	920.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=6;PP=306;SC=CGCTCGCCGCTGCCGCCGCCG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=150783766;WS=150783746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	150783900	.	C	CG	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=58.20;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	150783903	.	T	G	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.10;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	150783906	.	C	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=56.86;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	150783908	.	C	CG	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.39;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	150783911	.	A	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.63;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	150783917	.	T	G	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.76;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	150783919	.	GTCT	G	1150.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.03;SOR=4.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	150783922	.	T	TGGGG	1150.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.03;SOR=4.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	150784407	rs13239507	T	C	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=40;PP=1145;ReadPosRankSum=0.747;SC=GTGGTGTCGCTTGGGGGGGCC;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=57;WE=150784415;WS=150784397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr7	150811844	.	C	T	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	150812493	rs6971966	G	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.15;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	150825567	rs2288650	C	T	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=7.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	150825839	rs7808252	G	A	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=19;PP=519;SC=AACAGAATGCGGGTAGCAGAC;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=150825847;WS=150825829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	150841052	rs199790594	G	C	5028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=111;PP=2815;ReadPosRankSum=0.458;SC=AGGGCAGAGGGGCCAGAAGGA;SOR=1.083;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=82;TCR=112;TR=192;WE=150841060;WS=150841042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,197:0.99:199
chr7	150884266	rs372716545	CAG	C	701.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=1.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.96;ReadPosRankSum=-0.911;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,41:0.17:237
chr7	150915102	rs79537035	C	T	7556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr7	150916114	rs35656219	CAGG	C	3897.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=36;PP=2519;SC=TTCTTTCAGACAGGAGGCCAT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=150916124;WS=150916104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	150916228	rs6949587	G	A	3548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=52;PP=1749;SC=GCGTCTTCACGTACTGATCAT;SOR=0.851;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=110;WE=150916236;WS=150916218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr7	150918914	rs4726007	G	C	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=24;PP=727;SC=CCTAAGCCACGACTCGACAAT;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=150918922;WS=150918904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	150921296	.	A	AT	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=1.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=0.73;ReadPosRankSum=0.005;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,40:0.21:189
chr7	150921950	rs6464133	A	G	4874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr7	150931268	rs2608293	C	G	7415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=139;NR=115;PP=2965;SC=ATCCAGATTCCAGAGCTCGGC;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=139;TCR=115;TR=254;WE=150931276;WS=150931258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr7	150934162	rs2446065	G	C	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.37;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	150934975	rs2487154	C	G	7310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=1.325;SC=TCCTCGAGGCCTTTGCAGCCA;SOR=0.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=277;TCF=144;TCR=133;TR=271;WE=150934983;WS=150934965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,279:1.00:280
chr7	150937377	rs61667463	C	CG	2056.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=31;PP=1511;SC=TGCCCCCATACGGCCCCAGGG;SOR=1.571;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=36;WE=150937385;WS=150937367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	150939193	rs4725398	A	G	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	150939359	rs219227	C	T	2983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=57;PP=1754;SC=AGAACAGGGACGAGGTGGGAG;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=51;TCR=57;TR=107;WE=150939367;WS=150939349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	150939396	rs219228	C	A	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=38;PP=1225;SC=AGTTGGCAGCCGACAGGGCAG;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=150939404;WS=150939386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	150940657	rs122815	T	C	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=22;NR=2;PP=429;SC=GTGACTGTGATGCTGAAGCTC;SOR=4.174;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=24;WE=150940665;WS=150940647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	150972189	rs2072298	G	A	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=20;PP=1029;SC=GGCAGGGGAGGAAGCACCTAC;SOR=1.143;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=56;WE=150972197;WS=150972179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	151048484	rs449081	G	A	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=1.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	151049002	rs3838706	A	AACACAC	1324.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;QD=42.73;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	151049025	rs379931	T	C	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.26;QD=39.42;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	151049231	rs366355	C	T	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=60;PP=1973;SC=GCGTAGAAGACCCTGTGGATC;SOR=1.099;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=52;TCR=60;TR=112;WE=151049239;WS=151049221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	151049337	rs394259	A	G	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=20;PP=560;SC=ATGGATCTACAGCACTGTGGT;SOR=1.308;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=151049345;WS=151049327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	151049818	rs444648	C	T	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	151053043	rs446886	A	G	2894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=42;PP=1807;SC=AGAGGTACCCAGAGCTCTGGG;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=96;WE=151053051;WS=151053033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	151064064	rs386956	C	T	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	151064305	rs367191	A	G	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=406;SC=GCCAGAAGGTAATTTCATTTT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=151064313;WS=151064295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	151074015	rs2240629	G	C	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=16;PP=771;SC=ACGTCACCGGGCCGGCCACCT;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=151074023;WS=151074005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	151074296	rs2159158	A	G	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=30;PP=861;SC=GGAAGTCAGCAACAAAGAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=151074304;WS=151074286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	151078735	rs4141455	A	G	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=5;PP=171;SC=GAGGCTGCGCATGGGCGGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=151078743;WS=151078725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	151078845	.	G	A	984	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=16;MQ=59.38;NF=37;NR=11;PP=984;QD=21.2244002614;SC=GCGGGCGCAGGGGCGGGCGTC;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=48;WE=151078853;WS=151078835;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,48:0.87:55
chr7	151097323	rs11767693	A	G	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr7	151167604	rs73154850	T	A	4880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=82;NR=84;PP=2581;SC=AAGGAACACATCCCTGCGACT;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=82;TCR=85;TR=166;WE=151167612;WS=151167594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr7	151262385	rs73156279	T	C	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	151483445	rs12671980	A	G	2634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=31;PP=1546;SC=GTGCAAGCGGACATGCGGGTG;SOR=1.190;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=86;WE=151483453;WS=151483435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr7	151506155	rs6464173	A	G	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=7;PP=543;SC=TACGCCTTGCACGGATGAGTA;SOR=2.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=29;WE=151506163;WS=151506145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	151573731	rs66628686	G	A	9813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.56;ReadPosRankSum=1.391;SOR=0.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,381:0.99:384
chr7	151668225	rs1919521	A	T	164.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=180;SC=GATAGATAGAAAGAAAACAGT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=151668233;WS=151668215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	151680072	rs6960270	T	C	6468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr7	151684168	rs4726127	C	A	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=170;SC=TTTAGGAATACGTCATAATGA;SOR=1.609;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=151684176;WS=151684158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	151723022	rs72200904	TGCG	T	1194.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=14;PP=781;SC=CCTCGAGAGCTGCGGCGGCGG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=17;WE=151723032;WS=151723012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	151800533	rs117258146	C	T	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=18;PP=522;SC=ATCTTTGTAACCTGCTTATAA;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=151800541;WS=151800523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	151818777	rs967093	T	C	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=42;PP=946;SC=GATGCTGTGGTGGGAACGTTG;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=151818785;WS=151818767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	151882622	rs112646605	TAG	T	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQRankSum=-5.406;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.801;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr7	151882735	rs62481492	G	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.638;NF=0;NR=3;PP=20;ReadPosRankSum=1.732;SC=AAAGAACAGAGTATAACACTT;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=3;WE=151882743;WS=151882725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr7	151933333	rs148887101	A	G	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=237;SC=CCTGATCCAGATATTTCGAAG;SOR=3.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=151933341;WS=151933323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	151945007	rs137949498	C	T	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.383;NF=60;NR=38;PP=959;ReadPosRankSum=1.540;SC=CGAGGTCTACCAGGAGAAAAT;SOR=0.699;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=330;TCF=205;TCR=125;TR=98;WE=151945015;WS=151944997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,98:0.27:360
chr7	151945071	rs150073007	G	GT	5404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FS=1.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=0.966;QD=9.52;ReadPosRankSum=1.507;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:373,195:0.34:568
chr7	151945167	rs2537264	G	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=19.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.47;MQRankSum=-2.326;QD=1.10;ReadPosRankSum=-0.706;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:339,59:0.15:398
chr7	151945204	rs4024453	G	A	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=89.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.19;MQRankSum=-11.528;QD=3.12;ReadPosRankSum=-1.567;SOR=4.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,52:0.19:271
chr7	151962077	.	C	G	1461	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=44.36;NF=70;NR=9;PP=1461;QD=18.9338128171;SC=GTAATAGGGTCCCTCTTAAAC;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=235;TCF=187;TCR=48;TR=79;WE=151962085;WS=151962067;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:156,79:0.34:235
chr7	151962176	rs62478356	T	A	10083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1673;ExcessHet=3.0103;FS=0.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.52;MQRankSum=-10.354;QD=6.03;ReadPosRankSum=1.356;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1062,611:0.37:1673
chr7	151970856	rs10454320	T	A	19007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1004;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-11.131;NF=432;NR=480;PP=2962;ReadPosRankSum=2.914;SC=TCCTGAAAGGTGCCGGCTCCT;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=1126;TCF=542;TCR=584;TR=912;WE=151970864;WS=151970846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,784:0.78:1002
chr7	151970931	rs56850341	G	A	3966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=93.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.98;MQRankSum=-15.652;QD=13.18;ReadPosRankSum=-3.039;SOR=3.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,151:0.50:301
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chr7	152055766	.	G	GA	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.314;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,17:0.25:68
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chr7	154564677	rs11291131	CA	C	466.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=-1.003;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
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chr7	154587503	rs201537690	AAAAGAAAAG	A	942.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.47;ReadPosRankSum=2.208;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,65:0.72:90
chr7	154592965	rs12531589	C	T	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=835;ReadPosRankSum=-0.819;SC=CCTTAGAAATCACATAGAAAA;SOR=0.899;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=54;WE=154592973;WS=154592955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,62:0.97:64
chr7	154598908	rs2293357	A	G	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=80;PP=2388;SC=GGGAGGGGGCAGCGGCTGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=115;TCF=27;TCR=88;TR=107;WE=154598916;WS=154598887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	154645406	rs6962284	A	G	3828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=17;PP=909;SC=TCTACGTGGCATAAGAAAAGC;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=154645427;WS=154645396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	154645419	rs145928686	G	GTTTTC	5277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=25;PP=2180;SC=AGAAAAGCCTGTTTTCTTGTT;SOR=0.789;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=41;WE=154645427;WS=154645396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr7	154667628	rs2293353	A	G	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=19;PP=829;SC=ATGGCACCCCAGGCAGCCAGA;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=61;WE=154667636;WS=154667618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	154667643	rs2230064	G	A	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	154672809	rs3817518	G	A	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=18;PP=570;SC=GATTCCAGCCGTGGGAGGTTT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=154672817;WS=154672799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	154679447	rs940378	G	A	8053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=151;NR=134;PP=2965;SC=CATACGAGGTGTGTATGGGCA;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=287;TCF=153;TCR=134;TR=285;WE=154679455;WS=154679437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr7	154681363	rs13232266	A	T	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=43;PP=1244;SC=GTGGTCGGTGATGAGCAAGGT;SOR=2.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=57;WE=154681371;WS=154681353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	154735950	rs930436	C	T	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=17;PP=412;SC=CAACATTCATCATCCAGTTTC;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=154735958;WS=154735940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	154738409	rs3501	T	C	4981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.238;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=80;PP=2144;ReadPosRankSum=-0.748;SC=TTGTGCTCCATGAGCTTCCGG;SOR=0.406;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=87;TCR=80;TR=166;WE=154738417;WS=154738399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,195:0.99:196
chr7	154748908	rs3817480	G	A	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	154751774	rs2272174	G	A	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	154759671	rs893942	T	C	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=25;PP=785;SC=ATGAATATGCTTGCACAAAAG;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=154759679;WS=154759661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	154760369	rs935037	A	G	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=26;PP=1242;SC=GGAGCTGGGCAAGCTGCTGCT;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=71;WE=154760377;WS=154760359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	154760666	rs61752011	C	T	4980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.37;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr7	154785362	rs306281	A	G	7108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr7	154862621	rs6320	T	A	23005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=908;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.45;ReadPosRankSum=1.972;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,901:1.00:904
chr7	154876342	rs980442	T	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=17;PP=474;SC=TGCACTGGCCTCTTTTCCACC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=154876350;WS=154876332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	154989924	rs7792437	G	T	7415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.895;SC=GATGTAGGGAGAAGAGTGAAA;SOR=0.398;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=276;TCF=143;TCR=133;TR=273;WE=154989932;WS=154989914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,295:0.99:298
chr7	155094593	rs11772189	G	T	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=28;PP=809;SC=TAAAACTTGCGTCTCTTTACC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=155094601;WS=155094583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	155095686	.	CTTTTT	C	923.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.08;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr7	155099855	rs9769506	C	A	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=4;PP=289;SC=AAGTGTCAATCTTTCCCATGT;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=155099863;WS=155099845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	155187691	rs2885336	T	G	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.52;SOR=6.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	155187889	rs11763974	G	A	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=22;PP=600;SC=CCAAGGCAGCGCTAAGGAAGG;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=155187897;WS=155187879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	155251433	rs3735653	C	T	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	155255332	rs2361689	T	C	10116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=182;NR=173;PP=2965;SC=GGCACAGGGCTTGTACAACCA;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=356;TCF=183;TCR=173;TR=355;WE=155255340;WS=155255322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr7	155295804	rs35244674	GA	G	1313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=4.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.711;QD=5.32;ReadPosRankSum=-0.913;SOR=1.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,117:0.47:247
chr7	155295854	rs7804744	G	A	3656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=88;PP=2431;SC=ACTCCAGCCCGTTAAGTCATT;SOR=1.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=42;TCR=88;TR=130;WE=155295862;WS=155295844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr7	155437475	rs7786826	T	C	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=5;PP=207;SC=CCCTCCCTTCTCTGTCCTCCG;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=155437483;WS=155437465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	155465422	rs7811556	C	G	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.43;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	155465438	.	CAAAA	C	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.07;ReadPosRankSum=0.431;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr7	155503920	rs7800753	A	T	6568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.938;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=0.715;SC=CTCCACCGCCACCGCCGCCTC;SOR=0.086;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=237;TCF=142;TCR=95;TR=231;WE=155503928;WS=155503910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,253:0.99:256
chr7	155747865	rs7798508	C	G	3062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=28;PP=2055;SC=TGACCATTCTCAGGCTGTCAG;SOR=1.588;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=72;TCR=28;TR=100;WE=155747873;WS=155747855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	155749974	rs10440919	GC	AA	9394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=96;NR=90;PP=2947;SC=GGGCAGTGCAGCCAGCTCCAC;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=98;TCR=93;TR=186;WE=155749983;WS=155749964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr7	155750033	rs10256182	A	G	3349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=68;PP=2050;SC=TGGCCACCTCAGATTTTAAAA;SOR=1.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=49;TCR=68;TR=117;WE=155750041;WS=155750023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	155755336	rs7807731	C	T	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=13;PP=829;SC=TTTAGGAGCACGGGTACTACT;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=155755344;WS=155755326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	155757502	rs1551630	T	C	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=43;PP=1416;SC=TCGCTTGCTGTCACTGCCTGG;SOR=1.516;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=68;WE=155757510;WS=155757492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	156473779	rs71838136	T	TA	358	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr7	156685519	rs200299453	G	GC	1491.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=22;NR=4;PP=1223;SC=GGCGCGAGGCGAGGCCCGGAG;SOR=3.145;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=26;WE=156685527;WS=156685509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	156685545	rs200101319	A	AC	2175.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=628;ReadPosRankSum=0.449;SC=GGGTCCGGGGACCGGGGGCCC;SOR=1.306;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=31;WE=156685555;WS=156685535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr7	156802643	.	A	AGCGGCGGCG	86.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.69;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	156932105	rs59178327	C	T	3261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=24.90;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	156961716	rs35192251	C	A	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	156962874	rs6956046	G	A	267.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=210;SC=AGCAAGGACCGATAATGGTGT;SOR=3.056;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=156962882;WS=156962864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	156967831	rs56852731	C	CTTT	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.30;ReadPosRankSum=0.601;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr7	156971581	rs870745	T	C	3813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.60;ReadPosRankSum=-0.932;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,153:0.99:155
chr7	156974354	rs17646047	G	A	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	156994544	rs75125615	G	A	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.514;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=62;PP=1884;ReadPosRankSum=-1.171;SC=AAGGGCACAGGAAGTGGCAGC;SOR=1.076;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=104;WE=156994552;WS=156994534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,114:0.97:117
chr7	157000176	rs2301914	T	C	4035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=71;PP=2694;ReadPosRankSum=2.480;SC=CACTCTTTTATCTTTTTAGCT;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=80;TCR=71;TR=150;WE=157000184;WS=157000166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,159:0.99:161
chr7	157151234	rs3802100	C	T	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=156;SC=CCTGTTTTTACTTGCAGGACC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=157151242;WS=157151224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	157159423	rs3779591	G	A	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=660;SC=GCATTTAAAAGTCTTTTACGA;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=157159431;WS=157159413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	157161924	rs117644856	C	T	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=12;PP=860;SC=TGTTTACATCCGTCCTTCATC;SOR=1.567;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=47;WE=157161932;WS=157161914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	157162068	rs9692250	T	C	3992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=62;PP=1898;SC=GGGCAGTGTTTGGGTTGAAGT;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=74;TCR=62;TR=136;WE=157162076;WS=157162058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr7	157208617	rs1009135	C	T	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	157261127	rs34002063	C	T	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=20;NR=1;PP=484;SC=CCCATCTGCCCGCCCGGCCAG;SOR=3.528;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=157261135;WS=157261126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	157261201	rs4716743	T	G	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=24;PP=1729;SC=CACCGTCACCTTCACGGGAGA;SOR=2.086;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=73;TCR=25;TR=97;WE=157261209;WS=157261191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr7	157261258	rs4716744	C	T	11069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=138;NR=88;PP=2965;SC=GGGACCATCCCTCACCTTTGG;SOR=1.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=138;TCR=88;TR=226;WE=157261266;WS=157261248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr7	157261275	rs4716745	C	T	13514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=162;NR=109;PP=2965;SC=TTGGTTTGCCCGCGTTCTCAC;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=162;TCR=109;TR=271;WE=157261283;WS=157261265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr7	157261292	rs4716746	A	G	10368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.030;SC=TCACACGGGGACAGCTGTTTA;SOR=0.533;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=313;TCF=181;TCR=132;TR=310;WE=157261300;WS=157261281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,330:0.99:333
chr7	157261945	rs2109830	A	G	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=13;PP=1081;SC=CAGCAGGGGCAGGACCCTCGG;SOR=2.342;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=56;WE=157261961;WS=157261935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	157261953	rs11449038	C	CG	2885.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=15;PP=2092;SC=GCAGGACCCTCGGCCTGGCCA;SOR=2.235;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=48;WE=157261961;WS=157261935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	157262170	rs7801907	T	C	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=58;PP=1560;SC=GAGTAGGGGGTGCAGACCCGG;SOR=1.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=41;TCR=58;TR=99;WE=157262178;WS=157262160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr7	157262226	rs7778458	G	A	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=32;PP=944;SC=AGGACATGCCGGCATCGGAGG;SOR=4.977;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=35;WE=157262234;WS=157262216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	157262920	rs7806450	T	C	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.49;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	157263015	rs7784276	C	T	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.32;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	157263025	rs7783247	GA	CG	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	157263050	rs7802789	A	G	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=9;PP=276;SC=TGTGTCCGGCACTGGCCTGCG;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=157263058;WS=157263040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	157263410	.	C	T	1579	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MMLQ=18;MQ=58.62;NF=51;NR=42;PP=1579;QD=17.3523786295;SC=TGTCCGTGTGCCCGGTGCTGG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=51;TCR=42;TR=93;WE=157263418;WS=157263400;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	157263532	rs7785035	C	T	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.27;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	157318438	rs11761852	G	C	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=9;PP=721;SC=GCCGTGTGCAGTGTCGCAGGG;SOR=1.880;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=40;WE=157318446;WS=157318428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	157367205	.	TGA	T	1840.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.9592;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=27;PP=1351;SC=AGAGTAATAATGAGAGAGAGA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=27;WE=157367216;WS=157367195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	157406846	rs62476782	G	A	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.064;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.66;ReadPosRankSum=2.091;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr7	157414064	rs1130502	G	A	2791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=31;PP=1915;SC=AGGTCAGCACGGCCAGGGAGC;SOR=1.802;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=104;TCF=73;TCR=31;TR=100;WE=157414072;WS=157414054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr7	157462117	rs5888726	G	GCA	1941.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.713;NF=35;NR=5;PP=1654;ReadPosRankSum=0.611;SC=GTTTGCACGCGCACACACACA;SOR=1.240;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=40;WE=157462125;WS=157462107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,57:0.92:62
chr7	157462425	rs755703	T	C	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=49;PP=1069;SC=CTTCTAAATGTGGAACAGTCT;SOR=2.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=61;WE=157462433;WS=157462415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	157462464	rs1079359	A	G	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=24;PP=690;SC=GTAGGAAAAAAGCGGCCTCTC;SOR=4.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=26;WE=157462472;WS=157462454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	157691523	rs56112490	T	C	1968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=36;PP=1154;SC=AAAATTTCAATTACATGACTG;SOR=1.117;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=63;WE=157691531;WS=157691513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	157800838	rs143545915	AGT	A	2872.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=19;PP=2398;SC=CACATGTGTGAGTGTGTGTGG;SOR=1.641;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=47;WE=157800847;WS=157800828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	157800899	rs12666418	C	T	5596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=113;NR=91;PP=2965;SC=TGGGCATGTGCATACACACTG;SOR=0.819;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=205;TCF=114;TCR=91;TR=204;WE=157800907;WS=157800889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr7	157873975	rs3800863	T	C	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	157926349	rs17847428	T	G	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.97;SOR=2.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	157959636	rs1130498	G	A	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=4;PP=281;SC=CGCCTGTGCTGGAGGGGTCTT;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=157959644;WS=157959626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	157959911	rs1130495	A	G	4440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=87;NR=61;PP=2474;SC=TGGGTCCGGGACCCGGGAGGG;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=87;TCR=61;TR=148;WE=157959919;WS=157959901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr7	157984992	rs3800856	G	A	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=4;PP=720;SC=AGCCAACCCCGGCCCGGGGAG;SOR=3.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=157985000;WS=157984982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	157985149	rs3800855	C	G	7884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr7	158055802	.	ACAC	A	8921.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.73;SOR=1.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr7	158055806	.	TGCACACAC	T	8923.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.51;SOR=1.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr7	158055848	.	AGT	A	2396	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=65;NR=171;PP=2396;QD=10.2627118644;SC=CACTGCACACAGTCACACATT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=239;TCF=66;TCR=173;TR=236;WE=158055864;WS=158055838;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,236:0.99:239
chr7	158055850	rs77811094	TCA	T	10751.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=171;PP=2976;ReadPosRankSum=-2.215;SC=CTGCACACAGTCACACATTCA;SOR=1.090;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=261;TCF=73;TCR=188;TR=232;WE=158055864;WS=158055838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,431:0.99:435
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chr7	158528170	rs7787974	G	A	4135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
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chr7	158555706	rs844521	C	T	2487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=31;PP=1664;SC=TTAAAACATACTTTTGATTAT;SOR=1.440;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=88;WE=158555714;WS=158555696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	158560621	rs2602542	A	C	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=46;PP=1520;SC=TACAACCTGCATTTCAATTCT;SOR=1.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=66;WE=158560629;WS=158560611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	158566138	rs842447	T	C	4187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=71;PP=1898;SC=TTCCAATTATTGAATCAGGTG;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=73;TCR=72;TR=143;WE=158566146;WS=158566128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr7	158566217	rs842448	C	T	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=1.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	158586138	rs2602552	T	C	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=0;PP=378;SC=TTATTTAACATATTTTATGAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=158586146;WS=158586136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	158590512	rs2788501	T	A	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=4;PP=447;SC=GCCACTGCACTCCAGCCTGGG;SOR=1.949;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=25;WE=158590520;WS=158590502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr7	158591851	rs2709855	C	T	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=548;SC=TCTCATCATACGTCCTATGTT;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=158591859;WS=158591841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	158672476	rs2709859	C	G	3494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr7	158707017	rs41271217	A	G	4657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=85;PP=2691;SC=TGTCAGGTATACTCAACCTAT;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=79;TCR=85;TR=164;WE=158707025;WS=158707007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr7	158711439	rs41271220	C	T	2629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=36;PP=1419;SC=AGGTGATGGCCGTTTTGCTGG;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=87;WE=158711447;WS=158711429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	158715219	rs2730238	A	G	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=35;PP=1145;SC=GGCCACAGAAAGTTCTGATAT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=158715227;WS=158715209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr7	158719084	rs2244789	C	T	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr7	158726798	rs34181207	T	TC	1441.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=6;PP=719;SC=CATCTGTTCATTTTGTTACTT;SOR=1.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=20;WE=158726806;WS=158726788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	158727015	rs35962377	C	CT	2013.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=21;PP=2121;SC=TTACTCTTTTCTTTATAAAGT;SOR=1.478;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=50;WE=158727023;WS=158727005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	158727276	rs2657331	T	A	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=962;ReadPosRankSum=-0.402;SC=CCAATTCTTCTTTTTTTGTTT;SOR=0.957;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=46;WE=158727284;WS=158727266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr7	158727303	rs2657332	G	T	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=14;PP=521;SC=ACAGGGTCTTGCTCTGTCACC;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=158727311;WS=158727293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	158738611	rs2527201	G	T	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.52;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	158827401	rs1017033	A	G	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=30;PP=908;SC=ACAGGTACAGAAGAATGAGCG;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=158827409;WS=158827391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	158829285	rs2730223	T	C	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=3;PP=529;SC=ATGTGTTGTTTGTAGGAGCCT;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=158829293;WS=158829275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	158835631	rs2540353	A	G	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=10;PP=710;SC=CCCTGACAGGAACCCTGCACC;SOR=1.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=158835639;WS=158835621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	158851234	rs2098349	T	G	4280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.371;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=52;PP=2250;ReadPosRankSum=1.799;SC=TGTAGCCCAGTGTATAAATGG;SOR=0.506;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=85;TCR=53;TR=136;WE=158851242;WS=158851224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,162:0.99:163
chr7	158851804	rs2730257	C	T	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=12;PP=942;SC=TTAGCAAGGTCCATGGCTTGA;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=47;WE=158851812;WS=158851794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	158935333	rs439204	G	C	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=22;PP=599;SC=AACCTCACAGGTTTAAACTGC;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=158935341;WS=158935323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	441457	rs1064416	C	T	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=15;NR=7;PP=306;SC=GCTCTCAAACCGGTCGTCGAT;SOR=1.101;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=22;WE=441465;WS=441447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	494658	rs71202629	GGGCGGC	G	1542.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=641;SC=ACCTGCGCCTGGGCGGCGGCG;SOR=0.927;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=494671;WS=494648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	494804	rs10105131	C	G	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=5;PP=134;SC=CGGGCTGTGGCTCCGCGTCCC;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=494812;WS=494794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	681206	rs11781283	G	C	3990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr8	1496767	rs2906568	C	G	4258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=29;PP=1351;SC=TCCGGGTGTTCAATGCCGTTT;SOR=0.924;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=73;WE=1496775;WS=1496757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr8	1496788	rs2906569	A	G	4760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=37;PP=1435;SC=CTGTTTCCCCACAGACCCGCA;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=90;WE=1496796;WS=1496778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr8	1626906	rs2293906	G	T	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	1626906	.	GGG	TGA	346	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=7;PP=346;QD=49.9334843578;SC=TTCAAGTGAAGGGAAATAAAT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=1626916;WS=1626896;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	1626908	rs2293907	G	A	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	1749388	rs7017381	C	T	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	1749410	rs7003112	T	A	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	1749513	rs12541297	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=12;PP=358;SC=GTGACTTGCACGTATATGCCC;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=1749521;WS=1749503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	1791638	rs11136432	T	G	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	1814588	rs57422654	GAC	G	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=57;ReadPosRankSum=0.662;SC=TATATATTCTGACACACACAC;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=2;WE=1814597;WS=1814578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr8	1871896	rs2272614	G	C	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=65;NR=44;PP=1811;SC=TCACAGGATGGAGCACGTTTT;SOR=0.845;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=65;TCR=45;TR=109;WE=1871904;WS=1871886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr8	1900855	rs7832438	A	G	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	1901110	rs74808197	G	C	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=12;PP=339;SC=ATTATCTGTGGTTTTTCAGTG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=1901118;WS=1901100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	1901177	rs80299596	A	G	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=47;SC=ATATTTTTCCATTTTTTACCT;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=1901185;WS=1901167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	2005414	rs7833424	C	T	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.83;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	2005624	rs3765206	G	A	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr8	2005676	rs3765208	A	G	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=35;PP=1404;SC=CATGGTGCTCAAGGGGCCGAG;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=85;WE=2005684;WS=2005666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr8	2007116	rs7461903	A	G	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=1;PP=351;SC=ACCAGTGCGAACTCTGGGCCT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=2007124;WS=2007111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	2007230	rs6558591	A	C	2380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=1.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr8	2020377	rs150521018	G	GATGCTCTCTGCCCTTCGGCCATGAAAGCCTCCATCGTTTC	1279.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.74;QD=159.97;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr8	2033653	rs77385556	C	T	55.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=1.150;QD=13.95;ReadPosRankSum=1.150;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
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chr8	2040337	rs6420202	T	C	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=15;PP=346;SC=ACAAGCCCATTGGATACAACA;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=2040345;WS=2040327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	2040401	rs2235123	G	A	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=191;SC=TAGCAAGACCGTTGAGGTCCC;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=2040423;WS=2040391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	2040415	rs893877	G	A	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=173;SC=AGGTCCCTGTGGCCCTGGCAC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=2040423;WS=2040391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	2042070	rs7828132	T	C	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=9;PP=233;SC=TGAAGCCTCTTGGTTGGCTGC;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=2042078;WS=2042060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	2048640	rs3779838	C	A	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	2048811	rs4876227	A	C	3449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr8	2054195	rs3817706	C	G	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.21;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
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chr8	2071306	rs6998711	A	G	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;QD=43.04;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	2071309	rs6998712	A	T	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;QD=45.30;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	2071673	rs2280898	T	C	126.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=4;PP=87;SC=CTTTGGTTGCTTTCAGAGTTT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=2071681;WS=2071663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	2089129	rs78240172	T	C	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	2091184	rs2280904	T	C	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=10;PP=603;SC=AACATATAAATCTTTTTCTTT;SOR=1.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=2091192;WS=2091174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	2112080	rs33945248	G	GTT	1410.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.323;QD=26.12;ReadPosRankSum=-0.276;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,52:0.96:54
chr8	2112130	rs1036689	G	A	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=25.88;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	2148368	.	G	GTC	140	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=87;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=140;QD=80.5;SC=GTATAGTTGTGTGTGTGCATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=2148378;WS=2148362;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr8	2148370	.	G	C	60	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=87;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=60;QD=47.3856062736;SC=ATAGTTGTGTGTGTGCATGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=2148378;WS=2148362;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr8	2148550	rs2618845	G	A	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr8	2148771	rs7008255	C	T	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	2796277	rs585000	C	T	3056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=53;NR=42;PP=1408;SC=CTAAGGAAAACAGAAAACAAA;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=53;TCR=42;TR=95;WE=2796285;WS=2796267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr8	2806920	rs5741961	G	GAAAGAAAAGA	1458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=13;PP=2981;SC=TGACACATAGGAAAGAAAAGA;SOR=1.085;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=15;WE=2806928;WS=2806910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr8	2813083	rs4875856	G	C	3796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr8	2832139	rs667595	C	G	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=32;PP=992;SC=GGTGTCCACACGATATAGCTT;SOR=0.864;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=65;WE=2832147;WS=2832129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr8	2836102	rs615578	C	G	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=7;PP=738;SC=GCAGGGGTCTCTGCACAGAAA;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=2836110;WS=2836092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	2909992	rs6558702	G	A	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=8;PP=515;SC=ACGCTTACACGTGGGCGGCTT;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=2910000;WS=2909982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	2910020	rs6558703	A	G	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=14;PP=735;SC=TTACTCCACAACCCATCTTCT;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=2910028;WS=2910010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	2910223	rs6420209	C	T	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=15;PP=435;SC=TATTTTCCAGCTATTAAAACC;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=2910231;WS=2910213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	2910289	rs7004774	A	G	291.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=77;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=159;SC=TGTGAATTATATTTCTTTTTT;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=2910297;WS=2910279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	2954348	rs3112	C	A	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=101;SC=GGTCACTGCTCTACAAAGATT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=2954356;WS=2954338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	2964003	rs10503192	T	C	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	2965122	rs113534820	C	CTGTTTT	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=421;SC=TTCTTTGTTTCTGTTTTTGTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=2965130;WS=2965112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	2965209	rs1531351	A	G	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;QD=25.82;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr8	3141586	rs4875508	T	A	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=170;SC=GAGACGCTGGTGAATATAAAT;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=3141594;WS=3141576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	3165814	rs1393843	A	C	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=266;SC=GCACAATGGTATGACTGCTTC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=3165822;WS=3165804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	3166082	rs6558762	A	C	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr8	3205378	rs190535	G	A	197.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=131;SC=AACTCATTGTGTAAATAAATA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=3205386;WS=3205368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	3226919	rs270096	C	T	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=25;PP=783;SC=GAGATGATTACAGCACTAAAG;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=3226927;WS=3226909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	3263528	rs1161518	G	A	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=2;PP=249;SC=GGAGAAGAGCGGGGGGTGGCA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=3263536;WS=3263518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	3351264	rs9314495	G	A	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=25;PP=924;SC=TACAAGGTACGAAACAGTGAC;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=3351272;WS=3351254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr8	3432692	rs71850597	TAA	T	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=2.450;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
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chr8	3566052	rs76274980	T	C	4346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.91;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr8	3566056	rs75118462	G	C	4290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.17;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	3807319	rs2740867	C	G	161.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=116;SC=GCCTCTAACACATGGAAAGCT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=3807327;WS=3807309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	3807667	rs2627515	C	T	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=12;PP=294;SC=CATTTATACACCAGCTGACTT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=3807675;WS=3807657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	3855369	rs11303985	GA	G	403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=4;PP=324;SC=CTCGTTGGGGGAAAAAACGGG;SOR=1.863;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=11;WE=3855377;WS=3855359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	4494811	rs2617007	T	G	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=139;SC=CTAGATTTCATAATCTGTGTA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=4494819;WS=4494801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	4495107	rs2617008	G	C	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=15;PP=496;SC=ACACAAAAAAGCATATTATTC;SOR=1.519;Source=Platypus;TCF=8;TR=23;WE=4495115;WS=4495097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	4851787	rs3860871	C	G	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=9;PP=691;SC=AAAACGCACACTCGCGTCCGC;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=4851795;WS=4851777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr8	6266774	rs1550697	G	A	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	6272185	rs2440437	G	T	83.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	6272457	rs2305021	T	G	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	6272477	rs2515415	A	G	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.27;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	6272481	rs2442545	C	G	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.49;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr8	6272543	rs55687318	A	C	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=113;SC=AGTAATTTGAAATCCTCCAGC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=6272551;WS=6272522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr8	6338306	rs12674488	C	A	3719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=61;PP=1943;SC=GTCTGTGAGACCACGACTCAC;SOR=0.996;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=56;TCR=61;TR=117;WE=6338314;WS=6338296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr8	6357307	rs2916715	T	C	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=2;PP=108;SC=TTCAAAGTGATTCTTGGTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=6357315;WS=6357297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	6371114	rs13278243	A	G	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=71;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=56.77;NF=10;NR=3;PP=193;SC=TCGGCCTCCCAAAGTGCTGGG;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=6371122;WS=6371104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	6371129	rs13277236	C	T	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.43;QD=45.12;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr8	6372112	rs2916735	G	A	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=6;PP=600;SC=TGGTTAGTTTGGGATTGGTGG;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=6372120;WS=6372102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	6372172	rs2979671	T	C	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=24;PP=1098;SC=GAAATTCTTTTCTGATGCCTT;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=67;WE=6372180;WS=6372162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr8	6377433	rs1961222	C	T	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	6378763	rs3020221	C	T	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=24;PP=1014;SC=GTTGCTGCTTCTGAAGAACTG;SOR=0.784;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=58;WE=6378771;WS=6378753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	6389889	rs6559167	C	A	3245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr8	6390079	rs2515482	G	A	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.99;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	6420534	rs3739391	A	G	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=12;PP=315;SC=GCTGCCGTCTAAAACGCAGGG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=6420542;WS=6420524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	6478956	rs2936531	A	G	3828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.58;SOR=1.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chr8	6479042	rs1057090	C	T	4107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=58;PP=2203;SC=GACCAGCCAGCGATGTTTGTC;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=72;TCR=58;TR=130;WE=6479050;WS=6479032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr8	6479178	rs2912016	C	A	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=49;PP=1702;SC=AGAAGAAAGCCACAGTCAAGT;SOR=1.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=88;WE=6479186;WS=6479168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr8	6479282	rs11137041	G	T	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=17;PP=609;SC=GGAGGGCGGCGTCAGGCTCAC;SOR=1.308;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=6479290;WS=6479272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	6500544	rs1057091	C	T	3858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=72;NR=59;PP=2168;SC=GGTCTGTGCCCCTGAAAACTA;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=72;TCR=59;TR=131;WE=6500552;WS=6500534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr8	6500751	rs2433149	C	G	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=267;SC=GACTGAATGTCTGTTTCAGAG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=6500759;WS=6500741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr8	6588392	rs59149072	A	AT	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=1.061;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr8	6614606	rs10102758	A	G	43.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=0;PP=26;SC=TCCAGCGTGTAATAGCTACCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=6614614;WS=6614601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr8	6673377	rs11338621	CA	C	7241.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=79;PP=2965;SC=GGCTGGTCCACAGATGCCCCC;SOR=0.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=20;TCR=81;TR=98;WE=6673385;WS=6673367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr8	6681256	rs9772979	A	C	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=371;SC=CTCACCCCTGAAAGGGAAGCA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=6681264;WS=6681246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	6686679	rs62498864	T	C	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=5;PP=221;SC=ATGCTGAACCTGTCTTACATA;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=6686687;WS=6686669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	6686721	rs9692693	C	G	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=9;PP=438;SC=TTCCTTTTGACAACCTTGAAC;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=6686729;WS=6686711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	6735300	rs2293958	T	A	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr8	6735431	rs1799946	C	T	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.45;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr8	7694034	rs202183310	A	G	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=18.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr8	8234192	rs4840953	G	C	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=27;PP=1224;SC=GCTGCCGCCAGAGCTCCCATC;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=63;WE=8234200;WS=8234182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr8	8234218	rs4840954	CG	TA	4298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=30;PP=1189;SC=GGTCAGCCAGCGGTGACACTG;SOR=1.014;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=71;WE=8234227;WS=8234208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
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chr8	8234887	.	G	GCCGCTA	1270	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=7;NR=28;PP=1270;QD=36.7714285714;SC=CGCTGCCGCTGCCACAAGAGA;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=35;WE=8234895;WS=8234877;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
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chr8	8560909	rs12153	G	C	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.929;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=426;ReadPosRankSum=-0.650;SC=TCTGCCTTTCGTGGGACCAAA;SOR=1.646;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=24;WE=8560917;WS=8560899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr8	8643387	rs10903311	G	A	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=5;PP=318;SC=TTCCCCAGTCGTCCAAAAAGC;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=8643395;WS=8643385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr8	8643725	rs2271341	T	A	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=530;ReadPosRankSum=0.393;SC=TCAGGCAACTTATGTCCCCAC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=28;WE=8643733;WS=8643715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr8	8655023	rs3748144	C	T	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	8747537	rs399123	T	C	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr8	8747894	rs429433	A	G	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=39;PP=1640;SC=AAACAACCCAAGTGGAAAAGT;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=90;WE=8747902;WS=8747884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr8	8860620	rs2288672	T	C	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=13;PP=367;SC=GCCGTGGCTCTCGCGCTGCTG;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=8860628;WS=8860610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	8887542	rs140242735	TAAC	T	4532.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=45;PP=2465;SC=TTTTAGAAAGTAACAACAGTT;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=6;TCR=47;TR=51;WE=8887552;WS=8887532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr8	8905786	rs11433078	G	GT	351.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=283;SC=ATAGGGATTTGTTTTTTTTAA;SOR=2.584;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=12;WE=8905794;WS=8905776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	8905926	rs2921379	A	G	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr8	8998262	rs434238	CT	TG	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	8999187	rs330924	G	C	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=13;PP=443;SC=GGCTAGAACCGTGGAAAGGGA;SOR=1.101;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=8999195;WS=8999177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	9414049	rs33945943	G	A	3463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=65;PP=2186;SC=GGGTAAAGAGGCTGGTGGACG;SOR=1.016;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=55;TCR=66;TR=120;WE=9414057;WS=9414039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr8	9414159	rs34790717	G	C	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.32;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr8	9414237	rs34206126	C	T	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.25;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	9435825	rs4840427	T	C	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=10;PP=270;SC=AAGTCGAAGTTAGAGAATTAA;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=9435833;WS=9435815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	9435886	rs4840428	G	A	181.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=154;SC=AACAAAACCAGGAACCCTGGT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=9435894;WS=9435876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	9436580	rs4841174	C	T	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=21;PP=676;SC=TATTTCTTACCTTTCTAAGTG;SOR=1.067;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=40;WE=9436588;WS=9436570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	9436610	rs4841175	A	G	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=18;PP=496;SC=TCCTTAGACTACTTGAGACTC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=9436618;WS=9436600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	9437945	rs7822548	T	A	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=15;PP=382;SC=TATTCTTACTTTTTTTGTGGT;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=9437953;WS=9437935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	9472952	rs7833036	G	T	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=7;NR=0;PP=113;SC=GTGCTTTTTTGCTTTTTTTCT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=9472960;WS=9472942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr8	9578146	rs35039536	T	C	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=13;PP=272;SC=TTACTTTGCCTGAAGTTTTTC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=9578154;WS=9578136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr8	10210990	rs111889058	ACCGGAGGC	A	1157.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=7;PP=1969;SC=TGTATTTGGTACCGGAGGCCC;SOR=1.781;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=18;WE=10211005;WS=10210980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	10285825	rs10903326	T	G	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=30;PP=1005;SC=AAAAATAATTTCTCCCCACAT;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=58;WE=10285833;WS=10285815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr8	10382993	rs11992361	T	G	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=295;SC=CACAGCCCATTGTGACATCAC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=10383001;WS=10382983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	10383226	rs4521726	C	G	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.92;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr8	10383349	rs76472837	C	G	193.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.78;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	10388749	rs4841366	G	A	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=21;PP=1016;SC=CAATTCTGCCGCTTTTGAGAC;SOR=1.355;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=59;WE=10388757;WS=10388739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	10395983	rs56141302	C	A	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=5;PP=220;SC=TCTCTGCCCACAGGGTGACAG;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=10395991;WS=10395973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	10396054	rs6601483	A	C	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=16;NR=6;PP=378;SC=TGGGCATCATAAGCTGGGGAA;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=10396062;WS=10396044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	10396415	rs4077210	A	C	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=9;PP=203;SC=GGCTGGGACCAGGAGGACCAG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=10396423;WS=10396405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	10465097	rs4354268	C	T	7898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=3.105;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.30;ReadPosRankSum=1.395;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,324:1.00:325
chr8	10465771	rs11785822	G	T	9593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr8	10466003	.	GCTGGGCCTCCCCTTCAGCCTC	G	10770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.278;NF=33;NR=93;PP=2970;ReadPosRankSum=1.583;SC=TCTGACTCTGGCTGGGCCTCC;SOR=0.390;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=146;TCF=37;TCR=109;TR=126;WE=10466031;WS=10465999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,248:1.00:249
chr8	10466482	rs13267180	G	A	4592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=70;PP=2724;SC=CTTGCCAGGGGCCACCTCTGC;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=149;TCF=78;TCR=71;TR=148;WE=10466490;WS=10466472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr8	10467207	rs4840498	C	A	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=26;PP=1645;SC=AGCCACTCTGCCTCTCGCTGG;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=78;WE=10467215;WS=10467197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	10467652	.	G	C	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=47;MMLQ=24;MQ=55.21;NF=408;NR=422;PP=2965;QD=20;SC=TAACTGCACCGCCTCTTCTTG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=838;TCF=415;TCR=423;TR=830;WE=10467660;WS=10467642;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,830:0.99:838
chr8	10467670	.	TCTC	T	2969	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MMLQ=27;MQ=54.72;NF=2;NR=152;PP=2969;QD=20;SC=TTGCAGCCCTTCTCCTTCTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=418;TCF=51;TCR=367;TR=154;WE=10467693;WS=10467660;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:264,154:0.37:418
chr8	10467680	.	TTCCTTC	T	2973	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MMLQ=27;MQ=55.36;NF=7;NR=150;PP=2973;QD=20;SC=TCTCCTTCTGTTCCTTCTTTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=399;TCF=48;TCR=351;TR=157;WE=10467693;WS=10467660;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:242,157:0.39:399
chr8	10469233	rs35602868	A	G	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=57;NR=46;PP=1632;SC=CTCTTCCCCCAGGCTGGCAGC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=58;TCR=46;TR=103;WE=10469241;WS=10469223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr8	10469817	rs6996950	G	A	3886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=72;NR=49;PP=1932;SC=CCTGCTCGGTGCCCTGTCCTT;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=73;TCR=49;TR=121;WE=10469825;WS=10469807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr8	10470068	rs74990397	C	T	4862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr8	10470148	rs74400517	G	A	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr8	10470915	rs11773913	A	G	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	10470941	rs4840503	C	T	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=15;PP=451;SC=AAAACAGTCACGAGCCTCCCA;SOR=1.284;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=26;WE=10470949;WS=10470931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	10530037	rs11250057	G	A	195.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=112;SC=CAGGCCCAGCGCATCGCAGGA;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=10530045;WS=10530035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	10530218	rs11250058	C	T	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	10532355	rs4841419	T	C	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=18;PP=412;SC=AAAGGTATGGTGTGTCCAGGG;SOR=1.151;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=10532363;WS=10532345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr8	10583203	rs10110624	A	G	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr8	10584212	rs10100209	C	T	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=28;PP=843;SC=ATGCTCAGTGCTGTGCCCCGC;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=58;WE=10584220;WS=10584202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	10584288	rs10100333	C	T	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=387;SC=CTTCCCCCTCCCAGCCACAGA;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=10584296;WS=10584278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	10622812	rs12750	G	A	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=2;PP=295;SC=ATGCGCCCAGGCGCTCTGGGG;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=10622820;WS=10622802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr8	10691277	rs11986043	A	C	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.51;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	10691318	rs11986845	T	C	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=27;PP=958;SC=GGCGGAGGAATCAAGCATGAC;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=61;WE=10691326;WS=10691308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr8	10691489	rs11996727	C	T	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=294;SC=ATTGAATTTACAAATCTAGAG;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=10691497;WS=10691479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	10692158	rs2271355	C	T	4307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=84;NR=54;PP=2378;SC=GATTTTTTTCCGCTTTTCTCC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=84;TCR=55;TR=138;WE=10692166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr8	10692359	rs1549796	C	T	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=36;PP=1088;SC=TACACATGCACAACTTTGTGT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=56;WE=10692371;WS=10692349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	10692362	rs138828851	CTT	C	2706.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=31;PP=1447;SC=ACATGCACAACTTTGTGTATT;SOR=1.573;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=36;WE=10692371;WS=10692349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	10782442	rs4841459	A	C	92.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr8	11058892	.	CG	C	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;MQRankSum=0.000;QD=18.42;ReadPosRankSum=1.303;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr8	11105077	rs2572431	C	T	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=212;SC=TCTCTGCAGACATGATGGCAT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=11105085;WS=11105067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	11105304	rs2572430	T	G	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=38;PP=1173;SC=TACATCTAAATAGTAAATTCA;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=74;WE=11105312;WS=11105294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr8	11301753	rs3021513	A	C	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=23;PP=858;SC=AGGGCCAGGTATGCTCCTCCA;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=11301761;WS=11301743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	11400680	rs2245250	G	A	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=5;PP=363;SC=TCTGTGCAGAGGATCTGAGGC;SOR=1.302;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=11400688;WS=11400670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	11400944	rs2245232	G	T	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr8	11405437	rs6994605	G	A	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=9;PP=497;SC=CATTTCCATCGTGGGCAAGCA;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=11405445;WS=11405427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	11406593	rs3816668	T	C	3524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=49;PP=1828;SC=ATGTGCCCAGTAACTTTGTGG;SOR=0.822;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=57;TCR=51;TR=106;WE=11406601;WS=11406583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr8	11411005	rs11250146	G	C	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=13;PP=358;SC=CAAGTGAGGGGTCTAAAGCAC;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=11411013;WS=11410995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	11414237	rs2306234	T	C	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=51;NR=36;PP=1455;SC=CAGAAGCCTTTCTGGGTGAGG;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=87;WE=11414245;WS=11414227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr8	11415572	rs4841557	A	G	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	11415597	rs4841558	C	T	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=10;PP=259;SC=CCACCTGCTGCCCACAATGGC;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=11415605;WS=11415587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	11416122	rs2467518	T	C	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=2;PP=216;SC=TGGACCTCCTTGGCTACCCAG;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=11416130;WS=11416112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	11416171	rs7011778	T	C	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=14;PP=651;SC=CATGCAGAACTTTCTGGACTC;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=43;WE=11416179;WS=11416161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	11416428	rs6988443	C	T	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=27;PP=959;SC=TACCCAGTAGCGCCGCTGCAG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=53;WE=11416436;WS=11416418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr8	11416635	rs11785333	G	A	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.33;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	11416643	rs11785335	G	A	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.33;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	11417257	rs11783065	A	G	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	11422045	rs1042701	G	A	6371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=104;PP=2965;SC=AGCAGGGGCAGCCCCAGCCTA;SOR=0.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=105;TCR=104;TR=208;WE=11422053;WS=11422035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr8	11422130	rs7843987	T	C	4948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=81;NR=83;PP=2209;SC=TCGTTACCTGTGACAAGCTGG;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=81;TCR=83;TR=164;WE=11422138;WS=11422120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
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chr8	11614305	rs13250578	A	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr8	11643915	rs804292	G	A	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=48;SC=TATAATATTCGTCTCCCTGGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=11643923;WS=11643905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	11666218	rs71711801	GTCCCAC	G	9605.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.535;NF=29;NR=150;PP=2990;ReadPosRankSum=-0.324;SC=GCCTGCCCCAGTCCCACTCCC;SOR=0.790;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=207;TCF=37;TCR=170;TR=179;WE=11666231;WS=11666208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,365:0.99:367
chr8	11683653	rs904011	T	C	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=19;PP=681;SC=GGGCCTGTTTTTGCAGAAAAC;SOR=0.968;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=35;WE=11683661;WS=11683643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	11687938	rs1293313	G	C	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=14;PP=301;SC=AGGTAGGGAAGGGGGCTCCTC;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=11687946;WS=11687928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	11695837	.	A	G	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=343;SC=GGTTGTTGTAAGTAGCCATGG;SOR=4.294;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=11695845;WS=11695827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	11702594	rs709821	G	C	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=6;PP=411;SC=TTTCTACCCCGATCTCGCCCC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=11702602;WS=11702584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	11702840	rs1736081	T	G	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=15;PP=463;SC=CTCCTGCTGTTGGCCCACTAG;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=11702848;WS=11702830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	11703048	rs1692811	C	G	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=5;PP=588;SC=AGGAGGAGCTCACAGCCTGGC;SOR=2.165;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=27;WE=11703056;WS=11703038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	11704457	rs1692816	A	C	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=3;PP=391;SC=CCAGCCCCTCACCTGCCTGCC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=11704465;WS=11704447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	11704719	rs1692817	C	A	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.08;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr8	11705380	rs149445749	A	AAGCCCCAGCTGGGCGAGGC	2531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=2967;SC=CCCCACGGAGAAGACCTGGGG;SOR=1.692;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=19;WE=11705388;WS=11705370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	11705448	rs1692819	G	A	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=158;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=280;SC=AGAGGCCTGTGCACCTGGCTA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=11705456;WS=11705438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	11705870	rs1736089	G	A	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
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chr8	11706581	rs13332	T	G	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr8	11710301	rs1293291	A	G	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=31;PP=856;SC=AAAACCAGAGACCCTACCCAA;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=11710309;WS=11710291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	11831661	rs35283519	C	T	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=14;PP=404;SC=AAAGAAAAATCAATCTTAATG;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=11831669;WS=11831651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	11872723	rs11784716	A	G	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	11872732	rs56279307	G	C	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	11872734	rs55907235	C	T	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	11872844	rs56408045	G	A	274.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.26;MQRankSum=0.203;QD=18.33;ReadPosRankSum=2.620;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,13:0.87:15
chr8	12516857	rs1808161	T	C	65.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=1;PP=44;SC=GGGCTGGCCATGGCTCCAGGG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=12516865;WS=12516847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr8	12517027	rs2002368	C	G	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	12584628	.	C	CTT	89.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr8	12584659	rs10095845	C	T	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.22;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr8	12592956	rs13251315	C	A	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr8	12878807	rs3739310	T	G	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=22;PP=999;SC=TAAAGAGCAGTGTGGTTCAAA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=60;WE=12878815;WS=12878797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	12878830	rs3739309	C	T	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=20;PP=982;SC=GGTCCCACAGCGTGGGCTATG;SOR=1.117;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=62;WE=12878838;WS=12878820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr8	12879062	rs503550	T	C	4507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=67;PP=2705;SC=ACACTCTAGTTTAGACTTTGA;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=82;TCR=67;TR=149;WE=12879070;WS=12879052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr8	12879099	rs502882	G	A	4545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.22;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
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chr8	12879539	rs608052	A	G	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr8	12888743	rs13281744	A	G	3627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr8	12888908	rs7826836	T	G	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr8	12888997	rs573652	T	C	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=32;PP=991;SC=CTCTCTCAGCTTTCTCTGAGA;SOR=1.234;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=12889005;WS=12888987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr8	12943691	rs621554	C	T	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=196;SC=TTCATGAAGTCACCAAGAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=12943699;WS=12943684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	12948951	rs609020	A	G	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=21;PP=671;SC=CCTAGGTAGAAGAAATACAGG;SOR=1.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=42;WE=12948959;WS=12948941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	12950110	rs7829535	G	A	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.91;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	12952174	rs5889417	CA	C	653	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5011;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.464;NF=11;NR=9;PP=281;ReadPosRankSum=-0.588;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.807;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=20;WE=12952182;WS=12952164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,40:0.87:46
chr8	12952230	rs658948	C	T	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=25.86;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr8	13258936	rs289583	T	A	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=110;SC=AGGTCAAGAGTTACGACTCCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=13258944;WS=13258926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	13356424	rs3736135	G	T	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=142;SC=GTGGGTAGTCGTTGAATTACA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=13356432;WS=13356421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	13356802	rs3816747	G	A	4528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=80;PP=2893;SC=TGTGCAAGGAGTATCCAAGAA;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=158;TCF=78;TCR=80;TR=157;WE=13356810;WS=13356792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr8	13356818	rs11203494	TT	CG	7774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=75;PP=2947;SC=AAGAACTCATTTTGTACTACA;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=80;TCR=78;TR=152;WE=13356827;WS=13356808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr8	13357587	rs1383942	G	A	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=29;PP=829;SC=ACATGTCATCGTAGTTTAACA;SOR=1.498;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=48;WE=13357595;WS=13357577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	13424583	rs13273355	C	T	3238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr8	13425353	rs11203497	T	A	2464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=35;PP=1282;SC=AGAGCAGAAGTTGCAGCGAGA;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=77;WE=13425361;WS=13425343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	13965581	rs11336839	AT	A	1156.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=6;PP=648;SC=TGGGAGAAACATTTGTCTAGT;SOR=1.483;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=13965589;WS=13965571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	14094993	rs35279380	A	AAAC	1319.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.75;MQRankSum=0.598;QD=36.66;ReadPosRankSum=1.433;SOR=2.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,33:0.92:36
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chr8	14095250	rs35876033	A	AT	1023.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=24;PP=1154;SC=TTACAAAAAAATATACTGCAT;SOR=3.841;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=24;WE=14095258;WS=14095240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	15095085	rs4831331	C	G	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	15095296	rs11782187	A	G	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=202;SC=GGTTAAAAATAAGGAAAATAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=15095304;WS=15095286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	15095332	rs11782191	A	G	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=124;SC=AATTCACTTTATTTTACTTCC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=15095340;WS=15095322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	15556360	rs5889594	A	AT	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.451;QD=3.03;ReadPosRankSum=-1.958;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
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chr8	15978063	rs4338104	C	T	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.34;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
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chr8	17068013	rs1548350	T	G	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.597;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=594;ReadPosRankSum=1.265;SC=TTTTTTCATTTTACTTTCAAA;SOR=1.391;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=37;WE=17068021;WS=17068003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
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chr8	17105774	.	T	C	102.28	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr8	17105887	.	C	T	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	17129449	rs73200951	C	G	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=4;PP=496;SC=GAAATCTCATCTTTCATATTT;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=17129457;WS=17129439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	17137687	rs3213601	G	A	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr8	17270763	rs2073694	G	C	5382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.06;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr8	17270787	rs67972978	A	G	5322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.58;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr8	17270837	rs72607374	G	C	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr8	17401364	rs368416506	CCTT	C	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=9;PP=445;SC=GAAAATGTCTCCTTCTAATTA;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=10;WE=17401374;WS=17401354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	17401878	rs2517252	G	A	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=12;PP=748;SC=GTGAACTCATGTTTATCCTAT;SOR=1.414;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=17401886;WS=17401868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr8	17406367	rs11373918	GT	G	829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.911;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=29;PP=460;ReadPosRankSum=0.026;SC=AATATTTGAGGTTTTTTTTTT;SOR=1.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=30;WE=17406375;WS=17406357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,45:0.96:47
chr8	17412333	rs2301539	G	A	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=8;PP=393;SC=TTTTTTGTGAGTGTTTCCTAT;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=17412341;WS=17412331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	17421279	rs2588173	T	C	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=58;PP=1583;SC=GAGAGAAACATGCCCTCTCCC;SOR=1.033;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=53;TCR=58;TR=111;WE=17421287;WS=17421269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr8	17486282	rs2229084	T	C	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=33;PP=842;SC=AGCTGCTCTATGTGGCGGGTA;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=17486290;WS=17486272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	17500223	rs4705	T	C	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=26;PP=1044;SC=TGGAAGACTTTGAGACGATTG;SOR=0.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=65;WE=17500231;WS=17500213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr8	17503431	rs1043883	G	C	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=97;SC=ACTTTGGGGAGGTGTCATCTG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=17503439;WS=17503421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	17532573	rs2269698	T	C	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=291;SC=GCCCAGATACTAGACAGGGAG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=17532581;WS=17532563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	17532619	rs2269699	C	T	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=6;PP=448;SC=CCAGCCACAACGCAGACAGGA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=27;WE=17532627;WS=17532609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	17533568	rs2301541	A	T	140.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=0;PP=76;SC=TAAAAAAAAAATGAAGAATTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=17533576;WS=17533563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	17533633	rs2301542	A	G	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=5;PP=292;SC=AGCTCCCACCACATCCTGATC;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=17533641;WS=17533623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	17539206	rs2410495	C	T	4717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr8	17539303	rs2410496	A	C	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=45;PP=1413;SC=AGACTCCCCAAAACAAAATAA;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=64;WE=17539337;WS=17539293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	17539315	rs2410497	A	G	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=39;PP=1115;SC=ACAAAATAACATGAGTTACGT;SOR=1.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=55;WE=17539337;WS=17539293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	17539329	rs2410498	T	C	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=31;PP=972;SC=GTTACGTAATTATAAATTTCC;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=17539337;WS=17539293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr8	17611886	rs2979788	G	A	4120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=76;NR=56;PP=2328;SC=TTCCTAAACTGGGTTTACACA;SOR=0.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=76;TCR=56;TR=132;WE=17611894;WS=17611876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
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chr8	17796382	rs412750	AC	GT	4907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=43;PP=2947;SC=GCATCTACAAACCCCCCAAAC;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=54;TCR=44;TR=95;WE=17796391;WS=17796372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
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chr8	17804665	rs28655174	G	A	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr8	17814915	rs208753	A	G	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr8	17819761	rs208060	A	G	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=346;SC=GCACATCTCAAGAAAGGAAAC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=17819769;WS=17819751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	17827260	rs3214087	A	AC	2382.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=25;PP=1132;SC=AAACCAAGGTACTGATTGTAA;SOR=1.249;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=25;WE=17827268;WS=17827250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr8	17829756	rs34990698	C	CAA	220.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=141;SC=TAAATCTACTCGAGTAGACTA;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=17829764;WS=17829746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	17851248	rs429633	C	A	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=128;SC=AAAACTATCACCCATAATTTT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=17851256;WS=17851238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	17868029	rs2467556	C	A	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=7;PP=300;SC=GTCTATAATCCCAGTACTTTG;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=17868037;WS=17868019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	17868245	rs2467555	C	A	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=5;PP=159;SC=TAATCGCAGCCCTTTGGGAGG;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=17868253;WS=17868235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	17885091	rs3213605	T	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=2;PP=80;SC=AGAACAATGTTAAATTCTAGT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=17885099;WS=17885081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	17891178	rs6586680	C	T	136.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.81;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	17916224	rs420610	A	C	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=259;SC=TTAATAAAAAATCAGTCCTAA;SOR=2.670;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=17916232;WS=17916214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	17916553	rs7465164	C	T	2641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=41;NR=50;PP=1402;SC=CTGTTAGAAACACAGGTAACA;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=91;WE=17916561;WS=17916543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr8	17916598	rs33985304	CT	C	904.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=26;PP=836;SC=TCTCCTTCCCCTTTTTTAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=27;WE=17916606;WS=17916588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	17918934	rs10103355	A	G	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	17920807	rs7824644	A	G	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=34;PP=986;SC=TGGACAATTAATTTTGATTAA;SOR=1.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=17920828;WS=17920797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr8	17920820	rs7824650	A	T	1111.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	17921921	rs2073574	T	C	2271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=29;PP=1230;SC=GATTTTTCTTTATGTAGTGCT;SOR=0.815;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=72;WE=17921929;WS=17921911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	17924609	.	T	TGCACCTGTGCTGTATATCTAAGACATACA	520.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=104.15;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	17928711	rs11785746	G	A	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=2;PP=233;SC=GTGAGACTCTGTCTCAAAACA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=17928719;WS=17928701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	17928753	rs113896339	G	GAAATA	1796.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.67;QD=47.28;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	18074536	rs7387461	G	A	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.91;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	18077007	rs10106882	G	C	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr8	18432578	rs2248559	C	G	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=10;PP=590;SC=TTGTTCCTTGCAATAAAGTAG;SOR=1.432;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=33;WE=18432586;WS=18432568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	18457957	rs2932001	A	G	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.74;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr8	18656601	rs2248631	G	A	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=79;SC=CCAGACACCAGGACGATGGAT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=18656609;WS=18656591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	18725072	rs1009482	T	C	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=2;PP=367;SC=CATTTGCTTATGTCCACAGAA;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=18725080;WS=18725062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	18729817	rs7016219	GT	AG	3989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=35;PP=2731;SC=AGCAGGGAGCGTTTTGTTGAC;SOR=0.738;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=75;WE=18729826;WS=18729807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr8	18793697	rs10092681	T	A	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=24;PP=652;SC=AATACATCATTAAAAAACACA;SOR=1.308;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=18793705;WS=18793687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	18941575	rs9657494	G	A	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=244;SC=GGAAGGCTGCGGCTCGTGGGT;SOR=3.442;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=18941583;WS=18941572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	19230955	.	GTATA	G	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=37;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ATGTGTGTGTGTATATATATA;SOR=0.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=2;WE=19230966;WS=19230945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr8	19252189	rs1344254	G	A	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=14;PP=448;SC=GCCTCCAAGCGGGCTTTCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=19252197;WS=19252179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	19277735	rs7016592	A	G	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=2;PP=175;SC=TTGCTATTGAAGTAAAACAGG;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=19277743;WS=19277725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	19277817	rs6999786	G	A	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	19297583	rs13278459	A	G	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=464;SC=GGGAATCCAGAACCTTTCTGG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=19297591;WS=19297573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	19315034	rs10888163	G	T	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=260;SC=TGAGGCAGGAGAATTACCTGA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=19315042;WS=19315024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	19316086	rs12155539	G	A	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr8	19362768	rs7017776	C	T	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=27;PP=1453;SC=CTCTGCAGGACTGTTCAGGGT;SOR=1.227;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=86;WE=19362776;WS=19362758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	19363425	rs6984644	C	T	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=29;PP=782;SC=CTGGGCTAGACCACAGGAAGC;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=19363433;WS=19363415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	19456473	rs4244454	C	T	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.31;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	19680736	rs12547934	T	C	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=4;PP=385;SC=AAATGAACTCTGAAAGCTTTT;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=19680744;WS=19680726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	19680979	rs4464983	C	T	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=316;SC=TGTACTTTTACTTAAATAGGC;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=19680987;WS=19680969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	19681647	rs2410612	G	A	173.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=3;PP=84;SC=GTAATGCGTAGGTATAGTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=19681655;WS=19681637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	19682545	rs3816246	A	G	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=29;PP=909;SC=TGGTAAGGAAAATGAAAGTGT;SOR=1.107;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=56;WE=19682553;WS=19682535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	19682577	rs6997363	G	A	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=20;PP=568;SC=TGCTGGATCCGAATAACTGTG;SOR=1.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=31;WE=19682585;WS=19682567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	19682592	rs7018076	A	G	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=14;PP=385;SC=ACTGTGGGGCAGTACCAGTCC;SOR=2.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=19682600;WS=19682582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	19689633	rs4434638	T	C	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	19689821	rs4615593	G	A	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=9;PP=291;SC=CGTGGCTTACGCCTGTAATCC;SOR=1.127;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=19689829;WS=19689811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	19700244	rs115468458	T	G	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=4;PP=337;SC=ATTGTGTGACTGTTGCATATT;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=19700252;WS=19700234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	19803996	rs56321069	T	A	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr8	19816934	rs301	T	C	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=14;PP=406;SC=CCAGTCCCTCTCCTGCCATAA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=19816942;WS=19816924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	19818436	rs316	C	A	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=7;PP=348;SC=CAAATAAGACCTACTCCTTCC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=19818444;WS=19818426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	19819536	rs327	T	G	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	19822830	rs4922115	G	A	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=27;PP=952;SC=GAAACTGGGCGAATCTACAGA;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=58;WE=19822838;WS=19822820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr8	20003431	.	ATT	A	496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=27.60;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	20005439	rs10102779	T	G	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=3;PP=172;SC=CCTCCTCTGATGAGAAAAGGG;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=20005447;WS=20005429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	20005716	rs903997	G	C	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=255;SC=TGCACTCTCAGACTTTCTCAT;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=20005724;WS=20005706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	20007100	rs375485939	CCTCT	C,CCT	641.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.63;QD=37.75;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,5,12:0.29,0.71:17
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chr8	20028464	rs11989477	G	A	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=157;SC=TACCTGAAACGTAACCCTATC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=20028472;WS=20028462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	20028830	rs17222134	T	C	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;SC=AAACCGCCCATTCTTAGTGAA;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TCF=9;WE=20028838;WS=20028820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	20035809	rs1532446	G	A	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr8	20036521	rs1390937	A	G	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=6;PP=377;SC=GACTCCCCTGAGGAATCATAC;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=20036529;WS=20036511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	20036713	rs1390938	A	G	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=20;PP=692;SC=GACCCGGGTAATCTCTTCCTC;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=47;WE=20036721;WS=20036703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	20037017	rs2270638	T	C	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=86;SC=AGAGGACAGGTGATGGGGGCT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=20037025;WS=20037007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	20038466	rs2270641	T	G	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=51;PP=1472;SC=TCCAGAATGGTCCGGAGCATG;SOR=1.501;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=76;WE=20038474;WS=20038456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr8	20068163	rs7460146	T	G	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=27;PP=855;SC=CATGGGTAGGTACAGTAGATG;SOR=1.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=20068171;WS=20068153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	20068619	rs9325865	A	G	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=7;PP=428;SC=TTAATTTGATATGATATCTAA;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=20068627;WS=20068609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	20072192	rs62498257	A	G	175.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=83;SC=ATTTTTCTAAATCATTCTTAA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=20072200;WS=20072187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	20107143	rs904003	A	G	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=5;PP=439;SC=GCGTCTCTCAAAGGGGTCTGA;SOR=1.739;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=28;WE=20107151;WS=20107133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	20107601	rs723874	G	C	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=38;PP=1504;SC=AGCTCCTGCAGCTCCTGCTCC;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=83;WE=20107609;WS=20107591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr8	21766900	rs17853066	G	A	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=26;PP=1139;SC=AATCCTGCCCGGCTGGCTGGA;SOR=0.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=72;WE=21766908;WS=21766890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr8	21767275	rs2242240	C	G	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=42;PP=1837;SC=GGGGCAGCGACGCGGGGATTG;SOR=0.887;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=79;WE=21767283;WS=21767265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr8	21768380	rs142797319	AAGAG	A	2034.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.23;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	21824547	rs4872191	A	G	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=223;SC=AAAGGATAACAGGCGCTTCGG;SOR=2.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=11;WE=21824555;WS=21824537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	21827162	rs2291317	C	T	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=44;PP=1222;SC=GTCAAATGTACGTGTTTGTTC;SOR=1.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=63;WE=21827170;WS=21827152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	21827833	rs4871903	A	G	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=32;PP=887;SC=TACAGTGTATATATTTGATGT;SOR=1.238;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=54;WE=21827841;WS=21827823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	21827880	rs140784168	A	AACAC,AAC	434.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=5.304;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0,0;NR=14,14;PP=103,404;ReadPosRankSum=-0.894;SC=CATATATATAAACACACACAC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=14,14;WE=21827888;WS=21827870;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.85:13
chr8	21833965	rs2306641	C	T	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	21835465	rs733543	A	G	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=575;SC=AAGCATAGAAATACTAGGCTA;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=21835473;WS=21835455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr8	21862551	rs1058486	A	G	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=47;PP=1396;SC=TCAACGACTCAATGAAGAATT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=76;WE=21862559;WS=21862541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	21890581	rs1947985	T	C	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=344;SC=TGCCTGAGGCTAGTCCCCGAG;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=21890589;WS=21890571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	21891939	rs10089142	G	A	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr8	21895146	rs11992609	A	G	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr8	21904212	rs1078363	T	C	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=16;PP=454;SC=TAGGGCATCATGCTCCCCTCT;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=21904220;WS=21904202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	21924297	rs9657287	C	T	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	21924743	rs11135821	G	A	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	21924778	rs11135822	T	G	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=29;PP=917;SC=TGGTGGTCCCTCCGGTGCTGG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=21924786;WS=21924768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	21924944	rs11135823	A	G	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=38;NR=16;PP=783;SC=ATGGCGGTCCATTTTCTTGGT;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=54;WE=21924952;WS=21924934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	21925214	rs6997244	C	G	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=20;PP=565;SC=TCCTCTTGGGCAGGACTCCGG;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=21925222;WS=21925204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	21927137	rs12680100	G	A	7021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=3.885;SC=CTCGCCTCAGGGCTAAGTAGG;SOR=0.991;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=252;TCF=112;TCR=140;TR=252;WE=21927145;WS=21927127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,265:0.98:271
chr8	21927211	rs12681799	C	G	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.735;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=60;ReadPosRankSum=3.259;SC=CTCCCCCAGCCGGAAAAGTGT;SOR=1.337;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=35;TCR=60;TR=95;WE=21927219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,97:0.94:103
chr8	21927460	rs7386762	C	G	4659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=81;PP=2521;SC=TGAGGGCGCCCCTGGCTCACC;SOR=1.060;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=70;TCR=81;TR=151;WE=21927468;WS=21927450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr8	21930007	rs3824334	G	A	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=8;PP=231;SC=CAGGAGTCTCGCTCTGTTGCC;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=16;WE=21930015;WS=21929997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr8	21937667	rs6557781	T	C	5274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr8	21937870	rs7835670	G	A	3694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=58;NR=59;PP=1996;SC=AAAGTGAAGGGGACCAAAGGT;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=58;TCR=59;TR=117;WE=21937878;WS=21937860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr8	21939435	rs6557782	C	T	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=93;PP=2965;SC=GCACTGCAGCCTCCTGCTCCT;SOR=1.407;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=41;TCR=94;TR=134;WE=21939443;WS=21939425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr8	21952226	rs1456	T	C	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=23;PP=557;SC=ATGATTTAGCTGCCGGTCCCA;SOR=1.659;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=21952234;WS=21952216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	21955116	rs11352	C	T	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=19;PP=696;SC=ACCTCAGCGTCCACAGGCCTG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=21955124;WS=21955106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	21956108	rs35497596	A	G	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
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chr8	21958831	rs1968870	C	G	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=293;SC=ACCGTGCCTGCCCTGAGTTTT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=21958851;WS=21958828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr8	21959877	rs7812435	T	G	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=25;PP=779;SC=GGAGGGGACATCAGGGAAAGG;SOR=1.022;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=48;WE=21959885;WS=21959867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr8	21966707	rs58343576	CG	C	1427.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=505;SC=GCAGCCCGCACGGGGCGCCGG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=13;WE=21966715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	21966891	rs149177341	C	CCCGCTCCCAGTCCCTGCGGAGA	824.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=2424;SC=CGCTGCGGAGCCCGCTCCCAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=21966899;WS=21966881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr8	21967309	rs7817171	A	C	9231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr8	21973970	rs6557829	C	A	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=25;PP=860;SC=GACAGTGAGGCTCAAGATCAC;SOR=1.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=21973978;WS=21973960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	21974032	rs6557830	A	C	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=27;PP=838;SC=TCTAATGACAACCACCCCCGA;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=21974040;WS=21974022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	21974427	rs112173147	G	T	173.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=141;ReadPosRankSum=-0.319;SC=CGGCCTCTCCGGGGGCCTGGA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=21974435;WS=21974417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr8	21976872	rs12677278	G	A	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	21978072	rs11135859	A	G	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=13;PP=353;SC=GGTGCCCGCCATGGCCAGGCA;SOR=1.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=21978080;WS=21978062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	21978088	rs11779694	G	A	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=9;PP=270;SC=AGGCAAGGGCGTGTTGTAAGG;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=21978096;WS=21978078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	21984488	rs12681529	G	A	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	21984650	rs12675745	A	G	3213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr8	21984945	rs12675375	C	T	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=56;PP=1899;SC=AGGGCCAAGACCCCCACCTTT;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=48;TCR=56;TR=104;WE=21984953;WS=21984935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr8	21995811	rs139843046	ACATTGTGGGTGCATCCCTG	A	548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=1;PP=2957;SC=CTGCTTTGGTACATTGTGGGT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=21995837;WS=21995801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	21996617	rs56401147	T	A	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr8	22005580	rs11550101	C	T	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=284;SC=GCAGGTTGGTCGCTTGTCTTC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=22005588;WS=22005572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	22011438	rs59381926	G	A	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=79;SC=CCAGGGATGCGCCCTCTGCGG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=22011446;WS=22011428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	22011594	rs73225823	G	T	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=11;PP=469;SC=TCATGAGCAAGGCCAAAGGCC;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=22011602;WS=22011584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	22011787	rs73225826	C	T	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=8;PP=216;SC=CAGCAGCACTCGCCCTACGCC;SOR=1.292;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=22011795;WS=22011777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	22020294	rs2070684	C	A	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=26;NR=39;PP=1193;SC=TGCCAGACAGCGGGGCTAGGT;SOR=1.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=22020302;WS=22020284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	22021933	rs1126931	C	T	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=23;PP=618;SC=GCAGAGGTGGCGCCCAGGGGC;SOR=3.180;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=27;WE=22021941;WS=22021923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	22066855	rs4463424	C	T	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	22079355	rs4872422	A	G	2409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=38;NR=39;PP=1255;SC=CGTGGCTGCCACTGTTGTCCT;SOR=1.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=77;WE=22079363;WS=22079345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	22081708	rs4075536	G	A	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=8;PP=475;SC=GGAGAGGCCCGGCGGGTCCAG;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=22081716;WS=22081698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	22084503	rs11547656	C	T	2821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=55;PP=1607;SC=TCATGGGCAGCGGCACTGCCT;SOR=1.077;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=98;WE=22084511;WS=22084493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr8	22138819	.	T	TA	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
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chr8	22262142	rs896376	G	A	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=13;PP=930;SC=TGTGTGGCGGGCGGGCCTGGC;SOR=1.565;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=22262150;WS=22262132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr8	22388857	rs17733355	G	A	4901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=89;NR=67;PP=2267;SC=CGACTAAACTGTGCTAAGAGC;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=89;TCR=67;TR=156;WE=22388865;WS=22388847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr8	22419191	rs2469764	T	C	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=6;PP=721;SC=ATGTAGTAAATGTCGTAAAGC;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=22419199;WS=22419185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	22421355	rs2449336	A	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=56;SC=CCACAGTTTAATCTTGCTTCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=22421363;WS=22421345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr8	22422923	rs960509	G	A	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=20;PP=561;SC=GGGTCGGGGCGAGCCGGGAGC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=22422931;WS=22422913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	22424489	rs11779261	A	G	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=5;PP=200;SC=GGGGTGAGAGAACTGGGGTGT;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=22424497;WS=22424479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	22424749	rs56177854	A	G	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=8;PP=353;SC=GTTGGGAGAGACTTAGTGCAA;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=22424757;WS=22424739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	22428658	rs2449331	T	C	6894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr8	22430651	rs57425551	C	CA	514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=3;PP=300;SC=CCTGGCAGCCCACCCTTCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=9;WE=22430659;WS=22430641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	22430766	rs10088686	C	A	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=13;PP=697;SC=GGGAGGGAGGCGGTGCTTGGA;SOR=1.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=41;WE=22430774;WS=22430756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	22432377	rs710098	C	A	5632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=3.774;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.71;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,247:1.00:248
chr8	22442287	rs4872003	A	G	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr8	22442661	rs2294047	A	G	5793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=97;PP=2965;SC=CTGGAGAGGCAGCCATCAGCC;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=101;TCR=97;TR=198;WE=22442669;WS=22442651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr8	22447426	rs3830696	CGGTCCGGGAG	C	415.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=2030;SC=AAGGAGCTGACGGTCCGGGAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=22447443;WS=22447416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	22457388	rs2272718	G	A	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.02;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr8	22462374	rs3735901	T	C	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=6;PP=133;SC=GGGGGCCCCCTGCCGCCCCTC;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=22462382;WS=22462364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	22463623	rs7843828	C	T	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=53;NR=37;PP=1462;SC=CTCTTCTGGGCCCTCCTCCTG;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=90;WE=22463631;WS=22463613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr8	22463697	rs2291230	C	G	2629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=44;PP=1486;SC=CAGGTAGGTTCGGCATCCCTT;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=45;TCR=44;TR=89;WE=22463705;WS=22463687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr8	22464064	rs2291232	T	C	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=6;PP=236;SC=CATGGCAGAGTGTGATTTTGT;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=15;WE=22464072;WS=22464054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	22464390	rs2291234	T	C	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=9;PP=646;SC=GGGTCCCTCTTCTGATGGGGC;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=22464398;WS=22464380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	22465385	rs34027561	T	C	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=14;PP=704;SC=GTGATCCATCTGCACTGTCCT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=22465393;WS=22465375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	22465427	rs6999893	T	C	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	22470710	rs1871902	G	A	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=7;PP=196;SC=TTATGTAAATGAGATGGCGTC;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=22470718;WS=22470700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	22471824	rs3736147	G	A	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=62;PP=2191;SC=CTTATAGTTCGAAGGTAAGCT;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=61;TCR=62;TR=122;WE=22471832;WS=22471814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr8	22472255	rs71299322	C	CTGCTGCCTTCATCCTGATGGGT	4131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=26;PP=2974;SC=TCCCCACTTCCGGCTGCCTTC;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=42;WE=22472263;WS=22472245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr8	22473158	rs11781149	C	T	3337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=37;PP=1947;SC=GGCCTAATCCCGGGACCCAGA;SOR=1.198;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=67;TCR=37;TR=104;WE=22473166;WS=22473148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr8	22473465	rs7843128	T	C	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=36;PP=1282;SC=GGGCTGGGATTTGTGGGCCTG;SOR=1.134;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=65;WE=22473473;WS=22473455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr8	22477131	rs10551411	ACAT	A	3202.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=26;PP=1397;SC=GATTCTGGGTACATCATCTGT;SOR=0.934;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=22477141;WS=22477121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
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chr8	22482851	rs900268	A	C	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr8	22487422	rs6558171	T	C	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr8	22502207	rs34656094	CT	C	4307.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=46;PP=2681;SC=AGCTTTGATTCTTATGCAAAG;SOR=0.816;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=65;WE=22502215;WS=22502197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
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chr8	22549697	rs35201266	C	T	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=34;PP=1455;SC=AGCTCCCCGGCCCCGGGATCG;SOR=1.227;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=80;WE=22549705;WS=22549687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	22582274	rs1877673	C	T	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	22584718	rs1129474	T	C	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=16;PP=678;SC=ATCTTCCCTTTCTTCAGGTCG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=41;WE=22584726;WS=22584708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	22785013	rs1553778	T	C	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=6;PP=620;SC=AGATGGTGCTTCTTGGTTCTG;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=22785021;WS=22785003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	22785361	rs2466224	C	A	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=154;SC=GGGAGAAGGACAGGCAGCTTC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=22785369;WS=22785351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	22863004	rs2430811	A	G	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr8	22863017	rs2466179	G	T	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr8	22863191	rs2430812	C	T	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=74;SC=GATTGAGTTCCAGCTCTGTGC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=22863199;WS=22863181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	22864622	rs2466178	T	C	8111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=142;NR=131;PP=2965;SC=TCTCCACCTCTTCCTCCAAGT;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=274;TCF=143;TCR=131;TR=273;WE=22864630;WS=22864612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr8	22865320	rs2430815	T	G	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=13;PP=410;SC=ATTGCCTGTCTGTCTCAGCTC;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=25;WE=22865328;WS=22865310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	22880162	rs1047275	G	C	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.09;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr8	22881852	rs6557609	T	C	4581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=76;PP=2746;SC=ACCAGCCAGCTCTGAGACCTG;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=78;TCR=77;TR=154;WE=22881860;WS=22881842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr8	22885109	rs1105944	A	G	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=11;PP=1426;SC=AGCCCAGAGCACCCAGGCCAC;SOR=3.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=58;TCR=11;TR=69;WE=22885117;WS=22885099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	22885154	rs1105945	G	A	4398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr8	22885331	rs2293400	A	T	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.614;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=65;PP=1974;ReadPosRankSum=-0.818;SC=CTCCCAGAGGACAGTGGGGCG;SOR=0.684;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=54;TCR=65;TR=118;WE=22885339;WS=22885321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,130:0.99:131
chr8	22886020	rs13265018	A	G	2382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	22886130	rs2293399	A	G	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=26;PP=721;SC=GTACACACACAGAGGGAGAGG;SOR=1.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=22886138;WS=22886120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	22887013	rs6420148	C	G	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=12;PP=563;SC=GCAGCCACAGCCTCAAGGATG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=22887021;WS=22887003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	22888407	rs10866818	G	A	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=13;PP=345;SC=GAGAAAAGCCGGTGAATGAAA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=22888415;WS=22888397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	22926313	rs1129424	G	A	3618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr8	22960704	rs6557616	G	C	4508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=89;PP=2343;SC=AGTGAGTCCCGGCCGCGGTCC;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=72;TCR=89;TR=161;WE=22960712;WS=22960694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr8	22960873	rs10109912	G	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=13;PP=329;SC=TGGGCAGGAGGGACCCGGCCG;SOR=1.220;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=22960881;WS=22960863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	22969091	rs10111172	T	C	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=7;PP=627;SC=AACACAGGTATGAAAGAATGA;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=22969099;WS=22969081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr8	22974354	.	C	T	274	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=23;MQ=41.19;NF=11;NR=6;PP=274;QD=18.1630125028;SC=GCTGAAGAGACAATGACCACC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=17;WE=22974362;WS=22974344;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,17:0.77:22
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chr8	23145320	rs11777755	A	G	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=417;SC=CCAACATGGAAGAAAAAAAGA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=23145328;WS=23145310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	23145480	rs182985388	G	T	5928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
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chr8	23149089	rs2272759	A	G	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=54;SC=AGAGGAGCTAAGATACTTCTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=23149097;WS=23149079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr8	23152334	rs15946	A	G	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr8	23152410	rs137952235	CTG	C	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=0.665;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
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chr8	23167353	rs1063582	T	G	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
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chr8	23174425	rs3824213	T	C	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=5;PP=967;SC=CTGGTCCCCTTGGGAGCCCGG;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=40;WE=23174433;WS=23174415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr8	23177619	rs13254579	C	A	2573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.00;ReadPosRankSum=-0.798;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
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chr8	23190941	rs1010156	T	C	3111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr8	23226014	rs6999447	C	T	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.40;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	23290769	rs3736021	T	G	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=30;PP=802;SC=GAGCTGCACTTTAGGAACTGC;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=23290777;WS=23290759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr8	24187395	.	TGTGTGAGAGA	T	293.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=5;PP=1166;ReadPosRankSum=0.967;SC=TGTGTGTGTGTGTGTGAGAGA;SOR=0.223;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=9;WE=24187412;WS=24187385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
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chr8	24199063	rs11989219	G	A	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=12;PP=536;SC=GAGCATTTATGTAAAACTGCA;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=24199071;WS=24199053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr8	24199318	rs62498242	G	A	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=12;PP=317;SC=TTTTACTTTGGTGTGCTTTGT;SOR=1.044;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=24199326;WS=24199308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	24199354	rs62498243	T	C	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=8;PP=154;SC=TTATTCACTATGTGCCTTGTT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=24199362;WS=24199344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	24200774	rs11987905	A	G	128.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=99;SC=CTAAAGGAATATTTTCAGCTT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=24200782;WS=24200764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	24207399	rs7829944	G	C	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	24207438	rs7829965	G	A	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr8	24207614	rs28707528	G	A	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=52;SC=ACATGCAGATGGTCTTTTTGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=24207622;WS=24207604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr8	24208649	rs10092862	C	T	163.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=128;SC=AAGAAAGACACAATGGGAAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=24208657;WS=24208639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	24208934	rs5012230	C	A	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=24;PP=752;SC=TTTGCAGTAACACATTCAGAA;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=24208942;WS=24208924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	24211278	rs7815643	C	T	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=17;PP=598;SC=TTATAATTAACGTAGCATAAA;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=24211286;WS=24211268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	24211331	rs7814768	G	A	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=19;PP=694;SC=GGATAATCCAGTGTCTACACC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=43;WE=24211339;WS=24211321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	24211884	rs10694022	A	ATGTC	1136.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=9;PP=748;SC=TTTAGAAGTTATGTCTTTTTT;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=24211892;WS=24211874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	24211993	rs10610134	ACTAT	A	1808.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=19;PP=999;SC=AGAGAAATATACTATCTATCT;SOR=1.075;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=24212004;WS=24211983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	24247556	rs4872231	A	G	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.13;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	24253182	.	TAC	T	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=1.617;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr8	24299870	rs74633744	C	T	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=381;SC=CATAGTGTTGCTGTCCATGGC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=24299878;WS=24299860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	24321566	rs77483512	G	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=404;SC=AGCTGTTTCAGAAAGTACTAC;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=24321574;WS=24321556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	24333601	rs10100176	G	A	158.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=113;SC=AGCTTTAATAGGTTTGTTTCA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=24333609;WS=24333591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr8	24363792	rs6982442	G	A	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.08;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	24774683	rs196864	C	A	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=42;NR=28;PP=1098;SC=GATTCAGAAACCCAAGGTGGA;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=70;WE=24774691;WS=24774673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr8	24811064	rs11300136	AG	A	1138.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=13;PP=539;SC=TCTCCTTCAGAGGGGGGGCTC;SOR=1.040;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=20;WE=24811072;WS=24811054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	25101205	rs137877997	A	T	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	25132735	rs4478580	T	A	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=12;NR=3;PP=237;SC=CACCATGCTTTTGTGGAGGTA;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=25132743;WS=25132725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	25156296	rs2956656	T	G	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=293;SC=GCCCAGGCTGTTCTCAAATTC;SOR=2.448;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=25156304;WS=25156291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	25158026	rs2709639	G	A	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=25.72;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	25158072	rs5890219	AT	A	2564.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=42;PP=1066;SC=ATTAAGAGCAATTTTTTTTTC;SOR=0.727;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=54;WE=25158080;WS=25158062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr8	25159665	rs868335	T	C	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=292;SC=AAGTCATGTTTTCTGATGCCA;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=25159673;WS=25159655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	25160084	rs2709638	CA	TG	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=382;SC=TGCCCTGCTTCAAAACAATCA;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=9;WE=25160093;WS=25160074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	25174495	rs2666169	C	T	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=36;PP=1559;SC=CTCTCAGCAACACTCACAGCA;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=66;TCR=36;TR=102;WE=25174503;WS=25174485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr8	25174710	rs2709627	C	T	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.36;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	25174719	rs149056846	A	G	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.34;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	25174723	rs2666168	T	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.12;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	25181356	rs2666174	C	T	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=3;PP=141;SC=GTCTTTCTGCCTTTTCAGCCA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=25181364;WS=25181346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	25182969	rs2666172	C	T	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=18;PP=577;SC=TTCAAGCATCCAAAAACCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=42;WE=25182977;WS=25182959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	25200148	rs10110351	A	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=200;SC=TGCATGCTGAAATGACAGCCC;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=25200156;WS=25200138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	25202915	rs2468901	A	G	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=8;PP=469;SC=CTGGTCGAGGAAGAGTTGCAG;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=25202923;WS=25202905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	25203022	rs2468902	A	G	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=39;PP=1547;SC=CACTGCTGACAGACCAGCTCA;SOR=1.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=99;WE=25203030;WS=25203012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr8	25225804	rs2257081	C	T	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=31;PP=986;SC=ATCACAACCTCTGAGTGATAA;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=58;WE=25225812;WS=25225794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	25227226	rs2048084	G	T	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=12;PP=344;SC=CAGGGGTCCTGTTTCACCAAT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=25227234;WS=25227216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	25227255	rs2659578	C	T	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=5;PP=104;SC=TGAGTAGTCTCAGAGTCACTA;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=25227263;WS=25227245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	25230261	rs2271107	G	C	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=11;PP=340;SC=CGGTGTGATGGGAGGGTACTG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=25230269;WS=25230251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr8	25246481	rs2709602	G	A	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=149;SC=TAGATTTTCAGTGAGAACTTG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=25246489;WS=25246471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	25257531	rs3763520	A	G	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=30;PP=957;SC=GCTTTCCTCTACACTCCCAGG;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=53;WE=25257539;WS=25257521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr8	25267622	rs2709618	A	G	6160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr8	25280666	rs2709608	A	C	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=5;PP=463;SC=TAAATTGAATAAAATCACTAT;SOR=1.609;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=26;WE=25280674;WS=25280656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr8	25301759	rs57257880	C	CT	132.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.217;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
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chr8	26492529	rs76617667	C	T	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=513;SC=GGGCCACTTGCACCATGTTCT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=26492537;WS=26492519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr8	26716642	rs61757000	T	C	3992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr8	26943929	rs1814489	T	C	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=13;PP=394;SC=CGCGGAGGCTTACCCCTGTAA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=26943937;WS=26943919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	26944600	rs2028908	A	G	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr8	27096634	rs1542185	C	T	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	27099879	rs3739212	C	T	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=12;PP=760;SC=CAGGGCCCCCCCGCCCCTCAC;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=27099887;WS=27099869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	27101204	rs4733040	T	A	2307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.38;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	27101204	.	TTA	ATC	1394	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=28;NR=14;PP=1394;QD=34.4635208301;SC=CCTACGCCCCTTAACACATGG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=42;WE=27101214;WS=27101194;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr8	27101206	rs7830662	A	C	2307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.38;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	27147716	rs12386801	A	C	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.96;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	27204598	rs4534095	A	G	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=38;PP=1263;SC=TGCCATCTTAAAAAGTCATGG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=72;WE=27204606;WS=27204588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr8	27204663	rs2874826	A	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=18;PP=547;SC=GGAGGCCAAAACGGGTGGATC;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=27204671;WS=27204653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	27204857	rs4629818	A	G	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=12;PP=440;SC=AGATCCACCCACCTCGGCCTC;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=27;WE=27204865;WS=27204847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	27255080	rs1128433	A	G	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=85;SC=CAATGTGCCGATCTTAGCTGC;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=27255088;WS=27255070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	27255128	rs1045510	T	C	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=2;PP=261;SC=AGCCCCTGAGTCGAGTAAAGT;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=27255136;WS=27255118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	27255146	rs1045511	G	A	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=242;SC=AGTTGGGCACGTTACGCCGGC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=27255154;WS=27255136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	27255263	rs1045512	A	G	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=19;PP=678;SC=ATCCTGGGAAAAACTTCAAAC;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=43;WE=27255271;WS=27255253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	27255325	rs2241650	C	T	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=78;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=16;PP=425;SC=AAGTGTCTGCCCTGTCCATCT;SOR=1.121;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=27255333;WS=27255315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	27255368	rs11267627	AGCAGCTCTCCTGCAGCCTC	A	504.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=2768;SC=TGGGCAGCTGAGCAGCTCTCC;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=27255394;WS=27255358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	27279705	rs2241652	G	A	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.35;SOR=1.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	27288314	rs56373327	T	C	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=8;PP=716;SC=CAGTGGGCAGTCTCTCAGCGA;SOR=2.073;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=35;WE=27288322;WS=27288304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr8	27295109	rs2288617	A	G	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=11;PP=346;SC=TCTGTGTTCCACTGAAATAAG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=27295117;WS=27295099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	27297696	rs2241657	T	C	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=9;PP=414;SC=CGATGGTGCTTCTGGGTGGGA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=27297704;WS=27297686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	27303126	rs4733064	A	G	184.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=100;SC=GAGAGGCTGCACTGCTCCACC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=27303134;WS=27303116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	27308585	rs751019	A	C	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr8	27311703	rs1879184	T	C	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr8	27315726	rs1879183	T	C	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=201;SC=TTGGCCAGCATGCAGGTGGAC;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=27315734;WS=27315716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	27315876	rs1879182	A	G	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr8	27315900	rs1879181	A	G	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	27321597	rs3735757	G	C	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=290;SC=AGGGGAACCCGAAGAACCAAG;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=27321605;WS=27321587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	27328354	rs2472554	G	C	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=4;PP=230;SC=CTCCACCTCTGCCAGTGGAAA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=27328362;WS=27328344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	27369334	rs7816586	A	G	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=17;PP=874;SC=CTCTCTCACTATACCTTTCCT;SOR=1.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=27369342;WS=27369324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	27436236	rs140683899	GTTTGT	G	462.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=0.654;QD=20.13;ReadPosRankSum=2.607;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chr8	27456253	rs2279590	T	C	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=8;PP=196;SC=TCCTCCTGCTTCTCCAAGGAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=27456261;WS=27456243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	27462008	rs28541694	C	G	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=21;PP=673;SC=TTTTAATTTACAGACAGGGTC;SOR=1.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=27462016;WS=27461998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr8	27462481	rs7982	A	G	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=21;PP=759;SC=AGGCCGGGCTATGGAAGTGGA;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=27462489;WS=27462471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	27467821	rs2070926	C	G	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=3;PP=435;SC=CCAGGGGCCTCGGAGCTGAGG;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=27467829;WS=27467813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	27593650	rs10081527	T	C	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=2;PP=52;SC=GTATTTTATATTTCAGAACAC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=27593658;WS=27593640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	27598172	rs7842672	A	G	247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=7;PP=155;SC=TAATCTCTGCACTCAAGGAGA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=27598180;WS=27598162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	27609830	rs4732744	A	G	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=576;SC=CAAAATGACAAGGGTGGGGAG;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=21;WE=27609838;WS=27609823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	27614138	rs2280884	A	G	244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=0;PP=151;SC=TTTGCGTACCAACTTATTACT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=27614146;WS=27614128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	27630152	rs7842666	G	A	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=6;PP=160;SC=CCTGGCCCCCGGAACTCCTCC;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=12;WE=27630160;WS=27630142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	27637666	.	G	GT	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.115;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=1.361;SC=CAGATGTTTGGTTTTTTTTTT;SOR=0.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=4;WE=27637674;WS=27637656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr8	27641609	rs1824449	G	A	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	27641706	rs145374594	TATTG	T	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=571;SC=AGGAGAATAATATTGAGAATA;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=27641717;WS=27641696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	27645704	rs6558014	C	T	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=474;SC=TTCCTGCACTCTATTTTTTGT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=27645712;WS=27645694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	27649426	rs11402833	G	GT	1090.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=11;PP=630;SC=TTTAATGTTGGTTTTTTTTCC;SOR=1.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=28;WE=27649434;WS=27649416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	27661066	rs144484866	T	TAC	173.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	27690748	.	C	T	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=7;PP=252;SC=GTGGATCATGCCTGTAATCCC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=27690756;WS=27690738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	27729713	rs11776426	G	A	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=16;PP=434;SC=GCTTCCAGCTGCCCTCTCCAC;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=27729721;WS=27729703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	27737198	rs4732610	A	G	7602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=134;NR=117;PP=2965;SC=CGGTGCCCCAACGCCGGTCGT;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=251;TCF=134;TCR=117;TR=251;WE=27737206;WS=27737188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr8	27743535	rs2685381	T	C	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=18;PP=591;SC=TACCATGCATTGAGCAAAGTC;SOR=0.968;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=35;WE=27743543;WS=27743525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	27762235	rs2726984	T	C	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=11;PP=542;SC=TGGGGCTGCTTGGGGGACAGC;SOR=1.236;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=27762243;WS=27762225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	27762537	rs939706	A	G	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=11;PP=295;SC=TGGGTACCCCAAGAAGGAGGA;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=27762545;WS=27762527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	27764627	rs2726987	T	C	3965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=60;PP=1979;SC=TGCCTGGGACTGGTGGTGAGG;SOR=0.773;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=81;TCR=60;TR=141;WE=27764635;WS=27764617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr8	27767171	rs2726991	G	A	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=21;PP=883;SC=CCAGGGGCACGCTCATTACCT;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=57;WE=27767179;WS=27767161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr8	27767305	rs2726992	A	G	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=13;PP=408;SC=CTCCCTTCTGAAACAGGACCA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=27767313;WS=27767295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	27767339	rs2726993	C	T	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=11;PP=291;SC=GGAAACAAAACGCCCTCTCTG;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=27767347;WS=27767329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	27779545	rs10103504	C	T	3824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.06;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr8	27779811	rs4732613	C	T	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=42;PP=1253;SC=GGAGGAAGGCCCCGGGTGACA;SOR=1.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=67;WE=27779819;WS=27779801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	27779880	rs61455593	T	TA	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=423;SC=GATAGACGAATAAAATCACAG;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=27779893;WS=27779870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	27779885	rs59195507	T	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=291;SC=ACGAATAAAATCACAGGTGGT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=27779893;WS=27779870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	27880826	rs921597	C	T	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=17;PP=1178;SC=GGGACTAAGCCCCAGGAGTTA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=27880834;WS=27880816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	27886700	rs9644134	A	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=4;PP=362;SC=AATGCCTACTATGCCTTCCAC;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=27886708;WS=27886690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	27886903	rs9314357	C	T	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	27887047	rs11786995	G	C	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=10;PP=323;SC=GGGCAGATCAGCTGAGGTCAG;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=27887055;WS=27887037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	27898580	rs17058502	T	C	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=21;PP=951;SC=CCAAGCATGCTCTGAGGATGC;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=55;WE=27898588;WS=27898570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	27915830	rs4336563	T	C	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	27918057	rs7817227	T	C	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=38;PP=1279;SC=TTCGTGGGCTTGCCCCCCAGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=89;WE=27918065;WS=27918047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr8	27927849	rs6998705	C	G	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	27950535	rs2305452	G	A	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=397;SC=GGGGCCTCACGGGCCGCCTGC;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=27950543;WS=27950525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	27950670	rs2305451	C	T	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	27957313	rs2290371	A	G	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=29;PP=1520;SC=AAATAACCGTAATCTTGATAA;SOR=1.044;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=83;WE=27957321;WS=27957303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr8	27957556	rs2290369	G	A	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=18;PP=458;SC=TCCATGTGACGCCCGTGTAGT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=27957564;WS=27957546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	27964056	.	CAAAAAAAAAAAAAAAA	C	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr8	28013579	rs4732832	A	C	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr8	28016002	rs149274779	AAATAAAG	A	526.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=11;PP=1653;SC=GTTTAAATAAAAATAAAGATT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=28016016;WS=28015992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	28206275	rs1046511	G	C	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=33;PP=1201;SC=TCCACCGGCAGGCCGTGCACC;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=86;WE=28206283;WS=28206265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr8	28210613	rs6558057	G	C	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=4;PP=195;SC=AGGGTCCCCTGCTCTCCACGG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=28210621;WS=28210603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	28286174	rs1055741	T	G	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	28341058	rs7843764	A	G	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=18;PP=493;SC=AATACCAGCCAGGCACGATGG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=28341066;WS=28341048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	28341110	rs11787273	C	T	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr8	29053761	rs10547393	TA	T	646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=5.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=0.969;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=1.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,50:0.76:66
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chr8	29927321	rs6468094	A	G	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=12;PP=637;SC=GGAGTACCACAATGGTAATCA;SOR=1.199;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=29927329;WS=29927311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr8	29989564	rs7844812	A	G	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=27;PP=1060;SC=GAGAGGAGAGACTCCTGACCT;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=64;WE=29989572;WS=29989554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr8	29996158	rs4733141	A	G	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr8	30013759	rs7012749	A	C	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=4;PP=324;SC=ACGCGACGCAAACAAGAGTCG;SOR=1.981;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=17;WE=30013767;WS=30013749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr8	30021461	rs71521373	C	G	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=7;PP=402;SC=CAGGTGATCCCCCCACCTCGG;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=30021469;WS=30021451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	30210274	rs4349946	T	C	4451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=81;PP=2216;SC=TGCTGACCTCTGCAAGTTGGC;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=74;TCR=81;TR=155;WE=30210282;WS=30210264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
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chr8	30469805	rs7815625	A	C	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.54;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr8	30539623	rs2250192	T	G	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=14;PP=391;SC=CTGTCTGTTTTAACATAGCTA;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=21;WE=30539631;WS=30539613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr8	30601610	rs3217273	TC	T	451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=418;SC=ATTGACCCTCTCCCAGCCGGC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=30601618;WS=30601605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr8	30609078	rs2911688	A	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=8;PP=184;SC=CATTCTACTCAAATTTATTTA;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=30609086;WS=30609068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	30620840	rs11388922	G	GT	1673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=17;PP=827;SC=TGAGGAGAAGGTTTTGAAGTC;SOR=0.826;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=22;WE=30620848;WS=30620830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr8	30620964	rs2956010	T	C	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=27;PP=831;SC=GTCATCTGCATCTCCCATCAG;SOR=1.011;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=56;WE=30620972;WS=30620954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	30623996	rs2956016	T	C	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.06;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr8	30916085	rs2737316	T	C	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=6;PP=112;SC=ACTATTCTTTTGGGTGAGAAA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=30916093;WS=30916075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	30922346	rs2725346	C	T	179.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=2;PP=63;SC=TACAAATTTACACATAAACAT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=30922354;WS=30922336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	30954244	.	GT	G	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr8	30958353	rs3087419	CT	C	910.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=10;PP=651;SC=ATGTGTTTTTCTTTTTTTACA;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=22;WE=30958361;WS=30958343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	30973811	rs11574304	C	T	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	30981971	rs3087417	G	T	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.02;ReadPosRankSum=1.232;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr8	30999122	rs3024239	C	T	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	31005017	rs3087415	T	TC	1956.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=1006;SC=GCATGTGTTCTATTTATTTCC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=23;WE=31005025;WS=31005007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	31024638	rs1801196	C	T	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr8	32453358	rs3924999	G	A	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	32505909	rs146965117	TAG	T	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=8.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=3.461;QD=1.44;ReadPosRankSum=-1.697;SOR=2.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,9:0.15:61
chr8	32579646	rs7845510	T	C	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=3;PP=35;SC=ATTAAGCAAATGGCGTAGAGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=32579654;WS=32579636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr8	32606945	.	A	G	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=3;PP=281;SC=ACCACACACCATTTGTCTGGT;SOR=1.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=32606953;WS=32606935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	32621630	rs80127039	C	T	3398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=62;PP=1970;SC=CGCCAATAGCCGGCGGGCCAA;SOR=1.323;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=41;TCR=62;TR=103;WE=32621638;WS=32621620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr8	33356191	.	GTTT	G	40.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr8	33451026	rs2044162	C	T	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.48;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	35425870	rs2589340	T	A	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=321;SC=AAATGAGAGGTCTTAAATTTA;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=35425878;WS=35425860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	36703323	rs61752585	C	G	2564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=43;PP=1419;SC=TGTCCAGAGCCTTGTTTTACT;SOR=0.820;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=86;WE=36703331;WS=36703313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr8	37455990	rs1008547	G	C	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=1.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=1.949;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,88:0.35:255
chr8	37620076	rs6468438	A	G	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	37686749	rs6468442	A	G	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,50:0.37:134
chr8	37687345	rs117467032	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=77;ReadPosRankSum=-0.784;SC=GCTCTGCTCCGTGACCCCTCT;SOR=1.179;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=11;WE=37687353;WS=37687335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
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chr8	37699195	rs4976898	C	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.130;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=293;ReadPosRankSum=0.479;SC=TCGGGGAGGGCCCCCCCTCCC;SOR=0.446;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=25;WE=37699203;WS=37699185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
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chr8	37888017	rs3750243	C	G	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.84;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr8	38006330	rs35520501	TC	T	3754.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=49;PP=2452;SC=GATGGACCACTCCCACCCCCT;SOR=0.981;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=63;TCF=12;TCR=51;TR=61;WE=38006338;WS=38006320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr8	38028726	rs2843739	T	C	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=331;SC=CGGAACTGCTTTGAAGTCATT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=38028734;WS=38028716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	38029708	rs2843738	G	C	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=2;PP=54;SC=GCACAGCAACGCGGATTTAGA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=38029716;WS=38029698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr8	38033989	rs2270376	G	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.778;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=280;ReadPosRankSum=-0.988;SC=GCCGCCGGGGGCTGCCGGAAG;SOR=2.584;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=15;WE=38033997;WS=38033979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr8	38095662	rs2306899	C	T	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=2.239;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,47:0.37:126
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chr8	38109387	rs147106070	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
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chr8	38126359	rs1149	G	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.941;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=335;ReadPosRankSum=-1.432;SC=GCGGGAAGCCGGGTCATGGGG;SOR=1.011;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=28;WE=38126367;WS=38126349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,29:0.35:84
chr8	38133793	rs1488935	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.904;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=236;ReadPosRankSum=0.518;SC=TTAGGGAAAGGGTCCTGAAGG;SOR=0.330;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=18;WE=38133801;WS=38133783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
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chr8	38153571	rs55703821	A	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=-0.323;SC=TTTGTTTCAAATTGGGGGAAA;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=8;WE=38153579;WS=38153561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr8	38173375	rs16887325	G	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=100;ReadPosRankSum=0.069;SC=ATAAATAAGGGAAAAGCATTA;SOR=0.330;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=12;WE=38173383;WS=38173365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr8	38178767	rs2234555	C	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.666;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,27:0.28:98
chr8	38245598	rs35044708	CT	C	888.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=3.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.271;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.558;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,79:0.62:127
chr8	38262233	rs7001340	T	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.51;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
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chr8	38281658	rs3925	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.620;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=237;ReadPosRankSum=0.826;SC=CGTAACTCAGGACACAGGGCT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=13;WE=38281666;WS=38281648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
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chr8	38458552	.	G	GTCT	6600.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=53;PP=2970;SC=TTCTGGCCGTGCCAGCCACTG;SOR=0.807;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=72;TCF=15;TCR=57;TR=68;WE=38458560;WS=38458542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
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chr8	38458696	rs7812668	T	C	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.213;NF=13;NR=16;PP=384;ReadPosRankSum=0.593;SC=GGGGCCCCCGTCCTCCTCCTC;SOR=0.731;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=29;WE=38458704;WS=38458686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr8	38458802	rs327935	A	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=0.054;SC=TATTACCAAGACGCTCCCACT;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=4;WE=38458810;WS=38458792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr8	38603081	rs11782157	A	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.825;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=-1.418;SC=TTGTTTTTTGAGATGGAATCT;SOR=2.494;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=10;WE=38603089;WS=38603071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr8	38677322	rs34235313	C	T	3438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=69;PP=1939;ReadPosRankSum=0.108;SC=CCTTCCAGCCCGCCAGACGCC;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=221;TCF=110;TCR=111;TR=139;WE=38677330;WS=38677312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,155:0.64:243
chr8	38677932	rs2013586	A	G	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.058;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=42;PP=1048;ReadPosRankSum=-0.965;SC=GTCAGTGGGAAAGCCCCAGCT;SOR=0.694;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=299;TCF=151;TCR=148;TR=89;WE=38677940;WS=38677922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,93:0.29:317
chr8	38684853	rs2037204	T	C	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=2.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=-2.016;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,42:0.38:112
chr8	38697649	rs13262797	T	C	173.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=181;SC=TGTCAGTGTATGTTAATGTGT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=38697657;WS=38697639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	38705639	rs71721705	G	GA	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.094;QD=1.36;ReadPosRankSum=2.440;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,32:0.22:145
chr8	38709451	rs112953621	TTGAC	T	460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.779;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=307;ReadPosRankSum=-0.246;SC=CCAAAAAGGTTTGACTGGCCT;SOR=1.562;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=7;WE=38709462;WS=38709441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr8	38709553	rs1135990	C	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=-0.521;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr8	38803551	rs62504403	T	C	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=12;PP=1049;SC=CTCATCTCACTCCCTCAAACA;SOR=1.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=50;WE=38803559;WS=38803541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	38808590	rs71517743	T	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=4;PP=117;ReadPosRankSum=2.670;SC=CGGAGCACTGTACTGGGGAAA;SOR=1.518;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=9;WE=38808598;WS=38808580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr8	38809663	rs6984871	A	C	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=12;PP=824;SC=AGGCGCTGATACTGACACTGT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=38809671;WS=38809653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	38810707	rs7824764	A	G	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=160;ReadPosRankSum=0.131;SC=TTATTTGTCAACCTGATTTTA;SOR=1.230;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=13;WE=38810715;WS=38810697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr8	38826290	rs6996274	G	A	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=28;PP=752;SC=TGGTCCCGAGGTGCAGCTGAA;SOR=2.247;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=38826298;WS=38826280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	38827185	rs5891050	GC	G	3554.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=48;PP=2403;SC=GGAGGGCAGCGCCTCCTGGGG;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=58;WE=38827193;WS=38827175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr8	38835456	rs4733960	T	C	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=486;ReadPosRankSum=-0.395;SC=CCCCATCCCTTTTTGGGCACG;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=28;WE=38835464;WS=38835446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chr8	38835666	rs4733961	T	C	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=240;ReadPosRankSum=0.642;SC=CCACAATTAATGTAAGTCACT;SOR=1.134;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=25;WE=38835674;WS=38835656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr8	38840591	rs7814264	C	T	2418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.98;ReadPosRankSum=1.961;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,113:0.65:173
chr8	38845602	rs62504414	T	G	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=300;ReadPosRankSum=-0.405;SC=CAGTCATACCTGAAACAATCA;SOR=0.462;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=26;WE=38845610;WS=38845592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
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chr8	38845716	rs7823125	A	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=0.210;SC=AAGTTTTTGGATCTTTTTCTT;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=7;WE=38845724;WS=38845706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
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chr8	38884342	rs10652213	G	GTTCT	2134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.770;NF=3;NR=22;PP=1287;ReadPosRankSum=0.736;SC=GAGTACCTGGGTTCTTCTTCT;SOR=0.723;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=55;TCF=4;TCR=51;TR=25;WE=38884350;WS=38884332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,56:0.57:98
chr8	38911953	rs9643905	C	A	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=432;ReadPosRankSum=0.269;SC=AATGAGTATTCATGTCAATTA;SOR=0.556;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=30;WE=38911961;WS=38911943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
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chr8	38988463	rs10101239	G	A	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.60;QD=24.90;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr8	39068684	rs61753544	T	A	596.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.444;NF=16;NR=10;PP=333;ReadPosRankSum=-0.933;SC=GTGTGAAGACTTTTAGCAGTT;SOR=0.515;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=26;WE=39068692;WS=39068674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
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chr8	39142458	rs181442099	T	C	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
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chr8	39312886	rs10097769	G	A	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.40;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr8	39463063	rs4236751	T	C	214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=5;PP=108;SC=AATTTGTTACTGGTTCGTTAT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=39463071;WS=39463053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	39463196	rs78437504	T	A	67.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.56;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
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chr8	39521419	rs6988389	T	C	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=25;PP=782;SC=GGTAAGTTACTAACATTCATT;SOR=0.952;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=39521427;WS=39521409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	39525750	rs2305392	C	A	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.985;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=361;ReadPosRankSum=-0.550;SC=TTTTACCTTACATTTGCATCT;SOR=0.423;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=89;TCF=33;TCR=56;TR=31;WE=39525758;WS=39525740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,35:0.37:95
chr8	39607105	rs112217136	C	CATGT	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.478;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.134;SOR=1.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr8	39618637	rs10093751	G	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.824;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
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chr8	41132851	rs33974931	TA	T	101.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;MQRankSum=0.126;QD=10.11;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
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chr8	41297486	rs10637700	T	TTTTG	1743.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.373;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.585;NF=5;NR=16;PP=770;ReadPosRankSum=-0.153;SC=AAGGGTATGTTTTTGTTTGTT;SOR=0.758;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=21;WE=41297496;WS=41297476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,44:0.94:47
chr8	41391588	rs10096250	A	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-2.618;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
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chr8	41391936	rs33975171	TA	T	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-1.161;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
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chr8	41471786	rs56974803	A	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=10.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.39;ReadPosRankSum=-1.790;SOR=0.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
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chr8	41546113	.	G	T	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=37;PP=1116;ReadPosRankSum=0.461;SC=CTTCCCTGCAGAAGAAGAAAG;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=76;TCR=59;TR=83;WE=41546121;WS=41546103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,97:0.60:161
chr8	41553835	rs2304883	G	A	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.989;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=481;ReadPosRankSum=0.611;SC=CGTGGCCTCCGTGGCACAGGG;SOR=1.459;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=33;WE=41553843;WS=41553825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,38:0.75:51
chr8	41555366	rs559651	T	C	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=5.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.85;ReadPosRankSum=-1.093;SOR=0.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
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chr8	41582031	rs61735313	G	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr8	41583294	rs2304873	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=137;ReadPosRankSum=1.338;SC=AAAGCACGTCCGGGTTGGGGT;SOR=0.836;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=12;WE=41583302;WS=41583284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr8	41585438	rs2304871	G	A	3844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.068;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=85;PP=2183;ReadPosRankSum=0.026;SC=GTGACTGGGCGTTGACGTTGG;SOR=0.833;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=260;TCF=131;TCR=129;TR=165;WE=41585446;WS=41585428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,184:0.65:285
chr8	41585571	rs1872877	C	T	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.538;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=756;ReadPosRankSum=-0.992;SC=CCACTGGGCCCGCTACGGGAC;SOR=0.361;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=49;WE=41585579;WS=41585561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,54:0.74:73
chr8	41591643	rs2304869	C	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=285;ReadPosRankSum=0.103;SC=GCTTTCTGCACGTCCCAGTGG;SOR=0.685;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=28;WE=41591651;WS=41591633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,33:0.35:95
chr8	41615429	rs486223	G	A	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr8	41753843	rs77115522	C	G	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=19;PP=910;ReadPosRankSum=-1.283;SC=GTGCCGCGGTCGCTGGGCTTT;SOR=0.749;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=95;TCF=63;TCR=32;TR=60;WE=41753851;WS=41753833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,67:0.64:105
chr8	41794934	rs13748	C	T	3273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.31;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,158:0.64:246
chr8	41798202	rs2929896	G	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.25;ReadPosRankSum=-0.748;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
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chr8	41805249	rs10504048	C	T	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.78;ReadPosRankSum=-0.216;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,85:0.54:158
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chr8	42044965	rs2020921	G	A	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.514;HP=5;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=2091;ReadPosRankSum=0.541;SC=TCTGGCCTCCGCCCGCTGTAG;SOR=0.919;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=67;WE=42044973;WS=42044944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,72:0.61:119
chr8	42147855	rs143122536	ATGGGGAGACCTTTCACTTCTGTCATCATCAGGAAGCT	A	571.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.483;NF=0;NR=2;PP=499;ReadPosRankSum=-1.132;SC=AGGAAGAGGGATGGGGAGACC;SOR=0.990;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=2;WE=42147899;WS=42147845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr8	42150794	rs79123247	C	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=180;ReadPosRankSum=0.934;SC=CCTCCTCCTCCGGCCAATCCC;SOR=1.609;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=12;WE=42150802;WS=42150784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr8	42162675	rs17875700	C	T	4104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=79;PP=2438;ReadPosRankSum=1.160;SC=TTTTTTAGGCCTAAGAAAAAC;SOR=0.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=289;TCF=156;TCR=133;TR=172;WE=42162683;WS=42162665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,193:0.60:321
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chr8	42180084	rs17875721	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=0.444;SC=GTGCACTGCCGCCATCCCACA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=13;WE=42180092;WS=42180074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr8	42186579	rs2272732	T	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.337;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=93;ReadPosRankSum=0.597;SC=TATTTTAAAATAGCAGTGTTA;SOR=1.329;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=10;WE=42186587;WS=42186569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr8	42188334	rs79200457	G	T	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=1.498;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,49:0.64:76
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chr8	42207481	rs3136745	C	G	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.448;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=376;ReadPosRankSum=-0.209;SC=TTTAAGTCCTCAAAGCATTCC;SOR=0.281;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=24;WE=42207489;WS=42207471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr8	42218467	rs3136766	T	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=0.524;SC=TTTTTACATATAGAGTTGTTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=42218475;WS=42218463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr8	42219026	rs3136771	G	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=227;ReadPosRankSum=-0.453;SC=ATTGAATTCTGCGAAAGGCAA;SOR=1.739;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=12;WE=42219034;WS=42219016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
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chr8	42233448	rs10096210	G	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.386;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=374;ReadPosRankSum=-1.450;SC=AAAGGACAGTGGCGCTGTGAC;SOR=1.428;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=23;WE=42233456;WS=42233438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
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chr8	42882555	rs111931018	A	ATTTGT	3186.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=13;PP=1447;SC=ACATTCTGTCATTTGTTCTGT;SOR=1.131;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=24;WE=42882563;WS=42882545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr8	42911675	rs141352327	C	G	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=1.252;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,81:0.41:196
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chr8	43002052	rs375505816	CT	C	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=5.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=2.146;QD=2.94;ReadPosRankSum=0.031;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
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chr8	43047593	rs17603428	G	A	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr8	43054553	rs1126058	T	C	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr8	48320626	rs141513742	CTT	C	315.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.007;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=203;ReadPosRankSum=-0.146;SC=ATTTTCATGACTTTTTAAAAA;SOR=0.275;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=15;WE=48320635;WS=48320616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr8	48585975	rs10958274	T	C	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=42;PP=925;ReadPosRankSum=1.935;SC=ATTTCTTTCATGGGAAACGGT;SOR=0.700;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=179;TCF=94;TCR=85;TR=85;WE=48585983;WS=48585965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,97:0.47:206
chr8	48586344	rs150170579	T	C	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.868;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=381;ReadPosRankSum=0.815;SC=CAAAGACAAATGTGAATGGTT;SOR=1.297;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=27;WE=48586352;WS=48586334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr8	48614659	.	TTA	T	351	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=94;MMLQ=24;MQ=54.07;NF=1;NR=11;PP=351;QD=29.5;SC=TCTCTCTCTCTTACACACACA;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=48614674;WS=48614637;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	48685753	.	G	GA	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.810;QD=1.71;ReadPosRankSum=2.010;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr8	48689366	rs8178258	C	T	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.305;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=37;PP=878;ReadPosRankSum=-0.526;SC=AGTAGCATGTCGGTAGTCCGT;SOR=0.550;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=194;TCF=108;TCR=86;TR=77;WE=48689374;WS=48689356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,91:0.40:225
chr8	48710955	rs7830743	A	G	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=349;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TGCAGAATCAATAACTATCAA;SOR=0.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=32;WE=48710963;WS=48710945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,33:0.41:80
chr8	48711682	rs7828380	C	G	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=11;PP=827;ReadPosRankSum=2.294;SC=AATTTGAAAACAAACAAAGAG;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=71;TCR=21;TR=48;WE=48711690;WS=48711672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,52:0.52:100
chr8	48732074	rs11311765	TA	T	145.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.150;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.01;MQRankSum=0.640;QD=11.21;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=1.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr8	48739440	rs4873728	C	A	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=1.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.518;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,100:0.42:238
chr8	48776189	rs6993483	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=-1.770;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr8	48801040	rs8178097	A	G	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=337;ReadPosRankSum=-1.542;SC=TTATCATACTAAAGCTAAAAT;SOR=0.613;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=28;WE=48801048;WS=48801030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
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chr8	48805816	rs11411516	A	AG	7651.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=61;PP=2936;SC=TGGCCCCCGAAGTACAAGAGG;SOR=0.762;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=92;WE=48805824;WS=48805806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
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chr8	51363078	rs7817955	C	T	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=8;PP=519;SC=ATAACAAAAACAGTCAATGCA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=51363086;WS=51363068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr8	51571172	rs1911830	G	A	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=1.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.231;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,88:0.36:247
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chr8	52233276	rs7827306	C	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=194;ReadPosRankSum=0.747;SC=TTGAATTTTTCAAGTATGCTT;SOR=0.859;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=14;WE=52233284;WS=52233266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
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chr8	52233310	rs2304552	T	G	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.396;HP=4;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=2.869;NF=16;NR=5;PP=1003;ReadPosRankSum=-0.472;SC=AGAAGTGAAATGGGGAGTTGG;SOR=1.166;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=79;TCF=56;TCR=23;TR=21;WE=52233318;WS=52233289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,28:0.34:83
chr8	52233408	rs7827446	C	T	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.709;QD=6.25;ReadPosRankSum=2.239;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,88:0.36:247
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chr8	52284654	rs5891410	C	CA	362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.018;HP=10;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=233;ReadPosRankSum=0.948;SC=GGTAGTCAACCAAAAAAAAAA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=17;WE=52284662;WS=52284644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
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chr8	52366200	rs6473599	G	A	5030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=89;PP=2965;SC=ACGTTGCCACGTGCCTGGATC;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=86;TCR=89;TR=175;WE=52366208;WS=52366190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr8	52730441	rs6768	T	C	3802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=797;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=-2.284;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:559,232:0.29:791
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chr8	52733076	.	T	C	1380	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=51.73;NF=65;NR=30;PP=1380;QD=14.8923285531;SC=TTTCATCCTCTTCACTGTCTA;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=251;TCF=147;TCR=104;TR=95;WE=52733084;WS=52733066;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:156,95:0.38:251
chr8	52733128	rs62506083	T	G	3070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=10.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQRankSum=-9.953;QD=14.15;ReadPosRankSum=3.733;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,98:0.45:217
chr8	52733148	rs76104220	C	T	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=2.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQRankSum=-6.108;QD=3.93;ReadPosRankSum=4.169;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,56:0.29:193
chr8	52733228	rs73592211	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQRankSum=-2.278;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.979;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,14:0.15:92
chr8	52733269	.	G	GTGATTCCTTA	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=8.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQRankSum=-6.668;QD=0.78;ReadPosRankSum=-3.161;SOR=2.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,5:0.11:46
chr8	52733340	rs35006940	A	AT	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5132;FS=2.029;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=213;ReadPosRankSum=-1.995;SC=TCTATTGTTTATTTTTTTCAT;SOR=1.445;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=9;WE=52733348;WS=52733330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr8	52811681	rs10106734	A	G	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=26;PP=804;SC=TGCGCAGAGAACCACGGGCAC;SOR=1.132;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=52811689;WS=52811671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	53038467	.	T	C	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.320;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=463;ReadPosRankSum=-2.355;SC=AAAGTTATAATTTTAGTTCAA;SOR=1.421;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=32;WE=53038475;WS=53038457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr8	53062412	rs16917324	T	C	2601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.878;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=59;PP=1319;ReadPosRankSum=-2.247;SC=TTGTTTTGAATGGGGAAGAGG;SOR=0.516;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=217;TCF=104;TCR=113;TR=119;WE=53062420;WS=53062402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,131:0.55:240
chr8	53452359	rs34430102	T	TA	1804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.390;QD=14.67;ReadPosRankSum=-0.415;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:16,107:0.87:123
chr8	53455013	.	G	GA	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=1.144;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,12:0.19:63
chr8	53543090	.	TA	T	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=5.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.92;ReadPosRankSum=0.117;SOR=1.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,20:0.25:80
chr8	53570529	rs12708142	C	A	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=33;PP=1070;SC=ACACTAATGACGAAAACTGTT;SOR=1.453;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=53;WE=53570537;WS=53570519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	53573024	rs11782948	C	A	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=6;PP=309;SC=GCTTTTAAAGCCAAAAACACT;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=53573032;WS=53573014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	53573168	rs370921641	G	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr8	53573288	rs33955860	GA	G	253.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=4;PP=239;SC=TCTGGTTTTTGAAAAGGTAAA;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=53573296;WS=53573278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	53853526	rs79536146	G	A	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=39;PP=885;ReadPosRankSum=1.840;SC=GCCAGAGTGCGGGACCAGACA;SOR=0.934;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=109;TCF=27;TCR=82;TR=50;WE=53853534;WS=53853516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,55:0.46:120
chr8	54155455	rs12548098	T	C	2207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.874;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=50;PP=1378;ReadPosRankSum=-0.060;SC=TTTTGTCGTCTTCCATTGAAA;SOR=0.581;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=307;TCF=176;TCR=131;TR=110;WE=54155463;WS=54155445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,121:0.36:339
chr8	54745538	rs6991513	C	G	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=815;ReadPosRankSum=-1.306;SC=AATGTTTATTCATCACCTGGC;SOR=0.462;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=131;TCF=76;TCR=55;TR=61;WE=54745546;WS=54745528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,72:0.47:153
chr8	55014278	.	C	T	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.154;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,55:0.35:155
chr8	55049131	rs117264028	A	G	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=4.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.74;ReadPosRankSum=0.649;SOR=0.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,80:0.70:114
chr8	55539395	rs2293869	A	T	7667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=142;NR=121;PP=2965;SC=GACAGGAGATAATCTATGTAA;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=264;TCF=143;TCR=121;TR=263;WE=55539403;WS=55539385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
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chr8	55590975	rs382476	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=226;ReadPosRankSum=0.348;SC=GTATTATTAGGCCATATTTAT;SOR=0.892;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=13;WE=55590983;WS=55590965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
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chr8	56185702	.	CTGTGTGTG	C,CTG	461	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=59.7;NF=1,1;NR=12,12;PP=99,461;QD=7.84615384615;SC=GAAAAGAGGACTGTGTGTGTG;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=13,13;WE=56185717;WS=56185692;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.57:23
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chr8	56792685	rs167999	G	A	5557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.55;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
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chr8	56863151	rs7813271	A	G	4151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.292;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=86;PP=2461;ReadPosRankSum=1.540;SC=TGGTGGCTTTATTTGCCACAT;SOR=0.630;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=323;TCF=166;TCR=157;TR=180;WE=56863159;WS=56863141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,195:0.56:349
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chr8	56866307	rs112090436	G	GCTC	1309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=5.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.46;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=1.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
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chr8	56882471	rs1027986	A	G	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=821;ReadPosRankSum=1.297;SC=TCCCAGCAGCAGTTATGAGAA;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=41;TCR=61;TR=59;WE=56882479;WS=56882461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,63:0.59:106
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chr8	56986531	rs2976045	C	G	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=52;PP=1280;ReadPosRankSum=-1.993;SC=TTAGTTCTTGCAGTCCACCTT;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=42;TCR=86;TR=77;WE=56986539;WS=56986521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,79:0.60:131
chr8	56986758	rs111357747	T	C	3161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.07;ReadPosRankSum=0.120;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,149:0.62:242
chr8	56986883	rs79460063	G	C	2491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.896;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=69;PP=1396;ReadPosRankSum=2.528;SC=TCGAAACCGGGGTCCCCCCGG;SOR=0.952;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=207;TCF=89;TCR=118;TR=117;WE=56986891;WS=56986873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,122:0.56:217
chr8	56986948	rs1128142	T	C	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.247;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=42;PP=1002;ReadPosRankSum=-1.060;SC=ACCATGGCTGTTGCGCGCGGG;SOR=0.406;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=92;TCF=25;TCR=67;TR=61;WE=56986956;WS=56986938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,64:0.67:96
chr8	57025762	rs55969078	G	T	2128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=38;PP=1119;ReadPosRankSum=0.084;SC=AATAAATGTCGGCTTTAGGCG;SOR=0.823;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=209;TCF=117;TCR=92;TR=90;WE=57025770;WS=57025752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,107:0.44:244
chr8	57026569	rs79710581	G	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=300;ReadPosRankSum=0.226;SC=CACCAGGGCCGCTGGAGTGAA;SOR=0.593;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=19;WE=57026577;WS=57026559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr8	57125270	rs6474051	T	C	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.66;ReadPosRankSum=-1.545;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr8	57129291	rs62515433	A	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=373;ReadPosRankSum=-2.522;SC=CCTCTAAGCTATAAGAATGCA;SOR=1.060;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=28;WE=57129299;WS=57129281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
chr8	57218237	rs151227475	T	G	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.822;SOR=0.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr8	57295200	rs7002482	C	T	3087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=61;PP=1825;SC=TATAAATGCACTTTGTCAATA;SOR=1.282;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=42;TCR=61;TR=103;WE=57295208;WS=57295190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr8	57302927	.	AT	A	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.110;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.827;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr8	57335956	.	CT	C	511.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.122;QD=5.33;ReadPosRankSum=1.838;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,56:0.58:96
chr8	57349380	rs13268089	C	T	3063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=27;PP=2037;SC=AAAACTTGTTCTTTGTGGGAG;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=74;TCR=27;TR=101;WE=57349388;WS=57349370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr8	57353826	rs3839874	AG	A	2514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=25;PP=1840;SC=TAGTGGGAAAAGATATTAAAA;SOR=1.091;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=42;WE=57353834;WS=57353816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr8	57358563	rs3840716	CG	C	2689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=40;PP=1594;SC=GGGCGCAGAACGGGGTCCCTC;SOR=1.310;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=41;WE=57358571;WS=57358553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr8	59329438	rs13277646	A	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=-1.481;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr8	59347184	rs1993453	A	G	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=521;ReadPosRankSum=-1.141;SC=TATTAAATAAATGGTTGCTGG;SOR=1.418;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=32;WE=59347192;WS=59347174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr8	59352506	.	TATTA	T	57	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=57;QD=45.0;SC=TATATCATAATATTAATTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=59352517;WS=59352496;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr8	59507993	rs72647445	A	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=92;ReadPosRankSum=0.964;SC=GGAGATTTTTAAAAATAAAGA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=7;WE=59508001;WS=59507985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr8	59512334	rs2680903	G	A	3410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr8	59514105	rs33942423	G	GAA	404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.572;QD=13.06;ReadPosRankSum=-0.375;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr8	59514773	rs17265530	A	G	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=278;ReadPosRankSum=2.615;SC=AAATATACACATTTACTTCCA;SOR=1.302;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=15;WE=59514781;WS=59514763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr8	59515669	rs78629641	C	A	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=241;ReadPosRankSum=-1.329;SC=GTTCACATGTCACATCACAAT;SOR=0.783;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=17;WE=59515677;WS=59515659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr8	59515756	rs2255834	G	A	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.174;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,65:0.50:131
chr8	59518416	rs184713109	G	T	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=-2.071;QD=18.46;ReadPosRankSum=-0.110;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,32:0.82:39
chr8	59518439	.	CAA	C	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=-0.814;QD=3.16;ReadPosRankSum=2.710;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr8	59535859	.	ATT	A,ACGTT	827.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.901;NF=5;NR=6;PP=935;ReadPosRankSum=-0.643;SC=GAAAAAAAGTATTTATAAGTA;SOR=0.542;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=11;WE=59535869;WS=59535849;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.58:36
chr8	59535860	.	TT	AA	896	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=12;NR=5;PP=896;QD=55.8510514625;SC=AAAAAAAGTATTTATAAGTAT;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=17;WE=59535869;WS=59535849;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,17:0.46:37
chr8	59535861	.	T	TCGAA	827.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.901;QD=22.99;ReadPosRankSum=-0.627;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr8	59555731	rs1387222	T	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=519;ReadPosRankSum=-0.932;SC=TTTTCCATTCTTGAATTTAAC;SOR=0.397;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=34;WE=59555739;WS=59555721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr8	59720604	rs2726600	G	A	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.257;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=605;ReadPosRankSum=0.977;SC=GGAAACAAGAGAACGATCAAC;SOR=0.096;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=32;WE=59720612;WS=59720594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr8	59739333	rs4737522	C	T	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.288;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,85:0.37:228
chr8	59764368	rs3837195	CAATA	C	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=6;PP=297;SC=CTGGCATCTACAATAAATAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=59764379;WS=59764358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr8	59872615	rs3780001	T	G	6018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=114;PP=2965;SC=ACTGCGGGTATGTTTGGTTTT;SOR=1.035;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=92;TCR=114;TR=206;WE=59872623;WS=59872605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
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chr8	62475160	rs3802287	A	G	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=206;SC=ATGTTAAAACATAGTTTAGAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=62475168;WS=62475150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr8	62627510	rs4272369	C	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=320;ReadPosRankSum=0.402;SC=CGGAGTGCGCCGCTTCTAGGC;SOR=1.051;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=23;WE=62627518;WS=62627500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr8	63161462	rs2272014	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.079;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=216;ReadPosRankSum=0.945;SC=CCGCCCCGCCGGGAAACTAAC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=18;WE=63161470;WS=63161453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr8	63161829	rs5020321	C	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=132;ReadPosRankSum=-0.256;SC=CTCCCCACCGCCTGGCTGGGC;SOR=0.393;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=13;WE=63161837;WS=63161819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr8	63257441	rs4442138	T	G	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=380;SC=CATTAAATTGTTAGATAACTT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=63257449;WS=63257431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr8	63296132	rs10808724	T	G	4855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.97;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
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chr8	63502151	rs2306401	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=264;ReadPosRankSum=-0.079;SC=CTTTTCTGAGCGCTCCGTCAG;SOR=0.109;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=18;WE=63502159;WS=63502141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr8	63502434	rs72423486	TTGTGTGTGTGTGTG	T	508.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;QD=50.87;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr8	63659610	rs1319275	G	A	2805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
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chr8	63951116	rs190945668	T	G	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.00;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,100:0.61:163
chr8	63976677	rs4606052	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=120;ReadPosRankSum=-0.796;SC=TGGGCAGGTACGAGGAAAGAT;SOR=0.976;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=9;WE=63976685;WS=63976667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr8	63976754	rs4501570	A	G	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.73;ReadPosRankSum=1.405;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,48:0.65:74
chr8	63978658	rs5891887	TA	T	3712.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=89;PP=2143;SC=CCCAGTGTGCTAAAAAAAATA;SOR=1.264;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=103;TCF=5;TCR=98;TR=94;WE=63978666;WS=63978648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr8	64098729	rs58419856	A	AG	2134.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=12;PP=1224;SC=CACCAATGTCAATCCATACAT;SOR=1.524;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=64098737;WS=64098719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr8	67068131	rs2446433	T	C	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=58;PP=1800;SC=AAGACCTCTTTCTGAGGAGAA;SOR=1.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=27;TCR=59;TR=85;WE=67068139;WS=67068121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr8	67365889	rs17321619	G	C	2820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=33;PP=1690;SC=CAGAGAGAAAGAGCGCTGGCC;SOR=1.201;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=58;TCR=33;TR=91;WE=67365897;WS=67365879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr8	67411019	rs2251827	T	C	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=11;PP=713;SC=AAATTTAAAATCTATGAAATA;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=67411027;WS=67411009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	67428368	rs17322752	A	G	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=35;PP=1076;SC=AAGAGGAAAAACCTTCAGGAT;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=67428376;WS=67428358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr8	67524909	rs72652790	G	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.190;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=239;ReadPosRankSum=-0.082;SC=TCCGGTCATCGAGGCCAAGCG;SOR=0.169;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=15;WE=67524917;WS=67524899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr8	67705826	.	C	CT	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.562;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
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chr8	67900761	rs72654925	A	G	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.012;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=478;ReadPosRankSum=-1.123;SC=TCCTATAATTAGAGAAGAAAA;SOR=1.127;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=36;WE=67900769;WS=67900751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,38:0.43:89
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chr8	67970243	rs6997490	A	G	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.262;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=309;ReadPosRankSum=-0.241;SC=TTACTACACTATTCTTATTTC;SOR=0.428;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=25;WE=67970251;WS=67970233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr8	68062182	.	CTTT	C	404.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=12.65;ReadPosRankSum=0.184;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr8	68066164	rs11784423	T	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=7.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.790;SOR=0.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
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chr8	68129065	rs72654953	T	C	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=406;ReadPosRankSum=-1.438;SC=GTAAAAAGTTTAAAATATGTA;SOR=0.874;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=93;TCF=35;TCR=58;TR=28;WE=68129073;WS=68129055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,29:0.28:102
chr8	68130443	rs66494911	AT	A	281.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.61;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,9:0.82:11
chr8	68130446	.	T	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.52;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr8	68130448	.	T	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=1.299;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr8	68340125	rs72654983	G	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=169;ReadPosRankSum=-0.145;SC=TGTGTAAAACGAATCAGATAT;SOR=0.464;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=14;WE=68340133;WS=68340115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr8	68396915	rs17343819	T	C	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.339;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=913;ReadPosRankSum=1.842;SC=GTGACTTACATTGGTCCAACT;SOR=0.947;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=155;TCF=82;TCR=73;TR=74;WE=68396923;WS=68396905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,86:0.46:186
chr8	68421998	rs1503369	T	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=2.227;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
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chr8	68864728	rs61753697	G	A	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=2.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=1.131;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,48:0.34:143
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chr8	70516940	rs4737998	G	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=371;ReadPosRankSum=1.885;SC=TAAAGAATGTGGAGTCATGTG;SOR=0.307;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=18;WE=70516948;WS=70516930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr8	70516957	.	T	TA	460	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=11;HapScore=4;MGOF=13;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=4;NR=4;PP=460;QD=58.625;SC=TGTGACAGGGTAAAAAAAAAA;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=8;WE=70516977;WS=70516947;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:25,8:0.24:33
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chr8	70539911	rs4738002	G	A	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=0;PP=238;SC=ATGAATAGCTGTTATTACAGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=70539919;WS=70539908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr8	70571313	rs3802278	G	A	3189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=63;PP=1895;ReadPosRankSum=-0.011;SC=CAGCCCATTCGCAGGCACCCG;SOR=0.703;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=234;TCF=125;TCR=109;TR=131;WE=70571321;WS=70571303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,148:0.57:261
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chr8	70964399	rs10089937	A	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=356;ReadPosRankSum=-0.504;SC=AGCAGCCATCATCCTCCTTGT;SOR=0.969;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=27;WE=70964407;WS=70964389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr8	70967607	rs3750225	T	C	2447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=57;PP=1514;ReadPosRankSum=-0.164;SC=GGCTGGAAGATTGAGAGAAAC;SOR=0.767;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=215;TCF=100;TCR=115;TR=104;WE=70967615;WS=70967597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,117:0.50:236
chr8	70967727	rs3750226	T	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.473;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=391;ReadPosRankSum=-2.300;SC=AGAGAAGAACTCTTTTCCAAT;SOR=0.059;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=20;WE=70967735;WS=70967717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr8	71037103	.	T	TA	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=3.487;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.025;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,27:0.30:91
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chr8	71082718	rs2958370	A	G	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=20;PP=549;SC=ATTCACACACAGATAGAAAAG;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=71082726;WS=71082708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr8	71574251	rs17760050	A	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=325;ReadPosRankSum=1.040;SC=TTTAACATGCACAAAAACCAG;SOR=0.551;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=21;WE=71574259;WS=71574241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr8	71593425	rs6991329	G	A	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=2.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.29;ReadPosRankSum=-0.426;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,88:0.59:150
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chr8	72137261	rs13262002	G	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.212;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=219;ReadPosRankSum=-0.115;SC=TACATCAAGTGTAGGCTCCGT;SOR=1.702;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=13;WE=72137269;WS=72137251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr8	72181862	rs2053664	C	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=181;ReadPosRankSum=2.011;SC=TATAGTTCTTCTCCATTTATA;SOR=1.206;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=10;WE=72181870;WS=72181852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr8	72211295	rs1445398	T	C	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=2.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.37;ReadPosRankSum=2.601;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,56:0.48:117
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chr8	72942210	rs3824151	G	T	8739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.458;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.763;NF=139;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.592;SC=CCAATCTGAAGTATGACACAA;SOR=0.558;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=300;TCF=140;TCR=160;TR=299;WE=72942218;WS=72942200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,336:1.00:337
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chr8	72951101	rs74545891	G	A	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.05;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
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chr8	72958691	rs11349767	TA	T	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.117;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr8	72959535	rs13255063	T	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.568;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,41:0.56:73
chr8	72962985	rs2120474	G	A	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	72963109	rs35427625	G	A	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=1.659;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
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chr8	72963258	rs1025928	T	C	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.89;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr8	72981584	rs1373297	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=1.742;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
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chr8	72987384	rs2278653	A	T	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=1.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=1.417;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,79:0.35:227
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chr8	73146170	rs375770708	A	AT	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=102;ReadPosRankSum=-1.371;SC=TAATCATATGATTTTTTCAAC;SOR=0.437;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=6;WE=73146178;WS=73146160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr8	73150491	rs6989765	G	A	3275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=48;PP=2153;SC=ATAATAGGGAGGGTTTTTTAT;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=58;TCR=49;TR=105;WE=73150499;WS=73150481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr8	73150781	rs17751056	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=236;ReadPosRankSum=0.161;SC=CCAGTTAAACGTCAAATCACA;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=20;WE=73150789;WS=73150771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr8	73150830	rs62518400	T	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.214;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=0.281;SC=CATAGAGAGCTTCATATATTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=9;WE=73150838;WS=73150820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr8	73156976	rs2017235	C	T	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=3;PP=681;SC=TATCATTTGACCTGGAAGCTC;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=73156984;WS=73156967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	73921534	rs113373855	G	GGAGGTCGGGAGA	1990.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=11;PP=2972;SC=CGTCGCCGAGGGAGGGGCTGC;SOR=0.746;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=15;WE=73921542;WS=73921524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	73926236	rs2975841	T	G	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.171;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=318;ReadPosRankSum=0.515;SC=GTAAATATGTTTTTTTATTTT;SOR=0.105;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=22;WE=73926244;WS=73926226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr8	73982161	rs2291219	A	G	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=46;PP=1467;SC=GTCAAGGGCCAGTTTTCCAGA;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=87;WE=73982169;WS=73982151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr8	73983988	rs5892392	T	TA	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=2.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=2.814;QD=1.45;ReadPosRankSum=1.102;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,30:0.24:126
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chr8	74005131	rs59331088	A	G	3037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=59;PP=1792;ReadPosRankSum=1.874;SC=TCCCCGGTGAAGCGACAGGCT;SOR=0.672;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=239;TCF=132;TCR=107;TR=129;WE=74005139;WS=74005121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,145:0.52:277
chr8	74169087	rs34481187	T	TA	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
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chr8	74204653	rs2070764	A	T	5008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
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chr8	74332207	rs6998213	A	G	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=718;ReadPosRankSum=0.142;SC=AATCATTAAAAACAACCCTAG;SOR=0.590;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=41;WE=74332215;WS=74332197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,44:0.58:76
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chr8	75618116	rs34916429	CT	C	392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=365;ReadPosRankSum=-2.000;SC=AAAAACTAAACTTCTGAAATG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=11;WE=75618124;WS=75618106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
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chr8	75737818	rs1991860	C	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.01;MQRankSum=1.666;QD=12.64;ReadPosRankSum=0.955;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
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chr8	77690563	rs16939357	T	C	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=32;PP=781;ReadPosRankSum=-1.491;SC=CGGTGAAGCATCAGCAGACTG;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=82;TCR=89;TR=62;WE=77690571;WS=77690553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,66:0.36:181
chr8	77694336	.	ATTTTTT	A	767.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.817;QD=20.20;ReadPosRankSum=1.230;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
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chr8	77754904	rs1825366	G	A	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=675;ReadPosRankSum=0.222;SC=AACAAAGTGAGGAGGCAGAAG;SOR=0.664;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=80;TCF=63;TCR=17;TR=39;WE=77754912;WS=77754894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
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chr8	77776848	rs3830275	TA	T	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
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chr8	77911986	rs137919839	CTG	C	2561.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.721;NF=11;NR=27;PP=1599;ReadPosRankSum=0.635;SC=TCAACTGCAGCTGTGTGTGTG;SOR=0.947;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=38;WE=77911995;WS=77911976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,79:0.67:118
chr8	77912230	rs12718	G	T	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=237;ReadPosRankSum=1.657;SC=ACTGACCTTAGGAGTCTGCGA;SOR=0.549;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=23;WE=77912238;WS=77912220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,27:0.33:83
chr8	79591017	rs28429528	G	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=270;SC=ACAATTATCTGCTACATTAAG;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=79591025;WS=79591007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	79598666	rs142222654	GTTTA	G	5645.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=42;PP=2994;SC=GATACTGTTTGTTTATTTATT;SOR=1.249;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=59;WE=79598681;WS=79598656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr8	79601420	rs1872072	T	C	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=520;SC=TTTCAAGTACTATGCTATTAA;SOR=2.753;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=79601428;WS=79601410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	79610710	rs1054283	A	G	4617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=89;NR=71;PP=2390;SC=TTCAGACCTTATCTCCCTCTC;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=90;TCR=71;TR=160;WE=79610718;WS=79610700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr8	79629738	rs5892663	C	CA	978.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=4.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.551;QD=11.79;ReadPosRankSum=-0.440;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,63:0.76:83
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chr8	80576923	rs375568053	C	CCTCT	355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=227;ReadPosRankSum=0.989;SC=CCCATATTTTCCTTCTGAAAT;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=6;WE=80576931;WS=80576913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr8	80576942	rs34059899	T	C	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=200;ReadPosRankSum=0.603;SC=ATGGGAAAAATTCATAAAAGT;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=15;WE=80576950;WS=80576932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr8	80678300	rs11448857	C	CA	1075.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.269;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.471;NF=19;NR=13;PP=894;ReadPosRankSum=0.228;SC=TCAACAACAACAAAAAATACA;SOR=0.375;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=32;WE=80678308;WS=80678290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,54:0.62:87
chr8	80678865	rs960978	C	A	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.901;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=474;ReadPosRankSum=0.161;SC=TCAGAGCCCCCACTAGGTCTA;SOR=1.673;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=31;WE=80678873;WS=80678855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr8	80965039	rs3824267	T	A	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=48;PP=1343;SC=TGAGAATCTTTTGATACCTAC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=74;WE=80965047;WS=80965029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr8	80965070	rs3780010	C	A	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.97;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	80965739	rs2303446	C	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=574;SC=CACAGAACTACATCCAAAATT;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=80965747;WS=80965729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	81426293	rs147305104	T	TA	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=255;ReadPosRankSum=2.692;SC=TGGGAAGTGTTACATCTTACC;SOR=0.409;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=8;WE=81426301;WS=81426283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr8	81899464	.	G	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.752;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.856;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr8	81905294	rs895270	G	A	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.02;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,86:0.53:162
chr8	81905314	rs2016459	A	C	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=45;PP=1132;ReadPosRankSum=1.223;SC=TTTAAGGCACAGGTATATACA;SOR=0.612;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=186;TCF=107;TCR=79;TR=103;WE=81905322;WS=81905304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,103:0.53:195
chr8	81905397	rs2016465	A	G	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.466;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=62;PP=1492;ReadPosRankSum=0.481;SC=TGGCGACAGCAGCCAGACTTC;SOR=0.659;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=224;TCF=110;TCR=114;TR=114;WE=81905405;WS=81905387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,116:0.48:243
chr8	82590927	.	T	TA	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=1.213;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr8	82606782	rs2955006	A	G	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=53;PP=1751;SC=GCATTAGGATATTTCTATCAA;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=48;TCR=54;TR=101;WE=82606790;WS=82606772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
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chr8	82713930	rs61516400	A	AGAGT	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=910;SC=CCTTATAGAAAATTTACATAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=82713938;WS=82713920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr8	86253707	rs142346369	T	TA	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=152;ReadPosRankSum=0.889;SC=TATAATTATTTAAAGCAGACA;SOR=1.329;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=6;WE=86253715;WS=86253697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr8	86351051	rs2072696	G	C	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	86389195	rs11780942	C	T	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=12;PP=868;SC=GTTAATTTCTCTTTATTTTGT;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=86389203;WS=86389185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr8	87111368	rs11382900	G	GA	716.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=5.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=-0.505;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,56:0.46:122
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chr8	87482324	rs6471352	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=222;ReadPosRankSum=1.717;SC=TATAGAATCACGGCCATTTTC;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=13;WE=87482332;WS=87482314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr8	87484640	rs72690413	T	C	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=28;PP=778;ReadPosRankSum=0.943;SC=TAAAAAGCCATCCAGCAGAAT;SOR=0.747;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=183;TCF=108;TCR=75;TR=65;WE=87484648;WS=87484630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,69:0.34:205
chr8	87499014	.	A	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=43;ReadPosRankSum=1.548;SC=AATAATGCTAAATTTATTATT;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=5;WE=87499022;WS=87499004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr8	87519315	rs6980476	T	G	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.790;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,68:0.41:167
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chr8	87543280	rs72690455	C	T	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.795;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=388;ReadPosRankSum=0.132;SC=TTTCTAATGACTTTAAGTGAA;SOR=1.230;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=24;WE=87543288;WS=87543270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,25:0.33:75
chr8	87544832	rs72690457	A	G	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=1.024;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,33:0.32:103
chr8	87552426	rs16915389	T	C	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr8	87557153	rs17609515	C	T	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.180;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=260;ReadPosRankSum=0.203;SC=TAGCATCAAACGGTTTACTAT;SOR=0.498;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=20;WE=87557161;WS=87557143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
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chr8	87567193	rs2304789	C	T	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=57;PP=1487;ReadPosRankSum=0.370;SC=GCTGCAGCCACGCAACAGCAG;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=177;TCF=85;TCR=92;TR=109;WE=87567201;WS=87567183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,115:0.61:188
chr8	87567305	rs3816240	A	C	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=33;PP=775;SC=CATAATACAAAGTCAGGGCAA;SOR=2.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=87567313;WS=87567295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	87568644	rs2304787	T	G	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=66;PP=1968;SC=AGGCAGTTGATTAGGTGTGCA;SOR=1.197;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=50;TCR=66;TR=116;WE=87568652;WS=87568634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr8	87570665	rs1062850	A	C	11616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=181;NR=215;PP=2965;SC=CTTTTGTGTTATGTGGAGCAA;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=397;TCF=182;TCR=215;TR=396;WE=87570673;WS=87570655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr8	87570728	rs1062851	C	T	5439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=114;PP=2965;SC=CTTTTTACCCCCAGCATTTAT;SOR=1.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=65;TCR=114;TR=179;WE=87570736;WS=87570718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr8	87581682	rs10660354	T	TCA	2734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=38;PP=1752;SC=ACATGCACACTCACACACACC;SOR=1.394;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=51;TCF=4;TCR=47;TR=40;WE=87581690;WS=87581672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	87581726	rs10104791	A	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=1.071;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr8	87588519	rs974279	T	C	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=15;PP=340;SC=TATCATTTGATGAAGTTTCTG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=87588527;WS=87588509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	87666251	rs4961206	T	G	4237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=62;PP=2228;SC=TGAAATTTTGTAGAAGTCCTG;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=75;TCR=62;TR=137;WE=87666259;WS=87666241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr8	87679098	rs3735967	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=-1.882;SC=ACTTTTTGTAGCCCAATTAGA;SOR=0.627;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=87679106;WS=87679088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr8	87679303	rs6471482	A	C	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=51;PP=1749;SC=GTGGTATAAAACAGCAGTTCC;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=50;TCR=52;TR=101;WE=87679311;WS=87679293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr8	87680112	rs7815125	T	A	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=10;PP=1139;SC=TGCAGGTTATTTAATTTAAAT;SOR=2.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=54;WE=87680120;WS=87680102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr8	87683465	rs1441242	C	T	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr8	88622001	rs9692781	C	T	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=277;ReadPosRankSum=-0.242;SC=TCTTCAACACCGAAAATTCTA;SOR=0.540;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=26;WE=88622009;WS=88621991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,30:0.39:76
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chr8	88622592	rs72670872	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=113;ReadPosRankSum=-0.069;SC=CATGAATTTCAGAAGCCTTTG;SOR=2.303;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=11;WE=88622600;WS=88622582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
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chr8	89081730	rs2616490	T	C	2474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.609;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=58;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.840;SC=TCTTGGATTATAGATAGAGTG;SOR=0.567;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=187;TCF=85;TCR=102;TR=113;WE=89081742;WS=89081720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,119:0.52:229
chr8	89081734	rs144762406	T	TA	3050.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.981;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=38;PP=2899;ReadPosRankSum=2.459;SC=GGATTATAGATAGAGTGTCTC;SOR=0.890;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=114;TCF=14;TCR=100;TR=42;WE=89081742;WS=89081720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,102:0.46:224
chr8	89198831	rs144312592	CAA	C	274.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=6.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.135;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
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chr8	89340162	rs16892543	G	C	4653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.464;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,230:0.57:405
chr8	89340216	rs117606163	G	A	3386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.767;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,180:0.47:379
chr8	90770609	rs39499	A	G	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=28;PP=795;SC=CAAGCTTGGGAGATAGGGAGC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=90770617;WS=90770599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	90777510	rs431264	G	A	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=14;PP=1448;SC=CTTTCTAAGTGTGAAACATAG;SOR=2.472;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=55;TCR=14;TR=69;WE=90777518;WS=90777500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr8	90781953	rs40377	C	T	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=15;PP=1076;SC=GACTTTTGGACTTTTTAAAGA;SOR=1.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=55;WE=90781961;WS=90781943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	90782226	rs28565967	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=272;ReadPosRankSum=0.719;SC=CCAGAATTTTGAAGCTACATT;SOR=1.058;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=18;WE=90782234;WS=90782216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr8	90792127	rs39506	A	C	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=254;SC=GATTCTCAACACTATTCCATT;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=13;WE=90792135;WS=90792117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	90948315	.	CT	C	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.160;QD=3.35;ReadPosRankSum=1.185;SOR=1.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
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chr8	91094983	rs3087750	G	A	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=22;PP=617;SC=GTCCGCGCGAGGGGGAGTGAG;SOR=1.556;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=34;WE=91094991;WS=91094973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr8	91940311	rs7006863	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.672;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=249;ReadPosRankSum=-0.776;SC=AGAAAGCACTCGTGAATACAT;SOR=0.426;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=18;WE=91940319;WS=91940301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr8	91940446	rs1002583	C	T	2726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.92;ReadPosRankSum=0.523;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,129:0.61:211
chr8	91967658	rs2677572	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.36;ReadPosRankSum=0.261;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
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chr8	93328829	.	GAGAAGAAGAAGA	G	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr8	93328993	rs138085384	CGAA	C	1112.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.33;QD=42.80;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr8	93904087	rs3780016	T	C	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr8	94794620	rs3097427	C	T	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	94800261	rs376142937	CT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.835;QD=0.67;ReadPosRankSum=-0.440;SOR=1.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
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chr8	94935937	rs4735258	T	C	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.285;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=385;ReadPosRankSum=-0.125;SC=TCAAATGATATACATTTAAAG;SOR=1.445;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=18;WE=94935945;WS=94935927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
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chr8	95174535	rs56347019	C	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.94;ReadPosRankSum=1.988;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
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chr8	95406277	rs76837032	C	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.736;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=191;ReadPosRankSum=-0.914;SC=CAAGTTAAAACATATTAATCA;SOR=2.494;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=10;WE=95406285;WS=95406267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr8	95419698	rs2291439	A	G	2184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=21;PP=1295;ReadPosRankSum=0.906;SC=GTGGTTTGCAATTTTGGAAAT;SOR=0.433;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=137;TCF=103;TCR=34;TR=78;WE=95419706;WS=95419688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,91:0.59:153
chr8	95470697	rs2919660	C	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=0.563;SC=TAAATCAGAACTCAAACCTAA;SOR=1.179;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=5;WE=95470705;WS=95470687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
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chr8	95504918	rs200991120	T	C	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=-2.032;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,77:0.43:181
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chr8	95508721	rs2289455	C	T	4773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=110;PP=2653;ReadPosRankSum=-2.151;SC=GTAAATGTCACACATAAGTTA;SOR=0.612;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=394;TCF=182;TCR=212;TR=207;WE=95508729;WS=95508711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,232:0.54:429
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chr8	95518960	rs113892534	G	GA	838.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.163;NF=2;NR=23;PP=389;ReadPosRankSum=-1.108;SC=GGGGAGCAGGGAAAAAAAAAT;SOR=0.624;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=4;TCR=48;TR=25;WE=95518968;WS=95518950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,47:0.62:76
chr8	95521853	rs147073742	TACACACAC	T	2826.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.589;NF=12;NR=25;PP=2992;ReadPosRankSum=-0.554;SC=GATGCTTAAATACACACACAC;SOR=0.612;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=94;TCF=36;TCR=58;TR=37;WE=95521870;WS=95521843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,74:0.52:141
chr8	95524126	rs35725183	TTAAA	T	397.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.197;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=365;ReadPosRankSum=0.330;SC=TTTTTCATTATTAAATAAATG;SOR=0.105;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=9;WE=95524137;WS=95524116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr8	95524209	rs3099412	C	T	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.12;ReadPosRankSum=-1.275;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,71:0.56:127
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chr8	95658562	rs57602858	A	AAAAT	1023.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=720;ReadPosRankSum=-0.435;SC=GTTCCAGAAAAGGTAATTCAA;SOR=0.844;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=14;WE=95658570;WS=95658552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
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chr8	95732283	rs13267007	G	C	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr8	95746833	rs7815731	C	G	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.937;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=614;ReadPosRankSum=-1.428;SC=ATTACCTTTTCATTACTTTTA;SOR=2.235;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=28;WE=95746841;WS=95746823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr8	95750546	.	CAA	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=-0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=0.001;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr8	95777555	rs7834433	A	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.90;ReadPosRankSum=-1.752;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr8	95778987	rs75591076	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=33;ReadPosRankSum=0.374;SC=ACTCGATGGCCGGGCATAGTG;SOR=1.214;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=5;WE=95778995;WS=95778977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
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chr8	95952477	rs2956210	A	G	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.228;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=545;ReadPosRankSum=0.724;SC=TGCAGTCCACATGTGTTGTTG;SOR=0.506;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=59;TCR=60;TR=52;WE=95952485;WS=95952467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,57:0.43:133
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chr8	97321977	rs111597482	A	ATATATC	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.117;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=231;ReadPosRankSum=3.047;SC=ACTAGATTTTATATATCTATA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=4;WE=97321985;WS=97321967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
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chr8	97384315	rs2319815	A	T	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=375;ReadPosRankSum=-0.609;SC=CTCCTGCTTCATGTGTCGGAA;SOR=0.830;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=24;WE=97384323;WS=97384305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr8	97384408	rs2244423	C	T	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=740;ReadPosRankSum=-1.040;SC=ATGTGCTGGACGCTTGGTCAA;SOR=0.597;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=65;TCR=52;TR=61;WE=97384416;WS=97384398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,68:0.54:125
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chr8	98828215	rs3073521	A	ACTT	2811.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.651;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=1757;ReadPosRankSum=0.185;SC=TTAATAAAATACTTTGAATTT;SOR=0.632;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=38;WE=98828223;WS=98828205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,72:0.53:136
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chr8	100133706	rs7460625	T	G	2363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=47;PP=1400;SC=TATATCTCTATCAACTTTAAT;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=74;WE=100133714;WS=100133696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr8	101051024	rs930965	C	A	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.55;ReadPosRankSum=-1.081;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,72:0.58:124
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chr8	101225708	rs1660352	C	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=-2.089;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
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chr8	101252680	rs6511	T	C	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.686;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=614;ReadPosRankSum=-1.141;SC=GAGGTCTCCATGGGATGCCTT;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=65;TCR=26;TR=45;WE=101252688;WS=101252670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,49:0.49:101
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chr8	101586133	rs2022923	T	C	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.11;ReadPosRankSum=-1.534;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,33:0.34:98
chr8	101608919	rs2248609	T	C	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=318;ReadPosRankSum=-0.683;SC=AACGATGTCCTGGGTCTGGCT;SOR=0.628;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=34;WE=101608927;WS=101608909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,41:0.38:109
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chr8	101625479	rs1078186	C	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=161;ReadPosRankSum=1.429;SC=TGGTATCCATCTTAGAAAATT;SOR=0.512;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=14;WE=101625487;WS=101625469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
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chr8	102585806	rs548564	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=113;ReadPosRankSum=-0.483;SC=ATTGGTTAATGTTCATGTGAA;SOR=1.179;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=8;WE=102585814;WS=102585796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
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chr8	102678972	rs3735713	G	A	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.806;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=410;ReadPosRankSum=-0.551;SC=CTCTCAGTGCGTTCCTCCCTG;SOR=0.303;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=28;WE=102678980;WS=102678962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr8	102701456	rs375965103	CA	C	459.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=3.240;QD=2.67;ReadPosRankSum=-2.053;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,61:0.35:172
chr8	103137693	rs487571	T	C	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	103220351	rs1265117	A	G	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr8	103230953	.	CAAA	C	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=0.518;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr8	103247134	rs2853229	A	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=-2.378;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
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chr8	103663912	rs11552577	T	G	4016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=92;PP=2492;ReadPosRankSum=1.737;SC=CATCTGCCACTGTGTTTCTCT;SOR=0.651;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=360;TCF=187;TCR=173;TR=186;WE=103663920;WS=103663902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,201:0.52:388
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chr8	104053283	rs1512351	G	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=511;ReadPosRankSum=1.245;SC=AGATACCCAGGTTCCTTCCAA;SOR=0.887;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=35;WE=104053291;WS=104053273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,37:0.44:84
chr8	104054526	rs3779908	A	T	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.915;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
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chr8	104078420	rs71984986	TGTAAAG	T	278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=1.187;QD=15.49;ReadPosRankSum=0.711;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
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chr8	104383896	.	G	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.782;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr8	104388288	rs72124849	TAAAAA	T	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr8	104394631	rs3098232	A	G	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=404;ReadPosRankSum=0.494;SC=AATTTAACTAAAGGATTTTGC;SOR=0.569;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=27;WE=104394639;WS=104394621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
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chr8	104414338	rs117399628	T	C	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=391;ReadPosRankSum=-0.673;SC=GAACAATATATTTAAGTAAAA;SOR=0.534;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=24;WE=104414346;WS=104414328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,29:0.85:34
chr8	104417045	rs17803441	C	T	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.799;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,49:0.50:98
chr8	104420100	rs3134254	T	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.215;HP=4;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=644;ReadPosRankSum=1.979;SC=ATTGGTTATATAAAGGAGATA;SOR=1.376;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=16;WE=104420117;WS=104420090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr8	104420109	rs138160805	T	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=4;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=626;ReadPosRankSum=-1.290;SC=ATAAAGGAGATAAACTTAGAA;SOR=0.314;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=19;WE=104420117;WS=104420090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr8	104426904	rs10709873	CA	C	1672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.02;SOR=3.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	104426905	.	AAC	A	1226	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=23;NR=4;PP=1226;QD=47.269640268;SC=CGCGGACAGCAACGCTCCCTT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=104426918;WS=104426900;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	104426907	rs367610017	CG	C	1735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.68;SOR=3.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	104426908	.	GCT	CCC	1568	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=29;NR=4;PP=1568;QD=49.1353901473;SC=GGACAGCAACGCTCCCTTCAA;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=33;WE=104426918;WS=104426900;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,33:0.87:38
chr8	104426910	rs114156661	T	C	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.62;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	104427359	rs3134295	A	C	10791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=203;NR=168;PP=2965;SC=CGGGGCACAGACACTACGTCA;SOR=0.861;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=373;TCF=203;TCR=170;TR=371;WE=104427367;WS=104427349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr8	104427541	rs3134296	C	T	3062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.371;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=74;PP=1672;ReadPosRankSum=0.342;SC=CCAGTTGAGCCAGCAGGCCGC;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=358;TCF=171;TCR=187;TR=143;WE=104427549;WS=104427531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,158:0.40:392
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chr8	104432545	rs3134253	A	G	4967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=95;NR=66;PP=2610;SC=ACGAGAATATATAAGAGCTTT;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=95;TCR=66;TR=161;WE=104432553;WS=104432535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
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chr8	104452554	rs36073721	A	ATAT	1087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=891;SC=ATTTTATTAGATATTACATTA;SOR=1.893;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=16;WE=104452562;WS=104452544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	104452621	rs58480092	TAAAA	T	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=8;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=140;ReadPosRankSum=0.328;SC=ATAGCTGTGATAAAAAAAGCA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=104452632;WS=104452611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr8	104664392	rs117441931	C	T	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.926;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=385;ReadPosRankSum=0.739;SC=GAAATCTCTTCATAGTACAGT;SOR=1.911;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=23;WE=104664400;WS=104664382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr8	104664993	rs75861389	G	A	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=467;ReadPosRankSum=1.345;SC=ATAACATACTGAAAAGTATGT;SOR=0.568;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=96;TCF=41;TCR=55;TR=41;WE=104665001;WS=104664983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,44:0.42:105
chr8	104709594	rs1176674	A	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=331;ReadPosRankSum=-1.541;SC=GTTAGAGAGTATGTTAATTCA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=23;WE=104709602;WS=104709584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr8	104892734	rs76209418	A	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=149;ReadPosRankSum=-0.167;SC=ATTTTTTAGTAACTTAGTTTT;SOR=1.314;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=11;WE=104892742;WS=104892724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr8	104897660	rs17854256	C	T	2034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.255;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=37;PP=1336;ReadPosRankSum=0.955;SC=GATAGGCGATCTCAACATGAA;SOR=0.878;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=209;TCF=120;TCR=89;TR=91;WE=104897668;WS=104897650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,99:0.42:233
chr8	104898496	rs151240570	CG	C	542.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=478;ReadPosRankSum=0.745;SC=ATTAGATAAGCGTTTTTTTTA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=12;WE=104898504;WS=104898486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr8	104922519	.	CT	C	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=2.137;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,33:0.32:102
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chr8	104930646	rs200834695	C	CT	431.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=5.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.053;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr8	104934028	rs6468897	G	A	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=43;PP=867;ReadPosRankSum=2.081;SC=TAGTCATTACGTTTACTCTTC;SOR=0.782;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=182;TCF=71;TCR=111;TR=67;WE=104934036;WS=104934018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,75:0.38:199
chr8	104934914	rs139921166	CA	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=-0.788;SC=ATTTTAAGCCCAAAAAAGATA;SOR=0.330;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=104934922;WS=104934904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr8	104948947	rs17854257	C	G	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.167;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=47;PP=1044;ReadPosRankSum=-1.841;SC=AATTCTTAGGCGAGGTATCTG;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=191;TCF=84;TCR=107;TR=87;WE=104948955;WS=104948937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,98:0.47:210
chr8	104949032	rs116878278	T	C	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.524;NF=5;NR=15;PP=325;ReadPosRankSum=-0.609;SC=ATAATTTCATTTGTAGAATAG;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=20;WE=104949040;WS=104949022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr8	105160955	rs188924401	C	T	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=-0.471;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,104:0.57:181
chr8	105261119	.	T	TTCTCTCTCTCTCTCTC	475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=-0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.82;ReadPosRankSum=1.677;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr8	105261946	rs1447063	C	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=1.774;SC=TATGACTGGTCTGGTGCTGGA;SOR=1.002;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=7;WE=105261954;WS=105261936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr8	105263248	rs1374519	C	T	2900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=1.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.63;ReadPosRankSum=1.046;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,144:0.53:273
chr8	105263751	rs2252152	T	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=256;ReadPosRankSum=-1.234;SC=GAATGTACTTTAGTATTTTAA;SOR=0.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=17;WE=105263759;WS=105263750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr8	105264087	rs34085789	C	CAA	390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.463;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
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chr8	105393687	rs2253336	G	A	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=19;PP=601;SC=GGCCTTTCACGGAAATTCCTG;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=105393695;WS=105393677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr8	105459793	rs7821992	C	A	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=514;SC=TAATTTCAACCTTCTCTAAAA;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=105459801;WS=105459783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr8	105503818	rs201824078	T	TA,TAA	404.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=0.150;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,12,11:0.44,0.41:27
chr8	105601139	.	G	GGA	2894	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=10;NR=38;PP=2894;QD=20;SC=CACAGCAGATGGAGAGAGAGA;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=157;TCF=22;TCR=135;TR=48;WE=105601148;WS=105601129;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:109,48:0.31:157
chr8	105601195	.	CCGA	C	1964.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=46;PP=2972;ReadPosRankSum=2.561;SC=GTAGACGACGCCGACGCCGCC;SOR=0.652;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=89;TCF=12;TCR=77;TR=54;WE=105601206;WS=105601177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,55:0.48:114
chr8	105601198	.	A	ACGCCGCCGC	1299.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.101;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=46;PP=2991;ReadPosRankSum=0.141;SC=GACGACGCCGACGCCGCCGCC;SOR=0.491;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=7;TCR=76;TR=50;WE=105601206;WS=105601177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,38:0.33:116
chr8	105845706	rs145596017	T	TTTTTTTTC	2031.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=823;SC=AATTTTTTCCTTTTTTTTCTA;SOR=1.085;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=12;WE=105845714;WS=105845696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	106331073	.	AGCG	A	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=190;ReadPosRankSum=-0.090;SC=GAGCCTGGCCAGCGGCGGCGG;SOR=0.721;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=6;WE=106331083;WS=106331063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr8	106573578	rs3735953	C	T	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=790;ReadPosRankSum=0.832;SC=CACTTCTGTTCCTTTGTCTGC;SOR=0.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=79;TCR=37;TR=50;WE=106573586;WS=106573568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,55:0.41:134
chr8	107277717	rs2938306	G	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=203;ReadPosRankSum=-0.687;SC=TTTTGAATCCGTTATAATAAA;SOR=0.188;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=13;WE=107277725;WS=107277707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr8	107371924	rs2022982	C	A	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=455;ReadPosRankSum=1.833;SC=GCAGTATTTTCTGAGGGAGTC;SOR=0.618;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=115;TCF=40;TCR=75;TR=41;WE=107371932;WS=107371914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,47:0.36:130
chr8	107630536	rs3134136	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=292;ReadPosRankSum=0.927;SC=GGATCTGTGACGATGCAGTTG;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=17;WE=107630544;WS=107630526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr8	107670141	rs2282510	G	A	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.889;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=373;ReadPosRankSum=-0.408;SC=GCCGGTGGGCGCGCTAGTGGT;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=54;TCR=24;TR=33;WE=107670149;WS=107670131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,36:0.41:88
chr8	107751849	rs3016494	G	A	3240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=74;PP=1669;ReadPosRankSum=1.743;SC=CTGAGTGTGAGTGTGTACCCA;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=116;TCR=129;TR=140;WE=107751857;WS=107751839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,157:0.58:269
chr8	107754473	rs1681904	G	A	2620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=51;PP=1505;ReadPosRankSum=-1.356;SC=TAGCATCTGAGCCACTGAAAG;SOR=0.792;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=231;TCF=126;TCR=105;TR=114;WE=107754481;WS=107754463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,126:0.50:252
chr8	107754583	rs1784468	T	G	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=6.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.93;ReadPosRankSum=-1.057;SOR=0.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,88:0.59:150
chr8	107757885	rs1681905	G	A	42.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr8	109009081	rs1369068	T	C	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=15;PP=1099;SC=AAAAGCATTGTTTTATTTACT;SOR=1.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=56;WE=109009089;WS=109009071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	109094747	rs10955475	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=330;ReadPosRankSum=0.506;SC=AAGCCCACCACGCACCTTTGG;SOR=0.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=26;WE=109094755;WS=109094737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,33:0.39:84
chr8	109215368	rs630492	T	C	2218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.031;HP=3;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=41;PP=1219;ReadPosRankSum=0.233;SC=CACAGGGAAATTGATCCTATA;SOR=0.690;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=213;TCF=120;TCR=93;TR=89;WE=109215376;WS=109215358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,117:0.46:254
chr8	109215441	rs72205512	TGCACTGTATAGAGATGACAATA	T	1895.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.286;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=2954;ReadPosRankSum=0.077;SC=CATATTTTAATGCACTGTATA;SOR=1.566;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=83;TCF=1;TCR=82;TR=24;WE=109215470;WS=109215431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,54:0.33:165
chr8	109252471	rs16877534	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.560;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr8	109254262	rs615233	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=180;ReadPosRankSum=-0.590;SC=TACGATAAACCATTAACATTC;SOR=0.495;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=11;WE=109254270;WS=109254252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
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chr8	109260776	rs4735053	A	G	8124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=983;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=211;NR=188;PP=2962;ReadPosRankSum=0.278;SC=TACAGACACCACCTTTCGGCC;SOR=0.771;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=923;TCF=480;TCR=443;TR=399;WE=109260784;WS=109260766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:556,427:0.43:983
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chr8	110620037	rs71305960	T	TCA	341.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.237;SOR=1.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
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chr8	113259132	rs1895014	A	T	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=290;SC=AATATGTTTTATAATCTAAAA;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=113259140;WS=113259122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	113266343	rs7830950	C	T	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=6;PP=818;SC=CACTCTTTTGCTGTCTGTTAC;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=113266351;WS=113266333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	113267771	rs1861753	T	C	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=21;PP=446;SC=ATATTATTCATGATAAAGCTA;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=113267779;WS=113267761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	113301548	rs1861755	A	G	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=3;PP=429;SC=TACTACTAACAATAATGTAAT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=113301556;WS=113301538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	113308243	rs4876462	A	G	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=21;PP=616;SC=CCGCTGAAATACGTTATAAAG;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=113308251;WS=113308233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	113323406	.	GA	G	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.582;QD=2.96;ReadPosRankSum=-1.408;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr8	113363350	rs7003308	T	C	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=487;ReadPosRankSum=2.505;SC=CTTTATAGTCTTTTTTTTTAC;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=25;WE=113363358;WS=113363340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr8	113363511	rs7003500	T	C	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=27;PP=824;SC=TACACATACATAAAAAGTTTA;SOR=1.123;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=49;WE=113363519;WS=113363501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	113364574	rs11775013	T	C	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	113364696	rs11778209	A	G	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr8	113396054	rs16883506	A	T	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=31;PP=842;SC=CCATTATTGCACTGGCTTACA;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=113396062;WS=113396044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	113420495	rs35988509	TG	T	3433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=29;PP=2580;SC=GAATACATCATGGGAAAATTA;SOR=1.586;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=64;WE=113420503;WS=113420485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chr8	113516209	rs10955625	G	A	311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.396;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=506;ReadPosRankSum=1.216;SC=TGCTAAAACTGAAAAAAAAAA;SOR=1.169;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=32;WE=113516217;WS=113516198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,29:0.31:94
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chr8	113655752	rs10505168	T	C	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.81;ReadPosRankSum=-3.017;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
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chr8	113697567	rs7839990	A	G	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=5;PP=517;SC=ACCAATATACATGATCACTTT;SOR=2.621;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=28;WE=113697575;WS=113697557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	113842039	rs10106945	G	A	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.335;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=64;PP=1311;ReadPosRankSum=0.315;SC=ACAGAAACATGCACCTTAAAT;SOR=1.127;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=185;TCF=66;TCR=119;TR=95;WE=113842047;WS=113842029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,100:0.52:191
chr8	114111250	rs2030506	G	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=482;ReadPosRankSum=0.198;SC=CAATTGTTCAGTTGTAAGTAA;SOR=0.890;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=29;WE=114111258;WS=114111240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
chr8	116504323	rs800883	A	T	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=37;PP=2049;SC=AAGAAAAAAAATCTATTGAGA;SOR=1.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=79;TCR=37;TR=116;WE=116504331;WS=116504313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr8	117778779	rs186013702	G	C	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.347;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=586;ReadPosRankSum=-0.948;SC=GAGGGTACTGGGGCGTGCGTG;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=154;TCF=92;TCR=62;TR=56;WE=117778787;WS=117778769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,50:0.31:160
chr8	117782385	rs4514005	C	T	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=4;PP=779;SC=TTTTTTACACCTTATGTAAAC;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=117782393;WS=117782375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	117791733	rs979866	T	C	10204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=201;NR=153;PP=2965;SC=GGATCTCTGCTAGCTTACTAA;SOR=0.940;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=355;TCF=202;TCR=153;TR=354;WE=117791741;WS=117791723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr8	117799012	rs1867840	A	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=200;SC=TTTTTACTTGAATTATTTTAT;SOR=3.442;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=117799020;WS=117799002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	117887608	rs10094918	C	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.065;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr8	118184783	rs13266634	C	T	2516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=28;PP=1560;SC=AGCAGCCAGCCGGGACAGCCA;SOR=1.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=87;WE=118184791;WS=118184773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr8	118185025	rs3802177	G	A	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=43;PP=1249;SC=AGAAATTCATGTCATGGTGCA;SOR=1.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=62;WE=118185033;WS=118185015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	118185041	rs2466295	C	T	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=32;PP=949;SC=GTGCAATGCACATTTTATCTA;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=46;WE=118185049;WS=118185031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	118185063	rs2466294	C	G	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=23;PP=700;SC=TTATTTAGTTCCATTCACCAT;SOR=2.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=30;WE=118185071;WS=118185053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	118811806	rs71739430	CT	C	164.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=74;ReadPosRankSum=0.966;SC=TCTCATTGGCCTTTTTTTTTT;SOR=0.330;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=7;WE=118811814;WS=118811796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr8	118817185	.	G	A	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.763;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=526;ReadPosRankSum=-0.034;SC=ATGATGACAAGTGGACTTCTG;SOR=1.069;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=93;TCF=35;TCR=58;TR=42;WE=118817193;WS=118817175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,46:0.46:101
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chr8	118825354	rs4382503	C	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=294;ReadPosRankSum=-1.772;SC=CATTTCCCATCAATGCAGATG;SOR=1.218;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=20;WE=118825362;WS=118825344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
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chr8	119964052	rs2073618	G	C	7544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=3.011;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.58;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,293:0.99:295
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chr8	120079748	rs2465383	A	G	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=37;PP=940;SC=CTAGATTTCAATGACTTTCTC;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=120079756;WS=120079738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr8	120220775	rs71302978	CG	C	4185.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=50;PP=1695;SC=CCCGCCGCCCCGGGGTCACCC;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=11;TCR=50;TR=61;WE=120220787;WS=120220765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr8	120580546	rs200158900	T	TA	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.86;MQRankSum=0.923;QD=11.99;ReadPosRankSum=1.404;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
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chr8	120602908	rs935359	C	T	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=32;PP=1143;SC=TCAGGCAAGACTAAAACGAAA;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=67;WE=120602916;WS=120602898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr8	120631657	rs5894488	CA	C	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=1.013;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr8	120744349	rs956748	T	C	6509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr8	120744399	rs956749	C	T	4043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=76;PP=2393;SC=TGGATGCATACTCATCTCCAA;SOR=0.970;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=65;TCR=76;TR=141;WE=120744407;WS=120744389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr8	120773124	rs10096846	A	T	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=33;PP=924;SC=TAGAGTCACAAGCCATATAAA;SOR=4.351;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=120773132;WS=120773114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	120790304	rs1509348	T	C	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	120790378	rs35033415	G	GA	1723.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=720;ReadPosRankSum=1.330;SC=GTCTACAAAAGAAAAAAAAGA;SOR=0.270;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=31;WE=120790386;WS=120790368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr8	120793296	rs7002501	C	T	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=4;PP=170;SC=ACTGTACCTTCTGTAGAAAAT;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=120793304;WS=120793286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	120795607	rs13268676	G	A	3236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=35;PP=2141;SC=CCTTTATGCTGTATATAATCT;SOR=1.685;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=86;TCR=35;TR=121;WE=120795615;WS=120795597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr8	120801805	rs6469846	C	T	8444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=166;NR=120;PP=2965;SC=CTTCCCCACTCTGTTGAACTG;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=289;TCF=168;TCR=121;TR=286;WE=120801813;WS=120801795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr8	120803637	rs9297605	C	G	3767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=33;PP=1150;SC=CTGAAACATACTGTAGTATTC;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=76;WE=120803645;WS=120803627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr8	120803654	rs11996390	C	T	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=34;PP=1109;SC=ATTCCCAGGACAGTGTATGTG;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=76;WE=120803662;WS=120803644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr8	120814020	rs7813438	A	G	3787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=43;PP=2032;SC=TAAGAGAGGAAAGCTCTGACT;SOR=1.122;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=75;TCR=43;TR=118;WE=120814028;WS=120814010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr8	120816010	rs4871629	A	G	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=2;PP=863;SC=CTAAATTTGGAAGGGAATAAA;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=33;WE=120816018;WS=120816005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	120818709	.	CTTT	C,CT	1993.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.08;QD=35.60;SOR=2.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,18,37:0.32,0.66:56
chr8	120818715	rs140154778	T	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=6.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.435;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.124;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr8	120818716	.	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=14.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-1.563;QD=1.72;ReadPosRankSum=-0.454;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr8	120843775	rs7828086	T	C	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	120844846	rs11552092	G	C	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	120847078	rs1055133	C	G	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=9;PP=602;SC=TATTTTTCTTCTATCCAGCAA;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=120847086;WS=120847068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	120847123	rs1055131	C	T	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=19;PP=807;SC=AAGAAAAGACCGTTGTTCTTT;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=51;WE=120847131;WS=120847113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	120847188	rs1055130	T	C	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=23;PP=832;SC=CATCGAAGAATGAGAATATTT;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=57;WE=120847196;WS=120847178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	120862767	rs112349158	T	TA	1960.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=21;PP=963;SC=CTAGAAATTATATATATCGTA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=21;WE=120862775;WS=120862757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	120886370	rs7840728	T	A	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=490;SC=CGCGCTTAGCTGCTGCAGCCT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=120886378;WS=120886360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	121013770	rs2271900	A	G	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.41;SOR=1.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr8	121019300	rs6469889	C	T	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=8;PP=191;SC=ACTTCACATGCGTTATTATTA;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=121019308;WS=121019290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	121209000	rs2305597	A	C	2331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=28;PP=1444;ReadPosRankSum=-0.443;SC=TGACAGTAACACATGCGCTTT;SOR=0.876;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=162;TCF=112;TCR=50;TR=93;WE=121209008;WS=121208990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,104:0.58:178
chr8	121210069	rs2305598	T	C	2832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=2.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=-0.695;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,148:0.57:259
chr8	121215991	rs2305600	T	C	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.701;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=515;ReadPosRankSum=-0.490;SC=AGATCGCCTCTGAACCAGACA;SOR=0.621;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=94;TCF=56;TCR=38;TR=49;WE=121215999;WS=121215981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,57:0.52:110
chr8	121220395	rs3765062	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=120;ReadPosRankSum=1.005;SC=TTTGCTGGACGTATTTTCGCT;SOR=0.895;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=11;WE=121220403;WS=121220385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr8	121226143	rs71571669	C	CT	460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.284;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=327;ReadPosRankSum=0.315;SC=AATTATATTGCTTTTTTTTCT;SOR=1.122;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=19;WE=121226151;WS=121226133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr8	121228679	rs4870723	A	C	4791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=1.486;SC=AAGACAGATCAATGGTTATCG;SOR=0.682;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=355;TCF=181;TCR=174;TR=206;WE=121228687;WS=121228669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,223:0.58:385
chr8	121259843	rs2305604	T	C	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.31;ReadPosRankSum=0.111;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,82:0.62:132
chr8	121267617	rs993823	C	T	2879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr8	121290573	rs2305609	T	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=9;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=308;ReadPosRankSum=-1.321;SC=TTTAAAGATTTTTTTTTTCAT;SOR=0.955;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=20;WE=121290581;WS=121290560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr8	121292407	rs1869831	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.580;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=133;ReadPosRankSum=1.162;SC=TGGTTAAATAGTGAGTCCGAT;SOR=1.473;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=11;WE=121292415;WS=121292397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr8	121293142	.	C	CT	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.628;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,25:0.26:97
chr8	121293331	rs1563388	G	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=397;ReadPosRankSum=-1.075;SC=TAAAGTCATCGTATGTTTATT;SOR=0.530;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=29;WE=121293339;WS=121293321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr8	121293376	rs10107534	A	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=56;ReadPosRankSum=-0.582;SC=AACTTGAAATATGGTGTAATA;SOR=1.863;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=6;WE=121293384;WS=121293366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr8	121296045	rs16893819	A	G	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.338;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=464;ReadPosRankSum=1.446;SC=GATCACATTCACATATACATG;SOR=0.283;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=27;WE=121296053;WS=121296035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr8	121298046	rs73329045	C	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.19;ReadPosRankSum=-1.760;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr8	121298156	rs17833992	G	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.42;ReadPosRankSum=1.107;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr8	121309679	rs7357581	A	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=75;ReadPosRankSum=-0.478;SC=TATATAATACATAACATAAAA;SOR=0.283;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=7;WE=121309687;WS=121309669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr8	121309862	rs2219241	A	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=120;ReadPosRankSum=-0.910;SC=TTGATTTTTTAAATTGTATTT;SOR=0.520;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=12;WE=121309870;WS=121309852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr8	121326427	rs10505379	G	T	175.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	121353416	rs1563390	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=111;ReadPosRankSum=1.934;SC=ACTGGTTGCTGTTTATTTTCT;SOR=2.517;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=8;WE=121353424;WS=121353406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr8	121353651	rs1563391	A	G	3869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.32;ReadPosRankSum=0.476;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,190:0.61:314
chr8	121353692	rs1563392	A	T	3093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=74;PP=1904;ReadPosRankSum=-0.052;SC=AATACCATTAATATTCATTGC;SOR=0.854;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=222;TCF=100;TCR=122;TR=131;WE=121353700;WS=121353682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,144:0.58:247
chr8	121354505	rs63246862	GG	AA	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=479;ReadPosRankSum=0.309;SC=CTGTTGCTAGGGGCCAAAGAT;SOR=0.242;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=11;WE=121354514;WS=121354495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr8	121354851	rs2290523	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=125;ReadPosRankSum=0.349;SC=AGAGATCACTGCAGATTACCC;SOR=0.892;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=121354859;WS=121354841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr8	121383048	rs4463470	T	C	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr8	121509825	rs35918868	C	CTTT	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=237;ReadPosRankSum=1.263;SC=AATTTTAGTTCGTGTGTGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=121509833;WS=121509815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
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chr8	121528385	rs35511242	T	C	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=3.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.93;ReadPosRankSum=-0.129;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,58:0.58:100
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chr8	121530190	rs13258848	A	G	3112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=2.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.264;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,166:0.42:398
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chr8	121531154	rs13269481	G	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.189;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=349;ReadPosRankSum=0.141;SC=TACTGAGAGCGTATACTTGCT;SOR=0.180;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=27;WE=121531162;WS=121531144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr8	121534786	rs4285526	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=89;ReadPosRankSum=0.514;SC=TAATCACATTAATACGTGTAG;SOR=0.269;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=121534794;WS=121534776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr8	121535050	rs12681110	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=0.063;SC=CAGCAGTAATCAGTTACTGGT;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=9;WE=121535058;WS=121535040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr8	121561201	rs138861807	GGA	G	237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=-1.878;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr8	121583488	rs72680558	T	C	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=332;ReadPosRankSum=-1.195;SC=CATTTCAAGATGCTTGGGTCC;SOR=0.631;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=112;TCF=74;TCR=38;TR=33;WE=121583496;WS=121583478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,39:0.31:125
chr8	121583533	rs72680559	G	A	2879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=3.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.78;ReadPosRankSum=-0.568;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,77:0.37:209
chr8	121583562	rs72680560	C	T	3798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=4.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.76;ReadPosRankSum=1.428;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,101:0.37:276
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chr8	121583635	rs73707305	G	T	3254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.80;MQRankSum=4.929;QD=15.35;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,88:0.42:212
chr8	121583718	.	GGTTTTTTTTT	G,GT	835.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.528;HP=2;HapScore=4;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=3.641;NF=2;NR=24;PP=487;ReadPosRankSum=3.243;SC=GACTATTGAGGGTTTTTTTTT;SOR=1.476;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=26;WE=121583747;WS=121583708;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.70:33
chr8	121583735	.	T	G	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.84;MQRankSum=1.809;QD=38.17;ReadPosRankSum=2.175;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,20:0.91:22
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chr8	123683642	.	GA	G	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.674;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.861;QD=0.85;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr8	123966159	rs3802265	G	C	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=1.243;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,58:0.46:126
chr8	124027628	rs7159	T	C	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=22;PP=1750;SC=AGTTGTTAAGTGCACCCAGCA;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=61;TCR=22;TR=83;WE=124027636;WS=124027618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr8	124042733	rs2891672	T	C	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=491;SC=ATTTACTATCTTTATGCAGTT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=124042741;WS=124042732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	124085716	rs12541131	C	G	2222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=60;PP=1451;ReadPosRankSum=-1.503;SC=TGGGGGGCTTCTAGTACGGCC;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=77;TCR=113;TR=100;WE=124085724;WS=124085706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,105:0.51:205
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chr8	124096315	rs4871346	C	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=299;ReadPosRankSum=-0.720;SC=CCACCCATTGCATCAGTTCAT;SOR=1.270;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=15;WE=124096323;WS=124096305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
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chr8	124114598	rs146629815	C	CT	1058.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.302;NF=1;NR=29;PP=1802;ReadPosRankSum=-1.080;SC=CGTTTGCCACCTTTTTTTATT;SOR=0.765;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=68;TCF=5;TCR=63;TR=30;WE=124114606;WS=124114579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,56:0.55:102
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chr8	124152970	rs62521803	A	C	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=233;ReadPosRankSum=-1.287;SC=TATATAAATTAGTGATTTTTT;SOR=0.385;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=17;WE=124152978;WS=124152960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
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chr8	124154756	rs10101435	A	G	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=329;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TTTTTTTTAAAAGACAGAGTC;SOR=1.051;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=17;WE=124154764;WS=124154746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr8	124194181	rs11780863	T	C	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=39;PP=1484;ReadPosRankSum=0.616;SC=CATTGCCAGATCACGATCTGA;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=101;TCR=67;TR=98;WE=124194189;WS=124194171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,102:0.56:182
chr8	124194740	rs11988157	C	T	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.264;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=459;ReadPosRankSum=1.724;SC=GGGAGAGTTGCGAAACCCAGC;SOR=1.739;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=27;WE=124194748;WS=124194730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
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chr8	124448736	rs7014678	A	G	2566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=52;PP=1605;ReadPosRankSum=-0.393;SC=GGAGGACAGAACTTCATTTAT;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=126;TCR=101;TR=114;WE=124448744;WS=124448726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,124:0.51:244
chr8	124448804	rs6470147	T	A	2974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=64;PP=1658;ReadPosRankSum=1.797;SC=AGAAGATGCCTTTAAGTCTGA;SOR=0.706;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=299;TCF=155;TCR=144;TR=136;WE=124448812;WS=124448794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,149:0.46:323
chr8	124448907	rs10590897	CTT	C	608.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=5.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=1.091;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
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chr8	124449466	rs3824250	C	T	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.651;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=696;ReadPosRankSum=-0.514;SC=TAGAGTGATCCGTGCAGATTC;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=86;TCR=45;TR=55;WE=124449474;WS=124449456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,58:0.41:143
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chr8	124664873	rs7387792	AT	GC	4856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=3.839;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.18;ReadPosRankSum=-1.314;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,125:0.57:219
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chr8	124693410	rs4471017	G	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.214;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=133;ReadPosRankSum=-0.752;SC=AGTCTCATTTGCAAGTTTGAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=8;WE=124693418;WS=124693400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
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chr8	124693641	rs4314634	G	A	2413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=52;PP=1191;ReadPosRankSum=2.303;SC=AACGTTTATGGTGTGTTCACA;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=76;TCR=80;TR=101;WE=124693649;WS=124693631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,115:0.65:176
chr8	124696867	rs2294015	C	T	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=-1.997;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,37:0.47:78
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chr8	124715120	rs17257150	T	G	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.387;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=631;ReadPosRankSum=0.196;SC=TTAGCTTTGATGCCTTGTGCT;SOR=2.282;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=32;WE=124715128;WS=124715110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr8	124749610	rs6470179	C	T	10526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=196;NR=170;PP=2965;SC=TGTATTTCATCAAGAGATCAG;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=366;TCF=196;TCR=170;TR=366;WE=124749618;WS=124749600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
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chr8	125565328	rs3829037	T	C	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.954;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=814;ReadPosRankSum=-0.680;SC=CCTTGTGGAGTATCCCTTGGG;SOR=0.853;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=139;TCF=88;TCR=51;TR=58;WE=125565336;WS=125565318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,69:0.42:165
chr8	125568182	rs141972884	AGG	A	6451.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.041;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.716;NF=31;NR=72;PP=1785;ReadPosRankSum=-0.081;SC=AGGTTGCTTTAGGGGGGGGGC;SOR=0.503;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=188;TCF=59;TCR=129;TR=103;WE=125568191;WS=125568172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,185:0.62:298
chr8	125570144	rs4870903	G	A	973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr8	125574925	rs7015374	G	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.671;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=626;ReadPosRankSum=0.963;SC=CAGTGGGCAGGGGATTGTCTA;SOR=1.358;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=18;WE=125574933;WS=125574903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr8	125575013	rs4007921	G	A	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=392;ReadPosRankSum=1.606;SC=GGAGCCAAGGGCACCCTTACC;SOR=0.636;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=40;WE=125575021;WS=125575003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,51:0.42:122
chr8	125577869	rs2303952	C	G	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.49;ReadPosRankSum=-0.673;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,62:0.65:96
chr8	125579788	rs3857944	G	A	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=14;PP=1233;SC=TAGCTTCAATGGATGACACGA;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=62;WE=125579796;WS=125579778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	125579973	rs6470251	C	T	4733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=81;NR=75;PP=2700;SC=AAGTTGGGACCACGGGCCGGG;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=81;TCR=75;TR=156;WE=125579981;WS=125579963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr8	125579990	rs6470252	C	T	4661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=79;PP=2868;SC=CGGGCTAGAACGATCCATGGA;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=78;TCR=79;TR=157;WE=125579998;WS=125579980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr8	125580075	rs13251109	G	C	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=731;ReadPosRankSum=0.095;SC=TGGTACCTTCGAATCAGCTTC;SOR=0.675;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=134;TCF=69;TCR=65;TR=56;WE=125580083;WS=125580065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,64:0.43:148
chr8	125580928	rs2288664	A	G	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=553;ReadPosRankSum=1.074;SC=GATTTAAGGCAGCTGTTTTTC;SOR=0.628;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=107;TCF=48;TCR=59;TR=49;WE=125580936;WS=125580918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,52:0.44:119
chr8	125589956	rs7002655	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.214;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr8	125603298	rs11994203	G	A	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=191;SC=CAGACAGATTGTGGGGATTTA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=125603306;WS=125603291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	125711670	rs11358821	TG	T	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=392;ReadPosRankSum=0.377;SC=AGCTCAGCTCTGATAACTTAA;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=11;WE=125711678;WS=125711660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr8	125711882	rs72714775	C	T	2733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=4.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=1.731;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,136:0.53:255
chr8	125739749	rs891542	A	G	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=7.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.80;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,63:0.54:117
chr8	125740259	rs368346561	G	A	3187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.513;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=77;PP=2008;ReadPosRankSum=0.047;SC=GCGGGGCCGGGGCTCGCTCAC;SOR=0.935;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=267;TCF=127;TCR=140;TR=140;WE=125740267;WS=125740249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,153:0.52:297
chr8	125877563	rs13282575	T	C	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.033;QD=10.59;ReadPosRankSum=2.086;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,47:0.82:57
chr8	125877601	.	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=0.098;QD=10.86;ReadPosRankSum=-1.135;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr8	125877607	.	T	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-0.713;QD=11.10;ReadPosRankSum=-0.848;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr8	125877613	.	T	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.050;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQRankSum=-0.114;QD=9.73;ReadPosRankSum=-2.405;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr8	125877619	.	T	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-1.221;QD=8.31;ReadPosRankSum=-1.732;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr8	125989698	rs16900167	C	T	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.158;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=874;ReadPosRankSum=1.422;SC=TTGGCCTTAGCTCCCATCTCA;SOR=0.809;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=196;TCF=105;TCR=91;TR=73;WE=125989707;WS=125989688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,78:0.35:220
chr8	126012245	rs10104486	A	C	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=3.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=-1.186;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,102:0.46:220
chr8	126015400	rs3083763	C	CTT	809.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.819;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,58:0.53:109
chr8	126021164	rs2288312	A	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.552;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=249;ReadPosRankSum=-0.953;SC=GGCTTTTTTTACTGTGTGTTT;SOR=0.374;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=19;WE=126021172;WS=126021154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr8	126023638	rs3750234	C	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.284;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=283;ReadPosRankSum=-0.929;SC=ATAATTAGTTCTTGATTTATC;SOR=0.105;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=17;WE=126023646;WS=126023628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr8	126030809	rs966946	T	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.375;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr8	126033195	rs9297709	T	C	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=785;ReadPosRankSum=-0.082;SC=CAAATCTTTCTTCCTTACACA;SOR=0.596;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=140;TCF=63;TCR=77;TR=62;WE=126033203;WS=126033185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,69:0.43:160
chr8	126056215	rs11370883	G	GC	7166.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=65;PP=2164;SC=CCCGCCTCAGGTAGTTTCAGG;SOR=0.923;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=14;TCR=66;TR=78;WE=126056223;WS=126056205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr8	126068886	rs2303522	T	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.474;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,20:0.24:83
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chr8	126378901	rs149174348	GAC	G	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=256;ReadPosRankSum=1.709;SC=TCCTGATTTTGACACTTTTCC;SOR=1.140;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=7;WE=126378910;WS=126378891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr8	126443348	rs2385113	C	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.896;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,59:0.33:181
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chr8	126445537	rs2235110	C	T	2960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=4.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.48;ReadPosRankSum=-0.305;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,75:0.49:152
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chr8	128099455	rs1840709	G	C	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=1.127;QD=12.36;ReadPosRankSum=1.631;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,68:0.54:126
chr8	128099457	rs61262194	CGTG	C	5033.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=54;PP=2980;SC=AGTCCTTCGTCGTGGTGGTGG;SOR=0.991;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=78;TCF=13;TCR=65;TR=66;WE=128099467;WS=128099445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr8	128428061	rs4871789	A	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.12;ReadPosRankSum=1.058;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
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chr8	128428823	rs7002225	G	C	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.993;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.484;NF=29;NR=15;PP=681;ReadPosRankSum=0.488;SC=AACCAGTATCGAGAACCGAGT;SOR=0.437;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=44;WE=128428831;WS=128428813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,45:0.52:87
chr8	128429262	rs9297754	G	C	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.223;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.327;NF=10;NR=25;PP=610;ReadPosRankSum=1.068;SC=GGAGTTTGTGGCAGGGCTTTT;SOR=1.762;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=35;WE=128429270;WS=128429252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr8	128972721	rs9649959	A	G	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.136;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=14;PP=848;ReadPosRankSum=1.502;SC=GATCACCGAGAGAAGTTAGGA;SOR=1.230;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=100;TCF=68;TCR=32;TR=56;WE=128972729;WS=128972711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,58:0.55:106
chr8	129061242	rs2720660	A	G	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=11;PP=712;SC=TCTCCACTGGACTCTGTGTTC;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=129061250;WS=129061232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	130496365	rs6997249	G	A	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=570;ReadPosRankSum=-0.519;SC=TGATCTGTAAGAGAAGGTAAA;SOR=0.765;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=40;WE=130496373;WS=130496355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,43:0.64:67
chr8	130760774	rs4733559	C	T	4073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=59;PP=2513;SC=GCTGCAGCAACGAGAGAGTCC;SOR=0.980;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=85;TCR=59;TR=144;WE=130760782;WS=130760764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr8	130760850	rs4144738	A	G	5669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=1.730;SC=ATCCAGCTCCATCCTAAGGCC;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=112;TCR=96;TR=207;WE=130760858;WS=130760840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,223:0.99:225
chr8	130761030	rs4144736	G	C	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=34;PP=1150;SC=CCTTTAAGATGAGGAAGAGAA;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=60;WE=130761038;WS=130761020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr8	130761644	rs4527833	C	T	4258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr8	130763708	rs9297800	G	C	3449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=17;PP=2203;SC=TTTCTGACTTGCATAGAAACC;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=85;TCR=17;TR=102;WE=130763716;WS=130763698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr8	130772882	rs11276511	T	TGCCTGAGTCTTTCCCATA	6121.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.12;NF=4;NR=25;PP=2970;SC=AGGTTATTCCTGCCTGAACCT;SOR=1.592;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=53;TCF=5;TCR=48;TR=29;WE=130772890;WS=130772872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr8	130772905	rs1967019	T	C	4120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.28;SOR=1.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr8	130874674	rs298611	A	C	188.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.60;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr8	131173179	rs62524650	G	C	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=6;PP=144;SC=GATAATACCAGAAAACACATA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=131173187;WS=131173169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	131192905	rs28495072	G	C	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.554;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=669;ReadPosRankSum=-0.066;SC=TAATCAAACAGAGTCTGCCTT;SOR=1.192;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=37;WE=131192913;WS=131192895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,43:0.69:62
chr8	131193153	rs71572332	T	TA	755.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.673;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,51:0.57:90
chr8	131199416	rs72722371	T	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=202;ReadPosRankSum=-1.071;SC=AGTTTTTTTTTTTGTTGTCCA;SOR=0.553;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=17;WE=131199424;WS=131199406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
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chr8	131353139	rs13265869	T	C	3031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=1.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.45;ReadPosRankSum=-1.786;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,161:0.45:359
chr8	131373887	rs10091130	C	G	2928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=0.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.892;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,145:0.45:320
chr8	131792607	rs5895055	C	CAAA	346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.56;ReadPosRankSum=0.180;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
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chr8	131812916	rs112136391	T	G	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=1110;ReadPosRankSum=0.577;SC=ACGTGCACAGTCACCCACAGA;SOR=0.748;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=29;WE=131812935;WS=131812906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr8	131812927	rs73715587	G	A	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=1110;ReadPosRankSum=-0.556;SC=CACCCACAGAGAGACAGAAAA;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=26;WE=131812935;WS=131812906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr8	131848465	rs2259296	A	G	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=-1.748;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,49:0.51:97
chr8	131859768	rs56309349	TA	T	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=-3.385;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,42:0.60:70
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chr8	131897082	rs4128982	A	G	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=29;PP=817;SC=AATGTTTTTAAATCATGTTGC;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=131897090;WS=131897072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	131916318	rs11781997	A	G	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.179;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=39;PP=957;ReadPosRankSum=-0.484;SC=GTCATTACACACTCCTGATGT;SOR=0.917;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=118;TCF=53;TCR=65;TR=67;WE=131916326;WS=131916308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,79:0.56:140
chr8	131916374	rs76542596	AG	A	909.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=563;ReadPosRankSum=-0.062;SC=AACCAACACCAGGGTTACACA;SOR=0.737;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=17;WE=131916382;WS=131916364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr8	131921956	rs12547243	A	G	4596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=1.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,228:0.58:396
chr8	131922214	rs28416041	T	C	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.904;QD=22.24;ReadPosRankSum=-0.419;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
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chr8	132002576	rs1329803	G	A	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=18;PP=786;SC=TAAAACAGTAGCTCCATATAA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=46;WE=132002584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr8	132947786	rs16904553	C	T	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=43;PP=989;ReadPosRankSum=0.134;SC=ATATGTCAGTCAATTTCTATT;SOR=0.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=55;TCR=72;TR=76;WE=132947794;WS=132947776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,87:0.60:145
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chr8	132980781	rs2270879	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=64;ReadPosRankSum=0.533;SC=TATTTCTACACATTTTTCGGT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=6;WE=132980789;WS=132980771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
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chr8	132996599	rs16904564	A	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr8	132997111	rs117994747	A	G	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=180;ReadPosRankSum=1.978;SC=TTCCAGTGTAATCAGAGAAAA;SOR=0.556;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=15;WE=132997119;WS=132997101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr8	132998635	rs141130288	GTCATTTAAT	G	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=-1.127;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr8	132999936	rs2270875	A	G	2497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.887;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=71;PP=1709;ReadPosRankSum=-1.826;SC=TTCCGTATGTACCACAAGTAA;SOR=1.044;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=232;TCF=115;TCR=117;TR=127;WE=132999944;WS=132999926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,130:0.51:256
chr8	133008823	rs2270873	G	A	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=21;PP=662;SC=CCACACTTTCGAACAGGAGGA;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=133008831;WS=133008813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	133023163	rs4736529	G	C	6001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=113;PP=2965;SC=AAGACCTCAGGATATGATTTG;SOR=1.168;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=84;TCR=115;TR=196;WE=133023171;WS=133023153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
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chr8	133041179	rs6471025	A	G	3094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.39;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	133041242	rs6471026	C	G	4980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=58;PP=2965;SC=GCTTGGGAAACCATCCACAAG;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=113;TCR=59;TR=171;WE=133041250;WS=133041232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr8	133045480	rs2202068	C	T	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=50;PP=1431;SC=GATGGACATACGAAAGCCAAA;SOR=1.408;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=86;WE=133045488;WS=133045470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr8	133046927	rs6471028	T	C	5859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=52;PP=1818;SC=GACAAGGTCATGGTGCATTTC;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=77;TCR=53;TR=129;WE=133046935;WS=133046917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr8	133046943	rs140152480	G	GAACC	3228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=1540;ReadPosRankSum=1.922;SC=ATTTCATTTGGAACCCAGTTG;SOR=0.663;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=90;TCF=26;TCR=64;TR=33;WE=133046951;WS=133046933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,84:0.43:195
chr8	133046977	rs7834841	A	G	6187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=83;PP=2965;SC=GTCAAGGACAAAGGACATAAA;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=95;TCR=83;TR=177;WE=133046985;WS=133046967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr8	133047071	rs11779306	G	A	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.325;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.031;NF=19;NR=27;PP=535;ReadPosRankSum=1.920;SC=CTTCCTGATCGTGGCCTGCTT;SOR=0.929;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=113;TCF=51;TCR=62;TR=46;WE=133047079;WS=133047061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,53:0.43:124
chr8	133048593	rs1472571	C	T	3004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,141:0.56:251
chr8	133048619	rs7461611	T	C	7247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=136;NR=106;PP=2965;SC=TCTGCTTACTTTTCTTGGAGA;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=136;TCR=106;TR=242;WE=133048627;WS=133048609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr8	133049810	rs6992506	A	G	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=40;PP=1228;SC=TCTCAAAGGAAAACAGGCTGG;SOR=1.463;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=65;WE=133049818;WS=133049800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr8	133050900	rs871959	A	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=117;ReadPosRankSum=-0.728;SC=TCCTAGCCAGAGAAGGCAGGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=133050908;WS=133050898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
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chr8	133053309	rs7386782	T	C	5896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.01;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
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chr8	133101818	rs6471038	G	A	4324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
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chr8	133107893	rs10956634	A	G	6526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=127;NR=108;PP=2965;SC=CACACAGACCAGCCCTGCAAC;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=127;TCR=108;TR=235;WE=133107901;WS=133107883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr8	133108110	rs2469607	T	C	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=343;ReadPosRankSum=0.151;SC=AAACAGTCCCTAGAAATTAAC;SOR=1.218;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=22;WE=133108118;WS=133108100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr8	133111307	rs2469493	C	G	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=33;PP=1020;SC=AACTTCTTTGCACATGTGCTG;SOR=1.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=133111315;WS=133111297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	133112392	rs1370568	G	A	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=53;PP=1715;SC=CTGGGAAGGAGACAGTTTTCA;SOR=1.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=52;TCR=53;TR=105;WE=133112400;WS=133112382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr8	133113531	rs34842500	A	T	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=814;ReadPosRankSum=-2.253;SC=CTGAAATAAAAGTTTTCATGA;SOR=0.955;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=52;WE=133113539;WS=133113521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,55:0.50:110
chr8	133116251	rs6998880	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.646;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr8	133116310	rs2436098	G	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.04;ReadPosRankSum=-1.266;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr8	133117362	rs9642906	T	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=258;ReadPosRankSum=-0.479;SC=GCTGCTGAGGTTCTCTAAAGC;SOR=0.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=23;WE=133117370;WS=133117352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr8	133144346	rs77693956	A	G	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=-1.679;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr8	133146798	rs111447844	TGAGGA	T	535.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.86;MQRankSum=0.957;QD=28.20;ReadPosRankSum=-2.054;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr8	133150103	rs2469515	C	T	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=36;PP=980;ReadPosRankSum=1.955;SC=TTGAGGGGAGCGCAGTCCCTC;SOR=0.358;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=123;TCF=73;TCR=50;TR=76;WE=133150111;WS=133150093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,81:0.60:134
chr8	133175971	rs893391	G	C	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=28;PP=783;SC=TTTTCAGCCAGTCATTCATTC;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=133175979;WS=133175961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	133184644	rs3049340	TAC	T	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=1.370;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr8	133492917	.	A	ACC	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=1.791;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr8	133584558	rs9297853	A	G	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.480;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=41;PP=1236;ReadPosRankSum=0.438;SC=GATGTTTCAAATCAGCGGAGG;SOR=0.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=130;TCR=97;TR=95;WE=133584566;WS=133584548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,99:0.41:239
chr8	133584821	rs16904707	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.673;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=200;ReadPosRankSum=0.667;SC=TTCAGCAAACGTTGGCAAGTA;SOR=2.749;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=14;WE=133584829;WS=133584811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr8	133590719	rs13281184	C	T	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=508;ReadPosRankSum=1.892;SC=GTCTTACCCACGACCTGACTG;SOR=0.729;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=133;TCF=75;TCR=58;TR=47;WE=133590727;WS=133590709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,55:0.36:153
chr8	133627477	rs55641476	A	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=-1.545;SC=TTAGTGGTTGAACAATCAAAT;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=6;WE=133627485;WS=133627467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr8	133634814	rs2272681	C	T	3263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.291;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=68;PP=2155;ReadPosRankSum=0.729;SC=ACACCATTGACTGACACTTTT;SOR=0.935;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=398;TCF=219;TCR=179;TR=164;WE=133634822;WS=133634804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,173:0.40:431
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chr8	133637776	rs2293980	T	A	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.127;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=583;ReadPosRankSum=-0.033;SC=CCCTTTAATATCTATACACTT;SOR=1.194;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=98;TCF=35;TCR=63;TR=42;WE=133637784;WS=133637766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,47:0.43:110
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chr8	133913525	rs853322	A	G	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=540;ReadPosRankSum=2.681;SC=GTGGGTGGTGAGGAGGGTGAT;SOR=0.568;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=37;WE=133913533;WS=133913515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr8	133919047	rs114944116	G	T	2467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=51;PP=1410;ReadPosRankSum=1.127;SC=TTGCTGTGCCGCCAGGGCTCC;SOR=0.690;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=249;TCF=139;TCR=110;TR=112;WE=133919055;WS=133919037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,125:0.44:283
chr8	133920321	rs866468	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=208;ReadPosRankSum=-0.130;SC=GGCAGTGCTTATGTGTTTTGA;SOR=0.746;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=11;WE=133920329;WS=133920311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
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chr8	133920518	rs2069556	A	G	4057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=2.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.08;ReadPosRankSum=-1.764;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,193:0.57:336
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chr8	133975283	rs2069561	G	A	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=631;ReadPosRankSum=0.326;SC=ATGTAGAAAAGACACAGTGCC;SOR=0.812;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=108;TCF=61;TCR=47;TR=52;WE=133975291;WS=133975273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,58:0.46:127
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chr8	133983955	rs72727453	A	G	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.512;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=3;PP=624;ReadPosRankSum=0.460;SC=TCCCCAAAGCAAGAATGACTA;SOR=1.927;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=38;WE=133983963;WS=133983945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr8	133984058	rs2076740	C	T	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=49;PP=1308;ReadPosRankSum=0.434;SC=ATGTGAACGACGGTGCGATGC;SOR=0.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=262;TCF=144;TCR=118;TR=109;WE=133984066;WS=133984048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,115:0.42:276
chr8	133984814	rs150963971	G	GT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=-2.170;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
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chr8	133984821	rs1554541	G	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.09;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=1.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr8	133985019	rs1403488	G	A	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=4.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.02;ReadPosRankSum=-2.115;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,51:0.61:83
chr8	133985059	rs1403487	A	G	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.41;ReadPosRankSum=0.723;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
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chr8	134006813	rs1533909	C	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=327;ReadPosRankSum=0.237;SC=TAGTATGTTACAAGTGGCTAG;SOR=0.880;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=22;WE=134006821;WS=134006803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr8	134024462	rs7827593	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.796;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=-1.243;SC=GGGCAGCCAAGGTGTCCAAGG;SOR=0.129;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=6;WE=134024470;WS=134024452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr8	134025781	rs10105991	A	T	3754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.79;SOR=1.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr8	134025781	.	AGA	TGG	2482	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=50;NR=19;PP=2482;QD=36.7459112299;SC=GATGACTGGAAGAATGCATGA;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=69;WE=134025791;WS=134025771;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,69:0.97:71
chr8	134025783	rs10105992	A	G	3754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.67;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr8	134052198	rs3835182	G	GCACA	690.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=4.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.987;SOR=1.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
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chr8	134107618	rs10103453	G	A	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=204;SC=CTGTGCATGCGCCACAGCCTG;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=134107626;WS=134107608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr8	134114771	rs4478553	C	T	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,76:0.51:149
chr8	134125650	rs72433148	C	CT	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.35;ReadPosRankSum=0.460;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,28:0.16:176
chr8	134125682	rs1133076	G	A	6673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=123;NR=106;PP=2965;SC=GAGGAAAGTCGAGGCCGGACC;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=123;TCR=106;TR=229;WE=134125690;WS=134125672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr8	134129130	rs35664939	T	TA	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.067;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr8	134144113	rs2294024	C	T	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=667;ReadPosRankSum=0.462;SC=ACCCAGCCTACGAGGGGCAGT;SOR=0.668;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=132;TCF=60;TCR=72;TR=55;WE=134144121;WS=134144103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,62:0.42:149
chr8	134146001	rs34419422	C	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=0.754;SC=GCATTGGAGCCAAGGGGTCAC;SOR=0.093;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=134146009;WS=134145991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr8	134225068	rs10089461	T	C	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=10;PP=617;SC=GAAACCCCTGTCTCAGCAGCC;SOR=1.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=134225076;WS=134225058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	134225396	rs55733525	T	TC	13488.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=136;PP=2967;SC=CGTAAGTGAGTCCTCCATACC;SOR=0.809;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=177;TCF=33;TCR=144;TR=169;WE=134225404;WS=134225386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr8	134225434	rs13258091	T	C	7902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=86;NR=129;PP=2965;SC=GCACCCCCAGTTCTGGCCCCA;SOR=1.094;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=216;TCF=86;TCR=130;TR=215;WE=134225442;WS=134225424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr8	134237578	rs2280834	G	C	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=5;PP=768;SC=TGAAAGTGAGGGTTGGGGGCT;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=134237586;WS=134237568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	134251449	rs2929976	T	C	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=28;PP=770;SC=ACATGCTCTTTTACGTGCCAG;SOR=1.480;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=134251457;WS=134251439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	134258711	rs2233339	A	G	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.403;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=240;ReadPosRankSum=1.037;SC=AGCACCCAATATATGTTCATA;SOR=1.060;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=18;WE=134258719;WS=134258701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,20:0.29:68
chr8	134261065	rs2233335	T	G	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=645;ReadPosRankSum=-1.098;SC=CCTGGAGAAATCTCCCACTCC;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=44;WE=134261073;WS=134261055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,46:0.50:92
chr8	134262532	rs2272648	T	C	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=6.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.655;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr8	134270548	rs2272651	T	C	2339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.93;ReadPosRankSum=0.452;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,110:0.61:181
chr8	134271329	rs2233329	C	A	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=376;ReadPosRankSum=1.107;SC=AGTGGTCAGTCCAGATCAAAG;SOR=0.461;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=30;WE=134271337;WS=134271319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr8	134274226	rs2233324	C	G	14789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=300;NR=223;PP=2965;SC=GAGCAAAGCACCTGAACCCCT;SOR=1.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=524;TCF=300;TCR=224;TR=523;WE=134274234;WS=134274216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,552:1.00:552
chr8	134292288	rs2977507	T	C	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=490;SC=TCCTGATTCTTTGGCCAGCAC;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=134292296;WS=134292278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	134292516	rs2272653	A	G	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=33;PP=853;ReadPosRankSum=-0.318;SC=ATGGTCTGTGAAAAGACAAAA;SOR=0.727;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=101;TCF=50;TCR=51;TR=63;WE=134292530;WS=134292506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,68:0.58:117
chr8	134296722	rs7816664	T	C	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=440;ReadPosRankSum=0.974;SC=GATGAGGAGGTCCCTTGTACA;SOR=0.490;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=25;WE=134296730;WS=134296712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr8	134296742	rs7820205	T	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=250;ReadPosRankSum=0.976;SC=ACACAGCCCATGGACCCAACC;SOR=1.371;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=17;WE=134296750;WS=134296732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
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chr8	134308937	.	G	GAC	81.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=20.27;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr8	134475820	rs2075823	C	T	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=11;PP=344;SC=TCCTGCCCCCCATAGCTTCCC;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=134475828;WS=134475810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	134488007	rs2230542	G	A	5370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=70;PP=2965;SC=CGTTCTGGGCGGTCAGCAGCG;SOR=0.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=108;TCR=71;TR=178;WE=134488015;WS=134487997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr8	135521970	rs11778717	G	A	5271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=94;PP=2942;SC=GGATGTTCACGGCCGTGGGGT;SOR=1.018;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=82;TCR=96;TR=176;WE=135521978;WS=135521960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr8	135522364	rs2289547	A	G	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=60;PP=1888;SC=TCCTGGGAGCACCCAGCAAGC;SOR=1.209;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=101;WE=135522372;WS=135522354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr8	135522463	rs2289548	G	C	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=22;PP=627;SC=ATTATTCAACGAGTAGGCTTT;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=135522471;WS=135522453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	135524938	rs3739427	T	C	246.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=176;SC=CAAACGCATATAAGAAAGCAA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=135524946;WS=135524928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	135595944	rs7825462	T	C	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.195;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=500;ReadPosRankSum=0.826;SC=TCTTCACCGCTCTTCCAGAAG;SOR=0.178;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=84;TCF=66;TCR=18;TR=36;WE=135595952;WS=135595934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr8	135596318	rs137885117	A	AAT	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr8	135612595	rs894343	A	G	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=6;PP=526;ReadPosRankSum=-1.167;SC=GACCTGCAGCAGAGACACCTA;SOR=0.865;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=60;TCR=11;TR=37;WE=135612603;WS=135612585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr8	135614705	rs3739423	A	G	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=60;PP=1650;ReadPosRankSum=0.621;SC=TATGGCGGTCACGGTCCAGCT;SOR=0.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=340;TCF=184;TCR=156;TR=129;WE=135614713;WS=135614695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,137:0.38:360
chr8	135649548	rs17698962	A	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.214;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=111;ReadPosRankSum=1.774;SC=ACTTACGGTAATAGTCATCAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=6;WE=135649556;WS=135649544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr8	135725058	rs71528372	C	T	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=5.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.81;ReadPosRankSum=-1.321;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,54:0.68:80
chr8	135812876	rs41272391	T	G	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.48;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,50:0.62:81
chr8	136303595	rs75023938	G	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.214;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=326;ReadPosRankSum=0.151;SC=AGCTTGTGCAGGTGAGCCTAT;SOR=0.310;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=22;WE=136303603;WS=136303585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr8	136306291	.	G	C	50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5096;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=50;QD=21.1928031368;SC=CTTACGAAAGGATTCACCAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=136306299;WS=136306281;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,4:0.80:5
chr8	136560952	rs12545587	A	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=424;ReadPosRankSum=1.204;SC=TTCATTTCTTATAATGACACG;SOR=0.551;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=28;WE=136560960;WS=136560942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr8	136561153	rs11166602	A	G	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.157;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=671;ReadPosRankSum=0.849;SC=TGTTAGTACCATTTTTCTTGA;SOR=1.003;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=52;WE=136561161;WS=136561143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,56:0.41:136
chr8	136657198	rs4243846	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.207;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=151;ReadPosRankSum=-1.341;SC=ATTTTCAGTCTTGCCCTTCAT;SOR=0.250;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=10;WE=136657206;WS=136657188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr8	136657233	rs6984897	C	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=427;ReadPosRankSum=0.154;SC=TTTTACAATACGTTATTGAAT;SOR=1.798;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=25;WE=136657241;WS=136657223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr8	136659426	rs3184618	G	A	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=527;ReadPosRankSum=-1.225;SC=AAATAAATCAGAATGCTTAAA;SOR=0.960;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=30;WE=136659434;WS=136659416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr8	139144766	rs71532161	T	C	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=1.236;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr8	139149510	rs6577877	A	C	3641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=92;PP=2341;ReadPosRankSum=0.805;SC=AGCCCTGTAAAAATTAGCCAG;SOR=0.650;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=356;TCF=164;TCR=192;TR=169;WE=139149518;WS=139149500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,180:0.48:378
chr8	139151375	rs4634694	C	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.64;ReadPosRankSum=-1.078;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,41:0.41:99
chr8	139151421	rs4634695	C	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=724;ReadPosRankSum=-1.655;SC=GTGAGATGAACGTTAAACTGA;SOR=1.501;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=15;WE=139151436;WS=139151411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr8	139151428	rs35147483	C	CTG	546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.714;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=716;ReadPosRankSum=-2.156;SC=GAACGTTAAACTGAATTTTAG;SOR=1.516;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=10;WE=139151436;WS=139151411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,16:0.30:54
chr8	139153374	rs4909738	G	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.098;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
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chr8	139164192	rs3750306	G	A	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.925;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=42;PP=979;ReadPosRankSum=2.618;SC=CTATGTATCCGGGGCCCTGCT;SOR=0.892;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=205;TCF=104;TCR=101;TR=81;WE=139164200;WS=139164182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,94:0.39:240
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chr8	139620267	rs11166829	G	A	4628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=87;PP=2783;SC=ATCCTGCCAGGGCATCAAAGA;SOR=1.039;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=71;TCR=87;TR=158;WE=139620275;WS=139620257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
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chr8	139635920	rs7839790	T	A	3984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=58;PP=2060;SC=AGTAGTTGTTTTTGACATGTA;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=82;TCR=58;TR=140;WE=139635928;WS=139635910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr8	139638307	rs3924860	T	C	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=407;SC=GTTTCTAATTTTCTACAACAC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=139638315;WS=139638297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr8	139648892	rs11166830	G	A	3548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=1.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr8	139658747	rs4909439	C	T	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=15;PP=880;SC=TGCTTAGACCCAGAACAGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=44;WE=139658755;WS=139658737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	139668032	rs11166832	T	C	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr8	139668300	rs12675091	C	T	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=43;PP=1304;SC=TGACACACTGCGCCGTGCGTG;SOR=1.029;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=84;WE=139668308;WS=139668290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr8	139672602	rs4072506	T	C	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=10;PP=1057;SC=CCTCTTGAACTTTCTGAGTTG;SOR=2.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=51;WE=139672610;WS=139672592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	139672671	rs3935045	T	C	4105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
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chr8	139675869	rs11166835	G	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.540;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
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chr8	139727811	.	TTAAAA	T	361.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=8.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.31;ReadPosRankSum=1.751;SOR=2.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
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chr8	139733089	rs34929697	CA	C	711.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.96;ReadPosRankSum=1.916;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
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chr8	139736649	rs28726333	C	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.696;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=42;ReadPosRankSum=-0.315;SC=GCCAGGGCACCCAGGGAGCCT;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=5;WE=139736657;WS=139736641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr8	139736726	rs62527958	T	C	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=347;ReadPosRankSum=-0.184;SC=GCTCCGGGGCTGCAGGCCTTG;SOR=0.534;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=28;WE=139736734;WS=139736716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr8	139736793	rs62527959	A	G	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.812;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=28;PP=856;ReadPosRankSum=-2.634;SC=GCAAGGGCTCAGTGCTCCCCC;SOR=0.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=89;TCR=51;TR=76;WE=139736801;WS=139736783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,91:0.56:163
chr8	139736933	rs10112806	C	A	2789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.406;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=57;PP=1516;ReadPosRankSum=-0.725;SC=CCACATGGACCCTGTTAGCCT;SOR=0.506;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=230;TCF=117;TCR=113;TR=122;WE=139736941;WS=139736923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,138:0.53:261
chr8	139737521	rs12545759	G	A	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.028;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=518;ReadPosRankSum=-0.301;SC=TTTTGCACTGGACTTGGGTGG;SOR=0.298;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=33;WE=139737529;WS=139737511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,33:0.69:48
chr8	139749638	rs4409435	T	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=145;ReadPosRankSum=1.980;SC=ACCCACTGGCTGTTCTTTTTA;SOR=0.425;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=14;WE=139749646;WS=139749628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr8	139767349	rs2318338	T	C	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.344;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=571;ReadPosRankSum=-0.351;SC=CCAAACCCATTGGTAAGAGAA;SOR=0.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=70;TCR=23;TR=44;WE=139767357;WS=139767339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,49:0.49:99
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chr8	139774852	rs149851445	C	CACACACA	629.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=831;ReadPosRankSum=4.033;SC=CACACACACACAACAGCCCTA;SOR=0.524;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=20;WE=139774874;WS=139774842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,23:0.33:69
chr8	139774866	rs12550638	G	A	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=1067;ReadPosRankSum=3.102;SC=AGCCCTAGACGGGATGTGTCT;SOR=0.588;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=19;WE=139774874;WS=139774842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr8	139823922	rs2318332	C	G	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=195;ReadPosRankSum=-1.028;SC=AGGGTGCTGTCAGCTGACAGC;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=10;WE=139823930;WS=139823912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
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chr8	141525465	rs2231527	T	C	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=21;PP=446;SC=AGTTCCAGTGTGTGGTATTCT;SOR=1.819;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=141525473;WS=141525455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	141549326	rs115826075	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.977;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=260;ReadPosRankSum=1.829;SC=GGGACAGCGGCACTGTGGCCA;SOR=0.336;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=19;WE=141549334;WS=141549316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr8	141549346	rs35387146	CT	C	700.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=567;ReadPosRankSum=0.932;SC=AGCAGGTTCTCTTGTGAGTGT;SOR=0.563;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=17;WE=141549354;WS=141549336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr8	141557497	rs2292782	T	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=266;ReadPosRankSum=0.704;SC=CCCTGCATACTGCACCCCACC;SOR=0.552;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=20;WE=141557505;WS=141557487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
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chr8	141568622	rs2292778	G	A	3509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=81;PP=1856;ReadPosRankSum=1.554;SC=CATTGCAGACGCGGTACTTCC;SOR=0.610;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=423;TCF=211;TCR=212;TR=172;WE=141568630;WS=141568612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,190:0.42:448
chr8	141568699	rs2292777	A	G	2089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.253;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=69;PP=1422;ReadPosRankSum=-0.683;SC=AGGCATCGGCATCGGGGCTGT;SOR=0.873;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=240;TCF=87;TCR=153;TR=104;WE=141568707;WS=141568689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,106:0.42:251
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chr8	141583108	rs34527405	ATT	A,AT	1467.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.814;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.47;ReadPosRankSum=0.433;SOR=0.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,39,43:0.46,0.51:84
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chr8	142138860	rs3739232	C	G	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=10;PP=721;SC=TGCTGGAGCTCTGCGCGCTGC;SOR=1.201;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=142138868;WS=142138850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	142146708	rs307772	T	C	2874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=3.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.354;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,148:0.49:303
chr8	142160298	rs191854440	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.223;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=196;ReadPosRankSum=-0.050;SC=GGCAGGAACTCGCTGTTTGCA;SOR=1.312;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=15;WE=142160306;WS=142160288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
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chr8	142170884	rs2289001	C	T	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=649;ReadPosRankSum=-1.148;SC=TGAGCATCTTCAGGTACGTGA;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=68;TCR=54;TR=56;WE=142170892;WS=142170874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,64:0.45:141
chr8	142173356	rs428300	C	T	329.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=220;ReadPosRankSum=0.607;SC=CTAACCATTTCTCTGCTACTA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=142173364;WS=142173346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr8	142176507	rs412706	T	C	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=453;ReadPosRankSum=-0.901;SC=TGCCCCCCACTGTGGTGCTGT;SOR=1.600;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=34;WE=142176515;WS=142176497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,41:0.58:71
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chr8	142185718	rs307733	T	C	5167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.92;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
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chr8	142222445	rs3739238	T	C	6724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.831;SC=TCTGACACGTTGGGATAGATC;SOR=1.416;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=235;TCF=158;TCR=77;TR=231;WE=142222453;WS=142222435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,247:0.99:249
chr8	142226108	rs892364	C	T	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=67;PP=1842;SC=AGTGGGCAGGCGGCTGGCTCC;SOR=1.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=30;TCR=67;TR=97;WE=142226116;WS=142226098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr8	142228077	rs3842198	AGAGCGGCCCCGCTCCGGT	A	4150.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=24;PP=2973;SC=GTGGGCAGAGAGAGCGGCCCC;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=40;WE=142228102;WS=142228067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr8	142228809	rs753779	T	C	7035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=117;NR=118;PP=2965;SC=GCACGTGCAATGCCGAGTCGC;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=117;TCR=119;TR=235;WE=142228817;WS=142228799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr8	142228909	rs753778	G	A	9283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=165;NR=172;PP=2965;SC=GACGCCGTGCGGCTCGCCCCC;SOR=0.947;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=340;TCF=168;TCR=172;TR=337;WE=142228917;WS=142228899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr8	142229145	rs3739235	A	G	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=73;PP=2262;SC=GGGAGGAAGCAGCAGCCGGTG;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=40;TCR=73;TR=113;WE=142229153;WS=142229135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr8	142229178	rs3739234	G	A	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=48;PP=1473;SC=CAGGCCACAGGGGGGGAAGCT;SOR=2.505;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=63;WE=142229186;WS=142229168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	142229891	rs2304279	A	G	6080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=103;PP=2965;SC=GCACGATGCCAATGGGCTGCC;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=96;TCR=103;TR=198;WE=142229899;WS=142229881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr8	142229946	rs4961256	G	A	3194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=57;PP=1837;SC=GAGCACACGGGAGGGCGGTCA;SOR=1.322;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=94;WE=142229954;WS=142229936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr8	142231944	rs6983780	GC	AG	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=22;PP=1331;SC=CCCGCGACAGGCAGGTGCCTC;SOR=2.670;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=30;WE=142231953;WS=142231934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	142266691	rs7002500	A	C	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.224;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,86:0.42:207
chr8	142266958	rs71504829	CT	C	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.86;ReadPosRankSum=-0.715;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr8	142367335	rs10875472	T	C	8181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=145;NR=127;PP=2965;SC=GCGACCCTGGTGGAGCAGACC;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=272;TCF=145;TCR=127;TR=272;WE=142367343;WS=142367325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr8	142367400	rs11167054	G	A	10078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=178;NR=153;PP=2965;SC=TGACCAGCAGGGGCAGCAGGA;SOR=0.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=332;TCF=178;TCR=154;TR=331;WE=142367408;WS=142367390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr8	142367559	rs11785629	G	A	7786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=138;PP=2965;SC=GGGAGCCTTCGGGCCGCACGA;SOR=1.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=113;TCR=139;TR=251;WE=142367567;WS=142367549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr8	142368150	rs7388121	T	G	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.24;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	142368156	rs7388122	T	A	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.78;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	142444234	rs371671775	GGGGT	G	956.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.46;QD=39.86;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	142444240	rs28490954	G	C	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.39;QD=40.24;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	142444254	rs28372340	T	G	251.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.81;QD=35.97;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	142444526	rs10104447	G	C	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=5;PP=664;SC=ATGCTGGGTAGGGGGGGCAGG;SOR=3.365;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=36;WE=142444534;WS=142444516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr8	142445055	rs13250250	G	C	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=21;PP=662;SC=ACCTGGCTGGGACGGGCTGGG;SOR=1.203;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=142445070;WS=142445045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr8	142445095	.	CCA	TCT	563	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=44;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=7;NR=18;PP=563;QD=24.6587149945;SC=TCCTCCAGCCCCAGTTTGCCT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=142445105;WS=142445085;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	142445097	rs28590477	A	T	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.44;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr8	142445540	rs143051012	T	TGCCCGCGGCCCTGGCCC	12323.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=47;PP=2957;SC=CAGGCTGGTCTGCCCGCGGCC;SOR=0.783;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=126;TCF=34;TCR=92;TR=63;WE=142445548;WS=142445528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr8	142445557	.	CT	C	700	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=108;MMLQ=24;MQ=59.93;NF=16;NR=48;PP=700;QD=11.34375;SC=GGCCCTGGCCCTGCCCCTTCC;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=163;TCF=58;TCR=105;TR=64;WE=142445565;WS=142445547;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:99,64:0.39:163
chr8	142445680	rs11784911	A	T	10897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=182;PP=2965;ReadPosRankSum=0.031;SC=CACAGTCCATATTCACACAAG;SOR=0.113;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=381;TCF=199;TCR=182;TR=378;WE=142445688;WS=142445670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,408:1.00:410
chr8	142446922	rs201498866	C	A	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.03;ReadPosRankSum=-0.938;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,57:0.68:84
chr8	142446922	.	CC	AT	527	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=20;MQ=59.71;NF=18;NR=24;PP=527;QD=13.8206636872;SC=CTGGAAGAAGCCGTCGAGCAA;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=42;WE=142446931;WS=142446912;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:27,42:0.61:69
chr8	142446923	rs11782383	C	T	3209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.67;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr8	142451177	rs7459842	G	A	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=23;PP=779;SC=TTCTGCTGGGGTGTCAAGGAG;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=53;WE=142451185;WS=142451167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	142457961	rs13259488	A	C	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=10;PP=1182;SC=GCGGAACCCTATGTGTGTCTG;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=52;WE=142457969;WS=142457951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr8	142458053	rs6578185	A	G	4343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=65;PP=2468;SC=TGCTTGGGCTAGGGCTCGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=78;TCR=65;TR=143;WE=142458061;WS=142458043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr8	142459814	rs7003306	C	T	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=23;PP=786;SC=CGTGGGCTGCCCAGCCCCCAG;SOR=1.508;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=38;WE=142459822;WS=142459804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	142476714	rs138345519	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=68;ReadPosRankSum=0.041;SC=TGCCCTGGGAGCCTGAAGGCA;SOR=0.368;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=8;WE=142476722;WS=142476704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr8	142477752	rs11775650	T	C	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=41;PP=1047;SC=CCCAGGATCTTGCAAGTCTCT;SOR=1.310;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=69;WE=142477760;WS=142477742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr8	142480610	rs4907398	C	T	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=50;NR=25;PP=1197;SC=AGTGAGCGAGCGCATTTACCC;SOR=1.295;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=75;WE=142480618;WS=142480600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr8	142483145	rs60130313	ACC	A	465.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=33.27;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	142484366	rs33975024	A	AG	5999.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=65;PP=2957;SC=TGCCACGCCCAGTGGACGCAG;SOR=0.895;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=10;TCR=67;TR=75;WE=142484374;WS=142484356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr8	142487333	rs2247440	A	G	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=323;SC=GGAGAACAGGAATGTTCCCTG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=142487341;WS=142487323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	142488662	rs2613643	C	T	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr8	142489410	rs2748418	A	G	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=47;PP=1415;SC=CGCCAGCCCCAAGGTCAGAGC;SOR=1.007;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=88;WE=142489418;WS=142489400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr8	142489981	rs2748417	C	T	3685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=49;PP=2270;SC=CAGGTGGTGGCGGGGACAGGG;SOR=1.296;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=85;TCR=49;TR=133;WE=142489989;WS=142489971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr8	142490079	rs2613641	G	A	6687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.732;HP=7;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=0.803;SC=CCGTGGCACCGTTTTTTTCAG;SOR=0.589;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=272;TCF=137;TCR=135;TR=268;WE=142490087;WS=142490068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,277:0.98:282
chr8	142490120	rs2748416	G	T	7366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=130;NR=125;PP=2965;SC=TAGGTAAACAGGAAGGCCTGT;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=131;TCR=126;TR=255;WE=142490128;WS=142490110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr8	142505038	rs6578193	T	C	3619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr8	142505056	rs2246587	TG	CT	5492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.91;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr8	142505578	rs2748404	C	A	2222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=37;PP=1326;SC=ATCTTGAAGCCGGTGGCTAAG;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=39;TCR=37;TR=76;WE=142505586;WS=142505568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr8	142506436	rs78443189	C	T	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=487;ReadPosRankSum=0.673;SC=TGTAGGCTTCCCCCATGAACA;SOR=0.848;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=31;WE=142506444;WS=142506426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
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chr8	142517130	rs11355664	TG	T	3602.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=1843;ReadPosRankSum=-1.332;SC=TGAGTACCGGTGGGGGGGGGT;SOR=0.428;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=55;WE=142517142;WS=142517119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
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chr8	143569940	rs13255287	T	C	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=584;ReadPosRankSum=1.457;SC=GTCACCACCCTTCTGGAGTCT;SOR=1.038;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=30;WE=143569948;WS=143569930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr8	143570921	rs7825551	A	G	3861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=98;PP=2335;ReadPosRankSum=0.639;SC=TTCGAGAGCTACTTTTATCCC;SOR=0.723;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=312;TCF=126;TCR=186;TR=166;WE=143570929;WS=143570911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,178:0.55:325
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chr8	143599665	rs13254123	T	C	5854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=70;NR=121;PP=2965;SC=GCCTCTTCCCTTGAAGGTCAC;SOR=1.393;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=70;TCR=121;TR=191;WE=143599673;WS=143599641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
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chr8	143599716	rs13278828	G	C	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=92;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=58;PP=1824;SC=TTGTCCTCACGTTCCCAGTCA;SOR=2.613;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=16;TCR=58;TR=74;WE=143599724;WS=143599694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr8	143599734	rs13281922	A	C	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=123;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=50;PP=1510;SC=TCACCTCCGCATTTGCCACGG;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=60;WE=143599761;WS=143599724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	143599746	rs13281935	A	C	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.89;SOR=3.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	143599753	rs13281945	A	C	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.89;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	143603269	rs7463713	A	G	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=388;SC=CTCAGTGGGGACAGGTGTGGG;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=143603277;WS=143603259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	143603318	rs7462471	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.589;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=188;ReadPosRankSum=0.705;SC=GCCCTGGGCCCCACACAGGTG;SOR=0.307;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=14;WE=143603326;WS=143603308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
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chr8	143605470	rs13267277	G	A	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=2.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.05;ReadPosRankSum=3.544;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,130:0.49:266
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chr8	143696832	rs28625055	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=6.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.52;ReadPosRankSum=1.651;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
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chr8	143746416	rs754957	A	G	3072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=69;PP=1845;ReadPosRankSum=1.064;SC=TGTAGCGGGCATGGGGGCCCT;SOR=0.689;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=264;TCF=139;TCR=125;TR=144;WE=143746424;WS=143746406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,152:0.54:282
chr8	143746701	rs3802232	A	G	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.828;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=36;PP=1119;ReadPosRankSum=0.213;SC=CCACCCAGGCATTCCCCTGGG;SOR=0.842;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=158;TCF=91;TCR=67;TR=87;WE=143746709;WS=143746691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,99:0.55:181
chr8	143747097	rs34800931	C	T	3012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.489;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=64;PP=1918;ReadPosRankSum=3.195;SC=ACACGCAGGGCTCAGTGAGCT;SOR=0.640;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=279;TCF=146;TCR=133;TR=138;WE=143747105;WS=143747087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,147:0.49:299
chr8	143747389	rs34288113	G	A	2660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=59;PP=1476;ReadPosRankSum=-0.267;SC=CTCCAGGCGCGTGCAGATGTC;SOR=0.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=131;TCR=121;TR=123;WE=143747397;WS=143747379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,135:0.49:273
chr8	143761931	rs2294008	C	T	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.93;ReadPosRankSum=-0.868;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,58:0.58:100
chr8	143762135	rs2920279	A	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=128;ReadPosRankSum=-1.256;SC=TCCTCCAGGGAAGCTCTTGGC;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=14;WE=143762143;WS=143762125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr8	143762172	rs143255364	C	CCGT	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=100;ReadPosRankSum=-1.911;SC=CTGTTCCCTGCCGTCCCCTGT;SOR=0.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=3;WE=143762180;WS=143762162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr8	143762724	rs2976391	C	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=177;ReadPosRankSum=-1.292;SC=CCTCTGAGGCCCCTCCCACTC;SOR=0.568;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=20;WE=143762732;WS=143762714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,24:0.28:86
chr8	143762807	rs3736001	G	A	2956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=2.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.95;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,139:0.66:212
chr8	143762932	rs2976392	G	A	3087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=70;PP=1816;ReadPosRankSum=0.297;SC=GTCCGCATCTGTGTGCTGTTT;SOR=0.774;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=267;TCF=139;TCR=128;TR=142;WE=143762940;WS=143762922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,155:0.52:298
chr8	143762967	rs3736003	C	T	2804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=4.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.748;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,133:0.54:246
chr8	143763043	rs2920298	A	G	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.39;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,52:0.58:89
chr8	143763259	rs71514093	T	TG	943.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.479;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=1003;ReadPosRankSum=0.831;SC=TTAGGCAGGGTGGGACAGGAG;SOR=0.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=51;TCR=8;TR=29;WE=143763267;WS=143763258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
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chr8	143763547	rs1045531	C	A	4751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.971;SC=CCGGCCAGCTCTAGGCTCTGG;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=396;TCF=224;TCR=172;TR=207;WE=143763555;WS=143763537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,221:0.54:409
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chr8	143781858	rs1048831	G	A	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=10;PP=1357;SC=GGCCAGACCCGGGGAGAGGCG;SOR=3.511;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=55;TCR=11;TR=63;WE=143781866;WS=143781848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr8	143783240	rs10564411	CT	C	142.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=15.86;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr8	143808667	rs2257796	T	C	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=249;SC=GCTGCGCTCGTGAGTTCCCAG;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=143808675;WS=143808657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr8	143816702	rs3736009	A	C	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=26;PP=1074;ReadPosRankSum=0.496;SC=AGAGGTGGGAAGGCCGTAGCT;SOR=0.564;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=90;TCR=44;TR=77;WE=143816710;WS=143816692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,80:0.57:140
chr8	143823863	rs13254346	G	C	3394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=83;PP=2205;ReadPosRankSum=0.699;SC=TTATACCCAGGCCCTTGGGCA;SOR=0.682;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=133;TCR=147;TR=156;WE=143823871;WS=143823853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,162:0.55:296
chr8	143833840	rs78400087	C	G	3366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=84;PP=2313;ReadPosRankSum=2.928;SC=CCAGCACCAGCGCCAGGAGCG;SOR=0.622;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=406;TCF=200;TCR=206;TR=171;WE=143833848;WS=143833830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,177:0.41:432
chr8	143845950	rs2585187	A	G	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr8	143845953	rs2717554	T	C	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,25:0.35:71
chr8	143846593	rs12541206	T	C	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=611;ReadPosRankSum=-0.500;SC=CACAAACGGATGGGAGGCAGG;SOR=0.649;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=38;TCR=55;TR=50;WE=143846601;WS=143846583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,51:0.53:96
chr8	143849495	rs79649145	C	T	2164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.88;ReadPosRankSum=2.444;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,109:0.55:199
chr8	143849626	rs7006366	T	A	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.17;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	143857265	rs2585125	G	T	8792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.49;ReadPosRankSum=1.832;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,343:0.99:345
chr8	143857441	rs3214637	A	AGG	2442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.18;NF=1;NR=45;PP=2163;SC=GATCCAACTCAGGTGGCGCAC;SOR=3.690;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=46;WE=143857449;WS=143857431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr8	143867841	rs2717607	C	G	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.895;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=48;PP=1200;ReadPosRankSum=1.504;SC=ACACAGGCCACAGCCGCCCAC;SOR=0.950;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=197;TCF=80;TCR=117;TR=84;WE=143867849;WS=143867831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,55:0.44:124
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chr8	143961005	rs6410	T	C	2391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.632;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,117:0.48:246
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chr8	143994266	rs61757294	A	G	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.746;NF=8;NR=16;PP=312;ReadPosRankSum=-0.456;SC=GTCTGAGCTCACCACTCGCTC;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=24;WE=143994274;WS=143994256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,25:0.33:76
chr8	143994321	rs6435	T	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQRankSum=-2.265;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.961;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr8	143994427	rs6394	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.027;NF=6;NR=10;PP=216;ReadPosRankSum=1.826;SC=CGTAGGAAGTACTTCCTTGCA;SOR=0.551;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=16;WE=143994435;WS=143994417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr8	143994450	rs62525984	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.67;MQRankSum=-2.327;QD=1.67;ReadPosRankSum=-1.003;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr8	143994702	rs4538	G	T	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=5.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.425;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.138;NF=19;NR=2;PP=376;ReadPosRankSum=0.864;SC=AGCACCCACCGCAAGGTCTCC;SOR=1.402;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=68;TCF=57;TCR=11;TR=21;WE=143994710;WS=143994692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,23:0.32:73
chr8	143994944	rs13252628	T	G	9407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=129;NR=170;PP=2965;SC=CAGGACAACCTCCCTCTGAGG;SOR=0.997;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=300;TCF=129;TCR=171;TR=299;WE=143994952;WS=143994934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr8	143994978	.	CAAA	C,CAA	10134.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.34;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=107;PP=2969;SC=ATGCCCTGAGCAAAAACAGAG;SOR=1.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=121;TCF=7;TCR=114;TR=114;WE=143994990;WS=143994968;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:227
chr8	143994981	.	AA	CG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=23;MQ=59.93;NF=57;NR=107;PP=2947;QD=20;SC=CCCTGAGCAAAAACAGAGCCC;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=169;TCF=57;TCR=112;TR=164;WE=143994990;WS=143994968;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,164:0.97:169
chr8	143994982	.	A	ACG	10134.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.65;SOR=1.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr8	143995743	rs4543	C	T	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=600;ReadPosRankSum=1.602;SC=GTGACAGTTCCGCCTTCAACA;SOR=0.653;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=154;TCF=86;TCR=68;TR=59;WE=143995751;WS=143995733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,63:0.36:173
chr8	143995761	rs4536	C	T	4790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=91;NR=73;PP=2485;SC=ACAGGAGCTCCGCCACGATGC;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=91;TCR=73;TR=164;WE=143995769;WS=143995751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
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chr8	144064048	rs74697140	A	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.878;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
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chr8	144102493	rs11136286	C	T	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=53;PP=1650;SC=GAGCAGACGCCCCAGGGGTCC;SOR=1.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=78;WE=144102501;WS=144102483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr8	144105026	rs147881012	TCCCGGTGTTCGGGC	T	3410.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.14;NF=16;NR=24;PP=2935;SC=AGGACAGAGATCCCGGTGTTC;SOR=1.379;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=40;WE=144105047;WS=144105016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr8	144105342	rs7823963	A	G	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=160;SC=ACGGGGGCGCAGTCATCCCCT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=144105350;WS=144105332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr8	144124609	rs11136300	T	C	2277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,121:0.41:296
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chr8	144130550	rs12677862	C	G	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=750;ReadPosRankSum=-2.086;SC=GGATGTCCCACACCCTGTCAT;SOR=0.465;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=93;TCF=66;TCR=27;TR=44;WE=144130558;WS=144130540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,45:0.45:99
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chr8	144162577	rs112209434	G	A	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=1058;ReadPosRankSum=0.348;SC=TGGGGGCGTCGGGGCTGGAGC;SOR=0.727;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=163;TCF=85;TCR=78;TR=70;WE=144162585;WS=144162567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,78:0.42:187
chr8	144239660	rs7007949	G	A	2550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.091;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=38;PP=1556;ReadPosRankSum=-0.309;SC=GTGGGAAGGAGGAGACATCAG;SOR=0.434;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=206;TCF=139;TCR=67;TR=109;WE=144239668;WS=144239650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,120:0.57:212
chr8	144239859	rs10109061	A	G	4459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.301;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=111;PP=2771;ReadPosRankSum=0.021;SC=TAACGAAGTCACAGGAGGAGG;SOR=0.485;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=361;TCF=151;TCR=210;TR=200;WE=144239867;WS=144239849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,212:0.55:382
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chr8	144295321	rs13253453	C	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=11;PP=282;SC=CCCCAGCCCACAGCAGCATGG;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=144295329;WS=144295311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	144295782	rs11538388	G	T	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=857;ReadPosRankSum=0.337;SC=AGGATGAGGTGGAAGAGGAGG;SOR=0.814;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=49;TCR=47;TR=59;WE=144295790;WS=144295772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,68:0.61:112
chr8	144297028	rs56046179	C	T	5910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=741;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.474;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=0.340;SC=CCGCAGCACACGCACCCCCAG;SOR=0.875;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=686;TCF=367;TCR=319;TR=289;WE=144297039;WS=144297018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:428,308:0.42:736
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chr8	144332082	rs11136275	T	C	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=40;PP=1005;ReadPosRankSum=1.579;SC=TGCAGAAGAGTGCGCTCAGAG;SOR=0.665;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=203;TCF=107;TCR=96;TR=87;WE=144332090;WS=144332072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,94:0.42:223
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chr8	144378184	rs2235115	C	G	2436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=47;PP=1467;ReadPosRankSum=-0.089;SC=CAGGCCCCGGCGCAGAGGGCG;SOR=0.615;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=243;TCF=143;TCR=100;TR=109;WE=144378192;WS=144378174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,122:0.46:266
chr8	144378868	rs7386259	A	G	3090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.99;MQRankSum=-1.420;NF=75;NR=83;PP=1913;ReadPosRankSum=1.103;SC=GGCACCAGCGACTCCACACGG;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=488;TCF=232;TCR=256;TR=158;WE=144378876;WS=144378858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:349,172:0.33:521
chr8	144391452	rs11136285	G	A	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=408;ReadPosRankSum=0.279;SC=CAAAGTGCTGGGATTACAGGT;SOR=0.784;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=29;WE=144391460;WS=144391442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr8	144391728	rs7386475	A	G	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.633;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=550;ReadPosRankSum=-1.628;SC=GGGAGGCAGCATCAGCCCAGG;SOR=0.621;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=148;TCF=56;TCR=92;TR=52;WE=144391736;WS=144391718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,58:0.36:159
chr8	144391796	rs10088567	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=218;ReadPosRankSum=-0.302;SC=AAGGGCGAGCGTCCTCCATGC;SOR=0.734;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=19;WE=144391804;WS=144391786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,20:0.26:77
chr8	144391873	rs10105378	A	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.709;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=261;ReadPosRankSum=0.479;SC=CACCCCACGCATGCCGCCACC;SOR=1.123;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=20;WE=144391881;WS=144391863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr8	144391924	rs10099789	CT	TC	2250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=5.484;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.92;ReadPosRankSum=1.016;SOR=1.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,57:0.43:133
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chr8	144392368	rs2293925	G	A	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.277;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=536;ReadPosRankSum=-0.163;SC=TCCAGGAGCCGCCTCTTCTTC;SOR=0.313;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=104;TCF=42;TCR=62;TR=46;WE=144392376;WS=144392358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,47:0.44:108
chr8	144397798	rs35506042	G	GGA	1164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=603;ReadPosRankSum=-0.683;SC=CTCCGCACAAGGAGACAACAA;SOR=0.828;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=16;WE=144397806;WS=144397788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,34:0.38:90
chr8	144398029	rs13275896	A	G	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.057;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=628;ReadPosRankSum=0.153;SC=GCCCCTCCCCATCCCGCACCA;SOR=0.997;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=127;TCF=65;TCR=62;TR=52;WE=144398037;WS=144398019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,58:0.41:142
chr8	144398123	rs2293928	G	C	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.66;ReadPosRankSum=-0.082;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,44:0.36:123
chr8	144398132	rs2293927	T	C	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.36;ReadPosRankSum=-1.520;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,51:0.37:137
chr8	144398396	rs2293926	C	T	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=490;ReadPosRankSum=-0.525;SC=CAGCCCCTTCCACTCACACAG;SOR=0.581;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=34;WE=144398404;WS=144398386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
chr8	144399856	rs3215410	TC	T	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=7;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=183;ReadPosRankSum=-0.252;SC=GGGGCCGTGCTCCCCCCGCGC;SOR=0.269;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=8;WE=144399864;WS=144399846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr8	144399885	rs2272637	A	C	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=7.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.06;ReadPosRankSum=2.629;SOR=0.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr8	144399885	.	AG	CT	401	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=8;NR=4;PP=401;QD=37.8723229052;SC=GGTGTGGGGCAGGCTCACCGC;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=12;WE=144399894;WS=144399875;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr8	144399886	rs2272636	G	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=7.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.06;ReadPosRankSum=2.572;SOR=0.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr8	144400036	rs11780593	C	T	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,68:0.38:180
chr8	144400089	rs2272634	C	T	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=26;PP=716;ReadPosRankSum=-1.039;SC=GACATGTCAGCCGTTGGGTCA;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=176;TCF=102;TCR=74;TR=63;WE=144400097;WS=144400079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,80:0.39:203
chr8	144403292	rs12680237	C	T	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.168;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,64:0.45:142
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chr8	144409934	rs35096181	C	A	2021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.450;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=2608;ReadPosRankSum=1.396;SC=TGGCATCAGGCCAAAGAAGAG;SOR=1.253;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=141;TCF=95;TCR=46;TR=52;WE=144409946;WS=144409924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,56:0.36:155
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chr8	144417051	rs2956274	A	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=341;ReadPosRankSum=0.924;SC=TCCGGGAAAGAGCGACAAGCT;SOR=0.904;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=59;TCF=6;TCR=53;TR=19;WE=144417059;WS=144417041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr8	144425247	rs7837655	C	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=376;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CTTATTTCACCATAAAATCTT;SOR=0.427;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=55;TCF=47;TCR=8;TR=26;WE=144425255;WS=144425237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr8	144458874	rs3812439	C	T	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.95;ReadPosRankSum=2.827;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,43:0.49:88
chr8	144459233	rs5895764	C	CGT	1197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=13;PP=1408;SC=TGTGTGTGCGCGTGTGTGTGT;SOR=0.957;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=26;WE=144459241;WS=144459224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	144459329	rs901760	C	T	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,64:0.44:146
chr8	144460569	rs901762	G	A	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=50;PP=1425;SC=AGACACATGCGGAGGCTGAAG;SOR=6.593;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=51;WE=144460577;WS=144460559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	144462169	rs3812440	A	G	4533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=820;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=121;PP=2795;ReadPosRankSum=-1.340;SC=AGTGCCCACCACACTTGCCCA;SOR=0.742;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=777;TCF=393;TCR=384;TR=255;WE=144462177;WS=144462159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:543,272:0.33:815
chr8	144463267	rs13275994	C	T	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=6;PP=1327;SC=CAGAGGGGGCCGTGTGTTCAG;SOR=3.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=48;TCR=6;TR=53;WE=144463275;WS=144463257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	144463686	rs3817720	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=315;ReadPosRankSum=0.447;SC=GCTAGTCAGGCGGGGTCTCCT;SOR=1.038;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=20;WE=144463694;WS=144463676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr8	144511389	rs7386685	C	G	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=55;SC=AGACTTGGCACCGGGGCCAGC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=144511397;WS=144511385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	144511953	.	ATGGTGG	A,ATGG	7234.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=40.64;SOR=1.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,20,158:0.11,0.89:178
chr8	144511995	rs1872900	A	G	4627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=1.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr8	144522386	.	T	TGAG	1801.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.099;NF=7;NR=17;PP=1024;ReadPosRankSum=0.017;SC=CGGGAGGGGATGAGGAGGAGG;SOR=0.557;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=24;WE=144522396;WS=144522376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,47:0.64:74
chr8	144566944	rs11786237	C	T	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=645;ReadPosRankSum=-0.604;SC=CCTGCCTAGGCCCTCAAGGAC;SOR=0.759;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=143;TCF=92;TCR=51;TR=52;WE=144566952;WS=144566934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,59:0.37:159
chr8	144566969	rs2294119	C	T	2932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=49;PP=1662;ReadPosRankSum=1.535;SC=CAGGTCACTGCTGTCTAAAGA;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=127;TCR=81;TR=126;WE=144566977;WS=144566959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,143:0.60:237
chr8	144618379	rs11774857	A	G	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.13;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	144620183	rs4874147	T	C	4306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=100;NR=53;PP=2432;SC=CTTGTGCTGCTGCGTCTCCGG;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=100;TCR=54;TR=153;WE=144620191;WS=144620173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr8	144620342	rs1318196	T	C	2254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.012;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=58;PP=1181;ReadPosRankSum=-1.915;SC=TCCTTGCTGCTGGCCTCCGAC;SOR=0.794;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=257;TCF=131;TCR=126;TR=112;WE=144620350;WS=144620332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,119:0.42:281
chr8	144620871	rs3750209	A	G	3119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=74;PP=1849;ReadPosRankSum=1.299;SC=CGGCAATCACACTCTCACTGA;SOR=0.622;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=424;TCF=224;TCR=200;TR=156;WE=144620879;WS=144620861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,175:0.37:469
chr8	144621035	rs3750208	G	A	2449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.078;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=53;PP=1475;ReadPosRankSum=0.349;SC=AGCTGTCCCCGAGGGGGCTCA;SOR=0.529;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=285;TCF=142;TCR=143;TR=113;WE=144621043;WS=144621025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,127:0.40:320
chr8	144621084	rs3750207	T	G	5501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=2.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.88;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,147:0.45:326
chr8	144621091	rs3750206	A	T	5620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=2.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.88;ReadPosRankSum=-0.889;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,153:0.46:333
chr8	144623574	rs2242093	T	C	5210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.348;SC=GCCGCCGTAATATCTCCTTTT;SOR=0.703;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=447;TCF=225;TCR=222;TR=238;WE=144623582;WS=144623564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,252:0.52:481
chr8	144623735	rs2242092	G	C	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=55;PP=1623;SC=CCGCCGTCGCGCTGACAACGG;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=15;TCR=55;TR=70;WE=144623743;WS=144623725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr8	144636949	rs7844860	T	C	15087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;MQRankSum=5.943;QD=23.25;ReadPosRankSum=9.436;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:51,598:0.92:649
chr8	144641753	rs4874151	A	C	7719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=172;PP=2965;ReadPosRankSum=0.198;SC=GCAGAGCCCCAGGGAGGCTGG;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=287;TCF=115;TCR=172;TR=286;WE=144641761;WS=144641743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,302:0.99:305
chr8	144642178	rs11774948	T	C	4375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=82;PP=2635;SC=GGGCCCCACCTACCCCAAGCA;SOR=1.424;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=62;TCR=83;TR=144;WE=144642186;WS=144642168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
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chr8	144642626	rs7831485	A	G	4439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=69;PP=2685;SC=CGTGGGGAGCACACGGAGAGG;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=84;TCR=69;TR=153;WE=144642634;WS=144642616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
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chr8	144671685	rs6985081	G	C	8719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=161;NR=134;PP=2965;SC=TGCGGCTGCCGTCGGGGGCCA;SOR=0.799;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=295;TCF=161;TCR=134;TR=295;WE=144671693;WS=144671675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr8	144671922	rs3812448	G	A	8342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=123;NR=162;PP=2965;SC=CCAGCCACACGCGTTCGGCCG;SOR=1.099;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=123;TCR=165;TR=285;WE=144671930;WS=144671912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
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chr8	144681777	rs10282929	G	T	3730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.042;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=58;PP=2370;ReadPosRankSum=-0.885;SC=CCTCTGCCATGGGGGGCGGAG;SOR=0.157;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=68;TCR=58;TR=124;WE=144681785;WS=144681767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,138:0.99:140
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chr8	144690014	rs4874170	T	C	15677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=26.75;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,586:1.00:586
chr8	144690886	rs10097337	A	C	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=11;PP=670;SC=GTGGCAGCCAAACACACCAGT;SOR=1.414;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=41;WE=144690894;WS=144690876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr8	144695566	rs75004647	C	T	3751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.886;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;ReadPosRankSum=0.047;SC=CACAGCAGAGCTCCTCCGCCT;SOR=0.784;Source=Platypus;TCF=149;WE=144695574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,179:0.57:312
chr8	144695867	rs6558377	A	G	6944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=120;PP=2965;SC=TCCCAGGACAACCTTGGATCC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=111;TCR=120;TR=231;WE=144695875;WS=144695857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr8	144696203	rs4634659	T	C	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.695;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=370;ReadPosRankSum=0.801;SC=TGGCTCCTCTTGGAGCTCAGC;SOR=0.377;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=25;WE=144696211;WS=144696198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr8	144697041	rs1049832	A	G	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.05;ReadPosRankSum=2.074;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,111:0.43:259
chr8	144732026	rs3750203	G	A	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=7;PP=820;SC=ATCCCCATCTGTTAAGTAAGG;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=38;WE=144732034;WS=144732016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	144732363	rs4875017	T	C	6500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=122;NR=100;PP=2965;SC=ATATTCTGAATTCAGACCTTC;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=123;TCR=100;TR=222;WE=144732371;WS=144732353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr8	144732418	rs4874084	A	G	5828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=105;NR=95;PP=2965;SC=CAATCCTTGCAATATCTGTGG;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=105;TCR=95;TR=200;WE=144732426;WS=144732408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr8	144772151	rs35228840	TG	T	4488.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=30.13;SOR=2.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr8	144774079	rs11136313	G	T	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.86;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr8	144774089	rs11136314	A	C	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.71;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr8	144774233	rs11785723	T	C	4893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=99;NR=67;PP=2374;SC=GTGATGGCCATGTGGGGTCCC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=99;TCR=67;TR=166;WE=144774241;WS=144774223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr8	144775871	rs6987308	C	A	9631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=195;NR=126;PP=2965;SC=CCCAAGAGACCTTGTGATCAT;SOR=1.015;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=321;TCF=195;TCR=126;TR=321;WE=144775879;WS=144775861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr8	144776109	rs11786757	A	G	4628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=90;PP=2852;SC=TAGAGCTGTCATTCATCTGCG;SOR=1.152;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=66;TCR=90;TR=156;WE=144776117;WS=144776099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr8	144776713	rs7464270	A	C	6224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=103;NR=125;PP=2965;SC=GCGCCCGAAGAGTGGGGTGCT;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=103;TCR=125;TR=228;WE=144776721;WS=144776703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr8	144800004	rs12543136	G	A	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=67;PP=2136;SC=TGGGGGCAGGGAGGGGCAGCC;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=57;TCR=68;TR=124;WE=144800012;WS=144799994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr8	144800552	rs6997797	C	T	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=58;PP=1792;SC=TGCGTGTCCCCCTGCGTGTCC;SOR=1.420;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=92;WE=144800560;WS=144800542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	144801243	rs12678428	C	T	9104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.03;NF=140;NR=168;PP=2965;SC=GCGACCTCCCCGAGGGGCCTG;SOR=0.973;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=312;TCF=143;TCR=169;TR=308;WE=144801251;WS=144801233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr8	144801347	rs5895782	AC	A	2066.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=29.95;SOR=2.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr8	144801681	rs11778657	G	A	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=26;PP=726;SC=GCTGGGCACCGGGAATGCTGC;SOR=2.891;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=31;WE=144801689;WS=144801671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	144803616	rs11783357	C	T	13894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=270;NR=212;PP=2965;SC=ACGCGGAGCACGGCCCGGGCC;SOR=0.932;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=482;TCF=270;TCR=212;TR=482;WE=144803624;WS=144803606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,520:1.00:520
chr8	144808003	rs4875045	G	C	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.437;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.98;ReadPosRankSum=1.632;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr8	144808747	rs11136321	G	A	10470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr8	144809804	rs13254035	G	A	3016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=59;NR=44;PP=1690;SC=CGTCGTCTTCGTAAGCCTCCG;SOR=0.766;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=106;TCF=59;TCR=47;TR=103;WE=144809812;WS=144809794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr8	144810970	rs11136322	C	G	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=37;PP=1551;SC=GGGTGGGGCGCGGAGGACGCA;SOR=0.934;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=70;WE=144810978;WS=144810960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr8	144824898	rs7463016	A	C	8776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=169;NR=123;PP=2965;SC=AGGATACACAACCACCCTACC;SOR=0.865;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=169;TCR=123;TR=292;WE=144824906;WS=144824888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
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chr8	144876159	rs7460093	G	A	3943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
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chr8	144885580	rs13281371	A	G	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=69;NR=46;PP=2028;SC=TGCTGGCCTCAAAGCCGTCAC;SOR=1.033;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=115;WE=144885588;WS=144885570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr8	144887656	rs7830442	A	G	7194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=142;PP=2965;SC=CGCCACAGACAGCCACGTGCT;SOR=1.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=248;TCF=106;TCR=142;TR=248;WE=144887664;WS=144887646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr8	144889172	rs10866915	A	G	8139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=134;NR=134;PP=2965;SC=GCCGCAGGATAGTGAGGGTCA;SOR=0.740;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=134;TCR=134;TR=268;WE=144889180;WS=144889162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr8	144890873	rs10098508	A	T	9796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=3.129;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.03;MQRankSum=0.104;QD=26.34;ReadPosRankSum=0.634;SOR=0.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,371:1.00:372
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chr8	144894496	rs4875060	G	A	10753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=190;NR=180;PP=2965;SC=CGATGGCCTCGGTCACCTCGC;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=370;TCF=190;TCR=180;TR=370;WE=144894504;WS=144894486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr8	144894641	rs4875061	C	T	2964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=63;PP=1748;SC=TCAAGGCAGACAGCAAGGCCC;SOR=1.567;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=36;TCR=63;TR=99;WE=144894649;WS=144894631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr8	144894702	rs11404566	C	CT	1592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.79;NF=5;NR=24;PP=1169;SC=CCTACCTTGCCCCACAAGCCT;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=144894710;WS=144894692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	144900756	rs7833632	A	G	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=32;PP=992;SC=GGCGGCAGGAAGCTGGGCAGC;SOR=1.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=144900764;WS=144900746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr8	144904690	rs4875063	A	G	10860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=193;NR=189;PP=2965;SC=CGGGCCACACAAGCCCTGAAG;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=382;TCF=193;TCR=189;TR=382;WE=144904698;WS=144904680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr8	144911360	rs7461986	A	G	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=15;PP=793;SC=AGACCGCCGCATTCTTGGGAG;SOR=1.487;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=144911368;WS=144911350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr8	144917660	rs112234503	G	A	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.258;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=72;PP=1710;ReadPosRankSum=0.286;SC=CCAACCCCTCGGCGCCCAAGG;SOR=2.147;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=215;TCF=73;TCR=142;TR=97;WE=144917668;WS=144917650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,82:0.50:165
chr8	144917790	rs11774027	A	G	5746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=90;NR=97;PP=2965;SC=TGGCCTGCCCAGGCAGCACCC;SOR=0.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=91;TCR=97;TR=187;WE=144917798;WS=144917780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr8	144940069	rs35186960	C	CA	171.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.08;QD=28.63;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	144940081	rs60421625	C	A	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.34;QD=21.08;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	144940117	rs4977192	C	A	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.80;QD=25.84;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	144940222	rs6990098	A	C	9352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=7.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=-1.881;QD=48.21;ReadPosRankSum=-2.878;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,130:0.67:194
chr8	144940230	rs7005697	G	C	10378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=10.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-2.786;QD=25.19;ReadPosRankSum=-8.821;SOR=1.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,347:0.84:412
chr8	144940300	rs4977191	G	A	7497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.646;NF=197;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=1.497;SC=CGGCCAGGACGCGGTTCATCT;SOR=0.939;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=583;TCF=379;TCR=204;TR=298;WE=144940308;WS=144940290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,358:0.52:686
chr8	144941181	rs7839934	G	C	5874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.411;SC=GGGAACAGCAGCCAGCCCGTG;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=580;TCF=304;TCR=276;TR=265;WE=144941189;WS=144941171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:336,284:0.46:620
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chr8	144942413	rs201641573	T	C	6036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.741;NF=167;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=0.387;SC=GACGATGAGGTCCTTCTGCAT;SOR=0.855;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=504;TCF=301;TCR=203;TR=271;WE=144942421;WS=144942403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,275:0.53:517
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chr8	144993069	rs28455570	G	A	5013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.714;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=0.374;SC=GCACGTAGTCGTAGGAGGCCA;SOR=0.847;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=368;TCF=206;TCR=162;TR=220;WE=144993077;WS=144993059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,229:0.59:389
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chr8	145006992	rs3135103	C	T	5759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=1.316;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,295:0.56:529
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chr8	145095577	rs147284549	C	T	8538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=237;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.105;SC=GCCATGGGCACACCTGCTCCC;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1065;TCF=492;TCR=573;TR=440;WE=145095585;WS=145095567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:660,461:0.41:1121
chr8	145106938	rs60949781	GCC	G	8542.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=62;PP=2976;SC=TGCCCCCCGAGCCCCCCGCCG;SOR=1.213;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=45;TCR=69;TR=102;WE=145106947;WS=145106928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr8	145107795	rs11136253	G	A	7913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr8	145111615	rs10107332	C	A	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=42;PP=1096;ReadPosRankSum=1.582;SC=CAGTCCGTGCCCTGGTAGCGC;SOR=0.596;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=155;TCF=70;TCR=85;TR=79;WE=145111623;WS=145111605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,92:0.51:180
chr8	145149823	rs13256214	G	T	229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=6;PP=282;SC=GCGTGGGGAGGCAGGCGGTGC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=145149831;WS=145149822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	145149860	rs6984764	A	G	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=12;PP=470;SC=CGCGACCGGGACCAGCGCGCT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=145149868;WS=145149850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	145150101	rs11541475	T	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.34;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	145150832	rs7820984	A	G	5894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=118;NR=82;PP=2965;SC=GGGGCTGGCCATGGCTCTGCA;SOR=0.951;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=201;TCF=119;TCR=82;TR=200;WE=145150840;WS=145150822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr8	145151665	rs200379271	TGGCAGTGGGCATGTGGAATACTTCTCC	TCAGTGGGCATGTGGAATACTTCTCC,T	10104.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=76;PP=2918;SC=GCCTCCAGTCTGGCAGTGGGC;SOR=1.447;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=5;TCR=81;TR=81;WE=145151701;WS=145151655;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:225
chr8	145151668	.	CAGTGGGCATGTGGAATACTTCTCCA	C	10083.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.62;SOR=1.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr8	145151693	.	A	C	2581	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=52;NR=77;PP=2581;QD=20;SC=ATACTTCTCCACTACCCCCAG;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=148;TCF=53;TCR=95;TR=129;WE=145151701;WS=145151655;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:19,129:0.87:148
chr8	145158446	rs12549149	C	T	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr8	145158503	rs11136254	G	T	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	145160646	rs11136256	T	C	6015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=87;PP=2965;SC=CTGTGGAGACTGGAGATGCCC;SOR=0.864;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=119;TCR=87;TR=206;WE=145160654;WS=145160636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr8	145161823	rs11546144	G	A	3675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=79;NR=50;PP=2106;SC=AAGCAGAAGCGGGGGCAGTGG;SOR=0.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=79;TCR=50;TR=129;WE=145161831;WS=145161813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr8	145161896	rs13263342	T	C	4525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=87;NR=65;PP=2748;SC=ACCCGGGTCCTTGAAGCCTGG;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=87;TCR=65;TR=152;WE=145161904;WS=145161886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr8	145162598	rs10091401	G	C	3453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=46;PP=2026;SC=CTGCCGCTGCGGGCCGTGACC;SOR=1.317;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=75;TCR=46;TR=121;WE=145162606;WS=145162588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr8	145163414	rs4977196	C	G	3316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr8	145163647	rs4977195	T	C	5756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=124;NR=64;PP=2965;SC=GGCAGTTCCGTTCAGGTGGTC;SOR=1.218;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=189;TCF=125;TCR=64;TR=188;WE=145163655;WS=145163637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr8	145164617	rs13281660	G	T	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=30;PP=1450;SC=TCCTGTCGGCGGCCACCGGGC;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=88;WE=145164625;WS=145164607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr8	145164847	rs13250446	A	G	10539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=185;NR=168;PP=2965;SC=ACGGATCTCGAAGGCGCCTTC;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=353;TCF=185;TCR=168;TR=353;WE=145164855;WS=145164837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr8	145168298	rs5895787	T	TG	836.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=7;PP=596;SC=GTGTCCAGGCTGGGGAATCCA;SOR=2.066;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=16;WE=145168306;WS=145168288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	145168611	rs7463214	A	G	4833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=78;PP=2802;SC=GCCATCCCAAACCCAGTGGCA;SOR=0.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=74;TCR=78;TR=152;WE=145168619;WS=145168601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr8	145168824	rs7836836	T	C	5648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=83;PP=2923;SC=CCACGGGAGGTGGGCTTACAC;SOR=0.853;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=108;TCR=83;TR=191;WE=145168832;WS=145168814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr8	145170440	rs12543080	A	C	2624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr8	145170704	rs13278106	A	T	6372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=99;PP=2965;SC=CACCCGCCAGAGCCCTACACG;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=115;TCR=99;TR=214;WE=145170712;WS=145170694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr8	145171003	rs4977193	G	C	3255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=57;PP=2799;SC=GGCCCCATGCGGTCCCGGCTC;SOR=1.009;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=119;WE=145171011;WS=145170993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr8	145171201	rs1132230	A	G	13770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=220;NR=256;PP=2965;SC=AGCTGACCGGACTGGTGGCCT;SOR=0.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=476;TCF=220;TCR=256;TR=476;WE=145171209;WS=145171191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,519:1.00:519
chr8	145223191	rs6982878	G	A	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=199;SC=AGGCTTTGTCGCTGCAGAGCT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=145223199;WS=145223181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	145223288	rs34819224	C	T	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=18;PP=745;SC=CTCGGGGAGGCGCGGCCGGTG;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=44;WE=145223296;WS=145223278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	145223499	rs6558308	G	A	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=399;SC=CTATGTCAGGGTGGGTAACCT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=145223507;WS=145223489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	145234508	rs7842771	G	C	7679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=135;NR=136;PP=2965;SC=CAGGCCCTCTGGCCTCGCAGA;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=135;TCR=136;TR=271;WE=145234516;WS=145234498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr8	145245631	rs6558318	T	C	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=11;PP=1191;SC=ACATAGGTGCTGAGGATCGTC;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=57;WE=145245639;WS=145245621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	145245944	rs10108542	A	G	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=51;PP=1600;SC=TTGCATTGGCAAGCAGAGGTG;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=31;TCR=51;TR=82;WE=145245952;WS=145245934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	145247168	rs6988451	G	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5209;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=30;ReadPosRankSum=1.282;SC=CAGTTCGGGCGGCTGGAGGTA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=145247176;WS=145247164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr8	145254159	rs7464776	T	C	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=57;PP=1495;SC=ACAGGGTCACTGCCTGCTGTA;SOR=1.386;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=95;WE=145254167;WS=145254149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr8	145255553	rs6558320	C	G	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=31;PP=875;SC=GCTTTGAATTCTCTAGAAAGA;SOR=1.565;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=145255561;WS=145255543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	145512932	rs148287422	G	A	3504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=89;PP=2003;ReadPosRankSum=1.219;SC=TGTCGGAGACGCCAGAATCGC;SOR=0.618;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=389;TCF=182;TCR=207;TR=171;WE=145512940;WS=145512922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,181:0.44:411
chr8	145536169	rs35680822	C	G	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-5.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.723;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=247;ReadPosRankSum=1.340;SC=TCAGCCACCCCTCCTGCTGCC;SOR=0.032;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=21;WE=145536177;WS=145536159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr8	145537328	rs62530368	T	G	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=1.402;QD=13.37;ReadPosRankSum=1.735;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr8	145537364	.	GCCTCCCCGCGC	G	366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.944;NF=0;NR=33;PP=434;ReadPosRankSum=2.386;SC=CCGCCTCCCCGCCTCCCCGCG;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=33;WE=145537382;WS=145537354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr8	145537366	.	CTCCCCGCG	C	1169	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=57;MMLQ=23;MQ=53.35;NF=0;NR=33;PP=1169;QD=35.8181818182;SC=GCCTCCCCGCCTCCCCGCGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=33;WE=145537382;WS=145537354;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,33:0.97:34
chr8	145537393	.	GCGCCGCCT	G	171	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;FR=0.5000;HP=5;HapScore=4;MGOF=310;MMLQ=22;MQ=51.05;NF=0;NR=17;PP=171;QD=11.1176470588;SC=CCGCCTCCCCGCGCCGCCTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=145537424;WS=145537383;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:0,17:1.00:17
chr8	145537403	.	C	A	154	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=310;MMLQ=23;MQ=50.16;NF=0;NR=7;PP=154;QD=26.9673160782;SC=GCGCCGCCTCCCCGCCTCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=7;WE=145537424;WS=145537383;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,7:0.50:14
chr8	145537416	.	G	A	135	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=310;MMLQ=23;MQ=51.15;NF=0;NR=7;PP=135;QD=24.2530303639;SC=GCCTCCCCGCGCCGCCTCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=145537424;WS=145537383;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:0,7:1.00:7
chr8	145537437	.	G	C	1005	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=113;MMLQ=23;MQ=55.13;NF=0;NR=4;PP=1005;QD=259.942803137;SC=GCCTCCCCGCGCCGCCTCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=4;WE=145537466;WS=145537427;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,4:0.36:11
chr8	145537458	rs186369167	T	C	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=1;HapScore=4;MGOF=113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=1005;ReadPosRankSum=-0.610;SC=GCCTCCCCGCTTCCCCGCCCC;SOR=1.371;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=13;WE=145537466;WS=145537427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr8	145550338	rs6599571	T	C	97.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=3;PP=30;SC=AGCGTGGGCCTGCCGGGTTCG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=145550346;WS=145550328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	145557497	rs7013127	A	C	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=10;PP=347;SC=GCGGCGGCAGAGCCGGCATTG;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=145557505;WS=145557487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	145577824	rs880701	C	G	14594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.83;SOR=1.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr8	145577829	rs880702	A	C	14169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.13;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr8	145577999	rs2272664	T	A	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=34;PP=1242;SC=AGACTGGGGGTGGCGCGGCGC;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=64;WE=145578007;WS=145577989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	145578296	rs2272663	A	G	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=40;PP=2751;SC=CCTGCTGCACAAATGGGTAGA;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=88;WE=145578304;WS=145578286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr8	145579949	.	G	GGCCGCT	4310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=45.86;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr8	145579951	.	A	ACC	4451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;QD=47.36;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr8	145579954	.	G	GGCACGGCACAAGGGCCCCCACACCTCACGTGCCTGGCCACAACCCAGAACAA	9125.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.74;QD=99.19;SOR=1.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr8	145580397	rs191055486	A	G	2285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=35.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.09;ReadPosRankSum=1.498;SOR=2.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,105:0.56:189
chr8	145580984	rs2272666	A	G	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=12;PP=1404;SC=CAGGCAGGCAAGCAGACATCC;SOR=2.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=52;TCR=12;TR=64;WE=145580992;WS=145580974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	145581557	rs2280840	G	A	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=14;PP=1861;SC=CCAACTGGGCGCCTAAGGGGC;SOR=2.660;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=57;TCR=14;TR=71;WE=145581565;WS=145581548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr8	145582839	rs3817681	T	C	3758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=42;PP=2562;SC=TCTGTTTCTTTCAAGCTAGAA;SOR=1.341;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=83;TCR=42;TR=125;WE=145582847;WS=145582829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr8	145603114	rs6599528	A	C	7457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=125;PP=2965;SC=TGCTGCACAGAAGGCAGAAGC;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=256;TCF=131;TCR=125;TR=256;WE=145603122;WS=145603104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr8	145615776	rs1383095	G	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=337;SC=AGGGCTGGCCGGGGTGAGGCT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=145615784;WS=145615767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	145616763	rs367748430	C	T	2042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=-1.108;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,112:0.41:276
chr8	145617534	rs148509143	TGGGGGTGCAAGGTGA	T	3637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=39;PP=2969;SC=GCAGCCGCACTGGGGGTGCAA;SOR=0.815;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=101;TCF=39;TCR=62;TR=73;WE=145617556;WS=145617524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	145618309	rs1052951	G	A	5138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.55;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr8	145618312	rs1052952	G	A	5074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.31;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr8	145618597	rs1871532	G	A	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=0;PP=394;SC=GGGATGGAAGGGTGGGTGGGT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=20;WE=145618605;WS=145618587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	145618862	rs2272661	C	G	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=38;PP=1543;SC=GTGCTGCACGCGGGCGGGGCC;SOR=0.919;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=88;WE=145618870;WS=145618852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr8	145620296	rs2280837	C	G	9023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=144;NR=162;PP=2965;SC=ACCCCACCCCCGCCGGCCCAG;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=306;TCF=144;TCR=162;TR=306;WE=145620304;WS=145620286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr8	145621556	rs2280836	A	G	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=82;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=3;PP=313;SC=AACCGGCCGGACCCCACCTGT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=15;WE=145621564;WS=145621546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	145622923	rs2977835	T	C	7263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.10;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr8	145623098	rs2977834	T	C	5089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr8	145623378	.	CCCCACCACCGTCCCCACCCACCTACCTCCTTCCAGCAGGCGGATG	C	1422.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=5.351;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=29.64;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr8	145623382	.	A	AGGGCCCAACCACCTCCCCG	2974	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=26;MQ=58.18;NF=3;NR=12;PP=2974;QD=20;SC=GCGCCTCCCCACCACCGTCCC;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=15;WE=145623390;WS=145623372;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:23,15:0.39:38
chr8	145623446	rs56293142	C	G	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=48.08;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	145623881	rs141269368	C	CCCCAGGT	13484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.278;NF=40;NR=142;PP=2982;ReadPosRankSum=-1.856;SC=GGGACCCCAGCCCCAGGTCCC;SOR=0.740;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=236;TCF=47;TCR=189;TR=182;WE=145623889;WS=145623871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,481:1.00:483
chr8	145623963	rs4317614	G	A	16653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=241;NR=267;PP=2965;SC=GTCTGCGGCCGTCGTCGTCTG;SOR=0.837;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=510;TCF=242;TCR=268;TR=508;WE=145623971;WS=145623953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,635:1.00:635
chr8	145624640	rs2293963	C	T	8502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=179;NR=135;PP=2965;SC=CTGGCTGGGACGGGGGCCCTG;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=181;TCR=135;TR=314;WE=145624648;WS=145624630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr8	145625283	rs2291135	T	C	2487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=1.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	145625524	rs145341443	GCC	G	1073.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=5.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.19;ReadPosRankSum=2.209;SOR=3.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,36:0.88:41
chr8	145625538	rs141140965	C	G	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.54;ReadPosRankSum=1.263;SOR=2.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr8	145639521	rs4992316	T	C	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=23;NR=21;PP=734;SC=GGTCCCAGGGTGCCTCCCACC;SOR=0.883;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=44;WE=145639529;WS=145639511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	145640411	rs2977838	A	G	5739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=105;PP=2965;SC=ACAGGGTCCCAGCTGCTGGCT;SOR=1.018;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=89;TCR=105;TR=194;WE=145640419;WS=145640401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr8	145642002	rs2280838	C	T	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=1.814;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,51:0.38:133
chr8	145661320	rs2721140	G	A	3260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=52;PP=1842;SC=GCCAGTCCCCGGCCAGGCACT;SOR=0.978;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=99;WE=145661328;WS=145661310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr8	145661675	rs7830832	G	A	4199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=57;PP=2542;SC=CCTGACATGGGCCTGAGAGGC;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=76;TCR=57;TR=133;WE=145661683;WS=145661665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
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chr8	145665516	rs2306383	T	C	9505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=155;NR=163;PP=2965;SC=TGAGCTCCCGTAGTCTGGTTT;SOR=0.827;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=318;TCF=155;TCR=163;TR=318;WE=145665524;WS=145665506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
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chr8	145667405	rs2242264	C	G	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=6;PP=1665;SC=GCCCCATTCGCACCCCCAGGC;SOR=4.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=59;TCR=6;TR=65;WE=145667413;WS=145667395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	145668443	rs760477	G	A	6062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=148;NR=52;PP=2965;SC=GATTGCCCAAGGAGGCTGCGG;SOR=2.161;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=203;TCF=148;TCR=55;TR=200;WE=145668451;WS=145668433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr8	145668481	rs2242263	C	T	4104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.065;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=71;PP=2745;ReadPosRankSum=0.989;SC=CTCTTCGGCCCGAAGTTCAGG;SOR=1.029;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=339;TCF=198;TCR=141;TR=187;WE=145668489;WS=145668471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,195:0.54:359
chr8	145669700	.	C	T	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.584;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.295;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,45:0.46:98
chr8	145677469	rs2245052	A	G	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=21;PP=2012;SC=CCTTGCAGGGATGGTGAAGCC;SOR=2.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=70;TCR=21;TR=91;WE=145677477;WS=145677459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr8	145677973	rs2256094	C	T	4096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=93;PP=2670;SC=GCAGGTACATCACTCACAGAC;SOR=1.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=45;TCR=93;TR=138;WE=145677981;WS=145677963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr8	145678020	rs1871538	C	T	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=53;PP=1554;SC=AGCTGTCCTCCCATATGGCTT;SOR=2.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=13;TCR=53;TR=66;WE=145678028;WS=145678010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr8	145689915	rs2721167	G	A	5262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=90;PP=2965;SC=GGCAGTCTTCGTGTGTGCTCA;SOR=0.881;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=81;TCR=90;TR=171;WE=145689923;WS=145689905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr8	145690111	rs3832555	CCTCT	C	646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=516;ReadPosRankSum=-2.064;SC=TTCCCACCAACCTCTCTCTAA;SOR=0.801;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=11;WE=145690122;WS=145690101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr8	145690308	rs2721166	C	T	7495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr8	145690348	rs2620644	G	A	8383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr8	145690396	rs2620645	A	C	6489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=104;NR=124;PP=2965;SC=CACTCTAGTAAGCCCAGGTTC;SOR=0.978;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=233;TCF=106;TCR=127;TR=228;WE=145690404;WS=145690386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr8	145690431	rs112105560	G	A	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=739;ReadPosRankSum=-0.369;SC=TGGATGTTAGGAGAAGTTCAG;SOR=0.791;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=166;TCF=75;TCR=91;TR=62;WE=145690439;WS=145690421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,71:0.41:173
chr8	145691915	rs112422823	G	C	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.103;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,108:0.51:210
chr8	145692110	rs2306388	C	T	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=3;PP=350;SC=CTGCCTGCCCCCCTCCTCAGG;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=145692118;WS=145692100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	145692296	rs2250895	A	C	4244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=59;PP=2579;SC=GGCCTGGCTCAAGCACGTGAC;SOR=1.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=83;TCR=59;TR=142;WE=145692304;WS=145692286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr8	145692385	rs2250891	C	T	5489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=84;PP=2965;SC=CAGCCGAGGGCCGCGCGGCCG;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=98;TCR=84;TR=182;WE=145692393;WS=145692375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr8	145692812	rs2250779	C	T	14920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=271;NR=237;PP=2965;SC=GGGTCATGTTCCGGAAGATTT;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=509;TCF=271;TCR=238;TR=508;WE=145692820;WS=145692802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,551:1.00:551
chr8	145693720	rs2250657	A	G	7853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;NR=140;PP=2965;SC=AGGAGGAGGCAGAGGCATTGC;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=138;TCR=140;TR=278;WE=145693728;WS=145693710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr8	145693900	rs182469517	G	T	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.79;ReadPosRankSum=1.167;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr8	145697244	rs4925823	G	A	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=25;PP=1413;SC=ACCTGCCTTCGTGGCACTCCC;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=59;TCR=25;TR=84;WE=145697252;WS=145697234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr8	145699601	rs2721176	T	C	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=21;PP=1030;SC=GAGGGAGGAGTGGCCCCTGTC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=62;WE=145699609;WS=145699591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	145723419	rs2721149	T	G	3198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=54;PP=1834;SC=TCTGGAGTCTTGGGGGAAGAG;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=107;WE=145723427;WS=145723409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
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chr8	145724275	rs3816732	T	C	2309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.365;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=52;PP=1324;ReadPosRankSum=-1.637;SC=CGTGCTCTGGTCGCTCACGTG;SOR=0.550;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=194;TCF=80;TCR=114;TR=91;WE=145724283;WS=145724265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,105:0.48:218
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chr8	145738767	rs11342077	CG	C	23408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.127;NF=71;NR=298;PP=2951;ReadPosRankSum=-0.748;SC=CACCACCACCCGGCAACTGGC;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=380;TCF=74;TCR=306;TR=369;WE=145738775;WS=145738751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,629:1.00:631
chr8	145739218	rs13267993	A	T	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr8	145741130	rs4251689	C	T	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.019;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=18;PP=957;ReadPosRankSum=1.120;SC=GACCCACCCTCCAGGGCAGAT;SOR=1.001;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=142;TCF=96;TCR=46;TR=61;WE=145741138;WS=145741120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,67:0.43:157
chr8	145741702	rs4244612	C	G	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.503;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=24;PP=805;ReadPosRankSum=1.747;SC=TCTCCCAGGGCTCCTCGTTCC;SOR=1.138;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=190;TCF=110;TCR=80;TR=64;WE=145741710;WS=145741692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,63:0.32:197
chr8	145741765	rs4244613	G	A	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.073;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=42;PP=1102;ReadPosRankSum=0.229;SC=CCACACGGATGCTGACTTCTT;SOR=0.835;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=270;TCF=153;TCR=117;TR=100;WE=145741773;WS=145741755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,102:0.36:283
chr8	145742514	rs2721190	A	G	4851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=81;PP=2809;SC=CCTGGCGTAGACTGTGGACTC;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=72;TCR=81;TR=153;WE=145742522;WS=145742504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr8	145742716	rs2721189	C	A	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=6;PP=436;SC=TGCCCCACGGCGGCCTGGCCG;SOR=1.127;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=19;WE=145742724;WS=145742706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	145742879	rs2306386	T	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,25:0.32:79
chr8	145745182	rs2721172	T	C	12941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=262;NR=199;PP=2965;SC=GGCCCTGCCCTTGCTGCCACG;SOR=0.920;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=462;TCF=262;TCR=200;TR=461;WE=145745190;WS=145745172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr8	145747920	rs13277542	T	G	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=787;ReadPosRankSum=0.816;SC=CGCCCCCTGTTCCGGGCCGCA;SOR=0.735;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=134;TCF=82;TCR=52;TR=56;WE=145747928;WS=145747910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,62:0.42:148
chr8	145750138	rs2721138	T	C	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=3.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=-0.303;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,29:0.35:84
chr8	145752900	rs11557085	C	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=229;ReadPosRankSum=1.237;SC=CCGCACGCTCCGGCGCCGGGT;SOR=2.964;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=12;WE=145752908;WS=145752890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr8	145756170	rs873884	G	A	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=794;ReadPosRankSum=-0.232;SC=CCTCGGGGCTGTCGTAGTGCG;SOR=0.542;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=121;TCF=54;TCR=67;TR=66;WE=145756178;WS=145756160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,77:0.55:139
chr8	145771211	rs2721161	C	G	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.17;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	145773341	rs138155129	TCTG	T	6141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.862;NF=16;PP=2945;ReadPosRankSum=-1.081;SC=TCGGGACACTTCTGCTTGGTG;SOR=0.718;Source=Platypus;TCF=22;WE=145773351;WS=145773331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,156:0.68:231
chr8	145806681	rs2620647	A	G	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr8	145830757	rs4541972	A	G	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=17;PP=1289;SC=TGAGGGCTGCACTGTGCACAG;SOR=1.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=70;WE=145830765;WS=145830747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
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chr8	146067054	rs1735169	G	A	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=593;ReadPosRankSum=-1.175;SC=TGAAAGTCAGGGAGAGAGTGC;SOR=0.830;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=131;TCF=84;TCR=47;TR=47;WE=146067062;WS=146067044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,54:0.37:147
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chr8	146076708	rs1209879	C	T	3136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=81;PP=1931;ReadPosRankSum=2.004;SC=GGAGTTGCAGCCCCCACAGCA;SOR=0.660;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=392;TCF=188;TCR=204;TR=156;WE=146076716;WS=146076698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,168:0.40:416
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chr8	146115367	rs2735906	A	G	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.711;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=43;PP=1471;ReadPosRankSum=-1.463;SC=TTCTGTAGAGACCCCTCTGAG;SOR=0.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=265;TCF=151;TCR=114;TR=100;WE=146115375;WS=146115357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,101:0.35:287
chr8	146203412	rs2979109	A	G	4742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=98;PP=2843;ReadPosRankSum=-1.051;SC=GTTTTTCCACACCCAGTACTC;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=437;TCF=235;TCR=202;TR=216;WE=146203420;WS=146203402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,234:0.51:462
chr8	146221823	rs2978409	A	T	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=11;PP=975;SC=AGTTGTTGCAAGTATCTTCTT;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=146221831;WS=146221813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr9	214864	rs2236547	C	T	10640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=236;NR=215;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.118;SC=CAGCGCCGACCGACAGACGAG;SOR=0.753;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=680;TCF=357;TCR=323;TR=451;WE=214872;WS=214854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,482:0.68:710
chr9	214908	rs62533313	T	C	9950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.33;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,445:0.69:649
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chr9	271638	rs506121	C	T	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=319;ReadPosRankSum=1.391;SC=TATTCTTCAGCGGAAATAAGG;SOR=0.915;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=121;TCF=85;TCR=36;TR=34;WE=271646;WS=271628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,35:0.26:133
chr9	286593	rs529208	C	A	5867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr9	325811	rs3831138	T	TC	6463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=80;PP=2936;SC=TGTTTTTAAATTTCTTTGCAG;SOR=1.724;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=87;TCF=6;TCR=81;TR=85;WE=325825;WS=325801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr9	325817	rs2360277	T	C	6038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=73;PP=1742;SC=TAAATTTCTTTGCAGCAAGAA;SOR=1.944;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=22;TCR=73;TR=95;WE=325825;WS=325801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
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chr9	327957	rs2296826	T	G	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.75;SOR=1.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr9	407227	rs4741867	A	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=8.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.388;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
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chr9	422157	rs10217719	T	C	3441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.302;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=82;PP=1668;ReadPosRankSum=-2.149;SC=GGCAACTTTCTGCTACTTTTA;SOR=0.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=102;TCR=127;TR=150;WE=422165;WS=422147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,165:0.66:249
chr9	429719	rs7854035	T	C	4780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=60;PP=2338;SC=ACTTACTCTTTGAAGAGGAGG;SOR=0.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=98;TCR=60;TR=158;WE=429727;WS=429709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr9	432081	rs1329377	T	C	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=4;PP=738;SC=GAGGAGTTGTTTGTGTCTGGC;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=432089;WS=432071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	432140	rs34439675	CTT	C	2230.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;QD=25.06;SOR=2.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,81:0.91:89
chr9	432330	rs7036567	C	G	8628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=131;NR=154;PP=2965;SC=CCCAGGTACACCGAAGCACAT;SOR=0.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=131;TCR=154;TR=285;WE=432338;WS=432320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr9	432470	rs10974403	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.424;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr9	432503	rs7046598	T	C	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=26;PP=728;SC=AATACATCCATCACTGTCCCC;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=432511;WS=432493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	433697	rs7020380	T	A	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=7;PP=1120;SC=TCTCATAAACTCCTGGGCTGG;SOR=3.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=47;WE=433716;WS=433687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	433708	rs7041371	C	T	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=11;PP=1210;SC=CCTGGGCTGGCGAAGATGAAA;SOR=2.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=56;WE=433716;WS=433687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	433978	rs2360712	A	G	3425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=58;PP=1825;SC=ATGTACAGGTAAGCTTTCCTG;SOR=1.092;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=109;WE=433986;WS=433968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	439102	rs10733508	G	C	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=6;PP=599;SC=AGATACTCTCGGGGTAGAATT;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=439110;WS=439092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	439453	rs10758598	G	C	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=19;PP=551;SC=GGGGTGCTGGGAACACCTGGT;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=439461;WS=439443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	441827	rs10974467	C	T	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.476;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=418;ReadPosRankSum=-1.473;SC=CTCAGTGGCTCCTCAGGATGA;SOR=1.214;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=30;WE=441835;WS=441817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr9	441952	rs1887957	G	A	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.82;ReadPosRankSum=1.606;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,120:0.62:195
chr9	442030	rs1887958	C	T	2371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,116:0.57:203
chr9	446352	rs10814952	G	C	4077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.968;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=72;PP=2577;ReadPosRankSum=0.968;SC=TTCTCCCTCCGTGCCTTTTCC;SOR=0.911;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=242;TCF=136;TCR=106;TR=168;WE=446360;WS=446342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,180:0.69:262
chr9	450060	rs10121936	A	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-2.219;SC=CCTACACTTAACCTGAACACC;SOR=0.223;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=6;WE=450068;WS=450050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr9	451943	.	A	ATG	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
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chr9	712599	rs11789987	C	T	3850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=51;PP=2148;SC=AGTCTGTGAACGACCTCACAC;SOR=0.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=75;TCR=51;TR=126;WE=712607;WS=712589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr9	732302	rs10815562	T	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=6;PP=431;SC=AATTAGCAAATCCCTTCATAG;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=732310;WS=732292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	732779	rs10815563	A	G	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=18;PP=525;SC=GCAGAGTATTACAACTCTTAG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=732787;WS=732769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	734665	rs142267604	C	CA	719.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.55;ReadPosRankSum=-0.770;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,37:0.90:41
chr9	734679	rs10429625	G	T	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=6;SC=AAAAAAATTAGATATTTGGGT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=734687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	735654	rs7872783	C	A	2293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=28;PP=1148;SC=AACTATGCATCTACTTTAAAT;SOR=1.116;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=77;WE=735662;WS=735644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	738238	rs2296052	G	A	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=16;PP=1406;SC=CTAGGTCTCAGAAAGTCTATA;SOR=2.517;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=66;WE=738246;WS=738228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	740769	rs368007873	CTTTTTT	C	23191.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=18;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=72;NR=252;PP=2782;SC=TCCTAAGAGACTTTTTTTTTT;SOR=0.894;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=350;TCF=83;TCR=267;TR=324;WE=740785;WS=740758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,603:0.99:608
chr9	740972	rs7032867	G	C	5994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=147;PP=2965;SC=GAATGCACCCGTAACCAGCAG;SOR=2.596;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=41;TCR=147;TR=188;WE=740980;WS=740962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr9	741001	rs7027152	T	C	3351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=89;PP=2598;SC=GCGGTGGCCATTCTGGCAGAG;SOR=4.325;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=9;TCR=89;TR=98;WE=741009;WS=740991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	742342	rs10733535	A	G	5323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=103;PP=2965;SC=GCGAGCACGGACACGTGGAGA;SOR=1.173;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=77;TCR=103;TR=180;WE=742350;WS=742332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr9	745289	rs17369029	C	T	2521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=59;PP=1489;ReadPosRankSum=0.670;SC=CTAATTGTTCCTGTTGGGGTG;SOR=0.582;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=160;TCF=71;TCR=89;TR=108;WE=745297;WS=745279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,116:0.68:171
chr9	842315	rs56130013	AC	A	631.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=16;PP=623;SC=GCTCACTGCAACCTCCGCTTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=842323;WS=842305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	967981	rs279895	G	C	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.042;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,96:0.32:303
chr9	977556	rs279891	C	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.561;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr9	1053910	rs2275516	G	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.576;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr9	1056728	rs3824419	G	C	3218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=82;PP=1905;ReadPosRankSum=-0.698;SC=CTTGAAGGGAGCACGAGTCCA;SOR=0.602;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=536;TCF=260;TCR=276;TR=165;WE=1056736;WS=1056718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:385,187:0.33:572
chr9	1056959	rs17641078	G	C	9721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=217;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=0.400;SC=GATCAGCAAAGAAAACACCAG;SOR=0.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=592;TCF=309;TCR=283;TR=406;WE=1056967;WS=1056949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,430:0.68:634
chr9	1057294	rs72703239	C	A	2173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=50;PP=1098;ReadPosRankSum=2.065;SC=AAACAGAAAGCTGGATTTTCT;SOR=0.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=54;TCR=72;TR=88;WE=1057302;WS=1057284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,101:0.66:153
chr9	1057318	rs9140	A	G	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=57;PP=1518;SC=GTCTTAGAGCATTATAGCCAT;SOR=1.879;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=30;TCR=57;TR=87;WE=1057326;WS=1057308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	2029018	rs10964468	G	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=647;ReadPosRankSum=-0.971;SC=AGACAGGAGAGGTAGATGTCC;SOR=0.864;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=34;WE=2029026;WS=2029008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,36:0.73:49
chr9	2032845	rs1112534	G	A	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=10;PP=1131;SC=ATGGGTAGTAGATGATAGTGC;SOR=2.393;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=2032853;WS=2032835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	2033182	rs1112533	A	C	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=53;PP=1636;SC=GTGTCTAAGGAAGGTTGAACC;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=26;TCR=53;TR=79;WE=2033190;WS=2033172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	2047083	.	CT	C	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.809;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.568;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr9	2160736	rs149515618	TGA	T	816.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.648;NF=2;NR=21;PP=670;ReadPosRankSum=-0.285;SC=TTATTTTGTGTGAGAGAGCAA;SOR=0.726;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=6;TCR=64;TR=23;WE=2160745;WS=2160726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,28:0.27:102
chr9	2161949	rs2274095	C	T	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=38;PP=701;ReadPosRankSum=-2.343;SC=ACCAAGACGCCGAGTGGCGCT;SOR=0.824;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=167;TCF=61;TCR=106;TR=58;WE=2161957;WS=2161939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,64:0.35:181
chr9	2191246	rs3818384	T	C	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=495;ReadPosRankSum=0.787;SC=TGGTGTCTATTTCATTTGCTT;SOR=0.748;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=123;TCF=80;TCR=43;TR=39;WE=2191254;WS=2191236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,44:0.34:131
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chr9	2622134	rs34881325	C	T	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=40;PP=2962;ReadPosRankSum=1.401;SC=GGTAACTTGTCGTGCGGAGCG;SOR=0.766;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=237;TCF=110;TCR=127;TR=69;WE=2622162;WS=2622111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,74:0.34:220
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chr9	2717698	rs7029012	C	G	3445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=22;PP=1383;SC=GGACCCCTACCACAGCCAGGA;SOR=1.561;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=80;WE=2717706;WS=2717688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
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chr9	2718822	rs142744007	A	G	3294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=59;PP=2171;ReadPosRankSum=-2.294;SC=AGGGCCACCAACGCGGCCAGA;SOR=0.674;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=216;TCF=117;TCR=99;TR=130;WE=2718830;WS=2718812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,141:0.62:229
chr9	2811505	rs2270888	G	A	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=45;PP=922;ReadPosRankSum=-0.423;SC=CTTCTTGGGCGTGTTCTTGCA;SOR=0.778;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=280;TCF=143;TCR=137;TR=88;WE=2811513;WS=2811495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,98:0.32:304
chr9	2828765	rs2173904	C	G	2949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	2831149	rs2292000	A	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=3.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-2.336;SOR=1.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,24:0.23:103
chr9	2833267	rs10217194	T	C	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=1.093;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
chr9	3262803	rs635647	T	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=-0.722;SC=AACTCCTCTCTTTCAGAACAC;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=5;WE=3262811;WS=3262793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr9	3263224	rs633893	T	C	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=18;PP=508;SC=TGAGAGAGTTTACTTGTAAAT;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=3263232;WS=3263214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	3277260	rs2304929	A	G	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=23;PP=1550;ReadPosRankSum=-0.960;SC=ATTGACATCTATAATAGACAT;SOR=0.810;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=88;TCR=31;TR=87;WE=3277268;WS=3277250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,90:0.74:122
chr9	3469357	rs1970534	C	T	209.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=171;SC=ATACTTCGTTCTGAATTTTCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=3469365;WS=3469347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	3829212	rs7029652	T	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.713;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=246;ReadPosRankSum=0.773;SC=GATGCGGTCATGTGCTTGGTC;SOR=1.310;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=21;WE=3829220;WS=3829202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr9	3855963	rs34461578	C	CA	2265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,101:0.32:319
chr9	3879646	rs17692969	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=448;ReadPosRankSum=-1.130;SC=GGAAGCCCACGTTTTTTAAAT;SOR=0.633;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=67;TCR=67;TR=39;WE=3879654;WS=3879636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,44:0.29:154
chr9	3879693	rs4740742	C	T	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.61;ReadPosRankSum=-2.268;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,53:0.71:75
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chr9	3932283	rs535978	C	G	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.437;NF=24;NR=8;PP=509;ReadPosRankSum=0.257;SC=ATTTCAAGTGCCCTGCAGAAG;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=69;TCR=22;TR=32;WE=3932291;WS=3932273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,32:0.34:95
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chr9	4298576	rs12350099	C	G	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.818;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=468;ReadPosRankSum=2.405;SC=GGGCCGACTTCAAAATACACA;SOR=1.352;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=23;WE=4298584;WS=4298566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr9	4490880	rs12002726	T	C	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=52;PP=1619;SC=GCAGGGTCCCTCGATGCCCCC;SOR=3.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=9;TCR=52;TR=61;WE=4490888;WS=4490870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	4544721	rs45518336	A	T	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=8.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=1.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,30:0.20:153
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chr9	4566210	rs7022772	A	C	7262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=148;PP=2965;SC=GCAGGAAGTAAACCTGTGACT;SOR=1.384;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=91;TCR=148;TR=239;WE=4566218;WS=4566200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr9	4572480	rs3780412	T	C	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=69;PP=1607;SC=TGTCAACTGATGAAGCTAGAG;SOR=2.478;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=20;TCR=69;TR=89;WE=4572488;WS=4572470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	4646363	rs301469	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.136;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=186;ReadPosRankSum=0.126;SC=TATAAACTTACAGACACATAA;SOR=1.609;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=14;WE=4646371;WS=4646353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr9	4655915	rs7869353	G	C	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=290;ReadPosRankSum=-1.576;SC=ATTTTACGTAGGCTGTCTTGA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=13;WE=4655923;WS=4655905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr9	4661752	rs62543897	G	A	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=2;PP=806;ReadPosRankSum=-1.455;SC=CAAGTGTTCCGACTGCGGTTT;SOR=1.402;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=31;WE=4661760;WS=4661746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,30:0.91:33
chr9	4661853	rs301489	C	T	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.876;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=20;PP=613;ReadPosRankSum=-0.254;SC=TAAGAACTCTCAGGTTATCTT;SOR=0.849;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=182;TCF=113;TCR=69;TR=56;WE=4661861;WS=4661843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,63:0.30:208
chr9	4662065	rs301488	G	A	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=1.332;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,52:0.31:166
chr9	4662369	.	A	C	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=21;QD=13.9428031368;SC=CCGGGCCGCCAGCTGCGATGC;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=4;WE=4662377;WS=4662359;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr9	4666069	rs60279350	A	ATCTT	672.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=558;ReadPosRankSum=-0.162;SC=AATATGGAGAAAAAGACAAAG;SOR=1.022;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=15;WE=4666077;WS=4666059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr9	4722462	rs2274821	C	A	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=607;ReadPosRankSum=-1.774;SC=CCTGCCAGCACTGATTATTTT;SOR=0.746;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=163;TCF=108;TCR=55;TR=48;WE=4722470;WS=4722452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,55:0.29:187
chr9	4722685	rs10758645	C	G	4878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=106;PP=2965;SC=TTCCAGGCACCTCGGAACGAG;SOR=1.408;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=67;TCR=106;TR=173;WE=4722693;WS=4722675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr9	4793254	rs841990	G	A	5960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr9	4833436	rs463578	GC	AT	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=28;PP=1440;SC=CAGTGATGTTGCACTTCTTTT;SOR=5.728;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=29;WE=4833445;WS=4833426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	4834034	rs466547	A	G	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=5;PP=233;SC=TGGAAGAGCTATGCCTTGTAA;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=15;WE=4834042;WS=4834024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	4844507	rs295259	G	T	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	4850421	rs455864	C	G	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=27;PP=819;SC=GGGCTATGCACCCTTGGGCCA;SOR=1.514;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=42;WE=4850429;WS=4850411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr9	4860300	rs15583	A	G	5223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=115;PP=2965;SC=TAAGGCCCCAATGCCTACAGA;SOR=1.477;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=68;TCR=115;TR=183;WE=4860308;WS=4860290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
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chr9	5923326	rs7045445	C	T	2048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.140;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=57;PP=1405;ReadPosRankSum=-0.306;SC=ATTATAAAAACGGGCATTTTG;SOR=1.439;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=116;TCF=34;TCR=82;TR=76;WE=5923334;WS=5923316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,85:0.66:128
chr9	5929167	rs7029054	T	C	3230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=70;PP=2152;SC=TCCCTAAAAATAATGTTTAAA;SOR=1.236;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=44;TCR=71;TR=114;WE=5929175;WS=5929157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
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chr9	5969249	rs10739080	A	G	3372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=56;PP=1901;ReadPosRankSum=1.379;SC=CAACGTTCCAATTCGTAAAAG;SOR=0.718;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=182;TCF=101;TCR=81;TR=129;WE=5969257;WS=5969239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,146:0.72:204
chr9	5969517	rs7030731	C	T	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.40;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	5969517	.	CCAAAAAGG	TCAAAAAGA,TCAAAAAGG	552	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=59.54;NF=3,11;NR=13,40;PP=189,552;QD=15.1542421789;SC=TTATCTTTAGCCAAAAAGGCA;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=16,51;WE=5969533;WS=5969507;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.31:51
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chr9	5988333	rs2291055	C	T	3535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=49;PP=1929;ReadPosRankSum=0.588;SC=GAATTTTTTTCTTAACATTTA;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=99;TCR=50;TR=147;WE=5988341;WS=5988315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,151:0.99:153
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chr9	6553514	rs3215923	A	AT	2784.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.202;NF=12;NR=54;PP=1289;ReadPosRankSum=0.213;SC=TTCTTCCTGTATTTTTTTTAA;SOR=0.635;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=118;TCF=17;TCR=101;TR=66;WE=6553522;WS=6553504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,146:0.68:215
chr9	6554844	rs2274874	G	C	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=1.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=-1.581;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:333,135:0.29:468
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chr9	6602377	.	AT	A	372.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.06;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr9	6610326	rs35374927	C	T	4671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.94;MQRankSum=-0.054;NF=70;NR=82;PP=2917;ReadPosRankSum=-0.905;SC=CCTGAGACACCTCAGGCTGGT;SOR=1.044;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=154;TCF=72;TCR=82;TR=152;WE=6610334;WS=6610316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,170:0.99:172
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chr9	6874931	.	TAA	T	693.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,42:0.41:103
chr9	6875054	rs12553688	A	G	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.267;NF=26;NR=35;PP=897;ReadPosRankSum=-0.896;SC=GACTGACCCTAAAGTCAGGAA;SOR=0.832;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=61;WE=6875062;WS=6875044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,63:0.62:101
chr9	6984236	rs2296067	G	A	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.912;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=520;ReadPosRankSum=-2.103;SC=AGATGAAGTCGATGGGGCAGA;SOR=0.582;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=157;TCF=76;TCR=81;TR=45;WE=6984244;WS=6984226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,52:0.30:172
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chr9	6990548	rs35634202	ATT	A,AT	1459.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.948;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.06;ReadPosRankSum=1.619;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:20,60,41:0.50,0.34:121
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chr9	7076463	rs1570512	G	A	9920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.70;ReadPosRankSum=0.669;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,383:0.99:386
chr9	7076586	rs1570513	G	A	7335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=109;NR=153;PP=2965;SC=AGCCAGCATCGTGTTTAGGAT;SOR=1.133;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=262;TCF=109;TCR=153;TR=262;WE=7076594;WS=7076576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
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chr9	7105548	rs10758825	G	C	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=1.459;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,89:0.28:322
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chr9	7799606	rs14059	C	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.600;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=632;ReadPosRankSum=-1.795;SC=AGGTCTTCAACAGGCGGTGTT;SOR=1.474;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=151;TCF=67;TCR=84;TR=50;WE=7799614;WS=7799596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,55:0.35:158
chr9	7799653	rs1127430	G	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-1.076;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,31:0.25:124
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chr9	8338847	.	C	CAGAGAGAGAGAG	1791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=55.99;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	8340168	rs4742483	C	A	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=400;SC=TAAATTTAAACACTTGATGTG;SOR=3.056;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=17;WE=8340176;WS=8340165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	8341280	.	GA	G	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=4.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.027;QD=0.82;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=0.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,34:0.21:160
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chr9	8451816	rs4742505	TT	AC	8744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=2.340;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.63;ReadPosRankSum=0.218;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,221:0.62:355
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chr9	8454566	rs7031287	T	C	4137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=92;PP=2755;ReadPosRankSum=-0.186;SC=AGGGGTTTGTTCTCTATTCCT;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=294;TCF=144;TCR=150;TR=181;WE=8454574;WS=8454556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,191:0.60:319
chr9	8470914	rs142050629	G	A	4002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=2.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.35;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,183:0.66:279
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chr9	8485435	rs35777094	G	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.072;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,25:0.22:113
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chr9	8486482	rs13292865	T	C	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.01;ReadPosRankSum=1.210;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,33:0.35:93
chr9	8492703	rs5896249	AT	A	382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=4.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.650;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.351;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
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chr9	8518143	rs7026388	T	C	6942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.524;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=0.830;SC=CACTGGATGGTGCTTGCTCTG;SOR=0.443;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=431;TCF=240;TCR=191;TR=294;WE=8518151;WS=8518133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,310:0.70:446
chr9	8518395	rs3763653	G	A	3277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=73;PP=2061;ReadPosRankSum=-0.013;SC=CTGTGCTCTCGGTCACTACAG;SOR=0.616;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=85;TCR=105;TR=134;WE=8518403;WS=8518385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,146:0.71:207
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chr9	8521244	rs3818346	C	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=8.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,19:0.28:68
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chr9	12708910	rs2733834	C	G	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=9;PP=1363;SC=TAAATTTCATCTGTCCACTTT;SOR=2.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=57;WE=12708918;WS=12708900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	12708958	rs147565972	T	TA	6165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=45;PP=2974;SC=TTTTTATTTTTATCTTCCTTT;SOR=1.475;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=58;TCR=47;TR=101;WE=12708966;WS=12708948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr9	12775861	rs139315731	T	TGGCGGCGGC	8411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=59;PP=2255;SC=GCGGTGGTGGTGGCGGCGGCG;SOR=1.521;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=122;TCF=37;TCR=85;TR=80;WE=12775875;WS=12775851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,183:0.99:184
chr9	12775889	rs3750501	A	G	6244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=25.49;SOR=1.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr9	13109111	rs10732331	C	T	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=22;PP=570;SC=AAAAACTATACATATATGTTA;SOR=1.236;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=35;WE=13109119;WS=13109101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	13112116	rs10809904	A	G	6075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=96;NR=103;PP=2965;SC=CTCCTCCAGCAATGCTGATTC;SOR=0.977;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=96;TCR=103;TR=199;WE=13112124;WS=13112106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr9	13115422	rs2274647	T	G	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=416;ReadPosRankSum=-0.576;SC=CTTCAAGACTTTTTTGAAAGG;SOR=0.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=27;WE=13115430;WS=13115412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr9	13125201	rs2297003	T	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=0.250;SC=CTCTCATGAGTCCAGAGGCCT;SOR=0.252;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=5;WE=13125209;WS=13125191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr9	13126470	rs10738323	C	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=8.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-1.015;SOR=0.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
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chr9	13143507	.	G	C	2027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.433;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=54;PP=1372;ReadPosRankSum=1.137;SC=ATGGGTTAGTGCTGCTGAAGT;SOR=0.641;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=288;TCF=140;TCR=148;TR=106;WE=13143515;WS=13143497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,110:0.36:308
chr9	13147723	rs7024892	T	C	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.296;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=38;PP=677;ReadPosRankSum=-1.700;SC=TGTGTGGATATGGAGTTTTAG;SOR=0.397;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=85;TCF=23;TCR=62;TR=54;WE=13147731;WS=13147713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,60:0.64:94
chr9	13150531	rs10756457	T	C	3773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.590;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=64;PP=2468;ReadPosRankSum=-0.970;SC=TATCTCCAGGTTTCAAGGTTC;SOR=0.512;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=214;TCF=128;TCR=86;TR=155;WE=13150539;WS=13150521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,165:0.72:228
chr9	13165218	rs10960959	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.289;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=252;ReadPosRankSum=1.973;SC=TATGTTCTTACTTAAACAAAG;SOR=0.291;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=19;WE=13165226;WS=13165208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr9	13175715	rs3831219	TGAG	T	853.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.55;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
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chr9	13176312	rs2274856	C	T	3527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=66;PP=1896;ReadPosRankSum=-0.528;SC=TTATGTCCACCGAAGGTGTAT;SOR=0.771;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=105;TCR=95;TR=138;WE=13176320;WS=13176302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,158:0.69:228
chr9	13192320	rs1331676	C	G	4888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=118;PP=2965;SC=CATTGTCCAACAAACAACACT;SOR=2.261;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=44;TCR=118;TR=161;WE=13192328;WS=13192310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr9	13196245	.	C	A	1869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=1.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=2.737;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,111:0.34:329
chr9	13928011	rs2382426	T	G	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	13928028	rs2382427	T	C	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	14120655	rs6474818	A	G	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=32;PP=874;SC=AGATTGACTCATCAGCTGGTT;SOR=1.127;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=54;WE=14120663;WS=14120645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	14155769	rs12349255	T	C	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=3;PP=131;SC=GTTCAAAATATAAAGTATTTT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=14155777;WS=14155759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	14306944	rs4741362	A	G	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=9;PP=663;SC=GGAGATTTGTAGGCGGTGTTT;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=14306952;WS=14306934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	14313712	rs2273933	T	G	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=18;PP=591;SC=GCGTGCTAGATTTCCAGGGGT;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=14313720;WS=14313702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	14619168	rs10810187	A	G	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=14;PP=325;SC=AACAATACAGATTGGCTGGGG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=14619176;WS=14619158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	14640055	rs6474849	C	T	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=22;PP=616;SC=GAGTTGCTTACATTGCTTACA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=14640063;WS=14640045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	14690419	rs10961672	T	C	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=19;PP=545;SC=AATCAGAAGCTTGGTTGACAT;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=33;WE=14690427;WS=14690409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	14690447	rs2382477	G	T	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=14;PP=362;SC=GAGCATTTTAGGTTAGATTTA;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=14690455;WS=14690437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	14693270	rs71476227	G	A	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	14719967	rs74434454	A	G	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=415;SC=CTAATTTAAAACTACGTTTCA;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=14719975;WS=14719957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	14720357	rs7036635	C	A	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.09;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	14720361	rs17289263	T	C	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.18;SOR=1.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	14722477	rs3747532	G	C	5313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=95;PP=2965;SC=AGGGCTGGTGGCTACAAGGTG;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=86;TCR=95;TR=181;WE=14722485;WS=14722467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr9	14737506	rs10961689	T	G	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	14737616	rs10961690	A	G	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=31;PP=966;SC=AAAAGAATGTACCAATTACTT;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=51;WE=14737624;WS=14737606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	14737743	rs10511596	C	A	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=132;SC=CTCTAAGACACAAACGGTCAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=14737751;WS=14737733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	14746306	rs41265300	T	A	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=15;PP=851;SC=AATAGAGAAATAGAGAAAAGA;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=14746314;WS=14746296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	14746846	rs17290109	G	A	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	14759725	rs7045154	A	G	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=35;PP=2123;SC=ACACCAAAGAACAACATAAGT;SOR=1.421;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=71;TCR=35;TR=106;WE=14759733;WS=14759715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr9	14770521	rs17218977	G	A	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=295;SC=AAATGGGCCTGCACTTAATTA;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=14770529;WS=14770511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	14770658	rs17219005	G	T	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
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chr9	14775853	rs1032474	A	G	4293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;QD=45.20;SOR=1.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	14775859	rs10733289	G	A	4423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.52;QD=42.95;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	14776027	rs2131880	C	T	6691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr9	14846036	rs2779500	C	G	4625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=84;PP=2643;SC=TTGTCGACAACCTGAAACTGT;SOR=0.988;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=73;TCR=84;TR=157;WE=14846044;WS=14846026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr9	14846122	rs2642404	C	G	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=37;PP=1047;SC=GTGTTGGTATCATAGACTGGA;SOR=3.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=42;WE=14846130;WS=14846112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	14851617	rs2818940	T	C	4198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=78;PP=2427;SC=TTTTGAAGGATAGAGAAAATA;SOR=1.429;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=52;TCR=78;TR=130;WE=14851625;WS=14851607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr9	14851703	rs729492	G	A	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=25;PP=670;SC=CCACAGCCTAGCGTCTAGCAG;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=14851711;WS=14851693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	15000551	rs7029527	T	C	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=22;PP=832;SC=TAAAGGATCTTTTCTTTGCCT;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=50;WE=15000559;WS=15000541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	15017223	rs2222456	G	A	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=234;SC=ATTACTACCCGAGGTGGCACA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=15017231;WS=15017213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	15017240	rs1403562	A	G	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=13;NR=4;PP=337;SC=CACAAGTTGTACTAGTACAAA;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=15017248;WS=15017230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	15017388	rs112344710	G	C	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=21;PP=915;SC=AATAGTTGAGGCTGCAAGTGA;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=48;WE=15017396;WS=15017378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	15017410	rs1047677	G	T	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.20;QD=39.80;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	15019447	rs77959631	A	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=199;SC=GATATCTGCTATGTTATCTGC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=15019455;WS=15019437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr9	15468414	rs34331255	CCTT	C	4688.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=65;PP=2948;SC=ATGGTTTCTGCCTTAGAAGTC;SOR=1.725;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=76;TCF=8;TCR=68;TR=72;WE=15468424;WS=15468404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr9	15468480	rs4741507	T	C	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=24;PP=1024;SC=AGTCCTTCAATAGGCCCATCA;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=15468488;WS=15468470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	15678995	rs7037893	C	A	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr9	15784496	rs2382540	C	G	3808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=78;NR=37;PP=1903;SC=CCCCTCTCCTCCTTTTTACAG;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=78;TCR=38;TR=115;WE=15784504;WS=15784486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr9	15784631	rs1539172	A	G	4152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
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chr9	15883263	rs809493	G	A	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.25;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	15922137	rs1328285	A	G	6712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=146;NR=98;PP=2965;SC=TTTAGAAGAGATGGTTCACCC;SOR=1.039;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=146;TCR=99;TR=244;WE=15922145;WS=15922127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr9	15922325	rs2225181	A	T	3217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.50;SOR=1.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	16582890	rs371972468	GAC	G	534.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=1.343;SOR=1.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
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chr9	16685539	rs7046068	T	C	9299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=154;NR=164;PP=2965;SC=GTTAAGACTCTAACCTGGACT;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=319;TCF=155;TCR=164;TR=318;WE=16685547;WS=16685529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr9	16699287	rs10738447	C	T	10430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.83;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr9	16699292	rs10738448	C	T	10162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.38;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr9	16727698	rs1360285	G	A	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=3;PP=202;SC=ATTTTAAAAAGTATTTAGAAA;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=16727706;WS=16727688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	16738269	rs7858914	G	T	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=20;PP=1306;SC=GTGGCAGAAAGAAGAGGTGAG;SOR=1.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=71;WE=16738277;WS=16738259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	16738307	rs7858709	A	C	5605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=44.85;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr9	16738312	rs7858712	A	G	5862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;QD=43.11;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	16738338	rs35475650	GA	G	3227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.609;NF=22;NR=59;PP=1450;ReadPosRankSum=1.141;SC=CTTAAAGGGGGAAAAAAAAAA;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=25;TCR=64;TR=81;WE=16738346;WS=16738328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,162:0.95:170
chr9	16738556	rs4007684	C	CTTTT	1104.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=14;PP=755;SC=TACATCAAAACTTTAAGAAAT;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=15;WE=16738564;WS=16738546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	17235642	rs67017076	AT	A	541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=6;PP=315;SC=AGTAATTTAAATTTTTTTCCA;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=12;WE=17235650;WS=17235632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	17273731	rs3808795	A	G	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.88;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	17273878	rs12376938	A	G	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	17273926	rs12379655	C	G	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=15;PP=493;SC=CAGAATGATACCATTTATACT;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=17273934;WS=17273916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	17309374	rs6475126	T	A	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=286;SC=GTGTGCAGATTGTTTTGCATT;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=17309382;WS=17309364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr9	17342383	rs1442527	C	T	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
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chr9	17457512	rs35399020	TA	T	1142.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=9;PP=719;SC=TTTCTTTTTTTAAAAAAAAGA;SOR=2.093;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=32;WE=17457520;WS=17457502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr9	17579370	rs3739487	T	C	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=52;PP=1663;SC=CGGCGGCAGCTTGGGGAGTTC;SOR=1.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=79;WE=17579378;WS=17579360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	18661848	rs41268977	T	G	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=2;PP=466;SC=ATAATTTCCATTGATGTGAGC;SOR=3.014;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=18661856;WS=18661838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	18681696	rs66675938	G	GTGTTGGGA	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;QD=31.97;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	18681821	rs13293151	A	G	3612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=45;PP=1839;SC=GCACAGTGACATGTGGCCAGG;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=75;TCR=45;TR=120;WE=18681829;WS=18681811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr9	18717903	rs530120	G	A	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=244;SC=CAAAGTTGGAGTGTTGGCACT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=18717911;WS=18717893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	18718139	rs532101	C	G	5123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=102;NR=79;PP=2965;SC=TTTTGACCTTCTTCCTTCCCT;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=102;TCR=80;TR=181;WE=18718147;WS=18718129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr9	18721748	rs539785	T	G	2226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
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chr9	18950895	rs7021572	T	C	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=23;PP=680;SC=TTCTCTGTTTTATCATAAATC;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=18950903;WS=18950885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	18950980	rs6475274	A	T	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=129;SC=TTGGGAGAAAAAAACCCAATT;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=18950988;WS=18950970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	19032907	rs17810415	A	G	7008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=120;NR=112;PP=2965;SC=TCGTCTTCATAGGGGCGATCC;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=120;TCR=112;TR=232;WE=19032915;WS=19032897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr9	19033006	rs10963921	G	T	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.048;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=66;PP=2000;ReadPosRankSum=1.174;SC=CAGGCTCGAGGGTCTTGGCAG;SOR=0.987;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=113;WE=19033014;WS=19032996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr9	19033035	rs7035738	G	A	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=53;PP=1631;SC=TTTACTCGAAGGAAAATTTAA;SOR=1.882;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=24;TCR=53;TR=77;WE=19033043;WS=19033025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	19058483	rs150852615	C	A	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=58;PP=1723;SC=ACTAATTCCACTTGATATCTG;SOR=1.460;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=90;WE=19058491;WS=19058473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	19058921	rs62622380	G	A	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=19;PP=693;SC=TCTATGTTCAGCATCCATTTG;SOR=0.929;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=39;WE=19058929;WS=19058911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	19086979	rs2171957	C	T	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=13;NR=2;PP=295;SC=CATCATCTGGCTATTGATATA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=19086987;WS=19086969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr9	19093287	rs41269011	A	G	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=53;PP=1914;SC=GAGGAAAGCTACTTCCACATT;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=62;TCR=53;TR=115;WE=19093295;WS=19093277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	19096832	rs4977495	A	T	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=9;PP=360;SC=CATCATCAAAAGCTGAGTAAG;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=19096840;WS=19096822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	19123745	rs10963972	A	G	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=43;PP=1283;SC=TGGGCTGGGCACGGTGGCTCA;SOR=1.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=62;WE=19123753;WS=19123735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	19126476	rs3802335	C	T	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=361;SC=TTCAGAACACCGGGATAAGAC;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=19126484;WS=19126466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr9	19299362	rs10738535	T	C	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=23;PP=775;SC=GATTAGTATATTATTAATATA;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=19299370;WS=19299352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr9	19550308	rs4977555	A	T	3110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.29;SOR=1.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr9	19573483	rs66707311	AACACACACACACACACACACACACAC	AAC,A	596.82	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=19;PP=679;ReadPosRankSum=1.834;SC=ATATAATTTAAACACACACAC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=20;WE=19573538;WS=19573473;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.92:24
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chr9	19576816	rs56172301	GGT	G	958.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=4;PP=695;SC=GTGCTGCAGCGGTGTGTGTGT;SOR=2.030;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=14;WE=19576825;WS=19576805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	19576949	rs2383101	T	G	3750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=76;NR=54;PP=1993;SC=CCATTCTGCCTCTCGTTCTCA;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=76;TCR=54;TR=130;WE=19576957;WS=19576939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr9	19619509	rs1885220	C	T	3050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	19622072	rs4977307	A	G	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=248;SC=GCATGTGTCCATGAATGCCAG;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=19622080;WS=19622062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	19622268	rs4977308	T	C	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=61;PP=1892;SC=CCGGTAGAGTTGGTTCATCCT;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=60;TCR=61;TR=121;WE=19622276;WS=19622258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	20346393	.	C	CA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=2.677;QD=0.65;ReadPosRankSum=-0.855;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
chr9	20414343	.	ACTG	A	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=2.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=-0.194;QD=0.33;ReadPosRankSum=0.999;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,17:0.11:152
chr9	20448058	.	G	GT	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.394;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,29:0.25:114
chr9	20502078	rs6475449	T	C	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=0;PP=460;SC=AAACTCCATCTCAAAAAAAAA;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=24;WE=20502087;WS=20502068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	20502096	rs6475450	G	C	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.21;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	20620596	rs2780835	C	T	4736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=107;NR=63;PP=2965;SC=ACCGCCCGGGCCAAGCGATTG;SOR=1.198;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=110;TCR=63;TR=170;WE=20620604;WS=20620586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr9	20621901	rs376536186	CGT	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=2.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.22;ReadPosRankSum=-1.985;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,17:0.12:147
chr9	20622064	rs71334542	C	CG	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.04;ReadPosRankSum=0.855;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr9	20720317	rs113883644	GGT	G	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,12:0.15:80
chr9	20778631	rs7875153	A	G	3215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr9	20862515	rs4977780	A	C	3645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=37;PP=2160;SC=AGTACTCTTAATTAATGGCTT;SOR=1.458;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=84;TCR=37;TR=121;WE=20862523;WS=20862505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	20866974	rs7875872	C	G	6663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=140;PP=2965;SC=GCCAACTTTACTGCAGGAGAA;SOR=0.983;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=248;TCF=108;TCR=140;TR=247;WE=20866982;WS=20866964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr9	20882117	rs7026225	T	C	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=656;SC=ACTTCCACTTTCAAGTAGGAT;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=20882125;WS=20882107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	20923518	rs7044425	C	G	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=1;PP=116;SC=TGGCCTAACACAACAAACAGA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=20923526;WS=20923514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	20923579	rs7044452	C	T	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=5;PP=267;SC=TTTGACTTCACCTGCCCTCCT;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=20923587;WS=20923569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	20953049	rs3206852	A	G	6403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr9	20978306	rs10811445	A	G	2508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.61;SOR=1.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	20978312	rs4977616	A	G	2590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.47;SOR=1.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	20981799	rs72703998	G	A	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=500;SC=AGGCTAGCAAGAAATAACCAC;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=20981807;WS=20981789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	20982328	rs10964782	T	G	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=3.769;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.46;ReadPosRankSum=0.735;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,130:0.99:131
chr9	20982503	rs4304410	T	G	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=57;PP=1729;SC=TACGATTGAATAATTGATTTC;SOR=1.469;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=90;WE=20982511;WS=20982493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	20988426	rs4977881	A	G	4519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=78;NR=81;PP=2551;SC=GGCTCTTGACAAGGTAAAATC;SOR=0.935;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=78;TCR=82;TR=159;WE=20988434;WS=20988416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr9	20993461	rs4497056	T	G	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=36;PP=970;SC=TGTTTTGGATTTTGGATGTTT;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=42;WE=20993469;WS=20993451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr9	21026540	rs2275889	G	T	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=13;PP=1086;SC=AAGCTTTAAAGAGAAAAAATG;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=56;WE=21026548;WS=21026530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr9	22452041	rs56665855	GTT	G	2007.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=3.364;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;MQRankSum=0.346;QD=27.89;ReadPosRankSum=1.774;SOR=2.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,70:0.97:72
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chr9	24545957	rs2772578	G	C	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=33;PP=1002;SC=TCTGTGCAGGGAGATGTCTCA;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=62;WE=24545965;WS=24545947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	25677933	rs35110225	T	C	6947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=102;PP=2965;SC=GGACCCGGCGTGCCTCCGCGG;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=123;TCR=102;TR=225;WE=25677941;WS=25677923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr9	25677953	rs34498078	T	C	6145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=95;PP=2965;SC=GGCGTCCCGTTGCCGCCTTCG;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=198;TCF=103;TCR=95;TR=198;WE=25677961;WS=25677943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr9	26116658	rs72712695	G	A	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=8;PP=535;SC=ACAGGCATAAGCCACCATATC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=26116666;WS=26116648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	26982270	rs57511456	CT	C	768.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.169;HP=17;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=250;ReadPosRankSum=-2.363;SC=AGCTTTTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.503;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=17;WE=26982279;WS=26982260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,42:0.93:45
chr9	27047246	rs10812520	T	C	2393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=48;NR=27;PP=1305;SC=TCAGCAGTAATCTCTCTTATG;SOR=1.130;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=48;TCR=27;TR=75;WE=27047254;WS=27047236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	27047460	rs16910953	T	C	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=39;PP=978;SC=GGCTCACTATTGTATCTTCTC;SOR=1.341;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=63;WE=27047468;WS=27047450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	27061142	rs34615635	GGT	G	1146.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.68;MQRankSum=0.545;QD=27.30;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,40:0.95:42
chr9	27062802	.	CA	C	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.038;QD=0.48;ReadPosRankSum=-1.091;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,18:0.22:81
chr9	27168315	rs10511802	G	A	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=754;SC=CAGATTCTTAGAAAGGTACAT;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=27168323;WS=27168305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	27168433	rs12349832	A	G	3926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
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chr9	27173180	rs666478	C	T	4073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr9	27183463	rs682632	A	C	3979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
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chr9	27192036	rs2224529	A	G	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	27192330	rs2252883	G	A	2200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=15;PP=1430;SC=TCCTCATATTGGGAAGGATGA;SOR=2.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=53;TCR=15;TR=68;WE=27192338;WS=27192320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	27202870	rs639225	A	G	7131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=143;NR=120;PP=2965;SC=CACACTCCTCAGCTGTGATTT;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=263;TCF=143;TCR=120;TR=263;WE=27202878;WS=27202860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr9	27203134	rs638203	A	G	3726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=62;PP=2077;SC=TGAATGGACAAGTATTTACAT;SOR=1.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=55;TCR=62;TR=117;WE=27203142;WS=27203124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	27228022	rs2273717	A	G	265.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=206;SC=TAAATCTATGAGGAGTTGAAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=27228030;WS=27228014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	27289812	rs1980661	T	C	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=18;PP=510;SC=TGTATAATTATAGTACCCAGT;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=27289820;WS=27289802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	27289832	rs1980660	G	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=377;SC=TGTGTGTACAGTCTGTTCTCA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=27289840;WS=27289822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	27290933	rs4878394	A	G	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.26;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	27290984	rs2383724	T	C	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	27292529	rs41272857	C	T	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.87;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	27296595	rs7044345	C	G	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=602;SC=CATTTCTATTCACTTTAAAGA;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=27296603;WS=27296585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	27297260	rs7875090	A	T	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=12;PP=316;SC=GTTTTTAGTTATTTTTTAAAT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=27297268;WS=27297250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	27455095	rs12379154	G	C	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=62;NR=31;PP=1398;SC=AGATTGTGCAGGTGACAAAAA;SOR=1.253;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=62;TCR=31;TR=93;WE=27455103;WS=27455085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	27455585	rs10757661	G	A	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=19;PP=576;SC=TGCAGGAAGCGAAAAGGCACC;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=27455593;WS=27455575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	27524731	rs700785	A	G	5148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=98;PP=2965;SC=GGAGGAAGACAAGAATGAAAA;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=84;TCR=100;TR=182;WE=27524739;WS=27524721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr9	27561465	rs3063748	A	ATGT	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=437;SC=CAAATACGTAATGTCCCTAGA;SOR=2.303;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=9;WE=27561473;WS=27561455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	27562352	rs2589050	T	C	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=11;PP=604;SC=ACTCATAAAGTGTATAATTGC;SOR=1.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=35;WE=27562360;WS=27562342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	28863459	rs13285849	A	T	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=10;PP=753;SC=TGTTTGACACAGGTTTGATCA;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=28863467;WS=28863449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	28889060	rs7043805	C	G	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=10;PP=276;SC=CAGCAGCTTGCCTGGTGCTTG;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=28889068;WS=28889050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	32384843	rs913762	A	C	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=35;PP=1235;SC=CAGTGGCGGCACGGGGGACAC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=68;WE=32384851;WS=32384833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	32418237	rs2026739	G	T	3914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=89;NR=39;PP=2014;SC=TTTCTTTGTAGGCAGGGTACG;SOR=1.209;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=89;TCR=39;TR=128;WE=32418245;WS=32418227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr9	32425910	rs3780473	A	G	10163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=189;NR=162;PP=2965;SC=ATAACACTGAATTCACCCTTG;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=351;TCF=189;TCR=162;TR=351;WE=32425918;WS=32425900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr9	32427600	rs2375965	A	G	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=21;PP=615;SC=ATCTAAAGAGAGCCCTCTTGC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=32427608;WS=32427590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	32436014	rs7022554	A	G	12123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=245;NR=180;PP=2965;SC=TTGAAAGACAATTAACCCAGG;SOR=0.965;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=426;TCF=246;TCR=180;TR=425;WE=32436022;WS=32436004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr9	32440404	rs45454698	G	C	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=23;PP=1185;SC=GGGCTCAGGGGACCTGTGTCC;SOR=1.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=67;WE=32440412;WS=32440394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	32457491	rs5897507	A	AAAAAG	622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;QD=38.92;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	32466184	rs2274864	G	A	3149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=36;PP=2007;SC=ACTTTTTGTTGTAATATAACA;SOR=1.453;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=72;TCR=36;TR=108;WE=32466192;WS=32466174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	32481500	rs201451565	TA	T	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.148;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr9	32485288	rs71302893	C	CA	3311.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=2.585;HP=10;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=81;ReadPosRankSum=-1.225;SC=CTAGAGACGTCAAAAAAAAAA;SOR=0.481;Source=Platypus;TCF=31;TR=103;WE=32485297;WS=32485278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,188:0.84:223
chr9	32488237	rs10813825	G	C	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=42;PP=1360;SC=TACTAACCACGATGTGGATAA;SOR=1.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=68;WE=32488245;WS=32488227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	32491240	rs6476363	C	T	2883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	32498291	rs2777725	A	G	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.87;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	32525915	rs3824456	C	G	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=640;SC=CTGGCAACCTCTAGCCTAAAA;SOR=2.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=32525923;WS=32525905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	32525969	rs2777729	C	A	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.743;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=28;PP=1303;ReadPosRankSum=0.630;SC=CTGGCAGGCTCTCTGCATTGA;SOR=0.269;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=85;WE=32525977;WS=32525959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,94:0.98:96
chr9	32526233	rs3739674	G	C	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=392;SC=AGCCGGGTAGGAGGAGGGCGT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=32526241;WS=32526223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	32542204	rs10971019	A	G	7469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=125;NR=114;PP=2965;SC=ATCTGTTACTAGACAGGCTCC;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=240;TCF=125;TCR=115;TR=239;WE=32542212;WS=32542194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr9	32552164	rs35002468	T	TCTC	1446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=15;PP=1666;SC=GCCTATCTCCTTAGTTGGCAA;SOR=2.165;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=35;WE=32552185;WS=32552154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	32559114	rs10813835	C	T	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=47;SC=AGCTATCAAACAGGCATCTCA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=32559122;WS=32559104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	32632532	rs35905429	G	A	8422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=124;NR=149;PP=2965;SC=AGGGAAAGGCGACGAAGGTCT;SOR=1.051;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=273;TCF=124;TCR=149;TR=273;WE=32632540;WS=32632522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr9	32973709	rs34659850	CA	C	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.819;QD=7.41;ReadPosRankSum=1.667;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr9	32974372	rs4878522	C	T	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=9;PP=565;SC=TGAGGTCAGACTGTTATTCAG;SOR=1.236;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=32974380;WS=32974362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	32974570	rs34600530	G	GA	701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=13;PP=294;SC=CTAGTTGAAAGAAAAAAAAAC;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=14;WE=32974578;WS=32974560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	32986040	rs1981011	A	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=-0.172;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr9	32986041	rs10123944	C	A	467.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.24;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	33056971	rs35445781	GA	G	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=1.067;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr9	33116238	rs34433922	AT	A	398.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.75;ReadPosRankSum=2.241;SOR=1.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,24:0.89:27
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chr9	33135085	rs913214	G	A	6507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr9	33264540	rs1071545	C	G	2700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=64;PP=1902;SC=GGTGGACGCCCAGAGGGAGGC;SOR=2.571;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=19;TCR=65;TR=83;WE=33264548;WS=33264530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	33270479	rs844239	A	G	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=3;PP=315;SC=GTTTTTGCCAATTTTTCTGCG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=33270487;WS=33270469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	33270748	rs831271	G	T	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	33290532	rs830576	A	G	8527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=156;NR=137;PP=2965;SC=GACAGTGCTGACTTGGCTGTA;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=293;TCF=156;TCR=137;TR=293;WE=33290540;WS=33290522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr9	33290688	rs4879682	G	C	4616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=86;PP=2809;SC=CTCATATCGCGAGAGTAGCAC;SOR=1.159;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=66;TCR=86;TR=152;WE=33290696;WS=33290678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr9	33344252	rs642157	T	A	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=38;PP=1086;SC=CCTGCTGTGTTACTGTCTTCA;SOR=2.348;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=33344260;WS=33344242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	33364821	rs369528056	GA	G	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.123;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,20:0.20:98
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chr9	33386167	rs79172651	G	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-9.584;QD=2.38;ReadPosRankSum=-2.156;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,39:0.21:184
chr9	33386211	rs80148578	G	A	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=7.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQRankSum=-7.480;QD=7.40;ReadPosRankSum=1.656;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,77:0.34:225
chr9	33386226	rs78244036	T	C	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=9.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQRankSum=-6.757;QD=9.13;ReadPosRankSum=1.923;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,80:0.39:204
chr9	33386243	rs76705820	C	T	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=10.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQRankSum=-6.323;QD=7.62;ReadPosRankSum=1.907;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,83:0.43:195
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chr9	33386378	rs74462413	C	T	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=6.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQRankSum=-4.400;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.942;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,24:0.29:84
chr9	33386387	rs77429065	G	A	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=8.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQRankSum=-5.262;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.508;SOR=1.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,21:0.25:85
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chr9	33386395	rs2484931	T	C	2877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=41;PP=2962;SC=CCGGGCAGGATACTCACTGTA;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=86;WE=33386408;WS=33386368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	33386399	.	CA	TG	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.734;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=4.958;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQRankSum=-6.352;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.726;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,19:0.20:95
chr9	33386465	rs74668961	A	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQRankSum=-10.385;QD=2.35;ReadPosRankSum=-1.980;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,18:0.12:154
chr9	33386469	rs78695486	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQRankSum=-10.687;QD=2.25;ReadPosRankSum=-2.181;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,20:0.13:158
chr9	33386510	rs77962308	CA	TG	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.894;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQRankSum=-11.068;QD=3.94;ReadPosRankSum=2.600;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,21:0.16:132
chr9	33386526	rs79202054	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQRankSum=-9.565;QD=2.06;ReadPosRankSum=2.568;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,21:0.19:109
chr9	33395031	rs72707429	G	A	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=36.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQRankSum=-4.260;QD=12.23;ReadPosRankSum=2.817;SOR=2.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,23:0.36:64
chr9	33395039	rs72707431	C	T	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=47.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQRankSum=-4.299;QD=11.10;ReadPosRankSum=3.385;SOR=2.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,22:0.32:68
chr9	33395196	rs642636	A	G	3888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=72;PP=2363;SC=GGGTGGACCTAAGACAGTGGC;SOR=0.937;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=64;TCR=72;TR=135;WE=33395204;WS=33395186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr9	33441711	rs200785872	A	C	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.27;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	33467983	rs679644	G	A	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	33524684	rs3843933	G	A	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.43;ReadPosRankSum=-1.473;SOR=1.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,56:0.97:58
chr9	33524725	rs3843934	G	T	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=20;PP=607;SC=GTGGGAGGGGGCCCCCAGGCC;SOR=1.501;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=33524733;WS=33524715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	33524775	rs7866888	C	A	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	33555701	rs199537216	TC	T	979.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=9;PP=528;SC=ACACTTTTTTTCAAGCCTGAA;SOR=1.044;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=33555709;WS=33555691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr9	33797861	rs151192741	A	G	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.332;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-18.403;NF=80;NR=39;PP=1479;ReadPosRankSum=-1.990;SC=GCACAACATCAAAGTCCTGGA;SOR=0.971;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=395;TCF=251;TCR=144;TR=119;WE=33797869;WS=33797851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,109:0.28:388
chr9	33797881	rs372122039	G	A	4927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-18.868;NF=116;NR=68;PP=2540;ReadPosRankSum=-3.892;SC=AGGGGAATGAGCAGTTCATCA;SOR=0.979;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=565;TCF=334;TCR=231;TR=184;WE=33797889;WS=33797871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:389,180:0.32:569
chr9	33797917	.	T	C	12640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.983;ClippingRankSum=0.000;DP=949;ExcessHet=3.0103;FS=0.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQRankSum=-25.447;QD=13.33;ReadPosRankSum=-2.120;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:605,343:0.36:948
chr9	33797928	.	G	GCC	13703.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.185;ClippingRankSum=0.000;DP=1007;ExcessHet=3.0103;FS=0.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQRankSum=-25.486;QD=13.64;ReadPosRankSum=1.535;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:644,361:0.36:1005
chr9	33797930	.	GAC	G	14702.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.817;ClippingRankSum=0.000;DP=1017;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQRankSum=-25.335;QD=14.49;ReadPosRankSum=2.597;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:645,370:0.36:1015
chr9	33797951	rs150316320	A	C	15569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQRankSum=-24.669;QD=14.06;ReadPosRankSum=6.093;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:689,418:0.38:1107
chr9	33797962	rs374178684	A	G	16747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-23.703;NF=213;NR=216;PP=2962;ReadPosRankSum=4.797;SC=TGCTGATCAAACTCTCCTCAC;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1106;TCF=550;TCR=556;TR=429;WE=33797970;WS=33797941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:683,450:0.40:1133
chr9	33797987	rs137945391	G	T	17300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1093;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQRankSum=-22.403;QD=15.89;ReadPosRankSum=1.427;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:632,457:0.42:1089
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chr9	33798016	.	CA	TG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=58;MMLQ=20;MQ=56.45;NF=132;NR=184;PP=2944;QD=20;SC=CTCTGCCCACCACCCCTCCAG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=819;TCF=362;TCR=457;TR=316;WE=33798025;WS=33798006;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:503,316:0.39:819
chr9	33798017	rs855581	A	G	27933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=808;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=349;NR=441;PP=2962;SC=TCTGCCCACCACCCCTCCAGC;SOR=0.955;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=794;TCF=350;TCR=444;TR=790;WE=33798025;WS=33798006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,804:1.00:804
chr9	33798037	.	T	C	8953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DP=596;ExcessHet=3.0103;FS=3.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQRankSum=-16.615;QD=15.12;ReadPosRankSum=-0.148;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:357,235:0.40:592
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chr9	33798073	.	CTT	TTC	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=73;MMLQ=27;MQ=57.28;NF=28;NR=95;PP=2944;QD=20;SC=ACACTCTGAGCTTTGGTGGTG;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=330;TCF=93;TCR=237;TR=123;WE=33798083;WS=33798063;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:207,123:0.37:330
chr9	33798075	.	T	C	4412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.865;ClippingRankSum=0.000;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=12.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-8.141;QD=13.70;ReadPosRankSum=-1.119;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,118:0.37:322
chr9	33798112	.	C	T	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.248;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.074;HP=5;HapScore=1;MGOF=66;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-9.121;NF=4;NR=41;PP=811;ReadPosRankSum=-2.848;SC=TCTACTTCCCCCCATCCTCAC;SOR=1.875;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=148;TCF=23;TCR=125;TR=45;WE=33798120;WS=33798102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,41:0.29:142
chr9	33924136	rs116990828	G	A	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=5;PP=460;SC=TGCTGTTGCTGCTTCCCAGCT;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=33924144;WS=33924126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	33927899	rs307692	G	A	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=62;NR=39;PP=1524;SC=GGACAGGCTGGCGCCTGAGGA;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=62;TCR=39;TR=101;WE=33927907;WS=33927889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr9	34011803	rs7029112	C	G	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=30;PP=838;SC=AAGAAAAGTACCATCACTACA;SOR=2.531;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=38;WE=34011811;WS=34011793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	34011835	rs7029122	C	T	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=548;SC=GGATCTCTTACCCATTCATAT;SOR=4.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=34011843;WS=34011825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	34017015	rs11432780	G	GA	1352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=3.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.65;ReadPosRankSum=-2.054;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,93:0.73:127
chr9	34017106	rs1785506	C	T	7810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=129;NR=122;PP=2965;SC=TGGTTTTTCCCGAGCACCTCG;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=129;TCR=122;TR=251;WE=34017114;WS=34017096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr9	34089395	rs2296897	T	C	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=13;PP=645;SC=TCATCTCAGGTAGGGGCTTAC;SOR=1.206;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=34089403;WS=34089385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	34093274	rs16935392	G	C	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=13;PP=838;SC=GTGCACACAGGGACTCTTACC;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=34093282;WS=34093264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	34096597	rs7857551	G	A	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=418;SC=GCGAGACTCTGCCTCAAAAAT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=34096605;WS=34096587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	34096873	rs10971910	T	C	3875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=66;PP=2240;SC=GGGTCCTTTATTCCTGTCTCG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=56;TCR=66;TR=122;WE=34096881;WS=34096863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr9	34106410	rs10971917	C	T	3942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=25.94;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr9	34211942	rs1556439	T	C	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	34242242	rs7857658	G	A	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=63;PP=1802;SC=TGGTGTGATCGTACCTTATTG;SOR=1.586;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=33;TCR=63;TR=96;WE=34242250;WS=34242232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr9	34256347	rs10814083	C	T	6191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=92;PP=2965;SC=CAACTGGGCCCCCTGTGCTCT;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=111;TCR=92;TR=203;WE=34256355;WS=34256337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr9	34256539	rs36025573	A	G	5344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=100;NR=88;PP=2965;SC=CGTTTTTCACAGTGCTGGTCA;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=100;TCR=88;TR=188;WE=34256547;WS=34256529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr9	34263389	rs10814084	T	A	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=308;SC=CCTCCCAGCTTAGAGGCTGGG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=34263397;WS=34263379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	34286486	rs6476442	G	T	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=272;SC=TTTACAGATGGGAAGTGGTGG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=34286494;WS=34286476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	34343033	rs143309441	G	GA	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=1.762;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr9	34370701	rs58832809	TG	T	1813.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=8;PP=1697;SC=GGTATAGAGGTGGGAGGTTCC;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=41;WE=34370709;WS=34370691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	34371788	rs7852399	A	T	7832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=152;NR=126;PP=2965;SC=CGTGACGCGGAAGCCGGCGTC;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=279;TCF=152;TCR=127;TR=278;WE=34371796;WS=34371778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr9	34372783	rs4879781	G	C	4164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=69;PP=2653;SC=GCGGCTTCAGGTCTTTGGAAG;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=71;TCR=69;TR=140;WE=34372791;WS=34372773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr9	34372873	rs4879782	C	G	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=50;PP=1625;SC=GGTTCTGACGCTATGCGTAGC;SOR=0.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=98;WE=34372881;WS=34372863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr9	34378999	rs3818830	A	T	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=295;SC=CTGCTGGGTAAGGACACAGGA;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=34379007;WS=34378989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	34382726	rs3808876	A	G	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=11;PP=1136;SC=CAGTCCCCAGACGTCTGTGCT;SOR=1.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=54;WE=34382734;WS=34382716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	34402173	rs10738926	A	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=6;PP=525;SC=ACAGCAGACAACGCAGGCCCC;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=34402181;WS=34402163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	34485646	rs2274591	C	T	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=29;PP=802;SC=TGGCTAGAATCCTCAGATTTC;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=34485654;WS=34485636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	34487782	rs4878572	C	T	279.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=228;SC=TACCCAACCTCCCAATAGCCT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=34487790;WS=34487772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	34500595	rs4878575	G	T	839.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=8;PP=521;SC=ATAGGTAGTAGTATTATTCCC;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=31;WE=34500603;WS=34500585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	34569010	rs9695558	T	A	2027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	34622389	rs3808869	A	C	4040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=43;PP=2646;SC=GGGGGCATGCAAGGTCGAGGT;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=91;TCR=44;TR=134;WE=34622397;WS=34622379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr9	34623338	rs10972173	A	G	7464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr9	34624175	rs10972174	C	T	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=16;PP=429;SC=CCCACAGAACCCCAGGGTCTC;SOR=1.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=22;WE=34624183;WS=34624165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	34635598	rs4879809	T	C	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=19;PP=1069;SC=CGCTCCTGTCTATCCGCAGGT;SOR=1.197;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=55;WE=34635606;WS=34635588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	34646572	rs142496102	CCAGT	C	1481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=2;PP=974;SC=GCAGGGCAGCCCAGTCAGTCA;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=18;WE=34646583;WS=34646570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	34647802	rs41274865	G	C	15910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=294;NR=261;PP=2965;SC=CTACCTCTCGGTTATCTTTTC;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=556;TCF=294;TCR=262;TR=555;WE=34647810;WS=34647792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,593:1.00:593
chr9	34648020	rs2277202	G	A	3319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=70;PP=2456;SC=TTTGGTTCTGGGGAGTAACAT;SOR=2.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=30;TCR=70;TR=99;WE=34648028;WS=34648010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	34648088	rs41274867	G	A	3613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=54;PP=2004;SC=TTGGCTAACAGAGCTCCGTAT;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=60;TCR=54;TR=114;WE=34648096;WS=34648078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr9	34649442	rs2070074	A	G	8991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=156;NR=148;PP=2965;SC=GGCCAACTGGAACCATTGGCA;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=304;TCF=156;TCR=148;TR=304;WE=34649450;WS=34649432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr9	34650279	.	C	CAAAAAAAAAAAA	260.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=16;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=1127;SC=GACCTCGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=3;WE=34650287;WS=34650269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	34655436	rs2812357	T	C	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=15;PP=627;SC=ACCTGGGTCCTCTCTCTACCC;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=34655444;WS=34655426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	34657663	rs1104748	T	C	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=28;PP=810;SC=ACTCCCAGAGTTCCCAGTTTC;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=28;WE=34657671;WS=34657653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	34658421	rs1104749	T	A	3505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=34;PP=2028;SC=CTCAGGAGTGTCTGGCTAAGG;SOR=1.501;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=81;TCR=34;TR=115;WE=34658429;WS=34658411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr9	34661549	rs56079949	G	GGATGGATGGACA	1764.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=4;PP=2967;SC=TTGCTGGTGTGGATAGAAACC;SOR=1.121;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=34661557;WS=34661539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	34661994	rs11575584	G	A	3832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.73;ReadPosRankSum=-1.325;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,153:0.99:155
chr9	34665274	rs41314592	T	C	4205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=65;PP=1951;SC=GTCCCGTCCATGCCCGGGGCG;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=75;TCR=65;TR=140;WE=34665282;WS=34665264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	34723181	rs2297132	G	A	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=8;PP=566;SC=GGCTCTGCATGTTCTCCTTGA;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=34723189;WS=34723171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	34723744	rs4878588	C	A	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=42;PP=1581;SC=CCCTGTGAAGCCTGGGGCAAC;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=56;TCR=42;TR=98;WE=34723752;WS=34723734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr9	34723935	rs2297134	C	T	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.89;QD=26.61;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	34724059	rs117821239	G	A	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.71;QD=26.67;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	34724241	rs3739881	C	A	5090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=104;NR=70;PP=2847;SC=CATGTCCCCACTGGGCTGTGA;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=105;TCR=71;TR=174;WE=34724249;WS=34724231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr9	34724786	rs72617336	G	A	7185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.14;QD=42.77;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr9	34724796	rs150496452	T	A	6798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.98;QD=44.44;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr9	34725047	rs78716275	C	T	5199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=6.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.425;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=5.901;NF=96;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=4.362;SC=GATGCAGGTCCGGGTCACTTG;SOR=1.103;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=375;TCF=180;TCR=195;TR=225;WE=34725055;WS=34725037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,223:0.75:299
chr9	34725069	rs114933270	T	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=5.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.84;MQRankSum=-5.250;QD=1.27;ReadPosRankSum=3.352;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,43:0.17:248
chr9	34725742	rs62547039	T	C	6031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.15;QD=25.78;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr9	34726204	rs521574	G	A	273.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=30.42;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	34726781	rs182687245	A	T	3422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=35;PP=2051;SC=GAAACTCCAGACTCTGATCTA;SOR=1.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=72;TCR=35;TR=107;WE=34726789;WS=34726771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	34832919	rs12377823	C	T	3584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.03;QD=25.42;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr9	34833080	rs138460400	TC	T	2838.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.969;NF=20;NR=38;PP=2299;ReadPosRankSum=0.507;SC=GTCTCTCTTCTCTGGTTGAGG;SOR=0.754;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=85;TCF=25;TCR=60;TR=58;WE=34833088;WS=34833070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,84:0.65:129
chr9	34834494	rs77822083	C	T	3449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=1.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQRankSum=0.272;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.386;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,176:0.44:396
chr9	34834880	rs112468216	A	C	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.89;MQRankSum=2.231;QD=27.24;ReadPosRankSum=1.493;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr9	34834937	rs202203144	A	G	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.33;QD=29.21;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	34835273	rs521552	A	C	3470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.015;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-7.132;NF=86;NR=87;PP=2515;ReadPosRankSum=3.948;SC=GAGAAGTATTATTCAGGTTGA;SOR=0.584;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=412;TCF=221;TCR=191;TR=173;WE=34835281;WS=34835263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,168:0.41:411
chr9	34835861	rs924566	C	G	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=11;PP=693;SC=AAAGGATACACTAGACAGAGA;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=34835869;WS=34835851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	34836905	rs3802426	A	G	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=599;SC=CTCCTGAGATAATTATGCCTT;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=34836913;WS=34836902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	35089048	rs556766	A	C	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=6;PP=662;SC=CACTGTTCTCAAGCACTCTCT;SOR=2.133;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=34;WE=35089056;WS=35089038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	35100002	rs664357	T	C	3249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=65;NR=47;PP=1932;SC=GCTTCCTTGTTCCCAGACTCC;SOR=0.868;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=65;TCR=47;TR=112;WE=35100010;WS=35099992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr9	35107858	rs7039828	C	T	7015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=122;PP=2965;SC=TCCAGGCCCCCGAAGTCCAAG;SOR=0.962;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=233;TCF=111;TCR=122;TR=233;WE=35107866;WS=35107848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr9	35295984	rs661712	T	C	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=28;PP=858;SC=CATGATGCAATTGGCAAGAAG;SOR=1.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=35295992;WS=35295974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	35546735	rs1535422	A	G	11433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=218;NR=192;PP=2965;SC=CCTGCACTCTACTCCAGGAGG;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=411;TCF=218;TCR=193;TR=410;WE=35546743;WS=35546725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr9	35555823	rs946483	T	C	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=7;PP=759;SC=CATCCCTCCCTCAGCATCTGT;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=35555831;WS=35555813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr9	35556527	rs150786704	A	ACCTCTAAGTGCTGGCTGGGC	1080.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=2508;SC=CCAGTCTGAAACCTCTAAGTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=4;WE=35556535;WS=35556517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr9	35606738	rs7028425	C	G	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=9;PP=417;SC=CCTATGACCTCTGTGATCCTC;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=35606746;WS=35606728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	35606884	rs2275422	G	A	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
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chr9	35618523	rs10814260	G	A	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=59;PP=1821;SC=GGGCCAGAGGGGCCACGGAGG;SOR=1.169;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=104;WE=35618531;WS=35618502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
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chr9	35660990	rs1339374	A	G	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=73;NR=61;PP=2205;SC=CGAGGAGGAGATTGGTGACAG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=73;TCR=61;TR=134;WE=35660998;WS=35660980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr9	35663228	rs10814266	G	C	2870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr9	35674053	rs2071676	G	A	8837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=169;NR=155;PP=2965;SC=GCTGCTTCTGGTGCCTGTCCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=326;TCF=169;TCR=157;TR=324;WE=35674061;WS=35674043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr9	35677702	rs2857801	T	A	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	35681122	rs1048638	C	A	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=481;SC=TTTTAACTGCCAAGAAATTTT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=35681130;WS=35681112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	35682255	rs10972558	G	C	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=14;PP=318;SC=GACATGGAGTGGGTCAAGGAA;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=35682263;WS=35682245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr9	35700527	rs151212820	A	AGTTT	861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=621;SC=GCAACTGGGGAGTTTGTTTGT;SOR=2.531;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=11;WE=35700535;WS=35700517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr9	35707054	rs741917	C	T	8439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=153;NR=125;PP=2965;SC=ACACTGGTTCCCCATCCCTCA;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=279;TCF=153;TCR=126;TR=278;WE=35707062;WS=35707044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr9	35711806	rs2249250	G	T	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=34;PP=1150;SC=GGTGAGAGGGGAAGTCAGACA;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=72;WE=35711814;WS=35711796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	35712823	rs2249133	G	A	3091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
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chr9	35739876	rs3750434	G	A	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=29;PP=1562;SC=TCAGCAGAGTGGGATCATCAA;SOR=0.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=67;WE=35739884;WS=35739866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	35740293	rs142607078	C	G	7898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=162;PP=2965;SC=GCCTCGAGGTCGCAACTTGCT;SOR=1.245;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=107;TCR=162;TR=269;WE=35740301;WS=35740283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
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chr9	35825413	rs4879930	C	T	2607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=51;PP=1783;SC=AGTGAGAAGGCCCTAAAACTA;SOR=1.280;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=86;WE=35825421;WS=35825403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	35829390	rs2381409	C	T	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=8;PP=208;SC=GAGCCGCGGGCCAGCTCTGCG;SOR=1.061;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=13;WE=35829398;WS=35829380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	35834942	rs2236291	T	G	4314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=1.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr9	35841783	rs2236293	G	A	7351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=116;NR=123;PP=2965;SC=CTGTGTGTGCGGTTGCAAGGT;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=116;TCR=123;TR=239;WE=35841791;WS=35841773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr9	35845929	rs7848557	A	C	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	35906347	rs370606246	CCTG	C	384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-0.467;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,19:0.13:144
chr9	35906583	rs143611048	TCCA	T	4025.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=6.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	35910690	rs10491554	G	A	5261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=83;NR=91;PP=2745;SC=TTCATGTGACGCCCGAGTCCC;SOR=0.933;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=83;TCR=91;TR=174;WE=35910698;WS=35910680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr9	35910801	rs10814296	G	A	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.89;SOR=2.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	35957355	rs2233568	G	A	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=25;NR=26;PP=840;SC=CGATCACCACGGTGAGGTGGG;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=51;WE=35957363;WS=35957345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	35957669	rs2233564	T	C	6558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=121;NR=107;PP=2965;SC=GCCATGGGCATGTAGGCAGCC;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=121;TCR=108;TR=228;WE=35957677;WS=35957659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr9	35958047	rs2233558	T	C	6670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=110;PP=2965;SC=GCAGAGAGCCTCAGGAGAACG;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=113;TCR=110;TR=223;WE=35958055;WS=35958037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr9	36063688	rs10814326	A	G	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=6;PP=491;SC=CAGTTTTCTTATGGACAGCTG;SOR=1.781;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=26;WE=36063696;WS=36063678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	36063743	rs942478	C	G	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=21;PP=1120;SC=CATGCTATCTCTTTTTATTGC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=62;WE=36063751;WS=36063733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	36109839	rs35304496	C	CA	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.226;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.429;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr9	36117210	rs2274521	C	G	3260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=69;PP=2062;SC=AAGTACACTACGGATAAAATT;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=37;TCR=69;TR=106;WE=36117218;WS=36117200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	36121780	rs2274522	G	A	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=64;PP=1683;SC=GGAAGGATCCGTGGGTGAGGG;SOR=3.174;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=15;TCR=65;TR=79;WE=36121788;WS=36121770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	36135923	rs7041851	T	C	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=4;PP=552;SC=TGTGTGCTGCTCCCAGGGTCA;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=36135931;WS=36135913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	36136526	rs16932970	A	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	36136566	rs16932974	A	C	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.34;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	36136587	rs3739614	T	G	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.16;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	36141817	rs34562409	A	AT,ATT	1566.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.283;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.60;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,22,56:0.25,0.63:89
chr9	36169598	rs3739609	T	C	3136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=46;PP=1524;SC=TGGCCCTGAGTGTGGACAACC;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=58;TCR=46;TR=104;WE=36169606;WS=36169588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	36211875	rs3628	C	T	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=13;PP=425;SC=TGGACCAAACCTTTTTGTCTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=36211883;WS=36211865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	36218377	rs2296817	C	G	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=44;PP=1358;SC=GGAAAGCAAGCCCCTACATGG;SOR=1.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=59;WE=36218385;WS=36218367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	36263435	rs62541786	T	G	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=12;PP=410;SC=GGGCCCGGATTACAGGTATGA;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=36263443;WS=36263425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	36276857	rs7875447	A	G	3352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=35;PP=1944;SC=TGCAATTTCAATAATAAAGCT;SOR=1.342;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=111;TCF=76;TCR=35;TR=109;WE=36276865;WS=36276847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	36369646	rs34904529	CA	C	1384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;MQRankSum=0.561;QD=15.92;ReadPosRankSum=-1.179;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,80:0.92:87
chr9	36372737	rs12001805	C	A	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=183;SC=TTTCAAAGAACTCAAAGCTAA;SOR=3.442;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=36372745;WS=36372727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	36378853	rs12379930	G	A	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=26.23;SOR=1.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	36378901	rs35905528	C	CT	447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.424;QD=14.44;ReadPosRankSum=-1.393;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,25:0.81:31
chr9	36630415	rs10973007	C	G	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=28;PP=758;SC=TTTGGTTCAACTTTTAAGATA;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=36630423;WS=36630405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	36669228	rs3780133	C	A	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=7;PP=369;SC=AATGTGATACCTGCATTATTA;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=21;WE=36669236;WS=36669218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	36674842	rs2274473	C	T	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=17;PP=803;SC=TTCACTATAACGTGACTACAA;SOR=1.033;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=51;WE=36674850;WS=36674832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	36840623	rs3780135	G	A	4139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr9	36864066	rs4378045	G	A	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=7;PP=417;SC=AGATTGCACCGCTACATTCCA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=36864074;WS=36864056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	36864119	rs4289895	A	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=15;PP=543;SC=CCGCCCCCCCAATAAAAGTGC;SOR=1.893;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=22;WE=36864127;WS=36864109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	36882264	.	TAC	T	823.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.46;ReadPosRankSum=0.463;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr9	37020622	rs2297105	A	C	3778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=40;PP=1981;SC=GCCTCGAGCTACTGCCTTTAC;SOR=1.063;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=78;TCR=41;TR=118;WE=37020630;WS=37020612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr9	37302186	rs78605169	A	G	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=22;NR=21;PP=757;SC=GTTTTGTAGGAGAAGATGGTA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=43;WE=37302194;WS=37302176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	37304168	rs11422051	A	AT	3564.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=40;PP=962;ReadPosRankSum=0.322;SC=TTAATTCTTGATTTTTTTTTC;SOR=0.712;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=65;WE=37304176;WS=37304158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,160:0.96:167
chr9	37305829	rs3837244	GATAT	G	1749.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;QD=40.69;SOR=3.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
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chr9	37486916	rs913278	G	C	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=565;SC=AGCAAATGGAGCTTTGAAGAA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=37486924;WS=37486906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	37489378	rs11542231	C	T	6181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
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chr9	37537557	rs7044153	G	A	6104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=106;PP=2965;SC=GGGAGCTAGAGGCTGGGCTGG;SOR=1.005;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=91;TCR=106;TR=197;WE=37537565;WS=37537547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr9	37708307	rs2296555	A	C	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=82;SC=TGGGAACTGGATCAGGGTGCC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=37708315;WS=37708304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	37715574	rs1952126	G	C	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=5;PP=574;SC=CTGCTGCTTTGTGATGAATTA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=37715582;WS=37715564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	37715724	rs1952125	T	G	4275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=6.098;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.30;ReadPosRankSum=-0.988;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,167:0.99:169
chr9	37719011	rs2013458	T	C	3665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=48;PP=2192;SC=AAGATAGATATACCTGGCTTT;SOR=1.092;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=79;TCR=48;TR=127;WE=37719019;WS=37719001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr9	37724195	rs10814609	A	G	4453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=95;NR=61;PP=2670;SC=AAAGACAGGGATACAACAATA;SOR=1.151;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=95;TCR=61;TR=156;WE=37724203;WS=37724185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	37731007	rs2274324	C	T	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	37731177	rs2274323	T	G	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=11;PP=313;SC=GAACGTGAGCTCGAGGCCATT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=37731185;WS=37731167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	37769811	rs10973531	T	G	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.51;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	37800406	rs34106593	GA	G	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=1.913;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.844;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr9	37887570	.	T	TA	1051.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.09;ReadPosRankSum=0.203;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,68:0.78:87
chr9	37948724	rs3827519	T	C	2683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=44;NR=36;PP=1280;SC=TCTCGGCGTCTCCTCTGCTGA;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=80;WE=37948732;WS=37948714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	37974743	rs1138374	T	C	4717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=68;PP=2163;SC=TCTCCGAGTCTGAGTCAACAC;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=86;TCR=68;TR=154;WE=37974751;WS=37974733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr9	38015646	rs7047952	C	G	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=30;PP=788;SC=CTGCCTACTACGAAGCTCTAA;SOR=2.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=38015654;WS=38015636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	38068532	rs3750444	A	G	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=33;PP=1033;SC=GGGGCTGCGAAGGCCGCTCGC;SOR=4.407;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=53;WE=38068540;WS=38068522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	38395940	rs2228094	T	C	6603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=121;PP=2965;SC=GGGAGGTCATTGGGCACGTGG;SOR=0.943;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=104;TCR=121;TR=225;WE=38395948;WS=38395918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr9	38396065	rs2073478	G	T	7955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=142;NR=121;PP=2965;SC=CTGCTGAACCGCCTGGCAGAC;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=263;TCF=142;TCR=121;TR=263;WE=38396073;WS=38396055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr9	38396502	rs4878199	G	A	7237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=140;NR=112;PP=2965;SC=CGCCCAGCACGTGGATGTTGA;SOR=0.824;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=254;TCF=140;TCR=114;TR=252;WE=38396510;WS=38396492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr9	38397355	rs3043	G	C	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=25;PP=712;SC=CCACCTTGACGAATGCTTGCC;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=38397363;WS=38397345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	38411345	rs12377125	A	G	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=53;NR=19;PP=1134;SC=CAAATATCTCATAACATGGGT;SOR=1.525;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=72;WE=38411353;WS=38411335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	38414022	rs72447808	CCT	C	3246.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=14;PP=2235;SC=TCTGTTTCTCCCTCTTTCTCA;SOR=1.893;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=46;WE=38414038;WS=38414012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	38414030	.	T	TCACACACACA	3576.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;QD=45.86;SOR=1.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr9	38414067	rs12375529	G	T	6408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=126;NR=97;PP=2965;SC=CACACGAGATGCATGAGTTCT;SOR=0.913;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=229;TCF=132;TCR=97;TR=223;WE=38414075;WS=38414057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr9	38423826	rs7039990	T	A	3201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=17;PP=2201;SC=AGGAGAGATATGAAATACTGC;SOR=2.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=80;TCR=17;TR=97;WE=38423834;WS=38423816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	38571214	rs3045002	T	TACA	3895.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=34;PP=2123;SC=GCAGAGAAAATACATTAGTTT;SOR=1.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=37;WE=38571222;WS=38571204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	38571976	rs140529454	T	TTAAA	2560.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=19;PP=1452;SC=GATTTTATGGTTAATCTCTTC;SOR=0.981;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=26;WE=38571994;WS=38571966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	38571986	rs55960030	C	G	2643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=23;PP=780;SC=TTAATCTCTTCATTAGATGTG;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=46;WE=38571994;WS=38571966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	38573141	rs1974262	T	A	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	38578153	rs2027241	A	G	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr9	38586130	rs1415581	T	C	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=11;PP=818;SC=CTGTACCTCTTACACATGTAA;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=38586138;WS=38586120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	38603131	rs3005823	G	A	5219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=109;NR=92;PP=2965;SC=TACATGGTTAGGAGTAGAGAA;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=109;TCR=92;TR=201;WE=38603139;WS=38603121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr9	38615698	rs1832313	C	T	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.82;QD=25.87;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	38615779	rs1765381	T	C	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=41;NR=28;PP=1205;SC=TAGTGTTAGATAAAAAACTAG;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=69;WE=38615787;WS=38615769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	38621344	rs1815549	G	A	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=24;PP=595;SC=TGCAGCTTGGGTGCCCAGGCG;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=38621352;WS=38621334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	40503085	rs139489532	A	G	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.99;QD=24.88;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr9	40784183	rs4339693	A	G	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=25;PP=774;SC=AGATCACCTTAGGTTTAGTAA;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=40784191;WS=40784173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	43816656	rs199925161	T	C	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=7.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=46.461;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-16.128;NF=100;NR=28;PP=2286;ReadPosRankSum=-2.870;SC=AGCTGCCTTCTACTATTGCTC;SOR=2.656;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=366;TCF=232;TCR=134;TR=128;WE=43816664;WS=43816646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,68:0.22:313
chr9	43818062	rs78142446	T	A	3791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-7.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-19.154;NF=130;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=2.080;SC=GGGAATTCTGTCACCCGGAAG;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=487;TCF=248;TCR=239;TR=254;WE=43818070;WS=43818052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,209:0.47:449
chr9	43860959	rs145957320	G	C	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-8.628;NF=15;NR=13;PP=373;ReadPosRankSum=-0.426;SC=TGCTGCTGGCGTCTGCCGCCC;SOR=0.697;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=28;WE=43860967;WS=43860949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,28:0.32:88
chr9	43861081	rs62536501	T	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-6.755;NF=6;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=2.046;SC=GGGCACCCGCTCTCGGCTGTG;SOR=0.850;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=15;WE=43861089;WS=43861071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,12:0.21:56
chr9	66456982	.	G	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.872;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.39;MQRankSum=-3.190;QD=2.53;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,10:0.13:75
chr9	66456991	.	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.46;MQRankSum=-2.905;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.995;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,9:0.12:76
chr9	66457014	.	C	T	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.703;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=6.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQRankSum=-5.840;QD=10.92;ReadPosRankSum=0.113;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,40:0.32:126
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chr9	66457019	rs7040398	G	A	3349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQRankSum=-6.132;QD=26.80;ReadPosRankSum=-1.037;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,83:0.66:125
chr9	66457027	rs76122331	T	A	3724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQRankSum=-7.232;QD=26.23;ReadPosRankSum=-1.991;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,96:0.68:142
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chr9	66457041	.	G	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQRankSum=-5.306;QD=0.38;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,14:0.08:175
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chr9	66457051	.	GGATGCTCCCAG	CAATGCTCCTAC,CGATGCTCCCAG	888	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=89;MMLQ=12;MQ=48.23;NF=17,83;NR=13,49;PP=456,888;QD=17.6489291621;SC=GTGAGTCTGCGGATGCTCCCA;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=220;TCF=133;TCR=87;TR=30,132;WE=66457085;WS=66457041;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.14:220
chr9	66457052	.	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=4.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQRankSum=-5.417;QD=3.20;ReadPosRankSum=0.276;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,27:0.16:172
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chr9	66457062	.	G	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQRankSum=-5.466;QD=0.35;ReadPosRankSum=2.535;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,18:0.08:228
chr9	66457076	rs76994164	T	C	3481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQRankSum=-1.904;QD=13.34;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,110:0.42:261
chr9	66457077	.	T	C	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQRankSum=-7.961;QD=3.26;ReadPosRankSum=1.805;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,22:0.14:162
chr9	66457106	.	C	T	1669	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=99;MMLQ=24;MQ=47.15;NF=67;NR=50;PP=1669;QD=14.5621471158;SC=CTGAGGGGTTCTGTCTGCAGC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=353;TCF=193;TCR=160;TR=117;WE=66457114;WS=66457082;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:236,117:0.33:353
chr9	66457112	rs113087405	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=2.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQRankSum=-1.947;QD=1.75;ReadPosRankSum=-2.212;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,25:0.12:213
chr9	66457126	.	TGC	T	524.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=1.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQRankSum=-2.212;QD=2.40;ReadPosRankSum=-1.459;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,29:0.13:219
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chr9	66457184	.	G	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=1.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.17;MQRankSum=-2.243;QD=0.51;ReadPosRankSum=1.021;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,14:0.08:169
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chr9	66457192	rs148663514	TAGAGAGAG	TAGAGAG,T	635.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=6.253;NF=35;NR=100;PP=2991;ReadPosRankSum=-1.240;SC=GAGACAGCGATAGAGAGAGAG;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=43;TCR=119;TR=135;WE=66457249;WS=66457179;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.27:120
chr9	66457193	.	A	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.78;MQRankSum=-2.254;QD=0.73;ReadPosRankSum=1.295;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,12:0.08:155
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chr9	66457200	.	G	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQRankSum=-1.598;QD=0.39;ReadPosRankSum=1.730;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,10:0.07:139
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chr9	66457205	.	A	AAGGGGGGAG	60.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.05;MQRankSum=-1.296;QD=0.47;ReadPosRankSum=1.430;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,10:0.08:128
chr9	66457206	.	G	C	555.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQRankSum=-0.033;QD=4.41;ReadPosRankSum=2.995;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,23:0.18:126
chr9	66457209	.	AG	A	1277.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=7.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.87;MQRankSum=-6.421;QD=8.46;ReadPosRankSum=3.420;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,40:0.26:151
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chr9	66457228	.	A	C	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=8.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.56;MQRankSum=-4.600;QD=13.84;ReadPosRankSum=2.097;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,34:0.39:87
chr9	66457231	rs140644333	G	GAC	491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=3.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.28;MQRankSum=-1.723;QD=5.65;ReadPosRankSum=-1.260;SOR=1.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,16:0.18:87
chr9	66457233	.	G	C	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=10.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.05;MQRankSum=-4.228;QD=13.46;ReadPosRankSum=2.065;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,34:0.38:89
chr9	66457237	.	G	A	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=6.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.98;MQRankSum=-3.703;QD=12.66;ReadPosRankSum=3.172;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,34:0.37:93
chr9	66457241	rs113933538	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.61;MQRankSum=-2.282;QD=0.95;ReadPosRankSum=-0.839;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,12:0.12:97
chr9	66457253	rs73447820	A	G,C	1666.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=14.537;HP=3;HapScore=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.593;NF=41,48;NR=35,46;ReadPosRankSum=3.638;SC=AAGAGAGAGCACCACAGTAGA;SOR=0.145;Source=Platypus;TCF=143;TR=76,94;WE=66457286;WS=66457243;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.38,0.30:107
chr9	66457265	.	C	A	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=12.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.04;MQRankSum=-3.059;QD=9.43;ReadPosRankSum=2.829;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,32:0.28:113
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chr9	66457270	.	G	A	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=13.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.04;MQRankSum=-2.672;QD=9.06;ReadPosRankSum=2.480;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,29:0.28:105
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chr9	66457317	rs77524857	C	T	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=3.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.87;MQRankSum=-5.140;QD=5.87;ReadPosRankSum=1.401;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,30:0.21:141
chr9	66457324	rs80001863	G	A	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=2.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.52;MQRankSum=-4.739;QD=5.64;ReadPosRankSum=1.013;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,32:0.21:154
chr9	66457388	rs1809739	T	G	2677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=5.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.193;HP=3;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-10.337;NF=179;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.843;SC=GGCCGGGGTGTGGTGGAGGGT;SOR=1.312;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=402;TCF=247;TCR=155;TR=281;WE=66457412;WS=66457374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,103:0.45:228
chr9	66457399	rs78461570	T	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.950;HP=1;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-9.336;NF=140;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=0.298;SC=GGTGGAGGGTTCTTGGGCCGG;SOR=1.655;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=444;TCF=266;TCR=178;TR=223;WE=66457412;WS=66457374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,28:0.11:248
chr9	66457440	rs79030992	A	G	2384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.872;HP=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-10.043;NF=105;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=-4.229;SC=CCCCCCACCCAGGAAAACCAA;SOR=1.025;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=622;TCF=346;TCR=276;TR=186;WE=66457488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:382,80:0.17:462
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chr9	68372283	rs150871961	C	T	858.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.60;MQRankSum=0.173;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.079;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,28:0.28:101
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chr9	70731726	rs140074271	CA	TG	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=10;PP=674;SC=ACACAGATGCCATCATTTTGG;SOR=0.957;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=70731735;WS=70731716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	70731789	rs377373362	T	C	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=7;NR=5;PP=160;SC=TTATGGTCCTTCAGGGGGCCT;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=70731797;WS=70731779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	71395013	rs3750377	C	G	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=5;PP=285;SC=CGGCGGCGGCCCTGGACTGCG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=71395021;WS=71395003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	71509238	rs142645474	C	CT	2289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=1422;ReadPosRankSum=-1.566;SC=ATATATTTTTCTTTTTTTGGT;SOR=0.709;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=49;WE=71509246;WS=71509228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr9	71538069	rs2027208	A	G	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=25;PP=1019;SC=CCTGGGCCCCACGGGCTACAG;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=63;WE=71538077;WS=71538059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	71629038	.	C	CGCGGCG	3199.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.757;NF=0;NR=40;PP=2526;ReadPosRankSum=-1.662;SC=GCGGGGGTCTCGCGGCGGCGG;SOR=0.906;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=1;TCR=55;TR=40;WE=71629046;WS=71629028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,77:0.96:80
chr9	71650752	rs2481598	A	G	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.46;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	71668197	rs3829062	T	C	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	71714693	rs10121021	C	T	4073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=85;NR=54;PP=2342;SC=TTGGGAACCACAGGCAAGAAT;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=85;TCR=54;TR=139;WE=71714701;WS=71714683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr9	71789156	rs13301644	C	T	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=9;PP=577;SC=GGGGTGGGTCCCCGCGGGTCG;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=71789164;WS=71789146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	71789386	rs144607139	T	TCGTGAG	2522.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=22;PP=877;SC=GGGAGGAGGGTCGTGAGCGTG;SOR=1.047;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=28;WE=71789398;WS=71789376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	71820008	rs2498440	A	G	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=3;PP=286;SC=ACGTAACCACATGGAGTGATG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=71820016;WS=71819998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	71827618	rs34883177	T	C	1596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=42;PP=1224;SC=GCTTTTTTTTTCCCTTGAGGT;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=51;WE=71827626;WS=71827599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	71831398	rs2498417	T	C	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=23;PP=728;SC=CCTCCCTCGCTCCGCAGCCCC;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=71831406;WS=71831388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	71843023	rs2309428	C	A	3626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr9	71852760	rs2309421	G	A	5965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=116;NR=88;PP=2965;SC=CTAGGCAAGTGTGTATGCTTT;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=116;TCR=88;TR=204;WE=71852768;WS=71852750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr9	71854727	rs10867196	C	G	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=3;PP=670;SC=AAGAATCTATCCCAAATAAGT;SOR=3.334;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=29;WE=71854748;WS=71854726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	71854737	rs72187140	TAAAC	T	1542.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=3;PP=1015;SC=CCCAAATAAGTAAACAAACAA;SOR=3.383;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=20;WE=71854748;WS=71854726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	71854769	rs2993823	C	G	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=18;PP=1397;SC=ATATCTCATACAGCCTTTACT;SOR=2.070;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=67;WE=71854777;WS=71854759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	71862975	rs2282336	C	T	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=30;PP=1404;SC=CCTACTTAACCGCCATGGGCG;SOR=0.901;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=49;TCR=30;TR=79;WE=71862995;WS=71862965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	71862987	rs2095876	G	A	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=32;PP=1519;SC=CCATGGGCGCGGACTATCTGA;SOR=0.878;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=80;WE=71862995;WS=71862965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	71986315	rs1034239	TG	CA	2781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=6;PP=1122;SC=TTTAAAAAAATGTTCTCTTGG;SOR=3.113;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=51;WE=71986324;WS=71986305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	71990645	rs4351475	C	T	3990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=47;PP=2261;SC=ACCTTTCCTCCGTTAAGGTGG;SOR=1.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=82;TCR=47;TR=129;WE=71990653;WS=71990635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr9	72000679	rs369091837	CTTT	C	537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=0.433;QD=14.94;ReadPosRankSum=1.596;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,33:0.92:36
chr9	72003036	rs867366	T	C	5226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=93;PP=2965;SC=TCAAAAGGGGTTGGCCAATGG;SOR=0.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=88;TCR=93;TR=181;WE=72003044;WS=72003026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr9	72046040	rs1105307	G	A	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=2;PP=960;SC=GAGTGCATACGAAACTTCCCT;SOR=4.514;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=42;WE=72046048;WS=72046030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	72047415	rs2991694	G	A	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=26;PP=1600;SC=ACCAGACGCGGCCCTCAGCAC;SOR=1.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=56;TCR=26;TR=82;WE=72047423;WS=72047405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	72047599	rs1217339	G	A	6590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr9	72047635	rs3737172	C	T	4613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=90;PP=2643;SC=GCAGACAGTGCGGTGGGGCTG;SOR=1.103;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=72;TCR=90;TR=162;WE=72047643;WS=72047625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr9	72064749	rs2781532	T	C	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	72086415	rs1761287	T	C	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=19;PP=1413;SC=CAGCTATCATTCTTTGAGTCT;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=70;WE=72086423;WS=72086405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	72090806	rs2781542	T	G	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=12;PP=1172;SC=GACATGGCTTTAACAGGTGAA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=50;WE=72090814;WS=72090796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	72091104	rs2777862	G	T	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=40;PP=1182;SC=TGAGAGACTCGGCAGACACTT;SOR=1.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=72091112;WS=72091094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	72338180	rs11139996	T	C	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=14;PP=994;SC=TAACTAACACTTTCTGCAGCT;SOR=1.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=72338188;WS=72338170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	72338610	rs11139997	T	C	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=21;PP=451;SC=TCTCCATTATTGCCTCTGATT;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=72338618;WS=72338600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	72373624	rs10735564	A	G	5325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr9	72373775	rs34814489	TA	T	118.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.42;ReadPosRankSum=-1.441;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr9	72374677	rs2274745	T	G	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=173;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=19;PP=664;SC=CAGGACCCGCTGTCCGCCCGC;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=68;WE=72374685;WS=72374667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	72374702	rs3831183	T	TGGACGCTTG	4783.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=27;PP=2900;SC=CGAGGTCGGGTGGACGCTTGG;SOR=1.059;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=40;WE=72374710;WS=72374692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	72374969	rs2252130	T	C	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=24;PP=669;SC=CTAGGCCGCGTCCCCGCCGCC;SOR=4.091;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=72374977;WS=72374959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	72472746	rs35585376	TA	T	2255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=17;PP=1495;SC=GCCCAGCCCCTAAATTAGTTT;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=38;WE=72472754;WS=72472736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	72473053	rs1133275	TG	CA	2282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=38;PP=2111;SC=TCCTTTCACATGCACAACATT;SOR=2.628;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=48;WE=72473062;WS=72473043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	72501698	rs4407955	G	T	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=31;PP=1976;SC=CAATAAAAATGTAAAATATTT;SOR=1.392;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=77;TCR=31;TR=106;WE=72501706;WS=72501688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	72501962	rs4548246	T	C	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=34;PP=737;SC=ATTGGAATCATGACAATGTTT;SOR=3.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=39;WE=72501970;WS=72501952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	72520823	rs56235401	T	C	2640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=27;PP=1715;SC=TTACTTCTTTTTACATACTTC;SOR=1.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=90;WE=72520831;WS=72520813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	72740974	rs1927112	A	G	5695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr9	72741312	rs1998972	G	A	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=22;PP=688;SC=GTCGAGTTCAGTGCTCCTTAC;SOR=1.225;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=41;WE=72741320;WS=72741302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	72783608	rs10780871	T	C	3893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=83;NR=55;PP=1936;SC=TTTATTTTTATGAATTTCAGG;SOR=1.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=84;TCR=55;TR=138;WE=72783616;WS=72783598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr9	72785653	rs4744587	T	G	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=9;PP=282;SC=CTTGTGTCTATAATGAAATGC;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=72785661;WS=72785643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	72882642	rs7027209	A	G	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=2;PP=384;SC=ACCTAATATTATTATTGTTGT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=72882650;WS=72882632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	72893298	rs10714271	GT	G	506.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=489;SC=TATCTCAAATGTTTTTTTTAA;SOR=4.977;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=21;WE=72893306;WS=72893288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	72895959	.	C	CT	35	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.6684;HP=13;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=35;QD=13.6666666667;SC=AAATTCATGTCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=72895967;WS=72895949;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr9	72897434	rs1180116	G	A	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	72901096	rs1180123	T	C	3871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=168;PP=2965;SC=TCCCCCCCTCTCCCCGGTTTA;SOR=4.725;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=30;TCR=169;TR=198;WE=72901104;WS=72901086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr9	72929503	rs10868801	T	C	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.65;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	72933958	rs7025228	G	C	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	72959323	.	AAT	A	70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=70;QD=39.5;SC=TTTTAAACTGAATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=72959332;WS=72959313;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,2:0.33:6
chr9	72965438	rs1536957	A	G	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=18;PP=469;SC=ATCTCCTGTGACATAATCATA;SOR=1.302;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=27;WE=72965446;WS=72965428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	73002648	rs7020167	C	G	3902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.92;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr9	73150873	rs17535963	T	G	6090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr9	73150918	rs41287373	C	T	7039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=152;NR=111;PP=2965;SC=TCTGGACAGTCTCCTCATGGA;SOR=0.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=153;TCR=112;TR=263;WE=73150926;WS=73150908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr9	73151715	rs7033976	C	T	4789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=92;NR=65;PP=2688;SC=TTGGCTCGCCCAGCCCAAGGA;SOR=0.763;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=92;TCR=65;TR=157;WE=73151723;WS=73151705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr9	73164596	.	G	GA	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.540;QD=1.94;ReadPosRankSum=1.187;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,27:0.24:111
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chr9	73408518	rs10868890	T	G	3936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=42;PP=1969;SC=TGATCAAACATTCCTCTTCCC;SOR=1.017;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=80;TCR=42;TR=122;WE=73408526;WS=73408508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr9	73424784	rs7861254	C	T	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=2;PP=704;SC=CTTTAACATACAGTGTTTTTC;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=73424792;WS=73424777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr9	73458045	rs3833697	T	TA	1070.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=257;ReadPosRankSum=-0.819;SC=GAATAACACCTAAAAAAAAAA;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=23;WE=73458053;WS=73458035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,54:0.92:59
chr9	73461337	rs7862440	T	A	9819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
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chr9	73479213	rs10780981	C	T	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.77;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	74300311	rs36080695	T	TA	330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=1.274;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr9	74300640	rs2310021	A	G	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	74314210	rs4263836	A	T	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=108;SC=TTAAGTCTAAACAAAAATTGA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=74314218;WS=74314200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	74477617	rs10573097	TAAGA	T	1754.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=22;PP=1069;SC=AAATCACTCTTAAGATTTTGT;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=22;WE=74477628;WS=74477607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	74526540	rs4744647	T	A	2407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.68;SOR=2.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	74526978	rs10580392	GCA	G	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	74561883	rs10120169	G	A	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	74586309	rs7866397	C	T	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=46;SC=GAAATTGAAACCTAGGAATTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=74586317;WS=74586299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	74622941	rs11143055	G	T	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=14;PP=366;SC=TGCCCTCAGGGGACAGGGAGG;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=74622949;WS=74622931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	74674427	rs7047632	A	C	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=26;PP=780;SC=AAAATAAGGTACCTGTCTTTA;SOR=2.554;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=74674435;WS=74674417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	74675604	rs12345527	T	C	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=24;PP=682;SC=ACTTGAACACTCTGATCTGTT;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=74675612;WS=74675594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	74828973	rs17494333	A	G	4863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=96;PP=2936;SC=ATGGAGTTAGAGATGGAAAAA;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=67;TCR=97;TR=163;WE=74828986;WS=74828963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr9	74846187	rs11442621	T	TA	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=142;ReadPosRankSum=1.779;SC=CTGTTCTGTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.836;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=14;WE=74846195;WS=74846177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr9	74974534	rs3012505	C	T	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr9	74975711	rs1853276	T	C	3282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.79;QD=24.87;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
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chr9	78601268	rs1538843	G	A	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.31;SOR=1.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	78711053	rs1416547	T	G	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.359;NF=9;NR=20;PP=579;ReadPosRankSum=-0.593;SC=ATGATCTGTTTATTTAATGTT;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=29;WE=78711061;WS=78711043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr9	78748980	.	CT	C	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=2.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=2.938;SOR=0.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,28:0.23:123
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chr9	78804206	rs150226536	G	GAAAAT	533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.48;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr9	78819998	rs10869732	T	C	6049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=74;PP=2965;SC=CTTTCCACACTCTCACCATAT;SOR=1.428;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=208;TCF=134;TCR=74;TR=206;WE=78820019;WS=78819988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr9	78820011	rs7851394	G	A	7518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=1.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
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chr9	78820270	rs10781345	T	C	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.71;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr9	78848554	rs7854396	G	C	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=32;PP=948;SC=CCCCAAACCTGTTCCTCTTCT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=78848562;WS=78848532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	78907078	rs1546151	G	A	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=7;PP=754;SC=TCAAGCTACAGCTTTCAGACC;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=78907086;WS=78907068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	78907134	rs143931816	A	AT	1617.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.56;ReadPosRankSum=1.298;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:13,91:0.88:104
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chr9	78910100	rs9411163	C	T	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.94;SOR=3.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	78910108	rs13283901	A	G	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.60;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	78910139	rs9411164	A	G	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=20;PP=1666;SC=ATTATGGTGAAGAGAAATACA;SOR=1.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=79;WE=78910147;WS=78910129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	78910241	rs2842480	A	C	5660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.051;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.917;SC=TACAGTGAGGAAGTGGAATGC;SOR=0.268;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=101;TCR=90;TR=190;WE=78910249;WS=78910231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,211:1.00:212
chr9	78910273	rs2643325	G	A	5293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=89;PP=2965;SC=TAGTAACTGTGGCAGCTGTGA;SOR=0.870;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=85;TCR=89;TR=174;WE=78910281;WS=78910263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr9	78910387	rs2842479	G	A	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.26;SOR=3.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	78910392	rs2643324	C	A	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.80;SOR=3.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	78917015	.	T	TA	36	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=36;QD=12.5;SC=CTTTTTGCATTAAAAAAAAAC;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=4;WE=78917023;WS=78917005;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,4:0.19:21
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chr9	78965993	rs2257220	G	A	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=14;PP=384;SC=ACCTTCTACCGTTGCATCATG;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=78966001;WS=78965983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	79003324	rs2501926	G	A	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=14;PP=439;SC=AAAGAAGATAGATTCACGTAA;SOR=1.284;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=26;WE=79003332;WS=79003314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	79003440	rs2501924	G	A	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=5;PP=411;SC=AGCAGTAGTAGTATTTAAGAA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=79003448;WS=79003435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	79009106	rs2490582	A	C	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr9	79009139	rs3739729	A	G	2363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=41;PP=1325;SC=CGTCCTGCGGAGCCGCCGTCG;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=77;WE=79009147;WS=79009129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	79117751	rs2282683	A	G	5310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=95;NR=82;PP=2839;SC=TTTCTATTGCATTCATGTGGA;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=96;TCR=83;TR=177;WE=79117759;WS=79117741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr9	79118329	rs1057406	G	A	7842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=148;NR=124;PP=2965;SC=AGTATGATCTGTCTGACATGC;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=272;TCF=148;TCR=124;TR=272;WE=79118337;WS=79118319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr9	79118631	rs111772588	AC	A	2683.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=50;PP=2013;SC=CACAAAACGTACCCTTATCTG;SOR=2.073;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=0;TCR=51;TR=50;WE=79118639;WS=79118621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	79118661	rs1057419	A	G	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=31;PP=836;SC=CCTTGTCAGCATCGGGAAGAT;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=79118669;WS=79118651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	79240050	rs700809	T	C	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=46;PP=1053;SC=ATGATTTAAATGACAGTCAAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=65;WE=79240058;WS=79240040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	79243767	rs10632629	C	CT	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr9	79244208	rs370679936	TA	T	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=6.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.694;SOR=1.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr9	79251600	rs582011	T	A	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=7;PP=218;SC=ATGCCTATAATCCCAGCACTT;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=79251608;WS=79251590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	79253135	rs377615610	G	A	4155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=67;PP=2361;SC=GTGGTAATCCGCCCGACTGCT;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=78;TCR=67;TR=144;WE=79253143;WS=79253125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr9	79256917	.	TA	T	479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=1.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=2.315;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,68:0.38:178
chr9	79259592	rs511040	C	T	5035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=115;NR=51;PP=2795;SC=AGACTCACTTCATGATTTTAA;SOR=1.313;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=169;TCF=116;TCR=53;TR=166;WE=79259600;WS=79259582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr9	79259850	rs512951	A	G	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=53;PP=1700;SC=GCACAGAGCAAGGCTGAAGGA;SOR=1.103;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=94;WE=79259858;WS=79259840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	79306919	rs498266	G	A	4065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr9	79307176	rs500952	G	C	1736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=35;PP=1066;SC=TGCAGCCGCTGTGGCTAGGGG;SOR=1.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=57;WE=79307184;WS=79307166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	79318375	rs11267615	GGTGACAGCCTGCAAC	G	8731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=67;PP=2933;SC=CATTGTCATGGGTGACAGCCT;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=27;TCR=74;TR=91;WE=79318397;WS=79318365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr9	79318471	rs560094	C	T	4746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=90;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=87;NR=74;PP=2918;SC=CCTCTAGTGCCAAAGATTCTA;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=87;TCR=74;TR=161;WE=79318479;WS=79318461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr9	79318677	rs561970	T	C	7097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=115;PP=2965;SC=CTCGTATCGCTTTTAGAAGAC;SOR=0.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=116;TCR=116;TR=231;WE=79318685;WS=79318667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr9	79318921	rs620985	A	G	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=43;PP=1707;SC=TCTTCTCTGTACATCTTTCTT;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=92;WE=79318929;WS=79318911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	79318998	rs620552	A	G	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=27;PP=1019;SC=TCCAATTCTGATATTTCCTTG;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=59;WE=79319006;WS=79318988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	79319050	rs620476	A	C	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=18;PP=650;SC=AAGAGGAGAAAAAGGTTTAAT;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=79319058;WS=79319040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	79319130	rs59728338	AT	A	318.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.84;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	79320640	rs512110	C	T	6588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=121;PP=2965;SC=TTATGAGAGGCGGGCTGAGAG;SOR=1.019;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=103;TCR=121;TR=223;WE=79320648;WS=79320630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr9	79321276	rs517634	T	C	7540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.628;SC=GTAAAGGCTGTGTCCGGATGA;SOR=0.327;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=253;TCF=147;TCR=106;TR=252;WE=79321284;WS=79321266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,283:1.00:284
chr9	79321871	rs577993	C	T	3908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=46;PP=2195;SC=TTTCAGTCTCCGTTAATGGTG;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=77;TCR=46;TR=123;WE=79321879;WS=79321861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr9	79322068	rs683866	G	T	7516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=138;NR=112;PP=2965;SC=TCAGCAACGTGGCAGTTGGCC;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=139;TCR=112;TR=250;WE=79322076;WS=79322058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
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chr9	79324179	rs530978	G	A	8416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=123;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.17;NF=135;NR=125;PP=2965;SC=CTCCTCTGCCGTGGAGTTACC;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=135;TCR=125;TR=260;WE=79324187;WS=79324169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr9	79324741	rs557352	T	C	6281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=101;PP=2965;SC=GGGTGCAAATTCCAGGTATTT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=112;TCR=101;TR=213;WE=79324749;WS=79324731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr9	79325558	rs600859	G	C	5640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr9	79325615	rs611461	A	G	4296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=75;PP=2548;SC=CTGACAGGTCACTGTTGGGGA;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=55;TCR=75;TR=130;WE=79325623;WS=79325605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr9	79471995	rs12238848	T	C	8669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr9	79814799	rs12552898	A	G	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.13;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	79820141	.	C	CT	2289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=16;PP=1028;SC=ATTATCTCTTCAATGCCTGAC;SOR=0.877;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=79820149;WS=79820131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	79827791	rs10869912	G	A	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.66;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	79835312	.	A	AT	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.712;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
chr9	79888396	rs2050831	A	G	146.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=72;SC=TCCTTTTAAAATCTAGGTTCT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=79888404;WS=79888386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	79896655	rs140324455	GTA	G	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.461;NF=5;NR=1;PP=145;ReadPosRankSum=-0.065;SC=GTGTATATGTGTATATATATA;SOR=0.665;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=6;WE=79896664;WS=79896645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr9	79897218	.	C	CT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr9	79897256	rs11145367	A	G	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=9;PP=258;SC=ATAAATCTAGACCCTGACTTT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=79897264;WS=79897246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	79920438	rs2275550	G	A	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=45;PP=1669;SC=TTTGTGTGGGGCAGCAAAGAC;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=99;WE=79920446;WS=79920428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	79922839	rs2275549	A	G	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=4;PP=947;SC=GCTAAAAAGAACAAATCTTTT;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=79922853;WS=79922829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	79922845	rs3216012	C	CT	851.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.566;HP=11;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=524;ReadPosRankSum=1.131;SC=AAGAACAAATCTTTTTTTTTT;SOR=2.400;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=27;WE=79922853;WS=79922829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,42:0.91:46
chr9	79932738	rs11145384	G	A	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=73;SC=TTGAAAATACGTTTTTATGAG;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=79932746;WS=79932728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	79935953	rs1890899	A	G	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=3;PP=202;SC=AGTAATTTCAATAAGGCAATA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=79935961;WS=79935943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	79954410	rs55937672	G	T	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.64;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	79968293	.	G	GT	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=2.066;QD=2.03;ReadPosRankSum=-1.550;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
chr9	79974399	rs7043232	G	A	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=20;PP=552;SC=TTTAAATGTTGGACAAGTCAA;SOR=2.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=79974407;WS=79974389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	79983206	rs10491841	A	G	113.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=4;PP=88;SC=ATAAAAAGAAATTAAGCTCAA;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=79983214;WS=79983196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	79986057	rs3737289	A	G	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	80022415	rs2025846	A	T	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.06;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	80043752	rs12551663	C	T	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=566;SC=TTTCCTGACCCGGCTGCCTTC;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=80043760;WS=80043743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	80049565	rs2281938	G	A	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=32;PP=857;SC=GGCGTGGTGGGCACCCTCCCA;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=80049573;WS=80049555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	80343587	rs5898555	G	GA	383.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.33;MQRankSum=0.400;QD=13.70;ReadPosRankSum=-0.268;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,25:0.89:28
chr9	80430802	rs2289121	C	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=11;PP=299;SC=CTGGTCTTTACACTGGTTTAC;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=80430810;WS=80430792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	80912115	rs2277148	G	C	5322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr9	80915392	rs3824360	G	A	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	80915403	rs10121107	A	T	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.40;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	80917070	rs3739472	C	T	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=11;PP=351;SC=TTGTAAGATTCTCTCCAATTC;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=80917078;WS=80917060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	80917096	rs3739473	C	T	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=308;SC=TAGTACCTAACGCTTTTTATT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=80917104;WS=80917086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	80919756	rs3739474	T	G	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=31;PP=942;SC=GAAGGTGTGCTGACTATGTGG;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=60;WE=80919764;WS=80919746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	80921446	rs944513	G	T	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.617;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=42;PP=1451;ReadPosRankSum=-0.529;SC=CTGACTCGGTGTCTGCAGGGA;SOR=0.696;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=82;WE=80921454;WS=80921436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,91:0.99:92
chr9	80932574	rs3780194	T	A	3206.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=49;PP=1995;SC=ACGGATTTTTTAAAAATCTTC;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=73;TCR=49;TR=122;WE=80932582;WS=80932564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr9	82006605	rs61731303	C	T	3363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	82187750	rs1934610	A	G	9759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=174;NR=168;PP=2965;SC=CCAGACACCCAGTGAGTGCGG;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=345;TCF=174;TCR=171;TR=342;WE=82187758;WS=82187740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr9	82189914	rs2791566	T	C	3230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=53;NR=53;PP=1470;SC=AACAAGAATATGTTTAAATTG;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=106;WE=82189922;WS=82189904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	84202822	rs5898747	C	CGT,CGTGT	1603.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.482;QD=25.87;ReadPosRankSum=2.433;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:10,16,36:0.26,0.58:62
chr9	84214974	rs7039820	T	G	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=29;PP=1459;SC=GGACCTAACTTCCTCTATCAA;SOR=1.090;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=83;WE=84214982;WS=84214964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr9	84267021	rs149671487	T	TAC,TACAC	1368.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.59;ReadPosRankSum=0.404;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,14,26:0.33,0.62:42
chr9	84267147	rs2228173	T	C	4187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr9	84268878	rs2796447	A	G	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=20;PP=737;SC=CAGCTGAACAATTTTACTTAC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=84268886;WS=84268868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	84275014	rs2627002	C	A	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=9;PP=952;SC=AGCTTTCTACCTAAAAGCCTT;SOR=1.981;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=54;WE=84275022;WS=84275004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	84275095	rs2796450	C	T	6040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=119;NR=71;PP=2965;SC=ATTTCTTTGCCGTACCTCCCC;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=119;TCR=71;TR=190;WE=84275103;WS=84275085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr9	84275256	rs36108203	C	CA	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=1.259;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,18:0.26:70
chr9	84303026	rs2279353	G	A	10717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=216;NR=148;PP=2965;SC=CACCGCTGAGGGCGAGAAGGT;SOR=1.031;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=365;TCF=216;TCR=149;TR=364;WE=84303034;WS=84303016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr9	84545112	.	C	T	4079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=4.089;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.68;MQRankSum=1.265;QD=40.80;ReadPosRankSum=1.109;SOR=1.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr9	84545116	.	CTTTTTTT	C	3630.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=5.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQRankSum=1.424;QD=36.67;ReadPosRankSum=1.620;SOR=2.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr9	84604599	rs145158256	TAATG	T	3762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=1704;SC=TATTCTTGTATAATGAATGAA;SOR=0.360;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=33;WE=84604618;WS=84604589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr9	84606157	rs200253689	T	C	4089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.701;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-9.489;NF=138;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.293;SC=GAGAGTGGAGTCCAGCCTCCA;SOR=1.441;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=651;TCF=372;TCR=279;TR=210;WE=84606165;WS=84606147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:450,215:0.32:665
chr9	84606174	.	A	G	6076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DP=832;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.161;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-11.300;NF=174;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.008;SC=TCCAACCTGAAGCCAGTTTGT;SOR=1.063;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=804;TCF=444;TCR=360;TR=297;WE=84606182;WS=84606164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:518,311:0.38:829
chr9	84606251	rs113761190	T	G	13910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-11.912;NF=306;NR=338;PP=2962;ReadPosRankSum=1.848;SC=ATGAATCCCATTGATTCTTGT;SOR=0.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TCF=643;TR=644;WE=84606259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:699,690:0.50:1389
chr9	84606335	rs184877684	G	A	10409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=782;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQRankSum=-14.086;QD=13.36;ReadPosRankSum=-2.019;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:475,304:0.39:779
chr9	84606343	rs189290500	A	G	9681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=732;ExcessHet=3.0103;FS=1.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=-14.435;QD=13.28;ReadPosRankSum=-2.721;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:466,263:0.36:729
chr9	84606642	rs139704066	C	T	3435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.98;NF=64;NR=49;PP=2432;SC=AGAGACAAGTCAAAAAAAGGG;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=65;TCR=49;TR=113;WE=84606650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	84607758	rs10867826	T	A	4768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=86;PP=2609;SC=GTCCGGAGACTTCTTCAGACA;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=168;TCF=82;TCR=86;TR=168;WE=84607766;WS=84607748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr9	84609913	rs12341627	C	T	8644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=166;NR=132;PP=2965;SC=GGGGAAGATACTGTGTCAAAG;SOR=0.888;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=299;TCF=166;TCR=133;TR=298;WE=84609921;WS=84609903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr9	85597720	.	CAGAGAG	C,CAG	4131.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.26;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;NF=5,5;NR=69,69;PP=2483,595;SC=TAGAGAGAGACAGAGAGAGAG;SOR=1.879;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=122;TCF=7;TCR=115;TR=74,74;WE=85597737;WS=85597710;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.32,0.68:106
chr9	85619330	.	T	TTTTATTCTATTA	1357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=12;PP=1508;SC=TATTCTATTATTTTAATCCAC;SOR=1.382;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=24;WE=85619338;WS=85619319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	85619351	rs141850659	ATTTAC	A	1681.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=14;PP=610;SC=CTCCAAGGAAATTTACTTTCC;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=85619363;WS=85619341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	85627408	rs4146960	G	A	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	85627540	rs10121395	A	C	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.14;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	85627554	rs4146961	C	T	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=517;SC=TATGCAACTTCATAAATCATT;SOR=2.215;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=24;WE=85627562;WS=85627530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr9	85905786	rs942281	G	A	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=129;SC=TAAAGATGACGTAACATTCAA;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=85905794;WS=85905776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	85946923	rs17402202	C	T	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=32;PP=998;SC=TCTGGCAAATCCAAGTTTCTG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=53;WE=85946931;WS=85946913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	85964735	rs2277175	C	A	2699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.47;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=0.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
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chr9	85987935	rs3739657	T	C	3061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=40;NR=66;PP=2040;SC=AACGAATACCTAATAACTAAA;SOR=1.380;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=40;TCR=66;TR=106;WE=85987943;WS=85987925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
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chr9	86238086	rs2811903	T	C	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.57;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr9	86243933	rs2811905	G	T	3327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=74;PP=2289;SC=GGATGAGCTCGCTACAGCACT;SOR=1.650;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=36;TCR=74;TR=110;WE=86243941;WS=86243923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	86256431	rs2811917	T	A	5901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
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chr9	86474115	rs55654273	T	C	6513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.320;NF=127;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.742;SC=TCATCCACATTGTGTCTGCGT;SOR=1.007;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=128;TCR=91;TR=217;WE=86474123;WS=86474105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,246:0.99:248
chr9	86474411	rs11999592	T	C	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=38;PP=1166;SC=ATTATTGTTTTCTCCCATGGA;SOR=2.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=86474419;WS=86474401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	86485622	.	CT	C	385.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.932;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.315;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,33:0.85:39
chr9	86503542	rs11140284	C	A	3900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=87;PP=2587;SC=CTTATTTGTTCGTGTTTTCTA;SOR=1.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=52;TCR=87;TR=139;WE=86503550;WS=86503532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr9	86518796	rs12001918	T	C	8859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=152;NR=142;PP=2965;SC=CAAATGCTGATTGTAAAAATT;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=294;TCF=152;TCR=142;TR=294;WE=86518804;WS=86518786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr9	86523673	rs11364843	CT	C	586.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;QD=30.88;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	86617265	rs1982151	A	G	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=21;PP=1051;SC=CAGAAAAGGAATTCACAAATT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=86617273;WS=86617255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	86893071	rs7858075	T	C	2279.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=26;PP=1390;SC=CTTTTTTTTTTCTTTCCAAAG;SOR=1.488;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=54;TCR=26;TR=80;WE=86893079;WS=86893061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	86893313	rs11140490	A	G	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=29;PP=815;SC=CAGAAACAGTAGGTGAGCAGA;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=86893321;WS=86893303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	86894087	rs11309306	CA	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=4.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=-0.538;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
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chr9	86895853	rs10868135	T	C	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=50;PP=1092;SC=TTAACAAATCTGACATCCAAC;SOR=1.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=79;WE=86895861;WS=86895843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr9	86909082	rs10868137	A	G	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=17;PP=945;SC=CTCTACACCTATAACCCAGTC;SOR=1.524;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=52;WE=86909090;WS=86909072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	86917088	rs4877836	T	C	3605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr9	86920236	rs7867504	T	C	6603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr9	86928497	rs7863627	C	T	237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.62;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr9	87285992	rs1211166	G	A	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=492;SC=CAAAGACAAGGGATGCAGGAC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=87286000;WS=87285982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr9	88650586	.	T	TA	98.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.054;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.204;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
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chr9	88925534	rs5898926	ATG	A	1388.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=6;PP=843;SC=GATGAAATGAATGTGACTTCT;SOR=1.681;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=18;WE=88925543;WS=88925524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	88925774	rs11792804	A	G	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=19;PP=542;SC=CTGGGGATATAAGTAACTCTT;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=88925782;WS=88925764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	88956017	rs41283665	C	T	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr9	90258248	rs3793657	C	T	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	90258262	.	CT	C	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=-0.094;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,25:0.35:71
chr9	90258412	rs10561388	CTT	C	8474.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=85;PP=2950;SC=CCTGGTGCTCCTTTCTTAGCA;SOR=1.041;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=10;TCR=86;TR=95;WE=90258423;WS=90258402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr9	90258415	rs62576207	T	C	8483.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=73;NR=85;PP=2858;SC=GGTGCTCCTTTCTTAGCACTG;SOR=1.053;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=73;TCR=86;TR=158;WE=90258423;WS=90258402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr9	90264758	rs2274605	C	T	4513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=113;NR=48;PP=2862;SC=CCAAATTTGACAGGGACTCTC;SOR=1.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=113;TCR=50;TR=161;WE=90264766;WS=90264748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr9	90265015	rs3818584	C	T	6225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=124;PP=2965;SC=ATGGAGCCGACCTTAATGCTT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=88;TCR=125;TR=212;WE=90265023;WS=90265005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
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chr9	90313717	rs3128495	G	T	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=39;PP=1286;SC=CAGGTGAGGGGCAGCCACTTA;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=74;WE=90313725;WS=90313707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	90316635	.	ATTT	A,AT	1607.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.913;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.286;QD=22.02;ReadPosRankSum=-2.018;SOR=1.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:10,27,36:0.37,0.49:73
chr9	90316710	rs3118858	T	C	6728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=154;NR=105;PP=2965;SC=TGGTTCTAGATGTGCTTCCAG;SOR=1.024;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=156;TCR=105;TR=259;WE=90316718;WS=90316700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr9	90320954	rs1927973	G	A	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=2.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	90321583	rs3118863	C	T	6424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=107;PP=2965;SC=TCCAGGTCCGCGGCCTGGAGA;SOR=0.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=100;TCR=107;TR=207;WE=90321591;WS=90321573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr9	90322023	rs1056719	G	A	16161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,636:1.00:636
chr9	90342675	rs2274611	C	T	5582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr9	90343780	rs2378757	A	C	5159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=92;PP=2965;SC=TGGACACTTTAAGAGATAACA;SOR=1.057;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=76;TCR=92;TR=168;WE=90343788;WS=90343770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
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chr9	90387805	rs9410955	A	C	4845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=74;PP=2936;SC=ATGAAGAAGGATGGAGGAGAG;SOR=0.739;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=89;TCR=74;TR=162;WE=90387813;WS=90387795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr9	90388370	rs7853691	G	A	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=18;PP=1498;SC=TTTTAGTGCAGCTGGGGCTCT;SOR=1.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=61;TCR=18;TR=78;WE=90388378;WS=90388360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	90388539	rs10735592	T	A	4345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
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chr9	90500405	rs7850542	A	C	14220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=248;NR=237;PP=2965;SC=TCCCGACCACACCTCAGAGGC;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=485;TCF=248;TCR=237;TR=485;WE=90500413;WS=90500395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr9	90501448	rs4076795	C	A	4609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=64;PP=2667;SC=AGCCTTCTGACTTTGCAGGGA;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=86;TCR=64;TR=150;WE=90501456;WS=90501438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr9	90502458	rs10868670	T	A	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=49;PP=1685;SC=GCCCTGCAAGTGCTCAGCATA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=80;WE=90502466;WS=90502448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	90502819	rs10868671	T	C	7728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=143;NR=117;PP=2965;SC=ACATGCTCACTGCCGCAGACA;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=143;TCR=117;TR=260;WE=90502827;WS=90502809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr9	90503007	rs11789780	A	G	3272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=49;PP=1962;SC=GGCTGTGCGGACAAGGGCGAG;SOR=0.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=55;TCR=50;TR=103;WE=90503015;WS=90502997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	90503451	rs11142017	G	A	11446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=195;NR=204;PP=2965;SC=GGTGACTTCCGCGCCCAGGAG;SOR=0.817;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=399;TCF=195;TCR=204;TR=399;WE=90503459;WS=90503441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr9	90534156	rs202161190	T	TTCTTGTCTCCCAGCGTCA	9930.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.566;NF=8;NR=36;PP=2900;ReadPosRankSum=-0.732;SC=TCCTCGCCATTTCTTGTCTCC;SOR=0.910;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=116;TCF=16;TCR=100;TR=44;WE=90534164;WS=90534146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,191:0.99:193
chr9	90559129	rs7027067	G	A	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=5;PP=221;SC=CTGGCAGCCCGGAGAGGAAGG;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=90559137;WS=90559119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	90586043	rs622418	G	A	5938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=126;NR=79;PP=2965;SC=CCCCATGCCCGGCCTATGCTG;SOR=1.232;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=126;TCR=79;TR=205;WE=90586051;WS=90586033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr9	90588814	rs570184	C	G	6524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr9	90588903	rs665983	C	T	7109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr9	90589016	rs666459	A	G	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=52;PP=1855;SC=AAGGTGGGTGAGGGGAAGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=77;WE=90589024;WS=90589006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	90589502	rs576555	G	C	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=32;PP=946;SC=TCCTGTAGGCGACGTCACCAG;SOR=2.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=90589510;WS=90589492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	90744936	rs200880066	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=21.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.37;MQRankSum=-4.204;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.092;SOR=0.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,12:0.18:67
chr9	90748837	rs10868714	T	C	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=12;PP=238;SC=TTTGGGAGGCTGAGGCAGGTG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=90748845;WS=90748827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	91041647	rs72755884	T	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=200;SC=ATGCATATATTAAGAAGCAGA;SOR=3.442;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=91041655;WS=91041637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	91083260	.	CTTT	C,CT	3631.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.11;ReadPosRankSum=2.055;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:27,52,93:0.30,0.54:172
chr9	91089962	.	CTTT	C,CTT	789.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.68;ReadPosRankSum=0.145;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,11,19:0.34,0.59:32
chr9	91089965	.	T	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.719;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr9	91089967	.	T	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.399;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr9	91262296	rs4543636	G	A	4816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=58;PP=1995;SC=CACTGGTGCCGTCATCATTCA;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=119;WE=91262304;WS=91262286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr9	91262343	rs5899049	A	ATGG	7051.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=49;PP=2967;SC=CTCTGGACACATGGAGAAGAT;SOR=0.813;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=64;WE=91262351;WS=91262333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr9	91262493	rs72751473	AG	CT	6327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.56;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr9	91262597	rs7862585	A	G	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=39;PP=1024;SC=AGGAGAGAGAATAAGTGTCTA;SOR=1.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=91262605;WS=91262587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	91628546	rs944483	A	C	4595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr9	91653257	rs200260394	TAAAA	T	998.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=4.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.21;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,27:0.84:32
chr9	91656963	rs3750399	T	C	3996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=69;PP=1961;SC=GGTCTTTCCTTGGGCTGCTCT;SOR=0.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=67;TCR=69;TR=136;WE=91656971;WS=91656953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr9	91666812	rs7021743	C	A	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=4;PP=614;SC=CATATCCCAGCACCGACCAGG;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=91666820;WS=91666802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	91667136	rs7025214	C	T	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=551;SC=ACCTGGGCTCCTCTACAAAGA;SOR=2.753;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=24;WE=91667144;WS=91667126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	91727463	rs17054735	G	T	3083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	91933470	rs193197080	G	C	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
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chr9	93606676	rs2278275	A	G	3649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=77;PP=2185;SC=CATGCAACACATGTGCCTATG;SOR=1.557;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=44;TCR=77;TR=121;WE=93606684;WS=93606666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr9	93639803	rs1760132	A	G	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=46;PP=2147;SC=AGATTATCTAAAAGTGAGGCA;SOR=1.117;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=73;TCR=46;TR=119;WE=93639811;WS=93639793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr9	93657761	rs158689	A	T	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=28;PP=1480;ReadPosRankSum=-0.729;SC=GTGATCAGCAATTTTTCACAA;SOR=0.470;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=84;WE=93657769;WS=93657751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,100:0.99:101
chr9	94172975	rs33973463	C	T	10111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=160;NR=186;PP=2965;SC=CATCAAGAGACGCCTGCTCCT;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=160;TCR=186;TR=346;WE=94172983;WS=94172965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr9	94456490	rs923772	A	G	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=13;PP=702;SC=CCCTATCTCCATCAACAGGAA;SOR=1.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=94456498;WS=94456480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	94456643	rs923771	G	C	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=46;PP=1773;SC=CCCAGGGTCTGTCATGCGGTT;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=97;WE=94456651;WS=94456633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
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chr9	94485928	rs2230578	C	T	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=13;PP=1360;SC=CCCCGAACCCCGGGCCCTGGT;SOR=2.340;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=63;WE=94485936;WS=94485918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	94486321	rs10761129	C	T	2838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=56;PP=1877;SC=TTGACGGGGACGTAGAGCTGC;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=103;WE=94486329;WS=94486311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	94487459	rs10992065	C	T	3337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=74;PP=2225;SC=GCAGAGCAGCCGGGAGGAGTG;SOR=1.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=39;TCR=74;TR=113;WE=94487467;WS=94487449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr9	94538115	rs7863557	C	G	2775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=48;NR=38;PP=1362;SC=GAAAAAGAAACCAGGATAGGT;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=48;TCR=38;TR=86;WE=94538123;WS=94538105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr9	94939615	rs4744122	T	C	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=37;SC=CTCATGATTTTGTCAATCCAG;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=54;TCR=37;TR=91;WE=94939623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	94939981	rs9299400	G	A	12179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr9	94940133	rs9299401	C	T	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=51;PP=1599;SC=CCTCTGGGCGCCCCGTCCTTT;SOR=3.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=10;TCR=51;TR=61;WE=94940141;WS=94940123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	94950719	rs7863859	C	G	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=7;PP=596;SC=AAGACATAACCCCCCCAGCCC;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=94950727;WS=94950714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	94951819	rs3858097	A	G	6518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=113;NR=103;PP=2965;SC=GCTGGGAGGGAAGGAGAGAGA;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=217;TCF=113;TCR=104;TR=216;WE=94951827;WS=94951809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr9	95016215	rs10820960	C	T	6098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr9	95018903	rs9299403	A	G	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=20;PP=1257;SC=AAATATCAAAAGGGCAGTTAC;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=66;WE=95018911;WS=95018893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	95022637	rs10820962	A	G	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=16;PP=492;SC=AGTAACTTAGATAGAAGTTAG;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=95022645;WS=95022627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	95027436	rs10820963	A	G	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=25;PP=687;SC=CATTTCTATTAACTGTAAGCA;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=95027444;WS=95027426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	95039956	rs34636470	TA	T	195.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.820;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.946;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr9	95042917	rs3736835	G	C	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=0;PP=730;SC=AAGTCAGATTGTTTTCAAATA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=95042925;WS=95042907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	95063096	rs35912497	CA	C	126.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.13;MQRankSum=1.352;QD=7.44;ReadPosRankSum=-1.446;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr9	95068046	rs1133908	C	T	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr9	95083834	rs3831246	T	TA	466.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=484;SC=GCTCTACTTATATGTTTGAAT;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=95083842;WS=95083824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr9	95397418	rs1111047	C	G	3450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=39;PP=2148;SC=GGCTGCCCAACAGGGGGACCG;SOR=1.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=78;TCR=40;TR=117;WE=95397426;WS=95397408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
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chr9	95872744	rs3819011	C	T	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=12;PP=1679;SC=GGTGTCCTGACACCCAACAGG;SOR=3.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=67;TCR=12;TR=79;WE=95872752;WS=95872737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	95874070	rs2027585	G	C	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr9	95875575	rs2298243	G	A	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=242;SC=AGCCTGCCTCGTTCCTCAGTC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=95875583;WS=95875565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	95887320	rs2275848	G	T	7839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.304;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=0.730;SC=GGCGTGCTTGGCCGGGTTGTT;SOR=0.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=279;TCF=138;TCR=141;TR=278;WE=95887328;WS=95887310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,305:1.00:306
chr9	95896571	.	C	CGCCCGCCCCCG	360.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.08;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	95992213	rs7871272	A	G	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=46;PP=1430;SC=ACCATAGCTGAGGGTGAGGTC;SOR=1.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=37;TCR=47;TR=83;WE=95992221;WS=95992203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	96000622	rs1539670	C	T	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	96015256	rs4744201	C	T	10119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=160;NR=191;PP=2965;SC=CCCTTGCCGACGCAGCGCCGT;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=352;TCF=160;TCR=192;TR=351;WE=96015264;WS=96015246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr9	96015377	rs4744202	A	G	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=39;PP=1029;SC=GAGTCAGAGCATCACTCCCAC;SOR=5.186;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=40;WE=96015385;WS=96015367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	96015398	rs4744203	A	T	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=24;PP=553;SC=CCCCTTCCCCATCCCCATTAC;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=24;WE=96015406;WS=96015388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	96019118	rs10122466	A	G	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=15;PP=995;SC=GAATGTGAGCATGTGCGTGTG;SOR=2.147;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=55;WE=96019126;WS=96019108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	96021312	rs10761203	G	A	37381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1545;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1511:1.00:1511
chr9	96024794	rs7854000	T	C	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=4;PP=768;SC=TGACGCCCCCTGGGTCGTACC;SOR=3.086;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=96024802;WS=96024784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	96024859	rs1936403	A	G	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=33;PP=1390;SC=GGGCTGAGGAAGTGGGGAGGG;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=79;WE=96024867;WS=96024849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	96025717	rs10649709	C	CAG	2404.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=18;PP=1619;SC=TCGCACAGGACGGGCTGCCTC;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=39;WE=96025725;WS=96025707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	96025771	rs6479467	G	A	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=38;PP=1900;SC=GACTGTTCCAGATAAGCTGAC;SOR=1.149;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=104;WE=96025779;WS=96025761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr9	96030230	rs7856268	T	C	5575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=101;PP=2965;SC=TGGGAGGTGGTGAGAGTGCAG;SOR=0.980;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=189;TCF=88;TCR=101;TR=189;WE=96030238;WS=96030220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr9	96031017	.	A	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=0.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=0.799;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,51:0.15:334
chr9	96031262	rs1936401	T	C	3056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=44;NR=55;PP=1780;SC=CCCCACCAAGTAGGTGGCTCG;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=44;TCR=55;TR=99;WE=96031270;WS=96031252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	96051521	rs2169756	A	G	5969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=120;NR=77;PP=2965;SC=CCTTGGGTCAACCTGCTCCCC;SOR=1.077;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=120;TCR=77;TR=197;WE=96051529;WS=96051511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr9	96052179	rs2306183	G	A	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	96097747	rs78436873	C	T	6549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=151;NR=145;PP=2965;SC=TTGGGGCTGCCGCTCTGGGCC;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=299;TCF=153;TCR=146;TR=296;WE=96097755;WS=96097737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr9	96209987	rs139372739	GA	G	961.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.574;HP=15;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.761;NF=2;NR=42;PP=662;ReadPosRankSum=-1.276;SC=AATCTGAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.685;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=44;WE=96209996;WS=96209977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,59:0.86:69
chr9	96398508	rs2398851	A	G	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=4;PP=528;SC=AGGTCGAGGTAGGGGGTTGAC;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=96398516;WS=96398498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	96398831	rs10992818	C	G	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=44;PP=1312;SC=CCTGTATGCTCCACCACCTGC;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=67;WE=96398839;WS=96398821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	96407822	rs6479500	A	G	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=17;PP=852;SC=ACCCAGGCTCACCTCTCCAGC;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=54;WE=96407830;WS=96407812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	96407983	rs9695734	C	T	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=29;PP=875;SC=ACGGCTTCACCGAGCCCATCC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=56;WE=96407991;WS=96407973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	96420390	rs3763605	A	G	2707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=51;PP=1774;SC=TGTGGGCAGCAGGCACCCACC;SOR=0.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=102;WE=96420398;WS=96420380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr9	96422420	rs10992836	T	C	6248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=129;NR=84;PP=2965;SC=GTGGACCGTCTTGGGCCACAG;SOR=1.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=129;TCR=84;TR=213;WE=96422428;WS=96422410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr9	96425138	rs3750358	T	C	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=3;PP=408;SC=TCAAGAGAGTTCCACCAGCCC;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=96425146;WS=96425128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	96426049	rs112327078	T	TCACA	1063.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=14;PP=723;SC=ACTCTGCATCTCACACACACC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=14;WE=96426057;WS=96426039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	96428243	rs41276198	C	T	6944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=115;NR=118;PP=2965;SC=CAAGGCCTCCCGCTGGACTGC;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=115;TCR=118;TR=233;WE=96428251;WS=96428233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr9	96439004	rs149736720	C	CCCTGCCTCCACCACA	7522.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=51;PP=2712;SC=CCTCTACCACCCCGGCCTCCA;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=77;WE=96439012;WS=96438993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr9	96440051	rs41276204	C	A	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.10;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr9	96441750	rs8690	C	T	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=108;SC=CAAAGTTTATCGTGGCTATTA;SOR=2.093;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=96441758;WS=96441740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	97054922	.	TG	CG	594	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MMLQ=22;MQ=59.49;NF=1,0;NR=6,14;PP=28,594;QD=8.96731607817;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGTGCAC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=7,14;WE=97054930;WS=97054912;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr9	97054922	rs371262494	TG	TGCG	631.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1,0;NR=6,14;PP=28,594;ReadPosRankSum=0.352;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGTGCAC;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=7,14;WE=97054930;WS=97054912;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.74:23
chr9	97063725	.	G	GA	1103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=28;PP=384;ReadPosRankSum=1.093;SC=AAATGGAATGGAAAAAAAAAA;SOR=0.569;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=29;WE=97063733;WS=97063715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,64:0.82:78
chr9	97080922	.	CGCT	C	1065.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.745;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=3.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.25;MQRankSum=-7.091;QD=13.84;ReadPosRankSum=1.049;SOR=1.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,27:0.35:77
chr9	97080929	.	TGGA	T	1092.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.235;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=7.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.42;MQRankSum=-7.511;QD=12.42;ReadPosRankSum=0.019;SOR=1.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,31:0.35:88
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chr9	97081263	rs118014876	G	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.738;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.495;NF=36;NR=52;PP=2088;ReadPosRankSum=-1.442;SC=CCTTCAGCCTGGGGGAATCCT;SOR=0.612;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=242;TCF=119;TCR=123;TR=88;WE=97081271;WS=97081242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,52:0.26:198
chr9	97209066	rs9409546	T	C	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=27;PP=1232;SC=CATTAATGTGTATTGGCATTT;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=73;WE=97209074;WS=97209056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	97213843	rs4744347	A	T	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=6;PP=159;SC=TAAAAAATTTAAAAAATATCC;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=97213851;WS=97213833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	97216541	rs7023744	A	G	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=348;SC=TATAAAGACTACCTTTATGTC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=97216549;WS=97216531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	97218342	rs2277182	C	T	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=291;SC=CCATTCGTTTCCTCCAGTGTC;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=97218350;WS=97218332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	97219678	rs10570184	CTTTT	C	1222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=2;PP=783;SC=CCTAAGAGCCCTTTTTTTTAA;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=97219689;WS=97219668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	97219735	rs112270671	A	ATT,ATTT	2782.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=29.29;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,76,19:0.80,0.20:95
chr9	97221434	rs9409765	G	A	4818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=67;PP=2479;SC=TGTTTTCCACGTTCAACAGGG;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=92;TCR=68;TR=159;WE=97221442;WS=97221424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr9	97321127	rs1048510	T	C	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=22;PP=1372;SC=TTACCTTTTGTATACTCATAG;SOR=1.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=70;WE=97321135;WS=97321117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	97349666	rs573212	C	G	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr9	97365642	rs9695	G	A	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=28;PP=1291;SC=GCAATTCTCCGGATGCAGGCA;SOR=1.090;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=75;WE=97365650;WS=97365632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	97365720	rs1769257	T	C	5296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr9	97365985	rs3780554	G	A	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=7;PP=159;SC=TTTCCTTCCTGTGAGGCTGTA;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=97365993;WS=97365975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	97369083	rs2297084	G	A	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=5;PP=731;SC=CACCCTCCCCGGGCCCTCACT;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=97369091;WS=97369073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	97369149	rs1769259	C	T	3756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=82;NR=44;PP=2220;SC=GTCAAAGTCCCTGGCGTAGCC;SOR=1.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=82;TCR=44;TR=126;WE=97369157;WS=97369139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr9	97372172	rs3739747	C	T	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=7;PP=928;SC=AGACACCAGCCAAGCCCCCAG;SOR=2.256;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=45;WE=97372180;WS=97372162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	97554941	rs150347083	T	TA	1536.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=14;PP=1260;SC=AGTTGGCTCTTACCAGCTTAT;SOR=1.721;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=29;WE=97554949;WS=97554931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	97555228	rs55826214	GA	G	370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.630;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.196;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr9	97572147	rs356126	C	A	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=10;PP=558;SC=GTGCCCTGGGCTCCCTTCAGC;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=97572155;WS=97572137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	97572244	rs356125	G	A	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	98009613	.	T	TA	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=6.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.689;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr9	98209594	rs357564	G	A	3734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr9	98239190	rs574688	G	C	5280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=96;PP=2965;SC=ATGCAATTCAGATGATTCTAA;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=82;TCR=98;TR=178;WE=98239198;WS=98239180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr9	98871027	rs75873713	C	G	5704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr9	98997910	rs8190570	ATCTTTGTGG	A	5182.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=47;PP=2974;SC=ACCTCAGTTCATCTTTGTGGT;SOR=1.417;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=7;TCR=55;TR=53;WE=98997926;WS=98997900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	99003264	rs2066485	C	T	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=40;NR=62;PP=1795;SC=AACACTCAAGCCCCCATCCCA;SOR=1.343;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=40;TCR=62;TR=102;WE=99003272;WS=99003254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	99013663	rs408876	A	G	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=20;PP=1065;SC=CAGAACCTGGATAAGAGGAAT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=58;WE=99013671;WS=99013653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
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chr9	99327232	rs150535890	A	T	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=543;SC=ATAAGCAAGCATATACCAAAT;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=99327240;WS=99327222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr9	100105735	rs1947717	T	C	6621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
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chr9	100116833	rs10125198	G	C	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr9	100122291	rs3747495	T	C	3935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
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chr9	100132194	rs2169456	C	A	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=3;PP=382;SC=CTTACCCGCACTTCTGGCAGA;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=100132202;WS=100132184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	100132829	rs2306090	T	C	3070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	100133093	rs2306092	A	G	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=28;PP=746;SC=CAGTCCAGGCATGCTCCAAAT;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=100133101;WS=100133083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	100139161	rs11581	A	G	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=14;PP=381;SC=ACACTATCCAAGGCCTGTATG;SOR=1.358;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=100139169;WS=100139151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	100139182	rs898869	C	T	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=13;PP=334;SC=TGTGACCCTCCGCCCCACCAT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=100139190;WS=100139172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	100190780	rs1381532	A	G	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=15;PP=705;SC=CAAAGATGCTACGAGCTGTTC;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=100190788;WS=100190770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	100193113	rs7874295	T	C	3386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=36;PP=2060;SC=ACCACTTGACTTGGGATATGT;SOR=1.498;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=73;TCR=36;TR=109;WE=100193121;WS=100193103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	100194406	rs2045732	T	C	7104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=105;PP=2965;SC=GGAAACTCTGTTGGAGTTAAG;SOR=1.038;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=247;TCF=142;TCR=105;TR=247;WE=100194414;WS=100194396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr9	100227423	rs4743099	G	A	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=16;PP=380;SC=ATAATTAAATGTAGTTTTCAA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=100227431;WS=100227413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	100388119	rs10817858	G	T	5443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=1.543;SC=TAAAATAGAAGCTGTCTGGTG;SOR=0.471;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=76;TCR=108;TR=183;WE=100388127;WS=100388109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,197:0.99:198
chr9	100616066	rs1867280	G	C	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.60;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr9	100616700	rs71369530	AGCCGCC	A	1061.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=11.614;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.17;MQRankSum=0.870;QD=36.61;ReadPosRankSum=1.487;SOR=2.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr9	100617021	rs3021526	C	T	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	100617375	rs7046645	T	C	2742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=61;PP=1930;SC=TTCCCCGCAATCTGAGAACGA;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=98;WE=100617383;WS=100617365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	100675816	rs1127703	A	G	2681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	100684645	rs3824496	C	T	5560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=102;NR=81;PP=2904;SC=CAACGAAGTCCGCTGCCTGGG;SOR=0.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=103;TCR=81;TR=183;WE=100684653;WS=100684635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr9	100684719	rs3183928	A	C	4249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=71;NR=66;PP=2325;SC=GAGCCGGCTTAACGCAGCCGC;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=71;TCR=66;TR=137;WE=100684727;WS=100684709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr9	100684757	rs3183927	A	G	3643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=51;PP=1826;SC=CGAGGCCCCGACTCCTCCAAG;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=60;TCR=51;TR=111;WE=100684765;WS=100684747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr9	100692237	rs79474766	T	TA	801.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=1;PP=1019;SC=TAACAGGGAATACCCAGGATT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=100692245;WS=100692227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	100700242	rs199724877	C	CT	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr9	100745902	rs3739672	A	G	3693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=69;NR=57;PP=2051;SC=GTAAGCAGAGACCCCTCTGGG;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=70;TCR=57;TR=126;WE=100745910;WS=100745892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr9	100767530	rs1131641	C	T	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=29;PP=905;SC=GGCACACAACCGTAATCCCAG;SOR=1.567;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=45;WE=100767538;WS=100767520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	100774646	rs987142	A	T	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	100819070	rs3199064	T	G	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=2.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	100819192	rs3739670	C	T	4509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr9	100822940	rs7846880	G	A	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=0;PP=114;SC=GTGAAAGAGCGAAACTCTGTC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=100822948;WS=100822930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	100823084	rs13049	T	C	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	100843417	rs4237190	A	G	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=30;PP=920;SC=GAAAAAGGATAGGCTGGCCTG;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=54;WE=100843425;WS=100843407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	100849500	rs1059273	G	T	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	100854765	rs10818475	C	G	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=28;PP=1220;SC=ATTGGGGCCGCAGCTCACTCA;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=74;WE=100854773;WS=100854755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	100854920	rs4743163	C	A	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	100881525	rs2761063	C	G	4306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=26.92;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
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chr9	101243021	rs2779547	T	C	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=0;PP=871;SC=TCCTCGATGATGGTATTGTTC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=35;WE=101243029;WS=101243012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	101243364	rs2808557	T	G	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=66;PP=1969;SC=CAACATTCCTTCACCTCTGGC;SOR=1.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=29;TCR=66;TR=95;WE=101243372;WS=101243354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	101258803	rs16916507	G	A	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr9	101340301	rs2808536	A	C	6338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=3.154;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.77;ReadPosRankSum=-0.663;SOR=0.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,245:1.00:246
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chr9	101340440	rs2808537	A	G	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=54;PP=1561;SC=ATCTTTCCTCATGGAAACCTT;SOR=1.378;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=87;WE=101340448;WS=101340430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	101470648	rs77213774	C	A	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	101533220	rs6415847	C	T	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	101539865	rs7035722	G	C	2473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=54;PP=1665;SC=ATAATAATTGGTATTCGATAT;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=25;TCR=54;TR=79;WE=101539873;WS=101539855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	101546578	rs12056975	G	C	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=8;PP=247;SC=GGGATACTAAGAGGGCGTCAG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=101546586;WS=101546568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr9	101585444	rs2295922	G	C	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=6;PP=522;SC=GTCCCCTTCCGCAGGGGACCA;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=101585452;WS=101585434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	101599211	rs3216734	AT	A	1146.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=5;PP=1082;SC=CCCGCAGCTCATCCCCTGCTC;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=101599219;WS=101599201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	101602171	rs2277189	C	G	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=15;PP=1023;SC=TGGCATGCGACGAATGCTCCA;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=51;WE=101602179;WS=101602161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	101606549	rs1885608	G	T	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=566;SC=AAATTAAATAGTTGAATTTTT;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=101606557;WS=101606539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	101748234	rs2075662	G	A	6748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=113;NR=112;PP=2965;SC=AGGTGGAACCGCTTCGCCATG;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=113;TCR=113;TR=225;WE=101748242;WS=101748224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr9	101748356	rs2075663	A	G	2787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=53;PP=1673;SC=TGGAATCTTCATGGGCAATGC;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=90;WE=101748364;WS=101748346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	101749498	rs2075664	C	A	8795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr9	101759428	rs74337034	G	A	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=46;PP=1368;SC=TGTCCAGCCGGGGCCATGTAT;SOR=3.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=7;TCR=46;TR=53;WE=101759436;WS=101759418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	101763294	rs3831245	C	CT	2459.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=39;PP=1767;SC=TTATTTCAAACTTGGTGATGA;SOR=1.236;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=42;WE=101763302;WS=101763284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	101796906	rs11281933	T	TCTCCCTC	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=38;PP=2471;SC=AGAACTTTCTTCTCCCTCCTC;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=39;WE=101796914;WS=101796896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	101814626	rs4142986	C	G	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=20;PP=1302;SC=GCAAACACCACGGCAGAGCTT;SOR=1.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=66;WE=101814634;WS=101814616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	101867537	.	TGGC	T	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=56;ReadPosRankSum=1.746;SC=CTCCTCGTGCTGGCGGCGGCG;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=2;WE=101867547;WS=101867527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,4:0.14:29
chr9	101911436	.	AT	A	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.847;QD=1.69;ReadPosRankSum=1.315;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,22:0.22:101
chr9	102068344	rs790287	C	G	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=20;PP=970;SC=ATGACCTAAGCCGCACAAAGA;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=102068352;WS=102068334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	102068770	rs7871150	T	C	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr9	102690883	rs6478987	A	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=69;SC=TTTGTATGCAACATTCTTAAT;SOR=2.833;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=102690891;WS=102690873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	102713580	rs1997368	G	A	8193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=132;NR=148;PP=2965;SC=AATGTATTGTGCTAAGTCTTA;SOR=0.950;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=132;TCR=148;TR=280;WE=102713599;WS=102713570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr9	102713591	rs3739794	T	C	8069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=141;PP=2965;SC=CTAAGTCTTATTCTCAGTCAC;SOR=0.982;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=122;TCR=141;TR=262;WE=102713599;WS=102713570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr9	102730697	rs202054777	A	AT	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.977;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr9	103015184	rs2245216	T	C	5019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=61;PP=2965;SC=TTTGTGCTTTTCCAGGTGGAG;SOR=1.149;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=109;TCR=61;TR=169;WE=103015192;WS=103015174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr9	103027226	.	C	CT	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.104;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.708;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,36:0.26:137
chr9	103054951	rs2787374	T	C	4616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=73;PP=2815;SC=GAAGGTGCTCTCCGGCTGGTT;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=78;TCR=73;TR=151;WE=103054959;WS=103054941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	103275675	rs376847862	CT	C	238.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=-0.874;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr9	104124664	rs2229594	C	T	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=5;PP=635;SC=GAGAAGGTCCCGGTAAAGAGA;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=104124672;WS=104124654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	104133628	rs1572983	C	T	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.16;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	104238730	rs17187712	T	A	3621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=43;PP=2070;SC=GCTCTTCTGGTACAGCATCGT;SOR=0.994;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=72;TCR=44;TR=115;WE=104238738;WS=104238720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr9	104449063	rs2506354	C	T	3953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=64;PP=2316;SC=GAGCAATGAGCCCTAAGGGCA;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=69;TCR=64;TR=133;WE=104449071;WS=104449053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr9	104499575	rs1337677	T	C	12422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=241;NR=189;PP=2965;SC=GACTCTCCCGTGGAAACTCGT;SOR=0.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=431;TCF=241;TCR=190;TR=430;WE=104499583;WS=104499565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr9	105757558	rs10739861	A	G	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	105757756	rs1341205	A	G	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=291;SC=ATGAAGAGATATTTATTATAT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=105757764;WS=105757746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	105765610	rs2066261	T	C	2442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=57;PP=1740;SC=ATTATAACCATAATAAGTAAT;SOR=2.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=23;TCR=57;TR=80;WE=105765618;WS=105765600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	106857908	rs3739736	G	A	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	106860969	rs10991107	T	C	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=14;PP=270;SC=ACTATTGTGCTGTGTCCGGCC;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=106860977;WS=106860959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	106878318	rs35784229	TCTC	T	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=493;SC=AATGGCAGCATCTCCTTTTTC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=11;WE=106878328;WS=106878313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	106885332	rs7350223	A	G	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=12;PP=836;SC=GTTTGAATGTATTTCTCAAAT;SOR=1.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=106885340;WS=106885322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	106885616	rs10991114	A	G	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=17;PP=462;SC=TATATATGATAAAGTTTATTT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=106885624;WS=106885606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	106888838	rs146077014	ATTAT	A	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=173;SC=GCATGAGATTATTATTTATTT;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=106888849;WS=106888828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	106894211	rs3780535	A	C	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=51;SC=AATAATGAAAACTGTTTATTT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=106894219;WS=106894201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	106896809	rs7872034	G	A	4720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=26.52;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr9	106896874	rs11281153	T	TATATTATAA	2254.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=27;PP=2967;SC=ATCACTTTGCTATATTATAAT;SOR=2.170;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=28;WE=106896882;WS=106896864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	107266596	rs7049042	T	C	7696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr9	107266774	rs1949755	C	G	9210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=164;NR=160;PP=2965;SC=CCTCTTCTGCCCTCTCTCCAA;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=325;TCF=165;TCR=160;TR=324;WE=107266782;WS=107266764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr9	107266844	rs1403812	A	G	6580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;PP=2965;SC=CGCCACTCAGATGTACCTCTC;SOR=0.744;Source=Platypus;TCF=110;WE=107266852;WS=107266834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr9	107266943	rs1403811	G	A	4823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=76;PP=2770;SC=GAGATACCCTGTCATCATGAA;SOR=0.737;Source=Platypus;TCF=85;TR=161;WE=107266951;WS=107266933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
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chr9	107566877	rs2777801	C	A	4819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
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chr9	108147627	rs2771034	G	A	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=15;PP=1001;SC=CAAAAATGTAGATGTTCTTTA;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=108147635;WS=108147617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	108152199	rs2771040	G	A	3238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
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chr9	108380355	rs17309806	C	A	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	109697927	.	A	C	1879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=55;PP=1257;ReadPosRankSum=1.278;SC=GATGATGCACAAGTTCTTTAG;SOR=0.614;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=183;TCF=65;TCR=118;TR=88;WE=109697935;WS=109697917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,90:0.48:188
chr9	110047132	rs10733562	G	C	3895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
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chr9	110093970	rs3056494	CA	C	2813.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.705;HP=15;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.638;NF=24;NR=73;PP=1065;ReadPosRankSum=1.912;SC=AAACTGGAAACAAAAAAAAAA;SOR=0.621;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=125;TCF=33;TCR=92;TR=97;WE=110093979;WS=110093959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,178:0.81:220
chr9	111637331	rs1981268	CC	AG	5013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=55;PP=2947;SC=AATCCCTACCCCCAGAAAACA;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=41;TCR=56;TR=95;WE=111637340;WS=111637321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	111641627	rs2275496	C	T	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=3;PP=766;SC=ATTCTCCCCACTCCCACTACA;SOR=3.967;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=36;WE=111641635;WS=111641617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	111653574	rs1063110	C	G	5939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr9	111665719	rs17792422	G	A	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=6;PP=791;SC=TAAAGCTTAGGGTTTTCCAGG;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=111665727;WS=111665712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	111670707	rs838824	T	C	4521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=90;PP=2894;SC=AATGCAAATATTATCATCGTA;SOR=1.151;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=63;TCR=91;TR=153;WE=111670715;WS=111670697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	111678428	rs1772046	T	A	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=16;PP=893;SC=CCCATACCTGTCTACTTTCAA;SOR=1.341;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=54;WE=111678436;WS=111678418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	111688767	rs2275635	C	T	7361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr9	111712910	rs2780334	G	C	3217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.04;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	111746607	rs838838	T	C	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	111754288	rs838836	T	C	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.59;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	111782531	rs7776	T	G	161.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=106;SC=AACCACCAACTCTGAACTCTC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=111782539;WS=111782521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	111798751	rs2256253	C	T	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=30;PP=979;SC=TCCTCAACAACTTCCAACAAA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=111798759;WS=111798741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	111800234	rs534286	G	A	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=15;PP=1729;SC=TTTCCTAGATGTATGTAAAAT;SOR=2.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=67;TCR=15;TR=82;WE=111800242;WS=111800224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	111812825	rs614253	C	T	6849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=135;NR=99;PP=2965;SC=GGAAATATGACGTGTACTTAT;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=136;TCR=99;TR=234;WE=111812833;WS=111812815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr9	111843055	rs497196	A	T	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=5;PP=212;SC=GCTAGCTTTTAATCCAGACTA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=111843063;WS=111843045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	111870700	.	TA	T	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=1.162;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,41:0.46:90
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chr9	111899928	rs10759329	A	G	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=26;PP=702;SC=AAAAGAGAAGAGCAGGGGCAA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=111899936;WS=111899918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	111903890	rs11421991	G	GA	1009.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=28;PP=351;ReadPosRankSum=0.556;SC=AAATGATTGAGAAAAAAAAAA;SOR=0.892;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=34;WE=111903898;WS=111903880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,57:0.89:64
chr9	111911775	rs1533641	G	A	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=5;PP=1128;SC=CGGGATGGCCGTTACGAAACT;SOR=3.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=48;WE=111911783;WS=111911765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	111911823	rs999729	C	G	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=27;PP=1747;SC=GCTCAGGCCCCCTGATTAGAA;SOR=1.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=71;TCR=27;TR=98;WE=111911831;WS=111911813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	111929420	rs10979723	CG	GC	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=7;PP=422;SC=CCGCGCCATCCGTGCGCACAG;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=111929429;WS=111929410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	111936732	rs10733569	G	A	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=12;PP=874;SC=TGGGCGAACAGAGCACACACT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=49;WE=111936740;WS=111936722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	111936788	rs10979727	C	T	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr9	111945049	rs3750450	T	G	5002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.27;ReadPosRankSum=-0.517;SOR=0.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,197:0.99:198
chr9	111945166	rs10122682	A	G	2791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=45;PP=1598;SC=AAATGGAACCAAAGGATTCAG;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=51;TCR=45;TR=96;WE=111945174;WS=111945156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	111956599	rs3750447	G	A	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=26;PP=916;SC=CTTGTGTGGCGGCCGTTGTGG;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=53;WE=111956607;WS=111956589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	112020713	rs893917	A	G	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=42;PP=1360;SC=TCCTTTCGGGAAGACTTAACT;SOR=1.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=72;WE=112020721;WS=112020703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	112025473	rs1982226	C	A	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=3;PP=48;SC=AAAGGTAGCGCTATTTAGATA;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=112025481;WS=112025463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	112041925	rs2014890	A	T	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=6;PP=696;SC=GGCATCCTACAAGCATTGTGA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=112041933;WS=112041915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	112082760	.	GCGCTGCCGCTGC	G	596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=1907;SC=TCCGCCCCCTGCGCTGCCGCT;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=112082779;WS=112082750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	112151349	rs1371787	C	T	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=527;SC=AGGGCTGAGCCTCCCGTCACT;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=112151357;WS=112151344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	112170701	rs35463120	T	TAAAC	3904.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=48;PP=2168;SC=TTTTTTAAGTTAAACAAACAA;SOR=1.504;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=1;TCR=68;TR=49;WE=112170709;WS=112170691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	112172477	rs2275699	T	G	2963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;SC=GCCCTGGGTGTGTGGATCACC;SOR=0.811;Source=Platypus;TCF=49;WE=112172485;WS=112172467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	112182649	rs4077728	T	C	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=15;PP=673;SC=CCTGAGCAAATTCCGCAACAG;SOR=1.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=39;WE=112182657;WS=112182639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	112184972	.	C	CAA	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=-1.101;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,9:0.18:51
chr9	112629397	rs7044189	G	A	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	112629444	.	C	CTGTGTG,CTGTGTGTG	490.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=37.75;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,7:0.46,0.54:13
chr9	112629858	rs2769154	A	G	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	112898327	rs1475612	A	G	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=8;PP=601;SC=CTTCCTCTTAATTATGAGTCA;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=112898335;WS=112898317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	112963504	rs10120707	A	G	9293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=173;NR=143;PP=2965;SC=GGAGCCTTTGATCAGATCCCA;SOR=0.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=317;TCF=174;TCR=143;TR=316;WE=112963512;WS=112963494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr9	113006420	rs5843	A	G	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	113007289	rs4135220	T	G	3390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=63;PP=1851;SC=TATAATGGCATTACAAAAGCC;SOR=1.092;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=47;TCR=63;TR=110;WE=113007297;WS=113007279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	113007319	rs4135219	TGAA	T	2213.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=29;PP=1419;SC=ATATTCTCAATGAAGAAGTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=29;WE=113007329;WS=113007309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	113013588	rs4135192	A	G	155.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=36;SC=TGTGACCACCAACTCAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=113013596;WS=113013578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr9	113132221	rs17204533	G	A	4228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=89;NR=55;PP=2297;SC=GTTATGTCCCGTCCAAGAAGA;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=89;TCR=56;TR=144;WE=113132229;WS=113132211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr9	113192387	rs201201095	CTT	C,CT	401.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.796;QD=12.55;ReadPosRankSum=-1.545;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,13,15:0.41,0.47:32
chr9	113192655	rs2986671	T	G	3061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=32;PP=1649;SC=AAATGTGACTTCGGCACCTAC;SOR=1.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=62;TCR=32;TR=94;WE=113192663;WS=113192645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	113192785	rs3739447	A	T	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=65;PP=1910;SC=AACCATGCAAAGTCTCACAGC;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=48;TCR=65;TR=112;WE=113192793;WS=113192775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	113207962	rs7847560	A	C	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=442;SC=TACGTTCTTAAAGAACTTGTT;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=113207970;WS=113207959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	113212205	rs2095294	G	A	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=1;PP=906;SC=GGAATATTCAGCTGTAGCCTA;SOR=5.084;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=36;WE=113212213;WS=113212202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	113213726	rs4421419	A	G	7435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=119;NR=138;PP=2965;SC=AACTTGACAGAACTTTAAGAC;SOR=0.982;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=119;TCR=139;TR=257;WE=113213734;WS=113213716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr9	113218098	rs112071235	T	TAAAGA	1270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=13;PP=855;SC=TGGGTAGTGGTAAAGGGTAAT;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=14;WE=113218106;WS=113218088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	113220820	rs10980398	C	T	4745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=72;PP=2334;SC=TTTCCTCTGCCGCTGAGAAAG;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=76;TCR=72;TR=148;WE=113220828;WS=113220810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr9	113228098	rs10980401	G	T	3623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=41;PP=2152;SC=TTCATGCATAGAACCTAGTAG;SOR=1.523;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=83;TCR=41;TR=124;WE=113228106;WS=113228088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr9	113233720	rs10980402	G	A	8847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=162;PP=2965;SC=AATTGCTGTCGGCTATAAGTA;SOR=0.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=305;TCF=143;TCR=162;TR=304;WE=113233728;WS=113233710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr9	113233956	rs7860284	C	T	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=25;PP=675;SC=TTTTACCAAACAGAAATACTT;SOR=3.126;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=113233964;WS=113233946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	113243820	rs3818766	G	A	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=415;SC=CCTGTCTATCGCTATTTCTAG;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=113243828;WS=113243810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	113275357	rs61998196	G	A	3959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=80;PP=2326;SC=AACCATTTTCGGGAGGCTTCA;SOR=1.366;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=51;TCR=80;TR=131;WE=113275365;WS=113275347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr9	113308284	rs2991363	A	T	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=27;PP=2053;SC=TGTGCCACTGACCCCACACAC;SOR=1.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=76;TCR=27;TR=103;WE=113308292;WS=113308274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	113449271	rs7869057	G	C	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=196;SC=TTATTCAGAAGTCACTCAAGT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=113449279;WS=113449269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	113524511	rs147974075	AT	A	5017.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=57;PP=2974;SC=TATTGTAACAATTGTTTCCAA;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=21;TCR=59;TR=77;WE=113524519;WS=113524501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr9	113547001	rs572189	A	C	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=6;PP=1172;SC=TAAATATATTATTATCATGAA;SOR=3.300;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=49;WE=113547009;WS=113546991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	113547322	rs484010	T	C	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=41;PP=890;SC=CAGCTAACCATGTGTAGTAAT;SOR=5.507;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=43;WE=113547330;WS=113547312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	113550168	rs2766999	T	C	7038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=105;PP=2965;SC=ACAGAGGCTTTCCAAGTTTTT;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=124;TCR=105;TR=229;WE=113550176;WS=113550158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr9	113637854	rs3739709	G	A	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=28;PP=1175;SC=TTTCTTTGTCGCGGTAGGAGT;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=71;WE=113637862;WS=113637844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	113800790	rs28700160	G	A	5008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=57;PP=2965;SC=GGGGCGCAGAGGGAGGGCCAG;SOR=1.559;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=119;TCR=57;TR=175;WE=113800798;WS=113800780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr9	114126060	.	AT	A	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.501;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr9	114145628	rs144011222	C	G	3945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=85;PP=2579;SC=ATACAAAGAGCATGGACGTTA;SOR=1.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=49;TCR=85;TR=134;WE=114145636;WS=114145618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr9	114170785	rs79202070	TA	T	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.706;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,31:0.37:83
chr9	114235064	.	GA	G	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.570;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,16:0.21:78
chr9	114293096	.	A	T	214	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;FR=1.0000;HP=1;HapScore=4;MGOF=51;MMLQ=26;MQ=59.12;NF=9;NR=2;PP=214;QD=22.615564777;SC=TATATATATAAGATTTTTAGT;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=114293104;WS=114293072;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	114301585	rs10441737	C	T	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=14;PP=607;SC=CTATTTATTACGCATTAAATT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=114301593;WS=114301575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr9	114336894	rs55902909	A	G	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.90;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr9	114462322	rs6477845	A	G	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.41;ReadPosRankSum=0.481;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
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chr9	114467442	rs72047905	AAT	A	391.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=362;SC=AGCCTATCAGAATATATATAC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=114467451;WS=114467432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	114468966	rs7036568	A	C	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=46;PP=1568;SC=CAAATGAGAAATTACTCCAGG;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=48;TCR=46;TR=94;WE=114468974;WS=114468956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	114469078	rs10125413	T	G	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=22;PP=665;SC=GTTATTATTTTGTTGAACTAT;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=114469086;WS=114469068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	114475262	rs6477846	T	A	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.27;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	114476748	rs11791445	T	A	6274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=141;NR=73;PP=2965;SC=TGACTTTGCATCCAACTTAGT;SOR=1.412;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=141;TCR=73;TR=214;WE=114476756;WS=114476738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr9	114484682	rs1337581	T	C	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=558;SC=CTTTTATTTGTACTCACCTTG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=114484690;WS=114484672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	114484783	rs12352352	A	G	3955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
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chr9	114490229	rs10512411	T	G	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr9	114490308	rs7470491	T	C	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.03;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	114510272	rs10817214	G	A	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=12;PP=1351;SC=TTTTAAACATGGAAACTGACT;SOR=2.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=62;WE=114510280;WS=114510262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	114520613	rs10981055	C	T	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=22;PP=607;SC=CAGTGGCTCACGCCTGTAATC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=114520621;WS=114520603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	114521630	rs10817215	A	G	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=48;PP=1309;SC=TTCTTAAGTTATTCACATGGT;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=79;WE=114521638;WS=114521620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	114543400	rs2786632	A	G	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=29;PP=866;SC=ATCTTTATTTATTCACAAATG;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=114543408;WS=114543390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	114659643	rs3780520	A	G	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=33;PP=1051;SC=CGGGCCTCGGAGACAGGCGAG;SOR=1.042;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=114659651;WS=114659633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	114659661	rs3780519	A	T	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	114688807	rs72757814	A	G	2996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr9	114811154	rs1980739	C	T	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=29;PP=1422;SC=GAGGAGAAAGCATGGGCCATA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=78;WE=114811162;WS=114811144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	114919707	rs700105	A	G	5843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=140;NR=72;PP=2965;SC=CCCCAAGGACATCAACTCTTT;SOR=1.488;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=140;TCR=72;TR=212;WE=114919715;WS=114919697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr9	114986021	rs34621641	C	CAGAA	665.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=647;SC=ATATCAAACTCAGAGTTATTT;SOR=2.448;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=10;WE=114986029;WS=114986014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	114994286	rs372535742	G	A	315.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=28.72;ReadPosRankSum=1.691;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr9	114994291	rs80175589	G	A	316.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=28.81;ReadPosRankSum=1.602;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr9	114994295	rs374007410	AG	A	308.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=28.08;ReadPosRankSum=1.602;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr9	114994299	.	GAAAAGA	G	308.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=-0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=-0.000;QD=28.08;ReadPosRankSum=1.602;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr9	115014799	rs10659246	G	GA	55	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.75;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	115051546	rs11792085	A	G	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	115052104	rs10121087	A	G	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=4;PP=105;SC=CAAATTATTCAGTTTGTTAGC;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=115052112;WS=115052094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	115060205	rs10981348	C	G	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.56;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	115060682	rs3808881	G	A	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=13;NR=4;PP=235;SC=GATCTTTAATGCAGACTATTT;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=115060690;WS=115060672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	115092577	rs2418204	G	A	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=336;SC=AAAATCCAAAGTTACCTCAGG;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=115092585;WS=115092567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	115092624	rs2900539	T	A	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=7;PP=302;SC=ATTAAAGACTTTTACACAATA;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=115092632;WS=115092614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	115095743	rs7040447	T	C	5672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr9	115142327	.	CA	C	164	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=13;NR=4;PP=164;QD=12.1764705882;SC=CCCGCACAGGCATCGGGGGGG;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=115142338;WS=115142317;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,17:1.00:17
chr9	115142330	rs35979933	CG	C	626.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=4;PP=432;SC=GCACAGGCATCGGGGGGGGCA;SOR=4.804;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=17;WE=115142338;WS=115142317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	115142507	rs7867831	A	G	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	115216222	rs10538330	GATTA	G	3431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=22;PP=2053;SC=CTGTCCTGCTGATTAATTAAT;SOR=1.439;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=41;WE=115216233;WS=115216212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	115249262	rs6477940	T	C	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.31;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	115249433	rs7031191	T	C	4027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	115450093	rs786970	C	T	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=16;PP=556;SC=TGGCTGGGCGCGGTGGCTCAC;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=115450101;WS=115450083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	115567015	rs139599865	A	ATG	2049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=14;PP=1115;SC=ACTCTCCAGTATGTTTTCATT;SOR=1.659;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=29;WE=115567023;WS=115567005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	115567184	rs1891402	T	C	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	115580008	rs10117709	G	C	3296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=32;PP=1795;SC=AGTTTGACCTGCCAGAATATT;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=99;WE=115580016;WS=115579998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr9	115598447	rs6477961	C	T	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=489;SC=TAGTCCTGCCCATGTGAGTGA;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=115598455;WS=115598442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	115600848	rs7023478	T	C	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=37;PP=1137;SC=GTGAGCTGGCTGAACCCCTGG;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=47;TCR=37;TR=84;WE=115600856;WS=115600838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr9	115652836	rs3802492	G	A	4524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=83;PP=2635;SC=CCTTCACCACGAGGAGTAGCC;SOR=1.106;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=67;TCR=83;TR=150;WE=115652844;WS=115652826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr9	115760561	rs10981590	C	T	4577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr9	115811835	rs2274761	G	C	4355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=74;PP=2625;SC=AAATGAAGCCGCAGCATTTGT;SOR=1.026;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=63;TCR=74;TR=137;WE=115811843;WS=115811825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr9	115818949	rs2282076	A	T	4858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=100;PP=2965;SC=CAGAATCTGGACGCCGCTGGA;SOR=1.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=44;TCR=100;TR=144;WE=115818957;WS=115818939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	115913338	rs143966010	C	G	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	115913589	rs112393959	T	C	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=270;SC=GCAGTCCGGCTAGGCGAGCAG;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=115913597;WS=115913579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	115918306	rs10121117	G	A	2816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=53;NR=39;PP=1358;SC=TAGGGCTGTCGTCTGCAAGCA;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=53;TCR=39;TR=92;WE=115918314;WS=115918296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	115920099	rs4344146	T	C	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=29;PP=1183;SC=CTCAGACTTGTAGCTTGGAAA;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=74;WE=115920107;WS=115920089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	115924932	rs10513187	C	G	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=11;PP=806;SC=TCAATCGGGTCACGTAACTCA;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=115924940;WS=115924922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	115928275	rs3810908	T	C	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=30;NR=17;PP=890;SC=CACCCTGTGGTTCGCCTAGAC;SOR=1.007;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=47;WE=115928283;WS=115928265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	115928566	rs16910202	A	C	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=13;PP=358;SC=GACAGGGCCAACTCTGAGGCC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=115928574;WS=115928556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	115931703	rs3810910	G	A	6072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=111;NR=100;PP=2965;SC=GTCAGGGACAGTCTTGTGGAG;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=112;TCR=100;TR=211;WE=115931711;WS=115931693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr9	115932299	rs7865125	T	A	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=33;PP=992;SC=ACACTACTGGTCATGTAGTTT;SOR=1.412;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=51;WE=115932307;WS=115932289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	115934022	rs5900041	A	AACCTGGATT	2199.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=30;PP=2900;SC=TGGCCTCAGGAACCAGGTGAA;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=30;WE=115934030;WS=115934012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	115941144	rs10118914	C	T	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=18;PP=466;SC=GGTGATGAACCAACCTCACAT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=115941152;WS=115941134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	115946500	rs10817454	A	G	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=26;PP=1418;SC=GAGGTGTTAAAGAGTAGTACC;SOR=1.236;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=75;WE=115946508;WS=115946490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
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chr9	115952895	rs12684417	T	C	3374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=54;PP=1792;SC=TCACTGTGATTAAAGCTCATC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=46;TCR=54;TR=100;WE=115952903;WS=115952885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
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chr9	115968609	rs4281172	C	T	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=4;PP=320;SC=TTTGTTTTAACGCACAATAGT;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=115968617;WS=115968599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr9	115968797	rs1133618	C	T	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	115968932	rs142259071	ACAGAAGTGGGAACAACAGTCATTCAGCCTCTAGG	A	1051.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.51;QD=43.82;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	115968991	rs150300022	AATTTTTTT	A	493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=329;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=4;PP=254;SC=AGCGGTTTAAAATTTTTTTTT;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=115969006;WS=115968981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	115969423	rs4548256	C	T	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=3;PP=1129;SC=AGAGGTTTTTCGAGAAAAAGT;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=43;WE=115969441;WS=115969413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	115969433	rs5900043	T	TAGA	2821.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=7;PP=2549;SC=CGAGAAAAAGTAGCTTAACTG;SOR=3.407;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=45;WE=115969441;WS=115969413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	115969448	rs41280217	C	T	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=17;PP=1765;SC=TAACTGCACGCCCTTCCACCA;SOR=2.204;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=66;TCR=17;TR=83;WE=115969456;WS=115969438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr9	116022860	rs57266996	T	TAC	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=1.941;QD=14.45;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
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chr9	116045311	rs77287785	GA	G	1496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=6;PP=1440;SC=ATTACCGAATGAATTCACCTT;SOR=3.003;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=35;WE=116045319;WS=116045301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	116048755	rs4979231	G	C	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=33;PP=981;SC=TCTCTCATGTGCAGTCACACT;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=116048763;WS=116048745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	116048874	rs4979232	A	G	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=12;PP=1036;SC=TTCATGTTTTAATAGTTGAAT;SOR=2.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=116048882;WS=116048864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	116048977	rs10981714	T	C	6971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr9	116050720	rs36114176	CT	C	315.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.586;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,23:0.85:27
chr9	116054040	rs2418249	C	T	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=17;PP=430;SC=TGTTTTCTGCCAATTACCATG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=116054048;WS=116054030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr9	116060124	rs3750534	T	C	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	116060487	rs3750532	T	C	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=41;PP=1352;SC=ACGGGGAGGCTTCGCGGGAGA;SOR=1.281;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=71;WE=116060495;WS=116060477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	116079271	rs2296076	A	C	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=536;SC=AATGCAAGGAAATAAAGCATT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=116079279;WS=116079261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	116091077	rs3810920	A	G	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=3;PP=426;SC=AAGACCAAAGATTCAATCACT;SOR=2.165;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=116091085;WS=116091067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr9	116116626	rs10981763	C	G	2767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
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chr9	116356373	rs12350531	G	C	14226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.02;NF=227;NR=258;PP=2965;SC=GGCTCCTCCTGTCTGAGTCCC;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=485;TCF=227;TCR=258;TR=485;WE=116356381;WS=116356363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,515:1.00:515
chr9	116356516	rs12341266	A	G	6633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=110;PP=2965;SC=GGTGCCTCCTACAGACCAATC;SOR=0.792;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=105;TCR=111;TR=215;WE=116356537;WS=116356506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr9	116356529	rs10817493	C	G	7004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=119;PP=2965;SC=GACCAATCTGCGGCCCCAAGG;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=234;TCF=115;TCR=119;TR=234;WE=116356537;WS=116356506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr9	116357408	rs884992	C	T	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=33;PP=965;SC=GGGCTGAGCCCAAGCTGAGGC;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=116357416;WS=116357398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr9	116764832	rs148995274	TTTTGCAC	T	15178.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=137;PP=2967;SC=CCATGTTCTCTTTTGCACTTG;SOR=0.803;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=172;TCF=27;TCR=145;TR=161;WE=116764846;WS=116764822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr9	116791161	rs7030167	T	C	12330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=231;NR=213;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.393;SC=TGGTCCGATGTGCCACCCTCT;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=447;TCF=232;TCR=215;TR=444;WE=116791169;WS=116791151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,477:1.00:479
chr9	116810890	rs3827675	A	G	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=19;PP=1297;SC=GCAGCCTTGAATGCCAGAATT;SOR=1.525;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=70;WE=116810898;WS=116810880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr9	116822650	rs2269454	T	C	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	116840204	rs2251680	A	G	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=10;PP=2073;SC=CAGCCAAGAGACCCACGGAAT;SOR=3.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=71;TCR=10;TR=81;WE=116840212;WS=116840194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr9	116857656	rs7036734	T	C	3790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=73;PP=2308;SC=ATCACTTGCCTAGGGCCATCA;SOR=1.505;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=40;TCR=73;TR=113;WE=116857664;WS=116857646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr9	116858625	rs6478062	T	G	7068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=125;NR=107;PP=2965;SC=GACCCTTGCTTGGTGGCCCCG;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=125;TCR=107;TR=232;WE=116858633;WS=116858615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr9	116859769	rs3810929	T	C	4479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;PP=2965;SC=AGTCCACCCATCCCCAGATCT;SOR=1.240;Source=Platypus;TCF=58;WE=116859777;WS=116859759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr9	116945454	rs10759688	A	C	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	116980052	rs10982110	C	T	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	116997994	rs2015408	T	C	5798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.22;SOR=1.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr9	117002517	rs2014134	C	T	10026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=183;NR=168;PP=2965;SC=CAGGAGACATCGGCCCCCCTG;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=354;TCF=185;TCR=169;TR=351;WE=117002525;WS=117002507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr9	117037820	rs10513241	A	G	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.01;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	117044458	rs1628968	A	G	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=10;PP=931;SC=GAACCTGGCCATCTGCCTCCA;SOR=2.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=49;WE=117044466;WS=117044448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	117044538	rs2636879	G	T	6010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.235;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=56;PP=2965;ReadPosRankSum=1.375;SC=CTCTTGCTCTGTCCCTCCTCT;SOR=1.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=208;TCF=150;TCR=58;TR=206;WE=117044546;WS=117044528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,216:1.00:217
chr9	117044751	rs2787330	T	C	8722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=136;NR=193;PP=2965;SC=CCAAGGGCTATCAAGGACAGC;SOR=1.491;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=335;TCF=142;TCR=193;TR=329;WE=117044759;WS=117044741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr9	117046170	rs1565502	G	A	4521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=109;PP=2965;SC=AAGATGTGGGGTCTCACCTGC;SOR=1.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=63;TCR=109;TR=171;WE=117046178;WS=117046160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr9	117050998	rs10982134	G	A	7137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=146;NR=105;PP=2965;SC=GTGGGTGATCGAGGAGACCGC;SOR=0.875;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=252;TCF=147;TCR=105;TR=251;WE=117051006;WS=117050988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr9	117051586	rs72762675	C	G	2307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	117052738	rs11386651	G	GT	798.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=1036;SC=ACATCCAGAAGTTCTCTGGGG;SOR=2.753;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=24;WE=117052746;WS=117052728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	117052772	rs7018988	C	A	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=386;SC=CCTCCCCTGGCACCTGGGAGT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=117052780;WS=117052762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	117053215	rs1249738	A	G	5521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr9	117053273	rs1249737	T	G	4381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr9	117064345	rs1546048	G	A	3960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr9	117064405	rs10817586	C	G	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	117066823	rs10817590	C	T	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=38;PP=2159;SC=CCCTGGGGCTCCCACTTGATG;SOR=1.382;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=72;TCR=38;TR=110;WE=117066831;WS=117066813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	117072656	rs1000744	C	A	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=284;SC=TGACAGCATTCCTTACAAGAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=117072664;WS=117072647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	117073006	rs1249756	C	T	3172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=82;PP=2289;SC=CTAGGCCTCACGGAGGAGGGA;SOR=1.857;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=123;TCF=41;TCR=82;TR=122;WE=117073014;WS=117072996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr9	117085526	rs147960186	G	A	3505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=84;NR=54;PP=2380;SC=ACCCTGGACCGGGTGAGTGCC;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=84;TCR=54;TR=138;WE=117085534;WS=117085516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr9	117085635	rs74594458	T	C	5392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.59;QD=27.37;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr9	117086226	rs1111796	A	G	9289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=161;NR=177;PP=2965;SC=CTCTTGCCCCAGGACTGTGAT;SOR=0.699;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=339;TCF=161;TCR=178;TR=338;WE=117086234;WS=117086216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr9	117093729	rs10759691	A	G	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=5;PP=1010;SC=CCCAAAGGAGACCCGGGCCTT;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=40;WE=117093737;WS=117093719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	117094073	rs113974644	T	C	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.67;QD=26.87;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	117103973	rs2250242	A	G	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=25;PP=720;SC=GGAGTTGAAGATGCTTTTCTC;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=117103981;WS=117103963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	117106190	rs3748179	C	T	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=52;PP=1470;SC=TTTTAATAGTCTCTGTCTCTC;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=72;WE=117106198;WS=117106180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	117110046	rs3748178	C	T	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=12;PP=835;SC=GTCTGCTGGCCGGCCGCGGGT;SOR=1.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=117110054;WS=117110036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	117130093	rs117415274	T	C	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=41;PP=984;SC=TCAGTCACCATGTGCGATCTT;SOR=1.276;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=64;WE=117130101;WS=117130083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	117166338	rs6478078	G	C	7703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=125;NR=128;PP=2965;SC=TGTCCGAGAGGTGGGAGAGCG;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=253;TCF=125;TCR=128;TR=253;WE=117166346;WS=117166328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr9	117170310	rs2274160	C	T	3525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr9	117188566	rs10817610	C	T	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	117266337	rs35122928	TA	T	633.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.622;QD=10.06;ReadPosRankSum=2.389;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,50:0.79:63
chr9	117390300	rs7031094	C	A	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=10;PP=871;SC=TCAGTAGTGTCTGAAAGGTGT;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=46;WE=117390308;WS=117390290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	117428960	rs1055207	T	C	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.31;ReadPosRankSum=-0.653;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr9	117430524	rs2296947	G	A	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=24;PP=1179;SC=GCTCTTTTTTGTCTGGATCAG;SOR=1.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=71;WE=117430532;WS=117430514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	117430611	rs1359992	A	T	3963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=3.096;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.91;ReadPosRankSum=-0.543;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,152:0.99:153
chr9	117430743	rs2418316	A	T	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=23;PP=646;SC=GTGGGGGTGTACCTGAAACTA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=117430751;WS=117430733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	117433685	rs2296948	C	T	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	117433811	rs3215861	C	CA	4218.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=38;PP=2957;SC=GAATGAGGGGCATGGGTTCCG;SOR=0.903;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=72;WE=117433819;WS=117433801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	117552885	rs3810936	T	C	4725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=75;PP=2812;SC=CTACTTCGCATACAGACTTGG;SOR=0.825;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=80;TCR=75;TR=155;WE=117552893;WS=117552875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr9	117553249	rs4246905	T	C	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=41;PP=1008;SC=GCTTAAAAAGTGTCTCATATC;SOR=1.573;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=61;WE=117553257;WS=117553239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	117554504	.	TACACACACACAC	T,TAC	550.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=39.34;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,5,9:0.36,0.64:14
chr9	117782836	rs34490502	T	TA	40	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.33;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	117792583	rs13321	C	G	4797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=72;PP=2638;SC=TCCAGCGCCTCAGCCTTATCA;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=158;TCF=86;TCR=72;TR=158;WE=117792591;WS=117792573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr9	117797359	rs3215885	A	AT	241.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=4;PP=142;SC=GTCTCTACTAATTTTTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=8;WE=117797367;WS=117797349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	117803185	rs35141770	A	AAC,AACAC	1787.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.178;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15,15;NR=5,5;PP=112,667;ReadPosRankSum=0.554;SC=GAAAAATAGTAACACACACAC;SOR=2.059;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=20,20;WE=117803193;WS=117803175;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.15,0.81:47
chr9	117803271	rs2274750	C	T	4047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr9	117804544	rs1061495	T	C	3230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=43;PP=1671;SC=CCACTTGGGCTGTGGGTGCCC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=68;TCR=43;TR=110;WE=117804552;WS=117804534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	117808785	rs2104772	T	A	3608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=61;PP=2075;SC=AGACCTGTTATGTCCCTGGTA;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=57;TCR=61;TR=118;WE=117808793;WS=117808775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr9	117836188	rs2210108	A	G	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=13;NR=19;PP=618;SC=AGGCTGCAAGACAGGGCTGCT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=117836196;WS=117836178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	117840061	rs2988577	A	G	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	117844239	rs2989519	G	A	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=11;PP=315;SC=GTAAGAGTTAGGGGAGGTGCC;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=117844247;WS=117844229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	117846450	rs1755639	A	G	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=17;PP=967;SC=GTGGGCTGACATCAGGTGAGG;SOR=1.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=61;WE=117846458;WS=117846440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	117846580	rs1061494	T	C	7083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=138;NR=97;PP=2965;SC=CTCCAGCTCCTGGATGATGGT;SOR=1.027;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=237;TCF=138;TCR=99;TR=235;WE=117846588;WS=117846570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr9	117848112	rs1617917	A	T	6265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr9	117848394	rs1757095	T	C	12636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=229;NR=213;PP=2965;SC=ACAGCGACCCTGGCCATGGCA;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=442;TCF=229;TCR=213;TR=442;WE=117848402;WS=117848384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr9	117849314	rs2992147	T	C	13771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=219;NR=232;PP=2965;SC=AGACTCCATTTACGCACTTGC;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=452;TCF=220;TCR=232;TR=451;WE=117849322;WS=117849304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr9	117853022	rs944510	C	T	12269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=244;NR=188;PP=2965;SC=TTTCCCCATCCACTGTGTGCT;SOR=0.892;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=435;TCF=246;TCR=189;TR=432;WE=117853030;WS=117853012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr9	118163563	rs2269700	C	T	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=65;PP=2008;SC=GTATCTCTTGCCAGGCCCAAG;SOR=1.027;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=54;TCR=65;TR=119;WE=118163571;WS=118163553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	118969686	rs11268296	T	TTATTTAAATAG	670.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=2900;SC=AGAGGGCCTGTTATCTTTTTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=118969694;WS=118969676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	119106881	rs7020782	C	A	6473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr9	119125082	rs3747828	G	A	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=34;PP=902;SC=CAGGGCTAATGCCTGGGTGGG;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=39;WE=119125090;WS=119125072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	119160758	.	TA	T	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.713;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=0.070;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr9	119199485	rs7034542	T	A	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=4;PP=299;SC=ATAATAATAATAAAAAATACC;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=119199493;WS=119199475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	119199820	rs7018569	C	G	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	119204638	rs2302827	G	A	5058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=108;NR=79;PP=2943;SC=GTGTCAGGGTGTGCGTGTGTG;SOR=0.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=108;TCR=79;TR=187;WE=119204646;WS=119204628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr9	119449230	rs11790014	G	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=12;PP=325;SC=TGGAAAAACAGATTCAGTAAG;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=119449238;WS=119449220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	119462112	rs3019	C	T	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=17;PP=520;SC=TCTAGAACTTCAGAAGCTCCA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=119462120;WS=119462102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	119491277	rs72765708	C	T	2916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=36;PP=1526;SC=TCACCTGCTGCGAGGGTGATG;SOR=0.946;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=59;TCR=36;TR=94;WE=119491285;WS=119491267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	119495697	rs7863560	T	C	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=29;PP=1054;SC=GTTGGAGGTCTGGAAGGGGCT;SOR=1.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=70;WE=119495705;WS=119495687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	119738890	rs2274762	T	G	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=367;SC=GAGTCCTCTTTGTGGAGATGC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=119738898;WS=119738880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	119770480	rs3761845	C	T	4646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=65;PP=2536;SC=AAAGCTTGGCCGGGTTTAACC;SOR=0.837;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=88;TCR=65;TR=153;WE=119770488;WS=119770470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr9	119770551	rs7036098	G	A	3791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=63;PP=2070;SC=ATGGGTGAACGGAGAGACAGA;SOR=0.889;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=63;TCR=63;TR=126;WE=119770559;WS=119770541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr9	119903807	rs57782747	A	C	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=29;PP=800;SC=CACCCTCAGCACCTAGAGCAC;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=119903815;WS=119903797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr9	120466929	rs201043381	C	CA	1230.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.356;HP=12;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=34;PP=397;ReadPosRankSum=-0.147;SC=TTTATTTTTGCAAAAAAAAAA;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=4;TCR=48;TR=37;WE=120466937;WS=120466919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,68:0.88:77
chr9	120471058	rs2770148	G	A	3859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=77;PP=2315;SC=TCATTGTCCTGTCATTTCATT;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=51;TCR=77;TR=128;WE=120471066;WS=120471048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr9	122004545	rs3831067	GAGGACAGGGAT	G	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=9;PP=2967;SC=TTTCATGTGAGAGGACAGGGA;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=122004563;WS=122004535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	123151679	rs4836820	A	G	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=31;NR=35;PP=1034;SC=TGCTTTCAAAAACATAGTTTG;SOR=1.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=66;WE=123151687;WS=123151669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	123152099	rs2297457	C	G	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	123152241	rs2297456	A	C	304.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=175;SC=ACCCATCACAAACCCCAGGGC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=123152249;WS=123152231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	123156761	rs4410972	G	C	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	123163042	.	T	C	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=18;PP=693;SC=AAGGGGGCACTGGCCATCCTC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=123163050;WS=123163032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	123170733	rs4837768	C	G	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=31;PP=1098;SC=CTCAACTTCACCTCCTCCTGC;SOR=0.887;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=65;WE=123170741;WS=123170723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	123280950	rs2095064	T	C	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=21;PP=526;SC=AGAAGCAAGATGAGCTAATTT;SOR=1.007;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=41;WE=123280958;WS=123280940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	123291036	rs4836822	C	G	2978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr9	123313246	rs954214	T	C	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=27;PP=807;SC=AGATAGTACATACATTAGTCG;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=33;WE=123313254;WS=123313236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	123330813	rs4837782	T	C	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=31;PP=892;SC=GATTTACTGATTTTGCTCCAG;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=123330821;WS=123330803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	123342259	rs932975	C	A	4955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=57;NR=99;PP=2882;SC=TCCATCATGGCTACAGAGGTG;SOR=1.506;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=57;TCR=99;TR=156;WE=123342267;WS=123342249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr9	123342275	rs932974	A	G	3835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=79;PP=2357;SC=AGGTGGCGACAGCGTTGGTGT;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=39;TCR=79;TR=118;WE=123342283;WS=123342265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr9	123370345	rs991121	C	G	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=35;PP=1043;SC=ATTAAAAATGCAAAACAACTA;SOR=2.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=50;WE=123370353;WS=123370335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	123374639	rs2416760	T	C	2571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.07;SOR=1.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	123476542	rs369989873	ACGGCGG	A	7802.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=69;PP=2992;SC=GGCTGAGGCGACGGCGGCGGC;SOR=0.938;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=115;TCF=26;TCR=89;TR=88;WE=123476555;WS=123476532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr9	123550027	rs7026635	G	A	5541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=1.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr9	123550141	rs13295390	T	C	12857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
chr9	123583192	rs1060817	A	G	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.21;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	123586581	rs35903891	CA	C	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=6.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-2.133;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr9	123586737	rs10760117	T	G	10586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=195;NR=174;PP=2965;SC=TGTCAAAGATTAAGATATCCC;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=370;TCF=196;TCR=174;TR=369;WE=123586745;WS=123586727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr9	123631642	rs3753029	G	C	6116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=104;PP=2965;SC=TCAACCACCAGGTCCGGGTGG;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=112;TCR=104;TR=216;WE=123631650;WS=123631632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr9	123632045	rs1056567	A	G	3050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=58;NR=32;PP=1513;SC=TGGAGCTCAGACTCTGTGATG;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=90;WE=123632053;WS=123632035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	123632829	rs4836833	G	C	6685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=110;PP=2965;SC=GAAAGAGAGGGCCTCGAGGGT;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=114;TCR=110;TR=224;WE=123632837;WS=123632819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr9	123636121	rs10985070	C	A	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=3;PP=308;SC=ATCATCATCACAGGTGGGCTT;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=123636129;WS=123636111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	123670505	rs7866003	A	T	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=128;SC=TATCTAAAAAATTTTTTAACT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=123670513;WS=123670495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	123671520	rs2239657	G	A	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr9	123676482	rs2416805	T	C	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=38;PP=1427;SC=CCATAGTGGATAGATCTCCTT;SOR=0.955;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=70;WE=123676490;WS=123676472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	123676699	rs758959	C	T	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=169;SC=ACTTTGCACACTGCTGTTCCC;SOR=1.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=123676707;WS=123676689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	123751800	rs3764912	A	G	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=4;PP=579;SC=TAAAAATATTAGTTTAGAATC;SOR=2.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=26;WE=123751808;WS=123751790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	123758425	rs10760134	T	C	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=9;PP=490;SC=TTTTAGACAATTCACTTTCTG;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=123758433;WS=123758415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	123760086	rs34704763	AT	A	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=2.757;HP=12;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=100;ReadPosRankSum=-0.743;SC=ATCAAAATACATTTTTTTTTT;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=9;WE=123760094;WS=123760076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr9	123762321	rs10733649	G	A	163.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.05;QD=23.40;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	123769200	rs17611	C	T	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	123780005	rs25681	G	A	7376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr9	123787697	rs140753263	T	TACACACAC,TACACAC	282.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;NF=2,2;NR=4,4;PP=97,37;SC=AAAGAAAGTATACACACACAC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6,6;WE=123787705;WS=123787687;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:8
chr9	123789634	rs2416811	C	T	138.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=108;SC=TTTGAAATTACGTAAAGCACT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=123789642;WS=123789624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	123800094	rs10818499	T	A	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=217;SC=AGGACAGGGTTATGAAATGAG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=123800102;WS=123800084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	123850770	rs10818503	G	A	7852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=131;NR=150;PP=2965;SC=GTGTGAGCAAGTTGAGATTGC;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=281;TCF=131;TCR=150;TR=281;WE=123850778;WS=123850760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr9	123857085	rs10760146	C	T	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=162;SC=ATCAAACAGACCCTGATGCAC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=123857093;WS=123857078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	123860689	rs10818504	C	T	5176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=66;PP=2965;SC=AAGTTGAAACCGCTTCAAGAT;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=111;TCR=66;TR=177;WE=123860697;WS=123860679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr9	123888242	rs10760150	G	T	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=32;PP=933;SC=CCTATTTTCCGTAGCTTCATA;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=123888250;WS=123888232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	123908345	rs7023214	G	A	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=8;PP=1165;SC=AAGGAAGTAAGTGATTTCATA;SOR=3.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=48;WE=123908353;WS=123908335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	123917020	rs3736855	T	A	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=7;PP=374;SC=ATGGAAATGTTGAGAGTCTTA;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=123917028;WS=123917010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	123917355	rs10818512	A	G	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=25;PP=632;SC=GTGAGAATTTATGCAAGTCAT;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=123917363;WS=123917345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	123922729	.	A	ATGT	79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=79;QD=57.0;SC=AAGGAATATGATATTTTCTGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=123922737;WS=123922719;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	123923411	rs139754979	A	AGT	2815.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.623;NF=8;NR=19;PP=1345;ReadPosRankSum=-0.524;SC=AATGTGTGAGAGTGTGTGTGT;SOR=1.108;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=27;WE=123923419;WS=123923401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,78:0.98:80
chr9	123924667	rs10586591	CAT	C	1530.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=21;PP=1070;SC=AACTTGGTATCATAATACATT;SOR=1.483;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=22;WE=123924676;WS=123924657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	123927477	rs4836841	T	A	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=72;PP=2089;SC=ATGAGCATGGTGTTTCTTTCT;SOR=1.928;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=32;TCR=72;TR=104;WE=123927485;WS=123927467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr9	123928486	rs2273988	T	C	1776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=23;PP=1029;SC=AATATTCTAGTAGTATACTGA;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=54;WE=123928494;WS=123928476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	123928569	rs1535655	G	A	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=22;PP=650;SC=AGCAGATACCGTAGGGCCATT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=123928577;WS=123928559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	123929710	rs10818513	A	G	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.77;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	123937601	rs3789310	T	C	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	123939336	rs3838267	T	TA	809.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=4;PP=756;SC=TCCAAAGAGGTACTCAAATAT;SOR=2.030;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=17;WE=123939344;WS=123939326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	123943884	rs2296078	C	T	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=51;PP=1456;SC=ATTGGAGAACCACAGTTTTCT;SOR=1.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=84;WE=123943892;WS=123943874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	123945505	rs3215744	C	CA	1585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.648;NF=14;NR=22;PP=590;ReadPosRankSum=-1.486;SC=AAAAAAAATGCAAAAAAAAAC;SOR=0.761;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=36;WE=123945513;WS=123945482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,77:0.90:86
chr9	123955756	rs10818516	G	A	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.11;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	123955765	rs6478504	A	C	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.43;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	124043867	rs10985200	C	T	8697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=154;NR=152;PP=2965;SC=AGACACCTGTCGTCCTCTTAA;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=306;TCF=154;TCR=152;TR=306;WE=124043875;WS=124043857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr9	124073176	rs306785	T	C	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=354;SC=CCTGGTCTGATCAGGGACTTG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=124073184;WS=124073166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	124088768	rs306769	T	C	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=11;PP=669;SC=GTCCCTGACTTGCTCTCCTGT;SOR=1.514;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=124088776;WS=124088758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	124089173	rs216784	C	T	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=22;PP=641;SC=ACACTTTGCACAGTGGACAGC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=124089181;WS=124089163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	124091135	rs306771	G	A	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=13;PP=1144;SC=GGGTGATGGCGTCCCTTGGCA;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=59;WE=124091143;WS=124091125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	124218133	rs3747845	C	T	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	124222267	rs2289068	A	G	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=9;PP=1926;SC=CTAATATGCTAAGGCTCTTTC;SOR=3.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=64;TCR=9;TR=73;WE=124222275;WS=124222264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	124223702	rs1023731	C	A	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=5;PP=113;SC=AAATAAAAAACCTTAAAATGC;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=124223710;WS=124223692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	124229981	rs10818542	A	G	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.61;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	124241314	rs871671	A	G	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=5;PP=421;SC=GTGAGGTCCTACCAGGGGAGC;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=124241322;WS=124241304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	124241369	rs871670	T	G	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=13;PP=1016;SC=CCGGCATCCTTCTTCCAGGTC;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=52;WE=124241377;WS=124241359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	124241603	rs871672	G	C	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=23;PP=747;SC=GAAGGTGCTGGTTTCAACTCC;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=124241611;WS=124241593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	124622502	rs4381015	C	A	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=3;PP=528;SC=ATGTCTAGATCTGATGGCATC;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=124622510;WS=124622496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	124632735	rs4384052	C	T	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=10;PP=828;SC=TGGACTCCACCCAGCCCAAAG;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=124632743;WS=124632725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	124633096	rs4370602	G	A	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=72;PP=1960;SC=GAGATTTACAGCCTCCTCGGG;SOR=1.589;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=40;TCR=72;TR=112;WE=124633104;WS=124633086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	124736218	rs35609526	C	T	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=16;PP=854;SC=CAAGAACTTACCTGCTTAGGA;SOR=1.436;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=46;WE=124736226;WS=124736208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	124854880	rs10818624	C	T	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=129;SC=CCTCGCCCGCCGACCTGACCT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=124854888;WS=124854870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	124855211	rs61742319	C	T	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.09;QD=26.24;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	124855330	rs201653732	G	GTGGCCT	4692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=31;PP=2965;SC=CGTCTCCGCTGTGGCCTCGGC;SOR=0.827;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=47;WE=124855338;WS=124855320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	124906723	rs3818638	T	C	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.36;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	124910582	rs3793616	C	A	4982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr9	124914613	rs4679	C	T	5829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr9	124929006	rs2274747	G	C	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=394;SC=TGATCCTCCAGCTGTCACACA;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=124929014;WS=124928996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	124929211	rs1411444	A	G	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=24;PP=722;SC=AGCTGGGGGGACGGATGCTGT;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=124929219;WS=124929201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	124976475	rs62574050	C	G	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=18;PP=876;SC=CCGGGTCCGGCCCGAGGGGCG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=33;WE=124976483;WS=124976465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	124990773	rs113188211	C	CG	1437.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=22;PP=483;SC=CGACCCCCCCCCCCCGCTCGC;SOR=1.788;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=27;WE=124990781;WS=124990763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	125133479	rs1236913	T	C	8785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr9	125133507	rs3842787	C	T	7537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr9	125144145	rs1238420	A	G	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=318;SC=GGGAGTGGGAAGCTTGTGCCA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=125144153;WS=125144135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	125273917	rs200319589	G	A	4125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=71;NR=65;PP=2220;SC=TCATGTACACGGTGGTCACAC;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=71;TCR=66;TR=136;WE=125273925;WS=125273907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr9	125289083	rs16911867	A	G	10306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=180;NR=167;PP=2965;SC=CAGAAGGACAACCGAGCCATG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=349;TCF=181;TCR=168;TR=347;WE=125289091;WS=125289073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr9	125315376	rs11412445	C	CT	1861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=2.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	125315393	rs12684786	G	A	2795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=31;PP=1771;SC=TCCCAGCACAGTTCTGGCCAC;SOR=1.563;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=60;TCR=31;TR=91;WE=125315401;WS=125315383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	125315557	rs1831370	T	C	6341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=95;PP=2965;SC=ACTCTCTGAGTGGCCAGAGGA;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=121;TCR=95;TR=216;WE=125315565;WS=125315547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr9	125315778	rs1411271	G	C	11020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=176;NR=190;PP=2965;SC=AGATCATCTCGTATTCTGGGT;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=366;TCF=176;TCR=190;TR=366;WE=125315786;WS=125315768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr9	125316033	rs1341042	T	C	8489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr9	125316042	rs1341043	T	C	9039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.44;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
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chr9	125391677	rs12347681	T	C	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=39;PP=1229;SC=GCAGCACCAGTGTCACATTCC;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=86;WE=125391685;WS=125391667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	125391917	rs1329951	A	G	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=200;SC=TTACGTTACTAAAGATCGTTA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=125391925;WS=125391907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	125438390	.	GGTGT	G	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.4989;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=20;ReadPosRankSum=0.698;SC=CTGATTACAAGGTGTGTGTGT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=2;WE=125438401;WS=125438380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,3:0.18:17
chr9	125486968	rs2215530	G	A	6088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=104;PP=2965;SC=CTCTGCAGCCGGGAAGTGGAA;SOR=0.969;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=195;TCF=91;TCR=104;TR=194;WE=125486976;WS=125486958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr9	125512193	rs10760252	C	A	11416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=-0.298;NF=207;NR=217;PP=2965;ReadPosRankSum=0.502;SC=TTCCAACCCTCAGCTGCAGAA;SOR=0.116;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=429;TCF=207;TCR=222;TR=424;WE=125512201;WS=125512183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,447:1.00:449
chr9	125512575	rs4838012	G	A	14988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.851;NF=263;NR=300;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.530;SC=TTGGGTTCTTGCAGCATCTCC;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=565;TCF=264;TCR=301;TR=563;WE=125512583;WS=125512565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,576:1.00:578
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chr9	125512826	rs28670025	G	A	3070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=56;PP=2073;SC=CTCTGCAGCCGGGAAGTGGAA;SOR=0.825;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=107;WE=125512834;WS=125512816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr9	125617395	.	TAA	T	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=2.242;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
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chr9	125637471	rs2596699	A	T	4655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=52;PP=2872;SC=TTCTCTAGGCACTTCAAGTGG;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=103;TCR=52;TR=155;WE=125637479;WS=125637461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
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chr9	125655308	.	TA	T	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.344;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,32:0.40:81
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chr9	125747038	rs614274	G	T	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=55;PP=1820;SC=GAAGGTTATTGTTTTTAATAT;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=106;WE=125747046;WS=125747025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr9	125759861	rs138316961	TTTTC	T	1672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.05;QD=42.89;SOR=1.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr9	125761051	rs605546	G	A	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=34;PP=927;SC=AACAGGTACTGTATTTTTCTA;SOR=1.263;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=59;WE=125761059;WS=125761041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	125797918	rs61634863	CGTGTGTGTGTGT	C	467.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=5;PP=130;SC=ACGGGGTTCCCGTGTGTGTGT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=5;WE=125797939;WS=125797908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	125832879	rs803733	T	C	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=438;SC=GGAGGAGATATATGATGAGAA;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=125832887;WS=125832869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	125860111	.	A	T	3549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=59;PP=1794;SC=CGGCTGGAAGAAGAGTCTGCT;SOR=0.953;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=58;TCR=59;TR=117;WE=125860119;WS=125860101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	125861695	rs700080	T	C	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=2;PP=203;SC=GCTTCCACTATGGAATTTATG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=125861703;WS=125861685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	125861888	rs700081	A	G	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=14;PP=406;SC=TGGCTGTATAAACAGGTTTTG;SOR=1.255;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=24;WE=125861896;WS=125861878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	125884719	rs66492320	TA	T	83.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=9.32;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr9	125898643	rs72753292	T	C	4494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=69;PP=2324;SC=AAGGCTGGCTTGTGTCTGGGT;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=83;TCR=69;TR=152;WE=125898651;WS=125898633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr9	125920376	rs803736	G	A	3684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=64;PP=2038;SC=TGTAAATCTGGCCAAAGGCTG;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=64;TCR=64;TR=128;WE=125920384;WS=125920366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr9	125922854	rs11437080	C	CA	611.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=21;PP=639;SC=ATCAGGCAAACAAAAAAATCA;SOR=3.098;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=22;WE=125922862;WS=125922844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	125932152	rs147443012	C	CAT	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=3.142;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,19:0.16:118
chr9	126028395	rs7863265	C	G	2988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=29;PP=1928;SC=CTGGTCTCTTCCAGTTTCACA;SOR=1.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=69;TCR=29;TR=98;WE=126028403;WS=126028385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	126118517	rs72433015	AGCAGAGC	A	3384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=30;PP=2712;SC=ACAGCAGCCGAGCAGAGCGCA;SOR=0.746;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=42;WE=126118531;WS=126118507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	126125318	rs2808415	C	A	7460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=9.344;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.21;ReadPosRankSum=-0.987;SOR=0.176;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,293:0.99:296
chr9	126128211	rs1105223	T	C	3431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=52;PP=1586;SC=ACCTGCGAGATGGAGGTGGAC;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=110;WE=126128219;WS=126128201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr9	126128253	rs1105222	G	C	3454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=44;PP=1819;SC=CTGCACGGGGGCTCGTGCCTG;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=58;TCR=44;TR=102;WE=126128261;WS=126128243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr9	126128679	rs11790447	G	C	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=22;PP=728;SC=CTGGCGGGGGGAGGGGTAGGT;SOR=0.960;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=48;WE=126128687;WS=126128669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	126129351	rs10760281	G	A	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=58;NR=28;PP=1514;SC=GGCTTATTCCGAGCTGCGGTC;SOR=1.255;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=86;WE=126129359;WS=126129341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	126129904	rs10818812	C	T	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	126131110	rs2488603	T	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	126131161	rs10760282	G	A	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=33;NR=14;PP=731;SC=CAACCTGTCTGGAGGGCATGG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=126131169;WS=126131151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	126133547	rs2488602	T	C	7928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=138;PP=2965;SC=CGGGCTGAGGTGCCGGGCAGT;SOR=0.857;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=270;TCF=132;TCR=138;TR=270;WE=126133555;WS=126133537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr9	126134542	rs61740213	G	A	10758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=169;NR=203;PP=2965;SC=CGGGGCCTACGTGTGCCCAGC;SOR=0.940;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=373;TCF=169;TCR=204;TR=372;WE=126134550;WS=126134532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr9	126135715	rs2488601	A	G	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	126139065	rs10760283	G	A	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=6;PP=363;SC=TGAGGGCCCCGGCGTCCTCCC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=126139073;WS=126139062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	126144746	rs2491348	T	C	3901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.29;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
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chr9	126145907	rs2797946	C	A	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=23;PP=1751;SC=GGCCCCCGGCCGATACCCTCC;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=67;TCR=23;TR=90;WE=126145915;WS=126145897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
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chr9	126220283	rs71390436	C	CT	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.000;QD=11.16;ReadPosRankSum=-2.368;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr9	126794642	rs143803976	C	CG	2020.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=14;PP=1471;SC=GTGAAGCAGTCGGGGGGATGC;SOR=1.875;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=44;WE=126794650;WS=126794632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr9	127075021	rs2274780	T	C	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=14;PP=447;SC=CTCTCCCCTCTTCTGTGAACG;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=127075029;WS=127075011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	127083725	rs10760352	C	T	7868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr9	127089775	rs748741	A	G	5133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=97;PP=2891;ReadPosRankSum=-0.872;SC=CCTGGTGACCATGCAGGGAGA;SOR=1.132;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=78;TCR=98;TR=174;WE=127089783;WS=127089765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,194:0.99:196
chr9	127101924	rs10760354	C	T	11275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=202;NR=200;PP=2965;SC=CATCTGGTCCCTGGGCTGTCT;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=402;TCF=202;TCR=200;TR=402;WE=127101932;WS=127101914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr9	127116102	rs10818946	T	G	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=14;PP=348;SC=GACTGGAATCTTGGCTCTCCC;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=127116110;WS=127116092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	127177161	rs4574	A	G	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=26;PP=1260;SC=AGTTTTCCGGACCTTTGGAAG;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=70;WE=127177169;WS=127177151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	127215167	rs59108500	C	T	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=7;PP=174;SC=GACTCTTGGGCAGGGGAACTC;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=11;WE=127215175;WS=127215157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	127215344	rs7861556	A	G	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	127215772	rs72616654	C	G	3942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.81;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	127215778	rs67997410	C	T	3998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.46;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	127220952	rs12347840	T	C	9000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=171;NR=131;PP=2965;SC=GGGACGTCACTGGAGAGGTCA;SOR=0.864;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=303;TCF=171;TCR=132;TR=302;WE=127220960;WS=127220942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr9	127228596	rs4838184	A	G	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.59;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	127228824	rs4838185	T	C	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=18;PP=417;SC=CAGGGCTGCATGCAGTAGTTC;SOR=3.160;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=127228832;WS=127228814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	127245412	rs7037254	C	T	2726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=70;PP=2058;SC=ATTGCTGCCACCAACCATGCA;SOR=2.204;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=25;TCR=70;TR=94;WE=127245420;WS=127245402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	127572710	rs7020260	C	G	4883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=113;PP=2965;SC=CTGTGCTCCCCGGAGAGGGGC;SOR=1.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=51;TCR=113;TR=164;WE=127572718;WS=127572700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr9	127615705	rs10986467	A	G	233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.38;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	127615976	rs3814132	G	A	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=34;PP=1105;SC=TCTGGGCAGTGGCTCAGGACA;SOR=1.117;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=61;WE=127615984;WS=127615966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	127615995	rs3814131	A	G	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=30;PP=871;SC=CATTGAGTCCAGAGTAGACTT;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=50;WE=127616003;WS=127615985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	127616323	rs10760380	G	C	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=1;PP=1265;SC=TACGGGACTCGAGAGAGGGCC;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=46;TCR=1;TR=47;WE=127616331;WS=127616321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	127616537	rs12375547	A	G	9703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=159;NR=170;PP=2965;SC=CAGGCTCAGAAGATGGCTGCG;SOR=0.847;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=329;TCF=159;TCR=170;TR=329;WE=127616545;WS=127616527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr9	127618776	rs2274970	A	G	5138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=76;PP=2918;SC=TCCACCGTACACATCTGGGAC;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=95;TCR=78;TR=171;WE=127618784;WS=127618766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr9	127618839	rs10760381	C	G	6675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=93;PP=2965;SC=GGACACAGTGCCAACATCAGC;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=123;TCR=94;TR=216;WE=127618847;WS=127618829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr9	127619625	rs35041146	G	GC	2814.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=25;PP=1533;SC=TTCCTGACATGCCCCCCTCCT;SOR=1.230;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=46;WE=127619633;WS=127619615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	127619922	rs944952	T	C	4144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.82;SOR=1.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr9	127620480	rs10593927	CAT	C	1541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.87;NF=15;NR=12;PP=1201;SC=GCAGGCCACACATGTCACTAA;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=27;WE=127620489;WS=127620470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	127623742	rs148475910	G	A	3150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=36;PP=2037;SC=CTTTGGCGACGCGCAGCTGGG;SOR=1.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=71;TCR=36;TR=107;WE=127623750;WS=127623732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	127637215	rs581558	T	G	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=320;SC=GGCGGTGCCTTCGCAGCTCTG;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=127637223;WS=127637205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	127643456	rs687434	T	C	6959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr9	127644882	rs596231	G	A	11567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=204;NR=213;PP=2965;SC=AAAGCCAATCGTTAGATGCAT;SOR=0.810;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=418;TCF=204;TCR=214;TR=417;WE=127644890;WS=127644872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr9	127652621	rs622280	G	A	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=5;PP=801;SC=CCTGCTGCCTGTGGGACTGCA;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=127652629;WS=127652611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	127661521	rs750884	T	C	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.47;SOR=1.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	127661526	rs750883	A	C	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.41;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	127661645	rs634710	G	A	5457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=77;PP=2965;SC=AGCTGCCCGCGTTCTCTCCAG;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=106;TCR=78;TR=183;WE=127661653;WS=127661635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr9	127674200	rs583134	A	C	6829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=138;NR=103;PP=2965;SC=AGTTCTTGCAAGTGTTCTTCT;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=139;TCR=103;TR=241;WE=127674208;WS=127674190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr9	127765856	.	G	GA	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.42;ReadPosRankSum=-2.080;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,35:0.16:215
chr9	127789027	rs74370948	T	G	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=5;PP=516;SC=TTCCACACAATTTCTACGAAG;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=127789035;WS=127789017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	127975583	rs359588	T	C	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=6;PP=672;SC=ATGACCCTCCTCAAGTGTGCC;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=127975591;WS=127975573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	127982775	rs35811664	CT	C	14541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=155;PP=2966;SC=TCAGAAGCCCCTCTACCTGGA;SOR=0.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=231;TCF=74;TCR=157;TR=226;WE=127982783;WS=127982765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr9	128064242	.	CT	C	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
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chr9	128072273	rs568409	G	C	4184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr9	128074807	rs432757	T	C	4047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr9	128097667	rs13288223	A	T	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=10;PP=454;SC=TTTTTTTTTTAAAAATGGGGC;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=25;WE=128097675;WS=128097645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	128116817	rs937482	A	G	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=539;SC=CAGACATGCTACTTTGTAAAA;SOR=3.912;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=21;WE=128116825;WS=128116811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	128121592	rs2270746	A	G	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=18;PP=1238;SC=GCTGTAATCCATATCTAGTCA;SOR=1.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=72;WE=128121600;WS=128121582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	128124798	rs13291306	A	T	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=14;PP=856;SC=TGTCTTTCATAGAAGAACATT;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=48;WE=128124806;WS=128124788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	128201098	rs7864593	A	G	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	128206717	rs907501	C	G	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=21;PP=1488;SC=GGCCATGCCGCAAACAGCCTG;SOR=1.637;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=75;WE=128206725;WS=128206707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	128209535	.	G	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=120;ReadPosRankSum=-0.045;SC=GGAGGAGGAAGAGTCCCAACA;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=10;WE=128209543;WS=128209525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr9	128209870	rs10986761	G	C	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=26;PP=784;SC=CTCGCTAGCAGCCCTGTTTCG;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=128209878;WS=128209860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	128246786	rs2070113	G	A	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=38;PP=1525;SC=ACTTGTAATGGTGGCTGCTAA;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=52;TCR=38;TR=90;WE=128246794;WS=128246776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	128327891	rs545320	A	C	3328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=39;PP=1755;SC=AGAAGCTGATATCTCTGAAAT;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=65;TCR=39;TR=104;WE=128327899;WS=128327881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	128711809	rs13298715	A	G	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=618;SC=TATACTGTGTATATATATATA;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=128711817;WS=128711799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	128724304	rs888230	A	C	4074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=46;PP=2306;SC=ACTTTTTCTCATCTCCCTGCC;SOR=1.201;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=136;TCF=88;TCR=48;TR=134;WE=128724312;WS=128724294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr9	129097817	rs1230752	G	A	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=22;PP=623;SC=CCTTGCTTGCGATTTGCCAGC;SOR=1.552;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=34;WE=129097825;WS=129097807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	129143242	rs917778	A	G	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=470;SC=GGAGATCCCAAGCTGGTGTTA;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=129143250;WS=129143232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	129143315	rs917777	A	G	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	129158002	rs722538	G	A	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=49;PP=1388;SC=GGTGTCTTGCGTTGTCCTGTG;SOR=2.505;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=63;WE=129158010;WS=129157992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	129246177	rs2286886	T	C	4936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=72;PP=2895;SC=GGTGTTACCATTGTCATGCAT;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=94;TCR=72;TR=166;WE=129246185;WS=129246167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr9	129265271	rs28562924	A	G	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=2;PP=886;SC=CACACACGCCACATGCACAGT;SOR=4.758;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=40;TCR=2;TR=42;WE=129265279;WS=129265264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	129265334	rs28641758	C	T	4041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=28;PP=2853;SC=CCAGCTGCGCCATGTCAAGAT;SOR=2.320;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=106;TCR=28;TR=133;WE=129265342;WS=129265324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr9	129265397	rs45520335	G	A	10854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr9	129453229	rs2277158	A	G	9227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=162;NR=149;PP=2965;SC=GCGTGTGTGAACGGCAGCTAC;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=312;TCF=162;TCR=150;TR=311;WE=129453237;WS=129453219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr9	129455587	rs13295990	G	C	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=25;NR=25;PP=861;SC=AGGTCTCGTCGAAGCCTTGCC;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=50;WE=129455595;WS=129455577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	129595895	rs3118994	T	C	4567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=72;PP=2409;SC=TCTCAGCCACTGACAAGCTGT;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=158;TCF=86;TCR=72;TR=158;WE=129595903;WS=129595885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr9	129728336	rs480796	G	A	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=22;PP=591;SC=TATATGCCCAGCAAGAGGGGA;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=129728344;WS=129728326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	129740101	rs10819259	G	T	6115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=97;PP=2965;SC=CTGTTAGAGTGTCTCAGTTTC;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=101;TCR=97;TR=198;WE=129740109;WS=129740091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr9	129831455	rs3832609	AC	A	1774.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=5;PP=1235;SC=ACAGTTATCCACTCTTTAGCT;SOR=2.687;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=28;WE=129831463;WS=129831445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	129831659	rs1281158	T	A	5258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=81;NR=97;PP=2920;SC=TTGGCTTATTTTTTTTTAAGA;SOR=1.007;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=81;TCR=98;TR=178;WE=129831667;WS=129831649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr9	129854199	rs2297866	G	A	3425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=60;PP=1888;SC=AGTATTCGCCGTCAATGTTCC;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=52;TCR=60;TR=112;WE=129854207;WS=129854189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	129928600	rs946430	A	C	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=301;SC=ATTTTAATATATCGAGCATCA;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=129928608;WS=129928590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	129930892	rs2297865	A	G	3600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=36;PP=1987;SC=TGATTTCTATACTTCTCATCT;SOR=1.294;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=76;TCR=36;TR=112;WE=129930900;WS=129930882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr9	129940379	rs3739556	T	C	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=39;PP=1076;SC=GTGTTACCAATCCCAGGGATG;SOR=4.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=42;WE=129940387;WS=129940369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	130080231	rs56067901	G	A	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	130082872	rs3739558	A	C	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=17;PP=945;SC=GTTCATTGATAACTCATTTGT;SOR=1.201;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=130082880;WS=130082862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	130083140	rs3739557	T	G	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=10;PP=314;SC=ATAATCCTTATCCTGGGATGC;SOR=1.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=130083148;WS=130083130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	130087508	rs62578844	C	T	3857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=71;PP=2084;SC=ACACATTGCGCGGAAAGAACT;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=119;WE=130087516;WS=130087498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr9	130127691	rs34477788	C	CT	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.28;ReadPosRankSum=-0.245;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,20:0.16:127
chr9	130166382	rs10819287	C	G	5173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr9	130243534	rs371152397	AT	A	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=-0.433;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,26:0.34:77
chr9	130269786	rs2245051	A	G	2955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=62;PP=1834;SC=CTGCTCAAAGAAGACCCGTCT;SOR=1.462;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=39;TCR=62;TR=101;WE=130269794;WS=130269776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	130287287	rs3765602	C	A	3833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=46;PP=2067;SC=CCCTGGCCAGCTCCAGATGCC;SOR=1.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=78;TCR=46;TR=124;WE=130287295;WS=130287277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr9	130331257	rs151147273	CCCGCTCCCG	C	803.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;QD=40.19;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	130341095	rs4240419	C	T	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=13;PP=981;SC=ATGATCATTCCGCTGCACTCC;SOR=1.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=51;WE=130341103;WS=130341085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	130341253	rs4240420	A	G	4194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	130422301	rs199827018	A	G	6081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=94;PP=2965;SC=TTTCCCCCCCATCCACAGTCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=112;TCR=94;TR=206;WE=130422309;WS=130422291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr9	130446493	rs4836575	A	G	452.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=242;ReadPosRankSum=-0.193;SC=ATGTGTGTTCATGCGCGCTTG;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=15;WE=130446510;WS=130446483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr9	130457332	rs138071672	T	TTGA	3153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.21;MQRankSum=1.865;QD=32.18;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=0.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,90:0.92:98
chr9	130475011	rs522328	T	C	7926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=151;NR=129;PP=2965;SC=AAGAGGACAGTGACGTTGACG;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=281;TCF=151;TCR=130;TR=280;WE=130475019;WS=130475001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr9	130475442	rs497632	A	C	8485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.650;SC=CTGCTGTCATATATCACCCGT;SOR=0.411;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=286;TCF=124;TCR=162;TR=284;WE=130475450;WS=130475432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,311:1.00:312
chr9	130477160	rs550045	G	A	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=33;PP=1072;SC=AGGTGAACCCGCGGATCTGTC;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=51;WE=130477168;WS=130477150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	130477768	rs504434	G	A	10503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.14;ReadPosRankSum=1.304;SOR=0.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,386:1.00:387
chr9	130485618	rs537881	G	A	11404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr9	130486384	rs836333	C	T	946.03	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.482;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=489;ReadPosRankSum=0.300;SC=CCGTCTCCCACGCCCCCCCCG;SOR=2.073;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=25;WE=130486393;WS=130486374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,38:0.90:42
chr9	130486385	rs35761147	G	GC	1718.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=6;PP=416;SC=CGTCTCCCACGCCCCCCCCGA;SOR=2.073;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=19;WE=130486393;WS=130486374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	130486915	rs2256139	T	C	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=19;PP=989;SC=GGACGGAGACTGCGGCGGGGG;SOR=1.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=50;WE=130486923;WS=130486905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	130488494	rs538927	C	T	4147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=90;NR=54;PP=2381;SC=CTCATAGCAGCTTGGGACCCA;SOR=0.955;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=91;TCR=54;TR=144;WE=130488502;WS=130488484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	130489189	rs578997	C	T	5720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=122;NR=80;PP=2965;SC=AGGGCAGCATCGTGCTGTCTG;SOR=1.008;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=122;TCR=80;TR=202;WE=130489197;WS=130489179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr9	130489558	rs472144	A	G	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=18;PP=852;SC=GGATGCTTAAACGGCACGAGT;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=51;WE=130489566;WS=130489548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	130489743	rs13298768	A	G	3266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr9	130491726	rs555022	T	C	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=6;PP=618;SC=CCCACCCCACTCTAACCTGGC;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=130491734;WS=130491716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	130491998	rs557630	A	G	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=31;PP=888;SC=GCAGCAGGGTAGTCAAAGCTC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=130492006;WS=130491988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	130492039	rs557749	G	A	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=19;PP=477;SC=CTAGGTGTGCGTTCGGCCCCG;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=130492047;WS=130492029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	130493513	rs482095	A	G	5112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=91;PP=2965;SC=GCCTCAGCAAAACTGAGTATG;SOR=0.986;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=78;TCR=92;TR=168;WE=130493521;WS=130493503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr9	130493724	rs505268	C	T	4330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr9	130494667	rs534652	G	A	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=24;PP=853;SC=TCCCTCAGCCGCCTTCTGGGT;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=130494675;WS=130494657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	130494811	rs515182	T	C	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=19;PP=1280;SC=GGGGTGAAGCTGCCCGGGAGG;SOR=1.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=66;WE=130494819;WS=130494801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	130494957	rs538066	T	C	9475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=178;NR=153;PP=2965;SC=TTGATCTGCTTGCCACCCGTG;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=332;TCF=178;TCR=154;TR=331;WE=130494965;WS=130494947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr9	130495633	rs564754	C	G	5051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=81;PP=2731;SC=AGTGGCCCCCCCACTGTGCCC;SOR=0.837;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=88;TCR=81;TR=169;WE=130495641;WS=130495623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr9	130495890	rs3739812	A	C	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=261;SC=CTCCCCCAACACCAGACCTCT;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=130495898;WS=130495880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	130496415	rs482712	G	A	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=0;PP=338;SC=TCCCTGCCAGGTAGAATGACA;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=130496423;WS=130496410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	130504070	rs514024	G	A	4819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=90;NR=71;PP=2945;SC=TCAGTACCTGGGCCATGTCCA;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=90;TCR=71;TR=161;WE=130504078;WS=130504060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr9	130524817	rs3962613	C	T	6359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.56;SOR=1.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr9	130571225	.	AT	A	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=1.189;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr9	130586791	rs72324791	CT	C	30.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=6.18;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	130630233	rs4226	G	T	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.45;SOR=2.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	130630639	rs913986	A	G	3139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr9	130634944	rs743537	T	C	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.62;SOR=1.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	130635540	rs2767398	A	G	3672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=45;PP=2555;SC=GTCAGGGAAGAGAGGGTGCTC;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=76;TCR=45;TR=121;WE=130635548;WS=130635530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr9	130648680	rs913983	G	A	6701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr9	130649111	rs4837202	G	A	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=42;PP=1188;SC=GGTGAGCGCTGGCAGGGTCCT;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=130649119;WS=130649101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	130657020	rs5900777	GC	G	1571.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=27;PP=1042;SC=CAGGCTCAGCGCCCCCACCTC;SOR=1.656;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=29;WE=130657028;WS=130657010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	130670652	rs1043012	A	G	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=7;PP=980;ReadPosRankSum=1.174;SC=CGGCATGGCGACTGGCAGGAC;SOR=1.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=41;WE=130670660;WS=130670642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr9	130670903	rs10760511	C	A	2194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.979;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=51;PP=1503;ReadPosRankSum=0.515;SC=AGAACCCACTCGCCTCCGGCC;SOR=0.951;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=86;WE=130670911;WS=130670893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr9	130672106	rs7026378	A	G	4013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=32;PP=2696;SC=TATCTGTGCTATGGTCACCCA;SOR=2.053;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=93;TCR=32;TR=125;WE=130672114;WS=130672096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	130672221	rs10739700	C	T	12641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=238;NR=212;PP=2965;SC=CCGGCCTGGCCGGTCTGACCT;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=450;TCF=238;TCR=212;TR=450;WE=130672229;WS=130672211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr9	130690412	rs10760515	G	C	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=61;PP=1587;SC=CGGGGCCCAGGGCAGCCTGAT;SOR=1.505;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=98;WE=130690420;WS=130690402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	130698029	rs7997	G	C	3660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=75;NR=43;PP=2041;SC=CACTCTCTTGGTCTTCAGCAT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=75;TCR=43;TR=118;WE=130698051;WS=130698019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr9	130698043	rs6781	A	G	3876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=80;NR=53;PP=1957;SC=TCAGCATCACATAGGAGATGA;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=80;TCR=53;TR=133;WE=130698051;WS=130698019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr9	130699917	rs2274424	G	A	2795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=33;PP=1795;SC=AGATGGTAGAGGGCTGACTAG;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=53;TCR=34;TR=85;WE=130699925;WS=130699907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	130700251	rs6478802	T	C	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=48;PP=1443;SC=CGCCTCCTCTTCTTTGCATAT;SOR=3.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=57;WE=130700259;WS=130700241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	130707081	rs2274426	A	G	9264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=171;NR=150;PP=2965;SC=CATCTGTGAAATCCTGGCTCT;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=322;TCF=171;TCR=151;TR=321;WE=130707089;WS=130707071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr9	130710726	rs4837212	A	G	5753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=110;PP=2965;SC=CTATGCCCTGACCACCCACAG;SOR=1.011;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=85;TCR=110;TR=195;WE=130710734;WS=130710716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr9	130710791	rs4837213	T	C	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=49;PP=1117;SC=CAGAAGGGCTTGGATTCCAAT;SOR=2.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=66;WE=130710799;WS=130710781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	130715922	rs2417062	A	G	10879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=187;NR=199;PP=2965;SC=AGTTGACTGCAGAATCCCAGG;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=386;TCF=187;TCR=199;TR=386;WE=130715930;WS=130715912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr9	130829039	rs1539350	A	G	7376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=152;NR=111;PP=2965;SC=GGCCACCGCCACCACTGCCAC;SOR=0.913;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=152;TCR=111;TR=263;WE=130829047;WS=130829029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr9	130854127	rs10739712	A	G	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=1;PP=414;SC=AGTCGCCATCAGAGGCGTTTG;SOR=3.442;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=130854135;WS=130854117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	130860866	rs947624	T	C	5960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=118;NR=85;PP=2965;SC=TGTGCCTGTATGTGCCGGTCA;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=118;TCR=85;TR=203;WE=130860874;WS=130860856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr9	130861039	rs947623	A	G	4412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=87;PP=2462;SC=GGAGAGGCGCATTCAACCGGT;SOR=1.213;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=65;TCR=87;TR=152;WE=130861047;WS=130861029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr9	130864676	rs7859709	T	C	8074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr9	130868312	rs7864867	G	C	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=38;PP=1409;SC=GGCTCACCACGAGTTCCTTAC;SOR=1.647;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=130868320;WS=130868302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	130868831	rs1418420	T	C	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=22;PP=647;SC=TTTAGAAACCTCCTCCCAGCA;SOR=1.949;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=130868839;WS=130868821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	130869499	rs4837239	A	T	8083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=142;NR=133;PP=2965;SC=GGTCGGGGGGAGCGGACAGAA;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=276;TCF=143;TCR=133;TR=275;WE=130869507;WS=130869482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr9	130883511	rs2040004	C	T	7079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr9	130884753	rs13283456	C	T	15363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=239;NR=299;PP=2965;SC=GTCCTGGAGGCGGTGCCTGGG;SOR=0.986;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=538;TCF=239;TCR=299;TR=538;WE=130884761;WS=130884743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,579:1.00:579
chr9	130886906	rs4837241	A	G	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	130889571	rs4837242	A	G	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=21;PP=1270;SC=TTTTACACAAAAGAATACAGA;SOR=1.355;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=61;WE=130889579;WS=130889561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	130889600	rs4837243	C	T	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=42;PP=1649;SC=AGACTTCAGACCAAGTCACTC;SOR=0.909;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=53;TCR=42;TR=94;WE=130889608;WS=130889590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	130889705	rs4837244	G	A	5525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=100;NR=98;PP=2914;SC=TCCCCGGCCGGGCCAGGCCTT;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=100;TCR=100;TR=198;WE=130889713;WS=130889695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr9	130890449	rs11283643	A	AGGTGCGCGGC	11564.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=53;PP=2900;SC=ACCCGGCACCAGGTGTTGCGG;SOR=1.303;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=111;TCF=52;TCR=59;TR=94;WE=130890457;WS=130890439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr9	130913608	rs12006030	G	C	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=4;PP=179;SC=TGGGTGGCGGGGGGGGTGAAA;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=130913616;WS=130913598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	130914434	rs2232629	A	G	3239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=56;PP=1795;SC=GGTGTCTGCCAGCCACTCACT;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=106;WE=130914442;WS=130914424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr9	130922952	rs1539351	G	C	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=30;PP=1023;SC=CCCCGTGAGAGCTGCAGGTCA;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=130922960;WS=130922942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	130931586	rs10987905	C	A	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=49;PP=1796;SC=TCCAGACCCGCTGTGAGTTTG;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=26;TCR=49;TR=75;WE=130931594;WS=130931576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	130941741	rs11788797	C	G	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=39;PP=1398;SC=CAAAGAGGCCCCAGGGGCTCC;SOR=1.252;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=69;WE=130941749;WS=130941731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	130950396	.	C	CAAA	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=1.393;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr9	130981064	rs3003602	C	T	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=20;PP=695;SC=TGGCCACGCACCTCTGCGTGC;SOR=2.066;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=27;WE=130981072;WS=130981054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	130982416	rs3003606	C	T	9364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.67;SOR=1.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr9	130984430	rs3003608	C	A	3815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=79;NR=43;PP=2144;SC=CCCTTCCTGGCCCTGTGACCA;SOR=1.211;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=79;TCR=43;TR=122;WE=130984438;WS=130984420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr9	130984755	rs3003609	C	T	11897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=204;NR=206;PP=2965;SC=TCCAGCAGTTCGCCGTAGACT;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=410;TCF=204;TCR=206;TR=410;WE=130984763;WS=130984745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr9	130988616	rs3003612	C	T	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=29;PP=909;SC=CACTCATGACCCCTCCAGGCC;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=130988624;WS=130988606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	130994179	rs3003578	C	T	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=2;PP=302;SC=GCTCCAGGGGCTGTGTCCCTG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=130994187;WS=130994169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	131015279	rs2267958	G	A	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=24;PP=963;SC=CTCACAGCATGTGTGTGCACG;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=63;WE=131015287;WS=131015269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	131040842	.	C	CA	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=3.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=2.253;QD=2.41;ReadPosRankSum=-1.986;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,23:0.29:80
chr9	131085373	rs3003601	G	C	7874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr9	131115368	rs111417655	A	G	5660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=92;PP=2965;SC=GAGGCAGAAAACCAGCACCAG;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=99;TCR=92;TR=191;WE=131115376;WS=131115358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr9	131183382	rs62587135	GG	TC	3328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=31;PP=1959;SC=GGCACCGAGTGGGCACCTAAC;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=63;WE=131183391;WS=131183372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	131218213	rs10819384	G	A	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=277;SC=GGCGAGACCCGGCCAGGCCCG;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=131218221;WS=131218203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	131222541	rs6478832	A	G	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=58;PP=1825;SC=CAGCCCTAAGAACCCTGGGGC;SOR=1.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=84;WE=131222549;WS=131222531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	131235321	rs4512487	A	G	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=36;PP=1177;SC=AGCTGAAAACAGTAGGTGGCA;SOR=1.131;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=59;WE=131235329;WS=131235311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	131245175	rs11290748	CT	C	1585.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=4.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.781;QD=11.75;ReadPosRankSum=-0.309;SOR=1.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,113:0.84:135
chr9	131250084	rs372216616	AC	A	4235.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.12;ReadPosRankSum=1.155;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr9	131250086	.	ACAC	A,AAC	3923.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.45;ReadPosRankSum=1.173;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,17,79:0.18,0.81:97
chr9	131255236	rs62584804	C	T	5471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=129;PP=2965;SC=TCCACTCTACCCTGTGCCTCT;SOR=1.491;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=69;TCR=129;TR=198;WE=131255244;WS=131255226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr9	131287352	rs10988014	C	T	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=14;PP=949;SC=AGTATCAATTCGTTGAATGTG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=131287360;WS=131287342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	131300143	rs7048583	G	A	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=9;PP=792;SC=CTGCCCTGTGGCAGGTGCTAG;SOR=2.115;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=131300151;WS=131300133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	131303630	rs10513496	C	A	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=672;SC=TTGGAGGTCCCTTAGTAGATT;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=131303638;WS=131303620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	131331320	rs2152833	C	T	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=14;PP=364;SC=AGAAGTTACCCGAATCCTGCC;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=131331328;WS=131331310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	131337389	rs2297768	C	T	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=8;PP=830;SC=AACATGGCTCCGTCCCTAATG;SOR=1.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=131337397;WS=131337379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	131337661	rs2297769	A	C	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=19;PP=564;SC=TCACAACATTATTATGTTAAC;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=131337669;WS=131337651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	131340306	rs4837280	A	G	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=16;PP=1002;SC=ATTTGAGAACATAGAATTCAG;SOR=1.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=59;WE=131340314;WS=131340296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	131340639	rs1890103	T	C	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=24;PP=714;SC=TCACAGGTGTTTCTCATCATG;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=131340647;WS=131340629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	131344607	rs5900808	GA	G	361.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=359;SC=AAAGTTATGAGAAAAAATGTC;SOR=2.584;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=12;WE=131344615;WS=131344601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	131346218	rs10760566	A	C	5269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr9	131346479	rs4240431	A	G	6119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.96;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr9	131347165	rs4836615	G	A	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.80;SOR=1.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	131347169	rs4837284	C	T	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.55;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	131350112	rs4837286	A	G	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=19;PP=612;SC=CAGAGTTTAAAATAAGATTTA;SOR=1.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=131350120;WS=131350102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	131351322	rs62584843	G	C	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=412;SC=AAATGAGAAGGCTTAGAATTC;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=131351330;WS=131351312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	131360750	rs2227864	C	T	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	131374165	rs7024498	C	G	4026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=97;PP=2866;SC=AGGAAGATGACCACCGTCACT;SOR=2.409;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=28;TCR=97;TR=125;WE=131374173;WS=131374155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	131375701	rs1415568	A	G	3440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=51;PP=1808;SC=GCAAAGACCTAGCTTCTGTGA;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=112;WE=131375709;WS=131375691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr9	131379967	rs2227862	C	T	3699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr9	131380149	rs3750332	C	G	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=21;PP=748;SC=GTTCATGACCCCTCAGTCCAA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=131380157;WS=131380139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	131380994	rs4837290	T	C	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=3;PP=414;SC=GATCTCCTGATCTCGTGATCT;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=19;WE=131381002;WS=131380986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	131388643	rs3737308	C	T	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=22;PP=1509;SC=CTGGCGACTCCGCCAACTCAG;SOR=1.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=77;WE=131388651;WS=131388633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	131389060	rs10694437	C	CAA	1435.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=1078;SC=CACGACAAGACGAGCAGGATG;SOR=1.751;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=131389068;WS=131389050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	131392553	rs7866175	G	A	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	131397479	rs4837291	G	A	6763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=118;NR=110;PP=2965;SC=CCTTCCCGTCGGTGGCCACAC;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=118;TCR=111;TR=228;WE=131397487;WS=131397469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr9	131398343	rs947182	T	A	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=12;PP=485;SC=CACAGCCCCCTGTCCTGGCCC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=24;WE=131398351;WS=131398333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	131398636	rs10760570	C	T	3745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=64;NR=60;PP=2022;SC=CGGCCGACGGCTGCTGGGGAC;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=124;WE=131398644;WS=131398626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr9	131403096	rs2298045	A	G	8701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=148;NR=164;PP=2965;SC=TGGGTATGTCATACTGGGACG;SOR=0.902;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=312;TCF=148;TCR=164;TR=312;WE=131403104;WS=131403086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr9	131418828	rs4837292	A	C	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	131452121	.	C	CG	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=5;PP=931;SC=GCCTGGGTGGCCCGCGCCGCG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=131452129;WS=131452111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	131452126	.	GCC	G	397.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.72;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	131452137	.	C	CG	373.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=11;PP=1391;SC=CCGCGGCGGCCGCGCTGCGAG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=32;WE=131452145;WS=131452127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	131453331	rs4837293	G	A	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	131455760	rs10739728	C	T	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=5;PP=835;SC=CTACCTGCTGCACAGTTTTAT;SOR=2.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=40;WE=131455768;WS=131455750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	131455815	rs41304846	T	C	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=1.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	131455903	rs4836618	C	T	3138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=54;PP=1849;SC=AAAGCTCTTCCGGTATTCATT;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=101;WE=131455911;WS=131455893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr9	131456385	rs10637043	G	GTA	1176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.851;NF=1;NR=22;PP=780;ReadPosRankSum=0.648;SC=ATTTTGGGGTGTATATATATA;SOR=0.476;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=23;WE=131456394;WS=131456375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,44:0.73:60
chr9	131465167	rs1572915	A	G	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.31;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	131465284	rs3750321	G	T	136.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.81;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	131468251	rs1572916	T	C	5367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=101;PP=2965;SC=GAGACACCATTCCAGCCTGCA;SOR=1.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=70;TCR=101;TR=171;WE=131468259;WS=131468241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr9	131475951	rs4837297	T	C	4568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=101;PP=2670;SC=TCTGACTTGGTGGGACCCTGG;SOR=1.502;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=162;TCF=60;TCR=102;TR=161;WE=131475959;WS=131475941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr9	131477544	rs7854055	G	A	3370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr9	131479023	rs10739729	T	C	8212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=164;NR=110;PP=2965;SC=CTCTCTCCTGTAGCCTGTACT;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=274;TCF=164;TCR=110;TR=274;WE=131479031;WS=131479013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr9	131482467	rs3750325	T	C	4757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=97;NR=69;PP=2535;SC=AGTGAGCGCCTGTCCTATTGC;SOR=0.950;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=97;TCR=69;TR=166;WE=131482475;WS=131482457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr9	131483749	rs2900268	T	A	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=40;PP=1555;ReadPosRankSum=-0.529;SC=CCGCAACCACTGACCCCAGGG;SOR=0.223;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=88;WE=131483757;WS=131483739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,100:0.99:101
chr9	131483798	rs10988103	A	G	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=74;NR=37;PP=1839;SC=TGCAGGGGACAGGGGCCTGGT;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=113;TCF=74;TCR=39;TR=111;WE=131483806;WS=131483788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	131484526	rs10988105	C	T	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=31;PP=863;SC=GGACTGAGGGCGGCTGTGTAT;SOR=1.654;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=131484534;WS=131484516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	131502112	rs2298044	A	G	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=2;PP=690;SC=GACCAGAAGGAAGGTGGGAGC;SOR=3.675;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=30;WE=131502120;WS=131502111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	131502440	rs3818931	G	C	4338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=78;PP=2490;SC=CACTCCCCCAGTTTCTCTTCA;SOR=1.082;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=63;TCR=78;TR=141;WE=131502448;WS=131502430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	131502460	rs7027146	G	T	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=67;PP=1931;SC=AGATACCAGCGGCAGGACCCC;SOR=1.241;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=46;TCR=67;TR=113;WE=131502468;WS=131502450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr9	131505092	rs10739731	A	C	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=35;PP=1100;SC=TCTAGGAACTATCTAGAGGTA;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=57;WE=131505100;WS=131505082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr9	131550722	rs1891076	C	G	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=29;PP=913;SC=GGTTTCCCTACAGCAGCCCTG;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=48;WE=131550730;WS=131550712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	131553768	rs10760577	A	G	3259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=56;PP=1913;SC=TGCATGTGACAGAGCCAGTAC;SOR=1.034;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=47;TCR=56;TR=103;WE=131553776;WS=131553758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr9	131568363	rs2417127	A	G	3697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;ReadPosRankSum=-0.933;SC=AGACAGGAGGACCCTCCGCCC;SOR=0.933;Source=Platypus;TCF=61;WE=131568371;WS=131568353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,137:0.99:139
chr9	131570178	rs45609236	T	C	9497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.21;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr9	131570183	rs7862546	C	G	9145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.50;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr9	131580998	rs2293969	C	T	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.98;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	131583170	rs2280845	T	C	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=49;PP=1183;SC=CCCACTCACCTGAGGCCCCTA;SOR=1.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=72;WE=131583178;WS=131583160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	131585069	rs2280843	A	G	3651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=67;PP=1987;SC=ACCCGCCTGGATGAGGCCAGG;SOR=1.273;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=51;TCR=67;TR=117;WE=131585077;WS=131585059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	131585205	rs2997919	T	C	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=252;SC=GCCCGAGACCTGGCCCACTGG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=131585224;WS=131585195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	131585216	rs2977994	G	T	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=270;SC=GGCCCACTGGGGTCCCCTGTC;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=131585224;WS=131585195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	131585994	rs2997918	T	C	3619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=48;PP=1789;SC=AAGGCCCCAGTGGCTGGCAGT;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=74;TCR=49;TR=121;WE=131586002;WS=131585984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	131586913	rs4836630	A	G	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.19;SOR=2.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	131586918	rs2997917	G	A	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.64;SOR=2.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	131587240	rs2293968	G	A	3912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=83;PP=2493;SC=CAGGGGTTGGGGAACCTTCCA;SOR=1.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=47;TCR=83;TR=130;WE=131587248;WS=131587230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr9	131588652	rs2997914	T	C	7501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=157;NR=107;PP=2965;SC=GGCGGGCCCATACAGCGTTAC;SOR=1.048;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=266;TCF=158;TCR=108;TR=264;WE=131588660;WS=131588642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr9	131589234	rs2977991	C	G	3418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=38;PP=2264;SC=GTGGACGGGGCCATGGTGAAG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=80;TCR=39;TR=117;WE=131589242;WS=131589224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	131592193	rs2997906	T	C	7133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=143;PP=2965;SC=GCTGCAGGGGTACGCGGGCTG;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=97;TCR=145;TR=240;WE=131592201;WS=131592183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr9	131599008	rs2759009	C	T	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=9;PP=842;SC=ACCAGGCCTGCGCTGACTCTC;SOR=2.400;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=43;WE=131599016;WS=131598998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	131599311	rs2997903	G	A	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	131600111	rs2280841	T	C	5763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=91;PP=2675;SC=GCAGGTGGCATGGGGTGGTAC;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=97;TCR=91;TR=188;WE=131600119;WS=131600101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr9	131602897	.	AT	A	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.768;QD=1.50;ReadPosRankSum=1.427;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,18:0.27:66
chr9	131670919	rs3750319	T	C	8272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=154;NR=137;PP=2965;SC=CCTTCCTGCGTGAGAACCTGC;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=292;TCF=154;TCR=138;TR=291;WE=131670927;WS=131670909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr9	131715001	rs371313511	CA	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=0.39;ReadPosRankSum=0.902;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,35:0.23:154
chr9	131726643	rs375961026	CT	C	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=-0.171;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr9	131743701	.	CT	C	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=1.110;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,35:0.26:135
chr9	131857630	rs2229419	C	T	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=1;PP=373;SC=TGGCCCATCCCAGGGTGGGCT;SOR=3.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=15;WE=131857638;WS=131857620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	131860901	rs3118635	G	T	6480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.366;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=0.919;SC=AGGGGCACCAGGGGAGACCGC;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=115;TCR=112;TR=226;WE=131860909;WS=131860891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,253:1.00:254
chr9	131862073	rs3118638	G	A	3355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=78;NR=35;PP=2135;SC=TTCTCTATAAGCTGGTCTATC;SOR=1.426;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=80;TCR=35;TR=113;WE=131862081;WS=131862063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	131864950	rs746873	C	T	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=33;PP=884;SC=CACAGTGTCCCTGCTCCCACT;SOR=1.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=131864958;WS=131864940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	131865493	rs3124498	C	T	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=380;SC=GAGGGGCCTGCGAGTCCCAGC;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=131865501;WS=131865483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	131866388	rs2768630	C	T	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=606;SC=TAAACAGGGTCGGGGCCCCTC;SOR=3.407;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=27;WE=131866396;WS=131866378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	131871144	rs2768629	A	G	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=41;PP=1445;SC=CTACAAAGTGAGTGAGCAGAA;SOR=0.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=85;WE=131871152;WS=131871134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
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chr9	131873256	rs3118625	A	C	2550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=25;PP=1385;SC=AGGAAGGAGGAGGTCACCGTC;SOR=1.440;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=85;WE=131873264;WS=131873246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
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chr9	131898880	rs1536548	A	G	2808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=59;PP=1728;SC=GATAGGTACTAGAGCGGGAGG;SOR=1.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=31;TCR=59;TR=90;WE=131898888;WS=131898870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	131899846	rs3118631	T	C	2877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=60;NR=35;PP=1368;SC=TGGTTCTGAATGCTGGGGCCC;SOR=0.995;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=61;TCR=35;TR=95;WE=131899854;WS=131899836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr9	131900167	rs117908803	C	T	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=23;PP=630;SC=GTCCTCCGCCCAGTTCTCCTT;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=131900175;WS=131900157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	131904608	rs3124514	C	T	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.66;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr9	131905814	rs913272	T	C	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=10;PP=180;SC=CGGGGAAGGGTGCCAGAGGCC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=131905822;WS=131905804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	131909736	rs2480452	C	T	4042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr9	131940019	rs184457	G	A	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.34;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	132381749	rs4240434	G	A	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=17;PP=1100;SC=AAGAAGGAAAGAAATGCCCCT;SOR=1.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=62;WE=132381757;WS=132381739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	132382253	rs7467760	C	T	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=9;PP=679;SC=ATCCTTCTAGCCTGGGTGGTG;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=132382261;WS=132382243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	132382699	rs146618124	C	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	132382702	rs141348351	T	C	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	132396281	rs10819551	G	C	3981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=50;PP=2573;SC=AGGAAGGGCCGCACGTGCGGT;SOR=1.251;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=86;TCR=50;TR=136;WE=132396289;WS=132396271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr9	132396655	rs1558873	A	G	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=37;PP=1099;SC=ATAAGGTGTCAGGACCAGGGC;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=66;WE=132396663;WS=132396645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	132400480	rs3739851	G	A	9191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=151;PP=2965;SC=AGTTGTAGGCGGCTCCGGACT;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=306;TCF=155;TCR=151;TR=305;WE=132400488;WS=132400470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr9	132401824	rs2302780	G	A	2740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=47;NR=47;PP=1480;SC=GGTCCTATCTGTCCGCATTCT;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=94;WE=132401832;WS=132401814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	132402908	rs2241247	C	G	2914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=59;NR=35;PP=1699;SC=GGGCGTTGCTCACGCCTTCCT;SOR=0.961;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=94;WE=132402916;WS=132402898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	132404304	rs4837396	C	G	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=38;PP=1217;SC=GCAGCAGGGCCGTCGCGCTTT;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=66;WE=132404312;WS=132404294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	132511199	rs10988492	C	T	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=26;PP=788;SC=CATGAAAAGGCCCCCCTGTCT;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=132511207;WS=132511189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	132572628	.	GT	G	115.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.888;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr9	132615077	rs2296786	C	T	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=21;PP=547;SC=GGCCGCCTTCCGGAGGCTCTG;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=132615085;WS=132615067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	132618578	rs4836674	T	C	6042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr9	132618807	rs7862315	G	A	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=30;PP=840;SC=CAAAGTCAGCGAATCCTGGGC;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=132618815;WS=132618797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	132620224	rs2417150	A	G	4351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=48;PP=2500;SC=TGTGGCCCCTATTCAGGAGAG;SOR=1.230;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=94;TCR=48;TR=142;WE=132620232;WS=132620214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr9	132620364	rs10819568	T	C	6000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=101;NR=106;PP=2914;SC=GAGAATCCTTTGCTGACCACA;SOR=0.879;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=207;TCF=101;TCR=106;TR=207;WE=132620372;WS=132620354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr9	132620458	rs10819569	C	A	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.56;SOR=2.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	132620464	rs10760638	C	T	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.52;SOR=2.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	132620620	rs2174156	T	C	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.28;NF=28;NR=9;PP=736;SC=AAGCAAAATTTGAGCTTCCGG;SOR=1.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=132620628;WS=132620610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	132620707	rs2134601	T	C	3802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=82;NR=47;PP=2240;SC=CTTGTTAGGCTAGAGTGCCCT;SOR=1.063;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=82;TCR=47;TR=129;WE=132620715;WS=132620697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr9	132620990	rs2174157	T	C	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=27;PP=886;SC=GGTGTCTGTTTCTGGGTCAGT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=132620998;WS=132620980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	132623293	rs1503375	C	T	4727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=122;PP=2965;SC=AGTCAGAGGACGATGACCTGA;SOR=2.039;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=67;TCR=122;TR=189;WE=132623301;WS=132623283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr9	132623868	rs10115249	T	C	7073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=138;PP=2965;SC=ACATGAACGCTGCCCTGCAGG;SOR=0.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=112;TCR=139;TR=250;WE=132623876;WS=132623858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr9	132623917	rs10124224	C	A	4068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=86;PP=2676;SC=GTCCGAGGGCCGAGAGCTGTC;SOR=1.394;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=52;TCR=87;TR=138;WE=132623925;WS=132623907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr9	132625417	rs4837419	CA	TG	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=5;PP=625;SC=TAAACTGCCGCATGCCTCATT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=14;WE=132625426;WS=132625407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	132625602	rs2900279	T	C	6010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=105;NR=88;PP=2680;SC=TCCCTAGCCTTGGGCGGTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=105;TCR=88;TR=193;WE=132625610;WS=132625592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr9	132627480	rs913319	C	T	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=17;PP=1435;SC=TGTCAGGAAACGCCACACTCT;SOR=2.084;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=70;WE=132627488;WS=132627470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	132627503	rs750466	C	T	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=41;PP=2127;SC=TCCAGCCTGACGGGCTGGCTG;SOR=1.329;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=76;TCR=41;TR=116;WE=132627511;WS=132627493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	132627723	rs913320	G	A	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=63;PP=1746;SC=TGACTTTGACGCCAAAACCAG;SOR=1.188;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=47;TCR=64;TR=110;WE=132627731;WS=132627713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	132630231	rs913325	A	G	2487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=27;PP=1614;SC=GGCGCTGGAGACTGGTTCCTC;SOR=1.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=86;WE=132630239;WS=132630221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	132630664	rs10602985	TGAC	T	6523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=63;PP=2967;SC=TGGCTGCCCTTGACGACCAGC;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=11;TCR=68;TR=73;WE=132630674;WS=132630654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr9	132631680	rs6478920	T	C	9588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=173;NR=158;PP=2965;SC=TTCTCAGCCTTGTGCAGTGTC;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=333;TCF=173;TCR=160;TR=331;WE=132631688;WS=132631670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr9	132632162	rs5900871	G	GC	837.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=845;SC=CATGGGCTGGGCCTGTCCTGG;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=21;WE=132632170;WS=132632152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	132635653	rs1809959	A	G	5544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=123;NR=77;PP=2965;SC=ATGAGCCACCATGCCCAGCCA;SOR=1.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=123;TCR=78;TR=200;WE=132635661;WS=132635643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr9	132635944	rs2296787	C	G	7530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=132;NR=116;PP=2965;SC=GCCCTGATGCCGGACACTGAT;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=248;TCF=132;TCR=116;TR=248;WE=132635952;WS=132635934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr9	132636031	rs4332226	A	G	8981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.25;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr9	132636031	.	AGT	GGC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=79;NR=95;PP=2947;QD=20;SC=GAGGTGAGCCAGTGGCCTCGG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=81;TCR=97;TR=174;WE=132636041;WS=132636021;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,174:0.98:178
chr9	132636033	rs4415421	T	C	8981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.36;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr9	132636945	rs118142639	G	A	20946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=801;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=399;NR=350;PP=2965;SC=CGAGGGGCTCGACCTGCGCCC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=750;TCF=399;TCR=351;TR=749;WE=132636953;WS=132636935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,799:1.00:799
chr9	132638424	rs9644953	C	T	7147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=129;NR=111;PP=2965;SC=GGGGTGGCCCCGCCGTGAACC;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=129;TCR=112;TR=240;WE=132638432;WS=132638414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr9	132652677	rs60841376	G	GGA	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=305;ReadPosRankSum=1.449;SC=GGAGCATGCTGGAGAGAGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=7;WE=132652685;WS=132652667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr9	132658044	rs2047837	T	C	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=62;NR=14;PP=1471;SC=GTAACAGTCATGGTTGTGGGG;SOR=2.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=62;TCR=14;TR=76;WE=132658052;WS=132658034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	132658078	rs71738364	G	GT	459.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=5.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.620;QD=2.84;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,48:0.30:162
chr9	132662786	rs1023000	C	T	2512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	132671359	rs3215850	T	TG	489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=11;PP=349;SC=CCTGCAGCCATGGGGGGTGCA;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=11;WE=132671367;WS=132671349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	132672319	rs7855720	G	A	6334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr9	132678195	rs7867211	G	A	3792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr9	132681619	rs1054874	C	T	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=279;SC=CAAAATCTTTCGGTCAACTTT;SOR=2.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=132681627;WS=132681609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	132686186	rs4836680	A	G	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	132689671	rs4837429	A	G	3410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=78;PP=2396;SC=ATTATTAAACAAAGTTGTTTT;SOR=1.498;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=43;TCR=78;TR=121;WE=132689679;WS=132689661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	132720720	rs11394970	G	GA	1988.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.919;HP=18;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=737;ReadPosRankSum=0.661;SC=CAAAAAAAAAGAAAAAAAAAT;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=50;WE=132720735;WS=132720708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,93:0.96:97
chr9	132816398	rs5900882	T	TC	5058.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=51;PP=1905;SC=CCGAGGCCACTCCCCGGGTTT;SOR=0.785;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=11;TCR=55;TR=62;WE=132816406;WS=132816388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr9	132838063	rs11446412	C	CT	418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.833;QD=8.72;ReadPosRankSum=1.413;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr9	132841808	rs6478942	G	C	189.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=141;SC=TGTAGAACATGATAAGGACTG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=132841816;WS=132841798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	132845723	rs7855078	T	A	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=4;PP=1103;SC=GTCCCCAAGATTATTTTGTTT;SOR=3.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=44;WE=132845731;WS=132845713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	132845986	rs10819597	T	C	3744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=90;PP=2152;SC=CATACATGCATGCACAGACAC;SOR=1.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=44;TCR=90;TR=134;WE=132845994;WS=132845976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr9	132848653	rs11399718	C	CT	1579.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=10;PP=962;SC=AATTAGCATGCTTCTATGCCG;SOR=1.390;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=22;WE=132848661;WS=132848643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	132862830	rs10081664	AA	TC	3234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=15;PP=2442;SC=TAATTTCCCAAATGGGTCCAA;SOR=1.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=66;WE=132862839;WS=132862820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	132863035	rs2277196	G	C	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=35;PP=891;SC=CAAGACAAGGGGGGTGGGCAA;SOR=1.011;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=63;WE=132863043;WS=132863025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	132866883	rs7868997	T	C	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=29;PP=805;SC=TCAAGCCCAATAGCTGAACTG;SOR=2.419;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=37;WE=132866891;WS=132866873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	132866906	rs887536	C	T	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=21;PP=580;SC=CATTCCCAAACTGATCTCAGT;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=132866914;WS=132866896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	132872686	rs4837460	A	G	4714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr9	132887249	rs11316087	TA	T	369.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=126;ReadPosRankSum=-1.533;SC=TCTTGGTAAGTAAAAAAAAAA;SOR=0.330;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=13;WE=132887258;WS=132887239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr9	132891113	rs2286794	G	A	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.02;SOR=2.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	132891113	.	GGT	AGC	1168	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=5;NR=19;PP=1168;QD=50.8944947859;SC=GTGTGAATCGGGTCGGCTGCT;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=24;WE=132891123;WS=132891103;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,24:0.89:27
chr9	132891115	rs7853219	T	C	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.53;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	132962801	rs7037407	A	T	2573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=22;PP=1593;ReadPosRankSum=-0.692;SC=AGCTCCCCCCACCCCCCCACA;SOR=0.831;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=63;TCR=23;TR=85;WE=132962809;WS=132962791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr9	132962816	rs7022964	T	C	3160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	132963115	rs887534	T	G	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=13;PP=795;SC=GAGCAGGCCGTTGCCCGGGGA;SOR=2.073;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=40;WE=132963137;WS=132963105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	132963129	rs887535	G	A	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.20;SOR=1.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	132963350	rs4837482	T	C	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=45;PP=1350;SC=GTCCAGCTGCTCAGGATGGGG;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=69;WE=132963358;WS=132963340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	132980035	rs2277198	G	A	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=2;PP=478;SC=CCTGGGCCCCGGGCAGGCGAT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=132980043;WS=132980025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	132985111	rs3829905	T	C	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=19;PP=491;SC=GCCATGCTCCTGCCCAGGGTG;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=132985119;WS=132985101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	132985258	rs68053432	GC	G	888.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=14;NR=0;PP=643;SC=GAAGAGGGGGGCGGCCCTCAT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=14;WE=132985270;WS=132985248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	132985262	rs112503385	C	G	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=1;PP=486;SC=AGGGGGGCGGCCCTCATCTGG;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=29;WE=132985270;WS=132985248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	133028155	rs12336255	G	A	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=6;PP=1072;SC=AGCCGCGCTCGGCATGATGCC;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=42;WE=133028163;WS=133028145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	133028196	rs12336285	G	A	4355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=28;PP=1738;SC=TGCTGACCGCGGTCTCTGCGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=87;WE=133028231;WS=133028186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	133028204	rs72240442	CGGCAGT	C	4638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=37;PP=2370;SC=GCGGTCTCTGCGGCAGTGGCA;SOR=1.343;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=51;WE=133028231;WS=133028186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	133028476	rs71387337	A	AC	2752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=49;PP=1908;SC=CACCTGCCTGACCCCCTCAGT;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=50;WE=133028484;WS=133028466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	133048501	rs6478957	G	A	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	133057105	rs34014907	C	T	3677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=51;PP=2074;SC=GGGCACCTGCCGGCATCAGCT;SOR=0.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=76;TCR=51;TR=126;WE=133057113;WS=133057095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr9	133058082	rs10739777	G	A	5425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=88;NR=90;PP=2965;SC=GAGAAAGGTCGACTAGCTTTA;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=88;TCR=90;TR=178;WE=133058090;WS=133058072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr9	133058181	rs12348163	G	A	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=41;PP=1136;SC=TGATGTGGTCGTATCAATAGA;SOR=2.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=56;WE=133058189;WS=133058171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	133058197	rs7045548	C	A	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=32;PP=946;SC=ATAGAAGTAACGGGTCAAGGA;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=133058205;WS=133058187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	133058892	rs34511011	G	A	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=28;PP=1704;SC=GTCACCTCCTGCCCTAAGCTG;SOR=1.420;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=89;WE=133058900;WS=133058882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	133226785	rs74323913	G	A	5264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr9	133260316	rs7858563	T	G	4630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=97;PP=2922;SC=CCCGCACAGATCAGCTCTGAG;SOR=1.430;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=57;TCR=97;TR=154;WE=133260324;WS=133260306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	133260353	rs11244109	G	A	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=63;PP=1714;SC=ACGGGCCCCAGGAGCCTGGCT;SOR=3.316;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=12;TCR=65;TR=75;WE=133260361;WS=133260343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	133263923	rs7849839	T	C	5543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=110;PP=2827;SC=ACAGGATGCCTGTGGGTGAGC;SOR=1.227;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=78;TCR=110;TR=188;WE=133263931;WS=133263913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr9	133264059	rs35750041	GC	G	563.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.7523;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.442;NF=1;NR=22;PP=359;ReadPosRankSum=-0.486;SC=GTGCCGTGTTGCCCCCCCCCC;SOR=1.688;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=23;WE=133264068;WS=133264049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr9	133270740	rs6597641	T	C	3369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr9	133273035	rs139440057	G	A	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=45;PP=1348;SC=GTGACCTACGGGTCTTGGGTA;SOR=1.389;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=75;WE=133273043;WS=133273025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	133302750	.	G	A	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.49;SOR=1.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	133324400	rs11243372	A	G	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	133324502	rs10123082	A	G	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=14;PP=433;SC=CAGATCGCTTAAGTCCAGGAG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=133324510;WS=133324492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	133325472	rs4740158	T	C	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=8;PP=748;SC=GGCTTCCACATATTTCCTGAA;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=133325480;WS=133325462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	133327439	rs1760275	T	C	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=49;PP=1655;SC=AGGTCAGGGTTCCCGGGGGTG;SOR=1.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=76;WE=133327447;WS=133327429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	133327835	rs1615006	G	A	4793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=96;PP=2791;SC=ACTCATTCAAGCCTGGCCTCT;SOR=1.373;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=63;TCR=96;TR=159;WE=133327843;WS=133327825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr9	133346920	rs652313	A	G	6024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr9	133346983	rs641510	A	G	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=63;PP=1904;SC=TGATGTATTTATAGCCTAATT;SOR=1.274;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=108;WE=133346991;WS=133346973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	133347080	rs486889	G	A	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=19;PP=472;SC=TCTGCCCACCGTCTCCTCGCT;SOR=4.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=21;WE=133347088;WS=133347070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	133355371	rs540140	G	T	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=52;PP=1474;SC=AGGCTCCGTGGTCCTTAGCCT;SOR=2.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=14;TCR=52;TR=66;WE=133355379;WS=133355361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	133376153	rs2282219	A	G	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=19;PP=1958;SC=ATGACAAACAATGTTTTCCCC;SOR=2.405;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=67;TCR=19;TR=86;WE=133376161;WS=133376143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	133488447	rs2304812	G	A	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=45;PP=1270;SC=TATCAATTTTGTAGAAATCAG;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=76;WE=133488455;WS=133488437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	133498017	rs35428077	CA	C	304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=1.861;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr9	133498229	.	TA	T	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=2.245;QD=1.43;ReadPosRankSum=-1.802;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr9	133501996	rs11333376	AG	A	1342.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=21;PP=841;SC=TTGCTGCTGCAGGCTGGGGCT;SOR=2.242;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=21;WE=133502004;WS=133501986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	133505952	rs2304810	C	G	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=13;PP=639;SC=GCCAAGTGCCCCAGAGCCTCA;SOR=1.378;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=43;WE=133505960;WS=133505942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	133510021	rs2304808	T	C	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=5;PP=415;SC=GAGGAGCCCGTAAGGCCTGAC;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=133510029;WS=133510011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	133511393	rs76482042	C	T	6989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr9	133556992	.	T	TCGC	131.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.77;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	133710722	rs11433465	G	GC	397.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=284;SC=GGTGAGGGCGGCTGGCGGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=133710730;WS=133710712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	133710740	rs11433464	G	GC	510.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.56;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	133710804	rs7866590	T	C	3386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=13;PP=733;SC=GGGAGAGGGGTTCCGGCCCCC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=133710812;WS=133710794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	133710819	rs11433463	T	TC	3943.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=15;PP=1273;SC=GCCCCCGACGTGCTGGCGCGG;SOR=1.046;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=133710827;WS=133710809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	133761001	rs1056171	A	G	5552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=94;PP=2965;SC=GCAGTGGTCCAGCGGCCACTC;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=98;TCR=95;TR=192;WE=133761009;WS=133760991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr9	133779730	rs12552821	G	A	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=51;PP=1452;SC=GGTGCACACAGGTGTGGGCAC;SOR=2.400;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=68;WE=133779738;WS=133779720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	133779756	rs11244186	A	G	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=38;PP=1090;SC=GCACGGGTACACCCACTGGTG;SOR=2.540;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=49;WE=133779764;WS=133779746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	133787225	rs6597650	A	G	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	133901819	rs2275137	CC	AG	15140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=133;NR=157;PP=2947;SC=TACGGCCGGCCCGAGGGCCAG;SOR=1.002;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=301;TCF=136;TCR=165;TR=290;WE=133901828;WS=133901809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr9	133911598	rs2275132	A	G	6249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=89;PP=2965;SC=CCGACGTGGCAGGCCAGTTGG;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=115;TCR=89;TR=204;WE=133911606;WS=133911588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr9	133911821	rs2275130	C	T	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=54;PP=1467;SC=CTCCTGGGTACGCCCCGGGGG;SOR=2.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=75;WE=133911829;WS=133911811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	133936381	rs3824398	G	A	5177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=63;PP=2965;SC=CCATCTCTGGGCATTCTGGGT;SOR=1.383;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=114;TCR=63;TR=177;WE=133936389;WS=133936371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr9	133936571	rs3739510	C	G	5857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=108;PP=2965;SC=CCCAGAGAGCCGGGAGGTGGT;SOR=1.053;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=87;TCR=108;TR=195;WE=133936579;WS=133936561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr9	133942624	rs3765569	A	G	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=44;PP=1330;SC=CCAGGGTGGCACATGGTGGGC;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=69;WE=133942632;WS=133942614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	133944522	rs2275142	C	T	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.35;SOR=3.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	133944525	rs2275141	A	C	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.16;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	133948049	rs2275140	A	G	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=6;PP=627;SC=GCAGATGATGAGCCTCGAGGG;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=31;WE=133948057;WS=133948039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	133962930	rs7024108	C	T	10242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=173;NR=186;PP=2965;SC=ACCAGCCAGACGCAAGCCACG;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=359;TCF=173;TCR=186;TR=359;WE=133962938;WS=133962920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr9	133963058	rs6597675	C	A	7037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.294;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.661;SC=CCTGGCAGCCCGGGTGGGGAC;SOR=0.442;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=123;TCR=133;TR=254;WE=133963066;WS=133963048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,268:1.00:269
chr9	133967295	rs710074	C	A	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=71;PP=1978;SC=TGTGAACTCGCCCCCGTGTGG;SOR=1.392;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=40;TCR=72;TR=111;WE=133967303;WS=133967285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	133967310	rs10696088	T	TCA	4011.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=56;PP=2831;SC=GTGTGGATAGTCACTCCCTGC;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=63;TCF=1;TCR=62;TR=56;WE=133967318;WS=133967300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	133981507	rs149404200	C	T	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=8;PP=474;SC=CTGGGCACTTCGACGCTAAAC;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=133981515;WS=133981497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	133986836	rs353528	C	T	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=295;SC=CTCCAAGGGGCGACAGGAAGC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=133986856;WS=133986826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	133986848	rs353527	G	A	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=341;SC=ACAGGAAGCCGGGGTGAACAA;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=133986856;WS=133986826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	133986980	rs353526	T	G	3542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr9	133987060	rs353525	G	A	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=42;PP=1477;SC=GGTAAGCTGGGGCGGGCTGCC;SOR=0.888;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=90;WE=133987068;WS=133987050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	133996460	rs353511	T	G	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.89;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	133996503	rs353510	T	A	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=39;PP=1688;SC=TTTAGGGAGGTTACTGAGGGG;SOR=0.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=99;WE=133996511;WS=133996493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr9	134008691	rs11355771	GT	G	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-0.000;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.140;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr9	134010188	rs139726649	A	C	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=431;SC=AAATATTCTCATATAACTTTA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=134010196;WS=134010184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	134020092	rs103612	C	T	9574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=154;NR=170;PP=2965;SC=AGCAATGAAGCCCTCCTTCCC;SOR=0.860;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=324;TCF=154;TCR=170;TR=324;WE=134020100;WS=134020082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr9	134062770	.	C	CTT	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=10.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.120;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.525;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr9	134064345	rs2274427	T	C	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=11;PP=1274;SC=TTGCTTATTTTAAATTATATT;SOR=2.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=56;WE=134064353;WS=134064335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	134067795	rs4602942	G	A	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=34;PP=920;SC=AGTTCTTACCGTGGCAGTAAT;SOR=2.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=134067803;WS=134067785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	134076950	rs56349054	C	CA	409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.81;ReadPosRankSum=0.510;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr9	134136515	rs352952	A	G	8401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=154;NR=139;PP=2965;SC=CCCGGTAGATATTGGTGAGCT;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=293;TCF=154;TCR=139;TR=293;WE=134136523;WS=134136505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr9	134136677	rs352951	A	G	3410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=76;PP=2182;SC=AGTTCACCCCATCCGAGTCGC;SOR=1.416;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=48;TCR=76;TR=124;WE=134136685;WS=134136667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	134140113	rs7859822	C	T	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.66;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	134165368	rs7029366	G	C	5685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=115;NR=75;PP=2636;SC=GGCCTTCTCGGGGTGAGCGAG;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=115;TCR=75;TR=190;WE=134165376;WS=134165358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr9	134165888	rs11244356	T	C	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=39;PP=965;SC=GGAGGCAGCCTGGCCTGCCCA;SOR=2.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=53;WE=134165907;WS=134165878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	134165899	rs11244357	A	G	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=33;PP=959;SC=GGCCTGCCCAACCCCACCCTG;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=134165907;WS=134165878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	134183379	rs2966332	C	T	11601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=229;NR=184;PP=2965;SC=CCGTACGAGACGAGCCCCAGC;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=413;TCF=229;TCR=184;TR=413;WE=134183387;WS=134183369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr9	134183503	rs2986606	T	C	10890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=222;NR=167;PP=2965;SC=TGCCCCTGCGTGTGCTGCTGG;SOR=0.907;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=389;TCF=222;TCR=167;TR=389;WE=134183511;WS=134183493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr9	134322324	rs2966340	G	A	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=15;PP=977;SC=ATGAAATGGGGGAGATGGTGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=46;WE=134322332;WS=134322314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	134323240	rs2994064	A	C	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=569;SC=CAAAGTCCATATGTACTTACC;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=134323248;WS=134323230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	134346315	rs4310250	T	C	13760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=223;NR=276;PP=2965;SC=TGGACCCACGTATCACGCCCA;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=499;TCF=223;TCR=276;TR=499;WE=134346323;WS=134346305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,518:1.00:518
chr9	134348807	rs4276727	G	A	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=9;PP=1343;SC=CAGGGTAACTGTTAACTTCTT;SOR=3.293;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=53;TCR=9;TR=62;WE=134348826;WS=134348797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	134348818	rs5900941	TG	T	2438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.79;NF=59;NR=9;PP=2678;SC=TTAACTTCTTTGGGCCTTTGG;SOR=3.808;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=61;TCR=9;TR=68;WE=134348826;WS=134348797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	134350647	rs10793873	T	C	4728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr9	134351065	rs7858488	G	T	5184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=3.031;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.42;ReadPosRankSum=1.637;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,202:0.99:204
chr9	134351343	rs11243403	C	T	15164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=274;NR=269;PP=2965;SC=GACAGCCGCGCGGAGGACAAG;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=543;TCF=274;TCR=269;TR=543;WE=134351351;WS=134351333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,573:1.00:573
chr9	134351770	rs78591540	G	A	3033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=50;PP=1744;SC=AGCTGGCCAAGAGGAGCTTCT;SOR=0.781;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=109;TCF=55;TCR=54;TR=104;WE=134351778;WS=134351760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	134353724	rs4076428	C	T	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=11;PP=448;SC=AGATCAGAGGCGGCCTGAGAA;SOR=1.148;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=134353732;WS=134353714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	134357039	rs45536539	G	A	5052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr9	134358657	rs10901061	G	C	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=20;PP=735;SC=TTTTGAGTCGGGGAAACTGCA;SOR=0.970;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=49;WE=134358665;WS=134358647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	134358719	rs41317004	G	A	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=29;PP=1174;SC=ATCTCAGTGGGCTGTGTGGCC;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=71;WE=134358737;WS=134358709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	134359918	rs10751480	G	C	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	134360015	rs10793874	G	T	2746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=33;PP=1750;ReadPosRankSum=-1.750;SC=GGATGGGTTTGGGCAAAGCCA;SOR=1.168;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=105;TCF=72;TCR=33;TR=102;WE=134360023;WS=134360005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,110:0.98:112
chr9	134361318	rs3808829	C	A	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=18;PP=1451;SC=CGTGTGCTTCCGGCACACAGG;SOR=1.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=67;WE=134361326;WS=134361308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	134361581	rs10793875	T	A	7285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=130;PP=2965;SC=TGACAGCAGCTAGCCAGGTGG;SOR=0.995;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=117;TCR=130;TR=247;WE=134361589;WS=134361571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr9	134361627	rs10901062	G	A	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=85;PP=2352;SC=CCAGTGCAGGGCGGAATTGGC;SOR=1.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=52;TCR=85;TR=137;WE=134361635;WS=134361617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr9	134381487	rs148086540	G	GT	2005.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=18;PP=446;SC=ATGGGTTGTTGTTTTTTTTTC;SOR=1.075;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=35;WE=134381495;WS=134381477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	134382673	rs6597501	C	T	2645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=62;NR=23;PP=1532;SC=AACATGACGGCGCTATGTGAA;SOR=1.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=85;WE=134382681;WS=134382663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr9	134384277	rs11243404	T	C	3701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr9	134384500	rs11999204	C	T	5122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=80;PP=2556;SC=TTTTTTGTTTCGTTTTGTGAG;SOR=1.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=40;TCR=80;TR=120;WE=134384521;WS=134384478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr9	134384513	rs28447664	A	G	4362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=67;PP=2087;SC=TTTGTGAGACAGTACCTTTTC;SOR=2.232;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=26;TCR=68;TR=93;WE=134384521;WS=134384478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr9	134385436	rs2296949	A	G	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=57;PP=2051;SC=GGGCAGATGCAGATGTCACAG;SOR=0.960;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=52;TCR=58;TR=109;WE=134385444;WS=134385426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	134385599	rs2018621	A	G	6450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=122;NR=99;PP=2965;SC=AGAGGTGGGTACGCTTTTCCA;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=122;TCR=99;TR=221;WE=134385607;WS=134385589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr9	134386675	rs4740163	T	G	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	134386744	rs10901065	T	C	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=34;PP=1315;SC=CTCGGATCACTCAGGGTCAGC;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=80;WE=134386752;WS=134386734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	134386903	rs10901066	G	A	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	134387315	rs10901068	C	G	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=8;PP=1123;SC=CCAGGCTGGTCTCAAACTCCT;SOR=3.033;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=47;WE=134387323;WS=134387305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	134387488	rs3739494	T	C	6424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr9	134394163	rs1547768	A	G	5963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=114;NR=79;PP=2965;SC=CTTCCAACCCAAGTGGACACG;SOR=0.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=114;TCR=80;TR=193;WE=134394171;WS=134394153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr9	134394646	rs2010635	A	G	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=25;PP=2346;SC=GCTAAGTGGAATGATGCGGTT;SOR=2.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=76;TCR=25;TR=101;WE=134394654;WS=134394636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	134395628	rs2277152	C	G	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=58;PP=1800;SC=CATCCTGTTTCTTGAGAATTC;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=53;TCR=58;TR=111;WE=134395636;WS=134395618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	134395687	rs2277153	C	A	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=19;NR=32;PP=940;SC=GGGTTTCTCCCAAGCTTTTCC;SOR=1.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=51;WE=134395695;WS=134395677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	134397624	rs4740165	C	T	6763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=137;PP=2965;SC=ACGGGGGCTGCGGAGACAGTG;SOR=1.007;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=109;TCR=137;TR=246;WE=134397632;WS=134397614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr9	134398534	rs3739495	T	C	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	134401335	rs2296957	C	T	4351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr9	134404199	rs4740260	A	G	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=10;PP=925;SC=GTATGTGGCCATAATGAGCCA;SOR=2.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=134404207;WS=134404189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	134406647	rs4740261	A	G	172.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=82;SC=GGTCGGAGGCAACCGGAGCGA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=134406655;WS=134406637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	134433463	rs4740167	T	C	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=20;PP=1169;SC=TGGGCAGGGGTGACCTGGCCC;SOR=1.432;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=69;WE=134433471;WS=134433453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	134463039	rs11794453	A	T	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	134465398	rs3818581	T	C	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=32;PP=1020;SC=AGCCATGTGGTCGGCTGAGGG;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=55;WE=134465418;WS=134465388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	134465410	rs3818580	G	C	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=31;PP=783;SC=GGCTGAGGGTGGTGGAGTGGA;SOR=1.341;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=52;WE=134465418;WS=134465388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	134467578	rs3215862	GA	G	2634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=40;PP=1652;SC=AATCTAGAGGGAAAAAACAAT;SOR=0.872;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=53;WE=134467586;WS=134467568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	134467633	rs78837410	G	C	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=41;PP=1157;SC=GTGGTAGCCAGGGTGGATTTG;SOR=1.068;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=74;WE=134467641;WS=134467623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	134467754	rs11794623	T	A	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=349;SC=CCCAGAGAAGTCACACGTCCT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=134467762;WS=134467744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	134477579	rs13301422	T	C	3056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=48;PP=1289;SC=AGGGGCCCTCTGCGGGGCTGC;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=102;WE=134477587;WS=134477569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	134479293	rs7037668	A	G	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=28;PP=2333;SC=GGGAGGGCAGAGCCCAAGCCC;SOR=2.158;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=80;TCR=28;TR=108;WE=134479301;WS=134479283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr9	134480272	rs72054278	GGT	G	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr9	134497450	rs7023385	C	A	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=32;PP=887;SC=CCCCTCCCCCCATTCTTCCCA;SOR=2.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=134497458;WS=134497440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	134505545	rs11243457	A	C	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	134518575	rs7854489	T	C	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=355;SC=ACCAAGATGCTTCTAAGGCTT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=134518583;WS=134518569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	134612965	rs7034382	C	A	2380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=54;PP=1509;SC=GGCCTCAGGTCTTTCTCCCAA;SOR=1.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=77;WE=134612973;WS=134612955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	135102254	rs2149171	C	T	4602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=92;NR=62;PP=2434;SC=GCAACCTGCACGCCAACCTGT;SOR=0.861;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=92;TCR=62;TR=154;WE=135102262;WS=135102244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr9	135105964	rs4962173	A	G	5207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=69;PP=2965;SC=CACAGGTGCCACTGCAGGTTC;SOR=1.265;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=121;TCR=69;TR=190;WE=135105972;WS=135105954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr9	135106054	rs2274854	T	A	9610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr9	135147275	.	G	GT	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=-1.952;QD=1.97;ReadPosRankSum=-0.947;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr9	135152543	rs201575546	T	TA	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=2.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=2.486;SOR=0.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,35:0.21:169
chr9	135202829	rs543573	T	C	4952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=86;PP=2588;SC=GGTACAAATATGTCAGAATTC;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=76;TCR=86;TR=162;WE=135202837;WS=135202819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr9	135203231	rs1183768	C	T	9195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=144;NR=157;PP=2965;SC=CTATTCTGTCCTTTTTTGGCA;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=301;TCF=144;TCR=157;TR=301;WE=135203239;WS=135203220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr9	135203409	rs1185193	A	C	4422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=64;PP=2950;SC=TTCCCACAAGATCTCTCTTAT;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=84;TCR=64;TR=148;WE=135203417;WS=135203399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr9	135206460	rs9411449	A	G	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	135211609	rs111938515	AAC	A	971.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=6;PP=725;SC=CAGCCTGGGCAACAGAGTGAG;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=135211618;WS=135211599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	135221597	rs497650	G	A	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=490;SC=AATTCTTATGGTACTAAAATA;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=24;WE=135221605;WS=135221587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	135263573	rs556386	G	T	6167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=126;PP=2965;SC=TGCCATAGTAGATACGCCGAC;SOR=1.028;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=223;TCF=97;TCR=126;TR=223;WE=135263581;WS=135263563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr9	135265876	rs471890	T	C	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=7;PP=838;SC=CTAGACACGATTGTTCTTGAC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=135265884;WS=135265866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	135271987	rs1166321	T	C	4232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr9	135272061	rs5900975	GT	G	289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.80;ReadPosRankSum=0.662;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr9	135273507	rs569288	G	A	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=1.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	135273607	rs504525	C	G	6123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=114;NR=90;PP=2965;SC=CCGTGTACAGCAGCTTGTCTG;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=114;TCR=90;TR=204;WE=135273615;WS=135273597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr9	135273759	rs5900976	G	GA	2327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.15;NF=1;NR=46;PP=2109;SC=TGTTAATAATGACAAAAGCAA;SOR=2.694;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=47;WE=135273767;WS=135273749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	135276710	rs553323	C	T	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=5;PP=599;SC=CAAATCTCCACCTCAAAAATA;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=135276718;WS=135276700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	135412913	rs13286286	G	A	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=4;PP=387;SC=GGAGGCTCCCGGGGGCGGGCG;SOR=2.124;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=22;WE=135412921;WS=135412903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	135470176	rs306549	C	G	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=1;PP=51;SC=TTTTCACAAGCCTCCTCTGAC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=135470184;WS=135470166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	135470414	rs306547	T	C	3418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	135507624	rs35126244	CGT	C	764.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.42;QD=40.25;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	135522454	rs140712462	AAAGT	A	9494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=81;PP=2966;SC=ACCTTGGATAAAAGTAAGAAG;SOR=0.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=20;TCR=82;TR=100;WE=135522465;WS=135522444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr9	135522573	rs3824573	A	G	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=37;PP=1076;SC=GGGTATCACCAAGTCCCAGCA;SOR=2.107;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=135522581;WS=135522563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	135523692	.	TA	T	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.849;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.803;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,24:0.21:114
chr9	135538807	rs2583805	G	C	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=30;PP=659;SC=GCCTGATTGCGGATTACAGGC;SOR=1.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=135538815;WS=135538797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	135544857	rs373110082	T	TAA	2193.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.6035;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.298;NF=26;NR=25;PP=524;ReadPosRankSum=-0.807;SC=GTGGGCAAGATAAAAAAAAAA;SOR=0.749;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=51;WE=135544865;WS=135544847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,82:0.96:85
chr9	135602727	rs1999121	T	C	248.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=210;SC=ATAATCGTCCTTCAGTGGTCA;SOR=4.615;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=135602735;WS=135602722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	135603108	rs139398120	TCC	T	598.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=360;SC=AGAGCCTGTGTCCCCCCAACC;SOR=1.911;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=135603117;WS=135603098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	135730257	rs17407084	T	C	9809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=171;NR=171;PP=2965;SC=CTTGATGCAATCCTCTTCAGC;SOR=0.806;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=343;TCF=171;TCR=172;TR=342;WE=135730265;WS=135730247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr9	135739226	rs2251448	T	C	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	135742495	rs17485671	C	T	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=31;PP=891;SC=GACACTCTTGCCATGGAACGC;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=135742503;WS=135742485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	135753215	rs7027831	C	T	8883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr9	135753629	rs2231400	A	G	2550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=43;PP=1361;SC=GTGCGGGGCGATAGTGGCGTC;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=87;WE=135753637;WS=135753619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	135764081	rs1062218	A	G	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=30;PP=821;SC=ACTGGTACCCATGGACCCTGC;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=135764089;WS=135764071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	135771515	rs116917669	A	G	3840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=38;PP=2423;SC=ATTTCCACACATGAACTTGCA;SOR=1.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=97;TCR=38;TR=135;WE=135771523;WS=135771505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr9	135776341	rs7020438	C	A	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=45;PP=1231;SC=CAAAATAAACCAGTCCCATGG;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=63;WE=135776349;WS=135776331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	135777121	rs11243931	A	G	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=47;PP=1460;SC=AGTTTGAGGAACACCAACAGG;SOR=1.409;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=76;WE=135777129;WS=135777111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	135780006	rs67465842	TACACTGG	T	503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=8;PP=469;SC=AGGAGAAGCCTACACTGGACA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=135780020;WS=135779996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	135781563	rs10901220	G	A	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=7;PP=253;SC=AATGGCAGTCGGTATTCCACC;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=135781571;WS=135781553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	135782026	rs7870151	C	A	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.99;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	135782221	rs7862221	T	C	4659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=75;PP=2740;SC=CAGGTGGCTCTTCTGAAGAGA;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=78;TCR=75;TR=153;WE=135782229;WS=135782211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr9	135786112	rs6597586	T	C	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=20;PP=445;SC=ATATGAACACTGAGCCCAACT;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=135786120;WS=135786102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	135786904	rs1073123	A	G	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=42;PP=1271;SC=CTGCCCTGGCATATTTAACAA;SOR=1.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=64;WE=135786912;WS=135786894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	135796608	rs17408598	A	C	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=260;SC=CACAAATTTTAGCTGTATGAG;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=135796616;WS=135796603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	135801283	rs150221955	C	T	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=355;SC=TTAAAAACCACGTTAGCAAAC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=135801291;WS=135801273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	135821099	rs56195815	C	T	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=28;PP=856;SC=AATACTAGGTCGGTGCAAAAG;SOR=1.487;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=53;WE=135821107;WS=135821089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	135862632	rs633153	C	T	7439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=156;NR=111;PP=2965;SC=TCCCAGAAACCGTGGCTATTG;SOR=1.001;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=267;TCF=156;TCR=111;TR=267;WE=135862640;WS=135862622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr9	135937248	rs2735395	G	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.326;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.038;NF=14;NR=5;PP=265;ReadPosRankSum=0.266;SC=CTGTGGGTTTGGGGAAAACTG;SOR=1.508;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=19;WE=135937256;WS=135937238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr9	135944286	rs142943621	A	G	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=6.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.51;MQRankSum=1.862;QD=18.98;ReadPosRankSum=0.368;SOR=0.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
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chr9	135961796	rs10901233	C	T	14961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.71;QD=45.07;SOR=1.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr9	135961809	rs679779	T	C	7427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=156;PP=2965;SC=TCTCTAAGGCTATGACCGCCT;SOR=1.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=78;TCR=156;TR=234;WE=135961817;WS=135961777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr9	135974079	rs1062356	G	C	4863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=95;NR=70;PP=2867;SC=TCCGCTTCTTGAGGACAAAGT;SOR=0.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=95;TCR=70;TR=165;WE=135974087;WS=135974069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr9	135982088	rs2073822	A	C	4755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=83;NR=75;PP=2174;SC=TCTGCAGGGCAGAGAGGATGG;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=84;TCR=75;TR=158;WE=135982096;WS=135982078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr9	135983504	rs2285375	T	C	5093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=100;PP=2548;ReadPosRankSum=-0.867;SC=ATGGAACTGGTGCTGGAGCTG;SOR=0.920;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=89;TCR=102;TR=188;WE=135983512;WS=135983494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,203:0.99:205
chr9	135983902	rs34479413	G	A	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.41;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	135985166	rs3747817	G	A	3986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=55;NR=68;PP=2090;SC=AGGCCCAGGAGGGCAGGGATT;SOR=1.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=57;TCR=71;TR=123;WE=135985182;WS=135985156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr9	136004770	rs34429998	C	T	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=51;PP=1399;SC=TGCTCGTCGCCTGCGTGCCCT;SOR=3.360;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=11;TCR=51;TR=61;WE=136004778;WS=136004760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	136030458	rs651453	C	T	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=21;PP=1214;SC=CCGAGCCTCCCGGGTGCCCAG;SOR=1.578;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=70;WE=136030466;WS=136030448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	136080746	rs1052517	A	G	2174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=32;PP=1289;SC=CAGGTGGTCCAGGCTCTGTGT;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=74;WE=136080754;WS=136080736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	136081391	rs6597608	G	A	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.22;QD=29.70;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	136081466	rs6597609	C	T	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.106;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.366;NF=15;NR=18;PP=575;ReadPosRankSum=-1.202;SC=CAGCCCAGAGCGCGGAGCCCC;SOR=0.117;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=33;WE=136081474;WS=136081456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
chr9	136081598	rs28507496	C	T	4534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=23.99;SOR=1.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr9	136083580	rs2073870	T	G	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=37;PP=1187;SC=TGGATGCACCTATCCTCCCTC;SOR=0.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=71;WE=136083588;WS=136083570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	136083801	rs4310274	A	G	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=26;PP=1515;SC=CACCAGGTGGATCTGGGGAGG;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=82;WE=136083809;WS=136083791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	136131289	rs8176748	C	T	8122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=135;NR=196;PP=2965;SC=AGCCGCTGCACCTCTTGCACC;SOR=1.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=333;TCF=136;TCR=197;TR=331;WE=136131309;WS=136131279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr9	136131347	rs8176745	G	A	7306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.966;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=170;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.376;SC=CCTCGTCCTTGGGGATGTAGG;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=321;TCF=150;TCR=171;TR=316;WE=136131355;WS=136131337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,305:0.99:307
chr9	136131437	rs8176742	C	T	7580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=146;NR=119;PP=2965;SC=TGCCGAACAGCGGAGTCAGGA;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=267;TCF=146;TCR=121;TR=265;WE=136131445;WS=136131427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr9	136131472	rs8176740	A	T	8792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=162;NR=134;PP=2965;SC=TGGTCGCGGAACTCCATGTCC;SOR=0.773;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=297;TCF=163;TCR=134;TR=296;WE=136131480;WS=136131462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr9	136131783	rs8176737	C	T	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.70;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	136131785	rs8176736	T	C	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	136131846	rs7873416	T	C	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=24;PP=673;SC=TTGGAAGGCTTAGAGCAGCAG;SOR=3.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=136131854;WS=136131836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	136132608	rs8176726	C	T	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=462;SC=ACCGACCTGGCGAGCCCACGA;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=136132616;WS=136132605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	136132633	rs2073824	A	G	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=3;PP=510;SC=ACGAGCCCACATGAGCTCAGT;SOR=3.334;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=26;WE=136132641;WS=136132623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	136132707	rs2073825	A	T	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=41;PP=1735;ReadPosRankSum=1.654;SC=CCGCCACCCCACTCTGTCTTG;SOR=0.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=103;WE=136132715;WS=136132697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,115:0.99:116
chr9	136132873	rs8176720	T	C	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=49;PP=1295;SC=CGATGTTGAATGTGCCCTCCC;SOR=1.071;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=87;WE=136132881;WS=136132863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	136132957	rs8176718	C	T	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=14;PP=360;SC=CGTGCGGTCACATGGAGCTGG;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=136132965;WS=136132947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	136137646	rs8176694	T	C	3391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr9	136185077	rs9411507	T	G	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=2;PP=145;SC=TCTCCAGCCTTTGGGGTGCGG;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=136185085;WS=136185067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	136185358	rs544622	T	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.13;QD=24.83;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	136201470	rs563666	C	A	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=520;SC=GTTAAGTCCCCATCTCATGGC;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=136201478;WS=136201460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	136213521	rs616836	T	C	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=48;PP=1095;SC=GGGCCATGGCTGAGCCTCAAG;SOR=1.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=78;WE=136213529;WS=136213511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	136214955	rs553877	A	G	3044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=26;PP=1937;SC=GCAGCCTCTCAGCCCCGCCTC;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=81;TCR=26;TR=107;WE=136214963;WS=136214945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	136218590	rs484248	CA	AG	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=4;PP=213;SC=ATGTAACTTGCATATCAAGTT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=12;WE=136218599;WS=136218583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	136223221	.	GCCCCGCACCCCGCACCCCGCA	G	352.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=39.19;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	136223366	rs523304	G	A	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=11;PP=448;SC=GGACGCAGGAGGCATCTGCAT;SOR=0.902;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=136223374;WS=136223356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	136227260	rs12763	A	G	3089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=65;PP=2153;SC=CACTGATGAGAGCAGGAGAGA;SOR=1.502;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=35;TCR=65;TR=100;WE=136227268;WS=136227250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	136228007	rs61751475	C	T	4794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=76;PP=2649;SC=CTGTAAACAGCCAGGTTAATA;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=77;TCR=76;TR=153;WE=136228015;WS=136227997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr9	136234124	rs1179033	A	G	4076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=47;PP=2386;SC=ACCACCCGCAAAGCCACTCAC;SOR=1.047;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=83;TCR=47;TR=130;WE=136234132;WS=136234114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr9	136237783	rs4962046	C	A	7642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=146;NR=119;PP=2965;SC=TAAGTCTCTCCGAGAACCGCG;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=265;TCF=146;TCR=119;TR=265;WE=136237791;WS=136237773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr9	136259340	rs28394600	C	G	5126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=71;PP=2965;SC=GGATACAGTGCTGGGCAGGGT;SOR=1.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=108;TCR=71;TR=179;WE=136259348;WS=136259330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr9	136268038	rs3124748	C	T	5137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=87;PP=2701;SC=AGCTGCAGAACGCTGGGCTGC;SOR=0.890;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=83;TCR=87;TR=170;WE=136268046;WS=136268028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr9	136268912	rs28510482	A	G	4916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr9	136268962	rs28714280	G	A	2775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	136274058	rs7030175	G	T	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=8.016;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=69.07;MQRankSum=4.478;QD=25.78;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=3.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr9	136277480	rs2285486	A	G	5555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=121;NR=77;PP=2965;SC=TCACGGGCTCAGTTGGTTTGA;SOR=1.050;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=121;TCR=77;TR=198;WE=136277488;WS=136277470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr9	136291063	rs3118667	C	T	7607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=148;NR=100;PP=2965;SC=CGCAGGGTGCCCCAAATATCA;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=148;TCR=100;TR=248;WE=136291071;WS=136291053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr9	136291539	rs3118668	A	G	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=35;PP=1036;SC=AGGTGGTCTTAGCAAGCAGTG;SOR=1.919;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=52;WE=136291547;WS=136291529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	136295290	rs3124773	A	C	3274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=65;PP=2026;SC=CACGTCCCCCAAAACGTGCAT;SOR=1.991;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=32;TCR=66;TR=97;WE=136295298;WS=136295280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr9	136298729	rs739469	G	C	5378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=101;NR=77;PP=2965;SC=TCACCCTGCTGTCTCACCCTC;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=101;TCR=77;TR=178;WE=136298737;WS=136298719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr9	136304497	rs3124768	A	G	7542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=147;NR=120;PP=2965;SC=AATATGTCACATTTCTGACAG;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=268;TCF=147;TCR=121;TR=267;WE=136304505;WS=136304487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr9	136305439	rs2073932	G	A	8734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=181;NR=128;PP=2965;SC=AGCTCCACACGGCTAACAGGG;SOR=1.019;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=310;TCF=181;TCR=129;TR=309;WE=136305447;WS=136305429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr9	136308542	rs3124767	C	T	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.82;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	136328657	rs3124765	T	C	10747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr9	136338603	rs147837646	G	A	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=13;PP=685;SC=GCTGCCAGGGGCTGCGCCAAG;SOR=1.287;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=136338611;WS=136338593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	136340200	rs2073935	T	G	2380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=35;PP=1324;SC=GGCACACGTGTGGGGCCCGTG;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=40;TCR=35;TR=75;WE=136340208;WS=136340190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	136384162	rs11523307	A	G	3119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=58;PP=1925;SC=GGCCAGGGAGACACAGGGGGA;SOR=1.074;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=46;TCR=58;TR=104;WE=136384170;WS=136384152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr9	136385437	rs9802272	A	G	6034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=114;PP=2965;SC=AGGTGGTCACAGCACAAAGAG;SOR=1.009;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=210;TCF=96;TCR=114;TR=210;WE=136385445;WS=136385427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr9	136385453	rs9802273	A	G	5162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=99;PP=2965;SC=AAGAGGCCAGAGCTGGTCCCC;SOR=1.114;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=77;TCR=99;TR=176;WE=136385461;WS=136385443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr9	136401606	rs11507717	A	C	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=27;PP=2103;SC=GTCTTGCCTGAAGCAGGCATT;SOR=1.695;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=77;TCR=28;TR=104;WE=136401614;WS=136401596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	136402345	rs11516156	T	A	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=11;PP=901;SC=TCCTTGGGAGTTCCCCCCAGC;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=136402353;WS=136402336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	136404775	rs148654239	A	ACGGCTGTCC	2345.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=11;PP=2988;SC=TGGCCCCCGCACGGCTGTCCC;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=19;WE=136404783;WS=136404765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	136409529	rs11522325	C	T	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=20;PP=1202;SC=GTGGAGTGGGCGAGTGCCACC;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=66;WE=136409537;WS=136409519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	136409580	rs9802778	T	G	4034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=84;NR=53;PP=2187;SC=ACTGTCATCCTTTTGCCTCCA;SOR=1.008;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=86;TCR=55;TR=137;WE=136409588;WS=136409570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr9	136412041	rs11507719	C	T	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=8;PP=1071;SC=TTTCCTGTCTCGGGAGCATTT;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=46;WE=136412049;WS=136412031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	136412170	rs2073874	C	T	10201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=202;NR=165;PP=2965;SC=CTCTTGCAGACGAAGCTGGCT;SOR=0.817;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=367;TCF=202;TCR=165;TR=367;WE=136412178;WS=136412160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr9	136412236	rs2073875	A	T	9600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr9	136412255	rs2073876	A	C	7921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=127;NR=160;PP=2965;SC=GGTCAAGTACAGGCGGCCCAT;SOR=0.989;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=288;TCF=128;TCR=160;TR=287;WE=136412263;WS=136412245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr9	136412346	rs2073878	C	T	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=58;PP=1541;SC=GTACGTGTGCCGCAGGCCTTG;SOR=2.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=14;TCR=58;TR=72;WE=136412354;WS=136412336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	136412382	rs2073879	T	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=615;SC=CTGGGCACTGTTTCCCCAGAA;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=136412390;WS=136412372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	136561303	rs2502739	A	T	2679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=29;PP=1673;SC=GGCTGTGCCCATGGAGTGACA;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=61;TCR=29;TR=90;WE=136561311;WS=136561293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	136561567	rs2427998	G	T	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=54;PP=1483;SC=CGGGGGCTGTGTCCAACACAC;SOR=4.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=61;WE=136561575;WS=136561557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	136569974	rs2510248	G	A	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=6;PP=533;SC=CTGGGGAGGCGGGGCACACGG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=136569982;WS=136569964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	136570004	rs2502747	GT	AC	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=7;PP=1526;SC=GACGGGGCACGTGGAGGGGCA;SOR=2.160;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=39;WE=136570013;WS=136569994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	136573412	rs2073815	G	A	3878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr9	136578271	rs582326	G	C	3140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=51;PP=1805;SC=GAGAGGCCTGGAGTCCCTTTT;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=102;WE=136578279;WS=136578261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	136584196	rs2027963	T	G	6317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=102;NR=112;PP=2965;SC=CTTGGCATCATCCAGAACTGG;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=214;TCF=102;TCR=112;TR=214;WE=136584204;WS=136584186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr9	136590812	rs150689824	A	AAAAC	1485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.28;QD=43.70;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	136594864	rs2427988	A	G	4736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=101;NR=70;PP=2700;SC=AGACTGACACAGAACCCGGGG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=101;TCR=70;TR=171;WE=136594872;WS=136594854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr9	136596397	rs916619	G	A	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=5;PP=709;SC=GCTGGGAACAGGGGACCCAGA;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=136596405;WS=136596387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	136599146	rs573904	C	T	4272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr9	136599315	rs2488553	G	A	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=24;PP=779;SC=AGGCCTCAGCGAAACAGGGAG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=136599323;WS=136599305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	136629256	.	CTGTG	C,CTG	4439.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.213;QD=31.49;ReadPosRankSum=0.698;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,18,121:0.13,0.86:141
chr9	136629298	rs2797825	A	G	3217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=59;PP=1804;SC=GTGCATGTCTATGTTGGGGTG;SOR=0.991;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=50;TCR=61;TR=109;WE=136629306;WS=136629288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr9	136629399	rs2797826	G	A	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=526;SC=GGGAGTAAGAGCAACCCAGAA;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=136629407;WS=136629389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	136637177	.	A	ACACACGGCCCCGGCGGTCACTGCGTGAGGGC	5036.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=4.439;NF=9;NR=29;PP=1040;ReadPosRankSum=1.814;SC=ACCTGAGCAAACACACGGCCC;SOR=0.836;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=62;TCF=9;TCR=53;TR=38;WE=136637185;WS=136637167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,150:0.99:152
chr9	136637242	rs2510244	A	G	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.86;QD=28.72;SOR=2.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	136640226	rs2488559	G	A	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=40;PP=1181;SC=CAGTGTCTGAGGGGTGCCCAG;SOR=1.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=136640234;WS=136640216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	136641313	rs2077065	G	C	3595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr9	136642678	rs56327511	C	T	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=31;PP=912;SC=ATGCCAATCCCGCTCCTGGAG;SOR=2.024;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=136642686;WS=136642668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	136648535	rs2488563	T	C	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=4;PP=521;SC=CCGTGGGAGATGGTGCCCGAG;SOR=5.211;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=30;WE=136648543;WS=136648525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	136648565	rs680458	G	A	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=3;PP=729;SC=CAGGTGGTAGGGGGCAGAAGT;SOR=4.758;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=39;WE=136648573;WS=136648555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	136648606	rs1468128	G	A	3733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.389;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.81;MQRankSum=0.601;QD=40.15;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,89:0.96:93
chr9	136648611	rs56145872	A	AG	3832.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.372;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;MQRankSum=0.608;QD=42.12;ReadPosRankSum=0.097;SOR=1.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,87:0.96:91
chr9	136648746	rs13283160	G	C	4817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=83;NR=73;PP=2448;SC=TGAGGTCGAGGCTGGGGTCGG;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=83;TCR=73;TR=156;WE=136648754;WS=136648736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr9	136651125	rs56072078	GGTGCCT	G	2141.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=23;PP=1460;SC=TATGTGCACAGGTGCCTGTGC;SOR=1.225;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=26;WE=136651138;WS=136651115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	136651185	rs2023664	G	A	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=19;PP=559;SC=TGCCCATGCTGTACGTGCACA;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=136651193;WS=136651175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	136652465	rs2258889	A	G	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.02;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	136898627	rs433402	A	G	3620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr9	136905474	rs467379	C	T	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=467;SC=TTGGAGGGGGCTTGGGGCGAT;SOR=3.352;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=22;WE=136905482;WS=136905464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	136907005	rs467387	G	A	9769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=169;NR=162;PP=2965;SC=TGGGGGCCGCGGGGGCAGGCA;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=331;TCF=169;TCR=162;TR=331;WE=136907013;WS=136906995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr9	136907108	rs467317	G	A	5764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=89;NR=113;PP=2965;SC=GAAGACATGGGTGCCCATGGG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=89;TCR=114;TR=202;WE=136907116;WS=136907098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr9	136913355	rs464826	T	C	5460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=104;NR=81;PP=2965;SC=CGCAGTAGCGTAGGTGCTCCG;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=104;TCR=81;TR=185;WE=136913363;WS=136913345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr9	137004907	rs28581991	T	C	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=4;PP=1317;SC=ATATAGTTTGTTTCTTGGCTC;SOR=3.578;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=52;TCR=4;TR=56;WE=137004915;WS=137004897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	137005023	rs11556390	C	T	9791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=1.502;SC=AGAAGAAGCCCGAGACCGAGG;SOR=0.289;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=337;TCF=193;TCR=144;TR=335;WE=137005031;WS=137005013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,380:1.00:381
chr9	137006445	rs117926597	G	A	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=6;PP=794;SC=GAAATTGCCCGTGGACCCTGG;SOR=2.885;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=41;WE=137006453;WS=137006435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	137007298	rs28648812	G	A	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.95;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	137013582	rs28695913	G	A	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	137017051	rs34873912	C	T	3519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=62;NR=43;PP=1708;SC=CCCAGCAGCCCGCGTGAGATC;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=62;TCR=43;TR=105;WE=137017059;WS=137017041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	137019511	rs28703244	T	C	10717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=233;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.278;SC=ACGTGGGGGATGGGGAGCGGG;SOR=1.272;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=386;TCF=235;TCR=151;TR=382;WE=137019519;WS=137019501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,404:1.00:406
chr9	137021803	rs28522840	C	T	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=23;PP=647;SC=CGTAGGGTGCCGTCGTCTTCC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=137021811;WS=137021793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	137211146	rs944860	C	G	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=13;PP=1078;SC=ACCCCTATCTCACACCCCCTT;SOR=1.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=137211154;WS=137211136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	137271454	rs34189335	A	G	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=15;PP=425;SC=GCTCCCTGACAGCCGCAGGGT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=137271462;WS=137271444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	137299949	rs1805352	C	A	9318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr9	137320855	rs3118570	G	T	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=13;PP=2128;SC=AGGATGGGTCGGTGACATGCT;SOR=3.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=80;TCR=13;TR=93;WE=137320863;WS=137320845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	137321156	rs1536475	A	G	3204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=83;PP=2383;ReadPosRankSum=-0.745;SC=GAGTTCAGCCACCTTGGCCCC;SOR=2.080;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=17;TCR=84;TR=100;WE=137321164;WS=137321146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr9	137325822	rs3132293	T	C	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=8;PP=822;SC=CCAGCGGCATTCCTCCACCAC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=137325830;WS=137325815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	137328286	rs1805343	G	A	6072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=136;NR=75;PP=2965;SC=CCCCTTGCCCGGCCCTCACCA;SOR=1.333;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=136;TCR=75;TR=211;WE=137328294;WS=137328276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
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chr9	137600269	.	GT	G	380	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=1.0000;HP=3;HapScore=3;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=59.78;NF=20;NR=4;PP=380;QD=17.25;SC=AACTCCCGGGGTGGGGGCTCT;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=24;WE=137600278;WS=137600255;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,24:0.75:32
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chr9	137620417	rs41310209	G	A	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=11;PP=1704;SC=TGGACGGGGCGTCGTGGCGTG;SOR=3.228;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=66;TCR=11;TR=75;WE=137620425;WS=137620407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
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chr9	137686906	rs4072883	C	T	5100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=112;NR=61;PP=2965;SC=GAGTGACTGACCAGCCCCTTC;SOR=1.239;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=112;TCR=61;TR=173;WE=137686914;WS=137686896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr9	137687038	rs4072882	A	G	8570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.100;SC=AGCACGTGCCAGGGGCTGGGG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=329;TCF=162;TCR=167;TR=324;WE=137687046;WS=137687027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,336:0.99:340
chr9	137688048	rs10776902	T	C	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=9;PP=1292;SC=CAGGCTTTGATAGCCACAGAT;SOR=2.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=51;TCR=9;TR=60;WE=137688056;WS=137688038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	137688577	rs3811161	A	G	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=6;PP=986;SC=AGGAAAGGCCATGGGGGTGGG;SOR=4.407;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=48;WE=137688585;WS=137688567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	137688624	rs3811160	A	G	4344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=50;PP=2888;SC=CCACCGGCACAGGCAGGTCAG;SOR=1.863;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=113;TCR=50;TR=162;WE=137688632;WS=137688614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr9	137688657	rs3811159	A	G	8199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=177;NR=105;PP=2965;SC=CTCGGGAGAGACCTCTTGTCC;SOR=1.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=179;TCR=106;TR=282;WE=137688665;WS=137688647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr9	137688780	rs142676375	GCCTGTCCCCTCCAAAACCCA	G	11521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=139;PP=2927;ReadPosRankSum=-0.288;SC=GGCCAGCACTGCCTGTCCCCT;SOR=0.805;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=232;TCF=27;TCR=205;TR=160;WE=137688807;WS=137688770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,435:1.00:437
chr9	137688863	rs72774465	G	A	6405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=1.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr9	137688926	rs7863390	C	T	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=56;PP=1495;SC=ACCCCCCCACCGCCAAGGCGG;SOR=2.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=12;TCR=56;TR=68;WE=137688934;WS=137688916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	137690318	rs4240707	A	T	6255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.352;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=0.518;SC=GTGAGTATCGAGGGTGCTGGG;SOR=0.486;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=210;TCF=103;TCR=107;TR=209;WE=137690326;WS=137690308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,237:1.00:238
chr9	137694032	rs10858281	C	A	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=50;PP=1384;SC=GGAGCAAGCACAGATGTGTTT;SOR=3.442;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=11;TCR=52;TR=60;WE=137694040;WS=137694022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	137702200	rs3827850	G	C	3678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.33;SOR=1.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	137702209	rs3827849	G	A	3490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.54;SOR=1.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	137707942	rs4841934	T	C	2307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=1.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	137708803	rs3811149	A	G	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	137708934	rs10858282	T	G	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.85;ReadPosRankSum=-0.539;SOR=0.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr9	137708960	rs10776910	A	C	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	137708973	rs10858283	A	G	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=19;PP=550;SC=CCTGCATGAAACACCCCCGCC;SOR=1.547;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=31;WE=137708981;WS=137708950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	137709517	rs7854010	T	C	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=24;PP=1935;SC=CTCGTCCCTCTGCCCCTGCAG;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=93;TCF=67;TCR=26;TR=91;WE=137709538;WS=137709507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	137709780	rs11792894	T	C	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=58;PP=1499;SC=CCATGGAGGCTGAGAGTGGCT;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=100;WE=137709788;WS=137709770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	137709795	rs7847840	C	T	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=48;PP=1374;SC=GTGGCTGCCCCAGGGGCACCT;SOR=1.581;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=74;WE=137709803;WS=137709785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	137710961	rs10745388	G	A	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=64;PP=1770;SC=GTGGCCGTGGGTCTCAAACTC;SOR=1.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=31;TCR=65;TR=95;WE=137710969;WS=137710951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	137711997	rs2228560	G	C	8184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr9	137714027	rs9697186	T	C	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.53;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	137716422	rs45443491	C	T	10285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr9	137801314	rs2989734	A	G	6150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.10;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
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chr9	137801800	rs1071583	T	C	8421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
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chr9	137806487	rs2989722	G	A	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=18;PP=649;SC=CTCTGTTGCCGTGTCTCTCTG;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=137806495;WS=137806485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	137806783	rs3012789	G	A	3442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=57;PP=1619;SC=GGTTCCAGGAGCTCTCAGAAT;SOR=1.055;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=110;WE=137806791;WS=137806773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr9	137808427	rs2382714	T	A	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=18;PP=480;SC=GAGGCGGAGATGTGATGGGGG;SOR=1.839;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=27;WE=137808435;WS=137808417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	137809861	rs10117466	G	T	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=256;SC=GGAGGTATGAGGTCATCTCAA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=137809869;WS=137809851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	137968919	rs61043559	G	GAA	8870.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=56;PP=2967;SC=CTCTAGGAGAGGTTTTCTTGG;SOR=0.888;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=101;TCF=40;TCR=61;TR=95;WE=137968927;WS=137968909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr9	137978552	rs4446800	A	G	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=16;PP=557;SC=CCTGCGCTTCAGGTGGGACTG;SOR=1.002;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=137978560;WS=137978542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	137978638	rs695156	T	G	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=11;PP=509;SC=CCTGCCTCTGTGCCTGGGCGC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=137978646;WS=137978628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	137982127	rs500461	T	C	3140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.58;QD=25.74;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr9	137982232	rs56337838	T	G	1635.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.51;QD=34.08;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	137982234	rs10672761	G	GTT	1253.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.387;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;MQRankSum=0.000;QD=27.86;ReadPosRankSum=0.934;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,42:0.93:45
chr9	137988675	rs655559	T	C	2683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr9	138236031	rs914398	A	G	9290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=181;NR=143;PP=2965;SC=CCGGACGCCCAGTCCTGGGCT;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=324;TCF=181;TCR=143;TR=324;WE=138236039;WS=138236021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr9	138236212	rs914397	T	G	3538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=76;PP=2416;SC=ACCGCCCCAATGGGGTTGGTT;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=39;TCR=76;TR=115;WE=138236220;WS=138236202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	138378856	rs2078266	A	G	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=34;PP=1128;SC=AGTGGACAGCAACGACAGCAT;SOR=2.208;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=138378864;WS=138378846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	138379002	rs1975518	T	G	3023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=48;PP=1674;SC=GGAAGGAGCCTGCCCCACCGC;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=60;TCR=48;TR=108;WE=138379010;WS=138378992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	138387483	rs2274650	G	A	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=48;PP=1446;SC=AAAGGAACACGGATTAATGAC;SOR=1.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=73;WE=138387491;WS=138387473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	138391299	rs7037251	T	A	6954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr9	138391517	rs2274651	A	C	3370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=58;PP=2108;SC=GCTATCGAGCAGTGGACGCCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=62;TCR=58;TR=120;WE=138391525;WS=138391507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	138391774	rs2274652	C	T	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=59;PP=1700;SC=GGGGAGCGAGCGGAGGGGCCT;SOR=1.662;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=87;WE=138391782;WS=138391764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	138393053	.	G	GCGCTGCA	1615.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=23;PP=1675;SC=AGGGGCCTGGGCGCTGCACGC;SOR=2.554;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=23;WE=138393061;WS=138393043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	138415201	rs56239374	C	G	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.37;ReadPosRankSum=1.881;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
chr9	138415238	rs56120410	C	G	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.774;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=778;ReadPosRankSum=-0.448;SC=GGCCTTTTGGCCTGGGAAGCC;SOR=0.822;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=50;WE=138415246;WS=138415228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr9	138416919	rs3216169	GC	G	2429.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=23;PP=1870;SC=CTGATGAGGGGCCCCGGTCCT;SOR=1.457;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=49;WE=138416927;WS=138416909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	138453811	rs697448	A	G	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	138454301	rs3748206	C	T	7743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr9	138457482	rs783774	C	A	4022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;SC=CCCCTGTTCTCCCCTGGCCTT;SOR=0.735;Source=Platypus;TCF=73;WE=138457490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr9	138515929	rs12336965	G	T	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=10;PP=759;SC=CCAGCTGTATGCTGGTGATAA;SOR=1.559;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=138515937;WS=138515919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	138515991	rs12351198	A	G	2943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=29;PP=1643;SC=GCTTTTCATAAGTGCTATTGA;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=61;TCR=29;TR=90;WE=138515999;WS=138515981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	138516128	rs61739510	C	T	4768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=66;PP=2519;SC=GGGATGCAAGCTGCTGAGGTC;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=84;TCR=66;TR=150;WE=138516136;WS=138516118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr9	138516346	rs34217442	CA	C	7078.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=80;PP=2971;SC=GCCATCGAGCCACCACCTCTC;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=21;TCR=80;TR=101;WE=138516354;WS=138516336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr9	138516531	rs7466817	G	C	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.61;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	138517853	rs1333241	G	C	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=17;PP=930;SC=GAGGTTAAAGGCTCGTGAATG;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=138517861;WS=138517843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	138518010	rs1333240	A	G	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=46;PP=1420;SC=CCCATAGGACAGGAGCGAGCC;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=87;WE=138518018;WS=138518000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	138518114	rs11103106	G	A	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=18;PP=497;SC=AGCAGGTGCCGAGCAGTAATG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=138518122;WS=138518104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	138523332	rs1333234	C	A	6040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr9	138523411	rs1333233	C	T	3449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=62;PP=1949;SC=TTTGGTGTTTCGTCAACATGC;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=53;TCR=62;TR=115;WE=138523419;WS=138523401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	138557256	rs492708	C	T	3157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=66;PP=1921;SC=CTCTGAAGTCCGGCCCAACCC;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=103;WE=138557264;WS=138557246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	138586198	rs572335	G	A	6213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=127;NR=89;PP=2965;SC=GTGCTTACGCGGGGGGACCAG;SOR=1.028;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=218;TCF=127;TCR=91;TR=216;WE=138586206;WS=138586188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr9	138586309	rs484524	A	G	10645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=182;NR=175;PP=2965;SC=CAGACCTGGAAGCGACAAGCT;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=358;TCF=183;TCR=175;TR=357;WE=138586317;WS=138586299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr9	138586457	rs548911	T	C	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=45;PP=1030;SC=CGGGGAGAAATGCAGAGGCCA;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=53;WE=138586465;WS=138586447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	138586966	rs3119932	GC	AA	3318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.10;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	138587203	rs2769033	A	G	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=16;PP=391;SC=GTCCACTCACACTGACCGAGC;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=138587211;WS=138587193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	138587220	rs2483364	T	C	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=17;PP=479;SC=GAGCACCTGCTCTGCTGCCTG;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=138587228;WS=138587210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	138590138	rs506498	T	C	4195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=99;NR=43;PP=2248;SC=ATCACCGTGATGCCGGAGGAC;SOR=1.409;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=99;TCR=43;TR=142;WE=138590146;WS=138590128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr9	138590347	rs529976	C	T	5139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=73;NR=97;PP=2934;SC=GAAACAAATACCTCTGGGCCC;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=73;TCR=98;TR=170;WE=138590355;WS=138590337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr9	138590680	rs474061	G	C	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=12;PP=689;SC=TTCCCCAACAGGGCTTTTCTG;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=138590688;WS=138590670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	138590928	rs471525	C	T	2645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=56;PP=1674;SC=GCCCGAGCCCCGGGCCGAGTC;SOR=1.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=92;WE=138590936;WS=138590918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr9	138591230	rs558113	C	T	5521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr9	138591266	rs559326	A	G	5234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=87;PP=2965;SC=CCCTGACGGTAGGGATTCTGG;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=91;TCR=87;TR=178;WE=138591274;WS=138591256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr9	138594266	rs5901089	A	AC	2261.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.87;QD=30.56;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	138606581	rs141291153	C	CGG	10006.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=75;PP=2967;SC=GGACCGGGCGCGGGGTGGGGG;SOR=0.776;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=107;TCF=21;TCR=86;TR=95;WE=138606594;WS=138606571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr9	138606586	rs2385007	T	C	10090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=78;PP=2320;SC=GGGCGCGGGGTGGGGGCTGGG;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=63;TCR=78;TR=141;WE=138606594;WS=138606571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr9	138642912	rs10122976	C	A	4244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	138644203	rs10735239	T	C	5352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr9	138645716	rs12378616	C	T	4334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=87;NR=65;PP=2557;SC=TGGAAGCCCTCGGGCAGCAAG;SOR=0.874;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=88;TCR=65;TR=152;WE=138645724;WS=138645706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	138646881	rs4842032	C	T	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	138648813	.	GTCCCCACCC	G	2985	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=60.66;NF=0;NR=133;PP=2985;QD=20;SC=CTCACAGGGGGTCCCCACCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=176;TCF=0;TCR=176;TR=133;WE=138648876;WS=138648803;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:43,133:0.76:176
chr9	138648829	rs13286338	C	G	3496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=35.423;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.93;MQRankSum=0.000;QD=41.63;ReadPosRankSum=2.422;SOR=8.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,82:0.98:84
chr9	138648837	rs59909130	A	C	3507.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=19.191;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.33;MQRankSum=0.000;QD=42.26;ReadPosRankSum=1.733;SOR=8.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr9	138648838	.	G	A	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=19.191;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.47;MQRankSum=0.000;QD=42.29;ReadPosRankSum=1.733;SOR=8.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr9	138648847	.	A	AC	3521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.55;QD=42.95;SOR=8.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	138648851	.	C	CTCCCATCT	3842.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=44.17;SOR=8.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	138650121	.	A	ACAGGCTGCCCCGTGGGCCTCAGCCGAGACACAGGTGTGGCCAGGTGCAGGCTGCCCCGTGGGCCTCAGCCGAGACACAGGTGTGGCCAGGTG	476	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=67.3;NF=43;NR=4;PP=476;QD=11.0425531915;SC=GTGGCCAGGTACAGGCTGCCC;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=66;TCF=57;TCR=9;TR=47;WE=138650130;WS=138650111;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:19,47:0.71:66
chr9	138650122	.	C	T	814	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=69.09;NF=57;NR=3;PP=814;QD=14.1461868758;SC=TGGCCAGGTACAGGCTGCCCC;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=65;TCF=61;TCR=4;TR=60;WE=138650130;WS=138650111;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,60:0.92:65
chr9	138662002	.	G	A	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=19;PP=862;SC=TCCCAGAGGAGGGGCACATGG;SOR=0.735;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=43;WE=138662010;WS=138661992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	138662309	rs10776844	A	G	7474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=118;NR=152;PP=2965;SC=GCCGGGCTGCATCCACAGGGC;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=270;TCF=118;TCR=152;TR=270;WE=138662317;WS=138662299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr9	138662661	rs10858172	G	A	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=26;PP=1366;SC=GGGACAGGGCGGGTGAGCGGC;SOR=1.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=72;WE=138662669;WS=138662651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	138669261	rs914428	G	A	9217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=154;NR=161;PP=2965;SC=CGGCAGAGACGGCCGGCAATG;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=315;TCF=154;TCR=161;TR=315;WE=138669269;WS=138669251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr9	138675790	rs10776847	C	G	3562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=19;PP=1511;SC=GGTGCACACACAGTGCCCTCG;SOR=1.966;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=70;WE=138675809;WS=138675780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	138675801	rs10776848	A	C	3894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=23;PP=1815;SC=AGTGCCCTCGACCCCGTGGCT;SOR=1.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=83;WE=138675809;WS=138675780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	138676328	.	GCTCCCTCC	G	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.86;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	138678016	rs36221684	CGCCCT	C	3773.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=62;PP=2986;SC=CACCCCTCCCCGCCCTGCCCT;SOR=2.662;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=94;TCF=12;TCR=82;TR=72;WE=138678028;WS=138678006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	138679863	rs11103189	A	G	2916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=35;PP=1764;SC=GCACCCGCCCACTGTGCCGGC;SOR=1.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=66;TCR=35;TR=101;WE=138679871;WS=138679853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr9	138679895	rs11103190	T	C	4750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr9	138683575	rs41299048	T	C	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.28;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	138683790	rs41306389	T	C	9924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.05;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr9	138683798	rs41310949	C	T	9434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.71;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr9	138683940	rs138282349	G	A	8062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=159;NR=129;PP=2965;SC=TCCCAGAGCCGGAAGAGCAGC;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=289;TCF=160;TCR=129;TR=288;WE=138683948;WS=138683930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr9	138703476	rs7042455	G	C	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=2.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	138706844	rs3739465	A	G	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=8;PP=1036;SC=AGTAACTCTCATGCATCAAAG;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=51;WE=138706852;WS=138706834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	138707727	rs913342	C	G	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=38;PP=1279;SC=GGAGGGCGAACGCCGTCACCT;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=78;WE=138707735;WS=138707717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	138742077	rs35981196	C	G	4065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr9	138754582	rs2039330	A	C	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=10;PP=265;SC=CAATTGCAATAATCTAGAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=138754590;WS=138754572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	138757088	rs41306399	A	G	4172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	138816898	rs4842048	T	C	2960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	138816947	rs11103223	G	A	4376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=25.75;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr9	138817000	rs11103224	T	C	7128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=44.00;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr9	138817003	rs11103225	C	G	7080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=45.10;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr9	138817178	rs10776854	C	A	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.22;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	138836941	rs140946801	GCCT	G	7882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=76;PP=2969;SC=CTCATCTCTGGCCTCCTCATC;SOR=0.822;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=8;TCR=82;TR=83;WE=138836951;WS=138836931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr9	138838140	rs7028495	T	C	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=38;NR=18;PP=839;SC=ACAATTCCACTGCATCTGGGT;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=56;WE=138838148;WS=138838130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	138852789	rs35679979	G	A	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	138852814	rs76146588	C	G	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=2.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	138898893	rs4842070	C	G	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.94;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	138899253	rs56162840	G	GCA	6357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=101;PP=2704;SC=ACACGCACGTGCACACAGACG;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=122;TCF=4;TCR=118;TR=104;WE=138899267;WS=138899243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr9	138899301	rs56188305	GCA	G	4160.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=70;PP=2977;SC=ACACACACGCGCACACAGACG;SOR=1.561;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=6;TCR=70;TR=76;WE=138899320;WS=138899291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	138899311	rs56102761	GCA	G	4104.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=56;PP=2747;SC=GCACACAGACGCACACACACA;SOR=0.602;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=6;TCR=56;TR=62;WE=138899320;WS=138899291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,91:0.99:92
chr9	138903671	rs9626	A	G	9641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=180;NR=160;PP=2965;SC=GTGCCGCGGCAGGCGGGAACT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=342;TCF=182;TCR=160;TR=340;WE=138903679;WS=138903661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr9	138904997	rs2280485	T	C	4268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=157;PP=2965;SC=GGCTGGGATCTGAACCCAGCC;SOR=5.002;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=66;TCR=157;TR=223;WE=138905013;WS=138904987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
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chr9	138905884	rs11103273	T	C	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.55;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr9	139008803	rs3739466	T	G	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=30;PP=1037;SC=TCCAGGCGGCTGTTGGCGTAG;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=70;WE=139008811;WS=139008793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	139010319	rs1717447	A	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr9	139089717	rs7850466	TA	GC	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=1185;SC=TGACAGGTCATAACAGGCCCC;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=139089726;WS=139089707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	139090465	rs3215774	T	TC	4397.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.185;NF=30;NR=49;PP=1409;ReadPosRankSum=1.317;SC=CGCGCGCTCGTCCCCCCCCGA;SOR=0.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=79;WE=139090473;WS=139090455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,159:0.98:162
chr9	139091797	rs1924521	A	C	3657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=48;PP=2129;SC=GGTTGGAGAGAGGCAAGCGGC;SOR=0.978;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=74;TCR=48;TR=122;WE=139091805;WS=139091787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr9	139092679	rs4842131	T	C	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=33;PP=1088;SC=CGCGAGCCAGTCTCCCCTCCG;SOR=1.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=139092687;WS=139092669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	139094773	rs2274115	A	G	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=17;PP=880;SC=CGGTGCAGCCACTCGGCCCGG;SOR=1.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=139094781;WS=139094763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	139094805	rs2274116	C	T	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.86;SOR=1.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	139100805	rs9696116	T	C	8600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=145;NR=145;PP=2965;SC=GCAAGCTCTCTGGAAGGGCAG;SOR=0.803;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=292;TCF=146;TCR=146;TR=290;WE=139100813;WS=139100795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr9	139107230	rs10858247	T	C	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	139107287	.	C	T	388	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=17;PP=388;QD=23.487289586;SC=CAACTGTACACATAAGATCTG;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=139107295;WS=139107277;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	139108359	rs55791344	G	A	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=6;PP=387;SC=CCCGGGCCCCGAGCAGGGAGA;SOR=1.382;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=24;WE=139108367;WS=139108349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	139110654	rs12684650	C	T	6238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr9	139137626	rs79849109	C	T	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.08;ReadPosRankSum=-0.584;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr9	139142710	rs62579871	G	A	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=49;PP=1833;SC=GCTCCCGGGCGAGGGGTGTCT;SOR=1.029;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=92;WE=139142718;WS=139142700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	139142808	rs66470520	T	C	3383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=49;PP=1954;SC=GTAGAGGGCCTTGGCAGCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=64;TCR=49;TR=113;WE=139142816;WS=139142798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	139221798	rs76115134	T	C	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.34;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	139221808	rs144733220	ACCCCCTC	A	323.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=13;PP=786;SC=TGGGGCCCACACCCCCTCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=15;WE=139221822;WS=139221788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	139222174	rs28495820	T	C	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=10;PP=193;SC=GCCCCGCCCGTGGCCGACGAG;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=139222182;WS=139222164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	139222232	rs62579957	G	A	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.38;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	139222249	rs62579958	C	T	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.52;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	139230292	rs28447209	T	G	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=12;PP=929;SC=ATCACCTCAGTGGTTGCAGGC;SOR=1.958;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=139230300;WS=139230282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	139230585	rs28583929	T	C	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.30;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	139235415	rs60980157	C	T	1987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=1.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	139257411	rs10870202	T	C	6823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=103;PP=2965;SC=TGGGTGGCCTTCTGGCCCAGC;SOR=0.851;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=133;TCR=103;TR=236;WE=139257419;WS=139257401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr9	139258462	rs1135314	A	G	3918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=79;NR=51;PP=2220;SC=CACTAATACAATGCATGCATG;SOR=1.006;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=80;TCR=51;TR=130;WE=139258470;WS=139258452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr9	139261933	rs3812555	C	T	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=39;PP=1900;SC=CTGAACTGCTCGTGTGCCCTC;SOR=1.028;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=64;TCR=39;TR=103;WE=139261941;WS=139261923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	139266405	rs10781499	G	A	7666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=149;NR=116;PP=2965;SC=CCTCATCATCGGGGTTCAGGA;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=150;TCR=116;TR=265;WE=139266413;WS=139266395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
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chr9	139271919	rs11791262	C	T	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=12;PP=1113;SC=GCCCCCACCCCACTGCTCCAG;SOR=2.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=57;WE=139271927;WS=139271909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr9	139273402	rs3812567	C	T	5050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=64;PP=2686;SC=GTTTGGCTGCCGCGGGGGCCC;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=97;TCR=64;TR=161;WE=139273410;WS=139273392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr9	139274523	rs11145793	G	A	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=22;PP=631;SC=CAGTGGCTACGGCACAGAGCC;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=139274531;WS=139274513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr9	139275294	rs3812571	G	C	7194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=125;NR=115;PP=2965;SC=CAGTATCGATGTGGAACAGCT;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=240;TCF=125;TCR=115;TR=240;WE=139275302;WS=139275284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
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chr9	139277994	rs147271628	CGCT	C	4673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.162;NF=33;NR=61;PP=2993;ReadPosRankSum=-2.027;SC=TCGTCCTCCTCGCTGCTGCTG;SOR=0.950;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=114;TCF=35;TCR=79;TR=94;WE=139278007;WS=139277984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,172:0.99:174
chr9	139279173	rs10781510	G	A	5054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
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chr9	139289825	rs4266763	A	G	10854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr9	139290011	rs11145874	G	A	2967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=65;PP=2163;SC=GGGGGCTCTGGGGGTGGGGAG;SOR=1.336;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=124;TCF=43;TCR=81;TR=107;WE=139290019;WS=139290001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	139290251	rs4498662	C	G	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=45;PP=1448;SC=TGGCATGTGACGAGATGAGAC;SOR=1.166;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=79;WE=139290259;WS=139290241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	139298593	rs1051957	A	G	3157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=68;NR=48;PP=1935;SC=TCAGGCTGGCACCCTGGCCGC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=68;TCR=48;TR=116;WE=139298601;WS=139298583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	139299673	rs3812578	G	C	5504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
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chr9	139300547	rs10781518	A	G	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=22;PP=621;SC=TCAGTGCAGCATCCACCTGCA;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=139300555;WS=139300537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	139301583	rs3087886	T	C	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=10;PP=719;SC=GAGGGCGCCGTGAGGCTCACT;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=139301591;WS=139301573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	139302015	rs141528863	TAA	T	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.34;ReadPosRankSum=0.106;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
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chr9	139302200	rs11145917	C	T	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	139302526	rs11145919	G	T	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=19;NR=25;PP=657;SC=CCATGACTCAGGCAGCACTAG;SOR=1.201;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=139302534;WS=139302516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	139303269	rs10870139	G	A	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=5;PP=372;SC=GGGCTTCCCCGCTCCCTGATG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=139303277;WS=139303259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	139303290	rs4298601	G	C	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=7;PP=543;SC=TCACCTCGCTGCTACTCTAGG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=139303309;WS=139303280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	139303301	rs4487900	A	G	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=569;ReadPosRankSum=1.982;SC=CTACTCTAGGATCAAGACTGA;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=29;WE=139303309;WS=139303280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr9	139305007	rs4400498	C	T	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.07;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr9	139305041	rs4400499	C	T	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.89;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	139311471	rs3812581	C	T	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=10;PP=661;SC=CAAAGATCAACCGAGAGGTGC;SOR=1.378;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=139311479;WS=139311461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	139312996	rs10870160	C	T	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=15;PP=1123;SC=CTCTGCCCTCCGTCCCTGCAG;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=63;WE=139313004;WS=139312986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	139316601	rs10870165	C	T	6252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr9	139316744	rs11145974	C	T	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=69;PP=1988;SC=GAGAAGGGCTCAGTAGAGGAC;SOR=1.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=53;TCR=70;TR=121;WE=139316752;WS=139316734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	139324029	rs35873563	C	T	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=259;SC=CACAGTCCCTCGGATCCCCGA;SOR=2.147;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=139324037;WS=139324019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	139324737	rs33982662	C	A	4260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=48;PP=2598;SC=ACTTGTCTCGCCCCGGCCTCA;SOR=1.314;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=94;TCR=48;TR=142;WE=139324745;WS=139324727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr9	139325641	rs68002978	C	T	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	139326253	.	T	C	704	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=22;MQ=57.01;NF=22;NR=5;PP=704;QD=27.361896761;SC=TCTCCCTCCATGCCCGCCCCC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=27;WE=139326266;WS=139326243;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr9	139327034	rs10870194	A	G	4261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.336;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=57;PP=2304;ReadPosRankSum=-0.656;SC=CCTTCCCGTCACCTGCTGTGG;SOR=0.480;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=83;TCR=58;TR=140;WE=139327042;WS=139327024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,165:0.99:166
chr9	139327062	rs34936112	G	A	8153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.31;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr9	139327062	.	GGA	AGG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=85;NR=66;PP=2947;QD=20;SC=AATGGGGTAGGGACCACAGGG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=87;TCR=67;TR=151;WE=139327072;WS=139327052;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,151:0.98:154
chr9	139327064	rs34302850	A	G	8153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.80;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr9	139327143	rs35531907	C	T	4165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=49;PP=1514;SC=CCCCGGCAGACGCAACCCCAC;SOR=1.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=42;TCR=49;TR=91;WE=139327162;WS=139327133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	139327154	rs34985258	C	T	3967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=48;PP=1484;SC=GCAACCCCACCGGGCATCCGC;SOR=1.080;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=85;WE=139327162;WS=139327133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	139327277	rs34619169	G	A	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=13;PP=821;SC=CTTAGCAAGCGTGGTGCCCAC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=139327285;WS=139327267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	139327439	rs10781542	A	G	6030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=120;NR=93;PP=2965;SC=AGAGGAAGGAAGTGCCAAAAA;SOR=0.898;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=213;TCF=120;TCR=93;TR=213;WE=139327452;WS=139327429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr9	139327599	rs71269007	G	GCGCCCACCCCTCCAGCCA	8368.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.919;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=42;PP=2967;ReadPosRankSum=0.362;SC=CCCTCCAGCCGCGCCCACCTG;SOR=2.761;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=158;TCF=23;TCR=135;TR=44;WE=139327607;WS=139327589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,181:0.99:182
chr9	139328722	rs7851507	G	T	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=30;PP=963;SC=CAAAAAGGGAGCTGCCCGGTC;SOR=0.968;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=64;WE=139328730;WS=139328712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	139333049	rs5901103	GCCCT	G	1582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=3;PP=870;SC=CACCCGCCAGGCCCTCCCTAC;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=139333060;WS=139333039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	139340351	rs36066734	A	G	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=491;SC=AACCCTGTTGACTCTAGACCC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=139340359;WS=139340341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	139341529	rs3841203	CA	C	2907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;SC=ACAGGCAAATCAAAAAAAAAA;SOR=1.220;SbPval=0.9;Source=Platypus;TCF=13;WE=139341538;WS=139341519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr9	139341612	rs3812591	T	C	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=41;PP=1593;SC=GAGAGACTCATAGAAAGAGGA;SOR=1.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=79;WE=139341620;WS=139341602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	139342721	rs139964816	C	T	6457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr9	139350595	rs17610266	G	A	2963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=47;NR=47;PP=1489;SC=GCTGGGGATCGAAGAGTCGTA;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=94;WE=139350603;WS=139350585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	139354097	rs35857370	G	A	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=28;PP=888;SC=CACCAGAGACGCCAGCCGGAC;SOR=2.242;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=139354105;WS=139354087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	139357273	rs55824202	A	T	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=14;PP=1029;SC=TGAAGGCTGCAACCCCGCACC;SOR=2.015;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=59;WE=139357281;WS=139357263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	139360354	rs3124590	A	G	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=12;PP=678;SC=TTCAGATGCCAGGCTGGGTGG;SOR=1.514;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=42;WE=139360362;WS=139360344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	139368953	rs3812594	G	A	4466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=81;PP=2809;SC=TGATAAAAACGGTCAAGGTTA;SOR=1.031;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=150;TCF=68;TCR=82;TR=149;WE=139368961;WS=139368943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr9	139369062	rs3812595	C	T	3740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=54;PP=2042;SC=CAGGATTTTCCAAAGTCCTGC;SOR=0.797;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=73;TCR=54;TR=127;WE=139369070;WS=139369052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr9	139371342	rs11999525	G	A	2813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=51;NR=34;PP=1357;SC=TGGTGGCACAGGGCACCCCGC;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=85;WE=139371350;WS=139371332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	139371405	rs11999532	G	C	3385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.09;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr9	139371786	rs6560632	A	C	7907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=149;NR=116;PP=2965;SC=GTGTGTGAGGAACAAGCAAAC;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=265;TCF=149;TCR=116;TR=265;WE=139371794;WS=139371776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr9	139372224	rs66477686	T	C	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=18;PP=568;SC=AAGAGAAACATTGAACATGAT;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=139372232;WS=139372214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	139378914	rs34376913	T	C	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=9;PP=477;SC=CCGGGCCCACTCACCTGCACA;SOR=1.005;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=139378922;WS=139378904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	139397426	rs11574905	G	A	9159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr9	139400406	rs11145764	C	T	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=12;PP=358;SC=ACACCCAGCCCTCGGCCAGCA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=139400414;WS=139400396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	139400904	rs4880098	C	T	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=2;PP=192;SC=CCGGTCTGCGCCCCGAGGCCC;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=139400912;WS=139400894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	139402663	rs3124597	T	C	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=52;PP=1467;SC=GGACCCGAGCTGGGTGGGCAC;SOR=1.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=94;WE=139402671;WS=139402653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	139402908	rs3812603	T	C	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=27;PP=687;SC=AACGCACATCTGCCAAGGGGC;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=45;WE=139402916;WS=139402898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	139403240	rs35987207	T	TG	385.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=3;PP=335;SC=CAGTGGGACCTGGGGTGACCG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=139403248;WS=139403237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	139403268	rs3125000	T	C	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=4;PP=292;SC=CTCCCGCAGGTAGGCACCCAC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=139403276;WS=139403258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	139403554	rs3124598	T	C	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	139405261	rs3125001	C	T	4423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr9	139407452	rs3812608	C	T	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=39;PP=1476;SC=CCCTCCAGCACAGGCCCCACC;SOR=1.366;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=61;WE=139407460;WS=139407442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	139407932	rs2229971	A	G	7420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr9	139410177	rs3124603	T	C	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=15;PP=369;SC=CCCTGGACCGTGGGAGGGGCG;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=139410185;WS=139410167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	139410424	rs3125006	A	G	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=14;PP=944;SC=GGTGGGCGCCAGCCCGCACCT;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=60;WE=139410432;WS=139410414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	139410589	rs4880099	A	G	3082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr9	139410679	rs4880100	T	C	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=26;PP=801;SC=CTCAGCCAGCTCCAGCTCTCC;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=139410687;WS=139410669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	139411714	rs11145767	T	C	3838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=56;PP=2031;SC=GGGGCGGGGGTGGCCCTCACC;SOR=1.002;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=83;TCR=56;TR=138;WE=139411722;WS=139411704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr9	139411880	rs9411254	G	A	5429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr9	139412197	rs9411208	G	A	5013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=110;NR=69;PP=2965;SC=GGCCCCGGCCGACGCACCGGG;SOR=1.069;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=111;TCR=70;TR=179;WE=139412205;WS=139412187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr9	139418260	rs4489420	A	G	2958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=36;PP=1652;SC=TGAGGCAGGCATTGTCCAGGG;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=64;TCR=36;TR=100;WE=139418268;WS=139418250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	139562993	rs4880118	C	T	9316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=189;NR=128;PP=2965;SC=GGCTGACCCCCTCTCCACCCC;SOR=0.982;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=318;TCF=190;TCR=128;TR=317;WE=139563001;WS=139562983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr9	139565285	rs1140713	C	T	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=49;PP=1373;SC=GCAGCGGGGGCGGCAGAGGCC;SOR=1.670;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=73;WE=139565293;WS=139565275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	139566823	rs1051828	A	G	4366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=95;PP=2880;SC=GGGTCCAGAAACCACCTCGGG;SOR=1.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=60;TCR=95;TR=155;WE=139566831;WS=139566813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	139569066	rs9411215	A	G	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=10;PP=678;SC=CATTCGCCACATGGTCACCGT;SOR=1.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=139569074;WS=139569056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	139572068	rs2236514	C	G	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.92;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	139616742	rs945384	A	G	4480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr9	139616840	rs3739939	G	A	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	139621107	rs138866217	AG	A	1458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=7;PP=1279;SC=AGGCCAGCCTAGCCCAGCGCG;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=139621115;WS=139621097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	139621168	rs2275160	G	A	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=37;PP=1940;SC=AGATACCAGCGAAGGAAAACA;SOR=1.315;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=65;TCR=38;TR=102;WE=139621176;WS=139621158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	139639532	rs145717467	CGGCCCACGCACCACACAGCTCCCAACGTGGGCCCCGAGT	C	4062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.140;NF=35;NR=24;PP=2977;ReadPosRankSum=-1.327;SC=GGCCCCCAAGCGGCCCACGCA;SOR=1.440;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=59;WE=139639578;WS=139639522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,142:0.98:145
chr9	139642961	rs2811728	G	A	6661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=118;NR=106;PP=2965;SC=CTGCGCCGCAGGCCCAGGATG;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=119;TCR=107;TR=224;WE=139642969;WS=139642951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr9	139649580	rs879467	G	A	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=33;PP=2044;SC=TCGGGGGTCAGGCTCACCTCC;SOR=1.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=77;TCR=33;TR=110;WE=139649588;WS=139649570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr9	139650060	rs2784068	C	A	7083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=117;PP=2965;SC=ATCCTGCCCCCACCCAGTCCC;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=114;TCR=117;TR=231;WE=139650068;WS=139650050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr9	139650167	.	G	GAACAGCATGGGGAACAGTGCAGGGAACCCTGCAGGGAACAGCATGGGGAACGGTGCAGGA	1051	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;QD=1051.00;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,0:0:1
chr9	139650595	rs35874639	T	G	16721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.12;MQRankSum=-0.385;QD=39.72;ReadPosRankSum=1.557;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,419:1.00:421
chr9	139650619	rs35341952	A	G	16384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.13;MQRankSum=-0.277;QD=31.39;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,521:1.00:522
chr9	139651163	rs57411373	A	AG	781.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=640;SC=GGAGTATCCCAGGCCTGGAGC;SOR=2.030;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=139651171;WS=139651153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	139652338	rs9411272	C	G	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
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chr9	139656706	rs2297723	A	C	3694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=77;NR=53;PP=2049;SC=TCCTGGAAGGACTTCAGAGCC;SOR=1.063;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=77;TCR=53;TR=130;WE=139656714;WS=139656696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr9	139657834	rs9987876	G	C	4168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
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chr9	139658576	rs4880140	G	C	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=37;PP=1195;SC=GAGTGGCCATGTCTTGGGTGT;SOR=2.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=46;WE=139658584;WS=139658566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	139690840	rs1055995	G	A	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=22;PP=644;SC=TGGGGGGCCTGAGAGCAGCCA;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=139690848;WS=139690830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	139699964	rs2811793	T	C	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=36;PP=1153;SC=GCCTCTCACGTCTGGGTAATG;SOR=1.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=55;WE=139699972;WS=139699954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	139700605	rs2811795	T	C	2753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=58;NR=25;PP=1258;SC=CTGTGAGGAGTGGCGGGTGCA;SOR=1.146;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=83;WE=139700613;WS=139700595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	139701108	rs2254143	A	C	7817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.15;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr9	139701983	rs3739944	C	G	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.789;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.43;ReadPosRankSum=1.788;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
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chr9	139730129	rs2811744	T	C	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=7;PP=477;SC=ATTCAGGGGCTGTGGGGCTGG;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=139730137;WS=139730119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	139731969	rs2811742	C	T	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.85;QD=23.99;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	139732331	rs2811741	G	C	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=7;PP=313;SC=CCCGGCCGCAGAGGGCCCAGC;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=139732339;WS=139732321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	139739643	rs10870132	T	C	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=4;PP=528;SC=GGCCCCTGCCTGGGCCCCGGG;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=139739651;WS=139739633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	139744807	rs872463	A	G	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=22;PP=2184;SC=ACACCCCCAGACATGGCCGGC;SOR=2.189;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=70;TCR=22;TR=92;WE=139744815;WS=139744797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	139746992	rs10123375	G	A	5173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=78;NR=84;PP=2699;SC=GGCAGTGACGGACACCAGGGC;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=78;TCR=84;TR=162;WE=139747000;WS=139746982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr9	139748483	rs45449193	G	A	7675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=146;NR=124;PP=2965;SC=CCACAGGGGCGCTGTGGCTCT;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=273;TCF=147;TCR=126;TR=270;WE=139748491;WS=139748473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr9	139749067	rs7869864	C	T	6109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=133;NR=65;PP=2965;SC=GGAACCACCGCGCTGGTGGTC;SOR=1.360;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=133;TCR=65;TR=198;WE=139749075;WS=139749057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr9	139752899	rs2275156	T	G	12001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;PP=2965;SC=CCACCTGGCCTGGCCCGGCCT;SOR=0.923;Source=Platypus;WE=139752907;WS=139752889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr9	139760830	rs76229681	CG	C	2889.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=64;PP=2043;SC=TGGCTGCACGCGGGGGGCGGG;SOR=2.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=2;TCR=74;TR=66;WE=139760838;WS=139760820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	139804274	rs4567138	G	A	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=7;PP=1364;SC=GTGCTCCTGCGGCCCCTCGGC;SOR=3.767;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=50;TCR=8;TR=57;WE=139804282;WS=139804264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	139804346	rs4448378	C	T	5549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr9	139815053	rs10781522	G	A	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=27;PP=773;SC=AGCAGGTCCTGGAGCTTTAGA;SOR=2.242;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=139815061;WS=139815043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	139818169	rs17250631	CTT	C	1181.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=20;NR=3;PP=890;SC=GGAAAAAAAACTTTTCTTTGC;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=23;WE=139818178;WS=139818159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	139820421	rs7852970	G	A	4158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=81;PP=2310;SC=GGGCCACCACGCTGGGCCAGG;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=59;TCR=82;TR=140;WE=139820429;WS=139820411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr9	139836362	rs7040705	G	A	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=4;PP=437;SC=CCCAGGTCTGGGCTTGTGACC;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=139836370;WS=139836352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	139837700	.	ACC	A,AC	372.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.63;QD=24.85;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,7:0.53,0.47:15
chr9	139837990	rs2271872	G	C	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=42;PP=1016;SC=TCCTGGGCCCGGGCCTTCCTC;SOR=1.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=64;WE=139837998;WS=139837980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	139839904	rs2071006	T	G	8006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr9	139840471	rs7862602	G	T	5103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.899;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=0.278;SC=GGGCTGCAGGGCATGTGGGTG;SOR=0.091;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=116;TCR=75;TR=185;WE=139840479;WS=139840461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,197:0.99:200
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chr9	139875318	.	C	CCATTCATT	1344.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.6387;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.348;NF=1;NR=20;PP=1387;ReadPosRankSum=1.742;SC=GTGAGCCACTCCATTCATTCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=2;TCR=49;TR=21;WE=139875326;WS=139875308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr9	139877698	rs968516	A	C	14611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,563:1.00:563
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chr9	139878828	rs4880082	T	C	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	139879067	rs2049042	T	C	1937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=18;PP=1324;SC=GGAGGCTGCATGGACTGCTGG;SOR=2.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=68;WE=139879075;WS=139879057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	139879113	rs2049041	G	A	3386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=1.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr9	139887042	rs10870159	G	C	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=30;PP=1079;SC=GGGAGGTAGGGGTGCAGGGAG;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=77;WE=139887050;WS=139887032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	139902214	rs10870161	A	G	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=124;SC=CGCAGTGACCACAGGGCATGG;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=139902222;WS=139902204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	139902712	rs4880185	A	G	8907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=175;NR=126;PP=2965;SC=CTCCAGGCCTATCTGCAAGTG;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=301;TCF=175;TCR=126;TR=301;WE=139902720;WS=139902702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr9	139902786	rs4880186	G	C	16185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.75;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr9	139902797	rs4880187	C	G	16303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.59;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr9	139903352	rs59031144	G	GC	4581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.343;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.174;NF=7;NR=121;PP=2658;ReadPosRankSum=0.472;SC=GCCTGGCAGCGCCCCCCCACC;SOR=3.979;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=183;TCF=43;TCR=140;TR=128;WE=139903374;WS=139903342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,176:0.98:179
chr9	139904037	rs7048567	A	G	11823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=209;NR=193;PP=2965;SC=TGATGAGGTCAAGGATGAGGT;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=402;TCF=209;TCR=193;TR=402;WE=139904045;WS=139904027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr9	139906359	rs2271862	G	A	7985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr9	139906513	rs2271863	T	C	4675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr9	139906686	rs45540434	G	A	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=36;PP=1060;SC=GCTCCTCCCCGCCCCGCCCCG;SOR=4.514;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=39;WE=139906694;WS=139906676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	139907842	rs4880188	T	C	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=44;PP=1261;SC=CTCGCCCGCCTGGCCCACCAA;SOR=2.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=55;WE=139907850;WS=139907832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	139908139	rs10870162	A	G	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=9;PP=579;SC=AGGAGACAGGACTCCCGGATG;SOR=1.358;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=23;WE=139908147;WS=139908129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	139908265	rs10781531	T	C	4015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=49;PP=2126;SC=CCAGCACCCCTGTCCAGCCGG;SOR=1.218;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=86;TCR=49;TR=135;WE=139908273;WS=139908255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr9	139910648	rs6560657	T	C	7092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=109;PP=2965;SC=GGCGGGGTCATGACCCCACGC;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=131;TCR=109;TR=240;WE=139910656;WS=139910638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr9	139912178	rs879854	G	A	5848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=78;PP=2965;SC=GGCAGGCCCCGGGGAGGACGC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=116;TCR=80;TR=194;WE=139912186;WS=139912168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr9	139912484	rs908832	A	G	10943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=184;NR=195;PP=2965;SC=GCTCCACCACATCGTGCCCCA;SOR=0.817;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=380;TCF=185;TCR=195;TR=379;WE=139912492;WS=139912474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr9	139913239	rs908828	T	G	3789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=50;PP=2479;SC=CTCCTCGTCGTGGAAGCCCTT;SOR=1.253;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=86;TCR=50;TR=136;WE=139913247;WS=139913229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr9	139916471	.	A	ATGGCTCAGATGGGGGTG	2900	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=59.79;NF=0;NR=15;PP=2900;QD=20;SC=GTGTGGGGGAATGGCTCAGAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=15;WE=139916479;WS=139916461;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:34,15:0.31:49
chr9	139923265	rs4880189	A	G	4453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=83;NR=60;PP=2310;SC=GCTCGCCGTGAGCGGAGCAGG;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=83;TCR=61;TR=143;WE=139923273;WS=139923255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr9	139926402	rs7469569	T	C	12121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=254;NR=208;PP=2965;SC=TGTCCCCAGCTTGGGCCTCCC;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=462;TCF=254;TCR=208;TR=462;WE=139926410;WS=139926392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,454:1.00:454
chr9	139932419	rs113594406	C	CT	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-1.401;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr9	139937795	rs10781535	T	C	8763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.82;SOR=1.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr9	139937799	rs10781536	G	A	8832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.07;SOR=1.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr9	139943429	rs7873815	G	A	5593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=118;PP=2965;SC=AGGCGCGCTCGTCGAAGCCGT;SOR=0.921;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=211;TCF=91;TCR=120;TR=209;WE=139943437;WS=139943419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr9	139943549	rs7390981	G	A	8024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=1.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr9	139944496	rs10870169	T	C	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.75;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	139944509	rs10735661	T	C	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.522;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=6.784;NF=19;NR=19;PP=698;ReadPosRankSum=1.156;SC=CACCCGCCTGTCCCTACTCAC;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=139944517;WS=139944486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
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chr9	139945051	rs7869520	A	G	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=38;PP=1116;SC=CCAGCCTGACAAACCTCCCAC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=54;WE=139945059;WS=139945041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	139946804	rs2271867	C	G	3736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.68;SOR=2.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
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chr9	139946916	rs11145979	G	A	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=639;SC=ACCCAGTCATGTGCCAAGCCT;SOR=4.047;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=139946924;WS=139946895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	139960178	rs2176674	A	G	8124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=149;PP=2965;SC=ACACGTCCACACATGCATGAG;SOR=0.943;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=132;TCR=149;TR=281;WE=139960186;WS=139960168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr9	139960894	rs72763246	C	T	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	139964551	.	TGCG	T	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.157;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr9	139972900	rs10870176	T	C	19906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=729;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=349;NR=334;PP=2965;SC=CCGAGCCCCGTCTGCCTGCAG;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=684;TCF=349;TCR=335;TR=683;WE=139972908;WS=139972890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,728:1.00:728
chr9	139973186	rs7390974	T	C	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=55;PP=1742;SC=GGGAGCGTAGTTGGGGGTCCA;SOR=2.524;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=71;WE=139973194;WS=139973176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	139973629	rs7390710	A	C	7290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=98;PP=2965;SC=GGCGCCCCGCACCCGAGGCTG;SOR=1.280;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=96;TCR=98;TR=194;WE=139973637;WS=139973619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr9	139973652	rs7390711	A	G	6434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=86;PP=2965;SC=CCCGCCCCTCACGGAGCCCCG;SOR=1.320;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=153;TCF=67;TCR=86;TR=146;WE=139973660;WS=139973642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr9	139975108	rs9314874	T	C	5408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=101;NR=85;PP=2777;SC=GCCTCTGTGCTGGGACGTGGG;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=101;TCR=85;TR=186;WE=139975116;WS=139975098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr9	139977195	rs4390039	T	C	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=23;PP=712;SC=GCCCAGACTGTCCCCAGACTC;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=139977203;WS=139977185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	139981241	rs968732	GT	CG	4383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=57;PP=2947;SC=AGCTACGCTCGTAGCACACCT;SOR=1.449;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=29;TCR=58;TR=85;WE=139981250;WS=139981231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr9	139981627	rs968733	A	G	2962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=40;PP=1521;SC=TTTGGCGAGAACTATGACAAC;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=88;WE=139981635;WS=139981617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	139990906	rs4880199	T	C	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=18;PP=436;SC=AAAACAAGATTGCGGAAACGC;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=139990914;WS=139990896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	139992479	rs12554429	G	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=16;PP=432;SC=GGTGGGTGGCGCCCCCGCCCT;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=139992487;WS=139992469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	139994102	rs4880200	G	A	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=22;PP=1159;SC=CTGTGCCGACGCCAGGACCAC;SOR=1.410;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=64;WE=139994110;WS=139994092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	139995361	rs11425109	C	CA	2339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=14;PP=1515;SC=CATGAGCCACCACGCCCAGCC;SOR=1.402;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=35;WE=139995369;WS=139995351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	139996195	rs4880203	G	C	5774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.240;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=0.559;SC=AGCAGGTACTGTGTGTGTGTG;SOR=1.099;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=134;TCR=81;TR=204;WE=139996203;WS=139996183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,210:0.95:221
chr9	139996376	rs72382842	TACAC	T	44631.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1061;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=6.009;NF=121;NR=461;PP=2971;ReadPosRankSum=2.666;SC=TCGGTGGTGTTACACACATTT;SOR=0.379;Source=Platypus;TR=582;WS=139996362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,1001:1.00:1004
chr9	139996653	.	ACG	A	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MMLQ=22;MQ=51.93;NF=43;NR=214;PP=2962;QD=20;SC=GTGGTGTTACACGTGCTGTTG;SbPval=0.02;Source=Platypus;TC=608;TCF=60;TCR=548;TR=257;WE=139996662;WS=139996640;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:351,257:0.42:608
chr9	139996691	.	ACATT	A	2968	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=53;MMLQ=23;MQ=49.96;NF=76;NR=298;PP=2968;QD=20;SC=GGTGGTACACACATTCATGCT;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=609;TCF=91;TCR=518;TR=374;WE=139996722;WS=139996675;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:235,374:0.61:609
chr9	139996739	.	A	ACG	2954	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=64;MMLQ=23;MQ=50.01;NF=40;NR=209;PP=2954;QD=20;SC=ACACACATTCACTGTTGCAGG;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=511;TCF=136;TCR=375;TR=249;WE=139996757;WS=139996718;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:262,249:0.49:511
chr9	139996768	.	T	TAC	2964	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=67;MMLQ=23;MQ=48.94;NF=20;NR=160;PP=2964;QD=20;SC=TCGGTGGTGTTACACATTCAC;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=574;TCF=120;TCR=454;TR=180;WE=139996785;WS=139996754;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:394,180:0.31:574
chr9	139996933	rs10118812	T	G	25358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=964;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.76;MQRankSum=-0.135;QD=26.47;ReadPosRankSum=0.680;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,957:1.00:958
chr9	139997001	rs72108373	TACAC	T	36955.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=879;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=9.021;NF=103;NR=429;PP=2968;ReadPosRankSum=2.801;SC=TCGGTGGTGTTACACACATTC;SOR=0.459;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=591;TCF=121;TCR=470;TR=532;WE=139997020;WS=139996987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,831:0.99:836
chr9	139997167	.	CATTCAT	C	2968	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MMLQ=23;MQ=44.94;NF=153;NR=233;PP=2968;QD=20;SC=CTGTTACACACATTCATGCTG;SbPval=0.03;Source=Platypus;TC=1158;TCF=324;TCR=834;TR=386;WE=139997180;WS=139997099;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:772,386:0.33:1158
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chr9	139997293	rs142818580	C	T	28853.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1136;ExcessHet=3.0103;FS=2.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQRankSum=22.848;QD=26.06;ReadPosRankSum=-7.100;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,829:0.75:1107
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chr9	140008564	.	G	A	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=18;PP=442;SC=GACCCCGCCCGGCACCCGCGT;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=140008572;WS=140008554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr9	140076358	rs28369482	G	A	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=73;PP=1879;SC=TGGACACCCCGCGCGCACCTC;SOR=1.135;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=51;TCR=74;TR=124;WE=140076366;WS=140076348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	140077639	rs11549105	G	A	7476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
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chr9	140079522	rs11549106	G	A	7767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=134;NR=121;PP=2965;SC=CGAGCCAGCCGACCACCCGCT;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=135;TCR=122;TR=255;WE=140079530;WS=140079512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr9	140080499	rs3922734	A	G	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=9;PP=595;SC=CGTCCTCGCTATCACCAGGGC;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=140080507;WS=140080490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	140080583	rs3922735	G	A	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	140083320	rs11556579	G	C	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=31;PP=1042;SC=CCGCCTCGCTGCGGGCATCGC;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=140083328;WS=140083310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	140084376	rs11556580	G	A	3631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=66;PP=2168;SC=ACCAGACCACGGGCAGGGCCT;SOR=1.170;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=51;TCR=68;TR=117;WE=140084384;WS=140084366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	140084485	rs3087779	G	A	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=21;PP=562;SC=CTCAGGTGCCGAGAGGGGCAG;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=140084493;WS=140084475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	140094605	rs9411313	C	A	245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=2;NR=6;PP=127;SC=CCGGGGCTCGCCCCGCCACCG;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=140094613;WS=140094595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	140108857	rs73563696	T	C	7666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=128;NR=146;PP=2965;SC=TCTTGGGCTCTGGCATCAGGT;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=275;TCF=128;TCR=147;TR=274;WE=140108865;WS=140108847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr9	140109730	rs61466113	G	A	3680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=84;PP=2932;SC=TTTGTAAGCAGGGGCTGCCCT;SOR=2.282;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=29;TCR=84;TR=112;WE=140109738;WS=140109720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	140110274	rs7390663	T	C	5941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=87;PP=2965;SC=ACCCAGGGTCTCCGGGCAGGG;SOR=0.814;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=184;TCF=96;TCR=88;TR=183;WE=140110282;WS=140110264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr9	140119572	rs7389591	C	T	5646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=118;NR=71;PP=2965;SC=GAGCCCCGCCCCATGGCCCCG;SOR=1.257;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=118;TCR=71;TR=189;WE=140119580;WS=140119562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr9	140120396	rs6606566	C	T	4622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr9	140122634	rs28540759	G	A	4818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=71;PP=2940;SC=GGCTGAAACGGGAGCCCACGC;SOR=0.993;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=94;TCR=71;TR=165;WE=140122642;WS=140122624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr9	140128858	rs35535797	T	A	8566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=0.880;SC=TGACCCGGCATCCCCCACAGA;SOR=0.306;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=319;TCF=153;TCR=166;TR=313;WE=140128866;WS=140128848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,334:1.00:335
chr9	140130522	rs138872455	G	A	5283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr9	140130606	rs28542318	A	T	5306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=107;NR=77;PP=2894;SC=GGGGGCATGGAGCTGGCCGCT;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=107;TCR=77;TR=184;WE=140130614;WS=140130596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr9	140130653	rs140639805	A	T	5861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=115;NR=86;PP=2965;SC=GCTCCTCGTCATCCTGGTTAC;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=116;TCR=87;TR=201;WE=140130661;WS=140130643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr9	140136829	rs2071355	C	G	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=6;PP=758;SC=TCCGTTTGCTCTACCTCCAGG;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=140136837;WS=140136819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	140139757	rs9775264	G	A	3727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=77;NR=61;PP=2274;SC=TCCCCTGGCTGCCTGGTGCTG;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=79;TCR=61;TR=138;WE=140139765;WS=140139747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr9	140147273	rs61759822	C	T	11665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=208;NR=204;PP=2965;SC=CCAGTCCCTGCTTCAGGCCTC;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=412;TCF=208;TCR=204;TR=412;WE=140147281;WS=140147263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr9	140150310	rs11533155	G	A	4109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr9	140157429	rs13294457	G	A	3674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=37;PP=2348;SC=CGGGCGTGACGTCCCTGTGTC;SOR=1.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=86;TCR=38;TR=123;WE=140157437;WS=140157419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr9	140157460	rs13296455	T	C	4845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=63;PP=2584;SC=CAGGACGGTCTGGGGGCCTGA;SOR=1.191;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=105;TCR=63;TR=167;WE=140157468;WS=140157450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr9	140157701	rs56368095	C	T	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.03;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr9	140158650	rs9695897	C	T	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr9	140158871	rs13295537	T	C	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.96;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	140161334	rs9330192	C	T	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=1;PP=343;SC=GTGTGTGTCACGTCAGGGTGG;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=18;WE=140161342;WS=140161324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	140161631	.	TGTGGGGCTGAG	T	2990	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=4;NR=27;PP=2990;QD=20;SC=CAGGGGTCGGTGTGGGGCTGA;Source=Platypus;TCF=4;TR=31;WE=140161655;WS=140161621;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:14,31:0.69:45
chr9	140161634	.	GGGGCT	G	4186.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.16;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	140161641	.	AGGTGGG	A	4187.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.88;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	140161871	rs9802270	C	T	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	140161909	rs9802698	G	T	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=17;PP=497;SC=TGTCTCCCCAGCCCACCTCCA;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=140161917;WS=140161899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	140167022	rs3204123	G	A	4433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.48;ReadPosRankSum=2.269;SOR=0.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,173:0.99:174
chr9	140202194	rs13288421	T	C	2374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=42;PP=1385;SC=CTGAGCACAGTCACCTCATGG;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=78;WE=140202202;WS=140202184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	140218025	.	C	T	951	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MMLQ=23;MQ=58.26;NF=40;NR=12;PP=951;QD=18.9571387028;SC=GAGGGATGCTCTGCCGACACC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=52;WE=140218033;WS=140218015;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,52:0.93:56
chr9	140218025	.	C	CTGCCGACACCTCACCCCGGACCACGAGGGATGCTT	1871.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=12.553;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.02;MQRankSum=-0.176;QD=103.99;ReadPosRankSum=-2.373;SOR=5.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
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chr9	140242703	rs117681406	C	T	3186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=64;PP=1859;SC=GCAGTGAGGCCCTGGTCAGCA;SOR=1.236;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=45;TCR=64;TR=109;WE=140242711;WS=140242693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
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chr9	140246050	rs11534416	T	G	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=61;PP=1871;SC=AGCCTGGAGGTCCTGAGCAGC;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=25;TCR=62;TR=86;WE=140246058;WS=140246040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	140247005	rs28480070	G	A	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.56;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr9	140247143	rs7020732	T	G	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr9	140249253	rs11537108	AG	CA	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=32;PP=1964;SC=CTCAGCACTGAGGGCTCAGGG;SOR=2.511;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=41;WE=140249262;WS=140249243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	140250818	rs7389423	C	T	3974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=62;PP=2076;SC=CTCAGGGTACCGTCTGTGGGG;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=68;TCR=62;TR=129;WE=140250826;WS=140250808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr9	140260856	rs59618117	C	T	9328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr9	140262218	rs11533157	T	C	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=7;PP=450;SC=GGTCAGCCCATGAGGAGGATG;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=140262226;WS=140262208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	140262426	rs11533158	C	T	4221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	140267650	rs28688091	T	C	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=12;PP=442;SC=CATCGGGTGGTCTGCAGGGCT;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=140267658;WS=140267640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	140268129	rs34481427	GTTT	G	6479.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=77;PP=2975;SC=CCGCAGAGAGGTTTTTTAAAA;SOR=1.267;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=9;TCR=81;TR=85;WE=140268139;WS=140268119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr9	140268183	rs6606585	T	C	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=50;PP=1206;SC=AGCCGCCATCTGCGCCTCCGT;SOR=2.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=16;TCR=50;TR=66;WE=140268191;WS=140268173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	140277826	rs13291830	C	T	3716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=57;PP=1912;SC=GAGGGGGTCCCGGCCTGTGGA;SOR=0.827;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=119;WE=140277834;WS=140277816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr9	140289696	rs9695232	A	C	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	140320792	rs72765154	G	C	5982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=90;NR=120;PP=2965;SC=GGTGAGTACAGGGGTGCCTTG;SOR=1.184;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=90;TCR=120;TR=210;WE=140320800;WS=140320782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr9	140322404	rs28580293	C	G	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	140322640	rs28553346	C	T	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	140323251	rs11535664	C	T	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.40;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	140323906	rs9697151	G	C	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=26;PP=660;SC=CCCAGGGATGGGGGGAGGTGC;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=140323914;WS=140323896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	140328077	rs35138580	C	T	4287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=69;PP=2341;SC=AGAAAGCCCCCGGTGGCTGCG;SOR=0.718;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=149;TCF=80;TCR=69;TR=147;WE=140328085;WS=140328067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr9	140329265	rs28725243	G	C	2524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=11;PP=1795;SC=CGTGGGCAGAGCCACAGAGCA;SOR=3.365;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=67;TCR=11;TR=78;WE=140329273;WS=140329255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	140330976	rs13297080	T	C	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=35;PP=1655;SC=AGCTGACCTGTACCAGCCCCA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=59;TCR=35;TR=94;WE=140330984;WS=140330966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	140331833	rs9414731	A	G	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=25;PP=642;SC=CCCCAAAGACATGACCACCTC;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=140331841;WS=140331823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	140332478	rs6606582	A	G	13726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=258;NR=240;PP=2965;SC=CTTGTTCGCCAGCCACTGATA;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=500;TCF=260;TCR=240;TR=498;WE=140332486;WS=140332468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,536:1.00:536
chr9	140344328	rs28699612	G	A	6197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr9	140349874	rs28585539	C	G	4603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.702;SC=CGGGGCCCGGCAGAGGAGTCC;SOR=0.317;Source=Platypus;TCF=67;WE=140349882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,158:0.99:159
chr9	140356374	rs4962240	C	A	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=24;PP=1519;SC=TCCGGACGCCCGTACTCACCG;SOR=1.533;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=81;WE=140356382;WS=140356364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	140357848	rs2275781	G	C	4144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=80;NR=52;PP=1768;SC=TGCCGGGCGTGGTCCCCCCAC;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=80;TCR=52;TR=132;WE=140357856;WS=140357838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr9	140357972	rs1891627	A	G	4938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=74;PP=2631;SC=CGCACGTACCACCACAGGGAG;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=87;TCR=74;TR=161;WE=140357980;WS=140357962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr9	140374861	rs1891630	A	G	4530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr9	140441177	rs2254149	A	G	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=4;PP=486;SC=GACAGCACACACCAAGCACTG;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=140441185;WS=140441174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	140449582	rs10110	A	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=224;SC=CCATCAGTGCACAGGCACCTG;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=140449590;WS=140449572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	140450159	rs1105221	C	T	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=1.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr9	140459724	.	G	T	423	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=26;MQ=58.59;NF=4;NR=16;PP=423;QD=22.8885606274;SC=GAAGCTCCCCGGGGTGACTCT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=20;WE=140459732;WS=140459714;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr9	140459760	.	A	ACT	438	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=27;MQ=55.6;NF=0;NR=9;PP=438;QD=52.0;SC=CCCCTGGGTGACTGTCTGTGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=140459768;WS=140459750;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	140477249	rs2094623	G	A	3377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=66;PP=1820;SC=ACGTACCAAGGCTGGAGGGCC;SOR=1.397;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=44;TCR=66;TR=110;WE=140477257;WS=140477239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr9	140483076	rs2259657	G	A	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=26;PP=1256;SC=CACTGACCACGAGCATCAGGG;SOR=1.252;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=75;WE=140483084;WS=140483066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	140483339	rs2297004	G	A	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=507;SC=TCATTCCACCGTTTGGGGTGG;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=140483347;WS=140483329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	140484517	rs2353078	C	T	113.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=3;PP=53;SC=GGGCCAGCAGCCGGGCCCGCG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=140484525;WS=140484513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	140484597	.	C	CGCCCCCGGCCCCG	493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=2;PP=583;SC=CCCGCACAACCGCCCCCGGCC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=140484605;WS=140484587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	140484641	rs140320057	G	C	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	140507308	rs2282020	C	T	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=32;PP=1967;SC=GGGCCTGGGCCGTCGGCTGGC;SOR=1.423;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=70;TCR=32;TR=102;WE=140507316;WS=140507298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	140507688	rs4962227	T	C	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=38;PP=1122;SC=GGCACAGCTGTTTCACCCTTG;SOR=2.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=140507696;WS=140507678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	140508031	rs34249205	A	G	4274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=44;PP=2585;SC=TGCAGGGTGGAAGGCAGCCAG;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=88;TCR=44;TR=132;WE=140508039;WS=140508021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr9	140605355	rs4072654	A	C	4907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr9	140611436	rs3812497	T	C	3864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=71;PP=2168;SC=CTTCGCTGCCTGGCCATGCTG;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=59;TCR=72;TR=130;WE=140611444;WS=140611426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr9	140637804	rs34385417	CT	C	825.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.24;ReadPosRankSum=-0.335;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,54:0.93:58
chr9	140638416	rs1129767	G	A	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=29;PP=1214;SC=AGATGGACTCGGATGAGGACG;SOR=0.908;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=72;WE=140638424;WS=140638406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	140638461	rs1129768	T	C	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	140638607	rs4979643	A	T	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=20;PP=627;SC=CGTGGTTCTGAAAATTAACAG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=140638615;WS=140638597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	140646647	rs10867058	C	T	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	140656980	rs4876941	A	G	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.19;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	140686373	rs10867072	T	C	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=4;PP=331;SC=TTAGTAGAGATGGGGTTTCAC;SOR=2.200;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=20;WE=140686381;WS=140686363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	140693181	rs4876947	G	A	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=4;PP=639;SC=GGTAGACACCGGGTTCTCCTG;SOR=2.242;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=140693189;WS=140693171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	140695576	rs7871917	A	G	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=26;PP=778;SC=TCGGCCCGGCACTGTGCTGTG;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=140695584;WS=140695566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	140710603	rs4876902	C	T	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=35;PP=1020;SC=AAGAACTTAACGTGTTTGGAT;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=50;WE=140710611;WS=140710593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	140740886	.	A	T	546	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=15;MQ=53.58;NF=22;NR=14;PP=546;QD=16.1325336819;SC=TCCCCCAGGAATCCTCCTAAG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=36;WE=140740894;WS=140740876;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	140741059	rs62590824	C	T	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=40;PP=1291;SC=GATCGCATCCCCTAGGAAGCC;SOR=1.075;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=74;WE=140741067;WS=140741049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	140772434	rs187204220	G	A	3177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=1.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=15.13;ReadPosRankSum=2.498;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,90:0.43:210
chr9	140772442	rs191962352	G	A	3336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=2.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=13.73;ReadPosRankSum=1.405;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,103:0.42:243
chr9	140773764	rs41289997	C	G	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=45;PP=1328;SC=GCAGATAACACCTTCCTCGAG;SOR=1.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=65;WE=140773772;WS=140773754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	140777299	rs71238527	G	T	10065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FS=5.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.88;ReadPosRankSum=0.295;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,268:0.56:482
chr9	140777306	rs4422842	C	G	9595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FS=4.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.47;ReadPosRankSum=0.574;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,244:0.55:447
chr9	140777370	rs1110146	A	C	4821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.877;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=0.704;SC=CCAGCGTGTGAGGCCCGGGCG;SOR=2.153;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=45;TCR=106;TR=150;WE=140777378;WS=140777360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,177:0.99:178
chr9	140786918	rs4076712	T	C	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=17;PP=427;SC=TTAGATGGTTTGATGTCTGCA;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=140786926;WS=140786908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	140970447	rs185212738	C	T	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=53;PP=1500;SC=GGGTGTCAACCGTGGAGACCA;SOR=1.469;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=86;WE=140970455;WS=140970437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
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chr9	141070347	rs189844666	C	T	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQRankSum=-11.241;QD=9.01;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,70:0.48:146
chr9	141070404	.	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQRankSum=-5.527;QD=2.57;ReadPosRankSum=-1.967;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
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chr10	95226	rs6560829	A	T	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.69;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	95229	rs6560830	C	T	2924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.00;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	282897	rs4600135	C	T	5936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr10	285479	rs10655220	G	GTGT	6045.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=144;PP=2317;ReadPosRankSum=0.734;SC=GAATATTTTTGTTTTTTTTGT;SOR=1.468;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=167;TCF=14;TCR=153;TR=156;WE=285487;WS=285467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,263:0.99:265
chr10	292927	rs2303990	C	A	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=24;PP=675;SC=AGTGTGTCTCCGGAAGGAAGT;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=292935;WS=292917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	294953	rs1017361	A	G	6076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=110;PP=2965;SC=AGTGTAAGGAAGAATTTGTAG;SOR=0.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=93;TCR=111;TR=203;WE=294961;WS=294943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr10	329188	rs45445697	G	T	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=7;PP=864;SC=CTGTTGGGGGGGGGCCGCCAG;SOR=2.381;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=47;WE=329199;WS=329178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	329191	rs371065533	GC	G	2723.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=7;PP=1462;SC=TTGGGGGGGGGCCGCCAGCCT;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=35;WE=329199;WS=329178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	370977	rs3123241	A	G	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=55;PP=1668;SC=AGGCAAAGGAAGGCGGATCAT;SOR=2.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=68;WE=370985;WS=370967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	375570	rs3832678	GGGAGCTCAGCAAGGCT	G	3037.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.743;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-4.537;NF=0;NR=64;PP=2932;ReadPosRankSum=-1.067;SC=CTGTCAGGGCGGGAGCTCAGC;SOR=2.411;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=91;TCF=2;TCR=89;TR=64;WE=375593;WS=375560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,111:0.98:113
chr10	387060	rs7904155	G	A	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=22;NR=17;PP=699;SC=GCAGTGCTTAGGTTGCCTGGC;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=387068;WS=387050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	394714	rs4880610	G	A	8458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=151;NR=149;PP=2965;SC=TACACAAGGAGAGAAACATCA;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=301;TCF=152;TCR=149;TR=300;WE=394722;WS=394704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr10	395266	rs4880611	T	C	9414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr10	395463	rs4242754	G	A	8953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=124;NR=190;PP=2965;SC=GAGCGCGCACGCGTCATACAA;SOR=1.295;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=315;TCF=124;TCR=191;TR=314;WE=395471;WS=395453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr10	410825	rs10795053	G	A	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=7;PP=988;SC=CCAATCAGCAGTAACTGATTA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=410833;WS=410815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	412449	rs1133113	A	G	5443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=124;PP=2965;SC=ACCAGTGAACAGGAATGGGGT;SOR=1.949;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=179;TCF=54;TCR=125;TR=178;WE=412457;WS=412439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr10	428503	rs4881200	A	G	4259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=47;PP=2406;SC=CCTCAGCATCAACTGTTAGGA;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=100;TCR=47;TR=147;WE=428511;WS=428493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr10	429903	rs11289740	GA	G	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.077;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr10	430105	rs72772859	A	G	3439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FS=0.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.33;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,186:0.40:469
chr10	436848	rs10904093	A	G	4486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=93;PP=2894;SC=GACCTGCCCCACTCCGCCCAG;SOR=1.193;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=62;TCR=93;TR=155;WE=436856;WS=436838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr10	445061	rs6560837	C	T	12356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=227;NR=204;PP=2965;SC=TCCTGGTGAGCGGCACCTCGA;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=433;TCF=228;TCR=205;TR=431;WE=445069;WS=445051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr10	468748	rs4881290	C	T	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=6;PP=492;SC=AGAAAGACACCGTGAAGCGTG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=468756;WS=468738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	530644	rs1539231	G	A	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=16;PP=1001;SC=ACGTCTGTACGGGATGGCACT;SOR=1.524;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=530652;WS=530634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	687569	rs1631975	C	T	3434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=68;NR=48;PP=2007;SC=CACTGCCAGGCTACCCATGAG;SOR=0.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=68;TCR=48;TR=116;WE=687577;WS=687559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr10	696237	rs10904535	G	A	11618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=241;NR=153;PP=2965;SC=TCAGGGCCAGGGACCATGGTG;SOR=1.184;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=395;TCF=241;TCR=154;TR=394;WE=696245;WS=696227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr10	708192	rs3853289	A	G	4797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=118;PP=2965;SC=TCCTGAAGGTACTGTATGAGG;SOR=2.484;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=36;TCR=119;TR=154;WE=708200;WS=708182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr10	859270	rs3763722	C	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=289;ReadPosRankSum=0.565;SC=TCCATCTTCACTAGTGTTTTT;SOR=1.402;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=15;WE=859278;WS=859260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr10	1018585	rs4880745	T	G	9607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=157;NR=167;PP=2965;SC=TCCATTTCTATGTAAGCCGTT;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=324;TCF=157;TCR=167;TR=324;WE=1018593;WS=1018575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr10	1038339	.	CA	C	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=6.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.419;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr10	1041981	rs148276311	C	G	2818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=6;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=49;PP=1683;ReadPosRankSum=0.922;SC=AAGTAAGGTACTTTTTTCTGT;SOR=0.828;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=178;TCF=95;TCR=83;TR=108;WE=1041989;WS=1041971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,124:0.61:202
chr10	1042023	rs10665098	A	AAAC	9881.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=76;PP=2975;SC=AGTGGAAAAAATAATATTTTT;SOR=0.808;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=133;TCF=51;TCR=82;TR=126;WE=1042043;WS=1042013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr10	1043058	rs1250887	T	C	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=18;PP=1928;SC=AATATCACCATAGGCCTGGAC;SOR=2.442;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=72;TCR=18;TR=90;WE=1043066;WS=1043048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	1046480	.	CT	C	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=1.168;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr10	1046712	rs2306409	G	A	8509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=179;NR=116;PP=2965;SC=TCCGTGCTGCGGTCCTGTATG;SOR=1.072;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=295;TCF=179;TCR=116;TR=295;WE=1046720;WS=1046702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr10	1054276	rs10904595	T	C	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=10;PP=1303;SC=ACCTGGGAGGTGGAGGTTGCA;SOR=2.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=54;WE=1054284;WS=1054266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	1061625	.	GCTGAGCA	G	1908	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MMLQ=23;MQ=55.13;NF=20;NR=8;PP=1908;QD=69.0714285714;SC=GGTCCTGAGCGCTGAGCACTG;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=28;WE=1061639;WS=1061615;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:14,28:0.67:42
chr10	1087454	rs112832376	TA	T	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=-0.215;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,19:0.19:100
chr10	1087551	rs12768746	T	C	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=26;PP=843;SC=GCAGTATAGTTTTAGGATTAG;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=1087559;WS=1087541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	1089616	rs11250238	T	C	4593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=84;PP=2277;SC=TGAAGGCACATGCTTCCCTGC;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TCF=74;TR=158;WE=1089624;WS=1089606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr10	1093992	rs4880759	A	G	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=9;PP=512;SC=GGGTCTTGCTATGTCTGTCGC;SOR=1.308;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=1094000;WS=1093982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	1132409	.	C	T	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.486;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=630;ReadPosRankSum=-0.273;SC=CTTACTGTTTCGGTTGTCAGG;SOR=0.514;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=113;TCF=51;TCR=62;TR=51;WE=1132417;WS=1132399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,53:0.44:120
chr10	1142208	rs10794716	T	C	6588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr10	1230968	rs2271275	C	T	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.055;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,34:0.33:102
chr10	1232500	rs7924253	G	A	4581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=114;PP=2787;ReadPosRankSum=0.405;SC=ATGCCTCCTCGCAGATCAGCT;SOR=0.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=389;TCF=183;TCR=206;TR=215;WE=1232508;WS=1232490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,224:0.54:415
chr10	1245893	rs1983028	A	C,T	1460.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=25,16;NR=7,6;PP=476,212;SC=GCCCCCGGGAAGGGGGTTCTT;SOR=2.226;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=32,22;WE=1245901;WS=1245883;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.62,0.38:60
chr10	1406228	rs11250463	T	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.60;ReadPosRankSum=-1.920;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr10	1421516	rs10794748	A	G	11683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=238;NR=195;PP=2965;SC=AATATCTGACAGCATTTTATC;SOR=0.891;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=434;TCF=238;TCR=196;TR=433;WE=1421524;WS=1421506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr10	1598718	rs10903484	G	A	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.138;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=13;PP=886;ReadPosRankSum=0.268;SC=CTGTGCATTCGAATCACCTGG;SOR=1.176;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=52;WE=1598726;WS=1598708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,55:0.62:89
chr10	1779349	rs3750684	G	A	12591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=210;NR=262;PP=2965;SC=GGCCATGGCCGAGACCCAGGC;SOR=0.960;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=472;TCF=210;TCR=262;TR=472;WE=1779357;WS=1779339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr10	3124516	rs4881074	G	A	6974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr10	3124687	rs41288713	C	T	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.799;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=817;ReadPosRankSum=-0.141;SC=TGTCGCCCTTCTTCCACCTGC;SOR=1.158;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=100;TCF=43;TCR=57;TR=52;WE=3124695;WS=3124677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,55:0.51:107
chr10	3143054	rs35163491	C	CA,CAAAATAAAAAAA	439.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.18;ReadPosRankSum=-0.729;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,14,11:0.45,0.35:31
chr10	3143283	rs55882340	T	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=0.272;SC=GGCTGGTTCCTGCTCCATGTA;SOR=0.741;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=11;WE=3143291;WS=3143273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr10	3143643	rs4881080	A	C	4648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=83;PP=2367;SC=TGCTGCAGCGAGGCATCACCA;SOR=0.885;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=80;TCR=84;TR=163;WE=3143651;WS=3143633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr10	3145885	rs10903966	T	C	1837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=24;PP=955;ReadPosRankSum=-0.307;SC=TCTCTACCCATGGCCATTCTG;SOR=0.629;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=141;TCF=99;TCR=42;TR=77;WE=3145893;WS=3145875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,83:0.54:155
chr10	3145906	rs11251719	A	C	5844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=131;NR=60;PP=2965;SC=CCTCACCCCTAGTGGGGCACC;SOR=1.388;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=131;TCR=60;TR=191;WE=3145914;WS=3145896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr10	3147508	rs4881082	C	T	2369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.71;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	3147518	rs2388576	GG	CC	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.74;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	3149402	rs10903967	A	G	7631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr10	3154267	rs2306299	G	A	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=20;PP=1623;SC=GCGGCCGGTCGTCTAGACCAT;SOR=2.120;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=61;TCR=20;TR=81;WE=3154275;WS=3154257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	3154339	rs2306301	C	T	6967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr10	3154534	rs2306304	A	G	3756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=81;PP=2486;SC=CCTCAGGCCCAGCCACTGCAA;SOR=1.381;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=48;TCR=82;TR=129;WE=3154542;WS=3154524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr10	3155173	rs7896691	C	T	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=28;PP=2115;SC=GCACATGGAACCCTGGGGCCT;SOR=1.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=74;TCR=28;TR=102;WE=3155181;WS=3155163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr10	3155217	rs6602023	T	C	5639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=125;NR=72;PP=2965;SC=GCAGACACATTGAGTGCTGGC;SOR=1.281;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=125;TCR=72;TR=197;WE=3155225;WS=3155207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr10	3155237	rs6602024	A	G	6996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=150;NR=106;PP=2965;SC=CAGATAAGCCACCTTTTCTCC;SOR=1.013;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=150;TCR=106;TR=256;WE=3155245;WS=3155227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr10	3155263	rs7906901	T	C	9479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=187;NR=156;PP=2965;SC=AGCCCTGAGTTGTGTCCGGTA;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=343;TCF=187;TCR=156;TR=343;WE=3155271;WS=3155253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr10	3155408	rs3816700	C	T	8283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=146;PP=2965;SC=CGCGATGCCCCGACCTCTCCT;SOR=0.713;Source=Platypus;TCF=146;WE=3155416;WS=3155398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr10	3155428	rs3816701	C	T	6691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=104;PP=2965;SC=TGCGGGCCTCCCCTCATGGCC;SOR=0.746;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=219;TCF=115;TCR=104;TR=217;WE=3155436;WS=3155418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr10	3155540	rs4881085	A	G	12412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=234;NR=207;PP=2965;ReadPosRankSum=1.450;SC=GTGACCCAGCACTCACCTGCC;SOR=0.250;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=443;TCF=234;TCR=209;TR=441;WE=3155548;WS=3155530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,476:1.00:477
chr10	3155620	rs1052309	A	G	11815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=200;NR=220;PP=2965;SC=GGATGAACGCAGCCGTACGCT;SOR=0.869;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=421;TCF=200;TCR=221;TR=420;WE=3155628;WS=3155610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr10	3155753	rs4881087	G	C	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=41;PP=1204;SC=CACCCTGGCTGTGAGCACAGT;SOR=2.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=49;WE=3155761;WS=3155743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	3158848	rs7086902	C	T	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=23;PP=1336;SC=CTGTCTCATACGCCTCTCAAA;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=70;WE=3158856;WS=3158838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	3160913	rs3829912	G	A	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.01;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,49:0.57:86
chr10	3160917	rs3829913	T	C	3310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.79;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	3161131	rs3829914	C	T	4182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=65;NR=76;PP=2310;SC=AAACATTAAGCTACTTGTTGG;SOR=1.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=66;TCR=76;TR=141;WE=3161139;WS=3161121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr10	3161148	rs3829915	G	C	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.650;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQ=59.96;MQRankSum=0.870;NF=22;NR=31;PP=745;ReadPosRankSum=-0.283;SC=TTGGCTACTGGCCACGATCCG;SOR=0.771;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=124;TCF=53;TCR=71;TR=53;WE=3161156;WS=3161138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,57:0.42:135
chr10	3161216	rs3829916	A	G	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=389;ReadPosRankSum=0.596;SC=GCAGGATAGCAGGTGGTAAGA;SOR=0.665;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=23;WE=3161224;WS=3161206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr10	3161236	rs17285851	C	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=198;ReadPosRankSum=0.416;SC=ACGTGGCCTACGAGTGGCCCA;SOR=0.507;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=13;WE=3161244;WS=3161226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr10	3161269	rs3829917	G	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=76;ReadPosRankSum=1.075;SC=CAACTTAACCGAGAAGCAAAA;SOR=0.425;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=6;WE=3161277;WS=3161259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr10	3162033	rs6602025	T	C	3726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=27;PP=2651;SC=AGCGAGACCCTCTCCTCCCCA;SOR=2.176;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=91;TCR=27;TR=118;WE=3162041;WS=3162023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr10	3167465	rs3816703	A	G	11295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr10	3174499	rs3830217	G	GC	2753.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=20;PP=1822;SC=GCACTTCCCAGCCTGCAGTGC;SOR=1.439;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=43;WE=3174507;WS=3174489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	3178076	rs11251741	A	T	4795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=108;PP=2965;SC=CAATGTGAGTACGGGACAGGG;SOR=1.637;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=56;TCR=108;TR=164;WE=3178084;WS=3178066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr10	3178881	rs1053000	C	T	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=40;PP=1015;SC=AATACCTAATCGGCGAGTGCC;SOR=1.488;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=64;WE=3178889;WS=3178871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	3178905	rs7673	T	A	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.57;SOR=1.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	3178915	rs541	C	T	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.84;SOR=1.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	3179663	rs11251744	G	A	5256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=67;PP=2965;SC=AAGAGCTAGCGCGGAGGCTTT;SOR=1.232;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=117;TCR=67;TR=184;WE=3179671;WS=3179653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr10	3179842	rs2306319	C	T	8227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=133;NR=154;PP=2965;SC=GTGGGACACCCTTGTGCACCT;SOR=0.959;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=288;TCF=134;TCR=154;TR=287;WE=3179850;WS=3179832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr10	3180227	rs6901	T	C	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=34;PP=1921;SC=GGCTGCTCATTGGATGATCCA;SOR=1.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=71;TCR=34;TR=105;WE=3180235;WS=3180217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr10	3180437	.	C	T	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=2.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=1.823;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:280,88:0.24:368
chr10	3180951	rs2279216	G	A	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=12;PP=1194;SC=GCGTGTTTAGGGTGTCAGACG;SOR=2.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=54;WE=3180959;WS=3180941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	3181003	rs2279217	A	G	3922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=34;PP=2466;SC=ACCAGAAGCTAGTGCTCCTGC;SOR=1.680;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=88;TCR=34;TR=122;WE=3181011;WS=3180993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr10	3181282	rs2279220	G	A	7245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=107;NR=137;PP=2965;SC=CATTTTACCAGTGGACAAGTT;SOR=1.130;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=107;TCR=138;TR=244;WE=3181290;WS=3181272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr10	3183747	rs7094698	A	G	10115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=0.684;SC=GAACAGGGCCAATTTCCTCTG;SOR=0.869;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=357;TCF=202;TCR=155;TR=353;WE=3183755;WS=3183737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,392:0.99:394
chr10	3185798	rs3736093	T	C	7796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.003;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.783;SC=TCCCACGCACTGCCCACGGCA;SOR=0.943;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=165;TCR=104;TR=268;WE=3185806;WS=3185788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,278:1.00:279
chr10	3186458	rs3752803	C	G	4879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr10	3186723	rs9423496	G	C	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=15;PP=477;SC=AGGCTGGGCAGAGTGGCTCAT;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=3186731;WS=3186713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	3187749	rs3758632	A	G	202.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.6268;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=121;ReadPosRankSum=-0.833;SC=TCTGGCACCCACCAGGCGCTC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=3187757;WS=3187739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr10	3187924	rs3758631	T	C	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.63;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	3188071	rs3758630	T	G	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	3189380	rs3740607	C	T	8436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr10	3190265	rs4881111	A	G	9794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr10	3190298	rs4881112	C	T	9435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=171;NR=168;PP=2965;SC=AGGGCCGAATCGAACAGTGAC;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=340;TCF=172;TCR=168;TR=339;WE=3190306;WS=3190288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr10	3190499	rs61837966	A	T	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=511;ReadPosRankSum=-1.173;SC=ACAGCAGAGAAGCATCGCCCC;SOR=0.884;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=39;WE=3190507;WS=3190489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr10	3199555	rs7086470	A	T	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=15;PP=857;SC=AATATCAAAAAGCCAGTTAAG;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=3199563;WS=3199545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	3200292	rs3182535	G	A	4399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr10	3201010	rs3814592	C	T	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=6;PP=933;SC=GTTCCAGACACTGTCAAGTGT;SOR=2.540;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=47;WE=3201018;WS=3201000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	3201097	rs3814594	T	C	4801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr10	3202065	rs4242746	T	C	7911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=178;NR=119;PP=2965;SC=CTAACGCTGATGGTTGTTTGT;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=298;TCF=178;TCR=120;TR=297;WE=3202073;WS=3202055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr10	3202140	rs4242747	C	T	12450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=222;NR=223;PP=2965;SC=TGTAAAATGACGTGACGTTGT;SOR=0.764;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=447;TCF=224;TCR=223;TR=445;WE=3202148;WS=3202130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr10	3205851	rs6602034	C	G	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=17;PP=989;SC=ATGCCATAAACTGTTAAGAAC;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=54;WE=3205859;WS=3205841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	3206027	rs4609511	A	G	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=34;PP=1038;SC=ACGTGTGGTCAGGAAGAAGTC;SOR=1.288;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=3206035;WS=3206017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	3208557	rs12359035	A	G	2517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=27;PP=951;SC=CCATGGGAGTAGTACGGAACT;SOR=0.799;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=57;WE=3208575;WS=3208547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	3208567	.	T	TGCACGCTAGGGAAGAGAGAGGAATG	2957	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=60.37;NF=2;NR=7;PP=2957;QD=20;SC=AGTACGGAACTGCACGCTAGG;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=9;WE=3208575;WS=3208547;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:21,9:0.30:30
chr10	3208581	rs58131139	G	GA	868.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.13;SOR=2.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	3208583	.	A	AGAGGAATGGCACGCTAGGGAAGGC	888.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.02;SOR=2.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	3214369	rs4880599	A	G	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=400;ReadPosRankSum=1.698;SC=GCGCTGAACTATTACCTTATA;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=31;WE=3214377;WS=3214359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr10	3214516	rs4881118	A	G	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.74;ReadPosRankSum=0.750;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,87:0.69:126
chr10	3214995	rs34460808	AC	A	10180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=741;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.923;NF=23;NR=178;PP=2971;ReadPosRankSum=1.161;SC=CTGGCGAGGAACCCCCTCTTA;SOR=0.652;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=395;TCF=45;TCR=350;TR=201;WE=3215003;WS=3214983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,377:0.54:696
chr10	3215111	rs9423713	G	C	4044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=6.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.736;QD=15.74;ReadPosRankSum=2.918;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,168:0.65:257
chr10	4867313	rs2961562	A	T	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=36;PP=1009;SC=GCTCACATTGAGGAGATGGAT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=4867321;WS=4867303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	4868445	rs2924275	G	T	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	4868565	rs147185600	T	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=183;ReadPosRankSum=2.206;SC=GGTGACGCGGTCGCGGGCAGG;SOR=0.495;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=15;WE=4868573;WS=4868555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr10	4872930	rs61745201	G	A	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=769;ReadPosRankSum=0.043;SC=CCGGCACTTCGACTGTGCTTA;SOR=0.600;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=74;TCR=58;TR=61;WE=4872938;WS=4872920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,70:0.47:150
chr10	4873106	rs1005907	T	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=260;ReadPosRankSum=0.739;SC=CTACTTTCTTTATGGGAGTTG;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=14;WE=4873114;WS=4873096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr10	4877814	rs150127444	T	TTTTTG	2662.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.079;QD=18.36;ReadPosRankSum=1.103;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,69:0.48:145
chr10	4879465	rs2961584	T	C	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=399;SC=CCCAGCATCCTCTAGCCAGAA;SOR=2.948;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=4879473;WS=4879455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	4881867	rs141011187	C	T	3340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=1.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,171:0.52:326
chr10	4884784	rs2924269	T	C	5520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=106;PP=2807;SC=GCCTCAGGGTTGCGGAGCTTG;SOR=1.060;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=188;TCF=82;TCR=106;TR=187;WE=4884792;WS=4884774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr10	4889430	rs369174872	T	C	8948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=768;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=219;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.167;SC=CATGTAAATATGGCTCCTTCT;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=728;TCF=342;TCR=386;TR=410;WE=4889438;WS=4889420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,440:0.57:768
chr10	4889525	rs2961597	T	C	5611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=135;PP=2965;SC=TTAATTAAACTTTCTCATTAT;SOR=2.089;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=52;TCR=135;TR=187;WE=4889533;WS=4889515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr10	4889732	rs74111762	C	T	3435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=4.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=2.797;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,173:0.53:327
chr10	5005761	rs141022982	A	T	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=13.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.48;MQRankSum=-4.121;QD=10.99;ReadPosRankSum=1.209;SOR=1.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,66:0.47:141
chr10	5005855	rs116910432	A	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.248;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.673;NF=0;NR=10;PP=140;ReadPosRankSum=2.227;SC=CTGCAATGCCATCTTGTCACA;SOR=4.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=10;WE=5005863;WS=5005845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr10	5006119	rs41305667	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.88;MQRankSum=0.842;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr10	5008450	rs147876533	A	G	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.799;NF=17;NR=41;PP=866;ReadPosRankSum=-0.009;SC=TGGCTTTCTCATCTTTGCAGT;SOR=0.319;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=98;TCF=24;TCR=74;TR=58;WE=5008458;WS=5008440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,58:0.60:97
chr10	5009347	rs4445550	A	G	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.15;ReadPosRankSum=-1.214;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,70:0.61:115
chr10	5009364	rs2904802	T	C	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.82;ReadPosRankSum=-2.148;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,59:0.60:99
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chr10	5010367	rs12250190	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.389;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.033;NF=19;NR=7;PP=383;ReadPosRankSum=1.000;SC=GTAGTACACTCTGTACATACC;SOR=0.410;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=68;TCF=54;TCR=14;TR=26;WE=5010375;WS=5010357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,9:0.18:51
chr10	5010572	rs1138600	A	G	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=28.43;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	5010722	rs41314625	G	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.707;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.428;NF=3;NR=25;PP=577;ReadPosRankSum=1.714;SC=GAGCAGTGAGGAAAAAGAAAT;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=28;WE=5010730;WS=5010712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr10	5011278	rs76142681	G	A	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.696;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=45;PP=987;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GAAGGGCATAGAGGGATCTTA;SOR=1.154;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=93;TCF=11;TCR=82;TR=50;WE=5011286;WS=5011268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,52:0.55:95
chr10	5014545	rs67671072	T	TA	3019.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.000;NF=7;NR=55;PP=1081;ReadPosRankSum=0.473;SC=ACCGGTTTGATAAAAAAAATT;SOR=0.666;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=18;TCR=145;TR=62;WE=5014553;WS=5014535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,164:0.57:289
chr10	5018132	rs201420087	A	G	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	5018146	rs199593717	T	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	5018174	rs200458191	C	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	5018178	rs201224840	G	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	5018204	rs199601200	A	G	91.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=30.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	5018221	.	C	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	5018224	rs200577408	C	T	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	5019959	rs8483	G	A	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=4.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.29;MQRankSum=-0.956;QD=12.56;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,80:0.59:135
chr10	5032284	rs12774733	C	T	1859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=1.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQRankSum=9.095;QD=11.55;ReadPosRankSum=-0.224;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,90:0.56:161
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chr10	5038149	rs201332177	G	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-4.137;NF=9;NR=21;PP=448;ReadPosRankSum=1.223;SC=ATAATGTAGAGCATTAAATTT;SOR=0.926;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=30;WE=5038157;WS=5038139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
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chr10	5139685	rs12387	G	A	11372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=219;NR=188;PP=2965;SC=ACTCACTGAAGAAAGCTCAAT;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=407;TCF=219;TCR=188;TR=407;WE=5139693;WS=5139675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr10	5139815	rs2245191	C	A	4927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=102;PP=2965;SC=GATAGTTGAACAGAGCTTTTT;SOR=1.445;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=62;TCR=103;TR=164;WE=5139823;WS=5139805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr10	5147579	rs17155732	A	G	188.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=80;SC=GCAGAGTTGCACAGTTTCAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=5147587;WS=5147571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	5147909	rs2275928	G	A	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=29;NR=32;PP=1013;SC=ATTTATTTCTGGAGAAGGAAT;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=61;WE=5147917;WS=5147899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	5149413	rs11252951	T	C	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=2;PP=575;SC=AGGAATATACTTGAATATTTG;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=5149435;WS=5149411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	5149427	rs10160019	T	C	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=5;PP=722;SC=ATATTTGACTTTGTGTGTTTT;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=5149435;WS=5149411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	5149703	rs3209896	G	A	4057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=69;PP=2349;SC=TAACATGGAGGGCTTTGCCTG;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=61;TCR=69;TR=130;WE=5149711;WS=5149693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr10	5196273	rs1781930	A	G	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=4;PP=462;SC=ATCAAATACTAAAATCCTCTC;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=5196281;WS=5196263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	5197881	rs1781931	A	G	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=10;PP=887;SC=ATTGTAACTTATCATATCGGA;SOR=1.733;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=46;WE=5197889;WS=5197871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	5199934	rs1781935	G	C	10732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr10	5200059	rs1761601	T	C	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=451;ReadPosRankSum=0.510;SC=ATCTACAGTGTGCTGCTCCTT;SOR=0.825;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=105;TCF=33;TCR=72;TR=40;WE=5200067;WS=5200049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,39:0.35:112
chr10	5200638	rs1781937	G	A	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=5;PP=559;SC=TGTTGGTGACGTTTAAGCTCA;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=5200646;WS=5200628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	5200739	rs5782810	T	TAGG	7986.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=39;PP=1675;SC=TTCGCTTTAATAGTTTTTCAG;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=60;WE=5200747;WS=5200729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr10	5202060	rs1781940	C	T	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.21;QD=25.35;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	5202104	rs2801889	C	T	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.34;QD=24.55;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	5202221	rs41460145	G	A	9159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.62;SOR=1.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr10	5202241	rs1761599	C	T	8906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.31;SOR=1.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr10	5242004	rs55961423	C	T	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=417;ReadPosRankSum=1.488;SC=TGTATGCTCCCCTAGAGGTCT;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=54;TCR=24;TR=32;WE=5242012;WS=5241994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,34:0.41:83
chr10	5242037	rs55695566	C	T	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.292;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=503;ReadPosRankSum=1.272;SC=CCTGAAGAAGCGAGCCACACC;SOR=1.037;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=122;TCF=83;TCR=39;TR=44;WE=5242045;WS=5242027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,50:0.35:144
chr10	5242164	rs17306779	A	G	2509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=50;PP=1546;ReadPosRankSum=0.214;SC=ACAGAGCTGTAGAGGTCACCA;SOR=0.684;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=272;TCF=150;TCR=122;TR=113;WE=5242172;WS=5242154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,126:0.42:299
chr10	5242346	rs7099651	G	A	12101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=59.96;NF=219;NR=213;PP=2965;SC=ATGCACATGTGTTTAATGGGA;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=432;TCF=219;TCR=213;TR=432;WE=5242354;WS=5242336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr10	5244295	rs7083869	G	A	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.715;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=309;ReadPosRankSum=1.062;SC=GAATAGCAGTGCTACTAATTT;SOR=0.337;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=29;WE=5244303;WS=5244285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr10	5246584	rs11253042	C	A	5215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.262;SC=AAGTATAATGCCTAAGCCATT;SOR=0.740;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=387;TCF=193;TCR=194;TR=226;WE=5246592;WS=5246574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,242:0.57:428
chr10	5246626	rs56015013	G	A	3102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=71;PP=1628;ReadPosRankSum=-0.532;SC=CTTCTGTAACGTATGATGACA;SOR=0.679;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=367;TCF=181;TCR=186;TR=144;WE=5246634;WS=5246616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,164:0.41:400
chr10	5246670	rs1413781	A	C	3804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=88;PP=2490;ReadPosRankSum=0.436;SC=AAAGCCTCTGATTCAAAAATT;SOR=0.715;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=276;TCF=133;TCR=143;TR=166;WE=5246678;WS=5246660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,175:0.58:302
chr10	5255025	rs4880718	A	G	4595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
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chr10	5258955	rs2050309	C	G	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=258;SC=GGGTCAGCATCGGTCAACCTG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=5258963;WS=5258945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	5260505	rs5782814	GAA	G	690.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr10	5260611	rs72003850	TTCAC	T	3849.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.291;NF=16;NR=39;PP=2536;ReadPosRankSum=0.125;SC=TTCATATAAATTCACTTTGCT;SOR=0.762;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=98;TCF=25;TCR=73;TR=55;WE=5260622;WS=5260601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,99:0.55:180
chr10	5260812	rs2398157	A	G	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=41;PP=1145;SC=CTGGACACACAGCCTCTGGTT;SOR=1.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=60;WE=5260820;WS=5260802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	5415954	rs10904481	A	G	6668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.083;SC=GGGTGGAGCCAGAGGCACCCG;SOR=0.684;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=524;TCF=295;TCR=229;TR=301;WE=5415962;WS=5415944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,316:0.57:552
chr10	5416202	rs10904482	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.915;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=320;ReadPosRankSum=0.095;SC=CAGCGGGGTGGGGAGGGGGAG;SOR=2.642;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=13;WE=5416210;WS=5416192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr10	5435918	rs7097775	G	A	3101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.967;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=61;PP=1983;ReadPosRankSum=1.718;SC=ACTCAAAGCAGGCAGTGGTGA;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=211;TCF=104;TCR=107;TR=125;WE=5435926;WS=5435908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,136:0.59:231
chr10	5436260	rs7910290	A	G	5208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.640;SC=GCTCTACCACAGCAGTGGAGA;SOR=0.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=100;TCR=81;TR=178;WE=5436268;WS=5436250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,198:0.99:199
chr10	5436487	rs6601957	A	G	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=68;PP=2088;SC=TGAATTGGACAGTAGTGGCAG;SOR=1.046;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=52;TCR=68;TR=120;WE=5436495;WS=5436477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	5437365	rs11253156	A	G	7354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=126;NR=116;PP=2965;SC=CGTAATTGTTAGCAGCATCCT;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=243;TCF=126;TCR=117;TR=242;WE=5437373;WS=5437355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr10	5446632	rs10904491	G	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=573;ReadPosRankSum=-0.172;SC=AGAAACAAATGTTTCTTTACA;SOR=0.956;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=39;WE=5446640;WS=5446622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,43:0.68:63
chr10	5446794	rs7477466	C	T	4657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=70;NR=82;PP=2570;SC=GTAGTAATGACTGAGGAGCCT;SOR=1.034;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=70;TCR=82;TR=152;WE=5446802;WS=5446784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr10	5446942	rs4881435	C	T	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=11;PP=306;SC=CTGAACAACCCGGGATAAAGT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=5446950;WS=5446932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	5446965	rs4881436	G	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=43;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GTACACAGCTGCAGATGAACT;SOR=0.160;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=5446973;WS=5446955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr10	5471200	rs4604777	C	T	2877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=39;PP=1506;SC=AAGGTAAGCCCTGCTGCCCTG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=93;WE=5471208;WS=5471190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr10	5495218	rs4567355	T	C	5025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr10	5498248	rs4242790	G	T	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.580;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=536;ReadPosRankSum=-0.122;SC=TAAAATGCAGGCCTTCAATAA;SOR=0.269;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=32;WE=5498256;WS=5498238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr10	5541181	rs10904516	T	C	9650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=1.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.37;ReadPosRankSum=0.276;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,247:0.60:413
chr10	5541181	.	TTC	CTT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=117;NR=98;PP=2944;QD=20;SC=CCTGGCCTTCTTCGCCGCCGT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=382;TCF=206;TCR=176;TR=215;WE=5541191;WS=5541171;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:167,215:0.56:382
chr10	5541183	rs10904517	C	T	9650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=0.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.48;ReadPosRankSum=0.519;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,243:0.59:411
chr10	5541230	rs11546426	T	C	5946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=1.720;SC=TCGCCGTCGCTGTCAACCTCG;SOR=0.475;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=463;TCF=254;TCR=209;TR=264;WE=5541238;WS=5541220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,282:0.57:491
chr10	5558145	rs5782832	G	GC	4987.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.705;NF=19;NR=59;PP=2933;ReadPosRankSum=-0.550;SC=AATCAAACAGGCACCTGGGCA;SOR=0.660;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=229;TCF=47;TCR=182;TR=78;WE=5558153;WS=5558135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,170:0.41:416
chr10	5558349	rs4072067	G	A	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=2.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	5682641	rs7896492	C	T	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=31;PP=1557;SC=ACGGGGGCAGCCACGGTCCGG;SOR=1.261;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=61;TCR=31;TR=91;WE=5682649;WS=5682631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	5684342	rs6602421	C	G	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=1;PP=204;SC=TCTTGCGGGCCCAGGACGGAG;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=5684350;WS=5684332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	5684534	rs61006671	T	TA	1369.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=31;PP=755;SC=AAAGTAAAGGTAAAAAAAAAT;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=33;WE=5684551;WS=5684524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
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chr10	5708360	rs75474563	G	A	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.12;ReadPosRankSum=0.663;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,48:0.61:79
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chr10	5708422	rs76394459	A	T	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=-0.689;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,67:0.57:118
chr10	5708434	rs56178329	C	G	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=-0.866;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,70:0.58:120
chr10	5766337	rs10737018	G	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=143;ReadPosRankSum=1.363;SC=CAAATTGACTGTAAGTACATA;SOR=1.473;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=10;WE=5766345;WS=5766327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr10	5772432	rs45549643	C	T	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=7;PP=867;ReadPosRankSum=0.111;SC=ATGTTTAATACGTGTGTATAT;SOR=0.573;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=65;TCR=11;TR=49;WE=5772440;WS=5772422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,52:0.65:80
chr10	5781628	rs2254067	T	G	2610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.431;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=39;PP=1810;ReadPosRankSum=-0.476;SC=TTCAAGAGGTTGTCAAGAAGA;SOR=0.726;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=313;TCF=209;TCR=104;TR=123;WE=5781636;WS=5781618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,128:0.40:324
chr10	5781969	rs2797486	A	T	2855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=64;PP=1774;ReadPosRankSum=-2.966;SC=CAGACTTAACAGTTAGCCAAG;SOR=0.791;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=265;TCF=130;TCR=135;TR=124;WE=5781977;WS=5781959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,137:0.48:288
chr10	5784509	rs2797488	G	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.800;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=434;ReadPosRankSum=1.949;SC=GCTGAATACCGTTAAATGTTG;SOR=0.307;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=34;WE=5784517;WS=5784499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr10	5788110	rs200661404	A	AT	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.166;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr10	5788608	rs2797491	G	C	4522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=2.321;SC=GCTGATGAACGTACAACCTTT;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=505;TCF=251;TCR=254;TR=214;WE=5788616;WS=5788598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,228:0.43:532
chr10	5790420	rs2669142	T	C	12105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=207;NR=225;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.319;SC=GCAGAGCCAGTGTTTCAAGCA;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=434;TCF=208;TCR=226;TR=432;WE=5790428;WS=5790410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,467:1.00:469
chr10	5804531	rs2797501	G	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.280;HP=1;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=365;ReadPosRankSum=-0.313;SC=TTTGAAAATAGTGGAATCCTT;SOR=0.481;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=19;WE=5804539;WS=5804521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr10	5804865	rs56352451	C	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=310;ReadPosRankSum=0.877;SC=TAACTTGGATCGTCAGTACAG;SOR=0.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=19;WE=5804873;WS=5804855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr10	5805087	rs139115917	AAC	A	1175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.132;NF=2;NR=20;PP=879;ReadPosRankSum=-1.787;SC=TACACATGTGAACAGTCTTAC;SOR=1.449;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=22;WE=5805096;WS=5805077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr10	5810458	rs61836362	C	A	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=33;PP=785;ReadPosRankSum=0.000;SC=AAACCATCCTCAAGTTCATAT;SOR=0.758;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=41;WE=5810466;WS=5810448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,50:0.67:75
chr10	5837038	rs10752110	T	C	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=627;ReadPosRankSum=0.723;SC=ATAAAGAACATTTACTAATAC;SOR=0.725;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=39;WE=5837046;WS=5837028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,42:0.41:102
chr10	5853767	rs1567706	T	C	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=493;ReadPosRankSum=-1.287;SC=GAATATTCTCTAATAATTGCA;SOR=1.387;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=76;TCF=48;TCR=28;TR=37;WE=5853775;WS=5853757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,39:0.46:85
chr10	5853817	rs1567707	G	C	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=-1.559;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,61:0.51:119
chr10	5855225	rs3736460	G	A	6950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FS=0.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.92;ReadPosRankSum=1.257;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,330:0.61:538
chr10	5919947	rs2985043	C	T	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=15;PP=1268;SC=AACTCCTCAGCAGGAGTGGAA;SOR=2.133;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=55;TCR=15;TR=69;WE=5919955;WS=5919937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	5920121	rs1052420	T	C	10796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=207;NR=177;PP=2965;SC=GCCAGAGCCCTGAAGGACATC;SOR=0.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=384;TCF=207;TCR=177;TR=384;WE=5920129;WS=5920111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr10	5922186	rs811561	T	A	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.88;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	5924942	rs617165	C	G	9174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=185;NR=131;PP=2965;SC=CAGGGAAGCTCGGACAACGTT;SOR=0.979;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=316;TCF=185;TCR=131;TR=316;WE=5924950;WS=5924932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr10	5925971	rs631947	C	A	7681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=140;NR=116;PP=2965;SC=CGTCGATGTGCCCACACTGGA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=257;TCF=140;TCR=117;TR=256;WE=5925979;WS=5925961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr10	5926079	rs3750657	AT	CC	7348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.00;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
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chr10	5926154	rs7907053	A	G	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=39;PP=1022;SC=ACCTGTGAGCATGGAGCTCTC;SOR=2.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=54;WE=5926162;WS=5926144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr10	5932200	rs145906182	C	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=132;ReadPosRankSum=0.385;SC=GCGTCTCGGGCTCCAGGTCCC;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=3;WE=5932208;WS=5932177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
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chr10	5952854	rs7067928	C	T	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.339;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
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chr10	5957352	rs41290313	C	T	2711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=39;PP=1668;ReadPosRankSum=-0.845;SC=CTCCTTTCCTCCTGGCTTCCC;SOR=0.823;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=180;TCF=113;TCR=67;TR=108;WE=5957360;WS=5957342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,120:0.61:196
chr10	5957602	rs61834496	C	T	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=581;ReadPosRankSum=-2.395;SC=TTTCCCGTGACGATCACATGT;SOR=0.774;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=11;TCR=47;TR=33;WE=5957610;WS=5957592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr10	5960209	rs2387092	C	T	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=621;ReadPosRankSum=1.189;SC=TCCAGTGTGCCCTGGCTTAGC;SOR=1.165;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=99;TCF=76;TCR=23;TR=37;WE=5960217;WS=5960199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,39:0.37:105
chr10	5960499	rs2274027	A	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=284;ReadPosRankSum=-0.417;SC=CTTACGTGCCAGGCCCTGTGA;SOR=0.160;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=16;WE=5960507;WS=5960489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr10	5963174	rs41290317	C	T	2512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=46;PP=1548;ReadPosRankSum=-1.616;SC=AATGCACGGACACACCACAGG;SOR=0.665;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=108;TCR=71;TR=115;WE=5963182;WS=5963164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,116:0.63:185
chr10	5966192	rs2274030	A	G	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=4;PP=910;SC=GCTCTTGCGCAGCTGCTTAGG;SOR=3.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=43;WE=5966200;WS=5966182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	5966535	rs59730206	CT	C	276.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=1.128;QD=7.91;ReadPosRankSum=-2.581;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr10	5966806	rs55639163	G	A	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.79;ReadPosRankSum=2.449;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,51:0.74:69
chr10	5966854	rs11594794	G	A	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.01;ReadPosRankSum=0.746;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr10	5967176	rs11255971	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=250;ReadPosRankSum=-1.400;SC=TGTCTGTTCCCGACAGTTGTT;SOR=0.434;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=15;WE=5967184;WS=5967166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr10	5978411	rs646406	T	C	4383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=48;PP=2769;SC=TCGCTCTTTCTTTCTCAGGAG;SOR=1.281;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=96;TCR=48;TR=144;WE=5978419;WS=5978401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr10	5990899	rs4367845	C	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=393;ReadPosRankSum=1.032;SC=TTATACAAGGCACAATGTCAA;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=23;WE=5990907;WS=5990889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr10	5994892	rs184737366	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=80;ReadPosRankSum=-0.918;SC=TGCTCCCTCGCGCAGGAGGCG;SOR=0.859;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=9;WE=5994900;WS=5994882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr10	5998285	rs3136627	G	A	2794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.37;ReadPosRankSum=-0.658;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,135:0.65:209
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chr10	6002368	rs2228059	T	G	2609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,132:0.50:266
chr10	6005674	rs3136614	G	A	4290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr10	6041873	rs11596136	C	T	3270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.888;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=58;PP=1841;ReadPosRankSum=0.755;SC=AGGACTTGTACTCCTGGCTGC;SOR=0.900;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=228;TCF=129;TCR=99;TR=141;WE=6041881;WS=6041863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,151:0.61:248
chr10	6041923	rs10905599	T	C	3707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=73;PP=2254;ReadPosRankSum=2.784;SC=GGCTTTTGGGTATCACAACTG;SOR=0.666;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=263;TCF=141;TCR=122;TR=155;WE=6041931;WS=6041913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,170:0.59:287
chr10	6042034	rs10795731	C	T	4096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.68;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr10	6061277	rs7069976	G	A	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.58;SOR=1.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	6061781	rs10752175	T	C	11239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=220;NR=169;PP=2965;SC=CCTGGTCACCTCTGCCCTTTT;SOR=0.905;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=389;TCF=220;TCR=169;TR=389;WE=6061789;WS=6061771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr10	6062051	rs9804284	T	A	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=536;SC=ATGCCACCCCTCATGGTTCCA;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=6062059;WS=6062041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	6063674	rs942200	T	C	3961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=89;PP=2288;SC=ATGGAAGGAATGCTCTGAAGG;SOR=1.517;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=51;TCR=89;TR=140;WE=6063682;WS=6063664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr10	6066195	rs12358961	T	A	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=34;PP=1220;ReadPosRankSum=-1.349;SC=GGAGGACAGATTCATCTCTCA;SOR=0.732;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=191;TCF=121;TCR=70;TR=90;WE=6066203;WS=6066185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,91:0.46:198
chr10	6066462	rs12722574	G	A	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=48;PP=1118;ReadPosRankSum=0.746;SC=TTACAAATACGAAACCAGAGT;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=41;TCR=87;TR=70;WE=6066470;WS=6066452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,77:0.55:139
chr10	6067688	rs2025345	A	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.028;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=238;ReadPosRankSum=-0.758;SC=TATCCTGTAGACTGGACTGGC;SOR=1.751;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=13;WE=6067696;WS=6067678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr10	6143178	rs41295145	A	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=209;ReadPosRankSum=0.364;SC=TGTTGCAAACAGTGTGAATTT;SOR=0.560;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=17;WE=6143186;WS=6143168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr10	6150828	rs374720400	GCTCTGTC	G	1525.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=7;PP=609;SC=AGCCTGCCTGGCTCTGTCACC;SOR=1.483;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=9;WE=6150859;WS=6150818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	6150837	.	C	T	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.82;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	6150843	.	G	A	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.17;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	6150844	.	C	A	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.17;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	6150845	.	C	T	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.17;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	6150848	rs75593307	ACCTG	A	1492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=406;SC=CTGAGGCCGCACCTGGATCTC;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=6150859;WS=6150818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	6154095	rs80062330	T	G	2630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=-1.072;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,133:0.47:284
chr10	6156118	rs10795823	T	C	4790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr10	6187115	rs11256972	A	G	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.78;ReadPosRankSum=-0.994;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr10	6188591	rs7074372	A	G	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.250;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=587;ReadPosRankSum=-0.042;SC=TTGTCGATGTAGGCTCTGGTT;SOR=0.116;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=42;WE=6188599;WS=6188581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
chr10	6258015	rs2148293	T	C	3760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=38;PP=2292;SC=TGTCGGGGCGTGTCGGGAGTT;SOR=1.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=87;TCR=38;TR=124;WE=6258023;WS=6258005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr10	6258052	rs2148294	G	A	7283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=152;NR=111;PP=2965;SC=CGGATGCACCGGCGCTGACAT;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=152;TCR=111;TR=263;WE=6258060;WS=6258042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr10	6258300	rs2516622	A	C	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=41;PP=971;SC=CTCAGGAAGGAGGATGTGGGG;SOR=2.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=50;WE=6258319;WS=6258290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	6258311	rs2516623	T	C	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=35;PP=821;SC=GGATGTGGGGTGGACTCAGGG;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=6258319;WS=6258290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	6258796	rs2182412	T	C	5031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=103;PP=2965;SC=AGGAAAAGGCTTCAGGAAGCG;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=59;TCR=103;TR=162;WE=6258804;WS=6258786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr10	6258840	rs5782881	GC	G	3063.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=53;PP=2969;SC=CCCTCCTGCTGCCCATGTTCC;SOR=1.429;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=25;TCR=56;TR=77;WE=6258848;WS=6258830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	6258937	rs2765827	A	G	3689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.170;NF=100;NR=29;PP=2541;ReadPosRankSum=1.634;SC=CTTGGGGGCCATGGGGCGTTC;SOR=1.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=101;TCR=30;TR=129;WE=6258945;WS=6258927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,138:0.99:139
chr10	6259239	rs2516624	G	A	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=75;PP=2228;SC=GACCGGGTCCGGCTCGGAAGC;SOR=3.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=14;TCR=75;TR=89;WE=6259247;WS=6259229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	6261704	rs1557111	T	C	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.002;NF=2;NR=14;PP=282;ReadPosRankSum=1.698;SC=TGAGGGTTCTTACTGAATTCT;SOR=2.200;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=16;WE=6261712;WS=6261694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr10	6266956	rs4747951	G	T	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=9;PP=788;SC=GGGGTGGCGGGTGGGGAGGCG;SOR=1.659;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=42;WE=6266964;WS=6266952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	6273170	rs35890201	C	CT	2303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FS=3.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.731;QD=5.35;ReadPosRankSum=-0.372;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,171:0.40:431
chr10	6319702	rs59833671	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.413;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr10	6319884	.	G	GT	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.826;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.875;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,18:0.21:85
chr10	6368707	rs7087657	C	T	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.27;ReadPosRankSum=1.537;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr10	6368721	rs7074209	G	T	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.57;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	6368724	rs7074211	G	T	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.83;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	6368760	rs7087682	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=0.431;SC=TTCGGGCACTCAGGACTTGTT;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=13;WE=6368768;WS=6368750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
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chr10	6472962	rs601150	T	G	3454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=76;PP=2274;SC=CATCAGGAGGTCGTGGTGCTT;SOR=2.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=27;TCR=76;TR=103;WE=6472970;WS=6472952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr10	6498799	rs2296123	C	G	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=540;ReadPosRankSum=2.629;SC=TGAAGCAAATCTCACATTAAT;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=132;TCF=55;TCR=77;TR=48;WE=6498807;WS=6498789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,56:0.38:148
chr10	6504126	rs604663	T	C	3086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.84;ReadPosRankSum=0.479;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,76:0.66:115
chr10	6504136	rs678304	C	G	3222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=4.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.98;ReadPosRankSum=0.512;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,85:0.66:129
chr10	6527344	rs661891	A	C	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=272;ReadPosRankSum=0.446;SC=CATAGGGTCAACAAAGATCTC;SOR=0.876;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=15;WE=6527352;WS=6527334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr10	6533877	rs3815975	A	G	5611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=80;PP=2425;SC=TAATGAAAACACTGGCATTGT;SOR=1.318;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=52;TCR=80;TR=131;WE=6533885;WS=6533867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr10	6533900	rs3815974	C	T	4470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=61;PP=1832;SC=GCATTTTAAACCATCATTGTC;SOR=1.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=30;TCR=61;TR=91;WE=6533908;WS=6533890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	7214505	rs117946311	C	A	3497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.928;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=66;PP=1937;ReadPosRankSum=-0.551;SC=TCCGTTTCTTCTGCACGAAAA;SOR=0.488;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=217;TCF=123;TCR=94;TR=147;WE=7214513;WS=7214495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,163:0.68:238
chr10	7230524	rs2462712	G	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-5.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=237;ReadPosRankSum=1.836;SC=AAGTGGCAAGGTTCAAAGTAG;SOR=0.113;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=15;WE=7230532;WS=7230514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr10	7247631	rs17423681	G	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=282;ReadPosRankSum=-2.566;SC=AAGATTAAGCGAGATCATGAA;SOR=0.527;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=24;WE=7247639;WS=7247621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr10	7285632	rs2248474	A	G	5480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.588;SC=GTCTTAGGTCATCAATAGTCA;SOR=0.425;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=202;TCF=88;TCR=114;TR=199;WE=7285640;WS=7285622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,214:1.00:215
chr10	7390300	rs1751658	A	G	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=843;ReadPosRankSum=2.059;SC=TCTCTACTACAAAAAAATAAT;SOR=0.920;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=115;TCF=52;TCR=63;TR=64;WE=7390308;WS=7390290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,73:0.58:126
chr10	7423923	.	CA	C	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=-0.614;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,22:0.24:90
chr10	7423960	rs2254756	T	C	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=34;PP=1085;SC=ATCATATTGATTATATTCACT;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=48;WE=7423968;WS=7423950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	7423984	rs2254760	G	T	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.08;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	7605067	rs3824658	C	T	5967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.89;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr10	7605077	rs61199416	TC	T	8105.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=80;PP=2965;SC=CGGCCAAGTGTCCATCCCTGT;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=60;TCR=81;TR=138;WE=7605085;WS=7605057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr10	7605101	rs10795551	A	G	7672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=114;PP=2965;SC=AAATGGATGGAATGCCAGGTA;SOR=0.880;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=268;TCF=154;TCR=114;TR=268;WE=7605109;WS=7605091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr10	7605457	rs10737022	G	A	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=28;PP=820;SC=GCCACAGCCCGAGACTGGACT;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=7605465;WS=7605447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	7614936	rs10737023	T	G	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=7;PP=1306;SC=AGACGAGGTTTCACCATGTTG;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=51;TCR=7;TR=58;WE=7614944;WS=7614926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	7614959	rs12254204	T	C	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.038;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.238;NF=25;NR=3;PP=353;ReadPosRankSum=-0.559;SC=CAGGCTGGTCTTGAACTCCTG;SOR=0.952;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=74;TCF=61;TCR=13;TR=28;WE=7614967;WS=7614949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,35:0.41:85
chr10	7615195	rs4747517	C	A	4668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=94;PP=2739;SC=ATGGTCATTCCTTAAAGAAGA;SOR=1.116;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=68;TCR=94;TR=162;WE=7615203;WS=7615185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr10	7615330	rs17142818	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=1.405;SC=GGAGCTTGGCCTCAAAACACA;SOR=0.839;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=14;WE=7615338;WS=7615320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr10	7621578	rs11255201	C	A	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=5.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.071;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=8;PP=1974;ReadPosRankSum=0.721;SC=CATGGTGACACCTCCCATTGC;SOR=1.748;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=155;TCF=135;TCR=20;TR=96;WE=7621586;WS=7621577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,103:0.62:165
chr10	7622047	rs12256183	A	G	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=28;PP=880;SC=ACCAACACGGAACAGCTCAAG;SOR=1.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=7622055;WS=7622037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	7622075	rs12262854	G	C	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=21;PP=639;SC=ACTCACCTCCGCACTCTGATT;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=7622083;WS=7622065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	7627746	rs12413114	C	T	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=580;ReadPosRankSum=-0.106;SC=TGCAGTCTCCCTTCCTGCCAT;SOR=0.023;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=72;TCF=57;TCR=15;TR=37;WE=7627754;WS=7627736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr10	7627792	.	A	AAAAC	651.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=1.566;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,44:0.39:114
chr10	7627804	rs12218509	C	A	3344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.52;ReadPosRankSum=1.308;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,87:0.53:163
chr10	7627812	.	A	AG	3637.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.37;ReadPosRankSum=2.048;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,97:0.49:198
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chr10	7629411	rs4747527	T	G	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.33;ReadPosRankSum=0.832;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,41:0.40:102
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chr10	7679393	rs6602256	C	T	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.949;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=52;PP=1206;ReadPosRankSum=0.743;SC=CGGCTTTGTCCTTGCTGGGAA;SOR=0.497;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=279;TCF=128;TCR=151;TR=102;WE=7679401;WS=7679383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,112:0.37:304
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chr10	7755088	.	G	GA	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=1.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=3.693;QD=0.29;ReadPosRankSum=-0.342;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,39:0.16:241
chr10	7763661	rs7075296	A	G	13253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=250;NR=218;PP=2965;SC=ATATGCCCTAACTGCCGGGAG;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=470;TCF=251;TCR=219;TR=468;WE=7763669;WS=7763651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr10	7769604	rs2277226	A	G	6391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=133;NR=80;PP=2965;SC=CTGAATCCAGAATGGGATTTT;SOR=1.240;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=134;TCR=80;TR=213;WE=7769612;WS=7769594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr10	7773976	rs7098319	A	G	5290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=112;PP=2965;SC=CCACTTATCCATTTATTCTAT;SOR=1.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=71;TCR=112;TR=182;WE=7773984;WS=7773966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr10	7776831	rs1926937	C	T	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.87;ReadPosRankSum=0.320;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,64:0.44:146
chr10	7785017	rs3736965	T	C	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=5.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=1.115;SOR=0.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr10	7788495	rs7912419	T	C	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.903;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=432;ReadPosRankSum=1.277;SC=GAGTCAATAATGAGCCTCTTT;SOR=1.390;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=90;TCF=64;TCR=26;TR=35;WE=7788503;WS=7788485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,40:0.40:99
chr10	7804308	rs1980856	C	T	2307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=23;PP=1521;SC=GCAGTTAATGCCGCCAAGACA;SOR=1.556;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=58;TCR=23;TR=80;WE=7804316;WS=7804298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	7838208	rs1244418	A	G	3404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr10	7844195	rs932971	C	T	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=22;PP=1278;SC=CTATTCCTTCCATATAACTTG;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=68;WE=7844203;WS=7844185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	7844906	rs1244431	T	G	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=77;PP=2134;SC=TTTCGTTTTTTTCTTTTGAAG;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=32;TCR=77;TR=109;WE=7844914;WS=7844896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	7846152	rs914609	T	C	7835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=129;NR=149;PP=2965;SC=ACCCACAGAGTGCAGAATACT;SOR=0.979;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=279;TCF=130;TCR=149;TR=278;WE=7846160;WS=7846142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr10	7849688	rs4655	T	C	2698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=48;PP=1150;SC=CCGAAGAAACTGTTCCTCCAT;SOR=1.358;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=84;WE=7849696;WS=7849678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr10	7866266	.	TTCA	T,TGTCA	20980.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.28;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=81;NR=171;PP=2974;SC=TGATTTGCTTTTCACTTTGTT;SOR=1.166;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=253;TCF=82;TCR=171;TR=252;WE=7866277;WS=7866256;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:463
chr10	7866267	.	TCA	GCA	2974	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000,1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=68.48;NF=230,78;NR=171,171;PP=2965,2974;QD=20;SC=GATTTGCTTTTCACTTTGTTT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=428;TCF=249;TCR=179;TR=401,249;WE=7866277;WS=7866256;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:27,401:0.94:428
chr10	7866267	.	TCA	T	2974	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000,1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=68.48;NF=230,78;NR=171,171;PP=2965,2974;QD=20;SC=GATTTGCTTTTCACTTTGTTT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=428;TCF=249;TCR=179;TR=401,249;WE=7866277;WS=7866256;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,249:0.95:262
chr10	7866269	.	A	AGG	20979.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=69.01;QD=45.31;SOR=1.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr10	7866557	rs1244471	T	C	3786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=85;PP=2628;SC=ATGTTAGTGATTATTTTAATG;SOR=1.954;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=38;TCR=86;TR=123;WE=7866565;WS=7866547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr10	7866576	rs1244472	A	T	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=56;PP=1561;SC=TGGATTTTTAATCCTCTTAGC;SOR=1.954;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=24;TCR=57;TR=80;WE=7866584;WS=7866566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	8006519	rs17366712	G	C	2566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=63;PP=1700;ReadPosRankSum=0.393;SC=GCTACACTCAGTGAAAAAATC;SOR=0.680;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=308;TCF=150;TCR=158;TR=124;WE=8006527;WS=8006509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,130:0.40:321
chr10	8093034	rs501764	G	T	5735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.98;SOR=1.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr10	8093185	rs485411	T	C	2591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=82;PP=2158;SC=CCCTACCGAGTGGAGAAAGTC;SOR=1.190;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=63;TCR=82;TR=145;WE=8093193;WS=8093175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	8106258	rs138653460	TTCTTTTC	T	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.08;ReadPosRankSum=0.264;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr10	8111345	rs35348503	CT	C	272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=3.293;QD=1.53;ReadPosRankSum=0.794;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,46:0.26:178
chr10	8111409	rs422628	C	T	11863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=25.96;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr10	8111621	rs406103	C	T	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=64;PP=1459;ReadPosRankSum=-0.237;SC=CAGCAAACAGCGTCACCACCA;SOR=0.665;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=134;TCF=30;TCR=104;TR=83;WE=8111629;WS=8111611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,87:0.64:137
chr10	8115668	rs373223232	TA	T	433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.424;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.422;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,70:0.35:202
chr10	9449628	.	A	G	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=21;MQ=50.83;NF=95;NR=177;PP=2965;QD=20;SC=TGCAGAGCCCATCAGTGGGTT;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=281;TCF=96;TCR=185;TR=272;WE=9449636;WS=9449618;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,272:0.97:281
chr10	11047207	rs2773499	C	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr10	11290997	rs2653522	A	C	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=6;PP=1530;SC=TACCTGGAGAAGTCTTGTTGT;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=60;TCR=6;TR=66;WE=11291005;WS=11290987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	11299607	rs56183744	A	G	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr10	11308790	rs72051267	TTC	T	2731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.39;QD=33.73;SOR=2.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	11316813	rs67013685	TAGTG	T	1726.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=4;PP=1346;SC=GCAGCAGTGTTAGTGAGTTTC;SOR=2.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=27;WE=11316824;WS=11316803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	11316909	rs2244576	G	C	4060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=32;PP=2478;SC=CATCAGTAGGGAGTAGCAACC;SOR=1.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=95;TCR=32;TR=127;WE=11316917;WS=11316899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr10	11316987	rs2244573	G	A	2181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.769;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=44;PP=1387;ReadPosRankSum=1.041;SC=TGCTCTCACCGTCTCCACTTT;SOR=0.973;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=275;TCF=155;TCR=120;TR=110;WE=11316995;WS=11316977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,116:0.41:286
chr10	11330525	rs2277214	G	A	3395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=101;PP=2325;ReadPosRankSum=0.371;SC=GGTGAGTGTGGGGGGTGCTCT;SOR=0.789;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=452;TCF=193;TCR=259;TR=170;WE=11330533;WS=11330515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,173:0.37:473
chr10	11330548	rs2277215	G	A	4602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.275;SC=CCTTGCAGGTGATGCAGCAGG;SOR=0.684;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=320;TCF=117;TCR=203;TR=199;WE=11330556;WS=11330538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,210:0.63:331
chr10	11330576	rs2277216	C	T	3432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=99;PP=2387;ReadPosRankSum=-0.989;SC=GGTAGGTTTCCGTGCCTCCAG;SOR=0.721;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=209;TCF=55;TCR=154;TR=136;WE=11330584;WS=11330566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,142:0.65:218
chr10	11356093	rs5783207	T	TTTTG	4721.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=23;PP=2612;SC=TCTGTTTTCCTTTTTTCAGTG;SOR=1.477;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=55;WE=11356101;WS=11356083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	11360673	rs2279809	A	G	1982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=18;PP=1305;ReadPosRankSum=0.564;SC=TTTGGCAAAAAGGAGAAAGAG;SOR=0.685;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=101;TCR=31;TR=79;WE=11360681;WS=11360663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,85:0.61:139
chr10	11361182	rs11596315	A	T	6078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=1.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.37;ReadPosRankSum=-0.445;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,167:0.39:423
chr10	11361186	rs11596316	A	G	5970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.67;ReadPosRankSum=-0.012;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,161:0.40:407
chr10	11362789	rs35548374	GT	G	2845.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=1.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.533;QD=7.97;ReadPosRankSum=-1.299;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,245:0.69:357
chr10	11367780	rs3832668	CT	C	3457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.03;MQRankSum=0.813;NF=40;NR=76;PP=1689;ReadPosRankSum=0.320;SC=CTTACTCTGACTTTTTTTTTC;SOR=0.813;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=214;TCF=67;TCR=147;TR=116;WE=11367789;WS=11367770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,206:0.61:340
chr10	11505175	rs3740204	A	G	3251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=50;PP=2189;ReadPosRankSum=-0.087;SC=TTCTCGGGCTAGGAGGGTAAA;SOR=0.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=252;TCF=151;TCR=101;TR=127;WE=11505183;WS=11505165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,142:0.52:273
chr10	11527786	rs3824642	T	C	2644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.223;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,143:0.56:255
chr10	11532658	rs17150444	T	C	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=539;ReadPosRankSum=-0.099;SC=ATCAGCTCTGTTCTAAGGCCC;SOR=0.836;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=34;WE=11532666;WS=11532648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr10	11532758	rs882206	C	A	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=511;ReadPosRankSum=0.331;SC=GAAATGTGCCCACAGGGCCCT;SOR=0.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=67;TCR=53;TR=42;WE=11532766;WS=11532748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,47:0.35:135
chr10	11567271	rs10508424	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=272;ReadPosRankSum=0.315;SC=AACGCATATTGTAAGACTATT;SOR=1.022;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=16;WE=11567279;WS=11567261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr10	11569387	rs117580160	T	C	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=258;ReadPosRankSum=-0.356;SC=TATGTCCCCATGAAGTTAAAC;SOR=0.425;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=18;WE=11569395;WS=11569377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr10	11569490	rs78495996	G	C	2774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.33;ReadPosRankSum=0.352;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,134:0.55:245
chr10	11569722	rs17150509	T	C	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=4.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=290;ReadPosRankSum=0.152;SC=TATTTGTAACTACAACTTTGT;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=13;WE=11569730;WS=11569712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr10	11653772	rs145486773	C	CGCGGCCCCGG	1109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=5.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.19;ReadPosRankSum=-1.809;SOR=1.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr10	11784633	rs11558855	C	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.48;ReadPosRankSum=-1.241;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr10	11789290	rs4750089	G	C	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=1;PP=531;SC=GGAATCGCAGGGGTCCTCACT;SOR=4.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=11789298;WS=11789280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	11789382	rs4750090	G	A	5217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=71;PP=2965;SC=GAAGAGGAACGCGTTGTCACT;SOR=1.122;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=112;TCR=72;TR=183;WE=11789390;WS=11789372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr10	11789405	rs4750091	G	A	6625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=132;NR=96;PP=2965;SC=CAATGCTGAAGTCTCTCCAAA;SOR=0.901;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=132;TCR=97;TR=228;WE=11789413;WS=11789395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
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chr10	11791741	rs58243400	CCCAGCAAT	C	1930.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=43.88;SOR=2.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr10	11797467	rs7910140	G	A	20460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=796;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=366;NR=372;PP=2965;SC=TGGCCTGGCCGCGGCTGCCGG;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=743;TCF=371;TCR=372;TR=738;WE=11797475;WS=11797444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,790:1.00:790
chr10	11797619	rs902892	C	G	6014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.46;SOR=1.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
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chr10	11805204	rs72781916	A	C	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.468;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=35;PP=1084;ReadPosRankSum=-0.676;SC=CCTCAGTGACATCCCGTGTCT;SOR=0.430;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=259;TCF=158;TCR=101;TR=85;WE=11805212;WS=11805194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,90:0.35:260
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chr10	11805354	rs12258196	A	G	4428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=3.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.71;ReadPosRankSum=0.530;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,121:0.40:301
chr10	11805357	rs10906011	G	A	4444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=1.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.07;ReadPosRankSum=0.030;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,121:0.41:295
chr10	11912144	rs17851505	C	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=391;ReadPosRankSum=-1.023;SC=CAAGTGCGCACGAGGCCCTGA;SOR=0.581;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=136;TCF=73;TCR=63;TR=41;WE=11912152;WS=11912134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,42:0.29:145
chr10	11912332	rs12253554	C	T	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=-2.295;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,34:0.39:87
chr10	11912431	rs12253600	C	T	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=3.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,61:0.37:166
chr10	11962888	rs41291277	C	A	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=3.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.824;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,43:0.27:159
chr10	11970854	.	AT	A	493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.76;ReadPosRankSum=0.169;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr10	11973548	rs17556922	A	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=128;ReadPosRankSum=1.333;SC=ATAAATATGGAAAAATATGAC;SOR=0.180;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=10;WE=11973556;WS=11973546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr10	11978499	rs7921794	T	G	2200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.178;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,119:0.42:281
chr10	11984853	rs11596145	C	T	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=283;ReadPosRankSum=0.604;SC=ACTTGTTTAACATAACTCAAG;SOR=1.270;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=18;WE=11984861;WS=11984843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr10	12009320	rs117856064	T	A	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=470;ReadPosRankSum=3.183;SC=TTAAAAACAATCAACTAATTC;SOR=0.534;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=37;WE=12009328;WS=12009310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,40:0.56:71
chr10	12009545	.	GTTT	G	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=-0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=2.722;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
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chr10	12039804	rs41291289	C	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.787;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr10	12041840	rs7089862	T	C	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=846;ReadPosRankSum=0.566;SC=ACCATAGACATTCCTTATCAG;SOR=0.625;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=138;TCF=90;TCR=48;TR=61;WE=12041848;WS=12041830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,74:0.43:171
chr10	12043790	rs11595168	T	G	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=0.079;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,72:0.48:150
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chr10	12056244	rs7924304	T	C	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.693;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=41;PP=954;ReadPosRankSum=0.166;SC=CAAATTGTTATATATGGGAAA;SOR=0.486;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=119;TCF=33;TCR=86;TR=59;WE=12056252;WS=12056234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,57:0.47:121
chr10	12068542	rs12415637	C	T	5092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=-1.090;QD=11.52;ReadPosRankSum=0.199;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,241:0.55:442
chr10	12068645	.	C	CT	508.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=3.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.842;QD=4.46;ReadPosRankSum=-1.066;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,48:0.42:114
chr10	12071535	rs12411326	C	G	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,65:0.43:151
chr10	12111090	rs1279138	T	C	8463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr10	12123666	rs10906066	C	T	3676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=94;PP=2646;SC=CGGAGCTGCACACCAGGCCAG;SOR=2.434;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=29;TCR=95;TR=123;WE=12123674;WS=12123656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr10	12126490	rs11257527	A	T	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=5;PP=1035;SC=ACATCATGTTAAGGAACATGA;SOR=3.080;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=46;WE=12126498;WS=12126480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	12131081	rs3740015	T	G	20425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=762;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=372;NR=343;PP=2965;SC=TGTGGACCTGTACTTTGGGGC;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=715;TCF=372;TCR=343;TR=715;WE=12131089;WS=12131071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,761:1.00:761
chr10	12139884	rs35537424	C	T	3227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=0.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=2.333;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,172:0.45:385
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chr10	12143105	rs2062988	C	G	7293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=134;NR=111;PP=2965;SC=GGCATGCAATCGTGGTTTGCC;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=135;TCR=111;TR=245;WE=12143113;WS=12143095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr10	12148259	rs1701472	A	C	5034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=101;NR=58;PP=2654;SC=GCAACAGCCCACTGTCAGAAG;SOR=0.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=101;TCR=58;TR=159;WE=12148267;WS=12148249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr10	12148286	rs1615510	T	C	5209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr10	12149939	rs1722462	C	T	8698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr10	12159647	rs2399771	A	G	7496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=142;NR=111;PP=2965;SC=TGCTTGCTGGATGTGTGGCCT;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=253;TCF=142;TCR=111;TR=253;WE=12159655;WS=12159637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr10	12159668	rs12416681	G	A	3330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=68;PP=1933;ReadPosRankSum=-1.197;SC=CTTCTCCCTCGTAGGCAGCCG;SOR=0.611;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=281;TCF=155;TCR=126;TR=149;WE=12159676;WS=12159658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,164:0.52:314
chr10	12159844	.	GATCTCCCCTCTCCT	G	802	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=22;MQ=59.71;NF=0;NR=27;PP=802;QD=31.2962962963;SC=AGGTGATGCAGATCTCCCCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=27;WE=12159870;WS=12159834;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr10	12159845	rs34396265	ATCTCCCCTCTCC	A	2767.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;QD=43.93;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	12159859	rs376672314	ATT	A	2768.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=43.95;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	12159861	.	T	A	532	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=59.62;NF=4;NR=15;PP=532;QD=29.8300638183;SC=CCTCTCCTATTTTTATTTATT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=19;WE=12159870;WS=12159834;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:21,19:0.47:40
chr10	12160602	rs11257543	T	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQRankSum=-4.465;QD=14.17;ReadPosRankSum=1.230;SOR=1.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr10	12160606	rs11257544	T	C	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=4.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQRankSum=-3.911;QD=13.28;ReadPosRankSum=-0.800;SOR=1.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr10	12160623	rs11257545	C	T	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.27;QD=36.70;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	12160623	.	CGCCCGCCTT	TGCCCGCCTC,TGCCCGCCTT	574	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=26;MQ=57.69;NF=22,44;NR=5,14;PP=574,446;QD=23.2395509208;SC=CCTCGTGATCCGCCCGCCTTG;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=27,58;WE=12160640;WS=12160613;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.45:60
chr10	12160632	rs112318056	T	C	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=5.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=2.695;QD=12.96;ReadPosRankSum=0.710;SOR=1.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr10	12162338	.	C	CT	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=-1.240;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr10	12171889	rs118060991	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=-2.389;SC=GAGTCGTGGGGGCCAGGGATG;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=11;WE=12171897;WS=12171879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr10	12199893	rs77831225	G	A	3096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=1.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=-1.761;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,153:0.45:337
chr10	12203197	rs2399784	C	G	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=26;PP=788;SC=AGCACTTTGGCAGGCTGAGGC;SOR=2.948;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=33;WE=12203205;WS=12203187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	12209752	rs6686	T	C	3832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=79;PP=1988;ReadPosRankSum=-0.199;SC=CATGTTTCAGTGCTAGAGCGT;SOR=0.617;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=305;TCF=171;TCR=134;TR=177;WE=12209760;WS=12209742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,186:0.58:320
chr10	12211970	rs11257576	T	G	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=17;PP=1213;ReadPosRankSum=-0.224;SC=AGTGTCTGCTTCTTTCTAGAT;SOR=0.611;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=146;TCF=112;TCR=34;TR=69;WE=12211978;WS=12211960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,73:0.46:158
chr10	12212186	rs11257577	T	A	2380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=67;PP=1543;ReadPosRankSum=0.348;SC=AATTATACAATGCATCTACAT;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=299;TCF=128;TCR=171;TR=115;WE=12212194;WS=12212176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,123:0.38:324
chr10	12215870	rs35088067	CT	C	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.6577;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=145;ReadPosRankSum=-1.430;SC=TTAAACCCTCCTTTTTTTTTT;SOR=1.085;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=15;WE=12215878;WS=12215860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr10	12227067	rs2140660	C	G	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	12228298	rs2272207	C	T	2751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=-1.355;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,136:0.55:246
chr10	12228459	rs11257584	T	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.724;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=204;ReadPosRankSum=-3.056;SC=TGTCTCAGTATGTGAGGGAAC;SOR=0.380;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=22;WE=12228467;WS=12228449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr10	12240640	rs11257591	G	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=1.701;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr10	12240691	rs150891932	GT	G	634.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=-1.547;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr10	12292344	rs10951	A	G	2629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=61;PP=1508;ReadPosRankSum=2.750;SC=TGATGAGCGTACTGGAACTGG;SOR=0.645;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=308;TCF=155;TCR=153;TR=125;WE=12292352;WS=12292334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,140:0.40:347
chr10	12292454	rs1051055	A	G	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.613;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=611;ReadPosRankSum=0.854;SC=GACATCAGCCACTTTTTATAT;SOR=1.343;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=38;WE=12292462;WS=12292444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,38:0.35:110
chr10	12595037	rs2815629	G	C	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=12;PP=842;SC=CCACTGCGCCGGGCTGCCCCT;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=12595045;WS=12595028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	12595147	rs2895524	C	T	2175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=3.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.36;ReadPosRankSum=-0.345;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,101:0.57:176
chr10	12695177	rs7896283	A	G	4989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr10	12833003	rs10717134	TA	T	1563.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.917;NF=33;NR=42;PP=802;ReadPosRankSum=0.596;SC=TTCCTTCCTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.578;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=142;TCF=66;TCR=76;TR=75;WE=12833012;WS=12832993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,106:0.60:177
chr10	12856057	rs10795984	G	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.912;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=652;ReadPosRankSum=-0.232;SC=CAAATTGCTGGGATTACCTGC;SOR=1.438;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=125;TCF=82;TCR=43;TR=44;WE=12856065;WS=12856047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,44:0.34:129
chr10	12866356	rs2482023	A	C	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=5;PP=634;SC=CACCCTGTCCACGACTGAGCC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=12866364;WS=12866355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	12867598	rs1757051	C	G	6754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr10	12870659	rs140735308	G	GCC	331.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.37;QD=33.17;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	12870714	rs2482075	A	G	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	12870783	.	C	T	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.122;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,90:0.39:228
chr10	12940377	rs10752280	T	C	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=2;PP=670;SC=TCAATTACCGTCAGGATTGGC;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=12940385;WS=12940367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	12940455	rs10906249	A	G	3264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=1.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr10	13151224	rs2234968	G	A	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.789;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,141:0.47:303
chr10	13151354	rs10906303	A	G	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=42;PP=1193;SC=ATCCCTTTGCACTAAGGCTTG;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=55;WE=13151362;WS=13151344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	13152504	rs34617995	GT	G	422.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.60;MQRankSum=0.577;QD=22.25;ReadPosRankSum=-1.007;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr10	13152515	rs79529484	T	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=11;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.336;NF=0;NR=7;PP=97;ReadPosRankSum=0.552;SC=TTTTTTTTTTTTCCCTTGACA;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=7;WE=13152523;WS=13152494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr10	13158262	rs2244380	C	T	6275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr10	13164332	rs765884	T	C	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=5;PP=501;SC=ATAATTGCTATTTCTCTTAAA;SOR=2.400;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=13164340;WS=13164322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	13164596	rs489040	A	G	3559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr10	13166076	rs523747	A	G	4761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=99;PP=2937;SC=AAAACTCAGCAAAGCTGAGCT;SOR=1.088;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=73;TCR=99;TR=172;WE=13166084;WS=13166066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr10	13167860	rs676302	G	T	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.55;ReadPosRankSum=0.733;SOR=0.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr10	13206233	rs7090944	A	T	13066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=216;NR=245;PP=2965;SC=GTTTTCTGTTACTCTGTTTCA;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=461;TCF=216;TCR=245;TR=461;WE=13206241;WS=13206223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr10	13212884	rs2147279	C	T	3781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=83;NR=49;PP=2152;SC=TGGAATTAGCCGTGCTTATTC;SOR=1.027;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=83;TCR=49;TR=132;WE=13212892;WS=13212874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr10	13214812	rs6602637	A	G	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=29;PP=854;SC=GTATGTGTTTATGTGTGTGGG;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=13214820;WS=13214802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	13224886	rs3765520	G	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=94;ReadPosRankSum=0.799;SC=AAATGAGGACGGCATAACCTA;SOR=0.784;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=7;WE=13224894;WS=13224876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr10	13225119	rs11258235	G	A	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=517;ReadPosRankSum=0.611;SC=CTGTTTCTGGGATTTGATTGA;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=47;TCR=67;TR=43;WE=13225127;WS=13225109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,51:0.39:131
chr10	13230837	rs6602641	A	G	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=14;PP=611;ReadPosRankSum=-1.282;SC=GCTGTTTCCCAGCCTGTTGCC;SOR=0.600;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=48;WE=13230845;WS=13230827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,50:0.59:85
chr10	13230934	rs7904071	C	T	2765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=3.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=-1.498;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,133:0.54:246
chr10	13231194	rs2296221	A	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.893;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=248;ReadPosRankSum=-0.582;SC=TTTATCTTTCATAACTCACTA;SOR=0.301;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=20;WE=13231202;WS=13231184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr10	13233471	rs7916762	C	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.074;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=371;ReadPosRankSum=-0.490;SC=AAAGACTACACATTGGGTACA;SOR=1.999;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=65;TCF=11;TCR=54;TR=23;WE=13233479;WS=13233461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,25:0.34:73
chr10	13234356	rs7905784	A	T	4645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=0.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,215:0.62:348
chr10	13237015	rs10796036	G	A	5345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.86;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr10	13239917	.	ATT	A	189.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=-0.660;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr10	13240791	rs41291311	C	A	1790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.95;ReadPosRankSum=-1.832;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,108:0.36:301
chr10	13246190	rs7072097	C	T	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=386;ReadPosRankSum=0.594;SC=TCTTCACCGGCGGTGTGGGTT;SOR=0.816;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=30;WE=13246198;WS=13246180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr10	13275514	rs4750327	A	G	3301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=35;PP=2064;SC=TGGACGCGGGATGGGGTCCCT;SOR=1.512;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=74;TCR=35;TR=109;WE=13275522;WS=13275504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr10	13275553	rs3829925	T	G	5515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr10	13275676	rs3829926	T	C	5087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=106;PP=2759;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GTGGGGGTGCTGGGGCTGCTG;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=435;TCF=233;TCR=202;TR=232;WE=13275684;WS=13275666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,251:0.54:464
chr10	13275691	rs10796042	G	T	5476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FS=1.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.53;ReadPosRankSum=-0.933;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,260:0.55:475
chr10	13276179	rs942418	A	G	6363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr10	13320411	rs825625	A	T	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	13325946	rs648173	C	T	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.058;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=592;ReadPosRankSum=0.125;SC=AAGCATTTCTCTCTCCCAAGA;SOR=0.988;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=36;WE=13325954;WS=13325936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr10	13330291	rs7900830	G	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=181;ReadPosRankSum=0.195;SC=AAACTCTTTAGAGGTACTGAT;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=11;WE=13330299;WS=13330283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr10	13333786	.	CACAT	CCAT,C	876.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=869;ReadPosRankSum=1.292;SC=GCCAACCTTACACATTTTAAT;SOR=0.610;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=13;WE=13333811;WS=13333776;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.31:85
chr10	13333788	.	CATT	C	876.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=1.302;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,26:0.31:85
chr10	13333922	.	C	CA	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=1.200;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,17:0.19:91
chr10	13334058	rs1408364	A	G	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=11;PP=346;SC=TTGCAAACAAAGCATGAAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=13334066;WS=13334048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	13337319	rs654536	A	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=308;ReadPosRankSum=-1.512;SC=CAGAGTGAGAACCTTTCTCTA;SOR=0.212;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=10;WE=13337338;WS=13337309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr10	13337330	rs654553	T	C	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=308;ReadPosRankSum=-1.479;SC=CCTTTCTCTATAAAAAATAAA;SOR=0.571;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=11;WE=13337338;WS=13337309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr10	13337588	rs1747682	G	A	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=47;PP=1392;SC=GGGTTAGAACGTTATTATCCA;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=77;WE=13337596;WS=13337578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	13340236	rs28938169	G	A	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=547;ReadPosRankSum=0.424;SC=CCTGAAGTGGGATGAGCTACC;SOR=0.739;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=43;WE=13340244;WS=13340226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,54:0.48:113
chr10	13340293	rs7916926	A	G	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr10	13340339	rs10796054	G	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=0.746;SC=GGCTGAGGCAGGAGGATTACT;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=12;WE=13340347;WS=13340329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr10	13341836	rs511959	G	C	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=0;PP=213;SC=AGGCGGGGACGCGGCGCTGAG;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=13341844;WS=13341827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	13341900	rs512109	A	G	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=6;PP=574;SC=CACCCGGACCAGGGCCACCAC;SOR=2.584;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=30;WE=13341908;WS=13341890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	13343857	rs200942529	T	TA	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.681;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.555;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,17:0.22:77
chr10	13344169	rs3758423	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.62;ReadPosRankSum=1.561;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr10	13350590	rs112637295	AT	A	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=8.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.885;QD=6.26;ReadPosRankSum=-2.027;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr10	13361421	rs10906347	C	T	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=731;ReadPosRankSum=-0.164;SC=GCCTCTGCTGCTTCTGCAGAG;SOR=0.678;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=117;TCF=38;TCR=79;TR=50;WE=13361429;WS=13361411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,53:0.43:122
chr10	13364143	rs149378948	CT	C	449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.420;QD=7.75;ReadPosRankSum=1.082;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr10	13370315	rs3740211	C	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.075;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=265;ReadPosRankSum=0.203;SC=CTGTCTTGGACCCCTGGGACC;SOR=0.444;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=24;WE=13370323;WS=13370312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr10	13375906	rs10752297	T	C	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=2.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=-1.542;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,98:0.46:211
chr10	13378445	rs2275128	A	G	3162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=82;PP=2071;ReadPosRankSum=0.819;SC=GAGAACGTGGAGACTTTCCAG;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=317;TCF=135;TCR=182;TR=144;WE=13378453;WS=13378435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,152:0.45:336
chr10	13481427	rs12415754	T	A	3912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=94;PP=2615;ReadPosRankSum=2.617;SC=TTGTCTGAGGTGAGCTCTGCA;SOR=0.708;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=425;TCF=203;TCR=222;TR=177;WE=13481435;WS=13481417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,191:0.42:458
chr10	13483868	rs7902755	C	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.311;SOR=0.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
chr10	13489148	rs10675399	T	TGCAGA	2126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=1660;ReadPosRankSum=1.110;SC=CCTGGTCCACTGCAGAAGCAG;SOR=1.048;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=33;WE=13489156;WS=13489138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr10	13489201	rs11408564	A	AT	3787.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=2573;ReadPosRankSum=0.294;SC=ATCGTTTTCAATGCAAATAGT;SOR=0.829;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=117;TCF=50;TCR=67;TR=63;WE=13489209;WS=13489191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,120:0.55:217
chr10	13494396	rs3832669	TAA	T	368.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=343;ReadPosRankSum=-0.174;SC=AATAAGACTTTAAGAGAGCAA;SOR=0.659;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=10;WE=13494405;WS=13494395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr10	13494594	rs2277222	T	C	3766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=1.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=1.891;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,198:0.44:454
chr10	13538928	rs59561773	C	CA	712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.294;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.031;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,61:0.66:92
chr10	13570569	.	GGCGGCAGCGGCGGCA	G	2964.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=5;NR=16;PP=2984;SC=CTGAGGAGGCGGCGGCAGCGG;SOR=0.990;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=21;WE=13570591;WS=13570559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	13570673	rs10906401	A	G	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.70;QD=26.26;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	13633835	rs10906419	A	G	9374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=175;NR=138;PP=2965;SC=CTTCAGGAAGACCGCCCTCTT;SOR=0.908;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=316;TCF=175;TCR=141;TR=313;WE=13633843;WS=13633825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr10	13633928	.	GT	G	278.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=8.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.164;SOR=0.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,52:0.26:197
chr10	13633929	rs10796097	T	G	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=2.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.006;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,108:0.56:193
chr10	13633930	.	T	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=8.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,43:0.22:197
chr10	13647579	rs34754785	C	CA	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=1.816;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr10	13653490	rs2478121	C	A	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=6;PP=815;SC=AAATTCCATCCGATTTTTAAG;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=13653498;WS=13653480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	13658335	rs2253308	G	A	8161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=175;NR=107;PP=2965;SC=AATACTTTCAGTAAGAATTTG;SOR=1.213;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=283;TCF=175;TCR=108;TR=282;WE=13658343;WS=13658325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr10	13693883	rs11258499	C	T	13644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=254;NR=241;PP=2965;SC=GCAGTAGGAACAAAACTCCCC;SOR=0.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=496;TCF=254;TCR=242;TR=495;WE=13693891;WS=13693873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,529:1.00:529
chr10	13702668	rs10796105	T	C	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=9;PP=261;SC=AACCCACACCTTCACCCCTGT;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=13702676;WS=13702658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	13705298	rs10796108	G	T	1889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=5;PP=829;SC=CCCAACCAAAGAGGTGAATAC;SOR=2.531;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=36;WE=13705316;WS=13705288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	13705307	rs55876188	ACT	A	2273.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.21;NF=29;NR=6;PP=1666;SC=AGAGGTGAATACTGGGAAATG;SOR=2.970;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=13705316;WS=13705288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	13708059	rs183208367	C	T	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.969;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,63:0.44:142
chr10	13735603	rs943090	G	C	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=10;PP=1563;SC=TTGCCATGGGGATTGTGAAAC;SOR=2.701;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=54;TCR=11;TR=64;WE=13735611;WS=13735593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	13735685	rs200663128	CT	C	412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=2.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.626;QD=1.86;ReadPosRankSum=1.193;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,72:0.32:222
chr10	13743646	rs1541005	G	C	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=18;PP=600;SC=TGCGCACACAGCTTACAGACA;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=13743654;WS=13743636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	13749228	rs11258541	G	A	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=37;PP=1007;SC=AACAGAGACCGTAGTCTGTGC;SOR=2.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=13749236;WS=13749218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	13782109	rs11595190	G	A	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.824;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,46:0.35:130
chr10	13782124	rs10906462	A	G	5033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.48;SOR=1.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr10	13803866	rs17628770	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=180;ReadPosRankSum=-0.486;SC=ATATGAAACTAAACTCTAGAA;SOR=0.818;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=11;WE=13803874;WS=13803856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr10	13838604	rs3740121	A	G	6013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=88;NR=102;PP=2965;SC=GAAAATAGAGACAAATTGGTT;SOR=1.075;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=88;TCR=102;TR=190;WE=13838612;WS=13838594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr10	13838659	rs7079138	T	C	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.687;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=635;ReadPosRankSum=0.135;SC=TGAAGGTATATATGAAGCAGA;SOR=0.385;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=102;TCF=38;TCR=64;TR=48;WE=13838667;WS=13838649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,56:0.49:115
chr10	13900693	rs10430802	C	A	1817.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.863;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=17;PP=1335;ReadPosRankSum=2.490;SC=AGCACACACACAAAACACCCT;SOR=1.233;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=139;TCF=102;TCR=37;TR=76;WE=13900701;WS=13900683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,78:0.53:148
chr10	14050161	rs10524295	C	CTG	267.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;QD=26.77;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	14372306	rs35432616	G	GA	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.855;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.049;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr10	14478618	rs11259096	T	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr10	14569998	.	CTT	C	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr10	14570250	.	G	A	99	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=27;MQ=60.57;NF=2;NR=6;PP=99;QD=16.7214015684;SC=GCACAATCTCGGCTCACTGCA;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=8;WE=14570258;WS=14570240;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,8:0.50:16
chr10	14572644	rs7922221	G	A	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=36;PP=997;SC=CTGGGGCATCGCTGATAAATA;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=43;WE=14572652;WS=14572634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	14595392	rs11259179	A	G	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-0.896;QD=8.47;ReadPosRankSum=2.316;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,51:0.46:112
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chr10	14882060	rs3830599	AT	A	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=1.316;QD=7.50;ReadPosRankSum=1.445;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr10	14920685	rs200159062	T	TG	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.275;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=444;ReadPosRankSum=1.311;SC=TCCTCGCGCTTGGGGCCGGGC;SOR=3.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=14;WE=14920693;WS=14920675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr10	14941055	rs7896464	T	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.90;ReadPosRankSum=-0.130;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
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chr10	14974843	rs35927251	G	A	4593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=-1.136;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,242:0.43:562
chr10	14974905	rs12768894	T	C	2731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=80;PP=1355;ReadPosRankSum=-0.488;SC=TGTGAGATGATGAAGGATCTC;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=326;TCF=133;TCR=193;TR=134;WE=14974913;WS=14974895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,149:0.41:360
chr10	14976414	rs7076862	G	A	3516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=3.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=0.299;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,180:0.45:398
chr10	15008493	rs4750568	A	C	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=26;PP=1385;SC=GTAAAACCAAAATCAGTAAGT;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=76;WE=15008501;WS=15008483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	15014369	rs1935401	C	A	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=11;PP=1376;SC=TTGTGGGTATCATACTTTAAA;SOR=2.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=51;TCR=11;TR=62;WE=15014377;WS=15014359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	15014418	rs1935400	C	G	4402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=102;NR=49;PP=2965;SC=TACTTTGTTTCTGTAAGTCAT;SOR=1.550;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=102;TCR=49;TR=151;WE=15014426;WS=15014408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr10	15014440	rs1935399	A	G	5943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=135;NR=79;PP=2965;SC=CTTTTTAACTATTTGATAGTA;SOR=1.291;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=135;TCR=79;TR=214;WE=15014448;WS=15014430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr10	15014698	rs4418687	C	T	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.54;SOR=2.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	15014702	rs4295952	A	G	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.83;SOR=2.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	15058862	.	GA	G	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=4.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=1.033;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.104;SOR=2.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr10	15059899	rs12357939	A	G	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.830;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.291;NF=21;NR=2;PP=424;ReadPosRankSum=-1.086;SC=GCTACTTGGGAGGCTGAGGCA;SOR=1.263;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=23;WE=15059907;WS=15059889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr10	15106281	rs7075914	C	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=334;ReadPosRankSum=0.865;SC=TCAACTCACACTTTCCTTTCA;SOR=0.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=18;WE=15106289;WS=15106271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr10	15106379	rs10796255	A	G	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=1.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.26;ReadPosRankSum=0.616;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,83:0.41:201
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chr10	15120865	rs7092227	G	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=413;ReadPosRankSum=-1.044;SC=TATTATAATCGCAATTAATAT;SOR=0.701;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=29;WE=15120873;WS=15120855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr10	15121195	rs11259464	A	C	2145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=4.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=-1.256;QD=13.93;ReadPosRankSum=-0.236;SOR=0.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,95:0.62:154
chr10	15130560	rs11259477	G	T	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=5.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=2;PP=589;ReadPosRankSum=0.424;SC=GCACAGGTGCGGTCTACACTG;SOR=0.853;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=54;TCF=49;TCR=5;TR=29;WE=15130568;WS=15130555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr10	15138264	rs6602812	T	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=111;ReadPosRankSum=-0.200;SC=GTGAGCCAGGTTCGCGCCATT;SOR=0.675;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=13;WE=15138272;WS=15138254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr10	15138615	rs7896053	C	T	4643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.279;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=82;PP=2863;ReadPosRankSum=-1.975;SC=CGATGGTAGCCTGAGTCTCCA;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=353;TCF=193;TCR=160;TR=190;WE=15138623;WS=15138605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,210:0.55:379
chr10	15145855	rs15772	C	G	3056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.660;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=58;PP=2091;ReadPosRankSum=-0.568;SC=CTAGCCTTGGCGTTCAAAAAG;SOR=0.591;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=206;TCF=113;TCR=93;TR=122;WE=15145863;WS=15145845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,129:0.58:221
chr10	15145948	rs10242	T	C	3792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.720;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=71;PP=2113;ReadPosRankSum=-2.755;SC=CAAGACAGAATTGAAGATTCT;SOR=0.445;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=252;TCF=144;TCR=108;TR=157;WE=15145956;WS=15145938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,176:0.63:280
chr10	15151907	rs7918775	T	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=242;ReadPosRankSum=2.046;SC=ATATCTCAGTTTAACAATTCT;SOR=0.047;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=15;WE=15151915;WS=15151897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr10	15154974	rs7072269	A	G	3422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=61;PP=2021;SC=TAGGAGCAAAAGTGCTGTCAG;SOR=1.068;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=52;TCR=62;TR=113;WE=15154982;WS=15154964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr10	15161274	rs10906832	A	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=184;ReadPosRankSum=0.623;SC=TGTGTAAATAATTCTGCTGCA;SOR=0.458;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=13;WE=15161282;WS=15161264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr10	15177191	.	TTTG	T	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=-1.208;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,15:0.12:122
chr10	15255783	.	C	T	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=1.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=1.065;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,98:0.27:362
chr10	15296572	rs3824620	A	T	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=4;PP=1139;SC=ACAGTTTCAAAGCACTTGAAC;SOR=4.804;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=45;WE=15296580;WS=15296564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	15412873	.	CCCG	C	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=2.512;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,8:0.09:87
chr10	15413071	rs192904368	G	A	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr10	15559327	rs373105081	AT	A	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.4999;FS=1.999;HP=14;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=30;ReadPosRankSum=-1.564;SC=CACTTTATGTATTTTTTTTTT;SOR=0.260;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=3;WE=15559335;WS=15559317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr10	15573050	rs1041135	A	G	6399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr10	15590372	rs9333229	G	T	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=8;PP=689;SC=ATTAGAAATCGCTATGAAAAG;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=15590380;WS=15590362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	15647805	rs181815859	C	T	4174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=1.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.894;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,204:0.55:373
chr10	15648104	rs2282384	G	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.962;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=230;ReadPosRankSum=1.374;SC=CAAGAGGAAAGGCTTCCGAAA;SOR=1.262;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=13;WE=15648112;WS=15648095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr10	15648243	rs2282383	C	T	5866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr10	15650401	rs3041592	TAC	T	690.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=669;SC=TATTTCTAATTACACACACAC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=14;WE=15650410;WS=15650391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	15685983	rs4748191	A	T	2485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=29;PP=1715;SC=AATGGACTCTATTTCAGGACG;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=84;WE=15685991;WS=15685973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	15701093	rs9333128	A	G	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.556;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,35:0.34:102
chr10	15703101	rs9333112	G	A	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.910;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=482;ReadPosRankSum=-1.186;SC=TTGGGAGCCCGGCCACACACA;SOR=0.516;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=25;TCR=66;TR=32;WE=15703109;WS=15703091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,34:0.35:96
chr10	15713507	rs7100228	A	G	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=12;PP=837;ReadPosRankSum=-0.756;SC=CCTTTGGTATAGCAAATAAAA;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=97;TCF=73;TCR=24;TR=51;WE=15713515;WS=15713497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,56:0.54:104
chr10	15713541	rs6602051	T	C	6300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr10	15713667	rs7100510	C	G	8242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=126;NR=163;PP=2965;SC=GAAAAAGAAACAAACTAATCA;SOR=0.998;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=290;TCF=126;TCR=164;TR=289;WE=15713675;WS=15713657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr10	15729923	rs1954181	C	T	14663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,569:1.00:569
chr10	15761527	rs9333070	T	C	4476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=96;NR=49;PP=2826;SC=AGCGCCTTCGTCCCCGCGCGC;SOR=1.344;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=96;TCR=49;TR=145;WE=15761535;WS=15761517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr10	16547058	rs7904014	A	G	4863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.133;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.295;SC=AGTTTGCTCAACTTGGCTGCT;SOR=0.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=373;TCF=209;TCR=164;TR=203;WE=16547066;WS=16547048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,224:0.57:395
chr10	16556710	rs7909832	T	C	4175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=127;PP=2233;ReadPosRankSum=-1.655;SC=CACGCACCTATGTGAAACAGA;SOR=0.662;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=519;TCF=219;TCR=300;TR=224;WE=16556718;WS=16556700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,227:0.42:540
chr10	16866840	rs780636	C	T	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.59;ReadPosRankSum=3.662;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr10	16876922	rs703060	A	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=275;ReadPosRankSum=0.128;SC=GAATCATATAATATTAGCAGC;SOR=0.223;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=13;WE=16876930;WS=16876918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr10	16878204	rs703062	T	C	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=692;ReadPosRankSum=-1.436;SC=GGCAGCTTTTTTGAATAAAAG;SOR=0.706;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=42;WE=16878212;WS=16878194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,50:0.65:77
chr10	16882518	rs703064	T	C	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.124;NF=19;NR=35;PP=630;ReadPosRankSum=0.812;SC=TTGCATTGTATGTTCCACCAC;SOR=0.570;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=54;WE=16882526;WS=16882508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,56:0.61:92
chr10	16911605	rs703075	C	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=202;ReadPosRankSum=1.155;SC=ACAGTCCTGACAAATAGATTT;SOR=0.610;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=13;WE=16911613;WS=16911595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr10	16943371	rs2796835	G	C	8787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=145;NR=162;PP=2965;SC=CTCCAACAGCGAAGAGCAGTG;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=145;TCR=163;TR=307;WE=16943379;WS=16943361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr10	16967401	rs1276712	C	T	6035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=117;PP=2965;SC=GGGTGGAGAACAGATATCAGG;SOR=1.031;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=95;TCR=117;TR=212;WE=16967409;WS=16967391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr10	16979661	rs1801234	T	C	4944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr10	16979714	rs41289305	T	C	6205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=103;NR=116;PP=2930;SC=CCAGTGGAGCTGAAAGATTCA;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=103;TCR=117;TR=219;WE=16979722;WS=16979704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr10	16992132	rs74668791	T	G	3675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr10	17024503	rs1801231	G	A	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=16;PP=840;SC=GAGTCTTGTGGTTCAAGATCA;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=50;WE=17024511;WS=17024493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	17024615	rs1801229	A	T	3915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr10	17026010	rs2291523	A	C	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=19;PP=1173;SC=ACTAAGTTATAAGTGTGTAGC;SOR=1.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=59;WE=17026018;WS=17026000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	17026384	rs3012494	A	G	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=8;PP=244;SC=TATGATTATTAGAGATTGAAA;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=17026392;WS=17026374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	17032559	rs925522	A	C	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.59;SOR=3.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	17032559	.	ACA	CCG	712	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=4;NR=27;PP=712;QD=24.6925120923;SC=GGGCAACAGCACATGGAAAAT;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=31;WE=17032569;WS=17032549;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,31:0.91:34
chr10	17032561	rs925523	A	G	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.80;SOR=3.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	17065378	.	G	GA	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.147;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=5.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=3.907;QD=1.55;ReadPosRankSum=-1.970;SOR=0.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,29:0.24:120
chr10	17109974	rs79364985	AAC	A	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=138;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TGGTTTTCATAACACAACGTG;SOR=0.269;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=4;WE=17109983;WS=17109964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	17110474	rs4747297	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=276;ReadPosRankSum=0.870;SC=AGAAAATATACATTCTTTGTC;SOR=0.288;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=17;WE=17110482;WS=17110464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr10	17110595	rs10795440	G	A	2316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.350;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,118:0.53:224
chr10	17113946	.	CAAGT	C	1042.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=514;ReadPosRankSum=0.753;SC=CAGACTTTTCCAAGTAAGGTT;SOR=0.721;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=13;WE=17113957;WS=17113936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr10	17146590	rs12571671	A	G	3722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=92;PP=2300;ReadPosRankSum=-0.371;SC=TACAAAAATAACCAGAGACAG;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=302;TCF=126;TCR=176;TR=158;WE=17146598;WS=17146580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,174:0.52:333
chr10	17146652	rs7068549	C	A	1648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=652;ReadPosRankSum=-1.187;SC=TGGATAGACACTAAACTTTAA;SOR=0.399;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=83;TCF=23;TCR=60;TR=46;WE=17146660;WS=17146642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,51:0.55:92
chr10	17146667	rs4748353	C	T	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=543;ReadPosRankSum=0.116;SC=CTTTAATCAACCCAAATAATA;SOR=0.581;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=66;TCF=12;TCR=54;TR=33;WE=17146675;WS=17146657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr10	17152855	rs12242395	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.037;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr10	17152994	rs1801223	G	A	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.06;ReadPosRankSum=-1.302;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,99:0.56:176
chr10	17156151	rs1801222	A	G	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=34;PP=969;ReadPosRankSum=-0.272;SC=GTTGGGTGAAAACATCCACCC;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=64;TCR=58;TR=72;WE=17156159;WS=17156141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,82:0.60:136
chr10	17157630	rs2295813	C	T	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=41;PP=982;ReadPosRankSum=0.282;SC=TGTCAGGGCACGCGCTTTGGG;SOR=0.727;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=57;TCR=70;TR=76;WE=17157638;WS=17157620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,87:0.60:144
chr10	17164760	rs11409967	A	AC	1034.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=1381;ReadPosRankSum=-0.837;SC=TCAAAAATATACTGATATTTA;SOR=0.750;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=45;WE=17164781;WS=17164750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr10	17164772	.	CA	C	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=-0.618;QD=1.45;ReadPosRankSum=1.103;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr10	17171265	rs2281648	G	C	7067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=115;NR=130;PP=2965;SC=TAATTCAAACGAGAGAATGCA;SOR=0.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=115;TCR=131;TR=245;WE=17171273;WS=17171255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr10	17194026	rs17139991	A	G	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=38;PP=1072;ReadPosRankSum=-0.175;SC=AGCACTGAAGAAAAGCTGAGG;SOR=0.774;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=148;TCF=78;TCR=70;TR=73;WE=17194034;WS=17194016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,79:0.48:165
chr10	17196670	rs3736820	T	C	3782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=63;PP=2278;ReadPosRankSum=1.082;SC=AAAACATGCATAGTACCTGCA;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=288;TCF=174;TCR=114;TR=159;WE=17196678;WS=17196660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,179:0.56:317
chr10	17199419	rs2295810	C	G	7958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=156;NR=111;PP=2965;SC=GATACAGGATCAATAGATCTT;SOR=0.963;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=157;TCR=111;TR=267;WE=17199427;WS=17199409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr10	17199778	rs11254408	C	A	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=383;ReadPosRankSum=-1.273;SC=GGAACTCCATCAGTACCTGGC;SOR=0.751;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=23;WE=17199786;WS=17199768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr10	17199830	rs7894268	A	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=96;ReadPosRankSum=-1.126;SC=TGCATTAAAAATAAGAGAAAT;SOR=0.512;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=17199838;WS=17199820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr10	17201247	rs17140049	A	G	2354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=55;PP=1415;ReadPosRankSum=0.775;SC=AAAGCAAAGCAGTTAGTTACT;SOR=0.755;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=198;TCF=105;TCR=93;TR=111;WE=17201255;WS=17201237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,120:0.54:222
chr10	17202226	rs11254412	T	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=44;ReadPosRankSum=0.026;SC=GCCATTCTGCTTATCGAATCA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=17202234;WS=17202216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr10	17203356	rs3752950	G	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.779;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=143;ReadPosRankSum=-1.002;SC=ATACTGATGAGTAAGACATTT;SOR=0.047;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=14;WE=17203364;WS=17203346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr10	17204139	rs33993216	G	A	2924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=1.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,164:0.40:407
chr10	17204187	rs11254413	G	A	11247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=26.28;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr10	17204258	rs11254414	A	C	2962.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=8.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-1.974;QD=14.31;ReadPosRankSum=1.006;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,142:0.69:207
chr10	17210881	rs7096233	A	G	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=9.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,49:0.45:110
chr10	17211383	rs7084476	T	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.867;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=229;ReadPosRankSum=1.020;SC=CATCTGTTAATATATTATCAA;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=14;WE=17211391;WS=17211377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr10	17216419	rs2273735	T	C	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=9;PP=1408;SC=AATGTTAATCTCCTTCTCCTG;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=52;TCR=9;TR=61;WE=17216427;WS=17216409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	17216556	rs2273734	C	T	11405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr10	17243406	rs1885395	C	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=283;ReadPosRankSum=0.844;SC=GGGGTGGACACGGCGGCGCGC;SOR=0.869;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=21;WE=17243414;WS=17243396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
chr10	17243443	rs11271712	G	GCCGCCCCACAGTGT	2266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=6.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.08;ReadPosRankSum=0.838;SOR=1.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,47:0.33:141
chr10	17243480	rs1885394	T	A	2325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=5.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.132;QD=7.38;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,139:0.44:315
chr10	17271400	rs3758410	G	C	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=18;PP=1163;SC=CGCCGCCCAGGCCATCGCCAC;SOR=1.296;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=60;WE=17271408;WS=17271390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	17272903	rs5783538	AT	A	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.251;QD=2.18;ReadPosRankSum=1.714;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr10	17276066	rs57465155	C	T	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=32;PP=962;SC=ATTGTGTTTGCCACCACAGCC;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=17276074;WS=17276056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	17365228	.	GCA	G	71	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3;NR=2;PP=71;QD=15.4;SC=ACATATGCGCGCACACACACA;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=5;WE=17365237;WS=17365218;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr10	17636182	rs2272144	G	C	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=6;PP=492;SC=TCAAATCAAAGTACTAATAAG;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=17636190;WS=17636172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	17636309	rs1053926	G	A	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	17636512	rs11599234	C	T	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=182;SC=AATAACCTTACGTAAGGTTAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=17636520;WS=17636502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	17645814	rs2252808	C	T	2634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=41;PP=1508;SC=TCAACATTGGCATTCAGCAAA;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=88;WE=17645822;WS=17645804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	17659131	rs11254692	C	A	8265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.55;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr10	17659149	rs7895850	C	T	7425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr10	17686234	rs45579031	G	A	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=5.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.30;ReadPosRankSum=-1.441;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,69:0.38:181
chr10	17686334	rs17141457	C	T	5690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=799;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.209;SC=CGGCACGCAGCGGAGATGCCT;SOR=0.641;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=794;TCF=425;TCR=369;TR=309;WE=17686342;WS=17686324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:489,309:0.39:798
chr10	17738932	rs61842343	T	C	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.059;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=882;ReadPosRankSum=-0.404;SC=GGAAGTTGAGTAAACTGAACT;SOR=0.214;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=63;WE=17738940;WS=17738922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,68:0.60:114
chr10	17746301	rs17141517	C	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.210;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=277;ReadPosRankSum=2.259;SC=GGGACACTGACAACATAAAAG;SOR=0.178;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=16;WE=17746309;WS=17746291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr10	17746611	rs3824629	A	C	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=600;ReadPosRankSum=-2.609;SC=TAATATTAAAAATGGAACATT;SOR=0.512;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=53;TCF=6;TCR=47;TR=30;WE=17746619;WS=17746601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr10	17747053	rs4748405	G	C	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=4.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-0.771;QD=6.46;ReadPosRankSum=-1.038;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,40:0.38:104
chr10	17747108	rs11419676	T	TA	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.556;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,23:0.33:69
chr10	17747879	rs58504059	T	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.374;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr10	17750968	rs17464580	T	G	4989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.714;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=0.234;SC=TACTGTTGATTCTTGTTTGGA;SOR=0.797;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=361;TCF=157;TCR=204;TR=214;WE=17750976;WS=17750958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,232:0.60:385
chr10	17751002	rs2272143	A	T	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.665;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=55;PP=1240;ReadPosRankSum=-0.571;SC=CAGCTGTTTAAGTGCCCCCAG;SOR=0.461;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=228;TCF=84;TCR=144;TR=94;WE=17751010;WS=17750992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,98:0.41:241
chr10	17751054	rs61842352	C	T	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-5.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=34;PP=677;ReadPosRankSum=-1.113;SC=TATCTGTGGTCAGCGTCATGC;SOR=0.657;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=65;TCF=4;TCR=61;TR=36;WE=17751062;WS=17751044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr10	17869577	rs370136276	C	T	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.81;QD=24.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	17891705	rs1926736	A	G	5918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.639;NF=130;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=0.342;SC=GAAGGAAGGCAGTGACCTCGC;SOR=0.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=576;TCF=260;TCR=316;TR=288;WE=17891713;WS=17891695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,291:0.49:600
chr10	18087629	rs199734634	CTG	C	12052.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.775;NF=24;NR=194;PP=2964;ReadPosRankSum=-1.252;SC=TTTTCTCACACTGTAAAAGAA;SOR=0.745;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=430;TCF=44;TCR=386;TR=218;WE=18087638;WS=18087619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,309:0.52:592
chr10	18198213	.	A	AT	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.86;MQRankSum=-1.693;QD=12.27;ReadPosRankSum=-1.755;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr10	18242304	rs691112	T	C	8970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=169;NR=140;PP=2965;SC=CAGCCCAGGATAGCAGAAGCC;SOR=0.780;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=309;TCF=169;TCR=140;TR=309;WE=18242312;WS=18242294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr10	18254606	rs691513	C	A	5211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr10	18266783	rs1926740	G	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=232;ReadPosRankSum=1.663;SC=GTGACTATTCGGAACTTATCT;SOR=0.954;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=16;WE=18266791;WS=18266773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr10	18266989	rs2478568	G	A	8463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr10	18267096	rs2437260	G	A	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=794;ReadPosRankSum=-0.431;SC=AACTTAAAGAGTATTGTGTAT;SOR=0.763;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=135;TCF=57;TCR=78;TR=63;WE=18267104;WS=18267086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,67:0.46:146
chr10	18270422	rs1926739	G	A	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=211;ReadPosRankSum=0.461;SC=AGTAAGTTCTGGATCTTCCTT;SOR=0.582;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=18;WE=18270430;WS=18270412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr10	18276682	rs10508555	G	C	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=453;ReadPosRankSum=-1.413;SC=TTCAAAGAGAGAGTATCGTGG;SOR=0.662;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=33;WE=18276690;WS=18276672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,34:0.45:76
chr10	18280054	rs140784602	C	CT	415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.932;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,37:0.73:51
chr10	18429624	rs138094231	C	A	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=24;PP=877;ReadPosRankSum=1.236;SC=GGGGACCCGCCGCCGGGGGCT;SOR=0.557;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=94;TCF=63;TCR=31;TR=67;WE=18429632;WS=18429614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,77:0.71:109
chr10	18550887	rs12261375	T	C	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.139;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=39;PP=1439;ReadPosRankSum=-0.245;SC=TGGATGCTAATTGCAATATGC;SOR=1.105;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=287;TCF=160;TCR=127;TR=101;WE=18550895;WS=18550877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,110:0.36:309
chr10	18551154	rs10764369	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=215;ReadPosRankSum=0.467;SC=TGGAAAATTGGCCACAGAAAA;SOR=1.547;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=14;WE=18551162;WS=18551144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr10	18691018	rs3750592	G	A	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.992;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=48;PP=1017;ReadPosRankSum=-0.340;SC=GTTGTGCTGTGCCCCTGATAG;SOR=0.476;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=149;TCF=57;TCR=92;TR=81;WE=18691026;WS=18691008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,89:0.57:155
chr10	18787195	rs11014511	T	C	1964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=28;PP=1303;ReadPosRankSum=-0.264;SC=ATTACAGTAGTTATTCAGTAT;SOR=0.661;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=127;TCF=83;TCR=44;TR=82;WE=18787203;WS=18787185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,86:0.65:133
chr10	18789724	rs4485000	T	G	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=15;PP=936;ReadPosRankSum=-1.148;SC=TTTTAATGCTTTTGATTTTGT;SOR=0.749;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=106;TCF=78;TCR=28;TR=63;WE=18789732;WS=18789714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,71:0.63:113
chr10	18795596	rs10741088	G	A	2151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=780;ReadPosRankSum=0.401;SC=GATGTTAAAAGGAATCAGAAG;SOR=0.687;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=43;TCR=81;TR=56;WE=18795604;WS=18795586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,61:0.48:128
chr10	18795612	rs200375169	A	AAC	2000.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.21;ReadPosRankSum=-0.743;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,52:0.53:99
chr10	18795613	.	TGC	ACT	2268	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=27;MQ=59.77;NF=12;NR=27;PP=2268;QD=59.7812275606;SC=GAAGTGAGCATGCCCTTTTGG;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=82;TCF=23;TCR=59;TR=39;WE=18795623;WS=18795603;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:43,39:0.48:82
chr10	18795613	.	TGC	T	2006.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.58;ReadPosRankSum=-1.469;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr10	18804094	rs7088091	T	C	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.238;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=46;PP=938;ReadPosRankSum=-0.467;SC=GCCTTTGCCATTGGCCATCCA;SOR=0.852;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=247;TCF=110;TCR=137;TR=78;WE=18804102;WS=18804084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,83:0.30:273
chr10	18825199	.	TTTTGG	T	1206	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=23;HapScore=3;MGOF=14;MMLQ=27;MQ=55.26;NF=1;NR=26;PP=1206;QD=44.7777777778;SC=TTTTTTTTTTTTTTGGGGGAC;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=27;WE=18825211;WS=18825189;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:28,27:0.49:55
chr10	18828635	rs58225473	T	G	2870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=1.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.27;ReadPosRankSum=0.797;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,135:0.58:234
chr10	18828663	rs4747352	G	T	5621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.04;SOR=1.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr10	18828669	rs67831174	GT	G	413.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=2.904;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,45:0.53:85
chr10	18828670	rs58830289	T	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.421;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,29:0.27:107
chr10	18828721	rs3841459	C	CAA	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=30;PP=668;ReadPosRankSum=1.009;SC=ATCCCCAAAACAAAGTCTTTG;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=31;WE=18828729;WS=18828711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr10	18834797	rs375322555	TA	T	82.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;MQRankSum=0.157;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.157;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr10	18836957	rs4747353	C	T	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=324;ReadPosRankSum=0.959;SC=TTTTACTTATCTCTTCGTTAA;SOR=0.432;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=22;WE=18836965;WS=18836947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr10	18837285	rs3817494	T	C	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=448;ReadPosRankSum=-0.211;SC=TGATGTTCTATGTGACAAGGA;SOR=0.463;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=100;TCF=34;TCR=66;TR=41;WE=18837293;WS=18837275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,45:0.41:109
chr10	18875051	.	G	GA	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.672;QD=1.65;ReadPosRankSum=-1.948;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,31:0.24:131
chr10	18884992	rs78634075	T	C	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=278;ReadPosRankSum=0.823;SC=CTGAGCTTAATATGTAGTGAC;SOR=1.528;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=17;WE=18885000;WS=18884991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr10	18898701	rs4748493	T	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=203;ReadPosRankSum=-0.151;SC=AATTTTAAAATATCCTAGATT;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=11;WE=18898709;WS=18898691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr10	18898960	rs4748494	A	G	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=370;ReadPosRankSum=0.371;SC=AAGATGCTCTATCTTTTTAAG;SOR=0.861;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=30;WE=18898968;WS=18898950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
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chr10	19492702	rs16918344	C	T	8221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=162;NR=128;PP=2965;SC=TGGTTTGAAGCAATTAGTGGT;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=162;TCR=128;TR=290;WE=19492710;WS=19492692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr10	19492832	rs7476259	A	C	7746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=151;PP=2965;SC=CAGGGACTCTACAACCACTGC;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=118;TCR=151;TR=269;WE=19492840;WS=19492822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr10	19493117	rs72786543	T	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=5;PP=476;SC=GATTGATTATTGTATAATTTT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=19493125;WS=19493114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	19493215	rs202203955	T	TG	1187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.086;HP=15;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=526;ReadPosRankSum=0.291;SC=GAAGCGTTTTTTTTTTTTTTT;SOR=0.404;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=49;WE=19493224;WS=19493201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,75:0.75:100
chr10	19493309	rs10508578	G	A	5720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=93;PP=2965;SC=CCAACTTTCAGCCAGACAGGA;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=96;TCR=94;TR=189;WE=19493317;WS=19493299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr10	19493993	rs4601653	G	C	9218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=178;NR=145;PP=2965;SC=TTTGTCACTAGATAAAGTCAG;SOR=0.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=324;TCF=179;TCR=145;TR=323;WE=19494001;WS=19493983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr10	19494310	rs7090927	T	C	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=48;PP=1132;SC=CCAAAGCTGATGAATGTTATG;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=64;WE=19494318;WS=19494300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	19498278	rs2358355	G	A	9381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=187;NR=129;PP=2965;SC=TGGACCAGGAGCCAGGGTCCA;SOR=0.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=318;TCF=187;TCR=131;TR=316;WE=19498286;WS=19498268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr10	19498722	rs2245136	A	G	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=16;PP=399;SC=TCAAAGTTACATTGAGACACA;SOR=4.514;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=19498730;WS=19498712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr10	19546877	rs10508582	C	A	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=18;PP=470;SC=AATTAGTTTTCAAGTGTCAAA;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=19546885;WS=19546867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	19571941	rs2499066	A	G	5350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.729;SC=GTTCTACCCCATCCAAGTTAT;SOR=0.933;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=117;TCR=82;TR=196;WE=19571949;WS=19571931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,211:0.99:213
chr10	19616400	.	T	TA	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.875;QD=6.79;ReadPosRankSum=-1.229;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr10	19616735	rs1577289	T	C	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=61;PP=1362;SC=GTGGACACCATGCTTAACACT;SOR=3.116;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=14;TCR=61;TR=75;WE=19616743;WS=19616725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	19620407	rs7100382	A	C	10693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=178;NR=192;PP=2965;SC=AAGTGTACTGATCATGAATTC;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=371;TCF=179;TCR=192;TR=370;WE=19620415;WS=19620397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr10	19620439	rs7100403	A	G	8322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=143;NR=156;PP=2965;SC=TAAGCACTGCATTGCCAAAGA;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=299;TCF=143;TCR=156;TR=299;WE=19620447;WS=19620429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr10	19620559	rs7082205	G	A	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=45;PP=1154;SC=AACTCCCACAGCCTTACTCAA;SOR=3.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=53;WE=19620567;WS=19620549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	19636869	rs1609746	G	T	5566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=114;NR=84;PP=2965;SC=TCTTTATAAAGAGTTTGTTTC;SOR=0.843;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=115;TCR=84;TR=198;WE=19636877;WS=19636859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr10	19637088	rs1577307	G	A	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=41;PP=1174;SC=TATGTGAAGGGGGGAAAAAAT;SOR=3.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=48;WE=19637096;WS=19637078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	19641035	rs10827306	T	C	8070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=159;NR=108;PP=2965;SC=AACCTCACTGTAGAACAAGGC;SOR=0.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=159;TCR=109;TR=267;WE=19641043;WS=19641025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr10	19641231	rs7092566	A	G	14180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=143;NR=180;PP=2965;SC=CAACAGGTACATTCTAATCTG;SOR=1.032;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=323;TCF=143;TCR=180;TR=323;WE=19641250;WS=19641221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr10	19641239	rs10616221	CTG	C	13503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.16;NF=14;NR=134;PP=2989;SC=ACATTCTAATCTGTGTGTGTG;SOR=1.046;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=180;TCF=14;TCR=166;TR=148;WE=19641250;WS=19641221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr10	19678286	rs10763974	C	T	6939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=130;NR=112;PP=2965;SC=TCAGATCATACGAATTGTAAT;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=130;TCR=112;TR=242;WE=19678294;WS=19678276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr10	19678497	rs10763975	G	A	2899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=61;PP=1679;SC=CTGGTATTTCGTATCTGCAAA;SOR=1.546;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=36;TCR=61;TR=97;WE=19678505;WS=19678487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr10	19678602	rs7896087	T	C	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=11;PP=326;SC=AGGGTCTTGCTCTGTCACTCA;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=19678610;WS=19678592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	19739459	rs6415957	T	G	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=38;PP=1164;SC=AAGCACATTTTTAATCTAGCC;SOR=1.207;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=67;WE=19739467;WS=19739449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	19778056	rs2151234	G	A	8926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=176;PP=2965;SC=CTCTGCTGAAGGGGCCGCCAC;SOR=1.006;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=313;TCF=137;TCR=176;TR=313;WE=19778064;WS=19778046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr10	19778072	rs2184035	A	G	7692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=100;NR=157;PP=2965;SC=GCCACAGGAAAAGCCTAACAG;SOR=1.282;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=101;TCR=157;TR=257;WE=19778080;WS=19778062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr10	19884264	rs10827628	G	A	3147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.28;ReadPosRankSum=0.362;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,154:0.55:279
chr10	19896830	rs7909976	C	A	5827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=99;PP=2965;SC=CCAGCTGCTCCGGTACCCCAT;SOR=0.936;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=94;TCR=99;TR=193;WE=19896838;WS=19896820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr10	19904870	rs10580913	ATT	A	1963.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.66;ReadPosRankSum=-1.019;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
chr10	19904879	rs62881061	T	G	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.42;ReadPosRankSum=-0.791;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,51:0.60:85
chr10	19981352	rs183021174	G	A	2840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=68;PP=1553;ReadPosRankSum=0.833;SC=ATATTTCACTGCATATTTATC;SOR=0.701;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=358;TCF=186;TCR=172;TR=138;WE=19981360;WS=19981342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,153:0.39:391
chr10	20105936	rs989767	T	C	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=9;PP=1623;SC=GGCCCGGTCGTGCCTATTGCA;SOR=3.360;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=58;TCR=9;TR=67;WE=20105944;WS=20105926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	20105996	rs63234960	TGGC	T	7493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=55;PP=2978;SC=GGTAGGGAGGTGGCGGCGGCG;SOR=1.334;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=56;TCR=67;TR=103;WE=20106006;WS=20105986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr10	20290956	rs1409344	T	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=1.171;SC=ATTAATGAATTTATTTCATGT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=8;WE=20290964;WS=20290946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr10	20336112	rs10740961	G	T	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=490;SC=AATTTAGATTGATTACTGCAT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=20336120;WS=20336102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	20357183	rs7072650	A	G	2974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.302;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=77;PP=1742;ReadPosRankSum=-0.803;SC=GTGGTTTTCTACCCATTCACC;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=328;TCF=146;TCR=182;TR=139;WE=20357191;WS=20357173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,152:0.43:355
chr10	20436838	rs4626974	G	C	3696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.877;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=79;PP=2149;ReadPosRankSum=-0.655;SC=AGAAGTAAGTGATGCGTTGAT;SOR=0.818;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=268;TCF=140;TCR=128;TR=153;WE=20436846;WS=20436828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,174:0.57:303
chr10	20500743	rs10827997	T	G	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=577;ReadPosRankSum=0.335;SC=TATTCAAAATTTATGCCCTAA;SOR=0.677;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=42;TCR=70;TR=47;WE=20500751;WS=20500733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,57:0.45:126
chr10	20506418	rs3817405	G	A	4595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FS=1.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=1.072;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,240:0.53:454
chr10	20534333	rs2778979	A	G	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=34;PP=1012;SC=TGGCCTCATCATTGGAATCCT;SOR=0.887;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=69;WE=20534341;WS=20534323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	20568507	rs966569	A	C	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=578;ReadPosRankSum=1.581;SC=CTGTAGCTATAATAAGAGATA;SOR=0.512;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=34;WE=20568515;WS=20568497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr10	20568524	rs2681949	T	C	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=20;PP=1289;SC=GATAATTTAATGTGTTAATTA;SOR=1.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=69;WE=20568532;WS=20568514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	20840874	rs1339657	T	C	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=2.424;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr10	20841150	rs2496601	C	T	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=24;PP=706;SC=ATCCCGGCTACTCACCCTTGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=20841158;WS=20841140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	21076307	rs2296607	C	T	2546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.780;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=63;PP=1514;ReadPosRankSum=0.673;SC=CCCAAACCCTCAGAGTGATGT;SOR=0.583;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=338;TCF=161;TCR=177;TR=127;WE=21076315;WS=21076297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,138:0.38:362
chr10	21104694	rs4748727	A	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.984;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr10	21108247	rs1006362	C	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.043;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=213;ReadPosRankSum=-0.045;SC=TTTGGTTTTACGTTCCTGTGT;SOR=0.148;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=18;WE=21108255;WS=21108237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr10	21108377	rs1006363	C	T	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=2.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.413;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,87:0.46:188
chr10	21112111	rs11012353	A	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.333;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr10	21115332	rs1409348	T	C	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.783;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr10	21115608	rs10828139	A	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=-0.414;SC=TTATAGGAACAAATTAAATAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=21115616;WS=21115598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr10	21120116	rs10491056	A	G	5194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:378,283:0.43:661
chr10	21141440	rs3831100	AG	A	342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.592;NF=4;NR=4;PP=211;ReadPosRankSum=0.755;SC=GGTTGCTGGCAGGGAGGGTAG;SOR=0.732;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=8;WE=21141448;WS=21141430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr10	21141469	rs703089	T	C	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=38;NR=25;PP=845;SC=CGGGCAAGTGTGTACCTGACT;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=63;WE=21141477;WS=21141459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	21148584	rs4748729	C	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.89;ReadPosRankSum=-1.470;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr10	21157492	rs2296609	T	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=214;ReadPosRankSum=1.486;SC=CTCTGTTTATTCTTGCAATTA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=13;WE=21157500;WS=21157482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr10	21157763	rs5783755	CA	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=5.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.632;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.786;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr10	21176945	rs703100	G	A	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=10;PP=731;SC=TGATGAAAACGTTTTATTAAA;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=21176953;WS=21176935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	21177156	rs67288319	GA	G	1236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.772;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.801;NF=3;NR=34;PP=834;ReadPosRankSum=0.326;SC=AAAAAAACAGGAAAAAAATAA;SOR=0.395;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=61;TCF=3;TCR=58;TR=37;WE=21177164;WS=21177146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,67:0.62:108
chr10	21178852	rs41277374	C	G	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=471;ReadPosRankSum=-0.583;SC=TATCCTTGGACTTTTTAAACT;SOR=0.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=111;TCF=54;TCR=57;TR=42;WE=21178860;WS=21178842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,49:0.40:124
chr10	21185821	rs788971	A	C	4955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=110;NR=58;PP=2923;SC=CAGCTCTATGACTCTATAACA;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=110;TCR=58;TR=168;WE=21185829;WS=21185811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr10	21188197	rs788976	T	A	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.689;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=563;ReadPosRankSum=1.043;SC=TTTCTAGGAGTGTAGGGAGAA;SOR=0.814;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=121;TCF=78;TCR=43;TR=45;WE=21188205;WS=21188187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,49:0.38:128
chr10	21414892	rs625223	C	G	3742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=87;PP=2225;ReadPosRankSum=0.537;SC=TTGCCTGGATCTGGTTCAGGA;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=399;TCF=204;TCR=195;TR=174;WE=21414900;WS=21414882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,188:0.44:430
chr10	21435340	rs72102767	ACACT	A	9373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=4.744;NF=26;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.604;SC=TAAAGCACAAACACTCTCTCT;SOR=0.605;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=375;TCF=62;TCR=313;TR=149;WE=21435351;WS=21435330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:377,257:0.41:634
chr10	21461410	rs11413698	G	GA	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=1.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=3.012;QD=0.38;ReadPosRankSum=-0.314;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,43:0.17:249
chr10	21805466	rs112207161	C	CCCTCCT	3824.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.838;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.167;NF=25;NR=39;PP=1905;ReadPosRankSum=-0.043;SC=CCCGCTGCCCCCCTCCTCCTC;SOR=0.754;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=64;WE=21805477;WS=21805456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,88:0.94:94
chr10	21806019	.	AGGC	A	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=5.240;QD=0.50;ReadPosRankSum=1.320;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,10:0.10:99
chr10	21806832	rs946711	A	C	2011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.985;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,109:0.46:236
chr10	21823554	.	T	TC	1699.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.158;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.344;NF=12;NR=32;PP=888;ReadPosRankSum=-2.644;SC=TTTTTAATGGTCCCCCCAACT;SOR=0.432;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=137;TCF=41;TCR=96;TR=44;WE=21823562;WS=21823544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,77:0.36:214
chr10	21901255	rs369797804	CT	C	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=1.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.110;QD=0.62;ReadPosRankSum=-1.369;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,42:0.21:198
chr10	22048330	rs9045	C	T	10465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=195;NR=172;PP=2965;SC=GCTCCGGCTTCGCTGTAGCCT;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=367;TCF=195;TCR=172;TR=367;WE=22048338;WS=22048320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr10	22193422	rs792455	T	C	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=23;PP=1017;SC=TTATATGACATTGTTAAAACA;SOR=1.085;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=56;WE=22193430;WS=22193412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	22208630	rs2807978	T	C	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=458;SC=TGGCACATTATTAGTCTTTTA;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=22208638;WS=22208622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	22497710	rs2479114	C	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=449;ReadPosRankSum=0.453;SC=CAGAGACAGACCAAGATTGAA;SOR=0.788;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=43;TCF=42;TCR=1;TR=23;WE=22497718;WS=22497700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr10	22498209	rs2243897	A	G	5043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.295;SC=GTAGTAGGTCATCATCTGTGC;SOR=0.579;SbPval=0.48;Source=Platypus;TCR=216;TR=223;WE=22498217;WS=22498199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,241:0.56:427
chr10	22498468	rs838759	C	T	5697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=0.123;SC=TCACTCGATCCGGCAGCAATG;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=370;TCF=191;TCR=179;TR=184;WE=22498476;WS=22498458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,249:0.56:441
chr10	22498484	rs3059425	C	CAGA	9547.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=75;PP=2954;ReadPosRankSum=1.901;SC=CAATGCCTATCAGATCACAGC;SOR=0.778;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=255;TCF=76;TCR=179;TR=115;WE=22498492;WS=22498474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,240:0.56:426
chr10	22498749	rs2478476	A	T	12415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=215;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.618;SC=TTTTTCAATGACCTTAACATC;SOR=0.363;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=422;TCF=207;TCR=215;TR=421;WE=22498757;WS=22498739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,462:1.00:463
chr10	22618095	rs201721612	CTA	C	1240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.496;NF=12;NR=14;PP=879;ReadPosRankSum=0.739;SC=TGATGGTAAACTATATTTAAA;SOR=0.765;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=26;WE=22618104;WS=22618085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,40:0.33:121
chr10	22635021	.	C	A	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-1.049;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,44:0.28:156
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chr10	22828841	rs150482394	GGA	G	734.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=4.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.85;ReadPosRankSum=3.006;SOR=1.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,47:0.57:83
chr10	22828843	rs201600931	A	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=2.372;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,18:0.24:76
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chr10	22839628	rs2230469	T	C	7102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=145;NR=83;PP=2965;SC=GACCTTCTTGTTGTTGTCATC;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=145;TCR=83;TR=228;WE=22839636;WS=22839618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr10	22856946	rs2296624	C	T	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=31;PP=900;SC=GCAGCCCATGCGGAATGGGCT;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=22856954;WS=22856936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	22862487	rs11013052	C	A	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=53;PP=1462;SC=AAAGTGAAAACCTCCAGCCAT;SOR=2.505;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=69;WE=22862495;WS=22862477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	23270355	rs200377329	G	A	2279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=46;PP=1211;ReadPosRankSum=-0.817;SC=AACTAAAATTGCTGCTTCCCA;SOR=0.686;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=235;TCF=133;TCR=102;TR=102;WE=23270363;WS=23270345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,120:0.44:270
chr10	23297252	rs10828395	G	A	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.361;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=533;ReadPosRankSum=0.759;SC=GGTTATGGACGAAGTATTTCT;SOR=1.093;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=37;WE=23297260;WS=23297242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr10	23297301	rs11817610	C	T	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.584;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=399;ReadPosRankSum=0.526;SC=AAGAAAAGAACAAGTAAGAAA;SOR=0.745;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=38;WE=23297309;WS=23297291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,41:0.39:105
chr10	23297336	rs11819616	A	T	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=-1.897;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,39:0.41:96
chr10	23297429	rs11013234	A	G	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=326;ReadPosRankSum=1.083;SC=CAATTGCATAATTGCCTTTTA;SOR=0.437;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=21;WE=23297437;WS=23297419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr10	23303092	rs72297783	A	AG	9336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.981;NF=28;NR=91;PP=2964;ReadPosRankSum=2.785;SC=TGTTGGCATGAGGAGAACACA;SOR=0.669;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=266;TCF=41;TCR=225;TR=119;WE=23303100;WS=23303082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,325:0.56:578
chr10	23303253	rs1054052	T	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.116;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=318;ReadPosRankSum=-0.994;SC=TCAATGTGCGTCCCTTCTCTC;SOR=0.120;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=21;WE=23303261;WS=23303243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr10	23322117	rs61079962	CAT	C	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.57;MQRankSum=0.776;NF=0;NR=6;PP=214;ReadPosRankSum=-0.817;SC=CAAGCATACACATATATATAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=6;WE=23322126;WS=23322107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr10	23408139	rs2296468	A	G	3067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=54;PP=2069;SC=GAGTGGGAACAGATCCTGCTG;SOR=0.995;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=102;WE=23408147;WS=23408129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	23408278	rs7427	C	T	2199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=44;PP=1270;ReadPosRankSum=2.812;SC=CTTCGTTTTCCGAGGCTCATG;SOR=0.748;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=155;TCF=83;TCR=72;TR=92;WE=23408286;WS=23408268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,104:0.58:179
chr10	23481337	.	C	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.019;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr10	23482635	rs7918487	T	C	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.250;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=26;PP=1383;ReadPosRankSum=-0.732;SC=CTGTCCAGGGTCCCCCTCCCC;SOR=0.245;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=154;TCF=115;TCR=39;TR=87;WE=23482643;WS=23482625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,88:0.56:158
chr10	23482850	rs10828415	G	A	3487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.787;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=83;PP=2045;ReadPosRankSum=-0.625;SC=TCCCAGACTCGGCTGAAGATC;SOR=0.564;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=363;TCF=160;TCR=203;TR=154;WE=23482858;WS=23482840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,172:0.42:405
chr10	23528589	rs146338373	C	T	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=569;ReadPosRankSum=-0.103;SC=AAACCTTAAACGAGAACAGAA;SOR=0.589;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=85;TCR=80;TR=54;WE=23528597;WS=23528579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,60:0.32:185
chr10	23556110	rs4382803	A	G	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.510;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,47:0.52:91
chr10	23570792	rs11013364	A	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=160;ReadPosRankSum=0.201;SC=CCATTTACATATGTTTATAAT;SOR=0.541;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=11;WE=23570800;WS=23570782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr10	23611188	rs5783834	TATTA	T	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=126;ReadPosRankSum=-1.342;SC=AAGCTCTGTGTATTAATTACC;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=4;WE=23611199;WS=23611185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr10	23621972	rs56268420	A	G	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=178;ReadPosRankSum=-1.013;SC=CAGAAGTTTCAGAACAAATTC;SOR=0.999;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=18;WE=23621980;WS=23621962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr10	23622202	rs4259746	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.631;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=153;ReadPosRankSum=-0.134;SC=AAATCATATCGTATTTTAAGT;SOR=2.453;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=11;WE=23622210;WS=23622192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr10	23632970	rs11013408	T	G	3145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=62;PP=1944;SC=CCGCTCGCTCTCCTGAGTCGG;SOR=1.170;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=49;TCR=62;TR=111;WE=23632978;WS=23632960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr10	23633025	rs56317783	C	T	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.90;ReadPosRankSum=-1.443;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr10	23633566	rs2036917	C	A	3404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=44;PP=1869;SC=CGCAGCAGACCCGCAGCTCGG;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=70;TCR=45;TR=114;WE=23633574;WS=23633556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr10	23728470	rs147006133	C	T	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.115;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,43:0.45:96
chr10	24498403	rs72774807	G	A	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=7;PP=182;SC=TTCTTAAGCAGCAAAAGAGGT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=24498411;WS=24498393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	24544276	rs67303587	GCTGA	G	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.529;NF=5;NR=1;PP=178;ReadPosRankSum=0.288;SC=ATCCTGAGCGGCTGACTGTCA;SOR=0.693;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=6;WE=24544287;WS=24544266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr10	24564831	rs10764458	C	T	3559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=53;NR=62;PP=1925;SC=CCTTCTGGTCCTGATATTCCT;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=53;TCR=62;TR=115;WE=24564839;WS=24564821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr10	24564859	rs17583862	A	G	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.804;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=538;ReadPosRankSum=-0.492;SC=CTGTCTTTCCATACCCCTCCC;SOR=1.312;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=34;WE=24564867;WS=24564849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr10	24721946	rs2274831	A	C	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	24722200	rs3215904	G	GT	721.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=19;PP=336;SC=TTTTTGAGGGGTTTTTTTTTA;SOR=1.819;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=21;WE=24722208;WS=24722190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	24727492	rs3827853	C	G	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=58;PP=1338;ReadPosRankSum=1.857;SC=GTAATCAGAACTCTACAACTG;SOR=0.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=81;TCR=108;TR=102;WE=24727500;WS=24727482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,106:0.53:199
chr10	24762465	rs3748215	A	G	7182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=0.261;SC=AAAACATTGCAATGTACAGAA;SOR=0.611;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=560;TCF=262;TCR=298;TR=316;WE=24762473;WS=24762455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,338:0.57:588
chr10	24784014	.	T	TAA	560.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=11.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.057;SOR=1.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,50:0.40:124
chr10	24810603	rs3818674	C	T	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.252;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=438;ReadPosRankSum=0.310;SC=TGTGAGCCACCCTGTGGCTTG;SOR=1.137;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=33;WE=24810611;WS=24810593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,40:0.53:76
chr10	24822219	rs11598911	C	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.415;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=165;ReadPosRankSum=-0.707;SC=CTGGGTCTCTCCAGCCATGGC;SOR=1.750;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=11;WE=24822227;WS=24822209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr10	24833137	rs2250411	C	T	3880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=68;PP=2445;ReadPosRankSum=-2.457;SC=AGCCCAGCATCGAGAGTACAT;SOR=0.589;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=323;TCF=192;TCR=131;TR=166;WE=24833145;WS=24833127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,180:0.52:348
chr10	24878129	rs7478260	G	A	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=491;ReadPosRankSum=-1.348;SC=ATGCATTTGTGTATCAACCAT;SOR=0.691;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=110;TCF=66;TCR=44;TR=44;WE=24878137;WS=24878119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,53:0.41:129
chr10	24879281	rs10734053	A	G	8801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=169;NR=132;PP=2965;SC=AGAATCGGGGATTTCTGCAGA;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=301;TCF=169;TCR=132;TR=301;WE=24879289;WS=24879271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr10	25140411	rs1326192	G	C	5362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.30;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr10	25273311	rs5783912	G	GA	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=4.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=-1.461;SOR=1.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr10	25701341	rs2480345	C	G	4504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=91;PP=2916;SC=TCCTTCCAAGCCCTGTGTATG;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=63;TCR=91;TR=153;WE=25701349;WS=25701331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr10	25755716	.	TAC	T	294	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=14;PP=294;QD=21.5;SC=AGTTACTGTTTACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=14;WE=25755725;WS=25755706;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr10	25755734	.	CAT	C	474.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.380;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=8.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.30;ReadPosRankSum=-2.048;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr10	25755736	rs1361635	T	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=8.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=2.178;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr10	25888180	rs10828833	A	G	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.645;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,68:0.48:141
chr10	26310410	rs3737275	T	C	3028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=60;PP=1610;ReadPosRankSum=1.059;SC=TTTCACCTTTTGATGGTGTGG;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=343;TCF=200;TCR=143;TR=147;WE=26310418;WS=26310400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,160:0.44:360
chr10	26355992	rs3824699	A	G	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=1.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=-1.501;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,96:0.40:240
chr10	26357748	rs3817420	G	A	3699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=80;PP=2005;ReadPosRankSum=0.942;SC=TCAGATCTACGTCTATGTGGG;SOR=0.666;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=414;TCF=218;TCR=196;TR=174;WE=26357756;WS=26357738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,193:0.43:452
chr10	26409836	rs2275727	C	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=339;ReadPosRankSum=-1.465;SC=AACCTAGAATCCTTAAAAGAA;SOR=1.714;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=15;WE=26409844;WS=26409826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr10	26443625	rs3818957	A	C	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=4.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.957;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,108:0.51:211
chr10	26443646	rs3818956	G	A	2220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=2.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=-1.510;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,114:0.51:225
chr10	26462557	rs11014983	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.993;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=88;ReadPosRankSum=0.034;SC=CTCCAGTTTAGTACTGTATAT;SOR=0.086;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=9;WE=26462565;WS=26462547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr10	26463130	rs1999240	C	A	3354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=65;PP=2305;ReadPosRankSum=0.745;SC=AGTTACCCAGCGTGCACCGAT;SOR=0.747;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=410;TCF=233;TCR=177;TR=158;WE=26463138;WS=26463120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,168:0.39:436
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chr10	26991067	rs71403882	CG	C	2018.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=764;SC=TTGGATGTAACGTAACTTGTT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=17;WE=26991075;WS=26991057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	26991179	rs1780185	G	A	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=202;SC=AAGACTTTTGGGGACTGTTCG;SOR=2.670;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=26991187;WS=26991169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	26993597	rs34296355	AT	A	823.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.074;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=499;ReadPosRankSum=-0.504;SC=TGACATTTTTATTTTATAGAT;SOR=0.713;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=15;WE=26993605;WS=26993587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr10	26993725	rs1677730	G	A	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.26;ReadPosRankSum=0.585;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
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chr10	26998739	rs2368183	G	C	3883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=102;PP=2751;ReadPosRankSum=-0.952;SC=TTATATTTGGGAAGTCTTTCT;SOR=0.667;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=358;TCF=162;TCR=196;TR=185;WE=26998747;WS=26998729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,187:0.51:370
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chr10	27031214	rs10764638	A	G	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=77;ReadPosRankSum=0.191;SC=TTCTCCTCCCATACACCACCA;SOR=0.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=8;WE=27031222;WS=27031204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
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chr10	27044752	rs17747622	C	T	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=10.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.32;ReadPosRankSum=1.611;SOR=0.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,40:0.77:52
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chr10	27057755	rs75653529	T	C	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=604;ReadPosRankSum=0.607;SC=TTTAGAGATGTTGAGATACTC;SOR=0.653;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=114;TCF=68;TCR=46;TR=48;WE=27057763;WS=27057745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,60:0.45:134
chr10	27059608	rs1324637	C	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=395;ReadPosRankSum=1.376;SC=TGCATGAACACAAACTATAGA;SOR=0.789;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=26;WE=27059616;WS=27059598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr10	27059636	rs11015277	C	T	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=362;ReadPosRankSum=-2.080;SC=TGTCAATTTGCTCAAATACGC;SOR=0.316;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=20;WE=27059644;WS=27059626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr10	27294449	rs3215884	CAT	C	625.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.910;NF=7;NR=5;PP=448;ReadPosRankSum=0.071;SC=AATATTTTTACATGTCATATA;SOR=1.292;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=12;WE=27294458;WS=27294439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr10	27303605	rs2274741	A	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=393;ReadPosRankSum=-0.894;SC=TATTCTCTCTAAACTGCTCTA;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=32;WE=27303613;WS=27303595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,37:0.44:85
chr10	27317778	rs72807627	T	C	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,80:0.45:179
chr10	27317840	rs10829163	C	T	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=1.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.476;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,66:0.46:145
chr10	27318370	rs10829164	C	T	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.815;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=465;ReadPosRankSum=-0.157;SC=TAAACCTTATCGGAACACAGT;SOR=0.457;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=42;WE=27318378;WS=27318360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,41:0.47:87
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chr10	27322372	rs72515848	TTA	T	420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
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chr10	27375559	rs66853312	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=180;ReadPosRankSum=0.163;SC=AAAAATGTAACAAAATTATGT;SOR=0.538;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=16;WE=27375567;WS=27375549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr10	27381349	rs2297145	T	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=162;ReadPosRankSum=-2.291;SC=CCAACTTATCTACTGCATTTA;SOR=0.668;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=18;WE=27381357;WS=27381339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr10	27382236	rs2297146	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.313;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=602;ReadPosRankSum=-2.039;SC=TTGAAACAAACGCATTTCAAA;SOR=1.409;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=16;WE=27382248;WS=27382226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr10	27382240	rs2297147	T	C	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=6;PP=1410;ReadPosRankSum=0.897;SC=AACAAACGCATTTCAAATACT;SOR=0.278;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=50;TCR=8;TR=40;WE=27382248;WS=27382226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr10	27382528	rs2297149	G	A	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=44;PP=1115;ReadPosRankSum=1.139;SC=TCACCAATTAGTTATATTTTA;SOR=0.870;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=187;TCF=86;TCR=101;TR=79;WE=27382536;WS=27382518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,82:0.42:196
chr10	27382586	rs2297150	G	C	2153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=44;PP=1358;ReadPosRankSum=-1.802;SC=AAATCCATCTGATGCTGAAAG;SOR=0.704;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=244;TCF=133;TCR=111;TR=100;WE=27382594;WS=27382576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,108:0.40:267
chr10	27389197	rs7897309	T	C	3805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=88;PP=2120;SC=GCTGCTCCTCTGCCGCCGCGC;SOR=1.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=44;TCR=88;TR=132;WE=27389205;WS=27389187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr10	27389314	rs3737056	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=-1.127;SC=TAACGGCCTCCGGAGCCCAAC;SOR=0.569;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=8;WE=27389322;WS=27389304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr10	27400861	rs9833	G	A	4178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=59.99;NF=81;NR=53;PP=2276;SC=AATGCTACTTGTATTCTTGCA;SOR=0.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=81;TCR=54;TR=134;WE=27400869;WS=27400851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr10	27401056	rs11015538	C	T	2668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=66;PP=1518;ReadPosRankSum=0.255;SC=AGTCCTGAAACAGAAAAGGAG;SOR=0.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=405;TCF=206;TCR=199;TR=134;WE=27401064;WS=27401046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,153:0.35:438
chr10	27403635	rs12782501	T	C	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.23;ReadPosRankSum=-1.372;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
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chr10	27405096	rs2297152	A	G	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=22;PP=638;ReadPosRankSum=0.893;SC=ATTTTAAAACATATCTTTAAG;SOR=0.850;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=182;TCF=114;TCR=68;TR=64;WE=27405104;WS=27405086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,70:0.35:200
chr10	27405310	rs2480718	C	G	3644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=48;NR=76;PP=2299;SC=AAAAAATAAGCAAAGAGGCTG;SOR=1.410;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=48;TCR=76;TR=124;WE=27405318;WS=27405300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
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chr10	27405360	rs35804170	G	GC	528.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=448;ReadPosRankSum=-0.402;SC=ACTTTGGCAGGCGAGGTGGGT;SOR=0.395;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=13;WE=27405368;WS=27405350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr10	27409555	rs10829190	G	A	4809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
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chr10	27415906	rs10829192	C	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.209;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=0.239;SC=CATTATTTCCCATTATGCAAA;SOR=0.283;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=8;WE=27415914;WS=27415896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr10	27423744	rs2275752	T	C	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.926;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=20;PP=571;ReadPosRankSum=1.230;SC=ACACGGATGGTGTCAATTCAA;SOR=0.906;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=129;TCF=75;TCR=54;TR=56;WE=27423752;WS=27423734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,65:0.44:148
chr10	27434483	rs2274634	G	A	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.36;ReadPosRankSum=-1.364;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,63:0.49:128
chr10	27436295	rs3780926	A	C	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=8;PP=766;ReadPosRankSum=-0.099;SC=ACAAACAAAGAAACTAGACTG;SOR=0.723;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=70;TCF=55;TCR=15;TR=42;WE=27436303;WS=27436285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr10	27437964	rs11538750	T	C	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.399;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=71;PP=1156;ReadPosRankSum=0.811;SC=TCAGAGGAACTGTAACCTAGA;SOR=0.907;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=274;TCF=104;TCR=170;TR=107;WE=27437972;WS=27437954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,111:0.38:296
chr10	27437994	rs10764675	C	T	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=41;PP=1005;ReadPosRankSum=-0.269;SC=AAGTTAAAAACTAAGTAGTTT;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=50;TCR=91;TR=63;WE=27438009;WS=27437984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,66:0.43:153
chr10	27442121	rs57671772	A	G	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=392;ReadPosRankSum=-0.331;SC=CTTCATATCAATATTAAGAGA;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=61;TCR=44;TR=37;WE=27442129;WS=27442111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,44:0.35:126
chr10	27443012	rs2274636	A	G	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.106;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,51:0.44:117
chr10	27443083	rs2274637	A	T	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=2.313;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,57:0.41:139
chr10	27444303	rs3824593	G	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=219;ReadPosRankSum=-1.993;SC=GTTGGCGGGAGTGGCTGCTCG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=13;WE=27444311;WS=27444301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr10	27444328	rs7919803	C	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.72;ReadPosRankSum=0.056;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr10	27444328	.	CT	AC	283	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=15;NR=3;PP=283;QD=18.6926597146;SC=GGGGCAGTGTCTGCGGGGCCG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=18;WE=27444337;WS=27444318;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,18:0.69:26
chr10	27444329	rs7907981	T	C	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=3.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	27444344	rs7907988	T	G	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=7;PP=838;SC=GGCCGCTGTATGCTGTCCAGC;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=27444352;WS=27444334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	27454111	rs7068375	A	T	5726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.096;SC=TAAGTACTTGAGAAGAAAATT;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=398;TCF=198;TCR=200;TR=243;WE=27454119;WS=27454101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,272:0.61:445
chr10	27456003	rs788238	G	A	4216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;QD=26.03;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr10	27459670	rs1981296	C	T	3181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=59;PP=1875;ReadPosRankSum=0.024;SC=ATAGAAGCATCAAAGAATCCT;SOR=0.687;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=240;TCF=138;TCR=102;TR=135;WE=27459678;WS=27459660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,147:0.57:260
chr10	27461953	rs6482600	T	A	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.428;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=584;ReadPosRankSum=2.193;SC=TAGTAGCCTATGAGCTAGTTA;SOR=1.556;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=33;WE=27461961;WS=27461943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,34:0.45:76
chr10	27475444	rs10741130	T	C	5340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=60.02;MQRankSum=-1.058;NF=113;NR=145;PP=2811;ReadPosRankSum=0.984;SC=AGCACCTGACTGTATCTGGAT;SOR=0.780;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=479;TCF=216;TCR=263;TR=258;WE=27475452;WS=27475434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,266:0.53:502
chr10	27475494	rs10764686	T	C	2506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=83;PP=1467;ReadPosRankSum=-0.622;SC=AGTCTAGCCTTGTGTTATAGA;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=234;TCF=76;TCR=158;TR=122;WE=27475502;WS=27475484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,124:0.52:240
chr10	27497074	rs7919523	C	T	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.959;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=330;ReadPosRankSum=-0.169;SC=CTAAAAAAATCAGTAAAATAC;SOR=0.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=55;TCR=24;TR=29;WE=27497082;WS=27497064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,35:0.39:90
chr10	27506854	rs1775355	C	T	3713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=83;NR=43;PP=2213;SC=CCTATAATTACTAAAAGACTA;SOR=1.313;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=83;TCR=43;TR=126;WE=27506862;WS=27506844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr10	27508758	rs10764690	T	C	5139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FS=1.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.205;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,264:0.52:504
chr10	27508837	rs788213	T	C	4315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=103;PP=2965;SC=TACAATAATGTCATAATTTCC;SOR=1.920;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=41;TCR=104;TR=144;WE=27508845;WS=27508827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr10	27523967	rs534226	G	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.924;NF=21;NR=14;PP=425;ReadPosRankSum=-0.454;SC=ATAGCCATATGATAATTATGT;SOR=0.546;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=35;WE=27523975;WS=27523957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,37:0.47:78
chr10	27529549	rs2797078	C	A	7930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=711;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=179;PP=2962;ReadPosRankSum=0.976;SC=CCTCCTCCCCCGGGGCGTGAC;SOR=0.677;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=664;TCF=336;TCR=328;TR=370;WE=27529557;WS=27529539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,390:0.55:710
chr10	27529565	rs2489372	T	C	22483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=825;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=394;NR=372;PP=2965;SC=GTGACTAAGGTCACGAATCCG;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=769;TCF=394;TCR=375;TR=766;WE=27529573;WS=27529555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,824:1.00:824
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chr10	27687775	rs1638630	T	C	6030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=3.378;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.17;ReadPosRankSum=1.411;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,221:1.00:222
chr10	27687965	rs2505327	A	G	5593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=98;PP=2965;SC=TAACAGGGTCATTCCTGTATA;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=105;TCR=98;TR=203;WE=27687973;WS=27687955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr10	27687994	rs2484173	A	G	6101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=120;NR=106;PP=2965;SC=AACATTGTACAGACCTAAAAG;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=120;TCR=106;TR=226;WE=27688002;WS=27687984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr10	27688109	rs2429485	T	C	4866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr10	27688189	rs2484174	G	A	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.39;ReadPosRankSum=-0.658;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,30:0.91:33
chr10	27692062	rs2429491	T	C	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=4;PP=551;SC=AGAGCCACCTTAATACAATTC;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=27692070;WS=27692052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	27692099	rs2484179	A	G	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=10;PP=721;SC=CCCCTACCCCACCACATACAC;SOR=2.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=41;WE=27692107;WS=27692089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	27692279	rs2484180	A	C	3272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=60;NR=58;PP=1563;SC=TTTCGTATGCAGTCAAACCTG;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=60;TCR=58;TR=118;WE=27692287;WS=27692269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr10	27692371	rs2484181	T	G	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=842;ReadPosRankSum=1.352;SC=CACCTAGTCATAAATCTCTAA;SOR=0.588;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=48;WE=27692379;WS=27692361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr10	27692403	rs2505307	C	A	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=416;ReadPosRankSum=1.237;SC=CCACACATATCTGCTGGAGAC;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=24;WE=27692411;WS=27692393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr10	27700887	rs2429499	G	A	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	27702256	rs112067123	G	GC	11047.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.160;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.316;NF=39;NR=106;PP=2975;ReadPosRankSum=2.147;SC=TTCCTAGGCTGCCCCCCAAGA;SOR=0.501;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=154;TCF=39;TCR=115;TR=145;WE=27702264;WS=27702246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,361:0.99:364
chr10	27822619	rs72264716	TTC	T	366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=408;ReadPosRankSum=0.443;SC=ACGCCATTGCTTCTTTCTTTA;SOR=3.014;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=10;WE=27822628;WS=27822609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr10	27964470	rs2253230	G	A	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,106:0.44:240
chr10	28032136	rs2252651	C	T	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=12;PP=963;SC=GCGGGCAGGGCCCCCAGGGGA;SOR=1.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=56;WE=28032144;WS=28032126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	28142245	rs7898085	A	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr10	28142294	rs143299831	T	TATAAATAA	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.79;ReadPosRankSum=1.834;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr10	28151604	rs34181914	AT	A	909.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.463;NF=0;NR=33;PP=833;ReadPosRankSum=-1.653;SC=ACATTTAGGCATTTTTTAAGA;SOR=0.639;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=73;TCF=3;TCR=70;TR=33;WE=28151612;WS=28151594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,50:0.49:102
chr10	28196817	rs3839908	AT	A	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.279;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.166;SOR=0.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
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chr10	28228865	rs7893462	A	G	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.296;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=30;PP=780;ReadPosRankSum=-0.766;SC=GCAGCTGCTCATTCTCACTAT;SOR=0.550;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=127;TCF=76;TCR=51;TR=67;WE=28228873;WS=28228855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,73:0.49:148
chr10	28233120	rs3824590	A	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=332;ReadPosRankSum=-0.020;SC=GGCTGGCACTAGATGACGATG;SOR=0.325;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=23;WE=28233128;WS=28233110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr10	28233469	rs3802517	T	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=265;ReadPosRankSum=-0.240;SC=TAAGAAATCATTTCCATTCCC;SOR=0.684;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=17;WE=28233477;WS=28233459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr10	28233931	rs34717952	G	A	5801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=4.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.21;ReadPosRankSum=2.236;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,155:0.43:358
chr10	28233933	rs34084011	A	G	5801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=4.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.87;ReadPosRankSum=1.618;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,152:0.44:344
chr10	28247957	rs34350686	A	C	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=542;ReadPosRankSum=1.040;SC=GGACTCTCTTAATTCATCTTC;SOR=0.676;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=114;TCF=49;TCR=65;TR=41;WE=28247965;WS=28247947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,47:0.36:131
chr10	28259936	rs139300652	TAAACAAAC	T	1361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=6.850;NF=15;NR=10;PP=1513;ReadPosRankSum=0.287;SC=AATAAATAAATAAACAAACAA;SOR=0.820;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=25;WE=28259951;WS=28259926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,41:0.40:103
chr10	28270612	rs9334541	C	T	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=543;ReadPosRankSum=1.315;SC=TTTTCATCTCCGAAGGATCTA;SOR=0.477;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=38;WE=28270620;WS=28270602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr10	28276273	rs3808909	G	A	3873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=1.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=1.009;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,200:0.45:443
chr10	28348815	.	C	T	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=22;QD=14.1928031368;SC=TAATAAAATACAGTAAGCTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=4;WE=28348823;WS=28348805;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr10	28358539	rs7919756	CA	AC	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=1.016;QD=9.82;ReadPosRankSum=2.329;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr10	28358548	rs2763318	CA	AC	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.26;ReadPosRankSum=-1.162;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr10	28378758	rs2997211	T	C	4621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=116;PP=2965;SC=ACGAAAACTTTTTCTAAAACC;SOR=2.173;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=162;TCF=42;TCR=120;TR=158;WE=28378766;WS=28378748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr10	28436534	rs11006897	A	G	2344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.436;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=56;PP=1487;ReadPosRankSum=1.291;SC=ATTTAGTAAGAGCATTGTGGG;SOR=0.566;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=303;TCF=149;TCR=154;TR=116;WE=28436542;WS=28436524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,125:0.38:330
chr10	28438835	rs72381252	TCTGCA	T	526.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=610;ReadPosRankSum=-0.170;SC=CACGCATCTGTCTGCACTAGG;SOR=0.627;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=12;WE=28438847;WS=28438825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr10	28490983	rs138922326	T	C	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.607;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=12;PP=772;ReadPosRankSum=0.022;SC=CTGTTTTGTTTTCAGAGAGCA;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=90;TCR=29;TR=50;WE=28490991;WS=28490973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,50:0.39:129
chr10	28822373	rs12767429	A	C	3601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=18;PP=2659;SC=CTGGGAGCTGATGAGAGTCGC;SOR=3.164;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=97;TCR=18;TR=115;WE=28822381;WS=28822363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr10	28872481	rs35140807	C	CA	467.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=6.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.000;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.593;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr10	28899841	rs11371837	A	AT	2401.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=17.03;ReadPosRankSum=-0.854;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,127:0.90:141
chr10	28903400	rs71391055	G	GTCTTCTTTAAAACA	1985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=6;PP=2900;SC=GAACTTGACTGCCACATTTTA;SOR=1.981;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=25;WE=28903408;WS=28903390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	28905079	rs332176	A	G	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=20;PP=1316;ReadPosRankSum=0.728;SC=TAAACATACTACACATTCAAT;SOR=0.870;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=87;TCR=33;TR=74;WE=28905087;WS=28905069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,77:0.63:123
chr10	28970487	rs56281747	C	T	2768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=5.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.512;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=81;PP=1919;ReadPosRankSum=-0.677;SC=AGGTGGAAGCCGTTTCTAACC;SOR=0.994;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=285;TCF=102;TCR=183;TR=119;WE=28970495;WS=28970477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,130:0.42:313
chr10	29136129	rs813935	A	G	7297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=146;NR=101;PP=2965;SC=CTGAGCTCAAATAGTCCTCCT;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=146;TCR=101;TR=247;WE=29136137;WS=29136119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr10	29137085	rs787323	C	T	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=1;PP=681;SC=CTCTTGTGCACGGGATGGGGA;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=29137093;WS=29137075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	29162324	rs35236571	TAC	T	1431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.68;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	29169046	rs199740171	AT	A	382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.344;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,50:0.30:169
chr10	29577924	rs2768670	G	C	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5341;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.660;NF=5;NR=2;PP=111;ReadPosRankSum=-0.660;SC=TAGAATTCTAGCATCTCTAGG;SOR=1.230;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=7;WE=29577932;WS=29577917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr10	29578084	rs17851935	A	G	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=5.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQRankSum=-1.747;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=0.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,38:0.40:96
chr10	29578180	.	A	ATGAAGCCAACTGTCTC	1120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.708;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=13.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQRankSum=-7.464;QD=8.18;ReadPosRankSum=-4.376;SOR=1.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,24:0.18:137
chr10	29578351	rs2768693	T	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=1.326;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr10	29580735	rs2148901	C	T	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.21;QD=43.55;SOR=2.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	29580743	rs2148902	G	A	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.88;QD=42.14;SOR=1.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	29581309	rs1751955	C	T	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.765;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-2.517;NF=29;NR=12;PP=515;ReadPosRankSum=0.417;SC=GCCCCCTGGGCGCATGCCCGC;SOR=0.226;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=101;TCF=77;TCR=24;TR=41;WE=29581317;WS=29581299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,40:0.39:102
chr10	29581440	rs3818550	C	T	4754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.829;NF=132;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=0.916;SC=TGGCTTTCCCCCCTCCAGGGA;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=599;TCF=317;TCR=282;TR=252;WE=29581448;WS=29581430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:365,260:0.42:625
chr10	29598896	rs2796293	A	G	10816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.18;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr10	29747417	rs1887465	C	T	4095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.276;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.152;NF=79;NR=108;PP=2658;ReadPosRankSum=0.830;SC=CGACCCCCTCCGGGAGTGGCC;SOR=0.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=330;TCF=141;TCR=189;TR=187;WE=29747425;WS=29747407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,197:0.55:356
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chr10	29754609	rs1057952	T	C	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=529;ReadPosRankSum=1.552;SC=ACACAAACTCTGTGGCTGCAA;SOR=0.607;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=44;WE=29754617;WS=29754599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,48:0.56:85
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chr10	29759225	rs11007607	A	G	3900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=4.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.887;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.818;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,193:0.56:343
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chr10	29760209	rs2274494	C	T	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.33;ReadPosRankSum=1.622;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
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chr10	29782066	rs4749439	A	G	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.215;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.528;NF=34;NR=4;PP=732;ReadPosRankSum=1.899;SC=ACTGGGGGAAAAGCCTCATGG;SOR=1.022;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=78;TCF=67;TCR=11;TR=38;WE=29782074;WS=29782056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,38:0.49:78
chr10	29783813	rs6481600	G	A	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.339;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=22;PP=960;ReadPosRankSum=1.695;SC=GAGATTCTGAGAGCAAAGCCT;SOR=0.514;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=117;TCF=82;TCR=35;TR=70;WE=29783821;WS=29783803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,81:0.61:132
chr10	29783885	rs1056782	A	G	2450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.252;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.888;NF=55;NR=50;PP=1544;ReadPosRankSum=0.223;SC=AGCCTGTCCAACTTCAGGTCC;SOR=0.701;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=207;TCF=116;TCR=91;TR=105;WE=29783893;WS=29783875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,116:0.51:228
chr10	29783984	rs3031505	GAAACT	G	3979.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.56;QD=44.22;SOR=1.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
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chr10	29784114	rs6481601	T	C	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=24;PP=561;SC=GCCAAACCTGTGGAACACACA;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=29784122;WS=29784104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	29785191	rs11007625	G	A	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.25;ReadPosRankSum=1.008;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
chr10	29797131	rs373003505	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.20;MQRankSum=-1.322;QD=16.57;ReadPosRankSum=1.330;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr10	29801555	rs60356120	T	C	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=321;ReadPosRankSum=0.910;SC=AGGGCAAAAATGCACAAATGC;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=27;WE=29801563;WS=29801545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr10	29801659	rs56817459	G	A	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.71;ReadPosRankSum=-1.296;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,49:0.53:93
chr10	29812422	rs7070135	C	A	4218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,210:0.51:412
chr10	29812602	rs7070678	G	T	4718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=0.815;SC=TCCCTGGCTCGGTTCAGGATG;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=355;TCF=196;TCR=159;TR=204;WE=29812610;WS=29812592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,214:0.56:379
chr10	29813348	rs61846562	T	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=174;ReadPosRankSum=-1.024;SC=ACTGCAGTGCTATAATTTAAG;SOR=1.034;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=15;WE=29813356;WS=29813338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr10	29813382	rs61846563	C	T	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=513;ReadPosRankSum=-1.023;SC=AAACTGCAATCGGACTATAGC;SOR=0.726;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=35;WE=29813390;WS=29813372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr10	29820070	rs11819202	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.177;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=207;ReadPosRankSum=0.362;SC=TGCAGCAAAGGGAGACACTGT;SOR=2.777;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=12;WE=29820078;WS=29820060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr10	29821089	rs17756919	C	T	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=455;ReadPosRankSum=-0.641;SC=CCGACCTCTCCACCCGTGATT;SOR=0.563;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=29;WE=29821097;WS=29821079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr10	29821523	rs1328323	T	C	4214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=2.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,190:0.63:300
chr10	29822032	rs1247696	C	T	7820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=148;NR=130;PP=2965;SC=GACTCGCAGACATGGAGAACT;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=278;TCF=148;TCR=130;TR=278;WE=29822040;WS=29822022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr10	29822159	rs7076239	T	C	3918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.391;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=84;PP=2530;ReadPosRankSum=0.139;SC=CTGGCGTCACTAGCTTGGCGG;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=329;TCF=171;TCR=158;TR=173;WE=29822167;WS=29822149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,185:0.54:344
chr10	29839864	rs1270874	A	C	6683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.188;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.775;SC=ACAGAGAACTAGCATCTCTGC;SOR=0.525;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=556;TCF=270;TCR=286;TR=299;WE=29839872;WS=29839854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,321:0.54:592
chr10	29891161	rs11007666	A	G	3263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=69;PP=1852;ReadPosRankSum=-1.252;SC=ATGATGTTTCATGAAGTGCCC;SOR=0.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=299;TCF=162;TCR=137;TR=154;WE=29891169;WS=29891151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,170:0.52:325
chr10	29891260	rs12416605	C	T	2319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=58;PP=1382;ReadPosRankSum=2.987;SC=CCTTTAAGGGCACATGGTACA;SOR=0.787;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=192;TCF=87;TCR=105;TR=103;WE=29891268;WS=29891250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,114:0.54:211
chr10	29891321	rs2505901	T	C	2526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=59;PP=1801;SC=CCCTCCCTTCTCTGCTGTGGG;SOR=2.275;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=21;TCR=59;TR=80;WE=29891329;WS=29891311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	29932841	rs2488690	C	T	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=5;PP=542;SC=GTGAACTTGCCAGGGGTGAGC;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=29932849;WS=29932831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	29932918	rs2488689	G	A	3017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=42;PP=1634;SC=GCAACATCGCGTTCCTGGACA;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=61;TCR=42;TR=103;WE=29932926;WS=29932908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr10	30306804	rs2478839	G	A	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr10	30316072	rs3739998	C	G	11509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=181;NR=212;PP=2965;SC=GATTTTCGGACTTTCCTGGGG;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=393;TCF=181;TCR=212;TR=393;WE=30316080;WS=30316062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr10	30317073	rs9337951	G	A	11857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=200;NR=212;PP=2965;SC=GCTTTGTAAGGTGGATGAAAC;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=414;TCF=201;TCR=213;TR=412;WE=30317081;WS=30317063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr10	30317949	rs2478835	C	T	12845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=214;NR=228;PP=2965;SC=CCTTCTCGGTCGGAGACTGCT;SOR=0.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=443;TCF=215;TCR=228;TR=442;WE=30317957;WS=30317939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,473:1.00:473
chr10	30611614	rs2484284	C	T	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=43;PP=1150;SC=AAATTAAACTCAAACCAAGAA;SOR=2.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=56;WE=30611622;WS=30611604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	30615638	rs1029172	A	G	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=24;PP=717;SC=TTTGTAAAAGAATGCTCTAAA;SOR=2.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=30;WE=30615646;WS=30615628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	30626003	rs12221163	C	T	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=17;PP=642;SC=AAGTACAGGTCGCATAAAAAG;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=30626011;WS=30625993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	30629082	rs2689215	C	T	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=10;PP=942;SC=GTAGCTTGAACATTTTACAGG;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=30629090;WS=30629072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	30637995	rs10826783	C	G	4480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=43;PP=2965;SC=CCCGTGATCCCAGACTCCTCG;SOR=2.089;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=122;TCR=44;TR=165;WE=30638003;WS=30637985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr10	30638208	rs61583906	T	TAA	765.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=2.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=18.23;ReadPosRankSum=0.867;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,36:0.86:42
chr10	30653561	rs7094285	C	G	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=33;NR=27;PP=965;SC=TTGGAGAGAGCGGGGCGGGGA;SOR=0.723;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=60;WE=30653569;WS=30653551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	30728101	rs1042058	T	C	9992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=201;NR=156;PP=2965;SC=CAGTCAGATATGGAACTGTGG;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=360;TCF=201;TCR=159;TR=357;WE=30728109;WS=30728091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr10	30728250	rs2907	A	G	14053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=239;NR=255;PP=2965;SC=CAGCTTTCCTACTGCAGCTTC;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=495;TCF=239;TCR=256;TR=494;WE=30728258;WS=30728240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,531:1.00:531
chr10	30739058	rs303428	A	G	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=4;PP=654;SC=TGGGCAGTCCATTTTCACACA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=30739066;WS=30739048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	30747197	rs146674517	C	CGG	334.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=-0.000;QD=22.32;ReadPosRankSum=0.589;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr10	30749895	rs3034	G	A	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=27;PP=717;SC=CCTGTGACCCGTGAATGTGCC;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=30749903;WS=30749885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	30901722	rs3832672	GC	G	1514.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.318;NF=38;NR=6;PP=1552;ReadPosRankSum=1.609;SC=GCCCATGACAGCCCAAGTCTT;SOR=0.852;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=78;TCF=69;TCR=9;TR=44;WE=30901730;WS=30901712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,51:0.57:89
chr10	30901756	rs9954	G	A	2400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.905;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=28;PP=1711;ReadPosRankSum=0.564;SC=CTTACCAATAGTTCATTCCTT;SOR=1.094;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=172;TCF=121;TCR=51;TR=101;WE=30901764;WS=30901746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,102:0.57:179
chr10	30915618	rs3852488	G	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=7.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQRankSum=-2.234;QD=0.62;ReadPosRankSum=-0.568;SOR=2.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,7:0.12:58
chr10	30915637	rs3864847	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQRankSum=-2.183;QD=0.38;ReadPosRankSum=0.491;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,10:0.12:83
chr10	30915898	rs61844263	C	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.90;MQRankSum=-5.690;QD=1.03;ReadPosRankSum=-5.977;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,15:0.17:89
chr10	30915906	rs41288999	A	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.304;NF=10;NR=22;PP=342;ReadPosRankSum=1.493;SC=GACGATCTTGATTCAGGAACT;SOR=0.884;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=90;TCF=30;TCR=60;TR=32;WE=30915914;WS=30915888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,29:0.34:85
chr10	30918424	rs10826831	C	T	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=3.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=1.485;QD=5.95;ReadPosRankSum=1.311;SOR=0.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,85:0.35:242
chr10	30918486	rs75095145	G	A	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=3.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQRankSum=-8.148;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.890;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,62:0.20:307
chr10	30918492	rs76101300	G	T	1799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=2.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-8.100;QD=5.92;ReadPosRankSum=2.263;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,62:0.20:304
chr10	30918549	rs201069868	G	C	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=2.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQRankSum=-4.886;QD=3.50;ReadPosRankSum=0.291;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,53:0.24:219
chr10	30918597	rs74551644	T	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=17.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQRankSum=-5.001;QD=1.27;ReadPosRankSum=-1.259;SOR=2.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,18:0.14:129
chr10	30974174	rs4749580	T	C	4620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.110;NF=108;NR=51;PP=2358;ReadPosRankSum=3.067;SC=TTTTCTCTTCTGTACATTTAT;SOR=1.299;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=109;TCR=52;TR=159;WE=30974182;WS=30974164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,177:0.99:179
chr10	30978106	rs2368405	G	C	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQRankSum=2.405;QD=27.38;ReadPosRankSum=0.993;SOR=1.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
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chr10	30986296	rs4749587	C	T	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=8.719;NF=48;NR=21;PP=1258;ReadPosRankSum=1.023;SC=GTGTCTGCCTCGTGTTCAGGA;SOR=1.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=69;WE=30986304;WS=30986286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,74:0.97:76
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chr10	30989188	rs10740829	G	C	13132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=203;NR=244;PP=2965;SC=CCGCTTATCCGCAGGTACTAC;SOR=0.976;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=449;TCF=204;TCR=245;TR=447;WE=30989196;WS=30989178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr10	30993448	rs10826848	G	A	10373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=192;NR=188;PP=2965;SC=GGCTGTGGCTGTGGCCTGGTG;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=381;TCF=193;TCR=188;TR=380;WE=30993456;WS=30993438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr10	31001494	rs1826619	A	C	14151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,543:1.00:543
chr10	31134557	rs17229657	T	C	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.307;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=39;PP=959;ReadPosRankSum=-0.651;SC=GCAATTGGAATCTTTCCTCTC;SOR=1.421;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=82;TCF=13;TCR=69;TR=43;WE=31134565;WS=31134547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,43:0.52:83
chr10	31138817	rs10160116	G	A	3825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=70;PP=2280;ReadPosRankSum=1.654;SC=AATGGACTGGGTTTGTACAGG;SOR=0.774;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=299;TCF=175;TCR=124;TR=166;WE=31138825;WS=31138807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,182:0.55:328
chr10	31146643	rs4237394	T	C	4694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=100;PP=2903;ReadPosRankSum=1.056;SC=AGAAAGGCTGTTGGATATTTG;SOR=0.616;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=366;TCF=194;TCR=172;TR=208;WE=31146651;WS=31146633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,228:0.57:401
chr10	31166088	rs10763848	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.475;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=168;ReadPosRankSum=-0.370;SC=GTTTTTTAAAGTTTGTTTTAT;SOR=0.042;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=16;WE=31166096;WS=31166078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr10	31803516	rs220060	G	A	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	32307534	rs11428920	T	TA	2302.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=28;PP=1253;SC=TTTTATTCTGTATATTGTACT;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=30;WE=32307544;WS=32307524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	32307536	rs55938482	T	A	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=28;PP=807;SC=TTATTCTGTATATTGTACTTA;SOR=1.480;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=40;WE=32307544;WS=32307524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	32309005	rs1775715	A	G	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=41;PP=1153;SC=CTGTTATCCTATACCCTATGG;SOR=4.003;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=46;WE=32309013;WS=32308995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	32311969	rs176924	A	G	8595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=169;PP=2965;SC=AGGCTGCTGTAAGGAAAAAGT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=293;TCF=124;TCR=169;TR=293;WE=32311977;WS=32311959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr10	32317604	rs191793542	T	C	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.460;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=360;ReadPosRankSum=0.035;SC=TACGAAACCATGTCTTTTCTG;SOR=0.160;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=27;WE=32317612;WS=32317594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr10	32328526	rs1251363	G	C	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=173;SC=CACATACACAGTACTGTACAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=32328534;WS=32328516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	32561858	rs11594459	A	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=388;ReadPosRankSum=1.929;SC=TCAGACGGGAAGACAGTATCT;SOR=0.602;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=31;WE=32561866;WS=32561848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr10	32575793	rs2986931	A	G	2205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.918;QD=11.20;ReadPosRankSum=-1.301;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,108:0.55:197
chr10	32635834	rs11597888	G	A	4025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.994;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,194:0.62:313
chr10	32667234	rs201264123	GA	G,GAA	246.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.51;ReadPosRankSum=1.295;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,8,8:0.47,0.47:17
chr10	32742234	rs2505335	A	G	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=9;PP=463;SC=ATTTTAAACTATTAAAGTATC;SOR=1.096;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=32742242;WS=32742224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	32742256	rs2490505	T	G	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	32745396	rs2244153	A	G	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=15;PP=418;SC=GCATTGGAAAACATTATTTAT;SOR=1.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=21;WE=32745404;WS=32745386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	32751901	rs2505380	G	A	3438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=48;PP=1693;SC=TGCAATTTAAGTAGTCACTAT;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=66;TCR=48;TR=114;WE=32751909;WS=32751891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr10	32759918	rs2460710	G	A	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=1;PP=348;SC=TAATAAAGGAGATAATGAAAT;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=32759926;WS=32759912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	32856937	rs12783494	T	G	133.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,7:0.78:9
chr10	32856962	.	G	A	61	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=2;NR=4;PP=61;QD=15.9618687579;SC=TTGAGATGGAGTCTTGCTCTG;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=32856970;WS=32856952;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,6:0.50:12
chr10	32863171	rs12146257	A	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=198;SC=ATGAGATGAAATAGGTTGTTT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=32863179;WS=32863161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	32974969	rs1762526	A	G	3064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr10	32978136	rs1763784	G	A	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=424;SC=TTAAAAGTAAGTTCATCCGAA;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=32978144;WS=32978126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	33015782	rs928701	G	A	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=10;PP=272;SC=AATTATAGATGACTTTAAATT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=33015790;WS=33015772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	33015855	rs4145863	G	A	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=5;PP=101;SC=ATTTTAGCATGTATTTTATGG;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=33015863;WS=33015845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	33018351	rs1414548	G	C	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	33093858	.	TACAC	T,TAC	3238.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.209;QD=30.85;ReadPosRankSum=1.771;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,16,87:0.15,0.83:105
chr10	33123774	rs11009107	T	C	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	33123824	rs4448627	G	C	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	33134696	rs145287806	T	TAC	278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.58;ReadPosRankSum=-1.694;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr10	33137515	rs2488294	T	G	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	33137551	rs2504011	T	C	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	33143396	rs1418538	G	A	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=1.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	33144132	rs34544892	GT	G	449.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.000;QD=11.23;ReadPosRankSum=0.635;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr10	33165226	rs2488305	G	A	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=7;PP=618;SC=TATATCAACTGGAGTAAAATT;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=33165234;WS=33165216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	33190567	rs2153875	C	A	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.77;QD=25.14;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	33201128	rs2504020	C	G	4352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=107;PP=2965;SC=CAAACAGGAACAGCTCTAGTC;SOR=2.046;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=39;TCR=107;TR=146;WE=33201136;WS=33201118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr10	33209030	rs45580338	G	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.752;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=448;ReadPosRankSum=1.809;SC=GGAAAAAAAAGATTAACAACC;SOR=0.372;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=25;WE=33209038;WS=33209020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr10	33209266	rs2230396	G	T	10552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr10	33211440	rs2252752	T	C	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=20;PP=948;SC=TAAAAATTAATATAAACCACT;SOR=1.034;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=51;WE=33211448;WS=33211430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	33219008	rs2256455	T	G	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=29;PP=730;SC=TAAATGAAAATTGTAATGGTC;SOR=3.321;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=33219016;WS=33218998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	33471761	rs148435065	GCA	G	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.447;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.558;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr10	33474767	.	G	A	2083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.810;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=53;PP=1138;ReadPosRankSum=-0.583;SC=CAGATTCAGCGTAACACAGAC;SOR=0.444;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=263;TCF=112;TCR=151;TR=103;WE=33474775;WS=33474757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,110:0.40:277
chr10	33475282	rs2228638	C	T	7556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=143;NR=118;PP=2965;SC=AGTGTGCCGACGTGGGACCCA;SOR=0.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=143;TCR=118;TR=261;WE=33475290;WS=33475272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr10	33481478	rs2243920	A	G	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=30;PP=836;SC=TGAAAATTCCAGGAAAGCCAG;SOR=3.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=33481486;WS=33481468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	33486667	rs10827208	A	G	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=39;PP=1246;SC=ACATGCAAAAATAAGAAAACA;SOR=1.002;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=69;WE=33486675;WS=33486657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	33491506	rs139666910	CTGAAAATAA	C	593.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=1;PP=2979;SC=GGGGGGGGGTCTGAAAATAAT;SOR=5.421;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=14;WE=33491522;WS=33491504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	33491552	rs11009288	G	A	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=73;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=17;PP=1333;SC=TTAGCCATGGGGAAATTCTTA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=65;WE=33491560;WS=33491542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	33495267	rs11812166	C	T	5657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr10	33495304	rs11815912	A	G	10177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.64;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr10	33495306	rs2474715	A	G	10177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.64;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr10	33495333	rs11812181	C	A	5223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=81;NR=96;PP=2905;SC=AACAACCACACGGTGAAGAAT;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=81;TCR=96;TR=177;WE=33495341;WS=33495323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr10	33510614	rs4934837	G	A	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=36;PP=2831;SC=TCTTCGACTTGGAAGATTCAG;SOR=1.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=102;TCR=36;TR=138;WE=33510622;WS=33510604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr10	33510663	rs2229935	G	A	8984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=1.210;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr10	33510768	rs2229934	G	A	9622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=143;NR=190;PP=2965;SC=CAACATCTGTGGGGTTGGTGT;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=334;TCF=144;TCR=190;TR=333;WE=33510776;WS=33510758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr10	33538292	rs41276086	C	A	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.33;ReadPosRankSum=1.055;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,24:0.36:66
chr10	33542835	rs7074620	T	C	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=6;PP=560;SC=TTATACCTGATGGCCGTGAAC;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=33542843;WS=33542825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	33545464	rs10827221	G	C	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=33;PP=986;SC=GCAAGAATTAGCATTTACAAA;SOR=3.258;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=38;WE=33545472;WS=33545454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	33552407	rs2070299	G	A	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=4;PP=786;SC=AGGTCTTCTTGAGCTCAAATA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=33552415;WS=33552397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	33552518	rs2070298	A	C	8763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.41;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr10	33552522	rs2070297	G	A	8901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.64;SOR=1.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr10	33552696	rs7079053	A	G	9917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=173;NR=173;PP=2965;SC=CATCTTTGGCACAAAGACAAT;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=347;TCF=174;TCR=173;TR=346;WE=33552704;WS=33552686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr10	33619562	rs1411924	C	T	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=5;PP=873;SC=TTGTACACACCGACTTCCCCC;SOR=3.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=35;WE=33619570;WS=33619552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	34408636	rs11009651	T	C	3560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=78;PP=2126;ReadPosRankSum=0.349;SC=ACACCGAGTGTCGCCCGCTCT;SOR=0.640;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=341;TCF=169;TCR=172;TR=161;WE=34408644;WS=34408626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,176:0.48:368
chr10	34408745	rs3004928	A	C	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.87;ReadPosRankSum=-1.768;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,65:0.53:123
chr10	34573167	.	G	C	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=4.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.168;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,27:0.22:123
chr10	34648340	rs377313990	CA	C	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.482;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr10	34688287	rs2796011	G	A	8250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=155;NR=126;PP=2965;SC=AAGGCACTACGTGGATTCCCA;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=283;TCF=155;TCR=128;TR=281;WE=34688295;WS=34688277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr10	34985197	rs5784425	C	CA	1587.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.251;QD=5.02;ReadPosRankSum=-0.519;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,136:0.43:316
chr10	35103650	rs185778956	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=30;ReadPosRankSum=-0.586;SC=GGCGCCCGCAGTCCGGGGCGG;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=4;WE=35103658;WS=35103640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr10	35314130	rs200961602	T	TA	156.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr10	35324076	rs2244174	A	G	3434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=44;PP=2024;SC=GGAGGAAAACATTGCAGTTTC;SOR=1.256;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=82;TCR=44;TR=126;WE=35324084;WS=35324066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr10	35363104	rs41276098	C	T	2863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=59;PP=1646;ReadPosRankSum=-1.212;SC=TTATCAAAGACACAAAAATAA;SOR=0.747;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=382;TCF=214;TCR=168;TR=139;WE=35363112;WS=35363094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,156:0.38:415
chr10	35625845	rs59114674	C	G	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=5;PP=504;SC=GGCCGGCCGCCGTTCCGCCCC;SOR=2.461;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=30;WE=35625854;WS=35625838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	35625846	.	G	GC	2050.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.3;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=5;PP=1111;SC=GCCGGCCGCCGTTCCGCCCCC;SOR=2.461;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=25;WE=35625854;WS=35625838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	35772402	rs3802509	G	A	1998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=1.754;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,105:0.42:249
chr10	35894666	rs627267	A	G	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.241;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=586;ReadPosRankSum=2.412;SC=TCAGTGTGCAAGCACCAAGCT;SOR=0.455;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=46;WE=35894674;WS=35894642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,53:0.41:130
chr10	35894761	rs637881	G	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=281;ReadPosRankSum=1.519;SC=GAATGGTTCCGCGGTTCCTCC;SOR=0.628;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=20;WE=35894769;WS=35894751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr10	35896470	rs11595555	G	T	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=3;PP=632;ReadPosRankSum=-1.151;SC=CAGTGTATTCGGGGTGATGAG;SOR=0.713;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=93;TCF=82;TCR=11;TR=37;WE=35896478;WS=35896460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,46:0.43:107
chr10	35928224	rs625858	C	G	4023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=3.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr10	35930412	rs142623421	C	CG	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.235;HP=10;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=235;ReadPosRankSum=3.895;SC=AGAGGGGTGCCGGGGGGGGGG;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=21;WE=35930420;WS=35930394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr10	36811687	rs143754208	G	GGT	518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.94;ReadPosRankSum=-0.374;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr10	36811983	rs149065804	C	T	5186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.811;NF=123;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.151;SC=TCCTTGAAGACGTTAATCCCA;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=447;TCF=233;TCR=214;TR=241;WE=36811991;WS=36811973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,248:0.53:471
chr10	36813198	rs2503082	A	G	4912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=96;PP=2965;SC=GGGCTGGCCCAGCAGGGAAAG;SOR=1.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=76;TCR=96;TR=172;WE=36813206;WS=36813188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
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chr10	37421199	rs34042320	C	T	2011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=1.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.824;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,106:0.46:230
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chr10	37453909	rs11011055	G	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.401;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=235;ReadPosRankSum=2.193;SC=AAGAACATATGGGCCACAGAG;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=12;WE=37453917;WS=37453907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr10	37488689	rs1209750	G	C	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,77:0.42:184
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chr10	37505159	rs34552277	G	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=357;ReadPosRankSum=1.378;SC=TTGTGAAAGAGCAAGGGAACT;SOR=0.423;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=32;WE=37505167;WS=37505149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,35:0.40:87
chr10	37508450	rs1148259	A	C	2529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=53;PP=1341;ReadPosRankSum=-0.857;SC=TCAATTATGCAGGAGATGCTC;SOR=0.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=75;TCR=84;TR=102;WE=37508458;WS=37508440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,115:0.66:175
chr10	37520483	rs45553334	C	T	2807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=62;PP=1505;ReadPosRankSum=-0.610;SC=GTCCTAGCATCACCTTATGTT;SOR=0.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=221;TCF=106;TCR=115;TR=122;WE=37520491;WS=37520473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,135:0.56:243
chr10	38121993	.	T	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=1.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.25;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,44:0.13:342
chr10	38245843	rs9299755	C	CA	585.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.79;MQRankSum=2.860;QD=5.05;ReadPosRankSum=0.511;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,61:0.53:116
chr10	38246545	rs2799499	A	G	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=281;ReadPosRankSum=-0.525;SC=AGACATGTGAACTAGCTCTTA;SOR=1.151;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=16;WE=38246553;WS=38246535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr10	38260558	rs4007126	AACAC	A	1089.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=5.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.839;QD=12.82;ReadPosRankSum=-0.237;SOR=1.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chr10	38306128	rs2738208	A	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.641;NF=24;NR=6;PP=513;ReadPosRankSum=-1.451;SC=TTCCACTGGCAACTCGAAGCA;SOR=0.612;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=30;WE=38306136;WS=38306118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr10	38344700	rs2505232	C	G	5235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.053;NF=123;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.080;SC=ACACACAGGGCAGAAACCCTT;SOR=0.610;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=550;TCF=282;TCR=268;TR=248;WE=38344708;WS=38344690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,260:0.45:582
chr10	38385316	rs2474572	A	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=288;ReadPosRankSum=-0.543;SC=TACAGCATAAATTGTTTTTAA;SOR=0.852;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=16;WE=38385324;WS=38385307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr10	38385441	rs2474573	G	A	2419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.415;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=52;PP=1545;ReadPosRankSum=0.251;SC=ATGTTTTGCCGGCTGCGAAGT;SOR=0.736;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=298;TCF=167;TCR=131;TR=120;WE=38385449;WS=38385431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,129:0.41:317
chr10	38407519	rs176889	A	G	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.418;NF=15;NR=16;PP=455;ReadPosRankSum=0.188;SC=GTCAGAAGTCAGCCCTAATTG;SOR=0.512;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=31;WE=38407527;WS=38407509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr10	38537070	rs1780145	A	G	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.333;NF=1;NR=8;PP=116;ReadPosRankSum=-1.092;SC=AAGAGAATATATAAACACACA;SOR=0.465;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=9;WE=38537078;WS=38537060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr10	38598955	rs12358852	T	G	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.035;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.696;NF=22;NR=9;PP=373;ReadPosRankSum=0.674;SC=TGTTTGTCTGTTTTTCAAAAT;SOR=1.408;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=31;WE=38598963;WS=38598945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,28:0.32:88
chr10	38599101	rs34686283	C	CT	1170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.990;NF=8;NR=20;PP=952;ReadPosRankSum=0.318;SC=GACATAGTGTCTTCCCATTGG;SOR=0.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=28;WE=38599109;WS=38599091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,49:0.45:108
chr10	38638887	rs71529003	CA	C	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.082;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr10	38645343	rs75687299	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=1.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQRankSum=-5.590;QD=0.26;ReadPosRankSum=1.279;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,25:0.14:181
chr10	38645403	rs72639552	T	C	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=1.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQRankSum=-7.056;QD=6.89;ReadPosRankSum=1.727;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,82:0.38:216
chr10	38647171	rs2800473	C	G	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.251;NF=25;NR=3;PP=405;ReadPosRankSum=0.370;SC=TTTTCTGAACCAGAGAGAAAT;SOR=0.586;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=52;TCF=48;TCR=4;TR=28;WE=38647179;WS=38647168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr10	38650104	rs2804643	A	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.567;NF=11;NR=1;PP=198;ReadPosRankSum=0.578;SC=CAATGGATGAACTCACACTAT;SOR=0.551;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=12;WE=38650112;WS=38650094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
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chr10	38672144	rs3087759	A	C	2904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.381;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.736;NF=78;NR=69;PP=2114;ReadPosRankSum=0.816;SC=ATTCCTACTAATGGAACTCCA;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=349;TCF=186;TCR=163;TR=147;WE=38672152;WS=38672134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,151:0.41:371
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chr10	42922618	rs61096506	C	CAA	44.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.73;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr10	42926170	rs66977053	TGG	T	2359.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=28;PP=1365;SC=GTGATTGAGTTGGGGTGAAAA;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=34;WE=42926179;WS=42926160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	42928668	rs67090148	GGAGTCTATC	G	6360.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=41;PP=2938;SC=TTTGAATGAAGGAGTCTATCC;SOR=1.302;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=66;WE=42928684;WS=42928654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr10	42928759	rs75794730	G	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-11.945;QD=2.65;ReadPosRankSum=-3.820;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,30:0.15:199
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chr10	42928790	rs75957977	G	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=7.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=-10.614;QD=0.58;ReadPosRankSum=0.206;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,25:0.15:169
chr10	42928814	rs112881188	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=5.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQRankSum=-10.011;QD=3.03;ReadPosRankSum=1.830;SOR=0.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,41:0.26:159
chr10	42928826	.	A	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.018;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.449;HP=1;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-9.531;NF=14;NR=17;PP=774;ReadPosRankSum=2.192;SC=GAAGTATAAGATAAACTTATC;SOR=0.247;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=114;TCF=45;TCR=69;TR=31;WE=42928834;WS=42928804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,33:0.26:127
chr10	42928842	rs4570532	A	T	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=3.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQRankSum=-9.210;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.986;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,27:0.28:98
chr10	42928845	.	C	T	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=4.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQRankSum=-9.345;QD=8.88;ReadPosRankSum=1.023;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,26:0.27:96
chr10	42928851	.	CA	C	819.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.308;HP=5;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.969;NF=0;NR=15;PP=1976;ReadPosRankSum=0.247;SC=TATACTTTTTCATTGGTTAAA;SOR=0.370;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=2;TCR=49;TR=15;WE=42928893;WS=42928832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,25:0.28:89
chr10	42928858	rs371544593	T	G	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.121;NF=7;NR=14;PP=1174;ReadPosRankSum=-0.144;SC=TTTCATTGGTTAAAATGTCAA;SOR=0.515;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=21;WE=42928893;WS=42928832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,21:0.28:74
chr10	42928869	.	ATTTT	A,ATT	567.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.762;NF=0;NR=12;PP=1552;ReadPosRankSum=-0.205;SC=AAAATGTCAAATTTTTCAAAG;SOR=0.730;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=12;WE=42928893;WS=42928832;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.26:68
chr10	42928874	.	T	TGA	579.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQRankSum=-7.371;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr10	42928879	.	G	A	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQRankSum=-6.969;QD=9.92;ReadPosRankSum=-0.790;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr10	42928885	.	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQRankSum=-6.760;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.666;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr10	42928907	.	A	AC	143	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=65;MMLQ=27;MQ=55.14;NF=0;NR=6;PP=143;QD=34.4742934119;SC=CACTCCATGAATGCCTGAGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=6;WE=42928915;WS=42928897;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,6:0.25:24
chr10	42965636	rs1255411	C	T	6230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=26.18;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr10	43089965	rs210280	G	A	4811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=74;PP=2718;SC=CTCATTCCACGTGAGTCATAC;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=83;TCR=74;TR=157;WE=43089973;WS=43089955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr10	43119123	rs158377	G	T	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	43119159	rs158378	T	C	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	43128395	rs209391	C	G	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=66;PP=1763;SC=AAATGGCCTGCTGCTGTCTTG;SOR=2.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=16;TCR=67;TR=82;WE=43128403;WS=43128385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	43132232	rs209387	A	G	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=15;PP=1182;SC=ACAGAGATGGAGACACTGCGC;SOR=1.542;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=60;WE=43132240;WS=43132222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	43232450	rs702370	G	A	9975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=59.97;NF=212;NR=135;PP=2965;SC=ACCTTTTAATGTGAAAATGTG;SOR=1.176;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=349;TCF=212;TCR=137;TR=347;WE=43232458;WS=43232432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr10	43280057	rs55869085	CTT	C	9061.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-13.348;NF=20;NR=178;PP=2979;ReadPosRankSum=0.334;SC=TCCATTGATTCTTTTTTTAAA;SOR=0.518;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=217;TCF=21;TCR=196;TR=198;WE=43280066;WS=43280047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,358:0.99:363
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chr10	43572832	rs12267460	G	A	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=498;ReadPosRankSum=0.482;SC=AGTTGGCGCCGAGCAGCGGAG;SOR=0.799;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=105;TCF=52;TCR=53;TR=46;WE=43572840;WS=43572822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,53:0.44:121
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chr10	43600689	rs2435352	A	G	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=56;PP=1254;ReadPosRankSum=-0.268;SC=GTCTCCGGCCACAGTTCGTTT;SOR=0.619;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=243;TCF=102;TCR=141;TR=100;WE=43600697;WS=43600679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,111:0.42:266
chr10	43604390	rs1864404	A	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=254;ReadPosRankSum=-1.201;SC=CACCAGTGTGAGTGCAGGGCT;SOR=0.544;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=21;WE=43604398;WS=43604380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,24:0.30:80
chr10	43606687	rs1800860	A	G	15253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=311;NR=236;PP=2965;ReadPosRankSum=1.144;SC=ACTGCCAGGCATTCAGTGGCA;SOR=0.663;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=551;TCF=313;TCR=238;TR=547;WE=43606695;WS=43606677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,596:0.99:599
chr10	43607756	rs3026750	G	A	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=1159;ReadPosRankSum=-0.337;SC=CCAGCCTGGGGTGGCTCTCCC;SOR=0.635;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=28;WE=43607767;WS=43607746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,27:0.35:77
chr10	43607759	rs34827976	GC	G	872.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=1161;ReadPosRankSum=0.203;SC=GCCTGGGGTGGCTCTCCCTGC;SOR=0.850;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=18;WE=43607767;WS=43607746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,24:0.33:72
chr10	43613843	rs1800861	G	T	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=2.084;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,88:0.38:230
chr10	43615505	rs2472737	G	A	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=306;ReadPosRankSum=-1.266;SC=ATGGCCTGACGACTCGTGCTA;SOR=0.674;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=82;TCF=51;TCR=31;TR=30;WE=43615513;WS=43615495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,33:0.37:90
chr10	43620551	rs2742236	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=1.552;SC=GGATTGTGCAGAGAGAGAGAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=4;WE=43620559;WS=43620541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr10	43622217	rs2075912	T	C	4391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=109;PP=2889;ReadPosRankSum=-1.265;SC=GCTGTCCCCTTTGCACTATCC;SOR=0.629;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=529;TCF=257;TCR=272;TR=218;WE=43622225;WS=43622207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,230:0.42:551
chr10	43623812	rs17028	C	T	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=56;PP=1199;ReadPosRankSum=0.571;SC=TCACATTGGCCGAGCCGTGTT;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=81;TCR=151;TR=86;WE=43623820;WS=43623802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,88:0.36:247
chr10	43657811	rs2257767	T	G	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=519;ReadPosRankSum=0.258;SC=ATGGCCAGGTTGGGTGGGGGT;SOR=0.328;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=55;TCF=6;TCR=49;TR=28;WE=43657819;WS=43657801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr10	43659536	rs2503865	C	T	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.296;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=572;ReadPosRankSum=2.739;SC=GAATTTAGAACGTTGTCAGCA;SOR=0.968;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=117;TCF=47;TCR=70;TR=46;WE=43659544;WS=43659526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,56:0.40:140
chr10	43671378	rs61579799	GT	G	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.357;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.331;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,35:0.41:86
chr10	43678796	rs2435381	C	T	3738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=59.97;MQRankSum=-1.738;NF=102;NR=77;PP=2312;ReadPosRankSum=-0.960;SC=GACTCCGGTTCCTGGTCTTTT;SOR=0.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=453;TCF=258;TCR=195;TR=179;WE=43678804;WS=43678786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,193:0.40:485
chr10	43691691	rs1254968	C	T	5118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.591;SC=CTGCATCCGCCTCAGGCTCTG;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=367;TCF=174;TCR=193;TR=219;WE=43691699;WS=43691681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,227:0.59:384
chr10	43694363	rs35825252	C	CA	3519.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.952;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=2201;ReadPosRankSum=-0.076;SC=GCAGCTGTGACGGGGCTCAGG;SOR=1.234;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=47;WE=43694371;WS=43694353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,104:0.59:175
chr10	43695049	rs1254964	T	C	12463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=252;NR=183;PP=2965;SC=CATCATCTAATTCCTGGGGCA;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=437;TCF=254;TCR=183;TR=435;WE=43695057;WS=43695039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr10	43696086	rs1254963	C	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.220;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=346;ReadPosRankSum=-0.973;SC=CAGCCCCCACCCCCAGTCAGG;SOR=0.200;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=24;WE=43696094;WS=43696076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr10	43698240	rs1270015	G	T	5960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=699;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.556;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,366:0.54:678
chr10	43698980	rs1254961	C	G	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=423;ReadPosRankSum=1.113;SC=CCGCCGGTCCCGAGGCCATGC;SOR=0.610;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=27;WE=43698988;WS=43698970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr10	43869097	rs10899795	C	A	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.499;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=17;PP=875;ReadPosRankSum=-1.330;SC=TGCCTCCTCTCGCTGACCAAT;SOR=0.520;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=145;TCF=108;TCR=37;TR=60;WE=43869105;WS=43869087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,62:0.42:149
chr10	43883342	rs1126487	T	A	1969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=1.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,98:0.48:206
chr10	43932479	rs2244396	A	G	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=15;NR=39;PP=1183;SC=GGGAGCAGCAAGGCTTCCGGA;SOR=2.041;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=54;WE=43932487;WS=43932469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr10	43991255	rs9422519	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=133;ReadPosRankSum=-0.543;SC=AGATTTTTTTCCCACAAATCA;SOR=0.399;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=8;WE=43991263;WS=43991245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
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chr10	44103923	rs3128239	G	C	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=8;PP=990;SC=CACATCCCCTGAGCCCTCAGC;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=44;WE=44103931;WS=44103913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr10	44111806	rs10899839	G	A	2563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.964;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=48;PP=1631;ReadPosRankSum=-1.531;SC=CATCTGTTCTGGGAGAGCGAA;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=308;TCF=179;TCR=129;TR=117;WE=44111814;WS=44111796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,133:0.39:344
chr10	44112245	rs12354886	G	A	2786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.861;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=62;PP=1647;ReadPosRankSum=0.721;SC=GAAAGCCTTCGCTCAGAATGC;SOR=0.686;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=333;TCF=179;TCR=154;TR=128;WE=44112253;WS=44112235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,141:0.39:361
chr10	44285159	rs1998748	T	C	5834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=130;PP=2930;ReadPosRankSum=0.484;SC=GTTTCCTCTGTGACCCATACA;SOR=0.764;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=543;TCF=283;TCR=260;TR=277;WE=44285167;WS=44285149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,298:0.51:584
chr10	44285190	rs1998749	G	C	6482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.477;SC=CCACCTCCACGACCCCTCTGT;SOR=0.566;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=542;TCF=263;TCR=279;TR=287;WE=44285198;WS=44285180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,309:0.53:580
chr10	44285777	rs3750724	T	C	1823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=40;PP=848;ReadPosRankSum=1.595;SC=CTCCCCCCAGTGGCGACGGCG;SOR=0.851;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=126;TCF=62;TCR=64;TR=76;WE=44285785;WS=44285767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,84:0.59:142
chr10	44340783	rs113953295	G	GC	2232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.334;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=1447;ReadPosRankSum=0.134;SC=GAATCATCCCGCCCCCAGCAG;SOR=0.848;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=44;WE=44340791;WS=44340773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,85:0.58:147
chr10	44345134	rs78197031	A	G	4197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=88;PP=2386;ReadPosRankSum=-0.297;SC=CCCAGCTCCCACTGAAGGCAT;SOR=0.599;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=372;TCF=187;TCR=185;TR=183;WE=44345142;WS=44345124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,207:0.51:404
chr10	44793299	rs2505734	C	T	2933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=59;PP=1587;ReadPosRankSum=-1.409;SC=TGTCCACTCTCGCTCAGCGTG;SOR=0.744;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=198;TCF=102;TCR=96;TR=120;WE=44793307;WS=44793281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,138:0.60:229
chr10	44793355	rs56043323	G	A	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.327;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,68:0.40:170
chr10	44868856	rs266091	A	C	11990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=180;NR=238;PP=2965;SC=CCAGCTCCAGAAGGACAGCGG;SOR=1.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=419;TCF=180;TCR=239;TR=418;WE=44868864;WS=44868846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr10	44871548	rs2297630	G	A	2287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=53;PP=1256;ReadPosRankSum=-2.873;SC=GTCTGCATAAGATTTAACACT;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=122;TCR=112;TR=109;WE=44871556;WS=44871538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,119:0.47:254
chr10	44873992	rs2839694	C	CCT	4246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.450;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.785;NF=21;NR=39;PP=1987;ReadPosRankSum=0.635;SC=GTTAAGGCCCCCTCCCCCACG;SOR=0.645;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=168;TCF=53;TCR=115;TR=60;WE=44874000;WS=44873982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,117:0.44:265
chr10	44874216	rs2236533	G	A	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=49;PP=1104;ReadPosRankSum=0.545;SC=ACAGGAGGAAGGCGCGGCTGC;SOR=0.881;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=147;TCF=49;TCR=98;TR=71;WE=44874224;WS=44874206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,76:0.49:155
chr10	44874253	rs266085	C	T	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=630;ReadPosRankSum=0.274;SC=CCCCCAACACCCATCTAGGGC;SOR=0.611;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=73;TCF=15;TCR=58;TR=36;WE=44874261;WS=44874243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,39:0.51:76
chr10	45423282	rs10900131	C	G	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=565;ReadPosRankSum=0.511;SC=AGGAAGAAGACTCACTCCACA;SOR=0.412;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=29;WE=45423290;WS=45423272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr10	45430462	rs17417442	C	T	3830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=74;PP=2046;ReadPosRankSum=1.544;SC=CCTCCCTCGCCGAAGGTCTGG;SOR=0.634;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=259;TCF=129;TCR=130;TR=154;WE=45430470;WS=45430452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,181:0.62:292
chr10	45466726	rs4948938	G	A	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=3;PP=872;SC=TACTCACAGGGCCATCACCTT;SOR=3.202;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=36;WE=45466734;WS=45466724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	45496120	rs12269028	A	T	8825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=153;NR=155;PP=2965;SC=AAATCTCAAAATTTGTGGAAA;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=153;TCR=155;TR=308;WE=45496128;WS=45496110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr10	45891484	rs2029253	A	G	3087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=84;PP=2010;ReadPosRankSum=0.184;SC=ATGGCCTGTCACTGCTGGAAA;SOR=0.663;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=84;TCR=144;TR=134;WE=45891492;WS=45891474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,140:0.58:241
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chr10	45924256	rs1565097	T	C	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=376;ReadPosRankSum=-0.227;SC=CTCAGTCCTCTGCGATCCAGG;SOR=0.767;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=35;WE=45924264;WS=45924246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
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chr10	45958856	rs2291428	G	C	6419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=0.925;SC=CCAGCTCATGGAACCTGTGCA;SOR=0.821;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=452;TCF=222;TCR=230;TR=271;WE=45958864;WS=45958846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,285:0.59:483
chr10	45958881	rs2291429	A	C	6459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=1.021;SC=GCTGGCGCTCAAGCCGTGCGA;SOR=0.824;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=430;TCF=207;TCR=223;TR=260;WE=45958889;WS=45958871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,278:0.60:464
chr10	46143958	rs17854567	T	G	2701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.737;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=70;PP=1621;ReadPosRankSum=0.457;SC=CTCTGCCATCTTCCTAAGTGG;SOR=0.830;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=194;TCF=75;TCR=119;TR=110;WE=46143966;WS=46143948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,124:0.57:217
chr10	46222724	rs10793625	C	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.145;NF=10;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=1.949;SC=GGTCCTCGGCCTGTGCTGGCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=10;WE=46222732;WS=46222714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr10	46952667	rs3120429	A	G	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.97;MQRankSum=-3.373;QD=2.60;ReadPosRankSum=1.071;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
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chr10	46963738	rs3127783	A	G	4092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-7.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.792;NF=144;NR=30;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.748;SC=GAGCTCGTACAGCTCCTTCTG;SOR=0.506;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=187;TCR=39;TR=174;WE=46963746;WS=46963729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,176:0.78:227
chr10	46963951	rs55945664	G	A	3625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1241;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQRankSum=-0.214;QD=2.92;ReadPosRankSum=-1.197;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:962,279:0.22:1241
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chr10	46965018	rs3127785	C	G	12422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=928;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=293;NR=275;PP=2962;ReadPosRankSum=1.424;SC=TGCCTCTGTCCTCCTGGAGCC;SOR=0.711;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=883;TCF=450;TCR=433;TR=568;WE=46965026;WS=46965008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,596:0.64:926
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chr10	46965727	rs1889849	G	A	13769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=760;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=328;NR=237;PP=2962;ReadPosRankSum=1.918;SC=CCAGGCTCTCGGCCTCCAGGT;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=711;TCF=409;TCR=302;TR=565;WE=46965735;WS=46965717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,604:0.80:758
chr10	46965887	rs112965082	T	TG	1084.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FS=0.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=3.076;QD=2.20;ReadPosRankSum=-1.673;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:407,86:0.17:493
chr10	46966646	.	C	T	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=2.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=0.497;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,65:0.22:302
chr10	46967672	rs2152530	C	T	21874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=441;NR=505;PP=2962;ReadPosRankSum=1.283;SC=TTTTGTCCTCCGGGAACTTGT;SOR=0.639;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=1281;TCF=595;TCR=686;TR=946;WE=46967680;WS=46967662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:346,970:0.74:1316
chr10	46968665	rs200814731	G	A	2723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=76;PP=1959;ReadPosRankSum=0.211;SC=CCACTGTGCAGGGGCACCCAA;SOR=0.539;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=457;TCF=251;TCR=206;TR=154;WE=46968673;WS=46968655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,158:0.34:468
chr10	46968762	rs3127790	C	G	9223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=191;PP=2962;ReadPosRankSum=2.123;SC=GGTGGCAAGTCAATGGTGTGG;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=439;TCF=208;TCR=231;TR=364;WE=46968770;WS=46968752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,395:0.84:473
chr10	46968879	rs10588658	AAC	A	899.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=7.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-0.591;QD=13.43;ReadPosRankSum=-2.872;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,46:0.69:67
chr10	46969496	rs3127792	A	G	14363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=815;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=277;NR=337;PP=2962;ReadPosRankSum=1.915;SC=TGCCTGGGAAAGCCACTCTCC;SOR=0.689;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=796;TCF=360;TCR=436;TR=614;WE=46969504;WS=46969486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,627:0.77:813
chr10	46970654	rs915449	C	A	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=434;ReadPosRankSum=1.821;SC=CGCCCCAGCCCGTCCCTGGCC;SOR=0.638;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=85;TCF=47;TCR=38;TR=38;WE=46970662;WS=46970644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,45:0.46:98
chr10	46970792	rs915450	G	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=-1.466;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr10	46970815	rs915451	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=94;ReadPosRankSum=-0.701;SC=ACCCCCATCCCGGAGAGCAGG;SOR=0.641;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=8;WE=46970823;WS=46970805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr10	46998719	rs201733825	GTCAC	G	2688.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=14;PP=2529;ReadPosRankSum=-1.076;SC=CTGGTGTCTTGTCACTCACTG;SOR=0.500;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=141;TCF=106;TCR=35;TR=53;WE=46998730;WS=46998711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,71:0.46:156
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chr10	46998894	rs3127817	G	A	7593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1009;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=188;PP=2962;ReadPosRankSum=1.669;SC=AGCTCCAGCCGCCCCGAGCCG;SOR=0.614;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=960;TCF=505;TCR=455;TR=391;WE=46998902;WS=46998884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:598,409:0.41:1007
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chr10	46999591	rs112620425	C	CATGAGGGAG	9469.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=864;ExcessHet=3.0103;FS=1.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.61;MQRankSum=10.224;QD=11.62;ReadPosRankSum=4.339;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:544,271:0.33:815
chr10	46999596	rs7895979	G	A	3109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=877;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=-3.667;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.598;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:655,216:0.25:871
chr10	46999604	rs3127683	A	G	14643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=845;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=3.687;NF=213;NR=190;PP=2962;ReadPosRankSum=2.543;SC=GAGGGAGGTGAGGGCTGGTGG;SOR=0.727;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=728;TCF=377;TCR=351;TR=403;WE=46999612;WS=46999567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:345,493:0.59:838
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chr10	46999853	.	GCA	G	2328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DP=568;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=6.014;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.441;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:470,92:0.16:562
chr10	46999863	rs4445576	C	G	2229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=-0.586;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.440;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:390,136:0.26:526
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chr10	47000071	rs4244614	G	A	2523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=833;ExcessHet=3.0103;FS=0.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.957;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:637,193:0.23:830
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chr10	47000146	rs3127684	C	T	4487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=128;PP=2743;ReadPosRankSum=0.553;SC=AGCGGGCGCCCGCCAGCGAGG;SOR=0.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=522;TCF=211;TCR=311;TR=216;WE=47000154;WS=47000136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:332,230:0.41:562
chr10	47000188	rs3127824	A	G	8296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=192;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.062;SC=GGAGGGGGCCACTGCGGGCTG;SOR=0.888;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=275;TCF=82;TCR=193;TR=273;WE=47000196;WS=47000178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,283:1.00:284
chr10	47000217	rs72780221	G	A	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=48;PP=940;ReadPosRankSum=-1.075;SC=TCCCTGCGGCGCCCCAGCTGC;SOR=0.597;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=154;TCF=40;TCR=114;TR=67;WE=47000225;WS=47000207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,70:0.43:162
chr10	47000239	rs7912299	C	T	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.356;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=510;ReadPosRankSum=-0.008;SC=GCGGCTGCTCCGGCGCGGCCC;SOR=0.425;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=14;TCR=76;TR=33;WE=47000247;WS=47000229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,39:0.40:97
chr10	47086915	rs59974223	C	T	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=1.942;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:994,168:0.14:1162
chr10	47086978	rs3740294	G	A	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=0.341;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1073,208:0.16:1281
chr10	47087371	rs1048156	G	A	5377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1451;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.458;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1085,362:0.25:1447
chr10	47087474	rs1129838	C	T	23354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=485;NR=515;PP=2962;ReadPosRankSum=0.490;SC=GGGCTTCATCCTGGTCTGTTA;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1328;TCF=645;TCR=683;TR=1000;WE=47087482;WS=47087464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,1033:0.76:1360
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chr10	47087680	rs1048157	C	T	25138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.636;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=551;NR=521;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.050;SC=CCATCTGCCACGGGAACCTCA;SOR=0.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=1375;TCF=701;TCR=674;TR=1072;WE=47087688;WS=47087670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,1089:0.78:1392
chr10	47087731	rs1048158	C	T	28517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1623;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=616;NR=622;PP=2962;ReadPosRankSum=0.721;SC=CCTCCACCTGCGTCAACCCAT;SOR=0.690;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1598;TCF=795;TCR=803;TR=1238;WE=47087739;WS=47087721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:354,1262:0.78:1616
chr10	47087830	rs1129839	G	A	22711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=403;NR=555;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.008;SC=TGGAGGAGTCGGAGCATCTGC;SOR=0.777;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=1238;TCF=528;TCR=710;TR=958;WE=47087838;WS=47087820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,995:0.78:1270
chr10	47405767	rs199589563	T	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.72;MQRankSum=-0.932;QD=6.58;ReadPosRankSum=1.653;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr10	47416908	rs3127728	A	G	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQRankSum=-20.242;QD=0.35;ReadPosRankSum=2.426;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:994,149:0.13:1143
chr10	47663227	rs4074141	C	T	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=832;ReadPosRankSum=0.110;SC=AGGCTGGGGGCGGGGCAGACA;SOR=0.651;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=97;TCR=55;TR=65;WE=47663235;WS=47663217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,69:0.41:170
chr10	47663461	rs4074140	G	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.790;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=305;ReadPosRankSum=0.072;SC=GGGTGGGCGTGGGAGTCCTTC;SOR=1.179;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=18;WE=47663469;WS=47663451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,21:0.30:69
chr10	47664973	rs41284475	A	G	3606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FS=1.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=-2.246;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:394,193:0.33:587
chr10	47667164	rs4076960	C	T	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-5.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=3;PP=597;ReadPosRankSum=-0.652;SC=GGAGGACTGGCGCAAAGAACA;SOR=0.535;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=84;TCR=7;TR=35;WE=47667172;WS=47667160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,37:0.40:92
chr10	47667380	rs4076959	C	T	8981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1312;ExcessHet=3.0103;FS=0.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.795;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:747,490:0.40:1237
chr10	47667508	rs34058224	C	A	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.437;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.502;NF=15;NR=56;PP=978;ReadPosRankSum=1.231;SC=TGCCGTCCCCCTGGTGGTCCT;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=42;TCR=159;TR=71;WE=47667516;WS=47667498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,70:0.33:210
chr10	47668707	rs4409768	T	C	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.652;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=34;PP=1171;ReadPosRankSum=0.543;SC=ATAATCTGGATCAGGTAATTC;SOR=0.496;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=141;TCF=34;TCR=107;TR=47;WE=47668729;WS=47668697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,48:0.33:147
chr10	47668720	rs72790466	A	G	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.977;SOR=0.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,37:0.37:99
chr10	47668721	rs4570521	G	A	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=30;PP=1171;ReadPosRankSum=-0.194;SC=GTAATTCCAAGCAGGTAACCA;SOR=0.566;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=94;TCF=12;TCR=82;TR=35;WE=47668729;WS=47668697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,36:0.37:98
chr10	47669277	rs61845226	C	G	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.287;NF=14;NR=35;PP=679;ReadPosRankSum=-1.233;SC=ATCGGTGGAGCCTTCCTCTGA;SOR=0.621;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=150;TCF=46;TCR=104;TR=49;WE=47669285;WS=47669267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,51:0.35:144
chr10	47669320	rs113650392	G	A	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQRankSum=-6.422;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.103;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,22:0.27:82
chr10	47669324	rs113530203	A	T	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQRankSum=-6.389;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.787;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,21:0.27:77
chr10	47673858	rs7092598	TG	CA	4385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=2.557;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.06;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,115:0.37:312
chr10	47673864	rs57149643	C	A	4474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=1.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.08;ReadPosRankSum=0.515;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,126:0.37:342
chr10	47674009	rs148597284	G	A	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-1.504;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,60:0.26:233
chr10	47677955	rs6602879	A	G	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=-1.072;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,66:0.29:227
chr10	47680257	rs11596494	G	C	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=2.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.745;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,91:0.28:324
chr10	47680513	rs10572939	GCC	G	3541.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.926;NF=2;NR=75;PP=2331;ReadPosRankSum=0.662;SC=ACATGTGACTGCCCCCCGTGA;SOR=0.923;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=133;TCF=2;TCR=131;TR=77;WE=47680522;WS=47680503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,95:0.65:147
chr10	47682811	rs2999446	G	A	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.830;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:422,150:0.26:572
chr10	47701275	rs10906952	G	A	13471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.086;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=262;NR=593;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.811;SC=TCAGGCACACGGCAGAACCCC;SOR=0.997;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=1423;TCF=488;TCR=935;TR=855;WE=47701283;WS=47701265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:423,640:0.60:1063
chr10	47701302	rs7091749	G	C	17799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=806;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.071;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=766;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.950;SC=CACTCCCCCCGTCAGAGCCCA;SOR=3.771;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=937;TCF=164;TCR=773;TR=918;WE=47701310;WS=47701291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,736:0.98:749
chr10	47756004	rs3013885	T	C	8691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=205;NR=161;PP=2965;SC=AGCTGGCCTGTCTTACAGAGC;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=366;TCF=205;TCR=161;TR=366;WE=47756012;WS=47755994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr10	47756145	rs200192962	T	C	4769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.79;QD=25.64;SOR=1.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr10	47916013	rs187960913	C	A	35.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.67;QD=17.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	48386110	rs2070706	T	C	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=51;PP=1158;SC=GCAGGCGCCATGGGAAATATT;SOR=2.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=12;TCR=51;TR=63;WE=48386118;WS=48386100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	48414570	rs7923671	A	G	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=34;PP=920;SC=GTCTGTTTCCATGACACTGAA;SOR=1.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=52;WE=48414578;WS=48414560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	48426798	rs743509	C	T	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=54;PP=1481;SC=ACCTCAGCTCCGCCCTCACCC;SOR=3.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=11;TCR=54;TR=65;WE=48426806;WS=48426788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	48429650	rs2236723	G	A	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=42;PP=1182;SC=AGGAGCAAACGCCCACCGATC;SOR=2.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=58;WE=48429658;WS=48429640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	48438734	rs1126827	C	T	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=38;NR=47;PP=1448;SC=CGGCAAAGGGCCGAAGTCCAG;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=85;WE=48438742;WS=48438724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	49392575	rs931743	C	G	4035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=50;PP=2737;SC=AACAGGGGAGCCTCTTAAGCT;SOR=1.276;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=89;TCR=50;TR=138;WE=49392583;WS=49392565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr10	49393002	rs2062704	C	G	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=342;ReadPosRankSum=-0.312;SC=TTATTTCCCTCATATCACACA;SOR=0.486;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=20;WE=49393010;WS=49392992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr10	49450443	rs280612	A	G	2744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=65;PP=1889;SC=CAGAGCTGCCACTACGAGGCC;SOR=2.993;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=15;TCR=65;TR=80;WE=49450451;WS=49450433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	49609578	rs3730154	C	A	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=8;PP=541;SC=ACTATCAGTACGTAAACAGTA;SOR=1.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=49609586;WS=49609568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	49633873	.	T	TAC,TACAAGAATACATTCTTGTAA	1402.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.35;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=0;PP=2974;SC=GTAATATGAATATGACTAATG;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=15;WE=49633886;WS=49633863;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:30
chr10	49633875	.	T	A	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.93;SOR=6.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	49633876	.	GACT	G	433	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=59.31;NF=14;NR=0;PP=433;QD=32.7857142857;SC=ATATGAATATGACTAATGTAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=14;WE=49633886;WS=49633863;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr10	49633877	.	A	AATACATT	1672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.20;SOR=7.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	49633879	.	T	TTGTAAATG	1847.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.62;SOR=7.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	49654342	rs1051508	C	T	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=6;PP=1106;SC=GGCTCCAGAGCGCCTGGCTGC;SOR=3.098;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=48;WE=49654350;WS=49654332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	49654403	rs1051507	C	T	5059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=60;PP=2965;SC=GACCAGCAGACGTGGTACAGA;SOR=1.560;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=120;TCR=62;TR=179;WE=49654411;WS=49654393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr10	49658248	rs1867585	G	A	2462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=36;PP=1495;SC=CCAAGAGCACGGCTCTCCCTG;SOR=1.053;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=89;WE=49658256;WS=49658238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	49659559	rs10776601	C	T	14242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=258;NR=254;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.527;SC=GGCTGCCCCACGTCACCCCTC;SOR=0.391;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=516;TCF=259;TCR=257;TR=512;WE=49659567;WS=49659549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,548:0.99:551
chr10	49659637	rs3827681	T	C	10817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=165;NR=215;PP=2965;SC=GGACAGGGAATAGAGCCATCT;SOR=0.898;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=381;TCF=166;TCR=215;TR=380;WE=49659645;WS=49659627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr10	49661341	rs7092959	A	G	4168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=53;PP=2484;ReadPosRankSum=1.969;SC=TACACCTCCCACTTACCTTCC;SOR=1.214;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=95;TCR=54;TR=147;WE=49661349;WS=49661331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,163:0.99:165
chr10	49662884	rs11101327	A	G	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=24;PP=938;SC=TCCCCCACCCAAGCAGGATGC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=49662892;WS=49662874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	49667713	rs1867575	G	A	17071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,660:1.00:660
chr10	49667795	rs3853761	T	C	13890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=234;NR=263;PP=2965;SC=TGGCCTGGCCTGGCATGCGGA;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=501;TCF=236;TCR=265;TR=497;WE=49667803;WS=49667785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,536:1.00:536
chr10	49687556	rs4240511	A	C	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=12;PP=1005;SC=CTGCTGTGAGAAGCACAGGAT;SOR=1.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=51;WE=49687564;WS=49687546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	49687594	rs4838601	G	A	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr10	49687800	rs4080665	G	A	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=27;PP=1923;SC=CCCGCTCCCCGGCACCACCTG;SOR=1.538;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=87;WE=49687808;WS=49687790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	49687964	rs4240513	A	C	21005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.85;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr10	49687971	rs4240514	T	C	21055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.42;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr10	49688014	rs4838602	C	A	10851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr10	49690351	rs1445157	T	C	11720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=239;NR=176;PP=2965;SC=GTTCATTCTTTTGCATATGCA;SOR=0.964;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=415;TCF=239;TCR=176;TR=415;WE=49690359;WS=49690341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr10	49701445	rs9663545	C	T	4174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=80;PP=2592;ReadPosRankSum=0.476;SC=CCAGCCTGGTCCTCACAGCCT;SOR=0.770;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=281;TCF=157;TCR=124;TR=179;WE=49701453;WS=49701435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,194:0.63:308
chr10	49701652	rs10735226	G	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.456;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=332;ReadPosRankSum=-0.340;SC=CCACTCGGCTGCCTGTGTGCT;SOR=0.250;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=19;WE=49701660;WS=49701642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr10	49732141	rs7089439	C	T	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.138;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,40:0.44:91
chr10	49791572	rs11593803	C	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.208;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=290;ReadPosRankSum=2.938;SC=ATTTGTTCAACGATTCATTTA;SOR=0.309;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=21;WE=49791580;WS=49791562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
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chr10	49804785	rs10745280	T	G	5338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=111;PP=2965;SC=CCCATTCTGGTGTCTCTCTCG;SOR=1.361;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=75;TCR=112;TR=185;WE=49804793;WS=49804775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr10	49812917	rs17010948	T	C	3969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=106;PP=2733;ReadPosRankSum=-0.015;SC=TCCTCGCGCCTAGTCGCCCCT;SOR=0.543;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=282;TCF=95;TCR=187;TR=165;WE=49812925;WS=49812907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,172:0.59:293
chr10	49929491	rs10857625	A	C	6810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=132;PP=2965;SC=GGGTGGTGGCATATCCCAAGA;SOR=1.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=106;TCR=132;TR=238;WE=49929499;WS=49929481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr10	49939077	rs2377628	T	A	4121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=46;PP=2507;SC=TGGCATGCCCTCTTAGTAATG;SOR=1.429;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=90;TCR=46;TR=136;WE=49939085;WS=49939067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr10	49939139	rs1993986	T	A	8180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.598;SC=AAGATCATTCTTGTTTTCCTC;SOR=0.410;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=275;TCF=168;TCR=107;TR=274;WE=49939147;WS=49939129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,301:1.00:302
chr10	49944249	rs4838645	C	T	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=67;PP=1987;SC=TATTAGGTAGCGTCAGGTGCT;SOR=1.702;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=33;TCR=67;TR=99;WE=49944257;WS=49944239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	49983890	rs1871604	G	T	5964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=123;PP=2965;SC=TTAATGGGAAGTAAAAGATGA;SOR=1.418;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=74;TCR=124;TR=197;WE=49983898;WS=49983880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr10	49984730	.	T	C	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.813;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=-1.644;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr10	49984732	rs200226823	G	GC	553.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.84;ReadPosRankSum=-1.713;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr10	49984735	.	AG	A	583.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.69;ReadPosRankSum=-1.940;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr10	49984737	.	AAGCG	A	577.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=-1.665;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr10	50025396	rs7097397	G	A	18364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=699;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=327;NR=335;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.163;SC=CCAGCGTGGCGAGCCCCGGAG;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=664;TCF=328;TCR=336;TR=662;WE=50025404;WS=50025386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,694:1.00:696
chr10	50025604	rs12264297	C	T	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=38;PP=939;ReadPosRankSum=0.333;SC=GCTTGGATAACCATCCTTTTT;SOR=0.467;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=28;TCR=61;TR=56;WE=50025612;WS=50025594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,61:0.64:95
chr10	50030730	rs10857651	G	A	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=292;ReadPosRankSum=-1.455;SC=TTAGTCCCAGGTAATACCTGG;SOR=0.359;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=25;WE=50030738;WS=50030720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr10	50031145	rs11101515	A	G	3444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.919;NF=90;NR=61;PP=1978;ReadPosRankSum=-1.832;SC=ATGTAGGTGTATGTATGTGCA;SOR=0.662;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=285;TCF=166;TCR=119;TR=151;WE=50031153;WS=50031135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,161:0.55:295
chr10	50031212	rs113439641	CT	C	3028.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FS=0.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.713;QD=7.67;ReadPosRankSum=2.462;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,225:0.57:395
chr10	50038720	rs3747875	G	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=164;ReadPosRankSum=-0.358;SC=GCCATCCTGAGTGTGCCATGT;SOR=0.495;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=13;WE=50038728;WS=50038710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr10	50038800	rs3747874	A	G	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=30;PP=1609;SC=TGGTGGCACAAAGGCAGCAGA;SOR=1.072;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=87;WE=50038808;WS=50038790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	50040562	rs3747873	A	G	4041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.523;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=75;PP=2765;ReadPosRankSum=1.053;SC=AGCTAGCTATAAAAATAGTGT;SOR=0.868;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=487;TCF=283;TCR=204;TR=194;WE=50040570;WS=50040552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,204:0.40:514
chr10	50040610	rs3747872	T	G	6313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=753;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.588;SC=TTGCTTCCCTTCCCTCAGCAT;SOR=0.805;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=723;TCF=384;TCR=339;TR=311;WE=50040618;WS=50040600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:432,320:0.43:752
chr10	50040722	rs12761517	C	A	5362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=0.682;SC=GATGCCCGGGCGGCAGGCCAA;SOR=0.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=407;TCF=157;TCR=250;TR=237;WE=50040730;WS=50040712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,245:0.57:427
chr10	50075216	rs143498489	A	AAAAATAAAAT,AAAAATAAAATAAAAT	887.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=59.18;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,7,8:0.47,0.53:15
chr10	50075461	rs2663019	G	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=239;ReadPosRankSum=-2.199;SC=TAATTGGAAGGGCCTTTGGTT;SOR=0.507;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=16;WE=50075469;WS=50075451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr10	50083111	rs2620881	T	C	2734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.852;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=62;PP=1712;ReadPosRankSum=-0.068;SC=ATTTAATTTTTCTTTTCAATG;SOR=0.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=144;TCR=136;TR=128;WE=50083119;WS=50083101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,140:0.44:321
chr10	50085267	rs1904595	C	G	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.548;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr10	50098566	rs12761826	C	T	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.715;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=6;PP=1102;ReadPosRankSum=1.482;SC=CTGTTTCCCCCAAGAATCATG;SOR=1.591;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=107;TCF=89;TCR=18;TR=56;WE=50098574;WS=50098556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,59:0.55:108
chr10	50098740	rs41283285	T	A	5613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.542;SC=CTCCCACGGGTGATGTCTACT;SOR=0.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=472;TCF=225;TCR=247;TR=248;WE=50098748;WS=50098730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,267:0.52:510
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chr10	50109713	rs41283287	C	T	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.339;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=401;ReadPosRankSum=-0.245;SC=CTGGTGTTCACGACCTGGGGG;SOR=0.344;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=79;TCF=56;TCR=23;TR=31;WE=50109721;WS=50109703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr10	50109895	rs35423873	A	C	3569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.42;ReadPosRankSum=0.343;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,163:0.61:266
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chr10	50110015	rs7068839	A	T	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=24;PP=667;SC=CATGCCCAACAGTTTCCCTCA;SOR=2.891;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=50110023;WS=50110005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	50121425	rs12774010	G	C	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.012;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=20;PP=1165;ReadPosRankSum=-0.599;SC=TCAGGGTCAGGTTCCAAGTCA;SOR=0.963;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=136;TCF=93;TCR=43;TR=72;WE=50121433;WS=50121415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,82:0.54:152
chr10	50121721	rs35986885	G	A	2906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.014;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=54;PP=1718;ReadPosRankSum=1.398;SC=AGATGCTCACGGGGATGTTGT;SOR=0.688;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=250;TCF=132;TCR=118;TR=119;WE=50121729;WS=50121711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,136:0.50:273
chr10	50121760	rs41283291	G	A	3096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.449;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=55;PP=1650;ReadPosRankSum=-0.748;SC=GCCCTACCTCGTGGAGCTCCT;SOR=0.655;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=229;TCF=120;TCR=109;TR=124;WE=50121768;WS=50121750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,145:0.57:256
chr10	50121784	rs10776653	T	C	10253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.29;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr10	50121784	.	TG	CA,CG	1703	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=22;MQ=59.95;NF=69,129;NR=61,116;PP=1703,1562;QD=13.5112913451;SC=GGGCCCCCAGTGTGGTGGGCA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=249;TCF=130;TCR=119;TR=130,245;WE=50121793;WS=50121774;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.52:249
chr10	50121785	rs11101561	G	A	3335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=0.864;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,157:0.56:280
chr10	50122109	rs17772611	C	T	2995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=55;PP=1683;ReadPosRankSum=-2.138;SC=CAAGTCAAGGCGCTTTTTCCC;SOR=0.681;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=208;TCF=112;TCR=96;TR=122;WE=50122117;WS=50122099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,136:0.59:230
chr10	50122181	rs7094610	C	A	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.466;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=44;PP=940;ReadPosRankSum=-0.239;SC=GCCCTTGGGGCCTTTCTCACC;SOR=0.755;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=231;TCF=121;TCR=110;TR=90;WE=50122189;WS=50122171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,101:0.39:257
chr10	50149674	rs2671717	A	G	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=12;PP=1519;SC=GGGTGGGGCAAGAAGAGCTGG;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=55;TCR=12;TR=67;WE=50149682;WS=50149664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	50154768	rs2663066	A	T	3055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=23;PP=2152;SC=TGAATGTTTTACTTTAGGTCT;SOR=2.348;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=77;TCR=23;TR=99;WE=50154776;WS=50154758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	50155036	rs113307003	T	TAC	542.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=6.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.87;ReadPosRankSum=2.563;SOR=0.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr10	50165128	rs3829206	G	A	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.361;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=554;ReadPosRankSum=0.784;SC=GCCAGCAGGAGGGTGCCAGTG;SOR=1.266;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=99;TCF=77;TCR=22;TR=36;WE=50165136;WS=50165118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,39:0.36:108
chr10	50165411	rs3750867	T	C	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=37;PP=641;ReadPosRankSum=0.279;SC=CAACATCATCTGGACCTTTGC;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=20;TCR=60;TR=49;WE=50165419;WS=50165401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,50:0.59:85
chr10	50167621	rs10776660	A	G	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,51:0.44:116
chr10	50167952	rs4317902	C	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.191;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=164;ReadPosRankSum=-0.475;SC=GGGCCAGTGACCAGCACTGTG;SOR=0.078;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=10;WE=50167960;WS=50167942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr10	50184949	rs2271565	C	T	2259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,127:0.42:306
chr10	50186317	rs2292585	G	A	4520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=2.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.747;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,217:0.61:358
chr10	50186415	rs2292584	C	T	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=62;PP=1326;ReadPosRankSum=0.580;SC=GAGGAGCCCCCGGCTCAGCCT;SOR=0.677;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=127;TCR=149;TR=115;WE=50186423;WS=50186405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,121:0.41:296
chr10	50190419	rs77872195	C	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.355;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr10	50190923	rs61366126	G	GA	1238.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.510;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;MQRankSum=0.311;QD=19.36;ReadPosRankSum=-1.353;SOR=0.344;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,61:0.95:64
chr10	50227785	rs1913525	T	C	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=32;PP=1167;SC=TCAGCTCCAGTTCGGCATAGG;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=61;WE=50227793;WS=50227775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	50227870	rs1913524	C	T	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=21;PP=586;SC=ACCACAGGAGCTCTACATCAC;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=50227878;WS=50227860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	50227927	rs1913523	C	A	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=12;PP=316;SC=TGGGATTCAGCGAGGGATAAG;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=50227935;WS=50227917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	50315893	rs13088	A	G	4808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.137;SC=CTGGGAGTCGAAGGAGTGTGC;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=615;TCF=288;TCR=327;TR=241;WE=50315901;WS=50315883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:396,251:0.39:647
chr10	50339925	rs12765281	G	A	2983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=80;PP=1737;ReadPosRankSum=-0.073;SC=TGACCAGCCAGTCCGGCGGCT;SOR=0.748;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=345;TCF=159;TCR=186;TR=143;WE=50339933;WS=50339915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,156:0.42:371
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chr10	50374930	rs45563932	C	T	3192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=74;PP=2048;ReadPosRankSum=-2.491;SC=GGCCCCCAGGCGTGCTTTTCA;SOR=0.678;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=399;TCF=207;TCR=192;TR=155;WE=50374938;WS=50374920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,166:0.40:419
chr10	50531604	rs7093235	T	C	7503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=136;PP=2965;SC=AGAACAGACTTGCAGCAGGGG;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=121;TCR=136;TR=257;WE=50531612;WS=50531594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr10	50532683	rs7921186	T	C	5308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=103;NR=73;PP=2965;SC=CAGAAATTCTTCCCAGGGCCC;SOR=0.999;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=177;TCF=103;TCR=74;TR=176;WE=50532691;WS=50532673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr10	50533617	rs2377940	T	C	18288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=702;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=339;NR=323;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.117;SC=TACCCGAGGGTGACATAGAAG;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=664;TCF=340;TCR=324;TR=662;WE=50533625;WS=50533607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,699:1.00:701
chr10	50534862	rs12411843	T	C	4337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=109;PP=2403;ReadPosRankSum=1.355;SC=TCTCCACTGATGACCTAGAGG;SOR=0.699;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=337;TCF=144;TCR=193;TR=187;WE=50534870;WS=50534852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,208:0.57:367
chr10	50534969	.	A	AACACAC,AACACACAC	908.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=39.51;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,12,11:0.52,0.48:23
chr10	50535186	rs71500272	C	T	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.11;ReadPosRankSum=-0.339;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr10	50603634	rs75598435	G	T	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=36;PP=789;ReadPosRankSum=-0.750;SC=GCCCTAGGGCGCACCCGGCGC;SOR=1.096;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=127;TCF=45;TCR=82;TR=51;WE=50603642;WS=50603624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,55:0.41:133
chr10	50681033	rs2229760	G	A	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.796;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=42;PP=985;ReadPosRankSum=1.169;SC=CACCTAAGCCGCCCACCCGCG;SOR=0.584;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=207;TCF=112;TCR=95;TR=85;WE=50681041;WS=50681023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,90:0.40:224
chr10	50686600	.	T	TA	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr10	50691009	rs4240506	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=0.376;SC=CACATTTACTCATCATTCTTG;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=7;WE=50691017;WS=50690999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr10	50691360	rs4253162	T	C	2240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=37;PP=1409;ReadPosRankSum=0.826;SC=TCTTCTCCACTTGGAAATCTC;SOR=0.845;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=264;TCF=157;TCR=107;TR=103;WE=50691368;WS=50691350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,114:0.41:278
chr10	50701156	rs4253132	G	A	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=27;PP=1105;ReadPosRankSum=0.184;SC=CTGAAATATTGTGTTACCTTT;SOR=0.547;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=189;TCF=130;TCR=59;TR=81;WE=50701164;WS=50701146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,88:0.43:207
chr10	50708545	rs375621750	T	C	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=805;ReadPosRankSum=1.977;SC=AAATATTAATTGAGCTCCACA;SOR=1.262;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=109;TCF=69;TCR=40;TR=59;WE=50708553;WS=50708535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,60:0.52:116
chr10	50723684	rs4253073	G	A	5018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.99;MQRankSum=-1.821;NF=114;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.420;SC=TGTAAGACCAGTTCGAAACAG;SOR=0.740;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=537;TCF=268;TCR=269;TR=234;WE=50723692;WS=50723674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,248:0.43:571
chr10	50724016	rs4253072	C	T	10069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=164;NR=189;PP=2965;SC=CAGTGGAACTCTGTCAATGTG;SOR=0.932;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=353;TCF=164;TCR=189;TR=353;WE=50724024;WS=50724006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr10	50740876	rs2228524	G	C	6094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=2.421;SC=AACGAAAGGAGAGGTACTCCT;SOR=0.660;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=651;TCF=325;TCR=326;TR=288;WE=50740884;WS=50740866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:388,301:0.44:689
chr10	50818762	rs1880675	C	T	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=9;PP=1491;SC=CGGAGGCGTCCTCGGAAGAGC;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=54;TCR=9;TR=63;WE=50818770;WS=50818752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	50820345	rs8187730	C	A	18825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,708:1.00:708
chr10	50820424	rs2269338	G	T	3677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.503;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=104;PP=2406;ReadPosRankSum=-1.172;SC=ACCGCCTTGGGTCAAGGGGGC;SOR=0.531;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=446;TCF=186;TCR=260;TR=185;WE=50820432;WS=50820414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,195:0.43:452
chr10	50822226	rs7923716	T	G	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	50823981	rs8178987	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=151;ReadPosRankSum=0.719;SC=AGGCCAGGCTCCCAATTAGCC;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=15;WE=50823989;WS=50823971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr10	50824038	rs8178988	C	T	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,47:0.47:99
chr10	50824244	rs11101182	C	A	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=417;ReadPosRankSum=-1.153;SC=CTGCCAGCAACCCCTGGTGGA;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=40;WE=50824252;WS=50824234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,41:0.41:99
chr10	50828064	rs10857519	A	C	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=3.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,43:0.38:114
chr10	50828506	rs1880677	G	A	9761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=194;NR=155;PP=2965;SC=GACTGTTTGGGGGGATGTGAC;SOR=0.858;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=350;TCF=194;TCR=156;TR=349;WE=50828528;WS=50828496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr10	50830171	rs8178990	C	T	7767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=176;NR=134;PP=2965;SC=CTCTGGTGTACTCAGCTACAA;SOR=1.175;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=312;TCF=177;TCR=135;TR=310;WE=50830179;WS=50830161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
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chr10	50856772	rs10580502	TAC	T	829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.424;QD=25.93;ReadPosRankSum=0.324;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
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chr10	50863623	rs7094421	A	G	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.402;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=466;ReadPosRankSum=0.078;SC=TGGCAAGGCCACTTCACCACT;SOR=0.219;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=61;TCF=3;TCR=58;TR=26;WE=50863631;WS=50863613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr10	50887651	rs1153781	G	C	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=47;PP=1893;SC=GGCCCCGCCCGGCGCGTAGCG;SOR=1.076;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=122;WE=50887659;WS=50887641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
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chr10	50916484	rs1258236	A	G	5282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=69;PP=2965;SC=CAGCCCGTGTAGGATGAAAGT;SOR=1.007;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=107;TCR=69;TR=176;WE=50916492;WS=50916474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr10	50916542	rs4838554	C	T	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=1.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,113:0.37:303
chr10	50943186	rs1258256	C	T	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=8.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.00;ReadPosRankSum=-0.275;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,93:0.57:163
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chr10	50947918	rs1258259	A	G	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=58;PP=1740;SC=CTTGCTGCACACAGTCACCAA;SOR=1.499;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=96;WE=50947926;WS=50947908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	50952851	rs1268723	C	T	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=877;ReadPosRankSum=-0.947;SC=CGCAGCCAGACGCCCAGTCCA;SOR=0.522;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=60;WE=50952859;WS=50952841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,61:0.68:90
chr10	50960209	rs1258184	G	A	7296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=0.899;SC=CCCGCAGAGAGAGGGTGTTTT;SOR=0.663;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=601;TCF=292;TCR=309;TR=335;WE=50960217;WS=50960199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,356:0.56:631
chr10	51124153	rs2664655	T	G	4788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=101;PP=2965;SC=ACAAGCTTCCTACTACCTCCC;SOR=1.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=57;TCR=101;TR=158;WE=51124161;WS=51124143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr10	51549545	rs4935176	G	T	8922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr10	51568378	rs10761581	T	G	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.188;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,132:0.43:305
chr10	51573474	rs72795888	G	A	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.61;ReadPosRankSum=-0.520;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
chr10	51582894	rs41306524	C	T	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.472;NF=41;NR=35;PP=1102;ReadPosRankSum=-2.558;SC=CCAGCACCGACCCCCAGGACT;SOR=0.624;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=81;TCR=67;TR=76;WE=51582902;WS=51582884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,85:0.52:163
chr10	51583018	rs34542065	CATT	C	1151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.670;NF=2;NR=19;PP=838;ReadPosRankSum=0.638;SC=TACTATGTGTCATTGTTAACT;SOR=0.705;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=21;WE=51583028;WS=51583008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,32:0.43:75
chr10	51592727	rs72797707	C	G	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.228;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=427;ReadPosRankSum=0.680;SC=CACGGTGGCTCAGGTAATCCC;SOR=0.399;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=34;WE=51592735;WS=51592717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,39:0.63:62
chr10	51592744	rs10995796	T	G	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.397;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=230;ReadPosRankSum=-1.305;SC=TCCCAGCACTTCGGGAGGCCG;SOR=1.426;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=14;WE=51592752;WS=51592734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr10	51603257	.	TA	T	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.72;MQRankSum=0.269;QD=2.05;ReadPosRankSum=-0.142;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr10	51620317	rs200147310	A	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.78;MQRankSum=1.051;QD=13.36;ReadPosRankSum=0.166;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr10	51620499	rs78584401	G	A	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=10.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.44;MQRankSum=-4.137;QD=15.29;ReadPosRankSum=-0.388;SOR=2.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
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chr10	51623024	rs146205287	A	C	1945.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=9.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.29;MQRankSum=-10.001;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.966;SOR=1.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,107:0.43:248
chr10	51623024	.	A	AC	2985	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=24;MQ=41.89;NF=60;NR=56;PP=2985;QD=20;SC=GAAAAAAAAAACAACAACATA;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=195;TCF=90;TCR=105;TR=116;WE=51623032;WS=51622994;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:79,116:0.59:195
chr10	51623052	rs143647852	C	CT	6649.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-13.621;NF=54;NR=74;PP=2933;ReadPosRankSum=-0.246;SC=GGACGCGCAACTTAGTGTAGA;SOR=0.803;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=292;TCF=111;TCR=181;TR=128;WE=51623069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,172:0.43:404
chr10	51623061	rs115719811	G	A	6811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-13.315;NF=100;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.427;SC=ACTTAGTGTAGACGCAAGAAC;SOR=0.716;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=478;TCF=280;TCR=198;TR=174;WE=51623069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,190:0.43:441
chr10	51623147	rs373071373	C	T	4169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=2.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.64;MQRankSum=-9.447;QD=16.75;ReadPosRankSum=-0.237;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,134:0.54:249
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chr10	51623174	rs141118546	C	A	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.14;MQRankSum=-6.989;QD=11.47;ReadPosRankSum=-0.805;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,75:0.55:137
chr10	51623190	rs137912947	T	C	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.95;MQRankSum=-6.218;QD=10.19;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,44:0.51:86
chr10	51623647	rs377343859	CG	C	37.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.46;QD=12.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	51623866	rs374725846	A	G	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.46;QD=25.93;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	51631812	rs200391397	A	G	6130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FS=1.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.51;MQRankSum=-6.491;QD=12.75;ReadPosRankSum=1.442;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,292:0.61:481
chr10	51632906	rs146420399	G	A	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.59;MQRankSum=-7.531;QD=11.11;ReadPosRankSum=-1.319;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,53:0.50:105
chr10	51632971	rs200644678	A	G	3760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=1.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.53;MQRankSum=-11.143;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.618;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,200:0.49:412
chr10	51633027	rs115081809	T	C	5244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.92;MQRankSum=-10.976;QD=9.25;ReadPosRankSum=1.315;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,281:0.50:567
chr10	51827763	rs4935425	A	G	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-1.575;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.834;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr10	51974489	.	T	C	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.54;QD=27.78;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	51974685	rs201931325	C	T	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.21;MQRankSum=-2.467;QD=16.27;ReadPosRankSum=-0.291;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr10	52008140	rs7071083	C	T	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.716;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=13;PP=688;ReadPosRankSum=0.239;SC=CTTAAGTACACGTAGAACTAT;SOR=0.925;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=102;TCF=71;TCR=31;TR=47;WE=52008148;WS=52008130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,50:0.48:105
chr10	52086939	rs2246994	C	G	2478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.556;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,138:0.41:336
chr10	52103707	rs10763354	A	G	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=549;ReadPosRankSum=0.187;SC=GCCGCTGCCCATTGTCAGAGG;SOR=0.666;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=47;WE=52103715;WS=52103697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,48:0.44:110
chr10	52569637	rs10994563	G	A	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=14;PP=762;ReadPosRankSum=-1.428;SC=GCCATTTCTGGCACAATTTTC;SOR=0.568;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=72;TCR=25;TR=53;WE=52569645;WS=52569627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,58:0.54:108
chr10	52576068	rs4245008	G	A	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=34;PP=737;ReadPosRankSum=1.349;SC=AAATATCAACGCGAGATGATA;SOR=0.545;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=94;TCF=32;TCR=62;TR=53;WE=52576076;WS=52576058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,51:0.53:96
chr10	52603659	rs10821877	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=172;ReadPosRankSum=1.663;SC=CAGCCACTGACCAAGAAGGCT;SOR=0.616;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=13;WE=52603667;WS=52603649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr10	52610352	rs71457593	T	TTG	2772.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.234;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.04;MQRankSum=1.252;NF=26;NR=28;PP=1698;ReadPosRankSum=0.117;SC=CAAAAAGCATTTGTGTGTGTG;SOR=0.844;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=180;TCF=75;TCR=105;TR=54;WE=52610363;WS=52610342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,102:0.38:271
chr10	52751070	rs66567258	AGCCGCCGCC	A	4399.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-7.348;NF=20;NR=62;PP=2995;ReadPosRankSum=-1.097;SC=CTGCCGTCCCAGCCGCCGCCG;SOR=0.931;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=92;TCF=25;TCR=67;TR=82;WE=52751089;WS=52751060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,166:0.99:168
chr10	53667136	rs34697221	A	AT	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.113;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr10	53667443	rs10823860	C	T	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=51;PP=1556;SC=TAAAAAATTTCTAAGCTCTGG;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=78;WE=53667451;WS=53667433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	53667462	rs11000040	A	G	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=439;ReadPosRankSum=0.938;SC=GGGATGAGCTATATATTTGGC;SOR=0.257;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=31;WE=53667484;WS=53667452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr10	53667476	rs7081919	G	A	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=33;PP=1189;SC=ATTTGGCTTCGTATAGAAAGC;SOR=2.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=53667484;WS=53667452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	53814229	rs1904010	G	T	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=27;PP=915;ReadPosRankSum=1.869;SC=TTTTCTTATTGTTTCTACTTT;SOR=0.637;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=172;TCF=110;TCR=62;TR=72;WE=53814237;WS=53814219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,77:0.41:190
chr10	53814383	rs12778630	C	T	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.030;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=48;PP=1031;ReadPosRankSum=-2.405;SC=TTAGTAACTCCAGTAGGAACA;SOR=0.437;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=245;TCF=107;TCR=138;TR=94;WE=53814391;WS=53814373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,105:0.41:259
chr10	53841337	rs1904024	A	G	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=27;PP=1424;SC=AATACTTACCATATGCCATGT;SOR=1.336;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=66;TCR=28;TR=93;WE=53841345;WS=53841327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	53841639	rs5784902	AG	A	338.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=239;SC=TCCTGACAATAGGGGTCTCAT;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=53841647;WS=53841629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	53921754	rs10824173	C	A	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.950;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=239;ReadPosRankSum=1.375;SC=ATTTTGATTGCAAAATGATTT;SOR=0.307;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=20;WE=53921762;WS=53921744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr10	54050079	rs10762675	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=211;ReadPosRankSum=-0.047;SC=TTATAATTGTGTGACATAATT;SOR=0.732;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=22;WE=54050087;WS=54050069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr10	54074757	rs2241529	A	G	8065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=162;NR=142;PP=2965;SC=GAGGGGACGCAGGCGTGCAAA;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=304;TCF=162;TCR=142;TR=304;WE=54074765;WS=54074747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr10	54076271	rs1569198	A	G	9516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=173;NR=147;PP=2965;SC=TGCAGGTTTAACAGTAACTAT;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=320;TCF=173;TCR=147;TR=320;WE=54076279;WS=54076261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr10	54528266	rs930507	G	C	4725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=81;PP=2710;SC=GAGAGAAGGTGAGCCCTAAAA;SOR=1.034;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=70;TCR=81;TR=151;WE=54528274;WS=54528256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr10	54528298	rs930508	G	C	3359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=58;PP=1777;SC=GGGTGAAACTGACTCATCCTT;SOR=1.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=107;WE=54528306;WS=54528288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	54528353	rs930509	C	G	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=32;PP=934;SC=TTCTAGAGTACAGTTGCCGGA;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=54528361;WS=54528343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	54530636	rs1982266	A	G	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=26;PP=749;SC=CTCAGGAGAAAGGAGACCTTG;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=54530644;WS=54530626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	54530694	rs1982267	G	T	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=387;SC=CTGTATGGTGGGCACCTGAGA;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=54530702;WS=54530684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	54531235	rs1800450	C	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=514;ReadPosRankSum=1.950;SC=TCCCTTGGTGCCATCACGCCC;SOR=1.532;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=36;WE=54531243;WS=54531225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,36:0.47:76
chr10	55568972	rs11003863	T	G	5994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.291;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=0.434;SC=GAACTCAGACTCTTCTTCACT;SOR=0.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=211;TCF=103;TCR=108;TR=210;WE=55568980;WS=55568962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,223:1.00:224
chr10	55587034	rs10740555	A	G	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=8;PP=1314;SC=TCTTGAAAATAATAGAATAAA;SOR=3.139;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=52;WE=55587042;WS=55587024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	55588137	rs4570494	G	A	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=13;PP=508;SC=TTTCACATTTGTGCAAGTTAC;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=55588145;WS=55588127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	55588484	rs4935096	G	T	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=179;SC=GAAAACTAAGGATATCAATTC;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=55588492;WS=55588474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	55590850	rs10825117	G	A	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.324;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=11;PP=1051;ReadPosRankSum=-0.275;SC=GAAAGAGACCGAATTAGAATC;SOR=1.358;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=129;TCF=99;TCR=30;TR=62;WE=55590858;WS=55590840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,65:0.49:134
chr10	55590942	rs66893390	TAGAC	T	6735.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=70;PP=2974;ReadPosRankSum=0.203;SC=TGGTACGAGATAGACAGACAG;SOR=0.619;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=224;TCF=53;TCR=171;TR=85;WE=55590958;WS=55590932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,176:0.47:375
chr10	55590950	rs77597438	C	T	6825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.173;SC=GATAGACAGACAGATAAAGCA;SOR=0.581;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=349;TCF=189;TCR=160;TR=156;WE=55590958;WS=55590932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,182:0.48:383
chr10	55591313	rs7089209	G	A	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=566;ReadPosRankSum=-0.705;SC=TAGATAAATAGTAAAATTAAT;SOR=0.871;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=43;WE=55591321;WS=55591303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,51:0.60:85
chr10	55617177	rs7083307	T	C	207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=8;PP=148;SC=TTTAATTATATGATCTACACA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=10;WE=55617185;WS=55617167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	55626630	rs5785023	G	GA	3324.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=1.290;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;MQRankSum=0.385;QD=20.03;ReadPosRankSum=0.788;SOR=1.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,154:0.93:166
chr10	55663198	rs10740559	A	C	4239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.26;SOR=1.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	55663202	rs2593124	T	C	4239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.08;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	55719652	rs2593107	C	T	4347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=95;PP=2739;SC=GTAAGAACAGCGTAACAGCAC;SOR=1.509;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=54;TCR=95;TR=148;WE=55719660;WS=55719642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr10	55755491	rs2135720	C	T	3412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.104;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=92;PP=2182;ReadPosRankSum=-0.600;SC=TTTGTATATTCGTTTACTAAA;SOR=0.875;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=293;TCF=129;TCR=164;TR=158;WE=55755499;WS=55755481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,165:0.54:308
chr10	55779915	rs3812658	G	A	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.839;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=15;PP=762;ReadPosRankSum=-0.186;SC=TGTAGAGAGAGCAAAGCAGGC;SOR=0.354;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=118;TCF=88;TCR=30;TR=57;WE=55779923;WS=55779905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,65:0.52:126
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chr10	56076975	rs10763098	A	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=191;ReadPosRankSum=-2.513;SC=CTTGAACATGATCCCATTGGG;SOR=1.210;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=15;WE=56076983;WS=56076965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr10	56077209	rs10740579	G	A	3415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr10	56089166	rs11004239	C	T	161.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=70;SC=TCAAAGAATACAGTGAATAAA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=56089174;WS=56089156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	56089223	rs11004240	A	G	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=4;PP=383;SC=TATTATATATAAACACCAAGG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=56089231;WS=56089213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	56089263	rs857395	G	A	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	56129066	rs11594958	A	G	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=48;PP=1169;ReadPosRankSum=-1.100;SC=CTTTTAAAATACTAATTAAAA;SOR=0.683;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=119;TCF=46;TCR=73;TR=77;WE=56129074;WS=56129056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,85:0.63:135
chr10	56287689	rs10825347	A	C	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.76;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,117:0.99:118
chr10	56288081	rs11004349	G	A	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.05;ReadPosRankSum=0.073;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,64:0.54:119
chr10	56335031	rs7070334	A	G	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=116;SC=TGCACAATGTACACATGTACC;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=56335039;WS=56335021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	56335067	rs7070440	A	G	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=9;NR=1;PP=178;SC=TAATAAAAAAAAAAACTGAAA;SOR=1.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=56335075;WS=56335057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	56335099	rs10825362	C	T	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=4;PP=256;SC=TATTATTTCTCGTCAGTTCTT;SOR=1.127;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=56335107;WS=56335089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	56335273	rs7086121	G	A	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=129;SC=GATGTTGGTAGCAGGGTTTAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=56335281;WS=56335263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	56345303	rs4570492	T	C	5089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=53;PP=2603;SC=ACTTCATAGCTGTAGGCTAAC;SOR=1.221;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=99;TCR=53;TR=152;WE=56345311;WS=56345293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr10	56345335	rs2026413	T	C	5941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.00;QD=26.41;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr10	56345378	rs11396767	T	TG	3392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.829;HP=13;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.699;NF=19;NR=73;PP=1120;ReadPosRankSum=-0.391;SC=ATATGTGTTTTTTTTTTTTTT;SOR=0.605;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=20;TCR=78;TR=92;WE=56345386;WS=56345367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:22,187:0.89:209
chr10	56345425	rs2026412	G	A	4950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=80;PP=2353;SC=TGAGGACTGTGCAATTACTAG;SOR=1.228;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=50;TCR=80;TR=130;WE=56345433;WS=56345415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr10	56345491	rs2026411	C	G	2598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=42;PP=1219;SC=CCACAGATAACAGCCGCAATC;SOR=2.082;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=54;WE=56345499;WS=56345481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	56345511	rs2026410	A	G	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=35;PP=1011;SC=CAACTTCAGCAGGTTCCCAGA;SOR=2.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=56345519;WS=56345501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	58118630	rs2241666	T	C	18246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=715;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=321;NR=358;PP=2965;SC=TGAAACACCCTGTCAAGCTCC;SOR=0.830;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=680;TCF=321;TCR=359;TR=679;WE=58118638;WS=58118620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,714:1.00:714
chr10	58119976	rs3861049	G	A	10747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=223;NR=142;PP=2965;SC=CTCTCTGCCAGTGCTGCCCTG;SOR=1.239;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=365;TCF=223;TCR=142;TR=365;WE=58119984;WS=58119966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr10	59064371	rs1275284	C	G	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=241;SC=ACATGTATCTCTCTGTGTGTA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=59064379;WS=59064361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	60029283	rs2297887	G	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=203;ReadPosRankSum=-1.099;SC=TGCCGGACCAGAGTCCACGTT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=14;WE=60029291;WS=60029273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr10	60047268	rs35649714	CA	C	2208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.920;NF=10;NR=19;PP=1072;ReadPosRankSum=-0.620;SC=CTCTGCCGAGCATAATACTGA;SOR=0.661;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=29;WE=60047276;WS=60047258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,65:0.55:118
chr10	60095143	rs1905456	T	C	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=18;PP=625;SC=CCAGCGGGCATCGGACAGGTG;SOR=1.132;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=60095151;WS=60095133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	60127574	rs58516265	GT	G	498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.883;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.884;NF=23;NR=2;PP=438;ReadPosRankSum=-0.016;SC=TTCATTTTATGTTTTTTTTAT;SOR=2.517;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=25;WE=60127582;WS=60127564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
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chr10	60145342	rs1937	G	C	4738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=0.630;SC=GGCGTGCTGAGTGCCCTGGGA;SOR=0.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=358;TCF=185;TCR=173;TR=206;WE=60145350;WS=60145332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,221:0.57:385
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chr10	60548276	rs11812567	G	A	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=23;PP=729;SC=TTTTATAACCGAATCATGTTC;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=60548284;WS=60548266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	60558125	rs2393503	A	T	6518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=145;NR=84;PP=2965;SC=TCTTAAATTTATGTGAATTGA;SOR=1.392;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=145;TCR=85;TR=229;WE=60558133;WS=60558115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr10	60559047	rs2893789	G	C	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=56;PP=1577;SC=TGTGTGATCTGTACTGTTTGT;SOR=2.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=13;TCR=56;TR=69;WE=60559055;WS=60559037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	60563062	rs4245600	G	C	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	60566137	rs3740451	G	A	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=12;PP=1409;SC=CAGAAGTGGTGATTTATTATT;SOR=2.472;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=66;WE=60566145;WS=60566127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	60573753	rs9416746	G	T	15024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=299;NR=241;PP=2965;ReadPosRankSum=1.217;SC=TCAAGTGAGCGTTGTGTTTTA;SOR=0.267;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=541;TCF=300;TCR=241;TR=540;WE=60573761;WS=60573743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,575:1.00:576
chr10	60577393	rs4344442	T	C	6187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.22;ReadPosRankSum=-1.307;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,234:0.99:236
chr10	60588553	rs4948550	T	C	6397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=121;NR=110;PP=2965;SC=GCTTTTTGAATCGCCAAATGC;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=122;TCR=110;TR=231;WE=60588561;WS=60588543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr10	60966706	rs10509097	G	A	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=323;ReadPosRankSum=-0.129;SC=TTACAAATAGGAAAAGATGGG;SOR=1.071;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=22;WE=60966714;WS=60966696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr10	60996453	rs10763600	G	A	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=59;PP=1555;SC=AAAAGCTTTAGTTGTTCTGGG;SOR=3.014;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=11;TCR=60;TR=70;WE=60996461;WS=60996443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	60998252	rs3758565	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=70;ReadPosRankSum=-0.291;SC=GTTGAATTCCCTAGAGGTGAA;SOR=0.582;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=7;WE=60998260;WS=60998242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr10	61005244	rs2452505	G	C	4153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=91;PP=2556;ReadPosRankSum=0.675;SC=GGATCTTTCTGTGGGCACCGT;SOR=0.658;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=429;TCF=214;TCR=215;TR=183;WE=61005252;WS=61005234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,201:0.44:458
chr10	61007534	rs1459996	A	G	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=2.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.815;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,72:0.46:155
chr10	61007592	rs2446724	G	A	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=51;PP=1445;SC=ATACTGTAACGGCCTCCACTT;SOR=3.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=6;TCR=51;TR=57;WE=61007600;WS=61007582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	61014056	rs1903252	C	A	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=629;ReadPosRankSum=1.322;SC=ATGTGACATCCTGTTAACTAC;SOR=0.629;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=65;TCR=43;TR=50;WE=61014064;WS=61014046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,57:0.46:123
chr10	61111975	rs284606	G	C	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=10;PP=1012;SC=GAACCGTGTGGCCTAGCCTAA;SOR=2.348;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=61111983;WS=61111965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	61122268	rs3078330	T	TTA	4795.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=69;PP=2957;SC=TCTCCGGGAGTGAGCACATAC;SOR=2.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=70;TCF=1;TCR=69;TR=70;WE=61122276;WS=61122257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	61414011	rs2242206	G	T	8359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=758;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=187;PP=2962;ReadPosRankSum=1.861;SC=GTGTGTCACTGTGGGGTTTTT;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=724;TCF=372;TCR=352;TR=387;WE=61414019;WS=61414001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:361,397:0.52:758
chr10	61443751	rs7071865	T	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=289;ReadPosRankSum=0.341;SC=AGATATGTTATACTTTGAAAA;SOR=0.814;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=23;WE=61443759;WS=61443741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,22:0.29:77
chr10	61443808	rs1171660	A	G	2959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.807;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=57;PP=1901;ReadPosRankSum=2.166;SC=AGTAAATGTAATTAAATGATT;SOR=0.552;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=194;TCF=109;TCR=85;TR=126;WE=61443816;WS=61443798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,132:0.65:204
chr10	61552692	rs1053266	G	T	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.526;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=48;PP=1151;ReadPosRankSum=0.344;SC=TGGGAGGAGGGGTGCGCCGAA;SOR=0.597;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=249;TCF=116;TCR=133;TR=95;WE=61552700;WS=61552682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,100:0.37:267
chr10	61552774	rs1053265	C	T	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=744;ReadPosRankSum=-0.955;SC=GAGGTGGAGGCGGAGGTGGCT;SOR=0.569;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=158;TCF=69;TCR=89;TR=62;WE=61552782;WS=61552764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,66:0.39:168
chr10	61564020	rs3841635	CTT	C	1384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=19.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.98;ReadPosRankSum=-0.185;SOR=0.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr10	61574357	.	AAC	A	503.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,39:0.19:203
chr10	61592447	rs6479653	G	C	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=47;PP=1419;ReadPosRankSum=-0.931;SC=TGGAAATCAGGCAACTCAAAT;SOR=0.699;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=205;TCF=108;TCR=97;TR=97;WE=61592455;WS=61592437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,107:0.47:228
chr10	61592547	rs6479654	A	G	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.208;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=31;PP=648;ReadPosRankSum=0.894;SC=ATGTGCAAGTATATACCTAGT;SOR=1.101;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=79;TCF=26;TCR=53;TR=43;WE=61592555;WS=61592537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr10	61612466	rs3215226	TA	T	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.77;ReadPosRankSum=1.386;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr10	61802342	rs2393603	C	A	7099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=76;PP=2965;SC=AAGGAAAGGACGGGGAAAATC;SOR=1.619;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=162;TCR=77;TR=238;WE=61802361;WS=61802332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr10	61802353	rs2393604	A	T	8398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=186;NR=96;PP=2965;SC=GGGGAAAATCAGAATCACTTA;SOR=1.457;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=186;TCR=97;TR=282;WE=61802361;WS=61802332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr10	61802374	rs2393605	AA	TT	19487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=234;NR=149;PP=2947;SC=TTTAGTGAAAAATATAAGTTT;SOR=1.262;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=398;TCF=245;TCR=153;TR=383;WE=61802383;WS=61802364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr10	61802550	rs9888033	A	T	3118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.245;NF=51;NR=83;PP=1902;ReadPosRankSum=-1.085;SC=AAGATTTCACAGTGAAACAGT;SOR=0.629;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=290;TCF=110;TCR=180;TR=134;WE=61802569;WS=61802540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,156:0.45:343
chr10	61802561	rs2393607	G	T	7998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=157;PP=2965;SC=GTGAAACAGTGTTAGTTATAA;SOR=1.451;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=85;TCR=157;TR=242;WE=61802569;WS=61802540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr10	61802577	rs5785427	T	TC	7273.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=121;PP=2936;SC=TATAAAGCAGTCCATTCTGAT;SOR=1.969;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=131;TCF=4;TCR=127;TR=124;WE=61802585;WS=61802567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr10	61819049	rs10733757	T	G	7971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.151;SC=TAAGATAAACTATTAACAAGT;SOR=0.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=289;TCF=187;TCR=102;TR=283;WE=61819057;WS=61819039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,313:0.99:316
chr10	61823109	rs4568956	A	G	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=538;ReadPosRankSum=-1.964;SC=AGCCCTGCTGACATTTTAGCT;SOR=0.745;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=34;WE=61823117;WS=61823099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,40:0.61:66
chr10	61831290	rs28932171	T	C	6325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.106;SC=TGACTTATGATTTTTTTTACA;SOR=0.702;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=475;TCF=247;TCR=228;TR=268;WE=61831298;WS=61831280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,298:0.57:522
chr10	61831984	rs11599164	G	T	4788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.070;SC=TACTCTCAGGGTGACCAATGT;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=379;TCF=225;TCR=154;TR=215;WE=61831992;WS=61831974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,223:0.57:392
chr10	61834573	rs17208576	G	A	3556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.606;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=69;PP=2318;ReadPosRankSum=0.773;SC=TTTCGGAGGCGGCTTTTGCTT;SOR=0.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=252;TCF=134;TCR=118;TR=144;WE=61834589;WS=61834563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,158:0.56:282
chr10	61840167	rs7917800	C	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=390;ReadPosRankSum=-1.207;SC=GGTTGTATGACAGGGTTTTCC;SOR=0.523;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=24;WE=61840175;WS=61840157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr10	61841144	rs7098848	A	G	2048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=3.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,106:0.55:192
chr10	61842498	rs2393595	A	G	2324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=59;PP=1485;ReadPosRankSum=-0.665;SC=TCTCTAATCTAGAAGAATTTT;SOR=0.832;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=179;TCF=75;TCR=104;TR=98;WE=61842506;WS=61842488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,107:0.53:201
chr10	61843451	rs10509122	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=-0.077;SC=GTCACGTAACGTTAAAAGACT;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=8;WE=61843459;WS=61843441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr10	61843475	rs41274682	T	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=0.120;SC=GTTACTATGTTACACGTGTCT;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=61843483;WS=61843465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr10	61867897	.	G	GA	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.157;QD=0.49;ReadPosRankSum=1.633;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,23:0.16:140
chr10	61868716	rs3750800	C	A	2478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=46;PP=1299;ReadPosRankSum=3.408;SC=GAGTGGGGGCCGTACACTTGC;SOR=0.467;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=231;TCF=116;TCR=115;TR=102;WE=61868724;WS=61868706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,124:0.45:274
chr10	61871430	rs10821675	C	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.36;ReadPosRankSum=1.253;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr10	61871598	rs4369346	A	G	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=406;ReadPosRankSum=1.698;SC=GAAAATGTCAATGACAAGCAA;SOR=0.651;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=34;WE=61871606;WS=61871588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,41:0.49:83
chr10	61893898	rs3213829	T	G	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.045;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=365;ReadPosRankSum=1.550;SC=TTTAACTGGCTAGTACCAGAA;SOR=0.047;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=24;WE=61893906;WS=61893889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr10	61900356	rs6479694	A	C	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=51;PP=1479;SC=TCAGGCCCCCAAAAAAATCTT;SOR=5.174;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=58;WE=61900364;WS=61900346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	61926728	rs11814723	A	G	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.877;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=361;ReadPosRankSum=-0.087;SC=TTATCTCTGAATTAATCAGTT;SOR=0.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=32;WE=61926736;WS=61926718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,35:0.39:89
chr10	61956386	.	G	GA	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=1.311;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,21:0.25:85
chr10	62021781	rs41283532	C	T	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.04;ReadPosRankSum=-1.320;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,53:0.42:126
chr10	62039787	rs7911285	C	G	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=54;PP=1111;ReadPosRankSum=-0.333;SC=ATATCTACCACAGCAATTTTT;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=298;TCF=143;TCR=155;TR=102;WE=62039795;WS=62039777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,115:0.35:330
chr10	62375033	rs1837947	A	G	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=1.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.57;ReadPosRankSum=-1.096;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,52:0.37:141
chr10	62540063	rs2448344	T	A	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=6;PP=183;SC=AACCATTAAGTTGTCTTGTAG;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=62540071;WS=62540053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	62548098	rs2456772	G	C	2707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=65;PP=1932;SC=CTACTCTGTGGCAGTATCAAT;SOR=1.779;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=31;TCR=65;TR=95;WE=62548106;WS=62548088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	62551815	rs3212319	GC	G	3782.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.859;NF=22;NR=53;PP=2954;ReadPosRankSum=0.352;SC=TTTTCAGGTAGCTATTAAAAA;SOR=0.593;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=115;TCF=37;TCR=78;TR=75;WE=62551823;WS=62551805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,110:0.60:184
chr10	62551889	rs2456777	AA	GT	9263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=73;PP=2947;SC=AGAAATTTTTAATTTCCTGTT;SOR=0.952;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=184;TCF=111;TCR=73;TR=182;WE=62551898;WS=62551879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr10	62553763	rs1871446	A	G	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=24;PP=670;SC=CATATGTTATATCAACAGATA;SOR=0.884;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=47;WE=62553771;WS=62553753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	63422754	rs151189963	G	GGGGCCGACCCCGGCA	9979.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=42;PP=1477;SC=CGACTCCCTGGGGGCCGACCC;SOR=0.849;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=71;TCF=12;TCR=59;TR=52;WE=63422762;WS=63422744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr10	63519674	rs2588915	G	A	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.964;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=10;PP=805;ReadPosRankSum=-2.581;SC=AGGACAAAAAGGGCAATGGCA;SOR=0.970;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=91;TCF=70;TCR=21;TR=47;WE=63519682;WS=63519664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,49:0.53:93
chr10	63520698	rs1992625	T	C	2992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr10	63699895	rs7073837	A	C	2906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.172;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=46;PP=1913;ReadPosRankSum=0.274;SC=CATTTCCCTCAAACCTATAAA;SOR=1.019;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=230;TCF=135;TCR=95;TR=123;WE=63699903;WS=63699885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,133:0.54:248
chr10	63700228	rs4360655	A	T	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.365;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=413;ReadPosRankSum=0.009;SC=TTTTCGGTTGAAGATTTTTCT;SOR=1.075;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=30;WE=63700236;WS=63700218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr10	63700245	rs4562771	A	G	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=317;ReadPosRankSum=0.338;SC=TTCTGGAAACACTATCATTTA;SOR=0.818;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=21;WE=63700253;WS=63700235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr10	63760087	.	CT	C	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,28:0.34:82
chr10	63818920	rs3832683	GA	G	909.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.416;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=460;ReadPosRankSum=0.295;SC=CTTTCTCGTTGAAAAAAAAAA;SOR=1.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=26;WE=63818928;WS=63818910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr10	63944176	rs3125730	A	C	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=3.050;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.78;ReadPosRankSum=1.368;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,104:0.98:106
chr10	63958112	rs3125734	T	C	7501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=119;NR=142;PP=2965;SC=GGATTCTTCATGCTGACCAAT;SOR=1.040;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=262;TCF=119;TCR=143;TR=261;WE=63958120;WS=63958102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr10	63974950	rs4559572	C	G	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=314;SC=CATTTTTACTCCTCAGCTATT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=63974958;WS=63974940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	63977011	rs148142088	GAAAAA	G	11882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=38.83;SOR=1.111;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,303:0.99:306
chr10	63977069	rs1432414	A	T	4521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.073;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.053;SC=CACTTTAAATACATCAAAATA;SOR=1.658;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=183;TCF=61;TCR=122;TR=182;WE=63977077;WS=63977059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,163:0.99:164
chr10	63978077	rs11355398	GA	G	1168.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=20.15;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	63982984	rs10740069	A	G	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=42;NR=25;PP=1124;SC=AGTAAAATATATACTGTACTT;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=67;WE=63982992;WS=63982974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	63995983	rs3852448	C	T	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	64000878	rs1368158	T	G	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=28;PP=1168;SC=AACATTTCAATTACAAATTAA;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=71;WE=64000886;WS=64000868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	64001114	rs1368157	T	C	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=177;SC=TTATAGTTTGTACTTTTAAAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=64001122;WS=64001104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	64005582	rs34205992	T	TA	876.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=3;PP=709;SC=TCTTAAACTCTAAAGTTCTAT;SOR=2.694;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=19;WE=64005590;WS=64005572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	64005711	rs3815999	C	T	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=26.24;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr10	64019037	rs10675790	A	ATAAAT	3066.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=20;PP=2018;SC=CTTTTTCTTAATACTCAGTCT;SOR=1.054;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=32;WE=64019045;WS=64019027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	64136710	rs149800343	CAG	C	764.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.712;NF=0;NR=12;PP=457;ReadPosRankSum=0.153;SC=GTGTTGCTGACAGGGGATGCT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=12;WE=64136719;WS=64136700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr10	64136751	rs1873686	G	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=301;SC=CACCCCAATCGCCTTACAAGC;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=64136759;WS=64136741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	64148125	rs3852424	C	A	6139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=123;NR=86;PP=2965;SC=TTATATTTCCCTTTTGTGTTC;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=123;TCR=86;TR=209;WE=64148133;WS=64148115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr10	64148369	rs2893897	A	G	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=23;PP=673;SC=CGAGTGTAAGATCCCTGTGGT;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=64148377;WS=64148359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr10	64573771	rs224083	C	T	4186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=76;PP=2394;SC=GCTTGGGGGACGGATAGGAAG;SOR=0.974;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=69;TCR=77;TR=145;WE=64573779;WS=64573761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr10	64893433	rs2175197	T	C	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.045;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=31;PP=711;ReadPosRankSum=-2.050;SC=GGCTCCAGGCTAGCCACTTCA;SOR=1.136;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=97;TCF=26;TCR=71;TR=40;WE=64893441;WS=64893423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,40:0.39:102
chr10	64914016	rs35751397	T	TA	663.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.919;NF=1;NR=10;PP=328;ReadPosRankSum=0.759;SC=GAGGAAATAATACAGTAATCG;SOR=0.818;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=11;WE=64914024;WS=64914006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr10	64927823	rs1935	C	G	2648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.327;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=50;PP=1442;ReadPosRankSum=-1.666;SC=CTTCCATATCCTCTACTTCAT;SOR=0.953;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=223;TCF=127;TCR=96;TR=125;WE=64927831;WS=64927813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,136:0.56:244
chr10	64937314	rs35854283	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=160;ReadPosRankSum=-0.794;SC=TTTCAAAGAGGAGCAAGAGAA;SOR=1.721;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=9;WE=64937322;WS=64937304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr10	64944317	rs10740107	T	A	6876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=146;NR=90;PP=2965;SC=GCAAAAATTTTAAAAAATCCA;SOR=1.111;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=146;TCR=90;TR=236;WE=64944325;WS=64944307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr10	64945364	rs3211105	G	A	6214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr10	64953311	rs4747098	G	A	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=24;PP=689;SC=ACAATATTTTGTATTATAATT;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=64953319;WS=64953301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	64953959	rs2306264	C	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=268;ReadPosRankSum=-2.273;SC=TCTCTCCACCCTGTTATATTT;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=18;WE=64953967;WS=64953949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr10	64960536	rs10465990	G	A	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=47;PP=1350;SC=GTGATGATACGGTAAGACTTT;SOR=4.332;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=52;WE=64960544;WS=64960526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	64967445	rs1904294	A	T	17386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=311;NR=293;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.742;SC=TTTCACTAACACGATCTTTAG;SOR=0.228;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=606;TCF=311;TCR=295;TR=604;WE=64967453;WS=64967435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,631:1.00:632
chr10	64974537	rs10761725	A	T	4440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=81;NR=62;PP=2535;SC=TGTTCTGACGAATGAATAATC;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=81;TCR=63;TR=143;WE=64974545;WS=64974527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr10	65139945	rs7477425	T	C	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=16;PP=1349;SC=TTCAAGCAATTGTCCTGCTTC;SOR=1.542;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=68;WE=65139953;WS=65139935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	65225244	rs1061259	GA	CG	12209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=154;NR=79;PP=2947;SC=GGGGGGCGCTGACTCTCTTAC;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=247;TCF=164;TCR=83;TR=233;WE=65225253;WS=65225234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr10	65225450	rs1054693	C	T	5990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=812;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=2.768;SC=CGGCCGCTGCCTCCTCCAGTG;SOR=0.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=760;TCF=373;TCR=387;TR=308;WE=65225458;WS=65225440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:475,327:0.41:802
chr10	65281137	rs377532429	T	C	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=2;PP=547;SC=GACCGACCTCTGCGCAGCCCA;SOR=4.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=22;WE=65281145;WS=65281136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	65322464	rs36027145	A	ATCAG	5113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.584;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=5.389;NF=10;NR=53;PP=2974;ReadPosRankSum=-1.678;SC=CTCTGCAGCAATCAATCAATT;SOR=0.544;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=177;TCF=27;TCR=150;TR=63;WE=65322472;WS=65322454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,142:0.49:291
chr10	65383515	.	A	ATGTG	586.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.692;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.93;MQRankSum=0.692;QD=36.67;ReadPosRankSum=-0.874;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr10	65928826	rs10740151	T	C	4676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=-0.407;NF=90;NR=66;PP=2371;ReadPosRankSum=-1.498;SC=CACTCTTTTCTGTATAGCTTG;SOR=0.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=92;TCR=68;TR=156;WE=65928834;WS=65928816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,183:0.99:185
chr10	67726514	rs2105702	A	C	2543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=66;PP=1672;ReadPosRankSum=0.958;SC=ACTAAATATGAATCAAAGATA;SOR=0.768;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=175;TCF=66;TCR=109;TR=102;WE=67726522;WS=67726504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,112:0.57:195
chr10	68040325	rs4548513	C	T	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=625;ReadPosRankSum=0.045;SC=ATTCAATGAGCTTTTGCTTAA;SOR=0.832;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=114;TCF=61;TCR=53;TR=55;WE=68040333;WS=68040315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,72:0.52:139
chr10	68138987	rs61737718	G	A	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,77:0.28:272
chr10	68139142	rs12761828	G	A	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=533;ReadPosRankSum=0.555;SC=TAGTTTTTGCGTGTGTCTGTG;SOR=0.507;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=122;TCF=49;TCR=73;TR=47;WE=68139150;WS=68139132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,50:0.38:131
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chr10	68535082	rs5785786	C	CT	6218.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=56;PP=2979;ReadPosRankSum=-0.658;SC=TATATTTACTCTTTTTTTCCT;SOR=1.208;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=186;TCF=107;TCR=79;TR=142;WE=68535090;WS=68535071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,252:0.99:255
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chr10	69281585	rs10997691	A	C	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=27;PP=848;ReadPosRankSum=-1.899;SC=CACCAAGGAGAGCTCTGACTC;SOR=0.851;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=129;TCR=82;TR=70;WE=69281593;WS=69281575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,76:0.33:231
chr10	69571336	rs3740049	G	A	4970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=123;PP=2821;ReadPosRankSum=-0.149;SC=TCGACATCTGGCTCCTTCGCC;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=628;TCF=316;TCR=312;TR=248;WE=69571344;WS=69571326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:390,266:0.41:656
chr10	69583206	rs962608	G	A	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=910;ReadPosRankSum=0.667;SC=AGTGACTCACGCCTATAATCT;SOR=0.664;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=113;TCF=41;TCR=72;TR=67;WE=69583214;WS=69583196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,73:0.60:121
chr10	69597786	rs2273771	G	A	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=45;PP=1360;ReadPosRankSum=-0.418;SC=GACTTAATCAGTCCTTCTTCC;SOR=0.789;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=311;TCF=169;TCR=142;TR=107;WE=69597794;WS=69597776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,125:0.37:341
chr10	69647332	rs932657	G	T	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=38;PP=1130;SC=TAAATGTACGGTTTTTGGTTT;SOR=1.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=61;WE=69647340;WS=69647322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	69648569	rs2236318	T	A	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.386;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=12;PP=951;ReadPosRankSum=0.462;SC=GCTAACTCATTACTTCAGAAA;SOR=0.394;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=86;TCF=69;TCR=17;TR=56;WE=69648577;WS=69648559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,66:0.67:99
chr10	69651125	rs7896005	A	G	3002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.063;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=51;PP=1823;ReadPosRankSum=1.154;SC=AAGGTAGAAGATTTAATTTTA;SOR=0.367;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=206;TCF=133;TCR=73;TR=130;WE=69651133;WS=69651115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,136:0.62:220
chr10	69666598	rs2273773	T	C	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=39;PP=1208;ReadPosRankSum=0.519;SC=ATTCATAGCCTTGTCAGATAA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=231;TCF=132;TCR=99;TR=92;WE=69666606;WS=69666588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,107:0.41:261
chr10	69668014	rs10997870	G	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.807;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=0.190;SC=GTTAGCATTTGGGAATTTTGG;SOR=0.446;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=69668022;WS=69668004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr10	69692330	rs3758392	T	C	2506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.570;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=28;PP=1774;ReadPosRankSum=0.167;SC=CATTTAACAATATCAGAGATT;SOR=1.080;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=172;TCF=120;TCR=52;TR=104;WE=69692338;WS=69692320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,110:0.58:190
chr10	69699478	rs142773200	GAT	G	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=174;ReadPosRankSum=0.859;SC=TTTACTTATGGATATATATAT;SOR=0.233;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=6;WE=69699487;WS=69699468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr10	69719074	rs7907843	C	T	169.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=134;SC=TATATATCTACTAATGTAAGA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=69719082;WS=69719064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	69750213	rs11422655	G	GAA	505.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.84;MQRankSum=1.466;QD=14.45;ReadPosRankSum=0.973;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr10	69750788	rs5785841	GA	G	5417.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=3.750;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;MQRankSum=1.475;QD=16.98;ReadPosRankSum=-1.396;SOR=0.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:27,292:0.92:319
chr10	69755112	rs2308195	C	CCTAT	546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=8;PP=390;SC=TTAGTTTCTCCCTATTATATA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=69755120;WS=69755102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	69773841	rs866255	G	A	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.513;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=33;PP=856;ReadPosRankSum=1.267;SC=CAGTAAAGGGGCTTTTCCTGT;SOR=0.824;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=247;TCF=142;TCR=105;TR=85;WE=69773849;WS=69773831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,98:0.35:277
chr10	69785435	rs3834396	T	TA	4413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=83;PP=2145;ReadPosRankSum=1.294;SC=TCCACCTTCCTAAAAAAAGAC;SOR=0.671;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=292;TCF=29;TCR=263;TR=99;WE=69785443;WS=69785425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,244:0.44:551
chr10	69793644	rs3740055	C	T	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.478;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=422;ReadPosRankSum=-0.311;SC=TTCTCTCTTACACTAAGAATC;SOR=0.346;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=86;TCF=62;TCR=24;TR=36;WE=69793652;WS=69793634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,39:0.42:93
chr10	69799072	rs5785844	CA	C	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.751;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.975;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr10	69896336	rs12221035	G	A	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=-3.035;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,83:0.41:202
chr10	69902549	rs3814180	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.582;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=194;ReadPosRankSum=0.360;SC=CTTCTCACTGTTACAAAAAAA;SOR=0.163;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=13;WE=69902557;WS=69902541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr10	69921335	rs10823142	T	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.210;SOR=1.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr10	69925123	rs10823146	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-1.535;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.558;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr10	69925176	rs10823147	T	C	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=353;ReadPosRankSum=1.606;SC=GCCACTGCGCTCCAGCCTGGG;SOR=0.586;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=23;WE=69925184;WS=69925166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,28:0.35:79
chr10	69926097	rs2673794	T	C	13031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=272;NR=185;PP=2965;SC=CAGCCAACTCTACCACCAACC;SOR=1.077;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=457;TCF=272;TCR=185;TR=457;WE=69926105;WS=69926087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
chr10	69926319	rs61854624	C	A	8410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.72;ReadPosRankSum=0.061;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,221:0.54:406
chr10	69926325	rs2673793	C	T	8320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=0.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.01;ReadPosRankSum=-0.653;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,218:0.55:396
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chr10	69934467	rs3814183	A	G	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=40;PP=777;ReadPosRankSum=1.262;SC=GTCGATGTGCACATTGAATAG;SOR=0.687;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=44;TCR=118;TR=55;WE=69934475;WS=69934457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,58:0.34:169
chr10	69934535	rs7917519	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=1.078;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,11:0.22:50
chr10	69935059	rs7097776	A	G	4945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr10	69935235	rs6480306	T	C	5077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=90;PP=2911;SC=TTGTTGGATTTAGAAGGTTTA;SOR=1.090;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=73;TCR=91;TR=163;WE=69935243;WS=69935225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr10	69948844	rs10733838	T	C	5427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=96;PP=2965;SC=GCTCTCCAGTTACATTCACCT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=82;TCR=96;TR=178;WE=69948852;WS=69948834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr10	69953992	rs71584495	T	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=6;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=141;ReadPosRankSum=-1.160;SC=TATAACTTTTTTTCAAGTGCT;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=8;WE=69954000;WS=69953990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr10	69954290	rs7081213	G	A	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=1637;ReadPosRankSum=0.533;SC=AGGGTTCTGCGCTGTGCTGCA;SOR=0.667;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=128;TCF=48;TCR=80;TR=57;WE=69954309;WS=69954280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,61:0.45:137
chr10	69954301	rs11815154	C	T	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.558;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=38;PP=2160;ReadPosRankSum=-0.919;SC=CTGTGCTGCACTCTGAGGAAG;SOR=0.869;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=108;TCF=39;TCR=69;TR=58;WE=69954309;WS=69954280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,64:0.55:116
chr10	69955140	rs7069569	T	A	4050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=43;PP=2581;SC=GGTCCAGAAATTTTTATGTAA;SOR=1.394;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=89;TCR=43;TR=132;WE=69955148;WS=69955130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr10	69956999	rs7477844	C	A	461.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.13;MQRankSum=1.142;QD=18.47;ReadPosRankSum=1.618;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr10	69956999	.	CA	AA	221	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000,0.5000;HP=12;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=25;MQ=61.97;NF=9,5;NR=2,0;PP=221,124;QD=23.2519284134;SC=TTTCCCCCTTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=11,5;WE=69957007;WS=69956989;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr10	69956999	.	CA	CAA	221	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000,0.5000;HP=12;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=25;MQ=61.97;NF=9,5;NR=2,0;PP=221,124;QD=23.2519284134;SC=TTTCCCCCTTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=11,5;WE=69957007;WS=69956989;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr10	69957340	rs7095603	G	A	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.794;SOR=1.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr10	69957350	rs7095607	G	A	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=4.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.24;ReadPosRankSum=-0.626;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr10	69957375	rs7095492	C	T	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=27;PP=730;SC=CACTTTTTTTCATCATAAGGC;SOR=2.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=69957383;WS=69957365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	69959097	rs7079549	G	T	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=7;PP=2183;SC=CATCAGTCATGTGCCTCAGCT;SOR=4.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=78;TCR=7;TR=85;WE=69959105;WS=69959087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	69959242	rs7079481	C	A	2833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.360;NF=75;NR=70;PP=1589;ReadPosRankSum=-0.287;SC=GCTCATTGACCCACTCACTCA;SOR=0.589;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=421;TCF=209;TCR=212;TR=145;WE=69959250;WS=69959232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,159:0.35:451
chr10	69959345	rs11279655	GCTGGGA	G	2723.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.851;NF=4;NR=41;PP=2263;ReadPosRankSum=1.497;SC=AAGGTTTGCTGCTGGGACCCC;SOR=0.689;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=137;TCF=11;TCR=126;TR=45;WE=69959358;WS=69959335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,79:0.33:237
chr10	69959397	rs7079974	G	A	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.406;NF=14;NR=27;PP=560;ReadPosRankSum=-2.119;SC=AAGAGGCAGAGCCTCTGCCAG;SOR=0.787;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=112;TCF=42;TCR=70;TR=41;WE=69959405;WS=69959387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,42:0.34:123
chr10	69961470	rs7913133	A	G	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=6;PP=817;SC=GGGTGCAGGCAGAGGTTGCAG;SOR=3.160;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=40;WE=69961478;WS=69961460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	69961501	rs7913146	A	G	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=10;PP=1071;SC=TCTTGCCACCACACTCCAGCC;SOR=2.797;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=58;WE=69961509;WS=69961491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	69961537	.	C	CA	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.863;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=5.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,26:0.24:110
chr10	69966392	rs3814185	T	G	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=2;PP=449;SC=CTGCTCTTCTTTGACGTCTTC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=69966400;WS=69966391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	70043916	rs736535	G	A	3048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=54;PP=1791;ReadPosRankSum=2.258;SC=AGACAGCAGCGTCACAGCATA;SOR=0.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=262;TCF=158;TCR=104;TR=137;WE=70043924;WS=70043906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,144:0.52:275
chr10	70044031	rs4142048	T	C	3362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.809;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,173:0.52:335
chr10	70045201	rs7909365	C	A	6169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=90;NR=115;PP=2965;SC=AGACAATCCCCAAGAAAACAG;SOR=1.135;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=90;TCR=115;TR=205;WE=70045209;WS=70045191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr10	70045264	rs3816299	A	C	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=478;ReadPosRankSum=0.430;SC=TCCAGTTTGAATAAACTCTAG;SOR=0.796;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=34;WE=70045272;WS=70045254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr10	70051808	rs11387118	G	GA	1067.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=1524;ReadPosRankSum=-1.380;SC=TAGATGGGGGGAAAAAAAACA;SOR=0.580;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=25;WE=70051818;WS=70051798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,57:0.60:95
chr10	70051810	rs3835100	A	G	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.787;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.336;NF=23;NR=11;PP=823;ReadPosRankSum=1.905;SC=GATGGGGGGAAAAAAAACAAA;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=34;WE=70051818;WS=70051798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,38:0.37:102
chr10	70051928	rs10823171	A	G	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.995;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.397;NF=47;NR=33;PP=954;ReadPosRankSum=-0.691;SC=GGACGATGCCATCCTCTGCTC;SOR=0.906;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=201;TCF=112;TCR=89;TR=80;WE=70051936;WS=70051918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,91:0.39:231
chr10	70056600	rs2394470	C	T	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=19;PP=717;ReadPosRankSum=-0.124;SC=CACTCCAGCCCGTGCGACAGA;SOR=0.644;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=81;TCR=43;TR=54;WE=70056608;WS=70056590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,57:0.45:127
chr10	70099433	rs76636639	A	G	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=251;ReadPosRankSum=0.681;SC=ATAAAAATAGATCTACCTTTA;SOR=0.627;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=17;WE=70099441;WS=70099423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr10	70101417	rs16925347	G	C	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=747;ReadPosRankSum=1.741;SC=GGAATGGGAGGCTACGGAAGA;SOR=0.590;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=141;TCF=76;TCR=65;TR=56;WE=70101425;WS=70101407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,64:0.39:164
chr10	70105560	rs1162753	G	A	3776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=84;PP=2257;ReadPosRankSum=-0.383;SC=TGAATGAGCAGTGCATGACAG;SOR=0.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=422;TCF=232;TCR=190;TR=185;WE=70105568;WS=70105550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,199:0.44:457
chr10	70123243	rs10823183	G	A	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.12;ReadPosRankSum=-1.156;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr10	70136566	rs41278508	G	T	2111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=26;PP=1505;ReadPosRankSum=0.577;SC=AAATGAGGGGGTTATGTTAAC;SOR=0.455;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=130;TCF=94;TCR=36;TR=90;WE=70136574;WS=70136556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,93:0.69:135
chr10	70143774	rs7899885	C	T	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=797;ReadPosRankSum=-1.324;SC=ATTTCTGACACGAGATTGTCT;SOR=0.822;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=155;TCF=64;TCR=91;TR=60;WE=70143782;WS=70143764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,67:0.39:171
chr10	70153014	rs11432212	C	CA	537.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.974;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=192;ReadPosRankSum=-1.651;SC=TTATTAAGCACAAAAAAATCT;SOR=0.344;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=9;WE=70153022;WS=70153004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr10	70166913	rs59831114	T	G	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=84;PP=2634;SC=ACTGAGGGCCTAGCGTTCGGT;SOR=3.962;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=12;TCR=84;TR=96;WE=70166921;WS=70166903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	70167004	rs7098448	T	C	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.097;SOR=0.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr10	70174707	rs1801041	T	A	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr10	70174885	rs17460571	A	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=-1.263;SC=TTAAGGAAGAAATATTTAGCA;SOR=0.619;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=10;WE=70174893;WS=70174875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr10	70174962	rs72035454	CA	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.31;ReadPosRankSum=-1.052;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr10	70179713	rs7912227	C	G	4060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=102;PP=2303;ReadPosRankSum=-1.611;SC=AAGTACGCAACTGGCCATAAA;SOR=0.759;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=370;TCF=162;TCR=208;TR=179;WE=70179721;WS=70179703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,199:0.49:407
chr10	70179746	rs7897488	T	G	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=58;PP=1318;ReadPosRankSum=0.562;SC=GACTTGGAGATGAAAAATAGC;SOR=0.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=81;TCR=129;TR=95;WE=70179754;WS=70179736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,107:0.45:238
chr10	70190155	rs12221039	A	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=360;ReadPosRankSum=1.583;SC=GGCTGTGGACATTAACTGTTA;SOR=0.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=24;WE=70190163;WS=70190145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr10	70191631	rs61855090	C	T	5613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=1.210;SC=GAGTACATATCGTAGTTGTTT;SOR=0.809;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=418;TCF=228;TCR=190;TR=244;WE=70191639;WS=70191621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,267:0.59:452
chr10	70204516	rs4237318	G	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=124;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AAGTACTGTGGTTTTTTTTCT;SOR=0.527;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=8;WE=70204524;WS=70204506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr10	70205920	rs61316500	C	CA	343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.774;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr10	70209730	rs57883442	CA	C	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.103;SOR=0.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr10	70225504	rs3758626	G	T	5935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.73;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,280:0.55:506
chr10	70227964	rs10998205	C	T	3720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.317;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=89;PP=2116;ReadPosRankSum=-0.995;SC=TGTCTGGATACAGAATCAAAT;SOR=0.837;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=310;TCF=151;TCR=159;TR=166;WE=70227972;WS=70227954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,184:0.54:341
chr10	70230475	rs10509302	G	C	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.803;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=64;PP=1125;ReadPosRankSum=-1.126;SC=GAGATGTTTTGGACACGATCC;SOR=1.152;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=164;TCF=57;TCR=107;TR=92;WE=70230483;WS=70230465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,96:0.55:173
chr10	70231701	rs1535539	A	G	7172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=0.081;SC=AAAAGGGAAAAAGGCGCGAGC;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=603;TCF=325;TCR=278;TR=310;WE=70231709;WS=70231687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,330:0.52:632
chr10	70263579	rs10823215	C	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=247;ReadPosRankSum=2.959;SC=TAAATGTGAACGAAATGAGCA;SOR=0.910;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=15;WE=70263587;WS=70263569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr10	70266523	rs2275715	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=0.537;SOR=1.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr10	70266546	rs2275716	G	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.714;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
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chr10	70332477	rs142008363	G	T	2629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.400;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=59;PP=1765;ReadPosRankSum=0.603;SC=ATCCAAAAAGGTTCCACTTTC;SOR=0.657;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=321;TCF=180;TCR=141;TR=130;WE=70332485;WS=70332467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,135:0.39:346
chr10	70332672	rs12773594	T	A	4452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=105;PP=2648;ReadPosRankSum=-0.853;SC=TCAGTTTTGGTCCCAAAGAGT;SOR=0.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=360;TCF=171;TCR=189;TR=199;WE=70332680;WS=70332662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,214:0.56:385
chr10	70392319	rs10733844	G	A	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=9;PP=840;SC=TTGGAGTAGGGGGGTTTATCT;SOR=1.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=45;WE=70392327;WS=70392309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	70392375	rs1747	G	A	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.919;NF=42;NR=20;PP=921;ReadPosRankSum=-2.242;SC=AATTATGCAAGGCAAAGAATC;SOR=0.859;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=113;TCF=72;TCR=41;TR=62;WE=70392383;WS=70392365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,66:0.56:118
chr10	70392470	rs114946478	G	A	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQRankSum=-2.582;QD=5.05;ReadPosRankSum=2.303;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,111:0.33:336
chr10	70405855	rs3998860	A	G	13444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=248;NR=213;PP=2965;SC=AGGGCACAATACAACAGAAAC;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=466;TCF=248;TCR=218;TR=461;WE=70405863;WS=70405845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
chr10	70442868	rs11284778	GA	G	445.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=282;SC=AAAATAAAGTGAAAAAAAAGA;SOR=1.508;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=13;WE=70442876;WS=70442858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	70481547	rs1616158	C	T	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=43;PP=1188;SC=CGAGCTCTGGCCCTTGAGGGT;SOR=3.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=50;WE=70481555;WS=70481537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	70497482	rs1162961	A	G	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=1;PP=307;SC=TCAATGCCACACCAGAACAGA;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=70497490;WS=70497472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	70497799	rs1149679	C	T	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=14;PP=394;SC=AAAAAAGGAACGTCTCCAAGG;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=70497807;WS=70497789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	70502288	rs1300253	G	A	7754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=157;PP=2965;SC=TACATGATACGTTTGGATTTG;SOR=1.276;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=262;TCF=104;TCR=158;TR=261;WE=70502296;WS=70502278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr10	70502426	rs1300252	T	C	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=21;PP=601;SC=TGGACACAGTTGTGCAATCTC;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=70502434;WS=70502416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	70520636	rs58477996	CAAA	C	1379.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.36;ReadPosRankSum=0.671;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,41:0.93:44
chr10	70525591	rs1149688	G	A	2679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.63;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	70531217	rs10823258	C	T	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=54;PP=1728;SC=GTAATAACAACCTGCTTTAGA;SOR=1.109;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=99;TCF=45;TCR=54;TR=98;WE=70531225;WS=70531207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr10	70532990	rs12570981	G	A	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=317;SC=TCTTCAGTGAGAAAGTTTTTC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=70532998;WS=70532980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	70534744	rs1782323	A	C	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	70641860	rs1341667	T	C	2267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=63;PP=1463;ReadPosRankSum=-0.051;SC=GATGAAACATTACCCAGGTAG;SOR=0.779;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=276;TCF=118;TCR=158;TR=108;WE=70641868;WS=70641850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,117:0.39:303
chr10	70645107	rs10509304	C	T	3095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=68;PP=1973;ReadPosRankSum=-1.371;SC=GACGAGTGATCTGAAACCCAG;SOR=0.764;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=265;TCF=132;TCR=133;TR=132;WE=70645115;WS=70645097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,144:0.50:287
chr10	70645376	rs10509305	A	C	5374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=123;PP=2882;ReadPosRankSum=-2.460;SC=TGAGATATGAAGTGTATGGTG;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=445;TCF=228;TCR=217;TR=254;WE=70645384;WS=70645366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,266:0.56:475
chr10	70645697	rs10509306	C	T	6958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=0.225;SC=AGCTTTCTAACGATGACCAGG;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=548;TCF=259;TCR=289;TR=306;WE=70645705;WS=70645687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,326:0.56:581
chr10	70652272	rs4472827	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.316;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=201;ReadPosRankSum=-0.850;SC=GTAGCAAATGGAAGTATAATG;SOR=3.467;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=10;WE=70652280;WS=70652262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr10	70669942	rs35271752	CA	C	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=4.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-2.617;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,24:0.34:71
chr10	70673430	rs5030891	G	A	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=359;ReadPosRankSum=-1.384;SC=TGTCCCCTGCGTTCTAACAAA;SOR=0.442;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=25;WE=70673438;WS=70673420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr10	70696009	rs7084726	T	C	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.71;QD=25.37;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr10	70696908	rs1539166	G	T	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr10	70716106	rs5030896	A	G	6461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=96;NR=122;PP=2965;SC=GGGACGCTGAATGGAGCGGAA;SOR=1.043;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=96;TCR=123;TR=218;WE=70716114;WS=70716096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
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chr10	70725128	rs3898314	A	G	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=1.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.285;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,87:0.44:199
chr10	70730197	rs17471610	C	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.904;NF=6;NR=8;PP=206;ReadPosRankSum=0.628;SC=TTCATTCATTCAGTGAATACC;SOR=0.357;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=14;WE=70730205;WS=70730187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr10	70733266	rs5030899	T	G	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=4.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,44:0.51:86
chr10	70734589	rs3740595	T	A	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.779;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.06;ReadPosRankSum=-0.722;SOR=0.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,123:0.95:129
chr10	70734599	rs5030902	A	T	2871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.09;ReadPosRankSum=-1.101;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,127:0.98:130
chr10	70742192	rs2251911	T	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=212;ReadPosRankSum=-0.625;SC=TAAGCACTTATGTTATCACCT;SOR=0.483;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=17;WE=70742200;WS=70742182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr10	70765431	.	G	GA	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=8.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.260;QD=5.15;ReadPosRankSum=1.611;SOR=0.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr10	70856852	rs2229498	G	A	4202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr10	70884013	rs5030909	G	A	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	70892791	rs5030932	C	T	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=26;PP=979;SC=ACGGAGAATCCGTTTCAGGAA;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=55;WE=70892799;WS=70892781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	70922159	rs61871361	T	C	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	70931199	rs34811737	G	A	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=21;PP=539;SC=TGAAATGTTCGTTCATGTATA;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=70931207;WS=70931189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	70945840	rs5030910	C	T	5827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr10	70946097	rs72812152	A	G,AG	1705.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=38.77;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,13,31:0.30,0.70:44
chr10	70951346	rs11817569	T	C	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=6;PP=871;SC=GAACACCCTGTTAAATATCCA;SOR=2.584;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=39;WE=70951354;WS=70951336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	70955056	rs5018859	A	G	12262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr10	70958327	rs5030911	C	T	4471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=93;PP=2679;SC=TGACTTTCCTCGTGACAAGAT;SOR=1.581;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=54;TCR=93;TR=147;WE=70958335;WS=70958317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr10	70968804	rs35757450	G	GT	421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=14;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=172;ReadPosRankSum=-1.086;SC=TTCTGTTCCTGTTTTTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=16;WE=70968812;WS=70968794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,25:0.89:28
chr10	70992413	rs874557	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=39;ReadPosRankSum=1.834;SC=ATGATACCTAGTGGCTGTGAT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=70992421;WS=70992403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr10	70992664	rs874556	C	T	3246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.795;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=65;PP=1951;ReadPosRankSum=-0.829;SC=GGGAACGGCACAGAGGTACCT;SOR=0.813;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=314;TCF=174;TCR=140;TR=151;WE=70992672;WS=70992654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,163:0.49:335
chr10	70992912	rs5030970	A	T	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.442;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=50;PP=1045;ReadPosRankSum=-0.499;SC=GGGAAGCAGCAGTGCAGGAAT;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=195;TCF=78;TCR=117;TR=79;WE=70992920;WS=70992902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,90:0.42:215
chr10	70992949	rs5030971	T	A	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.733;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=645;ReadPosRankSum=0.280;SC=TGGGCACGGGTGGGAGTCAGG;SOR=1.594;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=121;TCF=44;TCR=77;TR=40;WE=70992957;WS=70992939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,46:0.35:132
chr10	70992970	rs5030972	G	A	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.407;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=403;ReadPosRankSum=0.811;SC=CTGCACGCAGGAGAGAACAGC;SOR=1.516;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=91;TCF=27;TCR=64;TR=28;WE=70992978;WS=70992960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,32:0.33:97
chr10	70998738	rs4145930	G	A	4760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=97;NR=72;PP=2745;SC=AAGTTTCTGCGGCTCAGTTGC;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=97;TCR=72;TR=169;WE=70998746;WS=70998728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr10	71010026	rs4745978	T	C	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=18;PP=1046;SC=GGAATGCAGCTGCTGCTTTCT;SOR=1.319;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=63;WE=71010034;WS=71010016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	71010375	rs5030948	C	T	2555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.382;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=66;PP=1483;ReadPosRankSum=-0.360;SC=GCTTCACATTCTCATTTCCCT;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=126;TCR=165;TR=116;WE=71010383;WS=71010365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,129:0.41:311
chr10	71016609	rs78505997	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=-1.097;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
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chr10	71027231	rs2611	G	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.537;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=532;ReadPosRankSum=1.635;SC=TGTGTTGCAGGTGTTGATAGT;SOR=0.777;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=33;WE=71027239;WS=71027221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr10	71027252	.	A	G	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.992;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=525;ReadPosRankSum=0.534;SC=TGTTTTAAGGATTGTTAGGTA;SOR=0.689;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=39;WE=71027260;WS=71027242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr10	71055232	rs2894081	T	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=20;ReadPosRankSum=-0.903;SC=ATCCAGAGAATTGGTAATCAT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=3;WE=71055240;WS=71055229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr10	71055459	rs4746837	T	C	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=2.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.56;ReadPosRankSum=2.231;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,81:0.55:148
chr10	71060610	rs906220	A	G	4056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr10	71060634	rs906221	G	A	3868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr10	71060696	rs906222	G	A	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=41;PP=1248;SC=AGGATACAAGGTTAATATACA;SOR=1.545;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=64;WE=71060715;WS=71060686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	71060707	rs906223	T	A	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=32;PP=963;SC=TTAATATACATAAATCAATTG;SOR=1.487;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=71060715;WS=71060686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	71098195	rs906216	G	T	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=1.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	71098295	rs7912524	T	A	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=47;PP=1585;SC=CAGCTGGAAGTGGTGCTGTGC;SOR=0.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=99;WE=71098303;WS=71098285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr10	71098436	rs111495357	AGTGTGTGT	A	290.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.63;QD=36.34;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	71103597	rs1133189	C	G	3862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=89;NR=37;PP=2336;SC=ACAAGTATCTCTATGCCATGC;SOR=1.592;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=89;TCR=37;TR=126;WE=71103605;WS=71103587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr10	71142420	rs748235	G	A	3354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.693;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,170:0.44:387
chr10	71144324	rs2305196	G	A	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.884;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=714;ReadPosRankSum=-1.252;SC=CCGCCACGGGGTGCCCACATG;SOR=0.874;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=45;WE=71144332;WS=71144314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,50:0.63:79
chr10	71144702	rs749105	G	A	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.860;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=587;ReadPosRankSum=-0.205;SC=CTCAGTGATCGGGCAGCACTG;SOR=1.351;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=80;TCF=16;TCR=64;TR=32;WE=71144710;WS=71144692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,36:0.41:88
chr10	71152091	rs2278745	T	C	5371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=101;PP=2965;SC=GAGAGGACACTCACAGTCAGG;SOR=1.535;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=63;TCR=101;TR=164;WE=71152099;WS=71152081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr10	71158268	rs1227938	C	T	3529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=6.579;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.03;ReadPosRankSum=-0.653;SOR=2.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chr10	71167119	rs10998762	G	A	6616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=102;NR=130;PP=2965;SC=AGGACCCCTTGCACCCACCTG;SOR=1.075;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=102;TCR=130;TR=232;WE=71167127;WS=71167109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr10	71168620	.	GCCAGCCCCCCGCCCCCTCCAGGCCCCGCCCCCT	G	1212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.79;MQRankSum=0.000;QD=35.67;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr10	71168685	rs55953810	A	T	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=60;NR=29;PP=2163;SC=CACCTTCTTCATGGCCTGCAG;SOR=1.280;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=61;TCR=29;TR=89;WE=71168693;WS=71168675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	71168945	rs1549797	C	G	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=30;PP=851;SC=GCGGGCCCACCCTGGGCGCCT;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=71168953;WS=71168935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	71174636	rs150956058	TAC	T	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=743;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=5.378;QD=0.14;ReadPosRankSum=-0.698;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:651,70:0.10:721
chr10	71175609	rs10998765	T	C	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=7;PP=690;SC=TGCTGTGTAATCACAGGCATG;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=71175617;WS=71175599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	71176012	rs5030920	A	G	8412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=140;NR=159;PP=2965;SC=GAAGGCTGTGATGCCCGTGGT;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=299;TCF=140;TCR=159;TR=299;WE=71176020;WS=71176002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr10	71243323	rs10823396	C	G	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=7;PP=574;SC=CTAACAGGGCCCTTTCTGTGC;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=71243331;WS=71243313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	71244832	rs2305201	C	A	5559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr10	71267412	rs1665583	T	G	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=4.988;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,45:0.51:89
chr10	71267417	rs3750790	T	G	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.06;ReadPosRankSum=3.745;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
chr10	71390392	rs1947741	C	T	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=5.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.13;ReadPosRankSum=1.855;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,99:0.40:247
chr10	71391707	rs2262274	C	T	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.528;NF=11;NR=21;PP=1653;ReadPosRankSum=-0.539;SC=CTGAAGCCCTCTTTGCAGAGA;SOR=0.486;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=37;TCR=74;TR=32;WE=71391727;WS=71391697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,39:0.32:120
chr10	71391719	rs144716370	C	CTGGGTAAGACT	873.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=2.731;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,27:0.29:92
chr10	71392495	rs2616089	T	A	3110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=5.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.08;ReadPosRankSum=-1.024;SOR=1.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,82:0.50:163
chr10	71392501	rs2616088	G	C	3162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=5.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.18;ReadPosRankSum=-0.321;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,84:0.48:174
chr10	71392557	rs12020	C	T	2179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.305;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,116:0.41:282
chr10	71392692	rs1052152	T	C	3324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=76;PP=1744;ReadPosRankSum=0.875;SC=AGTGGCATCTTGGCAACCATG;SOR=0.705;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=357;TCF=183;TCR=174;TR=154;WE=71392700;WS=71392682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,169:0.44:380
chr10	71562437	rs10998973	G	A	2095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,104:0.49:214
chr10	71620388	rs10762320	G	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.811;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,28:0.35:81
chr10	71620436	rs67173564	A	AC	2611.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.12;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,91:0.49:185
chr10	71620671	rs4341432	C	G	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.137;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=319;ReadPosRankSum=1.704;SC=GCTAGGCTGGCGAACGGCTTC;SOR=0.201;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=22;WE=71620679;WS=71620661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr10	71627527	rs139715885	C	T	2377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.573;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=54;PP=1428;ReadPosRankSum=1.026;SC=ATGACACTGACCCAGGCATTT;SOR=0.932;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=173;TCF=82;TCR=91;TR=101;WE=71627535;WS=71627517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,111:0.58:190
chr10	71637905	rs10823446	C	A	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=603;ReadPosRankSum=-0.396;SC=AGCCCTCCCCCCCATGAAAGC;SOR=0.480;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=44;WE=71637913;WS=71637895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,44:0.43:103
chr10	71647056	rs117142832	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=213;ReadPosRankSum=0.611;SC=TCATCTTTCTCCATCTTCCCT;SOR=0.495;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=20;WE=71647064;WS=71647046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr10	71647196	rs113746607	G	GT	916.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=-2.317;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,75:0.56:133
chr10	71648002	rs41277956	C	T	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.177;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=55;PP=1507;ReadPosRankSum=0.994;SC=GCCCAGGCAGCCTCTTTGGCA;SOR=0.852;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=273;TCF=147;TCR=126;TR=122;WE=71648010;WS=71647992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,126:0.43:293
chr10	71648213	rs74503792	C	CA	528.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.536;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=480;ReadPosRankSum=0.330;SC=TGAAGGTTGTCACTAGTGGGA;SOR=1.483;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=13;WE=71648221;WS=71648203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr10	71649309	rs2683572	A	G	4254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=77;PP=2478;SC=ATGGCTGTCCATGCTGGTCAC;SOR=0.985;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=149;TCF=71;TCR=78;TR=146;WE=71649317;WS=71649299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr10	71655443	rs1227744	G	A	5329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=120;PP=2965;SC=TCATGGGGGAGCAGGAGCACC;SOR=1.318;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=77;TCR=120;TR=197;WE=71655451;WS=71655433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr10	71657272	rs1227746	A	G	18659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=707;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,706:1.00:706
chr10	71658512	rs1227747	G	A	20557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=790;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=353;NR=390;PP=2965;SC=AAAGGCGGACGTTCCAGGTAG;SOR=0.822;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=744;TCF=354;TCR=390;TR=743;WE=71658520;WS=71658502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,788:1.00:788
chr10	71664661	.	CT	C	1130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=3.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.900;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.322;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,99:0.76:131
chr10	71665676	rs2683575	G	C	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=40;PP=908;SC=TTCCAACCTAGGTGGCTGTGC;SOR=2.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=49;WE=71665684;WS=71665666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	71678058	rs2274181	C	G	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	71681530	rs2274180	C	A	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=17;PP=735;ReadPosRankSum=-0.268;SC=GCAGGGGCACCGAGGCAGGAG;SOR=0.689;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=77;TCR=34;TR=56;WE=71681538;WS=71681520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,60:0.49:123
chr10	71681766	rs4237324	A	G	2585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.032;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,138:0.44:316
chr10	71685532	rs1227778	G	C	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.072;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=748;ReadPosRankSum=1.259;SC=GGTCCAGGCCGTGGGTTGAGA;SOR=0.890;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=141;TCF=84;TCR=57;TR=58;WE=71685540;WS=71685522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,60:0.39:155
chr10	71686677	rs2274178	G	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=-1.117;SOR=0.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr10	71686905	rs3215785	CG	C	2059.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.052;NF=4;NR=43;PP=979;ReadPosRankSum=0.220;SC=GGGCACTGGACGGGGGGGCTG;SOR=0.691;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=99;TCF=7;TCR=92;TR=47;WE=71686913;WS=71686895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,85:0.48:177
chr10	71689645	rs2763339	T	G	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=355;ReadPosRankSum=-1.530;SC=AGAGAGGCAATGCAAATTCAT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=27;WE=71689653;WS=71689635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr10	71689966	rs59283631	TG	T	645.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.45;ReadPosRankSum=0.684;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr10	71689968	rs115514231	G	A	654.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=5.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.84;ReadPosRankSum=0.332;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr10	71692556	rs7094009	C	G	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.754;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=35;PP=670;ReadPosRankSum=2.358;SC=CACAGAGCACCTCCCATGCTT;SOR=1.133;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=122;TCF=39;TCR=83;TR=47;WE=71692564;WS=71692546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,49:0.39:126
chr10	71697229	rs3750782	A	G	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=304;ReadPosRankSum=0.459;SC=AACTGAGGCGAGAGTAGGCTA;SOR=0.655;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=18;WE=71697237;WS=71697225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr10	71697516	rs3750781	G	C	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=-1.101;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,50:0.50:101
chr10	71703995	rs3750780	A	G	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=44;PP=1288;SC=CTGGGACCCAACACCAGGGGT;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=67;WE=71704003;WS=71703985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
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chr10	71868763	rs2271698	G	A	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.926;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=1060;ReadPosRankSum=-0.172;SC=GAAATAACCCGCGGCATTTTC;SOR=0.665;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=128;TCF=70;TCR=58;TR=74;WE=71868771;WS=71868753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,85:0.58:147
chr10	71876382	rs2394656	C	T	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.57;SOR=1.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	71880757	rs4746962	A	C	10035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=220;NR=131;PP=2965;SC=GCTCTGAGTAACCCCGTGGCC;SOR=1.321;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=353;TCF=220;TCR=133;TR=351;WE=71880765;WS=71880747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr10	71880791	rs73273531	C	G	3803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=87;PP=2474;ReadPosRankSum=-0.495;SC=CCTAGGCATCCCCAAGGCTGT;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=533;TCF=303;TCR=230;TR=205;WE=71880799;WS=71880781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,216:0.38:564
chr10	71905695	rs10999158	A	G	16776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=371;NR=229;PP=2965;SC=GCAATGGCGCACCCTTGGGCA;SOR=1.278;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=600;TCF=371;TCR=229;TR=600;WE=71905703;WS=71905685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,645:1.00:645
chr10	71974468	rs7911572	C	T	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=38;PP=1088;SC=TCTTTATTCGCATTTAAGAAT;SOR=1.539;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=62;WE=71974476;WS=71974458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	71993094	rs7077538	T	G	7358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.86;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr10	72015409	rs10999212	C	A	4718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=92;PP=2907;ReadPosRankSum=1.233;SC=AGGAGTAGAGCGGGTAGGAGC;SOR=0.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=303;TCF=157;TCR=146;TR=191;WE=72015417;WS=72015399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,213:0.63:338
chr10	72025954	rs3812696	G	A	2664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.428;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=53;PP=1682;ReadPosRankSum=2.485;SC=TCTTGAGCACGATGAAACAGA;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=262;TCF=150;TCR=112;TR=124;WE=72025962;WS=72025944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,132:0.46:288
chr10	72026310	rs3812698	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=1.316;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr10	72037687	rs35789490	T	TG	1883.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.479;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.175;NF=16;NR=23;PP=1257;ReadPosRankSum=0.460;SC=CTCTAGATGTTGGGGAAGACT;SOR=0.978;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=106;TCF=38;TCR=68;TR=39;WE=72037695;WS=72037677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,76:0.42:179
chr10	72043255	rs141702769	GTCTC	G	4048.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=2720;ReadPosRankSum=-1.266;SC=GGCACCCCAGGTCTCTCTCCC;SOR=0.697;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=187;TCF=88;TCR=99;TR=59;WE=72043266;WS=72043245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,115:0.38:302
chr10	72043389	rs1889394	T	G	17465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=680;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,678:1.00:678
chr10	72061079	rs10740336	C	T	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=16;PP=979;SC=GTGGCCTCTGCCCCTTGCTGG;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=51;WE=72061087;WS=72061069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	72061420	rs4746997	A	G	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=42;PP=1210;SC=AGCCCTGTGCAAAGGGCCATC;SOR=2.507;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=53;WE=72061428;WS=72061410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	72083914	rs3750763	G	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=327;ReadPosRankSum=0.537;SC=AGGCCACAGAGGGAGCCCCGC;SOR=0.579;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=22;WE=72083922;WS=72083904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr10	72181460	rs3793809	G	T	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.378;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=815;ReadPosRankSum=-0.102;SC=TCATTTTATTGGTCCTAACTA;SOR=0.336;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=58;WE=72181468;WS=72181450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,60:0.62:96
chr10	72195844	rs7909303	T	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.464;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=498;ReadPosRankSum=-0.282;SC=TTACCTTATATAGAATTACCT;SOR=1.075;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=29;WE=72195852;WS=72195834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
chr10	72207517	rs34717077	AC	A	3437.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=20;PP=2727;SC=CCACCAGCCTACCAGATTGTG;SOR=2.327;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=66;WE=72207525;WS=72207507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	72288900	rs10999377	G	A	1510.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=8.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.000;QD=18.65;ReadPosRankSum=-2.221;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,72:0.89:81
chr10	72288964	.	GCCCC	G,GC	2271.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.331;QD=29.12;ReadPosRankSum=2.356;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,40,32:0.51,0.41:78
chr10	72288969	.	C	A	432.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.541;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=1.350;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.350;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr10	72288970	.	C	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-0.714;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.932;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,29:0.35:82
chr10	72288971	.	C	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=10.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-0.461;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.846;SOR=0.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,17:0.19:88
chr10	72289126	rs10823560	T	C	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.64;ReadPosRankSum=0.018;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr10	72289701	rs2275059	G	A	2676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=2.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=1.453;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,130:0.52:248
chr10	72290982	rs117602206	C	T	4642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=1.565;SC=TGAGGTGGGGCAGTGGTGCAG;SOR=0.668;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=315;TCF=199;TCR=116;TR=203;WE=72290990;WS=72290972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,215:0.64:336
chr10	72291172	rs61737673	G	A	6936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=176;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.862;SC=TGGACCCGGGGTCCGGGTGGA;SOR=0.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=521;TCF=228;TCR=293;TR=312;WE=72291180;WS=72291162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,331:0.61:541
chr10	72293850	rs869574	C	T	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=35;PP=820;ReadPosRankSum=-0.523;SC=CGGGGCCCAGCGTCCTGAAGG;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=42;TCR=65;TR=58;WE=72293858;WS=72293840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,71:0.55:130
chr10	72298631	rs1122918	T	C	15591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=334;NR=248;PP=2965;SC=GTCCCAGGCTTGGTGCTCTCC;SOR=0.950;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=585;TCF=337;TCR=248;TR=582;WE=72298639;WS=72298621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,599:1.00:599
chr10	72307101	rs3740447	C	T	3917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=75;PP=2080;ReadPosRankSum=-0.560;SC=CGATGGGCACCGTGTGAAGAA;SOR=0.626;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=286;TCF=143;TCR=143;TR=154;WE=72307109;WS=72307091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,182:0.57:322
chr10	72324052	rs117649012	G	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=255;ReadPosRankSum=0.739;SC=AGGGCAGCAGGGTGGCATGTT;SOR=1.038;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=18;WE=72324060;WS=72324042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr10	72324143	rs7093516	A	G	5397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=70;PP=2965;SC=AAGAGGCGCAAGAAATGCGGA;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=104;TCR=71;TR=174;WE=72324151;WS=72324133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr10	72326163	rs4747057	G	C	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.981;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=417;ReadPosRankSum=-0.016;SC=CTGTGAGGTAGAGTCTTTTCC;SOR=0.171;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=23;WE=72326171;WS=72326153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr10	72358577	rs885822	G	A	4219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=102;PP=2417;ReadPosRankSum=0.381;SC=CCACTTCCGAGTGGCGCTCCC;SOR=0.747;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=490;TCF=244;TCR=246;TR=204;WE=72358585;WS=72358567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,220:0.42:521
chr10	72358655	rs885821	G	A	3227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=89;PP=2096;ReadPosRankSum=1.406;SC=CCTTGGCTTCGGCAGAGATGC;SOR=0.833;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=437;TCF=210;TCR=227;TR=163;WE=72358663;WS=72358645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,172:0.37:459
chr10	72434194	rs614201	G	A	3435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=35;PP=2248;SC=TCAGGCTAAGGGGCCCACCTA;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=81;TCR=35;TR=116;WE=72434202;WS=72434184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	72492212	rs2587478	T	C	3492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=75;PP=2382;SC=TTGGCCTGGTTCCAGTGTCCT;SOR=1.951;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=33;TCR=75;TR=108;WE=72492220;WS=72492202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr10	72492244	rs10740357	A	C	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=46;PP=1388;SC=GAGGAGCTGGACTGCCACTGC;SOR=3.370;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=9;TCR=47;TR=55;WE=72492252;WS=72492234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	72493876	rs10740358	T	C	5021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=101;PP=2520;SC=TTCCCCACGTTGCCCCTGGCT;SOR=1.184;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=72;TCR=102;TR=173;WE=72493884;WS=72493866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr10	72494778	rs12765664	G	A	3416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=34;PP=2171;SC=AAGGCAGCCCGTCCTCCCTGG;SOR=1.628;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=83;TCR=34;TR=117;WE=72494786;WS=72494768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr10	72496375	rs1861517	A	G	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=18;PP=1895;SC=CTCCATCACTACCCTTTGTTC;SOR=2.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=68;TCR=18;TR=86;WE=72496383;WS=72496365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	72500763	rs10823607	T	C	10594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=212;NR=166;PP=2965;SC=GGAGGCCGCCTGTGCTTAGGG;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=379;TCF=212;TCR=167;TR=378;WE=72500771;WS=72500753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr10	72500863	rs10999500	C	G	9032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=140;NR=169;PP=2965;SC=AGCGCAACTCCTACTATGTGC;SOR=0.886;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=310;TCF=140;TCR=170;TR=309;WE=72500871;WS=72500853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr10	72503344	rs10999502	G	A	12570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=220;NR=220;PP=2965;SC=CGGCGGACACGGGGGACGTGG;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=441;TCF=220;TCR=221;TR=440;WE=72503352;WS=72503334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,477:1.00:477
chr10	72505315	rs2791183	A	G	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=16;PP=485;SC=CCCTGGGGGCAGTTTTCTTCC;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=72505323;WS=72505305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	72511778	rs10999511	T	C	3428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=25;PP=2387;SC=CCACAGGTACTGCCCCTGAGG;SOR=2.053;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=87;TCR=25;TR=112;WE=72511786;WS=72511768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	72517830	rs10999516	G	A	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=3.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,90:0.46:197
chr10	72517837	rs6480463	C	T	2299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.067;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=37;PP=2803;ReadPosRankSum=0.066;SC=GCAGCCTGCCCGCCTGTGGAG;SOR=0.473;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=166;TCF=99;TCR=67;TR=88;WE=72517845;WS=72517820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,107:0.54:197
chr10	72517959	rs142793104	C	T	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.241;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=43;PP=1188;ReadPosRankSum=-0.236;SC=CGGTGAGGGCCGATGTCTGGG;SOR=0.685;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=225;TCF=122;TCR=103;TR=88;WE=72517967;WS=72517949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,93:0.39:237
chr10	72518009	rs4747096	A	G	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=42;PP=1247;ReadPosRankSum=-0.280;SC=CCACAATCTGAACCCCTACAT;SOR=0.696;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=233;TCF=122;TCR=111;TR=88;WE=72518017;WS=72517999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,96:0.38:251
chr10	72518075	rs4747097	C	T	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=47;PP=1075;ReadPosRankSum=1.145;SC=CCCTGCTCCCCAGACCTTTCA;SOR=0.789;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=228;TCF=108;TCR=120;TR=85;WE=72518083;WS=72518065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,94:0.37:255
chr10	72520330	rs10823615	A	G	11760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=995;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=268;NR=249;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.377;SC=CAGATGCTGCAGAGCCTCCTG;SOR=0.763;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=935;TCF=475;TCR=460;TR=517;WE=72520338;WS=72520320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:439,550:0.56:989
chr10	72520567	rs10823616	A	G	6598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=1.067;SC=AAGACCTGAGACATCCCGGCA;SOR=0.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=505;TCF=202;TCR=303;TR=271;WE=72520575;WS=72520557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,289:0.54:540
chr10	72520660	rs10999519	T	C	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.094;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=43;PP=748;ReadPosRankSum=0.724;SC=TACTGCCCCGTGACTCCCAGC;SOR=0.418;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=143;TCF=49;TCR=94;TR=71;WE=72520668;WS=72520650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,74:0.49:150
chr10	72533910	rs7077672	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=302;ReadPosRankSum=-0.101;SC=CCAGGTCCCACTGGCCTCACC;SOR=1.306;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=20;WE=72533918;WS=72533900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr10	72534212	rs7078118	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=163;ReadPosRankSum=-0.119;SC=GCAGCTTTCTCTAAGCATCCC;SOR=0.760;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=10;WE=72534220;WS=72534202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr10	72535007	rs2254174	C	T	12888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=238;NR=206;PP=2965;SC=TTCCAGGATCCGACACAGGAG;SOR=0.761;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=444;TCF=238;TCR=206;TR=444;WE=72535015;WS=72534997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
chr10	72536288	rs7897034	T	C	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.00;ReadPosRankSum=-1.460;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,35:0.74:47
chr10	72536293	rs2254308	T	C	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.84;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr10	72536936	rs2254433	A	G	11656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=204;NR=212;PP=2965;SC=GAAGGAGGAAAGCCTGGACTC;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=417;TCF=205;TCR=212;TR=416;WE=72536944;WS=72536926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr10	72537151	rs2461882	T	C	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=285;ReadPosRankSum=-1.604;SC=GGAAGAGGGCTGAGGGGAGGA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=29;WE=72537159;WS=72537141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr10	72537450	rs2254445	T	C	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=36;NR=6;PP=1022;SC=TAGGTCCTCCTTGCTGCTCCT;SOR=3.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=42;WE=72537458;WS=72537440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	72537620	rs67979347	C	T	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=3.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:305,114:0.27:419
chr10	72538442	rs67842825	C	T	4028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=98;PP=2470;ReadPosRankSum=1.275;SC=GGCCCTCCTCCCCTCCCTGTG;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=366;TCF=170;TCR=196;TR=180;WE=72538450;WS=72538432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,195:0.50:391
chr10	72539520	rs67855239	G	A	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=59;PP=1273;ReadPosRankSum=-0.280;SC=TAGAGGCTGTGGGAAGGGAGG;SOR=0.794;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=275;TCF=120;TCR=155;TR=101;WE=72539528;WS=72539510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,108:0.37:291
chr10	72543247	rs147241608	C	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=4.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=337;ReadPosRankSum=0.300;SC=GGAACTCTCACGAACTGGTGG;SOR=1.230;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=20;WE=72543255;WS=72543237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr10	72614421	rs2171157	T	C	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=24;PP=1868;SC=CTGTCTCTACTGTACTCTTGC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=74;TCR=25;TR=98;WE=72614429;WS=72614411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	72617256	rs2297842	A	T	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	72619205	rs827255	C	T	11530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=201;NR=206;PP=2965;SC=AGGCAGAAATCGTGAGGATAG;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=411;TCF=204;TCR=207;TR=407;WE=72619213;WS=72619195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr10	72620134	.	CT	C	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=2.109;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,17:0.19:90
chr10	72633458	rs10762410	C	T	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=27;PP=733;SC=TTGTCTCCTGCGATATAGAGG;SOR=3.442;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=72633466;WS=72633448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	72636450	rs923177	T	G	11341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=196;NR=195;PP=2965;SC=TTTCTTCTCTTGGAAATTTAG;SOR=0.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=391;TCF=196;TCR=195;TR=391;WE=72636458;WS=72636440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr10	72643671	rs9712	C	T	4255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.381;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=56;PP=2412;ReadPosRankSum=-0.720;SC=TCAGTCACCCCTTCCCCCGGA;SOR=0.513;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=87;TCR=58;TR=141;WE=72643679;WS=72643661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,158:0.99:159
chr10	72648083	rs2854614	TC	GT	3616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.78;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	72648086	rs827239	A	G	3616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.65;SOR=1.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	72648134	rs827238	A	G	4444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr10	73039860	rs4415677	C	T	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=48;PP=1423;SC=GAGGCACAGGCCTAGCTCCAT;SOR=1.936;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=69;WE=73039868;WS=73039850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	73044382	rs10823716	T	A	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=21;PP=1457;SC=TGGGCAAGAGTGCCAGCAGGA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=73;WE=73044390;WS=73044372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	73044413	rs10762434	G	C	3508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=26;PP=2419;SC=AAGGCCGGGGGTGTCCTGTGC;SOR=1.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=83;TCR=26;TR=109;WE=73044421;WS=73044403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr10	73044580	rs12770025	G	A	20571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=780;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=387;NR=339;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.478;SC=GGAGCTCCGCGGGCACCACCA;SOR=0.076;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=732;TCF=392;TCR=340;TR=726;WE=73044588;WS=73044570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,774:1.00:777
chr10	73044674	rs10999762	G	A	22869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=877;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=389;NR=453;PP=2965;SC=CCATCCCTGAGGATGCTGGAG;SOR=0.923;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=844;TCF=390;TCR=454;TR=842;WE=73044682;WS=73044664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,875:1.00:875
chr10	73044924	rs7350453	A	G	3222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.39;SOR=2.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	73044930	rs7350455	C	T	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.97;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	73044954	rs6480503	A	G	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=30;PP=2092;SC=GAAATTTCCCAGGCAAAGGCC;SOR=1.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=77;TCR=30;TR=107;WE=73044962;WS=73044944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr10	73047593	rs7074280	G	A	12743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=214;NR=257;PP=2965;SC=TGCCAGAGCCGGGACAGCCAT;SOR=0.935;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=474;TCF=215;TCR=259;TR=471;WE=73047601;WS=73047583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr10	73050983	rs3740462	C	T	4356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=95;PP=2965;SC=CCAGAGTTTGCTCTAGAGATA;SOR=1.989;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=38;TCR=95;TR=133;WE=73050991;WS=73050973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr10	73078862	rs7924115	C	G	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=-2.504;SOR=1.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr10	73079004	rs72542481	C	T	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-1.019;QD=8.79;ReadPosRankSum=-2.191;SOR=1.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr10	73079147	rs17525188	G	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=76;ReadPosRankSum=-0.830;SC=TCCCTCCCGGGCCCTGGGGGC;SOR=1.139;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=7;WE=73079155;WS=73079137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr10	73082563	rs2277257	A	G	4184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=2.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=-1.963;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,209:0.55:383
chr10	73103904	rs41281300	C	G	2411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.634;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=25;PP=1584;ReadPosRankSum=-1.019;SC=TCTCTGCTCGCGTGGAACTGC;SOR=0.631;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=157;TCF=113;TCR=44;TR=92;WE=73103912;WS=73103894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,102:0.61:168
chr10	73104056	rs2243540	A	G	16849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=305;NR=299;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.767;SC=CAGGTAGGCGACTCTCTTCCC;SOR=0.696;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=606;TCF=306;TCR=300;TR=604;WE=73104064;WS=73104046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,635:1.00:637
chr10	73111258	rs780667	G	T	5063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=46;PP=2965;SC=TGGCTCACCAGCCCCAGCCCA;SOR=1.842;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=124;TCR=46;TR=169;WE=73111266;WS=73111248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr10	73111408	rs780668	C	T	17780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=337;NR=290;PP=2965;SC=GTGGACACTTCCTCCTGGACC;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=632;TCF=339;TCR=293;TR=627;WE=73111416;WS=73111384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,660:1.00:660
chr10	73115941	rs2252997	TG	CA	15474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.85;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr10	73121645	rs2487067	C	A	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=6;PP=1462;SC=TGAGTGCCCACCCCTGGCTGT;SOR=3.360;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=54;TCR=6;TR=60;WE=73121653;WS=73121635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	73121913	rs2487068	A	G	27850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=1063;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=549;NR=485;PP=2965;SC=CTACCCCGCCATCTGCACCAA;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1038;TCF=550;TCR=488;TR=1034;WE=73121921;WS=73121903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1061:1.00:1061
chr10	73121945	rs1084004	T	C	30466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=1101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=556;NR=514;PP=2965;SC=TCAACAAGGGTTCGGGCTCAC;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1076;TCF=557;TCR=519;TR=1070;WE=73121953;WS=73121924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1098:1.00:1098
chr10	73199501	rs4747153	C	A	4136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=74;PP=2478;ReadPosRankSum=-0.068;SC=CTCTCTGGAGCTGCAGAGGTG;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=328;TCF=191;TCR=137;TR=176;WE=73199509;WS=73199491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,194:0.54:362
chr10	73269714	rs2297953	T	C	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=13;PP=2012;SC=TGTGATGATCTGTGGCCTGCT;SOR=2.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=77;TCR=13;TR=90;WE=73269722;WS=73269704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	73270906	rs3802720	T	C	12418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=206;NR=225;PP=2965;SC=ACATCCAGGTTGGGGATGTGA;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=431;TCF=206;TCR=225;TR=431;WE=73270914;WS=73270896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr10	73270982	rs3802719	G	A	12953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=124;NR=150;PP=2965;SC=AGGAGCCACTGGGGTTACCCT;SOR=0.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=124;TCR=151;TR=274;WE=73271003;WS=73270972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr10	73270995	rs3802718	A	G	12091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=140;PP=2965;SC=GTTACCCTTGAGGGTATCAGA;SOR=1.100;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=102;TCR=140;TR=241;WE=73271003;WS=73270972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr10	73377263	rs75714857	C	T	2233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.868;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,110:0.54:202
chr10	73377314	rs7903772	C	G	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=66;PP=1888;SC=AATCACTAGTCTCTACTTTTG;SOR=1.633;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=33;TCR=66;TR=99;WE=73377322;WS=73377304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	73403490	rs10823810	A	G	5363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=57;PP=2965;SC=CTAGGGTGTGATCCTGGGGTC;SOR=1.467;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=122;TCR=58;TR=178;WE=73403498;WS=73403480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr10	73406599	rs2305210	G	A	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=23;PP=714;SC=GAGGGGTGACGAGACTGAGCT;SOR=2.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=31;WE=73406607;WS=73406589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	73434906	rs10999947	G	A	2800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.03;ReadPosRankSum=0.897;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,137:0.54:254
chr10	73439066	rs3802717	A	T	1863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.738;HP=7;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=90;PP=2424;ReadPosRankSum=-0.725;SC=AGTCTTCCCCACCCTCCCAGC;SOR=0.408;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=288;TCF=116;TCR=172;TR=152;WE=73439074;WS=73439056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,108:0.54:199
chr10	73439101	rs1227042	T	C	14536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=221;NR=331;PP=2965;SC=TGGCCCCCAGTCTCCTGCAGG;SOR=1.332;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=556;TCF=222;TCR=334;TR=552;WE=73439109;WS=73439091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,548:1.00:548
chr10	73455201	rs3752752	T	C	24123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=939;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,939:1.00:939
chr10	73455273	rs3752751	T	C	14915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=251;NR=314;PP=2965;SC=CAGACTCTGATGTGACCACGG;SOR=0.942;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=567;TCF=251;TCR=316;TR=565;WE=73455281;WS=73455263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,581:1.00:581
chr10	73455308	rs3752750	T	C	8847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=205;PP=2965;SC=GCAGCAGAACTGCCAGGCGGC;SOR=1.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=331;TCF=126;TCR=205;TR=331;WE=73455316;WS=73455298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr10	73490310	rs41281316	G	A	2161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.08;ReadPosRankSum=-1.073;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,104:0.58:179
chr10	73492079	rs1227065	A	G	16932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=283;NR=312;PP=2965;SC=GTACCGCTTCAACGCCTACAC;SOR=0.894;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=596;TCF=284;TCR=312;TR=595;WE=73492087;WS=73492069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,641:1.00:641
chr10	73494159	rs1227062	T	A	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=53;PP=2087;SC=TGACACTTCCTAACCCATGTC;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=103;WE=73494167;WS=73494149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr10	73494229	rs1227061	T	C	2962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=33;PP=2238;SC=AGCCTGAGGCTTCGCCATGTC;SOR=1.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=93;WE=73494237;WS=73494219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	73499561	rs10762474	C	G	3890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=68;PP=2253;SC=ACTGAGAGACCACTGGCTAAG;SOR=0.804;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=139;TCF=69;TCR=70;TR=137;WE=73499569;WS=73499551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
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chr10	73501374	rs1227052	C	T	7043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=71;PP=2965;SC=GGGGAGCCTTCGGGCTACAGG;SOR=1.600;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=155;TCR=72;TR=225;WE=73501382;WS=73501364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr10	73501556	rs1227051	G	A	20422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=785;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,782:1.00:782
chr10	73511658	rs74649893	G	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=424;ReadPosRankSum=0.281;SC=TGTGCTGTCCGGAGCGTGAAC;SOR=0.918;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=33;WE=73511666;WS=73511648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,37:0.38:98
chr10	73513641	rs188082598	C	T	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.80;ReadPosRankSum=-0.976;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,88:0.56:156
chr10	73515103	rs3747858	G	T	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.969;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=657;ReadPosRankSum=-0.747;SC=CCCAGGCAGGGAGGAATACTC;SOR=0.875;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=148;TCF=91;TCR=57;TR=57;WE=73515111;WS=73515093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,66:0.39:170
chr10	73520632	rs3747869	A	C	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr10	73533177	rs3747862	A	G	8140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=192;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.719;SC=GCCGGCCTCCAGGGCCGTGGG;SOR=0.727;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=576;TCF=262;TCR=314;TR=350;WE=73533185;WS=73533167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,382:0.61:624
chr10	73537358	rs41281328	G	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.673;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=178;ReadPosRankSum=1.499;SC=AGTGAGTTCAGCCCAGGAGAA;SOR=1.574;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=12;WE=73537366;WS=73537348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr10	73537388	rs7917781	T	C	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=210;ReadPosRankSum=0.338;SC=GGATCCACCTTGGTCCCTCTG;SOR=0.544;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=18;WE=73537396;WS=73537378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr10	73537614	rs17712523	G	A	5678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.464;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.769;SC=CTATGCCATCGTCGCAGGCAA;SOR=0.852;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=433;TCF=215;TCR=218;TR=254;WE=73537622;WS=73537604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,270:0.57:470
chr10	73538109	rs10740390	C	G	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=42;PP=834;ReadPosRankSum=0.893;SC=TGGAGGTTGGCGAAGGATGGG;SOR=0.554;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=169;TCF=44;TCR=125;TR=59;WE=73538117;WS=73538099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,63:0.35:178
chr10	73538896	rs6480555	T	A	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=3;PP=703;ReadPosRankSum=-0.303;SC=CATATCCGACTTCCCATATGA;SOR=1.160;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=78;TCF=69;TCR=9;TR=38;WE=73538904;WS=73538886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,40:0.50:80
chr10	73544638	rs2394839	A	G	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=0.357;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,105:0.44:240
chr10	73545236	rs3802709	G	T	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=15;PP=1115;ReadPosRankSum=-0.633;SC=GGTCACTCTCGCCCCGGCGAG;SOR=0.633;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=81;TCR=24;TR=66;WE=73545244;WS=73545226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,70:0.63:111
chr10	73550117	rs11592462	C	G	7130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=0.494;SC=GCCGTGGTGACCTACCAGCTG;SOR=0.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=608;TCF=303;TCR=305;TR=327;WE=73550125;WS=73550107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,341:0.52:653
chr10	73569749	rs11000009	C	T	4070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.278;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=122;PP=2568;ReadPosRankSum=0.799;SC=ACGAGATCCCCGACCGTGTGC;SOR=1.065;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=604;TCF=277;TCR=327;TR=203;WE=73569757;WS=73569739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:424,223:0.34:647
chr10	73571521	rs11000013	G	A	2233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.466;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.238;NF=49;NR=52;PP=1424;ReadPosRankSum=0.605;SC=GTAAGTGAGGGCCATAGTGGG;SOR=0.466;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=231;TCF=106;TCR=125;TR=101;WE=73571529;WS=73571511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,107:0.43:246
chr10	73571581	rs140848302	C	CCT	2085.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.382;NF=63;NR=34;PP=2962;ReadPosRankSum=1.025;SC=CCCACCGGAGCCACAAGCCTG;SOR=0.484;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=190;TCF=118;TCR=72;TR=97;WE=73571589;WS=73571571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,55:0.52:106
chr10	73578704	rs142614739	AAGTCTC	A	1867.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.859;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.220;NF=19;NR=13;PP=1738;ReadPosRankSum=1.132;SC=CCCCACGGCCAAGTCTCAGAG;SOR=1.358;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=32;WE=73578717;WS=73578694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
chr10	73581601	rs41307569	C	A	2658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=53;PP=1602;ReadPosRankSum=0.714;SC=CATTGCACAGCCCTGACCAGG;SOR=0.714;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=324;TCF=186;TCR=138;TR=126;WE=73581609;WS=73581591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,137:0.39:349
chr10	73583520	rs2249814	G	C	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=3.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.56;ReadPosRankSum=-0.445;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,73:0.53:137
chr10	73583573	rs56911723	C	CA	2292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=0.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.33;ReadPosRankSum=-1.940;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,181:0.50:362
chr10	73591829	rs41306532	G	A	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=585;ReadPosRankSum=-1.129;SC=CACCCTGCATGAGCAGCGCTG;SOR=0.774;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=93;TCF=36;TCR=57;TR=43;WE=73591837;WS=73591819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,53:0.50:106
chr10	73594358	rs3878001	C	T	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=419;ReadPosRankSum=-0.768;SC=TGTCCTTGAGCTGGACTCTGC;SOR=0.173;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=33;WE=73594366;WS=73594348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr10	73765773	rs11000129	T	G	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=8.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=1.170;SOR=1.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,83:0.54:155
chr10	73767859	rs3740129	G	A	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=707;ReadPosRankSum=-0.461;SC=CTGGGGCTGCGGCAGCCCGCC;SOR=0.595;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=43;WE=73767867;WS=73767849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,47:0.61:77
chr10	73846826	rs1245546	C	T	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=638;ReadPosRankSum=0.378;SC=CACCAGGTCGCCAGGAGCAGC;SOR=0.931;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=37;WE=73846834;WS=73846816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,40:0.77:52
chr10	73848038	rs139928182	C	T	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=792;ReadPosRankSum=2.222;SC=GCTGCCGCGGCCAGGAGCAGC;SOR=0.585;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=55;WE=73848046;WS=73848028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,65:0.66:99
chr10	73848105	rs10713496	TG	T	525.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=350;ReadPosRankSum=-0.976;SC=GGGTTCGACCTGGGGGGGTCT;SOR=1.655;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=16;WE=73848113;WS=73848095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr10	73856984	rs3312	A	G	2020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=1.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.16;ReadPosRankSum=0.204;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,97:0.54:181
chr10	73862032	rs1668154	C	T	3502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.321;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=67;PP=1999;ReadPosRankSum=-0.549;SC=TGAAAGGGAGCTACTTCATGG;SOR=0.838;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=303;TCF=165;TCR=138;TR=150;WE=73862040;WS=73862013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,173:0.51:338
chr10	73862767	rs184265665	A	G	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.681;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,61:0.64:95
chr10	73963044	.	C	CA	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.566;QD=0.84;ReadPosRankSum=-0.081;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,20:0.26:77
chr10	73964004	rs4237336	C	T	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=5;PP=1175;SC=CGAGACTCTGCCTCAAAAAAT;SOR=2.998;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=51;WE=73964025;WS=73963994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	73970451	rs7069703	G	T	4654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=96;PP=2646;ReadPosRankSum=-0.037;SC=GAGTTTCCTGGAAGTGTCTTC;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=377;TCF=204;TCR=173;TR=209;WE=73970459;WS=73970441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,225:0.55:407
chr10	74237247	rs35126406	C	CT	9883.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=88;PP=2957;SC=CAGCACTTGTCTACCTTTTTG;SOR=0.746;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=113;TCF=23;TCR=90;TR=111;WE=74237255;WS=74237237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr10	74452931	rs112298026	AGT	A	603.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.9969;FS=1.976;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=978;ReadPosRankSum=1.781;SC=CTCTTGGGTGAGTGTGTGTGT;SOR=1.371;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=24;WE=74452942;WS=74452921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr10	74452957	.	TGA	T	550	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=27;MQ=60.92;NF=1;NR=22;PP=550;QD=24.0434782609;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=23;WE=74452966;WS=74452947;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr10	74671611	rs3750736	C	T	2438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=53;PP=1488;SC=GTACATGGGGCAGGGGGACTT;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=84;WE=74671619;WS=74671601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	74690437	.	CTT	C	381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=2.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,27:0.36:76
chr10	74695287	rs2461917	T	C	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=3;PP=634;SC=GTTGGAAGAATGAATGAGTCA;SOR=3.126;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=74695295;WS=74695277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	74769729	.	CT	C	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=11.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=1.920;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,27:0.36:76
chr10	74774158	rs185024591	C	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=151;ReadPosRankSum=0.284;SC=CAACAACAACCGCAAAAGTTT;SOR=0.563;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=12;WE=74774166;WS=74774148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr10	74885409	.	T	TTA	90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=90;QD=47.0;SC=TTCTGGCATTTTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=74885417;WS=74885399;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,2:0.40:5
chr10	74907982	rs192614407	C	A	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=21;PP=1087;ReadPosRankSum=-1.415;SC=AAGTCGCTGGCTTGATTTTCC;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=86;TCR=39;TR=67;WE=74907990;WS=74907972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,67:0.52:130
chr10	74928066	.	TGAG	T	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=5.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=3.856;QD=1.19;ReadPosRankSum=1.897;SOR=1.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,9:0.12:74
chr10	75135833	.	TA	T	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=1.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.440;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,41:0.21:192
chr10	75148067	rs138661113	T	C	2034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.01;ReadPosRankSum=-1.114;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,105:0.41:254
chr10	75155544	.	C	CA	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=3.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=2.411;QD=1.43;ReadPosRankSum=1.619;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,24:0.24:101
chr10	75197974	rs200914721	T	C	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=165;ReadPosRankSum=0.537;SC=GGGCCCGAGATGTGAGAGTCC;SOR=0.236;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=19;WE=75197982;WS=75197964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr10	75283640	rs9703377	TA	AT	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=1.978;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr10	75490217	rs11814282	T	C	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	75519322	rs10740418	T	C	9202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=184;NR=127;PP=2965;SC=GACACTTCTGTAGACTTCAAA;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=313;TCF=184;TCR=129;TR=311;WE=75519330;WS=75519312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr10	75525999	rs3849969	A	G	5258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=85;PP=2965;SC=GTGTTTCCTGAGGTTAATGAT;SOR=0.829;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=85;TCR=85;TR=170;WE=75526007;WS=75525989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr10	75532848	rs145929404	GCCAGGACTCCAGGTGTCCAGGACTCCAGGTGT	G	2866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=18;PP=2973;SC=GCGGGTTGAGGCCAGGACTCC;SOR=0.910;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=22;WE=75532887;WS=75532838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	75545251	rs12256103	A	G	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=4;PP=1337;SC=TTAAATAAAAATGTCCCCTAC;SOR=5.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=81;TCF=63;TCR=18;TR=65;WE=75545259;WS=75545241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	75558867	rs2271271	G	A	7821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=141;NR=137;PP=2965;SC=GGTTCTGGCTGTATGAGCAAA;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=279;TCF=142;TCR=137;TR=278;WE=75558875;WS=75558857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr10	75559662	rs141230821	C	CTCTA	4189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.263;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=20;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.056;SC=CAGAGCGAGACTCTATCTCAA;SOR=2.734;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=138;TCF=96;TCR=42;TR=96;WE=75559678;WS=75559652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,161:0.99:163
chr10	75562161	rs13013	C	A	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=5;PP=274;SC=TCTGGACCTGCCCCTTAGGGA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=75562169;WS=75562151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	75564660	.	ATTT	A	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=3.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=0.569;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,13:0.19:69
chr10	75607696	rs67135801	CA	C	3607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.33;NF=52;NR=18;PP=2835;SC=GCCCGAGGAGCAAGGACATCT;SOR=2.502;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=70;WE=75607704;WS=75607686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	75612881	rs2250140	T	C	4676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=67;PP=2871;SC=TGTTTAGGCCTCTTCCTGAGC;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=91;TCR=67;TR=158;WE=75612889;WS=75612871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr10	75620757	rs2664282	T	C	4937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=101;PP=2965;SC=TTGTGATGATTTGCTGAAGTA;SOR=1.623;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=53;TCR=101;TR=154;WE=75620765;WS=75620747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr10	75632760	rs2675671	C	T	6872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr10	75672607	rs61567551	C	CA	1362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=15.49;ReadPosRankSum=0.354;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,77:0.88:88
chr10	75673101	rs2227564	T	C	10741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=186;NR=188;PP=2965;SC=GGCCTAAAGCTGCTTGTCCAA;SOR=0.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=375;TCF=186;TCR=189;TR=374;WE=75673109;WS=75673091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr10	75673731	rs2227566	C	T	4242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr10	75674740	rs2227571	C	T	6170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=122;PP=2965;SC=ATGAGCCCAGCGTGATCAAGG;SOR=1.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=92;TCR=122;TR=214;WE=75674748;WS=75674730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr10	75842152	rs2270548	G	A	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=18;PP=799;ReadPosRankSum=-0.090;SC=TCTGTCTTACGTTCTATCATG;SOR=0.665;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=58;WE=75842160;WS=75842142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,67:0.64:104
chr10	75843100	rs1908339	T	A	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.69;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,53:0.72:74
chr10	75863750	rs2270552	C	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=5.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.437;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=387;ReadPosRankSum=1.771;SC=GAAATTGGAGCGGGACTGGTT;SOR=1.419;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=21;WE=75863758;WS=75863740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr10	75865065	rs767809	G	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.23;ReadPosRankSum=0.786;SOR=0.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr10	75865159	rs55984079	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=1.345;SC=GAGGTTAACTCAGGAAAGGTC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=75865167;WS=75865149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	75866929	rs2131957	C	A	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.45;ReadPosRankSum=1.765;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,32:0.43:75
chr10	75871735	rs2131956	C	G	2724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.594;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,139:0.45:312
chr10	75873920	rs71579378	C	G	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=383;ReadPosRankSum=1.764;SC=AGAGCTCACACTGTATCTTTG;SOR=0.818;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=20;WE=75873928;WS=75873910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr10	75874166	rs372451454	CGT	C	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr10	75874192	rs28639484	T	C	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.534;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr10	75889760	rs35456205	GA	G	1100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=13;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.051;NF=3;NR=44;PP=575;ReadPosRankSum=-0.122;SC=CCTGAAGAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.943;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=107;TCF=6;TCR=101;TR=47;WE=75889768;WS=75889750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,76:0.46:164
chr10	75896601	rs10762576	A	C	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=456;ReadPosRankSum=0.656;SC=ATGGAAGGCAAAAAGAAAGGC;SOR=0.616;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=34;WE=75896609;WS=75896591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,42:0.42:99
chr10	75910955	rs11817132	G	C	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.53;ReadPosRankSum=1.000;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr10	75936611	rs10824095	C	T	1943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=39;PP=1204;ReadPosRankSum=1.559;SC=CGCCGTGGCGCTGGGCAGGAG;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=136;TCR=92;TR=95;WE=75936619;WS=75936601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,106:0.42:253
chr10	76158177	rs2126763	C	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=1.015;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr10	76429870	rs10740443	T	C	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.332;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,109:0.41:264
chr10	76790935	rs3832681	TA	T	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.849;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.123;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr10	76854564	rs3088142	C	T	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=1.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,156:0.37:424
chr10	76855421	rs3740316	G	A	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=1.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=-1.021;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,122:0.35:351
chr10	76861680	rs6480771	T	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=-2.691;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,25:0.32:78
chr10	76867753	rs41280430	C	G	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=49;PP=1246;ReadPosRankSum=0.850;SC=GTCCTACCCCCAGGCGTGTTG;SOR=0.677;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=237;TCF=130;TCR=107;TR=107;WE=76867761;WS=76867743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,117:0.44:264
chr10	76924509	rs41280432	A	C	4328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=2.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.47;ReadPosRankSum=0.027;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,203:0.59:347
chr10	76971844	rs2804535	C	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr10	76989295	rs11001334	C	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.998;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
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chr10	77191441	rs55922628	C	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.44;ReadPosRankSum=-2.450;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr10	77312184	rs1367290	C	T	10785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FS=2.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.57;ReadPosRankSum=1.196;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,540:0.83:651
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chr10	77795995	rs4745806	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=321;ReadPosRankSum=2.054;SC=ATGAGTTTTACGTGTCAGCTA;SOR=0.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=17;WE=77796003;WS=77795985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr10	77807027	rs1898071	T	C	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=32;PP=893;ReadPosRankSum=1.027;SC=GCTGGTCAGCTTGGAAAAGGA;SOR=0.512;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=59;WE=77807035;WS=77807017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,68:0.69:99
chr10	77807092	rs1898070	A	C	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=451;ReadPosRankSum=0.177;SC=CCATGGTGGGAAAAGGGAAAA;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=28;WE=77807100;WS=77807082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr10	77818594	rs7924288	C	T	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=315;ReadPosRankSum=-0.081;SC=CATGGCAGTGCTTACACCCCA;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=17;WE=77818602;WS=77818584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr10	78649399	rs2288840	C	T	9094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=141;NR=177;PP=2965;SC=AGCAGGGAAACGGGTCTTTTC;SOR=1.013;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=318;TCF=141;TCR=177;TR=318;WE=78649407;WS=78649389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr10	78704773	rs149631521	CAG	C	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=5.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,18:0.13:138
chr10	78729669	rs2288837	A	G	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=4;PP=596;SC=GGGTGAGGAGAGGGCGAGGGG;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=78729677;WS=78729659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	78734056	rs41274570	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=30;ReadPosRankSum=-0.018;SC=GGGTGAGGTCGTTTTAATTAT;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=78734064;WS=78734046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr10	78767769	rs72390326	CTGTAGACTGCAT	C	537.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.696;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.035;NF=8;NR=2;PP=2962;ReadPosRankSum=1.404;SC=CCAGGCTACTCTGTAGACTGC;SOR=1.569;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=10;WE=78767788;WS=78767759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr10	78778734	rs16934182	G	A	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=26;PP=761;ReadPosRankSum=0.850;SC=GTCTACAGCCGGGCCAGAAAG;SOR=0.895;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=158;TCF=90;TCR=68;TR=63;WE=78778742;WS=78778724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,67:0.39:174
chr10	78782876	rs7078109	T	C	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.308;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=715;ReadPosRankSum=0.292;SC=TCACATTTCATTGGGTATCTC;SOR=1.219;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=85;TCF=22;TCR=63;TR=39;WE=78782884;WS=78782866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,40:0.43:92
chr10	78839127	rs10638309	A	AGTGT,AGTGTGTGTGT	558.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.23;QD=50.79;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,5,6:0.45,0.55:11
chr10	78844579	rs34592624	G	GA	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=2.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=1.750;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,27:0.19:142
chr10	78868165	rs138226779	CAAA	C,CA	7112.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.18;QD=31.47;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,191,34:0.85,0.15:226
chr10	78880943	rs7907270	A	G	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=433;ReadPosRankSum=1.472;SC=CTGGTACCTCAGACATATTCC;SOR=0.768;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=37;WE=78880951;WS=78880933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,43:0.65:66
chr10	78944590	rs1131824	G	A	2151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.24;ReadPosRankSum=1.061;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,108:0.46:233
chr10	78977052	.	C	CA	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.072;QD=0.35;ReadPosRankSum=-1.644;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,17:0.18:96
chr10	78977190	rs16934368	A	C	3989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.863;NF=95;NR=97;PP=2444;ReadPosRankSum=-1.094;SC=CACATGGCCAACTTCTCCCAA;SOR=0.675;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=472;TCF=247;TCR=225;TR=192;WE=78977198;WS=78977180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,212:0.43:494
chr10	79163884	rs11002158	T	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.309;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=448;ReadPosRankSum=-1.123;SC=CCAGCTGAGATGGAAACTAGC;SOR=0.425;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=33;WE=79163892;WS=79163874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,38:0.52:73
chr10	79552092	rs2165046	C	T	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=10;PP=981;SC=ATCCTTCCCCCGCATGTTCAT;SOR=2.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=79552100;WS=79552082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	79552151	rs1058202	T	C	3143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=67;NR=47;PP=1633;SC=CTGAGTCTGGTGTCCCCTCAG;SOR=0.986;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=68;TCR=47;TR=114;WE=79552159;WS=79552141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr10	79553673	rs2812425	T	C	7510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=160;NR=100;PP=2965;SC=ATGTAGAAAGTGCGGGCTTCT;SOR=1.203;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=261;TCF=161;TCR=100;TR=260;WE=79553681;WS=79553663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr10	79565655	rs2289311	G	A	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=46;PP=1452;SC=CAGGGCCATCGAGACCCTGCT;SOR=1.310;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=75;WE=79565663;WS=79565645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	79566480	.	CT	C	2025	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.88;NF=1;NR=40;PP=2025;QD=50.0243902439;SC=TCGGCGACCCCTGCCCCACCC;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=41;WE=79566488;WS=79566470;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,41:0.87:47
chr10	79566632	rs1058198	G	A	14578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=274;NR=254;PP=2965;SC=AGAGGATGTCGTCCTTCTTAA;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=529;TCF=274;TCR=255;TR=528;WE=79566640;WS=79566622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,563:1.00:563
chr10	79571108	rs2289309	C	T	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	79575879	rs1248638	A	G	6060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr10	79576772	rs35837544	G	A	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=325;ReadPosRankSum=-0.292;SC=TACCTCTCTCGGAGCCCACGA;SOR=0.842;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=34;WE=79576780;WS=79576762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,44:0.54:82
chr10	79577408	rs10824577	G	C	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=10;PP=698;SC=GTAGAGAAATGAGCTCAGTCC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=79577416;WS=79577398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	79579047	rs1248635	A	G	10087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=195;NR=155;PP=2965;SC=GGGCAGCTGGAGTACAGAGAA;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=351;TCF=196;TCR=155;TR=350;WE=79579055;WS=79579037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr10	79579251	rs2289308	G	A	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=41;PP=1115;SC=GAGAAAAGACGCCCCAAAGGA;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=68;WE=79579259;WS=79579241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	79584178	rs1248629	G	C	5194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=101;NR=80;PP=2965;SC=CCTGGCAGCTGCGCAGCAGAG;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=101;TCR=80;TR=181;WE=79584186;WS=79584168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr10	79589904	rs55854323	C	T	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=2;PP=930;SC=TGCTACCTGGCTCTCTTCGGG;SOR=4.615;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=38;WE=79589912;WS=79589894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	79590685	rs10824579	C	T	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=53;PP=1504;SC=AACATCCCACCGCGTAACGGC;SOR=1.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=78;WE=79590693;WS=79590675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	79590726	rs1248663	C	G	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=28;PP=788;SC=CCATTTGAAACAGCTAAAATG;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=79590734;WS=79590716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	79595417	rs1248661	C	T	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=4;PP=545;SC=TAAATGATTCCGACCCTCCCA;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=79595425;WS=79595414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	79614189	rs1248692	A	G	7351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=112;NR=133;PP=2965;SC=GGATAGAGGAACCAGGTCCTG;SOR=1.013;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=245;TCF=112;TCR=133;TR=245;WE=79614197;WS=79614179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr10	79616605	rs1248696	T	C	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=51;PP=1472;SC=ATTCACTTGCTGGTCAGTGAG;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=104;WE=79616613;WS=79616595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr10	79628875	rs1248655	A	G	3445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=75;NR=39;PP=1806;SC=CTCCCCAGACAGTGGTACTCA;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=75;TCR=39;TR=114;WE=79628883;WS=79628865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr10	79769847	rs192109770	AG	CT	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.812;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=1469;ReadPosRankSum=1.556;SC=CATGACCAACAGCGTGAATTG;SOR=0.290;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=107;TCF=33;TCR=74;TR=42;WE=79769856;WS=79769837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,48:0.43:111
chr10	79779150	rs1863898	G	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.965;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=430;ReadPosRankSum=0.820;SC=ATCCTGGGCAGCCTGCTGCCT;SOR=1.267;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=24;WE=79779158;WS=79779140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr10	79793688	rs3740253	C	T	5562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=745;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.634;SC=CCCGTGCAGTCATCTGCCGCG;SOR=0.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=700;TCF=315;TCR=385;TR=279;WE=79793696;WS=79793678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:450,294:0.40:744
chr10	80288406	rs1865706	T	G	4867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=117;NR=52;PP=2965;SC=TGAATATTTGTGTTGTTTCCA;SOR=1.556;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=117;TCR=53;TR=169;WE=80288414;WS=80288396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr10	80310465	rs2670191	T	C	5777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr10	80310636	rs7090749	G	A	6873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr10	80762022	rs200386474	GGAAAGAAAGAAA	G	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.58;ReadPosRankSum=1.080;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr10	80763534	rs10762829	A	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=261;ReadPosRankSum=-1.152;SC=AAATTGGCCTAGCTTCCTAAC;SOR=1.063;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=18;WE=80763542;WS=80763524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
chr10	80961519	rs2802371	T	C	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.826;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=38;PP=626;ReadPosRankSum=-1.319;SC=GGGCATCTGGTGGGTTCTGGC;SOR=0.877;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=102;TCF=28;TCR=74;TR=51;WE=80961527;WS=80961509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,53:0.51:103
chr10	81037229	rs1250539	G	A	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=39;PP=845;ReadPosRankSum=-1.114;SC=TTACATCTTCGTGGGTGAGCC;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=12;TCR=69;TR=46;WE=81037237;WS=81037219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,45:0.58:78
chr10	81045207	rs1250569	T	C	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.922;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=15;PP=1009;ReadPosRankSum=-1.197;SC=CCCCATTTCATAGATGAGGTT;SOR=0.308;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=83;TCF=65;TCR=18;TR=60;WE=81045215;WS=81045197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,62:0.70:88
chr10	81045280	rs1250568	T	C	3326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.28;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,150:0.64:233
chr10	81052722	.	G	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.567;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=544;ReadPosRankSum=2.054;SC=AGGACCAAGGGCAGGGCCAGG;SOR=0.714;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=30;WE=81052730;WS=81052712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr10	81053475	rs1250560	G	A	2329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=66;PP=1446;ReadPosRankSum=-1.519;SC=GACATGGGCCGTGGGTACGGC;SOR=0.638;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=180;TCF=67;TCR=113;TR=104;WE=81053483;WS=81053465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,110:0.57:193
chr10	81053560	rs1250559	G	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=275;ReadPosRankSum=0.026;SC=GTGCTCCTGGGTTTGAGACCT;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=15;WE=81053568;WS=81053550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr10	81058027	rs1250552	A	G	3115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=33;PP=2196;ReadPosRankSum=-1.552;SC=GAGAGAGAAGAGTTTCCCTGG;SOR=0.656;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=213;TCF=158;TCR=55;TR=122;WE=81058035;WS=81058017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,129:0.57:228
chr10	81060474	rs1250549	T	C	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=4.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.64;ReadPosRankSum=-1.268;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,103:0.56:183
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chr10	81065201	rs1250558	G	A	2640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.82;ReadPosRankSum=0.658;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,123:0.60:206
chr10	81065774	rs1250557	G	T	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.334;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=611;ReadPosRankSum=-0.307;SC=AAGGTCACCTGGGTGTCTGTC;SOR=0.382;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=57;TCR=11;TR=34;WE=81065782;WS=81065764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr10	81067480	rs1972346	C	G	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=474;ReadPosRankSum=-0.377;SC=ACTGAGGCTACGTCGTGCCCT;SOR=0.883;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=26;WE=81067488;WS=81067470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr10	81153993	rs11002956	C	G	6030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=149;NR=61;PP=2965;SC=GTTGCCCTCCCGCGGTCCTTC;SOR=1.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=149;TCR=61;TR=210;WE=81154001;WS=81153983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr10	81192577	rs7898643	A	G	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=-1.412;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,41:0.42:97
chr10	81266411	rs1010929	T	C	5888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=742;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.210;NF=156;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.932;SC=AGACCTACAGTTGCAGAAGGT;SOR=0.813;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=720;TCF=378;TCR=342;TR=289;WE=81266419;WS=81266401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:434,295:0.40:729
chr10	81267591	rs1250778	C	T	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.074;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=35;PP=757;ReadPosRankSum=-0.238;SC=GGGGACTCTCCAGTGCAAGAG;SOR=0.985;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=55;WE=81267599;WS=81267581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,59:0.40:147
chr10	81270173	.	A	G	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.002;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.09;MQRankSum=-0.842;QD=9.99;ReadPosRankSum=-2.700;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
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chr10	81270319	rs369628215	T	A	2803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.94;MQRankSum=-8.270;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.826;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,154:0.46:333
chr10	81270425	.	A	AG	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.61;MQRankSum=-1.314;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.155;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr10	81272720	rs200745296	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=4.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.31;MQRankSum=-3.309;QD=0.60;ReadPosRankSum=-3.637;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,30:0.14:218
chr10	81272881	rs199829110	A	G	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.605;NF=19;NR=35;PP=768;ReadPosRankSum=1.263;SC=CTGGCTCCCAAGGTGGCAGTG;SOR=0.754;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=121;TCF=47;TCR=74;TR=54;WE=81272889;WS=81272871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,46:0.47:98
chr10	81286374	rs1250962	A	C	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=5.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQRankSum=-5.763;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=1.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,27:0.22:120
chr10	81286427	rs1250961	G	C	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.95;QD=39.91;SOR=2.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	81286437	rs1250960	T	G	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.82;QD=45.52;SOR=2.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	81317045	rs1965708	G	T	4325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.113;NF=113;NR=95;PP=2942;ReadPosRankSum=-1.463;SC=TCCACACACTGCTCTTTTCCC;SOR=0.569;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=463;TCF=256;TCR=207;TR=208;WE=81317053;WS=81317035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,214:0.44:484
chr10	81318551	rs17881317	C	T	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.747;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.533;NF=30;NR=9;PP=1375;ReadPosRankSum=0.665;SC=GGGGAACCTGCAGGGTTTGTC;SOR=0.804;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=112;TCF=82;TCR=30;TR=39;WE=81318573;WS=81318541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,47:0.39:121
chr10	81318565	rs17882088	C	T	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.350;NF=42;NR=17;PP=1375;ReadPosRankSum=-0.767;SC=GTTTGTCTGACCCCCATCACC;SOR=0.702;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=151;TCF=105;TCR=46;TR=59;WE=81318573;WS=81318541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,69:0.42:163
chr10	81318621	rs17884396	C	T	2278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=2.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-2.543;QD=6.62;ReadPosRankSum=-1.025;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,132:0.38:344
chr10	81318820	rs17880349	G	A	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=37;PP=730;ReadPosRankSum=-0.657;SC=GTTGGAGCTAGTGAGACTCGA;SOR=1.003;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=84;TCF=28;TCR=56;TR=53;WE=81318828;WS=81318810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,59:0.67:88
chr10	81318930	rs1250943	C	G	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=348;SC=GAACCCACCACCCCTGCAGAC;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=81318938;WS=81318925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	81319214	rs1059046	G	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=6.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.222;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-11.753;NF=19;NR=42;PP=949;ReadPosRankSum=-2.501;SC=CAAGATGAGGGTGAGGGCCAG;SOR=2.056;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=198;TCF=86;TCR=112;TR=61;WE=81319222;WS=81319204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,42:0.23:184
chr10	81319267	rs1650232	C	T	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=56;PP=1848;SC=CTGCTCCTGCCGGAGGGATGG;SOR=1.257;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=87;WE=81319275;WS=81319257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	81319400	rs17882203	A	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQRankSum=-6.698;QD=1.43;ReadPosRankSum=-0.335;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,13:0.15:85
chr10	81319423	rs1975008	C	T	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=37;PP=1567;SC=CCAAGCATCACCTGGCACCTG;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=84;WE=81319431;WS=81319413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	81319458	rs17883613	C	T	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.43;MQRankSum=-6.311;QD=3.76;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,24:0.25:95
chr10	81319483	rs1975007	A	G	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.72;QD=26.57;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	81342369	rs34032311	G	T	3841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=3.882;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.70;MQRankSum=-1.385;QD=24.95;ReadPosRankSum=-0.588;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,153:0.99:154
chr10	81342469	rs2678654	A	G	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.90;QD=31.03;SOR=4.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	81343036	rs3855862	G	A	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.56;QD=27.62;SOR=1.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	81343060	.	G	GCCAAGAACACATTATGGGCAGAGAGAAAGCTCACACTT	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=5.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.42;MQRankSum=-0.871;QD=7.45;ReadPosRankSum=-2.858;SOR=1.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
chr10	81371049	rs4253511	C	T	1493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=913;ReadPosRankSum=-0.579;SC=AGGCTGCGGGCCCCGTTCATC;SOR=0.669;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=149;TCF=90;TCR=59;TR=66;WE=81371057;WS=81371039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,76:0.44:174
chr10	81371698	rs72659390	C	T	2495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.102;NF=56;NR=62;PP=1434;ReadPosRankSum=3.469;SC=CTGGATCCCACGGCCTGCCAG;SOR=0.443;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=231;TCF=98;TCR=133;TR=118;WE=81371706;WS=81371688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,122:0.54:224
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chr10	81372166	rs1136452	C	G	4170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-2.403;NF=109;NR=92;PP=2509;ReadPosRankSum=-1.821;SC=GAAGGGGGAGCCTGGCGAGAG;SOR=0.767;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=422;TCF=218;TCR=204;TR=201;WE=81372174;WS=81372156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,212:0.49:433
chr10	81372231	rs4253514	CG	C	3853.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.997;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.560;NF=3;NR=65;PP=2616;ReadPosRankSum=0.916;SC=ATGGGCACAGCGACCCTGAAG;SOR=0.514;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=149;TCF=7;TCR=142;TR=68;WE=81372239;WS=81372221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,118:0.51:230
chr10	81373182	rs4253524	G	C	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=310;ReadPosRankSum=2.187;SC=GAATGGCCCAGAGGAGACAGA;SOR=2.419;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=14;WE=81373190;WS=81373172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr10	81373542	rs3997777	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.18;MQRankSum=-1.442;QD=0.61;ReadPosRankSum=0.332;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,26:0.15:171
chr10	81374651	rs1250991	C	T	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=32;PP=1094;ReadPosRankSum=0.008;SC=GGCATTCACACCACCCCCCAC;SOR=0.455;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=180;TCF=116;TCR=64;TR=82;WE=81374659;WS=81374641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,93:0.47:198
chr10	81680976	rs2819107	A	G	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=19;PP=537;SC=GGCCCTCTCAACTTTACTTGG;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=81680984;WS=81680966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	81681454	rs2257414	A	G	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=28;PP=755;SC=TATGCAAGCCATATGTGGAGA;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=81681462;WS=81681444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	81682527	rs7919775	A	G	2487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.050;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.111;NF=59;NR=52;ReadPosRankSum=-1.272;SC=TCCAGGCCACAGTGGCTGCCC;SOR=0.388;Source=Platypus;TCF=108;TR=111;WE=81682535;WS=81682517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,115:0.57:200
chr10	81682645	rs1054053	A	G	9961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=199;NR=161;PP=2965;SC=CTTGACGGGCAGGAGGCTGAC;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=361;TCF=200;TCR=161;TR=360;WE=81682653;WS=81682635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr10	81697818	rs1051246	A	G	7324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=0.520;SC=CCTCGTTCTTAGCTACGACCA;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=535;TCF=247;TCR=288;TR=303;WE=81697826;WS=81697808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,329:0.57:577
chr10	81698097	rs2819098	G	A	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=17;PP=497;SC=AACAGGCACCGCATCAGGATG;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=81698105;WS=81698087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	81701722	rs2243639	T	C	5011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr10	81702210	rs17878336	G	C	3190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=62;PP=1583;ReadPosRankSum=-0.300;SC=TGCTTCCCCAGGGGACCTTCT;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=145;TCR=107;TR=148;WE=81702218;WS=81702200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,156:0.58:267
chr10	81706324	rs721917	A	G	3462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=91;PP=2031;ReadPosRankSum=-1.464;SC=AGCACTGGGCATTGTTCTGTG;SOR=0.724;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=389;TCF=185;TCR=204;TR=168;WE=81706332;WS=81706314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,183:0.43:423
chr10	81838656	rs3824727	A	C	2511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;ReadPosRankSum=-2.144;SC=CACAATCCCGACTCCCGCGCG;SOR=0.555;Source=Platypus;TCF=47;WE=81838664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,97:0.54:181
chr10	81841692	rs1932574	G	T	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.39;ReadPosRankSum=-0.706;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,75:0.60:124
chr10	81901722	rs745182	C	T	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=3;PP=743;SC=GGCCGTCCTCCGCTTGCTCCT;SOR=3.383;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=81901730;WS=81901720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	81904638	rs2819874	G	A	3951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.74;SOR=1.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	81904638	.	GCCTCTGC	ACCTCTGC,ACCTCTGT	861	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=63,36;NR=27,17;PP=608,861;QD=7.14190236164;SC=CTCACTGGGGGCCTCTGCTTT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=64;TCR=28;TR=90,53;WE=81904653;WS=81904628;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.98:92
chr10	81904645	rs41291392	C	T	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.41;ReadPosRankSum=1.893;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,66:0.58:113
chr10	81915790	rs2789687	T	C	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=62;PP=1835;SC=GGGAATTTTCTCCCACTGCAG;SOR=2.861;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=17;TCR=62;TR=79;WE=81915798;WS=81915780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	81917708	rs1079242	A	G	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=381;ReadPosRankSum=2.017;SC=CAACCTGCACATGGAAGTTAC;SOR=0.700;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=35;WE=81917716;WS=81917698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,37:0.45:83
chr10	81921918	rs2245168	T	C	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=456;ReadPosRankSum=-1.584;SC=CTGAACTAGATGGCCTCTAAA;SOR=0.669;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=108;TCF=41;TCR=67;TR=48;WE=81921926;WS=81921908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,54:0.46:117
chr10	81923961	rs2236557	G	A	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=363;ReadPosRankSum=-2.790;SC=CAGCACTCGGGAAGAAGGGTG;SOR=0.582;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=79;TCF=26;TCR=53;TR=29;WE=81923969;WS=81923951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,34:0.40:84
chr10	81925785	rs2573348	C	T	2962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-0.792;QD=23.89;ReadPosRankSum=0.606;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,75:0.60:124
chr10	81925795	rs9421228	C	T	3095.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-0.857;QD=22.27;ReadPosRankSum=1.999;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,79:0.57:139
chr10	81925796	rs138741116	GCGCACACACACA	G,GCACGCACACACACA	3069.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=3.804;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-0.379;QD=24.17;ReadPosRankSum=2.016;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:16,77,34:0.61,0.27:127
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chr10	81926702	rs1049550	G	A	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=4.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.672;SOR=1.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,74:0.42:176
chr10	81932790	rs2236556	T	C	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.234;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=35;PP=611;ReadPosRankSum=0.765;SC=CTCCTGCTGGTGCCTCCAGCT;SOR=1.087;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=46;WE=81932798;WS=81932780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,47:0.61:77
chr10	81993489	rs11202256	C	T	1837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=1.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=1.153;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.688;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,102:0.41:248
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chr10	81995059	rs200784765	A	G	4325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=1.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.83;MQRankSum=-6.167;QD=10.76;ReadPosRankSum=1.645;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,125:0.31:402
chr10	81995062	rs201999517	A	G	4325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=1.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.80;MQRankSum=-6.203;QD=10.81;ReadPosRankSum=1.358;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,125:0.31:400
chr10	81995190	rs377584813	CG	C	648.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.58;MQRankSum=-4.734;QD=3.93;ReadPosRankSum=-0.034;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,35:0.21:165
chr10	81995240	rs61862376	G	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.55;MQRankSum=-5.376;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.457;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,26:0.17:150
chr10	82007218	rs185034903	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.79;MQRankSum=-0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr10	82012599	rs12219032	T	C	22838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=833;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.45;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,832:1.00:832
chr10	82012748	rs12217395	G	A	24691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=953;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=486;NR=435;PP=2965;ReadPosRankSum=0.891;SC=ACACCCTGCAGCTGTAGGTCT;SOR=0.268;SbPval=0.58;Source=Platypus;TCF=495;TR=921;WE=82012756;WS=82012738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,939:1.00:940
chr10	82012791	rs71481580	G	T	11483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1105;ExcessHet=3.0103;FS=1.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-1.099;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.868;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:490,612:0.56:1102
chr10	82012954	rs12773664	A	G	37324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=884;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=377;NR=464;PP=2965;SC=GACCTCATCCATCTTTTATAG;SOR=0.940;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=841;TCF=377;TCR=464;TR=841;WE=82012975;WS=82012944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,882:1.00:882
chr10	82012967	rs12411782	G	T	34847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=807;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=340;NR=425;PP=2965;SC=TTTTATAGCTGCCTTCCTCTA;SOR=0.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=767;TCF=341;TCR=426;TR=765;WE=82012975;WS=82012944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,805:1.00:805
chr10	82013119	rs12411806	G	A	14913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=295;NR=184;PP=2965;SC=GAATCTCCTCGGTTACTTCAA;SOR=1.254;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=480;TCF=295;TCR=185;TR=479;WE=82013127;WS=82013109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,517:1.00:517
chr10	82033594	rs2993763	G	A	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.312;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,62:0.52:120
chr10	82033683	rs4933327	G	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=470;ReadPosRankSum=-0.549;SC=GATGGAACAGGAGCAGGGTTT;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=40;WE=82033691;WS=82033673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,45:0.58:78
chr10	82034262	rs2994388	G	A	9333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=763;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=190;PP=2962;ReadPosRankSum=0.301;SC=TAATAGCAGCGCATGGCACTT;SOR=0.577;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=716;TCF=393;TCR=323;TR=408;WE=82034270;WS=82034252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,439:0.58:762
chr10	82034842	rs10887711	A	G	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=33;PP=1435;SC=CAGCATATGCAGCTGAGCGGT;SOR=1.099;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=87;WE=82034862;WS=82034832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	82034854	rs10788546	T	C	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=43;PP=2079;SC=CTGAGCGGTCTACCTTGGTGT;SOR=1.068;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=71;TCR=43;TR=114;WE=82034862;WS=82034832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr10	82040052	rs1143694	A	G	6731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=108;NR=122;PP=2965;SC=TCTCGTCGGTAGCATAGCCGA;SOR=0.956;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=108;TCR=122;TR=230;WE=82040060;WS=82040042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr10	82040162	rs71481596	C	T	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.273;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=679;ReadPosRankSum=-0.325;SC=GGTGTGTCCACGTTGATTGGG;SOR=1.100;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=32;WE=82040170;WS=82040152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr10	82040346	rs2282367	A	G	15878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,613:1.00:613
chr10	82040602	rs71481597	A	G	3388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=97;PP=2421;ReadPosRankSum=1.198;SC=GGAGGGGGCCACAAACTTCCC;SOR=0.640;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=210;TCF=58;TCR=152;TR=136;WE=82040610;WS=82040592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,139:0.64:216
chr10	82045354	rs10887721	G	C	2828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=63;PP=1802;ReadPosRankSum=1.410;SC=ATCTGGACAAGAGCAAATATG;SOR=0.671;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=241;TCF=109;TCR=132;TR=118;WE=82045362;WS=82045344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,128:0.49:260
chr10	82049251	rs145126070	T	TTTCTTC,TTTTTTC	2626.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQ=60.27;MQRankSum=0.000;NF=5,5;NR=54,54;PP=722,879;ReadPosRankSum=-0.958;SC=TGAGTTTTTTTTTCTTCTTCT;SOR=0.892;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=93;TCF=6;TCR=87;TR=59,59;WE=82049261;WS=82049234;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.46,0.44:91
chr10	82095968	rs1340383	T	G	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=4.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=-1.402;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr10	82111460	rs11202652	T	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=149;ReadPosRankSum=0.194;SC=TGTATATGTGTATACAAGAAT;SOR=0.250;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=9;WE=82111468;WS=82111450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
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chr10	82126600	rs1047951	G	A	3168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=71;PP=1966;ReadPosRankSum=-1.815;SC=AGAGTCTGCTGGCCAGATTGA;SOR=0.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=215;TCF=94;TCR=121;TR=125;WE=82126608;WS=82126590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,142:0.60:238
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chr10	82182405	rs5786455	C	CT	1333.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.41;QD=27.79;SOR=1.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	82191643	rs6585994	A	G	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.320;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=34;PP=1124;ReadPosRankSum=1.448;SC=GTCCTTTGCTATTCAAGCAAA;SOR=0.853;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=211;TCF=124;TCR=87;TR=87;WE=82191651;WS=82191633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,93:0.42:224
chr10	82191700	rs17617713	G	A	4149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=0.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.34;ReadPosRankSum=1.088;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,200:0.55:366
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chr10	82269238	rs10785897	C	T	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.829;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=446;ReadPosRankSum=-0.775;SC=GTAAGCACCTCCCCAGCGGGC;SOR=0.993;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=33;WE=82269246;WS=82269228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,37:0.44:84
chr10	82276061	rs72821609	C	T	4041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=81;PP=2260;ReadPosRankSum=0.684;SC=GCGTCTTCATCGCCATCTCGC;SOR=0.691;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=121;TCR=113;TR=168;WE=82276069;WS=82276051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,183:0.71:258
chr10	82329737	rs72805710	A	C	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=410;ReadPosRankSum=0.719;SC=AGAGGAATAGAGAGTGGGAGA;SOR=0.553;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=27;WE=82329745;WS=82329731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr10	82329822	rs72805711	G	A	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=30;PP=982;ReadPosRankSum=-0.310;SC=ATAGAGTGATGTGATGGTTGT;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=77;TCR=48;TR=78;WE=82329830;WS=82329812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,89:0.63:141
chr10	82331347	rs59617064	A	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=315;ReadPosRankSum=0.788;SC=GGGCCAGCGCATGGGGCCCCT;SOR=0.999;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=23;WE=82331355;WS=82331337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr10	82363340	rs7069048	C	A	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=659;ReadPosRankSum=1.129;SC=TCCAGTGCGCCGGTCCAAGGC;SOR=0.656;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=91;TCF=64;TCR=27;TR=49;WE=82363348;WS=82363330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,59:0.50:117
chr10	82363404	rs7075840	A	G	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=789;ReadPosRankSum=-0.195;SC=GAGTACCGACACCACTCGCTC;SOR=0.541;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=91;TCR=74;TR=65;WE=82363412;WS=82363394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,75:0.40:188
chr10	82394019	rs71310969	G	GT	3757.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=41;PP=1168;SC=GTGTTTTTTTGTTTTTTTCTA;SOR=0.992;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=64;WE=82394027;WS=82394009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr10	83637775	rs1884282	C	G	2275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=46;PP=1474;ReadPosRankSum=1.741;SC=GGACTACACACGGTAGGGGTA;SOR=0.720;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=241;TCF=146;TCR=95;TR=112;WE=83637783;WS=83637765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,116:0.44:261
chr10	84625107	rs478010	C	T	5841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr10	85902394	rs3816716	G	C	2586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=2.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=-0.984;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,125:0.61:204
chr10	85908688	rs7069909	G	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.074;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=388;ReadPosRankSum=2.399;SC=TGGAATTTAAGCCTCATGTTT;SOR=1.427;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=25;WE=85908696;WS=85908677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr10	85936160	rs4348833	T	C	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=27;PP=1218;ReadPosRankSum=-1.174;SC=TCCTGAGCCCTGTGCCTTGGA;SOR=0.484;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=137;TCF=97;TCR=40;TR=86;WE=85936168;WS=85936150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,90:0.63:142
chr10	85944313	rs12250279	A	T	4163.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.86;ReadPosRankSum=-0.895;SOR=1.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,159:0.99:161
chr10	85944313	.	ATTTTTTTTT	TTTTTTTTTA,TTTTTTTTTT	1323	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=54,96;NR=26,51;PP=1323,834;QD=17.2058484358;SC=TTGCTTTGAAATTTTTTTTTA;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=150;TCF=98;TCR=52;TR=80,147;WE=85944330;WS=85944300;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.53:150
chr10	85944322	rs35568118	T	A	2045.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=3.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=1.301;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,102:0.57:178
chr10	85955440	rs11592361	C	T	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=55;PP=1226;ReadPosRankSum=0.210;SC=CAAGTTGCTGCGCGCGCCCGG;SOR=0.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=23;TCR=93;TR=69;WE=85955448;WS=85955430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,80:0.62:129
chr10	85957681	rs11200915	A	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=153;ReadPosRankSum=0.133;SC=CCAAGCCTTCATGGGGGCTTT;SOR=0.197;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=10;WE=85957689;WS=85957671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr10	85958658	rs113539611	AAGAG	A	809.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=1.088;QD=22.49;ReadPosRankSum=1.053;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr10	85958739	rs11200917	T	C	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.184;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.900;NF=31;NR=22;PP=744;ReadPosRankSum=0.958;SC=CCATTCATCCTTCAGAAGGTC;SOR=0.428;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=53;WE=85958747;WS=85958729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,65:0.72:90
chr10	85960274	rs11200920	A	C	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.28;ReadPosRankSum=-2.113;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,61:0.40:151
chr10	85960296	rs10788334	C	T	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.51;ReadPosRankSum=-1.205;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,82:0.41:198
chr10	85960395	rs4933975	A	G	2145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.507;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=40;PP=1133;ReadPosRankSum=0.138;SC=AGGTCCATGCAGTGGACAGGG;SOR=0.558;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=194;TCF=102;TCR=92;TR=96;WE=85960403;WS=85960385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,110:0.51:216
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chr10	85965819	rs10788335	A	G	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=17;PP=520;SC=GAGCACCTGCACCAGACATGA;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=85965827;WS=85965809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	85974236	rs3814213	T	C	6369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=0.726;SC=CCGTGCCTACTGTCTCTGGCT;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=555;TCF=255;TCR=300;TR=302;WE=85974244;WS=85974212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,314:0.53:589
chr10	85974381	rs3814212	A	G	6110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=121;PP=2965;SC=CTTCTAGTGTATGCCCTATGA;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=84;TCR=121;TR=205;WE=85974389;WS=85974371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr10	85978809	rs4562752	T	G	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.177;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=570;ReadPosRankSum=3.078;SC=AGAACACTAATGTACTATTAT;SOR=1.659;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=29;WE=85978817;WS=85978799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr10	85978939	rs4244947	G	A	5297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.98;ReadPosRankSum=1.824;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,253:0.62:408
chr10	85981801	rs6585847	T	G	3496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.678;HP=5;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=71;ReadPosRankSum=0.751;SC=GCTGCAGGGGTGCAGCTGGGG;SOR=0.602;SbPval=0.6;Source=Platypus;TCF=127;TR=148;WE=85981809;WS=85981790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,164:0.60:273
chr10	85981842	rs12217769	A	G	2604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.601;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=55;PP=1669;ReadPosRankSum=-1.705;SC=GCCGCGCAGGACCCACTTGCT;SOR=0.524;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=81;TCR=92;TR=106;WE=85981850;WS=85981832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,115:0.61:187
chr10	85981889	rs12218853	G	A	1982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=47;PP=1117;ReadPosRankSum=1.438;SC=AGGCATAGGCGCCCACAGGCA;SOR=0.577;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=78;TCR=84;TR=91;WE=85981897;WS=85981879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,99:0.56:178
chr10	85984323	rs11200925	G	A	2988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.843;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;ReadPosRankSum=1.068;SC=ATGACTGGGAGGGTAATGGAC;SOR=0.809;Source=Platypus;TCF=97;WE=85984331;WS=85984313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,135:0.67:202
chr10	85984423	rs11200926	C	T	4132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=2.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.60;ReadPosRankSum=1.728;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,184:0.65:283
chr10	85984723	rs11200928	G	A	2037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=36;PP=1279;ReadPosRankSum=0.332;SC=TGTTAAAATTGAGCCAGAGGT;SOR=0.567;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=148;TCF=90;TCR=58;TR=86;WE=85984731;WS=85984713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,95:0.59:162
chr10	85991631	rs41314473	G	A	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=512;ReadPosRankSum=1.402;SC=AGGTGTCAGAGCTAAAGAAGG;SOR=0.676;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=122;TCF=81;TCR=41;TR=40;WE=85991639;WS=85991621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,41:0.31:131
chr10	85992478	rs3814210	T	C	2043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.563;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=54;PP=1289;ReadPosRankSum=0.213;SC=CCCATAGTGCTCCTGGGCTCC;SOR=0.862;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=279;TCF=142;TCR=137;TR=101;WE=85992486;WS=85992468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,113:0.37:307
chr10	85992511	rs3814209	T	C	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=3.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,120:0.37:322
chr10	85993836	rs4933986	A	G	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.37;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	85993910	rs3814206	G	A	2744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=23;PP=1461;SC=CAGCGTAGCAGTGCTGTGCCA;SOR=1.436;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=83;WE=85993918;WS=85993900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	85994142	rs3829858	A	G	4656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=82;PP=2816;SC=GCCCTGCAGGAGTAAAAAAGA;SOR=1.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=70;TCR=82;TR=152;WE=85994150;WS=85994132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr10	85996968	rs4933988	A	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.722;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=153;ReadPosRankSum=-1.209;SC=AAGGTTGCCGACCCTTACCTA;SOR=1.781;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=10;WE=85996976;WS=85996958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr10	85997105	rs11200933	G	T	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=1.484;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr10	85997250	rs10887259	G	A	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.212;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=27;PP=770;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GGCGTCGCAGGCCCCGCAGCA;SOR=0.509;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=117;TCF=72;TCR=45;TR=63;WE=85997258;WS=85997240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,71:0.54:132
chr10	85997508	rs74145777	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=5.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-1.442;SOR=0.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,21:0.27:77
chr10	86001255	rs3841414	G	GGCCCAGCAA	1432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=25;PP=2900;SC=CCGTCCCACCGGCCCAGCAAG;SOR=3.193;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=26;WE=86001263;WS=86001245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	86004736	rs2279228	A	G	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.34;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	86004873	rs2279227	T	C	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=17;PP=536;SC=CCCTGCCCACTGGCTTCGGGG;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=36;WE=86004881;WS=86004863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	86012713	rs1042454	C	T	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=-1.198;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,56:0.33:169
chr10	86014215	rs74145779	C	T	2706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.428;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=70;PP=1686;ReadPosRankSum=-0.110;SC=GACCCCCTTCCGGAGTGTTAT;SOR=0.571;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=302;TCF=136;TCR=166;TR=131;WE=86014223;WS=86014205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,140:0.44:319
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chr10	86131036	rs148282462	A	G	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.864;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=828;ReadPosRankSum=1.185;SC=AGCTTTGTGCACAAGGTGTCG;SOR=0.434;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=61;WE=86131044;WS=86131026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,66:0.68:97
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chr10	87489238	rs4130360	A	G	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.69;ReadPosRankSum=-0.648;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,72:0.45:160
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chr10	88024570	.	G	A	3728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.435;ClippingRankSum=0.000;DP=596;ExcessHet=3.0103;FS=0.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.28;ReadPosRankSum=-1.234;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:374,220:0.37:594
chr10	88125921	rs10887587	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=-2.349;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr10	88126056	rs11202000	T	G	6651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=6.136;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.10;ReadPosRankSum=-0.752;SOR=0.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,263:0.99:265
chr10	88203068	rs7094132	T	C	5841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=104;NR=100;PP=2743;SC=GAAGTAGTGCTGTGTAGGAGG;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=204;TCF=104;TCR=100;TR=204;WE=88203076;WS=88203058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr10	88203208	rs7094269	T	C	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=25;PP=783;SC=ATCTTTACTTTAAAACTGCTA;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=88203216;WS=88203198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr10	88220866	rs7922658	C	T	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=5;PP=406;SC=TTTTGAAGTACGTCAATGGAG;SOR=2.124;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=22;WE=88220874;WS=88220856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	88230874	rs2288362	G	A	4376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=64;NR=79;PP=2411;SC=CAAGAAAATAGAGCAGGTTAG;SOR=1.172;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=64;TCR=81;TR=143;WE=88230882;WS=88230864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr10	88232556	rs79747663	T	C	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=532;ReadPosRankSum=0.619;SC=TTGTTCTAAATAAATATATAA;SOR=0.776;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=33;WE=88232564;WS=88232546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr10	88233628	rs3758520	C	G	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=18;PP=857;ReadPosRankSum=0.588;SC=AAGTACAGTTCACTTACTGTG;SOR=0.830;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=136;TCF=92;TCR=44;TR=58;WE=88233636;WS=88233618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,63:0.43:147
chr10	88256943	rs4934215	C	T	3735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=42;PP=2102;SC=AAATCACTGACAGTGCTTTAC;SOR=1.414;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=84;TCR=42;TR=126;WE=88256951;WS=88256933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr10	88277457	rs10887621	C	T	5168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=1.664;SC=GTGTCTTCAACGACCACATGA;SOR=0.675;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=418;TCF=231;TCR=187;TR=238;WE=88277465;WS=88277447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,248:0.55:450
chr10	88277689	.	C	A	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=3.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=-2.000;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,70:0.19:361
chr10	88281344	rs2289738	C	G	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=5.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.148;SOR=0.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,49:0.57:86
chr10	88281344	.	CCA	GCG	576	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=21;NR=17;PP=576;QD=16.5649440753;SC=CCGGCCGGGCCCAGGCCTAGC;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=76;TCF=45;TCR=31;TR=38;WE=88281354;WS=88281334;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr10	88281346	rs4934218	A	G	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.94;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	88414569	rs2675703	C	T	2103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=62.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.24;ReadPosRankSum=-1.707;SOR=0.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,93:0.76:122
chr10	88414758	rs2254051	G	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=337;ReadPosRankSum=-0.641;SC=GCCACACACAGGGGCTTTGAC;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=26;WE=88414766;WS=88414748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr10	88419290	rs2254548	C	A	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.506;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=55;PP=1180;ReadPosRankSum=-0.491;SC=GCGGCCCCTGCCCCACCACTC;SOR=0.484;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=135;TCF=33;TCR=102;TR=75;WE=88419298;WS=88419280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,79:0.55:143
chr10	88421997	rs2675698	C	T	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=736;ReadPosRankSum=-0.474;SC=ATCAGATGTGCGGCCCCTGCA;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=45;WE=88422005;WS=88421987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,48:0.70:69
chr10	88422116	rs1079610	C	T	3852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.658;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=81;PP=2503;ReadPosRankSum=-0.122;SC=TCCACGCTGACCAGCCACACC;SOR=0.547;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=256;TCF=139;TCR=117;TR=169;WE=88422124;WS=88422106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,180:0.63:287
chr10	88422307	rs2803550	G	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.214;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=404;ReadPosRankSum=1.277;SC=GGGACACTGAGGACGCTGGCA;SOR=0.310;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=24;WE=88422315;WS=88422297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr10	88425555	rs2803554	C	A	4883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=3.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.36;ReadPosRankSum=-0.675;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,236:0.60:395
chr10	88428303	rs2803556	G	A	2008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=27;PP=1129;ReadPosRankSum=-0.570;SC=CACGCAGCCCGGCTGGGCAGC;SOR=0.740;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=160;TCF=103;TCR=57;TR=79;WE=88428311;WS=88428293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,94:0.53:177
chr10	88428335	rs2803558	T	C	3082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=46;PP=1541;ReadPosRankSum=-0.526;SC=CAGGCAAGGCTGGGGGTCAGG;SOR=0.748;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=226;TCF=137;TCR=89;TR=121;WE=88428343;WS=88428325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,143:0.57:250
chr10	88440018	rs45598635	G	A	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=31;PP=697;ReadPosRankSum=0.328;SC=GGATGAGGCCGTGGGATCAGC;SOR=0.948;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=57;TCF=8;TCR=49;TR=35;WE=88440026;WS=88440008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr10	88445385	rs3740345	G	C	3714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.408;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=66;PP=2481;ReadPosRankSum=0.130;SC=ACTGCCCCTGGTGGAGCCTCT;SOR=0.654;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=313;TCF=186;TCR=127;TR=165;WE=88445393;WS=88445375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,172:0.53:324
chr10	88451869	rs3740346	G	C	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=391;ReadPosRankSum=-0.246;SC=AGATGCTGAGGGGCCACCAGG;SOR=0.551;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=105;TCF=31;TCR=74;TR=40;WE=88451877;WS=88451859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,42:0.38:110
chr10	88458996	rs201580455	TTC	T	957.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.072;NF=6;NR=18;PP=678;ReadPosRankSum=0.449;SC=CTGTCTCTGTTTCTCTCTCTC;SOR=0.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=24;WE=88459011;WS=88458986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,43:0.72:60
chr10	88676805	.	CT	C	1245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=958;ReadPosRankSum=-0.560;SC=GTACACCATGCTTTTTGATGA;SOR=0.603;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=34;WE=88676813;WS=88676795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,62:0.48:130
chr10	88702350	rs4934281	G	C	4241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=79;PP=2518;SC=TGGAGGCCGTGAAGGGAGGCG;SOR=1.531;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=48;TCR=80;TR=127;WE=88702358;WS=88702340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr10	88702390	rs10887673	G	A	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=748;ReadPosRankSum=-0.053;SC=CCCCGGCCTCGGCCTCGCAGC;SOR=0.658;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=52;WE=88702398;WS=88702380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,62:0.52:120
chr10	88705306	rs3750822	T	G	3647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.458;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=72;PP=2144;ReadPosRankSum=-1.033;SC=TGGCCCACCCTCCCCTACTCA;SOR=0.646;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=258;TCF=139;TCR=119;TR=160;WE=88705314;WS=88705296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,174:0.64:273
chr10	88717140	rs4244973	T	A	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	88718436	rs1800373	A	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=197;ReadPosRankSum=-1.384;SC=CTGCAGCAGCACAACCCTGCA;SOR=0.509;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=14;WE=88718444;WS=88718426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr10	88719569	rs760112	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.261;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=346;ReadPosRankSum=0.515;SC=TGCAGACCATGAGGCTAAACT;SOR=0.051;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=19;WE=88719577;WS=88719559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr10	88719789	rs760113	C	G	4108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.94;ReadPosRankSum=-0.329;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,194:0.71:275
chr10	88722398	rs9864	A	T	2473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=2.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.75;ReadPosRankSum=0.239;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,117:0.60:194
chr10	88722473	rs62621086	T	G	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.367;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,31:0.36:85
chr10	88722573	rs71473290	A	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=154;ReadPosRankSum=0.842;SC=GGGACTGTGTACAGGGCTAAC;SOR=0.784;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=12;WE=88722581;WS=88722563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr10	88722658	rs71473291	C	A	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,74:0.45:164
chr10	88768253	rs2641563	A	G	4226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.512;NF=100;NR=109;PP=2477;ReadPosRankSum=0.066;SC=ACCCACGCCCATTTGCAAGCA;SOR=0.695;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=465;TCF=219;TCR=246;TR=209;WE=88768261;WS=88768243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,221:0.44:498
chr10	88768657	rs1745901	C	T	2212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.371;NF=61;NR=46;PP=1247;ReadPosRankSum=-2.282;SC=CCAATTCAGACATCGGGCTGG;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=149;TCR=114;TR=107;WE=88768665;WS=88768647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,120:0.41:292
chr10	88817578	rs35186250	GA	G	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.448;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr10	88819133	rs2296062	T	C	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=242;ReadPosRankSum=-1.172;SC=GACTGGACTTTAAATATCGCA;SOR=0.776;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=18;WE=88819141;WS=88819123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr10	88834244	.	C	CA	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQRankSum=-1.198;QD=4.70;ReadPosRankSum=0.439;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr10	88930249	rs11202365	A	T	3092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.066;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=59.94;MQRankSum=-0.781;NF=74;NR=50;PP=1822;ReadPosRankSum=-0.534;SC=CAGTGTAGTTAGTGAAGTTGT;SOR=0.786;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=205;TCF=118;TCR=87;TR=124;WE=88930257;WS=88930239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,136:0.62:221
chr10	88935590	rs11202370	C	G	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=16;NR=5;PP=373;SC=TAATCTGATACTAAGCCTAGA;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=88935598;WS=88935580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	88939962	rs7081609	T	C	3416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=69;PP=2167;SC=TATATACTGGTTGTGCAAAAT;SOR=1.188;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=51;TCR=70;TR=120;WE=88939970;WS=88939952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	88946977	rs7913563	T	A	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.235;NF=8;NR=33;PP=681;ReadPosRankSum=1.724;SC=CAGTGTGCCATCAAGAAGTTG;SOR=0.438;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=15;TCR=60;TR=41;WE=88946985;WS=88946967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr10	88964698	rs149975014	G	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=3.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQRankSum=-6.440;QD=1.25;ReadPosRankSum=0.912;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,20:0.18:110
chr10	89267957	rs3843597	C	T	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=17;PP=801;SC=AGTTTCCTGACCAATATGTGC;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=89267965;WS=89267947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	89269267	rs3843598	G	A	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=10;PP=638;SC=AGGCTAATGTGGTGAACATCC;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=89269275;WS=89269257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	89419638	.	C	CGCT	3061.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.400;NF=12;NR=33;PP=1814;ReadPosRankSum=0.316;SC=GTCCGGCAGCCGCTGCTGCTG;SOR=0.658;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=45;WE=89419646;WS=89419625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,132:0.89:149
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chr10	89420898	rs10595979	TAA	T,TA	411.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=21.67;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,11,8:0.58,0.42:19
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chr10	89463460	rs7923151	G	C	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.087;NF=33;NR=16;PP=759;ReadPosRankSum=-0.570;SC=CTCCAAAATCGATACTCATGC;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=49;WE=89463468;WS=89463450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,70:0.64:110
chr10	89468953	rs17173698	G	A	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=33;PP=1213;ReadPosRankSum=-0.448;SC=TATTTTATAGGAGAACCAGCA;SOR=0.842;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=131;TCF=79;TCR=52;TR=81;WE=89468961;WS=89468943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,89:0.57:155
chr10	89473069	.	TAA	T	53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;QD=7.57;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr10	89527300	rs1819163	A	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=54;ReadPosRankSum=-2.023;SC=GACCAGTACCAGTCTGTGGCT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=6;WE=89527308;WS=89527290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr10	89552283	rs11202557	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.391;QD=5.80;ReadPosRankSum=-1.952;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
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chr10	90332928	rs41317024	T	G	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=495;ReadPosRankSum=-1.297;SC=TGGCCAAGACTGTCTTCTACT;SOR=1.542;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=23;WE=90332936;WS=90332918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
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chr10	90683124	rs1530281	T	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=143;ReadPosRankSum=-1.033;SC=TTATTGCTGTTGCACATTTTA;SOR=0.622;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=14;WE=90683132;WS=90683114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
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chr10	90767395	rs2031611	G	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.47;ReadPosRankSum=2.098;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
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chr10	90771829	rs2234978	T	C	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=285;ReadPosRankSum=1.687;SC=AATCTCCAACTTTAAATCCTG;SOR=0.668;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=26;WE=90771837;WS=90771819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,29:0.31:94
chr10	90773363	rs9658769	C	A	136.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=-0.366;SC=GCTTAAGAAACTTTTCCTTCA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=90773371;WS=90773353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
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chr10	90982081	rs6586175	A	G	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=559;ReadPosRankSum=-0.216;SC=CCCACGTATAACACAGTGTGC;SOR=1.889;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=30;WE=90982089;WS=90982071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
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chr10	90984787	rs2297473	T	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=48;ReadPosRankSum=-0.214;SC=CCCCTTGCCATTTCTTCAGAT;SOR=0.204;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=6;WE=90984795;WS=90984777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr10	90984990	rs2297472	G	A	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=378;ReadPosRankSum=-0.443;SC=TAAAACCTGTGAGAACAAAGG;SOR=0.658;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=127;TCF=65;TCR=62;TR=38;WE=90984998;WS=90984980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,46:0.30:153
chr10	91007360	rs1051338	T	G	4484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr10	91007470	rs2250781	C	A	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=38;PP=999;SC=ATTCTGGTAACTTAATGCTCC;SOR=1.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=91007478;WS=91007460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	91066460	rs954439	T	A	5794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=104;NR=101;PP=2965;SC=TAACAGATGTTCTTCGCAGTG;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=104;TCR=101;TR=205;WE=91066468;WS=91066450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr10	91066769	rs1727	C	A	5493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=78;PP=2965;SC=AGTATGAAGACGCAGAGTATT;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=101;TCR=79;TR=179;WE=91066777;WS=91066759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr10	91099943	rs10749607	C	G	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=18;PP=509;SC=ACGGGTAGGACGATAGGAAGA;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=91099951;WS=91099933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	91137826	rs304504	T	C	5931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.92;ReadPosRankSum=0.418;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,236:0.99:238
chr10	91143529	rs304494	T	A	6108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=87;PP=2965;SC=CGAAGTGTGGTGGAAAGAATT;SOR=0.858;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=109;TCR=87;TR=196;WE=91143537;WS=91143519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr10	91152228	.	A	C	132	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=13;HapScore=2;MGOF=59;MMLQ=30;MQ=59.35;NF=1;NR=1;PP=132;QD=83.3856062736;SC=TTCATTCCCCACCCCCCCCCG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=2;WE=91152236;WS=91152221;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr10	91152321	rs74945792	C	CTTA	1717.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=8;PP=1058;SC=ACACCCACAGCTTACACCATT;SOR=1.121;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=14;WE=91152329;WS=91152311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	91152593	rs303218	G	A	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=9;PP=272;SC=CTCGATTTGAGTATCTGCTTA;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=91152601;WS=91152583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	91162497	rs303211	A	G	4712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.56;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr10	91162677	rs303210	C	T	3954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=78;NR=48;PP=2265;SC=TAAATCCAGACAATGGATATA;SOR=1.073;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=78;TCR=50;TR=126;WE=91162685;WS=91162667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr10	91172556	rs79242890	AG	A	523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=225;SC=ACCAGAAGGAAGAAACTCCAG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=6;WE=91172564;WS=91172546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	91172663	rs304439	C	G	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	91174674	rs304434	C	G	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=27;PP=876;SC=GGCCGAGCCCCTCGCGCCCAG;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=61;WE=91174682;WS=91174664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	91178000	rs304448	C	T	11326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=194;NR=201;PP=2965;SC=CCAACATGTACGCTGAAGGAG;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=396;TCF=195;TCR=201;TR=395;WE=91178008;WS=91177990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr10	91222287	rs3740030	A	C	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=534;ReadPosRankSum=-0.823;SC=TCCAACAGCCAAGTTATGATC;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=42;TCR=67;TR=39;WE=91222295;WS=91222277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,42:0.35:121
chr10	91371445	rs7896079	C	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-1.352;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,17:0.23:73
chr10	91371844	rs3802655	C	T	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.329;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=545;ReadPosRankSum=-0.243;SC=GAATGCTATGCGTGCAAAGAA;SOR=0.269;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=32;WE=91371852;WS=91371834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr10	91373511	rs7079690	T	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=105;ReadPosRankSum=1.204;SC=CTGGTCATCCTCATTTGTTGA;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=6;WE=91373519;WS=91373509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr10	91373624	rs7091626	G	A	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=14;PP=635;ReadPosRankSum=-1.689;SC=GCCCCAGACTGGGATTCGGAA;SOR=0.819;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=56;TCR=26;TR=46;WE=91373632;WS=91373614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,50:0.53:94
chr10	91373847	rs7076397	A	G	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.497;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=341;ReadPosRankSum=0.202;SC=AGTCTTTTTCAGTGGAGTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=18;WE=91373855;WS=91373837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr10	91404448	rs11185826	C	G	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=400;ReadPosRankSum=-1.243;SC=GCTGCGGCTGCAGCTCCGGCA;SOR=0.650;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=24;WE=91404456;WS=91404438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr10	91404832	rs12769113	T	C	3520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=4.018;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,170:0.54:313
chr10	91465266	rs72818759	G	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.68;ReadPosRankSum=-1.390;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr10	91469576	rs10881631	T	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=178;ReadPosRankSum=-1.566;SC=GTGGCACCTATTTTAAGAATG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=9;WE=91469584;WS=91469570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr10	91470660	rs7089473	T	G	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=136;ReadPosRankSum=-0.803;SC=AATAAACAAGTAAAGTTTCCT;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=10;WE=91470668;WS=91470650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
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chr10	91470953	rs10881632	A	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=0.524;SC=GACTTCTTATAAACCCTTTAG;SOR=1.565;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=8;WE=91470961;WS=91470943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
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chr10	91498318	rs1886998	A	G	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=438;ReadPosRankSum=-1.193;SC=AAGATATGAAACATTTACTTC;SOR=0.833;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=29;WE=91498326;WS=91498308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr10	91498626	rs12415422	T	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=547;ReadPosRankSum=1.832;SC=TGAAAAGATATAATTTTGTAA;SOR=0.542;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=82;TCF=64;TCR=18;TR=38;WE=91498634;WS=91498616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,37:0.43:87
chr10	91503660	rs1126480	A	G	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=405;ReadPosRankSum=-0.771;SC=TAGATATGAAACAGCGAACCA;SOR=0.754;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=31;WE=91503668;WS=91503650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr10	91503750	rs10881648	G	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=1.152;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
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chr10	91510982	rs1326201	T	C	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=471;SC=AAAGTTTCTGTCTATATGGAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=91510990;WS=91510977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	91518388	rs2026549	A	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=175;ReadPosRankSum=0.276;SC=GGTGTTACATATAATAATTTC;SOR=1.112;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=10;WE=91518396;WS=91518378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr10	91522548	rs34354493	A	G	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=-3.562;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,59:0.30:199
chr10	91522605	rs3740038	G	C	3130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=61;PP=1999;SC=AAATACTTAAGTGATGAGTAA;SOR=1.407;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=99;WE=91522613;WS=91522595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	91522707	rs12767644	C	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.586;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=254;ReadPosRankSum=1.779;SC=TGTTAGAGACCAAAATCACAA;SOR=2.252;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=14;WE=91522715;WS=91522697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr10	91528441	rs3824609	T	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=169;ReadPosRankSum=-1.604;SC=TGGCCATAACTATTTCCTTCT;SOR=1.445;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=12;WE=91528449;WS=91528431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr10	91532432	rs3758389	A	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=286;ReadPosRankSum=1.473;SC=CTAATTAACAATTTTATTTTA;SOR=0.473;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=18;WE=91532440;WS=91532422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr10	92635211	rs149175620	T	TA	672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=8;PP=458;SC=GCTTTCTTTTTAAAAAAAATG;SOR=1.536;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=19;WE=92635219;WS=92635201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	92638707	rs75192201	C	CAGT	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=6;PP=826;SC=GCAGAAATGTCAGTATATTAG;SOR=1.893;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=16;WE=92638715;WS=92638697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	92645687	rs4144422	A	G	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=40;PP=1118;SC=CTGTATTTGAATCTTAGAAAC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=63;WE=92645695;WS=92645677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	92655338	rs59891149	A	AT	922.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=20;PP=692;SC=TATTTGTTGCATTTTTTTCTA;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=23;WE=92655346;WS=92655328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	92655559	rs10881848	T	A	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=8;PP=427;SC=ATACTTAAATTTTCTATTAAT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=92655567;WS=92655549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr10	92663108	rs7089472	C	T	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	92675649	rs3839929	GA	G	339.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=267;ReadPosRankSum=1.097;SC=TGGAAAATTGGAAAACGCTGC;SOR=0.425;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=9;WE=92675657;WS=92675639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr10	92675857	rs150275749	G	A	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.62;ReadPosRankSum=-0.483;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr10	92676187	rs112074175	ATG	A	1149.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=31.94;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	92678748	rs369346626	AAT	A	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.819;QD=2.67;ReadPosRankSum=-1.164;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,15:0.20:74
chr10	93000211	rs10881907	G	A	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=14;PP=608;SC=CATATGATGCGTTTTAACCTA;SOR=1.225;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=43;WE=93000219;WS=93000201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	93170250	rs7081569	C	G	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.36;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	93170365	rs71025355	CG	C	598.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=344;SC=TCTGGCGCCCCGGACGGCGGG;SOR=1.061;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=93170373;WS=93170355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	93577141	rs1539041	T	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.429;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=286;ReadPosRankSum=-1.009;SC=GCTGACATTTTATTCTCCTCT;SOR=2.964;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=15;WE=93577149;WS=93577131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr10	93579117	.	CT	C	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.034;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr10	93596653	.	TTC	T	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.33;ReadPosRankSum=0.205;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,14:0.10:142
chr10	93711364	rs199807714	CA	C	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=29;ReadPosRankSum=0.691;SC=AGTAATAATACAAAGGGTTTG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=3;WE=93711372;WS=93711354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr10	93716899	rs7894570	G	C	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=356;SC=ACTAGACCTAGAAATAAAATT;SOR=4.294;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=93716907;WS=93716889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	93719475	.	A	ATGTGTG	426	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=6;HapScore=4;MGOF=79;MMLQ=23;MQ=59.29;NF=13;NR=12;PP=426;QD=17.24;SC=TGTTAAAAAAATGTGTGTGTG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=25;WE=93719483;WS=93719465;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr10	93719497	rs200052275	GTATATATATA	G	869.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-0.000;QD=18.12;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,35:0.73:48
chr10	93754163	rs10882014	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=55;ReadPosRankSum=-0.957;SC=TAAGGTCATGGCATTTAATTT;SOR=0.260;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=6;WE=93754171;WS=93754157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr10	93768094	rs113804327	T	TG	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=8.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.67;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr10	93768096	rs11186794	G	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=5.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=2.011;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr10	93776240	rs11400019	C	CT	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-2.237;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr10	93778520	rs140447601	CT	C	940.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.349;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=488;ReadPosRankSum=0.560;SC=CTCATATATACTTTTTTTTTC;SOR=0.840;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=97;TCF=50;TCR=47;TR=39;WE=93778528;WS=93778510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,65:0.43:151
chr10	93786557	rs61876492	A	C	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.839;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,63:0.50:125
chr10	93812334	rs1711841	G	A	1926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=49;PP=1443;SC=ACTGGATGGTGGTTGAGAGCA;SOR=2.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=61;WE=93812342;WS=93812324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	93841227	rs2676811	A	G	3970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr10	93851714	rs1229578	T	C	6937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr10	93870699	rs1557178	C	A	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=14;PP=1062;SC=GAAAGTCCAACTCTACTGCAT;SOR=1.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=59;WE=93870707;WS=93870689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	93999850	rs3824734	A	G	4684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=86;PP=2965;SC=GCTGCTGAGGAGGCTGATGGA;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=69;TCR=86;TR=155;WE=93999858;WS=93999840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr10	94051175	rs139889315	C	T	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=3.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.948;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,45:0.38:118
chr10	94070878	rs142934556	CTT	C	1925.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.925;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.530;NF=13;NR=16;PP=1058;ReadPosRankSum=0.975;SC=ATCCTTTTCTCTTTTAATTTA;SOR=0.427;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=29;WE=94070887;WS=94070868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,52:0.57:91
chr10	94215457	.	CA	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.058;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr10	94238929	rs35864975	T	TA	756.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=-1.058;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,43:0.84:51
chr10	94266330	rs34053974	CT	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr10	94366347	rs11393423	A	AT	809.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.27;ReadPosRankSum=-0.234;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,48:0.73:66
chr10	94369060	.	AGTGTGT	A	829	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=68;MMLQ=20;MQ=57.75;NF=5;NR=11;PP=829;QD=52.0;SC=AGAGAGAGAGAGTGTGTGTGT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=16;WE=94369073;WS=94369058;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr10	94392513	rs113828479	A	ATAATT	501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=445;SC=TTCAAAACTGATAATTTTGTG;SOR=2.670;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=94392521;WS=94392503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	94407865	rs34357393	CA	C	533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.706;HP=14;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=196;ReadPosRankSum=0.033;SC=GACTTGTCTCCAAAAAAAAAA;SOR=1.828;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=20;WE=94407874;WS=94407855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,35:0.92:38
chr10	94409800	rs6583833	C	T	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=49;PP=1495;SC=CTTGATGTGGCTGACTTCATG;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=68;WE=94409808;WS=94409790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	94507612	rs2488066	A	G	10962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr10	94511683	rs2096177	G	T	14226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=283;NR=218;PP=2965;ReadPosRankSum=1.226;SC=ATATTTGTATGAAGGCTGCAG;SOR=0.590;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=503;TCF=284;TCR=219;TR=501;WE=94511691;WS=94511673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,544:1.00:545
chr10	94695617	rs1326331	C	T	4118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=67;PP=2229;SC=AAGAATCTTACTGTAATATTT;SOR=0.824;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=70;TCR=67;TR=137;WE=94695625;WS=94695607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr10	94700460	rs201561143	C	CT	735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;MQRankSum=0.405;QD=15.01;ReadPosRankSum=0.380;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,44:0.90:49
chr10	94816807	rs60582805	G	GA	3960.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=76;PP=2936;SC=AGTATATTCTGAAACTTTTTT;SOR=1.525;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=88;TCF=6;TCR=82;TR=82;WE=94816815;WS=94816797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr10	94822895	rs12263200	G	T	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	94826087	.	C	CGCCTGCT	1041.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=4.482;NF=1;NR=13;PP=646;ReadPosRankSum=-0.909;SC=TGCCTCCTGCCGCCTGCCGCC;SOR=0.703;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=14;WE=94826095;WS=94826077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,32:0.46:69
chr10	95070037	rs2761286	A	G	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=36;PP=1115;SC=GTCAAGAAAAAATACTGTTCC;SOR=1.211;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=63;WE=95070045;WS=95070027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	95070080	rs2797581	C	T	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=25;PP=818;SC=CTTTAACCTACGACAGCTTCC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=95070088;WS=95070070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	95070526	rs787661	G	A	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=26;PP=704;SC=ATTGCCTTCAGTTTTCCTCAA;SOR=1.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=95070534;WS=95070516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	95072906	rs787666	T	C	5097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=100;NR=75;PP=2815;SC=TCATGTCCAATCTGCATTTCT;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=101;TCR=75;TR=175;WE=95072914;WS=95072896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr10	95073046	rs787667	A	G	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.722;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=437;ReadPosRankSum=-1.508;SC=GAACGTTCTTATCAGGAGAGA;SOR=0.575;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=103;TCF=46;TCR=57;TR=44;WE=95073054;WS=95073036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,48:0.43:112
chr10	95083039	rs11594445	C	T	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=635;ReadPosRankSum=1.173;SC=CTTGGCTTTCCGGGGTGTGAT;SOR=0.737;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=112;TCF=46;TCR=66;TR=46;WE=95083047;WS=95083029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,50:0.40:124
chr10	95083204	rs148815470	ATTTC	A	578.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=254;SC=AGATGAAACTATTTCTTTCTT;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=95083215;WS=95083194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	95089762	rs17477816	T	C	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.374;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=304;ReadPosRankSum=-1.169;SC=TAGTACATACTAGAAATAAGA;SOR=0.098;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=20;WE=95089770;WS=95089752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr10	95093697	rs141227088	C	CA	1629.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.968;NF=1;NR=28;PP=1186;ReadPosRankSum=0.891;SC=GAAGGACTCACAGGGCCCTGG;SOR=0.560;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=29;WE=95093705;WS=95093687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,52:0.69:75
chr10	95095600	rs787689	G	C	3689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.456;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=58;PP=2512;ReadPosRankSum=-0.916;SC=CCTCCCTAGAGCCTGGTTGTC;SOR=0.649;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=278;TCF=183;TCR=95;TR=166;WE=95095608;WS=95095590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,170:0.59:286
chr10	95097537	rs1614065	T	C	2662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.83;ReadPosRankSum=0.996;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,128:0.57:225
chr10	95099822	rs2761330	G	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.805;NF=7;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=-0.481;SC=GGGTGAAAGAGCGAGACTCCT;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=7;WE=95099830;WS=95099812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr10	95099849	rs2761329	G	A	405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.426;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.473;NF=15;NR=2;PP=267;ReadPosRankSum=-0.424;SC=AAAAAGAAAAGAAAAATTCTG;SOR=1.501;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=17;WE=95099857;WS=95099839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr10	95107428	rs11187393	G	A	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.66;MQRankSum=-1.915;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.034;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,38:0.33:114
chr10	95111716	rs787624	C	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=172;ReadPosRankSum=1.986;SC=GGGCTCTGACCACCTGCCTGG;SOR=2.147;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=12;WE=95111724;WS=95111706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr10	95113491	rs787625	A	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=292;ReadPosRankSum=1.228;SC=AAATGACAAAAAGCATTCACT;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=19;WE=95113499;WS=95113481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr10	95115339	rs5787054	A	AAAAAT	2068.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.96;ReadPosRankSum=0.354;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,49:0.66:74
chr10	95119919	rs787634	T	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=355;ReadPosRankSum=0.087;SC=TCATTCCCATTCAGCTCCTCA;SOR=1.101;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=18;WE=95119927;WS=95119909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr10	95121135	rs151121728	CCA	C	702.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.994;NF=11;NR=4;PP=589;ReadPosRankSum=-0.055;SC=CCCCTCCCTCCCAAGGAAACT;SOR=1.058;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=15;WE=95121144;WS=95121125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr10	95132905	rs787647	C	T	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=56;PP=1540;SC=GGAGAGGGACCGAAGACCCTG;SOR=3.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=7;TCR=56;TR=63;WE=95132913;WS=95132895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr10	95136950	rs787622	A	T	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=8;PP=1469;SC=AGGACTTTTTACGAAGTTTGA;SOR=3.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=52;TCR=8;TR=60;WE=95136958;WS=95136940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
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chr10	95163809	rs12262721	G	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=-1.668;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,39:0.32:122
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chr10	95164060	rs12262755	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=-1.690;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
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chr10	95237899	rs58873758	ATAT	A	871.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.783;QD=24.91;ReadPosRankSum=1.426;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr10	95237963	rs3938769	A	G	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.844;NF=27;NR=11;PP=593;ReadPosRankSum=0.292;SC=ACTGTTTGGAAGAATCATCAA;SOR=1.280;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=38;WE=95237971;WS=95237953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,45:0.60:75
chr10	95238050	rs6583893	C	T	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.721;QD=14.31;ReadPosRankSum=-0.483;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,54:0.68:80
chr10	95241680	rs7912414	G	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.645;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=268;ReadPosRankSum=1.249;SC=TGAGTCTCAAGCCCTGGAGAA;SOR=0.343;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=16;WE=95241688;WS=95241670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr10	95241986	rs882873	C	A	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.198;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=666;ReadPosRankSum=-0.783;SC=TTTCAGCAAACGAAGTGGAGA;SOR=1.175;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=147;TCF=67;TCR=80;TR=53;WE=95242007;WS=95241976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,55:0.35:156
chr10	95241999	rs947597	A	C	3299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=70;PP=2446;SC=AGTGGAGACTAGGGCGCTGGA;SOR=1.206;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=50;TCR=70;TR=120;WE=95242007;WS=95241976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr10	95259979	rs3740370	C	G	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.713;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,81:0.41:198
chr10	95262981	rs7080916	A	G	4797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr10	95266683	rs947599	A	G	3171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.35;ReadPosRankSum=0.246;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,145:0.66:221
chr10	95276673	rs4919224	G	A	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	95278829	rs2280605	A	G	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=49;PP=1260;SC=AAAGACTTCAATAAAAGTCTT;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=60;WE=95278849;WS=95278819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	95278841	rs2280606	C	T	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=37;PP=1051;SC=AAAAGTCTTTCTTCTTCAATA;SOR=3.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=43;WE=95278849;WS=95278819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	95279506	rs2293277	A	T	4916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr10	95279653	rs7068719	A	G	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=13;PP=344;SC=ACAGCTTAACACACAGCTAGC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=95279661;WS=95279643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	95287643	rs34668129	G	GA	620.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.920;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,43:0.75:57
chr10	95359968	rs10882282	G	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.935;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=421;ReadPosRankSum=-0.206;SC=TTTGGGGAGGGGGTAGGTAGC;SOR=2.041;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=21;WE=95359976;WS=95359958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr10	95380790	rs1223306	G	A	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.697;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=261;ReadPosRankSum=0.353;SC=TGACAAAGCCGCCCAGAGACA;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=20;WE=95380798;WS=95380780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr10	95394455	rs1856563	T	C	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=10;PP=1240;ReadPosRankSum=1.660;SC=TCCTGTGAATTTATGATTATT;SOR=1.154;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=59;WE=95394463;WS=95394445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr10	95395247	rs616522	A	G	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=1.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr10	95400947	rs1147644	A	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.986;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
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chr10	95454681	rs2275438	G	C	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.467;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=43;PP=1106;ReadPosRankSum=-0.842;SC=TACGAACTTTGTATGTCTTTG;SOR=0.980;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=113;TCF=43;TCR=70;TR=68;WE=95454689;WS=95454671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,76:0.61:125
chr10	95454768	rs3215997	TA	T	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=-0.345;SC=TGATTGGTGGTAAAAAAAAGC;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=6;WE=95454776;WS=95454758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
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chr10	95458141	rs11187597	A	G	3624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=91;PP=2059;ReadPosRankSum=0.471;SC=GCAGTAAGTCATCTTCAACTG;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=289;TCF=127;TCR=162;TR=163;WE=95458149;WS=95458131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,176:0.56:314
chr10	95459698	rs2275441	G	C	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=245;ReadPosRankSum=-0.642;SC=CATGTAAACAGAATTCAAAAA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=15;WE=95459706;WS=95459688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr10	95459817	rs726817	C	T	2577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=0.049;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,125:0.57:221
chr10	95549836	rs368174638	C	CTT	361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.05;ReadPosRankSum=1.049;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr10	95552653	rs1111820	T	C	8514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=60.03;NF=145;NR=165;PP=2965;SC=CGAAGGATTTTGATTGCATCA;SOR=0.893;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=311;TCF=145;TCR=166;TR=310;WE=95552661;WS=95552643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr10	95718474	rs829225	A	G	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=46;PP=2264;SC=TATTTAGGCTATAATGATTAC;SOR=1.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=80;TCR=46;TR=126;WE=95718482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr10	95718600	rs11815169	T	C	3914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-9.163;NF=98;NR=69;PP=2140;ReadPosRankSum=0.636;SC=TCCTTCTTGCTGTCCTTGGTG;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=281;TCF=165;TCR=116;TR=167;WE=95718608;WS=95718590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,181:0.59:306
chr10	95720490	rs12570608	C	T	3507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.403;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.621;NF=74;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=0.247;SC=AGAGGCTTCTCTCGCTCTTTC;SOR=0.731;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=139;TCR=130;TR=145;WE=95720509;WS=95720480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,157:0.54:289
chr10	95720501	rs12571819	T	C	3538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.599;NF=80;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.598;SC=TCGCTCTTTCTGGGAAGCCCG;SOR=0.714;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=285;TCF=153;TCR=132;TR=151;WE=95720509;WS=95720480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,167:0.55:305
chr10	95791613	rs17109671	T	C	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=33;PP=750;ReadPosRankSum=-0.604;SC=AAGGCTCTTGTGAGAAGGTTG;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=127;TCR=92;TR=78;WE=95791621;WS=95791603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,92:0.37:247
chr10	95791763	rs17109674	G	A	2148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=51;PP=1359;ReadPosRankSum=-0.208;SC=GCAAAAAGGAGCGATCCACTT;SOR=0.581;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=247;TCF=121;TCR=126;TR=106;WE=95791771;WS=95791753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,109:0.41:269
chr10	95987313	rs11187825	C	T	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=460;SC=AGCCAGGTAACTGGAAATGAT;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=95987321;WS=95987303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	95993703	.	TA	T	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.239;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr10	96013824	rs1408820	C	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=186;ReadPosRankSum=-0.914;SC=AGGTCTTTACCGGTTTTACCA;SOR=1.179;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=11;WE=96013832;WS=96013814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
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chr10	96018510	rs4918182	A	T	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.425;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=416;ReadPosRankSum=0.548;SC=ACAGAATCACAACAGTGGCCT;SOR=1.060;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=28;WE=96018518;WS=96018500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
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chr10	96058298	rs3765524	C	T	3844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.935;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=82;PP=2304;ReadPosRankSum=-0.409;SC=CAGAAACTGACCCAGCACACC;SOR=0.653;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=404;TCF=207;TCR=197;TR=182;WE=96058306;WS=96058288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,196:0.45:438
chr10	96064168	rs3818432	C	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=149;ReadPosRankSum=-1.647;SC=TTTGAACTTTCAATTTATAAG;SOR=0.586;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=12;WE=96064176;WS=96064158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr10	96066341	rs2274223	A	G	2466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=3.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.93;ReadPosRankSum=3.508;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,137:0.38:356
chr10	96068480	rs11187850	A	G	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.574;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=630;ReadPosRankSum=0.403;SC=GTTTCACTCAACATATTTATG;SOR=0.426;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=109;TCF=40;TCR=69;TR=48;WE=96068488;WS=96068470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,51:0.44:117
chr10	96084372	rs3831084	A	AT	464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.563;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.905;NF=1;NR=9;PP=345;ReadPosRankSum=-0.519;SC=TCTGATACCCATAATTACACT;SOR=0.124;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=10;WE=96084380;WS=96084362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr10	96087866	rs11187870	G	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=127;ReadPosRankSum=2.119;SC=GAAGCAAAATGGCACAGGGCT;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=14;WE=96087874;WS=96087856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr10	96100119	rs3740359	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=-2.017;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,27:0.35:77
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chr10	96109325	rs7085378	C	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=-1.739;SC=AAATGTATGCCGACATTGCCT;SOR=0.412;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=96109333;WS=96109315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
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chr10	96116817	rs117529685	A	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=134;ReadPosRankSum=-0.478;SC=GACTAATTGAATATTTTCTAG;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=8;WE=96116825;WS=96116811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr10	96122543	rs7100430	A	G	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=772;ReadPosRankSum=0.869;SC=CTATCACCCGAAGGGGCCCTA;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=89;TCR=69;TR=61;WE=96122551;WS=96122533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,65:0.37:175
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chr10	96201839	rs10584329	CT	C	348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=4.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.488;QD=5.62;ReadPosRankSum=-2.041;SOR=0.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,37:0.60:62
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chr10	96271298	rs2860761	A	C	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	96282390	rs10882469	G	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=244;ReadPosRankSum=-2.429;SC=CATGGACTCGGCTGGGTGTGG;SOR=0.874;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=21;WE=96282398;WS=96282380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr10	96305486	rs113423067	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=6.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=-1.510;SOR=0.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr10	96305504	rs2274096	T	C	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=1;PP=374;ReadPosRankSum=0.900;SC=GGAGGGCGGGTGGGGAATGTA;SOR=2.155;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=28;WE=96305516;WS=96305494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
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chr10	96305830	rs73329627	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=115;ReadPosRankSum=-0.967;SC=GAGGAGGAAAGGAGGGTTGGG;SOR=1.863;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=8;WE=96305838;WS=96305820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
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chr10	96495266	rs3740367	G	A	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=35;PP=756;ReadPosRankSum=-0.004;SC=CAGGGCCATTGGCCTCTCCCT;SOR=1.054;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=96;TCF=26;TCR=70;TR=46;WE=96495274;WS=96495256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,51:0.50:101
chr10	96522561	rs17885098	T	C	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-0.917;QD=10.54;ReadPosRankSum=1.011;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
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chr10	96731788	rs9332172	A	G	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.472;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=19;PP=1577;ReadPosRankSum=1.480;SC=AACTATGTGAATAATTTTGAA;SOR=0.965;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=138;TCF=105;TCR=33;TR=88;WE=96731796;WS=96731778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,94:0.63:149
chr10	96741053	rs1057910	A	C	5415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.12;ReadPosRankSum=-1.464;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,247:0.55:447
chr10	96745984	rs9332230	A	T	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.852;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=42;PP=1037;ReadPosRankSum=-2.047;SC=AACTTTTTTGATCCATTGGAA;SOR=0.592;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=94;TCF=27;TCR=67;TR=58;WE=96745992;WS=96745974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,62:0.62:100
chr10	96748737	rs1057911	A	T	2460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=1.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.029;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,133:0.55:244
chr10	96749181	rs9332245	T	A	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.07;ReadPosRankSum=-0.008;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,54:0.57:95
chr10	96802598	rs2275620	A	T	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.502;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=19;PP=899;ReadPosRankSum=0.097;SC=AACCAGCACTATGGAAATTTC;SOR=0.545;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=111;TCF=79;TCR=32;TR=64;WE=96802606;WS=96802588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,75:0.59:128
chr10	96824738	rs7098376	A	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=1.559;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr10	96827178	rs2275622	T	C	3685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=49;PP=2041;SC=CTGCAACACTTGGCAGCCATG;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=75;TCR=50;TR=123;WE=96827186;WS=96827168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr10	96828323	rs2071426	T	C	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.22;ReadPosRankSum=-1.307;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,66:0.64:103
chr10	96954298	rs591157	A	G	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr10	96954360	rs11188225	T	A	2775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=2.483;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,134:0.56:238
chr10	96954473	rs592041	A	T	4691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.27;SOR=1.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	96954479	rs592055	G	A	4568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=1.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr10	96954511	rs681838	T	A	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=38;PP=1132;SC=ATGAGATTCATATCCCATCTA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=96954519;WS=96954501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	96961184	rs602941	G	A	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=11;PP=1030;SC=CTGTTTCTGAGTTATTTCCCA;SOR=1.942;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=54;WE=96961192;WS=96961174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	96966954	rs58102963	GT	G	4861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=69;PP=2979;SC=TTCTTTTGTGGTTTTTTTCAG;SOR=1.114;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=49;TCR=74;TR=113;WE=96966962;WS=96966944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr10	96970361	rs16872	A	C	6605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr10	96972889	rs17524438	G	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.695;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=621;ReadPosRankSum=-0.149;SC=TCCATATCTTGACCCAGAACA;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=29;WE=96972897;WS=96972879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr10	96974518	rs595478	A	T	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=372;SC=TATTGGAATAACTGCATCATT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=96974526;WS=96974508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr10	96985198	rs489807	G	A	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=35;PP=1041;SC=GCTACTAATCGTAGTGCCATT;SOR=1.257;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=61;WE=96985206;WS=96985188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr10	96997609	rs11872	G	A	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=18;PP=659;ReadPosRankSum=0.844;SC=TTTCAAGAGAGGAGAGGGCCA;SOR=0.898;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=52;WE=96997617;WS=96997599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,58:0.64:91
chr10	96998458	rs2901832	C	T	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-2.558;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,57:0.27:212
chr10	96998519	rs2860998	T	C	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.512;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,56:0.30:186
chr10	96998591	rs2901833	G	A	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.061;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=289;ReadPosRankSum=-0.853;SC=AAGTAACTTAGCCTCTCTGGT;SOR=0.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=25;WE=96998599;WS=96998581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr10	96998625	rs12778613	T	C	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.022;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=251;ReadPosRankSum=0.508;SC=TTCTATAAAATAGGAGATTAA;SOR=0.236;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=14;WE=96998633;WS=96998615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr10	96998648	rs2860999	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.690;HP=7;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=224;ReadPosRankSum=-0.236;SC=CCTGGCCAAAGAAAAGCCCAA;SOR=0.041;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=13;WE=96998656;WS=96998638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr10	97023552	rs4917682	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=231;ReadPosRankSum=0.620;SC=ACCTGCCTGGGCAGCCCTGGT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=17;WE=97023560;WS=97023542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr10	97023895	rs2296962	C	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.42;ReadPosRankSum=1.783;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr10	97096357	rs114494406	C	T	2704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=45;PP=1787;ReadPosRankSum=0.731;SC=AGCCTCACTTCCTGGAAAAGC;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=311;TCF=198;TCR=113;TR=125;WE=97096369;WS=97096347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,135:0.40:340
chr10	97101532	rs2274628	G	A	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=21;PP=564;SC=TTTAAGTGGGGTCAAAGGGTA;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=97101540;WS=97101522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	97110879	rs6583995	C	T	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=336;SC=GAGAACTAAACTGGCCTACAG;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=97110887;WS=97110869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	97116219	rs7076888	C	T	6377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=114;NR=114;PP=2965;SC=ACCGCTGAATCAGCTGCTCAA;SOR=0.797;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=114;TCR=114;TR=228;WE=97116227;WS=97116209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr10	97127264	rs6583997	T	C	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=584;SC=TAGATCACTTTTTATCACCAA;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=97127272;WS=97127254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	97127462	rs6583998	C	A	3576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=3.437;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.73;ReadPosRankSum=-0.711;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,138:0.99:139
chr10	97127577	rs7074224	C	T	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=453;SC=CTAGTTTAGACCAGGACCTCT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=97127585;WS=97127567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	97137105	rs1536556	A	G	6316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr10	97141523	rs2274490	G	A	4133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr10	97154682	rs55688714	A	T	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=16;PP=1023;SC=AAAAGCCCAAATCTTATGCCT;SOR=1.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=54;WE=97154690;WS=97154672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	97154698	rs11188311	G	A	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=22;PP=1330;SC=TGCCTACAATGGAACTATAAG;SOR=1.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=71;WE=97154706;WS=97154688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	97157058	rs112372646	C	T	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.814;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=40;PP=933;ReadPosRankSum=-1.692;SC=AAAACAAAGGCAAAGAGCAAA;SOR=1.013;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=58;WE=97157066;WS=97157048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,54:0.57:94
chr10	97158713	rs2274489	G	A	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=14;PP=838;SC=TGTACTCAGAGTGTACACTTG;SOR=1.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=47;WE=97158721;WS=97158703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	97192324	rs943542	A	G	5185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=93;NR=79;PP=2810;SC=GATTTTTGTAAGATCCATGTC;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=93;TCR=79;TR=172;WE=97192332;WS=97192314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr10	97192452	rs732101	A	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=386;ReadPosRankSum=-0.345;SC=CAGCCATGCGAAGTCTTTGAA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=26;WE=97192460;WS=97192442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr10	97381077	.	CTTTT	C	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.93;ReadPosRankSum=1.966;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr10	97385242	rs10509688	A	G	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.031;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=38;PP=949;ReadPosRankSum=2.206;SC=TTAAAAAAACAGAGATGTTAA;SOR=0.407;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=137;TCF=52;TCR=85;TR=66;WE=97385250;WS=97385232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,73:0.48:152
chr10	97392969	rs3750701	G	A	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=50;PP=1464;SC=TCTGTCTGCAGAACACACTGT;SOR=1.286;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=31;TCR=50;TR=80;WE=97392977;WS=97392959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	97392993	rs3750700	T	C	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=40;PP=1240;SC=CTGGCAATCCTTTTTCCAAAC;SOR=1.942;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=97393001;WS=97392983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	97393475	rs11188409	C	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=341;ReadPosRankSum=0.051;SC=ATACAAAAGACGCTAAGAGCA;SOR=0.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=26;WE=97393483;WS=97393465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr10	97397227	rs2275273	T	C	3849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=63;PP=2075;SC=GACTGTAAGTTACCGTACTGT;SOR=0.996;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=57;TCR=63;TR=120;WE=97397235;WS=97397217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr10	97412921	rs9787589	T	G	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=10;PP=620;SC=CTCCAGCCTGTGTGACAAAAT;SOR=1.347;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=97412929;WS=97412911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	97440097	.	TCA	T	155	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=155;QD=49.5;SC=TTATGTCAGCTCACTTTAAAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=97440116;WS=97440094;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	97440098	.	CACT	C	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.34;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	97440103	.	T	TGG	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.97;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	97440106	.	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	97440107	.	CA	C	412.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.27;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	97440493	rs143448527	GA	G	505.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.99;ReadPosRankSum=0.392;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr10	97446206	rs2297788	G	A	5508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=73;PP=2965;SC=AGATGCAGAGGAGCCAAATAT;SOR=1.151;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=112;TCR=74;TR=185;WE=97446214;WS=97446196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr10	97447373	rs10786229	A	T	4449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr10	97447487	rs11188434	T	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.324;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=336;ReadPosRankSum=-0.671;SC=CTAAAATGTTTTTTAAAAGAA;SOR=1.230;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=27;WE=97447495;WS=97447477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,29:0.36:81
chr10	97471925	rs12244559	T	C	111.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=81;SC=TTTTTTGGTATGAATATTCAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=97471933;WS=97471915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	97516047	.	G	GA	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.933;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.164;QD=0.82;ReadPosRankSum=-0.037;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,19:0.18:106
chr10	97687184	rs56365500	A	G	2010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=53;PP=1299;ReadPosRankSum=-0.619;SC=CGGGAGATAAAGTTTTATTAT;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=59;TCR=98;TR=84;WE=97687192;WS=97687174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,93:0.55:169
chr10	97698338	rs35298116	G	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=254;ReadPosRankSum=0.130;SC=GTTAACCAGCGCAAACTGCCA;SOR=0.697;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=22;WE=97698346;WS=97698328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr10	97698370	rs4918979	C	T	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,51:0.54:94
chr10	97748040	rs7900838	G	A	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.802;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=686;ReadPosRankSum=2.435;SC=GGAGGTATCCGTTTCAGATGT;SOR=0.598;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=50;WE=97748048;WS=97748030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,62:0.65:95
chr10	97769856	rs4145209	G	C	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=513;ReadPosRankSum=-1.631;SC=TGTCTCTGGAGAGTTCTTTAG;SOR=0.901;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=27;WE=97769864;WS=97769846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr10	97772253	rs3748224	C	T	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.95;ReadPosRankSum=1.324;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr10	97772496	rs10748652	T	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=326;ReadPosRankSum=0.140;SC=TGTAAGTTATTATTATTTTTA;SOR=0.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=27;WE=97772504;WS=97772486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr10	97778853	rs1414922	C	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-1.183;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr10	97779219	rs1414921	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=0.032;SC=ATGGGGCCGGGGCAATCTTTT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=5;WE=97779227;WS=97779209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr10	97816420	rs7099399	G	A	7047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.089;SC=TCACTTGCCTGACATTTTCTC;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=518;TCF=258;TCR=260;TR=303;WE=97816428;WS=97816410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,329:0.59:557
chr10	97917307	rs61731065	G	A	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.222;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,97:0.38:252
chr10	97919742	rs7081962	A	G	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=39;PP=953;ReadPosRankSum=0.294;SC=CTGAGGAACCAATATGTGTCA;SOR=0.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=61;TCR=77;TR=70;WE=97919750;WS=97919732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,75:0.48:155
chr10	97920099	rs67530050	T	TC	12936.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=105;PP=2957;SC=TTGTGAAATGTCTAGGAGAAA;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=138;TCF=29;TCR=109;TR=131;WE=97920107;WS=97920089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr10	97956830	rs74151283	T	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=0.488;SC=CTGTTTAATTTTTTTTAAAAA;SOR=0.578;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=18;WE=97956838;WS=97956820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr10	97959237	rs80337218	C	A	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.040;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,46:0.46:100
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chr10	98084231	rs2181320	A	G	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=37;PP=1070;SC=TGCAACTCCAATCTGGGAGAG;SOR=1.385;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=98084239;WS=98084221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr10	98097998	rs2273891	T	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=412;ReadPosRankSum=1.394;SC=GTTGTCAACATTTTTTTCCTA;SOR=0.883;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=29;WE=98098006;WS=98097988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr10	98105622	rs3814224	T	C	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=651;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTTGGCATCTTTCCTCTCCAA;SOR=0.657;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=32;WE=98105630;WS=98105612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr10	98105673	rs3841416	TCTG	T	3189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=2182;ReadPosRankSum=0.178;SC=CAGTGCCAGGTCTGCTGCTCC;SOR=0.661;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=47;WE=98105683;WS=98105663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,81:0.59:138
chr10	98111279	rs2146392	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=-0.389;SC=TATCCCTTTGCTAAACTTTCT;SOR=0.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=6;WE=98111287;WS=98111269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr10	98113272	rs12572329	A	G	2601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=-3.318;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,130:0.52:249
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chr10	98116076	rs2861575	C	T	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=3;PP=655;SC=ACAATGCATTCATTAAGTTTT;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=98116084;WS=98116066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	98133282	rs77173980	G	C	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=340;ReadPosRankSum=-0.378;SC=AGTCCTTGTCGTGCCTTCACC;SOR=0.741;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=21;WE=98133290;WS=98133272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr10	98133483	rs61741039	G	A	2233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=53;PP=1385;ReadPosRankSum=0.055;SC=CCAGAATGGGGGCCAGGCTGT;SOR=0.669;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=162;TCF=72;TCR=90;TR=97;WE=98133491;WS=98133473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,103:0.60:172
chr10	98138978	rs28438557	G	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.666;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=284;ReadPosRankSum=-1.951;SC=CCCTCTGATTGTTCCCTCACT;SOR=1.214;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=18;WE=98138986;WS=98138968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
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chr10	98146654	rs12252784	C	G	3863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.467;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,196:0.57:342
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chr10	98180958	rs3789954	T	C	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.852;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=499;ReadPosRankSum=-1.419;SC=CTTGTAGTGGTTCTTGTTGTT;SOR=0.342;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=28;WE=98180966;WS=98180948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
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chr10	98240035	.	ACCACATCTCC	TCCACATCTCC,TCCACATCTCT	303	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=25,15;NR=1,1;PP=240,303;QD=10.5681235595;SC=TGACTCGTGGACCACATCTCC;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=26,16;WE=98240053;WS=98240025;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.96:27
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chr10	98240382	rs243	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=0.143;SC=TGGAGGCAGAGGAACAGCAGG;SOR=0.321;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=9;WE=98240390;WS=98240372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr10	98281896	rs78610910	G	C	3006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.667;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=50;PP=2007;ReadPosRankSum=2.332;SC=CGACGAAAGAGAGACCCACAA;SOR=0.838;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=212;TCF=132;TCR=80;TR=132;WE=98281904;WS=98281886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,139:0.60:230
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chr10	98287150	rs3789958	A	G	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=435;ReadPosRankSum=-0.563;SC=AATAAAAGGTAAAAAAATGTC;SOR=0.614;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=31;WE=98287158;WS=98287139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr10	98287261	rs3789957	G	C	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.621;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=376;ReadPosRankSum=1.720;SC=TGCCTGGTGGGGGGAGGGGGA;SOR=0.945;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=41;WE=98287269;WS=98287251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,51:0.51:100
chr10	98287792	rs12779720	G	T	2267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=42;PP=1462;ReadPosRankSum=2.195;SC=ACTTACCACCGGTAATCTTCT;SOR=0.694;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=310;TCF=193;TCR=117;TR=114;WE=98287800;WS=98287782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,123:0.38:325
chr10	98312891	rs10736113	C	T	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=44;PP=1288;SC=TGAGGACAACCGGATGTTAAT;SOR=1.668;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=70;WE=98312899;WS=98312881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	98319236	rs10128106	G	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.809;NF=8;NR=2;PP=128;ReadPosRankSum=-0.969;SC=GGAAGTTTTTGATTGCTCCTC;SOR=0.269;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=10;WE=98319244;WS=98319226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr10	98319367	rs3818389	A	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.21;ReadPosRankSum=0.108;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,43:0.61:70
chr10	98319503	rs3818390	A	T	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=115;ReadPosRankSum=-0.669;SC=CCTAAAAAAAATTTTTTCATT;SOR=0.330;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=10;WE=98319511;WS=98319493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr10	98321928	rs7094142	A	T	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	98336613	rs35616822	T	TA	383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.218;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.770;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr10	98346411	rs11188836	A	C	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=9;PP=577;SC=GCCGCCGGGCACTCCAGGCTG;SOR=1.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=32;WE=98346419;WS=98346401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	98346636	rs199747093	TC	T	727.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=5;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=714;ReadPosRankSum=0.602;SC=CGACTCCTCCTCCCGCCGCCG;SOR=0.446;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=12;WE=98346657;WS=98346626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr10	98346649	rs1062176	T	G	730.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=705;ReadPosRankSum=-0.655;SC=CGCCGCCGCCTCCTCCGCCGC;SOR=0.760;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=20;WE=98346657;WS=98346626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr10	98369536	rs3748236	A	G	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=-1.213;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,70:0.34:207
chr10	98369755	rs41317270	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=97;ReadPosRankSum=-0.100;SC=AGGGAAAAGACGATGGGAGAG;SOR=0.719;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=8;WE=98369763;WS=98369745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr10	98380137	rs12784975	T	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.020;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,46:0.44:104
chr10	98380277	rs3748234	C	T	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.60;ReadPosRankSum=2.215;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr10	98380363	rs7910630	A	G	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=120;SC=ACTGGGGACCACTCACCAGAA;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=98380371;WS=98380353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	98383329	rs4917745	G	T	2222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=46;PP=1358;SC=TACTGAAAAAGTATCAAAATC;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=68;WE=98383337;WS=98383319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	98386433	rs1469847	C	A	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=4;PP=1243;SC=GCTCCAAAGACCCAGTTGGAC;SOR=4.003;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=48;WE=98386441;WS=98386423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	98386558	rs4344416	G	A	7569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=134;NR=122;PP=2965;SC=CTGCTGGCCAGGTCCACAGAA;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=256;TCF=134;TCR=122;TR=256;WE=98386574;WS=98386548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
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chr10	98392872	rs6584092	A	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.78;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr10	98816786	rs2817675	T	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.464;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=353;ReadPosRankSum=-1.305;SC=CTCTACCTCCTTCTCTAGCCT;SOR=0.404;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=26;WE=98816794;WS=98816776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr10	98817687	rs7914872	A	G	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=36;PP=1020;ReadPosRankSum=0.909;SC=CAATATCATAATCGGACCCCA;SOR=0.796;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=181;TCF=100;TCR=81;TR=82;WE=98817695;WS=98817677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,89:0.46:194
chr10	98819317	rs2817676	A	G	2261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.15;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,109:0.63:172
chr10	98820528	rs33970910	C	G	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=33;PP=975;ReadPosRankSum=1.497;SC=TGGGCACGCGCCCCGCTTCTC;SOR=0.720;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=217;TCF=124;TCR=93;TR=82;WE=98820536;WS=98820518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,88:0.38:231
chr10	98825940	rs1106375	G	A	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=534;ReadPosRankSum=-0.418;SC=AGGTGGGCTGGAGGGCACTGA;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=41;WE=98825948;WS=98825930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,46:0.51:91
chr10	98923361	rs2636772	T	C	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=42;PP=985;SC=CACAGGCCTATGCCTGGCCTG;SOR=3.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=50;WE=98923369;WS=98923351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	98979111	rs10714841	AT	A	229.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=182;SC=TTATATGTGGATTTTTCGACT;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=98979119;WS=98979101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	98988759	rs1468069	A	C	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=3;PP=750;SC=CTGGTGAATGAACTCAAGGGC;SOR=3.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=98988767;WS=98988753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	98989454	rs2297987	A	G	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=29;PP=1846;SC=AGATGACAGTATATCAATTTT;SOR=1.632;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=71;TCR=29;TR=100;WE=98989462;WS=98989444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr10	99003613	rs793528	A	C	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=2;PP=520;SC=GACAAGCCTGATTTCTCAGCT;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=24;WE=99003621;WS=99003603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	99019144	rs3740522	C	T	7106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr10	99019177	rs2253301	A	G	8675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=174;NR=134;PP=2965;SC=GCCACAGGACATGGGGTGCAA;SOR=0.879;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=308;TCF=174;TCR=134;TR=308;WE=99019185;WS=99019167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr10	99025611	rs10882884	T	A	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=15;PP=1398;SC=CAAACACATCTCCTACCCTTT;SOR=2.271;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=53;TCR=15;TR=68;WE=99025619;WS=99025601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	99079023	rs11189127	G	A	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=2;PP=546;SC=GAGCCGGCAGGATTCCGGCTC;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=99079031;WS=99079017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	99094164	.	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=221;ReadPosRankSum=-0.124;SC=CTGTCCTGCGCCGCGTCCAGC;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=15;WE=99094172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr10	99117120	rs10882905	G	A	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=281;SC=GCTTCCACACGGCTCATGTCC;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=99117128;WS=99117110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	99125949	rs2275580	C	T	8537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=133;NR=167;PP=2965;SC=ACCTTGAAGCCGTGGTCCTTC;SOR=0.966;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=303;TCF=136;TCR=167;TR=300;WE=99125957;WS=99125939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr10	99130161	rs149757559	CCCCA	C	12386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=111;PP=2975;SC=GGGTGCTTCCCCCCACCCAGT;SOR=1.072;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=184;TCF=58;TCR=126;TR=159;WE=99130172;WS=99130151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr10	99160965	rs2275091	A	G	10230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=170;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.406;SC=AGACACCAGAAGGCAACTTTC;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=366;TCF=194;TCR=172;TR=361;WE=99160973;WS=99160955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,389:0.99:391
chr10	99198507	rs11316935	AT	A	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr10	99205686	rs2297666	A	G	6675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=121;PP=2965;SC=CCTATCCAGGACTCTGTACGG;SOR=0.995;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=106;TCR=122;TR=227;WE=99205694;WS=99205676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
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chr10	99219404	rs29001331	TG	T	4256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=49;PP=2867;ReadPosRankSum=-0.964;SC=AAGCTCTGCCTGTGGGACTTA;SOR=0.803;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=104;TCF=30;TCR=74;TR=70;WE=99219412;WS=99219394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,122:0.65:187
chr10	99219885	rs2152092	G	A	2324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.30;ReadPosRankSum=-2.876;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,112:0.59:189
chr10	99220707	rs3740526	C	T	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=37;PP=997;ReadPosRankSum=-0.601;SC=GGGCCCAGAGCCCAGGCCAGC;SOR=0.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=82;TCR=77;TR=77;WE=99220715;WS=99220697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,85:0.47:180
chr10	99225738	rs2236575	T	A	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=2.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.488;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,109:0.37:293
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chr10	99258223	rs3750558	T	G	2188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.90;ReadPosRankSum=0.970;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,102:0.55:184
chr10	99332488	rs12221474	A	C	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.53;ReadPosRankSum=-1.118;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr10	99337473	rs10786357	T	C	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	99337572	rs7094973	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.309;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,18:0.27:67
chr10	99342563	rs3818910	T	C	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.559;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=266;ReadPosRankSum=1.294;SC=CATGTATCATTGGCTCTGGCC;SOR=1.136;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=24;WE=99342571;WS=99342553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr10	99350017	rs7093840	G	C	4715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.901;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=95;PP=2286;ReadPosRankSum=2.458;SC=CCACTGATGAGGCCACGTGGG;SOR=0.438;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=296;TCF=139;TCR=157;TR=192;WE=99350025;WS=99350007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,221:0.66:336
chr10	99350128	rs7093643	A	G	3081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=61;PP=1866;ReadPosRankSum=0.801;SC=CAGGTCACCTAGAGTCCAAGG;SOR=0.827;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=203;TCF=97;TCR=106;TR=114;WE=99350136;WS=99350118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,132:0.58:226
chr10	99359406	rs75929214	C	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=685;ReadPosRankSum=2.042;SC=CGGCTGCCCTCTCCTGCTTTT;SOR=1.114;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=40;WE=99359414;WS=99359396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,42:0.58:72
chr10	99376092	rs3814555	T	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.46;ReadPosRankSum=-1.234;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr10	99376152	rs3814556	A	G	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.983;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr10	99376843	rs4919121	A	C	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=22;PP=1815;SC=ACTACTTATTACTCATCTGTG;SOR=1.872;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=66;TCR=23;TR=88;WE=99376851;WS=99376833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	99393234	rs11189303	G	A	7799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.68;ReadPosRankSum=2.967;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,373:0.65:570
chr10	99410790	rs7915721	T	C	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=627;ReadPosRankSum=1.957;SC=TGTGCTGTCCTTGCTGCTTTG;SOR=0.676;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=52;WE=99410798;WS=99410780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,69:0.56:123
chr10	99416303	rs1889475	T	C	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=349;ReadPosRankSum=-1.588;SC=CTGTCTTCCTTATTTCTGTCA;SOR=0.673;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=16;WE=99416311;WS=99416293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr10	99422648	rs7905087	A	G	7103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=0.582;SC=TGCTAACTTTATATTTCTGTT;SOR=0.677;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=475;TCF=249;TCR=226;TR=315;WE=99422656;WS=99422638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,335:0.66:509
chr10	99426415	rs3750562	G	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=276;ReadPosRankSum=0.899;SC=AAAGCCAAGAGGAAATGGCTA;SOR=1.075;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=18;WE=99426423;WS=99426405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr10	99426975	rs4254004	C	T	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=238;ReadPosRankSum=-1.450;SC=ATACCCCCCCCTTTTTTTTTG;SOR=1.071;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=16;WE=99426983;WS=99426965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr10	99437822	rs3750564	A	G	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=413;ReadPosRankSum=-1.123;SC=CATCAATAGGAAGAATGGAAT;SOR=0.869;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=31;WE=99437830;WS=99437812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,41:0.66:62
chr10	99439541	rs2275047	G	C	4134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=0.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.06;ReadPosRankSum=1.785;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,197:0.53:374
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chr10	99439703	rs11595249	A	T	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.716;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=630;ReadPosRankSum=0.093;SC=GACATCATCAACTCAGCTGGT;SOR=0.588;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=46;WE=99439711;WS=99439693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,55:0.48:114
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chr10	99508142	rs41317028	C	T	3029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=77;PP=1812;ReadPosRankSum=0.736;SC=CCTCCTCTCCCGCCACCACCC;SOR=0.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=79;TCR=123;TR=126;WE=99508150;WS=99508132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,137:0.63:218
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chr10	99509969	rs3750615	T	C	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=5;PP=934;SC=GTTAGGAGGGTGACTCTTTCC;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=40;WE=99509977;WS=99509959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	99510068	rs3750614	G	T	5865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr10	99510284	rs3829137	T	C	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=481;SC=CCCCCTGTTATCAGCTTGTTT;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=99510292;WS=99510274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	99512472	rs1538723	T	C	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.88;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	99514645	rs7922907	A	G	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=27;PP=746;SC=TTACAGATGAATAACCTGAGG;SOR=1.480;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=99514653;WS=99514635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	99516955	rs10882995	G	A	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=17;PP=824;SC=ATTTAGAAGCGCCAGGAGCAG;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=49;WE=99516963;WS=99516945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	99517355	rs3750612	A	G	6936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=99;PP=2965;SC=AACTCCAGGTACCTGAGGGTG;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=138;TCR=99;TR=237;WE=99517363;WS=99517345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr10	99518810	rs1981238	C	T	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=3;PP=851;SC=GGCATCATCACCCCCAGGATC;SOR=7.276;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=42;WE=99518818;WS=99518802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	99518874	rs10882996	G	A	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.13;SOR=4.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr10	99519097	rs1981237	A	G	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=49;PP=1485;SC=CGTCCTTGGGACCAGCAGTAG;SOR=1.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=26;TCR=49;TR=75;WE=99519105;WS=99519087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	99531571	rs11815012	C	G	817.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.77;ReadPosRankSum=1.331;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr10	99610018	rs148818830	C	T	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=0.264;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,54:0.63:86
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chr10	99639573	rs2297934	C	T	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.51;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	99667921	rs190055745	C	T	2156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.714;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,116:0.40:292
chr10	99682981	rs894375	T	C	2723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.457;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=41;PP=1551;ReadPosRankSum=-1.379;SC=CTGGCTCTCATGTGGCTTCTC;SOR=0.538;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=207;TCF=140;TCR=67;TR=121;WE=99682989;WS=99682971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,127:0.58:218
chr10	99968849	rs139345451	T	G	5545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.342;SC=ACACTGTTAGTCCAGTAATGA;SOR=0.779;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=384;TCF=203;TCR=181;TR=237;WE=99968857;WS=99968839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,252:0.61:413
chr10	99969568	rs11189513	A	G	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=36;PP=894;ReadPosRankSum=1.036;SC=GAAACTTCTCACACAGAGGGA;SOR=0.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=91;TCR=85;TR=75;WE=99969576;WS=99969558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,92:0.44:210
chr10	99991408	rs1952061	A	G	2923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=51;PP=1522;SC=CAAGAATTTCATACTGAAGAC;SOR=1.009;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=49;TCR=51;TR=100;WE=99991416;WS=99991398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr10	100003785	rs1359508	T	C	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=461;ReadPosRankSum=-0.199;SC=GTAATTTGGATTAAGGGAAAG;SOR=0.988;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=35;WE=100003793;WS=100003775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,41:0.64:64
chr10	100011077	rs11189523	T	A	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=420;ReadPosRankSum=2.085;SC=ATGTTCCCATTTTACAGATAG;SOR=0.622;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=33;WE=100011085;WS=100011067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr10	100011970	rs3750598	G	A	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.654;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=329;ReadPosRankSum=-1.025;SC=GTAAGAAATTGCCTTGAATGC;SOR=1.382;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=20;WE=100011978;WS=100011960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr10	100012011	rs10748722	C	T	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=17;PP=1256;SC=TCCAGGTGCCCTGGGCTGCTG;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=73;WE=100012019;WS=100012001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	100013244	rs3750599	A	C	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.283;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=444;ReadPosRankSum=1.531;SC=GGAAGGGCCAAACTGCTCCCT;SOR=1.387;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=31;WE=100013252;WS=100013234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
chr10	100017453	rs1983864	T	G	5680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=791;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=0.120;SC=GACAGCAGCATCATTCTCATG;SOR=0.745;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=752;TCF=367;TCR=385;TR=291;WE=100017461;WS=100017443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:483,304:0.39:787
chr10	100018844	rs7077073	G	A	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=398;ReadPosRankSum=0.085;SC=TGACCACAGCGTGCATGCCAC;SOR=0.741;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=90;TCF=51;TCR=39;TR=36;WE=100018852;WS=100018834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,41:0.40:103
chr10	100022446	rs10736125	A	G	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=12;PP=745;SC=AGCCCAGCCCAAGAAGACTGT;SOR=1.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=100022454;WS=100022436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	100022917	rs112780536	A	ATG	1297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.938;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.76;MQRankSum=0.537;QD=32.44;ReadPosRankSum=1.161;SOR=2.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr10	100144782	rs2296441	C	T	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.708;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=30;PP=809;ReadPosRankSum=0.889;SC=ACGGGGCGGGCGAAGTAGAGC;SOR=0.567;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=110;TCF=65;TCR=45;TR=70;WE=100144790;WS=100144772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,77:0.64:121
chr10	100146895	rs2296438	T	C	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=308;ReadPosRankSum=0.156;SC=AGAGAGGTCATAGCCAGGAAG;SOR=0.503;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=19;WE=100146903;WS=100146885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr10	100147060	rs4345897	A	G	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.73;ReadPosRankSum=-1.641;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,85:0.54:157
chr10	100147097	rs4400721	G	A	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.863;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,72:0.53:135
chr10	100148004	rs2182169	T	C	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=447;ReadPosRankSum=-0.727;SC=CCCTTTGGAATGGCACCTGCA;SOR=1.121;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=25;WE=100148012;WS=100147994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr10	100148058	rs4539242	T	C	1930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=25;PP=1192;ReadPosRankSum=-0.983;SC=CAGGCCCAGTTGGGTCGCATG;SOR=0.976;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=113;TCF=74;TCR=39;TR=78;WE=100148066;WS=100148048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,80:0.68:118
chr10	100148176	rs2147896	A	G	4753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.954;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=105;PP=2686;ReadPosRankSum=-2.018;SC=CGTATAGGGCATGTACTGAGT;SOR=0.667;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=353;TCF=185;TCR=168;TR=212;WE=100148184;WS=100148166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,229:0.59:385
chr10	100148308	rs2147895	T	G	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.800;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=40;PP=949;ReadPosRankSum=1.811;SC=AGAGCAGCAGTGCGGAGGGTA;SOR=0.388;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=108;TCF=38;TCR=70;TR=65;WE=100148316;WS=100148298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,66:0.58:113
chr10	100148353	rs2182168	C	G	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.375;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=572;ReadPosRankSum=-1.695;SC=CAGTGGAGGCCCTGAGATGAC;SOR=0.418;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=33;WE=100148361;WS=100148343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr10	100152373	rs6584192	T	G	3502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=81;PP=2198;ReadPosRankSum=-1.082;SC=GGGAAATCCATGTTAGATCTT;SOR=0.631;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=94;TCR=119;TR=144;WE=100152381;WS=100152363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,156:0.66:236
chr10	100155296	rs11189591	T	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=227;ReadPosRankSum=-0.712;SC=GCATGGAGGATGCTGAGACTT;SOR=0.616;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=17;WE=100155304;WS=100155286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr10	100157329	rs61159293	AC	A	1864.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.357;NF=1;NR=38;PP=866;ReadPosRankSum=-2.211;SC=ATGGCCTGTCACCCCCCCACA;SOR=0.679;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=78;TCF=5;TCR=73;TR=39;WE=100157337;WS=100157319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,74:0.63:118
chr10	100157368	rs10786418	C	T	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.099;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=696;ReadPosRankSum=-0.816;SC=CCTCATTCCCCGCTGTGGCCC;SOR=0.457;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=45;WE=100157376;WS=100157358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,46:0.58:79
chr10	100167236	rs10883090	G	C	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.43;ReadPosRankSum=0.398;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr10	100167239	rs10883091	C	T	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.67;ReadPosRankSum=0.893;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr10	100167276	rs10883092	A	C	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=16;PP=1159;ReadPosRankSum=-0.813;SC=GACCCCCCACACAGGTTGGGA;SOR=0.842;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=129;TCF=97;TCR=32;TR=68;WE=100167284;WS=100167266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,70:0.53:133
chr10	100167322	rs11189595	C	T	3766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.878;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=70;PP=2298;ReadPosRankSum=-0.233;SC=GCAATCGGGCCGGCGGGGGGG;SOR=0.588;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=313;TCF=190;TCR=123;TR=174;WE=100167330;WS=100167312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,179:0.56:322
chr10	100167396	.	G	A	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=20;MQ=59.87;NF=184;NR=151;PP=2962;QD=20;SC=GGTAGGACGCGCGGGAGAACT;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=619;TCF=330;TCR=289;TR=335;WE=100167404;WS=100167386;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:284,335:0.54:619
chr10	100167553	.	G	A	1022	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MMLQ=26;MQ=57.75;NF=34;NR=26;PP=1022;QD=17.6128535425;SC=GATGGAGACCGTCACCCGGGG;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=148;TCF=69;TCR=79;TR=60;WE=100167561;WS=100167543;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:88,60:0.41:148
chr10	100167605	.	G	A	2665	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=23;MQ=59.73;NF=71;NR=79;PP=2665;QD=20;SC=AGCAGGGATGGAGACTGTCAC;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=260;TCF=134;TCR=126;TR=150;WE=100167613;WS=100167595;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:110,150:0.58:260
chr10	100167860	rs942810	G	C	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=42;PP=1050;ReadPosRankSum=0.190;SC=GCCAGTATGGGCCACACCCCA;SOR=0.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=41;TCR=75;TR=66;WE=100167868;WS=100167850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,73:0.59:123
chr10	100170507	rs7896828	A	T	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.958;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=16;PP=1157;ReadPosRankSum=-0.873;SC=TGTGATGTCCACAGCTGGCTG;SOR=1.434;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=105;TCF=78;TCR=27;TR=68;WE=100170515;WS=100170497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,69:0.62:112
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chr10	100174721	rs2147900	T	C	4648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=2.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.95;ReadPosRankSum=-0.519;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,223:0.62:359
chr10	100182285	rs2296435	T	C	3734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=78;PP=2168;ReadPosRankSum=-1.418;SC=AGGTCTGAGTTAAGGTGCTTA;SOR=0.750;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=249;TCF=122;TCR=127;TR=151;WE=100182293;WS=100182275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,173:0.62:278
chr10	100183774	rs10883093	A	G	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.17;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	100184062	rs2296433	CC	AG	3133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=2.272;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.92;ReadPosRankSum=0.738;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,80:0.61:131
chr10	100219314	rs10883099	G	A	3104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	100219374	rs10883100	T	A	5320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr10	100219519	rs11189618	G	A	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=41;PP=1329;SC=AAAACAGTATGGGACTCATTA;SOR=1.463;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=69;WE=100219527;WS=100219509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	100250019	rs59184373	GACACACACACAC	GAC,G	1437.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=1,1;NR=13,13;PP=834,66;SC=GAGTAAACATGACACACACAC;SOR=2.093;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=14,14;WE=100250038;WS=100250009;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:35
chr10	100991971	.	TACAC	T	1703.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=6.235;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.04;ReadPosRankSum=2.256;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,42:0.91:46
chr10	100991976	.	A	G	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=6.235;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.93;ReadPosRankSum=2.688;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,42:0.91:46
chr10	100991979	.	C	T	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=14.480;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.67;ReadPosRankSum=3.709;SOR=2.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,43:0.88:49
chr10	101090428	rs2862600	T	G	6712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=135;NR=76;PP=2965;SC=GCACCAAAGTTGTGGAGGAGG;SOR=1.227;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=135;TCR=76;TR=211;WE=101090436;WS=101090418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr10	101120787	rs3763792	C	T	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=28;PP=759;SC=GGGTGGGACCCAGGCACCAAT;SOR=1.532;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=101120795;WS=101120777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	101137063	rs3829211	G	A	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=44;PP=1370;SC=CCATTCCTAGGAGGGATGTGT;SOR=1.911;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=62;WE=101137071;WS=101137053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	101150256	rs3793931	A	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=0.759;SC=GGGAGGAGCCATGGACTCCTC;SOR=1.022;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=8;WE=101150264;WS=101150246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr10	101163194	rs2275952	C	T	1876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=3.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,100:0.45:222
chr10	101166544	rs2234971	C	T	3938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.405;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=71;PP=2041;ReadPosRankSum=0.193;SC=TGTACCAACGCGCTAAGAAAT;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=290;TCF=160;TCR=130;TR=165;WE=101166552;WS=101166534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,188:0.57:328
chr10	101293035	rs41290504	C	A	7844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=135;PP=2965;SC=TGCTGGCCGCCGCTGAGGGGA;SOR=0.901;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=258;TCF=123;TCR=135;TR=258;WE=101293043;WS=101293025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr10	101372411	rs880568	T	C	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=57;PP=1902;SC=GACCAACTCATTGAGGTCCCC;SOR=1.262;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=98;WE=101372419;WS=101372401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr10	101373729	rs17494319	C	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=-1.831;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr10	101420283	rs370100512	GCACA	G	321.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.22;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	101420314	.	C	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.34;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr10	101420316	rs7093631	C	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.31;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr10	101420316	.	CAC	GAG	227	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=27;MQ=59.41;NF=1;NR=4;PP=227;QD=56.0935749724;SC=CACACACACACACAGAGATAT;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=101420326;WS=101420306;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,5:0.50:10
chr10	101420318	rs28529459	C	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.31;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr10	101439252	rs3740079	G	A	2570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=56;PP=1603;SC=TTTGTTGTCAGTCTCTTTTAA;SOR=1.440;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=88;WE=101439260;WS=101439242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	101445591	rs3740078	A	C	2074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.65;ReadPosRankSum=1.907;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,98:0.64:152
chr10	101451259	rs11190245	T	C	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=428;ReadPosRankSum=-0.510;SC=TCAACCTCTGTCCTTCCTGCA;SOR=0.698;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=29;WE=101451267;WS=101451249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr10	101462193	rs10748790	C	T	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=11;PP=892;SC=TGTGGGAATACGGAGTGGCTT;SOR=2.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=40;WE=101462201;WS=101462183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	101473218	rs2231687	A	G	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=55;NR=54;PP=1687;SC=TTAAAAGTAAAGTTGAATAAG;SOR=0.983;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=55;TCR=54;TR=109;WE=101473226;WS=101473208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr10	101474499	rs11190255	T	C	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=299;ReadPosRankSum=-1.303;SC=AAGAAGGCAATAGGAAAGGCA;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=19;WE=101474507;WS=101474489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
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chr10	101480550	rs3740077	T	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.625;HP=4;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=467;ReadPosRankSum=-0.590;SC=GTTCAATATTTTTGTTCAATT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=8;WE=101480558;WS=101480539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr10	101480604	rs3832650	C	CAG	2670.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.78;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	101489216	rs58771687	CAAAA	C	841.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;QD=32.37;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr10	101491856	rs369819714	C	A	4540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=109;PP=2700;ReadPosRankSum=-0.521;SC=GCTCTGTGGTCTCCCTCCTCC;SOR=0.663;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=378;TCF=182;TCR=196;TR=214;WE=101491864;WS=101491846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,222:0.56:400
chr10	101510104	.	G	GT	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.224;QD=0.42;ReadPosRankSum=1.724;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,19:0.16:118
chr10	101515316	rs3184991	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=132;ReadPosRankSum=0.548;SC=GTCTATAAAATGAAGCGGCAG;SOR=0.368;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=8;WE=101515324;WS=101515306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr10	101542578	rs717620	C	T	1758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.73;ReadPosRankSum=-0.845;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,86:0.57:150
chr10	101544447	rs927344	A	T	6270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr10	101551902	rs2756108	C	T	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=7;PP=488;SC=CTGCATACCGCTTTTCCTATC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=101551910;WS=101551892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	101553259	rs2804400	C	T	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=6;PP=682;SC=CCCCTCAGTCCTCGGTTAGTG;SOR=2.712;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=32;WE=101553267;WS=101553249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	101559184	.	TG	T	946.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.60;MQRankSum=8.896;QD=9.47;ReadPosRankSum=1.683;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,31:0.31:100
chr10	101559185	.	GC	TC	1010	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=62.76;NF=0,6;NR=16,17;PP=995,1010;QD=65.2519312419;SC=CCTCCTTTTTGCCACTGTGTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=63;TCF=0;TCR=63;TR=16,23;WE=101559193;WS=101559175;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:65,23:0.26:88
chr10	101559185	.	GC	G	1010	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=62.76;NF=0,6;NR=16,17;PP=995,1010;QD=65.2519312419;SC=CCTCCTTTTTGCCACTGTGTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=63;TCF=0;TCR=63;TR=16,23;WE=101559193;WS=101559175;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr10	101559186	.	C	T	484.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.65;MQRankSum=8.945;QD=4.90;ReadPosRankSum=1.962;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,29:0.29:99
chr10	101602004	rs3758395	T	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.795;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=206;ReadPosRankSum=-1.389;SC=CTTTTACCCATGGACGTATTC;SOR=0.295;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=19;WE=101602012;WS=101601994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr10	101603781	rs3740067	C	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=-1.473;SC=AGTTTCCTTTCCTCTAACTCA;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=9;WE=101603789;WS=101603771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr10	101604207	rs3740066	C	T	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.38;ReadPosRankSum=0.299;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,86:0.66:131
chr10	101639682	rs61757225	G	A	2084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=44;PP=1093;ReadPosRankSum=0.566;SC=GTCCTGGTACGGAGTAGCCAA;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=140;TCR=112;TR=100;WE=101639690;WS=101639672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,113:0.40:284
chr10	101639796	rs2255901	G	A	6472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=116;NR=106;PP=2965;SC=GCTGGGAGGTGGAGTCTGGGT;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=222;TCF=116;TCR=106;TR=222;WE=101639804;WS=101639786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr10	101639877	rs11190305	A	C	2838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=58;PP=1847;ReadPosRankSum=-1.533;SC=TTCCTTGGTCACATTCTTTTG;SOR=0.686;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=213;TCF=113;TCR=100;TR=121;WE=101639885;WS=101639867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,132:0.55:238
chr10	101643675	rs144327645	G	GT	1050.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.204;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.11;MQRankSum=1.469;NF=13;NR=6;PP=397;ReadPosRankSum=-0.374;SC=GATACTTTTTGCTTTTTTTTC;SOR=1.193;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=19;WE=101643684;WS=101643665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,32:0.32:99
chr10	101643676	rs78615379	C	T	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=4.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.479;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,32:0.32:100
chr10	101645498	rs2490763	T	C	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	101645534	rs41290514	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=186;ReadPosRankSum=1.455;SC=CCGGGAAGAAGGTAAAAACCT;SOR=0.420;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=16;WE=101645542;WS=101645524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr10	101648501	rs61872196	C	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=125;ReadPosRankSum=0.658;SC=GGGCCTGTGTCCGTGGAACTG;SOR=0.341;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=13;WE=101648509;WS=101648491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr10	101654696	rs3758394	T	C	5001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=75;PP=2524;SC=GTGATGTTGATGCTCACCCGG;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=95;TCR=75;TR=170;WE=101654704;WS=101654686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr10	101655982	rs3740058	G	A	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.527;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=687;ReadPosRankSum=-2.610;SC=GCCCTGAAAAGCTGTCAAAGA;SOR=0.307;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=95;TCF=62;TCR=33;TR=56;WE=101655990;WS=101655972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,63:0.61:104
chr10	101657880	rs7919323	G	A	4531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=1.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.25;ReadPosRankSum=0.507;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,210:0.66:318
chr10	101658585	rs3740057	T	C	3846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=75;PP=2550;SC=GTTTCACATTTTTCTCAGAAC;SOR=1.318;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=49;TCR=76;TR=124;WE=101658593;WS=101658575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr10	101689378	rs7077718	G	C	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=14;PP=1132;SC=GGGTTTTCTTGCTGTTTTGCA;SOR=2.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=54;WE=101689386;WS=101689368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	101690050	rs10786578	C	T	3364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=82;PP=2123;ReadPosRankSum=-1.825;SC=AGTCAGTCAACTGTTCAGCTT;SOR=0.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=433;TCF=225;TCR=208;TR=170;WE=101690058;WS=101690040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,178:0.38:467
chr10	101690379	rs10883428	A	G	3587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.883;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=65;PP=2160;ReadPosRankSum=1.658;SC=CTGGGATCCAAGTCATTTTCT;SOR=0.674;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=243;TCF=128;TCR=115;TR=148;WE=101690387;WS=101690369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,162:0.61:266
chr10	101690415	rs11190326	G	A	1866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.747;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=49;PP=1181;ReadPosRankSum=0.902;SC=AGCACTGTAAGGTTCCTTTTC;SOR=0.879;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=253;TCF=122;TCR=131;TR=88;WE=101690423;WS=101690405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,99:0.35:279
chr10	101690637	rs7085955	C	G	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.959;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=333;ReadPosRankSum=-0.500;SC=TGTCTCCCAACCATTCCAGAC;SOR=2.059;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=17;WE=101690645;WS=101690627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr10	101715899	rs2862923	G	A	2697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=40;PP=1356;SC=GAAGAAGGTCGGGGTACTGTT;SOR=1.145;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=78;WE=101715907;WS=101715889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	101731631	rs11593499	A	G	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;QD=26.86;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	101823543	rs4462272	T	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=250;ReadPosRankSum=3.273;SC=GCAATGCTCCTACTCACAACT;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=17;WE=101823551;WS=101823533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr10	101825160	rs3829161	C	G	3229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=76;PP=2205;SC=CGGTGAAGGGCCAACTGGGGC;SOR=1.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=36;TCR=76;TR=112;WE=101825168;WS=101825150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	101841153	rs10883439	A	G	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=8;PP=690;SC=AGCTGTTCAGAACTTACAGGG;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=101841161;WS=101841143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	101912064	rs2862954	T	C	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.441;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=40;PP=846;ReadPosRankSum=-1.017;SC=TTAGAAGCAATGGCCTGGTAC;SOR=0.875;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=118;TCF=54;TCR=64;TR=72;WE=101912072;WS=101912054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,81:0.61:133
chr10	101912194	rs1408579	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=140;ReadPosRankSum=1.999;SC=TCACCTATTGCTCTCCTGAGT;SOR=0.818;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=10;WE=101912202;WS=101912184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr10	101953705	rs11597086	A	C	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.672;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=6;PP=724;ReadPosRankSum=-0.258;SC=ATAGCAACTCAATGTCACATT;SOR=1.539;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=53;TCR=11;TR=38;WE=101953713;WS=101953695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr10	101967212	rs7909855	C	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.274;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr10	101977883	rs2230804	C	T	3323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=80;PP=1983;ReadPosRankSum=0.724;SC=GGTTCTACTACTAAACTAGAA;SOR=0.811;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=207;TCF=90;TCR=117;TR=137;WE=101977891;WS=101977873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,153:0.65:234
chr10	101980459	rs986266	A	G	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=39;PP=1275;SC=AATATACTTTAAAGTAACAGA;SOR=1.539;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=101980467;WS=101980449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	101992923	.	TA	T	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.274;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=1.927;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr10	102006429	rs4919438	T	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.497;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=246;ReadPosRankSum=0.602;SC=TTTCTAAACATCATCATGATT;SOR=1.463;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=19;WE=102006437;WS=102006419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr10	102016268	rs2270961	G	A	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.624;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=39;PP=1022;ReadPosRankSum=-0.791;SC=ATTTTAGTCAGAATTGCAGAA;SOR=1.077;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=101;TCF=39;TCR=62;TR=59;WE=102016276;WS=102016258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,69:0.59:117
chr10	102027407	rs12784396	C	T	2705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.17;ReadPosRankSum=-1.343;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,128:0.67:191
chr10	102054452	rs11597005	A	G	3183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=0.883;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,153:0.55:279
chr10	102056970	rs2278841	A	G	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=3.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.75;ReadPosRankSum=-1.703;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,32:0.39:82
chr10	102056970	.	AGG	GGT	731	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=10;NR=12;PP=731;QD=35.6576306756;SC=ACCAGCCTATAGGGGGAGGGG;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=22;WE=102056980;WS=102056960;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:51,22:0.30:73
chr10	102056972	rs2278840	G	T	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.94;ReadPosRankSum=-0.750;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr10	102057005	rs2278839	G	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.327;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;ReadPosRankSum=0.217;SC=TGGAGCCTTCGCTGGGACGGC;SOR=0.425;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=19;WE=102057013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr10	102088906	rs3829159	C	T	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=93;NR=57;PP=2654;SC=AATGTTTATACATATAGTGCA;SOR=1.208;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=93;TCR=57;TR=150;WE=102088914;WS=102088896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr10	102104600	.	A	AT	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=1.316;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr10	102107251	rs1054411	C	G	4719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr10	102116208	rs111712956	ATCCCC	A	10175.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=83;PP=2957;SC=AAGACAGCCCATCCCCTCCCA;SOR=1.159;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=52;TCR=94;TR=129;WE=102116220;WS=102116198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr10	102116311	rs2234970	A	C	9874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=181;NR=169;PP=2965;SC=TGGCTTGCTGATGATGTGCTT;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=350;TCF=181;TCR=169;TR=350;WE=102116319;WS=102116301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr10	102222825	rs3793772	T	C	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.555;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=534;ReadPosRankSum=-1.066;SC=AGTTGGGCTTTGAGAATTCCA;SOR=0.862;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=93;TCF=54;TCR=39;TR=50;WE=102222833;WS=102222815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,56:0.54:104
chr10	102222957	rs3793771	G	C	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.213;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=613;ReadPosRankSum=-0.853;SC=GTGTACATCTGTCTTTTCACC;SOR=1.251;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=43;WE=102222965;WS=102222947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,47:0.55:85
chr10	102238953	rs11190578	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=129;ReadPosRankSum=2.029;SC=ATGCTGTATACATTACAGATA;SOR=0.293;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=8;WE=102238961;WS=102238943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr10	102239829	rs2295770	G	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=164;ReadPosRankSum=-0.259;SC=GAGCCCCAGGGATAGCCCCTT;SOR=0.145;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=14;WE=102239837;WS=102239819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr10	102241998	rs17113137	G	C	2333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=42;PP=1161;ReadPosRankSum=1.093;SC=CGCTTAATCCGGGGCCTCTCA;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=104;TCR=83;TR=94;WE=102242006;WS=102241988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,111:0.52:212
chr10	102247408	rs2298075	C	A	2690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=46;PP=1366;ReadPosRankSum=0.342;SC=ATGAGGACAGCCTTCAGGATA;SOR=0.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=106;TCR=72;TR=113;WE=102247416;WS=102247398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,128:0.65:198
chr10	102247526	rs2298074	G	C	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.704;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=959;ReadPosRankSum=-0.999;SC=CAACCTCATGGAGCCCAGCCA;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=49;TCR=66;TR=64;WE=102247534;WS=102247516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,70:0.59:119
chr10	102248884	rs3750720	C	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=365;ReadPosRankSum=1.291;SC=GCAGTAAGGACACCTGGTACC;SOR=1.051;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=26;WE=102248892;WS=102248874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr10	102248950	rs3750719	C	G	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=317;ReadPosRankSum=0.270;SC=CTACCATGACCTGCACCCAAG;SOR=0.481;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=26;WE=102248958;WS=102248940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr10	102257348	rs77000964	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=158;ReadPosRankSum=1.305;SC=TGCTCCTCCACCTCCCTCCTG;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=14;WE=102257356;WS=102257338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr10	102258439	rs9420792	C	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=262;ReadPosRankSum=0.897;SC=AGAGACTCTCCCTCTCCCTCA;SOR=0.465;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=19;WE=102258447;WS=102258429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr10	102265056	rs140191147	AAC	A	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=1.477;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,8:0.18:44
chr10	102265183	rs2295772	G	A	2073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=43;PP=1130;ReadPosRankSum=-0.798;SC=GGTATCAGTGGTGCTTGTGCC;SOR=0.628;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=147;TCF=75;TCR=72;TR=90;WE=102265191;WS=102265173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,98:0.61:160
chr10	102265815	rs2295773	A	G	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=648;ReadPosRankSum=-0.728;SC=CCTGTCTCATATGCTGGACTT;SOR=0.951;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=32;WE=102265823;WS=102265805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr10	102265847	rs2295774	A	C	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=818;ReadPosRankSum=-1.099;SC=CCCATCACAGAGTACAAACTG;SOR=0.709;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=84;TCF=64;TCR=20;TR=49;WE=102265855;WS=102265837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,54:0.56:97
chr10	102266316	rs3750626	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=0.319;SC=TATTATCTTACAAATGAATAA;SOR=1.329;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=102266324;WS=102266306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr10	102269085	rs3793706	C	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=357;ReadPosRankSum=-0.348;SC=GGAAAGGATTCAAGTCGAGGG;SOR=1.085;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=26;WE=102269093;WS=102269075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr10	102269206	rs3763695	A	G	1999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=1.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.937;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,100:0.53:187
chr10	102275780	rs3750630	A	G	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.226;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=531;ReadPosRankSum=-0.877;SC=CATGAGCCCTAAGAAACACAC;SOR=0.286;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=29;WE=102275788;WS=102275770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr10	102289078	rs1800662	C	A	5142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.64;ReadPosRankSum=1.455;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,238:0.63:377
chr10	102289743	rs10883506	C	G	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.474;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=43;PP=1072;ReadPosRankSum=2.651;SC=TTTAAATACGCAGTTGGGAAG;SOR=1.035;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=115;TCF=40;TCR=75;TR=63;WE=102289751;WS=102289733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,67:0.53:127
chr10	102295629	rs2295776	G	T	3099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.88;ReadPosRankSum=0.438;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,159:0.56:285
chr10	102295658	rs11190600	T	G	2092.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=1.807;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,137:0.50:275
chr10	102295658	.	T	TG	1852	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=12;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=22;MQ=59.66;NF=12;NR=39;PP=1852;QD=36.4117647059;SC=TTTTTTTTTTTGGGGTCCGGA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=42;TCR=134;TR=51;WE=102295666;WS=102295634;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:125,51:0.29:176
chr10	102296061	rs2295779	A	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=71;ReadPosRankSum=-0.842;SC=GCTGATTAACAGGAGAAATTA;SOR=1.133;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=6;WE=102296069;WS=102296051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr10	102296461	rs10883509	C	T	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=499;ReadPosRankSum=0.656;SC=TTAGGACACTCATTTTTCTTT;SOR=0.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=30;WE=102296469;WS=102296451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr10	102307671	rs7073586	A	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.449;NF=9;NR=1;PP=130;ReadPosRankSum=1.818;SC=TGAGGGAAAGACTATGTCCCA;SOR=0.188;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=10;WE=102307679;WS=102307661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr10	102506070	rs4472867	G	C	4110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=102;PP=2067;ReadPosRankSum=2.174;SC=CGTGAGTACCGGCGCCCGGCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=482;TCF=240;TCR=242;TR=200;WE=102506078;WS=102506060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,216:0.40:539
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chr10	102568983	rs1800898	A	C	3880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=0.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.72;ReadPosRankSum=1.290;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,190:0.57:331
chr10	102584597	rs11190717	G	A	4841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.570;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.122;SC=AGGCTGGGGTGGGGGGAGACA;SOR=1.009;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=357;TCF=167;TCR=190;TR=204;WE=102584605;WS=102584586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,217:0.57:378
chr10	102673063	rs3802725	G	T	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=471;ReadPosRankSum=-1.216;SC=GGTATGAGGGGAGGGCTGCAG;SOR=0.523;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=39;WE=102673071;WS=102673053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,43:0.43:100
chr10	102684380	rs10883563	C	A	2484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=63;PP=1426;ReadPosRankSum=2.835;SC=GGGAAAATTTCTGGGGGACCT;SOR=0.829;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=268;TCF=136;TCR=132;TR=124;WE=102684388;WS=102684362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,130:0.44:296
chr10	102685674	.	T	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.26;ReadPosRankSum=0.726;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr10	102689217	rs2273654	T	C	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.045;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=38;PP=762;ReadPosRankSum=-0.765;SC=TTTCATAATGTATTTTACCTT;SOR=1.118;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=154;TCF=54;TCR=100;TR=55;WE=102689225;WS=102689207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,62:0.36:174
chr10	102689489	rs117032966	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=100;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TGGGATTAACATTGGCTTAAA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=7;WE=102689497;WS=102689479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr10	102739143	.	AT	A	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.597;QD=1.56;ReadPosRankSum=-2.328;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr10	102744331	rs11591349	A	T	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=24;PP=801;ReadPosRankSum=0.252;SC=ACCAGACAAGACCTCTGCCAG;SOR=0.835;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=160;TCF=98;TCR=62;TR=68;WE=102744339;WS=102744321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,81:0.44:184
chr10	102746231	rs7184	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=135;ReadPosRankSum=0.101;SC=AAAACAAGGGCCCTGTAAAAC;SOR=0.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=14;WE=102746239;WS=102746221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr10	102762256	rs752974	C	T	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=348;ReadPosRankSum=0.175;SC=GCTTACAGGTCGCCTGCGAGG;SOR=0.925;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=71;TCF=58;TCR=13;TR=26;WE=102762264;WS=102762246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,31:0.38:82
chr10	102770082	rs807023	T	G	2398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=2.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.572;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,131:0.40:327
chr10	102770293	rs200896335	T	TGCTGCG	1219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.33;MQRankSum=5.204;QD=13.12;ReadPosRankSum=1.706;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,35:0.38:93
chr10	102770327	rs807022	A	G	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=3.031;NF=8;NR=12;PP=247;ReadPosRankSum=-0.256;SC=GGCTGCGGCTACGGCTCTGAG;SOR=0.777;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=20;WE=102770335;WS=102770317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr10	102775349	rs34125357	CT	C	4220.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=35;PP=2207;SC=GGCTGGGTGACTGAAGGACCG;SOR=0.853;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=50;WE=102775357;WS=102775339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr10	102777461	rs10786615	T	C	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=119;ReadPosRankSum=2.039;SC=GAGGATCGCTTGAGCGTGGGA;SOR=0.551;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=15;WE=102777469;WS=102777451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr10	102777768	rs11190793	C	G	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.838;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.966;NF=31;NR=12;PP=795;ReadPosRankSum=-0.776;SC=GCTGGTAAGACGCGGTGTGGG;SOR=1.352;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=43;WE=102777776;WS=102777758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,44:0.51:87
chr10	102780265	rs7075659	G	A	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=458;ReadPosRankSum=0.365;SC=AAAATGCTGGGATTACAGGTG;SOR=0.595;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=27;WE=102780273;WS=102780255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr10	102780312	rs7075685	G	T	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=587;ReadPosRankSum=-0.080;SC=TCTTCAGAGAGCCGGGCCCCA;SOR=0.795;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=49;WE=102780320;WS=102780302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,54:0.63:86
chr10	102780354	rs77484072	TG	T	3099.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.974;NF=9;NR=38;PP=1646;ReadPosRankSum=0.593;SC=CCTCCAACCTTGGGAGATCTG;SOR=0.647;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=78;TCF=20;TCR=58;TR=47;WE=102780362;WS=102780344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,104:0.68:152
chr10	102783678	rs6584410	T	C	3836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.30;ReadPosRankSum=0.417;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,183:0.59:312
chr10	102792295	rs807014	G	A	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=30;PP=1125;SC=CAGAGAAGGAGGCCTGCCTTG;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=67;WE=102792303;WS=102792285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	102798346	rs807049	T	C	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=38;PP=980;ReadPosRankSum=-0.144;SC=TGAAATGGGGTGACAGTGAGG;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=101;TCR=71;TR=93;WE=102798354;WS=102798336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,110:0.57:192
chr10	102824292	rs11190812	G	A	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=58;PP=1384;ReadPosRankSum=0.931;SC=GAGGTGACTGGCTGGCTGCAG;SOR=0.605;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=69;TCR=101;TR=98;WE=102824300;WS=102824282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,100:0.56:179
chr10	102824349	rs807037	G	C	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.827;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=31;PP=763;ReadPosRankSum=0.989;SC=CGCTGCCTTGGCCGCAATGCC;SOR=0.547;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=53;WE=102824357;WS=102824339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,59:0.61:97
chr10	102824760	rs12359843	G	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=-1.145;SC=AGGGGAGCAGGGTCCCTTCAT;SOR=0.519;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=12;WE=102824768;WS=102824750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
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chr10	103281308	rs9419923	A	G	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=608;ReadPosRankSum=1.325;SC=ATGTAGACATAATATAGCATG;SOR=0.579;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=76;TCR=20;TR=39;WE=103281316;WS=103281298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,44:0.42:105
chr10	103281722	rs9420854	C	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=0.889;SC=TCTTTATTGGCTTGATTTTTA;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=7;WE=103281730;WS=103281712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr10	103291249	rs9420859	T	C	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=131;ReadPosRankSum=1.157;SC=AATCCCAGCATTTTTGGAGGC;SOR=0.865;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=14;WE=103291257;WS=103291239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr10	103340056	rs3730477	G	A	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.746;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=31;PP=892;ReadPosRankSum=-0.172;SC=CGGTGGGACCGGCCATCTGGG;SOR=0.850;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=189;TCF=106;TCR=83;TR=78;WE=103340064;WS=103340046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,87:0.39:221
chr10	103340144	rs3730476	A	G	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=1.841;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,76:0.39:197
chr10	103340179	rs3730475	A	G	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.438;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=575;ReadPosRankSum=1.002;SC=TGGACCTGGGAAAGAGAGCGG;SOR=0.892;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=115;TCF=52;TCR=63;TR=43;WE=103340187;WS=103340169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,51:0.38:133
chr10	103340235	rs3730474	T	C	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=396;ReadPosRankSum=-0.452;SC=CCCACAGCAGTACAAGGGCCT;SOR=0.759;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=24;WE=103340243;WS=103340225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr10	103343533	rs3730465	A	G	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=267;ReadPosRankSum=0.934;SC=GCAGATGCTGACATAAAAGCC;SOR=1.863;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=16;WE=103343541;WS=103343523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr10	103345940	rs3730462	CTGTTG	C	475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.003;NF=0;NR=6;PP=264;ReadPosRankSum=-1.053;SC=CAGATGACTACTGTTGTAACT;SOR=0.519;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=6;WE=103345952;WS=103345930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr10	103354554	rs7911520	A	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.116;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=404;ReadPosRankSum=-0.983;SC=CATAAGCACAATGAACACTCC;SOR=0.419;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=82;TCF=24;TCR=58;TR=31;WE=103354562;WS=103354544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,36:0.40:89
chr10	103361088	rs7874	C	T	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=1.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=-0.925;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,58:0.32:181
chr10	103368654	rs7006	T	C	2376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=1.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.777;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,134:0.38:356
chr10	103454402	rs61382490	A	T	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.217;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.080;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,112:0.41:276
chr10	103542959	rs935445	CC	GG	7688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=676;ExcessHet=3.0103;FS=1.749;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=-1.246;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,367:0.54:674
chr10	103559245	rs76134290	G	T	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=597;ReadPosRankSum=1.366;SC=AAATAAAATGGTCACACAGAT;SOR=0.734;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=115;TCF=48;TCR=67;TR=48;WE=103559253;WS=103559235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,53:0.44:120
chr10	103565960	rs3740422	G	C	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.458;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=712;ReadPosRankSum=-1.162;SC=TTTTCTCTTTGTTTGTTTGTT;SOR=1.075;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=117;TCF=44;TCR=73;TR=48;WE=103565968;WS=103565950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,52:0.41:127
chr10	103567665	rs372242564	GA	G	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.259;QD=1.86;ReadPosRankSum=0.459;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,47:0.30:158
chr10	103573181	.	G	C	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.536;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=5.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=-0.610;SOR=0.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,49:0.71:69
chr10	103573222	rs11191118	C	T	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.39;ReadPosRankSum=2.209;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,57:0.64:89
chr10	103588734	rs1562364	A	G	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=26;PP=752;ReadPosRankSum=-0.740;SC=CCTTCCGCCCACACCTCAAGC;SOR=0.562;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=191;TCF=125;TCR=66;TR=66;WE=103588742;WS=103588724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,67:0.33:202
chr10	103599325	rs874885	A	T	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=278;ReadPosRankSum=0.667;SC=CCTCCTGCTCAGTAAGGAGGC;SOR=0.464;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=16;WE=103599333;WS=103599315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr10	103603162	rs12413444	G	T	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.421;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,56:0.42:132
chr10	103717493	rs376923161	T	TA	460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=-1.253;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr10	103766490	.	A	AT	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.615;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=4.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=1.570;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr10	103904763	rs11357964	TC	T	4009.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=3.430;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;MQRankSum=0.180;QD=28.44;ReadPosRankSum=-1.364;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chr10	103908492	rs149237871	C	G	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=656;ReadPosRankSum=-0.829;SC=GGGCTTACCCCCTGAGCCTTG;SOR=0.692;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=157;TCF=81;TCR=76;TR=57;WE=103908500;WS=103908482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,62:0.36:171
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chr10	103918822	.	CAAAAAAAAAAAAAAAA	C	410.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=14.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.67;ReadPosRankSum=0.885;SOR=2.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
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chr10	104229057	rs35597970	C	CA	824.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.585;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=862;ReadPosRankSum=0.976;SC=CCCACCCAGTCAGAGGCCTGG;SOR=0.232;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=21;WE=104229065;WS=104229047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr10	104229785	rs41306870	C	T	4132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=3.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.655;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,196:0.53:370
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chr10	104230437	rs3740416	C	G	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=602;ReadPosRankSum=-0.972;SC=GCGCCGGGCTCTCCTCAAGGG;SOR=0.778;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=65;TCR=11;TR=32;WE=104230445;WS=104230427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,34:0.40:85
chr10	104230930	rs68007409	TTCGGTGCTGGG	T	2618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.070;NF=4;NR=25;PP=2935;ReadPosRankSum=2.281;SC=TAAGTCTGATTTCGGTGCTGG;SOR=0.712;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=29;WE=104230948;WS=104230920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,67:0.64:104
chr10	104231054	rs11191295	A	G	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.92;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,80:0.62:128
chr10	104231234	rs913028	T	C	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=16;PP=463;SC=GCTGGGAACTTGGCCACGCAT;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=104231242;WS=104231224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	104231651	rs7081110	A	G	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.62;ReadPosRankSum=1.273;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr10	104231662	rs7081467	G	C	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=338;ReadPosRankSum=0.717;SC=TGTGATCTTAGGCAGGTCTCA;SOR=0.914;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=17;WE=104231670;WS=104231641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr10	104232716	rs3740415	G	A	5559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=0.712;SC=GGGTGAGTGTGGACCTTGGGT;SOR=0.861;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=398;TCF=179;TCR=219;TR=243;WE=104232724;WS=104232706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,253:0.60:422
chr10	104232809	rs3740414	T	G	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=39;PP=1060;ReadPosRankSum=-0.094;SC=GGTCTCCATTTCCCGACCCAG;SOR=0.667;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=78;TCF=18;TCR=60;TR=50;WE=104232817;WS=104232799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,55:0.65:84
chr10	104235799	rs35640162	G	GT	659.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=1.176;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,38:0.72:53
chr10	104235809	rs7923675	G	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.918;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr10	104240512	rs181308824	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=21;ReadPosRankSum=-0.545;SC=ACACTCATATCCACACACGCA;SOR=1.236;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=4;WE=104240520;WS=104240502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr10	104241683	rs2296580	G	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.73;ReadPosRankSum=1.170;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr10	104250278	rs17709610	A	G	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.09;ReadPosRankSum=-0.609;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,69:0.61:114
chr10	104264107	rs2274351	C	T	4818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.497;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=1.974;SC=CTCTGGGCCGCGGGGAGACGG;SOR=0.890;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=391;TCF=179;TCR=212;TR=232;WE=104264115;WS=104264097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,243:0.60:403
chr10	104268858	rs139516830	AG	A	325.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=589;ReadPosRankSum=-0.631;SC=TACAAAGTAGAGCGCCTTAGC;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=9;WE=104268868;WS=104268850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr10	104268860	rs185072800	C	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=589;ReadPosRankSum=-1.329;SC=CAAAGTAGAGCGCCTTAGCTT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=9;WE=104268868;WS=104268850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr10	104269217	rs2281880	G	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=323;ReadPosRankSum=-0.329;SC=GGTGGTCCTCGTTAACACCTG;SOR=0.301;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=17;WE=104269225;WS=104269207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr10	104356822	rs10786690	A	G	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=22;PP=1256;SC=CTGTAAGAGCAGTGGCTGAAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=74;WE=104356830;WS=104356812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	104359350	rs3824756	T	C	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=6.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=0.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,37:0.42:88
chr10	104375258	rs2001389	G	A	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.065;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=333;ReadPosRankSum=-0.556;SC=CCCAGCAGGCGTCCTCCAGGG;SOR=0.983;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=28;WE=104375266;WS=104375248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr10	104378750	rs10786698	G	A	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=-0.951;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.128;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr10	104386934	rs17114803	T	C	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.335;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=880;ReadPosRankSum=-0.016;SC=CTTCACAGATTCTGTTGACCG;SOR=0.819;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=182;TCF=97;TCR=85;TR=68;WE=104386942;WS=104386924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,72:0.36:200
chr10	104387019	rs12414407	T	C	4513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=83;PP=2733;SC=GTTTGACTTTTCCTGACAACA;SOR=1.035;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=66;TCR=83;TR=149;WE=104387027;WS=104387009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr10	104389932	rs4917980	T	G	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.721;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=53;PP=1726;ReadPosRankSum=-0.034;SC=GGCCCTGCAGTGGCCAGCAGG;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=92;WE=104389940;WS=104389922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr10	104414221	rs3850699	A	G	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.960;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=158;ReadPosRankSum=-1.236;SC=ATAAATATGCATGGGAAGCTA;SOR=0.204;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=14;WE=104414229;WS=104414211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr10	104415093	rs34032774	CT	C	1533.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=975;ReadPosRankSum=-0.557;SC=CAGGACCAGGCTGGTGGCACC;SOR=1.052;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=25;WE=104415101;WS=104415083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,44:0.64:69
chr10	104415720	rs4274160	T	C	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=74;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=9;PP=1696;SC=TGGCCACCCCTACCCCTGCCA;SOR=3.327;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=58;TCR=9;TR=67;WE=104415728;WS=104415719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	104415810	rs3217079	GCTCTCCCTGGA	G	6953.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=2.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.35;MQRankSum=5.648;QD=22.50;ReadPosRankSum=2.166;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,180:0.58:309
chr10	104436641	rs8354	C	T	2318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=1.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,124:0.41:303
chr10	104445545	rs3832710	AG	A	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=68;ReadPosRankSum=-0.269;SC=TCATGTTGCCAGGTGGCCAAG;SOR=0.283;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=4;WE=104445553;WS=104445535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr10	104459079	rs59504153	TAA	T	2977.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=19;PP=1600;SC=TCCATGTTTCTAACACATGGC;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=36;WE=104459088;WS=104459069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	104465374	rs12761195	T	C	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.626;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=365;ReadPosRankSum=-0.718;SC=TTTTTCATTCTAATGCCACTT;SOR=1.306;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=24;WE=104465382;WS=104465364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr10	104473813	rs2248684	C	A	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=50;NR=23;PP=1522;SC=GCCTCGGACCCGCTGCAAGCC;SOR=1.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=73;WE=104473821;WS=104473803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	104474046	rs71019606	CCCT	C	7290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.252;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.214;NF=18;NR=89;PP=2986;ReadPosRankSum=0.350;SC=CCCGCCGAGTCCCTCCTCCTC;SOR=0.784;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=192;TCF=31;TCR=161;TR=107;WE=104474059;WS=104474036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,186:0.63:297
chr10	104474107	rs2248679	G	A	5525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=113;PP=2965;SC=CTGCGGCGCCGCCCCCGACGT;SOR=1.022;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=208;TCF=90;TCR=118;TR=203;WE=104474115;WS=104474097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr10	104486304	rs2244647	G	C	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=11;PP=1355;SC=ACAGTGGGACGTGCTCAGGTC;SOR=2.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=59;WE=104486312;WS=104486294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
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chr10	104487072	rs2244518	G	T	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=12;PP=318;SC=TTTAACCCTCGCAACAACCCT;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=104487080;WS=104487062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr10	104493444	rs11191381	C	T	2996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=68;PP=1759;ReadPosRankSum=0.943;SC=TGTTGGAGAACGTGTACTCCT;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=96;TCR=111;TR=126;WE=104493452;WS=104493434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,139:0.61:229
chr10	104504019	.	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=52;ReadPosRankSum=0.449;SC=GGCGTCTATGCCTGGCGTGGA;SOR=0.074;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=104504027;WS=104504009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr10	104536360	rs4147157	G	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=383;ReadPosRankSum=0.462;SC=CAGAGCCACCGTGTTCTTAAC;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=10;WE=104536373;WS=104536350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr10	104536365	rs2254563	C	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=548;ReadPosRankSum=-0.027;SC=CCACCGTGTTCTTAACCCTCT;SOR=0.582;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=14;WE=104536373;WS=104536350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr10	104572276	rs284861	A	G	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.754;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=704;ReadPosRankSum=-1.627;SC=CAATGCAAATATTCAGTGGGA;SOR=1.329;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=37;WE=104572284;WS=104572266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,42:0.53:79
chr10	104591152	rs10883783	T	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=367;ReadPosRankSum=-1.369;SC=TCCGTATAGTTGGAGCCAAGA;SOR=0.760;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=21;WE=104591160;WS=104591148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr10	104591393	rs17115100	G	T	2452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=2.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.92;ReadPosRankSum=-3.395;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,127:0.46:275
chr10	104592249	rs4919686	A	C	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=786;ReadPosRankSum=-0.504;SC=GCTAGATGTCACTGGGAGGGC;SOR=0.831;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=44;WE=104592257;WS=104592239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,45:0.68:66
chr10	104594507	rs1004467	A	G	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=456;ReadPosRankSum=0.105;SC=GTCAGGGTCTACTAGAACCTG;SOR=0.489;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=67;TCF=56;TCR=11;TR=29;WE=104594515;WS=104594497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
chr10	104595248	rs4919687	G	A	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.801;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=42;PP=1045;ReadPosRankSum=0.555;SC=GGAGAAGGCAGGTACCTGGCA;SOR=1.029;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=99;TCF=36;TCR=63;TR=62;WE=104595256;WS=104595238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,63:0.62:102
chr10	104596924	rs6163	C	A	3004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=34;PP=1948;SC=CCATACGAACCGAATAGATGG;SOR=1.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=66;TCR=34;TR=100;WE=104596932;WS=104596914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	104596981	rs6162	G	A	3735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr10	104597152	rs743572	A	G	4413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr10	104629254	.	TCCTGAGTCGCAGGCCGAGGAGACAGTGAGTGCGCGC	T	510.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=39.29;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	104629465	rs3740400	T	G	5701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=117;NR=107;PP=2965;SC=TGTCCTCCCCTCACCCCTCGG;SOR=0.702;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=225;TCF=118;TCR=107;TR=224;WE=104629473;WS=104629455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr10	104629793	rs3832685	G	GCTC	3894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=21;PP=2965;SC=TGCAGTCACAGCTCTTCTCCC;SOR=1.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=60;WE=104629801;WS=104629783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	104633053	rs17879781	A	ATTT	1263.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=992;SC=TATTATTATTATTGAGATGGA;SOR=2.621;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=19;WE=104633061;WS=104633043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	104636655	rs3740393	G	C	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.625;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=19;PP=862;ReadPosRankSum=0.116;SC=TCTTTGTTATGTGGGGTCAAT;SOR=1.016;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=158;TCF=103;TCR=55;TR=62;WE=104636663;WS=104636645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,75:0.43:176
chr10	104636855	rs3740392	T	C	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.285;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=41;PP=816;ReadPosRankSum=-0.245;SC=AACTCCTTTCTGCTAATAGCC;SOR=0.460;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=119;TCF=49;TCR=70;TR=73;WE=104636863;WS=104636845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,84:0.62:136
chr10	104637992	rs10786719	A	G	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=0;PP=429;SC=TAGACCTTGGAGGGATGCTCA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=104638000;WS=104637985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	104638480	rs3740390	C	T	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=385;ReadPosRankSum=1.171;SC=GTGAAGTGCTCAGAAAGATAA;SOR=0.516;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=33;WE=104638488;WS=104638470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr10	104650251	rs7085854	T	C	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=10;PP=1001;ReadPosRankSum=-1.304;SC=TTTTCTTCTATTGAGACTAAA;SOR=0.992;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=58;TCR=14;TR=53;WE=104650259;WS=104650241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,52:0.74:70
chr10	104660256	rs10748835	G	A	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	104814162	rs2275271	T	C	7190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=140;PP=2965;SC=AGACAGACAGTGAGATGAAGG;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=264;TCF=124;TCR=140;TR=264;WE=104814170;WS=104814152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr10	104835919	rs943037	C	T	1852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.457;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=48;PP=1108;ReadPosRankSum=-0.796;SC=GGATTGACGCCGTCACACCAA;SOR=0.652;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=117;TCR=133;TR=92;WE=104835927;WS=104835909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,100:0.36:275
chr10	104836047	rs943036	T	C	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=33;PP=744;SC=GTGAGTGCAGTGTGGCTGGAC;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=104836055;WS=104836037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr10	104851285	rs10883830	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=169;ReadPosRankSum=0.080;SC=TGATTCCTGAGTAAGTTTTTG;SOR=0.921;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=12;WE=104851293;WS=104851275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr10	104851301	rs17094683	G	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.751;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=94;ReadPosRankSum=-0.391;SC=TTTTGGGAAAGAAATTTTTAG;SOR=0.861;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=9;WE=104851309;WS=104851291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr10	104851396	rs11191553	G	T	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=446;ReadPosRankSum=0.280;SC=GGAAGGAAAAGGAAGACATTT;SOR=0.780;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=38;WE=104851404;WS=104851386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,46:0.77:60
chr10	104855656	rs1926030	T	C	5571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=26.04;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr10	104855670	rs1926029	G	A	2233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=3.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-1.065;QD=10.69;ReadPosRankSum=1.804;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,112:0.54:209
chr10	104857205	rs34202831	GA	G	1093.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.399;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.364;NF=4;NR=16;PP=1225;ReadPosRankSum=-1.455;SC=TCAAATACTGGATTTCTGTCC;SOR=0.428;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=20;WE=104857226;WS=104857195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr10	104857218	rs10786737	A	C	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=1239;ReadPosRankSum=-1.238;SC=TTCTGTCCACAACAGGAATGG;SOR=0.442;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=27;WE=104857226;WS=104857195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr10	104857234	rs10883831	C	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=342;ReadPosRankSum=-0.215;SC=AATGGGGGAACCTTTTAAGGG;SOR=0.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=22;WE=104857242;WS=104857224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr10	104860395	rs2863727	T	G	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=18;PP=849;SC=AAATCTTGCCTGGCCTGGGAA;SOR=1.197;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=55;WE=104860403;WS=104860385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	104934709	rs10883841	T	C	5557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.700;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.454;SC=CTCCAGGAGGTTGACATTTTA;SOR=0.792;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=380;TCF=174;TCR=206;TR=238;WE=104934717;WS=104934699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,253:0.64:398
chr10	105039579	rs1163086	A	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=166;ReadPosRankSum=-1.159;SC=TATCATTCAAATAAGTACTTC;SOR=1.314;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=12;WE=105039587;WS=105039569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr10	105108455	rs4917387	T	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.007;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=157;ReadPosRankSum=-1.732;SC=ACAATTGTAATTTATATATTC;SOR=1.426;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=12;WE=105108463;WS=105108445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr10	105110740	rs113359610	A	AGGAGGC	1715.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=859;ReadPosRankSum=0.837;SC=GCGGGGAGACAGGAGGCGGAG;SOR=0.709;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=15;WE=105110748;WS=105110730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,45:0.38:118
chr10	105144986	rs7069667	A	G	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=7;PP=730;SC=ATAGTCAAATATATATAAAAT;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=105144994;WS=105144976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	105154089	rs7911488	A	G	2235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.314;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=56;PP=1373;ReadPosRankSum=2.671;SC=TCGATTGGCAACACAGACGAG;SOR=0.525;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=259;TCF=115;TCR=144;TR=109;WE=105154097;WS=105154079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,118:0.42:284
chr10	105165615	rs7919031	G	A	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	105179214	rs3740382	C	T	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=4;PP=427;SC=CAGTTCTGTCCTTCTCTGTGG;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=21;WE=105179222;WS=105179204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	105191755	rs80307802	C	CAA	1313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=6;PP=1318;SC=AGGAGAGAAACGGCCTTGGAG;SOR=3.180;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=105191763;WS=105191745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	105194086	rs2986014	C	T	4368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=1.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr10	105201565	rs2281861	G	A	3936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=16;PP=1748;SC=TTTCTTTAGCGCCTCTGTGTT;SOR=2.276;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=65;TCR=16;TR=81;WE=105201585;WS=105201555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	105201577	rs2281860	C	T	4327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=18;PP=2007;SC=CTCTGTGTTCCTCCAGGAGAA;SOR=2.212;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=72;TCR=18;TR=90;WE=105201585;WS=105201555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	105204453	rs34354196	C	G	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.908;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr10	105204453	.	CT	GC	453	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=12;NR=19;PP=453;QD=16.3376733827;SC=AGTGGGGCAGCTGGCCAAGGC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=31;WE=105204462;WS=105204443;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr10	105204454	rs942900	T	C	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.16;SOR=1.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	105205302	rs7831	A	C	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=38;PP=1214;SC=GTGCTAGAGGACTAGTGGCAG;SOR=1.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=63;WE=105205310;WS=105205292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	105206874	rs6580	T	C	2880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=28;PP=1744;SC=TGGGACCAAGTAGTGCCATTT;SOR=1.322;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=96;WE=105206882;WS=105206864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr10	105215016	rs2986016	A	G	3943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=50;PP=2383;SC=AGCTGGCCACACCTCACACTT;SOR=1.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=92;TCR=50;TR=142;WE=105215024;WS=105215006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr10	105218252	rs2986017	A	G	13974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=262;NR=236;PP=2965;SC=CCGGCGGCCCAGCGGCCGCTT;SOR=0.747;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=501;TCF=264;TCR=237;TR=498;WE=105218260;WS=105218242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr10	105218359	rs2986018	T	C	11181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=190;NR=219;PP=2965;SC=CGCTGTAGGCTGCATTGTAGC;SOR=0.858;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=409;TCF=190;TCR=219;TR=409;WE=105218367;WS=105218349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr10	105233110	rs2986035	C	T	7385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=109;PP=2965;SC=AGGAGGCGGTCCACCTGCTCC;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=133;TCR=109;TR=241;WE=105233118;WS=105233100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr10	105254090	rs2986041	G	T	3538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr10	105344451	rs11191737	G	A	7707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.25;ReadPosRankSum=0.565;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,347:0.64:541
chr10	105344756	rs2236209	T	C	6306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr10	105349161	rs2236210	G	A	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=26;PP=1011;ReadPosRankSum=-0.005;SC=TCTTGGCCCTGTGGCTGGGCT;SOR=0.729;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=180;TCF=119;TCR=61;TR=80;WE=105349169;WS=105349151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,83:0.44:189
chr10	105361816	rs4918031	T	G	6833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=118;NR=109;PP=2965;SC=GGGACACGGGTATGCTGTTGC;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=118;TCR=109;TR=227;WE=105361824;WS=105361806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr10	105362104	rs11191741	G	A	4236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.099;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=75;PP=2735;ReadPosRankSum=-0.745;SC=AGGTCTTGCCGAAGCCCCCGG;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=323;TCF=186;TCR=137;TR=179;WE=105362112;WS=105362094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,194:0.55:350
chr10	105362209	rs4917396	T	C	14216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=291;NR=187;PP=2965;SC=GGCTGTCTGATTTGCCTTCGT;SOR=1.141;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=482;TCF=292;TCR=190;TR=478;WE=105362217;WS=105362199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,517:1.00:517
chr10	105365386	rs7088714	A	G	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=5;PP=596;SC=AGTTTAGGCCATGGCACTGGC;SOR=2.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=29;WE=105365394;WS=105365376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	105428453	rs10533306	CAG	C	12220.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.135;NF=26;NR=210;PP=2982;ReadPosRankSum=-2.277;SC=AGAGGAGAACCAGAGAGAGAG;SOR=0.896;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=260;TCF=30;TCR=230;TR=236;WE=105428462;WS=105428443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,452:1.00:454
chr10	105561300	.	T	TACACACACAC,TACACAC	446.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.4;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;NF=1,1;NR=6,6;PP=101,46;SC=TATGTCTAAATACACACACAC;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7,7;WE=105561308;WS=105561290;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:11
chr10	105614884	rs4918064	A	G	3245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=24;PP=2363;SC=TGGGAGGGGCAAGGGGCCATC;SOR=2.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=93;TCR=24;TR=117;WE=105614892;WS=105614874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr10	105615074	rs10883928	C	T	7072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FS=0.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=3.261;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,353:0.61:581
chr10	105615105	rs10883929	G	C	9688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr10	105657316	rs10786775	G	C	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=19;PP=1240;SC=TTGGTCGGAGGAGGCACTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=62;WE=105657324;WS=105657306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	105658588	rs2902639	G	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.866;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr10	105659826	rs2487999	T	C	3438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr10	105727656	rs67597452	AAG	A	3663.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=48;PP=2374;SC=TGTACAAGGTAAGAGGGGGAA;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=3;TCR=48;TR=51;WE=105727665;WS=105727646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	105768158	rs805664	A	T	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=929;ReadPosRankSum=0.579;SC=CTTTTTTTTTAAAAAAATTGT;SOR=0.547;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=53;WE=105768166;WS=105768138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr10	105781532	rs10883961	C	T	4100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr10	105792205	rs813943	A	C	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=33;PP=1417;SC=GCCCCATTTCAACACCAGCTT;SOR=0.986;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=105792213;WS=105792195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	105793173	rs1747675	T	G	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=22;PP=638;SC=AGCAGGGATCTCCCAGTACCC;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=105793181;WS=105793163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	105796399	rs2274098	G	C	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=34;PP=1082;SC=CCCTGGAGAGGAGAGGATGCA;SOR=1.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=58;WE=105796407;WS=105796389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	105796449	rs2476957	A	G	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=534;SC=CGCAGCCATGATCCAGCCACA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=105796457;WS=105796439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	105796738	rs805714	A	C	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=3;PP=141;SC=CAAGGTTTGCATGACGAGTGA;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=105796746;WS=105796728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	105796819	rs2476958	A	G	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	105797045	rs34553613	A	ATT	362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	105797378	rs2282437	G	A	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=27;PP=1580;SC=GGTGCAGGGCGTGGGGAAGGG;SOR=1.561;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=89;WE=105797386;WS=105797368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	105797693	rs61382109	TA	T	1072.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=22;PP=894;SC=GTCCTTCCCCTAAATTACAGA;SOR=2.448;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=23;WE=105797701;WS=105797683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	105797989	rs200030951	TACACACACACACACACACACAC	TAC,T	1931.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;NF=17,17;NR=9,9;PP=1164,66;SC=TAGACACACATACACACACAC;SOR=2.409;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=26,26;WE=105798018;WS=105797979;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:51
chr10	105798872	rs2274100	T	C	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=49;NR=62;PP=1578;SC=CTGGAACACCTGGATCACCTG;SOR=1.102;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=49;TCR=63;TR=111;WE=105798880;WS=105798862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr10	105799216	rs2296219	G	T	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=51;NR=22;PP=1259;SC=TGTCACCTTTGGGTCCCTGGG;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=73;WE=105799224;WS=105799206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	105799552	rs67083195	ACG	A	799.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;ReadPosRankSum=2.783;SC=ACACACACACACGCACACGCA;SOR=1.214;Source=Platypus;TR=33;WS=105799540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,31:0.84:37
chr10	105799599	rs11191905	C	A	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	105800321	rs12763538	C	T	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.31;QD=23.13;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	105800344	.	ATGGATGGATGGATAGG	A	69.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.10;MQRankSum=0.191;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.884;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr10	105800348	rs139480552	ATGGATGGATAGG	A	60.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.967;NF=1;NR=21;PP=227;ReadPosRankSum=0.418;SC=GGATGGATGGATGGATGGATA;SOR=0.105;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=22;WE=105800367;WS=105800334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr10	105801253	rs4918079	G	A	4783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.28;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr10	105803080	rs2147269	A	G	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=5;PP=395;SC=GTGAAGTAGGATAACTGATCT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=105803088;WS=105803070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	105805310	rs805719	G	A	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	105805436	rs805720	G	A	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	105805497	rs813944	C	T	4410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr10	105806310	rs805721	C	A	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.898;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=412;ReadPosRankSum=0.000;SC=CATTTCTACTCGAATGGTGTT;SOR=1.284;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=26;WE=105806318;WS=105806300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr10	105810400	rs805722	T	C	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	105810879	rs805723	C	A	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=39;PP=1114;SC=AACACATTGTCGAGTCTTGGC;SOR=3.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=44;WE=105810887;WS=105810869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	105814826	rs805691	C	A	4912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr10	105814937	rs805692	C	T	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=35;SC=CATTGCTGGGCTTCTCTTAGA;SOR=0.919;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=50;TCR=36;TR=85;WE=105814945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr10	105815202	.	T	TCTCACACA	892.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.37;MQRankSum=1.028;QD=29.76;ReadPosRankSum=0.224;SOR=0.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr10	105815241	rs1747677	A	C	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=33;PP=995;SC=CACACACACAATAAGGGGATC;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=105815249;WS=105815231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	105816685	rs805696	T	C	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=1;PP=554;SC=GCAGTGGGGCTGGCCTGCCTC;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=105816693;WS=105816675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	105816916	rs805698	C	T	7932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=134;NR=143;PP=2965;SC=CCACTGCTGCCGTAGCTGTGG;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=279;TCF=134;TCR=145;TR=277;WE=105816924;WS=105816906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr10	105817043	rs805699	C	T	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=33;PP=838;SC=TGGGGGCTTTCAAGTTCCTGT;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=105817051;WS=105817033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	105819956	rs805701	G	A	4524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr10	105821136	rs805704	A	T	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=30;PP=1237;SC=ACCAGCCTGAACCCTGGCAGC;SOR=0.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=45;TCR=30;TR=75;WE=105821144;WS=105821126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	105821294	rs805705	A	G	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=32;PP=936;SC=GAGAAGCCTGATCAGCCCTGG;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=105821302;WS=105821284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	105821836	rs805706	C	T	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=3;PP=440;SC=ACAGCCTTCCCTGTGTGCTTG;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=105821844;WS=105821826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	105824333	rs805708	G	A	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=36;PP=1325;SC=ATCCAGGATCGTTGCATCGTA;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=52;TCR=36;TR=88;WE=105824341;WS=105824323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr10	105837000	rs2274106	A	G	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=10;PP=853;SC=GCTGCCCAATAGCTGTGTGTT;SOR=1.814;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=40;WE=105837008;WS=105836990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	105921976	.	A	C	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=12;PP=697;ReadPosRankSum=-0.853;SC=GTGACCTCTGACCACGACAAA;SOR=0.523;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=43;WE=105921984;WS=105921966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,46:0.50:92
chr10	105991884	rs789577	T	G	4161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr10	106075081	rs34043167	G	A	3129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.76;ReadPosRankSum=-0.495;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,142:0.67:212
chr10	106116433	rs111813538	A	AT	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=-1.932;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr10	106124511	rs144185091	T	C	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=723;ReadPosRankSum=0.250;SC=TTACTGAGGTTCAAAGAAGAA;SOR=0.818;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=45;WE=106124519;WS=106124501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,49:0.43:115
chr10	106152111	rs11192036	T	A	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.145;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=451;ReadPosRankSum=-1.551;SC=AGCTGTGAGATCAGACAGAAA;SOR=1.052;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=33;WE=106152119;WS=106152101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr10	106159305	rs10509772	G	A	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=501;ReadPosRankSum=1.165;SC=AACAGACACGGGTATTTAATT;SOR=1.241;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=28;WE=106159313;WS=106159295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr10	106163753	rs7087640	T	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=162;ReadPosRankSum=0.434;SC=AAATTGAGTTTTCTCAGAACC;SOR=0.976;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=11;WE=106163761;WS=106163743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr10	106166570	rs10786792	G	A	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=539;ReadPosRankSum=0.122;SC=TTTGTTTTCTGTACTCATTGT;SOR=0.781;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=43;WE=106166578;WS=106166560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,51:0.60:85
chr10	106207269	rs1411711	G	C	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=36;ReadPosRankSum=-1.645;SC=AAATGTTGGGGACATTCCCAG;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=106207277;WS=106207265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr10	106207451	rs12766595	A	T	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=28;PP=991;ReadPosRankSum=-0.520;SC=TCTGCTCTCCACTAGGAAAAG;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=82;TCR=49;TR=75;WE=106207459;WS=106207441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,84:0.58:146
chr10	106582029	rs1490182	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=165;ReadPosRankSum=-2.156;SC=GAAGGACTGCCGTGTCCCTTT;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=9;WE=106582037;WS=106582019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr10	106602537	rs41317264	C	T	5176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr10	106675485	rs17117920	G	A	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.761;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=12;PP=775;ReadPosRankSum=-1.056;SC=CATATGATTCGGGAAGAAAGG;SOR=0.129;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=79;TCF=66;TCR=13;TR=47;WE=106675493;WS=106675475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,52:0.60:87
chr10	106849560	rs141560719	G	A	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.523;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,67:0.45:150
chr10	106974123	.	AAC	A	881.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DP=527;ExcessHet=3.0103;FS=1.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.830;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:433,74:0.15:507
chr10	108367125	.	G	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=119;ReadPosRankSum=-0.423;SC=CAAGTATTTGGTGGGGGGATC;SOR=0.449;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=11;WE=108367133;WS=108367115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr10	108371571	rs137930414	A	AGTTT	2947.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=14;PP=1227;SC=CTGCTGGGTTAGTTTGTTTGT;SOR=1.196;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=24;WE=108371579;WS=108371561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	108380006	.	CAG	C	285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=10.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.675;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr10	108389249	rs1322004	T	C	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=16;PP=331;SC=TCAGGCATGATGGCAGCCCTG;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=108389257;WS=108389239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	108427682	rs66783381	CA	C	49.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr10	108432828	rs11193010	C	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=427;ReadPosRankSum=-1.198;SC=GGGGCGTTCACCCTGAGCTAA;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=23;WE=108432836;WS=108432818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr10	108439103	rs821929	A	C	3764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=68;PP=1747;SC=AGAAAGAGAAAGGTGCCATTA;SOR=0.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=63;TCR=68;TR=131;WE=108439111;WS=108439093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr10	108447836	rs821935	C	T	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.56;SOR=1.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr10	108466412	rs2756231	C	T	4346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=91;PP=2589;SC=AAAAACAAGACTGTAAGAAGC;SOR=1.301;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=62;TCR=92;TR=153;WE=108466420;WS=108466402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr10	108469161	rs2756232	C	G	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	108469201	.	ATT	A	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=-0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.84;ReadPosRankSum=1.579;SOR=3.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr10	111440605	rs7898586	A	G	4834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=80;PP=2965;SC=TTCATTACAGAAAGAGATTAG;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=166;TCF=85;TCR=81;TR=165;WE=111440613;WS=111440595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr10	111440719	rs7915504	T	A	5649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=59.33;NF=96;NR=86;PP=2962;SC=TCTAGTCACTTGTAAACAATG;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=96;TCR=86;TR=182;WE=111440727;WS=111440709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr10	111625108	rs483072	T	C	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=16;PP=510;SC=TATTCACCACTACATCTTTAA;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=111625116;WS=111625098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	111630731	rs612155	G	C	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=352;ReadPosRankSum=-1.430;SC=ATTATGTGTGGCTCCAGAACG;SOR=0.620;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=30;WE=111630739;WS=111630721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,33:0.38:86
chr10	111633025	rs642938	A	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=174;ReadPosRankSum=-0.405;SC=TTACTACCCCACATGTAATTT;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=12;WE=111633033;WS=111633015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr10	111635212	rs3818285	T	C	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=414;ReadPosRankSum=-1.397;SC=TGCTCTCAGCTGGAGCTCAGC;SOR=0.823;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=31;WE=111635220;WS=111635202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr10	111646147	rs623980	A	G	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.637;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,95:0.40:237
chr10	111648006	rs2273739	G	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=125;ReadPosRankSum=-0.871;SC=CAGCAGGGCAGGGAGCAGGGC;SOR=1.009;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=13;WE=111648014;WS=111647996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr10	111652610	rs3737153	A	G	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.319;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=446;ReadPosRankSum=0.656;SC=CTTGGGGAGCAGGGAAAGACT;SOR=0.239;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=34;WE=111652618;WS=111652600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr10	111667664	rs944969	T	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=273;ReadPosRankSum=0.173;SC=AAGTGCCTTCTACGTTCTGCC;SOR=0.324;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=18;WE=111667672;WS=111667654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr10	111667702	rs686155	T	C	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=13;PP=391;SC=TTCAAATTGATCACTCCACCA;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=111667710;WS=111667692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	111683280	rs145751207	CGGCG	C	2316.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=22;PP=1193;SC=GCGCGAGAGCCGGCGGGCGGG;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=24;WE=111683291;WS=111683270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	111701279	rs143311818	C	T	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=465;ReadPosRankSum=0.290;SC=GTTAACAGCTCCCCTGTTACA;SOR=0.742;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=122;TCF=77;TCR=45;TR=42;WE=111701287;WS=111701269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,48:0.34:141
chr10	111711822	rs9787456	A	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=83;ReadPosRankSum=2.120;SC=ACTGTACATGACAACCCCGCT;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=8;WE=111711830;WS=111711812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr10	111886089	rs3731566	G	A	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=4;PP=355;SC=GAAATGTCAAGTAGTAAGCTT;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=111886097;WS=111886079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	111985946	rs35741140	G	C	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.95;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,40:0.61:66
chr10	112004562	rs199913141	CT	C	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr10	112044553	rs5787843	G	GTTC	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=5.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=1.944;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr10	112054908	rs7074311	C	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=148;ReadPosRankSum=0.352;SC=CAAAAAATCTCCATCTCTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=11;WE=112054916;WS=112054898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr10	112266822	rs1889566	GC	AT	18062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=166;NR=181;PP=2947;SC=CGAGGCCTGCGCGACCCACCT;SOR=0.887;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=349;TCF=166;TCR=183;TR=347;WE=112266831;WS=112266812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr10	112269908	rs76989225	C	G	6686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.01;ReadPosRankSum=0.298;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,299:0.58:514
chr10	112327678	rs55750861	C	CA	4378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=43;PP=1942;SC=CGCAGCCTCTCCCCTGTCTCC;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=48;WE=112327686;WS=112327668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	112328838	rs4917577	C	G	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=16;PP=468;SC=CTGTCCATTTCTATATTGGCT;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=112328846;WS=112328828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	112341633	rs377624692	A	G	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr10	112349204	rs2419572	A	G	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	112356331	rs7075340	G	A	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=37;PP=1027;SC=TTTGTGCATAGTGATAGATAT;SOR=1.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=112356339;WS=112356321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	112360315	.	G	GT	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,34:0.27:125
chr10	112361870	rs2419565	A	G	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;QD=25.76;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	112362019	rs2039874	G	T	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=12;PP=333;SC=TTTTAAAGCTGTTTTCCTCAT;SOR=1.101;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=112362027;WS=112362009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	112543217	rs6585012	G	A	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	112544063	rs7898438	A	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=70;ReadPosRankSum=0.177;SC=TGTTTAACTTATTAAGGAGCC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=8;WE=112544071;WS=112544053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr10	112544344	rs7073950	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.605;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=254;ReadPosRankSum=0.140;SC=TGCATTGGGCCTGCTGTCTGG;SOR=0.078;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=14;WE=112544352;WS=112544334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr10	112544655	rs7077757	C	T	3950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.337;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=90;PP=2309;ReadPosRankSum=0.104;SC=ACTGTGAGTACGGAAACATTT;SOR=0.528;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=269;TCF=122;TCR=147;TR=173;WE=112544663;WS=112544645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,185:0.64:290
chr10	112570243	rs11195338	T	C	3740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=74;PP=2333;SC=GCCCCAAGTCTCCAGGCAGGT;SOR=1.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=52;TCR=74;TR=126;WE=112570251;WS=112570233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr10	112572458	rs1417635	G	C	9436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=153;NR=178;PP=2965;SC=AAAGCCAAGTGGGACAAGTAT;SOR=0.969;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=331;TCF=153;TCR=178;TR=331;WE=112572466;WS=112572448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr10	112579663	rs11195343	C	T	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=511;SC=ATCTATAAAACGAAGATGCTG;SOR=3.334;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=112579671;WS=112579657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	112583189	rs201149204	CTTTTTTTTTTTTTT	C,CT	3915.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=16.037;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.60;ReadPosRankSum=1.003;SOR=2.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,30,72:0.28,0.67:107
chr10	112590810	rs7070640	G	C	8752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.01;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr10	112595719	rs942077	G	C	3165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=51;PP=1643;ReadPosRankSum=-0.728;SC=GCCACGCTTCGAAAGGAAAAA;SOR=0.457;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=94;WE=112595727;WS=112595709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr10	112641053	rs7081726	A	G	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.34;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr10	112667273	rs34559519	G	GA	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=0.262;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr10	112697017	.	CT	C	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,25:0.24:103
chr10	112764594	rs1980869	T	C	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=481;SC=ATTGCTTTAATTGGTACTTCC;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=112764602;WS=112764584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	112838529	.	G	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=5.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.804;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,59:0.18:337
chr10	113913222	rs2297991	T	C	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=23;PP=1118;SC=GACCCTGCGATGGCACCTTCA;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=69;WE=113913230;WS=113913212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	113915574	rs5787948	C	CA	148.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.791;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.285;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr10	113917085	rs2254537	T	A	8424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=145;NR=144;PP=2965;SC=ACAAAGGTTCTGGAAGCTTCT;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=145;TCR=145;TR=289;WE=113917093;WS=113917075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr10	113917982	rs6585140	C	G	2697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=28;PP=1753;SC=TGCCACCATGCCTGGCCAATT;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=62;TCR=28;TR=90;WE=113917990;WS=113917972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr10	113920465	rs2277207	G	A	8352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr10	113920652	rs3824626	T	C	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=66;PP=1650;SC=AACGGTATCATGATGGTGGAA;SOR=1.566;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=35;TCR=66;TR=101;WE=113920660;WS=113920642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr10	113921354	rs2250802	G	A	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=20;PP=1194;SC=CTGCCCCTGAGTATGTATCTG;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=50;TCR=20;TR=70;WE=113921362;WS=113921344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	113923595	rs10736219	C	G	10266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=171;NR=189;PP=2965;SC=TTTCAAAAATCAACACACAAC;SOR=0.841;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=362;TCF=173;TCR=189;TR=360;WE=113923603;WS=113923585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr10	113926012	rs10749108	G	A	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=3;PP=791;SC=AAAAATTTAGGCAACACCACC;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=113926020;WS=113926002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	113928487	rs2251579	A	C	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=9;PP=1161;SC=TACCAAACTCAAGCAATAATC;SOR=2.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=50;WE=113928495;WS=113928477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	113935379	rs10787428	T	C	6149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=113;NR=97;PP=2965;SC=CAGCACATTTTCAGTCACATT;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=115;TCR=97;TR=210;WE=113935395;WS=113935369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr10	113937941	rs2487294	G	T	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=14;PP=411;SC=AAAATCTTAGGGAAGAAAAAA;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=113937949;WS=113937931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	113940329	rs2792751	T	C	6204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=125;PP=2965;SC=GATCTGAAGATGGTGGGTCTA;SOR=1.115;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=95;TCR=125;TR=220;WE=113940337;WS=113940319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr10	114053546	rs726009	C	G	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=0.459;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,80:0.58:139
chr10	114059064	rs41306846	A	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=264;ReadPosRankSum=0.383;SC=AAGTTGGAGAAGGGATGAACA;SOR=0.542;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=14;WE=114059072;WS=114059054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr10	114059330	rs11279253	TCTCTGTTTTC	T	4195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.190;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.938;NF=4;NR=51;PP=2979;ReadPosRankSum=0.787;SC=GGAGTAAGCGTCTCTGTTTTC;SOR=1.008;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=129;TCF=10;TCR=119;TR=55;WE=114059347;WS=114059320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,108:0.54:201
chr10	114061907	rs185314722	A	T	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=809;ReadPosRankSum=1.304;SC=GAAAAGAGACACTTCTGGGAT;SOR=0.757;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=62;WE=114061915;WS=114061897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,73:0.65:113
chr10	114061979	rs10749114	G	A	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=37;PP=1104;SC=CTTTGGCCCCGGCAAAACTTT;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=63;WE=114061987;WS=114061969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	114154815	rs11195943	C	T	6702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr10	114168056	.	C	CA	460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=8.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.942;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.889;SOR=1.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,43:0.60:72
chr10	114169276	rs3736946	A	G	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=8;PP=652;SC=TGATATCGCCATGGTGATCTG;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=114169284;WS=114169266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	114181683	rs2255740	A	G	6063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr10	114185353	.	TAA	T,TA	606.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.986;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.48;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,18,22:0.40,0.49:45
chr10	114185856	rs34341101	T	TG	1170.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=5;PP=897;SC=TACAGTTCCATGGTGTTGAAA;SOR=3.611;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=24;WE=114185864;WS=114185846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	114186157	rs11195955	C	T	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=44;PP=1247;SC=CACCCATGGGCCCATCGTGGA;SOR=3.570;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=51;WE=114186165;WS=114186147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	114186624	rs2256368	G	A	3178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=58;PP=1652;SC=ACAGGTGTGTGCTACCACTGA;SOR=1.316;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=41;TCR=58;TR=99;WE=114186632;WS=114186614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr10	114224502	rs3740143	C	G	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=26;PP=693;SC=AATGCACAGTCTTTTGGGCTC;SOR=1.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=114224510;WS=114224492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	114496687	rs12770115	A	G	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=572;ReadPosRankSum=-0.962;SC=CTTGGCAAGGATGCTATCAAA;SOR=0.824;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=71;TCF=21;TCR=50;TR=35;WE=114496695;WS=114496677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
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chr10	114724473	rs11196171	A	G	2983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=1.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-1.540;QD=13.81;ReadPosRankSum=-0.952;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,136:0.63:216
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chr10	114889837	rs34096467	TC	T	536.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=247;SC=CTATGCTTTTTCCCCCCCCTT;SOR=2.531;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=114889845;WS=114889827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	114901194	rs60649625	TG	T	1144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.401;HP=9;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=959;ReadPosRankSum=-0.323;SC=GGAACGGTGGTGGGGGGGCCC;SOR=0.097;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=82;TCF=0;TCR=82;TR=21;WE=114901209;WS=114901184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,32:0.37:86
chr10	114901201	rs56913138	G	T	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.256;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=945;ReadPosRankSum=0.169;SC=TGGTGGGGGGGCCCCTGTTGC;SOR=0.104;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=77;TCF=8;TCR=69;TR=26;WE=114901209;WS=114901184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,32:0.38:84
chr10	114903859	rs72489649	CTGTGTGTG	C,CTGTG	1200.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.23;QD=40.02;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,18,12:0.60,0.40:30
chr10	114910667	rs113579124	G	GT	352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=0.711;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,59:0.20:290
chr10	115327193	rs2286745	A	G	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.288;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,62:0.36:173
chr10	115334124	rs3740530	C	T	4364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=70;PP=2414;SC=CACTTACCCACGCTGAGAATC;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=74;TCR=70;TR=144;WE=115334132;WS=115334114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr10	115335843	rs911709	A	G	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=44;PP=1320;SC=AGCACTGCGCAATGCCATGGA;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=70;WE=115335851;WS=115335833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	115340492	rs2286742	G	A	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=1.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	115341753	rs2245056	G	A	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.989;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,109:0.44:246
chr10	115341846	rs2245058	G	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=483;ReadPosRankSum=-0.534;SC=GTGGTGGGGCGCTGATCCACC;SOR=0.634;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=116;TCF=47;TCR=69;TR=43;WE=115341854;WS=115341836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,48:0.37:129
chr10	115348726	rs3832698	GA	G	1137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.295;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.682;NF=9;NR=13;PP=784;ReadPosRankSum=0.124;SC=AATCAGGGTGGACATGGCTCA;SOR=0.912;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=22;WE=115348734;WS=115348716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,41:0.26:155
chr10	115349397	rs11196388	AG	A	1693.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=11;PP=1136;SC=CTTGCAAGCCAGGGGTGGCTT;SOR=1.702;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=30;WE=115349405;WS=115349387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	115350597	rs1885434	G	A	3198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=73;PP=2077;ReadPosRankSum=0.954;SC=TCGACACTGCGGTACCCGATC;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=307;TCF=153;TCR=154;TR=146;WE=115350605;WS=115350587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,155:0.47:333
chr10	115370113	rs11333099	TA	T	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.433;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.548;SOR=0.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr10	115373851	rs2419850	T	C	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=4;PP=850;SC=CCAATACCCATGTCCAGAAGG;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=115373859;WS=115373841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	115377290	rs77678145	T	C	2964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.63;ReadPosRankSum=1.526;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,146:0.52:279
chr10	115381747	rs868738	G	A	2430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=35;PP=1422;ReadPosRankSum=0.065;SC=TGAGCTTTGCGGGCATGCACG;SOR=0.775;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=169;TCF=107;TCR=62;TR=98;WE=115381755;WS=115381737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,110:0.58:190
chr10	115384467	rs3127086	C	A	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.030;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=671;ReadPosRankSum=0.273;SC=TTACAACAACCAGATGTATGT;SOR=0.563;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=44;WE=115384475;WS=115384457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,51:0.74:69
chr10	115386088	rs3127087	C	G	2363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=61;PP=1616;SC=TTCCAGTGAACTTGATTTAGT;SOR=3.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=12;TCR=61;TR=73;WE=115386096;WS=115386078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	115388588	rs2286741	A	G	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=567;SC=AAATCTGAGGATAGAGAAAGG;SOR=5.994;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=115388596;WS=115388581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	115388944	rs2286740	C	T	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=47;PP=1329;SC=GTACAGCCACCGGGCCCACCT;SOR=2.267;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=63;WE=115388952;WS=115388934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	115389356	rs2286736	G	A	4256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.77;SOR=1.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	115389366	rs2286735	G	A	4575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.98;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr10	115400958	rs1539592	C	T	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=7;PP=690;SC=TCTTACCTAGCCTTGGTTGTA;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=115400980;WS=115400948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	115400972	rs1539593	G	A	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=12;PP=891;SC=GGTTGTATCCGCTAACATTTA;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=115400980;WS=115400948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	115401031	rs5788038	AT	A	2604.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=32;PP=1166;SC=TAGAAGACAGATTTTTTTTTA;SOR=1.336;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=60;WE=115401039;WS=115401021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr10	115401081	rs3127105	T	C	5698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=25.90;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr10	115401264	rs3121465	A	G	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr10	115405615	rs3127106	T	C	3556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=25.05;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr10	115405664	rs3121478	C	T	4444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.30;QD=25.11;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr10	115405703	rs35741231	G	GAA,GAAA	3261.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.40;QD=27.41;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,97,22:0.82,0.18:119
chr10	115405791	rs3121479	A	T	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=25;PP=729;SC=CTTAATGTCAACATTTACTTA;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=115405799;WS=115405781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	115406485	rs3121483	C	T	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=4;PP=406;SC=GCTATGCTGGCTGTCCGTGTC;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=115406493;WS=115406479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	115411614	rs2154028	A	G	4532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr10	115412686	rs3121488	G	A	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.82;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	115412686	.	GC	AC,AT	362	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=39,23;NR=21,10;PP=306,362;QD=5.67952020912;SC=AAGCACCCAGGCACTCACTTG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=60,33;WE=115412695;WS=115412676;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.97:62
chr10	115412687	rs3127113	C	T	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.20;ReadPosRankSum=-1.206;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,42:0.58:73
chr10	115414000	rs41310310	T	C	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.59;ReadPosRankSum=-1.937;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,43:0.38:114
chr10	115417289	rs1891762	G	A	10627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=174;NR=190;PP=2965;SC=TCATGTCCCAGTGAAAAACTG;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=364;TCF=174;TCR=190;TR=364;WE=115417297;WS=115417279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr10	115422474	rs3127122	A	G	6396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.221;SC=TCACATTTAGATTTAATGGAG;SOR=0.785;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=460;TCF=221;TCR=239;TR=285;WE=115422482;WS=115422464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,309:0.61:505
chr10	115422986	rs41302719	G	T	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=1.169;SOR=0.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr10	115423695	rs3127124	A	C	4127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=110;PP=2191;ReadPosRankSum=0.046;SC=AAATGCAAGGAGAACCCCCAG;SOR=0.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=331;TCF=146;TCR=185;TR=195;WE=115423703;WS=115423685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,206:0.59:352
chr10	115423747	rs1109927	G	A	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=34;PP=530;ReadPosRankSum=-0.416;SC=TAAAATTCCTGTGGGCACCTC;SOR=0.698;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=54;TCR=101;TR=53;WE=115423755;WS=115423737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,59:0.35:167
chr10	115439530	rs28411397	G	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.353;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=105;ReadPosRankSum=-2.287;SC=GCGGGGACACGGGTCGCTTTG;SOR=1.033;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=12;WE=115439538;WS=115439520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr10	115439569	rs7921977	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=5.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.193;SOR=1.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr10	115481018	rs3814231	C	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=314;ReadPosRankSum=0.130;SC=CTGCACCTACCTACTGTGGCA;SOR=0.350;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=28;WE=115481026;WS=115481008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr10	115489152	rs2227310	C	G	2189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=43;PP=1456;ReadPosRankSum=0.960;SC=ACGGAAAAGACCTGGAAATCA;SOR=0.615;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=273;TCF=168;TCR=105;TR=103;WE=115489160;WS=115489142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,113:0.36:311
chr10	115489167	rs2227309	G	A	2214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=49;PP=1496;ReadPosRankSum=1.754;SC=AAATCATGCAGATCCTCACCA;SOR=0.716;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=307;TCF=182;TCR=125;TR=115;WE=115489175;WS=115489157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,123:0.36:345
chr10	115515120	rs3981351	G	A	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.22;ReadPosRankSum=-1.329;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,55:0.68:81
chr10	115525175	rs4631835	T	C	3227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=69;PP=1764;ReadPosRankSum=-0.067;SC=TCTGAATCTCTGATGTATTTT;SOR=0.583;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=139;TCR=116;TR=149;WE=115525183;WS=115525165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,157:0.58:272
chr10	115533975	rs3750903	T	C	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=757;ReadPosRankSum=-1.570;SC=ATCTATTCCTTTTATCTGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=64;TCR=28;TR=47;WE=115533983;WS=115533965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,48:0.50:96
chr10	115534200	rs3750902	G	T	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=33;PP=732;ReadPosRankSum=1.021;SC=AACATTACCAGAGACCAGTTT;SOR=0.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=47;WE=115534208;WS=115534190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,50:0.67:75
chr10	115535426	rs7899829	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.709;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=240;ReadPosRankSum=-0.184;SC=CCTGGACAATGTCATCTCAGA;SOR=2.101;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=14;WE=115535434;WS=115535416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr10	115537960	rs2900990	C	T	3441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=83;PP=2225;ReadPosRankSum=1.070;SC=AAGTGAGAGGCTGGTTTTCAA;SOR=0.783;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=240;TCF=103;TCR=137;TR=142;WE=115537968;WS=115537950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,154:0.59:261
chr10	115540311	rs11196482	T	G	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=714;ReadPosRankSum=-0.471;SC=GAAGCAACAATCTTAAAGATA;SOR=0.482;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=79;TCF=54;TCR=25;TR=44;WE=115540319;WS=115540301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,44:0.55:80
chr10	115540411	rs11196483	T	C	3458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=72;PP=1702;ReadPosRankSum=0.396;SC=CATTCCATGCTGCATCCTGTA;SOR=0.488;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=260;TCF=147;TCR=113;TR=157;WE=115540419;WS=115540401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,166:0.60:277
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chr10	115618246	rs2301180	T	C	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.543;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=12;PP=733;ReadPosRankSum=0.221;SC=AAATTTTATCTTTCTCTTTAA;SOR=1.045;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=119;TCF=83;TCR=36;TR=50;WE=115618254;WS=115618236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,51:0.42:122
chr10	115644040	rs7913176	G	A	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=26;PP=667;ReadPosRankSum=1.671;SC=GGTGAGCACTGTAGCTGGTAT;SOR=0.488;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=80;TCR=55;TR=62;WE=115644048;WS=115644030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,70:0.46:152
chr10	115675025	rs7895609	G	A	4275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=79;PP=2331;SC=TTCCCTACCTGTACAAGCAGC;SOR=1.222;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=58;TCR=79;TR=137;WE=115675033;WS=115675015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr10	115805056	rs1801253	G	C	14413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,559:1.00:559
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chr10	115896076	.	C	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=243;ReadPosRankSum=0.403;SC=GAATACTCGTCTCTAATCCTA;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=16;WE=115896084;WS=115896066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr10	115904180	.	C	CA	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.032;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr10	115962953	rs17091414	A	G	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=505;ReadPosRankSum=-1.926;SC=TTTTTCTTCAATCTCCATAGA;SOR=0.922;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=31;WE=115962961;WS=115962943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr10	115970507	rs200566711	C	G	4580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.844;NF=104;NR=96;PP=2596;ReadPosRankSum=1.181;SC=GCAAAGTGGCCGTAAGTCAGC;SOR=0.583;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=341;TCF=187;TCR=154;TR=200;WE=115970515;WS=115970497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,219:0.59:373
chr10	115978429	rs642602	C	T	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=198;ReadPosRankSum=0.372;SC=GTTAACATTTCGTGTGAGTTA;SOR=0.144;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=12;WE=115978437;WS=115978419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr10	115987931	rs11196661	A	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=0.658;SC=GTGATCACCAATAGGACATCT;SOR=0.859;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=7;WE=115987939;WS=115987921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr10	116013367	rs59164459	CT	C	7500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.228;NF=24;NR=101;PP=2964;ReadPosRankSum=-1.618;SC=GCCTCCTCCCCTCTCAGCATT;SOR=0.639;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=207;TCF=35;TCR=172;TR=125;WE=116013375;WS=116013357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,224:0.59:380
chr10	116032519	rs597371	A	G	2347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.23;ReadPosRankSum=-0.975;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,112:0.58:192
chr10	116044587	rs10787521	C	T	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=16;PP=765;ReadPosRankSum=0.351;SC=CTCTGTGCTGCGGTGCTTAGC;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=51;WE=116044595;WS=116044577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,54:0.68:80
chr10	116050008	rs11196686	A	G	2629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.491;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=48;PP=1393;ReadPosRankSum=-0.381;SC=GAAGCCAAGCAGCCAGTCAAC;SOR=0.799;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=229;TCF=132;TCR=97;TR=112;WE=116050016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,132:0.51:259
chr10	116058933	rs1889450	G	A	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=3;PP=353;SC=TTGAGAAGGTGTGGTGACAGC;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=116058941;WS=116058923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	116060194	rs3214266	A	AG	7572.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=70;PP=2936;SC=CCTGCAGGGGAGGCCTGTACC;SOR=0.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=108;TCF=38;TCR=70;TR=106;WE=116060202;WS=116060184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr10	116060387	rs2286396	T	C	2838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=78;PP=1879;ReadPosRankSum=0.050;SC=CCAGGTACACTCGGTCAGATT;SOR=0.854;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=427;TCF=212;TCR=215;TR=148;WE=116060395;WS=116060377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,157:0.34:459
chr10	116068176	rs581327	A	G	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=21;PP=1525;SC=TTCCCCTCCCAACCACATGAT;SOR=2.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=86;WE=116068184;WS=116068166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	116073696	rs3813722	C	T	2108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.541;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=48;PP=1455;ReadPosRankSum=0.931;SC=CATTCATCGGCGTGATCTTCA;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=302;TCF=174;TCR=128;TR=114;WE=116073704;WS=116073686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,115:0.36:317
chr10	116073801	rs621375	T	C	3823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.413;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=90;PP=2422;ReadPosRankSum=0.839;SC=CCTTGGAGGATTTGTAGCACT;SOR=0.720;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=292;TCF=140;TCR=152;TR=170;WE=116073809;WS=116073791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,183:0.58:314
chr10	116075228	rs694883	A	G	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=7;PP=858;SC=GAAACCTCTGAGGTCAGGGAC;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=38;WE=116075236;WS=116075218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	116075271	rs377755078	T	TCC	3308.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=22;PP=1649;SC=CCCTGCCCCTTCCCCAAGGAG;SOR=1.108;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=37;WE=116075279;WS=116075261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	116079505	rs10885547	G	A	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=45;PP=1315;SC=AGACCCAGATGTGGCAACTCG;SOR=1.550;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=69;WE=116079513;WS=116079495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	116079535	rs17586071	T	C	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=356;ReadPosRankSum=0.826;SC=CCACCAGAGGTTAGTGCTTGC;SOR=1.287;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=21;WE=116079543;WS=116079525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr10	116085657	rs66796658	T	G	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.049;NF=28;NR=11;PP=601;ReadPosRankSum=0.351;SC=GGCAGTAAGGTCTCCCCAGTG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=53;TCR=20;TR=39;WE=116085665;WS=116085647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,46:0.53:86
chr10	116085744	rs66638979	G	C	3255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.071;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.151;NF=51;NR=35;PP=1288;ReadPosRankSum=-1.211;SC=CGTCAGGTGGGTCCCATCTGG;SOR=0.845;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=163;TCF=91;TCR=72;TR=86;WE=116085752;WS=116085734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,153:0.57:267
chr10	116085782	rs111594798	G	GCCC	3928.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.450;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=70;PP=1450;ReadPosRankSum=-0.499;SC=CCGAGATCTGGCCCAAGGTCA;SOR=0.557;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=27;TCR=74;TR=95;WE=116085792;WS=116085772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,176:0.64:275
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chr10	116211246	rs2145895	A	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.013;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=286;ReadPosRankSum=0.032;SC=ATCTTAGTAGACCAGAAAGGC;SOR=0.132;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=17;WE=116211254;WS=116211236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr10	116222749	rs7920878	G	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=8.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=1.210;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,26:0.32:80
chr10	116225365	rs7899255	G	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr10	116233824	rs11814528	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=129;ReadPosRankSum=1.134;SC=AAAAGAAACACTTATCACCTT;SOR=1.148;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=15;WE=116233832;WS=116233814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr10	116251686	rs12784116	T	A	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.806;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=376;ReadPosRankSum=0.897;SC=TGTCATGGATTCCAGAATCTT;SOR=0.474;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=32;WE=116251694;WS=116251676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,38:0.43:88
chr10	116593175	rs11196939	C	T	2829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=66;PP=1655;ReadPosRankSum=-0.216;SC=AGTTCCTGATCCACACCATGT;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=89;TCR=109;TR=120;WE=116593183;WS=116593165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,132:0.61:216
chr10	116596071	rs17095662	A	C	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.895;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=39;PP=995;ReadPosRankSum=-1.167;SC=AAATTGAATTATGTGAATAAT;SOR=0.410;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=98;TCF=31;TCR=67;TR=60;WE=116596079;WS=116596061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,69:0.62:112
chr10	116605103	rs2420069	A	G	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.938;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,85:0.56:151
chr10	116606173	rs3834423	C	CT	1410.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.674;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.682;NF=2;NR=23;PP=994;ReadPosRankSum=1.816;SC=CTTTGAAATACGGTTTTAATG;SOR=1.185;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=25;WE=116606181;WS=116606163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,41:0.71:58
chr10	116615045	rs3180654	T	C	2547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=55;PP=1220;ReadPosRankSum=-2.745;SC=CTGCTTTCTTTGAAGGTCATT;SOR=0.731;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=225;TCF=113;TCR=112;TR=113;WE=116615053;WS=116615035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,129:0.52:247
chr10	116621154	rs34064819	C	A	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=35;PP=944;ReadPosRankSum=-0.206;SC=TGATCGGCTGCTATCTTGAAT;SOR=0.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=53;TCR=61;TR=66;WE=116621162;WS=116621144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,69:0.57:121
chr10	116622339	rs41284358	A	G	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=481;ReadPosRankSum=0.344;SC=TAAATGTCCTATTTACATGTT;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=32;WE=116622347;WS=116622329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,35:0.69:51
chr10	116659253	rs10885629	A	G	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=786;ReadPosRankSum=2.070;SC=CCTCAGGCAGACGTTGCCTTC;SOR=0.578;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=65;TCR=72;TR=56;WE=116659261;WS=116659243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,61:0.40:151
chr10	116853177	rs2484265	C	G	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=176;SC=CCCTCCTCCTCCCGGTCAGGT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=116853185;WS=116853169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	116856543	rs1264777	T	C	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=22;PP=585;SC=TCTTCTGTTTTCATTTGAAAA;SOR=2.049;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=32;WE=116856551;WS=116856533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	116931101	rs3086141	C	CTT	3157.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=37;PP=1969;SC=ATGTTTTTCTCTAATAAAATC;SOR=2.012;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=39;WE=116931109;WS=116931091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	117075175	rs1953758	G	A	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=29;PP=903;SC=ATGCACCACAGTGAGATGGTT;SOR=1.103;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=55;WE=117075183;WS=117075165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	117226880	rs17723399	T	G	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.556;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=236;ReadPosRankSum=1.803;SC=GACAGGATTATTTTGCTGTTA;SOR=1.204;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=16;WE=117226888;WS=117226870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr10	117228946	rs12770375	C	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=93;ReadPosRankSum=1.105;SC=TTGACTAATACAAAAACATGC;SOR=1.508;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=9;WE=117228954;WS=117228936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr10	117278988	rs6421370	G	C	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=11;PP=295;SC=TCCCACAGAGGAGAGGTAACA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=117278996;WS=117278978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	117308880	rs1336109	A	G	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=3;PP=133;ReadPosRankSum=1.616;SC=ACTTATATATATATGTATTTG;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=10;WE=117308888;WS=117308870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
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chr10	117357169	rs11197326	G	A	245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=4;PP=112;SC=TGCAACCTCCGCATCCTGGGT;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=117357177;WS=117357159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr10	117856379	rs66851912	TGCACAC	T	808.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.711;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.278;NF=4;NR=26;PP=844;ReadPosRankSum=-1.810;SC=TGCCTTTTTCTGCACACGCAC;SOR=0.174;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=30;WE=117856399;WS=117856369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr10	117856388	rs72411923	ACACG	A	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=5.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.48;MQRankSum=-1.216;QD=5.23;ReadPosRankSum=1.212;SOR=1.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr10	117884950	rs2245020	G	A	2372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=54;PP=1354;ReadPosRankSum=1.349;SC=TGCAGACATCGTTGGACACGC;SOR=0.729;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=168;TCF=82;TCR=86;TR=103;WE=117884958;WS=117884940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,114:0.60:190
chr10	117971016	rs7090693	T	C	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.658;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=858;ReadPosRankSum=0.464;SC=CCTCATGGTGTCCCTGAGGGC;SOR=0.966;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=59;WE=117971024;WS=117971006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,65:0.60:108
chr10	117986207	rs7094346	G	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=2.583;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr10	118015019	.	C	CA	1381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=8.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.118;SOR=1.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,105:0.45:235
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chr10	118031619	rs2577360	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=0.681;SC=GGAGCTCAGCGTGCAGCGATC;SOR=1.802;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=8;WE=118031627;WS=118031609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr10	118187399	rs10787669	T	G	365.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.64;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	118187405	rs10787670	T	C	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.98;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	118187444	rs41284366	C	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.890;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr10	118215150	rs34077637	C	CT	427.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;MQRankSum=0.426;QD=18.60;ReadPosRankSum=-0.227;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr10	118231360	rs10736251	G	A	4733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.03;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	118231363	rs1897519	A	G	4725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.58;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr10	118231406	rs10749217	A	C	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=43;PP=1456;SC=GCAGAGTGAGAAACTGACGCT;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=86;WE=118231414;WS=118231396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	118310802	rs34277255	CA	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;MQRankSum=0.430;QD=10.61;ReadPosRankSum=-2.535;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,39:0.89:44
chr10	118313116	rs2915749	T	C	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=483;ReadPosRankSum=0.675;SC=TATGTAAATATACTTTATGAT;SOR=0.784;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=115;TCF=72;TCR=43;TR=37;WE=118313124;WS=118313106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,45:0.35:130
chr10	118313265	rs2915748	T	C	1918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.458;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=46;PP=1007;ReadPosRankSum=-1.669;SC=CACCTTCCAATGTGCATGTCA;SOR=0.598;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=262;TCF=137;TCR=125;TR=100;WE=118313273;WS=118313255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,108:0.38:285
chr10	118351905	rs1867991	A	C	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=451;ReadPosRankSum=-0.501;SC=CGAAAACATGAAGCACTTCTG;SOR=1.168;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=28;WE=118351913;WS=118351895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,32:0.44:73
chr10	118355695	rs2915765	A	T	6177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.61;ReadPosRankSum=1.956;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,302:0.57:532
chr10	118357490	rs2915764	C	T	7682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=139;NR=130;PP=2965;SC=GCTGTGAGCACGCACAACTGT;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=140;TCR=130;TR=269;WE=118357498;WS=118357480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr10	118359548	rs3816355	T	C	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.69;ReadPosRankSum=-0.853;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,56:0.44:127
chr10	118363642	rs3010501	T	C	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=44;PP=1410;SC=ACCAGTACAGTATCTTCAGGT;SOR=1.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=86;WE=118363650;WS=118363632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	118364818	rs2915754	G	T	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=1;PP=422;SC=TAATCTAGAAGAGAAAACAGC;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=118364826;WS=118364814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	118364842	rs2915753	A	G	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=7;PP=635;SC=CTGGCATTGTATGGTAATTAG;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=118364850;WS=118364832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	118368469	rs111591175	AAAACC	A	1120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=7.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.293;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.818;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,64:0.38:169
chr10	118380345	rs12415178	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=4.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.87;ReadPosRankSum=-1.842;SOR=0.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr10	118380511	rs3010502	A	G	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
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chr10	118396278	rs11197776	G	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.508;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=412;ReadPosRankSum=0.271;SC=ACAAATTATGGTTTTTTTTTT;SOR=1.148;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=73;TCF=53;TCR=20;TR=27;WE=118396286;WS=118396268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr10	118436068	rs2166634	G	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.713;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,45:0.33:138
chr10	118439271	rs200287668	G	A	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=484;ReadPosRankSum=-1.010;SC=CATAGGGTCCGCCTGAATTGA;SOR=0.728;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=139;TCF=83;TCR=56;TR=47;WE=118439279;WS=118439261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,58:0.35:164
chr10	118466659	rs146552482	TGC	T	725.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.89;QD=32.99;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr10	118620459	rs11197835	A	C	7654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=151;NR=117;PP=2965;SC=ATATCGCTCTACTGAAGCACA;SOR=0.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=151;TCR=117;TR=268;WE=118620467;WS=118620449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
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chr10	118620747	rs1623567	A	T	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
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chr10	118643670	rs2257791	G	A	4486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=95;NR=60;PP=2415;SC=TAAGCAGGACGTATGTAAGTT;SOR=0.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=95;TCR=60;TR=155;WE=118643678;WS=118643660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
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chr10	118667346	rs2531690	A	C	4810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=1.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.11;ReadPosRankSum=2.192;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,239:0.55:433
chr10	118708315	rs10595325	GAGA	G	1762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=12;PP=1023;SC=CACAATATAGGAGAAGATTTT;SOR=1.151;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=22;WE=118708325;WS=118708305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	118891992	.	G	GA	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,20:0.22:93
chr10	118897621	rs115988300	A	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=0.000;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.656;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr10	118897632	rs113752965	C	G	37.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.39;QD=12.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	119001151	rs2619094	A	C	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=8;PP=642;SC=TGGGGGGTCCACGGCCGCCTT;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=119001159;WS=119001141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	119013080	rs2256299	T	G	161.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.22;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	119013494	rs363342	T	C	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=309;ReadPosRankSum=0.765;SC=TCTGAAACGTTCCTGTTTGGG;SOR=0.440;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=20;WE=119013502;WS=119013484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr10	119013632	rs363411	C	T	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=34;PP=792;ReadPosRankSum=-1.875;SC=CGTCCTGCTCCTCTGTGGCTG;SOR=0.658;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=209;TCF=117;TCR=92;TR=75;WE=119013640;WS=119013622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,82:0.35:231
chr10	119014023	rs2072362	C	T	2184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=41;PP=1177;SC=GTAAGGCCCCCGTGTAGGCAA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=74;WE=119014031;WS=119014013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	119014931	rs363420	C	T	11557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=119;NR=118;PP=2965;SC=TGCTGGCACGCGCTTGGGCCA;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=120;TCR=118;TR=237;WE=119014939;WS=119014921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr10	119014948	rs363343	C	A	11203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=106;NR=113;PP=2965;SC=GCCACACCTGCTTTCTGAAGA;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=107;TCR=114;TR=219;WE=119014956;WS=119014938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr10	119026186	rs11568725	T	G	3854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=78;PP=2350;ReadPosRankSum=-1.365;SC=AGTTATTACTTTTTCTAACAT;SOR=0.631;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=277;TCF=154;TCR=123;TR=171;WE=119026194;WS=119026176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,177:0.61:292
chr10	119026401	rs363266	T	C	2864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=49;PP=1932;SC=TTTCTGCCTTTGCTGTTACAA;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=51;TCR=49;TR=100;WE=119026409;WS=119026391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	119026566	rs363227	T	C	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=445;ReadPosRankSum=1.149;SC=AGATGGCATTTGACAAGTGGG;SOR=0.691;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=117;TCF=55;TCR=62;TR=47;WE=119026574;WS=119026556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,60:0.45:132
chr10	119027123	rs363228	C	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.060;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=76;ReadPosRankSum=0.308;SC=TCAAGACTTTCCGAGATGATT;SOR=0.197;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=10;WE=119027131;WS=119027113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr10	119027411	rs363271	G	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=128;ReadPosRankSum=1.761;SC=TCCGTGTAAAGACACCTGCTT;SOR=0.465;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=11;WE=119027419;WS=119027401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr10	119029744	rs363272	G	A	3076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.328;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=61;PP=1693;ReadPosRankSum=2.638;SC=ACCTCAATACGTAATGGATAA;SOR=0.716;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=313;TCF=162;TCR=151;TR=136;WE=119029752;WS=119029734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,154:0.46:338
chr10	119036625	rs363279	T	C	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=173;ReadPosRankSum=0.308;SC=AACCATCTTATCTTTATGAAA;SOR=1.718;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=13;WE=119036633;WS=119036615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr10	119042761	rs363293	C	T	5205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=75;PP=2738;SC=CATTTGAAAGCTTAAATAGAC;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=97;TCR=75;TR=172;WE=119042769;WS=119042751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr10	119043554	rs363294	C	T	2922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=65;PP=1741;ReadPosRankSum=2.175;SC=CCTGTCTATTCGCCTATCAGT;SOR=0.764;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=307;TCF=160;TCR=147;TR=130;WE=119043562;WS=119043544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,147:0.43:340
chr10	119078593	rs10082507	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=196;ReadPosRankSum=0.253;SC=ATTACTATTATAGCTTTAGTA;SOR=0.846;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=12;WE=119078601;WS=119078583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr10	119133843	rs191667399	C	A	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.524;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=27;PP=1083;ReadPosRankSum=1.877;SC=GGCAGCCAGGCCCCCTCCCCG;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=116;TCF=76;TCR=40;TR=74;WE=119133851;WS=119133833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,76:0.64:119
chr10	119133968	rs3814230	G	C	4480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=91;PP=2485;ReadPosRankSum=0.284;SC=CTTCAAACTGGGAGCGCACCT;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=342;TCF=183;TCR=159;TR=200;WE=119133976;WS=119133958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,212:0.59:361
chr10	119134058	rs3814229	T	C	4397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=93;PP=2724;ReadPosRankSum=0.032;SC=AGCGCAGCCTTCCCACCACGC;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=298;TCF=141;TCR=157;TR=177;WE=119134066;WS=119134048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,197:0.60:329
chr10	119303297	rs8192644	G	A	4058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-4.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=123;PP=2774;ReadPosRankSum=-2.272;SC=CCTCCGGCTCGCGGGCCAGCG;SOR=0.714;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=240;TCF=47;TCR=193;TR=154;WE=119303305;WS=119303287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,170:0.65:262
chr10	119768551	rs7923321	C	T	8762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr10	119793629	rs2928118	C	T	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=22;PP=594;SC=ACGCTACCACCGTACACAATT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=119793637;WS=119793619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	120070427	rs4751651	G	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.515;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr10	120070709	rs3213691	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=-1.602;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr10	120070843	rs34120011	G	GA,GGA	519.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=4,5;NR=10,10;PP=176,297;SC=TTACAAAGGAGAAAAAAAAAG;SOR=0.776;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=14,15;WE=120070851;WS=120070833;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.44,0.56:32
chr10	120081948	rs853911	C	T	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=55;NR=86;PP=2569;SC=TAACCTAAAACTAATCATGAG;SOR=1.360;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=55;TCR=86;TR=141;WE=120081956;WS=120081938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr10	120095037	rs34302018	GA	G	2284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.091;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=1124;ReadPosRankSum=-0.339;SC=GCATTAGCACGACGAACAACC;SOR=0.880;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=63;TCF=10;TCR=53;TR=30;WE=120095045;WS=120095027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,68:0.48:142
chr10	120353910	rs1613448	T	C	4980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr10	120445794	rs752483	G	A	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=52;PP=1120;ReadPosRankSum=-0.175;SC=CCCAAAAAAGGCTTAAAAAAA;SOR=0.774;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=117;TCF=35;TCR=82;TR=73;WE=120445802;WS=120445784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,79:0.62:127
chr10	120460715	rs2274314	G	T	3077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=36;PP=2033;SC=TTCAGAAGATGTTAACATTGG;SOR=1.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=69;TCR=36;TR=105;WE=120460723;WS=120460705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr10	120803435	rs565922	C	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=224;ReadPosRankSum=-1.718;SC=CAAACCCACACGCAATCAGAC;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=19;WE=120803443;WS=120803425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr10	120803746	rs3740553	T	C	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.287;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=432;ReadPosRankSum=-0.917;SC=TTTGTACTTATAACAATATGA;SOR=1.964;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=23;WE=120803754;WS=120803736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr10	120803788	rs658352	T	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.80;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
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chr10	120817450	rs10886375	A	G	5887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=128;NR=74;PP=2965;SC=ATTTTTTAATAACTAAGATGC;SOR=1.336;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=205;TCF=129;TCR=76;TR=202;WE=120817458;WS=120817440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
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chr10	120819458	rs10787902	T	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=31.25;ReadPosRankSum=0.524;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
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chr10	120832872	rs1397616	T	C	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=4;PP=257;SC=AAACATCTACTTCAAAAGGAA;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=120832880;WS=120832862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	120864868	rs1511033	T	C	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=26.06;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	120865187	rs11198775	T	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.447;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=38;ReadPosRankSum=1.641;SC=TTTTTAATTATTCACACTAAC;SOR=0.368;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=120865195;WS=120865177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr10	120883117	rs372448900	CT	C	1191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=5.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.793;QD=5.87;ReadPosRankSum=-0.992;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,115:0.57:203
chr10	120889022	rs3802739	T	C	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.362;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=516;ReadPosRankSum=0.375;SC=ATGTTTGTGATGCAGGTTACG;SOR=0.482;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=128;TCF=88;TCR=40;TR=51;WE=120889030;WS=120889012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,54:0.41:132
chr10	120896027	rs11198799	G	A	4284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.56;QD=26.78;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr10	120905940	.	CGTGTGT	C,CGT	3193.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.33;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;NF=2,2;NR=46,46;PP=107,1168;SC=TGAATCAGGGCGTGTGTGTGT;SOR=1.319;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=71;TCF=2;TCR=69;TR=48,48;WE=120905955;WS=120905930;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.18,0.80:82
chr10	120905972	rs7075068	T	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.223;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=364;ReadPosRankSum=-3.045;SC=TGTGTGTGTGTGCACGTGTGT;SOR=1.421;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=30;WE=120905984;WS=120905962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,27:0.29:92
chr10	120905976	rs33947324	C	CGT	3105.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=47;PP=1969;ReadPosRankSum=-1.465;SC=TGTGTGTGCACGTGTGTGTGT;SOR=0.291;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=3;TCR=47;TR=50;WE=120905984;WS=120905962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,83:0.98:85
chr10	120916432	rs11198806	C	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=209;ReadPosRankSum=-1.186;SC=GGTCCTCTCCCTGTTCATCTA;SOR=0.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=16;WE=120916440;WS=120916422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr10	120917269	rs2420494	A	T	3610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=36;PP=2464;SC=AAAGTACTTAATTAGCAAATA;SOR=1.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=87;TCR=36;TR=123;WE=120917277;WS=120917259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr10	120917445	rs2275111	G	A	11477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=201;NR=200;PP=2965;SC=AAAACCTGCCGAGAGGGGCAA;SOR=0.750;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=403;TCF=201;TCR=202;TR=401;WE=120917453;WS=120917435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr10	120919179	rs3740558	G	A	4015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=54;PP=2560;SC=CTGAGGTTAGGAGGAGAGTGG;SOR=1.058;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=83;TCR=56;TR=136;WE=120919187;WS=120919169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr10	120919246	rs2181118	T	C	6368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=125;NR=103;PP=2965;SC=TCACCGTGGGTGCCATGAAAG;SOR=0.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=125;TCR=103;TR=228;WE=120919254;WS=120919236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr10	120920588	rs10749291	T	C	3834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=77;PP=2411;SC=TCCAAGCTTCTTGTATCTTAA;SOR=1.187;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=53;TCR=78;TR=130;WE=120920596;WS=120920578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr10	120923780	rs59832388	C	CT	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.727;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.657;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr10	120924874	rs933092	G	C	4960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=65;PP=2830;SC=TGCGTCCCCTGCCGCGCCCTA;SOR=0.929;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=101;TCR=65;TR=166;WE=120924882;WS=120924864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr10	120928938	rs2271362	C	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=428;ReadPosRankSum=2.016;SC=GTCTTTAATTCTCCTTTTAAT;SOR=0.454;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=32;WE=120928946;WS=120928928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,40:0.67:60
chr10	120933324	rs3758609	G	A	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	121085894	.	T	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=-0.807;SC=TGTCTTGGGCTGGGGGTGTGT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=5;WE=121085902;WS=121085890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr10	121093160	rs10886461	A	C	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=20;PP=944;SC=CAGGGAGACTACTTAGGTGCT;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=121093168;WS=121093150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	121140511	rs4751714	A	G	3141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=35;PP=1077;SC=CAAAGGAAAAAATAGATCTCA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=66;WE=121140519;WS=121140501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	121140534	rs2275037	C	G	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=20;PP=635;SC=GGTTAGAAGACTGAGGAATAA;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=41;WE=121140542;WS=121140524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	121190040	rs10787967	C	G	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=18;NR=14;PP=517;SC=GGTTGGCCCACGGGTCCCCCG;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=121190048;WS=121190030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	121196062	rs2275040	C	T	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=1;PP=781;SC=GGTGAGGCTCCTCTGTTCCCT;SOR=3.855;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=34;WE=121196070;WS=121196052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	121199189	rs2245364	T	C	8770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=172;NR=135;PP=2965;SC=GATGCCAGTGTATCCTACCTG;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=307;TCF=172;TCR=135;TR=307;WE=121199197;WS=121199179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr10	121199310	rs1109490	T	C	7509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.915;SC=GTAGCTGAGGTGAGCATTGCA;SOR=0.300;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=260;TCF=127;TCR=133;TR=259;WE=121199318;WS=121199300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,297:1.00:298
chr10	121199365	rs1109489	T	C	4157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=88;PP=2220;SC=CAGAGAGGGCTGGGGAAGCTG;SOR=1.334;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=55;TCR=88;TR=143;WE=121199373;WS=121199355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr10	121199437	rs915116	T	C	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=36;PP=815;SC=AAGCTGTGAGTGTGAACAGAG;SOR=2.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=121199445;WS=121199427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	121201626	rs2275044	T	C	3954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=82;PP=2048;SC=CCTGTGTCAATGCACCTTGAG;SOR=1.157;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=61;TCR=82;TR=143;WE=121201634;WS=121201616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr10	121287019	rs3009921	G	A	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=43;PP=1200;SC=CAGCACTGCCGTCACCATCAC;SOR=1.300;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=71;WE=121287027;WS=121287009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	121302244	rs77190301	G	A	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.21;ReadPosRankSum=1.928;SOR=0.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr10	121338401	rs4752334	T	A	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.748;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=67;PP=2045;ReadPosRankSum=-0.931;SC=AATAAGACTCTGTAAGATGAA;SOR=0.267;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=112;TCF=42;TCR=70;TR=109;WE=121338409;WS=121338391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,115:0.98:117
chr10	121435955	rs196294	A	C	2501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.573;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=39;PP=1427;ReadPosRankSum=0.323;SC=TTAAAAATATATTTTTGTGTC;SOR=0.407;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=161;TCF=104;TCR=57;TR=100;WE=121435963;WS=121435945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,115:0.62:184
chr10	121436362	rs196295	A	G	2330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=45;PP=1565;ReadPosRankSum=-0.870;SC=TGGAGAAGGTACAGGGGCTGG;SOR=0.774;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=179;TCF=95;TCR=84;TR=98;WE=121436370;WS=121436352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,104:0.55:190
chr10	121551581	rs2289306	A	C	4302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.406;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=93;PP=2694;ReadPosRankSum=-1.134;SC=CAGGGTTTGCACTTGGGAAGA;SOR=0.602;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=139;TCR=151;TR=181;WE=121551589;WS=121551571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,195:0.63:309
chr10	121557940	rs35547475	CTT	C	674.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.750;NF=6;NR=4;PP=343;ReadPosRankSum=2.142;SC=TTTAGACAATCTTAGTTCATT;SOR=0.929;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=10;WE=121557949;WS=121557930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr10	121564859	rs2273748	A	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=149;ReadPosRankSum=0.859;SC=CTATGATTAAATTAAAGATTT;SOR=0.596;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=14;WE=121564867;WS=121564849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr10	121565015	rs2273749	C	G	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.008;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,42:0.37:115
chr10	121571507	rs3781503	T	C	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=318;ReadPosRankSum=-0.843;SC=CTTGCTTAACTGATGTTGGGA;SOR=0.438;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=23;WE=121571515;WS=121571497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr10	121582556	rs2289307	T	C	2639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=43;PP=1543;ReadPosRankSum=-0.717;SC=AACATTTAACTTTATACGTAT;SOR=0.722;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=185;TCF=114;TCR=71;TR=110;WE=121582564;WS=121582546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,127:0.62:204
chr10	121586882	rs3188055	A	G	6479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.917;SC=TCAAGTTTCAAATGAAACCCA;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=392;TCF=203;TCR=189;TR=259;WE=121586890;WS=121586872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,284:0.67:427
chr10	121598173	rs12772291	A	G	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.271;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr10	121618787	rs71924981	TAC	T	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=1.094;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr10	121657801	rs144326454	CTG	C	329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=188;ReadPosRankSum=-1.109;SC=AAAGAAAAAACTGTTTTTTTC;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=7;WE=121657810;WS=121657791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr10	121663483	rs2475304	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.241;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=288;ReadPosRankSum=0.365;SC=CCACCTCTCTCGGCCTCCCAG;SOR=0.428;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=18;WE=121663491;WS=121663473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr10	121678896	rs2475300	C	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.501;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=181;ReadPosRankSum=0.095;SC=CGTAGATCAGCAGTCATTATA;SOR=2.007;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=11;WE=121678904;WS=121678886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr10	121679013	rs2475298	A	G	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=2.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.948;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,64:0.40:162
chr10	121685448	rs6585564	A	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=296;ReadPosRankSum=2.253;SC=CCTAAGAAGTAGCTAATCATT;SOR=0.668;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=15;WE=121685456;WS=121685438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr10	121717932	rs11199132	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.974;QD=9.66;ReadPosRankSum=-3.420;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr10	121717956	rs34665773	GT	G	1052.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.967;NF=9;NR=17;PP=371;ReadPosRankSum=-0.748;SC=GCAAGTGATGGTTTTTTTTTT;SOR=0.760;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=26;WE=121717964;WS=121717946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,60:0.88:68
chr10	121718112	rs11199134	C	T	2936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=44;PP=1655;SC=GCAGAAGTCACGAGCAGGGTG;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=57;TCR=44;TR=101;WE=121718120;WS=121718102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	122216790	rs10886691	A	T	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.572;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=345;ReadPosRankSum=-1.101;SC=GCACCAGCTGACGCCGCGGGA;SOR=0.494;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=111;TCF=76;TCR=35;TR=36;WE=122216798;WS=122216780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,42:0.33:127
chr10	122216862	rs67319648	C	T	4343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=1.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.57;ReadPosRankSum=1.377;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,210:0.66:320
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chr10	122263201	rs713088	C	A	4964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NR=74;PP=2835;SC=GACAGCAGGGCCTGTCTCTTT;SOR=0.855;Source=Platypus;TCR=74;WE=122263209;WS=122263191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr10	122263555	rs2478418	A	T	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=38;PP=1079;SC=AAAGAGAAGGAGAGCAGCCCA;SOR=3.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=44;WE=122263563;WS=122263545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	122273276	rs5788426	CT	C	1301.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.267;NF=46;NR=4;PP=918;ReadPosRankSum=-0.027;SC=ATACATCATCCTTTTTTTTTT;SOR=2.649;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=50;WE=122273284;WS=122273266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr10	122334562	rs77673052	G	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.825;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.567;NF=27;NR=9;PP=510;ReadPosRankSum=-0.816;SC=TGTGCAAGACGGCAGACGGAA;SOR=1.035;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=107;TCF=75;TCR=32;TR=36;WE=122334570;WS=122334552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,36:0.32:113
chr10	122348682	rs76105841	T	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.391;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr10	122348969	rs1047369	C	T	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=692;ReadPosRankSum=0.953;SC=CAGCTGACAGCGCACCCAGCT;SOR=0.846;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=48;WE=122348977;WS=122348959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,59:0.55:107
chr10	122619466	rs3217470	TAC	T	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.064;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=394;ReadPosRankSum=-0.167;SC=GGAATATTGATACACACACAC;SOR=1.712;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=11;WE=122619475;WS=122619456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr10	122622121	rs3816173	A	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=7.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=-1.543;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr10	122630587	rs4281410	A	G	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=38;ReadPosRankSum=0.533;SC=TTATACTTTTAGACCTGAAGA;SOR=0.616;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=4;WE=122630595;WS=122630577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr10	122649482	rs2289337	A	G	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.895;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=797;ReadPosRankSum=1.101;SC=AATTAATAGCAATGTACAATG;SOR=0.851;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=164;TCF=75;TCR=89;TR=63;WE=122649490;WS=122649472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,70:0.38:182
chr10	122663585	rs1652727	G	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,34:0.35:98
chr10	122664694	rs10788127	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5731;FS=5.825;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=1.181;SC=TTATGTTTCAGAATTTAAATC;SOR=2.636;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=10;WE=122664702;WS=122664684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr10	122664967	rs1866516	C	T	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=3.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.30;ReadPosRankSum=1.352;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,35:0.36:98
chr10	122665285	rs1652726	A	C	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=30;NR=12;PP=814;SC=CAAGCAGAGCATAGCCTGTAT;SOR=1.414;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=122665293;WS=122665275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	123239112	rs1047057	G	A	4633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr10	123241807	rs71484672	C	T	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=5.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.11;ReadPosRankSum=0.040;SOR=0.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr10	123243197	rs2278202	G	A	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.552;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=577;ReadPosRankSum=-0.920;SC=GGGGCTTCTAGAAGGAAGTTC;SOR=1.037;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=103;TCF=66;TCR=37;TR=43;WE=123243205;WS=123243187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,47:0.42:111
chr10	123246732	rs148450955	TTTCTAAGGCCAGCTCCTGCACC	T	396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.657;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=1373;ReadPosRankSum=-0.619;SC=AAATCTGTCCTTTCTAAGGCC;SOR=2.683;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=3;WE=123246761;WS=123246722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr10	123247037	rs2981461	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.845;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr10	123247044	rs2981460	T	C	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.10;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	123247669	rs111564057	AC	A	809.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=488;ReadPosRankSum=0.730;SC=TAATTTCAAAACACCGCCAGA;SOR=0.794;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=14;WE=123247677;WS=123247659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr10	123277666	rs60468962	G	GTA	1320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=640;ReadPosRankSum=0.727;SC=GTAGCGTCCAGTAGTACATTC;SOR=0.713;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=16;WE=123277674;WS=123277656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,35:0.49:72
chr10	123277742	rs2420942	C	T	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=16;PP=373;SC=AAGGATCAACCATGCAACCAA;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=123277750;WS=123277732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	123279745	rs2981448	C	T	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=17;PP=427;SC=AATAAATAAGCTGTGTTGTCC;SOR=4.294;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=123279753;WS=123279735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	123298158	rs1047100	T	C	7417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=128;PP=2965;SC=CATTCTCCACTACACAGGTAT;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=256;TCF=125;TCR=131;TR=252;WE=123298166;WS=123298148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr10	123549691	rs35350755	T	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=208;ReadPosRankSum=-0.622;SC=TACCTGCTTCTGGGTCCTGGT;SOR=0.769;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=22;WE=123549699;WS=123549681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,23:0.28:82
chr10	123596254	rs4237536	T	C	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	123673206	rs11200251	C	T	2087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=31;PP=1267;ReadPosRankSum=0.741;SC=AGTAGCAGTACATGACTGTAT;SOR=0.845;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=155;TCF=98;TCR=57;TR=88;WE=123673214;WS=123673196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,97:0.55:176
chr10	123673339	rs10749435	T	C	11738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr10	123681962	rs10887023	T	C	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=1.048;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr10	123683937	rs78103499	C	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.425;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=276;ReadPosRankSum=-0.093;SC=AGTGTGTGTCCGGGCACGGTG;SOR=0.149;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=18;WE=123683945;WS=123683927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
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chr10	123719835	rs10887033	T	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=381;ReadPosRankSum=-0.137;SC=AAATATATTTTCTCTAAAACT;SOR=1.109;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=27;WE=123719843;WS=123719825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr10	123721624	rs374541666	TAA	T	204.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.329;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr10	123722951	rs200376978	C	CT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=1.442;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr10	123724701	rs34074742	AC	A	863.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.646;HP=3;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=1203;ReadPosRankSum=-0.479;SC=CTGGCTCCAGACCCGCACACT;SOR=2.066;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=19;WE=123724713;WS=123724691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr10	123724705	rs11351821	G	A	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.681;HP=4;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=1217;ReadPosRankSum=-0.774;SC=CTCCAGACCCGCACACTTAGA;SOR=2.226;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=20;WE=123724713;WS=123724691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr10	123724767	rs4752626	T	G	3946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=1.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr10	123730685	rs58195348	T	TA	420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.51;ReadPosRankSum=1.508;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,25:0.86:29
chr10	123781339	rs2461221	A	G	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=228;ReadPosRankSum=-0.794;SC=ATGTGACCGTAGAGATAAACA;SOR=0.859;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=14;WE=123781347;WS=123781329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr10	123792509	.	A	AACT	1334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.02;ReadPosRankSum=0.464;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr10	123792527	rs11361502	AC	A	1247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.61;MQRankSum=1.364;QD=23.99;ReadPosRankSum=2.367;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr10	123810060	rs11200367	G	A	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=541;ReadPosRankSum=-0.735;SC=ACAGAGACGCGTCCAGGTAGG;SOR=0.871;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=41;WE=123810068;WS=123810050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,45:0.57:79
chr10	123810115	rs11200368	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=291;ReadPosRankSum=-0.792;SC=CTGCCCCGCTCATTGCCTGCT;SOR=0.412;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=19;WE=123810123;WS=123810105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr10	123842065	rs2459103	A	G	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	123845322	rs7073433	T	C	6336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=101;PP=2965;SC=AATGGAGTGCTGGGCCACTTC;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=120;TCR=101;TR=220;WE=123845330;WS=123845312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr10	123847870	rs11442094	A	AT	53.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.39;ReadPosRankSum=1.111;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr10	123903133	rs12765679	G	A	2536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.480;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=60;PP=1598;ReadPosRankSum=-0.111;SC=CTCGGCTGCAGAACACATAGT;SOR=0.675;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=324;TCF=174;TCR=150;TR=124;WE=123903141;WS=123903123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,137:0.38:363
chr10	123923346	.	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.945;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=141;ReadPosRankSum=0.913;SC=GCAACCCCGGCCGCCGGCCGG;SOR=3.291;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=11;WE=123923354;WS=123923336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr10	123976391	rs10444046	C	A	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=74;PP=1452;ReadPosRankSum=-0.636;SC=CTCGGAGAATCCTGCCCCTAG;SOR=0.796;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=291;TCF=116;TCR=175;TR=118;WE=123976399;WS=123976381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,124:0.41:305
chr10	123984442	rs2281671	G	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=120;ReadPosRankSum=0.670;SC=GTGCACAGCAGTGATGGACTG;SOR=0.515;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=9;WE=123984450;WS=123984432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr10	123986116	.	CAT	C	495	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.96;NF=3;NR=37;PP=495;QD=13.25;SC=TGACATGCCACATATTTTTTT;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=69;TCF=7;TCR=62;TR=40;WE=123986128;WS=123986106;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr10	123986118	rs34932234	TA	T	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=3.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.58;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=1.747;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,27:0.29:94
chr10	123986119	.	A	AT	480	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=15;HapScore=3;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=60.99;NF=3;NR=37;PP=480;QD=12.1;SC=CATGCCACATATTTTTTTTTT;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=66;TCF=4;TCR=62;TR=40;WE=123986128;WS=123986106;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:26,40:0.61:66
chr10	124009261	rs10887111	G	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=-1.208;SC=GACAGGCTGGGCTTCCCTGGC;SOR=1.140;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=7;WE=124009269;WS=124009251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr10	124034528	rs7096744	G	T	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.912;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=32;PP=1110;ReadPosRankSum=0.026;SC=TATGGAAAATGTCACCTTTAC;SOR=1.022;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=211;TCF=123;TCR=88;TR=82;WE=124034536;WS=124034518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,81:0.37:219
chr10	124034703	rs7080859	T	C	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=37;PP=794;ReadPosRankSum=-0.190;SC=GGGGCTGGGTTCTGCACCACC;SOR=0.794;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=163;TCF=63;TCR=100;TR=57;WE=124034711;WS=124034693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,60:0.35:172
chr10	124036141	rs6585808	T	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=0.858;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr10	124036190	rs7086389	T	C	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=290;ReadPosRankSum=-1.298;SC=TGTTCAAAAATTAACCAGCAC;SOR=0.492;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=25;WE=124036198;WS=124036180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr10	124036226	rs7086403	T	C	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=478;ReadPosRankSum=0.029;SC=GATTTCCTTCTTGCTATACAA;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=39;WE=124036234;WS=124036216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,47:0.44:107
chr10	124036494	rs7090214	T	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=194;ReadPosRankSum=-0.355;SC=AATGGCCCATTATTCCTGGGA;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=14;WE=124036502;WS=124036484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr10	124036543	rs7072288	C	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=133;ReadPosRankSum=-1.791;SC=TGATTGGCTGCAGTGGCTGTC;SOR=0.175;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=8;WE=124036551;WS=124036533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr10	124045488	rs2181161	C	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=208;ReadPosRankSum=-0.949;SC=TCTGAGATGCCTGGGGAGGCT;SOR=0.460;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=16;WE=124045496;WS=124045478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr10	124050575	rs11592545	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.118;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=97;ReadPosRankSum=2.293;SC=CAGATGGCTCGCTTGGCTGTG;SOR=2.093;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=9;WE=124050583;WS=124050565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr10	124066652	rs7082865	G	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=2.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.204;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,44:0.34:131
chr10	124089036	rs2421013	G	A	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=29;PP=596;ReadPosRankSum=-0.401;SC=GACATAGGACGGAGCTTGAGG;SOR=0.853;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=80;TCR=77;TR=57;WE=124089044;WS=124089026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,70:0.39:179
chr10	124091855	rs5788544	A	AG	335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.19;ReadPosRankSum=1.077;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr10	124091921	rs4627016	C	T	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.683;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=329;ReadPosRankSum=1.001;SC=AGGATCCCACCGTGGTCAGCT;SOR=0.460;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=100;TCF=67;TCR=33;TR=34;WE=124091929;WS=124091911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,38:0.35:108
chr10	124094283	rs10788282	C	T	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=6.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=1.718;SOR=1.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,40:0.44:91
chr10	124095982	rs3817280	A	G	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=4.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.824;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,44:0.27:164
chr10	124096035	rs3817281	T	C	2725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.13;ReadPosRankSum=-0.103;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,78:0.29:269
chr10	124096041	rs1129973	T	C	2745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.079;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,84:0.29:291
chr10	124096061	rs1048347	A	C	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=45;PP=1117;ReadPosRankSum=-0.827;SC=GAGCACAACCACGTCAGCCTG;SOR=0.719;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=297;TCF=162;TCR=135;TR=96;WE=124096069;WS=124096051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,104:0.32:330
chr10	124096209	rs3817284	C	T	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.385;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=34;PP=804;ReadPosRankSum=-1.233;SC=CAAGTGTTCACGTTGTCTTTT;SOR=0.453;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=165;TCF=72;TCR=93;TR=63;WE=124096217;WS=124096199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,72:0.37:193
chr10	124096306	rs3817285	T	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=143;ReadPosRankSum=-0.915;SC=TGAAGATCCCTGGAAAATCTG;SOR=0.627;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=16;WE=124096314;WS=124096296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr10	124097755	rs2271597	G	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=296;ReadPosRankSum=-0.810;SC=ATTTGAGGGTGGAACGTGCCA;SOR=0.496;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=21;WE=124097763;WS=124097745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr10	124152936	rs3838776	G	GA	419.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=380;SC=ACAGGCTTTAGATTTGTCTTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=124152944;WS=124152926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	124159835	rs9988734	A	G	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=2.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.28;ReadPosRankSum=-1.213;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,100:0.63:158
chr10	124175273	rs4751892	G	A	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=331;SC=ATCTGTTTCTGACTAATCTAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=124175281;WS=124175263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	124176452	rs4612730	G	A	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=-1.114;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,36:0.37:97
chr10	124183732	rs4405249	T	C	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.88;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	124186367	rs2292625	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=266;ReadPosRankSum=0.271;SC=GTTGATGACAGTATTTTAAGT;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=20;WE=124186375;WS=124186357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr10	124186714	rs2292626	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=101;ReadPosRankSum=-2.211;SC=TTTAATGCTTCCTTGTAGTAT;SOR=0.320;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=13;WE=124186722;WS=124186704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr10	124189010	rs10591719	TTGTGTG	T	552.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.000;QD=12.02;ReadPosRankSum=1.950;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr10	124189197	rs1045216	A	G	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-0.609;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,101:0.31:323
chr10	124266991	rs147948338	GTTGT	G	3326.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.61;QD=43.20;SOR=2.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	124271589	rs2672586	G	A	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.69;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	124271595	rs2272599	G	A	3529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.25;SOR=1.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	124320194	rs2981745	T	C	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=32;PP=2025;SC=ATAGCAGCAGTAGAAATATAC;SOR=1.417;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=74;TCR=32;TR=106;WE=124320202;WS=124320184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	124325409	rs3019515	T	G	5058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr10	124325569	rs3019516	A	G	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=28;PP=945;SC=CTCCTCTGCTACTGTTGGCTA;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=53;WE=124325577;WS=124325559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	124325631	rs2981768	T	C	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=12;PP=268;SC=CCTTGTCGAATGCAGGAATGC;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=124325639;WS=124325621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	124329580	rs11524819	C	A	3897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.80;SOR=1.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	124329583	rs11524820	G	A	3946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.85;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
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chr10	124329710	rs11523871	C	A	4245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=3.509;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.58;ReadPosRankSum=-1.420;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,165:0.99:166
chr10	124329746	rs3740222	A	T	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=54;PP=1761;SC=TTATGGGGGAACCCTGTGGGC;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=96;WE=124329754;WS=124329736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr10	124329801	rs3740223	G	A	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=26;PP=744;SC=ATCCAGAAGAGATGCAGAAGC;SOR=1.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=124329809;WS=124329791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	124330240	rs2981790	A	G	2805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=24;PP=1792;SC=CCCAGCCTGGAGCCAGTACGG;SOR=1.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=65;TCR=24;TR=89;WE=124330260;WS=124330230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	124330252	rs2981791	A	G	3567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=79;NR=35;PP=2204;SC=CCAGTACGGTAACACAGTGAT;SOR=1.591;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=80;TCR=35;TR=114;WE=124330260;WS=124330230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	124330427	rs3013236	C	T	8269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=141;NR=154;PP=2965;SC=CCCTCGGAGTCGACCCTGGAG;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=296;TCF=141;TCR=155;TR=295;WE=124330435;WS=124330417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr10	124331867	rs7084792	C	T	5415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=100;NR=86;PP=2965;SC=TGGAGTCAACCGTAGCAGAAG;SOR=0.763;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=100;TCR=86;TR=186;WE=124331875;WS=124331857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr10	124331944	rs2277229	C	T	6595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=78;PP=2542;SC=TCATCTCTGACCCAGATGAGG;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=62;TCR=78;TR=140;WE=124331971;WS=124331934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr10	124331957	rs2277230	T	C	6206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.98;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr10	124331963	rs2277231	A	G	6116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.65;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr10	124332035	rs2277232	T	C	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=35;PP=1044;SC=TATGTGCAACTCTGAGTCCAT;SOR=2.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=124332043;WS=124332025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	124333308	rs2277235	G	A	5139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=88;NR=80;PP=2609;SC=ATCCCTGTAGGCTCATTACCC;SOR=0.811;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=88;TCR=80;TR=168;WE=124333323;WS=124333298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr10	124335866	rs1985025	C	T	2793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=33;PP=1740;SC=GCCCTGAGACCTTGTGCCTCA;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=93;WE=124335874;WS=124335856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	124376691	rs3019533	TG	CA	6456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=5.888;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-3.057;QD=20.18;ReadPosRankSum=0.979;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,163:0.51:320
chr10	124389296	rs3013177	C	G	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=20;PP=1853;SC=ACAGATGATTCCTTGTCACAA;SOR=2.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=63;TCR=20;TR=83;WE=124389304;WS=124389286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	124399467	rs2261655	C	T	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=399;SC=TGTTGAGTCACGTCCCTCTCA;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=124399475;WS=124399457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	124399985	rs2261660	G	T	4367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=90;PP=2758;SC=GTCTTTATGCGATGGCCTTAA;SOR=1.214;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=62;TCR=91;TR=152;WE=124399993;WS=124399975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr10	124402677	rs1052715	A	G	10338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=206;NR=171;PP=2965;SC=ACTCCTCGCCATCTCTTCGCA;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=377;TCF=206;TCR=171;TR=377;WE=124402685;WS=124402667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr10	124402944	rs8441	G	A	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=17;PP=465;SC=ACTGTCCACCGGGGCGCAGAC;SOR=2.376;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=124402952;WS=124402934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	124436375	rs72836153	G	A	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=44;PP=1858;SC=TGAACCCCGGGGAGATAGTCA;SOR=0.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=66;TCR=44;TR=110;WE=124436383;WS=124436365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	124436530	rs3019500	G	T	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=25;PP=721;SC=ACAATTTGACGACATTTTCAC;SOR=2.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=124436538;WS=124436520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	124457452	rs2947594	C	T	5975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=114;NR=105;PP=2965;SC=GGTTTCTTTGCGGGGAGGAAT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=219;TCF=114;TCR=105;TR=219;WE=124457460;WS=124457442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr10	124594153	rs11248321	A	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=291;ReadPosRankSum=1.029;SC=AACACAAAAAATTACTTTATT;SOR=2.613;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=13;WE=124594161;WS=124594143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr10	124595874	rs11365591	GA	G	175.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.645;QD=9.25;ReadPosRankSum=-1.001;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr10	124610027	rs1891110	G	A	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.475;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=40;PP=815;ReadPosRankSum=2.309;SC=AGCGATGACAGGCATAATCAC;SOR=1.059;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=152;TCF=43;TCR=109;TR=52;WE=124610035;WS=124610017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,51:0.33:156
chr10	124648150	rs10902838	A	G	3687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.453;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=73;PP=2165;ReadPosRankSum=-0.064;SC=TCCAGAATTTATGTAGTCAAG;SOR=0.809;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=385;TCF=203;TCR=182;TR=163;WE=124648158;WS=124648140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,184:0.44:421
chr10	124648285	rs10902839	G	A	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=48;PP=1098;ReadPosRankSum=1.551;SC=TGGTAGGTGGGAGAATTAGAT;SOR=0.998;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=128;TCF=38;TCR=90;TR=66;WE=124648293;WS=124648275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,69:0.51:135
chr10	124653996	rs12255784	T	C	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=458;ReadPosRankSum=1.110;SC=TCAGCCCAGCTGAAGGGGCAG;SOR=0.700;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=34;WE=124654004;WS=124653986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr10	124654345	rs35248586	CT	C	544.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.9828;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=273;ReadPosRankSum=-2.932;SC=TGTAACTACACTTTTTTTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=25;WE=124654353;WS=124654335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,35:0.85:41
chr10	124697198	rs10794580	G	A	2177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.406;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=32;PP=1357;ReadPosRankSum=0.165;SC=ATCGAAACTCGTATGTCTTAA;SOR=1.117;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=283;TCF=179;TCR=104;TR=103;WE=124697206;WS=124697188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,112:0.37:304
chr10	124740239	.	CGCGGGGCGGG	C	671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;QD=47.98;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	124742586	rs3736585	G	A	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=29;PP=874;SC=ACTTATTCACGTATCAAAAAC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=124742594;WS=124742576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	124742683	rs3736584	C	T	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=6;PP=490;SC=GTATTGCAAACGGAGTTTTTC;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=124742691;WS=124742673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	124742792	rs3736583	G	A	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr10	124742858	rs45498396	G	A	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=33;PP=944;ReadPosRankSum=1.110;SC=ATGGCCAGAGGCCACAGGCAC;SOR=0.768;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=106;TCF=59;TCR=47;TR=70;WE=124742866;WS=124742848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,81:0.64:127
chr10	124742895	rs3736582	G	C	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=42;PP=1117;SC=CCACCTGATGGGAAGAAAGCT;SOR=1.095;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=80;WE=124742903;WS=124742885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	124746801	rs7096614	T	G	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=25;PP=1127;SC=TGAAGAAAATTTAAGTAAGGT;SOR=0.904;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=65;WE=124746809;WS=124746791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	124749740	rs11190	A	C	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=318;ReadPosRankSum=-0.346;SC=AGAACTTAACAAGCTCAAAGC;SOR=0.862;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=29;WE=124749748;WS=124749730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,34:0.37:92
chr10	124768583	rs12263012	G	A	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=223;ReadPosRankSum=0.838;SC=CGCGGCAGCAGGCTGGTGAGT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=24;WE=124768591;WS=124768573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr10	124787047	rs10794584	T	C	3671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;QD=25.68;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr10	124787118	rs10902863	G	A	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=34;PP=1054;SC=TGTAAGTCCAGTTAAACCTCT;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=124787126;WS=124787108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	124797488	rs4980246	A	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=167;ReadPosRankSum=0.206;SC=TTGAAATCCTACTTGATATTT;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=11;WE=124797496;WS=124797478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr10	124810746	.	C	CTT	49.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.42;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	124812487	rs2421166	A	G	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=13;PP=1135;SC=CACTAACAGTAAATCCATGTT;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=51;WE=124812495;WS=124812477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	124812685	rs11307362	AT	A	1615.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.229;NF=7;NR=49;PP=939;ReadPosRankSum=-1.328;SC=TGGTAAATAGATTTTTTTTTT;SOR=0.539;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=73;TCF=7;TCR=66;TR=56;WE=124812694;WS=124812675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr10	125425822	rs10902974	T	G	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=2;PP=84;SC=CTGGGGCCGGTGGTCGCCGGG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=125425830;WS=125425819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	125426412	rs12263344	A	G	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.745;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,90:0.45:202
chr10	125426565	rs4980313	G	C	6239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr10	125426627	rs3808964	G	T	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=4.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.919;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,50:0.42:120
chr10	125472862	rs2114678	A	G	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=339;ReadPosRankSum=-0.356;SC=CTGGGAGGTAAAATTAAAGTA;SOR=0.773;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=27;WE=125472870;WS=125472852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr10	125472937	rs2114677	T	C	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.073;HP=4;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=309;ReadPosRankSum=-0.308;SC=GGGTAATTTATAAAGGAAAGA;SOR=0.220;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=20;WE=125472945;WS=125472927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr10	125473208	rs12256385	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TACAATTCAAGATGGGATTTG;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=125473216;WS=125473198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr10	125506302	rs7088479	T	C	5118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=48;PP=2965;SC=TCGTCTCTTCTGCCCCCGCAG;SOR=1.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=115;TCR=48;TR=163;WE=125506310;WS=125506292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr10	125514212	rs140927371	A	G	2052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=52;PP=1210;ReadPosRankSum=-0.798;SC=CCTTCTACGGAGATAATGGCG;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=312;TCF=162;TCR=150;TR=106;WE=125514220;WS=125514202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,118:0.35:341
chr10	125521533	rs10794566	G	A	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=1.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=-1.769;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,127:0.37:347
chr10	125521590	rs10794567	G	A	2392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.548;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=59;PP=1365;ReadPosRankSum=-0.274;SC=GGTCGTAGGGGTACGCCACCA;SOR=0.777;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=334;TCF=172;TCR=162;TR=117;WE=125521598;WS=125521580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,130:0.37:354
chr10	125521721	rs10751743	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.274;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,38:0.29:130
chr10	125521751	rs10794568	C	G	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=374;ReadPosRankSum=1.338;SC=AGCTGTCAAACAGGGACATAG;SOR=0.751;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=26;WE=125521759;WS=125521741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr10	125526689	rs1896392	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=185;ReadPosRankSum=0.207;SC=GTGAGAGTGTGAAGAATGCAC;SOR=2.170;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=11;WE=125526697;WS=125526679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr10	125527964	rs1219727	G	A	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=6.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.12;ReadPosRankSum=0.577;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr10	125528007	rs1219726	A	G	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.04;ReadPosRankSum=-1.118;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,45:0.44:103
chr10	125528048	rs1219725	G	A	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.35;ReadPosRankSum=-0.035;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,68:0.42:161
chr10	125528272	.	C	T	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.284;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=553;ReadPosRankSum=-0.113;SC=CACAGGTTCACGTTGAAACAC;SOR=0.442;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=118;TCF=50;TCR=68;TR=46;WE=125528280;WS=125528262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,53:0.39:137
chr10	125528297	rs1219724	T	G	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=441;ReadPosRankSum=0.603;SC=GGCCAAACGGTGCTTGTCACA;SOR=0.501;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=34;WE=125528305;WS=125528287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,39:0.39:100
chr10	125530746	rs727416	C	T	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=59;PP=1650;SC=GGATAATGCCCACTTTCCTTC;SOR=2.419;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=19;TCR=59;TR=78;WE=125530754;WS=125530736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	125602948	rs5788632	A	AT	668.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=4.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=1.700;SOR=1.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,59:0.68:87
chr10	125622250	rs11299200	CA	C	6295.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=79;PP=2951;SC=CTGGAAAGGACAAATGCTTGT;SOR=0.878;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=95;TCF=11;TCR=84;TR=90;WE=125622258;WS=125622240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr10	125673492	rs7893288	A	G	1977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=35;PP=1108;ReadPosRankSum=-0.488;SC=AGTGAGCACCAGAGTCAGGCC;SOR=0.779;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=172;TCF=103;TCR=69;TR=90;WE=125673500;WS=125673482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,100:0.53:189
chr10	125673547	rs4329614	T	G	2154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=2.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.46;ReadPosRankSum=-0.405;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,100:0.58:173
chr10	125780752	rs5788645	CG	C	1196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.16;ReadPosRankSum=-1.357;SOR=0.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr10	125780759	rs4072194	G	C	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=3.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=-2.158;SOR=0.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,35:0.60:58
chr10	125780958	rs9422312	C	T	2018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.415;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=54;PP=1207;ReadPosRankSum=0.427;SC=ATATTTTTACCACCCATGAAC;SOR=0.728;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=315;TCF=167;TCR=148;TR=110;WE=125780966;WS=125780948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,116:0.35:334
chr10	126086730	rs2459217	G	A	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	126089434	rs11461	G	A	131.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5434;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=60;ReadPosRankSum=1.465;SC=TGACAATAGCGTTTAATAATC;SOR=0.527;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=126089442;WS=126089424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr10	126089656	rs2459215	T	G	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	126089703	rs2491158	G	A	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=10;PP=301;SC=GCCTGTATTAGTTTCTAATTA;SOR=0.963;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=126089711;WS=126089693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	126090430	rs17619406	A	G	4858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.254;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=102;PP=2576;ReadPosRankSum=0.226;SC=TCAATTCACCATGTCATTTCT;SOR=0.613;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=337;TCF=174;TCR=163;TR=212;WE=126090438;WS=126090420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,235:0.62:376
chr10	126090465	rs17681531	T	A	3062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.612;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=69;PP=1787;ReadPosRankSum=0.814;SC=CTACTAAGCATCCTTTTCCCC;SOR=0.820;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=213;TCF=102;TCR=111;TR=127;WE=126090473;WS=126090455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,140:0.59:236
chr10	126090562	rs2491159	T	C	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=365;ReadPosRankSum=-0.246;SC=GCAATTCTCCTGCCTCAGCCT;SOR=0.211;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=28;WE=126090570;WS=126090552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr10	126091814	rs2240882	A	C	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.257;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=577;ReadPosRankSum=-1.298;SC=CTCACCAACTATTTCCTTTGT;SOR=0.182;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=109;TCF=19;TCR=90;TR=39;WE=126091822;WS=126091804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,40:0.36:111
chr10	126093991	rs9422807	T	C	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=21;PP=1342;SC=AGCACTATGATGCTAGTGAAA;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=74;WE=126093999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	126097716	rs7923012	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=61;ReadPosRankSum=-0.339;SC=GAATTACTAAGAATTGTATTT;SOR=0.569;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=6;WE=126097724;WS=126097706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr10	126100523	rs10794058	G	A	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.296;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=709;ReadPosRankSum=-1.174;SC=GGGAAAAGACGGATTAATTTG;SOR=0.851;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=143;TCF=87;TCR=56;TR=53;WE=126100531;WS=126100513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,60:0.38:159
chr10	126150338	rs2459213	C	T	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=146;SC=CCTGCCCCGCCCGCGGGACTA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=126150346;WS=126150328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	126150388	rs2491156	C	A	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=332;SC=GCGCCGGCGCCGGCGTCGGTT;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=126150396;WS=126150378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	126172863	rs6597801	A	G	3917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=63;PP=2129;SC=CTGAAGGAGCAAGGCCTGCGA;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=71;TCR=65;TR=132;WE=126172871;WS=126172853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr10	126185451	rs10794134	T	C	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=30;NR=9;PP=701;SC=ACAGGCCCGGTGCTCAGCTCC;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=126185459;WS=126185441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	126185618	rs3824810	A	G	5348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=93;NR=87;PP=2844;SC=TCTGTCCCAAACTCTCTTCAG;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=93;TCR=87;TR=180;WE=126185626;WS=126185608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr10	126185707	rs3824809	C	T	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=41;PP=1265;SC=GCCTTTTGGGCTTCCACAAAG;SOR=1.134;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=68;WE=126185715;WS=126185697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	126186734	rs146044098	A	AGCCCCGTCAGGGAGGCC	832.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=3.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.260;QD=10.41;ReadPosRankSum=1.539;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,23:0.29:80
chr10	126186771	rs17620824	A	G	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.383;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.875;NF=21;NR=23;PP=817;ReadPosRankSum=1.382;SC=GGAATGGATTACAGGACTCAG;SOR=0.856;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=44;WE=126186779;WS=126186761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,48:0.67:72
chr10	126187229	.	CTTTT	C	398.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.48;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr10	126395123	rs7897256	T	C	6016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=123;NR=85;PP=2965;SC=TTTGCTAAGCTTAGGTGCTCA;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=208;TCF=123;TCR=85;TR=208;WE=126395131;WS=126395113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr10	126471460	.	G	A	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.936;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr10	126480556	rs10901821	T	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=14;PP=351;SC=CGACGCCCTCTGCTCTACCCC;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=126480564;WS=126480546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	126505062	rs11451694	T	TA	471.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5179;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.720;NF=11;NR=4;PP=230;ReadPosRankSum=0.679;SC=AGATTTTGATTAAAAAAAAAA;SOR=0.610;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=15;WE=126505070;WS=126505052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chr10	126517989	rs2303611	G	A	9743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=172;NR=159;PP=2965;SC=AGGATGGAGTGATGAAAGACA;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=331;TCF=172;TCR=159;TR=331;WE=126517997;WS=126517979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr10	126629204	rs7074163	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=221;ReadPosRankSum=-0.381;SC=CACTATAAATGGTGTATGGAC;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=16;WE=126629212;WS=126629194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr10	126660781	rs3802700	A	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=-0.457;SC=GAAAGCACATAACATAGCTAC;SOR=0.904;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=11;WE=126660789;WS=126660771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr10	126662451	rs3740534	C	T	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=20;PP=564;SC=TTCACTGTTACAGAGTGAACA;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=126662459;WS=126662441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	126673560	.	G	GA	853.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=3.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.760;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,70:0.32:216
chr10	126678122	rs140913543	GT	G	632.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=37.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.67;MQRankSum=-6.242;QD=11.72;ReadPosRankSum=2.241;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr10	126678128	.	T	A	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.112;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=40.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.17;MQRankSum=-6.382;QD=11.21;ReadPosRankSum=1.072;SOR=0.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr10	126678147	rs76963654	C	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=13.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQRankSum=-7.387;QD=4.48;ReadPosRankSum=1.460;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,18:0.22:83
chr10	126686762	rs72828989	C	T	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.290;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=40;PP=810;ReadPosRankSum=0.095;SC=AGGCCAAGGCCGGAGATGAGA;SOR=1.126;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=174;TCF=79;TCR=95;TR=64;WE=126686770;WS=126686752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,77:0.41:189
chr10	126686827	rs1982225	T	A	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.959;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=739;ReadPosRankSum=0.194;SC=CTCCTGAGACTCGGTTGTTGG;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=50;WE=126686835;WS=126686817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,50:0.66:76
chr10	126691929	.	G	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=5.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.770;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
chr10	126692193	rs750599	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=180;ReadPosRankSum=1.001;SC=GAGGGCACCGCCTCCACCTGC;SOR=1.329;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=10;WE=126692201;WS=126692183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr10	126714714	rs2946994	G	C	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=385;ReadPosRankSum=-0.495;SC=GCCACCTTCTGGTACGGTGAG;SOR=0.631;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=93;TCF=59;TCR=34;TR=33;WE=126714722;WS=126714704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,36:0.33:108
chr10	126714966	rs3012075	A	G	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.401;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=608;ReadPosRankSum=-2.091;SC=TGCAGGGGGTACGTGGGGCTC;SOR=0.568;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=118;TCF=57;TCR=61;TR=48;WE=126714974;WS=126714956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,55:0.42:131
chr10	126715154	rs3781412	A	G	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.182;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=439;ReadPosRankSum=-1.539;SC=TGCTGTCTGCAGAGGAGCCGC;SOR=0.740;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=32;WE=126715162;WS=126715144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,37:0.61:61
chr10	126715629	rs3781409	C	T	2912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.70;ReadPosRankSum=0.730;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,141:0.57:249
chr10	126716346	rs2938006	C	T	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=514;ReadPosRankSum=0.129;SC=AAAATGACTGCGGATGAGGCA;SOR=0.804;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=120;TCF=46;TCR=74;TR=43;WE=126716354;WS=126716336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,48:0.35:137
chr10	126721441	rs2839737	C	A	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,95:0.41:232
chr10	126727353	rs2289431	C	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=232;ReadPosRankSum=-0.497;SC=CCTCCTAGTCCCCAACCCCGC;SOR=3.014;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=11;WE=126727361;WS=126727343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr10	127426430	rs3740181	A	G	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.28;SOR=1.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	127426588	rs3740180	C	A	3175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=59;PP=1847;SC=TCACTTTTTTCGTAAAGTTTG;SOR=0.991;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=50;TCR=59;TR=109;WE=127426596;WS=127426578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr10	127426835	rs3943225	G	T	4234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=1.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr10	127431865	rs150202645	C	T	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=19;PP=626;SC=TCTTTAGATTCCTCTCTATTG;SOR=1.236;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=127431873;WS=127431855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	127436411	rs2296832	T	C	7735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=145;NR=114;PP=2965;SC=ATTTTTTTCTTCCCCCTCAAA;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=146;TCR=114;TR=259;WE=127436419;WS=127436401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr10	127441573	rs10751530	G	T	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=55;PP=1595;SC=TATGTGTGTGGGTATATATAC;SOR=1.454;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=91;WE=127441581;WS=127441563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	127445408	rs4962313	G	T	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.776;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=968;ReadPosRankSum=0.465;SC=TTGAGACAAGGTCTCACTCTG;SOR=0.253;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=54;WE=127445416;WS=127445398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,58:0.97:60
chr10	127460952	rs10901424	G	T	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.729;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=48;PP=1503;ReadPosRankSum=0.153;SC=CACACCATGGGTGCTGGGTGA;SOR=0.275;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=78;WE=127460960;WS=127460942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
chr10	127462525	rs10901425	A	G	13472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=229;NR=249;PP=2965;SC=CTGGTCGGCCACGGACAGTTG;SOR=0.860;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=479;TCF=229;TCR=250;TR=478;WE=127462533;WS=127462515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,516:1.00:516
chr10	127462833	rs28381281	C	T	2028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	127462934	rs61753106	G	A	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr10	127483396	rs112839143	TA	T	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.856;QD=2.92;ReadPosRankSum=-2.415;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,30:0.38:80
chr10	127483573	rs3740179	G	A	4492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=90;PP=2665;SC=AACAAGATCAGTCCTTGCCAT;SOR=1.106;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=70;TCR=90;TR=160;WE=127483581;WS=127483563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr10	127484617	rs2281955	C	G	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=7;PP=642;SC=CCTTCACCCTCTGCTTCCCCA;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=127484625;WS=127484607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	127484653	rs2281954	G	A	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=17;PP=974;SC=TGCCAGAACCGCCCCCAAACG;SOR=1.573;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=57;WE=127484661;WS=127484643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	127486785	.	A	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.43;ReadPosRankSum=0.914;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr10	127491732	rs74366862	CT	C	2771.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=40;PP=1799;SC=AGCTCTGTTCCTTATGGACAA;SOR=1.194;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=44;WE=127491740;WS=127491722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	127500718	rs10901444	C	G	2532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=23;PP=1646;SC=CTGAGTTAAACTGTTTTTTAA;SOR=1.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=63;TCR=23;TR=85;WE=127500726;WS=127500708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	127504660	rs2366044	A	G	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr10	127515069	rs10159992	C	T	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=477;SC=TTGTATTCTTCACAGATGGCA;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=127515077;WS=127515059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	127520313	rs11596442	A	G	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=537;SC=AGGGGAGTGGAAGAAACATCC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=127520321;WS=127520303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	127522572	rs3740206	T	G	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.021;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=490;ReadPosRankSum=1.568;SC=TGAAAATGATTTATCAAGATT;SOR=2.315;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=24;WE=127522580;WS=127522562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr10	127524612	rs4075326	C	T	3009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=29;PP=1971;SC=TGCCGTAGATCAAATGGGTTT;SOR=1.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=96;WE=127524620;WS=127524602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	127530325	rs3208565	T	C	6143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr10	127548587	rs1539315	C	G	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=14;PP=438;SC=CTTATGCTAACTCATGCAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=127548595;WS=127548577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	127584978	rs5006357	A	G	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.055;HP=3;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.826;NF=73;NR=20;PP=1492;ReadPosRankSum=3.201;SC=GGGCTTCAGGAGCAGTGTCCT;SOR=0.945;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=132;TCF=104;TCR=28;TR=93;WE=127584991;WS=127584968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,59:0.63:94
chr10	127585015	rs79042596	G	T	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQRankSum=-6.216;QD=12.90;ReadPosRankSum=1.401;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,53:0.37:142
chr10	127585035	rs113524015	C	G	1855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQRankSum=-8.371;QD=9.98;ReadPosRankSum=2.195;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,54:0.29:186
chr10	127585040	rs5006358	G	A	2529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=6.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQRankSum=-8.116;QD=12.59;ReadPosRankSum=2.543;SOR=1.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,69:0.34:201
chr10	127585090	rs74635147	C	A	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQRankSum=-16.502;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.345;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,67:0.22:309
chr10	127585097	rs78188902	T	C	1973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=1.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQRankSum=-17.123;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.636;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,63:0.20:311
chr10	127585099	rs79920605	A	G	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=3.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQRankSum=-17.125;QD=6.10;ReadPosRankSum=0.789;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,64:0.20:317
chr10	127585112	rs72832617	T	C	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=1.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQRankSum=-16.110;QD=5.63;ReadPosRankSum=2.946;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,59:0.19:317
chr10	127585120	rs80288044	G	C	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQRankSum=-15.215;QD=5.22;ReadPosRankSum=2.781;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,61:0.19:314
chr10	127585150	.	C	A	1562	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=52;MMLQ=23;MQ=49.96;NF=46;NR=61;PP=1562;QD=14.9230954444;SC=GCGACGCCGGCCCTGGCTGAG;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=308;TCF=154;TCR=154;TR=107;WE=127585158;WS=127585140;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:201,107:0.35:308
chr10	127585179	rs74162871	G	C	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.938;HP=4;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-10.221;NF=57;NR=61;PP=1544;ReadPosRankSum=0.254;SC=GGAGTCCGGGGGTTCGCCCGC;SOR=1.086;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=259;TCF=122;TCR=137;TR=118;WE=127585187;WS=127585169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,76:0.34:224
chr10	127585237	rs5013589	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQRankSum=-2.738;QD=1.08;ReadPosRankSum=2.190;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,23:0.17:135
chr10	127585238	rs148621471	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQRankSum=-4.330;QD=0.77;ReadPosRankSum=1.289;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,15:0.11:138
chr10	127585263	rs5013162	C	T	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQRankSum=-2.353;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.929;SOR=0.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,18:0.19:97
chr10	127585288	rs5013590	C	A	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.615;HP=2;HapScore=1;MGOF=70;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.002;NF=9;NR=22;PP=429;ReadPosRankSum=-0.436;SC=TCCCCGGGAACGAGTGTGGGC;SOR=0.342;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=101;TCF=25;TCR=76;TR=31;WE=127585296;WS=127585278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,33:0.37:90
chr10	127685091	rs3736477	T	C	8636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr10	127693432	rs2138283	C	T	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=39;NR=19;PP=896;SC=TGTCAAATGCCGCTTCTTCCA;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=58;WE=127693440;WS=127693422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	127697165	rs2292690	T	G	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	127708091	rs2176099	AG	GT	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=0;PP=1351;SC=ATAAGCTCACAGGGACTGCTT;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=27;WE=127708100;WS=127708088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	127708428	rs2138280	A	T	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=34;PP=1019;SC=AGGGTCACTTACCAGGAGCCA;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=127708436;WS=127708418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	127708503	rs2292694	G	C	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=10;PP=260;SC=ATATCATCCTGTCACCATACA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=127708511;WS=127708493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	127724778	rs1044122	A	G	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=15;PP=678;SC=GTGCACGTGGAGCCCGGTGGA;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=127724786;WS=127724768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	127727768	rs1278255	A	G	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=17;PP=1161;SC=CGCCCGCCTCAGCCTCCCAAA;SOR=1.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=65;WE=127727776;WS=127727758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	127727808	rs1278256	A	G	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=34;PP=1806;SC=GAGCCACCGCACCCAGCCTCT;SOR=1.389;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=76;TCR=34;TR=110;WE=127727816;WS=127727798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr10	127731012	rs11244780	T	A	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=26;PP=679;SC=ATTAGGCAAATTACTTAACTT;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=127731020;WS=127731002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	127731811	rs7923954	C	G	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=43;PP=1277;SC=GAGCCCCCCCCCAACACTGAC;SOR=1.525;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=70;WE=127731819;WS=127731801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	127755544	rs1278280	T	G	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=255;ReadPosRankSum=-0.547;SC=AGCTTCTGCTTTTTATGAACC;SOR=0.389;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=15;WE=127755552;WS=127755534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr10	127759943	rs7903316	T	A	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.117;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=382;ReadPosRankSum=2.324;SC=CTTCCTGAGTTCTAGTACTTT;SOR=1.562;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=60;TCF=51;TCR=9;TR=23;WE=127759951;WS=127759933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,23:0.36:64
chr10	127762512	rs138992213	A	G	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=247;ReadPosRankSum=2.178;SC=TAATTGGTATATTACACAGGG;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=20;WE=127762520;WS=127762502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr10	127786969	rs2290842	A	G	2936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	127829012	rs1551678	C	G	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=81;ReadPosRankSum=-1.397;SC=CAACAACTCACTTGAAGTATT;SOR=1.241;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=8;WE=127829020;WS=127829002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr10	127829043	rs71490760	G	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=148;ReadPosRankSum=-1.223;SC=GAGGAGGGGGGTGGATTTCAG;SOR=0.970;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=15;WE=127829051;WS=127829033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr10	127829304	rs17154306	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=118;ReadPosRankSum=0.821;SC=GTCTCATTAAGTGTTTAAACA;SOR=0.363;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=11;WE=127829312;WS=127829294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr10	127843641	rs1466358	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=115;ReadPosRankSum=-0.684;SC=GGATTTATAATAGAACGCCTA;SOR=0.883;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=10;WE=127843649;WS=127843631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr10	127843740	rs1466359	G	T	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=1.115;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,72:0.29:252
chr10	127843756	rs1466360	G	A	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=1.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.243;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,83:0.30:277
chr10	127843921	rs1466361	T	C	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.781;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=34;PP=706;ReadPosRankSum=1.098;SC=CAGAATTGCATTGATACATTG;SOR=0.482;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=185;TCF=77;TCR=108;TR=62;WE=127843929;WS=127843911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,61:0.32:191
chr10	127967660	rs17154652	C	T	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=32;PP=1017;SC=ATAAACGATGCGGTCAACCTA;SOR=1.068;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=64;WE=127967668;WS=127967650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	128019025	rs3740199	C	G	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=39;PP=1448;SC=TCCCCACTCCCAACAGAGGCA;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=53;TCR=40;TR=92;WE=128019033;WS=128019015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr10	128147884	rs7077404	C	A	3163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=3.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.22;ReadPosRankSum=0.713;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,151:0.58:259
chr10	128147954	rs76537259	T	C	3404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.246;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=73;PP=2246;ReadPosRankSum=-1.450;SC=GTAAAGAAGGTAACAGGCATG;SOR=0.743;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=234;TCF=119;TCR=115;TR=139;WE=128147962;WS=128147944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,147:0.60:246
chr10	128148056	rs7098669	T	C	4978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=100;PP=2467;ReadPosRankSum=-0.362;SC=AAGCTGGGAGTGCAGAGGCAA;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=356;TCF=187;TCR=169;TR=215;WE=128148064;WS=128148046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,236:0.61:388
chr10	128153623	rs7079392	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.607;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=165;ReadPosRankSum=0.488;SC=GACTTCTACCGCACATGGTGC;SOR=3.033;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=9;WE=128153631;WS=128153613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr10	128202435	rs1436803	T	C	4667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr10	128209769	rs2099552	T	C	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=12;PP=643;SC=TGGGGCCTCATACAGTACTGG;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=128209777;WS=128209759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	128209797	rs2099553	C	T	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=19;PP=808;SC=AGATACTCAGCGTGGACAGAA;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=53;WE=128209805;WS=128209787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	128209959	rs4962342	G	T	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=23;PP=636;SC=TGTATTTGGCGACATGAAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=128209967;WS=128209949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	128335225	rs2842149	T	C	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=198;ReadPosRankSum=0.972;SC=CAAACAGAAATATTTCCCAAT;SOR=0.439;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=16;WE=128335233;WS=128335215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr10	128806831	rs10542991	ATAACT	A	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.31;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	128821616	rs9418791	T	G	8376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.610;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.550;SC=GGCTCATCTGTAGTGTTTCAG;SOR=0.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=291;TCF=131;TCR=160;TR=290;WE=128821624;WS=128821606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,309:1.00:310
chr10	128821636	rs9418698	C	T	7115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=143;PP=2965;SC=GTTTTACTTGCCAAGTGCTCA;SOR=1.201;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=98;TCR=143;TR=241;WE=128821644;WS=128821626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr10	128822873	rs3818879	A	G	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=10;PP=632;SC=CTGTCCCCCCACATATATAGT;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=128822894;WS=128822863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	128822886	rs3818880	G	A	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=14;PP=954;SC=TATATAGTGGGAGATGTATAT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=50;WE=128822894;WS=128822863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	128830336	rs2275534	G	A	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=279;ReadPosRankSum=-1.689;SC=ATAACAAAGGGTGGCAAAAAT;SOR=0.711;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=21;WE=128830344;WS=128830326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr10	128830409	rs2229597	A	G	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.30;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,62:0.67:92
chr10	128835834	rs77532250	A	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=345;ReadPosRankSum=1.270;SC=GCTACAAAGGAATGGAATATT;SOR=0.551;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=20;WE=128835842;WS=128835824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr10	128836214	rs7085407	G	C	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=12;PP=242;SC=TAGTGACATAGGGATTGGGTG;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=128836222;WS=128836204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	128840842	rs880272	A	G	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=24;PP=1521;SC=TGTGTGGGGGAAGTCCGGTGG;SOR=1.550;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=74;WE=128840850;WS=128840832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	128841245	rs144019822	CAG	C	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.420;NF=3;NR=2;PP=162;ReadPosRankSum=0.544;SC=TATCCTAACACAGGGGTGCAG;SOR=0.883;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=5;WE=128841254;WS=128841235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr10	128841570	rs882052	T	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=92;ReadPosRankSum=-1.839;SC=TTTTTAGTATTGTTTCCCTCT;SOR=0.317;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=9;WE=128841578;WS=128841560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr10	128850789	rs72279241	CA	C	288.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=18.05;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	128850841	rs9418817	T	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.73;ReadPosRankSum=0.891;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr10	128923954	rs1186355	A	C	4870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr10	128925761	rs1153016	A	T	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=2;PP=564;SC=ATTAATAAAAACCCCTGAGTT;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=128925769;WS=128925751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	128926013	rs1060561	A	G	3222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=61;PP=1973;SC=CCATGGGACGAGATTCTGAAC;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=107;WE=128926021;WS=128926003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr10	128952265	rs7068954	A	G	4521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr10	128974621	rs2489386	C	T	3158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=80;PP=2009;ReadPosRankSum=0.311;SC=CACTCTCCGACGTTGTGAGTA;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=403;TCF=208;TCR=195;TR=164;WE=128974629;WS=128974611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,179:0.41:435
chr10	128974713	rs2489385	C	T	3879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=2.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.65;ReadPosRankSum=0.527;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,106:0.45:233
chr10	128974716	rs2489384	A	C,G	7236.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=41;NR=70;PP=2962;SC=ATACACACTCAAGCACCGGCC;SOR=1.336;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=205;TCF=81;TCR=124;TR=111;WE=128974724;WS=128974703;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.55,0.45:220
chr10	129046407	rs3740013	T	C	3280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr10	129137116	rs41282890	G	T	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=17;PP=917;ReadPosRankSum=-0.456;SC=ATATAATTCCGTGATCTTTTC;SOR=0.905;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=55;WE=129137124;WS=129137106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,63:0.69:91
chr10	129179426	rs7099958	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.173;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=83;ReadPosRankSum=-0.541;SC=TTATGAACATTGTAAAAAGGA;SOR=0.193;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=11;WE=129179434;WS=129179416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr10	129179739	rs1998864	T	G	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=549;ReadPosRankSum=2.152;SC=TAACTTAAGGTTTTATGAAAT;SOR=1.408;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=27;WE=129179747;WS=129179729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr10	129183002	rs878563	C	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=302;ReadPosRankSum=-0.819;SC=ACCATTCTGACGTCCCTGGGT;SOR=0.358;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=17;WE=129183023;WS=129182992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr10	129183015	rs878562	T	G	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=9;PP=1310;SC=CCCTGGGTGTTTCCGCCTCGG;SOR=2.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=50;WE=129183023;WS=129182992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	129200964	rs11017876	G	A	5422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=0.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.61;ReadPosRankSum=0.652;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,257:0.60:430
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chr10	129208954	rs11017943	T	G	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.164;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=311;ReadPosRankSum=0.987;SC=TTTCCCTGGCTGGGAGAGGAC;SOR=1.155;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=28;WE=129208962;WS=129208944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,34:0.45:76
chr10	129209084	rs2296628	A	G	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=5.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=2.242;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,76:0.40:189
chr10	129213586	rs3736940	C	T	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.036;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=32;PP=742;ReadPosRankSum=1.142;SC=GCTCATGCCCCGTGGTCACTG;SOR=0.515;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=152;TCF=64;TCR=88;TR=57;WE=129213594;WS=129213576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,63:0.38:168
chr10	129213631	rs3736939	A	G	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=59;PP=1610;SC=TACAGTTCCCATAACCACCCC;SOR=2.120;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=23;TCR=60;TR=82;WE=129213639;WS=129213621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	129216658	rs2229600	T	C	3640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=70;PP=1722;ReadPosRankSum=-0.103;SC=AGAATGCCATTGAGACCATGC;SOR=0.767;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=412;TCF=228;TCR=184;TR=166;WE=129216666;WS=129216648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,188:0.43:439
chr10	129224344	rs41307587	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=210;ReadPosRankSum=-0.677;SC=GAACAGGGACAAGCTTCCAGA;SOR=0.223;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=12;WE=129224352;WS=129224334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr10	129237572	rs1926427	G	A	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=39;PP=1174;SC=CAGGGCTGACGGTGGGCTCTT;SOR=2.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=129237580;WS=129237562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	129242515	rs11371	G	A	13394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,515:1.00:515
chr10	129242555	rs2275053	G	A	8705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=182;PP=2965;SC=TAAGTGGAACGCTCCCCACAT;SOR=1.104;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=312;TCF=130;TCR=182;TR=312;WE=129242563;WS=129242545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr10	129249662	rs2229603	G	A	7547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=160;NR=106;PP=2965;SC=TCGCAAGCAGGCATCGGTGGA;SOR=1.087;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=268;TCF=160;TCR=108;TR=266;WE=129249684;WS=129249652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr10	129249676	rs2229604	C	T	8319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=167;NR=125;PP=2965;SC=CGGTGGACTCCGGGATCGTGC;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=292;TCF=167;TCR=125;TR=292;WE=129249684;WS=129249652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr10	129249693	rs2229605	G	A	15539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.65;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr10	129249701	rs2229606	C	G	15975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr10	129249914	rs3824814	T	C	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=30;PP=935;SC=CGGGATGTGCTATCGTAGTTA;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=129249933;WS=129249904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	129249925	rs10765104	T	C	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=22;PP=680;SC=ATCGTAGTTATCAGAGTTGGG;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=129249933;WS=129249904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	129350641	rs4080381	C	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=213;ReadPosRankSum=-1.349;SC=TATCGCCATACGATTTTGAAA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=11;WE=129350649;WS=129350640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr10	129534475	.	C	CGCGG	142.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.52;ReadPosRankSum=-1.842;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr10	129534476	.	CCA	C	142.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.52;ReadPosRankSum=-1.474;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr10	129534478	rs147236104	A	AGCGCGGC	367.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=6.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.27;ReadPosRankSum=1.063;SOR=0.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr10	129534679	rs4751501	T	C	4460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=46;PP=2424;SC=AGCTTGGCGCTCTCCGCTCTG;SOR=1.130;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=90;TCR=46;TR=136;WE=129534687;WS=129534669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr10	129534722	rs79103670	C	T	2026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.630;HP=6;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=41;PP=1289;ReadPosRankSum=-0.190;SC=AGAAACCTGGCGGGGCCCCGG;SOR=0.430;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=205;TCF=131;TCR=74;TR=97;WE=129534730;WS=129534712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,103:0.46:225
chr10	129534739	rs4751502	C	G	2869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.564;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=41;PP=1721;ReadPosRankSum=-1.629;SC=CCGGACTCCCCGGCTTGGGAA;SOR=0.947;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=237;TCF=150;TCR=87;TR=127;WE=129534747;WS=129534729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,142:0.55:258
chr10	129534864	rs4751503	A	C	12989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=248;NR=215;PP=2965;SC=GGGTTGAGGGAGCGAGGACTC;SOR=0.769;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=463;TCF=248;TCR=215;TR=463;WE=129534872;WS=129534854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
chr10	129535455	rs77244569	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=-1.520;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr10	129536642	rs7085541	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.31;ReadPosRankSum=1.194;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr10	129536648	rs7085544	G	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.76;ReadPosRankSum=1.751;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr10	129834390	rs138694141	G	GT	420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.003;NF=1;NR=10;PP=429;ReadPosRankSum=1.636;SC=CCTACCCTGGGTGTGTACCTC;SOR=0.239;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=11;WE=129834398;WS=129834380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr10	129845547	rs4262642	A	C	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	129845902	rs71474240	G	A	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.140;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=18;PP=643;ReadPosRankSum=0.460;SC=AGGCCTTAGCGCGGCTCAGCC;SOR=0.925;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=137;TCF=83;TCR=54;TR=54;WE=129845910;WS=129845892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,60:0.41:146
chr10	129846010	rs7911904	G	A	7299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
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chr10	129859061	rs28411949	T	C	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.57;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	129859065	rs11016046	T	C	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.97;SOR=2.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	129859769	rs9943332	G	A	209.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=170;SC=GACGTATGAAGTAGGATTTGT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=129859777;WS=129859760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr10	129866558	rs41282864	G	A	3123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.811;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=81;PP=1896;ReadPosRankSum=2.536;SC=TAGGTACGCTGTGGGGGCCAC;SOR=0.544;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=244;TCF=99;TCR=145;TR=142;WE=129866566;WS=129866548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,149:0.58:258
chr10	129866592	rs41282866	C	T	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.010;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=66;PP=1673;ReadPosRankSum=-0.588;SC=CAAGGGCAGGCCACAGTGGGA;SOR=0.552;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=166;TCF=60;TCR=106;TR=106;WE=129866600;WS=129866582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,109:0.63:174
chr10	129869247	rs41282870	G	A	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=424;ReadPosRankSum=2.348;SC=GCCATTGACCGCTTACCCCTG;SOR=0.560;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=30;WE=129869255;WS=129869237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr10	129870293	rs11016049	G	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=139;ReadPosRankSum=-0.317;SC=TTGGCTTTACGTAGTGATTTT;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=9;WE=129870301;WS=129870283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr10	129870622	rs34882498	TA	T	315.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=7.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=0.552;SOR=0.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,29:0.37:79
chr10	129871690	rs2275803	A	G	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=2.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,46:0.32:142
chr10	129871747	rs2275802	C	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=89;ReadPosRankSum=-0.620;SC=TGAGGAGTGCCGCCCAGCCCG;SOR=0.564;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=12;WE=129871755;WS=129871737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr10	129871766	rs3216057	A	AG	402.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr10	129871795	rs11016053	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=-0.587;SOR=0.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr10	129883291	rs4750684	G	T	2416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.910;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=57;PP=1506;ReadPosRankSum=-1.003;SC=AACCCCAGGTGTCCACTGCAG;SOR=0.574;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=287;TCF=154;TCR=133;TR=117;WE=129883299;WS=129883281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,130:0.42:309
chr10	129883370	rs1129205	A	G	12506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.36;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr10	129883370	.	AGACTCTC	GGACTCTA,GGACTCTC	1980	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=83,160;NR=85,154;PP=1980,1778;QD=12.1039754456;SC=CCAGGACGCAAGACTCTCCCC;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=314;TCF=160;TCR=154;TR=168,314;WE=129883385;WS=129883360;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.54:314
chr10	129883377	rs7898794	C	A	3728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=1.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.47;ReadPosRankSum=0.465;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,186:0.57:325
chr10	129897565	rs3781301	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=1.131;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,23:0.29:78
chr10	129899543	rs10082504	C	T	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=430;ReadPosRankSum=-0.945;SC=TTTCTGCACACCTCTTGACAC;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=33;WE=129899551;WS=129899533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,42:0.42:99
chr10	129899578	rs8473	T	C	4387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=51;PP=2251;SC=TGCACAGATTTGCTCTCCAAA;SOR=1.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=93;TCR=52;TR=143;WE=129899586;WS=129899568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr10	129899778	rs11106	G	C	7796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=121;NR=130;PP=2965;SC=TTTGTTCTCAGTGACTTTGTC;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=121;TCR=130;TR=251;WE=129899786;WS=129899768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr10	129900858	rs3191122	C	T	3204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.953;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.240;NF=92;NR=49;PP=2140;ReadPosRankSum=-0.802;SC=TTTCAGGGACCGAGTCTTGTA;SOR=1.135;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=249;TCF=154;TCR=95;TR=141;WE=129900866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,145:0.56:257
chr10	129901393	rs11016071	T	C	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.289;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=19;PP=669;ReadPosRankSum=-1.169;SC=TGCTCTTGGCTGTCTCCTGCT;SOR=1.079;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=165;TCF=103;TCR=62;TR=64;WE=129901401;WS=129901383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,78:0.42:187
chr10	129901501	rs2071496	G	C	3904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.414;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=73;PP=2312;ReadPosRankSum=-0.878;SC=GGTGTGCGTGGTCTCCCCTGA;SOR=0.727;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=273;TCF=149;TCR=124;TR=158;WE=129901509;WS=129901491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,177:0.57:311
chr10	129901722	rs10082432	G	A	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.007;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,44:0.27:163
chr10	129901726	rs10082533	C	T	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.215;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,42:0.27:158
chr10	129901747	rs10764749	C	T	3107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=52;PP=1840;ReadPosRankSum=1.152;SC=TGCTCTTGGCCGTCTCCTGCT;SOR=0.567;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=174;TCF=101;TCR=73;TR=120;WE=129901755;WS=129901737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,133:0.72:185
chr10	129901825	rs10082391	T	C	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=68;PP=1882;ReadPosRankSum=0.779;SC=GATGCCTTTATCTTCACCTGC;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=371;TCF=202;TCR=169;TR=147;WE=129901833;WS=129901815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,157:0.38:408
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chr10	129902158	rs12777740	C	T	2216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=0.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.558;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,124:0.36:341
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chr10	129906980	rs2152143	C	T	8839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=740;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=187;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.145;SC=GTGAACTTGCCGACTGCTAGG;SOR=0.654;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=698;TCF=366;TCR=332;TR=388;WE=129906988;WS=129906970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,413:0.56:737
chr10	129907544	rs2240	G	C	3516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=82;PP=2384;ReadPosRankSum=-1.447;SC=TTTGTCTCCAGAGAAGTCATT;SOR=0.706;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=394;TCF=194;TCR=200;TR=158;WE=129907552;WS=129907534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,177:0.41:429
chr10	129907741	rs2065718	G	A	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=457;ReadPosRankSum=-0.276;SC=CATGTCAATCGAGTATTACAG;SOR=0.850;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=25;WE=129907749;WS=129907731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr10	129910154	rs77248242	C	T	2020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=43;PP=1190;ReadPosRankSum=1.765;SC=TCGATGACACCGGTATGTGTA;SOR=0.630;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=287;TCF=166;TCR=121;TR=99;WE=129910162;WS=129910144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,109:0.34:319
chr10	129910475	rs997983	T	G	3452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=74;PP=1969;ReadPosRankSum=-1.356;SC=CTTCGGCTGATAGACACTCTC;SOR=0.682;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=382;TCF=195;TCR=187;TR=152;WE=129910483;WS=129910465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,174:0.41:421
chr10	129911856	rs11016076	C	G	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.257;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=693;ReadPosRankSum=-0.798;SC=AAGGTATTCCCTCACTCTCAT;SOR=0.950;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=133;TCF=55;TCR=78;TR=54;WE=129911864;WS=129911846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,55:0.40:138
chr10	129911919	rs12255393	T	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=476;ReadPosRankSum=-0.371;SC=ATACCAAGACTAGTGATTTAT;SOR=0.562;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=31;WE=129911927;WS=129911909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr10	129917560	rs2071498	T	C	3589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr10	131265665	rs16906255	T	G	3542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=66;PP=2033;SC=CCGTCGGGTGTGGGGCCGCCC;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=53;TCR=66;TR=119;WE=131265673;WS=131265655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr10	131334789	rs10734087	T	C	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=21;PP=462;SC=CTCAAAACAGTGTGCTGCGAC;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=131334797;WS=131334779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	131639306	rs10674137	T	TCCC	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.399;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr10	131641361	rs35210769	T	TG	740.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=4.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.176;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.788;SOR=1.282;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
chr10	131665885	rs12572694	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=4.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=247;ReadPosRankSum=-1.496;SC=GGGGTGTTCCGTAGCCACCCA;SOR=0.616;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=13;WE=131665893;WS=131665875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr10	131755652	rs36101167	A	AT	423.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=4.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=2.00;ReadPosRankSum=0.593;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,56:0.26:212
chr10	131760352	rs573370	A	G	2380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=18;PP=1313;SC=CACGAGATCCATTTGTCAGTG;SOR=1.714;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=62;TCR=19;TR=80;WE=131760360;WS=131760342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	131904809	rs1177699	C	T	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=27;PP=917;ReadPosRankSum=-0.268;SC=GAATTGATGGCGGATATTTCA;SOR=0.747;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=154;TCF=92;TCR=62;TR=73;WE=131904817;WS=131904799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,87:0.49:178
chr10	131934552	rs2274221	T	C	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr10	131934628	rs2274220	T	C	78.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.28;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	131934894	rs61874388	C	T	88.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	131943423	rs7073590	G	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.573;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=235;ReadPosRankSum=-0.600;SC=CAGTATTTGTGTATTTCCAAA;SOR=0.376;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=17;WE=131943431;WS=131943413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr10	131943719	rs7922450	T	G	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.31;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr10	131943724	rs45503693	T	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.66;ReadPosRankSum=0.985;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
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chr10	132760953	rs11017616	G	C	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.71;ReadPosRankSum=0.333;SOR=0.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
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chr10	132915202	rs2298193	A	G	6350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=116;PP=2965;SC=TCGGTCCTTCAGGAACACAAG;SOR=1.037;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=102;TCR=116;TR=218;WE=132915210;WS=132915192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr10	132944958	rs41282898	C	G	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=666;ReadPosRankSum=1.109;SC=CAGTCGCTCTCGGAGACACTT;SOR=0.719;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=90;TCR=102;TR=64;WE=132944966;WS=132944948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,69:0.33:207
chr10	132961555	rs11416735	C	CA	406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=183;ReadPosRankSum=-0.065;SC=GAGGAATAAACAAATCTCCTG;SOR=0.633;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=9;WE=132961563;WS=132961545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr10	133109602	rs148913526	G	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.044;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr10	133109828	.	GGCTGCCGCCGCCGGGGCTGCTGCTGCTGCA	G	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.187;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.952;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=1;PP=314;ReadPosRankSum=-1.154;SC=CCAGAGGAGAGGCTGCCGCCG;SOR=1.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=1;WE=133109865;WS=133109818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr10	133109961	rs4993310	G	A	196.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.41;ReadPosRankSum=0.558;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr10	133607892	rs4897739	T	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr10	133607904	rs4897781	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.77;ReadPosRankSum=-2.658;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr10	133607937	rs4897782	G	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.58;ReadPosRankSum=-0.369;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr10	133607947	rs4897740	T	G	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.19;ReadPosRankSum=-1.324;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr10	133608210	rs4897741	A	G	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=39;PP=1176;ReadPosRankSum=1.346;SC=GGCCCAGGGCACAGGCTGCAT;SOR=0.667;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=146;TCF=80;TCR=66;TR=84;WE=133608218;WS=133608200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,92:0.56:165
chr10	133608237	rs4897783	G	A	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=41;PP=1138;ReadPosRankSum=0.253;SC=AGGCCCCTCCGCAGAGAGGCG;SOR=0.793;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=155;TCF=84;TCR=71;TR=93;WE=133608245;WS=133608227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,103:0.60:171
chr10	133608291	rs4897742	TT	GG	4273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.829;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=45;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.849;SC=CTGGCTGGGCTTCTGCACAGT;SOR=0.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=85;TCR=80;TR=93;WE=133608300;WS=133608281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,108:0.58:185
chr10	133608495	rs4897744	A	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=445;ReadPosRankSum=0.501;SC=GGTGGCCACGACTTTGAGGAC;SOR=0.671;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=29;WE=133608503;WS=133608485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr10	133761285	rs34473884	G	A	4255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=95;PP=2524;ReadPosRankSum=-0.567;SC=TTGCTGGAACGGTTCGGATAG;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=291;TCF=145;TCR=146;TR=187;WE=133761293;WS=133761275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,203:0.63:322
chr10	133786586	rs1050704	T	C	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.484;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=48;PP=1043;ReadPosRankSum=1.504;SC=TTTCAGAAGCTCTGTTGGTAT;SOR=1.027;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=222;TCF=100;TCR=122;TR=81;WE=133786594;WS=133786576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,87:0.36:244
chr10	133931090	rs147938166	GGCAGGGGCGGGCGTGGGCGAGGGTGCAGGGGCGGGCGTGGGCGAGGGT	G	433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.083;NF=1;NR=4;PP=2301;ReadPosRankSum=-0.513;SC=TACGTGGGCAGGCAGGGGCGG;SOR=0.072;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=5;WE=133931145;WS=133931080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr10	133946747	rs117235382	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=242;ReadPosRankSum=0.444;SC=GCAGGGCTGCGCCCGTTTCTA;SOR=0.848;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=15;WE=133946755;WS=133946737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr10	133948439	rs11146206	C	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=269;ReadPosRankSum=1.516;SC=GAGGTAAAGGCGCGCGTCCCA;SOR=1.096;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=19;WE=133948447;WS=133948429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr10	133948456	rs2637643	C	T	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=37;NR=17;PP=896;SC=CCCACGGCAGCGTTTTTGTTC;SOR=1.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=54;WE=133948464;WS=133948446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	133948634	rs2814182	T	C	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=33;PP=814;SC=AGGACCGCAATGCATTGCTGT;SOR=1.240;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=60;WE=133948642;WS=133948624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	133948689	rs2637644	C	T	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	133951501	rs57086821	CA	C	2027.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=11;PP=1363;SC=GGTGTGGGGACAAGCCAGCCC;SOR=1.692;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=133951509;WS=133951491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	133951707	rs2814179	G	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=414;ReadPosRankSum=-0.942;SC=ACCGGCACGTGCGGAGAGTAC;SOR=0.575;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=14;WE=133951726;WS=133951697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,17:0.25:68
chr10	133951718	rs2637646	G	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=414;ReadPosRankSum=-0.487;SC=CGGAGAGTACGCCGGGTGTGT;SOR=0.492;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=12;WE=133951726;WS=133951697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
chr10	133954011	rs2818387	C	T	4365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr10	133954111	rs9733324	G	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.572;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=314;ReadPosRankSum=-0.994;SC=CCGGGTCCTGGGCTTGGAGGA;SOR=1.476;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=25;WE=133954119;WS=133954101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr10	133955427	rs11592585	A	G	5377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.160;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.734;NF=128;NR=108;PP=2804;ReadPosRankSum=-1.865;SC=TCTCCAGGGCATGGCCAAGGA;SOR=0.700;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=366;TCF=195;TCR=171;TR=236;WE=133955435;WS=133955417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,262:0.65:401
chr10	133955569	rs5789117	C	CCG	4395.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=42;PP=2391;SC=GTGACTTCCACCGCGCGTTCC;SOR=1.566;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=68;TCF=9;TCR=59;TR=50;WE=133955577;WS=133955559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr10	133958541	rs2637627	C	T	4968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr10	133958734	rs139018463	TG	T	1707.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=27;PP=1325;SC=GGGGCACACGTGGGTGGGAGG;SOR=1.270;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=33;WE=133958742;WS=133958724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	133961494	rs2818384	C	T	4686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr10	133961564	rs2818383	T	C	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=68;PP=1583;SC=GGTAGCTGAGTGGATGGCCAG;SOR=1.143;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=51;TCR=68;TR=119;WE=133961572;WS=133961554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	133961636	rs111344225	C	CTGAACA	859.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=14;PP=913;SC=ACACAAAGCCCTGAACATGAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=14;WE=133961644;WS=133961626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	133963042	rs112941338	GC	G	3715.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=132;PP=2974;SC=TGCCCACTCCGCCCCCACCTC;SOR=3.376;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=136;TCF=0;TCR=136;TR=132;WE=133963050;WS=133963032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr10	133963096	.	C	CT	1898	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=1.0000;HP=5;HapScore=1;MGOF=45;MMLQ=23;MQ=55.16;NF=0;NR=44;PP=1898;QD=43.7272727273;SC=GCCCCACCCCCCTCCGCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=44;WE=133963104;WS=133963086;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr10	133963466	rs9419380	A	G	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr10	133967593	rs7906747	C	T	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=38;PP=1076;SC=CCCATGTGGGCCAGGTCGCAG;SOR=2.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=47;WE=133967601;WS=133967583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	133976706	rs12776458	G	T	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	133981361	.	C	CCTCTCGG	2006.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.52;QD=54.24;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	133981368	rs45456394	G	C	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=69.15;QD=40.85;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	133981682	rs4880338	G	A	6836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.397;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.680;SC=TCTCCGGGACGGGCCTGGCCT;SOR=0.517;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=113;TCR=121;TR=233;WE=133981690;WS=133981672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,257:1.00:258
chr10	134000498	rs71905561	TCCCCCCGCCCGC	T	4344.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=158;PP=2975;SC=GGCTCACGCGTCCCCCCGCCC;SOR=5.913;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=163;TCF=0;TCR=163;TR=158;WE=134000521;WS=134000488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	134010224	rs1552681	C	G	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=4;PP=841;SC=GGGACTGCTCCCAGGGCTGGC;SOR=3.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=41;WE=134010232;WS=134010214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	134013856	rs871883	G	T	10961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=237;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.690;SC=GCCTCGTGCTGCAGGGGTGGT;SOR=0.480;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=388;TCF=238;TCR=150;TR=386;WE=134013864;WS=134013846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,404:1.00:405
chr10	134013990	rs2247705	G	A	20866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=793;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.35;ReadPosRankSum=-0.583;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,790:1.00:792
chr10	134014653	rs11592988	T	C	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=18;PP=414;SC=CTCAGACACGTGGTTCTGGCC;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=24;WE=134014661;WS=134014643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	134016115	rs2637629	G	A	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=5;PP=575;SC=GGGCCCCAGCGTGGAGGCACT;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=134016123;WS=134016105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	134016396	rs3736258	G	A	3915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=83;PP=2450;SC=GGCCCAGAACGCACCCCTGGT;SOR=1.202;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=57;TCR=83;TR=140;WE=134016404;WS=134016386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr10	134017295	rs12313	A	G	4583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=106;NR=72;PP=2965;SC=TGCCCCGTGGACTGTATGACG;SOR=0.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=106;TCR=72;TR=178;WE=134017303;WS=134017285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr10	134021740	rs923659	G	A	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=48;PP=1373;SC=GGCTCATGGGGTAGGCCATGG;SOR=1.581;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=74;WE=134021748;WS=134021730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	134021810	rs923660	T	C	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=21;PP=629;SC=ATGCTCCCGATACACTGGCAG;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=134021818;WS=134021800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	134036053	rs2814197	G	A	2085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.38;SOR=2.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	134036057	rs2637635	C	T	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.86;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	134036073	rs2814196	G	A	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=16;PP=1284;SC=GTCCCCACACGCCTTGCTCGG;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=64;WE=134036081;WS=134036063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	134036193	rs2818401	A	G	7987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=153;NR=122;PP=2965;SC=TCTTGGCCAGACGCTTCTTCT;SOR=0.761;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=275;TCF=153;TCR=122;TR=275;WE=134036201;WS=134036183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr10	134036596	rs1994688	G	C	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=7;NR=9;PP=265;SC=CACCAAGCCTGAGGTTCAGAA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=134036604;WS=134036586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr10	134039132	rs2130893	G	C	7198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=160;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.679;SC=TGTGCAGAGAGGGGTCAGGTG;SOR=0.638;SbPval=0.49;Source=Platypus;TCF=257;WE=134039140;WS=134039122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,343:0.62:553
chr10	134039242	rs2130894	C	T	3701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=1.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.52;ReadPosRankSum=2.147;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,160:0.63:255
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chr10	134180248	rs10870299	C	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.065;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=4;PP=623;ReadPosRankSum=-1.242;SC=CCCCAGAGCACGCAGCACTGT;SOR=0.211;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=56;TCF=51;TCR=5;TR=35;WE=134180256;WS=134180238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr10	134218269	rs11146363	C	T	5891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=115;NR=141;PP=2965;SC=CCCTCCTGCCCGCGGGGTTCA;SOR=1.304;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=276;TCF=134;TCR=142;TR=256;WE=134218277;WS=134218259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr10	134218296	rs10747057	C	G	4777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=40.020;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.200;NF=72;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=1.277;SC=CGAGACCACCCGCCCCGAGCC;SOR=1.963;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=235;TCF=93;TCR=142;TR=213;WE=134218304;WS=134218283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,203:0.95:213
chr10	134237240	rs1881746	T	C	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.012;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=1136;ReadPosRankSum=0.386;SC=GCTGTGTGTGTGTGTGTGGCT;SOR=1.312;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=22;WE=134237284;WS=134237221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr10	134237249	rs150298334	C	CTGTG	564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=5.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=1.058;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr10	134237276	rs1574449	T	G	1268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=2.192;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,45:0.38:118
chr10	134237425	rs1574448	A	G	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=661;ReadPosRankSum=-0.422;SC=TGCCAGCTTCAGCCTGAAGAG;SOR=0.607;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=65;TCR=83;TR=58;WE=134237433;WS=134237415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,59:0.39:151
chr10	134239228	rs12775406	T	C	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=1.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-0.562;QD=7.48;ReadPosRankSum=-1.973;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,115:0.51:227
chr10	134459388	rs1133400	A	G	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.261;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=13;PP=555;ReadPosRankSum=0.614;SC=CACACACACAAGCCGCACTTC;SOR=1.056;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=116;TCF=78;TCR=38;TR=47;WE=134459396;WS=134459378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,53:0.40:133
chr10	134594490	rs375104298	G	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=1.266;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.327;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr10	134598628	rs2804003	A	G	5257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=88;PP=2965;SC=CGCCATCTCCACCGCGTGCCG;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=86;TCR=88;TR=174;WE=134598636;WS=134598618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr10	134622408	rs2767434	T	C	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=677;ReadPosRankSum=1.595;SC=AGAAGCCTCGTCTGTGGAGAA;SOR=0.806;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=117;TCF=50;TCR=67;TR=47;WE=134622416;WS=134622398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,53:0.40:132
chr10	134622507	rs2767431	A	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=-0.564;SC=CAGCTGCTCCAACTGAGGGCG;SOR=0.836;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=9;WE=134622515;WS=134622497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr10	134623959	rs2254419	T	C	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.488;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,102:0.32:316
chr10	134624225	rs12416624	G	A	2525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=5.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.70;ReadPosRankSum=-0.667;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,69:0.57:122
chr10	134624232	rs12416631	G	C	2429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=5.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.50;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,62:0.55:113
chr10	134626453	rs3750586	C	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.942;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=398;ReadPosRankSum=1.474;SC=CTGTACCAGACCCCACCGTGC;SOR=0.855;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=28;WE=134626461;WS=134626443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,31:0.36:85
chr10	134626473	rs55790128	G	A	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=36;PP=763;ReadPosRankSum=-1.522;SC=CGTTCTTAAAGCAGGCCACAT;SOR=0.535;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=8;TCR=55;TR=41;WE=134626481;WS=134626463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,41:0.64:64
chr10	134627593	rs11146529	G	A	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.391;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=484;ReadPosRankSum=1.205;SC=GGGGGCAGTGGCTCCCCGCTG;SOR=2.011;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=59;TCF=50;TCR=9;TR=26;WE=134627601;WS=134627583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr10	134627882	rs7070307	G	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=389;ReadPosRankSum=0.657;SC=TGCCATGCCCGGGTGGGGTGA;SOR=0.957;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=23;WE=134627890;WS=134627872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr10	134646539	rs4880431	C	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=187;ReadPosRankSum=1.715;SC=TGCAGTGGCGCCATCTCAGCT;SOR=1.022;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=12;WE=134646547;WS=134646529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr10	134646988	rs4880433	C	T	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.625;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=39;PP=976;ReadPosRankSum=0.344;SC=TGTCTGTCTGCGACCAGGACT;SOR=0.342;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=124;TCF=48;TCR=76;TR=69;WE=134646996;WS=134646978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,73:0.56:130
chr10	134647453	rs3750583	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.398;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=226;ReadPosRankSum=1.450;SC=CTGACCCCCCCTGGCGTTCCC;SOR=2.494;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=14;WE=134647461;WS=134647443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
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chr10	134648048	rs3793688	C	T	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.42;ReadPosRankSum=-1.017;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,82:0.59:138
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chr10	134664875	rs7913626	A	G	2569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=66;PP=1636;ReadPosRankSum=0.362;SC=ACATCCCCACAACTTGGATGA;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=75;TCR=97;TR=117;WE=134664883;WS=134664865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,118:0.67:177
chr10	134672798	rs2001324	G	T	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=681;ReadPosRankSum=-0.312;SC=CCCCAGGGCCGCGTCAGGGCT;SOR=0.540;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=11;TCR=47;TR=37;WE=134672806;WS=134672788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,39:0.62:63
chr10	134674327	.	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=1.617;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,17:0.23:74
chr10	134681093	rs4880454	C	T	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.632;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=41;PP=1179;ReadPosRankSum=2.310;SC=GAAACGCAAACGAAAACAGCC;SOR=0.354;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=128;TCF=62;TCR=66;TR=87;WE=134681101;WS=134681083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,94:0.67:141
chr10	134682855	rs7908950	C	T	1808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.39;ReadPosRankSum=-0.375;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,91:0.62:146
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chr10	134706077	rs7076681	C	T	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.633;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=54;PP=1259;ReadPosRankSum=-0.833;SC=AATGTTGTACCGGCCACTATT;SOR=0.810;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=141;TCF=57;TCR=84;TR=89;WE=134706085;WS=134706067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,97:0.63:155
chr10	134722022	rs7075277	A	G	3313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=61;PP=1753;ReadPosRankSum=-0.470;SC=CCCTGTGAGCACAGGCCATGG;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=123;TCR=99;TR=136;WE=134722030;WS=134722012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,161:0.62:260
chr10	134723390	rs10870353	A	G	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.37;SOR=2.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	134723394	rs11146582	A	G	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=2.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	134726108	rs72401137	CCTCTCTCTCT	C	1701.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.03;ReadPosRankSum=0.991;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,50:0.74:68
chr10	134726335	rs12254100	T	C	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.753;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=392;ReadPosRankSum=-1.508;SC=CTGGGAGACATGCTTGTCAGA;SOR=2.062;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=29;WE=134726343;WS=134726325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr10	134726369	rs56300950	T	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=141;ReadPosRankSum=0.895;SC=CCCGCAGGCCTCGCCCCGATC;SOR=1.368;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=11;WE=134726377;WS=134726359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr10	134726621	rs4880467	G	C	3585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=45;PP=2005;ReadPosRankSum=0.914;SC=TCTGCCGCCCGGCCAGGATCA;SOR=0.668;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=206;TCF=142;TCR=64;TR=135;WE=134726629;WS=134726611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,152:0.64:237
chr10	134726841	rs61863089	G	T	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=2.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=0.446;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,88:0.55:161
chr10	134733109	rs34347971	A	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.846;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=246;ReadPosRankSum=-0.343;SC=TGGCGGGTGCATGTCCCAGGG;SOR=0.048;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=16;WE=134733117;WS=134733099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr10	134733131	rs35970466	T	C	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.929;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=216;ReadPosRankSum=-1.174;SC=CGGGCGCAGCTCTCCGCTCTC;SOR=0.045;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=13;WE=134733139;WS=134733121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr10	134735672	rs7915371	A	G	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.95;ReadPosRankSum=0.448;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,87:0.58:149
chr10	134736026	rs4880286	G	A	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=540;ReadPosRankSum=-2.105;SC=CGCGCTCAGGGGCCTGGTATA;SOR=0.808;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=32;WE=134736034;WS=134736016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr10	134736052	rs4880287	G	T	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=594;ReadPosRankSum=0.263;SC=GTGCACAGACGCAGCCGGGTG;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=34;WE=134736060;WS=134736042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,37:0.41:91
chr10	134736076	rs4880288	T	G	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.498;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=591;ReadPosRankSum=0.297;SC=GCCATCTGGATCCTGTCCCGG;SOR=0.881;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=43;WE=134736084;WS=134736066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,50:0.43:116
chr10	134738133	rs140844351	C	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.377;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=416;ReadPosRankSum=1.769;SC=GGGCCACCTTCTCCTCCTCTG;SOR=1.877;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=25;WE=134738141;WS=134738123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr10	134738232	rs4075501	A	G	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=31;PP=900;ReadPosRankSum=-1.540;SC=CCGCAACGCCAGCCAGGGGCT;SOR=0.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=73;WE=134738240;WS=134738222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,80:0.55:146
chr10	134740393	rs4295969	C	T	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=13;PP=600;ReadPosRankSum=1.053;SC=CACCTGAGAGCGGCACGGGAG;SOR=0.573;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=72;TCR=25;TR=48;WE=134740401;WS=134740383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,52:0.51:101
chr10	134740618	rs7071677	G	C	3333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.757;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=86;PP=2340;ReadPosRankSum=1.048;SC=CCTTACAAAAGCTGGGGAGCA;SOR=0.868;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=250;TCF=107;TCR=143;TR=143;WE=134740626;WS=134740608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,149:0.57:262
chr10	134740895	.	G	A	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.542;ClippingRankSum=0.000;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.104;NF=54;NR=54;PP=1243;ReadPosRankSum=0.887;SC=GCAGGTCCTCGGCGGCAGACG;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=289;TCF=143;TCR=146;TR=108;WE=134740903;WS=134740885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,119:0.42:281
chr10	134741099	rs11146048	A	G	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=541;ReadPosRankSum=-0.845;SC=CCATGCCACTAAGGAAGCCAT;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=29;WE=134741107;WS=134741089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr10	134748331	rs12781609	C	T	1859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=37;PP=960;ReadPosRankSum=-0.499;SC=CAGAATGACACTGATGTCACC;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=55;TCR=57;TR=73;WE=134748339;WS=134748321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,86:0.65:132
chr10	134750604	rs10870211	C	A	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=26;PP=754;SC=TCAAACAATTCGGTAGAGGTT;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=134750612;WS=134750594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	134752007	rs60993054	TC	T	718.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=5;PP=317;SC=GGAACTCCCGTCCCCCCCCCG;SOR=1.697;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=17;WE=134752015;WS=134751997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	134755298	rs4880292	C	G	3017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=69;PP=2142;SC=GCACCACGGGCCCGCTTTCAG;SOR=1.241;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=44;TCR=69;TR=113;WE=134755306;WS=134755288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	134756013	rs7898115	T	C	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.07;ReadPosRankSum=-0.593;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,79:0.57:138
chr10	134884762	rs150796368	G	A	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=1060;ReadPosRankSum=-0.251;SC=AGCCAGGGAGGAGAGAGCACA;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=70;WE=134884770;WS=134884752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,78:0.74:105
chr10	134981690	rs2998152	T	C	5449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=0.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.35;ReadPosRankSum=-0.909;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,240:0.68:355
chr10	134981837	rs2998151	T	C	4855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.479;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=122;PP=2413;ReadPosRankSum=-1.217;SC=GTGGGGGTAATGTGCCACACC;SOR=0.869;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=379;TCF=175;TCR=204;TR=218;WE=134981845;WS=134981827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,239:0.58:414
chr10	134981942	rs3008303	C	T	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=676;ReadPosRankSum=1.555;SC=GGAGCGGAGCCGCTGCTGCCC;SOR=0.574;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=102;TCF=30;TCR=72;TR=46;WE=134981950;WS=134981932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,51:0.48:107
chr10	134997480	rs57510763	C	T	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=389;ReadPosRankSum=0.007;SC=TCGAGTCCTTCGGAGCGCTGC;SOR=0.629;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=31;WE=134997488;WS=134997470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,45:0.46:98
chr10	134997514	rs67800134	A	G	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.823;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=1185;ReadPosRankSum=0.438;SC=GAACCCACACACGTGCATCCT;SOR=0.866;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=24;WE=134997532;WS=134997504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr10	134997524	rs138319019	T	TCTTG	1279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=3;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=1177;ReadPosRankSum=1.036;SC=ACGTGCATCCTCATGCACATA;SOR=0.890;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=13;WE=134997532;WS=134997504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
chr10	134999602	rs3008393	G	C	5150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=75;PP=2965;SC=AGTCTGAGACGAGCCGGGGCC;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=95;TCR=75;TR=170;WE=134999610;WS=134999592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr10	135000148	rs3810965	T	C	2567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=1.083;SC=CAGAAGGAGCTAGGCAGCTGG;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=362;TCF=160;TCR=202;TR=134;WE=135000167;WS=135000138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,143:0.37:388
chr10	135000159	rs3810964	A	G	2533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.835;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.042;SC=AGGCAGCTGGAAAGTGCAGCC;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=335;TCF=140;TCR=195;TR=129;WE=135000167;WS=135000138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,135:0.38:357
chr10	135012162	rs2998139	T	C	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=2.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.167;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,62:0.44:140
chr10	135012429	rs3008390	TT	AC	4844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.860;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.68;ReadPosRankSum=-0.297;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,132:0.40:330
chr10	135012652	rs3008388	T	C	4144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=112;PP=2151;ReadPosRankSum=-1.521;SC=CCTGCGTGGATGCCTCGCCAC;SOR=0.607;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=430;TCF=196;TCR=234;TR=205;WE=135012660;WS=135012642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,217:0.47:457
chr10	135015427	rs9418941	C	A	2523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.457;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=50;PP=1627;ReadPosRankSum=-1.570;SC=TTGGCACTGCCGGGTGGGGCA;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=238;TCF=136;TCR=102;TR=119;WE=135015435;WS=135015417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,125:0.49:254
chr10	135015667	rs9419023	C	T	3857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FS=3.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.24;ReadPosRankSum=-2.648;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:323,210:0.39:533
chr10	135016089	rs3008386	T	C	4118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=92;PP=2522;ReadPosRankSum=0.236;SC=GAACCTCTCCTACCACCGTCT;SOR=0.690;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=523;TCF=277;TCR=246;TR=198;WE=135016097;WS=135016079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:357,220:0.38:577
chr10	135016175	rs3008385	T	G	2743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.164;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=86;PP=1819;ReadPosRankSum=-2.770;SC=TCCTCCTTGCTCCTCTCCTGC;SOR=0.800;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=445;TCF=209;TCR=236;TR=158;WE=135016183;WS=135016165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,160:0.34:469
chr10	135020315	rs3008375	T	C	4560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=64;PP=2625;SC=TCCGAGACCCTGGCTGCAGGC;SOR=0.970;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=93;TCR=64;TR=156;WE=135020323;WS=135020305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr10	135032376	rs3008370	A	G	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=1.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=2.097;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,76:0.34:226
chr10	135038088	rs11597218	C	T	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.917;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=9;PP=725;ReadPosRankSum=1.196;SC=CCTAAGAACGCGGGGGGACTC;SOR=0.978;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=86;TCF=69;TCR=17;TR=50;WE=135038096;WS=135038078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,55:0.57:97
chr10	135044009	rs11599284	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.560;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=303;ReadPosRankSum=1.652;SC=GCTGCTGCTGGGGACGCTGCT;SOR=1.594;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=18;WE=135044017;WS=135043999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr10	135051562	rs2998143	A	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.485;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,19:0.29:65
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chr10	135053604	rs9418952	G	A	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=539;ReadPosRankSum=-0.687;SC=ACCCCTGTCCGGGCCCCAGGC;SOR=0.678;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=43;WE=135053612;WS=135053594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,44:0.44:100
chr10	135053710	rs74164127	C	A	3378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=2.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.85;ReadPosRankSum=0.658;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,95:0.39:244
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chr10	135053773	rs9418953	G	A	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.992;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=655;ReadPosRankSum=-2.228;SC=GGGCCCCGGGGCCTGTGTGCT;SOR=0.368;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=138;TCF=70;TCR=68;TR=62;WE=135053781;WS=135053763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,67:0.44:154
chr10	135061112	rs12355840	C	T	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=12.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.064;QD=8.97;ReadPosRankSum=1.357;SOR=1.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,84:0.46:181
chr10	135076523	rs2995300	C	A	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=522;ReadPosRankSum=-0.879;SC=TAGATGCATTCCTGAGGTTAG;SOR=0.629;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=34;WE=135076531;WS=135076513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr10	135076584	rs34253049	T	C	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.508;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=27;PP=2614;ReadPosRankSum=-0.439;SC=CGGCACTAGCTGGACCGTGGA;SOR=0.982;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=152;TCF=99;TCR=53;TR=80;WE=135076604;WS=135076574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,91:0.51:178
chr10	135076596	rs2230576	T	C	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=31;PP=2614;ReadPosRankSum=0.683;SC=GACCGTGGAATGCTGGAACGC;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=178;TCF=115;TCR=63;TR=90;WE=135076604;WS=135076574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,102:0.50:204
chr10	135076758	rs3008318	T	C	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=912;ReadPosRankSum=-1.517;SC=GAAAAGATAATTGATGTTGAA;SOR=0.658;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=76;TCF=22;TCR=54;TR=50;WE=135076766;WS=135076748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,56:0.68:82
chr10	135076903	rs3121298	A	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=0.174;SC=GGCAGTCACAATATATACAGC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=8;WE=135076911;WS=135076893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr10	135077121	rs3216041	C	CGTCAGCCCCGTGGGGAGGCCGTGCCACT	524.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=8.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=2.759;QD=20.18;ReadPosRankSum=0.557;SOR=3.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr10	135077311	rs2995301	C	G	3413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=2.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.46;ReadPosRankSum=-1.163;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,160:0.58:274
chr10	135081684	rs2995309	T	C	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	135081754	rs11101672	G	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=213;ReadPosRankSum=0.207;SC=ATGAGAGACAGACAGGCCCAG;SOR=0.527;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=14;WE=135081762;WS=135081744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr10	135082346	rs2275720	A	G	7367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,348:0.59:592
chr10	135082810	rs2995310	C	T	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.443;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,77:0.53:144
chr10	135082874	rs2995311	G	A	3223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=69;PP=1947;ReadPosRankSum=1.452;SC=CCGGGCCCGCGGCTTCTGCCT;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=272;TCF=148;TCR=124;TR=148;WE=135082882;WS=135082864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,159:0.53:298
chr10	135083164	rs2275719	C	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.743;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=331;ReadPosRankSum=2.679;SC=CCACATGCGCCGACGGCGAGG;SOR=0.205;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=22;WE=135083172;WS=135083154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr10	135083812	rs885023	C	A	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.45;ReadPosRankSum=-2.851;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,44:0.60:73
chr10	135084232	rs5789159	C	CAGA	3020.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.458;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=1658;ReadPosRankSum=1.972;SC=AGGGCGGTCTCAGCTCACCTG;SOR=0.907;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=34;WE=135084240;WS=135084222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,74:0.58:128
chr10	135084322	rs3008321	A	G	2898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.829;NF=69;NR=42;PP=1827;ReadPosRankSum=-0.725;SC=GTGGGACCAGAAGCGGGTTAG;SOR=0.653;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=188;TCF=122;TCR=66;TR=111;WE=135084330;WS=135084312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,128:0.60:214
chr10	135084601	rs2995314	T	C	5076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.86;ReadPosRankSum=-0.729;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,249:0.58:428
chr10	135085321	rs1131720	C	T	2673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=11.57;ReadPosRankSum=0.438;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,133:0.58:231
chr10	135085426	rs1131719	A	G	6088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.734;SC=GGGCCATGGTACAGGCCACGC;SOR=0.671;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=454;TCF=245;TCR=209;TR=261;WE=135085434;WS=135085416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,279:0.57:486
chr10	135085754	rs1131718	G	A	6267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.00;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,294:0.61:482
chr10	135086380	rs3008324	C	T	4390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=8.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=-0.001;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,215:0.66:325
chr10	135087431	rs41283315	C	G	3097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.068;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=66;PP=1875;ReadPosRankSum=0.218;SC=ACCTGCCCGCCCAGCTGCTCC;SOR=0.566;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=241;TCF=134;TCR=107;TR=140;WE=135087439;WS=135087421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,152:0.57:267
chr10	135087521	rs3008326	G	A	3675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=83;PP=2179;ReadPosRankSum=0.594;SC=TGTAGCCGGAGCCCAGCAGGT;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=331;TCF=177;TCR=154;TR=173;WE=135087529;WS=135087511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,187:0.51:364
chr10	135089035	rs2275725	A	G	3040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.527;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=65;PP=1799;ReadPosRankSum=-0.162;SC=GGCAGACGCCACGGCAACACG;SOR=0.495;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=227;TCF=114;TCR=113;TR=134;WE=135089043;WS=135089025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,146:0.58:253
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chr10	135096784	rs2995325	A	G	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.286;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=43;PP=961;ReadPosRankSum=-0.747;SC=CGGGCCCTGCATGCGCACGTG;SOR=0.530;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=75;TCF=11;TCR=64;TR=51;WE=135096792;WS=135096774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,54:0.67:81
chr10	135097224	rs56403249	T	G	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.16;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr10	135097227	.	CGCA	C	658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.34;ReadPosRankSum=0.280;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr10	135097232	.	T	TCG	701.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.47;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr10	135097434	rs2995326	A	G	2669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=56;PP=1473;ReadPosRankSum=1.597;SC=CCATCACTTCAAACATCATGT;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=99;TCR=98;TR=112;WE=135097442;WS=135097424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,128:0.58:221
chr10	135098672	rs3008334	G	A	3788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=72;PP=2215;ReadPosRankSum=-1.179;SC=CGTGCTTGCAGTAGAACATGT;SOR=0.655;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=267;TCF=155;TCR=112;TR=167;WE=135098680;WS=135098662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,187:0.63:295
chr10	135098830	rs3008335	T	C	5013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=1.188;SC=CGTGAATCTCTCGGACACTGA;SOR=0.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=371;TCF=199;TCR=172;TR=213;WE=135098838;WS=135098820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,232:0.58:402
chr10	135098845	rs2995327	C	T	4963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.763;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=97;PP=2858;ReadPosRankSum=1.116;SC=CACTGAAGGCCGGGGAGAGCC;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=362;TCF=192;TCR=170;TR=206;WE=135098853;WS=135098835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,227:0.57:395
chr10	135103311	rs141370078	C	CGCCCGCTGCGCCGCGGACGCCAAGTCCCT	1705.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.903;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.089;NF=7;NR=5;PP=2969;ReadPosRankSum=-2.810;SC=CCCAAGTCCCCGCCCGCTGCG;SOR=3.090;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=12;WE=135103319;WS=135103301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr10	135105889	.	C	T	381	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=95;MMLQ=27;MQ=42.88;NF=12;NR=3;PP=381;QD=27.7180808365;SC=CCCGTGTCCCCGTGTCCCGGG;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=15;WE=135105897;WS=135105874;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr10	135112940	rs2298120	C	T	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=7;PP=435;SC=CCTGCTGCAGCGTGGAGCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=135112948;WS=135112930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	135122507	rs3008357	G	A	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	135122723	rs146063105	AGGCGGGACCTGAGGTGGTGG	A	2081.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.76;QD=43.37;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	135138237	.	GGCTGGGGCTGGGGTGGGGAT	G	339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=42.47;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	135139635	rs2275723	G	A	6380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=105;PP=2965;SC=CTGCGGGAGGGGCCGGGTCAG;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=216;TCF=110;TCR=106;TR=215;WE=135139643;WS=135139625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr10	135165790	rs4369319	A	G	9862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=202;NR=158;PP=2965;ReadPosRankSum=0.289;SC=ACCCTGGGCCATGTCCTGAGT;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=362;TCF=203;TCR=159;TR=360;WE=135165798;WS=135165780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,381:0.99:383
chr10	135171364	rs1891372	T	C	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=319;SC=GGGGTCCCCGTGCAAGCCTCG;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=135171372;WS=135171354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	135178087	rs10745294	A	C	3649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=85;NR=36;PP=2162;SC=TTAATGATAAAATTTAAAAGG;SOR=1.510;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=85;TCR=36;TR=121;WE=135178095;WS=135178077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr10	135179458	rs6537598	G	C	4778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=62;PP=2965;SC=CCTCTCCAGTGTCTTCCTGGC;SOR=1.153;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=102;TCR=62;TR=164;WE=135179466;WS=135179448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr10	135180430	rs2230261	A	G	6433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr10	135184126	rs1049951	G	A	5868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=73;PP=2965;SC=CTCCTCGAAGGTCTTCAGGGC;SOR=1.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=126;TCR=73;TR=199;WE=135184134;WS=135184116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr10	135192762	rs12250188	C	G	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=4;PP=203;SC=CTCCGGCCTCCTCCGAGAGCT;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=135192770;WS=135192752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	135194890	rs10745295	A	G	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=17;PP=1178;SC=GTGGGAACTCAGAGCACGTAT;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=73;WE=135194898;WS=135194880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	135197419	rs4240520	G	A	2358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=28;PP=1612;SC=GGACTTCCGTGGAGGGCTTTA;SOR=1.504;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=85;WE=135197427;WS=135197409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	135202379	rs57719627	T	C	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=4;PP=661;SC=GGGCTCTCTTTCTCCATGCAG;SOR=3.334;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=28;WE=135202387;WS=135202369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	135202594	rs10776679	T	C	4894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr10	135204669	rs72868316	G	A	4284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=115;PP=2756;ReadPosRankSum=0.017;SC=GTGGGTACACGTGAGCCCTTT;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=587;TCF=296;TCR=291;TR=230;WE=135204677;WS=135204659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:365,231:0.39:596
chr10	135204799	rs6537600	C	T	9031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=151;NR=158;PP=2965;SC=CATTCTAACCCTGGCTCTTCT;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TR=309;WE=135204807;WS=135204789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr10	135204950	rs1046175	C	G	5103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=95;PP=2965;SC=AGCCCAGGCCCAGGCTCTAGC;SOR=1.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=78;TCR=95;TR=173;WE=135204958;WS=135204940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr10	135205009	rs1046178	C	G	4526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=80;PP=2638;SC=GGCTGGGACCCTCATTTCTTC;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=76;TCR=80;TR=156;WE=135205017;WS=135204999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr10	135207936	rs10160083	T	C	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	135209105	rs4838742	A	G	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=8;PP=428;SC=TCCCTCAGATATAGTCTTTTT;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=135209113;WS=135209095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	135211892	rs2252852	A	G	3596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=44;PP=2455;SC=TGACAGAGCCAAGACTCCAGT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=92;TCR=44;TR=136;WE=135211900;WS=135211882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr10	135213263	rs2814206	T	C	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=548;ReadPosRankSum=0.693;SC=CCAGAGCACATCTTGTCTCGT;SOR=0.521;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=24;TCR=61;TR=35;WE=135213271;WS=135213253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,39:0.44:88
chr10	135215756	rs145673810	CGGGGCT	C	4593.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=10.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.52;ReadPosRankSum=2.902;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,117:0.65:180
chr10	135215762	rs58858117	T	C	826.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=5.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=-1.505;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,63:0.29:217
chr10	135232934	rs2243619	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=90;ReadPosRankSum=0.454;SC=TGGCTGGCCGCGCGGTGTCAG;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=11;WE=135232942;WS=135232924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr10	135233541	rs2255246	A	G	11909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr10	135237003	rs4077586	G	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.79;ReadPosRankSum=-0.102;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr10	135237060	rs2480253	A	G	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.48;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	135237166	rs2492666	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.247;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr10	135237196	rs4838682	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr10	135267445	rs2253522	T	C	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.053;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=435;ReadPosRankSum=-3.245;SC=CTGTGACCTCTGCCATTGCCC;SOR=0.363;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=112;TCF=80;TCR=32;TR=40;WE=135267453;WS=135267435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,45:0.38:120
chr10	135267738	rs2253529	T	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=4.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr10	135269955	rs11101759	C	T	2943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=77;PP=1849;ReadPosRankSum=-0.802;SC=GGCTTCACAACGTGTCCTGCC;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=75;TCR=119;TR=125;WE=135269963;WS=135269945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,134:0.65:205
chr10	135271789	rs2480245	C	T	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=1.860;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,90:0.26:343
chr10	135272947	rs2257044	CC	AG	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.908;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=1.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,11:0.17:64
chr10	135273463	rs731947	C	G	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.434;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=412;ReadPosRankSum=-0.803;SC=ATGCCTGGGACCTGCGGGACG;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=36;WE=135273471;WS=135273453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,43:0.35:122
chr10	135278193	rs2492654	A	G	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-2.436;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,60:0.30:200
chr10	135279283	rs2243812	T	C	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=18;PP=595;ReadPosRankSum=-1.536;SC=TTTTTGGGAATTCCCTTTTGT;SOR=0.777;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=163;TCF=103;TCR=60;TR=52;WE=135279291;WS=135279273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,56:0.32:177
chr10	135279695	rs118036728	G	T	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=253;ReadPosRankSum=-1.600;SC=GGGTGTGCAGGTCCCCCCCAC;SOR=0.908;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=26;WE=135279703;WS=135279685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr10	135279810	rs2243909	T	G	3985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.384;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=72;PP=2564;ReadPosRankSum=0.750;SC=CGTCCTGGGATCCCTTCTTGG;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=330;TCF=192;TCR=138;TR=171;WE=135279818;WS=135279800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,186:0.52:356
chr10	135280765	rs2246634	C	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=1.562;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,46:0.19:237
chr10	135281637	rs10776682	A	C	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=419;ReadPosRankSum=-0.725;SC=CTGGCTCTAAACCTCATCCCC;SOR=0.026;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=27;WE=135281645;WS=135281627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
chr10	135340866	rs11445593	T	TC	1386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=1;PP=1384;SC=CACAGGATTGTCTCCCGGGCT;SOR=3.442;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=30;WE=135340874;WS=135340856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	135341973	rs72862138	G	C	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=2.169;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,57:0.29:197
chr10	135347397	rs915909	T	C	7893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=135;NR=147;PP=2965;SC=ACCCTGAGATTGAAGGTAGGC;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=282;TCF=135;TCR=147;TR=282;WE=135347405;WS=135347387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr10	135347533	rs943976	A	G	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=632;SC=TGAGATGGCTAGATGCACTGC;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=135347541;WS=135347523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	135350490	rs147973606	A	AGATGGGTGGAT	1471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.66;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr10	135351137	rs2070676	G	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=407;ReadPosRankSum=-0.643;SC=TCCTTCAACTGGAAATATACT;SOR=0.412;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=24;WE=135351145;WS=135351127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr10	135351174	rs2070677	T	A	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=632;ReadPosRankSum=1.607;SC=TATTCAAAACTACATTCTTCA;SOR=0.602;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=38;WE=135351182;WS=135351164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,39:0.68:57
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chr10	135371625	rs755100	T	C	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=-1.569;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,34:0.31:108
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chr10	135381254	rs111317133	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.95;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
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chr10	135381592	rs3020501	C	G	5967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=0.732;SC=CGAGCCCAGCCAGGCCTAGGG;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=370;TCF=230;TCR=140;TR=256;WE=135381600;WS=135381582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,275:0.70:394
chr10	135381623	rs3020502	T	C	8799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=169;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.533;SC=CCCAGGGCACTGAGGGCGCCA;SOR=0.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=549;TCF=303;TCR=246;TR=375;WE=135381631;WS=135381613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,404:0.69:582
chr10	135381766	rs3020503	C	T	8110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FS=3.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.06;ReadPosRankSum=2.589;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,366:0.72:505
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chr10	135438888	rs150376644	C	T	3679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.650;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-11.119;NF=138;NR=99;PP=2829;ReadPosRankSum=-6.193;SC=GATAAACAGCCTCTGACATAG;SOR=0.516;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=644;TCF=384;TCR=260;TR=237;WE=135438896;WS=135438878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:378,210:0.36:588
chr10	135438929	rs201901202	T	G	5502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=812;ExcessHet=3.0103;FS=2.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.00;MQRankSum=-20.225;QD=6.79;ReadPosRankSum=5.791;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:513,298:0.37:811
chr10	135438951	rs200483318	G	A	11143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=848;ExcessHet=3.0103;FS=2.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQRankSum=-22.404;QD=13.16;ReadPosRankSum=5.612;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:540,307:0.36:847
chr10	135438955	rs201563622	C	T	11158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=845;ExcessHet=3.0103;FS=1.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQRankSum=-22.855;QD=13.22;ReadPosRankSum=4.930;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:537,307:0.36:844
chr10	135438967	rs145018822	C	T	10390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=817;ExcessHet=3.0103;FS=1.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQRankSum=-24.006;QD=12.77;ReadPosRankSum=2.276;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:518,296:0.36:814
chr10	135438977	rs79631365	G	A	10051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=788;ExcessHet=3.0103;FS=1.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQRankSum=-25.543;QD=12.80;ReadPosRankSum=0.537;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:510,275:0.35:785
chr10	135439206	rs199827946	C	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.58;MQRankSum=-0.353;QD=0.81;ReadPosRankSum=0.911;SOR=0.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,5:0.13:38
chr10	135439300	rs200952781	T	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.08;MQRankSum=-1.141;QD=4.71;ReadPosRankSum=-3.565;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr10	135439305	rs187707655	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.19;MQRankSum=-0.970;QD=3.28;ReadPosRankSum=-3.305;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,3:0.18:17
chr11	193194	rs2686896	T	C	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=5.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,39:0.54:72
chr11	193863	rs2294081	T	C	3128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.88;ReadPosRankSum=-1.898;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,83:0.47:175
chr11	193863	.	TAT	CAG	2509	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=37;NR=39;PP=2509;QD=20;SC=TCAAGTCCTGTATAGATGGCC;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=162;TCF=83;TCR=79;TR=76;WE=193873;WS=193853;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:86,76:0.47:162
chr11	193865	rs2686894	T	G	3128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.19;ReadPosRankSum=-1.790;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,81:0.47:172
chr11	194323	rs144736936	A	AC	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=13.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.558;SOR=1.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,17:0.25:68
chr11	194598	rs79601819	C	T	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.844;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.824;NF=14;NR=21;PP=503;ReadPosRankSum=0.433;SC=GTCTCTGCCCCCACAGAGGGG;SOR=0.558;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=35;WE=194606;WS=194588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,34:0.39:87
chr11	194640	rs2979429	G	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.805;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.336;NF=7;NR=11;PP=235;ReadPosRankSum=-1.020;SC=AACACACTCGGGGCCACAGCC;SOR=0.306;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=18;WE=194648;WS=194629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr11	199492	rs72878024	G	A	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=33;PP=956;SC=AGGACCAGGCGCCCACAGCCC;SOR=1.532;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=54;WE=199500;WS=199482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	205757	rs3837432	AACTCTG	A	2984.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;SC=CCCTGCCAACAACTCTGCCAG;SOR=1.054;Source=Platypus;TCF=17;WE=205770;WS=205747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	207359	rs375304678	C	CGGCCACAGCCGCCTCAGACGT	3029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;QD=45.91;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	209002	rs2177173	A	G	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	219089	rs511744	T	C	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=25;PP=726;SC=CTTTACAAGCTCCTCAGGATG;SOR=2.517;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=219097;WS=219079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	223976	rs11246014	A	C	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=5;PP=378;SC=TGCCCTCCAGACTCCTCCCTG;SOR=2.093;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=19;WE=223984;WS=223974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	230368	rs536715	C	T	6627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=0.790;SC=ACTGTCCTTTCGAGACAATGC;SOR=1.123;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=155;TCR=102;TR=253;WE=230376;WS=230357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,264:0.99:266
chr11	235894	rs9795476	T	G	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=4;PP=725;SC=CCCCCATAAGTGACGTCCACA;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=235902;WS=235884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	236343	rs7118852	A	G	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=32;PP=884;SC=CGCGCAGTCCAAGGAGTCCTC;SOR=1.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=49;WE=236351;WS=236333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	236370	.	C	CCGGCGCCCCGCCCG	710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.81;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	236871	rs2272563	T	C	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	237087	rs1045288	A	G	2440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=35;PP=1298;SC=CAGAGCCAGAACTCCGGGCCC;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=76;WE=237095;WS=237077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	243987	rs6598060	G	A	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=7;PP=388;SC=TGGGGTCTTCGTTTTGCAGAA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=243995;WS=243977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	244106	rs10902112	A	G	4651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.73;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	244108	rs7107362	A	G	4725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.44;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	244115	rs7128044	G	A	4730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.63;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	244129	rs7116130	C	T	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=27;PP=1177;SC=TGATGCTCGGCGGTGCTCAAA;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=74;WE=244149;WS=244096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	244141	rs7128029	G	A	2324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=27;PP=1061;SC=GTGCTCAAAGGCTGGTGGCTT;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=72;WE=244149;WS=244096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	244167	rs1128320	C	T	2877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.60;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	244171	rs1128321	T	C	2877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.60;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	244197	rs1128322	T	C	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=70;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=29;PP=786;SC=TCATTCTTCATGTAGTTAGAC;SOR=1.140;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=50;WE=244205;WS=244187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	244414	rs2272565	C	T	4522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=72;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=64;PP=2418;SC=CTGATTGTTCCTTCTTTTCCA;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=76;TCR=64;TR=139;WE=244422;WS=244404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	244490	rs3830667	ATACCTTTTAG	A	6994.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=52;PP=2981;SC=CATGTGGGCAATACCTTTTAG;SOR=0.785;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=99;TCF=28;TCR=71;TR=76;WE=244507;WS=244480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	244552	rs2272566	A	G	4842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=137;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=101;SC=CTCACTGTCCAGACCTTTAGA;SOR=0.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=101;WE=244560;WS=244542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	247200	rs3830001	G	T	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=3;PP=403;SC=CTAGGCAACAGAGTGAGACCC;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=247208;WS=247193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	249097	rs498217	A	G	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=186;SC=TCCCCCATGTATCTACTCGCT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=249105;WS=249087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	280221	rs6421985	A	C	3738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=56;PP=2059;SC=GGAGGAGGCGATGGGGCCCGC;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=58;TCR=56;TR=114;WE=280229;WS=280211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	280673	rs12807092	C	T	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=14;PP=756;SC=GGCTGCTGAGCAAGGCGCTGC;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=39;WE=280681;WS=280663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	280816	rs7482965	AT	TC	10663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=140;NR=67;PP=2947;SC=TTCTACAAGTATTTCCGGGAT;SOR=1.511;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=144;TCR=69;TR=207;WE=280825;WS=280806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	284093	rs9734280	A	G	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=4;PP=520;SC=AGGCTCTGCGAGGTCCAGGGA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=284101;WS=284083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	284716	rs760059	C	T	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=24;PP=754;SC=CCTGGGGGCTCCCCCTGGACC;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=284724;WS=284706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	290816	rs10902120	A	G	3598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	292798	rs11602423	A	G	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=11;PP=537;SC=AGGTGTCTCAATGCCAGGCCT;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=292806;WS=292788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	293188	rs12801980	T	C	9247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=138;NR=166;PP=2965;SC=ACGAGTACCATTCAGGGGTCA;SOR=0.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=305;TCF=138;TCR=167;TR=304;WE=293196;WS=293178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr11	293785	rs12418165	C	T	9135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=169;NR=158;PP=2965;SC=TCTCTGCCCACGCAGTGGGCC;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=329;TCF=171;TCR=158;TR=327;WE=293793;WS=293775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr11	294512	rs149098966	A	ACCCCAGGCTGTCCCTCACCCCCAGACTGCCCTCTCAC	6217.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=28;PP=430;SC=GGTGCCTGCGACCCCAGGCTG;SOR=1.202;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=44;WE=294520;WS=294502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	299219	rs11246058	C	A	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=471;ReadPosRankSum=-0.095;SC=AAGGACCCCCCACGGAGCTCC;SOR=0.622;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=25;WE=299227;WS=299209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr11	308059	rs117325804	T	C	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.87;MQRankSum=3.432;QD=43.35;ReadPosRankSum=1.392;SOR=2.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr11	308065	rs9704108	T	C	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.31;QD=42.14;SOR=4.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	308290	rs1058900	T	C	7558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=142;PP=2965;SC=ATGCTGGGGGTGCCCCACAAC;SOR=0.825;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=126;TCR=142;TR=268;WE=308298;WS=308280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr11	308363	rs1058935	G	C	4404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=98;PP=2646;SC=CTGACCATGTGGTCTGGTCCC;SOR=1.353;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=60;TCR=98;TR=158;WE=308371;WS=308353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	308426	rs1058964	G	C	3448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=62;PP=2147;SC=TAGCATTCGCGTACTCCGTGA;SOR=0.958;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=55;TCR=62;TR=116;WE=308434;WS=308416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	308555	rs4990600	G	C	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=22;PP=1241;SC=TTGTGTGCACGTCTGTCCTGT;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=54;WE=308563;WS=308545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	314207	rs9667990	C	G	15822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=260;NR=295;PP=2965;SC=TGTGCTGGGGCCACCCCCCAG;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=557;TCF=262;TCR=295;TR=555;WE=314217;WS=314197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,589:1.00:589
chr11	320166	rs28655829	T	C	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.61;QD=31.32;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	320237	rs28688930	C	G	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.36;QD=27.61;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	396701	rs11246147	C	T	5784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=116;NR=82;PP=2965;SC=AGCGATGGGCCCAGCCCGAGG;SOR=0.934;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=118;TCR=83;TR=198;WE=396709;WS=396691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr11	396915	rs12419281	C	T	5364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.19;ReadPosRankSum=-0.959;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,211:0.99:213
chr11	397706	rs9795298	T	C	2442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=57;PP=1735;SC=GGTGACCTCCTTCGTGGGCCC;SOR=2.513;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=18;TCR=57;TR=75;WE=397714;WS=397696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	397732	rs9795299	T	G	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=30;PP=869;SC=CCTCCCACTGTCCTCTGCTCA;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=397740;WS=397722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	400040	rs1128982	A	G	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.72;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,78:0.98:80
chr11	400109	rs8858	A	G	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=18;PP=544;SC=CCTCGGAGGCAGAGATCTTCT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=400117;WS=400099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	403030	.	CCCGACCCG	C	1083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.67;QD=36.12;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	403040	.	TCACCCC	T	1084.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.57;QD=33.90;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	403046	.	C	T	498	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.7709;HP=3;HapScore=1;MGOF=78;MMLQ=24;MQ=60.54;NF=16;NR=9;PP=498;QD=21.3108485019;SC=CCGCTCACCCCGACCCCGCCG;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=25;WE=403054;WS=403036;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr11	403939	rs7479832	A	G	3670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=56;PP=2296;SC=CCGGCCTCCCACAGCCACGAA;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=68;TCR=56;TR=124;WE=403947;WS=403929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	403980	rs11748	G	A	4983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=71;PP=2965;SC=AGAAGCTGCCGGGCAGCGTGG;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=93;TCR=71;TR=164;WE=403988;WS=403970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	404317	rs1134578	C	T	9023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=159;NR=157;PP=2965;SC=ACCGTGACTTCCGGGCGGTAC;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=317;TCF=160;TCR=157;TR=316;WE=404325;WS=404307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr11	406043	rs7947	G	A	5407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr11	406473	rs3087588	A	C	7069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.59;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	406483	rs3210908	T	C	6803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.36;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	407236	rs7395890	T	C	240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.08;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	407364	.	C	CATGGG	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=79;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=0;PP=672;SC=TGGGACGGAGCATGGGGCGGG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=12;WE=407372;WS=407354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	407708	rs6421977	A	C	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=14;PP=970;SC=CGCACAGAGCACCCGGGGGCT;SOR=1.236;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=407716;WS=407698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	409385	rs6421976	C	G	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=31;PP=882;SC=TGGATGGGCACAGCTGGGAGC;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=409393;WS=409375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	409720	rs6598024	T	G	4675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=87;NR=62;PP=2481;SC=AAGGGCCCAGTGGGAGGGGTG;SOR=0.824;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=87;TCR=62;TR=149;WE=409728;WS=409710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	428385	rs10794323	A	G	2598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=31;PP=1654;SC=AGGGCCACGCACCTGTTGATC;SOR=1.408;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=61;TCR=31;TR=92;WE=428393;WS=428375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	429659	rs7111432	C	T	13900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=236;NR=259;PP=2965;SC=GTGGCTGCGGCGGGGGCAAGG;SOR=0.857;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=499;TCF=240;TCR=259;TR=495;WE=429667;WS=429649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,550:1.00:550
chr11	430456	rs11603743	A	G	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=13;PP=889;SC=GGGGAGGGACAGGAAAGGGAT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=18;WE=430464;WS=430446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	431834	rs55914928	A	G	7494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=152;NR=133;PP=2965;SC=TCTCCAGGCCAGCCCACCCCT;SOR=0.748;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=286;TCF=153;TCR=133;TR=285;WE=431842;WS=431824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr11	433387	rs7395065	A	G	9654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=172;NR=154;PP=2965;SC=TCCAGGAGGAAAGTGCGGTAC;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=327;TCF=172;TCR=155;TR=326;WE=433395;WS=433377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr11	433568	rs7396813	G	A	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=26;PP=666;SC=CCTCTATTCCGCCTCAGAACC;SOR=3.528;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=30;WE=433576;WS=433558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	433995	rs7396776	G	A	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=49;PP=1755;SC=GGGCCAGGTGGGGCCCGGGAG;SOR=0.961;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=90;WE=434003;WS=433985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	441806	rs10794325	C	A	544.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	541730	rs184159904	C	T	5300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.692;SC=CCTCTCGGGCCGCGTATCGGC;SOR=0.426;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=182;TCF=79;TCR=103;TR=181;WE=541738;WS=541720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,197:0.99:198
chr11	549959	rs7942030	C	T	4192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.05;ReadPosRankSum=0.225;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,154:0.99:155
chr11	550028	rs11246180	C	G	5424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=2.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr11	551405	rs7396875	G	A	9641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=166;NR=206;PP=2965;SC=CATCTCATGCGCTTCTCCAGC;SOR=1.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=376;TCF=168;TCR=208;TR=372;WE=551413;WS=551395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr11	551753	rs4963198	G	A	12888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=247;NR=210;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.963;SC=CTGCTGGTCCGTGGGGGCCCC;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=461;TCF=249;TCR=212;TR=457;WE=551761;WS=551743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,503:1.00:505
chr11	552547	rs3740652	T	C	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=11;PP=692;SC=GGCTGGAGCTTCTCCTCCTCT;SOR=1.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=552555;WS=552537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	552756	rs12361381	T	C	5858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr11	552787	rs12361383	TG	CC	6899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	552875	rs28575794	A	G	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=28;PP=787;SC=GCTCACGACCAAGGGAGGCCC;SOR=3.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=552883;WS=552865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	553866	rs12792519	G	A	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=9;PP=704;SC=CCACTGCCTCGGGGCTGCAGG;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=34;WE=553874;WS=553856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	554166	rs10902170	C	G	5397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=107;NR=86;PP=2965;SC=GGTGGCCTCACGCCTGAGCCC;SOR=0.788;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=194;TCF=108;TCR=86;TR=193;WE=554174;WS=554156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	554214	rs10902171	G	C	9994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr11	554299	rs10902172	C	G	9388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=166;NR=167;PP=2965;SC=TGCCAGGCTTCCCTGTGCTGG;SOR=0.817;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=333;TCF=166;TCR=167;TR=333;WE=554307;WS=554289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr11	555182	.	G	GGGAGGGGCGGGGAGGAGAGC	160.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.03;QD=40.22;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	555223	rs55731724	AC	A	278.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=315;SC=GGACGAGGAGACAGAGGGGAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=555231;WS=555213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	556121	rs936467	G	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=10;PP=521;SC=CAGACCTGGAGGGGCGTGGAG;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=556129;WS=556111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	556457	rs28407128	T	C	4285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=61;PP=2508;SC=CCAGCTCCAGTCCGGCGCCGG;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=79;TCR=61;TR=140;WE=556465;WS=556447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	556521	rs28406183	C	G	4330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	556857	rs7938269	G	C	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=40;PP=1537;SC=TGCTGTAGCTGCCGGCCTGCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=95;WE=556865;WS=556847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	557342	rs936466	T	C	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=68;NR=35;PP=1821;SC=GCGTCTTCACTTGCCAAGGTG;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=68;TCR=35;TR=103;WE=557350;WS=557332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	557989	rs7129811	C	T	4415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=101;NR=33;PP=2349;SC=CCTCCATCTCCTGGAGCGTGC;SOR=1.684;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=136;TCF=103;TCR=33;TR=134;WE=557997;WS=557979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	558884	rs2061586	C	T	5397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=107;NR=86;PP=2965;SC=ACCACCGGTGCGGGGTGGGGC;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=108;TCR=88;TR=193;WE=558892;WS=558874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr11	559016	rs3943356	C	T	5719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr11	560801	rs71462097	C	CG	455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	568211	rs7395206	G	A	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=9;PP=254;SC=GCGGGCGGAGGGATTGACCCC;SOR=4.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=568219;WS=568201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	582264	rs71022934	CT	C	97.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.612;QD=6.98;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr11	606656	rs936470	G	C	3050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=56;PP=1846;SC=CAGGCTGTTCGCAAGCACTCA;SOR=1.081;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=46;TCR=57;TR=102;WE=606664;WS=606646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	610277	rs11246212	T	C	5296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=87;PP=2713;SC=GTCAGGCAGGTGTTCTCCGAG;SOR=0.877;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=87;TCR=87;TR=174;WE=610285;WS=610267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr11	614864	rs1061501	C	T	14350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,544:1.00:544
chr11	616970	rs1610161	A	T	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=44;PP=1266;SC=GAGGTCTGAGATGAGCCGGGT;SOR=1.379;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=71;WE=616978;WS=616960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	617537	rs2740380	C	T	6915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=111;NR=123;PP=2965;SC=ACCCGCCCTCCGGCCGCCGCT;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=111;TCR=123;TR=234;WE=617545;WS=617527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr11	617967	rs2740379	C	G	4071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=29;PP=2965;SC=AGCTTTGCCACAGCAGCACTT;SOR=2.372;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=140;TCF=109;TCR=31;TR=136;WE=617975;WS=617957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	618172	rs6598008	A	G	7744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=112;NR=168;PP=2965;SC=GGCATTTCCCATGCCAACCTG;SOR=1.214;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=280;TCF=112;TCR=168;TR=280;WE=618180;WS=618162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr11	618998	rs2740375	G	A	3942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=24.95;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	619789	rs2246614	T	G	4650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=67;NR=84;PP=2686;SC=CACGATACAGTCTCTGGGGGA;SOR=1.165;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=67;TCR=84;TR=151;WE=619797;WS=619779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	636496	rs936461	A	G	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.63;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	636690	rs936462	G	A	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	636784	rs1800955	T	C	87.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=10;PP=181;SC=GCGTGGAGGGTGCGCACGAGG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=636792;WS=636774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	639374	rs28540443	C	G	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.710;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=28;PP=1595;ReadPosRankSum=0.012;SC=AGAGTGGGGGCGGGTCACAAG;SOR=1.230;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=90;TCR=30;TR=112;WE=639382;WS=639363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,109:0.94:116
chr11	654091	rs7112962	G	A	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=30;PP=850;SC=TGACGTGGCCGTGGAGAGCCC;SOR=1.278;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=51;WE=654099;WS=654081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	674454	rs11246258	G	T	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.17;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	674458	rs6597997	G	A	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.19;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	674499	rs6597996	G	A	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=8;PP=741;SC=GGGGTTACTCGGCACAGGTCG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=674507;WS=674489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	679915	rs28392994	G	A	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=42;PP=1113;SC=GGGGGCCTGGGCTGAAGGGCG;SOR=1.685;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=65;WE=679923;WS=679905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	685082	.	C	CTTTT	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.328;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr11	686714	rs10794330	G	A	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=554;ReadPosRankSum=2.001;SC=TAAATCACTCGCCCAAGGCCA;SOR=2.910;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=23;WE=686722;WS=686704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr11	688091	rs12277188	C	T	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=36;PP=1133;SC=GGTGAGAGGCCGGACACCGGG;SOR=1.079;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=67;WE=688099;WS=688081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	691636	rs11246268	G	A	6204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.02;ReadPosRankSum=0.903;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,247:1.00:248
chr11	691755	rs113679055	A	C	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=28;PP=811;SC=CTCGACCTACATTTCTATTCC;SOR=4.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=691763;WS=691745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	698807	rs4963166	C	T	4502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=69;PP=2463;SC=CAGTGTGGAGCGAGACCCGGG;SOR=0.777;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=88;TCR=69;TR=156;WE=698815;WS=698797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	700247	rs7482162	A	C	3418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=65;PP=2121;SC=TAAGTCAGGGACGGGCACAGT;SOR=1.010;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=52;TCR=65;TR=117;WE=700255;WS=700237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	700526	rs34654075	C	CA	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.746;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr11	702923	rs5789195	T	TC	683.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=2;PP=738;SC=CCACCTTCCCTCCCCTTTGCT;SOR=4.003;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=20;WE=702931;WS=702913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	704583	rs10902201	A	G	14629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.28;NF=164;NR=152;PP=2965;SC=CCCAGCCCACAAACCATGCAG;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=316;TCF=164;TCR=152;TR=316;WE=704591;WS=704573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr11	704604	rs35782494	GA	G	14797.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=27;NR=158;PP=2951;SC=ACCAGGGAAGGACCCCCTCCC;SOR=0.840;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=190;TCF=30;TCR=160;TR=185;WE=704612;WS=704594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr11	704753	rs7941896	G	A	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=51;PP=1344;SC=GGCCCGAGAGGCCAGCCTGGA;SOR=1.504;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=80;WE=704761;WS=704743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	720958	.	CCCGGCAGGGGAGGGGAGGAG	C	1211.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.75;QD=39.09;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	721570	rs7635	C	T	14196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,547:1.00:547
chr11	723429	rs4078520	C	T	3708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=77;PP=2188;SC=CATATGGGTACGCTGCCACCA;SOR=1.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=49;TCR=77;TR=126;WE=723437;WS=723419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr11	725877	rs66512023	G	GC	438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=242;SC=TGGGGTCGCAGCCCCCAGCTT;SOR=1.112;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=725885;WS=725867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	726178	rs28498399	G	C	9448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.853;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=1.117;SC=ACGGTGAGAGGTGCTGCTTCG;SOR=0.456;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=328;TCF=182;TCR=146;TR=323;WE=726186;WS=726168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,354:0.99:356
chr11	763299	rs57332668	TCCCCGCCCTCACCTG	T	555.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=3;PP=998;SC=CCCTCACCTGTCCCCGCCCTC;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=12;WE=763321;WS=763289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	771034	rs7930569	A	G	3911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=64;PP=2383;SC=CGGCCGGGACAGTGGAGCTGG;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=72;TCR=64;TR=136;WE=771042;WS=771024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	772490	rs12224894	G	A	13092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=218;NR=248;PP=2965;SC=AGCACAGGGCGGCGACACCGT;SOR=0.889;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=466;TCF=218;TCR=248;TR=466;WE=772498;WS=772480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr11	774982	rs7952095	C	A	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=8;PP=629;SC=CCTCCCAGGCCGCGGCGGCAG;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=774990;WS=774972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	775275	rs7942564	A	G	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=30;PP=903;SC=TACACCCAAGAACGACTACTT;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=40;WE=775283;WS=775265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	793502	rs79478359	C	T	5670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=108;NR=88;PP=2965;SC=AAAGACCCCTCGAGTGTCTGC;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=108;TCR=88;TR=196;WE=793510;WS=793492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr11	793588	rs80335370	G	A	4365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	799670	rs28649421	G	C	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=31;PP=1237;SC=CTGGGGCCAGGTGCGGCCAGA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=57;WE=799678;WS=799660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	800479	.	G	A	9400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.987;SC=GCTGAGCAAGGAGGGCTCGGG;SOR=0.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=348;TCF=192;TCR=156;TR=344;WE=800487;WS=800469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,356:0.99:359
chr11	801644	rs113521642	A	T	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=47;PP=1483;SC=GGGAGAGAGGAGGTCACAGGA;SOR=1.244;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=82;WE=801652;WS=801634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	802115	rs7479101	A	G	17434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.73;ReadPosRankSum=2.272;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,406:1.00:408
chr11	802125	rs28498421	T	C	17390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.71;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr11	802902	rs28360884	T	G	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=291;SC=CTGCGGGCAGTTGCTGGCTTA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=802910;WS=802892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	804027	rs77173309	G	A	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=16;PP=1166;SC=GTTTGCCTTTGAGAACATGCA;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=63;WE=804035;WS=804007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	824496	rs76574419	C	G	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=37;PP=1314;SC=GAGCTGAAGCCCTCCCTGCCG;SOR=0.928;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=73;WE=824504;WS=824486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	824789	rs1138693	T	C	8685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=169;NR=129;PP=2965;SC=CAGCACCAGCTGGCCGGGCCT;SOR=0.907;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=298;TCF=169;TCR=129;TR=298;WE=824797;WS=824779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr11	824805	rs1138694	C	T	9207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr11	824987	rs66460720	CTGCA	C	9968.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=119;PP=2974;SC=CACTCACCAGCTGCATGCACT;SOR=1.295;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=12;TCR=129;TR=130;WE=824998;WS=824977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr11	828784	rs28507876	A	G	5707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=118;NR=72;PP=2965;SC=TGAGTCCCCCACCCCAAGAGA;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=118;TCR=72;TR=190;WE=828792;WS=828774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr11	828916	rs7126805	G	A	11494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=206;NR=193;PP=2965;SC=AGTCTGGACCGGGCTCACACT;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=400;TCF=207;TCR=193;TR=399;WE=828924;WS=828906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr11	829539	rs28558789	A	G	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=23;PP=676;SC=GGTCCTGGGCAAGTGAGTCGG;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=829547;WS=829529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	830487	rs4075290	C	T	23778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=939;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,930:1.00:930
chr11	830670	rs4075289	G	T	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=69;PP=2110;SC=GAGCTGCAGAGCCGCGAGCAG;SOR=1.590;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=41;TCR=69;TR=110;WE=830678;WS=830660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	831122	rs7114218	C	T	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	836008	rs5030778	T	C	4977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=108;NR=65;PP=2965;SC=CCTATCCGTCTCCCAGTCAGG;SOR=1.071;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=108;TCR=65;TR=173;WE=836016;WS=835998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr11	836023	rs28475448	C	T	5712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=123;NR=80;PP=2965;SC=GTCAGGGGCCCGGTGCTGTGG;SOR=1.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=123;TCR=80;TR=203;WE=836031;WS=836013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr11	836227	rs28434354	A	G	3428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=82;PP=2965;SC=GGCAGATGCGATGACCTTTGT;SOR=1.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=38;TCR=82;TR=120;WE=836235;WS=836217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	836539	rs56063221	TG	T	2999.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=40;PP=1152;SC=TGTGCTCACCTGGGGGGGGGG;SOR=0.967;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=57;WE=836548;WS=836528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	836971	rs28620453	G	C	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=39;PP=940;SC=ATGTGCCACTGGGCCCTGGAG;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=50;WE=836979;WS=836961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	837121	rs28655651	G	C	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=12;PP=1824;SC=ATGCCGAGGTGTGACCTCAGC;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=59;TCR=12;TR=71;WE=837129;WS=837111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	837582	rs1130663	G	A	4250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=68;NR=82;PP=2418;SC=CTCTTTGTGGGCAGCGAGACC;SOR=0.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=68;TCR=84;TR=150;WE=837590;WS=837572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	837661	rs56265615	GT	G	1224.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=29;PP=1288;SC=CTACGAGGTGGTGGGGGGGCA;SOR=2.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=837669;WS=837651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	838110	rs5030780	C	T	11368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=221;NR=169;PP=2965;SC=CGTCTGCTTACGCCCACCCGG;SOR=0.897;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=390;TCF=221;TCR=169;TR=390;WE=838118;WS=838100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr11	840319	rs3059	C	T	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=29;PP=1579;SC=GAATTCGGGGCAGGACGCTCA;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=89;WE=840327;WS=840309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	840363	rs6591	C	T	5139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=103;NR=73;PP=2965;SC=TGGGTGGGTTCCAGCGTGGTC;SOR=1.002;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=105;TCR=73;TR=176;WE=840371;WS=840353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr11	840477	rs4895	A	G	7061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.387;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=2.042;SC=CATCCAGCGCATCCCTGTGTC;SOR=0.509;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=249;TCF=123;TCR=126;TR=248;WE=840485;WS=840467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,276:1.00:277
chr11	840578	rs34627090	AC	A	3293.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=48;PP=1246;SC=TGCTGGCCTCACCCCCCCCGC;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=9;TCR=54;TR=56;WE=840586;WS=840568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	840604	rs28677123	C	G	2462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=1.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	840639	rs28636471	T	A	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=28;PP=780;SC=GATCTAGCAGTATGATCCTGG;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=840647;WS=840629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	842543	rs28372895	C	G	5107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=3.906;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.04;ReadPosRankSum=0.856;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,203:1.00:204
chr11	842627	rs9705236	T	C	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.30;SOR=3.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	842630	rs9704020	C	T	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.92;SOR=3.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	842653	rs35249369	C	G	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=27;PP=751;SC=ACCGGCCCCGCCACCGCTGGC;SOR=3.967;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=842661;WS=842643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	849090	rs28402197	C	G	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=16;PP=614;SC=GGTGGGTGCGCGCGACTGCCC;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=29;WE=849098;WS=849080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	850170	rs28704105	T	G	6990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=163;NR=77;PP=2965;SC=CGCCGGGGGCTCCTTCTTCGG;SOR=1.548;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=163;TCR=77;TR=240;WE=850178;WS=850160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr11	862652	rs28505621	T	C	5614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=102;NR=82;PP=2965;SC=GGCTGCCAACTTGCTCATCAT;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=102;TCR=82;TR=184;WE=862660;WS=862642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr11	864626	rs28377158	A	G	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=51;PP=1565;SC=CCTCACGGGCAGCCAGGACAG;SOR=1.396;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=83;WE=864634;WS=864616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	865447	rs28423070	G	A	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=5;PP=601;SC=GGGCCGGCGAGGGGGTCTGGA;SOR=2.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=27;WE=865455;WS=865437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	865503	rs28581489	G	A	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=16;PP=1012;SC=GACCCCCCCCGCACCCCCAGA;SOR=1.532;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=55;WE=865511;WS=865493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	866044	rs28457111	A	G	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	866183	rs28439203	T	C	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=10;NR=12;PP=352;SC=GGGCTCCCTCTTAGTGGACAG;SOR=1.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=866191;WS=866173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	866498	rs28663055	T	C	5039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=62;PP=2954;SC=GGACAGGGACTGCTCTGGGCT;SOR=1.280;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=174;TCF=112;TCR=62;TR=173;WE=866506;WS=866488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	870524	rs10466744	G	A	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=31;PP=1032;SC=ATATGGATTTGGGAGCCCACC;SOR=1.412;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=50;WE=870532;WS=870514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	900894	rs28454252	T	G	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=54;NR=25;PP=1401;SC=ACCCCCGCAGTTTGAGCCATC;SOR=1.320;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=54;TCR=25;TR=79;WE=900902;WS=900884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	902939	rs12799186	G	A	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=38;PP=1954;SC=ACCTCCCTCTGCACTGTGAGG;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=78;TCR=38;TR=116;WE=902947;WS=902929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	903070	rs28380110	G	C	7325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=125;PP=2965;SC=GGTCCGTCACGACCAAACCCC;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=123;TCR=125;TR=248;WE=903078;WS=903060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr11	904911	rs28634117	T	C	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=27;PP=602;SC=ATGCAGCACATGGGCAACCCC;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=904919;WS=904901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	1010649	rs72842410	C	T	3441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=57;NR=51;PP=1662;SC=AGACCAGGCTCGTGTGTCTTG;SOR=0.889;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=57;TCR=51;TR=108;WE=1010657;WS=1010639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	1016655	rs77024070	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQRankSum=-7.510;QD=1.38;ReadPosRankSum=2.310;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,35:0.11:316
chr11	1016665	rs77438942	C	T	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.596;HP=2;HapScore=1;MGOF=74;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-11.773;NF=90;NR=40;PP=1808;ReadPosRankSum=1.790;SC=GGTGGAGGAACGGTGCCTGTT;SOR=0.833;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=404;TCF=239;TCR=165;TR=130;WE=1016673;WS=1016655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,88:0.26:337
chr11	1016704	rs75826443	C	A	3018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=1.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQRankSum=-9.057;QD=6.52;ReadPosRankSum=-1.859;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:362,101:0.22:463
chr11	1016713	rs76406481	T	C	3460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=4.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQRankSum=-9.835;QD=7.35;ReadPosRankSum=-2.188;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:366,105:0.22:471
chr11	1016722	rs144616203	T	G	2657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FS=14.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQRankSum=-12.600;QD=5.38;ReadPosRankSum=-4.017;SOR=1.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:392,102:0.21:494
chr11	1016724	rs3208810	A	G	6092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.008;HP=1;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-13.739;NF=132;NR=60;PP=2759;ReadPosRankSum=-2.556;SC=GTGGGTAGTGATGATGACTGT;SOR=1.402;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=496;TCF=298;TCR=198;TR=192;WE=1016732;WS=1016714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,174:0.35:504
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chr11	1016928	.	CTGGCC	GTGGCC,GTGGCT	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=89;MMLQ=23;MQ=53.87;NF=447,150;NR=504,213;PP=2962,2944;QD=20;SC=CCTGCTGCTGCTGGCCGAGGT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=1106;TCF=533;TCR=573;TR=951,363;WE=1016941;WS=1016900;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.86:1106
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chr11	1017169	rs200932890	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FS=7.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-1.345;QD=0.61;ReadPosRankSum=-2.062;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:473,43:0.08:516
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chr11	1017325	rs55903826	A	C	3657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=6.815;NF=97;NR=92;PP=2528;ReadPosRankSum=-0.341;SC=GGGGTTGGATAGGTAGTGGTG;SOR=0.684;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=558;TCF=291;TCR=267;TR=189;WE=1017346;WS=1017307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:359,203:0.36:562
chr11	1017337	rs76686156	TC	CA	9742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-12.769;NF=128;NR=116;PP=2944;ReadPosRankSum=1.978;SC=GTAGTGGTGGTCTGGAAGGAT;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=582;TCF=305;TCR=277;TR=244;WE=1017346;WS=1017307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:343,255:0.43:598
chr11	1017381	rs34912894	G	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=671;ExcessHet=3.0103;FS=0.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQRankSum=-17.232;QD=0.20;ReadPosRankSum=2.023;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:592,78:0.12:670
chr11	1017384	rs34095361	G	C	4689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=655;ExcessHet=3.0103;FS=2.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQRankSum=-13.140;QD=7.17;ReadPosRankSum=1.888;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:451,203:0.31:654
chr11	1017421	rs35549382	G	T	8116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=2;HapScore=1;MGOF=77;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-11.336;NF=135;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=1.506;SC=AAGGGTGTGGGTAGCCTGCTG;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=644;TCF=351;TCR=293;TR=250;WE=1017429;WS=1017411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:338,238:0.41:576
chr11	1017440	rs78729877	C	T	8942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FS=2.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQRankSum=-11.243;QD=15.83;ReadPosRankSum=-1.547;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:330,235:0.42:565
chr11	1017443	rs80266715	C	G	7340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=1;HapScore=1;MGOF=99;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.096;NF=177;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.310;SC=TGGTGGCCGACGTGGTGTGGG;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=683;TCF=370;TCR=313;TR=324;WE=1017451;WS=1017442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:372,196:0.35:568
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chr11	1017461	rs77216712	G	T	3121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FS=3.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQRankSum=-5.735;QD=5.59;ReadPosRankSum=-0.044;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:451,107:0.19:558
chr11	1017464	rs112874139	T	C	3315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FS=6.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQRankSum=-8.049;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.772;SOR=1.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:391,101:0.21:492
chr11	1017466	rs201054567	T	C	3527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FS=2.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQRankSum=-11.095;QD=7.00;ReadPosRankSum=2.785;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:395,109:0.22:504
chr11	1017467	.	G	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DP=558;ExcessHet=3.0103;FS=2.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQRankSum=-4.266;QD=0.57;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:510,45:0.08:555
chr11	1017470	rs75533660	G	T	5263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FS=3.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQRankSum=-10.903;QD=9.45;ReadPosRankSum=3.027;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:406,151:0.27:557
chr11	1017474	.	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DP=576;ExcessHet=3.0103;FS=2.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQRankSum=-3.350;QD=0.44;ReadPosRankSum=0.794;SOR=1.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:533,41:0.07:574
chr11	1017483	rs79986665	T	G	4147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FS=0.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQRankSum=-12.105;QD=6.97;ReadPosRankSum=5.555;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:469,126:0.21:595
chr11	1017495	rs67507057	ATGC	A	787.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FS=0.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQRankSum=-10.172;QD=1.30;ReadPosRankSum=7.000;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:546,61:0.10:607
chr11	1017498	rs76707565	C	G	2263.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FS=6.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQRankSum=-8.762;QD=4.17;ReadPosRankSum=2.401;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:454,89:0.16:543
chr11	1017514	rs79037833	A	G	6185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.575;HP=3;HapScore=1;MGOF=88;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-15.879;NF=152;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=4.751;SC=GTAGAAGTTGAGGTGACTTCA;SOR=0.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=717;TCF=380;TCR=337;TR=285;WE=1017522;WS=1017504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:429,182:0.30:611
chr11	1017529	rs200644196	G	A	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FS=2.950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQRankSum=-2.142;QD=1.74;ReadPosRankSum=3.730;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:540,70:0.11:610
chr11	1017552	rs35868469	T	C	3195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=0.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=-3.168;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,176:0.47:377
chr11	1017596	rs201522029	T	G	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FS=0.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.376;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:323,114:0.26:437
chr11	1017655	rs201234174	G	A	2304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FS=2.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.905;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.687;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:350,142:0.29:492
chr11	1017746	.	T	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MMLQ=22;NF=193;NR=215;PP=2962;QD=20;SC=TGGCTGTGTTTAATGAGCTCA;SbPval=0.63;Source=Platypus;TCF=493;TR=408;WE=1017754;WS=1017736;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:587,408:0.41:995
chr11	1017773	rs57384288	G	A	4438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FS=0.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=-1.339;QD=7.97;ReadPosRankSum=2.493;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:416,141:0.25:557
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chr11	1017833	rs373775476	C	T	2671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=716;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-7.313;QD=3.77;ReadPosRankSum=-1.855;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:591,117:0.17:708
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chr11	1018116	rs10902269	T	G	3495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.379;HP=1;HapScore=1;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.548;NF=39;NR=47;PP=1023;ReadPosRankSum=2.300;SC=GGTGGCTGAGTTGGTGTGGGC;SOR=0.797;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=203;TCF=106;TCR=97;TR=86;WE=1018124;WS=1018106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,99:0.42:233
chr11	1018138	rs71454075	T	C	3457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=3.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-4.880;QD=14.23;ReadPosRankSum=1.739;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,93:0.38:243
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chr11	1018192	.	C	T	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.341;ClippingRankSum=0.000;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=11.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-5.449;QD=8.25;ReadPosRankSum=-2.473;SOR=1.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,52:0.25:212
chr11	1018196	.	A	T	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=11.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-5.534;QD=7.60;ReadPosRankSum=-3.034;SOR=1.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,50:0.24:208
chr11	1018215	.	G	GCA	1076.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=8.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQRankSum=-7.370;QD=5.52;ReadPosRankSum=-1.762;SOR=1.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,36:0.18:195
chr11	1018218	.	T	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.417;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=23.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=-7.754;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.903;SOR=2.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,25:0.13:187
chr11	1018220	.	T	A	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.760;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=14.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=-7.588;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.413;SOR=1.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,26:0.14:185
chr11	1018222	.	AAT	A	485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.363;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=18.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-7.499;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.753;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,23:0.13:175
chr11	1018226	.	T	G	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.325;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=15.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-7.654;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.246;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,24:0.14:169
chr11	1018229	rs77630889	C	G	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=13.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQRankSum=-8.895;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.514;SOR=1.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,25:0.15:167
chr11	1018232	rs113063572	G	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=7.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQRankSum=-9.746;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=1.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,26:0.16:167
chr11	1018237	rs79892432	GT	AG	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.749;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=-9.903;QD=4.70;ReadPosRankSum=-2.029;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,30:0.18:169
chr11	1018245	rs76423553	TT	GC	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=2.740;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=-10.684;QD=6.86;ReadPosRankSum=-1.231;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,27:0.16:164
chr11	1018256	.	T	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.287;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=11.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQRankSum=-6.761;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.586;SOR=2.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,17:0.09:181
chr11	1018262	rs78003962	GT	CG	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=2.010;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQRankSum=-7.839;QD=1.54;ReadPosRankSum=-2.735;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,19:0.10:185
chr11	1018266	.	G	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.025;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=12.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-5.923;QD=0.33;ReadPosRankSum=0.418;SOR=2.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,15:0.08:189
chr11	1018279	rs201852389	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=13.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=-5.615;QD=0.68;ReadPosRankSum=-0.747;SOR=2.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,13:0.07:194
chr11	1018291	.	G	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=6.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQRankSum=-5.938;QD=1.13;ReadPosRankSum=-1.499;SOR=1.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,19:0.10:197
chr11	1018295	rs73403297	T	C	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-7.989;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.953;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,34:0.18:188
chr11	1018313	rs75499910	G	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=7.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQRankSum=-7.207;QD=0.82;ReadPosRankSum=-1.219;SOR=1.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,16:0.09:187
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chr11	1018340	rs77556339	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQRankSum=-7.506;QD=0.24;ReadPosRankSum=-0.243;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,13:0.08:172
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chr11	1093430	rs199573018	C	A	3931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1696;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQRankSum=8.751;QD=2.52;ReadPosRankSum=6.080;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1209,354:0.23:1563
chr11	1093452	.	G	A	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MMLQ=16;MQ=48.91;NF=227;NR=431;PP=2962;QD=20;SC=CCCCAACCCCGACACCCACCG;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=2055;TCF=951;TCR=1104;TR=658;WE=1093460;WS=1093442;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1397,658:0.32:2055
chr11	1093512	rs34493663	C	A	6255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1093;ExcessHet=3.0103;FS=2.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=-1.875;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:710,377:0.35:1087
chr11	1093600	rs74193969	G	A	17918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=7.506;NF=381;NR=330;PP=2962;ReadPosRankSum=0.204;SC=AACACCCACCGGCACACAGAC;SOR=0.364;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=871;TCF=424;TCR=447;TR=711;WE=1093608;WS=1093590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,684:0.99:688
chr11	1093710	rs7944723	C	G	27915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1077;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=515;NR=512;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.097;SC=GCACAGCACCCATTGCTGAGT;SOR=0.224;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1028;TCF=516;TCR=512;TR=1027;WE=1093718;WS=1093700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1075:1.00:1076
chr11	1093945	rs7934606	T	C	4762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=145;PP=2965;SC=TAAGCAGAGCTGCTTGGTTCC;SOR=3.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=32;TCR=145;TR=177;WE=1093953;WS=1093935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	1094629	rs11245950	T	C	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=12;PP=1452;SC=AGATGTGCAATGTCTCAGCCC;SOR=2.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=59;TCR=12;TR=71;WE=1094637;WS=1094619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	1094690	rs10794291	C	T	3994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr11	1094753	rs10794292	A	C	9926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr11	1095082	rs6597999	A	C	3254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=30;PP=2206;SC=CTGCCTCCGGATAGCCCTGCC;SOR=1.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=74;TCR=30;TR=104;WE=1095090;WS=1095072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	1096494	rs6421972	T	C	13655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=217;NR=240;PP=2965;SC=AGGTGTCCTGTCCCCGCACCC;SOR=0.862;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=460;TCF=218;TCR=242;TR=457;WE=1096502;WS=1096484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr11	1098637	rs12418069	A	G	5262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=74;PP=2906;ReadPosRankSum=0.804;SC=CTCTCCCTGCACAGCCTGTTT;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=110;TCR=75;TR=183;WE=1098645;WS=1098627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,207:0.99:209
chr11	1099523	rs72655345	C	T	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=482;ReadPosRankSum=0.777;SC=ACCTGCGGTACGCCACCCACT;SOR=0.581;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=40;WE=1099531;WS=1099513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,42:0.38:112
chr11	1100905	rs7396585	G	A	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.07;ReadPosRankSum=0.998;SOR=1.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,74:0.96:77
chr11	1101649	rs7480563	T	C	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	1101864	rs41447547	C	A	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.869;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=19;PP=1095;ReadPosRankSum=-0.588;SC=CAGGTGGCCGCCCCGGGGCAG;SOR=0.878;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=64;WE=1101872;WS=1101854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr11	1103786	rs9988872	A	G	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=73;NR=47;PP=2148;SC=GCCCTGCCCTAAGCCGCTGCC;SOR=1.092;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=73;TCR=47;TR=120;WE=1103794;WS=1103776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	1158073	rs28691231	T	C	10196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=169;NR=188;PP=2965;SC=GCTCCCCCTGTGCAGACACCT;SOR=0.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=358;TCF=169;TCR=189;TR=357;WE=1158081;WS=1158063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr11	1158834	rs28433367	C	T	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=1;PP=460;SC=GCCCCCGTCCCGGGCCCCTGG;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=1158842;WS=1158824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	1159133	rs35917282	G	A	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=43;PP=1768;SC=TGGGGGTTGCGACCCAGGCCG;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=86;WE=1159141;WS=1159123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	1159150	rs28542750	A	T	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=37;PP=1694;SC=GCCGGCAGGCACCCTCGTCTG;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=74;WE=1159158;WS=1159140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	1159239	rs368813382	G	A	3204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=43;PP=1920;ReadPosRankSum=-1.134;SC=TCCTGGGGCCGGCACCCACGT;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=107;WE=1159247;WS=1159229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,118:0.98:120
chr11	1161315	rs28403537	T	C	4948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=79;PP=2596;SC=CTGGATGGGGTGCAGACGGTG;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=93;TCR=79;TR=172;WE=1161323;WS=1161305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr11	1213115	rs113511365	C	T	12678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1740;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-15.591;QD=7.82;ReadPosRankSum=-5.688;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1184,438:0.27:1622
chr11	1213125	rs78716500	G	A	11100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1646;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-15.228;QD=6.79;ReadPosRankSum=-8.229;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1271,363:0.22:1634
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chr11	1213155	rs77137100	C	T	3978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1918;ExcessHet=3.0103;FS=0.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-20.315;QD=2.09;ReadPosRankSum=-27.455;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1413,488:0.26:1901
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chr11	1213272	rs78252457	A	C	58278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2567;ExcessHet=3.0103;FS=0.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=22.89;ReadPosRankSum=0.606;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:874,1672:0.66:2546
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chr11	1213281	rs75618268	C	T	67870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2485;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=27.54;ReadPosRankSum=1.369;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:834,1630:0.66:2464
chr11	1213284	rs200981907	C	T	14530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2452;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=1.778;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1935,496:0.20:2431
chr11	1213287	rs112774721	G	A	18008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2411;ExcessHet=3.0103;FS=0.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=7.54;ReadPosRankSum=1.964;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1827,562:0.24:2389
chr11	1213293	rs77207494	C	T	39161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=431;NR=514;PP=2962;ReadPosRankSum=0.339;SC=ACGTGGACTTCCCATCCCCTG;SOR=0.651;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=2600;TCF=1241;TCR=1359;TR=945;WE=1213301;WS=1213235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1354,997:0.42:2351
chr11	1213314	rs73395695	C	T	34247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=85;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=659;NR=644;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.987;SC=GACCCCACGGCGGGGACAAGG;SOR=0.672;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=2561;TCF=1229;TCR=1332;TR=1303;WE=1213322;WS=1213304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1270,969:0.43:2239
chr11	1213405	rs67262263	G	A	27247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2056;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=400;NR=441;PP=2962;ReadPosRankSum=1.924;SC=GTGCCGAGCCGAGAGCCACCC;SOR=0.690;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=2001;TCF=946;TCR=1055;TR=841;WE=1213448;WS=1213395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1169,883:0.43:2052
chr11	1213416	rs78511643	G	A	9770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1955;ExcessHet=3.0103;FS=0.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.866;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1366,580:0.30:1946
chr11	1213424	rs61867531	A	G	57658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1841;ExcessHet=3.0103;FS=0.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.47;ReadPosRankSum=3.562;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:429,1403:0.77:1832
chr11	1213428	rs61867532	T	C	37427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1800;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.86;ReadPosRankSum=1.399;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:715,1079:0.60:1794
chr11	1213440	rs61867533	T	C	51548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1647;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=565;NR=743;PP=2962;ReadPosRankSum=4.680;SC=AACACCTGGGTCAGGTGGTGC;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=1719;TCF=764;TCR=955;TR=1308;WE=1213448;WS=1213395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:409,1232:0.75:1641
chr11	1213460	rs200307483	G	A	3059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1489;ExcessHet=3.0103;FS=2.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=1.023;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1310,168:0.11:1478
chr11	1213461	rs61867534	T	G	14686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=288;NR=428;PP=2962;ReadPosRankSum=2.655;SC=AGTGCAGCCGTGAAGAGGGCC;SOR=0.707;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=1590;TCF=681;TCR=909;TR=716;WE=1213469;WS=1213450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:656,671:0.51:1327
chr11	1213533	rs73395699	C	T	9353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1040;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.113;HP=2;HapScore=1;MGOF=114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=410;PP=2962;ReadPosRankSum=-9.592;SC=ACGAGGTGCGCGTGCTCTGCT;SOR=1.001;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=1105;TCF=446;TCR=659;TR=573;WE=1213541;WS=1213523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:528,465:0.47:993
chr11	1215271	rs71025716	GA	G	1503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=7;PP=1484;SC=CTGTTGGGAGGAAAGCCCCAG;SOR=2.409;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=1215279;WS=1215261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	1216316	rs58550179	G	GC	14414.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=121;PP=2965;SC=GAGATGTCCGGCTCTGGAACG;SOR=1.024;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=83;TCR=122;TR=203;WE=1216324;WS=1216306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr11	1216333	rs60138698	TA	T	15262.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=130;PP=2957;SC=AACGTGAGCATACCCTGACCA;SOR=1.088;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=213;TCF=82;TCR=131;TR=211;WE=1216341;WS=1216323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr11	1216440	rs28415193	G	C	14529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=259;NR=260;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.845;SC=GGTCTACCACGGTCGGGCCCA;SOR=0.755;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=522;TCF=261;TCR=261;TR=519;WE=1216448;WS=1216430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,567:1.00:569
chr11	1216491	rs1132434	G	C	22084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=223;NR=278;PP=2965;SC=CCATCTGCCAGCTGATTCTGA;SOR=0.994;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=501;TCF=223;TCR=278;TR=501;WE=1216499;WS=1216481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,551:1.00:551
chr11	1218143	rs28515631	A	C	5880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=112;PP=2965;SC=AGGTGAGTGGAAGGCATGGCC;SOR=1.067;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=86;TCR=112;TR=198;WE=1218151;WS=1218133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr11	1219626	rs56013970	C	T	7677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr11	1220967	rs1132436	C	T	5418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.480;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=71;PP=2965;ReadPosRankSum=1.871;SC=TTCTGCCCGCCGCCCCCGCCC;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=123;TCR=73;TR=192;WE=1220975;WS=1220957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,201:1.00:202
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chr11	1221817	rs1132440	G	C	5306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.21;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
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chr11	1457472	rs115584864	G	C	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.32;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr11	1462217	rs9651643	C	T	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=34;PP=933;SC=CAGTGCGCTACCACAGATGCC;SOR=3.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=1462225;WS=1462207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	1464903	rs56896587	CG	C	1830.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.258;NF=0;NR=43;PP=1208;ReadPosRankSum=0.199;SC=CAGAGCGTGGCGGGGGGGCGC;SOR=1.852;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=0;TCR=53;TR=43;WE=1464911;WS=1464893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr11	1471095	rs117021012	C	T	4003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.390;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.265;SC=CCACCCAGCTCGGATGCACAG;SOR=2.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=207;TCF=76;TCR=131;TR=199;WE=1471103;WS=1471085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,188:0.99:190
chr11	1471154	rs11028332	C	T	2474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=64;PP=1840;SC=GGCAGCCTCGCGGACCCTGGG;SOR=2.117;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=108;TCF=44;TCR=64;TR=104;WE=1471162;WS=1471144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	1472050	rs61869028	A	G	2801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=61;PP=1849;SC=GAGGCGCCAGAGTGGGGCTGG;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=33;TCR=61;TR=94;WE=1472058;WS=1472040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	1472475	rs3838784	TG	T	5073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=53;PP=2610;SC=CCAGTGCCCCTGGGGGGGCTG;SOR=1.234;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=47;TCR=59;TR=94;WE=1472483;WS=1472465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	1477768	rs67861777	C	T	9509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=186;PP=2965;SC=GGTGAGCTGGCGCCCCCAGGG;SOR=0.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=336;TCF=148;TCR=188;TR=334;WE=1477776;WS=1477758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr11	1481610	rs28555282	T	C	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.76;QD=26.09;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	1481690	rs150300634	CCTT	C,CT	2472.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.85;QD=36.91;SOR=1.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,26,41:0.39,0.61:67
chr11	1481930	rs4963048	A	G	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.29;SOR=6.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	1481962	rs34875491	GC	G	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.904;HP=11;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=161;ReadPosRankSum=1.143;SC=AGACACACTAGCCCCCCCCCC;SOR=3.258;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=14;WE=1481970;WS=1481952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr11	1491096	rs9440	G	A	9832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=180;PP=2965;SC=GGGGCTGCACGGAGACCAGAG;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=348;TCF=167;TCR=181;TR=347;WE=1491104;WS=1491086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr11	1492445	rs4881724	A	G	3056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=27;PP=2248;SC=CCGGCACAGGAGCTTGGTCAC;SOR=2.086;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=75;TCR=27;TR=102;WE=1492453;WS=1492435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	1501670	rs10742185	G	C	5352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr11	1502097	rs10767696	A	G	3738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=68;PP=2274;SC=TCTTGCCATTAGGCTTGGCTT;SOR=1.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=55;TCR=68;TR=123;WE=1502105;WS=1502087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	1502401	rs4881735	A	C	4263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	1507512	rs1881502	T	C	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=4;PP=1150;SC=CCTGGACAGCTTGCGTGTGGC;SOR=4.174;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=41;WE=1507520;WS=1507508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	1507731	rs1881503	A	G	7508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr11	1509238	rs2334554	T	C	11876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=60.02;NF=225;NR=188;PP=2965;SC=CCCTAAGCCATGCTCTGAGCA;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=413;TCF=225;TCR=188;TR=413;WE=1509246;WS=1509228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr11	1509421	rs2334553	G	A	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=34;PP=964;ReadPosRankSum=-0.643;SC=CCAACAGCAGGGACACAGGTG;SOR=2.170;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=40;WE=1509429;WS=1509411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr11	1576005	rs59483236	T	C	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=19;PP=384;SC=AACAGACATATGGGAGGCAAA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=1576013;WS=1575995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	1576137	rs11604635	C	T	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=79;SC=ACAGAGGGAACGGGAACAGGA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=1576145;WS=1576127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	1576235	rs6578504	T	C	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=5;PP=261;SC=GGCGGCTGGCTGGGGCGGGAT;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=1576243;WS=1576225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	1576283	rs11603496	G	A	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	1576863	rs12576976	A	G	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=6;PP=191;SC=CTCTCCTGCAATGGTGCCACC;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=1576871;WS=1576853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	1578090	rs7129499	G	A	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=4;NR=5;PP=104;SC=CTGGGGAGTCGAGCGGCGGTG;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=1578098;WS=1578080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	1585277	rs3740620	C	T	4270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=72;PP=2277;SC=GCCCTGGCCCCGTCCCAGATA;SOR=0.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=73;TCR=72;TR=145;WE=1585285;WS=1585267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	1606120	.	ACCACAGCCACCCTTGGATCCCCCACAAGAG	A	2792.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=37;PP=2915;SC=CACAGCCGGAACCACAGCCAC;SOR=1.917;SbPval=1.0;Source=Platypus;TCF=0;TR=37;WE=1606157;WS=1606110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	1619172	.	ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG	A	1960.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=20.64;SOR=2.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,90:0.95:95
chr11	1628844	rs1989592	A	G	5894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=135;NR=70;PP=2965;SC=CACAGCTGCAATCATTCCTGG;SOR=1.385;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=135;TCR=70;TR=205;WE=1628852;WS=1628834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr11	1628965	rs57186801	G	A	19183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=225;NR=213;PP=2965;SC=GCTTGCAGCAGCTGGACTGGC;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=450;TCF=233;TCR=217;TR=438;WE=1628973;WS=1628955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr11	1628992	rs60210378	G	A	18717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.49;QD=40.96;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr11	1630342	rs10837527	T	A	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	1651169	rs71454095	T	C	7240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.43;QD=44.42;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	1651199	.	A	AGGCTGTGGCTCC	1554.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.10;QD=37.92;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	1651228	rs71454096	C	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=66.65;QD=10.92;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:0,3:1.00:3
chr11	1651540	rs61867581	C	G	7629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.39;QD=45.42;SOR=1.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	1651550	rs61867582	C	T	8048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.97;QD=42.14;SOR=1.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	1651613	.	TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC	T	9556.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=39;NR=88;PP=2915;SC=GCTGTAAGCCTTACTGCTGCC;SOR=0.930;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=165;TCF=49;TCR=116;TR=127;WE=1651650;WS=1651603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr11	1651830	rs4752770	G	T	6647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=137;PP=2965;SC=GAAGGGCCCGGCTGCCCAGCT;SOR=1.352;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=221;TCF=83;TCR=138;TR=220;WE=1651838;WS=1651820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr11	1651917	rs4752769	C	T	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=40;PP=1137;SC=CACCAGTGCTCCCGAAACTGA;SOR=7.428;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=40;WE=1651925;WS=1651907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	1756681	rs7943617	G	A	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=33;PP=996;SC=AGGAGGACAGGAAATGGGCAG;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=59;WE=1756689;WS=1756671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	1770224	rs111693235	C	G	3488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=4.055;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.06;ReadPosRankSum=-0.521;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,144:0.99:145
chr11	1771797	rs3740621	T	C	6443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=168;PP=2965;ReadPosRankSum=0.253;SC=CCTGTCTGCCTGCCTGTGCCT;SOR=1.183;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=252;TCF=82;TCR=170;TR=249;WE=1771805;WS=1771787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,252:0.99:255
chr11	1776024	rs55725229	TC	T	1587.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=9;PP=1327;SC=CTTGCCCAGCTCCCACTACTC;SOR=2.303;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=33;WE=1776032;WS=1776014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	1853107	rs616594	C	T	5372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=113;PP=2965;SC=TGGCCGGCCACAGGAAGTGGT;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=205;TCF=92;TCR=113;TR=200;WE=1853129;WS=1853097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr11	1853121	rs867839	C	T	5483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.159;NF=80;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.460;SC=AAGTGGTGGGCGTCAGGTGAG;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=82;TCR=107;TR=185;WE=1853129;WS=1853097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,212:0.99:215
chr11	1857042	rs907605	G	T	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=17;PP=738;SC=GTCATGCAAGGGCTGCCCGGG;SOR=0.929;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=39;WE=1857050;WS=1857032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	1857173	rs564271	T	C	4486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=67;PP=2220;SC=GCAATGGGGGTGCCTGCAGCT;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=87;TCR=67;TR=153;WE=1857181;WS=1857163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	1857243	rs907608	G	A	4545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=65;PP=2723;ReadPosRankSum=0.048;SC=CAGGACCAGCGGTTCTGCGAG;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=102;TCR=66;TR=165;WE=1857251;WS=1857233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,177:0.99:179
chr11	1857270	rs907609	C	T	4422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.85;ReadPosRankSum=-1.423;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,176:0.99:178
chr11	1857747	rs3741232	T	C	10098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.49;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr11	1857751	rs3741231	C	G	10116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.37;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr11	1857930	rs3741229	G	A	2740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=45;PP=1795;SC=GGGGGTCTGAGCCCCAACTCG;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=92;WE=1857938;WS=1857920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	1858572	rs2292474	C	T	8594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=150;NR=141;PP=2965;SC=CATTGCCCAGCGGCACCCCCT;SOR=0.731;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=293;TCF=150;TCR=143;TR=291;WE=1858580;WS=1858562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr11	1861760	rs907610	T	C	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=38;PP=1089;SC=CACCGCAGAGTGTGATGCTGC;SOR=1.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=74;WE=1861768;WS=1861750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	1874221	rs907612	C	T	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=256;SC=CAAGCCGAGACAGGTTCCAAA;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=1874229;WS=1874211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	1874292	rs907613	G	A	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=16;PP=824;SC=CTCAGAAGCCGCCCCAGAAAG;SOR=1.140;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=50;WE=1874300;WS=1874282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	1880596	rs7929314	C	G	144.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	1880811	rs571122	G	A	3023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	1887806	rs7938342	T	A	4423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=2.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr11	1890810	rs501124	G	A	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	1890990	rs592373	G	A	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.55;QD=23.96;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	1891035	rs61278563	G	GA	1233.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=27;PP=1173;SC=GGGCGTGGGGGGGGCTGGTTT;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=30;WE=1891043;WS=1891025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	1901467	rs2271439	A	C	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=29;PP=908;SC=GAGCAGCCCCATAACGCGTGC;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=1901475;WS=1901457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	1902635	rs536462	G	T	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	1905146	rs370517012	GT	G	2437.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.847;NF=38;NR=42;PP=1203;ReadPosRankSum=1.372;SC=TGGGATGTCTGTTTTTTTTTT;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=80;WE=1905155;WS=1905136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,132:0.92:143
chr11	1910707	rs613638	T	C	3950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=55;PP=1860;SC=TCTGTGGGGGTGGGCACCTCT;SOR=0.789;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=72;TCR=55;TR=126;WE=1910715;WS=1910697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	1911115	rs11041692	T	C	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	1944050	rs370860604	CCT	C	1136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=2.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.768;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:329,70:0.18:399
chr11	1944202	rs965912	A	G	7432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=114;NR=137;PP=2965;SC=AGCATGCGCTATCTTGCACAA;SOR=0.998;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=251;TCF=114;TCR=137;TR=251;WE=1944210;WS=1944192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr11	1944636	rs2734500	A	T	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=22;PP=1673;SC=GCGCCTCCTCAGGGCCCGAGG;SOR=1.995;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=61;TCR=22;TR=82;WE=1944644;WS=1944626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	1948186	rs7125631	T	C	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=37;PP=820;SC=AGGCCCTTCCTGGGCTGCCAA;SOR=2.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=45;WE=1948194;WS=1948176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	1968455	rs907601	C	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=1;PP=349;SC=GGCACGGGCGCGCGGCACGGG;SOR=3.160;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=20;WE=1968463;WS=1968447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	1973205	rs217205	T	C	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=312;SC=CTGCCTGGCCTCACTAGTGCC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=1973213;WS=1973195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	1976988	rs177720	A	G	3227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=1.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	1977016	rs189661478	G	C	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=27;NR=35;PP=1054;SC=TTCTTCGTACGTGATGTTCAC;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=62;WE=1977024;WS=1977006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	1977552	rs12812	G	A	8492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=155;NR=151;PP=2965;SC=TGAAGGCAGCGCTGCCGACGA;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=308;TCF=155;TCR=153;TR=306;WE=1977560;WS=1977542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr11	1983444	rs217240	G	A	6817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=4.029;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.92;ReadPosRankSum=-0.693;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,262:1.00:263
chr11	2161858	rs3741212	A	G	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.06;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	2181060	rs3842753	T	G	2781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	2182004	rs5506	A	G	3619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	2182224	rs689	A	T	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=22;PP=669;SC=GTGATCTGGGAGACAGGCAGG;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=2182232;WS=2182214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	2187071	rs6578990	T	C	3892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NR=58;SC=GTGACCAGGATACCACCCCCA;SOR=0.723;Source=Platypus;TCR=58;WE=2187079;WS=2187061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	2187398	rs4072823	T	G	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=39;PP=1111;SC=GACACTTCCCTGGCGGCAGAG;SOR=2.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=49;WE=2187406;WS=2187388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	2187855	rs12419447	G	C	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=39;NR=22;PP=953;SC=GCCAGGGCGCGCACTCACGGC;SOR=0.864;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=61;WE=2187863;WS=2187845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	2188238	rs6357	C	T	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=53;NR=43;PP=1527;SC=CGTAGAGGCCCTTCAGCGTGG;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=96;WE=2188246;WS=2188228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	2188566	rs7925924	C	T	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=9;PP=498;SC=TTAGTCTCTCCTGTTGTGCCA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=2188574;WS=2188556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	2189983	rs4930043	C	T	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=25;PP=902;SC=GGAGGCACATCTGGCTGGCTG;SOR=6.091;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=2189991;WS=2189973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	2194175	rs10743149	T	C	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=58;NR=38;PP=1304;SC=GGCCAGAGCCTGCCTTGACAA;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=58;TCR=38;TR=96;WE=2194183;WS=2194165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	2320884	rs1501466	A	G	4491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=76;PP=2424;SC=GAACAAGGGCACCATGGGCGG;SOR=1.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=63;TCR=76;TR=139;WE=2320892;WS=2320874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	2320966	rs16928081	C	T	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.823;HP=4;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-2.868;NF=25;NR=47;PP=1436;ReadPosRankSum=-0.743;SC=GTAGAGTGAGCGGGCGCACCT;SOR=1.513;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=72;WE=2320974;WS=2320956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr11	2321059	.	TCTGCACACGCATCCACGCCTGCACACGCATCCATGC	T	2957	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=21;MQ=64.36;NF=4;NR=13;PP=2957;QD=20;SC=CACATCCACGTCTGCACACGC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=17;WE=2321102;WS=2321049;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr11	2321650	rs2651823	A	G	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	2321899	rs2285568	C	T	3679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=58;PP=2221;SC=CGCCCTGCTCCGAAATTCTTC;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=125;WE=2321907;WS=2321889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	2323029	rs756924	T	C	12756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.52;ReadPosRankSum=1.713;SOR=0.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,480:1.00:481
chr11	2324041	rs2074022	A	G	3812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=36;PP=1887;SC=CAGCAGTCCCATGCCCCACAC;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=87;TCR=36;TR=123;WE=2324049;WS=2324031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	2324852	rs2651824	A	C	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=403;SC=GAGGTCAGGGATACTGCCTTA;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=18;WE=2324860;WS=2324842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	2330400	rs2521273	G	A	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.83;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	2330479	rs2521274	G	A	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=14;PP=908;SC=TGGGGCAGACGGTACCAGTGG;SOR=1.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=2330487;WS=2330469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	2330518	rs7108898	G	A	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=21;PP=1091;SC=CGCGGACTGGGGTGTCGCAGC;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=62;WE=2330526;WS=2330508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	2330596	rs7112919	C	T	2905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	2337012	rs11022252	G	C	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=5;PP=563;SC=GAACCAGGAAGCTGGGACTGT;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=2337020;WS=2337002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	2337693	rs2234308	G	A	8079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=154;NR=120;PP=2965;SC=GGTGTGACAGGGCCTGCCTCC;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=274;TCF=154;TCR=120;TR=274;WE=2337701;WS=2337683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr11	2356603	rs2651795	T	C	4236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=95;NR=59;PP=2406;SC=TCCAACTTGTTGAGACTTGGC;SOR=1.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=95;TCR=59;TR=154;WE=2356611;WS=2356593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	2356769	rs2651794	T	C	9609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=177;NR=151;PP=2965;SC=TACACCTGGATTACCTTGCCA;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=328;TCF=177;TCR=151;TR=328;WE=2356777;WS=2356759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr11	2357108	rs2173888	C	G	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=36;PP=1001;SC=TGTTGGACATCCTCACCAACA;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=43;WE=2357116;WS=2357098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	2400338	rs2651796	C	G	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	2407084	rs71029143	G	GT	10341.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=105;PP=2957;SC=TACAAGAAACGTGCTAGAACA;SOR=0.965;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=132;TCF=21;TCR=111;TR=126;WE=2407092;WS=2407074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr11	2424684	rs2234283	A	C	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=48;PP=1761;SC=TGGGGCAGCCACCATGGAGGC;SOR=0.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=93;WE=2424692;WS=2424674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	2426984	rs2301696	G	C	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=31;PP=986;SC=AGGCTCCCGTGAGGCGTGTAG;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=2426992;WS=2426974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	2427291	rs800342	A	C	11538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=218;NR=185;PP=2965;SC=GCTCTCTCAGACCCCCGAGGT;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=404;TCF=218;TCR=186;TR=403;WE=2427299;WS=2427281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr11	2427364	rs61873460	T	C	7067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=122;NR=132;PP=2965;SC=GGCCACGCGGTGCTCTGCGTG;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=122;TCR=132;TR=254;WE=2427372;WS=2427354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr11	2432820	rs2651822	A	G	6865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=128;NR=105;PP=2965;SC=CAGGCAGGGGATTGCTGTCCC;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=128;TCR=105;TR=233;WE=2432828;WS=2432810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr11	2432852	rs149788787	C	T	7624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=143;NR=121;PP=2965;SC=GGCCAGGGCCCCCGGGGGCTC;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=265;TCF=144;TCR=121;TR=264;WE=2432860;WS=2432842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr11	2435910	rs76270811	G	GC	1304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=10;PP=911;SC=ATCCTCCCCCGCGCGCGGGCC;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=2435918;WS=2435900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	2435931	rs4929980	C	T	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=17;PP=975;SC=CGGCCCCAGCCGCCGGTCACT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=2435939;WS=2435921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	2435946	rs4929981	A	G	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.09;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	2435956	rs4929982	C	T	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.15;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	2439542	rs3986599	A	G	2799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=50;PP=1477;SC=CCCCGAGCCTACCAGGATCAG;SOR=1.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=90;WE=2439550;WS=2439532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	2439621	rs2074236	A	T	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=15;PP=667;SC=AGCGGACCCCAGATTAGCCCG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=2439629;WS=2439611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	2439651	rs886276	G	T	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=8;PP=639;SC=GGATGCAGGTGTCAGGGGTGC;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=2439659;WS=2439641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	2439672	rs147746598	T	TC	2087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=11;PP=1140;SC=CCCCATCCCTTCAGCCCTGTC;SOR=1.314;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=25;WE=2439680;WS=2439662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	2439767	rs886277	T	C	5142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=103;NR=58;PP=2935;SC=CTCCAAGGTGTTGGGATCACC;SOR=1.029;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=103;TCR=58;TR=161;WE=2439775;WS=2439757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr11	2439876	rs886278	G	A	4493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=83;PP=2746;SC=GTGACCACCCGGATCTCAGGC;SOR=0.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=78;TCR=84;TR=161;WE=2439884;WS=2439866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	2440001	rs143455543	G	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=23;PP=512;SC=TGAGGGCCGAGGGCTCCAATG;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=2440009;WS=2439991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	2440041	rs4244810	T	C	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=245;SC=ACGCGCACTTTGTGGCAACAG;SOR=3.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=2440049;WS=2440031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	2441686	rs35998237	T	TG	950.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=412;SC=CAGCTTGGGCTGGTCCCGCTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=11;WE=2441694;WS=2441676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	2542605	rs10400376	TA	GG	5373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	2549329	rs145292450	TGG	T	2791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=45;PP=1613;SC=CCCCATAAGGTGGGGGGCAGA;SOR=2.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=47;WE=2549338;WS=2549319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	2683357	rs760419	A	G	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=57;PP=1851;SC=AGGGGACTGGAGCTCAAGGAG;SOR=1.561;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=89;WE=2683365;WS=2683347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	2789856	rs163161	A	G	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=1;PP=565;SC=CCACTCACAGATGAGGTGAAA;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=2789864;WS=2789850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	2797320	rs163150	A	G	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=26;PP=746;SC=GAGGGTGCCCAGGTCCTGCCC;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=2797328;WS=2797310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	2798448	rs163148	A	G	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=29;PP=761;SC=TCCAAAGTACATTTTACAAAG;SOR=3.202;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=2798456;WS=2798438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	2906070	.	TCCGGGGCCGGGGCCGGGGCGGGGGCCGGGG	T	453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.22;MQRankSum=4.463;QD=9.45;ReadPosRankSum=1.571;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr11	2920666	rs365605	C	T	6521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.638;SC=TGAGAAGCCACCTCTCCCAAA;SOR=1.019;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=138;TCR=90;TR=222;WE=2920674;WS=2920656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,252:0.98:256
chr11	2924591	rs1048046	G	A	5005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=53;PP=2965;SC=GGGAGCTCGGGCTCCCAGGGA;SOR=1.532;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=112;TCR=53;TR=165;WE=2924599;WS=2924581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	2924610	rs1048047	G	A	5949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=132;NR=74;PP=2965;SC=GACCAGGGCCGGTCCCCCGGC;SOR=1.322;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=132;TCR=74;TR=206;WE=2924618;WS=2924600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr11	2924850	rs34816459	T	TC	3197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=60;PP=2888;SC=CAGTTGGGACTCATGCCACGC;SOR=2.732;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=70;TCF=4;TCR=66;TR=64;WE=2924858;WS=2924840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	2929552	rs429886	A	G	3348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=55;PP=1519;SC=GCGGGCCGGTATTTGGCAGGT;SOR=1.010;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=50;TCR=55;TR=105;WE=2929560;WS=2929542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	2930395	rs10832891	G	C	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=43;PP=1634;ReadPosRankSum=-0.708;SC=GACCGCCTCCGTGAGGGTCCG;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=63;TCR=44;TR=104;WE=2930403;WS=2930385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,118:0.98:120
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chr11	2939392	rs445679	G	A	7942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=160;PP=2965;SC=GCCAGGGCCCGGCCCTTCCTC;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=130;TCR=160;TR=290;WE=2939400;WS=2939382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr11	2940492	rs450244	T	C	3954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
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chr11	2943912	rs2411773	G	A	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.15;QD=38.71;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	2943913	rs2411772	T	G	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.95;QD=47.31;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	2943916	rs2411771	A	T	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	2943921	rs1618222	A	G	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	2946522	rs3764896	G	A	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=23;PP=666;SC=GTCTGCCTGCGTCCTTCAGTG;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=2946530;WS=2946512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	2973159	rs2071117	G	A	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=47;PP=1320;SC=GTCCAGCCACGCTGCCTGCTG;SOR=1.356;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=77;WE=2973167;WS=2973149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	2975987	rs2073581	A	G	8049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.31;ReadPosRankSum=-1.173;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,314:0.99:318
chr11	2979798	rs7940694	G	T	5740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.51;ReadPosRankSum=-0.770;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,223:0.99:225
chr11	2986044	rs11603844	G	C	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=15;NR=23;PP=721;SC=CTCTCCCGAAGAGTCATGGTT;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=2986052;WS=2986034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	2993353	rs2411767	T	C	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	2997485	rs2277298	G	A	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=20;PP=508;SC=ACATACACCAGTGACTTCTTA;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=2997493;WS=2997475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	3000330	rs11826983	G	T	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=6;PP=313;SC=TCAGCTAGACGCTGAAATGCA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=3000338;WS=3000320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	3000395	rs10488674	C	T	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	3026692	rs4758458	T	G	3163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=36;PP=1220;ReadPosRankSum=1.761;SC=GTGAGAAGAGTCTGGGCTCTG;SOR=1.031;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=72;WE=3026700;WS=3026682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,80:0.98:82
chr11	3026712	rs7931504	C	T	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=31;PP=1007;SC=GTGGGCCGTCCCCACTGCGGG;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=59;WE=3026720;WS=3026702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	3028270	rs7950766	A	G	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=29;PP=820;SC=GTGCTGGGGAAGGAGGGGCCG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=3028278;WS=3028260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	3036933	rs2071104	G	T	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=16;PP=1504;SC=ACAGAGGAGGGGCAGTTCAGA;SOR=2.271;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=69;WE=3036941;WS=3036923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	3048140	rs494427	A	G	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=40;PP=1090;SC=TCTGTGGCCTATCTACTCTCT;SOR=1.385;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=62;WE=3048148;WS=3048130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	3061949	rs2285390	C	A	2320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=42;PP=1305;SC=TTACTTATGGCATTAAAATTT;SOR=1.395;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=72;WE=3061957;WS=3061939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	3076018	rs7934892	T	C	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=0;PP=170;SC=GAGCAGTGCCTGGCACAGACT;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=3076026;WS=3076008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	3076257	rs7945933	C	T	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	3078536	rs4758463	C	G	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=34;PP=1893;ReadPosRankSum=-1.144;SC=AGTCAGGCCCCCAGCCGCCCT;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=73;TCR=34;TR=106;WE=3078544;WS=3078526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,115:0.99:116
chr11	3108506	rs8813	G	A	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=18;NR=7;PP=407;SC=GGCTCTGTACGTATATATATG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=3108514;WS=3108496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	3109279	rs11553374	G	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=254;SC=ACCTGGGCCCGCAGCGCCTTG;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=3109292;WS=3109269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	3109284	rs3217567	G	GC	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=411;SC=GGCCCGCAGCGCCTTGTGGCC;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=3109292;WS=3109269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	3109403	rs2289999	A	G	4172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.39;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	3109408	rs2289998	C	T	4287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.31;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	3109426	rs10160757	T	C	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	3110976	rs895563	A	G	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.67;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	3111866	rs2277301	C	T	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	3113596	rs113239327	C	T	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=5;PP=581;SC=AGGTGAGGAGCGAGGGGTGGT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=29;WE=3113604;WS=3113586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr11	3121248	.	C	CAA	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=8.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.890;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr11	3128774	rs3741353	T	C	3133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=75;PP=2389;SC=TGCTCCGCACTTCACATACGT;SOR=2.147;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=29;TCR=76;TR=104;WE=3128782;WS=3128764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	3140627	rs11025457	C	T	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=5;PP=569;SC=GGCCTGACTCCGAGCCGGGCT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=3140635;WS=3140617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	3141530	rs34752531	C	G	7907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.45;SOR=1.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	3141537	rs55862536	T	C	8290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.18;SOR=1.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	3141744	rs34950527	C	T	9025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.03;MQRankSum=0.124;NF=148;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=0.838;SC=CGCAGCAGTGCAGCAGCACCG;SOR=0.538;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=325;TCF=149;TCR=176;TR=322;WE=3141752;WS=3141734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,347:0.99:350
chr11	3143030	rs6578322	T	C	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=1;PP=369;SC=TTCCTACCACTGGTGTCCTTA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=3143038;WS=3143028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	3147589	rs11603057	C	G	5548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=118;NR=71;PP=2965;SC=TTCCCCCGAACAGGCTGGAAT;SOR=1.118;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=119;TCR=71;TR=189;WE=3147597;WS=3147579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr11	3150391	rs2277300	C	T	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.56;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	3150482	rs11025526	A	G	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.48;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	3242833	rs7929163	G	C	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=4;PP=908;SC=TGATAAGAGAGTTTTTCCTTC;SOR=3.500;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=40;WE=3242841;WS=3242823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	3242907	rs11602794	G	A	4080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=55;PP=2506;ReadPosRankSum=-1.063;SC=CCAGAAATTCGGTCGTAAAGA;SOR=0.382;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=89;TCR=55;TR=143;WE=3242915;WS=3242897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,154:0.99:155
chr11	3242933	rs10833491	C	T	5210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=108;NR=72;PP=2965;SC=TTTCTCTTCACGTTTCTCAAA;SOR=0.977;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=109;TCR=73;TR=180;WE=3242941;WS=3242923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	3243346	rs11026004	C	T	3990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=62;PP=1952;SC=CTGGGTCCCTCCTGGCTGCCT;SOR=2.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=25;TCR=62;TR=87;WE=3243354;WS=3243336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	3243367	rs12280457	G	T	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=43;PP=1313;SC=CACCATCAGGGGCGGGATGAG;SOR=2.082;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=61;WE=3243375;WS=3243357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	3243427	rs12275900	T	C	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.60;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	3243435	rs117350168	C	T	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.78;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	3249039	rs34072539	A	C	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	3249552	rs4391795	C	T	2819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=36;PP=1747;SC=GTGCAGGCGCCGCTGAGCAGC;SOR=0.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=90;WE=3249560;WS=3249542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	3249984	rs12295710	C	T	4091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=69;PP=2159;SC=TCCTGGGCGCCGTTGGCGGCC;SOR=1.031;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=62;TCR=69;TR=129;WE=3249992;WS=3249974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	3361087	rs2073805	T	C	3746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	3381843	rs2157763	A	G	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;SC=ACAGATGAATACACTTTATGA;SOR=0.693;Source=Platypus;TCF=22;WE=3381851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	3382069	rs6578335	C	G	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=39;NR=36;PP=1214;SC=CCCACTGCAGCCCCCGCTCCT;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=75;WE=3382077;WS=3382059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	3382215	rs6578336	T	C	198.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=154;SC=TTCTGCCCCCTGTGACACGGA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=3382223;WS=3382205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	3383962	rs10734319	T	C	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=5;NR=7;PP=203;SC=CTAAAGTACATCTTTTCATTT;SOR=1.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=12;WE=3383970;WS=3383952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	3390006	rs7943767	T	C	2793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=48;NR=49;PP=1368;SC=ATTAAACTCATGCATATCCAC;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=48;TCR=49;TR=97;WE=3390014;WS=3389996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	3390173	rs1989786	A	T	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=21;PP=518;SC=AATCAAGCCTAAAATGTAAAA;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=3390181;WS=3390163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	3390547	rs7925972	G	C	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=235;SC=AAACCAGGGTGGGGGGGCGTT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=3390555;WS=3390537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	3392351	rs2269735	T	C	6242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.35;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	3392357	rs2269734	T	G	6150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.23;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	3392972	rs2269732	G	A	7572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=119;NR=140;PP=2965;SC=TACTTGATTCGAGGTGAAATG;SOR=1.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=119;TCR=141;TR=259;WE=3392980;WS=3392962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr11	3394894	rs10833820	G	A	6621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=142;PP=2965;SC=CACCTGCATCGTGAGAATATG;SOR=1.320;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=85;TCR=142;TR=227;WE=3394902;WS=3394884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr11	3394960	rs10833821	A	G	4188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=76;PP=2119;SC=CCATCAACAGAAAGACCAAGA;SOR=2.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=20;TCR=76;TR=96;WE=3394968;WS=3394950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	3398760	rs7932709	G	T	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	3398795	rs7932797	G	A	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	3400334	rs7931660	A	G	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	3400422	rs6578342	C	T	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=20;PP=564;SC=GGAAGCCGTCCTCTCCTCTCC;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=3400430;WS=3400412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	3661140	rs4910876	T	C	6416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=129;NR=102;PP=2965;SC=GGACAGAGTCTCCCAGCCTCT;SOR=0.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=130;TCR=104;TR=231;WE=3661148;WS=3661130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr11	3661585	rs3062849	A	ATGG	14406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=116;PP=2957;SC=CAGGGGCAGGATGGGAACAGC;SOR=1.003;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=151;TCF=20;TCR=131;TR=135;WE=3661593;WS=3661575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr11	3663021	rs75902876	G	A	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	3663170	rs7111519	G	C	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.21;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	3681051	rs61998205	C	G	12916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=240;NR=200;PP=2965;SC=CTCAGCCCCACCCGTCCATCC;SOR=0.861;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=441;TCF=240;TCR=201;TR=440;WE=3681059;WS=3681041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr11	3681115	rs35136756	A	G	16719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,642:1.00:642
chr11	3681519	rs2280134	T	C	6733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=112;NR=127;PP=2965;SC=GCCAGCAGACTGGCCCAGGGC;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=112;TCR=127;TR=239;WE=3681527;WS=3681509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr11	3704775	rs35532049	CT	C	236.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5262;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.516;NF=0;NR=8;PP=78;ReadPosRankSum=0.464;SC=AACTGCAGGTCTTTTTTTTTT;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=3704783;WS=3704765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr11	3797351	.	AT	A	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=1.282;QD=2.25;ReadPosRankSum=1.139;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr11	3829419	rs2278845	G	C	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=7;PP=440;SC=TTTCAGAAGGGCGAGGCTGGA;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=3829427;WS=3829409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	3838910	rs7946577	G	C	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=31;PP=1068;SC=GTCAGAGTCAGAGATAATTCA;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=3838918;WS=3838900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	3838953	rs10835147	T	C	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=19;PP=574;SC=AGAATCACAGTCCTCCCTGAG;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=3838961;WS=3838943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	3839292	.	T	TAAA	365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;QD=26.12;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr11	4103524	rs2304891	A	G	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	4104060	rs2898950	A	C	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=7;PP=683;SC=TTTCTCATTTATTCCATTCTC;SOR=1.473;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=29;WE=4104068;WS=4104050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	4104087	rs10767828	T	C	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=15;PP=887;SC=CTGCTCTTTTTGAGCTGGGGG;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=4104095;WS=4104077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	4104355	rs894455	T	C	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=1048;ReadPosRankSum=1.730;SC=ATTTATCTCCTGCCTTGCTCT;SOR=0.322;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=59;WE=4104363;WS=4104345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr11	4104745	rs2289570	C	G	4233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=77;PP=2442;SC=GACCTCTTTGCGGGGATGAAG;SOR=0.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=66;TCR=78;TR=143;WE=4104753;WS=4104735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	4116335	rs12801088	A	C	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=15;PP=458;SC=TGATGCCCAGACCGCCCGCCC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=4116343;WS=4116325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	4123345	rs1348310	C	G	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	4123427	rs232054	C	G	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	4128845	rs725518	G	A	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=20;PP=476;SC=TTTAAACACTGCAAAAGATAC;SOR=2.049;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=4128853;WS=4128835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	4130543	rs11030980	C	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	4133317	rs56336381	C	A	3499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=58;PP=2069;SC=TAGGGAAATACGCCTTGACCT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=109;WE=4133325;WS=4133307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	4141132	rs183484	C	A	3863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=75;NR=51;PP=2062;SC=CAACACAGCTCGATATGTGGA;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=75;TCR=51;TR=126;WE=4141140;WS=4141122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	4153767	rs10835662	A	G	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=26;PP=756;SC=AACTTTGATAAAGACAGTCAT;SOR=1.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=4153775;WS=4153757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	4159457	rs9937	A	G	3218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.98;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	4159466	rs1042858	G	A	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.25;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	4159764	rs1042919	A	T	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=12;PP=381;SC=GTTAATGATGATAATGATTTT;SOR=2.985;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=4159778;WS=4159754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	4159770	rs866902	AT	A	134.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.126;NF=0;NR=8;PP=118;ReadPosRankSum=-1.645;SC=GATGATAATGATTTTTTTTTT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=4159778;WS=4159754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr11	4185463	rs979941	T	C	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=22;PP=1125;SC=TGCTCAGCACTAGGGCAGATG;SOR=1.257;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=64;WE=4185471;WS=4185453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	4185595	rs979942	T	G	3589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=50;PP=1725;SC=TCTGTAGAGGTCACCTTGCTC;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=58;TCR=50;TR=107;WE=4185603;WS=4185585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	4388905	rs11031960	C	T	5361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=78;PP=2888;SC=AGACCACCGTCGACATTAGAA;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=95;TCR=78;TR=173;WE=4388913;WS=4388895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr11	4389587	rs7929171	G	C	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=14;PP=442;SC=GATAAAATCTGCAACATTCTT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=4389595;WS=4389577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	4389639	rs4910623	G	A	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=101;SC=CATAATCTTCGTCTTCTTTGA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=4389647;WS=4389629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	4409386	rs2554933	C	T	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=247;SC=GTCTTGAACGCGAACCTTTCA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=4409394;WS=4409379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	4409511	rs12805578	A	G	2795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=21;PP=1793;SC=TTGTAGAAGGAAACCCCTCCC;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=61;TCR=21;TR=82;WE=4409519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	4411002	rs926100	C	A	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=47;PP=1520;SC=ACAGCTTATTCGTCCCCCATG;SOR=1.153;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=82;WE=4411010;WS=4410992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	4562905	rs12420623	C	T	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=19;PP=632;SC=AACAAGGAGACTGATGAAGCC;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=4562913;WS=4562895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	4566377	rs2657168	C	T	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	4566711	rs2709182	C	T	4752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=77;PP=2483;SC=TTGGCCTGGACGCCTGCTTGG;SOR=0.938;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=77;TCR=77;TR=154;WE=4566719;WS=4566701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	4567335	rs2657167	C	G	4208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=79;PP=2480;SC=TCCGAGAGAGCCTTCTCCAAA;SOR=1.231;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=57;TCR=79;TR=136;WE=4567343;WS=4567325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	4594739	rs919519	C	T	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=9;PP=232;SC=GCACAGGAGTCTTTTTTACCC;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=4594747;WS=4594729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	4608262	rs12793957	A	C	5765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.44;QD=31.00;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	4615390	rs2010722	C	T	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.79;QD=28.85;SOR=2.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	4615508	rs2010719	C	G	5743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=124;NR=100;PP=2965;SC=TGGCCTCCTCCGTGGTACCCA;SOR=0.946;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=225;TCF=125;TCR=100;TR=224;WE=4615516;WS=4615498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr11	4621485	rs2231978	C	G	148.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=0;PP=56;SC=CCAAGCCTCTCTGGTTAGGGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=4621493;WS=4621475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	4622159	rs2231972	T	C	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=40;PP=1354;SC=GATGAAGGGGTGAGGCTGGAT;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=84;WE=4622167;WS=4622149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	4623788	rs931811	T	C	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=18;PP=511;SC=CTATTTTTCCTAGCTTCCTGT;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=4623796;WS=4623778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	4661285	rs905871	A	G	8448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=129;PP=2965;SC=CCTCTCCTCTATCACCATGCC;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=281;TCF=152;TCR=129;TR=280;WE=4661293;WS=4661275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr11	4674575	rs3817098	G	A	6073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=117;NR=91;PP=2965;SC=GTGACTCTCCGCTGCCCGTCA;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=117;TCR=92;TR=208;WE=4674583;WS=4674565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr11	4711986	rs11033350	T	C	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=31;PP=1588;SC=AATTCTACAATTTTATGTTTC;SOR=1.043;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=89;WE=4711994;WS=4711976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	4712353	rs11033352	T	C	6565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=119;NR=104;PP=2965;SC=TTGATTCTGGTGTCTGTGCAT;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=119;TCR=106;TR=223;WE=4712361;WS=4712343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr11	4729650	rs7122597	G	A	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.83;ReadPosRankSum=1.078;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr11	4729681	rs7123544	C	T	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.92;ReadPosRankSum=-0.158;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr11	4729684	rs7112068	T	C	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.92;ReadPosRankSum=-0.347;SOR=0.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr11	4729746	rs7108910	A	C	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=4.603;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.17;ReadPosRankSum=-0.631;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,58:0.94:62
chr11	4729814	rs7112203	T	A	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=467;ReadPosRankSum=0.505;SC=AAGGGGAACATAAATATGTTA;SOR=0.428;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=30;WE=4729822;WS=4729804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr11	4730985	rs4619142	C	T	10797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr11	4731180	rs4432013	G	A	8754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=160;NR=139;PP=2965;SC=CTTTATTGCCGTCTGTAACCC;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=299;TCF=160;TCR=139;TR=299;WE=4731188;WS=4731170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr11	4731583	rs4471413	C	T	7485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=137;NR=129;PP=2965;SC=AGTTTGTCACCAGTGCACAGA;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=138;TCR=129;TR=266;WE=4731591;WS=4731573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr11	4825566	rs61744541	G	A	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=36;PP=1493;SC=CAAGCAGGATGAAGGACACAG;SOR=0.809;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=78;WE=4825574;WS=4825556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	4827032	rs11033960	T	C	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=9;PP=1291;ReadPosRankSum=1.966;SC=TGTCTGTCTCTATTCATCTTA;SOR=1.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=56;WE=4827040;WS=4827022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr11	4869649	rs12361955	G	A	4701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=78;PP=2685;SC=AGTGCCAGGAGGATCATAGGG;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=80;TCR=79;TR=158;WE=4869657;WS=4869639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	4869906	rs7117260	A	C	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	4870139	rs11602455	G	A	2778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=37;PP=1836;SC=CTGAGGCAGGGACAGTGTGAG;SOR=1.037;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=56;TCR=37;TR=93;WE=4870147;WS=4870129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chr11	4870298	rs11601065	T	G	4175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=66;PP=2277;ReadPosRankSum=-0.740;SC=CATTTCCCAGTGCAGAGAGAA;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=73;TCR=67;TR=138;WE=4870306;WS=4870288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,160:0.99:162
chr11	4880892	rs11034368	T	C	5381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=109;NR=77;PP=2965;SC=TTCTTCAAATTTGCTTGGTCT;SOR=0.920;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=109;TCR=77;TR=186;WE=4880900;WS=4880882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr11	4928866	rs7941509	C	T	9046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr11	4945196	rs1378739	T	G	3712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=47;PP=1874;ReadPosRankSum=-0.194;SC=GACGGCCACGTAGCGGTCAAT;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=61;TCR=48;TR=107;WE=4945204;WS=4945186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,136:0.99:138
chr11	4964649	rs2595992	G	T	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=10;PP=730;SC=GTGTAGGTGAGCTCAAGGTAA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=4964657;WS=4964639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	4964753	rs2605301	A	G	3277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	4964784	rs2605302	A	T	3780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	4965239	rs2570581	G	T	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=30;PP=1247;SC=CTGCCTATCCGCACACTGGGA;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=67;WE=4965247;WS=4965229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	4965301	rs2605303	G	T	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=30;PP=1344;SC=ACTACTGCTTGGTTGTACTAC;SOR=0.935;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=77;WE=4965309;WS=4965291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	4967468	rs28698374	G	A	7986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=160;NR=110;PP=2965;SC=AATTGGGTTCGTCAGTGGAGG;SOR=0.959;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=272;TCF=160;TCR=112;TR=270;WE=4967476;WS=4967458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr11	4967651	rs76895759	A	G	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.62;QD=31.06;SOR=3.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	4968198	rs3845246	C	A	3192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.96;QD=28.51;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	4976086	rs2570572	C	T	7110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=160;NR=87;PP=2965;SC=GTTTCATCAGCGGAGGTACAA;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=160;TCR=88;TR=247;WE=4976094;WS=4976076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr11	4976554	rs2595986	A	G	2706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=45;PP=2382;SC=ATCTCAGAGGATTGTGGATGG;SOR=1.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=64;TCR=46;TR=109;WE=4976562;WS=4976544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	4976811	rs28482315	C	A	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.70;QD=29.38;SOR=1.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	4977026	rs10837027	C	A	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=36;PP=1051;SC=GTAAAATAGGCATATCTGTAA;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=59;WE=4977034;WS=4977016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	5013423	rs60905583	T	TG	3048.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=55;PP=1286;SC=TTACTGTTGTTTTTTTTTTCT;SOR=1.585;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=57;TCF=1;TCR=56;TR=56;WE=5013431;WS=5013413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	5020117	rs10837108	C	G	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=11;PP=1053;SC=TTTTTGTCCTCATTCCATTAT;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=5020125;WS=5020107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	5020189	rs11035064	C	T	3236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=43;PP=2064;SC=TTCCTCACTACTTGCTGAATT;SOR=1.151;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=70;TCR=43;TR=113;WE=5020197;WS=5020179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	5020416	rs2445290	A	G	5925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=113;NR=79;PP=2965;SC=TTTCCATCTTAGCAGTGAATG;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=113;TCR=79;TR=192;WE=5020424;WS=5020406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr11	5020509	rs11035066	C	T	7320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=143;NR=111;PP=2965;SC=CAAGTGCTTGCTATGCTCAGC;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=255;TCF=144;TCR=111;TR=254;WE=5020517;WS=5020499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr11	5020799	rs10768448	C	T	7737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.052;SC=GATGCCAGGACCAACAGTATT;SOR=0.411;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=266;TCF=139;TCR=127;TR=261;WE=5020807;WS=5020789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,294:0.99:297
chr11	5020832	rs10768450	C	T	6993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.651;SC=GTAGTCATTGCCACACTAGGT;SOR=0.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=121;TCR=109;TR=229;WE=5020840;WS=5020822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,258:1.00:259
chr11	5067984	rs2500016	A	G	3986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=61;PP=2481;ReadPosRankSum=-0.822;SC=GGCCCTTTCTACAACCTCTGT;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=65;TCR=61;TR=125;WE=5067992;WS=5067974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,143:0.99:145
chr11	5068137	rs2500017	G	A	6193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=101;PP=2965;SC=TTATGTGGCCGTCTGTGCTCC;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=120;TCR=101;TR=221;WE=5068145;WS=5068127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr11	5068177	rs2500018	A	T	7582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=142;NR=122;PP=2965;SC=TTGACATCCCAAGTGTTGGTG;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=143;TCR=122;TR=264;WE=5068185;WS=5068167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr11	5068661	rs2500019	A	G	5423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=78;NR=102;PP=2965;SC=AGATTCGAGAACGAGTGCTCT;SOR=1.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=78;TCR=102;TR=180;WE=5068669;WS=5068651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr11	5079946	rs2445332	C	T	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	5080068	rs2500052	G	A	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=26;PP=1610;SC=CGGCCAAAGCGATGAGTCATA;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=54;TCR=26;TR=80;WE=5080076;WS=5080058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	5080234	rs2445333	T	C	6028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.796;SC=TGTCAAACACTAGATTACAAA;SOR=0.729;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=108;TCR=98;TR=205;WE=5080242;WS=5080224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,228:0.99:230
chr11	5141902	rs10837374	T	C	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=15;PP=965;SC=CTCTAATGTGTTTGGTCTTTA;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=56;WE=5141910;WS=5141892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	5141980	rs4426129	A	G	3143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	5142270	rs10837375	T	G	6243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=98;NR=104;PP=2965;SC=GTAAGTGTGGTATATTAACTT;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=98;TCR=104;TR=202;WE=5142278;WS=5142260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr11	5172786	rs10768611	A	G	5921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=72;PP=2879;SC=ATATAAGGGGAGATGTGAGAC;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=80;TCR=72;TR=152;WE=5172803;WS=5172776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr11	5172795	rs112098990	A	AC	7293.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=71;PP=2936;SC=GAGATGTGAGACCCAAACCTA;SOR=0.797;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=106;TCF=31;TCR=75;TR=99;WE=5172803;WS=5172776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr11	5199222	rs7924390	A	C	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=222;SC=TGAAACACTGAGTGAAGGATC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=5199230;WS=5199215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	5199340	rs113029548	A	AATGCCC	5500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=32;PP=2906;SC=CCAATCTGGCAATGTGCTCAC;SOR=1.142;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=46;WE=5199348;WS=5199330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	5199645	rs6578560	T	C	4879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=88;PP=2965;SC=GCCAGCACCTTAGGGGCTGCA;SOR=0.923;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=80;TCR=88;TR=168;WE=5199653;WS=5199635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	5199660	rs6578561	T	C	4190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=82;PP=2088;SC=GCTGCAGCAGTGGCGAGCAGG;SOR=1.008;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=70;TCR=82;TR=152;WE=5199668;WS=5199650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	5199675	rs6578562	C	T	3821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=70;PP=2153;SC=AGCAGGAAGTCGGCTGAGGCC;SOR=1.063;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=59;TCR=71;TR=129;WE=5199683;WS=5199665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	5199708	rs6578563	T	A	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=55;PP=1675;SC=AAGAGATACATGGGCTCATGG;SOR=1.469;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=33;TCR=56;TR=88;WE=5199716;WS=5199698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	5199817	rs5789371	GC	G	1065.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=623;SC=AGGTATGCAAGCCTTCCAGCC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=16;WE=5199825;WS=5199807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	5221645	rs11512276	C	G	7889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=141;NR=137;PP=2965;SC=CGAATGATCCCCCACAGGATC;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=141;TCR=139;TR=278;WE=5221653;WS=5221635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr11	5221825	rs11036212	G	A	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=42;NR=48;PP=1545;SC=GGGATGGAAAGCCAGGGGTAT;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=42;TCR=49;TR=90;WE=5221833;WS=5221815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	5222021	rs74882018	T	TA	353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=10;PP=132;SC=CTTACTGACTTAAAAAAAACA;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=10;WE=5222029;WS=5222011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	5247141	rs1609812	G	A	275.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=196;SC=TATATGCAGAGATATTGCTAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=5247149;WS=5247131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	5247791	rs10768683	C	G	3934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	5248243	rs713040	A	G	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=75;PP=2106;SC=CAGGAGTCAGATGCACCATGG;SOR=1.629;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=39;TCR=75;TR=114;WE=5248251;WS=5248233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	5263577	rs10128555	C	G	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=9;PP=228;SC=CATCCTTTTTCACCAGAGTTT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=5263585;WS=5263567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	5269533	rs3841756	GT	G	5156.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=42;PP=2957;SC=TTTATTATTTGTATTGCTTGC;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=83;WE=5269541;WS=5269523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	5269582	rs371855998	AG	A	10117.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.00;QD=45.17;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr11	5269584	rs1065686	T	A	10163.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.92;QD=45.17;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr11	5269586	rs371890964	A	AG	10227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.84;QD=45.26;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr11	5269799	rs28440105	A	C	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.51;QD=42.69;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	5269806	rs28379094	C	T	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.04;QD=42.66;SOR=2.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	5270539	rs111624259	C	A	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.13;QD=26.12;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	5274717	rs2070972	A	C	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.54;QD=32.62;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	5275802	rs141669845	G	A	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.50;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	5289896	rs3061750	A	AAAAC	1423.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.55;ReadPosRankSum=1.694;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr11	5322737	rs10837771	A	G	7042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=119;PP=2965;SC=AAAACCTCTCATCAGTACCCC;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=252;TCF=133;TCR=119;TR=250;WE=5322745;WS=5322727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr11	5323071	rs7118113	C	T	3435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=58;PP=2167;SC=CCAAAAAGGACGGAGAAGTAG;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=113;WE=5323079;WS=5323061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	5344552	rs7934105	C	T	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.19;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	5344561	rs7933257	G	A	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.67;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	5344772	rs10742622	T	C	5310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr11	5344847	rs10768793	A	G	4919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=79;PP=2965;SC=CTTCACCAGAAGCAATGCCTA;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=84;TCR=79;TR=163;WE=5344855;WS=5344837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	5344902	rs7937237	C	G	4173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=67;PP=2919;SC=GATGATCAGACAGTCTAGGAA;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=70;TCR=67;TR=136;WE=5344910;WS=5344892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	5345128	rs10837814	G	A	7587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=134;NR=120;PP=2965;SC=GTATTGGTGAGAATGGAAGCA;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=134;TCR=121;TR=254;WE=5345136;WS=5345118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr11	5345170	rs7952293	A	G	6526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=110;PP=2965;SC=GCAATGAAACAATCATATGCC;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=226;TCF=115;TCR=111;TR=225;WE=5345178;WS=5345160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr11	5345486	rs4910750	G	A	2591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=43;PP=1278;SC=GCCCTGGAAAGCCAGTCAGCA;SOR=1.099;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=78;WE=5345494;WS=5345476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	5364276	rs4910551	G	A	4090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=80;ReadPosRankSum=0.330;SC=AAAATAGAGGGGCCTGATTGG;SOR=1.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=67;TCR=83;TR=146;WE=5364284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,149:0.99:151
chr11	5364450	rs11036912	A	G	6207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=0.736;SC=AAGTGAGTGTATAAAGTAGGC;SOR=0.237;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=116;TCR=94;TR=209;WE=5364458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,236:1.00:237
chr11	5372690	rs4373970	A	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=128;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=730;SC=ACAACTGATTACTATTGCTTT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=5372698;WS=5372680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	5372718	rs4494330	G	T	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=93;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=2;PP=1114;SC=GTAAATATTTGCCTCTTTGCA;SOR=5.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=39;WE=5372726;WS=5372708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	5372751	rs4910755	A	C	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.252;NF=60;NR=22;PP=1563;ReadPosRankSum=-0.731;SC=GGGCTCAATAAGTCTGCTTCC;SOR=1.098;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=61;TCR=22;TR=82;WE=5372759;WS=5372741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr11	5372856	rs4910756	A	G	7793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.031;SC=CTTCTTGGCAATGGCACTCTT;SOR=0.895;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=155;TCR=121;TR=272;WE=5372864;WS=5372846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,291:0.99:295
chr11	5373006	rs7483122	T	C	5483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.903;SC=CACAGGGAGATTGGCCATGGA;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=76;TCR=110;TR=184;WE=5373014;WS=5372996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,194:0.99:196
chr11	5373104	rs5006889	A	G	7723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.39;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	5373111	rs7479477	G	A	7984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.63;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	5373114	rs5006888	G	A	7904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.17;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	5373129	rs5006887	C	T	4526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=93;NR=60;PP=2923;SC=TTAAGATATACCTCTATCCTG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=93;TCR=61;TR=153;WE=5373137;WS=5373119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	5373170	rs5006886	C	G	5967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=82;PP=2965;SC=GATTGGTGTGCGGGTATTGAC;SOR=0.946;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=123;TCR=83;TR=205;WE=5373178;WS=5373160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr11	5373242	rs5006885	T	G	11202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.76;ReadPosRankSum=-0.606;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,255:1.00:256
chr11	5373251	rs5006884	C	T	11382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.12;ReadPosRankSum=0.733;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,262:0.99:264
chr11	5373311	rs5006883	T	C	7965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.00;ReadPosRankSum=-0.270;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,293:0.99:295
chr11	5373334	rs5006882	A	G	7766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.562;SC=ATCCAGTTGTAGTTTTATTTG;SOR=0.261;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=134;TCR=132;TR=265;WE=5373342;WS=5373324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,291:1.00:292
chr11	5373562	rs5024042	C	A	8154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=133;NR=130;PP=2965;SC=TCACAATGAGCTACATCCACT;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=133;TCR=130;TR=263;WE=5373570;WS=5373552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr11	5373646	rs5024041	T	C	7823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=127;NR=116;PP=2965;SC=GCATACTTCGTTTATTCTCTC;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=243;TCF=127;TCR=116;TR=243;WE=5373654;WS=5373636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr11	5373724	rs5024040	A	G	6944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.14;SOR=1.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	5373728	rs5024039	C	A	6769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.74;SOR=1.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	5373738	rs5024038	A	G	6026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.98;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	5373807	rs5024037	G	A	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=33;PP=894;SC=GTGGAAATCAGTCAATCCCTC;SOR=4.514;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=36;WE=5373815;WS=5373797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	5451374	rs76131528	A	T	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	5461991	rs1498486	C	A	5069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=74;PP=2875;SC=ACATAAAAGGCCAGCACTGCA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=89;TCR=74;TR=163;WE=5461999;WS=5461981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	5475118	rs12577167	A	G	7303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.831;SC=GCGCTATGCAACTGTGCTCAC;SOR=0.328;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=110;TCR=118;TR=226;WE=5475126;WS=5475108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,254:1.00:255
chr11	5510284	rs417425	A	G	7023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=127;NR=121;PP=2965;SC=TGGAGTCCTCAATTCTACTTG;SOR=0.779;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=128;TCR=121;TR=248;WE=5510292;WS=5510274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr11	5510341	rs404280	C	T	8905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=149;PP=2965;SC=CATTAAGGTACACAACCATTC;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=167;TCR=149;TR=316;WE=5510349;WS=5510331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr11	5510497	rs2467219	T	C	6310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=104;PP=2965;SC=ATATGGGCATTGCCCGACTGG;SOR=0.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=103;TCR=105;TR=207;WE=5510505;WS=5510487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr11	5510598	rs7950082	A	T	6595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.707;SC=GCCATTTCCTATGGCTTTATC;SOR=0.247;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=226;TCF=124;TCR=102;TR=223;WE=5510606;WS=5510588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,243:1.00:244
chr11	5510626	rs444878	T	C	7602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=143;NR=117;PP=2965;SC=CAGTCTTTCATCTTCCATCTC;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=143;TCR=117;TR=260;WE=5510634;WS=5510616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr11	5510928	rs392296	G	A	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=33;PP=921;SC=AAAAAAAAGTGTAGGATGGCT;SOR=1.528;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=51;WE=5510936;WS=5510918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	5511003	rs426886	G	A	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=288;SC=ATGGCAGGAAGCTCTGGAAGG;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=16;WE=5511011;WS=5510993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	5529865	rs186434	G	A	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=36;PP=1350;SC=CTCCATGTGTGGAAGTCCAGG;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=78;WE=5529873;WS=5529855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	5536537	rs393044	A	C	3088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=35;PP=1732;ReadPosRankSum=-0.638;SC=GCTGGTATCCAAGCTGGCTGC;SOR=0.350;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=94;WE=5536545;WS=5536527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,115:0.99:116
chr11	5536848	rs2017433	G	A	3657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=50;PP=2274;SC=ATTGATATCAGCATAGTTCTG;SOR=0.838;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=70;TCR=50;TR=120;WE=5536856;WS=5536838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	5566030	rs1995158	A	G	4698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=65;PP=2628;SC=GCTTTCTGGCAGGCATCTTGG;SOR=0.773;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=91;TCR=65;TR=156;WE=5566038;WS=5566020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	5566365	rs1566275	T	C	3636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=64;PP=1839;SC=AGCTACATAGTGATCAAATGC;SOR=0.825;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=67;TCR=64;TR=131;WE=5566373;WS=5566355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	5572816	rs401426	T	C	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.244;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=394;ReadPosRankSum=0.048;SC=TTCTCTTGGGTGTCTGAACAC;SOR=2.124;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=23;WE=5572824;WS=5572806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr11	5572836	rs11360659	CT	C	977.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.212;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=727;ReadPosRankSum=-0.491;SC=CAGGTTCAGTCTTTGACCTAA;SOR=2.093;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=20;WE=5572844;WS=5572826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr11	5572966	rs423501	A	G	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	5573024	rs60009475	A	G	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=31;PP=1461;SC=GAAAGGTATGAGGGACATTAT;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=78;WE=5573032;WS=5573014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	5573044	rs9666981	A	G	4020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.23;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	5573054	rs9666982	A	G	3986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.33;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	5573073	rs1694674	A	G	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=37;PP=1434;SC=GAATGCTGGTATATAGAATAT;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=83;WE=5573081;WS=5573063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	5573160	rs401835	G	C	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=40;PP=1332;SC=GCAAAAGACAGCACAGAGGAT;SOR=1.318;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=66;WE=5573168;WS=5573150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	5631479	rs3740999	A	C	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=25;PP=723;SC=TGTAGAGGTAAGGAGATTCAG;SOR=0.906;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=51;WE=5631487;WS=5631469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	5631622	rs7125403	G	T	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	5653417	rs4287358	AT	GA	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=10;PP=1121;SC=GCCAGTCTTTATTGTCTGTGC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=5653426;WS=5653407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	5655150	rs7941976	T	A	2808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	5655233	rs3824951	G	A	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=19;PP=540;SC=GAGTCCTGAAGCCATTTGATT;SOR=1.132;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=5655241;WS=5655223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	5655722	rs3060967	TAC	T	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.65;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr11	5662319	rs7108834	C	T	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=18;PP=1054;SC=CATTTTTTTTCCTACTGTTCT;SOR=1.498;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=54;WE=5662327;WS=5662300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	5663920	rs66637086	CT	C	1938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=21;PP=1596;SC=TCTGGTTTATCTTTTTAATTC;SOR=1.319;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=45;WE=5663928;WS=5663910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	5664356	rs59472811	T	TATATATA	1287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.26;MQRankSum=0.571;QD=39.02;ReadPosRankSum=2.369;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr11	5664974	rs7109861	T	C	9824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=160;NR=184;PP=2965;SC=CCCTTTGTCTTGACTTATCTC;SOR=0.858;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=346;TCF=161;TCR=185;TR=344;WE=5664982;WS=5664964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr11	5686266	rs28381981	G	A	4056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.34;ReadPosRankSum=2.100;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,152:0.99:154
chr11	5687320	rs35734937	T	TA	943.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=4.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=1.325;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,69:0.73:94
chr11	5687562	rs10769167	G	C	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=13;PP=311;SC=CTTCTAAAATGAAATAATTAA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=14;WE=5687570;WS=5687552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	5689144	rs11821656	G	C	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=28;PP=850;SC=AGTAGAAATAGCTTTCATCCC;SOR=3.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=5689152;WS=5689134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	5701281	rs3740996	G	A	9365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=166;NR=168;PP=2965;SC=GACTTCTTGTGGTTTGCAGTG;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=334;TCF=166;TCR=168;TR=334;WE=5701289;WS=5701271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr11	5701409	rs3824949	G	C	4721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=76;PP=2606;SC=AGAAGCCATAGTAGCTATTCC;SOR=1.106;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=59;TCR=76;TR=135;WE=5701417;WS=5701399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	5717762	rs10838543	T	C	5375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=93;PP=2965;SC=GTGAGCACCATGGAAAAAAAC;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=101;TCR=93;TR=194;WE=5717770;WS=5717752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr11	5718517	rs7935564	G	A	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=44;PP=1458;SC=GATAAAGGAGGATCAAGAGGC;SOR=1.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=82;WE=5718525;WS=5718507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	5719504	rs74813137	A	G	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	5719750	rs1063303	G	C	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	5719848	rs7950912	C	T	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	5729946	.	CTTT	C	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=-0.566;QD=3.58;ReadPosRankSum=-1.881;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr11	5730882	.	T	TTC	8209.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=73;PP=2965;SC=CTCCTGAGTGTTCTCATTCCT;SOR=1.007;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=93;TCF=12;TCR=81;TR=83;WE=5730890;WS=5730872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr11	5755605	rs1498552	A	G	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=25;PP=719;SC=ATAGAGGATTAGAGGGCCTTT;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=5755613;WS=5755595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	5758062	rs7397032	T	C	7250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=123;PP=2965;SC=CCTCCCTGAGTGCTTTGCTCA;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=122;TCR=123;TR=245;WE=5758070;WS=5758052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr11	5758118	rs7396766	A	C	9246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=155;NR=139;PP=2965;SC=CTGGTATCCTACTCTGCATGG;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=155;TCR=139;TR=294;WE=5758126;WS=5758108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr11	5776029	.	C	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=5.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.437;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,40:0.19:209
chr11	5776287	rs7936512	C	T	10387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=182;NR=177;PP=2965;SC=ATGTTCTTCACCCACACCTTC;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=360;TCF=183;TCR=177;TR=359;WE=5776295;WS=5776277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr11	5776470	rs7394584	T	G	6250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=105;NR=111;PP=2965;SC=CTCACCAAGCTCCTGCCCTAC;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=105;TCR=111;TR=216;WE=5776478;WS=5776460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr11	5776623	rs7396938	A	T	5283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=74;PP=2965;SC=TGTATCACCAACTCCTATACC;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=99;TCR=74;TR=173;WE=5776631;WS=5776613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr11	5777023	rs10742782	C	T	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=23;PP=635;SC=TTTCTGGAAGCACTGTATTGA;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=5777031;WS=5777013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	5777053	rs10742783	A	G	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=376;SC=GGAGTTTGTTAACTGGTGCAT;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=5777061;WS=5777043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	5809308	rs7934670	A	T	4803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=77;PP=2834;SC=ATGGCACAGAAGTGGGCAGTG;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=86;TCR=77;TR=163;WE=5809316;WS=5809298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	5809548	rs7948009	G	A	5639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=81;PP=2965;SC=TATGGAAGGCGCTTGGTGAGG;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=100;TCR=81;TR=181;WE=5809556;WS=5809538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr11	5810105	rs61619938	TA	T	143.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=8;PP=167;SC=GAGCAGGAAATAAAAAAAAGA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=5810113;WS=5810095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	5841856	rs4758435	C	T	8515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr11	5842310	rs8181529	T	G	8721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.391;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=2.031;SC=TCACATGTGTTCCATTGTGAT;SOR=0.511;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=286;TCF=156;TCR=130;TR=283;WE=5842318;WS=5842300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,309:1.00:310
chr11	5842356	rs8181512	A	G	11547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=221;NR=194;PP=2965;SC=TTTTTCACTCATCGTTTTGTA;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=415;TCF=221;TCR=194;TR=415;WE=5842364;WS=5842346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr11	5877909	rs12417880	C	T	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=4;PP=863;SC=ATGTTATTGGCTGCAGCATTC;SOR=2.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=42;WE=5877917;WS=5877899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	5877979	rs12419602	T	A	3640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=3.840;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.38;ReadPosRankSum=-0.601;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,137:0.99:138
chr11	5905412	rs17233457	C	T	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=10;PP=993;SC=ATACCATTACCTCTAGCACAC;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=5905420;WS=5905402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	5906048	rs4758168	G	A	7313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=135;NR=113;PP=2965;SC=GCATAACATCGTACCTCACAC;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=248;TCF=135;TCR=113;TR=248;WE=5906056;WS=5906038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr11	5906073	rs4757986	G	T	7169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=132;NR=108;PP=2965;SC=TGTGAGCACAGGGGTCTGGCC;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=133;TCR=108;TR=240;WE=5906081;WS=5906063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr11	5906143	rs11823809	T	C	9255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=183;NR=138;PP=2965;SC=TGATTTCTTATATTATTGTGG;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=322;TCF=183;TCR=139;TR=321;WE=5906151;WS=5906133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr11	5906192	rs1453435	A	C	13425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=251;NR=218;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.435;SC=GCTTATCCTTAGAGCTGTTTT;SOR=0.332;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=470;TCF=251;TCR=219;TR=469;WE=5906211;WS=5906182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,505:1.00:506
chr11	5906203	rs11823828	T	G	14349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=256;NR=238;PP=2965;SC=GAGCTGTTTTTCGCCTTCCCT;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=496;TCF=257;TCR=239;TR=494;WE=5906211;WS=5906182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,531:1.00:531
chr11	5906291	rs11823842	T	C	15170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=251;NR=276;PP=2965;SC=CACACCAGCATTTTTTTCTTT;SOR=0.827;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=529;TCF=253;TCR=276;TR=527;WE=5906299;WS=5906281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,570:1.00:570
chr11	5922222	rs10160336	T	C	7819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=131;PP=2965;SC=CCGGCACTGATCTGGGCTTGT;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=270;TCF=139;TCR=131;TR=270;WE=5922230;WS=5922212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr11	5922707	rs7106300	C	T	6966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=115;PP=2965;SC=GATGCCCGGCCTAAGGCACTC;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=118;TCR=115;TR=233;WE=5922715;WS=5922697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr11	5923297	rs4601752	A	G	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	5968728	rs1840178	T	C	6036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=124;PP=2965;SC=ACCCTCCTGATGACCATCTGG;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=89;TCR=124;TR=213;WE=5968736;WS=5968718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr11	6007272	rs4237768	A	G	4466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	6007613	rs4354673	T	G	5980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.06;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr11	6007680	rs4436524	A	G	6436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=125;NR=102;PP=2965;SC=ATTCCGATGCACCCTATGACC;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=125;TCR=102;TR=227;WE=6007688;WS=6007670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr11	6007743	rs4436525	A	G	6435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=119;NR=95;PP=2965;SC=GCTACATAGCAATCCAGAGCC;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=216;TCF=119;TCR=97;TR=214;WE=6007751;WS=6007733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr11	6048056	rs11040335	T	C	4468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	6079001	rs4448669	G	A	8236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.392;SC=AGTAATCCCCGCACCAGCACC;SOR=0.847;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=292;TCF=164;TCR=128;TR=289;WE=6079009;WS=6078991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,319:0.99:321
chr11	6129837	rs1462983	C	T	8140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.961;SC=TCCCCTTATTCCTGTGTTCCT;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=271;TCF=138;TCR=133;TR=268;WE=6129845;WS=6129827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,296:0.99:298
chr11	6150738	rs325637	A	G	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=44;PP=1261;SC=AGCTGAGAGCAGGCTTCCAGA;SOR=2.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=57;WE=6150746;WS=6150728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	6173364	rs325695	T	A	6627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=117;NR=114;PP=2965;SC=CATTTTTCCATTTACCATAGA;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=117;TCR=114;TR=231;WE=6173372;WS=6173354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr11	6231731	rs10769671	C	T	10212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=162;NR=184;PP=2965;SC=CACATCAGCACCTGCTGATAC;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=350;TCF=166;TCR=184;TR=346;WE=6231739;WS=6231721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr11	6239344	rs3750944	G	A	2978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=50;PP=1555;SC=GGGTACTGTCGTCACAGAAGA;SOR=1.042;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=92;WE=6239352;WS=6239334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	6243804	rs3750945	A	G	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=38;NR=24;PP=977;SC=AAAGTTCCAGATAGGCGGTAC;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=62;WE=6243812;WS=6243794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	6243843	rs3750946	C	G	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=28;PP=1068;SC=CAGAGGTCTGCACAAAAAGAA;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=61;WE=6243851;WS=6243833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	6243963	rs3750947	G	A	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=18;PP=1023;SC=TCTACCCACCGCCTCCTACGT;SOR=1.140;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=49;WE=6243971;WS=6243953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	6243982	rs325606	T	G	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=21;PP=1196;SC=GTTAGTCCTGTCACTGAGGTT;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=55;WE=6243990;WS=6243972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	6265242	rs61746967	G	C	11128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=199;NR=189;PP=2965;SC=GACCTATTCTGCCTGAGCAAG;SOR=0.742;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=389;TCF=200;TCR=189;TR=388;WE=6265250;WS=6265232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr11	6281108	rs2929180	T	G	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=16;PP=971;SC=TGGAGCCGCGTTGGGAGCCCG;SOR=1.296;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=57;WE=6281116;WS=6281098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	6281400	rs11040819	T	C	8731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=111;NR=204;PP=2965;SC=CACACTACCTTCTCAAACGTC;SOR=1.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=111;TCR=205;TR=315;WE=6281408;WS=6281390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr11	6292166	.	G	A	2294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.602;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=34;PP=1497;ReadPosRankSum=-1.384;SC=AGCTGGGAGCGGAGGTCAGGT;SOR=0.786;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=150;TCF=91;TCR=59;TR=90;WE=6292174;WS=6292156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,97:0.61:160
chr11	6292837	rs10839535	CG	GA	4372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=61;PP=2947;SC=TCCAGACATACGAAACACAAA;SOR=2.054;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=89;TCF=25;TCR=64;TR=86;WE=6292846;WS=6292827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	6340525	rs12570	A	T	3167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=40;PP=1976;SC=GCTGGGCTTCAGCGCTCCGGC;SOR=0.995;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=60;TCR=40;TR=100;WE=6340533;WS=6340515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	6411935	rs3838786	TGCTGGC	T	6670.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.352;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.674;NF=38;NR=95;PP=2990;ReadPosRankSum=-0.793;SC=ATGGGCCTGGTGCTGGCGCTG;SOR=0.766;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=167;TCF=47;TCR=120;TR=133;WE=6411948;WS=6411925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,254:0.99:257
chr11	6413366	rs72896268	C	T	9340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=154;NR=167;PP=2965;SC=GGCTGCCTGCCGAAGCCCTGC;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=322;TCF=154;TCR=168;TR=321;WE=6413374;WS=6413356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr11	6413559	.	CT	C	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-0.717;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr11	6415064	rs72896272	A	G	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=14;PP=529;SC=AGGGCATCCTATCTCCCCAGA;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=6415072;WS=6415054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	6416959	rs1800606	C	T	11592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=229;NR=163;PP=2965;SC=GCAGTCACTCCCCAGCCTACC;SOR=0.991;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=392;TCF=229;TCR=163;TR=392;WE=6416967;WS=6416949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr11	6424610	rs1800423	T	C	4966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=76;PP=2965;SC=CCCAGCTCCATTGGGGCCTCA;SOR=0.857;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=94;TCR=76;TR=170;WE=6424618;WS=6424600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	6470057	rs2723636	G	A	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=5;PP=655;SC=CACAGTCCAGGCTCACCCAGT;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=6470065;WS=6470047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	6477176	rs139873545	TTAAGGAACGGTACTATCTG	T	548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.21;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	6477455	rs13343175	C	T	8238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr11	6477831	rs10606	C	T	8599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=1.668;SC=CCACTGGCACCGGAAGGCGCG;SOR=0.619;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=293;TCF=171;TCR=122;TR=292;WE=6477839;WS=6477821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,320:1.00:321
chr11	6478384	rs11605141	C	T	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=18;PP=999;SC=ACACAGATGCCCACAGCACCT;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=45;WE=6478392;WS=6478374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	6478619	rs16913748	G	A	3248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.38;ReadPosRankSum=-0.405;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,126:0.98:128
chr11	6549634	rs55919773	G	GGTGT	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=160;ReadPosRankSum=0.210;SC=GCAGCGAATGGGTGTGTGTGT;SOR=0.368;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=6549642;WS=6549624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr11	6549779	rs4633449	A	C	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=16;PP=652;SC=GACTCAAAAGACGAATTTCTG;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=6549787;WS=6549769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	6549995	rs7480644	A	G	2990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.12;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	6550004	rs2344828	A	G	3032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.33;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	6550309	rs2344829	G	A	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=21;PP=672;SC=CACAAAAGGCGGGTTGCTGCT;SOR=1.067;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=40;WE=6550317;WS=6550299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	6555365	rs7103810	A	G	9915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=173;NR=168;PP=2965;SC=ACAGTCAGCGACCTCAGTGAA;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=341;TCF=173;TCR=168;TR=341;WE=6555373;WS=6555355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr11	6560141	rs11040914	A	C	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=823;ReadPosRankSum=1.257;SC=AACACCTTTCATCCCCAAGTT;SOR=1.005;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=41;WE=6560149;WS=6560131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
chr11	6567895	rs11270441	C	CTGCCCTACTGCA	5891.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=36;PP=2957;SC=ATTGAGGAGGCTGCCCTACTG;SOR=0.727;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=72;TCF=17;TCR=55;TR=46;WE=6567903;WS=6567885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	6585007	rs11040923	G	A	6099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.021;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.899;SC=AGGTATGGACGATGCAGCCCT;SOR=0.120;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=108;TCR=91;TR=198;WE=6585015;WS=6584997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,226:0.99:228
chr11	6585502	rs7107072	T	C	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=22;PP=1688;SC=CCCTCTGCCATATCTCTGCCT;SOR=2.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=59;TCR=22;TR=81;WE=6585510;WS=6585492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	6586929	rs200883480	A	T	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	6591157	rs10839585	A	G	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=19;PP=1247;SC=CTCAGGAGAGAGGTTTGAACT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=65;WE=6591165;WS=6591147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	6622714	rs2288283	G	A	2838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	6622857	rs11826421	G	A	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	6624617	rs12420389	T	C	2564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	6629530	rs2048092	G	A	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=51;PP=1661;SC=AAGCATGTGTGCTCTTCCCCC;SOR=1.103;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=92;WE=6629538;WS=6629520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	6630028	rs11314683	TC	T	17433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=223;PP=2974;SC=GAGGTCCATCTCCCCCATCCC;SOR=0.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=317;TCF=77;TCR=240;TR=291;WE=6630041;WS=6630018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,539:1.00:539
chr11	6630410	rs11826498	T	C	9527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=158;PP=2965;SC=CTTCTTGCCCTTCCCTCACTA;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=320;TCF=161;TCR=159;TR=319;WE=6630418;WS=6630400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr11	6631016	rs2292195	C	T	4125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=54;PP=2486;SC=GGGGCATGGCCTTCCTACACA;SOR=0.974;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=85;TCR=54;TR=139;WE=6631024;WS=6631006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	6632450	rs12451	C	T	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=11;PP=1159;SC=TGCCGGAGGCCGTGCCCTTCA;SOR=2.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=54;WE=6632458;WS=6632440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	6637518	rs7943955	A	G	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	6637739	.	ATT	A	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=0.000;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.293;SOR=1.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr11	6638506	rs1800738	A	T	4571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=86;PP=2872;SC=GTGTGCCCCAACCCCCATTCA;SOR=0.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=165;TCF=79;TCR=86;TR=162;WE=6638514;WS=6638496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	6662745	.	C	CCAG	4336.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.9995;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.279;NF=3;NR=46;PP=2422;ReadPosRankSum=0.395;SC=ACCCCAGCCCCCAGCAGCAGC;SOR=0.809;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=71;TCF=3;TCR=68;TR=49;WE=6662753;WS=6662735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,105:0.95:110
chr11	6662771	.	A	AGCT	1083	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=27;MQ=59.79;NF=3;NR=46;PP=1083;QD=22.2857142857;SC=CAGCAGCAGCAATGGTAGCAG;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=4;TCR=57;TR=49;WE=6662779;WS=6662761;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,49:0.80:61
chr11	6703892	rs1567135	T	G	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.38;ReadPosRankSum=-0.835;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr11	6735869	rs7937911	A	G	4833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.92;ReadPosRankSum=-1.190;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,192:0.99:194
chr11	6738411	rs17262467	A	G	5546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=95;NR=88;PP=2965;SC=TGCAAGTCCAATGACAAAAGT;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=95;TCR=88;TR=183;WE=6738419;WS=6738401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	6738728	rs17262495	T	C	7324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.174;SC=ATGTTAGAGGTACATATGCTG;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=143;TCR=113;TR=254;WE=6738736;WS=6738718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,276:0.99:278
chr11	6739109	rs7112561	G	A	9084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=167;PP=2965;SC=AATGCTCTTGGAGAAACTGAA;SOR=0.860;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=318;TCF=151;TCR=167;TR=317;WE=6739117;WS=6739099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr11	6739407	rs12284429	A	G	4954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=95;NR=68;PP=2853;SC=TTCATCGATAAGAAATCCTTG;SOR=0.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=96;TCR=68;TR=163;WE=6739415;WS=6739397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr11	6739814	rs7114441	C	T	14720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.68;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr11	6739822	rs7102825	T	C	14823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.86;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr11	6789294	rs7924459	G	C	4112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=72;PP=2499;SC=CTCAAGGCCCGCATGACCTCC;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=70;TCR=73;TR=141;WE=6789302;WS=6789284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	6790028	rs10839616	C	G	3890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.43;QD=25.43;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	6790106	rs7102536	T	C	3641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=60;PP=2132;SC=AAATGTAGCATAGAGCAGTTC;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=61;TCR=60;TR=121;WE=6790114;WS=6790096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	6816778	rs866347	A	G	6883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr11	6816875	rs7122644	G	A	4872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=85;PP=2680;SC=CTGTAGTGGCGCAGGAGCAGG;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=75;TCR=85;TR=160;WE=6816883;WS=6816865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	6867671	rs138867789	A	G	17122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=312;NR=296;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.327;SC=TCTCTTTTCTATATATCTTCT;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=614;TCF=315;TCR=299;TR=608;WE=6867679;WS=6867661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,651:0.99:657
chr11	6867894	rs7105094	T	C	3483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=64;PP=2128;SC=CTAAATTCTATTGAATGACAA;SOR=1.342;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=44;TCR=64;TR=108;WE=6867902;WS=6867884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	6891704	rs10839632	T	C	16392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=305;NR=268;PP=2965;SC=CTTTTCTATATATCATTAAGC;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=573;TCF=305;TCR=268;TR=573;WE=6891712;WS=6891694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,611:1.00:611
chr11	6898663	rs10839635	G	A	6561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.536;SC=ACGTATTTCCGACCCCAATCC;SOR=0.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=116;TCR=97;TR=212;WE=6898671;WS=6898653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,239:1.00:240
chr11	6913244	rs1965208	A	G	4216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=58;PP=2415;SC=TAGCCTCAGTATGAAGGTGGT;SOR=0.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=82;TCR=58;TR=140;WE=6913252;WS=6913234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr11	6942476	rs10839658	C	A	8870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=153;NR=161;PP=2965;SC=TCTTAGAAATCTCTCCTTTGC;SOR=0.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=314;TCF=153;TCR=161;TR=314;WE=6942484;WS=6942466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr11	6962957	rs2857891	C	T	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=31;PP=932;SC=ATTTTTTGATCTTTGAACTTG;SOR=1.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=6962965;WS=6962947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	6965012	rs2515947	C	G	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	6977175	rs2239730	G	C	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=41;PP=1526;SC=TGCTATACAAGTGGGAATTCC;SOR=1.193;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=73;WE=6977183;WS=6977165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	7022160	rs2857919	A	G	6622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=113;NR=128;PP=2965;SC=CATGCTTTACAGATGGAGCAT;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=114;TCR=129;TR=241;WE=7022168;WS=7022150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr11	7059960	rs12801277	A	C	2201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=25;PP=1200;SC=ACACCCTGGAATGAAGTGAAG;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=68;WE=7059968;WS=7059950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	7059981	rs61063081	G	A	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=25;PP=1250;SC=AAGGCCAGGCGGGAGGACCTG;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=71;WE=7059989;WS=7059971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	7061062	rs17194742	T	G	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	7063755	rs7123944	C	T	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=19;PP=1107;SC=AACACTTGTTCGATGTGGATG;SOR=1.211;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=59;WE=7063763;WS=7063745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	7071031	rs1552726	G	A	7369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=117;NR=129;PP=2965;SC=CATTGTGTGAGGCCTTGAAAC;SOR=0.923;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=117;TCR=129;TR=246;WE=7071039;WS=7071021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr11	7091569	rs17280682	C	T	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	7110237	rs11041169	C	G	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.57;SOR=1.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	7110243	rs7119420	G	C	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.32;SOR=1.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	7110548	rs11041170	C	T	4414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=65;NR=73;PP=2354;SC=AAGGCCGCCGCCAGAGACATG;SOR=0.938;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=142;TCF=66;TCR=76;TR=138;WE=7110556;WS=7110538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	7110751	rs11041171	A	G	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=17;PP=535;SC=CGGCGGCTACACGGCGGATTT;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=7110759;WS=7110741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	7324475	rs4412741	T	C	9664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=169;NR=159;PP=2965;SC=ACTTCCTAGATCCTCCCACGC;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=329;TCF=170;TCR=159;TR=328;WE=7324483;WS=7324465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr11	7439093	rs4757993	G	T	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=7;PP=611;SC=AAGGAGTTCAGCATACCATAG;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=7439101;WS=7439083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	7487951	rs10717883	CA	C	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.101;QD=3.80;ReadPosRankSum=1.071;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr11	7570686	rs72849038	G	A	3094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=29;PP=1959;SC=AGAGGAGGAGGCCAGGCAGGC;SOR=1.526;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=71;TCR=29;TR=100;WE=7570694;WS=7570676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	7570840	.	C	CTT	1262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.68;ReadPosRankSum=1.686;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,66:0.77:86
chr11	7570898	rs7125594	G	A	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=44;PP=1242;SC=ATTTTTCAGTGGTGTTATTGT;SOR=3.109;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=54;WE=7570906;WS=7570888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	7586670	rs72849614	C	T	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=6;PP=397;SC=CCCAGCTCACCCCCAGCTTCT;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=7586678;WS=7586660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	7586738	rs6578874	G	T	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=22;PP=935;SC=ACCTTGCTCAGGGTGTCCACC;SOR=1.057;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=57;WE=7586746;WS=7586728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	7598952	rs6578880	C	G	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=19;PP=533;SC=GTGTGTGTGCCTGTGTGTGGT;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=7598960;WS=7598942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	7618953	rs4758203	G	A	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.79;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	7619518	rs4758206	T	C	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=30;PP=946;SC=CTTAATATTATATTTTTCCCA;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=60;WE=7619526;WS=7619508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	7642031	rs10769813	G	A	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=18;PP=1403;SC=AACAAGGGACGTGTTTAAAGA;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=69;WE=7642039;WS=7642021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	7663726	rs4402283	T	C	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	7670440	rs4758209	A	G	7695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=153;NR=125;PP=2965;SC=TAGAGTTGACAGACGAATGCT;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=153;TCR=125;TR=278;WE=7670448;WS=7670430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr11	7689633	rs10743030	A	C	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=3;PP=569;SC=GTTGTCCCTTAGAGGATCAAA;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=7689641;WS=7689623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	7690685	rs4631871	T	C	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=31;PP=1032;SC=CTCTGAATTGTTGTACGCAAT;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=7690693;WS=7690675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	7710729	rs4505055	C	G	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=22;PP=1885;SC=CCAAGATCAACGTGTCAGCAG;SOR=2.327;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=65;TCR=22;TR=87;WE=7710750;WS=7710719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	7710742	rs4365041	A	T	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=26;PP=1969;SC=GTCAGCAGGGATGGCTCTGTC;SOR=1.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=71;TCR=26;TR=97;WE=7710750;WS=7710719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	7716549	rs4287332	C	G	2552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=45;PP=1588;SC=CAAGAAAAGACGTAGTGCATG;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=77;WE=7716557;WS=7716539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	7716855	rs4528317	T	A	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=23;PP=982;SC=CCAGCTGCATTATCTGTGGCA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=7716863;WS=7716845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	7723171	rs5789540	GA	G	1723.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=22;PP=1379;SC=ATGCACAATCGATTTTTAAAA;SOR=0.780;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=32;WE=7723179;WS=7723161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	7723206	rs146353406	A	G	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.00;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	7723683	rs4373911	G	A	5903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=114;NR=82;PP=2965;SC=AGACAATTCAGTATGATCCTC;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=114;TCR=82;TR=196;WE=7723691;WS=7723673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr11	7725173	rs3924748	G	A	4568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	7727745	rs118099904	A	G	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	7750166	rs117085034	T	A	7909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;NR=118;PP=2965;SC=ACCACTGTGGTAGTAATCCCT;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=138;TCR=118;TR=256;WE=7750174;WS=7750156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr11	7794545	rs1482784	C	A	7106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=96;PP=2965;SC=TGTAGGACAGCGATATCAATC;SOR=0.928;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=131;TCR=96;TR=227;WE=7794553;WS=7794535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr11	7794724	rs12293183	T	C	9252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=170;PP=2965;ReadPosRankSum=0.427;SC=ATGTAGGAGATGGCTATGGCA;SOR=0.403;Source=Platypus;TCF=172;WE=7794732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,364:0.99:367
chr11	7794976	rs980145	T	A	12822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.91;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr11	7794980	rs12285181	C	G	12790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.88;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr11	7817379	rs77840152	A	G	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=174;SC=ATTAAGTTCTAGAAACTGTTT;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=7817387;WS=7817369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	7818471	rs1482804	C	T	2640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=48;PP=1541;SC=GTGTGATTCCCGTCCTTCAGG;SOR=1.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=87;WE=7818479;WS=7818461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	7847466	rs1482792	A	G	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=51;PP=1646;SC=TAGTATCCTCAGATAACCCCA;SOR=1.140;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=45;TCR=51;TR=96;WE=7847474;WS=7847456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	7847523	rs1482794	T	C	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=33;PP=1129;SC=TCCCCATCTATATTGGGAATG;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=7847531;WS=7847513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	7871011	rs4758022	A	G	12061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=215;NR=212;PP=2965;SC=ATGGCACACTATTTTTCATGT;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=429;TCF=217;TCR=212;TR=427;WE=7871019;WS=7871001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr11	7960045	rs6578915	G	A	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=8;PP=1338;SC=AAAAAATGCAGTCTGTTTTCA;SOR=3.150;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=54;WE=7960053;WS=7960035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	8009420	rs12278319	G	A	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=213;SC=ACCTTTTGCTGTGACTTATCT;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=8009428;WS=8009410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	8014479	rs4758267	C	T	4213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=41;PP=2737;SC=TGCTGATCCACGAGTACTACA;SOR=1.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=97;TCR=41;TR=138;WE=8014487;WS=8014469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	8061100	rs10769865	C	T	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=7;PP=483;SC=CTGAAGGAGGCCTTGAGTGAC;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=8061108;WS=8061090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	8103104	rs11041733	G	T	5867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=3.015;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.62;ReadPosRankSum=0.974;SOR=0.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,227:0.99:229
chr11	8111540	rs2272382	T	C	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=4;PP=1047;SC=CAAGGTGGGCTGTGGACCCCC;SOR=3.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=41;WE=8111548;WS=8111532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	8115762	rs7396690	C	G	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=43;PP=1260;SC=CTACAGCCCTCCCCAGCAGGC;SOR=1.999;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=58;WE=8115770;WS=8115752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	8117228	rs11041739	A	G	6348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=100;PP=2965;SC=CCCCATGGGGACCCAGTGATA;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=222;TCF=121;TCR=101;TR=221;WE=8117236;WS=8117218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr11	8118103	rs2242501	A	G	3420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=24;PP=1304;SC=GATATGGCTAAGAGTGTGTGC;SOR=1.240;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=68;WE=8118124;WS=8118093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	8118116	rs2242502	A	G	3838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.28;SOR=1.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	8118185	rs10160258	C	G	6220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=53;PP=2021;SC=TCAGGGGCAGCGTAGACTTCT;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=67;TCR=53;TR=120;WE=8118193;WS=8118175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	8118200	rs7931842	C	A	6347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=68;NR=53;PP=1908;SC=ACTTCTCCTCCTTCATCCCTT;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=68;TCR=53;TR=121;WE=8118208;WS=8118190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	8119063	rs7950355	A	G	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=20;PP=600;SC=CATATCTACCACTGACCTCTC;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=28;WE=8119071;WS=8119053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	8122234	rs7394561	G	A	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=30;SC=GCTGATGTGTGTATGTGGAGG;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=52;WS=8122224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	8122242	rs138755629	A	AG	2212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=26;PP=1348;SC=GTGTATGTGGAGGGGTACCAT;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=32;WE=8122250;WS=8122224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	8246326	rs34544683	G	A	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=44;PP=1325;SC=GTAAGGGGGGGGCTGCAGACA;SOR=1.116;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=78;WE=8246334;WS=8246316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	8251921	rs3750952	G	C	4588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=66;PP=2084;SC=AGTCACAGCAGGCACACTTGA;SOR=0.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=90;TCR=66;TR=156;WE=8251929;WS=8251911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	8284838	rs204931	A	G	3744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	8284981	rs176083	A	C	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=39;PP=1106;SC=CGCGCTTTGGAGGGGCGGCCG;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=78;WE=8285003;WS=8284971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	8284995	rs204929	T	C	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=38;PP=1336;SC=GCGGCCGGTCTTCGGGCAGCT;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=75;WE=8285003;WS=8284971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	8285124	rs2071458	A	C	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=182;SC=TTTGTGCCTCAGAATTGGAAG;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=8285132;WS=8285114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	8434972	rs3833784	CA	C	2693.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=29;PP=1616;SC=GACAGATTTGCAAAAAAAATG;SOR=1.883;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=91;TCF=50;TCR=41;TR=71;WE=8434980;WS=8434962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	8435077	rs3751095	CA	TC	16801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=176;NR=152;PP=2947;SC=GTGTAATTGGCATCAGGGACA;SOR=0.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=335;TCF=182;TCR=153;TR=328;WE=8435086;WS=8435067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr11	8483335	rs1900273	G	A	3895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=73;NR=56;PP=2177;SC=AAAATGCAGCGCCTAATAGAG;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=73;TCR=57;TR=129;WE=8483343;WS=8483325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	8486310	rs1446464	C	A	5233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	8494843	.	T	TA	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.294;QD=0.62;ReadPosRankSum=-0.122;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,25:0.19:129
chr11	8641501	rs7946508	C	A	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.221;NF=35;NR=3;PP=814;ReadPosRankSum=-1.065;SC=AATTTTGTGACTCTAGAAAAA;SOR=1.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=38;WE=8641509;WS=8641491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr11	8641882	rs7943945	G	A	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=24;PP=1333;SC=GGCATAGGACGAAGAAATGTA;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=52;WE=8641890;WS=8641872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	8646038	rs201982728	C	G	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	8646670	rs7947230	T	G	3045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.452;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=51;PP=1721;ReadPosRankSum=-0.060;SC=GCTGTCAGGTTGCTCACACTC;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=48;TCR=51;TR=98;WE=8646678;WS=8646660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,113:0.97:116
chr11	8646763	rs7935453	G	C	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.286;NF=17;NR=26;PP=829;ReadPosRankSum=-0.657;SC=ATGATGCTCAGCGAGGTGGAG;SOR=0.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=43;WE=8646771;WS=8646753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr11	8660117	rs34655699	C	G	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=27;PP=1271;SC=CTCCTCCCCCCACCCTATCCT;SOR=1.338;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=80;WE=8660125;WS=8660107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	8662090	rs11042022	T	C	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.68;SOR=6.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	8669694	rs35319120	C	T	2675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=65;PP=1807;SC=GCATGCCAACCAAGCGGGAAT;SOR=1.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=31;TCR=65;TR=96;WE=8669702;WS=8669684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	8670172	rs7950801	T	C	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=21;PP=702;SC=GCTGCACAGCTCTCAGCCTTC;SOR=1.347;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=35;WE=8670180;WS=8670162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	8671547	rs10769938	G	A	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=27;PP=831;SC=CCACCAGTTTGGAGTGTAACC;SOR=1.464;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=8671555;WS=8671537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	8693405	rs11517718	G	A	4423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=76;PP=2551;SC=CAGTCCTTACGGAGCAAATGC;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=70;TCR=76;TR=146;WE=8693413;WS=8693395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr11	8705480	rs7951084	T	C	1703.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.315;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.58;ReadPosRankSum=-2.601;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,78:0.90:87
chr11	8707083	rs2073686	G	A	3168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=45;PP=1751;SC=GGGGGCAGTCGGTGCCCCCGT;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=59;TCR=45;TR=104;WE=8707091;WS=8707073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	8707233	rs6735	C	T	3731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=71;NR=53;PP=2066;SC=AGGGCTACTACAAAGTTCTGG;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=71;TCR=53;TR=124;WE=8707241;WS=8707223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	8719615	rs10840113	C	G	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=723;SC=TGAGCCCAGGCAGGTCGAGGC;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=8719623;WS=8719605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	8720615	rs2270958	C	A	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=22;PP=567;SC=CCAGGGTCAGCTAACAGGAAG;SOR=1.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=8720623;WS=8720605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	8724279	rs71872129	CGAT	C	3446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=50;PP=2614;SC=TGCAGGAGAGCGATGGGAAAG;SOR=2.185;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=53;WE=8724289;WS=8724269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	8732300	.	GCA	G	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.836;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr11	8736046	rs931757	C	T	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=7;PP=566;SC=CTCCCTCCTACGTGGCCATTT;SOR=2.242;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=32;WE=8736054;WS=8736036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	8751640	rs3812762	G	C	7747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.517;SC=TGGGGTTCTTGTCAGCCTCGT;SOR=0.235;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=144;TCR=118;TR=261;WE=8751648;WS=8751630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,286:1.00:287
chr11	8797707	rs66512440	GCACACA	G	3564.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.12;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	8797715	.	A	G	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=8.064;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.15;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=1.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,68:0.88:77
chr11	8797717	.	A	G	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.69;ReadPosRankSum=-1.107;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,83:0.97:86
chr11	8933064	rs1133833	G	A	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=50;NR=49;PP=1642;SC=CGTTCAGCAAGGCTGGCTCTA;SOR=0.960;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=99;WE=8933072;WS=8933054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	8934101	rs2742518	A	G	6716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=97;NR=129;PP=2965;SC=GTGAACCAAAACTATGCCCCA;SOR=1.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=97;TCR=129;TR=226;WE=8934109;WS=8934091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr11	8938934	rs2016844	C	T	4998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	8942942	rs2653601	C	T	8720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=158;NR=131;PP=2965;SC=TGGCGGGGTCCGCGGTGGCTT;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=290;TCF=159;TCR=131;TR=289;WE=8942950;WS=8942932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr11	8942999	rs2568023	G	A	8196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=143;NR=144;PP=2965;SC=CCCCACTACTGCAGTTTGTGC;SOR=0.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=289;TCF=144;TCR=145;TR=287;WE=8943007;WS=8942989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr11	8947021	rs2653588	A	G	5311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=62;PP=2965;SC=TGGCTTCCCAAGGCATGGCTC;SOR=1.277;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=116;TCR=62;TR=178;WE=8947029;WS=8947011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	8947179	rs2568077	G	A	6213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr11	8949094	rs2568075	A	G	2985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	8959370	rs2742505	G	A	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=66;PP=1881;SC=GGAGCTGGGCGTAGCCTTCAT;SOR=1.161;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=54;TCR=66;TR=118;WE=8959378;WS=8959360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	9001289	rs71062805	TA	T	595.74	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.686;QD=11.24;ReadPosRankSum=1.216;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,46:0.87:53
chr11	9001291	rs199678234	A	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.053;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr11	9004376	.	CTT	C,CT	1299.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=3.197;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.368;QD=12.87;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,34,54:0.34,0.53:101
chr11	9005036	rs2568046	T	A	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	9045831	rs72856032	A	C	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=17;PP=967;SC=AGAGGTTGCCAGTTGGTTGCT;SOR=1.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=55;WE=9045839;WS=9045821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	9051385	rs7479998	C	A	3659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=48;PP=2194;SC=ACCCAGACACCTATCTTCTTA;SOR=1.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=80;TCR=48;TR=128;WE=9051393;WS=9051375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	9052423	rs7395988	A	C	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=35;PP=1260;SC=GGGCACAGAGATGGCAAGGTG;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=76;WE=9052431;WS=9052413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	9096189	rs7930311	G	C	4826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=91;PP=2813;SC=ATTAGCCTTTGCTTTGGTGAC;SOR=1.320;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=63;TCR=91;TR=154;WE=9096197;WS=9096179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr11	9112013	.	AT	A	118	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=0.9998;HP=10;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=57.82;NF=1;NR=8;PP=118;QD=14.4444444444;SC=ACATTATGAGATTTTTTTTTT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=9;WE=9112021;WS=9112003;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,9:0.82:11
chr11	9113008	rs142900716	GGCA	G	3448.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=28;PP=1546;SC=CAGCAGTGGCGGCAGCAGCAG;SOR=0.796;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=32;WE=9113021;WS=9112998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	9167399	rs10732517	T	C	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=40;PP=1309;SC=TGAGGAGAATTAGGAATCTTT;SOR=1.416;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=68;WE=9167407;WS=9167389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	9192336	rs10550560	TAC	T	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr11	9286671	.	C	A	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.40;ReadPosRankSum=-0.655;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr11	9309405	rs5014247	A	G	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=50;PP=1421;SC=TCTTACTCACATTGATTTATT;SOR=1.338;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=80;WE=9309413;WS=9309395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	9310169	rs10770007	C	A	278.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=9;PP=229;SC=AGTATAAATACAAAAATTATC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=9310177;WS=9310159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	9316937	rs4601780	G	A	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	9321399	rs10743101	A	G	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	9336071	rs4325312	A	G	4176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=77;PP=2437;SC=ACTACGCCGAAGCGCCACGGC;SOR=1.216;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=57;TCR=78;TR=134;WE=9336079;WS=9336061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	9406349	rs4606477	T	C	3121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	9537904	rs10743108	G	C	2663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=45;PP=1594;SC=TACAGAAGGGGAACAGGTAAT;SOR=1.156;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=83;WE=9537912;WS=9537894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	9537978	rs12276181	A	G	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=16;PP=522;SC=TAGGTATGCAATGTGGTACAA;SOR=1.112;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=29;WE=9537986;WS=9537968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	9595732	rs11042428	C	G	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	9734945	rs1390679	A	G	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=283;SC=TTGTCTTTCTATTTTACTTGC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=9734953;WS=9734935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	9746137	rs419412	A	G	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=3;PP=434;SC=AGTGTTTATAACATAAATACA;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=9746145;WS=9746127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	9746201	rs1695613	G	A	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=9;PP=1086;SC=CATTCTTTATGTAGATTGAAT;SOR=2.468;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=52;WE=9746209;WS=9746191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	9746552	rs1960386	A	G	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=13;PP=345;SC=TCGTTTTTTTATTTTTTGTTT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=9746560;WS=9746542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	9748483	rs2453831	T	C	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	9748620	rs2453832	G	T	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.27;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	9748624	rs2454612	C	T	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.39;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	9749552	rs67364105	CT	C	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=6;PP=736;SC=GATGTCAGCTCTTACAAATAA;SOR=2.066;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=9749562;WS=9749542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	9749554	rs56116109	T	G	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=6;PP=390;SC=TGTCAGCTCTTACAAATAAAA;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=9749562;WS=9749542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	9749645	rs397686	A	C	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=21;PP=962;SC=CTGGACTGAAAGATGGTTTGT;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=58;WE=9749653;WS=9749635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	9751089	rs12360647	G	A	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=10;PP=278;SC=TCTGTTGCCCGGGCTGTAGTG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=9751097;WS=9751079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	9754221	rs360157	C	T	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=1.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	9759608	rs93139	T	C	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=186;SC=TAGACTGGAATTCTAATGGAG;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=9759616;WS=9759598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	9759713	rs93138	T	G	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	9759918	rs173396	G	A	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=16;PP=516;SC=AGCCTGGGTCGGTGGGAACAG;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=9759926;WS=9759908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	9769562	rs415895	C	G	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=39;PP=1460;SC=GCAGCTGGAGCAGCTTGAGTT;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=76;WE=9769570;WS=9769552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	9771687	rs6483656	G	C	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.88;NF=7;NR=8;PP=208;SC=GAGTTCAAGAGCAGCCTGGCC;SOR=1.061;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=9771695;WS=9771677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	9802228	rs360124	G	C	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=625;SC=CTTTACTTTTGTGGTCTCTAG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=9802236;WS=9802218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	9802952	rs3763862	A	C	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=258;SC=TCTGTCATCCATCTGTAGTCA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=9802960;WS=9802942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	9811039	rs11042496	C	A	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=55;PP=1514;SC=AAAAATCATACATCAAGATAA;SOR=1.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=27;TCR=56;TR=82;WE=9811047;WS=9811029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	9812236	rs2645029	G	A	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=27;PP=835;SC=AGTTCCTGTAGATTAAAAAAA;SOR=1.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=9812244;WS=9812226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	9830595	rs11042500	G	A	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.48;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	9830732	rs10770066	A	T	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=11;PP=266;SC=GACACTTTTGACTGGATGCAA;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=9830740;WS=9830722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	9833988	rs4910065	A	G	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=6;PP=327;SC=GTAGGGGAACAAAGTATTTTT;SOR=1.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=9833996;WS=9833978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	9861009	rs7483882	G	A	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=23;PP=1597;SC=AAGAAAGGAAGGAAGACCTCT;SOR=1.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=59;TCR=23;TR=82;WE=9861017;WS=9860999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	9864428	rs56254895	G	C	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=43;PP=957;SC=AGCCACTACTGGTCCAGACTC;SOR=4.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=48;WE=9864436;WS=9864418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	9875353	rs375686	G	T	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=23;PP=642;SC=AGAAACATGAGCAAAGTGATG;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=9875361;WS=9875343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	10014463	rs78399419	G	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=499;SC=TAAATGGCTCGGAAAAAAAAC;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=10014471;WS=10014453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	10215598	rs4910097	C	T	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=49;PP=1478;SC=ACTCATTCTACTCTTACTTAT;SOR=2.055;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=71;WE=10215606;WS=10215588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	10500056	rs73409951	T	C	4499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.11;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	10503440	rs79076848	G	A	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=3;PP=318;SC=GTTTGTACAAGTAGTTTAGGT;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=10503459;WS=10503430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	10503451	rs73409956	G	A	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=4;PP=393;SC=TAGTTTAGGTGCAATGAACCA;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=10503459;WS=10503430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	10503756	rs16907852	G	A	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	10518289	rs1466426	T	C	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=8;PP=967;SC=AGGAAGTGACTGGGGCTGGTC;SOR=2.348;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=46;WE=10518297;WS=10518279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	10521764	rs3741041	T	C	6231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr11	10521850	rs3741039	G	A	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=49;PP=1329;SC=GTACATGCACGCATGCACACA;SOR=1.481;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=79;WE=10521858;WS=10521840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	10522983	rs1870951	G	T	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=7;PP=1020;SC=AACTGGGGGGGGCCTTCCTGA;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=48;WE=10522991;WS=10522973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	10526060	rs7943804	C	T	5078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	10553355	rs4910153	C	T	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=400;SC=ATGAGGCCATCGAAAGTTAAG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=10553363;WS=10553345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	10553672	rs4910154	C	T	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.98;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	10553675	rs4910155	C	T	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.98;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	10555589	rs1065052	A	G	4937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=25.85;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	10581623	rs746164	C	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=8;PP=185;SC=ATTGGCCTTGCTTCTCACACT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=10581631;WS=10581613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	10603648	rs2288236	A	G	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=26;PP=750;SC=AGGCTTTTTCAGTAACTTTCA;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=10603656;WS=10603638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	10614911	rs3741033	C	G	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=201;SC=CACTCAGATTCTATTCTGGAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=10614919;WS=10614901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	10615473	rs7126245	C	T	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=317;SC=CTTATGATCACTTCATGTTCA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=10615481;WS=10615467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	10631247	rs3741042	C	T	2510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	10645289	rs61892975	A	G	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=20;PP=1151;SC=ACAAATCAGCACTCGCTGAGA;SOR=1.641;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=66;WE=10645297;WS=10645279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	10645569	rs2303402	A	G	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=33;PP=924;SC=AAGCACCAGGAAATAGTTCCT;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=10645577;WS=10645559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	10647702	rs2241489	G	A	3241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=52;PP=1856;SC=TGTCCCAGGAGAGCCCTCGCA;SOR=0.914;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=48;TCR=53;TR=100;WE=10647710;WS=10647692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	10649161	rs1425152	C	A	6852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=154;NR=83;PP=2965;SC=CATACGTGTGCATGCACACAC;SOR=1.192;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=237;TCF=154;TCR=83;TR=237;WE=10649169;WS=10649151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr11	10650329	rs2278125	C	T	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	10653729	rs3741032	C	G	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.29;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	10653737	rs35138815	CT	C	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=-1.264;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr11	10655609	rs2162044	C	T	2493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=46;PP=1368;SC=ACTCCTGCGGCAGGAGGACCC;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=89;WE=10655617;WS=10655599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	10673739	rs4909945	T	C	5469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr11	10709168	rs4910169	T	C	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=3;PP=268;SC=TGTTATTTATTGGGCCTCCTT;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=10709176;WS=10709158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	10709194	rs1035694	C	T	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=5;PP=430;SC=CTTCACCAGACACAGATGCCC;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=10709202;WS=10709184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	10709415	rs61314456	C	CT	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.56;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr11	10711817	rs7123827	A	C	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.14;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	10711918	.	T	TA	805.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.465;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=0.000;QD=11.04;ReadPosRankSum=2.441;SOR=1.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,55:0.75:73
chr11	10715124	rs10770136	T	C	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	10786175	rs7118399	C	T	4629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=83;NR=73;PP=2459;SC=TTTCCGTTACCACGTCATATA;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=83;TCR=74;TR=156;WE=10786183;WS=10786165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	10820663	.	TAA	T	2830.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=4.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.538;QD=19.80;ReadPosRankSum=1.636;SOR=0.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:27,116:0.81:143
chr11	10822350	rs7951708	C	T	5591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=92;NR=93;PP=2965;SC=CCTGGATAAGCGGTGGATTAG;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=92;TCR=93;TR=185;WE=10822358;WS=10822340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr11	10823576	.	C	CACACTCCTAAAATAGTTTCATGTTTTAATAGCAAATGAAATCACATATATTGCAGAATTTAACATTTGTTGCCTAA	2860.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=476.79;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	10823815	rs7105210	C	T	4854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=79;PP=2952;SC=TTCAGCTTAACGCAACCATTG;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=84;TCR=80;TR=163;WE=10823823;WS=10823805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr11	10824540	rs10743150	G	A	181.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=104;SC=TACACACACAGAGTCTATGTG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=10824548;WS=10824530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	10828490	rs11373962	T	TA	1386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=27;PP=1124;SC=TCAAAAAGAATAAGCATCTAT;SOR=2.059;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=27;WE=10828498;WS=10828480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	10830106	rs7127279	A	G	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	11292635	rs12282251	C	T	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=4;PP=603;SC=CAGCAGGCAACGTTGCAGCAG;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=11292643;WS=11292625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	11292700	rs10831567	G	C	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=37;PP=1837;SC=GTCAGGACGCGAGGCTCCTCA;SOR=1.081;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=58;TCR=37;TR=95;WE=11292708;WS=11292690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	11292859	rs12282460	G	T	6687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.87;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr11	11292864	rs12282401	C	T	6711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.30;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	11314538	rs10437598	C	T	3309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	11348794	rs75793419	C	T	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=36;PP=1196;SC=TGAATTAACTCTGGAGAAACA;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=72;WE=11348802;WS=11348784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	11348828	rs745181	A	G	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=31;PP=850;SC=GACAGATTTCATGTCCATAAT;SOR=1.524;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=50;WE=11348836;WS=11348818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	11354393	rs901554	A	G	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=37;PP=1144;SC=ACAGGGACGCAGAAGCAGAGA;SOR=1.571;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=57;WE=11354401;WS=11354383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	11373508	rs7948121	T	C	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=11;PP=1221;SC=TGAGCGCCAGTGGCAGCTGGA;SOR=2.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=56;WE=11373516;WS=11373498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	11373587	rs7945066	A	G	6245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=79;PP=2965;SC=GGGGTGAAGGAGTTGGCACTG;SOR=1.144;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=133;TCR=79;TR=211;WE=11373595;WS=11373577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr11	11373635	rs1056963	C	T	10128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=202;NR=153;PP=2965;SC=TGCTGACGGGCGTACTGCCCC;SOR=0.940;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=358;TCF=203;TCR=155;TR=355;WE=11373643;WS=11373625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr11	11373808	rs1056951	T	G	6033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=101;PP=2965;SC=TGATTTTCACTGTGGACAAAG;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=98;TCR=101;TR=199;WE=11373816;WS=11373798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr11	11373925	rs4243927	A	C	11552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.248;NF=232;NR=176;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.047;SC=GTCCCCAGAAACTTGGCTATC;SOR=0.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=412;TCF=233;TCR=179;TR=408;WE=11373933;WS=11373915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,437:1.00:439
chr11	11373960	rs2071461	C	T	11774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-0.345;NF=232;NR=193;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.415;SC=ATAATTGTCACGTCCATGGAA;SOR=0.444;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=429;TCF=235;TCR=194;TR=425;WE=11373968;WS=11373950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,454:0.99:457
chr11	11374016	rs2896586	T	A	8479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=3.147;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.58;MQRankSum=-0.230;QD=26.33;ReadPosRankSum=-0.707;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,321:1.00:322
chr11	11374269	rs2071460	A	G	15633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=163;NR=163;PP=2965;SC=GTAAAATCGAATATCATAGTC;SOR=0.727;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=326;TCF=163;TCR=163;TR=326;WE=11374291;WS=11374259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr11	11374283	rs2896585	T	G	15481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=163;NR=163;PP=2965;SC=CATAGTCTGTTAACGTCTGGT;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=327;TCF=163;TCR=164;TR=326;WE=11374291;WS=11374259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr11	11398698	rs10444245	G	A	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=4;PP=309;SC=AGGTCAAAGCGGAGAGACCCA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=11398706;WS=11398688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	11905993	rs10765894	C	T	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=23;PP=1204;SC=TAATCTGAAACATTATGTTTT;SOR=1.300;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=68;WE=11906001;WS=11905983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	11913585	rs11022079	G	T	3612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	11944505	rs11822494	A	G	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=11;PP=358;SC=ATATAATTCTATAGCTGTTGT;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=11944513;WS=11944495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	11954786	rs10741562	G	A	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=23;PP=573;SC=TCATTGAACAGTGTAACCAAC;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=11954794;WS=11954776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	11977505	rs3215040	A	AG	665.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=5;PP=581;SC=ATAGAGGTGGAGGGCTCTACT;SOR=1.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=15;WE=11977513;WS=11977495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	11986061	rs3206824	T	C	4635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=50;PP=2239;ReadPosRankSum=0.710;SC=GCAGGCTCCCTCAGCGCCATC;SOR=0.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=90;TCR=51;TR=139;WE=11986069;WS=11986051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,177:0.99:179
chr11	11989899	rs2291599	T	C	3088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=33;PP=1900;ReadPosRankSum=1.293;SC=CCCAGGTGCCTGAGACCCTGG;SOR=1.526;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=70;TCR=33;TR=102;WE=11989907;WS=11989889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,111:0.98:113
chr11	12020115	rs3750939	C	T	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=668;ReadPosRankSum=0.830;SC=TGAGGAATCTCGGTAGAAATG;SOR=1.280;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=33;WE=12020123;WS=12020105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr11	12115630	rs7104830	C	T	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.82;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	12225946	rs3763823	T	G	6259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr11	12262410	rs2279613	G	A	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=5;PP=629;SC=AGGGAGCCAGGGCTCAAGTTT;SOR=2.649;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=32;WE=12262418;WS=12262400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	12262476	rs2641936	C	A	3626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=40;PP=1994;SC=GCACTTGCAACCTTCGTCTCC;SOR=1.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=77;TCR=41;TR=116;WE=12262484;WS=12262466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	12279937	rs2270513	T	C	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	12279991	rs11022265	G	C	4344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	12283928	rs10765933	C	T	6291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr11	12313887	rs1874043	C	G	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=52;PP=1486;SC=AGGAAGCTAACCTACCTGTAC;SOR=2.272;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=71;WE=12313895;WS=12313877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	12315407	rs10741579	G	C	4924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=80;NR=77;PP=2858;SC=GCTGGACAGGGCAAGAGCTAT;SOR=0.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=82;TCR=78;TR=157;WE=12315415;WS=12315397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr11	12315716	rs1493951	C	T	4403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=53;PP=2510;SC=AGAGAGGGGCCCAGGAGAAGA;SOR=0.911;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=85;TCR=53;TR=138;WE=12315724;WS=12315706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	12315891	rs1493953	G	A	6988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=141;NR=101;PP=2965;SC=AACTTTGCCCGCACAGGCCTG;SOR=0.947;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=141;TCR=101;TR=242;WE=12315899;WS=12315881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr11	12316386	.	CCTA	C	159.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.193;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.969;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=415;ReadPosRankSum=-0.903;SC=TCCTCCTCCTCCTACAGCGGG;SOR=0.086;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=9;WE=12316397;WS=12316376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr11	12316389	rs3812754	A	C	531.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.969;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=842;ReadPosRankSum=0.850;SC=TCCTCCTCCTACAGCGGGAGG;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=27;WE=12316397;WS=12316376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr11	12345459	rs903213	C	T	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=6;PP=381;SC=AAGCCTATAACGATATTTTGT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=12345467;WS=12345449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	12379792	rs10741583	G	C	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=15;PP=814;SC=CAAGAACTCTGCCGGGGCCCA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=48;WE=12379800;WS=12379782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	12495607	rs2288291	T	C	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=31;PP=911;SC=TCTGTGCAGGTACCCCACGAG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=12495615;WS=12495597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	12495623	rs7109678	G	C	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=26;PP=711;SC=ACGAGCCCCTGAGAGAAGGTA;SOR=2.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=12495631;WS=12495613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	12517892	rs138094049	A	AGAGTGCATGCATGCAT	172.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=0;PP=1140;SC=TATTGTTGCAAGAGTGCATGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=12517900;WS=12517884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	12518237	rs12223547	G	T	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=195;SC=AGCTTGGCAGGCTTCAGGGGA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=12518245;WS=12518227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	12532912	rs12283539	A	C	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=244;ReadPosRankSum=-0.535;SC=CAATGGAAGGAGGCTTTTTGA;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=12532920;WS=12532902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr11	12534707	rs2243707	G	A	9618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr11	12534808	rs2403631	A	G	10250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=180;NR=177;PP=2965;SC=GCCAGGGATCAGCTCTTGTGC;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=357;TCF=180;TCR=177;TR=357;WE=12534816;WS=12534798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr11	12535209	rs2288293	C	T	3964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=98;PP=2774;SC=GCACCTGTGCCGAAGAAGGGA;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=33;TCR=98;TR=131;WE=12535217;WS=12535199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	12535415	rs11022380	A	G	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=182;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=11;PP=745;SC=TCCTGGGCCCAGGGCTCTTGG;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=12535423;WS=12535405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	12535485	rs56043920	CACAGGCTCCTGCACTA	C	4741.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=36;PP=2965;SC=ACGGAGCAGCCACAGGCTCCT;SOR=1.106;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=53;WE=12535508;WS=12535475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	12900359	rs11022528	T	C	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.60;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	12900681	rs117175436	C	T	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=27;PP=807;SC=TGCTGCTTGGCCCTGTTACCC;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=12900689;WS=12900671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	12903443	rs2304733	C	T	8060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr11	12903565	rs2304734	G	A	5298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=87;NR=97;PP=2965;SC=AGCTGGGTCTGGCACTTTGTT;SOR=0.957;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=87;TCR=97;TR=184;WE=12903573;WS=12903555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr11	12951623	rs2245140	A	C	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=4;PP=1134;SC=AAGATGATTCATGTTGAAAAA;SOR=3.300;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=48;WE=12951631;WS=12951613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	12951926	rs2727360	A	G	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=33;PP=995;SC=GAGGCTTGACAGAAGTGAGGA;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=53;WE=12951934;WS=12951916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	12952015	rs2727361	C	T	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=16;PP=386;SC=GGTCAGTCAGCAGTTGAATTT;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=12952023;WS=12952005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	13031288	rs61879069	C	T	6102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.960;SC=TGGGGTCGGCCGGCGACCCGC;SOR=0.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=194;TCF=99;TCR=95;TR=193;WE=13031296;WS=13031278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,224:1.00:225
chr11	13031846	rs12793946	G	A	7650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=132;NR=134;PP=2965;SC=CAATTCGCCAGCAGGTGCAGC;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=132;TCR=134;TR=266;WE=13031854;WS=13031836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr11	13377922	rs59018433	TG	T	3932.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.279;NF=7;NR=71;PP=1823;ReadPosRankSum=-1.485;SC=TCCAGAATGATGGGGGGGGAG;SOR=1.222;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=89;TCF=9;TCR=80;TR=78;WE=13377930;WS=13377912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,133:0.99:135
chr11	13378457	rs62620045	C	T	6589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=100;PP=2965;SC=AGCCTGTGGGCGCTCACTGTG;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=111;TCR=100;TR=211;WE=13378465;WS=13378447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr11	13391472	rs3816358	C	A	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=739;SC=ATGTGTAGGGCAGTTGGGAGC;SOR=4.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=13391480;WS=13391462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	13398129	rs10741617	T	A	6918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=3.178;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.21;ReadPosRankSum=-0.572;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,263:1.00:264
chr11	13399791	rs10832030	A	G	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=2;PP=203;SC=TGAACTGCAAATGGATCATGG;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=13399799;WS=13399781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	13514263	rs6254	C	T	3884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	13514417	rs694	C	T	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=264;SC=ACTAAAAGGACAAGCAAAATG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=13514425;WS=13514407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	13716530	rs7130943	A	G	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=21;PP=654;SC=CACTCAGAACAAAGAAAAAAG;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=13716538;WS=13716520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	13743325	rs34341612	A	G	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=17;PP=647;SC=TGTTTCTTGAATATTTCACAA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=13743333;WS=13743315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	14063262	rs369622005	GA	G	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.984;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr11	14101493	rs5789820	G	GC	5827.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=46;PP=2971;SC=AGACTGCTGTGCTGCGGAACT;SOR=0.706;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=62;WE=14101501;WS=14101483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	14246336	rs2163463	G	A	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=27;PP=763;SC=GGGCCAAAGGGTGAGCCCTTG;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=49;WE=14246344;WS=14246326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	14264979	rs2303974	C	A	6045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.84;ReadPosRankSum=1.746;SOR=0.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,233:1.00:234
chr11	14278049	rs3763950	T	A	3977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=35;PP=2620;SC=AACTTTGCCATGGCATACGAT;SOR=1.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=94;TCR=35;TR=129;WE=14278057;WS=14278039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	14329984	rs2915408	C	G	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=257;SC=CTGGCTCTCACCTATAAATGA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=14329992;WS=14329974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	14386145	rs4517475	A	G	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=19;PP=515;SC=CACACACACAACCCTGAGGAA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=14386153;WS=14386135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	14480292	rs12576926	C	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;QD=23.10;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	14480309	rs34021860	CT	C	117.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQRankSum=0.165;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.291;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr11	14497269	rs2597194	C	T	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.981;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=17;PP=1368;ReadPosRankSum=-0.768;SC=ATTTGACTGTCTTACATACAA;SOR=1.917;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=69;WE=14497277;WS=14497259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,73:0.97:75
chr11	14501296	rs2575857	C	T	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=49;PP=1377;SC=ATGGAACTAACAATTTTCGAA;SOR=1.011;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=77;WE=14501304;WS=14501286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	14504774	.	CCACACA	C,CCA	176.76	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.24;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001,0.4999;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0,0;NR=4,4;PP=132,33;SC=CGCGCGCACACCACACACACA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4,4;WE=14504787;WS=14504764;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:7
chr11	14512060	rs2597189	C	T	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=5;PP=341;SC=GTAATACTTTCAATTGTCACT;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=14512068;WS=14512050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	14516003	rs10832279	TT	AA	269.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.109;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.83;ReadPosRankSum=-1.207;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr11	14520566	rs3214792	T	TA	139.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.973;HP=12;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.671;NF=0;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=0.000;SC=CATTACAAATTAAAAAAAAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=9;WE=14520574;WS=14520556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr11	14532338	rs2597218	C	T	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=9;PP=445;SC=CAGAATGTTGCATATATACTC;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=14532346;WS=14532328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	14539315	rs59770964	TA	T	332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=-0.512;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr11	14539639	rs2575849	T	A	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	14540671	rs1823466	A	G	3330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=45;PP=2021;SC=ATATGCTTGTATTTCCATTCA;SOR=1.225;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=74;TCR=45;TR=118;WE=14540679;WS=14540661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	14540942	rs2305305	C	T	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=780;ReadPosRankSum=-0.703;SC=AAAAGTCTTCCTTTTCTTTAA;SOR=0.646;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=48;WE=14540950;WS=14540932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr11	14632570	rs1403247	A	C	3690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	14810762	rs4757268	A	G	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	14825704	rs3740823	A	G	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=42;PP=1112;ReadPosRankSum=-0.810;SC=AATTTCATGTATTATAAGTTA;SOR=1.048;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=57;WE=14825712;WS=14825694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr11	14852490	rs1037378	G	A	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=127;SC=TTTTAATATAGTAGTATTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=14852498;WS=14852480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	14913575	rs12794714	G	A	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	14991539	rs5239	T	C	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	14999877	rs7929159	G	A	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	15098718	rs2282653	G	A	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=5;PP=272;SC=TTGCATTTTCGAGAAACACTT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=15098726;WS=15098708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	15170644	rs1714354	T	C	4245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=77;NR=58;PP=2361;SC=TCTTTTAGGATCTCGTTGTGC;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=77;TCR=58;TR=135;WE=15170652;WS=15170634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	15170807	rs12222688	G	A	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=25;PP=652;SC=TCCAGGCCAGGCCTGCCCCAT;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=15170815;WS=15170797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	16117684	.	G	GA	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.515;QD=2.56;ReadPosRankSum=-1.334;SOR=1.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,17:0.27:62
chr11	16133413	rs4617548	A	G	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=24;PP=704;SC=CTGCTGCCAGAGTCCGCTGGT;SOR=1.157;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=44;WE=16133428;WS=16133403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	16760244	rs1846936	T	G	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=11;PP=717;SC=GCTTGGGCCCTTGGCGGATTG;SOR=1.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=42;WE=16760252;WS=16760234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	16837788	rs217750	G	A	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=40;PP=1343;SC=AGGGCATGGAGCGTCGGTCCA;SOR=0.846;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=87;WE=16837796;WS=16837778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	16874067	rs418113	C	T	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=47;PP=1368;SC=GACATTAGAACTTGGATTAAA;SOR=2.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=62;WE=16874075;WS=16874057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	16877497	rs11024058	C	T	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=24;PP=649;SC=GAGTAAAAGCCGAGCTATAGA;SOR=1.287;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=16877505;WS=16877487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	16892477	rs402973	C	G	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=13;PP=853;SC=TGAAAGAAGTCTGAAGGTTGA;SOR=1.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=16892485;WS=16892467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	17035493	rs71047521	C	CA	2017.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=11;PP=793;SC=AGGGACCCCCCCCCCGCGGCA;SOR=1.118;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=17035501;WS=17035483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	17035718	rs61881311	A	G	5988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=0.044;SC=CGGTGCGCGGATGCAGCCAGG;SOR=1.118;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=117;TCR=73;TR=187;WE=17035726;WS=17035708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,222:0.98:226
chr11	17036012	rs113662255	A	G	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=86;PP=2894;SC=GCAGGGGCGGAGGCGGGGGCG;SOR=2.001;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=49;TCR=86;TR=135;WE=17036023;WS=17036002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	17113483	rs7113396	C	T	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=3;PP=371;SC=CCACATTCATCGAGAAGTTAC;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=17113491;WS=17113473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	17126670	rs2052188	C	T	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=557;SC=ACCTCTGTAACACATTTTTGA;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=17126678;WS=17126660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	17172133	rs2302511	T	C	8992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=160;NR=162;PP=2965;SC=TGTTTCTTTGTGCTGTGACTG;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=323;TCF=161;TCR=162;TR=322;WE=17172141;WS=17172123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr11	17191019	rs214936	A	G	6502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=124;NR=88;PP=2965;SC=TTTCTACATCAATATCTAATG;SOR=0.954;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=124;TCR=88;TR=212;WE=17191027;WS=17191009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr11	17333377	rs12225041	T	G	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=4;PP=256;SC=ATTTTCTAAGTTATTAAAATC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=17333385;WS=17333367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	17333663	rs2521998	G	A	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=21;PP=624;SC=CATGTAATGAGTGAGGTATGT;SOR=1.154;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=40;WE=17333671;WS=17333653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	17339127	rs2634462	T	C	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=21;PP=1367;SC=TAATGTCTTTTTAGTCTCCTT;SOR=1.396;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=56;TCR=21;TR=77;WE=17339135;WS=17339117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	17351873	rs34471145	T	TA	1055.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=476;SC=ATTATGGCATTAAAAAGATTT;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=13;WE=17351881;WS=17351863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	17352477	rs3842269	TACA	T	1701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=785;SC=CAAAAAAAATTACAACAAGGA;SOR=0.743;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=15;WE=17352487;WS=17352467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	17394073	rs10832778	C	G	6148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=119;PP=2965;SC=CCTGATGGACCTGGTGCCACT;SOR=1.184;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=86;TCR=119;TR=205;WE=17394081;WS=17394063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr11	17408404	rs5213	C	T	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	17408630	rs5215	C	T	4798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=90;NR=68;PP=2612;SC=GGCACTTTGACGGTGTTGCCA;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=91;TCR=68;TR=158;WE=17408638;WS=17408620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	17409069	rs5218	G	A	7677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=0.661;SC=CGTGGCGCAGGGCGATCACCG;SOR=0.768;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=137;TCR=105;TR=239;WE=17409077;WS=17409059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,274:0.99:276
chr11	17409572	rs5219	T	C	8520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=140;NR=162;PP=2965;SC=TACCTGGGCTTGGCAGGGTCC;SOR=0.944;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=302;TCF=140;TCR=162;TR=302;WE=17409580;WS=17409562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr11	17410283	rs5222	C	T	8658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.12;ReadPosRankSum=-1.423;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,358:1.00:359
chr11	17414757	rs41282912	C	T	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=76;PP=2059;SC=GGCCCTCCTGCGGCTTGGAGG;SOR=2.442;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=23;TCR=76;TR=99;WE=17414765;WS=17414747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	17415190	rs4148646	C	G	5061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=69;PP=2965;SC=ACGGCCACAACAGGCCAGTCC;SOR=1.142;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=105;TCR=69;TR=174;WE=17415198;WS=17415180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	17418477	rs757110	C	A	4997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=116;NR=50;PP=2965;SC=TGTCCAGGGGCGATGAGGGCA;SOR=1.678;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=116;TCR=50;TR=166;WE=17418485;WS=17418467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	17429922	rs2106865	T	C	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=11;PP=360;SC=TGCTTGGCCATCCCTGGATAT;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=17429930;WS=17429912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	17435936	rs4148631	G	A	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=459;SC=TGGAGTGCAGGTAAGCACCTG;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=17435944;WS=17435926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	17435966	rs4148630	G	A	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=13;PP=619;SC=ATGGCTGGGTGTGGGTGATCG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=17435974;WS=17435956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	17436936	rs4148626	A	G	4252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	17452492	rs1799857	G	A	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=51;PP=1617;ReadPosRankSum=-0.812;SC=AGAAGCTGACGTGGCCCACGA;SOR=0.238;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=104;WE=17452500;WS=17452482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,110:0.99:111
chr11	17452603	rs8192694	T	G	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=16;PP=456;SC=GAGAGGGCTGTCAGGGAGCAG;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=17452611;WS=17452593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	17496516	rs1048099	A	G	7672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=120;NR=140;PP=2965;SC=GGTTGTGCCCAGGGAAATGAA;SOR=0.979;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=120;TCR=140;TR=260;WE=17496524;WS=17496506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr11	17498057	rs77889556	G	A	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=6;PP=1055;SC=GGGACCCCGGGAACGAGGCGG;SOR=2.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=41;WE=17498065;WS=17498047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	17517235	rs10832795	A	G	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	17517381	rs10530940	CAT	C	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=3;PP=197;SC=TTCTCCAAGACATGTGTAGAG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=17517390;WS=17517371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	17517407	rs1859824	G	C	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.54;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	17531449	rs2237965	G	T	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=22;PP=699;SC=TCACAATACAGCGAGCACTAT;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=17531457;WS=17531439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	17531831	rs733874	A	T	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=5;PP=222;SC=GGGCCTGGACAGTGGATGGGC;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=17531839;WS=17531823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	17533397	rs2190453	G	A	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=17;PP=1313;SC=CATGGAGAACGACCACATTGT;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=62;WE=17533405;WS=17533387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	17533635	rs2190454	G	A	6402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.824;SC=TATGACAAAGGTTAGAAATAG;SOR=0.805;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=110;TCR=96;TR=205;WE=17533643;WS=17533625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,243:0.99:245
chr11	17539212	rs10766408	T	C	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=615;SC=GCATACAGTGTTTTCAACCTT;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=17539220;WS=17539202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	17542439	rs2240487	T	C	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=26;PP=1173;SC=GAAGGGGTACTGGGTGTACCT;SOR=1.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=75;WE=17542447;WS=17542429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	17542583	rs2108332	C	T	8073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.61;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	17542586	rs2041031	T	C	8131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.68;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	17542649	rs2041032	T	C	2791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=53;PP=1728;SC=ATGGTTCTAGTCATGATGAAT;SOR=1.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=88;WE=17542657;WS=17542639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	17542872	rs2240488	G	C	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=30;PP=1736;SC=GCACAGACACGCGTGGAGCCG;SOR=1.295;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=85;WE=17542880;WS=17542862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	17545091	rs4757539	A	G	2607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=46;PP=1467;SC=TCTGCAGGACAGGCTCCCCCA;SOR=0.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=92;WE=17545099;WS=17545081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	17548737	rs12795083	T	C	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=21;PP=998;SC=CTCCCACCGTTATGGAGTACT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=17548745;WS=17548727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	17582470	rs1990180	T	C	2642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=37;PP=1767;SC=GGCACTCACTTAGTACCTTTG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=86;WE=17582478;WS=17582460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	17742681	rs10832853	G	C	6513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=105;NR=117;PP=2965;SC=CCTGTCTTTTGGATTGTCCCG;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=106;TCR=119;TR=222;WE=17742689;WS=17742671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr11	17940172	rs141971282	G	GAC	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.726;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=5.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.001;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr11	17981047	rs211146	C	T	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.28;ReadPosRankSum=-1.184;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,125:0.98:127
chr11	18017517	rs211131	T	C	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=41;PP=1264;SC=ACTAGATTGCTCTTTGAACCT;SOR=1.218;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=73;WE=18017525;WS=18017507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	18022305	rs139990913	TCAC	T	3971.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=34;PP=2274;SC=AAATACCATATCACAATACCA;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=48;WE=18022315;WS=18022295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	18023414	rs211134	C	T	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=5;PP=497;SC=TTAAGGCTTACCACATTTGTT;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=18023422;WS=18023404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	18044304	rs211101	C	T	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	18063977	rs623580	A	T	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	18102232	rs10500831	C	T	185.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=135;SC=TTTCCCATTCCGTTTTACTCT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=18102240;WS=18102222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	18105302	rs3741199	T	C	5641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr11	18108492	rs12363226	T	C	6787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr11	18111692	rs11424886	A	AT	2310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=20;PP=804;SC=AATTTAAAACATTTTTTTTCT;SOR=2.019;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=54;WE=18111700;WS=18111682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	18118501	rs112499478	C	T	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=310;SC=TAGAATTTTACGCCAGGCGCA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=18118509;WS=18118491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	18118538	rs4757613	A	T	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.58;QD=27.32;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	18127558	rs148650821	C	CCGG	3035.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=43;PP=1569;ReadPosRankSum=0.187;SC=TTGTCGCGACCCGGCGGCGGC;SOR=0.920;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=82;TCF=10;TCR=72;TR=51;WE=18127574;WS=18127548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,125:0.95:131
chr11	18127679	rs871699	T	C	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=22;PP=482;SC=GCGTACCCGGTGGGACTCCCC;SOR=3.477;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=18127687;WS=18127669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	18159169	rs2468839	A	G	6711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=124;PP=2965;SC=ACCTGTCATCAGTCATGTGTG;SOR=0.868;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=108;TCR=125;TR=231;WE=18159177;WS=18159159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr11	18195051	rs2445179	T	C	9156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr11	18195348	rs11024532	C	T	6821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.632;SC=ATCCCAGTCGCGTGGCTGATT;SOR=0.318;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=111;TCR=118;TR=227;WE=18195356;WS=18195338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,256:1.00:257
chr11	18210480	rs2445150	T	C	2267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=43;NR=31;PP=989;SC=CTGACGGCGGTGGCGGGGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=74;WE=18210488;WS=18210470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	18210580	rs2124372	C	T	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=29;PP=1166;SC=GCTGAAGCCGCTGCCCGCGGA;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=65;WE=18210588;WS=18210570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	18210814	rs7936382	GC	AA	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=26;PP=2322;SC=CAAAGTAGGGGCCACGCTGGC;SOR=0.822;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=51;WE=18210823;WS=18210804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	18210849	rs6486412	C	T	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=28;PP=1338;SC=AAAGAGGCCTCCGCTTCATCC;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=61;WE=18210857;WS=18210839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	18231289	rs4757627	C	A	3732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=52;PP=2278;SC=CTAACATCTTCGAAACAAGAT;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=69;TCR=52;TR=121;WE=18231297;WS=18231279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	18231749	rs2468789	T	G	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=22;PP=575;SC=TTTATCGAGGTTTGGTGCCCA;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=18231757;WS=18231739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	18253176	rs2460827	C	T	4405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	18267027	rs2468844	C	T	7793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=149;NR=118;PP=2965;SC=CTCCGCACCACGGCCTGTGAG;SOR=0.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=149;TCR=118;TR=267;WE=18267035;WS=18267017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr11	18267135	rs56373142	C	T	4821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=94;PP=2904;SC=CCATTCTCCCCGTTCCAAGGG;SOR=1.088;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=75;TCR=94;TR=168;WE=18267143;WS=18267125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr11	18267188	rs58546509	GA	G	2266.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=57;PP=2267;SC=AAGGAGGAGTGAAAACACTGA;SOR=2.362;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=1;TCR=61;TR=58;WE=18267196;WS=18267178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	18267373	rs1671927	C	T	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.674;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=6.252;NF=36;NR=7;PP=809;ReadPosRankSum=3.275;SC=CTAACTTCTCCACAAGGAGCT;SOR=0.213;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=60;TCF=52;TCR=8;TR=43;WE=18267381;WS=18267363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,47:0.75:63
chr11	18267431	rs76546965	C	T	3011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.34;MQRankSum=-9.235;QD=14.98;ReadPosRankSum=1.909;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,81:0.40:201
chr11	18267434	rs78891342	AA	GG	3086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.25;MQRankSum=-9.213;QD=15.13;ReadPosRankSum=2.019;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,83:0.41:204
chr11	18267463	rs74872559	A	G	5151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.38;MQRankSum=-5.482;QD=17.35;ReadPosRankSum=-0.605;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,136:0.46:297
chr11	18267471	rs1136766	A	G	3317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=5.187;NF=96;NR=76;PP=2962;ReadPosRankSum=0.576;SC=TCACTTCTGCAGCCCAGGCAC;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=322;TCF=182;TCR=140;TR=172;WE=18267486;WS=18267453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,162:0.54:298
chr11	18267478	rs79620496	G	A	5145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.25;MQRankSum=-4.961;QD=17.15;ReadPosRankSum=-0.950;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,136:0.45:300
chr11	18267651	rs80208174	A	C	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=34;PP=919;SC=GACTCCAACAACACCTTAGAG;SOR=1.981;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=45;WE=18267659;WS=18267641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	18267702	rs4757631	T	A	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=18;PP=439;SC=ACTTCAAGCTTTCAGCCTGTG;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=18267710;WS=18267692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	18290737	rs145097411	T	G	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.69;QD=26.73;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	18290859	rs1136743	C	T	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.25;QD=41.96;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	18290874	rs1136747	T	C	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.34;QD=44.03;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	18290880	rs28720026	C	G	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.41;QD=47.38;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	18290902	rs34068567	TT	CC	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.22;QD=46.69;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	18290906	rs35474820	G	A	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.36;QD=44.77;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	18291321	rs12218	T	C	5601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=103;PP=2809;SC=ACTCGCTGGCTGATCAGGCTG;SOR=1.008;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=87;TCR=103;TR=190;WE=18291329;WS=18291311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr11	18301605	rs11024601	T	C	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=38;PP=1088;SC=TTCTGTGCATTAAAAGACACA;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=47;WE=18301613;WS=18301595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	18303404	rs2271997	C	T	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=11;PP=766;SC=AGTGATGGGTCGGGACTAAAT;SOR=1.519;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=42;WE=18303412;WS=18303394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	18308088	.	C	CA	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=1.626;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr11	18312953	rs4757638	G	A	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=6;PP=533;SC=TTTTTAATACGAATTTCTATC;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=18312961;WS=18312943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	18314579	rs10665418	C	CTT	2776.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=49;PP=1114;SC=GGGATCAGAGCTTTTTTTGAG;SOR=2.554;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=1;TCR=67;TR=50;WE=18314587;WS=18314569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	18317458	rs2305564	T	A	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=5;PP=941;SC=TTCCTTTTTCTCATTTTCCAT;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=18317466;WS=18317448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	18317699	rs2305565	C	T	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=35;PP=1155;SC=AAAAAAGAAACAAAATCTAAT;SOR=1.196;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=60;WE=18317707;WS=18317689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	18320380	.	G	A	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=61;NR=36;PP=1454;SC=CAGCATGTACGAGCAGCCAAG;SOR=0.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=61;TCR=36;TR=97;WE=18320388;WS=18320370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	18326934	rs371881673	T	C	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	18327684	rs1140047	G	T	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=7;PP=531;SC=ATCGTTACCTGAGAGTAATCA;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=18327692;WS=18327674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	18330385	rs35952141	G	GA	2490.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=15;PP=1233;SC=AAAAGAAAAAGAAAAAAAATC;SOR=1.779;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=51;WE=18330393;WS=18330375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	18333055	.	A	ATT	373.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.75;ReadPosRankSum=-0.671;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr11	18333058	rs202173667	A	T	465.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.27;ReadPosRankSum=-0.943;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr11	18354877	rs4150561	T	C	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=17;PP=491;SC=AAAAATCAACTATGTAGAAAT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=18354885;WS=18354867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	18357180	rs4150579	A	G	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=6;PP=905;SC=AAGCATCAGTATTGGAATAGG;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=42;WE=18357188;WS=18357170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	18357270	rs4150581	A	G	4190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=91;NR=57;PP=2224;SC=TGTGAGTGTCATCATCTAACT;SOR=1.008;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=91;TCR=57;TR=148;WE=18357278;WS=18357260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	18359983	rs111946613	ATGTT	A	548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=42.21;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	18379446	rs202243676	CA	C	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=2.265;QD=2.74;ReadPosRankSum=1.379;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,24:0.34:71
chr11	18379629	rs4150661	C	A	3475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	18422113	rs5790035	C	CA	166.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=0;PP=309;SC=GCTTGGGGATCAAAAATTTGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=18422121;WS=18422104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	18424451	rs5030621	C	T	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=65;PP=2307;SC=TTATTGGAAGCGGTTGCAATC;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=124;WE=18424459;WS=18424441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	18424487	rs4820	A	G	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=47;PP=1844;SC=TCCGTTACCTAATGGGGGAAA;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=94;WE=18424495;WS=18424477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	18424590	rs3758680	T	A	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=32;PP=949;SC=TTTTTGTTTTTGAAAAGATTA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=56;WE=18424598;WS=18424580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	18426656	rs6486424	A	T	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.17;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	18426796	rs6486425	T	G	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	18428552	rs56345574	C	CA	336.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.47;ReadPosRankSum=-0.251;SOR=1.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr11	18428637	rs113340412	A	ATTT,ATTTT	4569.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=35.42;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,41,88:0.32,0.68:129
chr11	18434536	rs10766477	T	C	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.29;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	18456235	rs4757664	A	T	433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=283;SC=GAAAAAAAAAATTTTTTTAAG;SOR=1.863;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=15;WE=18456243;WS=18456225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	18467821	rs2658565	T	C	4033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	18524208	rs2658552	C	T	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=48;PP=1274;SC=GGAAGTTAAGCTTGACATATG;SOR=2.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=59;WE=18524216;WS=18524198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	18548574	rs1857908	T	C	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=72;PP=1712;SC=AGGGGCCTGGTGGGGTGGGTT;SOR=1.970;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=29;TCR=72;TR=101;WE=18548582;WS=18548564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	18632984	rs10128711	T	C	7722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=144;NR=122;PP=2965;SC=AAGGAATTTTTAGGACATTTT;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=144;TCR=122;TR=266;WE=18632992;WS=18632974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr11	18633971	rs11605097	G	A	4490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	18720304	rs7946446	C	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=6;PP=422;SC=GACAGAACCCCGGCGCCGGGC;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=18720312;WS=18720294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	18722791	rs733460	A	G	3314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.685;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=68;PP=2071;ReadPosRankSum=-0.804;SC=GGGCTGGGGGATAGAGGGTCC;SOR=1.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=41;TCR=69;TR=108;WE=18722799;WS=18722781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,120:0.98:122
chr11	18731004	rs72880717	C	G	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	18732386	rs56412752	A	C	3505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=59;PP=1853;ReadPosRankSum=-0.733;SC=CTGTGGGGGAAAGAGAGAGTG;SOR=0.312;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=56;TCR=60;TR=115;WE=18732394;WS=18732376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,135:0.99:136
chr11	18732426	rs4237728	T	G	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=41;PP=1164;SC=CATGTAGATATTTGCCCACCT;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=62;WE=18732434;WS=18732416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	18738329	rs61886891	C	T	4025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=1.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	18738575	rs61886892	A	C	4313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=80;PP=2469;SC=AGTGGTAGTCATTGGGCTGGT;SOR=1.563;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=47;TCR=80;TR=127;WE=18738583;WS=18738565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	18754679	rs6483524	A	G	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.067;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=11;PP=886;ReadPosRankSum=-0.668;SC=CGGAGTGAACACCGCCGACCT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=51;WE=18754687;WS=18754669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,54:0.96:56
chr11	18763698	rs4757706	A	G	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=15;PP=1138;SC=GCTAAGCTATAAGGCCAGCTC;SOR=1.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=54;WE=18763706;WS=18763688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	18764026	rs4757707	G	C	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=43;PP=1063;SC=GGTGGCTCTGGGGGTGTCCTC;SOR=1.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=65;WE=18764034;WS=18764016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	18764113	rs2278732	G	A	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=10;PP=267;SC=TGTTCCTGGAGTGCCCATGGG;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=18764121;WS=18764103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	18771041	rs2028897	G	C	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.89;ReadPosRankSum=-0.359;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr11	18793360	rs4075664	T	C	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=4;PP=644;SC=GCTGGTTTCATGGAAAAGGAA;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=18793368;WS=18793352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	18955941	rs111448117	G	T	4275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=89;PP=2965;SC=CGGTGGCAGCGGTACCAGATG;SOR=1.470;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=51;TCR=89;TR=140;WE=18955949;WS=18955931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	18978456	rs7106147	G	A	4686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=105;NR=56;PP=2766;SC=GGGAAACGATGCACGTCAGCC;SOR=1.294;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=106;TCR=56;TR=161;WE=18978464;WS=18978446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	18994005	rs7114481	T	C	4155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=71;PP=2081;SC=TGAGGCGGAATGTATAACGTG;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=73;TCR=71;TR=144;WE=18994013;WS=18993995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	19167850	rs2271001	A	G	4824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=98;PP=2965;SC=GATCTTGTAAAGTAAGATGGG;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=74;TCR=98;TR=172;WE=19167858;WS=19167840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	19169319	rs146892489	T	TC,TCC	474.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.36;MQRankSum=0.000;QD=18.99;ReadPosRankSum=0.148;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,9,12:0.36,0.48:25
chr11	19174228	rs112896980	C	T	4776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.27;ReadPosRankSum=-0.730;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,187:0.99:189
chr11	19186826	rs2042687	A	T	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=18;PP=485;SC=GGGCCCATGCATCGTTATTAT;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=19186834;WS=19186816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	19188122	rs2242458	A	G	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=302;SC=GTTAGTTCTCAGTACTTTAGG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=19188130;WS=19188112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	19191851	rs7114038	A	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=1;PP=376;SC=GATCTGTGCCATACTTTCTCT;SOR=4.294;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=19191859;WS=19191841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	19194141	rs7111850	T	C	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=2;PP=125;SC=TTTTTCTTTGTCCCTTTTCAA;SOR=2.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=19194149;WS=19194131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	19197349	.	C	CT	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.40;ReadPosRankSum=0.326;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,21:0.16:132
chr11	19256250	rs793269	C	T	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=10;PP=573;SC=AGACAGAGGACAAATGCCATG;SOR=1.154;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=19256258;WS=19256240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	19372616	rs10655705	G	GGA	3300.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=31;PP=1881;SC=TTATGGTGCTGATTGCTAAGT;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=35;WE=19372624;WS=19372606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	19798951	.	CT	C	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.099;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,22:0.29:76
chr11	19854088	rs6483617	G	A	3949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=52;PP=2077;SC=CGTCTCATCAGGGATCTCCAG;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=74;TCR=52;TR=125;WE=19854096;WS=19854078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	19955500	rs1372989	A	G	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.65;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr11	19961457	rs11423145	C	CT	583.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=1.874;HP=14;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=248;ReadPosRankSum=-1.207;SC=AACTTTCTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.359;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=22;WE=19961465;WS=19961447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,36:0.84:43
chr11	19970501	rs11025335	T	C	6107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=116;PP=2965;SC=GTGTCTGCCATGTGGACGTCT;SOR=0.964;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=104;TCR=116;TR=220;WE=19970509;WS=19970491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr11	19970558	rs2585773	T	C	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=71;PP=1799;SC=TCAGCATGGATGCCCCCGGCT;SOR=1.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=34;TCR=71;TR=105;WE=19970566;WS=19970548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	19970579	rs2707084	C	T	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=49;PP=1472;SC=ACATGAGCGACGGGGATGTTC;SOR=1.581;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=26;TCR=49;TR=75;WE=19970587;WS=19970569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	20005584	.	G	A	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=44;NR=23;PP=1172;SC=AGCACTTGGCGGCTGTACAGG;SOR=1.223;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=67;WE=20005592;WS=20005574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	20057371	rs6483634	T	G	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=27;PP=1316;SC=CACATCTGAGTCAAGAGAGCT;SOR=1.153;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=73;WE=20057379;WS=20057361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	20065779	rs3802800	C	G	3617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=64;PP=1991;SC=AAGGACGAAGCCTTCAGCCCC;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=53;TCR=64;TR=117;WE=20065787;WS=20065769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	20066355	rs10219212	G	A	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=197;SC=AAGGCTCACGGTACATTAGTA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=20066363;WS=20066348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	20072779	rs6483635	C	T	4492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	20099112	rs4757028	A	T	4357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	20099399	rs6483641	G	T	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=10;PP=694;SC=TTATGTGTTTGTTCATGCCTG;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=20099407;WS=20099391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	20099449	rs12146551	C	T	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=12;PP=1066;SC=ACTTCATTCCCGCTCCTCCTG;SOR=1.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=20099457;WS=20099439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	20099541	rs6483642	C	T	4078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=50;PP=2300;SC=TTCCCTAGGACTCAGAACTGA;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=83;TCR=50;TR=133;WE=20099549;WS=20099531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	20099767	rs7121301	A	C	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.91;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	20101704	rs1867114	C	T	3075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	20101744	rs1867115	C	A	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	20101924	rs1867116	T	G	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	20104669	rs2028570	G	A	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	20112373	rs2289560	A	G	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.57;ReadPosRankSum=1.388;SOR=0.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr11	20112417	rs2243624	A	C	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.00;ReadPosRankSum=-1.109;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,97:0.96:101
chr11	20117129	.	C	T	2972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=27;PP=1848;ReadPosRankSum=-0.640;SC=AAACCATTGGCGGAGTTCTAA;SOR=0.807;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=73;TCR=27;TR=99;WE=20117137;WS=20117119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,111:0.99:112
chr11	20117232	rs2289566	T	C	8098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=0.622;SC=CCAGACCACATCTCTTTCTTA;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=152;TCR=128;TR=278;WE=20117240;WS=20117222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,308:0.99:310
chr11	20122392	rs2245314	C	A	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=13;PP=1306;SC=GGAGAGGAATCACCTCAGGTC;SOR=2.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=62;WE=20122400;WS=20122382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	20124914	rs2243411	A	C	7455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=126;NR=134;PP=2965;SC=GCTCTCTGGGAGAGATCTTCA;SOR=0.860;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=126;TCR=135;TR=260;WE=20124922;WS=20124904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr11	20127046	rs11025385	C	A	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=21;PP=1062;SC=TCACCATCATCAGCTTGAAAA;SOR=1.249;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=61;WE=20127054;WS=20127036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	20129075	rs4757890	G	A	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=355;SC=GTATACCTGCGTTCAGGCCTC;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=20129083;WS=20129072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	20178551	rs10717537	CG	C	1326.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.23;SOR=3.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	20385228	rs3808991	T	C	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	20385606	rs10437608	G	A	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.42;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	20398034	rs10741834	T	C	4090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=82;NR=43;PP=2509;SC=TCCATCCTTCTAGGCCTCCCA;SOR=1.292;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=82;TCR=43;TR=125;WE=20398042;WS=20398024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	20403825	rs7926967	A	T	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=17;PP=577;SC=TATGCCACTGATGGTTAATCC;SOR=0.829;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=20403833;WS=20403815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	20403904	rs10766664	G	C	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=10;PP=248;SC=ACATTGGCTAGAGGTAGATTG;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=20403912;WS=20403894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	20404506	rs2403587	T	C	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.810;SOR=1.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,41:0.76:54
chr11	20404613	rs3824886	T	G	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=35;PP=1578;SC=CTTGGGCCAGTGGGCATTCTG;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=59;TCR=35;TR=94;WE=20404621;WS=20404603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	20404757	rs3781679	T	C	4289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	20411199	rs56308542	TAAAA	T,TA	1892.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.4836,0.5164;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;NF=17,17;NR=14,14;PP=10,329;SC=CCAGCAGAGTTAAAAAAAAAA;SOR=1.493;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=31,31;WE=20411210;WS=20411189;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.96:49
chr11	20411418	rs7937501	G	C	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	20411424	rs7937204	A	G	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.31;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	20419028	rs7934372	T	C	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=4;PP=1097;SC=CATCACACTGTACTCCCTCCC;SOR=3.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=46;WE=20419036;WS=20419018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	20424326	rs10833319	A	G	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=247;SC=TTTCTTAGGAAAAAAATAAGC;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=20424334;WS=20424316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	20429454	rs10741836	T	C	3853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	20448531	rs12797994	G	A	234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=5;PP=105;SC=TATTTTTTAAGTAGCTACATT;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=20448539;WS=20448521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	20473655	rs1001669	T	G	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	20483748	rs3758803	T	C	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=49;PP=1391;SC=TTTATAATGGTATTGCTATTT;SOR=2.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=66;WE=20483756;WS=20483738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	20515555	rs6483697	G	A	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=10;PP=699;SC=TAATTATTACGGAAGTACATT;SOR=1.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=20515563;WS=20515545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	20529886	rs6483700	G	A	4163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=50;PP=2270;SC=GTTCACAAGAGTAAGAAAGAT;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=88;TCR=50;TR=138;WE=20529894;WS=20529876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	20623156	rs1443549	C	G	5982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=107;PP=2965;SC=GTGGTGCTGGCCACGGATGGA;SOR=0.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=101;TCR=107;TR=208;WE=20623164;WS=20623146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr11	20639400	rs7925597	A	G	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=3.112;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.69;ReadPosRankSum=-0.467;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr11	20648364	rs3740870	G	C	5836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.99;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	20648380	rs1805091	G	A	5343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.53;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	20648418	rs4923548	C	T	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=38;PP=1095;SC=TATAACCAGCCCTGGGGGAGT;SOR=1.211;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=61;WE=20648426;WS=20648408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	20649448	rs2276429	G	A	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=6;PP=278;SC=ACATGATATGGCACTGGGTGT;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=20649456;WS=20649438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	20676253	rs2276432	T	C	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=27;PP=1529;SC=TTTGGCTTCTTTGCAGAGGCT;SOR=1.434;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=79;WE=20676261;WS=20676243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	20699315	rs34330747	T	G	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=1;PP=358;SC=ATTAGCGGGGTAAGGGAGCAA;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=20699323;WS=20699307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	20805286	rs8176785	G	A	6093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr11	20949115	rs2293241	C	T	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=22;PP=668;SC=TACCTAGCACCCACTAGCCAT;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=20949123;WS=20949105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	20949763	rs4363596	C	T	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=2;PP=351;SC=TCATTCGGGCCGGAGAAAACA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=20949771;WS=20949753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	20959185	rs1880088	A	T	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=6;PP=523;SC=CCTCCACACAATTCCTTTCAC;SOR=2.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=24;WE=20959193;WS=20959177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	20959429	rs1880087	T	C	4684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=78;NR=81;PP=2790;SC=TTATGGTCCCTATCACTTCTG;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=78;TCR=81;TR=159;WE=20959437;WS=20959419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	20959482	rs1880086	G	C	3234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=64;PP=2052;SC=TGAGGTTCTTGAGTGGGGCAT;SOR=1.528;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=40;TCR=64;TR=104;WE=20959490;WS=20959472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	20959533	rs1880085	G	A	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=34;PP=975;SC=ACTCTCTGCGGTGGGTTGGAT;SOR=2.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=46;WE=20959541;WS=20959523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	21305927	rs4151053	T	C	4304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=67;PP=2207;ReadPosRankSum=0.533;SC=CAAGTCTTTGTGCATTGCTGA;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=82;TCR=69;TR=148;WE=21305935;WS=21305917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,168:0.99:170
chr11	21392487	rs4151056	C	T	4449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=66;PP=2146;ReadPosRankSum=-1.033;SC=GAAGCCACTGCGAGAAAGGTA;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=76;TCR=67;TR=141;WE=21392495;WS=21392477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,173:0.99:175
chr11	21581665	rs7119475	C	T	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	21581805	rs8176789	C	T	3368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=51;PP=1872;SC=TGGCAGGGGGCTTTGACTGTC;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=63;TCR=52;TR=113;WE=21581813;WS=21581789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	21581997	rs8176790	C	T	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=18;PP=486;SC=TTCTACCTCCCCAGCTCTCTC;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=21582005;WS=21581987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	21592228	rs4922847	C	A	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=18;PP=1022;SC=GGTGACCAAACATCCAAGAAG;SOR=1.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=59;WE=21592236;WS=21592218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	22214877	rs139514865	A	AAGGAGGAGGGGAATGAGGAGGAGG	3455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=8;PP=2971;SC=GGAGGAGGAGAAGGAGGCCTG;SOR=2.348;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=19;WE=22214885;WS=22214867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	22214903	rs12792259	G	C	3808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=67;NR=34;PP=1486;SC=GGAAGAGCAGGCCCTTAGAAG;SOR=1.108;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=67;TCR=35;TR=101;WE=22214911;WS=22214893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	22233029	rs4922980	G	A	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=25;PP=695;SC=TTAGGTGGGGGGAAAACACAT;SOR=4.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=22233037;WS=22233019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	22239661	.	T	TCTCACACA,TCTCACACACACACACACA	222.82	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.31;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=1;PP=265;SC=GTTTGAAATATCACACACACA;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=4;WE=22239669;WS=22239651;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:4
chr11	22242729	rs4312063	T	C	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.70;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,55:0.96:57
chr11	22271870	rs7481951	A	T	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	22301410	rs67178076	CTT	C	653.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=8.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.516;QD=23.35;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=2.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,25:0.89:28
chr11	22364758	rs2278751	C	T	4915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.34;ReadPosRankSum=0.331;SOR=0.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,193:0.99:194
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chr11	22397739	rs2248436	A	C	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=268;SC=TCATATATATATTCTATATGT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=22397747;WS=22397729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	22398830	rs1374718	A	G	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=7;PP=402;SC=CATAATCAGGATATGGATTTT;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=22398838;WS=22398820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	22696451	rs922571	A	G	3620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	22747745	rs337448	A	C	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=142;SC=GGCATGAGGTAATTCCGAAGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=22747753;WS=22747735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	22770922	rs2270755	G	T	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=32;PP=932;SC=TTCTTGAAATGTATTTTAAGC;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=35;WE=22770930;WS=22770912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	22868937	rs2302423	G	A	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	22881002	rs3213706	C	T	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	24750842	rs7128434	G	A	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	24784862	rs2716532	A	T	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=12;PP=381;SC=GAGGTAAGATATATTTCATCT;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=24784870;WS=24784852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	24998252	rs369489744	CAAA	C	1244.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=29.64;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	26465500	rs4032918	G	A	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=28;PP=755;SC=GGTTTTTAACGTAATAGGTGA;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=26465508;WS=26465490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	26481611	rs2047099	G	A	7233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr11	26538223	rs140868622	A	AT	1965.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.441;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.250;NF=37;NR=17;PP=1306;ReadPosRankSum=2.163;SC=CTTCATTAAGATTTTTTTTAT;SOR=0.395;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=54;WE=26538231;WS=26538213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,85:0.97:88
chr11	26547348	rs430563	G	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	26547353	rs410617	T	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	26552702	rs293937	T	C	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=27;PP=1322;SC=AAGGTAGTCATGGCTTTGGAA;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=80;WE=26552710;WS=26552692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	26553057	rs60373469	G	A	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=594;ReadPosRankSum=-0.613;SC=TTATTAATTCGCTATCAATTT;SOR=2.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=26;WE=26553065;WS=26553047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr11	26574766	rs201093158	G	GT	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.54;QD=40.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	26574771	rs56104576	G	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.54;QD=73.68;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	26574777	rs56197314	G	T	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.50;QD=43.89;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	26574783	rs56325113	G	T	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.62;QD=40.26;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	26581382	.	TACACAC	T	433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=33.36;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	26588804	rs293976	C	T	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.907;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=685;ReadPosRankSum=0.908;SC=ACTTTTTTTTCCTCAAGCAAT;SOR=1.885;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=34;WE=26588812;WS=26588785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr11	26645894	rs1012552	A	T	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=297;SC=TTCTATTTAAAGTAAAATGTA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=26645902;WS=26645884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	26655627	.	C	CA	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=0.569;SOR=0.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr11	26677867	rs10835050	T	C	4768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=94;PP=2683;ReadPosRankSum=-0.863;SC=CAAGAAAATTTGGGCCTCCAC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=85;TCR=96;TR=178;WE=26677875;WS=26677857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,187:0.99:189
chr11	26677947	rs10835051	C	T	3887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=73;PP=2410;ReadPosRankSum=-0.753;SC=GAGGCCCGCCCTGGAGTTCCA;SOR=0.370;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=61;TCR=74;TR=134;WE=26677955;WS=26677937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chr11	26692594	rs149763956	TTG	T	1979.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=13;PP=1750;SC=TATGTGGAGTTTGTGTGTGTG;SOR=1.961;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=38;WE=26692605;WS=26692584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	26694812	rs4278475	C	T	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=8;PP=1451;SC=AACTCTGAAGCTGAAACTCAA;SOR=3.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=54;TCR=8;TR=62;WE=26694820;WS=26694802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	26700099	rs12793773	G	A	2787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=30;PP=1777;SC=AATAATGAAGGGTGCCTTTGT;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=89;WE=26700120;WS=26700089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	26700112	rs12793784	G	A	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=72;NR=43;PP=1905;SC=GCCTTTGTATGTCAGCGTTGA;SOR=1.224;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=72;TCR=43;TR=115;WE=26700120;WS=26700089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	26702664	rs10734383	C	T	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=20;PP=598;SC=GGTCTGTTGACAGAGGCAAAG;SOR=1.206;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=26702672;WS=26702654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	26734209	rs10742156	C	T	8558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=143;NR=149;PP=2965;SC=TGTAGATGACCGTGGCAGCAT;SOR=0.873;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=292;TCF=143;TCR=149;TR=292;WE=26734217;WS=26734199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr11	27077118	rs10767598	C	T	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	27078643	rs140671117	C	CATA	1199.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=2;PP=465;SC=TTAAGCAAAGCATAATTGGAT;SOR=3.442;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=23;WE=27078653;WS=27078633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	27379026	rs138159804	C	T	4109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	27379127	rs3741407	C	G	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=28;PP=775;SC=GTACAAGAACCTCTTTTGCTT;SOR=2.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=27379135;WS=27379117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	27390089	rs2447997	T	C	5348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=85;PP=2965;SC=TGCAGTATAGTTTAGTGTAGA;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=90;TCR=85;TR=175;WE=27390097;WS=27390079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	27393813	rs2448001	G	A	4501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	27395377	rs2448003	G	A	178.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.81;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	27401743	rs2472623	A	T	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=23;PP=1162;SC=CATTGTCACTAAAAGACCCTG;SOR=1.195;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=63;WE=27401751;WS=27401733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	27401927	rs2448005	T	G	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	27401940	rs2472622	T	A	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=38;PP=1146;SC=TCATATTTTATGTTTTAAACA;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=27401948;WS=27401917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	27406844	rs6484295	G	A	2882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	27412535	rs12273521	C	T	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=5;PP=585;SC=CTGTTTTTATCTCAGATGAAA;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=27412543;WS=27412525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	27412782	rs61648905	CTT	C	551.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;QD=23.99;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr11	27413855	rs1871251	T	C	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=5;PP=678;SC=CTCTGGCCTCTCATACTACTC;SOR=2.621;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=29;WE=27413863;WS=27413845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	27414071	rs3085383	GA	G	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.434;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,26:0.31:83
chr11	27679662	rs2353512	T	C	8692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=159;NR=137;PP=2965;SC=TTTTGTCTGCTGCCGTTACCC;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=296;TCF=159;TCR=137;TR=296;WE=27679670;WS=27679652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr11	27681596	rs11030102	C	G	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=10;PP=983;SC=GAGGCATGGACTTACAAAAAG;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=27681604;WS=27681586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	27681915	rs117314519	T	C	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=633;SC=GTTCTCAGATTAGGAAGGGAA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=27681923;WS=27681905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	27720937	rs66866077	C	T	7617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr11	27910923	rs6484341	T	A	5470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.206;NF=113;NR=64;PP=2965;ReadPosRankSum=1.881;SC=CTTTTCTTCATCCTCTGGAAG;SOR=0.534;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=114;TCR=64;TR=177;WE=27910931;WS=27910913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,199:1.00:200
chr11	28045419	rs12273233	T	C	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	28113094	.	T	TA	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.43;ReadPosRankSum=-0.766;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,16:0.16:97
chr11	28134974	rs60970073	C	A	274.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=45.22;NF=4;NR=5;PP=225;SC=TCTGGCCAAACAGAATACATA;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=28134982;WS=28134964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	28143876	rs201919374	G	GTA	143.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	28232869	rs11030247	T	C	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.35;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	30352473	rs35824273	C	CAG	1717.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=11;PP=866;SC=CAAAATAAAACGGAAAATTTG;SOR=0.968;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=30352481;WS=30352463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	30438948	rs492604	C	T	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.17;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	30438958	rs11354702	CT	C	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.617;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr11	30601733	rs66528013	CT	C	1708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=19;PP=1129;SC=GAATGCTTTTCTTTTTTTTCT;SOR=1.802;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=50;WE=30601741;WS=30601723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	30932782	rs34831460	G	GT	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.851;SOR=0.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr11	31123625	.	G	GA	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.242;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr11	31458730	rs7479413	T	G	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=26;PP=758;SC=TCAGGTTTCATATATTTAGAT;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=31458738;WS=31458720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	31648529	rs2273943	G	A	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=110;SC=ATATAATACTGTTTTGACATT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=31648537;WS=31648519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	31648801	rs67239104	TG	T	45.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=1;PP=43;SC=TCAAATTCTCTGGGGGGGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=2;WE=31648809;WS=31648791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	31653956	rs4922872	C	A	6592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.492;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.559;SC=GATCCAGGTACGAAATTTCCA;SOR=0.586;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=110;TCR=117;TR=226;WE=31653964;WS=31653946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,256:1.00:257
chr11	31811460	.	CT	C	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.981;QD=3.43;ReadPosRankSum=2.225;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,41:0.51:80
chr11	31812215	rs3026393	A	C	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=23;PP=799;SC=CTTCTAGTGAAGAGAGATCGC;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=58;WE=31812223;WS=31812205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	31812582	rs2071754	C	T	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=12;NR=13;PP=347;SC=GCTAGTCCTTCCACTGGCCAC;SOR=1.214;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=31812590;WS=31812572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	31838252	rs5790869	C	CG	622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=521;SC=GAGCAGGGGGCGCCACCGCTC;SOR=1.739;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=31838260;WS=31838242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	32118665	.	CT	C	305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.164;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,54:0.32:168
chr11	32118925	rs223073	A	G	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=35;PP=996;SC=GGGGGCCCAGATCACAAGCTT;SOR=1.453;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=55;WE=32118933;WS=32118915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	32122003	rs2281411	C	A	3778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	32122020	rs2073223	T	G	4459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	32122268	rs223065	C	A	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=26;PP=789;SC=CAAGTCTATACGTCACTCCTG;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=32122276;WS=32122258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	32124685	rs223059	G	A	8616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr11	32124978	rs4876	T	C	5609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=84;PP=2858;SC=ATTATGATCATGCACAGGCTG;SOR=0.861;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=114;TCR=84;TR=198;WE=32124986;WS=32124968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr11	32125855	rs223058	A	G	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	32125961	rs11529889	C	T	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=252;SC=ACATGTTTGTCGGAAGCCAAG;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=32125969;WS=32125951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	32410774	rs1799937	A	G	3455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=61;PP=1890;ReadPosRankSum=-0.768;SC=AGAGACAGGCACAAGTTCAAC;SOR=0.479;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=49;TCR=62;TR=110;WE=32410782;WS=32410764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,129:0.99:130
chr11	32414333	rs2234593	G	T	3211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=64;PP=1895;SC=ATTTGAAAATGATACTGGAAA;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=49;TCR=64;TR=113;WE=32414341;WS=32414323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	32437914	rs2234587	T	G	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.15;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	32439038	rs2295081	T	C	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=26;PP=1537;SC=AAACTGTACTTTCTTCATAAG;SOR=1.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=84;WE=32439046;WS=32439028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	32449417	rs5030171	C	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	32449420	rs5030170	C	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	32449661	rs2234585	G	A	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	32452001	.	G	GGAGAGAGAGAGAGAGA	351.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.19;QD=175.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	32456562	rs1799925	G	A	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=17;PP=722;SC=AAGCGCCCGGGGGCGCAAAGT;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=32456570;WS=32456552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	32460575	rs11031784	T	C	3860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.00;ReadPosRankSum=1.625;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,140:0.98:143
chr11	32460676	rs34163689	C	T	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=1114;ReadPosRankSum=-0.477;SC=GGCCGCCCTCCGGGAGTCACC;SOR=0.357;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=60;WE=32460684;WS=32460666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr11	32610726	.	C	CT	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=-1.779;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr11	32697291	rs7116464	A	G	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=12;PP=445;SC=TGCAATATATATGTTATTTAA;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=32697299;WS=32697281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	32704946	rs1396995	C	A	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	32705076	rs72895286	C	T	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	32722320	rs11031943	A	T	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	32781829	rs11442361	G	GA	227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=208;SC=GGTCTTAACTGAAAAAAAATT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=32781837;WS=32781819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	32949463	rs146740108	A	AT	385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=5.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.656;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.724;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr11	32954344	rs1022586	G	A	8139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=125;NR=156;PP=2965;SC=ATCTCAGACTGTAACTCCTGA;SOR=1.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=281;TCF=125;TCR=156;TR=281;WE=32954352;WS=32954334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr11	32956244	rs7940077	A	G	5219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=69;PP=2965;SC=AGTGGAGAGAATGCTACATCA;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=94;TCR=69;TR=162;WE=32956252;WS=32956234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr11	32956620	rs7481878	A	G	6615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=126;NR=98;PP=2965;SC=AAAAACAACCAGAAGTCAAAA;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=126;TCR=100;TR=224;WE=32956628;WS=32956610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr11	32975333	rs7395190	T	G	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=27;PP=1633;SC=TTAAACTGTTTTGAGTTTTAC;SOR=1.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=87;WE=32975341;WS=32975323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	32990842	rs6416072	G	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=23;SC=TAGTTTGTCTGCTTAGTGTTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=32990850;WS=32990832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	33014668	rs7941237	G	A	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=8;PP=582;SC=TCACAGACTGGGTAGCTTATA;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=33014676;WS=33014658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	33050100	rs3802790	A	G	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=232;SC=TGGTGAGCATATAGTAACTAT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=33050108;WS=33050090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	33053107	rs966191	C	T	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=45;PP=1254;SC=ACTTATCTGACGTTCATAATG;SOR=1.320;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=75;WE=33053115;WS=33053097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	33053737	rs4511261	C	T	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=0;PP=55;SC=ATTCACCATTCATTGTTAATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=33053745;WS=33053727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	33054562	rs2273536	G	A	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=13;PP=347;SC=CAAATTTCAGGTGTTTTTTGA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=33054570;WS=33054552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	33054596	rs2273537	G	A	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=197;SC=TAAGTAGTTGGACTTTAATTT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=33054604;WS=33054586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	33054754	rs2273539	C	G	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=285;SC=GATTTTTCTGCTTAAATATGA;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=33054762;WS=33054744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	33054794	rs2273540	T	G	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=318;ReadPosRankSum=-0.312;SC=AACTTTTTACTTTTAAACTTT;SOR=0.593;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=21;WE=33054802;WS=33054784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr11	33055078	rs1059432	C	T	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=75;SC=CATTTGTAAGCGTGGAAGCTC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=33055086;WS=33055068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	33065394	rs1064005	C	T	5690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=0.724;SC=AGGAAGGCCTCGAAGATGCTG;SOR=0.953;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=121;TCR=85;TR=203;WE=33065402;WS=33065384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,222:0.99:224
chr11	33065547	rs7926030	G	A	2413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=52;PP=1460;SC=GTTTTATGAGGCCTCCTTGTG;SOR=1.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=77;WE=33065555;WS=33065537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	33076191	rs2273544	T	C	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	33078251	rs4471389	A	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;MQRankSum=-0.129;QD=21.62;ReadPosRankSum=-1.226;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr11	33078643	rs2273546	T	C	4528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=1.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	33079445	rs2273548	G	T	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=10;PP=702;SC=TTGATTAAACGTAGCTGTGTT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=33079453;WS=33079435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	33079751	rs201874031	TC	T	264.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.36;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	33080496	rs11032133	T	C	2929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=29;PP=1749;SC=AAATCCTTTTTTCTTTCAGAG;SOR=1.396;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=92;WE=33080504;WS=33080486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	33106616	rs3758741	C	T	6398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=114;PP=2965;SC=GAGTTTTCTGCAGAGGCGTTT;SOR=0.840;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=228;TCF=111;TCR=117;TR=225;WE=33106624;WS=33106606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr11	33106908	rs3834432	C	CTTTATAG	3738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=32;PP=2528;SC=ACTGTGGATACTTTATTTCAT;SOR=1.423;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=34;WE=33106916;WS=33106898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	33113653	rs7950763	T	C	2380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=15;PP=1615;SC=TAAAAATAATTTTAAACAGGT;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=75;TCF=59;TCR=16;TR=74;WE=33113661;WS=33113643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	33113910	rs113144162	A	AT	3072.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.61;QD=24.19;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	33118274	rs7103953	A	G	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=2;PP=259;SC=CTGCCTTTACAAAATGGAGCA;SOR=2.584;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=15;WE=33118282;WS=33118264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	33118529	rs11363325	GC	G	1481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=992;SC=ATATACCTATGCAAAAGAAAG;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=33118537;WS=33118519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	33129997	rs11605353	C	T	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=24;PP=716;SC=AGAATTAATACTATTTTTTTA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=33130005;WS=33129987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	33183017	rs3736213	A	G	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=41;PP=1304;SC=CGCCCACTCAAATATGAATTA;SOR=1.121;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=72;WE=33183025;WS=33183007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	33183073	rs3808985	G	A	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=22;PP=598;SC=TGTGGCTTCCGCATTAACTTC;SOR=1.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=32;WE=33183081;WS=33183063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	33307937	rs34512764	CT	C	730.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.61;MQRankSum=0.962;QD=10.91;ReadPosRankSum=-0.963;SOR=0.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,56:0.84:67
chr11	33360783	rs3847592	A	G	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=3;PP=732;SC=AGATAATTGTAGTTCCCTCTC;SOR=3.126;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=33360791;WS=33360773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	33360886	rs5790925	AT	A	3255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=38;PP=2508;SC=TGAAATTTTGATTTTCTTAGG;SOR=0.965;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=63;WE=33360894;WS=33360876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	33362723	rs266470	G	T	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=19;PP=545;SC=TAATGATTGCGCATTTTACTT;SOR=1.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=33362731;WS=33362713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	33370884	rs4756641	G	A	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=23;PP=717;SC=CTACTAAAAAGCCTACGATTT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=37;WE=33370892;WS=33370873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	33604885	rs2273117	C	T	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	33604960	rs2273115	C	T	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	33628103	rs2076626	T	G	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=15;PP=983;SC=GTAATGTCCTTAGGCTGTGAG;SOR=1.412;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=50;WE=33628125;WS=33628093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	33628117	rs2076625	A	C	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=19;PP=1342;ReadPosRankSum=-1.023;SC=CTGTGAGTCTAACATAAATTC;SOR=1.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=69;WE=33628125;WS=33628093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,75:0.97:77
chr11	33640104	rs768474	A	C	4365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	33667176	.	A	C	3851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=84;NR=41;PP=1975;SC=TAAATTACAGAGCACCTTCAC;SOR=1.286;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=84;TCR=41;TR=125;WE=33667184;WS=33667166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	33667333	rs1033543	A	G	7015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=122;NR=119;PP=2965;SC=AGACCTCCACACTGAGCTCCC;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=122;TCR=120;TR=241;WE=33667341;WS=33667323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr11	33667596	rs1033542	T	C	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=5;PP=148;SC=AGTCATTCATTCCACCCACCT;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=33667604;WS=33667586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	33773161	rs7479064	G	C	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	33778729	rs12224154	T	C	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=15;NR=42;PP=1302;SC=CAGTGCAAAGTTCTCCTTAAA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=57;WE=33778737;WS=33778719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	33886294	rs2038602	A	G	7831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr11	33891357	rs11032432	G	C	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=14;PP=258;SC=CCGGCCGCCCGGAGCCCCTCG;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=33891365;WS=33891347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	34093349	rs10718447	AT	A	486.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=352;SC=AAGATGTTATATTTTTTATTT;SOR=1.230;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=34093357;WS=34093339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	34093595	rs188336944	C	T	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=5;PP=142;SC=GGGTTTTAGTCCTTCCATTAC;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=34093603;WS=34093585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	34098283	.	G	GT	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.368;QD=2.43;ReadPosRankSum=-0.546;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr11	34101452	.	GTTTTTTTTTTTTTTTT	G	260	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=0.9990;HP=20;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=22;MQ=55.94;NF=0;NR=1;PP=260;QD=263.0;SC=GCATGACAAAGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=1;WE=34101475;WS=34101442;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,1:0.25:4
chr11	34107785	rs4755360	G	A	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=35;PP=1585;SC=ATTTTAGTCAGACTCTGTAAC;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=79;WE=34107793;WS=34107775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	34113717	rs2982592	C	T	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=75;PP=2167;SC=GTTTTAGTAGCAGACCATATG;SOR=2.086;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=30;TCR=75;TR=105;WE=34113725;WS=34113707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	34149199	rs2957512	T	C	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=21;PP=569;SC=CTTGCAGATTTAGGGGCATGT;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=34149207;WS=34149189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	34152939	rs2957516	T	C	5555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr11	34154641	rs2957518	C	T	7958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr11	34158371	.	G	T	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.891;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;ReadPosRankSum=0.862;SC=CATTGAGAAAGAAGAGTTCTG;SOR=0.663;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=56;TR=47;WE=34158379;WS=34158361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,48:0.43:111
chr11	34158411	rs2982615	A	G	2926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=47;PP=2045;SC=GGTAGCTGGTATCGGTGCTAG;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=50;TCR=47;TR=97;WE=34158419;WS=34158401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	34158431	rs2957521	T	C	2839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=45;PP=1853;SC=GCCTGCTATTTGTGGCGTGCT;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=99;WE=34158439;WS=34158421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	34163705	rs2982612	T	C	5935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=129;NR=85;PP=2965;SC=TGCAGGTAGATGGAAGAGAAG;SOR=1.095;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=129;TCR=85;TR=214;WE=34163713;WS=34163695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr11	34176214	rs2957525	A	G	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=34;PP=2047;SC=TGGGCACCCTAGCCCAGGCCC;SOR=1.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=71;TCR=34;TR=105;WE=34176222;WS=34176204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	34189564	rs4756111	A	G	7810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr11	34226041	rs2955944	A	G	4727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=91;NR=67;PP=2737;SC=CCCAGCCCTGAGACCTCGCCG;SOR=0.875;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=91;TCR=67;TR=158;WE=34226049;WS=34226031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	34490057	.	TA	T	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=0.674;QD=3.27;ReadPosRankSum=-2.148;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr11	34502345	rs2231828	T	C	8829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr11	34511541	rs2231825	C	A	4359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.35;ReadPosRankSum=-0.713;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,170:0.99:172
chr11	34514941	rs737254	T	G	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=12;PP=617;SC=TGCTGTGCAATTCACACGATG;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=34514949;WS=34514931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	34527152	rs2231821	A	G	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	34678435	rs435537	C	G	4363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.27;SOR=1.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	34680053	rs3818514	G	A	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=30;PP=1440;SC=TAGATCATTAGTAACCTGCCT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=53;TCR=31;TR=83;WE=34680061;WS=34680043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	34680598	rs11032804	C	A	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=29;PP=796;SC=ATGAGGGGAACAAGAAACTAC;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=34680606;WS=34680588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	34904399	rs2288667	C	T	2868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	34904509	rs2288668	T	G	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=521;SC=ATTCTATTTTTCCCTCAACAT;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=34904517;WS=34904499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	34905145	rs2303957	T	C	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=22;PP=509;SC=CAGTTAGACATGCTGTTTGTG;SOR=1.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=34905153;WS=34905135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	34909827	rs35393135	GA	G	2122.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=16;PP=749;SC=TAAGAAAAAGGAAAAAAAAAT;SOR=0.866;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=21;WE=34909841;WS=34909817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	34909833	rs61752923	A	C	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.10;QD=44.14;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	34909926	rs1571133	T	G	3277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;MQRankSum=-0.024;QD=25.02;ReadPosRankSum=0.965;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,129:0.98:131
chr11	34910077	rs1571134	G	A	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=257;SC=ATATGGTTATGGGCTTATTTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=34910085;WS=34910067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	34910433	rs1977421	A	G	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	34912289	rs2915224	T	A	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=288;SC=CTGGTGGCATTGTAGAATATT;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=34912297;WS=34912279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	34916484	rs1326940	A	G	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	34916657	rs61734605	C	T	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	34916710	rs1326941	A	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=15;PP=379;SC=TCAAGTAACTATTCCAGCTGG;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=34916718;WS=34916700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	34916785	rs1326942	A	G	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=229;SC=AGTACAGTGAAGGAAAAAACT;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=34916793;WS=34916775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	34918273	rs34774694	G	GCAA	2350.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.915;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.18;ReadPosRankSum=-0.534;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,56:0.93:60
chr11	34918291	.	A	ACAC	537	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=23;MQ=60.12;NF=10;NR=14;PP=537;QD=22.9583333333;SC=AACAACAACAAAGGAAAATGA;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=24;WE=34918299;WS=34918281;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr11	34918375	rs2986429	A	G	4000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQ=60.07;NF=73;NR=48;PP=2180;SC=GTGACCTTGAACTTCAATTTT;SOR=0.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=73;TCR=48;TR=121;WE=34918383;WS=34918365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	34918540	rs144924691	CACA	C	1583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=30;PP=1409;SC=TGGAGAAAATCACAACAAGGA;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=30;WE=34918550;WS=34918530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	34918570	rs72930433	G	A	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.854;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=666;ReadPosRankSum=0.046;SC=TTACAGATCCGGTCACTGGGT;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=34918578;WS=34918560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr11	34937901	rs2956112	A	G	5097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	34938074	rs112032820	C	T	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.57;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	34938115	rs2956110	C	A	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.07;ReadPosRankSum=0.847;SOR=0.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr11	34938265	rs2956109	C	T	2407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	34953088	rs34345153	G	GT	789.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.55;ReadPosRankSum=-0.244;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,42:0.93:45
chr11	34963416	rs2986407	T	C	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=26;PP=585;SC=GGCCCCCGGGTGGGCCTCTGC;SOR=1.287;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=45;WE=34963424;WS=34963406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	34969112	rs11539202	A	G	4616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.51;ReadPosRankSum=-0.762;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,179:0.99:181
chr11	34978892	rs2243948	G	A	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=7;PP=932;SC=GCAGTCATGGGGTTTTACTTC;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=41;WE=34978900;WS=34978882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	34982146	rs2732554	T	G	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.94;SOR=3.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	34982146	.	TTC	GTA	1874	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=7;NR=32;PP=1874;QD=49.4222532016;SC=AAAGAGCTTATTCAGTCTTAA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=39;WE=34982156;WS=34982136;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,39:0.89:44
chr11	34982148	rs2767036	C	A	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.71;SOR=3.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	34991727	rs497582	T	C	7384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr11	34999484	rs733567	G	T	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=345;SC=TAATATTATTGATCCAGGACC;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=34999492;WS=34999474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	34999745	rs10768108	C	G	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	35223158	rs11033025	T	C	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=26;PP=1479;SC=AATGGAAGAATAGAATCATTA;SOR=1.450;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=78;WE=35223166;WS=35223148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	35226155	rs9666607	A	G	6558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=110;PP=2965;SC=CAAACACCCAAAGAAGACTCC;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=108;TCR=110;TR=218;WE=35226163;WS=35226145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr11	35229673	rs1467558	T	C	8593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=183;NR=129;PP=2965;SC=AGTCATAGTATAACGCTTCAG;SOR=1.074;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=313;TCF=183;TCR=130;TR=312;WE=35229681;WS=35229663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr11	35244044	rs7116739	G	C	3167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=32;PP=1062;SC=CAGTCACCTCGCTAGAACTGA;SOR=0.881;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=65;WE=35244066;WS=35244034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	35244058	rs7116432	A	G	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=30;PP=872;SC=GAACTGACACATGGGCTGTTT;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=57;WE=35244066;WS=35244034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	35244145	.	AAT	A	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=0.842;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.108;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr11	35287000	rs35055326	G	GT	729.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.815;QD=12.80;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,45:0.79:57
chr11	35302668	rs2236273	A	G	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.51;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	35323200	rs2273689	A	G	4370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=77;PP=2271;SC=GACCTGTTGGATGAATCACAT;SOR=0.915;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=74;TCR=77;TR=151;WE=35323208;WS=35323190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	35327841	rs370271591	GA	G	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=-1.573;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,13:0.20:65
chr11	35344345	rs7115450	A	G	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=31;PP=924;SC=AGAACCAGGAAGCAGAGATTT;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=35344353;WS=35344335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	35453796	rs11344760	GC	G	673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=3;PP=659;SC=CCCTGGCACAGCCCAAGTTCA;SOR=3.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=17;WE=35453804;WS=35453786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	35456061	rs61736408	T	C	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.26;ReadPosRankSum=-0.716;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,82:0.98:84
chr11	35456153	rs35216474	C	T	5582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.97;ReadPosRankSum=1.284;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,213:0.99:215
chr11	35456453	rs675227	G	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=15;PP=420;SC=AAGGTGAACTGTATGGGCATG;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=35456461;WS=35456443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	36031593	rs262404	G	A	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=17;PP=1135;SC=GGACTGAAGAGTATAACCTAC;SOR=1.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=59;WE=36031601;WS=36031583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	36057626	rs262451	G	A	6543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=130;NR=102;PP=2965;SC=TTGCTGTGCCGTCTGACCTGT;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=130;TCR=102;TR=232;WE=36057634;WS=36057616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr11	36103228	rs1138807	A	G	7365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.026;SC=AATGTGGCCCAACCTTCTTCC;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=267;TCF=139;TCR=128;TR=262;WE=36103236;WS=36103218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,288:0.99:292
chr11	36293048	rs7107433	G	A	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=1.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	36298555	rs2289986	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=245;SC=TTGGTTTCTGCCAAAATCTCT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=36298563;WS=36298545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	36299976	rs34980490	A	T	3254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.85;ReadPosRankSum=-0.665;SOR=0.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,130:0.99:131
chr11	36311014	rs7939948	G	T	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=48;PP=1393;SC=TCACGTGGCTGTCGCTGTTGT;SOR=1.434;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=82;WE=36311022;WS=36311004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	36422532	rs59943655	T	G	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=4;PP=497;SC=AATAAAAGCTTCCCTCTCTTT;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=36422540;WS=36422522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	36422701	rs78731804	C	T	6795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr11	36422792	rs330261	G	A	6702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr11	36459130	rs4756316	T	C	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=602;SC=AACTTGGAGATTGGGCGCTTG;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=36459138;WS=36459120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	36484208	rs514352	T	C	3111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	36514290	rs2303439	T	C	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=206;SC=ACATTGGCAGTTGAATAGGTG;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=36514298;WS=36514280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	36518824	rs3830511	T	TA	2097.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.383;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=1125;ReadPosRankSum=0.484;SC=ATCCTATAATTAAAAAAATAA;SOR=0.799;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=39;WE=36518832;WS=36518814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,89:0.97:92
chr11	36595600	rs3740955	A	G	4765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=69;PP=2810;SC=GCCCGTCAGCACAAGAGAAGA;SOR=0.785;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=90;TCR=69;TR=159;WE=36595608;WS=36595590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	36669778	rs1566245	C	T	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=45;PP=1204;SC=AGAAATGCTGCATGCTTCTGT;SOR=1.583;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=70;WE=36669786;WS=36669768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	42209105	rs11416548	G	GA	1633.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5077;FS=4.512;HP=12;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.853;NF=41;NR=19;PP=700;ReadPosRankSum=-0.177;SC=TACTGAAAGAGAAAAAAAAAA;SOR=1.270;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=60;WE=42209113;WS=42209095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,98:0.76:129
chr11	42209292	rs901894	T	G	7432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.798;SC=GATAGCAAATTCTATTGTGTC;SOR=1.108;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=271;TCF=112;TCR=159;TR=267;WE=42209300;WS=42209282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,284:0.99:286
chr11	42262449	rs10837795	G	C	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=252;SC=CTTTATGAAGGAAAAAAACCT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=42262457;WS=42262446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	43357037	rs5743253	A	G	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	43413157	rs202071795	TTTGCG	T	188.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQRankSum=-0.935;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.526;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,23:0.31:74
chr11	43413158	rs67884453	TTGCG	T	571.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=1.233;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.532;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,44:0.58:76
chr11	43472895	rs6485426	G	C	4620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=94;PP=2965;SC=CTAAGTGTCTGTAACCTCTTC;SOR=1.367;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=58;TCR=95;TR=152;WE=43472903;WS=43472885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	43702530	rs56168061	A	G	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=41;PP=1148;ReadPosRankSum=-0.601;SC=GGCTCGGAGAATGGGCAGGTG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=62;WE=43702538;WS=43702520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr11	43702615	rs4573668	G	C	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=11;PP=321;SC=TAGTTCTGGGGTCTGCTCCTG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=43702623;WS=43702605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	43775734	rs4643069	A	G	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=14;PP=402;SC=CAGTTATCCGATACTGACATA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=43775742;WS=43775724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	43776481	rs7115919	C	T	5593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr11	43861748	rs10734518	G	A	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=14;PP=362;SC=CATTAAAAACGTGGTTTCTTT;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=43861756;WS=43861738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	43905484	rs2271817	T	G	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	43908104	rs3740983	T	G	5042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.40;ReadPosRankSum=-0.736;SOR=1.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,189:0.99:191
chr11	43911365	rs2434478	T	C	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=34;PP=1132;SC=AACAGAGGACTGGCATCAGAG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=78;WE=43911373;WS=43911355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	43940566	rs7926534	T	C	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=176;SC=AAACATTTATTACAACAAATG;SOR=1.112;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=43940574;WS=43940556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	43940595	rs149613620	A	G	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=8;PP=367;SC=TAGGAAGAGAATGGAGACTAC;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=43940603;WS=43940585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	43940644	rs1048928	G	T	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	43946967	rs1973717	A	G	3080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	43947990	rs12797684	T	C	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=33;PP=1522;SC=CAGGCCACTTTCAAACTCTGT;SOR=0.972;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=81;WE=43947998;WS=43947980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	43954812	rs2434476	T	C	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=34;PP=762;SC=TACTAGCTGGTGGATGTCCCT;SOR=1.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=49;WE=43954820;WS=43954802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	44080210	rs2074051	T	C	2372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=45;PP=1146;SC=AGGCTGGTTCTGCCTCATCTT;SOR=1.216;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=81;WE=44080218;WS=44080200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	44089161	rs178514	G	A	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=28;PP=1411;SC=AGGCCTGTGCGTTTTGTCTTT;SOR=1.043;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=88;WE=44089169;WS=44089151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	44092880	rs2074039	C	T	6123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.585;SC=GTCCTAGGGCCCCTCTAGGGG;SOR=0.563;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=219;TCF=99;TCR=120;TR=215;WE=44092888;WS=44092870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,233:0.99:236
chr11	44096115	rs79453091	G	A	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	44096238	rs178521	G	A	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.69;QD=25.57;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	44096324	.	T	TTC	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQRankSum=-0.000;QD=21.30;ReadPosRankSum=1.275;SOR=3.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr11	44096330	rs61491891	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-0.000;QD=16.68;ReadPosRankSum=1.559;SOR=3.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr11	44096334	.	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-0.000;QD=16.68;ReadPosRankSum=0.303;SOR=3.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr11	44098751	rs2074041	G	A	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=5;PP=1235;SC=GGCTTGGAGAGGGACTGGGGA;SOR=3.461;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=47;TCR=5;TR=51;WE=44098759;WS=44098741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	44098969	rs2074042	G	A	4581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.638;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=90;PP=2727;ReadPosRankSum=1.427;SC=GCCTGCCTGTGGTCAAGAGTT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=67;TCR=94;TR=154;WE=44098977;WS=44098959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,173:0.97:179
chr11	44098985	rs2074043	G	A	3789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.016;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=77;PP=2310;ReadPosRankSum=-0.638;SC=GAGTTTCCTGGGTCTGAATTT;SOR=1.357;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=50;TCR=79;TR=125;WE=44098993;WS=44098975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,141:0.97:145
chr11	44101118	rs7950395	C	T	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.53;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	44104701	rs79395013	C	CCT	5451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.186;NF=33;NR=33;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.431;SC=GATCTTCTGGCCTCTTTCACC;SOR=0.524;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=66;WE=44104709;WS=44104691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,131:0.99:132
chr11	44104981	rs3107275	C	T	5362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=72;PP=2965;SC=CAGTACCTGCCCAAGGGCACC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=103;TCR=73;TR=174;WE=44104989;WS=44104971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	44117898	rs11037860	T	G	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=44;PP=1333;SC=GGGCATGTTATGCCGGGGACT;SOR=1.897;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=63;WE=44117906;WS=44117888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	44129086	rs11037864	A	T	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=266;SC=GTGAGCTGAGATTGCACCACT;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=44129094;WS=44129076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	44146257	rs10769018	A	G	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	44151457	rs7125352	T	C	3484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=80;NR=29;PP=2184;SC=GGGAAAGAGATAATACTTACC;SOR=1.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=81;TCR=29;TR=109;WE=44151465;WS=44151447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	44286805	rs59194417	C	T	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=240;SC=CCCCTTCCCCCAGAGCACCTC;SOR=4.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=44286813;WS=44286795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	44289289	rs10742699	A	G	2535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=62;PP=1891;SC=CGTTTGGGAAACGGTGCGGCC;SOR=2.196;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=21;TCR=62;TR=83;WE=44289297;WS=44289279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	44289312	rs10769024	C	G	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=43;PP=1185;SC=ACATAAATATCAACCTTGGTC;SOR=4.003;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=47;WE=44289320;WS=44289302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	44296828	rs11037927	C	T	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=23;PP=1243;SC=TCAGGAGACCCCAACTGCAGC;SOR=1.194;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=68;WE=44296836;WS=44296818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	44296946	rs11037928	C	T	6747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.569;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.593;SC=GCTGTTCCCGCGCATACACGT;SOR=0.640;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=143;TCR=98;TR=239;WE=44296954;WS=44296936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,256:1.00:257
chr11	44297054	rs10769028	T	C	12970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=246;NR=213;PP=2965;SC=TGTTGCTCTCTGAGTCGGCCT;SOR=0.790;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=459;TCF=246;TCR=213;TR=459;WE=44297062;WS=44297044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,497:1.00:497
chr11	44297253	rs11037929	A	G	2406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=56;PP=1615;SC=GTTGAACCAAACAAGAGAAGG;SOR=1.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=23;TCR=56;TR=79;WE=44297261;WS=44297243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	44297343	rs11037930	C	A	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=318;SC=ATGCGAGGTCCGGAGACTTGG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=44297351;WS=44297333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	44331309	rs12421995	G	A	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=20;PP=1030;SC=GGCTGCGGCGGCGGCTGGGGC;SOR=1.306;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=59;WE=44331317;WS=44331299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	44331509	rs3824915	C	G	8107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr11	44608866	rs7930303	T	C	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=8;PP=845;SC=GGAAAGAGGCTACATGAGCCT;SOR=2.613;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=39;WE=44608874;WS=44608856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	44609198	rs7102843	G	A	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=534;SC=GCCCTCAGGTGTTCAGTCTGA;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=44609206;WS=44609188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	44639921	rs2303863	C	T	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=58;PP=1676;SC=AGGAGGTGTGCGGGGGGCTGC;SOR=3.226;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=10;TCR=59;TR=68;WE=44639929;WS=44639911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	44640268	rs1139971	A	G	4942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr11	44919495	rs10838380	C	T	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=30;PP=875;SC=GTGTCTCCTTCGGTCTTTCCC;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=44919503;WS=44919485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	44925038	rs11038198	A	G	3698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=49;PP=2038;SC=GTTGGGTTCCAGCAAGAGAGG;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=74;TCR=49;TR=123;WE=44925046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	44925359	rs11456363	C	CT	9166.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=95;PP=2936;SC=GCTGGATTGCCTGGGTTCCAA;SOR=0.969;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=118;TCF=19;TCR=99;TR=114;WE=44925367;WS=44925349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr11	44940828	rs2291334	G	A	6749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr11	44948052	rs835988	G	T	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=3;PP=1312;SC=CTGCCAAGTCGCTGTTTCTGG;SOR=4.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=47;TCR=3;TR=49;WE=44948060;WS=44948043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	44950784	rs835990	G	A	3381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=1.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	44952285	rs10838390	C	T	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=15;PP=1117;SC=CAGTGGGAGACGGCAGTGCAA;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=58;WE=44952293;WS=44952275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	44959061	rs2279361	C	A	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	44959206	rs2279362	C	A	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=16;PP=482;SC=GTGAGGGCAGCTCTCAGCGCC;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=44959214;WS=44959196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	44959924	rs2306666	G	A	5387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=99;PP=2965;SC=AGGGCTGAGGGGAGACACCGG;SOR=0.974;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=83;TCR=99;TR=182;WE=44959932;WS=44959914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr11	45203212	rs11038341	C	T	3057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=1.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	45204071	rs1078930	A	G	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=12;PP=348;SC=GGCTATTGTTAGCCCCATTTT;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=45204079;WS=45204061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	45234877	rs11038356	T	C	6172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=95;PP=2965;SC=TGTCCCGTGGTGGCAGGCCTT;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=116;TCR=95;TR=210;WE=45234885;WS=45234867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	45235433	rs3781704	G	C	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=13;PP=254;SC=GGGAAGAGGAGGCAGGGGGCA;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=45235441;WS=45235423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	45672261	rs3802762	A	G	4953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=91;NR=64;PP=2572;SC=AGGAGGAGCCACTGCGCGTGG;SOR=0.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=91;TCR=64;TR=155;WE=45672269;WS=45672251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr11	45832935	rs1139266	G	A	172.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=80;SC=GTACACAGGCGGGGCCAGCAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=45832943;WS=45832925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	45834044	rs4756027	C	T	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=57;NR=24;PP=1404;SC=GGCTGGGACGCCCAAGATCAA;SOR=1.305;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=81;WE=45834052;WS=45834034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	45834198	rs7943306	T	C	4904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=89;NR=82;PP=2760;SC=TTCATGAGGGTTCCGCCCCCA;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=89;TCR=83;TR=171;WE=45834206;WS=45834188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	45868850	rs11394694	C	CG	4493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.275;NF=11;NR=53;PP=2638;ReadPosRankSum=0.053;SC=CGTGAGGGGGCGGGCCTGTTC;SOR=0.969;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=71;TCF=11;TCR=60;TR=64;WE=45868858;WS=45868840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,137:0.99:139
chr11	45877529	rs2292913	A	G	4063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=85;NR=59;PP=2168;SC=TGTGGACTCCACAGGTTCCTA;SOR=0.837;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=85;TCR=59;TR=144;WE=45877537;WS=45877519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	45877688	rs2292912	C	G	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=30;PP=855;SC=CTGTCCCTGACGGTTTCCCCA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=45877696;WS=45877678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	45883914	rs4755343	T	C	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=374;SC=CTCAGCATTTTTGGGTTAAGC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=45883922;WS=45883904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	45891508	rs4755345	A	G	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=9;PP=638;SC=CTTGCCTTCAATGGAAGGGTT;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=25;WE=45891516;WS=45891498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	45926445	rs2271847	T	C	15771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=269;NR=319;PP=2965;SC=CCAAGACTTGTGATGAAGAGG;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=590;TCF=270;TCR=320;TR=588;WE=45926453;WS=45926435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,621:1.00:621
chr11	45935253	rs2271845	C	T	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=3;PP=780;SC=CCGGACAACACACAGTGCTTG;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=45935261;WS=45935243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	45935384	rs1132349	A	G	5632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr11	45936035	rs3802758	G	A	6616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=115;NR=107;PP=2965;SC=ACACAAGGGCGGCAGATGAGC;SOR=0.726;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=226;TCF=119;TCR=107;TR=222;WE=45936043;WS=45936025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr11	45937267	rs10742772	C	T	20517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=811;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,807:1.00:807
chr11	45937968	rs3215273	CTA	C	958.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=61.29;NF=2;NR=20;PP=969;SC=CACCCACAGACTATGTGGAAA;SOR=4.003;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=22;WE=45937977;WS=45937958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	45944994	rs33927614	G	GC	3580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=34;NR=25;PP=2585;SC=GAGAAGGGGGGCTGCTGCCGA;SOR=1.609;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=59;WE=45945002;WS=45944984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	45949534	rs939105	C	T	7816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=158;NR=105;PP=2965;SC=TGCCGGCATTCGAGACCCTGC;SOR=0.996;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=267;TCF=159;TCR=108;TR=263;WE=45949542;WS=45949524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr11	45957292	rs35995547	TA	T	114.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.66;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr11	45959669	rs10742773	C	T	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=6;PP=814;SC=GTGTCTTTGTCCTCCTCGGCC;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=45959677;WS=45959659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	46105688	rs2932515	G	A	2744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=32;PP=1532;SC=CTTAACAACAGTGTGGGAGAA;SOR=1.222;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=91;WE=46105696;WS=46105678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	46342081	rs67946579	TG	T	2860.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=27;PP=1699;SC=CCACGACAGGTGGGGTGTGTG;SOR=0.863;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=45;WE=46342089;WS=46342071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	46342259	rs79068197	A	AG	12292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=98;PP=2936;SC=TTCTCTCTCCAGGATCTGGGC;SOR=0.944;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=57;TCR=108;TR=151;WE=46342267;WS=46342249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr11	46369238	rs76656670	C	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQRankSum=-1.876;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.572;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr11	46394609	.	C	T	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=25.35;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	46404340	.	GCCC	G,GCC	978.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.87;MQRankSum=0.000;QD=25.76;ReadPosRankSum=1.851;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,22,14:0.58,0.37:38
chr11	46670582	.	C	CT	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-0.256;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr11	46685495	.	CT	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.381;QD=1.62;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr11	46686260	rs10838610	G	A	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=38;PP=2042;SC=CCCCTATCACGTCAGGCCCCC;SOR=1.537;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=82;TCR=39;TR=120;WE=46686268;WS=46686250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	46694313	rs67065551	GTC	G	4394.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=44;PP=2221;SC=TTGGTGTGGAGTCGCAGAAAG;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=48;WE=46694322;WS=46694303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	46702920	rs4268467	T	C	3944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	46722731	rs4752928	T	C	3117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=54;PP=1905;SC=TCCTCAGTCTTCTCTCCTCCG;SOR=0.946;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=50;TCR=54;TR=104;WE=46722739;WS=46722721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	46744925	rs2070852	G	C	9690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr11	46760466	rs3136515	G	T	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=325;SC=GGATTGGATGGGTAGGGTGAG;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=46760474;WS=46760456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	46760756	rs3136516	G	A	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=27;PP=1195;SC=TGCCTGGCAGGGGAATACTGA;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=65;WE=46760764;WS=46760746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	46776697	rs4237546	A	G	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=148;SC=AAACTTCTCCATAAGAATATT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=46776705;WS=46776687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	46802094	rs6485691	C	A	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=291;SC=TACTCAATAACGTTTTATAAA;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=46802102;WS=46802084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	46804761	rs11038990	C	T	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=6;PP=322;SC=TTATTATAAACAGCACGACTT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=46804769;WS=46804751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	46812227	rs7940578	T	C	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=8;PP=235;SC=GTGTCTCATATTGTTGTCGAG;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=46812235;WS=46812217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	46822686	rs10734549	C	A	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=19;PP=2011;SC=AAGCAAACAGCAAACTAGGCC;SOR=2.405;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=69;TCR=19;TR=88;WE=46822694;WS=46822676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	46837625	rs59649961	AC	A	1511.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;QD=44.46;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	46837631	.	CCA	C	677	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.32;NF=16;NR=11;PP=677;QD=26.0;SC=AACGACCCCCCCATTCCCCCC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=46837642;WS=46837621;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	46837633	rs58152993	AT	A	1585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.29;QD=42.86;SOR=2.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	46837634	.	T	A	655	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.25;NF=24;NR=10;PP=655;QD=20.2873886043;SC=GACCCCCCCATTCCCCCCAAC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=34;WE=46837642;WS=46837621;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr11	46840119	rs67178247	TG	T	1100.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=24;PP=581;SC=ACTATTAATCTGGGGGGGGAG;SOR=2.303;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=25;WE=46840127;WS=46840109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	46889713	rs2306026	T	C	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=13;PP=459;SC=CATAAACATCTACATATGGCC;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=46889721;WS=46889703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	46890165	rs3816614	C	T	4739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=61;PP=2755;SC=GGAGCAGGGCCGGCTATCAGG;SOR=1.096;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=102;TCR=61;TR=161;WE=46890173;WS=46890155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	46890388	rs2290884	C	G	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=46;PP=1595;SC=AGGAGAGATACAACCGCGAGG;SOR=1.416;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=74;WE=46890396;WS=46890378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	46893108	rs2306029	T	C	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	46897253	rs2306032	G	C	6355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=105;PP=2965;SC=AGGAGAGGGTGGGGGGTGGTG;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=220;TCF=115;TCR=105;TR=220;WE=46897261;WS=46897243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr11	46897995	rs964551	G	T	5453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=18.924;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.48;ReadPosRankSum=1.081;SOR=1.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,210:0.98:214
chr11	46898771	rs6485702	T	C	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=24;PP=948;SC=TCTACTCCAATGGCAATGGTG;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=70;WE=46898779;WS=46898761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	46907827	rs2306027	C	T	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=46;PP=1831;SC=GAAGCCCTTCCCTGGAGAGGG;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=96;WE=46907835;WS=46907817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	46911457	rs2306035	T	C	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	46911704	rs2306036	C	T	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=24;PP=949;SC=TCAGTCTGGACGTGGTCTGCC;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=44;WE=46911712;WS=46911694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	46914583	rs10838631	T	C	3876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.56;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	46914598	rs10769215	A	G	4128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.56;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	46917983	rs898604	G	A	3386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=61;PP=1838;SC=AGACAGATGAGACTCAAGGTG;SOR=1.311;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=106;WE=46917991;WS=46917973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	46969616	rs2867207	T	C	4504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	47009041	.	G	GT	510.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=523;SC=GGTGCAGCTAGTTTGTCCAGT;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=14;WE=47009049;WS=47009031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	47188314	rs4752820	T	C	3766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	47188592	rs3740690	T	C	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=18;PP=449;SC=TCTCCCCTGGTGAGGAGTCAC;SOR=1.536;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=27;WE=47188600;WS=47188582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	47189416	rs34204386	TA	T	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.700;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.158;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,33:0.27:122
chr11	47204175	rs2279438	A	T	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=40;PP=1558;SC=GGGCTGTCAGATGGGCTCCTC;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=88;WE=47204183;WS=47204165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	47238522	rs326212	T	C	3282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=59;PP=1484;SC=ACCCCAGCACTGTGGCTGTGG;SOR=1.117;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=48;TCR=59;TR=107;WE=47238530;WS=47238512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	47238665	rs326211	A	G	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=8;PP=248;SC=AGTGGTTCGCACCTGTAATCC;SOR=0.963;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=47238673;WS=47238655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	47251199	rs830085	G	A	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	47259668	rs326222	T	C	8379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr11	47267408	.	C	CGT	807.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.453;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=894;ReadPosRankSum=-0.308;SC=CAACACAAGTCGTGTGTGTGT;SOR=0.368;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=22;WE=47267417;WS=47267398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr11	47298360	rs326214	G	A	7308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr11	47306630	rs35233100	C	T	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.34;ReadPosRankSum=-0.795;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,118:0.98:120
chr11	47307332	rs148495681	G	GTCATTA	500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=302;SC=GGACAGATTAGTCATTATGCC;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=47307340;WS=47307322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	47331116	rs1017594	T	C	3500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=57;PP=1907;SC=AGATCGCTTGTTGGCCACACT;SOR=1.027;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=110;WE=47331124;WS=47331106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	47354905	rs11570115	T	C	4187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=71;PP=2083;ReadPosRankSum=-0.817;SC=CAGACCCAGTTGGGTCACCAC;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=76;TCR=72;TR=146;WE=47354913;WS=47354895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,164:0.99:166
chr11	47362431	rs2697926	A	G	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=8;PP=565;SC=GGCAAAGCTGAAGCTGGGCCC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=47362439;WS=47362421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	47364762	rs896818	A	G	5014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=98;PP=2965;SC=AGTGCGCCCCATGATAATCCC;SOR=1.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=71;TCR=98;TR=169;WE=47364770;WS=47364752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr11	47371484	rs11570050	AG	A	5319.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=84;PP=2966;SC=CTGCAAAGGCAGGGGCGACAG;SOR=1.354;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=11;TCR=86;TR=95;WE=47371492;WS=47371474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	47380061	rs10734557	A	C	3607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=34;PP=2245;SC=ACACCCACTCACACAGCCACT;SOR=1.591;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=81;TCR=34;TR=115;WE=47380069;WS=47380051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	47380340	rs3740688	G	T	4126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=83;PP=2676;SC=CTGGGTGGGGGCAGGGCACAG;SOR=1.242;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=56;TCR=83;TR=139;WE=47380348;WS=47380330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	47380593	rs3740689	G	A	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=17;NR=29;PP=879;SC=AGTCAGGAAGGGCCAGCTTAC;SOR=1.270;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=46;WE=47380601;WS=47380583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	47380688	rs35284836	GGAA	G	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=307;SC=GGAGACTGGAGGAAGAAGACC;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=47380698;WS=47380678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	47431728	rs2010519	A	G	5180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=103;NR=71;PP=2965;SC=GAGCTCTTGGAAAGGGCTGGG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=103;TCR=72;TR=174;WE=47431736;WS=47431718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	47432034	rs755554	G	C	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=36;PP=1051;SC=GTCACAGAGTGTCTGAGATGG;SOR=1.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=50;WE=47432042;WS=47432024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	47434986	rs2293576	G	A	8878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.241;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.921;SC=CTGCCGCCGCGCTCAATGGAG;SOR=0.603;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=318;TCF=181;TCR=137;TR=314;WE=47434994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,344:0.99:347
chr11	47436531	rs11039228	G	T	2334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=32;PP=1385;SC=TGTGGCTACCGCACTGCTGGT;SOR=0.788;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=75;WE=47436539;WS=47436521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	47440758	rs2293579	G	A	7594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=0.042;SC=ACTGGGGACAGGACAGATACC;SOR=0.934;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=252;TCF=88;TCR=164;TR=248;WE=47440766;WS=47440748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,273:0.99:276
chr11	47447346	rs10838709	C	T	2744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=33;PP=1755;ReadPosRankSum=-0.713;SC=TTAGGAAGTACGAGAGGCGAC;SOR=1.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=93;WE=47447354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,102:0.98:104
chr11	47460098	rs10769267	C	T	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=8;PP=1030;SC=GATCTTGAACCCCGGGGCTCA;SOR=2.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=47460106;WS=47460088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	47460306	rs7126210	A	G	5054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=1.179;SC=TGTGGGAGCAAGGTAGGGCCT;SOR=0.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=110;TCR=111;TR=215;WE=47460314;WS=47460296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,201:0.98:205
chr11	47462837	rs10716680	AG	A	1904.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=42;PP=1295;SC=AGCACAGGGTAGGGGGGGCAG;SOR=2.340;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=47;WE=47462845;WS=47462827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	47463483	rs34729771	AG	A	1385.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=25;PP=1146;SC=CCTGCGAGGGAGGCCAGTGGC;SOR=2.073;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=27;WE=47463491;WS=47463473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	47469439	rs7111873	A	G	9099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=182;NR=137;PP=2965;SC=TGTTGTGGGCATAGCGCAGGG;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=319;TCF=182;TCR=137;TR=319;WE=47469447;WS=47469429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr11	47500400	rs12224672	C	T	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	47505869	.	C	CA	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=2.711;QD=1.30;ReadPosRankSum=-1.341;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,27:0.24:112
chr11	47587577	rs58926533	TC	T	2911.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=44;PP=1681;SC=GGGGGCCCGCTCCCCCTCGCC;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=47;WE=47587585;WS=47587567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	47600438	rs2280231	C	T	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=1100;ReadPosRankSum=1.741;SC=GGAGCTAGGACCACGCTCACC;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=45;WE=47600446;WS=47600428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr11	47609867	rs4486587	G	A	8929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=167;NR=130;PP=2965;SC=GGGCCGCTGGGCCCAGGTCTT;SOR=0.891;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=300;TCF=167;TCR=133;TR=297;WE=47609875;WS=47609857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr11	47611316	rs10769279	C	G	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=0;PP=243;SC=TTCGAGCCTCCGGCCCGGCCT;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=47611324;WS=47611306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	47652476	rs117523937	A	T	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=6;PP=445;SC=ATGACATCAGATACGAATTTG;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=47652484;WS=47652466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	47684450	rs6485766	C	A	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=5;PP=566;SC=TGTTCACCTGCGCAGAACGAA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=47684458;WS=47684440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	47689343	rs10742817	C	T	3110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	47712213	rs7941404	C	T	5449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=112;NR=79;PP=2965;SC=GCCAATATTGCGGGTGTTGGC;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=193;TCF=112;TCR=81;TR=191;WE=47712221;WS=47712203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	47726034	.	CA	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr11	47732461	.	CAAAAA	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr11	47736314	rs4752863	C	G	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=10;PP=287;SC=TACAAAGCCACAAGAGGACAA;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=47736322;WS=47736304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	47755552	.	CA	C	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.864;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr11	47772401	rs11039366	C	T	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=6;PP=525;SC=AAGGCTTCCACTCCTGTGCTC;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=47772409;WS=47772391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	47774366	rs151189779	A	AAAAC	816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=5;PP=580;SC=ATTCCATCTCAAAACAAACAA;SOR=1.493;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=12;WE=47774374;WS=47774358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	47775952	rs11039369	A	G	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=8;PP=897;SC=GGAGAAATACAAGAGAGTGTT;SOR=2.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=50;WE=47775960;WS=47775942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	47776047	rs7928954	G	A	4977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	47776283	rs7929014	C	T	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.877;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=39;PP=1115;ReadPosRankSum=-0.959;SC=GCATCTAAAGCGGAAGTATAA;SOR=1.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=57;WE=47776291;WS=47776273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,61:0.97:63
chr11	47786926	rs148666719	A	AAAAAG	955.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;QD=43.44;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	47788663	rs67450550	CGGTGGT	C	1228.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=891;SC=GCAGTCACCGCGGTGGTGGTG;SOR=1.071;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=15;WE=47788676;WS=47788653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	47801101	rs7114813	A	G	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=32;PP=1255;SC=AATATTTTAGATAGGCTCAGG;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=77;WE=47801109;WS=47801091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	47802092	rs200363262	CTT	C	736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.244;QD=18.89;ReadPosRankSum=2.070;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,32:0.82:39
chr11	47806655	.	TAATAGCTA	T	757.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=0.000;QD=31.57;ReadPosRankSum=-0.779;SOR=4.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr11	47806666	.	TAGAGTACCA	T	744.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.553;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=6.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=0.000;QD=39.20;ReadPosRankSum=-1.657;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr11	47806677	.	TCAAAGCATGTA	T	574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.723;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=0.000;QD=27.37;ReadPosRankSum=-2.713;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr11	47813436	rs10742821	C	T	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	47814280	rs754434	A	G	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=55;NR=20;PP=1339;SC=GACCAAAACAAGTAGATTTAC;SOR=1.477;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=55;TCR=20;TR=75;WE=47814288;WS=47814270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	47826090	rs11039402	A	C	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=35;PP=1548;SC=GAAATGTTCAAAGGAACTCAC;SOR=1.015;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=59;TCR=35;TR=94;WE=47826098;WS=47826080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	47834346	rs10838773	G	A	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=23;PP=1245;SC=TATTCTGTACGCTCTGGAACA;SOR=1.439;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=72;WE=47834354;WS=47834336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	47834592	rs7110289	G	A	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=58;PP=1645;SC=CCCGAGCGATGTCCACATCTA;SOR=1.464;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=33;TCR=58;TR=91;WE=47834600;WS=47834582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	47837408	rs6485786	G	C	5229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=113;NR=66;PP=2965;SC=ACAAGGTCAAGTGAAGAATTC;SOR=1.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=113;TCR=66;TR=179;WE=47837416;WS=47837398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	47837638	rs7130715	G	A	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=60;PP=1563;SC=AATGGAAAACGTTTCAGTTTA;SOR=2.484;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=18;TCR=60;TR=78;WE=47837646;WS=47837628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	47857253	rs3816605	T	C	7157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.531;SC=AGTCCCATGGTGGGGGAATAA;SOR=0.281;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=255;TCF=142;TCR=113;TR=253;WE=47857261;WS=47857243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,274:1.00:275
chr11	47869200	rs71045524	TG	T	199.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.19;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	48118199	rs4752806	G	C	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=7;PP=285;SC=CAGAGCTGTTGAGGCCCTTCC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=48118207;WS=48118189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	48118347	rs11382316	T	TA	3978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=34;PP=2266;SC=CGAGAGCTGATAAGAACAGAG;SOR=1.010;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=52;WE=48118355;WS=48118337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	48142528	.	ATT	A,AT	926.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.712;QD=12.69;ReadPosRankSum=0.679;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,21,43:0.29,0.59:73
chr11	48145247	rs2270992	T	C	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	48157869	rs2270994	T	C	5345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=96;PP=2965;SC=TAGGATGCCCTTCTAAGGAAC;SOR=0.996;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=80;TCR=96;TR=176;WE=48157877;WS=48157859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr11	48166267	rs4752904	G	C	4274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.922;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=65;PP=2284;ReadPosRankSum=-0.884;SC=ACACGTATGAGGATTTCAAAA;SOR=0.500;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=153;TCF=86;TCR=67;TR=151;WE=48166275;WS=48166257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,166:0.99:168
chr11	48170870	rs4752908	T	G	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.41;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	48171793	rs10734565	T	C	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=54;PP=1559;SC=AGCTGGGATCTGAGGGGAGTT;SOR=1.028;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=44;TCR=54;TR=98;WE=48171801;WS=48171783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	48184971	rs3830431	CCTTT	C	12250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=100;PP=2947;SC=TGTTAGGCAGCCTTTCTGTCT;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=58;TCR=107;TR=154;WE=48184991;WS=48184961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr11	48184983	rs2270990	G	T	12872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.21;NF=157;NR=115;PP=2965;SC=TTTCTGTCTGGATCTAAATCA;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=158;TCR=115;TR=272;WE=48184991;WS=48184961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr11	48238302	rs1566737	G	T	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=3;PP=399;SC=TTAGCGTTATGATTGCATGTG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=48238310;WS=48238292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	48238421	rs10769329	T	G	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=29;PP=1128;SC=AGGATCCAGCTGTGCAGAGTG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=72;WE=48238429;WS=48238411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	48266582	rs7120549	A	C	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=31;PP=1617;SC=GTGAAGAAGTATTTTGTATCA;SOR=1.131;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=64;TCR=31;TR=95;WE=48266590;WS=48266572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	48267589	rs1503180	A	G	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=31;PP=902;SC=TTGTATTGATACTTGGGTTTA;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=48267597;WS=48267579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	48285301	rs713325	A	G	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=9;PP=660;SC=GAACAAACTCAAGAGGGAGCA;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=40;WE=48285309;WS=48285291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	48285842	rs1503193	A	G	10054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=176;NR=150;PP=2965;SC=TCTCCTCGTGAGGATAGCATG;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=328;TCF=177;TCR=151;TR=326;WE=48285864;WS=48285832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr11	48285856	rs10838850	C	T	9915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=180;NR=147;PP=2965;SC=TAGCATGGGGCGGGGGCCTGC;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=328;TCF=181;TCR=147;TR=327;WE=48285864;WS=48285832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr11	48285981	rs76884411	CCTT	C	18266.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.32;NF=34;NR=173;PP=2969;SC=TGCGCAGACACCTTCTTCATT;SOR=0.821;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=220;TCF=36;TCR=184;TR=207;WE=48285991;WS=48285971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr11	48286231	rs10838851	T	A	6330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=1.305;SC=CTGTATTTTATACAGTGGTCA;SOR=0.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=109;TCR=112;TR=220;WE=48286239;WS=48286221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,238:1.00:239
chr11	48286256	rs10838852	C	T	5653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr11	48346450	rs79776366	A	G	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=5.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.669;SOR=1.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr11	48346458	rs77295176	A	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.260;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr11	48346487	rs33950768	TC	T	1137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.582;HP=5;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.705;NF=16;NR=6;PP=570;ReadPosRankSum=-1.039;SC=GCAATGTTTTTCCCCCATGCA;SOR=1.249;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=22;WE=48346495;WS=48346477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,32:0.36:88
chr11	48346513	rs78206553	T	C	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=7.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=3.096;QD=12.53;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=1.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,47:0.35:134
chr11	48346523	rs72911451	C	T	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=11.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=3.007;QD=13.39;ReadPosRankSum=-0.745;SOR=1.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,52:0.36:143
chr11	48346535	rs76964780	G	C	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=6.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=3.177;QD=11.98;ReadPosRankSum=0.647;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,62:0.34:184
chr11	48346541	rs75498992	A	T	2357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=4.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=3.201;QD=12.28;ReadPosRankSum=1.142;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,64:0.33:192
chr11	48346547	rs79042268	C	T	2531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=6.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=3.118;QD=12.29;ReadPosRankSum=0.679;SOR=1.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,71:0.34:206
chr11	48346551	rs77470587	C	A	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=6.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=3.088;QD=12.21;ReadPosRankSum=0.482;SOR=1.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,75:0.35:215
chr11	48346579	rs72911452	C	A	3277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=3.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=3.067;QD=12.51;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,92:0.35:262
chr11	48346588	rs75900655	A	C	3609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=4.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=2.958;QD=13.27;ReadPosRankSum=-0.013;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,100:0.37:272
chr11	48346604	rs75647397	T	G	4020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.403;HP=4;HapScore=1;MGOF=94;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.772;NF=63;NR=41;PP=2605;ReadPosRankSum=-1.022;SC=CACAGAATTTTTCATGCTGGG;SOR=0.780;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=272;TCF=161;TCR=111;TR=104;WE=48346623;WS=48346594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,119:0.40:299
chr11	48346615	rs73463988	G	A	4477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.402;HP=3;HapScore=1;MGOF=94;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.734;NF=72;NR=48;PP=2605;ReadPosRankSum=-0.345;SC=TCATGCTGGGGCTCTCACAGA;SOR=0.734;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=310;TCF=183;TCR=127;TR=120;WE=48346623;WS=48346594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,137:0.40:339
chr11	48346660	rs138704181	TTTGCTGATC	T	5786.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.202;NF=24;NR=58;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.570;SC=TTGTGGTCTTTTTGCTGATCT;SOR=0.648;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=226;TCF=60;TCR=166;TR=82;WE=48346689;WS=48346650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,155:0.41:377
chr11	48346681	rs78490540	G	A	4372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.365;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.191;SC=ATGTGGTCACGGTTTGTGGCA;SOR=0.666;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=376;TCF=207;TCR=169;TR=154;WE=48346689;WS=48346650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,171:0.43:398
chr11	48346729	rs73463990	G	C	4122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=84;PP=2692;ReadPosRankSum=-0.031;SC=CCAGCCCCACGCTGGCTTCCC;SOR=0.774;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=419;TCF=223;TCR=196;TR=185;WE=48346737;WS=48346719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,202:0.46:435
chr11	48346791	rs73463994	C	T	5181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FS=1.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.193;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,257:0.50:517
chr11	48346822	rs73463997	A	C	5604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.429;SC=TTGCTGACTCATTGTATGAGG;SOR=0.671;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=500;TCF=260;TCR=240;TR=243;WE=48346830;WS=48346812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,268:0.50:537
chr11	48346843	rs73463998	C	T	5176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=1.531;SC=GGAGAACCATCTCTTATGAGT;SOR=0.643;SbPval=0.42;Source=Platypus;TCF=269;TR=230;WE=48346851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,255:0.46:553
chr11	48346916	rs77069283	G	C	7566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=0.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.67;ReadPosRankSum=-2.108;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,199:0.44:454
chr11	48346924	rs72911454	T	C	7860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.98;ReadPosRankSum=-2.121;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,205:0.44:463
chr11	48346932	rs80285195	G	A	7549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.17;ReadPosRankSum=-0.831;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,202:0.43:467
chr11	48346961	rs75493089	AA	TG	7133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=82;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.091;SC=GCCCCTGCACAATACTACCAT;SOR=0.733;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=438;TCF=230;TCR=208;TR=171;WE=48346970;WS=48346951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,192:0.41:463
chr11	48346999	rs72473367	T	G	5222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=88;PP=2521;ReadPosRankSum=-0.988;SC=GTGCCATGCTTGTAGGGGTGG;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=448;TCF=235;TCR=213;TR=185;WE=48347007;WS=48346989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,195:0.42:469
chr11	48347014	rs72473368	G	A	7243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.00;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,191:0.40:483
chr11	48347023	rs67077733	C	T	6974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FS=1.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.06;ReadPosRankSum=0.595;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:304,192:0.39:496
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chr11	48347100	rs73465905	C	T	2991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.815;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=72;PP=1998;ReadPosRankSum=-0.557;SC=AATCACTTTGCCTGTGACTTG;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=395;TCF=196;TCR=199;TR=144;WE=48347108;WS=48347090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,157:0.37:424
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chr11	48347342	rs76958755	G	A	4493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=5.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.18;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,128:0.38:341
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chr11	48347358	rs76274696	C	T	3947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=2.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.16;ReadPosRankSum=-0.738;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,112:0.37:300
chr11	48347363	rs77814753	C	T	3885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.98;ReadPosRankSum=-0.851;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,104:0.37:278
chr11	48347392	rs79127479	T	C	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=1.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,90:0.37:242
chr11	48347419	rs73465913	A	G	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=860;ReadPosRankSum=0.458;SC=TGTTGAATCCACTCATTTATA;SOR=0.612;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=190;TCF=84;TCR=106;TR=70;WE=48347427;WS=48347409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,75:0.38:198
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chr11	48347498	rs78309417	A	T	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=7.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.47;ReadPosRankSum=0.469;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,41:0.42:97
chr11	48347539	rs79172951	G	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=6;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=267;ReadPosRankSum=0.842;SC=CTTTATTTTTGTAAGTGAAAC;SOR=0.395;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=21;WE=48347547;WS=48347529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr11	48347563	.	CT	C	184	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=26;MQ=58.36;NF=1;NR=8;PP=184;QD=22.7777777778;SC=CCAAGCCTTACTTTTTTTGTA;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=9;WE=48347571;WS=48347553;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,9:0.35:26
chr11	48347583	.	G	A	106	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=27;MQ=57.65;NF=3;NR=6;PP=106;QD=15.6412458386;SC=ATCATGTATAGTTGTATTCCA;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=9;WE=48347591;WS=48347573;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,9:0.47:19
chr11	48349128	rs76530627	G	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=-1.163;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,3:0.16:19
chr11	48349130	rs75661263	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.896;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,3:0.15:20
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chr11	48349171	rs73465926	T	C	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=101;ReadPosRankSum=-0.528;SC=AGTGAGGTCATGCAGTATTTG;SOR=0.733;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=12;WE=48349179;WS=48349161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
chr11	48349209	rs73465927	A	C	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=3.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.69;ReadPosRankSum=-1.017;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,48:0.39:122
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chr11	48349320	rs77184441	A	T	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.39;ReadPosRankSum=0.070;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,62:0.43:143
chr11	48349329	rs76765071	C	A	2073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.95;ReadPosRankSum=0.221;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,55:0.42:130
chr11	48349377	rs72911466	A	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.390;HP=2;HapScore=3;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=1336;ReadPosRankSum=-1.327;SC=AAGTTCTTAAAGCAGTTTCTG;SOR=1.210;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=26;WE=48349415;WS=48349367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr11	48349389	rs79223613	A	C	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.63;ReadPosRankSum=-1.424;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr11	48349391	rs76599777	TG	CA	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.316;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.63;ReadPosRankSum=-1.490;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr11	48349394	rs78755709	G	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.26;ReadPosRankSum=-0.655;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr11	48349407	rs72911467	T	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.582;HP=3;HapScore=3;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=685;ReadPosRankSum=-0.301;SC=GAACTCCCAATATGCTTATTT;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=10;WE=48349415;WS=48349367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr11	48349425	rs79941850	T	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=24;ReadPosRankSum=1.070;SC=TTTGATATTATCATGTCTACC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=4;WE=48349433;WS=48349415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr11	48366895	rs72473369	A	C	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.209;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=2;PP=580;ReadPosRankSum=0.705;SC=TTTGTGTCACAAGACTTATTT;SOR=2.060;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=78;TCF=65;TCR=13;TR=30;WE=48366903;WS=48366885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,32:0.36:88
chr11	48366958	rs76319939	T	G	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=29;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.240;SC=ATTTTTCACTTCTTTATTTTT;SOR=0.791;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=202;TCF=133;TCR=69;TR=90;WE=48366980;WS=48366948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,107:0.46:231
chr11	48366971	rs75689989	GG	CA	4814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.930;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=35;PP=2944;ReadPosRankSum=1.260;SC=TTATTTTTGAGGGTGTAGATT;SOR=0.624;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=246;TCF=157;TCR=89;TR=99;WE=48366980;WS=48366948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,127:0.45:283
chr11	48367050	rs113897236	T	TAG	5838.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.149;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=55;PP=2927;ReadPosRankSum=1.689;SC=GGAAGGAGGTTAGGTCTTAGA;SOR=0.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=70;TCR=170;TR=78;WE=48367058;WS=48367040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,163:0.39:413
chr11	48367073	rs7941588	A	C	14661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=202;NR=188;PP=2965;SC=CAGGTATGAAAAAGGGACAAA;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=390;TCF=202;TCR=188;TR=390;WE=48367081;WS=48367063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr11	48367097	rs73453179	A	G	2545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.888;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=66;PP=1607;ReadPosRankSum=-3.719;SC=TAAGATGACAATGAAGATATG;SOR=0.818;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=424;TCF=218;TCR=206;TR=126;WE=48367105;WS=48367087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,144:0.32:454
chr11	48367133	rs79453749	C	A	3871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=1.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=-1.488;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:301,114:0.27:415
chr11	48367136	rs78927905	C	T	3879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=0.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=-1.038;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,113:0.27:416
chr11	48367155	rs75315666	T	A	3251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=3.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=1.497;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,98:0.25:388
chr11	48367159	rs75667244	C	T	3288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=2.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=1.449;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,97:0.25:381
chr11	48367163	rs74650698	A	G	3459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=2.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.538;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,101:0.27:379
chr11	48367170	rs77876442	G	A	3184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=3.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=1.129;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,96:0.26:364
chr11	48367190	rs78661795	A	T	3515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.78;ReadPosRankSum=-0.756;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,99:0.30:326
chr11	48367195	rs79063955	C	T	3191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.061;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,91:0.30:308
chr11	48367249	rs74815769	C	T	4100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=2.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.53;ReadPosRankSum=1.025;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,113:0.37:303
chr11	48367252	rs76287086	G	A	4074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=1.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.45;ReadPosRankSum=1.722;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,111:0.37:303
chr11	48367311	rs73453180	T	C	2305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=1.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.408;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,127:0.41:312
chr11	48367363	rs73453183	C	T	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=4.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=1.348;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,77:0.30:256
chr11	48367387	rs78788561	C	T	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=2.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.563;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,60:0.26:228
chr11	48367419	rs77576379	G	A	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=5.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=-3.820;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,44:0.23:188
chr11	48367424	rs77976451	C	G	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=5.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.00;ReadPosRankSum=-5.042;SOR=0.444;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,41:0.23:175
chr11	48367469	rs79686513	TG	CA	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=15.168;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-3.317;QD=0.36;ReadPosRankSum=0.983;SOR=2.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,9:0.08:110
chr11	48367474	rs75116918	A	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=15.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-3.109;QD=0.68;ReadPosRankSum=0.623;SOR=2.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,9:0.09:98
chr11	48373632	rs4882248	T	A	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=241;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=142;SC=TATAAGTATGTAACAAACCTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=48373640;WS=48373622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	48373748	rs73453188	C	G	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.105;HP=6;HapScore=2;MGOF=74;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=12;PP=741;ReadPosRankSum=-1.316;SC=ATATGGTGTTCTTTTCAGAGA;SOR=0.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=75;TCR=30;TR=43;WE=48373756;WS=48373738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,46:0.38:122
chr11	48373770	rs73453191	T	A	2064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=4.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=-0.495;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,66:0.40:166
chr11	48373797	rs72896825	C	T	3704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=4.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.97;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,98:0.42:232
chr11	48373805	rs75618010	G	A	3982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=2.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.06;ReadPosRankSum=0.940;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,104:0.42:248
chr11	48373815	rs74350365	A	G	4309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=2.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.70;ReadPosRankSum=0.781;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,112:0.43:258
chr11	48373817	rs75951679	C	T	4393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=2.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.10;ReadPosRankSum=1.201;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,110:0.43:257
chr11	48373820	rs3898634	A	C	4384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.80;ReadPosRankSum=1.099;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,113:0.43:261
chr11	48373827	rs80081241	G	A	4528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.09;ReadPosRankSum=1.099;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,117:0.44:265
chr11	48373833	rs75965588	GA	AG	4622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.33;ReadPosRankSum=1.492;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,123:0.43:283
chr11	48373885	rs76292854	A	G	3311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.943;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.514;NF=66;NR=60;PP=1618;ReadPosRankSum=-2.865;SC=ACTGAGATGAACAGGTTACCT;SOR=0.752;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=284;TCF=154;TCR=130;TR=126;WE=48373893;WS=48373875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,154:0.47:329
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chr11	48373976	rs80225178	T	G	2442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=1.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.833;QD=13.13;ReadPosRankSum=-1.578;SOR=0.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,70:0.38:186
chr11	48373986	rs12420054	A	G	2382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.863;QD=14.18;ReadPosRankSum=-1.771;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,62:0.37:168
chr11	48374000	rs112772888	C	CT	713.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.686;HP=6;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.074;NF=0;NR=22;PP=2507;ReadPosRankSum=-0.844;SC=CATTGTTCATCTTTTTCATAG;SOR=0.967;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=81;TCF=1;TCR=80;TR=22;WE=48374008;WS=48373966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,38:0.32:118
chr11	48374031	rs72896827	G	A	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.333;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,22:0.29:77
chr11	48374041	rs72896828	T	C	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr11	48386956	.	C	CA	595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=495;ReadPosRankSum=-0.709;SC=CTTAAACTCACTATTCTGACC;SOR=0.174;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=14;WE=48386964;WS=48386954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr11	48387098	rs77594589	A	C	5259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=4.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.08;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,142:0.43:327
chr11	48387107	rs77606603	T	C	5393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=2.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.49;ReadPosRankSum=-0.146;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,142:0.43:327
chr11	48387115	rs75003399	G	A	5278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=3.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.24;ReadPosRankSum=0.610;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,137:0.42:325
chr11	48387118	rs79339252	G	A	5204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=4.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.97;ReadPosRankSum=0.290;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,139:0.43:326
chr11	48387154	rs72473370	AT	GC	4453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=3.169;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.65;ReadPosRankSum=0.614;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,119:0.39:304
chr11	48387164	rs72473371	G	A	4498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=2.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.15;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,116:0.39:297
chr11	48387186	rs1994140	A	G	4047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=2;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=88;PP=2688;ReadPosRankSum=0.614;SC=TCAATAGGGAAGGTGATCATG;SOR=0.623;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=252;TCF=117;TCR=135;TR=168;WE=48387194;WS=48387176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,178:0.65:272
chr11	48387201	rs77053100	G	A	2650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=2.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,77:0.31:248
chr11	48387206	rs76817095	T	C	2632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=2.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.88;ReadPosRankSum=-1.392;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,74:0.31:242
chr11	48387210	rs78428763	CC	TG	2498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=1.113;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=-1.648;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,69:0.30:231
chr11	48387237	rs72898877	C	T	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=2.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=-1.414;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,49:0.24:201
chr11	48387254	rs75441735	A	G	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,44:0.22:196
chr11	48387258	rs78030134	C	T	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,41:0.22:189
chr11	48387262	rs75430864	G	A	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.191;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,40:0.20:197
chr11	48387278	rs139139147	C	CACTGTCCTTCTGT	1430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=5.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.091;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,36:0.19:187
chr11	48387285	.	A	AGTCTTTAGTAG	1434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.760;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=23.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=1.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,39:0.20:195
chr11	48387301	rs76220342	G	A	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=6.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=-3.081;SOR=1.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,64:0.29:217
chr11	48387335	rs73460769	C	A	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;ReadPosRankSum=0.565;SC=AATGAGCATACACATCAGCCC;SOR=0.886;SbPval=0.65;Source=Platypus;TCF=132;TR=66;WE=48387343;WS=48387325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,78:0.31:252
chr11	48387370	rs73460772	A	G	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=44;PP=1243;ReadPosRankSum=-0.433;SC=CAAAGAGTCCAAAGACGTGAG;SOR=0.718;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=281;TCF=161;TCR=120;TR=107;WE=48387378;WS=48387360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,124:0.39:315
chr11	48387424	rs61917478	G	T	2779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.742;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=63;PP=1691;ReadPosRankSum=3.162;SC=GGTCACAGATGAAATGGTCAA;SOR=0.495;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=348;TCF=201;TCR=147;TR=136;WE=48387432;WS=48387414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,144:0.39:373
chr11	48387490	rs77144540	G	A	5358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=71;ReadPosRankSum=-0.819;SC=GAATCAGAGCGTGAAGAAATC;SOR=0.692;SbPval=0.46;Source=Platypus;TCF=234;TR=149;WE=48387498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,159:0.35:458
chr11	48387506	rs72898882	A	G	5420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=68;ReadPosRankSum=-0.139;SC=AAATCCCCCGACCCATGCCAT;SOR=0.634;SbPval=0.4;Source=Platypus;TCF=235;TR=139;WE=48387514;WS=48387496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,149:0.32:461
chr11	48387526	rs78378263	G	T	4940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.204;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:311,138:0.31:449
chr11	48387535	rs72898883	T	C	5056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.39;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:305,139:0.31:444
chr11	48387540	rs72898885	G	T	4753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.410;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:304,134:0.31:438
chr11	48387580	rs78299098	G	T	5118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=0.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.02;ReadPosRankSum=-0.359;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,144:0.34:426
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chr11	48387647	rs75615667	A	G	4945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=1;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=68;PP=2010;ReadPosRankSum=1.427;SC=GAAATGTTCTACAAAGAGCTG;SOR=0.587;SbPval=0.4;Source=Platypus;TCF=197;TR=140;WE=48387655;WS=48387637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,142:0.34:415
chr11	48387679	rs76209049	A	G	4566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=63;PP=2962;ReadPosRankSum=0.427;SC=CACTGAAGGAAATAGTTTTCT;SOR=0.647;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=362;TCF=168;TCR=194;TR=126;WE=48387697;WS=48387669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,133:0.35:375
chr11	48387683	rs67755516	GT	G	4631.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.833;HP=4;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=54;PP=2968;ReadPosRankSum=0.325;SC=GAAGGAAATAGTTTTCTTTTC;SOR=0.628;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=244;TCF=53;TCR=191;TR=73;WE=48387697;WS=48387669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,127:0.35:364
chr11	48387689	rs75371569	T	C	4810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.194;SC=AATAGTTTTCTTTTCAGTGAG;SOR=0.643;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=350;TCF=163;TCR=187;TR=114;WE=48387697;WS=48387669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,129:0.36:361
chr11	48387705	rs34926479	C	T	4510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.969;HP=3;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=58;PP=1722;ReadPosRankSum=-1.393;SC=GTGAGTAAGTCAAATATCATT;SOR=0.634;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=332;TCF=164;TCR=168;TR=126;WE=48387713;WS=48387695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,129:0.37:346
chr11	48387737	rs73460780	G	C	3246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.200;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=53;PP=1888;ReadPosRankSum=-0.444;SC=GGTAGAAGAGGAGCAGCCATC;SOR=0.891;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=330;TCF=176;TCR=154;TR=125;WE=48387745;WS=48387727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,133:0.37:355
chr11	48387757	rs74557904	A	C	4474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=3;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=59;PP=1936;ReadPosRankSum=0.387;SC=CTATGAAGGAAAAGAAAGACA;SOR=0.654;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=328;TCF=167;TCR=161;TR=128;WE=48387765;WS=48387747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,145:0.40:361
chr11	48387780	rs76329018	C	T	6262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=3.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.79;ReadPosRankSum=0.351;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,169:0.45:373
chr11	48387789	rs80222485	C	G	6439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=2.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.73;ReadPosRankSum=0.806;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,174:0.45:385
chr11	48387825	rs75650204	T	G	7119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=1.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.37;ReadPosRankSum=-0.982;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,190:0.46:410
chr11	48387833	rs79515387	T	C	7088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.37;ReadPosRankSum=-0.604;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,186:0.46:408
chr11	48387850	rs73460781	G	T	5693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=3;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=77;PP=1947;ReadPosRankSum=1.048;SC=TGGTGAGAAAGTAGATGAGTG;SOR=0.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=366;TCF=178;TCR=188;TR=151;WE=48387858;WS=48387840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,182:0.43:419
chr11	48387890	rs74623688	T	C	5786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=2.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.31;ReadPosRankSum=0.911;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,157:0.42:378
chr11	48387894	rs75065468	C	T	5808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=2.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.66;ReadPosRankSum=0.904;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,152:0.41:371
chr11	48387900	rs74338058	G	A	5481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=1.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.23;ReadPosRankSum=1.303;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,142:0.39:360
chr11	48387917	rs66829866	AT	A	4769.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.127;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=47;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.511;SC=GCCAAGCAAGATGAATTCCGT;SOR=0.887;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=164;TCF=28;TCR=136;TR=59;WE=48387938;WS=48387907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,126:0.40:314
chr11	48387919	rs114441034	G	A	4799.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.154;HP=2;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=47;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.578;SC=CAAGCAAGATGAATTCCGTTA;SOR=0.894;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=245;TCF=113;TCR=132;TR=81;WE=48387938;WS=48387907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,125:0.40:310
chr11	48387930	rs75939575	T	C	4337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.624;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=47;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.435;SC=AATTCCGTTATGTTGTTCACT;SOR=0.866;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=234;TCF=107;TCR=127;TR=79;WE=48387938;WS=48387907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,114:0.39:293
chr11	48387945	rs139770813	C	CCA	3738.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=37;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.982;SC=TTCACTTGCTCGAAATCCAGT;SOR=0.818;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=132;TCF=26;TCR=106;TR=47;WE=48387968;WS=48387935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,101:0.39:259
chr11	48387946	rs114053360	G	T	3747.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.824;HP=3;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.918;SC=TCACTTGCTCGAAATCCAGTT;SOR=0.871;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=195;TCF=89;TCR=106;TR=59;WE=48387968;WS=48387935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,99:0.39:257
chr11	48387960	rs79688019	T	C	3230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.821;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=36;PP=2962;ReadPosRankSum=0.206;SC=TCCAGTTTGGTATTTGGATAA;SOR=1.014;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=176;TCF=84;TCR=92;TR=58;WE=48387968;WS=48387935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,81:0.36:223
chr11	48387978	rs78160589	T	A	2803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=4.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.16;ReadPosRankSum=0.066;SOR=1.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,73:0.37:198
chr11	48387983	rs75819836	T	C	2619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=1.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.93;ReadPosRankSum=0.487;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,67:0.36:188
chr11	48388047	rs75982328	T	C	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=1.490;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,27:0.33:81
chr11	48388047	.	TTA	CTG	1046	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=62;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=6;NR=18;PP=1046;QD=45.8111614526;SC=TTGGTCAGGATTATTTTCTGT;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=24;WE=48388057;WS=48388037;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:45,24:0.35:69
chr11	48388049	rs77697332	A	G	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.05;ReadPosRankSum=1.167;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,27:0.35:78
chr11	48388067	rs73460782	G	A	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=76;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=377;ReadPosRankSum=-0.312;SC=TAACACTGATGGAATCCCTAA;SOR=0.624;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=21;WE=48388075;WS=48388057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr11	48388094	.	C	CTT	1810	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=68;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=13;PP=1810;QD=123.533333333;SC=AAACCCAAGACTAAGTTGAGC;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=15;WE=48388123;WS=48388084;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr11	48388487	rs78414756	C	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.877;HP=3;HapScore=2;MGOF=71;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=135;ReadPosRankSum=0.729;SC=GGTGAGTTCACTTTGAAATTA;SOR=0.039;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=9;WE=48388495;WS=48388477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr11	48388524	rs76789954	C	T	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.02;ReadPosRankSum=-2.211;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr11	48388524	.	CAA	TAG	640	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=103;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=14;NR=2;PP=640;QD=43.3417421789;SC=ATTTCAGAATCAACTGAACTG;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=47;TCF=44;TCR=3;TR=16;WE=48388534;WS=48388514;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr11	48388526	rs77473022	A	G	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.76;ReadPosRankSum=-1.132;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr11	48388542	rs77282201	G	A	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.80;ReadPosRankSum=-1.372;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr11	48388544	rs74346885	T	C	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.82;ReadPosRankSum=-0.978;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr11	48388553	rs80082776	C	G	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=6.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.08;ReadPosRankSum=-0.403;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,33:0.38:87
chr11	48388563	rs77148147	CT	AG	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=4.383;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.237;SOR=1.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,36:0.36:100
chr11	48388567	rs79767657	A	C	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=7.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.70;ReadPosRankSum=1.053;SOR=1.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,37:0.34:109
chr11	48388571	rs79079495	C	T	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=3.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.41;ReadPosRankSum=0.534;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,42:0.35:119
chr11	48388583	rs77992774	A	T	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.401;HP=2;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=2523;ReadPosRankSum=1.164;SC=GTTAGATTTGAGAATTTATGC;SOR=0.854;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=134;TCF=92;TCR=42;TR=46;WE=48388591;WS=48388532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,53:0.35:151
chr11	48388610	rs79108820	T	G	2801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=5.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=1.405;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,77:0.35:221
chr11	48388612	rs76366705	T	C	2924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=4.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.00;ReadPosRankSum=1.373;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,78:0.35:225
chr11	48388614	rs146852809	T	C	2957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=6.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.795;SOR=1.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,81:0.36:228
chr11	48388621	rs75849499	ACA	GTC	3169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=11.098;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.94;ReadPosRankSum=0.651;SOR=1.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,86:0.35:245
chr11	48388641	rs80267937	G	A	4537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=4.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.23;ReadPosRankSum=-1.907;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,115:0.39:298
chr11	48388657	rs80000751	G	A	5355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=1;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=50;PP=1441;ReadPosRankSum=-3.288;SC=CCTGGAAGAGGATAAAACAGC;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=162;TCR=126;TR=113;WE=48388665;WS=48388647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,140:0.41:339
chr11	48388681	rs76712816	G	A	5400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=0.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.48;ReadPosRankSum=0.085;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,144:0.39:373
chr11	48388698	rs77483743	C	T	5184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.285;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=56;PP=1334;ReadPosRankSum=1.260;SC=CCAGATGTATCTGAAACTTTA;SOR=0.734;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=305;TCF=160;TCR=145;TR=114;WE=48388706;WS=48388688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,138:0.39:350
chr11	48388717	rs78132200	T	C	4858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.728;NF=51;NR=63;PP=1491;ReadPosRankSum=0.617;SC=TAGAATTCACTTGGAGAACTG;SOR=0.881;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=291;TCF=143;TCR=148;TR=114;WE=48388725;WS=48388707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,133:0.40:330
chr11	48388782	rs76039310	A	G	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.301;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.705;NF=19;NR=43;PP=870;ReadPosRankSum=-1.498;SC=AAGGATGACTATGAAAAATTA;SOR=1.191;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=146;TCF=54;TCR=92;TR=62;WE=48388790;WS=48388772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,63:0.41:153
chr11	48388833	rs73460789	A	C	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.797;NF=2;NR=17;PP=334;ReadPosRankSum=-0.565;SC=GGTGAGGGAAAAAAAGCACCA;SOR=0.346;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=19;WE=48388841;WS=48388823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr11	48453787	rs4882063	G	A	3176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=2.461;NF=67;NR=52;PP=2517;ReadPosRankSum=2.169;SC=TACCTGAAATGTCCTTTCTAC;SOR=0.902;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=139;TCF=81;TCR=58;TR=119;WE=48453795;WS=48453767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,124:0.98:126
chr11	48510654	rs7103557	A	C	7397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.471;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.413;NF=126;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=0.838;SC=TATCGAGCACATTTTCGGTGG;SOR=0.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=129;TCR=130;TR=254;WE=48510662;WS=48510644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,281:0.99:285
chr11	48510777	rs7103992	G	A	5731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=100;NR=96;PP=2965;SC=GCTGCTGGTAGTGTCCTGGGT;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=196;TCF=100;TCR=96;TR=196;WE=48510785;WS=48510767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr11	48996997	.	TG	CT	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-2.247;QD=9.52;ReadPosRankSum=1.438;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr11	48997000	.	G	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.347;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-2.268;QD=8.30;ReadPosRankSum=1.378;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr11	48997592	rs1813231	C	T	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=41;PP=1022;SC=ATGTAATTAACAGAAATTAGA;SOR=1.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=57;WE=48997600;WS=48997582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	49000423	rs1965370	C	G	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=9;PP=1092;SC=TCAGTCCGTACCTGGAATAGC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=46;WE=49000431;WS=49000414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	49000522	rs1963629	C	T	6818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=129;NR=111;PP=2965;SC=GCTTTGCTTTCATTGAGTTGC;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=130;TCR=111;TR=240;WE=49000542;WS=49000512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr11	49002343	rs9783302	T	G	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=6;PP=620;SC=CAAGTGTTTTTTCCTTGTTTG;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=49002351;WS=49002333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	49056627	rs60632912	C	CT	1086.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=-0.766;QD=10.25;ReadPosRankSum=1.040;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,75:0.71:106
chr11	49059362	rs2696914	C	A	6708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.47;QD=25.03;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr11	49075605	rs2851535	G	A	3363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=49;PP=2243;SC=AATGCTTGCCGGAGGTGAATG;SOR=1.039;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=71;TCR=49;TR=120;WE=49075613;WS=49075595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	49076963	rs34650085	C	CAA	3264.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;MQRankSum=0.300;QD=26.12;ReadPosRankSum=-0.415;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,123:0.98:125
chr11	49077012	rs2773242	C	T	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=45;PP=1192;SC=GCTAATCACACAGTCATATGA;SOR=1.009;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=74;WE=49077020;WS=49077002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	49077889	rs36015501	AT	A	3591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=64;PP=1777;SC=CAGAAATAGCATTTTTTTTAG;SOR=0.706;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=84;TCF=18;TCR=66;TR=77;WE=49077897;WS=49077879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	49080616	rs60452246	T	C	2955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	49080677	rs34947092	T	TA	352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.551;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr11	49138552	rs11040259	C	A	4012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=44;PP=2531;SC=GGTTTGTGACCTGTCCCTGAT;SOR=1.561;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=93;TCR=45;TR=137;WE=49138560;WS=49138542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	49170334	rs202694	T	C	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=32;PP=970;SC=ATGTTTCTACTCAGAAAATAA;SOR=1.453;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=49170342;WS=49170324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	49176057	rs2988340	C	T	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.81;QD=27.80;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	49192667	rs10839236	C	T	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.097;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=5;PP=834;ReadPosRankSum=-0.721;SC=ATATTCACTTCTTATTTTTAT;SOR=2.908;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=37;WE=49192675;WS=49192657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr11	49192905	rs34828796	GA	G	628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQRankSum=-0.261;QD=13.38;ReadPosRankSum=0.906;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,43:0.91:47
chr11	49195090	rs202718	T	C	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.15;QD=24.33;SOR=6.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	49195127	rs146564769	C	CA	1010.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;QD=32.60;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	49195129	rs67031328	G	A	996.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=0.068;QD=31.13;ReadPosRankSum=-0.200;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,28:0.88:32
chr11	49196332	rs4929893	CG	TC	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=5;PP=553;SC=CGATTTTCTTCGTTTGTTTGT;SOR=2.546;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=26;WE=49196341;WS=49196328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	49196652	rs202715	C	T	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=489;SC=AAACTGAAAACTGATTAACAG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=49196660;WS=49196642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	49329552	rs1164670	G	A	7405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=125;NR=131;PP=2965;SC=TGGAAATCCGGATGGTCAAAG;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=256;TCF=125;TCR=131;TR=256;WE=49329560;WS=49329542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr11	49356400	rs34397343	GT	G	121.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=-1.593;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr11	49372872	rs3915110	G	A	3404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-1.617;NF=66;NR=68;PP=2202;ReadPosRankSum=-0.560;SC=TGATGAGGCAGTGGGCATAGT;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=67;TCR=69;TR=134;WE=49372880;WS=49372862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,132:0.99:134
chr11	49400965	rs3974576	T	C	2868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.86;QD=27.85;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	49401125	rs7102702	T	G	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.643;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=744;ReadPosRankSum=-0.653;SC=ATCAGACAGCTGTGTTATGCC;SOR=2.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=38;WE=49401133;WS=49401115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr11	49597799	rs7131345	C	T	4422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=52;PP=2639;SC=TGTCCTAAAACGGTCCTTCTG;SOR=1.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=96;TCR=52;TR=147;WE=49597807;WS=49597789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	49598178	rs7101761	G	A	6337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.25;NF=116;NR=105;PP=2965;SC=AGGGCTTGGTGTGCTCTGTGG;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=117;TCR=106;TR=221;WE=49598186;WS=49598168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr11	49598207	rs3750925	T	C	10130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.31;QD=44.43;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr11	49598207	.	TCT	CCC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=19;MQ=56.87;NF=109;NR=96;PP=2947;QD=20;SC=TCCTCTTCCTTCTGCTCCAAG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=112;TCR=100;TR=205;WE=49598217;WS=49598197;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,205:0.97:212
chr11	49598209	rs7939515	T	C	10130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.28;QD=44.83;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr11	49637416	rs7125677	A	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=21;PP=592;SC=ATGCTAAAATACCCTTAATGA;SOR=3.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=49637424;WS=49637406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	49655814	rs144145381	T	C	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.28;QD=24.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	49729299	rs67084465	AC	A	4201.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=57;PP=2579;SC=TCTCATCAACACCCCAACTGG;SOR=0.876;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=7;TCR=59;TR=64;WE=49729307;WS=49729289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	49813442	rs7943083	A	G	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=5;PP=468;SC=GGACCCTGCGACCTTCCGCAG;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=49813450;WS=49813432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	49813497	rs149711026	CT	C	346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-0.978;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.974;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr11	49813637	rs11530434	A	G	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=348;SC=CTTGTGAGAGACACAACGGTA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=49813645;WS=49813627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr11	49974371	rs28662375	G	A	8199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=150;NR=132;PP=2965;SC=CTATACCACCGTCATGAAGCA;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=282;TCF=150;TCR=132;TR=282;WE=49974379;WS=49974361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr11	50003191	rs4598671	C	A	3968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;MQRankSum=-0.058;QD=26.28;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.282;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,150:0.99:151
chr11	51516000	rs11246607	C	T	5909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.240;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.276;NF=82;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.727;SC=ACCTGTGTCTCCCACATCACG;SOR=1.108;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=83;TCR=114;TR=196;WE=51516008;WS=51515990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,214:1.00:215
chr11	51516036	rs11246608	G	A	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.752;NF=42;ReadPosRankSum=0.083;SC=TTTGTGCCCTGCATATTTGTG;SOR=1.453;Source=Platypus;TCF=43;WE=51516044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,116:0.98:118
chr11	51516144	rs11246609	A	G	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.94;MQRankSum=-1.362;QD=27.71;ReadPosRankSum=1.193;SOR=0.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr11	51527637	rs111467734	G	A	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=25;PP=932;SC=GTACATGGGGGAGATCAGAGC;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=50;WE=51527645;WS=51527627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	55035809	rs11407154	A	AT	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=1.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-3.296;QD=1.45;ReadPosRankSum=0.345;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,39:0.23:172
chr11	55541098	rs297118	G	A	7590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=140;NR=121;PP=2965;SC=ACAATCATGTGCTTTTTCCTT;SOR=0.766;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=140;TCR=121;TR=261;WE=55541106;WS=55541088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr11	55563776	rs297054	T	G	10880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.593;SC=CCACCTGACTTCTATCACCAT;SOR=0.247;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=362;TCF=186;TCR=176;TR=360;WE=55563784;WS=55563766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,391:1.00:392
chr11	55563900	rs297055	T	C	6859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=145;PP=2965;SC=CTGAACCCTCTGATCTACAGC;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=255;TCF=109;TCR=146;TR=253;WE=55563908;WS=55563890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr11	55587117	rs297082	T	A	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=25;PP=1630;SC=TGCTGCTGACTGATAGAAATA;SOR=1.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=81;WE=55587125;WS=55587107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	55587511	rs297081	A	G	8747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=146;NR=139;PP=2965;SC=CTACACAGTTAACATGTCCCA;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=148;TCR=139;TR=285;WE=55587519;WS=55587501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr11	55595081	rs7102394	C	T	8483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.312;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.040;NF=165;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.635;SC=TCTGTAACCCCCTGCTGTACA;SOR=0.454;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=289;TCF=165;TCR=124;TR=288;WE=55595089;WS=55595071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,312:1.00:313
chr11	55595324	rs7102663	C	T	7495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.301;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.266;SC=AGAGTGTTACCATCATGATCA;SOR=0.447;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=143;TCR=117;TR=256;WE=55595332;WS=55595314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,277:1.00:278
chr11	55606302	rs6591699	G	T	5395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr11	55606693	rs6591700	G	A	7430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=132;NR=101;PP=2965;SC=ATGGGGAGTCGCATGTTCCCT;SOR=0.817;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=234;TCF=132;TCR=102;TR=233;WE=55606701;WS=55606683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr11	55656483	rs7483200	T	A	2744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=57;PP=1704;SC=CACAGGTGAGTGCACACCAAG;SOR=1.094;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=95;WE=55656491;WS=55656473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	55681336	rs11231529	G	A	4243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=65;PP=2208;ReadPosRankSum=2.639;SC=AGTGGGAAGTGCATGTAGAGA;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=73;TCR=66;TR=137;WE=55681344;WS=55681326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,163:0.99:165
chr11	55681494	rs2457239	G	A	4320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=63;PP=2588;SC=GTATCTGAGCGAGAGAGTAAT;SOR=0.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=78;TCR=63;TR=141;WE=55681502;WS=55681484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	55682111	rs2940752	T	G	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=559;SC=AGAATGACAGTCTAGAACTTG;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=55682119;WS=55682101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	55703981	rs35841857	T	TA	505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.08;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	55734972	rs11231705	A	T	234.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	55746891	rs7481466	G	A	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=26;PP=1417;SC=AATGGGGAAGGCAACTGTATA;SOR=1.275;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=75;WE=55746899;WS=55746881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	55761221	rs2449134	C	T	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	55761738	rs2128152	T	G	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=22;PP=1203;SC=GCCGCATACCTGTCATAGGCC;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=64;WE=55761746;WS=55761728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	55798152	rs1482011	G	A	11297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=203;NR=177;PP=2965;SC=CAAACTTCTTGGCATCCAGGA;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=381;TCF=203;TCR=178;TR=380;WE=55798160;WS=55798142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr11	55860780	rs1842700	G	A	6568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=121;NR=107;PP=2965;SC=CTGAGTTGATGTAAATGGCTG;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=121;TCR=107;TR=228;WE=55860788;WS=55860770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr11	55872876	rs2512961	C	T	9701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=161;PP=2965;SC=CTCAATGGCCCATGATCGCTA;SOR=0.699;Source=Platypus;TCF=161;WE=55872884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr11	55873024	rs2449148	A	G	19000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=352;NR=311;PP=2965;SC=TTGCATTTCTACGACTCAAAC;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=664;TCF=352;TCR=312;TR=663;WE=55873032;WS=55873014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,708:1.00:708
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chr11	55889790	rs2035408	G	T	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=20;PP=1576;SC=GTAGCTGGGAGTACAGGCGCC;SOR=1.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=64;TCR=20;TR=84;WE=55889798;WS=55889780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
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chr11	56143225	rs77854836	CT	TC	5387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FS=1.172;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.00;ReadPosRankSum=-0.857;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,150:0.33:449
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chr11	56143370	rs77605888	GT	AG	4015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=15.503;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-2.490;QD=13.25;ReadPosRankSum=2.000;SOR=1.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,99:0.33:303
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chr11	56143414	rs74329097	CA	GG	3648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=3.235;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-2.619;QD=10.70;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=0.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,104:0.30:341
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chr11	56143425	.	TATCA	T	3922.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=10.304;ClippingRankSum=0.000;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=7.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-2.660;QD=10.84;ReadPosRankSum=-2.201;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,108:0.30:362
chr11	56143432	rs78396581	A	G	3923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=9.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-2.629;QD=10.44;ReadPosRankSum=-2.938;SOR=1.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,114:0.30:376
chr11	56143434	rs10791961	C	G	12753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.802;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.97;MQRankSum=-0.105;NF=151;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.013;SC=ATATCAGAATCCTTGCTACTG;SOR=0.242;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=302;TCF=189;TCR=113;TR=246;WE=56143442;WS=56143424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,381:0.99:383
chr11	56143489	rs74711788	AT	GA	7260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-1.382;QD=12.63;ReadPosRankSum=-1.032;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:378,197:0.34:575
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chr11	56143508	rs10791962	A	T	9048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FS=0.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-1.353;QD=13.39;ReadPosRankSum=-0.916;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:438,238:0.35:676
chr11	56143510	rs10791963	T	C	9411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-1.346;QD=13.62;ReadPosRankSum=-1.027;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:446,245:0.35:691
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chr11	56143900	rs202086525	C	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-3.897;QD=1.99;ReadPosRankSum=-1.770;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,20:0.12:172
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chr11	56143907	rs374830614	A	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=2.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-4.054;QD=1.58;ReadPosRankSum=-2.068;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,18:0.11:166
chr11	56143966	rs12291978	C	T	2463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
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chr11	56185159	rs7930678	A	G	6391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=110;NR=87;PP=2965;SC=AGAGCTAAGAAGGGGAGGTCA;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=110;TCR=87;TR=197;WE=56185167;WS=56185149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr11	56185327	rs7933772	T	C	5146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=74;PP=2863;SC=TGCAGGGGACTACAGATGGCG;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=86;TCR=74;TR=160;WE=56185335;WS=56185317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	56185345	rs6591324	A	G	4941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=81;NR=74;PP=2602;SC=GCGACATAGCAATCGTAGGCC;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=81;TCR=74;TR=155;WE=56185353;WS=56185335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	56185689	rs7931261	A	G	4884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=97;PP=2802;ReadPosRankSum=-1.096;SC=AGTGACATAAATGATATTAAC;SOR=1.149;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=72;TCR=99;TR=167;WE=56185697;WS=56185679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,188:0.98:192
chr11	56380008	rs12292069	C	T	5166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=65;PP=2904;SC=ACAAGCAATTCGTGACTGCAA;SOR=0.950;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=98;TCR=65;TR=163;WE=56380016;WS=56379998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr11	56409603	rs11606499	C	T	4381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=81;NR=61;PP=2296;SC=TAGAACTGGGCAGCACATCCA;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=81;TCR=61;TR=142;WE=56409611;WS=56409593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	56467757	.	CACG	C	550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.99;ReadPosRankSum=-0.835;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr11	56467763	.	A	AGAT	592.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.44;ReadPosRankSum=-1.627;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr11	56467764	rs78916686	C	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.06;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr11	56467787	rs74218731	A	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=83;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=324;ReadPosRankSum=0.852;SC=ATCTTATGTAACATAATTCTA;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=19;WE=56467795;WS=56467777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr11	56467810	rs76085479	A	T	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.20;ReadPosRankSum=1.921;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr11	56467813	rs77180330	A	G	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.97;ReadPosRankSum=2.257;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr11	56467816	rs78119960	G	T	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.00;ReadPosRankSum=1.851;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr11	56467819	rs78036340	A	G	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.33;ReadPosRankSum=1.837;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr11	56467833	rs73474897	T	C	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=3;HapScore=4;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=1747;ReadPosRankSum=0.426;SC=GAGCTCATTTTCTTTCCCCAT;SOR=0.533;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=27;WE=56467841;WS=56467800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr11	56467881	rs73474900	T	C	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.320;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.397;NF=35;NR=20;PP=759;ReadPosRankSum=0.989;SC=GGAGCAATCATACAGTGACTG;SOR=0.439;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=115;TCF=76;TCR=39;TR=55;WE=56467889;WS=56467871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,62:0.50:123
chr11	56467926	rs1704284	A	G	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.819;NF=53;NR=37;PP=1162;ReadPosRankSum=-0.190;SC=CAGACCCAGGAATGCAGCTGG;SOR=0.600;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=198;TCF=114;TCR=84;TR=90;WE=56467934;WS=56467916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,101:0.48:212
chr11	56468020	rs532637	T	C	8710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.64;QD=33.00;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr11	56468020	.	TG	CA,CG	1877	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=24;MQ=57.75;NF=47,121;NR=47,114;PP=1107,1877;QD=12.3454029241;SC=TAATGACTCCTGCCTCCACAC;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=236;TCF=121;TCR=115;TR=94,235;WE=56468029;WS=56468010;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.40:236
chr11	56468021	rs532635	G	A	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQRankSum=-5.791;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.673;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,100:0.38:262
chr11	56468044	rs3975155	T	G	2583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQRankSum=-6.636;QD=12.60;ReadPosRankSum=-2.063;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,74:0.36:205
chr11	56468047	rs2865519	A	G	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQRankSum=-6.560;QD=13.24;ReadPosRankSum=-2.829;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,72:0.37:196
chr11	56468048	rs2865520	C	T	6548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=81;PP=2962;SC=TATTTTTTCACTGGAAATCTG;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=91;TCR=83;TR=169;WE=56468056;WS=56468034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	56468111	rs602224	C	T	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.216;NF=42;NR=28;PP=1103;ReadPosRankSum=-1.665;SC=ATCCTAGTGACCTGCATCTCT;SOR=1.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=153;TCF=89;TCR=64;TR=70;WE=56468119;WS=56468101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,74:0.46:160
chr11	56468155	rs11228732	T	G	2548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.132;NF=71;NR=47;PP=1834;ReadPosRankSum=-0.146;SC=TGGCTGCCTGTGTCAGTTCTT;SOR=0.570;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=234;TCF=145;TCR=89;TR=118;WE=56468163;WS=56468145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,115:0.47:244
chr11	56468198	rs4990194	A	G	6657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=1.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=-2.906;QD=19.35;ReadPosRankSum=2.709;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,169:0.49:344
chr11	56468200	rs4990195	C	T	6813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=1.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=-2.904;QD=19.47;ReadPosRankSum=2.590;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,172:0.49:350
chr11	56468202	rs4990196	G	A	6978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=1.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-2.903;QD=19.49;ReadPosRankSum=2.464;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,176:0.49:358
chr11	56468212	rs591369	G	A	7027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=0.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-2.891;QD=18.45;ReadPosRankSum=2.154;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,188:0.49:381
chr11	56468259	rs503776	C	T	4919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.504;NF=117;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=1.973;SC=TGCTTTATGCCCAGGCCATGT;SOR=0.834;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=412;TCF=222;TCR=190;TR=211;WE=56468267;WS=56468249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,228:0.51:449
chr11	56468368	rs11228733	C	T	3426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.289;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=84;PP=2169;ReadPosRankSum=-0.042;SC=TAACTTCTGCCGTGAAAACAT;SOR=0.933;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=413;TCF=202;TCR=211;TR=158;WE=56468376;WS=56468358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,175:0.39:444
chr11	56468403	rs11228734	G	A	5199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=-4.899;SC=TCTGTGATTTGCTTCCCTTGG;SOR=0.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=382;TCF=197;TCR=185;TR=141;WE=56468424;WS=56468393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,154:0.38:409
chr11	56468416	rs11228735	G	A	4876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=56;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.605;SC=TCCCTTGGTGGAGCTGGCCTG;SOR=0.763;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=365;TCF=191;TCR=174;TR=126;WE=56468424;WS=56468393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,136:0.35:387
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chr11	56468493	rs10792053	A	G	3450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.909;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=63;PP=2255;ReadPosRankSum=-0.426;SC=TCTGCCCCGCAGTGCTCATCC;SOR=1.023;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=344;TCF=194;TCR=150;TR=161;WE=56468501;WS=56468483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,172:0.48:362
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chr11	56468560	rs10896516	TA	CG	11931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FS=1.746;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.19;ReadPosRankSum=3.394;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:287,304:0.51:591
chr11	56468637	rs76884192	C	T	13042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=830;ExcessHet=3.0103;FS=1.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.83;ReadPosRankSum=-2.237;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:458,366:0.44:824
chr11	56468638	rs7121276	G	T	9888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=831;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=231;NR=211;PP=2962;ReadPosRankSum=1.453;SC=CTACATCTACGCTCTCCCCAG;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=782;TCF=402;TCR=380;TR=442;WE=56468654;WS=56468627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:361,464:0.56:825
chr11	56468646	rs78493274	C	T	12475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=810;ExcessHet=3.0103;FS=1.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.52;ReadPosRankSum=0.082;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:472,332:0.41:804
chr11	56468694	rs79060400	C	T	8720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FS=5.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.15;ReadPosRankSum=0.350;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:419,244:0.37:663
chr11	56468699	rs79251113	T	A	8773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FS=6.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.52;ReadPosRankSum=1.177;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:413,236:0.36:649
chr11	56468704	rs79288825	T	C	8368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FS=5.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.41;ReadPosRankSum=1.224;SOR=1.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:397,227:0.36:624
chr11	56468720	rs66943455	T	C	7381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.203;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=115;PP=2594;ReadPosRankSum=1.900;SC=ATGTTGAATCTCATGATCTAC;SOR=1.056;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=550;TCF=258;TCR=292;TR=196;WE=56468728;WS=56468710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:367,205:0.36:572
chr11	56468817	rs74605930	G	T	3117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=1.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.44;ReadPosRankSum=1.868;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,86:0.37:232
chr11	56468819	rs78460796	CC	TT	3117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.547;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=2.093;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,84:0.37:225
chr11	56468828	rs530142	G	C	2804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.82;ReadPosRankSum=2.605;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,74:0.36:203
chr11	56468832	rs79579174	G	T	2621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.95;ReadPosRankSum=1.808;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,71:0.38:188
chr11	56468835	rs588308	G	T	2606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.40;ReadPosRankSum=1.513;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,70:0.39:181
chr11	56468870	.	GTG	ACA	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=4.106;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.18;ReadPosRankSum=0.137;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,35:0.39:90
chr11	56468877	.	G	A	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.94;ReadPosRankSum=-0.499;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,34:0.41:83
chr11	56468881	.	C	T	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.327;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.65;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr11	56468883	.	T	C	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.63;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr11	56468893	rs79757227	G	A	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.22;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr11	56468897	.	G	C	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.086;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.36;ReadPosRankSum=0.486;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr11	56468909	rs79696743	TG	CA	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=2181;ReadPosRankSum=0.578;SC=GTTACAGACATGTACAATAAG;SOR=1.022;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=14;WE=56468918;WS=56468860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr11	56508525	rs556056	A	G	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=19;PP=906;SC=AGTCTGAGGAATAAAGACATG;SOR=1.036;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=48;WE=56508533;WS=56508515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	56508619	rs545772	G	A	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	56510623	rs513873	A	G	5096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=75;PP=2965;SC=GCTGGAGAGTACTGTGAAGCC;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=93;TCR=76;TR=167;WE=56510631;WS=56510613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	56510672	rs577576	T	C	9910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=95;PP=2965;SC=ACCCTGGTGTTTGTACAGGAC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=111;TCR=95;TR=206;WE=56510680;WS=56510662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr11	56510694	rs1397053	T	C	10314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.93;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr11	56570067	rs7121576	A	G	5896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=0.499;SC=AGACATCCACAAAGGACAAGT;SOR=0.470;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=211;TCF=103;TCR=108;TR=208;WE=56570075;WS=56570057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,225:0.99:228
chr11	57004344	rs948847	G	T	4280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=66;PP=2326;ReadPosRankSum=-0.596;SC=CCAGACCGTTGCCCGTGGTGC;SOR=0.260;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=75;TCR=67;TR=141;WE=57004352;WS=57004334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,161:0.99:162
chr11	57081197	rs4939134	G	C	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	57081475	rs4939135	C	A	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=289;SC=TGGGAGGAGGCAACTGGAACC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=57081483;WS=57081465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	57087902	.	GCTCCTCTTTCCCAGC	G	1437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.658;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.486;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,44:0.27:163
chr11	57117385	rs2276042	C	T	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.040;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=77;PP=2124;ReadPosRankSum=-0.808;SC=GAGGACCTAGCCATTCTTCCG;SOR=1.951;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=34;TCR=77;TR=110;WE=57117393;WS=57117375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,119:0.98:121
chr11	57118467	rs3741090	A	C	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=21;PP=602;SC=CCATCCACCCACCCCTGGCCC;SOR=1.414;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=36;WE=57118475;WS=57118456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	57135663	rs55655702	A	AG	1467.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=23;PP=1641;SC=TCTGGGGGGCAGGGTCTGCTG;SOR=0.737;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=40;WE=57135671;WS=57135653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	57137371	rs2276039	G	A	12228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,483:1.00:483
chr11	57137424	rs2276038	C	T	12872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=228;NR=237;PP=2965;SC=CAGACCACAGCGGAGAAGCAG;SOR=0.803;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=466;TCF=228;TCR=238;TR=465;WE=57137432;WS=57137414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,496:1.00:496
chr11	57137538	rs67821929	A	AG	2546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=66;PP=1892;SC=TGCCTGAGCAAGGGGCATGGG;SOR=3.781;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=1;TCR=74;TR=67;WE=57137549;WS=57137528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	57144152	rs1867126	G	C	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=7;PP=422;SC=ACTCGGCCATGGCTCACTTTC;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=57144160;WS=57144142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	57147016	rs540687	A	G	4549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.57;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	57147353	rs544079	G	C	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=31;PP=943;SC=CTCCAGCAACGTCGCTCGAGC;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=57147361;WS=57147343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	57148053	rs571651	G	T	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	57148175	rs669661	A	G	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	57155001	rs536455	G	A	4672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr11	57155288	rs630396	T	C	3960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=73;PP=1962;SC=CAGCCCAGTATGCAAAGTTCC;SOR=1.036;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=65;TCR=74;TR=137;WE=57155296;WS=57155278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	57156438	rs3741089	A	G	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=10;PP=557;SC=CATATCCCACACCCGTTCCAT;SOR=1.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=57156446;WS=57156428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	57157405	rs490358	A	G	4016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	57184218	rs4938865	C	T	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=25;PP=636;SC=GAGGGAATAGCATGGTGAATC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=57184226;WS=57184208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	57379170	rs2511988	A	G	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	57413943	rs12793139	C	G	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=30;PP=1086;SC=AGTCCCCAGACAGCCCAAGGG;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=57413951;WS=57413933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	57414387	rs7947357	A	G	3512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.077;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=58;PP=2302;ReadPosRankSum=0.961;SC=GGTGATGTTCAGGCTAGCCTG;SOR=0.296;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=63;TCR=58;TR=120;WE=57414395;WS=57414377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,131:0.99:132
chr11	57424389	rs55969690	GA	G	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.03;ReadPosRankSum=1.820;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr11	57460224	rs12801694	C	T	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=58;PP=1668;SC=GAACTTTTATCTTCTTTGGGC;SOR=1.496;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=35;TCR=58;TR=92;WE=57460232;WS=57460214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	57509429	rs635663	A	G	3975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=79;PP=2523;SC=CGGCAGCAGTAAGTGGGGACC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=47;TCR=79;TR=126;WE=57509437;WS=57509419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	57511675	.	G	A	3058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=62;NR=42;PP=1756;SC=GAACAGTAGTGGGTACCAGCC;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=62;TCR=42;TR=104;WE=57511683;WS=57511665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	57513287	.	G	C	6498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=2.162;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.49;ReadPosRankSum=2.837;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,252:0.99:255
chr11	57518392	rs56392705	T	C	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=638;SC=GTAATTGTCCTAGAAACAAAC;SOR=4.332;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=57518400;WS=57518382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	57563858	.	C	CA	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=-0.911;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr11	57563991	rs10896644	C	T	8265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=2.995;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.03;MQRankSum=0.117;QD=24.82;ReadPosRankSum=1.832;SOR=0.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,331:0.99:333
chr11	57571232	rs11229137	C	T	3949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	57799371	rs1374570	G	C	2977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=69;PP=2147;SC=TTTTGGAAGGGACAGTGAGGA;SOR=2.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=20;TCR=69;TR=89;WE=57799379;WS=57799361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	57886280	rs113763198	C	T	4752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=60;PP=2584;SC=ATCAGGATGACGGAGGCATTG;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=89;TCR=60;TR=149;WE=57886288;WS=57886270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	57947163	rs111629598	G	A	6530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=111;PP=2965;SC=CCAGATGCTGGCAGTGCTGCT;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=108;TCR=111;TR=219;WE=57947171;WS=57947153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr11	57958775	rs7120468	C	T	11536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=186;PP=2965;SC=CCGAGGGAGACCGAGTGGTGT;SOR=0.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TCF=188;WE=57958783;WS=57958765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr11	57958972	rs1451317	C	A	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=47;PP=1293;SC=CTCAATAGCACCTTCTGGAGA;SOR=1.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=65;WE=57958980;WS=57958962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	57971195	rs11229279	G	A	10692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=44.18;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr11	57971201	rs11229280	G	A	10886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=43.90;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr11	57982229	rs1966836	A	G	6989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.20;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr11	57982584	rs1966835	T	C	6857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=126;NR=106;PP=2965;SC=TTTGTCGTCATTGACAATTTG;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=126;TCR=106;TR=232;WE=57982592;WS=57982574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr11	57982620	rs1966834	A	G	7410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=59.86;NF=131;NR=122;PP=2965;SC=GCCTATGACCACTTTGTGGCG;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=253;TCF=131;TCR=122;TR=253;WE=57982628;WS=57982610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr11	57982726	rs1993089	G	T	3638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=62;PP=2151;SC=TTATTGCTCTGACACACACCC;SOR=0.971;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=52;TCR=62;TR=114;WE=57982734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	57982763	rs1993088	A	G	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=40;PP=1814;SC=GCTCTTCTGTAACCACAACAC;SOR=0.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=80;WE=57982771;WS=57982753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	57982832	rs2867400	T	A	4782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=65;PP=2941;SC=TTCAGATACATTGATCAATGA;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=103;TCR=65;TR=168;WE=57982840;WS=57982822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	57982896	rs2903566	G	T	9685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=195;NR=136;PP=2965;SC=TTTACACTCAGCTTCTTTTCC;SOR=1.074;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=331;TCF=195;TCR=136;TR=331;WE=57982904;WS=57982886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr11	57983012	.	G	A	11903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.099;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.414;NF=212;NR=184;PP=2965;ReadPosRankSum=2.274;SC=ACTGTTCTACGGAACCATTGT;SOR=0.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=401;TCF=214;TCR=187;TR=396;WE=57983020;WS=57983002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,440:0.99:445
chr11	57983194	rs7103033	A	G	6905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=90;NR=152;PP=2965;SC=CTTCCCTTTGATGCCCTGGAC;SOR=1.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=244;TCF=92;TCR=152;TR=242;WE=57983202;WS=57983184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr11	57996084	rs61902844	G	A	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=37;PP=1383;SC=CCCCCAAAATGTTGGAAAGCA;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=88;WE=57996092;WS=57996074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	57996312	rs4245219	C	G	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=32;PP=974;SC=ACTCAGTGGGCTCAGACTGGT;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=65;WE=57996320;WS=57996302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	58169996	rs12279895	T	C	6269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.206;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=0.810;SC=GAATGCACTCTTCACTTCCTT;SOR=0.557;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=120;TCR=96;TR=213;WE=58170004;WS=58169986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,242:0.99:245
chr11	58170025	rs12271646	C	G	5613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.089;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.569;SC=GACTATAGACCAGAGGGTTCA;SOR=0.296;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=106;TCR=90;TR=195;WE=58170033;WS=58170015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,221:1.00:222
chr11	58170143	rs11229409	C	G	2991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.940;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=55;PP=1842;ReadPosRankSum=-0.691;SC=ATAGAAGATGCCGACTGCAAT;SOR=0.916;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=96;WE=58170151;WS=58170133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr11	58170291	rs11229410	T	C	2359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.208;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=32;PP=1396;ReadPosRankSum=-0.451;SC=ACAACATAAATAAGAACAAGC;SOR=0.403;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=77;WE=58170299;WS=58170281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr11	58170342	rs11229411	C	T	2682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.316;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=38;PP=1657;ReadPosRankSum=1.605;SC=ACCATGACTGCTGGAATATCA;SOR=0.477;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=53;TCR=39;TR=91;WE=58170350;WS=58170332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr11	58170374	rs12280114	T	C	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=43;PP=1872;SC=ATGGACTTCATTGGACTTACA;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=58;TCR=43;TR=101;WE=58170382;WS=58170364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	58170469	rs11229412	C	A	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=39;PP=1557;SC=GACGAGCACACACAGTTGTTG;SOR=0.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=85;WE=58170477;WS=58170459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	58170738	rs11229413	A	G	6291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=109;NR=105;PP=2965;SC=CAGGAATCCCAGAATATCAAT;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=214;TCF=109;TCR=105;TR=214;WE=58170746;WS=58170728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr11	58170927	rs12278966	A	G	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=38;PP=1040;SC=AATACAAAAAAGAACAGTGTG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=58170935;WS=58170917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	58207204	rs4938895	A	G	3599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=63;PP=2146;SC=ATGGCCAGGCAAGCACATACA;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=59;TCR=64;TR=122;WE=58207212;WS=58207194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	58295748	rs35632700	TCA	T	591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=253;SC=CCTTTCAATCTCAGTGTCCTC;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=58295757;WS=58295738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	58318619	rs1047979	C	G	5705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=91;PP=2965;SC=ATTCCTGCTCCAGACCCCCAA;SOR=0.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=116;TCR=91;TR=207;WE=58318627;WS=58318609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr11	58386049	rs11426880	A	AT	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,19:0.21:92
chr11	58478026	rs675423	G	A	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=62;NR=27;PP=1430;SC=TTACTTGAGAGGTGTGAGTGG;SOR=1.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=62;TCR=27;TR=89;WE=58478047;WS=58478016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	58478039	rs675757	T	C	3309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=37;PP=1840;SC=GTGAGTGGTATAGACTGGATT;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=74;TCR=37;TR=111;WE=58478047;WS=58478016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	58478084	rs675815	T	C	4571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=62;PP=2683;SC=TTTGCCACCATTGGGAGATAA;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=89;TCR=62;TR=151;WE=58478092;WS=58478074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	58492073	rs58778620	GTT	G	341.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=0.555;QD=21.36;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,13:0.81:16
chr11	58492105	rs117851698	C	T	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;QD=25.46;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	58605922	rs10896850	A	G	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=43;PP=1303;SC=ATAAGACATGACATGAGAAAT;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=72;WE=58605930;WS=58605912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	58674952	rs35731745	G	GT	1297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=28;PP=1319;SC=GCTCTTTTTTGTTTGTTTTGT;SOR=1.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=31;WE=58674960;WS=58674942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr11	58891961	rs199851144	GT	G	5392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=68;PP=2951;SC=GAACATTATTGTTTATGAAGA;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=23;TCR=72;TR=90;WE=58891969;WS=58891951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	58978684	rs7926933	G	A	4901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.228;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=78;PP=2812;ReadPosRankSum=0.220;SC=TTTCAGAGACGGTGCCCCTAA;SOR=0.583;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=84;TCR=80;TR=160;WE=58978692;WS=58978674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,186:0.98:189
chr11	59056153	rs1894123	C	T	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.17;QD=25.59;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
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chr11	59132882	rs10896964	A	G	3567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=61;PP=2058;SC=ACAGATTCTGAGATTTCTGCC;SOR=1.061;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=115;TCF=52;TCR=63;TR=113;WE=59132890;WS=59132872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	59189405	rs9988824	T	C	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=13;PP=906;SC=TTTAAAATTATGTAAATGTCT;SOR=2.001;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=52;WE=59189413;WS=59189395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	59210550	rs7947825	G	A	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=555;SC=CTCCCTCTCAGGCATTTTGTA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=59210558;WS=59210540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	59211188	rs6591536	G	A	7843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=0.233;SC=CTTCTTCTGCGACCTCCCACC;SOR=0.977;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=127;TCR=141;TR=265;WE=59211196;WS=59211178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,293:0.99:295
chr11	59211265	rs7941591	T	C	4920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=97;PP=2662;ReadPosRankSum=-1.055;SC=TGGTGGTCACTGTCGGAGGAA;SOR=0.999;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=82;TCR=98;TR=178;WE=59211273;WS=59211255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,192:0.99:194
chr11	59224720	rs1453543	A	G	10423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr11	59368218	.	C	CA	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=3.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.363;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,42:0.29:147
chr11	59369401	rs7106463	A	G	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=27;PP=797;SC=CTTATTCTGGAAACTTTTAAC;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=59369409;WS=59369391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	59420570	.	G	GT	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=-0.794;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr11	59427010	.	G	GT	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=-1.920;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
chr11	59480951	rs499033	T	C	4173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	59623378	rs34324219	C	A	3325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.82;ReadPosRankSum=-0.547;SOR=0.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr11	59626477	.	T	TA	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=5.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=1.780;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,20:0.31:65
chr11	59940396	rs595718	A	G	3031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.37;SOR=2.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	59940400	rs2044979	C	T	3121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.91;SOR=2.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	59940403	rs2044978	A	G	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.08;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	59940407	rs592346	A	G	3260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=1.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	59942757	rs662196	C	T	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=131;SC=ATAAACCTGGCTTTCCCCCAG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=59942765;WS=59942747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	59946302	rs598862	C	T	10330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.84;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr11	59946310	rs201703181	C	CA,CAA	3298.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.01;ReadPosRankSum=0.630;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:33,87,86:0.42,0.42:206
chr11	59946466	rs587634	T	A	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=23;PP=700;SC=TGTAGTGTAATGTAGTAGCTT;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=59946474;WS=59946456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	59947252	rs583791	C	T	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=1.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	59997335	rs608659	T	C	5949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=121;NR=86;PP=2888;SC=TCTGATCAAATGTGAGTTTAC;SOR=0.872;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=208;TCF=121;TCR=87;TR=207;WE=59997343;WS=59997325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr11	60050125	rs10792260	A	G	3404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=67;PP=2086;SC=CAGATGTCTCAATATAGGAAT;SOR=1.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=51;TCR=67;TR=118;WE=60050133;WS=60050115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	60060016	rs2044981	T	C	527.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.39;ReadPosRankSum=-0.612;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr11	60073597	rs4644658	C	T	3749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=49;PP=2208;SC=GGTGCTCCTCCTAAGTGTGCT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=78;TCR=49;TR=127;WE=60073605;WS=60073587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	60073702	rs3018806	A	T	4813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=85;PP=2766;SC=TTTGAAGATGACTGTATTAGT;SOR=1.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=156;TCF=71;TCR=85;TR=156;WE=60073710;WS=60073692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	60102384	rs2304935	A	G	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.77;QD=25.69;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	60102396	rs2304934	A	G	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.75;QD=25.54;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	60102507	rs2304933	G	T	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	60102631	rs10792268	A	G	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=14;PP=375;SC=TGCTGGAGGGACTTTGGGGTA;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=60102639;WS=60102621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	60103096	rs11230280	A	C	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=392;SC=GGTTTCTAGAATTGCCTCTGC;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=60103104;WS=60103086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	60103112	rs12798157	T	C	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=247;SC=TCTGCACTTATGTGATCTGAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=60103120;WS=60103102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	60105199	rs2289614	G	C	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=12;PP=993;SC=TTCTTACCCAGCATGTCTCTT;SOR=2.345;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=51;WE=60105207;WS=60105189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	60107470	rs2289612	C	A	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=70;PP=2070;SC=CTTAATCTTGCCTAGTGTATC;SOR=1.360;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=49;TCR=70;TR=119;WE=60107478;WS=60107460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	60152468	rs79791578	A	ATTT	2392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=13;PP=1576;SC=ATTATAATGTATTTTATACTC;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=33;WE=60152476;WS=60152458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	60152531	rs2233244	A	C	3280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=47;PP=1789;SC=TTTGAAGTGCAGTCTAGATTT;SOR=0.993;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=69;TCR=47;TR=116;WE=60152539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	60161438	.	TA	T	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.409;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr11	60163958	rs6591579	G	A	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=6;PP=887;SC=GCTCATCTCTGAGGGCTCCAT;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=60163966;WS=60163948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	60202747	rs894590	C	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.25;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	60202798	rs11377519	C	CA	581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.39;QD=21.55;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	60230722	rs10792278	G	T	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=19;PP=607;SC=TTGGGTTAAAGTAATTAAGAA;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=60230730;WS=60230712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	60268679	rs2186918	G	C	5331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=93;PP=2965;SC=TAGAACACCAGTCCTTCTTGG;SOR=1.025;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=80;TCR=93;TR=173;WE=60268687;WS=60268669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr11	60285575	rs10736706	A	G	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	60291413	rs6591595	C	T	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	60309947	rs4939400	A	T	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=10;PP=824;SC=GTTGTATAATATTAAGAAACA;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=60309955;WS=60309937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	60504424	rs11363998	CT	C	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.361;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.823;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr11	60539170	rs11230470	C	G	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=21;PP=639;SC=GGAGAATGCACGGAGGAGTGT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=60539178;WS=60539160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	60567275	rs579967	G	A	8893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=173;NR=141;PP=2965;SC=AGCTGCTGTTGCTATTAATAT;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=314;TCF=173;TCR=141;TR=314;WE=60567283;WS=60567265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr11	60610056	rs2074421	G	C	11474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr11	60617646	rs495949	T	C	18448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=347;NR=321;PP=2965;SC=AGGCTGCAGCTGCACTAATGT;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=671;TCF=348;TCR=323;TR=668;WE=60617654;WS=60617636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,712:1.00:712
chr11	60620585	rs2467642	A	G	7708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.30;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	60620590	rs2428461	C	G	7739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.48;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	60635091	rs550479	T	C	2845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=62;NR=38;PP=1432;SC=TACTGCTGGTTGCCACCCTGG;SOR=1.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=62;TCR=38;TR=100;WE=60635099;WS=60635081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	60636698	rs145067883	G	A	7195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.669;SC=GGAGCCTGCAGTCTTCTCGGC;SOR=0.324;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=122;TCR=135;TR=254;WE=60636706;WS=60636688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,282:1.00:283
chr11	60637164	rs489172	C	T	25075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=947;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=475;NR=396;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.429;SC=TCTGTCTCAACCCCACAAACC;SOR=0.890;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=874;TCF=476;TCR=398;TR=871;WE=60637172;WS=60637154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,941:1.00:943
chr11	60638470	rs566411	A	G	17487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=340;NR=262;PP=2965;SC=TCGTCCTCGTAGTGTCCCAAG;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=603;TCF=340;TCR=263;TR=602;WE=60638478;WS=60638460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,658:1.00:658
chr11	60640480	rs2072098	C	A	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=14;PP=1296;SC=CTGAGCCTGCCTTGGAAATGC;SOR=2.566;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=60;WE=60640488;WS=60640470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	60642325	rs2074418	G	A	7706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=172;NR=92;PP=2965;SC=GGCCCAGCTCGGGGATTCCAT;SOR=1.335;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=267;TCF=172;TCR=95;TR=264;WE=60642333;WS=60642315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr11	60666116	rs3763841	G	T	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	60666341	rs3763840	G	A	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	60670846	rs2240045	C	T	3211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.71;ReadPosRankSum=2.915;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,128:0.98:130
chr11	60673868	rs17155470	T	C	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	60687572	rs4939478	G	C	216.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=147;SC=TTATTTGATTGCTGTCCTAGG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=60687580;WS=60687562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	60689445	rs555835	T	C	5444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=96;NR=78;PP=2754;SC=GGTCGGTGCCTGACCCTTCCA;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=96;TCR=78;TR=174;WE=60689453;WS=60689435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr11	60695301	rs575123	C	A	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=53;PP=1532;SC=CACACCCTGCCGGCACTGCTC;SOR=1.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=27;TCR=54;TR=80;WE=60695309;WS=60695291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	60696554	rs112814977	CAAACT	C	2675.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=43;PP=2212;SC=ATGTGTCCACCAAACTAAACT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=43;WE=60696566;WS=60696544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	60697905	rs4939480	T	C	5422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=66;PP=2965;SC=TGGCTTTGGCTCCTTGTCTTT;SOR=1.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=110;TCR=66;TR=176;WE=60697913;WS=60697895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr11	60698054	rs2074416	G	A	4737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=116;PP=2965;SC=CTGCCAAGCTGGACCGCTTCA;SOR=2.111;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=192;TCF=76;TCR=116;TR=190;WE=60698062;WS=60698044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	60700991	rs512233	A	G	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=243;SC=TAGCCCGCCCACCTGCCCTCT;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=60700999;WS=60700981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	60701136	rs9513	C	G	2597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	60701920	rs2469884	C	T	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=0;PP=177;SC=GCTGGGGCCGCTCAGCGCTGA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=60701928;WS=60701912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	60701987	rs7715	G	A	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=556;ReadPosRankSum=1.284;SC=CAGAGGCGTCGGATGAGGCCG;SOR=1.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=29;WE=60701995;WS=60701977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr11	60702346	rs555622	GA	TT	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=18;PP=1183;SC=GTGTGTGGGGGAGTTGTGCGG;SOR=1.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=60702355;WS=60702336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	60703260	rs525574	A	G	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	60704213	rs2469887	C	T	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	60705454	rs2905692	A	G	5039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=84;PP=2731;SC=CCATGATGGCACCCTGCATGG;SOR=1.050;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=71;TCR=84;TR=155;WE=60705462;WS=60705444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	60707243	rs515587	G	A	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.43;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	60750048	rs2905506	T	C	2629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=53;NR=32;PP=1555;SC=CCCCACTCCATTTGGTGTGCT;SOR=1.156;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=85;WE=60750056;WS=60750038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	60750240	rs3019541	G	A	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=78;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=55;PP=1824;SC=GGAGGAAAGCGAGGTGCGAAG;SOR=1.168;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=43;TCR=57;TR=98;WE=60750248;WS=60750230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	60750298	rs72195127	GTCTGCAGGGAC	G	2083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=28;PP=2957;SC=GAGAAGCCCAGTCTGCAGGGA;SOR=2.030;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=31;WE=60750316;WS=60750288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	60775007	rs4939485	C	T	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	60776334	rs2905518	A	G	6584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.466;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.637;SC=GGGCGGAGTCACTGAAGCCCG;SOR=0.567;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=114;TCR=120;TR=233;WE=60776342;WS=60776324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,250:1.00:251
chr11	60776484	rs2074226	T	C	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=30;PP=946;SC=GAGAAAGTGGTAAATGCCCCC;SOR=2.191;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=41;WE=60776492;WS=60776474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	60778650	rs10528068	C	CGTGTGTGTGT,CGTGTGTGTGTGTGT	2090.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.09;QD=50.99;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,19,22:0.46,0.54:41
chr11	60783108	rs2074229	C	T	21598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.02;QD=45.47;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr11	60783126	rs3019556	C	T	26128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.02;MQRankSum=0.083;QD=45.05;ReadPosRankSum=-0.779;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,579:1.00:580
chr11	60783135	rs3019557	A	G	27034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.02;MQRankSum=0.080;QD=42.91;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,629:1.00:630
chr11	60890563	rs4245224	C	T	3477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=65;PP=1986;SC=AGGGGCTGCACTAGAGTCCTC;SOR=1.038;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=122;TCF=57;TCR=65;TR=121;WE=60890571;WS=60890553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	60891310	rs7106643	T	C	4880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.27;SOR=1.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	60892606	rs637186	A	G	11494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=194;NR=222;PP=2965;SC=AGGAACTCCCACCTGTCAGCT;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=418;TCF=195;TCR=223;TR=416;WE=60892614;WS=60892596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr11	60893235	rs2229177	C	T	8686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=142;NR=154;PP=2965;SC=CTGGAAGGGGCTCTGCATCGC;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=296;TCF=142;TCR=154;TR=296;WE=60893243;WS=60893225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr11	60899767	rs754382	A	G	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.92;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	60906450	rs508970	A	G	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=33;PP=966;SC=GAGAGGCAGAAATCTCTGAGA;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=60906458;WS=60906440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	61044021	.	TA	T	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=3.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,27:0.33:82
chr11	61100308	rs2512810	G	C	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.57;SOR=3.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	61106525	rs2512809	C	T	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	61106892	rs2513329	G	C	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=59;PP=1516;SC=TGTGCGGCACGGTGCTTATAC;SOR=1.386;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=39;TCR=59;TR=98;WE=61106900;WS=61106882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	61108974	rs2260655	G	A	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=38;PP=1101;SC=GAACGTGGTCGCCAAGGCCAT;SOR=1.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=65;WE=61108982;WS=61108964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	61110169	rs4939514	A	C	11947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.73;ReadPosRankSum=1.829;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,446:1.00:447
chr11	61111831	rs145461522	CTT	C,CT	1576.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=14.20;ReadPosRankSum=1.438;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:16,70,25:0.63,0.23:111
chr11	61112802	rs2305465	C	T	3857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=49;PP=2437;SC=AGTTGTCTGTCCTGCTCCTGG;SOR=1.032;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=81;TCR=49;TR=130;WE=61112810;WS=61112792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	61123965	rs76030461	A	G	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=15;PP=794;SC=GTCCAGCCTGAGCCCTATCCC;SOR=0.963;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=61123973;WS=61123955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	61165280	rs3741265	G	A	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=14;PP=594;SC=GAAAGATGCCGCTCAGTATTA;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=61165288;WS=61165270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	61165731	rs11382548	C	CA	7519.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=47;PP=2957;SC=TTTCTGCCATCGTATGGACAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=64;WE=61165749;WS=61165721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	61165741	rs10897158	G	C	7671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=53;PP=1521;SC=CGTATGGACAGGATTTGAAGT;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=104;WE=61165749;WS=61165721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	61179285	rs3019198	G	A	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=19;PP=661;SC=ACTTGGCTTCGATGCCATGAA;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=43;WE=61179293;WS=61179275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	61197460	rs34378918	GC	G	1686.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=46;PP=1156;SC=CCCAGGTCCCGCCCCCCCCGC;SOR=3.461;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=58;TCF=5;TCR=53;TR=51;WE=61197468;WS=61197450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	61204361	rs896831	A	C	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=3.340;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.12;ReadPosRankSum=-0.622;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,81:0.99:82
chr11	61205434	rs879647	G	A	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=8;PP=702;SC=ATTAGACACAGCCTTCTCAAC;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=61205442;WS=61205424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	61205676	rs5792226	C	CT	596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.21;ReadPosRankSum=1.271;SOR=1.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,36:0.86:42
chr11	61249383	rs3019200	C	A	7304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=133;NR=115;PP=2965;SC=GCTACTGCACCGCCTACGGTG;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=133;TCR=115;TR=248;WE=61249391;WS=61249373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr11	61253200	rs3019187	G	A	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.62;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	61253973	rs2957858	A	G	3854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	61254376	rs3019188	G	C	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=9;PP=1301;SC=GCTGCCTCAGGCTGGCCACCT;SOR=2.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=51;WE=61254384;WS=61254373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	61310122	rs113038217	C	T	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=9;PP=297;SC=AGAAAGAAGCCGAGGGCCAGG;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=61310130;WS=61310112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	61490486	rs198426	C	T	4535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=104;PP=2965;SC=GCACAGGGGACGAGATCAGTT;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=156;TCF=52;TCR=104;TR=155;WE=61490494;WS=61490476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	61491097	rs566009	A	G	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=31;PP=873;SC=CTGTCTGGTGAGCAGAGGTCT;SOR=2.608;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=61491105;WS=61491087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	61523300	rs10709102	GA	G	1695.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=28;PP=1391;SC=GGTGTGCAGGGAGCCTTGGAG;SOR=2.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=32;WE=61523308;WS=61523290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	61524974	rs198460	G	A	7158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr11	61533797	rs4963418	A	T	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=21.357;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=36;PP=1010;ReadPosRankSum=0.100;SC=CTGGCATGGGATGGGCTGGGT;SOR=5.079;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=37;WE=61533805;WS=61533787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,39:0.95:41
chr11	61557868	rs740006	T	C	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	61624885	rs526126	G	C	3805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=48;PP=1857;SC=GCACAGGCAGGGTGGAATGGA;SOR=1.037;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=82;TCR=48;TR=130;WE=61624893;WS=61624875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	61641211	rs6591665	A	G	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=18;NR=7;PP=472;SC=TGGAGGGGTGAGGGTATCGAT;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=61641219;WS=61641201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	61647427	rs174635	T	G	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=8;PP=665;SC=CCGAGGGAGCTGCTCCTGGCC;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=61647435;WS=61647417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	61658629	rs693672	T	C	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	61658800	rs174465	C	T	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=21;PP=538;SC=TGGGCAGCGGCGCCCCCGGCT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=34;WE=61658808;WS=61658790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	61670037	rs174471	C	T	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=43;PP=1258;SC=AAATGGGTCACGGGGGCTGGC;SOR=1.166;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=78;WE=61670045;WS=61670027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	61674118	rs174476	C	T	3609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=44;PP=1760;SC=TGATGACCAGCGTCTTCAAGG;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=69;TCR=44;TR=113;WE=61674126;WS=61674108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr11	61687674	rs2524290	G	A	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=53;PP=1442;ReadPosRankSum=-0.896;SC=TGCTTGCAAGGCCAGACTGAG;SOR=2.242;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=21;TCR=55;TR=72;WE=61687682;WS=61687664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,76:0.95:80
chr11	61719387	rs1800007	T	C	3915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	61724514	rs195162	C	T	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=40;PP=1123;SC=GTGGGAAGGGCTGTGGTCCAC;SOR=4.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=43;WE=61724522;WS=61724504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	61725599	rs113492158	A	ATCCTCCTCC	4927.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.9982;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=18;NR=28;PP=2025;SC=TTGCTACCACATCCTCCTCCT;SOR=1.134;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=46;WE=61725607;WS=61725589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	61726871	rs195158	G	T	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=645;SC=CAGGAAGGGCGTCATGGGGTG;SOR=4.332;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=61726879;WS=61726861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	61731462	rs34046408	CA	C	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.418;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr11	61731534	rs195155	G	T	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.81;ReadPosRankSum=0.952;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
chr11	61735553	rs11271453	T	TGCTGCAGATTGGGAA	3273.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=9;PP=2974;SC=TGTGACACCTTGCTGCAGATT;SOR=0.849;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=22;WE=61735561;WS=61735543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	61735568	.	A	AGCTGCAGATTGGGAC	2897	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=60.32;NF=12;NR=9;PP=2897;QD=20;SC=CAGATTGGGAAGCTGCAGATG;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=21;WE=61735576;WS=61735558;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr11	61895541	rs1675130	A	G	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=10;PP=807;SC=GTTGTGGGTCAGGTGGGTATT;SOR=1.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=37;WE=61895549;WS=61895531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	61895741	rs1675131	A	G	6066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=112;PP=2965;SC=GGCTTGAGGAAATCCAAGAGG;SOR=0.870;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=104;TCR=112;TR=215;WE=61895749;WS=61895731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr11	61896215	rs1792946	G	A	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=19;PP=739;SC=AGGCAGCCTCGAGTGACACCC;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=52;WE=61896223;WS=61896205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	61897197	rs1792944	C	T	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=8;PP=746;SC=CTTGGAGAGACTGGGTGCCAC;SOR=2.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=61897205;WS=61897187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	61897359	rs1675133	C	T	8942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=178;NR=117;PP=2965;SC=ACGGCTCCGTCCTGCGGCGTG;SOR=1.035;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=296;TCF=179;TCR=117;TR=295;WE=61897367;WS=61897349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr11	61906299	rs1614060	A	G	9833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=185;NR=154;PP=2965;SC=GCTCTGCACTACGGCCATCCT;SOR=0.789;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=339;TCF=185;TCR=154;TR=339;WE=61906307;WS=61906289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr11	61906374	rs1675126	T	C	9622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=169;NR=171;PP=2965;SC=CTGAGAACAATGGAAATAACT;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=340;TCF=169;TCR=171;TR=340;WE=61906382;WS=61906364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr11	61907909	rs1675124	A	G	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=43;PP=1259;SC=CCAAGGAGGCAGCTCCATGCT;SOR=2.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=58;WE=61907917;WS=61907899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	61913196	rs7129085	G	T	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.67;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	61914056	rs11230931	G	A	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	61960763	rs11441356	T	TC	3259.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=23;PP=2043;SC=CCTCTACCCTTCAATTGTCTT;SOR=1.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=46;WE=61960771;WS=61960753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	61960809	rs7951859	C	A	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.39;QD=25.35;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	61960827	rs2232941	T	C	4388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=76;NR=56;PP=1890;SC=CTCCAGGAGCTGCATGACCGA;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=76;TCR=57;TR=132;WE=61960835;WS=61960817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	62010667	rs2232949	T	C	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=11;PP=837;SC=TGTGAACATATAACCCAGGGG;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=62010675;WS=62010657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	62040694	rs59964144	T	TAC	452.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.83;ReadPosRankSum=0.794;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr11	62063899	rs35328961	C	CA	3799.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.463;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.236;NF=19;NR=58;PP=1824;ReadPosRankSum=-1.954;SC=CACCTGAAATCAAAAAAAAGA;SOR=0.585;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=103;TCF=27;TCR=76;TR=77;WE=62063915;WS=62063889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,166:0.96:173
chr11	62064841	rs4477443	T	C	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.97;ReadPosRankSum=-0.653;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr11	62064844	rs4280004	G	C	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.46;ReadPosRankSum=-0.578;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr11	62105391	rs2513749	C	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=3;PP=366;SC=ACCCGCGCGGCTTCCTTGGGC;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=62105399;WS=62105386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	62124696	rs143687152	C	CTTTTG,CTTTTGTTTTG	424.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.90;QD=47.19;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,4,5:0.44,0.56:9
chr11	62158886	rs2958531	G	T	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=7;PP=540;SC=GACCTTTGTCGGTACTTGAGC;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=62158894;WS=62158876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	62158924	rs2958532	C	T	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=1.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	62190448	rs11231085	C	G	8327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=161;NR=130;PP=2965;SC=GTTGAAGTTTCTGTGGCTCGT;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=293;TCF=162;TCR=131;TR=291;WE=62190456;WS=62190438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr11	62201458	rs4084164	A	G	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=40;PP=1098;SC=ACCAACTGAAAGAAGGTCCCC;SOR=2.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=62201466;WS=62201448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	62284179	rs142437234	TTA	T	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.428;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,14:0.13:108
chr11	62292882	rs566144	G	T	12737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=226;NR=202;PP=2965;SC=ATGTCCACTTGGGGACCCCTG;SOR=0.764;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=428;TCF=226;TCR=202;TR=428;WE=62292890;WS=62292872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr11	62293948	rs486903	G	A	10067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=191;NR=153;PP=2965;SC=AGCCAGGCATGCTGAACTTTG;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=346;TCF=192;TCR=154;TR=344;WE=62293956;WS=62293938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr11	62328038	rs11231144	T	C	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=27;PP=618;SC=ATGGTCATTGTGCTGGCAGAT;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=62328046;WS=62328028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	62334096	rs7124057	A	G	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=8;PP=391;SC=TGCTCTCCACAATCAAAATTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=62334104;WS=62334086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	62334908	rs1061093	G	C	3409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.67;QD=26.43;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	62365619	rs11231155	A	G	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=28;PP=824;SC=CAGTCCTGGAATTGGGGAGAG;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=46;WE=62365627;WS=62365609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	62369018	rs12226821	C	G	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=62;PP=1869;SC=CGGTGGGCTGCCGCTTCGAGG;SOR=2.135;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=25;TCR=62;TR=87;WE=62369026;WS=62369008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	62369881	rs35156678	G	A	4117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.48;SOR=2.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	62369884	rs35880596	C	G	4117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.37;SOR=2.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	62370155	rs71490394	G	A	6371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=103;PP=2965;SC=CGGCGCCTGGGCCGGAGGGAA;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=109;TCR=103;TR=211;WE=62370163;WS=62370145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	62370490	rs71458425	C	CGAGGGCCG	11339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.112;NF=72;NR=104;PP=2973;ReadPosRankSum=-0.186;SC=TTCCCGGTCCCGAGGGGCCTC;SOR=1.128;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=88;TCR=125;TR=176;WE=62370499;WS=62370480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,360:0.99:362
chr11	62375826	.	T	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=4.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.523;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,32:0.34:94
chr11	62378660	rs12808829	G	A	2992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=40;PP=1820;SC=ATTGGGTCCCGCTAGGCTCTT;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=60;TCR=40;TR=100;WE=62378668;WS=62378650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	62378801	rs11553576	T	C	3607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=67;PP=1943;SC=GTGGCAGTCCTGGGGGGGCTG;SOR=0.980;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=60;TCR=68;TR=127;WE=62378809;WS=62378791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	62380027	rs113222038	C	T	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=105;SC=CCCCGGGGCGCGCGCGAAGGG;SOR=2.303;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=62380035;WS=62380017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	62380732	rs4387351	T	C	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=5;PP=772;SC=CACCTCTGCATTCCCTTGGGC;SOR=3.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=62380740;WS=62380722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	62381106	rs1799959	G	C	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=49;PP=2136;SC=CTGGTCGTCGGCCTCGGGCTA;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=61;TCR=49;TR=110;WE=62381114;WS=62381096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	62381483	rs72927237	T	C	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=17;PP=556;SC=CTGCCATTTATTAGCTGTGAA;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=62381491;WS=62381473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	62381703	rs35904570	C	CT	11324.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=74;PP=2936;SC=TCCAGACATCCTAACCCCTCT;SOR=1.274;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=164;TCF=79;TCR=85;TR=148;WE=62381711;WS=62381693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr11	62381808	rs1801144	G	C	17041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=26.63;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,640:1.00:640
chr11	62383715	.	G	GA	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.590;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.585;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,26:0.21:123
chr11	62384869	rs4963224	T	C	4933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	62394881	rs7949030	A	G	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=874;ReadPosRankSum=0.701;SC=ACAAGTCAGAAATGCTCCTCC;SOR=0.475;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=52;WE=62394889;WS=62394871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr11	62397177	rs948683	C	G	3110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=40;PP=1993;SC=AGAGAAGAGACGGGTAGTGAG;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=105;WE=62397185;WS=62397167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	62397477	rs117266155	G	A	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=45;PP=1464;SC=AGGGGAGGAAGAAGACAAACA;SOR=1.580;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=69;WE=62397485;WS=62397467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	62400016	rs10897289	T	C	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	62401716	rs2957121	A	G	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	62432815	rs4489748	T	C	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=9;PP=733;SC=GTAAGTGTGGTTTTAGCTGTA;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=62432823;WS=62432811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	62434173	rs11231181	G	A	7913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=143;NR=132;PP=2965;SC=GGGTGGCCCAGGCCAAACACC;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=143;TCR=132;TR=275;WE=62434181;WS=62434163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr11	62438750	rs17637597	T	C	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	62438846	rs3809079	G	A	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=23;PP=996;SC=AAACCACAGAGCACAGCTCGG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=50;WE=62438854;WS=62438836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	62444930	.	TG	T	1569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=12;PP=1181;SC=AGCTCTGAGCTGGGCACCTTA;SOR=1.559;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=29;WE=62444938;WS=62444920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	62459994	rs2850597	A	G	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=33;PP=1293;SC=TCCTGCCGCTAGCACTCTTAC;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=56;WE=62460002;WS=62459984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	62460066	rs2850596	T	C	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=29;PP=1185;SC=CCTGGAGGCTTCTCAGGTAGA;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=71;WE=62460074;WS=62460056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	62488916	rs34425182	T	TG	1095.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=22;PP=239;SC=TGAGAGGAAGTGAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=22;WE=62488925;WS=62488906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	62489267	rs496032	C	T	7547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr11	62500444	rs143308039	CT	C	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=-1.206;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr11	62555242	rs2241908	A	G	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=9;PP=830;SC=GTCTTAAAGCACTAGGTGGAG;SOR=2.409;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=43;WE=62555250;WS=62555232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	62563353	rs539465	G	A	3766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=43;PP=2373;SC=CTACAAACTCGGGACTCTAAA;SOR=1.324;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=87;TCR=43;TR=130;WE=62563361;WS=62563343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	62565908	.	T	TA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.942;QD=0.53;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
chr11	62638310	rs201215908	GTAATAA	G	955.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=494;SC=GAGATGATAGGTAATAATAAT;SOR=0.874;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=62638323;WS=62638300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	62650252	rs79118350	CG	C	2846.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=13;PP=2237;SC=GAATTTTGCCCGGGTTCAAAT;SOR=2.861;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=59;WE=62650260;WS=62650242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	62652063	rs489381	A	G	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=35;PP=989;SC=CTAGAGCCTCATAATATTCTC;SOR=1.095;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=67;WE=62652071;WS=62652053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	62747145	rs3017671	A	G	3231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=45;PP=1765;SC=CTTCTGAGATATTGGGTTATG;SOR=0.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=49;TCR=45;TR=94;WE=62747153;WS=62747135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	62766431	rs2276299	A	T	4282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=81;NR=61;PP=2266;SC=GAATGGACACAGTTAACTGCA;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=82;TCR=61;TR=142;WE=62766439;WS=62766421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	62847453	rs7945121	T	C	3710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=73;PP=1874;SC=TCCTGCTTTATGTTTCTTGAA;SOR=1.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=60;TCR=73;TR=133;WE=62847461;WS=62847443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	62847562	rs7926818	G	T	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=506;SC=TGTGCCTGAGGACAAGCTGCC;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=62847570;WS=62847552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	62848367	rs10897341	A	C	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=146;SC=TCCCCACTCAAGTGACAGCTA;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=62848375;WS=62848357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	62848445	rs11231340	A	G	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=6;PP=446;SC=TGGTTTCTGGAAGGAGGAGGA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=62848453;WS=62848435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	62848487	rs11231341	A	C	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=11;PP=532;SC=GGAAGACTCCATAGGAAATCC;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=62848495;WS=62848477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	62848568	rs11231342	C	G	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	62848995	rs6591733	G	C	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=29;PP=1706;SC=TCAGAAATTTGTGTTTTGAAA;SOR=1.481;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=87;WE=62849003;WS=62848985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	62850684	rs4963356	C	T	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=435;SC=GGGGTAACTACTTTCTTTCCT;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=62850692;WS=62850678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	62863518	rs7113279	A	G	7487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr11	62871460	rs12283166	C	T	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=3;PP=662;SC=ATCCACTTCTCCCAGTATATT;SOR=3.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=62871468;WS=62871450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	62886319	rs948060	G	C	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=15;PP=824;SC=CCAGGTGTCAGAATTTTCCTT;SOR=1.302;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=62886327;WS=62886309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	62886800	rs4963245	G	C	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	62902172	rs1939782	A	C	3161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=26.57;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	62910849	rs1939749	T	C	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	62911079	rs1939748	G	C	5800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=104;NR=92;PP=2965;SC=GTCAGACACAGTGTCATTGTC;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=104;TCR=92;TR=196;WE=62911087;WS=62911069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr11	62951064	rs1525072	C	A	5727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=1.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr11	62995875	rs7106186	G	A	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=1.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	63057925	rs1790218	G	A	6922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=0.281;SC=ATCCCCAGTGGCAGCTTCTTC;SOR=0.497;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=266;TCF=127;TCR=139;TR=263;WE=63057933;WS=63057915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,269:0.99:272
chr11	63064823	rs576641	T	C	6759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr11	63064970	rs575009	T	G	5460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=83;PP=2965;SC=TATGACCCTTTAATTTGACCT;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=93;TCR=84;TR=176;WE=63064978;WS=63064960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	63066903	rs515213	T	C	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=7;PP=783;SC=AAAGGGAACATATTTCTCTTG;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=63066911;WS=63066893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	63067138	rs513338	T	G	3580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=81;PP=2257;ReadPosRankSum=-1.018;SC=CATTAAAAGTTTGGTGACATG;SOR=0.360;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=143;TCF=59;TCR=84;TR=140;WE=63067146;WS=63067128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,137:0.99:138
chr11	63067181	.	A	AGTGTGTGTGT,AGTGTGTGT	423.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=0,0;NR=15,15;PP=424,77;ReadPosRankSum=0.366;SC=TTGCAACAGTAGTGTGTGTGT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=0;TCR=49;TR=15,15;WE=63067189;WS=63067171;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.92:13
chr11	63069715	rs557658	A	G	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=513;SC=ACTGACCAATAACTGCCTGGG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=63069723;WS=63069705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	63072310	rs1201559	C	T	6420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=111;NR=107;PP=2965;SC=TTCCTCCTACCAGAAACCAAG;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=111;TCR=107;TR=218;WE=63072318;WS=63072300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr11	63129782	rs517655	A	G	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=18;PP=943;SC=GAAAGGCATCACAGTATAAAG;SOR=1.249;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=59;WE=63129790;WS=63129772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	63129876	rs516763	T	G	4245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.37;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
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chr11	63149670	.	C	CA	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=2.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.300;QD=0.54;ReadPosRankSum=-1.258;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,30:0.19:161
chr11	63175800	rs7109920	A	G	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=59;PP=1616;SC=AAAATAAATCATAACAGTCAT;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=34;TCR=59;TR=92;WE=63175808;WS=63175790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	63177203	rs61928015	G	A	3490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=36;PP=2295;SC=TAAAGAATGCGGGACTTACAT;SOR=1.685;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=83;TCR=36;TR=119;WE=63177211;WS=63177193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	63256441	rs940611	C	G	3947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=71;NR=58;PP=2091;SC=CTAACTACAGCCTTCTCCCTA;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=71;TCR=59;TR=129;WE=63256449;WS=63256431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	63258416	rs10897424	T	C	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	63274120	rs12272556	G	C	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=30;PP=850;SC=CCCAGCACCTGCCCTGGGTTC;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=40;WE=63274128;WS=63274110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	63278621	rs2239679	C	G	4061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=86;PP=2662;ReadPosRankSum=-1.026;SC=GGGGGCGCAGCCTGGGTGAGC;SOR=1.410;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=54;TCR=87;TR=139;WE=63278629;WS=63278611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,147:0.99:149
chr11	63313644	rs584905	T	C	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=2.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	63357919	rs593759	C	T	4189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=92;PP=2604;SC=CCCAGCCGGGCATCTGCCCTT;SOR=1.491;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=55;TCR=92;TR=147;WE=63357927;WS=63357909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	63413962	rs147319344	AAAAT	A	1582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.96;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	63487386	rs542998	T	C	5489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=81;PP=2965;SC=GTGAAAGTGGTTTTACCTGAT;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=95;TCR=82;TR=176;WE=63487394;WS=63487376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr11	63533334	.	TTCC	T	375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=2.240;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,19:0.13:147
chr11	63585804	rs643634	C	A	12061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=181;NR=234;PP=2965;SC=TAAAAGGAGCCGGCCCAGGGG;SOR=1.064;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=415;TCF=181;TCR=234;TR=415;WE=63585828;WS=63585794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr11	63657494	rs4980528	G	A	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=121;SC=TGAGACCCAGGGCCAAGCTGA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=63657502;WS=63657484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	63663130	.	CTTTTTTTTTTTTT	C	988.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=23.295;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.94;ReadPosRankSum=2.883;SOR=2.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,26:0.87:30
chr11	63668557	rs224174	C	T	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=46;PP=1410;SC=TGCTCCCCGCCCCATTCTCTG;SOR=1.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=68;WE=63668565;WS=63668547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	63670387	rs1486936	C	G	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=5;PP=1033;SC=TCGCTCCCAGCAGTAAATGCA;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=63670395;WS=63670377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	63673603	.	CTG	C	708.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.736;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=32;PP=1099;ReadPosRankSum=0.047;SC=GTTGAGCCCGCTGTGTGTGTG;SOR=2.753;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=61;TCF=1;TCR=60;TR=33;WE=63673616;WS=63673593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr11	63676313	rs56263226	G	GC	1025.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=671;ReadPosRankSum=0.516;SC=GGGTGCCTCAGCCCCCCCGTG;SOR=1.280;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=24;WE=63676321;WS=63676303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr11	63679369	rs320108	T	C	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.37;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	63680297	rs320110	A	G	10527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=189;NR=174;PP=2965;SC=CTCTGCCTCCAGAGAGAAACC;SOR=0.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=366;TCF=191;TCR=175;TR=363;WE=63680305;WS=63680287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr11	63681513	rs10897461	T	C	3562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=62;PP=2159;SC=CCGTGAGGCCTTCAGGGCTCA;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=63;TCR=62;TR=125;WE=63681521;WS=63681503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	63681648	rs4980533	G	A	3082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=40;PP=1922;SC=GAGGCTGCCAGTGAAAGGAGA;SOR=1.042;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=104;TCF=63;TCR=41;TR=103;WE=63681656;WS=63681638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	63682312	rs4375445	G	C	20362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.46;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr11	63682315	rs34212439	C	G	20389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.51;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr11	63682318	rs11231638	G	C	20062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.70;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr11	63682869	rs3802941	A	G	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=42;PP=1422;SC=AGACCCAGACAGGAAGGCAGG;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=63682877;WS=63682859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	63713239	rs3740636	G	A	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.48;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	63720086	rs4980513	T	G	3035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=58;PP=1830;SC=CCTGGCGATGTTCCAGGCACT;SOR=1.315;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=97;WE=63720094;WS=63720076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	63885632	rs4379854	A	G	10469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr11	63885769	rs688241	C	T	4005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=80;PP=2320;ReadPosRankSum=1.844;SC=ACATGATGCCCGCCCACCCGG;SOR=0.409;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=57;TCR=82;TR=137;WE=63885777;WS=63885759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,153:0.99:154
chr11	63963378	rs2701539	T	G	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	63964657	rs2236648	C	T	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=237;SC=ATGTTAGTTGCATTTCAGAAC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=63964665;WS=63964653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	63965534	rs35235491	C	CTT	240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;MQRankSum=0.555;QD=17.20;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
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chr11	63970625	rs2070232	G	A	5698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=68;PP=2965;SC=AAGCCGCTGCGCTGGAAGCGA;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=120;TCR=69;TR=187;WE=63970633;WS=63970615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr11	63979162	rs17851033	C	T	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=33;NR=23;PP=900;SC=GCATCAAGGCCGGGGACGCAC;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=56;WE=63979170;WS=63979152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	63986992	rs59250939	C	T	4974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=70;PP=2770;ReadPosRankSum=0.489;SC=TCATGACCACCTAGTACCACA;SOR=0.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=91;TCR=70;TR=159;WE=63987000;WS=63986982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,183:0.99:184
chr11	63988340	rs1544538	G	A	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=14;PP=1109;SC=GCAGCCTGGCGCAGTGCAGAT;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=43;WE=63988348;WS=63988330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	63990505	rs78324705	C	G	4533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=56;PP=2632;ReadPosRankSum=-0.628;SC=CTCACTCTCTCTCCCTGGGGG;SOR=0.383;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=97;TCR=57;TR=152;WE=63990513;WS=63990495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,166:0.99:167
chr11	63990996	rs5792315	AC	A	1752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=1076;SC=CCTGCTCACCACCCTGTCACA;SOR=2.004;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=27;WE=63991004;WS=63990986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	63993287	rs11549691	C	T	3383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=62;PP=2235;ReadPosRankSum=-0.719;SC=GCCCTTCTACCCCTGGACCCT;SOR=0.408;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=108;WE=63993295;WS=63993277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chr11	63994692	rs1860368	T	C	8174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.29;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,303:0.97:311
chr11	63994696	rs2429456	T	C	13811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.43;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr11	63995302	rs2429455	C	G	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=28;PP=785;SC=AATTCTAGCCCTCAGTACCCT;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=63995310;WS=63995292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	63997329	rs633561	A	G	4907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.03;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	63997338	rs633557	T	C	5188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.53;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	63997566	rs10708923	GA	G	582.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=1.046;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.835;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,50:0.74:68
chr11	63997882	rs11311686	AT	A	1443.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.987;HP=13;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.215;NF=7;NR=49;PP=630;ReadPosRankSum=1.345;SC=GTCTCCACCGATTTTTTTTTT;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=9;TCR=60;TR=56;WE=63997891;WS=63997872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,97:0.85:114
chr11	63999529	rs3741403	C	T	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=39;PP=1161;SC=GCATCTCTGGCGGGTGCCACA;SOR=1.117;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=68;WE=63999537;WS=63999519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	64002238	rs7482791	T	C	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=3;PP=172;SC=GCTCTGGCTGTCGCCGCCCCC;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=64002246;WS=64002228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	64004557	rs67110559	AAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG	AAGAG,A	1124.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;NF=9,9;NR=8,8;PP=871,35;SC=CACAGTCTCAAAGAGAGAGAG;SOR=1.426;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=17,17;WE=64004584;WS=64004547;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:28
chr11	64011441	rs654573	T	C	6305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr11	64012225	rs605187	G	C	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.286;NF=34;NR=22;PP=1022;ReadPosRankSum=-0.754;SC=GTCGGGGACCGTCACTTCTTC;SOR=0.574;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=56;WE=64012233;WS=64012215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr11	64022459	rs632439	A	G	4417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	64026219	rs2244621	C	T	12043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=227;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.291;SC=CCCCATGGACCGGGGGACAGT;SOR=0.431;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=426;TCF=199;TCR=227;TR=424;WE=64026228;WS=64026209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,448:1.00:450
chr11	64027468	rs28395878	T	C	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=323;SC=TGTGTGGTCCTGACCCCTCAC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=64027476;WS=64027458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	64030944	rs2510067	T	C	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=18;PP=1047;SC=GTCAGCCCTGTGGCTCAGCTC;SOR=1.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=64;WE=64030952;WS=64030934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	64033748	rs28395880	T	C	4509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.485;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=79;PP=2274;ReadPosRankSum=1.051;SC=TCTGTGCTTCTGCCGCTGACC;SOR=0.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=75;TCR=79;TR=153;WE=64033756;WS=64033738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,173:0.99:174
chr11	64052306	rs652611	T	G	8314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.823;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=254;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.664;SC=CTCGTCCGCATCCTTTTTCCT;SOR=3.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=324;TCF=70;TCR=254;TR=322;WE=64052316;WS=64052296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,314:1.00:315
chr11	64066859	rs2232417	G	A	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=13;PP=1764;SC=GGACTGGCACGGTGACAGCGC;SOR=3.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=65;TCR=13;TR=78;WE=64066867;WS=64066849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	64066999	rs953778	C	T	19599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=759;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.03;ReadPosRankSum=1.552;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,750:1.00:753
chr11	64082437	rs650008	C	T	2679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	64083252	rs72924126	T	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=9.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-9.982;QD=0.55;ReadPosRankSum=2.530;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,17:0.15:117
chr11	64083269	rs201336331	G	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=7.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=-9.241;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.791;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,19:0.19:100
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chr11	64083290	rs150848359	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=6.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQRankSum=-8.363;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.124;SOR=0.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,16:0.21:78
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chr11	64083295	.	CGGG	C	459.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=6.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQRankSum=-7.891;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.769;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,16:0.23:70
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chr11	64083328	rs79204587	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=5.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQRankSum=-6.835;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.023;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr11	64083331	rs80310817	C	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=5.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQRankSum=-6.639;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr11	64083442	.	A	G	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=18;MQ=48.14;NF=0;NR=3;PP=22;QD=18.9237375157;SC=GGACTGAGGCAAGGGGTGGGA;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=3;WE=64083450;WS=64083432;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr11	64085063	rs4930698	G	C	10023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.38;ReadPosRankSum=2.481;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,392:0.99:395
chr11	64085074	rs550819	T	A	9078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=147;NR=177;PP=2965;SC=GGGATGCTCCTCTCGATGCTA;SOR=0.958;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=327;TCF=147;TCR=180;TR=324;WE=64085082;WS=64085053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr11	64085785	rs7938623	A	G	3975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=72;NR=57;PP=2388;SC=GCAAGACGGTACAGTGAAGGA;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=73;TCR=57;TR=129;WE=64085793;WS=64085775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	64085938	rs7941847	T	C	6114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	64088435	rs566049	A	G	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=45;PP=1558;SC=GGGGGCCCTTAGCCTCTTCAA;SOR=0.916;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=91;WE=64088443;WS=64088425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	64109315	.	GGTTGTGGTCTGAGGTCTTGGGCCATCAGTGATGTCACAACCAGATGGCCCAAGACCCCAGACCACAACCCCATGTCTGGT	G	320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.553;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,13:0.16:82
chr11	64110348	rs11602301	T	G	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	64110954	rs61354326	TG	T	19005.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.205;NF=37;NR=238;PP=2951;ReadPosRankSum=0.686;SC=GTGGAGGGCTTGTCTGACCCT;SOR=0.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=280;TCF=39;TCR=241;TR=275;WE=64110962;WS=64110944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,486:1.00:488
chr11	64116843	rs1318165	A	C	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=13;PP=502;SC=GAGTTGGGGGACCGGCTGGAG;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=27;WE=64116851;WS=64116833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	64117284	rs4930155	G	A	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=26;PP=776;SC=GGGCCTGTTGGAGAGAGCACT;SOR=1.562;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=41;WE=64117292;WS=64117274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	64118422	rs614047	G	C	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=11;PP=898;SC=CTGCCGCAGAGAGACAGAAGT;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=64118430;WS=64118420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	64120435	rs489419	T	C	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=24;PP=851;SC=TGGGGTCCTGTCTGGCCTCCC;SOR=0.877;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=50;WE=64120443;WS=64120425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	64127881	rs564687	T	G	8312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=157;NR=127;PP=2965;SC=CCCAACGGGGTTGGGGTGGCT;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=284;TCF=157;TCR=127;TR=284;WE=64127889;WS=64127871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr11	64359286	rs3825016	C	T	6032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.97;NF=105;PP=2965;SC=AGAGGCCCCACCAGTGCCGCC;SOR=0.747;Source=Platypus;TCF=105;WE=64359294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr11	64360274	rs11231825	T	C	9686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=172;NR=163;PP=2965;SC=GTGACTCTCATGCTCTGAAGC;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=335;TCF=172;TCR=163;TR=335;WE=64360282;WS=64360264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr11	64361384	rs2021860	G	T	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=36;PP=1030;SC=TAGAGGCCAGGGGTGCATGGG;SOR=1.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=64361392;WS=64361374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	64365943	rs1529909	T	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=5;PP=258;SC=GGCCAGGCACTGGGGGCCACA;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=64365951;WS=64365933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	64367050	rs1705361	A	G	233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.38;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	64367325	rs1630320	A	G	4027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=75;PP=2483;SC=TGTTGCTGGCAGGGCTCTGCA;SOR=1.134;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=58;TCR=75;TR=133;WE=64367333;WS=64367315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	64387932	rs2277311	G	A	2735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=54;PP=1777;ReadPosRankSum=-1.360;SC=ACGGTGGCACGGGGGATGCCC;SOR=1.314;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=95;WE=64387940;WS=64387921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,104:0.98:106
chr11	64397865	rs376552947	G	A	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=10;PP=688;SC=GCGGGCCCGCGCCGCCTACCT;SOR=1.352;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=36;WE=64397873;WS=64397855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	64418900	rs526338	G	A	7886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr11	64480308	rs2666560	C	T	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=57;PP=1648;SC=AGCCCTGGAGCGCTCGCACCC;SOR=4.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=6;TCR=57;TR=63;WE=64480316;WS=64480298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	64480641	rs2518907	G	A	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	64494978	rs145001220	ATT	A	31.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=10.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	64496587	rs559977	T	C	4284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	64497161	rs534221	C	T	6010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr11	64497189	rs533515	A	C	7470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr11	64503179	rs553618	A	G	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=19;NR=42;PP=1350;SC=GAGGCAGGGGAAGCCCAGAGC;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=61;WE=64503187;WS=64503169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	64503496	rs556356	A	G	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=25.48;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	64503543	rs33956572	CT	C	1531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=18;PP=904;SC=CACAGCTCAGCTCAGAGCTCG;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=20;WE=64503551;WS=64503533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	64507315	rs550930	T	C	4390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=80;PP=2387;SC=AGCACCTTGCTGGCCTCTCCC;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=72;TCR=80;TR=152;WE=64507323;WS=64507305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	64507680	rs547280	A	C	13534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,509:1.00:509
chr11	64507799	rs546323	G	C	6141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=133;PP=2965;SC=CATCTCCCCCGACCCCGTCAT;SOR=1.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=234;TCF=100;TCR=134;TR=231;WE=64507807;WS=64507789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr11	64510898	rs2904961	C	T	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=28;PP=1007;SC=GGCGTCCTGCCCGCCTCGCCC;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=57;WE=64510906;WS=64510888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	64511050	rs2073797	G	C	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	64520942	rs2959652	G	T	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.70;ReadPosRankSum=0.468;SOR=2.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr11	64522066	rs625172	A	G	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=6;PP=383;SC=CCCAGTCTCCACTCCCTTATC;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=64522074;WS=64522056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	64525216	rs589691	C	T	5878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr11	64525464	rs490980	C	T	2830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=38;NR=48;PP=1384;SC=GGGTGGGGGCCGTGGGCCGGT;SOR=1.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=86;WE=64525472;WS=64525454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	64525644	rs489192	G	T	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=4;PP=541;SC=TTCGGACCTTGCCAGAGATGA;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=64525652;WS=64525634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	64535357	rs575375	T	C	7155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=112;NR=132;PP=2965;SC=TGCCTGCGCCTCCTAGTGGCA;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=112;TCR=133;TR=244;WE=64535365;WS=64535347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr11	64535849	rs561158	C	T	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=627;SC=ATGGAAAGTTCTGAAGAATTC;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=64535857;WS=64535839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	64536866	rs484886	T	C	5677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=88;PP=2965;SC=AGGTTTCTGCTAGGAGGCTTC;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=186;TCF=97;TCR=89;TR=184;WE=64536874;WS=64536856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr11	64537160	rs71583706	T	C	3844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=86;PP=2580;SC=CAATTTGGCATTGGTGGGAAA;SOR=1.661;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=44;TCR=86;TR=130;WE=64537168;WS=64537150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	64563934	rs483544	A	G	9429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=168;NR=135;PP=2965;SC=GCCCCTGCGGACCCTGCCTCC;SOR=0.803;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=304;TCF=169;TCR=135;TR=303;WE=64563942;WS=64563924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr11	64565175	rs35199527	C	CT	60.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.501;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr11	64569722	.	T	C	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.42;ReadPosRankSum=-2.016;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,34:0.12:272
chr11	64572018	rs2959656	T	C	5273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=85;PP=2503;SC=GGTGATGCTGTGGGTGCTGGC;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=91;TCR=85;TR=175;WE=64572026;WS=64572008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr11	64572403	rs654440	C	G	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=41;PP=1564;SC=CATCGGCACCCAAGGGGATGG;SOR=0.992;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=74;WE=64572411;WS=64572393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	64572557	rs540012	A	G	4470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=70;PP=2377;SC=CCCAGCCCACATGCAGCACAG;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=84;TCR=70;TR=154;WE=64572565;WS=64572547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	64594490	rs646709	A	G	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=381;SC=AGCCTCACCAAAGTGGCTTGT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=64594498;WS=64594480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	64598944	rs684071	A	G	6506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=127;NR=78;PP=2965;SC=CGCAGGCCTGAACTGCTTCCT;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=127;TCR=78;TR=205;WE=64598952;WS=64598934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr11	64600002	rs494252	G	T	7020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.321;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.734;SC=CACAGAACAGGTCAGAAATCT;SOR=0.462;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=143;TCR=105;TR=247;WE=64600010;WS=64599992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,274:1.00:275
chr11	64602757	rs561895	T	C	10925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.65;ReadPosRankSum=1.105;SOR=0.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,409:1.00:410
chr11	64604178	.	T	C	352	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=16;HapScore=2;MMLQ=21;NF=8;NR=2;PP=352;QD=38.6771212547;SC=GACTCAGCCCTGGGGGGGGGG;Source=Platypus;TCF=11;TR=10;WE=64604186;WS=64604168;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,10:0.77:13
chr11	64605689	rs541525	A	G	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=9;PP=351;SC=CCCGAGGCCCAAGGCCCAGGA;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=64605697;WS=64605679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	64606177	rs653343	C	T	5981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=120;NR=91;PP=2965;SC=TGTCCATGGGCCCCCGCAGCT;SOR=0.886;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=120;TCR=91;TR=211;WE=64606185;WS=64606167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr11	64606765	rs676977	T	C	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=57;PP=1852;SC=GACTGCTGGCTCCTCGCGATG;SOR=1.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=30;TCR=57;TR=87;WE=64606773;WS=64606755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	64607587	rs589984	C	T	3216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=31;PP=1987;ReadPosRankSum=-1.069;SC=GGGTTGGGGCCCCACCTGTGG;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=73;TCR=31;TR=103;WE=64607595;WS=64607577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,115:0.98:117
chr11	64608172	rs57183951	GC	G	5162.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.248;NF=7;NR=83;PP=2802;ReadPosRankSum=-1.025;SC=AGCCCAGGATGCCCCCCTTGC;SOR=1.066;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=96;TCF=7;TCR=89;TR=90;WE=64608180;WS=64608162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,167:0.99:169
chr11	64621856	rs3897618	A	G	6869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.826;SC=GCAGGTCGGCAGGCAGCTCGT;SOR=1.263;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=161;TCR=91;TR=249;WE=64621864;WS=64621846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,265:0.99:267
chr11	64622869	rs10897533	G	C	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	64641773	rs35867760	C	CA	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=1.228;QD=3.55;ReadPosRankSum=0.746;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr11	64645871	rs1211284	A	G	7011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=128;PP=2965;SC=GCAGCCCCTCAGCCACCGTCT;SOR=1.113;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=230;TCF=102;TCR=128;TR=230;WE=64645879;WS=64645861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr11	64664774	rs658006	C	T	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=27;PP=1567;SC=AGAGGAGAAACTGAGGCCCTG;SOR=1.414;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=82;WE=64664782;WS=64664764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	64669417	rs682673	T	C	4914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=46;PP=2965;SC=AACTGGTCCATCCCTCCCACC;SOR=1.532;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=106;TCR=47;TR=152;WE=64669425;WS=64669407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	64677293	rs656195	G	C	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=55;PP=1677;SC=CCAGGGGTCCGGCTCAGGCCG;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=56;TCR=55;TR=111;WE=64677301;WS=64677283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	64678920	rs638583	T	C	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	64680407	rs594820	G	C	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=11;PP=532;SC=AGTAAATCCCGCACTTGACAT;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=64680415;WS=64680397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	64680819	rs618006	G	A	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=20;PP=517;SC=GCTGATGCACGTCCACCGGCG;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=64680827;WS=64680809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	64695185	.	GA	G	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.517;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.342;QD=2.67;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,33:0.36:92
chr11	64700767	rs675090	G	A	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=29;PP=770;SC=GCAGGGAGGAGTCAGACCCCC;SOR=2.038;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=40;WE=64700775;WS=64700757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	64702765	rs2307669	C	CTCTG	1381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=17;PP=1569;SC=CCACCGTCCACTCAGCTCTTT;SOR=1.214;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=26;WE=64702773;WS=64702755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	64707978	rs586616	A	G	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=19;PP=947;SC=GCTGCTCTACATATCAGAGAA;SOR=1.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=63;WE=64707986;WS=64707968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	64713485	rs596321	T	G	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	64717801	rs71049671	C	CAA	556.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.850;QD=13.58;ReadPosRankSum=-0.094;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr11	64718050	rs138174447	TTTTC	T	1567.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;QD=43.55;SOR=3.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	64721908	rs495330	G	A	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=5;PP=578;SC=GTTTCCCAGAGCCCTGGAAGG;SOR=2.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=64721916;WS=64721898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	64726701	rs602404	A	C	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=17;PP=951;SC=GGTGAAGGTAAAGAAGAGGTG;SOR=1.567;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=64726709;WS=64726691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	64757504	rs574381	G	C	15307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=244;NR=284;PP=2965;SC=TCCGCCTGCTGTCATCCCACC;SOR=0.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=528;TCF=244;TCR=284;TR=528;WE=64757512;WS=64757494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,561:1.00:561
chr11	64761779	rs626670	T	C	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=431;SC=AGCCACAGGATCCTTTTCTCA;SOR=3.352;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=21;WE=64761787;WS=64761769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	64789194	rs664226	T	C	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=10;PP=1140;SC=TCCTCCCAGGTCCTGGAGCTG;SOR=2.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=52;WE=64789202;WS=64789184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	64794918	rs3832791	T	TG	1770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=14;PP=1608;SC=AGCGCAGGCCTGGCGAGGCGG;SOR=2.170;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=38;WE=64794926;WS=64794908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	64799789	rs532373	C	T	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=24;PP=1696;SC=TGTCCCTGGGCGAGGGGCTGC;SOR=1.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=56;TCR=24;TR=80;WE=64799797;WS=64799779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	64799894	rs678614	A	C	6862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr11	64799998	rs534236	T	C	7774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr11	64802267	rs6591869	G	A	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=15;PP=1378;SC=TGGGGCAGAAGCCCCTGTGGG;SOR=2.505;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=52;TCR=15;TR=67;WE=64802275;WS=64802257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	64807294	rs653111	G	A	2516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=54;PP=1469;SC=TGGGACTCTCGCTCCTGCACT;SOR=1.354;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=86;WE=64807302;WS=64807284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	64808647	rs10160811	A	C	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=14;PP=717;SC=GCGGGCCCAGACAGGTTCAGC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=64808655;WS=64808637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	64808681	rs34998502	AC	A	1498.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=19;PP=775;SC=GCCGCTCCCCACCCCCCGGCC;SOR=0.818;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=25;WE=64808689;WS=64808671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	64809090	rs12271134	T	G	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	64809133	rs10792455	T	G	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	64809167	rs10792456	A	G	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	64809441	rs3862374	C	T	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=12;PP=311;SC=TCACCATTAGCCCCCTCCCAG;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=16;WE=64809449;WS=64809431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	64810771	rs11231929	A	G	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.80;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	64820654	rs477539	C	T	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=335;SC=CCTCCGGGGGCGAAGGTCCCT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=64820662;WS=64820644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	64834432	rs573957	T	A	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=43;PP=1208;SC=CACCTCCTGCTTCAGCCACCT;SOR=2.231;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=63;WE=64834440;WS=64834422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	64835415	rs3850946	C	G	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=27;PP=1371;SC=GGAGAAACACCATCCACCTCC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=77;WE=64835423;WS=64835405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	64835463	rs149675910	ACT	A	485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.121;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.901;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,34:0.22:153
chr11	64836207	rs12362669	C	G	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=32;PP=888;SC=GCAAGCCAGACCCCCTCAAAG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=64836215;WS=64836197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	64851453	rs35819335	CT	C	14328.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=187;PP=2951;SC=CCAGACATAACTTAGGCTCCG;SOR=0.896;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=24;TCR=195;TR=210;WE=64851461;WS=64851443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr11	64856500	rs525781	A	G	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=23;PP=653;SC=TCTTGCAGCCACATCTTGCCC;SOR=1.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=64856508;WS=64856490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	64878661	rs625004	T	C	12904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr11	64880090	rs4930284	G	C	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=12;PP=519;SC=CGTCCCTGCCGGGGCTGGAGG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=64880098;WS=64880080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	64883864	rs1706937	A	G	4245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=84;NR=56;PP=2423;SC=CTCAGAAACAAGCAACAGGGC;SOR=0.927;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=84;TCR=56;TR=140;WE=64883872;WS=64883854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	64884052	rs1546532	G	A	5605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=105;NR=72;PP=2965;SC=CGCAGTCTAGGGCCAGGGGTG;SOR=0.971;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=106;TCR=72;TR=177;WE=64884060;WS=64884042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr11	64889416	rs769440	G	C	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=15;PP=316;SC=GGCTCACGTGGGGAAGGCCAG;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=64889424;WS=64889406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	64897453	rs1206196	C	T	4781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=75;PP=2742;SC=CAAGAAGAACCCAGAGAGTGG;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=83;TCR=75;TR=158;WE=64897461;WS=64897443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr11	64898357	rs11369296	G	GC	8956.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=70;PP=2974;SC=TGGGGCCTGTGCCTGCTGTGC;SOR=0.844;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=113;TCF=39;TCR=74;TR=104;WE=64898365;WS=64898347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr11	64949119	rs17880457	G	A	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=41;PP=1242;SC=GTTCCCCGCGGTGCCCTTCCG;SOR=3.003;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=54;WE=64949127;WS=64949109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	64977783	rs2271446	C	T	9925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.85;ReadPosRankSum=-0.672;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,383:1.00:384
chr11	64993195	rs10633296	C	CAGTA	2683.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=25;PP=1715;SC=CTTCTGGAAACAGCAAAAGCC;SOR=1.430;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=29;WE=64993203;WS=64993185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	65000719	rs2904979	C	T	6488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr11	65003812	rs625427	T	C	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=9;PP=1532;SC=GGCTCCACCCTTCTCCACTAC;SOR=3.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=56;TCR=9;TR=65;WE=65003820;WS=65003802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	65004301	rs2904982	G	T	11219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=183;NR=202;PP=2965;SC=GGCCGTCTGCGTCCTGACCGA;SOR=0.875;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=385;TCF=183;TCR=202;TR=385;WE=65004309;WS=65004291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr11	65118971	rs620888	T	C	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=6;PP=394;SC=TGATATTTCATAATATTTGAA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=65118979;WS=65118961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	65143892	rs34400381	G	A	6857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=135;NR=97;PP=2965;SC=CCCCACCAGCGGAGGAGATAT;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=135;TCR=98;TR=232;WE=65143900;WS=65143882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr11	65144075	rs624307	T	C	12994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=246;PP=2965;SC=GACTTGATCATGTCTAAGGGC;SOR=0.750;Source=Platypus;TCF=246;WE=65144083;WS=65144052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
chr11	65147862	rs573864	C	G	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=7;PP=675;SC=GGACAAGGGACTAAGACCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=65147870;WS=65147852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	65157094	rs739389	C	T	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=33;PP=975;SC=GCTGGGGAGCCGCTGGCCACT;SOR=1.430;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=56;WE=65157102;WS=65157084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	65161328	rs4930154	T	C	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=28;PP=1109;SC=TGAAGCCCCATTGGGGGATGG;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=65161336;WS=65161318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	65164114	rs7940559	G	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=7;PP=335;SC=CCCTCTGTCTGGTGCCTGGGT;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=65164122;WS=65164104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	65178620	rs2957274	G	A	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	65211734	rs72447016	CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	C	1313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.38;SOR=2.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	65211979	rs12803915	G	A	6445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.256;SC=AGCACTAGCAGGAGGGGCTCC;SOR=0.849;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=210;TCF=105;TCR=105;TR=205;WE=65211987;WS=65211969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,246:0.98:250
chr11	65212122	rs3825071	C	T	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=41;PP=1138;SC=TGCTGTGGACCGTGGATCCTG;SOR=2.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=56;WE=65212130;WS=65212112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	65222952	rs1784858	T	C	5803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.207;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQRankSum=0.000;NF=99;ReadPosRankSum=-1.220;SC=AAGATAAGGTTGTGCTTCTGG;SOR=0.381;Source=Platypus;TCF=100;WE=65222960;WS=65222942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,225:1.00:226
chr11	65271779	rs36002528	CT	C	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=3.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.980;QD=0.68;ReadPosRankSum=0.685;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,33:0.22:151
chr11	65271832	rs3200401	C	T	6406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=26.69;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr11	65273568	rs11367099	TA	T	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,25:0.27:92
chr11	65302893	rs947791	G	A	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=61;PP=1767;SC=GGTCCCTGTCGCAGGACCACA;SOR=1.042;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=47;TCR=61;TR=108;WE=65302901;WS=65302883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	65307402	rs11227217	C	T	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=30;PP=1103;SC=AGGAACCGCCCGCCTCCGCCC;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=67;WE=65307410;WS=65307392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	65308206	.	A	AGGAGGGGCGGGGCCTACAGGAG	1705.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.47;MQRankSum=0.953;QD=48.74;ReadPosRankSum=-1.352;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,33:0.94:35
chr11	65314814	rs66973976	CG	C	648.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=334;ReadPosRankSum=2.453;SC=GACTCCGTCTCGGGGGAAAAA;SOR=0.610;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=18;WE=65314838;WS=65314804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,36:0.92:39
chr11	65314830	rs58621819	A	T	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.24;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	65325325	.	C	CCAGCAG	3893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=53;PP=2077;ReadPosRankSum=-1.330;SC=CCGCCCAGGCCCAGCAGCAGC;SOR=0.534;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=104;TCF=7;TCR=97;TR=58;WE=65325333;WS=65325315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,90:0.98:92
chr11	65337251	rs1346	A	T	4647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=46;PP=2698;SC=GGGCGGCTGGAAGCGCAATGC;SOR=1.514;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=105;TCR=46;TR=151;WE=65337259;WS=65337241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	65337714	rs1784220	GA	TT	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=12;PP=768;SC=AGTTACCAAGGAGACGCTCCT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=65337723;WS=65337704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	65338034	rs1151496	A	G	4692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=95;NR=58;PP=2392;SC=GAGGCAGCCCACTCCGGCAAG;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=95;TCR=58;TR=153;WE=65338042;WS=65338024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	65347297	rs5792362	C	CA	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.247;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr11	65347636	rs1194100	G	C	4285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=46;PP=2734;SC=CCAAGTCCCAGTGAGGCTGCG;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=87;TCR=46;TR=133;WE=65347644;WS=65347626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	65349849	rs1194099	A	T	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=20;PP=990;SC=GGTTCAGGGGACCTGGAAACA;SOR=0.933;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=57;WE=65349857;WS=65349839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	65352062	rs2298615	C	T	3296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=70;PP=1986;SC=GCCAGGCTCTCAGTGTCAGAT;SOR=1.411;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=44;TCR=70;TR=114;WE=65352070;WS=65352052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	65359625	rs4261292	C	G	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=55;PP=1807;SC=CAGAGGGCTGCGTGTGGACCC;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=89;WE=65359633;WS=65359615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	65363275	rs3814752	G	A	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.91;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	65366192	rs7946115	G	C	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	65366240	rs7932616	T	C	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	65366847	rs10791820	C	T	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	65367253	rs4326800	C	T	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	65373621	rs1151527	A	G	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=19;PP=630;SC=CAGGCTTCAGAGATAAACTTT;SOR=0.976;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=38;WE=65373629;WS=65373611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	65383755	rs58950470	G	T	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=13;PP=967;ReadPosRankSum=-1.251;SC=GTCCCGGGAGGGGGGGCGCGG;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=56;WE=65383763;WS=65383745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,63:0.95:66
chr11	65383896	rs7947140	G	C	11147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr11	65385606	rs1151489	A	G	4652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=58;PP=2623;SC=ACCCTGACCCAGCCTGACCGG;SOR=1.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=96;TCR=59;TR=153;WE=65385614;WS=65385596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr11	65386206	rs1193851	C	G	9071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=160;NR=160;PP=2965;SC=CCTGAGAGCTCCCGGGGTGCA;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=320;TCF=160;TCR=160;TR=320;WE=65386214;WS=65386196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr11	65389631	rs1144789	A	G	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=5.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	65392357	rs76812270	G	A	4416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=88;NR=64;PP=2381;SC=TGGGGTACCTGCAAGTGAGAG;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=88;TCR=64;TR=152;WE=65392365;WS=65392347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	65392695	rs1205259	C	T	9290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=2.053;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.38;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=0.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,362:0.99:366
chr11	65415028	rs4930157	T	G	3167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	65423082	rs1144792	G	A	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=39;NR=20;PP=962;SC=ATGGGGCCCAGGAGTCTTCAT;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=59;WE=65423090;WS=65423072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	65480791	rs551115	A	G	3934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	65481166	rs1151500	T	C	7482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr11	65481465	rs487264	T	G	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=10;PP=249;SC=GGCAGAACATTGTTCAAATGA;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=17;WE=65481473;WS=65481455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	65484569	rs563427	A	G	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=24;PP=668;SC=CTCTAGGGGAACCAGCCAGAA;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=65484577;WS=65484559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	65546857	rs610037	A	C	5388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=81;PP=2965;SC=GGACGCAGTGAAGGTAAAAGA;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=87;TCR=81;TR=168;WE=65546865;WS=65546847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	65547889	rs67995174	C	G	5531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr11	65554680	rs10896044	C	G	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=2;PP=505;SC=GGTGGAACCGCCGCGCGCCGT;SOR=4.407;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=65554688;WS=65554678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	65561468	rs644740	C	T	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=4;PP=770;SC=CTCTCTTCTCCACCAAGCCTC;SOR=3.383;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=65561476;WS=65561458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	65601560	rs17854357	G	C	7649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=144;NR=116;PP=2965;SC=CGGAGGTTGGGAAGGAGGGCA;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=262;TCF=145;TCR=117;TR=260;WE=65601568;WS=65601550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr11	65617113	rs11327250	AG	A	5673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=65;PP=2969;SC=GGCCTCCCCCAGGGGGTGGTA;SOR=1.116;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=102;WE=65617121;WS=65617103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr11	65623739	rs11227332	A	G	9572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=177;PP=2965;ReadPosRankSum=0.596;SC=CGTATACGTCAAGAAAAGGAT;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=351;TCF=173;TCR=178;TR=348;WE=65623747;WS=65623729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,370:0.99:372
chr11	65630098	rs3216088	T	TG	1675.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.861;QD=22.05;ReadPosRankSum=-0.233;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,67:0.88:76
chr11	65636053	rs601314	T	C	3755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=68;PP=1864;SC=GGCTCGTTGATGCAGCGGTAC;SOR=1.260;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=53;TCR=69;TR=121;WE=65636061;WS=65636043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	65637984	rs630394	C	G	3741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=43;PP=2529;SC=GCCGGGACTACAGAAGCTGCT;SOR=1.488;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=84;TCR=43;TR=127;WE=65637992;WS=65637974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	65647796	.	C	CT	339.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=1.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=-2.493;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,42:0.25:169
chr11	65649774	rs604630	A	G	5970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=113;NR=98;PP=2965;SC=GAAGGTGGCCAGCGCCATCTC;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=113;TCR=98;TR=211;WE=65649782;WS=65649764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr11	65653242	rs568617	C	T	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=30;PP=802;SC=CTCTCTGCCTCAAGTCACTGT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=65653250;WS=65653232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	65655393	rs641018	G	C	6025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.845;SC=CACCATCCCAGAGGGTGAGCA;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=109;TCR=100;TR=208;WE=65655401;WS=65655383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,226:0.99:228
chr11	65661656	rs507062	T	C	4725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=76;PP=2065;ReadPosRankSum=1.607;SC=TCGCCCCTCATGGTGGCCCAG;SOR=0.245;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=87;TCR=76;TR=163;WE=65661664;WS=65661646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,185:0.99:186
chr11	65664346	rs637571	T	C	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	65667796	rs1058068	G	A	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	65684929	rs9667389	C	T	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=14;PP=1245;SC=ATTTGGCCCCCCTAGGTCAGT;SOR=2.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=60;WE=65684937;WS=65684919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	65685225	rs7947504	T	C	7235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=125;NR=130;PP=2965;SC=CACCTGAAGCTGGCCTTCAAC;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=125;TCR=130;TR=255;WE=65685233;WS=65685215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr11	65713207	rs9795469	T	C	7181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=136;NR=108;PP=2965;SC=CCCGTCGGTGTGACCAGGGCA;SOR=0.822;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=137;TCR=108;TR=244;WE=65713215;WS=65713197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr11	65727301	rs491973	A	G	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.61;ReadPosRankSum=2.309;SOR=0.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr11	65732651	rs550435	G	A	3783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=75;NR=55;PP=2127;SC=AGAAGCTGGCGGCTGCCAAGG;SOR=0.842;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=75;TCR=56;TR=130;WE=65732659;WS=65732641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	65732800	rs552130	T	C	3994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	65733289	rs556643	G	A	4997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=96;NR=65;PP=2773;SC=GACACTGGTGGCCTTGCTACC;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=96;TCR=65;TR=161;WE=65733297;WS=65733279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr11	65734539	rs1151505	C	T	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=604;SC=ACTTAACCTCCCTGTGCCCCA;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=65734547;WS=65734529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	65735174	rs660118	G	C	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.36;ReadPosRankSum=0.058;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr11	65744275	rs543952	T	C	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;PP=630;SC=CGTTTGGGGGTGCTCAAGCTG;SOR=0.739;Source=Platypus;TCF=20;WE=65744283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	65744421	rs542332	C	T	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=19;PP=1203;SC=CAGGTGGTGACCAGTGGGTGG;SOR=1.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=62;WE=65744429;WS=65744411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	65746653	rs679581	A	G	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=36;PP=915;SC=AGACCTGGCCATCAAATGACA;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=43;WE=65746661;WS=65746643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	65767153	rs507672	A	G	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	65767215	rs506873	G	T	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=12;PP=388;SC=CCATAGGAAGGGGTTCTATCT;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=27;WE=65767223;WS=65767205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	65771050	rs147010511	TCACTGAG	T	1308.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=7;PP=1078;SC=CTCTTATCTCTCACTGAGCAC;SOR=1.536;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=16;WE=65771064;WS=65771040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	65780702	rs9667817	A	G	1776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=29;PP=1249;SC=GGCCTGGAGCAGCCTGGCAGG;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=64;WE=65780710;WS=65780692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	65788072	rs3814747	C	T	4999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	65790527	rs2845570	G	T	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=768;ReadPosRankSum=1.402;SC=CGCTGGAGCCGGCCGGCTGAA;SOR=0.458;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=47;WE=65790535;WS=65790517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr11	65792566	rs683191	G	T	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=11;PP=686;SC=GACAGTGCGGGGCCGAGATCA;SOR=1.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=65792574;WS=65792556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	65810209	rs61895584	C	T	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	65810749	rs7937692	T	C	5901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.83;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,218:0.99:220
chr11	65811208	rs4930170	G	T	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=30;PP=810;SC=CTTGACCCCTGCCCTTACCCA;SOR=2.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=65811216;WS=65811198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	65824994	rs2302883	T	C	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=451;SC=AAACTAAGGGTATGGCAGAGG;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=65825002;WS=65824984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	65825455	rs376356384	AAAG	A	445.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.52;MQRankSum=1.203;QD=29.67;ReadPosRankSum=0.813;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr11	65829637	rs11227395	A	C	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=390;SC=AAAAACAAATAATGGTTTTTG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=65829645;WS=65829627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	65868310	rs475817	T	A	8646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr11	65983522	rs548858	A	G	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=1;PP=572;SC=GGTCTTGTGCATTCCTTGGCT;SOR=4.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=65983530;WS=65983519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	65985000	rs557082	A	C	4303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	65985168	rs512421	G	A	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=28;PP=841;SC=TTGTCCTCAGGTATCCACCTC;SOR=1.262;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=65985176;WS=65985158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	65997898	rs561948	A	G	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=2;PP=335;SC=ACTTGCTTTCAGGAAAAGAAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=65997906;WS=65997888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	66001418	rs2236651	C	T	5514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=2.124;SC=TCGGTAAAGACGGGAGGCACC;SOR=0.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=86;TCR=109;TR=192;WE=66001426;WS=66001408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,212:1.00:213
chr11	66002681	rs2236652	G	A	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=16;PP=1171;SC=AGAGTCTGACGGGTCTCAGGA;SOR=1.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=62;WE=66002689;WS=66002671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	66003583	rs141812648	G	GGGGTACCCAGT	498.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.56;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	66006323	rs476551	G	C	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=56;PP=1754;SC=AGCAGGTGAGGCTGGGGCTCC;SOR=1.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=38;TCR=56;TR=94;WE=66006331;WS=66006313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	66010633	rs524268	T	C	3907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=66;PP=2366;SC=CTGTCACCCCTAGTGTCCATC;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=65;TCR=66;TR=130;WE=66010641;WS=66010623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	66029130	rs572827	G	C	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=4;PP=163;SC=TTCACTGGGTGCCAGAGCCCA;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=66029138;WS=66029120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	66031450	rs525698	T	C	5924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=109;PP=2965;SC=CTGGGCAGGCTGGGGGTCTGG;SOR=0.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=97;TCR=109;TR=206;WE=66031458;WS=66031440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr11	66033430	rs2276036	C	T	5038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=85;PP=2965;SC=GGGTGCCGGGCCTCGGTCTGA;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=83;TCR=85;TR=168;WE=66033438;WS=66033420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	66036293	rs150627444	A	ACC,ACCC	3196.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=8.874;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.77;MQRankSum=0.000;QD=35.52;ReadPosRankSum=0.425;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,45,43:0.50,0.48:90
chr11	66040053	rs555826	A	G	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=23;PP=671;SC=TTGTCTGCTTACAGGAACTAA;SOR=2.242;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=33;WE=66040061;WS=66040043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	66043742	rs3831389	CCTT	C	4837.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=50;PP=2453;SC=GGAGGGGGCACCTTCTCCAGA;SOR=1.042;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=54;WE=66043752;WS=66043732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	66050948	rs3016315	C	T	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=38;PP=1475;SC=CCTTTTGCCCCTGAGGACTGA;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=72;WE=66050956;WS=66050938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	66052832	rs2282568	C	G	2406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=25;PP=1330;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCCACCTCCCCCTGGCCCACA;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=81;WE=66052840;WS=66052822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr11	66054823	rs510398	C	T	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=21;PP=1567;SC=GGGAGGGATACAGTCCAAATC;SOR=1.880;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=82;WE=66054831;WS=66054813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	66056457	rs7945723	G	A	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=3.324;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.46;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr11	66059782	rs6591210	T	C	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	66083782	rs3741368	G	A	11385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr11	66100152	rs1784030	T	C	3480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=48;NR=59;PP=2088;SC=CAATCGAGGCTTCTGGGGGCA;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=48;TCR=59;TR=107;WE=66100160;WS=66100142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	66101974	rs3016317	C	T	5284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	66101978	rs10896110	G	A	5306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.80;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	66102807	rs10444359	G	A	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=47;PP=1521;SC=TTCGGGCGGTGTGCTGCGAGC;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=101;WE=66102815;WS=66102797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	66103046	rs3016763	C	T	3616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=52;PP=2119;SC=AGGAGCAGGGCCCGTGGACAC;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=69;TCR=52;TR=121;WE=66103054;WS=66103036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	66104057	rs3016316	T	A	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=32;PP=907;SC=GGGTCAGGGGTCCCCTCCATG;SOR=1.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=66104065;WS=66104047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	66104993	rs3116068	C	T	3622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=54;PP=1755;SC=GCCCTGAGGCCGGACAGCCTG;SOR=0.978;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=54;TCR=54;TR=108;WE=66105001;WS=66104983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	66107674	rs1784035	A	G	3346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=67;PP=1951;SC=GCAGTTTGTCATCCCACCATT;SOR=1.392;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=42;TCR=67;TR=109;WE=66107682;WS=66107664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	66108894	rs2236679	G	C	11054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=199;PP=2965;ReadPosRankSum=1.483;SC=CAGCAAGCCCGGTGTTAGGCG;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=388;TCF=188;TCR=200;TR=386;WE=66108902;WS=66108884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,422:1.00:424
chr11	66109527	.	C	CTG	2843.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.686;NF=27;NR=23;PP=2270;ReadPosRankSum=-0.959;SC=TGTAGGGGCTCTGTGTGTGTG;SOR=0.572;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=50;WE=66109535;WS=66109517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,89:0.87:102
chr11	66109779	rs1784037	AT	GA	2772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=44;PP=2574;SC=AGGCAGCAGGATGCTGAACAC;SOR=3.293;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=50;WE=66109788;WS=66109769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	66130736	rs1039593	A	G	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=2;PP=289;SC=TTTCTTCCCCACAGCACTCCA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=66130744;WS=66130726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	66131906	rs7125100	A	G	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=31;PP=827;SC=CTGTGGTAGAAGCTGAAGTCA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=66131914;WS=66131896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	66133311	rs4930358	T	C	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=9;PP=700;SC=TACCAGGCCATTTGGACTACC;SOR=1.730;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=35;WE=66133319;WS=66133301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	66134085	rs8187658	C	T	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	66135898	rs2292123	T	C	3352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=75;NR=42;PP=1851;SC=CCATATCACCTGCTTACCTCC;SOR=1.234;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=75;TCR=42;TR=117;WE=66135906;WS=66135888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	66138894	rs7946434	G	C	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.00;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	66191840	rs138708121	G	C	14935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=269;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.812;SC=CTGAAACCTCGGTCAGAAGCT;SOR=0.115;SbPval=0.5;Source=Platypus;TCF=272;WE=66191848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,549:1.00:551
chr11	66206169	rs11110	C	T	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	66206423	.	T	C	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=434;SC=AAACACTTTTTAACTTGTTTT;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=66206431;WS=66206413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	66262806	rs10791878	T	C	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=30;PP=1207;SC=AGTGGCCACCTTAAGCCCGAC;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=68;WE=66262814;WS=66262796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	66272142	rs1671063	A	G	3467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.998;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.77;ReadPosRankSum=0.458;SOR=0.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,138:0.99:140
chr11	66278059	rs1791688	C	G	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=7;PP=960;SC=TTGTACTCGCCCTTCCCTGTG;SOR=2.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=48;WE=66278067;WS=66278049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	66285268	rs10736656	G	A	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=5;PP=278;SC=AAGAGATGGGGTCTCACCATG;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=66285276;WS=66285258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	66285925	.	C	CT	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.034;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr11	66299515	rs8432	A	G	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=34;PP=1014;ReadPosRankSum=2.283;SC=CTGAGACCTGAGCTGCTGTGA;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=59;WE=66299523;WS=66299505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr11	66318972	rs490998	G	A	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=35;PP=1283;SC=ATGACCTTTGGCCCTTGGCCT;SOR=0.791;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=72;WE=66318980;WS=66318962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	66321927	rs56394515	C	CA	658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.76;ReadPosRankSum=-0.641;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,44:0.79:56
chr11	66322833	rs144340728	C	T	12111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=186;NR=242;PP=2965;SC=ATGTTGGATGCAGAAGGTGAG;SOR=1.088;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=428;TCF=186;TCR=242;TR=428;WE=66322841;WS=66322823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr11	66324583	rs678397	T	C	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	66324762	rs677488	C	T	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=429;SC=CCCTGCTAACCCCAAGCGTGG;SOR=4.514;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=19;WE=66324770;WS=66324752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	66327673	rs1671064	G	A	6983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.023;SC=ACCATTGACCGGCTGCAACTG;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=259;TCF=146;TCR=113;TR=258;WE=66327681;WS=66327663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,273:0.99:275
chr11	66328095	rs1815739	T	C	5749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=108;NR=88;PP=2787;SC=CGAGGCTGACTGAGAGCGAGG;SOR=0.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=108;TCR=89;TR=196;WE=66328103;WS=66328085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr11	66328719	rs618838	T	C	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=6;PP=256;SC=GGTGCCCAGCTGTGACCAGAC;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=66328727;WS=66328709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	66328877	rs607736	G	A	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=14;PP=930;SC=ATGGGGCCAGGGCTGGGCCAC;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=66328885;WS=66328867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	66329732	rs540874	A	G	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=36;PP=1077;SC=CTACAGAAGCAGAATGGGATG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=48;WE=66329740;WS=66329722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	66331458	rs572846	A	G	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=12;PP=1018;SC=CCCCGGACCCACGATGCAAGT;SOR=2.221;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=66331466;WS=66331448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	66333598	rs545009	C	T	8175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=0.122;SC=CAGGCTCTTTCCTCAGGAGAG;SOR=0.384;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=272;TCF=145;TCR=127;TR=268;WE=66333606;WS=66333588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,302:0.99:305
chr11	66335308	rs2242663	T	C	4078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=46;PP=2644;ReadPosRankSum=-0.976;SC=TCATAGCATCTTGGTTTCCAG;SOR=1.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=141;TCF=92;TCR=49;TR=137;WE=66335316;WS=66335298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,149:0.99:151
chr11	66335548	rs1127894	A	G	4066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=92;PP=2772;ReadPosRankSum=-1.107;SC=GCGACCCCTGACCCGCCTGGA;SOR=0.829;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=41;TCR=93;TR=133;WE=66335556;WS=66335538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,142:0.99:143
chr11	66335832	rs1044522	G	A	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.78;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	66406070	rs670900	A	C	3348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=25.37;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	66438278	.	CA	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.390;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.748;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr11	66472274	rs4930388	T	C	4030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=77;PP=2827;SC=GGCACCCGGCTCTGCACCTCG;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=58;TCR=77;TR=135;WE=66472282;WS=66472264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	66481264	rs615536	C	T	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=19;PP=502;SC=TGTGAGATCTCGAAGAGGAAG;SOR=1.455;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=66481272;WS=66481254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	66583759	rs7930203	A	G	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=19;PP=455;SC=TCTAAATTAGATATATTTCTG;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=66583767;WS=66583749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	66583779	rs543191	T	G	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=359;SC=GTAGAATAAATAAGTTCAGTG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=66583787;WS=66583769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	66610645	rs7570	G	C	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	66618407	rs139065746	GGA	G	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=3.187;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.142;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,11:0.17:65
chr11	66626234	rs3741194	T	C	5309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	66812338	rs11227668	A	G	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=32;PP=898;SC=ATGCAGATGGATAGGGGGTGG;SOR=2.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=41;WE=66812346;WS=66812328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	66837965	rs4930409	T	C	4688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	66995603	rs3741189	T	C	5836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr11	67017445	rs34463980	C	CA	2273.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=10;PP=1771;SC=CCCTCTCCAACGTGACCTTTC;SOR=1.961;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=39;WE=67017453;WS=67017435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	67034266	rs2228418	C	A	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=6.273;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.55;ReadPosRankSum=-0.839;SOR=0.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,86:0.98:88
chr11	67050292	rs2071007	G	A	10177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=151;NR=208;PP=2965;SC=TGACGATGGTGGGTGCAGGTC;SOR=1.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=361;TCF=151;TCR=210;TR=359;WE=67050300;WS=67050282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr11	67052466	rs10896164	G	A	6638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=143;NR=84;PP=2965;SC=TAAGGAGCCCGTGCGGGGGTC;SOR=1.304;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=144;TCR=86;TR=227;WE=67052474;WS=67052456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr11	67057092	rs368498130	GC	G	354.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=16;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=11;PP=193;SC=CCGTCCTGGAGCCCCCCCCCC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=12;WE=67057112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	67057104	rs11227758	C	G	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.30;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	67068859	rs2298815	T	C	9080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=162;NR=155;PP=2965;SC=GCTCTGCTGTTGCCGCATCAG;SOR=0.777;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=317;TCF=162;TCR=155;TR=317;WE=67068867;WS=67068849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr11	67071584	rs4244822	C	G	3081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	67076810	rs3737460	T	G	4418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=90;NR=51;PP=2569;SC=CAGGTCCGATTGCCAGTGGGC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=90;TCR=51;TR=141;WE=67076818;WS=67076800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	67141148	.	AT	A	366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr11	67177278	rs7122299	G	A	6513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=121;PP=2965;SC=GGCTGATGCCGGCCCGGCAAA;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=107;TCR=121;TR=228;WE=67177286;WS=67177268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr11	67192332	rs112155556	C	CCA,CCACA	385.74	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.4998,0.5000;FS=2.869;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12,12;NR=3,3;PP=35,477;ReadPosRankSum=0.244;SC=ATGACAATGGCCACACACACA;SOR=1.942;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=15,15;WE=67192340;WS=67192330;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.84:19
chr11	67192555	rs1626067	G	A	4676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	67196237	rs1476792	T	C	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=14;PP=1832;SC=CTCTATTAAGTTCTGATCCCA;SOR=2.468;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=83;TCF=67;TCR=16;TR=81;WE=67196245;WS=67196227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	67196544	rs917570	C	G	3293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.73;ReadPosRankSum=1.388;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,127:0.99:128
chr11	67199706	rs1638588	C	A	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	67200819	rs4930427	C	T	8872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr11	67201008	rs1790753	C	T	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=37;PP=1020;SC=GCCAGGGCCACCCCGGCCTGT;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=67201016;WS=67200998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	67202044	rs1790752	G	A	5827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=104;PP=2965;SC=CCCTGCCTCCGCCCCCCAGGG;SOR=1.069;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=92;TCR=107;TR=195;WE=67202052;WS=67202034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr11	67202156	rs13859	C	T	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=36;PP=1091;SC=AGCCCCCGGGCCCCCGTCAGG;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=52;WE=67202164;WS=67202146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	67205978	rs872375	G	A	9592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=155;NR=171;PP=2965;SC=GCCTCCTGTGGGGACATGAAG;SOR=0.862;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=326;TCF=155;TCR=171;TR=326;WE=67205986;WS=67205968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr11	67207426	rs2302264	G	A	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=582;SC=TCCGCAGGCCGACCCCTAAGG;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=67207434;WS=67207416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	67223920	rs1638564	CA	GC	7583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=78;PP=2947;SC=CGCAGTCAGTCAGGGAGCCCG;SOR=1.152;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=67;TCR=82;TR=143;WE=67223929;WS=67223910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	67224988	rs17501521	C	T	4338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	67257037	rs4084113	C	T	6644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=107;PP=2965;SC=GCTGGGGGAGCGGACAGAGAC;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=230;TCF=123;TCR=107;TR=230;WE=67257045;WS=67257027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr11	67257273	rs611697	G	T	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=35;PP=1070;SC=CATGATCTCTGCGAGGGCAGG;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=67257281;WS=67257263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	67257823	rs641081	C	A	9596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=178;NR=167;PP=2965;SC=CCAGCTGGACCAGCAGATCAC;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=179;TCR=167;TR=345;WE=67257831;WS=67257813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr11	67258391	rs4930199	A	G	3620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=50;PP=1938;SC=CGAGAGCTGCAGGCCCTGGAG;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=74;TCR=50;TR=124;WE=67258399;WS=67258381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	67262282	rs202207490	C	CGA	4950.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.51;SOR=1.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	67262289	.	G	GCGAGAGGA	3445.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.20;ReadPosRankSum=-1.199;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr11	67263767	rs618633	A	G	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=33;PP=976;SC=CGCAGGGGTCAGCCGCGTGGA;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=67263775;WS=67263757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	67264679	rs2276120	C	T	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=27;PP=1136;SC=ACTAGAGGCGCCCCCGCAGCC;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=70;WE=67264687;WS=67264669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	67351531	rs1079719	G	A	2633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.41;SOR=2.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	67351540	rs1871041	A	G	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.45;SOR=1.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	67351774	rs2370143	C	T	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=39;PP=1188;SC=CCTTCCTGTTCCCCGCCTCTC;SOR=2.564;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=52;WE=67351782;WS=67351764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	67352256	rs762803	C	A	6049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=116;PP=2965;SC=GAGTCTTGAACCTCCAAGTCC;SOR=0.987;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=96;TCR=116;TR=212;WE=67352264;WS=67352246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr11	67352689	rs1695	A	G	11266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr11	67353844	rs1871042	C	T	12974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=251;NR=221;PP=2965;ReadPosRankSum=2.156;SC=GAGTCCCTGGCCCCCCTGCCC;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=476;TCF=252;TCR=224;TR=472;WE=67353852;WS=67353834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,499:1.00:501
chr11	67353970	rs4891	T	C	8551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=131;NR=178;PP=2965;SC=GGCGCCTCAGTGCCCGGCCCA;SOR=1.135;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=309;TCF=131;TCR=178;TR=309;WE=67353978;WS=67353960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr11	67372477	rs12421329	G	T	3418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=62;PP=1950;SC=TGCTCCAGTGGGTGGGGACCA;SOR=1.135;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=51;TCR=62;TR=112;WE=67372485;WS=67372467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	67372593	rs12793832	A	C	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=406;SC=AACAGGGCTCATCATTCCTGA;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=67372601;WS=67372583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	67374581	rs1871043	T	C	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=38;PP=1158;SC=CACGGGTGTTTGGGGCCGGGT;SOR=1.139;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=71;WE=67374589;WS=67374571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	67375162	rs1382089	T	C	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=16;PP=327;SC=AGGGCCAAGCTGCCACACTCG;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=67375170;WS=67375152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	67375184	rs7948073	T	G	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=12;PP=340;SC=CTTGTGGGGCTGTGTGGTGCC;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=67375192;WS=67375174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	67395714	rs7124513	C	T	5893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=95;PP=2965;SC=GTGCAAACACCTCATCTACCT;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=105;TCR=95;TR=200;WE=67395722;WS=67395704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr11	67399735	rs2514021	T	C	8019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=143;NR=115;PP=2965;SC=CCCTTTGCCTTCCGCCCACTG;SOR=0.820;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=259;TCF=144;TCR=115;TR=258;WE=67399743;WS=67399725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr11	67401635	rs12787511	G	C	4501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	67402362	rs3758938	T	G	4848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=78;PP=2753;SC=GCCCAGGATCTTCACCTGGAA;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=97;TCR=78;TR=175;WE=67402370;WS=67402352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr11	67407146	rs2447591	T	C	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=18;PP=596;SC=GTGGTCTTCCTACTCGAGCTG;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=67407154;WS=67407136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	67412203	.	CCA	C	406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=1.112;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
chr11	67430589	rs78402723	A	G	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	67430762	rs1551886	T	C	6735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr11	67431038	rs1979375	G	A	2028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	67431110	rs1979376	G	A	4533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	67432804	rs2447571	T	C	8452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=158;NR=137;PP=2965;SC=GCCACGCGGCTGCAGCCCAGC;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=295;TCF=158;TCR=137;TR=295;WE=67432812;WS=67432794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr11	67432854	rs6591270	T	C	5914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=99;NR=106;PP=2868;SC=GTTGATGATGTGGCCCAGGTT;SOR=0.943;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=100;TCR=107;TR=205;WE=67432862;WS=67432844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr11	67433708	rs5792424	C	CG	6067.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=50;PP=2981;SC=GGGGCGGGCTCGGGGCCAGCC;SOR=0.929;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=81;TCF=25;TCR=56;TR=74;WE=67433716;WS=67433698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	67433758	rs1551887	G	A	5702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=76;PP=2965;SC=TGGGGACGTCGGGCACTGCTG;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=85;TCR=77;TR=161;WE=67433766;WS=67433748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr11	67433869	rs1551888	C	T	4949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.81;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr11	67434416	rs4646823	C	A	4015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=72;NR=64;PP=2209;SC=TCCAGGCCTGCAGGTTCTTGA;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=72;TCR=65;TR=136;WE=67434424;WS=67434406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	67564104	rs10896235	C	T	463.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.61;MQRankSum=1.402;QD=25.77;ReadPosRankSum=-0.996;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr11	67564135	rs77521350	G	C	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.47;QD=26.18;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	67564181	rs79260939	G	A	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.17;MQRankSum=-1.265;QD=24.34;ReadPosRankSum=1.715;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,104:0.98:106
chr11	67564197	rs72657419	T	C	2822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.68;QD=24.55;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	67564293	rs117919932	T	A	657.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.14;MQRankSum=-2.865;QD=21.91;ReadPosRankSum=-0.148;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr11	67765163	rs5792426	A	AG	3532.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=25;PP=1940;SC=ATGGCCAGGAAGCCACTGCCA;SOR=1.022;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=40;WE=67765171;WS=67765153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	67770384	rs3751085	C	T	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=6;PP=950;SC=CTCCCTTGTTCCCTCGCCCCA;SOR=3.467;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=42;WE=67770392;WS=67770374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	67782947	rs2286170	G	T	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.16;ReadPosRankSum=1.846;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr11	67786064	rs11433668	A	AC	3210.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=32;PP=1973;SC=GCCCTCAGGAACTCCGGGCCT;SOR=1.055;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=44;WE=67786072;WS=67786054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	67786764	rs1636207	A	G	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=33;PP=1075;SC=GGAACAGGCAAGGCTCAAGGG;SOR=1.296;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=58;WE=67786772;WS=67786754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	67789293	rs58160034	G	GC	12533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=85;PP=2967;SC=CTGGGCTGCGGCGTGTGGCCA;SOR=0.705;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=124;TCF=31;TCR=93;TR=115;WE=67789301;WS=67789283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr11	67790243	rs3764818	C	T	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=32;NR=24;PP=855;SC=GGGGTGCGGCCGGGCTGGGCA;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=56;WE=67790251;WS=67790233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	67795299	rs308341	G	A	16596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.179;NF=274;NR=293;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.184;SC=TGCGCAGCCCGGGGATGGAGA;SOR=0.522;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=572;TCF=276;TCR=296;TR=567;WE=67795307;WS=67795289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,630:1.00:633
chr11	67795353	rs3751082	G	A	9992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.276;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.16;MQRankSum=0.228;NF=139;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=0.834;SC=CGCGCCGCCTGAGGATGCTGC;SOR=0.652;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=313;TCF=143;TCR=170;TR=306;WE=67795361;WS=67795343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,390:0.99:393
chr11	67795378	rs11436139	G	GC	10544.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=119;PP=2974;SC=GGCCATGGAGGCCAAGGCTGC;SOR=0.995;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=28;TCR=129;TR=145;WE=67795386;WS=67795368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr11	67799731	rs3133266	C	G	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	67800494	rs3115545	T	G	4842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=54;PP=2959;SC=GTCCTGGGCATGAGGGGACAG;SOR=1.289;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=97;TCR=55;TR=151;WE=67800502;WS=67800484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	67801282	rs3133267	C	T	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=6;PP=936;SC=GCAGCCGCCGCCGCTACTTTC;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=42;WE=67801290;WS=67801272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	67801517	rs3115546	G	T	7170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=116;NR=133;PP=2965;SC=GACAGACCCGGTGCTGTGCCA;SOR=0.943;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=250;TCF=117;TCR=133;TR=249;WE=67801525;WS=67801507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr11	67814979	rs2471829	G	C	10292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.30;SOR=1.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr11	67815086	rs12418239	G	A	14231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=288;NR=243;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.118;SC=GGGCCAGGCAGCCCCTCACCA;SOR=0.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=540;TCF=293;TCR=247;TR=531;WE=67815094;WS=67815076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,551:0.99:555
chr11	67837771	rs3819255	A	T	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=16;PP=587;SC=CTATTAAAAAATTTTCAAAAA;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=67837779;WS=67837761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	67957518	rs2512606	A	T	7127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.366;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=1.071;SC=CACCACCATGATCTTGGATTC;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=119;TCR=115;TR=232;WE=67957526;WS=67957508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,266:1.00:267
chr11	68030173	rs3802746	C	A	4269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=55;PP=2564;ReadPosRankSum=-0.184;SC=ATCAGCTGCACCTCCTGAAGT;SOR=0.350;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=84;TCR=57;TR=138;WE=68030181;WS=68030163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,154:0.99:155
chr11	68131167	rs10791978	A	T	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=9;PP=1466;SC=GCAATGACTGACGGGGGACCC;SOR=3.327;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=57;TCR=9;TR=65;WE=68131175;WS=68131157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	68170825	rs687482	A	G	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.69;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	68170833	rs686921	G	T	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.60;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	68171013	rs545382	T	C	8284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=152;NR=132;PP=2965;SC=CGCACATTTTTGGGTTCACGC;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=154;TCR=133;TR=284;WE=68171021;WS=68171003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr11	68173861	rs471966	C	T	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=621;SC=GGACCTGACCCGGGGGTGAGT;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=68173869;WS=68173851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	68177318	rs371789773	CA	C	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=1.202;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr11	68179166	rs689179	A	G	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=66;PP=1796;SC=CTCGCCGCACATACCCTGTGG;SOR=1.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=30;TCR=66;TR=96;WE=68179174;WS=68179156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	68192690	rs556442	G	A	5208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=93;PP=2965;SC=CCCTGGTGGTGGACAACACAC;SOR=0.966;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=174;TCF=81;TCR=93;TR=173;WE=68192698;WS=68192680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	68305521	rs11403965	G	GT	1495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=32;PP=1467;SC=CATTCTAGCAGTAAGTCCAGG;SOR=3.109;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=33;WE=68305529;WS=68305511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	68312645	rs10896340	A	G	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=14;PP=344;SC=AAGCACTCACATACTATTTGT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=68312653;WS=68312635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	68315798	rs10736668	C	A	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=31;PP=973;SC=TCTGGGGAGCCGGTAACAGGG;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=68315806;WS=68315788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	68318688	rs35722725	G	GA	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.73;ReadPosRankSum=-0.014;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr11	68331715	rs10501398	C	G	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=17;PP=1093;SC=TGGTCGATAACCTTGAATGAT;SOR=1.567;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=52;WE=68331723;WS=68331705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	68338491	.	CT	C	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-0.824;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr11	68456410	rs3136540	T	C	7634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=127;NR=128;PP=2965;SC=TGAAATATCATCAACTTAACA;SOR=0.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=127;TCR=129;TR=255;WE=68456418;WS=68456400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr11	68458470	rs1042577	T	C	4712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=91;PP=2355;SC=CTCCTGGGCATGTTTGTCTGT;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=77;TCR=92;TR=168;WE=68458478;WS=68458460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr11	68476011	rs4930597	A	G	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=18;PP=487;SC=ACAGTGCACCATTTCTACCTA;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=23;WE=68476019;WS=68476001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	68512543	rs12365708	A	G	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	68528869	.	T	C	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=2;PP=359;SC=TTCCATTTTATGACAGCTACA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=68528877;WS=68528859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	68530318	rs7112615	C	A	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=43;PP=1341;SC=GGCAAGGAGACGTGGACTTCA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=71;WE=68530326;WS=68530308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	68548260	rs3019576	C	A	4002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=60;NR=72;PP=2212;SC=AAAGAGGCAACAATGAGGAGA;SOR=1.106;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=60;TCR=72;TR=132;WE=68548268;WS=68548250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	68549340	rs2228502	A	G	6781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=129;NR=113;PP=2965;SC=CTAACGTCACAAAGAACGCTG;SOR=0.701;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=243;TCF=130;TCR=113;TR=242;WE=68549348;WS=68549330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr11	68560787	rs2229737	C	T	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=7;PP=271;SC=ACTCACCTGTCTCCTCTCCTG;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=68560795;WS=68560777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	68566839	rs3019603	G	A	2978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.912;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=76;PP=1447;ReadPosRankSum=-2.030;SC=ATTATTGGGGGAAAAAAAAAT;SOR=1.241;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=58;TCR=78;TR=132;WE=68566847;WS=68566824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,130:0.97:134
chr11	68658686	rs61887147	C	A	3506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=48;PP=1988;ReadPosRankSum=0.792;SC=ACATGCTGCTCCAGTTAAACT;SOR=0.889;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=69;TCR=50;TR=116;WE=68658694;WS=68658676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,132:0.99:134
chr11	68671477	rs1249463	T	C	3892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.606;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=76;PP=1899;ReadPosRankSum=-0.583;SC=TGCTGGAGCTTGAGAGAGACG;SOR=0.674;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=68;TCR=78;TR=143;WE=68671485;WS=68671467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,155:0.99:156
chr11	68678962	rs560096	T	C	3191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	68700701	rs645436	G	C	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=5;PP=784;SC=CTCCTCACTTGCTGTGGTTCA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=68700709;WS=68700691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	68703009	rs598255	C	G	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=23;PP=683;SC=TCATGGTGCACCTTCTGTCCT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=68703017;WS=68702999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	68705674	rs17612126	C	A	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.22;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,86:0.96:90
chr11	68705876	rs4378405	G	A	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=140;SC=GGTGGGTTCCGTCTCCAGGAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=68705884;WS=68705866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	68748003	rs34847539	T	C	6269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.870;SC=GGAGACAGAGTGTCCACAGCA;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=213;TCF=118;TCR=95;TR=211;WE=68748011;WS=68747993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,241:0.99:243
chr11	68773810	rs57545280	AG	A	286.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=143;SC=AGCGTGGGGGAGGGGGGGGGT;SOR=1.270;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=9;WE=68773818;WS=68773800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	68816370	rs4930642	A	G	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=20;PP=700;SC=GCGTCAGCAAAAACGCCAGGG;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=42;WE=68816378;WS=68816360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	68822739	rs1470892	T	C	16915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=258;NR=336;PP=2965;SC=ACCGCGCTGCTCCCTGGGAGC;SOR=1.070;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=595;TCF=258;TCR=337;TR=594;WE=68822747;WS=68822729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,625:1.00:625
chr11	68825037	rs3750973	A	C	3132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=33;PP=1755;SC=CCGCCCGTCTATCTTGCAGGG;SOR=1.074;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=69;TCR=33;TR=102;WE=68825045;WS=68825027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	68830226	rs10792015	G	A	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=7;PP=825;SC=CTCCACTTTGGGCTCAGTGAC;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=38;WE=68830234;WS=68830216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	68831293	rs11228472	C	G	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=13;PP=899;SC=GTCACCGAGCCCTGCAGGCAG;SOR=1.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=53;WE=68831301;WS=68831283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	68834968	rs6591368	T	C	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	68835182	rs10750840	T	A	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=17;PP=388;SC=AGGCCTTTTTTTCGATAAGTG;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=68835190;WS=68835172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	68839334	rs10896415	G	A	6839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=139;NR=109;PP=2965;SC=GGGAAGGGTCGGGGGTTCTGA;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=141;TCR=109;TR=248;WE=68839342;WS=68839324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr11	68840014	rs3750963	G	A	3600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=37;PP=1894;SC=CAAGCCAGACGCCAGGGCAGG;SOR=1.016;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=70;TCR=37;TR=107;WE=68840022;WS=68840004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	68840397	rs1466221	T	C	5298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=38;PP=1429;SC=TGCGTTCCTATGGCAGTGTTC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=103;TCF=64;TCR=39;TR=102;WE=68840405;WS=68840387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	68840412	rs1466220	C	G	5614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=46;PP=1937;SC=GTGTTCTGCTCTCAGCTGAGG;SOR=0.978;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=71;TCR=46;TR=117;WE=68840420;WS=68840402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	68840617	rs3750966	T	A	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=24;PP=662;SC=GGGAATGGAGTTCTCTTTGGC;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=68840625;WS=68840607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	68845867	rs7945151	G	A	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=3;PP=1100;SC=TCAAATCCCAGAATAAGAGGG;SOR=4.565;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=41;WE=68845875;WS=68845864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	68846098	rs4930649	A	G	10425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=177;PP=2965;SC=CAGAGCTGGCACGGAAGTGCC;SOR=0.750;Source=Platypus;TCF=177;WE=68846106;WS=68846088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr11	68846519	rs7124310	A	C	5328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=108;PP=2965;SC=GCCGGCCTCTACTGGGCGGGT;SOR=1.417;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=65;TCR=108;TR=173;WE=68846527;WS=68846509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr11	68847138	rs12804893	T	C	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=7;PP=428;SC=AAAGAAGTCCTGACATCTGGA;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=68847146;WS=68847128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	68849073	rs3829240	G	A	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=75;PP=2124;SC=GACTGTGCCCGTCACCCTGGG;SOR=2.036;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=111;TCF=36;TCR=75;TR=106;WE=68849081;WS=68849063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	68851414	rs2376558	T	C	3876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=53;PP=1681;SC=TGTCCTCAGCTGATGGCCGTG;SOR=0.763;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=67;TCR=53;TR=119;WE=68851422;WS=68851404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	68851466	rs896973	G	T	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.450;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=53;PP=1756;ReadPosRankSum=-0.641;SC=ACATGCGTGCGTTTGGCGGGA;SOR=0.566;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=59;TCR=53;TR=111;WE=68851474;WS=68851456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,134:0.99:135
chr11	68855233	rs1551305	G	A	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.17;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	68855363	rs3829241	G	A	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	69468187	.	G	GT	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr11	69588729	rs2073464	G	A	8692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=180;NR=130;PP=2965;SC=GAGAAGCCACGAGCCTGCTAG;SOR=0.944;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=315;TCF=181;TCR=134;TR=310;WE=69588737;WS=69588719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr11	69589556	rs11600280	G	A	3901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	69589959	rs9666584	A	G	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	69924226	rs2509134	C	T	198.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=2;PP=47;SC=CCCCCTTTCACACCCGGTATG;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=69924234;WS=69924216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	69924476	rs11233122	T	G	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=12;PP=334;SC=AGCAGCCGGGTGGCGGCGCGA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=69924484;WS=69924466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	69931876	rs2509128	C	G	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=233;SC=CCCTCCCCCTCTCCCCCACTG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=69931884;WS=69931866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	69933717	rs2509133	T	C	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	69949135	rs55698329	GCC	G	2498.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=15;PP=932;SC=GAGATGCACCGCCCCCCCTCA;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=30;WE=69949144;WS=69949125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	69949327	rs2509147	C	T	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=25;PP=681;SC=GTCACTTGGACGCCTGGCAGT;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=69949335;WS=69949317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	69954412	rs2509182	A	G	3924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.07;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	69957917	rs9666157	A	G	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=53;PP=1695;SC=TGACTCCCCAAATCCCGCCGG;SOR=1.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=49;TCR=53;TR=102;WE=69957925;WS=69957907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	69957940	rs2515251	C	A	2218.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=42;PP=1190;SC=CACACCCCCCCGGGAGCTGCA;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=76;WE=69957948;WS=69957923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	69962432	rs9666084	A	T	1987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=23;PP=1127;SC=TCTGTGTGAAATGTTGCCCCA;SOR=1.240;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=68;WE=69962440;WS=69962422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	69962642	rs2515245	A	G	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=29;PP=961;SC=TGGCTCTGTCAGAGCCTGGAG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=69962650;WS=69962632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	69970412	rs2509160	G	A	6726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=133;NR=104;PP=2965;SC=GAGCAACCTCGGAGTGCCACA;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=133;TCR=104;TR=237;WE=69970420;WS=69970402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr11	69970637	rs2515258	A	G	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=35;PP=990;SC=GTTTGAACTCAAAGAGCTTGT;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=69970645;WS=69970627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	69995755	rs34756275	TA	T	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.427;SOR=0.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chr11	69998440	.	CA	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQRankSum=1.317;QD=1.99;ReadPosRankSum=1.741;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr11	70007865	rs2155461	A	C	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=52;PP=1737;SC=GCCTTTCCCCAACCTCGCTTC;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=101;WE=70007873;WS=70007855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	70118251	rs670012	T	G	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=353;SC=TGAGCTTAATTACTGTAGCCT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=70118259;WS=70118241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	70171567	rs113854811	TAC	T	2110.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5342;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=19;PP=1141;SC=ATAAACAGTATACACACACAC;SOR=0.906;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=28;WE=70171578;WS=70171557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	70171837	rs12280045	A	G	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=4;PP=105;SC=CAGGAGTTCCAAGACCAGCCT;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=70171845;WS=70171827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	70172975	rs6592537	C	T	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=970;ReadPosRankSum=-0.773;SC=ATGTTTGGGACGTTTTAGTTA;SOR=1.565;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=50;WE=70172983;WS=70172965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,51:0.96:53
chr11	70179672	rs2282481	C	T	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=36;PP=1134;SC=GAGCATGCAGCCCTGAGGGTG;SOR=1.121;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=65;WE=70179680;WS=70179662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	70183737	rs17425511	C	G	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=378;SC=GCATATGGTTCAGAATTCGGA;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=70183745;WS=70183727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	70185325	rs1061328	C	T	5916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.479;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=2.184;SC=CCATGGCAGACGGCCACACAG;SOR=0.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=115;TCR=88;TR=201;WE=70185333;WS=70185315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,224:1.00:225
chr11	70190019	rs55738915	C	T	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=23;PP=594;SC=CCGTGCATGACACTCACCACA;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=70190027;WS=70190009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	70194175	rs7935969	G	A	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=515;SC=TTCATTGTTTGAGCAGCTTAT;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=70194183;WS=70194165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	70196302	rs66542029	A	T	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=694;SC=CAGGCAAGACATAGGTGTTTA;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=70196310;WS=70196292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	70200529	rs17853270	C	T	6397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=100;NR=131;PP=2965;SC=TGCACACCGTCAGCCACGAGG;SOR=1.055;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=100;TCR=131;TR=231;WE=70200537;WS=70200519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr11	70200594	rs7943389	C	T	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=57;PP=1582;SC=CAGAGCGCACCTGTCTTTTCG;SOR=1.923;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=23;TCR=57;TR=80;WE=70200602;WS=70200584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	70202127	rs66989619	G	C	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=5;PP=645;SC=TTCCGTCTTGGGCATTTGGTT;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=70202135;WS=70202117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	70208311	rs7130178	G	A	5029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=111;NR=60;PP=2892;SC=ATGCAGTTGCGTGGGTTACAG;SOR=1.260;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=111;TCR=60;TR=171;WE=70208319;WS=70208301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	70208350	rs10751231	G	A	6121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=126;NR=80;PP=2965;SC=TACTTTGTAGGCTGTACCTCA;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=126;TCR=81;TR=206;WE=70208358;WS=70208340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr11	70211384	rs60917762	C	T	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=24;PP=1779;ReadPosRankSum=-0.057;SC=CTCCTCGGCCCCTTCTCTGTG;SOR=0.882;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=67;TCR=25;TR=90;WE=70211392;WS=70211374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr11	70211574	rs670310	A	G	7081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=0.737;SC=CACTCCTCCCAGCGCGTTTTC;SOR=0.296;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=238;TCF=116;TCR=122;TR=236;WE=70211582;WS=70211564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,272:1.00:273
chr11	70218548	rs10466703	C	T	3423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=70;PP=2198;ReadPosRankSum=1.993;SC=TTCACTGTTACCATCTCTAAA;SOR=0.501;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=46;TCR=71;TR=114;WE=70218556;WS=70218538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr11	70221204	rs67283107	C	T	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=50;PP=1406;SC=ACACAGGTGACGCCAAACCTG;SOR=1.379;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=79;WE=70221212;WS=70221194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	70228032	rs10635017	A	ATC	535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=595;SC=TGACACTTGGATCTCTCTGGC;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=70228040;WS=70228025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	70229171	rs552282	G	A	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=61;PP=2069;SC=ACTACATTTTGGAATCCAGTG;SOR=1.588;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=50;TCR=61;TR=111;WE=70229179;WS=70229161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	70253389	rs2298396	C	T	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=190;SC=TAACCCTCCCCGGCTGCTCTT;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=70253397;WS=70253379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	70253475	rs2298397	C	T	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
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chr11	70260598	rs34053053	C	T	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=31;PP=1432;ReadPosRankSum=-0.767;SC=GGAAGTGAAGCGCCGCAGTGT;SOR=0.384;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=80;WE=70260617;WS=70260588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,88:0.99:89
chr11	70260609	rs7932550	T	C	2751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=35;PP=1716;ReadPosRankSum=-0.664;SC=GCCGCAGTGTTGTTGGTGTCT;SOR=0.435;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=95;WE=70260617;WS=70260588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr11	70268910	rs12802851	C	T	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=12;NR=7;PP=271;SC=CAAGTGAAGCCTCGCTTGGCC;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=70268918;WS=70268900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	70281007	rs7131282	T	C	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=15;PP=1247;SC=TCCGCGGTGGTCCGCATCTCT;SOR=1.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=59;WE=70281015;WS=70280997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	70282629	rs6894	A	C	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=621;ReadPosRankSum=-1.270;SC=AGCACACCTCATAGGTATGAT;SOR=0.619;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=40;WE=70282637;WS=70282619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,41:0.93:44
chr11	70349061	rs7110158	A	G	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	70507605	rs3837380	TACACACACACACACACACACACACACACACAC	T	2468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=4;NR=7;PP=1143;SC=TGCAGGCGTATACACACACAC;SOR=2.790;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=11;WE=70507648;WS=70507595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	70544937	rs7117514	A	G	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=6;PP=178;SC=CCCACAGCACATGAGGCTGGT;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=70544945;WS=70544927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	70672399	rs3019835	G	A	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=1;PP=716;SC=GTTATATTCCGGACCAACTCA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=70672407;WS=70672397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	70753878	rs79477765	C	T	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	70754130	rs76897545	C	T	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=9;PP=309;SC=CGCTTGAACCCGGGAAGTGGA;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=70754138;WS=70754120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	70766664	rs4495913	A	G	241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	70777553	rs10899691	A	C	8256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=154;NR=132;PP=2965;SC=TACCCCTCCGAACAGCCCTCA;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=287;TCF=154;TCR=133;TR=286;WE=70777574;WS=70777543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr11	70777566	rs12287441	A	G	7604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=135;NR=130;PP=2965;SC=AGCCCTCAGAAGGTGGCAGCG;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=266;TCF=136;TCR=130;TR=265;WE=70777574;WS=70777543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr11	70777723	rs10793403	C	T	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=31;PP=1275;SC=GCCAGCCCTTCGTAGGTCATC;SOR=0.920;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=65;WE=70777731;WS=70777713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	70790191	rs79427538	C	T	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=45;PP=1279;SC=GGTAGGCAGTCGACTGCAATT;SOR=1.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=66;WE=70790199;WS=70790181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	71146577	rs909217	G	A	3545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=54;PP=1945;SC=GCAGGTGGCCGCCGCCACAGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=66;TCR=54;TR=120;WE=71146585;WS=71146567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	71146691	rs760241	A	G	3550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=67;NR=53;PP=1963;SC=GCCTCTGCCCATCGGCGGATG;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=67;TCR=53;TR=120;WE=71146699;WS=71146681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	71146952	rs1792268	G	A	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=46;PP=1829;SC=TGTGGGCTCGGGGGCCCAGCG;SOR=0.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=99;WE=71146960;WS=71146942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	71149069	rs949176	A	G	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=32;NR=49;PP=1420;SC=CACTCCACGCAGATGCAGCAG;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=81;WE=71149077;WS=71149059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	71150217	rs2852853	C	T	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=572;SC=CCAGCACTGGCCCAGGGTCCT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=71150225;WS=71150207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	71152461	rs949177	A	G	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=38;PP=1169;SC=CTTGCAGGCCATTGATCTGAT;SOR=1.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=65;WE=71152469;WS=71152451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	71153459	rs11603330	C	A	7799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr11	71155153	rs1790334	A	G	8267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.515;SC=CCACAGGGCCAGTCAGGGCGC;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=295;TCF=149;TCR=146;TR=293;WE=71155161;WS=71155143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,322:0.99:324
chr11	71155171	rs1044482	C	T	8269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr11	71164471	rs12789751	G	A	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.97;ReadPosRankSum=2.115;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr11	71164544	rs12791871	A	C	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.197;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=436;ReadPosRankSum=1.934;SC=GGCCCTGGGCATGGGATCAGG;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=71164552;WS=71164534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr11	71166060	rs2276359	T	TG	4771.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=31;PP=2158;SC=GTTTGTTTTTTTTTTTATCCT;SOR=1.281;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=67;WE=71166068;WS=71166050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	71166337	rs1790373	A	G	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=29;PP=824;SC=CGCCACACCCACTGTTGGGCC;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=71166345;WS=71166327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	71169547	rs2276360	G	C	5230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=93;NR=86;PP=2965;SC=AGCGGCCCTTGTGGAGTCTCC;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=93;TCR=86;TR=179;WE=71169555;WS=71169537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	71169648	rs2276361	A	G	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=38;PP=1030;ReadPosRankSum=-0.704;SC=GCTCAAGGGCATGACCCACCC;SOR=1.146;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=51;WE=71169656;WS=71169638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr11	71174452	rs2276362	A	G	8407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=156;NR=140;PP=2965;SC=GGGCAGACACACATGTACCTC;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=296;TCF=156;TCR=140;TR=296;WE=71174460;WS=71174442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr11	71174589	rs1629304	T	C	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=74;PP=1781;SC=GGCTCTCAGCTGAGGGCTGCC;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=38;TCR=75;TR=112;WE=71174597;WS=71174579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	71183474	rs2282621	C	T	5156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.70;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	71183477	rs2282620	C	T	5107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.80;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	71183645	rs2282619	T	C	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=11;PP=271;SC=ATCCAGGTAATGGAAGGCACC;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=71183653;WS=71183635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	71184190	rs7935125	C	A	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=28;PP=2137;SC=AGGGCACCCACCTCTTCGGAA;SOR=1.928;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=78;TCR=29;TR=106;WE=71184198;WS=71184180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	71184678	rs7950441	A	C	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	71185479	rs2276354	T	C	6916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=134;NR=101;PP=2965;SC=AGAAGGGTTGTGACGGGGACC;SOR=0.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=134;TCR=102;TR=235;WE=71185487;WS=71185469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr11	71185518	rs2186778	T	C	8472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr11	71188502	rs3794065	G	A	4700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=94;PP=2780;ReadPosRankSum=0.173;SC=CCCCTGTTACGGCGGTAGGAG;SOR=1.320;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=64;TCR=95;TR=157;WE=71188510;WS=71188480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,176:0.99:178
chr11	71189436	rs2276353	T	C	4033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	71192529	rs368250598	AT	A	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.039;SOR=0.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr11	71192602	rs3814731	T	C	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=29;PP=676;SC=GCTTAGTCTGTGCTAGCCAGA;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=71192610;WS=71192592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	71192851	rs3814734	A	G	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=16;PP=1246;SC=GGAAAGTGCTAACACCCACGT;SOR=1.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=63;WE=71192859;WS=71192841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	71279936	rs72475645	A	C	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=30.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQRankSum=-12.316;QD=3.51;ReadPosRankSum=3.199;SOR=1.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,78:0.24:321
chr11	71279995	rs200834593	C	T	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=32.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQRankSum=-9.669;QD=6.70;ReadPosRankSum=-1.806;SOR=2.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,56:0.22:250
chr11	71280000	.	T	G	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.367;ClippingRankSum=0.000;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=31.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQRankSum=-9.456;QD=6.88;ReadPosRankSum=-2.264;SOR=2.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,52:0.22:236
chr11	71290670	rs2015464	C	G	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=20;PP=1071;SC=AAAACAGTCACCCCAGGGCTG;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=55;WE=71290678;WS=71290660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	71290740	rs4081429	A	C	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.68;QD=25.90;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	71290790	.	A	ACAGCAGCTGGACTGGGAGCAGCAGGACCTG	1992.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.10;QD=73.80;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	71290816	.	GCT	ACC	392	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=16;MQ=42.83;NF=8;NR=9;PP=392;QD=26.203992639;SC=GAGCAGCAGGGCTTGCAGCAG;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=17;WE=71290826;WS=71290806;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:52,17:0.25:69
chr11	71507022	rs374595711	G	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.086;NF=11;NR=1;PP=123;ReadPosRankSum=1.093;SC=ACCTGGAACTGTCCGCTGGTC;SOR=0.693;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=12;WE=71507030;WS=71507012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr11	71507232	rs113587125	C	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=4.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQRankSum=-9.844;QD=0.97;ReadPosRankSum=1.771;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,20:0.16:123
chr11	71507261	rs111708284	A	G	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=6.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQRankSum=-8.314;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.806;SOR=0.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,24:0.28:86
chr11	71576817	rs57369261	G	GT	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.814;QD=1.26;ReadPosRankSum=-2.927;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,39:0.23:170
chr11	71634606	rs11446262	G	GT	299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.671;QD=15.78;ReadPosRankSum=0.110;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr11	71668362	rs3216157	CT	C	2763.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=34;PP=1644;SC=GTTAACCCAGCTTAATTGAGT;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=41;WE=71668370;WS=71668352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	71701523	rs2276384	G	A	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=370;SC=TAGTTTGCCCGCACTTGCTCT;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=71701531;WS=71701513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	71707149	rs150328027	A	G	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=14;PP=1005;SC=GAGCAGCTGGAAAGTGGGGCA;SOR=1.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=53;WE=71707157;WS=71707139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	71707465	rs1055452	T	C	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=223;SC=CTCAAAGGGGTGCTTGGGCCA;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=71707473;WS=71707455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	71712175	rs1892919	G	A	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=22;PP=1526;SC=GAGCTGGCAGGGAGGGCACAG;SOR=1.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=79;WE=71712183;WS=71712165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	71714526	rs949324	G	C	8457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.23;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	71714526	.	GGT	CGG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=93;NR=70;PP=2947;QD=20;SC=GACCAGGTGAGGTCAGCATCG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=98;TCR=74;TR=163;WE=71714536;WS=71714516;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,163:0.95:172
chr11	71714528	rs949323	T	G	8457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.28;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	71715215	rs2845857	C	G	16952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.50;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr11	71715218	rs2852365	T	C	17007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.11;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr11	71719619	rs2155145	G	T	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=6;PP=611;SC=CCCGTTTTTCGTTATTCTTCT;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=71719627;WS=71719609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	71727422	rs1057992	A	C	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=6;PP=456;SC=CACACCAACCAGCAGCACACA;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=71727430;WS=71727412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	71728543	rs34393610	G	GA	1447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.02;MQRankSum=0.871;QD=18.33;ReadPosRankSum=0.955;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,74:0.94:79
chr11	71728908	rs11278712	AGTCAAC	A	1607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=1585;SC=CATCACCCAGAGTCAACGCTG;SOR=2.242;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=27;WE=71728921;WS=71728898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	71729656	rs949325	A	G	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=16;PP=464;SC=AAGGGAGGAGACGGCATAGGG;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=71729664;WS=71729646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	71730715	rs2298456	T	A	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=15;PP=428;SC=TAAGAAGGTGTAAAGATTTGC;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=71730723;WS=71730705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	71733519	rs10128658	C	T	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	71734211	rs2298457	T	C	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	71740378	rs35948003	A	AAC	6250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=42;PP=2821;SC=CGTTAGAAGCAACATGGTTTG;SOR=0.735;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=59;WE=71740400;WS=71740368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	71740521	rs1939247	A	T	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=24;PP=655;SC=AGCCACCTGAAATGCAACCAT;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=71740529;WS=71740511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	71797422	rs597513	T	A	6287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=115;NR=107;PP=2965;SC=CAGCAAGCACTCAACAAATGT;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=115;TCR=107;TR=222;WE=71797430;WS=71797412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	71799277	rs117948560	A	G	3083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=30;PP=1847;ReadPosRankSum=1.831;SC=ATTGGAAACGATCTGATAAGA;SOR=0.642;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=71;TCR=30;TR=100;WE=71799285;WS=71799267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,111:0.99:112
chr11	71849741	rs652197	C	T	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	71883540	rs633738	G	A	3407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.16;QD=26.01;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	71932120	rs2508202	G	C	3159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=186;PP=2965;SC=GTCTCCCCCCGACCCACCCCA;SOR=3.894;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=204;TCF=14;TCR=190;TR=200;WE=71932128;WS=71932110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	71945332	rs61736312	A	G	6449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=132;NR=99;PP=2965;SC=CAGGGCTCTCAAAGACTTCAG;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=132;TCR=99;TR=231;WE=71945340;WS=71945322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr11	71946333	rs2276046	T	C	8970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.837;SC=TCCCATCTGCTCCTCAGGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=311;TCF=162;TCR=149;TR=308;WE=71946341;WS=71946323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,334:0.99:336
chr11	71948536	rs11548491	C	G	11256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=208;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.020;SC=CGTGGTGGGGCTGAGGCCCGT;SOR=0.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=395;TCF=186;TCR=209;TR=393;WE=71948544;WS=71948526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,423:1.00:425
chr11	71954893	rs182932220	G	A	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=17;NR=7;PP=367;SC=TGGAGGAGCCGAGCGCGGGGC;SOR=1.302;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=24;WE=71954901;WS=71954883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	72004714	rs680660	T	C	2522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=60;PP=1834;ReadPosRankSum=-0.793;SC=AGCTTGGAGGTCGGCCTCCAT;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=24;TCR=61;TR=84;WE=72004722;WS=72004704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr11	72028005	rs117954624	A	G	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=11;PP=672;SC=ACATGCAGAGAGCTTATAACA;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=72028013;WS=72027995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	72281818	rs380126	A	G	5061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=62;PP=2965;SC=GAATCCCAACACTCATCCTGC;SOR=1.294;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=116;TCR=62;TR=177;WE=72281826;WS=72281808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr11	72281884	rs433640	C	T	8487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=173;NR=112;PP=2965;SC=AGCAGGGATTCGCTGTATGGG;SOR=1.121;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=285;TCF=173;TCR=112;TR=285;WE=72281892;WS=72281874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr11	72282039	rs409512	T	C	16068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.88;ReadPosRankSum=-0.919;SOR=0.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,620:1.00:621
chr11	72289176	rs379276	C	G	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=8;PP=916;SC=ATCAGTTGGACCTGGGCCAGG;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=72289184;WS=72289166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	72289291	rs1135029	T	C	4465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=64;PP=2500;ReadPosRankSum=0.663;SC=AGATGGGCATTGCAATGTGCT;SOR=1.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=96;TCR=65;TR=159;WE=72289299;WS=72289281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,169:0.99:171
chr11	72290199	rs11605051	G	A	3142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=36;PP=1914;SC=TCTGCCTGGGGGGGGCCGTGC;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=61;TCR=36;TR=97;WE=72290207;WS=72290189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	72291477	rs56350365	G	A	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=2;PP=353;SC=CCAGGAAAATGAGCCAGACAT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=72291485;WS=72291467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	72291883	rs644698	C	A	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=6;PP=316;SC=ATGAGACTCCCAGACACCCCA;SOR=0.836;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=13;WE=72291891;WS=72291873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	72291927	rs577536	T	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=7;PP=418;SC=GGCAGGGTCTTACCGAGGCCA;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=72291935;WS=72291917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	72292167	rs3781939	G	T	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.78;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	72292176	rs7108477	C	T	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.59;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	72292185	rs3781938	C	A	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	72292353	rs57803658	G	GA	4443.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=32;PP=1400;SC=CTGTCCCAGGGAGGGGACCCC;SOR=1.046;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=54;WE=72292362;WS=72292343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	72292860	rs376724	C	T	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	72293039	rs379638	G	A	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=25;PP=825;SC=GTATCAAGACGGGGCCCTTGC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=72293047;WS=72293029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	72293079	rs414178	A	G	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=19;PP=621;SC=CCACACTCAAAATCTGGAGTC;SOR=0.793;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=38;WE=72293087;WS=72293069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	72293602	rs4944557	A	G	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=22;PP=581;SC=TATACTCATCATCGGAGACCT;SOR=1.262;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=72293610;WS=72293592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	72294714	rs408269	C	T	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.63;NF=4;NR=10;PP=325;SC=AGTAAAGACCCCACCCCCACT;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=72294722;WS=72294704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	72294734	rs56267207	A	AC	355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=305;SC=TTTCATCCAGACCCCGCGCCG;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=72294742;WS=72294724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	72295502	rs366711	T	C	9509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=157;NR=158;PP=2965;SC=TCCGGGACGCTGGAGGCGGTG;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=315;TCF=157;TCR=158;TR=315;WE=72295510;WS=72295492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr11	72295906	rs452228	A	G	7767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr11	72296039	rs907850	G	T	3821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=72;PP=2364;ReadPosRankSum=1.909;SC=CCCTCTGATCGCCCTCACGTC;SOR=0.355;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=60;TCR=73;TR=132;WE=72296047;WS=72296029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr11	72296093	.	G	A	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.505;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=590;ReadPosRankSum=-1.413;SC=TGGGAGGAGTGCTCCAAGGTA;SOR=0.278;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=34;WE=72296101;WS=72296083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr11	72296700	rs424234	C	T	2923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=65;PP=1870;SC=TATCCAACCTCCTGCCTCCAA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=36;TCR=65;TR=101;WE=72296708;WS=72296690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	72326210	rs572421	A	G	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=52;PP=1502;SC=GGGTGTCCCCATCCACAGGAG;SOR=1.214;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=89;WE=72326218;WS=72326200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	72354028	rs907853	C	A	3462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	72361883	rs341038	T	C	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=5;PP=564;SC=GTGCCTCAGGTTAGAGTCAGT;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=72361907;WS=72361873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	72361893	rs72349218	TCCCTGAC	T	1002.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=5;PP=833;SC=TTAGAGTCAGTCCCTGACCCC;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=17;WE=72361907;WS=72361873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	72363759	rs12146545	G	A	5677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr11	72366929	rs907858	C	A	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=37;PP=1149;SC=ACCCTCGGGCCCCCCAGAGTG;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=73;WE=72366937;WS=72366919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	72367102	rs907857	C	T	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=10;PP=323;SC=GCCCGGCATCCGGAGAGGAAT;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=72367110;WS=72367092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	72368986	rs3781916	T	G	3234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=40;PP=1847;SC=GGGCAGGGCATGTCCCTCCTG;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=105;WE=72368994;WS=72368976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	72396800	rs12802369	A	G	4571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=80;PP=2587;SC=AAGCTGCTGCAGCTGCTGCAG;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=71;TCR=81;TR=151;WE=72396808;WS=72396790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	72396990	rs12805218	G	A	4841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	72399607	rs2306609	G	A	3366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=71;PP=2050;SC=GGAGAAGAGGGCACTTTAGTC;SOR=1.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=36;TCR=72;TR=107;WE=72399615;WS=72399597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	72404003	rs11235567	A	G	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=23;PP=651;SC=AATGAGGGAGAAGGGTGGCCC;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=72404011;WS=72403993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	72404958	rs12276972	A	C	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.83;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	72409159	rs7121351	A	G	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=54;PP=1535;SC=TGCCTGGCAGAGAGGCGCCGG;SOR=1.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=27;TCR=54;TR=81;WE=72409167;WS=72409149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	72528973	rs891655	C	T	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=20;PP=586;SC=ACGGGTACTCCTGTGTTTGCT;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=72528981;WS=72528963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	72532569	rs1864651	G	T	3809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	72532621	rs1864652	T	G	3368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=51;NR=54;PP=1714;SC=GGCGGGCAGGTGAGCAGCCGA;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=51;TCR=54;TR=105;WE=72532629;WS=72532611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	72532708	rs11235603	C	T	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=15;PP=422;SC=CCTGTCCGCCCCCAGATGGCC;SOR=1.981;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=19;WE=72532716;WS=72532698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	72533624	rs139902397	TCTGCCTC	T	6116.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=62;PP=2943;SC=ACCCTTGCGTTCTGCCTCCCG;SOR=0.907;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=75;TCF=9;TCR=66;TR=71;WE=72533638;WS=72533614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	72533711	rs4944806	A	G	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=25;PP=1299;SC=ATGTGGTCGGAGCCCACGAGA;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=57;WE=72533719;WS=72533701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	72538141	rs3862793	T	C	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=4;PP=670;SC=GGGAGGACACTGGGTTCTGGG;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=72538149;WS=72538131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	72540225	rs891657	G	T	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	72554407	rs3217361	A	AGGG	13886.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=107;PP=2976;SC=ACAAGTTTACACACACAATTT;SOR=0.781;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=152;TCF=39;TCR=113;TR=146;WE=72554415;WS=72554397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr11	72598704	rs7129851	G	A	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=40;PP=1140;SC=ATAATTCAAAGGGCTTTAGTG;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=51;WE=72598712;WS=72598694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	72788823	rs6592510	C	T	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=39;NR=37;PP=1167;SC=ATTATAAGGACACACAGGAAA;SOR=0.791;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=76;WE=72788831;WS=72788813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	72794602	rs200056109	G	GA	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.046;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,21:0.26:80
chr11	72945341	rs2511241	C	T	9575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=195;NR=134;PP=2965;SC=GTGTGCGTGCCTGGGCTGTGT;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=330;TCF=195;TCR=135;TR=329;WE=72945349;WS=72945331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr11	73074548	rs11235726	C	A	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=16;PP=561;SC=ACTCTGAGCTCCCTGCTCTGG;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=73074556;WS=73074538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	73078910	rs141179266	A	G	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=26;PP=730;SC=GACTTTGACCAGGAGTATCCA;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=73078918;WS=73078900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	73362766	rs670811	C	T	3538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=43;PP=1781;SC=CTATTCCTGTCCCTGCTTTAC;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=64;TCR=43;TR=107;WE=73362774;WS=73362756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	73364368	rs6592527	C	G	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=5;PP=374;SC=TCCAGCTGCTCCTCACAACAG;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=73364376;WS=73364358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	73364629	rs7942217	T	A	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=12;PP=318;SC=ATTTGCAGTGTCTGGCCCTTT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=73364637;WS=73364619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	73364673	rs7952228	G	A	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=7;PP=247;SC=GGCTTAAACCGAGGACTGAAG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=73364681;WS=73364663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	73366751	rs3741147	T	G	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=28;PP=1459;SC=AGGGCTCTGGTAGGGTCTGGA;SOR=1.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=80;WE=73366759;WS=73366741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	73371942	rs2272248	A	C	4651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=102;PP=2965;SC=TCCAGCACCGATTCAGCGCCA;SOR=1.284;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=62;TCR=102;TR=164;WE=73371950;WS=73371932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	73389112	rs3825003	C	T	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=17;PP=519;SC=TCTTCAGAGCCTACACACTCA;SOR=1.121;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=73389120;WS=73389102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	73390560	rs200584614	A	ATAT	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=337;SC=TTGCTATAGAAAACAAATGAA;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=73390568;WS=73390550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	73441772	rs2037709	A	C	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.291;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=36;PP=1359;ReadPosRankSum=0.655;SC=ACTTGTAACAAAAAATAGACA;SOR=0.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=80;WE=73441780;WS=73441762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr11	73498933	rs1792174	T	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=7;PP=393;SC=AGGCCGTTCCTTCAGTGTTTT;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=73498941;WS=73498923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	73528717	rs1670564	G	C	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=41;NR=28;PP=1253;SC=CTGGAGAATAGTAGTCCCTAG;SOR=1.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=69;WE=73528725;WS=73528707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	73536698	rs11235922	A	C	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=18;PP=811;SC=CTCTTAAAAAACAACGATAAT;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=73536706;WS=73536688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	73575320	rs17132411	T	C	4890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	73610110	rs1670558	A	C	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=10;PP=854;SC=AAGAGTGAAAAAAGGGAAGTT;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=73610118;WS=73610100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	73620537	rs3741138	C	G	4332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=70;PP=2536;ReadPosRankSum=-0.484;SC=GGGCGCTCAGCCTGCTTGGGA;SOR=0.254;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=145;TCF=74;TCR=71;TR=144;WE=73620545;WS=73620527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,162:0.99:163
chr11	73638306	rs935985	G	A	4879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	73669310	rs10793068	C	A	4471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.00;ReadPosRankSum=-0.822;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,170:0.99:172
chr11	73669334	rs10793069	A	C	5296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.34;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,207:0.99:209
chr11	73670645	rs653263	T	C	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	73686859	rs10535527	ACTT	A	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=447;SC=GTAATCCAGGACTTCTTTTGG;SOR=1.085;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=10;WE=73686869;WS=73686849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	73689104	rs660339	G	A	7309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=136;NR=120;PP=2965;SC=CTGGGCGCTGGCTGTAGCGCG;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=136;TCR=120;TR=256;WE=73689112;WS=73689094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr11	73715542	rs2075577	G	A	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	73717024	rs1726747	AT	TC	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=25;PP=2241;SC=ACTAAGCAGCATTCTGGGACA;SOR=1.501;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=38;WE=73717033;WS=73717014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	73717074	rs11235972	G	A	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=27;PP=1275;SC=CTTCCTTGATGTCCACTCAGA;SOR=0.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=60;WE=73717082;WS=73717064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	73717121	rs2075576	C	T	2682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	73717254	rs1800006	A	G	6309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=119;NR=98;PP=2965;SC=TGACGGAGTCATAGAGGCCGA;SOR=0.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=120;TCR=99;TR=217;WE=73717262;WS=73717244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr11	73765552	rs34571927	GA	G	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=13.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.959;QD=3.04;ReadPosRankSum=-0.623;SOR=3.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
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chr11	74109342	rs904155	C	T	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=20;PP=548;SC=GCAGGGTGTTCGTAACAGCTC;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=74109350;WS=74109332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	74203308	rs586088	T	A	4216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
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chr11	74204727	rs4944895	A	G	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chr11	74208029	rs655025	C	T	3325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=62;PP=2058;SC=GCATTACTCACTGCATTTTTT;SOR=1.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=47;TCR=62;TR=109;WE=74208037;WS=74208019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	74208214	rs656506	G	A	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=31;PP=1122;SC=AACATCTTACGGAAGAGTATG;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=64;WE=74208222;WS=74208204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	74208592	rs657339	G	T	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.263;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.64;ReadPosRankSum=-0.631;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr11	74303841	rs2298572	T	C	3215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=76;PP=2380;ReadPosRankSum=-0.813;SC=GCCTTGACCCTCTGTCTGCTT;SOR=1.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=44;TCR=77;TR=119;WE=74303849;WS=74303831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,114:0.98:116
chr11	74340196	rs2298792	A	G	5649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr11	74345550	rs3824999	T	G	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=13;PP=792;SC=GACATGTCAATTTAGAGAACC;SOR=1.453;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=74345558;WS=74345540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	74347434	rs4944920	G	C	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=41;PP=1351;SC=TGTGAATCATGCCCAAGTGGT;SOR=1.207;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=69;WE=74347442;WS=74347424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	74407676	rs3819242	C	T	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=15;PP=402;SC=TGTGTCTGCACGTGCACAACA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=74407684;WS=74407666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	74408384	rs10751240	C	T	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=25;PP=1374;SC=AGGCAAAAACCTACAGTCGGT;SOR=1.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=78;WE=74408392;WS=74408374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	74408619	rs3741124	C	G	14438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=260;NR=242;PP=2965;SC=AATCCTAGCTCTGGTCATTAG;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=506;TCF=262;TCR=244;TR=502;WE=74408641;WS=74408609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,545:1.00:545
chr11	74408633	rs3741123	A	G	13868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=258;NR=242;PP=2965;SC=TCATTAGAACATGTATACGTC;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=501;TCF=258;TCR=243;TR=500;WE=74408641;WS=74408609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,540:1.00:540
chr11	74408740	rs3741122	C	T	6606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.018;SC=CTGTCACCTGCACCATCCTGC;SOR=1.174;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=239;TCF=100;TCR=139;TR=234;WE=74408748;WS=74408730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,250:0.98:254
chr11	74419357	rs1944937	C	T	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=13;PP=671;SC=CTTTGCAGGCCTGGCAGCAGG;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=74419365;WS=74419347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	74419378	rs7948433	C	T	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=17;PP=783;SC=AGTCTGGCAGCGGGAGGGGTG;SOR=1.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=49;WE=74419386;WS=74419368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	74429987	rs12417156	G	A	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=21;PP=613;SC=GGCCACTCAGGCAAAAGAGAA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=74429995;WS=74429977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	74431277	rs4944943	T	C	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=205;SC=GACCCTTAGTTGAATGCTATT;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=74431285;WS=74431267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	74441796	rs11236234	T	G	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=9;PP=547;SC=GCGCTGTCCCTCACATTCCAG;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=74441804;WS=74441786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	74555056	rs3814726	C	T	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=26;PP=979;SC=GCACAGACTTCCCTGGCCTAA;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=74555064;WS=74555046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	74559446	rs4944960	G	C	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=1096;ReadPosRankSum=-0.311;SC=CTTGGTTGTCGTCATGCGCGG;SOR=1.193;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=68;WE=74559454;WS=74559436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,81:0.95:85
chr11	74559481	rs4944961	C	T	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=681;ReadPosRankSum=1.067;SC=GAGGCTGCTTCGGCACCTTTG;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=46;WE=74559489;WS=74559471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,54:0.93:58
chr11	74562378	rs7928381	C	T	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	74563077	rs2304683	G	A	4401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=61;PP=2156;ReadPosRankSum=0.574;SC=AGACGAACTCGCAGAGAGATG;SOR=0.269;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=84;TCR=61;TR=144;WE=74563085;WS=74563067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,169:0.99:170
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chr11	74641436	rs113880146	G	GA	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=2.116;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.050;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,27:0.29:93
chr11	74674616	rs562581	A	G	454.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=559;ReadPosRankSum=1.587;SC=TTGTTTGTTTATTTATTTATT;SOR=1.519;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=29;WE=74674624;WS=74674606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
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chr11	74705696	rs544115	T	C	14246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=255;NR=260;PP=2965;SC=AGAAGCGTTCTACGAGGAGAG;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=515;TCF=255;TCR=260;TR=515;WE=74705704;WS=74705686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,541:1.00:541
chr11	74862391	rs1944612	A	G	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.70;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	74873754	rs72408262	GCACAGAAAA	G	6741.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.171;NF=10;NR=66;PP=2965;ReadPosRankSum=1.657;SC=GCCACAATGGGCACAGAAAAC;SOR=0.788;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=85;TCF=12;TCR=73;TR=76;WE=74873770;WS=74873744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,153:0.99:155
chr11	74877004	rs3740839	G	A	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=46;PP=1335;SC=GGTAAGAGCAGCAGGGGCTGG;SOR=1.275;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=75;WE=74877012;WS=74876994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	74880151	rs74885054	T	TC	3173.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.077;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.211;NF=39;NR=12;PP=1932;ReadPosRankSum=0.808;SC=AACAGTACCTTCCCCCGGGGT;SOR=1.670;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=51;WE=74880159;WS=74880141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr11	74880370	rs35199625	G	A	7098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.168;SC=CCTGCTGGGCGTGGGCGGGGT;SOR=0.986;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=111;TCR=134;TR=242;WE=74880378;WS=74880360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,269:0.99:271
chr11	74880856	rs7125268	C	A	4389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=78;PP=2282;SC=TAACTGACTGCCACTCTCATA;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=69;TCR=78;TR=147;WE=74880864;WS=74880846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	74883577	rs12422149	G	A	12652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr11	74904362	rs1621378	T	C	9390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=174;NR=144;PP=2965;SC=GGCATGGCCATCTTCCTGCCC;SOR=0.769;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=318;TCF=174;TCR=144;TR=318;WE=74904370;WS=74904352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr11	74979856	rs12721494	C	T	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.92;ReadPosRankSum=-1.161;SOR=1.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,51:0.96:53
chr11	74982939	rs2276310	C	T	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=135;SC=AGGGATACACCGAAATGGCAT;SOR=4.615;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=74982947;WS=74982929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	74994352	rs877711	G	A	3815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=49;PP=1953;ReadPosRankSum=-1.218;SC=AAGGGTAAGCGTGCTCGCCCA;SOR=1.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=135;TCF=83;TCR=52;TR=130;WE=74994360;WS=74994342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,152:0.97:156
chr11	74995509	rs899115	C	G	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=25;PP=763;SC=TTCCCCCATCCCAGGCCAGTA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=74995517;WS=74995499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	75001034	rs34999509	G	A	5837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=113;NR=104;PP=2965;SC=GGCGCTGGGCGCAGCTGTTAC;SOR=0.734;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=222;TCF=118;TCR=104;TR=217;WE=75001042;WS=75001024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr11	75023093	rs546812	A	G	10841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.12;ReadPosRankSum=1.171;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,412:0.99:415
chr11	75023291	rs71467873	G	T	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=608;SC=CTGAGAACAGGCCTGCCCCTG;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=75023299;WS=75023281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	75141630	rs11236430	T	C	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	75141762	rs3018101	T	C	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	75150280	rs61897371	G	A	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.36;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	75152243	rs571353	C	T	5071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=102;NR=72;PP=2759;SC=TGGGACAGGGCGTGGGAGTTG;SOR=0.901;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=175;TCF=102;TCR=73;TR=174;WE=75152251;WS=75152233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr11	75154067	rs532454	C	T	3157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=39;PP=1823;SC=GTGGAGGTCGCGAAAGCTCTG;SOR=1.198;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=71;TCR=39;TR=109;WE=75154075;WS=75154057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	75155743	rs479574	T	C	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=13;PP=411;SC=GCCTACCTCATTGGTTTTACT;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=75155751;WS=75155733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	75160213	rs473462	G	A	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	75160575	rs518611	G	A	7567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=148;NR=107;PP=2965;SC=TCCGCTCTGCGCGGGCGAACT;SOR=0.825;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=149;TCR=108;TR=255;WE=75160583;WS=75160565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr11	75167704	rs1793410	T	C	8147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=3.314;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.20;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,310:1.00:311
chr11	75188569	rs1790149	C	T	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=33;PP=1465;SC=CTGTCCAGAGCGAGTCAGCAG;SOR=1.159;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=63;TCR=34;TR=96;WE=75188577;WS=75188559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	75277628	rs584961	A	G	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=28;PP=1202;SC=CCTCGTCGCTAGGGCTCGTGT;SOR=0.854;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=57;WE=75277636;WS=75277618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	75277992	rs651581	C	T	6433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=120;PP=2965;SC=CGGCGCCCTGCTAGTCAACGC;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=207;TCF=87;TCR=120;TR=206;WE=75278000;WS=75277982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
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chr11	75902571	rs2508779	A	G	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=14;PP=796;SC=GTGCAACACCAGTGACCCTTT;SOR=1.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=48;WE=75902579;WS=75902561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	75905800	rs1533767	G	A	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=19;PP=512;SC=AGGAGCAGCCGGGCAGGTCGC;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=75905808;WS=75905790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr11	76115231	rs7113820	G	A	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=43;PP=1247;SC=GGAATAGAACGAGGAGTTCAA;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=53;WE=76115239;WS=76115221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	76169154	rs34407750	T	A	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	76207199	rs74680029	G	C	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=11;PP=1330;SC=ATAATAACCAGAAGTAACTTT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=58;WE=76207207;WS=76207189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	76207633	rs10899226	G	A	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=31;PP=987;SC=TTTTTCATCAGTGTTTTACAG;SOR=0.986;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=55;WE=76207641;WS=76207623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	76234185	rs11600501	C	T	5982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr11	76370792	rs4304809	A	G	5800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr11	76372418	rs3740778	T	C	4547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=79;PP=2297;SC=GACGAAGTGCTGTGTAGAAGC;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=76;TCR=79;TR=155;WE=76372426;WS=76372408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	76406341	rs10751260	G	C	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=13;PP=863;SC=TTCCTGAAAAGTAGGGTACGC;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=76406349;WS=76406331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	76423664	rs11236891	C	A	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=361;SC=CAGAGGCCCCCAAACCTACTG;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=76423672;WS=76423654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	76423840	rs12294685	T	C	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=32;PP=873;SC=GAAATGGTGGTGGTGCAGATA;SOR=1.068;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=63;WE=76423848;WS=76423830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	76423897	rs73501507	C	T	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=21;PP=559;SC=GGATCTGTAACGAATGAGAGG;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=76423905;WS=76423887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	76427674	rs10899265	G	C	6697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=133;NR=87;PP=2965;SC=GCTGCAGCTGGTGGATGCCCA;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=134;TCR=87;TR=220;WE=76427682;WS=76427664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr11	76427731	rs10751261	T	C	10107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=192;NR=161;PP=2965;SC=GATGCCAACGTCCCCTCCCAG;SOR=0.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=354;TCF=193;TCR=161;TR=353;WE=76427739;WS=76427721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr11	76427823	rs11236900	T	C	12649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=213;NR=219;PP=2965;ReadPosRankSum=0.662;SC=CCCAGCTGGGTCAGGAGGGCA;SOR=0.777;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=435;TCF=214;TCR=221;TR=432;WE=76427831;WS=76427813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,469:1.00:471
chr11	76430527	.	GACGAGCATGCCTACCTGAC	AAGGAGCATACCTACCTGAG,AAGGAGCATGCCTACCTGAC	1037	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MMLQ=23;MQ=52.31;NF=27,34;NR=10,12;PP=1037,45;QD=30.0126452665;SC=GGGTCTGCACGACGAGCATGC;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=37,46;WE=76430554;WS=76430517;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.67:55
chr11	76430597	.	A	G	2166	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MMLQ=18;MQ=57.64;NF=82;NR=55;PP=2166;QD=16.0640234492;SC=GGGTCTGCACAAGGAGCACAC;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=143;TCF=87;TCR=56;TR=137;WE=76430605;WS=76430575;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,137:0.96:143
chr11	76430597	.	A	AAGGAGCATACCTACCTGAGCGCGTGCACCCCTGCCCCGGACCCCCACTCAAGGCATTTGGGGTCTGCACG	5922.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.43;QD=144.46;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	76507692	rs1149621	T	A	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.66;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	76579431	rs201919657	CTCTCTGTG	C	189.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=1104;SC=CTCTCTCTCTCTCTCTGTGTG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=76579446;WS=76579421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	76637651	rs4379869	G	A	4463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=51;PP=2216;ReadPosRankSum=-0.875;SC=GTTCGGTGCAGTTCAGAGTGT;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=91;TCR=51;TR=141;WE=76637659;WS=76637641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,172:0.99:174
chr11	76637680	rs4479014	G	A	4367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=60;PP=2272;ReadPosRankSum=2.439;SC=GTCTGGAAAAGCGGTACATTG;SOR=0.791;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=144;TCF=84;TCR=60;TR=143;WE=76637688;WS=76637670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,170:0.99:172
chr11	76637730	rs4604914	C	G	3571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=63;PP=2000;SC=AACACTGTATCTGAAGAAATG;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=57;TCR=63;TR=120;WE=76637738;WS=76637720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	76637785	rs4457775	G	A	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=43;PP=1373;SC=TTCTAAAAGCGGTTTTCAATT;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=61;WE=76637793;WS=76637775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	76668478	rs4945125	C	T	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	76669891	rs3740768	A	G	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=284;SC=AGAGTCAGCTATATCTTGCCA;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=76669899;WS=76669881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	76687399	rs1517909	A	C	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	76687448	rs1517908	A	C	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=9;PP=243;SC=CTCATAGTGGATTAATATAAC;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=76687456;WS=76687438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	76701365	rs3824889	G	T	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=3;PP=431;SC=TAAAACATTCGACTCACCATA;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=19;WE=76701373;WS=76701355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	76701606	rs3740767	G	A	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=30;PP=896;SC=TAAAAGAGCCGATATTCCATC;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=76701614;WS=76701596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	76701657	rs3740766	G	A	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=341;SC=GATTGTTTACGATACATGGCT;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=76701665;WS=76701647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	76705180	rs56841188	CT	C	143.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=-1.704;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr11	76727866	.	G	GT	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=3.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=-1.548;SOR=1.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,27:0.19:139
chr11	76751541	rs11292198	CT	C	18483.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=220;PP=2951;SC=GGGCATGTGTCTTGGAGCGCG;SOR=0.721;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=281;TCF=56;TCR=225;TR=275;WE=76751549;WS=76751530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,505:1.00:505
chr11	76751584	rs11292199	CT	C	12725.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=240;PP=2951;ReadPosRankSum=-1.647;SC=CGAGGGCATCCTGGCCCTTCG;SOR=0.826;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=283;TCF=43;TCR=240;TR=283;WE=76751592;WS=76751572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,493:1.00:495
chr11	76751603	rs11292200	CT	C	18681.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=219;PP=2951;ReadPosRankSum=1.727;SC=CGGCGTGCAGCTTGCCTGGCG;SOR=0.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=39;TCR=222;TR=257;WE=76751611;WS=76751593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,439:1.00:441
chr11	76799004	rs7121748	T	C	5686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr11	76804659	rs146336448	T	C	9113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr11	76814471	rs2233551	G	A	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=2.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	76827223	rs11606456	G	C	3815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=45;PP=2038;SC=TTCTGGTGGGGCTGCCTCTTA;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=75;TCR=45;TR=119;WE=76827231;WS=76827213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	76827360	rs11604536	A	G	3935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	76832011	rs2276031	C	T	4795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=111;PP=2965;SC=CACACTGGGCCAACCAGGAAC;SOR=1.939;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=47;TCR=111;TR=158;WE=76832019;WS=76832001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	76832812	rs3819077	C	T	3723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=3.231;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.22;ReadPosRankSum=1.896;SOR=2.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,140:0.99:142
chr11	76833200	rs2276030	A	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=15;PP=404;SC=TCTCAGAGGCACTGCAGGCCT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=76833208;WS=76833190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	76833763	rs59430193	G	C	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=29;PP=824;SC=GTACAGGTGAGCCCCCTGGTC;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=76833771;WS=76833753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	76833819	rs61670884	G	A	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=224;SC=CCCCACTCAGGGGGACAAGCC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=76833827;WS=76833809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	76834616	rs875874	G	A	3132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=26;PP=1954;SC=CAGGGCCCCCGATCCTCAGCC;SOR=1.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=71;TCR=26;TR=97;WE=76834624;WS=76834606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	76834712	rs875875	A	G	8406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=177;NR=132;PP=2965;SC=CGCCCCTCCCATGATCCTCTG;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=310;TCF=178;TCR=132;TR=309;WE=76834720;WS=76834702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr11	76874149	.	CAT	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,10:0.18:56
chr11	76893280	rs57741157	A	AG	1481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=29;PP=1320;SC=TGGTGGCCGTAGTGATGAGGG;SOR=2.247;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=29;WE=76893288;WS=76893270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	76924130	rs2276289	A	T	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=29;PP=831;SC=TGCCTGAACCACAGACACGGT;SOR=1.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=76924138;WS=76924120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	76925075	rs948959	G	T	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=63;PP=1848;SC=TGCCTGCAGCGTAGCCAGCCT;SOR=1.549;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=36;TCR=63;TR=99;WE=76925083;WS=76925065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	76927876	rs142202405	ATTC	A	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=115;SC=GATGTGGCTAATTCTTCTTTG;SOR=1.179;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=76927886;WS=76927866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	76928149	rs2282576	A	G	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=45;PP=1761;SC=CCAGGCTTCAAAGGTGTGACA;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=95;WE=76928157;WS=76928139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	76944015	rs4945161	G	A	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=42;NR=19;PP=991;SC=AGGGCTGGGGGGCCTGCACTG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=61;WE=76944023;WS=76944005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	76954788	rs34784710	T	TA	3879.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.204;NF=18;NR=40;PP=2587;ReadPosRankSum=-0.840;SC=ATTATACTGATATTGTTTTTA;SOR=0.936;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=76954796;WS=76954778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,108:0.98:110
chr11	76954812	rs11237145	T	C	3952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;MQRankSum=0.231;QD=25.18;ReadPosRankSum=-2.294;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,155:0.99:157
chr11	76954833	rs11237146	G	A	4404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.220;NF=80;NR=56;PP=2285;ReadPosRankSum=-1.252;SC=CGGCCCACATGCTGAAAACCA;SOR=0.870;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=139;TCF=81;TCR=58;TR=136;WE=76954841;WS=76954823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,170:0.99:172
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chr11	77069746	rs2250647	A	G	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=355;SC=CTGCAAACCAATGATAAATAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=77069754;WS=77069739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	77069790	rs2250639	G	A	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=7;PP=696;SC=CATACAGAAAGTACCTTTAGT;SOR=1.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=77069798;WS=77069780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	77090211	rs562939	T	C	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.17;SOR=1.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	77314503	rs2032395	A	G	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=23;NR=5;PP=597;SC=GACTAAGAATACCTAAAATAA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=77314511;WS=77314493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	77335982	rs2013296	C	A	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	77389020	rs12286317	T	C	3739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=87;NR=33;PP=2113;SC=GTACTAATCATGATACATAAC;SOR=1.661;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=87;TCR=34;TR=120;WE=77389028;WS=77389010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	77389238	rs10567840	CTT	C	1318.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.509;QD=20.29;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,56:0.86:65
chr11	77394600	rs7925289	G	A	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	77409832	rs10899399	C	T	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=26;PP=675;SC=AATATTCAGCCAATATACCAA;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=77409840;WS=77409822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	77412851	rs7950873	A	G	9622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=0.280;SC=CTGTCCTTAGAGGGGCTATAG;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=338;TCF=184;TCR=154;TR=336;WE=77412859;WS=77412841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,353:0.99:355
chr11	77531810	rs10751277	T	G	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=15;PP=462;SC=GGGGAAGTTGTGGTGCCGAGG;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=77531818;WS=77531800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	77553638	rs585721	T	C	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=20;PP=1020;SC=GGCCAGGGGGTAGTCGGACTT;SOR=0.955;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=60;WE=77553646;WS=77553628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	77583376	rs588217	G	A	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=33;PP=1303;SC=GCCTTAAGAGGAGAATAAATC;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=75;WE=77583384;WS=77583366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	77583476	rs668701	G	A	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=22;PP=567;SC=GCCAGGTCCTGTGCTAGGCTC;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=77583484;WS=77583466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	77595642	rs608389	A	G	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=24;PP=1616;SC=TGCTCTATGTAAATATACTTA;SOR=1.637;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=82;WE=77595650;WS=77595632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	77595717	rs658398	C	T	5381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr11	77605501	rs1793336	T	C	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=291;SC=TAGCATATTATACTATAAAAA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=77605509;WS=77605491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	77611597	.	C	CT	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.204;ClippingRankSum=0.000;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=-0.603;QD=0.92;ReadPosRankSum=1.988;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,40:0.21:194
chr11	77614770	rs2276349	T	G	3832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=83;PP=2400;SC=CCCATGAACATGACTTCTCAA;SOR=1.318;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=51;TCR=84;TR=134;WE=77614778;WS=77614760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	77629132	rs60400274	A	AT	2753.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=14;PP=991;SC=GCACAGTTAGATCTGAATTGT;SOR=0.832;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=22;WE=77629140;WS=77629122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	77671281	rs12796422	A	G	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=23;PP=1206;SC=CGCTGCCACTATTAACTAGCG;SOR=1.209;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=68;WE=77671289;WS=77671271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	77672189	rs11370501	T	TA	630.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=4.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.977;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,43:0.72:60
chr11	77674414	.	A	AAC	778.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.67;MQRankSum=0.000;QD=27.81;ReadPosRankSum=1.046;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr11	77698524	rs7938133	C	T	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	77698651	rs6592756	T	C	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=41;PP=1505;SC=GTAGCTCACGTCTGTAATCCC;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=80;WE=77698659;WS=77698641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	77702033	rs2276441	T	A	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=107;SC=TACCTAGCACTTGGAAGACAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=77702041;WS=77702023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	77734209	rs11237362	T	C	7790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr11	77734371	rs12420553	G	A	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=38;PP=1096;ReadPosRankSum=-0.770;SC=AAGGCGGGACGGGGCTGAGCC;SOR=0.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=54;WE=77734379;WS=77734361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr11	77811990	rs1263505	T	C	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	77813941	rs640016	T	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.99;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	77813997	rs35218171	CA	C	236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.981;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr11	77820670	rs1783515	T	C	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.89;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	77820673	rs1789032	T	C	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.75;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	77824907	rs111652232	G	GAA	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.92;ReadPosRankSum=1.582;SOR=2.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr11	77825064	rs572693	A	G	6384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr11	77825508	rs678277	A	G	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=468;SC=GTGGTATTCTAGATTGAATCC;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=77825516;WS=77825498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr11	77832076	rs518624	T	A	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=13;PP=893;SC=ACATCAGAATTAGTAAGGGAA;SOR=1.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=49;WE=77832084;WS=77832066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	77832333	rs376124604	CT	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.632;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr11	77834994	rs498278	G	A	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=685;SC=TAAATTGGGAGTAAGTTAATA;SOR=3.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=77835002;WS=77834984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	77838373	rs59662312	TA	T	379.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=124;ReadPosRankSum=1.284;SC=AGATGAATCTTAAAAAAAAAA;SOR=0.299;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=9;WE=77838381;WS=77838363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,22:0.88:25
chr11	77884782	rs230661	C	T	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=28;PP=1502;ReadPosRankSum=-0.611;SC=CATGAGCTTCCTGGGACTCCC;SOR=0.459;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=81;WE=77884790;WS=77884772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
chr11	77909014	rs2510044	G	A	5770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.873;SC=CCTGGCCAGCGTGGTCCAGCA;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=208;TCF=123;TCR=85;TR=206;WE=77909022;WS=77909004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,222:0.99:224
chr11	77920457	rs2256051	G	A	3028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=32;PP=2067;SC=AAGGGGACCCGCATGTACATG;SOR=1.835;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=77;TCR=32;TR=109;WE=77920465;WS=77920447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	77920563	rs2510045	G	T	10682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.376;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=211;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=1.619;SC=CGCCCTCTCCGCCCGAGGAGC;SOR=0.492;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=384;TCF=215;TCR=169;TR=376;WE=77920580;WS=77920553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,403:0.99:407
chr11	77920863	rs2512527	C	A	7547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=124;NR=139;PP=2965;SC=ACACCCCCCCCACCAGCCTGT;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=263;TCF=124;TCR=139;TR=263;WE=77920871;WS=77920853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr11	77920930	rs2511188	A	G	4404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.36;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	77921527	rs2512526	G	C	10956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=165;NR=178;PP=2965;SC=CCGCCCTGCCGCTTCTCTGGG;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=344;TCF=166;TCR=178;TR=343;WE=77921535;WS=77921517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr11	77924544	rs2450139	G	A	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=1;PP=665;SC=TGTCCACCCCGGATATCCTGC;SOR=3.981;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=77924552;WS=77924534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	77924607	rs901105	A	C	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=24;PP=1400;SC=TAGAGGAAACATTGAAAGGTG;SOR=1.153;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=73;WE=77924615;WS=77924597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	77924656	rs72075084	TTCTAAG	T	7326.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.272;NF=21;NR=54;PP=2978;SC=AGGGTGTGAATTCTAAGTCTA;SOR=0.974;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=81;TCF=25;TCR=56;TR=75;WE=77924669;WS=77924646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,167:0.99:169
chr11	77924870	rs2450138	C	T	2679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=53;PP=1719;SC=TGTGAACCTGCTGCCAACCTG;SOR=1.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=94;WE=77924878;WS=77924860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	77930345	rs2450122	T	C	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=46;PP=1640;SC=TGGAAGGCTCTGAGGACTGCC;SOR=0.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=68;TCR=46;TR=114;WE=77930353;WS=77930335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	77930499	rs901104	G	A	3078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=65;PP=1832;SC=GTAGCTGTGAGTTACCAGTTA;SOR=1.188;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=47;TCR=65;TR=112;WE=77930507;WS=77930489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	77931346	rs901103	C	T	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=7;PP=733;SC=TACTGCCCCCCCAACTCTACT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=77931354;WS=77931336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	77936064	rs1385601	A	C	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=2;PP=465;SC=GACGCCATCAATCTTTTGGGG;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=77936072;WS=77936056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	77936120	.	C	T	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=11;PP=818;SC=CTAACCAGGCCGGCCTGAGGA;SOR=1.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=77936128;WS=77936110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	77936166	rs1385600	A	G	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=27;PP=1254;SC=GGAAAGAGCCAACTCCATCAC;SOR=1.053;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=80;WE=77936174;WS=77936156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	77937800	rs2248407	G	A	5228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	78128797	rs881338	C	T	3446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=66;PP=1831;ReadPosRankSum=0.435;SC=CGCCGGGTCGCGCGGACGAGG;SOR=1.095;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=52;TCR=67;TR=117;WE=78128805;WS=78128787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,133:0.99:135
chr11	78152130	rs201591441	T	C	6286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=106;NR=113;PP=2965;SC=AGGGGCCACATTCTTACCATT;SOR=0.865;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=106;TCR=114;TR=219;WE=78152138;WS=78152120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	78180179	rs11237514	A	G	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	78180507	rs10899517	AA	TC	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=366;SC=CCTATGAAAGAATGATCTGCC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=78180516;WS=78180497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	78189558	rs4944202	T	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.67;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	78437182	rs689369	G	A	7660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.193;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=0.857;SC=GCTTGGACGCGTCAATTTCAT;SOR=0.541;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=271;TCF=151;TCR=120;TR=267;WE=78437190;WS=78437172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,296:0.99:299
chr11	78440736	rs512004	G	C	589.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=390;ReadPosRankSum=0.424;SC=TCGACTCACCGAGTGGAGGGA;SOR=1.426;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=22;WE=78440744;WS=78440726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr11	78498022	rs11237621	C	T	4533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=79;PP=2410;ReadPosRankSum=-0.098;SC=CGGCACAGCGCGGGTGGCAGG;SOR=1.052;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=70;TCR=80;TR=148;WE=78498030;WS=78498012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,173:0.99:175
chr11	78516318	.	CTT	C	493	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=83;MMLQ=16;MQ=57.43;NF=3;NR=2;PP=493;QD=104.4;SC=ACCCATGCTTCTTCTCCCCCT;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5;WE=78516327;WS=78516308;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,5:0.62:8
chr11	78602525	rs10736817	C	A	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=21;PP=642;SC=GGTCAGTGTGCAAGCCACATG;SOR=2.621;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=78602533;WS=78602515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	78776192	rs7130258	T	C	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=331;SC=CATGCCTTTGTTCAAGTGATT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=78776200;WS=78776182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	82560312	rs10792653	T	G	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=50;PP=1444;ReadPosRankSum=0.747;SC=TCAACAGATGTCTTTACAGAT;SOR=0.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=31;TCR=51;TR=81;WE=82560320;WS=82560302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr11	82560858	rs10736757	A	G	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=4;PP=273;SC=TGTACATTATACTTTAACAAA;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=16;WE=82560866;WS=82560848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	82561156	rs57878596	A	AAT	198.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.157;NF=1;NR=3;PP=167;ReadPosRankSum=-0.887;SC=GAAAAGAAAAAATATATATAT;SOR=0.330;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=82561164;WS=82561146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr11	82561661	rs10792655	T	C	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	82595975	rs6592087	T	A	5093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=92;NR=91;PP=2820;SC=TTTGAAAGGTTTTACTAGCAC;SOR=0.810;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=92;TCR=91;TR=183;WE=82595983;WS=82595965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	82641001	rs2127363	C	A	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=3;PP=99;SC=TACTTTACTCCCACTTGATCA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=82641009;WS=82640994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	82641157	rs2170009	A	G	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.95;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	82643760	rs7947780	G	T	5278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=78;PP=2919;ReadPosRankSum=-0.576;SC=ACCACAGCAGGTTATCTGTGA;SOR=0.262;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=90;TCR=80;TR=168;WE=82643768;WS=82643750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,197:0.99:198
chr11	82644904	rs7130899	G	A	7341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=144;NR=115;PP=2965;SC=TGTATCTGGTGTTTCACAACC;SOR=0.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=145;TCR=116;TR=259;WE=82644912;WS=82644894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr11	82704967	rs3793986	CA	AT	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=1388;SC=TGGCTGAGTGCATTGTTTCCA;SOR=3.545;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=82704976;WS=82704957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	82752734	rs34023989	TA	T	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=1.007;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr11	82868798	rs150185044	C	G	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=1195;ReadPosRankSum=1.686;SC=CCCCCACCCCCCTCCAACTCA;SOR=0.606;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=66;WE=82868806;WS=82868788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr11	82874970	rs10898088	G	A	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=43;PP=1129;ReadPosRankSum=-0.635;SC=GAATTCTTCTGCAGAACTTAC;SOR=1.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=51;WE=82874978;WS=82874960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,55:0.98:56
chr11	82921538	rs553484	C	T	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=47;PP=1338;SC=GTTATCTCTTCCTGACTTTTT;SOR=2.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=65;WE=82921546;WS=82921528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	82952108	rs625102	T	C	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=463;SC=TTGGAGGAACTAGAACTAATA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=82952116;WS=82952098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	82959338	rs71463157	TACAC	T	783.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;QD=35.62;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	82967023	rs565276	A	G	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=32;PP=898;SC=TCTTTCATTAAAAAAATTGAT;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=82967031;WS=82967013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	82968164	rs628223	G	A	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=9;PP=371;SC=ACTTGCTTACGGACCCTTAGC;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=82968172;WS=82968154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	82968418	rs657824	G	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.21;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	82973004	rs8789	C	T	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=1184;ReadPosRankSum=-1.365;SC=AAGTAAACACCGAAGCTGTGA;SOR=0.433;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=70;WE=82973012;WS=82972994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr11	82973045	rs645954	C	T	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=25;PP=752;SC=GGTCTTGTATCTGTAATTATT;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=82973053;WS=82973035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	82985161	rs34416960	GA	G	297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.740;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=231;SC=AATTGATAAGGAAAAAAATCT;SOR=2.225;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=82985169;WS=82985151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr11	82985959	rs573871	C	T	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=47;SC=GAAAGAGATTCAAGGAAGAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=82985967;WS=82985949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	82996986	rs494791	A	C	10921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=194;NR=172;PP=2965;SC=CTTGGGAGAGAAAGAGCCGCC;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=366;TCF=194;TCR=172;TR=366;WE=82996994;WS=82996976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr11	83197394	rs112220223	CA	C	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr11	83810113	rs3750917	T	G	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	83878075	rs1869472	G	A	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=51;NR=47;PP=1536;SC=TTCCAGTTCTGGCCCTAACTG;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=51;TCR=47;TR=98;WE=83878083;WS=83878065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	83962251	rs7933566	A	G	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	84027768	rs1515083	C	A	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=30;PP=1471;SC=TACAGGCATACCCGTGGTACT;SOR=1.312;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=84;WE=84027776;WS=84027758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	84822798	rs601375	T	G	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.29;ReadPosRankSum=-0.686;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr11	85339542	rs575050	G	T	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=151;SC=TTGACTGAGTGGGGGCGGGCC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=85339550;WS=85339537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	85374467	.	GA	G	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=4.158;QD=0.33;ReadPosRankSum=2.158;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,43:0.22:195
chr11	85418591	rs3069561	AACAG	A	5076.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=58;PP=2947;SC=AGGAGAATTGAACAGACAAAG;SOR=1.362;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=1;TCR=62;TR=59;WE=85418602;WS=85418581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	85419193	rs290197	C	T	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.76;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	85431755	rs7116742	C	T	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=24;NR=14;PP=747;SC=GCCTCTTCAGCGCACTTTGGA;SOR=1.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=38;WE=85431763;WS=85431745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	85432040	.	CA	C	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=0.789;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr11	85435001	rs34653849	T	TA	481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=261;ReadPosRankSum=-0.507;SC=TAATCCCAATTAAAAAAAATC;SOR=0.976;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=10;WE=85435009;WS=85434991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr11	85435730	rs550404	C	T	5503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr11	85436352	rs641393	G	A	4698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=75;NR=86;PP=2888;SC=CGAAATTTCCGTTTGAGAAGG;SOR=0.963;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=75;TCR=88;TR=161;WE=85436360;WS=85436342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	85436394	rs556669	T	C	3314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=64;PP=2285;SC=AAGATGAGCATCCTGGGGAAA;SOR=1.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=42;TCR=64;TR=106;WE=85436402;WS=85436384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	85436500	rs580459	T	C	2441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=31;PP=1423;SC=TCTGCAGCCATCTGAATCAAA;SOR=0.788;Source=Platypus;TCF=39;TR=70;WE=85436508;WS=85436490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	85436699	rs598346	A	G	5876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=118;NR=89;PP=2965;SC=CAGTGATAACAGGCGCCAACT;SOR=0.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=118;TCR=89;TR=207;WE=85436707;WS=85436689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr11	85436868	rs597480	G	C	5619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=83;PP=2965;SC=CTCAGTATCAGCAAAATCTGT;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=107;TCR=83;TR=189;WE=85436876;WS=85436858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	85437896	rs491867	A	G	7345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=2.652;SC=TGGATGATACACCCTGTGACT;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=136;TCR=116;TR=250;WE=85437904;WS=85437886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,275:0.99:277
chr11	85447611	rs680498	T	C	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=54;NR=34;PP=1196;SC=TTTGTTGTGATGAGTGACCTT;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=88;WE=85447619;WS=85447601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	85456703	rs647912	T	C	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=23;PP=1415;SC=GTGCTGCATCTTCTTCTGGCT;SOR=1.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=74;WE=85456711;WS=85456693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	85576113	rs11389838	C	CT	3200.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=27;PP=2378;SC=GAATTTTTCACTTTCGTATGT;SOR=1.300;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=60;WE=85576135;WS=85576103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	85576127	rs36093844	C	T	3846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=75;NR=39;PP=1964;SC=CGTATGTCTCCTTTCTAAACA;SOR=1.195;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=75;TCR=40;TR=114;WE=85576135;WS=85576103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	85584151	rs142446208	G	GT	342.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=3;PP=213;SC=CCCTAAATGTGTTTTCATAAT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=85584159;WS=85584141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	85593529	rs17817308	G	A	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=21;PP=1233;SC=TTGATCAAACGTGAATTACTG;SOR=1.478;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=67;WE=85593537;WS=85593519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	85597163	rs17744699	C	T	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=0;PP=315;SC=AATATCAGATCTTAACTTCTT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=85597171;WS=85597153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	85609806	rs10501601	A	T	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=318;SC=ACAGTGTAAAACAGCAAAAGC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=85609814;WS=85609800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	85610109	rs725459	G	C	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=40;PP=1286;ReadPosRankSum=1.371;SC=ATTTTTTTAAGTGGAAATGAC;SOR=0.650;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=61;WE=85610117;WS=85610099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr11	85622518	rs140532988	C	CA	213.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9968;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=166;ReadPosRankSum=0.291;SC=TTTTTTAAAACAAAAAAAGAT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=85622526;WS=85622508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr11	85626569	rs60185300	G	A	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=20;PP=558;SC=TAATGATGATGATTTTTTTCA;SOR=1.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=30;WE=85626577;WS=85626559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	85627108	rs7927222	T	C	5106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=68;PP=2741;ReadPosRankSum=-0.511;SC=AAGTAGAAAGTAGAGACTTGA;SOR=0.267;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=103;TCR=69;TR=170;WE=85627116;WS=85627098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,196:0.99:197
chr11	85671702	rs618679	A	C	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=10;PP=677;SC=CCATCTCCCAAAACAAGTAGC;SOR=1.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=85671710;WS=85671692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	85685574	rs4944550	C	T	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=25;PP=912;SC=TATCCTTTCCCTCCAAATAAT;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=85685582;WS=85685564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	85692061	rs17817690	A	G	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=8;PP=1127;SC=TTATACTTCTAAACTCAGTAA;SOR=3.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=47;WE=85692069;WS=85692051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	85692342	rs2508688	A	C	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=30;PP=710;SC=ATACTTATATAGAACAGAGTA;SOR=2.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=85692350;WS=85692332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	85714288	rs7951988	T	C	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=21;PP=1104;SC=TATGATTAAATCCATTTTATA;SOR=1.276;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=65;WE=85714296;WS=85714278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	85722238	rs57263198	G	GA	236.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=168;SC=CCCAAAAAAGGAAAAAAAAAG;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=85722246;WS=85722228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	85723527	rs17745153	C	T	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=184;SC=ACAGTAAATTCATGCATTAGG;SOR=3.442;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=85723535;WS=85723517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	85725937	rs592297	C	T	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.27;ReadPosRankSum=0.939;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,82:0.98:84
chr11	85975337	rs78475799	A	T	2819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	85977117	rs10898460	G	A	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=4;PP=315;SC=TTTTGGTTTTGCATACAGGAT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=85977125;WS=85977107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	85979636	rs72285136	CGT	C	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=9.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=0.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr11	86013380	rs11234604	G	A	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=21;PP=881;SC=TGGAGGGGCAGACACCCTCCC;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=56;WE=86013388;WS=86013370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	86017602	rs11822824	T	C	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	86017658	rs291247	A	T	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=14;PP=407;SC=ATTGTTTTTTAAAAAAGACAA;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=86017666;WS=86017648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	86055901	rs6592284	T	C	113.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=87;SC=TTAAAGTATGTACTATAGAGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=86055909;WS=86055891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	86098680	rs292109	T	C	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=40;PP=1249;SC=TAGTGCAGATTCATGGACTCA;SOR=1.044;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=79;WE=86098688;WS=86098670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	86111700	rs12272824	A	T	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=36;NR=19;PP=955;SC=ACTCGTTTTCATTCATTCTTT;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=55;WE=86111708;WS=86111690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	86119396	rs4412777	G	A	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=12;PP=352;SC=TTTTATTGGCGCAGGGTCTCA;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=86119404;WS=86119386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	86123467	rs3741006	G	A	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=27;PP=1610;SC=TCAGTCCTGCGCTTAATGCTC;SOR=1.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=61;TCR=27;TR=88;WE=86123475;WS=86123457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	86133784	rs1056194	C	T	5019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	86153911	rs7548	G	A	2280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	86157998	rs4944580	T	C	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=14;PP=722;SC=CTTTCTGAAATTCAGTTTGCT;SOR=1.067;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=39;WE=86158006;WS=86157988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	86159223	rs34662182	C	T	6996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr11	86161147	rs4944581	A	C	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=29;PP=1362;SC=CCCCCACCTCAATGACTCCCA;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=53;WE=86161155;WS=86161137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	86198596	rs2279048	A	G	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=449;SC=GAGAGGGGGGAGTAAGAAGGT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=86198604;WS=86198586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	86208897	rs609848	A	G	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=478;SC=ATGCCAAGAAAGAAATGGCCC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=86208905;WS=86208893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	86209327	rs79241234	C	A	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=609;SC=TATTCACCTGCAGGTGACCAG;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=86209335;WS=86209317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	86650282	rs4631906	T	C	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=20;PP=550;SC=AACAAAAAATTCTAATTACAG;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=86650290;WS=86650272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	86988314	rs10898654	C	T	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	86988571	rs71043606	G	GT	217.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.79;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	87006776	rs10792935	G	A	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	87032215	rs7112344	T	C	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=18;PP=1532;SC=TATATTAATATTTGTTTACTG;SOR=2.162;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=76;WE=87032223;WS=87032205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	87847018	rs3740925	C	T	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=35;PP=1382;SC=TTCTCTCTCACTGAAAAAACA;SOR=0.963;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=63;WE=87847026;WS=87847008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	88033661	rs217116	A	G	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=1.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	88045583	rs217086	A	G	6119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=125;NR=75;PP=2965;SC=AAGGTGTGCTATGTTGACATA;SOR=0.999;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=125;TCR=75;TR=200;WE=88045591;WS=88045573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr11	88045815	rs5793312	C	CT	304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=353;SC=AAATGTGCCCCTTTCAAAACA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=9;WE=88045823;WS=88045805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	88059683	rs217060	G	A	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	88059694	rs34320214	T	TA	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=1.198;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr11	88061405	rs580743	A	C	3356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=81;PP=1824;ReadPosRankSum=-0.789;SC=CATTATGTTGAGATTAAGCAT;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=51;TCR=84;TR=132;WE=88061413;WS=88061395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,134:0.99:135
chr11	88068052	rs217076	G	T	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=8;PP=878;SC=ATCAGAAGAGGTTTCAGATAT;SOR=2.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=88068060;WS=88068042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	88068329	rs217077	T	A	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=533;SC=AATTTCAATTTTAATTGTGCT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=88068337;WS=88068319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	88070563	rs580808	C	T	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=6;PP=447;SC=ATGCTCTGGCCACCCACAAGC;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=88070571;WS=88070553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	88242024	rs2941563	T	G	5963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=113;NR=103;PP=2965;SC=GCTGCGCGCCTCCCGTGACTT;SOR=0.868;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=115;TCR=103;TR=216;WE=88242032;WS=88242014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr11	88258689	rs4753486	C	T	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=487;SC=AATGGGGGTTCCTGCTTCTCA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=88258697;WS=88258679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	88338165	rs3816649	G	A	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=16;PP=394;SC=TAGCTTTGAGGTACAAATCTA;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=88338173;WS=88338155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	88645129	rs626218	T	A	2663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=30;PP=1570;SC=GTACGAAATTTTTTATTGTCT;SOR=1.321;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=62;TCR=30;TR=92;WE=88645137;WS=88645119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	89133449	rs317139	C	T	9288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=169;NR=157;PP=2965;SC=AGGGATGACTCATGACCGAAA;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=326;TCF=169;TCR=157;TR=326;WE=89133457;WS=89133439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr11	89221958	rs597046	G	C	165.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=130;SC=TATTCATTAAGTTACACCTAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=89221966;WS=89221954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	89223616	rs490934	C	G	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=16;PP=1008;SC=TCCAAGTTCACCTTACTTACC;SOR=1.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=89223624;WS=89223606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	89223931	rs2304500	G	A	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=12;PP=1073;SC=CTGAGACTAAGCATTTGGGTT;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=47;WE=89223939;WS=89223921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	89224101	rs3816123	G	T	5592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr11	89224131	rs34495256	T	TCTC	2574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=58;PP=1539;ReadPosRankSum=-1.072;SC=TTCCTCCACATCTCTCCCATC;SOR=0.707;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=98;TCF=27;TCR=71;TR=84;WE=89224142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,105:0.71:147
chr11	89224134	.	C	CCTT	646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=1.820;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,42:0.28:152
chr11	89224229	rs35177439	G	GT	4299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=59;PP=2974;SC=ATAAAGTTTTGTAAGTTGAGA;SOR=0.853;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=92;TCF=26;TCR=66;TR=84;WE=89224237;WS=89224219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	89224326	rs10830279	G	A	5461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	89224453	rs2289125	A	C	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=34;PP=969;ReadPosRankSum=-0.808;SC=TGCCCGCCGGACCGAGAAGGA;SOR=0.955;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=48;WE=89224461;WS=89224443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr11	89403414	rs10734120	C	T	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=17;NR=1;PP=488;SC=ACGCCTTTTCCCCTGTTAATC;SOR=4.294;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=89403422;WS=89403404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	89429993	rs183335542	C	A	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=10;PP=286;SC=TGACTTCTTGCAAGCAAATAG;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=89430001;WS=89429983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	89444754	rs7111680	G	A	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=41;PP=1021;SC=AGTTAACCATGTGTCCCCTGA;SOR=1.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=66;WE=89444762;WS=89444744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	89531764	rs201172121	T	C	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=35.50;QD=27.51;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	89531780	rs149578071	G	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.30;MQRankSum=0.833;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.900;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr11	89534159	.	G	GA	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.77;MQRankSum=1.658;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.508;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr11	89774197	.	CTTT	C,CTT	1927.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=4.094;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.57;MQRankSum=-7.674;QD=11.90;ReadPosRankSum=0.324;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:25,25,112:0.15,0.69:162
chr11	89774236	rs74584169	C	G	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=3.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.89;MQRankSum=-1.167;QD=6.55;ReadPosRankSum=1.147;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,101:0.39:259
chr11	89774448	rs77759231	G	A	3270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQRankSum=-17.288;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.994;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,182:0.39:461
chr11	89946502	rs35305859	CA	C	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=5.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr11	91545212	rs4753345	C	G	2782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=47;PP=1520;SC=CACAGCAAGACTATTTAACTG;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=93;WE=91545220;WS=91545202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	92497990	rs3847524	C	G	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=7;PP=605;SC=CAGATCCAAACTCTACAACAA;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=92497998;WS=92497987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	92523392	.	CA	C	4105.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=61;PP=2692;SC=ATGGTAGGACCAAAATCCTAA;SOR=1.042;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=76;TCF=9;TCR=67;TR=70;WE=92523400;WS=92523382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	92531356	rs7949157	A	G	9514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=172;NR=166;PP=2965;SC=ATCACCACTCAGAAGGCCCTG;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=339;TCF=173;TCR=166;TR=338;WE=92531364;WS=92531346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr11	92532677	rs12362722	T	C	8738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=174;NR=124;PP=2965;SC=GCGGAAAACCTTCTTTGTCTA;SOR=0.936;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=298;TCF=174;TCR=124;TR=298;WE=92532685;WS=92532667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr11	92534442	rs3847531	A	G	8620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=160;NR=142;PP=2965;SC=CAAAGGGGGCATATTCGTCAT;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=304;TCF=161;TCR=143;TR=302;WE=92534450;WS=92534432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr11	92539384	rs4753415	A	G	144.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=168;SC=TAATATATTGAAATATGTTTC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=92539392;WS=92539378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	92564767	rs6483189	T	G	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=11;PP=1778;SC=GCCCACTCATTTTCCTGTGTC;SOR=2.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=67;TCR=11;TR=78;WE=92564775;WS=92564757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	92573911	rs10765565	G	T	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=802;ReadPosRankSum=-1.123;SC=TCTGGAATACGTGTTGTGTGT;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=44;WE=92573919;WS=92573901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,50:0.93:54
chr11	92590448	rs4753069	A	G	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	92592536	rs35216054	GT	G	2188.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.12;NF=2;NR=54;PP=2137;SC=TCATGTTAGTGTTTTGGCTCT;SOR=2.272;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=2;TCR=57;TR=56;WE=92592544;WS=92592526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	92599851	rs3847553	G	A	5847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=67;PP=2965;SC=CAGGGTGTAGGGAACATATTC;SOR=1.147;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=121;TCR=67;TR=188;WE=92599859;WS=92599841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr11	92615756	rs77951320	C	G	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.03;ReadPosRankSum=-0.634;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,55:0.98:56
chr11	92620160	rs12421052	A	T	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=20;PP=1027;SC=TTCACTGTCCATGAAGACAAA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=55;WE=92620168;WS=92620150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	92623608	rs7118363	A	G	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=264;SC=CCAGCAAAGCACCAACTCCAG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=92623616;WS=92623600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	92718127	rs1447350	G	C	3045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.76;ReadPosRankSum=-1.409;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,119:0.97:123
chr11	92718163	rs1447351	A	G	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=819;ReadPosRankSum=-0.223;SC=AAGTCTGGTCAGAGGTGCCAC;SOR=0.966;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=57;WE=92718171;WS=92718153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,64:0.94:68
chr11	92915017	rs17631593	C	T	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=31;PP=864;SC=ATAAAACCACCTCTTGAAATA;SOR=2.531;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=40;WE=92915025;WS=92915007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	93118515	rs3020057	G	A	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=16;PP=762;SC=TGCATTGTACGTTATGATAAC;SOR=1.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=45;WE=93118523;WS=93118505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	93122446	rs3020056	T	A	196.90	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	93122446	.	TC	AA	174	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=174;QD=56.8669687156;SC=CCGACATTTTTCTGTGTGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=93122455;WS=93122436;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	93122447	rs3020055	C	A	196.90	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	93141580	rs2259633	C	A	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	93170909	rs375443728	T	TCC	96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=8;PP=161;SC=TTTATTTGCTTCCCCCCCCCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=8;WE=93170917;WS=93170899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	93170925	rs2605584	G	A	118.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=218;SC=CCCCACCCCCGCCAAGAAAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=93170933;WS=93170915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	93212161	rs2605594	A	G	10905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=243;NR=172;PP=2965;SC=TGGGGTCCGCAGCCGGCTGCG;SOR=1.057;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=416;TCF=243;TCR=173;TR=415;WE=93212169;WS=93212151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr11	93212254	rs2658797	C	T	15856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=277;NR=302;PP=2965;SC=GCGTGGGCAGCACCACTGTAG;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=580;TCF=277;TCR=303;TR=579;WE=93212262;WS=93212244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,616:1.00:616
chr11	93400052	rs7123801	G	A	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=74;SC=TTACATTAGAGTGTTCTAAAT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=93400060;WS=93400042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	93402096	rs1944101	C	A	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=5;PP=101;SC=AACAAAAAACCTGGTAAAGTA;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=93402104;WS=93402086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	93403067	rs1954994	G	A	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=14;PP=355;SC=TTGTACAGGAGTATATCTGGA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=93403075;WS=93403057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	93408831	rs10831088	G	A	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=26.10;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	93408958	rs35646565	C	CA	571.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=732;SC=TAATAATAATCAAAACCTTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=19;WE=93408966;WS=93408948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	93412774	rs1944100	A	G	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=34;PP=944;SC=ATAGCATTGCAGGACTGATTA;SOR=1.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=50;WE=93412782;WS=93412764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	93425159	rs4753495	C	A	3690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	93454831	.	GGTGTGT	G,GGT	1767.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.99;QD=40.18;SOR=2.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,11,33:0.25,0.75:44
chr11	93462607	rs7131178	A	T	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=14;PP=805;SC=TAGGTGAGTGAGTTTCTGCCT;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=43;WE=93462615;WS=93462597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	93463145	rs200136546	A	AT	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=4.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=-1.444;SOR=0.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,30:0.27:113
chr11	93463332	rs7101779	A	G	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	93463666	rs7119918	C	A	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	93464175	rs1944108	A	C	3931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=52;PP=1870;ReadPosRankSum=-0.567;SC=TTGCTAGCAAAGTAGCAGATA;SOR=0.350;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=84;TCR=52;TR=135;WE=93464183;WS=93464165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,154:0.99:155
chr11	93466866	rs2155248	G	T	2258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=49;PP=1400;SC=AGGGGTTCGAGGCTACAGTGA;SOR=1.423;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=78;WE=93466874;WS=93466856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	93474570	rs11280945	T	TGCGTGA	25116.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=141;PP=2965;SC=ACTGGCCTGGTGTCCTAGAGC;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=53;TCR=145;TR=191;WE=93474578;WS=93474560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,547:1.00:547
chr11	93474678	rs630648	G	C	9545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=119;NR=166;PP=2965;SC=TATTTCCGTGGCCCAAGTAAT;SOR=1.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=287;TCF=120;TCR=167;TR=285;WE=93474686;WS=93474668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr11	93474791	rs623510	G	T	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=27;PP=670;SC=GCGCAGGGAGGACTGACTAAC;SOR=3.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=93474799;WS=93474781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	93474827	rs631116	T	C	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=20;PP=547;SC=GCTCGCGTATTCTGAGGAGGC;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=93474835;WS=93474817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	93483346	rs681321	G	A	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=3;PP=185;SC=TGTATCTTGTGATTATGTCTA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=93483354;WS=93483336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	93487008	rs623993	G	A	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=8;PP=744;SC=CTGTTGATCAGTTGGCAAGGA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=93487016;WS=93486998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	93490682	rs604414	T	A	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=39;PP=1043;SC=GTGTGTGCACTTACTTAAGAT;SOR=2.522;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=52;WE=93490690;WS=93490672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	93521405	rs676586	C	T	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=38;PP=1131;SC=GGCTTTGTGCCTGTTGTTCCA;SOR=1.573;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=93521413;WS=93521395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	93527219	rs657177	T	C	6205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=25.97;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr11	93527282	rs5793656	GA	G	2131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=58;PP=1863;SC=ATATAGGTAGGAAAAAATAGA;SOR=1.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=0;TCR=62;TR=58;WE=93527290;WS=93527272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	93534929	.	T	TGA	1402.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.25;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	93534930	.	TTC	T	1402.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.84;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	93540914	rs72978409	T	G	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=43;PP=1153;SC=AAAAAAATTTTTTTCCAGTAG;SOR=1.897;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=63;WE=93540922;WS=93540904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	93754508	rs2511403	G	A	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=6;PP=752;SC=TGTGCAGGCTGCCTGCCTGCT;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=93754516;WS=93754498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	93797619	rs1945783	A	G	4584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=93;NR=67;PP=2491;SC=TTTCTGCACCAACCCTGATTC;SOR=0.883;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=95;TCR=67;TR=160;WE=93797627;WS=93797609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	93801012	rs10765650	C	T	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=36;PP=1071;SC=TTAGATAGAGCCTTGTATGTA;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=50;WE=93801020;WS=93801002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	93801062	rs10765651	C	T	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=384;SC=GAAAATATAACGCTCATCTCT;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=93801070;WS=93801052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	93803717	rs1878799	C	G	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=32;PP=953;SC=AGGTAAGCACCCTTTGTTGGT;SOR=1.318;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=56;WE=93803725;WS=93803707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	93806416	rs1914725	T	C	5020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=78;PP=2965;SC=CTCTTCTGCTTTACTTCTTTC;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=85;TCR=79;TR=163;WE=93806424;WS=93806406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr11	93834223	rs7927016	G	A	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=406;SC=CTCTAAAGTGGAGTAGAGTTA;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=93834231;WS=93834213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	93844034	rs7925817	G	T	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=36;PP=1856;SC=AGCAAAGAAGGCTACTAGCTG;SOR=1.295;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=69;TCR=36;TR=105;WE=93844042;WS=93844024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	93862493	rs1138800	A	C	4127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	93886838	rs7928030	G	C	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=30;PP=872;SC=TTGCTTTATAGATAAGGAAAC;SOR=1.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=93886846;WS=93886828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	94179125	rs1014666	T	C	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	94194303	rs529126	G	T	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=22;SC=CCAAACTTTAGCAACTGCCAG;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=94194311;WS=94194293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	94197568	rs640627	C	T	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=399;SC=ATTTATCCTACTGAGAAACTA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=94197576;WS=94197558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	94203868	rs610611	A	T	4570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=90;PP=2583;SC=GTGATGTGCAAACGAAAGCTT;SOR=1.185;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=65;TCR=90;TR=155;WE=94203876;WS=94203858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	94212048	rs535801	C	T	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	94212154	rs680695	A	G	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=16;PP=409;SC=AAAAACATAGATGAGGATAGT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=94212162;WS=94212144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	94212930	rs35062043	T	TA	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr11	94223855	rs608452	A	G	241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=163;SC=ATACAAAATCAGCTTTGAGCT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=94223863;WS=94223845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	94225807	rs496797	C	T	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	94225920	rs497763	C	T	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.59;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	94229665	rs540199	A	G	177.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=0;PP=173;SC=GAGAAAAACAAGAGTTTAGAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=94229673;WS=94229658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	94301881	rs61065511	T	C	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.26;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	94308355	rs147547817	CA	C	403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=8;PP=279;SC=TAAGGACTTCCAAATTCTAGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=94308363;WS=94308345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	94320179	rs16920648	T	G	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=17;PP=932;SC=CGGTATAACATTGACAATATT;SOR=1.378;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=94320187;WS=94320169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	94320237	rs7110167	T	C	3332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=39;PP=1828;SC=GGCCTGGGTTTGCCATTTCTG;SOR=1.225;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=72;TCR=40;TR=111;WE=94320245;WS=94320227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	94326627	rs11020851	G	A	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=13;PP=649;SC=ATGTAAGGATGCTCACCTGGC;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=41;WE=94326635;WS=94326617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	94328339	rs515115	A	T	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=1;PP=546;SC=TTAAAATGACATACGTGGTTT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=94328347;WS=94328330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	94335077	rs624184	C	T	8155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=138;NR=141;PP=2965;SC=AATATGTTGCCGAGAGCTTTC;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=279;TCF=138;TCR=141;TR=279;WE=94335085;WS=94335067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr11	94337220	rs593690	C	T	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	94354019	rs504010	T	C	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=26;PP=1368;SC=TCTTAATTATTATCAATACTT;SOR=1.191;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=76;WE=94354027;WS=94354009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	94474044	rs11300560	GT	G	5057.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=50;PP=2965;SC=GCTGGTGCTTGTGCGGGTTCG;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=73;WE=94474052;WS=94474034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	94501849	rs2915239	G	A	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=32;PP=904;SC=TGGGGGCCCGGGGCTGAGATC;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=94501857;WS=94501839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	94696474	rs58293261	G	GA	555.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.85;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	94699391	.	TACACACACACAC	T,TAC	1524.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=38.12;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,11,29:0.28,0.73:40
chr11	94699507	rs34805065	A	AT	3211.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=34;PP=1828;SC=GGCCAGTGAGATAAGGAGAGG;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=41;WE=94699515;WS=94699497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	94703049	rs7107185	T	C	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=0;PP=255;SC=TTAGACACGGTAAAGGAGATT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=11;WE=94703057;WS=94703042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	94704037	rs3737505	C	G	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=592;SC=ATAACAGTAACTAAACATAAA;SOR=3.611;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=26;WE=94704045;WS=94704027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	94704092	rs4753645	T	A	4581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.92;SOR=1.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	94704094	rs4753646	G	A	4581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.48;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	94704689	rs3831469	A	AAC	1501.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=26;PP=1316;ReadPosRankSum=-0.301;SC=ATGTTACTTAAACACACACAC;SOR=0.787;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=29;WE=94704697;WS=94704679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,51:0.89:57
chr11	94730403	rs11371511	C	CA	124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=1;PP=51;SC=ATCTCATTTGCAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=94730411;WS=94730398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	94759059	rs10752685	A	G	3654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.96;QD=26.87;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	94782539	rs620838	G	A	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=11;PP=1270;SC=TCAGGCATTTGGAGGACACCG;SOR=2.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=59;WE=94782547;WS=94782529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	94800902	rs5793709	G	GC	25734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=205;PP=2973;SC=TCGCGCTACAGCGCTCTCCCT;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=309;TCF=98;TCR=211;TR=298;WE=94800910;WS=94800892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,691:1.00:691
chr11	94823448	rs3016947	A	T	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=37;PP=865;SC=GCCGCTGGACATGCCCCCAGT;SOR=3.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=43;WE=94823456;WS=94823438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	94861491	rs599281	C	T	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=10;NR=0;PP=248;SC=CTAGTGCTGCCTCTGTGCTGT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=94861499;WS=94861485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	94906286	rs2155239	A	C	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	95512960	.	GACTT	G	2577.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=23;PP=1695;SC=ATTTTGGTAAGACTTAAGTAA;SOR=0.796;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=31;WE=95512971;WS=95512950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	95528663	rs5793747	C	CT	848.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=336;ReadPosRankSum=0.785;SC=AGCTGTTATTCTTTTTTTTTT;SOR=0.589;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=24;WE=95528671;WS=95528653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,52:0.80:65
chr11	95825374	rs10557243	TTGCTGCTGCTGC	TTGC,T	7874.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18,18;NR=97,97;PP=2994,91;SC=GCTGCTGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=24;TCR=126;TR=115,115;WE=95825393;WS=95825352;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:193
chr11	95825797	rs7931870	A	G	3639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=54;PP=2067;SC=GTCCAGCAGAAGAGGGCAAGG;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=60;TCR=55;TR=114;WE=95825805;WS=95825787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	99428929	rs11375374	C	CT	2047.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.01;SOR=1.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	99690212	rs12292548	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=201;ReadPosRankSum=1.033;SC=AAACAATCTTCATAAGAAAAA;SOR=0.336;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=11;WE=99690220;WS=99690207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr11	99690286	rs10790978	T	G	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=568;ReadPosRankSum=-1.399;SC=GTATTCAAAATCTCTTCCTGG;SOR=0.520;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=113;TCF=80;TCR=33;TR=41;WE=99690294;WS=99690276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,46:0.38:121
chr11	99690376	rs12292659	C	T	2199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=8.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=1.209;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,121:0.39:311
chr11	99690428	rs7125822	T	G	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=25.602;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=42;PP=965;ReadPosRankSum=0.925;SC=CCCAGCTGGCTAGGGGCAGCT;SOR=1.381;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=236;TCF=111;TCR=125;TR=73;WE=99690436;WS=99690418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,99:0.35:280
chr11	99941322	rs2059014	C	T	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	100168289	rs1944178	C	T	4329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=40;PP=2291;SC=TCTGACTTATCTCAGGATTTT;SOR=1.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=79;TCR=40;TR=119;WE=100168297;WS=100168279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	100168320	rs75986029	T	TC	6642.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.245;NF=51;NR=57;PP=2979;ReadPosRankSum=2.206;SC=GGTTGGGAGTTTTTTTCTCCT;SOR=1.141;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=52;TCR=59;TR=108;WE=100168328;WS=100168310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,239:0.99:241
chr11	100169829	rs1944180	A	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=3;PP=714;SC=TTAATTAAGAATTTGGAGAAA;SOR=3.407;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=29;WE=100169837;WS=100169819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	100641200	rs7944598	A	T	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.11;ReadPosRankSum=3.386;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr11	100730087	rs661237	G	A	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=457;SC=TCACATTGTTGTTAGGATCAA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=100730095;WS=100730077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	100730213	rs646392	G	A	3366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	100804088	rs626529	A	G	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	100807130	rs581921	T	C	4628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=73;NR=71;PP=2460;SC=GTGACTTGGTTAGTAGTATTT;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=74;TCR=71;TR=144;WE=100807138;WS=100807120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	100811574	rs35159175	CAT	C	3675.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=34;PP=1741;SC=ATTAAGAACTCATATTCTAGT;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=37;WE=100811583;WS=100811564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	100811690	rs661973	G	T	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=324;SC=TTCAGACAGTGATAACCGCTA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=100811698;WS=100811680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	100812338	rs151209547	A	AAC	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.89;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	100812340	.	GAC	CAG	244	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=6;NR=3;PP=244;QD=33.0519860958;SC=CTGATTCTAAGACACTCTACC;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=9;WE=100812361;WS=100812330;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr11	100812342	rs370937549	CACTCTACCCTAT	C	535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=41.21;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	100812344	.	CTCTACCCTAT	C	2050	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=23;MQ=61.19;NF=2;NR=3;PP=2050;QD=417.0;SC=TTCTAAGACACTCTACCCTAT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=100812361;WS=100812330;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	100814409	rs619066	G	A	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	100814570	rs543146	A	G	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	100814609	rs618155	G	T	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=25;PP=695;SC=GGTTTGAGCTGTTCTTTTCAC;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=100814617;WS=100814599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	100819305	rs633967	T	C	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	100819430	rs482050	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	100819447	rs481991	C	A	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	100820725	rs694556	A	T	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=24;PP=646;SC=TTTTATCATGAAGTTATTTTT;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=100820733;WS=100820715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	100827326	rs151243237	AAATAT	A	10944.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=96;PP=2965;SC=GGGTGCTGAGAAATATAATCT;SOR=0.734;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=120;TCF=22;TCR=98;TR=115;WE=100827338;WS=100827316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr11	100830693	rs563460	T	C	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=18;PP=418;SC=GTTGCCTGATTGGTACAGCAT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=100830701;WS=100830683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	100833059	rs540866	A	G	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=8;PP=731;SC=ACAGTCACCTAATTCTTAAAG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=100833067;WS=100833049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	100847050	rs569270	A	G	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=12;PP=584;SC=GTGTTGCTTCAGTCACTAGCC;SOR=1.096;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=35;WE=100847058;WS=100847040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	100847069	rs569336	G	A	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=22;PP=855;SC=CCCAGGAGACGTTTCCCCACC;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=49;WE=100847077;WS=100847059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	100847749	rs575734	A	G	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=39;PP=1351;SC=GGATACAGAGAGGAGTTGAGT;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=79;WE=100847757;WS=100847739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	100847829	rs3216738	CA	C	1538.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=28;PP=1262;SC=AGAGTGGGTACAGTCCACTTC;SOR=2.362;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=29;WE=100847837;WS=100847819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	100849673	rs10791440	A	C	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=4;PP=1278;SC=AGCAGAACTGAATGTGATTGA;SOR=4.977;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=49;WE=100849681;WS=100849665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	100856632	rs629813	T	C	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=6;PP=703;SC=GAAATTATAATGTAATGCTGC;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=100856640;WS=100856622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	100856955	rs551632	C	T	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=316;SC=ATGATAGTTCCCTGGGCAGCT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=100856963;WS=100856945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	100859439	rs524811	G	A	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=3.153;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=25.07;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=0.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,123:0.99:124
chr11	100863096	rs515552	A	G	9881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=183;NR=146;PP=2965;SC=CAGGTCACGAAAAAGAACACA;SOR=0.865;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=329;TCF=183;TCR=146;TR=329;WE=100863104;WS=100863086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr11	100863354	rs471933	C	A	9459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr11	100922404	rs578029	A	T	100.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=74;SC=TAGGGTAATAAAATGTTTTCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=100922412;WS=100922394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	100933598	rs11571221	G	GAATGA	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=2;PP=101;SC=AGCATCAATCGAATGAAATAG;SOR=1.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=100933606;WS=100933588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	100998105	rs11571153	C	T	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.12;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	100998623	rs1379130	G	A	3067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=54;NR=53;PP=1836;SC=AGGCCTCCGCGCCTTCCTCCT;SOR=1.078;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=113;TCF=59;TCR=54;TR=107;WE=100998631;WS=100998613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	100999838	rs11437764	A	AG	971.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=16;PP=897;SC=CCCCGTCTCCAGGAGGAGGGA;SOR=1.536;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=18;WE=100999846;WS=100999828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	101374626	rs4542378	G	A	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=6;PP=541;SC=TAAAGAGCTTGTTGAATAAAC;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=101374634;WS=101374616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	101375549	rs10501986	T	C	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=41;PP=1205;SC=AACAGAAAGATTGTAAACAAA;SOR=2.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=52;WE=101375557;WS=101375539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	101771248	rs3858418	G	A	8176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=146;NR=138;PP=2965;SC=ATCACAGTCCGTCCACCTCCT;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=146;TCR=138;TR=284;WE=101771256;WS=101771238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr11	101771381	rs3858419	G	A	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=47;PP=1291;SC=AAAAGAGACGGTACTGCCACT;SOR=2.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=58;WE=101771389;WS=101771371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	101775663	rs1661409	G	A	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.639;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=782;ReadPosRankSum=0.759;SC=ACACATTTAAGTAAATTTATA;SOR=0.313;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=53;WE=101775671;WS=101775653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,60:0.97:62
chr11	101778710	rs1661410	A	G	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.14;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	101818728	rs11225080	A	G	2764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=42;PP=1594;ReadPosRankSum=-0.842;SC=AGATAAAGTGATTCTGTACTG;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=99;WE=101818736;WS=101818718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,108:0.98:110
chr11	101826949	rs930469	T	C	18821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=724;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=342;NR=311;PP=2965;ReadPosRankSum=0.821;SC=AGCATTCTACTGCAGCCACTC;SOR=0.349;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=654;TCF=342;TCR=312;TR=653;WE=101826957;WS=101826939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,720:1.00:721
chr11	101832478	rs7926728	G	T	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.45;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	101833644	rs7109233	C	T	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.12;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	101848990	rs3740931	A	G	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=5;PP=761;SC=TTTTCTTGATATTTGAAAGTA;SOR=1.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=101848998;WS=101848980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	101857758	rs6590942	G	A	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=237;SC=AATGATCTCAGTGAAAGACTA;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=101857766;WS=101857748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	101863706	rs1274901	C	T	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=13;PP=412;SC=TTCTCCTCAACTGGCTTTTTA;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=101863714;WS=101863696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	101868415	rs1783742	C	T	5294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr11	101918327	rs12804542	A	G	4315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=78;PP=2489;SC=GAACCGAGGCACAGGGAGAGA;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=73;TCR=78;TR=151;WE=101918335;WS=101918317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	101984718	rs2033082	A	G	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=1;PP=328;SC=AAAAGTATCCATTTGAAAACC;SOR=4.514;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=101984726;WS=101984708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	102080325	.	G	GA	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr11	102199608	rs60157696	TA	T	438.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.25;ReadPosRankSum=-0.322;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr11	102199610	rs59068554	TA	T	93.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=-0.698;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr11	102199611	rs10895289	A	T	139.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.965;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr11	102207024	rs7124969	C	T	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=11;PP=341;SC=TAATTTATGACTACTGAAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=102207032;WS=102207014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	102207851	rs1055088	G	A	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=18;PP=526;SC=CCAAAACATCGTCTAAACTTT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=102207859;WS=102207841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	102248377	rs34510872	C	T	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=24;PP=1143;SC=CCTTTACAAGCGAGAGAACTG;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=63;WE=102248385;WS=102248367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	102272619	.	G	GA	1098.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=13;PP=874;SC=TGCAGCATAGGAAAAAAAAGG;SOR=1.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=37;WE=102272627;WS=102272609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	102323160	rs2436036	C	T	4143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	102449650	rs7934921	T	A	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;QD=27.83;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	102449951	rs1940054	A	C	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=513;SC=CTGGTCAGGCATATGGACACA;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=102449959;WS=102449941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	102465281	rs7116339	G	A	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=3;PP=316;SC=AATGCTGGCAGGGCTAGATAT;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=102465289;WS=102465271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	102465502	.	CAAAA	C	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.05;ReadPosRankSum=0.944;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr11	102573396	rs2701994	C	G	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=5;PP=571;SC=GGGAACTTTACAGTTAAAAAG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=102573404;WS=102573386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	102576358	rs2846707	T	C	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=20;PP=1228;SC=GCCAGTTGCATATTTTCTTCA;SOR=1.385;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=64;WE=102576366;WS=102576348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	102576375	rs1939015	G	A	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	102584023	rs1939018	T	A	9324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=195;NR=123;PP=2965;SC=ACGAAAATGCTTGCTGAACTT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=319;TCF=195;TCR=124;TR=318;WE=102584031;WS=102584013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr11	102584466	rs3832755	G	GTT	5073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=41;PP=695;SC=CATTTATTAGGTTTTTTTTTC;SOR=1.114;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=66;WE=102584474;WS=102584456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	102584607	rs2509013	T	C	5130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=70;NR=99;PP=2965;SC=AACAAAATGTTATCCGATTTA;SOR=1.161;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=70;TCR=99;TR=169;WE=102584615;WS=102584597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr11	102585493	rs36223553	TTATATATATA	T	562.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.52;ReadPosRankSum=1.513;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr11	102592049	rs113713628	T	TTG,TTGTG	1730.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.23;QD=39.33;SOR=2.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,11,33:0.25,0.75:44
chr11	102593042	rs948218	T	A	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=266;SC=CTCACACTCTTCAAAGGCAGG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=102593061;WS=102593032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	102593053	rs1940474	G	T	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=4;PP=429;SC=CAAAGGCAGGGATATTTATCT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=102593061;WS=102593032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	102593248	rs1940475	T	C	9784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=183;NR=152;PP=2965;SC=CGAGGCTTTTTCATCATGTCC;SOR=0.789;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=337;TCF=185;TCR=152;TR=335;WE=102593256;WS=102593238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr11	102594376	rs6590983	A	C	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=40;PP=1674;SC=CCATTCTATTAATTACTAATC;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=84;WE=102594384;WS=102594366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	102594427	rs6590984	T	C	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=29;PP=1639;SC=CAAAAATTAATCCAGTCACAC;SOR=1.206;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=82;WE=102594435;WS=102594417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	102595492	rs3765620	G	A	3247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	102595666	rs2155052	C	G	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=37;PP=1176;SC=AGCACCCTGACGTTCACAGCA;SOR=1.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=58;WE=102595674;WS=102595656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	102622758	rs72975593	A	G	2977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=31;PP=1752;SC=TGATTTCCCAAGTTTTCTGAG;SOR=1.358;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=63;TCR=32;TR=94;WE=102622766;WS=102622748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	102623115	rs531335	A	G	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=13;PP=345;SC=TTCTCAAGCTACACAGGTGTG;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=102623123;WS=102623105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	102641452	rs470171	G	C	3998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.14;ReadPosRankSum=-0.749;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,152:0.99:153
chr11	102642716	rs17860997	A	AT	3276.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=20;PP=1959;SC=AGATTCCTGCATGACAATGAA;SOR=1.338;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=43;WE=102642724;WS=102642706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	102647310	rs470154	T	G	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=25;PP=1006;SC=TCATTGTAGATCTGCAATGCC;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=57;WE=102647318;WS=102647300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	102649543	rs470277	T	A	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=24;PP=720;SC=CTGTTCCAATTAAACAACAGT;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=102649551;WS=102649533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	102661099	rs470215	T	C	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	102661595	rs470747	A	G	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=57;PP=1698;SC=CACTCTGAAAATCATTACAGA;SOR=1.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=36;TCR=57;TR=93;WE=102661603;WS=102661585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	102663476	rs17884110	A	AG	8062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.926;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.752;NF=15;NR=83;PP=2974;ReadPosRankSum=-0.961;SC=GAATCTGATTAGAAAAAAAGC;SOR=0.979;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=16;TCR=88;TR=98;WE=102663490;WS=102663466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,189:0.97:194
chr11	102663482	rs1144391	A	T	7935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.543;NF=57;NR=84;PP=2846;ReadPosRankSum=-1.327;SC=GATTAGAAAAAAAGCAAGAAA;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=59;TCR=87;TR=141;WE=102663490;WS=102663466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,185:0.97:190
chr11	102666043	rs491152	A	G	3426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=51;PP=1986;SC=TAAAATACCTAGAGTTAGTTT;SOR=0.810;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=109;WE=102666051;WS=102666033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	102666316	rs470558	T	C	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=32;PP=792;SC=GTTCATGAGCTGCAACACGAT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=102666324;WS=102666306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	102668603	rs5794198	CA	C	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.717;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr11	102668702	rs470358	T	C	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=30;PP=1065;SC=TATTGTCACATGCAATGCAGC;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=45;TCR=30;TR=75;WE=102668710;WS=102668692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	102707339	rs639752	C	A	3685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	102707914	rs575027	A	G	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=5;PP=854;SC=AAATTTTGAGAAGGGAACTGG;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=102707922;WS=102707904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	102709425	rs520540	A	G	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=65;PP=2040;SC=TTCCTCTGATAGCCCAGAATT;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=50;TCR=65;TR=115;WE=102709433;WS=102709415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	102711338	rs591058	T	C	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=14;PP=341;SC=TTTAAGAAATTGAGAACAATA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=102711346;WS=102711328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	102713465	rs602128	A	G	9235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=178;NR=148;PP=2965;SC=AGTGACCAACATCAGGAACTC;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=327;TCF=179;TCR=148;TR=326;WE=102713473;WS=102713455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr11	102713620	rs679620	T	C	5243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=116;PP=2831;SC=ACATCTTTTTTGAGGTCGTAG;SOR=1.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=78;TCR=116;TR=194;WE=102713628;WS=102713610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr11	102713777	rs678815	G	C	146.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=116;SC=TGAAATAATGGCAAATTTTAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=102713785;WS=102713767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	102735030	rs476391	C	G	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=70;PP=2394;SC=AAGTGGCTTTCCTGACATGCA;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=62;TCR=70;TR=132;WE=102735038;WS=102735020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	102735103	rs476185	A	G	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=42;PP=1156;SC=CTCTGATGAAAAAAACCAAGG;SOR=2.342;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=56;WE=102735111;WS=102735093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	102735140	rs644552	G	A	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=30;PP=821;SC=GATTTCCTCTGAGTCCCTATA;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=102735148;WS=102735130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	102736419	rs651159	T	C	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=9;PP=538;SC=GCTTTGGGAATTTGCGCAGAA;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=102736427;WS=102736409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	102736642	rs652438	T	C	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=19;PP=554;SC=TGGTCTTAAATTGCTAATTAA;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=102736650;WS=102736632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	102738793	rs5794199	G	GT	7639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=68;PP=2967;SC=TGAGGAACAAGTGGTGCCTAA;SOR=1.199;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=3;TCR=76;TR=71;WE=102738803;WS=102738783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	102738795	rs5003690	G	T	7648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=71;PP=2004;SC=AGGAACAAGTGGTGCCTAAGA;SOR=1.227;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=38;TCR=72;TR=109;WE=102738803;WS=102738783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	102745469	rs28360358	GCAAA	G	2085.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=43.45;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	102816356	rs3758854	G	A	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	102820965	rs17860556	G	A	3807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=65;PP=1975;ReadPosRankSum=-0.928;SC=ACCTGTAGTCGTGAAAGGCAA;SOR=0.375;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=62;TCR=66;TR=127;WE=102820973;WS=102820955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,146:0.99:147
chr11	102822649	rs11225490	T	C	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=203;SC=ACCAAAACATTATTATGCAGC;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=102822657;WS=102822639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	102822733	rs3819089	C	T	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.72;SOR=1.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	102825417	rs17860529	C	T	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=9;PP=211;SC=TATTGCTTTTCAATTCAAAAT;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=102825425;WS=102825407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	102954119	rs11225545	G	A	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=26;PP=758;SC=AAATCGTCATGCTAAAGGTAC;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=102954127;WS=102954109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	102960146	rs200511043	G	GT	576.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.417;QD=19.22;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr11	102985018	rs2245404	A	G	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=8;PP=186;SC=TGTCTCATTAATACATTAGTA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=102985026;WS=102985008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	102988504	rs12146610	A	T	5100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=83;PP=2812;SC=CTAACAGGTCAGGTGTGGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=92;TCR=83;TR=175;WE=102988512;WS=102988494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	102993426	rs118117890	C	T	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=344;SC=GTGAATCTTCCGTTTCACTGT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=102993434;WS=102993418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	103022842	rs10664799	G	GT	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr11	103026040	rs5794210	CT	C	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=8.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.000;QD=8.22;ReadPosRankSum=-1.352;SOR=3.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr11	103029373	rs688094	G	A	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.87;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	103036743	rs72989738	C	G	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	103046866	rs72989749	T	C	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=334;SC=CTAGTGCATTTAATGATTAAT;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=103046874;WS=103046858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	103047007	rs585692	C	A	3454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=46;PP=1811;SC=GGCTTAATACCATGTCAAAGT;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=66;TCR=46;TR=112;WE=103047015;WS=103046997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	103060309	rs617059	A	G	161.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=134;SC=AGAGCAGCACAGTTTCAAAAC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=103060317;WS=103060302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	103062371	rs146014868	T	TTGTGTG,TTGTGTGTG	1035.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.4997;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=3,3;NR=13,13;PP=336,27;SC=AGTGTGTATCTTGTGTGTGTG;SOR=1.721;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=16,16;WE=103062379;WS=103062361;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:26
chr11	103074349	rs631712	C	T	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=9;PP=543;SC=GAAAAAGCATCATTTATTAAA;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=103074357;WS=103074339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	103074639	rs613978	C	A	197.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=158;SC=AAAGTAACACCTAACTAGTGG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=103074647;WS=103074629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	103082412	rs72971518	T	C	196.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.6705;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=128;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TATAACTATATAGCATGGAAG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=103082420;WS=103082410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr11	103082590	rs589623	G	A	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	103086381	rs679691	G	T	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=265;SC=CTTTTCTATAGGGCTTTATTT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=103086389;WS=103086371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	103086399	rs78873690	G	GTA	911.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=704;SC=TTTACTGTGTGTGTAAAATTC;SOR=2.531;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=14;WE=103086407;WS=103086389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	103091237	rs636510	A	G	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=0;PP=424;SC=TAAGAGAGAGAACATTAGTAA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=16;WE=103091245;WS=103091227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	103091546	rs670464	G	A	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=40;PP=1100;SC=ATATTATTTCGGCAATGAATG;SOR=1.573;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=103091554;WS=103091536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	103092945	rs654061	A	G	132.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=72;SC=GCTTTTTAAAATGTGGTGCTT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=103092953;WS=103092935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	103104930	rs1784259	C	A	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	103114624	rs146123206	CT	C	812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=12;PP=497;SC=CTGGGTCCTACTGTATGGGAC;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=103114632;WS=103114614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	103123999	rs648387	G	T	1494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.33;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr11	103153896	rs72973684	G	A	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=31;PP=869;SC=CTCCTTATTCGTAATCAGTGT;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=51;WE=103153904;WS=103153886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	103174035	rs12362743	T	G	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	103187169	rs72975657	T	C	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.27;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	103229027	rs2566913	T	C	5548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=75;PP=2965;SC=CCAAATTTGATAGAGAAATCT;SOR=1.068;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=111;TCR=75;TR=185;WE=103229035;WS=103229017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr11	103229110	rs2671333	G	A	8919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.27;ReadPosRankSum=-0.037;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,349:0.99:353
chr11	103229173	rs2514408	A	C	6105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.23;ReadPosRankSum=-0.595;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,247:0.98:252
chr11	103229188	rs2512128	G	C	5669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=0.380;SC=TCACATTGCAGAGGTTCCTAA;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=89;TCR=109;TR=194;WE=103229196;WS=103229178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,214:0.98:218
chr11	103229238	rs2512129	G	A	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=54;PP=1435;ReadPosRankSum=1.167;SC=CTTCATACCAGTGCACATCAA;SOR=1.378;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=21;TCR=56;TR=74;WE=103229246;WS=103229228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,84:0.97:87
chr11	103325908	rs11225812	C	T	4475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.881;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.29;ReadPosRankSum=1.063;SOR=1.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,173:0.98:177
chr11	103327166	rs7121138	G	T	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=54;PP=1501;SC=ATCTCAAAGTGACCTATCTTT;SOR=1.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=27;TCR=54;TR=81;WE=103327174;WS=103327156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	103345030	rs11225822	A	C	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=6;PP=147;SC=ATACATTAGAACTCCGATTTC;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=103345038;WS=103345020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	103780455	rs10791649	A	G	2834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	103780610	rs4754997	C	T	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	103780695	rs4754998	G	A	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=15;PP=387;SC=TGCACACGTTGCTATTAGAAT;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=103780703;WS=103780685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	104757836	rs5794352	T	TA	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=2;PP=200;SC=CAAGATGAATTAGAGCTTTGG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=104757844;WS=104757826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	104758035	rs484438	G	A	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	104761013	rs635846	T	G	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=4;PP=473;SC=GAAATGCTCTTTTCGGTGATA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=104761021;WS=104761003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	104761100	rs513131	T	C	3929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	104761206	rs647039	C	T	4602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.92;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	104761271	rs693506	A	C	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=35;PP=1015;SC=CATTATGTCTAATTAAAGAAG;SOR=1.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=104761279;WS=104761261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	104762228	rs544216	G	A	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=15;PP=408;SC=AGCCAGCACTGAGGAATCAGA;SOR=2.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=104762236;WS=104762218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	104763117	rs497116	G	A	4427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=58;PP=2426;SC=AGTAGATCTCGCATCCCCAAA;SOR=0.931;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=91;TCR=58;TR=148;WE=104763125;WS=104763107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	104763716	rs617983	A	G	5072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=102;PP=2965;SC=ATTTCCAGAAAAGCTGAAAGA;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=175;TCF=73;TCR=102;TR=174;WE=104763724;WS=104763706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr11	104768000	rs693001	G	A	11986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,465:1.00:465
chr11	104768098	rs555367	T	C	6349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=128;PP=2965;SC=CTGTATTTAATACATTATTTT;SOR=1.219;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=91;TCR=128;TR=218;WE=104768106;WS=104768088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr11	104768909	rs650940	T	C	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=9;PP=845;SC=AGAACAGAAATCCAGGTGTTT;SOR=2.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=104768917;WS=104768899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	104819327	rs9507	T	C	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=49;PP=2068;SC=CATCTTCCTCTAGGTTCTCAG;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=71;TCR=49;TR=120;WE=104819335;WS=104819317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	104819542	rs5794358	G	GAAAC,GAAACAGACAC,GAAACAGAC	2005.73	.	AC=2,0,0;AF=1.00,0.00,0.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.4999,0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2,2;NR=23,23;PP=8,785;SC=CACACACAGAGAGAGACACAC;SOR=1.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=25,25;WE=104819554;WS=104819532;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:47
chr11	104819544	.	GAG	CAC	627	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=25;MQ=60.93;NF=4;NR=18;PP=627;QD=30.9303579483;SC=CACACAGAGAGAGACACACAC;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=22;WE=104819554;WS=104819532;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,22:0.69:32
chr11	104819544	rs33955446	G	GACAC	1872.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.00;QD=43.55;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	104819546	rs5004914	G	C	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.00;QD=44.25;SOR=1.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	104820163	rs649739	A	C	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=12;PP=1312;SC=AATGTACTTTATTTACACTGG;SOR=2.517;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=63;WE=104820171;WS=104820153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	104839222	rs658560	A	G	2990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=53;NR=42;PP=1522;SC=CTACTCCCAAACTCCTAGTCA;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=95;WE=104839230;WS=104839212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	104866461	rs540819	A	T	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=16;PP=1086;SC=AACTCTCAATACTTACATTTT;SOR=1.539;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=58;WE=104866469;WS=104866451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	104869708	rs523104	G	C	3590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=25.47;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	104872981	rs544211	C	T	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.06;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	104874179	rs3831481	T	TGA	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=18;PP=981;SC=CTAAGAACTTTGAGAGAGAGA;SOR=2.468;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=21;WE=104874187;WS=104874169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	104877717	rs2282658	C	G	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=1;PP=928;SC=AGAAATGAAACTGTAGGTAGA;SOR=4.351;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=33;WE=104877725;WS=104877707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	104877803	rs2282657	A	G	5490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.911;SC=GTTAGATGCAACCTTACGTTT;SOR=1.125;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=122;TCR=72;TR=193;WE=104877811;WS=104877793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,208:0.99:210
chr11	104877927	rs507879	T	C	7803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr11	104893693	rs5794371	C	CAG	1731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=3;PP=1494;SC=TGTCTCTACACAGTCTCAGGA;SOR=3.500;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=31;WE=104893701;WS=104893683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	104893999	rs1699090	A	C	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=34;PP=1025;SC=CTGGGAACCTATAGTTTCATC;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=104894007;WS=104893989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	104896047	rs504054	A	G	169.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=0;PP=50;SC=GTAATTAATAACATTGCTATG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=104896055;WS=104896042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	104896226	rs483345	G	A	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=315;ReadPosRankSum=1.011;SC=GGAGAAAAATGAGGACAAGTT;SOR=0.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=23;WE=104896234;WS=104896216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr11	104896375	rs2509648	G	T	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=4;PP=109;SC=GAAAGAATTTGGTTAAAGACA;SOR=1.270;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=104896383;WS=104896365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	104896880	rs534811	A	G	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=296;SC=CTGTAAACCTAGAGTTCTTGA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=104896901;WS=104896870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	104896893	rs476889	C	A	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=326;SC=GTTCTTGACTCAAATGGACTT;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=104896901;WS=104896870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	104899817	rs505901	C	A	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=10;PP=1138;SC=TATTGATAGCCCCAACAAAGA;SOR=2.628;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=50;WE=104899825;WS=104899807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	104900115	rs503153	G	C	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=72;PP=2186;SC=CATGCAAATAGACACATGCAT;SOR=1.807;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=32;TCR=72;TR=104;WE=104900123;WS=104900105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	104900385	rs501192	C	T	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=10;PP=787;SC=AAGGCATCAGCACTCACCACC;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=43;WE=104900393;WS=104900375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	104900488	rs580253	G	A	5736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=119;NR=72;PP=2965;SC=TTGAGTTGTAGTATATCTGGG;SOR=1.036;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=120;TCR=72;TR=191;WE=104900496;WS=104900478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr11	104900948	rs45483194	T	C	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=6;PP=724;SC=CAAGTTTGTATTTTAGATTAT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=104900956;WS=104900938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	104901007	rs473549	C	T	3461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=34;PP=1839;SC=TAATATTATTCAGTTATACGA;SOR=1.384;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=76;TCR=34;TR=110;WE=104901015;WS=104900997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	104903719	rs572687	G	A	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	104904570	rs568910	A	C	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	104905047	rs539595	G	A	15000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.363;NF=275;NR=255;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.443;SC=TCAAAGCTCGGGTCTTATCCA;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=533;TCF=276;TCR=257;TR=530;WE=104905055;WS=104905037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,554:1.00:556
chr11	104912012	rs17103597	G	T	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=5;PP=298;SC=TTGCTCAATGGGATGTGCTTT;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=104912020;WS=104912002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	104912221	rs542571	T	A	5052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.02;ReadPosRankSum=-0.575;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,186:0.99:187
chr11	104912458	rs1503391	A	C	3266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=71;PP=2206;SC=TGCAAGAGACAAGGAATATCA;SOR=1.473;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=40;TCR=72;TR=111;WE=104912466;WS=104912448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	104914087	rs71037294	AG	A	578.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=591;SC=AGATTAAAAAAGAAAATTATA;SOR=2.303;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=12;WE=104914095;WS=104914077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	104971210	rs1792771	C	T	4881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=116;NR=42;PP=2899;SC=AGGCCCTAGGCGAACTTGAGT;SOR=1.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=116;TCR=42;TR=158;WE=104971218;WS=104971200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	104972190	rs1792773	C	T	12760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;MQRankSum=-0.112;QD=25.78;ReadPosRankSum=-1.223;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,491:0.99:495
chr11	105481597	rs374094976	CTTT	C	326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr11	105836923	rs632549	G	A	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=405;SC=TACGTATGCAGTTACTGTCAA;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=105836931;WS=105836913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	105842916	rs559190	C	T	178.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=136;SC=GGATGGTCTTCCCAGGAAACT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=105842924;WS=105842906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	105844923	rs509512	C	A	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=16;PP=890;SC=ACTTGTAAATCATTTCAGGTT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=49;WE=105844931;WS=105844913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	105965216	rs1893175	G	T	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=300;SC=TATATATATAGAGAGAGAGAG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=105965224;WS=105965206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	106407855	rs10599029	AAT	A	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.84;ReadPosRankSum=1.973;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr11	106408031	rs11279851	TCAAATG	T	12193.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.19;NF=33;NR=113;PP=2957;SC=CACGGAGAACTCAAATGTGTC;SOR=0.800;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=149;TCF=35;TCR=114;TR=146;WE=106408044;WS=106408021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr11	106408071	rs1791468	C	T	6770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=108;NR=117;PP=2965;SC=ACCTCTATTTCCAGCCTTATG;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=108;TCR=117;TR=225;WE=106408079;WS=106408061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr11	106408212	rs2852371	A	G	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=27;PP=685;SC=TGGTAAACGTATCTAGAACTG;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=27;WE=106408220;WS=106408202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	106680653	rs141065153	CAATTT	C	1617.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=5;PP=1218;SC=GTAAAAAAATCAATTTAATTC;SOR=2.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=24;WE=106680665;WS=106680643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	106695697	rs77535954	A	G	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=54;PP=1571;SC=GAATGTTACTAAATTTTCTAA;SOR=1.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=31;TCR=54;TR=85;WE=106695705;WS=106695687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	106807443	.	ATT	A,AT	2640.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9,9;NR=61,61;PP=215,752;ReadPosRankSum=0.233;SC=CTTGCTCTTGATTTTTTTTTT;SOR=0.646;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=93;TCF=10;TCR=83;TR=70,70;WE=106807453;WS=106807433;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.37,0.52:164
chr11	106849520	rs10890630	T	C	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	107207297	rs376946995	G	A	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	107313608	rs144259680	G	GAGGAAGGA	1710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.04;QD=47.52;SOR=3.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	107396158	rs12574614	T	C	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	107420530	rs645056	A	G	8910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=150;NR=153;PP=2965;SC=CGGAATGTGTATCAATATGAG;SOR=0.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=303;TCF=150;TCR=153;TR=303;WE=107420538;WS=107420520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr11	107431637	rs662349	C	A	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=4;PP=139;SC=TGTAAAAAAACAAGACAGTAA;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=7;WE=107431645;WS=107431627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	107462878	rs542650	A	C	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=32;PP=932;SC=CTCAGTGTTTATGCTCAACCT;SOR=3.365;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=39;WE=107462886;WS=107462868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	107462895	rs4085361	G	A	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=23;PP=683;SC=ACCTCTAAGCGGCGAGTTCGG;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=107462903;WS=107462885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	107462977	rs5794560	G	GT	305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=5;PP=480;SC=TAATGAATATGTTGTCAGCCT;SOR=1.270;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=12;WE=107462985;WS=107462967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	107502123	.	AC	A	38	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=2;PP=38;QD=11.75;SC=AAATTGCACTACCCCCCCCCC;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=4;WE=107502131;WS=107502121;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,4:0.33:12
chr11	107643102	rs28695914	T	A	165.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.72;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	107643289	rs60511673	T	G	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=13;NR=12;PP=337;SC=AACCATGTTGTCCAGGCTGGT;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=107643297;WS=107643279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	107646894	rs34492014	C	CA	99.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=1.097;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,9:0.82:11
chr11	107729205	rs11603925	C	G	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=4;PP=917;SC=TGCTTCCCGACGCCAGGTGAA;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=107729213;WS=107729195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	107729561	rs3741065	T	C	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=12;PP=296;SC=CGGGAGGCGGTGCCTGTGCGG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=107729569;WS=107729551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	107925327	rs3847562	C	T	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=133;SC=ACTCAAAATACTGATTTTGAT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=107925335;WS=107925317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	107925557	rs2271853	T	C	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=10;PP=452;SC=ATTTGAGCAATTCCCTTGATA;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=33;WE=107925565;WS=107925547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	107943260	rs113786799	TAGTG	T	1247.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=16;PP=821;SC=TTATTGAAAATAGTGAGCGGT;SOR=1.942;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=16;WE=107943271;WS=107943250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	107968520	rs73000527	T	A	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=53;PP=1477;SC=AACACCTTGTTTGAATTTTAG;SOR=2.102;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=76;WE=107968528;WS=107968510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	108004927	rs201199156	CT	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=-0.221;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
chr11	108012510	rs34420529	A	AAAGT	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=206;SC=GGATTTTGAAAAATTCTAGAA;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=108012518;WS=108012500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	108014684	rs374107553	AC	A	261.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.79;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	108043988	rs2070661	C	T	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=23;PP=1052;SC=CTCTTGTGAACTTCACTAGAA;SOR=0.886;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=55;WE=108043996;WS=108043978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	108057430	rs4753833	G	A	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=2;PP=23;SC=GCAGGGGGCTGGTTTCAGGAC;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=108057438;WS=108057420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	108058769	rs371572857	CT	C	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.416;QD=3.28;ReadPosRankSum=2.074;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr11	108059000	rs3781869	T	C	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.99;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	108061379	rs659584	C	T	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=23;PP=619;SC=ATTTTTTGGGCAAGCAACTGT;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=108061387;WS=108061369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	108064935	rs11212546	A	G	138.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=3;PP=83;SC=GCTTCTAAAGAATCTTGCCTG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=108064943;WS=108064925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	108068954	rs683312	T	C	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=20;PP=583;SC=AAATCTAATCTCAAGAGTTGT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=108068962;WS=108068944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	108079315	rs34033921	T	TA	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr11	108093208	rs228589	A	T	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=43;PP=2002;ReadPosRankSum=-1.014;SC=ATAACCCTCCATCCCGCGTCC;SOR=1.498;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=77;TCR=44;TR=119;WE=108093216;WS=108093198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,124:0.98:126
chr11	108100105	rs11390378	G	GT	193.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=0;NR=12;PP=152;SC=TGTCGCGTGAGTTTTTTTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=12;WE=108100113;WS=108100095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	108121410	rs34325032	C	CT	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.779;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr11	108129657	rs672655	A	G	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	108137775	rs642496	T	A	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	108141955	rs373881770	CT	C	398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.241;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.948;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,42:0.38:112
chr11	108143182	rs664677	C	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=2;PP=283;SC=AAGTAACTTACAATAACCTTT;SOR=2.303;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=108143190;WS=108143172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	108150207	rs1799757	CT	C	2463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.299;NF=15;NR=18;PP=1360;ReadPosRankSum=-0.593;SC=TGTTTGCTTGCTTGTTTTAAG;SOR=0.971;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=33;WE=108150215;WS=108150197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,71:0.97:73
chr11	108151707	rs3218681	T	TA	1152.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;MQRankSum=0.356;QD=23.05;ReadPosRankSum=0.963;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr11	108175462	rs1801516	G	A	4110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=59;PP=2517;ReadPosRankSum=2.397;SC=TTTACTCCAAGATACAAATGA;SOR=1.108;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=92;TCR=61;TR=150;WE=108175470;WS=108175452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,158:0.99:160
chr11	108183167	rs659243	A	G	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	108188342	rs376739319	TTATATA	T	99.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=6;PP=525;SC=AGGAGTTGTTTTATATATATA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=108188355;WS=108188332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	108195976	.	GTTTTT	G	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=2.202;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr11	108196712	rs3212322	CATT	C	863.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=7;PP=692;SC=TTGCTGCTTTCATTATTATTA;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=15;WE=108196722;WS=108196702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	108218196	rs227075	T	C	181.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=5;PP=80;SC=ACAGATAAATTGAAGCAGTAA;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=108218204;WS=108218186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	108224697	rs179108	G	A	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=31;PP=814;SC=AATCCCAGCTGCTCAAGAGGC;SOR=2.252;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=42;WE=108224705;WS=108224687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	108225483	rs664982	C	T	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=7;PP=598;SC=GATAAAGATACGTTGACAACA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=108225491;WS=108225473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	108225661	rs664143	A	G	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=34;PP=1040;SC=TGTGTATCTCATCAGGAAGTC;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=68;WE=108225669;WS=108225651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr11	108352160	rs3901850	C	T	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=19;PP=507;SC=TTTAATATGGCAAGCATAATC;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=108352168;WS=108352150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr11	108464209	rs2640738	T	C	4084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	108535792	rs2306118	C	T	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=14;PP=866;SC=GCATGCGCCTCTGTGCGTTTG;SOR=1.567;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=48;WE=108535800;WS=108535782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	108549186	.	TA	T	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr11	108722851	rs10890899	C	G	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=16;PP=518;SC=TTATATGCTGCTAATTTTTCT;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=108722859;WS=108722841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	109964007	rs7116424	A	G	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=25.75;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	109964079	rs7116552	C	A	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=22;PP=709;SC=GGGAGGGCCGCGGTGGCCGCT;SOR=1.298;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=35;WE=109964097;WS=109964069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	109964089	rs11395531	T	TG	1948.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQ=60.49;NF=5;NR=19;PP=1021;SC=CGGTGGCCGCTTCTCCGCGGG;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=24;WE=109964097;WS=109964069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	109964257	rs7116683	A	G	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=9;PP=228;SC=CCCGGGCGCCAGGCGGAGGGC;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=109964265;WS=109964247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	110023628	rs665013	C	T	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=16;PP=1152;SC=TTAAGTGTTCCGTAATAATCT;SOR=1.692;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=56;WE=110023636;WS=110023618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	110033860	rs11213287	T	C	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=0;PP=522;SC=TTTTTTACTCTGTAAACGTGG;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=110033868;WS=110033852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	110050502	rs11213291	C	T	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr11	110103924	rs10450619	A	C	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=144;SC=AATGCAAACTATATTTCAAAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=110103932;WS=110103922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	110118364	rs17110988	A	C	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	110126197	rs2306085	A	G	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=1.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	110128994	rs10789756	C	G	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=21;PP=706;SC=AGAATCCTTTCAGTAACTTGA;SOR=0.963;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=45;WE=110129002;WS=110128984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	110150486	rs61003001	TA	T	340	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5434;FS=2.708;HP=12;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=154;ReadPosRankSum=0.818;SC=CACTTTCTGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.223;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=14;WE=110150495;WS=110150476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,25:0.89:28
chr11	110452999	rs2008772	C	A	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.36;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	110453009	rs4079590	G	A	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.14;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	110453250	rs4142632	C	G	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=19;PP=545;SC=TTAACAAAAACCACATCTACC;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=110453258;WS=110453240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	110479958	.	A	C	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=402;ReadPosRankSum=1.750;SC=GTGTAAAATCATAGCTGGGCC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=21;WE=110479966;WS=110479948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr11	110582310	rs2305289	T	C	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.37;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	111179054	rs3087587	A	G	5035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=93;PP=2965;SC=CTCTCCAGGCAGCAGAGTACT;SOR=1.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=80;TCR=94;TR=173;WE=111179062;WS=111179044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr11	111229470	rs12282082	T	C	2030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.227;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.299;NF=50;NR=15;PP=1248;ReadPosRankSum=1.253;SC=CACATTCTCTTTCACACACAC;SOR=2.082;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=65;WE=111229478;WS=111229460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,71:0.97:73
chr11	111249785	rs11213863	C	G	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.91;ReadPosRankSum=1.350;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr11	111249819	rs10789825	A	G	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=543;ReadPosRankSum=-0.570;SC=CCAATTCCAGACCAAGCTGTG;SOR=0.293;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=32;WE=111249827;WS=111249809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr11	111326284	rs7925584	T	C	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=2;PP=554;SC=TCAGCAGCAGTTGAAAGCACA;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=111326292;WS=111326280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	111327213	rs11213913	G	A	6246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=136;NR=88;PP=2965;SC=GCCCAGGGCTGAGCAGGCAAT;SOR=1.164;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=136;TCR=89;TR=224;WE=111327221;WS=111327203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr11	111368047	rs489078	G	T	3403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	111420364	rs634679	A	G	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=21;PP=1118;SC=TGGATGAGCCATCCTGCGGCA;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=71;WE=111420372;WS=111420354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	111487106	rs571462	C	G	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	111623088	rs4936675	T	A	8617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.27;ReadPosRankSum=-0.976;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,338:0.99:341
chr11	111636203	rs45555631	G	T	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=564;SC=TTATGACACAGGGGTAAGAAT;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=111636211;WS=111636193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	111636627	rs643506	T	G	4999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=106;PP=2965;SC=CGTCTCGGCCTGGCACCGCGC;SOR=1.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=56;TCR=106;TR=162;WE=111636635;WS=111636617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	111637117	rs139691367	T	TCCCGCCCCGCGCCCAGGC	2311.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=23;PP=2973;SC=GGTCACCGCCTCCCGCCCCGC;SOR=5.507;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=76;TCF=0;TCR=76;TR=23;WE=111637125;WS=111637107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	111659476	rs2554996	C	A	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=3;PP=53;SC=GACATTGTCCCAAAAAAAAAA;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=111659484;WS=111659466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	111680329	rs140366843	C	G	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.19;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	111741104	rs60312459	G	GC	267.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.85;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr11	111741105	.	CAA	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.171;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr11	111741108	.	A	C	44.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr11	111741110	.	A	C	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.93;ReadPosRankSum=0.441;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr11	111741113	.	A	C	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-1.144;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr11	111742145	rs10708475	CG	C	4798.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=42;PP=2905;SC=GCAGCCGGGGCGCGTATCCCC;SOR=1.078;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=66;WE=111742153;WS=111742135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	111747297	rs7124696	A	G	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=49;PP=1660;SC=GAGAACCTTCAAAAGGTAAGC;SOR=0.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=57;TCR=49;TR=106;WE=111747305;WS=111747287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	111747427	rs634983	C	T	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=20;PP=708;SC=TTTTAGAGACCGAATCAATTA;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=111747435;WS=111747417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	111749349	rs611010	A	T	4709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.255;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=81;PP=2658;ReadPosRankSum=0.321;SC=ATGCGGGAAGATGAAATAAAT;SOR=0.619;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=85;TCR=82;TR=163;WE=111749357;WS=111749339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,184:0.98:187
chr11	111750430	rs7107213	A	G	3161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=67;PP=2176;ReadPosRankSum=-0.856;SC=GGATGAACAAAATGTGGCCTA;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=46;TCR=67;TR=112;WE=111750438;WS=111750420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,116:0.98:118
chr11	111754368	rs11600652	A	T	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=4;PP=1023;SC=AGTAAACAGGATTTTTTCTTC;SOR=4.021;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=43;WE=111754376;WS=111754358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	111754574	rs1045282	A	C	8059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=0.362;SC=CAGAAAAGTCAACTTACATGA;SOR=0.476;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=272;TCF=135;TCR=137;TR=269;WE=111754582;WS=111754564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,302:0.99:305
chr11	111780837	rs2070894	G	A	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=6;PP=625;SC=CATCTAAGGCGATCAAATCAA;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=111780845;WS=111780827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	111781047	rs11603779	A	C	7096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr11	111848361	rs11364849	AG	A	1459.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=8;PP=1001;SC=TAGCTTTGCTAGGCTGGCCTT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=25;WE=111848369;WS=111848351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	111853106	rs11455434	G	GC	5249.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=58;PP=2840;SC=CGGCCAGGGAGCCTGGAACCT;SOR=0.945;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=8;TCR=60;TR=66;WE=111853114;WS=111853096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	111889654	rs476581	C	T	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=5;PP=405;SC=TGTTTTTTCACTGTGGCTTTT;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=111889662;WS=111889644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	111915765	rs11455845	C	CA,CAA	1198.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.614;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.55;MQRankSum=-0.468;QD=17.37;ReadPosRankSum=2.342;SOR=0.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,35,27:0.51,0.39:69
chr11	111916001	rs11335731	AG	A	3081.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=45;PP=2144;SC=GGGCATCTTTAGGTTGTTTAG;SOR=1.233;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=6;TCR=46;TR=51;WE=111916009;WS=111915991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	111930882	rs371676312	ATT	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr11	111956989	rs14396	C	A	4045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=65;PP=2534;ReadPosRankSum=-0.613;SC=GTGACGGCGACACCAAAACCC;SOR=0.268;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=82;TCR=65;TR=146;WE=111956997;WS=111956979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,154:0.99:155
chr11	111957143	rs487201	T	C	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=40;PP=1316;SC=ATCTTCCCTGTTTTACACCTT;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=71;WE=111957151;WS=111957133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	111963860	rs592626	A	G	188.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=51;SC=GCACGATCTCAGCTTACTGCA;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=111963868;WS=111963850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	111978165	.	TA	T	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr11	112041128	rs149903853	TTTTGTCCTG	T	3563.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=31;PP=2966;SC=GTTTTCTTTATTTTGTCCTGT;SOR=0.850;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=40;WE=112041144;WS=112041118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	112064431	rs7105056	T	C	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=66;SC=GTGATAGTGATGATTATTTAA;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=67;TCR=66;TR=133;WE=112064439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	112065434	rs10891338	T	C	5986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	112065483	rs7123686	A	C	3955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=74;PP=1891;SC=CATATGGTAAAGTTGCAATAA;SOR=1.094;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=63;TCR=74;TR=137;WE=112065491;WS=112065473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	112071570	rs7948124	AA	TT	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=38;PP=2156;SC=TTGATTTTTTAAAAATCTTCC;SOR=2.437;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=49;WE=112071579;WS=112071560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	112072930	rs4935984	G	A	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=50;PP=1370;SC=ATTAGAATTTGTCAAGAGTCA;SOR=1.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=78;WE=112072938;WS=112072920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	112087101	rs2676377	T	A	2707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=56;PP=1593;SC=TAGCACTGAGTCATCTGATAA;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=38;TCR=56;TR=94;WE=112087109;WS=112087091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	112088499	rs2217401	A	C	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=27;PP=1479;SC=AAGCAATTTTATCCTAGTTTT;SOR=1.116;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=51;TCR=27;TR=78;WE=112088507;WS=112088489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	112101559	rs111330439	C	T	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=616;SC=AAGAACTGCTCGCATGGCCTC;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=112101567;WS=112101549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	112123095	rs2564872	A	G	5275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=90;PP=2965;SC=TTCAGAGTAGAAAGTATAGGC;SOR=0.778;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=90;TCR=90;TR=180;WE=112123103;WS=112123085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	112130987	rs2518361	G	C	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=0;PP=288;SC=CTCATTCTTTGTCTTCCTTCC;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=112130995;WS=112130977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	112832276	rs145493999	A	AG	1703.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.82;ReadPosRankSum=-1.898;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,77:0.67:115
chr11	112832307	rs11381910	G	GA	4611.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=105;PP=2957;SC=ACCGCGGCAAGACATCCCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=25;TCR=105;TR=130;WE=112832316;WS=112832297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	112832339	rs11284059	GC	G	4728.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=111;PP=2967;SC=TTACAATGCTGCCAAACTAAG;SOR=0.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=12;TCR=111;TR=123;WE=112832366;WS=112832328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	112832353	rs7105734	T	C	4503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.04;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	112832358	rs6589347	T	C	4376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.66;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	113067854	rs973461	T	C	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=9;PP=760;SC=TGGGGGAAACTGCCCCCATGA;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=113067862;WS=113067852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	113073066	.	T	TTTTTGTTTTG	4258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.95;QD=47.32;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	113076982	rs1975259	G	C	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.26;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	113085244	rs686050	C	G	3302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.41;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,127:0.98:130
chr11	113103996	rs584427	T	G	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.55;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,56:0.97:58
chr11	113111501	rs2303377	T	C	10894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.82;ReadPosRankSum=-1.556;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,433:0.99:439
chr11	113113515	rs635596	G	A	6164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr11	113186776	rs2236709	G	A	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.08;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	113194168	rs723077	A	C	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=32;PP=989;SC=ACAAACTGCTATGAAGGTTTC;SOR=1.199;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=113194176;WS=113194158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	113195595	rs948178	A	G	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=358;SC=CAACAAGCAGAGGGTAGGATA;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=113195603;WS=113195585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	113200709	rs2303380	G	A	3617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	113209428	rs10891536	C	G	5122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr11	113211370	rs10891537	T	G	4258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=89;NR=53;PP=2125;SC=AGTGGTTTTCTTTGTATCTGT;SOR=0.915;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=89;TCR=54;TR=142;WE=113211378;WS=113211360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	113230773	.	C	CTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTT	420.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=5;PP=2536;SC=TTCCATTGTTCTTGTTTTGTT;SOR=4.615;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=113230781;WS=113230763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	113233059	rs2298490	G	A	2184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	113234679	rs719802	T	C	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	113234775	rs719804	A	G	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=455;ReadPosRankSum=-0.834;SC=GACTTCAGCAATGTTTACAGA;SOR=0.735;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=30;WE=113234783;WS=113234765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr11	113235419	rs2298489	A	G	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=6;PP=571;SC=GCTGATGAGTAAGTGAACAAG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=113235427;WS=113235409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	113239082	rs10891540	G	A	15757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,611:1.00:611
chr11	113258616	rs35657708	G	T	3282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=7.036;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.87;ReadPosRankSum=2.144;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,130:0.98:132
chr11	113264272	rs17115439	T	C	5016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=83;PP=2965;SC=ACATCGTGTCTATCTACGGGG;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=94;TCR=83;TR=176;WE=113264280;WS=113264262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	113264470	rs4938013	A	C	3361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	113264511	rs11214596	C	G	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	113265292	rs10891546	T	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=1;PP=373;SC=ATGAATAGCTTACCGAAGGTG;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=113265300;WS=113265282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	113266702	rs11214598	T	C	3981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=45;PP=2267;SC=CATGCCCTGTTGGGATCCTCA;SOR=1.394;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=91;TCR=45;TR=136;WE=113266710;WS=113266692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	113268059	rs11604671	G	A	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=45;PP=1392;SC=GCGCCAGCCCGGGGAGGTGAG;SOR=1.387;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=80;WE=113268067;WS=113268049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	113270015	rs4938016	G	C	8155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=144;NR=137;PP=2965;SC=TGGGGATGACGGCACTGCGCG;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=282;TCF=144;TCR=138;TR=281;WE=113270023;WS=113270005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr11	113270160	rs2734849	A	G	6324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=100;NR=121;PP=2965;SC=CCCAACCTGCATGAGGCTGAG;SOR=0.964;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=100;TCR=122;TR=221;WE=113270168;WS=113270150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr11	113270374	rs2734848	C	T	5960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=100;PP=2965;SC=AGAGCGGCTACGGCCCACTGC;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=106;TCR=100;TR=206;WE=113270382;WS=113270364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr11	113271065	rs2734847	T	G	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=12;PP=390;SC=GATCACCTGATATCAAGAGTT;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=113271073;WS=113271055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	113281397	rs6276	C	T	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=3;PP=902;SC=TGAGGCTGGCCGGCCTGGGCA;SOR=4.351;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=113281405;WS=113281387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	113283459	rs6277	G	A	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.24;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	113283477	rs6275	A	G	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	113285299	rs2511521	G	A	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.93;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	113294976	rs11608185	T	C	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=5;PP=583;SC=AAAAACCACCTGGGGAAGCAC;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=113294984;WS=113294966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	113294998	rs12808482	T	A	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	113561054	rs7110736	A	G	10402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.89;ReadPosRankSum=0.048;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,235:0.99:237
chr11	113561057	rs7110738	A	G	10506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.78;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,238:0.99:240
chr11	113563688	rs11604602	A	G	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=4;PP=366;SC=TAAGGTTTACAGTGTTCAGAG;SOR=2.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=21;WE=113563696;WS=113563678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	113566327	rs45503699	C	A	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=18;PP=526;SC=CTTCCTGCCCCCACCCAAACA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=113566335;WS=113566317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	113569575	rs10891587	T	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=297;SC=CCCTCAGCTGTGACAGGTCCC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=113569583;WS=113569565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	113570208	rs73568808	C	T	7389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=167;NR=90;PP=2965;SC=CCCTTGTCTGCACAGAGTAGT;SOR=1.285;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=257;TCF=167;TCR=90;TR=257;WE=113570216;WS=113570198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr11	113570405	rs4936280	T	C	6419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.208;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.298;SC=GCCAGCACACTGCCTGAGAAA;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=94;TCR=148;TR=241;WE=113570413;WS=113570395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,252:1.00:253
chr11	113570490	rs3802856	T	C	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.099;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=36;PP=1084;ReadPosRankSum=-0.278;SC=AAGTCACCACTATGGGGCTAG;SOR=2.004;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=50;WE=113570498;WS=113570480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,51:0.96:53
chr11	113570852	rs3802854	C	T	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=35;PP=1001;SC=CCTCTGCATACTGGGCCTCCA;SOR=1.498;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=113570860;WS=113570842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	113576932	rs7926267	A	G	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.16;ReadPosRankSum=-0.895;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,71:0.97:73
chr11	113608450	rs2279996	G	A	2968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=69;PP=1898;SC=AGCTATTTACGTGGAAGAAAG;SOR=1.631;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=33;TCR=69;TR=102;WE=113608458;WS=113608440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	113609854	rs4351850	T	A	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=14;PP=852;SC=ATTTCTAATTTTCTCATTCAA;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=113609862;WS=113609844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	113618470	rs2459977	T	A	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=538;SC=AAAGAATCATTTACATATATT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=113618478;WS=113618460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	113618936	rs2271261	A	T	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=14;PP=1403;SC=GCAATAAGAAACAACAGTGTC;SOR=2.272;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=56;TCR=14;TR=70;WE=113618944;WS=113618926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	113618968	rs2513584	G	C	3895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=40;PP=2115;SC=TGTGCTGTCTGGGCTCTTTAC;SOR=1.390;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=86;TCR=40;TR=126;WE=113618976;WS=113618958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	113670052	rs2459971	T	A	6300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=117;NR=94;PP=2965;SC=TGGGTCGAATTGTTGGAGGCT;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=117;TCR=94;TR=211;WE=113670060;WS=113670042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr11	113674693	rs7116233	G	A	157.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=112;SC=AATATTTACTGAGCACATCTG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=113674701;WS=113674683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	113675542	rs45595543	T	C	5805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=93;PP=2965;SC=GAGGAGTCCATCTAGCCCAAC;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=101;TCR=93;TR=194;WE=113675550;WS=113675532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr11	113678924	rs2513582	G	T	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=13;PP=698;SC=GTTGGTTAAAGGCAGCAGAGA;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=113678932;WS=113678914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	113679119	rs2465647	C	T	4204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=79;NR=65;PP=2351;SC=CATGCTCAGACGACAAGCAGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=79;TCR=65;TR=144;WE=113679127;WS=113679109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	113680018	rs2513581	G	C	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=28;PP=794;SC=CACAAGGAACGAAAACATCCT;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=113680026;WS=113680008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	113698002	rs17802314	C	T	2841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	113712278	rs2513577	G	T	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=15;PP=880;SC=TAAAAGAAATGTCATTCAGGT;SOR=1.136;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=48;WE=113712286;WS=113712268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	113775551	rs145648579	GAGA	G	1742.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=12;PP=1061;SC=CTGGCAAACGGAGAAGGAGGA;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=113775561;WS=113775541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	113802601	rs1176746	A	G	9497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=175;NR=167;PP=2965;SC=TAAGTGTGCCAGTGTGTATTT;SOR=0.715;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=343;TCF=176;TCR=167;TR=342;WE=113802609;WS=113802591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr11	113846006	rs1062613	T	C	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=35;PP=1748;SC=GTGGGCCTCGTCCTGAGCACT;SOR=1.008;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=95;WE=113846014;WS=113845996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	113848184	rs4020460	G	GCT	4736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=33;PP=2495;SC=TGGGCCACCTGCTCCGACCTT;SOR=1.211;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=56;WE=113848192;WS=113848174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	113848273	rs1985242	A	T	6388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=79;PP=2965;SC=TTTCCTGTCAATGAATGCATA;SOR=0.788;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=186;TCF=107;TCR=79;TR=185;WE=113848281;WS=113848263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr11	113856681	rs10160548	G	T	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=6;PP=469;SC=TCATCACAGGGTCCAGCAGGC;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=113856689;WS=113856671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	114057944	rs682155	A	G	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=16;PP=467;SC=GGCCCAGCAGAAGTTTACAAG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=114057952;WS=114057934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	114318659	rs61906284	C	A	7688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=127;NR=135;PP=2965;SC=CTCCCAAATTCCTGACTGCTT;SOR=0.864;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=127;TCR=135;TR=262;WE=114318667;WS=114318649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr11	114421646	rs79339030	A	G	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=-0.445;SOR=0.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr11	114421674	rs75026329	G	A	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.16;ReadPosRankSum=-0.821;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr11	114421683	rs79413019	G	A	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.44;ReadPosRankSum=-0.925;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr11	114421698	rs75909356	A	G	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.82;ReadPosRankSum=-1.583;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr11	114421705	rs78231204	A	G	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.90;ReadPosRankSum=-1.427;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,40:0.45:89
chr11	114421711	rs77069178	C	T	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.22;ReadPosRankSum=-1.880;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,42:0.46:91
chr11	114421713	rs112529011	GT	G	1594.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=1;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=2661;ReadPosRankSum=-0.582;SC=AGATAGGGCAGTAGTTGAGGT;SOR=0.946;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=20;WE=114421729;WS=114421688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,42:0.43:98
chr11	114421721	rs78612878	G	A	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=10;PP=2455;ReadPosRankSum=-0.032;SC=CAGTAGTTGAGGTGGGGGAGG;SOR=0.801;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=77;TCR=24;TR=43;WE=114421729;WS=114421688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,47:0.42:112
chr11	114421747	rs78105386	G	A	2681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.346;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,73:0.42:172
chr11	114421754	rs73016111	G	A	2705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.37;ReadPosRankSum=0.796;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,74:0.42:176
chr11	114421768	rs75860289	A	T	3427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.67;ReadPosRankSum=-0.492;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,88:0.45:194
chr11	114421769	rs76481835	C	G	3399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.35;ReadPosRankSum=-0.559;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,89:0.45:196
chr11	114421773	rs74572030	A	G	3380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=3.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.90;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,90:0.45:200
chr11	114421789	rs113431368	A	AC	4397.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.300;HP=2;HapScore=4;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=2954;ReadPosRankSum=-2.421;SC=GTGAGGGCTTACTGTGTGATC;SOR=0.884;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=112;TCF=37;TCR=75;TR=52;WE=114421807;WS=114421779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,112:0.50:222
chr11	114421799	rs79701489	C	T	4380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=2;HapScore=4;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.000;NF=53;NR=39;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.395;SC=ACTGTGTGATCTGCATCAAAG;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=117;TCR=84;TR=92;WE=114421807;WS=114421779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,119:0.50:236
chr11	114421817	rs73568242	G	T	3485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.469;HP=3;HapScore=2;MGOF=71;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.921;NF=67;NR=47;PP=1590;ReadPosRankSum=-1.576;SC=AAGGTGATTTGCTCCTACCTT;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=132;TCR=94;TR=114;WE=114421825;WS=114421807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,145:0.55:266
chr11	114421857	rs78453693	T	C	7415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=1.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.855;QD=22.82;ReadPosRankSum=-0.251;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,189:0.58:325
chr11	114421861	rs76118887	G	A	7401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.874;QD=22.57;ReadPosRankSum=1.045;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,187:0.57:328
chr11	114421895	rs78257939	G	A	7817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.026;HP=6;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.03;MQRankSum=0.806;NF=90;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=0.384;SC=GATCAGCAGCGTTTTTTGAAG;SOR=0.549;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=287;TCF=144;TCR=143;TR=167;WE=114421920;WS=114421885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,200:0.61:328
chr11	114421909	rs79082937	T	C	7660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=6.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.798;QD=24.40;ReadPosRankSum=0.344;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,193:0.61:314
chr11	114421912	rs78658939	A	G	7708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=7.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.802;QD=24.47;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,193:0.61:315
chr11	114421927	rs78842965	G	A	7170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=3.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.781;QD=24.64;ReadPosRankSum=-0.397;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,182:0.63:291
chr11	114421962	rs75409523	G	A	4922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=3.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.69;ReadPosRankSum=-0.422;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,131:0.58:227
chr11	114421967	rs79109814	A	G	4773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=3.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.06;ReadPosRankSum=-0.897;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,119:0.57:207
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chr11	114422029	rs78778953	T	G	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.04;ReadPosRankSum=-0.359;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr11	114422036	rs77481744	C	T	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.31;ReadPosRankSum=0.312;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr11	114422052	rs10790022	G	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.079;HP=2;HapScore=2;MGOF=117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=535;ReadPosRankSum=0.799;SC=GTGAGTCACTGTCTTCTTTCC;SOR=1.665;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=26;WE=114422060;WS=114422042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr11	114422068	rs76698432	C	T	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.97;ReadPosRankSum=0.015;SOR=1.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr11	114422068	.	CTA	TTC	1135	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=115;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=20;PP=1135;QD=51.6725162984;SC=TTTCCCTCTGCTAACTAACAA;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=23;WE=114422078;WS=114422058;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr11	114422070	rs75429280	A	C	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.78;ReadPosRankSum=0.184;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr11	114550334	rs1612325	A	G	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=1;PP=295;SC=GCCATGTCGTACTTATTTGAT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=114550342;WS=114550324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	114569054	rs1712838	A	G	8332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=149;NR=125;PP=2965;SC=ACCACTTGGGACACAGGAAGC;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=274;TCF=149;TCR=125;TR=274;WE=114569062;WS=114569044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr11	114574819	rs12364744	C	T	7988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.487;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.623;SC=AATTTATCCACGGAAAGGACA;SOR=0.580;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=279;TCF=130;TCR=149;TR=278;WE=114574827;WS=114574809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,307:1.00:308
chr11	114576626	rs1356428	A	T	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=20;PP=676;SC=GAAACAAAAAATATAAATGAC;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=114576634;WS=114576616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	115049180	rs17304149	C	T	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=169;SC=TCCTAATCAGCGGCTGCTAAG;SOR=4.407;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=10;WE=115049188;WS=115049170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	115061533	rs4936322	T	C	4402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	115102224	rs11607928	A	G	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.00;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	117074229	rs641620	T	C	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=40;PP=1024;SC=GGGGAGGAGGTGGGCAGGAGG;SOR=1.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=62;WE=117074237;WS=117074219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	117076708	rs35186251	T	C	173.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.84;QD=28.97;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	117077034	rs28590104	A	G	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.286;NF=39;NR=48;PP=1390;ReadPosRankSum=-0.887;SC=TGTAGTAAACAGTCCAGAAGA;SOR=1.234;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=87;WE=117077042;WS=117077024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,103:0.98:105
chr11	117090558	rs74830	C	T	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=919;ReadPosRankSum=-0.960;SC=TCCCGGCTACCTGGGAGGCCC;SOR=1.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=55;WE=117090566;WS=117090548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,67:0.97:69
chr11	117095361	rs236919	C	T	3049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	117096857	.	CT	C	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.80;MQRankSum=2.989;QD=2.99;ReadPosRankSum=-1.430;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr11	117100594	rs500389	A	G	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=23;PP=704;SC=GAAAAAGGATATGGAAGAGAT;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=117100602;WS=117100584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	117109270	rs678837	G	T	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=14;PP=1112;SC=CTAGTAGTTAGGTTGAAAGTA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=58;WE=117109278;WS=117109260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	117110417	rs73010409	T	C	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	117110764	rs139284124	TA	T	119.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=61;SC=CAGTTACGTTTAAAAAAAAAA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=117110772;WS=117110754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	117151014	rs3832781	A	AGTTT	3758.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=21;PP=1610;SC=ATTGTTTTGCAGTTTGTTTGT;SOR=0.765;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=26;WE=117151022;WS=117151004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	117152540	rs505045	G	T	3639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr11	117160347	rs539765	A	G	4894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=102;NR=58;PP=2446;SC=CGGAGGCAGCACCACTGACAC;SOR=0.950;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=102;TCR=58;TR=160;WE=117160355;WS=117160337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr11	117163765	rs490460	C	A	6850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr11	117186506	rs28917234	G	A	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=584;SC=GCAGGGCTTGGGCCATGGTGG;SOR=2.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=26;WE=117186514;WS=117186496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	117252489	rs897836	T	C	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	117266754	rs693147	A	C	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	117267884	rs573455	A	G	6585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=115;PP=2965;SC=TTCCTTGTGCAGCAGACACGC;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=106;TCR=115;TR=221;WE=117267892;WS=117267874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr11	117282800	rs522885	G	T	16378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,610:1.00:610
chr11	117299015	rs2925768	T	C	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=32;PP=1363;ReadPosRankSum=-0.565;SC=CGCGGCGCGGTCCAGGCGTGG;SOR=0.360;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=78;WE=117299023;WS=117299005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr11	117299039	rs3741283	G	C	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.74;ReadPosRankSum=-0.487;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr11	117306291	rs661789	G	T	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=3;PP=741;SC=TGTGAGCCAGGGAAGGGGGGG;SOR=3.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=32;WE=117306302;WS=117306281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	117306294	.	A	AG	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.265;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=-0.659;SC=GAGCCAGGGAAGGGGGGGGAC;SOR=2.229;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=8;WE=117306302;WS=117306281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr11	117332352	rs588048	A	G	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=37;PP=1003;SC=CCAGTCAGTCATGGATGTGAG;SOR=2.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=117332360;WS=117332342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	117352949	rs3741278	G	A	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=55;PP=1468;SC=CGTGCCCTGCGCAGAAGCCCC;SOR=4.343;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=7;TCR=55;TR=62;WE=117352957;WS=117352939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	117374470	rs2298767	C	T	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=30;NR=10;PP=719;SC=GATGAAACGACGGAGACTAAG;SOR=1.900;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=40;WE=117374478;WS=117374460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	117376506	.	C	T	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=55;PP=1640;SC=TGGCCGCCAACGCCGCCTCAC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=34;TCR=56;TR=89;WE=117376514;WS=117376496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	117580254	rs2508559	T	C	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=4;PP=230;SC=TTGCGGGGGTTGGGGGGAGTG;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=117580262;WS=117580244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	117580356	rs605500	C	T	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=15;PP=603;SC=GAGAGGGTTACAGAACCATAA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=39;WE=117580364;WS=117580346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	117580509	rs655086	A	G	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=17;PP=525;SC=GCGGCTGTGAAAAAGAATGGA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=117580517;WS=117580499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	117580585	rs604245	A	G	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=8;PP=183;SC=AAGACTGGCCATGAGACAGGT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=117580593;WS=117580575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	117647343	rs142431704	CT	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.290;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr11	117667688	rs113876980	C	A	4408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.243;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=57;PP=2735;ReadPosRankSum=1.495;SC=CCCGCCTCGCCGCCAGCCGCG;SOR=1.114;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=97;TCR=57;TR=153;WE=117667696;WS=117667678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,169:0.99:170
chr11	117668060	rs112872285	G	T	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	117691774	rs7483165	T	C	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	117693255	rs529623	T	C	5142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.22;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	117693258	rs118137703	G	A	5063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.21;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	117698762	rs7117314	G	A	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=10;PP=400;SC=AGGAGTGCAGGAGAGCAGGGA;SOR=0.880;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=23;WE=117698770;WS=117698752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	117706942	rs73018483	C	G	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=88;SC=CGTCACCCACCCTGTCACTCC;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=117706950;WS=117706941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	117707191	rs10790214	T	C	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	117709028	rs516655	G	A	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	117711232	rs496164	A	G	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=27;PP=729;SC=TGTGGGATGCATGGGACAGAG;SOR=2.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=117711240;WS=117711222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	117712887	rs473057	G	A	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=26;PP=743;SC=AGAGGTGCACGGTAGGGCGGG;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=117712895;WS=117712877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	117772787	.	GCACACACACACA	G	865.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=3;PP=2593;SC=GCACACATATGCACACACACA;SOR=1.127;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=7;WE=117772806;WS=117772784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	117773110	rs494457	G	C	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=448;SC=CAAGGAGGGAGAGCAAAGGGA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=117773118;WS=117773100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	117774146	rs2186627	C	G	3475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=25.19;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	117774291	rs2845712	A	C	7177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr11	117776471	rs3802873	C	T	3608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=97;PP=2718;SC=GACCTCCAGACGTCAGTGAAG;SOR=2.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=23;TCR=97;TR=120;WE=117776479;WS=117776461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	117781435	rs2155194	A	G	3066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	117781618	rs2155195	A	G	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=130;SC=CCCTTTCCCCATGTGACATTG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=117781626;WS=117781608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	117782638	rs2277288	A	G	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=30;PP=870;SC=CAAGTCCTCCAGCAGGCTAGA;SOR=2.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=40;WE=117782646;WS=117782628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	117784434	rs11605749	C	G	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=12;PP=626;SC=TTGAGACACCCTATGAAGAGC;SOR=1.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=117784442;WS=117784424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	117785260	rs4936410	T	C	6880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.180;SC=AGCTGGGTCATGGCCAGCCCC;SOR=0.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=118;TCR=128;TR=242;WE=117785268;WS=117785250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,275:0.98:280
chr11	117789312	rs201746372	CGGGCTGGAGATGCCT	C	1957.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=1.486;NF=10;NR=43;PP=2933;ReadPosRankSum=2.135;SC=CGGAGATGCCCGGGCTGGAGA;SOR=1.445;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=82;TCF=13;TCR=69;TR=53;WE=117789334;WS=117789302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,70:0.97:72
chr11	117790658	rs10790220	C	G	2395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.54;SOR=1.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	117790674	rs12418028	A	G	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=41;PP=1248;SC=CTGCAGGGCCAGGAACACCTT;SOR=1.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=60;WE=117790682;WS=117790664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	117799923	rs7928668	T	C	7462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=141;NR=117;PP=2965;SC=CAGAGGTAGCTGTCCCACCTG;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=258;TCF=141;TCR=117;TR=258;WE=117799931;WS=117799913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr11	117800083	rs10892196	T	C	2464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=43;PP=1418;SC=TCCATCTTGGTCCCTGGCTTC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=74;WE=117800091;WS=117800073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	117800169	rs11600129	C	T	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=476;SC=CCGGTTGGGACGTGTGAAGTA;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=117800177;WS=117800159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	117864063	rs3135932	A	G	5274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=72;NR=103;PP=2962;SC=CACATATGAAAGCATCTTCAG;SOR=1.393;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=72;TCR=103;TR=175;WE=117864071;WS=117864053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr11	117965530	rs2276122	A	G	3548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	117982495	rs1941635	T	G	6880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=139;NR=96;PP=2965;SC=GTGGTGGGTGTGGAGGAGGCC;SOR=0.993;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=235;TCF=139;TCR=96;TR=235;WE=117982503;WS=117982485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr11	117986152	rs7925897	A	C	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=6;PP=130;SC=AGGAAAGGATAGTCAGATAAA;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=117986160;WS=117986142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	117988082	rs642215	T	C	5184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=69;PP=2924;SC=GCATCGTTAGTTGGGGCTATG;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=90;TCR=69;TR=159;WE=117988090;WS=117988072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr11	117988223	rs643014	G	A	3743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=69;PP=2194;SC=TCTACCTGGGGGGTGCCAATC;SOR=1.092;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=56;TCR=69;TR=125;WE=117988231;WS=117988213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	117996119	rs7944738	C	T	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=15;PP=410;SC=CATCGCCTGACCACCTGTGTT;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=117996127;WS=117996109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	118209960	rs2276424	A	C	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	118210106	rs2276423	G	C	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.69;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	118210424	.	T	TACAC,TACACAC	4914.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.276;QD=43.11;ReadPosRankSum=-0.873;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,39,72:0.34,0.63:114
chr11	118245971	.	CTG	C	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=-0.305;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,14:0.18:76
chr11	118255662	.	TAAA	T	447.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=1.846;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr11	118257302	rs35460113	C	T	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.393;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=994;ReadPosRankSum=1.605;SC=ATGAAACAATCGGTACCCTTG;SOR=1.241;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=57;WE=118257310;WS=118257292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr11	118279645	.	A	AAT	53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=53;QD=30.0;SC=AATAGTTTCAAATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=2;WE=118279653;WS=118279635;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,2:0.14:14
chr11	118309873	rs34166714	CA	C	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=5.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=2.185;QD=3.27;ReadPosRankSum=-0.077;SOR=1.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,36:0.44:82
chr11	118353037	rs59281381	G	GT	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=1.916;QD=1.57;ReadPosRankSum=-1.671;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr11	118359161	rs572126	G	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=77;SC=ATCTCCCGCAGTGTCCAATAC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=118359169;WS=118359154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	118362414	rs562780	T	C	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=9;PP=483;SC=TTCCTCTCTCTCATTCTTCAG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=118362422;WS=118362404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	118369265	.	TA	T	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=7.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=-1.380;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,26:0.30:87
chr11	118373018	.	A	AAT	307.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.832;NF=6;NR=1;PP=220;ReadPosRankSum=2.075;SC=GTTACCTATAAATATATATAT;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=118373026;WS=118373008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr11	118404804	rs6589664	G	A	7508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=139;NR=122;PP=2965;SC=TGTCCCTCCCGTCCAACCTTC;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=264;TCF=141;TCR=123;TR=261;WE=118404812;WS=118404794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr11	118405343	rs512849	G	A	7109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr11	118499394	rs2236661	C	G	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=48;PP=1382;SC=AGGCTTGCCACTGTCCATGGC;SOR=1.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=73;WE=118499402;WS=118499384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	118500744	rs141647594	GTT	G	687.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.890;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.59;ReadPosRankSum=-1.087;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,30:0.81:37
chr11	118502491	rs74426776	GC	G	1494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=7;PP=765;SC=GGTGGGGGTTGCGGGGGGGCA;SOR=3.056;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=33;WE=118502499;WS=118502480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	118505676	rs58507527	GT	G	2257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=18;PP=1301;SC=GAGGCACCTGGTAGGCCCGCC;SOR=1.047;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=30;WE=118505684;WS=118505666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	118509668	rs483598	A	G	4672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=63;PP=2489;SC=CCGTGCAGGAATCAGAACGCC;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=91;TCR=63;TR=154;WE=118509676;WS=118509658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	118514625	rs11216938	C	T	4316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=105;PP=2965;SC=CCCAGCTCAGCGTGGCTACCC;SOR=1.839;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=172;TCF=67;TCR=105;TR=169;WE=118514633;WS=118514615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	118518964	rs11314049	GC	G	480.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=403;SC=CCCCAAAACAGCACCCACCAG;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=118518972;WS=118518954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	118529017	rs6589669	T	G	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=11;PP=436;SC=GCAGGAGGCTTAGCAGGAGGC;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=118529025;WS=118529007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	118529044	rs11448549	C	CG	1803.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=597;SC=GAAGGGTGGCCCCAGGCAGTG;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=118529052;WS=118529034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	118529069	rs6589670	G	C	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=44.29;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	118529078	rs6589671	G	C	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.69;QD=52.80;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	118529127	rs7928371	G	A	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.26;NF=6;NR=4;PP=161;SC=TCAGGACCACGCCATTCGTCC;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=118529135;WS=118529117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	118530611	rs2276065	T	C	8275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=151;NR=139;PP=2965;SC=CACAGGACTGTGTTCAGGGCG;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=291;TCF=152;TCR=139;TR=290;WE=118530619;WS=118530601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr11	118534082	rs10790256	C	T	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	118622744	rs6589689	G	A	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.72;QD=24.77;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	118625609	rs580079	C	T	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=31;PP=843;SC=AAAAAACATGCGTTTAAAAAT;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=118625617;WS=118625599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	118757056	.	G	GA	236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=1.335;QD=6.76;ReadPosRankSum=2.958;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr11	118757201	rs3176908	C	G	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;QD=24.99;SOR=6.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	118765267	rs598207	G	C	10646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=150;NR=214;PP=2965;SC=GGCTCCTGACGAAGCTGGGCT;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=365;TCF=150;TCR=215;TR=364;WE=118765275;WS=118765257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr11	118768466	rs35636302	C	CT	1815.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.632;QD=16.81;ReadPosRankSum=-1.042;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,98:0.91:108
chr11	118769442	rs7104819	A	G	3604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=45;PP=2109;SC=ACATCTGTCCAGGGTGGCACA;SOR=1.114;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=78;TCR=45;TR=123;WE=118769450;WS=118769432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	118770321	rs11217083	A	G	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=7;PP=193;SC=GCCAGAGGTCAAAGTCTTCAC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=118770329;WS=118770311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	118781601	rs11376918	C	CA	10455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.03;NF=30;NR=106;PP=2971;SC=GACAGGGAGACAAGACACGCA;SOR=0.780;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=139;TCF=30;TCR=109;TR=136;WE=118781611;WS=118781591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr11	118781638	rs11376919	C	CG	8048.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=92;PP=2974;SC=AGAGGCGCGCCGAGGCCAGGG;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=25;TCR=92;TR=117;WE=118781646;WS=118781628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr11	118781655	rs11376920	C	CG	6852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=81;PP=2971;SC=AGGGAAGCGCCGCCGGAGCGG;SOR=0.771;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=105;TCF=24;TCR=81;TR=103;WE=118781663;WS=118781645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	118842745	rs36158515	A	AG	2321.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=32.70;SOR=1.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	118842780	.	A	AG	914.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=66;PP=2957;SC=CCCGGGGCAGACGGCTCCCCA;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=1;TCR=67;TR=67;WE=118842788;WS=118842769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	118868842	rs58467585	A	AG	364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=0;PP=361;SC=CCGAGGGGTCAGGGTCAGAGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=118868850;WS=118868832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	118889114	rs10892321	A	G	4613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.06;NF=62;NR=91;PP=2755;SC=TCCGGGGCAAAAGGCGGAGCC;SOR=1.284;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=62;TCR=91;TR=153;WE=118889122;WS=118889104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	118898435	rs56966114	AC	A	8706.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=110;PP=2972;SC=AGACAACCACACCACAGTGCC;SOR=0.809;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=137;TCF=23;TCR=114;TR=131;WE=118898445;WS=118898425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr11	118915757	rs11363127	TG	T	2784.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=24;PP=1008;SC=AGGAGCTGGATGGGGAATGGG;SOR=1.048;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=39;WE=118915765;WS=118915746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	118915944	rs1043314	A	G	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=45;PP=1315;SC=GAAACTCCCCAGCAACCTGAT;SOR=1.193;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=76;WE=118915952;WS=118915934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	118919132	rs2276060	G	A	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=76;NR=42;PP=2012;SC=CAGAGGCAAGGCCCACAGAGC;SOR=1.117;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=76;TCR=42;TR=118;WE=118919140;WS=118919122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	118919206	rs568922	T	C	4814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr11	118920112	rs670192	A	G	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=29;PP=874;SC=CCTTGGGAGCACCAGTCAAGA;SOR=1.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=53;WE=118920120;WS=118920102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	118920453	rs673768	T	C	8728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr11	118925341	rs538478	G	A	2477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	118926720	rs470679	A	C	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=26;PP=1515;SC=CCCAAGCTCAATTCCCATCAT;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=69;WE=118926728;WS=118926710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	118927013	rs57740718	T	TC	4169.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=44;PP=2434;SC=AGCCTACTTCTCCCTTCTCCC;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=58;WE=118927021;WS=118927003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	118938880	rs584115	A	G	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.99;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	118938880	.	ATC	GTT	463	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3;NR=17;PP=463;QD=25.8233937431;SC=AAGGAAGTCCATCTCCTAACT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=20;WE=118938890;WS=118938870;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr11	118938882	rs670526	C	T	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.14;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	118939939	rs5795166	T	TC	1940.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=11;PP=860;SC=CTTGCCACGTTCCTACAGCTT;SOR=1.140;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=22;WE=118939947;WS=118939929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	118947634	rs540261	C	T	8184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=163;NR=120;PP=2965;SC=AGCCATCCTACGTGATCCGCA;SOR=0.917;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=284;TCF=163;TCR=121;TR=283;WE=118947642;WS=118947624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr11	118955679	rs589925	C	T	11323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=214;NR=173;PP=2965;SC=GGCCGGAGCCCCCGGCTTCCC;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=388;TCF=215;TCR=173;TR=387;WE=118955687;WS=118955669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr11	118959732	rs549893	C	T	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	118962816	rs1784304	C	A	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	118970875	rs10892330	T	C	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=6;PP=319;SC=ATAATTACTATGCATATTGCT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=118970883;WS=118970865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	118973112	rs3825060	AA	GC	8522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.62;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	118973133	rs10790282	G	A	3915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=81;PP=2396;ReadPosRankSum=0.289;SC=TTGGAAGGATGGTGTAAATTC;SOR=1.106;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=64;TCR=83;TR=144;WE=118973141;WS=118973123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,153:0.99:155
chr11	118978411	rs7940073	G	C	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	118981025	rs617948	A	G	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.850;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=36;PP=1137;ReadPosRankSum=-0.544;SC=GGATCTAAGGATTGGTTTCAG;SOR=1.835;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=52;WE=118981033;WS=118981015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,54:0.96:56
chr11	118983681	rs682795	C	T	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=438;SC=TTAATTCCAACTCCCCCTGTT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=118983689;WS=118983671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	118984287	rs4938630	A	C	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.182;NF=23;NR=17;PP=859;ReadPosRankSum=-0.663;SC=CTCTGAAGCAACTCCCAGCTC;SOR=0.420;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=40;WE=118984295;WS=118984277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr11	118986630	rs608444	G	A	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=4;PP=794;SC=GAGGAAGCCTGGCTTCTGGGC;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=118986638;WS=118986629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	118986659	rs608793	C	T	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=13;PP=1111;SC=TGATCCTGTCCACATCCTCTT;SOR=2.348;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=51;WE=118986667;WS=118986649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	118997869	rs547345	C	T	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	119005088	rs512703	C	T	9850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=150;NR=186;PP=2965;SC=AGCAAGAGATCGTCTACTATG;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=337;TCF=151;TCR=186;TR=336;WE=119005096;WS=119005078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr11	119028813	rs626776	C	G	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=1;PP=609;SC=CTTAATGGTACAAGATTCTCT;SOR=3.258;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=119028821;WS=119028809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	119031841	rs11383101	G	GC	2535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=30;PP=1398;SC=CTGTACCCCAGCCCTGCAGCA;SOR=0.948;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=34;WE=119031849;WS=119031831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	119064394	rs11217175	C	T	10071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=2.379;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.57;ReadPosRankSum=0.760;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,376:0.99:379
chr11	119065484	rs60630529	A	AC	6396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=71;NR=49;PP=2936;SC=CTCACTGCCCACCCTCTCTCA;SOR=1.041;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=86;TCR=59;TR=120;WE=119065499;WS=119065474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	119145463	.	G	GT	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.089;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,16:0.17:92
chr11	119169032	rs118141569	C	T	3906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=42;PP=2260;SC=AGATGAAGTGCGTCAGAAGAA;SOR=1.282;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=88;TCR=42;TR=130;WE=119169040;WS=119169022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	119181170	rs2249466	T	C	4864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=85;NR=86;PP=2937;SC=GAGACGGGGGTAGCGTGCTGG;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=85;TCR=86;TR=171;WE=119181178;WS=119181160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr11	119181674	rs2510146	G	C	17793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=671;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,668:1.00:668
chr11	119184106	.	ATT	A	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.178;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr11	119185133	rs6589731	C	T	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=14;PP=993;SC=CCCAAAGCACCGAGATTACAG;SOR=1.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=119185141;WS=119185123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	119185347	rs6589732	G	A	12928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=233;NR=206;PP=2965;SC=CCATCTCAGCGGCTGCGCACC;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=441;TCF=234;TCR=207;TR=439;WE=119185355;WS=119185337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr11	119187592	.	C	T	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	119205735	rs12797083	T	C	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=8;PP=554;SC=TCATTTTCCTTCCAAATTAAT;SOR=1.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=119205743;WS=119205725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	119205830	rs12795576	A	G	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=28;PP=1659;SC=CCATAGCCCTATCATGGAGGC;SOR=1.322;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=65;TCR=28;TR=93;WE=119205838;WS=119205820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	119206375	rs2511841	G	A	8187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=143;NR=133;PP=2965;SC=GGAGGATGACGGACGTAGTGG;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=143;TCR=133;TR=276;WE=119206383;WS=119206365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr11	119207928	rs6649	C	T	3383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.52;ReadPosRankSum=0.981;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,133:0.96:138
chr11	119210583	rs1135258	G	T	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=270;SC=GGGCGGCAGGGTGAGAGTAGC;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=119210591;WS=119210573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	119214771	rs948413	A	G	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=41;PP=1200;SC=GGCTGGGGGGATGGGGTGGTG;SOR=3.486;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=48;WE=119214779;WS=119214761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	119215165	rs10790289	C	T	2800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=54;PP=1696;SC=ATAGGGCTGGCGGTGATTACA;SOR=1.094;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=97;WE=119215173;WS=119215155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	119215253	rs2509388	G	C	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.74;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	119215256	rs10892350	C	T	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.78;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	119215815	rs182628963	C	T	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=27;PP=754;SC=AACCCCCAAACTGGTGACCAT;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=119215823;WS=119215805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	119216231	rs2510143	A	G	5376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.359;SC=GCTGTATTGCATGGTCTGTGG;SOR=0.323;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=195;TCF=114;TCR=81;TR=194;WE=119216239;WS=119216221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,208:1.00:209
chr11	119216279	rs36015759	G	A	5523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=109;NR=86;PP=2965;SC=TGTTGGGGGGGTAAGGGTCTG;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=109;TCR=86;TR=195;WE=119216287;WS=119216269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr11	119252151	rs565296	C	T	11756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr11	119252199	rs670906	T	G	10223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=189;NR=174;PP=2965;SC=CTTCTTGGAGTATGGACGAGT;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=364;TCF=189;TCR=175;TR=363;WE=119252207;WS=119252189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr11	119252448	rs7943722	C	T	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=18;NR=9;PP=442;SC=AGTCGCGTCACGGCTATTGGC;SOR=1.143;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=27;WE=119252456;WS=119252438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	119290034	rs1054735	G	C	3432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	119291480	rs3138091	G	A	4169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	119291688	rs3751026	A	G	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.47;ReadPosRankSum=1.531;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr11	119509625	rs1022080	C	T	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=25;PP=683;SC=AGAGCAGGCCCGGGAGCTCTG;SOR=1.923;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=36;WE=119509633;WS=119509615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	119510644	rs7940667	A	C	7112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=119;NR=105;PP=2965;SC=GAGCACAGCAACTAGGATGAG;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=119;TCR=105;TR=224;WE=119510652;WS=119510634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr11	119535677	rs137909701	C	CCCT	4659.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.874;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.668;NF=13;NR=45;PP=2691;ReadPosRankSum=1.328;SC=CCCTCCACCGCCCTCCTCCTC;SOR=1.347;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=97;TCF=15;TCR=82;TR=58;WE=119535685;WS=119535667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,115:0.91:127
chr11	119584506	rs4245205	T	C	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=4;PP=385;SC=GGGCAGCTCCTATCTCTCCTG;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=119584514;WS=119584496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	119984202	rs506127	A	G	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=3;PP=273;SC=CATGCCCTGCAGATCCCAATA;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=119984210;WS=119984192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	119984535	rs519672	G	C	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=209;SC=CTTTGAGGAAGATTGGGTCAA;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=119984543;WS=119984525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	119986167	rs503559	T	C	6150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr11	119987576	rs488222	C	T	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=256;SC=GAGAAGGGACCGGCACACCCT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=119987584;WS=119987566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	119989107	rs10466595	C	G	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	119989123	rs10466596	G	T	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	119992839	.	A	AGTGT,AGTGTGT	1485.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.27;ReadPosRankSum=1.643;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,8,27:0.22,0.75:36
chr11	119993897	rs66674912	CCT	C	15722.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.199;NF=57;NR=147;PP=2967;ReadPosRankSum=1.796;SC=GTTTCCCCAACCTCTCAGAGA;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=62;TCR=156;TR=204;WE=119993906;WS=119993887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,360:0.99:362
chr11	119999191	rs569044	A	G	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=11;PP=874;SC=TCCTTTTGCAATGACAGCTCC;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=119999199;WS=119999181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	120007889	rs470645	G	T	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.837;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=32;PP=2184;ReadPosRankSum=0.760;SC=GAGGGGTGGGGTGAGAGAGGA;SOR=1.871;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=87;TCR=34;TR=117;WE=120007897;WS=120007879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,126:0.98:129
chr11	120040695	rs61900479	C	T	4149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=72;PP=2539;SC=CAGAGCAGCCCTAGGTGGAAG;SOR=1.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=66;TCR=72;TR=138;WE=120040703;WS=120040685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	120041110	rs7949789	T	A	17323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=323;NR=285;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.203;SC=TCTAATCCTCTGACCGAGGCT;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=612;TCF=324;TCR=288;TR=608;WE=120041118;WS=120041100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,654:1.00:656
chr11	120041444	rs4936509	C	T	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=37;PP=1113;SC=ATCTGTCTCACAGAGTGGCTG;SOR=1.319;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=65;WE=120041452;WS=120041434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	120099658	rs2508489	A	G	5432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=33;PP=1614;SC=GTGGGGGACCACGGGAAGCCC;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=59;TCR=33;TR=92;WE=120099666;WS=120099648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
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chr11	120111041	rs10790371	G	C	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.19;ReadPosRankSum=-2.145;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,95:0.96:99
chr11	120175749	rs7110845	A	G	3057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=54;PP=2205;SC=GCATTTGGGCACCCTGGGCTG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=116;WE=120175757;WS=120175739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	120292570	rs532006	T	A	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=19;PP=637;SC=AGGTAAGGAATAGGCTATTAT;SOR=1.067;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=38;WE=120292578;WS=120292560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	120298916	rs147982337	C	T	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	120302729	rs55869319	C	T	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=183;SC=CACTTTTTACCATCCCCATTT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=120302737;WS=120302719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	120338040	rs2305011	A	G	3297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	120382409	rs7952113	T	C	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.56;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	120690372	rs56326825	T	C	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=47;NR=22;PP=1427;SC=ATAAAAGAACTCACCCTCCAC;SOR=1.574;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=69;WE=120690380;WS=120690362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	120707644	rs3934628	C	T	3318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=72;PP=2157;SC=CAGGGGATGACGAGTACAGGA;SOR=1.532;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=40;TCR=72;TR=112;WE=120707652;WS=120707634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	120776001	rs2156634	G	A	4215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=53;PP=2410;SC=TGCTGCAGGAGAACCCATATT;SOR=1.044;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=146;TCF=93;TCR=53;TR=144;WE=120776009;WS=120775991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	120823528	rs10750178	A	G	5326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=110;NR=72;PP=2965;SC=TTGACTGAATATGTGCGGTGA;SOR=0.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=111;TCR=72;TR=182;WE=120823536;WS=120823518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	120837821	rs2276319	G	A	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=36;PP=1717;ReadPosRankSum=0.909;SC=GGGTGGCCAGGAGGTGTGCCG;SOR=0.441;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=66;TCR=36;TR=101;WE=120837829;WS=120837811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,110:0.99:111
chr11	120838141	rs41297897	G	A	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=550;SC=CATTGAGAACGGCCTTGGAAG;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=120838149;WS=120838131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	120856998	rs371012924	CGGGCGGGGCGGGAG	C	3575.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=38;PP=2974;SC=GCGCAGAGGCCGGGCGGGGCG;SOR=0.836;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=43;WE=120857019;WS=120856988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	120924200	rs10502246	T	C	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=7;PP=1034;SC=TTCTTGAGCATGATTGCTATT;SOR=3.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=46;WE=120924208;WS=120924190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	120984087	rs2298478	C	G	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=9;PP=387;SC=CACCCTGACTCGGCTATGAAA;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=120984095;WS=120984085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	120989335	rs612969	A	G	6514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=117;PP=2965;SC=TGAACACCGCAGAGGTTCAGC;SOR=1.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=91;TCR=117;TR=208;WE=120989343;WS=120989325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr11	120996292	rs536069	A	G	9354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=187;NR=148;PP=2965;SC=TGTACCACGCAGACTGGAAGT;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=335;TCF=187;TCR=148;TR=335;WE=120996300;WS=120996282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr11	121000212	rs643744	T	G	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=10;PP=1179;SC=GTTGGTATCTTTGTGGGTTCC;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=55;WE=121000220;WS=121000202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	121000774	rs520805	T	C	10723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.50;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr11	121000784	rs586473	T	C	10682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.60;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr11	121032978	rs526433	G	A	5265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=83;NR=90;PP=2780;SC=GGCTGCTACAGCCACAAGAAG;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=83;TCR=90;TR=173;WE=121032986;WS=121032968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr11	121037529	rs2186747	C	G	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=19;PP=647;SC=GCAGAGGCAGCGACAGCTTCG;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=121037537;WS=121037519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	121348741	rs138337334	CAAAAA	C	814.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.10;ReadPosRankSum=2.366;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,24:0.86:28
chr11	121367626	rs12364988	TG	CA	4814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.42;SOR=1.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	121393212	rs630813	C	G	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=13;PP=1091;SC=CAGCTGCACTCCCCTCACACA;SOR=1.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=52;WE=121393220;WS=121393202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	121403229	rs636588	T	C	5672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=92;NR=93;PP=2965;SC=TCATCACGGCTATTGCCCAGG;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=92;TCR=95;TR=185;WE=121403237;WS=121403219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	121403345	rs631232	T	C	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=36;PP=1086;SC=TATCTCTCTATAGCACTATGT;SOR=1.567;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=53;WE=121403353;WS=121403335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	121414476	rs2276346	G	T	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=8;PP=193;SC=ATGGATATGCGTGGACTTCCT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=121414484;WS=121414466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	121416187	rs11218325	A	C	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=19;PP=390;SC=TTATTCACTCAGCAGTGTTGG;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=121416195;WS=121416177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	121437819	rs1699107	C	G	4975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr11	121445084	rs1792126	T	C	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=40;PP=1329;SC=TAAGGGGACATCACATCCTGA;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=75;WE=121445092;WS=121445074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	121447807	rs1790212	A	G	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=34;PP=1032;SC=ACCCATTTGCAGCACACTGAC;SOR=1.355;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=56;WE=121447815;WS=121447797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	121456962	rs1699102	C	T	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=51;NR=26;PP=1179;SC=GCTGCCCAAACGGCACTTGCA;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=77;WE=121456970;WS=121456952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	121460664	rs1625828	G	A	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=5;PP=749;SC=CTGGAACTTGGGTCTGGAGGA;SOR=1.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=121460672;WS=121460654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	121475798	rs1784929	T	A	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=18;PP=798;SC=ACTTTGTTTGTCTTTTTCTCC;SOR=1.010;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=52;WE=121475806;WS=121475788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	121483401	rs1010159	C	T	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	121483651	rs1010158	G	A	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=428;SC=GGTATTCTCTGGAAGCTGTTC;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=121483659;WS=121483641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	121489416	rs1784933	G	A	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=7;PP=1131;SC=CTTAAATTGGGGATTTCAAGG;SOR=3.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=47;WE=121489424;WS=121489406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	121491782	rs1792120	G	A	3728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	121493001	rs1614735	T	G	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=26.34;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	121493072	rs11454566	T	TA	362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5840;FS=4.260;HP=9;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=118;ReadPosRankSum=-0.435;SC=ATAGATAGTGTAAAAAAAAAG;SOR=1.284;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=12;WE=121493080;WS=121493062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr11	122165766	rs532540	G	A	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	122165806	rs542500	G	A	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.748;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=730;ReadPosRankSum=-0.967;SC=TCGCTGGTAGGAATAGGCTCA;SOR=0.802;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=51;WE=122165814;WS=122165796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr11	122172113	rs558962	T	C	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=13;NR=6;PP=325;SC=CCAGCCTGGGTGACAGAGAGA;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=122172121;WS=122172103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	122172318	rs615683	C	T	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.81;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	122172321	rs693194	T	C	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.85;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	122650172	rs4935813	C	G	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=8;PP=872;SC=CTCCCCTTGTCTCTGAGTGAA;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=122650180;WS=122650162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	122738062	rs57365669	CAA	C	617.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=22.06;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,22:0.79:28
chr11	122738718	rs17126930	T	C	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	122738896	.	ATGTG	A	307.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.47;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	122742050	rs34242434	T	C	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	122775227	rs3107630	T	C	218.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=87;SC=TGTCTAGATATCGCTTCCTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=122775235;WS=122775217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	122945667	.	G	GT	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=-0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=0.469;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr11	123154894	rs149387350	TTC	T	858.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.02;QD=33.03;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	123396674	rs35709687	G	C	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=8;PP=653;SC=GGGAAGAAGGGGCAGTGGCAG;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=32;WE=123396682;WS=123396664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	123455101	.	T	TG	1570	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=239;MMLQ=20;MQ=59.42;NF=0;NR=11;PP=1570;QD=145.545454545;SC=GAATGGAGGTTGGGGGAAGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=11;WE=123455117;WS=123455091;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr11	123455109	.	G	A	834	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=239;MMLQ=20;MQ=58.92;NF=0;NR=10;PP=834;QD=86.8771212547;SC=GTTGGGGGAAGGGGTGTGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=10;WE=123455117;WS=123455091;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr11	123504673	rs1148111	C	G	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=15;PP=1171;SC=ACAGAGCTTTCTGACTTAAAG;SOR=2.049;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=53;WE=123504681;WS=123504663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	123504959	rs1148110	C	G	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=31;PP=923;SC=CAGTGCCCAGCGTGGGAACAC;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=123504967;WS=123504949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	123596703	rs3183878	A	C	2773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=29;PP=1579;SC=ATGGGGACCTAGCTAGGAGGT;SOR=1.496;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=65;TCR=30;TR=94;WE=123596711;WS=123596693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	123597804	rs679597	A	G	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=22;PP=583;SC=AAGACTAAATAGAATGCCTGT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=123597812;WS=123597794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	123599044	rs675172	T	C	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=52;PP=1862;SC=TTGAAGGTCATACAATAGGTG;SOR=0.955;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=100;WE=123599052;WS=123599034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	123600475	rs1144507	A	G	4092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=68;PP=2334;SC=CTCAGGCTCCACTCCTAAATG;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=74;TCR=68;TR=142;WE=123600483;WS=123600465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	123676388	rs76301014	G	A	3483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=67;PP=2191;SC=GAGGGGATACGCAGGATGGTA;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=58;TCR=67;TR=124;WE=123676396;WS=123676378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	123753937	rs1939927	A	G	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	123754844	rs10893099	T	C	4730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	123887314	rs517598	T	A	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=18;PP=439;SC=AGTGTTAAACTTTATTCCAAA;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=123887322;WS=123887304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	124007398	.	C	CCCTT	671.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=7.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.605;QD=33.59;ReadPosRankSum=-1.173;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,18:0.90:20
chr11	124007701	.	C	CT	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.694;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr11	124086175	rs2508890	T	C	6081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=98;PP=2965;SC=CCAAAGCCTTTAGCACTTGCA;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=205;TCF=107;TCR=98;TR=205;WE=124086183;WS=124086165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr11	124095414	rs10893172	C	G	7233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr11	124095525	rs11219508	T	C	6807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=132;PP=2965;ReadPosRankSum=1.892;SC=CTCTTCCTCCTGTTCTTAGGA;SOR=0.311;Source=Platypus;TCF=133;WE=124095533;WS=124095515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,254:1.00:255
chr11	124095647	rs2466615	A	C	10339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.582;SC=CTTCATTGATATCTGCCATTC;SOR=0.273;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=360;TCF=200;TCR=160;TR=359;WE=124095655;WS=124095637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,384:1.00:385
chr11	124096122	rs7946182	G	A	4121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.32;QD=30.53;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	124096195	rs7946214	G	A	5529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=87;PP=2965;SC=TTTTCTTTGGGTCTGCAGCAT;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=112;TR=198;WE=124096203;WS=124096185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	124096247	rs2466613	G	A	10173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=180;NR=171;PP=2965;SC=CATGGACCAGGGGAAAGTGTC;SOR=0.759;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=352;TCF=180;TCR=172;TR=351;WE=124096255;WS=124096237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr11	124120302	rs2512239	A	G	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=208;SC=TACTCAAAGGAGATACCTAAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=124120310;WS=124120292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	124120821	rs12099154	T	C	7517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.087;NF=124;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=0.399;SC=TGCTGTACAGTGTCATCATAT;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=125;TCR=133;TR=255;WE=124120829;WS=124120811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,295:0.99:297
chr11	124252422	rs503220	G	A	4961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.04;MQRankSum=-0.356;QD=25.98;ReadPosRankSum=-1.417;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,188:0.98:191
chr11	124252718	rs886201	G	A	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.99;MQRankSum=0.918;QD=26.53;ReadPosRankSum=-0.573;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr11	124252750	rs886202	G	A	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.337;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.74;MQRankSum=0.467;QD=28.23;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr11	124252892	rs644147	A	G	5046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.48;MQRankSum=-0.628;QD=27.43;ReadPosRankSum=-0.675;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,183:0.99:184
chr11	124253100	rs71491826	G	A	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=17.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQRankSum=-12.363;QD=1.69;ReadPosRankSum=0.266;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,51:0.18:282
chr11	124253147	rs530704	A	G	3726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.294;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=8.587;NF=62;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.086;SC=AGATCACTAGAAACAGGAAAA;SOR=1.061;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=254;TCF=124;TCR=130;TR=146;WE=124253189;WS=124253137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,163:0.63:260
chr11	124253161	rs530740	G	A	5600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=15.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQRankSum=7.871;QD=22.23;ReadPosRankSum=-2.373;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,149:0.59:252
chr11	124253170	rs530765	G	A	5418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=17.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQRankSum=6.860;QD=22.39;ReadPosRankSum=-1.339;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,136:0.56:242
chr11	124253181	rs28373946	T	C	5957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=124;PP=2962;SC=GAACTCTGGATGATCTGTTAA;SOR=0.999;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=99;TCR=124;TR=223;WE=124253189;WS=124253137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr11	124253333	rs645986	G	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.670;NF=2;NR=10;PP=188;ReadPosRankSum=-0.687;SC=AGGGGACTCAGGCTGTAGGAA;SOR=0.420;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=12;WE=124253341;WS=124253323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr11	124266906	rs530992	C	T	11021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.71;MQRankSum=8.178;QD=39.36;ReadPosRankSum=5.168;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:18,262:0.94:280
chr11	124266912	rs28398895	A	G	11272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=1.049;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.08;MQRankSum=8.127;QD=39.55;ReadPosRankSum=5.090;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,271:0.95:285
chr11	124267148	rs77374761	C	T	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.29;QD=32.02;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	124267177	rs61910862	T	C	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.65;QD=24.70;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	124267189	rs507335	T	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.54;QD=25.30;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	124310872	rs146693143	A	G	5135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	124618346	rs111738856	A	G	4521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.08;ReadPosRankSum=-0.714;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,165:0.99:167
chr11	124739325	rs34127060	G	GC	119	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=113;SC=TGCTTATTTCGCCCCCCACCG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=4;WE=124739340;WS=124739315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	124739332	rs11219820	A	C	128.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=154;SC=TTCGCCCCCCACCGCCCCGCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=124739340;WS=124739315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	124739988	rs4936957	T	C	5453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=100;PP=2965;SC=ATTTTGACATTATGGGAACAG;SOR=0.938;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=187;TCF=87;TCR=100;TR=185;WE=124739996;WS=124739978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr11	124740410	rs3923890	A	T	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	124740691	rs7925879	A	G	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=31;PP=1101;SC=ATGGTTGGCAAGAGACTGAGG;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=50;WE=124740699;WS=124740681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	124747333	rs10790713	A	G	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=29;PP=1721;SC=ACTGTCCTGAAACTCCCGAAT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=66;WE=124747341;WS=124747323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	124747837	rs7933204	G	A	10343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=189;NR=163;PP=2965;SC=CTGCAGAAGCGGGAATCTCCC;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=353;TCF=189;TCR=164;TR=352;WE=124747845;WS=124747827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
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chr11	124750232	rs4366494	C	T	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=4;PP=398;SC=AGAGCTGAGCCTGTGGTCAGG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=124750240;WS=124750226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr11	124767290	rs11219832	C	T	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=67;PP=1953;SC=AAGGTTGCCTCCCAAAGAACA;SOR=1.232;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=41;TCR=67;TR=108;WE=124767298;WS=124767280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	124789755	rs3802904	T	C	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	124790922	rs10893303	C	A	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=0;PP=135;SC=CCAGCGCCCCCCCGGGACCTC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=124790930;WS=124790912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	124792173	rs10893304	C	G	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	124793682	rs10790715	T	C	5399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr11	124793716	rs10790716	G	A	6276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=126;NR=92;PP=2965;SC=CCATGAGCACGCGGGTGATGG;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=126;TCR=92;TR=218;WE=124793724;WS=124793706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr11	124856563	rs146292043	CTG	C	1585.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;MQRankSum=0.376;QD=25.99;ReadPosRankSum=0.144;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,56:0.92:61
chr11	124856951	rs4608089	C	T	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=245;SC=TTTGATATTTCGATTATTTTG;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=124856959;WS=124856941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	124910335	rs4491235	G	A	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=551;SC=CTCACAGAGTGCTTGTCATAT;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=124910343;WS=124910325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	124946809	rs61912692	C	T	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=57;PP=1508;SC=CCATGGCCACCGAGGTTGCAC;SOR=1.440;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=94;WE=124946817;WS=124946799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	124949044	rs33932952	C	T	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	124949665	rs55889403	A	G	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	124949690	rs56367722	T	C	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	124951467	rs4396301	C	G	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=9;PP=340;SC=CTGACCTCACCGACCCAGTGC;SOR=1.127;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=124951475;WS=124951457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	124954282	rs948270	A	G	5117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=98;PP=2938;SC=CCTCTGGCCTATGTGCACGTC;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=80;TCR=98;TR=178;WE=124954290;WS=124954272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr11	124954652	rs4936976	G	C	5731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=119;NR=85;PP=2965;SC=GATGGTTGTTGCAGACCTCAG;SOR=0.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=119;TCR=86;TR=204;WE=124954660;WS=124954642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr11	124955032	rs948268	T	C	5013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=98;PP=2965;SC=TCTCTGCTGATCTGGTGAGTG;SOR=1.161;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=72;TCR=98;TR=170;WE=124955040;WS=124955022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr11	124955274	rs3824925	C	T	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	124955977	rs3808995	C	T	3973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;SC=ATCAGCCCAGCGCTCAGTTTC;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;WE=124955985;WS=124955967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	124957803	rs7929462	C	T	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=7;PP=339;SC=GCTGGGATTACAGGTGTGAGC;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=124957811;WS=124957793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	124958122	rs3802808	A	G	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=10;NR=35;PP=1079;SC=ACAAGCAGGGAAGGCAAACCC;SOR=2.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=124958130;WS=124958112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	124967487	rs1043821	T	A	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	124967678	rs3737350	A	G	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=25;PP=733;SC=TACCAGTTAGACACCCTGGCT;SOR=1.358;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=124967686;WS=124967668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	124972208	rs14065	A	G	3870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=72;PP=2200;SC=GCTCCAGTGCAACACACTCCC;SOR=1.155;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=56;TCR=72;TR=128;WE=124972216;WS=124972198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	124972377	rs2155663	C	T	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=13;PP=769;SC=AACCCAAAGCCTTTCTCTTTG;SOR=1.143;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=33;WE=124972385;WS=124972367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	124972518	rs2155664	A	G	5127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.98;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	124972522	rs2155665	T	C	5151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	124972691	rs2155666	T	C	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=13;PP=268;SC=TTCAAGAGGATGAAAACTCCC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=124972699;WS=124972681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	125009529	rs11219919	G	A	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=41;PP=1156;SC=CCCTTCCTCTGTCCGGGACAG;SOR=1.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=71;WE=125009537;WS=125009519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	125280041	rs3824919	G	A	7630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.446;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.195;SC=GGGGCTGTAGGGTCTAAGCTC;SOR=0.944;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=164;TCR=101;TR=262;WE=125280049;WS=125280031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,293:0.99:296
chr11	125280318	rs3824917	G	A	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=41;PP=1204;SC=GTCCTCCACCGAGGGAGGGGC;SOR=3.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=46;WE=125280326;WS=125280308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	125298871	rs595849	A	G	9232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=181;NR=131;PP=2965;SC=AGATCAGCATATGCCCAGCCC;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=312;TCF=181;TCR=131;TR=312;WE=125298879;WS=125298861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr11	125442503	rs369141998	CT	C	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=4.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.598;QD=0.95;ReadPosRankSum=-1.667;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,49:0.22:218
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chr11	125445680	rs61493355	A	AT	285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.670;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr11	125452221	.	CT	C	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=0.307;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,24:0.22:111
chr11	125452300	rs55912941	A	AC	5326.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=65;PP=2170;SC=TGAAGCAAAGACCCTGGCAAA;SOR=0.866;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=12;TCR=66;TR=77;WE=125452311;WS=125452289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	125462162	rs573173	A	G	3582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.14;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	125467144	rs513209	C	A	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=64;PP=1382;SC=GAAAAAAAAACCCTTAAATTC;SOR=2.625;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=85;TCF=20;TCR=65;TR=82;WE=125467152;WS=125467133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	125472359	.	CAG	C	1458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=37;PP=1420;ReadPosRankSum=-0.469;SC=AAAAAAAAAACAGAAATATTT;SOR=0.506;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=40;WE=125472368;WS=125472327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,78:0.93:84
chr11	125482345	rs538232	G	A	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=239;SC=TACTGCAACTGTTTCAAGTAT;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=125482353;WS=125482335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	125490765	.	AT	A	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=2.754;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,37:0.42:89
chr11	125507219	rs3731420	C	CTT	856.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=4;PP=581;SC=AGCTTTAATTCTTTCTCTTCC;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=125507227;WS=125507209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	125514573	rs521102	G	A	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=33;PP=1024;SC=ACCTTTTCCTGAAGAAGAATT;SOR=1.567;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=125514581;WS=125514555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	125525195	rs506504	A	G	3245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	125616483	rs498803	G	T	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	125617376	rs5795459	CT	C	1297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=18;PP=710;SC=ATTCCTCCACCTTTCTTTCCC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=18;WE=125617384;WS=125617366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	125647712	rs522690	T	C	3280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=52;PP=2225;SC=AAAAGAACACTACTGTTTCTC;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=66;TCR=52;TR=118;WE=125647720;WS=125647702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	125648503	rs494361	G	A	7757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr11	125708198	rs10160391	C	T	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=47;NR=31;PP=1209;SC=TCTTCATTTTCAGGAGACAAA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=78;WE=125708206;WS=125708188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	125708293	rs12224646	T	G	3792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	125763566	rs141738016	TC	T	253.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.410;HP=9;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=315;ReadPosRankSum=1.699;SC=CTTTTTTTTTTCTTTTAAGAG;SOR=2.550;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=28;WE=125763574;WS=125763555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr11	125763581	rs80185627	T	C	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.33;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	125766173	rs622756	A	C	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=84;PP=2678;SC=GTGTCATTATAAGCCATGATA;SOR=1.464;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=48;TCR=84;TR=132;WE=125766181;WS=125766163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	125766204	rs600761	G	C	4220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.07;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	125766207	rs471980	C	T	4164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.77;SOR=1.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	125776216	rs34692223	A	ATT	924.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=14;PP=386;SC=GATATTCAATATTTTTTTTTG;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=15;WE=125776224;WS=125776206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	125776259	rs681416	G	C	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=130;SC=CTGTCCCCCAGGCTGGAGTGC;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=125776267;WS=125776249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	125778074	rs5795465	AT	A	1464.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.337;HP=11;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=697;ReadPosRankSum=-1.361;SC=TAAGTGTTTGATTTTTTTTTT;SOR=0.146;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=42;WE=125778083;WS=125778064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,77:0.96:80
chr11	125780194	rs2272104	C	T	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=6;PP=451;SC=ATTTTTATTGCAGTTGAAATT;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=125780202;WS=125780184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	125788678	rs683155	T	C	4168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr11	125791017	rs635819	C	T	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=4;PP=212;SC=CCTTGGCAGACGTGGTACTTG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=125791025;WS=125791007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	125795451	rs551167	G	A	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=1404;ReadPosRankSum=-0.256;SC=AGTAGATAGAGAGGCAAGGAA;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=82;WE=125795459;WS=125795441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,103:0.98:105
chr11	125810714	rs643038	T	C	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	125810721	rs643051	G	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	125812875	rs592545	G	A	3029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.83;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	125813527	rs555333	G	A	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	125825708	rs627761	A	G	6323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.340;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=1.779;SC=TATGCTCTTCATAGGCCTTGA;SOR=0.477;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=228;TCF=126;TCR=102;TR=227;WE=125825716;WS=125825698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,245:1.00:246
chr11	125830970	rs684535	A	T	4574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=72;PP=2560;SC=TACAATGTTGATCTCTGTTTC;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=81;TCR=72;TR=153;WE=125830978;WS=125830960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr11	125848261	rs3740904	C	T	7340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr11	125851272	rs3824922	C	A	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=44;PP=1353;SC=CACACACGCACGCACACATGC;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=72;WE=125851280;WS=125851262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	125851314	rs146682526	TACGCACAC	T	804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0;NR=15;PP=2358;SC=CACATGCACATACGCACACAC;SOR=2.531;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=15;WE=125851329;WS=125851304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	125867053	rs11220309	G	T	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=14;PP=902;SC=TAAATATATGGATCTAAAGTT;SOR=1.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=50;WE=125867061;WS=125867043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	125871735	rs516664	C	T	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=35;PP=1263;SC=TTTTTGATGACGCTGTTTTTT;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=82;WE=125871743;WS=125871725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	125873639	rs512761	G	T	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=110;SC=TGCTTGAACCGGGGAGGCGGA;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=125873647;WS=125873629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	126146244	rs56321210	C	T	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	126174242	.	AT	A	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=-0.327;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr11	126275960	rs10893506	T	C	3960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=74;NR=57;PP=1722;SC=TTTGTGAAGCTGACCGGACAC;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=74;TCR=57;TR=131;WE=126275968;WS=126275950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	126277216	rs2230278	C	T	7120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=125;NR=112;PP=2965;SC=CATCTGCTTACGAGCTGCCCT;SOR=0.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=125;TCR=113;TR=237;WE=126277224;WS=126277206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr11	126277570	rs11220480	A	G	4232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.65;ReadPosRankSum=1.769;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,164:0.99:165
chr11	126278075	rs2230279	C	T	9361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=182;NR=129;PP=2965;SC=TCAACAAGTACGATGTGGTCA;SOR=0.910;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=312;TCF=182;TCR=130;TR=311;WE=126278083;WS=126278065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr11	126279365	rs1316361	A	T	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=40;PP=1240;SC=AGGAGGGATGATCCTATGGGC;SOR=1.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=126279373;WS=126279355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	126283785	rs2236653	C	T	2241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=19;PP=1424;SC=TTGGGAGGGGCAGGGAGACTT;SOR=1.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=72;WE=126283793;WS=126283775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	126294817	rs948052	G	A	8008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=140;NR=141;PP=2965;SC=CACGCTGCTTGCCCGCAGGAC;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=140;TCR=143;TR=281;WE=126294825;WS=126294807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr11	126305279	rs4937132	C	G	3063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	126315024	rs3802819	T	C	7648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=154;PP=2965;SC=CAGGCTCAGATGCCAAGAGCA;SOR=1.052;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=120;TCR=156;TR=274;WE=126315032;WS=126315014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr11	126316610	rs1574534	C	T	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=14;PP=1249;SC=CCACTGTCCCCGCCCCCTGCC;SOR=2.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=64;WE=126316618;WS=126316600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	126343135	rs12786235	A	C	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=7.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	126396674	rs674537	G	A	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=48;PP=1309;SC=CAGGGCTGGCGCAGGAGACTG;SOR=2.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=60;WE=126396682;WS=126396664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	126858322	rs634571	C	G	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	126858392	rs670637	A	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	126858406	rs634171	A	T	200.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	126858484	rs558276	T	C	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	126865188	rs138532543	G	A	6367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr11	126873592	rs494442	C	T	11258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=194;NR=196;PP=2965;SC=TGCAAGCCGGCGGGATGCCAG;SOR=0.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=390;TCF=194;TCR=196;TR=390;WE=126873600;WS=126873582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr11	126873721	rs11377295	G	GC	3993.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=66;PP=2974;ReadPosRankSum=-1.298;SC=TGAGCCCCTGGCCCGCCCCCC;SOR=1.572;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=78;TCF=4;TCR=74;TR=69;WE=126873729;WS=126873711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,125:0.98:127
chr11	126968472	rs11220767	C	T	4826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr11	128333503	rs2230004	T	C	7346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr11	128350071	rs61909072	C	T	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.256;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=10;PP=799;ReadPosRankSum=2.310;SC=GCCTAAGCAGCGGGAGGGCGC;SOR=2.110;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=44;WE=128350079;WS=128350061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,46:0.96:48
chr11	128355859	rs1122832	T	C	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=19;PP=1183;SC=TAAGAAGATATTATTTTTGAT;SOR=1.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=65;WE=128355867;WS=128355849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	128391937	rs61907765	C	T	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.76;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	128396738	rs7117118	A	G	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=6;PP=726;SC=TTAGAGCTCAATGGGAGTTTA;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=128396746;WS=128396728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	128443083	rs7935676	G	C	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=36;NR=39;PP=1217;SC=ATGCTCACAGGTTTGTGGATT;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=75;WE=128443091;WS=128443073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	128443099	rs7935393	A	C	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=37;PP=1122;SC=GGATTAGAATACACAAGGAAG;SOR=1.366;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=59;WE=128443107;WS=128443089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	128634760	rs74400777	C	T	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=8;PP=221;SC=GGGAGGAGGGCCAGCTGGGCA;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=128634768;WS=128634750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	128638216	rs35044982	TG	T	4070.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=67;PP=2077;SC=CCCCACTCTCTGGGGGGGCAG;SOR=1.136;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=80;TCF=6;TCR=74;TR=73;WE=128638224;WS=128638206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	128652012	rs639336	G	T	6822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=124;PP=2965;SC=ACCAGCTTGCGTGTTCCACTC;SOR=1.137;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=85;TCR=124;TR=209;WE=128652020;WS=128652002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr11	128652053	rs3216814	A	AG	5519.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=82;PP=2966;SC=GACAAGCCAAAATTTTCGCCA;SOR=1.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=2;TCR=84;TR=84;WE=128652061;WS=128652043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	128781339	rs6590357	T	C	9867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=185;NR=167;PP=2965;SC=TGGAGAAGAGTGGCAAGTGCA;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=353;TCF=186;TCR=167;TR=352;WE=128781347;WS=128781329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr11	128781978	rs7118824	T	G	9743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=109;PP=2965;SC=GCCTCTTCCTTGTGTCTCCTC;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=99;TCR=109;TR=208;WE=128781986;WS=128781968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr11	128782002	rs7118833	T	C	9168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.62;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr11	128782012	rs7102584	C	G	8201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.87;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	128786135	.	GATTA	G	54	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=23;MQ=55.17;NF=4;NR=2;PP=54;QD=13.3333333333;SC=ATGGATAGATGATTAGATGGA;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=6;WE=128786147;WS=128786132;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr11	128786139	.	A	AGATGGATGGATG	677.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.33;QD=45.18;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	128804789	rs2155548	C	A	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=4;PP=487;SC=GTCATGTAGACTATGGCTCAG;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=128804797;WS=128804779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	128805482	rs7947590	C	T	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.129;NF=14;NR=12;PP=482;ReadPosRankSum=1.454;SC=GGCGTGATCTCGGCTCACTGC;SOR=0.321;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=26;WE=128805490;WS=128805472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr11	128842873	rs581258	T	C	7640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.827;SC=TTCTGGCCTTTTCTGGGTCCC;SOR=0.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=141;TCR=114;TR=254;WE=128842881;WS=128842863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,281:1.00:282
chr11	128855753	.	G	A	47	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3;NR=2;PP=47;QD=16.3542425094;SC=GTGTGTGTGTGTATATATATA;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=5;WE=128855761;WS=128855743;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,5:0.62:8
chr11	128934033	.	T	TAA	48.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr11	128993224	rs145776868	T	TA	148.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.35;ReadPosRankSum=1.184;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr11	129061849	rs2511810	G	T	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=544;SC=CTGCTCCCTTGAGCTCCAAAC;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=129061857;WS=129061839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	129735677	rs3817614	G	T	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=4;PP=357;SC=GCCCCAGAAAGACCAGCCACT;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=129735685;WS=129735667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	129743012	rs1650826	A	G	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=51;PP=1713;SC=GCATGAGGCCAAGAGCTTAAT;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=95;WE=129743020;WS=129743002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	129752991	rs2293664	G	C	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=12;PP=947;ReadPosRankSum=0.529;SC=TCAGATGAAGGCTCCTAGAGG;SOR=1.654;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=48;WE=129752999;WS=129752981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chr11	129753900	rs2303663	T	C	4923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=54;PP=2965;ReadPosRankSum=2.205;SC=CGTGTCTTCCTCAGGACAGCC;SOR=1.570;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=112;TCR=55;TR=164;WE=129753908;WS=129753890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,181:0.99:183
chr11	129754103	rs3214551	T	TG	6152.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=74;PP=2974;SC=TCTGGTCACTTTCAAAAGTAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=2;TCR=76;TR=76;WE=129754111;WS=129754093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	129754627	rs12574106	G	T	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=342;SC=GACAGCGGCAGCTTGGTTCTC;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=129754635;WS=129754617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	129754644	rs1131972	A	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=6;PP=450;SC=TCTCACCTGCAGTTTTCATAT;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=129754652;WS=129754634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	129755669	rs1783914	G	A	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=21;PP=528;SC=CGAAGAATCTGTATTGATTAC;SOR=3.841;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=129755677;WS=129755659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	129758327	rs1650823	G	A	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=25;PP=1765;SC=TTGTTTTTTAGAACACAGCCT;SOR=1.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=68;TCR=25;TR=93;WE=129758335;WS=129758317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	129784456	rs2241575	G	A	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=31;PP=1640;SC=AGCCTGAAAGGGGAAGGGGCA;SOR=1.190;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=59;TCR=31;TR=89;WE=129784464;WS=129784446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	129784594	rs183483249	A	G	7822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.23;ReadPosRankSum=2.160;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,308:0.99:310
chr11	129785594	rs3734073	G	A	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=17;PP=986;SC=GACAGCAGACGGGAGGGGTGG;SOR=1.276;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=129785602;WS=129785584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	129785816	rs10561615	AAACT	A	2508.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=29;PP=1497;SC=TGCTTAAAGCAAACTAACAAT;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=31;WE=129785827;WS=129785806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	129793305	rs2241573	A	G	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=20;PP=601;SC=TCACCTGGTGATAAGAACCAC;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=129793313;WS=129793295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	129794950	rs2241571	T	C	7728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=141;NR=129;PP=2965;SC=TCCAAGGATGTGCTGCTGATG;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=271;TCF=141;TCR=130;TR=270;WE=129794958;WS=129794940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr11	129801043	rs2277033	C	T	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.72;ReadPosRankSum=1.250;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,123:0.98:125
chr11	129940076	.	GTGCGGCGCCGGGGGTCCGGCTC	G	769.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.76;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	129998900	rs651935	T	C	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=25;PP=1189;SC=AGGCTTCCTCTGGGTGCCACA;SOR=1.192;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=78;WE=129998908;WS=129998890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	130064223	rs610005	A	G	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=70;PP=2179;SC=CCCTCGGGCCACAGAGAAGGG;SOR=1.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=39;TCR=70;TR=109;WE=130064231;WS=130064213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	130064705	rs597576	A	G	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=76;PP=2168;SC=CTCCCTGTGCAGATGTGTGTG;SOR=1.570;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=36;TCR=77;TR=112;WE=130064713;WS=130064695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	130064747	rs369392586	ATG	A	797.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=0.433;QD=28.49;ReadPosRankSum=-0.934;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr11	130066261	rs17667603	C	A	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=20;PP=1626;SC=TGTGAAGGTGCGCTTCAAATT;SOR=1.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=79;WE=130066269;WS=130066251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	130067892	rs858715	C	T	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=61;PP=1790;SC=CCACCCTGCCCGCGTCCCATG;SOR=2.625;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=106;TCF=45;TCR=61;TR=88;WE=130067900;WS=130067882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	130067987	rs595073	A	C	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=15;NR=24;PP=985;SC=CTCTGGCCCCACTCCCCACCC;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=130067995;WS=130067977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	130069790	rs613501	T	G	4309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	130109936	rs11449622	A	AT	55.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.431;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.015;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr11	130270855	rs59317921	T	C	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.14;ReadPosRankSum=1.808;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr11	130271647	rs747249	A	G	2453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=26;PP=1533;SC=GCTGGCTTAGATGGGTGACTT;SOR=1.434;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=56;TCR=26;TR=82;WE=130271655;WS=130271637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	130271678	rs747250	T	G	3730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	130278924	rs2291344	T	G	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=34;PP=918;SC=AGCACTTTTCTTCTTTCTTTT;SOR=1.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=49;WE=130278932;WS=130278914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	130281488	rs2131535	G	A	5535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=116;PP=2965;SC=GCCTCCATCTGCCACGGGCTG;SOR=1.360;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=76;TCR=116;TR=192;WE=130281496;WS=130281478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr11	130284344	rs7106106	T	C	4789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	130286766	rs2291347	G	A	5922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr11	130297948	rs7927048	C	G	2863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.80;ReadPosRankSum=0.227;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,109:0.98:111
chr11	130297957	rs7942034	T	C	4766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.94;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	130298117	.	G	GGCA	2667.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.379;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.265;NF=11;NR=18;PP=1380;ReadPosRankSum=1.947;SC=GCGGGCCAGCGGCAGCAGCAG;SOR=0.966;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=29;WE=130298125;WS=130298107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr11	130298454	rs376646843	C	T	217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=5;PP=135;SC=CCCCTGCCCGCGCCAGCCCCG;SOR=1.085;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=9;WE=130298462;WS=130298444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	130332263	rs73044871	C	T	3949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=52;PP=2680;SC=TGTGCCCCCTCGGAGCCGGGC;SOR=1.131;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=81;TCR=52;TR=133;WE=130332271;WS=130332253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	130332313	rs61300224	C	A	7088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=3.324;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.97;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,272:1.00:273
chr11	130332338	rs11604959	A	G	10021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=192;NR=154;PP=2965;SC=ATTCTGGGCTAGCCAAACCTC;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=346;TCF=192;TCR=154;TR=346;WE=130332346;WS=130332328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr11	130339312	rs731446	T	C	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	130542882	rs7933829	C	T	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=14;PP=1563;ReadPosRankSum=1.346;SC=ACATGGTCCTCCTCTGTCTCT;SOR=1.364;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=57;TCR=14;TR=70;WE=130542890;WS=130542872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr11	130749715	rs2282528	A	G	4727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=100;PP=2965;SC=TAGGTATTTCAGGCCTACCTC;SOR=1.249;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=65;TCR=100;TR=165;WE=130749723;WS=130749705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	130750642	rs2298566	A	C	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.75;QD=25.86;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	130763772	rs3794143	C	T	3647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	130775688	rs3198419	C	T	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.79;SOR=1.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	130775782	rs1865298	C	T	7311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr11	130776524	rs4414223	T	C	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=9;PP=646;SC=TCTTACCACATTGCCTTCCTG;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=130776532;WS=130776514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	130776613	rs4373936	A	G	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=38;PP=1540;SC=ACCTCAGCCTAGACCTGGTAC;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=55;TCR=38;TR=93;WE=130776621;WS=130776603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	130776646	rs4586174	T	A	3093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	130776690	rs6590536	C	T	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=44;PP=1366;SC=CTGGCAAGTACTGATAATAAA;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=83;WE=130776709;WS=130776680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	130776701	rs6590537	A	T	2395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=45;PP=1296;SC=TGATAATAAAACACAACAAGA;SOR=1.166;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=79;WE=130776709;WS=130776680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	130777886	rs2276098	G	A	3411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=24;PP=2182;ReadPosRankSum=-0.743;SC=GCTTGCTTTCGGTCTCGGCCT;SOR=1.076;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=79;TCR=24;TR=102;WE=130777894;WS=130777876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chr11	130780015	rs1781	C	T	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=1.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	130780225	rs681982	C	A	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=20;PP=545;SC=CCATGTTTCCCAATGGAAGAT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=130780233;WS=130780215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	130780269	rs202209451	CCAAAA	C	569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=539;SC=TTCACATCTTCCAAAAAAAAA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=130780281;WS=130780259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	130781475	rs3751038	C	G	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=12;PP=692;SC=GGCCAATCAGCGTGGCTCGAC;SOR=1.609;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=40;WE=130781483;WS=130781465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	130781675	rs12420822	C	T	9065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.36;ReadPosRankSum=-1.096;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,211:0.99:214
chr11	130781685	rs12420847	G	C	8994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.63;ReadPosRankSum=-1.553;SOR=0.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,208:0.99:211
chr11	130781767	rs12420834	C	A	3343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=58;PP=1939;ReadPosRankSum=0.609;SC=AGCAAGAGTACGAAACTAAGA;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=54;TCR=59;TR=111;WE=130781775;WS=130781757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,127:0.98:129
chr11	130784396	rs62621284	G	A	3123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=60;NR=37;PP=1602;SC=TAAGCATGACGGCCGTGAGGG;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=97;WE=130784404;WS=130784386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	130784488	rs61734874	A	G	4562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr11	130784616	rs3190345	T	C	3190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=48;PP=1975;SC=GCCTGGGAACTCTCTAGGGCA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=47;TCR=48;TR=95;WE=130784624;WS=130784606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	130784647	rs1050081	G	C	2958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=36;PP=1822;SC=CCTGAATCCTGTCAGAGAGAA;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=87;WE=130784655;WS=130784637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	130784694	rs61736758	C	T	2781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=33;PP=1830;SC=GTTTCTTTGCCCAGTTCAGAC;SOR=1.156;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=91;WE=130784715;WS=130784684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	130784707	rs61736752	C	T	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=39;PP=1753;SC=GTTCAGACAGCGGAGACTCCA;SOR=1.112;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=97;WE=130784715;WS=130784684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	130784754	rs3751037	C	G	4477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=67;PP=2787;SC=GGACCTCGAACATTTGGCTGT;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=83;TCR=67;TR=149;WE=130784762;WS=130784744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	130784971	rs3751036	C	G	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=51;PP=2144;SC=GCAGAGATGTCGGCACTGAGG;SOR=0.969;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=41;TCR=51;TR=92;WE=130784979;WS=130784961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	130785205	rs3751035	G	A	3688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=64;PP=2090;SC=CACGCGTATAGGTGACTTCAG;SOR=1.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=53;TCR=64;TR=117;WE=130785213;WS=130785195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	130785304	rs3751034	T	C	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=20;PP=764;SC=CATTCTTCCCTGCAGTGGCCT;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=130785312;WS=130785294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	131781634	rs11222836	G	A	3791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=82;PP=2608;ReadPosRankSum=1.528;SC=GGCGTGCCTGGGTTGGCGGAG;SOR=1.478;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=50;TCR=84;TR=130;WE=131781642;WS=131781624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,140:0.99:142
chr11	132177633	rs2305271	A	C	6333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=119;NR=101;PP=2917;SC=GGGCATCACCAGGGAGCAGTC;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=119;TCR=101;TR=220;WE=132177641;WS=132177623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr11	132184394	rs730253	G	C	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=14;PP=1215;SC=TTCTTCCTATGAGGACACATA;SOR=1.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=60;WE=132184402;WS=132184384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	132200128	rs3837377	T	TA	2499.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.209;NF=5;NR=42;PP=1815;ReadPosRankSum=-1.379;SC=GTGGGGTATGTAAAACTCTTC;SOR=0.617;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=58;TCF=5;TCR=53;TR=47;WE=132200136;WS=132200118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr11	132205215	rs8894	A	G	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=29;PP=816;SC=GGGGGGAAAAAAGTTTTAAAA;SOR=3.003;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=132205223;WS=132205205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	133788869	rs10791338	A	G	2293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=1.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	133788992	rs12800905	T	C	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	133792021	rs596430	T	C	3886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	133792644	rs34845616	G	A	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=39;PP=1049;SC=AGGGTGGGGAGCACTCATGAG;SOR=1.963;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=56;WE=133792652;WS=133792634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	133794599	rs329670	T	C	3087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=38;PP=1710;SC=AACCAGGCACTGCCTTAGTTT;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=64;TCR=39;TR=101;WE=133794607;WS=133794589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	133801262	rs329671	G	A	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=3;PP=261;SC=CCCGGGGCTCGCTGGGCCCTC;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=133801270;WS=133801252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	133805585	rs329637	C	T	5211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr11	133814191	rs595986	A	G	4536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=86;PP=2432;ReadPosRankSum=-0.807;SC=CTTTGCACTCATACCAGCCCT;SOR=0.413;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=68;TCR=87;TR=154;WE=133814199;WS=133814181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,173:0.99:174
chr11	133940173	rs646763	G	C	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=37;PP=844;SC=GCCATCCGCAGGTAACCAGAC;SOR=1.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=56;WE=133940181;WS=133940163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	133940197	rs35590990	G	C	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=29;PP=658;SC=GACCTTTTTCGGTTCTTAGAT;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=133940205;WS=133940187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	134009860	rs2276266	T	C	5403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CTACTGGACATTTGATGTCTT;SOR=0.505;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=89;TCR=92;TR=178;WE=134009868;WS=134009850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,204:0.99:207
chr11	134010722	rs646998	A	G	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.35;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,78:0.95:82
chr11	134013982	rs145515548	CAA	C	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=265;SC=TTCCTGTCCTCAAGAGAGTTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=134013991;WS=134013975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	134014673	rs3216140	C	CCT	2063.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=3;PP=1766;SC=AACACCACCCCTTTTTCCCCA;SOR=4.407;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=37;WE=134014681;WS=134014663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	134018656	rs610382	T	C	5534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=86;PP=2965;SC=CTTCTCCTCATAGTTACAAGA;SOR=0.847;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=92;TCR=87;TR=177;WE=134018664;WS=134018646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	134018850	rs60364034	A	AACAC,AACACAC	1235.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.599;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.86;ReadPosRankSum=-2.206;SOR=1.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,12,16:0.39,0.52:31
chr11	134018980	rs12795060	G	A	7004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr11	134019181	rs111459632	C	T	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=40;PP=1204;SC=GAGCTAGACACTCATTCAGAA;SOR=1.320;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=71;WE=134019189;WS=134019171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	134031836	rs3214800	C	CAA	531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=360;SC=TTCTGAAAGACAGGCCTCTCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=134031844;WS=134031826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	134047243	rs2276265	T	C	3883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	134050868	rs3737446	C	T	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	134054705	rs10591322	TACACAC	T,TAC	3449.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=4.216;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=47.91;ReadPosRankSum=1.029;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,20,51:0.28,0.71:72
chr11	134054711	rs80025556	C	T	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.429;NF=21;NR=10;PP=1309;ReadPosRankSum=0.069;SC=TATATACACACACACACACAC;SOR=0.951;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=97;TCF=61;TCR=36;TR=31;WE=134054721;WS=134054695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,49:0.66:74
chr11	134054713	.	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-1.888;QD=2.92;ReadPosRankSum=0.899;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,16:0.21:75
chr11	134064675	rs12573858	G	T	7368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=118;NR=129;PP=2965;SC=CTGGAGAAAAGTCACACAGCA;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=247;TCF=118;TCR=129;TR=247;WE=134064683;WS=134064665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr11	134090560	rs112183153	A	G	7048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=123;NR=111;PP=2965;SC=CTCTGCTTCTATGCTGGGATC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=123;TCR=111;TR=234;WE=134090568;WS=134090550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr11	134093724	rs12803807	T	C	2907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=52;PP=1911;ReadPosRankSum=-1.266;SC=ACCCTCGCCCTGGCCCCCGGG;SOR=0.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=60;TCR=54;TR=110;WE=134093732;WS=134093714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,110:0.97:113
chr11	134093888	rs11607699	G	C	9692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.20;ReadPosRankSum=0.448;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,368:0.99:370
chr11	134119684	rs111453185	G	T	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	134119857	rs113636914	G	T	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=18;PP=504;SC=CCACCAGCTGGAAAGTACTAG;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=134119865;WS=134119847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	134151975	rs472287	G	C	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=20;PP=867;SC=CGTCCAGGCCGCTACATCTGC;SOR=1.094;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=49;WE=134151983;WS=134151965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	134152030	rs10791352	G	A	2296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.62;QD=25.24;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	134177275	rs2510356	C	T	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=21;PP=524;SC=ATAGAAATTACATGGTTCCCA;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=134177283;WS=134177265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	134180695	rs526507	G	C	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=38;PP=1200;SC=GAACCCTGGGGTTAAAATCTG;SOR=2.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=47;WE=134180703;WS=134180685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	134181101	rs1144218	T	C	6367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=1.357;SC=GGAGTGGCCATTGGAGGGATG;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=92;TCR=127;TR=215;WE=134181109;WS=134181091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,239:0.99:242
chr11	134182135	rs751719	T	C	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=8;PP=719;SC=ATTTCCCATTTGAAGAACCCT;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=134182143;WS=134182125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	134182375	rs2509062	G	A	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=47;PP=1257;SC=CGCTCATGACGTGGCACAGGT;SOR=1.218;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=81;WE=134182383;WS=134182365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	134182856	rs1144216	A	G	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=28;PP=862;SC=TGAGACAGTCAGCCTCCCTTC;SOR=1.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=47;WE=134182864;WS=134182846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	134183450	rs1144215	T	C	245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.55;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	134188851	rs5795879	A	AT	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=8.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=-1.089;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=1.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr11	134201864	rs3098651	T	C	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=0;PP=431;SC=AGGCGACCAGTGCGCGGCTCC;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=134201872;WS=134201854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	134234186	rs60460137	G	A	4500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr11	134240803	rs61908682	A	C	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=4;PP=741;SC=ACACCCACCAAACCTCCGCTT;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=134240811;WS=134240793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	134244426	rs876543	G	A	2517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.969;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=20;PP=1566;ReadPosRankSum=-0.970;SC=AGAGAAGCACGCATGCATGTC;SOR=1.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=81;WE=134244434;WS=134244416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,93:0.98:95
chr11	134244631	rs876542	T	C	2864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=56;PP=1705;SC=TTCCAGCCCCTTCCTGTTCCC;SOR=1.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=93;WE=134244639;WS=134244621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	134251777	rs729687	C	A	2744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.509;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=23;PP=2008;ReadPosRankSum=1.398;SC=AACCTGGTGCCGCCCTGCCCA;SOR=1.942;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=73;TCR=24;TR=96;WE=134251785;WS=134251767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr11	134856661	rs1971950	C	A	7837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.547;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.067;NF=132;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.497;SC=ATGCTTGGACCCCAGCTTGTA;SOR=0.623;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=286;TCF=133;TCR=153;TR=284;WE=134856669;WS=134856651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,300:1.00:301
chr12	176139	rs17852242	A	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.073;NF=16;NR=10;PP=227;ReadPosRankSum=0.572;SC=CCTCATCCACACCCAGCGAGA;SOR=0.775;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=26;WE=176147;WS=176129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr12	235022	rs12822449	C	T	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	235128	rs11608642	T	C	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	235142	rs11609616	AG	GC	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=731;ReadPosRankSum=-0.284;SC=GGGGCTGTCGAGGGTACCAGG;SOR=1.044;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=24;WE=235151;WS=235118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr12	271022	rs12579600	G	A	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=5;PP=297;SC=GGTCTCTTCTGTCTGGCTCCA;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=271030;WS=271016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	271373	rs4980805	A	G	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.80;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	271386	rs11307485	CT	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=6.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-0.503;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr12	274572	rs11061700	G	C	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.27;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	274647	rs4980859	T	C	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.928;NF=23;NR=20;PP=513;ReadPosRankSum=0.485;SC=CGTACACCTTTTGCAAGTCAG;SOR=0.761;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=109;TCF=63;TCR=46;TR=43;WE=274655;WS=274637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,62:0.45:137
chr12	274696	.	G	GAGTGTAAGTCTTTGACAGCC	942.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.630;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=10.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=2.567;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.440;SOR=1.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,26:0.32:81
chr12	274839	rs2291923	T	C	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.968;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.514;NF=21;NR=13;PP=436;ReadPosRankSum=0.950;SC=TGGCTGGCTCTGGCCCTCGGC;SOR=1.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=34;WE=274847;WS=274829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr12	275065	rs2291922	A	G	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=616;ReadPosRankSum=-0.103;SC=GTGTAAGGACACGGGCTCCCG;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=46;TCR=57;TR=49;WE=275073;WS=275055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,52:0.46:112
chr12	283642	rs2291917	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr12	284058	rs216230	T	C	14270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=211;NR=254;PP=2965;SC=CCCTGGGCGGTCCCGGCTCTC;SOR=0.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=466;TCF=211;TCR=255;TR=465;WE=284066;WS=284048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,528:1.00:528
chr12	300500	rs10128942	T	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=73;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ACAGTATGAGTGAGTCAATGA;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=9;WE=300508;WS=300490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr12	301843	rs646569	A	G	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=39;PP=1171;SC=AGCCATGGGTAAGATAGGGGG;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=301851;WS=301833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	305254	rs533572	T	C	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=25;NR=12;PP=506;SC=CTCCCTCCCCTGGAGCCTGGC;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=305262;WS=305244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	306345	.	A	AGTGTTGG	59	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=61;MMLQ=27;MQ=42.31;NF=2;NR=0;PP=59;QD=32.0;SC=CCATCCATCCATCCATCCATC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=2;WE=306353;WS=306344;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,2:0.40:5
chr12	306372	.	C	CCCCTCCTCTTTCTCATGGTA	252	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=0.9990;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=26;MQ=55.09;NF=1;NR=0;PP=252;QD=275.0;SC=TTCATCCATCCATGGAAGCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=1;WE=306380;WS=306362;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1:0.50:2
chr12	309753	rs7967868	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=335;ReadPosRankSum=-0.167;SC=CAGAGGGTCCCCCTCAAGTGT;SOR=0.906;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=20;WE=309761;WS=309743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr12	310113	rs4980863	A	G	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=21;PP=580;SC=CCCGTAGACCAAACTACTACC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=310121;WS=310103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	310901	rs216248	T	C	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	311816	rs216249	C	T	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=4;PP=191;SC=GGTTCTGCTACACTTATACTC;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=311824;WS=311806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	311949	rs216250	A	G	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	312200	rs216251	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-1.331;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr12	332362	rs2289954	C	T	2054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.307;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=39;PP=1152;ReadPosRankSum=0.519;SC=TGCCACTGGCCGCATAGTAGT;SOR=0.491;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=115;TCF=68;TCR=47;TR=85;WE=332370;WS=332352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,93:0.68:137
chr12	351711	rs525797	T	G	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=574;ReadPosRankSum=0.533;SC=GGGGATATAGTGACAAGCCCA;SOR=0.568;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=33;WE=351719;WS=351701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr12	464254	rs3759371	T	C	4042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=83;NR=53;PP=2466;SC=CCATGATATATCAGGATAGAA;SOR=1.142;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=83;TCR=53;TR=136;WE=464262;WS=464244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	495217	rs10774152	G	T	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=218;SC=TTAAAGGGGGGTTTTGCCACA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=495225;WS=495207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	496392	rs201508413	CA	C	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=0.783;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr12	496439	rs7965303	A	T	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=14;PP=482;SC=AATCTGCCAAAACTAAAATTA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=496447;WS=496429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	496533	rs10848877	C	T	173.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=136;SC=AGTAAAAAAACTTTTTTTAAT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=496541;WS=496523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	498267	rs3043226	CGG	CG,C	2911.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=15;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;NF=17,17;NR=53,53;PP=319,1020;SC=TTGCAACGGCCGGGGGGGGGG;SOR=1.528;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=101;TCF=29;TCR=72;TR=70,70;WE=498284;WS=498257;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.91:64
chr12	498276	.	G	A	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.930;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.908;QD=17.47;ReadPosRankSum=0.428;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,57:0.56:102
chr12	537841	rs35713455	T	TA	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=60;ReadPosRankSum=2.114;SC=ACAATTGTTTTAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=6;WE=537849;WS=537831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr12	539984	rs55854088	C	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=314;ReadPosRankSum=0.537;SC=GTGGCTCACGCCTGTAATCCC;SOR=0.495;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=23;WE=539992;WS=539974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr12	540994	rs7310504	A	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=170;ReadPosRankSum=0.873;SC=AGAAAAGCTGAGTAAAATCTT;SOR=0.859;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=13;WE=541002;WS=540984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr12	547683	rs735295	T	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=1.801;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr12	550911	rs34054482	CT	C	543.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.095;QD=5.85;ReadPosRankSum=2.472;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,52:0.56:93
chr12	645557	rs34868457	C	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.937;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr12	652470	rs34907895	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=92;ReadPosRankSum=1.084;SC=CCCAGCCTCCCGGAGCTGAGG;SOR=2.517;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=7;WE=652478;WS=652460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr12	653957	rs1008586	A	G	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.317;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr12	653984	rs1008587	T	C	2309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	655707	rs4980937	T	C	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=-1.584;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,63:0.56:113
chr12	657404	rs11063529	G	A	14771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=246;NR=261;PP=2965;SC=CAGTGGCGACGGAACGACCCT;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=507;TCF=246;TCR=261;TR=507;WE=657412;WS=657394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,559:1.00:559
chr12	658871	rs4980939	A	G	6815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=134;NR=94;PP=2965;SC=CTCCCCTTCAAGGGCAGTGGG;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=134;TCR=94;TR=228;WE=658879;WS=658861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr12	661458	rs10588224	TACAC	T	613.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.61;ReadPosRankSum=2.471;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr12	661656	rs7298766	A	G	5064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr12	661772	rs7314430	G	A	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=27;PP=815;SC=TGTTCAGACCGTGCCAGCCCC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=661780;WS=661762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	662448	rs758790	T	C	4022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=50;PP=2234;SC=CCAGGATGCTTGAGGGAAGAC;SOR=1.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=84;TCR=50;TR=134;WE=662456;WS=662438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr12	662838	rs1056008	T	C	3037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=64;PP=1581;SC=CTCAGGCCCCTGGAAGGGGCT;SOR=1.278;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=45;TCR=64;TR=108;WE=662846;WS=662828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	663224	rs11063564	A	G	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=143;SC=CAGGGGCCTAAGGGCTGGTAG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=663232;WS=663214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	664363	.	G	GA	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=1.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=-2.199;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,26:0.17:150
chr12	664494	rs71447498	G	A	2579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=2.012;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,140:0.40:347
chr12	667910	rs12368256	A	G	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=529;ReadPosRankSum=-0.360;SC=AGTCATATCTATGAGCGTCAG;SOR=1.204;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=34;WE=667918;WS=667900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr12	668350	rs2072385	AC	CT	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=9.401;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.65;ReadPosRankSum=-1.049;SOR=0.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr12	675441	rs4980836	T	A	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=419;SC=CTCTTTCCAATCCAGATGGGA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=675449;WS=675431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr12	966208	rs2240284	G	A	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=420;SC=TCCTGCAGGCGAGTCAGAAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=966216;WS=966198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	970093	rs11286613	CT	C	90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.097;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
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chr12	974326	rs11611231	G	C	4321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=5.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-1.590;QD=12.14;ReadPosRankSum=-0.368;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,199:0.56:356
chr12	974355	rs11441897	T	TC	15245.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=123;PP=2965;SC=CTCCCAGTGCTCTTCCACCCC;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=169;TCF=46;TCR=123;TR=167;WE=974363;WS=974345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr12	974404	rs7300829	T	C	11549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=138;NR=156;PP=2965;SC=CCTTCCCTCCTCCGGACTGCC;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCF=138;TR=294;WE=974412;WS=974394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr12	987482	rs1012729	G	A	3710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	987533	rs5795952	C	CT	583.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=4.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.468;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,45:0.70:64
chr12	988894	rs9804992	G	A	3796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=1.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.86;ReadPosRankSum=0.548;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,181:0.57:320
chr12	990912	rs956868	A	C	3087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=39;PP=1797;ReadPosRankSum=-0.839;SC=AGTAGCACAGACCCAAGCTAC;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=63;TCR=40;TR=100;WE=990920;WS=990902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,116:0.98:118
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chr12	994487	rs7955371	G	C	5574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=88;PP=2965;SC=TCACAGCTGTGCATTCAGCTT;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=95;TCR=88;TR=183;WE=994495;WS=994477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
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chr12	996357	rs56375346	C	T	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=20;PP=646;ReadPosRankSum=1.216;SC=TAGCGTCTCACGGACTTGATT;SOR=0.583;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=54;WE=996365;WS=996347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,64:0.58:110
chr12	998365	rs12828016	G	T	2590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.095;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=66;PP=1577;ReadPosRankSum=0.754;SC=GTCCAGAGATGATCACAGTGA;SOR=0.931;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=205;TCF=93;TCR=112;TR=117;WE=998373;WS=998355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,124:0.57:217
chr12	999762	rs2255390	A	G	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.797;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,59:0.58:101
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chr12	1017197	rs4766334	C	T	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.06;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	1022679	rs6413436	A	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.174;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=158;ReadPosRankSum=1.191;SC=CTGACAGCTAATGATTTCTGG;SOR=1.445;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=13;WE=1022687;WS=1022669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr12	1035947	rs6489763	C	A	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	1036562	rs11571441	AG	A	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=206;ReadPosRankSum=0.833;SC=CACGGGCAGAAGGCTGGGTGA;SOR=0.148;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=1036570;WS=1036552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr12	1038766	rs11571425	C	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.708;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr12	1038854	rs11571424	C	T	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.805;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.970;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,76:0.56:136
chr12	1038978	rs35278212	C	CT	4590.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.437;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.903;NF=22;NR=35;PP=2074;ReadPosRankSum=-1.250;SC=CTACTCCATCCCCTCACCTTC;SOR=0.923;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=110;TCF=32;TCR=78;TR=57;WE=1038986;WS=1038968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,134:0.59:229
chr12	1040219	rs11571409	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.819;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=116;ReadPosRankSum=-0.326;SC=AGGCCCCTTCGGATGAGAATG;SOR=0.077;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=11;WE=1040227;WS=1040209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr12	1040373	rs7303748	T	C	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=33;PP=1042;ReadPosRankSum=0.248;SC=TCCAGGCACATGAATTCTCCT;SOR=0.618;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=131;TCF=80;TCR=51;TR=83;WE=1040381;WS=1040363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,93:0.62:151
chr12	1042261	rs56170870	GA	G	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.292;QD=4.34;ReadPosRankSum=1.375;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr12	1221221	rs74679668	T	TAG	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=2;PP=196;SC=CCTGTGAACTTAGAAACTACC;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=1221229;WS=1221211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	1372114	rs2286031	A	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=135;ReadPosRankSum=1.142;SC=AGAACATTTAATAAGCAAACA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=7;WE=1372122;WS=1372104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr12	1480878	.	GC	AT	93	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=57.99;NF=3;NR=0;PP=93;QD=48.8226249541;SC=GGGGTGAATGGCGCTGTTGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=3;WE=1480887;WS=1480872;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,3:0.33:9
chr12	1740391	rs142647858	G	A	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=23;PP=837;ReadPosRankSum=-2.438;SC=AACTTTCTCCGCCTCACCCCG;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=104;TCF=69;TCR=35;TR=65;WE=1740399;WS=1740381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,78:0.62:126
chr12	1748728	rs58317077	C	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.58;ReadPosRankSum=-1.996;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr12	1748766	rs6489313	G	A	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	1748834	rs2270036	T	C	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=44;PP=1426;SC=CTTACCGCCCTGGCCTCATTC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=104;WE=1748842;WS=1748824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	1863728	rs11061971	A	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=147;ReadPosRankSum=0.480;SC=ATGTGGAGGAAGTGGCAGAGG;SOR=0.481;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=13;WE=1863736;WS=1863718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr12	1889823	rs767870	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.02;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr12	1889920	.	T	TA	185.80	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	1889921	rs2887630	T	A	194.84	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.97;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	1902766	rs2058111	T	G	3869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	1904726	rs3078853	G	GAC	850.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=11;PP=775;SC=CCCTGTGGAGGACACGGGCGG;SOR=1.402;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=16;WE=1904734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	1909243	rs151123177	G	A	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=-2.281;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,88:0.56:158
chr12	1910299	rs147575839	C	T	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=488;ReadPosRankSum=0.665;SC=AAATCAGAAGCGGGCTGTGAT;SOR=0.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=42;WE=1910307;WS=1910289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,49:0.50:98
chr12	1910786	rs62621429	C	T	2610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=2.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.040;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,126:0.56:225
chr12	1918574	rs146761598	T	C	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=393;ReadPosRankSum=-2.396;SC=TTCTAATTAGTAGCAAAGCTC;SOR=0.337;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=27;WE=1918582;WS=1918564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr12	1919543	rs2286377	C	T	3330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=71;PP=2250;SC=ATGCCAGGGCCCTCACCCACC;SOR=1.530;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=38;TCR=71;TR=109;WE=1919551;WS=1919533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	1920957	rs200739422	TAA	T	1875.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.926;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.343;NF=4;NR=21;PP=904;ReadPosRankSum=0.021;SC=AGAGTCAAGTTAAAGAGAGGA;SOR=0.490;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=25;WE=1920966;WS=1920947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,49:0.64:77
chr12	1937511	rs10437823	T	C	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=19;PP=577;SC=CTTCCTGGGGTACCCGAGGCT;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=1937519;WS=1937501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	1950011	rs58188909	A	AC	7025.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=59;PP=2957;SC=CAACCCAGTCATGGGGAAGAG;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=14;TCR=59;TR=73;WE=1950019;WS=1950001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr12	1955664	rs7137553	G	T	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.60;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr12	1955668	rs7138458	C	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=10.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=-1.662;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr12	1955890	rs7137876	T	C	2049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.243;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,114:0.40:286
chr12	1967947	rs2286369	C	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=216;ReadPosRankSum=-0.092;SC=CCTCATGCCCCCTTCTTTACC;SOR=0.929;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=13;WE=1967955;WS=1967937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr12	1969435	rs2370057	G	C	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.313;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=304;ReadPosRankSum=1.569;SC=CCCCCACCTCGCCCCCAGGGC;SOR=0.169;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=19;WE=1969443;WS=1969425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr12	1987442	rs34323075	TA	T	1107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=709;ReadPosRankSum=1.446;SC=CCAAATCCCATACAGTAAGGA;SOR=0.922;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=20;WE=1987450;WS=1987432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,35:0.39:90
chr12	1993337	rs2429184	T	C	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=408;ReadPosRankSum=0.879;SC=TGCTCAGCACTTCCAGGGCTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=18;WE=1993345;WS=1993327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr12	1995403	rs10735005	T	C	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.777;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,38:0.40:96
chr12	2016550	rs112521420	A	ATTGTC	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.21;ReadPosRankSum=0.446;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr12	2016811	rs146752695	CCTGGTGGGCGTGT	C	1529.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.915;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=2.075;NF=4;NR=17;PP=2933;ReadPosRankSum=0.841;SC=GGTGAGGGTGCCTGGTGGGCG;SOR=1.075;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=21;WE=2016831;WS=2016801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,41:0.49:83
chr12	2019322	rs8181786	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=83;ReadPosRankSum=1.030;SC=ACAGACAAAAGGCACACACAT;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=7;WE=2019330;WS=2019312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr12	2022411	rs1558142	T	C	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.173;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=263;ReadPosRankSum=0.392;SC=TTCCGGCACATGGAGCCTGGT;SOR=1.002;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=27;WE=2022419;WS=2022401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,27:0.37:73
chr12	2024316	rs758157	A	G	9749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr12	2039690	rs2429172	A	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=559;ReadPosRankSum=-0.563;SC=CAGAGAGCTCACTCTGCCTGG;SOR=0.641;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=14;TCR=65;TR=33;WE=2039698;WS=2039680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr12	2055266	rs7222	T	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=185;ReadPosRankSum=-1.094;SC=ACATACTTTTTTTTTAAAAAA;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=12;WE=2055274;WS=2055256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr12	2058245	rs2240612	T	C	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=1.689;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr12	2062323	rs149912567	T	TTGC	2602.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.505;QD=13.08;ReadPosRankSum=-0.051;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,78:0.39:199
chr12	2077897	rs2470425	G	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=-2.132;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr12	2100324	rs11062046	A	C	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=31;PP=778;ReadPosRankSum=-0.717;SC=AGAGCAGTACAGGTGGTGTGG;SOR=0.827;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=126;TCF=71;TCR=55;TR=72;WE=2100332;WS=2100314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,87:0.59:148
chr12	2102623	rs12813534	A	G	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=2.115;SC=TATTTTCAGTATAAGTACATT;SOR=0.804;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=8;WE=2102631;WS=2102613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr12	2107036	rs2302098	T	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=178;ReadPosRankSum=2.311;SC=TGAAGAAGAGTGACACAACGG;SOR=1.061;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=14;WE=2107044;WS=2107026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr12	2113348	rs7298333	A	C	11643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr12	2224228	rs2299661	C	G	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=0;PP=196;SC=GGCCCTCTTCCCTCAGCATCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=2224236;WS=2224223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	2659848	rs10848675	T	C	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	2676683	rs2370602	C	T	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=2;PP=766;SC=CTGCCTCCCTCTCTGCCTCCT;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=2676691;WS=2676678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	2690702	rs11832738	G	A	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=22;PP=1131;SC=AATGAGGCACGATGGGGAGGA;SOR=1.108;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=67;WE=2690710;WS=2690692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	2690927	rs112170830	C	T	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=4.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.61;ReadPosRankSum=-1.700;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,42:0.51:83
chr12	2692186	rs3751254	T	G	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=227;ReadPosRankSum=-1.098;SC=GGCACGCCCCTCAGGTCCGGG;SOR=0.420;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=11;WE=2692194;WS=2692176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr12	2694638	rs215976	C	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.352;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
chr12	2705356	rs215981	A	G	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.651;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=385;ReadPosRankSum=-1.022;SC=AAGCAAATAAAAGAGCATGTA;SOR=0.327;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=30;WE=2705364;WS=2705346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,32:0.41:78
chr12	2706720	rs215983	G	C	3919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.597;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=85;PP=2671;ReadPosRankSum=0.524;SC=TCTGCTCTGTGTGGCTGGATC;SOR=1.353;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=140;TCF=55;TCR=85;TR=138;WE=2706728;WS=2706710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,146:0.99:147
chr12	2721137	rs216008	C	T	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=1.120;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,38:0.40:95
chr12	2743650	rs59658684	A	AT	642.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=4.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.283;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.109;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,54:0.34:159
chr12	2750893	rs2239124	C	T	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=534;ReadPosRankSum=1.276;SC=AGGCGATGCTCAACCTGCAGG;SOR=1.082;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=42;WE=2750901;WS=2750883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,44:0.45:97
chr12	2757756	rs2239127	T	C	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.81;ReadPosRankSum=-1.754;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr12	2757769	rs2239128	T	C	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.63;ReadPosRankSum=-1.031;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr12	2757782	rs2239129	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.065;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr12	2760708	rs216045	G	A	2424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=2.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.06;ReadPosRankSum=2.207;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,107:0.66:161
chr12	2760965	rs34428885	GA	G	775.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=1181;ReadPosRankSum=0.422;SC=GCGGCCCGGGGAATCGCAGGG;SOR=0.859;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=19;WE=2760978;WS=2760955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr12	2760970	rs1990322	G	A	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=1362;ReadPosRankSum=-1.249;SC=CCGGGGAATCGCAGGGCTGCC;SOR=0.675;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=30;WE=2760978;WS=2760955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
chr12	2773855	rs7315556	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=170;ReadPosRankSum=-0.727;SC=GAGCATTCAGGGAATGATGAA;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=11;WE=2773863;WS=2773845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
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chr12	2791130	.	CGA	TGG	740	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=12;NR=1;PP=740;QD=61.035990374;SC=AGGCACGTTCCGATGTGTGAG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=2791140;WS=2791120;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr12	2851259	rs12319097	A	G	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.37;QD=24.78;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	2851357	rs10774059	C	T	3073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.32;QD=42.69;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	2851365	rs4765989	T	C	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.85;QD=43.46;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	2876636	rs4313632	A	G	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=19;PP=734;SC=GGTGAGAAGCAGCTTTGTTCT;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=44;WE=2876644;WS=2876626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	2907087	rs41456246	G	A	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.219;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=42;PP=868;ReadPosRankSum=1.174;SC=CCTTATCTCAGCCCAATGCCT;SOR=0.805;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=157;TCF=69;TCR=88;TR=74;WE=2907095;WS=2907077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,79:0.47:167
chr12	2908453	rs370469372	A	G	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=462;ReadPosRankSum=0.988;SC=CAGGCAAACCAAGATCAAAGA;SOR=0.705;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=42;WE=2908461;WS=2908443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,49:0.56:88
chr12	2921871	.	G	T	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.722;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=559;ReadPosRankSum=-1.737;SC=CTGTCGCGACGGGGGTTCAGG;SOR=0.799;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=50;WE=2921879;WS=2921861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,61:0.56:108
chr12	2968458	rs2215292	T	C	6726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.57;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr12	2970333	.	C	CA	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=1.557;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr12	3017102	rs11062412	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.303;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=152;ReadPosRankSum=-0.138;SC=TTGAGCACCCGGTGTTTTTTT;SOR=0.252;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=13;WE=3017110;WS=3017092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr12	3017219	rs10848733	A	G	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=0.071;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,31:0.31:100
chr12	3018675	rs11305670	AT	A	714.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.275;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.168;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,60:0.55:110
chr12	3031358	rs2302283	T	C	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=217;ReadPosRankSum=0.341;SC=TGATCACATATGCCAAATCTA;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=18;WE=3031366;WS=3031348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr12	3039319	rs10848747	A	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=114;ReadPosRankSum=1.337;SC=AGAATAGTTAAGAATGTTTTA;SOR=0.515;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=9;WE=3039327;WS=3039309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr12	3040029	rs10848749	C	T	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=313;ReadPosRankSum=0.912;SC=GATACTTACTCTTCATTACTC;SOR=1.016;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=22;WE=3040037;WS=3040019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr12	3047466	rs2074987	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.477;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=386;ReadPosRankSum=2.456;SC=GCCTCCAGGAGGGGTTGGGTG;SOR=1.112;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=22;WE=3047474;WS=3047456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr12	3049631	rs2302282	C	T	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.591;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=534;ReadPosRankSum=-0.526;SC=TGTTTTGCTACGTTTTTTTGA;SOR=1.016;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=105;TCF=72;TCR=33;TR=39;WE=3049639;WS=3049621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,45:0.39:116
chr12	3127652	rs2159411	A	G	2624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.65;SOR=1.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	3130938	rs4759380	A	G	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=5;PP=900;SC=CGTGGTGGGCACGCAGAGCCA;SOR=4.174;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=46;WE=3130946;WS=3130928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	3131206	rs3741952	T	C	4110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=78;PP=2441;SC=TAACCCCTTCTTTCCTGCCAC;SOR=1.530;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=49;TCR=78;TR=127;WE=3131214;WS=3131196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	3131238	rs4759379	A	G	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=53;PP=1570;SC=TGGTAGTGAGAACGGGGCGAG;SOR=2.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=75;WE=3131246;WS=3131228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	3149483	rs7294804	A	G	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.233;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=40;PP=803;ReadPosRankSum=1.522;SC=CAGCCATGGCATGCCCCTTCT;SOR=0.563;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=163;TCF=64;TCR=99;TR=68;WE=3149491;WS=3149473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,74:0.42:177
chr12	3310439	rs740776	C	T	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=0.453;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,95:0.58:165
chr12	3310482	rs740775	C	G	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=1.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.405;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,77:0.57:136
chr12	3315433	rs2058243	A	G	4808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr12	3409277	rs7306401	C	T	3715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=75;PP=2205;SC=CTGCAGGTGCCGGAGAAGGCC;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=56;TCR=75;TR=131;WE=3409285;WS=3409267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	3490546	rs9804924	T	C	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=302;ReadPosRankSum=0.366;SC=GCTGTTTGAATGTGTGCCAGG;SOR=1.165;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=30;WE=3490554;WS=3490536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,33:0.32:102
chr12	3490820	rs10848860	T	C	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=211;ReadPosRankSum=-0.475;SC=TTGTTTCAATTAAACTTTTAA;SOR=0.120;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=12;WE=3490828;WS=3490810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr12	3600967	rs757609	T	C	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.08;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr12	3701390	rs3741935	C	T	2637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FS=0.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=1.536;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:328,159:0.33:487
chr12	3702219	rs4765741	A	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.488;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=208;ReadPosRankSum=0.974;SC=CTGTGGCTTCATACCCAGACG;SOR=0.409;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=19;WE=3702227;WS=3702209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr12	3736745	rs10848894	T	C	7539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=143;PP=2965;SC=GGGTCAGGCATGCACGGCCTT;SOR=1.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=258;TCF=115;TCR=143;TR=258;WE=3736753;WS=3736735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr12	3749874	rs7138453	T	C	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=1.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=1.555;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,50:0.30:164
chr12	3750070	rs4766151	T	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=-0.150;SC=CAACAAAATGTGTTATGTTTG;SOR=0.148;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=7;WE=3750078;WS=3750060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr12	3753975	rs7975304	T	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.468;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=146;ReadPosRankSum=-0.346;SC=AGGATAGTTTTTGTGTACAGA;SOR=2.066;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=10;WE=3753983;WS=3753965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr12	3757548	rs887304	T	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=136;ReadPosRankSum=-1.339;SC=AGTGGCTACTTGGTGGTCCAA;SOR=0.826;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=15;WE=3757556;WS=3757538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr12	3787926	rs1160848	G	GGCCCC	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=118;ReadPosRankSum=1.841;SC=ACAAAGGACAGGCCCCCACTG;SOR=0.446;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=4;WE=3787934;WS=3787916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr12	3787956	rs242019	A	C	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=18;NR=4;PP=498;SC=GCGGGCCTTTACCTGCACTGC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=3787964;WS=3787946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	3788145	rs242018	C	T	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,63:0.42:151
chr12	3788222	rs242017	G	A	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=691;ReadPosRankSum=1.886;SC=CTGTTCACCTGCATCTTCCTG;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=97;TCR=84;TR=63;WE=3788230;WS=3788212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,70:0.35:202
chr12	3788260	rs242016	G	A	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.558;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,51:0.33:153
chr12	3789551	rs35179033	C	CA	592.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.082;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=673;ReadPosRankSum=1.235;SC=TTAACACTGACACTCACTGGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=17;WE=3789559;WS=3789541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr12	3948718	rs3809251	G	A	3963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=26.43;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	3982475	rs12823996	C	T	4043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.09;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	3982657	rs4766179	A	G	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=35;PP=962;SC=ACGCTTATCCATACGCGCGCG;SOR=1.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=3982665;WS=3982647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	4388084	rs3217805	C	G	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.364;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=48;PP=1248;ReadPosRankSum=-0.691;SC=TGTGTGCCACCGGTAAGATGA;SOR=1.143;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=154;TCF=73;TCR=81;TR=84;WE=4388092;WS=4388074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,94:0.52:180
chr12	4430547	rs10774222	C	T	4442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=70;NR=85;PP=2480;SC=AAAACGGGTCCACCACCCTCT;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=70;TCR=85;TR=155;WE=4430569;WS=4430537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	4430561	rs11063080	C	G	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=37;PP=767;ReadPosRankSum=0.726;SC=ACCCTCTCCCCTCCCTGCTCG;SOR=0.793;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=122;TCF=50;TCR=72;TR=61;WE=4430569;WS=4430537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,68:0.50:137
chr12	4446116	rs7296163	T	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=-1.256;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr12	4459032	rs7309402	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=199;ReadPosRankSum=0.153;SC=AAGATATGACGGTAAAGTATG;SOR=0.830;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=16;WE=4459040;WS=4459022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,21:0.33:64
chr12	4537658	rs2970806	G	A	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	4554548	rs7358740	G	C	18222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=327;NR=321;PP=2965;SC=CAGCTAGCCCGGCGCGAGACC;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=649;TCF=327;TCR=322;TR=648;WE=4554556;WS=4554538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,701:1.00:701
chr12	4654219	rs140531622	T	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.68;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr12	4662210	rs17850028	T	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=-1.403;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr12	4671429	rs34206253	G	T	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=-1.317;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,101:0.42:242
chr12	4671490	rs740059	G	A	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=765;ReadPosRankSum=1.437;SC=GCAGTCAGGCGCGAGTACGAG;SOR=0.638;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=197;TCF=107;TCR=90;TR=78;WE=4671498;WS=4671480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,88:0.39:226
chr12	4677255	rs2240766	T	C	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=769;ReadPosRankSum=-1.843;SC=AGAGGTATCATTGCGAGGTCC;SOR=0.826;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=43;WE=4677263;WS=4677245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,47:0.71:66
chr12	4682418	rs3815360	T	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.35;ReadPosRankSum=0.639;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr12	4689963	.	AT	A	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=3.235;QD=1.24;ReadPosRankSum=-1.564;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,26:0.25:103
chr12	4697987	rs2041295	A	T	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.03;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	4697991	rs2041294	AT	GG	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.89;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	4700221	rs2302248	G	T	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=49;NR=25;PP=1277;SC=GGAGAGGTAGGTAAAGAGCCT;SOR=1.248;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=74;WE=4700229;WS=4700211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	4705317	rs3741925	C	T	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	4708150	rs3741926	T	A	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=11;PP=901;SC=CAGCCTTATATGTTTTTTTAC;SOR=1.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=4708158;WS=4708140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	4708441	rs67444003	T	G	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.29;QD=25.08;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	4714008	rs2286576	T	G	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=596;ReadPosRankSum=-0.577;SC=AACTGAGAAGTTGTCCTGGGG;SOR=0.547;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=34;WE=4714016;WS=4713998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr12	4716572	rs997373	C	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=315;ReadPosRankSum=1.570;SC=TAGTGTGTCTCATGAGGTGTC;SOR=0.395;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=24;WE=4716580;WS=4716562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr12	4725134	rs7301885	G	A	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=47;PP=1337;SC=TGCCAAGGCTGGAGCAGAGAG;SOR=2.035;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=62;WE=4725142;WS=4725124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	4735737	rs2072358	A	G	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.21;ReadPosRankSum=-1.210;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,73:0.65:113
chr12	4735965	rs200178782	T	TC	1013.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=2.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=2.287;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,31:0.24:128
chr12	4735969	rs67512580	GA	G	1047.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=1.389;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,35:0.26:135
chr12	4736495	rs1990312	C	T	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=24;PP=1138;SC=ATCAGGTCCTCGGCCCAGGAG;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=52;WE=4736503;WS=4736485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	4736569	rs12366671	A	G	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.48;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,55:0.49:112
chr12	4736631	rs11063265	A	G	4454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr12	4736677	rs11063266	G	C	5287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr12	4736690	rs10774251	A	G	5571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=75;PP=2965;SC=TTATGCCACAAGGTAAGCCCC;SOR=0.922;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=105;TCR=75;TR=180;WE=4736698;WS=4736667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr12	4737318	rs7960207	A	G	4885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr12	4737459	rs2072356	C	T	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=27;PP=838;ReadPosRankSum=-0.586;SC=GTGATGATCCCGAGACTCTGT;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=63;TCR=51;TR=60;WE=4737467;WS=4737449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,64:0.54:118
chr12	4737715	rs2072355	C	T	2063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.272;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=42;PP=1137;ReadPosRankSum=-0.306;SC=TACTGAACTCCCGTTGCCAAG;SOR=0.555;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=139;TCF=60;TCR=79;TR=77;WE=4737723;WS=4737705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,93:0.57:163
chr12	4740515	rs11063270	A	T	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.760;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=797;ReadPosRankSum=1.636;SC=TTGTGCTCACATGGAAGGAGA;SOR=0.783;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=133;TCF=78;TCR=55;TR=61;WE=4740523;WS=4740505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,64:0.40:159
chr12	4740588	rs11063271	G	T	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.883;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=429;ReadPosRankSum=-2.478;SC=CCACAAAGTGGGGCTGAAAGT;SOR=1.125;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=36;WE=4740596;WS=4740578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,37:0.34:109
chr12	4740690	rs12227238	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=0.967;SC=GCAATGTCTTCCCCCAGAGAG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=5;WE=4740698;WS=4740680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr12	4758188	rs714621	G	C	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.46;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,46:0.67:69
chr12	4763780	rs3217056	GCA	G	479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.828;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.967;NF=0;NR=11;PP=441;ReadPosRankSum=1.482;SC=GACATGAAGAGCACACTCATG;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=11;WE=4763789;WS=4763770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr12	4768354	rs7972657	A	C	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	4768437	rs7958182	C	T	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=20;PP=513;SC=TTATCACAGACATATGTAGAA;SOR=1.298;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=38;WE=4768445;WS=4768427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	4771682	rs2267549	G	A	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.70;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr12	4779087	rs1009633	A	G	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=52;SC=TACAATATCAAAATCTCCTCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=4779095;WS=4779077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	4794351	rs2240760	A	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr12	4854539	rs34073667	T	TC	619.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=616;SC=TTATCTGCTCTCCCCTACTGC;SOR=2.636;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=16;WE=4854547;WS=4854529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	4959874	rs10774275	T	C	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=33;PP=1475;SC=ACTAACTACATGTCCTTTTGT;SOR=1.125;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=64;TCR=34;TR=97;WE=4959882;WS=4959864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	4959904	rs34855288	G	GA	1100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.812;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.849;NF=14;NR=13;PP=792;ReadPosRankSum=2.457;SC=TCCCTGGCAGGAAAAATGCTG;SOR=0.950;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=27;WE=4959912;WS=4959894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,63:0.37:169
chr12	4959987	rs10774276	C	T	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=1.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.971;QD=12.16;ReadPosRankSum=1.196;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,74:0.34:216
chr12	4959993	rs3168377	C	A	2590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.915;QD=12.46;ReadPosRankSum=0.627;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,74:0.36:208
chr12	4960023	rs14054	C	A	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.894;NF=22;NR=31;PP=567;ReadPosRankSum=1.933;SC=AGGCATCTGGCCTGACACCGC;SOR=0.876;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=146;TCF=69;TCR=77;TR=53;WE=4960031;WS=4960013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,60:0.36:166
chr12	4960089	rs700480	T	C	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.846;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=352;ReadPosRankSum=0.537;SC=ACCAGACCCGTTGTCCCTAAA;SOR=1.534;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=21;WE=4960097;WS=4960079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
chr12	4960117	rs12336	T	C	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=8.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=0.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr12	5020604	rs201504073	G	C	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=35;PP=1103;ReadPosRankSum=1.603;SC=GCCACCCCCAGGATGGCAGCT;SOR=0.661;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=73;TCR=49;TR=85;WE=5020612;WS=5020594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,91:0.68:134
chr12	5021228	rs1048500	T	C	8967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=158;NR=144;PP=2965;SC=AAACGCTGTGTATCATCTGGT;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=303;TCF=158;TCR=145;TR=302;WE=5021236;WS=5021218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr12	5021348	rs2227910	G	C	5672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=92;PP=2965;SC=ATTTCATCACGCTGGGCACCG;SOR=0.803;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=94;TCR=92;TR=186;WE=5021356;WS=5021338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr12	5021984	rs4766309	T	A	5780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.01;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr12	5022041	rs4766310	G	A	5487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr12	5154462	rs2359641	T	C	6886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=142;PP=2965;SC=AGCCAGGGGGTGGAGGAGGCG;SOR=1.161;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=99;TCR=142;TR=241;WE=5154470;WS=5154452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr12	5721962	rs3741837	A	G	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=24;PP=1085;SC=TTAGAACAAAAGGGAGCTCTG;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=51;WE=5721970;WS=5721952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	5756783	rs2277400	C	G	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.02;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	5756824	rs367978	C	T	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	5841841	rs2277401	G	C	7574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=154;NR=105;PP=2965;SC=AAGGAAGAATGACCTTGGCCT;SOR=0.977;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=154;TCR=106;TR=259;WE=5841849;WS=5841831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr12	5860179	rs2277402	T	C	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	5916350	rs2277403	G	A	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=12;PP=732;SC=GGTCAGTCAAGGTATTTTAAT;SOR=1.455;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=39;WE=5916358;WS=5916340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	5961048	rs7485945	G	A	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	6032129	rs12817045	A	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.13;ReadPosRankSum=-0.895;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr12	6032138	rs12817050	A	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.70;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr12	6054277	rs6416321	G	A	2905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=8.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.91;ReadPosRankSum=1.904;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,139:0.62:225
chr12	6054395	rs6489680	A	G	5151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=89;NR=96;PP=2965;SC=ATGTGGACGCAGACCCCGCCG;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=89;TCR=96;TR=185;WE=6054403;WS=6054385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr12	6055132	rs6489682	T	G	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=19;PP=1178;SC=AGGAGTGCCATCTCCCCGGGA;SOR=1.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=60;WE=6055140;WS=6055122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	6062853	rs3759320	C	T	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=681;ReadPosRankSum=0.081;SC=TCATCTCTCTCATCCAGTAGT;SOR=0.736;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=51;WE=6062861;WS=6062843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,55:0.53:104
chr12	6062878	rs3759321	G	A	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.063;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=1211;ReadPosRankSum=0.289;SC=CCTAGAATTCGGAAAGTCAAC;SOR=1.005;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=34;WE=6062897;WS=6062868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr12	6062889	rs12297442	A	G	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=1211;ReadPosRankSum=-1.350;SC=GAAAGTCAACATCCAACTCCA;SOR=0.848;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=34;WE=6062897;WS=6062868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,37:0.59:63
chr12	6078616	rs2270239	T	G	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=53;PP=1485;SC=CAGGGTCCCATTGGGAATGTG;SOR=1.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=82;WE=6078624;WS=6078606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	6085513	rs216855	A	G	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=34;PP=1040;SC=AGCCGCTCTAAGTGCTGAGAA;SOR=1.453;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=54;WE=6085521;WS=6085503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	6091000	rs216867	A	G	3925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	6092567	rs138350612	G	GGATAGATAGATA	402.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=1041;SC=ACATGGGTTAGGATAGATAGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=3;WE=6092575;WS=6092557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	6092629	.	TGATA	T	69	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=225;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=69;QD=23.25;SC=GAGATAGATTTGATAGATAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=6092640;WS=6092619;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:0,4:1.00:4
chr12	6094845	rs177702	G	A	2823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	6121078	rs216305	C	T	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=10;PP=502;SC=CAAGGAGGCCCCCTGTACATG;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=6121086;WS=6121068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	6127943	rs216310	A	G	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=10;PP=883;SC=GGTACTCCACAGTCACCATGT;SOR=2.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=6127951;WS=6127933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	6128443	rs216311	T	C	3204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=52;PP=1531;SC=AGGAGCAGGGTGATGCGGGAG;SOR=0.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=100;WE=6128451;WS=6128433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	6128984	rs216312	T	C	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=187;SC=CAGTGTACAATGACTTCCATA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=6128992;WS=6128974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	6143984	rs216321	T	C	5222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr12	6144164	rs499648	T	C	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.56;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	6144169	rs669667	T	G	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.21;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	6145529	rs216325	G	A	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=13;PP=903;SC=CTGGGTCCCCGGCGCAGCCCC;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=6145537;WS=6145519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	6153659	rs216293	G	T	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=51;PP=1306;SC=GTGAAGGAGAGAATGGACCTA;SOR=2.026;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=72;WE=6153667;WS=6153649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	6153750	rs216294	A	G	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=229;SC=GGGGACCAGCAGCTGCCTGAG;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=6153758;WS=6153740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	6161963	rs10622633	G	GAGA	3045.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.59;QD=44.14;SOR=1.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	6172202	rs1800378	T	C	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=686;ReadPosRankSum=0.525;SC=CGTCACTGTATGCTGGATGCG;SOR=0.846;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=122;TCF=67;TCR=55;TR=68;WE=6172210;WS=6172192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,82:0.55:150
chr12	6172348	rs2239159	C	A	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=22;PP=608;SC=GACTTAGGGGCAGATGGGGTG;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=6172356;WS=6172338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	6204902	rs5796209	CA	C	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=65;ReadPosRankSum=1.636;SC=GGCTGGAGTGCAGCGGCTATT;SOR=0.207;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=6204910;WS=6204892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr12	6230288	rs6489694	A	G	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=41;NR=5;PP=1264;SC=CACCAGGGCTAAGCTCAGCCA;SOR=3.564;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=46;WE=6230296;WS=6230278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	6342671	.	A	C	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.60;ReadPosRankSum=1.415;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr12	6344600	rs2072372	C	A	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=3.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.51;ReadPosRankSum=1.918;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,72:0.37:196
chr12	6345199	rs3181300	C	T	105.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=38;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GTTCCCCTTTCCATCCACCAG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=6345207;WS=6345189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr12	6352292	rs9668222	T	A	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=16;PP=1004;SC=TACTTTGAGTTACAGACGTAT;SOR=1.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=53;WE=6352300;WS=6352282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	6421495	rs740842	G	A	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=356;ReadPosRankSum=-1.594;SC=TCAGAGCACTGCTGGCAGACT;SOR=0.866;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=29;WE=6421503;WS=6421485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
chr12	6422272	rs10849440	T	C	2718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	6424577	rs1003563	A	G	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=537;ReadPosRankSum=1.066;SC=CCTACACATCAGAGCACTGGT;SOR=0.593;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=37;WE=6424585;WS=6424567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,39:0.66:59
chr12	6427052	rs1468603	C	T	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.39;ReadPosRankSum=-1.481;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,83:0.53:157
chr12	6428116	rs4764497	T	G	2919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=70;PP=1776;ReadPosRankSum=-0.440;SC=GGGACGGAGATCAAATAAAGG;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=89;TCR=111;TR=127;WE=6428124;WS=6428106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,134:0.65:207
chr12	6428621	rs12828469	A	T	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.247;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr12	6435474	rs141921783	AAAT	A	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=311;ReadPosRankSum=0.005;SC=CAGTCTCAAAAAATAATAATA;SOR=1.802;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=7;WE=6435484;WS=6435464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr12	6435571	rs10849441	A	G	2083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.06;ReadPosRankSum=1.769;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr12	6435575	rs10849442	C	T	2084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.12;ReadPosRankSum=2.246;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,55:0.66:83
chr12	6435753	rs2302350	G	A	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=297;ReadPosRankSum=0.054;SC=AGGCTCACACGGACTACAAGG;SOR=2.093;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=16;WE=6435761;WS=6435743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr12	6437171	rs3067490	T	TGG	2000.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.983;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.442;NF=17;NR=17;PP=1292;ReadPosRankSum=-1.807;SC=TGTATGGTGGTGGGGTGTAGT;SOR=0.409;SbPval=0.19;Source=Platypus;TR=34;WE=6437179;WS=6437161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,53:0.56:95
chr12	6439255	rs10849443	A	G	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=34;PP=1392;SC=AGGTGGCGCAACATTAGTGCG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=73;WE=6439263;WS=6439245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	6440009	rs1800693	T	C	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=21;PP=712;SC=ACCAGGTCACTTCTCCTCACC;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=6440017;WS=6439999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	6442346	rs1800692	A	G	3548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=67;NR=42;PP=1837;SC=GCTAAAGGAGAAGCGCCTGCA;SOR=0.870;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=67;TCR=42;TR=109;WE=6442354;WS=6442336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
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chr12	6457062	rs2228576	T	C	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=2;PP=363;SC=AGAGGACAGGTGGAGGAACTG;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=6457070;WS=6457052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	6458084	rs3764875	C	T	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.743;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,42:0.38:111
chr12	6458350	rs5742912	A	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=251;ReadPosRankSum=1.945;SC=ACCGAGGGCCATCGTGAGTAA;SOR=0.602;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=26;WE=6458358;WS=6458340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,23:0.33:69
chr12	6459326	rs61918248	T	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=-0.454;QD=16.12;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr12	6463862	rs11614164	G	A	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=9;PP=562;SC=GCTTTGCAGGGCCAGCCAGGG;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=6463870;WS=6463852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	6483463	rs3741914	T	C	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=11;PP=1034;SC=GCCTGCCCAGTGAGCACCTCA;SOR=2.437;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=50;WE=6483471;WS=6483453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	6493901	rs2302256	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=399;ReadPosRankSum=-0.008;SC=GGTCACGGGGGCTCCAGCCCC;SOR=0.831;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=27;WE=6493909;WS=6493891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr12	6495070	.	CA	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=0.612;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr12	6495275	rs2364480	C	A	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=38;PP=972;ReadPosRankSum=0.202;SC=CCTGCAAGGCCGGGCACTTCC;SOR=0.660;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=194;TCF=97;TCR=97;TR=79;WE=6495283;WS=6495265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,86:0.41:212
chr12	6495635	rs5796232	C	CA	630.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=414;ReadPosRankSum=1.161;SC=CTGAGGGACACGGGGGGGGCG;SOR=0.963;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=9;WE=6495643;WS=6495625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr12	6500105	rs12354	T	G	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=48;PP=1070;ReadPosRankSum=0.349;SC=CATGACTGACTGAGTCTGAGA;SOR=0.758;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=177;TCF=74;TCR=103;TR=81;WE=6500113;WS=6500095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,86:0.45:193
chr12	6551899	rs2886090	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=-0.094;SC=CCTGTAATCCCAGCACTTTGG;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=13;WE=6551907;WS=6551889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr12	6552154	rs3759341	A	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.040;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr12	6560473	rs2532502	A	G	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=51;PP=1597;SC=GAGCCTTGTCATTACAGCTGC;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=54;TCR=51;TR=105;WE=6560481;WS=6560463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	6560573	rs1059501	G	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=232;ReadPosRankSum=-1.027;SC=GCACCTGCGGGAGCTGCACTA;SOR=0.250;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=22;WE=6560581;WS=6560563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr12	6561603	rs151118790	CAG	C	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=35;ReadPosRankSum=-0.241;SC=CTAAGCCCAACAGGGGAAAGG;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=2;WE=6561612;WS=6561593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr12	6562285	rs2041384	C	T	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.88;ReadPosRankSum=0.069;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,30:0.38:78
chr12	6562293	rs2041385	C	T	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=6.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.85;ReadPosRankSum=0.575;SOR=1.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,31:0.37:83
chr12	6562753	rs2532501	A	G	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.784;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=291;ReadPosRankSum=1.339;SC=CATGGCCAACATGCAGGTCTC;SOR=1.035;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=30;WE=6562761;WS=6562743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,36:0.38:96
chr12	6562810	rs2532500	A	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.218;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr12	6562823	rs2041387	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=1.413;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr12	6562836	rs2041388	G	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.10;ReadPosRankSum=0.359;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr12	6565750	rs10774432	A	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.057;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.084;NF=12;NR=10;PP=215;ReadPosRankSum=0.185;SC=GGCTGGTCTCAAACTCCCAAC;SOR=0.687;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=22;WE=6565758;WS=6565740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr12	6567541	.	T	TA	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.914;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr12	6567787	rs2243750	T	C	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.212;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=600;ReadPosRankSum=-2.104;SC=CCATGTGTAATCTTATTCCTC;SOR=0.567;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=127;TCF=75;TCR=52;TR=48;WE=6567795;WS=6567777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,51:0.35:144
chr12	6569983	rs2243977	C	T	2389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.164;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,124:0.46:271
chr12	6570163	rs2534710	C	T	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=632;ReadPosRankSum=-0.837;SC=TCTAACCACCCCCCCGCCCAG;SOR=0.620;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=36;TCR=70;TR=45;WE=6570171;WS=6570153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,48:0.43:111
chr12	6572048	rs1045452	A	G	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=31;PP=811;ReadPosRankSum=-2.039;SC=CAAGGGCGAAAGGAAAGGAAG;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=86;TCR=70;TR=68;WE=6572056;WS=6572038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,79:0.45:177
chr12	6572191	rs12964	T	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=120;ReadPosRankSum=-1.030;SC=CTCCGCTCTGTTCCCAGCCTG;SOR=0.836;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=8;WE=6572199;WS=6572181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr12	6573061	rs2534714	A	G	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=3;PP=835;SC=CAGATTAGAAATAACTACAAA;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=37;WE=6573069;WS=6573051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	6573146	rs2534715	T	C	4171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=48;PP=2603;SC=AGGACCCTCTTCAGGCCTGGT;SOR=1.319;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=92;TCR=49;TR=139;WE=6573154;WS=6573136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr12	6573716	rs2534716	T	C	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.88;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	6573749	rs2534717	C	T	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=9;PP=249;SC=ATTCAGGTCTCTCCATTGTTA;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=14;WE=6573757;WS=6573739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	6574301	rs1017101	G	T	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=57;PP=2166;SC=CAGTATGTCTGTAGCTTTTCA;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=55;TCR=57;TR=112;WE=6574309;WS=6574291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	6574524	.	G	GTATA	415	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=8;PP=415;QD=53.25;SC=AAAGAAAAAAGTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=8;WE=6574532;WS=6574514;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,8:0.67:12
chr12	6575044	rs2072375	G	T	2644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	6575191	rs2534718	A	T	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=63;NR=47;PP=1901;SC=GAAACAAAGCAGCTAAGCTTC;SOR=0.920;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=63;TCR=47;TR=110;WE=6575199;WS=6575181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	6579565	rs2534720	A	G	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=23;PP=1547;SC=CCGGTCCGGAAGCGGCGCGCG;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=73;WE=6579573;WS=6579555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	6579757	rs2532489	T	C	4807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=83;PP=2240;SC=AGACACCCGGTGAGGGACGCT;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=85;TCR=83;TR=168;WE=6579765;WS=6579747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr12	6747578	rs1882553	G	C	4646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr12	6748035	rs12826388	C	T	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=3;PP=292;SC=CCTAGCTGCTCGCAGAGGGGG;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=6748043;WS=6748025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	6749093	rs2365087	A	G	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=261;SC=GAGGCAGGAGATTCAGTGAGG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=6749101;WS=6749087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	6756240	rs3803130	A	G	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=6;PP=272;SC=CGAGACCAGGACAGACAGACC;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=6756248;WS=6756230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	6762026	rs4764506	T	C	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=13;PP=446;SC=GTGCCAAACTTCCCACCAGAT;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=6762034;WS=6762016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	6764831	rs4764616	G	A	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=482;SC=TCAGGGAACTGTGTCCAGGGT;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=6764839;WS=6764825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	6777069	.	TTGCTGC	T,TTGC	3695.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.25;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=14,14;NR=35,35;PP=2202,157;SC=GTGGTGGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=0.870;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=49,49;WE=6777082;WS=6777059;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.15,0.85:96
chr12	6804902	rs10849498	A	G	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=45;PP=1397;SC=CCCCAGCCTCACCCAGTCACT;SOR=1.065;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=82;WE=6804910;WS=6804880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	6835068	rs7487866	A	G	4072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=50;PP=1576;SC=ATGAAAAAGAAGCACTTGGCT;SOR=1.190;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=91;WE=6835089;WS=6835058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	6835081	rs2365100	G	A	3602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=39;PP=1170;SC=ACTTGGCTGGGTGCGGTGGCT;SOR=1.236;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=70;WE=6835089;WS=6835058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	6836852	rs7138427	A	G	5628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr12	6836913	rs2178691	G	T	3535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=61;PP=1981;SC=CCTGAAGGTGGAAATGAGCCC;SOR=0.921;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=59;TCR=61;TR=120;WE=6836921;WS=6836903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr12	6839453	rs871365	G	A	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=12;PP=505;SC=AAAATGCAGGGATTATGGGGG;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=6839461;WS=6839443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	6840209	rs3168600	G	A	2567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	6840371	rs11227	G	T	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	6883700	rs2365095	C	T	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=820;ReadPosRankSum=-0.345;SC=GGCTTGGCAGCCCTGCTGTGT;SOR=0.531;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=49;WE=6883708;WS=6883690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,52:0.76:68
chr12	6909380	rs3216776	TG	T	4051.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=38;PP=2475;SC=GGGGTCTCAATGCAGATGACG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=56;WE=6909396;WS=6909370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	6909388	rs2365568	A	G	4550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=35;PP=1547;SC=AATGCAGATGACGTGGGAGGA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=85;WE=6909396;WS=6909370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	6909442	rs2255301	T	C	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=40;PP=1495;SC=AGCGGCGACATTGAGACCTGA;SOR=0.799;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=87;WE=6909450;WS=6909432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	6924718	rs3782736	C	A	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=5;PP=466;SC=AACCATGTGACCTTGGGTGAG;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=6924726;WS=6924708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	6926363	rs1055141	T	C	2441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	6927470	rs12226953	C	T	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=5;PP=688;SC=CACCCCTCCCCTCTCCCCCAA;SOR=3.086;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=35;WE=6927478;WS=6927466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	6928075	rs12821756	T	C	3635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.18;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	6928135	rs55764611	TA	GG	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.79;SOR=5.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	6928586	rs7136817	CA	AG	2634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=32;PP=1858;SC=AGCAGATCCCCAGCCTCTGGC;SOR=1.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=6928595;WS=6928576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	6933589	rs75167863	C	T	5201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr12	6934989	rs2071080	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr12	6935977	rs11612427	A	G	2630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=44;PP=1588;ReadPosRankSum=-1.378;SC=CCTGGGACAAAGACACAGGTT;SOR=0.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=94;TCR=78;TR=98;WE=6935985;WS=6935967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,114:0.61:188
chr12	6938023	rs57050687	C	CG	1530.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=14;PP=724;SC=GGGCGCGGCGCGCTTCGCGTG;SOR=0.788;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=6938031;WS=6938013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	6939850	rs10744716	A	G	2043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=30;PP=1139;ReadPosRankSum=1.297;SC=TGTGGGGGAAACAGCCACACG;SOR=0.648;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=95;TCR=56;TR=81;WE=6939858;WS=6939840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,95:0.54:176
chr12	6940254	rs7305463	A	G	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.317;HP=5;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=55;PP=1400;ReadPosRankSum=0.205;SC=GCCAGTGGGAAGGGGGCTCTT;SOR=0.880;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=223;TCF=99;TCR=124;TR=95;WE=6940262;WS=6940244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,96:0.43:225
chr12	6942672	rs4963513	A	C	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=315;ReadPosRankSum=0.734;SC=AACAGAAGAAACTTAATGAGA;SOR=1.061;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=24;WE=6942680;WS=6942662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr12	6942823	rs4963512	A	G	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=4.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.496;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,91:0.46:199
chr12	6946545	rs4963510	C	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=335;ReadPosRankSum=0.310;SC=CCACCCTCCCCTTGCCTTCCT;SOR=0.450;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=27;WE=6946553;WS=6946535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
chr12	6948468	rs1129649	T	C	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=854;ReadPosRankSum=0.141;SC=CAGGAGTGGATAGAAGCCAAA;SOR=0.672;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=61;WE=6948476;WS=6948458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,74:0.59:126
chr12	6950403	rs28395781	G	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=1.816;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr12	6954875	rs5443	C	T	8312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr12	6955861	rs79126776	A	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.464;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr12	6955865	rs76214301	C	A,CCACA	2637.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=48.85;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,14,40:0.26,0.74:54
chr12	6959095	rs367917525	AC	A	566.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.887;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.224;NF=1;NR=10;PP=333;ReadPosRankSum=-1.626;SC=ACATACAGAAACCCAGGACTC;SOR=0.348;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=11;WE=6959103;WS=6959085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr12	6964535	rs73260823	G	A	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.12;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,56:0.44:127
chr12	6965194	rs2226955	A	G	5653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr12	6965740	rs2238114	C	A	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=58;PP=2178;ReadPosRankSum=-0.279;SC=GAAATGAACACGACATGGGGA;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=48;TCR=59;TR=106;WE=6965748;WS=6965730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,117:0.99:118
chr12	6965763	rs72181812	AAG	A	1195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.920;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=1187;ReadPosRankSum=-0.745;SC=GCCAGAGGAGAAGAGAGAGAG;SOR=0.443;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=31;WE=6965772;WS=6965753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,37:0.49:76
chr12	6965805	rs66621175	T	C	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=32;PP=1568;SC=TGCAGAGCCCTCTCTCTCTGC;SOR=0.790;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=68;WE=6965813;WS=6965795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	6968741	rs11064432	C	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=301;ReadPosRankSum=0.809;SC=AAGCTGTTGACAGTCATGGCC;SOR=0.578;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=32;WE=6968749;WS=6968731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,38:0.32:117
chr12	6969731	rs2071059	A	G	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=0.979;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr12	6973088	rs12824102	C	T	2308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=6.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.25;ReadPosRankSum=-1.670;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,102:0.63:162
chr12	6976874	.	C	CGGGCCG	1022.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.323;NF=1;NR=14;PP=883;ReadPosRankSum=0.659;SC=GGGGTCTGGCCGGGCCGGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=15;WE=6976882;WS=6976864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr12	6979010	rs2071069	G	A	5418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,259:0.56:464
chr12	7014962	rs2071071	A	G	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=6.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.383;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr12	7015707	rs2071073	G	T	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=34;PP=779;ReadPosRankSum=-0.881;SC=GATGGCAATCGGCTGCGAAGT;SOR=0.677;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=181;TCF=93;TCR=88;TR=71;WE=7015715;WS=7015697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,85:0.41:205
chr12	7023123	rs710415	A	G	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.697;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=447;ReadPosRankSum=-0.869;SC=TATGACAGAGAACAGAGGATG;SOR=0.601;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=102;TCF=58;TCR=44;TR=42;WE=7023131;WS=7023113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,47:0.40:118
chr12	7025121	rs375693296	T	C	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=329;ReadPosRankSum=-2.073;SC=GCCCTAGCTTTTCCACGGCCA;SOR=0.865;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=26;WE=7025129;WS=7025111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr12	7026307	rs2071417	G	C	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.20;ReadPosRankSum=1.044;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr12	7026893	rs376463507	A	AG	560.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=7;PP=440;SC=GCAATAAGCCAGCCTGCGGCT;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=9;WE=7026901;WS=7026883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	7031659	rs3213435	G	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=152;ReadPosRankSum=0.069;SC=CTGGATAACAGTCCATTTCCT;SOR=1.061;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=11;WE=7031667;WS=7031649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
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chr12	7045891	.	ACAGCAGCAGCAGCAGCAG	A,ACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAG	9081.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.924;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.730;NF=29,29;NR=106,106;PP=2995,2995;ReadPosRankSum=0.055;SC=AGCAACAGCAACAGCAGCAGC;SOR=0.512;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=245;TCF=47;TCR=198;TR=135,135;WE=7045919;WS=7045878;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.52,0.40:286
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chr12	7046745	rs12426246	G	C	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=803;ReadPosRankSum=-2.559;SC=AGGTGGGGCGGAGGTGGGCCT;SOR=0.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=44;WE=7046753;WS=7046735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
chr12	7049999	rs2071076	C	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.032;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=427;ReadPosRankSum=0.550;SC=TGGTTTGCCCCAAACCTGCCT;SOR=1.645;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=25;WE=7050007;WS=7049989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr12	7050798	rs112159607	G	A	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=481;ReadPosRankSum=-1.700;SC=GCTGGGCACCGTGCTCCTGGG;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=72;TCR=35;TR=37;WE=7050806;WS=7050788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,40:0.35:113
chr12	7053085	rs3087835	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=114;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCACTGTGCAAAAATTATGGG;SOR=0.892;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=8;WE=7053093;WS=7053075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr12	7053186	rs111966673	C	T	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.390;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,68:0.47:144
chr12	7053362	rs915997	A	G	4407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=84;PP=2702;SC=GTCAAGGCATAGGCTGCTGGC;SOR=1.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=57;TCR=84;TR=141;WE=7053370;WS=7053352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr12	7053908	rs744167	C	T	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.829;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,81:0.49:164
chr12	7054859	rs2019743	G	A	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.41;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	7055860	rs2301262	T	C	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.259;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,41:0.44:93
chr12	7060369	rs73262885	G	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.431;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=300;ReadPosRankSum=0.122;SC=GATTGCAGACGTGTGGGAAGT;SOR=0.384;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=28;WE=7060377;WS=7060359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr12	7065281	rs10744724	C	T	2323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.39;ReadPosRankSum=1.729;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,107:0.71:151
chr12	7065406	rs7963446	G	A	2003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=35;PP=1112;ReadPosRankSum=0.768;SC=GGGCCACGTGGGAGGAGAGGC;SOR=0.644;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=80;TCR=55;TR=84;WE=7065414;WS=7065396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,94:0.62:152
chr12	7065576	rs2110071	G	A	2470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.88;ReadPosRankSum=1.192;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,120:0.53:227
chr12	7065635	rs2110072	T	C	6681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=110;PP=2965;SC=CCAGCCAGGGTTGTCTGGAGG;SOR=0.875;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=106;TCR=110;TR=216;WE=7065643;WS=7065625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr12	7069425	rs28579154	G	C	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=12.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=13.04;ReadPosRankSum=1.334;SOR=2.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,41:0.65:63
chr12	7069620	rs759052	T	C	3928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=92;PP=1960;ReadPosRankSum=-0.017;SC=TGACTGCCACTGCCCGGCATC;SOR=0.702;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=296;TCF=141;TCR=155;TR=175;WE=7069628;WS=7069610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,190:0.59:322
chr12	7069654	rs759053	G	A	2728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=67;PP=1737;ReadPosRankSum=-1.344;SC=TGCCCAGCCCGATCCTCACTT;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=195;TCF=84;TCR=111;TR=116;WE=7069662;WS=7069644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,125:0.60:210
chr12	7075823	rs373940651	G	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=407;ReadPosRankSum=-1.209;SC=GATCCAGAGCGCTGAGCAGCA;SOR=0.638;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=27;WE=7075831;WS=7075813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr12	7079215	rs7301709	T	G	2726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=30;PP=1462;SC=CTGGAGGTTCTCGCAGCACCC;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=60;TCR=30;TR=90;WE=7079223;WS=7079205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	7080210	rs60117710	A	AG	4248.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=36;PP=2023;SC=CGGAGGCCGTAGTTTATTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=44;WE=7080220;WS=7080200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	7080212	rs17857448	T	C	4257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=34;PP=1287;SC=GAGGCCGTAGTTTATTGTGGT;SOR=0.714;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=64;WE=7080220;WS=7080200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	7090659	rs60570787	A	AG	3093.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=25;PP=2016;SC=AATGAGGGAGAGCTCCGCTCT;SOR=0.954;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=42;WE=7090667;WS=7090649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	7169345	rs149949506	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=318;ReadPosRankSum=-1.741;SC=AGGCTGAGGCGGGAGGATTGC;SOR=1.136;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=18;WE=7169353;WS=7169335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr12	7169362	rs12311345	C	T	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.829;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr12	7170740	rs2238118	A	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=-1.661;SC=AGGAAAGTTAATAACTTGCCA;SOR=0.671;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=18;WE=7170748;WS=7170730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr12	7173413	rs73266749	C	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=306;ReadPosRankSum=0.628;SC=CAGGAGGATCCCTTGAGCCCA;SOR=0.904;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=18;WE=7173421;WS=7173403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
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chr12	7287886	rs6488452	A	C	4177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=87;NR=47;PP=2475;SC=AGGCTGGCTGACGTGTCTTCA;SOR=1.171;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=87;TCR=47;TR=134;WE=7287894;WS=7287876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr12	7287914	rs2278822	C	T	5774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=120;NR=71;PP=2965;SC=TTCTCTCTGGCATATGCAGGG;SOR=1.045;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=121;TCR=71;TR=191;WE=7287922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr12	7294657	rs63110460	GT	G	764.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.129;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.917;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,67:0.72:93
chr12	7301982	rs3816423	A	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=431;ReadPosRankSum=1.607;SC=TTGCATAATGATATTCTTGAA;SOR=0.551;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=21;WE=7301990;WS=7301979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr12	7303322	rs371414630	C	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.642;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,38:0.32:120
chr12	7309199	rs7296261	G	A	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=46;PP=1209;ReadPosRankSum=1.746;SC=GGCCTGGCTCGGGTGTGGGGC;SOR=0.670;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=256;TCF=142;TCR=114;TR=100;WE=7309207;WS=7309189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,107:0.38:279
chr12	7309471	rs1868799	C	A	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.29;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	7309471	.	CGG	AGC,AGG	737	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=6,20;NR=21,52;PP=505,737;QD=20.6839953653;SC=CCAGACGTCCCGGAGCCCCAA;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=27,72;WE=7309481;WS=7309461;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.38:72
chr12	7309473	rs1868800	G	C	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.104;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr12	7309613	rs11608952	C	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=10.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.55;ReadPosRankSum=-1.329;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr12	7351843	.	T	C	32	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=61;MMLQ=23;MQ=49.76;NF=0;NR=3;PP=32;QD=22.2570708491;SC=GGGTGTTTCTTGCAGAGGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=7351851;WS=7351833;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	7355327	rs61573078	C	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=161;ReadPosRankSum=-0.156;SC=CAGGAGCAGACACCCCAAAAG;SOR=0.810;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=16;WE=7355335;WS=7355317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr12	7355898	rs4883087	C	G	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=10;PP=508;SC=TTTTAAAAAACTTATTCAGAT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=7355906;WS=7355888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	7360143	rs3825405	C	A	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	7362204	rs141721291	G	GCTGAGTCGGTGGAGTAATGTGCAGAGTTTGAT	1715.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=2;PP=788;SC=CAGAGTTTGAGCTGAGTCGGT;SOR=2.494;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=9;WE=7362212;WS=7362194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	7459443	.	CAA	C	126.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.87;ReadPosRankSum=1.534;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr12	7463241	rs7968241	A	T	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr12	7463491	rs7962994	C	G	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=10;PP=269;SC=GCTGGGTGCGCTGGCTCACAC;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=7463499;WS=7463481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	7470534	rs7968312	A	T	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=2;PP=419;SC=CTTAAGATATAGGGGCAAAGT;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=7470542;WS=7470524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	7470566	rs7971931	T	A	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.54;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr12	7477298	rs10743732	G	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=1.406;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr12	7525795	rs10845007	C	T	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=6;PP=311;SC=TAAATCAGCACTTATTGTCAT;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=7525803;WS=7525785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	7525865	rs11053518	G	C	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	7548996	rs4072796	C	G	2648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=3.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.92;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,127:0.62:205
chr12	7549009	rs4072797	C	T	2274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.00;ReadPosRankSum=1.846;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,112:0.64:175
chr12	7551022	rs6488268	A	T	13641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,530:1.00:530
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chr12	7551222	rs7489145	G	C	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=36;PP=905;ReadPosRankSum=0.360;SC=TCAAATGAGAGAGTCTTTTCA;SOR=0.569;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=22;TCR=60;TR=49;WE=7551230;WS=7551212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,50:0.56:89
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chr12	7637769	rs61729512	G	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.511;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,28:0.35:79
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chr12	7640589	rs7980201	C	T	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=729;ReadPosRankSum=0.204;SC=GAGAGAAGTCCGAATCACAGA;SOR=0.892;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=150;TCF=81;TCR=69;TR=60;WE=7640597;WS=7640579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,64:0.36:180
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chr12	7649653	rs4883264	T	C	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=1.082;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,127:0.44:286
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chr12	7818348	.	GAC	G	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr12	7818444	rs7294364	C	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=6.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=0.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,55:0.33:165
chr12	7847940	rs6488591	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr12	7864312	rs999074	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.51;ReadPosRankSum=-2.077;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,24:0.35:68
chr12	7867847	rs2024320	G	C	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.133;NF=27;NR=16;PP=566;ReadPosRankSum=-1.094;SC=CGCTAGTAGCGAATCTGTTTC;SOR=0.663;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=43;WE=7867855;WS=7867837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,57:0.50:115
chr12	7868777	rs34619457	A	ATT	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.551;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr12	7869401	.	CTT	C	303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=276;ReadPosRankSum=-0.189;SC=ATATTTTGATCTTTTTTTCTC;SOR=0.551;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=12;WE=7869410;WS=7869400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr12	7869551	rs199605731	A	AT	1827.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.848;NF=5;NR=36;PP=769;ReadPosRankSum=-0.449;SC=CCATTTCATCATTTTTTTTCA;SOR=0.614;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=88;TCF=15;TCR=73;TR=41;WE=7869559;WS=7869541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,100:0.58:171
chr12	7894056	rs73056605	G	A	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.040;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.458;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,97:0.49:200
chr12	7894132	rs80204298	GA	G	1233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.238;NF=2;NR=28;PP=964;ReadPosRankSum=-1.588;SC=GAGGCACTGGGAAAGAGAAAT;SOR=0.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=4;TCR=66;TR=30;WE=7894140;WS=7894122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,47:0.40:117
chr12	7894188	rs73056607	C	G	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=3;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=665;ReadPosRankSum=1.119;SC=TTGTACTATACAATCTTATGC;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=16;WE=7894200;WS=7894178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr12	7894192	rs12823478	C	T	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=1163;ReadPosRankSum=-1.122;SC=ACTATACAATCTTATGCTGTG;SOR=0.532;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=26;WE=7894200;WS=7894178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr12	7898824	rs7134479	A	G	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	7917936	rs12818448	G	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=-1.827;SOR=1.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr12	7942472	rs12826131	AG	GA	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=28;PP=1793;SC=ATTACTATAAAGAAGTGTTAT;SOR=1.078;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=53;WE=7942481;WS=7942462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	7942514	rs12816791	C	A	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=21;PP=571;SC=CCCCTTTTTCCATTATAACTT;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=7942522;WS=7942504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	7942556	rs12821889	G	C	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=69;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=16;PP=446;SC=TATGTCCCAGGTCTCAGGAGT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=7942564;WS=7942546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	7945640	rs2889551	G	T	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=0;PP=789;SC=CTGCAGAGAAGAGTGTCGCAA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=31;WE=7945648;WS=7945639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	7945670	rs4354764	G	A	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.97;QD=31.75;SOR=5.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	7945757	rs4438116	C	T	2647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=1.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQRankSum=0.075;QD=11.36;ReadPosRankSum=1.427;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,130:0.56:233
chr12	7945829	rs4242903	G	C	6996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=116;NR=129;PP=2965;SC=TTTGTCCTTGGAATAAGGTGA;SOR=0.898;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=117;TCR=131;TR=245;WE=7945837;WS=7945819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr12	7945871	rs11831829	C	T	4258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=82;PP=2528;SC=ATGGCTAAGACCTCTGTGGAT;SOR=1.108;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=61;TCR=82;TR=143;WE=7945879;WS=7945861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	7945916	rs34261320	G	A	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.100;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=416;ReadPosRankSum=-1.524;SC=TCCGTACATCGCCTCTTGCAA;SOR=1.362;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=25;WE=7945935;WS=7945906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr12	7945927	rs58791167	A	G	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=40;PP=1208;SC=CCTCTTGCAAATAATTTATGA;SOR=3.564;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=45;WE=7945935;WS=7945906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	7947017	rs1860931	T	C	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=10;PP=1258;SC=CTCTGTATTATGAATATTTTA;SOR=2.939;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=59;WE=7947025;WS=7947009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	7947304	rs4012939	T	C	5765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=89;NR=133;PP=2965;SC=ACCCCAGCCTTTACTCTTCCT;SOR=1.416;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=223;TCF=89;TCR=134;TR=222;WE=7947312;WS=7947294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr12	7966958	rs10845981	C	T	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.696;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-11.181;NF=44;NR=30;PP=994;ReadPosRankSum=-0.986;SC=GCTGTTCATCCCCATGACGCC;SOR=1.058;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=146;TCF=85;TCR=61;TR=74;WE=7966966;WS=7966948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,72:0.45:159
chr12	7967135	rs11055945	T	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.041;NF=6;NR=15;PP=329;ReadPosRankSum=-0.314;SC=ATAGTACTAGTGAAAGGACAG;SOR=1.592;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=21;WE=7967143;WS=7967125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr12	7970347	.	T	TATAGATAGATAGATAGATAG	405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.491;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=1028;ReadPosRankSum=-0.384;SC=TATATATATATATAGATAGAT;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=4;WE=7970355;WS=7970325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr12	7970721	rs10845990	T	G	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=7;PP=175;SC=AAGCTCCTCCTGTCCTGACGT;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=7970729;WS=7970711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	7980035	rs10846003	T	C	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.66;QD=26.34;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	7980306	rs56049529	T	TA	983.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=16;PP=763;SC=GAGGAAAGGATAAAGAGAATG;SOR=0.869;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=21;WE=7980314;WS=7980296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	7982753	rs71038781	CT	C	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=1.922;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr12	7984447	rs10772787	G	A	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=25;PP=674;SC=GCTCACGCCTGTAATCCCAGC;SOR=1.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=7984455;WS=7984437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	7985460	rs17728008	T	C	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.301;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=447;ReadPosRankSum=1.860;SC=AAACTTGTAATTGATGACTGT;SOR=0.475;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=115;TCF=61;TCR=54;TR=40;WE=7985468;WS=7985450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,48:0.36:135
chr12	8043688	rs7297809	G	C	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=43;PP=1378;SC=TCACACCCAGGAGTACTTCTA;SOR=1.164;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=74;WE=8043696;WS=8043678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	8074192	rs25684	G	A	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQRankSum=-0.627;QD=13.16;ReadPosRankSum=0.909;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,56:0.62:90
chr12	8075685	rs741361	A	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=120;ReadPosRankSum=-1.216;SC=CTAGGTTCCCAGAAGCAATTA;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=11;WE=8075693;WS=8075675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr12	8082367	rs17847967	T	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=4.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.028;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.674;NF=12;NR=10;PP=367;ReadPosRankSum=-2.704;SC=TAAAGAGCTCTAGCACGGTGA;SOR=0.785;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=22;WE=8082375;WS=8082357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,22:0.24:90
chr12	8082585	.	C	CT	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-1.326;QD=1.30;ReadPosRankSum=0.061;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr12	8088766	rs2541281	T	C	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=300;SC=TCCAAAGTCTTACCATTACAG;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=8088774;WS=8088756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	8090271	rs11056574	C	T	109.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=3;PP=130;SC=TGAGCCAAGACAGCGCCACTG;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=9;WE=8090279;WS=8090261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	8090317	.	CAAA	C	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr12	8090505	rs12321738	C	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=-1.280;SC=AAAAGTGTTACATAAGTATCT;SOR=1.501;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=7;WE=8090513;WS=8090495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr12	8090839	rs7309332	T	C	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=5.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.919;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=343;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGAGAAAGTGTATCTTCCTTT;SOR=2.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=18;WE=8090847;WS=8090829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
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chr12	8200557	rs372118289	ACAG	A	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.988;QD=1.17;ReadPosRankSum=-1.337;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,14:0.10:137
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chr12	8276432	rs7295783	C	T	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=21;PP=1080;SC=TAAGAAAGATCTGAAACAGAT;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=62;WE=8276440;WS=8276422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
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chr12	8286762	rs7315526	G	C	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.332;NF=20;NR=18;PP=566;ReadPosRankSum=-0.211;SC=TTTCTCTTTCGGGCCTGCACG;SOR=0.593;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=38;WE=8286770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,40:0.53:76
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chr12	8288098	rs10840746	T	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.590;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=92;ReadPosRankSum=0.830;SC=ATGTGCTCTCTCTTGGCTCTT;SOR=0.116;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=7;WE=8288106;WS=8288094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr12	8289226	rs4322490	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=133;ReadPosRankSum=-1.616;SC=CGATGTCTTTGATTCTGCCCT;SOR=0.160;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=10;WE=8289234;WS=8289225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr12	8289300	rs4573763	T	C	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.846;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=540;ReadPosRankSum=-0.343;SC=ATCCTCTCCTTTTCTTCTTGT;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=39;WE=8289308;WS=8289290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr12	8374770	rs9668474	G	A	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.52;QD=25.19;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	8374781	rs71265055	C	CACG	772.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.042;NF=1;NR=6;PP=325;ReadPosRankSum=-1.079;SC=TCTGGGGTGACGTACGTGGTC;SOR=0.892;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=8374789;WS=8374760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr12	8374812	rs17855656	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQRankSum=0.134;QD=1.81;ReadPosRankSum=1.610;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
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chr12	8608502	rs4628756	T	A	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.51;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	8608583	rs4528410	A	G	89.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	8612336	rs10770736	G	C	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=56;PP=1456;SC=TTTTTTCTCAGGGAGAGATCA;SOR=1.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=102;WE=8612344;WS=8612326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr12	8612481	rs12300621	A	G	305.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.22;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	8617976	rs7302011	A	T	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.59;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	8617982	rs7315873	G	A	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.12;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	8693240	rs5014225	C	A	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.27;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	8693245	.	A	AC	660.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.35;ReadPosRankSum=-0.756;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,32:0.89:36
chr12	8693333	rs4620776	G	A	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	8693418	rs11834597	T	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.754;NF=5;NR=5;PP=340;ReadPosRankSum=-0.173;SC=TGGTTTTTTGTTTCTCTCTCT;SOR=0.439;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=10;WE=8693427;WS=8693408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr12	8693419	rs145952293	T	TTCTC	559.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.967;NF=1;NR=7;PP=662;ReadPosRankSum=0.686;SC=GGTTTTTTGTTTCTCTCTCTC;SOR=1.112;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=8;WE=8693427;WS=8693408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr12	8757522	rs5796316	C	CA	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=1.145;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr12	8759445	rs2518144	C	T	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.57;ReadPosRankSum=1.071;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,40:0.40:101
chr12	8765447	rs1345004	T	C	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=32;PP=1009;SC=TTCTCTGTCTTAGTCTGACAG;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=58;WE=8765455;WS=8765437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	8800566	rs14541	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=63;ReadPosRankSum=-1.579;SC=TAAAAGCTGGACATTGCAAAA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=8800574;WS=8800556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr12	8808006	rs11046589	T	C	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=383;ReadPosRankSum=1.046;SC=TGCGGTAAAATTTACCTGTTT;SOR=1.214;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=27;WE=8808014;WS=8807996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr12	8850706	rs112263725	G	T	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=173;ReadPosRankSum=-0.767;SC=CTGGGCGAGTGTGCGAGGACG;SOR=0.260;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=14;WE=8850714;WS=8850696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr12	8904494	rs73036916	A	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=218;ReadPosRankSum=-0.711;SC=CGTTGATAAAATTGATCACAA;SOR=0.542;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=22;WE=8904502;WS=8904484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr12	8926011	rs2969089	T	C	4474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=26.02;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr12	8982250	.	CAAA	C	386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.91;ReadPosRankSum=1.083;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr12	8988403	rs4883188	A	C	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=4;PP=87;SC=AGGTCAGGAGATCGAGACCAC;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=8988411;WS=8988393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	8988777	rs1894814	A	G	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=8;PP=620;SC=CACTGTTTATACCCCTCTGCT;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=8988785;WS=8988767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	8989916	rs11047510	A	G	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=8;PP=355;SC=GCACTGGCCCAGATTGTCAGA;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=8989924;WS=8989906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	8990813	rs10743504	A	G	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=678;SC=GAGTTTTTCTATATTAGAAAC;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=8990821;WS=8990803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	8995694	rs7307991	A	G	2914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	8995966	rs7136813	G	A	5614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=104;PP=2965;SC=ATGTGAGACCGGGAAACGGGG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=86;TCR=104;TR=190;WE=8995974;WS=8995956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr12	9004512	rs1860927	G	A	4183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=60;PP=2278;SC=CTTTCAAGCCGTTCTTTGTTG;SOR=0.785;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=81;TCR=60;TR=141;WE=9004520;WS=9004502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	9004892	rs1860926	C	A	3351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=52;PP=1732;SC=GTGCTGATGACGCAAAAACCC;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=110;WE=9004900;WS=9004882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	9009820	rs1558526	G	A	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=13;PP=517;SC=CCCAGTGGCTGTGGCGAGCAG;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=9009828;WS=9009810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	9009999	rs3079157	T	TAA	2242.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=16;PP=1087;SC=GACAGATTGATGATACAGGGA;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=9010007;WS=9009989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	9010671	rs11612600	G	A	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=35;PP=1136;SC=ATGCCAACGTGGGAAATCTCC;SOR=1.319;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=62;WE=9010679;WS=9010661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	9013442	rs35198143	C	T	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=12;PP=755;SC=CTGCTGCCTGCTGCCCTGACT;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=9013450;WS=9013432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	9016573	rs10219561	A	G	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=18;NR=21;PP=646;SC=GCCAAGCAACACAATGCATAT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=9016581;WS=9016563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	9020489	rs7308811	A	G	4516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=92;NR=64;PP=2291;SC=TACCGCCTACATGCCATCTGA;SOR=0.821;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=93;TCR=64;TR=156;WE=9020497;WS=9020479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr12	9020912	rs1476910	A	G	4900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=80;PP=2758;SC=GATGTGAGCAACCGACTTCAC;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=87;TCR=80;TR=167;WE=9020920;WS=9020902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr12	9021018	rs150983014	TTG	T	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=8.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.756;SOR=1.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,5:0.14:36
chr12	9021053	rs5796325	C	CGTGT,CGT	1215.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8,8;NR=15,15;PP=714,74;SC=TGTGTGTGTACGTGTGTGTGT;SOR=0.765;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=23,23;WE=9021061;WS=9021043;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:27
chr12	9021256	rs12816475	C	T	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=22;PP=591;SC=ATTTATCTAGCTGTGAGGGGA;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=9021264;WS=9021246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	9021316	rs10664353	T	TAC	370.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=523;SC=ATGGCGTGTATACACACACAC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=9021324;WS=9021306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	9068472	rs10771204	G	T	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=6;PP=733;SC=CAGAATTCAGGTTTGGGAAGA;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=9068480;WS=9068462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	9068813	rs7304121	C	T	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=18;PP=504;SC=AAACTAAAGACTGGGGGGGGA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=9068821;WS=9068803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	9070366	rs4883198	T	A	3081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=44;PP=1518;SC=AAATGTCACTTTATGAACGAC;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=100;WE=9070374;WS=9070356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	9074259	rs1805741	C	T	6751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=136;NR=101;PP=2965;SC=TGAGCTCTCCCAGTGCTACCA;SOR=1.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=239;TCF=136;TCR=103;TR=237;WE=9074267;WS=9074249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr12	9082855	rs1805778	A	G	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=4;PP=648;SC=AATCAGATACAGAGCCAGAGT;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=9082863;WS=9082854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	9083336	rs1805777	A	G	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.94;QD=33.22;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	9085355	.	G	A	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.384;ClippingRankSum=0.000;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=14.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQRankSum=-4.500;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.168;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,106:0.44:243
chr12	9086683	rs1805735	A	T	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=48;PP=2209;ReadPosRankSum=-0.862;SC=AAAAGATAAAACTGGTTGAGT;SOR=0.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=61;TCR=48;TR=108;WE=9086691;WS=9086673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chr12	9086898	rs1049925	A	G	8333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=164;NR=127;PP=2965;SC=GAATGCTAATACTCCAAGCAG;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=292;TCF=165;TCR=127;TR=291;WE=9086906;WS=9086888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr12	9087906	rs113120861	ATAG	A	998.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=683;SC=TCGGTGTAAAATAGTAGTTAC;SOR=1.426;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=14;WE=9087916;WS=9087896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	9090086	rs12371786	G	A	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=374;SC=CTTTGTCTCCGGACCTCTTAC;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=9090094;WS=9090076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr12	9220823	.	G	GA	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=1.478;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr12	9248233	rs226405	T	C	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	9248332	rs55933766	T	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=-0.612;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.627;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr12	9253894	rs226397	C	T	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=21;PP=727;SC=GAGTCCCTGCCGGCAATAATT;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=9253902;WS=9253884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	9258821	rs12427063	A	G	2869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	9305473	rs10771357	T	C	3114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	9307373	rs2377741	T	G	1978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=35;PP=1112;SC=GGAGCCTGGGTTTGGTAAAGA;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=72;WE=9307381;WS=9307363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	9310565	rs4882981	C	T	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=29;PP=812;SC=CTCTCTCTCTCTCTCGACAGG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=52;WE=9310584;WS=9310555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	9310576	rs10771364	T	G	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=25;PP=712;SC=TCTCGACAGGTTCTTGCTCTG;SOR=1.157;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=9310584;WS=9310555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	9310959	rs7298673	C	T	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=284;SC=CTCCCTTCACCCCTGGGGGAT;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=9310967;WS=9310949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	9311265	rs3741850	A	C	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=12;PP=380;SC=CACAGTGTGCACCCAAGAAAG;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=9311273;WS=9311255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	9313518	rs7972015	T	A	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.556;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.17;MQRankSum=-0.578;QD=16.91;ReadPosRankSum=0.655;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,32:0.89:36
chr12	9317784	rs2277413	A	G	3665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=62;PP=2236;SC=GAGTGTGAAGACCTCTCCACG;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=58;TCR=62;TR=120;WE=9317792;WS=9317774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	9333749	rs919209	G	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.685;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=293;ReadPosRankSum=-1.315;SC=TGAAGGAAACGTCAACCAGTG;SOR=0.821;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=27;WE=9333757;WS=9333739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,30:0.34:87
chr12	9333907	rs3782676	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=-1.641;SC=TTGTAAATCACTTATTACCAC;SOR=0.307;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=6;WE=9333915;WS=9333897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr12	9334571	rs3741849	C	T	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=312;ReadPosRankSum=-0.710;SC=AATCGCTCACCTTGTTGGCTA;SOR=0.557;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=24;WE=9334579;WS=9334561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr12	9334728	rs3832849	G	GAGTGAGACAAAATGGTCATA	3420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=30;PP=2971;SC=AACATGGAGAGAGTGAGACAA;SOR=1.264;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=32;WE=9334736;WS=9334718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	9345273	rs10771407	A	G	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=433;ReadPosRankSum=-0.624;SC=TGTGCTGAGCACCCTGGTGGT;SOR=0.790;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=111;TCF=52;TCR=59;TR=35;WE=9345281;WS=9345263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,37:0.31:120
chr12	9346909	.	T	C	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.34;ReadPosRankSum=-1.321;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,84:0.65:129
chr12	9352908	rs6487668	C	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=112;ReadPosRankSum=-0.903;SC=CTACATAATCCCTCAAAATTG;SOR=0.448;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=11;WE=9352916;WS=9352898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr12	9353828	rs3759275	A	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=42;ReadPosRankSum=-0.472;SC=AGATCTGAAAATTTTTAAAGT;SOR=0.399;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=4;WE=9353836;WS=9353818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr12	9353875	rs3759274	T	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=-0.271;SC=AACCTCCTACTCTCTAAAAGC;SOR=1.755;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=4;WE=9353883;WS=9353865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr12	9446913	rs61916248	C	T	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.39;QD=27.15;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	9446932	rs61916249	G	C	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.54;QD=27.81;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr12	9447484	rs77482466	C	T	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.44;MQRankSum=-7.175;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.779;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
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chr12	9458891	rs370295997	A	G	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.30;QD=31.83;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	9462680	.	GTAA	G	2346.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.65;QD=44.28;SOR=1.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	9462681	.	T	TGCC	1123	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=23;MQ=49.56;NF=3;NR=18;PP=1123;QD=57.0940122098;SC=TTTCTGTGGGTAATACCTCAT;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=21;WE=9462694;WS=9462671;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:15,21:0.58:36
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chr12	9462709	rs2889720	A	G	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=85;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=20;PP=876;SC=CCAGGCACAGAGGCGGAGGAG;SOR=1.075;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=9462717;WS=9462699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr12	9463077	rs10771513	A	C	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=69;PP=1803;SC=GCCTGGCCTCAGGCAGCAAAG;SOR=1.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=31;TCR=69;TR=100;WE=9463085;WS=9463067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	9463105	rs11050177	A	G	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.25;QD=31.76;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr12	9463806	rs10771515	T	C	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=27;PP=843;SC=CTGTTTCTTCTCCTCCTACGA;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=9463814;WS=9463796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr12	9464126	rs201695391	A	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=8.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQRankSum=-1.762;QD=0.88;ReadPosRankSum=-2.580;SOR=1.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,16:0.12:128
chr12	9464178	rs112191067	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQRankSum=-5.585;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.104;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,61:0.18:346
chr12	9464241	rs61917427	C	A	2644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FS=4.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQRankSum=-14.037;QD=5.24;ReadPosRankSum=4.199;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:335,170:0.34:505
chr12	9464271	.	C	CGTT	3622.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DP=476;ExcessHet=3.0103;FS=8.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-17.125;QD=7.82;ReadPosRankSum=-3.307;SOR=1.087;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:346,117:0.25:463
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chr12	9555042	rs201838140	T	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=17.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.19;MQRankSum=-4.247;QD=1.14;ReadPosRankSum=-0.675;SOR=4.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,7:0.11:61
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chr12	9555201	rs199717489	C	A	3720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.72;MQRankSum=-9.172;QD=28.84;ReadPosRankSum=0.749;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,92:0.71:129
chr12	9570971	rs7487238	G	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.792;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr12	9571547	rs61916776	C	G	3865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=74;PP=2419;SC=CAGAGGCTGGCGCTCCGAGCA;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=73;TCR=74;TR=146;WE=9571555;WS=9571537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr12	9571599	rs73242993	C	A	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.286;NF=22;NR=30;PP=528;ReadPosRankSum=2.912;SC=GGCGACCCCCCCTCACCTTCC;SOR=0.529;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=142;TCF=63;TCR=79;TR=52;WE=9571607;WS=9571589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,53:0.36:147
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chr12	9572244	rs7305608	A	G	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=26;PP=705;SC=CAGCTGCTCCATTCTACCCCT;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=9572252;WS=9572234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	9572788	rs145731114	C	CGCACCTGGAT	3484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=30;PP=2900;SC=GCATGACGCCCGCACCTGGAA;SOR=4.202;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=5;TCR=72;TR=32;WE=9572796;WS=9572778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
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chr12	9572871	rs10843741	T	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.405;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.93;MQRankSum=-0.309;QD=6.31;ReadPosRankSum=-2.071;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
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chr12	9573130	rs7358608	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.150;NF=6;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=1.568;SC=GGCAGCCAGACGGCCCAGCAG;SOR=1.863;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=7;WE=9573138;WS=9573120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr12	9573223	rs4763936	C	A	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQRankSum=0.223;QD=12.08;ReadPosRankSum=0.381;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
chr12	9573224	rs7358609	C	T	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQRankSum=-0.214;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.200;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,35:0.42:84
chr12	9573287	rs375873947	AAGGAAGGG	A	1168.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.09;MQRankSum=0.031;QD=24.35;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr12	9573291	rs67766754	AAGGG	A	400.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.10;MQRankSum=-1.357;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.790;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr12	9573304	.	AG	A	891	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=6;HapScore=3;MGOF=22;MMLQ=27;MQ=56.66;NF=2;NR=24;PP=891;QD=34.9615384615;SC=GGAGGGAGGGAGGGAGCCCCC;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=26;WE=9573317;WS=9573277;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,26:0.90:29
chr12	9573309	.	G	GCCC	591.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=0.640;QD=13.15;ReadPosRankSum=-0.012;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr12	9573338	rs4763950	G	A	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.45;QD=33.45;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	9574002	rs10771709	C	T	6269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=129;NR=94;PP=2965;SC=GCAGGTCTCTCTTCTGGAACG;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=129;TCR=94;TR=223;WE=9574010;WS=9573992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr12	9574042	rs7298124	C	A	2872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-1.338;NF=74;NR=61;PP=1602;ReadPosRankSum=-1.309;SC=GGAGACCCCGCTGCAGATGAC;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=328;TCF=178;TCR=150;TR=135;WE=9574050;WS=9574026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,150:0.43:352
chr12	9574119	rs4764050	A	G	6762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=106;NR=123;PP=2965;SC=CCGAAAACTGAAGATGCAGGT;SOR=0.876;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=106;TCR=123;TR=229;WE=9574127;WS=9574109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr12	9574343	.	G	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.122;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=9.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQRankSum=2.059;QD=7.19;ReadPosRankSum=-1.819;SOR=1.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr12	9574343	.	GT	AG	54	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=26;MQ=52.16;NF=4;NR=4;PP=54;QD=13.4334843578;SC=CGCAGTATGAGTTATTACCCA;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=8;WE=9574352;WS=9574333;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,8:0.32:25
chr12	9574344	rs4237949	T	G	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.950;NF=16;NR=8;PP=336;ReadPosRankSum=-0.326;SC=GCAGTATGAGTTATTACCCAC;SOR=0.746;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=24;WE=9574352;WS=9574333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr12	9574480	rs7132464	T	C	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.09;QD=29.36;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr12	9577310	rs7296629	A	C	2781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=64;PP=1941;SC=AAGGGGGTCCACAGTTGAGTC;SOR=1.125;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=106;WE=9577318;WS=9577300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	9578197	rs76671194	A	T	8200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.860;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=10.457;NF=172;NR=179;PP=2962;ReadPosRankSum=7.409;SC=GGGCTGCAAGAGCTGCACAGA;SOR=0.322;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=473;TCF=217;TCR=256;TR=351;WE=9578205;WS=9578187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,368:0.81:457
chr12	9580203	rs58705479	G	C	5557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.95;QD=26.22;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr12	9580395	rs61914681	C	G	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.78;QD=40.65;SOR=4.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	9581584	rs4763564	C	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQRankSum=3.330;QD=12.51;ReadPosRankSum=-1.884;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr12	9581791	rs4763566	T	C	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.130;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-1.245;NF=15;NR=20;PP=377;ReadPosRankSum=-0.058;SC=ATCAGGTTCTTGGCCTTCAAA;SOR=0.456;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=35;WE=9581799;WS=9581781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr12	9582244	rs201653123	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.39;MQRankSum=1.379;QD=4.29;ReadPosRankSum=1.027;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr12	9583216	rs3864916	T	C	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.24;QD=42.23;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	9583221	rs3864915	G	A	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.95;QD=42.23;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	9583324	rs4012577	G	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.23;MQRankSum=1.811;QD=11.09;ReadPosRankSum=-0.746;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr12	9585487	rs56309949	G	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.81;MQRankSum=-1.673;QD=1.83;ReadPosRankSum=-1.815;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr12	9585598	rs200479049	T	C	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.91;QD=24.54;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	9586746	rs201559465	T	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=3.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.88;MQRankSum=-5.071;QD=1.56;ReadPosRankSum=2.806;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,24:0.19:124
chr12	9590052	rs149680272	G	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.62;MQRankSum=1.385;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.883;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr12	9590197	rs61914700	T	C	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.16;QD=26.35;SOR=1.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	9590651	.	A	ACTGAGTAAC	1859.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=4.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.04;MQRankSum=-8.838;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.418;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,59:0.23:255
chr12	9707317	rs200514101	T	C	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=33.00;QD=23.79;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	9707329	rs201854834	G	T	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=33.00;QD=23.79;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	9713413	rs200950634	A	G	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.01;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	9713438	rs76076453	T	C	242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.94;QD=24.28;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	9751035	rs3072716	C	CAT	2166.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=10;PP=1623;SC=AATGCACAGACATTAATATGG;SOR=2.448;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=34;WE=9751043;WS=9751025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr12	9754221	rs3072720	A	AAAAC	4563.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.33;MQRankSum=0.313;QD=42.26;ReadPosRankSum=-0.719;SOR=1.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,106:0.98:108
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chr12	9832882	rs2114873	T	C	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.15;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	9840773	rs7310460	T	A	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=5;NR=11;PP=292;SC=TTTAGACATCTGCTTTTACAT;SOR=1.061;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=16;WE=9840781;WS=9840763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	9906067	rs1051065	T	C	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.600;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=120;ReadPosRankSum=0.441;SC=TAAGTGAACATGTTTCCTTAT;SOR=1.863;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=8;WE=9906075;WS=9906057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr12	9906324	rs111791571	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.119;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=0.463;SC=TCATAGACTAATCTGTAGAGA;SOR=0.111;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=9;WE=9906332;WS=9906314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr12	9906350	rs57931161	GA	G	207.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=11;PP=226;SC=GACAAGAATTGAAAAAAAAAT;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=9906358;WS=9906340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	9980243	rs2232543	A	G	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	9994445	rs33911869	GTGT	G	1753.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=12;PP=764;SC=ACCAAGGGAAGTGTTGTTATT;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=9994455;WS=9994435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	10015082	rs253147	G	A	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	10015177	rs253146	A	G	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=9;PP=447;SC=TCATACCTGAAAAATAAAAAT;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=10015185;WS=10015167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	10041364	rs1797517	G	A	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=24;PP=893;ReadPosRankSum=0.311;SC=GAATGTAAACGTCAGCAGTCT;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=77;TCR=40;TR=70;WE=10041372;WS=10041354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,86:0.63:137
chr12	10046052	rs576601	C	A	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=29;PP=949;ReadPosRankSum=-0.886;SC=CAGTTTAAAACCTGGACATTT;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=81;TCR=54;TR=74;WE=10046060;WS=10046042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,81:0.52:155
chr12	10051433	rs1407899	A	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.823;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=286;ReadPosRankSum=0.249;SC=GGATGAAGACAGATTTAACTG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=17;WE=10051441;WS=10051423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr12	10069302	rs526680	C	T	7908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=169;NR=100;PP=2965;SC=AACTCACCAACCATTGAATGT;SOR=1.186;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=169;TCR=100;TR=269;WE=10069310;WS=10069292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr12	10074626	rs688577	C	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.779;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=133;ReadPosRankSum=0.722;SC=TTTATACAAACAATCTCTGAA;SOR=1.650;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=11;WE=10074634;WS=10074616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr12	10124336	rs2984956	T	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=110;ReadPosRankSum=0.436;SC=ATAGAAGTGGTTATAGACTTG;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=9;WE=10124344;WS=10124326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr12	10124373	rs2961542	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=-0.842;SC=GATATAGTTACTATTCAACTT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=10124381;WS=10124363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr12	10131684	rs607567	T	G	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=41;PP=953;ReadPosRankSum=-1.439;SC=CCCCTGTTTTTGTCAAGAGGA;SOR=0.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=64;TCR=87;TR=71;WE=10131692;WS=10131674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,79:0.45:174
chr12	10131939	rs536947	C	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=276;ReadPosRankSum=-0.767;SC=GTGGAGTTCACGTAACTTTGA;SOR=1.532;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=17;WE=10131947;WS=10131929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
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chr12	10146005	rs11412323	C	CA	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.440;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
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chr12	10146236	rs617956	C	T	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=546;ReadPosRankSum=1.274;SC=GGTCAGGACTCAGATGAACTG;SOR=0.715;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=131;TCF=79;TCR=52;TR=47;WE=10146244;WS=10146226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,56:0.37:151
chr12	10146470	rs542700	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=0.397;SC=TTTATTTGGAGAATACCTGCA;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=15;WE=10146478;WS=10146460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr12	10147850	rs521040	T	C	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.181;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=553;ReadPosRankSum=-0.374;SC=GTACTCCTATTGTAAACATAA;SOR=0.449;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=119;TCF=54;TCR=65;TR=55;WE=10147858;WS=10147840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,62:0.48:130
chr12	10148031	rs522837	T	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=0.000;SC=AAAAAAAACTTATAGGACACA;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=7;WE=10148039;WS=10148021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr12	10149406	rs581949	T	C	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.937;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr12	10149657	rs582968	T	C	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=741;ReadPosRankSum=-1.092;SC=TACATTTTCTTCACATTCAAT;SOR=0.720;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=108;TCF=54;TCR=54;TR=52;WE=10149665;WS=10149647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,55:0.46:120
chr12	10149851	rs583903	C	T	3418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.92;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	10150974	rs2273986	A	G	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=2.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-2.110;QD=11.92;ReadPosRankSum=-0.636;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,86:0.58:148
chr12	10151642	rs612593	T	C	4297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=93;NR=62;PP=2204;SC=TTACCGGAGATGAGAGCTGGT;SOR=1.077;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=93;TCR=62;TR=155;WE=10151650;WS=10151632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	10151762	rs11379994	T	TC	3745.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.952;NF=6;NR=40;PP=1543;ReadPosRankSum=0.252;SC=AGTTTCCAACTTTACAATTTC;SOR=0.656;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=111;TCF=15;TCR=96;TR=46;WE=10151770;WS=10151752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,117:0.53:221
chr12	10163375	rs1359082	C	A	2521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.93;ReadPosRankSum=-1.488;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,64:0.56:115
chr12	10163379	rs1359083	C	T	2521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.01;ReadPosRankSum=-0.622;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,66:0.55:120
chr12	10163583	rs590429	A	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.980;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=68;ReadPosRankSum=-0.563;SC=ATAGTTGTGGAATGTATTAGA;SOR=0.069;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=8;WE=10163591;WS=10163573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr12	10165469	rs476474	A	G	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	10165593	rs620449	T	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.215;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=215;ReadPosRankSum=-0.231;SC=CGTCTGATACTTTTCTGCTGT;SOR=1.376;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=15;WE=10165601;WS=10165583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr12	10167277	rs637790	G	C	3418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	10206925	rs7315231	A	G	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr12	10215582	rs10772230	G	A	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=3;PP=493;SC=GTGAGGCAAGGGGCTTTTTGG;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=10215590;WS=10215572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	10217326	rs10622534	C	CTT	4120.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=17;PP=1819;SC=ATTTTTGTCTCATAGGATTTT;SOR=1.154;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=37;WE=10217334;WS=10217316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	10241541	rs11376074	A	AT	369.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=133;SC=TTGGCAACTGATTTTTTTTTT;SOR=3.258;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=8;WE=10241561;WS=10241531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	10241553	rs5008763	C	A	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.83;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	10241593	rs1352477	A	T	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=4;PP=516;SC=GTTGCCATTTAAAAAAAGATA;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=10241601;WS=10241583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	10241829	rs2277416	G	T	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=46;PP=1384;SC=GCTCTGCAGGGAACAGAAGAG;SOR=1.203;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=81;WE=10241837;WS=10241819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	10245158	rs11347002	GA	G	139.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=64;SC=AAGTAGTAATGAAATGAAATG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=10245166;WS=10245148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	10245237	rs11444183	G	GT	44.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	10251256	rs10706436	GA	G	136	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9767;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=73;ReadPosRankSum=0.323;SC=GAATATAACTGAAAAAAAAAA;SOR=1.085;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=6;WE=10251264;WS=10251246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr12	10251287	rs6488257	C	T	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=7;PP=381;SC=TGTCACAGGGCGAGTAATTGG;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=10251295;WS=10251277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	10251385	rs3816845	T	C	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.21;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	10251445	rs2306894	C	G	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.01;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	10271055	rs7959451	T	C	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=31;PP=911;ReadPosRankSum=-2.152;SC=CCACCCTTCCTCTTACATTGA;SOR=0.603;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=163;TCF=94;TCR=69;TR=71;WE=10271063;WS=10271045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,81:0.46:175
chr12	10275684	rs11053608	T	G	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr12	10279513	rs35532667	T	TA	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=-1.429;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr12	10312878	rs2634156	C	T	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=21;PP=950;SC=AGGCAGTGACCTCACTAGCAG;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=58;WE=10312886;WS=10312868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	10332291	rs2130007	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=-3.310;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr12	10370763	rs73058099	A	G	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=389;ReadPosRankSum=-1.484;SC=GCCTTCCCTGACCCTTCCTCC;SOR=0.823;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=30;WE=10370771;WS=10370753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,39:0.45:86
chr12	10373324	rs7301041	T	A	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	10460543	rs2302489	A	T	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=14;PP=1196;SC=TTCATTCTCTATTTTTGCTAA;SOR=1.778;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=61;WE=10460551;WS=10460533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	10461883	rs10734825	A	G	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=13;PP=960;SC=CTCCGTTATCAAATGAAAGAA;SOR=2.157;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=56;WE=10461891;WS=10461873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
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chr12	10462431	rs7980604	G	A	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=211;SC=ATTTTACATTGCTCAATCTAA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=10462439;WS=10462421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr12	10525740	rs1049172	C	T	5676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr12	10532111	rs2255353	T	G	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=14;PP=435;SC=TATTAAAAGTTTGTATTGTTA;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=10532119;WS=10532101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	10532326	rs2255336	T	C	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	10532434	rs2617151	A	G	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	10560824	rs2617169	T	A	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=134;SC=TTATGGCTCATTGTTATAGTT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=10560832;WS=10560814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	10560957	rs2617170	T	C	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	10562025	rs1841957	C	T	4479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=48;PP=2493;SC=CTTGATGATCCGAAGAAGCAT;SOR=1.186;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=97;TCR=48;TR=145;WE=10562033;WS=10562015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr12	10562089	rs1841958	A	C	5552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=101;NR=89;PP=2965;SC=TGAAATGGAGATTTTATTGCC;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=101;TCR=89;TR=190;WE=10562097;WS=10562079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr12	10570965	rs2682495	C	G	4534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.77;QD=26.36;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr12	10571042	rs2741882	A	G	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=50;PP=1727;SC=TACCAATGTAATAACAACTGT;SOR=1.000;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=92;WE=10571050;WS=10571032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	10571091	rs2682494	T	G	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=34;PP=1242;SC=ATGGCCACAATGACGTGCTAA;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=56;WE=10571099;WS=10571081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	10571106	rs2682493	G	C	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=30;PP=1131;SC=TGCTAATAAAGATATGAATTA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=10571114;WS=10571096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	10571158	rs10743890	C	T	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=19;PP=1180;SC=AAAATTAGTTCACATATTTGC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=55;WE=10571166;WS=10571148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	10571177	rs4394921	A	G	2964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=23;PP=1434;SC=GCAACAGTATAAACATATATG;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=65;WE=10571185;WS=10571167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	10571504	rs4579992	C	T	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.91;QD=41.93;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	10571514	rs4275705	C	G	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.81;QD=43.24;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	10571536	rs33947579	A	AT	341.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.36;QD=26.29;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	10571622	rs4093355	G	A	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.17;QD=24.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	10572544	rs143188402	T	C	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.50;QD=26.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	10572687	rs2682492	G	T	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=46.41;NF=2;NR=3;PP=83;SC=AACTCTGGCCGCTAAATCTAC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=10572695;WS=10572677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	10572839	rs2253365	A	T	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=370;SC=ATATTAGAATATTAGATCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=10572847;WS=10572829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	10572982	rs2741881	A	G	4521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.99;QD=26.60;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr12	10573094	rs2682491	C	G	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=5.601;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.32;MQRankSum=1.776;QD=42.78;ReadPosRankSum=-0.659;SOR=2.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr12	10573094	.	CA	GG	2808	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=23;MQ=42.26;NF=27;NR=44;PP=2808;QD=20;SC=CCTTTGCTGCCACTTTGGGTC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=71;WE=10573103;WS=10573084;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:12,71:0.86:83
chr12	10573095	rs2682490	A	G	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=5.643;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.06;MQRankSum=1.741;QD=44.72;ReadPosRankSum=-0.701;SOR=2.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr12	10573145	rs2682489	C	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=23.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.88;MQRankSum=0.191;QD=21.49;ReadPosRankSum=-1.565;SOR=5.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr12	10573211	rs10734829	A	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.87;MQRankSum=-0.566;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr12	10583611	rs3003	C	T	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=2;PP=328;SC=ATTTTTGTATCAGAGCAAATA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=10583619;WS=10583601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	10583696	rs2981593	C	T	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=23;PP=1151;SC=TGATGCACTGCAAACGCAAAT;SOR=1.276;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=65;WE=10583704;WS=10583686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	10586946	rs113946028	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=9.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.82;MQRankSum=-3.887;QD=4.45;ReadPosRankSum=-2.879;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,13:0.16:80
chr12	10586956	rs72475445	C	G	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=4.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.26;MQRankSum=-1.986;QD=4.91;ReadPosRankSum=-2.613;SOR=1.224;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,23:0.22:104
chr12	10586961	rs1356930	T	C	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.942;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.263;NF=50;NR=28;PP=2962;ReadPosRankSum=2.754;SC=TCTTTCTTTATAAATATTTAT;SOR=0.439;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=104;TCF=71;TCR=33;TR=78;WE=10586969;WS=10586936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,85:0.75:113
chr12	10586978	rs144149096	A	AT	854.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.392;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.519;NF=16;NR=12;PP=884;ReadPosRankSum=-2.298;SC=TTATGGCTGAATTTATGGCTT;SOR=1.125;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=28;WE=10586986;WS=10586968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,46:0.31:149
chr12	10587111	rs61917677	A	G	5126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=100;PP=2965;SC=ATTCGGGGAAAAATTGTTCTG;SOR=1.121;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=72;TCR=100;TR=172;WE=10587119;WS=10587101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr12	10587158	rs35801775	A	T	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.039;NF=11;NR=25;PP=541;ReadPosRankSum=-0.845;SC=AATGATTTTTATAAAAACTGA;SOR=0.522;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=36;WE=10587166;WS=10587142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,38:0.49:78
chr12	10587631	rs144960284	C	T	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.27;MQRankSum=1.825;QD=25.22;ReadPosRankSum=1.927;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr12	10588530	rs75545535	C	G	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=9.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQRankSum=1.303;QD=6.32;ReadPosRankSum=1.119;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,67:0.39:172
chr12	10588581	rs28403159	T	C	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=5.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.698;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.934;NF=17;NR=39;PP=977;ReadPosRankSum=-3.059;SC=TCTTTGTTTATTCATCTCTGC;SOR=2.208;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=115;TCF=48;TCR=67;TR=56;WE=10588589;WS=10588571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,48:0.43:112
chr12	10588647	rs28730284	A	G	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=4.160;NF=4;NR=16;PP=290;ReadPosRankSum=-0.193;SC=GAAGCTATAAATGGTGTATAT;SOR=0.404;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=20;WE=10588655;WS=10588637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr12	10594848	rs78547237	C	A	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.69;QD=22.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	10599427	rs4763533	C	T	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=137;SC=GAGTAGTCCCCCTTCATCCAC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=10599435;WS=10599417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	10602077	rs2734440	C	T	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=20;PP=615;SC=TAAACCTATACGTATGCAACA;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=10602085;WS=10602067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	10603670	rs2253849	T	C	3111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=39;PP=1675;SC=TAAAATGGAGTTTTTATTGCC;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=62;TCR=39;TR=100;WE=10603678;WS=10603660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	10658507	rs10845152	G	A	6469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr12	10659228	rs11053826	A	T	7335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=131;NR=111;PP=2965;SC=AGTAAAGAAAATTCCAGTACC;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=131;TCR=111;TR=242;WE=10659244;WS=10659218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr12	10659438	rs10772299	T	C	3230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=54;PP=2091;SC=CATGTGTAAATCAATCTTTTC;SOR=0.896;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=52;TCR=54;TR=106;WE=10659446;WS=10659428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	10659964	rs10772300	C	G	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=486;SC=CTGGAAGTTGCAATTTCTCTT;SOR=4.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=10659972;WS=10659954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	10675250	rs7980396	G	C	5172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr12	10675295	rs10845155	G	A	4241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr12	10746385	rs2244387	G	A	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=5;PP=251;SC=CTCACTCTGGGCTCCAGCCTG;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=10746393;WS=10746375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	10748314	rs2168749	C	T	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	10748403	rs2682484	A	T	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	10759032	rs10772333	T	C	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	10760328	rs3947920	G	A	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.22;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	10760335	rs2125090	T	A	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.55;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	10760380	rs2125089	G	A	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	10762069	rs7311796	G	A	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=18;PP=535;SC=AGGGATGCAAGTAAGAATTTT;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=10762077;WS=10762059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	10763236	rs10845182	G	C	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.63;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	10763419	rs72054859	CTAGACATG	C	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=6;PP=1323;SC=AAGATCATTGCTAGACATGTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=10763448;WS=10763409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	10763440	rs12811247	G	T	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=147;SC=GACAATAAATGTTTGCTGGTT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=10763448;WS=10763409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	10766244	rs10772335	A	C	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=70;PP=1838;SC=TTCCTCCTGCAGTGCAGCCCT;SOR=1.479;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=38;TCR=70;TR=108;WE=10766252;WS=10766234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	10774698	rs2900467	A	G	255.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=206;SC=ACTACATACAATTCAGTTGCT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=10774706;WS=10774688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	10775195	rs1078437	T	C	2753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.379;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=61;PP=1668;ReadPosRankSum=1.033;SC=CACGCTTGCATATTTGCATAC;SOR=0.657;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=355;TCF=186;TCR=169;TR=132;WE=10775203;WS=10775185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,147:0.38:385
chr12	10782115	rs3759259	T	C	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=365;ReadPosRankSum=0.796;SC=CAGAGAAAGCTGAGCAGGTCC;SOR=0.969;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=24;WE=10782123;WS=10782105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr12	10783729	rs2290717	A	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-1.109;SOR=1.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr12	10784021	rs2168746	G	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=-2.166;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	10786757	rs5796407	T	TGAA	3426.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=32;PP=1849;SC=GAGAAGAGAATGAAGAAGCCT;SOR=1.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=34;WE=10786765;WS=10786747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	10786797	rs2252664	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=214;ReadPosRankSum=-1.118;SC=TTCCCCTACCCGCCAGCTCTC;SOR=1.347;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=12;WE=10786805;WS=10786787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr12	10854878	rs3782670	A	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-0.340;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr12	10856219	rs2418102	C	T	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=4.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-1.371;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,36:0.31:118
chr12	10856255	rs2418103	A	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.606;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,40:0.31:130
chr12	10856799	rs7963247	T	C	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=221;ReadPosRankSum=0.791;SC=GGGGATAAGATACAGTGCATA;SOR=1.291;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=21;WE=10856807;WS=10856789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr12	10865971	rs2305848	G	C	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=-1.246;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,47:0.46:103
chr12	10870900	rs11309033	AC	A	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=299;ReadPosRankSum=0.709;SC=TCCACAGGCCACCCACCTTCC;SOR=0.250;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=9;WE=10870908;WS=10870890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr12	10871667	rs33016	A	G	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=32;NR=26;PP=856;SC=GCAAATATACACACACACATA;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=58;WE=10871675;WS=10871657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	10954383	rs3759251	T	A	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=24;PP=839;ReadPosRankSum=1.391;SC=GCTAATTCCGTCTCTGGCATA;SOR=0.558;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=143;TCF=88;TCR=55;TR=59;WE=10954391;WS=10954373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,60:0.41:148
chr12	10954541	.	C	T	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.416;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=39;PP=974;ReadPosRankSum=1.057;SC=CCTGATATGTCTCCGCAGGGA;SOR=0.764;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=165;TCF=77;TCR=88;TR=73;WE=10954549;WS=10954531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,77:0.44:175
chr12	10954632	rs76112700	C	A	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.345;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=1000;ReadPosRankSum=-0.890;SC=TTGGTAGAAGCATGTTGAGTT;SOR=0.559;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=182;TCF=101;TCR=81;TR=68;WE=10954640;WS=10954622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,70:0.37:190
chr12	10954916	rs77050900	A	G	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=20;PP=763;ReadPosRankSum=-0.639;SC=GAAGAAGTCAATGATTCTCAT;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=116;TCF=72;TCR=44;TR=54;WE=10954924;WS=10954906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,63:0.48:130
chr12	10958658	rs2537817	T	C	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=224;SC=TTTCATATCATGCAGGCAATT;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=10958666;WS=10958648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	10959031	rs1548803	C	T	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.372;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=964;ReadPosRankSum=0.687;SC=TAAAGAGAGTCAAGGGTTCAA;SOR=1.115;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=110;TCF=65;TCR=45;TR=64;WE=10959039;WS=10959021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,70:0.56:125
chr12	10959438	rs74611066	G	A	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.482;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,31:0.41:76
chr12	10961978	rs77609577	C	T	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.975;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=400;ReadPosRankSum=0.271;SC=ATGATCACTGCCTTTATGGCC;SOR=0.596;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=25;WE=10961986;WS=10961968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr12	10962115	rs3741845	A	G	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=42;PP=1637;SC=GGGAACCATCACCCCCAGGTT;SOR=0.758;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=104;WE=10962123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	10962140	rs149488505	T	C	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.544;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=356;ReadPosRankSum=-0.342;SC=GTTAACTGTTTGAAAGTACCT;SOR=0.502;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=38;WE=10962148;WS=10962130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,45:0.40:113
chr12	10978402	rs597468	G	A	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=22;PP=847;SC=GTCATTCTTCGTTTTATAATC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=45;WE=10978410;WS=10978392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	10999708	rs1047699	T	C	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=491;ReadPosRankSum=-0.134;SC=TCTGTCCCTCTGGAAGAATGA;SOR=0.633;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=48;WE=10999716;WS=10999698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,56:0.60:93
chr12	10999780	rs1063193	C	T	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.66;ReadPosRankSum=-1.517;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,69:0.66:105
chr12	11001074	.	T	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=373;ReadPosRankSum=0.546;SC=TAGTGGTCTATAGGGAAAGGG;SOR=0.557;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=28;WE=11001082;WS=11001064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,33:0.66:50
chr12	11001876	rs2232958	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=105;ReadPosRankSum=1.829;SC=CCTGCTCTTCCGCTGCAGTGG;SOR=0.714;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=10;WE=11001884;WS=11001866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr12	11035274	rs28607516	G	T	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.89;QD=26.27;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	11035368	rs11054060	T	G	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=22;PP=829;SC=CTCTCTGTCTTCACCACACGG;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=11035376;WS=11035358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	11035482	rs10845228	T	C	3180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=37;PP=1607;SC=GATGAAAAATTGAATTTCTTT;SOR=1.034;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=65;TCR=37;TR=101;WE=11035490;WS=11035472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	11035533	rs10845229	G	A	5241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=25.82;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr12	11061122	rs1015443	T	C	3580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=52;PP=2108;SC=GATCACTGTGTTCTGATACAG;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=63;TCR=52;TR=115;WE=11061130;WS=11061112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	11083356	rs116998526	A	G	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=12.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.60;MQRankSum=-1.973;QD=4.89;ReadPosRankSum=-3.588;SOR=1.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,56:0.28:200
chr12	11083677	rs10772391	T	C	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.21;QD=24.60;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr12	11174261	rs75441696	C	G	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=1.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-1.876;QD=7.34;ReadPosRankSum=-3.734;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,50:0.22:228
chr12	11174264	rs77074409	C	A	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-1.841;QD=7.15;ReadPosRankSum=-3.517;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,54:0.23:239
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chr12	11174302	rs72475480	A	G	1790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.846;HP=2;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.850;NF=55;NR=48;PP=1406;ReadPosRankSum=-1.487;SC=AACTGAAAGAAAGGTCTGTTT;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=353;TCF=192;TCR=161;TR=103;WE=11174310;WS=11174292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,111:0.29:382
chr12	11174327	rs72475481	C	T	1976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=1.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-3.780;QD=4.87;ReadPosRankSum=4.508;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,121:0.30:406
chr12	11174372	rs74772077	C	G	4229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=3.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-5.911;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.670;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,124:0.34:368
chr12	11174380	rs76970958	C	T	4087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=3.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=-5.525;QD=13.19;ReadPosRankSum=-0.857;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,110:0.35:310
chr12	11174390	rs74992161	G	A	3484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=6.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-5.750;QD=12.67;ReadPosRankSum=-0.773;SOR=1.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,93:0.34:275
chr12	11174397	rs76455106	T	A	2845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=8.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=-6.038;QD=11.16;ReadPosRankSum=0.379;SOR=1.176;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,81:0.32:255
chr12	11174416	rs112900131	A	G	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.734;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.121;NF=22;NR=38;PP=796;ReadPosRankSum=-1.212;SC=CTGTGTCCTAAGATTCCAAGT;SOR=1.188;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=191;TCF=86;TCR=105;TR=60;WE=11174424;WS=11174406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,60:0.31:196
chr12	11174466	rs199592952	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=13.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQRankSum=-5.819;QD=5.18;ReadPosRankSum=-2.087;SOR=2.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,16:0.21:78
chr12	11174467	.	A	C	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.402;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=12.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQRankSum=-6.008;QD=4.82;ReadPosRankSum=-1.744;SOR=2.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,13:0.17:75
chr12	11174476	rs200081075	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=21.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQRankSum=-8.455;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.734;SOR=4.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,8:0.11:73
chr12	11174478	.	C	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=21.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQRankSum=-8.514;QD=1.39;ReadPosRankSum=-1.046;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,8:0.11:74
chr12	11174753	rs1868769	G	A	3461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=49;PP=2210;SC=TTACAAATCAGAAATACCAAG;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=62;TCR=49;TR=111;WE=11174761;WS=11174743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	11175087	rs12313469	G	A	2218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.020;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-1.932;NF=43;NR=35;PP=1118;ReadPosRankSum=0.570;SC=CATTTACTAGGGCTATGAAGC;SOR=0.440;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=78;WE=11175095;WS=11175077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,91:0.62:146
chr12	11182989	rs11522329	T	C	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FS=3.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQRankSum=-15.747;QD=2.55;ReadPosRankSum=1.793;SOR=0.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:385,114:0.23:499
chr12	11182998	rs200315131	CA	TC	7073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FS=4.242;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQRankSum=-17.594;QD=13.84;ReadPosRankSum=3.945;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:318,193:0.38:511
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chr12	11183042	rs3759246	C	G	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FS=2.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-5.042;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.912;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:445,68:0.13:513
chr12	11183046	rs201730548	C	T	5712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FS=7.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQRankSum=-17.381;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.543;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:340,161:0.32:501
chr12	11183052	rs199894662	G	A	5306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FS=6.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQRankSum=-16.277;QD=11.32;ReadPosRankSum=-1.621;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:325,144:0.31:469
chr12	11183066	rs138895028	A	T	4083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.895;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-12.464;NF=56;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.981;SC=AACTGAAAGAAAAGTCTGCTT;SOR=1.232;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=472;TCF=235;TCR=237;TR=143;WE=11183074;WS=11183025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,122:0.26:470
chr12	11183107	.	T	C	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=13.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQRankSum=-8.801;QD=1.49;ReadPosRankSum=-3.390;SOR=1.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:359,46:0.11:405
chr12	11183108	rs12318612	G	C	3927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.524;NF=93;NR=98;PP=2175;ReadPosRankSum=-0.370;SC=CAGGATGAATGGGTGGATTGA;SOR=0.668;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=406;TCF=193;TCR=213;TR=191;WE=11183116;WS=11183098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,194:0.48:403
chr12	11183114	.	AT	GC	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.186;ClippingRankSum=0.000;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=20.198;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQRankSum=-8.607;QD=0.91;ReadPosRankSum=-2.119;SOR=2.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:373,36:0.09:409
chr12	11183121	.	G	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.358;ClippingRankSum=0.000;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=28.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQRankSum=-9.315;QD=0.19;ReadPosRankSum=-2.180;SOR=3.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:375,30:0.07:405
chr12	11183123	rs201103714	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=25.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQRankSum=-9.037;QD=0.14;ReadPosRankSum=-2.249;SOR=3.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:375,29:0.07:404
chr12	11183217	rs10772423	C	T	2946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.791;NF=64;NR=73;PP=2068;ReadPosRankSum=1.043;SC=AGAAAGTAAACGGCACATAAC;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TCR=135;TR=137;WE=11183225;WS=11183207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,137:0.51:271
chr12	11183255	rs10845293	G	A	2754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.677;NF=54;NR=64;PP=1705;ReadPosRankSum=-1.905;SC=AGTTTGCAAAGCTTTTATGTG;SOR=0.620;SbPval=0.55;Source=Platypus;TCR=112;TR=118;WE=11183263;WS=11183245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,126:0.57:223
chr12	11183286	rs10845294	G	C	2831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.388;NF=57;NR=52;PP=1744;ReadPosRankSum=-0.276;SC=CTGGGATCTTGAGATCCTTTA;SOR=0.586;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=186;TCF=93;TCR=93;TR=109;WE=11183294;WS=11183276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,123:0.59:208
chr12	11183451	rs10743938	A	T	6759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=127;NR=116;PP=2965;SC=TTCCAAGTCAAGTTTCCTTCA;SOR=0.769;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=245;TCF=129;TCR=116;TR=243;WE=11183459;WS=11183441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr12	11183475	rs372544509	G	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=29.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQRankSum=-15.595;QD=1.22;ReadPosRankSum=-2.947;SOR=2.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,24:0.10:245
chr12	11183484	.	CT	GA	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.341;ClippingRankSum=0.000;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=37.142;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQRankSum=-15.557;QD=1.82;ReadPosRankSum=-1.672;SOR=3.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,27:0.11:244
chr12	11183496	rs199736450	T	C	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=30.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=-15.566;QD=3.06;ReadPosRankSum=-0.331;SOR=2.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,34:0.14:245
chr12	11183506	rs115707514	T	A	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=34.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQRankSum=-15.517;QD=3.49;ReadPosRankSum=1.562;SOR=2.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,38:0.16:244
chr12	11183524	rs75159539	T	C	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=41.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQRankSum=-13.653;QD=4.61;ReadPosRankSum=2.962;SOR=2.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,47:0.20:231
chr12	11183541	rs78152338	T	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=6.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQRankSum=-8.653;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.881;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,36:0.15:235
chr12	11183576	rs72475488	T	C	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=8.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQRankSum=-9.205;QD=6.76;ReadPosRankSum=-0.042;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,95:0.38:248
chr12	11183642	rs73049067	A	G	2631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.052;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.037;NF=51;NR=60;PP=1642;ReadPosRankSum=1.190;SC=GCTAGTAGCAAGCCAGTTGCT;SOR=1.025;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=268;TCF=133;TCR=135;TR=111;WE=11183650;WS=11183632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,127:0.43:296
chr12	11183676	rs73049072	C	T	3072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.953;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.480;NF=44;NR=60;PP=1463;ReadPosRankSum=1.647;SC=ACTGCCCAGACATTATAAGCA;SOR=1.184;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=260;TCF=132;TCR=128;TR=104;WE=11183684;WS=11183666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,118:0.40:293
chr12	11183697	rs73049074	C	A	2442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.982;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-4.904;NF=34;NR=52;PP=2602;ReadPosRankSum=-0.092;SC=GTAGTTCTTACTTCTACACTA;SOR=1.269;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=225;TCF=111;TCR=114;TR=86;WE=11183730;WS=11183687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,95:0.38:250
chr12	11183708	rs80125932	T	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=3.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-4.416;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,34:0.15:232
chr12	11183722	rs78562467	A	C	2051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.641;NF=24;NR=45;PP=2602;ReadPosRankSum=-3.941;SC=AAGCTGGATTAAACACAGTTG;SOR=1.419;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=185;TCF=87;TCR=98;TR=69;WE=11183730;WS=11183687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,73:0.37:199
chr12	11183752	rs72475489	T	C	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=13.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-7.639;QD=3.76;ReadPosRankSum=-0.665;SOR=1.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,33:0.23:141
chr12	11183793	.	G	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.676;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=32.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=-9.171;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.944;SOR=5.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,13:0.13:103
chr12	11183797	.	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=26.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQRankSum=-10.179;QD=1.41;ReadPosRankSum=1.764;SOR=4.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,11:0.10:105
chr12	11183809	.	A	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=26.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQRankSum=-10.133;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.745;SOR=4.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,10:0.10:104
chr12	11183832	rs10845295	G	A	1711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.678;NF=31;NR=36;PP=982;ReadPosRankSum=-0.495;SC=CTCTTGACCCGCTCAATGGAA;SOR=0.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=53;TCR=63;TR=67;WE=11183840;WS=11183822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,72:0.60:120
chr12	11199734	rs2597984	T	C	2473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=40;NR=46;PP=1179;SC=TTTAAAAAGCTGGCGCCTTCT;SOR=0.936;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=86;WE=11199742;WS=11199724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	11201689	rs2597986	C	T	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=10;PP=557;SC=AGTAAACCAACTCTGGACACC;SOR=1.609;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=33;WE=11201697;WS=11201679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	11201846	rs199838132	A	C	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=-6.904;QD=7.73;ReadPosRankSum=1.901;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,29:0.26:110
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chr12	11201962	rs2597987	T	C	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=18;PP=816;SC=TTTAAATGTGTAGTAACATTT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=11201970;WS=11201940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr12	11214080	.	G	A	3281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.620;ClippingRankSum=0.000;DP=478;ExcessHet=3.0103;FS=0.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQRankSum=-20.822;QD=6.88;ReadPosRankSum=2.197;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:372,105:0.22:477
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chr12	11214091	.	G	C	3444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.212;ClippingRankSum=0.000;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=0.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQRankSum=-20.876;QD=7.44;ReadPosRankSum=2.948;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:354,109:0.24:463
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chr12	11214133	rs76020872	C	T	2925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=0.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQRankSum=-18.960;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.611;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,93:0.24:385
chr12	11214137	rs76147157	C	T	2928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=0.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQRankSum=-18.754;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,91:0.24:377
chr12	11214153	.	C	T	2464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=2.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQRankSum=-17.851;QD=7.56;ReadPosRankSum=-2.939;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,72:0.22:326
chr12	11214156	.	G	T	2233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQRankSum=-17.707;QD=6.96;ReadPosRankSum=-3.633;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,72:0.22:321
chr12	11214161	.	TG	CA	2128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=1.092;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQRankSum=-17.108;QD=7.12;ReadPosRankSum=-4.120;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,64:0.21:299
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chr12	11214212	rs2708380	A	T	1982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=3.079;NF=40;NR=38;ReadPosRankSum=-0.171;SC=ACAGTTTGCAAAGCTTTTATG;SOR=0.635;SbPval=0.42;Source=Platypus;TCF=71;TR=78;WE=11214222;WS=11214202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,91:0.57:161
chr12	11214273	rs377505981	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=7.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQRankSum=-12.268;QD=0.24;ReadPosRankSum=0.987;SOR=1.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,15:0.09:170
chr12	11214299	rs376020270	T	C	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=13.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQRankSum=-14.229;QD=3.60;ReadPosRankSum=-2.567;SOR=1.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,36:0.16:224
chr12	11214324	.	C	T	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=4.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQRankSum=-14.167;QD=6.70;ReadPosRankSum=-1.043;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,58:0.20:284
chr12	11214326	.	G	C	1982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=6.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQRankSum=-14.296;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.422;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,61:0.21:285
chr12	11214330	.	G	A	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=6.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQRankSum=-14.659;QD=6.95;ReadPosRankSum=-1.335;SOR=1.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,66:0.23:293
chr12	11214336	rs371367179	A	T	2300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=6.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQRankSum=-15.059;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,69:0.23:297
chr12	11214351	.	G	C	2641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=3.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQRankSum=-15.788;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.141;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,81:0.25:320
chr12	11214360	rs73260771	C	A,T	4200.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.200;NF=67;NR=63;PP=2962;ReadPosRankSum=2.678;SC=GGATGGTTACCGTTGTATTTG;SOR=0.670;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=299;TCF=163;TCR=136;TR=130;WE=11214376;WS=11214341;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.27,0.43:322
chr12	11214363	.	T	C	3094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=4.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQRankSum=-15.703;QD=9.44;ReadPosRankSum=1.966;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,90:0.27:328
chr12	11214368	.	T	C	3311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=1.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQRankSum=-15.926;QD=9.89;ReadPosRankSum=2.631;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,93:0.28:335
chr12	11214386	rs200171449	T	G	3442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=0.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQRankSum=-15.785;QD=10.10;ReadPosRankSum=3.541;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,100:0.29:341
chr12	11214392	rs200937291	G	A	3391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQRankSum=-15.747;QD=9.98;ReadPosRankSum=3.955;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,99:0.29:340
chr12	11214437	rs72477410	T	C	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=4.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQRankSum=-15.229;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.579;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,87:0.27:327
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chr12	11214472	rs200936852	A	G	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=12.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-14.870;QD=3.97;ReadPosRankSum=-2.438;SOR=1.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,41:0.15:273
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chr12	11244102	rs199943442	G	C	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=4.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQRankSum=-8.126;QD=7.26;ReadPosRankSum=3.751;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,38:0.24:159
chr12	11244149	rs73064964	G	A	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.783;HP=3;HapScore=2;MGOF=73;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-7.535;NF=19;NR=24;PP=498;ReadPosRankSum=0.622;SC=AGTTTGCAAAGCTTTTATGTG;SOR=0.488;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=43;WE=11244157;WS=11244139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,36:0.42:86
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chr12	11244169	rs201144595	G	A	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.549;HP=1;HapScore=4;MGOF=64;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.197;NF=10;NR=22;PP=1177;ReadPosRankSum=1.214;SC=GGACCTTGGTGCTGGGATCTT;SOR=1.252;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=32;WE=11244177;WS=11244156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,27:0.33:82
chr12	11244190	rs202034865	A	G	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQRankSum=-6.321;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.882;SOR=1.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,18:0.26:69
chr12	11244194	rs71443637	T	C	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.974;HP=2;HapScore=3;MGOF=65;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=6.154;NF=23;NR=20;PP=1476;ReadPosRankSum=1.564;SC=TCCTTTACCATGGAGCTGCAT;SOR=0.293;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=43;WE=11244207;WS=11244180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,50:0.75:67
chr12	11244356	rs200257456	A	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQRankSum=-10.084;QD=1.21;ReadPosRankSum=-2.721;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,19:0.16:118
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chr12	11244378	rs201455884	C	G	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQRankSum=-10.297;QD=7.48;ReadPosRankSum=-2.805;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,37:0.27:138
chr12	11244390	rs73064966	T	C	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQRankSum=-10.433;QD=6.21;ReadPosRankSum=-1.313;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,41:0.29:140
chr12	11244432	rs111982292	A	G	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQRankSum=-9.911;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.081;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,43:0.34:128
chr12	11244435	rs111525185	T	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQRankSum=-7.460;QD=1.92;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,26:0.20:129
chr12	11244470	rs201460452	T	C	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-9.041;NF=11;NR=13;PP=356;ReadPosRankSum=-2.196;SC=CCTCTTTAAGTGAAGAAAAAT;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=24;WE=11244491;WS=11244460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,23:0.24:95
chr12	11244483	rs201210705	A	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=8.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQRankSum=-7.455;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.571;SOR=2.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,8:0.12:69
chr12	11244591	rs73064968	C	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=16.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQRankSum=-7.085;QD=2.48;ReadPosRankSum=-0.665;SOR=3.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,9:0.17:52
chr12	11244603	rs200999522	T	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=4.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQRankSum=-7.361;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.381;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr12	11244634	rs200893955	G	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.18;MQRankSum=-7.105;QD=7.64;ReadPosRankSum=2.375;SOR=1.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr12	11244646	rs201583586	T	C	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.159;HP=3;HapScore=3;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-7.005;NF=12;NR=5;PP=439;ReadPosRankSum=1.608;SC=TTAATAATAATACCCAGAGCA;SOR=1.410;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=17;WE=11244654;WS=11244624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr12	11244687	rs113197337	G	C	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-4.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-6.883;NF=14;NR=8;PP=241;ReadPosRankSum=-0.382;SC=AGAGCAGTGAGAATTTGGTCA;SOR=0.754;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=22;WE=11244695;WS=11244677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr12	11244721	rs201281372	G	C	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQRankSum=-7.722;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.388;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,18:0.29:63
chr12	11244723	rs191086711	A	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQRankSum=-7.806;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,17:0.27:64
chr12	11244725	rs68157013	C	G	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQRankSum=7.907;QD=15.52;ReadPosRankSum=0.130;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,49:0.75:65
chr12	11244730	rs199862459	AA	GG	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.839;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQRankSum=-7.878;QD=4.28;ReadPosRankSum=2.110;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,11:0.17:64
chr12	11244744	rs201819808	GT	AC	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.845;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQRankSum=-7.749;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.747;SOR=1.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,11:0.18:62
chr12	11244793	rs368569282	C	T	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQRankSum=-6.877;QD=12.55;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,35:0.35:99
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chr12	11244805	.	A	T	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQRankSum=-6.766;QD=14.55;ReadPosRankSum=-1.124;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,42:0.40:106
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chr12	11244930	.	T	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQRankSum=-2.127;QD=16.34;ReadPosRankSum=-2.433;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr12	11244936	.	T	TTG	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-2.204;QD=7.20;ReadPosRankSum=-1.387;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr12	11244938	.	ACG	A	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.761;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-2.204;QD=7.20;ReadPosRankSum=-1.527;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr12	11244944	.	AG	A	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-1.036;QD=5.87;ReadPosRankSum=-2.241;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr12	11285754	rs2600357	G	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.119;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.248;NF=15;NR=1;PP=295;ReadPosRankSum=0.075;SC=CTATATATATGTACTTTTCTA;SOR=0.120;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=16;WE=11285762;WS=11285744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr12	11285802	rs2600356	G	T	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=13;PP=834;ReadPosRankSum=-0.567;SC=AGGTATACATGTGGAAATTAT;SOR=0.654;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=71;TCR=23;TR=55;WE=11285810;WS=11285792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,55:0.57:97
chr12	11286088	rs2599404	A	C	5197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.755;SC=CCAGCCTCCCAAAATTACAAA;SOR=0.580;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=359;TCF=179;TCR=180;TR=197;WE=11286096;WS=11286078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,230:0.57:403
chr12	11286249	rs77777159	T	C	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=4.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-12.461;QD=3.04;ReadPosRankSum=2.782;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,46:0.14:318
chr12	11286274	.	C	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.518;ClippingRankSum=0.000;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=10.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-12.796;QD=1.81;ReadPosRankSum=3.262;SOR=1.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:335,40:0.11:375
chr12	11286276	.	G	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.117;ClippingRankSum=0.000;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=10.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-12.815;QD=1.67;ReadPosRankSum=2.901;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,40:0.11:376
chr12	11286280	.	G	A	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.966;ClippingRankSum=0.000;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=10.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-13.253;QD=1.68;ReadPosRankSum=2.066;SOR=1.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,40:0.11:371
chr12	11286282	.	G	A	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.400;ClippingRankSum=0.000;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=8.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-12.999;QD=1.73;ReadPosRankSum=1.934;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,39:0.11:366
chr12	11286289	.	A	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.258;ClippingRankSum=0.000;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=8.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=-14.396;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.571;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,39:0.11:370
chr12	11286309	.	G	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.272;ClippingRankSum=0.000;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=8.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQRankSum=-13.913;QD=1.07;ReadPosRankSum=-1.635;SOR=1.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:339,33:0.09:372
chr12	11286314	.	A	G	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=6.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-13.635;QD=0.91;ReadPosRankSum=-2.666;SOR=1.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:335,32:0.09:367
chr12	11286318	.	T	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=12.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-13.758;QD=0.58;ReadPosRankSum=-2.854;SOR=1.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:329,29:0.08:358
chr12	11286323	.	T	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.083;ClippingRankSum=0.000;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=19.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=-16.090;QD=0.17;ReadPosRankSum=0.385;SOR=2.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,17:0.05:344
chr12	11286713	rs113799622	A	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=24.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQRankSum=-12.456;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=3.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,20:0.13:157
chr12	11286736	rs112605675	G	C	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=3.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQRankSum=-11.539;QD=8.16;ReadPosRankSum=-1.950;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,41:0.25:165
chr12	11286745	.	AA	GG	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.424;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.646;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQRankSum=-11.709;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.567;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,44:0.25:174
chr12	11286760	.	T	C	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.154;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.69;MQRankSum=-10.671;QD=3.24;ReadPosRankSum=1.424;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,46:0.26:177
chr12	11286790	rs2600355	A	C	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=6.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.38;MQRankSum=-0.181;QD=6.79;ReadPosRankSum=-1.896;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,67:0.36:186
chr12	11286797	.	A	G	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=1.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQRankSum=-8.696;QD=6.99;ReadPosRankSum=4.780;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,41:0.23:181
chr12	11286807	rs113282241	T	C	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.45;MQRankSum=-8.056;QD=7.52;ReadPosRankSum=2.623;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,41:0.24:172
chr12	11286820	rs111958076	A	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.139;NF=22;NR=30;PP=1462;ReadPosRankSum=0.976;SC=GAATGGAAAAAATGATGGGCA;SOR=0.876;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=164;TCF=80;TCR=84;TR=52;WE=11286828;WS=11286780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,39:0.24:162
chr12	11338514	rs199861447	GAA	G	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=0.473;QD=11.43;ReadPosRankSum=1.899;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr12	11338539	rs1650016	C	A	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=7;PP=834;SC=AAACAGTGGACGTGATCCCCA;SOR=2.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=11338547;WS=11338529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	11338555	rs1669409	A	T	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=12;PP=943;SC=CCCCAAATGCACCTCGTTGAG;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=44;WE=11338563;WS=11338545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	11338613	rs1650017	CA	GG	4314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=36;PP=2947;SC=AAAGGTAAAGCATTTGGTGTT;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=94;WE=11338622;WS=11338603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	11338781	rs1669413	C	A	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	11338957	rs5020531	A	G	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=26;PP=1104;SC=GGAGGTCAGGAACAGAGAAAA;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=59;WE=11338965;WS=11338947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	11338983	rs1650019	T	C	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=25;PP=1072;SC=TAAAACTGGTTAAGCTGAGAA;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=56;WE=11338991;WS=11338973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	11339020	rs35969491	T	A	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=20;PP=913;SC=GAGTTTATCATAGAGAGTTTT;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=47;WE=11339028;WS=11339010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	11418954	rs1896551	A	G	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=19;PP=568;SC=TCATCTTCTTATTCACTTCCT;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=11418962;WS=11418944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	11421093	rs61463237	T	TGGG	4685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=52;PP=2802;SC=CTGGAGGAGGTGGACACACGG;SOR=1.418;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=2;TCR=57;TR=54;WE=11421101;WS=11421083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	11461292	rs1052808	C	G	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.68;QD=26.73;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	11461470	rs1052807	A	G	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.51;QD=26.47;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	11461706	rs12308381	G	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=8.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQRankSum=-3.477;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.240;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,19:0.17:115
chr12	11461802	rs12829245	G	A	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=0.876;QD=11.78;ReadPosRankSum=1.090;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,77:0.60:129
chr12	11461836	rs6488386	T	C	4081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=57;PP=1834;SC=GTGGGGGACATACGGCATTCA;SOR=1.250;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=46;TCR=57;TR=102;WE=11461844;WS=11461826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	11462275	rs1834857	A	G	2633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=34;PP=1439;SC=AAGGGAGTCAAAACAGATTGA;SOR=0.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=78;WE=11462283;WS=11462265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	11506211	rs76504934	A	C	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.720;NF=25;NR=17;PP=548;ReadPosRankSum=-0.384;SC=CCTGGAGGAGATCGGGCACTT;SOR=0.622;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=42;WE=11506219;WS=11506201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,44:0.64:69
chr12	11506749	.	T	C	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=3.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQRankSum=-7.903;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=1.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,31:0.17:178
chr12	11506774	rs202083397	C	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=9.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQRankSum=-7.734;QD=2.35;ReadPosRankSum=-3.665;SOR=1.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,22:0.12:181
chr12	11506785	rs201935302	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=11.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQRankSum=-5.682;QD=0.58;ReadPosRankSum=-3.666;SOR=1.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,12:0.07:163
chr12	11506893	rs10845341	C	T	4201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.94;QD=24.72;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr12	11546742	rs201044388	T	C	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.01;MQRankSum=-0.698;QD=0.73;ReadPosRankSum=-0.202;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,17:0.18:94
chr12	11546749	.	T	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=8.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQRankSum=-2.099;QD=1.20;ReadPosRankSum=-1.972;SOR=1.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,14:0.15:92
chr12	11803220	rs2856305	A	C	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.15;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	11904983	rs2724600	A	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	11992168	rs11611479	G	A	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,69:0.46:151
chr12	12006544	rs17210957	G	A	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=655;ReadPosRankSum=-0.101;SC=GACAAATCCAGGAAGTTTAAT;SOR=0.631;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=39;WE=12006552;WS=12006534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,40:0.67:60
chr12	12022316	rs371983448	A	G	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.408;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=18;PP=1110;ReadPosRankSum=-0.230;SC=CTGTCCTGCCAACTCACTGGG;SOR=0.979;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=99;TCR=33;TR=74;WE=12022324;WS=12022306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,77:0.55:141
chr12	12230938	rs1641721	C	G	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=271;ReadPosRankSum=1.124;SC=GGAAATTGAACAAAATCAGTT;SOR=1.136;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=17;WE=12230946;WS=12230928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr12	12240199	rs879732	C	T	3222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	12247594	rs11054682	A	G	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.382;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=816;ReadPosRankSum=-1.952;SC=TCTTTTGTACACAGCTGAAGA;SOR=0.943;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=113;TCF=64;TCR=49;TR=62;WE=12247602;WS=12247584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,63:0.52:122
chr12	12247616	rs11054683	T	C	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.999;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=26;PP=865;ReadPosRankSum=2.652;SC=AGATAAGGCTTTGATGGGCCA;SOR=0.819;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=127;TCF=69;TCR=58;TR=63;WE=12247624;WS=12247606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,67:0.48:140
chr12	12247921	rs71435888	AT	A	278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.780;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr12	12251711	rs2448031	C	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=327;ReadPosRankSum=0.533;SC=TAGCTGATGTCTTCCTTGCAG;SOR=0.852;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=23;WE=12251719;WS=12251701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr12	12251761	rs1797646	C	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.154;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=594;ReadPosRankSum=-0.992;SC=AACCCTCCCCCAAACTAACAT;SOR=1.096;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=41;WE=12251769;WS=12251751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr12	12252078	rs1797647	T	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.901;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=203;ReadPosRankSum=-1.557;SC=TCAGGAGAGGTCTCGTTCGTC;SOR=0.316;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=13;WE=12252086;WS=12252068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr12	12265118	rs55833207	CA	C	581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.27;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	12291479	rs2075241	G	C	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=45;PP=1425;SC=CTTGGAAAAGGAGAAAATTCA;SOR=1.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=68;WE=12291487;WS=12291469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	12301898	rs2302685	C	T	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=18;NR=12;PP=422;SC=TTTACCACAACGGCTCGAGGT;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=12301906;WS=12301888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	12483275	rs1861676	G	A	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=39;NR=39;PP=1390;SC=TTCAAAGTTAGGTTGGAGATT;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=78;WE=12483283;WS=12483265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	12483318	rs3741801	C	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.784;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=317;ReadPosRankSum=2.157;SC=AGCTGCCTTTCGAGTCCGTAG;SOR=0.992;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=26;WE=12483326;WS=12483308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,32:0.34:95
chr12	12483713	rs4763282	A	G	3850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=56;PP=2483;SC=AGTTTCTCCAAGTGATCTGAG;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=72;TCR=57;TR=128;WE=12483721;WS=12483703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	12483764	rs17375215	C	T	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,61:0.39:155
chr12	12483927	rs4763818	G	A	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=37;PP=1062;SC=GAAGGCTTATGTAACTCCATG;SOR=1.451;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=12483935;WS=12483917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	12496011	rs3741799	G	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=252;ReadPosRankSum=-0.610;SC=GGATTGCCAAGAAACCACTAT;SOR=0.582;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=18;WE=12496019;WS=12496001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr12	12510097	rs10772552	C	T	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=299;ReadPosRankSum=0.109;SC=TGCGGCAAAGCCAGTGTCATC;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=22;WE=12510105;WS=12510087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr12	12618427	rs3751261	C	T	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=17;PP=1135;SC=CCCGGCCCTGCGGAGAGGACT;SOR=1.508;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=63;WE=12618435;WS=12618417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	12618715	rs967648	T	C	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=40;PP=942;SC=CTGTAGCTGCTGCCCGGCCTG;SOR=3.180;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=48;WE=12618723;WS=12618705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	12790737	rs10845599	G	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=0.284;SC=CACTTTGGGAGGCCGAGGTGG;SOR=0.941;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=9;WE=12790745;WS=12790727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr12	12814818	rs4763862	C	T	2848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=51;PP=1679;SC=GCATCAAAGACCCACGATGCC;SOR=1.212;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=89;WE=12814826;WS=12814808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	12871099	rs2066827	T	G	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=39;PP=1107;ReadPosRankSum=0.245;SC=AGCCAGGATGTCAGCGGGAGC;SOR=0.634;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=172;TCF=89;TCR=83;TR=82;WE=12871107;WS=12871089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,84:0.46:181
chr12	12878765	rs66561220	T	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=-1.314;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr12	12879057	rs34323	G	A	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=20;PP=632;SC=CGGGAGGGTGGAGGTGGCCCG;SOR=0.756;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=34;WE=12879065;WS=12879047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	12879254	rs7956514	T	G	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=-1.413;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,40:0.67:60
chr12	12966967	rs7978823	A	G	3514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=34;PP=1811;SC=TTTAAATCAAATACAATGGTT;SOR=1.306;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=109;TCF=75;TCR=34;TR=107;WE=12966975;WS=12966957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	12977400	rs1010878	G	A	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=13;PP=681;SC=GTTTGTTCTCGTGTTTGTCTA;SOR=1.455;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=12977408;WS=12977390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	13028653	rs10845659	A	G	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.47;ReadPosRankSum=-0.402;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,57:0.56:101
chr12	13061294	rs2075288	C	T	2792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.655;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=44;PP=1668;ReadPosRankSum=-0.630;SC=TGGCCACAGCCGGGGTTGTGA;SOR=0.578;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=202;TCF=125;TCR=77;TR=112;WE=13061302;WS=13061284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,126:0.56:224
chr12	13101454	rs7294444	G	T	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=28;PP=795;SC=TATGTGTGCTGTACAATATAT;SOR=0.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=13101462;WS=13101444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	13136623	rs735689	T	C	5548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=97;NR=89;PP=2965;SC=AACTCCGTGTTAAAAATTCCA;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=97;TCR=89;TR=186;WE=13136631;WS=13136613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr12	13142174	rs850918	C	G	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=6;PP=548;SC=CAAAGCTGGTCCCCGAGACCA;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=13142182;WS=13142164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	13153126	.	C	CGGCGGCAGGGCGGCAG,CGGCGGCAGGGCGGCAGGGCGGCAG	1916.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.28;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=19;NF=0,0;NR=42,42;PP=426,1249;SC=CAGCGACCACCGGCGGCAGGG;SOR=3.202;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=111;TCF=1;TCR=110;TR=42,42;WE=13153134;WS=13153116;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.46,0.49:41
chr12	13153165	.	A	AGGGCGGCAGGGCGGCT	2987	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MMLQ=23;MQ=64.46;NF=0;NR=36;PP=2987;QD=20;SC=GCAGGGCGGCAGGGTGGCAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=3;TCR=59;TR=36;WE=13153177;WS=13153155;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:26,36:0.58:62
chr12	13153388	.	G	GGCAGCAGTCCAGCAGTGCAGCAGT	1859.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=2533;SC=CGGGCAGCAGGGCAGCAGTGC;SOR=2.753;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=10;WE=13153396;WS=13153378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	13153773	rs1291364	T	C	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=21;PP=422;SC=TCTTGGTAGCTGTCCCTCTAC;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=13153781;WS=13153763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	13154077	rs67498669	C	T	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	13154105	rs9919709	A	T	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=5;PP=167;SC=GCGCGGGTGCAGCGGGCTGTG;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=13154113;WS=13154095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	13154123	rs61912779	G	C	244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=4;PP=118;SC=GTGGAGCCGCGGGCCGAGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=13154131;WS=13154113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	13154582	rs59113920	CG	C	1513.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=9;PP=1069;SC=ATCTGCTGAGCGGGGGCCCCC;SOR=1.911;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=30;WE=13154590;WS=13154572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	13154790	rs1291363	G	C	6281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.92;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr12	13154911	rs1291362	A	G	8554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=0.481;SC=CGTCTTCTCCATGAATGTCAT;SOR=0.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=301;TCF=157;TCR=144;TR=299;WE=13154919;WS=13154901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,334:1.00:335
chr12	13155166	rs1291361	G	T	6536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=124;PP=2965;SC=CTCCACCGCAGTGGCATCCTA;SOR=1.043;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=100;TCR=124;TR=224;WE=13155174;WS=13155156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr12	13211212	rs6488582	G	A	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=10;PP=623;SC=TTTGTTTTATGTACAGTGTCC;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=13211220;WS=13211202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	13214537	rs3741818	A	G	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=14;PP=1137;SC=CTAATCTTGTATGCCTTTCGG;SOR=1.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=55;WE=13214545;WS=13214527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	13215685	rs2200498	C	A	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	13221606	rs1386005	T	C	5541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr12	13294280	rs7978768	C	A	3238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=37;PP=1776;SC=CCTCTGGTGCCTGACCATAAC;SOR=1.198;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=69;TCR=37;TR=106;WE=13294288;WS=13294270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	13369196	rs8885	C	T	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=314;SC=TTCTCCTCATCCATTTCTTTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=13369204;WS=13369186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	13529227	rs11055389	G	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=319;ReadPosRankSum=-0.546;SC=TCGTTTCAGAGGTAAGTAAAT;SOR=0.655;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=29;WE=13529235;WS=13529217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,34:0.41:83
chr12	13716638	rs1806191	G	A	5866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=114;NR=90;PP=2965;SC=CGTGCTTGATGTGAGACCTGT;SOR=0.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=114;TCR=90;TR=204;WE=13716646;WS=13716628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr12	13720272	rs4764010	A	G	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=18;PP=477;SC=GAGAAAGAGGAGTATTGAGCA;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=32;WE=13720280;WS=13720262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	13764774	rs1805482	G	A	4550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=79;PP=2459;SC=ATACGTCAGCGCTGAATGGCT;SOR=0.799;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=80;TCR=81;TR=159;WE=13764782;WS=13764764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr12	13768354	rs1468845	C	T	2878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=26;PP=1765;SC=AAAGTGAGCACGTTTTAAACT;SOR=1.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=68;TCR=26;TR=94;WE=13768362;WS=13768344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	13769664	rs1805199	T	C	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=26;PP=624;SC=CAGTATTGTCTGAACAATCCC;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=13769672;WS=13769654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	13828659	rs11055581	T	C	6372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=128;NR=84;PP=2965;SC=TGCTCAAGAATTGTCAAAGAC;SOR=0.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=128;TCR=84;TR=212;WE=13828667;WS=13828649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr12	14577892	rs2231909	A	T	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=643;ReadPosRankSum=0.248;SC=ATTGATGCTAATGAAGAAACT;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=39;WE=14577900;WS=14577882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr12	14579235	rs11055969	A	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	14587301	rs3213764	A	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-3.136;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr12	14590981	rs10734876	T	C	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=4;PP=175;SC=AGCGAGACTCTGTCTCAAAAA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=14590989;WS=14590971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	14591220	rs4479040	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-1.459;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr12	14599904	rs5796595	C	CT,CTT	492.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.160;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.80;MQRankSum=0.521;QD=18.95;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,14,10:0.54,0.38:26
chr12	14628705	rs7298275	A	G	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=128;SC=CAGCCATTTAAGGGTCCAGAT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=14628713;WS=14628695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	14628773	rs7313259	C	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=186;ReadPosRankSum=-0.514;SC=TTTTTTAACACGTATATCTGC;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=15;WE=14628781;WS=14628763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr12	14634392	rs140044044	C	CAGTT	399.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=481;SC=ATGCATATGTCAGCTAGATTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=14634400;WS=14634382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	14656768	rs1600	G	C	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=419;ReadPosRankSum=2.249;SC=TAGACCTCTGGCATGCCCTGA;SOR=0.862;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=36;WE=14656776;WS=14656758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,45:0.58:78
chr12	14664595	rs10846013	A	G	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=576;ReadPosRankSum=0.455;SC=GTCTGCAGCAATATCAATCCA;SOR=0.813;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=81;TCF=37;TCR=44;TR=40;WE=14664603;WS=14664585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,47:0.48:98
chr12	14688644	rs7957558	C	T	4462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=99;NR=51;PP=2461;SC=TTATCTATGACGTTGAAGTCC;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=99;TCR=51;TR=150;WE=14688652;WS=14688634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr12	14689451	rs1345531	T	C	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=-0.796;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr12	14694993	rs1862014	G	C	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=191;SC=CATGCCATTAGCAAAAAGTGC;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=14695001;WS=14694983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	14720366	rs10846023	C	T	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=212;SC=AGGGCTGGAGCGAGACCGCCG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=14720374;WS=14720358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	14720554	rs147342083	GGCA	G	4917.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=44.30;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	14720583	rs7954623	T	C	3079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=25.66;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	14769468	rs1558795	G	A	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.36;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	14774849	rs7302418	T	A	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=15;PP=900;SC=ACTAGAGCGGTCAAGAGTAGT;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=14774857;WS=14774839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	14781503	rs4764105	A	T	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	14794062	rs10772800	G	A	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	14804994	rs7313027	G	C	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=30;PP=964;SC=TTAGGAGACAGTGTTGTGGTG;SOR=1.565;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=14805002;WS=14804984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	14822855	rs7314345	G	A	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=462;SC=ACACAATGACGCTTGATTTCC;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=14822863;WS=14822845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	14827463	rs3217157	AATC	A	10316.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=88;PP=2967;SC=TTAGCTGTGGAATCATCTATT;SOR=0.899;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=124;TCF=36;TCR=88;TR=121;WE=14827473;WS=14827453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr12	14829893	rs1420635	A	C	2201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=35;PP=1198;SC=CATTGTCCTCAAAGTACTGGT;SOR=0.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=70;WE=14829901;WS=14829883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	14832830	rs11336448	CT	C	189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.25;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	14834421	rs56944147	GA	G	8475.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=82;PP=2969;SC=CCTGGAATAGGAAAAAGAGAA;SOR=1.126;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=101;TCF=11;TCR=90;TR=91;WE=14834435;WS=14834411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr12	14834427	rs58911033	G	T	8607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=83;PP=2574;SC=ATAGGAAAAAGAGAAACTAAA;SOR=1.133;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=73;TCR=84;TR=156;WE=14834435;WS=14834411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr12	14927825	rs6645	C	G	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=570;ReadPosRankSum=1.064;SC=AGCTGGCTCCCCCAGCAAAGG;SOR=0.855;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=45;WE=14927833;WS=14927815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,49:0.48:103
chr12	14947675	rs34868934	TA	T	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.390;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr12	14949720	rs71438330	C	CA	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.946;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr12	14959391	rs2241221	T	C	2125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=50;PP=1342;ReadPosRankSum=-1.333;SC=CTTTTGGATTTTCATAATGGC;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=111;TCR=118;TR=97;WE=14959399;WS=14959381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,107:0.42:257
chr12	14975721	rs11610238	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=44;ReadPosRankSum=-0.108;SC=TTTGTTTCAACGTATGTATAG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=14975729;WS=14975717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr12	14976063	rs7304054	A	G	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.736;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=507;ReadPosRankSum=2.223;SC=CAAATGCTCAAAATTTTTAAG;SOR=0.576;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=40;WE=14976071;WS=14976053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,51:0.48:106
chr12	14976178	rs7307438	T	A	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.579;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=851;ReadPosRankSum=0.546;SC=AGAGTACCAATGTAGAGGAGT;SOR=0.737;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=177;TCF=96;TCR=81;TR=66;WE=14976186;WS=14976168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,72:0.38:191
chr12	14976417	rs139293175	CTA	C	1633.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.219;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.399;NF=5;NR=20;PP=967;ReadPosRankSum=1.215;SC=TCCAAAACCACTATGATAGAC;SOR=0.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=75;TCF=16;TCR=59;TR=25;WE=14976426;WS=14976407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,47:0.34:137
chr12	14993439	rs11276	C	T	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.87;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr12	14993608	rs3088189	G	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=317;ReadPosRankSum=0.160;SC=GGGATGTGGAGAGGAATTGGC;SOR=0.628;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=27;WE=14993616;WS=14993598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,31:0.41:76
chr12	14993854	rs1861698	A	G	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.432;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=27;PP=901;ReadPosRankSum=0.985;SC=TGTTCAATGTATAAAACAAAA;SOR=0.976;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=168;TCF=95;TCR=73;TR=71;WE=14993862;WS=14993844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,78:0.43:182
chr12	15034996	rs2430735	T	A	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=16;PP=1404;SC=TATGTATTTCTGTAATGCTGC;SOR=2.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=65;WE=15035004;WS=15034986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	15035081	rs4236	T	C	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,61:0.39:156
chr12	15038788	rs1800801	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=29;ReadPosRankSum=1.471;SC=GAGGCTCCTACGGGATGTTAG;SOR=0.765;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=5;WE=15038796;WS=15038778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr12	15067492	.	C	CTG	150	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=19;MQ=61.01;NF=5;NR=5;PP=150;QD=15.6;SC=AAATGAAGCTCTGTGTGTGTG;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=10;WE=15067500;WS=15067482;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr12	15067511	rs148149515	T	TGTGC	577.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.26;MQRankSum=1.211;QD=13.13;ReadPosRankSum=0.021;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr12	15073831	rs2445382	G	C	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.25;ReadPosRankSum=2.411;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,54:0.62:87
chr12	15081897	rs2445371	A	C	6477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.23;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr12	15081898	rs11056243	G	A	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.085;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,72:0.37:197
chr12	15082004	rs11056244	T	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=372;ReadPosRankSum=0.748;SC=GCTTCCTGACTATTTTTCTAG;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=23;WE=15082012;WS=15081994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr12	15090762	rs3748296	G	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=130;ReadPosRankSum=-1.808;SC=AATCAAACTGGGTGGCTGTCT;SOR=0.132;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=14;WE=15090770;WS=15090752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr12	15090837	rs3748297	A	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=357;ReadPosRankSum=0.182;SC=TGGTTCCCTTAAGGTAGAACA;SOR=0.665;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=27;WE=15090845;WS=15090827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr12	15091221	rs11432737	A	AT	5224.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=39;PP=2957;SC=GGCAAAATGCACTTATCCAGG;SOR=1.353;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=78;WE=15091229;WS=15091211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	15095558	rs4703	C	G	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.12;ReadPosRankSum=-1.127;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,64:0.65:98
chr12	15095707	rs10772822	T	C	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.07;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	15101034	rs72428197	GCACACACACA	G	256.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-0.157;QD=32.10;ReadPosRankSum=0.157;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr12	15101072	rs4764142	T	G	329.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=157;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=16;PP=280;SC=ACACACACACTTAATGCCTGA;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=15101080;WS=15101062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	15102681	rs28683560	G	C	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=235;ReadPosRankSum=-3.335;SC=CAGAGACCAAGTTTTCTTTGT;SOR=0.680;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=19;WE=15102689;WS=15102671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr12	15103605	rs2430711	A	G	3547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	15131995	rs2233623	C	A	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=262;SC=GAGTTTCTCACATACAAACAC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=15132003;WS=15131985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	15262179	rs1055151	G	A	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=7.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.658;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,43:0.57:75
chr12	15273932	rs2247574	C	T	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	15273957	rs2247568	A	G	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	15652330	rs4764197	T	C	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=8;PP=526;SC=AAGTGTGTGATGTTTAGAAGA;SOR=1.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=15652338;WS=15652320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	15652636	rs3838355	AAT	A	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.203;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.575;NF=0;NR=13;PP=447;ReadPosRankSum=-1.388;SC=AAAGAAAGAAAATATATATGT;SOR=2.461;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=13;WE=15652645;WS=15652626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr12	15656832	rs4764199	T	A	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=9;PP=582;SC=CTTTTTTATATATGATTTAGA;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=15656840;WS=15656822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	15661441	rs888163	A	G	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=4;PP=152;SC=TTTTTAAACCAGAATCTTTTA;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=15661449;WS=15661431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	15702007	rs7132826	C	T	2564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.89;ReadPosRankSum=1.142;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,121:0.61:199
chr12	15702202	rs10541885	AAT	A	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-0.729;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,5:0.15:33
chr12	15704425	rs1012674	G	T	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=589;ReadPosRankSum=-0.008;SC=AGCAATGAATGGTTCTGTTTG;SOR=0.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=67;TCR=30;TR=48;WE=15704433;WS=15704415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,51:0.50:103
chr12	15710270	rs10846209	C	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=171;ReadPosRankSum=-1.233;SC=GGCCTAGCTTCTTCTTTTTTT;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=10;WE=15710278;WS=15710260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr12	15722555	rs10846212	A	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.714;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=285;ReadPosRankSum=-1.310;SC=TGGCCTGGGGATTGCTGATCT;SOR=1.784;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=21;WE=15722563;WS=15722545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr12	15731724	rs5796639	T	TG	4122.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=28;PP=2569;SC=AATAAACCAGTTGAACAATAA;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=61;WE=15731732;WS=15731714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	15731744	rs1024843	C	T	3534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=44;PP=1931;SC=ATCCAATTCACACCACGTATG;SOR=1.129;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=69;TCR=45;TR=112;WE=15731752;WS=15731734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	15742313	rs34222753	GA	G	353.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.33;MQRankSum=0.526;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.565;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,26:0.84:31
chr12	15748020	rs1558787	C	T	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=31;PP=908;SC=TCCACGAGTGCTCAGTCTTAG;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=53;WE=15748028;WS=15748010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	15776223	.	TA	T	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.874;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.881;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,30:0.32:94
chr12	15777486	rs4623959	T	C	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=146;SC=TATCCTCGCCTGGTATAAATG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=15777494;WS=15777476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	15799990	rs61908095	T	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=117;ReadPosRankSum=-0.209;SC=ATACAGACACTGTCACCTCTG;SOR=1.148;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=10;WE=15799998;WS=15799980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr12	15803992	rs4237955	T	C	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=1.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	15818880	rs4363660	T	A	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=7;PP=158;SC=CTATAACATATCAATTAACTC;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=15818888;WS=15818870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	15822229	rs4237957	A	C	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=12;PP=665;SC=AAATCTAGTAACTAATATGCA;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=15822237;WS=15822219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	15822244	rs4237958	T	C	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=17;PP=954;SC=TATGCAGATATATTATCAAAA;SOR=1.287;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=51;WE=15822252;WS=15822234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	16036261	rs10734889	C	G	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=23;PP=652;SC=TATTCCCAGCCAATTACAGAT;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=16036269;WS=16036251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	16050808	rs10772879	T	A	181.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=102;SC=ACTTAAATTTTTTTTCAGTTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=16050816;WS=16050798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	16055926	rs71042275	G	GT	480.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=4;PP=286;SC=TCAATCATATGTGCAGTTAGT;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=16055934;WS=16055916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	16115838	rs372137839	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.798;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr12	16185463	rs57961487	CTT	C	1403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=12;PP=694;SC=AGTTTTTCCTCTTTTTGTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=17;WE=16185472;WS=16185453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	16347308	rs3942536	G	A	5132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=94;PP=2841;SC=ATCCCAGGACGTTCAACAATG;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=89;TCR=94;TR=183;WE=16347316;WS=16347298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr12	16369828	rs1671511	A	T	3735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	16397677	rs1527014	G	A	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.94;ReadPosRankSum=-0.771;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr12	16397734	rs1852450	C	A	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	16397746	rs1852451	C	T	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	16430284	rs1671487	G	A	5766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr12	16510395	rs2075239	T	G	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=6;PP=539;SC=TAGATATGGGTACTCCCTATG;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=16510403;WS=16510385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	16713487	rs3214385	A	AT	763.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.948;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,50:0.82:61
chr12	16713545	rs2302690	T	C	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=18;PP=830;SC=AGAGATGATGTTAATATACTC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=39;WE=16713553;WS=16713535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	16743165	rs2058798	A	G	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=341;SC=TTCTTGAAGCAAAACTAACAT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=16743173;WS=16743155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	16747034	rs10846380	C	T	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=11;PP=1087;SC=AATTAGCTGGCGTCAGGTGTT;SOR=2.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=53;WE=16747042;WS=16747024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	16758649	.	T	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=-1.066;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
chr12	18234422	rs11043839	C	A	3591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;QD=27.42;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	18237688	rs6486881	C	A	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=38;PP=1111;SC=GACCCACTTCCGCTGGAAGAT;SOR=2.540;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=49;WE=18237696;WS=18237678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	18238787	rs66716140	T	C	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.42;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	18238804	rs112896269	GAGCCAC	G	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	18435398	rs35277916	GCCC	G	2628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.466;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=1588;ReadPosRankSum=-1.773;SC=TCCTGGGGAAGCCCCATAGGA;SOR=0.493;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=74;TCF=13;TCR=61;TR=39;WE=18435408;WS=18435388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,67:0.58:116
chr12	18435452	rs11044004	C	T	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.026;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=855;ReadPosRankSum=0.097;SC=ATTTTAGCTCCATCATTCACA;SOR=0.294;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=45;WE=18435460;WS=18435442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,49:0.68:72
chr12	18478126	rs17475920	A	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=-0.288;SC=AAGATGACAAAAATGAATAAA;SOR=0.610;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=12;WE=18478134;WS=18478116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr12	18491597	.	CTGTGTG	C	76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=26;MQ=52.51;NF=1;NR=1;PP=76;QD=39.5;SC=TTGTGTGTATCTGTGTGTGTG;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=2;WE=18491610;WS=18491587;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,2:0.50:4
chr12	18496400	.	AACAC	A	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.75;ReadPosRankSum=0.508;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	18499777	rs10770357	C	G	4825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=89;PP=2783;SC=ACAGGTGAGTCGTGGTGAGTT;SOR=0.909;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=80;TCR=89;TR=169;WE=18499785;WS=18499767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	18641326	rs7137852	T	C	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=3;PP=524;SC=TCCGGCTGGATGTGGTTTAAA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=18641334;WS=18641316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	18656174	rs11044141	G	C	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.627;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,47:0.38:124
chr12	18656225	rs11044142	G	A	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=27;PP=700;ReadPosRankSum=-0.079;SC=GATTGGTGCAGATGGTACCTG;SOR=0.674;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=187;TCF=108;TCR=79;TR=68;WE=18656233;WS=18656215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,80:0.38:211
chr12	18690977	rs11044171	A	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=26;ReadPosRankSum=1.345;SC=TATCTATTACAGTAGAGAAAA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=18690985;WS=18690975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr12	18801017	rs501379	T	C	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=9;PP=158;SC=TTTTCACTTCTGGGCCTCTGA;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=18801025;WS=18801007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	18849256	rs149450833	CTATATATA	C	324.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.59;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	18854540	.	ATCCTCCTCCTCC	A,ATCC	2557.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.38;QD=39.96;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,54:0.16,0.84:64
chr12	18872325	rs10841078	G	C	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.08;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	18889517	rs144525318	A	AAATTTGAG	1633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=3;PP=1079;SC=ATTAAAGTTAAAATTTGAGAA;SOR=2.694;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=15;WE=18889525;WS=18889507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	18890472	rs5796766	GT	G	1243.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=34;PP=834;SC=ACACACAGTGGTTTTTTTTGC;SOR=1.528;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=36;WE=18890480;WS=18890462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	19282670	rs28512290	C	T	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.23;SOR=1.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	19283135	rs61913270	C	A	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=38;PP=1016;SC=CCCGGCTCCCCGCAACCTGCC;SOR=2.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=47;WE=19283143;WS=19283125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	19406863	rs6486942	C	T	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	19413977	rs191402998	A	C	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=-1.767;SC=CTACTGTCTTAGTGTATTATT;SOR=1.244;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=14;WE=19413985;WS=19413967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr12	19418588	rs6486945	G	A	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	19418874	rs7316780	C	T	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=14;PP=432;SC=AAAAAAGCTACCTTATAGTGA;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=19418882;WS=19418864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	19428009	rs2279537	T	A	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=327;SC=AATATTGGTTTAAATTGTGTT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=19428017;WS=19427999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	19512563	rs11044515	G	A	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=19;PP=671;SC=AAAATAAAGTGTGTTTCTTTC;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=19512571;WS=19512553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	19522484	rs113006194	A	AAAAG	1023.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=741;SC=TTTAAAAAGAAAAAATCACAA;SOR=3.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=19522492;WS=19522474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	19592600	rs143333997	GGGA	G,GGGAGGA	562.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.62;ReadPosRankSum=-0.600;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,5,12:0.26,0.63:19
chr12	19626309	.	A	AAATT	518	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=9;PP=518;QD=54.548954943;SC=CATGTATATAAAATTTATTTA;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=11;WE=19626338;WS=19626299;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr12	19626311	.	AT	A	444.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=5.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.08;ReadPosRankSum=0.763;SOR=1.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr12	19626313	rs10631217	T	TAA	444.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.79;ReadPosRankSum=1.009;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr12	19626314	rs371291179	T	TTA	700.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.02;ReadPosRankSum=0.818;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr12	19626315	.	ATTT	A	444.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=5.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.71;ReadPosRankSum=1.264;SOR=1.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr12	19626318	rs57423687	T	A	711.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=5.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.34;ReadPosRankSum=-1.384;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr12	19626322	rs11044583	T	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.45;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=1.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr12	19626326	rs12370241	T	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=5.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.96;ReadPosRankSum=1.845;SOR=1.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr12	19626330	rs12818887	T	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=5.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=2.101;SOR=1.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr12	19646943	rs66556640	CTGGTGTATTTCA	C	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=2635;ReadPosRankSum=0.582;SC=CTGAGAAAATCTGGTGTATTT;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=7;WE=19646962;WS=19646933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr12	19653062	rs78073127	A	G	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,79:0.45:175
chr12	19873411	rs4301848	G	T	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=1;PP=192;SC=AATTCTCGCAGGTTGTGGGAG;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=19873419;WS=19873401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	19873451	rs112330031	G	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.195;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr12	19873497	rs4369485	A	G	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	19873575	rs111804187	A	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.300;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=169;ReadPosRankSum=-0.757;SC=AGGTCAGACAAGCCTTTCACC;SOR=0.782;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=18;WE=19873583;WS=19873565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr12	20522124	rs144106925	CGTGTGT	CGT,C	494.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.4990,0.5010;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3,3;NR=4,4;PP=16,308;SC=AGCGTGCGTGCGTGTGTGTGT;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=7,7;WE=20522137;WS=20522114;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:13
chr12	20522252	rs12305038	G	A	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.33;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	20709733	rs4762972	G	A	3860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=84;PP=2573;SC=AATAAAATGTGGAGCGAGGAA;SOR=1.219;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=56;TCR=84;TR=140;WE=20709741;WS=20709723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr12	20766559	rs10743380	C	T	5219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=98;PP=2880;SC=TGAATCCCGTCACTTCGCTCA;SOR=1.366;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=70;TCR=98;TR=168;WE=20766567;WS=20766549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr12	20766685	rs7308381	G	C	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.89;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	20769026	rs68125264	TTAGA	T	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=247;SC=CACTCAAATTTTAGATAGATA;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=20769037;WS=20769019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	20774464	rs10743381	A	G	2477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=50;PP=1550;SC=TGGTTTGTCTATTCTAATAAC;SOR=1.531;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=79;WE=20774472;WS=20774454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	20774539	rs10734705	A	G	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=631;SC=CTTATGTGATAATACAGATTC;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=20774547;WS=20774529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	20783099	rs7304499	A	C	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=12;PP=327;SC=AATAATAAAAACGATGATAGT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=20783107;WS=20783089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	20786787	rs4265636	T	C	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=33;PP=986;SC=AAAACAGTGATCTACATTTCT;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=53;WE=20786795;WS=20786777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	20786813	rs78782960	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.405;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=81;ReadPosRankSum=0.410;SC=TTTGTGGGGCGCTGGGAGACG;SOR=0.963;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=10;WE=20786821;WS=20786803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr12	20786841	rs10743382	T	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.949;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr12	20787783	rs151261214	GC	G	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=243;ReadPosRankSum=1.214;SC=GCTTAAATGAGCCCCCTTTCC;SOR=0.963;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=10;WE=20787791;WS=20787773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr12	20788137	rs11045352	G	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=156;ReadPosRankSum=-1.315;SC=GGCAGATCACGAGGTCAGGAG;SOR=0.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=12;WE=20788145;WS=20788127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr12	20801855	rs9284155	C	T	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=31.10;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	20801861	rs71039963	C	CT	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=-0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr12	20803323	rs9804769	A	C	158.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=112;SC=TTTCTCTTCTATTCAACTTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=20803331;WS=20803313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	20852546	rs34243130	C	T	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=1.054;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,88:0.53:167
chr12	20968644	.	AATATTCACTTGGTATCTG	A	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.07;ReadPosRankSum=-0.503;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	20968665	rs4149158	GTTTA	G	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=537;ReadPosRankSum=-0.705;SC=GGTATCTGTAGTTTAATAATG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=3;WE=20968676;WS=20968634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	20968828	rs10734710	C	T	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.59;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	21011480	rs4149117	T	G	4353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr12	21011581	rs4149118	G	A	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=571;ReadPosRankSum=-1.702;SC=TTTTATACTTGTAAGTGGGCA;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=36;WE=21011589;WS=21011571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr12	21013948	rs3764009	C	T	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	21014139	rs3764008	C	G	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=16;PP=493;SC=TATAAAGTTTCTGATATTCTT;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=21014147;WS=21014129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	21014163	rs3764007	T	A	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=10;PP=321;SC=CAAAATTGATTTAAGAACAAA;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=21014171;WS=21014153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	21015610	rs1036261	A	G	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=40;PP=1457;SC=AGTGTATTGTATAATATTACT;SOR=0.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=85;WE=21015618;WS=21015600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	21015760	rs7311358	G	A	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=36;PP=1227;SC=TTGCTAAAATGTACGTGGATA;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=78;WE=21015768;WS=21015750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	21028208	rs60140950	G	C	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQ=59.96;MQRankSum=1.030;NF=17;NR=10;PP=254;ReadPosRankSum=1.150;SC=CGTTGGGTTGGAGCTTGGTGG;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=27;WE=21028216;WS=21028198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr12	21031020	rs2417938	A	G	99.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=70;SC=TCCATCTTGTAATATCATCGT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=21031028;WS=21031010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	21032242	rs4149142	T	G	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	21036411	rs2053098	A	G	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.41;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	21051489	rs4149153	C	T	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=3;PP=54;SC=ATGTTAAATACTAAAGACTGA;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=21051497;WS=21051479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	21054369	rs3764006	G	A	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	21054412	rs376331163	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.865;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr12	21054664	rs7970514	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.777;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr12	21054918	rs2082518	T	C	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.362;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=217;ReadPosRankSum=-2.234;SC=TTACCTCTTATAGAAGCATTA;SOR=1.402;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=16;WE=21054926;WS=21054908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr12	21065235	rs142241896	TTTTATTTATTTATTTA	T	951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;QD=45.32;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	21065365	rs10841706	C	A	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.50;QD=24.99;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	21065429	rs34721125	AT	A	87.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=6.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=-1.836;SOR=0.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr12	21168758	rs34168692	T	TA	375.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=256;SC=TTGCATATGTTAAAAAAAAAC;SOR=1.493;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=21168766;WS=21168748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	21176135	rs1546308	T	C	4848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr12	21176247	rs1546307	A	G	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=49;PP=1435;SC=ACGAGGTACCATGATAGTGCT;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=86;WE=21176255;WS=21176237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	21201572	.	A	ATG	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.83;ReadPosRankSum=0.518;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr12	21201663	rs11045689	G	A	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr12	21325814	rs2291073	T	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=-1.498;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
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chr12	21329738	rs2306283	A	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=106;ReadPosRankSum=1.794;SC=AACTAATATCAATTCATCAGA;SOR=1.112;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=13;WE=21329746;WS=21329728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr12	21331389	rs61760242	TTACTTG	T	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=203;SC=TGAATATAAATTACTTGTACT;SOR=1.085;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=21331402;WS=21331379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	21331549	rs4149056	T	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.102;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr12	21331625	rs2291075	C	T	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	21391976	rs34671512	A	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.483;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=125;ReadPosRankSum=0.818;SC=ATATTATATTAATTTATGCCA;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=14;WE=21391984;WS=21391966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr12	21427608	rs3736080	G	T	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=246;SC=TTATTTGTACGGCAAAGTTTA;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=21427616;WS=21427598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	21447066	rs722994	C	T	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=28;PP=793;SC=TAAAATAATGCCATAGATATT;SOR=2.560;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=21447074;WS=21447056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	21450183	.	CTCTT	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=0.546;QD=2.71;ReadPosRankSum=0.188;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,4:0.16:25
chr12	21467666	rs10841789	A	C	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=453;SC=CAAAGTCTTAATTAAGAGCCT;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=21467674;WS=21467656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	21472254	rs10505872	G	A	3686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=39;PP=2237;SC=ACATTATTTCGGTAGCAAATA;SOR=1.393;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=79;TCR=39;TR=118;WE=21472262;WS=21472244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	21593404	rs4762702	G	C	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=21;PP=637;SC=TGTATAACTTGTTAATATTAA;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=21593412;WS=21593394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	21609127	rs4367993	T	C	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=13;PP=388;SC=CAACGAACTGTTAGGTCACTT;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=21609135;WS=21609117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	21615207	rs3213210	A	G	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=9;PP=227;SC=CTTGATTTACAGTATTTTTTA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=21615215;WS=21615197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	21623122	rs13035	T	G	2369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.673;NF=56;NR=25;PP=1254;ReadPosRankSum=-0.854;SC=TTTAGTAACATTCATATCAGG;SOR=1.014;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=81;WE=21623130;WS=21623112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,91:0.98:93
chr12	21623284	.	C	CAAA	598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.92;MQRankSum=3.543;QD=13.61;ReadPosRankSum=-1.449;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr12	21623298	.	A	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.44;MQRankSum=-4.937;QD=1.65;ReadPosRankSum=2.091;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr12	21624309	rs11046076	A	T	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=10;PP=1037;SC=TGCAATTTTTAAAAAAAAACC;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=51;WE=21624317;WS=21624299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	21626324	rs917852	A	C	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.81;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	21626330	rs917853	C	A	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.43;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	21627745	rs2159943	A	G	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	21628812	rs10160843	G	A	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=28;PP=811;SC=CCTGGAAGATGGTTTTCAACA;SOR=2.252;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=21628820;WS=21628802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	21629987	rs917854	T	C	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.53;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	21639591	rs7964104	G	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr12	21644667	rs10841834	G	A	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=41;PP=1246;SC=GAGGCAGCGCGGATACAATGA;SOR=2.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=58;WE=21644675;WS=21644657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	21654831	rs1060126	G	T	7936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.77;ReadPosRankSum=1.685;SOR=0.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,307:1.00:308
chr12	21657590	rs67392337	AT	A	8838.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=127;PP=2951;SC=AAGTTACTGAATTACCTCTAG;SOR=1.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=6;TCR=130;TR=133;WE=21657598;WS=21657580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr12	21680609	rs7966780	C	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=233;ReadPosRankSum=0.707;SC=AGGTTTAAGCCCGGGTTGTCC;SOR=0.582;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=20;WE=21680617;WS=21680599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr12	21689882	rs10431213	T	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.88;ReadPosRankSum=-1.391;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr12	21692166	.	CAA	C,CA	573.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.15;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=4,4;NR=10,10;PP=208,76;SC=ATATAGCTTTCAAAAAAAAAT;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=14,14;WE=21692175;WS=21692156;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.33,0.67:27
chr12	21711009	rs7967170	C	A	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=218;SC=AAACTGAACCCATTTTCCTTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=21711017;WS=21710999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	21711111	rs7977474	G	C	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=1.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	21711385	rs7977846	G	C	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=356;SC=TGATGACTAAGTCTTGTGTGT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=21711393;WS=21711375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	21712545	rs1871136	A	G	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=12;PP=717;SC=GAATAGTGAAACCTTAAGTGA;SOR=1.390;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=39;WE=21712553;WS=21712535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	21712574	rs1871137	C	T	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=22;PP=940;SC=GAAAGCATTTCAAGCACCTAC;SOR=0.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=53;WE=21712582;WS=21712564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	21712728	rs111250042	GACATTCTTTGAAATT	G	825.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=9;PP=2957;SC=TTGTTTTGTTGACATTCTTTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=9;WE=21712750;WS=21712718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	21713308	rs4639981	T	A	6573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=94;PP=2965;SC=CATTCACAGGTTGTGAGATTA;SOR=1.074;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=132;TCR=94;TR=226;WE=21713316;WS=21713298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr12	21713402	rs2306180	T	C	7250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=130;PP=2965;SC=AAAAACACCATCACTGTGATG;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=112;TCR=131;TR=242;WE=21713410;WS=21713392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr12	21715801	rs1473421	A	G	4079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=49;PP=2267;SC=CTTCCCACAGAAGAAAGTTCT;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=85;TCR=49;TR=133;WE=21715809;WS=21715791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr12	21715989	rs8192697	C	T	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=446;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAAAACAAAACCAAACAGTTT;SOR=0.592;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=34;WE=21715997;WS=21715979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,37:0.43:87
chr12	21716055	rs1473422	A	C	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=20;PP=807;SC=TTAATGTACAAAGGGGGCTGG;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=21716063;WS=21716045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	21716098	rs1473423	T	C	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=15;PP=764;SC=CAATTCTGTTTTCTCTCTACC;SOR=1.061;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=36;WE=21716106;WS=21716088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	21727315	rs7963756	C	A	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=26;PP=686;SC=CTTGATTGTGCTCATGGTCCA;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=21727323;WS=21727305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	21733121	rs2126887	T	G	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=581;SC=TGTCTCAAATTCAATCCATTT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=21733129;WS=21733120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	21757272	rs153944	A	G	268.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=179;SC=TAGCCTAAATATATATTCCGT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=21757280;WS=21757263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	21789968	rs1677134	G	T	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=82;SC=AATACAATGCGAGAAATCATA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=21789976;WS=21789958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	21791272	rs1650289	T	C	236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.68;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	21791410	rs71053332	TA	T	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.756;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.303;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr12	21791455	rs1427830	A	T	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=24.81;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	21794865	rs1626023	A	T	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=10;PP=638;SC=ACAAGTAATTATTTCTTTTTT;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=21794877;WS=21794855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	21796814	rs4762862	G	A	2639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=21;PP=1810;SC=AATAACAACAGAAACACCAAA;SOR=2.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=68;TCR=21;TR=89;WE=21796822;WS=21796804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	21797029	rs1650294	A	G	2845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=63;PP=1812;SC=TAGAATTGGCAGTCACAGAAT;SOR=1.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=101;WE=21797037;WS=21797019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	21799803	rs67155709	T	G	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=726;ReadPosRankSum=-0.221;SC=AAAAAAATATTAGATCACTTT;SOR=0.497;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=42;WE=21799811;WS=21799793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,47:0.67:70
chr12	21799999	rs1540405	G	C	4771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	21807432	rs1677078	T	C	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=7;PP=567;SC=AAACTGTGTATACATGCTGAA;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=21807440;WS=21807422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	21807640	rs1650315	G	A	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=39;PP=1131;SC=AACATTACACGTATATCTGCA;SOR=1.139;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=72;WE=21807648;WS=21807630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	21807687	rs7953579	C	G	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=21;PP=542;SC=TAAAATGTTACTGTTGCAATT;SOR=1.280;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=38;WE=21807695;WS=21807677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	21958998	rs4148680	CA	C	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=-1.298;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,35:0.23:150
chr12	21995555	rs1643235	C	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=0.967;SC=TCTTCACTCACTTCCCATAGT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=21995563;WS=21995545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr12	22005003	rs2307024	T	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=288;ReadPosRankSum=0.162;SC=AATTGGGCTCTGAACTCTTCT;SOR=0.405;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=25;WE=22005011;WS=22004993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr12	22005510	rs704183	A	G	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=31;PP=902;SC=CCTCTCGAAAATAGTAATACA;SOR=1.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=22005518;WS=22005500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	22017422	rs697250	A	G	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=15;PP=611;SC=CTGCAAGTATAGCAAACAATG;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=22017430;WS=22017412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	22017486	rs697251	C	G	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=13;PP=425;SC=CGTCAGGTAACAGATACAATA;SOR=0.997;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=22017494;WS=22017476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	22035873	rs1356368	C	T	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=53;PP=1584;SC=TTACTGAACACTTACTCACAT;SOR=2.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=72;WE=22035881;WS=22035863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	22035929	rs148173267	T	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.022;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=291;ReadPosRankSum=-1.046;SC=ATATTTTAATTATTTCAGTGA;SOR=1.561;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=16;WE=22035937;WS=22035919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr12	22047151	rs704216	G	T	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=28;PP=873;SC=TGGAAAAAGTGTCACACATGC;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=41;WE=22047159;WS=22047141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	22063115	rs10770865	A	G	7213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=149;NR=103;PP=2965;SC=CCCATAGATTAGGACACAGGA;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=253;TCF=149;TCR=104;TR=252;WE=22063123;WS=22063105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr12	22063251	rs35857705	CA	C	1226.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.543;QD=10.95;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,94:0.84:112
chr12	22063737	rs4762719	G	T	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	22063749	rs4762720	T	C	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	22065699	rs3835048	G	GAA	525.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=1;PP=497;SC=TCAATTCTCTGAAAAAAAGCC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=22065707;WS=22065696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	22079020	rs149017202	G	A	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=2.038;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,43:0.55:78
chr12	22086976	rs6487252	A	C	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=24;PP=682;SC=GAAACCTTAAAACTTTCTAGA;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=22086984;WS=22086966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	22089348	rs4586220	G	A	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.35;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	22207944	rs6416226	T	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=47;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TTTATACTCCTTTGGATCTGT;SOR=0.941;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=5;WE=22207952;WS=22207934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr12	22211358	rs143120303	CA	C	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=2.061;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr12	22213786	rs10841930	C	T	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=1.064;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,28:0.31:89
chr12	22215194	rs33946820	CTTT	C	353.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.04;ReadPosRankSum=-0.519;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr12	22215408	rs143225178	GAATT	G	1404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.658;NF=1;NR=20;PP=928;ReadPosRankSum=0.904;SC=AATGGACCAGGAATTAATTAT;SOR=0.612;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=56;TCF=3;TCR=53;TR=21;WE=22215419;WS=22215398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,39:0.43:91
chr12	22354921	rs704219	A	G	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=28;PP=910;SC=TGTGGTTATAAATTTTCATGT;SOR=1.238;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=22354929;WS=22354911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	22401911	rs4762896	C	T	3025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=54;PP=1724;ReadPosRankSum=2.088;SC=CATCTTCGTTCGTCACAAACA;SOR=0.768;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=217;TCF=118;TCR=99;TR=122;WE=22401919;WS=22401901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,137:0.56:243
chr12	22440281	rs2287166	A	T	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=3.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.606;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,60:0.56:108
chr12	22440315	rs2072542	A	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.534;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=338;ReadPosRankSum=0.397;SC=GAGATGTGCCACCTTACCTCA;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=25;WE=22440323;WS=22440305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr12	22478425	rs4762904	A	G	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=575;ReadPosRankSum=-0.484;SC=AGGGATAAAAATCGATTCCTT;SOR=0.608;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=48;TCR=63;TR=52;WE=22478433;WS=22478415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,58:0.48:122
chr12	22478847	rs77294784	G	A	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.138;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr12	22489150	rs3809202	A	G	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=47;NR=35;PP=1250;SC=GGGAAGGGGGAGCTTTTCCTA;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=82;WE=22489158;WS=22489140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	22602796	rs2063573	A	G	5832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr12	22606738	rs12424580	G	C	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=15;PP=890;SC=GGGCTCTAAAGAGCAATTCTC;SOR=1.567;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=49;WE=22606746;WS=22606728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	22665633	rs200568343	T	TA	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.565;QD=1.36;ReadPosRankSum=-1.181;SOR=1.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr12	22778372	.	A	G	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.41;ReadPosRankSum=0.517;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,67:0.56:119
chr12	22778701	rs2271098	C	G	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr12	22796994	rs11429701	A	AT	2762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=38;PP=1917;SC=TTTGAAAAATAGGGCATTTAA;SOR=1.451;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=43;WE=22797002;WS=22796984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	23686242	.	T	C	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=302;ReadPosRankSum=-0.922;SC=CTTATGTCTCTCTCTCTCTCT;SOR=0.916;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=20;WE=23686250;WS=23686227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr12	23689301	rs4636755	T	C	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=2;PP=171;SC=CAAAATGTCTTTTTGCAACTG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=23689309;WS=23689292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr12	25147300	rs699030	G	C	6929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=117;NR=127;PP=2965;SC=TTTCTGAAGAGACTGCATTTG;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=118;TCR=128;TR=244;WE=25147308;WS=25147290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr12	25147362	rs1846016	G	A	4266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=90;PP=2576;SC=GGAGGCCGAGGCAGGCAGATC;SOR=1.222;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=62;TCR=91;TR=152;WE=25147370;WS=25147352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr12	25148755	rs864161	C	G	35882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1395;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1391:1.00:1391
chr12	25149982	rs75288396	G	A	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=21;PP=914;SC=AGCTGAGATCGTGCCACTGCA;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=51;WE=25149990;WS=25149972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	25240964	rs866510	G	C	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=34;PP=1313;ReadPosRankSum=-1.078;SC=GGAGAGGACAGGAAGTAGGAA;SOR=0.884;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=68;TCR=37;TR=98;WE=25240972;WS=25240954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,115:0.94:122
chr12	25241224	rs859154	G	A	1237.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5056;FS=1.916;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=35;PP=877;ReadPosRankSum=-1.753;SC=CAATAGGACCGATTATTGATT;SOR=1.365;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=46;WE=25241232;WS=25241214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,48:0.89:54
chr12	25242595	rs7969931	C	G	5226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=102;NR=78;PP=2525;SC=ATCGGTTAACCTTAGACAAAG;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=181;TCF=102;TCR=79;TR=180;WE=25242603;WS=25242585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr12	25242776	rs10743538	C	T	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=19;PP=1034;SC=CCAGACTCACCTGCTACAGTC;SOR=1.009;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=49;WE=25242784;WS=25242766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	25243115	rs1908946	G	C	8869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.530;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=191;PP=2965;ReadPosRankSum=1.512;SC=ATCACTAACTGTTTAAAACTA;SOR=0.525;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=359;TCF=150;TCR=209;TR=328;WE=25243123;WS=25243105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:31,349:0.92:380
chr12	25249743	rs10842464	T	C	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=10;PP=1599;ReadPosRankSum=-1.726;SC=ACCGAAATAATTGAGATTAGA;SOR=0.760;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=75;TCF=65;TCR=10;TR=72;WE=25249751;WS=25249733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,74:0.95:78
chr12	25249785	rs10771166	T	C	3995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=12.093;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=38;PP=2827;ReadPosRankSum=0.560;SC=TAGTCAGTGTTAGAATCACTC;SOR=0.052;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=145;TCF=107;TCR=38;TR=137;WE=25249793;WS=25249775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,147:0.94:156
chr12	25254975	rs7303889	A	C	15215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=676;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.987;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=248;NR=339;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.145;SC=TGTTATGAAGAATGAAATGAA;SOR=0.567;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=649;TCF=273;TCR=376;TR=587;WE=25254983;WS=25254965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:60,615:0.91:675
chr12	25257166	rs12828225	T	A	3282.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.712;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.362;NF=102;NR=8;PP=2615;ReadPosRankSum=0.969;SC=AAGTAGGAGATCTGTGAATGT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=113;TCR=9;TR=110;WE=25257174;WS=25257159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,115:0.90:128
chr12	25257182	rs34133737	GA	G	3059.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.300;HP=9;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.342;NF=96;NR=16;PP=2714;ReadPosRankSum=0.347;SC=AATGTGCCAAGAAAAAAATAA;SOR=0.185;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=157;TCF=128;TCR=29;TR=112;WE=25257190;WS=25257172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,146:0.91:161
chr12	25261735	rs859146	G	T	21236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=818;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.01;QD=26.35;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,806:1.00:806
chr12	25261759	.	T	TA,TAA	7512.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DP=578;ExcessHet=3.0103;FS=2.735;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=17.31;ReadPosRankSum=0.320;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:61,102,271:0.24,0.62:434
chr12	25272027	rs2291365	A	G	4727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=56;PP=2965;ReadPosRankSum=0.613;SC=GTTTCAACTTAAGGGTTTTTA;SOR=0.639;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=131;TCR=61;TR=175;WE=25272035;WS=25272017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:17,181:0.91:198
chr12	25274593	rs2220195	A	G	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=10;PP=1742;ReadPosRankSum=-0.811;SC=GTGTTTAATAAGGTTAAAGCT;SOR=0.515;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=80;TCF=70;TCR=10;TR=75;WE=25274601;WS=25274583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,75:0.94:80
chr12	25297713	rs7971062	C	T	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=44;PP=1201;ReadPosRankSum=1.289;SC=TTTAATTTTGCTCCAATTTTG;SOR=0.995;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=51;WE=25297721;WS=25297703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,54:0.95:57
chr12	25299921	rs11047863	G	A	28262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=599;NR=553;PP=2965;ReadPosRankSum=2.314;SC=GGAAAGTATTGCCCACAAGGG;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1272;TCF=659;TCR=613;TR=1152;WE=25299929;WS=25299911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:121,1206:0.91:1327
chr12	25302481	rs10842485	T	C	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=952;ReadPosRankSum=-1.204;SC=CATTTTTCAATTTAAAAAATA;SOR=0.385;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=49;WE=25302489;WS=25302471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chr12	25343516	rs10842501	C	T	2800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.298;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=36;PP=1701;ReadPosRankSum=0.497;SC=AGTGATTATACAACTATCTAT;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=114;TCF=77;TCR=37;TR=106;WE=25343538;WS=25343506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,115:0.92:125
chr12	25343707	rs10842502	C	T	3644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.9984;FS=2.492;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=74;PP=2025;ReadPosRankSum=0.359;SC=TGTAACTTTCCTTGCAAATCT;SOR=0.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=66;TCR=82;TR=136;WE=25343715;WS=25343697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,152:0.92:165
chr12	25362217	rs9266	A	G	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.97;ReadPosRankSum=1.872;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:17,148:0.90:165
chr12	25368462	rs4362222	C	T	28425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1062;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.02;MQRankSum=0.065;NF=544;NR=464;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.028;SC=GTCGGATCTCCCTCACCAATG;SOR=0.412;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1010;TCF=545;TCR=465;TR=1008;WE=25368470;WS=25368452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1053:1.00:1054
chr12	25368593	.	AT	A	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DP=454;ExcessHet=3.0103;FS=2.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.996;QD=0.39;ReadPosRankSum=-0.734;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,66:0.19:348
chr12	25388290	rs7133635	G	T	6054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=107;PP=2965;SC=CATCAAAGACGGTTGTAGACT;SOR=0.851;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=102;TCR=108;TR=209;WE=25388298;WS=25388280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr12	25398284	rs121913529	C	A	14340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=671;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.923;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=59.99;MQRankSum=-0.453;NF=309;NR=282;PP=2965;ReadPosRankSum=0.245;SC=GCCTACGCCACCAGCTCCAAC;SOR=0.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=656;TCF=342;TCR=314;TR=591;WE=25398292;WS=25398274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:63,606:0.91:669
chr12	25671759	rs1479500	T	A	11668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=240;NR=171;PP=2965;SC=GTTGACCGAGTCCTGGGCTGT;SOR=1.011;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=411;TCF=240;TCR=171;TR=411;WE=25671767;WS=25671749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr12	25673075	rs63213562	TATAC	T	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=36;PP=361;ReadPosRankSum=-0.940;SC=TGTTATGAGATATACATATAT;SOR=0.664;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=61;TCF=6;TCR=55;TR=38;WE=25673090;WS=25673063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr12	25678995	rs199719770	T	TA	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FS=5.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.473;QD=0.22;ReadPosRankSum=1.122;SOR=0.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:358,73:0.17:431
chr12	25679932	rs1705419	G	A	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=49;PP=1456;SC=CTTCAGATAGGAGTGTCTTTG;SOR=1.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=71;WE=25679940;WS=25679922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	25699523	rs278990	A	G	6725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=128;PP=2965;SC=GTAACCAGGAAAGAAGTAAAT;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=104;TCR=128;TR=232;WE=25699531;WS=25699513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr12	26026988	rs11048315	G	A	21434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=901;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.326;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=472;NR=342;PP=2965;ReadPosRankSum=1.576;SC=CAGCCACCTCGCTGAGCCACA;SOR=0.488;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=858;TCF=501;TCR=357;TR=814;WE=26026996;WS=26026978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:44,852:0.95:896
chr12	26231843	rs7133685	G	T	9715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=1.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr12	26231898	rs4963952	G	A	12846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,498:1.00:498
chr12	26492555	rs34679762	A	AT	2668.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=60;PP=1848;SC=CAAAAAAGGGATTTTTTTAAA;SOR=1.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=4;TCR=79;TR=63;WE=26492563;WS=26492545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	26568456	rs66797056	TAAGAAAAGA	T	11090.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=169;PP=2971;SC=AAAACACTAATAAGAAAAGAA;SOR=2.824;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=185;TCF=8;TCR=177;TR=175;WE=26568472;WS=26568446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr12	26581306	rs4963995	G	A	7679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr12	26592288	rs2270960	G	A	11763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=292;PP=2965;SC=TTAGCCTTTCGGACACCTCAG;SOR=2.058;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=402;TCF=110;TCR=292;TR=402;WE=26592296;WS=26592278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr12	26596618	rs2220406	C	T	12990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=215;NR=344;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.897;SC=TTTAGGTCTTCTTTTCCCCTT;SOR=1.291;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=563;TCF=217;TCR=346;TR=559;WE=26596626;WS=26596607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,541:0.99:545
chr12	26628357	.	C	CA	567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=0.000;DP=1129;ExcessHet=3.0103;FS=0.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.217;QD=0.60;ReadPosRankSum=2.480;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:791,155:0.16:946
chr12	26629972	rs12319212	A	G	9084.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=188;PP=2962;ReadPosRankSum=1.532;SC=ATGTGCATGCAAAGTCTATTT;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=409;TCF=195;TCR=214;TR=361;WE=26629980;WS=26629962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,395:0.88:447
chr12	26636911	rs7303383	C	A	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=50;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.079;SC=CATATGTGTGCTTTTCTAACT;SOR=3.091;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=2;TCR=53;TR=52;WE=26636919;WS=26636901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,56:0.95:59
chr12	26639346	rs36049222	T	TA	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=1.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.672;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,42:0.26:164
chr12	26703459	rs11048575	T	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.470;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr12	26709495	.	T	TG	811.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.593;HP=10;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.136;NF=3;NR=48;PP=811;ReadPosRankSum=2.200;SC=CTCTATTTTTTTTTTTGTGTG;SOR=2.056;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=3;TCR=54;TR=51;WE=26709507;WS=26709479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr12	26709497	rs199663645	T	G	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;MQRankSum=-0.129;QD=39.37;ReadPosRankSum=2.279;SOR=2.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr12	26709497	.	TTT	GTG	1533	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=10;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=58.59;NF=5;NR=24;PP=1533;QD=54.7057887884;SC=CTATTTTTTTTTTTGTGTGTG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=29;WE=26709507;WS=26709479;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:29,29:0.50:58
chr12	26732987	rs2230376	G	A	4385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr12	26733062	rs2230375	T	C	3069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	26749831	rs2230377	G	A	11675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=235;NR=178;PP=2965;SC=GGATGCAGTCGTCATGGGTCA;SOR=0.875;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=413;TCF=235;TCR=178;TR=413;WE=26749839;WS=26749821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr12	26752897	rs12832680	C	T	3635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=44;PP=2302;SC=ACTAGAAATACTAGAAGCCAC;SOR=1.410;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=86;TCR=44;TR=129;WE=26752905;WS=26752887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	26755546	rs3736185	C	T	19871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=721;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=319;NR=376;PP=2965;SC=TTGTATCTGCCGACCTCCTTT;SOR=0.894;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=696;TCF=319;TCR=377;TR=695;WE=26755554;WS=26755536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,716:1.00:716
chr12	26777379	rs2880875	T	C	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.198;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=64;PP=1821;ReadPosRankSum=-0.811;SC=GTGAAAATATTTTTGTCTTCA;SOR=2.130;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=19;TCR=67;TR=81;WE=26777387;WS=26777369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,86:0.95:91
chr12	26784850	rs2230372	G	A	17296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=861;ExcessHet=3.0103;FS=0.930;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.28;ReadPosRankSum=1.306;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:80,773:0.91:853
chr12	26811045	rs12313993	T	C	6465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=2.765;SC=CACACAGATCTGACAAATAAT;SOR=0.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=278;TCF=121;TCR=157;TR=260;WE=26811053;WS=26811035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:18,278:0.94:296
chr12	26816496	rs1375656	T	C	8687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=203;NR=94;PP=2965;SC=TTGCCCAACATAAAATATTTC;SOR=1.617;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=299;TCF=203;TCR=96;TR=297;WE=26816504;WS=26816486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr12	26819095	.	A	ATAGATAGATAGATAGATAGAT	410.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.321;NF=0;NR=33;PP=2993;ReadPosRankSum=3.106;SC=AGATAGATAGATTTTTTTTTA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=63;TCF=1;TCR=62;TR=33;WE=26819103;WS=26819084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr12	26834804	rs111626763	T	TACTC	21051.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=113;PP=2918;SC=TTTAAAGAGTTACCTCCTTTC;SOR=1.441;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=270;TCF=143;TCR=127;TR=243;WE=26834814;WS=26834794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr12	26848410	rs1982385	A	C	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=10;PP=1208;SC=TTACCTGTGAACCATAGGCTC;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=55;WE=26848418;WS=26848400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	26848663	rs3830260	A	AT	6169.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=94;PP=2965;SC=AATTCAATTAATATTCTATCC;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=7;TCR=98;TR=101;WE=26848671;WS=26848653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr12	26868322	rs1900941	T	C	20430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=802;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,795:1.00:795
chr12	26869233	rs7957289	C	T	14430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=300;PP=2965;ReadPosRankSum=0.638;SC=GTGCTATATTCGAAGCTAGAA;SOR=0.443;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=511;TCF=210;TCR=301;TR=509;WE=26869241;WS=26869223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,534:1.00:535
chr12	26874138	rs11407207	G	GT	3714.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=2.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.994;QD=18.48;ReadPosRankSum=-0.502;SOR=1.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,189:0.94:201
chr12	26875235	rs2291262	A	G	8621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=219;NR=42;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.875;SC=AGTAAAAACTATATTTTCTTT;SOR=2.042;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=263;TCF=221;TCR=42;TR=261;WE=26875243;WS=26875225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,276:1.00:277
chr12	26875565	rs2291261	G	A	5157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=145;PP=2965;SC=TTTTATACATGTATCATATAT;SOR=4.989;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=11;TCR=145;TR=156;WE=26875573;WS=26875555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr12	26878577	rs17480784	C	G	15114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=333;NR=255;PP=2965;ReadPosRankSum=0.756;SC=GAATCCTGGTCCTTACCTGTA;SOR=0.695;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=659;TCF=374;TCR=285;TR=588;WE=26878585;WS=26878567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:71,619:0.90:690
chr12	26878766	rs17480798	G	A	8717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.958;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=212;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.155;SC=TTCCCTTATAGCTCAGCTTTT;SOR=0.488;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=359;TCF=132;TCR=227;TR=338;WE=26878774;WS=26878756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:20,349:0.95:369
chr12	27059149	rs1488053	C	T	2356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=26;PP=1370;ReadPosRankSum=0.909;SC=TAATAAAAAACTGCTGATTAT;SOR=0.928;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=70;TCR=30;TR=86;WE=27059157;WS=27059139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,99:0.88:113
chr12	27059224	rs1488052	G	A	8508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=177;NR=118;PP=2965;SC=TTGACAATAAGTAACACAAAC;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=297;TCF=177;TCR=120;TR=295;WE=27059232;WS=27059214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr12	27059422	rs1488051	T	C	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=51;PP=1435;ReadPosRankSum=-1.347;SC=TAATTTATTATTTCCAAATTT;SOR=0.325;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=74;WE=27059430;WS=27059412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,78:0.96:81
chr12	27064232	rs3210635	C	T	13009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.930;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=321;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.836;SC=CTTTTCCACGCTCTAAGATTC;SOR=0.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=589;TCF=230;TCR=359;TR=524;WE=27064240;WS=27064222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:62,547:0.90:609
chr12	27066350	rs3736227	C	T	16273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=721;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=412;NR=218;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.014;SC=TGTGATATAACAAAAGGCACC;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=691;TCF=450;TCR=241;TR=630;WE=27066358;WS=27066340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:58,659:0.92:717
chr12	27072024	rs192533962	C	T	1627.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=5.347;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.60;ReadPosRankSum=-0.232;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,70:0.89:79
chr12	27072129	rs950158	A	G	2191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.71;ReadPosRankSum=-0.716;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,60:0.90:67
chr12	27072152	rs4353353	A	T	2019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.66;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,53:0.88:60
chr12	27075705	rs7137176	A	T	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.100;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=50;PP=1442;ReadPosRankSum=1.809;SC=TTAATTATTCATTTGCTTTTT;SOR=1.996;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=71;WE=27075713;WS=27075695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,79:0.98:81
chr12	27081566	rs2029309	C	G	3069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=12;PP=2489;SC=GCTGTCTCTACTATTCTGAAA;SOR=3.545;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=88;TCR=12;TR=100;WE=27081574;WS=27081558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	27087703	rs708158	T	C	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=31;PP=963;SC=ATGTGTAGTATATGCCAGGTG;SOR=3.556;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=27087711;WS=27087693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	27109412	rs5797206	C	CAT	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=1.103;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr12	27132691	rs143662680	C	CA	12362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=1.117;NF=90;NR=136;PP=2968;ReadPosRankSum=-0.078;SC=CTCGAACACACAAAACATCTG;SOR=0.543;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=276;TCF=110;TCR=166;TR=226;WE=27132703;WS=27132681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:36,477:0.93:513
chr12	27135669	rs74332145	T	G	16560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=719;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.10;ReadPosRankSum=-2.036;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:34,683:0.95:717
chr12	27152666	rs7314394	T	C	6640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=1.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr12	27165684	rs12321522	G	A	10652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5071;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.668;NF=147;NR=281;PP=2962;ReadPosRankSum=0.848;SC=TGTAATCCCAGCACTCTGGGA;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=475;TCF=164;TCR=311;TR=428;WE=27165692;WS=27165674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:50,447:0.90:497
chr12	27175494	rs3963548	T	C	5940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=127;NR=79;PP=2965;SC=TTTTGGCGTCTGTTTGCTGCG;SOR=1.108;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=127;TCR=79;TR=206;WE=27175502;WS=27175484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr12	27175640	rs1872191	A	G	11245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=202;NR=188;PP=2965;SC=GCAAAACTTGAAAGTGGGGAG;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=392;TCF=203;TCR=189;TR=390;WE=27175648;WS=27175630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr12	27234505	rs34457591	A	T	4133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.915;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=100;PP=2669;ReadPosRankSum=-0.178;SC=AAAATAGCCCAAGTGTCAATG;SOR=0.142;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=151;TCF=46;TCR=105;TR=146;WE=27234513;WS=27234495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,155:0.97:160
chr12	27235547	rs138774709	C	CT	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=0.805;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr12	27300420	rs841618	T	C	2656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=19;PP=2084;SC=TATGCTCTCTTAATGTTCCTT;SOR=2.168;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=63;TCR=19;TR=82;WE=27300428;WS=27300410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	27453490	.	A	T	6947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.185;SC=TCTGCAGAGGAGAAAACTGGA;SOR=0.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=175;TCR=127;TR=270;WE=27453498;WS=27453480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:32,294:0.90:326
chr12	27461984	rs6487599	T	C	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=5;PP=817;SC=TTAAGGGAAGTTACTTTTCTT;SOR=2.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=27461992;WS=27461974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	27470682	rs2242185	C	T	2819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=28;PP=1941;SC=TTATTAGCAACGTGATTGTAA;SOR=1.751;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=73;TCR=28;TR=100;WE=27470690;WS=27470672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	27470866	rs6487601	G	A	13313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr12	27486168	rs62758860	GA	G	972.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=14;PP=671;SC=TCTCGGGCCGGAGCATCGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=27486176;WS=27486158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	27533367	rs4964060	A	G	12122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=0.5307;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=282;PP=2962;ReadPosRankSum=2.431;SC=CCACACTTCGATAAGTGAAAT;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=546;TCF=230;TCR=316;TR=488;WE=27533375;WS=27533357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:60,516:0.90:576
chr12	27553794	rs2927028	C	T	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=30;PP=910;SC=GCTAGTTTTTCTTTTTCTTTT;SOR=4.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=34;WE=27553802;WS=27553778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	27569025	rs1256955	G	T	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=35;PP=981;ReadPosRankSum=2.133;SC=TTTAAGTGGCGTTGTGGAATA;SOR=1.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=39;WE=27569033;WS=27569015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,40:0.95:42
chr12	27623433	rs35052632	G	GT	2792.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.118;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=10;PP=2933;ReadPosRankSum=-0.673;SC=TGAACAGCCAGTTGAAAGGGG;SOR=2.649;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=89;TCF=74;TCR=15;TR=76;WE=27623441;WS=27623423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,100:0.90:111
chr12	27623490	rs776199	A	G	10458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=234;NR=119;PP=2965;SC=TCTGGTGTCAATGAAGAGGAT;SOR=1.450;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=353;TCF=234;TCR=119;TR=353;WE=27623498;WS=27623480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr12	27625823	rs386428	A	T	15117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=717;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=287;NR=316;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.940;SC=ACACTGAAAAATGGGTAAGAG;SOR=0.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=677;TCF=321;TCR=356;TR=603;WE=27625831;WS=27625813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:68,647:0.90:715
chr12	27625879	rs381905	G	A	15023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.03;ReadPosRankSum=-0.255;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,379:0.91:417
chr12	27625887	rs401739	T	C	14288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=1.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.41;ReadPosRankSum=0.340;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,345:0.90:382
chr12	27627805	rs411816	G	A	13647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.012;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=253;NR=300;PP=2965;ReadPosRankSum=1.063;SC=ACCCTCAAGCGTCTACATCTC;SOR=0.604;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=600;TCF=273;TCR=327;TR=553;WE=27627813;WS=27627795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:50,574:0.92:624
chr12	27647420	rs149908760	T	TTTATTA	1910.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-0.484;QD=36.74;ReadPosRankSum=0.814;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,46:0.88:52
chr12	27654898	rs61731840	C	T	2651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5195;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=29;PP=1612;ReadPosRankSum=0.283;SC=ATGTCCTCACCGTCACTGGAC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=80;TCR=33;TR=99;WE=27654906;WS=27654888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,109:0.87:125
chr12	27786115	rs3751231	C	T	4287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.371;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-1.092;NF=116;NR=45;PP=2786;ReadPosRankSum=-0.163;SC=TTAACTGATACAGGTATCGCA;SOR=0.541;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=124;TCR=49;TR=161;WE=27786123;WS=27786105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,168:0.94:178
chr12	27799341	rs59630572	CT	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=5.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=-0.331;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr12	27800576	rs34792131	C	CT	6935.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=70;PP=2979;SC=AGGATCATTCCTTTTTTTGTT;SOR=1.134;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=63;TCR=88;TR=120;WE=27800597;WS=27800566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr12	27800746	rs2194816	G	T	10896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=165;NR=225;PP=2965;SC=CAGAGAGAAGGTGAATGCCAC;SOR=1.076;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=390;TCF=165;TCR=225;TR=390;WE=27800754;WS=27800736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr12	27803097	rs367885450	CCT	C	494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=780;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=4.755;QD=0.68;ReadPosRankSum=-1.490;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:648,77:0.11:725
chr12	27813754	rs7132997	A	G	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=22;PP=1265;SC=TGGAGAGTAAATAACTTCTTA;SOR=1.488;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=70;WE=27813762;WS=27813744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	27813903	rs7133222	C	T	6138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr12	27813961	rs7133231	A	G	6772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr12	27813973	rs7133328	C	T	10621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr12	27813981	rs7133545	G	C	10268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.44;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr12	27814085	rs6487629	C	T	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=36;PP=994;ReadPosRankSum=1.563;SC=CCTGCCCCCACGAATTCAGAA;SOR=1.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=43;WE=27814093;WS=27814075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr12	27820302	rs2033024	C	T	4359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=104;PP=2965;SC=GACTGTGTTACTGAAAAGTTA;SOR=1.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=41;TCR=104;TR=145;WE=27820310;WS=27820292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	27826780	rs2052673	T	G	5983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=6.447;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.30;ReadPosRankSum=0.301;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:37,330:0.90:367
chr12	27832308	rs10743607	G	A	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=7;PP=1498;SC=CTCTTTGTAAGTCACTGATTA;SOR=3.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=51;TCR=7;TR=58;WE=27832316;WS=27832298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	27845924	rs3764010	C	T	4325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=0.900;SC=TTTGTTGTTCCAACTTCTGCT;SOR=0.746;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=171;TCF=38;TCR=133;TR=161;WE=27845932;WS=27845914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,166:0.92:181
chr12	27849795	rs929948	C	T	11197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FS=0.888;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.53;ReadPosRankSum=1.450;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:53,444:0.89:497
chr12	27849795	.	CA	TG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=59.97;NF=184;NR=218;PP=2947;QD=20;SC=TTTGGGGATCCAACAAGCAAA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=466;TCF=216;TCR=250;TR=402;WE=27849804;WS=27849785;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:64,402:0.86:466
chr12	27849796	rs929949	A	G	21393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.96;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,498:1.00:498
chr12	27867706	rs11049106	C	T	11730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=235;NR=147;PP=2965;SC=TTATCTTTTACGTACAGCGGA;SOR=1.145;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=382;TCF=235;TCR=147;TR=382;WE=27867714;WS=27867696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr12	27867727	rs1127787	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.16;ReadPosRankSum=0.487;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:452,60:0.12:512
chr12	27915718	rs10842975	A	T	16170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=363;NR=214;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.319;SC=ATTTGCAAGGATCCTGATTTT;SOR=0.524;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=582;TCF=366;TCR=216;TR=577;WE=27915726;WS=27915708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,602:1.00:603
chr12	27950067	rs138908506	C	CA	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=1.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.21;ReadPosRankSum=1.588;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,28:0.17:167
chr12	28336713	rs61920228	C	T	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.94;NF=40;NR=15;PP=959;SC=GTAAGATGTGCCTGCTTCTCC;SOR=1.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=55;WE=28336721;WS=28336703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	28412372	rs11049488	G	A	19099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=770;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=25.13;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,760:1.00:760
chr12	28412398	.	G	GT	612.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DP=504;ExcessHet=3.0103;FS=3.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=3.387;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.245;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,90:0.28:326
chr12	28457618	rs6487674	A	C	7685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=1.135;SC=ACTTCACTGAAGTTGCTGATG;SOR=0.223;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=280;TCF=150;TCR=130;TR=279;WE=28457626;WS=28457608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,300:1.00:301
chr12	28457802	rs10843150	A	G	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=24;PP=626;SC=TATCTTGCTTATATCCGTACT;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=28457810;WS=28457792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	28544464	rs3741760	G	A	2363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=67;PP=1767;SC=GAGAAAAAATGTGCTTATGTA;SOR=2.598;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=18;TCR=67;TR=85;WE=28544472;WS=28544454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	28605370	rs144054230	G	GCAGT	1582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=7;PP=949;SC=AAATTATTATGCAGTCTTTCA;SOR=1.547;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=16;WE=28605378;WS=28605360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	28605426	rs10771427	G	A	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=1.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	28636830	rs1511551	G	C	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=17;PP=1931;SC=CTAACAGATCGCAAAAGATTC;SOR=2.662;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=71;TCR=17;TR=88;WE=28636838;WS=28636820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	28637115	rs1511550	G	A	2980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=77;PP=2197;SC=ATCTCCTGAAGAGTTTTAATT;SOR=2.540;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=21;TCR=77;TR=98;WE=28637123;WS=28637105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	28724216	rs6487691	T	C	11292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=231;NR=169;PP=2965;SC=TACTACTGTATATCCTTCTTG;SOR=0.946;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=402;TCF=231;TCR=171;TR=400;WE=28724224;WS=28724206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr12	28726042	rs6487692	C	T	2990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=20;PP=1948;SC=TAAAAAAAGGCTTTAGCACCG;SOR=2.393;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=79;TCR=20;TR=99;WE=28726050;WS=28726022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	29423460	rs2216854	G	A	13420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=223;NR=267;PP=2965;SC=GCAAAGTGCTGATGGAGAAGC;SOR=0.920;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=492;TCF=224;TCR=268;TR=490;WE=29423468;WS=29423450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,515:1.00:515
chr12	29423583	rs2194519	A	G	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=62;PP=1873;SC=TATGCCTTATAGGAAAGCGTG;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=12;TCR=62;TR=74;WE=29423591;WS=29423573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	29444284	rs7972032	G	A	11867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=239;NR=186;PP=2965;SC=TACTGAGCCAGGGTCTCTGAG;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=425;TCF=239;TCR=186;TR=425;WE=29444292;WS=29444274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr12	29446477	rs10679359	T	TA	6179.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.733;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=143;PP=2255;ReadPosRankSum=0.287;SC=ATAGTTTCTGTAAAAAAAAAG;SOR=0.944;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=202;TCF=14;TCR=188;TR=155;WE=29446485;WS=29446467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:25,296:0.92:321
chr12	29462224	rs6487807	C	G	9481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=150;NR=209;PP=2965;SC=TAACAAAATTCTTAGTGCTGG;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=359;TCF=150;TCR=209;TR=359;WE=29462232;WS=29462214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr12	29485449	rs10743656	G	A	5107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=1.087;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr12	29486745	rs1052583	T	C	9678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=215;PP=2965;SC=TAGCCATCGCTTTTTATCTGG;SOR=1.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=324;TCF=109;TCR=215;TR=324;WE=29486753;WS=29486735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr12	29496224	rs3782511	G	A	11988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=225;PP=2965;ReadPosRankSum=0.756;SC=TCCTAAAAGGGAGGCAAAAGG;SOR=0.605;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=418;TCF=192;TCR=226;TR=416;WE=29496232;WS=29496214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,445:1.00:446
chr12	29502236	rs3764953	T	C	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=24;PP=693;SC=AGGATAATAATACAGTATTTT;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=29502244;WS=29502226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	29524365	rs3214493	TA	T	11215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=79;PP=2951;SC=AATTCATTGATAAATTCTTCC;SOR=2.071;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=234;TCF=144;TCR=90;TR=216;WE=29524373;WS=29524355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr12	29618273	rs10771537	G	C	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=87;PP=2041;SC=GAGGAAAAGAGGTTTATGAAG;SOR=2.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=18;TCR=87;TR=105;WE=29618281;WS=29618263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	29630081	rs7975356	G	A	24426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=916;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=509;NR=385;PP=2965;SC=ATGACACCTTGTGTTACTGGG;SOR=0.984;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=895;TCF=510;TCR=385;TR=894;WE=29630089;WS=29630071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,911:1.00:911
chr12	29650702	rs822879	C	T	11872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.55;SOR=1.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr12	29721945	rs2254945	C	T	4433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=85;PP=2686;SC=GTGAGAGCTGCCCCTCACAGC;SOR=1.091;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=66;TCR=85;TR=151;WE=29721953;WS=29721935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr12	29819161	.	CT	C	803.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=0.000;DP=436;ExcessHet=3.0103;FS=0.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.138;QD=2.95;ReadPosRankSum=-2.011;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,107:0.39:272
chr12	29920745	rs35316467	G	GTA	4970.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=29;PP=2973;ReadPosRankSum=1.080;SC=ATATTTACATGTATATATATG;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=84;TCR=33;TR=106;WE=29920753;WS=29920735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,142:0.87:164
chr12	29920790	rs148049141	C	CACAT	14972.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.982;NF=102;NR=90;PP=2968;ReadPosRankSum=0.065;SC=TACATACACACATTCATATTC;SOR=0.625;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=225;TCF=117;TCR=108;TR=192;WE=29920800;WS=29920780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,357:0.89:403
chr12	29921074	rs302316	A	G	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=72;PP=2136;SC=CACAAGGAACACAGACGGAAT;SOR=3.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=12;TCR=72;TR=84;WE=29921082;WS=29921064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	29936613	rs184221	T	G	4156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=65;NR=70;PP=2132;SC=CGGCCGGCGCTAGCCCGCAGC;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=65;TCR=70;TR=135;WE=29936621;WS=29936603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr12	30783743	rs2278558	C	T	2590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.893;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=37;PP=1621;ReadPosRankSum=1.278;SC=TCACACTCCTCTTGTGAAATA;SOR=0.260;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=99;TCF=61;TCR=38;TR=93;WE=30783751;WS=30783733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,102:0.95:107
chr12	30809492	rs7974489	G	A	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=5;PP=628;SC=TCCAAAAATTGAAGTGATTAT;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=30809500;WS=30809482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	30814043	rs67741303	CTATTA	C	4274.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=17;PP=2967;SC=TTAAATGCTACTATTATATCA;SOR=2.584;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=58;WE=30814055;WS=30814033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	30814259	rs10771753	C	T	9343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=154;NR=167;PP=2965;SC=CCCCGCTTTACAAAAGTTAGC;SOR=0.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=321;TCF=154;TCR=167;TR=321;WE=30814267;WS=30814249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr12	30815157	rs2118780	A	T	6425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=177;NR=41;PP=2965;SC=AATGTTGTTAAGCAGCACATG;SOR=2.908;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=177;TCR=42;TR=218;WE=30815165;WS=30815147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr12	30818081	rs10843807	A	G	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=8;PP=1021;SC=AGGTCAATTTATCCAAAAAAC;SOR=2.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=42;WE=30818089;WS=30818071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	30818406	rs10843808	T	G	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=30;PP=991;SC=TATTACCTTATATCAGTTTGA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=30818414;WS=30818396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	30822226	.	G	GA	964	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=14;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=59.85;NF=3;NR=45;PP=964;QD=20.1875;SC=TCTAAAATGAGAAAAAAAAAA;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=138;TCF=7;TCR=131;TR=48;WE=30822248;WS=30822216;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:90,48:0.35:138
chr12	30822239	rs376756669	AC	A	211.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.181;HP=12;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=45;PP=877;ReadPosRankSum=-0.464;SC=AAAAAAAAAAACGTAACAAAT;SOR=0.518;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=125;TCF=6;TCR=119;TR=48;WE=30822248;WS=30822216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,43:0.21:201
chr12	30822240	rs7955420	C	A	2553.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=2.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.71;ReadPosRankSum=-0.381;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,136:0.68:201
chr12	30823971	rs1054426	A	G	23157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=872;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=380;NR=447;PP=2965;SC=ATGCTTGCTGAAGAACACGGG;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=828;TCF=381;TCR=447;TR=827;WE=30823979;WS=30823961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,870:1.00:870
chr12	30827086	rs2289301	G	C	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=35;PP=1037;SC=AAATATAGTCGCTTATTCAAA;SOR=1.503;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=57;WE=30827094;WS=30827076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	30841200	rs6487931	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.623;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,13:0.14:90
chr12	30841285	rs12809355	G	C	5063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.673;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=0.194;SC=GGTAAGAAAGGACATTCACCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=123;TCR=98;TR=195;WE=30841293;WS=30841275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:26,214:0.89:240
chr12	30843377	rs2289302	T	C	4123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=2.253;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.93;ReadPosRankSum=0.432;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:15,173:0.92:188
chr12	30848675	rs12809335	C	T	17746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=858;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=386;NR=498;PP=2965;ReadPosRankSum=0.473;SC=TTCCGCGACCCCTGGATTACC;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=975;TCF=427;TCR=548;TR=884;WE=30848683;WS=30848665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:82,771:0.90:853
chr12	30867794	rs10843820	C	T	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=12;PP=1360;ReadPosRankSum=-0.651;SC=TACTACGTTGCAAATGACAAA;SOR=1.416;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=65;WE=30867802;WS=30867784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
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chr12	30888001	rs12146709	T	C	36693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1645;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=791;NR=648;PP=2965;ReadPosRankSum=0.998;SC=CAAACCCCCTTTGAAGTCTTT;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1578;TCF=871;TCR=707;TR=1439;WE=30888016;WS=30887991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:143,1496:0.91:1639
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chr12	30948848	rs256653	G	C	14183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=0.5434;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=376;NR=226;PP=2963;ReadPosRankSum=0.017;SC=TCCTTCCCCTGCCCCCATTCC;SOR=0.642;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=675;TCF=422;TCR=253;TR=602;WE=30948856;WS=30948837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:69,594:0.90:663
chr12	30949206	rs256654	A	G	13298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.057;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=369;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.796;SC=CATCCTCTCGATGGCCGCGCC;SOR=0.442;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=569;TCF=159;TCR=410;TR=516;WE=30949214;WS=30949196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:55,537:0.91:592
chr12	31116745	rs11051187	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:442,67:0.13:509
chr12	31131712	rs35097	T	C	6038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=142;PP=2965;SC=TCCCCCTACATATCTGCATCC;SOR=1.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=58;TCR=142;TR=200;WE=31131720;WS=31131702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr12	31132479	rs35096	A	C	13107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=296;NR=154;PP=2965;SC=GCTGATGGGGACTTCGCTCCT;SOR=1.453;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=452;TCF=297;TCR=155;TR=450;WE=31132487;WS=31132469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr12	31135418	rs2075332	C	A	10020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=230;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.323;SC=AGCCTGGGACCCTACGCAGGC;SOR=0.688;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=431;TCF=253;TCR=178;TR=395;WE=31135426;WS=31135408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:38,411:0.92:449
chr12	31135478	rs35089	T	C	14391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=266;NR=265;PP=2965;SC=TCAAGTGCTGTGGAAGCAACA;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=531;TCF=266;TCR=265;TR=531;WE=31135486;WS=31135468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,559:1.00:559
chr12	31135579	rs2075333	T	C	6982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.761;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.436;SC=ACAGTGGTGGTGCGCTGCGGC;SOR=0.521;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=290;TCF=118;TCR=172;TR=267;WE=31135587;WS=31135569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:24,290:0.92:314
chr12	31135905	rs888473	A	T	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.831;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=8;PP=960;ReadPosRankSum=-1.498;SC=TCCTCTGGCCAGTCCTCAGCC;SOR=0.197;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=47;WE=31135913;WS=31135895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,55:0.92:60
chr12	31237026	rs28559720	A	G	17025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=318;NR=362;PP=2965;SC=AAGTGGGAGTACTGGAGGAAA;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=681;TCF=319;TCR=362;TR=680;WE=31237034;WS=31237016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,628:1.00:628
chr12	31237372	rs3930906	A	T	4336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.94;NF=114;NR=46;PP=2965;SC=AGGTCCCGGGAGGGGATGCGG;SOR=1.882;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=164;TCF=118;TCR=46;TR=160;WE=31237380;WS=31237362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr12	31237700	rs3881296	G	A	5833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=100;PP=2965;SC=TCTCCCCTCCGTGACCCTCAC;SOR=0.720;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=207;TCF=106;TCR=101;TR=206;WE=31237708;WS=31237690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr12	31238075	rs4931428	G	A	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=40;PP=1088;SC=GACAGAGGCGGTAGCACTACC;SOR=1.931;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=59;WE=31238083;WS=31238065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	31240862	rs7308754	A	T	5471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=70;PP=2965;SC=GTTCTCTCTCACACACACAGA;SOR=1.442;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=130;TCR=70;TR=200;WE=31240887;WS=31240852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr12	31240925	rs7308773	A	G	12250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=257;NR=215;PP=2965;SC=AAGGTAACACAAGTGTCCTCA;SOR=0.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=473;TCF=258;TCR=215;TR=472;WE=31240933;WS=31240915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,477:1.00:477
chr12	31240960	rs7309189	G	A	13236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.78;QD=25.60;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,517:1.00:517
chr12	31242271	rs2005896	G	A	9315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=200;NR=133;PP=2965;SC=GCAGGTCCACGTGTGTTGGTA;SOR=1.126;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=339;TCF=203;TCR=136;TR=333;WE=31242279;WS=31242261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr12	31242314	rs2005897	T	C	15237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.81;QD=27.11;SOR=1.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,562:1.00:562
chr12	31242399	rs3881298	T	C	21587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=835;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=398;NR=423;PP=2965;SC=ACGACCGCTGTGTGGACATGC;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=824;TCF=400;TCR=424;TR=821;WE=31242407;WS=31242389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,833:1.00:833
chr12	31242440	rs2075318	A	G	17684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=296;NR=357;PP=2965;SC=CACTGGGACCATGGTGTAGCC;SOR=0.942;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=653;TCF=296;TCR=357;TR=653;WE=31242448;WS=31242430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,671:1.00:671
chr12	31243131	rs2075319	G	A	282.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.02;MQRankSum=-1.654;QD=18.86;ReadPosRankSum=2.348;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr12	31243172	rs117479762	T	C	132.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.49;QD=18.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	31244846	rs1808348	C	G	11687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=171;NR=241;PP=2965;SC=CCTGCTGTGACGTAAAGGGAC;SOR=1.101;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=414;TCF=172;TCR=242;TR=412;WE=31244854;WS=31244836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr12	31244924	rs1808349	G	A	3095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=92;PP=2645;SC=GAGGGTGCACGAGTCAAGGCG;SOR=5.092;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=5;TCR=92;TR=97;WE=31244932;WS=31244914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	31245741	rs2075321	A	G	5432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=143;NR=70;PP=2965;SC=CTTAGCCCTCAGCTGCTTGCT;SOR=1.565;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=143;TCR=70;TR=213;WE=31245749;WS=31245731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr12	31245916	rs61273537	C	T	9103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.295;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.285;NF=167;NR=202;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.940;SC=TGGTTCCCACCTCTGGCCCGG;SOR=0.449;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=407;TCF=182;TCR=225;TR=369;WE=31245924;WS=31245906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:33,387:0.92:420
chr12	31246371	rs10843882	C	T	6680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=135;PP=2965;SC=AAGGGTCGGCCGGGTGCGGTG;SOR=1.193;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=93;TCR=136;TR=228;WE=31246379;WS=31246361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr12	31246438	rs7970074	T	C	4648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.23;QD=43.45;SOR=1.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	31249118	rs9788128	A	G	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.93;QD=29.67;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	31249225	rs9788047	T	C	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.27;QD=32.49;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	31249244	rs9788048	T	A	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.66;QD=31.39;SOR=2.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	31249861	rs2075322	C	G	29522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=1110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=470;NR=597;PP=2965;SC=GATGCACATCCAAGGCTTCCT;SOR=0.972;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1071;TCF=471;TCR=600;TR=1067;WE=31249869;WS=31249851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1107:1.00:1107
chr12	31250669	rs7971579	G	A	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=72;NR=16;PP=1818;SC=CTGTGGGCTGGTTGTCCTAGA;SOR=2.737;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=92;TCF=76;TCR=16;TR=88;WE=31250677;WS=31250662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	31250768	rs2909388	C	T	6720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.64;QD=29.87;SOR=2.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr12	31253995	rs1046456	C	T	45659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=1754;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=813;NR=869;PP=2965;SC=TCCTGCCCCTCGTCATCTGCA;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1696;TCF=820;TCR=876;TR=1682;WE=31254003;WS=31253985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1742:1.00:1742
chr12	31254642	rs7952861	T	A	2701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=20;PP=2020;SC=CCAAGTCCTCTTCCTTGGCTG;SOR=2.597;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=73;TCR=20;TR=93;WE=31254650;WS=31254632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	31254701	rs7966366	G	T	6794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=147;NR=88;PP=2965;SC=AGGTGAAGACGCGGTTTGTGG;SOR=1.161;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=147;TCR=88;TR=235;WE=31254709;WS=31254691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr12	31254752	rs7966272	C	T	12025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.54;QD=26.26;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr12	31255263	rs10771803	G	A	60282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=1438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=792;NR=628;PP=2965;SC=CGTCATGCTGGGCTTGGGTCT;SOR=0.948;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1422;TCF=794;TCR=628;TR=1420;WE=31255271;WS=31255253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1436:1.00:1436
chr12	31255280	rs61918673	G	A	31634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1562;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.842;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-8.416;NF=721;NR=638;PP=2965;ReadPosRankSum=2.579;SC=GTCTGAGATCGTGTGGGGGTG;SOR=0.805;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1538;TCF=812;TCR=726;TR=1359;WE=31255288;WS=31255270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:178,1379:0.89:1557
chr12	31255772	rs58740356	A	AG	3750.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=21;PP=2924;SC=ACAGTCGGAGAGGCTGAGGGA;SOR=2.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=68;WE=31255780;WS=31255762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	31256075	rs3825318	G	A	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.93;NF=21;NR=52;PP=1566;SC=TGCCCCCTCCGGAAGCTTGGA;SOR=2.043;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=73;WE=31256083;WS=31256065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	31256546	rs1046457	G	A	14060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=232;NR=272;PP=2965;SC=TTTTGCCAGCGTAGTGCTCCT;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=504;TCF=232;TCR=272;TR=504;WE=31256554;WS=31256536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,527:1.00:527
chr12	31256905	rs1046458	T	C	4305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=111;PP=2659;SC=GAGTCCAGAGTGCTGCCAGGA;SOR=1.888;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=45;TCR=111;TR=156;WE=31256913;WS=31256895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	31264743	rs4930953	C	T	3664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=55;PP=1893;SC=TGCTTCTCCACCTGGGATTTA;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=61;TCR=56;TR=115;WE=31264751;WS=31264733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	31264770	rs1053552	A	G	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=44;PP=1301;SC=CATTTAAACAATAAACACATT;SOR=1.167;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=78;WE=31264778;WS=31264760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	31265823	rs2302848	A	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.044;NF=21;NR=4;PP=400;ReadPosRankSum=-2.147;SC=CTGTGAAGACAGAGGTTGATT;SOR=1.402;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=25;WE=31265831;WS=31265813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr12	31265872	rs2302849	C	T	2526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.417;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-6.013;NF=79;NR=31;PP=1556;ReadPosRankSum=-0.788;SC=TAGATATAAACACCACATTCA;SOR=1.131;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=91;TCR=36;TR=110;WE=31265880;WS=31265862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,106:0.86:123
chr12	31265925	rs2302850	C	G	5779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=5.601;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-5.632;NF=148;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=1.703;SC=CTTTTTCGTACTAATCGTAGA;SOR=1.221;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=275;TCF=166;TCR=109;TR=242;WE=31265933;WS=31265915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,245:0.87:281
chr12	31265983	rs1053534	G	A	7210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.73;MQRankSum=-5.647;QD=20.54;ReadPosRankSum=0.435;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:35,316:0.90:351
chr12	31266042	rs2302853	C	T	5272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=3.229;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.65;MQRankSum=-3.438;QD=21.61;ReadPosRankSum=1.039;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:19,225:0.92:244
chr12	31267744	rs7968684	A	C	5664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-7.405;NF=93;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=0.710;SC=TGTCTTTGTGATGAAAGATTA;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=106;TCR=148;TR=222;WE=31267752;WS=31267734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,236:0.88:267
chr12	31269189	rs25559	C	CATCAT	3120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=27.164;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.666;NF=55;NR=1;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.264;SC=CATGAGAACTCATTACCATGA;SOR=4.490;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=79;TCF=67;TCR=12;TR=56;WE=31269197;WS=31269179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,61:0.79:77
chr12	31270076	rs58035829	A	C	3865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=7.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.789;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.620;NF=33;NR=65;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.495;SC=TGACCGTTAAACTGGATCTCA;SOR=1.425;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=174;TCF=74;TCR=100;TR=98;WE=31270088;WS=31270066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,109:0.59:184
chr12	31270080	rs59046327	G	GAAA	3712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=6.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.760;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-11.132;NF=25;NR=46;PP=2974;ReadPosRankSum=-2.305;SC=CGTTAAACTGGATCTCACTGG;SOR=1.508;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=124;TCF=32;TCR=92;TR=71;WE=31270088;WS=31270066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,94:0.57:164
chr12	31270149	rs7316147	GC	CA	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQRankSum=-5.625;QD=23.08;ReadPosRankSum=-0.988;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,66:0.65:102
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chr12	31282765	rs2536839	A	T	3216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=74;NR=43;PP=1978;SC=AATGAATACAAATTTTTTCAT;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=75;TCR=43;TR=117;WE=31282773;WS=31282755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	31282784	rs35666624	A	G	4087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.62;QD=26.37;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr12	31283446	rs140298932	T	G	9852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.11;MQRankSum=-4.468;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.186;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,457:0.82:560
chr12	31285101	rs2933405	A	G	4419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=107;NR=44;PP=2965;SC=TCTCTATTCTATTATTTTAAG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=107;TCR=45;TR=151;WE=31285109;WS=31285091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr12	31285169	rs2287449	A	T	10519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.38;MQRankSum=-0.945;QD=22.92;ReadPosRankSum=0.668;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:26,433:0.94:459
chr12	31286189	rs3844571	T	C	4654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=103;PP=2965;SC=CCAGCTCACTTAAGCATGGCT;SOR=1.083;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=71;TCR=103;TR=174;WE=31286197;WS=31286179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	31288835	rs200865477	G	GA	2766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.9955;FS=1.358;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.617;NF=40;NR=38;PP=2974;ReadPosRankSum=1.276;SC=GAAATATTAAGAATATTTTAG;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=78;WE=31288843;WS=31288825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,99:0.91:109
chr12	31288884	rs4931444	G	T	8153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=111;PP=2965;SC=ACAGAACAACGCACCTCTACA;SOR=1.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=282;TCF=171;TCR=111;TR=281;WE=31288892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr12	31297722	rs55758709	C	T	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.972;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.141;NF=43;NR=4;PP=953;ReadPosRankSum=-0.794;SC=ATATAATCCACGAAGGAACAA;SOR=2.628;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=51;TCR=5;TR=47;WE=31297730;WS=31297712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,44:0.85:52
chr12	31297871	rs12309295	G	C	10640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.538;NF=225;NR=196;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.492;SC=TCAGATTTCAGTAGAAGGACG;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=468;TCF=249;TCR=219;TR=421;WE=31297879;WS=31297861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:47,453:0.91:500
chr12	31298250	rs115596083	A	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.95;MQRankSum=0.973;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr12	31300754	rs116358569	T	C	7075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-3.408;NF=190;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=1.939;SC=GACTGATGCATGATTTCTAAG;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=333;TCF=210;TCR=123;TR=300;WE=31300762;WS=31300744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:29,294:0.91:323
chr12	31300891	rs56144986	C	A	19356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=891;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-2.036;NF=438;NR=352;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.183;SC=GAGTAATGCACAGTAACAACC;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=878;TCF=484;TCR=394;TR=790;WE=31300899;WS=31300881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:85,806:0.90:891
chr12	31359159	rs3065666	C	CAATGGTAA	6803.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.691;NF=1;NR=92;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.243;SC=TCATACCAACCAATGGTAAGC;SOR=0.425;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=158;TCF=6;TCR=152;TR=93;WE=31359167;WS=31359149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,165:0.92:180
chr12	31359210	rs2164498	A	G	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=72;PP=2100;SC=CTCTTTGTGTAAAGACCCACA;SOR=3.560;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=11;TCR=72;TR=83;WE=31359218;WS=31359200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	31450157	rs12228083	T	C	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.290;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=978;ReadPosRankSum=-0.111;SC=ATTTTTATTTTAGTATCTTCA;SOR=0.960;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=52;WE=31450165;WS=31450147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,57:0.85:67
chr12	31539303	rs708200	G	T	2751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=70;PP=2015;SC=ACAACTTTTGGTCTTTCAAAA;SOR=2.511;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=22;TCR=70;TR=92;WE=31539311;WS=31539293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	31545103	rs708218	T	C	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=13;PP=1318;SC=AATATATATATCCTTATCACT;SOR=1.963;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=60;WE=31545111;WS=31545093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	31545381	rs792874	A	G	11602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=175;NR=219;PP=2965;SC=CTATGTCTAAAAAAAACACTA;SOR=1.052;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=398;TCF=176;TCR=222;TR=394;WE=31545389;WS=31545371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr12	31551350	rs1798769	C	T	6084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.93;NF=93;NR=125;PP=2965;SC=GACAGGGTTCCCGCTCAGCCC;SOR=1.138;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=93;TCR=125;TR=218;WE=31551358;WS=31551340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr12	31562359	rs111670680	GA	G	1379.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=3.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.80;MQRankSum=1.523;QD=12.32;ReadPosRankSum=-1.707;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,92:0.82:112
chr12	31568221	rs793159	C	T	11195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=258;NR=114;PP=2965;SC=CAGCCATAATCATTTGAGCAA;SOR=1.652;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=373;TCF=258;TCR=115;TR=372;WE=31568229;WS=31568211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr12	31577378	rs34764768	A	AT,ATT	7332.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.638;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=76;PP=2205;ReadPosRankSum=0.160;SC=AAAAGAGCCTATTTTTTTTTA;SOR=1.046;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=248;TCF=138;TCR=110;TR=196;WE=31577386;WS=31577368;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.78,0.15:396
chr12	31648728	rs143241018	GA	G	11462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=1.582;NF=81;NR=226;PP=2983;ReadPosRankSum=0.507;SC=TAAATGAGGGGAAAAAAAACA;SOR=0.786;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=377;TCF=92;TCR=285;TR=307;WE=31648736;WS=31648718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:44,555:0.93:599
chr12	31693975	rs34225458	T	TA	5479.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5073;FS=1.306;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.406;NF=18;NR=72;PP=1564;ReadPosRankSum=1.090;SC=TCTTACCATATAAAAAAAAAA;SOR=0.559;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=129;TCF=18;TCR=111;TR=90;WE=31693983;WS=31693964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:42,287:0.87:329
chr12	31814741	rs7959989	G	C	2943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=30;PP=1978;SC=CTCTTCCTCAGAATTCTCAGT;SOR=1.480;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=71;TCR=30;TR=101;WE=31814749;WS=31814731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	31819262	rs75048934	G	A	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=48;PP=1195;ReadPosRankSum=0.713;SC=TTTGTGATTGGACATTGTGAA;SOR=1.101;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=61;TCF=6;TCR=55;TR=54;WE=31819270;WS=31819252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,57:0.86:66
chr12	31820564	rs201646763	CT	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.38;ReadPosRankSum=-0.881;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,26:0.23:115
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chr12	31908050	rs6488005	A	C	44530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1730;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=820;NR=843;PP=2965;ReadPosRankSum=1.621;SC=CCAAGCCCATAGATAGATCAG;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1668;TCF=821;TCR=847;TR=1663;WE=31908058;WS=31908040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1718:1.00:1720
chr12	32134207	rs2388981	C	A	35085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1620;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.953;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=727;NR=684;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.492;SC=AACTAACTCACAATTTGCAGA;SOR=0.515;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1564;TCF=815;TCR=749;TR=1411;WE=32134215;WS=32134197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:159,1455:0.90:1614
chr12	32134240	rs2388982	C	T	34272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1612;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=708;NR=701;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.046;SC=TTACCCAAAACGTATGGTTGA;SOR=0.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1570;TCF=791;TCR=779;TR=1409;WE=32134248;WS=32134230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:159,1446:0.90:1605
chr12	32134638	rs2166807	T	C	26312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=541;NR=495;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.040;SC=AGTCAGCTTCTAAATTCTGTA;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1150;TCF=595;TCR=555;TR=1036;WE=32134646;WS=32134628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:114,1063:0.90:1177
chr12	32135186	rs3759302	T	A	11299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=259;NR=170;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.924;SC=GACTAATACTTCTTATAGTGA;SOR=0.603;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=469;TCF=285;TCR=184;TR=429;WE=32135194;WS=32135176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:42,465:0.92:507
chr12	32135441	rs3759301	T	C	29442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=1073;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=563;NR=472;PP=2965;SC=AATGCCAGACTCATCTCATGA;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1041;TCF=565;TCR=476;TR=1035;WE=32135449;WS=32135431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1069:1.00:1069
chr12	32137565	rs1057994	G	A	10447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=207;NR=210;PP=2962;ReadPosRankSum=1.056;SC=TGATAGAGATGTCACTGTTGT;SOR=0.700;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=483;TCF=242;TCR=241;TR=417;WE=32137573;WS=32137555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,449:0.87:517
chr12	32137852	rs3759297	C	G	15408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=753;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=332;NR=319;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.456;SC=CTCAGGAAACCCGACAGAAGA;SOR=0.612;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=731;TCF=374;TCR=357;TR=651;WE=32137860;WS=32137842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:77,670:0.90:747
chr12	32138924	rs7302975	T	C	6493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=1.035;NF=113;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.454;SC=GTGTCTACAATATTGTAAAGA;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=289;TCF=124;TCR=165;TR=263;WE=32138932;WS=32138914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:25,268:0.91:293
chr12	32138974	rs35804480	CT	C	3560.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.591;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.242;NF=5;NR=74;PP=2896;ReadPosRankSum=-0.442;SC=CTCATGCTGTCTTGGGCTGCT;SOR=0.229;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=95;TCF=5;TCR=90;TR=79;WE=32138982;WS=32138964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,110:0.89:124
chr12	32261435	rs1144715	A	G	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5025;FS=4.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=449;ReadPosRankSum=0.435;SC=TGGGTAGCAAATAACCACTTA;SOR=3.033;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=21;WE=32261443;WS=32261428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr12	32446835	rs261877	G	A	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=8;PP=864;ReadPosRankSum=0.137;SC=CCCATGAGGTGTTTTTATTAT;SOR=0.990;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=46;WE=32446843;WS=32446825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr12	32446901	rs261878	T	C	4117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.880;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=54;PP=2510;ReadPosRankSum=-0.851;SC=GAGAGTTATATATTGACTGTT;SOR=0.176;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=160;TCF=104;TCR=56;TR=150;WE=32446909;WS=32446891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,163:0.94:174
chr12	32481369	rs34447944	C	T	13344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.978;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=212;NR=312;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.960;SC=GGGAGCTAGCCCCCATGATTG;SOR=0.547;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=580;TCF=233;TCR=347;TR=524;WE=32481377;WS=32481359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:55,547:0.91:602
chr12	32481577	rs3748276	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=-0.936;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,6:0.13:45
chr12	32490369	rs2388987	G	A	4587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=45;PP=2514;SC=TTACTTTTCAGCTTAACTCCC;SOR=1.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=103;TCR=45;TR=148;WE=32490383;WS=32490359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr12	32490850	rs1057779	C	G	3819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.29;SOR=1.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	32491626	rs1471909	G	A	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=44;NR=18;PP=1217;SC=TTAAATGCCAGTATAAATAAT;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=62;WE=32491634;WS=32491616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	32491969	rs2291419	C	T	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.323;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=503;ReadPosRankSum=0.969;SC=AATAGACTCTCCCCTTCCTTC;SOR=2.165;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=27;WE=32491977;WS=32491959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr12	32520416	rs11351681	GA	G	424.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.981;HP=14;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=3;PP=343;ReadPosRankSum=0.752;SC=CTGTATTTAAGAAAAAAAAAA;SOR=3.193;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=31;WE=32520425;WS=32520412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,29:0.83:35
chr12	32530257	rs7298381	G	T	4033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=109;NR=4;PP=2965;SC=AGGGAAGAGTGCATATATCAT;SOR=6.341;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=110;TCR=4;TR=113;WE=32530265;WS=32530256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	32530385	rs7298319	C	G	36019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=1349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=733;NR=557;PP=2965;SC=TTCTCAAAATCTATGCAAAAA;SOR=1.002;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1292;TCF=735;TCR=557;TR=1290;WE=32530393;WS=32530375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1342:1.00:1342
chr12	32552769	rs2651369	C	G	14214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=266;NR=244;PP=2965;SC=GGGTGGCGATCCGGCGGAAGT;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=512;TCF=267;TCR=245;TR=510;WE=32552777;WS=32552759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,534:1.00:534
chr12	32639156	rs6488061	C	A	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=57;PP=1559;ReadPosRankSum=0.600;SC=GCAAAGTATACAATAGATGAG;SOR=0.587;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=48;TCR=61;TR=103;WE=32639164;WS=32639146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,120:0.95:126
chr12	32735236	rs904582	C	T	10927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.175;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=207;NR=230;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.715;SC=CCACAACAGACAGCTGTGATG;SOR=0.434;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=480;TCF=222;TCR=258;TR=437;WE=32735244;WS=32735226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:42,467:0.92:509
chr12	32753219	rs10844251	C	T	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=464;SC=GTGTGGTTTTCTAAAGCCAAA;SOR=3.014;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=32753227;WS=32753209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	32753518	.	C	CTTTT	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=13.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.51;ReadPosRankSum=0.331;SOR=3.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
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chr12	32753526	rs3862407	C	T	379.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=10.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.99;ReadPosRankSum=-2.348;SOR=3.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr12	32755058	rs4931641	T	A	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=4.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.76;ReadPosRankSum=0.470;SOR=0.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,45:0.87:52
chr12	32764184	rs10844253	G	A	12884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=270;NR=268;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.334;SC=TAGCTGCTCGGAACACTTCAG;SOR=0.532;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=604;TCF=299;TCR=305;TR=538;WE=32764192;WS=32764168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:68,559:0.89:627
chr12	32777362	rs11052110	G	A	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;MQRankSum=0.363;QD=23.41;ReadPosRankSum=-0.010;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,123:0.95:130
chr12	32777416	rs10700807	C	CT	698.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.545;QD=12.26;ReadPosRankSum=1.916;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,44:0.77:57
chr12	32778039	rs7970584	A	G	3517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.306;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=67;PP=1970;ReadPosRankSum=0.869;SC=AACCTCTTTCATATCTTTGCA;SOR=0.256;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=137;TCF=64;TCR=73;TR=130;WE=32778047;WS=32778029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,145:0.95:153
chr12	32793164	rs74073032	A	G	6915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.843;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.778;SC=CACACTTAACAAGCGAATACA;SOR=1.048;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=306;TCF=182;TCR=124;TR=279;WE=32793172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:29,301:0.91:330
chr12	32854200	rs11052192	A	G	896.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5319;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.568;NF=26;NR=6;PP=533;ReadPosRankSum=-0.710;SC=ACAAGAGCGAAACTCCGTCTC;SOR=0.651;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=32;WE=32854218;WS=32854193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,33:0.89:37
chr12	32854366	rs10844308	A	C	6656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.730;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=1.294;SC=GAAAGAGCTCAGTGCTAGAAA;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=290;TCF=167;TCR=123;TR=264;WE=32854374;WS=32854356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:28,285:0.91:313
chr12	32854602	rs9737752	G	A	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=45;PP=1229;SC=CTGTAGCATAGTTAGAAGTCC;SOR=2.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=57;WE=32854610;WS=32854592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	32859757	rs10844309	C	T	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.458;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=58;PP=1542;ReadPosRankSum=1.982;SC=AGGTAACCAACAGGAAACCAA;SOR=0.395;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=98;TCF=35;TCR=63;TR=91;WE=32859765;WS=32859747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,98:0.92:107
chr12	32860302	rs2272238	G	A	3892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=2.274;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.87;ReadPosRankSum=-1.159;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:15,163:0.92:178
chr12	32863824	rs11052197	T	C	5871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.074;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=0.015;SC=TACTTCATAGTTCATTGAAAT;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=244;TCF=169;TCR=75;TR=223;WE=32863832;WS=32863814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:20,235:0.92:255
chr12	32866399	rs7971495	G	A	4323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.44;ReadPosRankSum=-0.943;SOR=1.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,108:0.89:122
chr12	32866403	rs7958074	T	C	4294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.67;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,100:0.88:114
chr12	32871481	rs10844314	G	A	3077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=6.159;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=24;PP=2234;ReadPosRankSum=0.033;SC=AAGTGGGATTGTAGATGAGGG;SOR=1.576;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=132;TCF=103;TCR=29;TR=116;WE=32871489;WS=32871471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,120:0.88:137
chr12	32875406	rs10844318	A	G	3483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.37;ReadPosRankSum=0.945;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,149:0.91:163
chr12	32884187	rs138148657	AAAAAGCATTTTTCATG	A	5025.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.190;NF=38;NR=36;PP=2966;ReadPosRankSum=0.391;SC=ATTTGAAATTAAAAAGCATTT;SOR=0.624;SbPval=0.33;Source=Platypus;TR=74;WE=32884210;WS=32884177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,127:0.89:142
chr12	32884741	rs144761384	A	AAAAAAAC	5497.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.390;QD=39.84;ReadPosRankSum=1.876;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,130:0.94:138
chr12	32890161	rs7302970	C	T	3349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.981;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=79;PP=2198;ReadPosRankSum=1.548;SC=CAGAATATTACTCAGTCCTAG;SOR=1.358;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=136;TCF=53;TCR=83;TR=126;WE=32890169;WS=32890151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,133:0.93:143
chr12	32890685	rs2177704	C	T	6126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=149;NR=66;PP=2965;SC=TTATTTTCATCTTTCATGTTA;SOR=1.663;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=215;TCF=149;TCR=66;TR=215;WE=32890693;WS=32890675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr12	32896365	rs1059422	GA	CT	11917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=115;PP=2944;ReadPosRankSum=0.255;SC=GTAATACTGAGACTTTGTTGA;SOR=0.732;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=303;TCF=175;TCR=128;TR=266;WE=32896374;WS=32896355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,290:0.89:327
chr12	32897557	rs11052213	G	T	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.672;NF=60;NR=12;PP=1332;ReadPosRankSum=0.888;SC=TGAGGCAGGAGAATTGCTTGA;SOR=0.981;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=83;TCF=67;TCR=16;TR=72;WE=32897565;WS=32897547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,78:0.90:87
chr12	32897586	rs10844336	G	A	2718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=28;PP=1939;ReadPosRankSum=-1.301;SC=GGTGGAGGTTGTGGTGAGCTA;SOR=0.778;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=123;TCF=88;TCR=35;TR=108;WE=32897594;WS=32897576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,107:0.92:116
chr12	32905674	rs56907654	CAAAAAA	C	1540.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.24;ReadPosRankSum=0.113;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,41:0.91:45
chr12	32908237	rs11539445	C	A	21981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1084;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=448;NR=477;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.832;SC=GCGGAAGTGACCCCCCACTGC;SOR=0.684;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=1041;TCF=510;TCR=531;TR=925;WE=32908245;WS=32908227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,962:0.89:1082
chr12	32908518	rs11539444	G	A	26093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=571;NR=479;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.377;SC=AATGAAACAGGCCCAGCAGCG;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1152;TCF=623;TCR=529;TR=1050;WE=32908526;WS=32908508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:104,1079:0.91:1183
chr12	32945495	rs7956824	C	T	49238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=1872;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;PP=2965;SC=AGTTTTTTAGCGATTTCTTCC;SOR=0.713;Source=Platypus;WE=32945503;WS=32945485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1868:1.00:1868
chr12	32945721	rs6488091	G	T	4171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=97;PP=2830;SC=TTCTGGATGCGGCCTGTGGGT;SOR=2.494;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=28;TCR=97;TR=125;WE=32945729;WS=32945711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr12	32945769	rs6488092	G	C	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=42;PP=1410;SC=CTGCTACTCCGCAGCAGCCAT;SOR=2.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=54;WE=32945777;WS=32945759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	32949242	.	G	GA	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.482;QD=0.15;ReadPosRankSum=0.109;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,41:0.15:277
chr12	32955647	rs7975824	C	A	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=31;PP=928;SC=GGCTGGAGTGCAGTGGTGTGA;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=32955655;WS=32955637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	32974245	rs10772008	C	T	3732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=95;NR=38;PP=2447;SC=GGTATGTCTACAATATCATTA;SOR=1.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=95;TCR=38;TR=133;WE=32974253;WS=32974235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	32994073	rs146882581	G	A	9329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.624;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.688;NF=209;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.675;SC=CTCCGTCAGCGTAAGCAATGC;SOR=0.849;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=394;TCF=224;TCR=170;TR=360;WE=32994081;WS=32994063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:37,390:0.91:427
chr12	33049781	rs187291890	G	A	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.69;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	33529647	rs10844567	A	T	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.7143;FS=9.755;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=23;PP=1632;ReadPosRankSum=-1.889;SC=AGTGCACATCAAGTTTGTTCA;SOR=0.069;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=106;TCF=82;TCR=24;TR=97;WE=33529655;WS=33529637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,107:0.93:115
chr12	33535289	rs10844571	G	A	8181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.30;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,354:0.88:403
chr12	33576990	rs7980799	A	C	12192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=151;NR=267;PP=2965;SC=TGATTGATATAAAAGTTCTAG;SOR=1.454;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=420;TCF=153;TCR=267;TR=418;WE=33576998;WS=33576980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr12	33578997	rs141090671	TCA	T	683.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=0.143;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,44:0.27:164
chr12	34178732	rs149880150	TA	T	10612.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.023;NF=86;NR=105;PP=2948;ReadPosRankSum=0.795;SC=ATTTCTTCATTAGGTAAGCAG;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=97;TCR=118;TR=191;WE=34178740;WS=34178722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,295:0.92:322
chr12	34182369	rs10844778	G	A	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=3;PP=652;ReadPosRankSum=-0.581;SC=AACAGTGATTGTAGAAAAACG;SOR=2.242;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=32;WE=34182377;WS=34182359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr12	38711020	rs11183276	T	C	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=14;PP=392;SC=TGTTCCTGTCTCTGAGATCTG;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=38711028;WS=38711010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	38712142	rs6582584	C	G	19656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=736;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=350;NR=345;PP=2965;SC=TGGATCTTTGCATGGTCTGAA;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=699;TCF=354;TCR=345;TR=695;WE=38712150;WS=38712132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,734:1.00:734
chr12	38715000	rs35518352	A	G	8275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=189;PP=2965;SC=AGGACATTCAAAGGTTTATGT;SOR=1.894;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=266;TCF=77;TCR=189;TR=266;WE=38715008;WS=38714990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr12	38717678	rs6582607	T	C	3298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=44;PP=2209;SC=AAGTAACTTTTTGTCTGATAA;SOR=1.188;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=114;WE=38717686;WS=38717668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	39064381	rs7316392	T	G	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=0;PP=175;SC=TCTGAGTATCTACCAGATTAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=39064389;WS=39064378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	39064727	rs35326581	T	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=55;ReadPosRankSum=0.028;SC=AGAAAGCATGTTGATCCCTTC;SOR=0.205;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=7;WE=39064735;WS=39064717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr12	39071247	rs61937756	C	T	4795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=1.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.93;ReadPosRankSum=1.124;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,218:0.72:301
chr12	39087609	rs3759139	G	A	8903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=148;NR=164;PP=2965;SC=AAGGATTCATGTAGTGGAGGG;SOR=0.870;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=312;TCF=148;TCR=164;TR=312;WE=39087617;WS=39087599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr12	39087687	rs826877	A	C	4696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=89;PP=2858;SC=AGGGTAAATAAATTTAACAAA;SOR=1.334;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=59;TCR=89;TR=148;WE=39087695;WS=39087677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr12	39096664	rs7960616	T	A	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	39117384	rs844115	C	A	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=7;PP=1344;SC=GTTAAAGTTACAATTTGCCCC;SOR=3.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=54;WE=39117392;WS=39117375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	39124173	rs5797589	G	GA	1659.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=21;PP=723;SC=AAAATTAAAGGAAAAAAGTAC;SOR=1.033;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=22;WE=39124181;WS=39124163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	39154492	rs12300353	G	C	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=7;PP=1350;SC=GAGAAAATATGCTCATTTTAA;SOR=4.332;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=55;WE=39154500;WS=39154482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	39233771	rs3803020	A	G	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	39242340	rs61937837	G	A	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=671;ReadPosRankSum=0.392;SC=TTTTCTAAACGCAAGTTTTAG;SOR=0.817;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=56;WE=39242348;WS=39242330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,67:0.76:88
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chr12	39750497	rs7135918	T	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.14;ReadPosRankSum=-0.576;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
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chr12	39997867	rs12228617	G	T	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=355;ReadPosRankSum=-0.801;SC=ATTAAATAACGTAAATTATTA;SOR=0.557;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=21;WE=39997875;WS=39997857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr12	39998833	rs11172794	T	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.454;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=237;ReadPosRankSum=0.435;SC=TGTAAAAGATTATATTGCATT;SOR=2.387;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=12;WE=39998841;WS=39998823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
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chr12	40037727	rs10735878	A	G	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=31;PP=893;SC=CTGGTAAGTCATTCCAATTGC;SOR=0.898;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=40037735;WS=40037717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	40040059	rs151119934	G	GA	836.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=762;ReadPosRankSum=-0.222;SC=TAATGAACATGATTTATTAAA;SOR=0.283;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=19;WE=40040067;WS=40040049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr12	40040331	rs11172990	C	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=399;ReadPosRankSum=0.105;SC=TTTACTCACTCGAAAATGTAT;SOR=0.861;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=28;WE=40040339;WS=40040321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr12	40040525	rs7971290	G	A	394.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=246;ReadPosRankSum=1.569;SC=TGACCCTGTAGTGATTTACTT;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=13;WE=40040533;WS=40040515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr12	40077028	rs10047563	A	G	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=16;PP=439;SC=ATACACACACATCTATATATT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=40077036;WS=40077018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	40345185	rs11446411	G	GA	1641.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.804;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;MQRankSum=0.245;QD=21.32;ReadPosRankSum=-0.641;SOR=0.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,75:0.97:77
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chr12	40619301	rs2723273	G	A	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=16;PP=1330;SC=CTAAAAAGGAGAGGGGGTGCT;SOR=2.115;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=64;WE=40619309;WS=40619291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	40619542	rs2256286	A	G	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=56;PP=1682;SC=GGTTATTCCCAAAATTTGGCT;SOR=1.563;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=34;TCR=56;TR=90;WE=40619550;WS=40619532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	40626230	rs1352879	T	C	6772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=109;NR=121;PP=2965;SC=GAGTATTTATTTGTACACATG;SOR=0.945;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=109;TCR=122;TR=230;WE=40626238;WS=40626220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr12	40626285	rs1352878	C	T	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=69;PP=2018;SC=AAGGCTACTCCTGTGGAATTC;SOR=1.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=35;TCR=69;TR=104;WE=40626293;WS=40626275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	40629554	rs2131088	A	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr12	40631791	rs10878245	T	C	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=3.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.99;ReadPosRankSum=0.132;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,77:0.75:103
chr12	40645257	rs7955902	C	A	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.056;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=40;PP=1047;ReadPosRankSum=-1.495;SC=TTTTTTCTCCCCTAATCCAGG;SOR=1.030;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=69;WE=40645265;WS=40645247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,73:0.77:95
chr12	40657537	rs10784461	A	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=87;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CAGTCTGTTCAACTCAAATGT;SOR=0.760;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=8;WE=40657545;WS=40657527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr12	40657700	rs7308720	C	G	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=375;ReadPosRankSum=-0.475;SC=CAGCTTTGAACAGGGTATGTT;SOR=0.590;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=29;WE=40657708;WS=40657690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,32:0.38:85
chr12	40657771	rs10784462	C	G	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=277;ReadPosRankSum=1.743;SC=GAACTAGGGGCGCTTTTTCAG;SOR=0.582;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=22;WE=40657779;WS=40657761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr12	40677584	rs73108368	G	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=5.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-1.110;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr12	40681142	rs138343113	C	CT	3615.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=2684;ReadPosRankSum=1.085;SC=TGGTGTATCTCTTATTTTCAG;SOR=0.761;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=68;WE=40681150;WS=40681131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,128:0.84:152
chr12	40681352	rs66810434	T	TA	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=3.754;QD=1.93;ReadPosRankSum=-1.077;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,38:0.22:169
chr12	40702846	rs7305344	A	T	620.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=448;ReadPosRankSum=0.312;SC=ATTTTTTTTTAAAAAAGGATT;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=35;WE=40702854;WS=40702835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,32:0.86:37
chr12	40702911	rs7133914	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=-1.004;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,22:0.20:109
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chr12	40703087	rs10650388	C	CGT	1044.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=867;ReadPosRankSum=-0.098;SC=TGTCTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.276;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=20;WE=40703095;WS=40703077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,36:0.86:42
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chr12	40709185	rs721713	A	G	5912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=129;PP=2965;SC=GCATTTTAGAATTTGGGTTTA;SOR=1.354;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=84;TCR=130;TR=213;WE=40709193;WS=40709167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr12	40713759	rs1896252	T	C	235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.58;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	40713834	rs1427263	C	A	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	40713873	rs11176013	A	G	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	40713901	rs11564148	T	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.25;ReadPosRankSum=0.309;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr12	40714785	rs10878368	A	T	8205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr12	40715013	rs7307276	T	A	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=41;PP=1139;SC=TGAAGACTTATTAGATTTTTA;SOR=3.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=49;WE=40715021;WS=40715003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	40716015	rs7137665	C	T	4557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=71;PP=2965;SC=TTTTCAATTGCAACACTAAAG;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=89;TCR=74;TR=159;WE=40716023;WS=40716005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr12	40716260	rs10878371	T	C	3766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=85;PP=1974;SC=TTAATGATGGTGAAGAACATC;SOR=1.375;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=51;TCR=86;TR=136;WE=40716268;WS=40716250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	40742254	rs10878405	G	A	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.06;ReadPosRankSum=2.751;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,36:0.75:48
chr12	40742363	rs11176143	G	A	366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.94;ReadPosRankSum=2.338;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr12	40753044	rs111612315	C	CT	701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.945;HP=14;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=243;ReadPosRankSum=2.080;SC=AGTGTGTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.186;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=15;WE=40753052;WS=40753034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr12	40753303	rs3789330	A	G	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=14;PP=360;SC=TTTTTTCCTTATAATCATTAA;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=40753311;WS=40753293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	40757114	rs10626458	A	ACATG	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=561;SC=TAGTGTTTTTACATTAAGAAC;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=40757122;WS=40757104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	40757186	rs11317573	AT	A	1602.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.243;NF=16;NR=25;PP=766;ReadPosRankSum=2.261;SC=ATGACTTTCTATTTTTTTTTC;SOR=1.349;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=41;WE=40757194;WS=40757176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,76:0.97:78
chr12	40758652	rs3761863	T	C	3682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=85;NR=46;PP=2012;SC=AGGGAGGTAATGGTAAAAGAA;SOR=1.253;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=85;TCR=46;TR=131;WE=40758660;WS=40758642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr12	40761007	rs3789328	A	G	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=11;PP=266;SC=TTGGTAGTTTATAGTGTAAAG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=40761015;WS=40760997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	40761358	rs4768238	A	G	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	40787385	rs7968721	C	A	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=607;SC=TCTGTAGATCCAACATTTTTC;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=40787393;WS=40787375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	40793993	rs1820544	C	T	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=23;PP=645;SC=AAAATATAATCTCTCTTATTA;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=40794001;WS=40793983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	40799969	rs10784595	C	T	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.525;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,44:0.24:184
chr12	40799975	rs10784596	G	C	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.902;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,42:0.23:179
chr12	40802150	rs1019709	G	A	6514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=118;PP=2965;SC=GGATGCTGGAGGTTCAAAGTC;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=105;TCR=118;TR=223;WE=40802158;WS=40802140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr12	40808832	rs994798	A	G	4704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=66;PP=2861;SC=AGTGACAATTATTTTATATTC;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=85;TCR=66;TR=151;WE=40808840;WS=40808822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr12	40812123	rs10878551	C	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=214;ReadPosRankSum=-0.405;SC=TGCTACTTCTCTTTGGATACT;SOR=2.147;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=11;WE=40812131;WS=40812113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr12	40815530	rs73101534	C	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=31;ReadPosRankSum=-0.134;SC=CTCTAAGTAACCAGCTTAGAT;SOR=0.602;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=6;WE=40815538;WS=40815520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr12	40815548	rs6581732	T	A	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=7;PP=416;SC=GATAGAATTGTATTTGAGGAG;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=40815556;WS=40815538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	40820208	rs11176575	G	A	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=24;PP=1594;SC=TTATTTTGTAGCACTGTAACA;SOR=1.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=82;WE=40820216;WS=40820198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	40821176	rs7955308	G	A	6789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=92;PP=2965;SC=ATTTCTCCAGGAACACAAAGA;SOR=1.361;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=152;TCR=93;TR=244;WE=40821184;WS=40821166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr12	40821867	rs7958987	G	A	4341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.83;ReadPosRankSum=0.145;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,197:0.76:258
chr12	40822012	rs7960062	C	T	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=25;PP=676;SC=AAATAAAAAGCAATCTCACTG;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=40822020;WS=40822002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	40827479	rs2162470	T	C	2631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=21;PP=1471;SC=TTCACTTGGGTGAAGAACTGA;SOR=1.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=65;TCR=22;TR=86;WE=40827487;WS=40827469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	40829824	.	C	CA	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=1.415;QD=3.31;ReadPosRankSum=2.155;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr12	40830583	rs11564168	T	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.89;MQRankSum=-2.145;QD=2.11;ReadPosRankSum=0.450;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,43:0.21:204
chr12	40830599	rs66908734	CGTGTGTGT	C,CGT	1673.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=11.967;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4,4;NR=80,80;PP=2382,769;ReadPosRankSum=0.712;SC=TCGCTATAGTCGTGTGTGTGT;SOR=2.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=5;TCR=103;TR=84,84;WE=40830632;WS=40830589;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.65,0.21:81
chr12	40832126	rs10878584	C	T	9198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=142;NR=172;PP=2965;SC=GTTACATAAACGACGAGGTCA;SOR=1.002;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=314;TCF=142;TCR=172;TR=314;WE=40832134;WS=40832116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr12	40832161	rs11176635	T	C	6630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=126;PP=2965;SC=CTCATCCATATTGATGACAAT;SOR=1.183;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=90;TCR=127;TR=216;WE=40832169;WS=40832151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr12	40834376	rs10878592	C	G	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=12;PP=1189;SC=TTATTTCCAGCGTCTGTCGGG;SOR=1.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=58;WE=40834384;WS=40834366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	40834955	rs10784618	C	A	10361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=180;NR=183;PP=2965;SC=ACTGTCCATGCTCTTTTGGTG;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=363;TCF=180;TCR=183;TR=363;WE=40834963;WS=40834945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr12	40835596	rs4768263	T	G	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=14;PP=1208;SC=ATTATTTTGTTCTTCTTTACA;SOR=2.080;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=57;WE=40835604;WS=40835586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	40835734	rs7966110	C	G	6842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr12	40838146	rs10784620	A	T	9339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=164;NR=160;PP=2965;SC=GCAGTGACTTACACAGGGTTT;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=324;TCF=164;TCR=160;TR=324;WE=40838154;WS=40838136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr12	40838216	rs10784621	T	C	6907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=129;PP=2965;SC=TACCATGATGTGTGCATTGAA;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=251;TCF=121;TCR=130;TR=250;WE=40838224;WS=40838206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr12	40839467	rs7972395	A	G	5409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=113;PP=2965;SC=CTTTAAGAATATGCATAAAGT;SOR=1.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=83;TCR=114;TR=195;WE=40839475;WS=40839457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr12	40839521	rs1346307	T	C	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=61;PP=1798;SC=TTGTTTCTCCTAATTTCGTGT;SOR=2.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=18;TCR=61;TR=79;WE=40839529;WS=40839511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	40840325	rs10878597	T	C	12860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr12	40841781	rs1820547	A	G	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=10;PP=451;SC=CACTGCACCTAGCCACAACAC;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=40841789;WS=40841779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	40841938	rs11176682	G	T	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=851;ReadPosRankSum=0.783;SC=AAAAATTCCTGTCAATAACAG;SOR=0.394;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=55;WE=40841946;WS=40841928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,64:0.77:83
chr12	40842167	rs6581750	C	T	133.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=103;SC=AATATCATTTCATTATATTCC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=40842175;WS=40842157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	40844667	rs10784623	A	C	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=208;SC=CGGACCATCCAAACAGTTTCC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=40844675;WS=40844657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	40852398	rs1035811	T	C	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	40857126	rs144249723	TAAGTA	T	736.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=594;ReadPosRankSum=1.500;SC=ATAACGAGATTAAGTAAAGAA;SOR=0.765;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=13;WE=40857138;WS=40857116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr12	40857214	rs10878623	T	C	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=24;PP=1181;SC=TATCCATATATATTAAGCACC;SOR=1.091;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=71;WE=40857222;WS=40857204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	40857943	rs2933353	A	C	2801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=32;PP=1506;SC=GTATCTGGAGAAACCCCTGCA;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=86;WE=40857951;WS=40857933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	40858122	rs12228358	G	T	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.75;ReadPosRankSum=0.671;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,65:0.70:93
chr12	40858454	rs1492332	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=295;ReadPosRankSum=-0.258;SC=GTAGTAATCGGCCATGCAGAT;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=16;WE=40858462;WS=40858444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr12	40859036	rs2131202	C	T	5479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=96;PP=2965;SC=GATGTCATTCCGAGGCTGTGG;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=90;TCR=97;TR=185;WE=40859044;WS=40859026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr12	40859551	rs2131203	T	A	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=9;PP=346;SC=CATTGTAACCTTTTATGTAGA;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=40859559;WS=40859541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	40868767	rs1444222	A	G	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=39;PP=1467;ReadPosRankSum=-1.940;SC=AAGTGTCAGAACAAAGGGAAA;SOR=0.433;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=129;TCF=76;TCR=53;TR=91;WE=40868775;WS=40868757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,96:0.72:133
chr12	40868879	rs60890556	C	CA	1809.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=1.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.803;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.911;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,76:0.24:321
chr12	40894745	rs111256342	A	ACTGAGAATAC	6086.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=32;PP=2957;SC=TGTCCTCCTGACAGGAAGATT;SOR=0.859;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=41;WE=40894753;WS=40894735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	40894964	rs719228	G	T	1981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=42;PP=1088;ReadPosRankSum=-1.684;SC=GCTACGACTGGGGTGGCTCCT;SOR=0.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=78;WE=40894972;WS=40894954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,89:0.75:118
chr12	40895026	rs719227	C	T	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=541;ReadPosRankSum=-0.793;SC=TGCAGGTTGGCAGGGAAGTCT;SOR=0.904;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=32;WE=40895034;WS=40895016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,42:0.75:56
chr12	40911882	rs7300780	G	A	8091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.273;SC=GAGTGGCACTGCTGGAACTGA;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=449;TCF=208;TCR=241;TR=348;WE=40911890;WS=40911872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,364:0.77:475
chr12	40913955	rs35115017	CA	C	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.973;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=61.78;MQRankSum=0.829;NF=1;NR=9;PP=305;ReadPosRankSum=-0.159;SC=TATAGTATTTCAAGGAAACAG;SOR=3.258;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=10;WE=40913963;WS=40913945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr12	40920110	rs2933351	T	C	4102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=74;PP=2416;ReadPosRankSum=0.211;SC=CGGGGCCACCTGAGCAGGATT;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=211;TCF=117;TCR=94;TR=167;WE=40920118;WS=40920100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,179:0.79:226
chr12	40920872	rs35635655	C	CT	656.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.338;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,54:0.49:110
chr12	40924191	rs12813020	T	A	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=4.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.79;ReadPosRankSum=-0.198;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,86:0.80:108
chr12	40925908	rs7139187	A	C	3340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=75;PP=2300;ReadPosRankSum=1.677;SC=AAGGGAATGCATCTTATTTAA;SOR=0.840;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=181;TCF=85;TCR=96;TR=138;WE=40925916;WS=40925898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,146:0.75:194
chr12	40928587	.	CAA	C	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.123;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=7.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=0.398;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr12	40930709	rs7971316	G	C	6437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.647;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.757;SC=CTTCCCTACTGTATTTGTTCC;SOR=0.653;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=336;TCF=175;TCR=161;TR=257;WE=40930717;WS=40930699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,282:0.76:371
chr12	40933367	rs17128443	G	A	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.78;ReadPosRankSum=1.801;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,79:0.76:104
chr12	40942463	rs35702138	GT	G	680.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=3.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.244;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.208;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,87:0.43:204
chr12	40952895	rs11613339	G	A	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=24;PP=975;ReadPosRankSum=-0.744;SC=TTGTGTGTCTGTAATTCACAA;SOR=0.488;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=68;WE=40952903;WS=40952885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,73:0.77:95
chr12	40952934	rs1352938	A	G	2945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=42;PP=1719;ReadPosRankSum=-1.273;SC=TGCAGCACTGACCCAGAAAGT;SOR=0.512;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=149;TCF=99;TCR=50;TR=120;WE=40952942;WS=40952924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,133:0.81:165
chr12	40955544	rs17128462	T	C	343.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.9988;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=201;ReadPosRankSum=-0.870;SC=TGCCATTTTTTATTCTGTGTG;SOR=0.430;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=12;WE=40955552;WS=40955534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr12	41312365	rs10879356	A	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.220;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=461;ReadPosRankSum=-0.931;SC=TTTTCAAGTAATTTTTTTTCA;SOR=1.781;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=25;WE=41312373;WS=41312355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr12	41330531	rs2289522	T	C	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.281;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=797;ReadPosRankSum=-0.376;SC=CTGGAGATTATGATGGATCTT;SOR=0.164;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=66;WE=41330539;WS=41330521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,76:0.79:96
chr12	41330774	rs74587413	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=4.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=-1.197;SOR=0.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,44:0.20:221
chr12	41331612	rs1442193	T	C	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5210;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=98;ReadPosRankSum=1.780;SC=ATGTTGGTTGTTTACTGATTT;SOR=1.863;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=41331620;WS=41331602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr12	41337435	rs1056019	C	T	2618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.693;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=36;PP=1329;ReadPosRankSum=0.242;SC=TGGAAATCAACAACATTACAA;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=141;TCF=92;TCR=49;TR=106;WE=41337443;WS=41337425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,119:0.75:158
chr12	41410425	.	C	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=587;ReadPosRankSum=-0.165;SC=ATCCCCATAGCATTTCCTCCC;SOR=1.387;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=27;WE=41410433;WS=41410415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr12	41455442	rs147239967	T	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=189;ReadPosRankSum=0.976;SC=ACAAATATGTTTGCAAATTTT;SOR=1.244;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=11;WE=41455450;WS=41455432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr12	41463689	rs11179698	T	C	3921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=66;PP=1862;ReadPosRankSum=-0.205;SC=TCGCCTTAGCTGAAGCAGACT;SOR=0.618;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=224;TCF=133;TCR=91;TR=158;WE=41463697;WS=41463679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,185:0.72:256
chr12	41582590	rs10879830	G	C	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	41582603	rs10879831	G	C	2198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=18;PP=510;SC=CCGCAGCCGCGGGGGCTGCGC;SOR=0.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=37;WE=41582611;WS=41582580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	41588124	rs3847980	A	G	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	41946315	rs11301675	TA	T	68.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.8338;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.180;NF=5;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=-0.366;SC=ATAATATTGGTAAAAAAAAAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=41946323;WS=41946310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr12	41946453	rs285585	T	C	2934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=26.44;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	41949370	rs285580	T	G	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=644;ReadPosRankSum=0.104;SC=AGAGAAATATTATGTATACTG;SOR=0.876;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=33;WE=41949378;WS=41949360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
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chr12	41957568	rs157971	C	T	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.563;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=166;ReadPosRankSum=-1.363;SC=ATCATTATCACGGTTATCTCT;SOR=0.105;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=13;WE=41957576;WS=41957558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr12	42481803	rs824722	G	A	252.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.42;ReadPosRankSum=1.472;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
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chr12	42503467	rs7312933	T	C	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.19;ReadPosRankSum=0.777;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,53:0.78:68
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chr12	42513127	rs7977365	G	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=391;ReadPosRankSum=-0.801;SC=AGGATCACTTGAAACCAAGAG;SOR=0.504;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=24;WE=42513135;WS=42513117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr12	42538320	rs112525075	G	A	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=2.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-2.946;QD=13.19;ReadPosRankSum=1.365;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,41:0.37:110
chr12	42538334	rs181558534	C	A	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQRankSum=-3.106;QD=12.41;ReadPosRankSum=0.931;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,39:0.35:112
chr12	42538340	.	C	A	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-2.839;QD=12.23;ReadPosRankSum=0.608;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,36:0.34:107
chr12	42538349	.	T	C	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.821;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=-2.884;QD=11.85;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,32:0.33:97
chr12	42538352	.	C	A	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=-2.884;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.520;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,32:0.33:97
chr12	42538356	.	T	C	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-2.908;QD=11.34;ReadPosRankSum=-0.994;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,31:0.33:95
chr12	42538366	.	AC	TT	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.324;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=3.532;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-3.239;QD=10.36;ReadPosRankSum=-1.072;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,22:0.28:78
chr12	42538371	.	G	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.787;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQRankSum=-2.888;QD=9.10;ReadPosRankSum=-1.438;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,19:0.27:71
chr12	42538383	.	A	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-2.529;QD=7.79;ReadPosRankSum=-2.166;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,14:0.24:59
chr12	42538386	.	G	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-2.504;QD=7.18;ReadPosRankSum=-3.090;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr12	42538395	.	C	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-2.517;QD=4.97;ReadPosRankSum=-2.513;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,6:0.13:46
chr12	42538406	.	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-2.959;QD=1.58;ReadPosRankSum=-3.142;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,4:0.10:41
chr12	42554505	rs1059360	A	G	4631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.339;SC=GATCTGCAGAAGCAGCACTAG;SOR=0.735;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=284;TCF=153;TCR=131;TR=215;WE=42554513;WS=42554495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,217:0.74:292
chr12	42599696	rs12370778	T	A	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=384;ReadPosRankSum=1.237;SC=TGTGATTTAGTTCTAATTATT;SOR=0.527;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=25;WE=42599704;WS=42599686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,34:0.79:43
chr12	42604068	rs184357585	C	A	310.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=196;ReadPosRankSum=-0.888;SC=CAAGTAACTTCCTTTCTTTTC;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=12;WE=42604076;WS=42604058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr12	42606135	rs10880269	C	T	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.669;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=768;ReadPosRankSum=-1.001;SC=TCATCATATTCATTTTAATGT;SOR=0.226;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=58;WE=42606143;WS=42606125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,68:0.85:80
chr12	42629550	rs7960176	T	C	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.16;ReadPosRankSum=-0.626;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,38:0.78:49
chr12	42707437	rs3761677	C	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=-1.226;SC=AGTAAGCAAGCACTATAAACC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=5;WE=42707445;WS=42707428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr12	42717724	rs199988703	G	GA	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=2.650;QD=0.65;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,25:0.19:134
chr12	42717811	rs17091074	A	T	8547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=0.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-1.794;QD=16.99;ReadPosRankSum=1.002;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,387:0.77:503
chr12	42717961	rs3747557	G	T	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=78;PP=1522;ReadPosRankSum=-0.164;SC=TTCTTTTTTTGTTGTTTGAGA;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=38;TCR=85;TR=113;WE=42717969;WS=42717943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,115:0.92:125
chr12	42729891	rs7296357	T	G	3632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=86;PP=2317;SC=ACCAGTGTAGTTTACAAAAGA;SOR=1.428;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=49;TCR=86;TR=135;WE=42729899;WS=42729881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	42768646	rs59428088	G	GT	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.82;ReadPosRankSum=-1.380;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,40:0.69:58
chr12	42778922	rs1669906	G	A	3967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=82;PP=2363;SC=ACCACAGTTAGCAGTAGACCT;SOR=1.209;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=58;TCR=82;TR=140;WE=42778930;WS=42778912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	42781149	rs2305423	T	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.920;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=134;ReadPosRankSum=0.221;SC=AATGAAAAGTTTTAGTACTAA;SOR=2.303;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=8;WE=42781157;WS=42781139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr12	42781178	rs2243465	A	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.528;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=42;ReadPosRankSum=0.473;SC=TATGACCCCCACATTAATTCC;SOR=0.086;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=6;WE=42781186;WS=42781168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr12	42787579	rs1376931	A	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=1.216;SC=GTTTATTCCTATACTTCAAAA;SOR=0.473;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=7;WE=42787587;WS=42787569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr12	42835328	rs60616542	TA	T	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.480;QD=2.44;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,29:0.36:81
chr12	42839836	rs1669885	A	C	11253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=2.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr12	42853058	rs68074167	GT	G	1315.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.367;NF=26;NR=23;PP=692;ReadPosRankSum=1.838;SC=AATGTTTTTTGTTTTTTTTTT;SOR=0.585;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=49;WE=42853066;WS=42853048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,75:0.87:86
chr12	42853084	rs12658	C	A	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.697;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.765;NF=52;NR=27;PP=1261;ReadPosRankSum=-1.332;SC=CTGTAGCTGGCGCTGATACAA;SOR=0.620;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=80;TCR=41;TR=79;WE=42853092;WS=42853074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,82:0.64:128
chr12	42853213	rs17091220	C	A	3008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.316;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=61;PP=1569;ReadPosRankSum=1.448;SC=ACTATCAAGACCTGAGCCGAC;SOR=0.577;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=159;TCF=75;TCR=84;TR=119;WE=42853221;WS=42853203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,136:0.74:185
chr12	42853350	rs1043656	A	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=-1.378;SC=GGAAAACCAAAGCAGCTACGT;SOR=0.919;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=8;WE=42853358;WS=42853340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr12	42853520	rs1043652	A	G	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=378;ReadPosRankSum=1.020;SC=AGCACTTTAAACTATTTTCAC;SOR=0.527;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=22;WE=42853528;WS=42853510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr12	42854205	rs3747562	A	G	5766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.73;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr12	42854205	.	AGAA	GGAA,GGAG	1952	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=108,24;NR=60,15;PP=1952,498;QD=11.8260191223;SC=TGACATCATCAGAAAACTTGA;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=109;TCR=60;TR=168,39;WE=42854216;WS=42854195;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:169
chr12	42854208	rs3747563	A	G	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.974;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,47:0.23:204
chr12	42859961	rs12230583	A	G	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=12;PP=579;ReadPosRankSum=0.541;SC=ACTAATGGCTAGGTGACAGGG;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=126;TCF=90;TCR=36;TR=43;WE=42859969;WS=42859951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,45:0.34:133
chr12	42862750	rs2708062	T	G	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=330;SC=TGCTACCTCTTTTAGTGATTA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=42862758;WS=42862740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	42863516	rs67128387	G	A	1800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=46;PP=1134;ReadPosRankSum=-0.697;SC=ACACCCCCACGATTTTAAAAT;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=21;TCR=62;TR=62;WE=42863524;WS=42863506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,72:0.77:93
chr12	43769718	rs7972295	A	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.708;SOR=1.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,8:0.16:51
chr12	43826277	rs201811876	T	TA	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.31;ReadPosRankSum=0.535;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,39:0.18:221
chr12	43827506	rs199984116	AACAC	A	486.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;QD=37.44;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	43840370	rs61925148	G	A	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FS=0.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=1.771;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:357,114:0.24:471
chr12	43846272	rs7307955	C	T	5942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=83;PP=2965;SC=TGTGTTCTTACGTCTCAGAAA;SOR=0.862;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=112;TCR=83;TR=195;WE=43846280;WS=43846262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr12	43847941	rs6582464	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.653;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr12	43884330	rs7297170	C	A	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.58;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,81:0.73:111
chr12	43886199	rs11182110	G	C	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=-0.777;QD=29.26;ReadPosRankSum=0.897;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,34:0.76:45
chr12	43886205	rs55821433	G	C	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.91;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,37:0.77:48
chr12	43945603	rs275602	A	C	2990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	44132250	rs10880558	T	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=0.308;SC=TTACTTTCTTTAAAAAAAGAT;SOR=0.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=11;WE=44132258;WS=44132240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr12	44139805	rs11182246	A	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=0.716;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr12	44148259	rs1057190	T	C	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=1.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.216;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:380,82:0.18:462
chr12	44176015	rs3805199	A	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.089;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,6:0.16:38
chr12	44180295	rs4251545	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=-1.163;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,12:0.16:75
chr12	44192424	.	TA	T	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.873;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=-0.090;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,17:0.21:80
chr12	44194265	rs17093734	A	G	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=5.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.53;ReadPosRankSum=0.906;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,9:0.13:70
chr12	44196407	rs10880568	T	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.276;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr12	44338153	rs6582491	T	A	3862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	45004824	rs2305448	G	A	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=31;PP=809;SC=TACACCTTCAGTCTTGGTTAT;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=45004832;WS=45004814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	45108397	rs74497791	A	C	5749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=118;NR=85;PP=2965;SC=TTATAAATAGAAACAATTTTG;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=118;TCR=86;TR=203;WE=45108405;WS=45108387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr12	45108480	rs17574839	T	C	8929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr12	45170006	rs4768572	T	C	6126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=94;NR=108;PP=2965;SC=ACTCCGCAGGTATCTTTTTTT;SOR=0.973;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=94;TCR=109;TR=202;WE=45170017;WS=45169996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr12	45621906	rs57127691	GT	G	278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.96;ReadPosRankSum=1.051;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr12	45664213	rs10748415	G	A	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=29;PP=1728;SC=ATATTGGCCTGTTGTATTTAT;SOR=1.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=69;TCR=29;TR=98;WE=45664221;WS=45664203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	45695735	rs4140756	C	A	4536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=100;NR=54;PP=2704;SC=TTTAAAAGTACAGAACTACGT;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=100;TCR=55;TR=154;WE=45695743;WS=45695725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr12	45771901	.	G	GT	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=2.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.167;QD=1.84;ReadPosRankSum=-2.284;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,33:0.27:123
chr12	46287170	rs138252675	TTC	T	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=4.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=-1.206;SOR=1.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,29:0.15:194
chr12	46298877	rs183623382	A	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,30:0.22:134
chr12	46320876	rs137971738	C	A	5702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.986;SC=CTAGTAGTATCCCTTTTTGGA;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=300;TCF=151;TCR=149;TR=225;WE=46320886;WS=46320866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,256:0.77:333
chr12	46321514	rs7315731	A	T	3950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=50;PP=2674;SC=AATATTATTGAAATCTTCATT;SOR=1.313;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=86;TCR=50;TR=136;WE=46321522;WS=46321504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr12	46322654	.	T	TA	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=9.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=0.040;SOR=0.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,28:0.21:131
chr12	46367903	rs10880879	T	C	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=38;NR=23;PP=1112;SC=TATGTTTATATTATACTGTAG;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=61;WE=46367911;WS=46367893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	46367939	rs11183268	G	T	2585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=35;PP=1412;SC=ACAGCATTATGTCTAAAAACT;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=51;TCR=35;TR=86;WE=46367947;WS=46367929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	46385815	rs11574952	C	T	14535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=227;NR=295;PP=2965;SC=GCCGACCGACCGCTTCACTGC;SOR=1.008;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=524;TCF=229;TCR=295;TR=522;WE=46385823;WS=46385805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,536:1.00:536
chr12	46582540	rs1045278	T	A	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=615;ReadPosRankSum=1.546;SC=GAAAAAAAAATTTCACAATCC;SOR=3.442;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=23;WE=46582548;WS=46582530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr12	46589988	rs11608815	C	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-1.528;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,54:0.24:223
chr12	46591906	rs7954255	T	C	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=46;PP=1133;SC=GACATTTCTCTGCAGAGTAAC;SOR=2.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=61;WE=46591914;WS=46591896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	46601056	rs2289768	C	T	2296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=31;PP=1235;SC=AAAGAAGATACGAAGGCTTAT;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=71;WE=46601064;WS=46601046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	46662485	rs2242355	G	C	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=10;PP=2086;SC=GGCGGATTTCGGAGGAAGGTG;SOR=3.792;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=85;TCF=74;TCR=11;TR=83;WE=46662493;WS=46662478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	46755112	rs7961994	A	T	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=26;PP=703;SC=ATCTATAGAAAGAATATTTAA;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=46755120;WS=46755102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	46758494	rs2307061	A	G	5297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=102;PP=2965;SC=TCCTATAAGGAGGGGTGGCAG;SOR=1.202;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=74;TCR=102;TR=176;WE=46758502;WS=46758484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr12	46759017	rs7968173	T	A	3105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=59;PP=1876;SC=AAATATCCTCTGAAAAATATA;SOR=1.407;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=96;WE=46759025;WS=46759007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	46759057	rs12307969	G	C	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=34;PP=1074;SC=CATTTCATAGGAATACCATGA;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=48;WE=46759065;WS=46759047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	46761127	rs10880959	G	A	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=37;PP=1138;SC=GAGAATTCTGGTGAGAGAAGG;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=72;WE=46761135;WS=46761117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	47159123	rs4768756	A	G	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	47159196	rs2430921	A	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=3.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.574;SOR=1.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,19:0.20:94
chr12	47162938	rs2216433	T	G	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=25;PP=1486;SC=CCAGAGCCTCTCAGGGATAAA;SOR=1.711;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=62;TCR=26;TR=87;WE=47162946;WS=47162928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	47168898	rs180414	G	A	5433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=100;NR=86;PP=2965;SC=CCATGAGAAGGGGGATGTCTA;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=100;TCR=86;TR=186;WE=47168906;WS=47168888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr12	47170621	rs12316767	C	A	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.232;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=16;PP=1018;ReadPosRankSum=-1.776;SC=AAAATCATACCTACCCAGGTC;SOR=1.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=67;TCR=25;TR=60;WE=47170629;WS=47170611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,66:0.67:98
chr12	47170887	rs180419	C	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=0.427;SOR=1.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,11:0.19:57
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chr12	47173830	rs2287471	G	A	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.328;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=37;PP=938;ReadPosRankSum=0.348;SC=TGGAAAATGTGACAGCTTAAT;SOR=1.721;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=50;WE=47173838;WS=47173820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,52:0.81:64
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chr12	48110325	rs1235153	A	G	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr12	48132451	rs2072116	T	C	7815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=163;NR=114;PP=2965;SC=TAGTAGTGAATGCCTGCTCTC;SOR=0.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=277;TCF=163;TCR=114;TR=277;WE=48132459;WS=48132441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr12	48134300	rs12828238	G	A	3913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=73;PP=2645;SC=GAAGGCAGAGGCTCCAGGGGA;SOR=0.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=61;TCR=73;TR=134;WE=48134308;WS=48134290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr12	48134381	rs35703007	CG	C	5507.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=60.61;NF=29;NR=73;PP=2975;SC=AAAAGGTAGCCGGGGGGACTC;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=34;TCR=82;TR=102;WE=48134389;WS=48134371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr12	48134634	rs11168219	C	T	7576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=141;NR=118;PP=2965;SC=GAGAGGTCAGCGAGTGCTGAG;SOR=0.778;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=265;TCF=146;TCR=119;TR=259;WE=48134642;WS=48134624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr12	48134695	rs2074533	T	C	11673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr12	48142343	rs12424297	T	C	5516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr12	48142418	rs757281	C	G	3267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=57;PP=1939;SC=CATTTTTCTCCATTAGCCAGC;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=57;TCR=57;TR=114;WE=48142426;WS=48142408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	48142636	rs12422983	C	T	9497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=196;NR=125;PP=2965;SC=CGGGAAGGGCCGGCGCCCTGA;SOR=1.075;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=322;TCF=197;TCR=125;TR=321;WE=48142644;WS=48142626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr12	48143095	rs149061709	G	GCTCTGGT	18541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=82;PP=2971;SC=CAGGCCCTCTGCTCTGGTCCC;SOR=1.089;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=179;TCF=62;TCR=117;TR=128;WE=48143103;WS=48143085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr12	48143360	rs757280	T	C	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=51;PP=1399;SC=CTGCCGCCCCTGCCGCCCCCA;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=70;WE=48143368;WS=48143350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	48143978	rs12423645	C	T	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	48144243	rs757279	A	C	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	48144925	rs2016123	T	C	8074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr12	48145104	rs1018939	G	A	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=24;PP=1600;SC=AGTAGTGCCTGCTTCCCAGGA;SOR=1.195;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=66;WE=48145112;WS=48145096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	48145153	rs757287	G	A	5772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=38;PP=2497;SC=AGCCCAGCCCGGGGCACCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=85;TCR=39;TR=123;WE=48145161;WS=48145143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	48145171	rs757286	C	T	6872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=106;NR=59;PP=2893;SC=CCACCCTGGGCTCGGGCTCAC;SOR=1.373;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=108;TCR=61;TR=165;WE=48145179;WS=48145161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr12	48151822	rs11168230	C	G	4529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	48164758	rs2544025	G	C	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=61;PP=1777;SC=ATGCACTCCGGACCACGGGGC;SOR=4.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=9;TCR=62;TR=70;WE=48164766;WS=48164748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	48174351	.	CT	C	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.325;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr12	48185167	rs11832133	G	C	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=2.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,96:0.29:330
chr12	48185356	rs2240105	A	G	3055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.671;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=37;PP=1832;ReadPosRankSum=0.818;SC=AGACAGGGCCACTAGGCCATT;SOR=0.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=95;TCR=47;TR=113;WE=48185364;WS=48185346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,131:0.81:162
chr12	48186382	.	G	A	4772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.251;ClippingRankSum=0.000;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.51;ReadPosRankSum=-0.487;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,212:0.73:289
chr12	48190985	rs12820931	C	T	9287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.85;ReadPosRankSum=0.943;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,416:0.71:586
chr12	48191083	rs61640980	G	C	2046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=84;PP=2422;ReadPosRankSum=0.600;SC=AGCCCAGCCCGCCCACCCCTG;SOR=0.895;Source=Platypus;TCF=12;TR=94;WE=48191091;WS=48191073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,81:0.71:114
chr12	48192841	rs74085225	A	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=472;ReadPosRankSum=-0.417;SC=AGCCTCCCTCAGGCTCACTTG;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=30;WE=48192849;WS=48192831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr12	48195939	rs2525051	G	C	20554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1195;ExcessHet=3.0103;FS=1.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.207;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:287,904:0.76:1191
chr12	48238757	rs731236	A	G	2067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.564;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=48;PP=1426;ReadPosRankSum=0.172;SC=GGATGGCCTCAATCAGCGCGG;SOR=0.453;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=124;TCF=52;TCR=72;TR=87;WE=48238765;WS=48238747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,89:0.70:128
chr12	48238837	rs7975232	C	A	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=48;PP=1208;ReadPosRankSum=1.765;SC=TCAGCTGGGCCCCTCACTGCT;SOR=0.753;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=77;WE=48238845;WS=48238827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,76:0.80:95
chr12	48249259	rs11168265	C	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=303;ReadPosRankSum=-0.027;SC=GCCGAGATCGCGCCACTGCAC;SOR=0.976;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=20;WE=48249267;WS=48249249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr12	48251533	rs11168266	C	T	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=45;PP=1069;ReadPosRankSum=0.283;SC=AACCTTCCTCCTGCGGTTGGG;SOR=0.466;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=98;TCF=36;TCR=62;TR=74;WE=48251541;WS=48251523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,80:0.77:104
chr12	48259126	rs12717991	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=332;ReadPosRankSum=-1.080;SC=GGGCACCAAACGATTCCTACT;SOR=0.499;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=85;TCF=25;TCR=60;TR=27;WE=48259134;WS=48259116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,29:0.32:92
chr12	48272895	rs2228570	A	G	5556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=107;PP=2965;SC=CATTGCCTCCATCCCTGTAAG;SOR=1.043;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=85;TCR=108;TR=191;WE=48272903;WS=48272885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr12	48358279	rs11609253	C	A	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=15;PP=405;SC=GCCCAGACAACTTTTCTTCTA;SOR=1.819;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=48358287;WS=48358269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	48359984	rs2286025	C	T	3430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=2.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.54;ReadPosRankSum=0.002;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,148:0.80:185
chr12	48360620	rs2286024	A	G	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=26;PP=795;SC=TCAGCTTTTGACTTATAGGTT;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=48360628;WS=48360610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	48360947	.	T	TA	576.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=5.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,80:0.25:320
chr12	48367829	rs1635560	G	A	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=3.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,66:0.20:336
chr12	48367976	rs2070739	C	T	7478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=0.327;SC=TTGAGGTTGCCAGCTGCTTCG;SOR=0.747;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=393;TCF=183;TCR=210;TR=317;WE=48367984;WS=48367966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,331:0.81:411
chr12	48371595	rs1793949	G	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=4.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=0.480;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,55:0.20:270
chr12	48373718	rs11443755	A	AC	1865.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=8;PP=1361;SC=ATCCCAGAACACCCCCGCCAT;SOR=2.381;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=36;WE=48373726;WS=48373708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	48374513	rs1635554	A	G	2925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=47;PP=1601;SC=CCAGAAGAGCAGGAGACTCTG;SOR=0.844;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=51;TCR=47;TR=97;WE=48374521;WS=48374503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	48374826	rs2276458	T	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=-1.572;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr12	48375437	rs41263865	C	CT	2127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.28;MQRankSum=0.632;NF=16;NR=15;PP=1279;ReadPosRankSum=-0.728;SC=CTCTTCACTCCTACGGCCTTG;SOR=0.903;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=31;WE=48375445;WS=48375427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,66:0.85:78
chr12	48375475	rs1793937	C	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=-0.646;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.492;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,20:0.18:112
chr12	48375568	rs1635553	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=-0.595;QD=0.64;ReadPosRankSum=0.267;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,23:0.16:148
chr12	48375965	rs2276457	C	T	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=-3.886;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,54:0.26:204
chr12	48375975	rs2276456	A	G	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=2.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.995;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,33:0.20:166
chr12	48376137	rs2276455	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=6.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=-0.515;SOR=1.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,22:0.24:92
chr12	48376291	rs2276454	G	A	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=2.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.085;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,52:0.24:221
chr12	48376443	rs3842680	A	AC	297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=6.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.380;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,13:0.16:81
chr12	48376447	rs3829737	A	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=6.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.577;SOR=1.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,13:0.16:83
chr12	48376503	rs3829736	C	T	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=-1.648;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,57:0.26:220
chr12	48376530	rs11168337	C	A	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=1.388;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,83:0.24:347
chr12	48377970	rs1635550	A	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-1.262;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,34:0.23:151
chr12	48379961	rs1635547	A	C	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=1.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,6:0.10:58
chr12	48379964	rs1635546	A	G	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=0.134;SOR=1.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,6:0.10:63
chr12	48380031	rs1635544	A	G	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=2.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,32:0.17:193
chr12	48383235	rs1635537	A	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.420;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=133;ReadPosRankSum=0.518;SC=TCCCCAGGAAACTTTGCCTGG;SOR=1.781;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=11;WE=48383243;WS=48383225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr12	48386553	rs1635534	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=-1.141;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,24:0.19:126
chr12	48386577	rs1793915	G	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=3.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=1.274;SOR=1.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,28:0.17:162
chr12	48387052	rs1793912	A	C	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=6.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.630;SOR=0.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr12	48387057	rs1793911	G	C	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.079;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr12	48389245	rs12423250	C	T	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=180;ReadPosRankSum=-0.132;SC=CATAGTGGGACGCAGCAGATA;SOR=0.544;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=20;WE=48389253;WS=48389235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,22:0.29:77
chr12	48389643	rs1034762	A	C	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-1.566;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,61:0.26:236
chr12	48392433	rs1793958	A	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=347;ReadPosRankSum=-0.247;SC=GGTGACCCAGACTTTGTTATT;SOR=0.767;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=87;TCF=25;TCR=62;TR=28;WE=48392441;WS=48392423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr12	48398002	rs3803184	G	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=3.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=1.971;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,33:0.20:161
chr12	48398080	rs3803183	T	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.354;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,23:0.19:120
chr12	48413789	rs113940474	A	ATATTGT	14874.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=77;PP=2957;SC=AATTTGACAGATAAATTCCCT;SOR=1.212;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=154;TCF=72;TCR=82;TR=141;WE=48413797;WS=48413779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr12	48413875	rs17122567	G	A	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.532;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.133;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:385,115:0.23:500
chr12	48413944	rs7299135	C	T	11461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.61;SOR=1.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr12	48413950	rs28459711	A	C	10955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.46;SOR=1.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr12	48413979	rs7299364	G	T	3881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.34;SOR=1.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	48414009	.	C	CTTT	887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.36;ReadPosRankSum=0.238;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,32:0.91:35
chr12	48414058	rs7299271	C	T	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=37;PP=1024;SC=TGGGAACTGTCGGTTCATATG;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=38;WE=48414066;WS=48414048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	48441692	rs1018973	C	G	7323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.264;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.386;SC=ATCAATCACTCCATTGAAGGT;SOR=0.562;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=373;TCF=233;TCR=140;TR=300;WE=48441700;WS=48441682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,317:0.81:390
chr12	48457385	rs3742074	C	T	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=204;ReadPosRankSum=-0.558;SC=GAGATGATTCCAATGCAGGTC;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=12;WE=48457393;WS=48457378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr12	48459488	rs17122612	C	G	3655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=84;PP=2250;ReadPosRankSum=2.974;SC=GGAACGTGACCAAATGTAGAC;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=94;TCR=114;TR=152;WE=48459496;WS=48459478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,164:0.73:224
chr12	48460563	rs77759793	G	A	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.95;ReadPosRankSum=0.245;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr12	48465425	rs72644844	A	C	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.50;ReadPosRankSum=1.877;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,43:0.80:54
chr12	48468588	rs59901073	C	CA	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=2.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.556;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,28:0.22:127
chr12	48468652	rs4258439	A	G	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.319;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=710;ReadPosRankSum=2.324;SC=GCATGTAAACAGAATCCTAGC;SOR=1.051;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=38;WE=48468660;WS=48468642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,33:0.69:48
chr12	48490243	rs63235460	AT	A	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=0.53;ReadPosRankSum=1.507;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,27:0.20:135
chr12	48491653	.	T	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.769;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=300;ReadPosRankSum=-0.131;SC=ACACTAAAATTACTGATTCTA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=15;WE=48491661;WS=48491643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr12	48499131	rs2408955	G	T	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	48499931	rs4760619	A	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,33:0.21:156
chr12	48501161	rs11609399	A	T	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=31;PP=1181;ReadPosRankSum=-0.601;SC=GCAGCCATGCATAAAGACGAG;SOR=0.315;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=100;TCF=62;TCR=38;TR=76;WE=48501169;WS=48501151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,80:0.76:105
chr12	48501411	rs10492080	A	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=-1.508;SC=TGTATTTTCCAGGTAAGATTT;SOR=0.160;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=10;WE=48501419;WS=48501401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr12	48502100	rs725454	A	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.833;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr12	48512285	rs4760682	C	A	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	48512331	rs11168414	C	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.284;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,31:0.32:97
chr12	48512521	rs11168415	A	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=-0.684;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr12	48516464	rs2269935	G	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,8:0.17:46
chr12	48525861	rs10875747	A	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=3.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=1.057;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,38:0.17:225
chr12	48526712	rs2228500	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,59:0.17:341
chr12	48527059	rs2269933	G	A	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=5.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,37:0.31:119
chr12	48528125	rs112949626	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=244;ReadPosRankSum=-1.666;SC=TTTCCCCAGAGAGTCCAGTGA;SOR=1.226;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=19;WE=48528133;WS=48528115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
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chr12	48545630	rs10875750	C	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.905;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=0.956;SC=TTTGCTGGTGCTTCTATTCAA;SOR=1.270;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=9;WE=48545638;WS=48545620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr12	48578325	rs10783231	A	C	5877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr12	48578631	rs7486941	G	C	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=46;PP=958;ReadPosRankSum=-0.124;SC=ACTCCCTCGAGGAAGGATTTG;SOR=0.518;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=72;TCF=14;TCR=58;TR=58;WE=48578639;WS=48578621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,62:0.82:76
chr12	48596241	rs11168459	A	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,32:0.23:140
chr12	48597053	rs17122812	A	G	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=7.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.033;SOR=1.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,38:0.31:123
chr12	48723324	rs2732441	C	G	6614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.759;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.840;SC=GAAGGAGCTCCGAAACGCCGG;SOR=0.711;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=381;TCF=185;TCR=196;TR=270;WE=48723332;WS=48723314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,299:0.72:415
chr12	48723595	rs1471997	G	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.466;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,20:0.25:80
chr12	48736985	rs2732481	T	G	6150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.242;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=0.225;SC=TGGGGCACGCTGCCGTTTCCT;SOR=0.951;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=349;TCF=168;TCR=181;TR=253;WE=48736993;WS=48736975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,271:0.72:376
chr12	48737245	rs2732484	A	C	2624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.238;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=49;PP=1565;ReadPosRankSum=3.422;SC=CAAGGTGGGAACCCCATACAA;SOR=1.022;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=136;TCF=69;TCR=67;TR=95;WE=48737253;WS=48737235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,110:0.71:154
chr12	48738236	rs2634676	A	G	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=250;ReadPosRankSum=-0.161;SC=ACATCATTCTATTACACTCCC;SOR=1.234;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=14;WE=48738244;WS=48738226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr12	48738555	rs34591795	GA	G	800.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=386;SC=CTATATTTCTGAAAAAAAAAT;SOR=1.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=20;WE=48738563;WS=48738545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	48740855	rs2634675	A	G	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=208;SC=CCTTTCTTGTAGGTCCATTTA;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=48740863;WS=48740845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	48741219	rs901962	A	T	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=28;PP=768;SC=AAGGGTCACAACTTCTGTATC;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=48741227;WS=48741209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	48877056	rs7972785	T	C	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=27;PP=951;ReadPosRankSum=-0.073;SC=AGCTCCAGAGTCCTTGGTTTC;SOR=0.678;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=95;TCF=59;TCR=36;TR=68;WE=48877064;WS=48877046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,76:0.72:105
chr12	48879951	rs11168599	T	G	2482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.92;ReadPosRankSum=2.244;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,111:0.71:156
chr12	48880381	rs2731091	A	G	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.298;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,72:0.24:304
chr12	48880550	rs2731092	T	C	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=6.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=-1.181;SOR=1.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,65:0.28:236
chr12	48883012	rs2705127	T	C	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.954;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,29:0.24:120
chr12	48884535	rs2731102	G	C	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=0.372;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:347,95:0.21:442
chr12	48888594	rs11458	C	T	6168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=1.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.67;ReadPosRankSum=-1.809;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,278:0.75:370
chr12	48888689	rs9268	C	G	6098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr12	48888763	rs2705132	A	G	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=45;PP=1248;SC=CTTCCGCCAGATGCTTTACCC;SOR=2.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=64;WE=48888771;WS=48888753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	48919556	rs2731073	A	G	11794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=210;NR=207;PP=2965;SC=GCTGCTGCTCATGATCAGGGC;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=417;TCF=210;TCR=207;TR=417;WE=48919564;WS=48919546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr12	48919659	rs4075258	TG	CA	10069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.638;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=113;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.145;SC=CCCAAGATGCTGGAGAACCTC;SOR=0.586;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=292;TCF=136;TCR=156;TR=217;WE=48919668;WS=48919649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,251:0.78:322
chr12	48919796	rs12425460	C	T	5040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.073;SC=TGCCATCTGCCGCCCACTACT;SOR=0.618;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=238;TCF=124;TCR=114;TR=195;WE=48919804;WS=48919786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,213:0.83:257
chr12	48920073	rs61941963	G	A	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=1.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.212;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,102:0.25:405
chr12	48921533	rs7299323	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=262;ReadPosRankSum=0.046;SC=TTTACAATTGCCTAACTTACT;SOR=0.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=14;WE=48921541;WS=48921528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
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chr12	48954040	rs1807757	A	G	3388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=52;PP=1940;ReadPosRankSum=0.047;SC=GTTTCAGGCCATGTGTCATCC;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=201;TCF=123;TCR=78;TR=139;WE=48954048;WS=48954030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,155:0.71:219
chr12	48954225	rs7312017	G	C	7925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=0.925;SC=TGCTCTTATTGACCTGTTCTG;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=410;TCF=226;TCR=184;TR=316;WE=48954233;WS=48954215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,337:0.77:436
chr12	49048738	rs3741628	G	T	4498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=63;PP=2594;ReadPosRankSum=-1.458;SC=ATATCCACTGGGTCTTCAGCA;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=148;TCR=81;TR=177;WE=49048746;WS=49048728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,196:0.77:254
chr12	49048985	rs6580690	G	A	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.61;ReadPosRankSum=0.289;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,48:0.80:60
chr12	49050393	rs149545016	TA	T	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=2.204;QD=1.66;ReadPosRankSum=0.194;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,31:0.32:98
chr12	49054491	rs3741629	G	C	300.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=4.027;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=223;ReadPosRankSum=0.320;SC=AACTCAAGGTGTGGACTATAT;SOR=2.670;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=11;WE=49054499;WS=49054481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr12	49065727	rs7303113	T	C	4704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.889;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=129;PP=2883;ReadPosRankSum=0.511;SC=CTTCTTCTGCTGTGTAGACAC;SOR=0.550;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=109;TCR=171;TR=209;WE=49065735;WS=49065717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,214:0.78:275
chr12	49073358	rs3741630	A	T	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=454;ReadPosRankSum=2.052;SC=TGCCAAATAGATCAAGGCATT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=31;WE=49073366;WS=49073348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr12	49073721	rs61942051	A	G	313.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5095;FS=2.808;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=239;ReadPosRankSum=-1.498;SC=TAAAATGACTATTACATTCAT;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=13;WE=49073729;WS=49073711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr12	49075983	rs61942052	CT	GG	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=1331;ReadPosRankSum=-0.269;SC=AGGAGCTGCGCTGCGCCGCAC;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=34;WE=49075992;WS=49075973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,43:0.81:53
chr12	49076036	rs10783277	T	C	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=327;SC=CCAGCGGCTCTCAGATCGGCC;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=49076044;WS=49076026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	49086963	rs3741632	G	A	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.589;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=40;PP=1218;ReadPosRankSum=-0.618;SC=CAAATGCAGTGGGCTGAGTGG;SOR=0.509;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=120;TCF=63;TCR=57;TR=88;WE=49086971;WS=49086953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,105:0.76:139
chr12	49087656	rs3013	G	C	8154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=187;PP=2962;ReadPosRankSum=0.504;SC=AAGGCCGCTCGGGGTTTTCTG;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=436;TCF=207;TCR=229;TR=353;WE=49087664;WS=49087625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,366:0.80:460
chr12	49091637	.	AAATAT	A	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=1.473;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr12	49091972	rs11420004	G	GA	395.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.576;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.30;MQRankSum=0.500;QD=13.64;ReadPosRankSum=0.032;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,25:0.86:29
chr12	49093729	rs7308699	C	T	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=441;ReadPosRankSum=1.181;SC=GGTTTCCACACTAAAATATTA;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=20;WE=49093737;WS=49093719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chr12	49108488	rs7138930	C	T	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.896;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=451;ReadPosRankSum=-0.172;SC=TAATCGCCAACTGACACTTAG;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=23;WE=49108496;WS=49108478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr12	49110223	rs11168699	C	A	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.15;ReadPosRankSum=2.402;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,40:0.70:57
chr12	49110223	.	CAC	AAA	1329	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=28;MQ=59.93;NF=28;NR=5;PP=1329;QD=41.8929659049;SC=TCGTCCCCCCCACAGAGCCTG;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=33;WE=49110233;WS=49110213;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,33:0.62:53
chr12	49110225	rs11168700	C	A	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.47;ReadPosRankSum=2.392;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,43:0.68:63
chr12	49110248	rs1110432	G	A	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.63;ReadPosRankSum=-2.550;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,72:0.74:97
chr12	49164825	rs9804777	T	C	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.08;ReadPosRankSum=0.894;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,60:0.79:76
chr12	49167143	rs3729969	T	A	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=796;ReadPosRankSum=0.599;SC=CCCACAGGGGTGTTGTGGCAT;SOR=1.010;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=46;WE=49167151;WS=49167133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,49:0.79:62
chr12	49167202	rs3729980	A	C	2285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=28;PP=1452;ReadPosRankSum=-0.599;SC=AGTGACCTAGAAAGGTGAGGG;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=77;TCR=36;TR=88;WE=49167210;WS=49167192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,98:0.77:128
chr12	49167683	rs3730074	C	A	4168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.981;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=101;PP=2919;ReadPosRankSum=1.221;SC=AATGTCTGTGCCAGGACAGCC;SOR=0.347;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=187;TCF=60;TCR=127;TR=154;WE=49167699;WS=49167673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,164:0.82:200
chr12	49168128	rs3730072	G	C	3196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=40;PP=2151;ReadPosRankSum=0.570;SC=TACTCCCAGTGTCCAGGACAG;SOR=0.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=107;TCR=51;TR=123;WE=49168136;WS=49168118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,133:0.77:173
chr12	49168848	rs3730070	G	C	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=946;ReadPosRankSum=-1.313;SC=CTGAGGGAGAGGAGGCTGAGC;SOR=0.560;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=78;WE=49168856;WS=49168838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,86:0.75:115
chr12	49176872	rs3730308	G	T	13243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=786;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.083;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=290;NR=253;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CAGCAGGATCGCCCACTCCTG;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=725;TCF=380;TCR=345;TR=543;WE=49176880;WS=49176862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,591:0.75:784
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chr12	49219138	rs11168751	C	G	5116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.916;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=0.457;SC=GTATGTGGAGCGCATTGACTC;SOR=0.543;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=264;TCF=136;TCR=128;TR=204;WE=49219146;WS=49219128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,217:0.76:284
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chr12	49255798	rs1565933	G	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=2.014;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,33:0.15:219
chr12	49259194	rs2453489	T	G	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=5;PP=899;SC=ATCTGATGGGTCCTCTGGGTG;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=49259202;WS=49259184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	49297720	.	A	AAAATAAAT	364.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.53;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	49298059	rs3809147	G	A	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=4;PP=506;SC=TTTCTTCTAAGCTCTGTAACG;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=49298067;WS=49298049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	49308284	rs10747556	A	G	6883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=129;NR=112;PP=2965;SC=CTGCAGAGGCACCGGCTCAGT;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=129;TCR=112;TR=241;WE=49308292;WS=49308274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr12	49310724	rs10875891	GA	AG	6803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=85;NR=52;PP=2947;SC=GTATCCCTCAGAGCAGGGACA;SOR=1.208;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=144;TCF=91;TCR=53;TR=137;WE=49310733;WS=49310714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr12	49312432	rs10783294	C	T	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=3;PP=422;SC=CTCAGTTGGTCAAGTAGATTT;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=49312440;WS=49312431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	49312593	rs10875893	A	G	3602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	49314862	rs10875894	C	A	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=26;PP=1324;SC=AGGAGCTCACCAAGGTAAAGC;SOR=0.955;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=70;WE=49314870;WS=49314852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	49314994	rs4760600	A	G	4719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.018;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=59;PP=2965;ReadPosRankSum=1.555;SC=TGGAAAAGGTACAACAAAGTG;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=97;TCR=60;TR=156;WE=49315002;WS=49314984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,168:0.99:169
chr12	49315300	rs138566110	A	AT,ATT	627.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=4.889;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.689;SOR=0.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:16,21,21:0.36,0.36:58
chr12	49318546	rs2293449	G	A	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.26;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	49319036	rs12829682	A	C	22101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=835;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,834:1.00:834
chr12	49319270	rs2272312	C	T	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=36;PP=904;SC=TGGCGGCAGCCAGGACAGCGT;SOR=2.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=46;WE=49319278;WS=49319260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	49325142	rs11168794	G	A	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	49332092	rs1054376	G	A	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=7;PP=401;SC=GGGGCAGTCCGGCTTGACTAA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=49332100;WS=49332082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	49332366	rs4760666	C	T	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.30;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	49333896	rs5798094	G	GA	6236.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=89;PP=1901;SC=GAACCCTTTGGAAAAAAAACA;SOR=0.750;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=133;TCF=30;TCR=103;TR=116;WE=49333904;WS=49333886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr12	49334044	rs708242	G	C	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=45;PP=1322;SC=TAATCGTTAAGCTAGCAGCCT;SOR=2.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=59;WE=49334052;WS=49334034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	49334762	rs12122	G	C	3471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	49334982	rs10747557	G	C	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=48;PP=1417;SC=CTAGACAAAGGAAATGTAAAA;SOR=1.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=69;WE=49334990;WS=49334972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	49359989	rs1051886	G	A	14058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=232;NR=278;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.939;SC=GGAGCACGTTGTGCCCACGGC;SOR=0.331;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=512;TCF=233;TCR=279;TR=510;WE=49359997;WS=49359979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,541:1.00:542
chr12	49362779	rs833834	T	G	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=28;PP=1247;SC=GGAGAGAGGTTGGGGAGTGAT;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=79;WE=49362787;WS=49362769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	49397291	rs67579566	GC	G	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=19.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.131;QD=1.78;ReadPosRankSum=-1.393;SOR=0.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,24:0.18:136
chr12	49423460	rs33963995	GT	G	185.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.218;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr12	49439659	rs833818	C	T	2419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=21;PP=1531;SC=AGATGATGTCCGACGTCTGGT;SOR=1.666;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=76;WE=49439667;WS=49439649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chr12	49494515	rs201360409	CT	C	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.556;QD=1.36;ReadPosRankSum=-1.335;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr12	49495321	rs35541634	C	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=1.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=-1.587;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,58:0.20:285
chr12	49667103	rs9668136	A	T	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=41;PP=1177;SC=ATAAAATTGAAGTTTCCATTT;SOR=1.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=60;WE=49667111;WS=49667093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	49937813	rs1150057	A	G	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=1.165;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:324,109:0.25:433
chr12	50146173	rs201023385	CT	C	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=-1.233;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,30:0.27:111
chr12	50146459	rs11169141	G	A	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=358;ReadPosRankSum=0.304;SC=CAGAGGACCTGATGAAAATGT;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=19;WE=50146467;WS=50146449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr12	50151977	rs2720305	G	A	3842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=47;PP=2460;ReadPosRankSum=-1.681;SC=AGAATTGATCGTAATACTGTG;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=139;TCR=63;TR=153;WE=50151985;WS=50151967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,162:0.76:214
chr12	50152601	.	CT	C	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=5.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-0.434;SOR=0.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,30:0.34:87
chr12	50174307	rs111500583	CA	C	590.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FS=0.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=1.600;QD=1.36;ReadPosRankSum=0.490;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:315,119:0.27:434
chr12	50271372	rs1248263	G	T	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.87;ReadPosRankSum=-0.821;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,37:0.76:49
chr12	50281049	rs612674	C	A	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.957;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=14;PP=1071;ReadPosRankSum=-1.727;SC=CCTAGCCCTACCCGCAGGTGC;SOR=1.318;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=87;TCF=66;TCR=21;TR=67;WE=50281057;WS=50281039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,72:0.78:92
chr12	50283465	rs643971	G	A	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=660;ReadPosRankSum=0.589;SC=CCTGGCCCCAGTCTGGTGCCC;SOR=0.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=37;WE=50283473;WS=50283455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
chr12	50284583	rs113855392	A	T	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=3.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,46:0.22:209
chr12	50290728	rs297935	A	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=212;ReadPosRankSum=-1.476;SC=CTACGGGCTCAGATTAGGTCA;SOR=0.544;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=17;WE=50290736;WS=50290718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr12	50291735	rs297937	G	C	2535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=22;PP=1801;SC=CCCCACTGAGGCTCCCAGTCC;SOR=2.093;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=62;TCR=22;TR=83;WE=50291743;WS=50291725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	50297670	rs706795	T	C	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=9;PP=297;SC=GCGTGGGTTCTAGCAACATCC;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=50297678;WS=50297660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	50304588	rs487165	A	T	8920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.087;SC=AGGCATCGGCATTCTGAGTCG;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=159;TCR=151;TR=309;WE=50304596;WS=50304578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,334:1.00:335
chr12	50304949	rs450798	G	A	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=56;PP=1631;SC=TTTCCCCAGGGTCTCACGGGT;SOR=1.329;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=94;WE=50304957;WS=50304939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	50305007	rs394119	C	T	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=38;PP=981;SC=TCCGTTTCTCCACCAGATGGA;SOR=2.608;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=50305015;WS=50304997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	50345079	rs3782319	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=192;ReadPosRankSum=-0.200;SC=GAGAGAGATGGAGACAGAGGC;SOR=0.733;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=16;WE=50345087;WS=50345069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr12	50348078	rs426496	T	C	10882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=229;NR=141;PP=2965;SC=TAGGCTTCTCTGTGGCCCTGG;SOR=1.173;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=372;TCF=229;TCR=143;TR=370;WE=50348086;WS=50348068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr12	50348359	rs12372344	T	C	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=5.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.659;SOR=1.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,62:0.21:292
chr12	50348674	rs402813	C	T	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=21;PP=538;SC=TCAGTTTCCACGTCTGTGAAT;SOR=3.407;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=25;WE=50348682;WS=50348664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	50349090	rs410837	A	G	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=2;PP=553;SC=CGGGGAGGAGAGGTGCGGCCG;SOR=3.180;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=50349098;WS=50349080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	50349123	rs371777	C	A	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5011;FS=1.522;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=716;ReadPosRankSum=1.032;SC=CCGGGGCCTGCGGGCTCCGCG;SOR=0.390;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=44;WE=50349131;WS=50349113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,52:0.85:61
chr12	50349143	rs403201	C	G	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=21;PP=1089;SC=GTGCCGGTGCCGGCGCGGGTG;SOR=1.320;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=70;WE=50349151;WS=50349133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	50349411	rs457487	C	A	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=733;ReadPosRankSum=-0.689;SC=GCGGCCTCTACGGCCCCGACG;SOR=0.465;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=35;WE=50349419;WS=50349401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,41:0.95:43
chr12	50349765	rs467323	C	T	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=305;SC=TTGGGGGTTCCGGGAATGATG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=50349773;WS=50349755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	50356174	rs139560378	TGGG	T	1696.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=19;PP=513;SC=GTGAGTGCCCTGGGGGGGGGG;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=21;WE=50356184;WS=50356164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	50358073	rs296753	C	G	6502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=144;PP=2965;SC=GGGTGGGCCACGGAGTGGTGG;SOR=1.589;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=76;TCR=145;TR=219;WE=50358081;WS=50358063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr12	50368013	rs296748	C	T	4682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.97;NF=46;NR=107;PP=2965;SC=TGTCACCCCCCTCCAGCTGAG;SOR=1.858;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=155;TCF=46;TCR=109;TR=153;WE=50368021;WS=50368003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr12	50386015	rs296737	C	T	7632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr12	50393372	rs378943	G	T	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=4;PP=830;SC=TTTTACACAGGCCAGTTTAGT;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=50393380;WS=50393362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	50452708	rs653576	C	G	9654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=163;NR=171;PP=2965;SC=TCCTGGGCTCCCTGGCTGTGC;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=334;TCF=163;TCR=171;TR=334;WE=50452716;WS=50452698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr12	50471630	rs2272391	A	G	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=68;NR=3;PP=1993;SC=ACCCAGAAGGAGGCTAGGGGG;SOR=5.283;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=68;TCR=3;TR=71;WE=50471638;WS=50471623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	50473660	rs404751	A	G	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=20;PP=1966;SC=CACTCAACTGAGACCTCTCAC;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=61;TCR=21;TR=81;WE=50473668;WS=50473650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	50526814	rs2242507	G	A	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.39;ReadPosRankSum=-1.576;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,83:0.78:106
chr12	50529314	rs11169281	C	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=-1.021;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,40:0.23:176
chr12	50529736	rs3741562	G	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=1.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=0.491;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,66:0.20:327
chr12	50529936	rs7136570	A	G	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=32;PP=1064;SC=ATTATTCTCTAAGAATCTTAC;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=50529944;WS=50529926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	50535710	rs7131794	A	G	332.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=5.035;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.46;ReadPosRankSum=-0.359;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr12	50535955	rs10747571	C	T	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.140;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=44;PP=1156;ReadPosRankSum=-2.622;SC=TCTGAGGCTACGGAAGTCAAG;SOR=1.190;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=117;TCF=56;TCR=61;TR=75;WE=50535963;WS=50535945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,85:0.63:135
chr12	50537060	rs2277355	C	G	3984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=83;PP=2371;ReadPosRankSum=1.109;SC=ACTAGCTGAGCGACAAGGTAT;SOR=0.708;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=218;TCF=106;TCR=112;TR=163;WE=50537068;WS=50537050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,177:0.76:232
chr12	50537815	rs7302981	A	G	5430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=112;PP=2965;SC=ATGCCAATACAGAGTGCACAG;SOR=0.959;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=89;TCR=112;TR=201;WE=50537823;WS=50537805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr12	50538625	rs2008537	A	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.19;ReadPosRankSum=0.352;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr12	50599709	rs2302900	T	C	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,32:0.33:97
chr12	50599984	rs1362984	T	A	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=26;PP=752;SC=GAATTTTTTTTAAATTACAAA;SOR=2.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=50599992;WS=50599974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	50616346	rs3812825	A	G	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=1.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=2.310;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,59:0.24:248
chr12	50642314	rs3815671	A	G	3008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=2.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.10;ReadPosRankSum=-0.635;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,130:0.74:176
chr12	50727706	rs6580741	G	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=2.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=-0.685;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,48:0.23:207
chr12	50744094	rs7296277	G	A	2686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=30;PP=1609;SC=AAAACTAGACGTAAATAATTA;SOR=1.361;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=59;TCR=31;TR=89;WE=50744102;WS=50744084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	50744119	rs7296291	G	A	2369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.485;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=37;PP=1372;ReadPosRankSum=-0.024;SC=TACCTGGCATGCTGGATCAGC;SOR=0.966;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=130;TCF=78;TCR=52;TR=97;WE=50744127;WS=50744109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,105:0.74:142
chr12	50744171	rs7312252	T	C	4576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=74;PP=2209;ReadPosRankSum=0.865;SC=CCAACTGAACTGTGTCCATAT;SOR=0.768;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=235;TCF=137;TCR=98;TR=182;WE=50744179;WS=50744161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,202:0.77:261
chr12	50744753	rs10506292	T	C	4294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.525;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=87;PP=2877;ReadPosRankSum=-0.317;SC=TTGCCAATCTTTTCTTAGCAA;SOR=0.422;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=213;TCF=97;TCR=116;TR=166;WE=50744761;WS=50744743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,181:0.77:236
chr12	50746348	rs7304951	A	G	6576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.32;QD=26.52;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr12	50746917	rs10876023	A	G	4510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=1.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-0.971;QD=17.15;ReadPosRankSum=1.549;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,200:0.76:263
chr12	50747005	rs10876024	T	C	3755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=1.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-2.433;QD=17.07;ReadPosRankSum=2.162;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,163:0.74:220
chr12	50749098	.	ATTTCT	A	487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=1.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=5.855;QD=2.26;ReadPosRankSum=-2.166;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,28:0.13:216
chr12	50749221	rs4435082	G	C	11768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=44.24;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr12	50749227	rs4625558	T	G	12011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=43.84;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr12	50750040	rs7964439	C	A	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=48;PP=1430;SC=TACTGAAGAACAAAACATAAA;SOR=1.550;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=73;WE=50750048;WS=50750030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	50754563	rs12303082	T	G	2755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.172;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=32;PP=1573;ReadPosRankSum=1.592;SC=TGTTTCTTCTTTTCGTCGAGG;SOR=1.034;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=149;TCF=100;TCR=49;TR=104;WE=50754571;WS=50754553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,120:0.72:167
chr12	50821776	rs148662102	C	CT	83.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.74;MQRankSum=0.319;QD=6.98;ReadPosRankSum=1.543;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr12	50824232	rs11612002	A	G	2295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.689;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=32;PP=1306;ReadPosRankSum=1.571;SC=TATCACCTCTACTAACATGCT;SOR=0.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=62;TCR=40;TR=81;WE=50824240;WS=50824222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,98:0.77:127
chr12	50824275	rs77680811	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,17:0.14:120
chr12	50829263	rs113327207	T	TTATTC	345.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=295;SC=ACTATTTTGTTTTTTCAGAGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=50829271;WS=50829261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	50856259	rs5798139	C	CA	931.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=5.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.71;ReadPosRankSum=0.910;SOR=0.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,61:0.70:87
chr12	51034721	rs2731436	C	T	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=28;PP=804;SC=TAATACTTGTCTTTTTTTTCC;SOR=1.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=40;WE=51034729;WS=51034709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	51053873	.	C	CT	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=7.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr12	51072605	rs117722674	T	C	4574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=100;PP=2813;ReadPosRankSum=1.165;SC=AGCAAAATGCTCCTGTCTGAC;SOR=0.761;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=229;TCF=102;TCR=127;TR=176;WE=51072613;WS=51072595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,195:0.76:257
chr12	51076844	rs2731447	C	T	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=6;PP=441;SC=ATAAATATTACATACTTAGAC;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=51076852;WS=51076834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	51086931	rs2090852	T	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=279;ReadPosRankSum=-3.014;SC=TTCCAGAGGCTATATAACCTT;SOR=0.743;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=21;WE=51086939;WS=51086921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,21:0.29:73
chr12	51088979	rs34553264	T	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.790;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,19:0.25:76
chr12	51089287	rs2139930	G	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=2.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=0.768;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,44:0.24:182
chr12	51089572	rs2684890	G	A	4184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=41;PP=2857;SC=TTATTGTGGTGTATTACATAT;SOR=1.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=106;TCR=42;TR=147;WE=51089580;WS=51089562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr12	51089616	rs2684891	T	C	8164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=1.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr12	51089734	rs11169524	T	A	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FS=2.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=-0.120;SOR=0.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:440,112:0.20:552
chr12	51117170	rs140659026	A	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,29:0.23:124
chr12	51121629	rs3832875	CA	C	756.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=1.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.843;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,68:0.23:297
chr12	51128787	rs117675836	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.104;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,20:0.20:98
chr12	51128832	rs3742062	A	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.796;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,20:0.19:107
chr12	51135167	rs1975351	A	G	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=11;PP=824;SC=GTATATGTCCAAGCCACATTT;SOR=1.893;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=46;WE=51135175;WS=51135157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	51135275	rs1866422	T	C	4469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	51138687	rs2280503	A	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=2.035;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,18:0.26:68
chr12	51173733	rs3809319	A	G	63.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5433;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TATTAAACTTAAACATGTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=51173741;WS=51173732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr12	51181970	rs79280128	CT	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-0.571;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr12	51182122	rs10747592	C	T	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=20;PP=681;SC=TGTGCCATCACATCCGGCTAA;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=51182130;WS=51182112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	51203226	rs4986837	GT	G	781.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=8;PP=642;SC=TAGAGTTCTGGTTTTTTTTAC;SOR=1.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=27;WE=51203234;WS=51203216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	51203371	rs1129406	C	T	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=-0.630;QD=4.43;ReadPosRankSum=0.935;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,34:0.17:201
chr12	51203376	rs4986838	T	C	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.441;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,34:0.17:199
chr12	51236802	rs10876100	T	C	8906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=1.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.83;ReadPosRankSum=-0.521;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,390:0.82:473
chr12	51236931	rs829121	G	A	4474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=93;PP=2864;SC=GGCGCATGCAGAGGGCAGTAC;SOR=1.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=59;TCR=93;TR=151;WE=51236939;WS=51236921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	51237816	rs861204	G	A	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.806;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=740;ReadPosRankSum=0.054;SC=CACTAAAGACGCTAGGTACGT;SOR=1.022;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=55;WE=51237824;WS=51237806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,68:0.68:100
chr12	51279367	rs79213577	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=128;ReadPosRankSum=-0.359;SC=TCATCAGTAGGCAGAATTTAC;SOR=1.115;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=11;WE=51279375;WS=51279357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr12	51319346	rs2359005	A	G	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=24;PP=696;SC=GAGGAGGACTAGTTAGTAGCA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=51319354;WS=51319336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	51354625	rs67646958	G	A	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.932;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=683;ReadPosRankSum=-0.138;SC=ATCACCATGTGTGGCTAATTT;SOR=0.189;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=37;WE=51354640;WS=51354615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,43:0.96:45
chr12	51354632	.	AT	A	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=1.842;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr12	51354692	rs141832341	G	GT	3594.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=2743;ReadPosRankSum=2.407;SC=CAAACTCCTGGTCTCACACGA;SOR=0.309;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=37;WE=51354704;WS=51354682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,84:0.86:98
chr12	51354694	rs79907213	C	T	3798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=3.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.18;ReadPosRankSum=3.046;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,88:0.84:105
chr12	51354694	.	CTC	TTT	2943	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=34;NR=22;PP=2943;QD=20;SC=AACTCCTGGTCTCACACGATG;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=56;WE=51354704;WS=51354682;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:24,56:0.70:80
chr12	51354696	rs79534240	C	T	3798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=5.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.32;ReadPosRankSum=2.449;SOR=0.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,96:0.84:114
chr12	51354803	rs12306808	C	T	4050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=1.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.76;ReadPosRankSum=0.488;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,191:0.74:257
chr12	51382232	rs161044	T	C	3568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr12	51386513	.	CAA	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=1.302;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr12	51386527	rs224567	A	G	1780.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.98;ReadPosRankSum=1.589;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,43:0.80:54
chr12	51386548	rs224568	A	G	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.333;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=19;PP=1027;ReadPosRankSum=0.709;SC=AGAAGAAGTAACAAAAGGGTT;SOR=0.428;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=91;TCF=66;TCR=25;TR=63;WE=51386556;WS=51386538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,63:0.77:82
chr12	51386839	rs224569	C	G	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=229;SC=TGCTGTGCTGCGCACTGTGCC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=51386847;WS=51386829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	51386868	rs224570	T	C	241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=109;SC=GGCTCAAGTCTGGACCTCATT;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=51386876;WS=51386858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	51393116	rs224454	C	T	4111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.497;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=88;PP=2596;ReadPosRankSum=-1.730;SC=CTCCCATTCCCGCTCTCCTTA;SOR=0.903;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=217;TCF=103;TCR=114;TR=164;WE=51393124;WS=51393106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,177:0.76:234
chr12	51399050	rs224589	T	G	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.03;ReadPosRankSum=-0.714;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr12	51399997	rs224590	A	G	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.05;NF=8;NR=7;PP=250;SC=CAGGAGAATCACTTGAATGCG;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=51400005;WS=51399987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	51400084	rs140582579	AAAAC	A	980.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=521;SC=CTCCGTCTCAAAAACAAACAA;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=11;WE=51400095;WS=51400074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	51402905	rs445520	T	G	7064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=32.531;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.01;ReadPosRankSum=-0.372;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,313:0.98:321
chr12	51404467	rs427020	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=1.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.473;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,28:0.18:155
chr12	51404679	rs370462	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=75;ReadPosRankSum=1.276;SC=AATTAGGTAACCTTGAAAATA;SOR=0.746;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=7;WE=51404687;WS=51404669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr12	51453366	rs3190077	A	C	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=28;PP=803;SC=CATGGCACACATGTGGGAACT;SOR=2.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=51453374;WS=51453356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	51461425	rs4768956	C	G	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=48;NR=25;PP=1388;SC=CCCTGGTGTACATATACTATC;SOR=1.193;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=73;WE=51461433;WS=51461415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	51461793	rs2029146	G	A	4415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=86;PP=2591;SC=AGACATGAGCGGCATGCACCT;SOR=1.053;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=65;TCR=87;TR=151;WE=51461801;WS=51461783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr12	51467596	rs11169696	A	C	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=19;PP=1327;SC=ATCCCAGAACACTTAGGCACC;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=63;WE=51467604;WS=51467586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	51489009	rs13463	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=1.979;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,25:0.16:153
chr12	51492406	.	CA	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=0.991;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr12	51502791	rs7134695	C	T	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=4;PP=802;SC=AGACTTTTTGCGTGTGTGTGA;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=51502799;WS=51502781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	51504799	rs7978782	T	C	5127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=105;PP=2965;SC=TTGAACAATTTTGAGGGCCAC;SOR=1.240;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=65;TCR=105;TR=170;WE=51504807;WS=51504789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr12	51504894	rs11308041	GT	G	477.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.208;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.06;ReadPosRankSum=-2.061;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,30:0.88:34
chr12	51511244	rs10876138	G	A	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=189;SC=TTCTATTTCTGCAGCTCTGAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=51511252;WS=51511234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	51512637	rs3839987	CT	C	2392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=51;PP=2193;SC=AACTGCAATGCTTTGGAAAGC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=2;TCR=53;TR=53;WE=51512645;WS=51512627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	51585335	rs10783419	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=96;ReadPosRankSum=-0.294;SC=GTGGCACCAGGCAGCTGAGCA;SOR=0.321;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=9;WE=51585343;WS=51585325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr12	51585599	rs10735831	T	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=0.133;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,25:0.19:129
chr12	51585601	rs10747606	C	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.30;ReadPosRankSum=0.885;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,23:0.19:124
chr12	51585629	rs117145981	G	A	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=40;PP=924;ReadPosRankSum=-0.392;SC=CTGAACTGACGCAGTAGTGAG;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=53;WE=51585637;WS=51585619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,59:0.82:72
chr12	51632507	rs7979728	G	A	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=548;ReadPosRankSum=-0.807;SC=GCGGGACCGCGCGGACCCTCC;SOR=1.469;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=38;WE=51632515;WS=51632497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,40:0.82:49
chr12	51636259	rs1049467	C	T	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=54;PP=2016;SC=AAGGCCACCTCTGTGCCGGGA;SOR=1.485;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=31;TCR=54;TR=84;WE=51636267;WS=51636249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	51663215	rs2114876	T	C	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.85;SOR=1.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	51681846	rs4611251	C	T	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=7;PP=536;SC=TTTTAATGTACAAAAAAATAG;SOR=1.552;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=33;WE=51681854;WS=51681836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	51681903	rs7954976	T	C	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=27;PP=1461;SC=TCCGAGGAGTTAGCTGAGATA;SOR=1.191;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=84;WE=51681911;WS=51681893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	51685831	rs3210837	T	C	5898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=109;NR=85;PP=2965;SC=ACTTGGCCCTTTCAGTGGTAG;SOR=0.847;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=109;TCR=87;TR=194;WE=51685839;WS=51685821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr12	51686204	rs7306505	T	C	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	51686285	rs7135343	A	T	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=23;PP=620;SC=GTGAAATGAAAAAAGGCCAAA;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=51686293;WS=51686275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	51691149	rs3782469	A	G	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=29;PP=856;SC=TCAGGAGATCAAGACCATCCT;SOR=2.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=51691157;WS=51691139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	51693357	rs2288368	G	A	3797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=56;PP=2677;SC=GAACAGGAAGGGTTTACCAGT;SOR=0.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=80;TCR=56;TR=135;WE=51693365;WS=51693347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	51693632	rs60046549	G	GT	1226.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=27;PP=664;SC=TTTTGCTTTTGTTTTTTTTGA;SOR=1.445;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=28;WE=51693640;WS=51693622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	51707801	rs138541026	CTTAT	C	713.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.9984;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;NF=0;NR=10;PP=654;SC=AAGGGCTGTACTTATTTATTT;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=10;WE=51707812;WS=51707791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	51723598	rs17860363	A	AG	9323.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.312;NF=24;NR=107;PP=2969;ReadPosRankSum=0.164;SC=CAAGCAATGGAGGGGGCCCCC;SOR=0.761;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=141;TCF=24;TCR=117;TR=131;WE=51723610;WS=51723588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,364:0.99:366
chr12	51723727	rs12831721	A	G	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=34;PP=893;SC=TAAAGCTCCAATGCAAATCTC;SOR=3.564;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=42;WE=51723735;WS=51723717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	51733951	rs12816187	A	C	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=34;PP=994;SC=TTCTCTCTTTATATGGCCGCA;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=51733959;WS=51733941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	51737520	rs17860301	G	T	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=22;PP=974;SC=AGGAAAGCTTGTCTTTGTTTT;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=57;WE=51737528;WS=51737510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	51737562	rs17860300	T	C	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=45;PP=1541;SC=GCAGCTGTCATCACCCAGTTC;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=92;WE=51737570;WS=51737552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	51739471	rs12582273	T	C	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=53;NR=26;PP=1356;SC=ACCTAGACAATTGGAGAGCTG;SOR=1.127;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=54;TCR=26;TR=79;WE=51739479;WS=51739461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	51740387	rs57614420	ACTGGACCATATCC	AACCATATCC,A	9235.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=49;PP=2957;SC=CAGGGTTGCGACTGGACCATA;SOR=1.004;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=63;WE=51740407;WS=51740377;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:204
chr12	51740393	.	CCATATCCACTT	C	9307.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.18;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr12	51740407	.	CATAA	C	9322.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.26;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr12	51740414	.	GAC	G	752	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=272;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=8;NR=49;PP=752;QD=14.0750927585;SC=TACCATAAAGGACCAGCATGT;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=57;WE=51740423;WS=51740404;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,57:0.95:60
chr12	51740415	.	A	AAG	9394.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.83;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr12	51740416	.	C	CG	9350.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.06;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr12	51748326	rs2288369	G	A	3804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	51748395	rs7971653	G	A	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=37;PP=1109;SC=GGCACAAAGAGGACACTTCCC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=62;WE=51748403;WS=51748385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	51752085	.	G	GT	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr12	51752897	rs907347	G	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=2.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-1.588;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.745;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,48:0.28:171
chr12	51754629	rs2241545	A	G	3354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=73;PP=2132;ReadPosRankSum=2.055;SC=GGATCTGGAGAGACAGAGGGA;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=169;TCF=79;TCR=90;TR=136;WE=51754637;WS=51754619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,145:0.79:183
chr12	51796904	rs907350	T	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=4.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.018;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,24:0.27:89
chr12	51846090	rs1995691	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=363;ReadPosRankSum=-2.205;SC=GGGTAGGCAAGTGTGTACCCT;SOR=1.453;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=20;WE=51846098;WS=51846080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
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chr12	51852511	rs6580835	C	T	2846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.180;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=73;PP=1952;ReadPosRankSum=-0.033;SC=TTGCTGGAATCTGGGTAAGGT;SOR=0.894;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=160;TCF=65;TCR=95;TR=118;WE=51852519;WS=51852501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,123:0.72:171
chr12	51855984	rs2271149	G	A	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=656;ReadPosRankSum=-0.618;SC=TCAGATCCCCGTGACAGAGAT;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=35;WE=51855992;WS=51855974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,38:0.79:48
chr12	51863643	rs4491281	T	C	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=52;PP=1278;SC=CCAGGTCCACTGTGGGGGAAA;SOR=2.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=74;WE=51863651;WS=51863633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	51864979	rs2292217	T	C	5809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.954;SC=TTCCAGTGCTTGTTTAGATGA;SOR=0.588;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=303;TCF=199;TCR=104;TR=240;WE=51864987;WS=51864969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,247:0.79:314
chr12	51869098	rs868884	G	A	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=55;PP=1357;ReadPosRankSum=0.986;SC=GGAGAACTCCGGATGTCCTGA;SOR=0.876;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=7;TCR=68;TR=61;WE=51869106;WS=51869088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,63:0.82:77
chr12	51874054	rs4761970	C	T	845.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.67;ReadPosRankSum=1.535;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,38:0.88:43
chr12	51879826	rs10783445	G	T	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=29;PP=829;SC=ACCTTGTCATGTAGAAAAGCA;SOR=3.086;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=51879834;WS=51879816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	51882355	rs10706140	CT	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=0.431;QD=6.52;ReadPosRankSum=1.907;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr12	51888998	rs2102376	G	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=265;ReadPosRankSum=0.908;SC=TAAGTGTACAGTTGAGTGGCA;SOR=1.112;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=17;WE=51889006;WS=51888988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr12	51890721	rs10783448	G	A	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.61;ReadPosRankSum=2.640;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,56:0.73:77
chr12	51898014	rs3896351	A	G	2541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=58;PP=1393;ReadPosRankSum=3.061;SC=AGAGCTAAATATTCAGCCTCC;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=58;TCR=76;TR=103;WE=51898022;WS=51898004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,115:0.78:148
chr12	51898108	rs3858636	G	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=444;ReadPosRankSum=-0.353;SC=CAGGTTATGGGAATCACAAGA;SOR=0.487;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=21;WE=51898116;WS=51898098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr12	51901390	rs7305599	A	G	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=419;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTGCATTGGAAGGCATCCAGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=18;WE=51901398;WS=51901380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr12	52080965	rs4761829	C	T	15982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=323;NR=266;PP=2965;SC=TTTTACGGGACCCATGGAACT;SOR=0.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=589;TCF=323;TCR=266;TR=589;WE=52080973;WS=52080955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,612:1.00:612
chr12	52099153	rs2291265	C	T	7990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=163;NR=116;PP=2965;SC=GTTTTCAGCCCGGTTCATTTG;SOR=1.052;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=279;TCF=163;TCR=116;TR=279;WE=52099161;WS=52099143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr12	52100566	rs10783474	G	A	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=38;PP=981;SC=ATGTGTATATGTATATTATAC;SOR=3.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=46;WE=52100574;WS=52100556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	52115803	.	C	A	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.848;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.429;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=41;PP=962;ReadPosRankSum=0.289;SC=CCCTGCTCTGCCCATCCCACT;SOR=0.405;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=64;WE=52115811;WS=52115793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,73:0.79:92
chr12	52156255	rs303767	A	C	8352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr12	52159438	rs56879517	G	GT	1869.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;MQRankSum=0.279;QD=20.55;ReadPosRankSum=1.681;SOR=0.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,89:0.98:91
chr12	52163789	rs303808	G	A	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=17;PP=480;SC=GATGAGGAGCGGATGGGCTGG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=52163797;WS=52163779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	52173781	rs76315468	G	GTTC	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=3;PP=515;SC=TGGAGCCACAGTTCTTGGGAA;SOR=2.049;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=12;WE=52173789;WS=52173771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	52182452	rs9943714	C	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=2.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=0.799;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,44:0.20:219
chr12	52182545	rs9943809	A	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=1.999;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,42:0.19:225
chr12	52184271	rs303815	T	C	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.81;ReadPosRankSum=-1.305;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,97:0.81:120
chr12	52184342	rs2241855	A	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=198;ReadPosRankSum=-0.185;SC=GAAAAGTACTAGTAGAGTTAC;SOR=0.678;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=19;WE=52184350;WS=52184332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,20:0.29:68
chr12	52200028	rs303828	C	A	3449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=28;PP=2384;SC=GGGTGTCTCCCATCTCAATAA;SOR=2.207;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=86;TCR=28;TR=113;WE=52200036;WS=52200018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	52200742	rs60637	C	A	9816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=225;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.434;SC=TGCCCAAGCCCAATACCATTG;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=535;TCF=292;TCR=243;TR=411;WE=52200750;WS=52200732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,424:0.77:551
chr12	52204246	rs172559	T	C	8998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=212;PP=2965;SC=TAAGTGGCAATGCTTTGCCAA;SOR=1.528;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=323;TCF=111;TCR=212;TR=323;WE=52204254;WS=52204236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr12	52215102	rs303819	T	G	15246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=269;NR=266;PP=2965;ReadPosRankSum=0.461;SC=CCTTTGGGAGTCTCCCCCGAC;SOR=0.297;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=536;TCF=270;TCR=266;TR=535;WE=52215110;WS=52215092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,569:1.00:570
chr12	52284233	rs706832	T	C	14354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=315;NR=201;PP=2965;SC=CTGGCCTCCCTGATTCCACCT;SOR=1.266;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=518;TCF=316;TCR=202;TR=516;WE=52284241;WS=52284223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,538:1.00:538
chr12	52284500	rs34494292	A	G	19782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=742;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=368;NR=328;PP=2965;ReadPosRankSum=2.191;SC=CAGCTTAGCCAGCACTACAAG;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=701;TCF=370;TCR=331;TR=696;WE=52284508;WS=52284490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,738:1.00:740
chr12	52285086	rs3180417	G	A	6238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=150;PP=2965;SC=TGGCACAGAAGTAGGGGAAGA;SOR=1.955;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=64;TCR=150;TR=214;WE=52285094;WS=52285076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr12	52345497	rs10540557	TGCG	T	1489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=7;PP=422;SC=GCTGCTGGGCTGCGGCGGCGG;SOR=1.061;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=13;WE=52345507;WS=52345484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	52369300	rs2242106	C	T	7398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=144;PP=2965;SC=TGAGTGCATGCCCTTGTTGGG;SOR=1.117;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=109;TCR=145;TR=253;WE=52369308;WS=52369290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr12	52369956	rs3214829	G	GA	607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=531;SC=CATCTAGGCAGCAAGACTAGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=52369964;WS=52369946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	52381026	rs2252518	C	A	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=41;PP=1168;SC=CCCCGGTGCGCATAGCACGGG;SOR=2.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=58;WE=52381034;WS=52381016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	52400887	rs141044558	G	A	2289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.13;ReadPosRankSum=2.006;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,100:0.70:142
chr12	52403110	rs10876227	G	A	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.170;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=48;PP=1172;ReadPosRankSum=0.697;SC=TCAGCCTAGCGAGGGTAGTCA;SOR=1.340;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=81;TCF=18;TCR=63;TR=60;WE=52403118;WS=52403100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,64:0.74:86
chr12	52404567	rs147950249	G	T	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=246;ReadPosRankSum=0.437;SC=AGTCCTGCTGGAATGTTCTAG;SOR=0.250;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=17;WE=52404575;WS=52404564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr12	52404618	rs1298913	T	G	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=506;ReadPosRankSum=0.788;SC=CTATGGGACTTCTACACCTTT;SOR=0.376;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=36;WE=52404626;WS=52404608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,38:0.75:51
chr12	52565322	rs3741737	G	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=2.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=-1.962;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:304,57:0.16:361
chr12	52566047	rs3741736	G	A	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,51:0.25:204
chr12	52574780	rs4762060	A	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=127;ReadPosRankSum=-0.131;SC=TCAGCTGGATATGGTGGGGGC;SOR=1.292;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=14;WE=52574788;WS=52574770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr12	52600033	rs10747632	T	C	5081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=89;NR=100;PP=2653;SC=CGAGGGGACGTGAAGTAAGTG;SOR=1.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=89;TCR=100;TR=189;WE=52600041;WS=52600023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr12	52602013	rs1902767	C	T	8288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=160;NR=114;PP=2965;SC=TTGGCGCCTCCGTAATCTCCC;SOR=0.988;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=275;TCF=160;TCR=115;TR=274;WE=52602021;WS=52602003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr12	52631510	.	A	ATG	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.905;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr12	52647197	rs11612499	A	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=1.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.422;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,52:0.22:239
chr12	52648297	rs9325150	T	G	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.280;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=604;ReadPosRankSum=0.124;SC=GTATCATGCCTTGGTGAAGCC;SOR=1.495;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=37;WE=52648305;WS=52648287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr12	52649887	rs2168762	T	C	8880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=145;NR=164;PP=2965;SC=CTCCCACTGTTGGCTTCCATG;SOR=0.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=309;TCF=145;TCR=164;TR=309;WE=52649895;WS=52649877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr12	52649954	rs2242139	T	C	3464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=79;PP=2180;SC=AGGTTGCTCTTGCAGCACTCA;SOR=1.685;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=37;TCR=79;TR=116;WE=52649962;WS=52649944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	52660904	rs2857686	C	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-2.317;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,47:0.26:183
chr12	52661075	rs748040	C	T	3910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.288;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=62;PP=2347;ReadPosRankSum=-1.075;SC=CTGGACATATCCAGGTAATGG;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=211;TCF=122;TCR=89;TR=154;WE=52661083;WS=52661065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,173:0.74:235
chr12	52661192	rs1870222	A	G	10464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=106;NR=116;PP=2965;SC=CCTTAGCGATAACCGCTGCAA;SOR=0.934;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=222;TCF=106;TCR=116;TR=222;WE=52661200;WS=52661182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr12	52661209	rs1870223	T	C	9826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=98;NR=103;PP=2798;SC=GCAAGCTGGTTGAGCTGGAGG;SOR=0.900;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=98;TCR=103;TR=201;WE=52661217;WS=52661199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr12	52661302	rs1870224	C	A	2735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=53;PP=1427;SC=CTTCTTGCCACCTTCTAGATG;SOR=1.565;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=88;WE=52661310;WS=52661292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	52680008	rs3657	T	C	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.790;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,34:0.23:151
chr12	52681056	rs4761856	C	T	3607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.047;NF=40;NR=47;PP=1295;ReadPosRankSum=2.938;SC=CACTGAGGGCCGCCTCACCCT;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=57;TCR=66;TR=87;WE=52681064;WS=52681046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,94:0.71:132
chr12	52681080	rs4761784	G	A	3642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.578;NF=37;NR=51;PP=1402;ReadPosRankSum=1.334;SC=GCTCAGACTGGGCCACCGCGG;SOR=0.891;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=122;TCF=53;TCR=69;TR=88;WE=52681088;WS=52681070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,96:0.73:132
chr12	52681533	rs7300941	T	C	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=0.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQRankSum=-5.347;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.701;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,82:0.21:395
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chr12	52695754	rs74651927	C	T	5875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.111;NF=110;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TCTCGGCCTGCGGGCCCCGGC;SOR=0.663;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=326;TCF=150;TCR=176;TR=240;WE=52695762;WS=52695744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,262:0.75:348
chr12	52695787	rs112261068	C	T	3877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.981;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.842;NF=65;NR=98;PP=2440;ReadPosRankSum=0.242;SC=GCATCACCGCCGCCCCCTACC;SOR=0.889;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=221;TCF=92;TCR=129;TR=163;WE=52695795;WS=52695777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,170:0.76:225
chr12	52700100	rs11612715	C	A	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=48;PP=1406;SC=CCCAGCCCTGCCAGGGTTCTC;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=76;WE=52700108;WS=52700090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	52708420	rs2857671	G	A	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=25.22;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	52708565	rs2857670	A	G	7460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.82;ReadPosRankSum=-1.643;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,287:0.99:289
chr12	52708730	rs113407094	A	AGGTGT	1433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=24;PP=1466;SC=TCTATTCTGAAGGAGGGAACC;SOR=4.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=24;WE=52708738;WS=52708720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	52708978	rs3825221	T	C	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=11;PP=911;SC=GACCAACCTATCCTCTTTACT;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=52708986;WS=52708968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	52709032	rs3741721	T	C	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=33;PP=1699;SC=TCTGCATATATTCATAGTCAA;SOR=1.257;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=62;TCR=33;TR=94;WE=52709040;WS=52709022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	52709229	rs3741719	G	A	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.722;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=41;PP=1116;ReadPosRankSum=0.260;SC=GGCTATTTCTGACCTACATTT;SOR=1.262;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=60;WE=52709237;WS=52709219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,71:0.77:92
chr12	52709880	rs2852468	A	G	5274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.20;QD=44.33;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	52709883	rs2248473	T	C	5225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.35;QD=45.05;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	52710246	rs2270267	T	C	3247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=81;NR=29;PP=2056;SC=GGCCGGGCTCTGGTACCTGGC;SOR=1.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=82;TCR=29;TR=110;WE=52710254;WS=52710236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	52710309	rs2257286	G	A	6952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=143;NR=102;PP=2965;SC=GGTTCAGCTCGTTGATCTCCT;SOR=0.953;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=143;TCR=103;TR=245;WE=52710317;WS=52710299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr12	52710715	rs2857669	G	A	21471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.88;QD=44.27;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr12	52710721	rs2852464	G	C	21303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=43.74;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr12	52710897	rs2852463	TG	CA	7701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=97;PP=2947;SC=TCATCGGGAGTGAACTTCTCA;SOR=1.623;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=154;TCF=53;TCR=101;TR=149;WE=52710906;WS=52710887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	52710913	rs2852462	A	G	3965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=85;PP=2535;SC=TCTCATGTTTAGAGAAACAAA;SOR=1.543;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=45;TCR=85;TR=130;WE=52710921;WS=52710903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr12	52711450	rs2248619	T	C	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=7;PP=356;SC=CCCACCATGGTTGAGAGCCCC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=52711458;WS=52711440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	52711549	rs2857667	G	A	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=57;NR=26;PP=1342;SC=GGAGGTAGGCGCAGTCCACAT;SOR=1.190;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=83;WE=52711557;WS=52711539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	52711624	rs2857666	C	T	3859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=80;NR=62;PP=2361;SC=ACCTGGCTGCCATGTGGCAGG;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=80;TCR=62;TR=142;WE=52711632;WS=52711614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr12	52711776	rs2852459	G	A	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=49;PP=1643;SC=AGGGAGAACAGGACCTTGTCT;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=47;TCR=50;TR=96;WE=52711784;WS=52711766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	52712975	rs3741715	G	A	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.663;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,74:0.76:98
chr12	52713199	rs11290512	CA	C	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=2.011;SOR=0.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,13:0.15:89
chr12	52755097	rs1791627	A	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=8.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=0.594;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr12	52756590	rs115376435	T	C	6058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.115;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=2.417;SC=TAGGGCCAGGTGCTGCAGCCT;SOR=0.409;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=301;TCF=182;TCR=119;TR=247;WE=52756598;WS=52756580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,264:0.82:323
chr12	52758228	rs17657396	C	T	3141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=84;PP=2070;ReadPosRankSum=0.223;SC=CAAGTTCTTCCGGGGATTGAA;SOR=0.872;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=169;TCF=54;TCR=115;TR=121;WE=52758236;WS=52758218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,134:0.73:183
chr12	52760957	rs61630004	C	T	2145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.03;ReadPosRankSum=-1.628;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,100:0.79:126
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chr12	52773702	rs1791611	G	A	2970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.448;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=63;PP=1877;ReadPosRankSum=0.331;SC=CTGGAAAGGGGAAGAAACAAA;SOR=0.830;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=198;TCF=104;TCR=94;TR=126;WE=52773710;WS=52773692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,134:0.64:211
chr12	52773774	rs1791661	T	C	2129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=49;PP=1009;ReadPosRankSum=1.248;SC=CTTTCTTGTTTGAGTAGATCT;SOR=0.810;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=138;TCF=66;TCR=72;TR=92;WE=52773782;WS=52773764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,102:0.68:150
chr12	52774158	rs951772	G	A	2938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=34;PP=1658;ReadPosRankSum=1.589;SC=GGCTCTCCTCGCCCTCCAGCA;SOR=0.800;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=144;TCF=101;TCR=43;TR=110;WE=52774166;WS=52774148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,126:0.77:164
chr12	52774235	rs951773	A	G	8510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=165;NR=129;PP=2965;SC=TGGTACTCGCACAGCTGCCGC;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=294;TCF=165;TCR=129;TR=294;WE=52774243;WS=52774225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr12	52774305	rs1732293	A	G	6935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.141;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=0.183;SC=TGCATTTGGCATCACTGAGGG;SOR=0.552;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=355;TCF=176;TCR=179;TR=280;WE=52774313;WS=52774295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,314:0.80:391
chr12	52774370	rs1791657	G	A	4012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=90;PP=2313;ReadPosRankSum=0.341;SC=TTGGCACGCTGCAGGGAAGGC;SOR=0.525;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=202;TCF=90;TCR=112;TR=166;WE=52774378;WS=52774360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,182:0.83:219
chr12	52774993	rs883712	C	G	3050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=60;PP=2065;ReadPosRankSum=0.425;SC=CTTCATACTGCGGAGAGAGGA;SOR=0.580;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=77;TCR=79;TR=119;WE=52775001;WS=52774983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,126:0.76:165
chr12	52775034	rs1791652	G	A	2200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=44;PP=1646;ReadPosRankSum=0.890;SC=GGTCAGGTCAGGATCACAGCC;SOR=0.525;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=91;WE=52775042;WS=52775024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,89:0.75:119
chr12	52775062	rs883709	T	C	2067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=39;PP=1606;ReadPosRankSum=1.068;SC=AGTTGGGGGCTTCAAACCTCC;SOR=0.569;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=84;WE=52775070;WS=52775052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,83:0.73:113
chr12	52775395	rs883710	C	T	2698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.973;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=79;PP=1953;ReadPosRankSum=0.517;SC=GGAAGTGGTGCCAGGGGCAGA;SOR=0.963;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=25;TCR=100;TR=98;WE=52775403;WS=52775385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,104:0.78:134
chr12	52775411	rs949386	T	C	2023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=60;PP=1505;ReadPosRankSum=0.765;SC=GCAGAGAGCATCACTCATTGG;SOR=1.035;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=17;TCR=76;TR=73;WE=52775419;WS=52775401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,77:0.77:100
chr12	52776679	rs1732297	A	G	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=2;PP=326;SC=CACTGTCTTGATGTGAGTAGT;SOR=2.124;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=52776687;WS=52776675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	52776895	rs1732298	G	A	2761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,128:0.80:160
chr12	52776942	rs1732299	T	C	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.81;ReadPosRankSum=-0.894;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,78:0.79:99
chr12	52777036	rs1732300	G	A	297.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.6705;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=124;ReadPosRankSum=-1.130;SC=GTGCCTCTCAGTTTCTCCAAA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=11;WE=52777044;WS=52777026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr12	52777439	rs1614888	A	G	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.844;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=856;ReadPosRankSum=-0.954;SC=GGGCCTGATCACTGACCAGCA;SOR=0.549;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=59;TCR=33;TR=65;WE=52777447;WS=52777429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,71:0.71:100
chr12	52777502	rs1945297	A	G	2570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.86;ReadPosRankSum=0.099;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,120:0.69:173
chr12	52777513	rs2245203	T	C	2496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.95;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,114:0.68:167
chr12	52777578	rs1613931	C	T	2982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.49;ReadPosRankSum=-1.500;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,76:0.65:117
chr12	52777578	.	CGA	TGC	1713	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=28;NR=30;PP=1713;QD=30.45634267;SC=CTCTAGGAACCGAACCTAAAT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=46;TCR=51;TR=58;WE=52777588;WS=52777568;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:39,58:0.60:97
chr12	52777580	rs1613929	A	C	2982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.94;ReadPosRankSum=-0.797;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,73:0.63:115
chr12	52777606	rs1613859	G	A	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=594;ReadPosRankSum=-0.069;SC=GCACAGAAATGGCATTTGAAG;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=47;WE=52777614;WS=52777596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,58:0.61:95
chr12	52778772	rs1732303	C	T	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=6;PP=685;SC=AGCACTCTAGCGCATTTTGGC;SOR=2.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=52778780;WS=52778762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	52778947	rs1791631	A	G	5932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=0.796;SC=TCTTGTTCACAGTCACAGCTG;SOR=0.567;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=308;TCF=217;TCR=91;TR=240;WE=52778955;WS=52778937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,264:0.79:336
chr12	52779244	rs1732304	A	G	10655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.382;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=245;PP=2962;ReadPosRankSum=3.215;SC=CCCGGAATCCAGGCCCACTCC;SOR=0.577;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=537;TCF=221;TCR=316;TR=421;WE=52779252;WS=52779234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,459:0.78:587
chr12	52779391	rs1732305	A	G	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=43;PP=1051;ReadPosRankSum=-0.637;SC=GGTTGGGAGCAAAAGAGCAAG;SOR=1.079;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=10;TCR=55;TR=51;WE=52779399;WS=52779381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,53:0.82:65
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chr12	52788945	rs1732263	C	G	4121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=3.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.24;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,178:0.79:226
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chr12	52863038	rs410562	G	A	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=-4.749;QD=2.12;ReadPosRankSum=-0.128;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,70:0.19:368
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chr12	52863621	rs382367	T	G	2537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.357;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-4.024;NF=65;NR=64;PP=1650;ReadPosRankSum=2.040;SC=CATCCTTGAGTGCCATCTCCC;SOR=0.470;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=392;TCF=181;TCR=211;TR=129;WE=52863629;WS=52863611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,139:0.33:418
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chr12	52864240	rs415580	G	T	2737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=914;ExcessHet=3.0103;FS=1.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.01;ReadPosRankSum=-1.521;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:703,208:0.23:911
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chr12	52865548	rs28759265	G	C	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=-14.342;QD=1.26;ReadPosRankSum=-0.975;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:373,75:0.17:448
chr12	52865592	rs644414	A	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=1.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQRankSum=-15.574;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.357;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,54:0.16:335
chr12	52866060	rs11608915	C	T	3666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=72;PP=2296;SC=CTCTAGGAACCGCACCTGGAA;SOR=1.205;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=54;TCR=72;TR=126;WE=52866068;WS=52866050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
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chr12	52881380	rs1053854	A	C	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.96;ReadPosRankSum=-0.171;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr12	52881428	rs28667515	A	C	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.402;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=172;ReadPosRankSum=0.381;SC=CAGGAGAGGAAAGGCAACCTG;SOR=0.201;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=20;WE=52881436;WS=52881418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
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chr12	52884283	rs298119	A	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=1.423;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,38:0.23:162
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chr12	52886478	rs376545	T	C	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQRankSum=-14.150;QD=1.16;ReadPosRankSum=1.412;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,38:0.16:239
chr12	52886490	rs711317	A	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQRankSum=-13.137;QD=1.43;ReadPosRankSum=0.026;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,45:0.18:257
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chr12	52913029	rs607860	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=75;ReadPosRankSum=1.075;SC=CACCTCTTTCCGTCCCTCTAA;SOR=0.970;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=10;WE=52913037;WS=52913019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
chr12	52938364	rs2292507	T	C	6280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.36;ReadPosRankSum=-2.804;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,284:0.74:384
chr12	52938497	rs10783518	A	C	2513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.22;ReadPosRankSum=0.194;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,112:0.72:155
chr12	52938535	rs10783519	A	G	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=41;PP=1055;ReadPosRankSum=0.148;SC=TGGCTGCAGGAGGAGCCGAAG;SOR=0.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=66;WE=52938543;WS=52938525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,70:0.75:93
chr12	52939407	rs10580903	AGAG	A	3733.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.909;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.784;NF=10;NR=33;PP=1861;ReadPosRankSum=-1.517;SC=AAATAAAATAAGAGGAGAAGA;SOR=0.404;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=43;WE=52939417;WS=52939397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,92:0.77:119
chr12	52939994	rs11170171	T	C	2584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.46;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,115:0.73:157
chr12	52941529	rs4761929	T	C	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=311;ReadPosRankSum=-0.736;SC=CTCACTGGCCTTCTCTCTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=18;WE=52941537;WS=52941520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr12	52941784	rs3839975	CAG	C	7658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.861;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.556;NF=18;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=2.197;SC=CCCCAAAGCACAGAGTCATGA;SOR=0.546;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=134;TCF=31;TCR=103;TR=96;WE=52941793;WS=52941774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,191:0.77:248
chr12	52942235	rs12308719	G	T	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.612;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=46;PP=1270;ReadPosRankSum=0.341;SC=CCAGGGCTGTGTGCTTTGCGG;SOR=0.286;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=61;WE=52942243;WS=52942225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,60:0.86:70
chr12	52942362	rs622446	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=174;ReadPosRankSum=-0.969;SC=TCTGATGCGGGAGATGGTTGG;SOR=0.790;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=16;WE=52942370;WS=52942352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,16:0.26:62
chr12	52942998	rs635206	C	T	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	52943144	rs4761930	G	A	2080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.09;ReadPosRankSum=0.632;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,94:0.86:109
chr12	52944060	rs10747643	T	C	1964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.885;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=45;PP=1212;ReadPosRankSum=1.086;SC=TGCTGAACCCTTGCAGTAATA;SOR=0.453;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=41;TCR=63;TR=74;WE=52944068;WS=52944050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,83:0.73:114
chr12	52946498	rs665470	C	T	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FS=0.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=-0.642;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:358,84:0.19:442
chr12	52946543	rs665522	C	T	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FS=2.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=1.015;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:458,119:0.21:577
chr12	52946890	rs628819	A	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=-2.286;SOR=1.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,21:0.25:84
chr12	52963169	rs7972909	C	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.296;SOR=1.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr12	52964718	rs597048	G	A	5104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=113;PP=2965;SC=AGGCTGCTAGGATCCACGGGG;SOR=1.571;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=60;TCR=113;TR=173;WE=52964726;WS=52964708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr12	52964934	rs669865	T	G	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=232;SC=CGTGGGCAAGTCCACTATTGT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=52964942;WS=52964931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	52965173	rs670741	T	G	5103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr12	52965722	rs673363	T	C	5266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr12	52965761	rs673449	C	T	10239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=120;NR=96;PP=2965;SC=TCTCTGCTGTCGTGCGCCGGT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=120;TCR=96;TR=216;WE=52965769;WS=52965751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr12	52965782	rs673476	T	C	9618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.92;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr12	52965877	rs11170175	T	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.270;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=230;ReadPosRankSum=0.182;SC=GGATACAGGGTCCCTGCAGGG;SOR=0.279;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=20;WE=52965885;WS=52965867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,20:0.30:67
chr12	52966137	rs685720	T	A	3434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=32;PP=2788;SC=CTGACCCTGGTGCATACTCCC;SOR=1.669;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=81;TCR=33;TR=113;WE=52966152;WS=52966123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	52966144	rs34211466	TC	T	2939.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=2124;ReadPosRankSum=1.103;SC=TGGTGCATACTCCCCCATCTC;SOR=0.692;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=66;WE=52966152;WS=52966123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,103:0.76:135
chr12	52966390	rs11170176	A	T	5331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.337;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=1.102;SC=GTTCAGGTCCAGCTGCTGCAG;SOR=0.886;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=271;TCF=130;TCR=141;TR=210;WE=52966398;WS=52966380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,231:0.77:301
chr12	52966512	rs687127	C	A	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.810;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=743;ReadPosRankSum=-0.634;SC=CCCCTGGACACACACCATTGA;SOR=0.498;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=68;TCR=96;TR=57;WE=52966520;WS=52966502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,61:0.33:184
chr12	52967080	rs6580887	A	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=3.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,29:0.22:129
chr12	52980078	rs17116392	T	C	299.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.6715;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=177;ReadPosRankSum=-0.647;SC=CTGAGATGGATTCTCTCTGTT;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=10;WE=52980086;WS=52980068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr12	52980902	rs71443262	T	G	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.256;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=764;ReadPosRankSum=0.393;SC=TTCCCACACATCCCAGTGCGA;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=53;WE=52980910;WS=52980892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,58:0.75:77
chr12	52981442	rs11170183	C	A	5113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.564;SC=CAGCAGCTTGCGGTAGGTGGC;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=155;TCR=83;TR=195;WE=52981450;WS=52981432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,213:0.81:264
chr12	52981627	rs7310138	A	T	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FS=0.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.682;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:504,109:0.18:613
chr12	52981676	rs7310156	A	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:344,75:0.18:419
chr12	52984620	rs12818575	C	T	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.37;ReadPosRankSum=-0.634;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,67:0.73:92
chr12	52985293	rs12824366	A	G	3827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.874;NF=95;NR=65;PP=2288;ReadPosRankSum=0.411;SC=TCTTTAGGGCAATCTCCTCGT;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=132;TCR=89;TR=160;WE=52985301;WS=52985283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,176:0.73:242
chr12	52986132	rs617820	T	A	4130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=47;PP=2342;SC=GCCAGAAACCTCTTGTTAAAG;SOR=1.240;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=89;TCR=47;TR=136;WE=52986140;WS=52986122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr12	52986187	rs12833456	T	C	4399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.19;ReadPosRankSum=-2.268;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,197:0.77:256
chr12	52992812	rs11170187	T	C	8710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=197;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.578;SC=GGCTCCAGGTTCTTCCTGCAG;SOR=0.637;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=453;TCF=197;TCR=256;TR=349;WE=52992820;WS=52992802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,364:0.76:476
chr12	53002956	rs591636	T	C	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=31;PP=1257;SC=CTCAGGGGGCTGGGCGGTGGA;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=78;WE=53002964;WS=53002946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	53004603	rs7302968	G	A	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FS=1.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:373,101:0.21:474
chr12	53004654	rs595624	C	G	5535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.607;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.533;SC=CCCTGAGTTCCTCCCTGGGCC;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=307;TCF=133;TCR=174;TR=235;WE=53004662;WS=53004644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,244:0.76:319
chr12	53043636	rs632952	G	T	2779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=29;PP=1753;ReadPosRankSum=-1.634;SC=TGGCTGCTTAGACACAATGGG;SOR=0.814;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=147;TCF=106;TCR=41;TR=112;WE=53043644;WS=53043626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,118:0.78:152
chr12	53045626	rs2634041	T	C	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=1.910;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:511,153:0.23:664
chr12	53045777	rs11835758	G	A	8866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=221;PP=2962;ReadPosRankSum=3.449;SC=CGAAGCCCCCGCCACCACCAC;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=534;TCF=255;TCR=279;TR=422;WE=53045785;WS=53045764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,398:0.77:519
chr12	53069222	.	CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT	C	10328.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.36;QD=42.86;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr12	53070121	rs698170	T	G	13094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=260;NR=200;PP=2965;ReadPosRankSum=1.007;SC=GGGCCAGCTTTGTGTTCATCA;SOR=0.329;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=461;TCF=261;TCR=200;TR=460;WE=53070129;WS=53070111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,486:1.00:487
chr12	53070145	rs936958	G	A	13589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=259;NR=227;PP=2965;SC=CCTGGTAGTCGCGCAGCAGGC;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=488;TCF=259;TCR=229;TR=486;WE=53070153;WS=53070135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,516:1.00:516
chr12	53071338	rs626480	A	G	3537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=58;PP=2378;SC=AAGCAGTCAGAAAATAAAAGA;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=60;TCR=60;TR=118;WE=53071346;WS=53071328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	53071382	rs2741159	A	C	3175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.626;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=61;PP=1807;ReadPosRankSum=-2.177;SC=TTGTGGGTTCAGGCTTAAAAA;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=152;TCF=80;TCR=72;TR=125;WE=53071390;WS=53071372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,140:0.82:170
chr12	53071560	rs2741158	A	G	4381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=77;PP=2251;SC=ATGAAGGCACATTCTCTCCAG;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=69;TCR=77;TR=146;WE=53071568;WS=53071550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr12	53073471	rs3837476	C	CA	3558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=21;PP=2653;SC=TTCAAACCTACTGTGTTTTGA;SOR=2.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=57;WE=53073479;WS=53073461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	53084928	rs11170236	T	G	4911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=2.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.49;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,228:0.72:317
chr12	53085089	rs636127	T	C	4115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=67;PP=2311;SC=CCTCCACTCCTGCCTCGTGCC;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=80;TCR=67;TR=147;WE=53085097;WS=53085079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr12	53086645	rs3782489	G	A	7464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.760;SC=TCTCCCTGCCGTGATCTGGAG;SOR=0.643;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=405;TCF=184;TCR=221;TR=308;WE=53086653;WS=53086635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,332:0.76:436
chr12	53089371	rs10783529	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=4;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=239;ReadPosRankSum=-0.637;SC=TCATTACCCCGACCTGGGGAT;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=13;WE=53089379;WS=53089361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr12	53089405	rs10783530	T	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=394;ReadPosRankSum=-0.610;SC=GTGGAGAGGATGGCTGACTCC;SOR=1.371;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=21;WE=53089413;WS=53089395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr12	53089460	rs5798218	GACCC	G	2867.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.16;NF=27;NR=12;PP=2218;SC=TCCCTAGTGGGACCCTAGTGT;SOR=2.267;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=39;WE=53089471;WS=53089450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	53090190	rs7138818	C	T	3946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=73;PP=2274;ReadPosRankSum=1.374;SC=CGCTGCCAGTCCTCTTGTTGA;SOR=0.699;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=202;TCF=107;TCR=95;TR=158;WE=53090198;WS=53090180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,174:0.78:223
chr12	53091566	rs1567759	C	A	5828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.433;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.289;SC=CGCAGGTCACCGATGTAGTTC;SOR=0.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=338;TCF=163;TCR=175;TR=244;WE=53091574;WS=53091556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,261:0.73:357
chr12	53091730	rs12426129	C	T	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=368;ReadPosRankSum=0.008;SC=CAGAGCAGCTCCCCCATAAGT;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=25;WE=53091738;WS=53091720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
chr12	53096913	rs1625862	G	A	17747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=376;NR=395;PP=2965;SC=CACCAGCCCCGGTGCTGCCAA;SOR=0.969;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=781;TCF=384;TCR=397;TR=771;WE=53096921;WS=53096903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,684:1.00:684
chr12	53097263	rs73094689	C	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,33:0.24:138
chr12	53162528	rs2280480	G	A	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-1.607;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,64:0.25:251
chr12	53162773	rs1464423	A	G	12407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.63;ReadPosRankSum=1.601;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:20,505:0.96:525
chr12	53164848	rs7313832	G	A	5418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.06;ReadPosRankSum=-1.283;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,237:0.79:300
chr12	53165621	rs12828901	A	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.520;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,18:0.21:87
chr12	53165940	rs6580904	C	T	13366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=235;NR=250;PP=2965;SC=TCATACTGGGCGCGGACCTCG;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=486;TCF=236;TCR=250;TR=485;WE=53165948;WS=53165930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr12	53166192	rs6580905	G	A	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.391;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=38;PP=944;ReadPosRankSum=0.578;SC=CAGCCTAAAGGATGTTAGACA;SOR=0.293;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=53;TCF=7;TCR=46;TR=45;WE=53166200;WS=53166182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,48:0.86:56
chr12	53167313	rs7399317	T	C	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	53167395	rs11170271	C	T	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.018;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,39:0.28:139
chr12	53184491	rs11170279	A	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.571;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,38:0.21:177
chr12	53184559	rs11834139	C	T	4534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=76;PP=2644;ReadPosRankSum=-1.600;SC=GTTGCTACTACCCTGGATTAG;SOR=0.839;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=239;TCF=137;TCR=102;TR=184;WE=53184567;WS=53184549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,198:0.77:258
chr12	53185492	rs61929765	C	T	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=0.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=2.434;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,86:0.25:347
chr12	53186088	rs3887954	G	C	3892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.61;ReadPosRankSum=-1.090;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,174:0.79:221
chr12	53186122	rs4432093	G	A	3455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=2.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.09;ReadPosRankSum=0.568;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,184:0.80:229
chr12	53187150	rs4919750	C	T	4720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=3.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.68;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=0.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,214:0.80:267
chr12	53202380	rs2307028	T	C	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.792;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=19;PP=1367;ReadPosRankSum=-1.526;SC=CTGACTTCTATTGGGCTTGAG;SOR=0.167;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=95;TCF=72;TCR=23;TR=69;WE=53202388;WS=53202370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,74:0.71:104
chr12	53204614	rs2307027	C	T	2405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=4.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.94;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,113:0.70:161
chr12	53204757	rs10783539	T	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=375;ReadPosRankSum=-1.749;SC=ATTTAACCTATATTCATTGAA;SOR=0.390;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=26;WE=53204765;WS=53204747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr12	53207583	rs11267392	C	CCACCAAAGCCACCAGTGCCGAAACCAGCTCCGAAGCCGCCGG	16666.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FS=1.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=3.058;QD=33.94;ReadPosRankSum=-2.194;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,298:0.61:491
chr12	53216184	rs4415849	A	G	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=47;PP=1513;SC=CAGAAAGGCCAGGAGAGCAGT;SOR=0.896;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=45;TCR=47;TR=92;WE=53216192;WS=53216174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	53216989	rs17688627	G	A	12098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=186;NR=237;PP=2965;SC=ACGCTGCTCCGCTTCCGCAAT;SOR=0.983;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=424;TCF=187;TCR=237;TR=423;WE=53216997;WS=53216979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr12	53217056	rs10876353	G	A	4764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=114;PP=2965;SC=AGCACCCTCCGGGGTCATCCC;SOR=2.017;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=42;TCR=114;TR=156;WE=53217064;WS=53217046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr12	53217701	rs10876354	C	A	3949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=87;NR=42;PP=2249;SC=CCTCCCCCTGCAGCCTCTGGA;SOR=1.276;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=88;TCR=43;TR=129;WE=53217709;WS=53217691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	53227803	rs2638497	A	G	13645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=265;NR=226;PP=2965;SC=AGCCCGCCCCAACAAGGCCCC;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=492;TCF=265;TCR=227;TR=491;WE=53227811;WS=53227793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr12	53241626	rs11170287	A	G	7616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=172;NR=87;PP=2965;SC=CTCCTGGCTGACAGACCCAAA;SOR=1.490;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=172;TCR=88;TR=259;WE=53241634;WS=53241616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr12	53241761	.	GGAGCTGCTCCAGCTGCTTCCT	G	14819.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=6.760;NF=33;NR=155;PP=2923;ReadPosRankSum=-1.050;SC=CGTTCTCCCTGGAGCTGCTCC;SOR=0.697;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=297;TCF=43;TCR=254;TR=188;WE=53241789;WS=53241751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,388:0.75:515
chr12	53242440	rs2013335	A	G	10512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=188;NR=187;PP=2965;SC=TGGGGTCAGCAGATTCTGGTT;SOR=0.748;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=376;TCF=188;TCR=188;TR=375;WE=53242448;WS=53242430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr12	53294381	rs8608	T	C	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=48;NR=27;PP=1181;SC=CCTCTTCATATAGCTGCCTGA;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=48;TCR=28;TR=75;WE=53294389;WS=53294371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	53294821	rs4351899	T	G	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	53295917	rs2035875	A	G	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=41;PP=1457;SC=AGTCTGGAGGAAAGCAAGCAG;SOR=0.761;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=84;WE=53295925;WS=53295907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	53298769	rs1065306	A	G	5009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.661;NF=82;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.598;SC=TGGACATGGTAGAGGCAGGAG;SOR=0.301;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=82;TCR=88;TR=169;WE=53298777;WS=53298759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,186:0.99:187
chr12	53298835	rs2070910	T	G	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=62;PP=1937;SC=AGAAGCTGCTTCTTGGTGAGG;SOR=1.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=34;TCR=62;TR=96;WE=53298843;WS=53298825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	53343257	.	C	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=23.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-11.542;QD=1.98;ReadPosRankSum=1.641;SOR=1.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,16:0.12:135
chr12	53343265	.	CC	AT	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=21.830;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-11.631;QD=1.87;ReadPosRankSum=2.292;SOR=1.261;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,15:0.11:137
chr12	53343273	rs11551638	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=15.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQRankSum=-11.850;QD=0.91;ReadPosRankSum=2.099;SOR=0.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,13:0.09:142
chr12	53343461	rs17120866	A	AC	16327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=163;PP=2967;SC=TTCCATAACCACCCAACCCCT;SOR=0.837;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=203;TCF=30;TCR=173;TR=193;WE=53343469;WS=53343451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,489:1.00:489
chr12	53400440	rs61927957	T	G	6826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=1.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr12	53416119	rs7975725	T	C	6768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=124;NR=118;PP=2965;SC=CCACCTGGGGTTGAATTGGAG;SOR=0.701;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=243;TCF=124;TCR=119;TR=242;WE=53416127;WS=53416109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr12	53416251	rs10506315	C	T	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=33;PP=1039;SC=AGATAACTTACGGTTTTTGTT;SOR=2.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=53416259;WS=53416241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	53421746	rs59856997	CT	C	4900.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.313;NF=32;NR=101;PP=2490;ReadPosRankSum=-0.271;SC=GTAACTTTGCCTTTTTTTTTT;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=153;TCF=38;TCR=115;TR=133;WE=53421754;WS=53421736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,234:0.99:236
chr12	53432088	rs7968918	T	C	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=10;PP=877;SC=TGTTTCTTGGTTGTTTTCTCC;SOR=1.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=53432096;WS=53432078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	53433089	rs1548204	C	A	5497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=63;PP=2965;SC=GTGGTCCAGGCGACGGAGGGA;SOR=1.314;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=120;TCR=63;TR=183;WE=53433097;WS=53433079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr12	53433486	rs8916	C	T	3900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=100;PP=2768;SC=ATCCAGCTTCCGTAAGTGTTG;SOR=2.169;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=36;TCR=100;TR=136;WE=53433494;WS=53433476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr12	53433709	rs1356993	C	G	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=5;PP=643;SC=GTTCTCATCCCTTCTGCAAGG;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=53433717;WS=53433703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	53433788	rs1356994	A	G	5370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=72;PP=2965;SC=CTCCTCTCCAATGGACAATGC;SOR=1.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=109;TCR=72;TR=181;WE=53433796;WS=53433778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr12	53442956	rs12369033	G	C	3568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=67;PP=1809;SC=TGTGTTGGGAGGGGGGACCTC;SOR=1.001;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=58;TCR=67;TR=125;WE=53442964;WS=53442946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	53449735	rs2364153	T	C	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=65;PP=1908;SC=TGAGAGTCCTTTGCTGTCAGC;SOR=2.720;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=16;TCR=65;TR=80;WE=53449743;WS=53449725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	53451952	rs2280446	C	T	5210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.281;SC=TGTAACGGCACAGTCACCAAT;SOR=0.702;Source=Platypus;TCF=136;WE=53451960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,229:0.82:280
chr12	53452263	rs66607805	CCAGGTGGCAGG	C	7604.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.278;NF=27;NR=115;PP=2989;ReadPosRankSum=-0.424;SC=GGGCTGGAGTCCAGGTGGCAG;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=37;TCR=156;TR=142;WE=53452281;WS=53452253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,267:0.99:269
chr12	53453456	rs34044566	C	T	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=1.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.173;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,71:0.26:277
chr12	53455853	rs11170391	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=7.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-1.113;SOR=0.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,28:0.20:138
chr12	53456619	rs10431493	C	T	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=2.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=2.554;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,47:0.19:249
chr12	53457618	rs12816417	C	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.960;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,52:0.15:337
chr12	53457704	rs34922637	C	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=1.116;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,22:0.18:121
chr12	53468419	rs2277329	T	G	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.983;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:392,105:0.21:497
chr12	53471929	rs7302636	T	C	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=-1.653;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,10:0.19:53
chr12	53472002	.	G	T	32	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=4;PP=32;QD=11.1285354245;SC=CCTGGGCCTGGTGGCTCACGT;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=6;WE=53472010;WS=53471992;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr12	53573454	rs200549672	C	CA	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=0.754;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,19:0.28:68
chr12	53573499	rs11401485	G	GT	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,33:0.17:197
chr12	53605496	rs61754163	C	T	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.96;ReadPosRankSum=0.716;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,74:0.80:92
chr12	53647373	rs10876422	T	C	13091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=233;NR=205;PP=2965;SC=CGTGCTGCTGTTGGGCACCAT;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=440;TCF=234;TCR=206;TR=438;WE=53647381;WS=53647363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr12	53662624	rs6580942	C	A	2891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=30;PP=1632;SC=TTGCTGCCCGCCTTGAAGGTG;SOR=1.189;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=62;TCR=31;TR=92;WE=53662632;WS=53662614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	53662735	rs4758965	C	T	7313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=149;NR=101;PP=2965;SC=CTCTGAGTAACCCTATTTCTA;SOR=1.054;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=150;TCR=101;TR=250;WE=53662743;WS=53662725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr12	53664148	rs4758963	G	A	5591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr12	53664308	rs146243389	GTTTGGGGTTGCTCCACTGCCCTCAAACAGC	G	5086.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=22;PP=2973;SC=GGCTCATAGGGTTTGGGGTTG;SOR=1.290;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=34;WE=53664345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	53666713	rs4759086	A	G	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=8;PP=200;SC=GAAGGGCCTCACCAGCACCCT;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=53666721;WS=53666703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	53670545	rs1318648	C	A	16995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=309;NR=282;PP=2965;SC=TGGAGCTGAGCCCCGAGGAGA;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=591;TCF=309;TCR=282;TR=591;WE=53670553;WS=53670535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,628:1.00:628
chr12	53671549	rs2272313	A	G	3223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=44;PP=2028;SC=GAGGAAGGGAAGTTCTCTCCA;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=59;TCR=44;TR=103;WE=53671557;WS=53671539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	53677072	rs1609473	T	G	6511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=120;NR=99;PP=2965;SC=AGGGCCCTCTTGGAATGGACA;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=120;TCR=99;TR=219;WE=53677080;WS=53677062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr12	53677089	rs4454760	G	A	6344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=126;NR=92;PP=2965;SC=GACAGGCTATGTGAGAGGGCT;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=126;TCR=93;TR=218;WE=53677097;WS=53677079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr12	53681883	rs1110719	A	T	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=26;PP=1008;SC=CTGAGCCTAAAGACGGATGCC;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=66;WE=53681891;WS=53681873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	53682267	rs3080422	CAA	C	5846.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=53;PP=2950;SC=GAAGGAAGAACAAAGAGAATG;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=76;WE=53682276;WS=53682257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	53682326	rs1110720	G	A	4060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=61;PP=2226;SC=CCCCAGGTGGGAAGACTCCAG;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=71;TCR=61;TR=132;WE=53682334;WS=53682316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr12	53682986	rs3214023	C	T	2878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=790;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.578;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:588,202:0.26:790
chr12	53686703	rs1056685	G	A	4891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=106;PP=2965;SC=CTGGCTGTGCGTGGAAACCTG;SOR=1.483;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=64;TCR=106;TR=170;WE=53686711;WS=53686693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr12	53689190	rs1870240	C	G	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=2;PP=1282;SC=TGAACTCACACAACAGTCTCT;SOR=5.549;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=45;TCR=2;TR=47;WE=53689198;WS=53689180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	53690188	rs59765323	CT	C	783.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.473;NF=1;NR=25;PP=350;ReadPosRankSum=-0.688;SC=TGAGGATACCCTTTTTTTTTT;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=26;WE=53690196;WS=53690178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,46:0.88:52
chr12	53691962	rs2694861	C	A	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	53692920	rs34165644	C	CA	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=5.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQRankSum=1.504;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.588;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr12	53692955	rs1020745	G	A	4041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=26.95;SOR=1.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	53693277	rs56249432	TG	T	1006.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=22;PP=743;SC=GGTGATGAGATGGGGGGTGTG;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=23;WE=53693285;WS=53693267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	53693532	rs1534284	AA	GC	8458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=44;PP=2947;SC=ATGGGACACCAATTCCTGCGC;SOR=1.876;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=172;TCF=123;TCR=49;TR=160;WE=53693541;WS=53693522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr12	53700848	rs1534282	C	T	10465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=156;NR=206;PP=2965;SC=AGCGGCTTCACTGGCGGTCAC;SOR=1.102;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=364;TCF=157;TCR=207;TR=362;WE=53700868;WS=53700838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr12	53700860	rs711316	A	G	9396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=188;PP=2965;SC=GGCGGTCACCACACCCGAGAG;SOR=1.216;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=319;TCF=131;TCR=188;TR=319;WE=53700868;WS=53700838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr12	53702371	rs4759287	T	C	5348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;PP=2965;SC=ACTGGTCCCCTGCCAGCTCAC;SOR=0.988;Source=Platypus;TCF=85;WE=53702379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr12	53703021	rs1546808	G	A	5769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=81;NR=114;PP=2965;SC=CACCTCCTCGGAACCAGGGAA;SOR=1.211;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=81;TCR=114;TR=195;WE=53703029;WS=53703011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr12	53708011	rs7953255	G	C	3819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=54;PP=2269;SC=CCTTTCAGACGTCCTCACCAC;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=78;TCR=54;TR=131;WE=53708019;WS=53708001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	53709708	rs7960963	G	T	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=40;PP=1037;SC=GCACTCTACGGGCTGTCCTTT;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=56;WE=53709716;WS=53709698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	53714290	rs4759232	T	G	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=4;PP=568;SC=TAAAGGGGTGTTGACTCATTT;SOR=2.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=53714298;WS=53714280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	53714496	rs4759231	A	G	4750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=80;PP=2526;SC=AAAAGTGAGGAGTGTGACGGT;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=81;TCR=80;TR=161;WE=53714517;WS=53714486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr12	53714509	rs7298879	T	G	4218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=71;PP=2176;SC=GTGACGGTGATTCAGTCTCTT;SOR=0.924;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=69;TCR=71;TR=140;WE=53714517;WS=53714486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr12	53714993	rs4759020	C	T	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=9;PP=911;SC=GCCCTTCTAGCCTCCTGCCGG;SOR=2.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=46;WE=53715001;WS=53714989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	53722098	rs7138938	A	G	8743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=173;NR=128;PP=2965;SC=CTGGTTCTCCATGGGTGCGCT;SOR=0.888;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=302;TCF=174;TCR=128;TR=301;WE=53722106;WS=53722088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr12	53722128	rs7139272	G	A	10385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=204;NR=161;PP=2965;SC=TCAGGTGGTCGCTTCGGGTAA;SOR=0.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=366;TCF=204;TCR=162;TR=365;WE=53722136;WS=53722118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr12	53823175	rs373716383	CA	C	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=2.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.842;QD=1.14;ReadPosRankSum=0.452;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,39:0.25:155
chr12	53862701	rs11447052	C	CT	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr12	53874892	rs146607300	CAT	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.442;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=79;ReadPosRankSum=-0.743;SC=TTATGTGGCGCATATATATAT;SOR=0.175;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=4;WE=53874901;WS=53874882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,4:0.16:25
chr12	53877562	rs784565	C	T	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.21;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	53880653	rs7958457	C	T	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.884;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,47:0.24:199
chr12	53926423	.	G	GA	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=2.530;QD=0.76;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,19:0.20:93
chr12	54067544	rs2857000	A	G	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	54067603	.	CA	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=-0.433;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr12	54108228	rs2277368	G	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.552;SOR=1.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,20:0.19:108
chr12	54109733	rs3741658	A	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=1.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.556;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,56:0.19:299
chr12	54339052	rs4759058	C	A	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=1.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=1.087;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,47:0.19:254
chr12	54348554	rs72049639	CGGGAT	C	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.875;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr12	54348571	rs199806153	G	GA	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.040;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	54348578	rs55661050	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=-0.010;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	54348596	rs200793987	CT	C	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=750;ReadPosRankSum=-0.083;SC=GTCCCCACCCCTCCCCCTGGC;SOR=1.880;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=28;WE=54348604;WS=54348585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr12	54349365	rs10876524	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.342;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,13:0.18:74
chr12	54367061	rs4759315	T	G	6186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=140;NR=73;PP=2965;SC=ACTTCTGCTCTCCGTCGCGCA;SOR=1.243;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=141;TCR=74;TR=213;WE=54367069;WS=54367051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr12	54367690	rs12427129	C	T	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,26:0.31:84
chr12	54367722	rs34745448	C	T	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=454;ReadPosRankSum=0.106;SC=GTAGCAGCGGCCGGGGAACGG;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=35;WE=54367730;WS=54367712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,41:0.72:57
chr12	54379670	rs4564384	C	T	1973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=707;ExcessHet=3.0103;FS=2.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:546,155:0.22:701
chr12	54448106	rs75256744	A	G	2861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=105;PP=2463;ReadPosRankSum=2.191;SC=CAAGCAACCCATAGTCTACCC;SOR=0.814;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=177;TCF=40;TCR=137;TR=129;WE=54448114;WS=54448096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,140:0.76:184
chr12	54449069	rs72272573	AAT	A	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.002;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr12	54496006	rs12308675	T	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=226;ReadPosRankSum=1.469;SC=AGCCTTGTTTTCTCTAGATCA;SOR=1.078;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=66;TCF=58;TCR=8;TR=17;WE=54496014;WS=54496004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,13:0.21:62
chr12	54496166	rs3195797	G	T	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=0.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-2.956;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:322,77:0.19:399
chr12	54575458	rs971	T	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=1.917;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,19:0.15:123
chr12	54575800	rs2233921	C	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.795;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr12	54677980	rs7967622	C	T	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5186;FS=3.496;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=812;ReadPosRankSum=-0.120;SC=TTTTATTATCCCAAATATGAA;SOR=0.978;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=40;WE=54677988;WS=54677970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,44:0.86:51
chr12	54687232	rs10506328	A	C	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=741;ReadPosRankSum=0.268;SC=TCTCTCAGGAACAAGCTGGAT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=54;WE=54687240;WS=54687222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,61:0.69:89
chr12	54764618	rs2706248	T	C	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=22;PP=1579;SC=TGGGGAAAACTCTGAAGAAGG;SOR=1.385;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=63;WE=54764626;WS=54764613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	54764962	rs2244933	G	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.217;NF=11;NR=14;PP=255;ReadPosRankSum=-1.091;SC=ACATTCCCAGGTACAATATGA;SOR=0.570;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=25;WE=54764970;WS=54764952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,30:0.29:102
chr12	54765005	rs3830651	TCTAA	T	317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.353;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.608;NF=1;NR=6;PP=207;ReadPosRankSum=-0.811;SC=GTGGGTTCTTTCTAACTAAGC;SOR=0.391;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=7;WE=54765016;WS=54764995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr12	54767613	rs2706258	C	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=-0.155;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr12	54767981	rs3832831	C	CAG	1760.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=30;PP=1525;SC=GATCTCCCCACAGAGCTCCCT;SOR=2.409;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=30;WE=54767989;WS=54767971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	54772755	rs2706256	C	A	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.20;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	54778212	rs146947705	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.716;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=281;ReadPosRankSum=0.725;SC=TGCTACTTACGGTGCTGTAGT;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=103;TCF=61;TCR=42;TR=28;WE=54778220;WS=54778202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,30:0.25:120
chr12	54799450	rs1249378	A	G	7290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr12	54802090	rs10876558	C	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=294;ReadPosRankSum=1.483;SC=TGGGGGCTGACTGGGTAGTAT;SOR=0.683;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=22;WE=54802098;WS=54802080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr12	54805753	rs1922254	G	T	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=1.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,70:0.24:296
chr12	54805765	rs1249181	C	T	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.231;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,69:0.24:286
chr12	54905815	rs2458409	C	G	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=1.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.297;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,64:0.27:239
chr12	54910234	rs60294924	C	G	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.953;QD=2.34;ReadPosRankSum=-2.080;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,14:0.18:76
chr12	54910837	rs1691630	G	A	8941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr12	54920566	rs12369172	T	C	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.097;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=38;PP=752;ReadPosRankSum=-0.517;SC=TGCCTTACTTTGTGTTGGCAC;SOR=1.670;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=50;WE=54920574;WS=54920556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,54:0.73:74
chr12	54920591	rs12367426	G	A	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.883;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=638;ReadPosRankSum=1.119;SC=TCCTTTACACGGTAGGACCTC;SOR=2.517;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=27;WE=54920599;WS=54920581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr12	54925750	rs10747697	A	C	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=28;PP=1101;SC=GAAGAGGGAGAGTAATTTGGC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=55;WE=54925758;WS=54925740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	54925871	rs59947538	CTT	C	2412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=4.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.941;QD=15.57;ReadPosRankSum=-0.896;SOR=1.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,109:0.70:155
chr12	54930059	rs200936468	T	C	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=0.627;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,18:0.18:99
chr12	54932788	rs4758966	T	C	3613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=79;PP=2371;ReadPosRankSum=-0.272;SC=GGTGTGAGAATAGGGAATGGA;SOR=0.866;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=197;TCF=94;TCR=103;TR=147;WE=54932796;WS=54932778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,157:0.77:205
chr12	54955324	rs10747699	T	C	1441.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.612;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=663;ReadPosRankSum=1.502;SC=CTGGGGCTCCTGGGGTCAGGA;SOR=0.330;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=51;WE=54955332;WS=54955314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,61:0.90:68
chr12	54955461	rs9668037	A	G	2056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=4.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.43;ReadPosRankSum=0.019;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,90:0.76:118
chr12	54955545	rs3036634	C	CGT	1105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=1151;ReadPosRankSum=0.401;SC=ATGTTTTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.775;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=26;WE=54955556;WS=54955535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr12	54955647	rs1552957	G	T	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=18;PP=604;SC=CCCCACCTTTGTAAAAATTGC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=54955655;WS=54955637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	54963491	rs71070829	C	CT	511.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.12;ReadPosRankSum=0.743;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr12	54968758	.	CAA	C	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-2.633;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr12	54969998	rs1249949	A	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.706;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,31:0.24:131
chr12	54970454	rs1249950	T	C	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=1.975;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,69:0.24:286
chr12	54971347	rs1249951	C	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.92;ReadPosRankSum=0.907;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,11:0.14:79
chr12	54975837	rs1249958	T	C	4625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr12	55002014	rs1795819	C	T	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.560;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=384;ReadPosRankSum=-0.489;SC=TTGGATGTGGCGTCTCCCACA;SOR=0.242;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=23;WE=55002022;WS=55002004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr12	55002053	rs1795818	C	G	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.313;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=608;ReadPosRankSum=-1.634;SC=GCACCCTCATCATTAGGGCCT;SOR=0.256;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=34;WE=55002073;WS=55002043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,40:0.78:51
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chr12	55002409	rs11170988	G	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.181;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=135;ReadPosRankSum=1.028;SC=ATACCTGCCCGGGGGCTTGCC;SOR=0.204;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=12;WE=55002417;WS=55002399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
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chr12	55367178	rs3741673	C	T	6702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.334;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=1.160;SC=TCCATCTTCCCGTCTCTGAGT;SOR=0.983;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=339;TCF=198;TCR=141;TR=264;WE=55367186;WS=55367168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,293:0.79:371
chr12	55368245	rs4758993	G	A	3316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=49;PP=1800;ReadPosRankSum=0.856;SC=GCAGGGCGGCGGCAGCCTCCT;SOR=0.516;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=87;TCR=59;TR=120;WE=55368253;WS=55368235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,144:0.82:175
chr12	55368368	rs4758994	G	A	2118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=48;PP=1169;ReadPosRankSum=0.153;SC=AGACTTCAGGGCCTCCCGTAA;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=81;WE=55368376;WS=55368358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,93:0.76:122
chr12	55368441	rs4759131	T	C	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.79;ReadPosRankSum=1.160;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,49:0.86:57
chr12	55641031	rs7302063	G	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.169;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,19:0.22:85
chr12	55641075	rs7301705	A	G	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.140;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,42:0.21:198
chr12	55641255	rs4522268	C	T	1864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=785;ExcessHet=3.0103;FS=0.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.913;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:625,158:0.20:783
chr12	55641295	rs4388990	A	G	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FS=1.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.00;ReadPosRankSum=-0.098;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:572,130:0.19:702
chr12	55641328	rs6581025	G	A	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FS=0.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:494,126:0.20:620
chr12	55688267	rs7308594	G	A	9392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=143;NR=169;PP=2965;SC=TACAGCTACCGTATGTCATGG;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=313;TCF=143;TCR=170;TR=312;WE=55688275;WS=55688257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr12	55714772	rs7132431	G	A	8949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=160;NR=148;PP=2965;SC=CCTCTGCATTGCTTGAGTATC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=310;TCF=160;TCR=150;TR=308;WE=55714780;WS=55714762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr12	55714876	rs7132347	C	G	7525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=125;NR=131;PP=2965;SC=TTTAAAGCTTCATTACTGTAG;SOR=0.785;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=256;TCF=125;TCR=131;TR=256;WE=55714884;WS=55714866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr12	55715119	rs7132916	G	A	18343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=348;NR=312;PP=2965;SC=CATGGTTGTTGTCTCCATCTC;SOR=0.777;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=661;TCF=349;TCR=312;TR=660;WE=55715127;WS=55715109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,694:1.00:694
chr12	55726450	rs7976828	A	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,20:0.17:116
chr12	55758832	rs7962135	T	C	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=14;PP=1542;SC=GGTGTCATAGTTTTCTGGTTT;SOR=2.537;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=56;TCR=15;TR=70;WE=55758840;WS=55758822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	55759851	rs7489047	A	G	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=406;ReadPosRankSum=-0.497;SC=TATGTAAAAAATGTACCCCCA;SOR=0.558;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=94;TCF=30;TCR=64;TR=32;WE=55759859;WS=55759841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,30:0.29:105
chr12	55759878	rs10876751	A	G	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.276;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=746;ReadPosRankSum=0.348;SC=AAGCTGAATGAAAAACTCTCT;SOR=1.107;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=42;WE=55759886;WS=55759868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,48:0.75:64
chr12	55794264	rs7967395	A	G	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=13;PP=658;SC=ACGTATTGACATTCACTCTTC;SOR=1.436;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=55794272;WS=55794254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	55794976	rs7971073	A	G	12755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=194;NR=241;PP=2965;SC=CATCCTTAAAACAATTCTGAA;SOR=1.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=438;TCF=195;TCR=243;TR=435;WE=55794984;WS=55794966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,477:1.00:477
chr12	55805499	rs61956295	G	A	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.70;MQRankSum=0.502;QD=20.51;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,49:0.70:70
chr12	55805617	rs113584176	A	C	9211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.938;NF=222;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=0.539;SC=GGGCCTGTCCATCAATCTCCT;SOR=0.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=512;TCF=302;TCR=210;TR=377;WE=55805625;WS=55805607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,399:0.75:534
chr12	55805787	rs7300096	C	A	4742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=4.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.45;MQRankSum=0.485;QD=19.20;ReadPosRankSum=-0.760;SOR=0.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,190:0.77:247
chr12	55806238	rs7300594	A	G	14444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.98;NF=294;NR=226;PP=2965;SC=GTGGCTTCTCAGACTCCTTCA;SOR=0.924;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=521;TCF=295;TCR=226;TR=520;WE=55806246;WS=55806228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,554:1.00:554
chr12	55807219	.	C	T	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.69;MQRankSum=-0.668;QD=22.08;ReadPosRankSum=-0.613;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,31:0.86:36
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chr12	55808469	rs7132076	C	G	3681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=56;PP=2207;SC=TGCACTGCTTCTCGTTCATAT;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=66;TCR=56;TR=122;WE=55808477;WS=55808459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	55819933	rs10876774	T	C	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=7;PP=864;ReadPosRankSum=2.043;SC=CAATAGTATTTGAAAAAAAAA;SOR=1.115;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=46;WE=55819942;WS=55819923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,48:0.80:60
chr12	55820121	rs6581046	C	T	12588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;PP=2965;SC=TTTTCTCGTTCCTATTTCTTA;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;WE=55820129;WS=55820111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr12	55820958	.	C	CA	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=0.534;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,14:0.22:63
chr12	55863224	rs60683621	C	G	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=2.651;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,31:0.20:154
chr12	55863381	rs10747756	A	G	4137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=57;PP=2648;SC=TTGTAGGATAAGAGAAATGTC;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=79;TCR=57;TR=136;WE=55863389;WS=55863371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr12	55886294	rs7133698	G	A	6495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr12	55886489	rs7304753	T	A	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=0.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.397;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,73:0.20:366
chr12	55887087	rs12579181	G	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=0.596;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,16:0.17:93
chr12	55944926	rs7313959	G	A	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=7;PP=1370;SC=TGTTCATTAAGATAAGCTTTA;SOR=3.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=52;TCR=7;TR=59;WE=55944934;WS=55944916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	55945119	rs7313899	A	G	31165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=616;NR=498;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.381;SC=CATGCTAAGTATCCTAGGAAA;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1118;TCF=619;TCR=499;TR=1114;WE=55945127;WS=55945109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,1172:1.00:1175
chr12	56030938	rs10876838	C	T	8349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.132;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=0.735;SC=CTGGGCTCCCCGCATCCCCAG;SOR=0.551;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=434;TCF=218;TCR=216;TR=338;WE=56030946;WS=56030928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,356:0.78:454
chr12	56031273	rs7970885	G	A	14250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=879;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.127;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=60.02;MQRankSum=0.775;NF=327;NR=297;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.011;SC=CGAGATCTCCGTGATGACAGC;SOR=0.644;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=830;TCF=413;TCR=417;TR=624;WE=56031281;WS=56031263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,663:0.77:861
chr12	56031611	rs11171631	A	G	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=2.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=2.639;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,81:0.27:298
chr12	56079084	rs3852533	C	G	7111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=136;PP=2965;SC=TATAAGGACACCAGGCCAGAC;SOR=1.174;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=104;TCR=136;TR=240;WE=56079092;WS=56079074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr12	56080148	rs3782239	T	C	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=47;PP=1409;SC=GATGGAAAGATTGAGGAAGGA;SOR=2.483;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=64;WE=56080156;WS=56080138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	56080164	rs7306191	T	G	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=36;PP=1008;SC=AAGGACAGGATCCCCTATCTC;SOR=2.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=47;WE=56080172;WS=56080154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	56082506	rs35887029	CA	C	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.11;ReadPosRankSum=1.816;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,22:0.88:25
chr12	56082520	rs11306628	A	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.338;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr12	56082785	rs3782240	C	G	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=48;PP=1410;SC=TCAGCTCAACCCTGCTGAGAC;SOR=1.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=73;WE=56082793;WS=56082775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	56087144	rs56890747	CT	C	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=13.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=0.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr12	56088206	rs7953669	T	C	12820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=209;NR=220;PP=2965;SC=CACCTCACCCTTCCGGCCCCG;SOR=0.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=429;TCF=209;TCR=220;TR=429;WE=56088214;WS=56088196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr12	56088773	rs2293410	C	T	7278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr12	56089357	rs1800974	C	T	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=53;PP=2168;SC=GAAGCGGGCGCGGACCAGCTG;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=73;TCR=53;TR=126;WE=56089365;WS=56089347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr12	56089554	rs2293411	T	C	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=13;NR=22;PP=658;SC=CTGCTGCTTATTAGCCATGTG;SOR=1.501;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=56089562;WS=56089544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	56090038	rs7974721	C	T	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=16;NR=1;PP=407;SC=CAGCTCCTCCCCCTGGGCTAA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=56090046;WS=56090028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	56091617	rs2293412	A	G	24140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=936;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,933:1.00:933
chr12	56093817	rs11171660	T	G	3977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=69;PP=2507;SC=ACATCCAGAGTAGGGGCCACA;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=134;WE=56093825;WS=56093807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	56095367	rs11356595	CT	C	547.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.676;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.122;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,46:0.78:59
chr12	56096600	rs149446335	AAC	A	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.872;QD=0.31;ReadPosRankSum=0.445;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,20:0.10:196
chr12	56096816	rs2293413	T	C	12932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=226;NR=240;PP=2965;SC=TCCCCCACTCTGTTCATGCAG;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=466;TCF=226;TCR=240;TR=466;WE=56096824;WS=56096806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,498:1.00:498
chr12	56105977	rs12578814	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.536;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,28:0.27:105
chr12	56110808	rs201759725	C	T	2346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.390;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=61;PP=1508;ReadPosRankSum=-1.706;SC=CTCTTATCAACATCAGTTTCC;SOR=1.306;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=119;TCF=43;TCR=76;TR=91;WE=56110816;WS=56110798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,100:0.75:133
chr12	56137184	.	CGCG	C	393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.889;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=17.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=0.712;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.141;SOR=1.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,15:0.19:79
chr12	56151291	rs7068	T	C	8877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=164;NR=139;PP=2965;SC=ATCAGGAACTTTTCATCAGGC;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=305;TCF=164;TCR=141;TR=303;WE=56151299;WS=56151281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr12	56188134	.	T	C	2542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=35;PP=1525;ReadPosRankSum=1.615;SC=AGTATCTCTGTACTCTTACCT;SOR=1.089;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=82;TCR=45;TR=99;WE=56188142;WS=56188124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,112:0.75:149
chr12	56213978	.	TA	T	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=1.025;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr12	56220974	rs67133580	CA	C	462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.366;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.313;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,43:0.72:60
chr12	56236043	rs2291268	G	A	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=6;PP=483;SC=ATGGTTTAGGGTCAGGAGGAG;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=56236051;WS=56236033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	56236318	rs7310325	T	C	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=10;PP=431;SC=AGGAGGGACCTGATATGGAAG;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=56236326;WS=56236308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	56236531	rs7294345	A	G	5382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=118;NR=67;PP=2965;SC=GACTTACCACAGGCGCCACCT;SOR=1.098;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=119;TCR=67;TR=185;WE=56236539;WS=56236521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr12	56295544	rs147424544	GAAGT	G	2757.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=14;PP=2097;SC=GCAGGAGGTGGAAGTAAGCCA;SOR=2.340;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=43;WE=56295555;WS=56295534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	56295734	rs7302270	A	G	7846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=131;NR=133;PP=2965;SC=GCTCTTTGCTAGGCTGGCTGA;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=264;TCF=131;TCR=133;TR=264;WE=56295742;WS=56295724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr12	56298115	rs61956424	T	C	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.85;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	56298120	rs61956425	A	G	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.37;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	56326476	rs71837208	TAC	T	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.877;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,7:0.17:40
chr12	56330572	rs7297871	G	A	8914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.373;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.714;SC=GCAAGGTCTCGGCTCTCTACC;SOR=0.497;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=313;TCF=150;TCR=163;TR=312;WE=56330580;WS=56330562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,336:1.00:337
chr12	56335107	rs1136082	A	G	9796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=190;PP=2965;SC=AGCAGGGGCAAAGGTGAGGAG;SOR=1.104;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=328;TCF=138;TCR=190;TR=328;WE=56335115;WS=56335097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr12	56347117	rs376947188	T	A	8519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.07;ReadPosRankSum=-1.020;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,385:0.77:499
chr12	56348028	rs1052206	G	A	3014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	56354995	.	G	GA	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.063;QD=1.33;ReadPosRankSum=3.773;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr12	56364321	rs2069408	A	G	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.040;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=22;PP=795;ReadPosRankSum=-1.376;SC=TTATCCCCCCAGTGCATTACC;SOR=1.196;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=60;WE=56364329;WS=56364311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,66:0.66:100
chr12	56374695	rs773109	G	A	3815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.573;NF=63;NR=89;PP=2494;ReadPosRankSum=-1.134;SC=AATCAATTCCGATGGTGGAGA;SOR=0.832;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=211;TCF=92;TCR=119;TR=152;WE=56374703;WS=56374685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,169:0.72:235
chr12	56379427	rs1873914	G	C	4950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=85;PP=2823;ReadPosRankSum=-2.894;SC=CTGATTCAGTGTATTCTTTCA;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=135;TCR=111;TR=191;WE=56379435;WS=56379417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,219:0.79:278
chr12	56384687	rs705698	T	C	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=431;ReadPosRankSum=-1.502;SC=CAGAGGACATTCATTGTCTCA;SOR=0.804;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=23;WE=56384695;WS=56384677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr12	56398454	rs773115	G	C	3948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=66;PP=2369;SC=CTGTCCAGTCGGCCATCACAG;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=71;TCR=66;TR=136;WE=56398462;WS=56398444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr12	56415472	.	C	CTGTG	185	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=21;MQ=59.15;NF=0;NR=6;PP=185;QD=31.3333333333;SC=AGGATGGGGGCTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=6;WE=56415480;WS=56415462;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr12	56417403	rs2658479	T	C	3181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	56426577	rs1619653	A	G	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=56;PP=1690;ReadPosRankSum=-0.682;SC=AGTATCTCCCACACTGAGGGA;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=29;TCR=57;TR=85;WE=56426585;WS=56426567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr12	56428344	rs2452822	G	C	8620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.03;NF=186;NR=106;PP=2965;SC=CTGAGTTCCTGTTCTCCACAG;SOR=1.257;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=293;TCF=187;TCR=106;TR=292;WE=56428352;WS=56428334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr12	56435929	rs1131017	C	G	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=-1.569;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,67:0.21:313
chr12	56435939	.	C	A	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.375;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,68:0.21:330
chr12	56436472	rs705706	T	G	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=19;PP=502;SC=GGCTCTGTTCTTTGGAGCCTC;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=56436480;WS=56436462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	56477694	rs2271194	A	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,39:0.23:169
chr12	56478658	rs7971751	A	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,36:0.30:120
chr12	56482180	rs2292239	T	G	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr12	56488913	rs705708	G	A	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=595;ReadPosRankSum=-0.546;SC=GCCATGTCTTGGGATCAGCTC;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=39;WE=56488921;WS=56488903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,40:0.75:53
chr12	56493822	rs2292238	A	C	10824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.388;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=226;NR=224;PP=2962;ReadPosRankSum=0.117;SC=GGGTAAGACAACTTCTAATTA;SOR=0.604;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=581;TCF=295;TCR=286;TR=450;WE=56493830;WS=56493812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,478:0.79:604
chr12	56494991	rs2271189	G	A	5521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.487;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.121;SC=CAATGTGTAGGAGCCGGAGCA;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=286;TCF=150;TCR=136;TR=221;WE=56494999;WS=56494981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,238:0.77:310
chr12	56500502	.	TA	T	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=-1.226;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,21:0.23:90
chr12	56510922	.	CT	C	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,35:0.40:87
chr12	56515691	rs199927515	C	T	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.744;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:373,99:0.21:472
chr12	56525230	rs73125289	G	C	3461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=3.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.57;ReadPosRankSum=-0.422;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,151:0.77:197
chr12	56528385	rs36091576	A	AT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.405;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr12	56532894	.	C	CT	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr12	56551339	rs28365930	C	CAAA	1025.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=-1.198;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,35:0.21:163
chr12	56556167	rs71671109	TA	T	422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FS=1.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=1.095;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,84:0.22:375
chr12	56561780	.	ACACG	A	325	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3;NR=5;PP=325;QD=41.0;SC=ACACACACACACACGCCCCTC;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=8;WE=56561791;WS=56561770;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr12	56564056	rs60041436	CTTTT	C	3195.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=37;PP=1976;SC=GTGTCTAACACTTTTCTTTTT;SOR=1.061;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=43;WE=56564067;WS=56564046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	56575742	rs773644	T	G	3961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=63;PP=2530;SC=GGGTAGACTGTTCCTGGCATT;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=68;TCR=63;TR=131;WE=56575750;WS=56575732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr12	56601237	rs703823	A	G	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=61;PP=1798;SC=CCACCCAAACACATAAGACAT;SOR=1.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=92;WE=56601245;WS=56601227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	56604416	rs10532115	GAT	G	3421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=41;PP=2407;SC=GCCTGGATATGATATAACTCT;SOR=1.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=50;WE=56604428;WS=56604406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	56604420	rs79677444	T	C	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=40;PP=1464;SC=GGATATGATATAACTCTACAA;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=63;WE=56604428;WS=56604406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	56607927	rs4759218	C	T	4456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.01;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr12	56625045	rs1274497	T	C	6390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr12	56629276	rs901073	A	C	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=25;PP=1633;SC=GGCTTGCCACAATCCATGCAA;SOR=1.209;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=70;WE=56629284;WS=56629274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	56647911	rs808919	G	C	5439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr12	56649601	rs1274490	A	G	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=18;PP=833;SC=CATGGTGCAGAGCACTGCGCC;SOR=1.118;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=47;WE=56649609;WS=56649591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	56650742	rs1274491	C	T	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=15;PP=849;SC=ACCCTTAACCCCCACCTTTAA;SOR=1.464;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=45;WE=56650750;WS=56650732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	56717466	rs773665	C	T	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=26;PP=854;SC=CGTCTTCAAACTGGGATTCCT;SOR=1.414;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=41;WE=56717474;WS=56717456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	56722060	rs1918496	T	G	5411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.19;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr12	56726518	rs2643626	G	A	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.28;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	56744033	.	G	GA	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.953;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.065;SOR=0.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,16:0.21:75
chr12	56744843	.	T	C	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.367;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=484;ReadPosRankSum=2.483;SC=AGTGGCAGGGTTGGAAAAAGG;SOR=0.634;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=21;WE=56744851;WS=56744833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr12	56814256	rs10631263	G	GGAT	3826.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=19;PP=2217;SC=ATGACGATAAGGATAAGGAGG;SOR=1.525;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=42;WE=56814264;WS=56814246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	56814570	rs812279	T	G	2511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.425;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=49;PP=1570;ReadPosRankSum=0.293;SC=AGGGCTCTTCTCCTAAAAGTG;SOR=0.790;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=131;TCF=68;TCR=63;TR=98;WE=56814578;WS=56814560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,109:0.74:147
chr12	56814653	rs2291739	G	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=1.056;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,41:0.22:184
chr12	56815922	rs774047	C	T	2465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.832;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=61;PP=1456;ReadPosRankSum=0.673;SC=GTACAGCTCCCGAAGATGAGC;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=49;TCR=76;TR=99;WE=56815930;WS=56815912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,107:0.79:135
chr12	56818982	rs12824030	G	C	3014.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=46;PP=1756;SC=GCTAAAGAGGGCTTTCCCCAT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=72;WE=56818991;WS=56818972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	56818983	rs35382350	C	CT	1074.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.986;NF=3;NR=26;PP=1088;ReadPosRankSum=1.089;SC=CTAAAGAGGGCTTTCCCCATC;SOR=0.569;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=51;TCF=4;TCR=47;TR=29;WE=56818991;WS=56818972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,46:0.69:67
chr12	56821998	rs774026	A	G	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=324;ReadPosRankSum=-1.380;SC=AGCTCTTTCTACATTGTGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=26;WE=56822006;WS=56821988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,33:0.80:41
chr12	56822378	rs774027	T	A	3239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=60;PP=1881;ReadPosRankSum=0.939;SC=TCTGGAGATATGTCCATCTCA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=97;TCR=81;TR=130;WE=56822386;WS=56822368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,146:0.73:200
chr12	56822641	rs774028	G	C	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=7;PP=355;SC=CTAGCTCACTGTATCTCCAGT;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=56822649;WS=56822631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	56822987	.	AT	A	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.792;QD=2.91;ReadPosRankSum=1.138;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr12	56825311	rs774033	C	T	4389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.26;ReadPosRankSum=1.187;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,207:0.77:270
chr12	56825981	rs774039	A	G	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=374;ReadPosRankSum=-1.497;SC=AGTAACTGAAATCAAGGAAAG;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=17;WE=56825989;WS=56825974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr12	56826061	rs774040	G	A	2445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=1.305;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	56826758	rs142212258	A	AG	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=13.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-0.472;QD=1.04;ReadPosRankSum=2.651;SOR=2.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,20:0.20:101
chr12	56827694	rs2279665	C	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.737;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=267;ReadPosRankSum=0.895;SC=AATAGCGGATCAGATCCTTCA;SOR=0.334;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=22;WE=56827702;WS=56827684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,23:0.27:86
chr12	56827974	rs2638312	C	T	6315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr12	56828056	rs11171846	C	T	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5487;FS=3.283;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=41;PP=989;ReadPosRankSum=1.216;SC=AGTTCCTCTCCATGAAAAGAA;SOR=1.432;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=59;WE=56828064;WS=56828046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,68:0.87:78
chr12	56845296	rs2643622	T	C	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=8;PP=240;SC=GGGGACAGAGTAGCAACGCTG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=56845304;WS=56845286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	56845358	rs7953824	T	C	137.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5340;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=93;ReadPosRankSum=-0.366;SC=ACTTGATATCTACAATAAACT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=56845366;WS=56845348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr12	56862886	rs2657881	T	C	3926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=88;NR=47;PP=2062;SC=AGAGATGATATGGGTGTCAAA;SOR=1.282;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=88;TCR=47;TR=135;WE=56862894;WS=56862876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	56869577	rs5798384	C	CT	3973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=66;PP=2969;SC=GCTTTCCTCTCTGAGGCCAGC;SOR=1.813;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=78;TCF=5;TCR=73;TR=71;WE=56869585;WS=56869567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	56869949	rs34325581	C	CT	822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=25;PP=346;SC=CTTTCTCTTTCTTTTTTTTGA;SOR=2.012;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=29;WE=56869957;WS=56869939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	56869971	rs79174190	TTTGTCACCC	T	1225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=2799;SC=ACAGTCTTGCTTTGTCACCCT;SOR=1.382;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=18;WE=56869987;WS=56869961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	56915761	rs374537234	TTC	T	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQRankSum=-0.573;QD=1.99;ReadPosRankSum=1.343;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr12	56915782	rs808929	G	A	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=11;PP=834;SC=TCTCTCTCTCGCTCGTTCCCT;SOR=1.284;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=34;WE=56915790;WS=56915772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	56933651	rs2657902	G	A	5525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr12	56933722	rs2657903	G	A	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=55;PP=1532;SC=GCTTTTAACCGTGTGCTCCCT;SOR=1.583;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=84;WE=56933730;WS=56933712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	56956213	rs3759091	T	C	1934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=18;PP=1598;SC=ATATGTGTCATTGGCTCAGCA;SOR=2.517;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=57;TCR=18;TR=75;WE=56956221;WS=56956203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	56974915	rs76751511	G	A	528.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5274;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=312;ReadPosRankSum=-0.662;SC=TTCAATGTGTGGAGAGCACAG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=19;WE=56974923;WS=56974905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr12	56982290	rs2470385	C	T	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=277;SC=ATACGAAGAACGTAGGAAGGA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=56982298;WS=56982280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	56992630	rs2242497	C	G	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.367;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=498;ReadPosRankSum=0.821;SC=AAAGACCGGGCGGTTCACCCA;SOR=0.481;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=37;WE=56992638;WS=56992620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,42:0.30:140
chr12	56993714	rs2256341	C	T	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-1.647;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:546,134:0.20:680
chr12	56999549	rs202234970	CT	C	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=1.770;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,15:0.23:65
chr12	57030026	rs2255074	T	C	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=-0.760;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:389,107:0.22:496
chr12	57033680	rs12229457	T	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=-1.122;SOR=0.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,12:0.19:62
chr12	57065713	rs2958154	C	T	2868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.51;ReadPosRankSum=0.408;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,128:0.69:185
chr12	57106660	rs4788	A	T	9113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-1.888;QD=17.43;ReadPosRankSum=0.756;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,405:0.77:523
chr12	57106810	rs898609	G	A	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=43;PP=1168;ReadPosRankSum=-0.392;SC=AATGCTATACGGCGAGAGTTA;SOR=0.676;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=23;TCR=60;TR=60;WE=57106818;WS=57106800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,64:0.73:88
chr12	57108203	rs4902	A	G	5374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=1.595;SC=GTTCTTCATCAATTTCAGCTG;SOR=0.677;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=304;TCF=195;TCR=109;TR=230;WE=57108211;WS=57108193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,245:0.77:320
chr12	57109792	rs2958149	A	G	4846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.658;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.068;NF=98;NR=97;PP=2826;ReadPosRankSum=0.641;SC=AATCAGAGGCAGCAGCTCATC;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=122;TCR=118;TR=195;WE=57109800;WS=57109782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,215:0.80:268
chr12	57109931	rs2926747	A	T	2760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.190;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=52;PP=1676;ReadPosRankSum=-1.726;SC=ACTGGTGGGGAGGGTGCTGCA;SOR=0.623;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=156;TCF=86;TCR=70;TR=117;WE=57109939;WS=57109921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,125:0.75:167
chr12	57112637	rs11171951	G	A	2073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.33;ReadPosRankSum=0.595;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,97:0.76:127
chr12	57114100	rs2926743	A	G	3423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=71;PP=2213;ReadPosRankSum=-0.349;SC=AGATAATGAAAAAGAGGTAGC;SOR=0.817;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=186;TCF=90;TCR=96;TR=132;WE=57114108;WS=57114090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,147:0.71:207
chr12	57114307	rs2958127	A	T	3016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=54;PP=1879;ReadPosRankSum=2.444;SC=AATGGTCTTCACTGTAGGGTC;SOR=0.686;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=147;TCF=79;TCR=68;TR=115;WE=57114315;WS=57114297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,127:0.78:162
chr12	57132186	rs56401813	AT	A	4000.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.826;NF=11;NR=49;PP=2158;ReadPosRankSum=3.290;SC=AAAACCCTGTATTTAAAGTGA;SOR=0.659;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=76;TCF=15;TCR=61;TR=60;WE=57132194;WS=57132176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,132:0.82:161
chr12	57133140	rs1131514	T	G	2039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.86;ReadPosRankSum=-1.600;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,93:0.77:121
chr12	57137828	rs1026565	T	A	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5009;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=27;PP=780;ReadPosRankSum=1.422;SC=CTTAAAGTGCTTGGAGACTTT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=60;WE=57137836;WS=57137818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,68:0.85:80
chr12	57139722	rs11331084	CA	C	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=1.161;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=1.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr12	57140410	.	TCACA	T	413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=-1.296;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr12	57140455	.	CACACAA	C	1809.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=6.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.74;ReadPosRankSum=-1.732;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,84:0.59:142
chr12	57140506	rs2958130	G	A	6827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=1.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.18;ReadPosRankSum=-1.783;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,241:0.68:356
chr12	57180855	rs4277148	C	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=-0.572;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,7:0.17:42
chr12	57317903	rs7314055	A	G	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=33;PP=977;SC=TCCGAATTCCATCCAAGTTCC;SOR=1.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=53;WE=57317911;WS=57317893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	57323388	rs7970701	C	G	4487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=109;PP=2900;ReadPosRankSum=2.225;SC=ACAATCATCACGGAGAGTCAC;SOR=0.671;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=104;TCR=150;TR=186;WE=57323396;WS=57323378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,194:0.72:268
chr12	57345780	rs11613668	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.517;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,14:0.20:70
chr12	57435052	rs17546153	A	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,35:0.20:176
chr12	57457959	rs17546579	T	C	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=0.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-0.497;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.105;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:324,82:0.20:406
chr12	57464685	rs3217612	C	CA	2325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.299;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=53;PP=2164;ReadPosRankSum=0.246;SC=ATCTGTAACACAAATAAAATC;SOR=1.127;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=70;TCF=2;TCR=68;TR=55;WE=57464693;WS=57464675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,93:0.80:116
chr12	57486278	rs1057290	G	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=2.118;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,64:0.22:285
chr12	57486647	rs324019	A	G	4021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=50;PP=2394;SC=GTGCTCTGCCAGTCGAGTGGC;SOR=1.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=87;TCR=50;TR=137;WE=57486655;WS=57486637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	57492996	rs841718	G	A	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.070;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=604;ReadPosRankSum=0.507;SC=AGGATGACACGCGGGCAGGGA;SOR=0.616;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=37;WE=57493004;WS=57492992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,46:0.72:64
chr12	57493727	rs3024971	T	G	6385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.466;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.628;SC=GGGCAGTGAGTATGGAGGTGA;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=328;TCF=178;TCR=150;TR=255;WE=57493735;WS=57493717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,272:0.77:351
chr12	57494880	rs71084730	CT	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=0.165;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr12	57581028	rs6581127	C	G	9574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=4.091;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.05;ReadPosRankSum=0.682;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,353:1.00:354
chr12	57585144	rs1800139	C	T	5853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=102;NR=92;PP=2965;SC=TCGGGCTGGCCGTGTATGGGG;SOR=0.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=102;TCR=92;TR=194;WE=57585152;WS=57585134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr12	57587839	rs1800187	C	T	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=43;PP=1185;SC=TCCTCCCCATCGCTCACTGCA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=76;WE=57587847;WS=57587829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	57589784	rs7397167	A	C	19224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=318;NR=337;PP=2965;ReadPosRankSum=0.490;SC=TGCACCAGCCAAGGTGGGCCC;SOR=0.258;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=658;TCF=318;TCR=340;TR=655;WE=57589792;WS=57589774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,707:1.00:708
chr12	57589865	rs1800189	C	T	16106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=262;NR=294;PP=2965;SC=TCCGCCCCTCCGCAGAGCACA;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=560;TCF=266;TCR=294;TR=556;WE=57589873;WS=57589848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,592:1.00:592
chr12	57590735	rs7308552	T	C	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=19;PP=1877;SC=CCCTGCCACATGCCCAGCCCA;SOR=2.208;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=75;TCR=19;TR=94;WE=57590743;WS=57590725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	57590869	rs7308698	T	C	13493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.04;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,499:1.00:499
chr12	57592557	rs1800168	C	T	3439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.793;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=76;PP=2214;ReadPosRankSum=-0.887;SC=ACATAAAAAGCGGAGGATATG;SOR=1.783;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=119;TCF=42;TCR=77;TR=115;WE=57592565;WS=57592547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,127:0.98:129
chr12	57593101	rs1140648	G	A	13065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=208;NR=249;PP=2965;ReadPosRankSum=0.732;SC=ACAAGACCACGGGCACCAACA;SOR=0.955;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=461;TCF=209;TCR=252;TR=457;WE=57593109;WS=57593091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,494:1.00:496
chr12	57593894	rs1800159	A	G	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=39;PP=1062;SC=CTCTGTCCTAATGTCCTCATG;SOR=3.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=45;WE=57593902;WS=57593884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	57602815	rs7956957	C	G	1937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=21;PP=1284;SC=CTTTCCACCCCGAGCCTGGGT;SOR=1.516;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=71;WE=57602823;WS=57602805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	57604802	rs1800164	A	G	2591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=35;PP=1829;SC=AGCCAGGCCCAAGCTGCTGGC;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=82;WE=57604810;WS=57604792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	57605168	rs10783814	T	C	13749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=280;NR=210;PP=2965;SC=TCCACCCAGCTGGGCCCCTGC;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=491;TCF=281;TCR=210;TR=490;WE=57605176;WS=57605158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr12	57606386	rs7304504	A	G	2982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=79;PP=2312;SC=GCCCCCTGCCAGTGAAGTCCT;SOR=3.103;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=17;TCR=80;TR=96;WE=57606394;WS=57606376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	57610616	.	GCCGCCGCTC	G	358.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=39.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	57614958	rs7134826	G	T	12675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.03;ReadPosRankSum=0.564;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,485:1.00:487
chr12	57619209	rs7979061	C	G	6081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=96;PP=2965;SC=CGGCGGGGCCCGGGCTTGGGG;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=109;TCR=99;TR=204;WE=57619217;WS=57619199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr12	57627717	rs34095989	G	A	8607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=163;NR=121;PP=2965;SC=GAGGGAAGGGGCTCCCATGCT;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=286;TCF=164;TCR=122;TR=284;WE=57627725;WS=57627707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr12	57639190	rs7139342	C	T	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	57643318	rs35971501	G	GC	1677.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.50;SOR=1.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	57666405	rs35275303	TG	T	257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.43;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	57691990	rs34608793	AC	A	1290.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=761;SC=AATACATGAAACTGCTTTGCA;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=57691998;WS=57691980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	57693060	rs4760126	G	A	2419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=24;PP=1348;SC=CAGTAAGGCTGGCAGGTGCCA;SOR=1.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=75;WE=57693068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	57703935	rs7139302	G	A	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=21;PP=1173;SC=TGAGGGTGCAGTGGGCCCTAA;SOR=1.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=67;WE=57703943;WS=57703925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	57704005	rs57612216	GA	G	2662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.812;NF=19;NR=45;PP=915;ReadPosRankSum=-1.226;SC=GTCTCTAAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.578;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=83;TCF=26;TCR=57;TR=64;WE=57704014;WS=57703995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,141:0.95:149
chr12	57843014	rs776037	C	T	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=29;PP=1482;SC=GTTGGTAGAACTGACAGTCAG;SOR=1.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=81;WE=57843022;WS=57843004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	57845706	rs2280139	G	A	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	57848639	rs3809114	G	A	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	57848708	rs3809113	C	G	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.07;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	57857354	rs10876987	T	C	2697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=17;PP=1943;SC=GGGTGGGGGATACCAGGGATG;SOR=2.597;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=71;TCR=17;TR=88;WE=57857362;WS=57857344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	57858414	rs3817475	A	G	8491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=205;NR=115;PP=2965;SC=ATGGAGAGACATGCCCCTTTA;SOR=1.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=320;TCF=205;TCR=115;TR=320;WE=57858422;WS=57858404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr12	57858835	rs3817474	G	A	5218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr12	57859431	rs2228225	G	A	8414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=158;NR=136;PP=2965;SC=AGTGCCGGGAGGAACCCTTGG;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=299;TCF=163;TCR=136;TR=294;WE=57859439;WS=57859421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr12	57859932	rs2292657	G	A	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=31;PP=2076;SC=AGGTGGAGTCGTGGAAGAGGA;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=79;TCR=31;TR=110;WE=57859940;WS=57859922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr12	57865321	rs2228224	G	A	7089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=113;NR=120;PP=2965;SC=TTTCTGGGGGGTTCCCAGGTT;SOR=0.840;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=114;TCR=120;TR=233;WE=57865329;WS=57865311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr12	57865821	rs2228226	G	C	6296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=134;PP=2965;SC=TGGGGAAACAGAATTCCTCAA;SOR=1.893;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=59;TCR=134;TR=193;WE=57865829;WS=57865811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr12	57865928	rs474058	A	C	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=23;PP=664;SC=CTGCAGTCCCATGCACAAGAT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=57865936;WS=57865918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	57869241	rs527226	T	C	4407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=85;NR=68;PP=2965;SC=GCTCCCGGACTCTCCCTCCCC;SOR=0.845;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=86;TCR=68;TR=153;WE=57869249;WS=57869231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	57869447	rs2277318	T	C	5353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=86;PP=2965;SC=GAGAAATCTGTATCCCTAGCT;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=83;TCR=86;TR=169;WE=57869455;WS=57869437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr12	57869476	rs2277317	G	A	5591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=43.69;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	57869486	rs2277316	A	G	5677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=43.68;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	57869500	rs524522	A	C	4016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=53;SC=CGGCCCAGGCAAGGGCTCTCC;SOR=0.945;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=128;TCF=73;TCR=55;TR=126;WE=57869508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	57869530	rs3216740	CA	C	5709.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=61;PP=2969;SC=ACCCTGCCCCCAACTGCTCCT;SOR=1.074;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=111;TCF=50;TCR=61;TR=108;WE=57869538;WS=57869520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	57869582	rs2277315	T	C	7815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=166;NR=111;PP=2965;SC=TCCCGGCCGGTCGGAGCCTCC;SOR=1.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=278;TCF=166;TCR=112;TR=277;WE=57869590;WS=57869572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr12	57870121	rs486699	A	C	3996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=36;PP=2848;SC=GCCCGCACCCATCCTGCGCCT;SOR=1.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=127;TCF=90;TCR=37;TR=126;WE=57870129;WS=57870111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr12	57870155	rs11544238	A	C	6090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=127;NR=83;PP=2965;SC=ACCCAGCCTGAGGAGGGCGCT;SOR=1.163;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=127;TCR=83;TR=210;WE=57870163;WS=57870145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr12	57870463	rs10706671	AG	A	8895.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=122;PP=2951;SC=GGGATCTGTAAGTCACCCTCG;SOR=1.418;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=135;TCF=12;TCR=123;TR=133;WE=57870471;WS=57870453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr12	57870648	rs512490	A	G	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=18;PP=910;SC=GAAATGGGAGATTCACATGGG;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=42;WE=57870656;WS=57870638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	57871555	rs3825080	A	G	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=57;PP=1762;SC=TCCCTCCCCCATTGTCTTCTC;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=59;TCR=57;TR=116;WE=57871563;WS=57871545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	57882764	.	CT	C	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=4.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=-0.839;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,26:0.22:116
chr12	57883801	rs899653	G	A	3221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=54;PP=1771;SC=TGGTGTAGGGGTTACAGAATG;SOR=1.104;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=50;TCR=54;TR=104;WE=57883809;WS=57883791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	57884563	rs35674919	CT	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=9.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-1.760;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr12	57891804	rs537161	T	C	3484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=39;PP=2096;SC=CCTGTGGGTTTGTGTGCAGAA;SOR=1.501;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=81;TCR=39;TR=120;WE=57891812;WS=57891794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	57905687	rs1284467	A	G	7056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=134;NR=106;PP=2965;SC=ATTCAGCCTTAGTGTTGAAAC;SOR=0.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=135;TCR=107;TR=240;WE=57905695;WS=57905677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr12	57920262	rs2127318	T	G	3845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=51;PP=2616;SC=CTTTGAGGGTTTTCTGGGTTG;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=115;WE=57920270;WS=57920252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	57940749	rs775325	C	T	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	57968738	rs11172254	G	A	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=501;SC=GCTAAAGGTCGTTTGGAAAAT;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=57968746;WS=57968732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	57975155	rs775246	A	C	7845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.09;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,347:0.76:459
chr12	57975570	rs775247	A	G	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=9;PP=582;SC=CAGCTCTATCACTGAGGATGA;SOR=1.885;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=30;WE=57975578;WS=57975560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	57975910	rs775248	C	G	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=359;ReadPosRankSum=0.465;SC=ACCTGTAGTCCTAGCTACTTG;SOR=0.880;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=28;WE=57975918;WS=57975900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr12	57977003	rs775249	C	T	3061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.855;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=70;PP=1867;ReadPosRankSum=-0.822;SC=TTTCAGGTAGCGTCAGGCTGC;SOR=0.357;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=147;TCF=55;TCR=92;TR=116;WE=57977011;WS=57976993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,132:0.78:170
chr12	57977040	rs775250	C	A	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=36;PP=928;ReadPosRankSum=-1.704;SC=CAGGTTGCTTCCCTTCTTGCT;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=51;WE=57977048;WS=57977030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,61:0.72:85
chr12	57994743	rs775235	T	G	6891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=114;PP=2965;SC=CTCCTGCTCTTGTGGGCTCCT;SOR=0.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=112;TCR=114;TR=226;WE=57994751;WS=57994733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr12	57995089	rs812873	T	C	4361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=57;PP=2573;SC=AGTATGATGCTAAGAAGAAAG;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=90;TCR=57;TR=147;WE=57995097;WS=57995079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr12	58000378	rs703834	G	A	5549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr12	58003922	rs10437954	G	A	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=10;PP=452;SC=GCAACTCCCCGGACGCGCGCA;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=58003930;WS=58003912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	58004563	rs7314872	C	G	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=518;ReadPosRankSum=-1.038;SC=AAGTTCGCATCTAATTTGCAT;SOR=0.823;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=33;WE=58004571;WS=58004553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,38:0.83:46
chr12	58005682	rs60586224	G	A	3333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=1.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.18;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,167:0.81:206
chr12	58007678	rs7305391	G	A	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.903;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=588;ReadPosRankSum=1.344;SC=TACTCTGGGGGCAGGGCGGCT;SOR=0.910;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=31;WE=58007686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr12	58008952	rs703833	C	T	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=36;PP=1850;SC=GGCAACTGGCCGAGGAGGCCT;SOR=1.345;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=92;WE=58008960;WS=58008942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	58013175	rs2277324	G	A	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=7;PP=871;SC=TCCAAGCCGCGGCTCTCGCCA;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=58013183;WS=58013165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	58015494	rs923828	G	A	3955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	58019472	rs774895	T	G	5527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=113;PP=2965;SC=GGGGAGCCTGTTAAGGGGCAG;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=77;TCR=113;TR=190;WE=58019480;WS=58019462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr12	58026001	rs2307095	G	A	9712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=204;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=0.093;SC=CGTCCTCAGAGGCTCCTGCCG;SOR=0.364;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=368;TCF=210;TCR=158;TR=361;WE=58026009;WS=58025991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,377:1.00:378
chr12	58089413	rs3825078	A	T	5154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=68;PP=2960;SC=CTCCTTACTGAAAGTCTGGAG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=101;TCR=69;TR=169;WE=58089421;WS=58089403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr12	58090232	rs72303843	AGTCGG	A	1741.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.499;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.17;MQRankSum=0.572;QD=37.06;ReadPosRankSum=0.998;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr12	58090242	.	GGGGC	G	86.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.02;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=1.151;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr12	58090243	.	GGGC	G	282.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=10.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.09;MQRankSum=0.000;QD=11.31;ReadPosRankSum=0.340;SOR=2.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr12	58110062	rs141328077	T	TG	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.98;ReadPosRankSum=1.902;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr12	58111575	.	CAAAAAAAAAAA	C	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=15.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=-0.615;QD=14.98;SOR=2.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr12	58112189	rs799265	A	G	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=38;PP=1097;SC=GGGAACTGGAAAACATCATCC;SOR=1.644;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=58112197;WS=58112179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	58124803	rs238523	C	T	2738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	58126234	rs17852479	C	A	13820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=253;NR=229;PP=2965;SC=GGGAGCTGGGCAGGGACTTGC;SOR=0.766;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=482;TCF=253;TCR=229;TR=482;WE=58126242;WS=58126224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,508:1.00:508
chr12	58127766	rs238526	T	C	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=10;PP=806;SC=GTAGCCTCCTTAGGGCCTCCC;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=58127774;WS=58127756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	58135659	rs238530	T	C	8447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=177;NR=109;PP=2965;SC=TGCTAGTCCCTGATACACCCA;SOR=1.129;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=287;TCF=177;TCR=110;TR=286;WE=58135667;WS=58135649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr12	58145156	rs2270777	C	T	4575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=78;PP=2697;SC=CTTTTCAATCCCCTTTAACCC;SOR=0.928;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=153;TCF=75;TCR=78;TR=152;WE=58145164;WS=58145146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr12	58149446	rs1689582	C	T	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=16;NR=28;PP=840;SC=CCTTCGCTGGCTGCTCCACCC;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=58149454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	58150989	rs35101706	CCA	C	3556.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=53;PP=2557;SC=CCGCCAGTTACCACAGTCTCC;SOR=2.245;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=2;TCR=55;TR=55;WE=58150998;WS=58150979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	58177379	.	C	CT	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=2.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=1.276;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,29:0.25:117
chr12	58202419	rs2277326	C	A	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=25;PP=681;SC=TATGAAGCCACATGATATAAG;SOR=4.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=58202427;WS=58202409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	58204283	rs2172521	T	C	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.30;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	58218581	.	T	C	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.63;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,64:0.74:86
chr12	58339610	rs12822306	T	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=-0.747;QD=2.58;ReadPosRankSum=0.488;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr12	58345606	rs17120203	T	C	2018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=670;ExcessHet=3.0103;FS=0.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.914;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:512,156:0.23:668
chr12	58347320	rs12816216	T	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=1.874;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,9:0.15:59
chr12	58350631	rs10122	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=2.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=-0.715;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,21:0.17:127
chr12	59196995	rs61221959	AT	A	478.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=5;PP=216;SC=ATTTGCCTGGATTTTTTTTTT;SOR=1.519;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=12;WE=59197003;WS=59196985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	59199648	rs1497232	A	G	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=4;PP=546;SC=TCAGAGGGGCACCTTAAGTTT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=59199656;WS=59199638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	59199972	rs17121482	G	A	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=545;SC=GGTACTAGATGTAACAGAAGA;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=59199980;WS=59199962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	59205542	rs10713014	CA	C	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.64;MQRankSum=0.736;QD=8.44;ReadPosRankSum=-1.880;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr12	59267701	rs2293659	C	G	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=17;PP=1316;SC=TTTACACTAACTAGTCGGATG;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=65;WE=59267709;WS=59267691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	59268129	rs10877180	C	T	8475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=141;PP=2965;SC=AATATGGGGGCAGTAACAGAA;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=292;TCF=151;TCR=141;TR=292;WE=59268137;WS=59268119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr12	59270333	rs2279718	C	T	12330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr12	59272973	rs11172791	T	C	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=33;PP=988;SC=GTTTGTTTGTTTGATACTTAC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=59272981;WS=59272963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	59279589	rs11172795	G	A	2512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=28;PP=1580;SC=TCTCTTTTAGGGTAACTAAAT;SOR=1.280;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=87;WE=59279597;WS=59279579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	59279660	rs11172796	A	T	4952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=92;NR=76;PP=2710;SC=TAGTAATAGAACGGATCCGAT;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=92;TCR=76;TR=168;WE=59279668;WS=59279650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr12	59280742	rs10877182	A	G	5267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.015;SC=CCCAGGTGGCATATCATTTGT;SOR=1.321;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=73;TCR=114;TR=184;WE=59280750;WS=59280732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,200:0.99:202
chr12	59280828	rs10877183	C	T	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=36;PP=1044;SC=TCCAACTTACCTCTTACACCC;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=42;WE=59280836;WS=59280818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	59307625	rs10877187	T	C	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=5;PP=427;SC=AGTTAACCAATTTAAAGCGCG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=59307644;WS=59307615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	59307636	rs10783927	T	A	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=7;PP=567;SC=TTAAAGCGCGTATCTTTACTA;SOR=1.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=59307644;WS=59307615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	59307957	rs11834094	C	T	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=33;PP=1470;SC=TTGAATAACTCACTATAATCC;SOR=1.096;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=79;WE=59307965;WS=59307947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	59308003	rs11172820	C	T	3190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	59313151	rs12426955	G	T	3507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	59313248	rs12426969	G	A	3619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	59313936	rs61754220	T	G	2883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=48;PP=1593;SC=CGCCGCTGTCTGACCGGCCAG;SOR=0.825;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=97;WE=59313944;WS=59313926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	59917023	rs12580155	T	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=-1.077;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,18:0.16:113
chr12	59917126	rs12580166	T	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=0.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=1.514;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:383,78:0.17:461
chr12	62104219	rs7399207	A	C	3484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=76;PP=1990;ReadPosRankSum=1.460;SC=AGGAGAAAATATAGTCAACAT;SOR=0.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=170;TCF=73;TCR=97;TR=132;WE=62104227;WS=62104209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,153:0.78:195
chr12	62114671	rs7485027	T	C	5812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.497;SC=TCTTTCTACTTCTCCATTCGA;SOR=0.641;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=303;TCF=163;TCR=140;TR=239;WE=62114679;WS=62114661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,253:0.79:321
chr12	62261077	rs34255534	G	GA	439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=0.878;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,51:0.28:184
chr12	62261295	.	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=84;ReadPosRankSum=-1.393;SC=CCTTCCACTATACTTTAACCC;SOR=0.197;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=7;WE=62261303;WS=62261285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr12	62698611	.	TA	T	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.95;ReadPosRankSum=-2.264;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr12	62705960	rs17120331	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=64;ReadPosRankSum=1.561;SC=GAATGAAGCTAGCTCTACAAA;SOR=0.784;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=7;WE=62705968;WS=62705950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr12	62708442	rs10877825	G	A	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=165;SC=ATATATATTGGCAGGCTTTAA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=62708450;WS=62708435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	62778065	rs2044846	A	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=6.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=-0.789;QD=3.55;ReadPosRankSum=0.953;SOR=1.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr12	62778108	.	GT	G	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.160;ClippingRankSum=-0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=0.483;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.075;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr12	62783843	rs17097891	C	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=-0.895;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,22:0.22:98
chr12	62810962	rs10459254	G	A	3150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.33;ReadPosRankSum=-0.004;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,145:0.94:155
chr12	62861111	rs6581450	T	C	3644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=-0.243;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,176:0.70:250
chr12	62883990	rs11393430	C	CT	1483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.832;NF=1;NR=23;PP=966;ReadPosRankSum=-1.456;SC=AAGAGTTACACTATTGAGGGA;SOR=0.720;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=24;WE=62883998;WS=62883980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,47:0.76:62
chr12	62888729	rs7135893	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5341;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=104;ReadPosRankSum=-0.549;SC=TGTATACCTTCTCTTATTTAG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=62888737;WS=62888719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr12	62892905	rs4025987	C	G	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=36;PP=950;ReadPosRankSum=0.596;SC=GGCCTTTGCTCAGATGATCAA;SOR=0.543;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=63;WE=62892913;WS=62892895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,64:0.72:89
chr12	62928747	rs11364534	TA	T	3708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=89;PP=2099;SC=CTGTGTCAGTTAAAAAAAACA;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=99;TCF=3;TCR=96;TR=91;WE=62928755;WS=62928737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	62931083	rs73141045	C	G	2837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.850;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=74;PP=1880;ReadPosRankSum=0.597;SC=AATTAGCTATCAAGGAAACTT;SOR=1.282;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=152;TCF=54;TCR=98;TR=108;WE=62931091;WS=62931073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,117:0.70:166
chr12	62943371	rs10877874	G	A	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=13;PP=1152;SC=CAACCTGAGTGGCAGAGTGAG;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=63;WE=62943379;WS=62943361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	62954990	rs73124303	A	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=83;ReadPosRankSum=-0.446;SC=TAGATCATCAAGATTGTTTTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=9;WE=62954998;WS=62954980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr12	62965149	rs2270732	T	C	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.116;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=528;ReadPosRankSum=1.401;SC=TTAATGCTTATATTAAACTGT;SOR=0.379;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=70;TCF=50;TCR=20;TR=38;WE=62965157;WS=62965139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,46:0.55:83
chr12	62972210	rs5798648	G	GT	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=0.599;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
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chr12	62997643	rs7302456	G	T	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.678;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=739;ReadPosRankSum=-1.708;SC=AAGCCTCGGCGCCCGGCCGGC;SOR=1.325;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=39;WE=62997651;WS=62997633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,41:0.82:50
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chr12	63113828	rs342170	T	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=534;SC=CCTTGTCTTTTACCACAAACC;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=63113836;WS=63113824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	63114156	rs2270484	A	G	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.815;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=44;PP=1103;ReadPosRankSum=0.800;SC=GCAAATTGAGACAGGCCATAT;SOR=0.301;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=94;TCF=31;TCR=63;TR=69;WE=63114164;WS=63114146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,73:0.74:99
chr12	63328557	rs772580	G	T	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.872;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=532;ReadPosRankSum=2.478;SC=AGCAGGAGGCGGCGGGGGCCG;SOR=0.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=40;WE=63328565;WS=63328547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,46:0.81:57
chr12	63359011	rs699595	A	T	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=7;PP=908;SC=TGAAAAAAAAAAATCAAACCT;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=45;WE=63359019;WS=63359001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	63359549	rs143590555	ACTGCTG	A	9511.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=86;PP=2995;SC=TACTAAGGGTACTGCTGCTGC;SOR=0.928;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=155;TCF=53;TCR=102;TR=124;WE=63359565;WS=63359539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr12	63543553	rs10747984	C	T	325.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.17;ReadPosRankSum=-1.327;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr12	63954300	rs12314553	C	T	12185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.81;ReadPosRankSum=2.567;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,301:0.71:423
chr12	63954304	rs1054891	T	C	12318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.38;ReadPosRankSum=2.453;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,307:0.71:434
chr12	63964476	rs116847347	C	T	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=5.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.53;ReadPosRankSum=1.433;SOR=0.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,35:0.81:43
chr12	63964514	rs138738493	A	C	2049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.156;NF=38;NR=20;PP=918;ReadPosRankSum=1.016;SC=GTGAGTCTTGAAGAAATACTC;SOR=0.501;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=58;WE=63964522;WS=63964504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,66:0.80:82
chr12	63964640	.	G	GA	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQRankSum=-9.126;QD=0.94;ReadPosRankSum=-0.572;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,29:0.20:146
chr12	63974346	rs200075177	C	CACACATAT	2371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.713;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.643;NF=24;NR=14;PP=1815;ReadPosRankSum=0.222;SC=TACACACATACACACATATAT;SOR=1.334;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=38;WE=63974354;WS=63974336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,56:0.77:73
chr12	64041195	.	C	CATAATAATAATA	578.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.003;NF=0;NR=5;PP=2188;ReadPosRankSum=-0.451;SC=ACATTCTCTTCATAATAATAA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=5;WE=64041203;WS=64041185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr12	64055269	rs55665893	T	A	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=528;ReadPosRankSum=1.128;SC=TCCCTTTTTTTAAAAAAAGAC;SOR=0.569;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=33;WE=64055277;WS=64055259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr12	64057492	rs148770096	G	A	5169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=95;PP=2858;ReadPosRankSum=-1.022;SC=TCATAGTCTCGCTATTCTTAA;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=273;TCF=151;TCR=122;TR=215;WE=64057500;WS=64057482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,234:0.80:293
chr12	64078548	rs61935227	G	A	3255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQRankSum=-1.317;QD=25.84;ReadPosRankSum=-0.706;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,83:0.66:126
chr12	64078557	rs61935228	C	T	3317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQRankSum=-1.750;QD=24.58;ReadPosRankSum=-0.734;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,87:0.64:135
chr12	64078608	rs184119063	C	T	4148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=2.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQRankSum=-1.711;QD=26.59;ReadPosRankSum=0.252;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,104:0.67:156
chr12	64078612	rs61935229	G	A	4192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=2.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQRankSum=-1.752;QD=26.37;ReadPosRankSum=0.500;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,107:0.67:159
chr12	64118558	rs3864455	A	G	2335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.869;NF=57;NR=27;PP=1313;ReadPosRankSum=-0.914;SC=CTCATCAGTTAATTCTGGTAG;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=84;WE=64118566;WS=64118548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,98:0.88:112
chr12	64118580	rs144495146	C	G	2615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-6.391;NF=68;NR=36;PP=1455;ReadPosRankSum=1.951;SC=CAGTGACTGCCGTAAAAACTG;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=130;TCF=84;TCR=46;TR=104;WE=64118588;WS=64118570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,119:0.81:147
chr12	64174680	rs3791156	G	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTCAGTTGCTGTACCTCTCAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=64174688;WS=64174670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr12	64202890	rs1876465	C	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=181;ReadPosRankSum=-2.270;SC=TTTGAGCTAACATGTGATTTT;SOR=0.551;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=13;WE=64202898;WS=64202880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr12	64383670	rs3741607	T	C	5907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr12	64472803	rs789710	A	T	7469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr12	64485593	rs5798729	A	ACC	3143.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=10;PP=2007;SC=GAATTGTAAGACTATGATCTA;SOR=2.439;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=40;WE=64485601;WS=64485583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	64491002	rs72161524	GT	G	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=-1.958;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,25:0.30:83
chr12	64519806	rs789722	T	C	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=1.303;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,68:0.20:334
chr12	64521567	rs10878106	C	G	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=0.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.947;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:373,108:0.22:481
chr12	64587633	rs699638	C	A	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=75;NR=31;PP=1775;SC=TAACCTTTGGCTCCAGGTTTC;SOR=1.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=75;TCR=31;TR=106;WE=64587641;WS=64587623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	64609562	rs2335390	C	T	3363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	64661209	rs1657057	AT	CC	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=17;PP=964;SC=GCATTTTCAGATCTCCAATCT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=19;WE=64661218;WS=64661199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	64669018	rs5798743	AT	A	623.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=446;SC=ATAATATATAATAGTCATGTA;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=64669026;WS=64669008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	64669090	rs1002392	C	A	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=35;NR=16;PP=853;SC=GCTGAAAGACCAGAAGTATCT;SOR=1.366;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=51;WE=64669098;WS=64669080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	64669270	rs10878132	C	G	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=32;PP=935;SC=GAGACAAGGTCTCATGCTGCC;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=55;WE=64669278;WS=64669260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	64671412	rs10624687	C	CTA	3590.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=21.00;ReadPosRankSum=0.958;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,137:0.80:171
chr12	64679694	.	CA	C	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=1.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.915;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.925;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,47:0.23:205
chr12	64697635	rs10878142	T	G	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=6;PP=142;SC=ATGATTACTGTCAGGTTTGTT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=64697643;WS=64697625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	64712511	rs7955105	A	G	7902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr12	64746924	rs11434916	G	GT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=-1.628;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr12	64833249	rs10878172	A	G	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=563;SC=CACCATTTTGAAATTATGAGT;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=64833257;WS=64833239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	64838752	rs71092967	TA	T	742.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,64:0.63:101
chr12	64838770	.	T	A	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=2.964;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,41:0.25:161
chr12	64838922	rs6581565	G	T	9283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=151;NR=178;PP=2965;SC=GTAGGTATTTGTGAAGCTCAC;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=330;TCF=152;TCR=178;TR=329;WE=64838930;WS=64838912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr12	64858100	rs57810028	A	AT	1548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.569;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=504;ReadPosRankSum=0.490;SC=CCAATCAATGATTTTTTTTTT;SOR=1.129;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=38;WE=64858108;WS=64858090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,79:0.92:86
chr12	64875787	rs7486100	T	A	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=48;PP=1349;SC=AGATTTATATTCATAGCTATA;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=70;WE=64875795;WS=64875777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	64883761	rs10878177	C	A	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=148;ReadPosRankSum=-1.254;SC=TATAAAACATCTTTTTAAAAC;SOR=0.098;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=10;WE=64883769;WS=64883751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr12	65004316	rs3741747	T	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.470;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=214;ReadPosRankSum=1.035;SC=TGCCCGGGGCTGCGCGCCGGG;SOR=1.165;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=13;WE=65004324;WS=65004306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr12	65004387	rs3741748	C	T	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-1.764;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,51:0.21:245
chr12	65004520	rs77813527	A	G	4459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=2.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.64;ReadPosRankSum=-1.362;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,200:0.75:268
chr12	65004550	rs117122731	G	A	2606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.182;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=71;PP=1558;ReadPosRankSum=1.345;SC=GGGCGCTGCAGCCCGCGCCCC;SOR=1.070;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=157;TCF=60;TCR=97;TR=110;WE=65004558;WS=65004540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,126:0.72:175
chr12	65224174	rs61730726	A	G	5415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.169;SC=TGACCTTGGCAGATCATTATT;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=291;TCF=169;TCR=122;TR=230;WE=65224182;WS=65224164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,252:0.79:321
chr12	65460368	rs3782498	A	G	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=13;PP=1281;SC=AACTTATTCTAATCAAACATT;SOR=2.419;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=59;WE=65460376;WS=65460358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	65462429	rs72205564	ATGTGTGTGTG	A,ATGTGTG	2450.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.12;QD=33.12;SOR=1.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,62,10:0.84,0.14:74
chr12	65477613	rs150722125	TTTC	T	1392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=0.537;QD=34.82;ReadPosRankSum=1.399;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,36:0.90:40
chr12	65514266	rs7301320	T	C	6912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr12	65563712	rs61736594	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=0.268;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,20:0.22:92
chr12	65604694	rs11175678	C	T	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.09;ReadPosRankSum=-1.214;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,93:0.83:112
chr12	65609675	rs67170565	G	GT,GTT	365.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.32;ReadPosRankSum=-0.869;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,8,9:0.44,0.50:18
chr12	65609707	rs34604927	G	GT	495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=-1.239;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr12	65609853	rs3817000	A	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=0.436;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,13:0.16:83
chr12	65633880	rs34562240	GTGAT	G	5028.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.177;NF=30;NR=34;PP=2925;ReadPosRankSum=3.021;SC=ATTATGTCAAGTGATTGATTC;SOR=0.840;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=106;TCF=47;TCR=59;TR=64;WE=65633891;WS=65633870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,125:0.75:167
chr12	65762703	.	ACC	A,AC	2045.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.308;QD=22.24;ReadPosRankSum=1.152;SOR=1.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,21,65:0.23,0.71:92
chr12	66357211	rs3741427	G	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr12	66517828	rs2464304	T	A	2313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.61;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	66522628	rs71096072	CA	C	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-1.770;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr12	66531694	rs1185629	A	G	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=10;PP=1005;SC=CTTTTTTCTCATTAAATTTTT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=59;WE=66531702;WS=66531684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	66533329	rs11176056	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=61;ReadPosRankSum=-0.379;SC=TTTCCAGGCCAGCGTGTAGGG;SOR=1.402;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=8;WE=66533337;WS=66533319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr12	66546100	rs8793	A	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=0.251;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,48:0.17:278
chr12	66597701	rs1882200	C	T	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.423;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=41;PP=1145;ReadPosRankSum=-0.642;SC=TAATGTGGCTCTTAATCTGTA;SOR=1.159;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=62;WE=66597709;WS=66597691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,72:0.76:95
chr12	66603399	rs11465955	C	T	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=571;ReadPosRankSum=-0.506;SC=CTGGATTTGCCGGCACTTTTT;SOR=0.781;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=40;WE=66603407;WS=66603389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,47:0.71:66
chr12	66605228	rs1152888	A	G	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.97;NF=37;NR=18;PP=1099;SC=TTCCTAAGGAATACTGCTTAA;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=55;WE=66605236;WS=66605218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	66696255	rs3741605	T	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.044;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,21:0.20:105
chr12	66696410	rs3741604	C	T	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=5.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,90:0.27:336
chr12	66698438	rs2118139	G	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=96;ReadPosRankSum=0.944;SC=TAAGTTTGATGAAACTTTGAG;SOR=0.576;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=13;WE=66698446;WS=66698428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr12	66698461	rs2118140	A	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=-0.035;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,18:0.22:81
chr12	66698895	rs4430553	T	C	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.082;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,18:0.17:104
chr12	66698954	rs1971302	C	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.249;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr12	66716345	rs11325442	CA	C	439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,35:0.81:43
chr12	66717692	rs7969887	T	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.512;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=141;ReadPosRankSum=-0.439;SC=GTCTGAGTAGTAGTTAATGTT;SOR=1.414;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=44;TCR=3;TR=11;WE=66717700;WS=66717682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr12	66717716	rs7957877	C	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=7.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=1.127;SOR=2.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,13:0.16:82
chr12	66725160	rs1185244	C	T	6881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.186;SC=GCAGATTTTCCGTCCCCACGG;SOR=0.825;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=371;TCF=214;TCR=157;TR=268;WE=66725168;WS=66725150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,296:0.73:407
chr12	66725202	rs1168312	C	T	8371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=0.667;SC=GGACCCAGCACACCGTCAGCA;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=488;TCF=267;TCR=221;TR=356;WE=66725210;WS=66725192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,383:0.73:523
chr12	66731864	rs1168329	C	A	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.71;ReadPosRankSum=1.301;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,65:0.72:90
chr12	66732057	rs1183274	C	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=64;ReadPosRankSum=-0.549;SC=AACACGTCATCATGAGAACTG;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=66732065;WS=66732047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr12	66771108	rs35635542	AT	A	305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.790;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr12	66771121	rs148141593	T	C	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=-0.242;QD=26.44;ReadPosRankSum=0.544;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chr12	66786073	rs7970076	A	G	4963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=99;NR=73;PP=2888;SC=TCTGGGGGACAAAGTAAAGAC;SOR=0.935;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=99;TCR=73;TR=172;WE=66786081;WS=66786063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr12	66786091	rs13277	G	C	6340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr12	66786341	rs7970771	G	A	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=34;PP=1631;SC=AATATACCAAGATACTCCGTG;SOR=0.947;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=79;WE=66786349;WS=66786331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	66786644	rs2270594	G	A	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=35;PP=1002;SC=TCCCTGTATGGTACTGAATAT;SOR=1.318;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=60;WE=66786652;WS=66786634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	66814466	rs7397861	C	G	6899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr12	66814487	rs7397862	C	A	6721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr12	66826527	rs143524823	GAAGT	G	984.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=716;SC=TGTAGGAACTGAAGTAAGATG;SOR=2.400;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=15;WE=66826538;WS=66826517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	66826555	rs6581694	A	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=12;PP=316;SC=TTAAAATCCTAGTAAATTAAG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=66826563;WS=66826545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr12	66849908	rs4913434	G	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr12	66849926	rs4913435	A	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr12	66856667	rs4913301	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=0.776;SC=CACTGTGAGGGCCAGAGAAAG;SOR=2.409;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=5;WE=66856675;WS=66856657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr12	66856975	.	AAAAT	A	783	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.46;NF=2;NR=27;PP=783;QD=28.0;SC=TCATTTACTTAAAATAAAAGA;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=29;WE=66856992;WS=66856963;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,29:0.81:36
chr12	66856978	rs3830371	AT	A	1583.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.56;MQRankSum=1.020;QD=29.33;ReadPosRankSum=-0.182;SOR=1.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,41:0.76:54
chr12	66856981	rs144154456	AAAG	A	420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=1.494;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.122;SOR=1.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr12	66856984	.	G	A	1388	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=8;HapScore=3;MGOF=5;MMLQ=25;MQ=60.58;NF=8;NR=26;PP=1388;QD=41.8462121337;SC=TAAAATAAAAGAAAAGAAAAG;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=34;WE=66856992;WS=66856963;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,34:0.72:47
chr12	66859221	rs12820901	T	C	3441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=77;PP=2037;ReadPosRankSum=-0.938;SC=GAACAAATTTTAGAAAACAAA;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=62;TCR=93;TR=127;WE=66859229;WS=66859211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,145:0.81:178
chr12	66909389	rs12316942	C	T	4133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.54;ReadPosRankSum=1.226;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,189:0.71:266
chr12	66911771	rs11838180	G	T	5389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=111;PP=2898;ReadPosRankSum=1.512;SC=CAAAGAAAAGGAACAGAGCTT;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=270;TCF=135;TCR=135;TR=222;WE=66911779;WS=66911761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,243:0.82:296
chr12	66932832	rs66522623	T	C	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.633;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=22;PP=1009;ReadPosRankSum=-0.951;SC=GTATCCCCTATGGATAAGGGG;SOR=1.250;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=92;TCF=62;TCR=30;TR=72;WE=66932840;WS=66932822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,82:0.78:105
chr12	66933149	rs10219689	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=2.458;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,14:0.19:73
chr12	66935833	rs10878446	A	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,13:0.20:66
chr12	66990485	rs7976984	T	G	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=590;ReadPosRankSum=0.227;SC=TGAACAAGTGTTGTAGAATTC;SOR=0.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=30;WE=66990493;WS=66990475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr12	67197686	rs12302592	G	A	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=811;ReadPosRankSum=2.385;SC=AACAAATCAAGCAAAACATAG;SOR=0.922;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=46;WE=67197694;WS=67197676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,53:0.76:70
chr12	67701103	rs812325	G	A	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=3.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=1.340;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,45:0.27:164
chr12	67706466	rs1060350	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.483;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,43:0.28:154
chr12	68045403	rs10878641	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.344;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,33:0.23:143
chr12	68052178	rs3741644	G	T	3698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.245;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=64;PP=2367;ReadPosRankSum=1.686;SC=GAGAGTGGGGGAACGCGCTGA;SOR=0.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=58;TCR=65;TR=121;WE=68052186;WS=68052168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,132:0.99:133
chr12	68552041	rs2234686	TA	T	1007.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=2.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.544;QD=10.61;ReadPosRankSum=-1.037;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,72:0.76:95
chr12	68646521	rs2227491	T	C	15939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=283;NR=286;PP=2965;SC=CACACGGCCCTGTTCGTCACA;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=570;TCF=283;TCR=287;TR=569;WE=68646529;WS=68646511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,620:1.00:620
chr12	68688939	rs7958232	C	T	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=18;PP=1615;SC=AAGTAGAAAACGTTAGGAAAA;SOR=2.200;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=65;TCR=18;TR=82;WE=68688947;WS=68688929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	68696661	rs35426557	CA	C	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=5.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr12	68707287	rs2306392	G	A	2250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=37;PP=1330;ReadPosRankSum=0.570;SC=CCTCTGTTCTGGGGCTGGAGG;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=90;WE=68707295;WS=68707277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,99:0.79:125
chr12	68707576	rs4575357	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=1.338;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,9:0.19:47
chr12	68708761	rs2306393	C	T	23593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=911;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=483;NR=394;PP=2965;SC=AGATTTCTCACGTACATCCAA;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=881;TCF=486;TCR=395;TR=877;WE=68708769;WS=68708751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,907:1.00:907
chr12	68715417	rs7964052	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=132;ReadPosRankSum=-0.747;SC=CTCTGAAATGGAAATCATTTA;SOR=0.495;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=10;WE=68715425;WS=68715407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr12	68717038	rs80219525	T	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=0.203;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr12	68719216	rs2870812	G	A	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	68720335	rs17224845	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=2.279;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,17:0.20:87
chr12	68720627	rs962976	G	A	7504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=143;NR=117;PP=2965;SC=TCTTTCTTGAGTAACATCCTT;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=143;TCR=117;TR=260;WE=68720635;WS=68720617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr12	68721040	rs962977	A	G	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=9;PP=1064;SC=ATTAAAAATCAGGGGGTCACA;SOR=3.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=54;WE=68721048;WS=68721030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	68724951	rs3741808	G	T	7960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr12	69042454	.	CT	C	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=0.394;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,38:0.21:182
chr12	69042690	rs3213921	T	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.206;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,23:0.22:105
chr12	69044093	rs148659548	CCT	C	829.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=349;ReadPosRankSum=0.587;SC=GGTGTAACTCCCTGTGTGAAC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=69044102;WS=69044083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr12	69048131	rs112638624	T	TG	112.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.09;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr12	69084541	rs11608404	A	G	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=3.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,35:0.23:155
chr12	69090573	rs35640989	C	CT	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=6.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.496;SOR=1.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,15:0.25:60
chr12	69096626	rs201673769	A	AT	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.14;ReadPosRankSum=1.660;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr12	69113032	rs11177338	A	G	2090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.46;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,99:0.78:127
chr12	69153071	rs12316701	C	G	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=38;PP=1037;SC=TTTTCCAAAACTTTTACATTC;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=62;WE=69153079;WS=69153061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	69207162	rs1470383	G	A	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=2;PP=470;SC=ATTGGATACTGTCTGTGATCA;SOR=3.014;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=69207170;WS=69207152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	69218038	rs2291857	T	G	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=7;PP=417;SC=ATTGAAAGGTTAAATTGCATA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=69218046;WS=69218028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	69222809	rs3730607	C	T	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.016;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=46;PP=1133;ReadPosRankSum=1.607;SC=ATGTGTCTTACGAGATTGATA;SOR=0.364;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=66;WE=69222817;WS=69222799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,70:0.85:82
chr12	69250481	rs3741599	T	C	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=-3.520;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,63:0.22:283
chr12	69250548	rs3741598	C	T	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.821;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=54;PP=1271;ReadPosRankSum=-0.125;SC=CACTAAAATGCAGCCTTTGTG;SOR=1.156;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=116;TCF=45;TCR=71;TR=83;WE=69250556;WS=69250538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,91:0.72:126
chr12	69252715	rs1143653	A	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.488;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=121;ReadPosRankSum=-1.239;SC=TTATTATATAAGACCCAGGCA;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=14;WE=69252723;WS=69252705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,15:0.24:63
chr12	69265578	rs2228654	A	G	8716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.160;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=204;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.418;SC=CGATGCTGTAATAACAGTCAG;SOR=0.899;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=469;TCF=259;TCR=210;TR=362;WE=69265586;WS=69265568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,388:0.77:501
chr12	69279736	rs2701085	A	G	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=54;PP=1584;SC=GAACTCTGGTAAGACTAGGAA;SOR=2.617;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=14;TCR=55;TR=68;WE=69279744;WS=69279726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	69279764	rs79448109	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.856;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,9:0.19:47
chr12	69633379	rs2305642	A	G	2416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.39;ReadPosRankSum=-1.228;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,112:0.81:139
chr12	69645864	rs490872	A	G	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.50;ReadPosRankSum=-0.171;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,69:0.78:89
chr12	69646914	rs2305641	G	A	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.32;ReadPosRankSum=-2.195;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,84:0.75:112
chr12	69652336	rs5798930	G	GT	1943.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=11.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.30;ReadPosRankSum=1.359;SOR=0.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,106:0.83:127
chr12	69653146	rs2231700	T	C	2752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=4.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.99;ReadPosRankSum=0.197;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,125:0.77:162
chr12	69667075	rs1463335	T	A	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=32;PP=922;ReadPosRankSum=1.145;SC=AATTTCAGGTTGTGGCATTCA;SOR=0.650;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=59;TCR=48;TR=72;WE=69667083;WS=69667065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,88:0.67:131
chr12	69753595	rs622656	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=383;ReadPosRankSum=-1.264;SC=GAGGAGTTGACGGTTACTCAC;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=21;WE=69753603;WS=69753588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr12	69753830	rs623853	G	A	4982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.79;ReadPosRankSum=-1.272;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,141:0.76:186
chr12	69753847	rs554591	T	C	4229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.37;ReadPosRankSum=-0.391;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,105:0.73:144
chr12	69756762	rs10784775	G	A	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.61;QD=23.12;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	69759551	rs11286051	AT	A	1594.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=655;ReadPosRankSum=-2.429;SC=ATAATTTACTATTTTTTTTCT;SOR=0.602;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=36;WE=69759559;WS=69759541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,84:0.82:103
chr12	69764388	rs2291005	A	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=228;ReadPosRankSum=0.825;SC=TTTGACATGTATATACTTATT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=13;WE=69764396;WS=69764378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr12	69967862	rs547497	G	A	5106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=94;NR=65;PP=2622;SC=CATTGGAGGCGAGGGTTTCTA;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=94;TCR=65;TR=159;WE=69967870;WS=69967852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr12	69979115	rs2601007	G	C	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=2;PP=1546;SC=GCCCCCTCCAGTGTGAAAGGC;SOR=5.518;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=59;TCR=2;TR=61;WE=69979123;WS=69979105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	69980028	rs485288	G	A	3677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	69980141	rs484319	G	C	2395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=31;NR=45;PP=1272;SC=CTTGTTCTAAGCATTGTTTTA;SOR=1.389;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=76;WE=69980149;WS=69980131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	69981862	rs530701	G	A	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=46;PP=1970;SC=TACTTCCTCTGTCTTTACTAT;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=106;WE=69981870;WS=69981852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	69982129	rs710777	G	C	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=38;PP=1097;SC=ACACTGAAAAGCATACACAAA;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=69982137;WS=69982119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	69985771	rs137875319	CTT	C	1210.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=5;PP=569;SC=AAGCAGACAGCTTTTTATAAG;SOR=2.165;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=15;WE=69985780;WS=69985761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	69987494	rs710773	G	A	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=33;PP=866;SC=TAGAATTTCAGCAGTTATTCT;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=69987502;WS=69987484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	69991627	rs710765	C	T	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=24;PP=1136;SC=ATGGTTCTTACAGAAATCTTA;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=46;WE=69991635;WS=69991617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	70064146	rs17813545	T	C	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=1.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,53:0.19:275
chr12	70064295	rs3847772	C	T	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=-1.136;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,39:0.21:187
chr12	70065126	rs5798946	CT	C	419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.428;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr12	70070942	rs710718	A	G	6648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr12	70072479	rs3741755	C	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,32:0.19:167
chr12	70078172	rs710714	C	T	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=213;SC=TTATTGCCCTCGAGCCAAAGG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=70078180;WS=70078164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	70078575	rs12425422	T	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.636;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=139;ReadPosRankSum=-0.191;SC=TCCCTGTCAATTGGGAAAATC;SOR=0.362;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=14;WE=70078583;WS=70078565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr12	70088085	rs3050191	AGT	A	3087.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.114;NF=19;NR=25;PP=1881;ReadPosRankSum=3.098;SC=TCCCATGCAGAGTCATCGGTG;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=44;WE=70088094;WS=70088075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,78:0.72:109
chr12	70091356	rs710710	G	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=4.027;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=186;ReadPosRankSum=1.661;SC=CAATCAAAAGGTTCAGATTTT;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=10;WE=70091364;WS=70091346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr12	70091432	rs775429	T	C	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=10;PP=551;SC=AGTACCTGTATACCAAACTTA;SOR=1.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=70091440;WS=70091422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	70190408	rs17120917	A	C	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.54;ReadPosRankSum=2.675;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,72:0.91:79
chr12	70195293	rs10879014	T	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.946;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=485;ReadPosRankSum=0.630;SC=AGTGGAACTTTGGAGAAGAAT;SOR=2.476;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=22;WE=70195301;WS=70195283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr12	70219408	rs10506571	C	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.838;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,35:0.22:162
chr12	70248997	rs11177906	T	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.923;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,27:0.22:121
chr12	70273303	rs1240286	C	G	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=79;PP=2363;SC=CTCTGGCAGGCACCTAGAGAG;SOR=3.407;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=14;TCR=79;TR=93;WE=70273311;WS=70273293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	70273985	rs7295793	T	G	4563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.90;ReadPosRankSum=0.504;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,215:0.80:270
chr12	70274101	rs7310544	G	A	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.854;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=42;PP=1080;ReadPosRankSum=1.527;SC=GAACAAGGGCGATGCCATCAA;SOR=0.570;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=30;TCR=62;TR=63;WE=70274109;WS=70274091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,65:0.66:98
chr12	70274160	rs1240287	G	A	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=22;PP=593;SC=GAGCAGCCCTGCAAAAGTTTC;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=70274168;WS=70274150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	70280797	rs1612447	T	C	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=61;PP=2018;SC=AAGACAGTGCTAAATCTCAGT;SOR=1.123;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=44;TCR=61;TR=105;WE=70280805;WS=70280787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	70289063	rs7964113	A	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=7.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=2.282;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,17:0.23:73
chr12	70289112	rs7979309	T	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=-0.668;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,49:0.25:196
chr12	70289124	rs139690592	G	GT	311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=1.535;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,54:0.22:251
chr12	70290875	rs10879038	T	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.679;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,49:0.20:250
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chr12	70291047	rs10879040	T	G	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=1.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,58:0.22:267
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chr12	70933687	rs919595	A	G	4872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=0.882;SC=CCATCTTTCAACAAATTATAC;SOR=0.592;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=162;TCR=125;TR=207;WE=70933695;WS=70933677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,217:0.72:302
chr12	70938176	rs4761221	G	A	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=14;PP=996;ReadPosRankSum=1.109;SC=CTTCTAGAGAGGTTGTACAAT;SOR=0.631;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=56;WE=70938184;WS=70938166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,59:0.77:77
chr12	70975063	rs112333061	G	A	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.38;ReadPosRankSum=-1.428;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,66:0.81:81
chr12	70990054	rs2465811	T	C	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.75;MQRankSum=1.550;QD=17.91;ReadPosRankSum=0.153;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,101:0.80:126
chr12	70990120	rs143830848	T	TAC	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=4.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=0.000;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.800;SOR=1.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr12	71002793	rs76441945	A	G	3490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=59;PP=2412;ReadPosRankSum=0.174;SC=CAGCTTGAAAAGGCAGGGCCC;SOR=0.625;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=206;TCF=127;TCR=79;TR=149;WE=71002801;WS=71002783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,149:0.71:209
chr12	71002865	rs2717430	T	A	4917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.896;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=0.583;SC=GCAAGACCACTGTTCTCTCTT;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=311;TCF=165;TCR=146;TR=213;WE=71002873;WS=71002855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,219:0.67:325
chr12	71002893	rs2252784	C	T	4967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.201;SC=AGAAATAATCCTGAAGTTATA;SOR=0.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=311;TCF=160;TCR=151;TR=211;WE=71002901;WS=71002883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,221:0.67:328
chr12	71003360	rs2717431	T	C	3076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.292;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=28;PP=1637;ReadPosRankSum=0.460;SC=CTTTGACAGCTGGATAAGCTG;SOR=0.394;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=123;TCF=92;TCR=31;TR=105;WE=71003368;WS=71003350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,127:0.87:146
chr12	71003515	rs2252674	C	T	15508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.917;QD=31.59;ReadPosRankSum=-0.491;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,385:0.78:491
chr12	71003524	rs3217500	CTT	C	15250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.872;NF=23;NR=178;PP=2963;ReadPosRankSum=-0.893;SC=GCTCTGACCCCTTCTCGGGCC;SOR=0.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=256;TCF=31;TCR=225;TR=201;WE=71003533;WS=71003505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,370:0.79:467
chr12	71050694	rs5798997	T	TA	719.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=838;ReadPosRankSum=0.358;SC=AAACCACAGTTAAAAGTAGTA;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=23;WE=71050702;WS=71050684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr12	71056569	rs7969289	T	C	288.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9993;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=188;ReadPosRankSum=2.281;SC=GATTTTATGGTATATAAATTA;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=10;WE=71056577;WS=71056559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
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chr12	71066826	.	AAAAG	A	96.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.141;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr12	71078135	rs7958846	G	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=168;ReadPosRankSum=-1.391;SC=AAATAGCTGGGCTAGTACAAA;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=16;WE=71078143;WS=71078125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,19:0.29:66
chr12	71139664	rs3803036	T	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.925;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,19:0.20:95
chr12	71286606	rs149684669	G	A	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.475;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=568;ReadPosRankSum=1.010;SC=CTTGAGCTTCGGAAGAGGAAT;SOR=0.900;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=204;TCF=100;TCR=104;TR=59;WE=71286614;WS=71286596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,71:0.31:226
chr12	71509836	rs1796329	C	T	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=25;PP=669;SC=AAATAGCTGACGTTTTTCCAT;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=71509844;WS=71509826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	71511971	rs11178616	G	C	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=17;PP=383;SC=ATCTCACTAGGGAGTGCCAGA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=71511979;WS=71511961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	71522953	rs1796330	G	C	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=4;PP=337;SC=CGAGGGAGATGATGGGCCTTT;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=71522961;WS=71522943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	71523043	rs1705263	C	A	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=27;PP=1240;SC=TGTTCACCATCAATATTTCTT;SOR=0.871;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=59;WE=71523051;WS=71523033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	71523199	rs34518015	TA	T	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.700;QD=1.30;ReadPosRankSum=0.835;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,18:0.23:78
chr12	71526677	rs1397566	A	G	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=36;PP=991;SC=TTAAATTATAATCTTCTGAAA;SOR=1.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=52;WE=71526685;WS=71526667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	71531889	rs1798093	T	C	7244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=138;NR=108;PP=2965;SC=AGGTAGTATTTCAATTTTTCA;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=138;TCR=110;TR=246;WE=71531897;WS=71531879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr12	71532922	rs2971392	A	C	10157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1015;ExcessHet=3.0103;FS=0.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.05;ReadPosRankSum=1.697;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:522,489:0.48:1011
chr12	71898287	rs7136209	G	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.858;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=285;ReadPosRankSum=0.808;SC=TCAAGCAGGGGAATGAGTTCA;SOR=1.532;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=73;TCF=58;TCR=15;TR=19;WE=71898295;WS=71898277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,17:0.24:72
chr12	71898358	rs7307225	T	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.943;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,50:0.21:237
chr12	71918078	rs7980959	T	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.974;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,41:0.28:148
chr12	71955394	rs1280603	T	C	147.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=2;PP=105;SC=TTTTTTATCCTCTAGAGAGTA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=71955402;WS=71955384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	71960208	rs1797372	G	A	2407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	71960329	rs1797373	G	A	2962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=37;PP=1693;SC=AATATTATAGGTTGAAGTGCT;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=54;TCR=37;TR=91;WE=71960337;WS=71960319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	71960533	rs1797374	G	A	12588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=246;NR=184;PP=2965;SC=TGCCATTAGAGCTTGATCAGT;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=433;TCF=247;TCR=186;TR=430;WE=71960541;WS=71960523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr12	71960584	rs1726469	T	C	14761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=283;NR=246;PP=2965;SC=GTGTGATGCCTGAATGAAAGA;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=535;TCF=284;TCR=251;TR=529;WE=71960592;WS=71960574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr12	72004884	rs34631263	G	GA	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.522;QD=4.33;ReadPosRankSum=1.857;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
chr12	72008246	rs2288963	T	G	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=464;ReadPosRankSum=0.186;SC=AAAACAGGAGTTTTGCTATCA;SOR=0.801;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=31;WE=72008254;WS=72008236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,35:0.85:41
chr12	72019989	rs55719302	T	TAC	4526.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=4.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.747;QD=24.08;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=1.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,166:0.88:188
chr12	72020014	.	A	ACG	1253	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=60.27;NF=35;NR=40;PP=1253;QD=16.7466666667;SC=ACACACACACACACGTACGTT;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=194;TCF=69;TCR=125;TR=75;WE=72020022;WS=72020004;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:119,75:0.39:194
chr12	72022589	rs76071350	T	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.23;ReadPosRankSum=3.248;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr12	72023336	.	TAC	T	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=-0.680;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr12	72024508	.	T	TA	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.36;ReadPosRankSum=1.293;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,20:0.15:134
chr12	72026872	rs1011331	T	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=-1.184;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,17:0.21:81
chr12	72028607	rs34399921	TA	T	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=-0.372;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,20:0.32:62
chr12	72038935	rs17110081	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=139;ReadPosRankSum=0.812;SC=AATCCTTTATGATAAAAATTT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=72038943;WS=72038925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr12	72067966	rs5799053	A	AT	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=8.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.53;ReadPosRankSum=-2.433;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,13:0.19:69
chr12	72163723	rs63493962	CT	C	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr12	72372601	rs4760816	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-0.470;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,12:0.18:68
chr12	72372862	rs7305115	A	G	2199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=655;ExcessHet=3.0103;FS=0.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.342;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:490,163:0.25:653
chr12	72388374	rs1007023	G	T	5129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=116;PP=2965;SC=TAAAACCAGTGCTATTTATGT;SOR=1.597;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=60;TCR=116;TR=175;WE=72388382;WS=72388364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
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chr12	72772028	.	C	CA	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr12	73012649	rs111312234	CT	C	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.670;QD=0.87;ReadPosRankSum=-1.701;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr12	74932159	rs590352	G	C	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=56;PP=1867;SC=ATCAGCAGCTGCAGCGCTCAC;SOR=1.454;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=91;WE=74932167;WS=74932149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	75435986	.	A	AT	1492	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=13;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=14;NR=30;PP=1492;QD=34.0454545455;SC=AACCCTGGGTATTTTTTTTTT;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=147;TCF=56;TCR=91;TR=44;WE=75436007;WS=75435976;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:103,44:0.30:147
chr12	75435998	rs201871666	TA	T	148.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.645;HP=11;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=1983;ReadPosRankSum=-0.681;SC=TTTTTTTTTTTAAAGAGTCTA;SOR=0.627;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=149;TCF=55;TCR=94;TR=44;WE=75436007;WS=75435976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,41:0.20:206
chr12	75435999	rs7969026	A	T	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=2.361;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,100:0.50:202
chr12	75687185	rs7967562	G	A	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=33;PP=952;SC=TAGAAAGCATGTAAGAAATAA;SOR=1.284;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=58;WE=75687193;WS=75687175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	75692607	rs7485576	G	A	3573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=77;PP=2515;SC=AGCTTCTCTCGGAAGTGAACA;SOR=1.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=36;TCR=77;TR=113;WE=75692615;WS=75692597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	75706720	rs60971359	T	C	3704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr12	75710004	rs10879900	C	T	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=10;PP=1604;SC=TCAACTGTTGCAATTATTTAT;SOR=3.290;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=69;WE=75710012;WS=75709994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	75760742	rs12366348	G	A	3910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr12	75784773	rs7978856	C	T	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.62;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	75785100	rs11180483	C	T	8243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=153;NR=130;PP=2965;SC=GGGGCGACGTCATTCCCCGAG;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=283;TCF=153;TCR=130;TR=283;WE=75785108;WS=75785090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr12	75785468	rs4393363	G	A	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.407;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=45;PP=1193;ReadPosRankSum=2.071;SC=AATATCAAGGGTAAAGAAAAT;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=57;WE=75785476;WS=75785458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,63:0.97:65
chr12	75796721	rs7135440	G	T	3311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=27;PP=2221;SC=TGATAGTCTTGCCACCTACCA;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=80;TCR=27;TR=107;WE=75796729;WS=75796711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	75816612	rs1543946	C	G	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=19;PP=1058;SC=AAATTAGTAACTATATTATTT;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=60;WE=75816620;WS=75816602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	75816814	rs144850646	G	GACA	2838.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=40;PP=2084;SC=TAATGGATTGGACAAGAAAAA;SOR=1.875;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=0;TCR=43;TR=40;WE=75816822;WS=75816804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	75874913	rs2242435	G	A	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=24;PP=645;SC=TAATACCTTCGTAATACTGAA;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=75874921;WS=75874903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	75875576	rs1909979	C	T	6631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=146;NR=85;PP=2965;SC=AGTTACATTTCAGATGAACCC;SOR=1.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=146;TCR=85;TR=231;WE=75875584;WS=75875566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr12	75900396	rs201846221	CA	C	302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.642;QD=8.41;ReadPosRankSum=1.391;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr12	75900702	rs2704766	G	A	6597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=121;PP=2965;SC=ACATGCTACAGAAGGAAAGAG;SOR=0.950;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=105;TCR=122;TR=226;WE=75900710;WS=75900692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr12	76357686	rs17115989	A	C	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=635;ReadPosRankSum=1.412;SC=TTCCCTCAACATTCAAAATAG;SOR=0.556;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=35;WE=76357694;WS=76357676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr12	76424937	rs71716769	TTGC	T	5796.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.839;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.673;NF=37;NR=132;PP=2985;ReadPosRankSum=0.235;SC=GCTGCTGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=1.239;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=222;TCF=45;TCR=177;TR=169;WE=76424950;WS=76424906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,211:0.95:221
chr12	76425476	rs3747549	G	A	9672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=247;PP=2962;ReadPosRankSum=1.007;SC=CACCGCGGGGGAAAGCCCAGC;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=577;TCF=259;TCR=318;TR=446;WE=76425484;WS=76425461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,457:0.78:587
chr12	76442907	rs11180815	T	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=0.675;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,6:0.15:40
chr12	76444510	rs4831914	G	A	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=30;NR=43;PP=1212;SC=AAGACTCTTAGAGGCTGGGTG;SOR=1.165;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=73;WE=76444518;WS=76444500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	76447792	rs35076461	AT	A	1028.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=18;PP=383;SC=CTAAATGATAATTTTTTTTTC;SOR=0.963;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=20;WE=76447800;WS=76447782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	76449900	rs1059143	T	C	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.11;ReadPosRankSum=-1.594;SOR=1.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chr12	76450465	rs113043714	TA	T	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=6.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=1.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,35:0.22:158
chr12	76451696	rs2163913	T	C	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
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chr12	76461137	rs10785227	T	C	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.70;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	76461145	rs7972289	C	T	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.46;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	76461257	rs3214625	T	TA	960.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=359;ReadPosRankSum=0.506;SC=TGACGTGCTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.610;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=24;WE=76461265;WS=76461247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,54:0.74:73
chr12	76462515	.	T	TACAC	82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=16;MQ=56.12;NF=1;NR=1;PP=82;QD=42.5;SC=ACCCGCCCCTTACACACACAC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=2;WE=76462523;WS=76462508;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,2:0.40:5
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chr12	76762923	rs10656017	A	AAAT	1622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=8;PP=1263;SC=ACCAAATTTTAGTTGGTTGCT;SOR=1.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=23;WE=76762931;WS=76762913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	76763092	rs11459293	G	GA	509.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.42;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,34:0.83:41
chr12	76767065	rs71311107	A	AT	1763.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.229;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.364;NF=18;NR=22;PP=563;ReadPosRankSum=0.065;SC=TTTAAATGTGATTTTTTTTTT;SOR=1.186;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=40;WE=76767073;WS=76767055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,89:0.91:98
chr12	76769209	rs7299563	G	A	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=16;PP=437;SC=TATGGCTCACGATAAACAGTT;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=76769217;WS=76769199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	76780051	rs72247585	T	TA	259.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.000;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.910;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr12	76786349	rs4761423	G	A	7242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=150;NR=87;PP=2965;SC=CTCAGCGGCAGTATCTACTTA;SOR=1.227;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=239;TCF=150;TCR=89;TR=237;WE=76786357;WS=76786339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr12	76804195	rs77274445	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=275;ReadPosRankSum=-0.426;SC=TAGCCCCAATGGAACTTCACT;SOR=1.871;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=17;WE=76804203;WS=76804185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr12	77158419	rs1017784	T	C	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=12;PP=869;SC=GGGCCTGGTGTGGTTTTTGAA;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=46;WE=77158427;WS=77158409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	77209613	.	GT	G	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.881;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr12	77214788	rs2306142	G	A	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=31;PP=1527;SC=TTAGATGACTGGAGGAGTAGT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=85;WE=77214796;WS=77214778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	77216330	rs10618043	AT	A	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=4.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.929;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.597;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr12	77253236	.	C	CT	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=5.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=2.343;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,36:0.33:109
chr12	77419341	rs310831	A	T	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=35;PP=1802;SC=GCCTCACCTGATGTAATTTTA;SOR=1.308;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=65;TCR=35;TR=100;WE=77419349;WS=77419331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	77419593	rs310830	A	G	3181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=55;PP=2037;SC=CACCAAGAGTAGAAGAAACCG;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=107;WE=77419601;WS=77419583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	77427653	rs56326032	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=5.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=-0.956;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,33:0.22:148
chr12	77449790	rs310791	A	G	7666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=130;NR=134;PP=2965;SC=CTGTCAACAAACTTAACTGGA;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=265;TCF=131;TCR=134;TR=264;WE=77449798;WS=77449780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr12	77966154	rs4761386	G	A	175.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=140;SC=CTGTTTCACGGAAATCAACCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=77966162;WS=77966144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	78225110	rs12227066	T	C	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=12;PP=791;SC=ATTATATTATTAGCTTTTTAA;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=40;WE=78225118;WS=78225100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	78225374	rs10735309	A	G	5212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr12	78334053	rs1731740	G	C	10455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr12	78334179	rs17817265	A	G	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,61:0.20:305
chr12	78362578	rs17044634	C	T	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=19;PP=488;SC=AAAACGTACTCATGTGCTTGT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=78362586;WS=78362568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	78415452	rs1382645	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=171;ReadPosRankSum=0.622;SC=TTAATATTTCTTGTAGAACTT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=8;WE=78415460;WS=78415442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr12	78510374	rs2694680	T	C	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5195;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=402;ReadPosRankSum=-0.445;SC=GTTATTCTTATGTAGACCCTC;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=26;WE=78510382;WS=78510364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr12	78511755	rs300442	T	C	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=29;PP=1149;ReadPosRankSum=2.158;SC=CCTTAATTCATACTTTATAAA;SOR=0.851;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=112;TCF=72;TCR=40;TR=85;WE=78511763;WS=78511745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,92:0.79:117
chr12	78538648	rs411935	T	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=183;ReadPosRankSum=-0.224;SC=TACAGTGAGTTGTGAATGCGC;SOR=1.329;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=10;WE=78538656;WS=78538638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr12	78562687	rs1726431	A	G	2869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=58;PP=1822;SC=AATATAATAGACATCTATTTT;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=97;WE=78562695;WS=78562677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	78569059	rs2442134	G	A	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	78570914	rs1020462	G	C	4389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=1.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.92;ReadPosRankSum=0.865;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,190:0.78:245
chr12	78571186	rs1020461	T	C	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.582;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=757;ReadPosRankSum=0.609;SC=CTGTACCAATTATTTTCAGAT;SOR=1.158;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=45;WE=78571194;WS=78571176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,51:0.75:68
chr12	78571323	.	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=4.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=-1.685;SOR=0.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,17:0.18:92
chr12	78571490	rs958836	T	C	5348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=4.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.31;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,241:0.78:309
chr12	78571624	rs144824492	G	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.152;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.038;NF=6;NR=18;PP=352;ReadPosRankSum=-0.821;SC=AAATCAACCTGCAATCCAGTT;SOR=0.198;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=24;WE=78571632;WS=78571614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr12	78582239	rs75736829	T	G	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=867;ReadPosRankSum=-0.251;SC=TAAGGAAAGCTTTCTGTTTGT;SOR=0.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=58;WE=78582247;WS=78582229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,64:0.78:82
chr12	78582362	rs300513	T	C	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=24;PP=1055;SC=TCTGTTTTGATTTTATTTTTT;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=56;WE=78582370;WS=78582352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	78582566	rs400289	A	G	3713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=63;PP=2077;SC=AGGTAAAAGCAATAATGAAAA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=124;WE=78582574;WS=78582556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr12	78590946	rs300498	A	C	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=3;PP=452;SC=GAGGACAAAGAGTGCTATTCC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=78590954;WS=78590936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	78590983	rs300497	A	G	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=12;PP=1068;SC=TCCTATTAGTATAAATTTATC;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=51;WE=78590991;WS=78590973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	79611374	rs2037743	C	T	6746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.428;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.228;SC=TGCCAAGCAACGCCACAGAGC;SOR=0.647;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=354;TCF=179;TCR=175;TR=272;WE=79611382;WS=79611364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,306:0.76:400
chr12	79611536	rs2400390	T	C	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=607;ReadPosRankSum=0.482;SC=GGAAAGAAAGTAGAACTCCGT;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=31;WE=79611544;WS=79611526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,35:0.85:41
chr12	79685913	rs2272500	C	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=3.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=-0.761;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,26:0.18:143
chr12	79747487	rs1732664	T	C	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=53;PP=1556;SC=ACTCCCCACTTCTTAATTGAT;SOR=2.537;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=69;WE=79747495;WS=79747477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	79747554	rs192621718	T	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=50;ReadPosRankSum=-0.960;SC=CCCAACACAGTGCCCCAGGAA;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=5;WE=79747562;WS=79747544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr12	80014907	rs2307223	A	T	3283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	80169497	rs5799439	TA	T	826.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.892;QD=11.02;ReadPosRankSum=-0.603;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,56:0.75:75
chr12	80169697	rs369362742	CT	C	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=1.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.143;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.094;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,55:0.27:207
chr12	80175764	rs2111687	G	A	340.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=171;ReadPosRankSum=-0.446;SC=ACAGGTTCGTGAGTAAAGCAA;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=11;WE=80175772;WS=80175754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr12	80183558	rs148344339	CTTT	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=1.902;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr12	80189344	rs17299883	T	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=402;ReadPosRankSum=-1.165;SC=AAGAAATTATTAGTATGTATT;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=22;WE=80189352;WS=80189334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,24:0.86:28
chr12	80190650	rs2694657	C	G	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=3.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.019;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:319,65:0.17:384
chr12	80201271	rs34190005	TTA	T	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=137;ReadPosRankSum=0.697;SC=AGTACTAAGATTATATACCCT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=80201280;WS=80201261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr12	80203831	rs2656041	G	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.691;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=183;ReadPosRankSum=-2.078;SC=AAAAGAATTTGTAAAGCTGAT;SOR=0.202;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=16;WE=80203839;WS=80203821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr12	80216060	rs3849223	C	A	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=44;PP=1120;ReadPosRankSum=0.381;SC=TATATAAAGACGTTGGATAAC;SOR=1.001;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=40;TCR=55;TR=75;WE=80216068;WS=80216050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,90:0.81:111
chr12	80266523	rs2656037	C	T	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-1.665;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,36:0.28:129
chr12	80602001	rs1244908	T	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=-3.087;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,19:0.20:96
chr12	80603406	rs4842344	A	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=48;ReadPosRankSum=-1.409;SC=GAATTGTACTAAATGATACTC;SOR=0.069;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=5;WE=80603414;WS=80603396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr12	80613570	.	CT	C	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=2.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=1.593;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,54:0.22:243
chr12	80626970	rs1451105	T	G	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=18;PP=483;SC=GTCATAGCTTTGGGAAAATTT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=80626978;WS=80626960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	80632596	rs143126749	TTG	T	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=3.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=0.781;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,21:0.15:142
chr12	80645734	rs11438265	A	AT	1747.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.162;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.252;NF=28;NR=24;PP=1512;ReadPosRankSum=0.119;SC=CAAGTATGCAATTTTTTTGCA;SOR=1.081;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=52;WE=80645742;WS=80645724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr12	80645799	rs2100258	A	T	4374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=26.84;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
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chr12	80648148	rs144548100	ATTTAT	A	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=39.68;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	80648399	rs7295623	C	T	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=21;PP=631;SC=TTTCTTTAGACTGGGGAGAAA;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=36;WE=80648407;WS=80648389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	80650276	rs147846753	T	TCAAA,TCAAACAAA	1515.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=43.31;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,11,24:0.31,0.69:35
chr12	80655692	rs10778721	G	A	3538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=37;PP=2233;ReadPosRankSum=1.343;SC=AATATCTGAAGGTTATGAACA;SOR=0.649;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=82;TCR=37;TR=118;WE=80655700;WS=80655682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,129:0.99:130
chr12	80660499	rs7313132	T	C	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=14;PP=326;SC=TATTTCTTATTGTCTTTACTT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=80660507;WS=80660489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	80661189	rs11114377	T	A	1255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,51:0.96:53
chr12	80663825	rs11324174	GA	G	1134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.54;MQRankSum=1.956;QD=11.94;ReadPosRankSum=1.775;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,78:0.82:95
chr12	80665397	rs4483657	A	G	3260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=29;PP=1995;SC=ACAAAAAGTTAAGGACATTTT;SOR=1.568;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=72;TCR=29;TR=101;WE=80665405;WS=80665387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	80672064	rs1376384	A	G	4143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=74;PP=2394;SC=TGGTAAGGAGATCCATTTATT;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=70;TCR=74;TR=142;WE=80672072;WS=80672054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	80707153	rs1037335	C	T	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=201;SC=CAGTGTTAAGCTGATAATATC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=80707161;WS=80707151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	80712307	rs7963215	A	C	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	80712420	rs10778725	G	A	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=43;PP=1447;SC=TCTGTTTGCCGAGAAGCAGTG;SOR=0.884;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=90;WE=80712428;WS=80712410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	80722385	rs71094975	C	CT	1171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.563;QD=13.79;ReadPosRankSum=-0.500;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,68:0.80:85
chr12	80729948	.	CT	C	394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.814;QD=3.59;ReadPosRankSum=0.346;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,47:0.43:110
chr12	80730664	rs10862093	G	A	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	80735771	rs10778727	T	C	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=14;PP=788;SC=GGATGCAAAATGGCACAATTA;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=80735779;WS=80735761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	80746234	rs147703967	G	GAAT	3277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=30;PP=1618;SC=ACTGTTAACTGAATATTTTTC;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=31;WE=80746242;WS=80746224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	80747242	rs7297767	A	G	6306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=132;PP=2965;SC=AGTTGGAACTATTCTTCACAG;SOR=1.184;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=92;TCR=133;TR=224;WE=80747250;WS=80747232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr12	80749392	rs6539501	A	T	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=399;SC=TCTGAGAAAAACAATAGACTT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=80749400;WS=80749382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	80750741	rs5799468	G	GA	2429.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=60;PP=1896;SC=AAGGATCTAGGAAAAAAATCT;SOR=2.141;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=67;TCF=3;TCR=64;TR=62;WE=80750749;WS=80750731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	80752660	rs2034528	A	G	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=432;SC=TGAAAACCTTATTATGCCAAC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=80752668;WS=80752650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	80760291	.	T	TTATATATATATATATA	469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;QD=67.10;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	80760470	rs34113015	GT	G	1189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=21;PP=743;SC=ATTAGTATCTGTTTTTTCACT;SOR=1.225;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=23;WE=80760478;WS=80760460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	80761430	rs1551118	G	A	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=28;PP=1202;SC=CTTTTGTTATGCTATAGAGTG;SOR=1.039;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=78;WE=80761438;WS=80761420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	80761465	rs2717482	G	A	2635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	80762163	rs57527553	T	TC,TCC	5286.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=6.389;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.432;QD=31.28;ReadPosRankSum=-1.596;SOR=3.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,28,139:0.17,0.82:169
chr12	80762246	rs10778730	G	A	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=106;PP=2965;SC=GTTACATTTTGAAGTATCTGA;SOR=5.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=9;TCR=106;TR=115;WE=80762254;WS=80762236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	80765683	rs5799469	TGAA	TAA,T	772.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=3;PP=575;SC=TATTTTTCTATGAAGGCTTTG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=80765695;WS=80765673;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:18
chr12	80765685	rs201680829	AAG	A	772.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.93;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	80765687	.	G	A	308	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=12;NR=3;PP=308;QD=22.8514141698;SC=TTTCTATGAAGGCTTTGTGGT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=15;WE=80765695;WS=80765673;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr12	80765741	rs1037336	C	T	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	80765800	rs1551122	A	G	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	80765933	rs10862100	C	G	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=23;PP=623;SC=AATTCAATTCCTATGATGCAA;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=80765953;WS=80765923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	80765945	rs10778734	G	A	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=19;PP=542;SC=ATGATGCAAAGAGAGAAACAA;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=80765953;WS=80765923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	80771813	rs2717477	G	A	4249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr12	80816492	rs4482093	C	T	5432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=89;PP=2965;SC=TCTCTGGAATCGAGTTGATGG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=99;TCR=89;TR=188;WE=80816500;WS=80816482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr12	80818876	rs10746164	A	G	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=59;PP=1979;SC=GGGACTGAAAAGAAGCCATCC;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=66;TCR=60;TR=125;WE=80818884;WS=80818866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	80818964	rs10746165	G	T	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=22;PP=653;SC=AGAGAGAAATGGTTGTATTTA;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=80818972;WS=80818954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	80821391	rs61127339	C	CT	1671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5034;FS=2.611;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=40;PP=454;ReadPosRankSum=0.389;SC=TATTTCACTCCTTTTTTTTTG;SOR=0.160;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=42;WE=80821399;WS=80821381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,82:0.95:86
chr12	80821446	rs7294514	T	C	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=26;PP=637;SC=TGTGCCACTTTGTTAATGTAG;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=80821454;WS=80821436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	80828629	rs4128302	T	C	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=0;PP=79;SC=CTCTACCTTGTAGTAGTAATT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=80828637;WS=80828619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	80828679	rs4128303	C	G	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.89;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	80838012	rs10746166	T	C	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=6;PP=423;SC=TTGAGTAATATGGGCTCATTA;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=80838020;WS=80838002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	80849328	rs4482094	G	A	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	80855597	rs4499068	T	C	3525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=37;PP=1836;SC=TAATCCTAAATGGAGAAAAGT;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=119;TCF=79;TCR=40;TR=116;WE=80855605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr12	80855803	rs7137294	G	A	5083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=88;PP=2768;SC=AGGTCAGTGCGTGCAGTGCGC;SOR=0.972;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=78;TCR=88;TR=165;WE=80855811;WS=80855793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr12	80862064	rs185325409	T	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,32:0.23:140
chr12	80862722	rs11614073	C	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=346;ReadPosRankSum=1.607;SC=TTAAAAGACTCTAAGATTGAA;SOR=1.508;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=16;WE=80862730;WS=80862712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr12	80878181	.	C	CT	110	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=4;HapScore=3;MGOF=3;MMLQ=21;MQ=60.48;NF=4;NR=2;PP=110;QD=21.8333333333;SC=TAATTTCCCCCTTTTCTTTTC;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=6;WE=80878198;WS=80878164;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:19,6:0.24:25
chr12	80889165	rs145970310	T	TTTG	555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=-0.457;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr12	80889829	rs10778752	T	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-0.827;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,21:0.22:96
chr12	80890325	rs56929349	T	TG	1505.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=1.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.622;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.501;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,54:0.28:194
chr12	80899901	rs11114486	C	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.48;ReadPosRankSum=-1.590;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,11:0.14:78
chr12	80900397	rs12824064	C	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=2.306;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,32:0.26:123
chr12	80933465	rs2222752	G	A	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=311;SC=ATGATAAATAGTAAAATCGAT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=80933473;WS=80933460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	80935300	rs11114502	A	T	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=15;PP=1155;SC=AGGGTAACTGATGATTTTTGT;SOR=1.903;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=57;WE=80935308;WS=80935290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	81239721	.	GA	G	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=1.011;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr12	81329536	rs2682818	A	C	6531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=105;NR=106;PP=2965;SC=CACAGGGTAAACCTGCTTGTC;SOR=0.868;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=105;TCR=106;TR=211;WE=81329544;WS=81329526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr12	81533078	rs2107415	G	C	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=29;PP=651;SC=TCTTGCTTATGGTAATATGCT;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=81533086;WS=81533068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	81552338	rs11835646	C	T	9337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=167;NR=165;PP=2965;SC=GTGCTTGACTCCTCAGCATTT;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=333;TCF=168;TCR=165;TR=332;WE=81552346;WS=81552328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr12	81610702	rs61742651	G	A	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=0.108;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,69:0.22:317
chr12	81624964	rs2293651	A	T	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=23;PP=680;SC=ACTTTTCTATAATTCTTGCCT;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=81624972;WS=81624954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	81647065	rs2895868	G	A	6271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=89;PP=2965;SC=TATTCTAAATGAATGCCTTTC;SOR=1.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=131;TCR=89;TR=220;WE=81647073;WS=81647055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr12	81647471	rs2400895	T	A	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=38;PP=1054;SC=AAGATATTTATTCCTGGGTTC;SOR=2.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=46;WE=81647479;WS=81647461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	81655861	rs2272501	G	C	5333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=101;PP=2965;SC=TTGGATGATTGAGTACAAGAT;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=82;TCR=101;TR=183;WE=81655869;WS=81655851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr12	81660963	rs35647579	C	CA	1281.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=40;PP=805;SC=ATTTTAACTACAAAAAAAACA;SOR=2.137;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=46;WE=81660988;WS=81660953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	81661039	rs12826016	G	A	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=29;PP=1005;SC=GAGGTCAAGAGGCTTTGGCCT;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=55;WE=81661047;WS=81661029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	81661914	rs199663472	T	TC	31.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=0.061;QD=0.81;ReadPosRankSum=1.014;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr12	81661915	rs12304688	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=-0.510;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr12	81661945	rs6539566	A	T	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=37;PP=1126;SC=TGAGACGGAGACTCGCTCTGT;SOR=1.358;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=46;WE=81661953;WS=81661925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	81688958	rs1882188	C	G	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=9;PP=278;SC=CCCTAGAGGACATAGATGCAC;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=81688966;WS=81688948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	81695836	rs10862288	G	A	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=1;PP=317;SC=CAGAAGAGGTGCTAAATAAAT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=81695844;WS=81695826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	81695974	rs118129754	T	C	2516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.72;ReadPosRankSum=0.483;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,116:0.82:142
chr12	81696399	rs1921053	G	A	5775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr12	81696487	rs1921052	G	A	3274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=59;PP=1807;SC=TTTGAGAGAAGTAACAATTAT;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=48;TCR=59;TR=107;WE=81696495;WS=81696477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	81733266	rs147870788	G	GT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=33;ReadPosRankSum=1.169;SC=ATTAAATGCAGTTTTTTTTTT;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=4;WE=81733274;WS=81733256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr12	82617279	rs7304928	G	C	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=513;ReadPosRankSum=0.176;SC=ATGAAAGCTTGTTTGAAGGAA;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=35;WE=82617287;WS=82617269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr12	82751955	rs6539662	A	G	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=12;PP=1930;ReadPosRankSum=-0.317;SC=TTATATCCTAAAACTTAGCAA;SOR=0.582;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=100;TCF=87;TCR=13;TR=84;WE=82751963;WS=82751945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,90:0.86:105
chr12	82752543	rs112592060	T	G	2387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=5.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.538;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,78:0.29:270
chr12	82752559	rs113882703	T	G	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=6.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,61:0.27:222
chr12	82752633	rs4882530	G	A	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.07;ReadPosRankSum=0.629;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,56:0.86:65
chr12	82783668	rs10778908	C	T	3822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=76;NR=63;PP=2161;SC=CAGAGCTGATCAGCAGTATTG;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=77;TCR=63;TR=139;WE=82783676;WS=82783658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	82792666	rs10506872	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=-2.760;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,17:0.20:87
chr12	82792787	rs4296098	C	A	3448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=38;PP=2038;SC=AAGGAAAGTGCAAAATAAAGT;SOR=1.133;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=70;TCR=38;TR=107;WE=82792795;WS=82792777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	82792942	rs10506873	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=3.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=-1.607;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,23:0.14:163
chr12	82824891	rs73153530	T	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=0.025;SC=TTTTGTGCATTGGAAATTATA;SOR=1.085;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=7;WE=82824899;WS=82824881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr12	82828426	rs10683876	T	TATAAG	4729.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=25;PP=1507;SC=TTATAAATCTTATAAGACTCA;SOR=1.374;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=50;WE=82828436;WS=82828416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	82832418	rs2717448	G	A	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	82850427	rs2731290	A	G	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	83324499	rs10746259	G	T	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=25;PP=731;SC=CTTTGTTTCGGGCCACATCAT;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=83324507;WS=83324489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	83358930	rs2403023	A	G	3647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr12	83424455	rs11115554	A	T	878.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.73;ReadPosRankSum=-1.455;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,48:0.75:64
chr12	83525962	rs7970515	T	C	6744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr12	85285920	rs5799712	TA	T	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr12	85418553	.	CA	C	24	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9996;HP=16;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=24;QD=13.5;SC=GACTCCACCTCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=85418561;WS=85418543;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr12	85423743	rs7962577	T	C	203.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=94;ReadPosRankSum=-0.282;SC=TTCCAAGATATTGATGATTCT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=85423751;WS=85423733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr12	85438499	rs3765044	G	A	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.08;ReadPosRankSum=0.404;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,78:0.72:108
chr12	85439774	rs2305102	A	G	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=25;PP=1375;ReadPosRankSum=1.099;SC=TTCTTTAATCATTGGTACTCA;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=95;TCR=32;TR=99;WE=85439782;WS=85439764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,104:0.79:132
chr12	85449465	rs7974418	T	A	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.26;ReadPosRankSum=-0.548;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,69:0.81:85
chr12	85451017	rs6539881	G	C	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.956;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=49;PP=1257;ReadPosRankSum=0.363;SC=GCTCTTTAAAGTATAACTTTT;SOR=0.869;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=34;TCR=64;TR=74;WE=85451025;WS=85451007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,75:0.77:97
chr12	85466723	rs17012533	G	A	3662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=65;PP=2026;ReadPosRankSum=-0.165;SC=TGTTGACAATGCAGGGTTCTG;SOR=0.570;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=198;TCF=114;TCR=84;TR=152;WE=85466731;WS=85466713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,164:0.77:213
chr12	85492094	rs34798402	C	T	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=358;ReadPosRankSum=-0.927;SC=GTCTGGAAGACTGTATGACAC;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=21;WE=85492102;WS=85492084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr12	85531790	rs168615	A	G	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=7;PP=155;SC=CTTAAAATACATTAAGTGTAC;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=85531798;WS=85531780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	85554331	rs2404773	C	T	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.66;ReadPosRankSum=0.619;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,36:0.80:45
chr12	85638645	rs5799725	GA	G	1503.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.618;NF=15;NR=33;PP=672;ReadPosRankSum=0.647;SC=TGTGAACAGAGAAAAAAAAAA;SOR=0.761;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=48;WE=85638653;WS=85638635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,89:0.72:124
chr12	88177722	rs1796320	G	A	4445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=65;PP=2965;SC=TTGTTTCCACGGCAGTTTGCT;SOR=0.959;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=81;TCR=65;TR=146;WE=88177730;WS=88177712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	88177791	rs1675574	C	T	8510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=166;NR=130;PP=2965;SC=TGCAGGAAGGCGCAGTGCGGC;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=297;TCF=166;TCR=131;TR=296;WE=88177799;WS=88177781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr12	88178271	rs112316052	TGCC	T	11025.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=114;PP=2982;SC=AGGCCGCTGCTGCCGCCGCCG;SOR=0.918;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=154;TCF=23;TCR=131;TR=135;WE=88178281;WS=88178261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr12	88379566	rs10858676	A	G	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=325;SC=CAAGCTGTCAAGAAATTCCAT;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=88379574;WS=88379565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	88380277	rs143950120	C	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=502;ReadPosRankSum=-0.790;SC=CATATCTGTGCATTCACATGT;SOR=0.872;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=33;WE=88380285;WS=88380267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr12	88422926	.	G	GT	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=0.184;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,24:0.25:97
chr12	88440676	rs9262	G	C	7524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=156;NR=112;PP=2965;SC=CAATGATCTCGTGTCCTGGTT;SOR=0.998;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=270;TCF=158;TCR=112;TR=268;WE=88440684;WS=88440666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr12	88453608	rs2471512	C	T	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=7;PP=403;SC=GGATCTACTTCCAGTTTTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=88453616;WS=88453598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	88454594	rs11405846	T	TA	1017.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.298;NF=18;NR=10;PP=680;ReadPosRankSum=-0.264;SC=ATGATCACATTAAAAAAAATT;SOR=0.662;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=28;WE=88454602;WS=88454584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr12	88470954	rs45477793	C	G	3188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=42;PP=1816;SC=TTAACTTACTCTGTCACTACC;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=65;TCR=42;TR=107;WE=88470962;WS=88470944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	88473049	rs2468245	C	T	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=64;PP=1920;SC=TAAAGGAAAACTGACATTTTA;SOR=2.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=22;TCR=64;TR=86;WE=88473057;WS=88473039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	88478316	rs11356711	TA	T	810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=2;PP=847;SC=AGCATTTGCTTAAAAAAACTA;SOR=4.294;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=31;WE=88478324;WS=88478306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	88482779	.	TA	T	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=0.824;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr12	88483272	rs10717563	TA	T	5640.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=145;PP=2983;SC=TGCCTGATATTAAAAAAAATA;SOR=1.479;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=171;TCF=11;TCR=160;TR=156;WE=88483280;WS=88483262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr12	88496838	rs2471532	C	G	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=22;PP=640;SC=TTTTTCTGGTCAAGCACTAGC;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=88496846;WS=88496828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	88505078	rs2468255	T	C	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	88505633	rs45465996	A	G	7685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=158;PP=2965;SC=TTGATTCTATAGCCTAGCAAA;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=111;TCR=158;TR=268;WE=88505641;WS=88505623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr12	88522823	rs71082425	A	AC	4788.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=38;PP=1913;SC=CTAAAAGACAAAGTTATTTCA;SOR=0.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=45;WE=88522831;WS=88522813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	88522936	rs79458642	C	CTTA	1159.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=842;SC=CGTATTCATACTTATATACAC;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=88522944;WS=88522926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	88525048	rs59949315	AT	A	340.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.9994;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.459;NF=1;NR=20;PP=226;ReadPosRankSum=-0.521;SC=TTCAGCAGTAATTTTTTTTTT;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=21;WE=88525057;WS=88525038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr12	88546982	rs2468229	A	G	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=5;PP=289;SC=AGATATTAATATCTTTAATGG;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=88546990;WS=88546972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	88547277	rs2468230	T	C	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	88566358	.	C	CT	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=4.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.995;QD=2.54;ReadPosRankSum=3.020;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,29:0.31:95
chr12	89743223	rs704075	G	A	6715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr12	89744246	rs704078	T	G	520.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=375;ReadPosRankSum=-1.397;SC=TCTAGGAACATTAGAGACCTG;SOR=0.756;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=18;WE=89744254;WS=89744236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr12	89744773	rs770087	A	C	3680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=79;PP=1900;ReadPosRankSum=-0.644;SC=CAATGCAGGGAGAACTCGGCT;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=40;TCR=80;TR=119;WE=89744781;WS=89744763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chr12	89744826	rs808820	A	G	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.737;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=707;ReadPosRankSum=0.024;SC=AAAAGCAATCATCTAACCTGA;SOR=0.393;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=43;WE=89744834;WS=89744816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,52:0.75:69
chr12	89853387	rs35166321	C	CA	496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=1.316;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.356;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,38:0.72:53
chr12	89853408	rs4842658	G	A	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.39;QD=35.78;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	89853694	rs7953615	G	A	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=21;PP=652;SC=GATCATTTTGGTAAGGTTGAA;SOR=0.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=48;WE=89853702;WS=89853684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	89861265	rs9308287	C	G	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.392;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=10;PP=830;ReadPosRankSum=-1.924;SC=CTTCATGGTACTAATTAAAAT;SOR=1.924;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=43;WE=89861273;WS=89861255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,47:0.76:62
chr12	89864432	rs10777167	T	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=358;ReadPosRankSum=0.290;SC=ATCACATAGCTCTAAGCTTCC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=10;WE=89864445;WS=89864422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr12	89864437	.	G	A	127	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=127;QD=80.8856062736;SC=ATAGCTCTAAGCTTCCAGTTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=2;WE=89864445;WS=89864422;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,2:0.18:11
chr12	89865545	.	CT	C	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.438;QD=2.16;ReadPosRankSum=-1.969;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr12	89866054	rs59139895	TAGAAAGAAGA	T	6592.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.655;NF=21;NR=58;PP=2978;ReadPosRankSum=0.232;SC=GGTGAAAATCTAGAAAGAAGA;SOR=0.730;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=124;TCF=28;TCR=96;TR=79;WE=89866071;WS=89866044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,163:0.71:231
chr12	89916811	rs2230283	C	T	4375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.466;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=71;PP=2756;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TGCTCAGGTACCTCTGCACAT;SOR=0.569;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=213;TCF=113;TCR=100;TR=159;WE=89916819;WS=89916801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,180:0.76:236
chr12	89917518	rs2230281	A	G	5126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.297;SC=GGGCTCCCCTATCTGCATATA;SOR=0.677;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=276;TCF=149;TCR=127;TR=197;WE=89917526;WS=89917508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,220:0.73:303
chr12	90003641	.	C	CAACA	441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.845;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,15:0.19:79
chr12	90010463	.	G	GA	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.078;QD=0.34;ReadPosRankSum=0.665;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,22:0.18:125
chr12	90015579	rs35089871	C	CA	1194.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.862;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.544;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,69:0.85:81
chr12	90024549	.	A	AATATATAAATAT	271.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.15;MQRankSum=0.612;QD=19.41;ReadPosRankSum=1.855;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr12	91334194	rs4520662	T	C	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=15;PP=414;SC=AGTAGACTCCTTGAATAGGAA;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=91334202;WS=91334184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	91372042	rs66600255	GA	G	129.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=1.084;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,12:0.80:15
chr12	91445303	rs2701166	G	A	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=54;PP=1673;SC=CACCTACAGTGACAAAGAGAA;SOR=1.158;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=92;WE=91445311;WS=91445293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	91449990	rs2735333	C	T	12248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr12	92539344	rs709223	T	C	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=44;PP=992;SC=CCGGGGCGGCTGGGGCTCGGC;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=75;WE=92539352;WS=92539334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	93100366	rs17020629	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,23:0.22:104
chr12	93131203	rs2036553	A	C	6119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.661;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=1.442;SC=CTCCCGACCGATCAATTAGAC;SOR=0.552;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=343;TCF=190;TCR=153;TR=260;WE=93131211;WS=93131193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,277:0.76:366
chr12	93139234	rs10859378	C	T	2698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.19;ReadPosRankSum=-1.087;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,121:0.77:157
chr12	93147907	rs9669519	A	T	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=1.594;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=13;PP=1088;ReadPosRankSum=0.030;SC=TCCACGTGCCAGAGCTGCTAG;SOR=1.252;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=58;WE=93147915;WS=93147897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,62:0.87:71
chr12	93150102	rs924326	T	C	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.137;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=32;PP=1251;ReadPosRankSum=0.524;SC=AAAGAACACATGGCAGAAAAC;SOR=0.211;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=111;TCF=75;TCR=36;TR=91;WE=93150110;WS=93150092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,100:0.84:119
chr12	93155399	rs200925190	GAAGAAAGAAAGAAAGA	G,GAAGA	902.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.69;QD=36.11;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,7,18:0.28,0.72:25
chr12	93155535	rs1504907	G	A	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=1.549;QD=15.65;ReadPosRankSum=1.516;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,87:0.73:120
chr12	93196422	rs10745623	T	G	2983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=3.447;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.95;ReadPosRankSum=-0.553;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr12	93202801	rs7970286	C	T	3842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.42;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,177:0.76:234
chr12	93206878	rs3925797	G	A	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=35;PP=1034;SC=ATCTGTAACAGCATTTACAAA;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=55;WE=93206886;WS=93206868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	93236176	rs183178976	T	C	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=42;ReadPosRankSum=0.998;SC=TTTTAAAGTATGTAAGATTAA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=4;WE=93236184;WS=93236166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
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chr12	93236419	rs7316894	T	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.02;ReadPosRankSum=-0.634;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
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chr12	93609340	rs7305552	A	C	364.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5246;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=228;ReadPosRankSum=-0.414;SC=TTCCCAATTCAACAGTTGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=13;WE=93609348;WS=93609330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
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chr12	93771224	rs35443572	T	C	7410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.249;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.912;SC=TTTCTAGGCCTTCACTCTCGC;SOR=0.837;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=452;TCF=255;TCR=197;TR=334;WE=93771232;WS=93771214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,326:0.72:451
chr12	93835790	rs201709668	CT	C	1011.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=3.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=1.561;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,40:0.23:175
chr12	93873089	rs34328828	C	CA	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.258;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr12	93881574	rs139138639	C	CT	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.566;HP=9;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=166;ReadPosRankSum=1.166;SC=CTATGTTGTACTTTTTTTTTC;SOR=0.105;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=12;WE=93881582;WS=93881564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr12	93894779	rs6538424	A	T	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=239;SC=AGAAAAGAAAACAAATTTTCA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=93894787;WS=93894769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	93894823	rs6538425	G	C	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.38;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	93897779	rs35963955	C	CT	880.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.613;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,49:0.83:59
chr12	93898249	rs7971966	A	G	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	94253033	rs10859603	T	A	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	94562802	rs2361358	G	A	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=0;PP=1083;SC=TAGTCTAAGAGAATATATGTG;SOR=5.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=42;TCR=0;TR=42;WE=94562810;WS=94562792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	94562875	rs2361359	C	G	4567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.85;SOR=1.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr12	94563134	rs3214968	A	AT	2129.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.94;QD=23.66;SOR=1.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	94575157	rs3794220	C	T	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.18;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	94603249	rs2610671	G	A	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=10;PP=858;SC=CACTGTACAAGGTCTGGCATT;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=94603257;WS=94603239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	94603300	rs2305971	C	T	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.87;NF=53;NR=30;PP=1569;SC=AACTAATGCACGTATGGGGTC;SOR=1.384;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=83;WE=94603308;WS=94603290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	94620264	.	AT	A	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.637;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,30:0.29:104
chr12	94637557	rs864106	C	T	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=313;SC=AAAAGATTCCCAAAATTGTCC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=94637565;WS=94637547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	94645255	rs2230757	A	G	9353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr12	94648493	rs7980141	A	G	4532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=69;PP=2689;SC=AACTGTAAAGATTGCTATTTG;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=85;TCR=70;TR=153;WE=94648501;WS=94648483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr12	94648945	rs2291326	T	C	3806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=33;PP=2294;SC=GTTAAAATATTGCTCTTGGGA;SOR=1.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=91;TCR=34;TR=124;WE=94648953;WS=94648935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	94649103	rs865569	T	C	8205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=135;NR=137;PP=2965;SC=TTCCGAAGGTTGAGTCTTGAA;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=135;TCR=137;TR=272;WE=94649111;WS=94649093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr12	94653227	rs2306664	T	C	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=34;PP=1471;SC=CTATCATCTCTATTATTATTA;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=79;WE=94653235;WS=94653217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	94671743	rs832506	G	C	7592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=127;NR=150;PP=2965;SC=CTGAGCCCTAGGCAAATCAGA;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=277;TCF=127;TCR=150;TR=277;WE=94671751;WS=94671733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr12	94671922	rs11341959	CA	C	5671.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.745;NF=31;NR=130;PP=2980;ReadPosRankSum=-1.117;SC=TCCTTAAAACCAAAAAAAACA;SOR=0.687;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=215;TCF=48;TCR=167;TR=161;WE=94671930;WS=94671912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,301:0.80:375
chr12	94673509	rs10713724	GC	G	2954.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.660;NF=6;NR=81;PP=2969;ReadPosRankSum=2.554;SC=CCCCCTCCCTGCCCCCACCAG;SOR=0.987;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=141;TCF=15;TCR=126;TR=87;WE=94673517;WS=94673499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,108:0.71:153
chr12	94673607	rs4761469	C	T	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.344;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.07;MQRankSum=-0.670;NF=14;NR=30;PP=671;ReadPosRankSum=-0.019;SC=TCATGGGCATCCTGATTCTTC;SOR=1.022;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=130;TCF=52;TCR=78;TR=44;WE=94673615;WS=94673597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,46:0.32:144
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chr12	94698880	rs3803071	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.476;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=127;ReadPosRankSum=-0.990;SC=TTACCACTCACAGCATCAGGT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=10;WE=94698888;WS=94698870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
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chr12	94976159	rs3747551	T	C	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=3.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.208;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,69:0.21:325
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chr12	95228007	rs2289031	T	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=2.145;SC=CGGCATCCTGTCTGGGTCCAA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=9;WE=95228015;WS=95227997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr12	95390595	.	C	CA	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=1.498;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr12	95397552	rs835044	T	C	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=33;PP=855;ReadPosRankSum=-0.628;SC=CAGAAGGTTCTCACGCGAACG;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=39;WE=95397560;WS=95397542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,42:0.75:56
chr12	95422108	rs35583	A	G	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=736;ReadPosRankSum=-1.503;SC=GAGGGCTTCTATTTCTCCACA;SOR=0.838;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=48;WE=95422116;WS=95422098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,58:0.76:76
chr12	95425033	rs141022772	ATAAT	A	1445.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.504;NF=11;NR=10;PP=912;ReadPosRankSum=-0.675;SC=CACTAATATAATAATTATTAG;SOR=0.655;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=21;WE=95425044;WS=95425023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,36:0.84:43
chr12	95434116	rs249141	T	A	441.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5215;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=294;ReadPosRankSum=0.427;SC=GATTTGTCATTTGAATGACAC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=17;WE=95434124;WS=95434107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,18:0.90:20
chr12	95443034	rs249145	G	C	4009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.325;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=87;PP=2312;ReadPosRankSum=-0.496;SC=CAGAAGCTATGAGCTTGACCA;SOR=1.133;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=183;TCF=73;TCR=110;TR=142;WE=95443042;WS=95443024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,164:0.79:207
chr12	95453762	rs79760875	TAAA	T	630.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=3.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.38;ReadPosRankSum=-0.330;SOR=0.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr12	95475461	rs72413882	AT	A	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=-1.374;SOR=0.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,18:0.26:68
chr12	95488339	rs55905327	GA	G	416.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=3.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=3.293;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,68:0.30:226
chr12	95498747	rs11331948	GA	G	340.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.403;QD=2.60;ReadPosRankSum=2.290;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,49:0.37:131
chr12	95500700	rs10694512	A	AAACAAAACAAAAC	1329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=12.583;QD=5.11;ReadPosRankSum=-1.619;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,40:0.15:260
chr12	95500727	rs7138545	C	G	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=2.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.95;MQRankSum=12.789;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.455;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,71:0.19:383
chr12	95602569	rs11107934	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=1.913;SC=CAGGCTGTTGAAGGTTAATTG;SOR=0.770;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=9;WE=95602577;WS=95602563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr12	95604290	rs10507047	T	C	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=1.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-0.822;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,73:0.23:320
chr12	95611141	rs6538617	C	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=5.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.584;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,45:0.25:178
chr12	95611185	rs6538618	T	C	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.48;SOR=1.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	95611824	rs74792623	C	T	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=612;ReadPosRankSum=-1.475;SC=TCCGTCGTCGCCTGACAGGTG;SOR=0.726;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=35;WE=95611832;WS=95611814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,38:0.78:49
chr12	95617758	rs10507048	G	A	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=8;PP=1286;ReadPosRankSum=0.286;SC=GTTGTATCACGAAAGTTTTGA;SOR=1.244;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=78;TCF=67;TCR=11;TR=62;WE=95617766;WS=95617748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,63:0.80:79
chr12	95617829	rs10777677	A	G	6701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr12	95618094	rs66936338	CTT	C	1017.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.371;QD=22.12;ReadPosRankSum=-0.694;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,41:0.89:46
chr12	95637174	rs141078164	C	CTCAGCT	12520.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.815;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=96;PP=2982;ReadPosRankSum=2.009;SC=TTACCCATCACTCAGCTTCAG;SOR=0.826;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=301;TCF=93;TCR=208;TR=160;WE=95637189;WS=95637164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,289:0.77:376
chr12	95637234	rs1873052	C	T	2049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=948;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-0.874;QD=2.20;ReadPosRankSum=1.738;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:741,189:0.20:930
chr12	95637578	rs1873053	C	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=4.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,25:0.21:118
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chr12	95650846	rs3751271	T	G	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.91;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,36:0.80:45
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chr12	95702385	rs11107973	T	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=1.461;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,31:0.18:176
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chr12	95774594	rs142244486	C	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQRankSum=-3.805;QD=2.94;ReadPosRankSum=1.394;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr12	95774672	rs112647662	C	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=-3.738;QD=2.81;ReadPosRankSum=-2.815;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,18:0.23:79
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chr12	95878751	rs301036	T	G	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.051;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=586;ReadPosRankSum=1.121;SC=ATCATTTCTGTAACAAGCCAA;SOR=1.712;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=29;WE=95878759;WS=95878741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr12	95897997	rs2769469	T	C	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=11;PP=414;SC=TTGTCGAGTGTTTTCTTTGGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=95898005;WS=95897987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	95907834	rs3751215	A	G	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=678;ReadPosRankSum=0.540;SC=GACAAAGGCAAACCGTCTAAT;SOR=0.995;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=34;WE=95907842;WS=95907824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,37:0.84:44
chr12	95914687	rs7974596	T	C	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=5;PP=723;SC=TTGTTTATGATTTAGTAGTCA;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=95914695;WS=95914677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	95927762	rs3812813	T	C	13113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=222;NR=255;PP=2965;SC=TCTCCAGTTGTGTTATCATTC;SOR=0.849;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=477;TCF=222;TCR=255;TR=477;WE=95927770;WS=95927752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,507:1.00:507
chr12	95966944	rs4762567	A	G	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.14;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,56:0.64:87
chr12	96104461	rs2431012	G	A	2334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=56;PP=1488;ReadPosRankSum=0.917;SC=AAAATGATGGGTTATCTCATA;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=46;TCR=71;TR=92;WE=96104469;WS=96104451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,98:0.78:126
chr12	96106943	rs4129599	T	C	3684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=59;PP=2050;ReadPosRankSum=0.451;SC=CACAGATGCGTTGACTTTACA;SOR=0.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=186;TCF=107;TCR=79;TR=138;WE=96106951;WS=96106933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,160:0.75:212
chr12	96131895	rs17288108	A	G	8690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=139;NR=167;PP=2965;SC=TCTGTATCGTATGGTGGTGAC;SOR=0.988;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=307;TCF=140;TCR=167;TR=306;WE=96131903;WS=96131885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr12	96253003	rs66876037	A	AG	660.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=624;SC=CTCTGCTTTTAGGTTTCTGAG;SOR=3.716;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=96253011;WS=96252993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	96263119	rs145166335	CAG	C	924.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.941;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=882;ReadPosRankSum=-1.401;SC=AACAAGGAACCAGAGACCAAT;SOR=1.911;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=21;WE=96263128;WS=96263109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr12	96263376	rs56236436	C	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.519;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.740;NF=9;NR=21;PP=369;ReadPosRankSum=1.215;SC=GAGAAACATTCTTGTAACTAT;SOR=1.317;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=110;TCF=47;TCR=63;TR=30;WE=96263384;WS=96263366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,34:0.27:127
chr12	96263439	rs10735336	C	A	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=34;PP=901;SC=AGCCATGTGACTAGAAGACCT;SOR=4.921;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=36;WE=96263466;WS=96263429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	96263453	rs142067399	TTAAAGG	T	1272.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=28;PP=1428;SC=AAGACCTCCTTTAAAGGTAAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=28;WE=96263466;WS=96263429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	96273291	rs10507067	A	T	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=4;PP=264;SC=GCACTCCACAATGTAAACTAT;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=96273299;WS=96273281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	96282427	rs77783810	T	A	2115.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.32;SOR=1.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	96288997	rs990573	A	G	430.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=291;ReadPosRankSum=-1.231;SC=AAATTTTTATAAAATTGTTTC;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=18;WE=96289005;WS=96288987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,19:0.90:21
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chr12	96312570	rs10777750	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=266;ReadPosRankSum=1.409;SC=CTCCATGTCTCAGCCCAGCAA;SOR=1.270;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=14;WE=96312578;WS=96312560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
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chr12	96372026	rs11454735	A	AT	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5950;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=66;ReadPosRankSum=2.515;SC=GAAGCAGGTCATTTTTTTTCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=96372034;WS=96372016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
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chr12	96374614	rs7297245	C	T	3587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=1.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.81;ReadPosRankSum=0.684;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,170:0.75:227
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chr12	96377911	rs139751247	A	ATACTATGTTCAT	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=1408;ReadPosRankSum=1.408;SC=CATGGAAATTATTTGAACTGA;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=2;WE=96377919;WS=96377901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr12	96379806	rs3213737	G	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=0.754;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,54:0.18:302
chr12	96387621	rs2302629	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=5.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.563;SOR=1.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,24:0.21:114
chr12	96387829	rs17677007	A	G	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=2.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.902;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,66:0.20:322
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chr12	96415842	rs2540493	A	C	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=23;PP=654;ReadPosRankSum=1.262;SC=AATATTTCAAAAGTAATTTTG;SOR=0.672;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=221;TCF=139;TCR=82;TR=63;WE=96415850;WS=96415832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,71:0.30:239
chr12	96617304	rs2302902	C	T	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=400;ReadPosRankSum=0.418;SC=TGGTCGGCATCGTGACCAGCA;SOR=0.166;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=20;WE=96617312;WS=96617297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr12	96653501	rs4762144	C	T	4634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr12	96660711	rs7974921	A	G	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.513;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=3;PP=823;ReadPosRankSum=0.900;SC=TCATCTTCCAATTATTCTGTA;SOR=2.004;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=53;TCF=47;TCR=6;TR=38;WE=96660719;WS=96660701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,41:0.75:55
chr12	96676330	rs35751611	C	A	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.277;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:377,105:0.22:482
chr12	96677225	rs66560167	GTT	G	500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.86;ReadPosRankSum=1.492;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr12	96683173	rs11108454	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=65;ReadPosRankSum=-0.885;SC=TGGTTAATTCGTAGCTTCTTG;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=8;WE=96683181;WS=96683163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr12	96688732	rs11835965	C	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr12	96691355	rs5800246	T	TA	1330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=1039;ReadPosRankSum=0.351;SC=TCCAATTTACTATGTTTTTCT;SOR=0.613;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=25;WE=96691363;WS=96691345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,41:0.85:48
chr12	96694162	rs10777781	G	T	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	96704958	rs11285567	TA	T	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.684;QD=0.85;ReadPosRankSum=-1.090;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,18:0.22:83
chr12	96704979	rs3759366	C	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=3.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=0.060;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,20:0.24:82
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chr12	96912598	rs11108564	G	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.16;ReadPosRankSum=1.101;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
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chr12	96927498	rs2160500	T	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=211;ReadPosRankSum=-1.918;SC=TGCCTGAAAGTGTCTATAGTG;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=14;WE=96927506;WS=96927488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr12	96927778	rs5800251	GT	G	1047.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.123;HP=10;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.587;NF=17;NR=20;PP=542;ReadPosRankSum=0.709;SC=TATCCTCCTGGTTTTTTTTTT;SOR=1.023;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=37;WE=96927786;WS=96927768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,64:0.74:87
chr12	96927817	rs2111146	C	T	2446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.806;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.532;NF=56;NR=35;PP=1422;ReadPosRankSum=1.473;SC=TACTAATTAACGTGTGGGATA;SOR=0.819;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=114;TCF=67;TCR=47;TR=91;WE=96927825;WS=96927807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,106:0.79:134
chr12	96927972	rs2160501	A	G	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=43;PP=1592;ReadPosRankSum=-0.546;SC=AGGACAGTCAACTCAAATTTA;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=72;WE=96927994;WS=96927962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,81:0.91:89
chr12	96927986	rs2160502	A	T	1102.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.71;ReadPosRankSum=0.695;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,59:0.89:66
chr12	96929200	rs11453356	A	AT	1038.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.432;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=9;PP=1081;ReadPosRankSum=1.196;SC=CATTTGTGTCATTTTTTTAGC;SOR=2.012;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=44;WE=96929208;WS=96929190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,51:0.69:74
chr12	96948163	rs7971858	A	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=233;ReadPosRankSum=1.529;SC=AAAGTAGGTAAGTAAAGCATG;SOR=0.902;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=21;WE=96948171;WS=96948153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,21:0.25:83
chr12	96974472	rs17025569	G	A	3316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=76;PP=1945;ReadPosRankSum=-0.974;SC=GAAGCGGTACGTCAAATTAAA;SOR=0.837;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=177;TCF=79;TCR=98;TR=136;WE=96974480;WS=96974462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,148:0.76:196
chr12	96983402	rs1972587	C	T	375.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=241;ReadPosRankSum=0.290;SC=ATGCTGGATGCGAAGCCTGGA;SOR=0.269;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=12;WE=96983410;WS=96983392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr12	96986190	rs2052293	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.976;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=162;ReadPosRankSum=-3.726;SC=TAGATACTGAGAACAAATCAA;SOR=0.526;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=18;WE=96986198;WS=96986180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,22:0.28:79
chr12	96986229	rs7311111	C	A	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.27;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,79:0.71:112
chr12	96988037	rs815896	C	G	4345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=39;PP=2774;SC=CACCTATGTTCAATCTGAGTA;SOR=1.534;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=101;TCR=40;TR=140;WE=96988045;WS=96988027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr12	96992494	rs815890	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.065;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,21:0.22:95
chr12	97017613	rs61939382	A	G	2451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.04;ReadPosRankSum=-3.066;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,110:0.67:163
chr12	97020673	rs10507074	T	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
chr12	97254620	rs1420653	G	A	2776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.43;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,129:0.72:180
chr12	97303682	rs34499067	TA	T	1380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.852;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,96:0.66:146
chr12	97306603	.	AT	A	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.325;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=4.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.088;QD=0.66;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,18:0.23:77
chr12	97311376	rs11333833	CT	C	633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.43;ReadPosRankSum=-0.719;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,45:0.88:51
chr12	97311541	rs4762339	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-1.295;SOR=0.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr12	97314001	rs11830756	A	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=6.021;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=192;ReadPosRankSum=-0.091;SC=TGCTTGATTGAAAAACTTCAG;SOR=3.816;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=97314009;WS=97313991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr12	97328714	rs1610921	TGCTTATAA	T	751.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.767;QD=7.44;ReadPosRankSum=-2.544;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,25:0.25:101
chr12	97331219	rs67367047	GT	G	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.511;QD=1.61;ReadPosRankSum=2.471;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,20:0.22:93
chr12	97337199	rs249579	G	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=-0.588;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr12	97338696	rs249585	G	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=-0.929;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,8:0.17:46
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chr12	97345955	rs2304697	A	G	951.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5110;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=633;ReadPosRankSum=-1.663;SC=GAGTAAAAGGATGATGGGATT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=39;WE=97345963;WS=97345945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,40:0.87:46
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chr12	98897473	rs249820	A	G	5547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=2.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.25;ReadPosRankSum=2.203;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,246:0.81:304
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chr12	99117397	rs199829267	GT	G	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=0.105;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,19:0.26:74
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chr12	99175091	.	AAC	A	305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=2.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=0.185;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,28:0.17:164
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chr12	99478626	rs3803094	C	T	4341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=69;PP=2598;ReadPosRankSum=-0.295;SC=GTACTAAATACAAATACTCCT;SOR=0.805;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=234;TCF=140;TCR=94;TR=175;WE=99478634;WS=99478616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,190:0.75:252
chr12	99478889	rs7970088	G	A	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=30;PP=793;SC=GAGAAAACCAGTGAGTGACCT;SOR=3.145;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=99478897;WS=99478879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	99639930	rs923724	G	C	2093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=27;PP=1383;ReadPosRankSum=0.422;SC=TTTCATTCCAGTTGGAGCCGT;SOR=0.595;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=105;TCF=75;TCR=30;TR=89;WE=99639953;WS=99639920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,88:0.83:106
chr12	99640428	rs3751323	T	C	4493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=93;PP=2510;ReadPosRankSum=0.223;SC=CCAAAGGTTCTGAGTTATTTT;SOR=0.741;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=234;TCF=118;TCR=116;TR=184;WE=99640436;WS=99640418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,202:0.79:256
chr12	99640557	rs1552759	T	C	3164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.745;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=76;PP=1657;ReadPosRankSum=-0.639;SC=ACTCACAGGCTGGAGAGGATC;SOR=1.171;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=184;TCF=84;TCR=100;TR=130;WE=99640565;WS=99640547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,145:0.71:203
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chr12	100041942	rs79915291	T	A	3652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.70;ReadPosRankSum=-0.813;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,91:0.74:123
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chr12	100042163	rs11109969	A	G	7312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.026;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=1.650;SC=AATGGTAACAATGGGCATCGT;SOR=0.443;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=372;TCF=204;TCR=168;TR=285;WE=100042171;WS=100042153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,318:0.77:413
chr12	100219207	rs7138513	A	G	2259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.451;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=47;PP=1278;ReadPosRankSum=-0.852;SC=CAGTGAAGCCAGATCTTGCCT;SOR=0.953;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=119;TCF=56;TCR=63;TR=87;WE=100219215;WS=100219197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,101:0.73:139
chr12	100443929	.	T	TA	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=2.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.110;QD=0.83;ReadPosRankSum=1.020;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,42:0.18:236
chr12	100478156	.	TCACACA	T,TCACA	1224.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.23;ReadPosRankSum=-1.379;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,23,5:0.79,0.17:29
chr12	100614015	rs149422582	C	T	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=4.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.202;SOR=0.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,42:0.28:152
chr12	100635627	.	G	GA	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.741;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.007;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,30:0.24:126
chr12	100708367	rs33968174	C	T	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.67;ReadPosRankSum=-1.243;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,77:0.77:100
chr12	100787095	rs1998925	T	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=1.136;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,21:0.25:83
chr12	100795699	rs11568544	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=1.226;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,19:0.17:110
chr12	100806503	rs11568536	C	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=5.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=-0.698;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,39:0.15:257
chr12	100811727	rs11110371	C	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=1.070;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,34:0.23:151
chr12	100813976	rs11568537	A	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=63;ReadPosRankSum=0.162;SC=TACTTTAGAAACAGAAAGTAT;SOR=0.648;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=9;WE=100813984;WS=100813966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr12	100930213	rs17030285	C	G	4373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=3.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.32;ReadPosRankSum=-1.600;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,209:0.78:268
chr12	101012490	rs7961640	G	A	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=35;PP=1111;SC=AATATAAACCGGTACTATTCT;SOR=1.958;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=49;WE=101012498;WS=101012480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	101017445	rs1469385	T	C	6609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=140;NR=90;PP=2965;SC=GTTTGCCACATTAGAACAAAA;SOR=1.083;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=231;TCF=140;TCR=91;TR=230;WE=101017453;WS=101017435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr12	101018014	rs1045602	T	C	15330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=244;NR=278;PP=2965;SC=TGAAACATAATCATATTTCTT;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=525;TCF=246;TCR=279;TR=522;WE=101018022;WS=101018004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,567:1.00:567
chr12	101018081	rs17030365	C	A	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FS=0.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=-0.481;QD=1.98;ReadPosRankSum=1.390;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:510,120:0.19:630
chr12	101433990	rs665071	A	G	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=24;PP=670;SC=TCTTCACAAGAGGAAACTCAT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=101433998;WS=101433980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	101473243	rs73156642	T	G	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=37;PP=820;ReadPosRankSum=-0.079;SC=TTTTGATTCCTTAGTGGAATC;SOR=1.109;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=46;WE=101473251;WS=101473233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,56:0.72:78
chr12	101473272	rs651784	G	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=510;ReadPosRankSum=-0.986;SC=TGATTAAGTGGAGAATTCCAC;SOR=2.049;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=22;WE=101473280;WS=101473262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr12	101488083	rs368700735	C	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=-0.138;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,21:0.14:148
chr12	101491375	rs1842888	G	A	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.482;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=4;PP=656;ReadPosRankSum=0.240;SC=TGTAATATTCGCTGAAAGCTT;SOR=1.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=32;WE=101491383;WS=101491365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr12	101505331	rs376286711	A	G	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.980;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=24;PP=1227;ReadPosRankSum=-0.270;SC=CAACACTTCTATTTGAATAGG;SOR=0.504;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=91;TCF=64;TCR=27;TR=76;WE=101505339;WS=101505321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,84:0.79:106
chr12	101510371	rs349661	T	G	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.57;ReadPosRankSum=2.031;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,95:0.98:97
chr12	101520648	rs3832861	C	CTG	7132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.988;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.830;NF=20;NR=56;PP=2964;ReadPosRankSum=-1.992;SC=ACATTCTCCTCTGTTTTAGCA;SOR=0.393;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=104;TCF=33;TCR=71;TR=76;WE=101520656;WS=101520638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,180:0.80:225
chr12	101683929	rs703715	C	T	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=567;ReadPosRankSum=2.638;SC=CTGATAAAAACGCACTTTTCA;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=38;WE=101683937;WS=101683919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,42:0.76:55
chr12	101685691	rs4764641	G	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=0.206;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,55:0.19:289
chr12	101685852	rs11110737	G	A	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=-3.054;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,48:0.25:195
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chr12	101693534	rs4764643	C	G	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=4.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.636;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,86:0.22:395
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chr12	101777610	rs67382207	TTA	T	595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;QD=31.35;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr12	101790097	rs11110778	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=2.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.164;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,45:0.17:272
chr12	101795009	rs17500203	A	C	3210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=75;PP=2004;ReadPosRankSum=-0.633;SC=AGAAACTGACATATCAATTGC;SOR=0.710;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=147;TCF=52;TCR=95;TR=117;WE=101795017;WS=101794999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,131:0.78:167
chr12	101796965	rs12370450	G	A	7457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.06;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,331:0.80:413
chr12	101801505	rs76432489	C	G	3331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=986;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=-1.762;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:749,233:0.24:982
chr12	101801569	rs137992287	C	T	6573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-5.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.061;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=200;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.230;SC=TCAGCTGCGACTGCGCGCCGG;SOR=0.623;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=362;TCF=106;TCR=256;TR=284;WE=101801577;WS=101801559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,296:0.78:378
chr12	101873596	rs10683589	C	CT	528.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.944;QD=7.55;ReadPosRankSum=-2.243;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,47:0.67:70
chr12	101989000	rs117213476	C	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=4.771;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=0.921;SC=TTTAAGGAAACGATCTTTTAG;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=101989008;WS=101988990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr12	102008103	.	TGA	T	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=92;ReadPosRankSum=0.408;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SOR=0.616;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=3;WE=102008112;WS=102008093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr12	102025926	rs61935677	C	G	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=1.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-2.407;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,51:0.20:260
chr12	102042985	rs3215353	A	AT	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=5.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=1.207;SOR=0.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,19:0.24:78
chr12	102043301	rs2272336	G	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.923;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=115;ReadPosRankSum=-0.833;SC=TTCTATTTGCGATGATTTTTA;SOR=0.291;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=12;WE=102043309;WS=102043291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr12	102045231	rs10860759	C	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.009;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,13:0.18:72
chr12	102046394	rs1997205	C	T	3807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=94;NR=40;PP=2379;SC=GTCTTTTCAGCTTGGGTCATA;SOR=1.378;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=95;TCR=40;TR=134;WE=102046402;WS=102046384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr12	102046595	rs1997204	T	C	6159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=139;PP=2965;SC=TGCATAGTTGTGTTCTTTTTT;SOR=1.260;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=87;TCR=140;TR=225;WE=102046607;WS=102046585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr12	102046874	rs3835190	AC	A	390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=3.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-1.890;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,19:0.17:109
chr12	102053675	rs17511481	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=4.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=0.200;SOR=1.149;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,26:0.16:163
chr12	102053753	rs12372616	C	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=-0.232;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,5:0.11:44
chr12	102053755	rs12367753	T	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.540;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,5:0.12:43
chr12	102054812	rs10778135	C	T	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=20;SC=ATTCAGTAAACATGGGAAAGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=102054820;WS=102054802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	102057166	rs2254631	T	C	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=19;PP=1334;SC=AGCTGTGTAGTAAATAGTTTA;SOR=1.545;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=66;WE=102057174;WS=102057156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	102060668	rs148269135	T	TACAC	443.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.65;QD=36.98;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	102061725	.	CT	C	2983	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=9;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=23;MQ=60.11;NF=1;NR=18;PP=2983;QD=20;SC=ACATGGTTCACTTTTTTTTTC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=3;TCR=63;TR=19;WE=102061733;WS=102061715;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:47,19:0.29:66
chr12	102061793	rs147564199	GTTAATGCT	G	1003.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=2978;SC=TTGATATTTTGTTAATGCTTT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=17;WE=102061808;WS=102061783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	102063901	rs58177042	C	CCACACACA	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.49;ReadPosRankSum=1.635;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
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chr12	102078094	rs2303629	G	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.067;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,49:0.23:211
chr12	102079418	rs2764	G	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-1.480;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,53:0.22:241
chr12	102120196	rs147572553	TTGAC	T	5579.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.689;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.747;NF=7;NR=58;PP=2969;ReadPosRankSum=0.188;SC=CACAAGCATATTGACTGACTA;SOR=0.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=10;TCR=85;TR=65;WE=102120207;WS=102120186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,137:0.79:174
chr12	102120364	rs222508	A	G	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.90;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr12	102433811	rs4237982	T	C	3352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=63;PP=1587;SC=GGGTCTATCATGTTACTTAAA;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=57;TCR=63;TR=120;WE=102433819;WS=102433801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr12	102471023	rs77619182	G	A	7667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=155;NR=100;PP=2965;SC=AGGTATAACAGGATGGATGAG;SOR=1.068;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=155;TCR=101;TR=255;WE=102471031;WS=102471013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr12	102514184	rs4764863	A	G	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.35;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	102527154	rs138494250	G	GT	3179.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=43;PP=1489;SC=TTTGTCAGATGTTTTTTTCTG;SOR=0.889;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=51;WE=102527162;WS=102527144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	102541976	rs76358859	AT	A	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.281;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,18:0.27:67
chr12	102544056	.	C	T	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=5.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.63;ReadPosRankSum=-2.217;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,54:0.87:62
chr12	102576307	rs35297380	C	CT,CTT	1394.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.253;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.03;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:22,64,21:0.60,0.20:107
chr12	102811505	.	T	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=1.063;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,16:0.19:86
chr12	102872155	rs67214112	C	CT	661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=4.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.503;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.125;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,40:0.83:48
chr12	103234479	rs798709	A	G	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=43;PP=1189;SC=AAGCCTCTGTATGTGTGTATG;SOR=2.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=52;WE=103234487;WS=103234469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	103237468	rs772897	G	C	4210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.15;ReadPosRankSum=-0.687;SOR=0.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
chr12	103240630	rs1522306	C	A	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.06;SOR=1.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	103248924	rs1126758	C	T	4253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=51;PP=2492;SC=TCTGCAGGAACTGAGAAACGT;SOR=1.122;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=92;TCR=52;TR=143;WE=103248932;WS=103248914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr12	103249164	rs2251905	C	T	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=53;PP=1514;SC=CACAGCAGAACGCAGGTTAGG;SOR=1.882;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=24;TCR=53;TR=77;WE=103249172;WS=103249154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	103260608	rs2247836	T	C	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=31;PP=891;SC=CTACCAGATATTGTGAGTGAC;SOR=4.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=103260616;WS=103260598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	103271193	rs1718301	G	A	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=45;PP=1813;SC=GGAGGGGAGTGGAGGAGAGGC;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=59;TCR=45;TR=104;WE=103271201;WS=103271183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	103352171	rs71438488	C	CGCA	963.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.508;QD=9.01;ReadPosRankSum=1.075;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,33:0.31:107
chr12	103561799	rs1401988	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=-1.249;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,20:0.20:102
chr12	103762084	rs138043759	G	GTC	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-1.530;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr12	103762097	.	A	T	148	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=4;PP=148;QD=36.5542425094;SC=TCTCTCTCTCACACACACACA;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=5;WE=103762105;WS=103762074;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr12	103872172	rs10778257	T	G	4254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr12	104014165	rs58714504	TTAG	T	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=0.765;SC=ACTAGCACACTTAGTAGGTGT;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=2;WE=104014175;WS=104014155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr12	104015999	rs703612	T	C	4261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=84;PP=2676;SC=AAAAAAGAAATTTCAGCAGAA;SOR=1.375;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=52;TCR=84;TR=136;WE=104016007;WS=104015989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	104025219	rs10668571	T	TA	437.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.63;ReadPosRankSum=0.846;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,25:0.89:28
chr12	104042736	rs697199	T	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=21;PP=470;SC=GTCATGCAGGTGAGAGGGAAA;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=104042744;WS=104042726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	104046601	rs1032450	A	G	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.737;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=42;PP=969;ReadPosRankSum=-1.260;SC=TTCTTTCCTCATGTATTATTT;SOR=0.127;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=59;WE=104046609;WS=104046591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,66:0.82:80
chr12	104048592	rs831425	C	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=0.959;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,14:0.22:65
chr12	104054434	rs831427	C	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=1.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.237;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,54:0.18:306
chr12	104063486	rs59772330	C	T	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=399;ReadPosRankSum=-0.286;SC=TGATATAATGCCAGCTACTCT;SOR=0.868;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=27;WE=104063494;WS=104063476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr12	104064303	.	G	A	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=510;ReadPosRankSum=2.122;SC=TCCCAAGCTCGGCACTGCTTT;SOR=0.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=26;WE=104064311;WS=104064293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr12	104064696	rs12424164	A	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=632;ReadPosRankSum=-2.204;SC=CTTGGGTTACACCATCATCAC;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=24;WE=104064706;WS=104064686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr12	104064698	rs703639	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=62;ReadPosRankSum=2.037;SC=TGGGTTACACCATCATCACAG;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=5;WE=104064706;WS=104064686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr12	104067812	rs11614418	C	T	5041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.01;ReadPosRankSum=0.107;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,236:0.75:315
chr12	104067897	rs703644	G	A	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=1.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=-1.737;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,44:0.25:174
chr12	104077109	.	T	TA	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.938;QD=4.87;ReadPosRankSum=-0.977;SOR=1.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr12	104081793	rs697206	A	G	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=9;PP=816;ReadPosRankSum=1.071;SC=ACGCATTCACATCAGCATCAG;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=64;TCR=14;TR=52;WE=104081801;WS=104081783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,58:0.70:83
chr12	104086631	rs703651	C	T	5366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.246;NF=124;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.754;SC=ATGGGGACAACGCAGCCACAA;SOR=0.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=347;TCF=184;TCR=163;TR=229;WE=104086639;WS=104086621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,249:0.67:371
chr12	104086736	rs11440653	A	AT	562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=4.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=0.937;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,55:0.28:197
chr12	104089232	rs17034394	T	C	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=458;ReadPosRankSum=1.284;SC=CATTGAACTGTCTAAAGAGGT;SOR=1.473;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=23;WE=104089240;WS=104089222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr12	104092996	rs697210	T	C	5869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr12	104100617	rs697212	C	T	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.359;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:406,122:0.23:528
chr12	104100677	rs149369382	C	T	6820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=1.353;SC=GAGTGAATGGCACAGGTGTGT;SOR=0.705;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=394;TCF=184;TCR=210;TR=301;WE=104100685;WS=104100667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,307:0.75:411
chr12	104109497	rs10861078	T	C	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.573;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=975;ReadPosRankSum=-0.029;SC=ACCCGCTCCCTTCAGTCAGTT;SOR=0.344;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=58;WE=104109505;WS=104109487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,64:0.81:79
chr12	104111687	rs703653	C	A	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=53;PP=1554;SC=CCCCACTTCTCGGGGATGCAG;SOR=2.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=74;WE=104111695;WS=104111677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	104118687	rs2270486	A	T	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=407;ReadPosRankSum=-0.583;SC=TGCTTTGTAAATATCGGTAGA;SOR=0.394;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=30;WE=104118695;WS=104118677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,35:0.78:45
chr12	104119743	rs12300983	G	A	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.276;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=11;PP=817;ReadPosRankSum=1.951;SC=CATTCTGAACGTTAATTGTCA;SOR=1.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=46;WE=104119751;WS=104119733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,48:0.75:64
chr12	104123911	rs10778281	C	T	1460.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=5.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.29;ReadPosRankSum=-0.290;SOR=0.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,63:0.88:72
chr12	104124018	rs17034433	A	C	2325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=5.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.36;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,101:0.75:134
chr12	104124061	rs4981042	A	G	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=56;PP=1736;SC=TTATGTTTTCAGCCTGGAGTG;SOR=1.159;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=99;WE=104124069;WS=104124051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	104129471	rs1946820	G	A	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=107;SC=CATTCATAGCGGGCTCATTTT;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=104129479;WS=104129461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	104131352	rs10558320	TTC	T	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.739;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr12	104142863	rs150613004	G	A	3646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=72;PP=2162;ReadPosRankSum=1.032;SC=CAGCTGCACAGAGATAGACCC;SOR=0.725;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=173;TCF=82;TCR=91;TR=140;WE=104142871;WS=104142853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,156:0.82:190
chr12	104146813	rs34738204	A	T	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=438;SC=AACATATGCTAGTTTTATAGT;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=104146821;WS=104146807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	104146964	rs35756765	C	A	7202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=151;NR=100;PP=2965;SC=ACCTGGTGGGCTGACCTGGGC;SOR=1.067;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=151;TCR=101;TR=251;WE=104146972;WS=104146954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr12	104147171	rs3751200	G	A	5206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=117;PP=2965;SC=GACAGAGTCTGCAGGGGCGGA;SOR=1.523;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=61;TCR=117;TR=178;WE=104147179;WS=104147161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr12	104149022	rs11111748	G	A	11079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr12	104149251	rs7296626	C	T	9553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=157;NR=159;PP=2965;SC=GAAAGGTAACCGCCCCAGCTA;SOR=0.793;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=318;TCF=159;TCR=159;TR=316;WE=104149259;WS=104149241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr12	104208868	rs10861107	C	T	4233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=93;PP=2738;SC=CATCTGGATTCAACAAGTTGC;SOR=1.417;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=54;TCR=93;TR=147;WE=104208876;WS=104208858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	104237882	rs2576974	G	A	9444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=181;NR=141;PP=2962;SC=TTTCAGCATTGTTTTGTGTCT;SOR=0.882;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=322;TCF=181;TCR=141;TR=322;WE=104237911;WS=104237872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr12	104237896	rs7966100	G	A	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.121;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,79:0.20:393
chr12	104238021	rs73386107	T	C	7791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FS=0.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.35;ReadPosRankSum=-0.043;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,341:0.76:449
chr12	104238272	rs73386110	A	G	5869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.679;SC=TGTTTGGAACATGAAACAGAA;SOR=0.645;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=315;TCF=161;TCR=154;TR=235;WE=104238280;WS=104238262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,262:0.76:344
chr12	104309712	rs2583273	C	T	7440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=143;PP=2965;SC=CAGCCACCGACCCCCACTGCT;SOR=1.113;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=108;TCR=143;TR=250;WE=104309720;WS=104309702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr12	104324148	rs2722187	G	A	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	104324182	rs2070908	C	G	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=5.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.40;ReadPosRankSum=0.844;SOR=0.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
chr12	104324266	rs17797090	G	A	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.31;ReadPosRankSum=0.582;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,83:0.64:130
chr12	104325649	rs2722188	T	G	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.070;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=31;PP=744;ReadPosRankSum=1.568;SC=TTATAGAAGATACTTTCAGTT;SOR=1.483;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=33;WE=104325657;WS=104325639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr12	104335750	rs58392270	TAA	T	7706.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=99;PP=2966;SC=ATTTGTGGAGTAAAACCAGAT;SOR=1.415;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=3;TCR=101;TR=102;WE=104335759;WS=104335740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr12	104337222	rs3842649	GTAAT	G	672.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.674;QD=28.03;ReadPosRankSum=-2.338;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr12	104341015	rs1165694	T	C	1936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=25;PP=1300;ReadPosRankSum=-2.581;SC=ACATTAATTATGATTTTATAC;SOR=0.795;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=118;TCF=84;TCR=34;TR=85;WE=104341023;WS=104341005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,87:0.71:122
chr12	104341103	rs7645	C	T	7020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=0.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.29;ReadPosRankSum=-0.996;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,318:0.78:406
chr12	104341398	rs1165695	T	A	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.051;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=31;PP=1374;ReadPosRankSum=0.348;SC=GGGTTTTTTTTATTTATTTAC;SOR=1.073;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=108;TCF=67;TCR=41;TR=86;WE=104341406;WS=104341388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,91:0.81:112
chr12	104345253	rs11111854	A	G	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=633;ReadPosRankSum=-0.927;SC=CAATAAATTAAGAAATACATA;SOR=0.942;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=40;WE=104345261;WS=104345243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,44:0.65:68
chr12	104345384	rs2293624	G	A	3149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.15;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,146:0.75:195
chr12	104345412	rs3830654	C	CA	1924.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=37;PP=889;ReadPosRankSum=-1.407;SC=GTATTGTCTGCAAAAAAAACA;SOR=0.727;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=66;TCF=8;TCR=58;TR=43;WE=104345420;WS=104345402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,102:0.78:130
chr12	104349417	rs73388292	A	T	2179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=2.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.44;ReadPosRankSum=2.047;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,111:0.74:151
chr12	104349525	rs7310423	T	C	14834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=879;ExcessHet=3.0103;FS=0.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.90;ReadPosRankSum=-0.488;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,674:0.77:878
chr12	104349688	rs2700505	T	C	2667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=82;PP=2081;ReadPosRankSum=0.636;SC=AAATTTCTCCTTCCTTTGAAT;SOR=0.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=21;TCR=107;TR=98;WE=104349696;WS=104349678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,98:0.77:128
chr12	104359931	rs4135039	T	A	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.889;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.67;ReadPosRankSum=-1.303;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr12	104359982	rs4135040	C	A	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.94;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	104359982	.	CGGCCTTTCCT	AGGCCTTTCCG,AGGCCTTTCCT	178	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=7,12;NR=11,22;PP=178,73;QD=12.8593263812;SC=GTGGCCTGGTCGGCCTTTCCT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=18,34;WE=104360000;WS=104359972;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.51:35
chr12	104359992	rs4135041	T	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.33;ReadPosRankSum=1.860;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr12	104366864	.	A	ATTTTTT	2203.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;QD=35.54;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	104373728	rs151041931	G	GA	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=27.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQRankSum=-6.148;QD=4.46;ReadPosRankSum=1.916;SOR=1.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr12	104373955	rs3829301	A	C	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=51;PP=1092;ReadPosRankSum=1.471;SC=ACCATTTCTAAGAATCCTTTT;SOR=0.923;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=43;TCR=64;TR=84;WE=104373963;WS=104373945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,93:0.80:116
chr12	104376693	rs4135113	G	A	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.06;ReadPosRankSum=-0.081;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,73:0.74:98
chr12	104379508	.	T	TGGAGTTAAGAGGAGAATCAGCTTTCAGTGGCATTCCTA	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.343;ClippingRankSum=0.000;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=28.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-12.327;QD=0.14;ReadPosRankSum=-4.895;SOR=3.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,13:0.06:225
chr12	104390525	rs3817602	G	A	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.87;ReadPosRankSum=-0.687;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,46:0.74:62
chr12	104476264	rs2253274	T	C	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-1.243;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,60:0.26:234
chr12	104492003	rs2629755	A	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.47;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr12	104522206	rs61755993	A	G	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.388;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=404;ReadPosRankSum=-1.942;SC=GCTTACCATCATGAGGCTGTA;SOR=1.061;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=33;WE=104522214;WS=104522196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,36:0.78:46
chr12	104618454	rs6539128	A	G	2516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=22;PP=1840;SC=GAGCCACCGCACCTATAGCTG;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=72;TCR=22;TR=94;WE=104618462;WS=104618444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	104645363	rs7960443	G	A	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=2.276;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,60:0.22:268
chr12	104645405	rs7975161	T	C	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-1.546;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,44:0.21:213
chr12	104682634	.	GC	G	3964.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.609;NF=19;NR=62;PP=2483;ReadPosRankSum=-0.804;SC=CGGAAGCCCCGCCCCCGGCGC;SOR=0.673;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=165;TCF=46;TCR=119;TR=81;WE=104682642;WS=104682624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,149:0.54:276
chr12	104684773	rs11111981	A	C	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=282;ReadPosRankSum=-0.396;SC=TTCTTTAGAGATGGAGGTCTC;SOR=0.800;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=22;WE=104684781;WS=104684763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,24:0.35:68
chr12	104684839	rs117295753	G	A	2141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.57;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,99:0.67:147
chr12	104698582	rs11111987	A	G	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,72:0.24:298
chr12	104703957	rs35882028	T	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-1.990;QD=11.29;ReadPosRankSum=-1.039;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr12	104703957	.	TCT	AGA	1604	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=59.36;NF=1;NR=7;PP=1604;QD=208.433484358;SC=GGAGTCTCACTCTGTGAGACT;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=8;WE=104703980;WS=104703947;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:28,8:0.22:36
chr12	104703958	rs34794131	C	G	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-1.990;QD=11.29;ReadPosRankSum=-1.083;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr12	104703959	rs34873076	T	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-1.958;QD=11.51;ReadPosRankSum=-1.337;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr12	104703965	rs66665385	ACTCCCAGG	A	505.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.955;NF=0;NR=6;PP=2266;ReadPosRankSum=-1.945;SC=ACTCTGTGAGACTCCCAGGCT;SOR=1.291;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=6;WE=104703980;WS=104703947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr12	104703991	rs10861190	A	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=-2.315;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr12	104707151	rs5018287	A	G	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.643;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,15:0.23:64
chr12	104707180	rs6539137	A	T	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=27;PP=815;SC=AAGCCTAATTAAAAAAATCAA;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=104707188;WS=104707170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	104714847	.	C	CT	1663.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.115;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.810;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,121:0.57:212
chr12	104719984	rs185808102	G	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=-1.025;SC=TTAAACTCTTGCATTACTTTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=104719992;WS=104719974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr12	104720084	rs35472124	C	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=142;ReadPosRankSum=-2.142;SC=AAATGCAAAGCCTTTTTGTTA;SOR=0.602;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=13;WE=104720092;WS=104720074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr12	104721575	rs7962256	G	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-1.295;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,10:0.19:53
chr12	104732900	.	A	AT	2715.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.159;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.732;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.651;NF=27;NR=33;PP=984;ReadPosRankSum=-0.444;SC=GCATTATTGTATTTTTTTTTG;SOR=0.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=113;TCF=53;TCR=60;TR=60;WE=104732908;WS=104732890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,144:0.70:206
chr12	104733165	rs10861202	A	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=1.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.313;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,51:0.26:199
chr12	104739696	rs112180947	C	T	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=4.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.22;ReadPosRankSum=1.078;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,46:0.60:77
chr12	104985289	rs1615960	A	G	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=3;PP=481;SC=TAGGGGCATGATGGTGGCATC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=104985297;WS=104985279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	104985655	rs313323	C	T	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=32;PP=960;SC=AAACTTGTCTCGGTTTTCTAT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=104985663;WS=104985645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	104995800	rs5800627	A	AT	2164.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=3.361;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.32;ReadPosRankSum=0.796;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,117:0.94:125
chr12	105260159	rs201865798	TACACACAC	T,TAC	2013.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=18,18;NR=6,6;PP=1232,185;SC=CAGACAGACGTACACACACAC;SOR=2.925;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=24,24;WE=105260174;WS=105260149;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.20,0.80:50
chr12	105260365	rs61036188	TAA	T,TA	1224.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.311;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.17;ReadPosRankSum=0.281;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,30,52:0.32,0.56:93
chr12	105432057	.	AACACACACAC	A	622.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=-0.374;QD=32.78;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr12	105445798	rs61938827	C	A	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=13;PP=1685;SC=CCAGCCTGGCCAACGTAGTGA;SOR=2.749;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=62;TCR=14;TR=75;WE=105445806;WS=105445788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	105446092	rs140372840	AT	A	3172.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=74;PP=2839;SC=AGTATTACTGATTTTAAAAAA;SOR=2.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=2;TCR=79;TR=76;WE=105446100;WS=105446082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	105446552	rs56188643	T	C	6702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=145;NR=86;PP=2965;SC=TAAAAATCCATGACCAGTGAT;SOR=1.248;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=145;TCR=86;TR=231;WE=105446560;WS=105446542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr12	105446719	rs56118650	G	T	7469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=149;PP=2965;SC=TCTGAGAGAAGTATATTAATA;SOR=1.068;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=267;TCF=118;TCR=149;TR=266;WE=105446727;WS=105446709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr12	105455651	rs6539183	A	G	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=42;PP=1154;SC=GGAAAAATACAGATTAAAAGC;SOR=3.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=48;WE=105455659;WS=105455641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	105477951	rs11112362	C	T	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=9;PP=774;SC=AGACAATGGCCTGCGTGCCAG;SOR=2.133;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=38;WE=105477959;WS=105477941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	105478327	rs7303961	C	T	182.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=142;SC=GACTGCCTGGCTCGCGGCTCG;SOR=1.863;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=105478335;WS=105478317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	105504764	rs1196839	G	A	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=4;PP=490;SC=TTTAACTTTGGAACTTTATTT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=105504772;WS=105504754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	105504787	rs1196838	G	A	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=7;PP=675;SC=AGGAAGTCCAGACATTCCAGA;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=105504795;WS=105504777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	105509160	rs1196801	G	T	177.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=5;PP=99;SC=AGGTAAAAAAGCTGAGGAAGC;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=105509168;WS=105509150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	105509351	.	G	GA	426.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.508;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.634;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.80;MQRankSum=0.677;QD=15.81;ReadPosRankSum=-1.162;SOR=0.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,23:0.85:27
chr12	105514480	rs1196837	A	G	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=21;PP=669;SC=ACTCTTAAAGAGGCGTGTGTG;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=30;WE=105514492;WS=105514470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	105514786	rs1196836	G	T	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=17;PP=1154;SC=TACTAATTCAGTAATCAGCCC;SOR=1.512;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=62;WE=105514794;WS=105514776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	105527385	rs1211276	G	C	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=400;SC=CAGTACCTGGGATGTTTGTTG;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=105527393;WS=105527375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	105534025	rs1196808	G	A	3617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=40;PP=2437;SC=AATTTTGCCTGAAATTTTTAA;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=85;TCR=41;TR=125;WE=105534033;WS=105534015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	105536430	rs5800652	C	CTA	609.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=40.65;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	105538417	rs148267591	AGTT	A	2347.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.30;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	105540322	rs199922129	A	AT	1202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5176;FS=2.554;HP=12;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=34;PP=425;ReadPosRankSum=-1.942;SC=GGGTTTATAAATTTTTTTTTT;SOR=0.341;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=42;WE=105540330;WS=105540312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,74:0.80:93
chr12	105543326	rs1196802	T	G	287.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=238;SC=CAGTAAAATTTATTTGAATTG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=105543334;WS=105543317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	105546172	rs1663564	G	A	7435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=141;NR=125;PP=2965;SC=AAAACTTGGAGTAACACCTGA;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=267;TCF=142;TCR=125;TR=266;WE=105546180;WS=105546162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr12	105568122	rs935241	G	A	6204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr12	105568176	rs935240	G	A	7480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr12	105582245	rs1196852	A	G	8973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=153;NR=174;PP=2965;SC=AGCATTTTCCACTCAGGATCT;SOR=0.943;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=328;TCF=153;TCR=175;TR=327;WE=105582253;WS=105582235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr12	105724537	.	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.782;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GAGGGGGCGGCCCCCACTCGG;SOR=1.414;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=8;WE=105724545;WS=105724527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr12	105759838	rs1432588	C	T	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.742;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=573;ReadPosRankSum=-1.694;SC=ATGCATGTGGCGTGTGCTAAT;SOR=0.047;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=32;WE=105759846;WS=105759828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr12	105760369	rs7962661	A	G	2883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.48;ReadPosRankSum=-0.550;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,128:0.78:165
chr12	105789562	rs1534253	C	T	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.965;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=49;PP=1125;ReadPosRankSum=-0.684;SC=CTGACTTTGGCAAGCAGAATG;SOR=0.081;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=74;TCF=13;TCR=61;TR=62;WE=105789570;WS=105789552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,65:0.84:77
chr12	106464785	rs4964437	G	C	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=41;PP=1359;SC=ACCCCCAGCAGCCCCAGGAAC;SOR=1.451;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=65;WE=106464793;WS=106464775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	106500160	rs11338561	TA	T	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.92;ReadPosRankSum=0.371;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,23:0.24:96
chr12	106532072	rs1215597	C	A	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.940;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=10;PP=1267;ReadPosRankSum=0.995;SC=CGGGGCTTCCCAATGAGCCCC;SOR=1.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=69;TCR=14;TR=63;WE=106532080;WS=106532062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,65:0.76:86
chr12	106641489	rs368519473	GGGC	G	838.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=41.94;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	106647783	rs2704898	T	G	3386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.479;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=41;PP=1869;ReadPosRankSum=-0.531;SC=AAATCAGACATCTCAGTCCGA;SOR=0.589;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=110;WE=106647791;WS=106647773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr12	106704974	rs4964460	G	A	3502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	106706035	rs55891003	ATTTT	A	1289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=4.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.471;QD=26.87;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,41:0.85:48
chr12	106708278	rs2253838	T	G	3302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=75;PP=2371;SC=AGAGGTAACCTGGGGGCATTT;SOR=1.160;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=135;TCF=49;TCR=86;TR=123;WE=106708286;WS=106708267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	106708313	rs55918458	CTGTG	C	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=5.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.036;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.155;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr12	106717224	rs12424952	C	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.224;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=123;ReadPosRankSum=-0.160;SC=GAACATAGATCATTGTTAGTG;SOR=0.120;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=12;WE=106717232;WS=106717214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr12	106717490	rs200010594	TTTAAA	T	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=-0.692;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.616;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
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chr12	106840195	rs67395149	CA	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=-0.003;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
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chr12	106890135	rs2288270	A	G	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=10;PP=262;SC=TGAGGAGCACATCTATACCTC;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=106890143;WS=106890125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	106890151	rs2288269	G	A	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=9;PP=208;SC=ACCTCCCTTTGAGAGTGGAGT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=106890159;WS=106890141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	106893863	rs7137638	G	T	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=33;PP=1012;ReadPosRankSum=0.411;SC=CCTGTCGGGCGCTCTGTGTCC;SOR=0.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=49;TCR=38;TR=74;WE=106893871;WS=106893853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,85:0.84:101
chr12	106893930	rs7137444	A	T	3571.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5102;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=61;PP=1826;ReadPosRankSum=-2.307;SC=CGTTGTGTGGATTAAGTAGCA;SOR=0.632;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=82;TCR=69;TR=134;WE=106893938;WS=106893920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,162:0.89:183
chr12	106895255	rs144578311	C	CA	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-1.496;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,19:0.20:96
chr12	106903321	rs13561	T	C	2653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.99;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,126:0.76:166
chr12	107002558	rs55993073	CT	C	252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=2.044;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,38:0.27:140
chr12	107080617	.	C	CT	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=1.747;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,28:0.20:137
chr12	107237614	.	G	GT	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.92;ReadPosRankSum=-1.568;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,24:0.18:131
chr12	107395106	rs8192440	A	G	4059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=80;PP=2239;ReadPosRankSum=2.114;SC=CAGTTTCTCCACCTGGCCACA;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=119;TCR=110;TR=165;WE=107395114;WS=107395096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,189:0.73:259
chr12	107398862	.	TA	T	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=3.012;QD=0.60;ReadPosRankSum=2.997;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,38:0.23:165
chr12	107712880	rs10082935	C	T	8282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.158;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.659;SC=CTGGCCGCCTCTAGCTGACTC;SOR=0.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=433;TCF=225;TCR=208;TR=337;WE=107712888;WS=107712870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,375:0.79:473
chr12	107713511	rs961498	G	C	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	107713696	rs111260184	G	A	5800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr12	107713963	rs71442718	A	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=0.896;SOR=1.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,14:0.20:69
chr12	107714310	rs11383016	T	TC	1872.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=13;PP=1224;SC=TGCTCCCACTTCCCCACTCCC;SOR=1.823;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=32;WE=107714318;WS=107714300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	107714450	rs7358583	G	T	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=1.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=-1.416;QD=4.30;ReadPosRankSum=-0.470;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,51:0.28:180
chr12	108003911	rs4964599	T	C	4651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=108;NR=42;PP=2965;SC=CGGAGTTTGCTCCTGTGCCCC;SOR=1.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=108;TCR=42;TR=150;WE=108003919;WS=108003901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr12	108008772	rs10492158	C	T	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=12;PP=1116;ReadPosRankSum=0.125;SC=GCCACAGATACGTCAAATTTG;SOR=0.624;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=71;TCR=17;TR=65;WE=108008780;WS=108008762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,73:0.76:96
chr12	108029186	rs73187339	C	A	2664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.751;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=53;PP=1293;ReadPosRankSum=-0.406;SC=TTCCCCCAGGCCTGTGTTGGC;SOR=0.905;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=58;TCR=66;TR=99;WE=108029194;WS=108029176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,118:0.82:144
chr12	108035805	rs9919699	T	C	4446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.177;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=75;PP=2570;ReadPosRankSum=0.720;SC=AGAGCAGAGTTTTTTGTGAGC;SOR=0.500;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=214;TCF=122;TCR=92;TR=172;WE=108035813;WS=108035795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,195:0.83:236
chr12	108035903	rs9919712	T	C	5124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.578;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=110;PP=2337;ReadPosRankSum=-0.426;SC=CGACAAATGATGGCACCTGCA;SOR=0.901;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=255;TCF=120;TCR=135;TR=203;WE=108035911;WS=108035893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,239:0.81:295
chr12	108045292	rs2241186	T	C	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=1105;ReadPosRankSum=-1.750;SC=TCTTTGTCCTTTTCCTCTAGT;SOR=0.765;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=55;WE=108045300;WS=108045282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,55:0.83:66
chr12	108045336	rs2241185	T	C	3423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.857;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=46;PP=2310;ReadPosRankSum=0.801;SC=GTCCCCTACCTGTGACACTGC;SOR=1.100;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=169;TCF=110;TCR=59;TR=137;WE=108045344;WS=108045326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,139:0.82:169
chr12	108045392	rs2241184	T	C	7521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=2.337;SC=TAGTTCCTTATTGTTACCTCC;SOR=0.554;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=409;TCF=247;TCR=162;TR=312;WE=108045400;WS=108045382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,331:0.77:431
chr12	108086697	rs2287216	T	C	3639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=38;PP=2158;SC=ACATCTTTTTTCTAATTATGC;SOR=1.294;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=80;TCR=38;TR=117;WE=108086705;WS=108086687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	108090518	rs2287214	A	G	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=240;SC=TTAACACACCATCACTTTATT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=108090526;WS=108090508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	108102861	rs139441642	A	G	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.01;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,49:0.22:219
chr12	108127965	rs17306603	A	G	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	108136172	rs2302734	A	G	6407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=107;NR=113;PP=2965;SC=TTTGAAATGCATACTAAGTAC;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=107;TCR=113;TR=220;WE=108136180;WS=108136162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr12	108140032	rs3803120	T	C	5300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=113;NR=68;PP=2965;SC=AATAGTGTTTTACAGTTCCAA;SOR=1.167;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=114;TCR=68;TR=181;WE=108140040;WS=108140022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr12	108147982	rs4964617	C	T	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=129;SC=GGTTTTTACACATGGGCAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=108147990;WS=108147972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	108150758	rs1814335	C	A	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=1.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	108154199	rs2302733	A	G	12488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr12	108626431	rs10861882	G	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.59;ReadPosRankSum=1.579;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,11:0.14:81
chr12	108675724	rs12816282	A	G	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.036;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,42:0.18:239
chr12	108686008	rs1057401	C	G	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=1.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-2.272;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,75:0.25:303
chr12	108913377	rs5800830	GT	G	264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=-1.050;SOR=0.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr12	108917520	rs34982944	G	GA	603.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.73;ReadPosRankSum=-0.915;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,37:0.84:44
chr12	108918146	rs2303633	C	T	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=27;PP=1314;SC=TCCTGGTCTCCGGCTTCTCTG;SOR=1.289;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=56;TCR=27;TR=83;WE=108918154;WS=108918136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	108923950	rs1549096	A	G	11313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr12	108931779	rs2287550	C	A	4375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.623;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=65;PP=2548;ReadPosRankSum=1.146;SC=GACTTTGTCACCGCTCTCTGT;SOR=0.898;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=231;TCF=142;TCR=89;TR=178;WE=108931787;WS=108931769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,191:0.77:249
chr12	108932053	rs2287551	C	T	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=35;PP=980;SC=ATTGCCAGCACGACCAAGTGA;SOR=4.174;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=39;WE=108932061;WS=108932043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	108932916	rs7133076	C	T	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=52;PP=1492;SC=GGAAGCACAACACATCTGCAA;SOR=1.536;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=82;WE=108932924;WS=108932906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	108936428	rs11113982	T	C	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.484;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=346;ReadPosRankSum=0.274;SC=TTCCAATATATAAAAGTTCAA;SOR=0.169;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=23;WE=108936436;WS=108936418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr12	108936484	rs888555	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=1.074;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,19:0.26:74
chr12	108936516	rs888556	T	G	4299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.33;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	108936519	rs888557	C	T	4299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.33;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	108938882	rs144117610	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.446;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,14:0.20:71
chr12	108943028	rs2052423	G	A	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=42;PP=1240;SC=TTAAAACACCGTCATCAAGTA;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=72;WE=108943036;WS=108943018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	108954502	rs1160332	G	A	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=18;PP=1786;SC=GTCACGAAAAGCGGGTTTGCA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=89;TCF=70;TCR=19;TR=88;WE=108954510;WS=108954492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	108954823	rs1063936	C	T	21262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=800;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=387;NR=375;PP=2965;SC=ATAACACCTTCCTCCTTGTCC;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=763;TCF=387;TCR=376;TR=762;WE=108954831;WS=108954813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,799:1.00:799
chr12	108954862	rs2072579	G	C	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=781;ExcessHet=3.0103;FS=0.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=-2.251;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:627,153:0.20:780
chr12	108956417	rs10778647	TT	GG	3750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=45.74;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	108956433	rs2287555	C	T	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=5;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.659;NF=33;NR=25;PP=762;ReadPosRankSum=0.632;SC=CTGAGGCGGGCGGCATCGGCT;SOR=0.553;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=58;WE=108956441;WS=108956423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,76:0.71:107
chr12	108956526	rs60547936	A	AG	7140.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=60;PP=2975;SC=GGGACAAAAGAGGGACGCGCG;SOR=0.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=18;TCR=64;TR=77;WE=108956534;WS=108956516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr12	108956610	rs2287556	C	G	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=44;PP=1321;SC=TGGGAGCTGTCCCCTCCCACG;SOR=1.497;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=64;WE=108956618;WS=108956600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	108959159	rs202085340	C	T	3831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.34;ReadPosRankSum=-0.935;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,168:0.76:221
chr12	108960906	rs10861945	G	T	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=3;PP=519;SC=TTTTTTATTGGCTGGCCCTCA;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=108960914;WS=108960896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	108961293	rs888546	C	T	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=15;PP=964;SC=ATTTCTAAACCTCACAAATAT;SOR=0.850;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=36;WE=108961301;WS=108961283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	108961354	rs888547	T	C	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=28;PP=2063;SC=ATGAGGAAGCTAAGGCTTGGG;SOR=1.586;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=63;TCR=28;TR=91;WE=108961362;WS=108961344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	108961383	rs888548	A	G	3428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=86;NR=39;PP=2175;SC=CCCACATCACATGGCTAATAA;SOR=1.523;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=86;TCR=39;TR=125;WE=108961391;WS=108961373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr12	108985945	rs7975237	A	G	3582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=2.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.37;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,157:0.85:185
chr12	108986031	rs74504010	C	T	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=814;ReadPosRankSum=-0.054;SC=AGCCCTCGGCCTCCCCACTAC;SOR=0.815;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=50;WE=108986039;WS=108986021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,59:0.87:68
chr12	109017650	rs63748999	GGAGTGGTCTGTGCCTCCGTGGGCACTGGTT	G	16521.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=823;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=6.493;NF=27;NR=131;PP=2968;ReadPosRankSum=1.421;SC=GGCTGCCAGTGGAGTGGTCTG;SOR=0.582;Source=Platypus;TCF=45;TR=158;WE=109017687;WS=109017640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,412:0.74:556
chr12	109017971	rs149021318	C	T	5836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.767;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.349;SC=TCTCCGGTCCCGGGCAAGCAG;SOR=0.738;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=329;TCF=165;TCR=164;TR=244;WE=109017979;WS=109017961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,257:0.76:340
chr12	109025432	rs8179115	T	C	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.83;SOR=1.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	109041375	rs141599477	T	TA	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=183;ReadPosRankSum=1.732;SC=TTGTAAGATATAAAATGTAGT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=109041383;WS=109041365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr12	109052794	rs374484534	CAG	C	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.604;QD=1.01;ReadPosRankSum=0.332;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,9:0.13:68
chr12	109096746	.	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=1.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=3.272;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,52:0.19:275
chr12	109182049	rs3741778	T	C	3644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=76;PP=1928;ReadPosRankSum=1.941;SC=CAATCTCCTGTGTCCGCTGCT;SOR=0.576;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=95;TCR=107;TR=145;WE=109182057;WS=109182039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,165:0.72:229
chr12	109194449	rs3217206	TC	T	534.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=263;SC=CCCGTTAGGATCCCCCCTCCC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=109194457;WS=109194439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	109221123	rs117096112	G	A	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.935;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=813;ReadPosRankSum=1.994;SC=AAAGAGGTTCGTGGCTGCAGT;SOR=0.846;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=61;WE=109221131;WS=109221113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,68:0.76:89
chr12	109270506	rs7136681	A	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=2.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.711;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,44:0.25:173
chr12	109309424	rs4964773	T	C	2429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=36;PP=1660;ReadPosRankSum=-0.245;SC=ATTTCTTCTGTCCTCGGGTGT;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=91;TCR=50;TR=100;WE=109309432;WS=109309414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,105:0.69:152
chr12	109331162	rs3918305	C	T	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-0.410;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,48:0.22:223
chr12	109338835	rs36131538	C	T	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.573;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=684;ReadPosRankSum=1.807;SC=AACCTCCTGCCGGAATCCACA;SOR=1.452;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=41;WE=109338843;WS=109338825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,41:0.73:56
chr12	109339023	rs36191519	C	T	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.132;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=783;ReadPosRankSum=0.526;SC=AATTTGCAGCCGACATTCCTC;SOR=1.186;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=55;WE=109339031;WS=109339013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,66:0.71:93
chr12	109354632	rs36181716	T	C	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.887;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=22;PP=1031;ReadPosRankSum=1.361;SC=TAACTCCTGATCCAGACCATG;SOR=0.492;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=93;TCF=64;TCR=29;TR=65;WE=109354640;WS=109354622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,66:0.68:97
chr12	109371381	rs149284306	C	A	2707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=58;PP=1470;ReadPosRankSum=1.814;SC=CCCTCTCTACCCATTGCCAAG;SOR=0.879;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=135;TCF=62;TCR=73;TR=105;WE=109371389;WS=109371371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,119:0.78:153
chr12	109371442	rs36182807	G	T	1322.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5478;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=35;PP=868;ReadPosRankSum=-0.640;SC=TTAAAACCATGCATTACCATT;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=46;WE=109371450;WS=109371432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,54:0.89:61
chr12	109458559	.	A	AC	905.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=14.38;ReadPosRankSum=-0.750;SOR=1.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,41:0.65:63
chr12	109490426	rs140371213	C	CCGGCGG	1666.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.693;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=1619;ReadPosRankSum=0.178;SC=ATCCCTCGGTCCGGCGGCGGC;SOR=0.339;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=26;WE=109490434;WS=109490416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,68:0.92:74
chr12	109510086	rs111762860	G	GT	494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=1.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.753;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.600;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,61:0.24:255
chr12	109511144	rs7967182	T	C	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5060;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=654;ReadPosRankSum=-0.197;SC=TATTTTTTCTTAAGAGGTAGT;SOR=0.559;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=41;WE=109511152;WS=109511134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,41:0.82:50
chr12	109511256	rs7967322	T	C	4130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=1.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.28;ReadPosRankSum=0.157;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,183:0.81:226
chr12	109530278	rs145676752	G	GCA	3881.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=13.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.18;ReadPosRankSum=1.606;SOR=1.444;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,138:0.61:226
chr12	109541171	rs2569987	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=-0.540;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,19:0.20:93
chr12	109547568	.	C	CA	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.843;QD=2.07;ReadPosRankSum=2.062;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,31:0.28:111
chr12	109577735	rs2878960	C	T	12526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=209;NR=237;PP=2965;SC=ACTACTCCTCCGACGAGGACT;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=446;TCF=209;TCR=237;TR=446;WE=109577743;WS=109577725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr12	109605898	rs34285	C	T	2943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=41;NR=58;PP=1749;SC=CCCTCGCCTCCTTCCCCTGTG;SOR=1.386;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=41;TCR=58;TR=99;WE=109605906;WS=109605888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	109617865	rs11065772	T	C	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=26;PP=641;SC=TGATTGCTGATGTTAATCTGC;SOR=1.157;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=46;WE=109617873;WS=109617855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	109625976	.	CTCCTTCCT	C,CTCCT	1122.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.30;QD=38.71;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,23:0.21,0.79:29
chr12	109629457	rs7135947	C	T	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=1.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-1.395;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,54:0.20:273
chr12	109635031	rs2268393	A	G	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=495;ReadPosRankSum=-0.394;SC=AAAACACAGCACTGGCCTGTG;SOR=0.654;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=151;TCF=51;TCR=100;TR=45;WE=109635039;WS=109635021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,46:0.29:158
chr12	109635076	rs2268392	T	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.482;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,19:0.23:84
chr12	109637188	rs7299171	G	C	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=2.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=1.056;SOR=0.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,45:0.25:181
chr12	109644447	.	G	A	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=23;QD=11.5542425094;SC=CCTGCCTCCCGTTCTGCCCGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=5;WE=109644455;WS=109644445;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,5:0.19:26
chr12	109650546	rs2300454	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.379;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=209;ReadPosRankSum=-1.855;SC=GGACCAGTGCTCGTTTGGGTA;SOR=1.833;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=12;WE=109650554;WS=109650536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr12	109660578	rs11065873	C	T	7075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.877;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.689;SC=TGGCTCACGCCAGCGCCCCCA;SOR=0.853;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=384;TCF=219;TCR=165;TR=303;WE=109660586;WS=109660568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,309:0.80:386
chr12	109670468	rs3742027	T	C	15341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,576:1.00:576
chr12	109671701	rs7974040	C	T	12501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=239;NR=279;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.760;SC=TGGGCCGTGGCCCCCAGGCTT;SOR=0.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=658;TCF=303;TCR=355;TR=518;WE=109671709;WS=109671691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,539:0.78:688
chr12	109671738	rs34708647	C	A	7977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=204;PP=2962;ReadPosRankSum=0.589;SC=GCTTCTCCCTCTCAGAGCCTC;SOR=0.718;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=435;TCF=170;TCR=265;TR=337;WE=109671746;WS=109671728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,355:0.77:459
chr12	109675029	rs2241220	T	C	10063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=201;NR=154;PP=2965;SC=AGCTGGAACTTAACCGGATGC;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=355;TCF=201;TCR=154;TR=355;WE=109675037;WS=109675019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr12	109679136	rs113178544	G	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,20:0.17:118
chr12	109683575	rs10744772	A	G	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=49;PP=1487;SC=GCGGAGCCTAACCCCTGGCTG;SOR=1.420;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=80;WE=109683583;WS=109683565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	109685545	rs2284689	A	G	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=65;PP=1874;SC=AATTTTGCTCATGGTTAATTT;SOR=1.169;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=113;WE=109685553;WS=109685535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr12	109691991	rs2075259	A	G	16557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=330;NR=265;PP=2965;SC=ACCACAGACTAAGTCAGAGAC;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=596;TCF=330;TCR=266;TR=595;WE=109691999;WS=109691981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,624:1.00:624
chr12	109692053	rs17848835	C	T	2031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=766;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:596,168:0.22:764
chr12	109693982	rs3742023	C	T	4274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.54;ReadPosRankSum=1.513;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,204:0.69:294
chr12	109696838	rs2075260	G	A	20406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=784;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=378;NR=349;PP=2965;SC=CGCCCAGGCCGTCAAGGACTT;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=728;TCF=378;TCR=350;TR=727;WE=109696846;WS=109696828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,780:1.00:780
chr12	109697796	rs2075261	A	G	4431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr12	109701959	rs35795929	CA	C	315.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=1.739;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,55:0.29:192
chr12	109704177	rs2075262	G	A	4092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=96;PP=2521;SC=ACCGTGGCCCGCCCAGCCACT;SOR=1.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=41;TCR=96;TR=137;WE=109704185;WS=109704167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr12	109717697	rs10774641	A	G	6108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.518;SC=AGTGTGTCCAAGCTGAATCCC;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=315;TCF=144;TCR=171;TR=233;WE=109717705;WS=109717687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,259:0.76:343
chr12	109717820	rs75265740	G	A	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=1.426;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,42:0.23:186
chr12	109723077	rs10774643	T	C	778.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.42;ReadPosRankSum=2.279;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,22:0.92:24
chr12	109723077	.	TGT	CGC	212	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=14;NR=4;PP=212;QD=14.7482152701;SC=TGTGTGTGTGTGTGCGCGCAC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=18;WE=109723087;WS=109723067;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,18:0.69:26
chr12	109723079	rs10774644	T	C	778.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.42;ReadPosRankSum=2.181;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,22:0.92:24
chr12	109723233	rs17177336	G	A	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=1.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=1.729;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,82:0.22:372
chr12	109725601	rs66482033	G	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-2.083;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
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chr12	109835590	rs11611358	A	G	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=-0.256;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:360,126:0.26:486
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chr12	110221631	rs10774894	G	C	8231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=172;PP=2965;SC=GGTGGAGAGAGAGCGTGCGTA;SOR=1.295;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=111;TCR=173;TR=282;WE=110221639;WS=110221621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr12	110231717	rs10850750	C	G	2564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=30.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.93;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=2.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,118:0.73:161
chr12	110238481	rs1344554	G	A	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=716;ExcessHet=3.0103;FS=0.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:575,139:0.19:714
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chr12	110296095	rs4766488	G	C	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.10;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	110318261	rs71458309	G	C	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=10;PP=202;SC=CGTCAGCGCCGGGGCCGTCAC;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=110318269;WS=110318251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	110353172	rs3809300	T	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=0.210;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,13:0.20:64
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chr12	110403769	rs138178074	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=241;ReadPosRankSum=-2.038;SC=CGTTGGGAGGCCGAGGTGGGA;SOR=0.874;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=18;WE=110403777;WS=110403759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr12	110418635	rs7960775	A	G	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.623;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=12;PP=960;ReadPosRankSum=1.002;SC=ATTAAAAGCCATATGTATAGC;SOR=2.345;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=54;WE=110418643;WS=110418625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,55:0.96:57
chr12	110454085	.	CT	C	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.658;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.226;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,42:0.32:130
chr12	110466612	rs4766427	G	A	2118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.242;NF=30;NR=50;PP=1424;ReadPosRankSum=-0.775;SC=GCACGAACTCGGCTCACTGCA;SOR=0.823;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=80;WE=110466620;WS=110466602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,86:0.77:112
chr12	110473975	rs139352104	T	C	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=3.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-1.327;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,43:0.20:215
chr12	110618235	rs16940805	A	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=1.904;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,9:0.18:51
chr12	110655831	.	G	GT	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.699;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=20.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr12	110780107	rs56243033	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=2.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,41:0.18:228
chr12	110783241	rs1860561	G	A	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=653;ReadPosRankSum=1.963;SC=CCAGGGCACCGGGGAATTGTG;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=31;WE=110783249;WS=110783231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,34:0.79:43
chr12	110819760	rs61942585	A	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.09;ReadPosRankSum=1.509;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr12	110826267	rs79239201	C	T	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=3.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.50;ReadPosRankSum=-1.028;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,112:0.78:144
chr12	110834030	rs369613988	CA	C	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.508;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,24:0.23:106
chr12	110874502	rs28615662	T	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.14;MQRankSum=0.489;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr12	110874512	.	TATATAC	T	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.67;MQRankSum=0.589;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr12	110905869	rs7958683	G	A	3229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1021;ExcessHet=3.0103;FS=0.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.093;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:776,238:0.23:1014
chr12	110937445	.	CA	C	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=12.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.720;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.901;SOR=0.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,23:0.26:89
chr12	110939421	rs6606687	T	C	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=0.948;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:405,118:0.23:523
chr12	110950775	.	AT	A	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-1.349;QD=1.96;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr12	110974890	rs10849900	T	C	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=1.334;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,48:0.29:165
chr12	111020739	rs151075597	TCGC	T	3847.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.626;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=37;PP=1805;ReadPosRankSum=0.170;SC=CAGTCCGTAGTCGCCGCCGCC;SOR=0.900;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=78;TCF=6;TCR=72;TR=41;WE=111020749;WS=111020729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,96:0.74:129
chr12	111160513	.	GA	G	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=5.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.411;QD=1.22;ReadPosRankSum=0.698;SOR=0.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,24:0.22:107
chr12	111290871	rs886132	G	C	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	111296332	rs4766432	T	C	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=5;PP=410;SC=GTGCCTGGAGTGCTCCGTCAA;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=111296340;WS=111296325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	111317904	rs35762292	T	C	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=580;ReadPosRankSum=1.939;SC=GGGCTGGGGATAGGTCCAGGG;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=33;WE=111317912;WS=111317894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,36:0.65:55
chr12	111342558	rs34300256	G	T	3940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.13;ReadPosRankSum=0.026;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,181:0.79:230
chr12	111345411	rs67912779	C	T	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=43;PP=1000;ReadPosRankSum=-2.542;SC=GGCCGAGGAGCGAGAAGTAAA;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=25;TCR=58;TR=62;WE=111345419;WS=111345401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,69:0.76:91
chr12	111349074	rs72145780	TG	T	236.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=26.30;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	111350999	rs2233260	G	A	10288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=220;NR=198;PP=2962;ReadPosRankSum=1.930;SC=TGTGTAGGGGGGACAGGGGGC;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=545;TCF=287;TCR=258;TR=418;WE=111351007;WS=111350989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,450:0.77:582
chr12	111351029	rs3833910	TC	T	13307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.633;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.04;MQRankSum=0.769;NF=47;NR=214;PP=2971;ReadPosRankSum=0.747;SC=ACCCCCTTCCTCCCCCACAGA;SOR=0.651;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=360;TCF=67;TCR=293;TR=261;WE=111351037;WS=111351019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,468:0.77:605
chr12	111375170	rs1056618	A	G	2555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.08;ReadPosRankSum=0.863;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,66:0.67:98
chr12	111375170	.	AGC	GGT	1897	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=32;NR=27;PP=1897;QD=33.05877754;SC=TCCCCCGCCAAGCCTGCCAGA;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=59;WE=111375180;WS=111375160;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:32,59:0.65:91
chr12	111375172	rs1056620	C	T	2604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.85;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,65:0.67:97
chr12	111786082	rs6490073	G	C	14680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=224;NR=275;PP=2965;SC=CATTTACCGAGTAGAGCGGGC;SOR=0.958;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=500;TCF=224;TCR=276;TR=499;WE=111786090;WS=111786072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,540:1.00:540
chr12	111800258	rs3809272	G	A	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=1.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=1.942;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,82:0.28:297
chr12	111884608	rs3184504	T	C	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FS=0.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.188;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:421,101:0.19:522
chr12	111992031	.	T	TA	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=1.472;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr12	112036753	rs10560189	GGCTGCT	GGCT,G	8044.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25,25;NR=62,62;PP=2990,93;SC=CGCGGGCGGCGGCTGCTGCTG;SOR=0.894;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=32;TCR=78;TR=87,87;WE=112036766;WS=112036743;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.99:186
chr12	112036776	.	CTGCTGT	C	1114	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=26;MQ=60.11;NF=21;NR=64;PP=1114;QD=13.2;SC=GCTGCTGCTGCTGCTGTTGCT;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=129;TCF=36;TCR=93;TR=85;WE=112036792;WS=112036766;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:44,85:0.66:129
chr12	112036796	.	GC	G	55.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=3.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.80;MQRankSum=-1.388;QD=0.26;ReadPosRankSum=0.089;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,18:0.09:211
chr12	112036797	rs4098854	C	T	6307.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=3.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.81;MQRankSum=1.408;QD=30.33;ReadPosRankSum=0.076;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,190:0.91:208
chr12	112036798	.	TGC	T	55.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=3.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.80;MQRankSum=-1.380;QD=0.26;ReadPosRankSum=0.028;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,18:0.08:213
chr12	112036929	rs695872	G	A	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=53;PP=1612;SC=GCGGGGACGCGCGGGCGCCGA;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=25;TCR=54;TR=78;WE=112036937;WS=112036919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	112037000	rs695871	G	C	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	112119387	.	C	CA	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=5.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.884;SOR=0.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr12	112186274	rs34245489	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=198;ReadPosRankSum=1.102;SC=CTGGAAGATGCACCAGGTGAG;SOR=0.627;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=19;WE=112186282;WS=112186264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
chr12	112306512	.	CT	C	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.504;QD=2.52;ReadPosRankSum=1.640;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,34:0.35:96
chr12	112481732	.	A	AT	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=9.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=0.173;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr12	112579878	.	G	GT	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.121;QD=0.70;ReadPosRankSum=-1.743;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,32:0.18:179
chr12	112600425	rs73207617	G	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=-1.292;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,5:0.17:30
chr12	112610714	rs11066188	G	A	2315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=49;PP=1311;ReadPosRankSum=-1.334;SC=AGGGCACACCGGGATGACTGT;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=43;TCR=58;TR=85;WE=112610722;WS=112610704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,97:0.84:115
chr12	112638688	rs3835014	CGTGT	C,CGT	2301.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=2.595;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.321;QD=27.73;ReadPosRankSum=1.111;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,21,59:0.25,0.71:83
chr12	112657406	.	A	AT	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.826;QD=1.05;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,12:0.22:55
chr12	112667675	rs1005902	T	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=1.135;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,32:0.16:202
chr12	112685781	.	TAC	T	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=161;ReadPosRankSum=0.507;SC=TTATTTTACCTACACACACAC;SOR=0.389;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=8;WE=112685790;WS=112685771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr12	113285659	rs76100546	C	T	2049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.806;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=46;PP=1173;ReadPosRankSum=1.095;SC=TGAGGCTTAACGCTTCCCATT;SOR=0.870;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=79;WE=113285667;WS=113285649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,91:0.75:121
chr12	113306143	.	G	T	2285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.717;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.206;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=24;PP=1419;ReadPosRankSum=1.107;SC=GTGTGCTTTGGATGAGGAGGA;SOR=0.419;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=113;TCF=84;TCR=29;TR=89;WE=113306151;WS=113306133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,96:0.78:123
chr12	113313470	rs2891411	C	T	11168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr12	113319471	rs886476	G	A	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=3;PP=781;SC=AGCACACAGCGTGGACCAACA;SOR=3.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=31;WE=113319479;WS=113319461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	113319600	rs2240194	C	T	6860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=158;NR=70;PP=2965;SC=TGGATTCAAACGGCTTGGCTG;SOR=1.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=158;TCR=70;TR=228;WE=113319608;WS=113319590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr12	113319778	rs10850088	G	A	14426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=228;NR=303;PP=2965;SC=CATCCTGTGAGTAGCAAAGCC;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=533;TCF=228;TCR=305;TR=531;WE=113319786;WS=113319768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,556:1.00:556
chr12	113325460	rs7979186	T	C	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=3;PP=1166;SC=AGGTACTTGGTCCAGTGATAA;SOR=4.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=46;WE=113325468;WS=113325450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	113325629	rs4141253	T	C	11498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=214;NR=189;PP=2965;SC=AGGACAAATTTGGCCACAATG;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=403;TCF=214;TCR=189;TR=403;WE=113325637;WS=113325619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr12	113328981	rs3741982	G	A	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=28;PP=783;SC=ATGTGGGTCTGGAGTCTCAGG;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=113328989;WS=113328971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	113348870	rs1131454	G	A	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=3.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=0.404;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,47:0.21:227
chr12	113357193	rs10774671	G	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=-0.531;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,26:0.17:157
chr12	113357209	rs1131476	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=2.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=1.118;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,29:0.15:195
chr12	113357237	rs1051042	G	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=1.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=-1.656;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,47:0.17:277
chr12	113357442	rs2660	G	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=2.039;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,34:0.21:164
chr12	113369644	rs7968145	C	T	4045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	113376320	rs3815178	C	T	493.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.45;ReadPosRankSum=-0.898;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,20:0.91:22
chr12	113376331	rs1859331	C	A	642.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=565;ReadPosRankSum=-1.248;SC=CTGCGCCGGGCGGCCATGGAC;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=24;WE=113376339;WS=113376310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr12	113376388	rs1859330	G	A	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.684;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=773;ReadPosRankSum=1.591;SC=GTGGCCAGAAGGCTGCAGCCG;SOR=0.138;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=49;WE=113376396;WS=113376378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,54:0.84:64
chr12	113376452	rs1859329	C	T	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=4.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.637;QD=15.87;ReadPosRankSum=-1.133;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,74:0.73:102
chr12	113376543	rs3038120	C	CCAAAGGG	2749.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.671;NF=5;NR=18;PP=1386;ReadPosRankSum=0.257;SC=CTTTATGTGTCCAAAGGGGAG;SOR=0.574;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=23;WE=113376551;WS=113376533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,69:0.70:98
chr12	113385918	rs7961861	C	T	4382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=108;PP=2822;ReadPosRankSum=-0.898;SC=AGTGAGGGGGCCCCAGGACCC;SOR=0.658;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=209;TCF=77;TCR=132;TR=172;WE=113385926;WS=113385908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,184:0.83:223
chr12	113386624	rs7965570	C	T	4539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=60;PP=2905;ReadPosRankSum=-0.800;SC=GATGCAGAAACCACTGCGCCT;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=220;TCF=145;TCR=75;TR=178;WE=113386632;WS=113386614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,194:0.81:239
chr12	113386779	rs2285933	C	G	12628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=741;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;PP=2962;ReadPosRankSum=0.946;SC=GAGCAGGGAGCAAACCTCCCT;SOR=0.721;SbPval=0.5;Source=Platypus;WE=113386787;WS=113386769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,555:0.75:739
chr12	113386950	rs2285932	T	C	4484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=106;PP=2382;ReadPosRankSum=1.080;SC=AAAAGGCCATTGACATCATCT;SOR=0.891;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=232;TCF=102;TCR=130;TR=184;WE=113386958;WS=113386928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,203:0.79:257
chr12	113387034	rs3214199	A	AG	1804.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.911;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=33;PP=1064;ReadPosRankSum=0.620;SC=GTGGAGACACAGGGGGGACCC;SOR=0.323;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=57;TCF=6;TCR=51;TR=38;WE=113387042;WS=113387024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,68:0.76:90
chr12	113403684	rs2240188	C	T	3740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=66;PP=2326;ReadPosRankSum=1.489;SC=CCGAGCCCAGCTGGAGGCATG;SOR=0.761;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=200;TCF=114;TCR=86;TR=156;WE=113403692;WS=113403674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,169:0.80:212
chr12	113405181	rs1557866	A	C	1971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=14;PP=1395;ReadPosRankSum=1.271;SC=CACTGGGACAACATGGGAGCC;SOR=0.897;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=107;TCF=88;TCR=19;TR=75;WE=113405189;WS=113405171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,81:0.69:117
chr12	113416653	rs2384075	G	A	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=656;ReadPosRankSum=-0.199;SC=CAGCAAGGCCGAGCTACTGGG;SOR=1.746;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=32;WE=113416661;WS=113416643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr12	113424893	rs2072138	C	G	3464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.19;ReadPosRankSum=-1.071;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,162:0.76:214
chr12	113425154	rs1293767	C	G	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.334;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=582;ReadPosRankSum=1.596;SC=GCCAAAGAAGCGGGTGCCAGA;SOR=0.283;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=42;WE=113425162;WS=113425144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,51:0.85:60
chr12	113435293	rs1293756	C	A	5751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr12	113435450	rs1293755	A	T	5356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=86;NR=87;PP=2965;SC=TCAGAACCGTACTGGAGCTGA;SOR=0.977;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=174;TCF=87;TCR=87;TR=173;WE=113435458;WS=113435440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr12	113440921	rs2072137	T	C	9368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=150;NR=178;PP=2965;SC=AGCACTGGCCTTTCTCATGTC;SOR=0.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=328;TCF=150;TCR=178;TR=328;WE=113440929;WS=113440911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr12	113442761	.	C	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=1.913;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,33:0.24:138
chr12	113444418	rs929291	T	C	7305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=135;NR=120;PP=2965;SC=AAGGACAGTCTTTGTTCTGAC;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=135;TCR=121;TR=255;WE=113444426;WS=113444408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr12	113448288	rs15895	A	G	6216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=122;NR=89;PP=2965;SC=AGAAACTTCTAGAGATCATCT;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=122;TCR=89;TR=211;WE=113448296;WS=113448278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr12	113515924	rs71445596	CA	C	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=2.303;NF=1;NR=4;PP=116;ReadPosRankSum=0.166;SC=AGACGGGGCCCAGGGGGAGGG;SOR=1.036;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=5;WE=113515932;WS=113515914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,10:0.16:61
chr12	113530845	rs3217697	C	CAG	664.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.400;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,29:0.19:155
chr12	113530899	rs1628639	A	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=1.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.260;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,38:0.19:200
chr12	113531295	rs1625170	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-1.127;SOR=0.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,7:0.12:57
chr12	113531305	rs1674095	A	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=-1.992;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,11:0.16:69
chr12	113531711	rs73205298	C	G	2307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.033;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=49;PP=1797;ReadPosRankSum=-1.183;SC=CCCTGGCCAACCCTTGCCAGC;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=84;WE=113531719;WS=113531701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,83:0.83:100
chr12	113532544	rs12422420	T	C	2142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.47;ReadPosRankSum=1.085;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,94:0.81:116
chr12	113532617	rs12427377	A	G	4647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=78;PP=2561;ReadPosRankSum=0.129;SC=GCATGGAGCGACTGGTCACAG;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=120;TCR=96;TR=177;WE=113532625;WS=113532607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,203:0.84:243
chr12	113532885	rs12426056	C	T	7296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.158;SC=AGGCCATCTACGGGGAGAAGA;SOR=0.623;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=424;TCF=253;TCR=171;TR=317;WE=113532893;WS=113532875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,326:0.74:439
chr12	113533050	rs2243397	C	T	3860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=728;ExcessHet=3.0103;FS=40.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=3.388;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:483,238:0.33:721
chr12	113533124	rs2243396	C	T	2810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1092;ExcessHet=3.0103;FS=1.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-2.508;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:855,235:0.22:1090
chr12	113537773	rs12422659	C	T	2311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=26;PP=1356;ReadPosRankSum=-0.992;SC=TCCCTCGCTCCTGCTGCTGGA;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=81;TCR=33;TR=90;WE=113537781;WS=113537763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,99:0.78:127
chr12	113538033	rs10507237	T	C	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.170;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=39;PP=708;ReadPosRankSum=-0.308;SC=GATAATGGACTGGAAACAGGA;SOR=1.082;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=58;WE=113538041;WS=113538023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,63:0.74:85
chr12	113538415	rs73207006	A	T	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.164;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=863;ReadPosRankSum=-0.643;SC=TTACCTTCTGAGGTACAGGAG;SOR=0.481;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=56;WE=113538423;WS=113538405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,62:0.78:79
chr12	113539822	rs1674101	A	G	10144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.24;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr12	113539822	.	AACACAGC	GACACAGC,GACACAGT	2487	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=59.95;NF=111,87;NR=113,88;PP=337,2487;QD=1.65969291316;SC=CGGCTGAGGGAACACAGCTTC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=111;TCR=113;TR=224,175;WE=113539837;WS=113539812;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:224
chr12	113539829	rs73207007	C	T	4375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=2.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.93;ReadPosRankSum=-1.319;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,197:0.81:244
chr12	113540717	rs12425097	A	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=257;ReadPosRankSum=0.140;SC=GCCTTTGCTCATGACACCTGC;SOR=0.665;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=20;WE=113540725;WS=113540715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr12	113540992	rs118133147	T	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.58;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr12	113541904	rs12427427	C	A	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=6.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.56;ReadPosRankSum=1.241;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,64:0.83:77
chr12	113541940	rs1613480	C	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=6.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-1.323;SOR=0.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,29:0.23:128
chr12	113542098	rs12423570	A	G	4463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.23;ReadPosRankSum=-0.374;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,196:0.76:259
chr12	113544874	rs2468355	C	T	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FS=0.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.947;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:490,107:0.18:597
chr12	113545393	rs736285	A	G	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=2.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=-1.216;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,38:0.29:131
chr12	113545576	rs115519676	A	C	6849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.614;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.985;SC=CAGTCCTACCATGGTACTCTC;SOR=0.909;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=192;TCF=76;TCR=116;TR=136;WE=113545586;WS=113545566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,177:0.74:238
chr12	113545578	rs139292837	G	GC	6840.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=79;PP=2933;ReadPosRankSum=-1.058;SC=GTCCTACCATGGTACTCTCAT;SOR=1.004;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=116;TCF=8;TCR=108;TR=84;WE=113545586;WS=113545566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,159:0.73:219
chr12	113545610	rs3888859	C	T	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.842;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=59;PP=1505;ReadPosRankSum=0.457;SC=AGTTGTTGCCCTTTGCAAATG;SOR=1.584;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=102;TCF=24;TCR=78;TR=73;WE=113545618;WS=113545600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,77:0.71:108
chr12	113546160	rs7971164	G	T	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=335;ReadPosRankSum=0.741;SC=AGCCACACCGGCTGGCCGAGG;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=17;WE=113546168;WS=113546150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr12	113552758	rs200968955	A	T	6146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.353;SC=GCTGAGGGCGAGGCCGGGGCA;SOR=0.671;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=344;TCF=127;TCR=217;TR=262;WE=113552766;WS=113552748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,271:0.77:354
chr12	113553408	rs1284878	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=122;ReadPosRankSum=-1.983;SC=CCATTGAGGGCGGTGATGTCG;SOR=0.431;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=15;WE=113553416;WS=113553398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr12	113553481	rs1284879	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=2.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=1.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,27:0.20:132
chr12	113553667	rs115989112	G	A	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.854;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.707;NF=43;NR=24;PP=2926;ReadPosRankSum=1.277;SC=ATAGGGCTCCGTGAGGCAGGG;SOR=1.089;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=67;WE=113553682;WS=113553657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,70:0.68:103
chr12	113553674	rs146632065	AG	A	1974.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.797;HP=5;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.343;NF=37;NR=20;PP=2968;ReadPosRankSum=0.658;SC=TCCGTGAGGCAGGGGGAGGCC;SOR=1.390;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=57;WE=113553682;WS=113553657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,72:0.70:103
chr12	113554946	rs34456143	G	A	5086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.766;SC=TCTGCTGGAGGGTCTTTGGAG;SOR=0.748;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=251;TCF=137;TCR=114;TR=202;WE=113554954;WS=113554936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,222:0.78:286
chr12	113559447	rs73207027	A	G	6220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.591;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.603;NF=117;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.078;SC=TCAATCCCTGAAGGGCACAGG;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=355;TCF=160;TCR=195;TR=262;WE=113559455;WS=113559437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,278:0.74:377
chr12	113559531	.	A	AT	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=0.46;ReadPosRankSum=-0.779;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,17:0.22:79
chr12	113565417	rs117814532	C	T	2778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.455;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=15;PP=1692;ReadPosRankSum=0.093;SC=ATAGCACCACCGCACTCCAGC;SOR=1.539;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=109;TCF=88;TCR=21;TR=85;WE=113565425;WS=113565407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,103:0.79:130
chr12	113565933	rs34598602	G	A	7762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQ=59.99;MQRankSum=-0.505;NF=165;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.986;SC=CAGGTGCACCGTGTACTCCTC;SOR=0.725;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=412;TCF=209;TCR=203;TR=331;WE=113565941;WS=113565923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,349:0.79:440
chr12	113566050	rs111404822	GACACACAC	G,GACACAC	1910.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=33.52;SOR=2.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,42,15:0.74,0.26:57
chr12	113568797	rs7976407	A	G	3190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=74;PP=2108;ReadPosRankSum=-1.783;SC=GGCAGCCATGAGTGGAGGGTC;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=65;TCR=100;TR=122;WE=113568805;WS=113568787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,132:0.74:178
chr12	113573237	rs7960087	C	G	3736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=2.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.61;ReadPosRankSum=1.151;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,168:0.75:225
chr12	113573457	rs117480141	C	G	364.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.096;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=253;ReadPosRankSum=2.224;SC=GGGGAGGGAGCGCCCGTCCGG;SOR=2.049;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=13;WE=113573465;WS=113573447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr12	113589598	.	CA	C	420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.309;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;MQRankSum=0.442;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.974;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,32:0.89:36
chr12	113589762	rs61738692	A	G	2492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=44;PP=1491;ReadPosRankSum=-1.538;SC=TCCCACCAGTACTGCGTCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=72;TCR=58;TR=98;WE=113589770;WS=113589752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,110:0.73:150
chr12	113590845	.	T	TA	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr12	113592980	rs372383763	GA	G	342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=4.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.304;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr12	113595326	rs61941412	C	T	2135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.10;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,93:0.79:118
chr12	113595518	rs137861202	CCT	C	7039.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.959;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.170;NF=12;NR=75;PP=2974;ReadPosRankSum=-0.474;SC=AGAGGGAACCCCTGAGAGACC;SOR=0.875;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=110;TCF=16;TCR=94;TR=87;WE=113595527;WS=113595508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,177:0.77:229
chr12	113596866	rs1048889	G	A	2366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.03;ReadPosRankSum=-0.018;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,110:0.79:139
chr12	113599866	rs61941433	T	C	4794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=111;PP=2363;ReadPosRankSum=2.246;SC=GGCTGCCGCTTGGGGCCTGTC;SOR=0.661;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=260;TCF=117;TCR=143;TR=204;WE=113599874;WS=113599856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,218:0.79:275
chr12	113600903	rs61941434	A	G	4324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=74;PP=2450;ReadPosRankSum=-0.389;SC=CAGCGGACCCAACTGCCCCAC;SOR=0.744;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=245;TCF=134;TCR=111;TR=171;WE=113600911;WS=113600893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,195:0.71:274
chr12	113600940	rs11564	C	T	3772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=72;PP=2160;ReadPosRankSum=0.583;SC=CACTCACCCCCGCTCGCTGTC;SOR=0.624;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=227;TCF=116;TCR=111;TR=151;WE=113600948;WS=113600930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,170:0.67:253
chr12	113605672	rs113725144	T	TGGCCCTGGGCA	6241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.336;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.688;NF=32;NR=21;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.065;SC=GTGCTGCCTCTGGCCCTGGGC;SOR=0.840;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=124;TCF=72;TCR=52;TR=53;WE=113605680;WS=113605662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,131:0.69:191
chr12	113607502	rs2384207	T	C	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=676;ReadPosRankSum=-0.029;SC=AACCCAGCCCTACCTCCTCCC;SOR=0.572;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=35;WE=113607510;WS=113607492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,38:0.79:48
chr12	113607823	rs2305902	G	A	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=562;ReadPosRankSum=-0.377;SC=AACCTCACACGGCTGCTGTCC;SOR=0.416;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=34;WE=113607831;WS=113607813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,39:0.80:49
chr12	113614824	rs2305899	T	C	8447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=185;PP=2962;ReadPosRankSum=0.424;SC=TAGGAAGGGATCTCAGGGAGT;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=453;TCF=209;TCR=244;TR=339;WE=113614832;WS=113614814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,366:0.76:484
chr12	113614989	rs61941441	A	G	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.614;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=731;ReadPosRankSum=-1.663;SC=TGCACACCCCATCCCCAGGAA;SOR=1.501;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=46;WE=113614997;WS=113614979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,53:0.78:68
chr12	113623241	rs2290766	C	G	3340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.827;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=102;PP=2543;ReadPosRankSum=0.176;SC=GCCGCCGGGCCCTTGTCGGCC;SOR=0.576;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=191;TCF=59;TCR=132;TR=150;WE=113623249;WS=113623231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,138:0.82:168
chr12	113629471	rs34831139	C	A	16376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1015;ExcessHet=3.0103;FS=1.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.17;ReadPosRankSum=0.969;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,766:0.76:1013
chr12	113629637	rs73208734	G	A	9600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.334;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=220;PP=2962;ReadPosRankSum=0.011;SC=CTTTCATCAGGGTTGCCTATG;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=507;TCF=219;TCR=288;TR=383;WE=113629645;WS=113629627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,411:0.76:541
chr12	113635424	rs61941451	A	G	6699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.422;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=1.219;SC=TCTTCTAGAAAAGATCCAATT;SOR=0.644;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=352;TCF=176;TCR=176;TR=263;WE=113635432;WS=113635414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,293:0.75:392
chr12	113638688	rs61941455	A	G	678.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5273;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=299;ReadPosRankSum=0.723;SC=TCACGCCTGTAATCCCAACAC;SOR=1.528;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=21;WE=113638696;WS=113638678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr12	113640633	rs61941458	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.302;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=311;ReadPosRankSum=0.542;SC=CAGCTCCGGTGTTTCCACTAC;SOR=2.441;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=16;WE=113640641;WS=113640623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr12	113640728	rs61941459	C	G	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=33;PP=1001;ReadPosRankSum=-1.009;SC=CATACACCATCTCACAGGGTT;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=63;TCR=45;TR=79;WE=113640736;WS=113640718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,88:0.72:122
chr12	113658847	rs61943578	G	A	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=14;PP=1301;ReadPosRankSum=-0.684;SC=TACCGCCGCGGTCCCTGCGTT;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=65;WE=113658855;WS=113658837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,64:0.93:69
chr12	113711264	rs2303617	A	G	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.282;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=1334;ReadPosRankSum=-0.310;SC=TAGGGGAACCAGGGTTGGAGG;SOR=1.430;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=62;WE=113711272;WS=113711254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,62:0.76:82
chr12	113715251	rs7955036	T	G	3284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.555;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=83;PP=2178;ReadPosRankSum=-0.652;SC=TGAAGGCCCTTGAGGTGGGCA;SOR=0.548;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=162;TCF=53;TCR=109;TR=127;WE=113715259;WS=113715241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,136:0.77:176
chr12	113715891	rs3217307	T	TCCCA	12531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=0.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.194;QD=34.33;ReadPosRankSum=0.294;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,296:0.81:365
chr12	113717901	rs61943635	A	G	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=7;PP=802;ReadPosRankSum=-1.305;SC=TTAAGGATACAGTAGGGGGAA;SOR=0.842;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=70;TCF=59;TCR=11;TR=50;WE=113717909;WS=113717891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,52:0.72:72
chr12	113724945	rs2241544	A	G	3557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=64;PP=1879;ReadPosRankSum=-0.483;SC=GAGAGGGAGGACGGGAATGCC;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=93;TCR=88;TR=132;WE=113724953;WS=113724935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,157:0.73:215
chr12	113726152	rs34649612	C	T	2588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=49;PP=1595;ReadPosRankSum=1.282;SC=GGACTGCAATCGAGGGCCTGA;SOR=0.576;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=69;TCR=60;TR=104;WE=113726160;WS=113726142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,114:0.80:143
chr12	113729500	rs73192839	G	C	11163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=670;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.74;ReadPosRankSum=0.899;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,498:0.75:667
chr12	113733830	rs61943642	C	T	5100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.141;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=0.646;SC=GTGCAGCCCCCGCCGCCCAGC;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=136;TCR=108;TR=206;WE=113733838;WS=113733820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,220:0.84:261
chr12	113737630	rs35785542	G	A	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.83;ReadPosRankSum=-1.304;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,106:0.73:146
chr12	113748027	rs75119046	C	T	2068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=18;PP=1332;ReadPosRankSum=1.787;SC=TCGGAGAACCCGGGCTTCTTA;SOR=0.907;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=70;TCR=24;TR=73;WE=113748035;WS=113748017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,84:0.79:107
chr12	113796399	rs12825284	T	C	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=6;PP=225;SC=CGCAGCATTGTGCGGTCATGG;SOR=0.874;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=113796407;WS=113796389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	113807039	rs12146787	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=-0.672;SOR=0.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,10:0.17:58
chr12	114261286	rs930004	T	G	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=32;PP=997;SC=AGAGGGAAGTTGGGGAGAGCG;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=114261294;WS=114261276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	114282496	rs2075387	C	T	3593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.823;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=72;PP=2032;ReadPosRankSum=-0.282;SC=GGCCGTCTTCCGCCGCAGGGC;SOR=0.560;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=202;TCF=102;TCR=100;TR=148;WE=114282504;WS=114282486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,162:0.72:225
chr12	114282678	rs2075386	G	A	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.287;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=702;ReadPosRankSum=1.845;SC=GCCTGCCTGCGTCTCAGATGC;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=46;WE=114282686;WS=114282668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,47:0.78:60
chr12	114296745	rs10744803	C	T	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=3.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.80;ReadPosRankSum=0.335;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,88:0.80:110
chr12	114356357	rs10774721	T	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.76;ReadPosRankSum=-1.321;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr12	114362483	rs3782456	C	T	4989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=0.693;SC=GAACACTTTCCGAATTTCATG;SOR=0.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=263;TCF=159;TCR=104;TR=195;WE=114362491;WS=114362473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,214:0.75:287
chr12	114362621	rs1458713	A	G	10704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=179;NR=197;PP=2962;SC=AGGCAAGGGCACCTGTCAAAC;SOR=0.903;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=376;TCF=179;TCR=197;TR=376;WE=114362640;WS=114362611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr12	114362632	rs3782458	A	G	6227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=0.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.30;ReadPosRankSum=-0.720;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,278:0.77:360
chr12	114362699	rs10774723	G	T	2860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.609;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=74;PP=1822;ReadPosRankSum=-0.577;SC=GATGAGTGATGACCTCCTTTA;SOR=0.979;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=145;TCF=50;TCR=95;TR=112;WE=114362707;WS=114362689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,120:0.77:156
chr12	114377885	rs2290790	G	C	3508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.072;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=67;PP=1737;ReadPosRankSum=0.515;SC=AATGGCCGAAGGTCTCCTGCA;SOR=0.578;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=185;TCF=101;TCR=84;TR=143;WE=114377907;WS=114377875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,159:0.78:203
chr12	114377899	rs7299217	G	C	5421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=82;PP=2962;SC=TCCTGCAGCTGGGCCGCCAGG;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=102;TCR=82;TR=184;WE=114377907;WS=114377875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr12	114379991	rs2290791	T	C	2244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.620;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=22;PP=1452;ReadPosRankSum=-1.277;SC=ACATTTCTTCTTTTCTTTAGA;SOR=0.902;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=123;TCF=89;TCR=34;TR=86;WE=114379999;WS=114379981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,94:0.71:133
chr12	114383559	rs898081	A	G	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=527;ReadPosRankSum=-0.979;SC=CAACAGCAGTACAACGAGCCT;SOR=1.102;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=30;WE=114383567;WS=114383549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr12	114384426	rs11066842	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-1.202;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr12	114393028	rs1037747	C	G	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=684;ReadPosRankSum=3.094;SC=TGAGTGATCACAAAAACAAAC;SOR=0.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=48;WE=114393036;WS=114393018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,55:0.74:74
chr12	114395571	rs2290786	C	T	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=15;PP=881;ReadPosRankSum=1.074;SC=TCATCACCTGCGGGATACACA;SOR=0.658;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=53;WE=114395579;WS=114395561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,56:0.75:75
chr12	114397192	rs140397506	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=2.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,49:0.22:223
chr12	114793240	rs883079	C	T	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=31;PP=1622;SC=AAATCTTGTCCGTGGGGTTCT;SOR=1.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=60;TCR=31;TR=91;WE=114793248;WS=114793230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	114823187	rs2277377	G	T	4166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=104;NR=41;PP=2585;SC=CGGGCAGGAAGGCTGGTGGAG;SOR=1.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=104;TCR=41;TR=145;WE=114823195;WS=114823177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	114837219	rs71940792	TA	T	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=7.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=2.126;SOR=0.254;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,36:0.23:154
chr12	115118997	rs515746	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=0.218;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,11:0.12:89
chr12	115801070	rs1920947	G	A	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.925;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=430;ReadPosRankSum=0.500;SC=TTTTGGGCAAGTTACACAGCC;SOR=0.180;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=28;WE=115801078;WS=115801060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr12	115802115	.	G	GT	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=2.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,53:0.20:264
chr12	116403920	rs3088260	G	A	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.50;ReadPosRankSum=-0.142;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,58:0.74:78
chr12	116412921	rs1992068	AT	TC	3199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=19;PP=2057;ReadPosRankSum=-1.342;SC=GTTAATGACAATAGCTGAGCC;SOR=0.527;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=62;WE=116412930;WS=116412911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,76:0.84:91
chr12	116586414	rs113328518	CTATA	C,CTA	505.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.485;QD=28.10;ReadPosRankSum=1.547;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,5,12:0.28,0.67:18
chr12	117013730	rs7303998	G	C	3259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=44;PP=1672;ReadPosRankSum=-0.705;SC=TCGCCGCCGCGGCCCAGATCC;SOR=0.576;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=164;TCF=110;TCR=54;TR=127;WE=117013738;WS=117013720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,141:0.77:184
chr12	117186316	rs1532395	A	G	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.96;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	117187907	rs111256849	T	C	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=1.856;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,36:0.20:178
chr12	117217141	rs4767452	T	C	3955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=95;PP=2034;ReadPosRankSum=0.425;SC=TCATCCTGGCTGTCAAGTCCA;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=88;TCR=115;TR=167;WE=117217149;WS=117217131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,180:0.82:220
chr12	117273718	rs35816260	G	A	7074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.359;SC=CAGGGGTCACGAGTGATCCTT;SOR=1.063;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=368;TCF=211;TCR=157;TR=299;WE=117273726;WS=117273708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,307:0.80:383
chr12	117286981	rs4767461	C	T	2164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.33;ReadPosRankSum=0.212;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,95:0.85:112
chr12	117289613	rs903775	G	C	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-1.362;QD=15.66;ReadPosRankSum=0.777;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,107:0.73:146
chr12	117290601	rs903772	T	C	2284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=57;PP=1248;ReadPosRankSum=0.141;SC=TCAGCCTCCCTGTAGCCATCT;SOR=0.414;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=49;TCR=66;TR=101;WE=117290609;WS=117290591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,105:0.85:124
chr12	117348968	rs112339051	C	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-1.915;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,17:0.27:63
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chr12	117383320	rs4076700	G	A	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=771;ReadPosRankSum=-0.279;SC=CACATGTTACGAACCAACTGG;SOR=0.843;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=58;WE=117383328;WS=117383310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,67:0.74:90
chr12	117402755	rs6490101	T	C	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=9;PP=200;SC=TCCCTCCATATGTACACGTGG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=117402763;WS=117402745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	117423264	rs7131746	G	A	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.442;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=962;ReadPosRankSum=0.303;SC=TGGGTCTAATGTAAGCACGTA;SOR=0.048;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=67;WE=117423272;WS=117423254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,72:0.84:86
chr12	117465857	rs4529958	T	C	5717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=130;NR=78;PP=2965;SC=TCCGCGCCTATGAGTTTGCGG;SOR=1.195;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=130;TCR=78;TR=208;WE=117465865;WS=117465847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr12	117465981	rs2291916	T	C	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.991;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,70:0.25:280
chr12	117476896	rs9308	C	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-1.777;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,35:0.19:186
chr12	117477082	rs118025365	G	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=1.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=2.188;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,50:0.19:266
chr12	117477104	rs2270794	C	T	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=1.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.138;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,44:0.21:210
chr12	117486478	rs2291911	C	T	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FS=1.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.034;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:426,109:0.20:535
chr12	117494543	rs2173654	A	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.276;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr12	117494587	rs2173653	G	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=91;ReadPosRankSum=-0.394;SC=CTGCCACTGGGCTGGTTCAGG;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=12;WE=117494595;WS=117494577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr12	117646196	.	CGT	C	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr12	117660467	rs816363	C	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-1.439;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,14:0.22:65
chr12	117665544	rs904658	A	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.714;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=370;ReadPosRankSum=0.746;SC=AAATAAAAGTAACAGTTGGCA;SOR=0.381;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=132;TCF=49;TCR=83;TR=37;WE=117665552;WS=117665534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,42:0.29:143
chr12	117672711	rs10588671	CTAT	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.809;NF=0;NR=2;PP=36;ReadPosRankSum=-0.899;SC=CCCCATCATTCTATTATTATT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=2;WE=117672721;WS=117672701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr12	117681353	rs34385734	A	ACCAT	1083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;QD=43.35;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	117685138	rs2291908	T	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.685;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,35:0.29:119
chr12	117685270	rs1047735	G	A	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-2.123;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,36:0.26:141
chr12	117696164	rs1093329	G	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=326;ReadPosRankSum=0.252;SC=AGTTACCCTCGGGGGTGGCGG;SOR=0.619;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=70;TCR=39;TR=33;WE=117696172;WS=117696154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,36:0.30:119
chr12	117701714	rs2293054	A	G	5686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.235;SC=TCTTGAAGCCAATGGCTCGCC;SOR=0.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=321;TCF=164;TCR=157;TR=251;WE=117701722;WS=117701704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,263:0.79:331
chr12	117705774	rs3741480	C	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=219;ReadPosRankSum=-1.135;SC=TCTCTTGATCCTCTGCATCAA;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=10;WE=117705782;WS=117705764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr12	117715724	rs3215291	AC	A	4318.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=38;PP=2951;SC=CACTGGGCAAACCCACTCACC;SOR=1.695;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=53;TCR=41;TR=87;WE=117715732;WS=117715714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr12	117718473	rs11282297	G	GGGTAAAA	11689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=61;PP=2973;SC=AAAAGTCTGTGGTCTGGGGAC;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=98;WE=117718481;WS=117718463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr12	117724225	rs9658354	A	T	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=560;SC=AAGATAAAGCAGACACTGTAA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=117724233;WS=117724215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	117768105	rs111326073	G	GCACA	1223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.25;ReadPosRankSum=0.667;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr12	117905636	rs36058871	T	TA,TAAA	863.14	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.987;HP=14;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5,5;NR=42,42;PP=1326,391;ReadPosRankSum=0.175;SC=ATAGGCTGAATAAAAAAAAAA;SOR=0.589;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=64;TCF=5;TCR=59;TR=47,47;WE=117905644;WS=117905626;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.82:67
chr12	117907449	rs12304889	T	C	3290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.171;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=46;PP=2333;ReadPosRankSum=-2.116;SC=GGGAGAGACATTAAGGGAGAA;SOR=0.979;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=179;TCF=118;TCR=61;TR=138;WE=117907457;WS=117907439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,143:0.76:188
chr12	117907691	rs11068505	C	T	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.632;NF=10;NR=41;PP=970;ReadPosRankSum=1.100;SC=TTTGTCCACTCATCTGCCCCA;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=51;WE=117907699;WS=117907681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,61:0.85:72
chr12	117965105	.	CAG	C	258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.887;ClippingRankSum=-0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.56;MQRankSum=1.192;QD=16.17;ReadPosRankSum=0.105;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr12	117965119	rs77601255	C	G	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=5.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.03;MQRankSum=0.625;QD=1.79;ReadPosRankSum=-0.713;SOR=2.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr12	118017201	rs4767569	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.859;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
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chr12	118298356	rs2592288	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=5.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=1.542;SOR=2.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,5:0.14:37
chr12	118455480	.	AT	A	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.186;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=5.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.629;QD=5.03;ReadPosRankSum=2.212;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
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chr12	118506186	rs67405503	A	T	4115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=1.834;QD=17.29;ReadPosRankSum=1.523;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,183:0.77:238
chr12	118508659	rs12809627	T	C	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=1.700;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=10;PP=802;ReadPosRankSum=0.695;SC=ATCTGGAAAATGGAGATGTCA;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=49;WE=118508667;WS=118508649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,49:0.83:59
chr12	118509086	rs7135400	A	T	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-4.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=772;ReadPosRankSum=1.142;SC=GGTGGGAGCAAGGCAGGGGCC;SOR=0.628;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=35;WE=118509094;WS=118509076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,41:0.79:52
chr12	118509124	rs11613924	A	G	2439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=14;PP=1707;ReadPosRankSum=-0.298;SC=ACCTTTTCAAAAGTCTGGAAG;SOR=0.501;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=98;TCF=82;TCR=16;TR=78;WE=118509132;WS=118509114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,87:0.79:110
chr12	118509148	rs7308222	C	T	6599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.02;ReadPosRankSum=-1.226;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,157:0.81:194
chr12	118509157	rs7296643	T	C	7201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.26;ReadPosRankSum=-1.251;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,193:0.81:238
chr12	118509191	rs7307331	G	A	6959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=5.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.98;ReadPosRankSum=0.643;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,310:0.80:387
chr12	118509347	rs9669474	T	C	5735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.265;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=135;PP=2768;ReadPosRankSum=-0.085;SC=TCCCTTTCTCTGCGTGGATCC;SOR=0.532;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=328;TCF=136;TCR=192;TR=236;WE=118509355;WS=118509337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,272:0.74:369
chr12	118511880	rs141835961	T	TTTTTGTTTTG	1083.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.12;ReadPosRankSum=0.193;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,26:0.96:27
chr12	118520170	rs7488309	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=6.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=1.045;SOR=0.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,28:0.23:121
chr12	118520240	rs6490164	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=72;ReadPosRankSum=1.120;SC=GCCGCCTGGGGATGACAGGGG;SOR=0.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=8;WE=118520248;WS=118520230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr12	118541239	rs7961197	C	T	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.151;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=16;PP=1257;ReadPosRankSum=0.308;SC=GCAAAGACGGCCGAGCTGCGA;SOR=1.609;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=85;TCF=63;TCR=22;TR=69;WE=118541247;WS=118541229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,70:0.80:88
chr12	118589094	.	GCACA	G	173.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.30;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr12	118589098	.	A	G	504	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MMLQ=20;MQ=60.06;NF=2;NR=12;PP=504;QD=38.4836580391;SC=GCGCGCGCACACACACACACA;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=14;WE=118589109;WS=118589084;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr12	118675984	.	GA	G	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=0.458;SOR=0.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,24:0.20:120
chr12	118817877	rs10850967	G	A	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.286;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=17;PP=818;ReadPosRankSum=-1.219;SC=TTGATTTTACGGGAGTTTATT;SOR=1.054;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=55;WE=118817885;WS=118817867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,66:0.80:83
chr12	118821800	.	C	CT	756.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=4.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.21;ReadPosRankSum=-0.513;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,45:0.73:62
chr12	118827971	rs7304342	T	C	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=433;ReadPosRankSum=-1.509;SC=GGAATACTCATCCCTAACTGC;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=22;WE=118827979;WS=118827961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr12	118828801	rs61943397	A	G	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.732;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=461;ReadPosRankSum=0.896;SC=TCTCAGACACACTGTTACTGC;SOR=1.213;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=34;WE=118828809;WS=118828791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr12	118838638	rs7309484	C	T	8287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=198;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.037;SC=TGCTAGGGTACACATGGCCGT;SOR=0.598;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=490;TCF=225;TCR=265;TR=368;WE=118838646;WS=118838628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,385:0.75:514
chr12	118839867	rs61943404	G	A	6312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.732;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=0.599;SC=TTGGAAAAGGGTGTGAATACC;SOR=0.891;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=343;TCF=150;TCR=193;TR=262;WE=118839875;WS=118839857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,277:0.76:364
chr12	118841410	rs7136676	C	T	4615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.869;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=1.642;SC=TTTCAGATCACGGCTGCTGCT;SOR=0.870;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=250;TCF=109;TCR=141;TR=196;WE=118841418;WS=118841400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,204:0.78:261
chr12	118851925	rs7312555	C	T	843.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=562;ReadPosRankSum=-1.072;SC=GGCTGAGAAACGAGTTCAAGG;SOR=0.859;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=29;WE=118851933;WS=118851916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,32:0.91:35
chr12	119563064	rs7311828	A	G	3121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.720;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=28;PP=2206;ReadPosRankSum=0.845;SC=GAGATGGAGAACTTCGGGAGG;SOR=0.949;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=149;TCF=110;TCR=39;TR=113;WE=119563072;WS=119563054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,120:0.76:158
chr12	119563084	rs7296134	C	G	3884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.808;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=52;PP=2421;ReadPosRankSum=-0.089;SC=GGATGGTGACCAGTGCAAAGG;SOR=0.997;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=211;TCF=139;TCR=72;TR=161;WE=119563092;WS=119563074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,175:0.77:227
chr12	119563288	rs34186549	A	AC	6927.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.027;NF=11;NR=114;PP=2963;ReadPosRankSum=0.822;SC=AGAGCAGGTAACCCCTTGCCC;SOR=0.637;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=212;TCF=16;TCR=196;TR=125;WE=119563296;WS=119563278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,248:0.71:347
chr12	119563372	rs58198276	C	G	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.043;NF=8;NR=42;PP=1009;ReadPosRankSum=1.496;SC=CTCCACACTTCCAGCACAGGG;SOR=0.843;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=13;TCR=64;TR=50;WE=119563380;WS=119563362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,54:0.66:82
chr12	119568421	rs7298308	C	G	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=6;PP=766;ReadPosRankSum=0.862;SC=GTTGGTCCTGCATACATCTCC;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=38;WE=119568429;WS=119568411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,37:0.74:50
chr12	119568670	rs7298583	C	A	4856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.601;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=102;PP=2620;ReadPosRankSum=-0.051;SC=CCTCTGCCAGCCTTGGCCACG;SOR=0.933;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=244;TCF=115;TCR=129;TR=191;WE=119568678;WS=119568660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,215:0.79:272
chr12	119568691	rs4298970	A	G	4101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.337;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=90;PP=2444;ReadPosRankSum=0.202;SC=ACACTTGGGGAATGTGGAGGC;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=86;TCR=114;TR=157;WE=119568699;WS=119568681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,177:0.80:222
chr12	119591176	rs34002484	A	AC	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.793;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=0.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr12	119722133	rs200971796	AC	A	395.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.772;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=322;ReadPosRankSum=0.151;SC=TATGCATATAACAGGATGCTA;SOR=0.223;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=6;WE=119722143;WS=119722123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr12	119722135	rs116014361	A	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.772;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=330;ReadPosRankSum=-0.169;SC=TGCATATAACAGGATGCTAAA;SOR=0.223;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=10;WE=119722143;WS=119722123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr12	119866533	rs1064319	A	G	7901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=160;PP=2965;SC=GGACAAGGAAATAATAAACCT;SOR=1.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=276;TCF=116;TCR=160;TR=274;WE=119866541;WS=119866523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr12	119957861	rs708884	T	C	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=1.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=-0.585;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,60:0.20:302
chr12	119957895	rs115862562	G	A	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=5.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,86:0.27:320
chr12	119958068	rs573590	T	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=1.368;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,14:0.20:70
chr12	119960612	rs708887	G	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=5.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr12	119978404	rs708889	A	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.38;ReadPosRankSum=-0.444;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,27:0.12:219
chr12	120067561	rs2301653	T	C	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.44;ReadPosRankSum=0.148;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,69:0.73:95
chr12	120067727	rs2301654	C	T	5117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=97;PP=2815;ReadPosRankSum=0.804;SC=CTTTCTCGAACGCCCGTTGGA;SOR=0.638;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=253;TCF=136;TCR=117;TR=205;WE=120067735;WS=120067717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,230:0.82:282
chr12	120067864	rs2893805	G	A	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=35;PP=920;ReadPosRankSum=-1.752;SC=CTTCTAGTGCGGGAGTGGGTG;SOR=0.495;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=55;WE=120067872;WS=120067854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,64:0.77:83
chr12	120078577	rs2301655	T	C	2842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.807;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.308;NF=51;NR=61;PP=1638;ReadPosRankSum=0.817;SC=CCAAAGGAGTTTCTAAGGAAT;SOR=0.969;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=63;TCR=76;TR=112;WE=120078585;WS=120078567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,124:0.83:149
chr12	120078664	rs111558498	A	AAG	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.93;MQRankSum=0.674;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.771;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	120106376	rs6490267	G	T	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=649;ReadPosRankSum=1.071;SC=TCTCTTAGCGGTCCAAGAACC;SOR=0.540;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=35;WE=120106384;WS=120106366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,40:0.74:54
chr12	120112099	rs278145	C	T	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.323;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=17;PP=1605;ReadPosRankSum=-0.963;SC=AGAATAACTCCGCAGACCTTC;SOR=1.187;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=116;TCF=89;TCR=27;TR=83;WE=120112107;WS=120112089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,85:0.71:120
chr12	120114205	rs10849690	C	G	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=474;ReadPosRankSum=2.150;SC=CTCTTGGAACCAGTGCATCCT;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=33;WE=120114213;WS=120114195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr12	120114507	rs278149	G	T	4205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=103;PP=2716;ReadPosRankSum=0.788;SC=CGGACCATCCGCCGTGGGTCA;SOR=0.714;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=234;TCF=97;TCR=137;TR=178;WE=120114515;WS=120114497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,185:0.76:243
chr12	120126074	rs10669112	A	AAGG	5816.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.395;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=43;PP=2868;ReadPosRankSum=0.291;SC=GGAGTGAAATAAGGAGGAGTG;SOR=0.446;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=104;TCF=20;TCR=84;TR=60;WE=120126082;WS=120126064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,144:0.70:206
chr12	120135717	rs278126	G	T	5087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=0.374;SC=GAAGGAACATGCGGCCGGCCC;SOR=0.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=271;TCF=142;TCR=129;TR=207;WE=120135725;WS=120135707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,220:0.77:287
chr12	120150196	rs804667	C	T	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.9803;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=1084;ReadPosRankSum=0.716;SC=GGATTTCCCCCGTTCCCACTG;SOR=0.633;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=64;WE=120150204;WS=120150186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,75:0.84:89
chr12	120158203	rs7299963	C	T	3567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.83;ReadPosRankSum=0.661;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,161:0.76:212
chr12	120171995	rs278109	T	C	6812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.110;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.974;SC=TGTCCAGCATTCTCTGCAGCT;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=367;TCF=220;TCR=147;TR=288;WE=120172003;WS=120171985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,296:0.78:381
chr12	120189879	rs904655	A	G	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.34;ReadPosRankSum=-0.357;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
chr12	120189888	rs904654	T	C	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.86;ReadPosRankSum=1.198;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,46:0.70:66
chr12	120220282	rs440299	A	G	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=4;PP=498;ReadPosRankSum=-1.509;SC=AGGTCCAAGCAAGCCGAGATG;SOR=1.067;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=33;WE=120220290;WS=120220272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,33:0.82:40
chr12	120220589	rs385959	C	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=537;ReadPosRankSum=1.515;SC=TGGTTGCCGACTCCGGTTTCC;SOR=1.510;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=26;WE=120220597;WS=120220579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr12	120270528	rs4767849	T	C	3277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=37;PP=2320;SC=GGACCAAGAATACTTTTTAGT;SOR=1.532;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=80;TCR=37;TR=117;WE=120270536;WS=120270518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	120541570	rs17499109	G	A	2157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=22;PP=1495;ReadPosRankSum=0.290;SC=GGCACCGGTCGCTCAACTGTG;SOR=0.639;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=83;TCR=29;TR=85;WE=120541578;WS=120541560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,88:0.76:116
chr12	120541597	rs73217390	G	A	3716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=1.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.29;ReadPosRankSum=0.602;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,167:0.78:215
chr12	120567406	rs2240312	C	A	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=39;PP=1223;SC=ACACTGACCCCCCCTGCTCCT;SOR=1.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=120567414;WS=120567396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	120575549	rs3864938	A	C	12048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=226;NR=195;PP=2965;SC=TCCAGCAGATACTCGATGATG;SOR=0.762;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=421;TCF=226;TCR=195;TR=421;WE=120575557;WS=120575539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr12	120588852	rs4503602	A	G	4574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=100;NR=61;PP=2965;SC=CGCACAAGCAACGGCCTCCAC;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=100;TCR=62;TR=161;WE=120588860;WS=120588842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr12	120589160	rs2286046	A	G	3801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=61;PP=1999;ReadPosRankSum=-1.060;SC=TGGCTGGCACAAGGGGTGGCA;SOR=0.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=66;TCR=62;TR=127;WE=120589168;WS=120589150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,146:0.99:147
chr12	120591251	rs10735071	C	T	11835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=202;NR=229;PP=2965;SC=GTCAACCCTACAGGCTGCATC;SOR=0.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=431;TCF=202;TCR=229;TR=431;WE=120591259;WS=120591241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,465:1.00:465
chr12	120606163	rs6490286	T	C	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=72;PP=2182;SC=AGAGCTGATCTACTCCATCCT;SOR=1.947;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=30;TCR=72;TR=102;WE=120606171;WS=120606153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	120628027	rs374746867	CA	C	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=9.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=-0.630;SOR=0.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,36:0.34:106
chr12	120635309	rs200853016	A	AATCCAAGT	487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.152;QD=4.65;ReadPosRankSum=1.128;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,19:0.18:105
chr12	120661977	rs4767884	T	C	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.50;SOR=3.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	120720038	rs7960743	T	C	5145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=109;NR=70;PP=2780;SC=CACTGCCGCCTGGCCCCTCCA;SOR=1.053;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=110;TCR=71;TR=179;WE=120720046;WS=120720028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr12	120750239	rs2261612	A	G	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=31;PP=1678;SC=CTGTTCAGTCAGCGTCTTCCT;SOR=1.499;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=65;TCR=31;TR=95;WE=120750247;WS=120750229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	120783527	rs1076205	G	A	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=33;PP=1025;SC=GAAGTGAGGCGCTGACCTCTC;SOR=1.098;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=65;WE=120783535;WS=120783517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	120783561	rs1076206	T	C	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=25;PP=690;SC=ATCGCCCCCCTACTGCAGGTC;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=120783569;WS=120783551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	120791042	rs1007469	G	A	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=-1.251;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr12	120794653	rs1179441	T	C	3331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.042;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=32;PP=2303;ReadPosRankSum=-1.363;SC=CCCCTGCTAGTCCTGGGAGCA;SOR=0.261;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=158;TCF=119;TCR=39;TR=122;WE=120794661;WS=120794643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,128:0.78:164
chr12	120796703	rs1179445	T	A	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=9;PP=1066;ReadPosRankSum=0.050;SC=ACGCAGATCCTGGGGGATAGG;SOR=0.519;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=78;TCF=67;TCR=11;TR=56;WE=120796711;WS=120796693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,63:0.75:84
chr12	120800823	rs757123	A	G	3870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=73;PP=2192;ReadPosRankSum=-0.464;SC=CCCCAGCAGCAAGCGCCCCCA;SOR=0.667;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=226;TCF=121;TCR=105;TR=160;WE=120800831;WS=120800813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,180:0.71:253
chr12	120801064	rs34243955	GC	G	133.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=61.34;NF=1;NR=5;PP=102;SC=CTCTTTAAAGGCCCCCCCCCC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=120801072;WS=120801054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	120806129	rs111293994	C	CT	2799.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=3.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=0.810;QD=26.17;ReadPosRankSum=2.980;SOR=1.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,91:0.85:107
chr12	120806923	.	AGCG	A	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.234;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,7:0.14:50
chr12	120897652	rs28390349	T	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=-1.271;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,15:0.17:86
chr12	120907271	rs11548262	G	T	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=1.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.615;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,79:0.21:382
chr12	120947948	rs500003	G	A	11197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.10;ReadPosRankSum=-0.634;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,428:1.00:429
chr12	120954490	rs3742049	C	T	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=657;ExcessHet=3.0103;FS=0.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:513,141:0.22:654
chr12	120959924	rs1167696	C	T	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.047;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=12;PP=693;ReadPosRankSum=0.374;SC=CACCATCTTCCGCCTCGTGTT;SOR=1.085;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=79;TCF=55;TCR=24;TR=47;WE=120959932;WS=120959914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,58:0.64:90
chr12	120961706	rs117192040	G	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=290;ReadPosRankSum=-0.747;SC=CCAGCTACTCGGGTGGTTGGG;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=18;WE=120961714;WS=120961696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr12	120977381	rs1167723	T	C	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.827;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=54;PP=1147;ReadPosRankSum=0.970;SC=GAAATGAAGATGCCAAGTAAT;SOR=0.456;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=41;TCR=70;TR=86;WE=120977389;WS=120977371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,94:0.75:126
chr12	120994932	rs7956998	G	A	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=15;PP=1622;SC=ATGTACCTACGTTGTAAACAA;SOR=2.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=55;TCR=15;TR=70;WE=120994940;WS=120994922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	120995332	rs2292681	G	A	5593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.37;ReadPosRankSum=-1.218;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,258:0.71:364
chr12	120998481	rs787949	G	A	4121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=48;PP=2092;SC=CTACACCATCGTGAGCTTTGA;SOR=1.060;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=83;TCR=49;TR=131;WE=120998489;WS=120998471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	121004564	rs35710723	CA	C	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.431;QD=4.94;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr12	121008958	rs2280168	G	A	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=2.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=1.209;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,75:0.24:307
chr12	121014841	rs3088345	G	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=408;ReadPosRankSum=0.084;SC=CTCTGCTGTAGCATCATGTCA;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=26;WE=121014849;WS=121014831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,28:0.85:33
chr12	121017171	rs7174	A	G	4582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=97;NR=53;PP=2762;SC=TCCTCCTCTAATAAGCAGCTT;SOR=1.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=97;TCR=53;TR=150;WE=121017179;WS=121017161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr12	121017264	rs2301456	C	T	5161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=0.988;SC=GGAGTGATTTCTTCAGCTTAA;SOR=0.590;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=288;TCF=165;TCR=123;TR=228;WE=121017272;WS=121017253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,244:0.79:308
chr12	121017439	rs563920	A	G	6604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=114;PP=2965;SC=CTTGTGAAAGATCTCGACCTT;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=99;TCR=114;TR=213;WE=121017447;WS=121017429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr12	121018862	rs10774559	C	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.712;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=468;ReadPosRankSum=-1.271;SC=CGGCGCCTGCCCCCTCCACAT;SOR=0.086;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=27;WE=121018870;WS=121018852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr12	121019323	rs591992	T	C	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=15;PP=422;SC=CTGTCAGCTCTCTCAAGCCCC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=121019331;WS=121019313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	121093633	.	CGT	C	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=1.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.560;QD=1.38;ReadPosRankSum=-2.698;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,43:0.18:241
chr12	121248584	rs674021	G	A	4498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr12	121341535	rs35912287	G	GC	399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.66;ReadPosRankSum=1.168;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr12	121341849	rs2686458	A	G	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=9;PP=351;SC=CGGGCTCCGAAGCGGCCCCGC;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=121341857;WS=121341839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	121431272	rs2071190	T	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=163;ReadPosRankSum=-0.058;SC=GGAATGGACGTGGGAAGGTGA;SOR=0.713;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=13;WE=121431280;WS=121431262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr12	121432302	rs1169302	T	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=4.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=-1.190;SOR=1.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,22:0.19:113
chr12	121434630	rs55853809	C	CTCATTCAT	793.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.186;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,26:0.23:112
chr12	121437221	rs1169304	T	C	2380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=876;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-1.284;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:681,193:0.22:874
chr12	121437382	rs1169305	A	G	5028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=109;PP=2965;SC=GGACCCTGCCAGCATCCAGCA;SOR=1.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=69;TCR=110;TR=178;WE=121437390;WS=121437372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr12	121442199	rs3751151	T	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=-1.280;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,39:0.15:263
chr12	121442214	rs3751150	G	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=0.208;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,28:0.13:213
chr12	121454257	rs2258227	T	A	2396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=949;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=1.348;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:747,198:0.21:945
chr12	121458400	rs12819210	C	T	2331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=41;PP=1350;ReadPosRankSum=-1.249;SC=CTTTCTTCTTCGAGAGGATGA;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=65;TCR=52;TR=92;WE=121458408;WS=121458390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,102:0.78:130
chr12	121593019	rs1718125	C	T	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=18;PP=1242;ReadPosRankSum=0.802;SC=TTGATTCACTCGCGCTTGATT;SOR=0.350;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=68;WE=121593027;WS=121593009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,73:0.79:92
chr12	121593355	rs1653585	C	A	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.094;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=817;ReadPosRankSum=1.044;SC=GCGAGAGGGACAAAGGGGCAC;SOR=0.287;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=46;WE=121593363;WS=121593345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,51:0.75:68
chr12	121594056	rs208290	G	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=421;ReadPosRankSum=1.357;SC=TGAGCCCACAGATATCTACTG;SOR=1.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=21;WE=121594064;WS=121594046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
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chr12	121598652	rs1653583	G	A	4853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.65;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,223:0.81:275
chr12	121600180	rs208293	C	T	3081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=50;PP=1808;ReadPosRankSum=2.658;SC=ACGTCCTCTCCGCAGTTCTTT;SOR=0.669;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=88;TCR=61;TR=121;WE=121600188;WS=121600170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,134:0.80:167
chr12	121600253	rs208294	T	C	3774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=70;PP=2169;ReadPosRankSum=-0.851;SC=GTGTGTAGTGTATGAAGGGAA;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=89;TCR=84;TR=144;WE=121600261;WS=121600243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,165:0.82:201
chr12	121603053	rs208304	T	C	1369.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.6922;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=9;PP=1013;ReadPosRankSum=0.319;SC=TCTCTTCATGTATCCCAAAGA;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=48;WE=121603061;WS=121603043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,51:0.89:57
chr12	121603118	rs507085	T	C	5541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=5.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.79;ReadPosRankSum=-0.039;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,133:0.81:164
chr12	121603122	rs654856	C	A	5686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=4.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.95;ReadPosRankSum=-0.055;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,145:0.81:178
chr12	121603745	rs208306	T	G	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.617;NF=21;NR=3;PP=630;ReadPosRankSum=0.407;SC=CAGGAGGCAGTGATCATTTGG;SOR=1.244;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=24;WE=121603753;WS=121603735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr12	121603825	rs36144485	ATGTT	A	3778.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.992;NF=23;NR=28;PP=2281;ReadPosRankSum=0.102;SC=TTCAATCGAGATGTTTGTTTG;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=51;WE=121603836;WS=121603815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,94:0.81:116
chr12	121603856	rs208307	C	G	3156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.948;NF=82;NR=48;PP=2123;ReadPosRankSum=1.090;SC=TTTAATTATGCACAGGAGAAA;SOR=0.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=103;TCR=59;TR=130;WE=121603864;WS=121603846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,134:0.77:173
chr12	121605599	rs686638	C	T	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.90;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr12	121613046	rs7137837	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=78;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=13;NR=2;PP=220;ReadPosRankSum=-1.723;SC=CCTAGCAAGTCAAGGCTGCAG;SOR=0.646;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=15;WE=121613054;WS=121613036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr12	121613113	.	C	CAAAAAAAAA	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.391;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr12	121615103	rs1718119	G	A	2372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.727;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=40;PP=1180;ReadPosRankSum=0.328;SC=TCCCCAGGCCGCTGTGTTCAT;SOR=0.504;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=113;TCF=57;TCR=56;TR=86;WE=121615111;WS=121615093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,103:0.79:131
chr12	121615283	rs1653598	T	C	448.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=-0.700;SC=CACCAAGACATGGAGAGATTC;SOR=1.721;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=19;WE=121615291;WS=121615273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr12	121622007	rs12815078	A	G	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.053;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=497;ReadPosRankSum=0.150;SC=GCTACTATAAATCATGTAATA;SOR=0.141;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=27;WE=121622015;WS=121621997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,34:0.81:42
chr12	121622023	rs1626329	C	T	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.323;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=499;ReadPosRankSum=1.544;SC=TAATATTAAACGTAACTTTAT;SOR=0.042;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=33;WE=121622031;WS=121622013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,40:0.78:51
chr12	121622304	rs3751143	A	C	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=0.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.181;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,105:0.25:412
chr12	121622520	rs1653624	A	T	4822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=91;PP=2933;SC=GACTTTGCCAACCTGCCCAGC;SOR=1.166;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=69;TCR=91;TR=160;WE=121622528;WS=121622510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr12	121622563	rs1621388	G	A	1993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.760;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=51;PP=1291;ReadPosRankSum=0.570;SC=AAGAGTTTCCGAAGAGTGAAG;SOR=1.233;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=111;TCF=49;TCR=62;TR=86;WE=121622571;WS=121622553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,89:0.77:116
chr12	121678327	.	CT	C	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=3.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=-1.632;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,30:0.28:109
chr12	121764799	rs4980993	A	C	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=19;PP=1300;SC=GTCGAGCAGAACTGTCCAACA;SOR=1.581;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=68;WE=121764807;WS=121764789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	121768248	rs2280067	C	T	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=0;PP=752;SC=TAATTAAAGTCATATGAAACT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=29;WE=121768256;WS=121768238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	121773552	rs3751162	T	C	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=19;PP=587;SC=ATCAATGTATTTTAAACGCTG;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=121773560;WS=121773542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	121785795	rs1169961	C	A	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=52;PP=1466;SC=TCACTCCAAACATGCAAATAA;SOR=2.271;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=68;WE=121785803;WS=121785785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	121789927	rs1799525	C	A	3812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=24;PP=2965;SC=AGCCAGCGGGCGCCTCTCACC;SOR=2.852;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=101;TCR=24;TR=125;WE=121789935;WS=121789917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	121853164	rs11065565	T	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=411;ReadPosRankSum=-1.017;SC=TGGCTCACACTTGTAATCTGA;SOR=1.037;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=23;WE=121853172;WS=121853154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr12	121870922	rs12427382	G	A	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.57;ReadPosRankSum=1.006;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,89:0.81:110
chr12	121871006	rs11065575	A	C	2307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.97;ReadPosRankSum=-0.104;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,107:0.79:136
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chr12	121880520	rs3751131	G	A	3113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=68;PP=1674;ReadPosRankSum=1.065;SC=AGCGGGAGTGGTCGCTCTCCC;SOR=0.512;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=144;TCF=57;TCR=87;TR=116;WE=121880528;WS=121880510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,137:0.84:163
chr12	121881848	rs10849885	G	A	4211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.40;ReadPosRankSum=-1.775;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,194:0.80:242
chr12	121882098	rs3817551	T	G	9985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FS=1.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.06;ReadPosRankSum=1.078;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,443:0.80:553
chr12	121905127	.	G	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=440;ReadPosRankSum=1.868;SC=GCTCGGGCTCGGGCTCCCGCT;SOR=0.885;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=27;WE=121905135;WS=121905117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr12	121954670	rs11433051	G	GA	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.561;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr12	122017894	.	GA	G	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.646;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.461;QD=1.47;ReadPosRankSum=1.452;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr12	122064773	rs141919534	CCCGCCA	C	11277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.88;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr12	122097043	.	GCA	G	686.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=2.686;QD=5.54;ReadPosRankSum=3.698;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,42:0.34:124
chr12	122181461	.	C	CA	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.793;QD=1.61;ReadPosRankSum=1.336;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,14:0.24:59
chr12	122186268	rs28651018	C	T	3843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.24;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,169:0.76:223
chr12	122186317	rs28655666	G	A	4244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.90;ReadPosRankSum=1.295;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,190:0.71:267
chr12	122208968	rs11608693	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.004;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,18:0.17:105
chr12	122217856	rs59641582	G	GGT	3620.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=25;PP=1720;SC=GGTTCCCCCAGGTGTCTCCCA;SOR=0.867;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=33;WE=122217864;WS=122217846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	122231368	rs2707067	C	A	4452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.44;ReadPosRankSum=-0.987;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,174:0.99:175
chr12	122231573	rs2707066	C	T	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=21;PP=516;SC=GGCGGCGCGCCGGGCACTAGC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=122231581;WS=122231563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	122243595	rs67605254	ATT	A	154.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.47;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr12	122243905	rs1168666	C	T	12953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=236;NR=232;PP=2965;SC=ACCTGGGCATCGCCAAGGTGG;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=469;TCF=237;TCR=232;TR=468;WE=122243913;WS=122243895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr12	122248582	rs895952	C	G	26281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=981;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=469;NR=468;PP=2965;SC=CAACACCCCTCCCAGACTCCG;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=937;TCF=469;TCR=468;TR=937;WE=122248590;WS=122248572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,980:1.00:980
chr12	122261456	rs3741593	G	A	11543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=214;NR=182;PP=2965;SC=TGCCACCTGCGGGCTCGCCCG;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=396;TCF=214;TCR=182;TR=396;WE=122261464;WS=122261446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr12	122281575	rs1795963	A	G	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=15;PP=923;SC=TGCAGAGCTCATACTCCCCCC;SOR=1.781;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=55;WE=122281583;WS=122281565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	122284715	rs2247291	T	C	4102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=43;PP=2829;SC=TTTGCAGAGATCGTCCCTGGC;SOR=1.625;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=97;TCR=43;TR=139;WE=122284723;WS=122284705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr12	122287132	rs3832816	CT	C	585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.34;QD=21.69;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	122295335	rs1154510	T	C	12306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=221;NR=232;PP=2965;SC=TAGAATGACGTGGCCTGAATC;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=456;TCF=223;TCR=233;TR=453;WE=122295343;WS=122295325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr12	122296784	rs3741591	C	T	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5012;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=570;ReadPosRankSum=1.633;SC=AGTGCTGGGCCGGAGTATTTA;SOR=0.502;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=35;WE=122296792;WS=122296774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,39:0.81:48
chr12	122326812	rs2230681	T	C	4840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=99;NR=64;PP=2893;SC=CAGGCCGGCGTCGTGACTGTC;SOR=1.055;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=99;TCR=64;TR=163;WE=122326820;WS=122326802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr12	122348746	rs4069666	A	G	14275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=820;ExcessHet=3.0103;FS=0.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=-1.968;QD=17.49;ReadPosRankSum=0.143;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,649:0.80:816
chr12	122348938	rs142734893	T	TTTTTG	1509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.121;NF=2;NR=23;PP=1201;ReadPosRankSum=1.602;SC=CTGTGTAGTTTTTTTGTTTTG;SOR=0.754;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=92;TCF=3;TCR=89;TR=25;WE=122348946;WS=122348928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,39:0.78:50
chr12	122353796	rs14259	A	G	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=3.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.08;ReadPosRankSum=-1.450;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,102:0.73:139
chr12	122359172	rs6486782	T	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=-1.454;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,13:0.15:86
chr12	122359397	rs142042908	G	GGAGGAGGAGGAGAAA	4955.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=50.57;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	122361929	rs34885077	CT	C	999.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=785;SC=TCCCCCAGTGCTTTTGAGAGT;SOR=1.547;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=20;WE=122361937;WS=122361919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	122369762	rs7313748	C	T	2111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.486;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=44;PP=1281;ReadPosRankSum=-0.263;SC=TCATCTACAACGTGTTCAGGA;SOR=1.037;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=121;TCF=64;TCR=57;TR=85;WE=122369770;WS=122369752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,99:0.72:137
chr12	122386807	rs76025563	A	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.70;ReadPosRankSum=0.800;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
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chr12	122394921	rs11043271	A	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=296;ReadPosRankSum=1.899;SC=ATTAGGTATTATATAGATGCT;SOR=0.719;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=74;TCF=68;TCR=6;TR=20;WE=122394929;WS=122394911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,21:0.27:79
chr12	122396395	rs17852561	C	T	5911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=1.865;SC=TGAGAAGGGGCTTGGAGTCCA;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=294;TCF=139;TCR=155;TR=243;WE=122396403;WS=122396385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,263:0.82:320
chr12	122405912	rs1169081	G	T	7245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.634;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.876;SC=TCCTTTCTAGGTGGGACTTCA;SOR=0.634;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=396;TCF=222;TCR=174;TR=310;WE=122405920;WS=122405902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,325:0.78:419
chr12	122409664	rs658957	T	C	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	122439369	rs1182927	T	C	7740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr12	122468756	rs59397548	A	G	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=35;PP=862;ReadPosRankSum=-0.285;SC=GGGGAGGGAGATTGTCCACTG;SOR=0.643;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=58;WE=122468764;WS=122468746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,60:0.81:74
chr12	122481641	rs111943468	C	CA	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=7.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=1.022;SOR=0.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,21:0.27:79
chr12	122481879	rs34821485	A	C	13509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=802;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=258;NR=317;PP=2962;ReadPosRankSum=1.525;SC=CCAGAGCCCAACTCGGCTGTG;SOR=0.803;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=774;TCF=354;TCR=420;TR=575;WE=122481887;WS=122481869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,598:0.75:802
chr12	122497001	rs28629903	T	C	3366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=39;PP=1966;SC=CCCCAAGGATTTGGAAGGAGT;SOR=1.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=69;TCR=39;TR=108;WE=122497009;WS=122496991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	122615515	rs4758654	C	G	4952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=105;PP=2965;SC=ACGGTTGCCTCCATCTCCCCC;SOR=1.386;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=170;TCF=64;TCR=106;TR=169;WE=122615523;WS=122615505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr12	122616759	rs7955571	G	A	6126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr12	122616766	rs7955575	G	A	6258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.16;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr12	122618752	rs113745793	G	GT,GTT	618.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.496;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.86;ReadPosRankSum=-0.927;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,21,14:0.54,0.36:39
chr12	122619486	rs11057291	G	T	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=7;PP=581;SC=CTCCCAAGGTGCTGGGATTAC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=122619494;WS=122619476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	122619528	rs11287019	CT	C	1215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=12;PP=711;SC=GCCTCTCTATCTTTTTTTTAA;SOR=2.024;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=32;WE=122619536;WS=122619518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	122622207	rs11307581	CT	C	13114.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=194;PP=2971;SC=GGATCTGTGTCTTGTCTGGAA;SOR=1.201;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=222;TCF=18;TCR=204;TR=212;WE=122622215;WS=122622197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr12	122623000	rs4758686	T	C	9556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=163;NR=173;PP=2965;SC=TGCAGAAGACTGTGGAGTACA;SOR=0.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=339;TCF=164;TCR=175;TR=336;WE=122623008;WS=122622990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr12	122625212	rs7488857	A	G	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=6;PP=413;SC=TTTTGATCGCATGTTTGTGCT;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=122625220;WS=122625202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	122626842	rs4758685	G	A	17506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=320;NR=312;PP=2965;SC=GTTGGAAGGCGTCTTTCTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=633;TCF=320;TCR=313;TR=632;WE=122626850;WS=122626832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,678:1.00:678
chr12	122657271	rs7974857	G	C	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=59;PP=1899;SC=ACACGAGCACGCCCTTCTCTT;SOR=1.306;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=97;WE=122657279;WS=122657261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	122658379	rs61955584	T	C	6900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.24;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr12	122658383	rs6489173	A	G	6832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.37;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	122668965	rs10847623	T	C	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	122674032	rs10847725	C	T	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=84;PP=2681;SC=TTCTCAGAGCCGAGATCAATT;SOR=1.517;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=163;TCF=79;TCR=84;TR=160;WE=122674040;WS=122674022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr12	122674143	rs11060051	G	C	2735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=50;PP=1770;SC=CCCCTCCCAGGCCCCTTTCCT;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=89;WE=122674151;WS=122674133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	122674780	rs11060094	C	A	21070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=804;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=371;NR=387;PP=2965;SC=CCTGGTGCTGCAGGGAAACCC;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=762;TCF=372;TCR=390;TR=758;WE=122674788;WS=122674770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,801:1.00:801
chr12	122675882	rs67032306	C	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=4;PP=350;SC=TATCTGCCAACTTCCATTCCA;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=122675890;WS=122675872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	122684732	rs118113211	C	G	10024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.944;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.767;SC=CCTCCCTCCCCAAGGACTGTC;SOR=0.171;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=382;TCF=222;TCR=160;TR=378;WE=122684740;WS=122684722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,395:0.99:397
chr12	122684966	rs11060679	G	C	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=48;PP=2014;SC=CATGGGAGCCGCACTCCCTGG;SOR=1.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=77;WE=122684974;WS=122684956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	122685140	.	A	AGGGGGAGAAAGACAAGAAAGG	13384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.91;QD=48.32;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr12	122689109	.	C	CCCG	4898.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=69;PP=2982;ReadPosRankSum=0.803;SC=TCGCTTCGACCCCGCCGCCGC;SOR=0.673;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=104;TCF=19;TCR=85;TR=83;WE=122689117;WS=122689099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,220:0.90:245
chr12	122691738	rs4758675	C	A	13896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=237;NR=246;PP=2965;SC=GTGCCTGAGGCGGCTGGGGCT;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=484;TCF=237;TCR=247;TR=483;WE=122691746;WS=122691728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,508:1.00:508
chr12	122723317	.	T	TAC	873.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.103;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.470;QD=12.66;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,41:0.59:69
chr12	122724291	rs11057249	C	T	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.99;QD=29.88;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	122738097	.	CA	C	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=0.790;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.909;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr12	122760929	.	CCA	C	871.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.380;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,54:0.22:240
chr12	122762763	rs3066171	G	GA	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=3.031;QD=1.95;ReadPosRankSum=0.378;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,33:0.30:109
chr12	122804034	rs3825097	A	G	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=598;ReadPosRankSum=1.310;SC=ATCAGTCACAATCCAGTGCTG;SOR=0.767;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=31;WE=122804042;WS=122804024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
chr12	122862560	rs55834409	C	G	2681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=66;PP=1796;SC=CAGACAACCTCTAACTTAAAG;SOR=2.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=25;TCR=66;TR=91;WE=122862568;WS=122862550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	122864789	.	CA	C	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.391;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.394;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr12	122865029	rs1803290	T	C	10058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=177;NR=164;PP=2965;SC=TGTTTCTCCTTTGCCTGTTGC;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=341;TCF=177;TCR=164;TR=341;WE=122865037;WS=122865019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr12	122962859	.	G	GA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=4.469;QD=0.28;ReadPosRankSum=1.277;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,32:0.18:181
chr12	122973836	rs117697674	A	G	4564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=114;NR=43;PP=2634;SC=AAGTGAAGACATATGACTATA;SOR=1.719;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=114;TCR=43;TR=157;WE=122973844;WS=122973826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr12	123024332	.	CT	C	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.667;QD=1.82;ReadPosRankSum=2.283;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr12	123087819	.	TA	T	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.947;QD=3.15;ReadPosRankSum=-1.001;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,28:0.38:73
chr12	123103115	rs376934174	CA	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=4.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.132;QD=0.24;ReadPosRankSum=-0.288;SOR=0.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,28:0.20:142
chr12	123186880	rs28682471	C	T	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=47.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.03;MQRankSum=-7.196;QD=2.28;ReadPosRankSum=-3.146;SOR=3.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:353,75:0.18:428
chr12	123186900	rs7314976	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=116.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.87;MQRankSum=-9.621;QD=0.92;ReadPosRankSum=-1.486;SOR=7.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,40:0.12:340
chr12	123200099	rs61955034	T	C	4734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=66;PP=2965;SC=TTCCAGGAAATCTTAGGCCGA;SOR=1.198;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=108;TCR=66;TR=173;WE=123200107;WS=123200089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr12	123200247	rs56308926	G	C	5814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.41;QD=26.43;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr12	123200334	rs116821988	T	C	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=15.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=117.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.08;MQRankSum=-9.414;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.666;SOR=6.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,52:0.21:251
chr12	123200354	rs200905183	G	A	3834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-12.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=107.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.01;MQRankSum=9.811;QD=16.25;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=0.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,195:0.83:236
chr12	123200527	rs118091133	T	C	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.11;QD=31.78;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	123200693	rs17884481	A	G	7021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=136;NR=94;PP=2965;SC=AGGGGCAGGAAGAACTCCAGG;SOR=1.025;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=136;TCR=94;TR=230;WE=123200701;WS=123200683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr12	123200768	rs1798192	T	G	11546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=202;NR=188;PP=2965;SC=ACATTTGCAGTGCCATTCTGG;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=390;TCF=202;TCR=188;TR=390;WE=123200776;WS=123200758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr12	123200937	rs1696352	T	G	11478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=192;NR=199;PP=2965;SC=CCGTGAGGAATATGATGCTGC;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=392;TCF=192;TCR=200;TR=391;WE=123200945;WS=123200927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr12	123201291	rs3825156	A	G	7891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=133;NR=155;PP=2965;SC=TCATGAGTGCAGCTAGTGAGT;SOR=0.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=133;TCR=155;TR=288;WE=123201299;WS=123201281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr12	123265952	rs1798563	A	G	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=65;PP=2012;SC=ATTAGATTTGACCGGGCACGG;SOR=1.969;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=26;TCR=65;TR=91;WE=123265960;WS=123265942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	123281967	rs10744394	G	A	7197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=120;NR=129;PP=2965;SC=ATCCTTCTCTGTCACATAAGA;SOR=0.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=250;TCF=120;TCR=130;TR=249;WE=123281975;WS=123281957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr12	123290951	rs34775544	GTT	G	2223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=4.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.17;ReadPosRankSum=1.426;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:18,98:0.84:116
chr12	123297718	rs4759391	T	A	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=11;PP=619;SC=AGCCTGGGCGTCAGAGCAAGA;SOR=1.121;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=33;WE=123297726;WS=123297708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	123307754	rs7954285	CA	TG	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=10;PP=1171;SC=GTGATCCGCCCACCCTGGCCT;SOR=1.151;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=34;WE=123307763;WS=123307744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	123333065	rs2135014	C	T	9973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr12	123334929	rs7489275	G	T	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQRankSum=3.608;QD=20.02;ReadPosRankSum=-2.373;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,40:0.85:47
chr12	123334946	rs56342419	G	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=3.148;NF=7;NR=14;PP=246;ReadPosRankSum=-2.930;SC=GCCCTGGTTCGGTGGCCGCTG;SOR=0.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=21;WE=123334954;WS=123334936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,32:0.82:39
chr12	123335240	.	T	TG	215	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;FR=0.9898;HP=6;HapScore=2;MGOF=58;MMLQ=27;MQ=40.71;NF=5;NR=2;PP=215;QD=34.2857142857;SC=GCCGCTGGGTTGGGGGGCCCT;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=7;WE=123335248;WS=123335230;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr12	123335287	rs12369846	A	G	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.21;QD=24.70;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	123335483	rs2271048	A	G	4129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.47;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	123335488	rs2271049	G	A	4155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.67;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	123335527	rs2271050	C	T	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=24;NR=26;PP=775;SC=CCGCGTCTCACGCCCAGGCGT;SOR=1.034;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=50;WE=123335535;WS=123335517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	123339344	rs2292136	A	G	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=10;PP=913;SC=GCCCGGTCTCAGGTGATCTCT;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=51;WE=123339352;WS=123339334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	123339712	rs2292138	A	G	13304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=200;NR=254;PP=2965;SC=CCCTTTGAGGACCCCAGGCAC;SOR=0.973;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=454;TCF=200;TCR=254;TR=454;WE=123339720;WS=123339702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
chr12	123340453	rs11418615	G	GC	3056.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=23;PP=2158;SC=AGCTGGAGGTGCGGGGTGGGG;SOR=1.939;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=53;WE=123340461;WS=123340443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	123341289	rs897386	A	C	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.24;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	123341297	rs897385	A	G	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.60;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	123341833	rs7138398	G	C	7372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=120;NR=130;PP=2965;SC=CTGTCTCCGTGATCTGCCTGT;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=251;TCF=120;TCR=131;TR=250;WE=123341841;WS=123341823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr12	123341863	rs2343109	G	C	5070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=109;PP=2737;SC=TTCATGTAAAGGGGATCATAC;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=76;TCR=109;TR=185;WE=123341871;WS=123341853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr12	123342628	rs34131980	CCTCTT	C	8339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=69;PP=2965;SC=TCTAACCTGTCCTCTTCACCC;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=24;TCR=71;TR=92;WE=123342642;WS=123342618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr12	123343571	rs2343110	T	G	22721.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.52;QD=44.21;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr12	123343572	rs5801491	G	GGC	12028.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.198;NF=49;NR=172;PP=2983;ReadPosRankSum=1.229;SC=GCCTGTCGGTGGGGGGGGCTC;SOR=0.778;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=237;TCF=51;TCR=186;TR=221;WE=123343580;WS=123343561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,465:0.99:469
chr12	123343927	rs3215147	C	CG	12513.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FS=2.340;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;MQRankSum=0.892;QD=23.93;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=1.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:40,483:0.92:523
chr12	123344910	rs937765	A	C	5610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=79;PP=2965;SC=CTTGAGGGCCACTTTCCACCT;SOR=1.103;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=111;TCR=80;TR=190;WE=123344918;WS=123344900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr12	123345347	rs7306948	G	A	6138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.92;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr12	123345360	rs7298176	T	C	6227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=120;NR=100;PP=2965;SC=AGCAGCACACTGGGCTCTGGG;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=222;TCF=121;TCR=101;TR=220;WE=123345368;WS=123345337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr12	123345736	rs10847910	C	G	20012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.04;NF=189;NR=181;PP=2965;SC=AGATGGAGACCCAGGTAGGCG;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=370;TCF=189;TCR=181;TR=370;WE=123345744;WS=123345726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
chr12	123345756	rs3215148	G	GC	13385.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.123;NF=52;NR=141;PP=2966;ReadPosRankSum=0.551;SC=GCCCATGGCTGCCCCGTGACC;SOR=0.722;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=215;TCF=57;TCR=158;TR=193;WE=123345765;WS=123345746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,414:1.00:416
chr12	123352179	rs3825143	C	T	2656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=45;PP=1277;SC=AACCTGGTTACAGGGACAGCC;SOR=1.125;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=84;WE=123352187;WS=123352169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	123414439	rs187587006	G	A	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.928;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=20;PP=1054;ReadPosRankSum=-0.552;SC=GCCCCACCGGGAGAAGCAGGG;SOR=1.389;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=70;WE=123414447;WS=123414429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,80:0.82:97
chr12	123425575	rs4148866	C	T	10058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=160;NR=197;PP=2965;SC=CCTGTCCCACCGATACCCGAC;SOR=1.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=357;TCF=160;TCR=197;TR=357;WE=123425583;WS=123425565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr12	123433137	rs10848106	T	C	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=18;PP=994;SC=GCTGCCAGGGTGCACAGTCCC;SOR=1.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=58;WE=123433145;WS=123433127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	123460823	rs883563	A	G	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=32;PP=1572;SC=CTGCTGCCCCACTCCCTCCTC;SOR=1.148;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=96;WE=123460831;WS=123460813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	123460962	rs884956	T	C	6813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=126;NR=106;PP=2965;SC=CATCTAGGGGTTCTCATCCCA;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=235;TCF=127;TCR=108;TR=232;WE=123460970;WS=123460952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr12	123461117	rs117913606	G	A	4005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=58;PP=2279;SC=CCTGTCTGGCGTTCTGGGCTT;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=70;TCR=58;TR=128;WE=123461125;WS=123461107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr12	123466111	rs55742290	C	T	4437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=65;PP=2593;SC=CCCTCCTGGCCTTCCAGCCTC;SOR=0.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=85;TCR=65;TR=150;WE=123466119;WS=123466101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr12	123471402	rs2049506	T	C	3693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	123473254	rs1463877	T	C	4785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=103;NR=50;PP=2965;SC=TCCTGGGAGGTCCCAGGCCCC;SOR=1.475;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=103;TCR=50;TR=153;WE=123473262;WS=123473244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr12	123476586	rs7135296	G	A	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=56;PP=1662;SC=GGCAGGGGTCGGGCCAAGCCT;SOR=1.251;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=93;WE=123476594;WS=123476576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	123477311	rs937564	T	C	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.14;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	123485188	rs883263	A	G	9030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=190;NR=130;PP=2965;SC=GCCTCTCCCCAGACAGTACCC;SOR=1.048;SbPval=0.51;Source=Platypus;TCF=190;TR=320;WE=123485196;WS=123485178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr12	123492112	rs3897102	C	T	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=31;PP=899;SC=CACTTCCCACCCCTGGCTTTG;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=123492120;WS=123492102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	123645803	rs1051431	G	A	15355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=272;NR=283;PP=2965;SC=TACACTGTTCGTAGCTAACTG;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=555;TCF=272;TCR=283;TR=555;WE=123645811;WS=123645793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,586:1.00:586
chr12	123647725	rs1727296	G	C	4904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=113;PP=2965;SC=CCTTCTATATGTATCAGCATA;SOR=2.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=48;TCR=113;TR=160;WE=123647733;WS=123647715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr12	123651162	rs1716167	A	G	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=28;PP=1372;ReadPosRankSum=-0.711;SC=CTAAGAAAACATAACATCCCT;SOR=0.622;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=64;TCR=28;TR=91;WE=123651170;WS=123651152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr12	123664514	rs1727301	G	A	3082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=50;PP=1720;SC=CAAGCAATTTGTTCTCAGTTG;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=49;TCR=50;TR=99;WE=123664522;WS=123664504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr12	123665695	rs1727306	A	G	4727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	123679171	.	A	ATT	420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.000;QD=20.03;ReadPosRankSum=-0.582;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr12	123682594	rs11610710	G	A	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=2;PP=322;SC=CCGCGCCACTGCACTCCAGCC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=123682602;WS=123682593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	123682630	.	CA	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-0.757;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr12	123694724	rs2682434	C	T	5233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=89;NR=97;PP=2841;SC=TGTGCACAAACACACAGAATA;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=89;TCR=97;TR=186;WE=123694732;WS=123694714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr12	123699200	rs77954523	GTTT	G	1858.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=5;PP=1349;SC=TAGGCAAGTTGTTTTTTAAAA;SOR=2.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=36;WE=123699210;WS=123699191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	123699520	rs1727322	A	G	2994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=63;PP=1860;SC=GCCAGGCGTGATAGCTCACGC;SOR=1.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=33;TCR=63;TR=96;WE=123699528;WS=123699510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	123703103	rs2851451	T	C	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=17;PP=363;SC=GACAGAGTCTTGCTGTGTCGC;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=123703111;WS=123703093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	123707527	rs34047404	GTA	G	2724.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5062;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=62;PP=2991;ReadPosRankSum=-1.928;SC=GTGTGTGTGTGTATATGTACG;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=56;TCR=62;TR=117;WE=123707537;WS=123707515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,91:0.91:100
chr12	123707552	rs36043549	TA	T	5804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=100;PP=2979;SC=TATATGTATATAAAAAAAGGA;SOR=1.031;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=167;TCF=56;TCR=111;TR=145;WE=123707560;WS=123707542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr12	123710835	rs1626703	A	C	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=9;PP=595;SC=AAATAATTACACTTAGCAGTT;SOR=1.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=33;WE=123710843;WS=123710825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	123715113	rs941306	C	T	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=9;PP=241;SC=AAAAAGCCACCAAAGCTAGCA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=123715121;WS=123715103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	123738678	rs1568427	A	G	249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	123746357	rs4759416	C	G	15923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=311;NR=260;PP=2965;SC=ATGCCTGAAACAGAGGCAGAG;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=571;TCF=311;TCR=260;TR=571;WE=123746365;WS=123746347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,595:1.00:595
chr12	123746510	rs4759417	C	T	4982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=127;PP=2965;SC=CCCTGAAGGACGCTAACAATC;SOR=2.071;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=46;TCR=127;TR=173;WE=123746518;WS=123746500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr12	123794022	rs6488867	T	C	9082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=171;PP=2965;SC=CTTCACAACATTTTCTAAACT;SOR=1.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=308;TCF=137;TCR=171;TR=308;WE=123794030;WS=123794012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr12	123794450	rs2277343	A	T	1480.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.88;SOR=3.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	123799974	rs6488868	A	G	7619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=179;NR=101;PP=2965;SC=CCCTTCTATCACCATGTGTAA;SOR=1.205;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=181;TCR=102;TR=280;WE=123799982;WS=123799964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr12	123801672	rs10846515	T	G	6524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=154;NR=79;PP=2965;SC=GGCGTGAGCCTCTGTGCCCGG;SOR=1.314;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=154;TCR=79;TR=233;WE=123801680;WS=123801662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr12	123810662	rs111400678	A	AC	5076.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=32.13;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	123810873	rs61388686	G	A	13840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=214;NR=269;PP=2965;SC=GCTCTCTGGCGATGACCCACT;SOR=1.030;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=483;TCF=214;TCR=269;TR=483;WE=123810881;WS=123810863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,518:1.00:518
chr12	123812207	rs7959415	C	T	8139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=161;NR=112;PP=2965;SC=GAATAACACACTTCTTAGATT;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=274;TCF=161;TCR=113;TR=273;WE=123812215;WS=123812197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr12	123812611	rs10846517	A	G	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=22;PP=565;SC=TCACATTAGTATTAAGTAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=123812619;WS=123812601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	123812629	rs28419092	G	C	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=15;PP=411;SC=AGAATCTCCAGTCTTTCAAGA;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=123812637;WS=123812619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	123813493	rs7301163	C	A	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=38;PP=1199;SC=TTTCTCTCTGCAACATTCATC;SOR=2.522;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=50;WE=123813501;WS=123813483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	123815146	rs369148541	TA	T	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr12	123815668	rs6488869	A	C	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=7;PP=1179;SC=CACCATGACGACCGGCTGATT;SOR=3.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=48;WE=123815676;WS=123815658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	123816007	rs11282939	T	TATGTTG	3466.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=51;PP=2972;SC=GGAGTAGGAATATGTTATGTT;SOR=3.345;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=77;TCF=2;TCR=75;TR=53;WE=123816015;WS=123815997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	123821234	rs7486223	T	A	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=37;PP=1079;SC=GACAATGAGGTCCTACTCTGT;SOR=6.043;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=38;WE=123821242;WS=123821224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	123825339	rs7312145	A	G	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=349;SC=CACTCCATCAATCTGCAAGTT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=123825347;WS=123825329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	123825389	rs7315453	T	C	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=9;PP=571;SC=TCCAGCGAGGTTTAAGCATAT;SOR=1.483;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=31;WE=123825397;WS=123825379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	123832710	rs11325003	TA	T	8612.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=138;PP=2966;SC=AGACAAAAAATAAAAGGACAG;SOR=0.879;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=163;TCF=18;TCR=145;TR=156;WE=123832718;WS=123832700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr12	123832746	rs10846523	G	A	5698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=119;PP=2965;SC=CAAGGACAAGGTTTGCATTTA;SOR=1.221;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=82;TCR=119;TR=201;WE=123832754;WS=123832736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr12	123875394	rs28660993	C	T	3751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=69;PP=2154;ReadPosRankSum=2.563;SC=AGCCTCTGTCCTCTGCAAGAA;SOR=1.163;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=55;TCR=69;TR=123;WE=123875402;WS=123875384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,142:0.99:144
chr12	123889739	.	C	CT	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=5.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=1.989;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr12	123907750	rs71085902	G	GT	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=4.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=-0.696;SOR=0.210;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,21:0.27:78
chr12	123960474	rs28971833	A	G	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.46;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	124003047	.	CAA	C	1553.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=4.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.753;QD=13.75;ReadPosRankSum=1.761;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,73:0.65:113
chr12	124008073	rs2292500	A	G	6129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=118;NR=93;PP=2965;SC=CCTCTGAGAAATTGACATCCT;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=118;TCR=93;TR=211;WE=124008081;WS=124008063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr12	124069111	rs71088937	GGGCGGC	GGGC,G	4604.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5096,0.4904;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=19,19;NR=45,45;PP=2990,5;SC=GAAGGCAGCGGGGCGGCGGCG;SOR=0.731;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=64,64;WE=124069124;WS=124069101;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:106
chr12	124069136	.	GGCT	G	888	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=23;MQ=60.37;NF=17;NR=45;PP=888;QD=14.4516129032;SC=CGGCGGCGGCGGCTGTGGAGG;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=89;TCF=27;TCR=62;TR=62;WE=124069146;WS=124069126;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:27,62:0.70:89
chr12	124069213	rs786446	T	C	3823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=77;PP=2839;SC=TGCTGGTGCTTCTGGCCGCTC;SOR=1.390;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=156;TCF=79;TCR=77;TR=153;WE=124069221;WS=124069203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr12	124072268	rs35178369	G	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.03;ReadPosRankSum=0.534;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,10:0.17:59
chr12	124086620	rs786427	G	C	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=6;PP=366;SC=CTGGAGCTGCGGGAAGCGGAA;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=124086628;WS=124086610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	124086998	rs786428	C	G	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=19;PP=571;SC=AGAGGGGCCGCGACCCACCCC;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=124087006;WS=124086988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	124090453	rs786436	A	G	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	124090605	rs4047521	ACT	A	5227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=56;PP=2969;SC=GGAAACCAAAACTCTCTGTTT;SOR=0.889;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=76;TCF=14;TCR=62;TR=66;WE=124090614;WS=124090595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	124116817	.	TA	T	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=0.344;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr12	124144572	rs3215246	CT	C	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=2.265;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,29:0.21:138
chr12	124172760	.	CT	C	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=4.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.101;QD=1.29;ReadPosRankSum=0.562;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
chr12	124207098	rs7301641	T	C	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	124209332	rs1139789	T	C	5384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.74;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	124209352	rs11837144	C	T	5278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=52;NR=52;PP=1583;SC=CTGAACAGCTCGTGAGGAAAT;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=53;TCR=52;TR=104;WE=124209360;WS=124209342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	124210782	rs1399961	T	C	3496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=69;NR=54;PP=1726;SC=CCTTAGAGAGTGATTCTTTGT;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=69;TCR=54;TR=123;WE=124210790;WS=124210772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	124218359	rs10744159	T	G	2764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=31;PP=1691;SC=AAATAAGGAGTATTGACTGTA;SOR=1.134;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=62;TCR=31;TR=93;WE=124218367;WS=124218349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	124220055	rs2271660	T	C	6850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr12	124220354	rs2333838	A	C	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=211;SC=ACTTGTTAGGAACCTGAGTAG;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=124220362;WS=124220344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	124229429	rs7135542	T	C	7928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr12	124258887	rs7131750	T	C	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=18;PP=505;SC=CACAAATAGGTAGCGGGCAGC;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=124258895;WS=124258877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	124265687	rs11057353	T	C	10129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=190;NR=165;PP=2965;SC=GGGAGTCACATCTGGAGAAGT;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=356;TCF=190;TCR=166;TR=355;WE=124265695;WS=124265677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr12	124267638	rs11057354	A	G	3657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr12	124267703	rs11057355	T	C	4944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr12	124268458	rs7303002	A	G	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=12;PP=1008;SC=CCACCCTAATAATGAGAGTTC;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=124268466;WS=124268448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	124274474	rs10846559	A	G	6084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.92;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr12	124274758	rs35056478	C	CT	362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5093;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=157;ReadPosRankSum=0.837;SC=GATGCTTAGTCTTTTTTTTTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=17;WE=124274766;WS=124274748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr12	124297903	rs118146260	C	T	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:390,96:0.20:486
chr12	124298077	rs117037408	C	T	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=-1.720;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:350,84:0.19:434
chr12	124315327	.	T	TA	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.132;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=8.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.431;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,22:0.27:82
chr12	124325977	rs4930729	T	G	2652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=49;PP=1285;ReadPosRankSum=-0.013;SC=TCGGAAGATCTTGCGGGCTGA;SOR=0.607;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=72;TCR=63;TR=105;WE=124325985;WS=124325967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,121:0.79:154
chr12	124330311	rs34934281	C	T	4139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=2.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.76;ReadPosRankSum=-1.863;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,187:0.76:247
chr12	124332702	rs10846561	A	G	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=33;PP=768;ReadPosRankSum=1.048;SC=AAAGCAGGACATGGCATTTCA;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=34;WE=124332710;WS=124332692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,36:0.80:45
chr12	124333519	rs7960854	C	T	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.7921;FS=1.802;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=651;ReadPosRankSum=-0.530;SC=GTTTCTGGGCCGTTGACACTC;SOR=1.552;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=34;WE=124333527;WS=124333509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
chr12	124350360	rs7313897	G	C	484.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=416;ReadPosRankSum=-1.068;SC=CAGTTAAAAAGCTCATGGAAG;SOR=3.716;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=20;WE=124350368;WS=124350350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,18:0.90:20
chr12	124350444	rs7314963	C	T	2242.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.804;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.57;ReadPosRankSum=-1.673;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,93:0.89:104
chr12	124350704	rs10773043	T	C	397.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.8508;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=322;ReadPosRankSum=-0.523;SC=TGTTTGTAGTTGAAGGCGATG;SOR=0.941;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=17;WE=124350712;WS=124350694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr12	124352338	rs10846565	T	G	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=696;ReadPosRankSum=1.425;SC=ACCAACATGTTGGGTCTTATG;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=31;WE=124352346;WS=124352328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr12	124360117	rs10846567	G	T	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.025;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=47;PP=1184;ReadPosRankSum=1.190;SC=ACTTATCCATGTAGGCACAGC;SOR=1.609;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=75;TCF=14;TCR=61;TR=56;WE=124360125;WS=124360107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,58:0.73:79
chr12	124362256	rs113178558	T	TG	957.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=6.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.769;QD=15.96;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,39:0.65:60
chr12	124363724	rs72053758	GTGTC	G	809.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=685;SC=TGCGCTCTGTGTGTCTGTCTG;SOR=3.056;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=14;WE=124363735;WS=124363714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	124364131	rs1317312	G	C	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=1151;ReadPosRankSum=-0.743;SC=CAAGTTTCAGGCCGTGTACTG;SOR=0.833;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=66;WE=124364139;WS=124364121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,77:0.81:95
chr12	124366150	rs34756279	CT	C	2084.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=10.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.604;QD=9.43;ReadPosRankSum=-1.542;SOR=1.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,156:0.71:221
chr12	124392843	rs79810037	C	G	10714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.28;ReadPosRankSum=-0.032;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,503:0.76:658
chr12	124393076	rs74624536	T	G	8139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=197;PP=2962;ReadPosRankSum=0.351;SC=TGGCTTTCACTGACCTTGCCT;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=429;TCF=178;TCR=251;TR=334;WE=124393084;WS=124393066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,357:0.78:458
chr12	124393117	rs78985577	G	A	4578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=1.100;SC=AGATGGGTTCGGTTCCTTCTC;SOR=0.541;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=203;TCF=67;TCR=136;TR=167;WE=124393125;WS=124393107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,183:0.82:224
chr12	124399155	rs79478560	G	A	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=34;PP=856;ReadPosRankSum=0.904;SC=GGGGGTCTACGTGGGTGTCAC;SOR=0.580;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=48;WE=124399163;WS=124399145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,53:0.80:66
chr12	124399550	rs1316952	T	C	3088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.310;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=78;PP=1638;ReadPosRankSum=-0.749;SC=TCTGCGGGTATGGTGGCTCCT;SOR=0.518;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=68;TCR=98;TR=132;WE=124399558;WS=124399540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,142:0.78:182
chr12	124414098	rs3802999	C	T	2377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.857;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=39;PP=1460;ReadPosRankSum=-0.547;SC=GACTTTCCTCCGGGTTCAACC;SOR=0.845;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=91;WE=124414106;WS=124414088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,99:0.77:129
chr12	124417889	rs4930721	C	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=480;ReadPosRankSum=-1.613;SC=TGACCGAGAGCGAGCCCAGCG;SOR=0.359;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=24;WE=124417897;WS=124417879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr12	124418472	rs77020228	C	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=430;ReadPosRankSum=-0.903;SC=GCCAGAACTTCAGGTCCCTTA;SOR=1.453;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=19;WE=124418480;WS=124418464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr12	124418674	rs12298484	C	T	4178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=5.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.36;ReadPosRankSum=-1.815;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,192:0.71:272
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chr12	124420076	rs113646068	C	CAGGA	2043.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.443;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=33;PP=1991;ReadPosRankSum=-0.141;SC=CTGGGGTTGTCAGAGTGATCG;SOR=1.429;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=51;TCF=2;TCR=49;TR=35;WE=124420084;WS=124420066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,51:0.72:71
chr12	124422262	rs35794481	G	A	14198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=262;NR=247;PP=2965;SC=TGATCATCGCGTTTTTCTGCT;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=510;TCF=262;TCR=248;TR=509;WE=124422270;WS=124422252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,544:1.00:544
chr12	124427306	rs11057401	T	A	4327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.49;ReadPosRankSum=0.900;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,193:0.82:234
chr12	124427524	rs35825716	G	C	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=45;PP=926;ReadPosRankSum=1.214;SC=TGGGGTCAGAGGGCACCCTCT;SOR=0.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=70;WE=124427532;WS=124427514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,71:0.81:88
chr12	124428162	rs4930725	T	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=355;ReadPosRankSum=1.979;SC=AAACCACGGCTCCTGAAGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=23;WE=124428170;WS=124428152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr12	124780201	rs114786346	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=-1.052;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr12	124798801	rs12318072	C	T	10875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=273;NR=168;PP=2962;ReadPosRankSum=1.206;SC=TCTATGCGCCCGTACCCACCG;SOR=0.687;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=567;TCF=348;TCR=219;TR=441;WE=124798809;WS=124798791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,464:0.77:600
chr12	124809879	rs77571124	T	C	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.99;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	124809925	.	C	CCG	459.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=8;PP=297;SC=CTGACACCGCCCCCCCCCCCG;SOR=3.442;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=13;WE=124809933;WS=124809915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	124810028	rs77107801	C	T	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.71;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,51:0.77:66
chr12	124810968	rs1006100	C	T	3612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=57;NR=55;PP=1677;SC=AAGACAGCACCGACGCTACGG;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=57;TCR=55;TR=112;WE=124810976;WS=124810958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr12	124811041	rs77428605	A	G	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=468;ReadPosRankSum=-2.317;SC=GGAGAGCAGTAACGTGAACCC;SOR=0.412;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=32;WE=124811049;WS=124811031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,42:0.81:52
chr12	124815439	rs2228587	T	C	7357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.920;NF=86;NR=72;PP=1911;ReadPosRankSum=-0.709;SC=CCAGGCTGGCTGATATCTGGA;SOR=0.634;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=123;TCR=101;TR=158;WE=124815447;WS=124815429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,197:0.74:267
chr12	124815464	rs80009916	T	A	6971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.104;NF=66;NR=73;PP=2098;ReadPosRankSum=1.286;SC=GGTGACAGAGTGGGTGAGGCC;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=212;TCF=103;TCR=109;TR=139;WE=124815472;WS=124815454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,183:0.70:261
chr12	124815504	rs12367963	C	T	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=2.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=-2.016;QD=3.83;ReadPosRankSum=-1.662;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,52:0.28:186
chr12	124815510	rs199671870	C	CCT	4685.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.179;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.996;NF=5;NR=53;PP=2964;ReadPosRankSum=1.757;SC=CTACCAGTCCCGTGTGGTCCA;SOR=1.000;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=82;TCF=5;TCR=77;TR=58;WE=124815518;WS=124815494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,120:0.73:165
chr12	124817789	rs61751353	A	G	3096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=65;PP=1778;ReadPosRankSum=-2.212;SC=CGTCCTCACCACCACCCAAGA;SOR=0.748;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=181;TCF=93;TCR=88;TR=131;WE=124817797;WS=124817779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,145:0.72:201
chr12	124819573	rs76843642	C	G	2746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=48;PP=1619;ReadPosRankSum=-2.290;SC=CCTGGATCCCCCAGCCACCCC;SOR=0.604;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=152;TCF=89;TCR=63;TR=113;WE=124819581;WS=124819563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,126:0.75:169
chr12	124820013	rs1106317	A	G	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	124821696	rs2229842	C	T	4926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=52;PP=2965;SC=ATGTGGCAGCCGGGCGAACGG;SOR=1.695;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=115;TCR=53;TR=167;WE=124821704;WS=124821686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr12	124824721	rs143952466	C	CGCCGCTGCT	4998.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=36;PP=1522;SC=CCCCCACCCCCGCCGCTGCTG;SOR=1.064;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=86;TCF=29;TCR=57;TR=49;WE=124824735;WS=124824711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	124825447	rs1702334	A	G	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=19;PP=548;SC=TCCCAGCACCAGCCATGGAAC;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=124825455;WS=124825437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	124826338	rs2272373	C	T	3084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=1.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.41;ReadPosRankSum=-0.871;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,140:0.74:188
chr12	124829234	rs1263992	C	T	7115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.47;SOR=1.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr12	124829255	rs1244085	A	G	7884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.28;SOR=1.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr12	124831062	rs11370026	C	CG	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr12	124832474	rs1244065	G	A	3257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=51;PP=1649;ReadPosRankSum=0.190;SC=AGGAGAGGGTGAGGCCATCAT;SOR=0.550;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=93;TCR=67;TR=122;WE=124832482;WS=124832464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,146:0.78:188
chr12	124832492	rs1244064	C	G	4962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=93;NR=62;PP=2435;SC=CATTCCGTGGCTCCCTGAGCC;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=94;TCR=62;TR=155;WE=124832500;WS=124832482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr12	124832606	rs1244063	A	G	2820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=52;PP=1800;ReadPosRankSum=-1.287;SC=CGCTACCTCCAGATGGAGCCT;SOR=0.679;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=90;TCR=69;TR=119;WE=124832614;WS=124832596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,123:0.75:163
chr12	124838772	rs1244082	C	G	12637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=204;NR=227;PP=2965;SC=GGGCTGAGGGCGTGTCTGTGG;SOR=0.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=431;TCF=204;TCR=227;TR=431;WE=124838780;WS=124838762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr12	124838897	rs1244081	A	G	4858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=86;PP=2965;SC=TGAGGGAGACAGCTGTGAAGA;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=73;TCR=86;TR=159;WE=124838905;WS=124838887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr12	124839867	rs870050	A	G	3381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=71;NR=42;PP=1930;SC=CTGAGTGGAGATGACCCAGGC;SOR=1.143;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=71;TCR=42;TR=113;WE=124839875;WS=124839857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	124848137	rs1794956	T	C	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=5;PP=453;SC=TGCAGGTGCATGCTCCCGCCC;SOR=3.014;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=26;WE=124848145;WS=124848127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	124856618	rs7961196	A	G	13676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=792;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=279;NR=273;PP=2962;ReadPosRankSum=0.318;SC=CACTGCAGGTAGCACTGGAGT;SOR=0.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=740;TCF=377;TCR=363;TR=552;WE=124856626;WS=124856608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,594:0.75:789
chr12	124856660	rs3741513	T	A	2041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FS=0.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=1.581;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:526,159:0.23:685
chr12	124857234	rs1702329	C	G	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=31;PP=941;SC=CCTGACCCTCCGGATGAGGCC;SOR=1.262;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=52;WE=124857242;WS=124857224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	124859045	rs2695993	A	G	7248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=132;NR=131;PP=2965;SC=GAAGTGAGGCAGCACCAAGTA;SOR=0.820;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=132;TCR=131;TR=263;WE=124859053;WS=124859035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr12	124859135	rs11057606	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=-1.524;SOR=0.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,18:0.23:78
chr12	124862769	rs3741515	G	T	6111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=0.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.56;ReadPosRankSum=-0.830;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,278:0.75:369
chr12	124873079	rs7960906	T	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,51:0.19:266
chr12	124885249	rs2293514	C	T	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=1.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=1.754;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,72:0.23:309
chr12	124885290	rs2293513	T	C	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=-0.008;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,57:0.26:217
chr12	124887058	rs35831183	G	GGCT	4433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.855;NF=15;NR=77;PP=2994;ReadPosRankSum=-0.816;SC=GCGGGGCATGGGCTGCTGCTG;SOR=0.694;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=163;TCF=21;TCR=142;TR=92;WE=124887068;WS=124887048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,201:0.84:240
chr12	124887077	.	G	GCTT	1534	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=28;MQ=60.68;NF=19;NR=77;PP=1534;QD=16.03125;SC=TGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=176;TCF=33;TCR=143;TR=96;WE=124887085;WS=124887067;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:80,96:0.55:176
chr12	124907105	rs61751356	C	T	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FS=1.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:378,120:0.24:498
chr12	124922325	rs1702322	C	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=3;PP=549;SC=TTCCTCCTTTCCTGGCCGGCC;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=124922333;WS=124922323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	124934459	rs1147284	C	G	5675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=102;PP=2965;SC=GCTGGCCACTCGCCACTACAG;SOR=1.011;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=89;TCR=103;TR=191;WE=124934467;WS=124934449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr12	124968349	rs747443	T	C	5739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=92;NR=104;PP=2965;SC=CAACGTCACATAGGAGATTGC;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=92;TCR=104;TR=196;WE=124968357;WS=124968339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr12	124979789	rs872225	T	G	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=40;PP=1194;ReadPosRankSum=-2.526;SC=GCTGTGTGGATCCCGACATGG;SOR=0.848;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=96;TCF=46;TCR=50;TR=74;WE=124979797;WS=124979779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,82:0.76:108
chr12	125263204	rs701104	A	C	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=24;PP=941;SC=CCCGCCCACCACAGCCCTGTA;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=125263212;WS=125263194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	125284748	rs5888	A	G	3585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	125296362	rs61932577	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=-0.120;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,28:0.22:129
chr12	125324553	.	C	T	2962	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=21;MQ=44.77;NF=186;NR=166;PP=2962;QD=20;SC=TTTCTCCGCACCCTCACCCCA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=366;TCF=190;TCR=176;TR=352;WE=125324578;WS=125324543;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:14,352:0.96:366
chr12	125324787	rs60430451	T	G	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.843;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.869;NF=12;NR=27;PP=721;ReadPosRankSum=-0.533;SC=GAGTACAGTCTTGGCTCACTG;SOR=0.283;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=39;WE=125324795;WS=125324777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,37:0.84:44
chr12	125348263	rs4238001	C	T	8266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=202;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.760;SC=GCGGAGCAGCCCATGTCTGCG;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=462;TCF=194;TCR=268;TR=349;WE=125348271;WS=125348253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,368:0.75:493
chr12	125398039	rs1071862	G	C	11275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=204;NR=192;PP=2965;SC=CACTGGGCTCGACCTCAAGGG;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=397;TCF=204;TCR=193;TR=396;WE=125398047;WS=125398029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr12	125400206	rs6488957	A	G	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=9;PP=263;SC=TAGAATCCCAACCTTATTTCA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=125400214;WS=125400196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	125432382	rs148973591	A	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=4.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-1.982;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,26:0.22:120
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chr12	125434580	rs4447263	C	T	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=3.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.747;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,105:0.28:379
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chr12	125444975	rs4765007	T	C	2358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.12;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,111:0.71:156
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chr12	125449470	rs73229567	G	A	2990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.18;ReadPosRankSum=-1.296;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,137:0.70:197
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chr12	125451838	rs78702572	G	A	3782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.35;ReadPosRankSum=-0.234;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,170:0.78:218
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chr12	125453235	rs11057940	C	A	3248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=47.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.48;ReadPosRankSum=0.613;SOR=1.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,159:0.66:241
chr12	125453277	rs10846794	G	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.738;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,40:0.22:179
chr12	125453540	rs10846795	G	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=8.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.779;SOR=0.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,25:0.26:96
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chr12	125456911	rs6488966	A	G	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=6;PP=976;SC=TAAGTAACTCACCCAAAGTCA;SOR=3.486;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=47;WE=125456919;WS=125456910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	125457203	rs7304979	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=0.909;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,17:0.21:82
chr12	125465023	rs4072887	C	T	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.38;ReadPosRankSum=0.527;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr12	125465269	rs376470858	ACTC	A	264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=3.048;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,24:0.10:245
chr12	125467158	rs11558556	C	T	2331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.490;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=51;PP=1390;ReadPosRankSum=-1.650;SC=GCTTCTGTAGCATCTCTGCTC;SOR=0.836;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=124;TCF=64;TCR=60;TR=97;WE=125467166;WS=125467148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,103:0.75:138
chr12	125467238	rs12424339	G	C	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.481;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=1067;ReadPosRankSum=0.284;SC=AAGTGAGACTGTAATAAAATT;SOR=1.139;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=59;WE=125467246;WS=125467228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,64:0.81:79
chr12	125478381	.	C	CCTGCTG	807.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=3.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.462;QD=7.77;ReadPosRankSum=1.090;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,27:0.26:104
chr12	125497313	rs11057985	C	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=1.767;SOR=1.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,9:0.16:55
chr12	125509502	rs7303493	C	T	7600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.14;ReadPosRankSum=0.154;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,342:0.82:419
chr12	125562784	rs11058029	C	T	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.307;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,53:0.22:237
chr12	125562809	rs7303092	G	A	5729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=98;PP=2965;SC=CACATCTTCCGGGGCTGGGGC;SOR=1.152;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=84;TCR=98;TR=182;WE=125562817;WS=125562799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr12	125587706	rs7138557	T	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=213;ReadPosRankSum=0.445;SC=CTGGATCTTCTACTTGGGGTC;SOR=0.444;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=13;WE=125587714;WS=125587696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr12	125591844	rs2297478	C	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=3.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,38:0.17:222
chr12	125603152	rs35814268	C	T	5773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.189;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=1.697;SC=AGCTGCCTAGCGCCCGCTGAA;SOR=0.809;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=303;TCF=166;TCR=137;TR=234;WE=125603160;WS=125603142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,261:0.77:338
chr12	125619308	rs2291248	C	T	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=1.477;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,79:0.25:312
chr12	125621419	rs41473449	A	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FS=0.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=-0.008;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:366,75:0.17:441
chr12	125810958	rs551601	T	C	349.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5168;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=271;ReadPosRankSum=-0.910;SC=GTTGAAAAAGTCACTTGCCCT;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=13;WE=125810966;WS=125810952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr12	125811056	rs550677	A	G	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.08;ReadPosRankSum=0.052;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,59:0.84:70
chr12	125899979	rs379676	T	C	1339.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=4.936;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=13;PP=812;ReadPosRankSum=1.001;SC=ATGTTACAGATGCTTTCCCAG;SOR=0.148;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=52;WE=125899987;WS=125899969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,55:0.90:61
chr12	125900252	rs141421615	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=1.808;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,17:0.23:74
chr12	126003934	rs964998	T	C	4176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.63;SOR=1.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	126003934	.	TTGCTGA	CTGCTGA,CTGCTGT	1454	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=82,22;NR=30,9;PP=1454,296;QD=13.292600112;SC=TCTTGACATTTTGCTGAGTCT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=82;TCR=31;TR=112,31;WE=126003948;WS=126003924;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:113
chr12	126003940	rs4765259	A	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.786;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,40:0.27:147
chr12	126068417	rs6489006	T	C	3211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=21;PP=2237;SC=TTTTGAACACTGCCATTCTCA;SOR=2.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=86;TCR=21;TR=107;WE=126068425;WS=126068407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	126128871	rs12305906	T	C	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=1.219;SOR=0.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr12	126135195	rs3803152	A	G	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=302;ReadPosRankSum=-1.384;SC=TTAACAATGAAGACTTTGTTC;SOR=0.804;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=111;TCF=70;TCR=41;TR=30;WE=126135203;WS=126135185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,30:0.26:116
chr12	126932624	rs758564	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=-1.771;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,23:0.17:135
chr12	126932764	rs758565	C	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr12	126947430	rs1019149	G	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=1.445;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,15:0.18:85
chr12	127229327	rs10773323	T	A	5651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=62;PP=2965;SC=AAAGGAAGAATCAACACTTTC;SOR=1.376;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=121;TCR=62;TR=183;WE=127229335;WS=127229317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr12	128108780	rs3803151	T	C	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.42;QD=25.58;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	128899673	rs11059681	A	G	6676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=125;NR=97;PP=2965;SC=TGGGATGACCACGGCGCCGGG;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=125;TCR=98;TR=222;WE=128899681;WS=128899663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr12	129028401	rs61938604	G	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.217;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,36:0.21:168
chr12	129154172	rs142498532	G	A	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.267;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=626;ReadPosRankSum=-1.047;SC=CGTTTGCTAGGGACATTTAGA;SOR=2.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=28;WE=129154180;WS=129154162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr12	129181625	rs902058	A	G	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=1;PP=347;SC=ATGGGCCAGCATATAGAGTGA;SOR=2.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=129181633;WS=129181615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	129181701	rs902059	A	G	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=55;NR=25;PP=1417;SC=AAGAAATATTACTGGTAAAGG;SOR=1.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=80;WE=129181709;WS=129181691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	129181810	rs885546	A	G	5686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr12	129181834	rs902060	A	G	5710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.070;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.601;SC=ATGACAAAGTATCGGTGACAG;SOR=0.282;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=107;TCR=94;TR=200;WE=129181842;WS=129181824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,218:1.00:219
chr12	129189556	rs902061	T	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.381;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr12	129189591	rs4533104	A	G	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=21;PP=1077;SC=TCTAAGGGAAAAGGCATCCCC;SOR=1.143;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=57;WE=129189599;WS=129189581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	129189941	rs12424159	G	A	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=1.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.774;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,85:0.25:340
chr12	129190021	rs11059841	A	G	10287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=180;NR=161;PP=2965;SC=GCACAGGCCAAGATGGGCACC;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=341;TCF=180;TCR=161;TR=341;WE=129190029;WS=129190011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr12	129190474	rs3812792	G	A	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=1.045;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:431,132:0.23:563
chr12	129278864	rs1059312	A	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=-2.164;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,27:0.20:132
chr12	129283711	rs2291350	G	A	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=1;PP=569;ReadPosRankSum=-0.056;SC=GGCCATCCACGTGAAAACACC;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=26;WE=129283719;WS=129283701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr12	129293267	rs7311875	A	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=338;ReadPosRankSum=0.170;SC=GCGTGTGAGCACTATATTCTG;SOR=0.610;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=21;WE=129293275;WS=129293257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr12	129293346	rs11059924	C	T	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=22;PP=941;ReadPosRankSum=0.100;SC=CAGCAAAGGCCGAGCACATGA;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=92;TCF=62;TCR=30;TR=64;WE=129293354;WS=129293336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,78:0.72:108
chr12	129298468	rs10688448	C	CAATA	1168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=830;ReadPosRankSum=-1.157;SC=AATTATTCCTCAATAAAGAGT;SOR=0.916;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=19;WE=129298476;WS=129298458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr12	129298564	rs73149855	G	C	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=-1.049;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.553;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,32:0.18:179
chr12	129298775	.	C	CCACCGTATGATGGACCTGACCGCTGTATGATGGACCTGAG	2403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=3.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-5.036;QD=28.28;ReadPosRankSum=-1.468;SOR=1.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,1:0.01:85
chr12	129298779	.	C	CGTATGATGGACCTGACCGCT	865.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=13.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQRankSum=1.147;QD=2.48;ReadPosRankSum=8.945;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,50:0.14:349
chr12	129298819	.	C	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MMLQ=19;MQ=55.37;NF=197;NR=202;PP=2962;QD=20;SC=ACCTGACCGCCGTATGATGGA;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=579;TCF=293;TCR=286;TR=399;WE=129298827;WS=129298809;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:180,399:0.69:579
chr12	129298819	.	C	CGTATGATGGACCTGACCGCTGTATGATGGACCTGACCGCT	8483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.363;ClippingRankSum=0.000;DP=525;ExcessHet=3.0103;FS=2.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-2.401;QD=18.98;ReadPosRankSum=3.876;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,309:0.69:447
chr12	129299675	rs2306683	C	G	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=48;PP=1193;ReadPosRankSum=-1.609;SC=GGATGAAAACCATATACGGTC;SOR=0.634;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=108;TCF=41;TCR=67;TR=79;WE=129299683;WS=129299665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,82:0.74:111
chr12	129338293	rs10847702	A	T	299.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=5.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.78;ReadPosRankSum=0.072;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr12	129383848	rs151212606	GTGT	G	1488.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=1.783;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,46:0.25:181
chr12	129396874	rs142482991	C	CT	1078.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,75:0.30:253
chr12	129410738	rs141839609	CAAT	C	1297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.96;QD=37.08;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	129410789	rs12425716	G	A	3000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.461;NF=83;NR=33;PP=1988;ReadPosRankSum=-0.170;SC=ATAAGAGTAGGAGAAGCTGGC;SOR=0.592;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=106;TCR=42;TR=116;WE=129410797;WS=129410779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,123:0.78:158
chr12	129411117	rs11609238	A	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=0.943;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,21:0.20:103
chr12	129566284	rs34663182	AT	A	707.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=9.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.195;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.738;SOR=1.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,81:0.49:166
chr12	130015535	rs71082733	G	GA	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,37:0.22:166
chr12	130015810	rs147477597	G	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.630;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr12	130184969	rs147628512	T	C	2965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=43;PP=1727;ReadPosRankSum=1.940;SC=TGTTGGTGAATCCAAATGGGT;SOR=0.657;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=138;TCF=84;TCR=54;TR=108;WE=130184977;WS=130184959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,128:0.76:168
chr12	130521184	rs611963	G	A	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.80;ReadPosRankSum=-1.718;SOR=0.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr12	130521207	rs622000	C	T	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.481;QD=30.54;ReadPosRankSum=-1.504;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,27:0.87:31
chr12	130521234	rs34472041	C	CAAA	895.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.747;QD=22.39;ReadPosRankSum=2.110;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr12	130521306	rs600949	G	C	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.569;QD=16.98;ReadPosRankSum=-0.176;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,105:0.77:137
chr12	130827271	rs11060834	G	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=367;ReadPosRankSum=1.601;SC=GATCAGCCTAGGCTGTTGAAA;SOR=0.316;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=26;WE=130827279;WS=130827261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr12	130830906	rs11060836	C	T	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=20;PP=1358;ReadPosRankSum=-1.145;SC=CTATAACTTCCTTTTCCAGGT;SOR=1.341;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=119;TCF=87;TCR=32;TR=86;WE=130830914;WS=130830896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,89:0.72:123
chr12	130832492	rs55887533	G	A	2083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=6.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.28;ReadPosRankSum=-1.530;SOR=0.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,89:0.78:114
chr12	130832597	rs55881231	T	C	5252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=2.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.39;ReadPosRankSum=-0.098;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,235:0.78:302
chr12	130834602	rs3736333	G	A	562.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.9993;FS=3.750;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=379;ReadPosRankSum=1.747;SC=AACAAGTTGCGTTTAAAGCTG;SOR=2.494;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=20;WE=130834610;WS=130834592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr12	130839165	rs10848087	G	A	4936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=101;PP=2692;ReadPosRankSum=0.288;SC=GGGGGACACTGCCAGGGCCTG;SOR=0.666;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=116;TCR=125;TR=196;WE=130839173;WS=130839155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,220:0.81:270
chr12	130839645	rs1874521	A	C	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.151;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=48;PP=1296;ReadPosRankSum=-1.332;SC=GGCAGAAAGTAACTTTCTCCT;SOR=1.025;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=94;TCF=33;TCR=61;TR=73;WE=130839653;WS=130839635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,75:0.78:96
chr12	130847389	rs2242363	A	G	3455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=65;PP=2022;ReadPosRankSum=-2.410;SC=AAGGTTAGTCACCTGTGGGGT;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=190;TCF=103;TCR=87;TR=145;WE=130847397;WS=130847379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,158:0.78:203
chr12	130883554	rs79117967	CT	C	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=4.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=0.757;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,41:0.22:190
chr12	130884347	rs756186	A	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.870;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,30:0.24:125
chr12	130897150	rs12315966	G	T	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.683;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=1110;ReadPosRankSum=0.990;SC=GGTCGAATAGGGGTTTGCGCT;SOR=0.952;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=69;WE=130897158;WS=130897140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,75:0.68:110
chr12	130916685	rs7966010	T	C	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=11;PP=1511;SC=GGGTTTGTAATCTGAGCAGAT;SOR=3.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=56;TCR=11;TR=67;WE=130916693;WS=130916675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	130919595	.	C	CT	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=6.59;ReadPosRankSum=1.246;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr12	130921859	rs75914624	C	T	3628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=80;PP=2092;ReadPosRankSum=-1.577;SC=AGAGCTGGCTCGCGGGCTGCC;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=100;TCR=106;TR=153;WE=130921867;WS=130921849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,166:0.74:223
chr12	130922870	rs2292665	G	A	3246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=13.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.279;SOR=1.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,153:0.58:262
chr12	130922880	.	A	ACC	4529.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.533;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=164;PP=2927;ReadPosRankSum=0.062;SC=GGCCTAACAAACCCTCCCCAC;SOR=4.296;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=306;TCF=10;TCR=296;TR=164;WE=130922892;WS=130922860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,148:0.60:248
chr12	130922884	rs201205931	T	C	5752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=7;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=190;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.602;SC=TAACAAACCCTCCCCACCCAC;SOR=0.884;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=314;TCF=17;TCR=297;TR=200;WE=130922892;WS=130922860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,161:0.61:263
chr12	130929546	rs10848102	C	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.948;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=530;ReadPosRankSum=-1.347;SC=TCAAAGAGGGCAAACCTGGTA;SOR=2.468;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=24;WE=130929554;WS=130929536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr12	130929599	rs7952756	A	G	2037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.140;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=27;PP=1222;ReadPosRankSum=-1.137;SC=CTGGGTGGCCAGGAGTATGTT;SOR=0.548;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=101;TCF=71;TCR=30;TR=88;WE=130929607;WS=130929589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,93:0.87:107
chr12	130935710	rs2398519	C	G	6892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=148;NR=97;PP=2965;SC=GCACAGGCAGCCCCGGCAGCC;SOR=1.130;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=149;TCR=97;TR=245;WE=130935718;WS=130935700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr12	130941150	rs2277361	G	C	7519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr12	130941338	rs1356081	G	A	4917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=116;PP=2965;SC=GTGTGCACATGTGCACTGTGT;SOR=1.272;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=76;TCR=116;TR=192;WE=130941346;WS=130941328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr12	131276448	rs4759786	G	T	5754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=100;NR=101;PP=2965;SC=ATGGTTGCTAGGACAATGTTG;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=100;TCR=101;TR=201;WE=131276456;WS=131276438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr12	131280714	rs10848205	T	C	6592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.58;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr12	131285663	rs1881060	T	C	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=43;PP=1998;SC=ACATGACTGATATCTCTCTTG;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=68;TCR=43;TR=111;WE=131285671;WS=131285653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	131296908	rs9668291	C	G	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	131297348	rs4759794	T	G	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=0;PP=268;SC=TTTTGAATATTAATTAGTACT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=131297356;WS=131297347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	131306314	rs17564	C	G	3677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=60;PP=2086;SC=TTTATCAATACTGTTTCTAAT;SOR=0.922;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=68;TCR=61;TR=126;WE=131306322;WS=131306304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr12	131311629	rs112850087	G	A	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.67;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	131323708	rs10848214	T	G	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	131438971	rs56090874	G	T	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.058;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=574;ReadPosRankSum=-0.950;SC=AGACCCTCAGGAATTTCACTT;SOR=1.347;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=41;WE=131438979;WS=131438961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,47:0.72:65
chr12	131439239	rs10848261	T	C	573.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=279;ReadPosRankSum=0.098;SC=TGAGCACCGCTCTCCCCCTGC;SOR=0.346;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=18;WE=131439247;WS=131439229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chr12	131453378	rs7309920	T	C	2637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=6;PP=2009;SC=GGCTGGGGGATGTGAGGTCCG;SOR=4.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=78;TCR=6;TR=84;WE=131453386;WS=131453368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	131466562	rs4759534	T	C	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=1232;ReadPosRankSum=-0.651;SC=TGGAGCTGTATACGCGGGACA;SOR=0.501;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=70;WE=131466570;WS=131466552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr12	131471608	rs1547577	T	C	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=32;PP=1856;SC=ATTCCCACAGTACTCAGAATG;SOR=1.342;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=67;TCR=33;TR=99;WE=131471616;WS=131471598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	131476665	rs5801945	CAA	C	869.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.22;QD=24.16;SOR=5.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr12	131488566	rs10773836	C	T	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.42;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	131488568	.	CTT	C	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.642;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr12	131498946	rs1212936	C	T	2716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.403;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=71;PP=1826;ReadPosRankSum=-0.953;SC=CTGAGGAATGCTGGGTTGTCT;SOR=1.041;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=149;TCF=56;TCR=93;TR=108;WE=131498954;WS=131498936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,116:0.73:160
chr12	131498995	rs1195923	G	A	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=891;ReadPosRankSum=-0.864;SC=CCTTGGTGCCGGCCCGAACTG;SOR=1.065;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=48;WE=131499003;WS=131498985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,53:0.77:69
chr12	131555329	rs10744491	C	A	2856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.79;QD=25.06;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
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chr12	131620738	rs2280683	A	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=0.671;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,33:0.21:155
chr12	131622735	rs7302341	T	C	13221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=230;NR=239;PP=2965;SC=CGAGCAGCTCTGCCCGCACCT;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=470;TCF=231;TCR=239;TR=469;WE=131622743;WS=131622725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr12	131622833	rs2277337	T	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=5.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=1.644;SOR=1.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,27:0.17:160
chr12	131687287	rs7486559	G	C	9927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.83;MQRankSum=-0.173;QD=29.03;ReadPosRankSum=-1.931;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,340:0.99:342
chr12	131687289	rs12816480	G	C	6250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=1.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-1.271;QD=18.01;ReadPosRankSum=1.845;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,274:0.79:347
chr12	131692116	rs11061381	T	C	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=7.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.47;MQRankSum=-7.088;QD=3.75;ReadPosRankSum=2.315;SOR=1.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,33:0.22:150
chr12	131692211	rs75681777	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=12.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQRankSum=-11.263;QD=0.48;ReadPosRankSum=-0.958;SOR=1.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:318,46:0.13:364
chr12	131954010	rs201016738	C	T	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.60;QD=23.46;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	132198599	rs200404384	G	T	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.061;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=484;ReadPosRankSum=0.388;SC=TTATTGACCAGCTTGTTCACA;SOR=0.190;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=34;WE=132198607;WS=132198589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,37:0.84:44
chr12	132237750	rs1051219	C	T	21439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=822;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=409;NR=361;PP=2965;SC=CCGGAATCGACGTGACTACTT;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=774;TCF=411;TCR=363;TR=770;WE=132237758;WS=132237740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,817:1.00:817
chr12	132237848	rs1982528	T	C	23580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=879;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.86;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,878:1.00:878
chr12	132240937	rs3217666	C	CAT	2845.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=16;PP=2387;SC=TCCAGTGAAACATATACCGTA;SOR=1.897;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=45;WE=132240945;WS=132240927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	132241229	rs7136191	A	G	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=27;PP=753;SC=ACATTCCACCATAAGTTGGCA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=45;WE=132241237;WS=132241219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	132250712	rs1051233	G	C	2836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=44;PP=1518;SC=GGGAAAAGCTGGCCCAGGCGT;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=57;TCR=44;TR=101;WE=132250720;WS=132250702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	132262911	rs75324057	A	T	4784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=106;PP=2965;SC=TGGTACCCTCATGACCCCCAT;SOR=1.347;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=63;TCR=106;TR=169;WE=132262919;WS=132262901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr12	132269830	rs66665803	G	GA	4396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=25.71;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr12	132271113	rs7136643	T	C	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	132313098	.	G	GGCTGCCGCT	804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.34;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	132323089	rs7965611	C	G	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	132335592	rs11835665	G	A	12115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=210;NR=203;PP=2965;SC=CTCACAGGCCGATGGATCTGT;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=414;TCF=210;TCR=204;TR=413;WE=132335600;WS=132335582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr12	132395052	rs7295593	G	C	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=728;ReadPosRankSum=-0.716;SC=AGCAGGCTTGGGATGGGGATG;SOR=0.521;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=41;WE=132395060;WS=132395043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,48:0.83:58
chr12	132396343	rs11615995	C	T	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=3;PP=540;ReadPosRankSum=1.048;SC=GAGCGGAGCACAGGAAGAAAG;SOR=1.201;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=32;WE=132396351;WS=132396333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,37:0.79:47
chr12	132396603	rs11616018	C	T	4652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.62;ReadPosRankSum=0.201;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,211:0.75:280
chr12	132398255	rs68126752	AC	A	127.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=36;PP=637;ReadPosRankSum=0.364;SC=CCCAAAAAAAACAAAAAAATG;SOR=0.649;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=103;TCF=15;TCR=88;TR=42;WE=132398264;WS=132398237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,36:0.22:167
chr12	132398256	rs4964880	C	A	2173.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.02;ReadPosRankSum=0.215;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,114:0.68:167
chr12	132401566	rs11546871	C	T	3385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=2.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=15.75;ReadPosRankSum=-0.238;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,160:0.74:215
chr12	132401704	.	ATGGGG	A	168.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.458;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=10.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.36;MQRankSum=-2.173;QD=2.38;ReadPosRankSum=-2.586;SOR=2.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,11:0.15:71
chr12	132401710	.	CTCGAGGCTGTGGGAT	C	172.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=8.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.71;MQRankSum=-2.231;QD=2.74;ReadPosRankSum=-2.382;SOR=2.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,11:0.17:63
chr12	132401866	.	C	T	1129	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MMLQ=23;MQ=46.96;NF=22;NR=8;PP=1129;QD=38.7923737516;SC=GCTCGGAGGCCGTGGGATGGG;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=30;WE=132401874;WS=132401817;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:15,30:0.67:45
chr12	132402020	rs4964918	T	C	4799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=69;PP=2796;SC=CCAGCAGCCCTTCCCCGGTGG;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=88;TCR=69;TR=157;WE=132402028;WS=132402010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
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chr12	132403323	rs113517126	C	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=13.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQRankSum=0.650;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.855;SOR=2.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr12	132403325	.	G	GGT	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=10.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQRankSum=0.783;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.684;SOR=2.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr12	132403341	.	G	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=5.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=0.622;QD=1.90;ReadPosRankSum=-2.990;SOR=1.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,4:0.13:31
chr12	132404212	rs7299195	A	G	3413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=74;PP=2305;SC=GTGACAGGGTAACAGGGAGGC;SOR=1.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=33;TCR=74;TR=107;WE=132404220;WS=132404202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	132406275	rs7311029	A	C	5540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=122;NR=68;PP=2965;SC=CTGCTTAGGGAAGGTCAGCAG;SOR=1.384;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=122;TCR=69;TR=190;WE=132406283;WS=132406265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr12	132406666	rs7138581	G	C	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=-1.725;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,36:0.20:177
chr12	132427909	rs7961398	A	G	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=8;PP=747;SC=CTTTCCCTGCACAGGTTCCTG;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=132427917;WS=132427899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	132445086	rs7971054	T	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.989;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,15:0.20:76
chr12	132464350	rs7970377	C	T	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=1.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,41:0.24:171
chr12	132472512	rs61944564	G	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.448;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr12	132476121	rs62737460	C	CT	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.137;QD=2.97;ReadPosRankSum=1.002;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,24:0.34:71
chr12	132505556	rs7305807	A	G	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=2.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-1.328;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,43:0.26:167
chr12	132508389	rs7133119	A	G	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=1.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-1.931;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,44:0.21:214
chr12	132512472	rs11830302	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-1.083;SOR=0.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr12	132514454	rs79985228	C	T	3387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=64;PP=1903;ReadPosRankSum=2.428;SC=CTCAGGTATGCGGCAGTTGGG;SOR=0.650;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=77;TCR=87;TR=123;WE=132514462;WS=132514444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,145:0.75:194
chr12	132514490	rs7315548	C	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=2.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=1.945;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,46:0.25:181
chr12	132529725	rs35147913	GTC	G	410.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.881;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,15:0.20:75
chr12	132537576	rs6422000	A	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-1.678;SOR=0.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr12	132539451	rs7488845	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-1.097;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,23:0.16:140
chr12	132547093	.	A	ACAG	4398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.363;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.809;NF=26;NR=92;PP=2995;ReadPosRankSum=4.851;SC=AGCAGCAACAACAGCAGCAGC;SOR=0.844;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=216;TCF=45;TCR=171;TR=118;WE=132547101;WS=132547077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,221:0.72:309
chr12	132549293	rs77075957	G	A	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=686;ExcessHet=3.0103;FS=0.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=1.203;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:546,135:0.20:681
chr12	132562126	rs73164912	G	A	6552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.905;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=1.641;SC=CCAGGTGCCCGCCAGCTCCGA;SOR=0.632;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=332;TCF=177;TCR=155;TR=257;WE=132562134;WS=132562116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,284:0.75:377
chr12	132626668	rs1133690	T	C	2849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.687;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=29;PP=1690;ReadPosRankSum=-1.254;SC=ACATACCTGCTGGGCCAGCTC;SOR=0.920;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=136;TCF=94;TCR=42;TR=103;WE=132626676;WS=132626658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,115:0.78:148
chr12	132630822	rs10794454	C	T	6761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TATGTGGCTTCTTCCACTCAT;SOR=0.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=391;TCF=200;TCR=191;TR=289;WE=132630830;WS=132630812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,299:0.73:407
chr12	132631855	rs11543305	C	T	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=1.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.049;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,74:0.26:282
chr12	132633506	rs76606798	CT	AC	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.613;NF=11;NR=15;PP=835;ReadPosRankSum=2.626;SC=CGCCTCACTCCTACCACACCC;SOR=0.853;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=26;WE=132633515;WS=132633496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,32:0.36:88
chr12	132635521	rs7397057	T	C	5447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=102;PP=2857;ReadPosRankSum=0.816;SC=TCTGTCTGTCTGCAGGGGGGG;SOR=0.600;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=289;TCF=163;TCR=126;TR=229;WE=132635532;WS=132635511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,241:0.80:302
chr12	132635779	rs12818246	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=2.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.374;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,49:0.21:232
chr12	132635989	rs11246947	A	G	6139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.376;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=0.724;SC=GGTGGGGGCTAGCAGTCCGGG;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=323;TCF=177;TCR=146;TR=241;WE=132635997;WS=132635979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,250:0.74:340
chr12	132636400	rs11246948	G	A	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=42;PP=1061;ReadPosRankSum=-1.277;SC=GGGGCCTCCCGAGCCATCCTT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=64;WE=132636408;WS=132636390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,70:0.78:90
chr12	132682481	rs12308155	T	G	15600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.07;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr12	132682484	rs12306514	A	G	15037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.23;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr12	132683632	rs4074045	A	C	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=10;PP=1117;SC=AGCAGGCTGGACCCGTGCCTC;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=132683640;WS=132683622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	132683690	rs4074046	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=-0.905;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,24:0.21:112
chr12	132683862	rs6598205	G	A	6951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=117;NR=121;PP=2965;SC=CCGAGGGTGCGGCCCCAGGGA;SOR=0.873;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=117;TCR=121;TR=238;WE=132683870;WS=132683852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr12	132683961	rs6598206	T	C	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=43;PP=965;SC=CCGGGTGGGCTGCCTGGGAAG;SOR=2.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=54;WE=132683969;WS=132683951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	132685566	rs7953158	C	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.291;SOR=0.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,9:0.16:56
chr12	132685826	rs11246988	T	C	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.016;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,76:0.21:354
chr12	132685837	rs10794457	A	G	8692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=171;PP=2962;SC=GAGAGGGTACATGGGTGTCAC;SOR=1.077;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=302;TCF=131;TCR=171;TR=302;WE=132685845;WS=132685816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr12	132685899	rs11246989	G	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.34;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,16:0.12:134
chr12	132688115	rs11246991	C	T	8247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.422;SC=ACCTCGGCGGCGCGCAGGGCG;SOR=0.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=435;TCF=228;TCR=207;TR=333;WE=132688123;WS=132688105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,372:0.77:483
chr12	132688137	rs7486927	A	G	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=1.830;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:393,101:0.20:494
chr12	132688279	rs10902510	A	G	3695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=81;PP=2411;SC=TCCCAACGGAAGCGGGCAGCC;SOR=1.721;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=39;TCR=82;TR=120;WE=132688287;WS=132688269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	132811399	rs74514445	A	G	1347.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5056;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=22;PP=928;ReadPosRankSum=0.656;SC=GCGTGGCCCCAGGGCTCAGCT;SOR=0.499;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=62;WE=132811407;WS=132811389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,62:0.89:70
chr12	132811454	rs140122185	C	G	4998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=45;PP=1854;ReadPosRankSum=0.699;SC=GGGCTCCGTGCGTGGCCCCGG;SOR=0.678;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=88;TCR=54;TR=116;WE=132811462;WS=132811444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,118:0.79:149
chr12	132811478	rs146854432	T	A	7175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.85;ReadPosRankSum=-2.337;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,172:0.81:212
chr12	132811513	rs201824863	GC	G	8274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.481;NF=26;NR=94;PP=2948;ReadPosRankSum=-1.493;SC=TTCACTCTCTGCCGTGTTTTT;SOR=0.671;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=32;TCR=114;TR=120;WE=132811526;WS=132811503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,212:0.81:261
chr12	132811652	rs73166880	T	C	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.897;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.708;NF=12;NR=32;PP=675;ReadPosRankSum=1.104;SC=TTTACACACATGCCACACACC;SOR=1.352;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=44;WE=132811660;WS=132811642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,46:0.69:67
chr12	132824197	.	ATGGCCGCACTCGCCCTCACCCCGTCCCCGGATGCCG	A	10112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DP=1167;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=4.668;QD=14.34;ReadPosRankSum=2.515;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,490:0.70:705
chr12	132824311	.	GCACTCGCCCTCACCCCATCCCCGGACGCTGCAGCCA	G	16285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DP=1048;ExcessHet=3.0103;FS=8.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.58;MQRankSum=8.526;QD=19.53;ReadPosRankSum=10.220;SOR=1.261;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:374,460:0.55:834
chr12	132839265	rs28431148	A	G	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=30;PP=849;SC=GGGACCCCGGAAGCCATAGCT;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=132839273;WS=132839255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	132852957	rs28561974	C	A	27369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=1052;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=560;NR=452;PP=2965;SC=GGCTCGCCGCCTATCTCCACG;SOR=0.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1013;TCF=560;TCR=453;TR=1012;WE=132852965;WS=132852947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1050:1.00:1050
chr12	132862868	rs78370891	G	A	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=-1.644;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:334,95:0.22:429
chr12	132862976	rs28503969	G	A	4046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=94;PP=2364;ReadPosRankSum=-0.733;SC=CCTGGCCCAGGCCTCCTGGCC;SOR=0.731;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=237;TCF=105;TCR=132;TR=173;WE=132862984;WS=132862966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,182:0.72:252
chr12	132911861	rs28672358	G	C	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	132911891	rs28683048	G	A	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.34;ReadPosRankSum=-1.219;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,47:0.81:58
chr12	132911948	rs28722154	T	C	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	132912031	rs28420217	A	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr12	132912181	rs71453143	CGTGT	C	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.688;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.150;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,9:0.12:72
chr12	133067343	.	A	G	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=8;PP=516;SC=CGCGCCCCGCACCGCGCGTCC;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=133067351;WS=133067333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	133067473	rs28435470	G	A	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	133102462	rs4883569	G	A	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=709;ReadPosRankSum=0.330;SC=CCGCCTGCCCGCTGCGCCCCG;SOR=0.612;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=49;WE=133102470;WS=133102452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,58:0.87:67
chr12	133104406	rs7135930	G	A	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.847;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=9;PP=1242;ReadPosRankSum=0.014;SC=GTGGATCTGCGGGGCAGGGCT;SOR=2.494;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=86;TCF=68;TCR=18;TR=67;WE=133104414;WS=133104396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,76:0.83:92
chr12	133104461	rs4883566	A	G	4840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.177;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=49;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.124;SC=TGAGGGCTGCAGGGCAGCTGT;SOR=2.039;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=132;TCR=50;TR=181;WE=133104469;WS=133104451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,188:0.99:190
chr12	133104735	rs4883565	T	C	4956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.923;SC=CACCATGGGGTTGGTGGGGGG;SOR=0.858;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=74;TCR=175;TR=185;WE=133104743;WS=133104725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,197:0.75:262
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chr12	133208979	rs5745022	T	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-2.937;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,26:0.22:116
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chr12	133212692	rs4883625	T	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=3.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-1.781;SOR=1.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,24:0.24:98
chr12	133212737	rs4883624	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.215;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=147;ReadPosRankSum=0.199;SC=TTCATTCAGACCACATCATCC;SOR=1.501;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=12;WE=133212745;WS=133212727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr12	133214517	rs5744975	G	A	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
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chr12	133214768	rs5744970	A	G	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=1.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-1.088;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,69:0.24:283
chr12	133218724	rs5744951	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=1.583;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr12	133219831	rs5744944	T	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=-0.856;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,58:0.23:247
chr12	133220321	rs4883614	T	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-1.010;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,17:0.23:74
chr12	133220652	rs5744932	A	AG	733.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=546;ReadPosRankSum=-0.502;SC=TCGGAGTCCTAGACTTCTGGT;SOR=1.078;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=16;WE=133220660;WS=133220642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,24:0.30:81
chr12	133220670	rs10870483	G	A	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=178;ReadPosRankSum=-1.119;SC=GGTGCCCCTAGCGACGGGGTA;SOR=0.742;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=14;WE=133220678;WS=133220660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr12	133225446	rs4883538	G	T	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=1.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=3.363;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,56:0.22:255
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chr12	133226196	rs4883537	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.387;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
chr12	133233705	rs5744889	T	C	3249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=35;PP=1951;SC=AGCCCAGCCTTGGGGCCCCAC;SOR=1.550;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=77;TCR=35;TR=112;WE=133233713;WS=133233695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	133234389	rs5744884	CAT	C	407.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=5.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=0.051;SOR=1.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,18:0.16:115
chr12	133236000	rs5744857	C	T	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FS=0.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:378,116:0.23:494
chr12	133237753	.	G	GA	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=-1.368;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr12	133238076	rs5744844	T	C	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=0.292;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,63:0.25:249
chr12	133240782	rs4883592	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=5.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=1.714;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,14:0.18:79
chr12	133242140	rs4883586	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=337;ReadPosRankSum=0.625;SC=TCAAATCTATAGAAAACCTAA;SOR=0.369;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=25;WE=133242148;WS=133242130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr12	133245149	rs5744798	A	G	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=0.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-0.801;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:345,109:0.24:454
chr12	133245680	rs5744795	A	G	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=541;ReadPosRankSum=-0.547;SC=AAGGGTTGCCATCATTTCTAT;SOR=0.804;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=31;WE=133245688;WS=133245670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,32:0.86:37
chr12	133249139	rs5744780	T	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=11.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=0.51;ReadPosRankSum=0.846;SOR=2.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,14:0.14:101
chr12	133250118	rs4883555	C	T	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=2.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,94:0.29:322
chr12	133252556	rs4883545	T	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=-2.484;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,9:0.16:58
chr12	133252567	.	C	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.579;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=-2.223;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,7:0.12:56
chr12	133252796	rs4077170	C	G	3185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=66;PP=1896;ReadPosRankSum=0.574;SC=TAGCCCTAGCCAAGTTCATTA;SOR=0.793;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=182;TCF=94;TCR=88;TR=134;WE=133252804;WS=133252786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,145:0.74:195
chr12	133252947	rs5744759	T	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=368;ReadPosRankSum=-0.062;SC=AGACGCTCTGTGTGTGGATTC;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=23;WE=133252955;WS=133252937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr12	133253310	rs5744757	A	G	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=413;ReadPosRankSum=1.563;SC=ACCCACCCCCAGCCTGCTCTA;SOR=1.079;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=27;WE=133253318;WS=133253300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr12	133254083	rs5744750	T	C	5126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.252;SC=AAGTCTATTCTTCTGTGGATT;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=126;TCR=130;TR=195;WE=133254091;WS=133254073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,218:0.78:281
chr12	133256904	rs5744738	C	T	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.589;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=503;ReadPosRankSum=-0.473;SC=CCATGAACAGCCTAGGGCCAG;SOR=0.334;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=27;WE=133256912;WS=133256894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr12	133263743	rs111877885	A	C	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=0;PP=365;SC=GGCTGCGGGAACCGGGCCTCC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=133263751;WS=133263733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	133263825	rs2075784	G	A	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.29;ReadPosRankSum=1.669;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,58:0.82:71
chr12	133264332	rs11538534	C	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.85;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr12	133267164	rs34659814	CT	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=-1.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr12	133272380	rs10781627	G	C	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.192;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=676;ReadPosRankSum=0.693;SC=GGAAGCAGGGGTTAGGACCTG;SOR=0.340;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=39;WE=133272388;WS=133272370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr12	133277983	rs7958567	T	C	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	133281462	rs10007	G	A	3329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.99;ReadPosRankSum=-1.469;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,148:0.76:196
chr12	133287418	rs117520285	T	C	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	133287459	rs7486453	C	T	143.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.95;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr12	133287721	rs7973452	A	G	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=309;ReadPosRankSum=-1.334;SC=GTTGGGATCGAGATCGGGACC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=28;WE=133287729;WS=133287711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr12	133294163	rs79632743	C	T	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=2.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=0.351;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,71:0.25:280
chr12	133294826	rs149250932	G	GC	781.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=824;ReadPosRankSum=0.984;SC=GGCCTCACCAGCCCCCGGGCG;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=23;WE=133294834;WS=133294816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr12	133295161	.	G	GT	724	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=42;MMLQ=27;MQ=49.71;NF=28;NR=0;PP=724;QD=26.9642857143;SC=CTGGGTGGGGGGTCCTGGGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=52;TCR=0;TR=28;WE=133295169;WS=133295151;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr12	133297103	rs10781631	T	C	683.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=432;ReadPosRankSum=-0.704;SC=CCGTGTTAGCTGGGATGGTCT;SOR=1.002;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=24;WE=133297111;WS=133297096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,27:0.87:31
chr12	133297182	rs10870498	A	G	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=29;PP=1803;SC=GTGAGCCACCATGCCCGGCCT;SOR=1.571;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=80;TCR=29;TR=109;WE=133297190;WS=133297172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	133304891	rs10870499	T	C	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=286;ReadPosRankSum=0.357;SC=TCTCGGCTCATCGCAAGCTCC;SOR=0.473;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=17;WE=133304899;WS=133304881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr12	133306589	rs10781634	C	T	5715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.705;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=2.960;SC=TTCCTCCCCACGGGGGGCCTT;SOR=0.553;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=301;TCF=152;TCR=149;TR=238;WE=133306597;WS=133306579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,258:0.80:322
chr12	133306920	.	CCCATCCATGACCAACTGCCGTGACCCCAGCAACAGCAACTCTTATACCCAAAACCTCCCCACT	C	1198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.41;ReadPosRankSum=-1.620;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr12	133306927	.	AT	GC	957	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=11;NR=19;PP=957;QD=33.6822624954;SC=CGCCCCATCCATGACCAACTG;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=30;WE=133306936;WS=133306917;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr12	133310659	rs372085055	TA	T	385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=4.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=0.598;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,49:0.33:149
chr12	133311888	rs10781636	C	G	2399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.911;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=36;PP=1441;ReadPosRankSum=-0.864;SC=CCCAGAAAAGCCTTCTGGAAA;SOR=1.125;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=122;TCF=72;TCR=50;TR=93;WE=133311896;WS=133311878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,103:0.77:133
chr12	133311944	rs10747081	T	C	3658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=2.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.02;ReadPosRankSum=-1.231;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,167:0.78:215
chr12	133312191	rs10781637	T	C	486.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=2.973;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.492;NF=4;NR=18;PP=346;ReadPosRankSum=0.094;SC=AGTAGCTGCCTGTCTCCGCAC;SOR=2.004;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=22;WE=133312199;WS=133312181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr12	133318406	rs11147040	G	T	6039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.55;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,287:0.79:365
chr12	133324589	rs78663714	G	A	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=831;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:645,183:0.22:828
chr12	133327470	rs7304425	A	T	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=375;ReadPosRankSum=-1.769;SC=AAATCAGAGAAGAGTGACTGG;SOR=0.573;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=19;WE=133327478;WS=133327460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr12	133331537	rs1132375	G	A	7278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.284;SC=GCCTCATGGTGGTAGAAAGAA;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=360;TCF=204;TCR=156;TR=292;WE=133331545;WS=133331527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,309:0.81:381
chr12	133349620	rs3741483	C	G	2216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.72;ReadPosRankSum=-0.200;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,105:0.74:141
chr12	133349893	rs3741484	A	G	419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.99;ReadPosRankSum=-0.430;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr12	133353168	.	C	T	401	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.9923;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=54.0;NF=21;NR=2;PP=401;QD=18.9465744586;SC=GCCCCTCCAGCTCCTTCCTCC;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=23;WE=133353176;WS=133353166;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chr12	133354470	rs900444	T	C	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=-1.145;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,60:0.20:305
chr12	133358870	rs2306546	G	A	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.392;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=6;PP=696;ReadPosRankSum=-1.640;SC=TGAGTTTGACGAGTTTGAATA;SOR=1.924;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=40;WE=133358878;WS=133358860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,46:0.74:62
chr12	133360530	rs11147073	T	C	3268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=32;PP=2309;SC=TCTGTAACCATTCCACCAAAG;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=79;TCR=32;TR=111;WE=133360538;WS=133360520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	133360964	rs1009320	G	A	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=51;PP=1270;ReadPosRankSum=0.988;SC=CTGTGGTGCCGGCAGGCATGA;SOR=0.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=18;TCR=67;TR=65;WE=133360972;WS=133360954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,71:0.77:92
chr12	133363212	rs144581238	GCCTCCCCCCCGGCCCCCGCA	G	19533.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.168;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=4.577;NF=29;NR=211;PP=2924;ReadPosRankSum=0.128;SC=ATTCTGGTTCGCCTCCCCCCC;SOR=0.123;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=342;TCF=52;TCR=290;TR=240;WE=133363239;WS=133363202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,481:0.88:549
chr12	133363376	rs7976379	G	T	6965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.929;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.378;NF=102;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=0.237;SC=TGCAACGACTGTGGAAGGGAA;SOR=0.980;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=105;TCR=138;TR=237;WE=133363384;WS=133363366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,265:0.98:270
chr12	133365497	rs968522	A	C	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=21;PP=1029;SC=ACAGGCCCCGACCCAGACAGA;SOR=4.003;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=31;WE=133365515;WS=133365487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	133365507	rs148112035	A	ACCCCGCCCCAGACACAGG	1167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.96;MQRankSum=2.328;QD=46.71;ReadPosRankSum=-1.818;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr12	133365914	rs77794360	C	T	1127.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=34;PP=838;ReadPosRankSum=0.000;SC=CGCTGGGCGGCGGGGCGTGGG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=47;WE=133365922;WS=133365904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,47:0.89:53
chr12	133372395	rs4758905	A	C	9402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=215;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.432;SC=CATTCCTGCAAGGAGGGTTCT;SOR=0.448;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=349;TCF=216;TCR=133;TR=348;WE=133372403;WS=133372385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,356:1.00:357
chr12	133373375	rs2242292	C	T	3823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=90;PP=2639;SC=AGAAACCCACCGCCCTGGCAT;SOR=1.946;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=38;TCR=90;TR=128;WE=133373383;WS=133373365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	133374905	rs77330849	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.034;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,21:0.18:116
chr12	133378610	rs75002364	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=141;ReadPosRankSum=-2.499;SC=GGGGGAGTCCGCAGCTCCGCG;SOR=0.745;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=15;WE=133378618;WS=133378600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr12	133383923	rs10781653	T	C	4298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.04;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr12	133384864	rs3741486	G	A	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=2.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-0.067;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,82:0.22:376
chr12	133385188	rs3741488	A	T	1967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.843;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=47;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.510;SC=CAAGCAGCATACTTAAAACTG;SOR=0.467;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=106;TCF=41;TCR=65;TR=79;WE=133385196;WS=133385178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,87:0.76:115
chr12	133393323	rs2291256	C	T	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=2.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=-2.272;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:295,86:0.23:381
chr12	133398395	rs11147096	A	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.748;HP=2;HapScore=4;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.246;NF=35;NR=1;PP=1638;ReadPosRankSum=-1.789;SC=AGCCGAGATCACGCCACTGCA;SOR=3.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=74;TCF=59;TCR=15;TR=36;WE=133398414;WS=133398385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr12	133398406	rs77502219	G	C	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.190;HP=1;HapScore=4;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.566;NF=50;NR=0;PP=1638;ReadPosRankSum=-1.778;SC=CGCCACTGCAGTCCAGCCTGG;SOR=3.660;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=95;TCF=75;TCR=20;TR=50;WE=133398414;WS=133398385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr12	133398421	rs74721187	A	C	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=14.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQRankSum=-1.008;QD=22.88;ReadPosRankSum=-1.230;SOR=4.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr12	133398439	rs66472368	CA	C	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=2.889;QD=4.10;ReadPosRankSum=-2.414;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,37:0.53:70
chr12	133417982	rs375411000	T	TAA	1527.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=1288;ReadPosRankSum=-1.376;SC=ACTCAGAGGGTAAAGCTCCAC;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=31;WE=133417990;WS=133417972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,43:0.86:50
chr12	133418069	rs1045979	C	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=3.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=-1.008;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,41:0.17:246
chr12	133419418	rs2306544	G	A	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.457;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.663;NF=29;NR=10;PP=600;ReadPosRankSum=-0.471;SC=AGTGGAAGACGGAGATAAAAC;SOR=1.094;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=39;WE=133419426;WS=133419408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,45:0.73:62
chr12	133420533	rs150643970	CA	C	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.352;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.543;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,27:0.33:82
chr12	133423695	rs2306537	A	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=3.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.631;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,35:0.32:109
chr12	133423866	rs10747087	G	A	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=463;SC=AGGGCTGCACGTTCACGGCCT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=133423874;WS=133423856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	133425329	.	C	T	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.95;ReadPosRankSum=-0.902;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,90:0.68:132
chr12	133428131	rs2306540	C	T	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FS=1.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:396,100:0.20:496
chr12	133428181	rs76946232	C	T	9260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.436;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=1.445;SC=AACCCGCCTGCGTGCGGTGGC;SOR=0.538;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=476;TCF=235;TCR=241;TR=379;WE=133428189;WS=133428171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,415:0.80:517
chr12	133433173	rs2062163	T	C	4992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr12	133433240	rs11147110	C	T	2427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=2.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.45;ReadPosRankSum=-1.563;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,111:0.66:168
chr12	133433300	rs11147111	C	T	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.067;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=621;ReadPosRankSum=0.602;SC=AGCTCGCGTGCGCAGTGCTGC;SOR=0.979;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=37;WE=133433308;WS=133433290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,42:0.60:70
chr12	133435534	rs78083828	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.929;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,15:0.22:68
chr12	133435716	rs35011845	T	G	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:352,77:0.18:429
chr12	133437981	rs12578891	A	C	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.500;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=25;PP=1105;ReadPosRankSum=-0.511;SC=CACAGCACGGAGCATGGCAGC;SOR=0.955;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=119;TCF=78;TCR=41;TR=78;WE=133437989;WS=133437971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,82:0.66:125
chr12	133439115	rs9943858	G	A	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	133446245	rs75391939	C	T	4373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=62;PP=2742;ReadPosRankSum=-0.249;SC=GAGAAGGCTCCGTGGAAGAGG;SOR=0.678;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=219;TCF=141;TCR=78;TR=172;WE=133446253;WS=133446235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,187:0.79:238
chr12	133501827	rs3052642	CTT	C	1774.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.927;NF=23;NR=9;PP=1234;ReadPosRankSum=-0.568;SC=CTTAGTGACTCTTGACTCCTC;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=32;WE=133501836;WS=133501817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,45:0.71:63
chr12	133670171	rs201077790	A	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.17;MQRankSum=-1.571;QD=3.54;ReadPosRankSum=1.731;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr12	133682655	rs710945	A	G	7529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=145;NR=113;PP=2965;SC=CTCGACATCAAAGAATTCACA;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=145;TCR=113;TR=258;WE=133682663;WS=133682645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr12	133683261	rs905226	T	C	10301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=141;NR=246;PP=2965;SC=AGAAAAACTATGAATGTATGG;SOR=1.428;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=389;TCF=141;TCR=248;TR=387;WE=133683269;WS=133683251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr12	133683280	rs905225	A	T	6457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=188;PP=2965;SC=GGAATTTTTTAAAAAGAAGTA;SOR=1.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=90;TCR=188;TR=278;WE=133683288;WS=133683270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr12	133696743	rs144074942	G	GAAC	1531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=4;PP=815;SC=AGTATTTACAGAAAATGTTAT;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=17;WE=133696762;WS=133696733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	133696754	rs55957232	A	G	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.543;NF=15;NR=4;PP=344;ReadPosRankSum=-0.810;SC=AAAATGTTATATTAAAAAAAG;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=19;WE=133696762;WS=133696733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chr12	133696785	rs11147239	C	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.543;NF=8;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=-1.363;SC=AACCTTAAATCGTTCTTTTAG;SOR=0.499;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=11;WE=133696793;WS=133696775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr12	133697130	rs2173970	CA	GG	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=-0.570;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,68:0.20:337
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chr12	133721452	rs11613951	T	C	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-1.189;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,39:0.22:176
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chr12	133732624	rs3763151	C	T	2630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=50;PP=1496;ReadPosRankSum=0.596;SC=GAGAGAAACCCTATGAATGTA;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=93;WE=133732632;WS=133732614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,110:0.85:130
chr12	133761207	rs137892024	ATTTG	A	496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.22;ReadPosRankSum=2.783;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr12	133764701	rs11427950	C	CT	254.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=76;SC=TCTTTATTACCTTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=6;WE=133764709;WS=133764691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	133767966	rs11147291	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.873;NF=14;NR=4;PP=281;ReadPosRankSum=-0.526;SC=GTTTTCAATACAATTTTTGTT;SOR=0.965;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=18;WE=133767974;WS=133767956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr12	133768273	rs10870589	G	C	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.252;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=1202;ReadPosRankSum=0.265;SC=AAACTGGAGGGCTTCTATGAA;SOR=0.644;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=52;WE=133768281;WS=133768263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,55:0.75:73
chr12	133768553	rs61960670	A	T	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=2.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=-3.652;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,84:0.26:326
chr12	133768693	rs200581552	CTT	C	330.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.04;ReadPosRankSum=-2.134;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr12	133770306	rs7960924	C	T	216.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=2.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=110;ReadPosRankSum=-0.897;SC=AACTTCCATTCGGAAGATTGA;SOR=0.197;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=9;WE=133770314;WS=133770296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr12	133778684	rs7963812	G	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=508;ReadPosRankSum=-0.739;SC=CTAGTATACCGCAATCATGTG;SOR=0.976;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=32;WE=133778692;WS=133778674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,37:0.65:57
chr12	133778796	rs7975069	C	T	2510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.56;ReadPosRankSum=2.387;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,113:0.79:143
chr12	133780851	rs62644541	G	C	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=1.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,74:0.22:338
chr12	133787329	rs138369699	A	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,17:0.20:85
chr12	133795418	rs142613020	C	G	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=1.706;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,58:0.23:257
chr12	133796033	rs36130280	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.131;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,20:0.22:89
chr12	133797649	rs147515371	T	G	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=-1.104;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,10:0.15:66
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chr12	133803551	rs36146434	G	C	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=3.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.343;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,27:0.21:128
chr12	133808129	rs147259575	C	T	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=1.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=1.404;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,71:0.19:368
chr12	133810703	rs141475940	G	C	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=2.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=1.146;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,29:0.18:164
chr13	19600529	rs73425803	G	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=3.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=-0.341;QD=5.45;ReadPosRankSum=1.284;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,59:0.33:181
chr13	19601129	rs35887366	TA	T	1456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.724;NF=2;NR=51;PP=799;ReadPosRankSum=-0.406;SC=TCAACACCTGTAAAAAAAATA;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=5;TCR=147;TR=53;WE=19601137;WS=19601119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,96:0.41:237
chr13	19752625	rs605109	A	G	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=38;PP=996;SC=TACAAAGTACATGCTGTTCAA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=19752633;WS=19752615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr13	19756026	rs783595	C	G	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=22;PP=654;SC=TTGGTCCGGACGTCCTGGGAG;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=19756034;WS=19756016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	19775652	rs66950030	CA	C	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.615;HP=13;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.077;NF=13;NR=3;PP=158;ReadPosRankSum=-0.572;SC=TCAAGTTTTACAAAAAAAAAA;SOR=0.223;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=16;WE=19775661;WS=19775642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr13	19775755	rs115152530	A	G	4924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=109;NR=75;PP=2965;SC=TTTTTTCTGGATAGCCAGGAA;SOR=0.901;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=111;TCR=76;TR=184;WE=19775763;WS=19775745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr13	19775867	rs114445450	G	A	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.39;QD=39.53;SOR=3.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr13	19775875	rs138429293	T	C	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.94;QD=46.30;SOR=6.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	19778557	rs61946465	T	C	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.649;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.67;MQRankSum=2.962;QD=22.18;ReadPosRankSum=-0.025;SOR=1.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,41:0.93:44
chr13	19778601	rs141790008	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=14.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.37;MQRankSum=-5.463;QD=1.21;ReadPosRankSum=-2.106;SOR=2.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,13:0.14:94
chr13	19778703	.	A	T	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.229;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=21.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.38;MQRankSum=-0.083;QD=14.61;ReadPosRankSum=-3.281;SOR=3.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr13	19778705	.	C	A	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.405;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=18.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.49;MQRankSum=-0.287;QD=15.23;ReadPosRankSum=-3.580;SOR=3.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr13	19782646	rs9512066	G	A	7178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=130;NR=114;PP=2965;SC=TGCTCCACAGGGACCCATATC;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=244;TCF=130;TCR=114;TR=244;WE=19782654;WS=19782636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr13	19933289	rs145709924	C	T	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=350;ReadPosRankSum=0.210;SC=TACTTGTGTTCCGAGAAACAA;SOR=2.985;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=17;WE=19933297;WS=19933280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr13	19933372	rs4771142	G	A	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=40;PP=1869;SC=AGTTCTGAGCGAGGGAGAAAT;SOR=1.098;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=66;TCR=40;TR=106;WE=19933380;WS=19933362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr13	19941233	rs3002090	C	A	2852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.61;QD=25.70;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr13	19949111	rs71197092	TC	T	386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=537;SC=ATGGATTTTTTCTCTTCTTCA;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=12;WE=19949119;WS=19949106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	19949155	rs34247662	T	G	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=10;PP=654;SC=CAAATAAAAGTCATGTGCCCA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=19949163;WS=19949145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	19949218	rs35633897	C	T	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.73;QD=44.16;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr13	19949227	rs34936230	C	T	2772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.93;QD=42.66;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr13	19949262	rs34280326	G	A	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.06;QD=26.34;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr13	19949287	rs34088473	G	T	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=28;PP=843;SC=GCCCGCTCTCGGCTTTCAAAG;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=58;WE=19949295;WS=19949277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr13	19962055	rs9512903	G	A	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=40;PP=1199;SC=GTTTGTTCATGAAGATGAAGG;SOR=1.339;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=67;WE=19962063;WS=19962045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr13	20000630	rs2497218	T	C	8980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=142;NR=171;PP=2965;SC=TTAATTAATATTTTGTCTGTT;SOR=0.946;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=316;TCF=144;TCR=172;TR=313;WE=20000638;WS=20000620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr13	20000702	rs4408395	G	C	3027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=71;PP=2066;SC=CCTAGATAACGATAACAAAAG;SOR=2.131;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=27;TCR=71;TR=98;WE=20000710;WS=20000692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr13	20004762	rs7139692	T	C	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=55;PP=1397;SC=CTTAACATCATGGATTAAAAA;SOR=0.907;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=104;WE=20004770;WS=20004752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr13	20004798	rs2497068	C	T	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.39;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	20038584	rs7339103	A	G	6912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.81;QD=26.09;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr13	20039289	rs2497079	A	T	3641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=21;PP=2445;ReadPosRankSum=0.857;SC=TATATTCTCAAGAATAAAGAA;SOR=1.394;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=97;TCR=22;TR=117;WE=20039297;WS=20039279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr13	20041323	rs2497251	G	T	165.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=81;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=130;SC=AATGCTAAAAGTAATGAAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=20041331;WS=20041313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	20041493	rs71092363	TA	T	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=12.26;ReadPosRankSum=1.468;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,38:0.84:45
chr13	20041563	rs2492391	C	T	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.77;QD=25.20;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	20222694	rs369475371	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.662;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr13	20233804	.	CA	C	453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=1.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=3.489;QD=1.44;ReadPosRankSum=0.274;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,84:0.27:316
chr13	20236085	.	CT	C	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=-0.736;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr13	20240743	rs9508812	T	C	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=47;PP=1463;SC=GACTGTGCCATAGTTAAGTCA;SOR=2.221;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=62;WE=20240751;WS=20240733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr13	20244960	rs3052670	CT	C	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=1.187;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr13	20247171	rs4769866	A	G	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	20247194	.	CA	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.243;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=1.909;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,19:0.26:73
chr13	20247226	rs10706287	CG	C	4138.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.92;ReadPosRankSum=0.964;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,171:0.99:173
chr13	20247238	rs10531847	GTT	G	4787.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.44;MQRankSum=0.573;QD=25.20;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:18,172:0.91:190
chr13	20251791	rs2290810	T	C	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=19;PP=1588;SC=TCAGGAAGAATTGACTAGAAA;SOR=2.102;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=63;TCR=19;TR=82;WE=20251799;WS=20251781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr13	20252093	rs9508836	G	A	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=538;SC=GTAGTGCTGCGTGCTGATTAT;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=20252101;WS=20252083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	20277188	rs140475170	CA	C	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.53;MQRankSum=-1.950;QD=8.96;ReadPosRankSum=-2.106;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr13	20277413	rs75085951	T	C	4309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FS=6.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.45;MQRankSum=-6.263;QD=7.00;ReadPosRankSum=2.948;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:368,248:0.40:616
chr13	20325625	rs2340650	C	G	5572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=124;PP=2965;SC=AACATTAAAACATACAGAAAT;SOR=1.475;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=68;TCR=125;TR=190;WE=20325633;WS=20325615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr13	20356941	rs9508887	T	A	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=41;PP=1233;SC=CCTAGATTTATAGACAGTGTG;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=72;WE=20356949;WS=20356931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr13	20398669	rs9508907	T	C	3258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=42;PP=1570;SC=ATATAATCTGTGTTCTGCAGC;SOR=0.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=99;WE=20398677;WS=20398659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr13	20398742	rs9508908	C	T	3174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr13	20426347	.	G	GA	911.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,58:0.56:104
chr13	20601004	rs7981272	T	C	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=265;SC=AACAGCTTTTTATTTTATATT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=20601012;WS=20600994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	20608354	rs11272380	T	TTTTCTTGAGGTG	3094.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=13;PP=2967;SC=TTCTTAAGCTTGTCGTCATAT;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=20608362;WS=20608344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	20633470	rs11432433	T	TA	424.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.832;HP=11;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.779;NF=22;NR=1;PP=397;ReadPosRankSum=-0.382;SC=AACTGGGAATTAAAAAAAAAA;SOR=3.690;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=23;WE=20633478;WS=20633460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,25:0.86:29
chr13	20656138	rs11344087	CT	C	957.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=4.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.20;ReadPosRankSum=-0.907;SOR=1.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,58:0.92:63
chr13	20657188	rs9509028	T	G	4635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=106;PP=2965;SC=GTAACAGATTTCTATTTTTAT;SOR=1.966;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=44;TCR=107;TR=150;WE=20657196;WS=20657178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr13	20716411	rs11617415	C	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=3.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=-1.231;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,48:0.27:176
chr13	20716533	rs968566	G	T	3524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.301;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=61;PP=2091;ReadPosRankSum=-0.524;SC=AGGGCTAGCAGTTTGAAGTCC;SOR=0.458;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=124;WE=20716541;WS=20716523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,138:0.99:139
chr13	20762956	rs3751385	A	G	5246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=55;PP=2965;SC=GGGAAATGCTAGCGACTGAGC;SOR=1.485;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=118;TCR=56;TR=173;WE=20762964;WS=20762946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr13	20978504	rs4638418	C	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr13	21005941	rs4578496	A	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.102;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=-1.780;SC=AGTGGGCCACATAGGTTATTA;SOR=0.082;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=7;WE=21005949;WS=21005931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr13	21005987	rs4614565	C	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=224;ReadPosRankSum=0.401;SC=AGGAGAGAAGCCTGTCATCGT;SOR=0.685;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=21;WE=21005995;WS=21005977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr13	21006475	rs7983215	T	C	4762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=94;PP=2965;SC=AAGGAGATGATCCTGGGTTTG;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=68;TCR=94;TR=162;WE=21006483;WS=21006465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr13	21086599	rs7139733	G	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.951;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,35:0.30:116
chr13	21099828	rs9315667	A	C	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=-1.287;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,52:0.39:135
chr13	21148408	rs4326897	G	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=-1.496;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr13	21156999	rs9509289	G	A	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=17;PP=1452;SC=CAATAGATGAGTTATAGAGGC;SOR=2.235;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=69;WE=21157007;WS=21156989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr13	21157257	rs35700311	GA	G	467.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.994;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.302;NF=0;NR=11;PP=325;ReadPosRankSum=-1.593;SC=TAGTGTTAAAGATTATAACCA;SOR=0.170;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=11;WE=21157265;WS=21157247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr13	21170193	rs149283826	G	GTAAAA	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=-1.469;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
chr13	21205124	rs35290473	TG	T	2985.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=60;PP=2001;ReadPosRankSum=1.161;SC=CATATTACAGTGGTAGTAACC;SOR=0.728;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=227;TCF=33;TCR=194;TR=65;WE=21205132;WS=21205114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,119:0.29:408
chr13	21205140	rs1329519	A	T	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=1.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.482;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,113:0.30:377
chr13	21205192	rs9509307	G	A	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=692;ReadPosRankSum=-0.693;SC=AAAAAGGACAGTAGAGTGAAA;SOR=0.618;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=205;TCF=84;TCR=121;TR=62;WE=21205200;WS=21205182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,62:0.28:220
chr13	21311977	rs732414	G	A	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.004;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=54;PP=1433;ReadPosRankSum=-0.620;SC=TAGCATTTTAGAACTGGCATA;SOR=0.363;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=122;TCF=47;TCR=75;TR=92;WE=21311985;WS=21311967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,103:0.74:139
chr13	21331904	rs6490614	A	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=150;ReadPosRankSum=-2.139;SC=TAAGCCCCCCAGCCAACTGAA;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=14;WE=21331912;WS=21331894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr13	21358061	rs17318617	A	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=461;ReadPosRankSum=1.160;SC=TATTCAGCCTATTGAAGAGAT;SOR=0.640;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=37;WE=21358069;WS=21358051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,38:0.36:105
chr13	21361513	rs4146442	T	C	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.348;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=269;ReadPosRankSum=-0.051;SC=ATGGTTTCCTTGCCCCCGAAA;SOR=0.376;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=28;WE=21361521;WS=21361503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,27:0.30:90
chr13	21370398	rs34352023	G	GA	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.323;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr13	21374333	rs9579954	A	G	2112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=38;PP=1177;ReadPosRankSum=-0.170;SC=GGAGCTGCACAGTGTCATTTG;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=154;TCF=87;TCR=67;TR=88;WE=21374341;WS=21374323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,103:0.58:179
chr13	21396511	rs73167445	C	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=424;ReadPosRankSum=0.340;SC=TGAGGTAAGACAAAAATTCAC;SOR=0.664;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=21;WE=21396519;WS=21396501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr13	21401400	rs7322678	T	A	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=747;ReadPosRankSum=-0.934;SC=ACAGGAGCCATCTAGAAAGAA;SOR=0.656;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=55;WE=21401408;WS=21401390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,60:0.65:93
chr13	21416945	rs2762995	G	A	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=3;PP=1064;SC=TATGTTTTATGAAAGCTGCAG;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=42;TCR=3;TR=45;WE=21416953;WS=21416935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	21442945	rs9509410	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.477;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr13	21476997	rs7326480	A	G	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.65;SOR=3.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	21555544	rs870846	CT	GA	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.23;SOR=2.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr13	21555554	rs870848	G	A	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.50;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr13	21562482	rs10658032	C	CGGGGCG	1216.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.84;QD=43.45;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	21562832	rs2770928	C	T	3858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr13	21562948	rs558614	G	A	3583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=54;PP=1722;SC=CTGGTGGGCCGCGGGACCGGC;SOR=0.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=117;WE=21562956;WS=21562938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr13	21620085	rs7317471	T	C	10007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=173;NR=166;PP=2965;SC=TGGATGGCTGTTTTAACCCCT;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=341;TCF=173;TCR=168;TR=339;WE=21620093;WS=21620075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr13	21729064	rs9552370	A	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=5;PP=491;SC=AACACTAATAATCCTTAAAGA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=21729072;WS=21729054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	21729952	rs11446085	T	TA	1181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.166;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,75:0.69:108
chr13	21732028	rs10700757	C	CAAA	899.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.99;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr13	21732094	rs4770121	C	T	2689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr13	21736133	rs4561294	C	T	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=26;PP=702;SC=CTTTATGGTACAGAAGTCCCA;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=21736141;WS=21736123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	21746453	rs2026600	T	C	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=32;PP=1009;SC=CTAAAACAAATGCTATAAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=73;WE=21746461;WS=21746443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr13	21751005	rs9550717	G	C	4359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=43;PP=2824;SC=CTCCAGGTCCGGCCGCGCCAG;SOR=1.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=99;TCR=43;TR=142;WE=21751013;WS=21750995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr13	21949267	rs3759473	T	C	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.64;ReadPosRankSum=2.620;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,42:0.63:67
chr13	21951016	rs9509669	A	G	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=8;PP=165;SC=TTTTAAAAGGAAGAATCTTAC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=21951024;WS=21951006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	21952990	rs4770149	T	C	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.764;NF=3;NR=11;PP=251;ReadPosRankSum=1.747;SC=AAATACAAAATAGGCTTATGG;SOR=1.127;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=14;WE=21952998;WS=21952980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr13	21974399	rs79578210	C	CT	304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=193;ReadPosRankSum=-0.958;SC=TTATAAAACTCTAACTTGTAA;SOR=1.552;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=6;WE=21974407;WS=21974389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr13	21976837	rs9506668	T	C	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.342;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=632;ReadPosRankSum=-1.725;SC=TGAAGTGTTCTTGTCAAGTGT;SOR=0.969;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=199;TCF=118;TCR=81;TR=59;WE=21976845;WS=21976827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,66:0.29:227
chr13	22033122	rs57438463	G	C	4292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=62;PP=2496;ReadPosRankSum=0.513;SC=GGCGGGTGTGGGGCGCAGAGG;SOR=0.548;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=253;TCF=169;TCR=84;TR=174;WE=22033130;WS=22033112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,185:0.71:261
chr13	22033463	.	G	A	124	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=23;MQ=58.96;NF=2;NR=7;PP=124;QD=17.6412458386;SC=GGCGCCGCCGGGACTCCTCCC;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=9;WE=22033471;WS=22033453;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,9:0.45:20
chr13	22096611	rs1359190	T	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=136;ReadPosRankSum=0.204;SC=CATTATCATTTTGCAGATATA;SOR=0.250;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=10;WE=22096619;WS=22096601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr13	22096843	rs1200028	T	C	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	22140911	rs66467009	TA	T	544.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.144;QD=5.24;ReadPosRankSum=-2.198;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,47:0.45:104
chr13	22178308	rs2761924	G	A	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=6;PP=187;SC=GCGCAGCTAGGCGGCGCTTCT;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=22178316;WS=22178298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	22275394	rs9509841	A	G	10198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=239;NR=136;PP=2965;SC=ATACGTACTCATCAAACCTAT;SOR=1.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=377;TCF=239;TCR=138;TR=375;WE=22275402;WS=22275384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr13	22275583	rs9509842	G	A	12466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.99;NF=189;NR=249;PP=2965;SC=GACAAAGACAGTTTCTTCACT;SOR=1.105;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=440;TCF=190;TCR=250;TR=438;WE=22275591;WS=22275573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr13	23238308	.	CTTT	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=0.204;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr13	23251016	rs35856253	CT	C	1747.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=30;PP=1242;SC=AATCCCAGCACTTTTGGGAGG;SOR=1.057;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=33;WE=23251024;WS=23251006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr13	23253313	rs9506904	T	C	8935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=201;NR=108;PP=2965;SC=GTGAGAAGACTATGCACGGTA;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=310;TCF=201;TCR=109;TR=309;WE=23253321;WS=23253303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr13	23808623	rs143561165	C	CTATT	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=206;ReadPosRankSum=-0.310;SC=TTTAAATACACTAGGAGAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=23808631;WS=23808613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr13	23808732	.	CT	C	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.142;QD=0.45;ReadPosRankSum=-1.672;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,21:0.20:105
chr13	23808782	rs1800350	T	C	1976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.689;QD=14.02;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,97:0.69:141
chr13	23824783	rs1800351	T	G	3712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=66;PP=2339;ReadPosRankSum=-0.687;SC=CATCTCTGCTTCTACAATCAA;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=247;TCF=139;TCR=108;TR=153;WE=23824791;WS=23824773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,166:0.62:266
chr13	23853468	rs66844808	A	G	2314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=4.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.78;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,112:0.67:168
chr13	23894744	rs1536725	T	G	3343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=7.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.15;ReadPosRankSum=2.517;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,80:0.89:90
chr13	23894746	rs1536726	T	G	3343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.35;ReadPosRankSum=3.132;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,80:0.87:92
chr13	23894748	rs1536727	T	G	3369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.63;ReadPosRankSum=3.126;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,80:0.87:92
chr13	23894750	rs1536728	T	G	3360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=3.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.65;ReadPosRankSum=3.733;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,82:0.85:97
chr13	23894752	rs1536729	T	G	3360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.61;ReadPosRankSum=4.358;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,82:0.82:100
chr13	23898454	rs9510700	C	T	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=34;PP=1198;ReadPosRankSum=0.954;SC=GGATTTGCTGCTGACCAGGGT;SOR=0.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=83;TCR=53;TR=88;WE=23898462;WS=23898444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,96:0.67:144
chr13	23898509	rs1800353	T	C	2923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=2.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.92;ReadPosRankSum=-1.539;SOR=0.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,139:0.71:196
chr13	23898664	rs1800354	A	G	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.30;ReadPosRankSum=0.069;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,61:0.68:90
chr13	23907677	rs2737701	C	T	7249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=97;PP=2965;SC=ATGATGATGACTGTGTCCATT;SOR=1.100;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=254;TCF=157;TCR=97;TR=251;WE=23907685;WS=23907667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr13	23908034	rs2737700	A	G	5143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.538;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.487;SC=GAATACAGCCAGCTTTCATTA;SOR=0.500;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=319;TCF=175;TCR=144;TR=219;WE=23908042;WS=23908024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,231:0.68:338
chr13	23949252	rs3751368	G	A	5400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.34;ReadPosRankSum=0.691;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,246:0.70:352
chr13	24167480	rs12583417	T	C	1833.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.73;ReadPosRankSum=1.864;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,88:0.61:144
chr13	24234517	rs3751364	A	G	4558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=91;NR=61;PP=2278;SC=CTCTGCGGTCACAGGACATTC;SOR=0.861;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=91;TCR=62;TR=152;WE=24234525;WS=24234507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr13	24242165	rs61745191	C	T	2140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=50;PP=1406;ReadPosRankSum=2.153;SC=AGGCCTGCAGCCCCAACCCGG;SOR=0.616;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=352;TCF=202;TCR=150;TR=118;WE=24242173;WS=24242155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,125:0.33:377
chr13	24242801	rs7329483	A	G	2413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.74;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr13	24243200	rs3751363	T	C	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=38;NR=63;PP=1494;SC=AGGAGAGTGGTGCTGTCATCC;SOR=1.386;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=101;WE=24243208;WS=24243190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr13	24334215	rs11620036	T	G	2565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=47;PP=1386;ReadPosRankSum=0.576;SC=ATGGGGACATTTTAGAACTTA;SOR=0.695;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=157;TCF=87;TCR=70;TR=106;WE=24334223;WS=24334205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,120:0.67:179
chr13	24384129	rs9510869	C	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=6.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.17;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr13	24410278	rs7982516	G	A	7277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=154;NR=103;PP=2965;SC=TACTAACAGAGGGTGAGTTCT;SOR=1.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=154;TCR=103;TR=257;WE=24410286;WS=24410268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr13	24411772	rs7333040	T	C	4526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr13	24436230	rs1886972	C	T	188.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.60;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	24449166	.	AACAC	A	45	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=45;QD=24.0;SC=GTTTCTTCAAAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=24449177;WS=24449156;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr13	24463618	rs2077440	C	G	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.063;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=366;ReadPosRankSum=0.211;SC=GGCACGTTGTCGTCCAGAGAG;SOR=1.445;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=19;WE=24463626;WS=24463608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr13	24465307	rs3814794	G	A	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.480;NF=34;NR=7;PP=712;ReadPosRankSum=-1.030;SC=TAACTTTTCCGTTTTCACCTT;SOR=0.576;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=48;TCR=10;TR=41;WE=24465315;WS=24465297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,42:0.68:62
chr13	24465717	rs3864970	A	G	3660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=24.518;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.751;NF=70;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.098;SC=GAATTTCCCCACTGCTGTATC;SOR=1.855;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=427;TCF=197;TCR=230;TR=196;WE=24465725;WS=24465707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,175:0.42:416
chr13	24465743	rs3864971	A	G	7812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.70;MQRankSum=-1.426;QD=26.94;ReadPosRankSum=0.889;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,289:1.00:290
chr13	24466302	rs9510925	A	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.54;MQRankSum=-4.025;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr13	24468539	rs139605562	AC	GT	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=24.103;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.412;NF=18;NR=7;PP=801;ReadPosRankSum=1.711;SC=GGGATAAGTGACCTAAGAAAT;SOR=1.805;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=25;WE=24468548;WS=24468529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr13	24468568	rs12866374	A	G	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.145;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.172;NF=24;NR=20;PP=738;ReadPosRankSum=0.296;SC=TGACTTCCCAAGCGCCCATCT;SOR=0.914;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=44;WE=24468576;WS=24468558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,39:0.61:64
chr13	24468643	rs150835167	CTG	C	3912.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.592;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.939;NF=10;NR=43;PP=2320;ReadPosRankSum=0.829;SC=TGGGGACTGACTGTCACAATT;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=15;TCR=64;TR=53;WE=24468652;WS=24468633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,99:0.61:161
chr13	24468704	rs78881146	G	A	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.469;NF=42;NR=35;PP=1043;ReadPosRankSum=0.216;SC=CTGAATGTTGGAGGTGCGAGG;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=77;WE=24468712;WS=24468694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,91:0.66:138
chr13	24468832	rs78017736	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=208;ReadPosRankSum=0.696;SC=CAAGATAGAAGAGAGAGTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=10;WE=24468840;WS=24468822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr13	24470913	rs7317337	T	G	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.635;NF=41;NR=19;PP=999;ReadPosRankSum=-2.840;SC=GAGATGAAAGTAATGAAGAGA;SOR=0.588;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=60;WE=24470921;WS=24470903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,55:0.71:78
chr13	24471039	rs66990269	T	G	4520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.71;MQRankSum=-0.292;QD=23.92;ReadPosRankSum=-0.755;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,117:0.62:189
chr13	24471048	rs35159134	C	T	4132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.22;MQRankSum=-0.202;QD=21.52;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,117:0.61:192
chr13	24471232	rs9510930	A	G	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=771;ReadPosRankSum=0.369;SC=TGGGAAATGGATGAGCTGTCC;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=37;WE=24471240;WS=24471222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr13	24797913	rs1220546	C	T	15079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=222;NR=277;PP=2965;SC=CGGCCCATGACGCACGGGTAC;SOR=0.947;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=499;TCF=222;TCR=277;TR=499;WE=24797921;WS=24797903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,553:1.00:553
chr13	24798120	rs1220547	T	C	6234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=90;PP=2965;SC=GCCTGAGACTTCAGGCACACA;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=119;TCR=90;TR=209;WE=24798128;WS=24798110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr13	24826051	rs2793491	C	T	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=723;ReadPosRankSum=-0.223;SC=CCCATCTGACCGTTTCCAGCT;SOR=0.631;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=160;TCF=75;TCR=85;TR=62;WE=24826059;WS=24826041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,73:0.43:170
chr13	24860240	rs9507300	A	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=176;ReadPosRankSum=-0.886;SC=TGCCACCAGCATATCCAAGTG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=13;WE=24860248;WS=24860235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr13	24865057	rs12430530	A	G	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=1.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.460;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,64:0.34:189
chr13	24868752	rs34017703	TA	T	2327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.687;NF=18;NR=24;PP=1505;ReadPosRankSum=0.155;SC=AAACAGTGGCTAATGACGTAA;SOR=0.527;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=42;WE=24868760;WS=24868742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,72:0.69:104
chr13	24869025	rs7993660	A	G	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=46;PP=1425;SC=AAAGCACCCCACATGATCCCA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=65;WE=24869033;WS=24869015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr13	24869048	rs9553233	T	C	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=485;ReadPosRankSum=-0.400;SC=CCACTCGCCCTTCCCGCACCT;SOR=0.530;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=29;WE=24869056;WS=24869038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr13	24876752	rs33990382	T	C	3536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=48;PP=1933;ReadPosRankSum=-1.156;SC=ACAGGTGCCCTGTGGCCCCAC;SOR=0.556;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=191;TCF=128;TCR=63;TR=138;WE=24876760;WS=24876742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,150:0.73:205
chr13	24877151	rs9580929	A	G	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=773;ReadPosRankSum=0.557;SC=CCCGTGACCCACTATGAGATG;SOR=0.913;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=42;WE=24877159;WS=24877141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,46:0.74:62
chr13	24877179	rs9578699	G	A	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.004;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=797;ReadPosRankSum=0.452;SC=TGTGGGACCCGGTACCATGCT;SOR=0.633;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=37;WE=24877187;WS=24877169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,39:0.75:52
chr13	24877308	rs9578700	A	G	2795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=1.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.87;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,124:0.66:188
chr13	24877442	rs9580930	G	A	4812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.49;ReadPosRankSum=-0.170;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,124:0.55:224
chr13	24877445	rs11149059	T	C	4792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.99;ReadPosRankSum=-0.237;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,121:0.56:218
chr13	24877550	rs9580931	G	C	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=447;ReadPosRankSum=0.683;SC=TGGAGAGAAAGAAGATGCATC;SOR=0.474;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=24;WE=24877558;WS=24877540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr13	24889989	rs369100918	GT	G	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.254;NF=6;NR=0;PP=512;ReadPosRankSum=1.211;SC=TGAGCCTTCTGTCCAAGTTTG;SOR=1.284;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=6;WE=24890009;WS=24889984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr13	24889997	rs113352291	T	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.86;MQRankSum=-3.098;QD=9.63;ReadPosRankSum=-0.320;SOR=1.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr13	24890001	rs112601619	G	C	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=5.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQRankSum=-3.371;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.091;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr13	24890050	rs114252282	G	A	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.423;NF=19;NR=11;PP=414;ReadPosRankSum=-0.238;SC=CCCACTGCACGGAACAGAGGC;SOR=0.480;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=76;TCF=53;TCR=23;TR=30;WE=24890058;WS=24890040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,32:0.39:82
chr13	24890337	rs9511193	C	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQRankSum=-3.131;QD=1.47;ReadPosRankSum=1.509;SOR=1.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,8:0.11:74
chr13	24890339	rs9511194	A	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQRankSum=-3.421;QD=1.51;ReadPosRankSum=1.498;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,8:0.11:72
chr13	24892820	rs3864972	T	C	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.227;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.292;NF=46;NR=12;PP=812;ReadPosRankSum=-2.081;SC=CACCTGCGCTTGTGTGGAGGA;SOR=1.594;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=168;TCF=114;TCR=54;TR=58;WE=24892828;WS=24892810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,60:0.36:169
chr13	24892841	rs9580939	G	C	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=9.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQRankSum=2.755;QD=2.44;ReadPosRankSum=-1.530;SOR=0.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,45:0.19:235
chr13	24893135	rs111305106	A	G	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.440;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.821;NF=5;NR=13;PP=198;ReadPosRankSum=-0.212;SC=CACAGTTCTTACTCTCCAGAC;SOR=0.120;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=18;WE=24893143;WS=24893125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr13	24895559	rs3751357	A	G	9517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.77;QD=27.83;SOR=1.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr13	24895684	rs2862239	A	G	17604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=326;NR=330;PP=2965;SC=TTTTCTCCAGAAATGTTCAGG;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCR=330;TR=656;WE=24895692;WS=24895674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,653:1.00:653
chr13	25000617	rs7571	C	G	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=0.941;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,32:0.24:133
chr13	25005720	rs7996670	C	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQRankSum=1.755;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr13	25008588	rs1372085	A	G	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=35;PP=1680;SC=CCAGTGTTGTATGCACACTAT;SOR=1.089;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=59;TCR=35;TR=94;WE=25008596;WS=25008578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr13	25008630	rs1822135	A	G	4284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=59;PP=2320;SC=CAGAAAGCACAGGATACTGTC;SOR=0.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=87;TCR=60;TR=145;WE=25008638;WS=25008620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr13	25008903	rs9318536	G	T	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.02;QD=29.93;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	25009099	rs9511259	A	C	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=36;NR=31;PP=1185;SC=CAATAGGGTGAAGAAGGTGGG;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=67;WE=25009107;WS=25009089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr13	25009297	rs1050112	G	T	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=2.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.961;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,53:0.30:179
chr13	25009441	rs13428	C	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.916;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr13	25009485	rs1050110	C	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.455;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=150;ReadPosRankSum=-0.132;SC=TACACCTAAGCCATCCTCTTC;SOR=1.080;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=17;WE=25009493;WS=25009475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,18:0.25:71
chr13	25015967	rs61614647	C	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=5.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-4.221;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.386;SOR=0.282;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,19:0.19:99
chr13	25016008	rs59195808	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-5.044;QD=1.40;ReadPosRankSum=-0.819;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,23:0.18:131
chr13	25016142	rs56259964	T	C	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQRankSum=-8.375;QD=0.62;ReadPosRankSum=-1.034;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,13:0.14:96
chr13	25016163	rs56092924	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQRankSum=-8.148;QD=0.73;ReadPosRankSum=-1.286;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,9:0.13:68
chr13	25016230	rs9511267	C	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5123;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=3.586;NF=6;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=-1.653;SC=GAGCTTGTGCCGTGGGCCACA;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=16;WE=25016238;WS=25016220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr13	25016585	rs3816226	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQRankSum=-0.440;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr13	25016589	rs73172117	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQRankSum=-2.501;QD=3.76;ReadPosRankSum=-1.455;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr13	25016598	rs3816225	A	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQRankSum=-2.534;QD=16.64;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr13	25016620	rs3816224	C	A	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.715;HP=2;HapScore=4;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.913;NF=18;NR=3;PP=997;ReadPosRankSum=0.395;SC=CCCACACTTCCCAGGCCCAGG;SOR=1.524;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=21;WE=25016640;WS=25016610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr13	25016632	rs3816223	T	C	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.895;HP=4;HapScore=4;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.623;NF=23;NR=7;PP=997;ReadPosRankSum=-1.191;SC=AGGCCCAGGGTGTGGATGTCG;SOR=1.302;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=30;WE=25016640;WS=25016610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr13	25016677	rs3816222	T	C	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=-2.726;QD=6.51;ReadPosRankSum=2.182;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,39:0.35:110
chr13	25016687	rs4770683	C	T	3876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.63;QD=32.31;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr13	25016870	rs3816221	C	A	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.346;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.446;NF=16;NR=33;PP=796;ReadPosRankSum=-0.522;SC=ATTTCTATTTCGCTATGTCAG;SOR=0.368;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=83;TCF=26;TCR=57;TR=49;WE=25016878;WS=25016860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,49:0.59:83
chr13	25020757	rs9511273	T	C	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.48;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	25020782	rs9318553	C	G	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.72;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr13	25020863	rs9318554	G	A	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr13	25020910	rs9507346	G	A	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.58;ReadPosRankSum=-0.714;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,58:0.97:60
chr13	25021144	rs78060735	GTCT	G	3774.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=28;PP=2171;SC=CAAACTCTGCGTCTTCTTACC;SOR=0.897;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=42;WE=25021162;WS=25021134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr13	25021154	rs61947037	C	T	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.016;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.282;NF=32;NR=23;PP=806;ReadPosRankSum=0.404;SC=GTCTTCTTACCTGTGTGCAGT;SOR=0.916;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=55;WE=25021162;WS=25021134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,64:0.70:91
chr13	25021200	rs9318558	A	C	5181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.49;QD=44.29;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr13	25021200	.	AG	CA,CG	1805	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MMLQ=21;MQ=48.56;NF=8,59;NR=1,42;PP=116,1805;QD=18.8297638736;SC=TCGATCATTGAGAAACAAGGA;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=102;TCF=60;TCR=42;TR=9,101;WE=25021219;WS=25021190;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.09:102
chr13	25021211	rs7333856	C	T	4339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.713;NF=50;NR=42;PP=1807;ReadPosRankSum=2.070;SC=GAAACAAGGACGGCACCTGGG;SOR=0.493;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=92;WE=25021219;WS=25021190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,108:0.90:120
chr13	25021245	rs7334587	A	G	2308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=2.078;NF=49;NR=41;PP=1239;ReadPosRankSum=0.108;SC=GGCCTCGGGCACATCTGGATT;SOR=0.616;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=62;TCR=50;TR=90;WE=25021253;WS=25021235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,102:0.82:125
chr13	25021263	rs77269056	T	C	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQRankSum=-4.306;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.643;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,29:0.21:137
chr13	25021323	rs73172125	A	G	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQRankSum=-6.241;QD=3.63;ReadPosRankSum=-1.460;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,23:0.27:85
chr13	25021358	rs7139805	T	C	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=0.262;QD=5.76;ReadPosRankSum=-1.268;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr13	25023936	rs9581043	C	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=338;ReadPosRankSum=1.201;SC=ATCCTTAAGACGTGACGATTT;SOR=1.027;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=24;WE=25023944;WS=25023926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr13	25024028	rs73172129	G	A	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.712;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=636;ReadPosRankSum=-0.709;SC=ACAGTGTTGAGAAAGCTCACA;SOR=0.597;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=47;WE=25024036;WS=25024018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,52:0.48:109
chr13	25027744	rs4770684	A	G	11236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=208;NR=203;PP=2965;SC=CTCTGCTGCCATGGTATTGCT;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=413;TCF=209;TCR=204;TR=411;WE=25027752;WS=25027734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr13	25029113	rs73172140	G	A	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=4.943;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=340;ReadPosRankSum=-1.018;SC=TGATTCACATGTAGGGGAAGC;SOR=2.215;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=20;WE=25029121;WS=25029103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr13	25029128	rs7338384	G	A	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=380;ReadPosRankSum=1.557;SC=GGAAGCACACGCAGGACCAGG;SOR=1.204;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=24;WE=25029136;WS=25029118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr13	25029218	rs2275660	C	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=0.115;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,42:0.25:170
chr13	25029295	rs7140044	C	T	1967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.80;ReadPosRankSum=0.946;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,92:0.69:133
chr13	25029401	rs7317188	C	G	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=31;PP=905;SC=ACTTCAACTGCAAAAGGTCTA;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=25029409;WS=25029391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	25030447	rs9581057	T	C	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=555;ReadPosRankSum=-0.583;SC=TTTTCAATAGTGTCTCCTATG;SOR=0.815;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=47;WE=25030455;WS=25030437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,49:0.68:72
chr13	25033200	rs1130941	T	A	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.22;ReadPosRankSum=-0.255;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,66:0.69:95
chr13	25033227	rs1050107	A	G	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.53;ReadPosRankSum=1.132;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,65:0.68:95
chr13	25033290	rs4986819	G	C	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.010;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,67:0.71:94
chr13	25033393	rs9581061	G	C	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.90;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr13	25033470	rs3783078	T	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=-0.523;SC=AAAATACATTTGTATAACTAA;SOR=0.307;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=8;WE=25033478;WS=25033460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr13	25034384	rs750771	C	T	3138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.595;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=72;PP=1932;ReadPosRankSum=1.258;SC=CCAAATTCTTCCTCAGAAAAC;SOR=0.897;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=187;TCF=81;TCR=106;TR=123;WE=25034392;WS=25034374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,136:0.66:205
chr13	25043029	rs4770694	C	T	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.34;ReadPosRankSum=-1.321;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr13	25043033	rs4770695	C	G	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.99;ReadPosRankSum=-1.119;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr13	25049810	rs56074684	C	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-0.881;QD=18.71;ReadPosRankSum=-0.929;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr13	25049810	.	CTT	ATC	321	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=59.91;NF=3;NR=5;PP=321;QD=46.8084843578;SC=TTTATTCCTTCTTCAAGCCTT;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=8;WE=25049820;WS=25049800;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,8:0.40:20
chr13	25049812	rs8001930	T	C	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-0.917;QD=19.49;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr13	25052261	rs4770696	C	T	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.39;ReadPosRankSum=-0.986;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,89:0.69:129
chr13	25059023	rs4769362	C	T	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=20;PP=573;SC=TGGTTGTTTCCGGAAACACAA;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=25059031;WS=25059013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	25060313	rs73154350	A	G	4940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.306;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=85;PP=2917;ReadPosRankSum=-0.443;SC=TACCGACACAAGATTCCCACG;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=303;TCF=173;TCR=130;TR=206;WE=25060321;WS=25060303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,224:0.69:323
chr13	25060522	rs7999189	A	G	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.861;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=31;PP=709;ReadPosRankSum=-0.082;SC=AAGAAATCCCAAAAGAGTCCA;SOR=0.317;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=55;TCF=6;TCR=49;TR=36;WE=25060530;WS=25060512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
chr13	25064748	rs61948880	C	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=255;ReadPosRankSum=-0.829;SC=AGCTCTTTAACGGAGTCTCAA;SOR=0.689;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=21;WE=25064756;WS=25064738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,21:0.30:69
chr13	25068620	rs2862906	G	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=208;ReadPosRankSum=2.041;SC=CATGAGCCACGAAGCCTGGCC;SOR=0.352;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=15;WE=25068628;WS=25068610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr13	25068808	rs9318600	A	T	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=771;ReadPosRankSum=0.340;SC=GTAATTTTCAAAGTATTCACT;SOR=0.686;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=108;TCF=58;TCR=50;TR=68;WE=25068816;WS=25068798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,81:0.64:126
chr13	25068934	rs4770700	G	T	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=324;ReadPosRankSum=0.493;SC=AAATAAAGCAGTAGGTCCTTG;SOR=0.226;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=26;WE=25068942;WS=25068924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr13	25072181	rs17470243	G	A	2153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=41;PP=1214;ReadPosRankSum=-0.100;SC=AGGTTGGGAGGTCGGCTGATT;SOR=0.578;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=129;TCF=73;TCR=56;TR=91;WE=25072189;WS=25072171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,98:0.68:145
chr13	25072200	rs1965154	T	A	2564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=3.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.45;ReadPosRankSum=0.073;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,117:0.70:166
chr13	25073399	.	GTT	G	988.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.473;QD=13.36;ReadPosRankSum=0.415;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr13	25074408	rs9581088	T	C	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=17;PP=1045;ReadPosRankSum=0.909;SC=TACACAAGATTTTACAAACTC;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=107;TCF=77;TCR=30;TR=65;WE=25074416;WS=25074398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,70:0.60:116
chr13	25074490	rs9578751	C	T	3809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-1.084;QD=13.23;ReadPosRankSum=-2.236;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,181:0.63:288
chr13	25074568	rs73154379	C	T	2568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.307;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=63;PP=1542;ReadPosRankSum=2.314;SC=CAAAGACTTACTATAATTAGT;SOR=0.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=70;TCR=93;TR=110;WE=25074576;WS=25074558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,116:0.67:172
chr13	25075694	rs9581089	C	T	2124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.773;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=23;PP=1435;ReadPosRankSum=0.099;SC=CAATTCTCTGCCTATGGTATC;SOR=0.997;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=165;TCF=117;TCR=48;TR=90;WE=25075702;WS=25075684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,95:0.55:174
chr13	25075720	rs9578753	C	T	3118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=53;PP=1923;ReadPosRankSum=-1.035;SC=CAAACCCAAGCGTGTACTATG;SOR=0.572;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=233;TCF=148;TCR=85;TR=138;WE=25075728;WS=25075710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,148:0.60:248
chr13	25075859	rs1539096	C	T	3756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.276;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=80;PP=1987;ReadPosRankSum=-0.197;SC=GTCTCTTTTCCCTGATAGATT;SOR=0.885;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=115;TCR=133;TR=150;WE=25075867;WS=25075849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,175:0.60:290
chr13	25280753	rs2289905	C	T	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=22;PP=615;SC=TCCAACCTCTCAGGTGGGCTG;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=25280761;WS=25280743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	25283657	rs2289910	G	C	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=883;ReadPosRankSum=-0.267;SC=CCCATCACACGAGGGCCTGCC;SOR=0.823;Source=Platypus;TCF=36;TR=51;WE=25283665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,47:0.66:71
chr13	25283744	rs7318859	G	A	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.48;ReadPosRankSum=-0.096;SOR=0.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,41:0.73:56
chr13	25284746	rs145223677	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=365;ReadPosRankSum=0.171;SC=TGCCTGTGCCCGGCCTCCTGG;SOR=0.178;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=24;WE=25284754;WS=25284736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr13	25338586	rs9578783	A	G	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=11;PP=282;SC=TGGTGTCACCAGAAACTGCGT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=25338594;WS=25338576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	25355965	rs5802305	GT	G	616.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.653;QD=11.21;ReadPosRankSum=1.182;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
chr13	25356053	rs9707144	T	C	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.766;NF=34;NR=34;PP=791;ReadPosRankSum=1.323;SC=AGAAACAGTTTGACCAACTTT;SOR=0.705;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=68;WE=25356061;WS=25356043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,70:0.64:109
chr13	25363477	rs11616245	A	T	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=3.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.585;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,71:0.58:123
chr13	25363776	rs6490979	C	T	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=10;PP=499;SC=TGATTTTTGTCTAGAGAACAT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=25363784;WS=25363766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	25364037	rs17399605	A	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=153;ReadPosRankSum=1.043;SC=TAGTTTCTATAGTTAAATTCT;SOR=0.460;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=12;WE=25364045;WS=25364027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr13	25367282	rs1451568	A	C	9621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=726;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=236;NR=179;PP=2962;ReadPosRankSum=0.598;SC=TAGAAAAGAAAAAGGTTGACA;SOR=0.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=689;TCF=393;TCR=296;TR=415;WE=25367290;WS=25367272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,441:0.61:723
chr13	25370255	rs1446294	A	G	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=17;PP=865;SC=TATTAATGTGACTTAAACATT;SOR=1.278;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=49;WE=25370263;WS=25370245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr13	25376420	rs1026014	C	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=144;ReadPosRankSum=-0.874;SC=TCAGTTTGTTCGCAGTTGCGT;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=12;WE=25376428;WS=25376411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr13	25378476	rs9511451	A	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=277;ReadPosRankSum=-1.349;SC=ACTACTTTACACTATCATCCA;SOR=0.811;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=89;TCF=52;TCR=37;TR=28;WE=25378484;WS=25378466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,34:0.32:106
chr13	25399752	rs2121253	A	G	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=9;PP=1305;SC=CCCTTTATTTACTAGATAGAG;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=55;WE=25399760;WS=25399742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr13	25400338	rs12869348	A	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=331;ReadPosRankSum=1.016;SC=AGTTTTCTCGATATATTTTTT;SOR=0.283;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=18;WE=25400346;WS=25400328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr13	25404743	rs4769382	T	C	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=26;PP=784;SC=AGAAGGTAATTTATTTATTAT;SOR=0.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=49;WE=25404751;WS=25404733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr13	25418996	rs9511472	T	G	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.292;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=512;ReadPosRankSum=0.311;SC=ATTTTGTATTTTTTTCCCTGG;SOR=1.048;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=135;TCF=63;TCR=72;TR=42;WE=25419004;WS=25418986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,44:0.30:147
chr13	25419176	rs6490984	A	G	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=32;PP=1005;SC=ATCTAAAGACAATGGGAAGAC;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=59;WE=25419184;WS=25419166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr13	25424369	rs9511476	A	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=195;ReadPosRankSum=-0.560;SC=TTTACTACATATAGTTGGTTC;SOR=0.540;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=11;WE=25424377;WS=25424359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr13	25440318	rs9507425	G	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=2.171;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,31:0.35:88
chr13	25440496	rs9511482	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=32;ReadPosRankSum=1.001;SC=TTTAATATCGTTCACTGTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=3;WE=25440504;WS=25440486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr13	25442921	rs2275938	A	C	2119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=60;PP=1643;ReadPosRankSum=0.505;SC=TAAACACTATAAGTGACTCTT;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=28;TCR=93;TR=78;WE=25442929;WS=25442911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,83:0.66:125
chr13	25444934	rs2305368	C	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=1.112;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr13	25448120	rs8001764	G	A	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=6;PP=301;SC=GGTTGATTCCGTATCTTGGCT;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=25448128;WS=25448110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	25451097	rs9553460	G	A	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.626;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.671;NF=23;NR=17;PP=440;ReadPosRankSum=-0.758;SC=AGTTTCAGCCGGAAGAGAATT;SOR=0.384;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=125;TCF=75;TCR=50;TR=40;WE=25451105;WS=25451087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,42:0.32:131
chr13	25457207	rs9318911	T	C	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=17;PP=1459;SC=TTTTAGAATCTAATCTTTTCC;SOR=2.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=69;WE=25457215;WS=25457197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr13	25458232	rs34991318	AGTT	A	4209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=46;PP=2596;ReadPosRankSum=-2.384;SC=CTGTTTAAAAAGTTGTTACAG;SOR=0.728;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=110;TCF=27;TCR=83;TR=64;WE=25458242;WS=25458222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,106:0.61:174
chr13	25458267	rs3831371	G	GAATT	4196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.592;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=2804;ReadPosRankSum=-0.486;SC=AGGAAGGGAAGAATTTAATGA;SOR=0.764;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=96;TCF=35;TCR=61;TR=57;WE=25458277;WS=25458257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,99:0.61:162
chr13	25458650	rs1530876	G	A	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=83;PP=2279;SC=CCTGACGAAAGTATGGCTAAT;SOR=1.476;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=47;TCR=83;TR=130;WE=25458658;WS=25458640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr13	25459713	rs34888101	G	GTT	1318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.064;NF=2;NR=19;PP=800;ReadPosRankSum=-0.111;SC=AGTAATGTATGTTTGAAGAAT;SOR=0.577;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=61;TCF=8;TCR=53;TR=21;WE=25459721;WS=25459703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,45:0.42:107
chr13	25460428	rs9511502	A	G	6533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=136;NR=103;PP=2965;SC=AAAGTGTAACAGAGCTGGATG;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=136;TCR=103;TR=239;WE=25460436;WS=25460418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr13	25466774	rs9318917	T	C	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.00;SOR=1.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr13	25466955	rs3742165	T	C	5104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=0.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.83;ReadPosRankSum=0.692;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,245:0.66:369
chr13	25479541	rs17402892	A	C	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.474;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=38;PP=1197;ReadPosRankSum=-1.918;SC=TGTGAATCTGACTTTGGTTTT;SOR=0.793;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=273;TCF=158;TCR=115;TR=96;WE=25479549;WS=25479531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,103:0.36:289
chr13	25486011	rs139169419	T	C	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.812;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=17;PP=684;ReadPosRankSum=0.042;SC=ACAGGAACGATAGAAATAACG;SOR=0.953;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=182;TCF=122;TCR=60;TR=55;WE=25486019;WS=25486001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,59:0.29:200
chr13	25486287	rs2290276	C	T	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.28;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr13	25486911	rs9511510	G	T	1658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.801;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,106:0.28:377
chr13	25670767	rs79159999	A	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=5.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=-10.347;QD=1.06;ReadPosRankSum=-2.422;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,16:0.09:179
chr13	25670776	rs78432860	C	T	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=6.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-9.536;QD=1.83;ReadPosRankSum=-2.069;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,19:0.11:167
chr13	25670777	rs76472384	A	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=6.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-9.474;QD=1.93;ReadPosRankSum=-1.999;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,19:0.12:165
chr13	25670780	rs79494472	C	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=6.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=-9.382;QD=2.07;ReadPosRankSum=-1.575;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,19:0.12:162
chr13	25670797	rs75760907	C	G	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=10.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-6.848;QD=4.57;ReadPosRankSum=-0.706;SOR=1.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,27:0.17:161
chr13	25670801	.	T	TG	820.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=6.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-6.486;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.665;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,29:0.18:158
chr13	25670803	rs76858651	A	G	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=7.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=-6.217;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,32:0.20:163
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chr13	25743748	rs142095746	C	G	2398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.803;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=39;PP=1669;ReadPosRankSum=-0.314;SC=GACCTCACAACTTTTTGGCAC;SOR=0.451;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=164;TCF=104;TCR=60;TR=103;WE=25743756;WS=25743738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,105:0.62:168
chr13	25802491	rs4770813	A	G	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=4;PP=1171;SC=CTTGGTCCCCATCCTCAGGGA;SOR=4.479;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=53;TCR=4;TR=57;WE=25802499;WS=25802481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr13	25825889	rs4312169	T	C	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	25831888	rs7995033	T	C	10638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr13	25839869	rs371486423	CA	C	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.091;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.330;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr13	25848404	rs4387458	A	C	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=519;SC=CTTACATGCAACATTCTCAAT;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=25848412;WS=25848394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	25876011	rs11556093	G	A	5922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-4.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=0.461;SC=CGGAACGGGAGCGTCTAGGTA;SOR=0.673;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=392;TCF=174;TCR=218;TR=257;WE=25876019;WS=25876001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,317:0.67:470
chr13	25886932	rs4341628	A	G	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=14;PP=1772;SC=TGAACTTTTAAGGATCCTTAT;SOR=2.571;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=66;TCR=15;TR=79;WE=25886940;WS=25886922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr13	25893363	rs59567333	GTTTATA	G	1448.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=9;PP=999;SC=ATGCTTAACAGTTTATATTTA;SOR=1.751;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=17;WE=25893376;WS=25893353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	25899091	rs59746219	C	CT	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.927;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.783;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr13	25901781	rs7997070	A	C	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=27;PP=800;SC=GAAAACTACTATAATCCATAA;SOR=1.044;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=40;WE=25901789;WS=25901771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	25911050	rs75002041	AT	A	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.096;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,30:0.24:125
chr13	26137989	rs12871941	T	C	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=2;PP=641;ReadPosRankSum=0.452;SC=TGAATCCCTATAGGACTTTAG;SOR=1.225;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=50;TCF=48;TCR=2;TR=32;WE=26137997;WS=26137979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr13	26145090	.	C	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=2.906;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,12:0.16:75
chr13	26273385	rs6491088	G	C	5214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr13	26273538	rs2296003	C	T	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=45;PP=1187;SC=GTATCCCGTGCTTATACAAAA;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=66;WE=26273546;WS=26273528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr13	26411561	rs71793513	CCACACACA	C	550.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=50.07;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	26434282	rs34288901	G	A	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.694;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,109:0.36:300
chr13	26436425	rs34674796	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=194;ReadPosRankSum=-1.943;SC=CTGAGTGTCTATTTCCCTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=22;WE=26436433;WS=26436415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,26:0.32:80
chr13	26441935	rs143429284	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.397;QD=5.35;ReadPosRankSum=-1.208;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr13	26445247	rs145017510	GGT	G	1785.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.121;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.582;NF=17;NR=54;PP=2509;ReadPosRankSum=1.089;SC=TTGATTGAGTGGTTTTTTTTT;SOR=0.361;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=127;TCF=26;TCR=101;TR=71;WE=26445262;WS=26445236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,122:0.56:218
chr13	26445254	.	T	C	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=20.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=-1.914;QD=4.73;ReadPosRankSum=-0.111;SOR=1.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,73:0.34:216
chr13	26501227	rs1185907	C	T	6405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr13	26535625	rs9511998	G	A	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=18;PP=868;SC=TTGTTTTTGTGTTGTGAAATA;SOR=1.009;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=26535633;WS=26535615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr13	26586788	rs9553698	A	C	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=369;ReadPosRankSum=-0.255;SC=GGGCTGATGGAGGAGTGGGTG;SOR=0.862;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=29;WE=26586796;WS=26586778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,32:0.38:84
chr13	26959593	rs7327769	T	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-0.191;SC=AAGAGCAGACTGAGTGTGATG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=3;WE=26959601;WS=26959583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr13	26974562	rs998692	G	A	5689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=124;NR=73;PP=2965;SC=AAGCAATACCGTCATGTTTGT;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=124;TCR=73;TR=197;WE=26974570;WS=26974552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr13	27239161	rs977351	A	G	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.196;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=34;PP=1190;ReadPosRankSum=1.277;SC=ATTTTATTCTACAGGCAAACA;SOR=1.006;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=231;TCF=131;TCR=100;TR=88;WE=27239169;WS=27239151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,95:0.37:258
chr13	27250823	rs3764108	T	C	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.659;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,66:0.35:191
chr13	27256728	rs9507763	C	G	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.924;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=39;PP=1057;ReadPosRankSum=-0.001;SC=GACTATGTGCCTCATATCTCT;SOR=0.809;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=336;TCF=207;TCR=129;TR=106;WE=27256736;WS=27256718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,114:0.32:354
chr13	27334024	rs76476101	T	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=-1.025;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,44:0.33:132
chr13	27643597	rs9512534	C	T	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.96;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr13	27828529	.	A	ATTTTTTT	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.253;QD=25.47;ReadPosRankSum=2.287;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr13	27829310	rs3094293	G	A	5251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=61;PP=2965;SC=AGAATACTTTGCAGTTACTTA;SOR=1.246;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=113;TCR=61;TR=174;WE=27829318;WS=27829300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr13	27998074	.	C	CT	176.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=-0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.78;ReadPosRankSum=0.577;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,13:0.87:15
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chr13	28009920	rs1218825	G	C	3382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=49;NR=56;PP=1891;SC=CATTTTTGCTGAAAGCACGAA;SOR=1.089;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=105;WE=28009928;WS=28009910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr13	28136989	rs11838661	A	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=296;ReadPosRankSum=-0.703;SC=TGTTTATGTGACATTTCCACA;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=28;WE=28136997;WS=28136979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,29:0.28:105
chr13	28143229	rs8002697	A	G	3155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.381;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=65;PP=1923;ReadPosRankSum=0.304;SC=CTCCATGTGGAAAGAGACGCT;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=345;TCF=186;TCR=159;TR=140;WE=28143237;WS=28143219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,155:0.42:367
chr13	28195972	rs2232676	C	T	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=14;PP=619;ReadPosRankSum=0.212;SC=TGGGCCCTGCCGCGCCGCTGC;SOR=0.830;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=176;TCF=123;TCR=53;TR=51;WE=28195980;WS=28195962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,55:0.30:185
chr13	28196011	rs2232677	C	A	2558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=1.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.983;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,145:0.34:424
chr13	28197436	rs7097	C	T	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=629;ReadPosRankSum=2.591;SC=TATTCTCTTCCTGATGGTGCA;SOR=0.475;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=33;WE=28197444;WS=28197426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,34:0.76:45
chr13	28239940	rs11029	G	C	10685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr13	28239970	rs14105	G	A	11651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr13	28367061	rs1231058	A	G	14995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=275;NR=230;PP=2965;SC=CGCTGCCTCTACTCAAGGCTT;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=509;TCF=276;TCR=233;TR=505;WE=28367069;WS=28367051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,551:1.00:551
chr13	28367275	rs3742112	G	C	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.751;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,95:0.35:268
chr13	28498323	rs9805632	G	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.035;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=55;ReadPosRankSum=0.366;SC=CCCCTTGAAGGGGTTGGGCTG;SOR=0.116;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=8;WE=28498331;WS=28498313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr13	28519354	rs2504220	A	C	2782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=24;PP=1273;SC=ACATTGCCAGAGTCTTGGCGA;SOR=1.257;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=81;WE=28519362;WS=28519344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr13	28537242	rs1805108	A	C	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.857;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=294;ReadPosRankSum=0.109;SC=CCGCTGCAGAACCCGGTGGGT;SOR=0.518;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=26;WE=28537250;WS=28537232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,30:0.33:92
chr13	28537317	rs1805107	G	A	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=33;PP=934;ReadPosRankSum=0.874;SC=ACAGAGCCAGGCACTGAGGCT;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=115;TCR=77;TR=80;WE=28537325;WS=28537307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,88:0.41:217
chr13	28537537	rs2504212	T	G	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=532;ReadPosRankSum=0.880;SC=AAAAGCACATTGTGGTGAAGA;SOR=0.744;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=153;TCF=69;TCR=84;TR=49;WE=28537545;WS=28537527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,53:0.30:178
chr13	28539185	rs2481953	TG	AA	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.548;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=984;ReadPosRankSum=-0.868;SC=GGCTGAGAACTGCAAGGCAGC;SOR=0.903;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=32;WE=28539194;WS=28539175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,42:0.33:128
chr13	28541583	rs2481967	T	G	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=483;ReadPosRankSum=-1.121;SC=AATTGGGGCATCAAGGAGCGA;SOR=0.660;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=123;TCF=36;TCR=87;TR=36;WE=28541591;WS=28541573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,35:0.28:126
chr13	28552425	rs9579139	G	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=251;ReadPosRankSum=-0.762;SC=AAACCGAAGCGCGCGCGGTAC;SOR=0.658;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=24;WE=28552433;WS=28552415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,24:0.26:92
chr13	28552614	rs4463949	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.529;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,22:0.29:76
chr13	28562605	rs3897926	T	G	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=2.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.978;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,65:0.32:201
chr13	28589495	rs9579142	C	G	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=43;PP=1341;ReadPosRankSum=2.196;SC=GTGCCAGACACTGTTGCAGGC;SOR=1.013;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=34;TCR=44;TR=77;WE=28589517;WS=28589485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
chr13	28589509	rs9579143	C	T	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=35;PP=1145;SC=TGCAGGCACACGGGCTGCGGC;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=63;WE=28589517;WS=28589485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr13	28589662	rs4497507	C	G	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=6.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	28597447	rs35829721	ATC	A	776.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.145;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=536;ReadPosRankSum=1.065;SC=ATCTTTTCAAATCTTTTTTTT;SOR=0.978;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=15;WE=28597456;WS=28597437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,26:0.35:74
chr13	28602226	rs60462219	AAG	A	1962.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=31.66;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr13	28602292	rs75580865	T	C	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.628;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,71:0.73:97
chr13	28607916	rs2491222	T	A	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=3;PP=1138;SC=CCTTGAAACATGGCAAACAGT;SOR=3.745;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=46;WE=28607924;WS=28607912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	28607989	rs2491223	T	G	5839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.94;SOR=1.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr13	28609825	rs2491227	A	G	7497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=182;PP=2965;SC=AAAAAAAAATAGCAAAGAATT;SOR=1.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=267;TCF=85;TCR=182;TR=266;WE=28609833;WS=28609803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr13	28609846	rs2491228	A	T	5179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=128;PP=2965;SC=TAGACAGGTGAGCTGTCATCA;SOR=2.067;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=48;TCR=128;TR=176;WE=28609854;WS=28609836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr13	28609991	rs2491229	T	C	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.73;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	28609997	rs2491230	T	C	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.87;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	28610183	rs2491231	A	G	3188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=53;NR=54;PP=1785;SC=AGGTTTCCCTATAGAAAAGAA;SOR=0.892;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=54;TCR=54;TR=107;WE=28610191;WS=28610173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr13	28622356	rs2153000	G	A	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=34;PP=1368;ReadPosRankSum=0.034;SC=TCTCAAGGGCGACAAGCAAGG;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=82;TCR=50;TR=90;WE=28622364;WS=28622346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,95:0.68:140
chr13	28623699	rs9507985	G	T	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=26;PP=628;ReadPosRankSum=-0.287;SC=AACAGAGTTTGCATTTAATGT;SOR=0.730;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=161;TCF=86;TCR=75;TR=53;WE=28623707;WS=28623689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,58:0.34:172
chr13	28623759	rs9513004	C	T	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=36;PP=936;ReadPosRankSum=-0.682;SC=AGAATACAAACTTGTCCTATT;SOR=0.622;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=229;TCF=130;TCR=99;TR=80;WE=28623767;WS=28623749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,90:0.35:258
chr13	28623938	rs67491524	G	GA	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=189;ReadPosRankSum=1.437;SC=TCCCAAGTGAGAAAAAAAAAG;SOR=1.139;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=63;TCF=6;TCR=57;TR=19;WE=28623946;WS=28623928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,24:0.32:74
chr13	28624294	rs1933437	G	A	7617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FS=1.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.27;ReadPosRankSum=-1.196;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,359:0.67:534
chr13	28636084	rs7338903	G	A	3687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=68;PP=2055;SC=TCCCTGGGGCGTCGACCAGCA;SOR=1.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=56;TCR=69;TR=124;WE=28636092;WS=28636064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr13	28644510	rs2387350	C	A	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=12;PP=535;SC=AGATGTGAGGCCATAATATAC;SOR=1.206;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=28644518;WS=28644500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	28647489	rs199898517	GAA	G	1574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=2.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.81;MQRankSum=2.207;QD=13.12;ReadPosRankSum=0.379;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,71:0.59:120
chr13	28835527	rs5802469	T	TC	2693.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=18;PP=1125;SC=TATACTTATTTTGTTTCATAG;SOR=0.840;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=27;WE=28835535;WS=28835517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr13	28854692	rs35542876	A	AT	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-0.447;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.083;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr13	28882948	rs9579177	G	A	3608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr13	28883061	rs7993418	G	A	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr13	28885672	rs4771238	C	T	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.62;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	28886113	rs7328692	A	G	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=9;PP=878;SC=TTTTGATGTAAATAAATTTAG;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=34;WE=28886121;WS=28886103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	28893484	rs2296188	T	C	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=143;SC=AAAGGCTGTCTAACCAAAGGA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=28893492;WS=28893474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	28896979	rs56314249	C	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=214;ReadPosRankSum=-2.440;SC=AGCCGGAGCTCGCAAAGCTTT;SOR=0.824;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=24;WE=28896987;WS=28896969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,30:0.36:83
chr13	28942840	.	CT	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr13	28958955	rs3751395	C	A	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.88;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr13	28964325	rs7983774	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.616;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=246;ReadPosRankSum=-0.805;SC=AGAATTGTTCGTGCACAAATT;SOR=0.314;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=22;WE=28964333;WS=28964315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,23:0.35:66
chr13	28970917	rs7990486	C	T	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=4;PP=1066;SC=GAAATAACTCCTTACGAGATC;SOR=3.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=43;WE=28970925;WS=28970907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	28980150	rs5802481	A	AG	1632.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=35;PP=1604;SC=TTTATGTGTGATCTTCTTTTC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=35;WE=28980158;WS=28980140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	29004064	rs45496898	C	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=137;ReadPosRankSum=-0.457;SC=GAGTTCTGAGCTCTCTGGGGC;SOR=0.616;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=10;WE=29004072;WS=29004054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr13	29274977	rs3831478	T	TA	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr13	29275102	rs947027	T	C	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr13	29275129	rs705423	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=110;ReadPosRankSum=1.641;SC=TAGGTAAAATCATACATATTT;SOR=0.712;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=14;WE=29275137;WS=29275119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr13	29278063	rs34444192	T	TA	835.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.213;NF=11;NR=11;PP=701;ReadPosRankSum=0.106;SC=ATAAAATGATTAAAAATAATG;SOR=0.507;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=22;WE=29278071;WS=29278053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr13	29278264	rs34310301	G	GA	412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.828;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.769;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr13	29674840	rs1536720	T	C	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.235;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=667;ReadPosRankSum=1.189;SC=TTCGAATTCATAATCTGTAGA;SOR=1.102;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=39;WE=29674848;WS=29674830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr13	29674855	rs1536719	A	G	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=17;PP=905;ReadPosRankSum=-2.265;SC=TGTAGAATTCATTATCTCATT;SOR=0.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=65;TCR=23;TR=64;WE=29674863;WS=29674845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,64:0.71:90
chr13	29675131	rs3829381	G	A	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=139;ReadPosRankSum=1.404;SC=GGCAGGGTGGGGTGCCTTCAC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=13;WE=29675139;WS=29675114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr13	29855847	rs3751336	C	T	2875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,130:0.66:198
chr13	29898768	rs928661	A	C	8762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=181;NR=141;PP=2965;SC=AAAGATGCTCAGAAAGATCAA;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=323;TCF=181;TCR=142;TR=322;WE=29898776;WS=29898758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr13	29898881	rs928660	A	G	9783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.67;ReadPosRankSum=0.142;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,317:0.99:319
chr13	29898889	rs928659	G	C	13153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.99;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr13	30014373	rs7337496	C	T	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=28;PP=762;SC=TTCACGTCTCCGTTGTTATAA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=30014381;WS=30014363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	30071310	rs2258198	G	T	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=21;PP=987;SC=GATCACAGCTGCCCAGGCTGT;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=59;WE=30071318;WS=30071300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr13	30075114	rs882953	C	T	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=2.134;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,35:0.29:120
chr13	30077088	rs2482096	C	T	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.362;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,35:0.34:103
chr13	30088607	rs41318021	G	A	3160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=60;PP=1966;ReadPosRankSum=-0.773;SC=CCGGGGGGCGGGGCTGTGCGT;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=116;TCR=88;TR=139;WE=30088615;WS=30088588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,143:0.67:214
chr13	30090404	rs2989592	T	C	3479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=68;PP=2130;SC=AGGAGGTGGCTTCAATCCATG;SOR=1.234;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=45;TCR=68;TR=113;WE=30090412;WS=30090394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr13	30091516	rs2490267	T	C	5784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=117;PP=2965;SC=GCATCCACTGTTCTCCCCTAA;SOR=1.057;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=86;TCR=118;TR=203;WE=30091524;WS=30091506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr13	30091714	rs2482089	G	A	5623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=115;NR=93;PP=2965;SC=TCTTACCTATGAGGCTGGTTG;SOR=0.806;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=211;TCF=115;TCR=96;TR=208;WE=30091722;WS=30091704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr13	30091819	rs2482090	G	C	6162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=104;PP=2965;SC=CTGGTAAAAAGCCCAGCTGGG;SOR=0.851;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=104;TCR=104;TR=208;WE=30091827;WS=30091809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr13	30098215	rs2776957	C	T	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=6;PP=680;SC=CAAGCATTGGCTTGTTTGCCC;SOR=2.621;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=30;WE=30098234;WS=30098205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	30098226	rs2776958	A	G	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=6;PP=707;SC=TTGTTTGCCCAGGGTGCAGGA;SOR=2.613;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=37;WE=30098234;WS=30098205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	30109939	rs2274837	G	A	2366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.757;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=20;PP=1529;ReadPosRankSum=-0.156;SC=CACGAGCTCCGGACCCCTGGG;SOR=1.150;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=128;TCF=96;TCR=32;TR=88;WE=30109947;WS=30109929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,98:0.70:140
chr13	30346188	rs2234416	A	C	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=27;PP=1248;ReadPosRankSum=0.541;SC=TAACATTTAAAACAAGCGAAT;SOR=0.656;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=134;TCF=89;TCR=45;TR=85;WE=30346196;WS=30346178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,100:0.65:154
chr13	30346392	rs140223719	CTATAT	C	1267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.506;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.705;NF=3;NR=17;PP=810;ReadPosRankSum=0.388;SC=TAAGGTACTACTATATTGTTT;SOR=0.475;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=79;TCF=8;TCR=71;TR=20;WE=30346404;WS=30346382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,39:0.30:132
chr13	30351248	rs35681461	T	TA	6396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=46;PP=2936;SC=AGGTAGGGCATAAGAATCAAC;SOR=1.074;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=84;WE=30351256;WS=30351238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr13	30805627	rs202087	A	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-1.295;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,18:0.23:79
chr13	30814787	rs3803272	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.454;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=385;ReadPosRankSum=0.736;SC=TTTTTTTTTACTTATGAAATT;SOR=1.207;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=81;TCF=18;TCR=63;TR=25;WE=30814795;WS=30814777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,25:0.29:85
chr13	30815010	rs9550538	G	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=339;ReadPosRankSum=1.060;SC=TCAGATTAATGAATAACAAGA;SOR=0.436;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=86;TCF=69;TCR=17;TR=28;WE=30815018;WS=30815000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,27:0.31:88
chr13	31036557	rs17074619	T	C	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=1.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=-1.620;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,79:0.32:247
chr13	31036681	rs1929606	A	G	7167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.45;QD=25.42;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr13	31036837	rs1060348	G	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.458;NF=7;NR=10;PP=183;ReadPosRankSum=1.337;SC=AGCAGAAGAGGAAGAAGGCCG;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=17;WE=31036859;WS=31036827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,20:0.28:72
chr13	31195409	.	G	GT	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=-1.290;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,25:0.21:118
chr13	31231513	rs7983138	C	T	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=700;ReadPosRankSum=2.059;SC=CTCCTTTGGTCGGTATTCAAT;SOR=0.656;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=46;WE=31231521;WS=31231503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,55:0.70:79
chr13	31231806	rs7984952	T	C	5777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.121;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.734;SC=CCAGTATCTTTAACATCGTGT;SOR=0.734;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=354;TCF=188;TCR=166;TR=237;WE=31231814;WS=31231796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,250:0.66:380
chr13	31233063	rs3742302	G	A	4921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.291;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=1.548;SC=GATATTGCCAGTGAGTCTGCA;SOR=0.548;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=366;TCF=173;TCR=193;TR=219;WE=31233071;WS=31233053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,228:0.59:387
chr13	31287979	rs147763360	G	GTA	5107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.919;NF=12;NR=75;PP=2987;ReadPosRankSum=3.373;SC=ATCAGTGCTGGTGTGTGTGTG;SOR=0.511;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=141;TCF=14;TCR=127;TR=87;WE=31287987;WS=31287969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,159:0.65:244
chr13	31309571	.	TAAA	T	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=17.25;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr13	31309830	rs4769055	C	A	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,58:0.40:145
chr13	31318020	rs4360791	G	A	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=13;PP=1285;SC=ACCAAACACAGTGTTCAGTAG;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=61;WE=31318028;WS=31318010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	31318308	rs3803277	C	A	2380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=58;PP=1440;ReadPosRankSum=-0.898;SC=TGAGTCCTAACCCTGATGTTG;SOR=0.399;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=91;TCF=29;TCR=62;TR=87;WE=31318316;WS=31318298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,91:0.98:93
chr13	31318401	rs3803278	T	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=139;ReadPosRankSum=0.444;SC=CTGAGCCAAGTTTCTGAGCGC;SOR=1.002;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=8;WE=31318409;WS=31318391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr13	31480827	rs9531945	A	G	3589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr13	31513931	rs2225505	T	A	7709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=158;PP=2965;SC=TCATTATTTGTGTTGGATTGA;SOR=1.159;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=270;TCF=112;TCR=158;TR=270;WE=31513939;WS=31513921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr13	31531009	rs12857479	G	A	3172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=46;PP=2063;ReadPosRankSum=-1.285;SC=TGCTTTGATAGGACATTTTCC;SOR=0.710;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=201;TCF=126;TCR=75;TR=129;WE=31531017;WS=31530999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,140:0.66:212
chr13	31531195	rs6560988	T	C	3655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=76;PP=2099;SC=CTTTTTTTCCTGGGTCATGTG;SOR=1.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=59;TCR=76;TR=135;WE=31531203;WS=31531185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr13	31722620	rs35594388	TA	T	793.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.382;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.129;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,72:0.67:108
chr13	31725260	rs11556147	A	G	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=44;PP=1132;ReadPosRankSum=-0.319;SC=ATTCTGCACAAAAATGTTCCA;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=138;TCF=62;TCR=76;TR=79;WE=31725268;WS=31725250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,88:0.57:155
chr13	31725617	rs2146895	C	T	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=1;PP=923;SC=CAACCGTTTCCTGTTAACATC;SOR=4.351;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=35;WE=31725625;WS=31725607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	31725732	rs4941772	A	C	3040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=4.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=0.438;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,143:0.60:239
chr13	31728657	rs4943165	T	C	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.05;ReadPosRankSum=-2.060;SOR=0.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,50:0.68:74
chr13	31728666	rs2274018	G	A	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.10;ReadPosRankSum=-0.886;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,59:0.68:87
chr13	31729729	rs1047086	A	G	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=3.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.97;ReadPosRankSum=3.780;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,101:0.63:161
chr13	31789169	rs35344913	CT	C	949.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=0.921;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.451;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,70:0.82:85
chr13	31796969	rs2147515	G	C	5689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr13	31821088	.	CT	C	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=6.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=0.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,20:0.27:75
chr13	31821256	rs9542307	C	G	5787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=105;NR=107;PP=2965;SC=TTTAACTCACCTGTGAATTAC;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=105;TCR=108;TR=212;WE=31821264;WS=31821246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr13	31821992	rs4943266	T	C	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=10;PP=679;SC=TTTTGGTCAGTTTTTCTGTAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=31822000;WS=31821982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	31835268	rs34409451	AC	A	2511.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=46;PP=2122;SC=GTGTGCATCAACTTTAATTTC;SOR=0.814;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=49;WE=31835276;WS=31835258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr13	31843598	rs1924817	A	G	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=42;PP=1223;SC=AGTTATGTAGATGAAGACAGA;SOR=1.193;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=31843606;WS=31843588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr13	31848535	rs912600	G	A	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=11;PP=1236;SC=ATATGGTTCAGCCTACTCTCT;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=57;WE=31848543;WS=31848525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr13	31850714	rs1028751	G	C	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=13;PP=579;SC=AAAACTTTATGCCGGAAATAT;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=31850722;WS=31850704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	31850989	rs4065552	G	A	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=23;PP=731;SC=ATTCTTGAGTGTAAATTCAGA;SOR=1.154;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40;WE=31850997;WS=31850979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	31891561	rs1041074	T	C	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=8;PP=1016;SC=TTTATTTATTTTATAAGTCAC;SOR=2.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=44;WE=31891569;WS=31891551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	31891746	rs1041073	G	A	6780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=114;PP=2965;SC=TGACTCCGGCGAGCCTGTGTT;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=120;TCR=114;TR=234;WE=31891754;WS=31891736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr13	31903834	rs1060709	G	T	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.50;SOR=2.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	31903841	rs112937254	A	G	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.66;SOR=2.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	32332556	rs61946567	C	T	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=49;PP=1072;ReadPosRankSum=0.842;SC=GTGCTCCCCTCGGCTCCCCAT;SOR=0.847;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=106;TCF=33;TCR=73;TR=69;WE=32332564;WS=32332546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,76:0.65:117
chr13	32335840	rs9532478	A	T	4572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=79;PP=2640;ReadPosRankSum=-0.584;SC=TAAGTGACACATCTCAATCAC;SOR=0.613;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=299;TCF=178;TCR=121;TR=192;WE=32335848;WS=32335830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,214:0.65:329
chr13	32339382	rs12870532	C	T	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=523;ReadPosRankSum=-0.423;SC=TAATAGAAACCCTGTTTAAAA;SOR=0.910;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=38;WE=32339390;WS=32339372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,48:0.64:75
chr13	32340193	rs35564049	T	TA	1549.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=23;PP=633;SC=CATATTTATTTAAAAAAAATC;SOR=1.112;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=26;WE=32340201;WS=32340183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr13	32348859	rs9549049	T	C	1908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.77;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,86:0.71:121
chr13	32348987	rs17076647	C	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.148;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=289;ReadPosRankSum=0.600;SC=AATTATTAAACGATTCCTACC;SOR=0.307;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=23;WE=32348995;WS=32348977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr13	32349017	rs3848100	A	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=-0.265;SC=AGACATACAAAGGTTCTCCTT;SOR=0.976;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=5;WE=32349025;WS=32349007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr13	32360547	rs7325513	A	G	10464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=188;NR=175;PP=2965;SC=CGATAACGGAACTATCACCTC;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=363;TCF=188;TCR=175;TR=363;WE=32360555;WS=32360537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr13	32360583	rs9549106	A	G	5040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.00;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,227:0.68:336
chr13	32360691	rs140904878	T	TA,TAA	2163.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.308;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.03;ReadPosRankSum=0.748;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:10,81,29:0.68,0.24:120
chr13	32371361	rs17076657	A	G	3503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.054;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=72;PP=1961;ReadPosRankSum=0.340;SC=GGCTTTTCTCATCATTGTGTT;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=224;TCF=119;TCR=105;TR=152;WE=32371369;WS=32371351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,164:0.67:243
chr13	32606069	rs424118	A	G	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.765;NF=7;NR=7;PP=183;ReadPosRankSum=0.442;SC=TGGAGACAGAAAATCTCAACT;SOR=0.458;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=14;WE=32606077;WS=32606059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr13	32606087	rs433551	T	C	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.713;QD=26.63;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr13	32660137	rs423932	T	G	3943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=94;PP=2580;ReadPosRankSum=-0.854;SC=AATACTTGAGTCCTACCCAGG;SOR=0.713;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=258;TCF=121;TCR=137;TR=173;WE=32660145;WS=32660127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,181:0.66:276
chr13	32676096	rs12428144	C	T	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=2.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,97:0.36:271
chr13	32676114	rs364995	A	G	4476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.149;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=87;PP=2709;ReadPosRankSum=-0.681;SC=AGCCATTGACAAAATCTCTGC;SOR=0.894;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=308;TCF=171;TCR=137;TR=204;WE=32676122;WS=32676104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,218:0.66:330
chr13	32721615	rs2285330	C	G	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=576;ReadPosRankSum=2.349;SC=CAACTAGAAGCTATTCAAAGC;SOR=0.653;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=44;WE=32721623;WS=32721605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
chr13	32723799	rs204558	C	T	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=7;PP=780;SC=ACCACCTGTTCGCTTGGTGCA;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=32723807;WS=32723789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	32731667	rs11409421	T	TA	172.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=184;SC=TAAAGATAGTTAAAAAAAAAC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=32731675;WS=32731657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	32747468	rs2073998	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=152;ReadPosRankSum=0.733;SC=TTTGTTATTTCGCTGAATACA;SOR=1.609;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=9;WE=32747476;WS=32747458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr13	32758834	rs798971	A	G	7520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=133;NR=132;PP=2965;SC=GACAGGTAGGATCAGAATTCT;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=266;TCF=133;TCR=133;TR=265;WE=32758842;WS=32758824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr13	32776028	rs73169120	C	A	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.066;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=399;ReadPosRankSum=0.695;SC=AATCTAGCCACTCTGTCTTAT;SOR=0.349;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=94;TCF=64;TCR=30;TR=37;WE=32776036;WS=32776018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,41:0.40:103
chr13	32776060	rs9567419	G	T	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=2.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.738;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,65:0.36:182
chr13	32776153	rs9567420	T	C	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=1.439;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,98:0.30:327
chr13	32776616	rs61750791	T	A	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.653;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=608;ReadPosRankSum=-1.090;SC=CCTCTTGTCATGTGAGCTGGC;SOR=0.682;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=94;TCR=81;TR=57;WE=32776624;WS=32776606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,65:0.34:193
chr13	32776694	rs73169124	G	A	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.059;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,43:0.28:151
chr13	32793135	rs11389672	T	TA	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=1.004;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr13	32798235	rs5802638	T	TA	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=97;ReadPosRankSum=-1.168;SC=ACCCTGTCCCTAAAAAAAATT;SOR=0.892;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=9;WE=32798243;WS=32798225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr13	32799236	rs12429612	A	G	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.645;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=531;ReadPosRankSum=-1.596;SC=AGTAATCCGTAGAGATTTCCT;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=39;WE=32799244;WS=32799226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,40:0.37:108
chr13	32799288	rs1029398	A	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=140;ReadPosRankSum=-0.934;SC=GGAATATTCTATCTCCACCAT;SOR=0.859;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=11;WE=32799296;WS=32799278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr13	32805218	rs7333337	T	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=0.605;SC=TTGCAAAAAATTTAAATATGT;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=6;WE=32805226;WS=32805208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr13	32811607	rs2806639	G	A	3500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=1.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.65;ReadPosRankSum=-0.148;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,159:0.67:239
chr13	32823882	rs2806630	G	A	3009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=64;PP=1738;SC=TTGAGTCCATGTGGCTGGGTC;SOR=1.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=40;TCR=64;TR=104;WE=32823890;WS=32823872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr13	32825913	rs2806632	A	G	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=19;PP=955;ReadPosRankSum=0.518;SC=CATTCTGTCTATACGTTAAGT;SOR=0.623;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=110;TCR=47;TR=62;WE=32825921;WS=32825903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,62:0.39:161
chr13	32825941	rs2806633	C	A	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=26;PP=1064;ReadPosRankSum=1.973;SC=CCCTGTATGGCTAGTGGCTAG;SOR=0.771;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=221;TCF=141;TCR=80;TR=74;WE=32825949;WS=32825931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,74:0.32:233
chr13	32828553	rs2157961	A	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.587;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,29:0.38:77
chr13	32832149	rs2520686	T	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.578;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,43:0.30:145
chr13	32832350	rs2806636	A	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=91;ReadPosRankSum=0.506;SC=AAGTTGCATGATTATATCTCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=7;WE=32832358;WS=32832340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr13	32834538	rs5802640	C	CTATCT	3276.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=21;PP=1563;SC=TCCTTTATTCCTAACAGAAAG;SOR=0.927;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=25;WE=32834546;WS=32834528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr13	32834617	rs4941521	T	C	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=219;ReadPosRankSum=1.563;SC=ATTTATTAACTGATGGTTTGT;SOR=0.941;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=18;WE=32834625;WS=32834607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr13	32848907	rs147812266	TC	T	539.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.750;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=542;ReadPosRankSum=0.394;SC=AAGCTACCCCTCCCCCAAAAT;SOR=1.774;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=22;WE=32848915;WS=32848896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,25:0.32:78
chr13	32849345	rs183269	A	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-1.381;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.701;SOR=0.178;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr13	32849359	.	C	CA	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=1.454;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.734;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr13	32866221	rs6561216	A	G	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=263;SC=CCAGGTTCAAACGATTCTCCT;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=32866229;WS=32866211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	32882912	rs34528008	G	GT	1337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=397;ReadPosRankSum=-0.855;SC=AGAGAAATATGTTTTTTTTTA;SOR=0.784;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=96;TCF=25;TCR=71;TR=34;WE=32882920;WS=32882902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,84:0.45:188
chr13	32883052	rs206103	G	A	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.204;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,56:0.47:120
chr13	32884653	rs206110	G	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=333;ReadPosRankSum=1.179;SC=CACCTGGCACGGGGGATGCCA;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=20;WE=32884661;WS=32884643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr13	32884771	rs206111	T	C	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=2.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.705;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,102:0.32:323
chr13	32885654	rs445909	T	C	3138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,94:0.31:303
chr13	32885658	rs371193	G	A	3057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.173;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,88:0.30:291
chr13	32905265	rs206073	G	A	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=9;PP=300;SC=CCGTGATCTCGGTTTACCGCA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=32905273;WS=32905255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	32906729	rs144848	A	C	4504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=3.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.61;ReadPosRankSum=1.437;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,211:0.64:331
chr13	32912299	rs543304	T	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,31:0.33:93
chr13	32913055	rs206075	A	G	7593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=131;NR=119;PP=2965;SC=AACCTACTCTATTGGGTTTTC;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=131;TCR=119;TR=250;WE=32913063;WS=32913045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr13	32915005	rs206076	G	C	4179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=53;PP=2215;SC=GAACCAAAGTGTCACTTGTTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=68;TCR=53;TR=121;WE=32915013;WS=32914995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr13	32920844	rs206080	T	C	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=0;PP=53;SC=ATTGAGCATCTGTTACATTCA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=32920852;WS=32920834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	32929387	rs169547	T	C	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=56;PP=1877;SC=AATCAAGCAGTAGCTGTAACT;SOR=1.127;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=42;TCR=57;TR=98;WE=32929395;WS=32929377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr13	32936646	rs9534262	T	C	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=4.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.10;ReadPosRankSum=0.475;SOR=1.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,60:0.67:90
chr13	32953388	rs4942486	T	C	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=693;ReadPosRankSum=1.208;SC=TAAAGCCATCTAGTTACAATA;SOR=0.388;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=36;WE=32953396;WS=32953378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,38:0.79:48
chr13	32970031	rs1012130	T	C	155.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=81;ReadPosRankSum=0.792;SC=GGAGTTGTATTCATTATTTAG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=6;WE=32970039;WS=32970021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr13	33052294	rs380627	C	T	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=53;PP=1471;SC=TCAATCTCAACGAAGAACTTG;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=10;TCR=53;TR=63;WE=33052302;WS=33052284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	33101731	rs391612	T	C	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=62;PP=1829;SC=AGAAATAAACTATCAGAAATA;SOR=3.180;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=15;TCR=62;TR=77;WE=33101739;WS=33101721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr13	33222831	rs2301389	G	A	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=6;PP=379;SC=TACCATTTATGTTTGTTAAGA;SOR=1.828;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=21;WE=33222839;WS=33222821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	33232334	rs7335546	G	A	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=4;PP=310;SC=TTTTCATTTAGCGTTCATAAT;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=33232342;WS=33232324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	33232435	rs2301393	A	G	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=10;PP=726;SC=AGAGCCCACAATTCAATAGGT;SOR=1.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=43;WE=33232443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr13	33253136	rs11355777	GA	G	1652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.326;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.389;NF=3;NR=49;PP=1225;ReadPosRankSum=1.434;SC=TTCATAGGGGGAAAAAAAACC;SOR=1.837;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=52;WE=33253144;WS=33253126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr13	33268573	rs561056	T	C	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=99;SC=GGATTCCTTGTTTAGAAAACT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=33268581;WS=33268563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	33275733	rs34184885	G	GCA	790.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=556;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATTTGTATATGCACACACACA;SOR=0.756;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=7;WE=33275741;WS=33275723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr13	33309563	rs17516382	C	G	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=24;PP=604;SC=ATAATACTTCCATTTGACTGC;SOR=5.058;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=33309571;WS=33309553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	33315186	rs2320469	C	T	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.29;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr13	33315188	.	G	GT,GTT	2086.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=42.59;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,37,12:0.76,0.24:49
chr13	33315189	rs2320470	G	T	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.80;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	33315206	rs733487	G	A	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.24;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr13	33320054	rs4942867	A	G	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=20;PP=1557;SC=AATTAGATGTACAGAAGATTT;SOR=1.939;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=78;WE=33320062;WS=33320044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr13	33332208	rs376698450	CT	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=1.386;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr13	33332648	rs3752474	G	T	3091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=31;PP=1792;SC=AAGTATCTGTGTTTTTAAAAA;SOR=1.356;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=70;TCR=32;TR=101;WE=33332656;WS=33332638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr13	33333876	rs7988089	A	C	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=44;PP=1087;SC=CTTATTTTAGAGTGATTATTG;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=79;WE=33333884;WS=33333866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr13	33344241	rs112309957	AT	A	585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.89;ReadPosRankSum=1.064;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr13	33349235	.	C	CTTT	570.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.795;QD=15.02;ReadPosRankSum=-2.115;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr13	33349341	rs3492	A	G	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=28;PP=757;SC=GACCCCATACATTTGTGGTCA;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=33349349;WS=33349331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	33590851	rs2772364	T	C	13989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,530:1.00:530
chr13	33627829	rs570875	T	G	3832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=41;PP=2428;SC=TATAATCTGATTTGGGGATTC;SOR=1.410;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=83;TCR=41;TR=124;WE=33627837;WS=33627819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr13	33634983	rs564481	C	T	9247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=170;NR=156;PP=2965;SC=AGGAAATGCACGTTACACATT;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=326;TCF=170;TCR=156;TR=326;WE=33634991;WS=33634973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr13	33635463	rs648202	T	C	3567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=51;PP=1817;SC=AAGAGGTGGCTGAGAGAGTTT;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=68;TCR=51;TR=119;WE=33635471;WS=33635453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr13	33635835	rs649964	T	C	4625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=94;PP=2492;SC=TAATATCCAATGGAATCGATG;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=71;TCR=94;TR=164;WE=33635843;WS=33635825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr13	33635939	rs650439	T	A	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=51;PP=1706;SC=TAGCTGCGGCTATCTCCTGAA;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=96;WE=33635947;WS=33635929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr13	33637913	rs34137141	C	CA	1434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.668;QD=11.57;ReadPosRankSum=-0.260;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,94:0.76:124
chr13	33701347	rs2764617	C	T	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=7;PP=603;SC=GTAGGGTCCACTGCATCGAGG;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=33701355;WS=33701337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	33701498	rs111472920	T	G	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=1.249;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,44:0.30:149
chr13	33703656	rs495680	T	C	7637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.56;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:394,214:0.35:608
chr13	33703666	rs34425674	C	G	7893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.07;ReadPosRankSum=-0.102;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:425,229:0.35:654
chr13	33713038	rs2858805	C	G	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=1.490;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,39:0.21:186
chr13	33739629	rs797232	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=90;ReadPosRankSum=-0.846;SC=AGACCTTCAAGGTCTGTAAAA;SOR=0.124;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=9;WE=33739637;WS=33739619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr13	33741559	rs797229	C	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=2.879;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,23:0.30:77
chr13	33741672	rs76891142	C	G	3230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=3.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.49;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,147:0.66:223
chr13	33859789	rs73468170	C	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.344;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=272;ReadPosRankSum=-0.930;SC=GGCAGATTTCCTATTGCCACC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=20;WE=33859797;WS=33859779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr13	35252882	rs9572094	T	C	4753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.86;ReadPosRankSum=-0.920;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,209:0.74:282
chr13	35618991	rs7996448	A	G	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=7;PP=920;SC=AGAGAGAGATAACAATGATAA;SOR=3.056;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=40;WE=35618999;WS=35618981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	35619385	rs9543121	A	G	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=37;PP=2316;SC=AACATGGTATATTAAGTATGA;SOR=1.262;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=114;TCF=76;TCR=38;TR=113;WE=35619393;WS=35619375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr13	35738430	rs9543506	A	G	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=3;PP=597;SC=TTGTTATTCTAATTGTCTAAG;SOR=2.985;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=35738438;WS=35738420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	36049080	rs9565317	T	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=255;ReadPosRankSum=1.730;SC=ATTATTCCTTTTTAAAGGAAG;SOR=0.645;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=20;WE=36049088;WS=36049070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,19:0.29:65
chr13	36141009	rs9544667	G	A	3001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=42;PP=1772;SC=CATTTTGTGTGTACAAATTTT;SOR=1.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=66;TCR=42;TR=108;WE=36141017;WS=36140999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr13	36167429	rs12865768	G	A	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=-1.932;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,95:0.32:297
chr13	36220281	rs3818423	A	C	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.309;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=348;ReadPosRankSum=-0.506;SC=CACCCGTTGAATTTTCTGGAC;SOR=1.392;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=25;WE=36220289;WS=36220271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr13	36223780	rs3765523	T	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.689;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr13	36224051	rs200267946	TACTGGG	T	809.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=506;SC=TAAAAAAGTGTACTGGGACTG;SOR=2.531;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=36224064;WS=36224041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	36224102	rs9544890	A	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.992;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr13	36225929	rs7991019	T	C	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.46;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,95:0.60:158
chr13	36226098	rs35622952	A	AT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=0.325;SC=GTTGAACAATATTTTTTCTAC;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=4;WE=36226106;WS=36226088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr13	36229615	rs9544913	A	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=-0.627;SC=AAATAAAATTAAAAATATGGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=5;WE=36229623;WS=36229605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr13	36229873	rs2274550	C	T	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.625;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=456;ReadPosRankSum=0.090;SC=TCATAGGAGACAACCCTAACA;SOR=0.753;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=148;TCF=63;TCR=85;TR=43;WE=36229881;WS=36229863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,50:0.29:170
chr13	36241833	.	A	G	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=32;PP=667;ReadPosRankSum=-0.294;SC=GATTAAAAGTATATAACTTCT;SOR=0.919;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=12;TCR=53;TR=39;WE=36241841;WS=36241823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr13	36362567	.	C	T	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.604;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=451;ReadPosRankSum=-0.414;SC=TATCCTAAGTCTGCATACTGA;SOR=1.276;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=29;WE=36362575;WS=36362557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr13	36367641	rs1926459	G	C	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.47;ReadPosRankSum=-2.128;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,45:0.69:65
chr13	36382312	rs4421866	C	T	2940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.619;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=48;PP=1787;ReadPosRankSum=0.925;SC=AAAAATAATTCCGTTAAGACA;SOR=0.455;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=177;TCF=113;TCR=64;TR=120;WE=36382320;WS=36382302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,131:0.67:195
chr13	36401838	rs35734430	A	G	6729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.57;ReadPosRankSum=-0.290;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,311:0.67:462
chr13	36401909	rs9574699	T	C	4342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=97;PP=2670;ReadPosRankSum=-0.960;SC=AAGGAAAAGTTATCTTCATCA;SOR=0.696;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=110;TCR=136;TR=177;WE=36401917;WS=36401899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,193:0.74:262
chr13	36402426	rs2296645	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=1.637;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,19:0.25:76
chr13	36521433	rs1936004	T	G	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.049;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=26;PP=1077;ReadPosRankSum=-1.544;SC=CTTGGCCTGGTGCAGCTCATT;SOR=0.782;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=240;TCF=153;TCR=87;TR=77;WE=36521441;WS=36521423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,80:0.30:263
chr13	36521456	.	C	G	3742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=2.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.194;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,106:0.32:336
chr13	36521460	rs1936003	A	G	3780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=2.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.468;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,109:0.32:344
chr13	36685922	rs77577824	A	G	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5123;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=18;PP=842;ReadPosRankSum=1.303;SC=CAACTTGAGCAAAATGTATGC;SOR=0.776;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=52;WE=36685930;WS=36685912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,53:0.85:62
chr13	36686138	rs3748308	T	C	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=50;PP=1288;ReadPosRankSum=-1.214;SC=CAGCTTTCCGTGGCTTCACGC;SOR=0.824;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=141;TCF=71;TCR=70;TR=94;WE=36686146;WS=36686128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,100:0.66:151
chr13	36700338	rs144431309	TTA	T	1999.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.360;NF=2;NR=84;PP=2964;ReadPosRankSum=2.399;SC=TTGATGTAGGTTATATATATA;SOR=0.911;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=115;TCF=4;TCR=111;TR=86;WE=36700364;WS=36700328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,84:0.63:133
chr13	36700349	.	TATA	T	1598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=-2.374;QD=11.76;ReadPosRankSum=-3.175;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,47:0.35:136
chr13	36700354	rs74044530	A	T	1626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.80;MQRankSum=-2.380;QD=12.14;ReadPosRankSum=-2.199;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,45:0.34:134
chr13	36700356	rs11438243	T	TG	1584.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.82;MQRankSum=-2.326;QD=12.10;ReadPosRankSum=-2.134;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,44:0.34:131
chr13	36744910	rs2296968	C	T	5181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.381;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.806;SC=TTCTCTGAGGCGGAGCTTGAT;SOR=0.736;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=349;TCF=177;TCR=172;TR=219;WE=36744918;WS=36744900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,239:0.62:383
chr13	36745029	rs1328641	C	T	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.860;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=558;ReadPosRankSum=1.482;SC=CCTCACATTACAAATCTGTAC;SOR=1.556;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=77;TCF=15;TCR=62;TR=32;WE=36745037;WS=36745019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,32:0.39:82
chr13	36747798	rs1410633	C	G	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr13	36788529	rs3762116	C	T	3759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=64;PP=2037;ReadPosRankSum=2.029;SC=CTCCCCAGGCCGGGCTTTGAG;SOR=0.663;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=115;TCR=87;TR=148;WE=36788537;WS=36788519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,169:0.73:230
chr13	36801256	rs9546784	T	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.406;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=456;ReadPosRankSum=-1.140;SC=ATCTTTTCTGTACAATTTCCT;SOR=1.675;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=26;WE=36801264;WS=36801246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr13	36801415	rs9546785	C	T	2610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.61;ReadPosRankSum=-1.251;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,125:0.60:207
chr13	36801579	rs9546786	A	G	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.648;QD=27.83;ReadPosRankSum=1.102;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,43:0.73:59
chr13	36801587	rs9546787	T	A	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.579;QD=31.10;ReadPosRankSum=0.363;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,39:0.78:50
chr13	36801612	rs138475016	T	TACACAC	1037.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=934;ReadPosRankSum=-0.434;SC=ATTGTATTTTTACACACACAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=16;WE=36801620;WS=36801602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr13	36805289	rs67328439	GA	G	1163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.319;NF=12;NR=25;PP=575;ReadPosRankSum=-0.145;SC=ATTATAAATGGAAAAAAAAAG;SOR=0.636;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=37;WE=36805297;WS=36805279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,68:0.64:106
chr13	36805625	rs4397984	C	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=538;ReadPosRankSum=1.452;SC=TCATCTCCACCGCTACAGAGG;SOR=0.344;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=35;WE=36805633;WS=36805615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr13	36814682	rs9546834	A	G	4681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=91;PP=2873;ReadPosRankSum=-0.024;SC=TCAGAAGGATACGCCCCTAAC;SOR=0.635;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=349;TCF=192;TCR=157;TR=197;WE=36814690;WS=36814672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,215:0.57:374
chr13	36818037	rs9546862	A	G	5127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=1.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.75;ReadPosRankSum=-0.864;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,245:0.66:373
chr13	36818080	rs9546863	C	T	4662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=108;PP=2570;ReadPosRankSum=0.944;SC=TCTGGTGACACACATATGTGT;SOR=0.788;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=309;TCF=151;TCR=158;TR=203;WE=36818088;WS=36818070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,222:0.65:341
chr13	36822711	rs9315402	G	T	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.33;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,75:0.63:119
chr13	36822849	rs9315403	C	T	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=39;PP=1041;ReadPosRankSum=-0.404;SC=GTGTTTATCCCCTTGGTTCAT;SOR=0.711;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=70;WE=36822857;WS=36822839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,77:0.64:121
chr13	36822884	rs9315404	C	T	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=713;ReadPosRankSum=-0.954;SC=ATAAGAGAGACAGTCAATTCT;SOR=0.641;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=48;WE=36822892;WS=36822874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,53:0.68:78
chr13	36822908	rs9315405	C	T	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=411;ReadPosRankSum=-1.820;SC=TTAACTCTCCCATAACCAGGT;SOR=0.396;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=28;WE=36822916;WS=36822898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr13	36827833	rs9546886	C	T	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.663;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=2;PP=652;ReadPosRankSum=0.967;SC=AGAAACTTAACTCCAAAATCT;SOR=2.249;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=52;TCF=46;TCR=6;TR=33;WE=36827841;WS=36827823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
chr13	36827896	rs9546887	C	T	2700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=33;PP=1617;ReadPosRankSum=-1.062;SC=ACATAATTTACAGTAAGAAGA;SOR=0.834;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=160;TCF=111;TCR=49;TR=112;WE=36827904;WS=36827886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,119:0.70:171
chr13	36828092	rs138966884	G	GTTTTGTAAGCA	5674.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.862;NF=5;NR=56;PP=2963;ReadPosRankSum=1.292;SC=GTAGGAAATAGTTTTGTGTTA;SOR=0.676;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=129;TCF=12;TCR=117;TR=61;WE=36828100;WS=36828082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,138:0.73:188
chr13	36828237	rs9546897	T	C	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.772;NF=16;NR=19;PP=511;ReadPosRankSum=2.088;SC=TTCAAGAGTCTTCTTTTCTTC;SOR=1.022;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=35;WE=36828245;WS=36828227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chr13	36829085	rs912928	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=204;ReadPosRankSum=-0.293;SC=TGGCACTTCCAGGTTCCTTTG;SOR=0.668;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=16;WE=36829093;WS=36829075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr13	36829209	rs1078302	C	A	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=2.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.04;ReadPosRankSum=0.975;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,99:0.65:152
chr13	36829258	rs751518	G	A	3096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=60;PP=1808;ReadPosRankSum=-0.982;SC=GGGTCTTGCTGTGAAAACTGG;SOR=0.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=220;TCF=123;TCR=97;TR=140;WE=36829266;WS=36829248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,147:0.62:238
chr13	36829301	rs751519	A	T	3603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.15;ReadPosRankSum=-0.971;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,170:0.62:274
chr13	36855284	rs67248236	G	A	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.62;ReadPosRankSum=-1.943;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr13	36939688	rs3736919	C	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=191;ReadPosRankSum=0.139;SC=CTATAAACCGCCTATTGATAC;SOR=0.776;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=13;WE=36939696;WS=36939678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr13	36939758	rs3736920	A	G	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.040;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=19;PP=1267;ReadPosRankSum=-1.326;SC=TGAAATATTTATCCAACTTTA;SOR=0.534;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=97;TCF=73;TCR=24;TR=73;WE=36939766;WS=36939748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,74:0.76:98
chr13	36940028	rs1041140	G	A	4024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=86;PP=2390;SC=TACAGAGCCAGTCACCAAATC;SOR=1.594;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=48;TCR=88;TR=133;WE=36940036;WS=36940018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr13	36940123	rs1041139	T	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=267;ReadPosRankSum=-0.479;SC=CCTGGATTCCTGCAGTAGCTT;SOR=1.911;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=16;WE=36940131;WS=36940113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr13	36942533	rs1056850	G	T	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=40;PP=993;ReadPosRankSum=-1.105;SC=AATAAAATACGCTCCAAAATT;SOR=0.430;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=48;WE=36942541;WS=36942523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,52:0.81:64
chr13	37007040	rs4245378	A	G	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=16;PP=643;SC=CCCAATAATTACTGGGAAGAT;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=37007048;WS=37007030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	37007501	rs9576049	G	T	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.70;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	37014366	rs2282411	G	A	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.967;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=76;PP=1764;ReadPosRankSum=-0.628;SC=GCCAAGGAGCGTAAAAATCAA;SOR=0.448;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=137;TCF=30;TCR=107;TR=100;WE=37014374;WS=37014356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,105:0.76:139
chr13	37401917	rs11285105	GT	G	2634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=49;PP=1633;SC=CATCTACATGGTTTTTTATCT;SOR=1.106;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=52;WE=37401925;WS=37401907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr13	37439964	rs3748305	C	A	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=30;PP=946;SC=ATGATTCCACCAGGAAACTTA;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=37439972;WS=37439954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr13	37446711	rs9576126	G	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=5.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=1.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,20:0.20:99
chr13	37453293	rs10658358	C	CCTCT	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.847;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr13	37526560	rs6563506	G	A	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.41;ReadPosRankSum=-1.030;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,56:0.71:79
chr13	37546280	rs9576146	G	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=258;ReadPosRankSum=0.309;SC=TAAAAAAGTTGACATTAAAAA;SOR=0.648;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=15;WE=37546288;WS=37546270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr13	37569200	rs2323165	A	G	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.76;ReadPosRankSum=0.184;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,54:0.70:77
chr13	37580139	rs1127446	G	A	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.09;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,91:0.67:136
chr13	37581051	rs9576154	T	G	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=14;PP=913;ReadPosRankSum=2.856;SC=AAGTCTAAGCTAATAGCATGT;SOR=0.551;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=89;TCF=73;TCR=16;TR=68;WE=37581059;WS=37581041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,78:0.76:103
chr13	37583831	rs9469	G	A	2996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=5.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.91;ReadPosRankSum=0.080;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,140:0.70:201
chr13	37584838	rs7317750	G	A	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=572;ReadPosRankSum=1.127;SC=AAAGTTTGAAGGCTACCAGGG;SOR=0.717;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=37;WE=37584846;WS=37584828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
chr13	37593424	rs9566175	T	C	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=601;ReadPosRankSum=-1.512;SC=ATACATTGTTTAGAAAAAAAG;SOR=0.808;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=39;WE=37593432;WS=37593414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,45:0.69:65
chr13	37598113	rs4943441	A	G	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=16;PP=904;ReadPosRankSum=0.343;SC=AAGCTGTCTTAAGAAACACTA;SOR=0.447;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=81;TCF=59;TCR=22;TR=54;WE=37598121;WS=37598103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,58:0.67:87
chr13	37600199	rs4941856	A	G	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9785;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=180;SC=TACAACAGAGACCCATAAATA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=37600207;WS=37600189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	37600284	rs9576155	G	A	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.96;ReadPosRankSum=1.445;SOR=0.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr13	37607828	rs41292229	G	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=205;ReadPosRankSum=0.645;SC=TTCTGCTAAGGACTACAGTAA;SOR=2.476;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=11;WE=37607836;WS=37607818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr13	37621528	rs1199983	A	G	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.15;ReadPosRankSum=0.397;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr13	37625601	rs1543738	T	C	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.98;ReadPosRankSum=-0.893;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,72:0.70:103
chr13	37625770	rs5802853	A	AG	907.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.316;NF=1;NR=18;PP=771;ReadPosRankSum=-0.642;SC=GGCTATTAAGAGAAAAAAAAA;SOR=0.765;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=19;WE=37625778;WS=37625760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,33:0.80:41
chr13	37679268	rs9576175	G	T	7921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FS=1.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.35;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,372:0.67:552
chr13	37804353	rs1408229	A	C	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=623;ReadPosRankSum=-0.940;SC=ACCACAAGTAACAGAAGTGGC;SOR=0.741;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=144;TCF=61;TCR=83;TR=52;WE=37804361;WS=37804343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,60:0.36:166
chr13	38138730	rs4390468	C	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=4.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.696;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,39:0.30:130
chr13	38143325	rs58863577	CT	C,CTT	543.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.54;ReadPosRankSum=-0.376;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,10,16:0.32,0.52:31
chr13	38143337	rs12184907	T	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.403;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr13	38143586	rs9603226	G	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-1.114;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,28:0.24:117
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chr13	38154959	rs9576307	G	C	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.170;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=507;ReadPosRankSum=1.022;SC=CTGAGGCCACGGGAACAGCTT;SOR=0.314;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=41;WE=38154967;WS=38154949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,46:0.78:59
chr13	38156706	rs2274082	T	G	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-5.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.479;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=36;PP=809;ReadPosRankSum=-0.306;SC=ACATTGAAGTTTCTCCCGGTA;SOR=0.076;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=58;TCF=8;TCR=50;TR=44;WE=38156714;WS=38156696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,45:0.76:59
chr13	38164445	rs1006416	G	A	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=21;PP=1207;SC=AAGTTAATAAGTCAGTTAAAA;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=66;WE=38164453;WS=38164435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr13	38166357	rs9603229	T	G	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=8;PP=199;SC=GATACATTTTTACATAAATTT;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=38166365;WS=38166347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	38229502	rs10631004	T	TTATA	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=162;ReadPosRankSum=0.684;SC=CTTGGCATGATTATATATATA;SOR=0.275;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=14;WE=38229511;WS=38229492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr13	38237872	rs2985171	A	G	4518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=95;PP=2873;ReadPosRankSum=0.609;SC=CTGTACTGGAAAAAACAGAGA;SOR=1.391;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=58;TCR=97;TR=152;WE=38237880;WS=38237862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,165:0.99:167
chr13	38266000	rs7329237	G	T	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=654;SC=CTTTGGGGGTGAGGTTCTTGG;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=38266008;WS=38265990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	38320594	rs35278654	TA	T	735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;NF=1;NR=28;PP=499;SC=AGGAGGCACCTAAAAAAAAAA;SOR=1.885;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=29;WE=38320603;WS=38320584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	38357471	rs3904512	G	A	7021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=109;NR=132;PP=2965;SC=ACTGAGCCATGTTTCATGCCA;SOR=1.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=109;TCR=133;TR=241;WE=38357479;WS=38357461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr13	38924083	rs2231330	A	T	8972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.27;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr13	38924263	rs2231332	T	C	12567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=197;NR=232;PP=2965;SC=TGATCCGAGCTTTTCCAACAA;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=429;TCF=197;TCR=232;TR=429;WE=38924271;WS=38924253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr13	38930783	rs2455410	G	A	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	38930893	rs2481880	C	T	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr13	38931144	rs9548318	T	C	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=12;PP=361;SC=CCACATTTCATTGATTTAAAA;SOR=1.136;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=38931152;WS=38931134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	38931650	rs34489703	G	GTT	2234.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=60.21;MQRankSum=0.489;NF=4;NR=35;PP=518;ReadPosRankSum=-0.729;SC=ATAATACAGGGTTTTTTTTTT;SOR=0.700;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=39;WE=38931658;WS=38931640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,89:0.93:96
chr13	38932174	rs71720939	TTG	T	482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=5;NR=8;PP=399;SC=TCTTATAGTTTTGTGTGTGTG;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=13;WE=38932183;WS=38932164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	38932208	rs9576514	A	T	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=3.468;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.54;ReadPosRankSum=0.435;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr13	38932545	rs11381230	G	GT,GTT	902.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.565;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.81;ReadPosRankSum=0.213;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,29,16:0.60,0.33:48
chr13	38932648	rs2485786	C	T	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=7;PP=200;SC=AAAATTGTTTCTTGTAGGCTT;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=38932656;WS=38932638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	38932681	rs2485785	G	T	157.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=75;SC=ATTTTATTCCGTTTTAGGTAT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=38932689;WS=38932671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	39262057	rs1868464	G	A	9784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=179;NR=164;PP=2965;SC=TCGTGGAAGAGCTGCTGGGGA;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=344;TCF=180;TCR=164;TR=343;WE=39262065;WS=39262047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr13	39262850	rs141900626	C	G	3732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=72;PP=2151;ReadPosRankSum=1.123;SC=GTCTCGGCCCCTCACAGGCCC;SOR=0.611;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=234;TCF=132;TCR=102;TR=160;WE=39262858;WS=39262840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,174:0.66:263
chr13	39263646	rs58363253	G	A	9461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=226;NR=172;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.691;SC=ACACCACTGAGGAAGAAGTGG;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=620;TCF=348;TCR=272;TR=398;WE=39263654;WS=39263636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,426:0.65:655
chr13	39263714	rs2496423	T	C	28085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=1044;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=492;NR=480;PP=2965;SC=AGTGACTCAGTCCCCCACAGA;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=973;TCF=492;TCR=481;TR=972;WE=39263722;WS=39263704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1041:1.00:1041
chr13	39263789	rs7327915	G	A	11910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=804;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=226;NR=282;PP=2962;ReadPosRankSum=0.334;SC=CCCCTCAGTCGTGGTGACCCA;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=760;TCF=341;TCR=419;TR=508;WE=39263797;WS=39263779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,538:0.67:802
chr13	39264083	rs7329939	C	G	3695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.220;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=72;PP=2061;ReadPosRankSum=2.351;SC=CTCTTTCACTCTCACTCAGGC;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=121;TCR=114;TR=148;WE=39264091;WS=39264073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,166:0.65:254
chr13	39264690	rs2496425	T	C	4924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.033;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.635;SC=CCAGAAATCTTTGTAGGTGAA;SOR=0.755;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=276;TCF=150;TCR=126;TR=191;WE=39264698;WS=39264680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,214:0.69:312
chr13	39338612	rs2442370	T	C	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=27;PP=815;SC=TTATTTCTGTTTTAAAATTTT;SOR=1.562;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=39338620;WS=39338602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	39430182	rs34182165	TAA	T	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=1.027;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr13	39430314	rs9548509	C	T	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=-2.260;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,66:0.27:245
chr13	39448455	rs9548518	A	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=76;ReadPosRankSum=0.421;SC=TTAGAAAAGAAAATGAAGATA;SOR=0.399;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=7;WE=39448463;WS=39448450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr13	39450583	.	TA	T	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=1.075;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,19:0.29:65
chr13	39452235	rs1540131	T	C	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.786;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=339;ReadPosRankSum=0.594;SC=TACCTTATCATATAACAGAAA;SOR=0.302;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=24;WE=39452243;WS=39452225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr13	39452538	.	T	TGGCC	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.313;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,6:0.19:32
chr13	39452934	rs9532296	C	T	2444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.976;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,126:0.42:297
chr13	39542531	rs7323023	A	C	2235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.494;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=26;PP=1465;ReadPosRankSum=0.367;SC=ACTGCACAACACTTACCTTGG;SOR=1.031;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=122;TCF=84;TCR=38;TR=86;WE=39542539;WS=39542521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,95:0.69:137
chr13	39546530	rs8000175	C	G	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=5;PP=1211;SC=CAGGTCTCTGCGGGTACTCAG;SOR=4.133;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=48;WE=39546538;WS=39546520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr13	39586736	.	A	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-2.144;SOR=0.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr13	39586979	rs41286143	G	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.848;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=313;ReadPosRankSum=-0.353;SC=GGGAATGAGGGAAGAGCAGGG;SOR=1.055;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=28;WE=39586987;WS=39586969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,29:0.25:114
chr13	39598616	rs61945763	G	A	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=2.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=-1.352;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,101:0.31:326
chr13	39618366	.	TTG	T	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.46;ReadPosRankSum=2.321;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,14:0.17:80
chr13	39622075	rs9532318	T	C	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=425;ReadPosRankSum=-0.419;SC=GTTTCTTTCCTGGGAATATTT;SOR=0.729;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=40;WE=39622083;WS=39622065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr13	39952791	rs41286955	C	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=8.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.71;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=0.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,29:0.83:35
chr13	40233404	rs7330515	T	C	261.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5012;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=162;ReadPosRankSum=1.143;SC=TTAATGAAAATAAATCATTTG;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=12;WE=40233412;WS=40233394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr13	40233691	rs7330016	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=238;ReadPosRankSum=-0.041;SC=CTTACTATTACGCCTGGCTCT;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=15;WE=40233699;WS=40233681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr13	40238162	rs4636783	C	G	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.930;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=4;PP=601;ReadPosRankSum=1.439;SC=TTATTGACAGCATACCTAGAA;SOR=1.788;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=32;WE=40238170;WS=40238152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr13	40238387	rs4566029	T	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=452;ReadPosRankSum=-0.396;SC=AACAGACTGATTCACCTTCTA;SOR=0.735;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=30;WE=40238395;WS=40238377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr13	40239139	rs7991151	G	A	355.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5574;FS=7.656;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=252;ReadPosRankSum=1.239;SC=GATCTCATTTGTTTTAAGTCT;SOR=2.399;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=15;WE=40239147;WS=40239129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr13	40253901	rs4941940	A	G	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=355;ReadPosRankSum=-0.970;SC=GTGAAGTTATACTCTGACAGG;SOR=0.495;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=17;WE=40253909;WS=40253891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr13	40254281	rs35468663	TCAAA	T	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=406;ReadPosRankSum=0.855;SC=ATTTTAGTAATCAAACATTTT;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=10;WE=40254292;WS=40254271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr13	40256252	rs74842409	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.275;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr13	40256483	rs4346098	G	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=292;ReadPosRankSum=1.185;SC=TATCAAAAGCGTATATAATAG;SOR=0.495;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=18;WE=40256491;WS=40256473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr13	40263979	rs9548882	T	C	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.81;ReadPosRankSum=-0.684;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr13	40268930	rs9548886	A	G	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=471;ReadPosRankSum=-0.436;SC=AGCACAGTATAAGATTTTTTT;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=36;WE=40268941;WS=40268920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,47:0.76:62
chr13	40293288	rs5803008	AT	A	1803.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.13;NF=42;NR=14;PP=1106;SC=TAACTTTTACATTTTTTTTTA;SOR=2.542;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=56;WE=40293296;WS=40293278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr13	40293601	rs199617496	CTCTT	C	476.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.057;NF=2;NR=12;PP=498;ReadPosRankSum=-2.431;SC=CTTTGACAGTCTCTTTCTTAC;SOR=0.770;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=14;WE=40293612;WS=40293591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
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chr13	40298805	rs9532421	C	T	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr13	41515286	rs1056820	T	A	7129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=0.392;SC=TTTAGAACTGTAGTGGCTCCT;SOR=0.677;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=440;TCF=223;TCR=217;TR=291;WE=41515294;WS=41515276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,317:0.66:480
chr13	41515371	rs7987185	C	T	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.539;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=53;PP=1054;ReadPosRankSum=-0.624;SC=ATGAAGATAGCGATGGATCTG;SOR=0.822;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=274;TCF=117;TCR=157;TR=88;WE=41515379;WS=41515361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,91:0.31:295
chr13	41517985	rs3764056	A	G	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=6.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.98;ReadPosRankSum=-1.281;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,75:0.65:116
chr13	41525586	rs3736953	A	G	2418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=60;PP=1502;ReadPosRankSum=0.162;SC=CAACACATTTAAAGAGAAAAT;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=50;TCR=77;TR=100;WE=41525594;WS=41525576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,104:0.78:134
chr13	41533052	rs7799	T	C	8112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=192;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.838;SC=AATCATGTCATTGGGCTCTTC;SOR=0.612;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=557;TCF=305;TCR=252;TR=354;WE=41533060;WS=41533042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,377:0.64:587
chr13	41705495	rs584594	A	G	6214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=119;NR=95;PP=2965;SC=CAGACAGCTAAAGTGGTGACA;SOR=0.811;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=119;TCR=95;TR=214;WE=41705503;WS=41705485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr13	41706800	rs9566703	A	G	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=12;PP=377;SC=ACCCCGCAGAACCGCCTCCCG;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=41706808;WS=41706790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	41767338	rs2039134	A	G	6386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.89;QD=44.35;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr13	41767341	rs2039135	A	G	6386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.41;QD=44.66;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr13	41791440	rs2274903	T	A	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=47;PP=1288;SC=ATTTATTTAATTTCTTTGCAG;SOR=1.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=71;WE=41791448;WS=41791430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr13	41797601	rs2026469	A	T	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=44;PP=1313;SC=TTTCTAAAAGACATATATACA;SOR=2.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=61;WE=41797609;WS=41797591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr13	41807950	rs3751344	T	C	3300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=35;PP=2201;SC=CAGACACTCATATAGGACTAT;SOR=1.669;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=80;TCR=35;TR=115;WE=41807958;WS=41807940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr13	41834578	rs66465270	GT	G	1136.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.451;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.270;NF=38;NR=7;PP=814;ReadPosRankSum=0.340;SC=TAAGTGTGTGGTTTTTTTTTT;SOR=3.631;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=45;WE=41834587;WS=41834568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr13	41834744	rs2297555	C	T	12457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=251;NR=191;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.626;SC=TTCGGTTTTCCTCATTCACAG;SOR=0.596;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=443;TCF=251;TCR=192;TR=442;WE=41834752;WS=41834734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,464:1.00:465
chr13	41835076	rs3215932	T	TA	1915.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.274;NF=2;NR=51;PP=720;ReadPosRankSum=0.720;SC=ACACAGTCTTTAAAAAAAAAT;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=2;TCR=60;TR=53;WE=41835097;WS=41835066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,86:0.96:90
chr13	41835089	rs1332940	T	G	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=53;PP=1527;SC=AAAAAAATCATCTCTAAAGAT;SOR=1.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=76;WE=41835097;WS=41835066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr13	41837220	rs3818721	C	T	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=210;SC=ATTTCAAGCACGTTAGAGAAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=41837228;WS=41837212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	41893105	rs2065498	T	G	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=20;PP=539;SC=CTAATTCAAATTAAATTTGTA;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=41893113;WS=41893095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	41902939	rs3812896	T	C	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr13	41910692	rs11842833	A	G	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=408;ReadPosRankSum=1.808;SC=TAGGAGCATAATTGCTTCTGA;SOR=0.906;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=24;WE=41910700;WS=41910682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr13	41948051	rs9525478	G	C	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=52;PP=1550;SC=ACAAATTTAAGTTATGTTCAA;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=71;WE=41948059;WS=41948041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr13	41949804	rs6560982	G	T	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=82;PP=2340;SC=CTTTTCCAGGGTGCATTTTAA;SOR=3.325;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=15;TCR=82;TR=97;WE=41949812;WS=41949794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr13	42042873	rs150442518	ACT	A	573.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FS=0.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-1.874;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,61:0.16:388
chr13	42043086	rs2324791	C	G	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=45;PP=1341;SC=TCATCCTAAGCCTTCTATAGG;SOR=2.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=58;WE=42043094;WS=42043076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr13	42044508	rs396963	A	G	3519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr13	42144853	rs9562321	A	G	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.082;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,64:0.22:291
chr13	42164634	.	CT	C	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=-0.504;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr13	42185696	rs3814782	T	C	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=2.548;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,105:0.31:337
chr13	42189232	rs3862741	C	G	3780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr13	42275473	rs7322461	A	G	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=1.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr13	42303934	.	G	GAC	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.46;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr13	42306139	rs9315861	T	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=193;ReadPosRankSum=-0.904;SC=TCCATGAGAGTTCCATCCTCC;SOR=0.084;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=13;WE=42306147;WS=42306129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr13	42306411	rs9315862	T	C	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.53;ReadPosRankSum=0.663;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr13	42335222	rs9566844	T	C	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.808;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=1024;ReadPosRankSum=-1.822;SC=AAACAAATGATTAAATGAGAT;SOR=1.129;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=65;WE=42335230;WS=42335212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,66:0.63:105
chr13	42352285	rs12864636	T	C	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=7.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.43;ReadPosRankSum=1.459;SOR=1.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,45:0.63:71
chr13	42361743	rs112297676	T	TACAC	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=-0.000;QD=31.34;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr13	42407738	rs35383891	A	G	2415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=74;PP=1399;ReadPosRankSum=-0.428;SC=GGTAGCTTACATGGCTTTATA;SOR=0.740;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=369;TCF=159;TCR=210;TR=127;WE=42407746;WS=42407728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,139:0.35:395
chr13	42407759	rs9315868	C	T	4296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=107;PP=2727;ReadPosRankSum=1.893;SC=GAGTCACCTCCGTCTGAACTT;SOR=0.673;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=272;TCF=108;TCR=164;TR=179;WE=42407767;WS=42407749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,192:0.66:292
chr13	42442546	rs3742262	A	G	3180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.14;ReadPosRankSum=-0.202;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,152:0.68:225
chr13	42465490	rs7332372	C	T	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=22;PP=1552;SC=CCATGTCTTACACAATAAAAT;SOR=2.084;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=80;WE=42465498;WS=42465480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr13	42465713	rs9562362	C	T	4649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=94;PP=2519;ReadPosRankSum=-1.996;SC=TGTGGCTGCACGAACTGCACA;SOR=0.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=130;TCR=139;TR=182;WE=42465721;WS=42465703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,208:0.70:299
chr13	42481712	rs2003064	C	T	4289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr13	42486383	rs35273694	TTA	T	570.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=646;ReadPosRankSum=-1.162;SC=GTGGACATATTTATATATATA;SOR=3.716;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=15;WE=42486392;WS=42486373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr13	42701717	rs605371	A	G	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=2.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.05;ReadPosRankSum=1.736;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,103:0.63:163
chr13	42701739	rs670676	A	T	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=59;PP=1975;SC=GTTTCAAGCAATTGAGGCTAT;SOR=1.005;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=53;TCR=59;TR=112;WE=42701747;WS=42701729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr13	42701803	rs957255	G	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.785;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=367;ReadPosRankSum=0.532;SC=GAAGCGCACTGTAGCATTATG;SOR=2.004;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=24;WE=42701811;WS=42701793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr13	42703682	rs3742261	T	C	2563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=48;PP=1690;ReadPosRankSum=2.151;SC=TTTTTTTCATTAACAGTCTCT;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=177;TCF=101;TCR=76;TR=113;WE=42703690;WS=42703660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,117:0.62:190
chr13	42748100	.	C	CGT	589	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=18;MQ=61.17;NF=20;NR=19;PP=589;QD=15.2820512821;SC=TGTGTGCGTGCGTGTGTGTGT;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=39;WE=42748109;WS=42748090;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,39:0.61:64
chr13	42748118	rs140630635	T	TGC	2945.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.694;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.015;NF=23;NR=24;PP=1522;ReadPosRankSum=0.306;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGTTTAT;SOR=1.070;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=47;WE=42748126;WS=42748108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,76:0.60:126
chr13	42748136	rs9590674	T	C	3548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=2.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.70;MQRankSum=4.314;QD=21.91;ReadPosRankSum=-0.511;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,101:0.62:162
chr13	42761399	rs17598471	A	G	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=47;PP=1223;ReadPosRankSum=-0.924;SC=TTAAATCGAGAGAAAAATTAC;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=40;TCR=68;TR=74;WE=42761407;WS=42761389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,77:0.67:115
chr13	42763154	rs9525594	G	A	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=349;ReadPosRankSum=-0.859;SC=TTTTCTCATTGCCATATTTTC;SOR=0.826;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=73;TCR=33;TR=34;WE=42763162;WS=42763144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,39:0.32:123
chr13	42763505	rs9566933	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=121;ReadPosRankSum=1.933;SC=GCAAGCATAACGGAGTTTCCA;SOR=0.787;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=11;WE=42763513;WS=42763495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr13	42763533	rs55656510	A	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=160;ReadPosRankSum=0.253;SC=CAGATTGGACACACTTTTTAA;SOR=0.976;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=9;WE=42763541;WS=42763523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr13	42764439	rs1170119	T	C	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=13;PP=1185;SC=TCTGGAATTTTGTTTGGCATA;SOR=2.267;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=59;WE=42764447;WS=42764429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr13	42764564	rs7324235	C	G	4117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.094;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=76;PP=2242;ReadPosRankSum=-0.035;SC=CAGTTCACCCCTGTGAACCAG;SOR=0.684;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=255;TCF=140;TCR=115;TR=173;WE=42764572;WS=42764554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,192:0.67:288
chr13	42772717	rs9533031	G	T	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=5.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.718;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,85:0.35:246
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chr13	42793766	rs11277175	AGGTTTTTC	A	658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=404;ReadPosRankSum=0.144;SC=TTATCAGAGTAGGTTTTTCTC;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=9;WE=42793781;WS=42793756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr13	42794004	rs347382	G	A	4056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=78;PP=2236;SC=CATGGAGGTCGTGAAAATGTT;SOR=1.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=59;TCR=78;TR=137;WE=42794012;WS=42793994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr13	42803130	rs369829	A	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=154;ReadPosRankSum=-0.354;SC=CCAATTTTCTATTTTCAATAA;SOR=0.481;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=12;WE=42803138;WS=42803120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr13	42803341	rs545602	T	C	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.506;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=502;ReadPosRankSum=0.436;SC=TGGTGCTATTTCTTGGAAGAG;SOR=0.874;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=123;TCF=63;TCR=60;TR=38;WE=42803349;WS=42803331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,39:0.28:139
chr13	42869720	rs3835266	A	AG	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.227;NF=4;NR=4;PP=225;ReadPosRankSum=-0.046;SC=ATCCTTTTCAAGCAGACAGCA;SOR=0.235;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=8;WE=42869728;WS=42869710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr13	42876290	rs41288311	A	C	2422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=67;PP=1725;ReadPosRankSum=-0.915;SC=CACCTGCTACACCACCTTCTA;SOR=0.652;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=433;TCF=226;TCR=207;TR=134;WE=42876298;WS=42876280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,140:0.30:462
chr13	42882762	rs238314	A	G	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=39;PP=1076;ReadPosRankSum=-0.551;SC=ACACTTTTGCATATAATTGTG;SOR=0.492;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=70;WE=42882770;WS=42882752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,81:0.99:82
chr13	42888230	rs9566957	A	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=134;ReadPosRankSum=1.618;SC=GTCCACTTTTAGATCCTTTGT;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=8;WE=42888238;WS=42888220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr13	43148565	rs2296533	T	C	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.504;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=735;ReadPosRankSum=0.614;SC=ACCAGCCCCCTGCCGCCTCCC;SOR=0.534;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=68;WE=43148573;WS=43148555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,84:0.66:127
chr13	43155168	rs2277438	G	A	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=7;PP=520;SC=AGACTCTTGCGAGTATGAATT;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=43155176;WS=43155158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	43155443	rs2277439	G	A	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr13	43358176	rs1324422	G	A	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=-1.384;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,49:0.30:165
chr13	43358309	.	C	CT	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=1.453;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr13	43358437	rs1853637	C	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=92;ReadPosRankSum=-0.152;SC=TAAGCCCTTGCTGCATGTTGA;SOR=0.389;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=10;WE=43358445;WS=43358427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr13	43360772	rs57301416	T	TA	709.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.59;MQRankSum=1.061;QD=9.72;ReadPosRankSum=-1.605;SOR=0.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr13	43462352	rs45505295	T	C	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.770;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=382;ReadPosRankSum=1.406;SC=CCTCTTTTTCTACCCTACCAA;SOR=0.346;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=30;WE=43462360;WS=43462342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr13	43462607	rs11557739	G	A	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=43;PP=1004;ReadPosRankSum=-1.588;SC=GTTGATGAAGGCCAGATAGGA;SOR=0.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=34;TCR=78;TR=62;WE=43462615;WS=43462597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,70:0.56:124
chr13	43463299	rs1323864	T	C	6181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=108;NR=102;PP=2965;SC=GCCTCACCTATTGTATCAGAG;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=109;TCR=102;TR=210;WE=43463307;WS=43463289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr13	43469157	rs1128105	G	A	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,85:0.31:277
chr13	43469211	rs1359184	G	A	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=-1.579;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,87:0.29:299
chr13	43474371	rs4942174	C	T	5773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=136;NR=65;PP=2965;SC=TATCGTAATGCTTTCCTAAAA;SOR=1.525;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=136;TCR=66;TR=201;WE=43474379;WS=43474361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr13	43491778	rs61066479	G	GAA	463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.41;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr13	43491871	rs17621929	C	T	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=-0.446;QD=14.22;ReadPosRankSum=-0.863;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,42:0.66:64
chr13	43491940	rs12864209	C	T	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=345;ReadPosRankSum=0.208;SC=TGTCTGAAAACGTCCCTTGGA;SOR=1.302;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=20;WE=43491948;WS=43491930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr13	43537240	rs1054813	A	G	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.69;SOR=4.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr13	43566373	rs3825511	A	C	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=37;PP=1099;SC=AGCGAGTCTCAAGATGGGATT;SOR=2.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=52;WE=43566381;WS=43566363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr13	43788031	rs1044753	C	T	3377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=34;PP=2238;SC=ACAAAGGTTGCGTGCTGGACC;SOR=1.850;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=85;TCR=34;TR=119;WE=43788039;WS=43788021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr13	43788158	rs703207	G	A	11798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
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chr13	43839494	rs4306408	G	A	12271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=235;NR=199;PP=2965;SC=TTCAACCAACGTCAAGCAAGA;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=435;TCF=235;TCR=200;TR=434;WE=43839502;WS=43839484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr13	43843812	rs730210	A	G	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=322;ReadPosRankSum=0.490;SC=GAAGATGTTTACAAGTCTTGA;SOR=0.223;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=19;WE=43843820;WS=43843802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr13	43872419	rs4451860	C	T	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	43872451	rs141332734	C	CA,CAA	735.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.831;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.921;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:16,26,24:0.39,0.36:66
chr13	43930337	rs2281713	A	G	5158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr13	43935405	rs1535580	C	T	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=29;PP=1128;ReadPosRankSum=-0.774;SC=TTCTCATAGGCGTTACTTACT;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=92;TCR=49;TR=84;WE=43935413;WS=43935395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,94:0.59:158
chr13	43986771	rs2296041	G	A	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=228;SC=TTTAAAAACAGGTAGCACAAA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=43986779;WS=43986761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	44433700	rs1562216	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.853;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=191;ReadPosRankSum=0.885;SC=AAGGTAATAGGACAGCTATGG;SOR=2.147;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=11;WE=44433708;WS=44433690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr13	44734696	rs4942287	A	G	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.136;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=254;ReadPosRankSum=-0.880;SC=AAGTGGTTCTATTAAAATAGC;SOR=1.222;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=94;TCF=66;TCR=28;TR=25;WE=44734704;WS=44734686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,37:0.32:116
chr13	44948295	rs201663302	T	TG	1882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.93;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	44948302	rs199705926	GA	G	1829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.57;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	44964723	rs2281848	C	T	2085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=46;PP=1206;SC=AGGTGACCTGCAGCCTCCTTT;SOR=1.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=67;WE=44964731;WS=44964713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr13	44969907	rs1467624	G	A	8091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=165;NR=120;PP=2965;SC=GATTTGACTCGTAATTCTAAC;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=165;TCR=120;TR=285;WE=44969915;WS=44969897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr13	45010283	rs1555781	T	G	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=56;PP=1543;ReadPosRankSum=1.398;SC=TATCTTAAGCTTCCAAGATAA;SOR=1.333;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=86;WE=45010291;WS=45010273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr13	45010616	rs7997320	G	A	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=26;PP=1246;ReadPosRankSum=-0.621;SC=TAAATTTAAAGAAACTATCTT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=79;TCR=38;TR=81;WE=45010624;WS=45010606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,89:0.71:126
chr13	45090478	rs1336163	A	C	2200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=2.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.83;ReadPosRankSum=0.192;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,107:0.58:186
chr13	45090580	rs1336164	C	T	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=18;PP=508;SC=GGGACTTCGGCATAAAGGCTT;SOR=1.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=45090588;WS=45090570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	45517486	.	AAC	A	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=11.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=0.683;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,14:0.20:69
chr13	45556056	rs148833607	T	TCATGTTTAACATAAAACATAAAA	670.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=60.98;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	45563464	rs1140993	G	C	7975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=163;NR=112;PP=2965;SC=AGAACATCCAGCTGTCCCGCG;SOR=1.039;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=277;TCF=163;TCR=114;TR=275;WE=45563472;WS=45563454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr13	45710748	rs9534041	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.91;ReadPosRankSum=0.968;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr13	45723823	rs141823802	G	GT	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=-1.778;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr13	45724053	rs9534044	A	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=274;ReadPosRankSum=-0.613;SC=AGAACACATAAAGGTATAAAT;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=18;WE=45724061;WS=45724043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr13	45725763	rs13378297	A	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.71;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr13	45768759	rs9534059	G	A	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.812;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=734;ReadPosRankSum=0.713;SC=TTTAAAAAGAGACACTACCAC;SOR=1.814;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=34;WE=45768767;WS=45768749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
chr13	45826876	rs7982845	A	G	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=204;SC=AAAGTATTAAAGCTAGTGTAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=45826884;WS=45826869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	45826994	rs139972349	A	AT	849.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=9;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.293;NF=10;NR=12;PP=395;ReadPosRankSum=1.132;SC=AATGCCTTATATTTTTTTTCA;SOR=0.872;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=22;WE=45827002;WS=45826984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,49:0.57:86
chr13	45841502	rs7331090	G	A	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.704;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=649;ReadPosRankSum=-0.719;SC=ACATCACAAAGCAACCTGTGG;SOR=0.581;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=53;WE=45841510;WS=45841492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,61:0.64:96
chr13	45912634	rs9595305	T	C	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=34;PP=1529;SC=CCCTAAGAATTTTTTACATAT;SOR=0.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=88;WE=45912642;WS=45912624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr13	45914957	rs2234216	T	C	8243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=129;NR=162;PP=2965;SC=ACCGTGCGCCTGGCGCCGCCA;SOR=0.980;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=291;TCF=129;TCR=162;TR=291;WE=45914975;WS=45914947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr13	45973231	rs11330086	GA	G	340.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.169;QD=3.70;ReadPosRankSum=1.514;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,36:0.39:92
chr13	45976349	rs11617888	G	A	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=603;ReadPosRankSum=0.599;SC=GATAGAACAAGTAAATTCAAA;SOR=0.672;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=120;TCF=90;TCR=30;TR=40;WE=45976357;WS=45976339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,46:0.34:134
chr13	45980223	rs34513916	AT	A,ATT	456.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.25;QD=16.92;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,11,16:0.41,0.59:27
chr13	45982934	rs6561227	G	A	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=2;PP=552;SC=TGAAAAATCTGTCATGCTATT;SOR=3.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=45982942;WS=45982928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	45985583	rs12872200	T	G	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=51;PP=888;ReadPosRankSum=0.292;SC=TCTTCTTTGATTTATAGAAAC;SOR=0.620;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=258;TCF=94;TCR=164;TR=82;WE=45985591;WS=45985573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,89:0.32:281
chr13	45985608	rs7997155	T	A	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.790;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=40;PP=732;ReadPosRankSum=-0.599;SC=CCTCCAGTGCTGTTTTTCCTG;SOR=0.455;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=192;TCF=58;TCR=134;TR=61;WE=45985616;WS=45985598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,68:0.32:210
chr13	45985705	rs4941527	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=286;ReadPosRankSum=0.852;SC=TATTTGGAGAGTGCTATCACC;SOR=1.708;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=16;WE=45985713;WS=45985695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr13	46050519	rs2986001	T	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.693;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,28:0.23:121
chr13	46066163	rs3014948	T	C	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=393;ReadPosRankSum=-0.264;SC=CCAACCATTTTCCGTTCTTCA;SOR=0.545;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=78;TCF=60;TCR=18;TR=28;WE=46066171;WS=46066153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,28:0.35:81
chr13	46067593	rs2985959	G	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=394;ReadPosRankSum=-0.186;SC=TTAAAAATGAGGTGCTTGAAG;SOR=0.652;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=123;TCF=64;TCR=59;TR=35;WE=46067601;WS=46067583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,37:0.26:142
chr13	46077381	rs3014960	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-1.183;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,21:0.24:87
chr13	46085699	rs2985969	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.236;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr13	46085864	rs2985970	A	G	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.956;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=28;PP=750;ReadPosRankSum=-0.969;SC=GTTTTGTCAAATGCCACAGGC;SOR=0.905;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=231;TCF=131;TCR=100;TR=72;WE=46085872;WS=46085854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,83:0.32:261
chr13	46098994	rs3014966	T	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=231;ReadPosRankSum=-0.191;SC=CATTGTGTTTTAATAGGTTTA;SOR=0.752;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=12;WE=46099002;WS=46098984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr13	46099243	rs2985984	A	G	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=489;ReadPosRankSum=1.130;SC=GTTTGCATTTATATAGTCCTT;SOR=0.772;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=153;TCF=62;TCR=91;TR=49;WE=46099251;WS=46099233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,54:0.33:164
chr13	46103935	rs2274285	A	G	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=2.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=2.214;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,63:0.24:261
chr13	46104130	rs2274286	G	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=4.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.172;SOR=1.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,30:0.24:124
chr13	46108643	rs3014901	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr13	46108853	rs3014902	T	C	8653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.58;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr13	46108853	.	TG	CA,CG	2271	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=33,110;NR=40,126;PP=940,2271;QD=13.6091489707;SC=CTTCTGCTGTTGGTTTCTAAA;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=236;TCF=110;TCR=126;TR=73,236;WE=46108862;WS=46108843;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.31:236
chr13	46108854	rs2985989	G	A	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.070;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,87:0.32:273
chr13	46115731	rs1536207	C	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.534;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=200;ReadPosRankSum=-0.418;SC=CCCAGAAGGACCCGGATCTTC;SOR=1.179;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=16;WE=46115739;WS=46115721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr13	46124290	rs2860345	T	A	2652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:323,158:0.33:481
chr13	46137837	rs3014917	T	C	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.443;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=569;ReadPosRankSum=-0.128;SC=CAGCACGTGGTGGAAAATGGT;SOR=0.557;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=115;TCF=74;TCR=41;TR=51;WE=46137845;WS=46137827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,55:0.44:125
chr13	46148855	rs747652	A	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=78;ReadPosRankSum=-0.473;SC=GGATATATGAAGCAAAAAGAA;SOR=0.693;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=8;WE=46148863;WS=46148845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr13	46148943	rs140782618	TG	T	587.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=23.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.216;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,31:0.36:87
chr13	46170609	rs3014939	C	T	11790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=811;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=6.339;NF=279;NR=244;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.328;SC=GCCTTTTCCTCTTCTAGATAT;SOR=0.687;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=769;TCF=413;TCR=356;TR=523;WE=46170617;WS=46170591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,548:0.68:807
chr13	46170719	rs142875900	CCCAGATACTCTTCCTCCT	C	13647.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=10.546;NF=35;NR=170;PP=2970;ReadPosRankSum=-2.078;SC=CCCTTCCTTCCCCAGATACTC;SOR=0.760;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=364;TCF=61;TCR=303;TR=205;WE=46170744;WS=46170709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,369:0.65:569
chr13	46276503	rs872556	G	C	6656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.120;SC=CATGAGCCCTGAAAAACACCA;SOR=0.635;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=426;TCF=234;TCR=192;TR=278;WE=46276511;WS=46276493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,298:0.66:452
chr13	46276766	rs17068928	C	T	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=631;ReadPosRankSum=0.019;SC=TCTACACGTTCTTTCAGACTC;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=36;WE=46276774;WS=46276756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,40:0.69:58
chr13	46277016	rs755428	A	G	5744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.041;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.388;SC=GAAGGATGTAACCTATCAGTG;SOR=0.584;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=328;TCF=172;TCR=156;TR=237;WE=46277024;WS=46277006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,256:0.71:361
chr13	46287153	rs9316154	A	C	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=10;PP=1397;SC=TGACAAGGATAGGCCACATTT;SOR=2.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=54;TCR=10;TR=64;WE=46287161;WS=46287148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr13	46288145	rs7317245	A	G	5231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=92;PP=2965;SC=CGCCCTGCGGAAGATGGTCAG;SOR=1.088;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=71;TCR=92;TR=163;WE=46288153;WS=46288135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr13	46541673	rs9534264	T	A	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-5.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.500;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=14;PP=568;ReadPosRankSum=-2.031;SC=ATTTATTTGTTTCTTCAAATC;SOR=0.407;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=125;TCF=95;TCR=30;TR=51;WE=46541681;WS=46541663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,55:0.40:136
chr13	46550061	rs11428563	G	GT	1086.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=24;PP=1093;SC=TTTTATCTGTGATAGGGTCAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=24;WE=46550069;WS=46550051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	46562935	rs1134071	A	G	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.038;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=34;PP=877;ReadPosRankSum=1.359;SC=CCCTCCTTTCATGGCGTCGAT;SOR=0.842;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=276;TCF=162;TCR=114;TR=89;WE=46562943;WS=46562925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,101:0.33:307
chr13	46616462	rs3783200	A	C	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr13	46619026	rs962694	T	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.005;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,26:0.29:91
chr13	46619316	rs3736944	T	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.689;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=110;ReadPosRankSum=0.712;SC=GATATATTACTCCCCAAATAA;SOR=2.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=8;WE=46619324;WS=46619306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr13	46627677	rs1049669	T	C	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=11;PP=1742;SC=TAAAAATAATTTGATACAATG;SOR=3.070;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=63;TCR=11;TR=74;WE=46627685;WS=46627667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr13	46629944	rs1926447	A	G	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=38;PP=887;ReadPosRankSum=-0.199;SC=ATTTTTACTAATTTTCTCAAT;SOR=0.669;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=213;TCF=111;TCR=102;TR=76;WE=46629952;WS=46629934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,85:0.35:245
chr13	46629995	rs1926446	C	A	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=34;PP=680;ReadPosRankSum=-0.722;SC=CTGGAAGCAACAAGATATAGA;SOR=0.861;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=178;TCF=82;TCR=96;TR=57;WE=46630003;WS=46629985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,66:0.32:204
chr13	46641324	rs151045790	TA	T	1283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=7;PP=834;SC=CAATAAAAGTTAAAAAAAATT;SOR=3.258;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=37;WE=46641332;WS=46641314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr13	46641466	rs9316179	A	G	10300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.124;NF=198;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=0.727;SC=AGTCATAACCATCCACATTAA;SOR=0.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=377;TCF=200;TCR=177;TR=372;WE=46641474;WS=46641456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,409:1.00:411
chr13	46641481	rs7337140	T	C	10642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr13	46648094	rs3742264	C	T	4832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=95;PP=2834;SC=TTTTTGGCTGCTTGTTCTTTT;SOR=1.347;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=65;TCR=95;TR=160;WE=46648102;WS=46648084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr13	46656669	rs2296642	A	G	2782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=50;PP=1535;SC=GATCTTCCACATCTGCCAGCA;SOR=0.961;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=44;TCR=50;TR=94;WE=46656677;WS=46656659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr13	46705068	rs11558762	C	A	4696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=2.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.10;ReadPosRankSum=0.040;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,219:0.66:333
chr13	46708291	rs4941543	T	C	12217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr13	46717047	rs9534341	T	C	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=38;PP=630;ReadPosRankSum=1.744;SC=TTCAAAACAATGTTCCCACTG;SOR=0.592;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=65;TCR=103;TR=63;WE=46717055;WS=46717037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,64:0.37:175
chr13	46717246	rs2182485	T	C	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=4;PP=930;SC=AATAAGCAATTGACTGAAATA;SOR=3.912;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=38;WE=46717254;WS=46717236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	46722703	rs10631906	C	CTTAA	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=862;SC=CAGAATGTAACTTAACAAAGC;SOR=3.716;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=16;WE=46722711;WS=46722693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	46728771	rs4258501	T	C	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=382;ReadPosRankSum=-1.005;SC=GTCTCCCTTCTTTGCTGCTCA;SOR=1.220;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=18;WE=46728779;WS=46728761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr13	46728924	rs2296122	C	T	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=34;PP=772;ReadPosRankSum=0.556;SC=ATTATGGTAACGGTGGGAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=219;TCF=118;TCR=101;TR=74;WE=46728932;WS=46728914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,84:0.34:246
chr13	46836201	rs2764598	A	G	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=10;PP=241;SC=AGAGAAAATCAATCCTTTCAT;SOR=2.303;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=13;WE=46836209;WS=46836191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr13	46919095	rs10682466	T	TTG	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=353;ReadPosRankSum=1.332;SC=GAAAAGGATGTTGTTTTGCAG;SOR=0.787;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=6;WE=46919103;WS=46919082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr13	46919762	rs259735	T	G	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.713;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=405;ReadPosRankSum=-0.174;SC=AAAGAGGAATTCAGAAACCCA;SOR=0.931;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=91;TCF=36;TCR=55;TR=30;WE=46919770;WS=46919752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,36:0.33:108
chr13	46919786	rs11617125	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=269;ReadPosRankSum=-0.614;SC=ACACAGAGGACAGGGAAGAAT;SOR=0.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=25;WE=46919794;WS=46919776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,29:0.36:81
chr13	46928784	rs259697	G	A	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.680;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,42:0.37:114
chr13	46930372	rs9526171	T	C	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.271;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=607;ReadPosRankSum=-0.016;SC=CTGGTCCTGGTGTCCTCGGTC;SOR=2.030;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=38;WE=46930380;WS=46930362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr13	46930536	rs181977	C	A	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FS=2.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.610;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:301,127:0.30:428
chr13	46937058	rs34182015	CATATATATATATATAGATATATATATATATATAT	C	583.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=9.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.000;QD=25.38;ReadPosRankSum=-0.488;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr13	46937193	rs259699	T	C	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.06;MQRankSum=1.277;NF=31;NR=20;PP=783;ReadPosRankSum=-0.975;SC=TTAGTGTGTGTATGCGGATGG;SOR=0.794;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=144;TCF=85;TCR=59;TR=51;WE=46937201;WS=46937183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,65:0.38:169
chr13	46942081	rs2476664	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=186;ReadPosRankSum=0.579;SC=TTCCACTGGGAGTCTTGGAAT;SOR=1.119;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=14;WE=46942089;WS=46942071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,15:0.23:64
chr13	46946157	rs1408184	C	T	2716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.30;ReadPosRankSum=-1.156;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,149:0.40:372
chr13	47127813	rs45540131	C	T	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=728;ReadPosRankSum=-0.121;SC=CCCCCGGGCACGACCTCTCGG;SOR=0.607;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=46;WE=47127821;WS=47127803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,53:0.69:77
chr13	47256065	rs45439193	C	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.223;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.055;NF=5;NR=21;PP=516;ReadPosRankSum=-3.047;SC=TGAAGAGGGTCGATCTTTGTG;SOR=0.314;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=26;WE=47256079;WS=47256055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr13	47256071	rs151080336	T	TTGTG	517.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=-0.000;QD=36.94;ReadPosRankSum=1.282;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,13:0.93:14
chr13	47260054	rs842381	T	C	6300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr13	47261970	rs842375	T	C	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=2.428;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,81:0.62:130
chr13	47273458	rs706621	G	C	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.30;ReadPosRankSum=0.339;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,59:0.68:87
chr13	47279375	rs11483731	C	CT	1567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=745;ReadPosRankSum=0.065;SC=CACTTTGTATCTTTTTTTTTC;SOR=0.570;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=38;TCR=60;TR=47;WE=47279383;WS=47279365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,92:0.63:147
chr13	47279454	rs842387	A	G	3198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=55;PP=1762;ReadPosRankSum=-0.885;SC=GGCTGCTGGTAGATTCACCAG;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=113;TCR=90;TR=124;WE=47279462;WS=47279444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,149:0.62:241
chr13	47279680	rs3832915	A	AT	1183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.852;NF=4;NR=25;PP=682;ReadPosRankSum=0.326;SC=GATTCTGTAGATTTTTTTACC;SOR=0.695;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=29;WE=47279688;WS=47279670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,62:0.59:105
chr13	47289958	rs9526223	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=210;ReadPosRankSum=-0.750;SC=GAAAAGTGCACGTGGATTGTT;SOR=1.101;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=17;WE=47289966;WS=47289948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,19:0.29:65
chr13	47297352	rs7319836	G	A	4378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=86;NR=63;PP=2430;SC=CCTTTGTATTGTAGTGTTTCT;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=86;TCR=63;TR=149;WE=47297360;WS=47297342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr13	47302934	rs3742273	T	A	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=32;PP=1962;SC=TTACTCACAGTTACCTCAGTG;SOR=1.498;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=77;TCR=32;TR=109;WE=47302942;WS=47302924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr13	47308109	rs2298086	A	G	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr13	47315984	rs3742274	T	C	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=36;PP=825;SC=GTCCGCATAATGTCTGCACGT;SOR=1.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=54;WE=47315992;WS=47315974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr13	47345469	rs199682790	A	AT	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.69;MQRankSum=1.392;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr13	47354101	rs9778	C	T	4394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=1.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.73;ReadPosRankSum=-0.390;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,208:0.65:320
chr13	47355524	rs2275680	A	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=206;ReadPosRankSum=-0.042;SC=CAACACTAGAAAAGTTTAGTT;SOR=0.437;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=11;WE=47355532;WS=47355514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr13	47358540	rs8192889	T	C	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.728;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=369;ReadPosRankSum=-0.930;SC=ATGTGCACCATTAATACTGGG;SOR=0.997;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=103;TCF=42;TCR=61;TR=30;WE=47358548;WS=47358530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,34:0.29:118
chr13	47365388	rs997167	G	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.583;NF=15;NR=5;PP=299;ReadPosRankSum=1.012;SC=GTAAAATGAGGTACTATAATA;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=20;WE=47365396;WS=47365378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr13	47365450	rs3831339	G	GT	2709.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.801;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.646;NF=14;NR=16;PP=1149;ReadPosRankSum=0.003;SC=ACAGAATGAGGTATCTAAAAT;SOR=0.973;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=30;WE=47365458;WS=47365440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,84:0.72:117
chr13	47409701	rs141413930	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=-0.216;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,27:0.30:90
chr13	47469940	rs6313	G	A	4156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.664;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=94;PP=2627;ReadPosRankSum=0.372;SC=TAGCTTCTCCGGAGTTAAAGT;SOR=0.884;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=267;TCF=123;TCR=144;TR=168;WE=47469948;WS=47469930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,183:0.63:292
chr13	47470824	rs6312	C	T	5449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=109;NR=80;PP=2965;SC=TCTTCAGGGTCCACACATGAG;SOR=0.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=109;TCR=80;TR=189;WE=47470832;WS=47470814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr13	48523567	rs17425881	T	C	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr13	48547467	rs7320366	A	T	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr13	48563008	rs6561424	G	A	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=10;PP=621;SC=CTTAAAAAATGTGACTTACGA;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=48563016;WS=48562998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	48563246	rs6561425	A	G	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=16;PP=467;SC=GTCCAAAAATAAGGCATTCTC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=24;WE=48563254;WS=48563236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	48571213	rs8001509	C	T	6412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=124;PP=2965;SC=GTCACTCTTGCTAACTACTTG;SOR=0.989;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=101;TCR=124;TR=225;WE=48571221;WS=48571203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr13	48575207	rs11316376	GA	G	8007.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=116;PP=2969;SC=AGGGCACCCAGAAAAATGTCA;SOR=1.007;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=191;TCF=62;TCR=129;TR=167;WE=48575215;WS=48575197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr13	48575292	rs9567972	C	T	12122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=235;NR=205;PP=2965;SC=ACCCTCGAGACGACAGCGGAC;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=442;TCF=236;TCR=206;TR=440;WE=48575300;WS=48575282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr13	48653864	rs5803423	CA	C	748.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.788;QD=11.88;ReadPosRankSum=-1.508;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,50:0.79:63
chr13	48664556	.	T	TA	501.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=1.076;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,75:0.21:353
chr13	48669064	rs3809330	C	T	7251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=162;NR=87;PP=2965;SC=CCAGCTCCAGCCCGGCTCTCA;SOR=1.389;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=162;TCR=87;TR=249;WE=48669072;WS=48669054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr13	48878271	rs2854351	T	C	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=20;PP=641;SC=TCGGCGGGGATCCGTCCTCGC;SOR=1.347;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=48878279;WS=48878261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	48878292	rs2252544	G	A	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=17;PP=463;SC=CAGGGGCCGGGTCCCGGCGGG;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=48878300;WS=48878282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	48919358	rs198617	T	G	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=36;PP=1032;SC=TTTTATTAGGTTTACACTCTG;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=67;WE=48919366;WS=48919348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	48921884	rs198616	A	G	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=17;PP=766;SC=AAAAGAAGATAAATAAAGCAT;SOR=1.118;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=48921892;WS=48921874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr13	48947469	rs185587	G	T	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=25;NR=14;PP=650;SC=CTTGGGAGATGGAAAACATTT;SOR=1.075;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=48947477;WS=48947459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	48953655	rs11449461	C	CA	297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.632;QD=16.54;ReadPosRankSum=-0.475;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr13	48955676	rs2804086	T	A	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=16;PP=407;SC=CTCAAGAACATATAGGGAATT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=48955684;WS=48955666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	49033747	rs198580	G	A	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=23;PP=2067;SC=TAATTAGAGCGATTTCATGAT;SOR=2.325;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=99;TCF=74;TCR=25;TR=97;WE=49033755;WS=49033737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr13	49051012	rs3020646	C	T	6264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=106;PP=2965;SC=TTCCAGTAGCCGAGATGGTCA;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=103;TCR=106;TR=209;WE=49051020;WS=49051002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr13	49107241	rs7997110	T	C	17308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=686;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,684:1.00:684
chr13	49684341	rs3834947	C	CT	1664.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.45;SOR=2.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr13	49684436	.	CA	C	355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=-1.899;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,50:0.26:191
chr13	49752915	rs1407826	A	G	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=12;PP=379;SC=CTGTCACCCAAGCTGCTGCAG;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=49752923;WS=49752905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	49775997	rs45604939	A	G	5283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr13	49794650	rs9568169	C	A	18650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=721;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=365;NR=317;PP=2965;SC=ACGTGGTGACCGTGATGCTGA;SOR=0.789;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=683;TCF=366;TCR=317;TR=682;WE=49794658;WS=49794640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,721:1.00:721
chr13	49840024	rs6561512	A	G	6751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;NR=95;PP=2965;SC=GGATTACTGGAAGCAGCTAAG;SOR=1.007;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=139;TCR=95;TR=233;WE=49840032;WS=49840014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr13	49852430	rs2274149	T	G	4344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=41;PP=2891;ReadPosRankSum=-0.862;SC=AAAAATACATTGCAAAGTGTC;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=103;TCR=43;TR=142;WE=49852438;WS=49852420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,152:0.99:153
chr13	49865748	rs6561514	A	G	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.54;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr13	49866869	rs3751418	G	C	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr13	49885216	rs912547	A	G	3299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=78;PP=2279;SC=CCTCACCCACACTACTCGCGT;SOR=2.053;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=32;TCR=78;TR=110;WE=49885224;WS=49885206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr13	49913930	rs114944657	G	A	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.07;ReadPosRankSum=0.061;SOR=1.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,42:0.63:67
chr13	49951027	rs111664849	G	GTAGATAGATAGATAGA,GTAGATAGATAGATAGATAGA	1809.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=19;NF=7,7;NR=3,3;PP=329,74;SC=AAGTTGAATAGTAGATAGATA;SOR=1.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=10,10;WE=49951035;WS=49951017;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.16,0.84:31
chr13	49951142	rs8002829	T	C	6717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=119;NR=97;PP=2965;SC=TCAGTGTCACTAGCAGGCCAC;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=120;TCR=97;TR=216;WE=49951150;WS=49951132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr13	49951193	rs8002858	T	C	6926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr13	49951310	rs8002153	G	T	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=49;PP=1453;SC=GAATAAAAATGTTTAGGCCAT;SOR=1.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=73;WE=49951318;WS=49951300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr13	50007393	rs7998660	C	T	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=47;NR=23;PP=1069;SC=GTATGTTGAGCATAGTCTACA;SOR=1.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=70;WE=50007401;WS=50007383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr13	50008112	rs3764091	G	A	4211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=35;PP=2880;SC=CTTTTAGTTCGCACCTTTACT;SOR=2.176;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=102;TCR=35;TR=137;WE=50008120;WS=50008102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr13	50008301	rs3764090	A	G	12232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=191;NR=224;PP=2965;SC=TACGTTCTGAACAGCAACTTA;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=416;TCF=191;TCR=225;TR=415;WE=50008309;WS=50008291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr13	50026246	.	C	CT	40	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5001;HP=12;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=25;MQ=58.21;NF=0;NR=3;PP=40;QD=15.3333333333;SC=TTTTTGTAAACTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=50026254;WS=50026236;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr13	50035151	rs721457	G	C	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.704;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=318;ReadPosRankSum=1.055;SC=GATTAAATGAGATAAAATATG;SOR=0.212;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=25;WE=50035159;WS=50035141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr13	50035208	rs2077848	G	A	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=500;ReadPosRankSum=-0.457;SC=AGGTAATGGTGATGCTGTTTT;SOR=0.308;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=43;WE=50035216;WS=50035198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,50:0.63:79
chr13	50038080	rs12429813	G	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=269;ReadPosRankSum=0.682;SC=CTGCCTCTGGGATAAGTCATC;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=13;WE=50038088;WS=50038070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr13	50050620	rs7998427	A	G	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=20;PP=1678;SC=AGAACAACAGAAAATAAGGAA;SOR=2.191;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=61;TCR=20;TR=81;WE=50050628;WS=50050610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr13	50054308	rs4142285	G	A	6388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=145;NR=79;PP=2965;SC=CTCTTGACTTGACTTGCTGCT;SOR=1.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=146;TCR=79;TR=224;WE=50054316;WS=50054298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr13	50054346	rs7996852	G	T	9890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.10;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr13	50057097	rs2057413	G	A	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=43;PP=1307;SC=GGAGCTTACTGTGTAAGTAAC;SOR=0.956;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=87;WE=50057105;WS=50057087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr13	50057633	rs11619265	A	G	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.48;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,62:0.61:102
chr13	50070244	rs370049093	GGGGC	G	548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.33;QD=39.20;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	50080847	rs2031532	A	G	4090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=82;PP=2314;ReadPosRankSum=1.506;SC=ATAATGTCCTATACTTTGCAC;SOR=0.624;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=249;TCF=127;TCR=122;TR=170;WE=50080855;WS=50080837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,184:0.68:270
chr13	50087142	rs2247119	T	C	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=507;ReadPosRankSum=-2.094;SC=TTCTGACATGTAGCTTTCAAT;SOR=0.678;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=33;WE=50087150;WS=50087132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr13	50092127	rs66480424	TACTC	T	1721.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.987;NF=11;NR=14;PP=1077;ReadPosRankSum=0.620;SC=AACAGGTACTTACTCAGTAAA;SOR=0.646;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=25;WE=50092138;WS=50092117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,46:0.70:66
chr13	50095127	rs3765526	A	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=391;ReadPosRankSum=-1.179;SC=GTAAACATTTATGTAACATAA;SOR=0.648;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=32;WE=50095135;WS=50095117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
chr13	50096127	rs2274277	C	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.96;ReadPosRankSum=0.154;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr13	50100090	rs7322908	T	A	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=349;ReadPosRankSum=0.189;SC=GGATCATCTGTGGTCAGCAGT;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=20;WE=50100098;WS=50100080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr13	50100320	rs7321952	A	G	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.10;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	50100389	rs7323493	T	C	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.160;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=614;ReadPosRankSum=0.578;SC=GCTGCTGCTGTTGCCATCTAA;SOR=1.061;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=35;WE=50100397;WS=50100379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
chr13	50100627	rs10546233	GTT	G	1478.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.868;QD=28.99;ReadPosRankSum=-1.417;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,38:0.75:51
chr13	50100637	rs371713260	ATATT	A	1128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.87;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr13	50100647	rs61960012	C	T	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.33;ReadPosRankSum=-1.546;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr13	50100667	rs6561533	G	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=333;ReadPosRankSum=-0.557;SC=ACAATATACTGTACAGGTGAT;SOR=0.873;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=22;WE=50100675;WS=50100657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr13	50102810	rs1046295	G	A	3563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.812;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=74;PP=2106;ReadPosRankSum=1.407;SC=AGGGATTACCGTTTCCTAAGC;SOR=0.679;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=239;TCF=127;TCR=112;TR=151;WE=50102818;WS=50102800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,164:0.63:261
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chr13	50123622	rs3751384	G	C	3188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.944;NF=84;NR=33;PP=1877;ReadPosRankSum=1.278;SC=ACGAGACGGCGGGAGTGGCAA;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=125;TCR=50;TR=117;WE=50123630;WS=50123612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,131:0.69:190
chr13	50126382	rs2274278	G	A	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=5.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.01;ReadPosRankSum=0.874;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,50:0.62:81
chr13	50129615	rs2274284	A	G	3202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=47;PP=2002;ReadPosRankSum=0.392;SC=ATTGAAAAAGAAGGTAGAAAG;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=122;TCR=72;TR=126;WE=50129623;WS=50129605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,141:0.64:222
chr13	50134358	rs12146924	T	C	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.393;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=879;ReadPosRankSum=-0.301;SC=TAAGTAACCATGGACAGAGTA;SOR=0.141;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=70;WE=50134366;WS=50134348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,70:0.78:90
chr13	50141345	rs4942848	G	A	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.93;ReadPosRankSum=1.059;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,63:0.69:91
chr13	50205025	rs3803185	T	C	5791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.580;SC=CCAGGACCACTGCTGGGAGCT;SOR=0.790;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=385;TCF=186;TCR=199;TR=240;WE=50205033;WS=50205015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,271:0.63:427
chr13	50242696	rs7999786	C	T	434.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.69;MQRankSum=-2.106;QD=21.70;ReadPosRankSum=-0.694;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr13	50244041	rs9535292	T	C	2779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=62;PP=1219;ReadPosRankSum=0.135;SC=AGGATGGCACTGTAGACACAT;SOR=0.563;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=180;TCF=83;TCR=97;TR=118;WE=50244049;WS=50244031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,132:0.68:194
chr13	50260905	rs6561552	T	C	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=44;PP=1144;ReadPosRankSum=-0.333;SC=CAACTCAATTTACATTTTTCA;SOR=0.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=29;TCR=64;TR=64;WE=50260913;WS=50260895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,67:0.68:98
chr13	50296026	rs9535310	T	C	2177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.75;ReadPosRankSum=0.428;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,97:0.75:130
chr13	50296115	rs1127021	C	T	3885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=2.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.114;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,184:0.68:272
chr13	50299677	rs2273817	T	C	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.65;ReadPosRankSum=1.512;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,82:0.68:121
chr13	50306823	rs11342957	GA	G	1155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.078;QD=9.79;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,77:0.65:118
chr13	50464697	rs34893433	T	TG	809.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.030;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=580;ReadPosRankSum=-0.232;SC=CCTGGGTTACTGCGGCCACCG;SOR=0.512;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=16;WE=50464705;WS=50464687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr13	50466911	rs34448316	G	A	3826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.963;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.868;NF=93;NR=72;PP=2679;ReadPosRankSum=-0.696;SC=CATGTTTGGAGCTTCTCCAGA;SOR=0.614;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=279;TCF=160;TCR=119;TR=165;WE=50466919;WS=50466901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,168:0.62:272
chr13	50467124	rs7316930	T	C	8164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=208;PP=2965;SC=TCCAGAACCATGGCAAGAAAC;SOR=1.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=320;TCF=111;TCR=209;TR=318;WE=50467132;WS=50467114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr13	50570774	rs3116591	G	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=64;ReadPosRankSum=-0.339;SC=TCTGCGGGGGGGCTTTGGGCG;SOR=0.818;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=6;WE=50570782;WS=50570764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr13	50656582	rs2066575	T	A	2293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=3.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=-2.336;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,120:0.40:297
chr13	51397440	rs9563002	C	A	3474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=2.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-0.459;QD=12.77;ReadPosRankSum=1.852;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,164:0.60:272
chr13	51484356	rs2274069	C	T	98.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=82;SC=CCGCCCCCCACCCCGGTGGCT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=51484364;WS=51484346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	51594741	rs1328361	T	G	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=11.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,87:0.36:240
chr13	51603768	rs9568497	T	C	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.397;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=51;PP=1467;ReadPosRankSum=0.754;SC=ATCCGAGTAGTAATGGAGAAA;SOR=0.646;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=378;TCF=218;TCR=160;TR=117;WE=51603776;WS=51603758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,122:0.31:398
chr13	51796468	rs7320388	T	C	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.98;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	51796524	rs7323665	C	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.572;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr13	51929375	rs9596506	T	C	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.937;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,27:0.37:73
chr13	51953840	rs3818360	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.991;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=29;ReadPosRankSum=0.439;SC=GTAACACAATCGTATTTATGT;SOR=0.303;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=6;WE=51953848;WS=51953830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr13	51956122	rs9526753	T	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=0.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
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chr13	52293532	rs912097	T	C	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=474;SC=TAACTGTTGTTCTCTTTGATT;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=52293540;WS=52293522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	52332153	rs5803570	AT	A	473.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=3.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.174;SOR=0.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,38:0.37:103
chr13	52365185	rs2760303	G	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.538;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=-1.136;SC=AAGCATAAGAGAGTCTTACTA;SOR=0.966;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=10;WE=52365193;WS=52365175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
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chr13	52425546	.	CAAG	C	1680.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=3.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.090;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,52:0.28:189
chr13	52425587	rs36141261	A	AT	1984.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.25;ReadPosRankSum=1.484;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,122:0.75:162
chr13	52425658	rs71842329	CTT	C	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.171;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr13	52440130	rs1054515	A	G	4711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=2.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.94;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,220:0.60:364
chr13	52482399	rs35577493	CAG	C	1232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.655;NF=21;NR=2;PP=1178;ReadPosRankSum=-1.418;SC=CATTTGAAGGCAGACTCAACC;SOR=0.672;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=84;TCF=71;TCR=13;TR=23;WE=52482408;WS=52482389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,38:0.27:142
chr13	52482429	rs6561654	T	C	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=1.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-0.495;QD=4.90;ReadPosRankSum=-1.771;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,59:0.29:203
chr13	52492525	rs9596613	A	C	4081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=2.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.65;ReadPosRankSum=-0.616;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,195:0.65:299
chr13	52509783	.	G	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=1.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=-1.864;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,50:0.22:226
chr13	52511275	rs200831452	GAA	G	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.925;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.369;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr13	52511362	rs9535795	C	G	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=1.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.513;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.089;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,66:0.31:215
chr13	52511606	rs2282057	G	A	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.490;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=61;ReadPosRankSum=-0.003;SC=CTGCAGCCACGCTCACTCTGA;SOR=0.935;SbPval=0.66;Source=Platypus;TCF=138;TR=102;WE=52511614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,114:0.33:341
chr13	52515354	rs1801249	A	G	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=-1.816;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,61:0.36:169
chr13	52520704	rs2296246	C	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.532;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=173;ReadPosRankSum=0.088;SC=CAGGGGGGCACTGGACACAAC;SOR=0.307;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=15;WE=52520712;WS=52520694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr13	52523808	rs732774	C	T	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.866;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=24;PP=863;ReadPosRankSum=-0.341;SC=AGGAAAGTATCTCTGAACAAC;SOR=0.548;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=208;TCF=138;TCR=70;TR=69;WE=52523816;WS=52523798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,73:0.33:222
chr13	52524488	rs1061472	T	C	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.631;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=403;ReadPosRankSum=0.227;SC=AGGGACCACCTTGACGATATC;SOR=0.298;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=104;TCF=36;TCR=68;TR=34;WE=52524496;WS=52524478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,40:0.35:113
chr13	52524560	rs9526811	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=128;ReadPosRankSum=0.027;SC=ACTTATCACTCACATGGCCAC;SOR=1.148;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=10;WE=52524568;WS=52524550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr13	52542796	rs2147363	T	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=95;ReadPosRankSum=1.693;SC=GGCCTCTAGGTTGACACAGTC;SOR=0.922;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=7;WE=52542804;WS=52542786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr13	52544805	rs1801244	C	G	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=62;PP=1366;ReadPosRankSum=0.109;SC=ACTTCCTGCACAGATGTAGGT;SOR=0.616;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=359;TCF=161;TCR=198;TR=114;WE=52544813;WS=52544795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,117:0.30:387
chr13	52544978	rs3742288	T	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=145;ReadPosRankSum=-0.918;SC=GAGGGTTCATTGTCCCGGCTC;SOR=0.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=12;WE=52544986;WS=52544968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr13	52548140	rs1801243	A	C	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=1.359;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,97:0.35:278
chr13	52585548	rs2277448	G	T	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.971;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=4.767;NF=35;NR=41;PP=768;ReadPosRankSum=0.519;SC=GAGGAGAGCGGGGTGTTAAAG;SOR=0.526;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=253;TCF=111;TCR=142;TR=76;WE=52585556;WS=52585538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,83:0.31:265
chr13	52585591	rs148013251	T	TCGGCG	1471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=4.380;NF=1;NR=30;PP=1499;ReadPosRankSum=1.051;SC=TGTGAGGGCATCGGCGCGGCT;SOR=0.906;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=103;TCF=5;TCR=98;TR=31;WE=52585599;WS=52585581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,43:0.36:119
chr13	52602919	rs3825528	A	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.582;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=257;ReadPosRankSum=-0.820;SC=CTTGGTATACATGAGAGAGGC;SOR=0.260;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=79;TCF=55;TCR=24;TR=23;WE=52602927;WS=52602909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,24:0.27:88
chr13	52603194	rs3742289	G	T	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.906;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=41;PP=899;ReadPosRankSum=-0.686;SC=GAAAAGCTGGGCCTTGCAGAT;SOR=0.956;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=225;TCF=103;TCR=122;TR=69;WE=52603202;WS=52603184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,75:0.30:249
chr13	52603775	rs3742291	C	T	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=33;PP=821;ReadPosRankSum=1.548;SC=AACTGTGGCACTGGAAGAAAT;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=117;TCR=96;TR=72;WE=52603783;WS=52603765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,84:0.36:235
chr13	52657287	rs9563091	A	G	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=4.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,27:0.38:72
chr13	52657677	.	A	AT	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=232;ReadPosRankSum=0.896;SC=GATATCCACCATTTTTTTTTT;SOR=0.576;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=19;WE=52657697;WS=52657667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr13	52657689	rs12585654	T	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=-0.536;QD=2.98;ReadPosRankSum=-2.025;SOR=0.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr13	52663491	rs9535861	A	G	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.718;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,36:0.29:126
chr13	52684801	rs71665641	TAC	T	699.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.451;NF=2;NR=16;PP=698;ReadPosRankSum=-1.595;SC=ATAGAAATTATACACACACAC;SOR=0.641;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=65;TCF=3;TCR=62;TR=18;WE=52684810;WS=52684791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,28:0.34:82
chr13	52701490	rs3076657	A	ACTT	8237.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=37;PP=2971;SC=AGAAATTTGAACTTAACTTTA;SOR=1.556;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=103;TCF=56;TCR=47;TR=86;WE=52701498;WS=52701480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr13	52701637	rs1886544	T	G	11543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=209;PP=2965;ReadPosRankSum=1.109;SC=ATGGGCTGAGTTTCCTGGAAT;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=405;TCF=195;TCR=210;TR=404;WE=52701645;WS=52701627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,447:1.00:449
chr13	52701782	rs1886543	T	C	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=38;PP=1170;SC=AATAACTTTCTTTGTGGCCAC;SOR=5.186;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=40;WE=52701790;WS=52701772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	52707240	rs3368	C	G	7163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=137;NR=102;PP=2965;SC=CTGAGTGAAGCCTCTCCTCAG;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=240;TCF=137;TCR=103;TR=239;WE=52707248;WS=52707230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr13	52707751	rs3831081	T	TCACA,TCACACA	1866.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15,15;NR=6,6;PP=549,76;ReadPosRankSum=-1.015;SC=CTAATTTAAATCACACACACA;SOR=1.981;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=21,21;WE=52707759;WS=52707741;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.18,0.80:45
chr13	52709742	rs2408611	G	A	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=357;SC=ACAATGTGACGTACTTAGTGC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=52709750;WS=52709740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	52709938	rs2296351	A	C	7586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=139;NR=128;PP=2965;SC=ACAAAGTGTCAGGGGTCTCTT;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=267;TCF=139;TCR=128;TR=267;WE=52709946;WS=52709928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr13	52710044	rs2296350	T	C	3478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=75;PP=2352;SC=AAAAAAGATTTTTCAGCATGT;SOR=1.629;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=40;TCR=75;TR=115;WE=52710066;WS=52710034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr13	52710058	rs2296349	T	G	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=57;PP=1715;SC=AGCATGTACTTTCCAGATCAT;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=85;WE=52710066;WS=52710034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr13	52717950	rs3783242	C	T	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=308;SC=GGAGTATCTCCGATAATCATT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=52717958;WS=52717940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	52718050	rs3837575	C	CT	2191.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=23;PP=1119;SC=AAAATTCTTACTTTTTTTCTT;SOR=1.046;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=38;WE=52718058;WS=52718040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr13	52952928	rs113543720	CA	C	1324.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.472;NF=4;NR=34;PP=728;ReadPosRankSum=-1.002;SC=TGGAAAGCTGCAAAAAAAAAC;SOR=0.914;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=38;WE=52952945;WS=52952918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,66:0.96:69
chr13	52971893	rs3803264	G	A	9654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr13	52989863	rs1056335	C	T	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=5;PP=1272;SC=TGTGAAGTTCCAATAAATTCT;SOR=4.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=50;WE=52989871;WS=52989853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr13	53009048	rs11148252	C	T	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr13	53009106	.	CTT	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=-0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr13	53010353	rs150816705	A	AACAC,AACACACAC	611.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=55.61;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,5,6:0.45,0.55:11
chr13	53029770	rs72440971	CGCGGTGGCGGTGGCGGTG	C	7044.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=59;PP=2990;SC=AGGTGAAGGCCGCGGTGGCGG;SOR=1.639;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=107;TCF=7;TCR=100;TR=64;WE=53029795;WS=53029760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr13	53030565	rs9536079	G	A	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=378;SC=AACCAGCTTTGGAAGTAAACT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=53030573;WS=53030555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	53035783	rs7337054	T	C	8095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=145;NR=141;PP=2965;SC=TCAGTAGAACTTCTGCCAATG;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=145;TCR=141;TR=286;WE=53035791;WS=53035773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr13	53035925	rs7335867	A	G	8910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=161;NR=137;PP=2965;SC=ATCTGAAGTTATAGCCAGGCC;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=298;TCF=161;TCR=137;TR=298;WE=53035933;WS=53035915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr13	53036398	rs3803262	A	G	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=4;PP=1096;SC=TATGCCATTAAAGTAAGATTA;SOR=3.657;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=44;WE=53036406;WS=53036388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	53233194	rs9536223	A	T	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=2;PP=104;SC=AGGTTTATTAACATACACTTA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=53233202;WS=53233184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	53240884	rs9316580	G	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=1;PP=306;SC=ATTATTTTGTGTAGGTTTTTT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=53240892;WS=53240874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	53254082	rs4539485	T	C	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=3;PP=360;SC=TGTTGATTAATTACTTCTGCC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=53254090;WS=53254072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	53254296	rs7986540	A	G	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=14;PP=461;SC=CCTTTGTAAGAATATAAACTT;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=53254304;WS=53254286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	53278067	rs3742297	T	C	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=295;SC=CTGTAAAGGGTTTGATCTTGT;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=14;WE=53278075;WS=53278057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	53287023	rs2147692	G	C	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=32;PP=1041;SC=AAAAACGATTGCATTTGAGCA;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=58;WE=53287031;WS=53287013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr13	53297962	rs61959657	G	A	393.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5048;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=266;ReadPosRankSum=-0.999;SC=TGCTCAGGAAGCTGAGACAGG;SOR=0.283;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=16;WE=53297970;WS=53297952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr13	53419765	rs5030686	G	A	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.416;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=774;ReadPosRankSum=0.670;SC=AGGCACCGTAGGGCTGCAGCA;SOR=0.238;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=43;WE=53419773;WS=53419755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,51:0.65:79
chr13	53420344	rs5030685	A	G	5620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.13;ReadPosRankSum=1.466;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,265:0.62:428
chr13	53420886	rs5030684	G	A	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=651;ReadPosRankSum=0.099;SC=TGCGCAGCGCGTAGATGGCTC;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=35;WE=53420894;WS=53420876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr13	53421473	rs9596693	T	C	3037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=57;PP=1775;ReadPosRankSum=-1.439;SC=AAGGGTGAGGTTGCCGGCGCG;SOR=0.695;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=105;TCR=94;TR=120;WE=53421481;WS=53421463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,135:0.62:219
chr13	53608479	rs2298230	G	A	1859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=1.553;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,88:0.51:173
chr13	53608632	rs2298231	C	T	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=42;PP=966;ReadPosRankSum=-1.094;SC=AAGAACTTTCCAAAGTAAGCA;SOR=0.640;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=36;TCR=60;TR=68;WE=53608640;WS=53608622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,71:0.70:101
chr13	53608757	rs2298232	T	C	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=34;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TATTCTATGGTGATTTTAGTA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=53608765;WS=53608747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr13	53617309	rs34067666	C	T	3053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=1.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.76;ReadPosRankSum=1.962;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,139:0.63:222
chr13	55748673	rs1572687	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.475;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr13	58299434	rs5803842	G	GA	311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.741;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,31:0.41:76
chr13	59103355	rs4886083	A	G	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=776;ReadPosRankSum=0.092;SC=GAATGAAGAAAGAATGAAGAT;SOR=0.702;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=171;TCF=78;TCR=93;TR=62;WE=59103363;WS=59103345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,65:0.36:182
chr13	60385060	rs10665848	A	ATTAC	2967.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=33;PP=1574;SC=ATTGCTTGCTAAAAAAATTTT;SOR=1.644;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=36;WE=60385068;WS=60385050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr13	60407054	rs341514	G	A	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=2;PP=48;SC=ACAGCTTAATGTTGGAAAGGC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=60407062;WS=60407044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	60485919	rs35579086	A	G	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.922;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=529;ReadPosRankSum=0.266;SC=TCACTCTTGAACTGAGACAAT;SOR=0.491;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=144;TCF=64;TCR=80;TR=51;WE=60485927;WS=60485909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,60:0.38:159
chr13	60566071	rs72626800	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=146;ReadPosRankSum=-0.980;SC=AAATAATAACATTCTTCTGAT;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=11;WE=60566079;WS=60566061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr13	60590299	rs2762134	C	T	2574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=1.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.14;ReadPosRankSum=-0.656;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,122:0.62:196
chr13	60737996	rs148097514	TCCGC	T	589.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=352;ReadPosRankSum=-2.008;SC=ACTCCCGGGGTCCGCCACCCA;SOR=1.426;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=9;WE=60738007;WS=60737986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr13	60971593	rs9538679	G	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=7.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=2.145;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr13	61041312	rs9538715	G	A	2969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-1.076;QD=13.69;ReadPosRankSum=1.278;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,137:0.63:217
chr13	61057808	rs9528147	A	C	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=613;ReadPosRankSum=-0.465;SC=CCTATTTCTTATAAGAATCTA;SOR=0.627;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=32;WE=61057816;WS=61057798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr13	61058724	rs7329723	G	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.832;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=297;ReadPosRankSum=0.505;SC=CACCCTCTCTGAAAGCCTTTT;SOR=2.124;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=17;WE=61058732;WS=61058714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr13	61084936	.	C	CT	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=6.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=1.065;SOR=0.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr13	61986918	rs3812872	C	A	7746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=173;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.214;SC=TCAGATAAACCACACCATCTA;SOR=0.768;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=524;TCF=260;TCR=264;TR=336;WE=61986926;WS=61986908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,352:0.63:555
chr13	61988107	rs4281600	T	G	7405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=105;NR=146;PP=2965;SC=ATGCTGGAGTTGGGGGAGGGA;SOR=1.153;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=105;TCR=146;TR=251;WE=61988115;WS=61988097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr13	61988153	rs3812873	C	G	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.889;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=69;PP=1668;ReadPosRankSum=-1.605;SC=AATAGGGGTCCGAGAGAGAAA;SOR=0.383;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=138;TCF=40;TCR=98;TR=100;WE=61988161;WS=61988143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,100:0.71:140
chr13	63745832	rs298898	G	A	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr13	70314807	rs7331253	A	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=260;ReadPosRankSum=-1.865;SC=ATGAAAAAAAATTAAAAATTG;SOR=0.929;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=13;WE=70314815;WS=70314797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr13	70535355	rs9592668	T	A	1383.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=11;PP=974;SC=GAATTTTTTTTAAAAAAGCGT;SOR=2.221;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=70535363;WS=70535345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr13	70549942	rs144583054	CCA	C	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=-1.185;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,10:0.18:56
chr13	70681302	rs376098942	G	T	3477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=48;PP=2104;ReadPosRankSum=0.246;SC=GAAATTGAGAGATGCTTGGAA;SOR=0.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=141;TCR=69;TR=146;WE=70681310;WS=70681292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,155:0.67:230
chr13	70681873	rs3751428	A	G	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.030;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=575;ReadPosRankSum=0.446;SC=CTCACGCAGGAGTAGGCTGGT;SOR=0.484;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=40;WE=70681881;WS=70681863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
chr13	72038653	rs915052	C	A	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=16;PP=752;SC=ATTTCATTAGCTCTTAAATAA;SOR=1.094;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=72038661;WS=72038643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr13	72440658	.	TGCCGCC	T	2263.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.44;MQRankSum=0.373;QD=24.08;ReadPosRankSum=1.073;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,91:0.97:94
chr13	73293249	.	C	CA	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.791;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr13	73301480	rs9652239	G	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.485;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=332;ReadPosRankSum=1.436;SC=ACGCAGCGGCGGAGACAACTC;SOR=1.688;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=19;WE=73301488;WS=73301470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr13	73301655	rs1465897	A	C	6642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr13	73301728	rs1465896	T	C	5147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=84;NR=87;PP=2200;SC=CCAGCACCGCTGCTACTCGCC;SOR=0.971;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=84;TCR=87;TR=171;WE=73301736;WS=73301718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr13	73301804	rs1465895	A	G	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.804;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=349;ReadPosRankSum=1.202;SC=CCTCTCTCCGAGGCAATCACA;SOR=0.287;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=24;WE=73301812;WS=73301794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr13	73302157	rs11350390	CT	C	13822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=174;PP=2965;SC=TAGGTACGCTCTTTGTGGTCC;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=57;TCR=184;TR=228;WE=73302165;WS=73302147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr13	73302481	rs4885034	G	A	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=68;PP=1992;SC=AGGTCTTGGCGAAAGGAGGAT;SOR=1.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=41;TCR=68;TR=109;WE=73302489;WS=73302471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr13	73309278	rs58536774	T	G	2537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=77;PP=1741;ReadPosRankSum=1.299;SC=CCCATCTATATAAAGCACCCT;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=461;TCF=216;TCR=245;TR=144;WE=73309286;WS=73309268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:346,151:0.30:497
chr13	73309347	rs9543106	C	T	4699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=113;PP=2965;SC=ATAGCACTTGCATACTGTTGT;SOR=1.911;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=45;TCR=113;TR=158;WE=73309355;WS=73309337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr13	73317585	rs9600019	C	T	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=5;PP=421;SC=AATAAGTTTCCACTTTCTTAA;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=73317593;WS=73317575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	73317847	rs34245891	C	CT	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.8584;FS=4.012;HP=13;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=174;ReadPosRankSum=-0.022;SC=AAATTGTTTCCTTTTTTTTTT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=15;WE=73317855;WS=73317837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
chr13	73329358	rs10887	G	A	12366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=219;NR=229;PP=2965;SC=TCCATAGAATGCCTCTGTCAG;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=448;TCF=219;TCR=229;TR=448;WE=73329366;WS=73329348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,477:1.00:477
chr13	73335383	rs9573028	G	T	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=9;PP=1178;SC=TGTATTTGGAGATCAGGATAA;SOR=2.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=55;WE=73335391;WS=73335373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	73343039	rs2196979	C	T	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr13	73350079	rs4883918	T	C	6728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=140;NR=98;PP=2965;SC=ATTTTCTTCATTGTCGCCATG;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=140;TCR=98;TR=238;WE=73350087;WS=73350069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr13	73366704	rs11148921	A	T	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.72;ReadPosRankSum=-0.831;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr13	73402075	rs9564921	C	T	3433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=65;PP=1922;SC=TTATTTCCCACGTAAATAGAT;SOR=1.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=51;TCR=65;TR=116;WE=73402083;WS=73402065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr13	73409622	rs2038846	C	G	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=274;SC=TTAGAGAAAACTTGTCATAAA;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=73409630;WS=73409612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	73505177	rs9564931	A	G	269.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=207;SC=TTGACTCTATATTTTTTCTGT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=73505185;WS=73505167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	73638124	rs374823139	TG	T	63.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr13	73638125	rs4885061	G	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr13	73650108	rs148760123	C	CA	2378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.73;SOR=3.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	73650112	rs9573097	C	A	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.28;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr13	74289799	rs6562780	A	T	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=599;ReadPosRankSum=-2.834;SC=TGCTACCACTATCTTGGGCAG;SOR=0.680;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=41;WE=74289807;WS=74289789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr13	74339104	rs3764134	G	T	8201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr13	74988714	rs1931954	C	T	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=617;ReadPosRankSum=1.147;SC=CCCACCCTGCCGCAGCAGCCA;SOR=0.622;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=142;TCF=82;TCR=60;TR=56;WE=74988722;WS=74988704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,59:0.39:150
chr13	74993000	rs953905	G	A	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.231;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=68;PP=1641;ReadPosRankSum=0.529;SC=GGGTTGGAATGCTCTATTTTT;SOR=0.959;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=200;TCF=93;TCR=107;TR=120;WE=74993008;WS=74992990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,128:0.61:209
chr13	75860804	rs534538	C	A	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=4;PP=641;SC=TGTGACTAGGCGCTCAGCACC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=75860812;WS=75860794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	75863315	rs7332292	G	C	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=402;ReadPosRankSum=1.068;SC=TGTTTATCTTGGTATATTTCA;SOR=0.779;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=139;TCF=49;TCR=90;TR=43;WE=75863323;WS=75863305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,46:0.30:152
chr13	75866284	rs9600455	G	A	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.40;ReadPosRankSum=0.188;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,45:0.60:75
chr13	75873787	rs2297207	G	A	3423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=61;PP=1980;SC=GCAATTCAGTGACCTCCAAGA;SOR=0.945;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=58;TCR=63;TR=119;WE=75873795;WS=75873777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr13	75876389	rs2297208	G	A	4992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=61;PP=2965;SC=CTAAATCCACGAGAATCGCAT;SOR=1.462;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=116;TCR=62;TR=177;WE=75876397;WS=75876379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr13	75880667	rs2297209	G	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=205;ReadPosRankSum=0.861;SC=AACTTTAGACGTTTGATTGTA;SOR=0.909;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=20;WE=75880675;WS=75880657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,26:0.32:81
chr13	75884216	rs1062087	C	T	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.465;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,57:0.30:188
chr13	75887127	rs2274757	T	C	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.91;ReadPosRankSum=1.134;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr13	75894015	rs2274758	T	C	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=156;ReadPosRankSum=-0.599;SC=TTCCCTACTATATAGCCCTCA;SOR=0.616;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=13;WE=75894023;WS=75894005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr13	75898596	rs2297210	C	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=208;ReadPosRankSum=0.384;SC=AATCTTCATTCACTATGAAAA;SOR=1.461;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=14;WE=75898604;WS=75898586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr13	75901749	rs2297206	G	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.013;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=276;ReadPosRankSum=-1.459;SC=AATCTTCTTAGTTAAAATAAT;SOR=0.132;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=17;WE=75901757;WS=75901739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr13	75936519	rs7983969	C	G	7248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=137;NR=105;PP=2965;SC=CGCGCTGCTCCCCTTGGATCT;SOR=0.792;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=244;TCF=138;TCR=106;TR=242;WE=75936527;WS=75936509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr13	76055397	rs9573565	C	T	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=21;PP=981;ReadPosRankSum=0.025;SC=CTCCGAGCCCCTGTCTTGCCT;SOR=0.871;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=57;WE=76055405;WS=76055387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,63:0.73:86
chr13	76055820	rs7327548	G	C	4938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=0.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.96;ReadPosRankSum=1.578;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,241:0.63:381
chr13	76101863	rs1408042	T	C	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=4;PP=252;SC=CTGGAGGACATTGTGCAAAGT;SOR=1.127;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=76101871;WS=76101853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	76102137	rs57959582	GCACA	G	293.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=36.72;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	76124151	rs8192738	C	T	8664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=145;NR=157;PP=2965;SC=CGCTCGGGACCTCGGAGTCTT;SOR=0.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=308;TCF=149;TCR=159;TR=302;WE=76124159;WS=76124141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr13	76135028	rs4884008	T	A	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=39;PP=1170;SC=GTAATTGTTATGTAAAATAGA;SOR=1.192;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=76135036;WS=76135018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr13	76140814	rs56945758	CT	C	722.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.365;NF=15;NR=11;PP=413;ReadPosRankSum=0.262;SC=ACACTGTTGACTTTTTTTTTT;SOR=1.167;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=26;WE=76140822;WS=76140804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,40:0.93:43
chr13	76169234	rs7330411	G	A	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=23;PP=597;SC=AAATTAACTGGTTGCCTATAA;SOR=1.802;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=33;WE=76169242;WS=76169224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	76210742	rs2224797	A	C	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=26;PP=1208;SC=CGCGGGGACAACCCCTCCCCT;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=68;WE=76210750;WS=76210732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr13	76287432	rs3837544	ATG	A	2438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=28;PP=1569;SC=AAGCAAAGATATGTGTGTGTG;SOR=1.033;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=76287441;WS=76287422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr13	76334818	rs7997101	C	T	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=289;ReadPosRankSum=-2.175;SC=TTTAACGTGCCAGTCACAAAG;SOR=0.745;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=30;WE=76334826;WS=76334808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,39:0.33:119
chr13	76335196	rs10594987	GAT	G	1742.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.280;NF=1;NR=27;PP=1268;ReadPosRankSum=-0.367;SC=CAGTTTGTTAGATATATATAT;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=28;WE=76335205;WS=76335186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr13	76369746	rs668008	C	T	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=52;SC=TATGGTTAGGCTGTTCAGCTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=76369754;WS=76369736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	76370755	rs11351364	AT	A	3084.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.897;HP=13;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.992;NF=33;NR=73;PP=1099;ReadPosRankSum=-0.389;SC=TTGTTCATGGATTTTTTTTTT;SOR=1.035;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=129;TCF=34;TCR=95;TR=106;WE=76370765;WS=76370745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:33,197:0.86:230
chr13	76378459	rs625033	T	C	8265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=162;NR=122;PP=2965;SC=AATTTACATTTAAGATGCAGG;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=163;TCR=122;TR=284;WE=76378467;WS=76378449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr13	76378737	rs2274062	A	T	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=54;PP=1395;SC=TAGGATGTTAAATGTGGTAAA;SOR=4.514;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=58;WE=76378745;WS=76378727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	76381679	rs182908547	T	C	7976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=1.003;SC=CTGAAACACATACCAAAATTG;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=494;TCF=255;TCR=239;TR=336;WE=76381687;WS=76381661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,356:0.68:526
chr13	76395278	rs7334674	G	A	1999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=3.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.39;ReadPosRankSum=0.555;SOR=0.444;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,94:0.68:139
chr13	76395620	rs9593132	C	T	4227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.961;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=93;PP=2630;ReadPosRankSum=0.564;SC=GGAATCAACTCGTGTTTCAGC;SOR=0.575;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=135;TCR=145;TR=180;WE=76395628;WS=76395610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,194:0.63:308
chr13	76397593	rs4885352	T	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=204;ReadPosRankSum=-0.533;SC=TATGTTACTGTGGGAGGTATG;SOR=1.483;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=11;WE=76397601;WS=76397589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr13	76397731	rs4884021	G	A	3038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.124;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=46;PP=1744;ReadPosRankSum=1.707;SC=TAATGGAGATGTTGAAGACAT;SOR=1.089;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=171;TCF=105;TCR=66;TR=127;WE=76397739;WS=76397721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,139:0.74:188
chr13	76398089	rs7982790	A	C	317.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=144;ReadPosRankSum=0.810;SC=TCAAATGTCAAACCTCTAGGT;SOR=0.610;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=11;WE=76398097;WS=76398079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr13	76410725	rs2273996	A	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=182;ReadPosRankSum=0.328;SC=TAAAAGGTTAACACGCAGATC;SOR=0.551;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=11;WE=76410733;WS=76410715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr13	76419421	rs3832886	AT	A	668.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=580;ReadPosRankSum=-0.601;SC=AAAGGAGGTTATTTAATGAGA;SOR=0.743;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=18;WE=76419429;WS=76419411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr13	76423248	rs7986131	T	C	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.66;ReadPosRankSum=1.551;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,55:0.62:89
chr13	76429619	rs4885354	C	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=208;ReadPosRankSum=-2.185;SC=TGTATTCGTCCATCTGTGCTG;SOR=0.385;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=13;WE=76429627;WS=76429609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr13	76445155	rs9544057	G	C	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.46;ReadPosRankSum=0.507;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,89:0.62:144
chr13	76447950	rs368139753	CTTTTTTTTTTT	C	380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.61;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr13	77522725	rs67524409	GACTT	G	15917.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=152;PP=2972;SC=CATTTTATGTGACTTACTTAA;SOR=0.774;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=198;TCF=37;TCR=161;TR=183;WE=77522736;WS=77522715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr13	77522925	rs588702	T	C	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=58;PP=1716;SC=GGGAATGAATTATGACAAGTT;SOR=3.290;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=10;TCR=58;TR=68;WE=77522933;WS=77522915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr13	77527707	rs9530614	A	G	7405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=144;NR=99;PP=2965;SC=TATTCACACTATCACTGGTTG;SOR=0.945;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=244;TCF=144;TCR=100;TR=243;WE=77527715;WS=77527697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr13	77531652	rs7995462	G	A	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.411;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,87:0.28:306
chr13	77565972	rs654196	A	G	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=26;PP=1147;ReadPosRankSum=-1.266;SC=GGACAGGTCAATTCATAAAAG;SOR=0.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=48;TCR=27;TR=72;WE=77565980;WS=77565962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,83:0.98:85
chr13	77569901	rs605153	G	A	3085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=24;PP=1822;SC=GGATATGACAGTAGCAGCATG;SOR=1.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=74;TCR=24;TR=98;WE=77569909;WS=77569891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr13	77574518	rs58575113	TA	T	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=1.921;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr13	77589725	rs599115	A	C	4990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=102;PP=2965;SC=ACTGAAAAGCAAAAAAAATAA;SOR=1.597;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=55;TCR=102;TR=157;WE=77589733;WS=77589715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr13	77633642	rs41287040	G	A	2816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=3.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.48;ReadPosRankSum=0.978;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,133:0.73:182
chr13	77635721	rs56274460	T	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=115;ReadPosRankSum=-1.041;SC=TTCCCCCTACTACACAAAGCC;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=9;WE=77635729;WS=77635711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr13	77644862	.	G	GA	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.353;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=1.152;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,16:0.20:81
chr13	77725106	rs9574006	C	A	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=698;ReadPosRankSum=0.220;SC=ATTATAGAAACCAAATACCAT;SOR=0.694;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=156;TCF=62;TCR=94;TR=54;WE=77725114;WS=77725096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,63:0.37:172
chr13	77732333	rs3861128	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.034;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
chr13	77739291	rs9318468	A	T	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.89;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr13	77739294	rs9788363	C	T	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.04;ReadPosRankSum=-0.472;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,40:0.62:64
chr13	77740709	rs3742103	T	C	5307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.395;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=133;PP=2770;ReadPosRankSum=-1.068;SC=ACAGGCAAAGTGACATGAATA;SOR=1.078;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=310;TCF=135;TCR=175;TR=223;WE=77740730;WS=77740699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,247:0.72:344
chr13	77745548	rs73241420	C	A	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=698;ReadPosRankSum=0.473;SC=TAATAGAAGGCTCCTCTTCAA;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=41;WE=77745556;WS=77745538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr13	77745583	rs73241423	A	C	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=18;PP=1023;ReadPosRankSum=0.308;SC=AATTTAGTGAATAAAGAATCT;SOR=1.017;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=123;TCF=86;TCR=37;TR=70;WE=77745591;WS=77745573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,76:0.58:130
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chr13	77792099	rs374242789	TA	T	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=1.902;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,28:0.31:91
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chr13	77834735	rs73223428	A	G	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=848;ReadPosRankSum=-1.303;SC=TAGCTTTAAAAAAGAAATTAG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=28;TCR=58;TR=49;WE=77834743;WS=77834725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,55:0.60:92
chr13	77835520	rs11436373	T	TA,TAA	2078.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.08;ReadPosRankSum=1.098;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:16,29,70:0.25,0.61:115
chr13	77836133	rs11149063	T	C	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.39;ReadPosRankSum=0.966;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr13	77842164	rs148527512	GTACAATAA	G	820.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.642;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.356;NF=0;NR=10;PP=2383;ReadPosRankSum=-1.653;SC=GGTTTTTGAGGTACAATAATA;SOR=0.082;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=10;WE=77842179;WS=77842154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr13	78137932	rs58662011	A	AT	412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.195;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,41:0.39:104
chr13	78142653	rs11325667	GA	G	286.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=167;SC=GACTTTTGCAGAAAAAAAAGA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=78142661;WS=78142643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	78146301	rs678047	C	T	6178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=104;NR=106;PP=2965;SC=ACAATGCCTCCTCGAGCACAG;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=104;TCR=106;TR=210;WE=78146309;WS=78146291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr13	78163243	rs41288252	C	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.282;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,8:0.17:48
chr13	78163474	rs17774740	A	C	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.83;ReadPosRankSum=1.323;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,78:0.60:131
chr13	78165635	rs147154057	TG	T	616.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=395;ReadPosRankSum=1.348;SC=ACTGTAGTAATGATAAAGTAT;SOR=0.787;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=7;WE=78165645;WS=78165625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr13	78165637	rs115680772	A	T	624.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.01;ReadPosRankSum=1.367;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr13	78177082	rs7490669	T	A	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=162;SC=TTTTTATACTTAAAGCCAATT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=78177090;WS=78177072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	78178451	rs6563011	C	T	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=12;PP=1524;SC=TAGTGCTATACTTTAACATCA;SOR=2.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=58;TCR=12;TR=70;WE=78178459;WS=78178441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr13	78183087	rs9593240	A	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.063;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=94;ReadPosRankSum=-0.124;SC=TTATCTCAAAACTCAGTAGTA;SOR=0.293;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=7;WE=78183095;WS=78183079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr13	78183167	rs912293	G	C	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=8;PP=757;SC=TTTTATTTATGATGTTTTTTG;SOR=1.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=78183175;WS=78183157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	78191824	rs4142585	G	T	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=34;PP=1421;SC=TAATGTACTTGGGTCAGAAAG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=78;WE=78191832;WS=78191814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr13	78192207	rs9574090	T	C	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.642;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=58;PP=1025;ReadPosRankSum=-2.167;SC=TAAATGACCTTGACTATCTTG;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=130;TCF=46;TCR=84;TR=86;WE=78192215;WS=78192197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,89:0.65:137
chr13	78211386	rs72078326	CAT	C	743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=333;ReadPosRankSum=-0.345;SC=CACACACACACATATATATAT;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=11;WE=78211395;WS=78211376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr13	78216873	rs1053985	A	G	3447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr13	78272267	rs201380414	T	TGG	3056.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=9;PP=960;SC=CGCCCCCCGCTGGCCTGCAGC;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=78272284;WS=78272257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr13	78272276	rs71102772	G	GC	3011.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=9;PP=861;SC=CTGGCCTGCAGCCTTTGGGTC;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=22;WE=78272284;WS=78272257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr13	78317054	rs372604248	CT	C	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=1.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.935;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,38:0.27:141
chr13	78475313	rs5351	T	C	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr13	78477674	rs5348	A	G	4123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=74;PP=2446;SC=TGATTCCCACAGAGGCTTTCT;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=69;TCR=75;TR=143;WE=78477682;WS=78477664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr13	79176483	rs371388366	CTGG	C	661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=8.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=0.419;SOR=0.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:301,39:0.11:340
chr13	79194750	rs35712557	TGA	T	4032.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.802;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.818;NF=13;NR=46;PP=2528;ReadPosRankSum=0.799;SC=ACATTCTGGATGAGAGAGAAA;SOR=0.814;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=110;TCF=22;TCR=88;TR=59;WE=79194759;WS=79194740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,118:0.61:195
chr13	79209382	rs9805409	A	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.31;ReadPosRankSum=0.190;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
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chr13	79894736	rs3187338	C	T	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=17;PP=624;ReadPosRankSum=0.914;SC=CTAGCATATGCAGATCAATGA;SOR=0.739;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=46;WE=79894744;WS=79894726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,50:0.50:101
chr13	79894877	rs71696319	CA	C,CAA	748.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=4.515;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.52;ReadPosRankSum=0.442;SOR=1.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,47,13:0.72,0.20:65
chr13	79915389	rs7981067	G	T	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=680;ReadPosRankSum=0.351;SC=AATATTTTAGGTGACAGTAAT;SOR=0.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=38;WE=79915397;WS=79915379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr13	79916792	rs374223990	T	TA	1944.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=22;PP=1398;SC=ACAATGAAATTAAATACCTGA;SOR=0.949;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=34;WE=79916800;WS=79916782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr13	79916973	rs3742118	A	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.923;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=-0.292;SC=ACATCTGCCAAATTTTTAAAA;SOR=0.976;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=8;WE=79916981;WS=79916963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr13	79918323	rs2274555	T	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=-1.662;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr13	79927157	rs11341470	CA	C	638.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=625;ReadPosRankSum=-0.645;SC=AAATGGAAACCAAAAGGTAGG;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=18;WE=79927165;WS=79927147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr13	79928477	rs9574411	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.835;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.431;NF=7;NR=0;PP=82;ReadPosRankSum=0.642;SC=TCATATTTCTATGTAAAATAT;SOR=2.891;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=7;WE=79928485;WS=79928467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,8:0.20:41
chr13	79929183	rs9530900	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=333;ReadPosRankSum=0.200;SC=AATTATGAGAGAACAGGTTAG;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=16;WE=79929191;WS=79929181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr13	79929326	rs9530901	G	A	4175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=72;PP=2370;ReadPosRankSum=-1.341;SC=TAAGAAATGCGCGTACTTTTA;SOR=0.824;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=273;TCF=157;TCR=116;TR=176;WE=79929334;WS=79929316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,193:0.65:297
chr13	79932617	rs7994560	A	G	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=19;PP=506;SC=TCCTGACCCTAACCAAATACA;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=29;WE=79932625;WS=79932607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	79939606	rs7319252	C	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=4.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.647;SOR=2.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,8:0.16:51
chr13	79939921	rs11279869	TAAGAGA	T	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=523;ReadPosRankSum=-0.239;SC=TTAATATTGATAAGAGAAAAA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=12;WE=79939934;WS=79939911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr13	79940150	rs3831152	CTG	C	1915.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.262;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.036;NF=15;NR=16;PP=1337;ReadPosRankSum=0.780;SC=TCATCTAAAACTGTGTTACAT;SOR=1.113;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=31;WE=79940159;WS=79940140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,51:0.66:77
chr13	79940811	rs7327603	T	C	1869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.64;ReadPosRankSum=1.865;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,80:0.75:106
chr13	79943166	rs10710579	TA	T	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.85;ReadPosRankSum=-0.747;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr13	79943233	.	A	AC	285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=221;ReadPosRankSum=1.402;SC=AAAATTTTAAATTTTGCATAA;SOR=0.155;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=19;WE=79943241;WS=79943223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr13	79946071	rs369797909	TA	T	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=4.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.001;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.136;SOR=0.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr13	79946104	rs9545093	A	G	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.555;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=491;ReadPosRankSum=1.360;SC=AAGTTTAGTAATTATTCCACT;SOR=0.264;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=29;WE=79946112;WS=79946094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr13	79946163	rs7325232	G	C	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=15;PP=558;SC=TGCCTGTAATGCCAGCACTTT;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=79946171;WS=79946153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	80095030	rs11549502	C	T	2719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=1.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.11;ReadPosRankSum=-0.008;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,124:0.69:180
chr13	80910786	rs4728	C	A	2848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.12;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr13	80910786	.	CCTTTCT	ACTTTCG,ACTTTCT	746	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=31,40;NR=18,24;PP=746,50;QD=16.3156709156;SC=GACTATCCCACCTTTCTATTA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=49,64;WE=80910800;WS=80910776;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.77:64
chr13	80910792	rs700397	T	G	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.98;ReadPosRankSum=-0.188;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,60:0.81:74
chr13	80910851	rs11911	A	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=1.123;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,18:0.20:88
chr13	80911525	rs504122	G	A	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=40;PP=1134;ReadPosRankSum=-1.103;SC=CTGGACAGAGGGGCTCGTGCA;SOR=0.632;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=307;TCF=178;TCR=129;TR=93;WE=80911533;WS=80911515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,102:0.31:331
chr13	83597934	rs2639486	A	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=4.320;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=89;ReadPosRankSum=0.447;SC=ACTGTGAACTAATTGAAGTAA;SOR=1.506;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=6;WE=83597942;WS=83597924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr13	83598060	rs2807479	C	T	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=112;SC=CCCTGACTTACCCAGAACAAC;SOR=3.056;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=83598068;WS=83598050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	86369120	rs3825413	C	T	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.841;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=40;PP=879;ReadPosRankSum=0.657;SC=TCTGGGTTAGCAAATCAAGAT;SOR=0.534;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=243;TCF=113;TCR=130;TR=82;WE=86369128;WS=86369110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,95:0.36:264
chr13	87045827	rs9513670	T	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.328;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=245;ReadPosRankSum=-0.992;SC=AATCTAGAGCTAAAGAATTCC;SOR=0.982;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=20;WE=87045835;WS=87045817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
chr13	88270840	rs4036976	CTGT	C	5928.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=45.26;SOR=1.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr13	88270860	rs956960	A	G	6645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;QD=40.77;SOR=1.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr13	92408505	rs3783054	T	G	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=439;ReadPosRankSum=0.678;SC=TGGCCTTTATTGTGGATGTTT;SOR=0.598;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=24;WE=92408513;WS=92408495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr13	92560425	rs1854735	G	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.647;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=-0.696;SC=CTAAAATATTGTAACACACTT;SOR=2.437;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=7;WE=92560433;WS=92560415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr13	93142312	rs2149060	T	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.024;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=412;ReadPosRankSum=-0.197;SC=TTGTGCATTTTAAAAAATTTA;SOR=0.340;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=27;WE=93142320;WS=93142302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr13	93142362	rs722178	C	T	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=607;ReadPosRankSum=0.597;SC=CATTGTTTCCCGAAAACTCCA;SOR=0.922;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=44;WE=93142370;WS=93142352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,55:0.62:89
chr13	94482884	.	A	C	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=1.440;QD=10.46;ReadPosRankSum=-0.251;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr13	94938785	rs1409174	A	G	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=404;ReadPosRankSum=-0.490;SC=TACAGGTGCAATAACCTAAAA;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=26;WE=94938793;WS=94938775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr13	95090692	rs1540979	T	A	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=6;PP=547;SC=TAGCAGTCCTTTTGCATGGGG;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=95090700;WS=95090682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	95096505	rs7339198	G	A	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=2;PP=352;SC=CAAGTATTCCGAAATCTGAAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=95096513;WS=95096495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	95097956	rs755684	C	T	7580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=123;NR=137;PP=2965;SC=AGTAGAGCCTCCCAGGCTCAT;SOR=0.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=123;TCR=137;TR=260;WE=95097964;WS=95097946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr13	95227138	rs201674028	AAAG	A	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=2.012;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,11:0.17:64
chr13	95230877	rs16949940	G	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=1.589;SOR=0.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr13	95243270	rs9301979	G	A	14701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,568:1.00:568
chr13	95254382	rs9556404	A	G	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=1.450;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr13	95273447	rs12429818	G	A	3130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=3.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.73;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,143:0.63:228
chr13	95275387	rs200277432	T	C	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=18;PP=995;ReadPosRankSum=-0.996;SC=TTGGGAACAGTTTGAAGATAT;SOR=0.902;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=90;TCF=61;TCR=29;TR=59;WE=95275395;WS=95275377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,63:0.66:95
chr13	95275576	rs4296139	C	G	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,54:0.38:141
chr13	95363884	rs9556411	G	C	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	95364337	rs2253604	T	G	9547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.570;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=182;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.705;SC=GCCCGCCGCCTCCCGGGCCCT;SOR=0.637;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=328;TCF=146;TCR=182;TR=327;WE=95364345;WS=95364327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,363:1.00:364
chr13	95673939	rs9524765	A	G	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.487;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=89;PP=2665;ReadPosRankSum=1.144;SC=AAGTATACCTAGAAAAAAAAA;SOR=1.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=43;TCR=95;TR=129;WE=95673948;WS=95673928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,114:0.95:120
chr13	95714976	rs1751034	C	T	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=28;PP=1891;SC=TGATTGACATCTTCTTCCTTA;SOR=1.469;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=62;TCR=28;TR=89;WE=95714984;WS=95714966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr13	95715147	rs201160973	AAAAAG	A	34.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=3.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=-0.668;QD=0.30;ReadPosRankSum=0.192;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,22:0.19:117
chr13	95715148	rs202097426	AAAAG	A	863.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.873;QD=7.45;ReadPosRankSum=1.384;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,67:0.58:116
chr13	95726541	rs1189466	A	G	16549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=310;NR=301;PP=2965;ReadPosRankSum=1.580;SC=GACGGACGGCAAACCAGCGGG;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=615;TCF=311;TCR=304;TR=611;WE=95726549;WS=95726531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,644:1.00:646
chr13	95727780	rs1678339	T	C	4084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=76;PP=2603;SC=GAGAAGATGATAAGTGGGAAA;SOR=0.959;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=63;TCR=76;TR=139;WE=95727788;WS=95727770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr13	95735604	rs1189437	G	T	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=50;PP=1550;SC=AAAAATACTTGCATGAGTTGT;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=78;WE=95735612;WS=95735594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr13	95748442	.	G	GA	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.749;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,35:0.25:142
chr13	95815834	rs11568650	A	G	2990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=51;PP=1777;ReadPosRankSum=-1.054;SC=ATTTTGGAGTATTTCATACAT;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=138;TCR=91;TR=130;WE=95815842;WS=95815824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,139:0.56:249
chr13	95829843	rs2296653	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.570;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=336;ReadPosRankSum=1.297;SC=GCAGGGGACAGTGTGGGGAGG;SOR=1.852;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=14;WE=95829851;WS=95829833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr13	95829870	rs1751005	T	C	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=440;ReadPosRankSum=-0.913;SC=GACACCAGAGTAGGATGAGCT;SOR=1.574;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=20;WE=95829878;WS=95829860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr13	95847020	rs2274403	A	G	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.481;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=30;PP=1264;ReadPosRankSum=-1.136;SC=GTAACACCTCAAAATTCTCTA;SOR=1.061;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=173;TCF=114;TCR=59;TR=99;WE=95847028;WS=95847010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,109:0.58:188
chr13	95861804	rs899494	A	G	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.731;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=45;PP=1193;ReadPosRankSum=-0.722;SC=CAGTCACTGCAATCGCCTGCA;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=54;TCR=66;TR=82;WE=95861812;WS=95861794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,89:0.70:127
chr13	95861981	rs1678403	C	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.842;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=170;ReadPosRankSum=-0.328;SC=TGGGTTTACACCTGCTAAAGC;SOR=0.086;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=12;WE=95861989;WS=95861971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr13	95862860	rs3046400	AGAGT	A	1727.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.061;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.302;NF=10;NR=14;PP=1046;ReadPosRankSum=1.161;SC=CAGTGTGAACAGAGTGAGCCC;SOR=0.307;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=24;WE=95862871;WS=95862850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,45:0.65:69
chr13	95862896	rs899496	A	G	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.441;QD=13.75;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,60:0.60:100
chr13	95863143	rs899497	A	G	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.10;ReadPosRankSum=-0.287;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,58:0.69:84
chr13	95899354	rs4148437	A	G	2580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=55;PP=1381;ReadPosRankSum=0.161;SC=CAGAACCTACAATGAGGAAAA;SOR=0.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=72;TCR=83;TR=101;WE=95899362;WS=95899344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,120:0.65:184
chr13	95900071	rs9556466	C	T	3497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=1.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.51;ReadPosRankSum=-1.421;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,154:0.64:241
chr13	95900172	rs56389126	G	GCACACACACA	653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.09;ReadPosRankSum=1.397;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr13	95921534	rs3047283	TACA	T	2319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=1006;ReadPosRankSum=1.949;SC=ATACAGAGCCTACAACCTGTC;SOR=0.725;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=8;TCR=57;TR=26;WE=95921544;WS=95921524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,63:0.40:159
chr13	95921687	rs200078196	AAATATATAT	A	75.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=1201;ReadPosRankSum=0.180;SC=CTCAAAAAAAAAATATATATA;SOR=0.223;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=95921703;WS=95921677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr13	95953405	rs61974974	G	A	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.17;ReadPosRankSum=0.174;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,45:0.78:58
chr13	96230279	rs1325774	T	G	3866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.450;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=76;PP=2187;ReadPosRankSum=-0.028;SC=AAGAGCTCGCTGGCAAGCTGC;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=259;TCF=135;TCR=124;TR=160;WE=96230287;WS=96230269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,181:0.64:283
chr13	96239805	rs11070136	G	A	3860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=57;PP=2236;ReadPosRankSum=0.658;SC=GCGGGCTTGGGAGAATCATCA;SOR=0.796;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=231;TCF=140;TCR=91;TR=153;WE=96239813;WS=96239795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,173:0.68:256
chr13	96258410	rs7319952	A	G	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.282;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=41;PP=892;ReadPosRankSum=0.539;SC=ACTAGTCAAGATACATACAGA;SOR=0.350;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=99;TCF=39;TCR=60;TR=71;WE=96258418;WS=96258400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,80:0.71:113
chr13	96270202	rs17268561	A	T	3467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.080;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=51;PP=1876;ReadPosRankSum=-1.083;SC=GAGCATCTGGAGGAACGAGGG;SOR=0.379;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=185;TCF=121;TCR=64;TR=139;WE=96270210;WS=96270192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,156:0.76:205
chr13	96293523	rs61975171	A	C	2463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=6.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.92;ReadPosRankSum=2.687;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,107:0.60:177
chr13	96361680	rs3087341	A	G	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.411;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=46;PP=1001;ReadPosRankSum=-1.090;SC=TAAAATAAACATTATTTCATG;SOR=1.176;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=92;TCF=25;TCR=67;TR=61;WE=96361688;WS=96361670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,71:0.70:101
chr13	96410115	rs3087339	C	T	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.15;ReadPosRankSum=0.228;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,82:0.65:126
chr13	96412228	rs148748936	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.270;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=182;ReadPosRankSum=-0.110;SC=TAAAAAATACGTGGAATGCAA;SOR=1.032;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=16;WE=96412236;WS=96412218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr13	96485417	rs3099359	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=174;ReadPosRankSum=-1.667;SC=GCAGAGTCCTACTAAGTACTG;SOR=0.389;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=13;WE=96485425;WS=96485407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr13	96505738	rs142586515	C	T	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.254;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=24;PP=1255;ReadPosRankSum=-0.768;SC=TTTATGAGCACGGAGTTGGAA;SOR=1.047;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=132;TCF=88;TCR=44;TR=80;WE=96505746;WS=96505728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,87:0.61:143
chr13	96505952	rs3099360	T	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.866;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
chr13	96513187	rs34859372	T	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.753;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=216;ReadPosRankSum=0.641;SC=TATGGAAACATTGTATGCCTA;SOR=0.296;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=22;WE=96513195;WS=96513177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,25:0.27:91
chr13	96529725	rs4773930	A	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.430;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr13	96540141	rs9525075	T	C	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.02;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	96540141	.	TTT	CTC	1473	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=25;NR=18;PP=1473;QD=35.4992529038;SC=TTCACTCAGATTTACCTTTCT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=43;WE=96540151;WS=96540131;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
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chr13	96578189	rs7985727	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=23;ReadPosRankSum=0.054;SC=ATGCAAGTACGTATATATACA;SOR=0.148;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=5;WE=96578197;WS=96578179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr13	96579462	rs9525086	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.015;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
chr13	96638636	rs816142	A	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,26:0.31:85
chr13	96641695	rs555120	T	G	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr13	98087096	rs3803251	T	C	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=34;PP=902;SC=GTCCCGGGGCTGGAACTCCCC;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=66;WE=98087104;WS=98087086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	98629334	rs9517155	G	C	4657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=1.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.17;ReadPosRankSum=-0.362;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,216:0.75:288
chr13	98632349	rs555647	A	G	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.345;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=484;ReadPosRankSum=0.499;SC=GCCACAACTGATAACATTCAC;SOR=0.023;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=28;WE=98632357;WS=98632339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr13	98634572	rs11620106	T	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=281;ReadPosRankSum=0.256;SC=AGGAACTTGATAAGTAACCCT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=13;WE=98634580;WS=98634564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr13	98637917	rs11366582	CT	C	1067.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=6.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.83;ReadPosRankSum=1.309;SOR=1.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr13	98637931	rs60936969	T	A	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.57;ReadPosRankSum=0.611;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr13	98640204	.	A	AT	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.392;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr13	98640318	rs592246	C	T	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.61;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,65:0.65:100
chr13	98640386	rs588144	A	G	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=342;ReadPosRankSum=-2.089;SC=GGTCTTTGTGACAATATAACC;SOR=0.569;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=27;WE=98640394;WS=98640376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr13	98645580	rs56411106	G	A	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=36;PP=911;ReadPosRankSum=0.885;SC=AGAATATAATGAATATCCTTT;SOR=0.395;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=42;WE=98645588;WS=98645570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,45:0.76:59
chr13	98650024	rs651241	G	T	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=600;ReadPosRankSum=-0.690;SC=TGTGTCACATGTTATAAGTAG;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=31;WE=98650032;WS=98650014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr13	98658358	rs633161	G	A	2753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.244;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=29;PP=1898;ReadPosRankSum=-1.647;SC=TTTCCTTTGAGGTAATAATTT;SOR=0.509;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=125;TCR=46;TR=109;WE=98658366;WS=98658348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,115:0.66:175
chr13	98658610	.	ATTTTTTTTTTT	A	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=-0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.589;QD=14.08;ReadPosRankSum=1.221;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr13	98666549	rs6491395	T	C	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.916;NF=11;NR=27;PP=477;ReadPosRankSum=-1.041;SC=AAAAAAAATTTGAGACAGGGT;SOR=0.487;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=38;WE=98666557;WS=98666539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,46:0.70:66
chr13	98670641	rs528546	G	C	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.068;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=534;ReadPosRankSum=0.459;SC=TTGCCTGTATGAGGAATATCA;SOR=0.303;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=27;WE=98670649;WS=98670636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr13	98829176	rs628778	T	C	12963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=228;NR=251;PP=2965;SC=CCATGTCCTCTGGCCCCACAG;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=480;TCF=229;TCR=251;TR=479;WE=98829184;WS=98829166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr13	98860660	rs285108	A	G	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	98860749	.	A	C	67	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=58;MMLQ=17;MQ=58.02;NF=1;NR=3;PP=67;QD=25.4428031368;SC=AAAAAAAAGCAGTTCTCAGAT;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=98860757;WS=98860739;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	99017533	rs587377	G	A	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=3;PP=195;SC=AATGGAACAGGCGGCCTCATA;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=99017541;WS=99017526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	99042158	rs9582224	G	A	1983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=0.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.186;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:295,125:0.30:420
chr13	99061556	rs5806061	C	CT	5139.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=1.263;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;MQRankSum=0.234;QD=21.24;ReadPosRankSum=1.195;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,232:0.96:242
chr13	99064244	rs11556829	T	C	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.198;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,79:0.30:264
chr13	99076965	rs7984394	A	G	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=611;ReadPosRankSum=-1.175;SC=CGGGGCTGCCATGGGCATAGG;SOR=0.885;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=40;WE=99076973;WS=99076955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,44:0.73:60
chr13	99090040	rs35861926	T	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=5.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-2.912;SOR=1.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,18:0.26:70
chr13	99090166	rs59023150	TG	T	1773.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=969;SC=CCCTGATTCTTGGCACTCATC;SOR=1.312;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=99090176;WS=99090156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	99090168	rs1969794	G	T	558.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.702;NF=9;NR=12;PP=284;ReadPosRankSum=-0.591;SC=CTGATTCTTGGCACTCATCAG;SOR=0.407;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=21;WE=99090176;WS=99090156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr13	99093094	rs2146998	T	C	5058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=104;PP=2659;SC=AGTGGAGGTATGCAGGGGCAG;SOR=1.037;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=81;TCR=104;TR=184;WE=99093102;WS=99093084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr13	99098318	rs2274053	C	T	4288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=84;NR=56;PP=2405;SC=GGCAGGTGCCCGCTGTGCTTC;SOR=0.853;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=84;TCR=56;TR=140;WE=99098326;WS=99098308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
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chr13	99100547	rs12261	T	C	2512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=4.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.51;ReadPosRankSum=1.002;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,114:0.70:162
chr13	99105395	rs8481	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=-1.424;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr13	99109319	rs2031237	C	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.78;ReadPosRankSum=0.573;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr13	99112468	rs112280830	T	TGCCTGAC	8554.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=34;PP=2969;SC=CGCAAGGTGGTGCTGACAGCC;SOR=2.057;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=111;TCF=74;TCR=37;TR=98;WE=99112476;WS=99112458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr13	99112680	rs4771305	C	T	9868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=135;NR=219;PP=2965;SC=AAGGCCTCTTCGGGATGTCTT;SOR=1.323;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=355;TCF=135;TCR=220;TR=354;WE=99112688;WS=99112670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr13	99112754	rs4772083	TT	GC	4369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=61;PP=2947;SC=TGGCAATAATTTAATAAACCT;SOR=2.977;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=17;TCR=62;TR=77;WE=99112763;WS=99112744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr13	99115838	rs56325686	TA	T	1316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.992;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,103:0.66:157
chr13	99115927	rs2296149	A	G	10356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=210;NR=199;PP=2965;SC=TGCTTGGGTCACTCAGGGGCC;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=411;TCF=212;TCR=199;TR=409;WE=99115935;WS=99115917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr13	99127252	rs9513430	C	G	2012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=56;PP=1414;ReadPosRankSum=-1.010;SC=AAAGCCAAGGCGGCCCTGGGC;SOR=0.714;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=335;TCF=169;TCR=166;TR=110;WE=99127260;WS=99127242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,116:0.32:366
chr13	99338238	.	C	CA	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.444;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr13	99354931	rs1768042	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=1.652;SC=CTCTGGAGGCCGGGCACAGTA;SOR=0.473;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=8;WE=99354939;WS=99354921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr13	99356612	rs1339067	A	G	2321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=1.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.62;ReadPosRankSum=-1.182;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,111:0.60:184
chr13	99361959	rs2297319	G	A	3101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=47;PP=1882;ReadPosRankSum=-1.739;SC=TCTCAAAGACGACTCTGATCC;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=112;TCR=73;TR=120;WE=99361967;WS=99361949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,135:0.66:204
chr13	99363919	rs6145194	GGTTTT	G	399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.260;NF=3;NR=2;PP=182;ReadPosRankSum=-0.495;SC=AATTGCTTTTGGTTTTGTTTT;SOR=0.330;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=5;WE=99363931;WS=99363909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr13	99404743	rs4646208	T	A	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=16;PP=1010;SC=GTCGCCCCGCTTCCCGCCGCC;SOR=1.649;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=55;WE=99404751;WS=99404733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr13	99404761	rs4646207	C	T	3081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=20;PP=1544;SC=GCCGCGTACCCTTCGCGCCTC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=78;TCF=55;TCR=23;TR=74;WE=99404769;WS=99404751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr13	99447005	rs812808	T	C	3790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=59;PP=1691;SC=GGGCAGATCTTGAGGACAGAA;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=69;TCR=59;TR=128;WE=99447013;WS=99446995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr13	99449579	rs1289314	T	C	8849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=162;NR=134;PP=2965;SC=CAGCATCTCCTTCCCGAATGA;SOR=0.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=298;TCF=163;TCR=135;TR=296;WE=99449587;WS=99449569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr13	99449755	rs1289315	G	A	4665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=98;PP=2732;SC=TAGACAAAGAGCAAAGATTTT;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=55;TCR=98;TR=153;WE=99449763;WS=99449745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr13	99505632	rs9513497	C	T	4290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=39;PP=2578;SC=CTGAAACGAGCAAAACAGAAA;SOR=1.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=101;TCR=39;TR=140;WE=99505640;WS=99505622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr13	99532622	rs6491460	G	A	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=9;PP=676;SC=GAACACAGTGGTGTTTTGCAG;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=99532630;WS=99532612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	99534048	rs6491461	G	A	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=20;PP=1095;SC=TTTCTTAAATGTAATGTTCAG;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=52;WE=99534056;WS=99534038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr13	99536031	rs9517474	G	A	5513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=113;NR=71;PP=2965;SC=TTTGTCACAGGGCAGCAACTG;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=113;TCR=71;TR=184;WE=99536039;WS=99536021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr13	99536215	rs2296996	C	T	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.64;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr13	99536220	rs2296997	A	G	2921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.65;SOR=1.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	99537202	rs2274641	C	A	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=20;PP=1247;SC=ATTGGGATGACCCAATCTTAA;SOR=1.409;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=66;WE=99537210;WS=99537192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr13	99537217	rs2274642	G	T	2683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr13	99538711	rs6491465	C	G	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=18;PP=1652;SC=CTTGAATTTTCCTTTACCAGG;SOR=2.133;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=75;WE=99538719;WS=99538701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr13	99538935	rs6491466	C	G	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=76;PP=2212;SC=AGAAATTAAACTTGGATATAT;SOR=1.335;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=48;TCR=76;TR=124;WE=99538943;WS=99538925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr13	99540395	rs1928104	A	G	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=2;PP=763;SC=GTGAACATATATTAAAAAAAA;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=99540403;WS=99540385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	99540500	rs2274643	A	G	4359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=96;NR=45;PP=2587;SC=ACAAAACAGAATAAGAAAAAA;SOR=1.424;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=143;TCF=96;TCR=47;TR=141;WE=99540508;WS=99540490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr13	99555187	rs35240640	AT	A	2798.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.711;NF=38;NR=52;PP=1516;ReadPosRankSum=0.529;SC=ACCTCTGCCTATTTTTTTTTT;SOR=0.708;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=113;TCF=46;TCR=67;TR=90;WE=99555196;WS=99555177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:14,149:0.91:163
chr13	99574524	rs7983462	C	T	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=39;PP=980;SC=TTTACTGAAGCACCCATTGAC;SOR=1.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=64;WE=99574532;WS=99574514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr13	99575775	rs7989935	C	T	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=26;PP=809;SC=CATCTATGCCCTTGCTTTTCA;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=99575783;WS=99575765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	99578265	rs7318788	T	C	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=23;PP=666;SC=GGCATACCCATAGAAACATCA;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=99578273;WS=99578255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	99853443	rs7338947	T	G	4644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=76;PP=2804;SC=CCCCAGGTGCTCTGCCCAGGA;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=87;TCR=76;TR=163;WE=99853451;WS=99853433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr13	99890849	.	G	GT	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.833;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,38:0.28:135
chr13	99970429	rs56695114	CT	C	2508.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.696;HP=11;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.218;NF=5;NR=68;PP=1441;ReadPosRankSum=1.703;SC=TCTCACCATTCTTTTTTTTTG;SOR=1.423;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=6;TCR=85;TR=73;WE=99970437;WS=99970419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr13	99992487	rs1927725	T	C	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=16;PP=1141;SC=CCGTGTGCAGTGTCTGGAGGC;SOR=1.823;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=56;WE=99992495;WS=99992477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	100170081	rs142214854	ATCTTTTTTTTAATGTT	A	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	100199224	rs3751373	C	T	4934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr13	100515161	rs10648017	A	AGACTT	3454.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=22;PP=2243;SC=CTCAGGTCAAAGACTTAAATA;SOR=1.288;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=37;WE=100515169;WS=100515151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr13	100517409	rs7317032	G	A	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=47;PP=1043;ReadPosRankSum=0.879;SC=ACGAGCAATAGAAAGCCTGTT;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=58;TCR=110;TR=72;WE=100517417;WS=100517399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,73:0.43:171
chr13	100518400	rs2390354	T	A	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=287;SC=CCAGGGAGGTTTAGATATCTG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=100518408;WS=100518396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	100518580	rs3783185	A	G	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr13	100523386	rs3742254	T	C	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=30;PP=692;SC=GAAACAAATATGTTGTGTGAA;SOR=3.442;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=35;WE=100523394;WS=100523376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	100537221	rs912283	T	C	10767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=221;NR=154;PP=2965;SC=ACTTGTGTCCTTCTATTCAGG;SOR=1.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=376;TCF=221;TCR=155;TR=375;WE=100537240;WS=100537211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr13	100537232	rs912284	T	C	11994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=242;NR=178;PP=2965;SC=TCTATTCAGGTAGGTCGGTAT;SOR=0.974;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=420;TCF=242;TCR=178;TR=420;WE=100537240;WS=100537211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr13	100537376	rs912285	G	A	4961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=117;PP=2965;SC=GAGGCCTGGCGCCTCCCCACA;SOR=2.001;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=50;TCR=119;TR=167;WE=100537384;WS=100537366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr13	100921056	rs4306370	A	G	3272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=61;PP=1752;SC=CCTAAGAAACATTTATAAAGC;SOR=1.170;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=50;TCR=61;TR=111;WE=100921064;WS=100921046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr13	100921082	rs138661480	TTTCATTCATTCA	T	1336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.926;NF=2;NR=18;PP=2987;ReadPosRankSum=0.761;SC=CTTTTATGCATTTCATTCATT;SOR=0.922;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=20;WE=100921101;WS=100921072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr13	100945533	rs9300598	G	A	6636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=127;PP=2965;SC=TTGAAATTCTGTGAAGGCTAT;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=107;TCR=127;TR=234;WE=100945541;WS=100945523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr13	100945603	rs8002928	A	G	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.822;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,28:0.22:129
chr13	101020695	rs9518061	A	G	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=79;NR=38;PP=1979;SC=ATATAAAATTATTAACTCTTT;SOR=1.416;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=80;TCR=39;TR=117;WE=101020703;WS=101020685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr13	101264623	rs72661053	C	T	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.035;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,28:0.28:101
chr13	101264633	rs1572641	C	T	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=-1.454;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,39:0.31:124
chr13	101266751	.	T	TA	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,35:0.29:120
chr13	101278174	.	C	T	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=449;ReadPosRankSum=-2.005;SC=ACCAAGCTGACCATTAAATGC;SOR=0.708;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=31;WE=101278182;WS=101278164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr13	101286924	rs1890861	T	C	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.823;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=220;ReadPosRankSum=-0.151;SC=AAACCATACATAACAAAGAAA;SOR=0.191;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=13;WE=101286932;WS=101286914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr13	101287365	rs946838	T	C	3902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=109;PP=2106;ReadPosRankSum=-0.846;SC=GGACACGCTCTGCGACCACGA;SOR=0.520;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=232;TCF=85;TCR=147;TR=177;WE=101287373;WS=101287355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,181:0.77:236
chr13	101287404	rs2297943	G	A	2148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=66;PP=1559;ReadPosRankSum=0.842;SC=GGTTACTCGCGGGGAGAAATG;SOR=0.668;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=121;TCF=31;TCR=90;TR=90;WE=101287412;WS=101287394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,88:0.74:119
chr13	101288688	rs9518119	G	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=147;ReadPosRankSum=-0.514;SC=GTCCTTAGACGTGACTTCCAC;SOR=1.112;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=10;WE=101288696;WS=101288684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr13	101288992	rs3803256	C	T	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.590;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,78:0.30:263
chr13	101289969	rs3809372	C	T	4286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=1.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.333;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,198:0.70:281
chr13	101289998	rs7985718	C	A	3286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.08;ReadPosRankSum=1.726;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,157:0.72:218
chr13	101308836	.	AC	A	197	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=53.27;NF=1;NR=5;PP=197;QD=41.0051499783;SC=TCACTCTGCCACCCAGGCTGG;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=6;WE=101308844;WS=101308826;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,6:0.67:9
chr13	101316313	rs1298168	C	T	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=7;PP=683;SC=GCCACGCTGGCCTTCTCTGCA;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=101316321;WS=101316303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	101321067	rs2791680	T	C	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=31;PP=776;SC=AAAACAACACTGTATAAATAT;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=101321075;WS=101321057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	101712026	.	C	CT	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.4999;HP=12;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=25;QD=10.3333333333;SC=TTTCCGTTGCCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=101712034;WS=101712016;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr13	101712426	rs2274085	G	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=0.073;SC=CCTGCATGACGGGTGACCTCT;SOR=3.516;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=9;WE=101712434;WS=101712416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr13	101720300	rs1289556	T	G	2416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=68;PP=1508;ReadPosRankSum=0.356;SC=TGTTCCATATTATTTGAAAGT;SOR=0.666;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=410;TCF=193;TCR=217;TR=131;WE=101720308;WS=101720290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,142:0.32:441
chr13	101721029	rs11616341	T	C	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=479;ReadPosRankSum=0.645;SC=TAAAAAGTATTCAACTAACAT;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=57;TCR=19;TR=31;WE=101721037;WS=101721019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,31:0.37:83
chr13	101727043	.	CAG	C	1058.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=6.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=3.889;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.581;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,49:0.37:133
chr13	101727071	rs112963196	CAG	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=-1.837;SOR=0.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,10:0.14:70
chr13	101735026	rs12430032	T	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=160;ReadPosRankSum=0.515;SC=ACCGCTTAAGTAGGAAATATC;SOR=0.927;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=13;WE=101735034;WS=101735016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr13	101735211	rs17677552	G	A	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.034;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=33;PP=979;ReadPosRankSum=-0.252;SC=CCAAAGGTACGGTCACCGGGT;SOR=0.599;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=209;TCF=123;TCR=86;TR=78;WE=101735219;WS=101735201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,90:0.38:237
chr13	101736075	rs686141	A	G	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=-1.008;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,27:0.28:96
chr13	101753023	rs113145864	C	CTG	717.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=-0.548;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,23:0.25:93
chr13	101753025	rs57703343	GT	G	3564.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=22;PP=2116;SC=TTGACCTCCAGTTTCAAGTAA;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=48;WE=101753033;WS=101753013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr13	101755480	rs9300647	G	T	4198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=50;PP=2773;SC=TGCATTAGAGGTGGACTACTG;SOR=1.491;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=100;TCR=50;TR=150;WE=101755488;WS=101755470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr13	101755813	rs7331375	C	A	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=27;PP=732;SC=TTGTACGTGCCATCTGTTAAC;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=101755821;WS=101755803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	101769546	rs658424	T	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=253;ReadPosRankSum=0.979;SC=AGAACTTCATTGTAGGCAGAA;SOR=1.994;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=19;WE=101769554;WS=101769536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr13	101795160	rs660622	C	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=99;ReadPosRankSum=-0.377;SC=TATTCCGCACCTGAGAAAATG;SOR=1.230;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=8;WE=101795168;WS=101795150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr13	101795317	rs673213	A	C	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.848;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=466;ReadPosRankSum=0.751;SC=AAATCATTTTATTTTCATTAT;SOR=0.416;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=92;TCF=65;TCR=27;TR=34;WE=101795325;WS=101795307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,36:0.36:101
chr13	101795422	rs661585	A	G	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=704;ReadPosRankSum=-0.060;SC=TCGAAACAGCAGATCTTACTT;SOR=0.794;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=207;TCF=120;TCR=87;TR=64;WE=101795430;WS=101795412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,69:0.31:225
chr13	101833673	rs186415992	G	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.645;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=289;ReadPosRankSum=3.281;SC=CAGAGGTCACGGATAAGAGAG;SOR=0.521;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=99;TCF=49;TCR=50;TR=32;WE=101833681;WS=101833663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,36:0.33:109
chr13	101844246	rs5806198	G	GA	1676.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.749;NF=24;NR=20;PP=687;ReadPosRankSum=-0.717;SC=AGATATAATTGAAAAAAAAAT;SOR=0.633;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=44;WE=101844254;WS=101844236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,94:0.64:148
chr13	101844479	rs979680	T	C	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=43;PP=1240;ReadPosRankSum=0.759;SC=CATGTGATGTTTGAAGACTTT;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=40;TCR=65;TR=69;WE=101844487;WS=101844469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,82:0.67:122
chr13	101890040	rs9518352	A	G	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=94;SC=TGTTAAAATAATGTGACAGGT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=101890048;WS=101890030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr13	102106464	rs2297701	C	T	4130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.689;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=95;PP=2381;ReadPosRankSum=-0.497;SC=AAGAGGGCGGCGCTGTCTCCT;SOR=0.834;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=235;TCF=108;TCR=127;TR=172;WE=102106472;WS=102106454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,187:0.72:260
chr13	102344867	rs981073	A	G	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=244;ReadPosRankSum=-0.545;SC=TAGTGTGCTCACCTCCTTGAA;SOR=0.551;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=20;WE=102344875;WS=102344857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr13	102366742	rs2281990	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=266;ReadPosRankSum=1.386;SC=GAGATGGAAACCTTTAGTTAT;SOR=1.047;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=72;TCF=57;TCR=15;TR=20;WE=102366750;WS=102366732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,21:0.26:81
chr13	102368056	rs1436266	G	T	3685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=81;PP=2299;SC=CATTAGAACAGATAAATGCGA;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=47;TCR=81;TR=128;WE=102368064;WS=102368046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr13	102620137	rs11069471	T	C	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=219;ReadPosRankSum=0.641;SC=TTAACCTCTATTGAATCCTCT;SOR=0.839;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=21;WE=102620145;WS=102620127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,26:0.33:78
chr13	102698415	rs7337292	A	G	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=2.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.862;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,91:0.34:267
chr13	102698459	rs667685	G	A	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=2.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.460;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,80:0.35:226
chr13	103257064	rs35697719	CAT	C	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=418;ReadPosRankSum=-0.309;SC=TATACACACACATATATATGT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=10;WE=103257073;WS=103257060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr13	103271206	rs4576935	G	A	2714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=54;PP=1292;ReadPosRankSum=-0.797;SC=GGTAAACTTCGTGTATTTTAT;SOR=0.639;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=164;TCF=76;TCR=88;TR=106;WE=103271214;WS=103271196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,125:0.68:185
chr13	103275386	rs2230854	T	C	3818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.011;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=89;PP=2008;ReadPosRankSum=1.158;SC=TTGTGACCAGTGGAGGTATCC;SOR=0.829;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=270;TCF=130;TCR=140;TR=167;WE=103275394;WS=103275376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,179:0.62:291
chr13	103275495	rs17507043	C	T	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.372;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=35;PP=815;ReadPosRankSum=-0.616;SC=AGCTAGAGATCGTAGCTAAAG;SOR=1.465;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=66;TCF=14;TCR=52;TR=43;WE=103275503;WS=103275485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,46:0.65:71
chr13	103282279	rs660832	A	C	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.011;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=753;ReadPosRankSum=2.240;SC=AGTAAAATGTATGGTACATAG;SOR=1.347;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=42;WE=103282287;WS=103282269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,46:0.67:69
chr13	103282299	rs660811	C	G	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.359;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=15;PP=741;ReadPosRankSum=1.561;SC=GTAGACTTTCCTTGTTTCCTT;SOR=1.197;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=55;WE=103282307;WS=103282289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,59:0.63:93
chr13	103289338	rs2274463	C	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=317;ReadPosRankSum=-0.465;SC=CCAACCAAACCAAGTCGCTAA;SOR=2.256;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=18;WE=103289346;WS=103289328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr13	103290535	rs613926	G	C	5433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=1.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.14;ReadPosRankSum=-2.387;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,252:0.70:359
chr13	103290574	rs614290	G	A	7263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FS=0.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.04;ReadPosRankSum=1.456;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,338:0.70:483
chr13	103292810	rs634293	G	A	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=1.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.84;ReadPosRankSum=-1.231;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,112:0.62:182
chr13	103295485	rs3831118	A	AT	1713.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=6;PP=1519;ReadPosRankSum=-0.077;SC=CATGGGAATTATCCCTAAGTG;SOR=0.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=52;TCR=10;TR=38;WE=103295493;WS=103295475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,54:0.68:80
chr13	103295551	rs144831383	CTTCT	C	6097.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.180;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.469;NF=27;NR=50;PP=2976;ReadPosRankSum=0.753;SC=TAAAGCTTTGCTTCTTTCTTT;SOR=0.816;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=133;TCF=48;TCR=85;TR=77;WE=103295562;WS=103295541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,152:0.70:216
chr13	103296819	rs35462812	C	CAT	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.969;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=261;ReadPosRankSum=1.278;SC=AGTTTGAAAACAGAATTGCTC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=7;WE=103296827;WS=103296809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr13	103297435	rs10713633	CT	C	1871.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=1.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.793;QD=9.55;ReadPosRankSum=2.037;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,129:0.66:196
chr13	103301537	rs664660	G	T	2020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=48;PP=1240;ReadPosRankSum=-2.280;SC=ACTGCCCATCGTATACACTGT;SOR=0.633;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=125;TCF=57;TCR=68;TR=82;WE=103301545;WS=103301527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,92:0.63:145
chr13	103301619	rs3215841	G	GT	805.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.005;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=798;ReadPosRankSum=0.224;SC=TTTGGCTGAAGTATTTCTTCC;SOR=0.574;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=20;WE=103301627;WS=103301609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr13	103307218	rs673424	C	T	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.93;ReadPosRankSum=-1.300;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr13	103307322	rs677248	A	G	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.75;ReadPosRankSum=-1.190;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,76:0.66:115
chr13	103307360	rs677179	G	A	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=5.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.82;ReadPosRankSum=-1.525;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,97:0.65:149
chr13	103307483	rs672129	G	A	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=1.443;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,79:0.53:148
chr13	103315948	rs9585959	G	C	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=341;ReadPosRankSum=-1.418;SC=AAGACAAATAGTCTTTTTAAA;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=18;WE=103315956;WS=103315938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
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chr13	103328579	rs665479	G	T	257.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.6715;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=161;ReadPosRankSum=-0.646;SC=TTAATTTTATGGTTAAAGCTA;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=103328587;WS=103328569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr13	103328619	rs584710	C	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=242;ReadPosRankSum=1.826;SC=ATTTTATAAACAAGCTTTATC;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=16;WE=103328627;WS=103328609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr13	103330718	rs3806	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=366;ReadPosRankSum=2.916;SC=TAGTGAATGGGTATAAAAACA;SOR=1.071;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=26;WE=103330726;WS=103330708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr13	103339365	rs660207	A	G	6420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.43;ReadPosRankSum=0.683;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,288:0.69:416
chr13	103346659	rs7981120	G	A	1751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.07;ReadPosRankSum=-0.959;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,80:0.73:109
chr13	103346806	rs2390760	C	G	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=4.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.72;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,65:0.57:115
chr13	103383417	rs9554897	T	C	2316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.405;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=50;PP=1504;ReadPosRankSum=0.221;SC=CCTTTTTCTTTTACTGAGTGG;SOR=0.650;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=324;TCF=187;TCR=137;TR=114;WE=103383425;WS=103383407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,125:0.35:354
chr13	103384824	rs9300756	G	A	1759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.269;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=29;PP=960;ReadPosRankSum=0.583;SC=TGATCTTTACGTTTGGGAGAA;SOR=0.761;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=112;TCF=63;TCR=49;TR=69;WE=103384832;WS=103384814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,78:0.61:127
chr13	103385015	rs6491707	A	G	11515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=218;NR=186;PP=2965;SC=CTTTAGAGATAGAAGATGCGG;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=404;TCF=218;TCR=186;TR=404;WE=103385023;WS=103385005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr13	103385299	rs7335290	A	C	4397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=60;PP=2601;SC=ACTTCGGAAGAAATTCCAGAA;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=77;TCR=60;TR=137;WE=103385307;WS=103385289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr13	103385798	rs7983175	T	C	8508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=147;NR=135;PP=2965;SC=TCCTTTTGAATTTGCAGGGGT;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=282;TCF=147;TCR=135;TR=282;WE=103385806;WS=103385788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr13	103386116	rs7982465	C	G	9287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=158;NR=150;PP=2965;SC=TTCTTCTGACCTGACTCGTGA;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=309;TCF=158;TCR=151;TR=308;WE=103386124;WS=103386106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr13	103386283	rs7982670	A	G	8953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=161;NR=156;PP=2965;SC=TTGAGGGTACATGGAGAGTTC;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=318;TCF=162;TCR=156;TR=317;WE=103386291;WS=103386273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr13	103388015	rs17507841	C	G	5965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.321;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=2.205;SC=TTTCTCTTCTCCCTGTGCTGT;SOR=0.838;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=371;TCF=199;TCR=172;TR=250;WE=103388023;WS=103388005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,264:0.68:388
chr13	103388220	rs9300758	A	G	5699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=93;PP=2965;SC=AATGAAGCAGATTTCCTCGGA;SOR=0.882;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=91;TCR=93;TR=184;WE=103388228;WS=103388210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr13	103388880	rs17592459	T	C	7468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.862;SC=AGATGTGGCATAAAGCTTCTT;SOR=0.769;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=491;TCF=253;TCR=238;TR=330;WE=103388888;WS=103388870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,332:0.67:499
chr13	103390086	rs117481050	C	T	8803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=677;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=192;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=1.422;SC=CTATCACCCTCACTGGGCACC;SOR=0.669;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=621;TCF=318;TCR=303;TR=378;WE=103390094;WS=103390076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,409:0.61:675
chr13	103390386	rs74471135	C	A	13818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1002;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=323;NR=282;PP=2962;ReadPosRankSum=0.358;SC=TCTTGTCCTGCACCTCTTCTG;SOR=0.783;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=971;TCF=508;TCR=463;TR=605;WE=103390394;WS=103390376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:376,622:0.62:998
chr13	103391605	rs17592480	T	C	2701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=49;PP=1780;ReadPosRankSum=1.524;SC=ATTTCTTTCCTTTCAAAGTGA;SOR=0.656;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=168;TCF=95;TCR=73;TR=110;WE=103391613;WS=103391595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,118:0.63:186
chr13	103391634	rs7322112	C	T	2853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.888;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=51;PP=1800;ReadPosRankSum=-1.250;SC=AGGCCCATTACATCTTTCACA;SOR=0.817;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=173;TCF=96;TCR=77;TR=118;WE=103391642;WS=103391624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,127:0.66:192
chr13	103392127	rs74435572	T	A	3174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.089;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=55;PP=1958;ReadPosRankSum=-1.546;SC=CAATTGTTTCTTTATTCAATT;SOR=0.512;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=203;TCF=118;TCR=85;TR=126;WE=103392135;WS=103392117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,139:0.62:224
chr13	103392709	rs79592880	A	T	6129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.635;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=1.272;SC=TGCTTAGCTGATCTGCAGAAA;SOR=0.951;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=392;TCF=227;TCR=165;TR=260;WE=103392717;WS=103392699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,275:0.66:416
chr13	103394003	rs1449707	G	A	6109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=1.434;SC=CTCCTGGCAAGTCTTCTGTTG;SOR=0.658;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=377;TCF=194;TCR=183;TR=247;WE=103394011;WS=103393993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,278:0.67:416
chr13	103394613	rs9585986	T	G	4091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.466;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=98;PP=2424;ReadPosRankSum=2.383;SC=TGGGAAACTGTTATTCTTTTT;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=250;TCF=104;TCR=146;TR=166;WE=103394621;WS=103394603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,184:0.66:280
chr13	103394716	rs9585987	T	C	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=1043;ReadPosRankSum=-2.087;SC=GAGAAATAGATGTGTAGGGAT;SOR=0.817;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=140;TCF=71;TCR=69;TR=82;WE=103394724;WS=103394706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,93:0.60:156
chr13	103395819	rs1375720	C	T	4150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=79;PP=2771;SC=GTAAACTGCCCACTGATTTTA;SOR=1.088;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=55;TCR=79;TR=134;WE=103395827;WS=103395809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr13	103396716	rs6491708	C	G	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=50;PP=1714;ReadPosRankSum=-0.214;SC=GCAGTTTTCTCAGAAATAGAA;SOR=0.608;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=134;TCF=67;TCR=67;TR=98;WE=103396724;WS=103396706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,105:0.71:147
chr13	103397583	rs9582626	C	G	5596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.762;SC=TTTAACAATGCCTCCTGTTTC;SOR=0.620;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=364;TCF=184;TCR=180;TR=236;WE=103397591;WS=103397573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,251:0.65:389
chr13	103397890	rs75285783	G	A	12291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=878;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=247;NR=283;PP=2962;ReadPosRankSum=0.207;SC=TATTGAGCATGTATGAAATTG;SOR=0.725;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=825;TCF=383;TCR=442;TR=530;WE=103397898;WS=103397880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,560:0.64:875
chr13	103397937	rs9300759	T	G	3917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=634;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.648;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.337;SC=CATTTGGGATTCACTAAAGTT;SOR=0.916;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=595;TCF=265;TCR=330;TR=201;WE=103397945;WS=103397927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:428,206:0.32:634
chr13	103399837	rs58265842	C	A	3275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=49;PP=1821;ReadPosRankSum=-0.812;SC=TAATTTCCTGCCTTTTAAAAT;SOR=0.642;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=105;TCR=69;TR=124;WE=103399845;WS=103399827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,143:0.73:197
chr13	103400033	rs17592564	A	G	8800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.340;SC=TGGCATTGTAAGTGGATTCTT;SOR=0.623;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=550;TCF=296;TCR=254;TR=365;WE=103400041;WS=103400023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,393:0.66:593
chr13	103400729	rs12583104	G	A	4854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.966;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=0.165;SC=TTTGCTTCCTGGGGAAATGAG;SOR=0.586;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=299;TCF=177;TCR=122;TR=198;WE=103400737;WS=103400719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,215:0.66:324
chr13	103402522	rs9300760	C	T	5309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.852;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.517;SC=GGCTTAGACACGTTTCCTCTA;SOR=0.564;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=346;TCF=185;TCR=161;TR=222;WE=103402530;WS=103402512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,243:0.65:375
chr13	103402772	rs9284197	T	C	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=280;ReadPosRankSum=-0.186;SC=CAAATGAATATTAGAATATAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=12;WE=103402780;WS=103402762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr13	103410710	rs9585989	A	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=236;ReadPosRankSum=-0.271;SC=ATAGAACACAACCAACCTATT;SOR=1.765;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=14;WE=103410718;WS=103410700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr13	103418728	rs8054	A	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=161;ReadPosRankSum=-1.059;SC=CTGTATGTGTACTCAAGATAA;SOR=0.657;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=13;WE=103418736;WS=103418718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr13	103420671	rs5806323	T	TA	940.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=569;ReadPosRankSum=-2.572;SC=TCTAGAAAAATAAAAAAATCA;SOR=0.653;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=13;WE=103420688;WS=103420661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,31:0.29:106
chr13	103420680	rs1470654	C	A	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.620;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,30:0.28:107
chr13	103445609	rs11441956	G	GT	1368.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=10;PP=771;SC=CCCTGATAGTGTATAATTTGT;SOR=1.040;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=17;WE=103445617;WS=103445599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	103449049	.	AATATAT	A	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=67.64;QD=35.75;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	103449202	rs1047740	T	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.612;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,25:0.30:82
chr13	103468958	rs7320687	G	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.844;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=431;ReadPosRankSum=-0.616;SC=ATATATGTTGGCAATAACGTA;SOR=0.234;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=34;WE=103468966;WS=103468948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,39:0.75:52
chr13	103473497	rs9557936	T	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=242;ReadPosRankSum=0.824;SC=GTATGTCAATTTATCAGTACC;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=21;WE=103473505;WS=103473487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr13	103474031	rs2148449	C	T	4127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=101;NR=53;PP=2499;SC=AACATTGAGACAGGCTGTATT;SOR=1.369;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=102;TCR=54;TR=154;WE=103474039;WS=103474021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr13	103474553	.	GCA	G	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=1.053;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,6:0.13:47
chr13	103484060	rs2181676	G	A	5498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=116;PP=2965;SC=AAGCATTGACGTGTTTTAGAA;SOR=1.399;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=71;TCR=116;TR=187;WE=103484068;WS=103484050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr13	103484124	rs2146992	A	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=299;ReadPosRankSum=1.232;SC=TCACGCCTGTAATCCTAGCAC;SOR=0.148;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=19;WE=103484132;WS=103484114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr13	103491172	rs2281886	G	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=5.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=-1.878;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,20:0.20:98
chr13	103491223	rs7337774	C	G	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=23;PP=635;SC=TAAGGACACACGGCTGTCTTT;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=103491231;WS=103491213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	103491876	rs4771435	A	G	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.680;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=18;PP=1249;ReadPosRankSum=-0.174;SC=AATTAGTACAATTAATTTCCC;SOR=1.066;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=113;TCF=82;TCR=31;TR=72;WE=103491894;WS=103491866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,82:0.66:125
chr13	103504517	rs1047768	T	C	4412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=93;PP=2384;ReadPosRankSum=-2.116;SC=GGGATCGCCATGGGAACTCAA;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=323;TCF=169;TCR=154;TR=196;WE=103504525;WS=103504507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,208:0.61:341
chr13	103506509	rs1535729	A	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=6;PP=595;SC=AGCCCCGCCAAGGTTCCTTCC;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=103506517;WS=103506499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	103510896	rs3736865	C	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=485;ReadPosRankSum=0.926;SC=AGCATTTCTACATCTCAGATT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=24;WE=103510904;WS=103510886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr13	103511301	rs4150299	T	C	3233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.014;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=59;PP=1999;ReadPosRankSum=-0.977;SC=TGCCATTGGCTCTCCACATTC;SOR=0.946;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=259;TCF=145;TCR=114;TR=142;WE=103511309;WS=103511291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,155:0.56:278
chr13	103511428	rs3918332	G	A	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=457;ReadPosRankSum=0.324;SC=GCTAGCAAATGTGTCTCCTGA;SOR=0.471;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=115;TCF=38;TCR=77;TR=39;WE=103511436;WS=103511418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,40:0.33:121
chr13	103514091	rs7982448	T	C	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.02;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr13	103518769	rs6491716	T	C	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=32;PP=977;SC=TACCACCTTCTTCAGACCCCT;SOR=1.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=53;WE=103518777;WS=103518759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr13	103524762	rs4150360	C	T	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=46;PP=1146;ReadPosRankSum=-0.396;SC=TCCTTTGCTTCTTAAAAGAGA;SOR=0.638;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=33;TCR=63;TR=70;WE=103524770;WS=103524752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,76:0.73:104
chr13	103527849	rs9514066	G	C	7353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=148;PP=2965;SC=TAAGGCAAAAGGAAAAACCCA;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=264;TCF=116;TCR=148;TR=264;WE=103527857;WS=103527839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr13	103527930	rs9514067	G	C	5094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=80;NR=97;PP=2658;SC=AGATTCTAAAGGAAAGAATAC;SOR=1.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=80;TCR=97;TR=177;WE=103527938;WS=103527920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr13	103528002	rs17655	G	C	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.090;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=591;ReadPosRankSum=0.266;SC=TTCAAGTGAAGATGCTGAAAG;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=152;TCF=85;TCR=67;TR=46;WE=103528010;WS=103527992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,51:0.29:175
chr13	103698363	rs2301157	A	G	1844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=7;PP=1382;ReadPosRankSum=0.546;SC=ATGAATTCCAATGAAATTCCA;SOR=0.707;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=91;TCF=80;TCR=11;TR=63;WE=103698371;WS=103698353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,67:0.70:96
chr13	103698630	rs279940	C	T	7206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=163;PP=2965;SC=AATACACAGACAGTTAAGTAA;SOR=1.583;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=89;TCR=163;TR=252;WE=103698638;WS=103698620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr13	103703579	rs8000956	T	C	2532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.89;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,107:0.71:150
chr13	103705044	rs188096	A	C	11823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=221;NR=204;PP=2965;SC=ACAACGAGAGAAACCAGAGAT;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=425;TCF=221;TCR=204;TR=425;WE=103705052;WS=103705034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr13	106119446	rs2391191	G	A	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=734;ReadPosRankSum=0.668;SC=GGTTTTCAAAGGAGCATTCTT;SOR=0.837;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=54;WE=106119454;WS=106119436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,59:0.60:99
chr13	106142235	rs778294	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=1.121;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,29:0.22:133
chr13	107145463	rs7995379	G	C	9270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=179;NR=134;PP=2965;SC=GCCCGTAGTCGCCGCTGACCT;SOR=0.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=313;TCF=179;TCR=134;TR=313;WE=107145471;WS=107145453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr13	107165255	rs9520090	C	G	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	107209378	rs9587157	T	C	3062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.71;ReadPosRankSum=0.005;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,141:0.72:195
chr13	108183631	rs912446	A	G	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=14;PP=502;SC=CCTCATGAATAGCTTGGGCCA;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=108183639;WS=108183621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	108518444	rs1771137	G	A	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.036;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=47;PP=1065;ReadPosRankSum=-2.541;SC=AAGTCTCCAGGCGCCACACGG;SOR=0.492;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=265;TCF=126;TCR=139;TR=95;WE=108518452;WS=108518434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,107:0.36:294
chr13	108518686	.	TCTG	T	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=2.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=-1.570;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,26:0.10:272
chr13	108881457	rs41308572	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=161;ReadPosRankSum=0.422;SC=AACAATTACATGTGGCCTAGT;SOR=1.284;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=13;WE=108881465;WS=108881447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr13	108955464	rs1224145	C	G	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	108959080	rs11381410	A	AT	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.452;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=150;ReadPosRankSum=-0.913;SC=CTATGTTAACATTTTTTTTTT;SOR=2.419;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=11;WE=108959088;WS=108959070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr13	108959364	.	CAAAAAAAAAAAAA	C	877.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.408;QD=35.11;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,24:0.96:25
chr13	109282302	rs9284241	T	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.915;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=243;ReadPosRankSum=-0.302;SC=ATTAAGGCAGTTCTCCTGGTA;SOR=0.343;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=20;WE=109282310;WS=109282292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr13	109458889	rs9514920	A	G	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=0;PP=248;SC=ATAAAATTGCATGTATGTTCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=109458897;WS=109458880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	109459020	rs9301323	G	A	3677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr13	109472601	rs2146327	G	C	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=10;PP=1035;SC=CCGGCTGTTAGTTGGACAGCA;SOR=2.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=46;WE=109472609;WS=109472591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr13	109472849	rs9521065	A	G	2848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=57;PP=1730;SC=CACAGCTACAAAGTGAGAGCT;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=90;WE=109472857;WS=109472839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
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chr13	109472933	rs9514924	T	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=254;ReadPosRankSum=-1.123;SC=TACGATGATATAGGCGATGTG;SOR=0.439;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=15;WE=109472941;WS=109472923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr13	109496601	rs7989143	C	T	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=10;PP=1138;SC=ATAAAACCACCGTCATAGTCC;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=53;WE=109496609;WS=109496591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr13	109496928	rs7989802	C	T	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=0.019;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,31:0.27:113
chr13	109518667	rs56326713	TA	T	415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.086;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=373;ReadPosRankSum=0.722;SC=ATCAAATGACTAAAAAAAACA;SOR=3.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=21;WE=109518675;WS=109518657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr13	109550246	rs1337935	A	G	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=4;PP=665;ReadPosRankSum=0.302;SC=ATAGCATTCTATGAGCAGGAT;SOR=0.500;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=33;WE=109550254;WS=109550236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,36:0.77:47
chr13	109550561	rs7322768	A	G	5132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=115;PP=2965;SC=CGCTATGGACACACTGTGTAT;SOR=1.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=56;TCR=115;TR=171;WE=109550569;WS=109550551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr13	109680949	rs61970230	T	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=0.549;SC=CTCTACAATTTATATACATAT;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=3;WE=109680957;WS=109680939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr13	109707827	rs9521141	T	C	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.888;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=39;PP=1286;ReadPosRankSum=-1.302;SC=AGCTGCCAGATACTTTTGATA;SOR=0.636;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=134;TCF=74;TCR=60;TR=81;WE=109707835;WS=109707817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,85:0.57:150
chr13	109717874	.	G	GA	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=3.603;QD=0.96;ReadPosRankSum=1.188;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,28:0.20:141
chr13	109717928	rs1431267	A	G	5011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=2.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.514;QD=12.95;ReadPosRankSum=0.709;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,247:0.64:387
chr13	109753331	rs56414043	C	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.979;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=308;ReadPosRankSum=0.716;SC=CTGGCAAAAACAAATTCCTTT;SOR=2.179;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=15;WE=109753339;WS=109753321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr13	109779535	.	C	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=6.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.427;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,38:0.28:135
chr13	109779906	rs3815983	C	T	4516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=113;PP=2777;ReadPosRankSum=-0.384;SC=AAGGTCAGCCCTGGGGAGGGA;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=284;TCF=106;TCR=178;TR=179;WE=109779914;WS=109779896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,200:0.65:310
chr13	109793474	rs28705148	T	C	12291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr13	109793720	rs7986595	A	C	12199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=214;NR=230;PP=2965;SC=TCAGGGAAGCAGAAGGTAAGC;SOR=0.805;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=445;TCF=214;TCR=231;TR=444;WE=109793728;WS=109793710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr13	109831849	rs2038707	G	C	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=25;PP=849;ReadPosRankSum=-0.283;SC=TTTGGAACAAGGAGACACTGC;SOR=0.632;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=255;TCF=175;TCR=80;TR=81;WE=109831857;WS=109831839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,92:0.33:280
chr13	109832084	rs1033870	G	A	4034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=97;PP=2887;SC=TGGACTGGAGGGCTCAGCTGT;SOR=2.152;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=35;TCR=97;TR=132;WE=109832092;WS=109832074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr13	109858890	rs11430851	A	AT	1956.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=1225;ReadPosRankSum=0.027;SC=AGGTGTTGCTATCACACTTCA;SOR=0.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=30;WE=109858898;WS=109858880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,62:0.60:103
chr13	110408608	rs1865434	C	T	3984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=60;PP=2288;SC=TTTAATGATACTCTCTGACAT;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=74;TCR=60;TR=134;WE=110408616;WS=110408598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr13	110435231	rs1805097	C	T	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=37;PP=1018;ReadPosRankSum=-0.005;SC=TGAGGCGGCGCCCGGGCCCTG;SOR=0.530;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=121;TCF=60;TCR=61;TR=77;WE=110435239;WS=110435221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,90:0.64:140
chr13	110435914	rs12853546	G	A	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=823;ReadPosRankSum=0.358;SC=TGCGCCCCACGGGGGAGCTCA;SOR=0.773;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=178;TCF=105;TCR=73;TR=66;WE=110435922;WS=110435904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,75:0.36:206
chr13	110435953	rs4773092	A	G	2875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.451;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=43;PP=1446;ReadPosRankSum=-0.509;SC=TGTCCCCGCCACAGGTGTAGG;SOR=0.887;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=179;TCF=109;TCR=70;TR=114;WE=110435961;WS=110435943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,136:0.64:213
chr13	110436232	rs3742210	G	A	4140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.047;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=89;PP=2577;ReadPosRankSum=0.681;SC=AGCCGCCCCCGCTCGCCGGGA;SOR=0.575;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=272;TCF=132;TCR=140;TR=177;WE=110436240;WS=110436216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,191:0.65:292
chr13	110807474	rs615742	T	C	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=452;ReadPosRankSum=0.050;SC=GGCCAGGCTTTGAGGCATGCT;SOR=0.568;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=65;TCR=31;TR=41;WE=110807482;WS=110807464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,44:0.44:101
chr13	110807496	rs616089	T	C	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=18;PP=612;ReadPosRankSum=0.472;SC=TGGAAGGGGATGGTTGGAGGA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=147;TCF=99;TCR=48;TR=57;WE=110807504;WS=110807486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,60:0.40:151
chr13	110817171	rs1816884	G	C	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=501;ReadPosRankSum=0.304;SC=GCCCCTCTGGGCTCCCCATAC;SOR=0.660;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=39;WE=110817179;WS=110817161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,47:0.63:75
chr13	110818598	rs3742207	T	G	6094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.705;SC=CCGGGACGCCTTGATCGCCTT;SOR=0.792;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=417;TCF=200;TCR=217;TR=270;WE=110818606;WS=110818588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,287:0.65:441
chr13	110819457	rs652572	A	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.73;ReadPosRankSum=-0.560;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
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chr13	110819586	rs589985	G	A	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=1.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=-1.047;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,64:0.32:199
chr13	110821834	rs1838557	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=190;ReadPosRankSum=0.224;SC=TAGTGGGGATGTGGGAGTGTA;SOR=0.529;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=16;WE=110821852;WS=110821824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr13	110821844	rs3832901	A	AAC,AACAC	1661.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.12;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,17,28:0.37,0.61:46
chr13	110833751	rs112508409	C	CA	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=4.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=2.396;QD=1.67;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,17:0.23:74
chr13	110839550	rs536174	T	G	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=47;PP=1696;SC=GCTCTCCCTGTCATGCCGGGC;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=101;WE=110839558;WS=110839540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr13	110843985	rs1373744	T	C	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=26;PP=1281;SC=ATTTATGGATTTGAAAAAGCA;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=70;WE=110843993;WS=110843975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr13	110844188	rs7330851	G	A	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=28;PP=954;SC=ACAGAAAGACGGCACTTCGGC;SOR=1.480;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=110844196;WS=110844178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr13	110845060	rs9521642	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=114;ReadPosRankSum=-0.405;SC=TTCTGATTATGCTTTAGGATT;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=7;WE=110845068;WS=110845055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr13	110847227	rs505050	G	T	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=3;PP=462;SC=ATTCTAGGAAGAGATTGTGAA;SOR=2.621;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=110847235;WS=110847219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	110850770	rs683309	T	C	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=6;PP=847;SC=GGCACCCTGGTGTCTGCTTGC;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=110850778;WS=110850760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	110850842	rs995224	A	G	3596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=37;PP=2203;SC=CAGGGGGCCCAGGGGAACCAG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=88;TCR=37;TR=125;WE=110850850;WS=110850823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr13	110851036	rs995223	T	C	11020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=176;NR=217;PP=2965;SC=AACTACAGCATAAACTCATTC;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=394;TCF=176;TCR=218;TR=393;WE=110851044;WS=110851026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr13	110859069	rs9588116	G	C	5028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=84;SC=TCCCCTTAAAGGAATAAAAAG;SOR=0.833;Source=Platypus;TCF=85;WE=110859077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr13	110859316	rs372683715	GA	G	1207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.125;NF=2;NR=46;PP=558;ReadPosRankSum=0.089;SC=ACACACAGCAGAAAAAAAAAA;SOR=0.821;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=67;TCF=4;TCR=63;TR=48;WE=110859325;WS=110859306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,76:0.82:93
chr13	110859622	rs12867220	A	T	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=8;PP=1038;ReadPosRankSum=1.672;SC=TGAACAGTCTATAAATCTGTT;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=43;WE=110859630;WS=110859612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr13	110859690	rs598819	A	G	4532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=106;NR=43;PP=2687;SC=TTTTCTCTTTATCTTTTGGAA;SOR=1.470;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=106;TCR=43;TR=149;WE=110859698;WS=110859680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr13	110861096	rs35092560	CTA	C	10671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=76;PP=2965;SC=AGAAGAGTAACTATACTTGTA;SOR=1.365;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=141;TCF=62;TCR=79;TR=133;WE=110861105;WS=110861086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr13	110861342	rs12869358	T	C	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=64;PP=1869;SC=TTTCAGGCAATAGCTTTGTCC;SOR=3.383;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=11;TCR=65;TR=75;WE=110861350;WS=110861332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr13	110861620	rs35638294	T	TAAAG	583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=404;SC=TATAGTTAGATATAGTGTTAA;SOR=2.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=110861628;WS=110861610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	110861647	rs35906431	T	TAC	1346.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.05;QD=46.44;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	110861651	rs61963269	G	A	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.12;QD=43.34;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	110861670	rs7332120	G	A	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.91;QD=44.00;SOR=1.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr13	110861670	.	GT	AC	531	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MMLQ=23;MQ=63.57;NF=24;NR=6;PP=531;QD=19.4822624954;SC=AATAAGAAGAGTGAGCTATAG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=30;WE=110861679;WS=110861660;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,30:0.88:34
chr13	110861671	rs7333204	T	C	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.91;QD=44.00;SOR=1.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr13	110861785	rs645114	C	G	3967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=26.10;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr13	110861971	rs7332235	A	G	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	110862268	rs2166207	A	C	3892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=58;PP=2343;SC=TTTATTTTCAAACCTCAATAT;SOR=0.735;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=73;TCR=58;TR=130;WE=110862276;WS=110862258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr13	110862303	rs9521649	G	A	4140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=79;NR=61;PP=2314;SC=TGATTGCCTCGGAGAGACAGC;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=79;TCR=61;TR=140;WE=110862311;WS=110862293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr13	110959356	rs9515185	C	G	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	111010048	.	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=0.506;SC=CCTAGATGGCCGGGCCTACTA;SOR=0.446;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=8;WE=111010056;WS=111010038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr13	111077197	rs4238272	G	A	6220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=98;PP=2965;SC=CCGGAGTAACGGGACCCAAGG;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=205;TCF=107;TCR=98;TR=205;WE=111077205;WS=111077173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr13	111077400	rs58151684	AT	A	2436.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=50;PP=1339;SC=TAGGCAATACATTTTGTGACT;SOR=1.664;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=1;TCR=55;TR=51;WE=111077412;WS=111077390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr13	111077450	rs7326522	G	A	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=27;PP=762;SC=TTTTGTTTATGACATAAAACA;SOR=1.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=111077458;WS=111077440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	111082157	rs3929758	C	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=132;ReadPosRankSum=-0.219;SC=CAGTCATCCACATTACCATAG;SOR=0.996;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=14;WE=111082165;WS=111082147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr13	111088870	rs4771679	G	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=156;ReadPosRankSum=-0.380;SC=CTCCCAGAATGTTTTCAACTC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=9;WE=111088878;WS=111088860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr13	111091157	rs9521759	C	A,CCTCCACA	673.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.62;ReadPosRankSum=-1.423;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,10,11:0.45,0.50:22
chr13	111091995	rs7991229	T	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=93;ReadPosRankSum=0.241;SC=TTGTTGCTATTCTTCAAAATC;SOR=0.307;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=8;WE=111092003;WS=111091985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr13	111098017	rs4771680	T	C	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=400;ReadPosRankSum=-0.346;SC=TAAAAAGACATTTTTGAGACC;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=22;WE=111098025;WS=111098007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr13	111098110	rs7489705	C	T	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=1.351;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,53:0.32:167
chr13	111098226	rs4103	C	T	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=1.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=-2.121;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,57:0.40:141
chr13	111098338	rs7988186	A	T	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=20;PP=565;SC=CCTAAAAAGTACAAGATCCCC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=111098346;WS=111098328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	111099057	rs45612833	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.003;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=-0.279;SC=GACGGTCCACGCTCGGGTTTC;SOR=0.303;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=16;WE=111099065;WS=111099047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,18:0.25:71
chr13	111099122	rs7326449	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=3.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.867;SOR=0.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,31:0.22:140
chr13	111099338	rs35275552	T	TA	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=1.558;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,22:0.33:66
chr13	111101931	rs56676181	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=0.629;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,11:0.16:70
chr13	111101952	rs75082326	A	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=-4.739;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,26:0.27:96
chr13	111102042	rs76425569	G	A	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.69;ReadPosRankSum=1.843;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,51:0.38:133
chr13	111102126	rs74941798	C	T	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.404;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,42:0.40:106
chr13	111102183	rs34734302	A	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.372;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=169;ReadPosRankSum=1.307;SC=AAGCACCTGCACTCAGGTCCT;SOR=0.375;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=20;WE=111102191;WS=111102173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr13	111109157	rs28502737	G	A	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.33;QD=26.06;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr13	111109859	rs9515218	A	G	4633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=72;PP=2752;ReadPosRankSum=3.324;SC=GGTGAAATCCATCCCCCACTC;SOR=0.375;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=86;TCR=73;TR=157;WE=111109867;WS=111109849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,177:0.98:180
chr13	111109882	rs9555703	A	G	5108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=69;ReadPosRankSum=0.981;SC=GTGTTTGGACATGAAAATGAG;SOR=0.315;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=104;TCR=70;TR=171;WE=111109890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,193:0.99:194
chr13	111109960	rs9515219	T	C	6815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=127;NR=117;PP=2965;SC=ATGGAGCCAGTGGTGCTGTCT;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=244;TCF=127;TCR=117;TR=244;WE=111109968;WS=111109950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr13	111110303	rs7319009	T	C	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=12;PP=1431;SC=CCTGACCCTTTCCAGTCACCT;SOR=2.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=57;WE=111110311;WS=111110293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	111110418	rs7325055	G	C	8068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr13	111110666	rs7326779	T	C	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.99;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	111110674	rs7325334	C	G	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.10;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	111111023	rs9521781	T	C	4898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=36;PP=1917;SC=AAGCACCAAGTGTGCCACCCA;SOR=1.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=73;TCR=36;TR=109;WE=111111031;WS=111111013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr13	111111043	rs9521782	G	A	5892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=93;NR=55;PP=2467;SC=AGCTCTCCCCGCTGCCTGATA;SOR=1.288;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=93;TCR=56;TR=148;WE=111111051;WS=111111033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr13	111111173	rs7990214	G	A	9405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=162;NR=163;PP=2965;SC=AAGGTCTTCCGGGACTGCCAG;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=326;TCF=162;TCR=164;TR=325;WE=111111181;WS=111111163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr13	111111235	rs7990383	G	A	4546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=68;NR=87;PP=2690;SC=AAAGGGGACAGAGGAGACCCC;SOR=1.052;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=68;TCR=87;TR=155;WE=111111243;WS=111111225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr13	111114751	rs7992330	G	A	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=56;PP=1759;SC=CACAAACTGCGGCAGCTCCGT;SOR=1.664;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=85;WE=111114759;WS=111114741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr13	111115467	rs9521786	G	A	6068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=95;PP=2890;SC=TCACAGCTCTGGAGGCTGAAA;SOR=1.908;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=43;TCR=95;TR=138;WE=111115488;WS=111115457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr13	111115480	rs9515223	C	T	5454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=83;PP=2368;SC=GGCTGAAAGCCGACATCAAGG;SOR=1.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=34;TCR=83;TR=117;WE=111115488;WS=111115457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr13	111117745	rs3803236	C	T	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=10;PP=925;SC=ACTGAATTTTCACACAGGGTG;SOR=1.942;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=51;WE=111117753;WS=111117735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr13	111118221	rs1983932	T	C	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=10;PP=1084;SC=TCCCTGCCCATTTCAAAGCCT;SOR=2.540;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=50;WE=111118229;WS=111118211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr13	111118546	rs1927350	T	G	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=52;PP=1626;SC=TGGCACAACATAGTGGCCTGG;SOR=1.481;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=81;WE=111118554;WS=111118536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr13	111118574	rs1927351	A	G	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.77;SOR=2.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	111118580	rs1927352	G	A	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.34;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	111118615	rs1927353	A	T	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=74;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=16;PP=421;SC=ATTTAACCAAACCCCTCTTGT;SOR=4.514;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=111118623;WS=111118605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	111119296	rs3803232	A	G	5133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr13	111120684	rs34167123	AT	A	8256.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=107;PP=2951;SC=CCATCCATGGATTTCAACACC;SOR=0.867;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=11;TCR=113;TR=117;WE=111120692;WS=111120674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr13	111121444	rs9559813	C	A	2728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr13	111121483	rs9559814	A	G	4148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr13	111121717	rs9515229	A	G	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=13;PP=436;SC=TTCCAGCGGGAACCTGTGTGT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=111121725;WS=111121707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	111132556	rs9521803	C	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=-1.324;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr13	111132820	rs1475438	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=168;ReadPosRankSum=0.319;SC=TCTGCTGGGCGCCTCTGTGGG;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=17;WE=111132828;WS=111132810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr13	111134858	rs3803228	T	C	2109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=42;PP=1066;ReadPosRankSum=-1.025;SC=TCTTTTCCTCTGAAGGAGATA;SOR=0.587;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=141;TCF=81;TCR=60;TR=97;WE=111134866;WS=111134848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,101:0.68:148
chr13	111137167	rs1983930	T	C	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.44;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	111137240	rs2296853	A	G	3324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr13	111137891	rs11619327	A	G	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.72;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	111143755	rs413756	T	C	3833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.00;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr13	111145676	rs2391833	G	C	5393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=110;PP=2943;SC=AGGTGTCGAGGGTGGGGACTC;SOR=1.299;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=76;TCR=111;TR=185;WE=111145684;WS=111145666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr13	111153934	rs378601	G	A	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=7;PP=609;SC=TCCACCACAGGTGATGGTGTG;SOR=2.019;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=27;WE=111153942;WS=111153924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	111154058	rs439831	T	A	7179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.59;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr13	111154061	rs409858	T	C	7285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.16;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr13	111154159	rs388222	C	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=843;ReadPosRankSum=-0.833;SC=ATCTGTGCTTCGACATCTCTA;SOR=0.546;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=33;WE=111154168;WS=111154149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,45:0.31:146
chr13	111154160	rs2281968	G	A	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=46;PP=2471;ReadPosRankSum=1.715;SC=TCTGTGCTTCGACATCTCTAG;SOR=0.893;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=116;TCF=53;TCR=63;TR=82;WE=111154168;WS=111154149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,95:0.68:140
chr13	111155363	rs406174	G	A	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=23;PP=2006;SC=CCATGCCACAGACTTGCCAGA;SOR=2.131;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=74;TCR=23;TR=97;WE=111155371;WS=111155353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr13	111155428	rs401316	C	T	7254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=157;NR=96;PP=2965;SC=GGCCTTGGGGCCCTGTTTAAA;SOR=1.213;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=254;TCF=157;TCR=97;TR=253;WE=111155436;WS=111155418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr13	111155711	rs4773198	C	T	4945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.08;ReadPosRankSum=0.131;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,235:0.62:378
chr13	111155773	rs438758	T	C	5077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.51;SOR=1.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr13	111155773	.	TGGGGCG	CGGGGCA,CGGGGCG	1218	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=14,42;NR=49,91;PP=1218,616;QD=20.1820297597;SC=CTGGACCCACTGGGGCGGTGG;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=133;TCF=42;TCR=91;TR=63,133;WE=111155787;WS=111155763;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.47:133
chr13	111155779	rs4773199	G	A	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=11.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.77;ReadPosRankSum=1.269;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,70:0.57:122
chr13	111156021	rs4773200	C	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.655;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=363;ReadPosRankSum=-1.107;SC=AATATTCAAACGGCAGGCGCT;SOR=0.086;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=22;WE=111156029;WS=111156014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr13	111156047	rs9284254	C	G	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=9.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.51;ReadPosRankSum=0.119;SOR=2.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr13	111156153	rs9301460	G	A	2817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=2.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.65;ReadPosRankSum=-0.313;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,126:0.70:180
chr13	111156411	rs414881	G	A	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.09;ReadPosRankSum=-1.702;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,34:0.41:82
chr13	111156499	rs4771683	C	T	5377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.44;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr13	111156773	rs4771684	A	G	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=17;PP=495;SC=CTACACTCCTATGCCCAGCAG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=111156781;WS=111156763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	111158874	rs445348	A	G	5394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.64;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,250:0.72:345
chr13	111164614	rs422733	T	C	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=3.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.48;ReadPosRankSum=-2.082;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,54:0.69:78
chr13	111164628	rs3074455	TAA	T	1366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.85;ReadPosRankSum=-1.255;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr13	111176393	rs419244	A	G	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=62;PP=1403;ReadPosRankSum=-0.690;SC=CCACGATGGCAAAGAGGCAGT;SOR=0.682;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=424;TCF=209;TCR=215;TR=126;WE=111176401;WS=111176383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,137:0.30:464
chr13	111276727	rs201002300	T	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr13	111277810	rs330561	C	A	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=13;NR=34;PP=824;SC=ACAGAGACGGCGGGGTGGAGA;SOR=2.170;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=47;WE=111277818;WS=111277800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr13	111293585	rs10709696	TG	T	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=646;SC=GCTCTTCTGTTGGCTGTGTTG;SOR=1.739;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=15;WE=111293593;WS=111293575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	111294920	rs11414164	G	GC	16939.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=177;PP=2969;SC=GATTGTGGATGCCCCCTCCCC;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=67;TCR=200;TR=236;WE=111294928;WS=111294910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,534:1.00:534
chr13	111296335	rs3818497	T	G	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.253;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=550;ReadPosRankSum=1.149;SC=GTCCTGTCCGTACAAAACATG;SOR=0.271;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=31;WE=111296343;WS=111296325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,39:0.74:53
chr13	111298392	rs436462	A	G	4252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.32;ReadPosRankSum=-2.761;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,195:0.66:297
chr13	111299718	rs2296661	C	T	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=356;ReadPosRankSum=1.276;SC=GTGGCTCTCACGCCCTCCAGT;SOR=0.418;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=23;WE=111299726;WS=111299708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr13	111315249	rs7989346	G	A	3632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=40;PP=2411;SC=AGACAGGCCAGAAGACAAAGG;SOR=1.537;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=81;TCR=40;TR=121;WE=111315257;WS=111315239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr13	111315299	rs4622384	T	C	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=2.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.049;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,85:0.34:251
chr13	111315405	rs7993933	G	A	6130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=115;PP=2965;SC=AGCCTATTAAGGGCAAACAGC;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=97;TCR=115;TR=212;WE=111315413;WS=111315395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr13	111315489	rs2296659	A	G	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=47;PP=1405;SC=CAGCAGATGCACCAAGAGGGA;SOR=2.231;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=63;WE=111315497;WS=111315479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	111315506	rs376834	A	C	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=41;PP=1253;SC=GGGAGACAACAATTATAAAAG;SOR=2.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=54;WE=111315514;WS=111315496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr13	111319754	rs4628819	T	C	12626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr13	111319884	rs9521884	G	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.769;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=429;ReadPosRankSum=0.091;SC=TTCTAACCTCGTCTATTTATT;SOR=0.370;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=123;TCF=39;TCR=84;TR=42;WE=111319892;WS=111319874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,48:0.36:132
chr13	111329610	rs76103038	A	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=0.840;QD=6.99;ReadPosRankSum=-2.316;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr13	111329612	rs78214217	A	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=0.840;QD=6.99;ReadPosRankSum=-2.316;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr13	111340039	.	G	GA	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=-1.247;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr13	111340101	rs72661692	T	A	1939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.48;ReadPosRankSum=-0.954;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,87:0.65:134
chr13	111340342	rs2304767	G	A	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.556;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=592;ReadPosRankSum=0.603;SC=AAAGACTGGCGAGGGAAGCGG;SOR=0.892;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=107;TCF=40;TCR=67;TR=43;WE=111340350;WS=111340332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,46:0.37:124
chr13	111358488	rs3818496	G	A	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=371;ReadPosRankSum=-0.986;SC=GCCACGCCGGGTACGCTGCCG;SOR=0.400;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=29;WE=111358496;WS=111358478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr13	111364877	.	A	AGG	294.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=36.84;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	111365104	rs12875067	A	G	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=3.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,62:0.28:225
chr13	111368164	rs7338333	T	G	4427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=75;PP=2460;SC=GTGTCGCCCCTGCCCCTCTCC;SOR=1.264;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=142;TCF=67;TCR=75;TR=139;WE=111368172;WS=111368154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr13	111368316	rs9555726	C	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-1.310;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,30:0.32:95
chr13	111545198	rs10664568	A	AGT	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=78;ReadPosRankSum=-1.625;SC=CCTTTTGTTAAGTCCCATCTT;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=4;WE=111545206;WS=111545189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr13	111562803	rs35930208	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.660;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=244;ReadPosRankSum=-0.414;SC=GGAAAGGGCCTACTATCCTCC;SOR=0.200;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=48;TCF=45;TCR=3;TR=16;WE=111562811;WS=111562800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr13	111566989	rs59070384	A	G	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=27;PP=1146;SC=GGCACGCCCCACGTCCCCCGC;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=65;WE=111566997;WS=111566979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr13	111567039	rs56924528	G	C	3454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
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chr13	111955465	rs1555751	T	C	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=502;ReadPosRankSum=-0.925;SC=CTATAAGGGATGTCCTCAGTT;SOR=1.681;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=32;WE=111955473;WS=111955455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr13	111968432	rs12560420	A	G	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.299;NF=30;NR=19;PP=557;ReadPosRankSum=-0.934;SC=CTTTCTAGACAAGGCCATGCT;SOR=0.524;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=128;TCF=80;TCR=48;TR=49;WE=111968440;WS=111968422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,51:0.37:139
chr13	111968680	rs7991693	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=167;ReadPosRankSum=2.335;SC=GGCATGCACACGCCTCCCGCC;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=13;WE=111968688;WS=111968670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr13	111973098	rs12855715	T	C	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=324;ReadPosRankSum=-0.368;SC=CCGCCTGGGATGTGAGGCGCA;SOR=0.807;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=87;TCF=63;TCR=24;TR=26;WE=111973106;WS=111973088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,28:0.31:91
chr13	111980478	rs2479955	A	G	2226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=39;PP=1611;SC=AGCGGAGAGCAGAGTGGCTTT;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=94;WE=111980486;WS=111980468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr13	111980537	rs1359428	C	T	3484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=1.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr13	111991463	rs9522188	G	C	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	112297403	rs8000950	C	T	6779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=1.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr13	113032915	rs7324712	A	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=0.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr13	113032962	rs9550063	G	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=-0.893;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,27:0.32:85
chr13	113052388	rs2296895	A	G	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=0.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-4.430;QD=5.86;ReadPosRankSum=1.070;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,138:0.34:403
chr13	113052562	rs2296894	T	C	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.635;NF=12;NR=28;PP=652;ReadPosRankSum=-1.675;SC=AGACCAGCTATTTCTGGGGCA;SOR=0.648;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=30;TCR=69;TR=40;WE=113052570;WS=113052552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,38:0.39:98
chr13	113053470	rs10816	T	A	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=5.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-1.740;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,55:0.28:194
chr13	113055295	rs3742225	A	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=175;ReadPosRankSum=-0.071;SC=ATCTCAACTTAGCATGTTTAA;SOR=0.527;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=17;WE=113055303;WS=113055285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr13	113140349	rs41288614	A	G	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.580;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-9.340;NF=31;NR=7;ReadPosRankSum=-1.138;SC=CCAGAGACACACGGAGCCTGG;SOR=2.474;Source=Platypus;TCF=70;TR=38;WE=113140357;WS=113140339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,41:0.40:103
chr13	113153114	rs9549532	T	C	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=24;PP=1903;SC=GGGCAGGAGATTTGTAATTCT;SOR=2.016;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=69;TCR=24;TR=93;WE=113153122;WS=113153104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr13	113158599	rs3742226	A	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=115;ReadPosRankSum=-0.350;SC=ATCAGGAGTTAGAAACCAGCC;SOR=1.244;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=14;WE=113158607;WS=113158589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr13	113158861	rs3832905	CATAT	C	1973.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.728;QD=29.91;ReadPosRankSum=0.062;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,50:0.76:66
chr13	113170683	rs2182268	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=226;ReadPosRankSum=1.215;SC=GGAGTTGCTGGAAACCGCACC;SOR=0.784;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=12;WE=113170691;WS=113170678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr13	113170951	rs3861729	T	C	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.936;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=41;PP=1049;ReadPosRankSum=-0.496;SC=TCAGTACAGGTCTCAATCTTT;SOR=0.946;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=136;TCF=63;TCR=73;TR=74;WE=113170959;WS=113170941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,84:0.56:149
chr13	113199876	rs9549540	T	C	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.894;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=579;ReadPosRankSum=-1.283;SC=CTGTGTAAAATGTATATGGTA;SOR=2.846;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=30;WE=113199884;WS=113199867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr13	113201852	rs142738218	ATGGGAAAGTCGCGCG	A	896.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.89;QD=42.70;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	113202667	rs9550139	T	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.921;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=158;ReadPosRankSum=0.083;SC=ATTTTAATAATATGAAAAAAG;SOR=3.841;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=113202675;WS=113202657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr13	113210292	rs9550146	T	C	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=442;ReadPosRankSum=-1.422;SC=GCTCCTGGGCTGTACTTTAAA;SOR=0.990;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=31;WE=113210300;WS=113210282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr13	113213494	rs68041328	GGAAAA	G	1110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.50;MQRankSum=2.636;QD=19.83;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr13	113213605	rs3818462	G	T	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=1.926;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.323;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,83:0.63:132
chr13	113219525	rs3783159	C	T	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=38;PP=879;ReadPosRankSum=-0.826;SC=AGTGTGGTAACTACAAACACC;SOR=0.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=56;WE=113219533;WS=113219515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,62:0.66:94
chr13	113223618	rs183695239	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.57;ReadPosRankSum=0.279;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,36:0.14:255
chr13	113337689	rs117015953	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=0.886;SC=ATTACTTTATCGGTAATTTTA;SOR=0.735;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=13;WE=113337697;WS=113337679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr13	113439425	rs36001240	C	G	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.007;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=293;ReadPosRankSum=-0.174;SC=AGGCAGCTGCCTAACACCGCT;SOR=0.445;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=31;WE=113439433;WS=113439415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,37:0.47:79
chr13	113465121	rs56033629	G	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.959;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=244;ReadPosRankSum=1.599;SC=GCAGTGGCTCGCGCCTCCAGT;SOR=0.495;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=23;WE=113465129;WS=113465111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr13	113473919	rs17121720	A	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.454;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=290;ReadPosRankSum=-1.960;SC=GTAGCTTTTTATACAAATATT;SOR=0.095;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=17;WE=113473927;WS=113473909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr13	113478654	rs7323586	G	C	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=26;PP=756;ReadPosRankSum=0.802;SC=CTTCCTCTCTGTAGGTGTGGC;SOR=0.672;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=246;TCF=152;TCR=94;TR=73;WE=113478662;WS=113478644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,80:0.30:266
chr13	113479813	rs9549564	G	A	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=3.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.490;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,56:0.30:185
chr13	113479820	rs368865	A	G	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=3.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.11;ReadPosRankSum=-1.047;SOR=0.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,55:0.32:172
chr13	113508839	rs9549573	G	C	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.009;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,44:0.26:170
chr13	113512004	rs7325522	C	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=50;ReadPosRankSum=0.150;SC=TCGTAAATTACCTCTAAGTAG;SOR=0.330;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=5;WE=113512012;WS=113511994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr13	113512331	rs9549575	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.413;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=0.393;SC=TCAGGACACCCCCGTCACCAC;SOR=1.421;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=10;WE=113512339;WS=113512321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr13	113525952	rs1765767	A	G	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=7;PP=685;SC=GTGTTGGCACACAAGAAAAAT;SOR=2.670;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=38;WE=113525960;WS=113525942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	113527967	rs1320525	G	A	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.623;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.076;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,116:0.30:387
chr13	113536132	rs1290177	T	C	9424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=193;NR=130;PP=2965;SC=CTCAGCAGAATGGGTGCGCAC;SOR=1.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=325;TCF=194;TCR=131;TR=323;WE=113536140;WS=113536122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr13	113556486	.	C	A	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.181;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,56:0.29:194
chr13	113563351	rs2993328	A	G	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=10;PP=1039;SC=GCTTATGTTTATCCATGCTGC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=113563359;WS=113563341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	113639862	rs2993287	G	A	5777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.80;SOR=1.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr13	113639869	rs3011543	A	G	5542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.58;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr13	113639872	rs3011542	A	G	5150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.40;SOR=1.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr13	113681243	rs9549343	C	A	4013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=73;PP=2551;ReadPosRankSum=0.949;SC=AGGGGTGCCGCGGGGGTCTCT;SOR=0.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=148;TCR=108;TR=173;WE=113681251;WS=113681233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,180:0.67:267
chr13	113699488	rs3814266	T	C	6454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.382;SC=ATCATGAATATGGGGGATCGC;SOR=0.808;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=434;TCF=257;TCR=177;TR=281;WE=113699496;WS=113699478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,295:0.65:452
chr13	113717022	rs7982214	G	A	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=38;PP=1407;SC=CCGTGTGCTGGACTCAGCCAT;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=81;WE=113717030;WS=113717012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr13	113735390	rs494129	T	C	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=20;PP=1541;SC=GCGTCCAGCCTGTGGGCTTTG;SOR=1.939;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=57;TCR=20;TR=77;WE=113735398;WS=113735380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr13	113738175	rs491455	G	A	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=13;PP=989;SC=GCGTGGCTGCGGCGTCTCCAA;SOR=1.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=53;WE=113738183;WS=113738165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr13	113739518	rs546818	G	A	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=36;PP=1113;SC=ACCGTGGCCCGGCCTCCCCAG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=43;WE=113739526;WS=113739508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	113740706	rs1745949	A	G	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=41;PP=1192;SC=GTCCCTAGATAAGCCCACTCC;SOR=2.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=52;WE=113740714;WS=113740696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	113741851	rs514181	C	A	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=32;PP=1648;SC=TCTGAGGTGGCCACGCTGACA;SOR=0.997;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=80;WE=113741859;WS=113741841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr13	113742805	rs7986589	C	G	13430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=260;NR=212;PP=2965;SC=CACAGTCCCCCCATGCGCAAG;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=473;TCF=261;TCR=212;TR=472;WE=113742813;WS=113742795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr13	113743768	.	T	C	1377	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=56.97;NF=45;NR=14;PP=1377;QD=23.9283256364;SC=TCTCATCCAGTCCGTCCGGGT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=59;WE=113743776;WS=113743758;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr13	113744139	rs4907483	G	A	12783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=241;NR=209;PP=2965;SC=TTCCTGCAGTGTGAAGAAGCT;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=452;TCF=241;TCR=211;TR=450;WE=113744147;WS=113744129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr13	113745611	rs4907485	T	G	4517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.850;SC=GGGGATGCTCTCGTGGGTCTT;SOR=1.122;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=41;TCR=112;TR=152;WE=113745619;WS=113745601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,157:0.99:158
chr13	113748690	rs7327099	C	T	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=17;PP=1506;SC=TTTATGAACCCGGGAAGATGA;SOR=1.893;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=72;WE=113748698;WS=113748680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr13	113749475	rs2146752	G	A	8455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=192;PP=2965;SC=CATTGTTAATGTCAGAAGCAA;SOR=1.587;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=299;TCF=106;TCR=193;TR=298;WE=113749483;WS=113749465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr13	113750586	rs12855893	G	A	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.869;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=29;PP=1166;ReadPosRankSum=-1.038;SC=AGCTCCCACCGGGGCAGGGCG;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=64;TCR=39;TR=75;WE=113750594;WS=113750576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,76:0.73:104
chr13	113776947	rs563964	T	C	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.863;QD=23.49;ReadPosRankSum=-1.464;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr13	113776947	.	TGC	CGA	1505	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=60.16;NF=31;NR=1;PP=1505;QD=48.7021210894;SC=GATGAGGTTCTGCGGGGCCTC;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=56;TCF=53;TCR=3;TR=32;WE=113776957;WS=113776941;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:24,32:0.57:56
chr13	113776949	rs3211717	C	A	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.867;QD=22.72;ReadPosRankSum=-1.118;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr13	113792754	rs2251102	T	C	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=5;PP=442;SC=ATTTTTAAATTTCTTTTTTCC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=26;WE=113792762;WS=113792744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	113792893	rs2026160	C	A	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr13	113801737	rs5960	C	T	4464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr13	113801843	rs2031184	A	G	3825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=67;PP=2215;SC=GGCCGTGGTGAGGGGCACCGT;SOR=0.952;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=64;TCR=67;TR=131;WE=113801851;WS=113801833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr13	113812962	rs2273971	G	A	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=24;PP=1261;SC=CTGTCCCAGCGCTCCGGGTGG;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=73;WE=113812970;WS=113812952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr13	113818708	rs3024731	A	T	3165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.53;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr13	113818817	rs45606038	T	C,TC	7447.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=25;NR=70;PP=1122;SC=TTTTTTTTTTTCCTTTTCAGC;SOR=0.826;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=149;TCF=43;TCR=106;TR=95;WE=113818826;WS=113818795;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.18,0.82:261
chr13	113818900	rs564081	A	G	5420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr13	113824868	rs72663588	T	C	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.038;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=437;ReadPosRankSum=1.680;SC=CATGAGTTTTTATAAAACCAC;SOR=0.321;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=26;WE=113824876;WS=113824858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr13	113833499	rs486407	G	A	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=23;PP=620;SC=GTGTTCTAAAGGAGTAAAAAA;SOR=5.486;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=24;WE=113833507;WS=113833489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	113839747	rs515863	C	T	3345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.508;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=64;PP=2091;ReadPosRankSum=-0.462;SC=ATGTGGGAAGCCCAGGACAAT;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=211;TCF=114;TCR=97;TR=141;WE=113839755;WS=113839737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,152:0.66:230
chr13	113852425	rs546686	C	T	5229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=114;NR=59;PP=2965;SC=GCTTCAAGCACAAGATAATGC;SOR=1.325;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=114;TCR=59;TR=173;WE=113852433;WS=113852415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr13	113854560	rs3751411	G	A	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=466;ReadPosRankSum=0.471;SC=ACCACAGTGTGCGTACATAGT;SOR=0.883;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=25;WE=113854568;WS=113854557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr13	113854600	rs3751412	T	C	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=10;PP=1152;SC=TGAAATTACATAAATCATAAA;SOR=2.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=56;WE=113854608;WS=113854590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	113854715	rs3751413	C	T	6918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=128;NR=102;PP=2965;SC=TCTGCAGACACCTGTGTGCAC;SOR=0.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=230;TCF=128;TCR=102;TR=230;WE=113854723;WS=113854705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr13	113862801	rs9549692	G	A	3409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.20;ReadPosRankSum=-0.934;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,144:0.98:147
chr13	113888201	rs2146408	T	C	4873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=88;NR=84;PP=2345;SC=TAACTCTGCTTGTTTCTTAGG;SOR=0.848;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=173;TCF=88;TCR=85;TR=172;WE=113888209;WS=113888191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr13	113889474	rs2287250	C	T	10121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=180;NR=178;PP=2965;SC=GTACCGTTTGCTCGCTGAGCG;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=361;TCF=181;TCR=180;TR=358;WE=113889482;WS=113889464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr13	113891075	rs2287253	G	A	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=61;NR=30;PP=1488;SC=CCCATCTTTTGCAGAGAACCA;SOR=1.035;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=61;TCR=30;TR=91;WE=113891083;WS=113891065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr13	113891359	rs2287254	A	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=91;ReadPosRankSum=-0.102;SC=TTAGCCATCCACGGGAGAAAA;SOR=0.283;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=113891367;WS=113891349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr13	113899004	rs3932499	C	A	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.87;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	113899005	.	A	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=-2.320;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr13	113900197	rs2302756	G	A	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=10;PP=744;SC=AAAATTACACGGTTTATTTTG;SOR=1.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=113900205;WS=113900187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	113908908	.	C	CA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.853;QD=1.09;ReadPosRankSum=1.786;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr13	113917767	rs4907602	T	C	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr13	113951722	rs7983578	C	T	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=6;NR=6;PP=165;SC=GCCCCCGCTCCCCGCACCGTA;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=113951730;WS=113951712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	113965002	rs71706094	AT	A	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.899;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,31:0.24:129
chr13	113965176	rs9577503	C	A	4977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=86;PP=2742;SC=CAGCTTCAGCCGGGGAGGTAG;SOR=0.986;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=79;TCR=86;TR=165;WE=113965184;WS=113965166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr13	113978969	rs912010	G	A	1809.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=30;PP=826;SC=TGGCAGGCAGGCAGACAGGCC;SOR=1.263;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=113978977;WS=113978959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr13	114088341	rs59659705	T	TG	474.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.934;NF=1;NR=11;PP=487;ReadPosRankSum=1.174;SC=GCCACTCAAGTCCTGCAGCAG;SOR=1.634;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=12;WE=114088349;WS=114088331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr13	114150356	.	GGA	G	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=1.474;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,6:0.14:43
chr13	114309226	rs11164142	G	A	2051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=1.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-2.817;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,136:0.29:463
chr13	114312354	rs9285616	T	G	3912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=44;PP=2195;SC=GTACCCCACCTGGACAGGGTG;SOR=1.300;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=90;TCR=44;TR=134;WE=114312362;WS=114312344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr13	114312605	rs58459344	G	GA	160.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=116;ReadPosRankSum=-0.246;SC=GGCCAGGGCCGTTTATCAGCG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=3;WE=114312614;WS=114312595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr13	114312606	rs58758822	T	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=145;ReadPosRankSum=-0.351;SC=GCCAGGGCCGTTTATCAGCGC;SOR=1.402;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=4;WE=114312614;WS=114312595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr13	114322289	rs9796035	A	G	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.855;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=560;ReadPosRankSum=0.075;SC=TCAGGGTCCTAGGGAAAGGGG;SOR=0.968;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=162;TCF=82;TCR=80;TR=51;WE=114322297;WS=114322279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,56:0.31:178
chr13	114323997	rs9796234	T	C	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=1025;ReadPosRankSum=0.962;SC=CGTCTCACTTTTCAGGGTGCT;SOR=0.673;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=250;TCF=135;TCR=115;TR=82;WE=114324005;WS=114323987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,85:0.32:263
chr13	114453605	.	C	CTGTGTGCACG	5979.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=47;PP=2970;ReadPosRankSum=1.278;SC=GTGTGCATGCCTGTGTGTGCA;SOR=0.852;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=14;TCR=130;TR=52;WE=114453613;WS=114453595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,149:0.60:248
chr13	114498034	rs9577895	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=4.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=105;ReadPosRankSum=0.265;SC=AAGAAGCCCCGACCTCGAGCT;SOR=0.976;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=7;WE=114498042;WS=114498024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr13	114498362	rs28653123	T	C	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=278;ReadPosRankSum=-0.686;SC=CTCCTCTCAGTAAGTCTCATT;SOR=0.851;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=17;WE=114498370;WS=114498352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr13	114502416	rs7400029	T	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=0.838;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,30:0.26:116
chr13	114503915	rs9577890	CA	TG	2258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.21;ReadPosRankSum=0.085;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,66:0.36:185
chr13	114507836	rs7323732	A	G	7032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.87;ReadPosRankSum=1.931;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,191:0.40:473
chr13	114507840	rs7332019	G	A	7276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.13;ReadPosRankSum=1.063;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,212:0.41:515
chr13	114514918	rs34217684	T	A	483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=2.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.370;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,38:0.36:107
chr13	114524944	rs7400002	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=-2.099;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr13	114525079	rs34975371	G	A	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=649;ReadPosRankSum=1.317;SC=TCAGCGAGACGGTGACCACGT;SOR=0.842;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=153;TCF=91;TCR=62;TR=56;WE=114525087;WS=114525069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,63:0.37:170
chr13	114537517	rs8191974	C	T	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.255;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=554;ReadPosRankSum=-1.281;SC=GGCCAGGGGCCGCCTACCTCA;SOR=1.061;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=148;TCF=95;TCR=53;TR=46;WE=114537525;WS=114537507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,47:0.29:160
chr13	114620051	rs11259844	C	T	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=442;ReadPosRankSum=0.058;SC=CAAAATGAGACGTCTAGCGGG;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=32;WE=114620059;WS=114620041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,35:0.78:45
chr13	114623880	rs7399982	G	A	12209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=945;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=272;NR=279;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.083;SC=CGTGTATTCAGTGCTGCTTCA;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=891;TCF=441;TCR=450;TR=551;WE=114623888;WS=114623870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:365,576:0.61:941
chr13	114751040	rs71449038	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.928;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=378;ReadPosRankSum=0.238;SC=GCAATCTCCCGCCCACTACAC;SOR=0.553;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=111;TCF=71;TCR=40;TR=31;WE=114751048;WS=114751030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,29:0.30:98
chr13	114751359	rs10781677	A	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=279;ReadPosRankSum=-0.167;SC=CCCCACCCACAGTACACATCC;SOR=0.666;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=19;WE=114751367;WS=114751349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr13	114772933	.	T	TCC	558	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=25;MQ=56.78;NF=6;NR=7;PP=558;QD=45.5384615385;SC=CTTACCCTTCTCCCCTCCTGC;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=13;WE=114772941;WS=114772923;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:26,13:0.33:39
chr13	114773126	rs9562086	C	T	2071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.725;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=50;PP=1200;ReadPosRankSum=1.005;SC=AGCCACACATCTGACGTGCAC;SOR=0.616;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=46;TCR=70;TR=83;WE=114773134;WS=114773116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,97:0.72:135
chr13	114774813	rs6560943	C	T	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.98;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,65:0.67:97
chr13	114778593	rs7322518	C	T	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=13;PP=907;ReadPosRankSum=-0.485;SC=CTCAGAAAGCCTCGGTCCCTC;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=63;TCR=19;TR=55;WE=114778601;WS=114778583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,63:0.68:93
chr13	114778859	rs146849472	C	CTCTCCCTCTCTCTG	1153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.544;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=2827;ReadPosRankSum=-1.695;SC=GTGTCTGTCTCTCTCCCTCTC;SOR=0.269;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=11;WE=114778888;WS=114778849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr13	114780648	rs2274719	A	C	3280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=5.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.50;ReadPosRankSum=0.685;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,156:0.64:243
chr13	114780764	rs2274717	A	G	3955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=79;PP=2123;ReadPosRankSum=-0.931;SC=CCCCAGACTCAGTGATGGCGT;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=251;TCF=125;TCR=126;TR=157;WE=114780772;WS=114780754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,184:0.64:289
chr13	114781868	rs2274716	G	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=338;ReadPosRankSum=0.437;SC=AAAATGCCACGACAGCTCCCC;SOR=1.528;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=20;WE=114781876;WS=114781858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr13	114783444	rs7986543	A	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=220;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTGAAAGAAAACCTGAATCAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=11;WE=114783452;WS=114783434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr13	114787031	rs2274713	T	G	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.46;ReadPosRankSum=2.948;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr13	114792842	rs3829340	C	T	5400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.03;ReadPosRankSum=2.284;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,252:0.65:385
chr13	114795094	.	T	C	577	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=14;MMLQ=23;MQ=55.25;NF=8;NR=1;PP=577;QD=67.9745791719;SC=ACCTCTAAAATGGCGTCATCC;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=9;WE=114795115;WS=114795084;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,9:0.43:21
chr13	114795107	.	GT	G	638	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=14;MMLQ=27;MQ=57.78;NF=10;NR=2;PP=638;QD=55.9166666667;SC=CGTCATCCTGGTGGGCCAGGA;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=12;WE=114795115;WS=114795084;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,12:0.50:24
chr13	115010254	rs3211416	C	T	4647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=51;PP=2670;SC=TGAAGTGTTACAACCCACAGC;SOR=1.365;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=103;TCR=51;TR=154;WE=115010262;WS=115010244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr13	115015966	rs59513608	C	CA	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=3.095;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,23:0.24:94
chr13	115039246	rs34154389	C	CA	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=1.675;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.254;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr13	115047700	rs9590410	A	T	4886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.33;ReadPosRankSum=-2.208;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,232:0.68:341
chr13	115064542	rs2701318	T	C	3517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.294;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=86;PP=1767;ReadPosRankSum=0.494;SC=TTTGTCAGTATGAGTATGCCT;SOR=0.873;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=231;TCF=107;TCR=124;TR=155;WE=115064550;WS=115064532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,168:0.67:251
chr14	20201561	rs4497603	C	T	3303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.345;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.917;NF=74;NR=49;PP=1959;ReadPosRankSum=-1.074;SC=TCTTTCATCTCTTTGCTCCTG;SOR=0.412;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=162;TCF=100;TCR=62;TR=123;WE=20201569;WS=20201551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,142:0.78:182
chr14	20201972	rs4391979	A	C	4510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=72;PP=2778;SC=ATGAGAATCAACAGAATTAGG;SOR=0.895;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=68;TCR=72;TR=140;WE=20201980;WS=20201962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr14	20202040	rs8011997	T	A	5295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;QD=40.74;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr14	20202040	.	TTCATA	ATCATA,ATCATG	1917	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=26;MQ=59.91;NF=73,55;NR=47,32;PP=340,1917;QD=3.12309343789;SC=TACTTGCTTATTCATAATGCA;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=73;TCR=48;TR=120,87;WE=20202053;WS=20202030;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:121
chr14	20202045	rs8006842	A	G	2766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-0.771;QD=20.20;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=1.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,105:0.77:137
chr14	20202389	rs4641652	G	T	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=795;ReadPosRankSum=0.481;SC=TGCATTTCTGGGCTTGAGGGA;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=56;WE=20202397;WS=20202379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,65:0.83:78
chr14	20202554	rs4393497	A	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5011;FS=2.869;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=2.523;SC=TATCATGTATATTATAAAGTA;SOR=1.942;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=10;WE=20202562;WS=20202544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr14	20215448	rs10498263	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=63;ReadPosRankSum=-0.405;SC=CTATATTACCCGATAAAACTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=20215456;WS=20215438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr14	20215501	rs12432072	G	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.21;ReadPosRankSum=0.317;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr14	20215561	rs71313488	T	TTCTC	1630.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.736;NF=7;NR=11;PP=792;ReadPosRankSum=0.597;SC=TAATTCTTCTTTAGGTCACTT;SOR=0.913;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=18;WE=20215569;WS=20215551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,42:0.63:67
chr14	20215989	rs17210864	A	G	4477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.013;NF=85;NR=83;PP=2510;ReadPosRankSum=1.656;SC=GCGCTACCTTACAGTCATGAA;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=248;TCF=126;TCR=122;TR=168;WE=20215997;WS=20215979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,194:0.69:280
chr14	20216298	rs12896533	T	C	7798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=123;PP=2965;SC=GAACAAGGTCTTCTCTACCTG;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=134;TCR=123;TR=257;WE=20216306;WS=20216288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr14	20216560	rs12435367	C	T	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=733;ReadPosRankSum=-1.458;SC=TTGAAAAACACACTCTTTCTT;SOR=1.038;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=46;WE=20216568;WS=20216550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,50:0.78:64
chr14	20228354	rs12889503	A	G	5670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.173;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=4.905;NF=134;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.426;SC=TTTGACTGTCATGGCTTTTGA;SOR=0.578;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=404;TCF=205;TCR=199;TR=252;WE=20228362;WS=20228344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,269:0.63:429
chr14	20265418	rs147037042	T	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.392;NF=12;NR=11;PP=232;ReadPosRankSum=0.283;SC=AGTCGACATGTAGTCTGTCAA;SOR=0.544;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=23;WE=20265426;WS=20265408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,29:0.31:95
chr14	20295510	rs7145672	C	T	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=2;PP=630;SC=TGAAGTACTGCATGTGCCAAA;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=20295518;WS=20295500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	20295763	rs11621854	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=4.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=-3.605;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.420;SOR=1.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,21:0.19:111
chr14	20295778	rs11621883	CC	AG	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=3.938;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=-3.950;QD=3.99;ReadPosRankSum=1.571;SOR=1.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,15:0.16:92
chr14	20295834	rs2801164	T	C	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=26;SC=TACTCCTTCATTGTGGCTCCC;SOR=1.163;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=63;WE=20295842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	20296004	rs2318279	C	T	1751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=1.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=-6.640;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,63:0.22:282
chr14	20296010	rs17114261	G	C	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=1.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-8.408;QD=6.57;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,57:0.21:267
chr14	20344373	.	CTTT	C,CTT	665.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=5.714;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.24;ReadPosRankSum=1.002;SOR=0.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,16,22:0.39,0.54:41
chr14	20345346	rs12883767	A	T	2342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=53;PP=1399;ReadPosRankSum=-0.536;SC=AGGTTTCTAAATTTTAATAAG;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=36;TCR=63;TR=83;WE=20345354;WS=20345336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,98:0.83:118
chr14	20403909	rs2792148	T	C	3156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=1.660;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,157:0.51:309
chr14	20404091	rs12885778	G	A	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-1.187;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:346,84:0.20:430
chr14	20404614	rs34608158	C	A	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=7.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=-1.497;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,54:0.22:247
chr14	20404735	rs34394400	C	T	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=698;ReadPosRankSum=0.796;SC=GCTGAGAAACCGTCATGTGAA;SOR=0.612;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=181;TCF=81;TCR=100;TR=51;WE=20404744;WS=20404725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,58:0.29:199
chr14	20404736	rs2792146	G	A	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=47;PP=1399;ReadPosRankSum=0.205;SC=CTGAGAAACCGTCATGTGAAC;SOR=0.700;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=181;TCF=80;TCR=101;TR=82;WE=20404744;WS=20404725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,87:0.44:200
chr14	20404767	rs2792145	A	G	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=785;ReadPosRankSum=-0.680;SC=ACTAGGGATCATTACGAAGGA;SOR=0.482;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=54;TCR=74;TR=60;WE=20404775;WS=20404757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,64:0.45:141
chr14	20404874	rs2792144	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=243;ReadPosRankSum=1.669;SC=ACAGAATTGGCTTTTTGTTTT;SOR=0.446;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=20;WE=20404882;WS=20404864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr14	20443872	rs4499148	C	G	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.80;MQRankSum=-0.965;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.445;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr14	20443943	rs4060024	A	G	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.826;NF=29;NR=23;PP=612;ReadPosRankSum=0.854;SC=CTGCTTGCAAACCTGTCATTT;SOR=0.649;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=152;TCF=88;TCR=64;TR=52;WE=20443951;WS=20443933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,54:0.34:160
chr14	20444012	rs3861512	A	T	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.803;NF=44;NR=31;PP=2183;ReadPosRankSum=0.392;SC=TTTCTGGTTGAGCGCAAGACT;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=249;TCF=143;TCR=106;TR=75;WE=20444034;WS=20444002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,80:0.29:278
chr14	20444026	rs3861513	T	G	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=2.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=1.203;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,76:0.27:282
chr14	20444193	rs2318556	A	C	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.799;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.902;NF=40;NR=43;PP=1024;ReadPosRankSum=-2.086;SC=TCCTCATTTCATGGTTTGTGG;SOR=0.538;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=235;TCF=111;TCR=124;TR=83;WE=20444201;WS=20444183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,96:0.36:270
chr14	20444441	rs10135246	C	A	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=42;PP=1217;ReadPosRankSum=1.467;SC=CGCTCCTCTGCAAGCATGGCG;SOR=0.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=109;TCR=92;TR=91;WE=20444449;WS=20444431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,95:0.44:218
chr14	20444490	rs11158071	C	T	3866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=3.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=12.98;ReadPosRankSum=0.143;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,182:0.61:298
chr14	20444588	rs2153466	T	C	3040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-5.511;QD=12.36;ReadPosRankSum=0.256;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,92:0.37:246
chr14	20444607	rs10135467	C	G	2796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.252;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-5.476;NF=36;NR=33;PP=720;ReadPosRankSum=-1.153;SC=ACCCTGTAATCTACACGCTAA;SOR=0.503;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=172;TCF=79;TCR=93;TR=69;WE=20444615;WS=20444597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,79:0.38:208
chr14	20470317	rs12893791	A	G	3474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=40;PP=2258;SC=GTAGAGCCAGATCAAATGGAT;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=75;TCR=40;TR=115;WE=20470325;WS=20470307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr14	20470737	rs12587697	G	A	9405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.03;NF=169;NR=152;PP=2965;SC=GTCATGAGTCGGGGGTTATGC;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=323;TCF=170;TCR=153;TR=321;WE=20470745;WS=20470727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr14	20470852	rs34315947	CT	C	6749.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.203;HP=8;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.156;NF=37;NR=145;PP=2983;SC=AGGTGGAAAACTTTTTTTTGT;SOR=0.375;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=213;TCF=43;TCR=170;TR=182;WE=20470861;WS=20470842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,300:1.00:301
chr14	20470903	rs12586792	T	C	8318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=142;NR=148;PP=2965;SC=GCTGACACTTTTGTCATTGAA;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=291;TCF=142;TCR=149;TR=290;WE=20470911;WS=20470893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr14	20482471	rs12590785	C	T	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr14	20482919	rs17308108	A	C	2573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=43;PP=1384;ReadPosRankSum=1.395;SC=AGCCAGCACCAGCCTGATGCA;SOR=0.695;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=163;TCF=95;TCR=68;TR=105;WE=20482927;WS=20482909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,117:0.64:182
chr14	20501962	rs2775261	G	C	132.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=101;SC=AAACAAGAGAGTGTCTCTTCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=20501970;WS=20501952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	20502506	rs140037435	G	C	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=-2.856;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,32:0.27:120
chr14	20528207	rs1958715	G	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=388;ReadPosRankSum=-0.735;SC=TGAGTAAATGGATCTTAAAAA;SOR=0.669;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=25;WE=20528215;WS=20528197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr14	20528321	rs1958716	A	G	2820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.379;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.446;NF=67;NR=46;PP=1626;ReadPosRankSum=0.769;SC=TGCTACTGTGATGGGAAACAT;SOR=0.873;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=190;TCF=110;TCR=80;TR=113;WE=20528329;WS=20528311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,127:0.59:214
chr14	20528359	rs1959630	G	T	10579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=37.38;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr14	20528359	.	GTCA	TTCA,TTCG	2016	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=60;MMLQ=19;MQ=60.1;NF=133,78;NR=110,62;PP=1293,2016;QD=5.46407906398;SC=TGACATGTAGGTCAACCCTTC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=134;TCR=111;TR=243,140;WE=20528370;WS=20528349;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:245
chr14	20528362	rs1958717	A	G	3513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=2.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.423;QD=12.33;ReadPosRankSum=0.710;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,171:0.60:285
chr14	20528448	rs112192573	TCATAGATTTGCTCACTGAC	T	6088.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.372;NF=19;NR=57;PP=2964;ReadPosRankSum=0.296;SC=CCCAAGATGATCATAGATTTG;SOR=0.750;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=145;TCF=28;TCR=117;TR=76;WE=20528474;WS=20528438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,158:0.56:282
chr14	20528505	rs2775253	T	A	3010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.612;QD=13.32;ReadPosRankSum=-1.816;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,138:0.61:226
chr14	20528528	rs2775254	G	A	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.587;NF=60;NR=63;PP=1926;ReadPosRankSum=0.199;SC=CTTCTTTGGGGGTGCTGAGAT;SOR=0.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=190;TCF=94;TCR=96;TR=123;WE=20528536;WS=20528518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,117:0.62:189
chr14	20528558	rs143026565	G	A	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=2;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-1.467;NF=26;NR=27;PP=620;ReadPosRankSum=-2.919;SC=GATAATCATGGCCTTTGACAG;SOR=0.815;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=163;TCF=80;TCR=83;TR=53;WE=20528566;WS=20528548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,57:0.35:164
chr14	20529019	rs1959629	C	T	2907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=42;PP=1111;ReadPosRankSum=1.354;SC=AAACTCTTGCCGTATTTTATA;SOR=0.752;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=115;TCF=51;TCR=64;TR=72;WE=20529027;WS=20529009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,78:0.58:134
chr14	20529043	rs1959628	C	G	2880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=41;PP=958;ReadPosRankSum=-0.325;SC=TTATCACACCCTTACTGAATC;SOR=0.942;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=108;TCF=50;TCR=58;TR=70;WE=20529051;WS=20529033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,77:0.63:122
chr14	20529177	rs1959627	C	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=260;ReadPosRankSum=-1.187;SC=TTAAATGCTACGATAAGATAG;SOR=0.283;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=18;WE=20529185;WS=20529167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr14	20665790	rs4981822	T	A	5712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=106;NR=86;PP=2965;SC=CCCATGTACATCCTGCTCGCC;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=106;TCR=87;TR=192;WE=20665798;WS=20665780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr14	20665840	rs4981088	G	A	5253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr14	20665887	rs4981823	G	C	5296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=79;PP=2965;SC=AGATCATCTCGTTCTCTGGCT;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=95;TCR=79;TR=174;WE=20665895;WS=20665877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr14	20666175	rs55781225	C	CA	4413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.253;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.378;NF=24;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.241;SC=CTCTCACTTGCAAAAAAGGCC;SOR=0.512;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=189;TCF=33;TCR=156;TR=103;WE=20666183;WS=20666165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,214:0.61:348
chr14	20666556	rs2318886	C	T	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=16;PP=451;SC=AAGGTCCTTGCGTAATTAATC;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=20666564;WS=20666546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	20666623	rs2318887	T	C	265.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=206;SC=CGCGGTGGCTTACGCCTGTAA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=20666631;WS=20666613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	20692188	rs12891553	T	C	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.248;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=41;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.357;SC=CTCTCTGAGATTAAAACCATC;SOR=0.800;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=304;TCF=161;TCR=143;TR=92;WE=20692196;WS=20692178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,99:0.29:337
chr14	20692291	rs34693535	C	T	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=38;PP=949;ReadPosRankSum=2.215;SC=ATGATCGGTACCTGGCCATCT;SOR=0.653;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=245;TCF=129;TCR=116;TR=81;WE=20692299;WS=20692281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,88:0.32:274
chr14	20692453	rs17211285	G	T	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=709;ReadPosRankSum=-1.754;SC=TTGACCACTTGGTGTGTGACC;SOR=0.785;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=159;TCF=84;TCR=75;TR=59;WE=20692461;WS=20692443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,61:0.36:171
chr14	20692574	rs17277221	T	C	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=30;PP=896;ReadPosRankSum=-0.489;SC=CTTGGGATCTTACACTCTGGT;SOR=0.700;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=190;TCF=102;TCR=88;TR=66;WE=20692582;WS=20692564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,70:0.33:214
chr14	20692643	rs17277228	T	C	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=4.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.682;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,73:0.35:206
chr14	20692999	rs11851950	T	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr14	20697600	rs12434822	T	G	2438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=41;PP=1242;ReadPosRankSum=0.743;SC=GCAGTTTGTGTTGTTGGGGTT;SOR=0.615;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=158;TCF=97;TCR=61;TR=103;WE=20697608;WS=20697590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,115:0.64:180
chr14	20698068	rs4981844	G	T	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=876;ReadPosRankSum=-0.929;SC=ACCTTTCTGTGGTCCCAACAT;SOR=0.686;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=231;TCF=125;TCR=106;TR=73;WE=20698076;WS=20698058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,84:0.33:251
chr14	20698239	rs1953558	T	C	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.414;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=29;PP=760;ReadPosRankSum=-1.210;SC=AACTGTGCTTTAGGTTCCTTC;SOR=0.811;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=162;TCF=85;TCR=77;TR=57;WE=20698247;WS=20698229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,71:0.39:182
chr14	20698298	rs1953559	T	G	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=30;PP=957;ReadPosRankSum=0.563;SC=CACACTTGGTTGTTGTGTCTC;SOR=0.583;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=109;TCR=83;TR=68;WE=20698306;WS=20698288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,78:0.36:215
chr14	20698504	rs1953560	G	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.850;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=609;ReadPosRankSum=0.292;SC=CAGAGATCATGAATAGGGTTT;SOR=0.928;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=176;TCF=69;TCR=107;TR=52;WE=20698512;WS=20698494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,57:0.30:188
chr14	20760066	rs1953549	T	A	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	20763446	rs1953551	T	C	3094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	20763824	.	T	TA	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.915;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr14	20764585	rs1953552	A	C	3373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=68;PP=1769;SC=GATTGCTAGAAGCTTTTCTGT;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=56;TCR=68;TR=124;WE=20764593;WS=20764575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr14	20767618	rs2318864	G	A	3668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr14	20767706	rs945459	C	T	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=30;PP=897;SC=TTTTACCTTTCTAAGTTTTTT;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=57;WE=20767714;WS=20767696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	20769870	rs3825766	G	A	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=2;PP=251;SC=CTGAGAAGTAGTATTACGTTG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=20769878;WS=20769860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	20770036	rs3742945	T	C	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	20784117	rs12889262	A	G	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=8;PP=264;SC=TTACTTTTATACAGAAGAGAG;SOR=1.127;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=20784125;WS=20784107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	20824181	rs3093930	T	C	4472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=78;PP=1955;SC=ATGAAAGTTATGAGTTCAAAG;SOR=1.199;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=144;TCF=64;TCR=80;TR=142;WE=20824189;WS=20824171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr14	20845521	rs2229101	A	C	2766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=39;PP=1654;ReadPosRankSum=-0.512;SC=AGAGGGACTGAAGGGAGCATT;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=111;TCR=58;TR=113;WE=20845529;WS=20845511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,124:0.66:187
chr14	20846521	rs2297615	A	T	4392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=79;PP=2269;ReadPosRankSum=0.771;SC=CCCCAAGAGCAACACTGGACC;SOR=0.577;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=131;TCR=118;TR=168;WE=20846529;WS=20846511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,201:0.70:289
chr14	20846950	rs8022805	C	T	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=27;PP=1083;ReadPosRankSum=1.101;SC=GGCTAGCAGCCGGCAGTCTGG;SOR=0.708;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=118;TCF=80;TCR=38;TR=78;WE=20846958;WS=20846940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,83:0.63:131
chr14	20848718	rs142580077	ACAATAGTAAGTCT	A	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=1421;ReadPosRankSum=-1.936;SC=TGGTGTGTCTACAATAGTAAG;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=20848738;WS=20848708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr14	20849169	rs2228039	G	A	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.14;ReadPosRankSum=-0.040;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,49:0.72:68
chr14	20849854	rs12433941	G	A	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=3.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.39;ReadPosRankSum=-1.452;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,72:0.66:109
chr14	20849940	rs12436041	G	A	2117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.24;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,96:0.69:139
chr14	20850093	rs1713456	C	T	3908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=62;PP=2401;ReadPosRankSum=1.296;SC=CTGGACGAGGCAGGCAAACGG;SOR=0.554;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=218;TCF=135;TCR=83;TR=158;WE=20850101;WS=20850083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,171:0.72:239
chr14	20851840	rs2297614	A	G	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=455;ReadPosRankSum=-0.140;SC=AGTGGGAGAGAAAAAAAAAGC;SOR=0.779;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=153;TCF=76;TCR=77;TR=43;WE=20851848;WS=20851829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,55:0.30:181
chr14	20852029	rs1760904	A	G	4526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr14	20852267	rs2228041	C	T	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=45;PP=1270;ReadPosRankSum=2.108;SC=CAGCATCAGCCGTTGCACTGT;SOR=0.754;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=137;TCF=69;TCR=68;TR=87;WE=20852275;WS=20852257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,92:0.59:155
chr14	20852817	rs1760903	G	A	4304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr14	20854625	rs141172994	C	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=275;ReadPosRankSum=0.807;SC=CGGGTCTCCTCCTCAGTGACG;SOR=0.673;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=16;WE=20854633;WS=20854615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr14	20854734	rs945011	A	G	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=23;PP=857;SC=CCCGCTCCCCATGCATGTCTC;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=54;WE=20854742;WS=20854724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	20856327	rs76575764	C	T	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=316;ReadPosRankSum=-0.288;SC=GTTTGGTGACCAGTTAAGTCA;SOR=0.188;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=26;WE=20856335;WS=20856317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr14	20857600	rs111751048	A	G	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=569;ReadPosRankSum=0.902;SC=GGACTCTCACAGAGGGGTACA;SOR=0.390;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=35;WE=20857608;WS=20857590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,38:0.78:49
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chr14	20859013	rs872072	G	A	3114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.917;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=56;PP=1646;ReadPosRankSum=1.757;SC=ACTGTGTATTGTCTGTGCCTT;SOR=0.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=178;TCF=97;TCR=81;TR=124;WE=20859021;WS=20859003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,141:0.71:199
chr14	20859084	rs872073	T	C	2737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=53;PP=1816;ReadPosRankSum=1.581;SC=ATGGTGGGTGTTGAGTGTCTG;SOR=0.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=93;TCR=83;TR=113;WE=20859092;WS=20859074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,120:0.65:184
chr14	20864049	rs2228026	A	G	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=400;ReadPosRankSum=-1.919;SC=CGAGGGCATCAATGGCATCAT;SOR=0.617;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=30;WE=20864057;WS=20864039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr14	20864720	rs77610051	G	A	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.761;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=564;ReadPosRankSum=2.496;SC=AAGCAGCAGTGGCCTCTCCAC;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=31;WE=20864728;WS=20864710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr14	20864995	rs75786003	T	C	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=709;ReadPosRankSum=1.133;SC=GAAGGATCACTTGAGCCCAGA;SOR=0.826;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=21;WE=20865016;WS=20864985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr14	20865008	rs4982042	C	G	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.34;ReadPosRankSum=1.669;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr14	20869019	.	A	AAATCGTTTTCAGT	499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=1258;ReadPosRankSum=1.331;SC=CTTATAAATCAAATACAACAA;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=20869027;WS=20869009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr14	20872656	rs17111211	T	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=228;ReadPosRankSum=2.065;SC=TGGGCACCAATGCTGAGGAAA;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=21;WE=20872664;WS=20872646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr14	20872863	rs6413437	A	G	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=26;PP=739;ReadPosRankSum=2.936;SC=CCGGCAAGAAAGCAGCAATGG;SOR=0.471;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=53;WE=20872871;WS=20872853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,62:0.67:92
chr14	20873524	rs3762146	A	G	207.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.85;ReadPosRankSum=1.648;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr14	20876253	rs1760897	A	G	2801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.921;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=46;PP=1461;ReadPosRankSum=-1.709;SC=TTTAGACTAGAGAGGGTGGCC;SOR=0.686;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=157;TCF=86;TCR=71;TR=108;WE=20876261;WS=20876243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,127:0.71:179
chr14	20896857	rs7140768	C	T	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=1;PP=328;SC=ATTTCCTCAACGGAGATCATA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=20896865;WS=20896852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	20897064	rs7145318	C	T	4524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=70;PP=2504;SC=TGCTGCACAGCGGGCAGTGTC;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=85;TCR=70;TR=154;WE=20897072;WS=20897054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr14	20897882	rs17111534	G	A	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.249;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=531;ReadPosRankSum=1.420;SC=TCCGTGGTTGGCTAGGCCAGC;SOR=0.517;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=139;TCF=84;TCR=55;TR=42;WE=20897890;WS=20897872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,44:0.28:156
chr14	20903349	rs1713408	T	C	6033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr14	20903543	rs112366857	A	T	5830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.394;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.057;SC=TCCGCCGCCCAGCAGCCTGTC;SOR=0.666;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=355;TCF=186;TCR=169;TR=241;WE=20903551;WS=20903533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,265:0.68:387
chr14	20903906	rs8017603	C	T	2517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=45;PP=1431;SC=AAGGCAGTCCCTCTGGACGGG;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=78;WE=20903914;WS=20903896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	20916249	rs2275008	T	C	2517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.83;ReadPosRankSum=-0.899;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,115:0.63:182
chr14	20916958	rs938883	T	C	3328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=50;PP=1934;SC=GCAGCTCAACTAGCTTCTTGC;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=113;TCF=63;TCR=50;TR=111;WE=20916966;WS=20916948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr14	20916987	rs938882	G	A	2968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=43;PP=1764;SC=GGGAATAAGCGTACGAGGCAC;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=96;WE=20916995;WS=20916977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr14	20917442	rs938881	A	T	3208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=54;PP=1669;SC=GTGATGAGGAAGTCCATGAAA;SOR=0.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=49;TCR=54;TR=103;WE=20917450;WS=20917432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr14	20919551	rs3120068	C	T	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.40;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	20919623	rs3120067	T	C	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	20919667	rs3120066	C	T	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=5;PP=183;SC=GGTTTTGCCACGTTGGCCAGG;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=20919675;WS=20919657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	20919712	rs3120065	C	T	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	20920043	rs1320150	C	T	176.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	20920250	rs2275007	T	C	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	20920340	rs2275006	A	G	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;QD=25.80;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	20920360	rs3215948	A	AG	332.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=4;PP=286;SC=AAAAAACAATAGTGGGGGACA;SOR=1.085;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=20920368;WS=20920350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	20920749	rs1878703	C	G	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=7;PP=193;SC=CACATTTTCACATCTACTCTT;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=20920757;WS=20920739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	20940515	rs1049562	C	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=410;ReadPosRankSum=0.940;SC=TTCTGTCTCACACTAAGCACC;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=33;WE=20940523;WS=20940505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,37:0.60:62
chr14	20940606	rs1049564	G	A	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=423;ReadPosRankSum=1.101;SC=CTTTGACTACGGTGAAATCCC;SOR=0.665;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=28;WE=20940614;WS=20940596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr14	20940626	rs1130650	C	T	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.27;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr14	20940834	rs1713422	A	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=110;ReadPosRankSum=1.278;SC=AAGAGACAGGACATGTGTGTG;SOR=1.426;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=8;WE=20940842;WS=20940824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr14	20942744	rs1713420	A	G	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.70;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,65:0.79:82
chr14	20978531	rs2319198	G	A	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=56;NR=24;PP=1518;SC=GGAGACCCCAGATACAATGCT;SOR=1.429;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=56;TCR=24;TR=80;WE=20978539;WS=20978521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	21024605	rs8014474	G	A	2742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=32;PP=1583;SC=CTCAGAGAACGCTCTGCTAGG;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=93;WE=21024627;WS=21024595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	21024619	rs1243647	A	G	3172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=37;PP=1943;SC=TGCTAGGGCGATATGACAAAG;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=70;TCR=37;TR=107;WE=21024627;WS=21024595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr14	21024786	rs12590446	A	G	3939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=64;PP=2422;SC=TGGTATTTCAAATGCTTCTGT;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=130;WE=21024794;WS=21024776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr14	21058337	rs4981259	C	T	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=0;PP=130;SC=TCCCCTTCCGCTCAAGGCATT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=21058345;WS=21058329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	21074397	rs34721081	G	A	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;ReadPosRankSum=-0.587;SC=CATAACATGTGTCACCACACC;SOR=0.820;Source=Platypus;TCF=69;TR=37;WE=21074405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,43:0.28:152
chr14	21074427	rs75294609	C	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.739;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;ReadPosRankSum=0.389;SC=GTGGAACAAGCGGCCTTACGA;SOR=0.904;Source=Platypus;TCF=50;TR=30;WE=21074435;WS=21074417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,32:0.28:113
chr14	21108748	.	GC	AT	44	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=27;MQ=58.31;NF=3;NR=0;PP=44;QD=32.4892916207;SC=AGCTGAGATCGCGCCACTGCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=3;WE=21108757;WS=21108741;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,3:0.43:7
chr14	21109141	rs17277522	C	T	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.663;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=348;ReadPosRankSum=-2.426;SC=GGCCTTCTGACGGCCTGAAGC;SOR=0.957;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=112;TCF=56;TCR=56;TR=31;WE=21109149;WS=21109131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,32:0.25:128
chr14	21109170	rs11628297	T	A	3670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=55;PP=2101;SC=TGCTCAGGACTGCCAGCACAA;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=62;TCR=55;TR=117;WE=21109178;WS=21109160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr14	21109278	rs11627438	A	T	2112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.961;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=30;PP=1079;ReadPosRankSum=0.016;SC=TGTTGGTGCAAGCCAGGCGGA;SOR=0.875;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=140;TCF=83;TCR=57;TR=82;WE=21109286;WS=21109268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,100:0.60:167
chr14	21109385	rs11622969	C	T	2786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=58;PP=1503;ReadPosRankSum=-0.785;SC=AGCACAGGGACGAGTCCCCCC;SOR=0.661;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=198;TCF=106;TCR=92;TR=117;WE=21109393;WS=21109375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,134:0.60:223
chr14	21109671	rs11627574	A	G	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.497;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=39;PP=1309;ReadPosRankSum=1.930;SC=AGAAGTACATAGGGGTCTGTA;SOR=0.363;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=81;WE=21109679;WS=21109661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,85:0.78:109
chr14	21109726	rs11622794	G	A	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=34;PP=988;ReadPosRankSum=1.592;SC=CACATTGCCTGTCAGATTCAG;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=73;WE=21109734;WS=21109716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,81:0.80:101
chr14	21109745	rs45443395	C	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,20:0.19:107
chr14	21109859	rs11156622	T	C	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=4.805;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=632;ReadPosRankSum=-0.793;SC=ATTGTCTTTTTCACCTGTCCA;SOR=1.670;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=36;WE=21109867;WS=21109849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,38:0.73:52
chr14	21215600	rs17211691	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=137;ReadPosRankSum=-0.543;SC=TCTAATATGGAACCAAATAGC;SOR=0.116;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=9;WE=21215608;WS=21215590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr14	21215692	rs10136680	C	T	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	21215728	rs10135976	G	C	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	21215923	rs34552133	G	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.326;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,28:0.26:107
chr14	21238154	rs28529597	G	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9748;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=0.566;SC=ATGAGAATTAGCATCTTCTCA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=21238162;WS=21238145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr14	21238191	rs8005431	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=104;ReadPosRankSum=1.280;SC=TAAAATTGCACCCAAGTGCCT;SOR=0.859;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=21238199;WS=21238181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr14	21238318	rs3827905	G	A	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,42:0.47:90
chr14	21238322	rs3827906	C	G	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=1147;ReadPosRankSum=-0.057;SC=GGCATCGTCTCTAAAGATCTG;SOR=0.711;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=41;WE=21238330;WS=21238308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,48:0.53:91
chr14	21238767	rs3748339	A	G	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=373;ReadPosRankSum=-0.212;SC=GTCTATGCACATCCTCAGGTA;SOR=0.681;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=25;WE=21238775;WS=21238757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
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chr14	21250366	rs7156801	T	C	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=15;PP=314;SC=ATTGCATCCATGTTTTCTTTT;SOR=2.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=21;WE=21250374;WS=21250356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	21424365	rs8013670	A	G	3568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.508;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.589;NF=80;NR=69;PP=2349;ReadPosRankSum=-0.397;SC=ATCAACGACGAGACCCTCCAC;SOR=0.655;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=216;TCF=118;TCR=98;TR=149;WE=21424373;WS=21424355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,155:0.67:231
chr14	21424507	rs10145713	G	A	2071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=54;PP=1186;ReadPosRankSum=-1.368;SC=TTGGGTATCAGCATCTGTCCT;SOR=0.841;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=141;TCF=57;TCR=84;TR=88;WE=21424515;WS=21424497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,96:0.62:154
chr14	21458131	rs2741733	G	A	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	21458351	rs148961245	T	TTG	6678.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.460;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.384;NF=28;NR=42;PP=2824;ReadPosRankSum=-0.955;SC=CAACTTTCCTTTCTGCCAGGA;SOR=0.789;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=141;TCF=53;TCR=88;TR=70;WE=21458359;WS=21458341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,173:0.61:282
chr14	21458619	rs17092373	A	C	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=1113;ReadPosRankSum=0.868;SC=TCTTTGGCCCATAGGGAGCGC;SOR=0.830;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=113;TCF=46;TCR=67;TR=66;WE=21458627;WS=21458609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,67:0.56:119
chr14	21458812	rs71642264	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=-0.105;SC=GGTTAGAAATGAAGAGTAAGA;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=13;WE=21458820;WS=21458802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr14	21460160	rs2741737	C	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=208;ReadPosRankSum=-1.370;SC=TTGTCGTCTCCCTTGAGCTTT;SOR=0.420;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=17;WE=21460168;WS=21460150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr14	21460441	rs2297720	A	C	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=270;ReadPosRankSum=2.318;SC=ACAATTACACAATCAATTTAG;SOR=0.719;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=22;WE=21460449;WS=21460431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr14	21460480	rs2297719	A	G	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=273;ReadPosRankSum=-1.235;SC=CTGACCTTAAAAGGATCAATT;SOR=0.333;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=19;WE=21460488;WS=21460470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr14	21460578	rs2297718	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=30;ReadPosRankSum=0.760;SC=CCCTTTTGTATTGGGGAGTGA;SOR=0.188;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=4;WE=21460586;WS=21460568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr14	21463430	rs2741739	G	T	3771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr14	21463474	rs2783801	G	A	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=36;PP=996;SC=AGACTGTCATGTATTGACAAG;SOR=1.288;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=62;WE=21463482;WS=21463464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	21467913	rs2234632	T	G	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=26;PP=973;SC=CATCACCGGCTAGTCCTCAGA;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=64;WE=21467921;WS=21467903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	21468156	rs2149666	T	G	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=18;PP=1193;SC=TGACAGCTCTTGTGTGGGATG;SOR=1.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=59;WE=21468164;WS=21468146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	21469151	rs2234636	T	C	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=508;ReadPosRankSum=-0.735;SC=GGGCTTCTTTTTTGTCTTCTT;SOR=0.764;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=33;WE=21469159;WS=21469141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,41:0.73:56
chr14	21486137	rs1243445	G	C	5916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr14	21486442	rs1243446	A	G	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.734;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,97:0.41:234
chr14	21488046	rs1243448	G	C	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=17;PP=641;SC=TGCTGCTCCCGTCGACTCTTC;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=36;WE=21488054;WS=21488036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	21490125	rs1243449	A	C	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=10;PP=458;SC=CTCCCAGAATAACCACTGCCC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=21490133;WS=21490115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	21491151	rs1958029	A	G	5264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=4.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.40;ReadPosRankSum=0.305;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,238:0.74:321
chr14	21491283	rs35333450	A	G	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=1170;ReadPosRankSum=-0.261;SC=AGACTAGGGTAGTGGTGAAGC;SOR=0.895;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=64;WE=21491291;WS=21491273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,64:0.73:88
chr14	21499561	rs1243460	G	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=149;ReadPosRankSum=0.872;SC=TCTAGTATCTGAGCCAGGCAA;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=11;WE=21499569;WS=21499551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr14	21500121	rs9624	G	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.214;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,24:0.26:93
chr14	21500395	rs1243462	A	G	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=15;PP=864;SC=GAGGCAGCACAGGAGGGTGGG;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=45;WE=21500403;WS=21500385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	21500426	rs1754340	G	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.322;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=260;ReadPosRankSum=0.415;SC=CACACCCTTCGCTCTGCTTAG;SOR=0.350;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=27;WE=21500434;WS=21500416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr14	21500541	rs35274235	T	TA	2137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=33;PP=1359;ReadPosRankSum=1.003;SC=GATGTGGAGGTAAAAGTATCT;SOR=0.848;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=71;TCF=15;TCR=56;TR=39;WE=21500549;WS=21500531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,95:0.66:145
chr14	21500597	rs3818616	C	T	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.532;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=752;ReadPosRankSum=-1.919;SC=TCCACCCCCACCCCTCAAAAG;SOR=0.905;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=48;WE=21500605;WS=21500587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,71:0.61:117
chr14	21501095	rs3748346	T	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=60;ReadPosRankSum=-0.377;SC=ACATCTTACATACTCAGATGT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=7;WE=21501103;WS=21501085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr14	21502345	rs8007176	A	G	2443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=56;PP=1477;ReadPosRankSum=0.962;SC=TCAATGCTTAAGGTATAGAAG;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=79;TCR=89;TR=106;WE=21502353;WS=21502335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,115:0.62:184
chr14	21503743	rs1243463	G	A	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=571;SC=CCTTTGCTGGGCAGCAGAAAA;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=21503751;WS=21503733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	21504447	rs1243464	A	G	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.411;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=459;ReadPosRankSum=-2.597;SC=AAAAAGTGTGATCCCTTCTTT;SOR=1.041;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=108;TCF=49;TCR=59;TR=39;WE=21504455;WS=21504437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,47:0.38:123
chr14	21511458	rs1263872	G	C	12166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.86;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr14	21511497	rs1243469	C	T	9247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr14	21526044	rs12435011	T	C	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=569;ReadPosRankSum=0.048;SC=CTGTCTCCCTTAAGAGAGATG;SOR=0.924;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=71;TCR=19;TR=34;WE=21526052;WS=21526034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,35:0.35:100
chr14	21526079	rs12437266	C	T	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=675;ReadPosRankSum=1.521;SC=AGGATGCTGCCCCCTGCTGCT;SOR=0.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=156;TCF=107;TCR=49;TR=50;WE=21526087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,51:0.31:167
chr14	21542037	rs4982405	C	T	3870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr14	21544056	rs7140850	C	T	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=459;SC=AGACTTCAAGCCATTGACCTT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=21544064;WS=21544046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	21544842	rs11483416	T	TG	2661.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=41;PP=1985;SC=CCATCAGTAGTGGGGAGAGGA;SOR=1.101;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=50;WE=21544850;WS=21544832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	21549893	rs7143633	G	C	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr14	21551058	rs1958395	G	A	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	21551069	rs1958396	T	C	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	21555066	.	GA	G	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.03;ReadPosRankSum=0.273;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,16:0.30:54
chr14	21555087	rs145744937	AAATC	A	3569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.65;QD=43.53;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	21556963	rs35186993	A	AT	3287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=23;PP=1214;SC=ATGTCCCTAAATTCACTGTAG;SOR=0.770;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=31;WE=21556971;WS=21556953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr14	21558558	rs6571653	G	C	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=540;ReadPosRankSum=0.081;SC=CGCCCGCCGCGCCTTCCACCT;SOR=0.837;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=27;WE=21558566;WS=21558548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr14	21560706	rs1065496	C	G	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.563;NF=25;NR=30;PP=742;ReadPosRankSum=1.473;SC=GTTCGGGCTCCGGCTCCGGCT;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=55;WE=21560714;WS=21560696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,65:0.68:95
chr14	21560752	rs3841049	GGAGGCT	G	1112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.416;NF=2;NR=16;PP=813;ReadPosRankSum=-1.255;SC=GGGCTGGGGTGGAGGCTGAGG;SOR=0.824;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=18;WE=21560765;WS=21560742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr14	21562560	rs7149011	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=1.181;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,20:0.22:92
chr14	21570273	rs745696	T	C	6150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=111;NR=94;PP=2965;SC=CACCCCGCCTTTGGAAGGTGA;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=111;TCR=95;TR=205;WE=21570281;WS=21570263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr14	21570614	rs4982408	A	C	2787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=55;NR=40;PP=1369;SC=TGGGTTTCATAGTGGTGGTGG;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=95;WE=21570622;WS=21570604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr14	21571119	rs12432043	A	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.414;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=41;ReadPosRankSum=-0.114;SC=GGGTAAGAGGAAACTGGGAAT;SOR=1.044;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=5;WE=21571127;WS=21571109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	21571208	rs12880628	G	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=-0.746;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr14	21571223	rs57471121	G	C	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=381;ReadPosRankSum=0.324;SC=TTGGGCAGGAGGAAGCAGTTG;SOR=0.509;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=31;WE=21571231;WS=21571213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,35:0.74:47
chr14	21623010	rs8007993	T	C	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=26;PP=1281;SC=TTCACAGGGGTGGGCATGGGA;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=76;WE=21623018;WS=21623000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	21623290	rs7145814	T	C	4191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=78;PP=2134;SC=AAGAGGCAGATGGCAGTGAGG;SOR=1.116;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=64;TCR=78;TR=142;WE=21623298;WS=21623280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr14	21623489	rs45462402	C	T	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=534;ReadPosRankSum=-1.396;SC=GGATGGGTGGCCCATCACAGA;SOR=0.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=40;WE=21623497;WS=21623479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,43:0.61:70
chr14	21623648	rs7161544	G	A	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.990;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr14	21623836	rs4982419	G	A	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.783;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=335;ReadPosRankSum=-2.461;SC=AAGAAGGAGAGGCTCTTCAGG;SOR=0.844;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=29;WE=21623844;WS=21623826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,34:0.32:105
chr14	21624197	rs10135366	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.546;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr14	21699069	rs8016099	A	C	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=4.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=1.243;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,38:0.29:130
chr14	21702445	rs3215705	TA	T	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.045;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=200;ReadPosRankSum=1.131;SC=TATTCCTTGATAAAACATTCT;SOR=0.227;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=9;WE=21702453;WS=21702435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr14	21770730	rs6571751	A	G	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr14	21775816	rs8005773	G	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=80;ReadPosRankSum=-1.292;SC=ATTCTTACTAGGGCATAGTCA;SOR=1.270;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=8;WE=21775824;WS=21775806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr14	21778717	rs72160728	AAAT	A	778.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.99;ReadPosRankSum=-0.209;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr14	21778792	rs1957414	T	C	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=202;ReadPosRankSum=-0.645;SC=TGAGTCTCTGTTTCTTAGTAA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=17;WE=21778800;WS=21778782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr14	21796784	rs3748361	G	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=10;PP=363;SC=AAATACACCAGAGGTAAGACC;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=21796792;WS=21796774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	21821821	rs3736824	A	C	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=256;ReadPosRankSum=0.411;SC=AAATGACATTAGATTAGGAAG;SOR=0.688;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=20;WE=21821829;WS=21821811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr14	21825924	rs3762156	T	C	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.52;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	21826718	rs3762157	T	G	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.23;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	21828520	rs927412	T	A	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=18;PP=632;SC=AGAAGCTGAGTGAAATGAAGT;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=21828528;WS=21828510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	21829129	rs3762158	C	G	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=30;PP=1273;SC=GTTTTACAATCCCCTAAGCAA;SOR=1.012;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=61;WE=21829137;WS=21829119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	21829404	rs1543494	T	C	4953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr14	21829470	.	C	CTT	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=-0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=-1.074;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr14	21830635	rs1983768	C	T	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=278;SC=TTTTTAATAACGAAGTATCCT;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=21830643;WS=21830625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	21831052	rs10138699	T	C	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=26.23;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr14	21831112	rs10146717	G	A	3438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=42;PP=1861;SC=GAGCTCTGGAGTGGGATAAAA;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=110;WE=21831120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr14	21831692	rs10139379	T	A	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.75;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	21833147	rs2295866	G	A	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	21834815	.	C	CTTTTT,CTTTT	348.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.47;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=57.02;NF=0;NR=2;PP=50;SC=AGTCCACTCACTTTTTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=21834823;WS=21834805;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:10
chr14	21836400	rs8008670	T	C	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=4;PP=697;SC=TACACAACTTTCAAACCTCCT;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=21836408;WS=21836390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	21838160	rs2181125	A	G	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=18;PP=576;SC=TTATTTAGCAAACTATCACTG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=21838168;WS=21838150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	21838781	rs4982445	C	T	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=17;PP=447;SC=CTACTTTTTACTTTTAAAGAG;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=21838789;WS=21838771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	21859079	rs35057134	GA	G	3048.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.730;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.691;NF=19;NR=35;PP=2101;ReadPosRankSum=-0.800;SC=TGTGGGAATAGAGTGGTAATG;SOR=0.823;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=54;WE=21859087;WS=21859069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,86:0.69:125
chr14	21859536	rs3762159	T	C	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=10;PP=785;SC=GAAACGATGATACAGTATGTC;SOR=1.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=43;WE=21859544;WS=21859526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	21860360	rs1998332	G	A	5251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=93;NR=89;PP=2811;SC=CCAAGTTAGGGTAAAACTCCC;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=183;TCF=93;TCR=90;TR=182;WE=21860368;WS=21860350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr14	21861211	rs7152833	C	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	21864124	rs10134108	C	A	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=10;PP=263;SC=AGGATGAAGACCTAGCCACAC;SOR=1.911;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=21864132;WS=21864114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	21869705	rs113076568	C	CT	758.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=407;ReadPosRankSum=-0.430;SC=GTAAAGCTGACTTTTTTTTTT;SOR=0.793;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=21;WE=21869713;WS=21869695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,41:0.89:46
chr14	21871653	rs8022395	C	T	3239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=34;PP=1787;SC=CTAGGCAGCGCACCATCTGAG;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=69;TCR=34;TR=103;WE=21871661;WS=21871643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr14	21874068	rs7155123	G	C	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=33;PP=1031;SC=AAACATGAAGGACTTCTGGGG;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=21874076;WS=21874058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	21883665	rs34695967	A	AAAAT	727.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=379;ReadPosRankSum=0.022;SC=CTCTATTTCAAAAATAAATAA;SOR=0.804;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=8;WE=21883673;WS=21883655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr14	21899631	rs10467770	C	T	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=736;ReadPosRankSum=-0.471;SC=GAATTCCCCACATCACCACCT;SOR=0.451;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=39;TCR=37;TR=54;WE=21899639;WS=21899621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,58:0.68:85
chr14	21930596	rs10143000	G	A	4045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=73;PP=2228;SC=GACATAAATCGTATCATCAGT;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=58;TCR=73;TR=131;WE=21930604;WS=21930586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr14	21936762	.	GA	G	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr14	21944955	rs17516362	G	C	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=369;ReadPosRankSum=1.142;SC=ATGCCCGCCCGAGCCTTGAAG;SOR=0.602;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=28;WE=21944963;WS=21944945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr14	21945415	rs2282046	A	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=-1.633;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,32:0.34:94
chr14	21950836	rs6571850	T	G	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=703;ReadPosRankSum=0.399;SC=AATATTTGCTTCAGTTTTAGT;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=46;WE=21950844;WS=21950826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,52:0.66:79
chr14	21955930	rs1061031	G	A	212.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.74;ReadPosRankSum=0.930;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr14	21960408	rs3737050	A	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr14	21960816	rs1060722	T	C	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.877;NF=23;NR=9;PP=613;ReadPosRankSum=0.413;SC=ACTCCACCCTTTCATCCTATG;SOR=1.079;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=32;WE=21960824;WS=21960806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr14	21960969	rs7617	G	A	2922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=53;PP=1811;ReadPosRankSum=0.124;SC=TGACCTCCCGGGGGCTCCAAC;SOR=0.740;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=97;TCR=77;TR=119;WE=21960977;WS=21960959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,129:0.67:192
chr14	21967438	rs3168880	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=1.939;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,39:0.31:127
chr14	21967916	rs1139130	A	G	2034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.901;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=44;PP=1134;ReadPosRankSum=-1.905;SC=ACCCCCAGAGATTTAGACATT;SOR=0.807;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=283;TCF=155;TCR=128;TR=102;WE=21967924;WS=21967906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,116:0.35:327
chr14	21970154	rs35058794	C	CT	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=10.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=0.566;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.251;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr14	21991626	rs1263810	C	G	3172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.299;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=63;PP=1718;ReadPosRankSum=1.114;SC=GGGAAACTCCCTGCCCCGGAG;SOR=0.938;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=180;TCF=88;TCR=92;TR=120;WE=21991634;WS=21991616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,141:0.68:206
chr14	21993498	rs1263811	G	A	3967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=74;NR=53;PP=1987;SC=AAATGCCCTGGAGACTCCTCT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=74;TCR=53;TR=127;WE=21993506;WS=21993488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr14	22037905	rs8009501	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.246;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=65;ReadPosRankSum=0.969;SC=TCTAATTGTGGCAGCTTCCCT;SOR=0.174;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=7;WE=22037913;WS=22037895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr14	22038210	rs17792766	G	T	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=655;ReadPosRankSum=-2.068;SC=TGGCCTGAATGATCTGTATGT;SOR=0.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=144;TCF=87;TCR=57;TR=52;WE=22038218;WS=22038200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,56:0.35:159
chr14	22038659	rs17792778	T	C	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=510;ReadPosRankSum=1.109;SC=GAGGAGATGCTCATATCAATG;SOR=0.850;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=37;WE=22038667;WS=22038649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,42:0.36:116
chr14	22038915	rs4982462	A	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=1.986;SOR=1.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,21:0.28:75
chr14	22070146	rs10134340	C	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.330;NF=19;NR=14;PP=368;ReadPosRankSum=-0.751;SC=AAAACACAGCCGCTGCCCCAT;SOR=0.840;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=33;WE=22070167;WS=22070136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,35:0.31:112
chr14	22070355	rs199637760	T	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=3.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-8.750;QD=1.66;ReadPosRankSum=0.919;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,53:0.18:294
chr14	22070509	rs11157069	G	A	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.156;NF=34;NR=33;PP=870;ReadPosRankSum=0.327;SC=GCATGGAGCCGGCGACCCAAG;SOR=0.561;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=186;TCF=89;TCR=97;TR=67;WE=22070517;WS=22070499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,81:0.39:208
chr14	22070595	rs35103338	AC	A	1205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.163;NF=2;NR=21;PP=659;ReadPosRankSum=-1.662;SC=ATTGCCAGGTACCTGTCATAG;SOR=0.684;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=82;TCF=10;TCR=72;TR=23;WE=22070603;WS=22070585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,45:0.32:142
chr14	22090208	rs8016939	A	G	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=15;PP=479;SC=TCCTGAATATACATTTTCCTA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=22090216;WS=22090198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	22090594	rs1063365	C	G	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	22101945	rs4982475	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.483;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=194;ReadPosRankSum=-0.499;SC=GCCAAAGAAAGTGAAAATAAA;SOR=1.833;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=10;WE=22101953;WS=22101935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr14	22102439	rs35963889	C	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=5.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=-12.959;QD=0.40;ReadPosRankSum=1.163;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,22:0.13:170
chr14	22102745	rs41314525	C	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.97;MQRankSum=-1.385;NF=14;NR=18;PP=308;ReadPosRankSum=0.104;SC=CAAAATAAGCCGAGGAACGGT;SOR=0.652;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=32;WE=22102753;WS=22102735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,36:0.34:107
chr14	22111660	rs3748364	C	T	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=2.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.569;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,41:0.33:123
chr14	22133416	rs12717305	A	G	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=-0.665;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,87:0.29:303
chr14	22133648	rs2874103	G	A	8728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=152;NR=149;PP=2965;SC=GCTGATCATTGTGGCGTATGA;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=301;TCF=152;TCR=149;TR=301;WE=22133656;WS=22133638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr14	22133997	rs970382	A	G	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=51;PP=1771;SC=GAAGGGCGCCAGAAAGCCCTG;SOR=0.872;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=98;WE=22134005;WS=22133987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	22134245	rs12435524	T	C	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=360;ReadPosRankSum=0.343;SC=ATAATGGGCATTGGGATTGCA;SOR=0.793;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=26;WE=22134253;WS=22134235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr14	22167296	rs6572018	G	C	4601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=77;PP=2711;SC=TTGGAGGCACGAACAAGATAT;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=73;TCR=78;TR=150;WE=22167304;WS=22167286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr14	22192106	rs926027	A	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.537;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=294;ReadPosRankSum=-1.232;SC=GACCCCCCCAATCCCGCCCGC;SOR=0.909;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=21;WE=22192114;WS=22192096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr14	22204568	rs2049788	G	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.303;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,26:0.30:88
chr14	22217356	rs2075477	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.404;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr14	22218051	rs2075478	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.652;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=118;ReadPosRankSum=0.844;SC=TAAAGCCACACTCTATTTCCT;SOR=1.267;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=9;WE=22218059;WS=22218041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr14	22237127	rs760008	C	T	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.00;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	22279809	rs2856411	A	C	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=25;PP=1581;SC=GGGTACAGCTAAGATCACGTC;SOR=1.514;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=85;WE=22279817;WS=22279799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	22293510	rs2178782	T	C	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=4;PP=585;SC=TTTGCATTCGTCCCGCCTGCA;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=22293518;WS=22293500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	22293554	rs35339724	G	GC	2177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=18;PP=1345;SC=ACATAGCGAAGCTGGTCTCTG;SOR=1.034;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=30;WE=22293562;WS=22293544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	22315479	rs7151170	G	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.932;NF=12;NR=15;PP=348;ReadPosRankSum=-0.471;SC=TCAAGAACTCGACCTTGAAGT;SOR=0.448;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=27;WE=22315487;WS=22315469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,31:0.32:96
chr14	22320728	rs2017224	T	C	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=0.336;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,17:0.22:78
chr14	22320876	rs2017238	A	G	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=3.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-3.092;QD=4.42;ReadPosRankSum=-1.845;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,76:0.30:256
chr14	22321124	rs2017263	T	C	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=284;ReadPosRankSum=-0.804;SC=CTTCCTTCAATCTGAGGAAAC;SOR=0.560;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=48;TCR=46;TR=28;WE=22321132;WS=22321114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,33:0.30:111
chr14	22321261	rs2017432	C	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.23;ReadPosRankSum=1.192;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,21:0.30:69
chr14	22321269	rs2072609	T	C	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.42;ReadPosRankSum=1.223;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr14	22321331	rs12892111	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=1.279;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr14	22322168	rs760003	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=2.001;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr14	22322369	rs11626323	T	C	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=-1.065;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,21:0.29:72
chr14	22322411	rs11629404	G	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.813;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr14	22322523	rs11629446	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.220;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=265;ReadPosRankSum=1.011;SC=GAAGGTAAATGGAACATTATA;SOR=1.708;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=18;WE=22322531;WS=22322513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr14	22322563	rs11620886	C	T	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=641;ReadPosRankSum=-1.340;SC=GATATGTACTCGTGTAATGTC;SOR=0.949;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=94;TCF=64;TCR=30;TR=45;WE=22322571;WS=22322553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,50:0.47:106
chr14	22322690	rs12878216	G	A	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.185;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=39;PP=953;ReadPosRankSum=-1.639;SC=TGCCCACAGGGACTGTGATGG;SOR=0.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=264;TCF=136;TCR=128;TR=79;WE=22322698;WS=22322680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,82:0.28:290
chr14	22322710	.	GC	TT	2414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.565;ClippingRankSum=0.000;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=3.901;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=-2.556;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,72:0.28:259
chr14	22322794	rs12879611	C	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.215;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=206;ReadPosRankSum=1.674;SC=ATATAGAAGTCGAATAGTCCA;SOR=0.427;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=20;WE=22322802;WS=22322784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,24:0.29:83
chr14	22322856	rs12884453	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=-1.259;SC=CCTTGCCTCTTCCGTGAATGT;SOR=0.634;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=7;WE=22322864;WS=22322846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr14	22337119	rs909075	G	C	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.35;ReadPosRankSum=-0.102;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr14	22337181	rs909076	C	T	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=369;ReadPosRankSum=0.581;SC=GGTTTCCTCTCGTTACTATGA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=23;WE=22337189;WS=22337171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr14	22337393	rs876093	G	A	2538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=44;PP=1564;ReadPosRankSum=0.161;SC=ACTTGGAAAAGGACCTCAGCT;SOR=0.771;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=171;TCF=98;TCR=73;TR=106;WE=22337401;WS=22337383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,116:0.66:177
chr14	22356081	rs12885687	T	C	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	22356225	rs17197550	G	T	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr14	22362971	rs2075481	A	G	7230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=103;PP=2965;SC=CTGTCTCTGAAGGAGCCCTGG;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=129;TCR=103;TR=232;WE=22362979;WS=22362961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr14	22363080	rs12895616	T	A	13340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.66;QD=44.17;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr14	22363084	rs12890675	C	G	13284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.46;QD=44.28;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr14	22392283	rs28501628	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-2.474;SOR=0.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr14	22392304	rs34365759	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.026;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,15:0.25:59
chr14	22392366	rs12437316	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.755;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,23:0.26:90
chr14	22392499	rs12435124	T	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.110;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr14	22392626	rs10140810	A	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=449;ReadPosRankSum=1.492;SC=ACCAGTGATCAAAGTTATGGT;SOR=0.648;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=104;TCF=65;TCR=39;TR=39;WE=22392634;WS=22392616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,42:0.33:128
chr14	22392703	rs8021861	G	C	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=396;ReadPosRankSum=0.051;SC=GTCTTATGACGAGCAAAATGC;SOR=0.895;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=124;TCF=76;TCR=48;TR=37;WE=22392711;WS=22392693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,43:0.30:145
chr14	22392807	rs8008040	T	C	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=389;ReadPosRankSum=0.083;SC=CAGCAATGTATTTCTGTGCAA;SOR=0.740;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=35;WE=22392815;WS=22392797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,40:0.37:107
chr14	22392845	rs17112255	C	T	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=701;ReadPosRankSum=-1.305;SC=ACAGAACTGTCGGAGGGAGGT;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=45;WE=22392853;WS=22392835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,49:0.71:69
chr14	22409532	rs3045130	TC	T	563.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.88;ReadPosRankSum=-0.548;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr14	22409534	rs374912343	TCTCTC	T	293.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.49;ReadPosRankSum=-1.119;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr14	22409571	rs2178779	A	G	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=25;PP=1748;SC=AACCCGTGGAAATTCAGTGAC;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=62;WE=22409579;WS=22409561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	22409771	rs4982531	A	G	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.65;ReadPosRankSum=0.574;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr14	22433866	rs17182972	C	T	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=440;ReadPosRankSum=1.508;SC=TGGGTAGAAACATGAGTGGTT;SOR=0.597;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=145;TCF=71;TCR=74;TR=43;WE=22433874;WS=22433856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,43:0.28:152
chr14	22466017	rs2280763	T	C	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=432;ReadPosRankSum=-1.388;SC=CAAGACCAAATTTTAGAGCCC;SOR=0.826;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=29;WE=22466025;WS=22466007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,27:0.31:88
chr14	22470693	rs5807105	T	TA	3208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=22;PP=1931;SC=TATGATGTGATAGGACAGAAA;SOR=1.116;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=42;WE=22470701;WS=22470683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	22470913	rs34215246	CT	C	557.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=406;SC=CTCACATTTTCTTTTTTTTTA;SOR=2.387;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=21;WE=22470921;WS=22470903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	22509188	rs4982545	T	C	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=8;PP=396;SC=GTAGCAGTCTTAACTGCAGTT;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=22509196;WS=22509178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	22521012	rs2072613	C	G	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=263;ReadPosRankSum=0.767;SC=GTCTATTGCTCTTTTTCTGAA;SOR=0.698;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=23;WE=22521020;WS=22521002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr14	22521051	rs2072614	G	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=213;ReadPosRankSum=1.688;SC=AGGAGGTGACGCAGATTCCTG;SOR=0.459;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=24;WE=22521059;WS=22521041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr14	22533887	rs3811312	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.847;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr14	22534497	rs3811306	T	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=230;ReadPosRankSum=-1.201;SC=GAGGCTGAATTTAAGAAGAAT;SOR=0.649;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=22;WE=22534505;WS=22534487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,26:0.30:88
chr14	22539108	rs2272547	C	T	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.92;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	22539116	rs2272548	G	A	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.82;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	22555048	rs35037531	T	C	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.57;ReadPosRankSum=-1.366;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,105:0.77:136
chr14	22565073	rs12897143	G	A	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=44;PP=1312;SC=GGATCAGATGGTTTAATTCCA;SOR=1.064;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=85;WE=22565081;WS=22565063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr14	22573582	rs2075498	A	C	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=3.468;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.29;ReadPosRankSum=2.125;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chr14	22580570	rs1040301	C	G	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=22;PP=956;SC=ATGGATAAAGCTTGAGGGAGA;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=22580578;WS=22580560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	22591988	rs2272550	C	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=386;ReadPosRankSum=-1.088;SC=CACCCAGCCCCCCTCCATGGA;SOR=0.742;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=122;TCF=67;TCR=55;TR=39;WE=22591996;WS=22591978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,48:0.32:150
chr14	22600863	rs3811291	G	A	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr14	22690209	rs2272551	A	C	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	22694777	rs2242544	A	G	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=24;PP=996;SC=AGAACACTAAAAGGGTAAAGT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=55;WE=22694785;WS=22694767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr14	22695128	rs12889091	A	G	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	22783027	rs66584005	TACA	T	758.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.181;QD=4.60;ReadPosRankSum=-1.138;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,29:0.18:165
chr14	22887459	rs3216790	CG	C	876.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=1.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.593;QD=6.45;ReadPosRankSum=-1.318;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,39:0.29:136
chr14	22887730	rs2301201	A	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=-0.843;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,22:0.15:144
chr14	22891794	rs2072615	G	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.236;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,19:0.20:93
chr14	22891883	rs2072616	G	C	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=1.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,64:0.29:217
chr14	22924194	rs2242545	G	A	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.559;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=370;ReadPosRankSum=0.044;SC=TAGGGTTGCCGTAAAGGGAAA;SOR=0.905;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=109;TCF=69;TCR=40;TR=38;WE=22924202;WS=22924184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,44:0.37:119
chr14	22924288	rs10129863	C	T	2580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=56;PP=1468;ReadPosRankSum=-0.397;SC=GGTACAACAACGTAAGTAACC;SOR=0.709;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=177;TCF=93;TCR=84;TR=114;WE=22924296;WS=22924278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,124:0.63:197
chr14	22924531	rs760020	C	G	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=12;PP=346;SC=CAGAAAGCTACCCTCCTCAAC;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=22924539;WS=22924521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	22930022	rs10131866	C	G	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.00;ReadPosRankSum=-0.042;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
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chr14	22934808	rs59433989	C	T	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=549;ReadPosRankSum=-0.526;SC=TCTTTTTTTACTCCTACAAGT;SOR=0.844;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=37;WE=22934816;WS=22934798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,42:0.76:55
chr14	22938561	rs11850502	A	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=301;ReadPosRankSum=-0.258;SC=AACAAATGAAACTACTTACAG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=16;WE=22938569;WS=22938551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr14	22942890	rs2254272	G	T	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	22947814	rs227858	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=-1.126;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr14	22948471	rs227859	T	C	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=27;PP=832;ReadPosRankSum=0.235;SC=CAAGGGGAGTTTGGGCAACTG;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=118;TCR=83;TR=65;WE=22948479;WS=22948461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,71:0.32:223
chr14	22952088	rs227861	G	A	3773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr14	22957488	rs1483971	G	T	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=4.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=0.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,41:0.46:89
chr14	22963632	rs11372266	G	GC	247.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.7865;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=1;PP=292;SC=TCTGGCCAGAGCCAGCTGCCC;SOR=2.833;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=5;WE=22963654;WS=22963622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	22963646	rs226985	T	C	170.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5730;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=116;ReadPosRankSum=0.967;SC=GCTGCCCTCATAGGAATTAAT;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=22963654;WS=22963622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr14	22964840	rs137998884	T	TG	1200.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=12;PP=843;SC=CCTGCCATGCTGGAGGTGGCT;SOR=1.148;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=21;WE=22964848;WS=22964830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	22964880	rs226986	A	C	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.912;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=501;ReadPosRankSum=-0.489;SC=TTTTTGTTAGAGCATGTATTA;SOR=1.415;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=41;WE=22964888;WS=22964870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,46:0.59:78
chr14	22965118	rs11334443	TC	T	629.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=443;SC=GTTGATGAATTCCTGGCAATC;SOR=1.863;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=22965126;WS=22965108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	22965144	rs11334442	AC	A	395.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=221;SC=GATTAGGTCAACGAAGAAGTA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=22965152;WS=22965134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	22968959	rs76182103	C	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=-0.111;SC=GAATTGTATCCATCATTAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=5;WE=22968967;WS=22968949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr14	22972622	rs226990	A	G	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=15;PP=910;SC=CAGCCCGATTAAAAGTTTTCA;SOR=1.524;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=47;WE=22972630;WS=22972612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	22972742	rs2170810	G	A	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=1.301;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,37:0.24:157
chr14	22972783	rs5807141	AC	A	5497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=53;PP=2513;SC=GGACAACTTTACCAAGTAAAA;SOR=0.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=8;TCR=55;TR=61;WE=22972791;WS=22972773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr14	22972815	rs2170811	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=1.450;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,33:0.27:121
chr14	22972844	rs5020726	A	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=6;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=197;ReadPosRankSum=1.504;SC=CACTCTGTTCATTTTTTGTTT;SOR=0.822;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=22;WE=22972852;WS=22972834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,24:0.30:80
chr14	22973964	rs4536381	C	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.799;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
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chr14	22974150	rs11324184	TC	T	4390.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=50;PP=2248;SC=TCACCGTTATTCCCCTGTAAG;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=59;WE=22974171;WS=22974140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr14	22974256	rs3811207	A	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=2.288;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.067;SOR=0.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
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chr14	22975700	rs969914	T	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=379;ReadPosRankSum=-2.853;SC=AAGTATATCTTTTCTCATTTC;SOR=0.887;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=121;TCF=54;TCR=67;TR=39;WE=22975708;WS=22975690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,39:0.31:127
chr14	22975728	rs3794450	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-1.303;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,19:0.23:82
chr14	22975755	rs3794451	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=-0.362;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr14	22976559	rs1872160	A	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.423;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr14	22976790	rs170543	C	T	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=9;PP=230;SC=AGTTTTGCTCCTTGTTGCGCA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=22976798;WS=22976780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	22978335	rs226997	C	T	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=18;PP=692;SC=TGAATTATGGCGGTGCTACAA;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=45;WE=22978343;WS=22978325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	22978451	rs11443893	G	GC	2413.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=22;PP=1113;SC=GGAAGCGACAGCACCCTTAGG;SOR=0.854;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=22978459;WS=22978441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	22978516	rs226998	G	A	392.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.474;NF=7;NR=7;PP=146;ReadPosRankSum=-0.858;SC=CTTATCTGCCGTGATATAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=14;WE=22978524;WS=22978506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr14	22978577	rs226999	A	G	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=22.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	22979845	rs201100481	A	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.952;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr14	22982069	rs11444527	A	AG	459.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=376;SC=TCTCCCCTCCAGGCTGGAAAA;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=22982077;WS=22982059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	22984499	rs227027	C	T	758.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.63;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	22984500	rs144430862	G	GGTT	749.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=2;PP=481;SC=CCTATTGTCCGGTTGTTACAG;SOR=2.712;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=10;WE=22984508;WS=22984489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	22984586	rs3764159	A	C	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.242;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.592;NF=34;NR=20;PP=864;ReadPosRankSum=0.517;SC=TTTTGCAAAGAAAGGAAACTC;SOR=0.399;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=54;WE=22984594;WS=22984576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,63:0.76:83
chr14	22985358	rs3764160	T	C	2299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.978;NF=45;NR=49;PP=1421;ReadPosRankSum=-1.331;SC=ATCAATCAAATCATTAGTTTG;SOR=0.548;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=134;TCF=61;TCR=73;TR=94;WE=22985366;WS=22985348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,101:0.68:148
chr14	22985463	rs227029	G	A	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=21;PP=641;SC=CTTTAAAATGGGATATGAGTG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=22985471;WS=22985453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	22985487	rs11453171	A	AC	985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=17;PP=749;SC=GTATGCACACAGCATGCCCAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=22985495;WS=22985477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	22988022	rs227009	C	G	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	22988748	rs227010	G	A	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=10;PP=657;SC=CTTGCCGCCCGGGAGGTGCAG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=22988756;WS=22988738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	22988972	rs1483979	G	C	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.27;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,57:0.70:81
chr14	22990930	rs11380759	A	AT	4530.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=21;PP=2057;SC=GGCCTAATTCAAAAGGAAGCA;SOR=1.589;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=54;WE=22990938;WS=22990920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr14	22993278	rs5807151	A	AG	920.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=10;PP=624;SC=AGGTTTGTGTAGGCGACCTCG;SOR=1.528;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=16;WE=22993286;WS=22993268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	22993491	rs227015	A	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.98;ReadPosRankSum=0.938;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr14	22993499	rs113943889	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.68;ReadPosRankSum=1.732;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr14	22997524	rs227024	A	G	4267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=69;PP=2359;SC=TTGCAAGGGGAACCATGTTAA;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=70;TCR=69;TR=139;WE=22997532;WS=22997514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr14	22997654	rs2129000	T	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=0.042;SC=TATCCATATTTCATGGGGAGC;SOR=1.051;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=10;WE=22997662;WS=22997644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr14	22998590	rs5807161	AG	A	2310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=27;PP=1200;SC=CCAACCAGGCAGGGAACTGCT;SOR=0.886;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=22998598;WS=22998580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	22998619	rs5807162	AC	A	1829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=817;SC=TGGGAAGGGAACCCACCTTAT;SOR=0.931;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=22998627;WS=22998609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	22999179	rs11412657	T	TC	3036.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=14;PP=1215;SC=AAAGGGGGAATCCAGCCAGAG;SOR=1.341;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=22999187;WS=22999169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	22999202	rs11412658	A	AG	4007.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=18;PP=1879;SC=CCCATGAGGGAGATAGCTGCA;SOR=1.227;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=40;WE=22999210;WS=22999192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	23000062	rs227003	T	C	4064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=1.114;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr14	23000185	rs227004	C	T	3860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=66;PP=2215;SC=GCCTGCTCTTCTCTGGCTGTT;SOR=1.092;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=54;TCR=67;TR=120;WE=23000193;WS=23000175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr14	23001388	rs227006	T	A	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=16;PP=849;SC=CTTTTCCCTATGTAGATCATG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=46;WE=23001396;WS=23001378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	23001547	rs1154153	T	C	2766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.63;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,127:0.72:177
chr14	23002265	rs11289756	GC	G	735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=590;SC=GGGTCCAATGGCCCTCTTTGG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=23002280;WS=23002255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	23002272	rs1154154	T	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.135;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=293;ReadPosRankSum=1.216;SC=ATGGCCCTCTTTGGCCTCTTA;SOR=2.712;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=15;WE=23002280;WS=23002255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr14	23005041	rs5807163	A	AG	4556.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=38;PP=2643;SC=TGGCAATCCTAGCTATGGCCC;SOR=0.812;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=58;WE=23005049;WS=23005031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	23006406	rs1263635	T	C	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.21;ReadPosRankSum=0.197;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr14	23006663	rs11396434	G	GC	1316.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=833;SC=AATGGCCACAGCACCCCCATC;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=23006682;WS=23006653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	23006674	rs1154157	G	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=331;ReadPosRankSum=-1.352;SC=CACCCCCATCGCTACCCTGTG;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=19;WE=23006682;WS=23006653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr14	23009291	rs1263637	G	C	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=5.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.94;ReadPosRankSum=1.018;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,46:0.66:70
chr14	23011096	rs1263639	T	A	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.68;ReadPosRankSum=1.519;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr14	23012873	.	CA	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=1.484;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr14	23014062	rs1263641	G	C	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=5.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.41;ReadPosRankSum=0.462;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr14	23014148	rs1263642	A	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=289;ReadPosRankSum=0.504;SC=GCCCAAACACAGGGGACAGAT;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=20;WE=23014156;WS=23014138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr14	23018665	rs1263653	C	G	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	23019657	rs1263658	C	G	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=19;PP=337;SC=CGGGTCTCTGCGTGCATCCTA;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=23019665;WS=23019637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	23020489	rs371247	T	C	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=18;PP=923;SC=CACCATCACATCCCTAACAGT;SOR=1.366;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=56;WE=23020497;WS=23020479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	23020688	rs11462449	G	GC	7736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=65;PP=2957;SC=CCCCGGCAATGCACCAACTGG;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=25;TCR=67;TR=88;WE=23020696;WS=23020664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr14	23020706	rs17461	C	A	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=4.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=1.081;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,65:0.32:205
chr14	23020820	rs5807168	G	GC	9347.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=76;PP=2957;SC=GGCTGCTGCAGCTCCGCTGGC;SOR=0.783;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=98;TCF=22;TCR=76;TR=94;WE=23020833;WS=23020810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr14	23020825	rs3699	G	C	9544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=76;PP=2794;SC=CTGCAGCTCCGCTGGCTGTGC;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=70;TCR=77;TR=145;WE=23020833;WS=23020810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr14	23020919	rs3700	C	T	2395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.454;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=49;PP=1327;ReadPosRankSum=-0.291;SC=CTCTAGGTCCCGGAGAATGTT;SOR=1.161;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=153;TCF=74;TCR=79;TR=88;WE=23020927;WS=23020909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,111:0.58:193
chr14	23020970	rs3702	G	T	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=-1.329;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,88:0.58:152
chr14	23021039	rs9125	G	A	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.357;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=796;ReadPosRankSum=-0.050;SC=TATGCTGTGTGTCTGGGCGTG;SOR=0.399;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=66;WE=23021047;WS=23021029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,82:0.63:131
chr14	23025932	rs12888861	A	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=-1.325;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr14	23026044	rs12888408	C	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.954;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr14	23026369	rs33982989	C	CG	210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=200;SC=GGCTGGAGTCCGGATCCACCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=23026377;WS=23026359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	23026438	rs12887841	G	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.833;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=293;ReadPosRankSum=1.129;SC=GTTTCCCGGTGGGACGAACTC;SOR=0.096;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=23;WE=23026446;WS=23026428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr14	23027743	rs4982639	G	C	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=55;PP=1626;SC=GCCAGAACACGCCACGTCACT;SOR=1.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=25;TCR=55;TR=80;WE=23027751;WS=23027733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	23044002	rs7621	G	T	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=17;PP=955;SC=ATGAGAATGAGTCAGCCAACA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=54;WE=23044010;WS=23043992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	23058084	rs1051101	A	G	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=40;PP=1278;SC=AAGGTACTCCAGTCCGCGCCC;SOR=1.340;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=67;WE=23058092;WS=23058074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	23072194	rs8023110	G	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=191;ReadPosRankSum=0.286;SC=AGTTGGGGAGGGTTCGGGAAT;SOR=1.112;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=10;WE=23072202;WS=23072184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr14	23072761	rs12879942	C	A	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.40;ReadPosRankSum=-0.964;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr14	23074899	rs1242924	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.269;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=117;ReadPosRankSum=-1.022;SC=AGAGCGCTGTCGGGAGGTGGT;SOR=1.911;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=9;WE=23074907;WS=23074889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr14	23079730	rs1242933	A	G	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=435;SC=CAGGAATAAAAGGCCATCCCA;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=23079738;WS=23079720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	23102969	rs1753430	G	A	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-2.266;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,31:0.28:109
chr14	23236524	rs8572	C	T	4892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr14	23239880	rs1957502	G	A	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=12;PP=672;SC=GTGAACTGGGGTTGGAGGGTA;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=23239888;WS=23239870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	23240328	rs8786	T	A	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.965;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=684;ReadPosRankSum=1.591;SC=TCCCCCAGCGTGTTGTACATG;SOR=1.019;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=179;TCF=97;TCR=82;TR=56;WE=23240336;WS=23240318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,58:0.31:189
chr14	23240500	rs148652894	C	T	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.832;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=859;ReadPosRankSum=3.567;SC=TGAAATGACGCGTCAGCTGCG;SOR=0.878;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=104;TCR=74;TR=66;WE=23240508;WS=23240490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,72:0.36:198
chr14	23240713	rs148216086	T	TAGC	3117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.42;ReadPosRankSum=-0.382;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,87:0.35:251
chr14	23242828	rs1061040	T	C	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	23244929	rs3751485	A	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=154;ReadPosRankSum=2.817;SC=ACAAGAAGAAAGAGGTTGTGG;SOR=0.148;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=10;WE=23244937;WS=23244919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr14	23245301	rs3850290	T	C	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=25;PP=1264;SC=CTAAATGAACTCCTTTCAAGG;SOR=0.877;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=57;WE=23245309;WS=23245291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	23249292	rs11568429	A	G	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=608;ReadPosRankSum=-0.943;SC=TTGGTGACTTACCCTTACCAC;SOR=0.781;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=44;WE=23249300;WS=23249282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,48:0.68:71
chr14	23282110	rs8018462	A	G	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	23282449	rs1805059	C	T	6736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr14	23282699	rs3829407	A	T	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=17;PP=539;SC=GCAATTACATAGAACCTCTAC;SOR=1.151;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=23282707;WS=23282689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	23282750	rs7157654	A	C	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=10;PP=278;SC=TCACCAACCAATGCGGAGACC;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=23282758;WS=23282740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	23291924	rs11625306	C	T	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.586;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=66;PP=1603;ReadPosRankSum=0.858;SC=ACAACTGCCTCCGGCCCCGAG;SOR=0.256;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=105;TCF=5;TCR=100;TR=69;WE=23291932;WS=23291914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,69:0.70:99
chr14	23299135	rs1135641	G	T	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.387;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=703;ReadPosRankSum=-1.699;SC=GCTGCTTTAGGGACTGTTCTC;SOR=1.145;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=41;WE=23299143;WS=23299125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,48:0.59:81
chr14	23299286	rs4982685	T	C	5472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=97;NR=84;PP=2965;SC=CACTGCAGCGTAGCCGCTTGG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=97;TCR=84;TR=181;WE=23299294;WS=23299276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr14	23300095	rs9646148	T	G	3887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=53;PP=2363;SC=TAGTAGCAAATCCAGGACTAG;SOR=1.037;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=80;TCR=53;TR=133;WE=23300103;WS=23300085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr14	23302565	rs17122962	A	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.31;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr14	23302585	rs12050397	T	A	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	23303293	rs12437230	T	G	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=167;ReadPosRankSum=1.704;SC=ATTTTCCAGATGAAACCTCTG;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=14;WE=23303301;WS=23303283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr14	23306048	rs1042703	C	T	8148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.54;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr14	23311042	rs17879412	CT	C	1672.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=8;PP=992;SC=CACAGCAAGTCTTACCCAACA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=23;WE=23311052;WS=23311037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	23311044	rs57542488	T	C	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=8;PP=655;SC=CAGCAAGTCTTACCCAACACT;SOR=1.179;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=27;WE=23311052;WS=23311037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	23312554	rs2236302	C	G	2660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.95;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,124:0.70:178
chr14	23312869	rs2236305	G	T	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.014;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,26:0.29:89
chr14	23312875	rs2236306	G	C	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=3.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.004;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,29:0.28:102
chr14	23312923	rs2236307	T	C	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=1.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.433;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,81:0.30:270
chr14	23314675	rs911912	C	T	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=21;PP=665;SC=TGGAAAACAACGGCGATGATA;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=23314683;WS=23314665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	23315331	rs743257	T	C	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	23342735	.	C	CT	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,26:0.23:114
chr14	23371055	rs1127066	G	C	7487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=146;NR=99;PP=2965;SC=TGGAGAGCTGGAAACACTGGG;SOR=1.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=146;TCR=100;TR=245;WE=23371063;WS=23371045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr14	23371255	rs61680322	G	GGGC	10756.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.352;NF=23;NR=124;PP=2978;ReadPosRankSum=1.993;SC=GCAGCAGCCTGGGCGGCGGCG;SOR=0.811;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=199;TCF=36;TCR=163;TR=147;WE=23371273;WS=23371245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,245:0.97:252
chr14	23373986	rs1043209	G	A	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=16;PP=997;SC=GTATGCAGCAGGTTAATCACG;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=51;WE=23373994;WS=23373976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	23374435	rs2295680	G	A	3768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=59;PP=2310;SC=TCCGATCTGAGATGATACGTA;SOR=0.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=69;TCR=60;TR=127;WE=23374443;WS=23374425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr14	23374862	rs2295682	C	T	5195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=77;NR=94;PP=2940;SC=TGTGTCCATACCTATAACTAA;SOR=1.037;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=77;TCR=94;TR=171;WE=23374870;WS=23374852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr14	23377612	.	CT	C	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=1.452;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr14	23391533	rs144411999	C	CACAA	1255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=13;PP=1069;SC=TCTCTAATCACACAAAGATCT;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=20;WE=23391541;WS=23391523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	23391913	rs8007089	T	C	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=19;PP=597;SC=AAGAAGCCCGTACCCCTCTAG;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=23391921;WS=23391903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	23394007	rs1956880	T	C	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=11;PP=415;SC=GCTTTCTGAGTTTTAGTAAGA;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=23394015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	23394069	rs1956881	A	C	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=15;PP=649;SC=TTCCTCCTCTAAGTGCACTCC;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=23394077;WS=23394059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	23394375	rs147925144	TAA	T	312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=28.43;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	23396680	rs12589539	T	C	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=3;PP=143;SC=AAGAAGGTACTTAGCACAATC;SOR=1.061;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=23396688;WS=23396670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	23415990	rs11414358	C	CT	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.375;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr14	23416252	rs2008951	C	G	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=8;PP=534;SC=CTCGGCCTCCCAAAGTGCTGG;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=23416260;WS=23416242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	23416476	.	GGC	G	88.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=5.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=0.377;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,5:0.15:33
chr14	23416479	.	A	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.161;SOR=2.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr14	23416485	.	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=1.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,5:0.17:30
chr14	23416496	.	C	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.930;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr14	23416506	.	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=-2.002;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr14	23416510	.	A	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,2:0.10:20
chr14	23424186	rs2016392	A	G	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.65;QD=24.87;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	23426182	rs2273626	C	A	3968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=67;PP=2232;SC=TCGGCTGGGGCGGGCTGGCCA;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=67;TCR=67;TR=134;WE=23426190;WS=23426172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr14	23504021	rs11543947	G	A	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=1.770;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,93:0.32:292
chr14	23504238	rs4144360	G	A	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=8;PP=198;SC=CAAAAAGAAGGGCCAGATGCG;SOR=3.442;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=23504246;WS=23504228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	23511357	rs4981456	G	C	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=3;PP=726;SC=CAGCTTCTCTGTAGCGTCCCT;SOR=2.899;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=23511365;WS=23511347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	23512343	rs57362684	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.314;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=34;ReadPosRankSum=-1.334;SC=TGTGAGAAGCAGGACTTGGTT;SOR=1.833;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=6;WE=23512351;WS=23512333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr14	23512466	rs72684308	T	G	128.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=58;ReadPosRankSum=-0.619;SC=CTGGCTTCATTTATTGCAAGT;SOR=1.329;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=5;WE=23512474;WS=23512456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr14	23518592	rs11626296	C	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5268;FS=2.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=108;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ATAGAGCCAGCCCATAGGTCC;SOR=1.609;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=7;WE=23518600;WS=23518582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr14	23518791	rs2295689	A	G	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	23518918	rs11623976	T	C	1930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.08;ReadPosRankSum=-0.953;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,88:0.69:128
chr14	23523244	rs11625828	C	G	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=16;PP=1016;SC=TCTCTAAGCTCCAACAGAGAG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=23523252;WS=23523234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	23524137	rs11418548	T	TG	778.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.87;QD=26.85;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	23530908	rs56402910	C	T	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=17;PP=519;SC=GATGGCCGGGCGCGGTGGCTC;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=23530916;WS=23530898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	23532865	rs57315948	A	G	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=26;PP=824;SC=GTTCCCCGGTAAGAGTAGCAG;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=23532873;WS=23532855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	23540295	rs118045040	G	A	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=662;ReadPosRankSum=1.343;SC=GAGCTAGGGCGGCGGGGAAAA;SOR=0.961;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=174;TCF=108;TCR=66;TR=58;WE=23540303;WS=23540285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,63:0.32:194
chr14	23548783	rs148403158	A	AGAACGT	794.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.523;QD=7.43;ReadPosRankSum=-1.345;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,26:0.24:107
chr14	23549319	rs1885097	A	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.504;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,21:0.30:69
chr14	23549379	rs941719	C	G	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	23549785	rs3811182	T	C	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.932;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.297;NF=57;NR=49;PP=1370;ReadPosRankSum=-0.557;SC=TTACTCTAGGTATCTCTTCCC;SOR=0.601;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=272;TCF=140;TCR=132;TR=106;WE=23549793;WS=23549775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,113:0.38:301
chr14	23550126	rs4982727	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=0.235;SC=CAATGATATATACTTTCAGCA;SOR=0.627;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=7;WE=23550134;WS=23550116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr14	23550887	rs717984	C	A	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.287;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=455;ReadPosRankSum=-0.229;SC=AAACTCAAAACAAGTCTGAAG;SOR=0.905;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=69;TCR=52;TR=42;WE=23550895;WS=23550877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,47:0.35:135
chr14	23559973	rs8020434	T	C	114.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=3;PP=63;SC=GTTGGAAGGCTTTTTTCTAAG;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=23559981;WS=23559963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	23571671	rs4444236	A	T	5595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.396;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=0.524;SC=CCTTGTCACTAGTTGCCTTGT;SOR=0.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=190;TCF=92;TCR=98;TR=187;WE=23571679;WS=23571661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,211:1.00:212
chr14	23572776	rs148655160	T	TAAAAC,TAAAACAAAAC	1426.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=11,11;NR=3,3;PP=240,351;SC=AAAAGCAAAATAAAACAAAAC;SOR=2.093;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=14,14;WE=23572784;WS=23572766;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.74,0.26:31
chr14	23596320	rs761874	A	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=1;PP=363;SC=ATGTGTTGGCAGGACCAAGGC;SOR=3.912;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=20;WE=23596328;WS=23596312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	23596621	rs2180395	G	A	5661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=118;PP=2965;SC=AAGTGGCCCCGGCCCTTCCTG;SOR=1.374;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=76;TCR=119;TR=194;WE=23596629;WS=23596611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr14	23598849	rs7157207	T	G	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=23;PP=1238;SC=CCAAAGGGAGTTTCTCTCACC;SOR=1.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=70;WE=23598857;WS=23598839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	23598952	rs7157021	A	G	3963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr14	23609554	rs117571814	G	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=87;ReadPosRankSum=-0.489;SC=CTTCAGGATAGATCAAATCAC;SOR=0.582;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=5;WE=23609562;WS=23609544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr14	23609916	rs10151002	A	T	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=262;SC=CCCACCTCTCACCCCTCCCTG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=23609924;WS=23609906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	23612489	rs2273394	C	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.842;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=59;ReadPosRankSum=0.000;SC=ACAAGCAGAACTGCTCCCTCA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=5;WE=23612497;WS=23612479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr14	23727875	.	T	C	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=2.225;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr14	23727902	rs35193725	CTT	C	688.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.70;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr14	23727919	rs8015556	T	C	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=18;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=312;ReadPosRankSum=0.126;SC=TTTTTTTTTTTTTCTAAGAAG;SOR=0.610;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=24;WE=23727927;WS=23727909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr14	23729188	rs2144038	T	C	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5011;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=34;ReadPosRankSum=-0.921;SC=TATTATTTTCTCTCTTACTTT;SOR=0.799;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=23729196;WS=23729178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr14	23729750	rs2064483	G	A	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.29;ReadPosRankSum=1.174;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,49:0.68:72
chr14	23731855	rs139713000	C	CT	1279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=439;ReadPosRankSum=-0.946;SC=AGAGCCGCCTCTTTTTTTTTC;SOR=0.766;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=29;WE=23731863;WS=23731845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,73:0.61:120
chr14	23732091	rs11625337	AT	GC	5516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.705;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=46;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.106;SC=CAAGGCAGGCATACCATTGAT;SOR=0.819;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=113;TCR=77;TR=112;WE=23732100;WS=23732081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,138:0.63:219
chr14	23732300	rs34260336	G	GT	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=122;ReadPosRankSum=2.970;SC=TAAAGCTAGGGTTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=11;WE=23732308;WS=23732290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr14	23733725	rs3811180	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.020;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=63;ReadPosRankSum=-1.599;SC=ATGCCCACTGCAGTAGAACAA;SOR=0.495;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=8;WE=23733733;WS=23733715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr14	23733978	rs59984693	GT	G	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=11;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=186;ReadPosRankSum=0.746;SC=CATTTCACTTGTTTTTTTTTC;SOR=1.402;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=15;WE=23733986;WS=23733968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr14	23734032	rs11628689	T	A	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.44;ReadPosRankSum=0.808;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr14	23734037	rs5807215	T	A	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.49;ReadPosRankSum=0.204;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr14	23738920	.	CA	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.532;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr14	23744800	rs148005528	ACAT	A	1845.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.573;QD=31.28;ReadPosRankSum=-0.058;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,46:0.78:59
chr14	23745533	rs10131813	C	T	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.930;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=823;ReadPosRankSum=-1.093;SC=GGTTTAGAGGCGGCAGTAGCT;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=53;WE=23745541;WS=23745523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,63:0.74:85
chr14	23777099	rs2231301	G	A	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=-1.506;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,51:0.30:168
chr14	23777374	rs910332	A	G	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=26;PP=753;SC=CTGGAGACGCAGCTGGCTGAC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=23777382;WS=23777364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	23789096	rs10640563	C	CTT	2620.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=32;PP=1089;SC=TAATGAGTCACTTGATTTTTT;SOR=1.263;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=36;WE=23789104;WS=23789086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	23792019	rs8020117	T	C	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=2;PP=351;SC=TTCAATTTATTGAATATTTAG;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=23792027;WS=23792009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	23816998	rs12896494	T	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.30;ReadPosRankSum=-1.259;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr14	23828820	.	T	G	106	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=15;MQ=59.57;NF=2;NR=7;PP=106;QD=15.6412458386;SC=TGTGTGGGGGTGGGGGGCTTC;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=9;WE=23828828;WS=23828810;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,9:0.36:25
chr14	23869993	rs61731179	G	A	4156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-3.132;NF=102;NR=71;PP=2510;ReadPosRankSum=-0.507;SC=CCAGGGTGGCGTTGATGCGCG;SOR=0.825;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=260;TCF=150;TCR=110;TR=173;WE=23870001;WS=23869983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,188:0.67:279
chr14	23892645	rs10545532	AAC	A	349.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=-0.878;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr14	23901012	rs2069541	T	C	2695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.21;ReadPosRankSum=-0.437;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,129:0.63:204
chr14	23902753	rs2069540	G	A	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=39;NR=16;PP=910;SC=TGCCATACTCGGTCTCGGCAG;SOR=1.385;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=55;WE=23902761;WS=23902743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr14	23924704	rs2331984	G	A	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.20;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	23924744	.	T	TAAA	415.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.79;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	23924767	rs60519724	AT	A	526.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=13;PP=504;SC=AAAGCTGAGAATTTTTTTAAA;SOR=0.963;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=18;WE=23924775;WS=23924757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	23924818	rs8005802	C	A	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.56;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	23924830	rs10131038	A	G	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.34;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	23938813	rs8015781	A	G	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=12;PP=943;SC=GGAAGTGAGAAAGCCCTTATT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=51;WE=23938821;WS=23938803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	23939927	rs5807217	GT	G	48.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr14	23940081	rs1028587	A	G	3468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=45.05;SOR=1.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	23940086	rs1028588	A	G	3693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=45.60;SOR=1.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	23940089	rs3215682	AC	A	3684.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=24;PP=1713;SC=TAATCTAATCACTTGTTTTAT;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=23940097;WS=23940071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	23944505	rs2236260	G	A	4115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.16;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr14	23944514	rs2236261	C	A	3959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.00;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	23945366	rs2295706	A	G	3906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=60;PP=2366;SC=ATTATGGTATAAACTTTGGCT;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=125;WE=23945374;WS=23945356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr14	23947374	rs1956950	G	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=9;PP=232;SC=AATTGATTTTGCTTATGAATT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=23947382;WS=23947364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	23991105	rs223122	G	A	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	23999306	rs3742488	G	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=164;ReadPosRankSum=1.643;SC=AGGAGGACTGGGGGGAAGGGA;SOR=0.653;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=17;WE=23999314;WS=23999296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr14	24029272	rs201685013	A	T	232.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5958;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=-0.121;SC=AACAGAGCACAGTATGGCAGT;SOR=2.303;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=9;WE=24029280;WS=24029262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr14	24429093	rs11158474	A	C	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.878;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.950;NF=24;NR=7;PP=391;ReadPosRankSum=-1.156;SC=CTGGTCCAGAACTTACCCCTC;SOR=1.430;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=100;TCF=69;TCR=31;TR=31;WE=24429101;WS=24429083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,30:0.30:101
chr14	24436381	.	G	GA	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-3.015;QD=0.84;ReadPosRankSum=-2.029;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,18:0.18:100
chr14	24439567	.	C	G	177	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=12;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=15;MQ=55.92;NF=0;NR=13;PP=177;QD=16.2900932729;SC=CGGTGGGGGGCGGGGGGCCGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=13;WE=24439575;WS=24439557;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr14	24473478	.	TAA	T	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=1.006;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.982;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr14	24512897	rs62000819	C	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.792;NF=4;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=0.792;SC=ACTTGGGAGGCTGAGGCAGGA;SOR=1.492;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=5;WE=24512905;WS=24512887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr14	24519959	rs6573541	T	C	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=28;PP=1198;ReadPosRankSum=0.729;SC=CCTGAAAAGTTATCTGATAAT;SOR=0.655;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=127;TCF=83;TCR=44;TR=78;WE=24519967;WS=24519949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,84:0.60:139
chr14	24522821	rs9972282	C	T	2711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=1.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.74;ReadPosRankSum=1.061;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,124:0.67:184
chr14	24523594	rs11158525	G	A	2983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.491;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=61;PP=1760;ReadPosRankSum=-0.046;SC=CTGACGCTTCGTCTCCCCCAG;SOR=0.521;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=191;TCF=94;TCR=97;TR=124;WE=24523602;WS=24523584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,133:0.64:208
chr14	24525634	rs4982851	C	A	11494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=212;NR=191;PP=2965;SC=TGTCCCCATCCCAATGCAGAC;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=403;TCF=212;TCR=191;TR=403;WE=24525642;WS=24525624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr14	24525782	rs4982852	A	G	7093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=120;NR=116;PP=2965;SC=TGCCACCTGCACCCACTGCCC;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=121;TCR=117;TR=236;WE=24525790;WS=24525772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr14	24526206	rs45484702	T	C	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=1.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=2.307;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,52:0.34:154
chr14	24526287	rs7161473	G	C	5705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=115;NR=66;PP=2965;SC=TAAGCTTCAGGAGCTGGGAGG;SOR=0.983;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=115;TCR=67;TR=181;WE=24526295;WS=24526277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr14	24526478	rs12879859	A	G	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=43;PP=935;ReadPosRankSum=-0.607;SC=ATGGGAAGCCAGTCTGAGGTG;SOR=0.589;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=199;TCF=82;TCR=117;TR=77;WE=24526486;WS=24526468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,84:0.39:216
chr14	24526593	rs12431698	A	G	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=566;SC=GTATAAAGCAATGTCCATAGT;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=24526601;WS=24526583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	24529890	rs1951635	A	G	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr14	24531641	rs960266	G	C	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=349;ReadPosRankSum=-0.525;SC=GGGGCCATGCGGGGGACTGAG;SOR=0.629;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=33;WE=24531649;WS=24531631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,40:0.44:90
chr14	24533539	rs10146906	C	A	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=515;ReadPosRankSum=-1.130;SC=CCGAAGGGTCCTGGAGGAAAG;SOR=0.755;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=41;WE=24533547;WS=24533529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,53:0.58:92
chr14	24534471	rs116307579	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr14	24542458	rs3742497	T	A	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=13;PP=378;SC=CTGGAGATGGTGTCCCAGAGG;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=24542466;WS=24542448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	24545366	rs2070342	T	C	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.353;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=692;ReadPosRankSum=0.696;SC=AGGTGGCCATTGACTTCACCG;SOR=1.638;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=18;WE=24545383;WS=24545356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
chr14	24545375	rs2070341	C	T	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=8.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=0.185;SOR=0.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,53:0.66:80
chr14	24563212	rs4982856	T	C	3433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr14	24563339	rs4982857	A	G	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	24567304	rs2759409	C	A	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=5;PP=694;SC=GGTGGGGAAACATAAGGCCAA;SOR=2.649;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=30;WE=24567312;WS=24567293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	24567498	rs3021119	A	C	7030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr14	24614361	rs7146672	T	G	5531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.22;ReadPosRankSum=-0.602;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,210:1.00:211
chr14	24624741	rs2295979	C	G	2939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=70;PP=1903;ReadPosRankSum=1.195;SC=CTGCCCAGGGCAGCTACTGTG;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=71;TCR=111;TR=114;WE=24624749;WS=24624731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,123:0.62:197
chr14	24625031	rs4982862	C	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=239;ReadPosRankSum=1.838;SC=TTACAGACTACTCAGAAAGAC;SOR=1.140;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=17;WE=24625039;WS=24625021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr14	24635589	rs111232493	C	CT	208.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.645;QD=9.07;ReadPosRankSum=-1.451;SOR=0.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr14	24646406	rs10690822	G	GGAA	4323.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=25;PP=2576;SC=TGATCGCAGAGGAAGAAGCTA;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=50;WE=24646414;WS=24646396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	24647522	rs3736840	G	T	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=629;ReadPosRankSum=-0.478;SC=TCAGGTGGGTGGGGGGAGGAT;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=36;WE=24647530;WS=24647512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr14	24647814	rs1885711	T	C	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.434;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=13;PP=1096;ReadPosRankSum=0.314;SC=CTACACAGCCTATGGTGCAGC;SOR=0.039;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=72;TCF=59;TCR=13;TR=58;WE=24647822;WS=24647804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,58:0.81:72
chr14	24647957	rs1885710	C	T	4796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=3.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.14;ReadPosRankSum=-1.562;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,227:0.57:395
chr14	24649835	rs2273911	T	C	2027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=33;PP=1103;ReadPosRankSum=0.279;SC=TGCCCCAGGCTCTCTGAGCCC;SOR=0.564;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=106;TCF=63;TCR=43;TR=78;WE=24649843;WS=24649825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,90:0.74:121
chr14	24650047	rs7145633	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=0.857;SC=GAGTGGCAGAATCTCTTATCA;SOR=1.609;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=6;WE=24650055;WS=24650037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	24652107	rs34130297	A	AG	2780.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.602;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=34;PP=1925;ReadPosRankSum=0.074;SC=TCATGGGGGTAGGGGGTGGAC;SOR=0.806;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=84;TCF=30;TCR=54;TR=57;WE=24652120;WS=24652097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,117:0.79:149
chr14	24653523	rs11550452	G	C	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=392;ReadPosRankSum=0.190;SC=CGCAAGTCAGGGTCGTCTACC;SOR=0.690;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=37;WE=24653531;WS=24653513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
chr14	24653954	rs7146310	G	A	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=613;ReadPosRankSum=-0.057;SC=CAGCAGCGAGGCCTGGGCAGC;SOR=0.456;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=47;WE=24653962;WS=24653944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,55:0.65:85
chr14	24654489	rs2025258	T	C	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;ReadPosRankSum=-0.197;SC=GCAGTGGCATTACCTCCCTTG;SOR=0.650;Source=Platypus;TCF=41;WE=24654497;WS=24654479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,69:0.68:101
chr14	24656251	rs2295978	C	T	4222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.20;ReadPosRankSum=2.886;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,205:0.59:346
chr14	24657407	rs6573607	T	G	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.79;ReadPosRankSum=-2.713;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,69:0.71:97
chr14	24659408	rs67843857	ACT	A	471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=315;ReadPosRankSum=-1.962;SC=TAAGTGAGACACTCTCATATC;SOR=0.387;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=8;WE=24659417;WS=24659398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr14	24662177	rs10583	C	T	5249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.382;SC=GTCACTCCGACGCTCCACTGA;SOR=0.597;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=336;TCF=167;TCR=169;TR=229;WE=24662185;WS=24662167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,244:0.68:361
chr14	24679877	rs2295322	C	T	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.373;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,82:0.38:214
chr14	24686480	rs149980708	TTTG	T	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.062;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.859;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.842;NF=0;NR=7;PP=276;ReadPosRankSum=0.114;SC=TTAGGAGTTTTTTGTTGTTGT;SOR=3.556;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7;WE=24686490;WS=24686470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr14	24701598	rs71426837	AC	A	892.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=5.586;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.24;ReadPosRankSum=1.922;SOR=3.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,29:0.85:34
chr14	24701604	.	C	T	901.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=4.491;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.03;ReadPosRankSum=2.359;SOR=2.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,29:0.81:36
chr14	24701705	rs17794752	G	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=233;ReadPosRankSum=0.957;SC=AGCAACAGCAGAGATGACGAC;SOR=0.473;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=12;WE=24701713;WS=24701695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr14	24702987	rs11158615	A	G	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.903;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=489;ReadPosRankSum=-0.429;SC=GGCCATCTGAATTAGTGAGAT;SOR=0.405;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=163;TCF=71;TCR=92;TR=47;WE=24702995;WS=24702977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,55:0.30:182
chr14	24707479	rs34354104	G	A	470.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=3.067;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=235;ReadPosRankSum=-0.898;SC=GTGATGCTGGGTGGCATGCTG;SOR=0.148;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=17;WE=24707487;WS=24707469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,20:0.91:22
chr14	24710819	rs111384535	C	CA	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=1.549;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr14	24718379	rs41294726	TCTCCGGGAGCCCTGGACTCCCC	T	1829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=6;PP=2967;SC=ACTGACTCCCTCTCCGGGAGC;SOR=3.467;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=31;WE=24718408;WS=24718370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	24718515	rs2229463	G	A	6215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=92;PP=2965;SC=CTCCTGGCACGGGGCTAAGCT;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=122;TCR=92;TR=214;WE=24718523;WS=24718505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr14	24728294	rs1126432	G	T	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=627;ReadPosRankSum=2.047;SC=TGGTGGTCACGCCAGCAAAGA;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=38;WE=24728302;WS=24728284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,42:0.60:70
chr14	24739055	rs2295313	T	G	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=546;SC=ACCAGCTCAGTGGACCCATCC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=24739063;WS=24739054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	24760808	rs1131941	C	T	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=485;ReadPosRankSum=1.721;SC=CTGTGGTTTCCGCAGATGAGA;SOR=0.569;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=37;WE=24760816;WS=24760798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,44:0.77:57
chr14	24761690	rs1051883	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=74;ReadPosRankSum=-0.633;SC=GATGCCTACTCTAGCCAACCA;SOR=0.061;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=24761698;WS=24761680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr14	24765622	rs2295307	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=1.017;SC=GGGGGAGGCCGGAGGGAAAAG;SOR=1.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=6;WE=24765630;WS=24765612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr14	24765684	rs2295306	G	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.055;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=139;ReadPosRankSum=0.376;SC=AGTGAGTGAGGGAACATGGGT;SOR=0.312;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=11;WE=24765692;WS=24765674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr14	24769663	rs11158632	T	G	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=26;PP=874;ReadPosRankSum=-0.273;SC=AGGCCCTAGCTTTGTCCACGA;SOR=0.521;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=62;TCR=37;TR=68;WE=24769671;WS=24769653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,77:0.65:119
chr14	24769849	rs113258190	A	AGAG,AGAGGAG	2918.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=9.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.454;NF=4,4;NR=38,38;PP=702,1165;ReadPosRankSum=0.277;SC=GGAGTGCTGCAGAGGAGGAGG;SOR=1.144;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=65;TCF=7;TCR=58;TR=42,42;WE=24769857;WS=24769839;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.57,0.35:86
chr14	24771080	rs4374085	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=256;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TTTGTGTCCATAGTGCCCTGT;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=14;WE=24771088;WS=24771070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr14	24771101	rs4366641	C	T	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=304;ReadPosRankSum=1.777;SC=ATCTTGTTGCCTAAAGTTTGA;SOR=0.765;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=18;WE=24771109;WS=24771091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr14	24771137	rs4247000	G	A	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=9;PP=622;SC=CTGGATTTTGGGAAAGCCGCT;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=24771145;WS=24771127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	24771256	rs4247001	T	C	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=36;PP=1513;SC=TTTGCGCTCATCTCTGCAATG;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=88;WE=24771264;WS=24771246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
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chr14	24772822	rs4982894	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.475;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
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chr14	24776769	rs11158635	G	T	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=677;ReadPosRankSum=-0.399;SC=GGGGCTTGGTGAGTGTAAAGG;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=58;WE=24776777;WS=24776759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,63:0.56:113
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chr14	24793600	rs1884366	G	A	3578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=51;NR=72;PP=2159;SC=CTGGGGGCCTGAAGGGAGACA;SOR=1.222;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=125;TCF=51;TCR=74;TR=123;WE=24793608;WS=24793590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr14	24793647	rs6573722	T	C	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=450;ReadPosRankSum=2.361;SC=AGGCTCCCTGTGTGCTATGAA;SOR=0.821;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=37;WE=24793655;WS=24793637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr14	24794440	rs17184689	T	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=216;ReadPosRankSum=0.963;SC=GATTATCATTTTCCCCAGAAC;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=11;WE=24794448;WS=24794430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr14	24795115	rs11622527	G	T	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.063;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=379;ReadPosRankSum=2.206;SC=TGGGAGGGTGGGTGAAAGCAC;SOR=0.269;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=31;WE=24795123;WS=24795105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,43:0.54:80
chr14	24795231	rs67156008	CCA	C	7083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=48;PP=2967;SC=CATCCCTTCTCCACCATATGA;SOR=0.984;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=69;WE=24795245;WS=24795221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr14	24795237	rs55970272	T	C	7239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.61;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr14	24795258	rs11622863	C	T	5528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.183;SC=GGCCTGCGGCCCCCCCAGCCC;SOR=0.882;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=106;TCR=73;TR=177;WE=24795266;WS=24795248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,206:0.99:208
chr14	24799024	rs1109152	G	C	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.685;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=528;ReadPosRankSum=-0.376;SC=TGGTAGGCCTGGTTGGCCTTC;SOR=1.580;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=34;WE=24799032;WS=24799014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr14	24799287	rs1109153	A	T	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=801;ReadPosRankSum=1.486;SC=GAGACACCCCAGATTCTCACA;SOR=0.894;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=49;WE=24799295;WS=24799277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,54:0.64:84
chr14	24799578	rs12436417	C	G	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=310;ReadPosRankSum=-0.152;SC=GAAAAGTGGGCAGCGAGCGGG;SOR=0.557;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=25;WE=24799586;WS=24799568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr14	24800879	rs3181256	G	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr14	24801635	rs1950502	A	C	206.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=167;SC=TTGCACCTTGACTTGGAGTCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=24801643;WS=24801625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	24801956	rs2332322	G	C	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.991;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=222;ReadPosRankSum=-0.822;SC=AGGGATCGAAGCCCGGGCCGT;SOR=0.874;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=20;WE=24801964;WS=24801946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
chr14	24802263	rs8003158	A	G	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=17;NR=14;PP=520;SC=AGGAAAAGCCAGCAGCCCAGC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=31;WE=24802271;WS=24802253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	24803956	rs1124644	A	C	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=5;PP=137;SC=TCACCCGCTCAAAGCCGCTAC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=24803964;WS=24803946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	24806229	rs724165	G	A	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=743;ReadPosRankSum=-0.393;SC=CCAAGTTTTCGCTGGCAAGGG;SOR=0.818;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=182;TCF=81;TCR=101;TR=63;WE=24806237;WS=24806219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,73:0.36:204
chr14	24806800	rs1950501	G	C	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,30:0.33:91
chr14	24808168	rs3181248	G	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=366;ReadPosRankSum=0.648;SC=GGGCCTGGCTGGAGCAGCTCT;SOR=0.738;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=110;TCF=73;TCR=37;TR=33;WE=24808176;WS=24808158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,38:0.29:131
chr14	24836815	rs28365903	C	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=-0.475;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,24:0.28:86
chr14	24838621	rs1955915	C	T	5721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.876;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.505;SC=GAAGGACTTGCGGCCTGGCCA;SOR=0.527;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=380;TCF=234;TCR=146;TR=244;WE=24838629;WS=24838611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,260:0.65:403
chr14	24839083	rs2229309	G	C	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=5.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=0.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,61:0.39:158
chr14	24839165	rs2228233	C	T	3400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=65;PP=1848;ReadPosRankSum=-0.140;SC=ATGCCTCTGACGAGGCAGCCC;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=209;TCF=115;TCR=94;TR=146;WE=24839173;WS=24839155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,159:0.67:238
chr14	24843620	rs2295298	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-1.135;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,18:0.22:83
chr14	24843699	rs12890614	C	T	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=1.568;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,30:0.37:81
chr14	24845154	rs12880769	C	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.961;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr14	24845841	rs7149586	T	C	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.861;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,104:0.34:303
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chr14	24846961	rs10362	G	T	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=41;PP=1050;ReadPosRankSum=-1.602;SC=CCTCAGCCCTGCCCCCTTTCC;SOR=0.646;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=67;WE=24846969;WS=24846951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,74:0.74:100
chr14	24879519	rs62000679	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=61;ReadPosRankSum=-0.803;SC=TCCTATGGGCGACATGGGGAA;SOR=0.148;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=6;WE=24879527;WS=24879509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr14	24882373	rs3818251	G	A	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.345;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=390;ReadPosRankSum=-1.851;SC=GGCATGGGAGGGATTAGGGCT;SOR=0.828;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=22;WE=24882381;WS=24882363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr14	24882440	rs4982909	G	C	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.873;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=15;PP=1338;ReadPosRankSum=-0.719;SC=GGGTCTCAGCGCCATGGAGAA;SOR=2.181;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=58;WE=24882448;WS=24882430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr14	24882802	rs11626443	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=1.717;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr14	24882805	rs10146609	T	C	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=180;SC=TTAATACATATATGAAAGCAC;SOR=3.258;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=14;WE=24882813;WS=24882792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	24883887	rs8017377	G	A	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.074;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=413;ReadPosRankSum=0.033;SC=GAGTGATGACGCTGACTCTGG;SOR=0.281;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=32;WE=24883895;WS=24883877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr14	24887302	rs201911127	CA	C	428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=382;ReadPosRankSum=-0.952;SC=GGAGGATGGCCAGCCACAAGC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=10;WE=24887310;WS=24887292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr14	24887462	rs3814811	T	C	1736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=24;PP=923;SC=GGCATCTCTATCTGAAGAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=53;WE=24887470;WS=24887452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	24900231	rs3825588	G	C	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=50;PP=1208;SC=GGAAGAGGAGGGGCCTGGGGA;SOR=1.463;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=78;WE=24900239;WS=24900221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	24901276	rs7151995	G	T	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=22;PP=893;SC=GAGATGGATTGGGGGTGGAAG;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=51;WE=24901284;WS=24901266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	24901433	rs17795094	C	T	2368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=23;PP=1315;SC=TCTGTGTCCACCGTGAGCCTC;SOR=1.153;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=71;WE=24901441;WS=24901423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	24905533	rs2277488	G	A	5120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=109;NR=65;PP=2953;SC=TACTGGTCTCGGTTGTCTGGG;SOR=1.132;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=109;TCR=65;TR=174;WE=24905541;WS=24905523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr14	24905548	rs2277489	G	A	5860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=125;NR=78;PP=2965;SC=TCTGGGAGGTGGGCAAGGGCC;SOR=1.031;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=208;TCF=127;TCR=81;TR=203;WE=24905556;WS=24905538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr14	24909281	rs1043839	C	T	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=25;PP=1158;SC=GCCCTTGCCACGACCTACTTA;SOR=1.207;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=73;WE=24909289;WS=24909271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	24909362	rs1043831	T	C	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=40;PP=1673;SC=CAGTGTTCGCTGTGGGATCAC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=105;WE=24909370;WS=24909352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr14	24909475	rs3211056	C	G	3931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=61;PP=2164;SC=GGGCAGCACCCAAGGTCTGGG;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=66;TCR=61;TR=127;WE=24909483;WS=24909465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr14	24909731	rs2273628	C	T	6280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=113;NR=99;PP=2965;SC=TACAGGGGTCCTCTCAGCCTT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=214;TCF=113;TCR=101;TR=212;WE=24909739;WS=24909721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr14	24910210	rs712487	C	A	3595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.368;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.170;NF=55;NR=52;PP=1663;ReadPosRankSum=0.892;SC=TCCCCTTGGCCTCACCTTCTC;SOR=0.507;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=107;WE=24910218;WS=24910200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,138:0.99:139
chr14	24910317	rs10668100	C	CTT	2039.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=953;SC=TGGAGGAACTCTGGTTGCAGG;SOR=1.225;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=19;WE=24910325;WS=24910307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	24910846	rs11628143	C	T	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=13;NR=3;PP=242;SC=GTTCCCCTGGCGAATATAAGG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=24910854;WS=24910836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	24910876	rs11158703	G	A	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=5;PP=393;SC=TTTGGGGGGCGTACCTACACC;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=24910884;WS=24910866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	24910973	rs11625819	TT	GA	3731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.96;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	24911116	rs11158704	C	T	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.64;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	24911138	rs11628866	G	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=289;ReadPosRankSum=0.385;SC=AACAGTCAACGTCTCCTGTAG;SOR=1.004;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=23;WE=24911146;WS=24911128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr14	24911169	rs11158705	C	T	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=20;PP=717;SC=CATTCATTTCCTGGGCATCCT;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=38;WE=24911177;WS=24911159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	24911764	rs1956903	G	A	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=7;PP=683;SC=CTGACACCAGGCTTCTCCCCA;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=24911772;WS=24911754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	24911852	rs12897925	C	G	3441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=31;PP=2043;SC=GCTAGGAGGCCAAGGCCAGGT;SOR=1.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=82;TCR=31;TR=113;WE=24911860;WS=24911842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr14	24912008	rs17184766	T	C	2135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=61;PP=1398;ReadPosRankSum=-0.819;SC=TGCGTAAAGTTTAGAGTTTAC;SOR=0.838;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=321;TCF=151;TCR=170;TR=109;WE=24912016;WS=24911998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,118:0.34:345
chr14	24970942	rs4600392	A	G	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	24975435	rs5249	G	T	3899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=79;PP=2405;SC=AGTTGAATTGGGATGGGAAGG;SOR=1.017;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=61;TCR=79;TR=140;WE=24975443;WS=24975425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr14	24975509	rs1885108	T	C	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=25;SC=AATGAAGGACTGTCAGTCCTC;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=24975517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	25045589	rs12878578	A	G	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=113;SC=CTGCTCAGGAAGTTTGCCCAC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=25045597;WS=25045579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	25078914	rs1957526	A	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=510;SC=GGTACAGTAAACTCAGAGACC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=25078922;WS=25078904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	25102160	rs8192917	C	T	2743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=35;PP=1554;SC=GAAGTCGTCTCGTATCAGGAA;SOR=1.014;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=52;TCR=35;TR=86;WE=25102168;WS=25102150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr14	25281843	rs712491	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.113;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr14	25287095	rs854398	T	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=0;PP=185;SC=ATGAATGAGATGACAAGACAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=25287103;WS=25287085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	25347877	rs74347688	C	T	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.27;ReadPosRankSum=-0.627;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,62:0.63:98
chr14	26939474	rs1245213	T	A	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	28102684	rs9672019	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=2.189;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr14	28733843	rs10135219	A	C	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.29;ReadPosRankSum=1.330;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr14	28733847	rs10145670	G	A	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.59;ReadPosRankSum=1.214;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,30:0.81:37
chr14	28733956	rs10145770	G	A	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.474;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=962;ReadPosRankSum=-1.022;SC=CACTGTGACAGCCCACCTCGC;SOR=0.566;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=111;TCF=72;TCR=39;TR=66;WE=28733964;WS=28733946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,77:0.61:126
chr14	29242271	rs35069942	AT	A	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.36;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr14	29247285	.	C	CT	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.518;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.275;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr14	29247384	rs78640311	A	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.050;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.686;NF=8;NR=10;PP=213;ReadPosRankSum=1.854;SC=CGAGATTGAGATTCCAGAGCA;SOR=0.257;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=18;WE=29247392;WS=29247374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr14	29261305	.	A	AAAC	1239	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=25;MQ=60.22;NF=6;NR=27;PP=1239;QD=38.0606060606;SC=CTTCAGCACTAAAAAAAACAA;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=121;TCF=29;TCR=92;TR=33;WE=29261317;WS=29261294;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:88,33:0.27:121
chr14	29261307	rs56363493	A	AC	1464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.792;QD=7.47;ReadPosRankSum=2.558;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,47:0.24:196
chr14	29261309	rs56025822	A	AAC	1620.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.750;QD=8.40;ReadPosRankSum=2.941;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,51:0.26:193
chr14	30047580	rs2273815	C	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.465;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr14	30063202	rs2273814	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.914;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=186;ReadPosRankSum=-2.068;SC=GAGACAAATTATAAATGATTT;SOR=1.274;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=18;WE=30063210;WS=30063192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,18:0.26:70
chr14	30098349	rs1191601	T	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr14	30102025	rs1209180	T	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=1.710;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
chr14	30103441	rs1191599	T	C	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=1.106;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr14	30194899	rs11626603	T	C	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.436;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=627;ReadPosRankSum=1.597;SC=ACAAATACCATGAGAGTGTAA;SOR=1.274;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=51;WE=30194907;WS=30194889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,55:0.61:90
chr14	31050215	rs58049	A	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=133;ReadPosRankSum=-0.471;SC=ATTGACTGCAAGTAATAAAAG;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=9;WE=31050223;WS=31050205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr14	31059969	rs7154847	G	A	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=-1.179;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,72:0.55:130
chr14	31060064	rs72666419	A	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=155;ReadPosRankSum=0.925;SC=TTGGAACTACAGATTGAATAT;SOR=0.658;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=12;WE=31060072;WS=31060054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr14	31077395	rs229230	A	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=220;ReadPosRankSum=-0.594;SC=TTGTAAACATATATTTCTGTT;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=13;WE=31077403;WS=31077385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr14	31091758	rs229143	T	A	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.620;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=529;ReadPosRankSum=-2.156;SC=TGGGGAGAAGTTGCCATTAGC;SOR=1.540;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=33;WE=31091766;WS=31091748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr14	31099738	rs229150	A	G	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.77;ReadPosRankSum=-1.739;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
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chr14	31107564	rs229162	T	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=-0.384;SC=AACAACAGAATTGTTTAGGCT;SOR=0.435;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=9;WE=31107572;WS=31107554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr14	31118967	rs8012494	T	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=213;ReadPosRankSum=0.198;SC=TAATCATTTATTTCCACACGA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=10;WE=31118975;WS=31118957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr14	31127167	rs230343	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr14	31127206	rs230344	T	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.92;ReadPosRankSum=-0.873;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr14	31139349	rs230364	G	C	31.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr14	31188414	rs11625381	A	G	93.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=1;PP=55;SC=AGTATTAGGGATGGTTGTTAT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=31188422;WS=31188404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	31191611	rs5807595	CT	C	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.21;ReadPosRankSum=0.609;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr14	31191668	rs5807596	G	GT	340.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.63;ReadPosRankSum=0.209;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,22:0.88:25
chr14	31355096	rs1045644	C	G	6266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=128;NR=84;PP=2965;SC=AAGCTGTGCACTCATGAACAA;SOR=1.003;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=128;TCR=84;TR=212;WE=31355104;WS=31355086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr14	31364099	rs34255465	C	CT	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.629;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr14	31380191	rs3736742	T	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=77;ReadPosRankSum=-0.092;SC=TTTGAGGTATTTACTTTTGTC;SOR=0.634;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=7;WE=31380199;WS=31380181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr14	31380215	rs3830860	TA	T	591.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.789;NF=8;NR=9;PP=319;ReadPosRankSum=-0.690;SC=TCCATTCACTTAAAAAAAATA;SOR=0.338;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=17;WE=31380223;WS=31380205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,33:0.75:44
chr14	31404277	rs9322868	T	C	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=14;PP=1118;SC=TGCCACCATATATTTATACAC;SOR=1.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=59;WE=31404285;WS=31404267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	31424790	rs56235217	TA	T	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=-1.723;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr14	31425437	rs12886419	T	C	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.776;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,55:0.56:99
chr14	31483761	rs179724	G	T	141.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=29;ReadPosRankSum=-0.282;SC=TTTTACGTCTGTTTATAAAGT;SOR=0.223;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=6;WE=31483769;WS=31483751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr14	31483955	rs11156654	T	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.44;ReadPosRankSum=1.204;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr14	31535603	rs6571386	G	C	3716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=61;NR=59;PP=2040;SC=TTTGTTATTAGTGAGTCTCAG;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=120;WE=31535611;WS=31535593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr14	31538984	rs7155228	C	G	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=18;PP=913;SC=CTAGAACTTACGCATGTCATT;SOR=1.033;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=55;WE=31538992;WS=31538974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	31549745	rs11621299	T	G	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=31;PP=1023;ReadPosRankSum=-0.802;SC=CAGTGTCTTTTTTCTAACCCT;SOR=0.651;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=107;TCF=62;TCR=45;TR=78;WE=31549753;WS=31549735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,86:0.75:114
chr14	31582380	rs1315794	A	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=7;PP=470;SC=AGTAAACTGAAGCTGTTCATC;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=31582388;WS=31582370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	31582526	rs2273483	T	C	3681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr14	31583512	rs61976859	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.358;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=171;ReadPosRankSum=-1.491;SC=TTTTCCTTTTCTTTATCAGAA;SOR=1.179;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=12;WE=31583520;WS=31583502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr14	31597685	rs7157007	C	G	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=7;PP=1028;SC=TATTCCTGAACTGCTAAATTT;SOR=3.109;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=42;WE=31597693;WS=31597675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	31602666	rs34588788	A	C	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=1.524;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,94:0.57:164
chr14	31610939	rs12888959	T	C	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=5;PP=316;SC=ACATGTATAATATGTTACTTT;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=31610947;WS=31610929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	31625994	rs35553721	CA	C	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=5.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=1.738;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr14	31647241	rs2274201	G	A	3694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=44;PP=2178;SC=CACACTGTTCGGCTAAGTCTC;SOR=1.204;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=81;TCR=44;TR=125;WE=31647249;WS=31647231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr14	31647439	rs33983486	T	C	2018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=47;PP=2661;ReadPosRankSum=2.750;SC=AAAGGGCTGGTAAGAAAGTGC;SOR=0.643;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=133;TCF=54;TCR=79;TR=81;WE=31647456;WS=31647429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,91:0.63:145
chr14	31647448	rs34666986	G	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=1423;ReadPosRankSum=-0.770;SC=GTAAGAAAGTGCGAGGAGGAC;SOR=1.013;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=117;TCF=45;TCR=72;TR=40;WE=31647456;WS=31647429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,42:0.33:129
chr14	31793053	rs57656564	GAT	G	853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=34.15;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	31806943	rs4595710	T	C	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=531;SC=GGACACAATTTATAAATACAT;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=31806951;WS=31806933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	31809486	rs8012940	C	T	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=3;PP=161;SC=TTTGCTTATACTGGTATCAAA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=31809494;WS=31809476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	31809568	rs11408327	G	GA	1270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=8;PP=887;SC=AGATGCAGAGGAAACAAACAT;SOR=1.455;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=22;WE=31809576;WS=31809558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	31819047	rs3736918	C	T	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	31819913	rs7158257	A	G	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	31819966	rs10602248	TTTTG	T	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=295;SC=GTAGGTAAGTTTTTGTTTGTT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=4;WE=31819977;WS=31819956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	31828076	rs942907	A	C	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=932;ReadPosRankSum=1.161;SC=ATTGAATCTAATCAAGAGTAA;SOR=0.274;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=56;WE=31828084;WS=31828066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr14	31841162	rs5025288	T	C	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=44;PP=1156;SC=TAATCAACCATGAAAGGCACA;SOR=1.130;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=37;TCR=44;TR=81;WE=31841170;WS=31841152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	31849524	rs4981841	T	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=-0.134;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr14	31858025	rs3887865	C	T	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=12;PP=783;SC=AAGAGTTAGACTGAGATACTG;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=31858033;WS=31858015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	31858209	rs7157977	C	T	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.06;ReadPosRankSum=1.900;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,71:0.71:100
chr14	31863225	rs17097870	G	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=384;ReadPosRankSum=1.285;SC=AAAAATTACAGAAGAGACTTT;SOR=1.022;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=24;WE=31863233;WS=31863215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr14	31864300	rs7142126	T	C	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=2;PP=613;SC=GAGATAGTCCTAGCTGACTAC;SOR=3.334;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=31864308;WS=31864290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	31864485	rs7141532	G	C	5509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=99;NR=89;PP=2965;SC=CTGTGACAAGGTGCAGCGGCA;SOR=0.762;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=191;TCF=100;TCR=91;TR=188;WE=31864493;WS=31864475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr14	31872213	rs138226506	T	TTC	5329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.547;NF=7;NR=52;PP=2616;ReadPosRankSum=-0.046;SC=CTGATCACAGTTCTTCTCGTT;SOR=0.665;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=85;TCF=9;TCR=76;TR=59;WE=31872221;WS=31872203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,137:0.78:176
chr14	31922408	rs34278949	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=4.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=0.405;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,15:0.21:71
chr14	32032129	rs10143899	C	T	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.20;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	32032214	rs10144137	G	A	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=2;PP=24;SC=TATTTGTGGTGGATCACTAAT;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=32032222;WS=32032204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	32034147	rs3759779	A	T	131.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=102;SC=ATTACATGAAAATATTAAAAG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=32034155;WS=32034137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	32123311	rs28536186	C	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=219;ReadPosRankSum=-1.886;SC=TTGTTCCAGACCACCACAATA;SOR=0.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=16;WE=32123319;WS=32123301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr14	32123347	rs4981874	A	C	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=0.718;SC=TAAAGTAAGCAACATGAATTT;SOR=0.293;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=8;WE=32123355;WS=32123337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr14	32296018	rs1540425	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=186;ReadPosRankSum=-1.653;SC=TTAGTCCTGTACAGAAGTCTT;SOR=0.804;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=15;WE=32296026;WS=32296008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr14	32315901	rs8006872	A	G	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=24;PP=823;SC=GGAGTCTCACACCTGTAATCC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=32315909;WS=32315891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	32414145	rs1278926	C	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=241;ReadPosRankSum=-0.764;SC=CTGCTGGGACCGACTGCAGCT;SOR=0.392;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=17;WE=32414153;WS=32414135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr14	32414386	rs1278927	C	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-2.013;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr14	32414463	rs1278928	T	C	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=297;SC=TGGGCAGGCATCCATTATGTG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=32414471;WS=32414453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	32419235	rs1278941	A	G	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=13;PP=783;SC=CAGCCTGCCCAGGTTTATTAA;SOR=1.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=32419243;WS=32419225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	32419331	rs1278942	C	T	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.39;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr14	32419398	rs2236532	G	A	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=43;PP=1254;SC=CTGAGCAATAGGAATTTCTTC;SOR=1.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=72;WE=32419406;WS=32419388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	32419548	rs1278943	C	T	108.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=53;SC=CCCCTTCATACTGATCTAATA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=32419556;WS=32419538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	32563640	rs8004384	A	G	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.79;ReadPosRankSum=-1.002;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr14	32623804	rs145969946	G	GT	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.95;ReadPosRankSum=0.528;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr14	33014327	rs11844955	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5105;FS=2.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=227;ReadPosRankSum=0.900;SC=GCAATAGGGACCAATACATTT;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=12;WE=33014335;WS=33014317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr14	33015014	rs7150894	G	A	6512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=110;NR=99;PP=2965;SC=ACTCTCCCACGCAGCCTACAT;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=110;TCR=100;TR=209;WE=33015022;WS=33015004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr14	33046388	rs1950703	A	G	5360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr14	33046471	rs768787	T	G	3736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=65;PP=2154;SC=GTGTTGTTCTTGCTGTCAATA;SOR=1.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=53;TCR=65;TR=118;WE=33046479;WS=33046461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr14	33147414	rs1950697	C	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=118;ReadPosRankSum=-0.385;SC=AAAAGGAGCACTATAATGATG;SOR=1.863;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=6;WE=33147422;WS=33147404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr14	33165182	rs3742929	C	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.583;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr14	33204812	rs139360332	G	GTT	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.396;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr14	33204825	rs41285498	T	C	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=-0.685;QD=10.30;ReadPosRankSum=0.313;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr14	33242863	rs2273163	T	C	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=31;PP=1696;SC=ACTCATAGATTGGTTTCTCTC;SOR=1.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=69;TCR=31;TR=100;WE=33242871;WS=33242853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr14	33292743	rs2239647	A	C	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=743;ReadPosRankSum=0.669;SC=GGCAAAAGGGAAAACCGAATG;SOR=0.663;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=47;WE=33292751;WS=33292733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,53:0.56:94
chr14	33293022	rs1051694	A	G	3904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=76;PP=2291;ReadPosRankSum=-0.309;SC=ACTCTGATGCACTGAAATCAT;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=135;TCR=115;TR=165;WE=33293030;WS=33293012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,182:0.66:277
chr14	33293122	rs1051695	A	G	3335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=70;PP=2065;ReadPosRankSum=-1.451;SC=TTCTATCAGCAACATTTCCTG;SOR=0.596;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=212;TCF=104;TCR=108;TR=141;WE=33293130;WS=33293112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,154:0.67:230
chr14	33525317	rs35719018	G	GA	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=178;ReadPosRankSum=1.672;SC=TAGTGGGGGAGAAAAAAAAAC;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=12;WE=33525325;WS=33525307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr14	33836599	rs1609948	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr14	34047362	rs4346123	T	C	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=2.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=1.190;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,97:0.34:284
chr14	34047414	rs1958541	T	C	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.638;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.833;NF=32;NR=41;PP=1015;ReadPosRankSum=-1.084;SC=TTTTTCCCTCTTTGAGACGGA;SOR=0.501;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=171;TCF=72;TCR=99;TR=73;WE=34047422;WS=34047404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,77:0.42:185
chr14	34047441	rs1958542	C	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=5.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-0.808;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.558;SOR=0.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,49:0.40:121
chr14	34149916	rs2297118	T	C	2953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=53;PP=1882;SC=CAAGGGGCTCTTGTGGCTTTT;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=103;WE=34149924;WS=34149906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	34149997	rs2297117	T	C	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=26;PP=588;SC=GCAAAATGCATGAGGCAGTAC;SOR=2.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=34150005;WS=34149987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	34243477	rs8019077	T	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=139;ReadPosRankSum=1.043;SC=GCATTTCTCATAAGAAATGCT;SOR=0.990;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=13;WE=34243485;WS=34243467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr14	34263034	rs36025922	TAAA	T	636.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.927;QD=17.21;ReadPosRankSum=-0.606;SOR=1.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr14	34263098	rs8010728	G	A	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.841;QD=12.59;ReadPosRankSum=-0.331;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,75:0.60:126
chr14	34269167	rs12434716	G	C	3916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=90;PP=2644;ReadPosRankSum=-2.257;SC=TGCTCTGGGCGCGATGCAGAT;SOR=0.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=114;TCR=143;TR=161;WE=34269175;WS=34269157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,168:0.62:271
chr14	34269721	rs10141940	C	T	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=479;ReadPosRankSum=2.298;SC=CCTCGGCCACCGCGGCCCTGG;SOR=0.641;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=33;WE=34269729;WS=34269711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr14	34269775	rs10142034	C	G	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=336;ReadPosRankSum=-2.100;SC=TCTCGGCGTCCCCGCGGGACA;SOR=0.625;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=25;WE=34269783;WS=34269765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr14	34396100	rs10137361	C	T	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=9;PP=461;SC=TTTAAAACTACATAAAATTGA;SOR=1.284;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=34396108;WS=34396090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	34985645	rs7797	G	A	2227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.84;ReadPosRankSum=0.289;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,103:0.64:161
chr14	34993859	rs111420332	A	ATGTGTGTGTG	652.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=5.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=-1.121;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,24:0.38:64
chr14	34993863	rs61981524	A	G	1067.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=5.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=15.94;ReadPosRankSum=0.624;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr14	34998705	rs12147949	T	C	1707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.468;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=46;PP=909;ReadPosRankSum=-0.875;SC=TATTAGGATATGGCTAAGAAT;SOR=1.061;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=111;TCF=47;TCR=64;TR=75;WE=34998713;WS=34998695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,81:0.64:127
chr14	35037008	rs11156848	T	C	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=167;ReadPosRankSum=-0.835;SC=TTATTTAATTTACATAATAGT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=18;WE=35037016;WS=35036998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
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chr14	35099099	rs11847568	A	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=-1.690;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr14	35182406	rs35219728	GATA	G	2946.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=18;PP=1810;SC=GACTGACTATGATAATAATAA;SOR=1.410;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=40;WE=35182416;WS=35182396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	35183548	rs10149653	C	A	114.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=2;PP=98;SC=TCCCCGCCCCCCAAAATCCAA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=35183556;WS=35183538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	35222626	rs3832925	A	ATTGT	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=199;ReadPosRankSum=0.721;SC=TGGTCAATCAATTGTTATTGC;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=4;WE=35222634;WS=35222616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr14	35227880	rs61981201	G	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.374;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,17:0.23:74
chr14	35228090	rs61981202	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=2.204;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,15:0.16:96
chr14	35230906	rs17526787	G	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=-1.602;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr14	35237874	rs61981228	C	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=1.859;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr14	35242828	rs2275145	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.040;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,14:0.17:80
chr14	35245748	rs17102726	A	G	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=212;ReadPosRankSum=0.578;SC=ATGTTTCATCATCATCATATT;SOR=1.312;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=14;WE=35245756;WS=35245738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr14	35465784	rs2273158	T	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=242;ReadPosRankSum=-2.374;SC=TCTTACAGTATCTAAACACTA;SOR=0.512;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=16;WE=35465792;WS=35465774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr14	35468893	rs12433712	T	A	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.86;ReadPosRankSum=-2.236;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr14	35469991	rs8017191	G	A	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=4;PP=630;ReadPosRankSum=-0.036;SC=ATAGACTTACGAGTCTGTAGT;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=32;WE=35469999;WS=35469981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,36:0.73:49
chr14	35470019	rs8018114	T	C	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.390;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=17;PP=1035;ReadPosRankSum=0.610;SC=TGCATGTTAATTGGAAGACTA;SOR=1.260;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=87;TCF=61;TCR=26;TR=63;WE=35470027;WS=35470009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,70:0.72:97
chr14	35470049	rs8017225	G	A	2719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.121;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=41;PP=1521;ReadPosRankSum=-1.243;SC=ATGACTGAATGTTGTACATTC;SOR=0.932;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=155;TCF=95;TCR=60;TR=109;WE=35470057;WS=35470039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,123:0.70:175
chr14	35476673	rs28456062	G	A	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=158;SC=ATATAAAAATGTAAAGCCTGG;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=35476681;WS=35476663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	35477785	rs1712351	G	A	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.90;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	35482797	rs2383692	A	G	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=475;ReadPosRankSum=-1.358;SC=ATATGTTTCAATAGTGAGCCT;SOR=1.284;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=27;WE=35482805;WS=35482787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr14	35488309	rs17102982	A	G	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=1.268;SC=TTCCTCAGGCAAAAATGTTCT;SOR=0.596;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=14;WE=35488317;WS=35488299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr14	35515606	rs4007475	TGG	T	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=283;SC=AGGCGGGCGCTGGGCGGGTGA;SOR=2.147;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=35515615;WS=35515596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	35550467	.	G	GTT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=1.255;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr14	35566040	rs75741665	A	T	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.17;ReadPosRankSum=-1.221;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr14	35576458	rs10132769	A	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=192;ReadPosRankSum=-0.332;SC=ACTACAGTTTACATTTTAGTG;SOR=0.804;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=16;WE=35576466;WS=35576448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,17:0.27:63
chr14	35591174	rs1056879	T	C	5419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.657;SC=ATGGCCGACTTCCGCGCAGCA;SOR=0.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=370;TCF=195;TCR=175;TR=228;WE=35591182;WS=35591164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,247:0.61:403
chr14	35591316	rs28365850	G	A	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=50;PP=1143;ReadPosRankSum=-1.129;SC=GGCTAAAGAGGCAAAAACAAT;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=27;TCR=69;TR=69;WE=35591324;WS=35591306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,71:0.71:100
chr14	35592538	rs941653	C	G	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=665;ReadPosRankSum=-1.234;SC=ACTCTTATGTCTCGCTGTTTC;SOR=0.663;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=42;WE=35592546;WS=35592528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,51:0.76:67
chr14	35596092	rs10147080	C	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=0.312;SC=AGGATAATTACAAGTTTGTAA;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=6;WE=35596100;WS=35596082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	35761675	rs1048990	C	G	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.60;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,41:0.73:56
chr14	35779397	rs33988739	CT	C	460.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.927;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.86;ReadPosRankSum=-0.886;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr14	35871217	rs8904	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.260;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,29:0.35:83
chr14	35871407	rs1022714	A	G	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=86;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=9;PP=207;SC=ACAGGCTGAGAGAGTTTGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=35871415;WS=35871397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	35871441	rs70937092	A	AGTAAGCTATTAAAAAAAGG,ATTAAAAAAAGG	320.75	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=2;PP=1550;SC=TTAAAAAAAGAGGGGGGGCAG;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=3;WE=35871449;WS=35871431;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:8
chr14	35872535	rs142422402	T	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr14	35872792	rs2233415	A	G	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	35872926	rs1050851	G	A	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=555;ReadPosRankSum=-1.143;SC=AGTTGAGGAAGGCCAGGTCTC;SOR=0.470;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=40;WE=35872934;WS=35872916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,49:0.72:68
chr14	35873567	.	A	T	299	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=20;MQ=58.61;NF=3;NR=14;PP=299;QD=19.6336007381;SC=TCCCACCCCCAGGCCGCGCGC;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=17;WE=35873575;WS=35873547;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr14	35873770	rs1957106	G	A	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.419;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=55;PP=1060;ReadPosRankSum=-0.031;SC=CGTGGCGGTCGTCCAGTAGCC;SOR=0.809;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=303;TCF=143;TCR=160;TR=101;WE=35873778;WS=35873760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,105:0.32:326
chr14	36004075	rs1958260	A	G	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=58;NR=26;PP=1422;SC=GCACCCACGGACTGCGCGTCT;SOR=1.106;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=84;WE=36004083;WS=36004065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	36044337	rs61622892	G	GA	130.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=16.34;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	36096255	rs34349314	G	GA	318.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.85;MQRankSum=0.917;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.875;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr14	36121087	rs35892589	CA	C	117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=86;SC=GATCTGTAAGCAAAAAAAAAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=36121095;WS=36121077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	36218039	.	CA	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=1.019;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr14	36231816	rs11847872	G	A	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=83;SC=AGACAATTCAGAGATCTTTAG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=36231824;WS=36231806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	36240374	.	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQRankSum=-3.239;QD=5.75;ReadPosRankSum=1.841;SOR=1.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr14	36334030	rs12890607	G	C	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=6;PP=445;SC=AATTTAGGATGCCAAAGCATT;SOR=1.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=36334038;WS=36334020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	36768276	rs4900833	T	C	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	36781037	rs7154340	C	T	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=9;PP=657;SC=CATCTAACCACAAGTATGAAG;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=36781045;WS=36781027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	36789729	rs3168891	T	G	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	36789775	rs2899849	A	T	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=36;PP=1291;SC=CGGGCGATTAAGCTCCGTGGC;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=71;WE=36789783;WS=36789765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	36789795	rs11558802	G	A	3181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.87;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	36789838	rs111760637	G	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.515;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr14	36840650	rs3742592	A	T	4666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.08;QD=26.07;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr14	36840695	rs3742593	A	G	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.796;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.292;NF=30;NR=26;PP=659;ReadPosRankSum=0.347;SC=TCCCGGGACGATTCAGGGGCC;SOR=0.821;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=153;TCF=80;TCR=73;TR=56;WE=36840703;WS=36840685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,61:0.36:170
chr14	36944188	rs1012914	G	A	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=42;PP=1248;SC=CTATTTCTGCGTAACAAATTA;SOR=1.130;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=75;WE=36944196;WS=36944178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	36947081	rs12435251	C	T	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=610;ReadPosRankSum=0.347;SC=TCCCCTCCTCCATCTATAAAA;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=46;WE=36947089;WS=36947071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,53:0.72:74
chr14	36988928	rs372170273	AAG	A	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=-2.490;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,15:0.20:76
chr14	37051427	rs11624339	C	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=29;ReadPosRankSum=1.020;SC=CGCAATCCACCACGCACTTAC;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=5;WE=37051435;WS=37051417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	37051634	rs35669843	G	C	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=146;ReadPosRankSum=1.633;SC=GGCAGGCTGGGAACGGAGGGG;SOR=0.790;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=10;WE=37051642;WS=37051624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr14	37131993	rs12883298	G	C	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=9;PP=676;SC=GTAGTTAGTAGGGGACGGGTG;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=37132001;WS=37131983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	37132020	rs17104895	G	A	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=623;ReadPosRankSum=0.110;SC=CCCAGTCCCCGGATGCGTAGG;SOR=0.900;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=38;WE=37132028;WS=37132010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,42:0.79:53
chr14	37132048	rs12882923	A	G	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=24;PP=1508;SC=AGTGGCAGGCAGCTGTCCCAA;SOR=1.193;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=72;WE=37132069;WS=37132038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr14	37135605	rs7143727	G	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.85;ReadPosRankSum=0.062;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr14	37135753	rs4904210	G	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=149;ReadPosRankSum=-3.176;SC=CGCCCCGCACGCGGTGAACGG;SOR=0.520;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=15;WE=37135761;WS=37135743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr14	37140504	rs8004187	C	T	169.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=5;PP=110;SC=TAACCTCTAACTGCCAGACAT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=37140512;WS=37140494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	37149943	rs146639486	G	GT	2584.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.14;MQRankSum=1.402;NF=6;NR=45;PP=1473;ReadPosRankSum=1.904;SC=GAAAAGAGCTGTTTTTTATTG;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=12;TCR=94;TR=51;WE=37149951;WS=37149933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,129:0.61:212
chr14	37153163	rs1884217	A	G	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.41;ReadPosRankSum=-0.403;SOR=0.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,44:0.76:58
chr14	37153185	rs10132292	T	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=344;ReadPosRankSum=-0.894;SC=AAAAAATAAATTATTTGGAAT;SOR=0.569;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=25;WE=37153193;WS=37153175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr14	37153862	rs17105034	C	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=246;ReadPosRankSum=0.744;SC=GGAGGGCTTACTGGTTCTCAT;SOR=0.481;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=12;WE=37153870;WS=37153854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr14	37194681	.	A	AAAAT	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.54;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	37203617	rs3061575	T	TTA	2026.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=16;PP=1133;SC=TTTTAGTGCTTTATATATAAT;SOR=1.480;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=37203625;WS=37203607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	37203642	rs5807904	TA	T	2900.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=23;PP=1421;SC=TTTAATGTCTTAAGAGTTTGT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=37203650;WS=37203632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	37344229	rs5807914	A	AG	5024.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=51;PP=2803;SC=GATAAAGAAAATCCAATAAAC;SOR=0.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=9;TCR=52;TR=60;WE=37344237;WS=37344219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr14	37344275	rs712384	C	T	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=33;PP=987;SC=TCCTTGATCCCGTCGATTTCT;SOR=1.257;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=37344283;WS=37344265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	37344347	rs2021404	C	T	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=20;PP=542;SC=TAGTAATAGGCTAGTGGCAAA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=37344355;WS=37344337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	37641880	rs1403	C	A	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=50;PP=1656;SC=GGCGCCCACGCCCTTCTCTAT;SOR=1.008;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=46;TCR=51;TR=96;WE=37641888;WS=37641870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	37838604	rs35277854	C	CA	311.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.32;ReadPosRankSum=0.813;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr14	37838883	.	A	G	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.281;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=498;ReadPosRankSum=-0.826;SC=CCTTGGTGCCAGCTTTCTGTG;SOR=1.067;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=35;WE=37838891;WS=37838873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,41:0.64:64
chr14	38014928	rs17179204	C	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=1.448;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,24:0.27:89
chr14	38016044	rs10151200	C	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.67;ReadPosRankSum=-1.691;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr14	38016099	rs991786	C	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=33;ReadPosRankSum=0.820;SC=CCCATCCCAACCCCAACTTAG;SOR=0.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=5;WE=38016107;WS=38016089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr14	38061742	rs7144658	C	T	2407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.53;ReadPosRankSum=-1.421;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,113:0.73:155
chr14	38064009	rs762083	G	C	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.34;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,55:0.86:64
chr14	38064215	rs79519281	G	C	2222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=3.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.25;ReadPosRankSum=0.472;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,103:0.66:156
chr14	38165784	rs960787	A	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	38205027	rs1570399	T	C	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=3;PP=377;SC=TTCTCTTTGGTTCTTTTGTTA;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=38205035;WS=38205017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	38206818	rs4901157	G	A	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=8;PP=409;SC=TAGCTTATCAGATAGTATCTG;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=38206826;WS=38206808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	38207008	rs11439106	A	AT	346.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=28.89;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	38207018	rs17107021	A	T	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.98;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	38218343	rs12586727	A	G	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=-1.625;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,69:0.50:138
chr14	38218872	rs17768594	T	G	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=170;SC=TAGGATATCCTCCTTTAACAA;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=38218880;WS=38218862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	38222291	rs4901176	G	C	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=13;PP=667;SC=TGTACCTCCCGCTGTCCCTAT;SOR=1.154;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=38222299;WS=38222281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	38256944	rs12586423	T	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=-0.464;SC=ATGTAATATGTATACTACTAT;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=11;WE=38256952;WS=38256934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr14	38260089	rs7153624	C	T	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=9;PP=278;SC=TGTAAAAAATCGAAAACCTGA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=38260097;WS=38260079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	38264358	rs969446	C	T	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=74;SC=TTAAGAAAAACATGTATGTTA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=38264366;WS=38264348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	38265344	rs1951639	T	A	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.86;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	38266074	rs9805910	C	T	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.520;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,40:0.35:114
chr14	38277999	rs4901284	C	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.021;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,41:0.51:81
chr14	38295646	rs10483494	T	C	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=132;SC=CTTTTTAAAGTGACTTATGGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=38295654;WS=38295636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	38310606	rs10151474	G	A	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=0;PP=24;SC=TTTCTGTATAGTAAGTTGCCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=38310614;WS=38310596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	38679763	.	C	CGCTCTGAGCCCGGGCCACGCAGGG	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.42;MQRankSum=3.857;QD=15.55;ReadPosRankSum=0.027;SOR=0.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr14	38723618	.	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=8.953;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=1;PP=193;ReadPosRankSum=1.363;SC=TGATTTAGCTCCTCAGTGGAG;SOR=3.030;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=10;WE=38723626;WS=38723608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr14	39502539	rs11418467	G	GA	1103.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=673;SC=ACTCCTAGAGGAAAAAAGATA;SOR=1.280;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=39502547;WS=39502529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	39502626	rs11283010	A	AAATAGAAC	186.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=208;SC=AAATCATTTGAAATGCCTATG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=39502634;WS=39502616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	39512122	rs4902326	T	A	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	39514231	rs1884384	T	A	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=5;PP=574;SC=GCGAATACATTAATAGGTTGA;SOR=2.448;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=39514239;WS=39514221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	39517691	rs4902344	T	A	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.21;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	39517925	rs11556216	T	C	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	39524614	.	A	ATTT	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.20;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr14	39532492	rs55993688	T	C	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	39554886	rs141614689	TTATA	T	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.83;ReadPosRankSum=1.619;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
chr14	39556185	rs8018720	G	C	3014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=53;PP=1801;SC=GCTTGAGTAAGTGGTACTTTA;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=103;WE=39556193;WS=39556175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr14	39565403	rs3818163	T	A	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=17;PP=437;SC=GTTCAAAATATGAATGTTCTC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=39565411;WS=39565393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	39583481	rs2277458	A	G	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=9;PP=398;SC=GTCTATTAGTACGCCTGCGCT;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=39583489;WS=39583471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	39591107	rs8008726	G	T	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=2;PP=162;SC=TGTATTTTTAGTAGAGGTGGG;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=39591115;WS=39591097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	39591565	rs61692397	C	CT	128.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=17;NR=1;PP=287;ReadPosRankSum=-0.967;SC=GACTTAACTTCTTTTTTTTTA;SOR=3.056;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=18;WE=39591573;WS=39591555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr14	39591613	rs60205535	G	GT	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr14	39605542	rs9322993	T	C	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=6;PP=676;SC=TTTAACCAGTTTCTTATTGAT;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=39605550;WS=39605532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	39620788	rs8003485	A	T	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=1;PP=260;SC=AATTACTGAAAATGAATGTAG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=39620796;WS=39620778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	39620936	rs8003807	C	T	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	39627433	rs35270180	G	A	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=2;PP=194;SC=ACTAAAATACGATATTTATAT;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=39627441;WS=39627423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	39627747	rs761804	A	G	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=14;PP=374;SC=TTTGAGACAGATTCTGGCTCT;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=39627755;WS=39627737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	39645863	rs2252040	G	A	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=10;PP=285;SC=AAATATAAATGTTTATTAACA;SOR=0.963;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=39645871;WS=39645853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	39647188	rs68193573	T	A	364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=15;PP=395;SC=ATGTTTTTTTTAAAAAATCCT;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=39647196;WS=39647178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	39650234	rs2180792	A	T	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=28;PP=1199;SC=AGAATGTAAAACCCTTTCTCC;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=65;WE=39650242;WS=39650224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	39736680	rs7140561	T	C	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	39748480	rs7158558	G	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.05;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	39763006	rs956109	T	C	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=76;SC=TTATGAAATATTAAAGTTATG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=39763014;WS=39762996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	39773639	rs2274398	G	T	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=10;PP=402;SC=TACATCTCTTGGCAGAGAATG;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=39773647;WS=39773629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	39777676	rs1950952	G	C	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=24;SC=TCTTCAGACTGAACAAGCATC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=39777684;WS=39777666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	39784012	.	A	ATGTGTGTGTG	333.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=6;PP=2588;SC=AGGTATATATATATGTGTGTG;SOR=0.892;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=8;WE=39784022;WS=39784002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	39784014	rs2415539	A	G	726.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.33;QD=45.42;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	39784042	rs2415540	A	G	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=113;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=7;PP=210;SC=GTGTGTGTGTATATATATATA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=39784050;WS=39784032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	39784965	rs10150863	G	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	39796048	rs36031495	GT	G	967.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=15;PP=586;SC=AGATTTGTATGTTTTTTTTTC;SOR=1.364;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=30;WE=39796056;WS=39796038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	39816781	rs12882375	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.220;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,16:0.20:79
chr14	39818145	rs1060878	G	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.850;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=155;ReadPosRankSum=1.877;SC=TTTTCCACCAGGGGATTTCCC;SOR=1.532;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=14;WE=39818153;WS=39818135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr14	39818222	rs7156249	G	T	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	39856043	rs10146207	G	C	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=19;PP=1100;SC=TCAGCAACTCGTCTCTCTTCT;SOR=1.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=62;WE=39856051;WS=39856033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	39871159	rs36065920	AT	A	1053.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=27;PP=1047;SC=AAAGCATGCAATTTTGAGATC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=27;WE=39871167;WS=39871149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	39871765	.	A	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr14	42355771	rs721222	C	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.502;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=402;ReadPosRankSum=-0.064;SC=AATTAAATCACTGGATGCTAA;SOR=2.670;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=20;WE=42355779;WS=42355761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr14	42360633	rs6572117	T	C	2373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=42;PP=1446;ReadPosRankSum=1.746;SC=TCATGCAGTCTCAGTTTTTGG;SOR=0.665;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=83;TCR=68;TR=95;WE=42360641;WS=42360623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,108:0.64:168
chr14	42997963	rs9323070	A	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.618;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,13:0.20:65
chr14	42998026	rs10148466	T	C	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=22;PP=451;SC=AACTGCTCATTGTTTTCTTAC;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=42998034;WS=42998016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	44975511	rs45478391	G	A	1979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.56;ReadPosRankSum=1.043;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,91:0.67:136
chr14	45374785	rs73348918	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=4.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=-1.048;SOR=1.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,22:0.18:125
chr14	45430188	rs115671681	TA	CT	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.655;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr14	45432870	rs3825629	G	C	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=27;PP=808;ReadPosRankSum=-0.392;SC=TGGCACACTTGAAGTCCTGCA;SOR=0.600;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=177;TCF=99;TCR=78;TR=63;WE=45432878;WS=45432860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,69:0.37:188
chr14	45473220	rs111878142	A	AG	548.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.921;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.21;MQRankSum=1.358;NF=9;NR=5;PP=451;ReadPosRankSum=1.075;SC=TAACTGTTAAACTGTGTATAC;SOR=0.301;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=14;WE=45473228;WS=45473210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr14	45475329	rs73352236	C	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.01;ReadPosRankSum=-1.475;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,45:0.35:128
chr14	45496415	rs73348086	G	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=409;ReadPosRankSum=-0.254;SC=TTTGATTCTTGAAGGCAAGAG;SOR=0.384;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=75;TCF=60;TCR=15;TR=30;WE=45496423;WS=45496405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,31:0.40:78
chr14	45501384	rs73348095	A	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=58;ReadPosRankSum=-0.319;SC=AATTTTTTTTAAAAAGGTTCT;SOR=0.412;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=6;WE=45501392;WS=45501374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr14	45501597	rs73348098	A	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=227;ReadPosRankSum=0.868;SC=CACCATCCTTAACTTAAAACT;SOR=0.892;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=20;WE=45501605;WS=45501587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,22:0.31:72
chr14	45521583	rs10131615	C	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.10;ReadPosRankSum=-1.284;SOR=1.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr14	45535985	rs12100842	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=-0.312;SC=GGACTTGTCAGAATTAATTTT;SOR=0.655;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=4;WE=45535993;WS=45535975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr14	45565253	rs5808291	AT	A	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=159;ReadPosRankSum=0.263;SC=AATAATAAATATTTTTTTGAC;SOR=0.892;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=8;WE=45565261;WS=45565243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr14	45605818	rs2033385	C	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=118;ReadPosRankSum=-0.414;SC=CAAGCTACAACATGTGCATCT;SOR=1.058;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=12;WE=45605826;WS=45605808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr14	45606287	rs10138997	C	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=-0.447;SOR=1.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,8:0.16:49
chr14	45606387	rs45547534	A	G	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.76;ReadPosRankSum=-0.260;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,64:0.73:88
chr14	45624533	rs147550893	G	GA	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=40;ReadPosRankSum=1.472;SC=ATTGAATATGGAAAAAAACAG;SOR=0.941;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=3;WE=45624541;WS=45624523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
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chr14	45636507	rs17115860	G	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=38;ReadPosRankSum=0.524;SC=TGGAAAGGCTGTACGAGATTA;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=45636515;WS=45636497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr14	45639985	rs78410784	C	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,28:0.20:141
chr14	45644589	rs1367580	G	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=234;ReadPosRankSum=1.301;SC=TATAGATTCTGTAGATAATGA;SOR=0.946;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=19;WE=45644597;WS=45644579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr14	45650813	rs8020533	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=94;ReadPosRankSum=0.526;SC=GACTTTTGTTGCCTTTTACTT;SOR=0.773;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=11;WE=45650821;WS=45650803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,12:0.21:58
chr14	45654410	rs34252356	TCTTA	T	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=213;ReadPosRankSum=0.305;SC=TTCTAATTTGTCTTACTTAGC;SOR=0.434;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=6;WE=45654421;WS=45654400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr14	45664721	rs58790242	C	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.081;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,23:0.29:79
chr14	45664914	rs45478292	T	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=67;ReadPosRankSum=0.967;SC=ACATGTTAGTTTTTTAAAACT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=45664922;WS=45664904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr14	45673579	rs17115898	A	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=-1.623;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr14	45705009	rs1000048	T	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-2.100;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr14	45707041	rs1252966	T	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=101;ReadPosRankSum=1.190;SC=TTCCTTAGTGTCATCGATGTA;SOR=0.551;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=11;WE=45707049;WS=45707031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr14	45711163	.	G	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.235;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr14	45711594	rs1266209	T	C	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.954;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=365;ReadPosRankSum=1.260;SC=CCTTTTTGGATTTAGTGGTTG;SOR=0.444;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=26;WE=45711602;WS=45711584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr14	47121018	rs139502430	G	GC	703.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.032;NF=0;NR=19;PP=661;ReadPosRankSum=-0.493;SC=TATATACGTTGCCCCTCGTCC;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=19;WE=47121026;WS=47121008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr14	47310983	rs11844549	T	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.618;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=168;ReadPosRankSum=1.415;SC=TTATCCCCAGTGCTTAAAAAA;SOR=0.195;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=16;WE=47310991;WS=47310973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr14	47314873	rs149291885	AT	A	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=311;ReadPosRankSum=0.356;SC=CCAACTAAAAATAACTCCGTT;SOR=0.542;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=10;WE=47314881;WS=47314863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr14	47314938	rs1388568	C	T	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.60;ReadPosRankSum=0.500;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,95:0.60:158
chr14	47315127	rs1388567	G	A	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=58;PP=1576;SC=TTGCAGATCAGTTTCTCTTGA;SOR=2.128;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=80;WE=47315135;WS=47315117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	47324127	rs3007133	G	A	229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=3;PP=144;SC=TGCTTATATCGTGGAATTTCT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=47324135;WS=47324117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	47341131	rs2933208	C	G	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=12;PP=319;SC=TGGGAAGATTCCTTGAGACCA;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=47341139;WS=47341121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	47528470	rs8009302	T	C	3479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr14	47528551	rs10144183	T	A	3540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=55;PP=1815;SC=TTGGAAGAAGTCAATATATTT;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=61;TCR=55;TR=116;WE=47528559;WS=47528541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr14	47530841	rs7147260	A	C	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.82;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	47530845	rs7147741	G	C	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.19;SOR=5.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	47582348	rs8006750	T	C	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.04;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	47687187	rs8011854	A	C	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=63;ReadPosRankSum=1.431;SC=GAAATCCATAATAGGCTTAAT;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=6;WE=47687195;WS=47687177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr14	47770841	rs2275504	C	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=148;ReadPosRankSum=1.039;SC=AAAAGCAATTCTTATTAGACT;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=9;WE=47770849;WS=47770831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr14	48230056	rs74935942	C	T	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.031;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,38:0.27:139
chr14	50032993	rs10149195	G	C	132.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=2;PP=42;SC=CTCCAGCCTGGGTGACAGAGC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=50033001;WS=50032983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	50044392	rs2883438	T	C	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=21;PP=988;SC=ACCCTGTTGTTAATACCTCTG;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=51;WE=50044400;WS=50044382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	50065359	rs2281837	C	G	10272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=196;NR=175;PP=2965;SC=GACGTGCGCCCGCAACGCGTA;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=373;TCF=197;TCR=176;TR=371;WE=50065367;WS=50065349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr14	50065717	rs2281836	G	C	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.00;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	50068299	rs11625804	C	G	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=34;NR=19;PP=852;SC=GATTCCTGCTCTCATGGAGTT;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=53;WE=50068307;WS=50068289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	50069282	rs2354444	A	T	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=328;SC=TGAAGTACAGAGGCATAGTCA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=50069290;WS=50069272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	50070384	rs7146398	T	C	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	50074014	rs2354445	G	T	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=638;SC=GTAAATCATTGTATCACATTC;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=50074022;WS=50074004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	50080871	rs6572592	G	A	128.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=126;SC=TATACTAATCGCTTAATAATT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=50080879;WS=50080861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	50087753	rs7519	T	C	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	50092471	rs9989177	T	C	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=44;PP=1511;SC=GTTTAAGTTATCTTTTTCCTC;SOR=1.275;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=74;WE=50092479;WS=50092461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	50094913	rs2985696	C	A	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=75;SC=CTAATAAGTCCCACTTGACAA;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=50094921;WS=50094903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	50100386	rs2985687	T	C	6004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr14	50100683	rs2985686	C	G	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=44;PP=1423;SC=CTCCGTCCTCCGCGCGACTCC;SOR=1.116;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=77;WE=50100691;WS=50100673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	50101370	rs2985685	G	A	2870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr14	50101682	rs2985684	C	G	6867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=123;NR=105;PP=2965;SC=CCACCCCGCGCTCACGCTCTA;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=123;TCR=105;TR=228;WE=50101690;WS=50101672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr14	50175792	rs11157703	T	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=136;SC=TAGTATTTTATTAGCAATTTT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=50175800;WS=50175782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	50192609	rs10147220	A	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=46;ReadPosRankSum=1.807;SC=TCTGTTGCCCAGGCTGGAGTA;SOR=0.551;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=4;WE=50192617;WS=50192599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr14	50195679	rs4301946	A	G	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=47;PP=1643;SC=CCGCGCATACATGTGCAGTTC;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=102;WE=50195687;WS=50195669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	50199337	rs60013005	A	AT	358.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.559;NF=6;NR=6;PP=223;ReadPosRankSum=1.435;SC=GTGAGGGCAGATTTTTTTTTT;SOR=0.569;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=12;WE=50199345;WS=50199327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr14	50199375	rs10146753	A	C	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=30;NR=14;PP=774;SC=AAAACCTTTTATTTTGATTAA;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=50199383;WS=50199365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	50206702	rs4898631	G	A	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=4;PP=130;SC=AAGTTCAATCGTGTCTCTTTT;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=50206710;WS=50206692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	50241258	rs4499141	A	C	3168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	50244835	rs4900949	C	T	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	50247290	rs4900952	G	T	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=11;PP=514;SC=TAATTGCAGGGGGGGGAAAAA;SOR=1.096;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=34;WE=50247298;WS=50247280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	50251369	rs10143621	A	G	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	50251888	rs8009346	C	T	3319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr14	50280577	rs3126194	T	C	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=3;PP=203;SC=ACACTTCAGCTTCCCAAAGTG;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=50280585;WS=50280567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	50280688	rs3126195	T	A	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	50280823	rs375409448	CT	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=5.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.601;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr14	50298153	rs11365862	AT	A	279.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=232;ReadPosRankSum=-0.309;SC=ACAGAATTTTATTTTTTTTTT;SOR=1.402;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=13;WE=50298161;WS=50298143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr14	50298962	rs3100906	T	A	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	50299051	rs56170989	CT	C	180.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.9784;FS=0.000;HP=16;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=9;PP=112;SC=AGATTTACTTCTTTTTTTTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=9;WE=50299060;WS=50299041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	50300310	rs3100904	A	G	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.03;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	50319327	rs3126160	T	C	5487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr14	50319499	rs3100887	G	T	3121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=60;PP=1959;SC=ACTACCGCAAGTTCCTCTACT;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=46;TCR=60;TR=106;WE=50319507;WS=50319489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr14	50459609	rs10134002	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.824;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,18:0.21:86
chr14	50459673	rs10134096	T	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=4.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=0.441;SC=TCATCTCCCATTGGGTTCAAT;SOR=2.331;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=7;WE=50459681;WS=50459663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,8:0.19:43
chr14	50477643	rs4900978	G	C	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=17;PP=1008;SC=CACATGCCATGTCACTTACTT;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=54;WE=50477651;WS=50477633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	50555664	rs2883738	G	T	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=1;PP=315;SC=CCCAAATTCCGATGTTGAAAT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=50555672;WS=50555654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	50585574	rs10658395	C	CA	304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.7054;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=87;SC=ATATTTCCCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=50585582;WS=50585564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	50605267	rs35961944	A	AT	277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.002;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.662;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr14	50611845	rs2064667	C	T	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=6;PP=368;SC=ATGCTAATTTCATCATCCCCG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=50611853;WS=50611835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	50612401	rs1014879	T	C	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=121;SC=AAAAAGACAATTAACCCAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=50612422;WS=50612391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	50612414	rs726797	C	T	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=107;SC=ACCCAAAAGACAGATGAACAC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=50612422;WS=50612391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	50616878	rs2229869	G	A	4380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=72;PP=2198;SC=GGCTTACTCCGTTTGCCTGAG;SOR=1.031;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=66;TCR=72;TR=138;WE=50616886;WS=50616868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr14	50619927	rs11628935	A	G	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.85;ReadPosRankSum=-0.603;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,40:0.74:54
chr14	50623654	rs200832789	A	AAT	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr14	50623657	rs3736759	G	A	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.348;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=13;PP=1203;ReadPosRankSum=-1.239;SC=CACATAAAATGTGTGTGTGTG;SOR=0.495;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=60;WE=50623665;WS=50623647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,40:0.77:52
chr14	50623669	rs112503338	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-1.059;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,20:0.31:65
chr14	50623679	rs3736760	G	A	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.17;ReadPosRankSum=1.373;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,48:0.69:70
chr14	50623683	rs3736761	A	G	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.52;ReadPosRankSum=2.099;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr14	50623696	rs111970905	TAA	T	498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-1.389;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,32:0.32:100
chr14	50626836	rs4900992	C	T	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=12;PP=287;SC=GCTTATTCAACAGCTAGCAAC;SOR=3.383;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=50626844;WS=50626826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	50641347	rs10782418	T	G	3645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=4.061;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.01;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,134:0.99:135
chr14	50647251	rs28699670	T	A	116.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	50647490	rs28734119	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.56;ReadPosRankSum=-1.184;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr14	50655146	rs139780957	CTATT	C	355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=271;ReadPosRankSum=1.699;SC=AAAAAAGTGACTATTTATGAT;SOR=0.859;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=7;WE=50655157;WS=50655136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr14	50666263	rs1955924	C	T	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=158;SC=GGAAATATCACGGTTACTCTG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=50666271;WS=50666253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	50670965	rs1075537	G	C	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=5;PP=451;SC=TCATACAGTGGTTGAGTGACT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=25;WE=50670973;WS=50670955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	50671133	rs12888783	A	G	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.21;ReadPosRankSum=1.592;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,44:0.79:56
chr14	50704331	rs4901000	C	T	4429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr14	50732042	rs12432673	G	A	2055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.324;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=28;PP=1026;ReadPosRankSum=-1.953;SC=CATAGGTCAGGACTGTATTTA;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=68;TCR=41;TR=75;WE=50732050;WS=50732032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,92:0.68:136
chr14	50745123	rs10658363	A	ATTACTT	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr14	50750577	rs12433038	A	G	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.930;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=520;ReadPosRankSum=1.618;SC=AGAAAAGACAAGGATGGCTTA;SOR=0.298;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=36;WE=50750585;WS=50750567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,41:0.67:61
chr14	50760030	rs12894758	C	T	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=46;PP=1135;ReadPosRankSum=1.527;SC=CACCTTGACCCCTAACTTATA;SOR=0.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=98;TCF=34;TCR=64;TR=69;WE=50760038;WS=50760020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,77:0.68:114
chr14	50769717	rs2297995	G	A	2986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=0.962;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,143:0.65:221
chr14	50769868	rs1962578	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=124;ReadPosRankSum=1.036;SC=GCGGCCGGTCGCAGTGGCTCA;SOR=0.368;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=11;WE=50769876;WS=50769858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr14	50778816	rs2275591	A	C	2514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.24;ReadPosRankSum=0.378;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,120:0.63:190
chr14	50786004	rs12433794	A	G	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.13;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,54:0.59:91
chr14	50788213	rs2275592	C	T	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=32;PP=1017;ReadPosRankSum=-0.734;SC=CAAATGATGCCGTTTGGAAAA;SOR=0.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=76;TCR=55;TR=75;WE=50788221;WS=50788203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,85:0.56:152
chr14	50789078	rs11357954	GT	G	418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.94;ReadPosRankSum=-0.649;SOR=1.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
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chr14	50798743	rs4901016	G	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=458;ReadPosRankSum=0.026;SC=CATGCAGGCTGGAAACCCTGG;SOR=0.787;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=31;WE=50798751;WS=50798733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr14	50799126	rs7161563	G	C	2591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=49;PP=1429;ReadPosRankSum=0.197;SC=GTCAGCCTTTGAGTAGGGTCC;SOR=0.493;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=148;TCF=72;TCR=76;TR=98;WE=50799134;WS=50799116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,115:0.67:172
chr14	50799338	rs7141289	T	C	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.34;ReadPosRankSum=-1.832;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,43:0.61:70
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chr14	50802727	rs7148089	A	C	3385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=55;PP=2089;ReadPosRankSum=1.092;SC=TCCATAGCTTAAATATTTCTC;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=121;TCR=83;TR=137;WE=50802735;WS=50802717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,150:0.66:228
chr14	50802840	rs7148292	A	G	2752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=63;PP=1658;ReadPosRankSum=0.194;SC=GATGAGGCCAACTGGTTGCCT;SOR=0.772;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=166;TCF=71;TCR=95;TR=108;WE=50802848;WS=50802830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,121:0.63:191
chr14	50802972	rs10136242	G	A	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=36;ReadPosRankSum=1.793;SC=TGCAGCCCCCGCACTGCCTCT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=5;WE=50802980;WS=50802962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr14	50808802	rs7142237	G	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=193;ReadPosRankSum=-0.340;SC=GTTGTATCAAGAACTTTTTCA;SOR=0.656;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=15;WE=50808810;WS=50808792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr14	50824839	rs11157737	G	A	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.47;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,78:0.72:108
chr14	50824954	rs11157738	T	C	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.48;ReadPosRankSum=-0.958;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,49:0.70:70
chr14	50825033	rs11570816	T	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=93;ReadPosRankSum=0.431;SC=CCGGATTGCTTCCAGTGAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=6;WE=50825041;WS=50825023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	50828838	rs10137638	A	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=-1.642;SC=GCCTCCCTGCAGGGCAGGGCT;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=12;WE=50828846;WS=50828828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr14	50844367	rs59930863	G	GA	820.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=1.323;NF=1;NR=13;PP=495;ReadPosRankSum=0.909;SC=GGGGTGGGAGGAGCCCAGGGA;SOR=0.991;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=14;WE=50844375;WS=50844357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr14	50844856	rs1890978	A	G	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.749;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=506;ReadPosRankSum=-0.816;SC=TAGGAAAAGCAACTCAGTTCC;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=39;WE=50844864;WS=50844846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,34:0.77:44
chr14	50845231	rs7151046	C	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.624;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=128;ReadPosRankSum=-0.626;SC=AGGACACCTGCAGACAGTTCT;SOR=1.152;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=12;WE=50845239;WS=50845221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr14	50857189	rs2015870	C	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=1.919;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,31:0.34:90
chr14	50863716	rs10136595	C	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=81;ReadPosRankSum=0.718;SC=CCCGGCCGCCCTCCCGGCTGC;SOR=0.399;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=50863724;WS=50863708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr14	50877491	rs1265878	C	A	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=230;SC=AGATGAGATGCGATCTCTCAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=50877499;WS=50877481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	50892498	rs75772037	T	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=83;ReadPosRankSum=1.111;SC=TTTTTTGTTCTACCAGTTCAT;SOR=0.551;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=50892506;WS=50892488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr14	50895475	.	T	TA	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=1.039;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr14	50929508	rs11624731	C	A	3480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=56;PP=1829;SC=TGCTAAAAGACAACAAAATGA;SOR=1.102;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=106;WE=50929516;WS=50929498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr14	50942047	rs12717408	C	T	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=82;SC=AAAAAATTTACTGGCACTTTA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=50942055;WS=50942037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	50949196	rs11364906	TA	T	353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=190;SC=ACAGTCTACTTAAAAAAAATG;SOR=0.804;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=9;WE=50949204;WS=50949186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	50971446	rs7146431	C	T	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	51054475	rs77224287	G	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=82;ReadPosRankSum=0.035;SC=GGATGTTTGAGAGTTAAGAGG;SOR=0.275;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=10;WE=51054483;WS=51054465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr14	51057727	rs1060197	G	A	3749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=62;NR=74;PP=2166;SC=GTGGATCTGAGCGAGAGACCA;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=62;TCR=74;TR=136;WE=51057735;WS=51057717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr14	51058234	rs2934684	G	T	3783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr14	51060452	rs2291672	A	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=4;PP=194;SC=AAGCATGTACATAAGAGAGTC;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=51060460;WS=51060442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	51062236	.	TTCTC	T,TTC	1538.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=9.033;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.71;MQRankSum=0.000;QD=26.53;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,12,42:0.21,0.72:58
chr14	51062270	rs45570436	G	C	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,37:0.37:100
chr14	51062455	rs10131107	G	A	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=503;ReadPosRankSum=0.788;SC=ATTTCATTGAGAAACCATTTT;SOR=0.486;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=32;WE=51062463;WS=51062445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr14	51087263	rs11157759	A	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=2;PP=108;ReadPosRankSum=-1.139;SC=ATTCTGTGGCATGGAGGACTG;SOR=1.426;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=10;WE=51087271;WS=51087253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr14	51089727	rs3736307	G	T	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=53;SC=TGAAACTTTTGTACTACTTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=51089735;WS=51089717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	51089837	rs75329155	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=1.876;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr14	51096610	rs3080579	G	GTTCTT	1500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=8;PP=600;SC=TATCTGTTCTGAAATGCTCAC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=12;WE=51096618;WS=51096600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	51097536	rs2934692	G	A	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	51107452	rs871643	T	C	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=29;PP=1424;SC=CAAATTTGTGTTGTAAATGTA;SOR=1.153;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=81;WE=51107460;WS=51107442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	51107737	rs4075253	G	A	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=18;PP=491;SC=TACACCACCTGAAAGGTAATG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=51107745;WS=51107727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	51111485	rs36100794	T	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.128;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr14	51134038	rs45479904	C	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=304;ReadPosRankSum=0.058;SC=GCTCTCTGCTCTGCTGTGTAA;SOR=0.776;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=21;WE=51134046;WS=51134028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr14	51192659	rs1983764	G	A	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=2.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.32;ReadPosRankSum=1.978;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,74:0.56:132
chr14	51196142	rs2984274	T	C	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=5;PP=294;SC=TGTGTGCCATTAGATTTAGGT;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=51196150;WS=51196132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	51204996	rs11376	C	T	2647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=58;PP=1509;ReadPosRankSum=-0.526;SC=TGGATTCCAACTGACGGACCT;SOR=0.841;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=175;TCF=86;TCR=89;TR=109;WE=51205004;WS=51204986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,126:0.62:204
chr14	51206021	rs3015485	A	G	4239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr14	51208211	rs7153080	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.556;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.570;NF=10;NR=2;PP=155;ReadPosRankSum=0.706;SC=TATGTACATACATATACACAT;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=12;WE=51208219;WS=51208201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr14	51208236	rs76858548	T	TGTA	3237.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=11;PP=1588;SC=ATAACCAAGTTGTCCTAAGAT;SOR=2.173;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=39;WE=51208244;WS=51208226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	51219099	rs79799330	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.197;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=159;ReadPosRankSum=-0.569;SC=ATTCCACTTACCTACTTATCT;SOR=0.105;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=11;WE=51219107;WS=51219089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr14	51223106	rs2295846	G	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=93;ReadPosRankSum=0.749;SC=TGCTCTCTTCGTGAAGACTAC;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=9;WE=51223114;WS=51223096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr14	51223789	rs2073347	C	T	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=40;PP=1122;ReadPosRankSum=1.614;SC=AACATTCAGCCCCTCATTTTC;SOR=0.691;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=268;TCF=144;TCR=124;TR=84;WE=51223797;WS=51223779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,92:0.31:297
chr14	51224374	rs12882191	T	G	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=2.431;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,75:0.29:256
chr14	51225132	rs2073349	G	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.464;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,23:0.22:103
chr14	51228682	rs6572694	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=175;ReadPosRankSum=-1.332;SC=CAATAACACAGTGTGGCATCT;SOR=1.965;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=13;WE=51228690;WS=51228672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr14	51230431	rs77519192	CTTT	C	308.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=6.539;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.24;ReadPosRankSum=-0.512;SOR=1.975;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,16:0.84:19
chr14	51237701	rs17793018	A	G	4020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr14	51239067	rs8020503	C	G	3643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=59;PP=1968;SC=GCCAGGTGTCCAGTATTCTCT;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=64;TCR=59;TR=123;WE=51239075;WS=51239057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr14	51245666	rs7143959	T	C	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.33;ReadPosRankSum=0.096;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr14	51289874	rs1547077	G	T	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.785;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,81:0.82:99
chr14	51290141	rs9672090	A	G	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=28;PP=730;SC=GTGATCGTCCATACGGCAGAT;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=51290149;WS=51290131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	51297448	rs201889202	G	GC	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr14	51370849	rs7154732	T	C	2663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=3.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.22;ReadPosRankSum=-1.101;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,124:0.71:175
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chr14	51371130	rs11157780	C	T	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.33;ReadPosRankSum=2.977;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,18:0.25:73
chr14	51371150	rs11157781	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.181;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr14	51372098	rs3216001	CA	C	2181.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=14;PP=1491;SC=TTTCTAGAGACAATTCTAGAG;SOR=1.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=36;WE=51372111;WS=51372088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	51372103	rs1042266	C	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.717;NF=16;NR=5;PP=233;ReadPosRankSum=0.008;SC=AGAGACAATTCTAGAGTTCAA;SOR=0.591;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=21;WE=51372111;WS=51372088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr14	51372333	rs1959527	A	G	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,35:0.34:104
chr14	51372405	rs143383118	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.465;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=259;ReadPosRankSum=0.000;SC=TAAATTACAAATATTCTTGTT;SOR=1.863;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=14;WE=51372413;WS=51372395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr14	51375699	rs11414268	T	TA	619.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.95;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	51375797	rs8004768	T	G	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=12;PP=337;SC=ATTCAAAGACTTCATTATAGA;SOR=1.127;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=19;WE=51375805;WS=51375787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	51375826	rs8004788	T	C	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	51376774	rs15669	G	A	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.36;ReadPosRankSum=0.458;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,70:0.59:118
chr14	51376880	rs2275464	T	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=293;ReadPosRankSum=0.591;SC=TTGTATTGTATTGAAGCATTT;SOR=1.426;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=15;WE=51376888;WS=51376870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr14	51378590	rs11356035	CT	C	7182.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=80;PP=2951;SC=CTGGGGCAGCCTTTGGGGAAG;SOR=0.836;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=126;TCF=39;TCR=87;TR=117;WE=51378598;WS=51378580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr14	51379100	rs10142003	G	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.513;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=470;ReadPosRankSum=-1.369;SC=TTTTTGAGACGGAGTCTCACT;SOR=1.236;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=29;WE=51379108;WS=51379090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,33:0.75:44
chr14	51381286	rs4901066	T	C	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=6;PP=267;SC=CAGCATGGAGTCCTGTGTGAC;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=51381294;WS=51381276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	51382358	rs1890701	T	C	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=15;PP=425;SC=GTTAGCTCTATGGAGGTGCCA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=51382366;WS=51382348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	51382744	rs12880129	C	T	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=537;ReadPosRankSum=0.700;SC=CCCCACTGCACGGGCCAAACC;SOR=0.938;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=30;WE=51382752;WS=51382734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr14	51383432	rs2075643	G	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
chr14	51387554	rs946618	G	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.713;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=254;ReadPosRankSum=-1.820;SC=TGCTTAGTCAGTGAAGTTCAG;SOR=0.148;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=14;WE=51387562;WS=51387544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr14	51390840	rs41317304	C	T	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=441;ReadPosRankSum=0.855;SC=TACAGTATTGCTTAGAATTTA;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=38;WE=51390848;WS=51390830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr14	51398580	rs11844515	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=-0.651;SC=ATGGCAGCCACAAAACATTGT;SOR=1.880;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=8;WE=51398588;WS=51398570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr14	51410969	rs77316189	G	A	4908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=0.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.61;ReadPosRankSum=0.241;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,234:0.70:336
chr14	51446216	rs2275462	T	G	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=41;PP=1114;ReadPosRankSum=-1.298;SC=TTTTTCTATTTAAGTCGAGGA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=74;WE=51446224;WS=51446206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,82:0.67:122
chr14	51446357	rs11844781	C	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=205;ReadPosRankSum=0.053;SC=TGTCTTGCAACCTGTTTATAA;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=14;WE=51446365;WS=51446347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr14	51446387	rs11844864	G	T	120.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.02;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr14	51475794	rs2297889	A	T	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=19;PP=865;SC=ATGCAAGGACATACCTTTCAC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=51;WE=51475802;WS=51475784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	51491956	rs11848681	T	C	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.63;ReadPosRankSum=-0.576;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,59:0.65:91
chr14	51492135	rs11268748	C	CCACACAGGTGTTTT	1136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.800;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.924;NF=0;NR=10;PP=2897;ReadPosRankSum=0.977;SC=ACCAACAAGGCCAGCGAGACT;SOR=1.923;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=10;WE=51492143;WS=51492125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr14	51710508	rs35110538	T	TA	939.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=804;SC=TTAAATTTTTTATCCCAAGAT;SOR=2.387;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=51710516;WS=51710498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	51710551	rs10131881	A	T	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=12;PP=587;SC=AACTTTTTTTAAAAAAAAATC;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=51710559;WS=51710541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	51712092	rs4606635	T	C	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=14;PP=886;SC=TATTTGAAGATTCTAAATTAT;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=48;WE=51712100;WS=51712082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	51716161	rs59489282	GT	G	808.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.323;NF=6;NR=17;PP=414;ReadPosRankSum=-0.855;SC=CAGATTTTTAGTTTTTTTTTT;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=23;WE=51716169;WS=51716151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,43:0.96:45
chr14	51716188	rs7161242	T	G	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	51716467	rs7160810	G	A	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.02;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	51720906	rs11157811	T	G	43.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=26;SC=TGGTTTTTTTTATCTTATCTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=51720914;WS=51720896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	52167918	rs55923021	T	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.035;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=108;ReadPosRankSum=-0.708;SC=TGATTTTTTTTAAAAAATGTT;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=6;WE=52167926;WS=52167908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr14	52182081	rs731715	T	A	3907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=74;PP=2310;ReadPosRankSum=-0.023;SC=GCTTGCCTTCTGCCCGGAAGC;SOR=0.591;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=223;TCF=123;TCR=100;TR=160;WE=52182089;WS=52182071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,180:0.69:260
chr14	52294397	rs6572795	G	A	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=1;PP=306;SC=ATTACACGCAGTGGAAAAGCA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=52294405;WS=52294387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	52418655	rs3825601	G	A	2263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.09;ReadPosRankSum=-0.699;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,106:0.71:150
chr14	52465460	rs1151570	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=240;ReadPosRankSum=0.058;SC=ATGTTTTTATGATGTGCTTTC;SOR=1.739;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=13;WE=52465468;WS=52465450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr14	52474721	rs1476284	C	T	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.98;ReadPosRankSum=2.038;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,46:0.72:64
chr14	52477867	rs10146989	G	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=163;ReadPosRankSum=-2.364;SC=GCAGGGGAAAGCAAAGCCCAA;SOR=0.375;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=12;WE=52477875;WS=52477857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr14	52478315	rs1051069	A	G	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.83;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,62:0.79:78
chr14	52481917	rs946615	C	T	2908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=68;PP=1949;ReadPosRankSum=0.532;SC=ACTGGTCATCCCGGGGGGTGC;SOR=0.742;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=188;TCF=88;TCR=100;TR=126;WE=52481925;WS=52481907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,129:0.66:195
chr14	52486961	rs77091361	C	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=179;ReadPosRankSum=-0.298;SC=ACAATCTGTGCGACTGCATGG;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=14;WE=52486969;WS=52486951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr14	52495354	rs74049344	T	G	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=489;ReadPosRankSum=-0.798;SC=AGCCTCTGAATAGCAGAAGTC;SOR=0.487;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=33;WE=52495362;WS=52495344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr14	52495375	rs7144352	C	T	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.95;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	52496387	rs2273430	C	A	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=33;PP=974;SC=GCAAGGATTCCCCGGAGTGGG;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=58;WE=52496395;WS=52496377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	52496407	rs2273431	C	T	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=31;PP=974;SC=GGTCTGAATCCTCTGCATGAG;SOR=1.316;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=51;WE=52496415;WS=52496397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	52505360	rs753051	A	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.083;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=134;ReadPosRankSum=1.310;SC=TACCTAGCACATAACACAGCA;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=12;WE=52505368;WS=52505350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr14	52505375	rs753050	A	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.687;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=129;ReadPosRankSum=2.218;SC=ACAGCATGGCACTAGGTAACC;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=13;WE=52505383;WS=52505365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr14	52505771	rs2029978	TT	AG	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=19;PP=1180;SC=TTTTCTGCAGTTTTTTTCATC;SOR=2.019;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=27;WE=52505780;WS=52505761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	52505811	rs2029976	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=1.444;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr14	52507429	rs3742536	A	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=173;ReadPosRankSum=-0.655;SC=AAATTTGCTGAGACGTAAGGC;SOR=1.109;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=12;WE=52507437;WS=52507419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr14	52509101	rs1982963	G	A	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=468;ReadPosRankSum=0.109;SC=AGGCTTGGACGTCATCCTGGC;SOR=0.768;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=142;TCF=63;TCR=79;TR=46;WE=52509109;WS=52509091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,50:0.32:155
chr14	52509483	rs56834750	TG	CA	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.896;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=423;ReadPosRankSum=1.601;SC=CAGGAGTTCCTGGCCCCAGTC;SOR=1.248;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=15;WE=52509492;WS=52509473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,17:0.24:72
chr14	52509788	rs3818187	A	G	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-0.108;SC=CCGGCATAACATTCAACCCAA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=52509796;WS=52509778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr14	52520368	rs2101919	C	T	4034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=66;PP=2330;SC=TGTAGTGTGACCTGAAGCAGG;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=68;TCR=66;TR=134;WE=52520376;WS=52520358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr14	52520853	rs904059	A	G	2993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr14	52527082	.	GA	G	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=-0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.998;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr14	52534997	rs7151874	T	C	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=15;PP=311;SC=CCTTCCCCACTGGCCAGGGAG;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=52535005;WS=52534987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	52535387	rs984051	A	C	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=23;PP=990;SC=GGGCTCCAGGAGTGGGGTCTG;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=59;WE=52535395;WS=52535377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	52535415	rs984050	G	A	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=32;PP=1399;SC=CCCTCTGGAGGCAGGGTTTCC;SOR=0.992;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=85;WE=52535423;WS=52535405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	52535648	rs3920038	G	T	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=62;PP=1729;SC=CATTAGCAACGGCAGCAGCAG;SOR=1.440;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=38;TCR=62;TR=100;WE=52535656;WS=52535638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	52536512	rs1497082	T	C	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr14	52735108	rs34968651	C	T	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.872;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=641;ReadPosRankSum=-1.053;SC=ACGAGGAGGGCTCGCTGTCGG;SOR=0.862;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=185;TCF=86;TCR=99;TR=52;WE=52735116;WS=52735098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,62:0.29:212
chr14	52736153	rs41312448	TCTC	T	867.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.292;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,27:0.26:103
chr14	52781195	rs1254598	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=166;ReadPosRankSum=-0.126;SC=GGAACGCTCCGGCTCTCAGAC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=13;WE=52781203;WS=52781185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr14	52794049	rs377525620	T	C	3399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=68;PP=2178;ReadPosRankSum=-0.240;SC=TTGCCATCCTTAGGCCTCCTG;SOR=0.605;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=107;TCR=99;TR=141;WE=52794057;WS=52794037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,153:0.67:227
chr14	52794234	rs708502	T	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=9.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr14	52906081	rs2249922	T	G	2329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.634;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=49;PP=1299;ReadPosRankSum=-0.699;SC=AAATATGCCCTCAAGATTCCT;SOR=0.593;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=139;TCF=68;TCR=71;TR=95;WE=52906089;WS=52906071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,109:0.69:159
chr14	52906179	rs2249925	C	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.122;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=419;ReadPosRankSum=0.359;SC=AATAGTAATTCGTAGAACATT;SOR=1.981;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=21;WE=52906187;WS=52906169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr14	52907353	rs1952254	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=2.354;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr14	53004157	rs10150229	T	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=-1.720;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr14	53019944	rs147785041	A	G	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=163;ReadPosRankSum=1.256;SC=CGGCGGGGGCAGCGGAGGCGG;SOR=0.735;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=14;WE=53019952;WS=53019934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr14	53098902	rs762063	G	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=2.240;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,33:0.34:96
chr14	53130317	.	CA	C	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=1.791;QD=2.06;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr14	53130507	rs17125636	T	C	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=2.491;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,35:0.28:123
chr14	53133036	rs12885338	T	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=87;ReadPosRankSum=-1.043;SC=TGATTTTGTTTATAAAGAGAA;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=7;WE=53133044;WS=53133026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr14	53235545	rs2274274	A	T	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	53250293	rs2296494	G	C	230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=6;PP=105;SC=TGGGCTTACAGGCAATTATTT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=53250301;WS=53250283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	53325090	rs6572868	C	T	3062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=42;PP=1816;SC=AAACAGTATTCCTATTCACAC;SOR=1.140;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=66;TCR=42;TR=108;WE=53325098;WS=53325080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr14	53326454	rs3818453	C	A	3807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=69;PP=2223;SC=AAGAAAAGAACGGTTAAAAAC;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=56;TCR=69;TR=125;WE=53326462;WS=53326444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr14	53327269	rs17694337	G	A	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.516;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=43;PP=1018;ReadPosRankSum=-1.084;SC=ATTGAATTACGCACCCCGTAC;SOR=0.873;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=78;WE=53327277;WS=53327259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,85:0.67:127
chr14	53345266	rs2357946	G	C	4671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr14	53345378	rs2357947	G	A	3355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=67;PP=1879;SC=TGGCCTGCTCGTAAAGCTGAT;SOR=1.224;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=46;TCR=67;TR=113;WE=53345386;WS=53345368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr14	53348540	rs62003529	T	G	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=257;ReadPosRankSum=0.698;SC=GTAAAGAACATCAGTGCCTAT;SOR=0.689;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=23;WE=53348548;WS=53348530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,28:0.33:84
chr14	53385733	rs35536399	T	TAC	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=157;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CATACATATATACAGATAGTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=53385741;WS=53385732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr14	53409584	rs7157315	C	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=121;ReadPosRankSum=0.415;SC=TAATAGTAAGCTAAGAAGTAA;SOR=0.883;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=11;WE=53409592;WS=53409574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr14	53513478	rs10599915	AAG	A	3535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.25;NF=23;NR=20;PP=2124;SC=CATGTCCTTCAAGAGAGTTCA;SOR=1.501;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=43;WE=53513487;WS=53513468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	53522324	rs5808701	T	TA	801.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=3;PP=762;SC=CCCCCAAACTTATGTCTAGGA;SOR=2.833;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=18;WE=53522332;WS=53522314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	53525392	rs915436	C	T	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=24;PP=659;SC=GAAGTGTTATCTTTCAACAAA;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=53525400;WS=53525382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	53525427	rs12882412	C	T	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=13;PP=319;SC=TAATATATGGCAAAATACAAA;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=53525435;WS=53525417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	53529669	rs4898778	A	T	2369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	53539471	rs875663	A	G	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	53619463	rs2358188	G	A	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=45;PP=1207;SC=GCTGCGGCGGGTGCAGCGACA;SOR=1.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=63;WE=53619471;WS=53619453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	53619480	rs140904345	T	TGCCGCC	2434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=28;PP=2090;SC=GACAAGGAGCTGCCGCCGCCG;SOR=1.877;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=31;WE=53619488;WS=53619470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	53619544	rs2358189	G	A	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=29;PP=996;SC=CGGCGGAGCTGAAGTCATAGT;SOR=1.011;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=57;WE=53619552;WS=53619534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	54415291	rs12898159	C	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.915;SOR=1.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr14	54417522	rs17563	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=0.212;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,25:0.32:77
chr14	54418986	rs2761880	T	C	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=60;PP=1786;SC=AAAGAATAAATAAACACCAAT;SOR=1.942;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=25;TCR=60;TR=85;WE=54418994;WS=54418976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	54863577	rs2235961	G	A	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	54869027	rs35529322	C	CGT	459.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.638;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=399;ReadPosRankSum=1.467;SC=CATGTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=15;WE=54869035;WS=54869017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr14	54875276	rs4251623	C	A	206.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=167;SC=AGAATCCTTGCTTAGGATGAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=54875284;WS=54875266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	54875514	rs2179896	A	G	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=14;PP=411;SC=ACAGGTAGGTATAATATCACG;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=54875522;WS=54875504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	54875591	rs4251625	GT	G	55	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.75;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	54877819	rs2143958	C	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=1.150;SC=TCACTTGAACCTGGGAGGCAG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=54877827;WS=54877809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr14	54879473	rs2268332	G	T	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.80;ReadPosRankSum=-1.579;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,50:0.65:77
chr14	54896852	rs78534712	G	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.709;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr14	54907863	rs28734951	C	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=100;ReadPosRankSum=2.740;SC=GCATCCCCGACGCGCAAAGCC;SOR=0.460;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=12;WE=54907871;WS=54907853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr14	54947501	rs59955412	T	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=2.256;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr14	54955677	rs3737314	A	T	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=426;ReadPosRankSum=1.590;SC=CCTGTCGCCTACACTCGGGCG;SOR=0.808;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=42;WE=54955685;WS=54955667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,53:0.35:151
chr14	55034879	rs3742558	T	C	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=323;SC=CAACCCCCGCTCCTCCCTCCG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=55034887;WS=55034869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	55154053	rs11626473	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=-2.778;SOR=1.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,7:0.17:40
chr14	55168673	rs1022754	A	G	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=4;PP=486;SC=AAATATAGCCAGACTATGTAG;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=55168681;WS=55168663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	55203703	rs10133272	G	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.291;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=188;ReadPosRankSum=0.749;SC=CAGGATAAAGGGGGGGGAATA;SOR=1.469;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=18;WE=55203711;WS=55203693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr14	55218161	rs2295820	A	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=289;ReadPosRankSum=2.289;SC=CTTGTTATTTAATTACAGAAT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=20;WE=55218169;WS=55218151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr14	55218435	rs2295822	A	G	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=16;PP=441;SC=TGCTTCTTTGAAAGCTGATGC;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=55218443;WS=55218425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	55221345	rs911612	G	A	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=0;PP=106;SC=TGACGGCACCGGTGGCAGACT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=55221353;WS=55221342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	55221543	rs11627203	T	C	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.52;ReadPosRankSum=-1.134;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,78:0.74:106
chr14	55241558	rs72713435	GA	AC	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.090;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-1.209;QD=14.04;ReadPosRankSum=1.123;SOR=0.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
chr14	55255673	rs11431	C	T	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=45;PP=955;ReadPosRankSum=1.660;SC=AAGCTGAAGACGAGAGTGACC;SOR=0.671;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=141;TCR=142;TR=90;WE=55255681;WS=55255663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,99:0.32:312
chr14	55369314	rs41298432	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=0.330;SC=ATCCCGCTCGGGGAACCCATT;SOR=0.486;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=14;WE=55369322;WS=55369304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr14	55424096	rs117103315	T	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=33;ReadPosRankSum=-1.036;SC=AAATACCACATCCCCAAGAAA;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=55424104;WS=55424086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr14	55434186	rs117021459	C	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.671;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=304;ReadPosRankSum=-1.151;SC=AAAAAGTTTTCAAAAGTTAGT;SOR=0.048;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=19;WE=55434194;WS=55434176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr14	55462388	rs61744409	G	A	2480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=3.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.70;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,112:0.71:158
chr14	55467401	rs117273767	A	G	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.039;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=40;PP=957;ReadPosRankSum=-0.775;SC=TACTGTCAAGAAAAATATAAA;SOR=1.448;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=53;WE=55467409;WS=55467391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,54:0.63:86
chr14	55473900	rs9323275	T	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.64;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr14	55473949	.	T	TAA	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.912;QD=9.76;ReadPosRankSum=1.818;SOR=0.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr14	55474183	rs113520981	T	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.502;NF=1;NR=7;PP=151;ReadPosRankSum=-0.917;SC=GTTCTTCAAATCAATATATAT;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=55474191;WS=55474173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr14	55475515	.	CT	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	55476970	rs75484710	A	T	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.623;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=27;PP=1303;ReadPosRankSum=0.434;SC=CCTGAAACAAATAAACAAGGC;SOR=0.453;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=87;TCR=38;TR=87;WE=55476978;WS=55476960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,97:0.71:136
chr14	55493350	rs1187878	T	C	2271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=18;PP=1644;SC=GAGTCATTTTTAGCTGACTGC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=76;WE=55493358;WS=55493340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	55493408	rs1201378	T	C	5623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=26.40;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr14	55604935	rs4644	C	A	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.48;ReadPosRankSum=-0.321;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,87:0.61:142
chr14	55605036	rs4652	A	C	2366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=47;PP=1601;ReadPosRankSum=0.495;SC=GCCAAGTGCCACCGGAGCCTA;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=81;TCR=69;TR=103;WE=55605044;WS=55605026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,103:0.68:151
chr14	55609234	rs2075601	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=340;ReadPosRankSum=-0.354;SC=TAGAAAATTACATGTTCTTTA;SOR=0.458;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=23;WE=55609242;WS=55609224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr14	55617578	rs35448900	CA	C	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.839;NF=0;NR=7;PP=77;ReadPosRankSum=0.797;SC=TGAAAAACAACAAAAAAAAAC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=55617586;WS=55617568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr14	55619311	rs15870	A	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.89;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr14	55647575	rs11351178	CA	C	598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.203;NF=1;NR=10;PP=325;ReadPosRankSum=-1.016;SC=CATGGTAGTGCAATGCCTGTA;SOR=1.112;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=11;WE=55647583;WS=55647565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr14	55647840	rs11622636	C	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=219;ReadPosRankSum=-1.334;SC=CACAAACAAACGAACAAATTC;SOR=0.474;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=15;WE=55647848;WS=55647830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr14	55817708	rs10144418	T	C	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.091;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=522;ReadPosRankSum=-0.334;SC=ATGGAGTCTATGCTGGGAGGC;SOR=0.465;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=49;WE=55817716;WS=55817698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,52:0.70:74
chr14	55818517	rs1045002	T	A	4709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.07;ReadPosRankSum=1.060;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,214:0.73:293
chr14	55818706	rs3742569	T	C	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=27;PP=811;ReadPosRankSum=0.830;SC=CCATTTGTACTGCCAGCCTCT;SOR=0.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=62;WE=55818714;WS=55818696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,74:0.67:110
chr14	55836546	rs372330344	C	T	2055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.80;ReadPosRankSum=-2.005;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,100:0.67:149
chr14	55836773	rs10136596	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=175;ReadPosRankSum=0.778;SC=CCCCAAGTCTATGCAGCACTC;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=11;WE=55836781;WS=55836763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr14	55847466	rs946059	A	G	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=3.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.45;ReadPosRankSum=0.201;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,63:0.56:112
chr14	55848972	rs3783650	A	C	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=343;ReadPosRankSum=0.239;SC=ATGCAATATAACTGCAAGACA;SOR=0.826;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=21;WE=55848980;WS=55848962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr14	55864130	rs8003279	A	G	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.65;ReadPosRankSum=0.962;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,61:0.62:99
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chr14	56101164	rs139496974	AAACT	A	490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=311;ReadPosRankSum=1.012;SC=CAGCTCAGCAAAACTAACAAA;SOR=0.473;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=6;WE=56101175;WS=56101154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr14	56101212	rs34111199	C	T	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=477;ReadPosRankSum=-2.316;SC=TTTGTAATAACGGAAGGCTCC;SOR=0.643;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=31;WE=56101220;WS=56101202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,41:0.58:71
chr14	56103882	rs10483647	A	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr14	56106031	rs3831052	TGAC	T	868.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=6.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.20;ReadPosRankSum=-0.207;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr14	56106080	rs369782699	CT	C	89.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=11.22;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	56108007	rs10483649	G	A	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=278;ReadPosRankSum=-0.765;SC=GAAATACTACGTTTTGTATGA;SOR=0.950;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=21;WE=56108015;WS=56107997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr14	56108033	rs2341890	G	A	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=17;PP=480;SC=CTCTGAAACAGTGTTTCTGTA;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=56108041;WS=56108023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	56108520	rs1951890	A	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=24;ReadPosRankSum=0.674;SC=TACTTGTTATATAACAAGATC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=5;WE=56108528;WS=56108510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr14	56111278	rs34100965	CT	C	111.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=1.163;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr14	56113917	rs17684916	A	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=86;ReadPosRankSum=-0.494;SC=AGCATATAAGAATGAATTACT;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=6;WE=56113925;WS=56113907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr14	56114866	rs17128657	A	T	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.18;ReadPosRankSum=0.364;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,40:0.91:44
chr14	56116576	rs71448463	AT	A	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5133;FS=1.549;HP=10;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=105;ReadPosRankSum=0.508;SC=TCTTTGGTCCATTTTTTTTTT;SOR=1.274;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=9;WE=56116585;WS=56116566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr14	56122689	rs35094494	G	A	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=0;PP=25;SC=TTTTTCTTAGGGGTGATATTG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=56122697;WS=56122679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	56126456	rs7160678	C	A	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=37;PP=1264;SC=TTTATAAAGTCGTAACTATTT;SOR=0.881;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=73;WE=56126464;WS=56126446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	56133942	rs7150285	C	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.80;ReadPosRankSum=2.071;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,33:0.66:50
chr14	56139313	rs3215766	GT	G	809.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=554;ReadPosRankSum=1.007;SC=ATCCTTGGTGGTTTTACTTGG;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=17;WE=56139321;WS=56139303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr14	56146228	rs12587735	T	G	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=321;ReadPosRankSum=-0.870;SC=TTGTTTGGTTTTACATTTCTT;SOR=0.399;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=15;WE=56146236;WS=56146218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr14	56147540	rs10483651	G	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=284;ReadPosRankSum=-0.239;SC=TTAAGCCTCAGCTCAAATCTT;SOR=0.941;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=16;WE=56147548;WS=56147530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr14	56755425	rs34574403	C	CA	345.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=253;ReadPosRankSum=-1.544;SC=TTAATTGGAGCAAAAAAAAAT;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=56755433;WS=56755415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr14	56763886	rs1152466	G	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.221;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,46:0.33:138
chr14	56958173	rs1889382	C	G	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=6;PP=398;SC=CCCTCAGGCCCATGTCTGTTC;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=56958181;WS=56958163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	56958247	rs12893562	C	T	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=16;PP=874;SC=GAGAAATACTCCAAATGAATT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=50;WE=56958255;WS=56958237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	56958328	rs12894026	G	A	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	57046829	rs2275025	C	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr14	57052511	rs3737171	G	T	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=711;ReadPosRankSum=-1.884;SC=CTTTGTTCACGCTGGTGGCTA;SOR=0.580;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=144;TCF=79;TCR=65;TR=56;WE=57052519;WS=57052501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,58:0.37:156
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chr14	57092038	rs2274706	A	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-1.761;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,14:0.18:78
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chr14	57101560	rs10601913	CA	C	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.803;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,19:0.29:66
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chr14	57114285	rs34046661	C	CA	441.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.530;NF=0;NR=14;PP=517;ReadPosRankSum=-1.617;SC=GTTTTTCCTTCAAGAAAAGAA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=14;WE=57114293;WS=57114275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr14	57116979	rs1958530	A	G	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=2;PP=85;SC=TTCGGCCTGAAGAGCCAGTGG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=57116987;WS=57116969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	57676823	rs200089845	CT	C	441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=145;ReadPosRankSum=-1.465;SC=ATCTAACTTACTCTATGTTTA;SOR=1.162;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=5;WE=57676831;WS=57676813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr14	57700585	rs35064097	T	G	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.84;ReadPosRankSum=0.633;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,46:0.73:63
chr14	57866623	rs2152360	A	G	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	57876265	rs11620639	G	A	5606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=92;NR=90;PP=2809;SC=ACTATCATCCGCACAGAATCG;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=92;TCR=90;TR=182;WE=57876273;WS=57876255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr14	57938124	rs1152531	C	T	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=764;ReadPosRankSum=0.073;SC=CTGTCCTGGTCCTCACCAGTG;SOR=0.505;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=56;WE=57938132;WS=57938114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,66:0.70:94
chr14	57938260	rs1152530	T	C	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=26;PP=839;SC=CCAGGGACAGTAGTTATTCAC;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=57938268;WS=57938250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	57945689	rs1152525	G	A	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=13;PP=1005;SC=TTTGGCCCACGGCACAGCGAT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=51;WE=57945697;WS=57945679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	57948380	rs1152522	T	C	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=411;ReadPosRankSum=0.846;SC=TAGTACCTGCTATGAAAGACA;SOR=0.648;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=29;WE=57948388;WS=57948370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr14	57957654	rs1203339	T	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.67;ReadPosRankSum=-1.653;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr14	57957664	rs1203338	T	A	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.49;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	58038536	rs45451394	A	G	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=7.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.216;SOR=0.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,29:0.39:74
chr14	58038850	rs45500698	T	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=139;ReadPosRankSum=1.235;SC=TAATTACCTTTTGTACATCAC;SOR=0.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=12;WE=58038858;WS=58038840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr14	58056257	rs1190313	G	T	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=696;ReadPosRankSum=-0.405;SC=GAATACAAATGTGAGGAAAGC;SOR=0.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=48;WE=58056265;WS=58056247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,60:0.68:88
chr14	58060586	rs180872	C	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr14	58060598	rs238377	C	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr14	58063689	rs75538780	G	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=372;ReadPosRankSum=0.011;SC=ACGTATTCAGGGGTTGGGCCA;SOR=0.784;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=31;WE=58063697;WS=58063679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr14	58471699	rs727203	T	C	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=28;PP=1370;SC=GTGTGCTTTATTAAGTAAATT;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=64;WE=58471707;WS=58471689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr14	58478873	rs3837616	GA	G	730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=10;PP=315;SC=TTCTCACTAGGAAAAAAATAA;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=12;WE=58478881;WS=58478863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	58478979	rs3783688	G	T	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=163;SC=ACAGTAAAAGGATTAACAATA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=58478998;WS=58478969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	58478990	rs3783689	T	A	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=142;SC=ATTAACAATATAACATAATGA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=58478998;WS=58478969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	58599674	rs149751032	GGT	G	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.116;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,4:0.16:25
chr14	58600107	rs2180520	T	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=247;ReadPosRankSum=-0.573;SC=CCTATTTTTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=12;WE=58600115;WS=58600097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr14	58605790	rs3829765	G	A	2224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.11;ReadPosRankSum=0.745;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,99:0.76:130
chr14	58606044	.	C	T	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=315;ReadPosRankSum=-0.794;SC=TACAGAAAGCCAGACAAATGT;SOR=0.559;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=31;WE=58606052;WS=58606034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,32:0.26:122
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chr14	58669660	rs75291796	AT	A	427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=483;ReadPosRankSum=-1.298;SC=TTAAAAAAAAATATTAGCAAA;SOR=0.953;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=13;WE=58669668;WS=58669650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr14	58674823	rs34557633	CA	C	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.735;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
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chr14	58697721	rs148474329	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=1.045;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr14	58697795	.	C	CAG	187	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=25;MQ=58.77;NF=0;NR=5;PP=187;QD=46.0;SC=CTTTTTTTGACAGTGTTGCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=58697803;WS=58697785;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,5:0.56:9
chr14	58724817	rs35486640	C	CTT	496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=252;ReadPosRankSum=0.976;SC=AATAGAAACTCGTCGATAAGT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=58724825;WS=58724807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr14	58727859	rs11426708	C	CT	68.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=19;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=4;PP=46;SC=AGTAATTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=58727867;WS=58727849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	58730331	rs78174924	A	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=122;ReadPosRankSum=1.299;SC=GTCATTTAGCATCCTTTCACT;SOR=0.877;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=13;WE=58730339;WS=58730321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr14	58730626	rs2348071	A	G	142.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=139;SC=CACCAACACTAATGATAGCTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=58730634;WS=58730616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	58737766	rs8005100	A	T	366.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.30;ReadPosRankSum=1.035;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr14	58758279	rs149972156	TAC	T	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.49;ReadPosRankSum=-1.532;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,19:0.13:151
chr14	58758331	rs11461912	G	GT	3405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.226;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=34;PP=1705;ReadPosRankSum=0.245;SC=TTACCTAAGAGTAACTAAGTA;SOR=0.523;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=65;TCF=9;TCR=56;TR=43;WE=58758339;WS=58758321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,106:0.70:152
chr14	58766617	rs1957038	A	G	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.634;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=44;PP=1180;ReadPosRankSum=-0.849;SC=TCGCGCCCTGAACACTGCCAA;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=68;TCR=66;TR=89;WE=58766625;WS=58766607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,100:0.66:152
chr14	58770389	rs10145481	C	G	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.085;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=584;ReadPosRankSum=-0.687;SC=CTAAAGGGTCCCTCCAGACCA;SOR=1.078;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=43;WE=58770397;WS=58770379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr14	58771632	rs7155580	A	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5729;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=118;ReadPosRankSum=-0.736;SC=TAAAAGTAATATGCAAATTAT;SOR=1.085;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=8;WE=58771640;WS=58771622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr14	58831142	rs1051858	A	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=146;ReadPosRankSum=-1.121;SC=AATGGAAAAAACAGAAGAAGT;SOR=1.078;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=12;WE=58831150;WS=58831132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr14	58838668	rs1051860	A	G	3301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=1.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.93;ReadPosRankSum=-1.743;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,158:0.67:237
chr14	58838701	rs1051861	C	T	3047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.347;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=58;PP=1527;ReadPosRankSum=0.926;SC=CTGTAGAATGCAGGTGATAAA;SOR=0.479;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=185;TCF=93;TCR=92;TR=123;WE=58838709;WS=58838691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,143:0.67:212
chr14	58869510	rs7153357	T	C	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.42;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	58907006	rs138818880	TTC	T	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=-2.058;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,13:0.19:68
chr14	58917225	rs1748970	C	G	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=4;PP=612;SC=AAAGTATAGGCAAGAGTAATA;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=58917233;WS=58917215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	58917454	rs1748971	G	A	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	58920240	rs1748975	A	C	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=347;ReadPosRankSum=-0.503;SC=GAGTTTTGTTAAGATTTTTCA;SOR=0.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=20;WE=58920248;WS=58920230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr14	58923395	rs1743721	G	A	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	58926527	rs1748980	C	T	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	58932772	rs1743716	A	G	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=47;PP=1300;SC=AATATGTGGGATGGATTTTAT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=83;WE=58932780;WS=58932762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	58934371	rs1632390	G	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=377;SC=TGAGAATATAGCCATTAAGAT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=58934379;WS=58934361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	58937416	rs1748986	T	C	6242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr14	58953617	rs1743702	T	C	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=3;PP=540;SC=TACTTAACCCTGCCATCAATT;SOR=2.387;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=25;WE=58953625;WS=58953607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr14	58954588	rs5808973	T	TA	1058.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.025;HP=9;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.377;NF=10;NR=16;PP=495;ReadPosRankSum=-0.650;SC=TCTGTCCTTTTAAAAAAAAAC;SOR=1.009;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=26;WE=58954596;WS=58954578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
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chr14	59797213	rs41285510	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=2.445;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,23:0.24:95
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chr14	59834048	rs10130669	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=153;ReadPosRankSum=1.385;SC=ACAAAACTTACGTTTGACTCA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=10;WE=59834056;WS=59834038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr14	59835350	rs41285512	A	C	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.003;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=306;ReadPosRankSum=1.356;SC=CAAAGAGGTTATTTCTTTCTA;SOR=0.416;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=27;WE=59835358;WS=59835340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,32:0.39:82
chr14	59835607	.	T	G	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=551;ReadPosRankSum=1.064;SC=TTTAGAAAGCTCATTAGCAGC;SOR=0.361;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=32;WE=59835615;WS=59835597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,38:0.75:51
chr14	59931697	rs3742646	G	A	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=-1.170;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr14	59931840	rs3742645	G	T	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=5;PP=164;SC=CCGTGGCCGCGGAGGAAGTCC;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=59931848;WS=59931830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	59931931	rs1752428	T	G	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	59939727	rs8660	T	C	4235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=59;PP=2398;SC=TCATCTTCTATTATAAAGCTT;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=76;TCR=60;TR=135;WE=59939735;WS=59939717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr14	59939804	rs1046701	G	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=-1.445;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,32:0.29:110
chr14	59939811	rs142508867	GAAA	G	2875.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=37;PP=2972;ReadPosRankSum=1.708;SC=TTCGCTTCCTGAAAAAAGATG;SOR=0.679;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=39;WE=59939825;WS=59939794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,72:0.71:102
chr14	59939817	rs200316741	A	T	2884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=2962;ReadPosRankSum=1.476;SC=TCCTGAAAAAAGATGAAGGGA;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=59;WE=59939825;WS=59939794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,72:0.71:101
chr14	59941143	rs8013894	A	G	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=672;ReadPosRankSum=0.348;SC=TAATAAATGCATCTACTTGCC;SOR=0.612;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=50;WE=59941151;WS=59941133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,56:0.63:89
chr14	59942953	rs10634233	T	TCAAC	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=461;SC=CAAAAAAAGATCACATGCAAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=59942961;WS=59942943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	59946094	rs1752435	G	C	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=2.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.83;ReadPosRankSum=-0.165;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,52:0.33:159
chr14	59946099	rs1752436	T	C	4605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=83;PP=1658;SC=GGAAAGAAGATGTGTTTGTTA;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=55;TCR=84;TR=138;WE=59946107;WS=59946084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr14	59950417	rs1268584	T	G	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr14	59950690	rs2296842	A	C	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=633;ReadPosRankSum=-1.690;SC=CGAAGTCCAAAGCGAAGCGGC;SOR=0.598;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=52;WE=59950698;WS=59950680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,62:0.53:116
chr14	59951278	rs10140007	T	C	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=3.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.10;ReadPosRankSum=-0.748;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,78:0.64:122
chr14	59951446	rs80087397	C	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=-3.065;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr14	59951458	rs116224422	T	C	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.184;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=455;ReadPosRankSum=-0.737;SC=CGGGCCGGGCTCCGCACTCCT;SOR=2.252;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=10;WE=59951466;WS=59951436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
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chr14	59954385	rs76472382	A	G	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=297;ReadPosRankSum=0.537;SC=GGTTTTATATATTATAGGTAT;SOR=0.642;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=112;TCF=74;TCR=38;TR=32;WE=59954393;WS=59954375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,39:0.31:127
chr14	59961628	rs199969638	CT	C	381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.23;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr14	59961971	rs35919683	TG	T	471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.051;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=26;PP=296;ReadPosRankSum=0.019;SC=TTAAGATCATTGTTTTTTTTT;SOR=1.493;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=27;WE=59961980;WS=59961960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chr14	59965429	rs1271507	T	C	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.20;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,36:0.73:49
chr14	59965705	rs1271508	A	C	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.46;QD=28.39;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	59977232	rs112555934	T	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=173;ReadPosRankSum=-0.520;SC=CAATGTTCAATTGAATGTTTG;SOR=0.589;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=18;WE=59977240;WS=59977222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr14	59977606	rs11305995	CA	C	793.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.436;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=28;PP=425;ReadPosRankSum=-0.892;SC=GGATCATGTCCAAAAAAAAAT;SOR=0.368;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=29;WE=59977614;WS=59977596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,46:0.68:68
chr14	59978366	rs10635523	A	ATG	4675.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=19;PP=1857;SC=TTCCACCCTGATGCGTGCATG;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=35;WE=59978380;WS=59978356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	59978372	rs45514195	G	A	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.242;NF=11;NR=8;PP=226;ReadPosRankSum=1.171;SC=CCTGATGCGTGCATGCAGGTG;SOR=0.637;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=19;WE=59978380;WS=59978356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,38:0.34:112
chr14	59988324	rs12887189	C	T	2572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.956;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=58;PP=1481;ReadPosRankSum=-0.582;SC=AGACAAGTCGCTTGAGGTGTG;SOR=0.986;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=153;TCF=76;TCR=77;TR=109;WE=59988332;WS=59988314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,122:0.70:174
chr14	59992258	rs1956366	G	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=191;ReadPosRankSum=-0.160;SC=ATTAATTTCTGAAGTATCCAG;SOR=0.892;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=17;WE=59992266;WS=59992248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr14	59992284	rs1956365	C	T	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	59998301	rs2145042	T	C	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	59998310	rs2145041	G	T	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.71;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	59998385	rs113558975	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.841;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr14	60007366	.	CTT	C	251.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=5.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.693;QD=13.25;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr14	60011922	rs113568656	C	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=2.410;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr14	60027907	rs112952088	C	T	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.626;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=22;PP=692;ReadPosRankSum=0.328;SC=CTTATTGATTCGTGTAGTCGT;SOR=0.998;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=154;TCF=86;TCR=68;TR=54;WE=60027915;WS=60027897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,61:0.34:179
chr14	60034840	rs982862	G	C	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.17;SOR=1.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	60039374	rs12886261	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=148;ReadPosRankSum=-2.002;SC=ACTTCATTCTGTTATAAGATC;SOR=1.981;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=12;WE=60039382;WS=60039364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr14	60041749	rs35273647	G	GA	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=140;ReadPosRankSum=0.924;SC=TGATTGTTCTGAAAAAAAAAT;SOR=0.481;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=10;WE=60041757;WS=60041739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr14	60043323	rs6573272	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.42;ReadPosRankSum=-0.606;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr14	60043422	rs4898996	A	G	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.19;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	60063372	rs45481898	A	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=-1.002;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,9:0.17:52
chr14	60063472	rs6573275	A	G	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	60063641	rs201579279	TC	T	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=62;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TGTAAGTACATCTGCAAATAC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=3;WE=60063649;WS=60063631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr14	60069851	rs372518671	GA	G	906.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=36;PP=380;ReadPosRankSum=0.693;SC=CCTACATAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.732;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=109;TCF=7;TCR=102;TR=39;WE=60069859;WS=60069841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,70:0.38:182
chr14	60070549	rs45605937	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-2.050;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,20:0.21:94
chr14	60072023	rs1950786	G	A	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=16;PP=1000;SC=GCAGTTTACAGTATTACACCT;SOR=1.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=57;WE=60072031;WS=60072013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	60073935	rs1956372	A	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=165;ReadPosRankSum=-0.336;SC=TGCATCTGTGAGCTGAAATAC;SOR=1.244;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=11;WE=60073943;WS=60073925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr14	60076783	rs1998111	G	C	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.16;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,58:0.60:97
chr14	60076999	rs79889367	G	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=20;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GTGTAGGGTCGTCTCTTAGCA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=60077007;WS=60076989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr14	60411549	rs35724288	AT	A	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.488;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.076;NF=0;NR=9;PP=250;ReadPosRankSum=-2.062;SC=TAAATTATGTATATACACACA;SOR=1.080;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=60411557;WS=60411539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr14	60433392	rs35533709	C	T	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.23;ReadPosRankSum=-0.840;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr14	60444652	rs219328	A	T	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=135;SC=GAGTTTGTTAATTATTAAACT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=60444660;WS=60444642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	60451770	rs219341	G	A	251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=158;SC=ACTTCAGTTTGATGTAGAATG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=60451778;WS=60451760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	60451816	rs219342	G	A	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=269;SC=ATTTTATTTTGCTTCAGAGTC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=60451824;WS=60451806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	60468661	rs219369	C	T	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=5;PP=519;SC=CCTTTTTTCACTGTATTTTTT;SOR=2.012;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=60468669;WS=60468651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	60484931	rs219391	C	T	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=2;PP=137;SC=TTCAGCCGATCATTTAACCAA;SOR=1.493;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=60484939;WS=60484921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	60485240	rs219392	G	A	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	60494679	rs368587449	C	T	2834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.25;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,129:0.65:199
chr14	60498876	rs219409	C	T	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=140;SC=TAGTTTTATGCTTCTGTATGC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=60498884;WS=60498866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	60519920	rs95425	C	T	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=45;PP=1373;SC=CAAAGAAAAACTCGGTAATAA;SOR=1.014;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=80;WE=60519928;WS=60519910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	60574539	rs12465	A	G	5599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=83;PP=2965;SC=GAACACTTTTATACCAGTTAG;SOR=0.764;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=179;TCF=95;TCR=84;TR=178;WE=60574547;WS=60574529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr14	60581673	rs35459418	CT	C	1755.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=3.893;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.29;ReadPosRankSum=1.064;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,90:0.94:96
chr14	60581863	rs219314	G	A	4901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=61;PP=2674;SC=CCAGTGGTCCGGAAAAACATT;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=93;TCR=61;TR=154;WE=60581871;WS=60581853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr14	60581935	rs150687	C	T	5142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr14	60582053	rs150688	G	A	3349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=60;PP=2096;SC=AATTCAAAGCGTATATATCAT;SOR=1.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=50;TCR=61;TR=110;WE=60582061;WS=60582043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	60616914	.	CA	C	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.750;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.871;QD=0.77;ReadPosRankSum=-0.766;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,22:0.27:83
chr14	60712515	rs8018093	G	C	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.458;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=402;ReadPosRankSum=-0.256;SC=CCAGGGTAGGGGGCACACCCT;SOR=0.169;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=31;WE=60712523;WS=60712505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr14	60866533	rs145871373	T	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQRankSum=1.892;QD=15.91;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr14	60921673	rs1262175	T	C	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=84;SC=ACTCAAAGTTTCACAGCAGAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=60921681;WS=60921663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	60923783	rs11625921	C	T	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=18;PP=555;SC=TCATTTTCTACTGACTTCCCA;SOR=1.112;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=30;WE=60923791;WS=60923773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	60928201	rs1956549	G	A	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=24;PP=861;SC=AGAGATTAAAGCATTTTCTTA;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=51;WE=60928209;WS=60928191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	60932569	.	AACACACACACACACACACACACAC	A,AAC	878.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.25;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=1,1;NR=3,3;PP=242,60;SC=ATAAATTTATAACACACACAC;SOR=1.085;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=4,4;WE=60932600;WS=60932559;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.27,0.73:22
chr14	60935281	rs12878738	C	T	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	60944959	rs11845369	A	G	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=5;PP=296;SC=ACATTCTTACACACCATGTCC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=60944967;WS=60944949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	60945203	rs11158285	G	A	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=201;SC=AAAGAGAAACGAATCTTTCTC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=60945211;WS=60945193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	60975956	rs1956558	T	C	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=40;PP=1966;SC=GTCGGGGTCGTCCGCTCCCGG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=69;TCR=40;TR=109;WE=60975964;WS=60975946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	60976537	rs33912345	C	A	8753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=158;NR=153;PP=2965;SC=GCGCACGCGGCACCTGCTACG;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=311;TCF=158;TCR=153;TR=311;WE=60976545;WS=60976527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr14	60978071	rs1061108	C	G	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=41;PP=1185;SC=TCCAGCGCCACAGAAGCCAGG;SOR=2.628;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=51;WE=60978079;WS=60978061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	61118783	rs4899014	C	T	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=38;PP=1029;SC=CCTCGGAGGCCGTGACTGGGC;SOR=3.171;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=46;WE=61118791;WS=61118773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	61124940	rs10143202	A	G	4179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr14	61180657	rs3742636	T	G	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=35;PP=1556;SC=GGCCAGTGGATGCAGGCCACT;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=81;WE=61180665;WS=61180647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	61278684	rs2020892	A	G	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.22;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	61285352	rs973063	A	G	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=0;PP=484;SC=TGAAATGCTTATGGAAAAGAC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=61285360;WS=61285342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	61445967	rs7142228	A	G	4253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=54;PP=2369;SC=TGTTTGAAAGACAGCTGATGA;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=87;TCR=55;TR=140;WE=61445975;WS=61445957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr14	61448510	rs2296924	A	G	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=14;PP=366;SC=GGGAGGGAAAATAATAAACAT;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=61448518;WS=61448500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	61449167	rs2296923	T	C	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=14;PP=637;SC=GGAATTTCTTTACGAAATTTT;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=61449175;WS=61449157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	61449328	rs976272	T	A	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	61451329	rs2182985	G	A	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=8;PP=731;SC=ACATAATTCTGCTACTCAGAG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=61451337;WS=61451319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	61451589	rs2149303	C	T	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=385;SC=ACATATAGAACTGGATGTCTC;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=61451597;WS=61451579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	61453739	rs33922839	C	CT	3645.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=29;PP=1265;SC=ATCTGTTTCTCTTCTTTTTTC;SOR=0.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=47;WE=61453747;WS=61453729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr14	61486438	.	C	CT	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=-0.335;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr14	61497147	rs1465146	A	T	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=231;ReadPosRankSum=0.920;SC=TAGGAACACTATTTATTCTTT;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=15;WE=61497155;WS=61497137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr14	61497285	rs1465145	T	C	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=11;PP=454;SC=TGTATTAATTTGATAAATATG;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=61497293;WS=61497275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	61503922	rs75473042	A	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=2.522;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr14	61509924	rs2296921	T	C	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	61512714	rs75941314	C	G	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.882;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr14	61550315	rs8016782	C	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=0.126;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,18:0.26:68
chr14	61643045	rs4902033	C	A	4202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.06;ReadPosRankSum=-0.471;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,201:0.67:299
chr14	61747644	rs3196765	A	G	3462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr14	61789318	rs1886466	C	G	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.66;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	61915751	rs2296273	G	A	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=679;ReadPosRankSum=0.046;SC=AAGGATGGGCGCACCAGCTGC;SOR=0.797;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=41;WE=61915759;WS=61915741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,43:0.72:60
chr14	61952429	rs1536016	T	C	5823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=88;NR=101;PP=2965;SC=CCTCTCCTGGTATGATCCATC;SOR=0.992;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=88;TCR=102;TR=189;WE=61952437;WS=61952419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr14	61995673	.	C	T	74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=27;MQ=58.9;NF=6;NR=0;PP=74;QD=18.1285354245;SC=GAAGCTCATGCGGCCGCATGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=6;WE=61995681;WS=61995663;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,6:0.67:9
chr14	61995691	.	C	CGTGTGT	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	61996018	rs17098729	C	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=1.893;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr14	61997226	rs1088680	C	T	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.38;ReadPosRankSum=0.346;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,53:0.68:78
chr14	61997393	rs1088679	T	C	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=348;ReadPosRankSum=0.889;SC=TTTTCAGTACTTCCCACCAGT;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=19;WE=61997401;WS=61997383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr14	62037297	rs798792	C	A	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=200;SC=TCCTGAACAGCATCCAGTTTG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=62037305;WS=62037287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	62204748	rs372062450	TA	T	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=1.445;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr14	62205175	rs10138153	T	C	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=23;PP=641;SC=TTCAAACACTTATTTGAACCA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=62205183;WS=62205165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	62208005	rs4902080	T	C	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=424;SC=AACTTTCTGATATATATGCCC;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=62208013;WS=62207995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	62211578	rs60361955	CGTGT	C	424.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=38.61;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	62212675	rs4902082	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-0.763;SC=GGCGCGGTGGCTCACACCTGT;SOR=1.179;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=7;WE=62212683;WS=62212665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr14	62213848	rs2057482	T	C	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=44;PP=1377;SC=TGGTGGCTCATTACCTAAAGC;SOR=1.130;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=80;WE=62213856;WS=62213838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	62213929	rs5809121	A	AT	684.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=704;SC=GGTTAGTTCAATTTTGATCCC;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=18;WE=62213937;WS=62213919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	62229113	rs17099207	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=15.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=1.118;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
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chr14	62546256	rs2353777	C	T	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=344;ReadPosRankSum=0.819;SC=TAAGGAAATACGAACCCAGAG;SOR=0.486;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=25;WE=62546264;WS=62546246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr14	62547469	rs7148330	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=138;ReadPosRankSum=-1.082;SC=GGATTCTGAAGGAGCACAAAG;SOR=1.179;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=9;WE=62547477;WS=62547459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
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chr14	63174616	rs7161127	T	C	5910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.87;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
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chr14	63269317	rs12588427	T	C	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=541;ReadPosRankSum=0.328;SC=AGGTGAGAGATGAATAAGTGA;SOR=0.680;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=44;WE=63269325;WS=63269307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,51:0.61:83
chr14	63453773	rs1950975	A	G	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.793;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=500;ReadPosRankSum=0.639;SC=GGGAAGCAAAATTCATCTCAT;SOR=1.212;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=169;TCF=100;TCR=69;TR=50;WE=63453781;WS=63453763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,59:0.30:194
chr14	63779773	rs140208070	C	T	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.161;QD=12.35;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,97:0.60:161
chr14	63779846	rs5809192	G	GA	2106.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=35;PP=1558;SC=CCCATAGATAGAAACAGAGAA;SOR=1.371;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=36;WE=63779854;WS=63779836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
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chr14	64066302	.	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.739;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=7.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQRankSum=-11.337;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.726;SOR=2.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,10:0.08:130
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chr14	64066326	.	C	T	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=3.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQRankSum=-8.432;QD=4.67;ReadPosRankSum=-3.089;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,28:0.18:159
chr14	64066328	.	C	T	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=3.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQRankSum=-8.521;QD=4.84;ReadPosRankSum=-2.563;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,28:0.17:162
chr14	64066340	.	A	G	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-8.063;QD=6.59;ReadPosRankSum=-2.488;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,38:0.21:180
chr14	64066352	.	T	A	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-7.856;QD=7.41;ReadPosRankSum=-1.827;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,48:0.24:199
chr14	64066363	.	G	A	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-8.519;QD=7.24;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,50:0.23:216
chr14	64066367	.	A	T	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-8.495;QD=7.27;ReadPosRankSum=1.356;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,50:0.23:215
chr14	64066373	.	G	A	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.469;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=1.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-8.495;QD=7.24;ReadPosRankSum=2.423;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,50:0.23:215
chr14	64066379	rs117229690	C	T	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQRankSum=-8.566;QD=7.35;ReadPosRankSum=3.507;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,50:0.23:218
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chr14	64066398	.	G	C	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.187;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQRankSum=-8.372;QD=8.40;ReadPosRankSum=3.515;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,52:0.26:201
chr14	64066402	.	A	G	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.610;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQRankSum=-8.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=3.556;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,50:0.26:195
chr14	64066424	rs200323309	T	C	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=2.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-6.724;QD=8.04;ReadPosRankSum=1.693;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,44:0.25:176
chr14	64066431	rs75569502	C	T	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=2.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=-6.346;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.452;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,43:0.26:167
chr14	64066451	.	A	G	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=3.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQRankSum=-5.651;QD=9.86;ReadPosRankSum=-2.820;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,36:0.27:133
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chr14	64066471	rs200681506	GT	AG	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=6.639;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-6.351;QD=5.94;ReadPosRankSum=-3.081;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,19:0.17:109
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chr14	64421392	rs1255874	G	A	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=8;PP=1044;SC=GGGGTGTTACGTTCTTTTTAA;SOR=2.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=64421400;WS=64421382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	64423187	rs2792201	C	A	3383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr14	64428154	rs1255884	A	G	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=9;PP=751;SC=CCTGTGAACCAAATGGCAGAG;SOR=2.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=42;WE=64428162;WS=64428144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	64491695	rs4902264	T	C	3193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr14	64494278	rs10151127	C	T	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=30;NR=8;PP=658;SC=GCTCATAGAACTAAAGAAGAA;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=64494286;WS=64494268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	64496749	rs4027402	C	T	2241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=47;PP=1448;SC=GATCAAATAGCGGTTGAGGAA;SOR=1.320;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=77;WE=64496757;WS=64496739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	64496872	rs3866737	G	C	277.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=228;SC=AGAAATTCCAGTGGTATTCAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=64496880;WS=64496862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	64497930	rs4027404	G	A	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=35;PP=1375;SC=TGTCTCAACAGCATTCTCAAA;SOR=0.809;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=82;WE=64497938;WS=64497920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	64498037	rs4027405	G	A	3132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr14	64501192	rs9783605	G	A	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=221;SC=TTTTTCTTTAGTAAATGTCAT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=64501200;WS=64501182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	64519035	rs1890908	A	G	3755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=89;PP=2621;SC=CTATGAGGGCAGTGATTTAAA;SOR=1.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=41;TCR=89;TR=130;WE=64519043;WS=64519025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr14	64519455	rs3829767	A	G	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=27;PP=836;SC=GGAACACAAGATAAAGTTTTG;SOR=1.010;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=48;WE=64519463;WS=64519445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	64520416	rs10138253	G	A	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=5;PP=170;SC=TGGGTGCGGGGGCTCACGCCT;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=64520424;WS=64520406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	64522550	rs10676670	T	TAATAA	562.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.45;QD=43.29;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	64522674	rs8010911	G	C	2808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=26.50;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr14	64522843	rs8010699	A	G	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=25;PP=911;SC=ACAGTAGCACACATCCAGGAC;SOR=0.886;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=55;WE=64522851;WS=64522833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	64523094	rs7153376	G	A	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=2;PP=48;SC=TTTTTTCTCTGTCATTAACAC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=64523102;WS=64523084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	64532107	rs1255972	A	G	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=6;PP=468;SC=CAGGAAAACCATAATAGTATG;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=64532115;WS=64532097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	64537295	rs1255965	T	G	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=319;SC=AAAAATTATGTCTACTTCAGG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=64537303;WS=64537285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	64537657	rs1255964	G	A	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	64542872	rs1255960	G	A	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=231;SC=ATGACTATCAGGAGGAAAATA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=64542880;WS=64542862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	64551688	rs1255953	C	T	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=26.11;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	64551790	.	A	AT	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.496;QD=3.17;ReadPosRankSum=-1.250;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr14	64564527	rs8007972	C	T	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=259;SC=GGAGCTATACCGTACCAGAGA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=64564535;WS=64564517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	64565456	rs376765095	G	A	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,31:0.34:91
chr14	64565582	rs9323444	T	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=0.217;SC=TAGAACCAGATCTCTAAAAGA;SOR=0.481;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=15;WE=64565590;WS=64565572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr14	64612845	rs11629287	C	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=477;ReadPosRankSum=0.963;SC=AAATACAGATCTTGAACAACT;SOR=0.590;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=18;WE=64612866;WS=64612835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,19:0.29:66
chr14	64612858	rs10151658	C	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=477;ReadPosRankSum=0.173;SC=GAACAACTGGCTGGAAGCACA;SOR=0.684;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=20;WE=64612866;WS=64612835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,22:0.29:77
chr14	64637147	rs7161192	C	A	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=3.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,49:0.30:163
chr14	64640665	rs7148122	C	G	310.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.36;ReadPosRankSum=1.165;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr14	64655161	rs1255986	C	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=10.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=1.615;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr14	64656855	rs2256191	T	C	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=-2.384;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,39:0.34:115
chr14	64657684	rs1255988	C	A	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=2.567;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,36:0.35:103
chr14	64674981	rs1152595	T	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=187;ReadPosRankSum=0.028;SC=GCTGTGGGCATCCACACTGCT;SOR=0.289;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=11;WE=64674989;WS=64674971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr14	64676098	rs1152592	A	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.015;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=238;ReadPosRankSum=-1.032;SC=GTGCAAAAGCACAGGCTTGGA;SOR=0.531;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=22;WE=64676106;WS=64676088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr14	64680848	rs1152591	A	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.863;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=163;ReadPosRankSum=0.934;SC=CAGACTTCTCATGCTCTTCTA;SOR=1.186;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=16;WE=64680856;WS=64680838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr14	64681193	rs1152590	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=58;ReadPosRankSum=-1.842;SC=TGTCAGGTAACAGCTGGGTTC;SOR=0.973;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=8;WE=64681201;WS=64681183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr14	64686125	rs35648226	G	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=1.341;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,24:0.33:72
chr14	64686207	rs915057	A	G	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=25;ReadPosRankSum=-1.748;SC=AGCAGATCCCATGTATTCGTG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=4;WE=64686215;WS=64686197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr14	64688175	rs1152588	G	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=2.129;SOR=0.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr14	64691644	rs35455974	AT	A	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=1.378;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr14	64694195	rs928554	C	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=395;ReadPosRankSum=-0.718;SC=CAGAGGGAAACTGAAGTGAAA;SOR=0.826;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=98;TCF=64;TCR=34;TR=34;WE=64694203;WS=64694185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,37:0.32:117
chr14	64699816	rs4986938	C	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=14.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-1.387;SOR=0.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr14	64804831	rs142119488	T	C	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.467;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=543;ReadPosRankSum=1.570;SC=AACTGGCATCTAGCTTATGAA;SOR=1.197;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=31;WE=64804839;WS=64804821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr14	64814311	rs1256112	C	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.770;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,7:0.15:46
chr14	64855041	rs1076991	T	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=4.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.576;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,42:0.33:126
chr14	64882380	rs1950902	A	G	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=60;PP=1991;SC=AATGCTGGGAAACTTGCTAGA;SOR=0.993;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=111;WE=64882388;WS=64882370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr14	64902493	rs3818240	T	C	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=848;ReadPosRankSum=0.931;SC=TCCATGTTGGTATTTTACCAG;SOR=0.639;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=220;TCF=92;TCR=128;TR=66;WE=64902501;WS=64902483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,71:0.30:235
chr14	64905976	rs45618332	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=-2.300;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr14	64908201	rs186954030	T	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=584;ReadPosRankSum=-0.364;SC=CCTTCTTGAATTGGTTTTGGA;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=31;WE=64908209;WS=64908191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr14	64908845	rs2236225	G	A	3741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.991;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=73;PP=2222;ReadPosRankSum=1.367;SC=ATTGCAGACCGGATCGCACTC;SOR=0.701;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=235;TCF=127;TCR=108;TR=152;WE=64908853;WS=64908835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,170:0.65:262
chr14	64909151	rs2236224	G	A	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.038;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=361;ReadPosRankSum=-2.117;SC=TCTGATTATCGGCAGTGTGCT;SOR=0.321;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=28;WE=64909159;WS=64909141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr14	64911627	rs1256143	T	C	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=453;SC=AGGGAAGATGTACCTCACAAA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=64911635;WS=64911617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	64926433	rs75480958	GTGCT	G	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.34;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	64935411	rs2230491	C	T	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=557;ReadPosRankSum=0.407;SC=CAGCAAAAGCCATTGGAGGGT;SOR=0.900;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=147;TCF=85;TCR=62;TR=46;WE=64935419;WS=64935401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,51:0.30:169
chr14	64935720	rs1256149	C	T	5020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=80;NR=94;PP=2965;SC=AGCAATAGCACAACTTCTGGA;SOR=1.006;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=80;TCR=94;TR=174;WE=64935728;WS=64935710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr14	64947181	rs8003790	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.01;ReadPosRankSum=1.213;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,21:0.33:64
chr14	64953580	rs10132969	T	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=264;ReadPosRankSum=1.348;SC=ATTTATGAATTAAAAATGCCA;SOR=0.358;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=7;WE=64953599;WS=64953570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr14	64953591	rs10143839	C	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=264;ReadPosRankSum=-0.223;SC=AAAAATGCCACGCAAATTTTC;SOR=0.593;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=9;WE=64953599;WS=64953570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr14	64988114	rs10624421	C	CAA	1335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=0;PP=1222;SC=ATTGTAATAGCAGTCATGCAA;SOR=4.548;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=24;WE=64988122;WS=64988104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	64988279	rs28626711	A	G	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.642;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=44;PP=920;ReadPosRankSum=-2.119;SC=ACCAAAGAGAATGGGGTTTTC;SOR=0.669;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=268;TCF=146;TCR=122;TR=91;WE=64988287;WS=64988269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,103:0.35:296
chr14	64988924	rs10133411	T	C	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=2.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=1.195;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,49:0.30:161
chr14	65008251	rs1063391	C	T	6152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=113;NR=112;PP=2965;SC=CGGCCGGCGACACCCACCTGG;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=115;TCR=114;TR=225;WE=65008259;WS=65008241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr14	65009427	rs45446693	C	T	2291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.652;NF=47;NR=39;PP=1059;ReadPosRankSum=0.053;SC=GTCCTGGCGGCGGCAGCGGCG;SOR=0.661;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=121;TCF=64;TCR=57;TR=86;WE=65009435;WS=65009417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,103:0.74:140
chr14	65009534	rs35270454	C	CT	1049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.876;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;MQRankSum=0.350;QD=19.44;ReadPosRankSum=-1.788;SOR=0.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,52:0.96:54
chr14	65016702	rs7156953	T	G	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr14	65028728	rs2038271	C	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=0.586;SC=ATATGAATTTCTTTCCTGTTT;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=65028736;WS=65028718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr14	65031534	rs6573560	C	T	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=30;PP=1033;ReadPosRankSum=0.770;SC=TTTGCAGAAACTGATGGTCCA;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=85;TCR=52;TR=79;WE=65031542;WS=65031524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,88:0.57:155
chr14	65031572	rs4902293	A	G	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.64;ReadPosRankSum=1.173;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,99:0.58:171
chr14	65032226	rs8007313	C	T	4134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=71;NR=60;PP=2209;SC=CATACATACACATATCCATAC;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=71;TCR=61;TR=131;WE=65032234;WS=65032216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr14	65068221	rs11158545	C	A	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.75;QD=26.94;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr14	65068330	rs372346293	CTG	C	2841.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=4.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQRankSum=-1.098;QD=19.07;ReadPosRankSum=-1.271;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,73:0.49:149
chr14	65068333	.	T	C	2891.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.606;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=5.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQRankSum=-1.055;QD=19.28;ReadPosRankSum=-1.361;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,74:0.49:150
chr14	65068336	rs369006858	G	A	2891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=7.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQRankSum=-0.929;QD=19.54;ReadPosRankSum=-1.358;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,73:0.49:148
chr14	65068341	rs377267839	TTCTC	T	2796.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.977;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.500;NF=9;NR=23;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.010;SC=TGTCAGTTCCTTCTCGGCATT;SOR=0.808;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=70;TCF=14;TCR=56;TR=32;WE=65068354;WS=65068320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,72:0.48:149
chr14	65068346	.	G	A	2724.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.279;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.082;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.917;NF=25;NR=23;PP=2509;ReadPosRankSum=-0.698;SC=GTTCCTTCTCGGCATTTCTTT;SOR=0.754;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=118;TCF=59;TCR=59;TR=48;WE=65068354;WS=65068320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,71:0.49:145
chr14	65198206	.	C	CA	2594.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.284;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=1333;ReadPosRankSum=-0.300;SC=TTTGACAAAACACTGCTTATC;SOR=0.501;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=34;WE=65198214;WS=65198196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,82:0.62:132
chr14	65239877	rs92070	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.405;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=120;ReadPosRankSum=-1.229;SC=TCTTGAGTGACGGCTGGCTGC;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=12;WE=65239885;WS=65239867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr14	65260227	rs229591	T	G	2288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=55;PP=1501;ReadPosRankSum=0.296;SC=ACACCTCCTTTATGCGGGCCT;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=279;TCF=136;TCR=143;TR=106;WE=65260235;WS=65260217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,118:0.37:318
chr14	65261403	rs80024584	C	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=124;ReadPosRankSum=-0.336;SC=GAGAAGAGACCCCTGCAAAGG;SOR=0.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=11;WE=65261411;WS=65261393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr14	65266533	rs141060172	G	A	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=-1.212;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,45:0.35:129
chr14	65289978	rs179338	A	G	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=8;PP=230;SC=GCAGAACGCCATGTCATCTGC;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=65289986;WS=65289968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	65453493	rs192403314	T	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=42;ReadPosRankSum=-0.298;SC=CTCTGCCCAATGGGGGGCGGC;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=5;WE=65453501;WS=65453492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr14	65470831	rs12587546	A	G	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.674;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=392;ReadPosRankSum=1.268;SC=TGCAGAACCCATCTTACAGTA;SOR=0.399;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=35;WE=65470839;WS=65470821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,46:0.78:59
chr14	65511243	rs117195243	T	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.589;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=195;ReadPosRankSum=-1.566;SC=CGTGCTTTTTTAGAGGGGTTG;SOR=1.445;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=13;WE=65511251;WS=65511233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr14	65544367	rs762810	C	A	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=556;ReadPosRankSum=0.967;SC=AGCACCTGAGCCCCAAGAAGG;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=38;WE=65544375;WS=65544357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,40:0.78:51
chr14	65550816	rs7159443	T	A	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.11;ReadPosRankSum=-1.167;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,46:0.75:61
chr14	65568215	rs2781373	G	A	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.04;ReadPosRankSum=0.520;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,40:0.62:64
chr14	65801811	rs12881755	A	G	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	65878807	rs1953416	C	T	4277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=65;PP=2337;SC=CTGTCGCAGCCGCGGGTCGGG;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=77;TCR=65;TR=142;WE=65878815;WS=65878797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr14	66028446	rs2229677	A	G	2382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.82;ReadPosRankSum=-1.117;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,94:0.98:96
chr14	66028505	rs3825639	T	C	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	66082573	rs8012278	A	G	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=3;PP=191;SC=ATTTGGTACTACTTTTGTGCT;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=66082581;WS=66082563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	66136163	rs35949016	C	A	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.919;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=888;ReadPosRankSum=1.381;SC=GAGACATGCACAGACAGATCT;SOR=0.423;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=59;WE=66136171;WS=66136153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,66:0.69:96
chr14	66200177	rs3742597	A	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=267;ReadPosRankSum=0.486;SC=TTGTGTGTCTATGTGTTGTTA;SOR=1.565;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=14;WE=66200185;WS=66200167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
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chr14	66479652	rs10130914	G	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-4.738;QD=2.01;ReadPosRankSum=-1.824;SOR=1.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,12:0.19:64
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chr14	66480247	rs1807442	CA	TC	2406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=3.284;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQRankSum=-7.667;QD=10.89;ReadPosRankSum=0.080;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,69:0.31:221
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chr14	67759282	rs61744208	C	A	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.990;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=251;ReadPosRankSum=-1.435;SC=TTGGTAGATTCTCAGAGCCAG;SOR=0.936;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=23;WE=67759290;WS=67759272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,26:0.30:86
chr14	67790332	.	A	AAT	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=71;ReadPosRankSum=-1.075;SC=CCCTTAATCTAATATATATAT;SOR=0.287;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=5;WE=67790340;WS=67790322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr14	67790582	rs185046504	C	G	2757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=63;PP=1661;ReadPosRankSum=-1.448;SC=ATGAAACAGTCCTGGTCTAAT;SOR=0.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=162;TCF=71;TCR=91;TR=110;WE=67790590;WS=67790572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,121:0.68:177
chr14	67799700	rs113964073	G	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.717;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,26:0.27:97
chr14	67807242	rs33973037	TA	T	860.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.574;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.664;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,61:0.43:142
chr14	67814219	rs71129819	C	CT	343.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.32;ReadPosRankSum=-1.182;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,21:0.88:24
chr14	67819567	rs10718799	CA	C	431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;QD=18.77;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	67848479	rs34614329	CT	C	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.251;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.991;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,22:0.25:88
chr14	67878717	rs12888674	A	G	2151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=-0.134;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,123:0.35:355
chr14	67912792	rs3742855	A	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=1.685;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr14	68022410	rs3742868	C	T	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=11;PP=898;SC=CTGACACTCTCGAGCCACTTG;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=68022418;WS=68022400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	68023869	rs10873206	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=-0.857;SC=CCTGGGTAAGGGCTGTGCCTG;SOR=0.368;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6;WE=68023877;WS=68023859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr14	68028538	rs11628043	A	G	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=5;PP=226;SC=AGTGAGCCAAAATTGCTCCAC;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=13;WE=68028546;WS=68028537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	68029386	rs1885043	G	A	1799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=36;PP=1130;ReadPosRankSum=0.126;SC=GCCGTGTGGTGAACATTGAGA;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=64;TCR=52;TR=79;WE=68029394;WS=68029376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,83:0.65:127
chr14	68035879	rs3825725	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=0.457;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,16:0.19:84
chr14	68036853	rs2273593	G	C	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=355;ReadPosRankSum=-0.633;SC=CCAGGGAGCTGAGCCCAGCAC;SOR=1.463;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=17;WE=68036861;WS=68036843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr14	68038697	rs2236234	C	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=2.579;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr14	68038729	rs2236233	A	G	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=19;PP=926;SC=GTGACCCCCCAGCAGCTCCAC;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=41;WE=68038737;WS=68038719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	68038779	rs2236232	T	G	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=8;PP=816;ReadPosRankSum=1.076;SC=GGTGGTCAAGTCTCAGCAGCT;SOR=1.051;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=43;WE=68038787;WS=68038769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,51:0.74:69
chr14	68039027	rs2236231	A	G	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.957;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=433;ReadPosRankSum=0.739;SC=GCAGGGTGGAAGCAGAATGCA;SOR=0.339;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=112;TCF=48;TCR=64;TR=41;WE=68039035;WS=68039017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,43:0.39:111
chr14	68040389	rs11625701	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr14	68042255	rs4902490	A	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=1.306;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,23:0.28:82
chr14	68042496	rs4902491	A	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=134;ReadPosRankSum=-0.159;SC=AGACTCCCTCATCCCCCACTG;SOR=1.148;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=12;WE=68042504;WS=68042486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr14	68044005	rs4902492	C	T	2966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr14	68045753	rs7152499	T	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=298;ReadPosRankSum=1.144;SC=CTGCCCCAGCTACAGTTTTGG;SOR=0.627;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=18;WE=68045761;WS=68045743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr14	68045840	rs10635755	C	CTTCT	1479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=734;ReadPosRankSum=1.100;SC=TCCCCTCTTCCGTCTTTTTAG;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=16;WE=68045848;WS=68045830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,37:0.45:83
chr14	68045935	rs6573781	G	A	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=5.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.96;MQRankSum=2.307;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.083;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr14	68053259	rs10144151	T	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=183;ReadPosRankSum=-1.049;SC=TTCCTTGTTGTGGGGAAGACC;SOR=1.329;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=10;WE=68053267;WS=68053249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr14	68053802	rs734028	T	C	5965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr14	68053977	rs6573783	A	C	5335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.011;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=0.311;SC=CGATTCCCCAACACCACTAGT;SOR=0.132;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=185;TCF=94;TCR=91;TR=183;WE=68053985;WS=68053967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,200:0.99:202
chr14	68066949	rs11547225	G	A	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=514;ReadPosRankSum=1.533;SC=CCCGCACCGCGCGGCGCTGCA;SOR=0.664;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=143;TCF=73;TCR=70;TR=48;WE=68066957;WS=68066939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,51:0.32:159
chr14	68066979	rs7154825	C	T	2966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.73;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	68113293	rs742869	G	A	2257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=23;PP=1093;SC=ACCCACGGACGCACATGATAA;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=69;WE=68113301;WS=68113283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr14	68191109	rs11331653	GT	G	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.000;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.454;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr14	68191368	rs61991867	G	A	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=24;PP=653;SC=TCCCACTGGGGCCTCTGTCCA;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=68191376;WS=68191358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	68192653	rs7156725	G	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=7;PP=564;SC=CTATCAAAATGTTACCCCAAC;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=68192661;WS=68192643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	68196636	rs718212	C	T	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=19;PP=533;SC=GGTGAAATCTCTTTCCCATTC;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=68196644;WS=68196626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	68220861	rs151166497	G	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=-1.077;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,41:0.30:137
chr14	68234539	rs3742883	T	C	5598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=97;PP=2965;SC=AGGGCTTTCATTCTTGGAGCT;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=90;TCR=97;TR=187;WE=68234547;WS=68234529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr14	68236522	rs2295111	G	A	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=20;PP=507;SC=TTTATACATGGTATTAACTAC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=68236530;WS=68236512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	68241611	rs11158695	A	G	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=21.06;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	68241648	rs141953477	CAAA	C	658.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;QD=34.67;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	68242898	rs12886915	G	A	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=114;SC=TTCTCACTGGGAAGGGGAAGG;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=68242906;WS=68242888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	68244202	rs767972	C	T	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	68244575	.	C	CT	44	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5005;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=44;QD=13.25;SC=CTCTATACTCCTTTTTTTTTT;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=68244583;WS=68244565;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr14	68246855	rs2295106	T	A	1362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.91;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	68246876	rs2295107	C	T	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	68248281	rs2235962	C	T	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=19;PP=506;SC=AGGCAGCAAGCGTGGGACCAG;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=68248289;WS=68248271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	68260877	rs191741115	A	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.191;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=198;ReadPosRankSum=-0.269;SC=AACTGGTGGAAATCTGCATAC;SOR=1.054;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=18;WE=68260885;WS=68260867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr14	68264867	rs12891164	A	G	3612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=58;PP=2472;SC=GCTTCTCAGGAGGGCTGCGGC;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=125;WE=68264875;WS=68264857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr14	68265484	rs7160083	G	A	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=71;SC=TGAGGTTACAGTGAGAAGAAT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=68265492;WS=68265474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	68273430	rs181576	A	G	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=12;PP=430;SC=GAAACCAAGAACTCTTCTTTT;SOR=0.997;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=68273438;WS=68273420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	68274020	rs181572	C	G	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=3;PP=260;SC=ATTAGATGTCCTGAGCCACAC;SOR=1.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=68274028;WS=68274010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	68276123	.	CTCT	C	167	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=23;MQ=57.45;NF=3;NR=2;PP=167;QD=40.4;SC=AGATGAAGCACTCTTTTTTTT;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=5;WE=68276133;WS=68276113;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,5:0.50:10
chr14	68331675	rs1474939	A	T	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.98;QD=23.36;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	68773296	rs3837659	AC	A	7052.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=63;PP=2951;SC=ATATCTTTTGACCAATTTGCA;SOR=0.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=22;TCR=64;TR=84;WE=68773306;WS=68773286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr14	68773298	rs60593979	C	G	7061.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=64;PP=2514;SC=ATCTTTTGACCAATTTGCATT;SOR=0.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=71;TCR=66;TR=134;WE=68773306;WS=68773286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr14	68773353	rs2180770	G	A	3026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=56;PP=1829;SC=TGATCCTCTGGCCTAATAAAC;SOR=1.015;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=47;TCR=56;TR=103;WE=68773361;WS=68773343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr14	68773469	rs3784104	A	G	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=20;PP=532;SC=ATGAACTTGCATGGCCGAAGT;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=68773477;WS=68773459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr14	68935789	rs2525505	T	C	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=31;PP=1163;SC=GCTCAGGATATACATCTGTCC;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=62;WE=68935797;WS=68935779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr14	69012355	rs2525529	C	G	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=52;PP=1702;SC=AGAACGGGGACAGGGCATGCC;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=103;WE=69012363;WS=69012345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr14	69077688	rs17834971	G	A	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=338;ReadPosRankSum=-1.768;SC=AAAGTTTGTTGCATTTAAATC;SOR=0.765;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=12;WE=69077707;WS=69077678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr14	69077699	rs56104115	T	A	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.02;ReadPosRankSum=-1.148;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr14	69117387	rs8021657	A	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=-4.021;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,13:0.18:71
chr14	69117512	rs8023214	T	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=0.640;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,13:0.18:72
chr14	69257858	rs36045050	C	T	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=413;ReadPosRankSum=1.590;SC=AACTCTTTGCCCTAAGTTCCC;SOR=1.410;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=21;WE=69257866;WS=69257848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr14	69262441	rs3742887	A	G	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=289;ReadPosRankSum=1.024;SC=CCCGCCGACCAAGGGTTTGTT;SOR=0.382;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=26;WE=69262449;WS=69262431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr14	69328441	rs393673	A	G	2462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
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chr14	69328613	rs440689	C	T	2914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=26.50;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	69329149	rs1742501	C	T	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=5;PP=503;SC=CAAAGGATCCCGAAGGCCTTC;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=69329157;WS=69329139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	69341658	rs77499007	G	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,34:0.34:99
chr14	69347755	rs41285482	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=144;ReadPosRankSum=-0.589;SC=ACTCTGCTCCCATAGGGTGGG;SOR=0.577;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=16;WE=69347763;WS=69347745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,16:0.25:64
chr14	69360359	rs61180170	C	CA	747.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.988;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,29:0.25:118
chr14	69376658	rs743128	A	C	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.801;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,35:0.32:111
chr14	69378715	rs146127023	T	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.788;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=0.561;SC=TTTTTCTACATTGACTGGAGG;SOR=1.730;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=6;WE=69378723;WS=69378705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr14	69392264	rs4899272	T	G	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=571;ReadPosRankSum=-0.782;SC=CTGGGCCAGGTTCCGCCTCAC;SOR=0.591;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=172;TCF=94;TCR=78;TR=54;WE=69392272;WS=69392254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,65:0.34:194
chr14	69445118	rs1983700	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=154;ReadPosRankSum=1.445;SC=GGTCCTTCTCCAGGCAGATCC;SOR=0.368;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=13;WE=69445126;WS=69445108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr14	69445646	rs4902685	A	G	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=30;NR=5;PP=459;SC=TGGGGGCTGCAGCGGGCGGGG;SOR=2.554;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=35;WE=69445654;WS=69445636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	69521345	rs61741172	G	A	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.233;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=653;ReadPosRankSum=0.996;SC=CTGCCTCCCCGGTCACCAAGG;SOR=1.002;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=40;WE=69521353;WS=69521335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,43:0.77:56
chr14	69695792	rs3742899	G	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=386;ReadPosRankSum=-0.677;SC=CGGCAGAGGTGTGGTTTGTAT;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=33;WE=69695800;WS=69695782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr14	69703158	rs3211166	A	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.466;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr14	69704553	rs8007859	G	T	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=0.615;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr14	69791308	rs2045194	T	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=258;ReadPosRankSum=-1.288;SC=CTTCTCTGCCTGGCAGAAGTA;SOR=0.801;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=24;WE=69791316;WS=69791298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,27:0.33:82
chr14	69792559	rs35024400	C	G	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=393;ReadPosRankSum=1.585;SC=CATACCTCTTCCCAATCCCCA;SOR=1.189;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=23;WE=69792567;WS=69792549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr14	69798284	rs1147461	G	A	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=746;ReadPosRankSum=1.463;SC=TTCTGCTCCCGGGGGTGGGGC;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=59;WE=69798292;WS=69798274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,73:0.70:104
chr14	69799892	rs1275677	A	G	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=840;ReadPosRankSum=1.001;SC=ATAAGGTCAGAGCTGCGGTGG;SOR=0.587;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=59;WE=69799900;WS=69799882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,65:0.76:86
chr14	69818599	rs35286134	C	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=231;ReadPosRankSum=1.261;SC=ACTGTAAGAACAAGGTCATGC;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=69818607;WS=69818593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr14	69928307	rs1045301	G	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=1.338;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr14	69928413	rs111495442	G	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.612;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,19:0.27:71
chr14	69966850	rs4902723	G	A	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.61;ReadPosRankSum=-0.308;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,77:0.66:116
chr14	69967470	rs4902724	C	T	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.633;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=49;PP=1506;ReadPosRankSum=0.112;SC=CATGTCCTGGCCTGGGAGAGG;SOR=0.638;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=141;TCF=66;TCR=75;TR=95;WE=69967478;WS=69967460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,108:0.69:157
chr14	69988954	rs10146531	T	G	4678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=90;NR=69;PP=2538;SC=GATCTCAGGGTTCCTTTGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=90;TCR=69;TR=159;WE=69988962;WS=69988944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr14	69992873	rs8004574	A	G	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=24;PP=664;SC=GACACCATTGACTTTGGGGTC;SOR=5.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=69992881;WS=69992863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	69994473	rs1885400	C	G	2603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=36;PP=1573;SC=AGTCGGAACCCCACCCTTCCT;SOR=1.072;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=92;WE=69994481;WS=69994463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	70037611	rs7494244	A	T	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr14	70235741	rs3104	G	A	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=957;ReadPosRankSum=-1.559;SC=ACGTTAGCCAGTTGTTCTTGA;SOR=0.595;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=92;TCF=39;TCR=53;TR=63;WE=70235749;WS=70235731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,70:0.67:105
chr14	70245877	.	T	TA	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.098;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr14	70263648	rs4646285	C	T	3403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=73;PP=2247;ReadPosRankSum=-1.766;SC=GCACAAAGGCCGTGAGGGGCA;SOR=0.658;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=85;TCR=101;TR=135;WE=70263656;WS=70263638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,144:0.73:197
chr14	70346689	rs56307916	C	T	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=437;ReadPosRankSum=-2.093;SC=ACCACTCTCCCTTTCTTGACC;SOR=0.307;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=28;WE=70346697;WS=70346679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr14	70418881	rs3742909	G	A	9082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=167;NR=165;PP=2965;SC=GTGACCCACAGTGCAACCTCC;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=332;TCF=167;TCR=165;TR=332;WE=70418889;WS=70418871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr14	70459370	rs227419	T	C	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=419;SC=CTCCCAGGAATTGGTACACTC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=70459378;WS=70459360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	70477508	rs3825739	C	T	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=24;PP=994;SC=GGCAGAGTGCCCTGGAAGAGG;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=58;WE=70477516;WS=70477498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	70477695	rs34311408	C	T	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=188;SC=CTGGGAAAAACGCACCTGCTG;SOR=3.442;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=70477703;WS=70477685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	70478173	rs139924326	CA	C	10025.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=69.00;QD=44.76;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr14	70478176	rs116375526	C	T	10166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.97;QD=44.99;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr14	70478183	rs57609901	C	A	10520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.41;QD=43.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr14	70496867	rs227402	C	T	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	70496919	rs34504720	C	CT	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.912;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr14	70522353	rs998919	T	G	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=277;ReadPosRankSum=-0.498;SC=TCTCATAATTTCTTCATGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=17;WE=70522361;WS=70522343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr14	70522684	rs10142899	A	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=167;ReadPosRankSum=0.998;SC=ACGCAAAAAGAAGCCTTTGGA;SOR=0.527;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=11;WE=70522692;WS=70522674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr14	70527420	rs45554836	G	A	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.701;QD=15.29;ReadPosRankSum=-0.962;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,49:0.69:71
chr14	70530530	rs72729840	G	T	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.48;ReadPosRankSum=0.834;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,40:0.62:64
chr14	70530706	rs150956	C	G	143.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=81;ReadPosRankSum=0.862;SC=AGTCAGCCAGCAGACAAAAAC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=70530714;WS=70530696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr14	70634087	rs2114024	A	G	5493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=96;NR=94;PP=2965;SC=GGTAGAAGGCACGGCTCTTCT;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=97;TCR=94;TR=190;WE=70634095;WS=70634077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr14	70697154	rs41350744	G	A	3201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=54;PP=2004;SC=TTCCGGGGCCGAAGACACGTG;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=60;TCR=54;TR=114;WE=70697162;WS=70697144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr14	70712880	rs2296918	A	C	5986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=129;NR=91;PP=2965;SC=TAGCAGTAGGAACTGTCACTA;SOR=1.246;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=129;TCR=91;TR=220;WE=70712888;WS=70712870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr14	70713156	rs11629177	G	A	11216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=196;NR=187;PP=2965;SC=TTCCCACAGCGCTTTAGCATA;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=384;TCF=196;TCR=188;TR=383;WE=70713164;WS=70713146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr14	70714162	rs4899340	A	G	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.21;QD=42.98;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	70714172	rs4899341	T	C	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.13;QD=37.98;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	70793004	rs4749	A	G	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr14	70795769	rs56128802	T	A	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	70795772	rs10648369	T	TAC	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	70924462	rs3751523	A	G	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=14;PP=579;SC=AGAAGCTCTTAGTTTCTAGAC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=70924470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	70924501	rs8010994	C	G	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.50;QD=43.97;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	70924507	rs3751524	A	C	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.39;MQRankSum=0.187;QD=25.44;ReadPosRankSum=-1.120;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr14	70925257	rs12436346	A	G	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.64;QD=32.02;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	70926395	rs45573638	T	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.972;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=530;ReadPosRankSum=-0.500;SC=AGAAAATGTCTCTAACTTAAT;SOR=1.303;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=34;WE=70926403;WS=70926385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr14	70936840	rs111562158	C	T	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQRankSum=-13.081;QD=4.29;ReadPosRankSum=1.635;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,58:0.30:193
chr14	70937494	rs8015742	T	G	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.067;NF=44;NR=54;PP=1858;ReadPosRankSum=-0.640;SC=AGCCTCCAGGTGTTTGATTTC;SOR=0.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=45;TCR=55;TR=98;WE=70937502;WS=70937484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,111:0.99:112
chr14	71052272	.	C	CT	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=2.498;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr14	71108942	rs7154268	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.782;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=159;ReadPosRankSum=-1.276;SC=TGTGCGTCCCGGGCGGCGGCG;SOR=0.418;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=12;WE=71108950;WS=71108932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr14	71109153	rs4902834	C	G	4244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=83;NR=56;PP=2182;SC=GGACTCGCGCCCGGCCTCCCC;SOR=0.863;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=84;TCR=56;TR=139;WE=71109161;WS=71109143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr14	71109276	rs3742852	G	C,T	4361.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=23.32;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,59,128:0.32,0.68:187
chr14	71197755	rs1476610	T	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=61;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGACCTAGAATGCCATGATCC;SOR=2.409;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=5;WE=71197763;WS=71197745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr14	71202650	rs4141095	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=-1.565;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,14:0.20:70
chr14	71205136	rs113771991	A	G	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.906;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,79:0.58:136
chr14	71208996	rs4899368	A	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=228;ReadPosRankSum=0.339;SC=TCAGTCCCGGACTCCCTCAAA;SOR=0.197;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=14;WE=71209004;WS=71208990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr14	71216863	rs10630067	C	CAT	1032.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=473;ReadPosRankSum=0.476;SC=TGCAATAGCTCGAGTCTTTTC;SOR=0.557;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=12;WE=71216871;WS=71216853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
chr14	71227913	rs3814872	A	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=3.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-1.877;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,30:0.23:131
chr14	71275773	.	GCCT	G	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.4999;HP=4;HapScore=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=37;QD=11.25;SC=CGCCGCCGCCGCCTCCTCCTC;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=4;WE=71275783;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr14	71374702	rs2526882	G	A	4463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr14	71485692	rs1859914	A	T	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=6;PP=387;SC=CTTATACTTAAGATATACTTA;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=71485700;WS=71485682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	71493659	rs17108897	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=-0.898;SC=TCATGAAGTAATAAACTGACC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=10;WE=71493667;WS=71493649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr14	71500626	rs11461235	G	GT	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=38;ReadPosRankSum=2.588;SC=TGTATTTTCTGTTTTTTTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=71500634;WS=71500616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr14	71502946	rs150455852	A	AGT	975.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=702;ReadPosRankSum=-0.933;SC=CCCAGGCTGGAGTGCAGTGTT;SOR=0.749;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=16;WE=71502954;WS=71502936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr14	71522344	rs2286312	A	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=0.537;SC=ATATGTTTATATTCACTCCTA;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=16;WE=71522352;WS=71522334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr14	71540242	rs71305844	G	GCT	1456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.860;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=819;ReadPosRankSum=-0.168;SC=CCTTTGTAAAGCTCTCTCTCT;SOR=0.593;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=22;WE=71540251;WS=71540232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,54:0.61:89
chr14	71555821	rs1468469	G	A	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=464;ReadPosRankSum=-1.294;SC=ACACTCCCAGGTGATTCTGAT;SOR=0.569;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=37;WE=71555829;WS=71555811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,43:0.72:60
chr14	72040525	rs6574016	G	A	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=290;SC=TGGTATTCCAGTACTTTTTCC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=72040533;WS=72040515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	72055468	rs1859643	A	C	4228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.153;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=64;PP=2670;ReadPosRankSum=1.273;SC=CTGGAGACTCATCTATTTTTC;SOR=0.348;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=77;TCR=65;TR=140;WE=72055476;WS=72055458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,154:0.99:155
chr14	72117156	rs8017465	T	C	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	72201985	rs2097887	C	A	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.46;ReadPosRankSum=0.037;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,96:0.61:157
chr14	72204878	rs34549978	TA	T	35.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=7.17;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr14	73006729	.	C	CT	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=0.014;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,15:0.21:71
chr14	73006865	rs56953388	CT	C	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=11.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=3.044;QD=0.75;ReadPosRankSum=0.568;SOR=2.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,21:0.25:84
chr14	73079291	rs10649920	G	GAA	4608.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.495;NF=3;NR=58;PP=2509;ReadPosRankSum=-0.549;SC=GGGAAGGGAGGAAACAGTGCA;SOR=0.745;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=97;TCF=5;TCR=92;TR=61;WE=73079299;WS=73079281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,138:0.70:198
chr14	73138189	rs1060570	C	A	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
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chr14	73198506	rs6574094	T	C	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=31;PP=1015;SC=CCAGCAGGTGTGGGAATACCT;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=72;WE=73198514;WS=73198496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	73220020	rs3742836	A	G	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.709;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=851;ReadPosRankSum=-0.045;SC=GGTGGGTGCAATCGTCTCTTC;SOR=0.466;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=64;WE=73220028;WS=73220010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,73:0.69:106
chr14	73220153	rs3742835	C	T	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	73220188	rs41314521	A	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=233;ReadPosRankSum=0.082;SC=AAGCCCAGAGAGAAGTGACTT;SOR=1.329;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=11;WE=73220196;WS=73220178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr14	73240486	rs8015749	A	G	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.819;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr14	73358764	rs8006178	A	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=77;ReadPosRankSum=-0.589;SC=TGGAGCGAGTAGGGGAACACA;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=73358772;WS=73358757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr14	73358945	rs11158986	A	C	2820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr14	73360819	rs5809598	T	TTGTC	10957.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=75;PP=2965;SC=TAACAGAATATTGTCTCAGAG;SOR=0.937;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=114;TCF=24;TCR=90;TR=97;WE=73360827;WS=73360809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr14	73360949	rs2215901	A	G	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=36;PP=1014;SC=AGTTATTAGGAGAGCTGTCAA;SOR=4.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=40;WE=73360957;WS=73360939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	73404680	rs3815500	A	C	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=3.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,41:0.36:114
chr14	73404795	rs2302587	G	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=0.722;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr14	73404825	rs2302586	G	C	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.448;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=-0.603;SC=TGTGCTTCTGGCATTGTACAC;SOR=1.406;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=10;WE=73404833;WS=73404815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr14	73406668	rs887936	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=192;ReadPosRankSum=-0.636;SC=GGCTGAGACCCGTTCCTGGCT;SOR=0.412;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=16;WE=73406676;WS=73406658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr14	73408355	rs3742832	G	A	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.599;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=1053;ReadPosRankSum=0.504;SC=TTTAGTGCCTGTTTCCTTCAT;SOR=0.293;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=22;WE=73408377;WS=73408348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr14	73408369	rs3832967	A	AT	781.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.650;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=1354;ReadPosRankSum=1.237;SC=CCTTCATTACATCCTATGGAA;SOR=2.019;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=25;WE=73408377;WS=73408348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr14	73409613	rs2333012	G	A	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.267;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=596;ReadPosRankSum=-1.374;SC=AGAGATGGGCGTCAGCGGGGC;SOR=1.095;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=40;WE=73409621;WS=73409603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,44:0.63:70
chr14	73409683	rs2240980	C	G	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=31;PP=784;ReadPosRankSum=-1.117;SC=ATCCATGCCCCCACCCTCTGT;SOR=0.596;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=211;TCF=126;TCR=85;TR=71;WE=73409691;WS=73409673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,78:0.34:229
chr14	73412739	rs2246976	C	T	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.114;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=913;ReadPosRankSum=-0.474;SC=CCGGAAGGTACGTTGCCCATC;SOR=0.901;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=108;TCF=59;TCR=49;TR=68;WE=73412747;WS=73412729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,84:0.61:138
chr14	73413965	rs2243443	G	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=92;ReadPosRankSum=0.547;SC=CTGGGTATCTGTGGGCTTCAT;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=7;WE=73413973;WS=73413955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
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chr14	73421262	rs56832550	ACTC	A	927.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.283;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=608;ReadPosRankSum=0.029;SC=TTGAAATTGGACTCCTCTGTG;SOR=0.390;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=59;TCF=4;TCR=55;TR=17;WE=73421272;WS=73421252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,27:0.33:83
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chr14	73465027	rs3061072	C	CA	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=-1.191;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
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chr14	73717527	rs80299161	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=289;ReadPosRankSum=-0.463;SC=CCTGGGCTGCGTGGGTGCTGG;SOR=0.856;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=18;WE=73717535;WS=73717517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr14	73727509	rs177389	T	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=-1.705;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,30:0.31:98
chr14	73728014	rs177388	C	T	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=587;ReadPosRankSum=-1.094;SC=TGAGTGGACACCCCCTCTCCT;SOR=0.879;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=164;TCF=76;TCR=88;TR=51;WE=73728022;WS=73728004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,59:0.31:192
chr14	73728957	rs177387	G	A	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=9;PP=769;SC=TGCTTTATAAGTGGGGAAGGG;SOR=1.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=73728965;WS=73728947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	73730290	rs177385	C	A	4582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr14	73732302	rs177383	C	G	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=21;PP=575;SC=GAGCTGCTAGCGCATGGTCAT;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=73732310;WS=73732292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	73957682	rs10144461	C	G	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=0;PP=431;SC=TTTAGCTTCGCCCCCGGCCGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=17;WE=73957690;WS=73957672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	73957772	rs10144469	A	G	2477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=55;NR=27;PP=1523;SC=GGGCGGCCGAAGCGCCGGCGC;SOR=1.166;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=82;WE=73957780;WS=73957762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	73957981	rs150704374	G	GC	3524.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=49;PP=2568;SC=GGCGGTGGCGGCGTCCCGGAC;SOR=1.378;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=8;TCR=50;TR=56;WE=73957989;WS=73957971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	73958375	rs758109	T	C	5008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=97;NR=77;PP=2965;SC=CAGATCACTTTTACCGGCGCC;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=97;TCR=77;TR=174;WE=73958383;WS=73958365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr14	73959703	.	CT	C	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=1.058;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,23:0.29:78
chr14	73961841	rs1019056	T	C	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=2.212;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=0.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr14	73973364	rs35842680	A	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.192;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr14	73989389	rs17128375	G	A	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=634;ReadPosRankSum=0.219;SC=CTTCCCGGACGGTGCTGGCTG;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=187;TCF=96;TCR=91;TR=54;WE=73989397;WS=73989379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,60:0.28:211
chr14	73989859	rs1074501	C	T	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=18;PP=595;SC=CTGGTCATACCGCGTCCCAGC;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=73989867;WS=73989849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	74036613	rs61987137	G	T	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.908;QD=4.47;ReadPosRankSum=2.154;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,61:0.29:212
chr14	74041748	rs149033118	A	G	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.54;QD=32.27;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	74042189	rs7494	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.54;MQRankSum=-0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr14	74058832	rs3742819	C	T	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=646;ReadPosRankSum=0.481;SC=CGCCGACGCCCGCGGCGAGCT;SOR=0.668;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=45;WE=74058840;WS=74058822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,49:0.63:78
chr14	74060508	rs35724886	C	A	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.073;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,17:0.26:66
chr14	74060511	.	T	TTCAA	653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=1020;ReadPosRankSum=-0.132;SC=ACGTTGGCTCTAGCTTATTAT;SOR=0.949;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=8;WE=74060524;WS=74060498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,18:0.26:68
chr14	74060513	rs375801976	GCTTA	G	650.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.233;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=1012;ReadPosRankSum=-1.049;SC=GTTGGCTCTAGCTTATTATAA;SOR=1.045;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=8;WE=74060524;WS=74060498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,21:0.30:69
chr14	74061968	rs2010070	T	C	3406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=50;PP=1782;SC=TCGTGGACATTGTGGATATAA;SOR=0.822;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=116;WE=74061976;WS=74061958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr14	74083846	rs12891009	C	T	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.16;ReadPosRankSum=-0.578;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,50:0.62:80
chr14	74185596	rs9652296	C	T	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=23;PP=720;ReadPosRankSum=1.847;SC=TGCTGGTGGGCGGCGGCGGCG;SOR=0.676;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=57;WE=74185604;WS=74185586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,65:0.75:87
chr14	74192165	rs10136165	T	C	300.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5731;FS=3.736;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=153;ReadPosRankSum=1.240;SC=CGCCCATGGTTTCTGCAGGCA;SOR=2.494;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=8;WE=74192173;WS=74192155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,11:0.85:13
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chr14	74343981	rs45542836	T	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=0.697;SC=TTGGATAAATTTTTTTTTTCT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=74343989;WS=74343971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr14	74349227	rs8005140	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=0.333;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
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chr14	74371467	rs35370876	TA	T	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.368;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=152;ReadPosRankSum=-1.054;SC=GCTATAGTTTTAACAAAGTCT;SOR=2.541;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=5;WE=74371475;WS=74371466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr14	74375956	rs2302136	A	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=115;ReadPosRankSum=1.501;SC=GTAAGTCATTAGACTCTGAAT;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=12;WE=74375964;WS=74375946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr14	74388908	rs1127392	T	C	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.714;SOR=1.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
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chr14	74399291	rs2336547	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=5.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
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chr14	74413420	rs7148485	T	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.723;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr14	74416600	rs11621743	T	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=-1.703;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,11:0.18:62
chr14	74424938	rs3180946	T	C	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,40:0.28:143
chr14	74425056	rs3764859	C	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=-0.660;SC=CTCTGGTTTTCGATTTAAGCT;SOR=0.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=10;WE=74425064;WS=74425046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr14	74426284	rs71954619	G	GT	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=4.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=1.050;SOR=0.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,20:0.29:68
chr14	74428286	rs7141392	A	G	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=213;ReadPosRankSum=0.254;SC=AAGGATTCAGATACTATGGGG;SOR=0.455;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=21;WE=74428294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr14	74428445	rs8500	G	A	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.313;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=484;ReadPosRankSum=-1.778;SC=TTCAGGTTCCGTGAGCCACCT;SOR=1.108;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=126;TCF=77;TCR=49;TR=41;WE=74428453;WS=74428435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,47:0.33:142
chr14	74433552	rs13743	A	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=50;ReadPosRankSum=0.040;SC=ATGTCCCCAGACTAGTTCAGA;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=74433560;WS=74433542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr14	74433859	rs3742813	T	C	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=1.444;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,40:0.42:96
chr14	74439495	rs11623794	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.350;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=147;ReadPosRankSum=0.672;SC=TAATCACCCCGACAAAGCACC;SOR=1.501;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=11;WE=74439503;WS=74439485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr14	74441537	rs2074933	T	C	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=2.112;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,30:0.30:99
chr14	74441684	rs2074932	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.638;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,18:0.22:81
chr14	74443828	.	G	GT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=3.248;QD=0.13;ReadPosRankSum=-1.532;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,47:0.15:319
chr14	74444090	rs201751093	G	GA	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQRankSum=1.659;QD=3.02;ReadPosRankSum=-1.621;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
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chr14	74454819	rs12434581	T	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=1.312;SC=TTTCCCAAGATGTGGCTGGGT;SOR=0.527;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=6;WE=74454827;WS=74454809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr14	74527203	rs8017248	G	A	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=6;PP=905;SC=GAAACTTTGCGGGGGTTAATA;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=74527211;WS=74527193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	74665543	rs10145171	G	A	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.27;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	74726515	rs11383441	G	GC	1003.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=16;PP=659;SC=TTGGGGTCCTGCCCTGCGGTG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=16;WE=74726523;WS=74726505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	74753278	rs929449	T	C	10242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=162;NR=198;PP=2965;SC=CCCTGGCCGCTGGCAGAGGAG;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=361;TCF=162;TCR=199;TR=360;WE=74753286;WS=74753268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr14	74759006	rs3742801	C	T	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.201;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,43:0.30:141
chr14	74759301	rs4148078	G	T	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.316;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=384;ReadPosRankSum=-1.668;SC=ACAGGTCGATGAGCTGGGTGA;SOR=0.591;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=137;TCF=82;TCR=55;TR=39;WE=74759309;WS=74759291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,41:0.26:155
chr14	74759477	rs4148077	C	T	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=4.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=2.315;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,77:0.35:217
chr14	74766352	rs2301345	A	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.01;ReadPosRankSum=-3.545;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr14	74767128	rs7158118	G	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-0.857;SC=AACAGACCACGGATACAAAGG;SOR=1.179;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=5;WE=74767136;WS=74767118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr14	74769730	rs72559441	G	A	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.704;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=325;ReadPosRankSum=1.066;SC=AGAGAGGAAGGTGCGGGAGAC;SOR=0.928;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=102;TCF=41;TCR=61;TR=28;WE=74769738;WS=74769720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,34:0.28:121
chr14	74874540	rs11621669	A	G	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=34;PP=1328;SC=CCTGGGCCCCAGGTGCTCTTA;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=83;WE=74874548;WS=74874530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	74874707	rs2884545	A	G	3190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr14	74875955	.	A	AT	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=0.283;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr14	74876181	rs12590672	T	G	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	74876501	rs4026651	G	C	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=14;PP=415;SC=GCAGTCCTCAGAGCCTGTCAG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=74876509;WS=74876491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	74969167	rs2286412	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=80;ReadPosRankSum=0.559;SC=TAGTTTATGACGGAGTTGTTA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=7;WE=74969175;WS=74969157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr14	74969268	rs77172932	C	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=6.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,39:0.29:133
chr14	74970448	rs5809669	G	GC	734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=9;NR=5;PP=538;SC=AGCCTGGAAGGCCCTCCTGGG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=74970456;WS=74970438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	74972008	rs10146812	A	T	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=314;SC=TACCTGTATTACCTCACTGAG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=74972016;WS=74971998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	74973556	.	A	ATG	710.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.63;MQRankSum=2.296;QD=22.93;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=0.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,28:0.90:31
chr14	74973582	.	G	GTGCGCGCGCA	479	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=66.13;NF=1;NR=14;PP=479;QD=32.2;SC=GTGTGTGTGTGCGCGCGCGCG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=15;WE=74973591;WS=74973572;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr14	74973583	.	CG	TG	289	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=61.53;NF=1,1;NR=9,7;PP=22,289;QD=4.3;SC=TGTGTGTGTGCGCGCGCGCGT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=10,8;WE=74973591;WS=74973572;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr14	74973583	.	CG	CGCGCGCATG	949.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1,1;NR=9,7;PP=22,289;SC=TGTGTGTGTGCGCGCGCGCGT;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=10,8;WE=74973591;WS=74973572;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:22
chr14	74976986	rs7160756	A	G	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=30;PP=846;SC=GGCAGGCTCCAAGCATCTCAG;SOR=2.613;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=74976994;WS=74976976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	74983491	rs147745131	GT	G	1786.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=5;PP=669;SC=GGGTGGTGGGGTGGCAGGGCG;SOR=4.351;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=26;WE=74983503;WS=74983476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	74983495	rs63395061	C	G	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.81;SOR=3.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	74983841	rs2302114	C	T	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=23;PP=688;SC=TAGCTCAGGCCCCTGATAAAC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=74983849;WS=74983831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	74989433	rs699371	T	C	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=7;PP=781;SC=ACTCGGCCTCTTAGCCCCTGC;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=74989441;WS=74989423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	74991855	rs862031	A	G	3582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr14	74991959	rs862030	T	C	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=34;PP=846;SC=GAGGTGGGGTTGTGGCCCCTT;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=74991967;WS=74991949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	74992800	rs699374	A	G	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=35;PP=1081;SC=CAGGTGCATGAGTGACACTGG;SOR=1.288;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=62;WE=74992808;WS=74992790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	74992861	rs699375	A	C	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=20;PP=626;SC=CCTCTGCCGTACCTGTGATGT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=74992869;WS=74992851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	74999108	rs862025	C	T	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=20;PP=1094;SC=CCACCCCCACCCCATCCCTGC;SOR=1.385;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=62;WE=74999116;WS=74999098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr14	75002607	rs3742794	G	T	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	75016482	rs2196861	T	C	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=30;PP=1568;SC=GCCTCTGACATCCTGGAGGGG;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=85;WE=75016490;WS=75016472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	75017650	rs934999	G	C	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=12;PP=698;SC=AAATGGGAGAGTCTGCAGACA;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=75017658;WS=75017640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	75019157	rs11622992	T	C	4654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=85;NR=80;PP=2436;SC=GCTCTGTGGCTGGTGACCACC;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=85;TCR=80;TR=165;WE=75019165;WS=75019147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr14	75070493	rs3742793	G	C	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.40;ReadPosRankSum=-0.582;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,64:0.71:90
chr14	75137664	rs2302832	T	C	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=44;PP=1393;SC=ACTCTCCACATTCCCTCTATT;SOR=1.216;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=79;WE=75137672;WS=75137654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	75151047	rs9671386	G	A	253.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=195;SC=AGTTCCTGGAGGGAGTTGAAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=75151055;WS=75151037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	75182937	rs2287400	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=80;ReadPosRankSum=-0.764;SC=CACCATAGCAGTGACCATGTT;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=75182945;WS=75182927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr14	75199555	.	T	TA	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=0.726;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr14	75200697	rs3825708	G	A	2649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.909;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=36;PP=1455;ReadPosRankSum=0.283;SC=TTCTCAGACTGGTCAGTCGTT;SOR=0.857;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=163;TCF=101;TCR=62;TR=102;WE=75200705;WS=75200687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,123:0.66:187
chr14	75276079	rs957345	C	G	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=11;PP=748;ReadPosRankSum=-0.495;SC=ATTCTGTTCTCTAGCCTCCAG;SOR=0.869;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=75;TCF=57;TCR=18;TR=52;WE=75276087;WS=75276069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,61:0.71:86
chr14	75278211	rs12588415	G	A	291.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.6715;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=153;ReadPosRankSum=-0.490;SC=AACATTTACTGTGTGGAGTAC;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=75278219;WS=75278201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr14	75278302	rs8022046	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.27;ReadPosRankSum=1.611;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr14	75279395	rs2302834	T	A	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=614;ReadPosRankSum=-0.937;SC=GCCACCAGCCTCCTCCAGCTC;SOR=0.613;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=50;WE=75279403;WS=75279385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,59:0.66:90
chr14	75282873	rs5809679	AT	A	424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.781;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.638;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr14	75355767	rs57898381	TA	T	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.62;ReadPosRankSum=1.834;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr14	75359670	rs2230237	G	A	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=1.768;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,94:0.27:345
chr14	75361177	rs2070599	C	G	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.822;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=50;PP=1003;ReadPosRankSum=0.229;SC=ACTTGCCCCACTCCTTATCTA;SOR=0.894;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=244;TCF=117;TCR=127;TR=90;WE=75361185;WS=75361167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,97:0.36:267
chr14	75366447	rs731952	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=33;ReadPosRankSum=-1.310;SC=AGATACTATACTTGGGATGGG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=5;WE=75366455;WS=75366437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr14	75367740	rs1799900	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=107;ReadPosRankSum=1.688;SC=GGGTTGGCTTGATATTTCAAT;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=11;WE=75367748;WS=75367730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr14	75367807	rs20578	C	T	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.947;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.685;NF=24;NR=14;PP=532;ReadPosRankSum=-0.777;SC=ATATGGATGGCGGTACCTTCA;SOR=1.168;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=38;WE=75367815;WS=75367797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,42:0.41:102
chr14	75373626	rs78810423	C	CTGAT	1120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=4.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.66;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,32:0.28:116
chr14	75378296	rs3081755	GTGTGTA	G	1384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=8;PP=905;SC=ATGTGTGTTTGTGTGTATGTG;SOR=1.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=16;WE=75378309;WS=75378286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	75378331	rs759057	T	C	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=34;NR=20;PP=872;SC=TGTGTGTGTGTGCATGCATGT;SOR=1.034;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=54;WE=75378339;WS=75378321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	75386530	rs60425478	T	TGG	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.239;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,4:0.15:27
chr14	75386576	rs2286913	G	A	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.31;ReadPosRankSum=1.422;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,47:0.67:70
chr14	75388183	rs7156590	C	T	3105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=76;PP=1853;ReadPosRankSum=0.238;SC=GGACCGTGCTCGTGAGCAAGG;SOR=0.673;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=221;TCF=92;TCR=129;TR=132;WE=75388191;WS=75388173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,143:0.59:243
chr14	75412908	rs8005277	A	G	2601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=42;PP=1605;SC=GGGACCCCGCACACTCACAGG;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=99;WE=75412916;WS=75412898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	75415194	rs2159907	G	C	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=30;PP=1328;SC=CTACCCACCCGACCCCGGAGA;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=73;WE=75415202;WS=75415184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	75416000	rs2268614	C	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,31:0.23:135
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chr14	75471405	rs201252172	T	A	335.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	75471408	rs71426992	T	A	304.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.65;ReadPosRankSum=2.362;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr14	75483812	rs13712	T	C	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=547;ReadPosRankSum=-2.106;SC=GAGGCATGGATTGCTGCAGGC;SOR=0.625;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=39;WE=75483820;WS=75483802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,48:0.71:68
chr14	75485406	rs175052	G	A	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=311;SC=GAAACTTCCAGTGCAGATTTT;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=75485414;WS=75485396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	75485489	rs175053	A	G	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.38;SOR=1.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	75489632	rs175057	C	T	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.11;ReadPosRankSum=1.254;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,51:0.37:139
chr14	75497130	rs175070	C	A	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=11;PP=883;SC=CCTGGCACACCGCAGGTAAAT;SOR=1.931;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=42;WE=75497138;WS=75497120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	75505008	rs3742780	G	C	2473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.66;ReadPosRankSum=0.140;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,115:0.73:158
chr14	75505016	rs175075	A	G	6694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.48;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr14	75506549	rs145063005	CATATATATATATATAT	C,CATATAT	1410.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=28.21;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,25,24:0.50,0.48:50
chr14	75513828	rs175080	G	A	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=607;ReadPosRankSum=-1.418;SC=TCTCAAACTAGGCATCTGTTG;SOR=0.727;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=161;TCF=82;TCR=79;TR=49;WE=75513836;WS=75513818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,54:0.35:156
chr14	75513883	rs175081	T	C	4631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=79;PP=2965;SC=TTCTCTGAGTTAAGGATGTGG;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=85;TCR=80;TR=164;WE=75513891;WS=75513873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr14	75528580	rs10129657	G	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.6715;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=170;ReadPosRankSum=-0.825;SC=CAAGGTGGGCGGATCACCTGA;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=10;WE=75528588;WS=75528570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr14	75535927	rs175499	G	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=1.112;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr14	75537381	rs11546525	C	T	3272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.09;ReadPosRankSum=-0.615;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,156:0.62:250
chr14	75538217	rs3742778	G	T	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=977;ReadPosRankSum=0.624;SC=CAAAATTCAGGTCCATTCCAG;SOR=0.942;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=105;TCF=48;TCR=57;TR=66;WE=75538225;WS=75538207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,77:0.63:122
chr14	75544101	rs12589815	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.6699;FS=4.832;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=104;ReadPosRankSum=0.241;SC=AGTCAGTTACCGCTGTTGCTC;SOR=2.093;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=8;WE=75544109;WS=75544091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr14	75544189	rs12589876	G	A	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.31;ReadPosRankSum=0.039;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,39:0.81:48
chr14	75551254	rs175487	C	T	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=19;PP=1186;SC=GGGGGCTCTACAGGCTCAGGA;SOR=1.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=69;WE=75551262;WS=75551244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	75551442	rs175486	A	C	5502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=89;NR=89;PP=2965;SC=CTAGTCACAGAAGTAGTTCAG;SOR=0.917;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=90;TCR=90;TR=178;WE=75551450;WS=75551432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr14	75553655	rs175485	T	C	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=9;PP=892;SC=TTCAGTACTTTGTGTTTTGTT;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=47;WE=75553663;WS=75553645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	75572559	rs119077	T	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=285;SC=CGGAAATAAATACCTTGATAC;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=75572567;WS=75572549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	75574087	rs10146482	C	T	3234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=1.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.25;ReadPosRankSum=1.132;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,152:0.67:227
chr14	75580152	rs175464	G	A	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=22;PP=641;SC=GGAAATGGGCGACATCGGATC;SOR=1.552;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=75580160;WS=75580142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	75587351	rs175454	T	C	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	75590822	rs8017642	G	A	2920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=54;PP=1625;ReadPosRankSum=1.283;SC=TAATGTTGTCGTGCTGCAGCA;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=157;TCF=85;TCR=72;TR=120;WE=75590830;WS=75590812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,133:0.77:172
chr14	75590846	rs175449	A	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=2.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=-2.115;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,38:0.23:166
chr14	75601737	rs12435391	A	G	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.23;ReadPosRankSum=0.343;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,57:0.75:76
chr14	75601782	rs175444	G	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.605;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr14	75601862	rs876402	A	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=301;ReadPosRankSum=-1.344;SC=TTTTAAGTTCATTATCCTGGC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=19;WE=75601870;WS=75601852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
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chr14	75705595	rs117561228	G	A	381.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=288;ReadPosRankSum=1.753;SC=CTCTTGGCTCGTGGAGACTGC;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=15;WE=75705603;WS=75705585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr14	75735859	rs4903300	G	A	4598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=96;NR=57;PP=2444;SC=AGTACTAGTAGCAAAGGAACT;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=96;TCR=58;TR=153;WE=75735867;WS=75735849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr14	75745551	rs2239615	T	A	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=1;PP=682;SC=GCAGCGAGCATCTGAGAAGCC;SOR=3.321;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=32;WE=75745559;WS=75745541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	75745626	rs7101	C	T	4478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=99;NR=43;PP=2531;SC=CAGCTCTGCTCCACAGCGCCC;SOR=1.413;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=100;TCR=45;TR=142;WE=75745634;WS=75745616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr14	75745894	rs4645853	G	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=265;ReadPosRankSum=-0.316;SC=CACCGGGCGGGACGCTCCAGT;SOR=0.357;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=26;WE=75745902;WS=75745884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,32:0.39:82
chr14	75746690	rs1046117	C	T	8397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr14	75746869	rs4645855	G	A	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=328;ReadPosRankSum=-1.622;SC=GGAATGTGGGGGCTGGGTGGG;SOR=0.687;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=28;WE=75746877;WS=75746859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,38:0.32:119
chr14	75747258	rs4645856	T	C	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.202;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=309;ReadPosRankSum=-1.168;SC=TTGTGATTATTCTAGTTATCT;SOR=1.047;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=24;WE=75747266;WS=75747248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr14	75747407	rs3216792	AG	A	3812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=40;PP=2071;SC=TTAAAACTTAAGGGGAAAGTT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=55;WE=75747415;WS=75747397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr14	75758770	rs3742770	G	A	2799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=38;PP=1659;ReadPosRankSum=-0.586;SC=GAACCACTCCGGCTCTGGCCA;SOR=0.354;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=94;WE=75758778;WS=75758760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr14	75758885	rs3742769	A	G	3964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=3.038;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.94;ReadPosRankSum=-0.539;SOR=0.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,158:0.99:159
chr14	75759060	rs3742768	C	T	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr14	75760855	rs3742767	G	C	4605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=93;NR=61;PP=2633;SC=TTGCTCCAGGGCAGGTCGCAG;SOR=0.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=93;TCR=62;TR=154;WE=75760863;WS=75760845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr14	75904660	rs3625	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=272;ReadPosRankSum=1.155;SC=TTCGGTGACCACAGGCTCCCT;SOR=0.873;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=25;WE=75904668;WS=75904650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,27:0.36:74
chr14	75935908	rs77100309	G	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=374;ReadPosRankSum=1.715;SC=CCAGCCCAGCGTGCCCTGTGC;SOR=0.250;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=30;WE=75935916;WS=75935898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr14	75989286	rs175722	G	T	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=24;PP=639;SC=CACCCATTCTGCCAAAGCCCC;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=75989294;WS=75989276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	76045220	rs11845734	T	C	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=352;ReadPosRankSum=-0.692;SC=AATAGGCAAGTGTCCTTTCAA;SOR=0.461;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=73;TCF=64;TCR=9;TR=27;WE=76045228;WS=76045210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,30:0.38:79
chr14	76045362	rs2287015	T	C	3338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=688;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=78;PP=1820;ReadPosRankSum=-0.100;SC=GACACCCCTGTGCCGGAGTCC;SOR=0.754;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=624;TCF=351;TCR=273;TR=185;WE=76045370;WS=76045352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:481,203:0.30:684
chr14	76045858	rs2287016	G	A	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=477;ReadPosRankSum=0.354;SC=CGGTCACCGTGGTGGGCCAGC;SOR=0.581;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=75;TCR=62;TR=42;WE=76045866;WS=76045848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,47:0.30:158
chr14	76045963	rs2287017	C	G	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=469;ReadPosRankSum=0.560;SC=CAGCCTGCTCCGTGGCTGTCT;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=153;TCF=79;TCR=74;TR=48;WE=76045971;WS=76045953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,56:0.32:175
chr14	76046104	rs2287018	A	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.096;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=31;ReadPosRankSum=0.822;SC=GGGTGACAGTAACTGGGTGTG;SOR=0.138;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=5;WE=76046112;WS=76046094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr14	76071694	rs3784006	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.182;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=63;ReadPosRankSum=-0.483;SC=CCCAAGTTAACCCAGTGGAAT;SOR=0.132;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=6;WE=76071702;WS=76071684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr14	76072028	rs4903337	T	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.648;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr14	76099326	rs147711887	G	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.018;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=549;ReadPosRankSum=-1.362;SC=CTCACTTGCTGTATGACTTTG;SOR=0.892;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=164;TCF=86;TCR=78;TR=48;WE=76099334;WS=76099316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,52:0.26:197
chr14	76129287	rs2302592	C	G	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=7;PP=495;SC=AGGTTGAGCACTGTTTAGGAA;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=76129295;WS=76129277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	76150119	rs11406886	C	CT	148.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.547;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr14	76156609	rs2303345	C	T	10375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr14	76173860	rs1005224	T	A	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=404;SC=TCATGTGGAGTGTAGGAATGT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=76173868;WS=76173859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	76175565	rs1981898	C	A	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=27;PP=762;SC=TAAAAGAAGGCTACCTATTTA;SOR=2.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=76175573;WS=76175555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	76175594	rs1981899	G	A	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=551;SC=TGCTTTGACAGATATTATTGT;SOR=2.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=25;WE=76175602;WS=76175584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	76175666	.	C	A	50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=50;QD=28.2570708491;SC=GTTTTTTTCACATGTATCCTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=76175674;WS=76175656;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	76186214	rs17783174	A	G	2850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.96;ReadPosRankSum=-0.120;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,135:0.61:220
chr14	76198818	rs5809726	CT	C	880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.451;NF=2;NR=36;PP=402;ReadPosRankSum=0.201;SC=ACTTAAAGCACTTTTTTTTTT;SOR=0.871;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=38;WE=76198828;WS=76198808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,58:0.87:67
chr14	76201482	rs2288141	G	T	3456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr14	76203747	rs967889	A	T	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=373;SC=GTGTGAAAGAAAATAAATGTT;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=76203755;WS=76203738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	76224153	rs2113577	T	A	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=22;PP=982;SC=TCTAACCCGGTTGTCCTTTCT;SOR=1.042;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=61;WE=76224161;WS=76224143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	76232398	rs2359870	T	C	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=11;PP=747;SC=TGATTCTTCGTATTTAGTGAT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=76232406;WS=76232388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	76238254	rs57636956	AT	A	677.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.545;QD=13.55;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=1.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,45:0.90:50
chr14	76242089	rs1035614	A	T	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=15;PP=408;SC=CTCTGGCATCACCATCCCTTA;SOR=1.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=76242097;WS=76242079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	76287061	rs12206	T	C	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.45;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	76352929	rs1882827	C	T	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=492;SC=AGCTAAATCTCATTTGTCAGT;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=76352937;WS=76352922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	76370530	rs10137007	T	C	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=2.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,47:0.32:147
chr14	76432136	rs3917187	T	C	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=33;PP=1010;SC=TCTGCTCCTATAGGGACTCAT;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=76432144;WS=76432126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	76452145	.	G	T	2046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.747;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.27;ReadPosRankSum=2.445;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,97:0.72:134
chr14	76488551	rs2058941	A	G	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=235;SC=CTGAGGTCGCACCACTGCACT;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=76488559;WS=76488541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	76548783	rs137916626	GGACCTT	G	515.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.709;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.860;NF=1;NR=6;PP=277;ReadPosRankSum=-0.531;SC=CATCTATAGTGGACCTTGATG;SOR=1.609;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=7;WE=76548796;WS=76548773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr14	76549377	rs7161722	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=127;ReadPosRankSum=0.301;SC=CCCAGCATGTGGGAAGCATAG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=76549385;WS=76549367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr14	76549752	rs8536	G	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=259;ReadPosRankSum=-0.719;SC=AGCTACAGTTGAGGGAAAAGG;SOR=0.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=19;WE=76549760;WS=76549742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr14	76619167	rs3813547	A	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.956;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=394;ReadPosRankSum=0.319;SC=CTGAGTTTTTAAAGCAGTAAT;SOR=0.304;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=73;TCF=18;TCR=55;TR=26;WE=76619175;WS=76619157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,27:0.35:77
chr14	76638466	rs3783997	A	G	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.434;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=204;ReadPosRankSum=-1.227;SC=CACATTAACTATCTGAATTTT;SOR=1.721;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=16;WE=76638474;WS=76638456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr14	76644623	rs2121069	G	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=397;ReadPosRankSum=-0.132;SC=AGAATCCTGCGTTGAGAAGTA;SOR=0.577;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=112;TCF=58;TCR=54;TR=38;WE=76644631;WS=76644613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,41:0.33:123
chr14	76662370	rs17104243	T	C	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.879;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=1739;ReadPosRankSum=-0.807;SC=AGGCACTAAATTATGTGTTTT;SOR=1.044;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=39;WE=76662384;WS=76662360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,57:0.61:94
chr14	76662376	rs145653552	G	GT	1118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=5;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=1740;ReadPosRankSum=-0.587;SC=TAAATTATGTGTTTTGTATAC;SOR=0.875;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=26;WE=76662384;WS=76662360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,52:0.58:89
chr14	76662446	rs1900127	C	T	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=-0.691;SC=CATGGGAAAACTGAGACTACA;SOR=0.542;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=14;WE=76662454;WS=76662436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr14	76667942	rs55861294	A	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=307;ReadPosRankSum=0.589;SC=GGATTAAGAAAATTTTTTTTC;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=20;WE=76667950;WS=76667932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr14	76720417	rs11846524	C	G	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.876;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=117;ReadPosRankSum=0.319;SC=TTCTCACAGACCCATGAGACC;SOR=1.659;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=8;WE=76720425;WS=76720410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr14	76777257	rs72729677	C	T	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.01;ReadPosRankSum=-1.978;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr14	76777321	.	T	TTCTCTCTC	95.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.84;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	76906157	rs12432875	T	C	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=367;ReadPosRankSum=0.733;SC=CCTGCGGGTCTGGCAGAAGCC;SOR=0.584;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=26;WE=76906165;WS=76906147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr14	76957887	rs2361293	T	C	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=26;PP=793;SC=CGCTGCCCTATGACGACAAGC;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=57;WE=76957895;WS=76957877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	76964926	rs10139705	C	T	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.544;HP=7;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=695;ReadPosRankSum=-0.030;SC=GTCCCAGAGGCGGGGGTTTCT;SOR=0.885;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=40;WE=76964934;WS=76964916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,39:0.72:54
chr14	77229539	rs2270324	G	A	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	77236147	rs7142166	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=437;ReadPosRankSum=0.494;SC=AAGAGTCTTCGAATGAGTGGG;SOR=0.346;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=19;WE=77236155;WS=77236137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr14	77236380	rs3815550	C	T	2403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,115:0.61:189
chr14	77244496	rs72737518	A	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.76;ReadPosRankSum=-0.741;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr14	77245286	rs2242621	C	T	4070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=1.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.30;ReadPosRankSum=2.824;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,203:0.61:331
chr14	77245644	rs17104866	G	T	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=397;ReadPosRankSum=0.054;SC=TCTGCTGATGGTGGGAAGGCC;SOR=0.950;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=27;WE=77245652;WS=77245634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr14	77269788	rs2075773	A	C	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=369;ReadPosRankSum=-2.730;SC=GCAGAAGCGGAAACGTAGCAG;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=26;WE=77269796;WS=77269778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr14	77274227	rs57281781	G	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=47;ReadPosRankSum=0.949;SC=CCCAGGTCCAGCAACAATGCA;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=4;WE=77274235;WS=77274217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr14	77275630	rs34270005	C	A	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=43;PP=925;ReadPosRankSum=-0.543;SC=CCCTCCACCCCCTCCACCTCC;SOR=0.659;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=279;TCF=154;TCR=125;TR=91;WE=77275638;WS=77275620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,92:0.30:307
chr14	77276622	rs57335731	A	C	241.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.25;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr14	77279064	rs8008004	A	G	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=25;PP=1478;SC=CGCAGAGGCGAGCCCTGGCCG;SOR=1.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=58;TCR=25;TR=83;WE=77279072;WS=77279054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr14	77292992	rs926120	C	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.834;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,27:0.31:86
chr14	77293072	rs72737548	C	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.432;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=304;ReadPosRankSum=-0.855;SC=CAGCCTGAGACAGAAGGTGAA;SOR=1.528;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=20;WE=77293080;WS=77293062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr14	77294876	rs17104907	T	C	2140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=38;PP=950;ReadPosRankSum=0.155;SC=GCGGATGGCCTGTGGAGGAAA;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=80;WE=77294884;WS=77294866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,96:0.75:128
chr14	77295101	rs60415199	T	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=2.119;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr14	77305508	rs11628619	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=154;ReadPosRankSum=0.623;SC=TGTACATGTATCTTTTAGGCA;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=10;WE=77305516;WS=77305498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr14	77305833	rs12893724	C	T	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=20;PP=551;SC=AATTATATTACCTCAGATGGT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=77305841;WS=77305823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	77311296	rs12896621	A	G	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=49;PP=1434;SC=GGGAAGAATCACTTGGCAGAG;SOR=1.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=72;WE=77311304;WS=77311286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	77311445	rs11620630	T	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.143;SOR=1.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr14	77327254	rs45536531	T	G	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=756;ReadPosRankSum=0.476;SC=CCAAATCAGTTTCCAGACTTC;SOR=0.555;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=50;WE=77327262;WS=77327244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,54:0.71:76
chr14	77332367	rs1882844	C	T	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=45;NR=28;PP=1146;SC=GCTTGAACCCCACTGGGACAA;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=73;WE=77332375;WS=77332357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	77332408	rs7160583	T	C	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=-1.010;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,39:0.40:98
chr14	77333852	rs2293805	A	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=-0.241;SC=GAGCTCCTCCAGCTTTCCTGT;SOR=0.846;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=5;WE=77333860;WS=77333842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr14	77336428	rs11625243	G	A	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=21;PP=709;SC=CCATGAGGCTGTACGGGTGCT;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=49;WE=77336436;WS=77336418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	77492891	rs879027	G	A	10812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=192;NR=176;PP=2965;SC=GCTTCAATTCGTAGTCCATGC;SOR=0.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=368;TCF=192;TCR=176;TR=368;WE=77492899;WS=77492881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr14	77493788	rs28692724	C	T	1993.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.91;MQRankSum=0.462;QD=32.68;ReadPosRankSum=-0.590;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,54:0.89:61
chr14	77493791	rs377151545	CTGT	C	1985.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.678;NF=8;NR=48;PP=2533;ReadPosRankSum=1.524;SC=GCTGCTGCTGCTGTTGCTGCT;SOR=0.577;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=56;WE=77493801;WS=77493778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,54:0.86:63
chr14	77493875	rs71428775	T	C	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.024;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.369;NF=35;NR=30;PP=1557;ReadPosRankSum=2.500;SC=CCGCCGCCGCTTCCTTAGCCG;SOR=0.946;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=65;WE=77493883;WS=77493865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,48:0.70:69
chr14	77600344	rs7141511	G	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=383;ReadPosRankSum=-1.046;SC=CCAGGCCACCGGCATAACTGC;SOR=0.471;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=24;WE=77600352;WS=77600334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr14	77685357	rs6574361	G	A	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=287;SC=AGACAGGGTCGAACTTTCACA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=77685365;WS=77685347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	77686303	rs2287377	A	C	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	77697810	rs11295791	TA	T	97.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.699;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr14	77697967	rs375566	A	G	5286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=105;NR=77;PP=2925;SC=GGGACGACGCACGCATCTACA;SOR=0.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=105;TCR=77;TR=182;WE=77697975;WS=77697957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr14	77703057	rs403291	A	G	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=51;PP=1671;SC=TGGGGTTTGCACCCAGGAATA;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=49;TCR=51;TR=100;WE=77703065;WS=77703047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr14	77704974	rs8010477	G	C	5253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=101;NR=74;PP=2965;SC=CCAAAAGACTGAGGTGTCTGG;SOR=0.881;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=101;TCR=74;TR=175;WE=77704982;WS=77704964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr14	77709120	rs2287380	A	G	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=2;PP=946;SC=GTTGCATGCAAGTCTGGGCCC;SOR=3.716;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=37;WE=77709128;WS=77709110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	77709450	rs409109	T	G	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=39;PP=1080;SC=GATCAAGGAATAATTCAGGCG;SOR=2.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=48;WE=77709458;WS=77709440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	77737088	rs4903565	G	A	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=61;NR=35;PP=1593;SC=CCAGCGCCCCGGCAGCGGCCA;SOR=1.078;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=61;TCR=36;TR=96;WE=77737096;WS=77737078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	77745193	rs3209079	A	C	4295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=68;PP=2699;SC=CGCCTCCTCGAAGCAGGACCT;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=75;TCR=68;TR=143;WE=77745201;WS=77745183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr14	77746112	rs11625197	T	C	3949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=77;NR=68;PP=2385;SC=TCCCCAGGGGTGCAGGTGCCC;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=78;TCR=68;TR=145;WE=77746120;WS=77746102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr14	77750057	rs2216089	T	G	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=6;PP=472;SC=AATGGATCTGTAGCATGGCAT;SOR=1.863;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=26;WE=77750065;WS=77750047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	77751925	rs2270419	C	T	4308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr14	77755221	rs2287387	T	G	2966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr14	77772599	rs3815627	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.644;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr14	77786863	rs2270420	C	A	3082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.787;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=69;PP=1872;ReadPosRankSum=1.127;SC=ACCAGCCGACCGCCTCGAAGC;SOR=0.961;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=182;TCF=87;TCR=95;TR=127;WE=77786871;WS=77786853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,135:0.71:189
chr14	77787695	rs8177537	G	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.280;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=244;ReadPosRankSum=-0.041;SC=TGCCCGCTGGGGCTCGAAGTT;SOR=1.708;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=19;WE=77787703;WS=77787685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr14	77794283	rs1046428	T	C	5526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=105;NR=85;PP=2491;SC=CTAGAGGAGATGCGTCCCACT;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=105;TCR=85;TR=190;WE=77794291;WS=77794273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr14	77795311	rs5809824	CT	C	1850.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=13;PP=1590;SC=CCTCAGGGCCCTTGGTTGAAG;SOR=2.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=77795319;WS=77795301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	77809939	rs3815628	C	T	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=20;PP=974;SC=GCTTGACTTCCTTTCACAAGT;SOR=1.112;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=47;WE=77809947;WS=77809929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	77843353	rs10141317	G	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=-1.131;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr14	77843384	rs3742737	G	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=1.501;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr14	77843814	rs11844594	T	C	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=305;ReadPosRankSum=1.220;SC=GATGGAGAGCTGGAGCCTGAG;SOR=0.645;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=27;WE=77843822;WS=77843804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,34:0.46:74
chr14	77844869	rs4903576	A	G	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.211;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=506;ReadPosRankSum=-0.388;SC=GTCAAATGAGAAAAAAAATCC;SOR=0.893;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=134;TCF=72;TCR=62;TR=44;WE=77844877;WS=77844859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,49:0.33:148
chr14	77845121	rs2193595	A	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=500;ReadPosRankSum=-0.524;SC=ACTAAGTGACAAATTTAGAAA;SOR=0.500;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=37;WE=77845129;WS=77845111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,41:0.48:85
chr14	77872509	rs13379432	T	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-1.341;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr14	77872933	.	TACACACACACAC	T	490	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=490;QD=246.5;SC=CCTTGTGCCTTACACACACAC;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=77872952;WS=77872923;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	77880493	rs8005759	C	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=-0.904;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr14	77880524	rs10592368	CTT	C	389.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.9940;FS=0.000;HP=23;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=133;ReadPosRankSum=2.743;SC=ACTAGTTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=77880544;WS=77880514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr14	77880536	.	T	A	398.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.16;ReadPosRankSum=2.322;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
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chr14	77902418	rs2063997	A	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-1.390;SOR=0.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr14	77914752	rs2091916	A	G	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=3.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.20;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,71:0.72:98
chr14	77919587	rs2364158	T	C	4916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=101;NR=72;PP=2965;SC=GTAGAGCCTTTATCAGTGATA;SOR=1.042;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=101;TCR=72;TR=173;WE=77919595;WS=77919577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr14	77926011	rs1061629	C	T	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.33;ReadPosRankSum=-0.072;SOR=0.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,60:0.72:83
chr14	77928476	rs12436593	C	T	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=652;ReadPosRankSum=1.471;SC=AAGGAGTGGACTAATGACATT;SOR=0.458;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=49;WE=77928484;WS=77928466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,57:0.56:101
chr14	77928525	rs1061638	A	G	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=748;ReadPosRankSum=0.619;SC=CAGGAGTACAATACAAAGGAC;SOR=0.555;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=104;TCF=62;TCR=42;TR=57;WE=77928533;WS=77928515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,73:0.57:128
chr14	77928735	rs11159262	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=162;ReadPosRankSum=-0.665;SC=ATATGGTGCCATTGGAAACTT;SOR=0.646;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=10;WE=77928743;WS=77928725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr14	77930752	rs11624314	G	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=308;ReadPosRankSum=0.936;SC=TGAACATACTGTATTCTATAG;SOR=0.892;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=20;WE=77930760;WS=77930742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr14	77932017	rs7146595	A	C	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=36;PP=950;ReadPosRankSum=-0.278;SC=AGAGGTAAGTAAGTCTTGTCC;SOR=0.688;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=91;TCF=39;TCR=52;TR=62;WE=77932025;WS=77932007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,65:0.66:99
chr14	77932111	rs7146784	A	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=250;ReadPosRankSum=0.603;SC=GGTACTCACAAACTCACAACT;SOR=0.387;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=14;WE=77932119;WS=77932101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr14	77934393	rs138877566	TC	T	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=9.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.879;SOR=1.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr14	77934758	rs4903584	A	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.135;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=264;ReadPosRankSum=-1.025;SC=GATTGGGTACATTGTAGTATA;SOR=1.329;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=22;WE=77934766;WS=77934748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr14	77934905	rs11419661	A	AT	369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.530;QD=9.73;ReadPosRankSum=-2.250;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr14	77935239	rs5809831	T	TG	326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=295;ReadPosRankSum=-0.653;SC=TTAGTAGAGATGGAGTTTCAC;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=9;WE=77935247;WS=77935229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr14	77935520	rs7250	G	A	2357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=49;PP=1359;ReadPosRankSum=-0.852;SC=AAGAGCGGACGCGACAGGGCT;SOR=0.739;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=168;TCF=91;TCR=77;TR=104;WE=77935528;WS=77935510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,112:0.59:189
chr14	77935659	rs11539461	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=-1.072;SOR=0.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr14	77951124	rs3742728	C	T	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.509;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;ReadPosRankSum=-0.244;SC=GGAGGGGTGGCGTTGCCTGGG;SOR=0.452;Source=Platypus;TCF=51;TR=60;WE=77951132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,63:0.57:110
chr14	77951364	rs7156032	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=-0.374;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr14	77951431	rs74063377	C	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=-1.027;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr14	77984573	rs926114	C	T	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=15;PP=503;SC=TACAGAGGACCTGCTGTCCTC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=34;WE=77984581;WS=77984563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	77987958	rs2072672	C	A	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=314;ReadPosRankSum=0.723;SC=ACAAAATAATCCTAAGTAAAA;SOR=0.216;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=26;WE=77987966;WS=77987948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr14	78018246	rs11159275	T	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=1;PP=178;ReadPosRankSum=0.183;SC=GAAAATTCCATAGAAAGTGAG;SOR=2.303;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=10;WE=78018254;WS=78018243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr14	78018614	rs2178876	C	T	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=23;PP=595;SC=TTGCATTCACCGGCAATGTCA;SOR=1.501;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=78018622;WS=78018604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	78023519	rs2272587	C	G	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=44;PP=1319;SC=ACAGTTATACCGCATCTTCCT;SOR=1.252;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=74;WE=78023527;WS=78023509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	78028803	rs2364602	A	G	3164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	78036899	rs11344772	AG	A	2847.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=47;PP=2174;SC=CCTGAATTTAAGAATTACTCA;SOR=1.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=3;TCR=49;TR=50;WE=78036907;WS=78036889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	78036935	rs4903606	A	G	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=26;PP=709;SC=AAATCATAGTATATGTGTTGT;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=78036943;WS=78036925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	78063823	rs34670650	AT	A	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5131;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=284;ReadPosRankSum=-1.523;SC=TACCTTAAGAATTTTCTAAGT;SOR=1.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=9;WE=78063831;WS=78063813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr14	78141858	rs3783981	A	G	285.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=116;SC=ACTATAATTTATTAAAATTCC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=78141866;WS=78141852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr14	78183706	rs176959	C	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=382;ReadPosRankSum=-0.692;SC=GAGGAGAAAACGAAAGAACAA;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=18;WE=78183714;WS=78183697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr14	78184566	rs176960	C	A	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.54;ReadPosRankSum=-0.438;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,71:0.69:103
chr14	78187032	rs45611739	T	C	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.98;ReadPosRankSum=-0.731;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,66:0.66:100
chr14	78187316	rs176965	A	C	245.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=96;ReadPosRankSum=1.841;SC=GATGATACATAATCAAGCTGG;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=9;WE=78187324;WS=78187306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr14	78188937	rs61993671	A	T	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=289;ReadPosRankSum=0.311;SC=CCTTTTCAAAAATCTGATCTC;SOR=1.044;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=24;WE=78188945;WS=78188927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr14	78200392	rs10134425	G	T	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=513;ReadPosRankSum=-0.199;SC=TGTTTAGGGTGAGTATATAAA;SOR=0.929;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=34;WE=78200400;WS=78200382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,36:0.80:45
chr14	78201079	rs5809849	CA	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=0.748;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.888;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr14	78285461	rs3214433	GT	G	964.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.982;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.786;NF=2;NR=22;PP=670;ReadPosRankSum=-0.393;SC=GCTACGGTAGGTTTTTCCCTT;SOR=0.309;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=24;WE=78285469;WS=78285451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,47:0.64:74
chr14	78374327	rs6574411	G	A	2870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=58;PP=1634;SC=TGCCCAGGAAGTGCCTGTGTG;SOR=1.253;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=98;WE=78374335;WS=78374317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	78390631	rs150422608	TAAACTC	T	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=0.792;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr14	78392008	rs11850022	C	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=145;ReadPosRankSum=-1.157;SC=AAGGCACAGTCCTCACCGTCG;SOR=0.399;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=10;WE=78392016;WS=78391998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr14	78709814	rs1882821	T	C	2966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.485;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=59;PP=1409;ReadPosRankSum=2.218;SC=TGATGCTTGATGGCGAGGGCC;SOR=0.634;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=192;TCF=101;TCR=91;TR=122;WE=78709822;WS=78709804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,140:0.66:213
chr14	78710044	rs11626446	G	A	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.179;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=662;ReadPosRankSum=0.586;SC=GGACCCTGTGGTGAGCGTCCC;SOR=0.460;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=50;WE=78710052;WS=78710034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,55:0.41:134
chr14	78744823	rs10134857	G	A	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=2;PP=281;SC=GGGTGAAGGTGGAACTAAGTG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=78744831;WS=78744813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	78748366	rs10147289	C	T	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.20;ReadPosRankSum=-2.344;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,59:0.63:93
chr14	78763944	rs12588281	G	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=417;ReadPosRankSum=0.117;SC=AAGCTAGAAAGCCAGGCTTTC;SOR=0.214;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=22;WE=78763952;WS=78763934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr14	78766814	rs4903742	A	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=70;ReadPosRankSum=0.872;SC=AAGCTTCCACATTGTATGTTT;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=7;WE=78766822;WS=78766804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr14	78993170	rs12882387	A	C	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=1.283;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,52:0.55:95
chr14	79081400	rs57416351	T	C	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=3.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.962;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,74:0.33:222
chr14	79081492	rs61976094	A	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=0.052;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,22:0.23:95
chr14	79176021	rs71414707	A	T	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=327;ReadPosRankSum=-1.188;SC=AGGATGTGTGACTGAGACTAG;SOR=0.805;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=23;WE=79176029;WS=79176011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr14	79176133	rs12147248	G	T	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=82;SC=AATGGCTGTTGTAAAATTATG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=79176141;WS=79176123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	79181046	rs1465481	A	T	3438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr14	79276732	.	AC	A	151	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;FR=1.0000;HP=11;HapScore=4;MGOF=15;MMLQ=27;MQ=60.25;NF=0;NR=14;PP=151;QD=11.2142857143;SC=AAAAAAAAAAACAAAACTGAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=14;WE=79276741;WS=79276710;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:13,14:0.52:27
chr14	79276733	rs4133797	C	A	317.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.596;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.027;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr14	79454519	rs154325	G	C	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=315;ReadPosRankSum=0.776;SC=GGAACTTTGTGAAGATGTTTG;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=25;WE=79454527;WS=79454509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,30:0.37:81
chr14	80290425	rs932265	A	G	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=12;PP=307;SC=CCCCAGCTTCAGGTGTTGTGT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=80290433;WS=80290415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	80669580	rs225014	T	C	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.94;ReadPosRankSum=-1.554;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,71:0.79:90
chr14	80993330	rs34838656	G	GA	309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr14	80993772	rs202137957	C	CT	140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	81025522	rs1530771	C	A	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	81046810	rs71456210	A	AACGAGTT	1131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.53;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	81251255	rs327463	T	C	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=26;PP=700;ReadPosRankSum=1.695;SC=AGTCCTGATATGATTCTCAGC;SOR=0.798;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=220;TCF=131;TCR=89;TR=73;WE=81251263;WS=81251245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,84:0.35:240
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chr14	81259254	rs45535733	A	T	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=36;PP=853;ReadPosRankSum=-0.799;SC=CCTCTTTCAGAGCCTCTGACT;SOR=0.779;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=257;TCF=136;TCR=121;TR=84;WE=81259262;WS=81259244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,91:0.32:280
chr14	81297385	rs7156572	G	A	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=327;ReadPosRankSum=0.559;SC=TGCTCACACTGGAGTTCATAA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=22;WE=81297393;WS=81297375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr14	81307218	rs7142753	T	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=0.276;SC=TGGATATGAGTTACACAAAAT;SOR=1.765;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=9;WE=81307226;WS=81307208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr14	81329059	rs75446124	C	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=81;ReadPosRankSum=-1.272;SC=AATAAACATCCAAATTCAAGA;SOR=0.936;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=11;WE=81329067;WS=81329049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr14	81360893	rs34375242	C	CA	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=-1.442;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr14	81360958	rs2288347	C	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.614;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr14	81371088	rs8016507	A	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.821;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=164;ReadPosRankSum=1.180;SC=AAGTTCAAGCATTAGTCATTT;SOR=1.220;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=18;WE=81371096;WS=81371078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,21:0.30:70
chr14	81422257	rs2239610	G	C	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.716;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=490;ReadPosRankSum=0.140;SC=GAGGTGGCCCGAAGTGCACAA;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=54;TCR=54;TR=39;WE=81422265;WS=81422247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,43:0.37:117
chr14	81574687	rs3837640	T	TTCTC,TTC	575.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020,0.4980;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=4,4;NR=4,4;PP=341,6;SC=ACCTAATTCATTCTCTCTCTC;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=8,8;WE=81574695;WS=81574677;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:14
chr14	81574845	.	T	TTTTTTTCTTTTTAC	2840.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.19;QD=48.15;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	81574959	rs3783942	A	G	4322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.90;QD=26.04;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr14	81575005	rs3783941	C	A	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=48;PP=1412;SC=GAAGGCCCCACGCTCCAGTAT;SOR=1.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=82;WE=81575013;WS=81574995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	81610583	rs1991517	G	C	4715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=71;PP=2745;SC=TTACCCACGAGATGAGGCAGG;SOR=0.792;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=75;TCR=71;TR=146;WE=81610591;WS=81610573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr14	81667852	rs8019633	A	T	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=7;PP=512;SC=AACTTCAAGTAGTTAATATAG;SOR=1.681;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=29;WE=81667860;WS=81667842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	81676360	rs201118427	C	CT,CTA	1591.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=542;SC=ACATTTTCGGCAGGACAATTC;SOR=3.026;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=11;WE=81676410;WS=81676350;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:36
chr14	81676361	.	AG	CT	613	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=9;PP=613;QD=55.5389895719;SC=CATTTTCGGCAGGACAATTCT;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=12;WE=81676410;WS=81676350;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,12:0.86:14
chr14	81676361	.	A	AC	1591.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.21;SOR=3.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	81676362	rs199721074	G	T	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.47;SOR=3.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	81676370	rs368782223	CTTTATCATACAGAATGGTCCCACAAGAAATA	CGAATGGTCCCACAAGAAATA,C	1586.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=2913;SC=CAGGACAATTCTTTATCATAC;SOR=3.026;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=81676410;WS=81676350;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:36
chr14	81676382	rs372189020	GAATGGTCCCACAAGAAATAT	G	1579.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.88;SOR=3.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	81676402	.	T	G	294	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=9;PP=294;QD=27.3976010456;SC=ACAAGAAATATGCAGGAATTG;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=12;WE=81676410;WS=81676350;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,12:0.67:18
chr14	81686938	rs145594822	A	AT	1762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=2;NR=19;PP=939;SC=AAAAAAAACTATAACACCCGG;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=81686946;WS=81686928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	81728288	.	TA	T	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.865;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr14	81737076	rs2241621	A	C	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.13;ReadPosRankSum=-0.560;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
chr14	81744736	rs3813535	A	G	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=41;PP=1553;SC=CTCCAAGGTGAAGCCTCAGTT;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=79;WE=81744744;WS=81744726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	83159052	rs71418905	C	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.315;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=172;ReadPosRankSum=-1.015;SC=TCAGGTTACCCCGCAAGCTTG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=12;WE=83159060;WS=83159042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr14	85995608	rs12590399	T	G	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.62;ReadPosRankSum=-0.805;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr14	85995614	rs12587861	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.56;ReadPosRankSum=-0.370;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr14	86088056	rs10141266	T	C	3152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=54;PP=1678;SC=AGGGCGTAACTGTACTCTACC;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=107;WE=86088064;WS=86088046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	87386566	rs61981246	A	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=308;ReadPosRankSum=0.484;SC=TAAATGCTCAATAATGCAATT;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=20;WE=87386574;WS=87386556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr14	87386811	rs60411414	CT	C	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.350;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.743;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
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chr14	88406120	rs45626938	C	T	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.16;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr14	88406127	rs45567441	G	C	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.85;ReadPosRankSum=1.680;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,37:0.60:62
chr14	88406404	rs417276	T	C	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=15;PP=292;SC=GTGGGGTTCTTGAGTGGCATC;SOR=2.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=88406412;WS=88406394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	88407716	rs34752717	T	TA	536.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.158;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,41:0.69:59
chr14	88407734	rs448805	G	C	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.29;QD=35.86;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	88407875	rs421466	T	A	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=55;NR=57;PP=2021;SC=TCTCTATGTATACATCACACT;SOR=0.879;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=55;TCR=57;TR=112;WE=88407896;WS=88407865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr14	88407888	rs398607	A	G	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=0.682;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,46:0.39:118
chr14	88407917	rs12432149	G	A	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.231;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=696;ReadPosRankSum=-2.169;SC=AAAATAAAACGGTTGATTAGT;SOR=1.402;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=42;WE=88407925;WS=88407907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,50:0.62:80
chr14	88411803	rs444902	T	C	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=5;PP=284;SC=GTTCTTGAAATAGGAGGACCA;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=88411811;WS=88411793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	88411837	rs366615	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=133;ReadPosRankSum=-1.340;SC=ACTTCAAAATGTACCTGACAA;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=16;WE=88411845;WS=88411827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr14	88411947	rs367327	T	C	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	88414211	rs398076	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=1.817;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr14	88414283	rs398343	G	A	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	88416390	rs440426	A	G	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	88416441	rs451073	C	T	188.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=5;PP=113;SC=TAGGAAAACACTGTTCAAGCA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=88416449;WS=88416431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	88417095	rs11300320	GA	G	356.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=196;SC=TTATGACTCTGAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=88417103;WS=88417085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	88417161	rs431748	C	T	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=10;PP=259;SC=AAAAGTTCAACAGTTAATGCC;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=17;WE=88417169;WS=88417151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	88417244	rs443019	C	T	140.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=5;PP=101;SC=GACTTTTTTACAATATAATAT;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=88417252;WS=88417234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	88431898	rs12888666	C	T	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.63;ReadPosRankSum=-1.775;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,80:0.67:119
chr14	88450770	rs1805078	G	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=3.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.593;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,42:0.30:139
chr14	88453186	rs2165567	A	G	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=266;ReadPosRankSum=-1.148;SC=ACAACCTTCTATTACAAGCAG;SOR=0.610;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=13;WE=88453194;WS=88453176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr14	88453278	rs2119702	T	G	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.074;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=820;ReadPosRankSum=0.252;SC=TCTGTAGTTTTCAAATCCCCA;SOR=1.214;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=56;WE=88453286;WS=88453268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,64:0.65:98
chr14	88453424	rs2119703	G	A	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=25;PP=857;SC=GAGTTTTGAGGAAAAAAAAAG;SOR=1.154;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=45;WE=88453432;WS=88453414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	88454691	rs2245387	C	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=119;ReadPosRankSum=-1.139;SC=AAGTAATGTGCCATTTTTTCA;SOR=0.859;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=8;WE=88454699;WS=88454681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr14	88454910	rs2289511	G	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.114;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr14	88477413	rs6574978	C	T	6497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=124;NR=81;PP=2965;SC=TTGATTATACCTGGAATAAAG;SOR=0.993;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=124;TCR=81;TR=205;WE=88477421;WS=88477403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr14	88477882	rs3742704	A	C	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.486;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=45;PP=1063;ReadPosRankSum=-1.527;SC=ACTTGTCAGCATCACAGTTAC;SOR=0.966;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=239;TCF=109;TCR=130;TR=79;WE=88477890;WS=88477872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,86:0.33:259
chr14	88651826	rs144490234	A	AAC	1437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.781;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.568;NF=12;NR=15;PP=920;ReadPosRankSum=-0.759;SC=GAATATTAAAAACACACACAC;SOR=1.053;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=27;WE=88651835;WS=88651816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,52:0.51:102
chr14	88652389	rs3742692	C	T	1888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=39;PP=1154;ReadPosRankSum=-0.033;SC=GGATGGTGGCCGCCCGCTGCA;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=52;TCR=54;TR=77;WE=88652397;WS=88652379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,83:0.73:114
chr14	88654235	rs424752	A	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=8.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.15;ReadPosRankSum=1.123;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr14	88658775	rs75540543	A	G	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=203;ReadPosRankSum=0.433;SC=CAAAGGAGAAAGATAGGCAAG;SOR=0.749;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=16;WE=88658783;WS=88658765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr14	88707225	rs3837636	CA	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.699;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr14	88729931	rs761971	G	T	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=21;PP=628;SC=GAAGAAGAGAGTTTGTTTATA;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=88729939;WS=88729921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	88737193	rs1298237	T	C	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=44;PP=1192;ReadPosRankSum=1.078;SC=ACATGGACCCTTGCTAACAAT;SOR=0.708;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=141;TCF=65;TCR=76;TR=84;WE=88737201;WS=88737183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,99:0.62:159
chr14	88792816	rs3742690	T	G	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.947;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=935;ReadPosRankSum=-0.541;SC=AAGATGCCGCTCCAAGCGGTT;SOR=0.938;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=59;WE=88792824;WS=88792806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr14	88852031	rs709886	A	G	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=196;SC=ACGGCCTGGCAACGGTTTCCC;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=88852039;WS=88852021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	88852166	rs4904448	G	A	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.03;ReadPosRankSum=0.273;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,48:0.69:70
chr14	88852279	rs5810413	TG	T	580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=434;SC=GGCCGCCCCTTGGGGCGCTTC;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=88852287;WS=88852269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	88862364	rs8011218	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=120;ReadPosRankSum=-0.926;SC=TATTTTTAATCAAGGATCTTG;SOR=0.653;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=10;WE=88862372;WS=88862354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr14	88895669	rs386579	T	G	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.25;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	88967336	rs816069	C	A	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=28;PP=811;SC=AGTAACTATTCAGGAAGACAA;SOR=2.613;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=88967344;WS=88967326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	88983673	rs4904452	C	A	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=37;PP=970;SC=TTCAGTCGCACTAATCCCTGA;SOR=3.664;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=41;WE=88983681;WS=88983663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	89037482	rs10682918	C	CAT	1064.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=397;ReadPosRankSum=0.050;SC=AGATTCATAACTTTTTTTTTT;SOR=0.892;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=89037490;WS=89037472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr14	89042180	rs1469602	T	G	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=0.373;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr14	89063167	rs2297124	A	G	8534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr14	89077043	rs4899956	G	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.157;NF=6;NR=1;PP=59;ReadPosRankSum=-0.843;SC=AGCTACTCGGGAGACTGAGGC;SOR=0.054;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=7;WE=89077051;WS=89077037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr14	89082289	rs12885870	A	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=108;ReadPosRankSum=1.373;SC=TTCAGGTTACATGTGTAATAT;SOR=0.634;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=9;WE=89082297;WS=89082279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr14	89084841	rs76593307	T	G	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=571;ReadPosRankSum=-0.389;SC=CTCTGATAAGTGGGGGAGGAA;SOR=0.960;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=25;WE=89084849;WS=89084831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr14	89087278	rs35953031	T	TA	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=4.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=-0.672;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr14	89087801	rs941668	A	G	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=292;ReadPosRankSum=-1.447;SC=AAATTTTTCTATGACTACAGG;SOR=0.582;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=15;WE=89087809;WS=89087791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr14	89088388	rs2983488	G	C	6186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=220;PP=2965;SC=CCTCCCCCTTGTCCGCCTCCA;SOR=3.429;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=271;TCF=48;TCR=223;TR=260;WE=89088396;WS=89088378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr14	89089149	rs11382327	C	CT	640.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=16;PP=352;SC=TAAGCAGAATCTTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=18;WE=89089157;WS=89089139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	89091202	rs149369776	G	GGAA	868.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.178;NF=10;NR=7;PP=694;ReadPosRankSum=-0.800;SC=CATATGAGGAGGAAGGTCGGA;SOR=0.675;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=17;WE=89091210;WS=89091192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
chr14	89094243	rs1144916	G	C	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=492;SC=ATATTCATCTGTGAAACATGG;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=21;WE=89094251;WS=89094233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	89105287	rs1152383	T	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.354;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr14	89129304	rs17260373	G	C	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.723;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=340;ReadPosRankSum=0.626;SC=CTAAACGATAGAAAGTAGGTA;SOR=0.950;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=96;TCF=61;TCR=35;TR=30;WE=89129312;WS=89129294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,35:0.33:107
chr14	89591829	rs17777553	G	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.129;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr14	89647259	rs140257053	G	GGCAGAGAACATGCATGGA	1729.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.52;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	89647297	rs34338248	T	TAC	498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.95;ReadPosRankSum=0.758;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr14	89747473	rs7147341	T	C	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=41;PP=942;SC=TGACACCCTTTGAAAATGCAT;SOR=1.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=65;WE=89747481;WS=89747463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	89750819	rs11627932	A	G	2642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	89867978	rs12147030	T	C	9728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr14	89884022	rs7422	A	C	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.79;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,45:0.66:68
chr14	90095445	rs100016	T	C	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.22;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,74:0.69:108
chr14	90097939	.	GC	G	70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=70;QD=28.25;SC=CATCTGGGGAGCTTTTTTTTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=4;WE=90097949;WS=90097929;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,4:0.33:12
chr14	90097941	.	T	A	78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=7;HapScore=4;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=78;QD=28.1928031368;SC=TCTGGGGAGCTTTTTTTTAAT;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=4;WE=90097949;WS=90097929;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,4:0.19:21
chr14	90263500	rs9026	T	A	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=14;PP=1342;SC=ATCACAAGTCTGTAGCATGAC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=52;TCR=15;TR=66;WE=90263508;WS=90263490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	90263525	rs1555616	C	A	2880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=28;PP=1871;SC=TTAGTAGAGTCGAGTCTGCTG;SOR=1.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=67;TCR=28;TR=95;WE=90263533;WS=90263515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	90303065	rs8021113	T	C	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.45;ReadPosRankSum=-0.713;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,39:0.74:53
chr14	90303113	rs8019848	A	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=-1.264;SC=CTGTAATCCCAGCACTTTGGG;SOR=0.859;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=8;WE=90303121;WS=90303103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr14	90303353	rs75150035	G	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr14	90303383	rs8020323	A	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.04;ReadPosRankSum=1.076;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr14	90303435	rs12437204	T	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.13;ReadPosRankSum=1.662;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr14	90303445	rs12437206	T	C	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.64;ReadPosRankSum=1.327;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,18:0.90:20
chr14	90451303	rs1296406	A	G	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	90456188	rs2401863	G	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=285;ReadPosRankSum=-0.897;SC=CTACTATTGCGTAGAAATTTG;SOR=1.011;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=22;WE=90456196;WS=90456178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr14	90528967	rs12878088	C	A	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.65;ReadPosRankSum=0.925;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,46:0.81:57
chr14	90651357	rs12147332	G	A	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=20;PP=528;SC=GAAGCCAGGAGTGGATGCTGG;SOR=1.347;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=34;WE=90651365;WS=90651347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	90722824	rs2277516	G	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.24;ReadPosRankSum=-1.106;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr14	90723000	rs2277515	A	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.125;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=230;ReadPosRankSum=0.452;SC=GGGTCTCAGCAGCCTGAGGCG;SOR=0.726;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=22;WE=90723008;WS=90722990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,24:0.35:68
chr14	90723059	rs2277514	T	C	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=191;ReadPosRankSum=0.538;SC=TCTTCTCCTTTTGCCGGCCTG;SOR=0.813;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=13;WE=90723067;WS=90723049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr14	90723109	rs6575119	T	G	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=12;PP=331;SC=ACCGCGCTCATGTCCACCGCG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=90723117;WS=90723099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	90723152	rs3825662	A	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.932;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=0.605;SC=TTGCCCGGGGATCCTGGGGCC;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=3;WE=90723160;WS=90723142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr14	90726676	rs11844225	G	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=376;ReadPosRankSum=1.789;SC=CTCTAGCTTTGTGATTCATTT;SOR=0.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=35;WE=90726684;WS=90726666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,40:0.36:110
chr14	90729931	rs8022531	T	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=-0.253;SC=GGCTGCTTTGTAAATCTAGCG;SOR=0.665;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=10;WE=90729939;WS=90729921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr14	90729984	rs8015510	C	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=1.356;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr14	90730265	rs2282030	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=-0.157;SC=TTCCTGTCCCGTGGAAGTAGA;SOR=0.848;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=10;WE=90730273;WS=90730255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr14	90731687	rs34260220	GA	G	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.097;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.852;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr14	90734826	rs11624246	A	G	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=550;ReadPosRankSum=0.353;SC=CTTGAGAATGAGCAATCTCAG;SOR=0.998;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=30;WE=90734834;WS=90734816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr14	90736055	rs10599013	CAG	C	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=172;ReadPosRankSum=0.637;SC=AGGGTTAAAACAGAGCATGAT;SOR=0.180;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=90736064;WS=90736045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr14	90740274	rs6575121	T	C	2541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.186;NF=72;NR=72;PP=1652;ReadPosRankSum=0.355;SC=TGTGATTGCATTGGACCCATG;SOR=0.625;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=435;TCF=215;TCR=220;TR=144;WE=90740282;WS=90740264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:326,153:0.32:479
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chr14	90740588	rs10140761	G	C	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.28;ReadPosRankSum=-1.539;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,53:0.63:84
chr14	90744672	rs10184	G	A	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.476;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=22;PP=1090;ReadPosRankSum=-0.449;SC=CCGTTTTCCCGCTGCTCTCTA;SOR=1.218;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=127;TCF=83;TCR=44;TR=74;WE=90744680;WS=90744662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,85:0.59:145
chr14	90745422	rs3737035	T	C	2844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.03;ReadPosRankSum=0.846;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,130:0.78:167
chr14	90752845	rs113463686	CA	C	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.859;NF=0;NR=8;PP=183;ReadPosRankSum=0.201;SC=ACCTGCAAGGCAAAGGCTCAC;SOR=0.498;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=8;WE=90752853;WS=90752835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr14	90756503	rs3742672	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.121;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr14	90767607	rs3825661	C	T	2645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=52;NR=33;PP=1400;SC=GCAGATCTTTCACGCTGTCGG;SOR=1.037;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=85;WE=90767615;WS=90767597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	90767746	rs3742669	C	A	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	90767759	rs3742668	G	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.00;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr14	90767856	rs3742667	T	C	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=6.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.03;ReadPosRankSum=-0.978;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr14	90767860	rs3742666	T	C	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.144;HP=1;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=371;ReadPosRankSum=-0.043;SC=GATACATGTCTTGATTTAAAG;SOR=1.766;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=8;WE=90767868;WS=90767846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr14	90768183	rs8020828	C	T	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=609;ReadPosRankSum=1.211;SC=CTGAACATTCCAGTTCATCTT;SOR=0.779;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=160;TCF=75;TCR=85;TR=52;WE=90768191;WS=90768173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,55:0.31:175
chr14	90769539	rs2149647	C	T	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=951;ReadPosRankSum=-0.846;SC=ACAATGCTTACTGATTTTCTT;SOR=0.682;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=134;TCF=62;TCR=72;TR=67;WE=90769547;WS=90769529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,78:0.54:145
chr14	90769635	rs2282033	T	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=195;ReadPosRankSum=0.181;SC=TTGTGTCACCTGATATGTTTG;SOR=2.599;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=11;WE=90769643;WS=90769625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr14	90770210	rs4904670	C	G	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=1;PP=268;SC=AATTGCTGCACAGTCCATCAG;SOR=2.448;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=90770218;WS=90770200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	90863489	rs12886342	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=225;ReadPosRankSum=0.062;SC=CAGCAGCAGCGGCATCGGAGG;SOR=0.264;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=22;WE=90863497;WS=90863476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,19:0.26:74
chr14	90865283	rs2300497	T	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.881;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr14	90865462	rs2300498	C	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.874;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,26:0.33:79
chr14	90866346	rs2268433	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=-1.336;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr14	91007618	rs1294572	T	C	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=4;PP=284;SC=GGCCTCAGTGTGGCAGATTCA;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=91007626;WS=91007608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	91077278	rs3215800	AC	A	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=191;ReadPosRankSum=0.181;SC=GCCAATGAATACTTTCTGTGC;SOR=0.458;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=7;WE=91077286;WS=91077268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr14	91084338	rs754247	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-1.480;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,21:0.29:72
chr14	91113537	rs1286422	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=-1.696;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr14	91123575	rs3742660	T	C	5881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=111;NR=94;PP=2851;SC=TGGCATCGTCTGGCTTCAGGC;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=111;TCR=94;TR=205;WE=91123583;WS=91123565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr14	91165572	rs1749699	G	A	6373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr14	91165606	rs1742100	G	A	4905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=96;PP=2917;SC=ATGGGAAGAAGGCCAGAGCTC;SOR=1.095;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=71;TCR=96;TR=167;WE=91165614;WS=91165596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr14	91196317	rs10135495	T	C	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=100;SC=GTAGTTCATATTTAAAATTCC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=91196325;WS=91196312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	91365646	rs11380703	G	GA	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.414;QD=3.46;ReadPosRankSum=0.230;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,42:0.39:108
chr14	91389772	rs10655120	T	TCATC	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.25;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	91409615	rs111743702	A	AT	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=1.637;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr14	91413622	rs117236605	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=142;ReadPosRankSum=-0.283;SC=TTTTTTCAAACGGAATTATGA;SOR=1.473;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=11;WE=91413630;WS=91413612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr14	91592748	rs57615276	C	CTTCTT	459.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=249;ReadPosRankSum=0.151;SC=ATGTCTGTGCCTTCTTATAAT;SOR=0.374;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=6;WE=91592756;WS=91592738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
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chr14	91642234	rs2295528	A	G	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.238;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,75:0.34:221
chr14	91681623	rs11622036	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=117;ReadPosRankSum=1.448;SC=TTCTAGCAAGCTCCCAGATGA;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=8;WE=91681631;WS=91681613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr14	91681921	rs45465092	G	A	2884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=53;PP=1478;ReadPosRankSum=-0.722;SC=CCAGCCAGCCGCTCGCCTGGA;SOR=0.582;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=175;TCF=90;TCR=85;TR=114;WE=91681929;WS=91681911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,134:0.67:200
chr14	91690287	rs75775892	A	G	237.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=-0.387;SC=CTGATCCCCAAACCACTCTGC;SOR=0.446;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=9;WE=91690295;WS=91690277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr14	91710562	.	GAC	G	79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=20;MQ=62.13;NF=2;NR=0;PP=79;QD=41.0;SC=CCAGAACACAGACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=2;WE=91710571;WS=91710552;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,2:0.50:4
chr14	91739081	rs941920	A	G	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=26;PP=996;SC=GGCCCGGCCGAGGTGGGGAGC;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=58;WE=91739089;WS=91739071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	91739150	rs138924295	G	A	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=236;ReadPosRankSum=-0.316;SC=GCCCTGCCCCGGGACCCCGTC;SOR=0.776;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=21;WE=91739158;WS=91739140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,23:0.30:77
chr14	91744349	rs150512553	G	T	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.237;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=627;ReadPosRankSum=-0.218;SC=GAGCAGGGCCGCACTCCGACG;SOR=0.490;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=46;WE=91744357;WS=91744339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,56:0.60:93
chr14	91751788	rs11341843	TC	T	6687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=76;PP=2969;SC=ATCCTGAGGCTCCCCCTAAAA;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=26;TCR=79;TR=101;WE=91751796;WS=91751778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr14	91763637	rs3742656	C	T	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=466;ReadPosRankSum=-0.912;SC=GCTCCCCTGGCGCTGGCCTCA;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=38;WE=91763645;WS=91763627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,44:0.67:66
chr14	91763971	rs5810533	CT	C	145.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=-1.697;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr14	91773568	rs1970912	T	C	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.44;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,55:0.74:74
chr14	91776434	rs2277507	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.329;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=252;ReadPosRankSum=1.385;SC=CCCGGGCCACGGCTGCCTCCG;SOR=0.288;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=17;WE=91776442;WS=91776424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr14	91883267	rs1285844	A	C	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=25;PP=869;SC=CAGAGACTGGACGGGTCAGTG;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=91883275;WS=91883257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	91883364	rs1285845	C	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=6.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.903;SOR=1.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr14	91883499	rs1742546	G	A	3424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr14	91883967	rs3742654	G	T	1799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=33;PP=1012;ReadPosRankSum=2.729;SC=GGAGCCAGGCGCACTCACCCA;SOR=0.672;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=60;TCR=48;TR=74;WE=91883975;WS=91883957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,85:0.67:126
chr14	91925027	rs10135595	G	T	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.96;ReadPosRankSum=1.367;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,49:0.79:62
chr14	91927717	rs8006817	G	A	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=323;ReadPosRankSum=0.453;SC=TGGGAGTCAAGAATGTACCTT;SOR=0.512;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=30;WE=91927725;WS=91927707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr14	91928933	rs4904784	T	C	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=3;PP=175;SC=AACATTTATGTTGACCCTTAC;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=91928941;WS=91928923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	91928992	rs5020186	T	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.638;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=184;ReadPosRankSum=0.078;SC=CTGTTCCTTGTCAAGCCAAAT;SOR=0.046;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=18;WE=91929000;WS=91928982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr14	91929281	rs61490765	CTTAAT	C	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=165;ReadPosRankSum=0.256;SC=CAAGATGAGGCTTAATTTAAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=91929293;WS=91929271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr14	91937143	rs10873409	G	A	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.275;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=677;ReadPosRankSum=-0.897;SC=ATACCAACATGTCAATATACA;SOR=1.464;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=41;WE=91937151;WS=91937133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,46:0.74:62
chr14	91941909	rs71989693	TAAAAC	T	277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=-1.856;SC=ACTTCAGAATTAAAACAAAAC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=3;WE=91941921;WS=91941900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr14	91942087	rs34276510	AG	A	277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=128;ReadPosRankSum=0.457;SC=AAATCTTAAAAGTGAATAATA;SOR=0.974;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=5;WE=91942095;WS=91942077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr14	91942318	rs139615837	C	CA	533.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=534;ReadPosRankSum=1.257;SC=GCCCTGCAGACAAAAAACATT;SOR=0.734;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=19;WE=91942326;WS=91942308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr14	91942342	rs10145724	T	A	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=20;PP=591;SC=TTTTCCTGTATTTATAAAAAT;SOR=1.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=30;WE=91942350;WS=91942332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	91942407	rs10145809	T	G	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=237;SC=TGAAAAAACTTCAATGTAAAA;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=12;WE=91942415;WS=91942397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	91948643	rs6575195	G	A	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=20;PP=497;SC=ACCTATAATGGTCATTTTCAA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=91948651;WS=91948633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	91957236	rs10131200	T	A	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	92040589	rs34650717	TC	T	994.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.097;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=749;ReadPosRankSum=-1.288;SC=CTCGGGCGCCTCCGCCCCGCG;SOR=1.552;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=21;WE=92040597;WS=92040579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr14	92040793	rs12323881	C	G	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.038;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,62:0.23:266
chr14	92041075	rs1704614	C	G	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=17;PP=486;SC=GCAGTGCCTACAGAGATCTGG;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=92041083;WS=92041065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	92058445	rs1285637	G	A	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=39;PP=1132;SC=TGAAGAAGTGGAATTCCTGAG;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=55;WE=92058453;WS=92058435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	92074545	rs1743159	T	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.169;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=92;ReadPosRankSum=0.753;SC=AGCTTCACCTTCTCATTTAAC;SOR=0.132;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=8;WE=92074553;WS=92074535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr14	92084004	rs1620238	C	G	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	92088016	rs1296082	G	A	2425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	92105643	rs1704630	G	A	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=285;ReadPosRankSum=0.194;SC=AACAGAAGTCGAAAAACTTTA;SOR=1.085;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=17;WE=92105651;WS=92105633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr14	92126443	rs55665101	ATC	A	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.55;ReadPosRankSum=1.598;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr14	92126460	rs1704673	T	A	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.424;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr14	92150089	rs10139470	G	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.09;ReadPosRankSum=-1.863;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr14	92159558	rs72629402	A	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.43;ReadPosRankSum=1.960;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr14	92174343	rs4605095	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.256;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=77;ReadPosRankSum=-1.138;SC=ATTGTGAGTGCCTCAAGGGTC;SOR=0.097;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=9;WE=92174351;WS=92174333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr14	92185731	rs17783516	G	A	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.10;ReadPosRankSum=2.568;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,41:0.72:57
chr14	92189366	rs17127513	T	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.26;ReadPosRankSum=2.387;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr14	92191350	rs3814837	C	T	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.75;ReadPosRankSum=-2.201;SOR=0.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,42:0.72:58
chr14	92249571	rs17127563	G	C	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=183;ReadPosRankSum=0.885;SC=AGGAAAGTATGTACAATCATT;SOR=0.873;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=12;WE=92249579;WS=92249561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr14	92251479	rs10131036	T	C	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=-1.673;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr14	92264080	rs71120197	TA	T	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=0.542;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr14	92268615	rs2402073	T	A,G	1090.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=12,13;NR=8,8;PP=270,236;SC=ATACAGTCTCTTCACTTCTGA;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=20,21;WE=92268623;WS=92268605;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.46,0.54:46
chr14	92280037	rs10134181	T	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=-1.273;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr14	92343764	rs2430341	C	T	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	92347680	rs2430347	A	G	3459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr14	92403660	rs2474028	T	C	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=171;SC=ACACCTAGGGTGGTCCCAACT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=92403668;WS=92403650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	92442496	rs145868557	C	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.52;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr14	92499348	rs11621328	T	G	138.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=113;SC=AATAGCAAACTGCAGTAACAG;SOR=2.303;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=92499356;WS=92499338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	92537354	.	C	CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG	3429.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=64.74;QD=79.76;SOR=1.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,31,12:0.72,0.28:43
chr14	92549949	rs188907529	T	C	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=798;ReadPosRankSum=1.796;SC=GCAACTGATTTAGAATCAGAC;SOR=0.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=54;WE=92549957;WS=92549939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,59:0.73:81
chr14	92560311	rs2402108	A	G	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=12;PP=383;SC=TTTTTGTGACAGAGTCTTGCT;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=92560319;WS=92560301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	92563254	rs35079962	A	AT	364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=-1.540;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,24:0.89:27
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chr14	92584064	rs12882784	A	G	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=27;ReadPosRankSum=0.762;SC=CATCTGGGCCAGGTGCGGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=4;WE=92584072;WS=92584054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr14	92585195	.	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.549;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr14	92585205	rs7152991	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr14	92585332	rs10649809	G	GAA	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=1.114;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr14	92588002	rs3818263	T	G	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=-1.621;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,30:0.27:112
chr14	92588219	.	G	A	51	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=4;PP=51;QD=14.2952020912;SC=GCTCCAGACAGACGAGGCGTG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=6;WE=92588227;WS=92588209;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:23,6:0.21:29
chr14	92597228	rs3759722	C	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=1.733;SC=TAATTTTAATCAATTTGTTTA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=4;WE=92597236;WS=92597218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr14	92609334	rs35609412	T	C	495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=200;ReadPosRankSum=-0.558;SC=TTGTCATCTTTCCCCCCATGT;SOR=0.646;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=19;WE=92609342;WS=92609324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr14	92622679	rs45600140	T	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr14	92625234	.	T	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=164;ReadPosRankSum=2.293;SC=TTTTAACATATTACCAGAGGT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=11;WE=92625242;WS=92625224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr14	92627668	rs2025071	T	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=98;ReadPosRankSum=-0.188;SC=GTAATTCTTGTTTGGTATTTT;SOR=0.823;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=12;WE=92627676;WS=92627658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr14	92792255	rs941646	G	A	3610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=64;PP=1921;SC=TGCCAGACACGTGGAGAAATA;SOR=0.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=63;TCR=64;TR=127;WE=92792263;WS=92792245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr14	92792432	rs941645	T	C	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.62;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	92905817	rs4900122	A	G	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=40;PP=1348;SC=ATAAATGCCAAGCCAAGAAGG;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=77;WE=92905825;WS=92905807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	92909073	rs941650	T	C	4968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=74;PP=2339;SC=TCATCACCCATGGGGACGTCG;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=96;TCR=74;TR=170;WE=92909081;WS=92909063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr14	92915663	.	CA	C	127	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.17;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr14	92915665	.	CA	C	127	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.17;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr14	92915666	.	A	C	289	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=52;MMLQ=23;MQ=58.48;NF=1;NR=10;PP=289;QD=29.4337465952;SC=ACACACACACACCCTCTCACA;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=11;WE=92915674;WS=92915656;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,11:0.73:15
chr14	92920371	rs7144273	C	T	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,42:0.35:120
chr14	92950048	rs35769213	CCTT	C	983.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.139;NF=12;NR=5;PP=621;ReadPosRankSum=0.975;SC=TAATGGGGTCCCTTCTTCTCC;SOR=0.781;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=17;WE=92950058;WS=92950038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr14	92952958	rs61977319	T	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=225;ReadPosRankSum=0.219;SC=AATATTTCTTTAGTCCACACA;SOR=0.859;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=20;WE=92952966;WS=92952948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,22:0.26:86
chr14	92958612	rs7150406	G	A	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.609;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr14	92959216	rs11623883	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=3.007;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr14	92960025	rs4904942	T	C	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=26;PP=936;SC=ACACTGGCGTTCTCCTCTCCC;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=92960033;WS=92960015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	92981606	rs55930890	C	G	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=743;ReadPosRankSum=2.113;SC=TGGGGAAGAGCCCCCCAACCC;SOR=0.677;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=49;WE=92981614;WS=92981596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,53:0.62:86
chr14	93107590	rs34101393	C	T	3266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.33;ReadPosRankSum=-1.863;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,157:0.64:245
chr14	93118038	rs3829947	A	G	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,57:0.30:189
chr14	93118669	rs3742716	G	A	4431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.436;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=93;PP=2801;ReadPosRankSum=-0.867;SC=CTGAGGACACGCCCCGGGAGA;SOR=0.672;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=298;TCF=148;TCR=150;TR=180;WE=93118677;WS=93118659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,198:0.61:326
chr14	93125415	rs2295991	G	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=1.204;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
chr14	93154537	rs71698059	TGGC	T	3422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.225;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.362;NF=2;NR=39;PP=1678;ReadPosRankSum=-0.190;SC=TGGACGGTGGTGGCGGCGGCG;SOR=0.908;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=78;TCF=5;TCR=73;TR=41;WE=93154547;WS=93154527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,88:0.62:141
chr14	93170741	rs2250672	T	C	2679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=44;PP=1156;SC=TGGTGAACCGTGTCAACTCTG;SOR=1.168;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=84;WE=93170749;WS=93170731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr14	93170901	rs2402189	A	C	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=12;SC=AGAAGTGAAAATGCCCACTTG;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=50;WE=93170909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	93170993	rs9791	C	T	4283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=84;NR=58;PP=2435;SC=ACCTGTGAAGCGGATACGGCT;SOR=0.924;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=84;TCR=58;TR=142;WE=93171001;WS=93170983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr14	93178191	rs1951708	A	G	9868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=176;NR=165;PP=2965;SC=CCACGTCCGAATCTTCCATCC;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=341;TCF=176;TCR=165;TR=341;WE=93178199;WS=93178181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr14	93182466	rs1242119	G	A	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=5.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=1.070;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,33:0.29:113
chr14	93198972	rs12885208	A	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=332;ReadPosRankSum=-0.943;SC=CTTAACAAAAAAAAGATTAGT;SOR=0.919;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=25;WE=93198980;WS=93198962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr14	93199203	rs1613441	T	A	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.995;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=476;ReadPosRankSum=-2.921;SC=CAACAAGAACTGATAAACATT;SOR=0.954;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=33;WE=93199211;WS=93199193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr14	93276654	rs1040835	T	C	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=39;PP=1541;SC=TCTGCAGACTTTTCAGGAGAG;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=94;WE=93276662;WS=93276644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	93276806	rs1040833	C	T	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=19;PP=517;SC=CATTAACTGTCTAATATAATT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=93276814;WS=93276796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	93282872	rs142530146	T	TCTTCG	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.47;ReadPosRankSum=2.369;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr14	93285962	rs12880298	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.976;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=144;ReadPosRankSum=1.196;SC=TGGGTGACGTGAGACTCTGAT;SOR=1.981;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=10;WE=93285970;WS=93285952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr14	93286207	rs142097537	TGA	T	611.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.747;NF=1;NR=17;PP=212;ReadPosRankSum=-0.356;SC=TGATGACTTCTGAGACTCTGT;SOR=0.568;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=18;WE=93286216;WS=93286197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,20:0.25:79
chr14	93286230	rs17128596	A	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=1.231;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,19:0.25:75
chr14	93286291	rs10716250	AC	A	405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.365;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=366;ReadPosRankSum=0.629;SC=GCTTAGGGTTACCCCACAAGT;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=13;WE=93286299;WS=93286281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr14	93290723	rs3818256	A	G	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=7;PP=593;SC=TATTCACTTAATTATATACTC;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=93290731;WS=93290713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	93290856	rs2273646	T	C	5253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=2.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.65;ReadPosRankSum=1.845;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,132:0.69:190
chr14	93290859	rs2273645	C	T	5181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=2.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.71;ReadPosRankSum=2.208;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,129:0.69:187
chr14	93303604	rs4904994	C	T	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.327;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=1;PP=646;ReadPosRankSum=1.100;SC=AATTGTTCTTCTGTGGTAGCC;SOR=2.395;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=48;TCF=45;TCR=3;TR=29;WE=93303612;WS=93303594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr14	93303848	.	T	TTTG	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.120;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.627;NF=0;NR=29;PP=429;ReadPosRankSum=0.035;SC=AACTAGTTTTTTTTTTTGTTT;SOR=2.015;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=29;WE=93303863;WS=93303838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,9:0.17:54
chr14	93303850	rs113573267	T	TG	1793.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=6.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.42;MQRankSum=3.654;QD=33.22;ReadPosRankSum=0.116;SOR=0.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,45:0.83:54
chr14	93303854	rs74598769	T	C	1802.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=6.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.64;MQRankSum=3.654;QD=33.38;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=0.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,45:0.83:54
chr14	93303855	rs34061602	G	T	1802.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=6.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.85;MQRankSum=3.829;QD=34.67;ReadPosRankSum=0.194;SOR=0.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,43:0.83:52
chr14	93389403	rs7159323	A	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=1.312;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr14	93392834	rs7146118	C	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.544;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=316;ReadPosRankSum=-0.714;SC=GGATCATGGACTCCCAAAGAC;SOR=0.395;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=24;WE=93392842;WS=93392824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr14	93398144	rs11851859	A	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.709;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.610;NF=4;NR=15;PP=241;ReadPosRankSum=-0.214;SC=CTTCATAACAACCCTGAAAGG;SOR=1.179;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=19;WE=93398152;WS=93398134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,22:0.29:77
chr14	93398670	rs2236132	T	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.713;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=-1.575;SC=GGGAAAATGGTGGTCCCCCAC;SOR=1.207;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=7;WE=93398678;WS=93398660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr14	93401178	rs941581	A	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,46:0.34:136
chr14	93401316	rs7610	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.512;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr14	93404674	rs6575304	T	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.042;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=87;ReadPosRankSum=1.538;SC=TCAGCAGTTGTGGCCAGTGGC;SOR=0.009;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=9;WE=93404682;WS=93404664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr14	93407062	rs1043542	A	G	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.986;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,48:0.28:174
chr14	93407248	rs11446	A	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=137;ReadPosRankSum=0.768;SC=TGGGGGGCCCAGAGGACGCCC;SOR=0.481;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=15;WE=93407256;WS=93407238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,15:0.24:63
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chr14	93693422	rs2905	C	T	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.55;ReadPosRankSum=-0.575;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,65:0.68:96
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chr14	93799284	rs146686071	ACCG	A	1015.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.585;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.846;NF=0;NR=18;PP=748;ReadPosRankSum=-2.574;SC=TCCTCCTCCCACCGCCGCCGC;SOR=0.232;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=18;WE=93799294;WS=93799274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr14	93953904	rs61992611	G	A	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=324;SC=CTTTATTGGAGCTATTTTTTT;SOR=3.056;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=13;WE=93953915;WS=93953894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	93953907	rs33942732	A	AT	779.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=220;SC=TATTGGAGCTATTTTTTTTTT;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=93953915;WS=93953894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	93994870	rs17094893	A	G	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	93994954	rs28420706	G	A	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	93998806	rs942068	C	A	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=8;PP=531;SC=ACAGAGTGAGCCACTGTCTCA;SOR=1.460;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=93998814;WS=93998796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	94007075	rs1951716	C	T	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	94008753	rs12893237	A	G	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=6;PP=391;SC=TAATGCACCTATAATAATTTT;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=94008761;WS=94008743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	94071090	rs79072784	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=65;ReadPosRankSum=-1.132;SC=AACTGCAAAACGTTTGTTACA;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=94071098;WS=94071080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr14	94088369	rs28670114	T	C	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=490;ReadPosRankSum=-1.033;SC=GACTCGCCGGTAAAGCCTGCT;SOR=0.653;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=34;WE=94088377;WS=94088359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,42:0.55:76
chr14	94088587	rs4905081	G	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=5.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.412;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,51:0.34:152
chr14	94097287	rs2148563	G	A	2279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.53;ReadPosRankSum=1.312;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,109:0.60:182
chr14	94103602	rs4905082	G	A	2970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=63;PP=1631;ReadPosRankSum=-1.527;SC=ACGTGCCAACGTGCCTAAACC;SOR=0.826;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=182;TCF=92;TCR=90;TR=124;WE=94103610;WS=94103592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,136:0.65:208
chr14	94109829	rs943318	G	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=137;ReadPosRankSum=0.938;SC=AAAAACAGCCGTGTGTGTAGT;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=14;WE=94109837;WS=94109819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr14	94129223	.	AAC	A	69	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=69;QD=36.0;SC=AAACACTTTAAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=2;WE=94129232;WS=94129213;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,2:0.20:10
chr14	94152768	rs2296686	C	G	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=293;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCTGGGCAGACAGTCACAGAC;SOR=2.066;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=20;WE=94152776;WS=94152758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr14	94160521	rs943323	C	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.476;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=371;ReadPosRankSum=-2.116;SC=TCTGGTTTGACGTTTCAGAGG;SOR=1.136;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=25;WE=94160529;WS=94160511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr14	94160611	rs960888	G	A	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=701;ReadPosRankSum=1.208;SC=GGTCTTCTGCGGCTGCAAACT;SOR=0.831;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=50;WE=94160619;WS=94160601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,60:0.77:78
chr14	94187832	rs1887197	C	T	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=36;NR=20;PP=898;SC=TGTTGCTCTGCGAAGCACTCA;SOR=1.302;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=56;WE=94187840;WS=94187822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	94192137	rs10873436	C	T	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=373;SC=CTGGCCCCACCGGCTGGCAGC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=94192145;WS=94192127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	94245649	rs4905087	A	G	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.990;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,69:0.34:200
chr14	94394715	rs11554726	C	T	3709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=2.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=-0.706;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,172:0.65:264
chr14	94400431	rs11625548	T	C	310.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=233;ReadPosRankSum=0.582;SC=CACATCTGCCTCGCTCCCGCT;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=94400439;WS=94400421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr14	94405871	rs10873442	G	C	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=34;PP=778;ReadPosRankSum=-0.511;SC=CGCGCTCGGGGGCCAGCGGCG;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=124;TCF=71;TCR=53;TR=77;WE=94405879;WS=94405861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,90:0.62:146
chr14	94406096	rs7155320	A	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=161;ReadPosRankSum=-1.414;SC=CCAGCAGGAGAGCTCGGGCGC;SOR=1.911;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=12;WE=94406104;WS=94406086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr14	94410447	rs10134105	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=200;ReadPosRankSum=-0.770;SC=CTTAGACACCTTGAAGCCTCA;SOR=0.892;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=12;WE=94410455;WS=94410437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr14	94417421	rs7147919	G	A	3328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=73;PP=1893;ReadPosRankSum=-2.012;SC=TGCCGTAGGCGTTCTTGGATT;SOR=0.636;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=226;TCF=110;TCR=116;TR=145;WE=94417429;WS=94417411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,161:0.64:250
chr14	94417541	rs4277287	A	G	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.736;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=607;ReadPosRankSum=0.470;SC=TGGTGTCTGCATTGTGCTGCA;SOR=0.124;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=40;WE=94417549;WS=94417531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,48:0.75:64
chr14	94417586	rs4483793	G	A	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=396;ReadPosRankSum=0.469;SC=TCTTGCGCTCGCAGGCTGTGC;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=27;WE=94417594;WS=94417576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr14	94419888	rs4243701	A	G	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=253;SC=CATGTAGGAGAAAGATACTCA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=94419896;WS=94419878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	94464432	rs733166	A	G	4211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=64;PP=2318;SC=ATCCTGCCTGACTCACGGGTC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=75;TCR=64;TR=139;WE=94464440;WS=94464422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr14	94466081	rs4905137	C	G	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=17;PP=447;SC=ACTGCGACACCGTGTGTGGCC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=94466089;WS=94466071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	94469801	rs12890024	A	G	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=23;PP=657;SC=ATACGCACGCAGACACACACA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=94469809;WS=94469791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	94505283	rs2295216	C	G	4101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr14	94510964	rs2273226	T	C	4567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=95;NR=65;PP=2460;SC=TAGAGAAGGATGGCTCAGTGT;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=95;TCR=65;TR=160;WE=94510972;WS=94510954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr14	94512415	rs8021300	T	C	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=23;PP=647;SC=ACGAGGCCTATCCACTATGGA;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=94512423;WS=94512405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	94517533	rs112814907	C	CCACGG	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=296;SC=ACACACTTGACCAGTTAATTT;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=94517541;WS=94517523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	94519199	rs3790045	C	T	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=8;PP=363;SC=AGTAGGCTCACCTGGGACCAG;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=94519207;WS=94519189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	94524216	rs1056810	T	C	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=21;PP=563;SC=GACCCCGAGCTGCCACATCTG;SOR=0.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=44;WE=94524224;WS=94524206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	94527525	rs11846519	C	T	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=14;PP=405;SC=AGTGTAATGCCCTAGAGCATT;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=94527533;WS=94527515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	94554550	rs998518	T	G	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=230;ReadPosRankSum=1.986;SC=TGCTTCGGCTTCTTCTACTGC;SOR=0.420;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=17;WE=94554558;WS=94554540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr14	94563193	rs7157940	T	C	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr14	94563265	rs79237142	C	T	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=845;ReadPosRankSum=0.980;SC=GGAGGCTCACCGAGGCGAAGG;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=64;WE=94563273;WS=94563255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,69:0.64:107
chr14	94564035	rs2896258	A	G	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.90;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	94564039	rs2402407	A	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.02;ReadPosRankSum=-0.223;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr14	94564058	rs2402408	G	A	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.08;ReadPosRankSum=-1.058;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr14	94566967	rs3818118	G	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.076;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=132;ReadPosRankSum=0.522;SC=TGAGTAGGGGGCTTCAGAAGA;SOR=2.376;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=9;WE=94566975;WS=94566957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr14	94567032	rs3818119	C	T	2783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.69;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	94567033	rs58664992	C	T	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=3.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.190;SOR=1.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr14	94568776	rs2295217	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=177;ReadPosRankSum=0.090;SC=CTGTTAGGAGCTGCTACCCCT;SOR=1.312;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=14;WE=94568784;WS=94568766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr14	94578162	rs2239644	G	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=4.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.20;ReadPosRankSum=-0.113;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr14	94578188	rs1243080	C	A	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.68;ReadPosRankSum=-0.760;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr14	94581285	rs2239645	G	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=-2.063;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr14	94582130	rs3833507	T	TGGCCATGGC	1361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=2962;ReadPosRankSum=1.232;SC=CCTGCAGTTGTGGCTGTGCCC;SOR=0.720;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=18;WE=94582138;WS=94582120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,37:0.38:98
chr14	94582926	rs2799	C	G	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=306;ReadPosRankSum=0.601;SC=CCCAGCCATCCTGACCCAGCG;SOR=0.792;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=29;WE=94582934;WS=94582916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr14	94594768	rs958187	T	G	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=530;ReadPosRankSum=0.382;SC=TCACGGAACTTCAGGGTGAGA;SOR=0.503;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=103;TCF=74;TCR=29;TR=40;WE=94594776;WS=94594758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,42:0.37:113
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chr14	94722764	rs6575403	C	A	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr14	94731910	rs1107110	A	G	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=614;ReadPosRankSum=-1.075;SC=GTAGGATAATATATCTCATTC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=34;WE=94731918;WS=94731900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr14	94732107	rs3827899	T	C	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr14	94733474	rs1950644	A	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=2.100;SC=CTTAAATCTAAATCTTTATCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=94733482;WS=94733464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr14	94745083	rs5810667	G	GT	704.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.863;NF=1;NR=26;PP=274;ReadPosRankSum=-0.935;SC=TAAATTTTGGGTTTTTTTTTT;SOR=0.798;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=27;WE=94745091;WS=94745073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,51:0.62:82
chr14	94750292	rs1950641	G	A	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.43;ReadPosRankSum=0.934;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,53:0.62:85
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chr14	94756450	rs2232700	T	A	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=479;ReadPosRankSum=2.279;SC=CTCCCCTGTGTGAGGCCCAGT;SOR=0.561;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=38;WE=94756458;WS=94756440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,48:0.56:86
chr14	94756750	rs941591	T	C	2711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=53;PP=1371;ReadPosRankSum=-1.333;SC=TCTTCCTCACTGGCCTTCTCC;SOR=0.787;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=73;TCR=72;TR=105;WE=94756758;WS=94756740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,124:0.71:175
chr14	94756794	rs941590	T	C	3905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=57;PP=2083;SC=CTCTTCCTCCTTGGGAGCCTG;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=118;WE=94756802;WS=94756784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr14	94772429	rs2228543	G	A	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.655;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=415;ReadPosRankSum=-0.028;SC=TCAGCTGGGCGTCCTGGGTGA;SOR=0.435;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=35;WE=94772437;WS=94772419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,42:0.63:67
chr14	94776034	rs79247904	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.565;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=1.561;SC=CTGGGGACACGTGCATTGCAG;SOR=0.020;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=6;WE=94776042;WS=94776024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr14	94776221	rs2228541	A	C	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=-1.733;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,73:0.31:232
chr14	94776401	rs11160168	T	C	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=1.973;SC=TTCCAGGTGATCTCACGGGCC;SOR=0.818;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=6;WE=94776409;WS=94776391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr14	94776441	rs11160169	C	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=0.415;SC=TGGCCTTCTGCATGCTTGGAA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=4;WE=94776449;WS=94776431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr14	94844843	rs1303	T	G	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.793;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,51:0.45:114
chr14	94847415	rs6647	A	G	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.92;ReadPosRankSum=-1.125;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr14	94849151	rs20546	G	A	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=-1.161;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,46:0.38:120
chr14	94909630	rs3818257	C	T	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=23;PP=730;SC=CTCTGTCTGTCGGCAGCCTGA;SOR=0.994;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=94909638;WS=94909620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	94914455	rs10129672	A	T	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=2;PP=287;SC=TAATTCTGTCAGAGCAAGCCT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=94914463;WS=94914445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr14	94931016	rs8020984	T	G	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	94931105	rs11628722	A	G	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr14	94933377	rs28694507	A	T	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=170;SC=TGTTAGCACAATCTCTCCCTC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=94933385;WS=94933368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	94933473	rs28618118	C	A	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	94933640	rs28583900	A	T	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=33;PP=1345;SC=TCATGGGGACATGCACAGTGA;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=77;WE=94933648;WS=94933630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	94933695	rs17090921	G	A	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=32;PP=1253;SC=TGTATATTCAGGGTGAAAGGG;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=67;WE=94933703;WS=94933685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	94935566	rs4900231	G	A	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.643;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,46:0.35:132
chr14	94936062	rs45438596	G	A	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.65;ReadPosRankSum=-0.004;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,71:0.69:103
chr14	94942663	rs11850199	C	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.955;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=349;ReadPosRankSum=-1.883;SC=GCTAGACATGCAAATGATATA;SOR=0.818;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=24;WE=94942671;WS=94942653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,24:0.27:88
chr14	95029852	rs5508	G	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=374;ReadPosRankSum=0.502;SC=TCCTCCTGCTGGTTGGACTAC;SOR=0.994;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=88;TCF=68;TCR=20;TR=26;WE=95029860;WS=95029842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,27:0.27:100
chr14	95033275	rs1005348	T	G	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.469;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=390;ReadPosRankSum=-1.315;SC=GGCCTGCAGATGTCCTGTACC;SOR=1.218;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=24;WE=95033283;WS=95033265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr14	95033356	rs5510	C	T	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.760;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,66:0.66:100
chr14	95033595	rs5511	A	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=2.130;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr14	95033671	rs3827893	A	T	227.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.48;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	95033681	rs10133253	A	G	202.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.98;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	95034342	rs2070777	T	A	1938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=14;PP=1193;SC=GAGCCGAAGCTGTTTGTGGGG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=58;WE=95034350;WS=95034332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	95057270	rs6107	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.48;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr14	95058360	rs6109	A	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=53;ReadPosRankSum=-0.288;SC=ACCTGCCCCTAGTGGCCTGGT;SOR=0.351;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=7;WE=95058368;WS=95058350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr14	95058462	rs6116	A	C	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.913;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,44:0.38:116
chr14	95058631	rs6108	A	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=164;ReadPosRankSum=0.734;SC=AAGGGGGCTAAGCTATGGCCC;SOR=0.632;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=14;WE=95058639;WS=95058621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr14	95078677	rs1884082	G	T	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	95078744	rs45481092	G	A	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.36;ReadPosRankSum=2.023;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,57:0.64:89
chr14	95080803	rs4934	G	A	3597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=36;PP=1752;SC=ACCTCTCCTGGCTCTGGGGCT;SOR=1.105;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=76;TCR=36;TR=112;WE=95080811;WS=95080793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr14	95081744	rs2896288	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=2.392;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr14	95085465	rs8004988	C	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=136;ReadPosRankSum=-1.276;SC=TCCACTGCTGCGGAAGCAGGG;SOR=1.329;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=11;WE=95085473;WS=95085455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr14	95107973	rs4905226	C	T	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=607;ReadPosRankSum=0.675;SC=GGGGTTCACCCTCACCGTGGT;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=40;WE=95107981;WS=95107963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,49:0.58:85
chr14	95110017	rs1884084	G	T	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=269;ReadPosRankSum=-0.421;SC=AGATGAGGCAGCTGGAAGATG;SOR=0.527;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=25;WE=95110025;WS=95110007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr14	95566068	rs71838494	TAC	T	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr14	95566105	rs367764979	ACAC	A	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=3.333;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,11:0.19:59
chr14	95574594	rs34975585	G	GT	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr14	95581899	rs2275182	G	A	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.512;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=12;PP=706;ReadPosRankSum=-0.652;SC=GCAAGTCTAAGTAAAGACTGG;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=57;TCR=18;TR=49;WE=95581907;WS=95581889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,58:0.69:84
chr14	95659747	rs3180753	C	T	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.90;ReadPosRankSum=-2.767;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
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chr14	95682152	.	CTGTGTGTG	C,CTG	460.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.24;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;NF=0,0;NR=15,15;PP=242,362;SC=CTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=15,15;WE=95682167;WS=95682142;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:12
chr14	95876097	rs3742344	C	G	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=591;ReadPosRankSum=0.282;SC=GAAACGACAGCTGGTTTTAAG;SOR=0.059;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=36;WE=95876105;WS=95876087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr14	95884323	rs12434757	G	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.204;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=-0.039;SC=CACACAGCACGCCCTCCGGAA;SOR=2.279;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=13;WE=95884331;WS=95884313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr14	95898487	rs1187747	G	A	922.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.14;ReadPosRankSum=0.028;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,50:0.66:76
chr14	95898607	rs17092197	A	G	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=380;ReadPosRankSum=2.729;SC=GAGCCAGCAGATGATTCGATT;SOR=0.783;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=32;WE=95898615;WS=95898597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,37:0.53:70
chr14	95898675	rs8015054	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=179;ReadPosRankSum=-0.982;SC=AAAGGCCGTGGCCAAGGCCGG;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=10;WE=95898683;WS=95898665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr14	95899477	rs10139523	T	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=99;ReadPosRankSum=0.945;SC=GTCACCACTGTCTGGTGTGTG;SOR=0.138;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=9;WE=95899485;WS=95899467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr14	95903027	rs729667	G	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.609;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=0.441;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr14	95911060	rs8007261	C	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=226;ReadPosRankSum=1.161;SC=CTCTTCGTCTCGGCCAGCTCA;SOR=0.801;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=21;WE=95911068;WS=95911050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr14	95912388	rs61749972	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-0.311;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,19:0.24:80
chr14	95918513	rs6575514	G	A	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.118;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,38:0.28:136
chr14	95921741	rs4905324	C	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=2.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.901;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,38:0.29:132
chr14	95923421	rs375479710	CAA	C	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=0.625;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.926;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr14	95923470	rs146162422	ACTGTC	A	807.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=1377;ReadPosRankSum=0.488;SC=ACCCTCTGTGACTGTCCCTAG;SOR=0.689;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=111;TCF=48;TCR=63;TR=31;WE=95923482;WS=95923460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,30:0.19:159
chr14	95923670	rs2024863	A	C	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.073;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,59:0.27:219
chr14	95932223	rs12434921	A	G	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=7;PP=532;SC=GGGTGGATACATGGATGGGTG;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=95932231;WS=95932213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	95932628	rs4900270	T	C	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=47;PP=1200;SC=ACCTGCCTCCTGGGTCGGGGG;SOR=1.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=66;WE=95932636;WS=95932618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	95999820	rs3825546	T	C	2131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.305;NF=44;NR=46;PP=1132;ReadPosRankSum=1.201;SC=GTGGCAACAGTGACCAGAAAC;SOR=0.690;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=141;TCF=71;TCR=70;TR=90;WE=95999828;WS=95999810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,99:0.63:156
chr14	96000090	rs45528633	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=-0.707;SC=TGAGTGCTGGGTAGGAAGTCA;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=8;WE=96000098;WS=96000080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr14	96009307	rs716315	C	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.408;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,31:0.26:121
chr14	96103031	rs7144328	G	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=0.374;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr14	96103099	rs4905366	A	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=-0.277;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr14	96103184	rs7144361	C	T	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr14	96103269	rs11160283	G	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=106;ReadPosRankSum=-1.988;SC=TCTACTACACGCCCAGCCCTG;SOR=0.920;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=12;WE=96103277;WS=96103259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr14	96128738	rs117405881	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.731;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr14	96129023	rs71415006	C	T	614.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5033;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=309;ReadPosRankSum=0.295;SC=ATTATTGTTCCGCATTCACAG;SOR=0.346;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=19;WE=96129031;WS=96129013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chr14	96131432	rs1743491	A	G	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=17;PP=613;SC=TGGAGGTGATATGCTTGAGAT;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=42;WE=96131440;WS=96131422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	96135857	rs1748965	C	T	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.18;ReadPosRankSum=0.299;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,73:0.68:108
chr14	96152728	rs11160284	T	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.124;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr14	96157187	rs1064017	G	A	3073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.22;ReadPosRankSum=2.419;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,147:0.73:202
chr14	96157331	rs2075770	G	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=4.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.756;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chr14	96157482	rs1743530	C	T	127.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.680;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=102;ReadPosRankSum=0.366;SC=GGGAAATCCACAAGCTGGAGT;SOR=1.108;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=96157490;WS=96157472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr14	96157698	rs1748958	A	G	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=15;PP=410;SC=TGTGCGTCTCAGTGTAGGGAT;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=96157706;WS=96157688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	96556828	rs2369421	C	T	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=571;ReadPosRankSum=-0.350;SC=GGCCAGACGCCGCTGTAGCCA;SOR=0.656;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=30;WE=96556836;WS=96556818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr14	96556846	rs61985272	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.30;ReadPosRankSum=-1.232;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr14	96556914	rs2093722	T	C	4261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=83;NR=66;PP=2108;SC=TCCAAGCCAATGCTGTCCTTC;SOR=0.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=83;TCR=66;TR=149;WE=96556922;WS=96556904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr14	96557121	rs10148419	T	C	2967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=49;PP=1651;SC=GCTTGGAGGCTGGCCAGACCA;SOR=0.888;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=49;TCR=49;TR=97;WE=96557129;WS=96557111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	96671207	rs71103505	GGGTGGGGAC	G	1797.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=14;PP=2986;SC=CTCCGAGGAGGGGTGGGGACG;SOR=0.954;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=19;WE=96671223;WS=96671197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	96703347	rs2069577	C	A	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=7;PP=461;SC=CTGGAGAATGCGTGTATTTTG;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=96703355;WS=96703337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	96707457	rs5224	A	G	6680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=117;PP=2965;SC=AGATCCAGACAGAGAGGAGGG;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=111;TCR=117;TR=227;WE=96707465;WS=96707447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr14	96728916	rs885842	C	A	153.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	96728958	.	TTTTTTG	T	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.47;ReadPosRankSum=-1.693;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	96730142	rs2071084	A	G	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=51;PP=1926;SC=GAGTGCTGCCAACATTTATCA;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=107;WE=96730150;WS=96730132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr14	96734584	rs11160324	T	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.602;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=208;ReadPosRankSum=0.265;SC=CTCATCTGACTCCAACACCAA;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=12;WE=96734592;WS=96734576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr14	96770720	rs8007718	T	G	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=22;PP=1074;SC=CTTGCACTTTTCCAATCCAAA;SOR=1.162;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=59;WE=96770728;WS=96770710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	96770952	rs34674555	CAA	C	942.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=23.57;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,35:0.88:40
chr14	96771959	rs2289622	A	G	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=25;PP=1515;SC=GGGAGGGACTATTCCAAAATC;SOR=1.464;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=82;WE=96771967;WS=96771949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	96772330	rs2289623	A	C	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=3;NR=12;PP=324;SC=ATTAACCATAAAATAAACTCT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=96772338;WS=96772320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	96772942	rs72704880	C	T	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=1;PP=246;SC=AAAAAAGTAACTCTGAACTAT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=96772950;WS=96772938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	96776008	rs2289628	A	G	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=310;SC=TTTTATCCCAAAAATACATTA;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=96776016;WS=96775998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	96778095	rs7359066	T	G	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=10;PP=240;SC=TGAAAATAGTTTCATCCCATA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=96778103;WS=96778085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	96779865	rs7155874	C	T	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=5;PP=99;SC=GAATATCTCACAGAAAAAATC;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=96779873;WS=96779855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	96781912	rs9323945	T	C	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=38;PP=1180;SC=ATCACTCCATTCACTATGCCT;SOR=1.207;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=67;WE=96781920;WS=96781902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	96797724	rs1822372	G	A	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=26;PP=1279;SC=TAAGGTGATCGTGTGAGCAAG;SOR=1.136;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=75;WE=96797732;WS=96797714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	96813703	rs4905483	A	T	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=25;PP=705;SC=CAGGTTCATTATGAATCACAA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=96813711;WS=96813693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	96829290	rs12434329	G	A	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=45;PP=1565;SC=TCTTCTTGATGGACTCCGAAA;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=95;WE=96829298;WS=96829280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	96864309	rs8019939	A	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=40;ReadPosRankSum=0.180;SC=CCTTGGTGGCACCCAGCAAGC;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=96864317;WS=96864299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr14	96864327	rs41301765	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr14	96887351	rs184992542	G	C	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.48;ReadPosRankSum=-2.034;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,71:0.70:102
chr14	96916228	rs10444759	C	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=-0.416;QD=2.16;ReadPosRankSum=1.080;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr14	96922752	rs2369679	C	G	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=1.404;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,54:0.33:164
chr14	96939108	rs60920648	T	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.193;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr14	96998621	rs10533972	TTG	T	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.100;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr14	97022123	rs146485027	AT	A	260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=190;ReadPosRankSum=-0.946;SC=GATTATTGTAATTTTTTTTTT;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=18;WE=97022131;WS=97022113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr14	97022168	.	A	AT	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,22:0.23:97
chr14	97299853	rs2145635	A	G	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=421;ReadPosRankSum=-0.036;SC=AGAGCTCTGCAAAGAGACATC;SOR=0.678;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=72;TCR=46;TR=41;WE=97299861;WS=97299843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,43:0.34:127
chr14	97312642	rs1951311	G	A	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=4;PP=76;SC=TGGGATTTGTGTGAAAGAATT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=97312650;WS=97312632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	97342500	rs45457797	C	G	2481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.56;ReadPosRankSum=-0.444;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,114:0.62:183
chr14	98217929	rs12893126	T	C	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=1;PP=189;SC=TGAGGGGGACTGAGAGGAACG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=98217937;WS=98217919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	98435696	rs2124843	T	C	6206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr14	98444253	rs8015127	C	A	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	98444369	rs8016584	T	C	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	99182626	rs4905757	T	C	2229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=34;PP=1043;ReadPosRankSum=0.986;SC=CGCCCATCAGTGAGCCAACTT;SOR=0.746;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=113;TCF=70;TCR=43;TR=87;WE=99182634;WS=99182616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,101:0.74:136
chr14	99392468	rs200318	C	G	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=191;ReadPosRankSum=1.635;SC=TGCATCACCTCTGTGTTGGCG;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=11;WE=99392476;WS=99392458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr14	99641543	.	GCTC	G	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.758;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,14:0.12:118
chr14	99642647	rs2487507	T	A	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=35;PP=1025;SC=GGGATCCCAGTGCCCTGCCTG;SOR=1.412;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=54;WE=99642655;WS=99642637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	99737635	.	G	GCGCCGCTGC	2304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-0.370;NF=6;NR=51;PP=2985;ReadPosRankSum=0.668;SC=AGCCGCCGCCGCGCCGCTGCC;SOR=1.127;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=71;TCF=8;TCR=63;TR=57;WE=99737643;WS=99737625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,86:0.96:90
chr14	99961830	rs2069492	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=135;ReadPosRankSum=-1.293;SC=TTGTTTCCCTTTTAGGTGACA;SOR=0.479;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=9;WE=99961838;WS=99961820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr14	99981858	rs11621993	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=97;ReadPosRankSum=-0.417;SC=GCTAACTATCGGGCCTGAGCA;SOR=0.871;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=10;WE=99981866;WS=99981848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr14	99988724	rs2400681	A	G	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=158;SC=CCGCTTATCCATCCCCCGAGC;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=99988732;WS=99988714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	100002473	rs12882209	A	G	3730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=59;PP=1946;SC=AGCAGACTCCATCCCCATTGC;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=66;TCR=59;TR=125;WE=100002481;WS=100002463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr14	100039109	rs7143453	C	G	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=28;PP=749;ReadPosRankSum=-1.389;SC=TATCCATCTTCCAAAGGAGAC;SOR=0.571;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=168;TCF=93;TCR=75;TR=64;WE=100039117;WS=100039099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,75:0.37:201
chr14	100046271	rs34139518	T	TC	9383.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=77;PP=2936;SC=TCTGGCTCAGTCCAAGACTTT;SOR=1.094;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=54;TCR=83;TR=128;WE=100046279;WS=100046261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr14	100069742	rs8007401	G	A	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=5;PP=503;SC=GCCCGCTCAGGCTGGCCTGGC;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=100069750;WS=100069732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	100125721	rs7145262	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=-2.464;SOR=1.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,8:0.17:47
chr14	100135306	rs12436072	G	A	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=231;ReadPosRankSum=-0.696;SC=CCCAGGGCCAGGGTGGGGCCC;SOR=0.668;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=20;WE=100135314;WS=100135296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,28:0.32:87
chr14	100141689	rs7158073	T	C	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.374;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=22;PP=864;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GAGGTGTTCGTGGGCGGACGC;SOR=1.030;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=109;TCF=71;TCR=38;TR=67;WE=100141697;WS=100141679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,75:0.60:126
chr14	100150975	rs61984440	T	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=41;ReadPosRankSum=-0.924;SC=CCTCGCCTAGTGCGCGCGGCC;SOR=0.307;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=6;WE=100150983;WS=100150965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr14	100157967	rs754203	A	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=50;ReadPosRankSum=1.542;SC=CCTTGCCCCCAGGGCTCCTGG;SOR=1.230;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=6;WE=100157975;WS=100157957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr14	100158241	rs4900442	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.121;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr14	100165673	rs3742376	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.541;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=245;ReadPosRankSum=0.468;SC=TGTGTGGGATCATGCATGGGA;SOR=1.202;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=18;WE=100165681;WS=100165663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr14	100166300	rs943881	T	C	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.203;HP=1;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.087;SC=CATCAAGCAGTCGCTCCCCAC;SOR=0.368;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=217;TCF=59;TCR=158;TR=134;WE=100166317;WS=100166290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,102:0.69:148
chr14	100166489	rs943880	G	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=494;ReadPosRankSum=-0.351;SC=AGGCAGTAGGGGCTGCCGAAG;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=20;WE=100166497;WS=100166479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr14	100172899	rs2273839	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=62;ReadPosRankSum=-0.447;SC=TCTGCACAGTATCCTCTCTGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=100172907;WS=100172889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr14	100174092	rs34955990	A	AT	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.234;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr14	100174178	rs36018216	G	A	426.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5577;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=293;ReadPosRankSum=-1.333;SC=ATTGCCTAAAGTAAAGGCTTA;SOR=1.426;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=15;WE=100174186;WS=100174168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr14	100184589	rs7151522	A	G	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=23;PP=655;SC=GCCTTGGCACATGCTGTTCCC;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=100184597;WS=100184579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	100189287	rs10151332	C	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.460;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,32:0.32:100
chr14	100189423	rs12896665	A	G	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=401;ReadPosRankSum=-1.459;SC=CCGATTTTGTATCTGCTGCCA;SOR=0.904;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=28;WE=100189431;WS=100189413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr14	100192685	rs141174869	G	GGGGCTGCT	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=260;ReadPosRankSum=-2.744;SC=CCCCTGCTCTGGGGCTGCTGG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=100192693;WS=100192675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr14	100317376	rs72708401	G	A	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=21;PP=567;SC=ACCAAAGGTGGGCGTTTGAGT;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=100317384;WS=100317366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	100331876	rs11160553	T	C	4294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr14	100344698	rs1191118	T	C	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=4;PP=345;SC=TGATCTCCGTTGCTAGGCCTG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=100344706;WS=100344688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	100363336	rs17652784	T	C	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=174;SC=GTATTTGTCATGGAATATTTG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=100363344;WS=100363326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	100363671	rs2273707	GA	CG	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=8;PP=542;SC=CTCAGAAGGCGAAGGTAGGAG;SOR=1.085;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=17;WE=100363680;WS=100363661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	100376715	rs2145859	G	A	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=304;ReadPosRankSum=0.259;SC=ATGGTTTTTGGTAATGTTGTA;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=25;WE=100376723;WS=100376705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr14	100380948	rs2250718	T	C	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	100384032	rs75719251	TTGTG	T	2294.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=13;PP=1415;SC=GTGTGAGCGTTTGTGTGTGCA;SOR=1.445;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=29;WE=100384043;WS=100384022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	100387242	rs34263849	A	AT	3770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=59;PP=1951;SC=TCACTACTTTATTTTTTTAAT;SOR=1.135;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=77;TCF=6;TCR=71;TR=65;WE=100387250;WS=100387232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr14	100404351	rs2295787	T	C	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=53;PP=1671;SC=TCTTGTCAGATTGCTCGGCTG;SOR=1.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=83;WE=100404359;WS=100404341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	100406193	rs4900449	T	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=258;ReadPosRankSum=-0.241;SC=CAGAGCAGGTTCCCAAGTGAG;SOR=0.634;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=20;WE=100406201;WS=100406183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr14	100438325	.	C	CCCG	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=1.200;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr14	100563943	rs3206354	G	A	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.905;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=566;ReadPosRankSum=-0.702;SC=AGGCAACCACGTTCTCCAATG;SOR=1.034;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=44;WE=100563951;WS=100563933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,59:0.68:87
chr14	100592959	rs726514	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=128;ReadPosRankSum=0.049;SC=CTCTGAAGCCGGGGCCGGCGG;SOR=0.922;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=13;WE=100592967;WS=100592949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,13:0.25:53
chr14	100599164	rs941897	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=0.785;SC=TGAGATGAGCGCATCGCCAGG;SOR=1.402;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=6;WE=100599172;WS=100599154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr14	100607360	rs1951486	T	C	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=14;PP=1380;SC=GGGCGTTAAATCCTTCTCAGG;SOR=2.505;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=65;WE=100607368;WS=100607350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	100615665	rs4905936	T	C	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=60;PP=1972;SC=TGCGGGCGGGTGTGCAGAAGA;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=60;TCR=60;TR=120;WE=100615673;WS=100615655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr14	100625902	rs7157599	C	T	4249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr14	100625964	rs61165113	G	A	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.91;ReadPosRankSum=0.517;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
chr14	100759046	rs3825555	C	A	7663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=127;NR=131;PP=2965;SC=CGAAGCTGGGCGTCTCACGCA;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=258;TCF=127;TCR=131;TR=258;WE=100759054;WS=100759036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr14	100759277	rs3742379	C	T	4987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=80;PP=2868;SC=GGCCCAGGGCCCGGAGGGTGT;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=86;TCR=80;TR=166;WE=100759285;WS=100759267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr14	100792093	rs9324019	C	G	2265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=15;PP=1251;SC=CGGCCCCACTCTCCTCACCGT;SOR=1.966;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=63;WE=100792101;WS=100792083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	100792220	rs7155877	C	T	10474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=205;NR=169;PP=2965;SC=CACCTGTCCACGGCCAGGAGA;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=376;TCF=207;TCR=169;TR=374;WE=100792228;WS=100792210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr14	100792482	rs1951519	C	A	6051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr14	100795139	rs35007880	G	T	4191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=69;PP=2327;ReadPosRankSum=-0.195;SC=CAGCAGCGGCGGCTTTCGGCC;SOR=0.678;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=274;TCF=166;TCR=108;TR=170;WE=100795147;WS=100795129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,190:0.63:301
chr14	100795630	rs4905950	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=175;ReadPosRankSum=1.559;SC=GGGCCGGAAGCGTGAGTCCAG;SOR=0.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=15;WE=100795638;WS=100795620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr14	100795663	rs10147903	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.922;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=215;ReadPosRankSum=1.269;SC=TGGGCGCCCCGATCAGGCTCC;SOR=0.307;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=22;WE=100795671;WS=100795653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr14	100801423	rs2234532	T	C	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=18;PP=394;SC=ATGTCCTGAGTGGCTCCTTCC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=100801431;WS=100801413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	100803364	rs2234530	A	G	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=29;PP=1612;SC=TGGGTGGCAGAAGGCGGCTGT;SOR=1.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=83;WE=100803372;WS=100803354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	100803655	rs2234528	C	A	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=32;PP=923;SC=ATTCTGGACCCGGGAAAGGCC;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=100803663;WS=100803645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	100808493	rs5810992	G	GA	1497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=14;PP=683;SC=AGGAAAAAAAGAAAAAAAATT;SOR=1.355;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=28;WE=100808501;WS=100808483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	100808510	rs1373	T	A	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=25.79;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	100808845	rs9453	G	A	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=21;PP=549;SC=GTGGAGTGCAGCAGGGCTGGT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=100808853;WS=100808835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	100813077	rs941923	T	C	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=53;NR=20;PP=1271;SC=GCAGTGGGCCTCTTACCAATG;SOR=1.501;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=73;WE=100813085;WS=100813067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	100820980	rs1009812	G	A	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=25;PP=700;SC=TTTGGAAATGGAAAATATAGA;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=100820988;WS=100820970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	100826773	rs2234524	C	G	240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=114;SC=TCAGTCTTACCACAGCTGGCC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=100826781;WS=100826763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	100831835	rs1998902	C	T	111.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=2;PP=52;SC=GAGAATCGCTCGAACTCAGGA;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=100831843;WS=100831825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	100832065	rs200760783	CTT	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.291;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr14	100832252	rs724392	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=46;ReadPosRankSum=0.047;SC=GTTACGGAATCACCCAAAGGT;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=5;WE=100832260;WS=100832242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr14	100832282	rs2146105	C	G	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=8;PP=383;SC=AGTGACCTTGCGCACTTACAG;SOR=1.044;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=100832290;WS=100832272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	100832391	rs724391	T	C	2393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	100847523	rs2181170	T	C	4101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=65;PP=2118;SC=GAGAAGCGATTGGGGATCTTG;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=76;TCR=66;TR=140;WE=100847531;WS=100847513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr14	100847707	rs2273800	A	G	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.28;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,82:0.68:121
chr14	100847930	rs3742387	A	G	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=34;PP=900;ReadPosRankSum=-2.286;SC=TTATTCAGCCATATTTGAATA;SOR=0.692;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=55;TCR=55;TR=69;WE=100847938;WS=100847920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,77:0.63:122
chr14	100934602	rs4905966	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=-1.415;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr14	100995793	rs7493442	G	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=188;ReadPosRankSum=0.333;SC=TCTCAGAAGTGGGGGGCAGGA;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=19;WE=100995801;WS=100995783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr14	100996312	rs13065	T	C	3786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.40;ReadPosRankSum=0.107;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,174:0.66:263
chr14	101005215	rs12893951	T	C	4347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.944;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=53;PP=1255;ReadPosRankSum=0.730;SC=GCAGTGAGCCTGCGTAGCTGG;SOR=0.830;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=78;TCR=76;TR=106;WE=101005223;WS=101005205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,117:0.65:180
chr14	101005236	rs12892571	A	G	4064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=47;PP=1357;ReadPosRankSum=0.153;SC=GGAAGGCCTCATGCTGGAAGC;SOR=0.800;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=70;TCR=71;TR=95;WE=101005244;WS=101005226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,105:0.64:163
chr14	101007072	rs6575788	C	G	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=29;PP=864;SC=CCCTCTCTGGCCTCCACACTC;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=101007080;WS=101007062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	101010364	rs4073550	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=178;ReadPosRankSum=0.859;SC=CAACCCAGTCGCTCGATTGCA;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=11;WE=101010372;WS=101010354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr14	101012778	.	G	A	592	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=8;HapScore=4;MGOF=56;MMLQ=24;MQ=57.65;NF=1;NR=17;PP=592;QD=34.8206229193;SC=CCCTCGCCCCGCCCCGGCCCT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=18;WE=101012786;WS=101012761;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,18:0.90:20
chr14	101012813	.	C	G	1463	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=22;MQ=59.09;NF=20;NR=35;PP=1463;QD=27.2322038645;SC=CCTCGCCCCGCCCCGGCCCTC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=55;WE=101012821;WS=101012803;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,55:0.93:59
chr14	101013100	.	GGC	G	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.282;NF=0;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CGCGAGTACCGGCGCGCGCGC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=7;WE=101013109;WS=101013090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr14	101034419	rs58030748	T	C	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=4.559;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=227;ReadPosRankSum=0.164;SC=CGTCCCCAGCTTCCAGTCCCG;SOR=2.985;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=11;WE=101034427;WS=101034409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr14	101036052	rs7141087	T	C	3469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.89;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,89:0.66:134
chr14	101036074	rs10140554	C	G	3874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.07;ReadPosRankSum=1.824;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,107:0.66:161
chr14	101138188	rs79229764	C	T	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=380;ReadPosRankSum=-1.722;SC=GTACTGGGCACACCTCGATGA;SOR=0.648;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=97;TCF=62;TCR=35;TR=33;WE=101138196;WS=101138178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,36:0.32:112
chr14	101138230	rs8011237	A	C	3063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=61;NR=42;PP=1785;SC=CTCTCCTAGAACTTTCTGTCG;SOR=0.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=61;TCR=42;TR=103;WE=101138238;WS=101138220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr14	101138506	rs73358743	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.588;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=-1.335;SC=CCCCCTCACTCGAGACCACTC;SOR=0.446;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=6;WE=101138514;WS=101138496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	101194944	.	T	G	119	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.9461;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=23;MQ=59.88;NF=2;NR=3;PP=119;QD=30.7542425094;SC=TGGGGCGAGCTGGGGAGATGG;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=5;WE=101194952;WS=101194934;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,5:0.62:8
chr14	101198417	rs6575799	A	G	3872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=52;PP=2211;SC=TGCCAACAACAGGACCTGCGT;SOR=1.135;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=90;TCR=53;TR=142;WE=101198425;WS=101198407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr14	101280892	rs118055959	A	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.74;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr14	101302463	rs55996894	G	C	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.105;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr14	101348584	rs11623267	C	G	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=37;PP=1777;ReadPosRankSum=-0.718;SC=TCTTGCTCCTCGACTCCCCAG;SOR=0.232;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=81;WE=101348592;WS=101348574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,91:0.99:92
chr14	101349017	rs6575805	A	G	4099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=62;PP=2537;SC=GGGAGAGCGCAAACGGCTGGT;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=79;TCR=63;TR=141;WE=101349025;WS=101349007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr14	101350298	rs3825569	T	C	2615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.25;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	101351283	rs41286564	C	G	201.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=162;SC=GTATCAGGGTCTCAAGGACAA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=101351291;WS=101351273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	101364088	rs34074442	C	T	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.95;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	101364095	.	G	GT	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.95;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	101391354	rs34857222	G	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.845;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=319;ReadPosRankSum=0.521;SC=ACAAAGAAATGTGTAAGTGAA;SOR=0.334;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=23;WE=101391362;WS=101391344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr14	101396148	rs35436326	G	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=5.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.32;ReadPosRankSum=-0.130;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr14	101403072	rs1956732	T	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=31.54;ReadPosRankSum=1.465;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr14	101403075	rs1956731	C	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=31.54;ReadPosRankSum=1.465;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr14	101406011	rs1951026	G	A	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.03;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr14	101406022	rs1951025	T	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=-1.494;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr14	101409763	rs35829821	A	G	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.09;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,73:0.64:114
chr14	101412173	rs11847325	G	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=56;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TTTTAGTAAAGAAGTATATGG;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=101412181;WS=101412163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr14	101418192	rs10713875	TG	T	829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=8;PP=265;SC=GGCCCAAGCTTGGGACCAATG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=101418200;WS=101418182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	101423634	rs12887775	T	C	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.642;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=292;ReadPosRankSum=1.360;SC=TATTTAAGAATATATAAGGAT;SOR=0.266;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=24;WE=101423642;WS=101423624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr14	101429287	rs34448411	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=-1.085;SC=ATACTGTTCTGTGGAATTTGT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=101429295;WS=101429277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr14	101429459	rs72700530	G	C	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=522;ReadPosRankSum=0.430;SC=CTGAGACTCTGAGGTTAGTAC;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=34;WE=101429467;WS=101429449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr14	101429568	rs16791	G	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=355;ReadPosRankSum=-1.265;SC=TAGTTCATGAGTTTTGATTGT;SOR=0.681;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=26;WE=101429576;WS=101429558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr14	101429659	rs17172	G	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=0.703;SC=ATTATGAAATGTGAGGTGAGG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=101429667;WS=101429649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr14	101431194	rs4547276	A	G	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=737;ReadPosRankSum=1.838;SC=GTCTGTTAGAAAAGATACATG;SOR=0.709;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=51;WE=101431202;WS=101431184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,57:0.61:94
chr14	101431216	rs34144313	C	G	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=587;ReadPosRankSum=-1.121;SC=CCCATTCTCTCTGTTTCAAAT;SOR=0.771;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=45;WE=101431224;WS=101431206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,51:0.65:79
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chr14	101434356	rs4143956	A	T	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.823;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=161;ReadPosRankSum=-0.109;SC=TTCAAGAATCATATTCTTTTT;SOR=0.191;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=12;WE=101434364;WS=101434346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr14	101435167	rs34991312	A	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
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chr14	101435515	rs35820579	T	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=1.611;SC=CAAGAAGTAATATTAATATGT;SOR=0.693;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=101435523;WS=101435505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
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chr14	101439870	rs1956727	G	T	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=429;ReadPosRankSum=0.512;SC=GACTGATGTGGATTTCTTATT;SOR=1.259;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=33;WE=101439878;WS=101439860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
chr14	101439916	rs1956726	T	G	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.437;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=23;PP=1085;ReadPosRankSum=-0.149;SC=GTATTAGTGTTAAATCAAAGA;SOR=1.002;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=110;TCF=73;TCR=37;TR=72;WE=101439924;WS=101439906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,82:0.65:127
chr14	101442218	rs12893444	A	G	3039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=3.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.83;ReadPosRankSum=-0.957;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,142:0.69:205
chr14	101442793	rs12895798	T	C	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.746;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=342;ReadPosRankSum=1.320;SC=TAGAAATGAATTGAGGAAAAG;SOR=0.219;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=24;WE=101442801;WS=101442783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr14	101447373	rs34158896	T	C	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.62;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,97:0.60:163
chr14	101447517	rs10131435	A	G	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=496;ReadPosRankSum=1.449;SC=ATACATTTTCATTCTATTTTT;SOR=0.735;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=30;WE=101447525;WS=101447507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,33:0.69:48
chr14	101451034	rs34591858	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=-2.204;SC=TAAATCATAGGATTTACAATT;SOR=1.547;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=5;WE=101451042;WS=101451024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr14	101453344	rs3742401	G	A	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.84;ReadPosRankSum=2.251;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,56:0.73:77
chr14	101454403	rs35097045	G	C	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.309;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=679;ReadPosRankSum=-1.238;SC=AAAGCTCTTGGATTTTTAAAA;SOR=0.269;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=37;WE=101454411;WS=101454393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr14	101459660	rs12880424	C	T	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=384;ReadPosRankSum=0.381;SC=TAATAGAAATCTAATCTATTC;SOR=0.412;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=29;WE=101459668;WS=101459650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr14	101489858	rs12892719	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr14	101492224	rs7141987	T	C	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.723;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=405;ReadPosRankSum=-0.167;SC=GCGCTCAGTGTGACCCAGCGG;SOR=0.341;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=35;WE=101492232;WS=101492214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,41:0.77:53
chr14	101492548	rs12586258	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.984;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=373;ReadPosRankSum=1.403;SC=ATCTGCGAGGCGTTTGCGACA;SOR=1.405;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=20;WE=101492556;WS=101492538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr14	101495787	rs4906031	G	A	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=2;PP=465;SC=GTGAAGGCTTGAAGAGCTTTT;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=101495795;WS=101495786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	101496145	rs9324030	A	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.319;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=184;ReadPosRankSum=-0.970;SC=CGAGGCTGACAGCGTGCCATG;SOR=1.093;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=15;WE=101496153;WS=101496135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr14	101496574	rs12435041	C	T	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.76;ReadPosRankSum=-1.313;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr14	101496579	rs12435042	C	G	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.38;ReadPosRankSum=-0.881;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr14	101498483	rs8018238	C	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.73;ReadPosRankSum=0.643;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr14	101498525	rs139804052	GTTTTT	G	241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.54;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	101506158	.	TC	T	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=2.079;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,13:0.16:79
chr14	101507727	rs12894467	C	T	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	101512972	rs11160618	C	T	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.06;ReadPosRankSum=-0.969;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,41:0.71:58
chr14	101512972	.	CCA	TCG	1258	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=16;NR=13;PP=1258;QD=45.2230301677;SC=CGTGCTGTGCCCATTGTCTCA;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=29;WE=101512982;WS=101512962;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr14	101512974	rs10140057	A	G	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.06;ReadPosRankSum=-0.944;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,40:0.69:58
chr14	101514371	rs10132916	T	C	2028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=41;PP=1035;SC=GAGGGGACATTGGTGCCTGCC;SOR=1.165;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=72;WE=101514379;WS=101514361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	101514950	rs10144193	A	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.121;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=329;ReadPosRankSum=0.526;SC=GCATATGAATAGTTGGCTAGA;SOR=0.212;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=21;WE=101514958;WS=101514940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr14	101518760	rs1951032	G	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=376;ReadPosRankSum=1.101;SC=TGGTGAAGACGTGGGCCGTCA;SOR=0.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=30;WE=101518768;WS=101518750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,35:0.69:51
chr14	101518910	rs4906032	A	G	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=29;PP=947;SC=CCTTCAGGCAAGGGGTCTTGG;SOR=1.092;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=54;WE=101518918;WS=101518900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	101520527	rs28752084	A	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=4;PP=113;ReadPosRankSum=-0.098;SC=GGACACCCGTAAGCTGCCTCA;SOR=0.235;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=10;WE=101520535;WS=101520517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr14	101522556	rs56103835	T	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=305;ReadPosRankSum=0.463;SC=TGCCACCTCATGGTACTCGGA;SOR=0.663;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=27;WE=101522564;WS=101522546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr14	101522782	rs74784704	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.923;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.170;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr14	101526181	rs41286572	G	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.775;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,36:0.36:100
chr14	101531854	rs61992671	A	G	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=320;ReadPosRankSum=-0.356;SC=CTGGTCCACTAGCCGTCCGTA;SOR=0.868;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=105;TCF=58;TCR=47;TR=28;WE=101531862;WS=101531844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,31:0.25:126
chr14	102507065	rs17541540	G	C	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=58;PP=1805;SC=GGGTTTTGCTGCTTAAAGGGA;SOR=1.449;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=100;WE=102507073;WS=102507055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	102548224	rs2298877	T	C	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=24;PP=900;SC=GGTAATACTCTTGGTTTCTAT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=48;WE=102548232;WS=102548214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	102548384	rs6575895	C	T	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=13;PP=911;SC=ACTGAAAGTTCACCATTTTCT;SOR=1.298;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=102548392;WS=102548374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	102549262	rs10782495	A	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=3;PP=410;SC=AGCCACACACAACATAGTTTT;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=102549270;WS=102549252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	102550569	rs3742429	G	A	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=5;PP=272;SC=ATTTAGTAGAGATGGGGTTTC;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=102550577;WS=102550559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	102550803	rs4947	G	A	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NF=32;SC=ACAATTTGATGTTGTTCTTTT;SOR=0.693;Source=Platypus;TCF=32;WE=102550811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	102551795	rs35308930	T	TTAA	4640.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=31;PP=2128;SC=AAAAATTGACTTAATACATTC;SOR=0.772;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=42;WE=102551803;WS=102551785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr14	102552773	rs8004640	A	G	17150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.32;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr14	102552773	.	AAT	GAG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=150;NR=180;PP=2947;QD=20;SC=GGCAACACGAAATTCCATCGC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=345;TCF=157;TCR=188;TR=330;WE=102552783;WS=102552763;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:15,330:0.96:345
chr14	102552775	rs3736807	T	G	17150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.74;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr14	102568296	rs10873531	G	A	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=25;PP=928;SC=CCAGTGACGCGGTGACAGGGA;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=57;WE=102568304;WS=102568286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	102568367	rs8005905	T	A	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	102808330	rs12590618	C	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.573;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=398;ReadPosRankSum=1.121;SC=TGGTTGCTGTCGGCGAAGCCA;SOR=0.970;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=120;TCF=50;TCR=70;TR=37;WE=102808338;WS=102808320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,37:0.29:126
chr14	102814945	rs7012	G	A	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=4.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,28:0.38:73
chr14	102873886	rs60215817	A	G	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.26;ReadPosRankSum=1.284;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr14	102894593	rs1309353	G	A	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.38;QD=24.79;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	102900956	rs118141823	C	T	3943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.501;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=72;PP=2286;ReadPosRankSum=-0.305;SC=GGAGATGAGCCGTGTCCTGCA;SOR=0.630;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=230;TCF=128;TCR=102;TR=160;WE=102900964;WS=102900946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,178:0.70:254
chr14	102918686	rs1190554	T	C	3166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=55;PP=1566;ReadPosRankSum=0.531;SC=GCAGGCGGCTTGGTGCAGACA;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=119;TCR=83;TR=133;WE=102918694;WS=102918676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,148:0.66:223
chr14	102964654	rs2403058	A	G	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=386;ReadPosRankSum=-0.824;SC=CAGGGGCTTCAGAGTGACTCC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=24;WE=102964662;WS=102964644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr14	102965047	rs3742437	G	A	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=435;ReadPosRankSum=0.995;SC=GGATGTGCTCGGTGATGGCTT;SOR=0.540;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=23;WE=102965055;WS=102965037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr14	102965435	rs3783381	A	G	10886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.98;ReadPosRankSum=0.941;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,271:0.65:419
chr14	102965437	rs3783382	A	T	10886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.86;ReadPosRankSum=1.181;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,271:0.64:421
chr14	103059220	rs1057881	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=2.052;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr14	103177420	rs3783383	G	C	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=586;ReadPosRankSum=-0.876;SC=AAACATTCATGTTGCTTGTTC;SOR=0.518;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=40;WE=103177428;WS=103177410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,45:0.69:65
chr14	103192774	rs372942415	CT	C	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=10.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.180;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.162;SOR=1.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr14	103338324	rs2295402	T	A	3506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.33;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,166:0.63:263
chr14	103342049	rs1131877	T	C	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=32;PP=750;ReadPosRankSum=-0.092;SC=GAGCAGTTAATGCTGGGACAT;SOR=0.533;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=59;TCR=53;TR=67;WE=103342057;WS=103342039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,76:0.58:131
chr14	103357603	rs2273393	G	T	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=701;ReadPosRankSum=-1.231;SC=TATGTTAGCCGTTCTGCCCTT;SOR=0.779;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=43;WE=103357611;WS=103357593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,57:0.80:71
chr14	103370119	rs10132977	C	T	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.311;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=551;ReadPosRankSum=2.070;SC=CTGGTCGGGGCGCCCCAGACC;SOR=0.412;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=38;WE=103370127;WS=103370109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,43:0.68:63
chr14	103370163	rs9671376	C	T	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=441;ReadPosRankSum=-0.893;SC=GCAGTCCCACCGCGCTCTGCC;SOR=0.804;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=34;WE=103370171;WS=103370153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr14	103396551	.	C	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.595;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr14	103396706	rs148815688	C	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.544;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=236;ReadPosRankSum=-1.229;SC=GGGGGTTGCTCCGAGGGGCTC;SOR=1.230;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=17;WE=103396714;WS=103396696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr14	103397055	rs1190233	G	C	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	103406075	rs17101081	G	A	2673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.404;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=57;PP=1666;ReadPosRankSum=-0.516;SC=CTGGGGAAAGGACACACTTTT;SOR=0.944;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=379;TCF=205;TCR=174;TR=131;WE=103406083;WS=103406065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,144:0.35:411
chr14	103412268	rs2403107	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=78;ReadPosRankSum=-0.159;SC=GGATTGAGTCTGCAAGGATTT;SOR=0.223;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=10;WE=103412276;WS=103412258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr14	103413941	rs8007924	T	C	131.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.97;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	103414179	rs12886225	G	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=-0.684;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
chr14	103417030	rs12100549	C	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.71;ReadPosRankSum=1.776;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr14	103426175	rs35833302	T	TA	40	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=10.00;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	103434530	rs2093414	T	A	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.39;SOR=3.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	103434739	rs2896462	A	G	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.093;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=45;PP=927;ReadPosRankSum=0.618;SC=TCGTAACTTCACTGATATTCG;SOR=0.934;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=281;TCF=141;TCR=140;TR=87;WE=103434747;WS=103434729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,97:0.32:306
chr14	103440282	rs1018550	G	T	6639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=138;NR=90;PP=2965;SC=TTCCATCATCGGCATGAACGT;SOR=1.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=139;TCR=90;TR=228;WE=103440290;WS=103440272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr14	103442209	rs35953480	G	A	3427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.352;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=57;PP=1810;ReadPosRankSum=-1.026;SC=CGGAGCCGGCGCTGCCCTCAC;SOR=0.722;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=205;TCF=116;TCR=89;TR=136;WE=103442217;WS=103442199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,155:0.66:234
chr14	103447062	.	T	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.781;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=1.145;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
chr14	103447382	rs34777056	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=361;ReadPosRankSum=1.859;SC=CAAAAACACCGGTGGACAGGT;SOR=0.811;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=90;TCF=29;TCR=61;TR=28;WE=103447390;WS=103447372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,28:0.29:97
chr14	103449773	rs2269322	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.715;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=324;ReadPosRankSum=-0.491;SC=GTCCAAACCCCGTCACCTCTT;SOR=3.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=15;WE=103449781;WS=103449767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr14	103449863	rs59675332	CA	C	1052.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=1.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.426;QD=6.66;ReadPosRankSum=-2.459;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,91:0.58:158
chr14	103466048	rs35954043	G	A	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=43;PP=989;ReadPosRankSum=-0.675;SC=CCATGACTAAGTACTACAAAT;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=112;TCF=45;TCR=67;TR=74;WE=103466056;WS=103466038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,86:0.66:130
chr14	103466127	.	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=0.121;SC=GCCAGTCTTCCATGGCGAGGT;SOR=0.330;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=9;WE=103466135;WS=103466117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr14	103566904	rs1057640	G	A	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=32;PP=909;ReadPosRankSum=-0.189;SC=GTGTCAGCCAGCAGGCATCCA;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=62;WE=103566912;WS=103566894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,73:0.64:114
chr14	103568729	rs10142200	A	G	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.411;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=36;PP=1020;ReadPosRankSum=0.555;SC=CGGAGGAGGAAGCCCACCCTT;SOR=0.444;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=75;WE=103568737;WS=103568719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,85:0.66:128
chr14	103570134	.	C	CGTGTGTGT	308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=-0.674;QD=17.15;ReadPosRankSum=0.247;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr14	103574714	rs10144543	C	T	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=15;PP=920;ReadPosRankSum=-0.062;SC=TTGGGGCAGGCGGTGGCTCTG;SOR=0.866;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=92;TCF=67;TCR=25;TR=60;WE=103574722;WS=103574704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,63:0.66:96
chr14	103576292	rs28418471	G	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=2.415;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr14	103576395	rs729185	G	A	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=699;ReadPosRankSum=2.729;SC=CCATTCTGGCGCTGCGCCGAC;SOR=0.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=56;WE=103576403;WS=103576385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,71:0.64:111
chr14	103576415	rs729184	A	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.444;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,35:0.31:113
chr14	103576443	rs729183	TC	CG	4901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=35;PP=2518;SC=TGCAGCACACTCAAGACCTGC;SOR=0.730;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=85;TCF=47;TCR=38;TR=82;WE=103576452;WS=103576433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	103576775	rs3870	C	T	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.668;QD=14.82;ReadPosRankSum=-0.947;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,45:0.71:63
chr14	103576803	rs11355422	CG	C	1049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=28.37;SOR=2.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	103802918	rs11326883	CA	C	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=2.037;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr14	103804417	rs2274191	C	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=93;ReadPosRankSum=1.212;SC=ATCACTTCATCTTACTCTTTC;SOR=0.303;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=11;WE=103804425;WS=103804407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr14	103805947	rs34222936	ATTG	A	718.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.431;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=365;ReadPosRankSum=-0.402;SC=CATAAAAAAGATTGTTAACAC;SOR=0.435;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=10;WE=103805957;WS=103805937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr14	103806219	rs3783393	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=-0.621;SC=TTTTGGAGACGGAGTCTCATT;SOR=0.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=7;WE=103806227;WS=103806209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr14	103852607	rs12436956	G	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.319;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=120;ReadPosRankSum=-0.074;SC=GTTCGCGGGCGGGTCTGCGAA;SOR=0.591;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=10;WE=103852615;WS=103852597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr14	103852725	rs3825566	C	T	3212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr14	103915212	.	CTTGTG	C	290	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.51;NF=4;NR=2;PP=290;QD=57.338074889;SC=TGTTTAATAACTTGTGTTGGG;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=6;WE=103915234;WS=103915202;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,6:0.67:9
chr14	103915215	rs56683493	GTGTT	G	824.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.645;QD=28.44;ReadPosRankSum=1.487;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr14	103915225	rs58490269	GA	G	825.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.645;QD=28.47;ReadPosRankSum=0.868;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr14	103918182	rs2273702	G	C	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.35;ReadPosRankSum=1.694;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,41:0.60:68
chr14	103928657	rs4906326	T	A	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=10;PP=776;SC=TGAGTATTCATTATGTGTGAA;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=43;WE=103928665;WS=103928647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	103931879	rs1116095	A	G	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.662;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=248;ReadPosRankSum=-1.711;SC=TTTTGTCTTGATGTTTTCCCT;SOR=0.239;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=25;WE=103931887;WS=103931869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,29:0.35:82
chr14	103932888	rs1951393	C	T	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=23;PP=591;SC=AAGCACAAGTCATATGAACAG;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=103932896;WS=103932878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	103933556	rs8010247	A	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.949;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=95;ReadPosRankSum=0.967;SC=GAGCTGAAATACCCTGTATGT;SOR=0.552;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=8;WE=103933564;WS=103933546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr14	103934488	rs10137161	T	C	4876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr14	103946636	rs8014010	A	G	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=6;PP=268;SC=TAAAAGACTGACATTCCTATT;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=103946644;WS=103946626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	103964807	.	AT	A	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.029;QD=5.85;ReadPosRankSum=-1.140;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr14	103986255	rs1803283	C	T	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.00;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr14	103987078	rs2071408	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=142;ReadPosRankSum=-0.107;SC=AACACGGGGCGGGCGGGGGAA;SOR=0.384;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=14;WE=103987086;WS=103987068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,16:0.26:62
chr14	103988180	rs1136165	G	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=-1.151;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr14	103995489	rs2765038	C	G	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	103996205	rs2296487	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr14	103996396	rs2765037	G	A	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=24;PP=1325;SC=CAATGGTGGCGGTGCGTGTGC;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=74;WE=103996404;WS=103996386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	103996733	rs2756138	C	G	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.504;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=291;ReadPosRankSum=0.755;SC=CCTACAGACACATGTGGCTCC;SOR=1.778;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=17;WE=103996741;WS=103996723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr14	104000802	rs11350625	AG	A	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.844;NF=10;NR=0;PP=295;ReadPosRankSum=-0.865;SC=CTCAGACCCTAGGGTGGGAGT;SOR=0.724;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=10;WE=104000810;WS=104000799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr14	104001517	rs2756119	G	A	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.977;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=762;ReadPosRankSum=3.217;SC=AGGAGGGAGGGGGGCATTGAC;SOR=0.674;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=163;TCF=85;TCR=78;TR=54;WE=104001525;WS=104001507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,62:0.37:167
chr14	104027557	rs11625397	C	T	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=426;ReadPosRankSum=-0.043;SC=TGATAACTTACTACAGCACAA;SOR=1.341;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=26;WE=104027565;WS=104027547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chr14	104027595	rs34186780	T	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=162;ReadPosRankSum=-0.705;SC=AATGGTATATTAAGTCATTCT;SOR=1.501;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=8;WE=104027603;WS=104027585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr14	104028196	rs34050832	C	CA	941.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=0.949;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
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chr14	104029449	rs2274267	G	A	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.60;ReadPosRankSum=0.350;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,51:0.73:70
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chr14	104029819	rs2296482	T	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.96;ReadPosRankSum=-1.673;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr14	104040414	rs4906337	C	A	63.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.99;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr14	104053764	rs2403197	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.759;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=207;ReadPosRankSum=0.979;SC=GGAGTGTTTTCTTACCTGAAT;SOR=1.975;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=13;WE=104053772;WS=104053754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr14	104135966	rs12896171	A	G	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=423;ReadPosRankSum=-1.511;SC=CATTCTTTTAATATTTTATTT;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=29;WE=104135974;WS=104135956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr14	104136469	rs11333716	CT	C	1712.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=11;PP=889;SC=TAAATGTACTCTTATTTGGTT;SOR=1.179;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=22;WE=104136477;WS=104136459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	104136633	rs12590968	G	C	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=328;ReadPosRankSum=0.899;SC=ACAAAAGAAGGGGGCAGTCGT;SOR=0.363;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=30;WE=104136641;WS=104136623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr14	104139570	rs11160757	G	T	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	104143928	rs4906357	A	C	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=41;PP=1259;SC=TTTTACATGAATTTTATTGAA;SOR=1.463;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=68;WE=104143936;WS=104143918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	104151400	rs35011804	C	T	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.915;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=608;ReadPosRankSum=-0.165;SC=GGGGCGCAGGCCCTGCCGTCT;SOR=1.261;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=38;WE=104151408;WS=104151390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,42:0.76:55
chr14	104158594	.	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.410;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=0.129;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,26:0.26:100
chr14	104165927	rs1799796	T	C	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.104;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=42;PP=840;ReadPosRankSum=-0.979;SC=TGGGGACAGCTGTCATTGTCT;SOR=0.917;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=136;TCF=68;TCR=68;TR=79;WE=104165935;WS=104165917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,95:0.62:153
chr14	104167075	rs861537	C	T	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.76;ReadPosRankSum=0.637;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr14	104167545	rs709399	G	A	1823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.82;ReadPosRankSum=-1.710;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,84:0.64:132
chr14	104172877	rs3212061	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=5.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.435;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr14	104177190	rs139961690	A	AAC,AACACACACAC	477.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11,11;NR=1,1;PP=135,398;ReadPosRankSum=0.350;SC=TGTAGTTAAGAACACACACAC;SOR=0.880;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=12,12;WE=104177199;WS=104177180;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.56,0.22:27
chr14	104178186	rs3212038	A	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=-0.168;SC=GCCACTCTGCATCCCCTGTCG;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=6;WE=104178194;WS=104178176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr14	104193099	rs2295151	C	G	3360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.32;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	104193257	rs7154823	G	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.717;HP=1;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.035;NF=2;NR=12;PP=228;ReadPosRankSum=-1.378;SC=GCCCCTTCTGGCAGGGGACGG;SOR=1.833;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=14;WE=104193265;WS=104193247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr14	104194196	rs1535100	C	G	2314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=50;PP=1393;ReadPosRankSum=-0.220;SC=AGTGCGCCCTCGTGTCCCTCA;SOR=0.803;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=144;TCF=64;TCR=80;TR=91;WE=104194204;WS=104194186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,102:0.63:162
chr14	104195610	rs2295148	T	C	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=20;PP=450;SC=ATCAGGCAGCTGCCCTGAGGA;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=104195618;WS=104195600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	104198881	rs58451902	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.39;ReadPosRankSum=-1.457;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr14	104199356	rs2295146	C	T	2061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.27;ReadPosRankSum=-1.066;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,101:0.60:168
chr14	104199580	rs8548	A	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=0.931;SC=GTGTATTGTCAATACTTAATT;SOR=0.582;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=104199588;WS=104199570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr14	104201549	rs3825550	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=0.748;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr14	104202304	rs2295145	G	A	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=361;ReadPosRankSum=1.812;SC=AGAGACACGGGCAGCTAGTTT;SOR=0.779;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=20;WE=104202312;WS=104202294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr14	104202573	rs2295144	G	A	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=44;PP=943;ReadPosRankSum=-1.178;SC=GGCCTCAGCAGAGGGTGGCCT;SOR=0.766;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=214;TCF=94;TCR=120;TR=76;WE=104202581;WS=104202563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,79:0.35:228
chr14	104203938	rs8004408	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.410;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=318;ReadPosRankSum=1.000;SC=CAAACAGAAAGCTGTGCTGAA;SOR=0.165;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=17;WE=104203946;WS=104203928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr14	104205123	rs17292804	G	A	3774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.02;ReadPosRankSum=0.392;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,187:0.60:314
chr14	104212949	rs2295141	T	C	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=345;ReadPosRankSum=1.516;SC=AGTCCTAAGCTTAGTGCAAGA;SOR=0.627;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=24;WE=104212957;WS=104212939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr14	104216293	rs2295140	C	T	2918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=63;PP=1895;SC=AAAATACAACCTTTATGATTT;SOR=1.825;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=29;TCR=63;TR=92;WE=104216301;WS=104216283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	104219283	rs67281375	AAGAT	A	851.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=3.039;NF=5;NR=7;PP=460;ReadPosRankSum=0.964;SC=ATGCTAATGAAAGATAGAAAG;SOR=0.994;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=12;WE=104219294;WS=104219273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,28:0.25:112
chr14	104219578	.	C	CT	87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=11;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=87;QD=19.2;SC=TTAGTTGATCCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=104219586;WS=104219568;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,5:0.71:7
chr14	104251006	rs4900594	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=3;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=169;ReadPosRankSum=2.257;SC=GGGATACCAACTTTCCCTCTA;SOR=0.184;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=14;WE=104251014;WS=104250996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr14	104251276	rs3742369	T	C	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.185;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=816;ReadPosRankSum=-0.086;SC=ACATCTTTTTTACTCCAGAAT;SOR=1.238;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=54;WE=104251284;WS=104251266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,57:0.63:91
chr14	104261002	.	TA	T	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=3.461;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,23:0.23:98
chr14	104394835	rs9324065	T	C	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.28;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	104429302	rs140667603	A	AGT	285.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.57;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	104429453	rs6576013	A	G	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	104465037	rs10133836	T	C	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	104470698	rs200858855	GTTTA	G	549.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.29;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	104481016	rs7150795	G	A	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=8;PP=1043;SC=CTGCTCTGATGACATATGTAC;SOR=2.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=44;WE=104481024;WS=104481006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	104484346	rs34317359	G	A	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=157;SC=CTAAAACAGTGTGCAGCAGCT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=104484354;WS=104484336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	104484646	rs12589669	T	C	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=22;PP=620;SC=TATGGGCTGCTGCAATTGGCT;SOR=0.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=45;WE=104484654;WS=104484636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	104498472	rs4906405	G	A	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	104500427	rs10150865	A	G	4181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr14	104500528	.	TTC	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=-0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.89;ReadPosRankSum=-1.335;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr14	104501551	rs3830999	AT	A	552.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=465;SC=TTATTGATTTATTTATGCTTG;SOR=1.739;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=104501559;WS=104501541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	104518453	rs7150461	A	G	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=34;PP=1016;SC=CACACCCCTCAGGAAGCTGTG;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=104518461;WS=104518443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	104559623	rs941952	T	C	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.928;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=344;ReadPosRankSum=0.420;SC=CATCCTGACCTACGTCCTTGC;SOR=0.551;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=30;WE=104559631;WS=104559613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,45:0.71:63
chr14	104561998	rs1770983	T	C	3322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=1.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.79;ReadPosRankSum=-1.605;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,155:0.64:241
chr14	104563874	rs7156718	C	T	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.46;ReadPosRankSum=1.892;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,52:0.65:80
chr14	104569801	rs8012482	C	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr14	104570904	rs1744299	T	C	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=57;PP=1447;SC=CCACCCCTCATGGGCTGGGGG;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=46;TCR=57;TR=103;WE=104570917;WS=104570894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr14	104571826	rs1744300	A	G	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=38;PP=1137;SC=GCAGCTGGGGACTGTGCACCC;SOR=2.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=104571834;WS=104571816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	104573690	rs1744301	A	G	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=39;PP=1286;SC=CAGGTAATGGAGCTAGGGCTG;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=104573698;WS=104573680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	104575466	rs1771012	C	T	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	104575531	rs1744302	C	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=2.578;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,28:0.29:97
chr14	104578817	rs11850264	G	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=3.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.66;ReadPosRankSum=-0.838;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,47:0.33:144
chr14	104641792	rs2487305	C	T	2393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.84;ReadPosRankSum=0.378;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,110:0.64:173
chr14	104642341	rs2487304	A	G	4409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.549;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=85;PP=2574;ReadPosRankSum=2.136;SC=GGTCCCGGCCAGTCAGCATCA;SOR=0.616;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=291;TCF=151;TCR=140;TR=185;WE=104642349;WS=104642331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,207:0.64:321
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chr14	104643409	rs2487303	A	G	2532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=45;PP=2773;ReadPosRankSum=-0.602;SC=AGGTAGAAGCAGCACACCGTC;SOR=0.708;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=166;TCF=96;TCR=70;TR=104;WE=104643429;WS=104643399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,120:0.61:196
chr14	104643421	rs2487302	T	C	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=44;PP=2773;ReadPosRankSum=-0.191;SC=CACACCGTCTTGCCGGACACG;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=158;TCF=88;TCR=70;TR=97;WE=104643429;WS=104643399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,112:0.61:184
chr14	104643721	rs2487301	C	A	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=535;ReadPosRankSum=1.215;SC=GCCCTGTGGCCGGTCCCAGAG;SOR=0.697;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=42;WE=104643729;WS=104643711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,47:0.53:89
chr14	104643859	rs2487300	A	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=404;ReadPosRankSum=-0.235;SC=CCCCGGGCCGAGGTGGCTCCT;SOR=0.527;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=24;WE=104643867;WS=104643849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr14	104644099	rs2497297	T	C	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=510;ReadPosRankSum=-2.281;SC=GTGGCAGCAGTGGCTATGAGA;SOR=0.873;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=54;WE=104644107;WS=104644089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,67:0.57:118
chr14	104644147	rs11621644	C	T	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.851;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr14	104645755	rs35751202	G	GC	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=0.695;SC=ACCCAGCCCGGCCCACCGTGT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=3;WE=104645763;WS=104645745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr14	104647224	rs884996	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.483;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr14	104710505	rs7142555	T	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=74;ReadPosRankSum=0.875;SC=CATCTCTCAATAGTACTGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=7;WE=104710513;WS=104710495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr14	104940930	rs28453989	C	T	4653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr14	104940967	rs28699424	G	A	1944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=40;PP=1047;ReadPosRankSum=0.220;SC=AATTAAGCTGGGGGCAAATGG;SOR=0.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=67;TCR=63;TR=82;WE=104940975;WS=104940957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,95:0.62:152
chr14	104941016	rs28715110	G	A	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=411;ReadPosRankSum=-0.922;SC=GAGGATGGGGGACTGCCCGGG;SOR=0.936;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=32;WE=104941024;WS=104941006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr14	105055291	rs3840008	TG	T	501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=205;SC=AGATCGGACATGGGGGGCACA;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=105055312;WS=105055281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	105055304	rs11160811	A	G	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=7;PP=178;SC=GGGGCACAGCAGGCGGCCCCG;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=105055312;WS=105055281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	105055359	rs3803318	T	C	52.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=31;SC=GTTGGGTCCATGTGAGATTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=105055367;WS=105055349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	105057948	rs3803317	C	T	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=33;PP=909;SC=TTGACACCCCCGATGGGCACC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=59;WE=105057956;WS=105057938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	105059573	rs28656783	C	T	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=19;PP=894;SC=CCCCCGCCCCCGCCCCACACC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=54;WE=105059581;WS=105059563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	105060024	rs12879330	A	G	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.07;SOR=1.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	105060029	rs12880651	T	C	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.93;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	105063253	rs11629201	C	T	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=1;PP=373;SC=GGGAAGATCACCCACAGCAGG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=23;WE=105063261;WS=105063243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	105070791	rs3803313	G	T	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=407;ReadPosRankSum=-0.586;SC=GTCCCTTGCAGAGGAAGAAGA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=21;WE=105070799;WS=105070781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr14	105150273	rs7153053	C	T	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=20;PP=1143;SC=GGTTGGGGTGCGGGTGGGTCT;SOR=1.885;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=66;WE=105150281;WS=105150263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	105167807	rs4983530	C	T	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	105170163	rs7145815	G	A	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.48;ReadPosRankSum=0.905;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,40:0.71:56
chr14	105170175	rs7146817	T	G	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.602;HP=3;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=701;ReadPosRankSum=1.441;SC=CAGGGTCAGGTGCTCTGGGTG;SOR=0.359;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=31;WE=105170183;WS=105170153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,42:0.66:64
chr14	105170222	rs7145851	G	A	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.11;ReadPosRankSum=0.581;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,57:0.61:93
chr14	105177351	rs3840006	CA	C	1840.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.970;NF=7;NR=22;PP=899;ReadPosRankSum=-1.097;SC=CTACGTAAGTCAGGGGCAGCT;SOR=0.772;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=105;TCF=29;TCR=76;TR=29;WE=105177359;WS=105177341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,65:0.35:188
chr14	105178089	rs4983531	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=4.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=-0.629;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr14	105178098	rs4983532	G	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=6.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.899;SOR=2.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr14	105179043	rs4497619	G	C	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=11;PP=619;SC=CCTGCTCCTTGTCAGAGACCA;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=105179051;WS=105179033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	105179081	rs10144190	G	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=300;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CCCTGTGGCCGTCACCCTCCC;SOR=0.399;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=22;WE=105179089;WS=105179071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
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chr14	105179289	rs45502503	C	T	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=3.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.07;ReadPosRankSum=3.081;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,61:0.69:88
chr14	105180484	rs9672043	C	T	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=21;PP=902;SC=GAGGCTGCACCTGGGCTGGCT;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=105180492;WS=105180474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	105180565	rs4983535	T	C	3597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=42;PP=1959;SC=CTGCAGGAGATCCCGTGGGCA;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=66;TCR=42;TR=108;WE=105180573;WS=105180555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr14	105180706	rs1128840	A	C,G	5556.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=42,81;NR=30,52;PP=980,1795;SC=AGGGTGGTCCACGGCCCCTGG;SOR=0.948;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=205;TCF=123;TCR=82;TR=72,133;WE=105180714;WS=105180696;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.34,0.66:235
chr14	105185083	rs138798126	TAC	T	967.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=571;ReadPosRankSum=0.182;SC=CCTGATATTGTACCCAGCAAA;SOR=0.963;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=14;WE=105185092;WS=105185073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr14	105196365	rs33958252	T	C	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=-2.150;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,40:0.32:126
chr14	105201596	rs7149183	T	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.990;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=74;ReadPosRankSum=-0.731;SC=AGCCTCCACCTGCCCCACCAG;SOR=0.223;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=105201604;WS=105201586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr14	105207134	rs3803307	A	G	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.091;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=541;ReadPosRankSum=-1.133;SC=GAGGACCAGCATGGACCATGA;SOR=0.509;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=136;TCF=58;TCR=78;TR=49;WE=105207142;WS=105207124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,58:0.36:161
chr14	105207642	rs45463395	C	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.327;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=253;ReadPosRankSum=1.005;SC=GACCCAGCTGCGGAGAGCCGT;SOR=1.091;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=19;WE=105207650;WS=105207632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr14	105208037	rs4983539	A	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=159;ReadPosRankSum=-0.302;SC=CGGCCACTCCACCAGGACAGG;SOR=0.338;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=11;WE=105208045;WS=105208027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr14	105208057	rs4983384	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=182;ReadPosRankSum=0.460;SC=GCCAGGCTGGCGACCCCACGG;SOR=0.590;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=14;WE=105208065;WS=105208047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr14	105213343	rs6644	A	G	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=-1.784;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,50:0.35:143
chr14	105219976	rs12889167	T	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.357;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,17:0.22:78
chr14	105220210	rs7151424	G	A	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=41;PP=1118;SC=GCCACAGGTGGTCGGGGCAGG;SOR=1.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=64;WE=105220218;WS=105220200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	105222037	rs1132975	C	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=292;ReadPosRankSum=-1.310;SC=AAGGCTGTGCCGTCGTTCACC;SOR=0.900;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=97;TCF=59;TCR=38;TR=30;WE=105222045;WS=105222027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,32:0.28:114
chr14	105223194	rs34992074	C	CAT	252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.05;MQRankSum=3.463;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.692;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr14	105223525	rs12590163	T	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=166;ReadPosRankSum=-0.191;SC=GGAGTGTTTGTGTAGTCTCCC;SOR=0.392;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=12;WE=105223533;WS=105223515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr14	105233095	rs2498804	C	A	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.80;ReadPosRankSum=1.372;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,36:0.43:83
chr14	105238591	rs55839843	CCTGAG	C	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.928;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.265;NF=7;NR=1;PP=517;ReadPosRankSum=-0.152;SC=GCAGCAGGCTCCTGAGGTGAG;SOR=1.668;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=8;WE=105238612;WS=105238581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,8:0.17:47
chr14	105238604	rs2498800	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.501;NF=11;NR=2;PP=536;ReadPosRankSum=-1.874;SC=GAGGTGAGGGCGAGTGTGTGG;SOR=0.831;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=13;WE=105238612;WS=105238581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr14	105238636	rs17846832	G	C	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.027;NF=18;NR=11;PP=351;ReadPosRankSum=-1.713;SC=AGCGTGCCACGTGCATGCGTG;SOR=0.627;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=29;WE=105238644;WS=105238626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,31:0.33:93
chr14	105239192	rs2494732	T	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=143;ReadPosRankSum=0.957;SC=GTGTAGCCTGTAGCTGGGATG;SOR=0.255;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=8;WE=105239200;WS=105239182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr14	105242228	rs2498797	T	C	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.842;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=399;ReadPosRankSum=1.143;SC=CAAGCGTGGTTCCACAGCTGT;SOR=0.244;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=24;WE=105242236;WS=105242218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr14	105242831	rs3001371	C	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr14	105242966	rs2494735	T	C	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.20;ReadPosRankSum=1.801;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,59:0.35:168
chr14	105246325	rs2494737	T	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.48;ReadPosRankSum=-1.864;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr14	105246686	rs2494738	G	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=78;ReadPosRankSum=0.227;SC=GGCGCGGTACGGGAGCTGTTT;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=8;WE=105246694;WS=105246676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr14	105258892	rs2494748	C	T	5256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=1.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.11;ReadPosRankSum=2.703;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,241:0.69:348
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chr14	105258893	rs2494749	A	G	13561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.31;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr14	105267579	rs12878684	A	G	2564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=38;PP=1639;ReadPosRankSum=-0.536;SC=GCCGCCTGAGACAGCAGCGCG;SOR=0.947;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=142;TCF=83;TCR=59;TR=97;WE=105267587;WS=105267569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,109:0.69:158
chr14	105268228	rs4983387	G	A	2726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.58;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,125:0.71:175
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chr14	105309256	rs12894371	A	T	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.26;SOR=1.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	105309608	rs12878750	C	T	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=24;PP=665;SC=TGATGGTCTGCGGGTGTGAGC;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=105309616;WS=105309598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	105335049	rs12431850	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=0.703;SC=CCGGATGCACCGAGGGCTCTG;SOR=0.105;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=5;WE=105335057;WS=105335039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr14	105344111	rs78118267	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=16;NR=4;PP=256;ReadPosRankSum=0.441;SC=TGGTGCCCCCGCGGCCCTGCC;SOR=0.595;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=20;WE=105344119;WS=105344107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr14	105344157	rs75824199	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.566;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr14	105344188	rs370824172	TCCCC	T	431.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=15;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=437;SC=CCCGCGCAGCTCCCCCCCCCC;SOR=3.767;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=26;WE=105344199;WS=105344178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,12:0.92:13
chr14	105344293	rs61995995	C	T	6246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.894;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=71;PP=2105;ReadPosRankSum=-0.325;SC=TCATCCGCTTCGGCTACGATA;SOR=0.552;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=234;TCF=126;TCR=108;TR=148;WE=105344301;WS=105344283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,159:0.63:251
chr14	105344318	rs2304758	G	A	6582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=2.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.34;ReadPosRankSum=-1.696;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,178:0.63:282
chr14	105344347	rs2304757	C	G	3309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=73;PP=1895;ReadPosRankSum=0.275;SC=TTCTCAGTCCCCAGGACCACA;SOR=0.683;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=133;TCR=122;TR=152;WE=105344355;WS=105344337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,164:0.60:274
chr14	105344419	rs34009344	A	G	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.544;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=46;PP=1115;ReadPosRankSum=0.131;SC=ACAGAGCACCAAGGATGACCC;SOR=0.551;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=120;TCF=41;TCR=79;TR=73;WE=105344427;WS=105344409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,77:0.62:125
chr14	105344603	rs41310934	C	T	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=250;ReadPosRankSum=-0.914;SC=AGTCCTGGCCCGACCTTGGGA;SOR=0.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=12;WE=105344611;WS=105344593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr14	105344761	rs41317300	C	T	2887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.39;ReadPosRankSum=2.353;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,136:0.58:233
chr14	105344872	rs61995998	C	T	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=796;ReadPosRankSum=-0.329;SC=GGCTCAGCCACGAGGGCTCAG;SOR=0.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=49;WE=105344880;WS=105344862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,51:0.57:89
chr14	105349220	rs2028415	T	G	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=446;ReadPosRankSum=0.572;SC=CAGAGGGTGGTGTGTGAAGGG;SOR=0.586;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=28;WE=105349228;WS=105349210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,36:0.75:48
chr14	105349388	rs2028414	A	C	2279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.968;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=42;PP=1118;ReadPosRankSum=1.695;SC=CCAAGGGACCAGTGCAGCAGG;SOR=0.545;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=88;TCR=64;TR=98;WE=105349396;WS=105349378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,107:0.63:170
chr14	105349877	rs10145119	C	T	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.31;ReadPosRankSum=-1.643;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,43:0.70:61
chr14	105349886	rs10145122	C	T	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=4.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.71;ReadPosRankSum=-2.174;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr14	105349891	rs10145270	G	A	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.85;ReadPosRankSum=-1.438;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr14	105349897	rs10145031	A	G	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=5.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.52;ReadPosRankSum=-0.429;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr14	105350178	rs45449696	C	T	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.361;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=8;PP=767;ReadPosRankSum=0.731;SC=GCCACAAGCACGAGGACGGCA;SOR=1.406;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=44;WE=105350186;WS=105350168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,50:0.65:77
chr14	105350355	rs2841236	A	G	3641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=72;PP=2208;ReadPosRankSum=0.120;SC=ACGAGGACACACCCCGAAAGA;SOR=0.604;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=259;TCF=142;TCR=117;TR=154;WE=105350363;WS=105350345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,172:0.58:298
chr14	105350799	rs9788593	C	T	2267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.865;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=76;PP=2164;ReadPosRankSum=-0.017;SC=AGGAGGAGGACGACAGCCTCA;SOR=0.849;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=193;TCF=68;TCR=125;TR=114;WE=105350807;WS=105350789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,118:0.58:202
chr14	105350868	rs9788594	C	T	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=5.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.948;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,93:0.63:148
chr14	105351637	rs2582549	A	G	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.928;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=260;ReadPosRankSum=0.493;SC=GGGGGTGGCCAGTGTCAGTGG;SOR=1.371;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=20;WE=105351645;WS=105351627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr14	105351673	rs894038	C	T	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=363;ReadPosRankSum=-1.326;SC=GCTTCTCTGACCCTCGGTGCC;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=30;WE=105351681;WS=105351663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr14	105351706	.	G	A	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=-1.015;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,49:0.54:90
chr14	105352255	rs2251389	T	A	2611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.60;ReadPosRankSum=0.517;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,124:0.65:192
chr14	105352754	rs369150904	G	A	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.29;ReadPosRankSum=0.215;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,47:0.65:72
chr14	105354293	rs2582548	A	G	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.17;ReadPosRankSum=0.872;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,77:0.70:110
chr14	105356137	rs2919629	G	C	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.671;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=52;PP=1333;ReadPosRankSum=-2.248;SC=GTGCCAGTGCGTTTTCTTGAG;SOR=1.702;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=123;TCF=41;TCR=82;TR=69;WE=105356145;WS=105356127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,75:0.56:134
chr14	105356240	.	CAAATG	C	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.920;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.21;ReadPosRankSum=-1.116;SOR=0.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr14	105356241	.	A	G	63	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=23;MQ=56.36;NF=1;NR=3;PP=63;QD=24.4428031368;SC=ATGGATGGACAAATGGATGGA;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=4;WE=105356249;WS=105356231;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr14	105356247	.	ATGGATGG	A	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.309;SOR=0.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr14	105359306	rs3742939	G	C	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.46;ReadPosRankSum=1.634;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
chr14	105359827	rs2247712	T	C	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.701;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=26;PP=1004;ReadPosRankSum=-1.165;SC=AGCCTCTGCCTGGGGCCCACG;SOR=0.963;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=107;TCF=69;TCR=38;TR=77;WE=105359835;WS=105359817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,84:0.71:119
chr14	105360746	rs2841244	T	C	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=39;PP=926;ReadPosRankSum=-1.397;SC=CCCCTTGGCCTGCCCCCAGCC;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=41;TCR=61;TR=66;WE=105360754;WS=105360736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,76:0.67:114
chr14	105363157	rs7152667	A	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=7.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.929;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr14	105363202	rs10147348	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=-0.086;SC=TGCCACCAGGAGGCGGCCTGG;SOR=1.140;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=6;WE=105363210;WS=105363192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr14	105393556	rs2841280	G	C	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=26;PP=869;SC=GTGGGACAGAGAGGCTGGCAC;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=57;WE=105393564;WS=105393546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	105398313	.	GC	AA	6901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.530;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.76;ReadPosRankSum=-0.209;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,172:0.72:240
chr14	105406235	rs78014542	A	C	2731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.334;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=58;PP=1400;ReadPosRankSum=1.083;SC=CTTTCCTGCGAGTACTTGGTC;SOR=0.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=99;TCR=97;TR=118;WE=105406243;WS=105406225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,129:0.59:219
chr14	105411989	rs182868270	C	T	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,67:0.26:254
chr14	105414280	rs2819429	T	G	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.963;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=41;PP=1148;ReadPosRankSum=-1.166;SC=CACCGAGGCCTCGATGGACTT;SOR=0.617;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=269;TCF=153;TCR=116;TR=91;WE=105414288;WS=105414270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,94:0.33:288
chr14	105415352	rs12890949	G	C	8736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=171;NR=142;PP=2965;SC=TTGGTAGTCAGGTCCTTGTTG;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=314;TCF=171;TCR=143;TR=313;WE=105415360;WS=105415342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr14	105416220	rs2819435	T	A	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=-3.931;QD=3.94;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,72:0.27:268
chr14	105417894	rs2819440	C	G	2097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,117:0.36:327
chr14	105418194	rs78447535	A	G	2957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.715;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.328;NF=68;NR=58;PP=1942;ReadPosRankSum=-0.450;SC=TGGAGGGGAGACTCACGTCGG;SOR=0.481;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=213;TCF=119;TCR=94;TR=126;WE=105418202;WS=105418184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,134:0.58:233
chr14	105452035	rs10150682	A	G	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.07;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	105455877	rs2241866	C	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=463;ReadPosRankSum=-0.612;SC=GCCCCAGGCCCAGCCCCAGGG;SOR=0.652;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=35;WE=105455885;WS=105455867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr14	105457771	rs2247140	A	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.27;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr14	105457780	rs2289454	T	G	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.87;ReadPosRankSum=1.127;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr14	105459140	rs2241865	A	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5731;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=118;ReadPosRankSum=2.818;SC=AGGGCGACACAGGGGAAACTG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=11;WE=105459148;WS=105459130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr14	105461067	rs894039	C	T	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.45;ReadPosRankSum=0.582;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,68:0.84:81
chr14	105477507	rs7144401	G	A	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=-1.526;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,51:0.68:75
chr14	105477613	rs7145565	T	C	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.604;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=30;PP=838;ReadPosRankSum=-1.072;SC=AGCTAGGGCCTGGGGTGGCCG;SOR=0.401;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=107;TCF=65;TCR=42;TR=73;WE=105477621;WS=105477603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,84:0.68:123
chr14	105518336	rs3803322	G	T	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.408;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,100:0.29:341
chr14	105520446	rs118043270	T	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.400;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,28:0.29:96
chr14	105609335	rs10149229	A	G	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=1.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,64:0.28:228
chr14	105611282	rs2272591	A	G	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=1.413;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,63:0.33:189
chr14	105614032	rs2242636	C	G	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-2.037;QD=5.03;ReadPosRankSum=-1.639;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr14	105615026	rs2242634	A	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.690;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr14	105617042	rs1057744	C	T	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=1.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=-2.251;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,70:0.35:198
chr14	105617501	.	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.935;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.456;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,26:0.36:73
chr14	105617550	rs3830678	C	CGCAGCCCCA	1267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=5.300;NF=8;NR=12;PP=1630;ReadPosRankSum=0.556;SC=CAGCAGCCCCCGCAGCCCCAG;SOR=0.584;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=20;WE=105617558;WS=105617540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,32:0.44:73
chr14	105618203	rs187981259	T	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.038;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr14	105618670	rs2238287	T	C	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=1.106;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,34:0.35:96
chr14	105622056	rs2816679	A	G	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=10.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.746;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,104:0.34:303
chr14	105643619	rs10139596	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=4.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=2.039;SOR=0.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr14	105643652	rs10139450	A	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.203;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr14	105644151	rs1882848	T	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.926;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr14	105647562	rs67388067	GGCGGGGGCCGCGAGCTCT	G	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr14	105676048	rs3087836	G	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=290;ReadPosRankSum=0.135;SC=TGTCCACGGGGAACTCCCAGC;SOR=0.919;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=18;WE=105676056;WS=105676038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr14	105686570	rs8005486	T	C	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=34;PP=868;ReadPosRankSum=0.838;SC=GGCTAAGGGCTTTCTAGAACC;SOR=1.697;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=79;TCF=21;TCR=58;TR=41;WE=105686578;WS=105686560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,45:0.53:85
chr14	105692697	rs12883636	G	C	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.440;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=878;ReadPosRankSum=1.262;SC=CTGGGGTGCCGCGTGGGCCCC;SOR=0.376;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=61;WE=105692705;WS=105692687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,66:0.76:87
chr14	105695067	rs191690366	C	T	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.961;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=20;PP=953;ReadPosRankSum=0.097;SC=GGCAGGGTCCCGGGAGGTGGC;SOR=0.461;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=93;TCF=66;TCR=27;TR=63;WE=105695075;WS=105695057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,66:0.69:96
chr14	105695324	rs112359070	C	A	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=760;ReadPosRankSum=1.130;SC=CCCAGGACAACACTGCGGATC;SOR=0.502;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=84;TCF=25;TCR=59;TR=53;WE=105695332;WS=105695314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,63:0.68:93
chr14	105716325	rs61738773	G	A	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.573;NF=26;NR=21;PP=526;ReadPosRankSum=0.819;SC=GGGCCGAGGCGGAGTGCAAGA;SOR=0.650;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=70;TCR=57;TR=47;WE=105716333;WS=105716315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,54:0.38:142
chr14	105716377	rs45452103	C	T	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.682;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.284;NF=23;NR=25;PP=766;ReadPosRankSum=1.100;SC=GAGGCATGTTCTGGGGCGAGC;SOR=0.498;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=40;TCR=42;TR=48;WE=105716385;WS=105716367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,56:0.58:96
chr14	105833623	rs111376436	C	T	3897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=68;PP=2023;ReadPosRankSum=0.638;SC=CCCGTCAAGGCGGCCGAGATC;SOR=0.731;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=251;TCF=141;TCR=110;TR=158;WE=105833631;WS=105833613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,182:0.63:287
chr14	105905126	rs4983620	C	T	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	105911639	rs6576102	G	A	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=20;PP=1231;SC=CCCGAGGGGTGGTGTGGTTAC;SOR=1.576;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=65;WE=105911647;WS=105911629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr14	105916420	rs4983409	C	T	7313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr14	105924538	rs7492915	G	A	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=8;PP=885;SC=CCCCGCACCCGGGGAGGAGAG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=105924546;WS=105924528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	105924786	rs4074001	G	A	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=56;PP=1723;SC=GGTGGGTGTTGGGGACGTGAC;SOR=1.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=41;TCR=56;TR=97;WE=105924794;WS=105924776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	105929443	rs7143366	C	T	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=18;PP=1383;SC=GCCTTCTGGCCGCAGCCCTGC;SOR=1.759;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=72;WE=105929451;WS=105929433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	105929745	rs74092385	C	T	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=721;ReadPosRankSum=-1.044;SC=GTGGTGCTCTCCTCTCCGTAG;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=42;WE=105929753;WS=105929735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,47:0.66:71
chr14	105930406	rs4983413	G	A	4301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=1.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.94;ReadPosRankSum=0.133;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,212:0.74:288
chr14	105930923	rs11845995	G	A	3928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=57;PP=2420;SC=GGGGACACCCGCCCTGCCTGC;SOR=0.871;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=77;TCR=58;TR=134;WE=105930931;WS=105930913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr14	105931585	rs4983339	A	G	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	105935524	.	T	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=1.853;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,33:0.34:98
chr14	105935721	rs10150545	A	G	2194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=31;PP=1372;SC=CCATTGTCCCAAGGTGGCTGA;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=79;WE=105935729;WS=105935711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	105935824	rs13707	G	A	5418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=80;PP=2788;SC=CCACGGACAGGCCAGGCACAT;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=97;TCR=80;TR=177;WE=105935832;WS=105935814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr14	105936064	rs10150915	A	G	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=188;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=11;PP=870;SC=GGTCCGTGTAACTCACTGGGG;SOR=1.364;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=105936072;WS=105936054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	105936100	rs144496498	A	ACCTTGGCTGGTGGCC	3083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=11;PP=2900;SC=CAGGCACAGCACCTCCCAGCG;SOR=1.773;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=29;WE=105936108;WS=105936090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	105945891	rs11849001	C	T	11810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr14	105953474	rs7160858	G	T	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=124;SC=CGAGGGGCGGGGTCTCCAAGG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=105953482;WS=105953464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	105953595	rs7140395	T	C	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	105962234	rs7494350	T	C	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=32;PP=1043;SC=GAGCGGGAGCTGCCCAAAACC;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=42;TCR=32;TR=74;WE=105962242;WS=105962224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	105962369	rs7494717	A	G	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=44;PP=1494;SC=ACTGGGCAGCACCCTTGGATC;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=83;WE=105962377;WS=105962359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	105963944	rs4983426	CT	TC	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=13;PP=661;SC=TCTGGGGAGGCTCACTGCTGC;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=26;WE=105963953;WS=105963934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	106054428	rs9972103	C	G	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.94;QD=31.51;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	106054456	rs61984162	A	G	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.15;QD=27.48;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	106054748	rs74519992	G	A	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=1.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=-6.436;QD=4.93;ReadPosRankSum=4.459;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,110:0.30:365
chr14	106054791	rs73357622	G	T	3915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQRankSum=-5.235;QD=15.24;ReadPosRankSum=3.632;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,106:0.41:257
chr14	106054796	rs74091253	A	G	3859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=2.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQRankSum=-5.105;QD=15.95;ReadPosRankSum=2.716;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,103:0.43:242
chr14	106054812	rs111444508	C	T	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=4.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-4.258;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.653;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,81:0.43:187
chr14	106054854	.	A	T	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQRankSum=-2.028;QD=13.78;ReadPosRankSum=-4.072;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr14	106054858	.	T	C	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.744;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQRankSum=-2.330;QD=13.42;ReadPosRankSum=-3.164;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,23:0.36:64
chr14	106066454	rs4983454	T	C	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=38;PP=1297;SC=GTGAGGGGCTTGCTGCCTCAT;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=82;WE=106066462;WS=106066444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	106067618	rs12884681	G	A	3047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=32;PP=1820;SC=TCTTGCCCCCGCGTCCTGGCC;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=69;TCR=32;TR=101;WE=106067626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	106091511	.	T	A	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=305;ReadPosRankSum=1.188;SC=GAGAGTGTCCTTGGGTTTTGG;SOR=0.283;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=25;WE=106091519;WS=106091501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr14	106110330	rs8014709	T	C	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=28;PP=1354;SC=CCAGCTGGGGTCTGTCCCTGG;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=70;WE=106110338;WS=106110320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	106173808	rs371291470	G	A	2050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.92;QD=30.61;SOR=5.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	106173971	rs10220590	T	C	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.37;MQRankSum=-0.819;QD=28.99;ReadPosRankSum=-0.430;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr14	106174221	rs117775520	G	A	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=48;PP=1550;SC=GCACAGCCCGGCAGGACACTG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=91;WE=106174229;WS=106174211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	106174261	rs1407	C	G	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=29;PP=1113;SC=AGAGGTCACGCTCAGGTGGTC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=53;WE=106174269;WS=106174251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	106174518	rs12433324	A	G	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	106175037	rs58621233	C	CATGCCATG	3699.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.96;QD=44.04;SOR=4.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	106175040	rs59809572	C	CCCAGGAGGACAG	2977.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.86;QD=46.53;SOR=4.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	106175044	rs57258431	A	G	2030.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.46;QD=48.35;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	106175045	.	T	TG	2021.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.46;QD=48.14;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	106175046	.	A	C	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.68;QD=51.24;SOR=4.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	106209340	rs11552998	T	C	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=22;PP=700;SC=AGCCCAGGGCTGCTGTGCCCC;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=45;WE=106209348;WS=106209330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	106235485	rs112228168	T	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQRankSum=0.985;QD=14.14;ReadPosRankSum=0.982;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr14	106235489	rs15979	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.71;MQRankSum=-1.044;QD=4.63;ReadPosRankSum=-2.097;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr14	106235504	rs8082	C	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.57;MQRankSum=0.405;QD=11.10;ReadPosRankSum=1.336;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr14	106235528	rs368273969	C	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.85;MQRankSum=0.319;QD=23.84;ReadPosRankSum=0.715;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr14	106235535	rs371721170	C	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.86;MQRankSum=1.300;QD=20.31;ReadPosRankSum=1.400;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr14	106235567	rs139488657	G	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.34;MQRankSum=-1.015;QD=19.92;ReadPosRankSum=0.066;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr14	106235569	rs4042058	C	G	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.83;MQRankSum=-0.881;QD=19.26;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr14	106235611	rs1051112	A	T	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.82;QD=27.31;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	106235614	rs4042056	C	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=9.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.33;MQRankSum=-1.587;QD=3.22;ReadPosRankSum=-1.970;SOR=3.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr14	106235966	rs145579382	T	C	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=25;PP=861;SC=CCTCTGTCCATGTGGCCCTCA;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=63;WE=106235974;WS=106235956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	106236000	rs141959627	T	C	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.43;QD=24.97;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	106236143	rs74093865	G	A	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=13;PP=774;SC=CTCCTCCCGCGGCTTTGTCTT;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=106236151;WS=106236133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	106237105	rs2753552	A	G	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=41;NR=50;PP=1560;SC=GAGAGAAGGTATCTGAGCTGA;SOR=1.090;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=91;WE=106237113;WS=106237095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	106237189	.	C	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=348;ReadPosRankSum=2.866;SC=CTCTTGGCAGCTCTGAGCGCA;SOR=1.329;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=18;WE=106237197;WS=106237179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr14	106237642	rs2983777	T	G	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.16;QD=24.75;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	106303846	rs1005582	C	T	3835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=49;PP=1867;SC=GTGGACAGGGCGGTCCACAGG;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=74;TCR=49;TR=123;WE=106303854;WS=106303836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr14	106303948	rs1005581	A	G	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr14	106307054	rs2753491	C	G	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.30;ReadPosRankSum=-0.620;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr14	106307418	rs2753492	G	A	3086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.42;ReadPosRankSum=1.219;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,144:0.67:214
chr14	106310962	rs3751509	C	T	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=127;SC=AGTCTGCTGGCTGTTTGGCAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=106310970;WS=106310952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	106311374	rs2856940	A	G	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	106318342	rs2256593	T	C	2891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=53;NR=43;PP=1271;SC=ATGCTTTCCCTGTGGTCGGGA;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=96;WE=106318350;WS=106318332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr14	106318440	rs2256589	T	C	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.59;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	106318450	rs2753504	G	A	3049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.78;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	106321590	rs12365	C	A	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=30;PP=1419;SC=CTCACCGGGGCCACACATGGA;SOR=1.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=82;WE=106321598;WS=106321580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	106321913	rs1136534	G	A	3421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=54;PP=2238;SC=GAGGCAGCTCGGCAATCACTG;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=64;TCR=54;TR=118;WE=106321921;WS=106321903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr14	106322388	rs2753506	G	A	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=373;SC=CCTGCCTGTCGGGGCTGAGTG;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=106322396;WS=106322378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	106329435	rs1950943	T	G	6164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.33;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr14	106329449	.	ATG	A	6385.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.04;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr14	106329453	.	A	ACC	5903.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.78;ReadPosRankSum=-1.320;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,134:0.97:138
chr14	106330320	rs2857385	A	C	8500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=155;NR=133;PP=2965;SC=GCCCCCCAGGATGCTCCGGGG;SOR=0.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=289;TCF=155;TCR=134;TR=288;WE=106330328;WS=106330310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr14	106330370	rs2857384	G	A	10297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr14	106346740	rs2244932	A	G	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=287;ReadPosRankSum=-0.263;SC=CCCGGCCCCCATCCTCACCAT;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=21;WE=106346748;WS=106346730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr14	106346795	rs2244930	G	T	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.96;ReadPosRankSum=-0.947;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,44:0.75:59
chr14	106347467	rs2516984	A	C	10386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;QD=26.43;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr14	106350569	rs2516978	C	T	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.929;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=15;PP=866;ReadPosRankSum=3.241;SC=GTGCAGGGCACCAGCCCATCG;SOR=1.024;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=53;WE=106350577;WS=106350559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,58:0.64:90
chr14	106350623	rs2753523	G	C	2989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.10;ReadPosRankSum=-1.587;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,134:0.68:198
chr14	106350696	rs2857368	A	G	4594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.432;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=76;PP=2425;ReadPosRankSum=0.048;SC=CTGCGAGTCCAGTCAGTTTTT;SOR=0.763;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=278;TCF=154;TCR=124;TR=181;WE=106350704;WS=106350686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,213:0.67:316
chr14	106354353	rs2516972	C	T	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.782;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=2;PP=469;ReadPosRankSum=-1.624;SC=AGCCCCTCAGCCCCAGGAGTG;SOR=1.922;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=30;WE=106354361;WS=106354347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr14	106356798	.	A	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=114;ReadPosRankSum=-1.251;SC=CTTTCTGAGGACACTTGTCAG;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=9;WE=106356806;WS=106356788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr14	106356974	rs2753529	G	C	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.34;ReadPosRankSum=-1.425;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,58:0.61:95
chr14	106357749	rs2254707	C	T	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.574;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=42;PP=922;ReadPosRankSum=1.165;SC=AGAGGCCAGCCACCTCACAAC;SOR=1.244;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=79;TCF=14;TCR=65;TR=49;WE=106357757;WS=106357739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,50:0.60:84
chr14	106359259	rs2857366	A	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.805;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr14	106359327	rs3021114	GC	AG	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQRankSum=-0.128;QD=23.74;ReadPosRankSum=-1.530;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr14	106361418	rs2753533	T	C	2968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.77;QD=26.27;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr14	106361561	rs61993631	GC	AT	3930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=44.17;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	106361564	rs61993633	A	T	3817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=46.00;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	106369335	rs2857353	G	A	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.026;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=21;PP=1189;ReadPosRankSum=-0.358;SC=GGCTGAGATGGCCCAGGTGTC;SOR=1.162;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=69;WE=106369343;WS=106369325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,70:0.65:107
chr14	106369534	rs2516960	A	G	4440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=91;PP=2728;SC=GTGGCCAGAGACCTTTCCCAC;SOR=1.391;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=62;TCR=91;TR=151;WE=106369542;WS=106369524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr14	106370603	rs2857350	G	C	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=11;PP=436;SC=AAACCTACCGGCAGGCCTGGG;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=106370611;WS=106370593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	106375551	rs2857348	C	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	106375555	rs2516957	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	106375638	rs2857347	T	C	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	106376144	rs2516956	A	G	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=4;PP=574;SC=GCAGGGTGCCATGGACAGGAG;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=106376152;WS=106376134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	106376354	rs2516955	A	G	4787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=80;PP=2595;SC=TGGGCTCAGCACAACTTGGTC;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=78;TCR=80;TR=158;WE=106376362;WS=106376344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr14	106377944	rs2516952	C	G	97.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	106380073	rs2856850	A	G	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	106380174	rs2157630	C	A	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	106382687	rs2857339	C	T	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=855;ReadPosRankSum=-0.983;SC=TCACTGTGGGCATAGCAGCTG;SOR=0.616;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=63;WE=106382695;WS=106382677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,68:0.75:91
chr14	106385211	.	AGTGGGGTTC	A	280.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.49;MQRankSum=-2.600;QD=20.05;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr14	106385221	.	AG	A	364.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.49;MQRankSum=-2.600;QD=26.05;ReadPosRankSum=1.341;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr14	106385233	rs2857334	A	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQRankSum=-2.455;QD=23.36;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr14	106385234	rs2857333	C	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQRankSum=-2.455;QD=23.36;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr14	106385245	rs2857332	C	G	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.85;QD=36.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	106385332	rs2250700	G	C	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.30;QD=26.44;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	106387999	rs61996962	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.531;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr14	106388588	rs2516944	A	T	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=18;PP=434;SC=GACAACCCCAAATTCAGACCT;SOR=2.468;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=23;WE=106388596;WS=106388578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	106436780	rs67875134	A	G	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=3.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.957;SOR=1.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,38:0.35:109
chr14	106437077	rs112830936	C	T	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=416;ReadPosRankSum=0.104;SC=TTCAAAAACACACCGGCCTGA;SOR=0.651;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=37;WE=106437085;WS=106437067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,43:0.36:118
chr14	106452628	rs7144717	T	G	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.469;NF=28;NR=11;PP=595;ReadPosRankSum=0.843;SC=CCTCCTCCCTTGGGTTTCTGA;SOR=0.730;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=124;TCF=91;TCR=33;TR=39;WE=106452636;WS=106452618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,38:0.30:127
chr14	106452766	rs112806369	T	A	2870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.846;NF=82;NR=81;PP=2009;ReadPosRankSum=2.322;SC=ATGGTGACCCTGCCCTGAAAC;SOR=0.643;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=487;TCF=253;TCR=234;TR=163;WE=106452774;WS=106452756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:347,166:0.32:513
chr14	106471268	rs1143505	A	G	4256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=-7.658;QD=13.30;ReadPosRankSum=-0.447;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,115:0.36:320
chr14	106471273	rs77346190	C	T	4299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=1.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-7.546;QD=12.87;ReadPosRankSum=-0.342;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,122:0.37:334
chr14	106471353	rs34069216	C	T	4016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FS=0.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-8.472;QD=6.19;ReadPosRankSum=-1.915;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:420,229:0.35:649
chr14	106471388	rs34874585	C	A	3849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-8.358;NF=113;NR=100;PP=2469;ReadPosRankSum=0.117;SC=GCCAGCGTTGCTCCATCCCAT;SOR=0.726;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=601;TCF=305;TCR=296;TR=213;WE=106471396;WS=106471378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:422,223:0.35:645
chr14	106471528	rs35966079	C	A	1971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=6.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=-6.995;QD=8.35;ReadPosRankSum=1.045;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,62:0.26:236
chr14	106471534	rs36065697	A	G	1939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=7.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQRankSum=-9.570;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.842;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,59:0.26:227
chr14	106471547	rs1143496	A	G	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.668;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.811;NF=20;NR=37;ReadPosRankSum=0.414;SC=CTGGGAGTGGACACCTGTAGA;SOR=1.177;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=201;TCF=87;TCR=114;TR=57;WE=106471555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,59:0.27:216
chr14	106471580	rs56320742	GC	TT	1321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.400;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQRankSum=-11.473;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.472;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,43:0.23:183
chr14	106471595	rs34652473	T	C	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQRankSum=-11.628;QD=4.09;ReadPosRankSum=-1.474;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,43:0.26:164
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chr14	106494269	rs12895651	T	C	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.18;ReadPosRankSum=3.487;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,73:0.47:154
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chr14	106579356	rs17549886	A	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.071;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
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chr14	106622076	rs12433709	G	A	2130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.802;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.330;NF=62;NR=50;PP=1350;ReadPosRankSum=0.948;SC=GGAGCCTTGCGGGCCCAGTTC;SOR=0.856;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=367;TCF=192;TCR=175;TR=112;WE=106622084;WS=106622066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,123:0.31:398
chr14	106667592	rs3751514	G	A	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.956;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.021;NF=50;NR=31;PP=1028;ReadPosRankSum=-0.251;SC=CTCGCACAGTGATACAAGGCC;SOR=0.529;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=250;TCF=162;TCR=88;TR=81;WE=106667600;WS=106667582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,88:0.33:268
chr14	106667902	rs58794564	A	AC	16289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=171;PP=2936;SC=ACACAGAGACACCTGGTCAGA;SOR=0.861;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=225;TCF=48;TCR=177;TR=215;WE=106667911;WS=106667892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr14	106780817	rs8009554	A	C	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.920;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.750;NF=19;NR=19;PP=473;ReadPosRankSum=0.506;SC=GGACAGGACCACTGTGAACAG;SOR=0.238;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=38;WE=106780825;WS=106780793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr14	106791006	rs10148365	C	T	13188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=794;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.257;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.438;NF=331;NR=213;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.966;SC=CACTGTGTCTCTCGCACAGTA;SOR=0.606;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=770;TCF=471;TCR=299;TR=544;WE=106791014;WS=106790996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,564:0.71:793
chr14	106791119	rs4502119	A	G	8866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1698;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.336;NF=266;NR=243;PP=2962;ReadPosRankSum=3.542;SC=CGGAGTCTGCATAGTATTTAT;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1660;TCF=852;TCR=808;TR=509;WE=106791139;WS=106791109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1156,539:0.32:1695
chr14	106791131	rs10148460	A	G	9256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1687;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-5.249;NF=267;NR=234;PP=2962;ReadPosRankSum=3.680;SC=AGTATTTATTACTTCCATCAT;SOR=0.751;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=1644;TCF=852;TCR=792;TR=501;WE=106791139;WS=106791109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1148,534:0.32:1682
chr14	106791200	rs8017285	GC	AG	15331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1375;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQRankSum=-6.284;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.570;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:932,440:0.32:1372
chr14	106791479	rs376796064	C	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr14	106805236	rs61740539	C	T	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.215;NF=27;NR=21;PP=676;ReadPosRankSum=1.246;SC=CGGCCGTGTCCGCGGCAGTCA;SOR=0.840;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=84;TCR=64;TR=48;WE=106805250;WS=106805226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,48:0.31:154
chr14	106805242	rs61740532	A	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQRankSum=-8.638;QD=1.73;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,26:0.16:161
chr14	106805278	rs61739320	A	G	2970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=2.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQRankSum=-6.142;QD=13.50;ReadPosRankSum=-0.227;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,109:0.50:220
chr14	106805282	rs199855112	G	C	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=6.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQRankSum=-14.133;QD=2.65;ReadPosRankSum=0.021;SOR=1.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,31:0.13:239
chr14	106805299	rs61739267	A	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=2.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQRankSum=-15.802;QD=1.69;ReadPosRankSum=-1.485;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,43:0.14:318
chr14	106805341	rs200481782	G	A	3030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-13.782;QD=5.39;ReadPosRankSum=-2.527;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:455,107:0.19:562
chr14	106805343	rs200864088	A	G	3030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-14.008;QD=5.31;ReadPosRankSum=-2.119;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:463,108:0.19:571
chr14	106805380	rs201158628	G	T	3584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=686;ExcessHet=3.0103;FS=0.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=-12.675;QD=5.25;ReadPosRankSum=3.287;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:555,128:0.19:683
chr14	106805381	rs77489245	T	G	9667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=4;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-8.704;NF=167;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.283;SC=CTTCCCTGGGTGCTGGCGGAT;SOR=0.547;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=636;TCF=340;TCR=296;TR=328;WE=106805416;WS=106805370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,352:0.52:680
chr14	106805386	rs199616126	G	C	3603.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=685;ExcessHet=3.0103;FS=1.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQRankSum=-11.534;QD=5.28;ReadPosRankSum=3.748;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:554,128:0.19:682
chr14	106805395	rs61995641	G	A	3588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=687;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.215;NF=104;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.315;SC=GGCGGATCCAGCTCCAGTAGT;SOR=0.647;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=645;TCF=336;TCR=309;TR=208;WE=106805416;WS=106805370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:468,216:0.32:684
chr14	106805402	rs117757529	T	G	3687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=685;ExcessHet=3.0103;FS=0.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-11.288;QD=5.46;ReadPosRankSum=2.067;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:539,136:0.20:675
chr14	106805408	rs61995642	C	T	3510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=686;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.840;NF=101;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.256;SC=CCAGTAGTAACCACCACTGCT;SOR=0.703;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=648;TCF=332;TCR=316;TR=205;WE=106805416;WS=106805370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:471,212:0.31:683
chr14	106805439	rs142283571	T	C	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FS=1.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQRankSum=-7.709;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.960;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:436,107:0.20:543
chr14	106805440	rs6576153	A	G	21709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=250;NR=270;PP=2962;SC=CAGAGACAGTACAGGTGAGGG;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=521;TCF=250;TCR=271;TR=520;WE=106805448;WS=106805429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,547:1.00:547
chr14	106805481	rs111274188	G	A	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=7.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQRankSum=-4.979;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,60:0.19:320
chr14	106805485	rs113376532	C	G	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=6.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQRankSum=-5.088;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.500;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,54:0.18:305
chr14	106805502	rs200772933	C	G	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=7.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQRankSum=-5.288;QD=3.76;ReadPosRankSum=-1.256;SOR=1.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,37:0.14:256
chr14	106805508	rs4462488	G	A	8220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=162;PP=2962;SC=TGCACCTGGGGCAGGACCCCT;SOR=1.581;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=247;TCF=85;TCR=162;TR=247;WE=106805516;WS=106805492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr14	106845193	rs10129987	C	G	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.15;QD=29.52;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	106845209	rs10129994	C	G	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=5;PP=893;SC=ATGTGCACCTCCTCTGGGGTT;SOR=4.548;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=106845217;WS=106845199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	106859351	rs1008525	G	C	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.72;QD=27.14;SOR=1.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	106859421	rs11160957	A	C	176.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.75;QD=29.47;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	106877445	rs60581578	C	T	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.476;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,44:0.29:154
chr14	106877447	rs57593057	A	ATGATCT	1500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=1638;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GAGGGAGACGACTGAGAAGAT;SOR=0.685;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=69;TCF=15;TCR=54;TR=19;WE=106877455;WS=106877435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,44:0.30:147
chr14	106877551	rs8020298	A	C	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=43;PP=1611;SC=TGCACCTGCGACCGCCCCCTC;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=89;WE=106877559;WS=106877541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr14	106922052	rs10782500	T	G	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=4;PP=1138;SC=AATTGCATATTTAGGCTATTT;SOR=4.125;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=43;WE=106922060;WS=106922042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	106922368	rs6576168	C	T	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=54;PP=1619;SC=AGTAAAAACACAGGACTCATA;SOR=1.396;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=88;WE=106922376;WS=106922358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	106926107	rs7401587	T	C	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=456;ReadPosRankSum=0.408;SC=GTGTCTTGAGTGGCCTCTGCA;SOR=1.448;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=26;WE=106926115;WS=106926097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr14	106926146	rs61999675	G	A	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=394;ReadPosRankSum=-0.256;SC=TTCCTGCAGCGAGGTTTTTGT;SOR=0.282;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=81;TCF=60;TCR=21;TR=34;WE=106926154;WS=106926136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,40:0.43:92
chr14	106926211	rs116899367	C	T	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.760;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=24;PP=1181;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TAATACAAGGCGGTGTCCTCA;SOR=1.162;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=207;TCF=133;TCR=74;TR=82;WE=106926219;WS=106926201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,91:0.40:230
chr14	106926328	rs61999676	A	C	7655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.320;NF=162;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=0.114;SC=CCACCATCCCAACTAATAAGA;SOR=0.576;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=495;TCF=267;TCR=228;TR=308;WE=106926336;WS=106926318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,346:0.63:547
chr14	106926362	rs61999677	C	T	6798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.532;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.573;NF=147;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.548;SC=GACCCTTCCCCGGAGCTTGAC;SOR=0.606;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=444;TCF=228;TCR=216;TR=276;WE=106926370;WS=106926352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,310:0.63:491
chr14	106926388	rs2467910	T	C	5818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-5.670;NF=121;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.371;SC=CAGTGCATGGTATAATCATCA;SOR=0.566;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=388;TCF=193;TCR=195;TR=236;WE=106926396;WS=106926378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,257:0.61:418
chr14	106926456	rs79008247	A	C	4163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.169;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-11.205;NF=96;NR=76;PP=2883;ReadPosRankSum=-1.671;SC=CTGTACCACGACTCCCCCAGA;SOR=0.636;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=301;TCF=149;TCR=152;TR=172;WE=106926466;WS=106926446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,178:0.58:307
chr14	106937400	rs10134807	T	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-0.792;QD=14.88;ReadPosRankSum=2.361;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr14	106937467	.	G	GC	112	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.78;QD=28.00;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	106963101	rs7141669	C	T	5432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=0.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.653;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,251:0.69:364
chr14	106967052	rs11848941	C	A	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.554;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=24;PP=940;ReadPosRankSum=0.859;SC=CTGTGTCTCTCGCACAGTAAT;SOR=0.473;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=196;TCF=137;TCR=59;TR=71;WE=106967060;WS=106967042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,74:0.35:212
chr14	107013129	rs2073674	A	C	7244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=1.486;SC=GCCTGGCGGAACCAGCTCATA;SOR=0.668;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=413;TCF=207;TCR=206;TR=294;WE=107013137;WS=107013119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,317:0.71:446
chr14	107034659	.	A	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=1.341;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,7:0.16:44
chr14	107034665	.	TCA	T	184.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=1.669;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,7:0.16:44
chr14	107034668	.	T	TCC	187.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.502;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,8:0.18:45
chr14	107034679	rs370585113	C	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=1.475;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,9:0.17:53
chr14	107034681	.	G	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=1.542;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,9:0.17:53
chr14	107034705	rs200210193	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=0.399;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,12:0.18:66
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chr14	107034789	rs72686840	G	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.208;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,27:0.14:196
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chr14	107048885	rs200064890	C	T	3829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=0.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.12;MQRankSum=-6.296;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.794;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,187:0.48:392
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chr14	107048939	rs199574916	T	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=55.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.77;MQRankSum=2.359;QD=9.87;ReadPosRankSum=-1.663;SOR=5.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
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chr14	107082871	rs144729059	A	ATGC	1357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=669;SC=AAATCAAGAGATGAGAAGCTT;SOR=0.756;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=12;WE=107082905;WS=107082861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	107082879	rs59681319	C	CG	1402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	107082880	.	T	G	270	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MMLQ=20;MQ=59.69;NF=7;NR=9;PP=270;QD=19.0482007842;SC=GATGAGAAGCTTGATATATAT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=16;WE=107082905;WS=107082861;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,16:0.76:21
chr14	107082881	rs59072447	T	TA,TTAGAA	1312.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=629;SC=ATGAGAAGCTTGATATATATT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=107082905;WS=107082861;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:30
chr14	107082882	rs61261254	G	GA	1312.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.88;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	107082889	.	A	ATT	1198.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.11;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	107082897	rs2337902	T	A	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.57;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr14	107113785	rs201264785	C	T	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=4.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-7.516;QD=2.85;ReadPosRankSum=-4.315;SOR=1.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,32:0.14:226
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chr14	107131290	rs149638514	T	C	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.66;QD=45.07;SOR=4.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr14	107170077	rs11845244	C	T	10762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.96;NF=198;NR=178;PP=2965;SC=GGGATGATCCCTCCCATCCAC;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=377;TCF=198;TCR=179;TR=376;WE=107170085;WS=107170067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
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chr14	107170207	rs11845287	C	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.297;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,41:0.22:190
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chr14	107170410	rs10220412	G	C	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=27;PP=925;SC=GAGGAGGAATGTGGTTGTTAT;SOR=1.412;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=107170418;WS=107170388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	107178795	rs10144331	A	G	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=11;PP=1041;SC=TTGTACAGGAAGCGCCCTGGG;SOR=1.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=107178803;WS=107178785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	107178832	rs10144402	A	G	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=24;PP=1489;SC=TCCGTGCACAATAATACGTGG;SOR=1.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=76;WE=107178840;WS=107178822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
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chr14	107198866	rs1987970	T	G	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=11;PP=935;SC=CCGCCCCCTGTTGGCCCCACG;SOR=1.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=107198874;WS=107198856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	107211211	rs2073668	G	A	8947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=166;NR=145;PP=2965;SC=AGCCTCCCCCGGACTCCACCA;SOR=0.845;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=312;TCF=167;TCR=145;TR=311;WE=107211219;WS=107211201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr14	107282836	rs201902530	T	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=4.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQRankSum=-10.036;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.701;SOR=1.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,18:0.11:159
chr14	107282846	rs200859769	G	A	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=2.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=-9.057;QD=3.79;ReadPosRankSum=-0.339;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,25:0.16:160
chr14	107282852	rs201336503	T	C	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=2.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=-8.497;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.475;SOR=1.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,27:0.17:155
chr14	107282859	rs201095197	G	A	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-8.510;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.100;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,29:0.18:157
chr14	107282872	rs61741319	T	A	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQRankSum=-7.682;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.421;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,40:0.24:166
chr14	107282909	rs202202987	T	C	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-7.198;QD=5.31;ReadPosRankSum=2.253;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,50:0.26:190
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chr15	20433755	rs4114043	G	A	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.709;NF=41;NR=6;PP=948;ReadPosRankSum=0.007;SC=GTGAGTTTACGCTATGAGAAA;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=55;TCR=9;TR=47;WE=20433763;WS=20433745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,51:0.75:68
chr15	20444637	rs200452405	G	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FS=0.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=1.590;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:445,84:0.16:529
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chr15	20445987	rs4931804	C	T	627.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FS=0.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-3.053;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.345;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:378,80:0.17:458
chr15	20446043	rs1823751	T	A	4118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.467;NF=100;NR=107;PP=2344;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GGTGAAGCGGTTGCTTCGAGG;SOR=0.783;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=536;TCF=262;TCR=274;TR=207;WE=20446051;WS=20446033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:338,223:0.40:561
chr15	20447987	rs8024775	A	G	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.506;NF=14;NR=4;PP=302;ReadPosRankSum=0.170;SC=ATATATTTCTACTGTTCATAA;SOR=0.074;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=55;TCF=47;TCR=8;TR=18;WE=20447995;WS=20447977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,16:0.30:54
chr15	20448056	rs8024950	A	G	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.892;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.158;NF=52;NR=13;PP=1025;ReadPosRankSum=-2.849;SC=CACCATACTCACCAAAGTGAA;SOR=1.890;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=162;TCF=111;TCR=51;TR=65;WE=20448064;WS=20448046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,34:0.25:136
chr15	20448077	rs3963874	T	A,C	5910.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=29,135;NR=21,82;PP=262,2962;SC=GAGCTGTCCCTTTAGGTCATT;SOR=1.160;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=267;TCF=164;TCR=103;TR=50,217;WE=20448085;WS=20448067;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.16,0.84:246
chr15	20448164	rs55697731	T	C	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=680;ExcessHet=3.0103;FS=2.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.46;MQRankSum=-3.042;QD=3.03;ReadPosRankSum=1.617;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:518,162:0.24:680
chr15	20450242	rs2444187	G	C	10167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=831;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.215;NF=247;NR=222;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.016;SC=GTTCCTGTGCGGCACACAGCA;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=802;TCF=414;TCR=388;TR=469;WE=20450250;WS=20450232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,482:0.58:830
chr15	20450476	.	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=6.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-4.094;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.678;SOR=0.114;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,12:0.15:78
chr15	20453825	rs7167849	A	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.723;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.212;NF=7;NR=6;PP=148;ReadPosRankSum=0.012;SC=CCCCTCTCCCAGGCCCTCTTC;SOR=0.334;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=13;WE=20453833;WS=20453815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr15	20453896	rs2601517	G	C	2042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.174;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.595;NF=48;NR=24;PP=1973;ReadPosRankSum=1.374;SC=GGACCCACATGTGGATGCAGA;SOR=0.454;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=72;WE=20453922;WS=20453886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,81:0.81:100
chr15	20453913	rs2601516	C	T	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.470;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.777;NF=42;NR=26;PP=1203;ReadPosRankSum=2.269;SC=CAGAGGGACACACACCCAGCT;SOR=0.254;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=92;TCF=61;TCR=31;TR=68;WE=20453922;WS=20453886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,79:0.77:102
chr15	20453932	rs60565633	T	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=5.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQRankSum=2.953;QD=2.69;ReadPosRankSum=1.718;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,31:0.23:136
chr15	20454025	rs4931913	A	G	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=2.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQRankSum=-4.001;QD=0.24;ReadPosRankSum=1.400;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,28:0.14:196
chr15	20454100	rs12324192	TT	AA	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=5.603;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQRankSum=2.763;QD=6.10;ReadPosRankSum=1.281;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,19:0.22:86
chr15	20454162	rs4931914	C	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.467;NF=4;NR=9;PP=129;ReadPosRankSum=-0.787;SC=ATTTGGGATCCTCGCTCTCCT;SOR=0.538;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=13;WE=20454172;WS=20454152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr15	20456517	rs12593833	T	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.053;NF=10;NR=4;PP=195;ReadPosRankSum=-0.460;SC=ATCCTCTGCCTTCAGCCTGTG;SOR=0.732;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=14;WE=20456525;WS=20456507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr15	20456600	rs2924241	G	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQRankSum=2.498;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.547;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,21:0.24:88
chr15	20456640	rs8041606	A	G	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.615;NF=26;NR=16;PP=539;ReadPosRankSum=1.409;SC=CCTGGTGGTCAATGAGGAGGA;SOR=0.896;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=66;TCR=42;TR=42;WE=20456648;WS=20456630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,41:0.33:123
chr15	20456665	rs8026258	T	A	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQRankSum=-8.915;QD=13.62;ReadPosRankSum=-2.132;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,51:0.38:133
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chr15	20456677	rs8037872	G	A	1908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQRankSum=-8.619;QD=14.04;ReadPosRankSum=-1.606;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,53:0.39:136
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chr15	20457157	rs11854770	C	T	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=1.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQRankSum=-10.596;QD=5.79;ReadPosRankSum=1.459;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,49:0.20:246
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chr15	20457319	rs8038741	C	A	5176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=739;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.817;NF=131;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=0.110;SC=GCACGCTGAGCATGGCAGGGC;SOR=0.601;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=719;TCF=340;TCR=379;TR=271;WE=20457327;WS=20457309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:457,275:0.38:732
chr15	20462450	rs2343219	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.234;NF=12;NR=8;PP=178;ReadPosRankSum=-1.188;SC=TTGCAGGGGACGACCTGTAGA;SOR=0.693;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=20;WE=20462458;WS=20462447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,23:0.32:71
chr15	20462507	rs2343218	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.912;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.68;MQRankSum=0.926;NF=17;NR=12;PP=377;ReadPosRankSum=1.777;SC=GGGGCCAAGGCTCTGTCCAGT;SOR=0.482;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=29;WE=20462515;WS=20462497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,34:0.45:76
chr15	20462585	rs3901622	A	G	1816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=30;PP=861;ReadPosRankSum=1.592;SC=CCCAGCCTGCATCTGCCAATA;SOR=0.578;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=181;TCF=117;TCR=64;TR=81;WE=20462593;WS=20462575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,94:0.47:201
chr15	20462603	rs2880572	G	T	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.684;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.069;NF=52;NR=27;PP=1066;ReadPosRankSum=-0.639;SC=ATAGCGCCACGTCCCAATCTG;SOR=0.987;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=219;TCF=134;TCR=85;TR=79;WE=20462611;WS=20462593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,86:0.36:239
chr15	20462690	rs6422224	T	G	7391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.402;NF=150;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.402;SC=CAGAACCCCATTGAGGGAGTC;SOR=0.692;SbPval=0.56;Source=Platypus;TCF=186;TR=315;WE=20462698;WS=20462680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,333:0.81:410
chr15	20462792	rs62009635	T	G	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=4.155;QD=12.45;ReadPosRankSum=-0.224;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,39:0.36:108
chr15	20462793	rs77195941	ATTT	A	1335.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.91;MQRankSum=4.269;QD=12.60;ReadPosRankSum=0.189;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,37:0.35:106
chr15	20462806	rs7179860	A	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=-1.152;QD=1.17;ReadPosRankSum=1.756;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,17:0.25:69
chr15	20462828	rs8039793	A	G	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.886;NF=6;NR=9;PP=226;ReadPosRankSum=-0.996;SC=ACAGAGTCTCACTCTGTCGCC;SOR=0.409;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=15;WE=20462836;WS=20462818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr15	20464736	rs112424577	C	CA	972.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=2.764;QD=6.76;ReadPosRankSum=2.204;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,77:0.53:144
chr15	20464811	rs4983664	C	T	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=4.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQRankSum=1.055;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.456;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,68:0.29:237
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chr15	20465103	rs6599901	A	C	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.967;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.248;NF=34;NR=29;PP=1008;ReadPosRankSum=-0.872;SC=GTGATCCACCAACCTCGGCCT;SOR=0.481;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=63;WE=20465111;WS=20465093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,68:0.75:91
chr15	20465167	rs10794632	A	T	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=-1.037;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.770;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,41:0.26:157
chr15	20465182	rs10794633	T	A	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=-3.088;QD=8.63;ReadPosRankSum=2.099;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,43:0.28:153
chr15	20465246	rs8038116	G	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQRankSum=-2.331;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr15	20466352	rs4983837	T	C	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=20;PP=899;ReadPosRankSum=-0.812;SC=GCATTATAGGTGTGAAAACCA;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=97;TCR=46;TR=64;WE=20466360;WS=20466342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,67:0.45:148
chr15	20466516	rs4983836	C	T	4293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=106;PP=2906;SC=AAATCTGATCCAAGCTGAGTG;SOR=1.522;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=64;TCR=106;TR=170;WE=20466524;WS=20466506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr15	20466546	rs4931936	C	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.56;MQRankSum=0.441;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr15	20466604	rs4983834	A	G	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.06;QD=32.24;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr15	20481817	rs61468854	CA	C	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=1.696;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.715;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,15:0.23:66
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chr15	20482021	rs28602347	C	G	3216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.191;NF=86;NR=80;PP=2051;ReadPosRankSum=-0.900;SC=CTGAGATGTTCAGCCCCTCCA;SOR=0.688;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=440;TCF=223;TCR=217;TR=166;WE=20482029;WS=20482011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,176:0.38:466
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chr15	20482115	rs28702675	A	G	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=49;PP=1012;ReadPosRankSum=2.849;SC=GTTCGCGGCCACTCTGTTCAA;SOR=0.778;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=258;TCF=106;TCR=152;TR=79;WE=20482123;WS=20482105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,83:0.30:273
chr15	20482142	.	A	T	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.136;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,38:0.22:173
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chr15	20588693	rs74318793	C	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FS=1.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=0.373;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.704;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:389,74:0.16:463
chr15	20588705	rs4931826	C	A	3688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=1.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-2.575;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.689;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,195:0.43:455
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chr15	20874846	rs7497024	G	A	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FS=0.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.985;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:458,117:0.20:575
chr15	20874863	rs62000628	T	C	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=686;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=0.141;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:574,110:0.16:684
chr15	20874897	rs7497658	A	G	16792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=880;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-1.817;NF=384;NR=341;PP=2962;ReadPosRankSum=0.849;SC=CCTATTCTGCATATGGTGGTG;SOR=0.768;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=842;TCF=439;TCR=403;TR=725;WE=20874905;WS=20874887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,761:0.87:878
chr15	20875055	rs7496378	C	G	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=6.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=-0.066;SOR=1.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,19:0.13:147
chr15	20875094	rs12148785	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=3.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.882;SOR=1.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,20:0.19:104
chr15	20875100	rs7497715	A	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=-1.676;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,29:0.29:101
chr15	20875126	rs7497743	A	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.144;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr15	20876423	rs10902996	A	G	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.662;QD=1.71;ReadPosRankSum=-1.727;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:343,74:0.18:417
chr15	20876515	rs6422240	A	G	12625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=675;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=-3.281;QD=18.73;ReadPosRankSum=0.365;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,553:0.82:674
chr15	21145503	rs74912473	G	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.981;NF=5;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=-1.465;SC=TGCAACTCTAGCTCTTAACAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=21145511;WS=21145493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr15	21145789	rs76524194	C	T	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=476;ReadPosRankSum=0.690;SC=CGTGTGTTAACCTGTACTTCT;SOR=0.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=112;TCF=51;TCR=61;TR=40;WE=21145797;WS=21145779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,43:0.35:123
chr15	21145805	rs79921246	A	G	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.028;NF=8;NR=14;PP=300;ReadPosRankSum=0.327;SC=CTTCTGCCGCAGAGTTTGGAG;SOR=0.582;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=22;WE=21145813;WS=21145795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,24:0.33:72
chr15	22318824	rs35131467	AC	A	2145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.648;NF=29;NR=11;PP=1593;ReadPosRankSum=-0.821;SC=TAATAAAGTTACATTTGATAA;SOR=0.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=40;WE=22318832;WS=22318815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,62:0.83:75
chr15	22318963	rs1429506	A	T	13196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=284;NR=236;PP=2965;SC=TATCACAGAAAAGAACAAGGT;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=521;TCF=284;TCR=237;TR=520;WE=22318971;WS=22318953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr15	22319166	rs1429505	G	T	8283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.244;NF=197;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.061;SC=AAAGAGAAAGGTGCCAATTAT;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=530;TCF=289;TCR=241;TR=356;WE=22319182;WS=22319156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,369:0.67:550
chr15	22319174	rs6602966	T	C	3543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.209;NF=93;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.659;SC=AGGTGCCAATTATGAAGACAG;SOR=0.581;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=558;TCF=299;TCR=259;TR=184;WE=22319182;WS=22319156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:385,194:0.34:579
chr15	22319253	rs6602967	A	G	3444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=104;PP=2383;ReadPosRankSum=-0.785;SC=CTTCAATGGGACGGGATCACA;SOR=0.727;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=613;TCF=283;TCR=330;TR=189;WE=22319261;WS=22319243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:434,200:0.32:634
chr15	22319295	rs4779264	T	C	6856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=0.939;SC=TGGGCCACAGTAGGATAGCTG;SOR=0.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=404;TCF=175;TCR=229;TR=282;WE=22319303;WS=22319285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,288:0.69:419
chr15	22319389	rs8025521	T	A	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=2.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-1.871;QD=3.47;ReadPosRankSum=0.546;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,46:0.22:209
chr15	22319410	rs8029027	G	A	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-10.266;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.378;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,59:0.20:288
chr15	22319445	rs6602968	G	A	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQRankSum=-12.815;QD=1.94;ReadPosRankSum=-0.622;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:383,85:0.18:468
chr15	22332751	rs930109	T	C	13818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=260;NR=216;PP=2965;SC=TGAGATGTTTTTGCTGACAGT;SOR=0.834;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=480;TCF=262;TCR=218;TR=476;WE=22332759;WS=22332741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr15	22332859	rs62004745	G	T	9924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.388;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.046;NF=214;PP=2962;ReadPosRankSum=0.977;SC=TTGCCTGCTGGTGTGGGGGTT;SOR=0.592;Source=Platypus;TCF=269;WE=22332867;WS=22332849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,443:0.79:559
chr15	22344879	rs1366870	C	G	16419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=309;NR=321;PP=2965;SC=CTATTCCTCACCCACAGCACC;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=632;TCF=309;TCR=323;TR=630;WE=22344887;WS=22344869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,615:1.00:615
chr15	22344951	rs1366871	T	C	9409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.52;QD=31.47;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr15	22345097	rs12440831	C	T	9383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.886;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.269;NF=210;NR=212;PP=2962;ReadPosRankSum=0.153;SC=CATCACTGTCCTGGTTGGGGG;SOR=0.510;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=567;TCF=277;TCR=290;TR=422;WE=22345105;WS=22345087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,415:0.75:556
chr15	22345158	rs1529528	T	C	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FS=2.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQRankSum=-1.098;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.481;SOR=0.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:370,125:0.25:495
chr15	22345306	rs12438744	A	C	4197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.758;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.95;MQRankSum=-0.533;NF=68;NR=87;PP=2836;ReadPosRankSum=0.820;SC=TTGGCCTCCTACACAGTCATT;SOR=1.061;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=204;TCF=93;TCR=111;TR=155;WE=22345314;WS=22345296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,169:0.77:219
chr15	22368862	rs1835183	G	A	35126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=1286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=593;NR=639;PP=2965;SC=TCTTTTGATGGATGCATTGCA;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1236;TCF=594;TCR=642;TR=1232;WE=22368870;WS=22368852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1278:1.00:1278
chr15	22368905	rs1835182	G	A	35920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=1337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=611;NR=658;PP=2965;SC=CTGGGGCTTCGGAGATGTTCT;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1273;TCF=611;TCR=662;TR=1269;WE=22368913;WS=22368895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1328:1.00:1328
chr15	22369248	rs491208	T	C	19811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=385;NR=347;PP=2965;SC=TCTGGCCTTGTTCAAGAAACT;SOR=0.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=736;TCF=386;TCR=350;TR=732;WE=22369256;WS=22369238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,699:1.00:699
chr15	22369373	rs10048049	G	A	7358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=913;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.027;NF=186;NR=192;PP=2962;ReadPosRankSum=4.656;SC=CATTTGACTCGTTTTCCCTAG;SOR=0.595;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=882;TCF=424;TCR=458;TR=378;WE=22369381;WS=22369363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:525,381:0.42:906
chr15	22382655	rs535034	A	C	3504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.396;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.194;NF=57;NR=81;PP=2608;ReadPosRankSum=-1.231;SC=CCCTCTATTTATTTCTGGGCA;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=188;TCF=80;TCR=108;TR=138;WE=22382663;WS=22382645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,140:0.76:184
chr15	22382704	rs62006708	G	C	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=2.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.08;MQRankSum=-0.797;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.554;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,31:0.25:123
chr15	22382728	rs2808136	C	T	3044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.63;MQRankSum=0.956;QD=20.43;ReadPosRankSum=-0.864;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,110:0.74:149
chr15	22382739	rs2671839	A	G	5527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=69;PP=2962;SC=TCTCTGAGAAAAAGGTAATCT;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=109;TCR=69;TR=177;WE=22382747;WS=22382718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr15	22382821	rs12438969	G	C	16082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FS=1.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQRankSum=3.074;QD=31.29;ReadPosRankSum=-1.741;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,395:0.77:514
chr15	22382828	rs62006709	C	A	16400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FS=1.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQRankSum=3.357;QD=30.32;ReadPosRankSum=-0.689;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,413:0.76:541
chr15	22382897	rs62006710	A	G	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FS=2.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=1.456;QD=2.32;ReadPosRankSum=-0.341;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:416,105:0.20:521
chr15	22383064	rs12441468	C	A	10333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQRankSum=-3.868;QD=32.50;ReadPosRankSum=0.580;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,254:0.80:318
chr15	22383064	.	CTA	ATG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=22;MQ=57.7;NF=131;NR=87;PP=2944;QD=20;SC=GGTGGAGCTTCTAATGGTCTT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=285;TCF=169;TCR=116;TR=218;WE=22383074;WS=22383054;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:67,218:0.76:285
chr15	22383066	rs559754	A	G	10333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQRankSum=-3.849;QD=32.39;ReadPosRankSum=0.841;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,253:0.79:319
chr15	22383482	rs3841636	GA	G	602.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.366;NF=5;NR=11;PP=508;ReadPosRankSum=1.024;SC=GTTTTTCACTGAGTACCTCCC;SOR=0.622;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=56;TCF=10;TCR=46;TR=16;WE=22383490;WS=22383472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,24:0.22:110
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chr15	22413954	rs1810247	C	T	5142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.402;NF=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.470;SC=CCTCATCATCCGCTTGCCTTT;SOR=0.584;Source=Platypus;TCF=134;WE=22413962;WS=22413944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,207:0.77:269
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chr15	22448436	rs62007810	G	A	3375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-4.737;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.701;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:874,256:0.23:1130
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chr15	22482858	rs1807224	A	G	3493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1031;ExcessHet=3.0103;FS=1.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-3.041;QD=3.41;ReadPosRankSum=0.175;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:774,252:0.25:1026
chr15	22483137	rs4779321	G	A	3688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=114;PP=2580;ReadPosRankSum=1.262;SC=CTGAGAGTGCGCACCTGTGGG;SOR=0.661;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=317;TCF=84;TCR=233;TR=155;WE=22483145;WS=22483127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,164:0.48:344
chr15	22483277	rs753259	A	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=256;ReadPosRankSum=-0.032;SC=ACGGTGAGGCACTGAGCTCTA;SOR=0.447;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=27;WE=22483285;WS=22483267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,31:0.30:102
chr15	22489958	rs111826301	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=-1.486;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,11:0.12:91
chr15	22489966	rs72687799	A	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=-1.686;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,9:0.11:84
chr15	22490018	rs10152312	C	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.511;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
chr15	22513188	rs28635903	T	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.065;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr15	22925851	rs4134802	C	T	3144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.045;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=48;PP=2039;ReadPosRankSum=0.036;SC=TGCCCCTGCCCGACCAGCAGC;SOR=0.866;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=320;TCF=206;TCR=114;TR=143;WE=22925859;WS=22925841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,149:0.44:335
chr15	22926229	rs2289824	G	A	4445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=59;PP=2666;SC=TTTTCTTAGTGTAAAAACAAT;SOR=0.999;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=89;TCR=59;TR=148;WE=22926237;WS=22926219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr15	22926307	rs7403459	A	G	5945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=105;NR=99;PP=2965;SC=TCAAGGGTGCACCTGCCCTGT;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=106;TCR=100;TR=204;WE=22926315;WS=22926297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr15	22927952	rs2289823	C	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=3;PP=579;ReadPosRankSum=0.072;SC=TTTGGGTGGTCATTGTGGCCC;SOR=0.556;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=64;TCF=57;TCR=7;TR=34;WE=22927960;WS=22927942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr15	22928533	rs12148589	G	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.200;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr15	22929905	rs2305094	CA	GG	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=784;ReadPosRankSum=-1.034;SC=GGTGAGCACCCACCTCGCGCA;SOR=0.936;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=23;WE=22929914;WS=22929895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr15	22933456	.	G	T	73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=27;MQ=59.51;NF=6;NR=0;PP=73;QD=17.9618687579;SC=GCAGATGACTGTAGGGGAAAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=6;WE=22933464;WS=22933446;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr15	22933511	rs1867599	A	T	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.92;ReadPosRankSum=-1.053;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr15	22939192	rs11633474	G	A	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.284;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=569;ReadPosRankSum=0.039;SC=AGGTGGTTCCGCTATTTGGGG;SOR=0.479;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=116;TCF=75;TCR=41;TR=51;WE=22939200;WS=22939182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,59:0.45:130
chr15	22945314	rs8029108	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=230;ReadPosRankSum=-0.170;SC=TTAAGTACATCTCATTTATGT;SOR=1.127;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=13;WE=22945322;WS=22945304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr15	22955013	rs2289816	T	G	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=3;PP=625;SC=GCCCCCAGAGTAATTTGTATT;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=22955021;WS=22955003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	22955307	rs3217548	AC	A	594.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=418;ReadPosRankSum=-0.723;SC=CCCCGCCTGCACCCTCTCCCT;SOR=0.476;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=13;WE=22955315;WS=22955297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr15	22958104	rs4134803	A	G	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=6;PP=558;SC=GCAGGCACCCAGCACACAGCC;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=22958112;WS=22958094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	22960868	rs2289818	G	C	6638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr15	22960938	rs2289819	C	T	4644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr15	22999940	rs11307802	TG	T	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=122;ReadPosRankSum=-1.846;SC=AACAGCCACCTGGCTGCCCGG;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=22999948;WS=22999931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr15	23000053	rs374786698	C	T	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=-1.608;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
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chr15	23006707	rs3812922	C	A	2891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=69;PP=1885;ReadPosRankSum=-2.288;SC=TAGCAATGCCCAGGCCCTTCA;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=333;TCF=178;TCR=155;TR=146;WE=23006715;WS=23006697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,150:0.42:353
chr15	23019676	rs35568106	CA	C	271.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.59;ReadPosRankSum=-1.393;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr15	23021238	rs7170838	C	T	1420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.874;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.20;ReadPosRankSum=0.143;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr15	23059394	rs1991922	C	T	6291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr15	23086364	.	GGCC	G	1938.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.880;QD=20.20;ReadPosRankSum=0.953;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,52:0.54:96
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chr15	23132075	rs56264744	G	GA	1048.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.357;NF=2;NR=22;PP=286;ReadPosRankSum=1.903;SC=CACTTTAACTGAAAAAAAAAA;SOR=1.225;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=24;WE=23132083;WS=23132065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,53:0.93:57
chr15	23138992	rs202076313	G	A	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=28.40;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	23181835	rs188091559	G	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.918;NF=13;NR=4;PP=193;ReadPosRankSum=0.028;SC=TTTGTTAAATGAATATTTATT;SOR=0.473;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=17;WE=23181843;WS=23181825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr15	23182267	rs12050782	G	A	5388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.875;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=4.213;NF=83;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=1.884;SC=AAATGGAAAAGTCATCATATG;SOR=1.207;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=85;TCR=112;TR=192;WE=23182275;WS=23182257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,203:0.98:207
chr15	23200698	rs58552405	A	T	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.86;QD=29.66;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	23259270	rs200991698	A	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.01;MQRankSum=-3.278;QD=3.33;ReadPosRankSum=0.227;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr15	23300033	rs1058831	T	C	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.993;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.767;NF=41;NR=59;PP=1231;ReadPosRankSum=1.571;SC=CGGGAACGGGTGACTGCTTGC;SOR=0.432;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=62;TCR=92;TR=100;WE=23300041;WS=23300023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,91:0.61:150
chr15	23685004	rs34879341	G	GCAT	10081.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=44.81;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr15	23685517	rs372380699	C	T	3690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQRankSum=-2.254;QD=5.70;ReadPosRankSum=3.785;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:412,235:0.36:647
chr15	23685541	rs375981990	CT	C	28116.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=310;PP=2977;SC=CCCACATCTTCTTCTTCCTGC;SOR=1.236;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=423;TCF=106;TCR=317;TR=414;WE=23685549;WS=23685531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,708:1.00:708
chr15	23685583	rs368496365	T	C	4651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=704;ExcessHet=3.0103;FS=3.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=-3.302;QD=6.63;ReadPosRankSum=-5.554;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:458,244:0.35:702
chr15	23685604	.	TC	T	3339.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.575;ClippingRankSum=0.000;DP=567;ExcessHet=3.0103;FS=1.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=-1.931;QD=5.99;ReadPosRankSum=-11.187;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:387,171:0.31:558
chr15	23685606	.	TCTTCCTGCTCCCACATCTTCTCCTCCTGCTCCCGCATCTTC	T	3011.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=0.000;DP=591;ExcessHet=3.0103;FS=1.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-1.583;QD=5.24;ReadPosRankSum=-11.212;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:404,171:0.30:575
chr15	23685639	rs374969803	C	T	4944.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-4.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=0.344;QD=11.89;ReadPosRankSum=8.914;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,252:0.61:416
chr15	23685895	rs111853398	C	T	7001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=813;ExcessHet=3.0103;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQRankSum=-10.558;QD=8.65;ReadPosRankSum=2.022;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:441,368:0.45:809
chr15	23685922	.	C	CCCGCATCTTCTCCTCCTGCTT	15697.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DP=938;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=-10.045;QD=18.98;ReadPosRankSum=3.157;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:465,362:0.44:827
chr15	23686010	.	T	TCTC	5772.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DP=804;ExcessHet=3.0103;FS=2.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQRankSum=-10.984;QD=7.94;ReadPosRankSum=3.217;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:546,181:0.25:727
chr15	23686019	.	G	C	5108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.911;ClippingRankSum=0.000;DP=744;ExcessHet=3.0103;FS=4.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-11.662;QD=6.89;ReadPosRankSum=1.194;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:580,161:0.22:741
chr15	23686031	rs75983100	T	C	3917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=743;ExcessHet=3.0103;FS=1.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-12.798;QD=5.29;ReadPosRankSum=-0.128;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:608,132:0.18:740
chr15	23686045	.	A	ATCTTCTCCTCCTGGCCCCACATCT	5573.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DP=744;ExcessHet=3.0103;FS=0.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=-15.199;QD=7.52;ReadPosRankSum=-7.380;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:614,127:0.17:741
chr15	23686062	rs202194865	T	C	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQRankSum=-25.596;QD=2.09;ReadPosRankSum=-2.251;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:612,77:0.11:689
chr15	23686067	.	TCTC	T	1136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.779;ClippingRankSum=0.000;DP=712;ExcessHet=3.0103;FS=0.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-26.318;QD=1.61;ReadPosRankSum=-0.207;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:633,74:0.10:707
chr15	23686113	.	C	CTGCTCTTGCATCTTCTCG	996.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.610;ClippingRankSum=0.000;DP=764;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-26.686;QD=1.34;ReadPosRankSum=9.138;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:673,73:0.10:746
chr15	23686598	rs35708006	T	C	8236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr15	23686673	rs59122400	G	A	7942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr15	23686914	rs57504140	T	A	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.44;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	23686924	rs58446506	T	C	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.74;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	23687812	rs2344891	T	G	3403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=60;PP=1694;SC=GGTCTCATTTTTTTTTCTTTT;SOR=2.102;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=25;TCR=61;TR=85;WE=23687826;WS=23687802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	23687818	rs72495057	CT	C	904.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.16;ReadPosRankSum=0.029;SOR=1.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,51:0.91:56
chr15	23688944	rs4778531	A	G	4170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr15	23689510	rs12902150	C	G	4112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr15	23690415	rs4036589	T	TTGTGC	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=31.00;QD=26.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr15	23889873	rs138628273	G	C	2523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=1.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.027;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,122:0.48:256
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chr15	24921468	rs35870568	T	C	3047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.782;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=68;PP=1605;ReadPosRankSum=1.839;SC=GACCGAGGTGTGGGCCCAAGA;SOR=0.653;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=271;TCF=138;TCR=133;TR=142;WE=24921476;WS=24921458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,151:0.51:296
chr15	24921771	rs1563102	G	C	4092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.161;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,204:0.49:413
chr15	24922230	rs3742950	C	G	5588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.923;SC=CCAACCTGTGCAGACCACAGA;SOR=0.642;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=546;TCF=310;TCR=236;TR=256;WE=24922238;WS=24922220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,272:0.47:578
chr15	24923283	rs36032407	G	A	7490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=3.178;SC=CAGGGCACCAGCTACAGCTTC;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=630;TCF=314;TCR=316;TR=326;WE=24923291;WS=24923273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,347:0.52:667
chr15	24923390	rs60574723	C	T	5546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.440;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.117;SC=CCCATGATTTCCTGAGCCTTC;SOR=0.897;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=502;TCF=238;TCR=264;TR=254;WE=24923398;WS=24923380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,260:0.49:528
chr15	24923799	rs34413216	A	C	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=957;ReadPosRankSum=-0.132;SC=TATAGGCTTAACATCTCCTTC;SOR=0.722;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=142;TCF=76;TCR=66;TR=68;WE=24923807;WS=24923789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,76:0.47:161
chr15	24924512	rs17832449	C	G	2570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.920;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=55;PP=1478;ReadPosRankSum=0.946;SC=CCTGATCACACCACATCAGTT;SOR=0.488;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=193;TCF=84;TCR=109;TR=104;WE=24924520;WS=24924502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,118:0.55:214
chr15	25212955	.	GAAAA	G	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.674;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.554;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr15	25219512	rs705	T	C	6582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=125;NR=99;PP=2965;SC=TAGGAGAACCTGCGTCATACC;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=224;TCF=125;TCR=99;TR=224;WE=25219520;WS=25219502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr15	25307562	rs7402542	A	G	10491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=223;NR=164;PP=2965;SC=CGTTCTCATCAGAACTGAGGT;SOR=0.950;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=387;TCF=223;TCR=164;TR=387;WE=25307570;WS=25307552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr15	25310440	rs6576402	A	G	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=42;PP=1231;SC=TACACAGGTCAGAGAGTCATA;SOR=3.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=50;WE=25310448;WS=25310430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	25319287	.	GT	G	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=1.360;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,41:0.43:95
chr15	25321029	rs4906699	C	T	3488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr15	25321097	rs143643813	C	T	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=506;ReadPosRankSum=-1.225;SC=GACTTCCATACGTGGGTTCCT;SOR=0.677;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=58;TCR=48;TR=45;WE=25321105;WS=25321087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,55:0.44:125
chr15	25324141	rs4344720	C	T	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=5;PP=973;SC=TCCCTTCATACGGTATGTGTT;SOR=3.516;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=44;WE=25324149;WS=25324131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	25328715	rs3803326	T	C	3937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=48;PP=2269;SC=TCCTCATTTTTGGGCATGAAT;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=76;TCR=48;TR=124;WE=25328723;WS=25328705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr15	25330550	rs3803328	T	A	6238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=126;NR=84;PP=2965;SC=GATGACTTCCTTATATACATT;SOR=1.018;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=211;TCF=127;TCR=84;TR=210;WE=25330558;WS=25330540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr15	25436741	rs111716861	A	G	3444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=88;PP=2125;ReadPosRankSum=-1.137;SC=CCTGAACAGCAGCATCTCGTG;SOR=0.553;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=333;TCF=149;TCR=184;TR=162;WE=25436749;WS=25436731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,174:0.48:359
chr15	25455283	rs76867324	G	A	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=449;ReadPosRankSum=-1.487;SC=ACTCCTCCGTGAAGCACAGCA;SOR=0.530;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=32;WE=25455291;WS=25455273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr15	25584285	rs76794400	T	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=307;ReadPosRankSum=1.555;SC=TGTTTTGTTTTACAGCATGCC;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=22;WE=25584293;WS=25584275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr15	25652101	rs8032479	C	G	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=0;PP=418;SC=AATTACATAACAACTAAAAAC;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=17;WE=25652109;WS=25652092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	25925094	rs3816800	C	G	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=431;ReadPosRankSum=-0.301;SC=TGGGGAAAACCCTCCCCTGGA;SOR=0.495;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=34;WE=25925102;WS=25925084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr15	25925195	rs3736186	T	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=302;ReadPosRankSum=1.148;SC=GAGACCCACATAGAGCAGAAG;SOR=0.853;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=14;WE=25925203;WS=25925185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr15	25925933	rs901003	C	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=42;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TCTTCTGAGACGTGGCCATGC;SOR=0.223;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=25925941;WS=25925923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr15	25926325	rs35849027	T	TAAC	513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.76;ReadPosRankSum=-1.597;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
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chr15	25937033	rs4906745	T	G	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=40;PP=921;ReadPosRankSum=-1.141;SC=CCCGCTGAACTCAGTCCTGTG;SOR=0.629;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=137;TCF=52;TCR=85;TR=63;WE=25937041;WS=25937023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,71:0.46:154
chr15	25953068	rs2291355	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=190;ReadPosRankSum=0.810;SC=CCCCTCCAGGGCCGTCCCTGC;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=11;WE=25953076;WS=25953058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr15	25961964	rs10873607	A	G	5583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=95;PP=2965;SC=CAGACAGCTCAGGCGAGAGGT;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=108;TCR=96;TR=201;WE=25961972;WS=25961954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr15	25963599	rs8024374	A	G	2372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=53;PP=1583;SC=TGGGCGGAGCAGAAAGAAACC;SOR=1.356;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=82;WE=25963607;WS=25963589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	25967085	rs1564828	T	C	4164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr15	25972202	rs33946132	C	CAAAA	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.02;QD=43.31;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	25981190	rs7173593	A	G	3258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr15	25981367	rs7177724	C	T	395.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.84;ReadPosRankSum=0.732;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr15	26026139	rs8038726	A	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=180;ReadPosRankSum=0.170;SC=TAATGCCTGCAAGGCCCTGGA;SOR=0.446;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=12;WE=26026147;WS=26026129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr15	26260456	rs370137954	CT	C	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=2.228;SOR=0.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,26:0.30:86
chr15	26828651	rs72702138	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=1.771;SC=AAGCCCCTGTGGGAACCCTGC;SOR=1.022;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=10;WE=26828659;WS=26828641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr15	26866738	rs45542840	C	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.604;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr15	26887814	rs754186	A	G	2474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=2.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.637;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,122:0.49:251
chr15	26887879	rs754185	T	C	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=45;PP=1025;ReadPosRankSum=0.010;SC=TGTGAGTTATTTGCGAGAAAG;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=42;TCR=105;TR=63;WE=26887887;WS=26887869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,55:0.44:125
chr15	27017536	rs8179186	G	A	3625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=73;PP=1998;ReadPosRankSum=-0.028;SC=GCCCTGGGAGGGCGGGCACTC;SOR=0.652;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=320;TCF=170;TCR=150;TR=155;WE=27017544;WS=27017526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,183:0.50:368
chr15	27018187	.	TGCC	T	1422.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;QD=43.11;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	27018797	rs20318	G	A	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.406;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=507;ReadPosRankSum=-0.731;SC=CTCACCTGCGGGGCTCAGAGC;SOR=1.155;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=34;WE=27018805;WS=27018787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr15	27018937	rs20317	G	C	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=5.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.81;ReadPosRankSum=-3.199;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,43:0.44:98
chr15	27019040	rs4906901	C	A	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=36;PP=1194;SC=TTCATTTATACAATTGGACCT;SOR=4.977;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=37;WE=27019057;WS=27019030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	27061564	.	G	GA	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.613;QD=2.01;ReadPosRankSum=0.637;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,17:0.27:63
chr15	27128174	rs79895435	A	G	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=5;PP=1175;SC=GTAATTGTCAAGTCCTCCAAA;SOR=3.398;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=45;WE=27128182;WS=27128164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	27128461	rs140680	C	T	5097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=68;PP=2965;SC=CCTCTGACTGCCTCGTGCCTT;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=89;TCR=68;TR=157;WE=27128469;WS=27128451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr15	27182357	rs140682	T	C	3898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=93;PP=2456;ReadPosRankSum=1.487;SC=CTGAAGTCGTTTACGTCTGGA;SOR=0.633;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=368;TCF=180;TCR=188;TR=183;WE=27182365;WS=27182347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,192:0.50:384
chr15	27184435	rs12910925	C	T	2799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.385;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=64;PP=1584;ReadPosRankSum=-0.167;SC=GAGGTCTCCTCGTGCCTCCCA;SOR=0.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=334;TCF=178;TCR=156;TR=137;WE=27184443;WS=27184425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,148:0.40:366
chr15	27184482	rs34560927	C	T	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=52;PP=1210;ReadPosRankSum=-1.275;SC=ACTGGGGCATCGCCAATGAAA;SOR=0.710;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=288;TCF=142;TCR=146;TR=105;WE=27184490;WS=27184472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,117:0.37:313
chr15	27184517	rs17647384	G	A	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=35;PP=729;ReadPosRankSum=1.015;SC=AAGAACAGGCGACACCTCTCT;SOR=0.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=101;TCR=115;TR=67;WE=27184525;WS=27184507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,78:0.33:234
chr15	27188335	rs140683	T	A	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.405;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=564;ReadPosRankSum=1.735;SC=TTTCCGTTTTTCACTCTGCCC;SOR=1.426;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=33;WE=27188343;WS=27188325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr15	27188353	rs140684	C	A	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.567;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=24;PP=1321;ReadPosRankSum=1.586;SC=CCCTGCCTGACCCCCGCAGGG;SOR=1.347;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=76;WE=27188361;WS=27188343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
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chr15	27890491	rs1871017	G	T	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.328;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.601;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,54:0.42:128
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chr15	27890589	rs1871018	A	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.772;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=218;ReadPosRankSum=0.806;SC=TTAAGATATAACTAGACATGG;SOR=0.340;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=19;WE=27890597;WS=27890579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr15	28090173	rs12592307	C	T	2125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=-1.302;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,113:0.42:271
chr15	28116275	rs7175046	G	C	3043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=62;PP=1896;ReadPosRankSum=-1.284;SC=AAGTTGAGCCGTCGACATGGA;SOR=0.583;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=241;TCF=136;TCR=105;TR=136;WE=28116283;WS=28116265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,147:0.56:263
chr15	28171147	rs2594928	T	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr15	28195534	rs11632387	C	T	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=5;PP=409;SC=AGGCCTGAGGCGTAATTAAAA;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=28195542;WS=28195524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	28196821	rs7173419	T	C	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=22;PP=1308;SC=TCTCTGGCCTTCCACCAGCCC;SOR=1.395;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=70;WE=28196829;WS=28196811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	28200408	rs7170989	T	C	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=55;PP=1509;SC=TCACGCTGCGTGGTGAGATCG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=103;WE=28200416;WS=28200398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr15	28211758	rs4778218	A	G	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	28211921	rs1800411	G	A	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	28228644	rs12910433	G	A	4432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr15	28230097	rs1900758	C	T	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=665;SC=TGGGCTCAACCGCCCCCACCT;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=28230105;WS=28230091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	28231793	rs10852218	T	C	5269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=1.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr15	28235773	rs1800404	C	T	4414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=75;PP=2485;SC=CCAGCATGGCCGCCAGAGTTC;SOR=0.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=67;TCR=75;TR=142;WE=28235781;WS=28235763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr15	28356859	rs1129038	C	T	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=17;PP=943;SC=CAGCAGCGAGCGCTCTGCTGC;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=28356867;WS=28356849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	28357230	rs4778245	T	C	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=28;PP=878;SC=CGGCTGCAGTTTACTTTACTG;SOR=1.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=28357238;WS=28357220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	28359744	rs7495441	G	A	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=8;PP=658;SC=CAACAGAGACGGATGACCACC;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=28359752;WS=28359734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	28360081	rs7497014	T	C	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=15;PP=313;SC=TGCAAGTGCATGGCACACACC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=28360089;WS=28360071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	28360888	rs5811542	C	CT	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=24;PP=1093;SC=CTAAAAGCCTCTAACTCTTCA;SOR=4.332;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=24;WE=28360896;WS=28360878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	28361764	rs4778247	C	T	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=6;PP=481;SC=AACTCAAGAGCAGGCACAGGC;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=28361772;WS=28361757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	28362459	rs7495875	G	A	4078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=73;PP=2238;SC=AGACCCTGCCGTCTGGGGCGC;SOR=1.225;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=58;TCR=73;TR=131;WE=28362467;WS=28362449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr15	28375872	rs6416603	A	G	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=24;PP=663;SC=TTAGTGCAACATAAAATCATA;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=28375880;WS=28375862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	28377196	rs10627923	C	CCT	3375.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=22;PP=2380;SC=CCTGGGGGCCCGACTGCGGTG;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=48;WE=28377204;WS=28377186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	28377772	rs8025035	C	T	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=3;PP=700;SC=ATGCAGCCTCCGGCCTCTGCA;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=28377780;WS=28377762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	28378122	rs4778141	T	G	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=15;PP=419;SC=AACTCAAAAGTTCACCACTTC;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=28378130;WS=28378112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	28386626	rs11636232	C	T	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=2.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=2.761;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,91:0.47:194
chr15	28414665	rs7494786	T	C	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.77;QD=25.55;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	28419566	rs201182375	T	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.025;QD=1.44;ReadPosRankSum=-1.668;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,13:0.18:73
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chr15	28419774	.	C	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.63;MQRankSum=-1.485;QD=4.68;ReadPosRankSum=-3.264;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,14:0.20:69
chr15	28419779	.	A	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.78;MQRankSum=-1.871;QD=4.90;ReadPosRankSum=-3.613;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,11:0.18:60
chr15	28419786	.	A	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=7.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.74;MQRankSum=-2.300;QD=3.31;ReadPosRankSum=-3.263;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,7:0.14:51
chr15	28441817	rs2525936	G	T	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=21;PP=616;SC=GTAGTTATTTGTTTTTTACAA;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=24;WE=28441825;WS=28441807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	28473275	.	TA	T	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.689;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr15	28502279	rs11631797	A	G	4164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=55;PP=2417;SC=AGTCCGCGGAACCATCCATCC;SOR=0.966;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=80;TCR=55;TR=135;WE=28502287;WS=28502269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr15	28508232	rs375037938	C	T	4026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=94;PP=2370;ReadPosRankSum=-0.021;SC=TGAAGCTTTTCAATCAGCTTT;SOR=0.681;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=447;TCF=218;TCR=229;TR=186;WE=28508240;WS=28508222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,204:0.43:475
chr15	28517436	rs75181529	T	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=2.760;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,34:0.28:122
chr15	28517454	rs28457230	G	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-1.670;QD=3.16;ReadPosRankSum=1.947;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,33:0.26:127
chr15	28518102	rs75893088	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQRankSum=-6.663;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.878;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,5:0.11:46
chr15	28518112	rs200859595	C	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQRankSum=-6.738;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.242;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,5:0.11:47
chr15	28518114	.	TC	T	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=-6.958;QD=0.75;ReadPosRankSum=0.265;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,5:0.10:50
chr15	28518126	.	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQRankSum=-6.738;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,5:0.11:47
chr15	28518130	.	G	C	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQRankSum=-6.736;QD=2.02;ReadPosRankSum=-0.973;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,6:0.13:47
chr15	28518135	.	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQRankSum=-6.736;QD=2.14;ReadPosRankSum=-1.005;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,6:0.13:47
chr15	28518136	rs201979656	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQRankSum=-6.660;QD=2.19;ReadPosRankSum=-1.078;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,6:0.13:46
chr15	28518162	.	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQRankSum=-6.502;QD=1.68;ReadPosRankSum=-0.835;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,7:0.16:44
chr15	28518179	rs79399455	A	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQRankSum=-6.100;QD=4.35;ReadPosRankSum=1.118;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr15	28518184	rs75964737	A	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQRankSum=-5.845;QD=4.97;ReadPosRankSum=1.161;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr15	28518217	rs76711552	C	G	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQRankSum=-3.727;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.454;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr15	28518228	.	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQRankSum=-3.727;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.114;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr15	28518234	rs371290733	C	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQRankSum=-3.582;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.184;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr15	28518244	.	A	C	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQRankSum=-3.323;QD=5.21;ReadPosRankSum=1.441;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr15	28518259	rs372722574	T	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQRankSum=-2.838;QD=5.90;ReadPosRankSum=1.173;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr15	28518272	.	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQRankSum=-2.189;QD=12.25;ReadPosRankSum=-1.368;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr15	28632736	.	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.35;MQRankSum=-0.097;QD=5.54;ReadPosRankSum=1.046;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr15	29009050	rs112804410	A	AC	5500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-17.762;NF=26;NR=52;PP=2936;ReadPosRankSum=1.513;SC=TATAGGACTTAGACACCCTTG;SOR=0.766;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=201;TCF=53;TCR=148;TR=78;WE=29009058;WS=29009040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,169:0.43:395
chr15	29043336	rs11630550	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=0.670;SC=CTGTGTATTCCAGCTGTTTAT;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=10;WE=29043344;WS=29043326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr15	29043486	rs11630596	C	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQRankSum=-3.093;QD=7.95;ReadPosRankSum=-1.236;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr15	29043511	rs1877706	T	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.60;MQRankSum=-3.937;QD=8.83;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr15	29052021	rs4036877	A	T	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.546;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.283;NF=18;NR=0;PP=335;ReadPosRankSum=1.131;SC=TGAACATTTAATAATTGCATT;SOR=3.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=18;WE=29052029;WS=29052011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr15	29060846	rs372692634	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.441;NF=1;NR=10;PP=187;ReadPosRankSum=-1.569;SC=GAGAATATCTGTAGTTGAGAG;SOR=1.781;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=11;WE=29060854;WS=29060836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr15	29347019	rs8040932	T	C	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=-1.179;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,37:0.37:99
chr15	29385149	rs4779760	A	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=3;PP=616;SC=TGCAGATGGCAATGGTTGGGC;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=29385157;WS=29385139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	29385204	rs4779761	A	G	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.18;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	29386593	rs8037972	G	A	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=43;PP=1256;SC=GTGGGGGCTGGGGGGTTCCCC;SOR=1.641;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=64;WE=29386601;WS=29386583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	29415560	rs3751562	G	A	14894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=264;NR=258;PP=2965;SC=GGTCCAGAACGTCAGCGCCGA;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=523;TCF=264;TCR=259;TR=522;WE=29415568;WS=29415550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr15	29415698	rs3751563	A	G	6612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.252;SC=AAACCCTGGCATCCGCATAGG;SOR=0.359;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=106;TCR=124;TR=227;WE=29415706;WS=29415688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,248:1.00:249
chr15	29417099	rs12438521	G	C	2624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=47;PP=1459;SC=GACACCCACCGAGCGGCAGAT;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=37;TCR=47;TR=84;WE=29417107;WS=29417089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	29418520	rs2256273	C	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=117;ReadPosRankSum=1.497;SC=GCGGGACACACGCCCGGGACC;SOR=0.682;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=13;WE=29418528;WS=29418510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr15	29418573	rs2672680	AT	GC	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.42;ReadPosRankSum=-1.628;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr15	29418745	rs968476	G	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=1.059;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr15	29421014	rs2306934	G	C	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr15	29421054	rs2306933	C	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.02;ReadPosRankSum=1.849;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr15	29428556	rs8023368	C	G	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.924;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=565;ReadPosRankSum=0.476;SC=TTGTCTGGGGCCCCAGGCCTC;SOR=0.236;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=39;WE=29428564;WS=29428546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
chr15	29428867	.	G	GT	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5035;FS=0.000;HP=18;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=-0.398;SC=TTGCACTTTTGTTTTTTTTTT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=29428875;WS=29428857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr15	29444130	rs59230279	GC	G	1395.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=29;PP=1239;SC=CCCAGAATGAGCCGAGGTCGA;SOR=1.923;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=30;WE=29444138;WS=29444120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	29544523	rs11071669	A	C	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=18;PP=975;ReadPosRankSum=-0.112;SC=CTCTTGTACAAAATCAAATCC;SOR=0.994;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=146;TCF=100;TCR=46;TR=65;WE=29544531;WS=29544513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,71:0.45:157
chr15	29544656	rs4583203	T	C	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.448;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,115:0.45:253
chr15	29862654	rs111717681	C	G	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	30008856	rs7166878	C	A	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=33;PP=1368;SC=TCTGAGAATGCGCTGGCTTTG;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=76;WE=30008864;WS=30008846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	30008889	rs2229518	G	A	2938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=37;PP=1598;SC=GATGGCTGGCGGCAATGTGTG;SOR=0.956;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=94;WE=30008897;WS=30008879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	30011427	rs11073215	C	T	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=11;PP=273;SC=TATTAAACTACGATTTAATAT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=30011435;WS=30011417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	30018553	rs4073316	A	T	4343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=90;NR=53;PP=2307;SC=TTTACTGAACAAGTCAAAAAA;SOR=1.077;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=90;TCR=53;TR=143;WE=30018561;WS=30018543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr15	30064495	rs1383315	C	T	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=313;SC=AATTTCTCTTCAGATCAATGA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=30064503;WS=30064485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	30069920	rs34542662	AT	A	804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=4;PP=539;SC=CAAATGTACTATTCTTTTGAC;SOR=2.400;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=14;WE=30069928;WS=30069910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	30070198	rs1904812	A	C	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=15;PP=422;SC=TTTGGTAGTTATTTTATTTTC;SOR=1.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=30070206;WS=30070188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	30336850	rs7173045	G	T	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=680;ReadPosRankSum=0.691;SC=GACAGGTGGAGGCGGCCGCGT;SOR=0.559;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=77;TCR=32;TR=50;WE=30336858;WS=30336840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,57:0.54:106
chr15	30337377	rs10775120	G	C	2621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.815;NF=55;NR=69;PP=1824;ReadPosRankSum=-2.343;SC=GTCGACCCCAGTCCGGACCCC;SOR=0.711;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=232;TCF=111;TCR=121;TR=124;WE=30337385;WS=30337367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,125:0.50:251
chr15	30663407	rs149768281	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.75;MQRankSum=-0.319;QD=14.19;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr15	30664453	rs149526715	C	T	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.65;QD=24.61;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	30665280	rs201490160	TCA	T	895.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.74;QD=42.65;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	30700159	rs62016504	A	G	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=7.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQRankSum=-12.184;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.819;SOR=1.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,41:0.19:221
chr15	30700168	.	C	CTTG	873.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.346;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=4.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQRankSum=-12.153;QD=4.22;ReadPosRankSum=1.467;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,33:0.16:207
chr15	30700263	rs2564642	T	C	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=27;PP=782;SC=TGCCCTCTCCTTCTCTGCCCC;SOR=2.073;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=36;WE=30700271;WS=30700253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	30700278	rs62016505	C	T	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=20;PP=554;SC=TGCCCCCACCCCCACAAAGCC;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=30700286;WS=30700268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	31048067	rs116457401	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQRankSum=-2.965;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr15	31048088	rs61998400	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.823;NF=3;NR=1;PP=30;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AGCTCTGTGGTACTTCCAACT;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=4;WE=31048096;WS=31048078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr15	31048241	rs11633095	A	G	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQRankSum=0.282;QD=11.96;ReadPosRankSum=-0.891;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr15	31060115	rs4779494	T	C	2083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=2.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQRankSum=-6.503;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.931;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,104:0.51:204
chr15	31220709	.	TTG	T	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.413;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr15	31233220	rs2955792	C	T	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=403;SC=CAATTAGAGACGACAGAAAGT;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=31233228;WS=31233210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	31233352	rs3840035	GTGAC	G	6830.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=54;PP=2972;SC=GGCTGCTAATGTGACTGACTA;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=72;TCF=16;TCR=56;TR=68;WE=31233363;WS=31233342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr15	31234981	rs11293	G	A	271.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=193;SC=TCAGAAACCCGCATTAGCAGT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=31234989;WS=31234980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	31235005	rs3512	G	C	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=0;PP=234;SC=ACTCTTGGAAGTGCCTTTACT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=31235013;WS=31234995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	31235357	rs2293319	C	T	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=238;SC=CTCATCATTACACAGGTTAAA;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=31235365;WS=31235347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	31238783	rs11637469	T	C	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	31244263	rs2955789	C	T	3613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=77;PP=2085;SC=AAAGGAAAAGCAGTGTTAAAA;SOR=1.410;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=44;TCR=77;TR=121;WE=31244271;WS=31244253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr15	31245880	rs1404467	C	T	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=21;PP=588;SC=TTATTTTATACGATCCCTATC;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=31245888;WS=31245870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	31246840	rs34294266	A	G	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=4;PP=297;SC=TATAATTTGTACAAATAGTTC;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=31246848;WS=31246830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	31283844	rs28564430	T	C	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=14;PP=432;SC=CGGGCGGGGATACGGCGCAGC;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=31283852;WS=31283834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	31329944	rs12911350	G	A	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=38;PP=1158;ReadPosRankSum=-1.271;SC=CAATGGGCGCGTTATAGAATT;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=189;TCF=110;TCR=79;TR=92;WE=31329952;WS=31329934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,101:0.48:211
chr15	31330280	rs2288242	A	G	4795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr15	31330313	rs12913672	A	G	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=40;PP=866;ReadPosRankSum=2.622;SC=AGAAATCATCATATGTGCGAA;SOR=0.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=78;TCR=79;TR=79;WE=31330321;WS=31330303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,84:0.47:178
chr15	31338500	rs12907509	T	G	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.402;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=166;ReadPosRankSum=-0.183;SC=AGTAGTACATTAGCAGTATTG;SOR=0.184;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=15;WE=31338508;WS=31338490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr15	31339151	rs11636121	A	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=196;ReadPosRankSum=-0.889;SC=GGGGAGCTGGAGAATGCCGTG;SOR=0.242;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=12;WE=31339159;WS=31339141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr15	31341461	rs10851487	G	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.460;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=163;ReadPosRankSum=-0.601;SC=CTGCCATTAAGTACGGACCTC;SOR=0.160;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=16;WE=31341469;WS=31341451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr15	31341516	rs2288241	C	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=279;ReadPosRankSum=1.041;SC=ACAATATGCACCAGTGACAAA;SOR=0.404;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=28;WE=31341524;WS=31341506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
chr15	31341773	rs10162957	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=0.852;SC=GGGAGGGGGGCGACTGGAAAC;SOR=0.941;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=5;WE=31341781;WS=31341763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr15	31342498	rs17815780	A	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=165;ReadPosRankSum=-1.980;SC=TCAAGCCTTTACCCGTCCCTC;SOR=0.297;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=10;WE=31342506;WS=31342488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr15	31342744	rs1035705	C	T	2359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=-1.629;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,115:0.53:215
chr15	31357138	rs919001	A	G	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=10;PP=678;SC=GCAAGGATTGATATTTTCAAT;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=31357146;WS=31357128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	31359203	rs8039189	G	T	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=2620;ReadPosRankSum=0.915;SC=CTGAATCAACGGTTACCTCAA;SOR=0.580;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=123;TCF=77;TCR=46;TR=58;WE=31359219;WS=31359193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,64:0.48:133
chr15	31359211	rs11354407	CA	C	1502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=2621;ReadPosRankSum=1.979;SC=ACGGTTACCTCAAAATCAATC;SOR=0.727;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=93;TCF=38;TCR=55;TR=44;WE=31359219;WS=31359193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,69:0.45:154
chr15	31359457	rs3784599	T	G	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=9.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.68;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=0.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,45:0.49:91
chr15	31359552	rs3784600	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=-1.252;SC=AAAGTCTGAGCTCATGATAAC;SOR=0.656;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=12;WE=31359560;WS=31359542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr15	31362352	rs2241493	C	T	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=47;PP=1366;SC=CACCTGTTTGCTTTCCTCTTC;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=82;WE=31362360;WS=31362342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr15	31368915	rs2241497	C	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=161;ReadPosRankSum=1.749;SC=GTGGTGGACACAAACTCTTTT;SOR=0.582;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=11;WE=31368923;WS=31368906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr15	31369123	rs4779816	A	G	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.060;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=38;PP=974;ReadPosRankSum=3.199;SC=AGAGTCTTTCATGCTAGGAAT;SOR=0.757;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=187;TCF=99;TCR=88;TR=85;WE=31369131;WS=31369113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,102:0.48:211
chr15	31369223	rs4779817	C	T	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=903;ReadPosRankSum=1.552;SC=TGGACCAATACATTCCCAAGC;SOR=0.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=73;TCR=79;TR=69;WE=31369231;WS=31369213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,78:0.44:176
chr15	31453056	rs12906081	T	C	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=49;PP=1491;ReadPosRankSum=0.658;SC=GAGACCAGTGTCCCTCTGCCC;SOR=0.637;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=209;TCF=120;TCR=89;TR=108;WE=31453064;WS=31453046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,116:0.51:227
chr15	31516008	rs1865873	T	C	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=537;ReadPosRankSum=0.558;SC=GAAAGGAAACTTAGGTCGCCA;SOR=0.882;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=38;WE=31516016;WS=31515998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
chr15	31521505	rs3835087	CGG	C,CG	423.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=4.135;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.30;ReadPosRankSum=2.329;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,8,9:0.42,0.47:19
chr15	31619607	rs11537749	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.599;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr15	31746320	rs12102124	T	C	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=16;PP=407;SC=CGCTTGGAGGTGGGGACCTTC;SOR=1.002;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=31746328;WS=31746310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	31775478	rs111366122	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=2.436;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr15	31776004	rs2338682	C	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-1.368;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr15	31776021	rs2338681	T	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	31776210	rs199744400	TGGC	T	615.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.804;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=467;ReadPosRankSum=0.870;SC=CGCTTGGCCGTGGCGGCGGCG;SOR=1.609;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=12;WE=31776220;WS=31776200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr15	32322929	rs2292571	G	A	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=33;PP=772;ReadPosRankSum=1.126;SC=TGCGCCCCGCGCCTGGGCCAG;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=73;TCR=64;TR=70;WE=32322937;WS=32322919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,79:0.51:156
chr15	32393486	rs201765366	C	CT	939.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.933;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,78:0.66:119
chr15	32393663	rs28650375	C	A	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=25;PP=759;SC=GGAAAAAAAACCAAAAAAACA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=32393671;WS=32393653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	32450062	rs199927660	C	T	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=32;PP=847;SC=CTGTCCTTTCCGGTGCGAGCA;SOR=2.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=32450070;WS=32450052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	32926076	rs11632524	C	T	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=8;PP=360;SC=TTTCGTATTTCAAGTATTTCT;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=32926084;WS=32926066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	32971934	rs7177843	C	T	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=758;ReadPosRankSum=-0.077;SC=AATTGAATTGCACTGCAATGA;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=66;TCR=40;TR=58;WE=32971942;WS=32971924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,63:0.54:117
chr15	32984196	rs6494593	A	G	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=54;SC=AGTCTGTAGCAATTCTAGCAA;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=32984204;WS=32984186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	33023486	rs12915554	C	A	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=408;ReadPosRankSum=-0.275;SC=AGGAATGCAGCCCCAGGAAGT;SOR=0.527;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=30;WE=33023494;WS=33023476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr15	33191023	rs173224	A	G	1943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=1.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.50;ReadPosRankSum=-2.135;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,93:0.55:169
chr15	33261232	rs2930131	G	A	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.58;SOR=2.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	33357262	rs2306277	A	G	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.533;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=750;ReadPosRankSum=0.132;SC=CTGCTCAGTCAGGCTGTGGTC;SOR=1.034;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=54;WE=33357270;WS=33357252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,58:0.54:107
chr15	33359574	rs11858145	C	A	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=795;ReadPosRankSum=1.786;SC=AGATAAAACACCACTAGGGGA;SOR=0.734;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=149;TCF=76;TCR=73;TR=66;WE=33359582;WS=33359564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,78:0.47:167
chr15	33380985	rs2291066	A	C	4411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=2.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.10;ReadPosRankSum=-1.408;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,122:0.47:258
chr15	33381000	rs2291065	A	T	4260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.20;ReadPosRankSum=1.586;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,116:0.44:263
chr15	33445100	rs116873922	C	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=71;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CCCCGCTGTTCCACTCCCCGT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=33445108;WS=33445094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr15	33447150	rs1399079	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=45;ReadPosRankSum=-1.162;SC=TTGGAGATGCCGGTTTGTGGT;SOR=1.002;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=6;WE=33447158;WS=33447140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr15	33795710	rs2572204	A	G	3715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=93;NR=44;PP=2257;SC=ACCTTTTTGCATTCCTATTCA;SOR=1.545;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=93;TCR=44;TR=137;WE=33795718;WS=33795700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr15	33822969	rs12900227	T	C	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=34;PP=841;ReadPosRankSum=-1.143;SC=GCAGGAACAATTGGAACATAA;SOR=0.511;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=114;TCF=45;TCR=69;TR=59;WE=33822977;WS=33822959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,67:0.53:126
chr15	33840414	rs1435100	A	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=-1.841;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,38:0.41:93
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chr15	33876543	rs624954	C	T	2302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=3.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,119:0.44:270
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chr15	33920662	rs35706688	T	C	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=46;PP=1365;ReadPosRankSum=-0.911;SC=ACTTGCTCCTTTTCCTTTAGG;SOR=0.745;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=207;TCF=115;TCR=92;TR=102;WE=33920670;WS=33920652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,116:0.50:231
chr15	33922339	rs41279206	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.923;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=0.273;SC=TGCCTGAAAACGTGGCACATT;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=7;WE=33922347;WS=33922329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr15	33923237	rs28696769	C	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.038;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr15	33923314	rs1495279	A	G	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.861;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=497;ReadPosRankSum=-0.668;SC=GGCTAAATGAATGGCTCTTGT;SOR=1.010;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=35;WE=33923322;WS=33923304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,41:0.51:80
chr15	33925364	rs2291732	G	A	2917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=54;PP=1732;SC=GATCATCCACGTGCCGTTTTG;SOR=1.042;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=45;TCR=55;TR=99;WE=33925372;WS=33925354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr15	33927764	rs1495280	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=78;ReadPosRankSum=1.109;SC=TGAAGGTCTACGTTCTCTCTT;SOR=0.343;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=10;WE=33927772;WS=33927754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr15	33928500	rs2291734	G	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=274;ReadPosRankSum=0.754;SC=AGGAGATATCGAAGATATGGT;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=18;WE=33928508;WS=33928490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr15	33954652	rs4780144	C	T	7516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=137;NR=112;PP=2965;SC=CAGGAATATCCGCCTCTTCCC;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=137;TCR=113;TR=249;WE=33954660;WS=33954642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr15	33955262	rs66533161	GTGAC	G	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=219;ReadPosRankSum=-0.792;SC=GCTTGGCATAGTGACTGACCA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=33955273;WS=33955252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr15	33961429	.	CA	C	126.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.229;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr15	33962559	rs11072596	G	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.51;ReadPosRankSum=-1.733;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr15	33990041	rs3736531	A	G	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.88;ReadPosRankSum=-0.793;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,59:0.65:91
chr15	33990250	rs1111611	G	A	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=33;PP=939;SC=GCAGGAGCACGAGGTGACTTG;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=33990258;WS=33990240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	33990294	rs1390161	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=-2.344;SC=CCTTGCCTCAGTTTCTCTTCC;SOR=1.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=8;WE=33990302;WS=33990284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr15	33993320	rs2280419	G	A	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.573;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=706;ReadPosRankSum=0.591;SC=TGTTCTCTTCGGCCTGTAGTG;SOR=0.862;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=51;WE=33993328;WS=33993310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,57:0.51:111
chr15	33993358	rs2280418	G	A	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.476;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=400;ReadPosRankSum=1.514;SC=AGCAGACCACGGATGGAGTCT;SOR=0.363;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=25;WE=33993366;WS=33993348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr15	34015013	rs2293027	G	A	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.252;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=603;ReadPosRankSum=-1.233;SC=GGGGAAACGGGCTCTTGGCAG;SOR=0.700;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=116;TCF=66;TCR=50;TR=54;WE=34015021;WS=34015003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,59:0.46:127
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chr15	34020914	rs28460434	T	G	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=38;ReadPosRankSum=0.598;SC=TTCAGATTTTTGGATTTGAGA;SOR=2.800;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=3;WE=34020922;WS=34020904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
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chr15	34064043	rs1429754	T	C	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=14;PP=649;SC=TCTGCCCAGATGACACTGCCA;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=34064051;WS=34064033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	34080645	rs61996336	C	T	3411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=81;PP=1938;ReadPosRankSum=0.591;SC=TGATCCGCTACGTGGACAACA;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=335;TCF=166;TCR=169;TR=157;WE=34080653;WS=34080635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,171:0.47:361
chr15	34099822	rs2879436	G	A	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=51;PP=1143;ReadPosRankSum=-0.459;SC=TAGAGGTGCCGGGCTCTGGCC;SOR=0.573;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=68;TCR=109;TR=83;WE=34099830;WS=34099812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,91:0.46:196
chr15	34103272	rs4780181	C	G	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.460;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,46:0.50:92
chr15	34111876	rs10631080	A	AAAAT,AAAATAAAT	4669.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=3.780;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=39.91;ReadPosRankSum=0.581;SOR=0.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,52,58:0.44,0.50:117
chr15	34112825	rs1036005	C	T	4058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=49;PP=2604;SC=ATGTTCCTGGCTTTACACAAC;SOR=1.488;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=94;TCR=49;TR=143;WE=34112833;WS=34112815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr15	34112865	rs1036006	G	A	6873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=137;NR=95;PP=2965;SC=TGTGAATTACGTCCTGTCCCC;SOR=1.013;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=137;TCR=95;TR=232;WE=34112873;WS=34112855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr15	34112906	rs1036007	C	A	8549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr15	34113054	rs3815965	G	A	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=49;PP=1427;SC=CACCCTCCAAGGCCAATAGGC;SOR=1.526;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=74;WE=34113062;WS=34113044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr15	34113454	rs35254800	AT	A	1633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=19;PP=765;SC=TTTCCCTGTGATTTTTTTTCC;SOR=1.103;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=34;WE=34113462;WS=34113444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	34113536	rs2288614	A	G	3195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=43;PP=1750;SC=GTGGTGCTGCAGAGATGGTCC;SOR=0.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=71;TCR=44;TR=114;WE=34113544;WS=34113526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr15	34115088	rs8032198	C	T	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=1;PP=635;SC=ATTCCATAAGCAGAGCGTCCA;SOR=4.047;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=30;WE=34115096;WS=34115078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	34117947	rs200179292	TC	T	110.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.47;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	34118994	rs4041449	C	CAG	4684.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=60;PP=2930;SC=ACACAGCACTCGGGCAAAACT;SOR=1.566;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=5;TCR=60;TR=65;WE=34119002;WS=34118984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr15	34129357	rs7182398	C	T	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=401;ReadPosRankSum=-1.565;SC=CCTGGTCTGACGGACGAAGCC;SOR=1.068;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=26;WE=34129365;WS=34129347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr15	34133130	rs3764232	A	G	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=526;ReadPosRankSum=-0.867;SC=ATGGTAGATAATTCTTAGGCC;SOR=0.635;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=31;WE=34133138;WS=34133120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr15	34135607	rs17817680	A	G	4919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=119;NR=67;PP=2965;SC=ACTTCTAACCAGAACTGACCT;SOR=1.313;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=119;TCR=67;TR=186;WE=34135615;WS=34135597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr15	34135826	rs2303868	G	A	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=54;PP=1523;SC=TACTAAGTATGCTATGTGTAG;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=77;WE=34135834;WS=34135816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	34136971	rs7181900	T	C	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=420;SC=ACTATTTGTATAGCACATGCT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=34136979;WS=34136961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	34137079	rs3217346	TAGA	T	3677.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=28;PP=1727;SC=GAAGAACCTTTAGAAGAAGAG;SOR=0.766;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=37;WE=34137089;WS=34137069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	34137200	rs41279228	T	G	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;QD=26.16;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	34140735	rs2278314	A	G	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=12;PP=353;SC=TTTGATTTCTAGGACTTTTCT;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=34140743;WS=34140725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	34159941	rs61729119	T	G	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=845;ReadPosRankSum=-0.796;SC=AGATTTCAGCTCAAAGATGGG;SOR=0.595;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=142;TCF=73;TCR=69;TR=64;WE=34159949;WS=34159931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,71:0.44:161
chr15	34168207	rs11295548	GA	G	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=7.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.169;QD=0.31;ReadPosRankSum=0.773;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,40:0.19:215
chr15	34331113	.	CCCGCCGCCGCCT	C	427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=795;ReadPosRankSum=-1.238;SC=CGCCTCCGTCCCCGCCGCCGC;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=4;WE=34331132;WS=34331103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr15	34331290	rs112609265	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.68;ReadPosRankSum=-1.054;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
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chr15	34446895	rs147220991	G	A	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=-0.142;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,52:0.57:92
chr15	34517466	rs60202027	T	A	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=592;ReadPosRankSum=-2.179;SC=TAATGAGACCTGAGCCCTCAG;SOR=0.928;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=105;TCF=51;TCR=54;TR=52;WE=34517474;WS=34517456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,62:0.47:132
chr15	34517929	rs17236763	T	C	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=35;PP=950;ReadPosRankSum=-0.669;SC=TAGGTGGAGTTAACGTAGATA;SOR=0.710;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=117;TCF=55;TCR=62;TR=68;WE=34517937;WS=34517919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,79:0.58:136
chr15	34520863	rs17236784	A	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=-1.038;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr15	34521253	rs7167503	A	T	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	34528475	rs17817800	G	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=259;ReadPosRankSum=1.670;SC=TTTTGAAGCAGTAATGGGTTA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=16;WE=34528483;WS=34528465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
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chr15	34529776	rs17817806	A	G	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.704;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=717;ReadPosRankSum=-0.965;SC=TACACATGTGAAAAATTAGAG;SOR=0.588;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=52;WE=34529784;WS=34529766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,59:0.50:117
chr15	34537435	rs4371122	C	T	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	34537742	rs76107221	C	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.799;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr15	34542606	rs17236791	T	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.338;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=138;ReadPosRankSum=-1.121;SC=TAACATGAGATAGAAAGTAGA;SOR=2.147;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=13;WE=34542614;WS=34542596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
chr15	34542872	rs17236798	C	G	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=3.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.350;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,99:0.48:205
chr15	34543055	rs10851964	G	A	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=401;ReadPosRankSum=1.034;SC=AAATCACTCCGTGGGTCTGAC;SOR=0.793;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=25;WE=34543063;WS=34543045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr15	34543298	rs11382535	G	GA	1413.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.970;HP=10;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=32;PP=402;ReadPosRankSum=0.661;SC=GCAGCAGTATGAAAAAAAAAA;SOR=0.233;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=33;WE=34543306;WS=34543288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,71:0.92:77
chr15	34544351	rs2290941	C	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.285;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=247;ReadPosRankSum=0.027;SC=AAAAACTTGTCCAATAACTCC;SOR=0.095;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=22;WE=34544359;WS=34544341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr15	34544468	rs2290940	C	T	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,70:0.45:156
chr15	34547757	rs11421665	G	GA	249.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=394;SC=AGTAAAAGGTGAAAGTGTTAT;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=10;WE=34547765;WS=34547747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	34551082	rs7164902	G	A	2545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=1.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-1.322;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.324;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,129:0.47:276
chr15	34610786	rs150751809	G	A	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=-1.538;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,68:0.38:178
chr15	34610964	rs347867	G	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=165;ReadPosRankSum=0.888;SC=CCTTGCTGTCGTTTCAGACTG;SOR=1.781;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=9;WE=34610972;WS=34610954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr15	34628570	rs347836	C	G	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.558;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=479;ReadPosRankSum=-0.986;SC=GGATAAAGAACCCAGTAATGA;SOR=0.269;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=28;WE=34628578;WS=34628560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr15	34634324	rs422388	C	G	2460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=1.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.409;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,125:0.50:252
chr15	34635029	rs2615357	G	T	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=6;PP=568;ReadPosRankSum=0.528;SC=ATTACAGGCGGGAGCCACTGC;SOR=0.802;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=66;TCF=52;TCR=14;TR=36;WE=34635037;WS=34635019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
chr15	34635200	rs2169479	C	T	4874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=1.943;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,248:0.49:505
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chr15	34640054	rs150911418	AAAAAAT	A	1718.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=4;PP=1238;SC=ACTCCATCTCAAAAAATAAAA;SOR=2.613;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=24;WE=34640067;WS=34640044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	34640218	rs374230	C	T	21002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=813;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=427;NR=335;PP=2965;SC=AGTGCCGCCCCGTCTCCATCC;SOR=0.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=767;TCF=431;TCR=336;TR=762;WE=34640226;WS=34640208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,806:1.00:806
chr15	34640378	rs430083	T	C	15299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=249;NR=291;PP=2965;SC=TGACAGGGGATGGGGGCCCTT;SOR=0.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=541;TCF=249;TCR=292;TR=540;WE=34640386;WS=34640368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,590:1.00:590
chr15	34640959	rs371061	G	A	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=19;PP=482;SC=AGTTTAGGCTGTTTAGGACTA;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=26;WE=34640967;WS=34640949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	34643103	rs347796	A	G	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=30;NR=30;PP=965;SC=CCGCAGAGAGACTTGTGTGGG;SOR=1.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=60;WE=34643111;WS=34643093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	34651983	rs34997758	T	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=-1.760;SC=AGTTCTCTCCTCATGCCATGG;SOR=1.085;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=7;WE=34651991;WS=34651973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr15	34653914	rs35483472	T	C	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=19;PP=556;SC=CTTTTCTTTTTTTTTTTGACG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=32;WE=34653922;WS=34653904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	34654339	rs10626628	T	TTCTC,TTCTCTC	10157.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.239;QD=37.62;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:23,145,102:0.54,0.38:270
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chr15	34655092	rs2339434	T	C	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=22;PP=493;SC=GCTCCTTCCCTGGCTCCCACA;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=34655100;WS=34655082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	34656524	rs6495665	T	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.634;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=231;ReadPosRankSum=-0.071;SC=TTGGGAAGGATACAAAGAGGA;SOR=1.785;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=15;WE=34656532;WS=34656514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr15	34657589	rs4984237	A	G	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=161;SC=ATCAGGGCACATTACTTAGAG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=34657597;WS=34657579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	34673722	rs76522922	C	T	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.54;QD=22.16;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	34678807	rs200733115	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.40;MQRankSum=-3.418;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.756;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr15	34781867	.	T	TG	123	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5267;HP=11;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=24;MQ=53.47;NF=1;NR=0;PP=123;QD=149.0;SC=GGGGAGGGGGTGGGGGGTGCC;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=1;WE=34781875;WS=34781857;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,1:0.33:3
chr15	34782792	rs2655313	C	A	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=20;PP=724;SC=AGTCTTGAGCCGCTTAGGGGC;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=34;WE=34782800;WS=34782782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	35045276	rs35174018	G	A	3115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=77;PP=2235;ReadPosRankSum=0.384;SC=GACCTCCTATGGACTCAGGGG;SOR=0.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=301;TCF=147;TCR=154;TR=150;WE=35045284;WS=35045266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,157:0.49:319
chr15	35045312	rs651724	T	A	6782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=1.208;SC=CTAGGAAGACTGTAGAGTAGC;SOR=0.287;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=117;TCR=112;TR=225;WE=35045320;WS=35045302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,252:1.00:253
chr15	35083508	rs201456215	TCACACACACACACACA	T	1409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=7.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.727;QD=32.78;ReadPosRankSum=0.125;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,35:0.81:43
chr15	35149008	rs8035240	C	T	6072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=123;NR=73;PP=2965;SC=TGGTCTCTTCCGGGGCAGATG;SOR=1.095;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=123;TCR=73;TR=196;WE=35149016;WS=35148998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr15	35168056	rs2290321	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=159;ReadPosRankSum=1.506;SC=ATCAGCACACCCAAACTGTAC;SOR=0.387;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=15;WE=35168064;WS=35168046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr15	35185812	rs6495722	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=1.587;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr15	35196492	rs12898639	C	T	52.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	35207397	rs2044920	C	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=1.161;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr15	35222758	.	A	G	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ATGAAAATAAAGTATGTGAAT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=35222766;WS=35222748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr15	35230924	rs12594085	A	G	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=1135;ReadPosRankSum=2.676;SC=TGCACTGAGTAAAAAAGAAGA;SOR=0.668;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=25;WE=35230942;WS=35230914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,35:0.42:83
chr15	35230934	rs10701045	A	ATAGT	1321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=1127;ReadPosRankSum=1.831;SC=AAAAAAGAAGATACCAGAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=14;WE=35230942;WS=35230914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,34:0.43:80
chr15	35252767	rs11636350	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.602;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr15	35256624	rs9920529	C	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=-0.963;SC=TATCTGAAGGCACTACACAGG;SOR=0.547;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=17;WE=35256632;WS=35256614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr15	35261649	rs7164169	A	G	5969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FS=0.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=-1.173;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:342,298:0.47:640
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chr15	35834547	rs1020307	T	C	2864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=29;PP=1772;SC=GGTATACCTGTACAATGTAAT;SOR=1.587;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=63;TCR=30;TR=92;WE=35834555;WS=35834537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
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chr15	36946153	rs10220771	G	A	3888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=88;NR=42;PP=2289;SC=TTTCCCTTCAGTGCTTTCCTA;SOR=1.286;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=88;TCR=43;TR=130;WE=36946161;WS=36946143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr15	36946176	rs62002320	A	G	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.918;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,83:0.41:203
chr15	36946303	rs3784678	C	G	3070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.016;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=66;PP=1518;ReadPosRankSum=-0.519;SC=GTCTAGGTACCTGAATGGAGT;SOR=0.844;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=247;TCF=122;TCR=125;TR=127;WE=36946311;WS=36946293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,152:0.55:278
chr15	36946441	rs10220785	C	T	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=27;PP=753;SC=ACAATTATAACTACCTTTGGA;SOR=2.833;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=33;WE=36946449;WS=36946431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	36949952	rs6495863	T	A	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=7;PP=1162;SC=AATTGACTTATTCTTCAGTGT;SOR=2.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=52;WE=36949960;WS=36949942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	36984409	rs3743338	T	C	2108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.78;ReadPosRankSum=-1.662;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,101:0.56:179
chr15	36989469	rs2381887	G	A	5090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr15	37026600	rs5811935	A	AT	857.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;QD=35.74;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	37026612	rs2078369	A	T	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;QD=38.47;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	37100469	rs117233718	T	C	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.28;ReadPosRankSum=-0.706;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr15	37110637	rs1194621	T	C	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=27;PP=872;SC=ACCACTGCCGTCGGCTCCGGC;SOR=0.994;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=48;WE=37110645;WS=37110627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	37168502	rs10518914	G	A	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.87;ReadPosRankSum=0.416;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,38:0.44:86
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chr15	37173147	rs12909623	T	G	4379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=54;PP=2205;SC=AAATTTGCGGTGTTTCAGGAA;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=63;TCR=54;TR=117;WE=37173155;WS=37173137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr15	37173267	rs12903788	G	A	4591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=74;PP=2710;SC=ACCCAACTCAGGACTCTAAAG;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=78;TCR=74;TR=152;WE=37173275;WS=37173257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr15	37187197	rs61146116	A	AT	441.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=9;PP=576;SC=TCAAAGAGGAATTTTTTCCCC;SOR=1.022;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=18;WE=37187205;WS=37187187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	37375938	rs77652060	C	T	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	37390440	rs75232629	A	C	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	38230565	rs59125264	TG	T	1722.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=32;PP=1337;SC=CTTGAACCACTGGAGTGCTGA;SOR=1.426;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=33;WE=38230573;WS=38230555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	38233223	rs1021796	T	C	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=576;SC=TTAATTCCTCTATCAGGAGAC;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=38233231;WS=38233213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	38233869	rs2937991	T	C	3595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=78;NR=38;PP=2029;SC=TTTGATTTCCTAGGTAATGAA;SOR=1.112;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=78;TCR=38;TR=116;WE=38233877;WS=38233859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr15	38258772	rs2959336	A	C	3383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=41;PP=1913;SC=AGGCTACAGCAAGAAACCTCA;SOR=1.135;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=73;TCR=41;TR=114;WE=38258780;WS=38258762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr15	38590722	rs8040553	T	G	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=13;PP=604;SC=TAAAAAAAATTAACTTCTGGT;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=38590730;WS=38590712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	38590749	rs77635204	GAGAA	G	1034.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.809;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.267;NF=5;NR=9;PP=587;ReadPosRankSum=-0.506;SC=AACAACATGAGAGAAAGAAGT;SOR=1.341;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=14;WE=38590760;WS=38590739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr15	38590771	rs8036280	A	G	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;QD=26.62;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	38590854	rs8034630	G	A	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;QD=25.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	38614525	rs7182445	G	A	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr15	38616815	rs1879939	G	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=21;SC=AGGGGCAAATGCAAGTGGCCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=38616823;WS=38616805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	38617113	rs1879938	C	T	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.98;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	38617113	.	CTC	TTG	176	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=4;NR=4;PP=176;QD=28.6834843578;SC=TTCTAAGACACTCTATTTGTC;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=38617123;WS=38617103;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	38617115	rs1879937	C	G	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.91;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	38631840	rs7163339	T	C	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=17;PP=1086;SC=TATATACTTATTGACTTGCTA;SOR=1.539;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=38631848;WS=38631830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	38631930	rs7180446	C	A	4365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr15	38632148	rs7181472	A	G	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=31;PP=895;SC=GTAGAAATTGAATGATGTCAT;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=38632156;WS=38632138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	38641773	rs61670754	G	GTT	2076.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.19;SOR=2.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	38641774	.	A	T	556	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=20;PP=556;QD=26.853236934;SC=TAATTAATAGATAGGTAAAGT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=22;WE=38641785;WS=38641764;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr15	38641774	rs34352434	A	AAAT	2077.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.21;SOR=2.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	38641776	.	A	AAATTAGT	1392	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=20;PP=1392;QD=74.6;SC=ATTAATAGATAGGTAAAGTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=38641785;WS=38641764;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	38641777	.	G	A	567	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=19;PP=567;QD=28.6557720261;SC=TTAATAGATAGGTAAAGTTTT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=21;WE=38641785;WS=38641764;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr15	38641777	rs59928364	G	GTA	1987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.69;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	38643574	rs3751526	T	C	5992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr15	38762701	rs7162389	A	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=-1.540;SC=ATTATGAGGTATACATTTTAT;SOR=0.269;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=10;WE=38762709;WS=38762691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr15	38776330	rs61409403	T	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=0.878;SC=TAATTTGTTCTGCCATGTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=38776338;WS=38776320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr15	38794566	rs12324402	A	G	3970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.74;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,116:0.40:289
chr15	38794591	rs62621817	T	A	3954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=55;PP=1282;ReadPosRankSum=0.013;SC=AATGTATCCATCCTGGTCGTG;SOR=0.720;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=271;TCF=140;TCR=131;TR=112;WE=38794599;WS=38794581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,119:0.41:291
chr15	38798246	rs4465567	T	C	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=815;ReadPosRankSum=-0.401;SC=AGTTTGTTTTTAAAAGTCACA;SOR=0.701;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=47;WE=38798254;WS=38798236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,51:0.57:90
chr15	38804020	rs11413668	T	TA	642.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=453;SC=GAGTCTCCCTTACGCTGGTTA;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=38804028;WS=38804010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	38804104	rs6495977	C	A	183.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=22.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	38990769	rs7172816	T	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.980;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=194;ReadPosRankSum=1.653;SC=GTTACAGGGATGTCAAACTAG;SOR=0.174;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=15;WE=38990777;WS=38990759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr15	38990803	rs12595568	T	G	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=200;SC=GTGTGGTGTGTAAGATGTTGG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=38990811;WS=38990793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	39879747	rs9920929	G	A	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
chr15	40005793	.	G	GA	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.418;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.701;QD=1.54;ReadPosRankSum=1.058;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,31:0.23:132
chr15	40030440	rs1906163	G	A	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.699;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.071;NF=17;NR=26;PP=545;ReadPosRankSum=-0.716;SC=ATATACTCAAGGAAATTCACA;SOR=0.489;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=43;WE=40030448;WS=40030430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,48:0.48:101
chr15	40030457	rs34646792	GA	G	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=10;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.084;NF=1;NR=20;PP=213;ReadPosRankSum=0.072;SC=CACAGTTCAGGAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=21;WE=40030465;WS=40030447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr15	40031715	rs8033687	C	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=1.545;SC=AGTACTGGTTCATAAAAGTTT;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=6;WE=40031723;WS=40031705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr15	40056219	rs34937456	G	A	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.18;ReadPosRankSum=-0.609;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr15	40056223	rs62004778	T	C	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.90;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr15	40062825	rs1565560	C	A	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=9.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=2.005;QD=6.02;ReadPosRankSum=1.165;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,32:0.40:80
chr15	40062838	rs7179838	G	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=14.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=1.921;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.537;SOR=2.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,34:0.46:74
chr15	40062855	rs1565561	C	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.855;HP=8;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.534;NF=3;NR=23;PP=501;ReadPosRankSum=0.405;SC=AAAATACTGTCTTTTTTTAAA;SOR=2.002;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=26;WE=40062863;WS=40062845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr15	40062884	rs7180846	T	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.821;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.067;NF=0;NR=14;PP=296;ReadPosRankSum=-0.532;SC=TTCTAGAATATTTTGACACTA;SOR=2.376;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=14;WE=40062892;WS=40062874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr15	40226495	rs566792	T	C	2613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=6.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.67;ReadPosRankSum=1.697;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,125:0.51:245
chr15	40235552	.	CTTTTTT	C	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=8.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=-0.456;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.456;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
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chr15	40259519	rs33911018	C	CT	347.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.690;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
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chr15	40269052	rs34298786	G	A	5946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=25.74;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr15	40269102	rs149792847	A	AT	2530.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;MQRankSum=0.257;QD=20.25;ReadPosRankSum=-0.512;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,120:0.96:125
chr15	40270214	rs7174071	A	G	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	40282625	rs4144472	T	C	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=46;PP=1410;SC=GACTCAGATGTCTTGATAATC;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=67;WE=40282633;WS=40282615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	40284523	rs7178419	C	T	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=55;PP=1678;SC=AGGTTTTATTCTACGGCAGAT;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=89;WE=40284531;WS=40284513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	40284802	rs11070241	C	T	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=456;SC=TGTGGCCATACGTGACTTATG;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=40284810;WS=40284798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	40285120	rs11633992	A	G	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=42;PP=1179;SC=AGCATTTGGGATTTAGTCCCG;SOR=2.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=56;WE=40285128;WS=40285110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	40291140	rs2412457	C	T	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=236;SC=CTTAAAATGTCATTAGACTTG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=40291148;WS=40291130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	40293036	rs72248603	AAAT	A	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=191;ReadPosRankSum=1.994;SC=AAAGCAGAAAAAATAATGACC;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=6;WE=40293046;WS=40293026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr15	40300092	rs2279581	T	C	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=2;PP=746;SC=CAGGTCAAATTTGTCTTTCAG;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=40300100;WS=40300084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	40300443	rs2279579	T	G	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=58;PP=1716;SC=CTATATTTCTTCACCAAGTGT;SOR=2.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=15;TCR=58;TR=73;WE=40300451;WS=40300433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	40313083	rs12916520	G	T	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=9;PP=437;SC=ACTGTAACCGGTCTGTTTCTG;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=40313091;WS=40313073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	40313141	rs3207297	C	T	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	40314967	rs8030856	C	G	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=22;PP=645;SC=GACGGAGTCTCGCTGTCTCCC;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=40314975;WS=40314957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	40322552	rs2250402	G	T	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.606;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.10;ReadPosRankSum=1.579;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr15	40324837	rs2291621	C	T	3845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr15	40328575	rs7535	G	C	9275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=172;PP=2965;SC=GCTGTTGTTGGTGCTGTTGCT;SOR=0.699;Source=Platypus;TCF=173;WE=40328583;WS=40328565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr15	40328665	rs8208	G	A	6203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=105;PP=2965;SC=CTCTTCTTCAGCCCATCCATG;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=99;TCR=105;TR=204;WE=40328673;WS=40328655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr15	40328973	rs2291620	A	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=6;PP=610;SC=TAGGTAGCATATATCTACAGC;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=40328981;WS=40328963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	40329033	rs2291619	A	G	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=55;NR=21;PP=1362;SC=CGGTATTAGCATTGAAATTCA;SOR=1.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=56;TCR=21;TR=76;WE=40329041;WS=40329023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	40330564	rs7321	C	T	3312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=72;NR=42;PP=1944;SC=CCACAGTACCCTTCTTTGGAA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=72;TCR=43;TR=114;WE=40330572;WS=40330554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr15	40330629	rs8041057	C	T	4545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr15	40330693	rs937215	C	T	2453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=45;PP=1399;SC=GATGACCTAACCCAGCCCCGC;SOR=1.154;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=82;WE=40330701;WS=40330683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr15	40453307	rs2277559	A	G	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=21;PP=1185;SC=GGAGTCGTGTACGTGCCTTGG;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=60;WE=40453315;WS=40453297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	40453497	rs2277560	G	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.993;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=182;ReadPosRankSum=-2.086;SC=GGCCTGAGAGGACACGGCCTG;SOR=1.698;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=14;WE=40453505;WS=40453487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr15	40457129	rs3214012	A	C	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=336;SC=AATAATAATTATGTGTCAGTC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=40457137;WS=40457124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	40457431	rs17668261	A	C	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.76;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,62:0.60:103
chr15	40462780	rs1801389	G	A	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.191;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=801;ReadPosRankSum=-0.598;SC=AAGGTGGGAAGGAGAGTAATA;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=116;TCF=56;TCR=60;TR=56;WE=40462788;WS=40462770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,64:0.47:135
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chr15	40491952	rs2172742	A	G	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=-1.499;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
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chr15	40544617	rs55863440	G	A	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=4.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.680;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,109:0.43:254
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chr15	40556713	rs12902461	T	C	7003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=109;NR=126;PP=2965;SC=GCCTGCTCCATAGGGGACTTG;SOR=0.962;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=109;TCR=126;TR=235;WE=40556721;WS=40556703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
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chr15	40583093	rs2412506	A	G	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=7;PP=924;SC=CAGAGGGAGTACGGGGGGCGG;SOR=2.476;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=34;WE=40583101;WS=40583083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	40583458	rs936209	A	G	4243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=59;PP=2362;SC=CACCGCCACGAGCCTTACCTC;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=69;TCR=59;TR=128;WE=40583466;WS=40583448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr15	40583560	rs62021888	G	T	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=3.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=-3.441;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,67:0.47:144
chr15	40583876	rs9972418	T	G	6501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=120;PP=2965;SC=GGCTGGGCTGTCAGGTGCTCT;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=101;TCR=120;TR=221;WE=40583894;WS=40583866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr15	40590265	rs2305648	C	G	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=26;PP=991;ReadPosRankSum=-0.123;SC=CATATAACTGCATGGCCGCCA;SOR=0.695;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=127;TCF=76;TCR=51;TR=65;WE=40590273;WS=40590255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,74:0.52:141
chr15	40593939	rs2305647	C	T	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=50;PP=1339;SC=GTAGGGGATACAGACAAACCT;SOR=1.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=74;WE=40593947;WS=40593929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	40595414	rs1869902	G	C	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.48;SOR=1.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr15	40595474	rs2305646	A	C	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=29;PP=1013;ReadPosRankSum=-1.692;SC=CTGGGCTGCTACTGGACACAC;SOR=0.885;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=166;TCF=97;TCR=69;TR=76;WE=40595482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,89:0.46:195
chr15	40595565	rs2305645	C	T	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=36;PP=896;ReadPosRankSum=-0.449;SC=CTCCTGGGGGCAGGGTGCGGA;SOR=0.630;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=71;TCR=71;TR=71;WE=40595573;WS=40595555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,78:0.48:161
chr15	40595627	rs1869901	G	A	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=378;ReadPosRankSum=-0.154;SC=GGTCAAGAATGAGCAATAGGG;SOR=0.627;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=30;WE=40595635;WS=40595617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,37:0.47:79
chr15	40627845	rs55641696	G	A	2238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=4.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=27;PP=1556;ReadPosRankSum=0.927;SC=GCTCCATCCCGCTCTGCTTCT;SOR=0.633;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=194;TCF=142;TCR=52;TR=95;WE=40627853;WS=40627835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,100:0.48:208
chr15	40630913	rs72733403	C	T	4674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=90;PP=2952;ReadPosRankSum=-0.131;SC=GAAGAGGCTGCCTGCCGATGC;SOR=0.651;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=409;TCF=236;TCR=173;TR=207;WE=40630921;WS=40630903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,223:0.51:435
chr15	40632302	rs12440659	G	C	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=1.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=1.594;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,138:0.44:317
chr15	40646520	rs71132169	CT	C	3304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=60;PP=1570;SC=AAAGCTGCTTCTTTTTTTTCC;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=74;TCF=11;TCR=63;TR=69;WE=40646528;WS=40646510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr15	40648610	rs62017981	C	T	3516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=79;PP=2377;SC=AAACAGCCTCCTAGAGGCCAC;SOR=1.591;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=42;TCR=80;TR=121;WE=40648618;WS=40648600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr15	40650449	.	G	GCCGCCA	1368.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.553;NF=8;NR=7;PP=804;ReadPosRankSum=1.133;SC=CGCCGCTGCCGCCGCCACCGC;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=15;WE=40650457;WS=40650439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,34:0.89:38
chr15	40650458	.	G	GCCA	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.29;MQRankSum=-0.601;QD=1.04;ReadPosRankSum=-2.030;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,5:0.12:43
chr15	40650784	rs111246437	GC	G	1780.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.007;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-3.518;NF=3;NR=46;PP=1595;ReadPosRankSum=0.017;SC=CAAGCTCCAGGCCCCCCTCGC;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=3;TCR=49;TR=49;WE=40650792;WS=40650774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,70:0.97:72
chr15	40655845	rs1898883	C	G	9922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=194;NR=148;PP=2965;SC=CAAGGCTGTGCCCCCTGAGGC;SOR=0.835;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=344;TCF=194;TCR=150;TR=342;WE=40655853;WS=40655835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr15	40659713	rs35004278	C	T	3669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=0.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.39;ReadPosRankSum=-1.107;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,182:0.47:391
chr15	40660566	rs72733420	G	A	7636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=144;NR=110;PP=2965;SC=GCTTCGACGCGGAGTATCGCC;SOR=0.868;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=144;TCR=110;TR=254;WE=40660574;WS=40660556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr15	40681676	rs6492944	T	A	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=67;NR=47;PP=1760;SC=AACCCTTTTATCTTTTCATGT;SOR=0.820;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=67;TCR=48;TR=114;WE=40681684;WS=40681666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr15	40683780	rs2289332	G	A	3270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr15	40684232	rs72733427	G	A	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=40;PP=1113;SC=CAGGTGAGAGGCAGACATCAC;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=78;WE=40684240;WS=40684222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr15	40684289	rs72733428	T	C	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=20;PP=579;SC=TGGGGTCTTTTCTGTTTTTCT;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=40684297;WS=40684279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	40684387	.	G	GTT	40	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=12;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=40;QD=24.5;SC=ATAGTAACGTGTTTTTTTTTT;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=40684395;WS=40684377;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	40685206	rs11321442	AT	A	1474.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=16;PP=836;SC=TTTTCCACTAATTTTTTTTTT;SOR=2.649;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=52;WE=40685215;WS=40685196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	40685326	rs28379196	A	G	6288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=105;NR=103;PP=2965;SC=AATCCATTCTATGGAAACTTG;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=105;TCR=105;TR=208;WE=40685334;WS=40685316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr15	40685406	rs8036457	A	T	6705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr15	40685508	rs8037941	T	C	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=46;PP=1214;SC=CTAAAACCAGTGCATAGAAAT;SOR=1.264;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=77;WE=40685516;WS=40685498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	40685850	rs11541643	A	G	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=31;NR=43;PP=1253;SC=TCTCAGAGGAAGCTACTTAGG;SOR=1.233;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=74;WE=40685858;WS=40685840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	40699940	rs2289331	T	C	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=356;ReadPosRankSum=-2.318;SC=AGTTGGGAGGTCCGGGCAGTC;SOR=1.508;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=22;WE=40699948;WS=40699930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,24:0.36:66
chr15	40700006	rs3214685	G	GTT	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.132;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=305;ReadPosRankSum=-0.611;SC=AGCTCACACAGTTCTGGTAAA;SOR=0.758;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=9;WE=40700014;WS=40699996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr15	40703339	rs8034416	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=170;ReadPosRankSum=1.557;SC=ACTTTACCGACACCCTGGTCT;SOR=0.763;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=15;WE=40703347;WS=40703329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr15	40703609	rs4924466	A	G	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=18;PP=877;SC=CATTATCAGGATAATGGAGCA;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=40703617;WS=40703599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	40705105	rs2289330	A	G	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.34;ReadPosRankSum=2.826;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr15	40705225	rs2229312	C	T	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.006;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,40:0.42:96
chr15	40707245	rs11638426	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.929;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=215;ReadPosRankSum=-1.048;SC=GACCCACCATGAGCAGCAGCA;SOR=0.096;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=18;WE=40707253;WS=40707235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr15	40708422	rs11070270	A	G	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.865;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=31;PP=919;ReadPosRankSum=0.034;SC=GGGGCAGTGGACCAGCTGCTG;SOR=0.533;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=159;TCF=81;TCR=78;TR=68;WE=40708430;WS=40708412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,78:0.44:179
chr15	40712737	rs11790	T	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=210;ReadPosRankSum=-0.681;SC=GTCCTATTCCTGTCCTCCAGC;SOR=1.426;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=21;WE=40712745;WS=40712727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr15	40716408	rs28429209	C	A	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.526;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=48;PP=1281;ReadPosRankSum=0.173;SC=CAGTGGCTCCCAGCACCTGTA;SOR=0.588;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=116;TCR=106;TR=99;WE=40716416;WS=40716398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,110:0.44:252
chr15	40727879	rs72733450	C	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.767;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=191;ReadPosRankSum=0.080;SC=CTACCCACTTCTCCAGCCTCA;SOR=1.148;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=16;WE=40727887;WS=40727869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr15	40751555	rs3803357	C	A	4572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=87;PP=2594;ReadPosRankSum=0.250;SC=GCCATCTCATCAGCCCCTGAG;SOR=0.646;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=336;TCF=170;TCR=166;TR=183;WE=40751563;WS=40751545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,208:0.56:370
chr15	40820805	rs7164166	A	G	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=116;SC=AGGGGAAGACACCAGGTCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=40820813;WS=40820801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	40824710	rs8029208	T	C	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=190;SC=TTCACAGCTGTTCACCATGAG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=40824718;WS=40824700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	40827030	rs12916323	C	G	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.217;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,79:0.56:142
chr15	40849408	rs8028999	C	T	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,45:0.56:81
chr15	40849680	rs8029384	C	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=110;ReadPosRankSum=-1.408;SC=ATGAGGACATCCACACTCCCT;SOR=0.495;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=7;WE=40849688;WS=40849670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr15	40856989	rs3803354	C	T	11169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr15	40862191	rs141235042	G	GGTTTTGTTTTGTTTTGTTTT	392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=3.089;QD=8.18;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr15	40898643	rs7177192	G	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.87;ReadPosRankSum=0.693;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr15	40903684	rs12911738	A	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=1.124;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr15	40907698	rs11427985	T	TG	890.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=3;PP=239;SC=CCAGGCACGGTGCTCACGCCT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=40907706;WS=40907688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	40913840	rs2412541	G	T	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=964;ReadPosRankSum=-0.229;SC=CAGTAATTATGCTAAAATGTA;SOR=0.718;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=56;WE=40913848;WS=40913830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,57:0.56:102
chr15	40914177	rs11858113	T	C	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.905;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=520;ReadPosRankSum=-0.258;SC=GGTGAAAATATGGATTTGACT;SOR=0.549;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=42;WE=40914185;WS=40914167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,44:0.44:101
chr15	40914772	rs11855334	C	T	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,86:0.50:171
chr15	40915045	rs8041534	T	G	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=307;ReadPosRankSum=-0.608;SC=TTGATAAGACTATTGTATTTT;SOR=0.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=23;WE=40915053;WS=40915035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr15	40915190	rs8040502	A	G	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=34;PP=1041;ReadPosRankSum=-0.880;SC=ATATACATGTAGGCAGGATGA;SOR=0.782;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=166;TCF=95;TCR=71;TR=81;WE=40915198;WS=40915180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,93:0.48:192
chr15	40915894	rs11070285	T	C	3899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=2.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,197:0.50:395
chr15	40937727	rs6492959	C	T	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	40947023	rs10444817	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=101;ReadPosRankSum=1.050;SC=GCCAAGACTGCGCCATTGCAC;SOR=0.473;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=10;WE=40947031;WS=40947013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr15	40949526	rs2412544	C	T	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.66;ReadPosRankSum=0.651;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr15	40998305	rs45592734	T	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=347;ReadPosRankSum=-0.668;SC=TTATATATATTTTTTTGCCAT;SOR=0.518;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=20;WE=40998313;WS=40998295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr15	40998342	rs45457497	T	G	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=302;ReadPosRankSum=-0.011;SC=AGGAATATTATTTTGTTGATT;SOR=0.648;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=27;WE=40998350;WS=40998332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,31:0.39:80
chr15	41029667	rs2304580	T	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=293;ReadPosRankSum=0.798;SC=ACCTATATTTTTGATAAGCTG;SOR=0.754;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=16;WE=41029675;WS=41029657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr15	41030579	rs34355108	C	CA	1134.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=331;ReadPosRankSum=0.215;SC=GACTCTGTCTCAAAAAAAAAG;SOR=1.157;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=27;WE=41030587;WS=41030569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,54:0.96:56
chr15	41030865	rs2304582	C	G	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=18;PP=490;SC=TGCATTGTCCCCTATCCCTGT;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=41030873;WS=41030855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	41032306	rs139418925	C	G	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=639;ReadPosRankSum=-1.902;SC=CTGGCTCTTCCCAGAACACTG;SOR=0.689;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=49;WE=41032314;WS=41032296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,56:0.48:117
chr15	41036448	rs4923884	G	A	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=58;PP=1752;SC=TTCCAAGCTAGTATGTTACAG;SOR=1.101;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=103;WE=41036456;WS=41036438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
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chr15	41059387	rs2301176	T	C	3777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.309;NF=93;NR=93;PP=2034;ReadPosRankSum=-1.287;SC=GCTTGCTGTGTGCCCCTCCTC;SOR=0.564;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=426;TCF=217;TCR=209;TR=186;WE=41059406;WS=41059377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,196:0.46:424
chr15	41060070	.	T	TA	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.067;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,15:0.24:62
chr15	41071867	.	CA	C	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=-0.330;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr15	41104755	.	AAAAG	A	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=7.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.26;ReadPosRankSum=0.236;SOR=1.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr15	41105926	rs690347	T	G	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.542;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=749;ReadPosRankSum=-0.121;SC=TGAAGAAGCTTCCCTGGATGA;SOR=0.436;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=100;TCF=69;TCR=31;TR=53;WE=41105934;WS=41105916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,59:0.52:113
chr15	41106485	rs7915	A	C	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=256;ReadPosRankSum=0.595;SC=TTCTGGGCCCAGCCACAGGAC;SOR=0.573;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=28;WE=41106493;WS=41106475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr15	41145919	rs17658212	C	T	4126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.91;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,209:0.45:463
chr15	41146581	rs3736287	T	C	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=37;PP=1644;SC=CTGACCTCCCTTCCACCCGTC;SOR=0.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=88;WE=41146589;WS=41146571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	41148199	rs659232	C	T	7940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=148;NR=138;PP=2965;SC=GTGGTTGTTACGGCAACAAGA;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=288;TCF=149;TCR=139;TR=286;WE=41148207;WS=41148189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr15	41149161	rs690458	G	C	9832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=26.50;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr15	41165739	rs1814692	A	C	5654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=91;NR=92;PP=2965;SC=TAGCCCCCCGACACATGGAAT;SOR=0.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=91;TCR=92;TR=183;WE=41165747;WS=41165729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr15	41193274	rs9806730	T	C	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	41193316	rs9806683	C	T	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=22;PP=730;SC=GCTGGCTTCCCTTGCAGAGAG;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=41193324;WS=41193306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	41224124	rs3212278	G	A	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=487;SC=CAGACCTCCTGTCTCTTCCCA;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=41224132;WS=41224114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	41246237	rs3033592	A	ATC	625.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=5;PP=558;SC=GACCACTGACATGTCAGTGTT;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=41246245;WS=41246227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	41308142	.	C	CA	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-1.615;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr15	41315591	rs72527311	A	AAT	3188.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=42;PP=2114;SC=TTTAAAAAGTAAGTCTAGACT;SOR=1.778;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=43;WE=41315599;WS=41315581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	41339481	rs11070320	C	T	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=4;PP=239;SC=TTATTCTTAACAAAAGAAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=41339489;WS=41339471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	41346092	rs2899010	T	C	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=13;PP=827;SC=TTGGTGCCTATTGAGGCTTAA;SOR=1.708;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=43;WE=41346100;WS=41346082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	41350749	.	CTG	C	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.70;ReadPosRankSum=1.103;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr15	41350768	rs67053863	CGT	C	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr15	41476101	rs521088	T	C	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=7;PP=354;SC=AAGCCATCTGTATGGCCTTAA;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=41476109;WS=41476091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	41476209	rs522063	T	C	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=25;PP=1428;SC=GAAACCACAGTCTTTCTGATA;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=77;WE=41476217;WS=41476199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	41476856	rs111604343	C	CTT,CTTT	1204.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=34.42;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,22,11:0.63,0.31:35
chr15	41476875	rs2467297	T	C	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=23;PP=529;SC=TTTTTTGAGATGGAGTCTCGC;SOR=2.115;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=28;WE=41476883;WS=41476865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	41483631	rs11371504	T	TA	3208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=12;PP=1992;SC=GGACATCCTTTACACCCACCT;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=45;WE=41483644;WS=41483621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	41483636	rs2412609	C	T	3340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=12;PP=1337;SC=TCCTTTACACCCACCTGAATT;SOR=1.966;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=63;WE=41483644;WS=41483621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	41507883	.	CA	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.059;QD=0.34;ReadPosRankSum=-1.643;SOR=0.427;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,24:0.18:134
chr15	41625049	rs193170406	C	A	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.61;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=0.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr15	41663884	rs371284414	TA	T	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.163;QD=2.28;ReadPosRankSum=1.121;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr15	41679685	rs12900702	G	C	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=2.673;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,51:0.50:101
chr15	41709292	rs201970560	A	AG	460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=2.215;QD=11.52;ReadPosRankSum=0.854;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr15	41766966	rs167581	G	A	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	41770608	.	TA	T	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.022;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr15	41771141	.	CTTT	C	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr15	41797573	rs35233496	T	TG	1400.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.691;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=733;ReadPosRankSum=0.407;SC=TAGAGGGGCCTGGGGGGGCTA;SOR=0.405;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=33;WE=41797581;WS=41797563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,59:0.56:105
chr15	41799079	rs316622	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=130;ReadPosRankSum=0.472;SC=TGAGCCACCACGCCCAGCTGA;SOR=1.004;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=15;WE=41799087;WS=41799069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr15	41799711	rs4924549	C	T	2541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=4.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.28;ReadPosRankSum=-1.185;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,130:0.47:274
chr15	41803914	rs2254078	A	G	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.610;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=325;ReadPosRankSum=0.124;SC=AGCCCAGCGCAGGGATAGGGG;SOR=0.223;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=27;WE=41803922;WS=41803904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,37:0.82:45
chr15	41805115	rs2253936	G	A	1992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.989;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=48;PP=1102;ReadPosRankSum=-0.389;SC=TCGAGCCCCTGGCTGGGCCAG;SOR=1.053;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=181;TCF=88;TCR=93;TR=87;WE=41805123;WS=41805105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,98:0.50:195
chr15	41805999	rs11631555	C	T	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.710;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=772;ReadPosRankSum=1.382;SC=CCACGGCAGCCCTGGCCACCA;SOR=0.585;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=45;TCR=61;TR=52;WE=41806007;WS=41805989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,53:0.46:115
chr15	41810439	rs932959	G	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=97;ReadPosRankSum=0.578;SC=ACATACATAAGGTGTGTGGAT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=41810447;WS=41810429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr15	41813279	rs3743031	C	T	2697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=51;PP=1364;ReadPosRankSum=-0.880;SC=ACCGAGGGACCCTGCTGCTTC;SOR=0.596;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=132;TCR=109;TR=113;WE=41813287;WS=41813269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,136:0.50:271
chr15	41814172	rs2289740	G	C	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=2.519;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr15	41815516	rs8027526	G	C	6888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr15	41815649	rs2297377	A	G	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=623;ReadPosRankSum=0.378;SC=ACAGCCCAAAAGAGCACATTT;SOR=0.588;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=48;WE=41815657;WS=41815639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,56:0.48:116
chr15	41816190	rs2297378	T	G	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.765;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=58;PP=1544;ReadPosRankSum=1.737;SC=TGCCAAAGGGTGCCACAGTGA;SOR=0.855;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=178;TCF=81;TCR=97;TR=100;WE=41816198;WS=41816180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,111:0.55:201
chr15	41817367	rs2274858	A	G	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,98:0.50:196
chr15	41819283	rs2297379	G	A	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,130:0.51:254
chr15	41819322	rs2297380	C	T	2352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=43;PP=1355;ReadPosRankSum=1.115;SC=AAGACAAGGCCCAGCTAGGCT;SOR=0.757;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=206;TCF=112;TCR=94;TR=99;WE=41819330;WS=41819312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,111:0.48:233
chr15	41819367	rs11630901	T	C	2118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=37;PP=1286;ReadPosRankSum=-1.706;SC=TTTCTCACCCTTGTGGCTGAT;SOR=0.706;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=192;TCF=113;TCR=79;TR=94;WE=41819375;WS=41819343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,100:0.49:206
chr15	41819716	rs1200345	C	T	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=45;PP=1171;ReadPosRankSum=1.664;SC=TCTTCATCCTCGTCCTCATCC;SOR=0.630;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=81;TCR=91;TR=86;WE=41819724;WS=41819706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,96:0.50:191
chr15	41819998	rs11070334	G	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=287;ReadPosRankSum=0.437;SC=CCATGCCCAGGAACAGGAATA;SOR=0.859;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=17;WE=41820006;WS=41819988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr15	41821752	rs1200349	T	C	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.917;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,46:0.43:106
chr15	41822323	rs11632399	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=252;ReadPosRankSum=0.857;SC=ATGGCATGGCCCAGGGACTGG;SOR=0.770;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=16;WE=41822331;WS=41822313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr15	41827243	rs7181115	A	G	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=17;PP=431;SC=ATAGACCCAAACTTTCCTCAG;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=41827251;WS=41827233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	41827655	rs2297381	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=97;ReadPosRankSum=-0.223;SC=AAAAATGACCCTATGATTGTG;SOR=0.293;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=8;WE=41827663;WS=41827645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr15	41828571	rs2297383	A	T	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.745;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=485;ReadPosRankSum=1.446;SC=CCAGCCCCCAACCTGACCTCA;SOR=1.220;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=26;WE=41828579;WS=41828561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr15	41829230	rs721772	A	G	1880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=45;PP=1152;ReadPosRankSum=-1.378;SC=TTCTTCACCAACTGCACTGCT;SOR=0.795;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=234;TCF=121;TCR=113;TR=90;WE=41829238;WS=41829220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,100:0.38:265
chr15	41856543	rs11070339	A	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=368;ReadPosRankSum=1.441;SC=AGTTAGAATCATTCTGTGTTC;SOR=1.058;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=20;WE=41856551;WS=41856533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr15	41857216	rs11639399	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=255;ReadPosRankSum=-0.687;SC=CTGAGTCCCCGTCCACAGCAC;SOR=0.627;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=48;TCR=6;TR=18;WE=41857224;WS=41857209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr15	41857303	rs2277536	T	C	2074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.728;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.626;NF=56;NR=51;PP=1215;ReadPosRankSum=0.399;SC=TGCCAGGTGCTGATGGCCGAG;SOR=0.496;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=205;TCF=118;TCR=87;TR=107;WE=41857311;WS=41857293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,105:0.46:226
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chr15	42046568	rs2695164	A	G	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=5;PP=742;SC=AGGGGAACAAACATTTGAAAA;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=42046576;WS=42046558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	42054300	.	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=110;ReadPosRankSum=0.026;SC=AATGCTGAAAGTGCTAATGTA;SOR=0.498;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=10;WE=42054308;WS=42054290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr15	42059521	rs2605570	A	T	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=19;PP=498;SC=GAGGGGAAATAGATCTCACCT;SOR=1.923;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=42059529;WS=42059511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	42103822	rs1197672	C	T	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=44;PP=1101;ReadPosRankSum=0.892;SC=TCTGTCCTGGCGGCGTAGTCT;SOR=0.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=187;TCF=86;TCR=101;TR=81;WE=42103830;WS=42103812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,92:0.45:205
chr15	42105918	rs1201689	C	G	3609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.070;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,190:0.45:426
chr15	42109223	rs1197689	T	C	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=40;PP=1317;SC=TCACTGCTGTTAAGTTTGCAG;SOR=1.416;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=67;WE=42109231;WS=42109213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr15	42111753	rs3034891	G	GC	2095.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.289;NF=12;NR=35;PP=1521;ReadPosRankSum=5.243;SC=GGCGGGGGGGGGGCAGGAGAC;SOR=0.697;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=47;WE=42111761;WS=42111735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,63:0.80:79
chr15	42114414	rs2303517	C	T	4160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr15	42115019	rs34055060	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=208;ReadPosRankSum=1.058;SC=TTTCCCCAGCCCTATCTGGCT;SOR=0.571;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=13;WE=42115027;WS=42115014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr15	42115426	rs1197688	A	G	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=45;PP=1405;SC=ACAGGGTGAGAAGCCTGATGG;SOR=1.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=71;WE=42115434;WS=42115416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	42116903	rs28401754	T	C	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.602;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=585;ReadPosRankSum=1.645;SC=TTGGGCAGCATAGGTGAGGGG;SOR=1.372;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=38;WE=42116911;WS=42116893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,41:0.38:107
chr15	42120437	rs13380315	C	G	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=275;ReadPosRankSum=-0.073;SC=GGGAGGGGCCCTGGGATGCCG;SOR=1.197;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=24;WE=42120445;WS=42120427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr15	42127443	rs2241523	G	C	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=469;ReadPosRankSum=-1.556;SC=TGGGGTGGTCGTGGCCCTGGA;SOR=1.663;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=27;WE=42127451;WS=42127433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr15	42127734	rs2241522	A	G	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=290;ReadPosRankSum=0.282;SC=ACTGGATGGCAGCTTTCCCCA;SOR=0.888;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=27;WE=42127742;WS=42127724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
chr15	42128568	rs2303516	C	G	2961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=49;PP=1832;ReadPosRankSum=0.337;SC=TGCACCAGGGCCCCTGATCCC;SOR=0.692;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=217;TCF=125;TCR=92;TR=118;WE=42128576;WS=42128558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,134:0.55:245
chr15	42128855	rs7166139	T	C	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.993;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=661;ReadPosRankSum=-2.231;SC=CTGAAAAGTCTCTAAGTCTGA;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=34;WE=42128863;WS=42128845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr15	42129158	rs890505	G	A	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=447;ReadPosRankSum=0.643;SC=TGCCCAGGCCGCCTGGGGAGA;SOR=0.696;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=40;WE=42129166;WS=42129148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,45:0.42:107
chr15	42129176	rs890504	T	C	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,53:0.45:117
chr15	42129373	rs11547012	C	G	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=33;PP=781;ReadPosRankSum=0.188;SC=TGGTGAACACCACCAAGCACG;SOR=0.539;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=60;WE=42129381;WS=42129363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,65:0.60:108
chr15	42132200	rs2077543	C	G	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=456;ReadPosRankSum=0.163;SC=ATGGAGATATCATGTCTCCTC;SOR=1.017;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=29;WE=42132208;WS=42132190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr15	42132896	rs1122884	C	T	2665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=1.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=-1.446;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,138:0.45:305
chr15	42133502	rs11635415	T	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=68;ReadPosRankSum=0.984;SC=GGAGGCGGTCTGGGGTCCCCG;SOR=0.061;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=7;WE=42133510;WS=42133492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr15	42133885	rs1648837	TG	CA	6305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=62;PP=2947;SC=CTCGGGGGACTGTGGTGGGGG;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=67;TCR=62;TR=127;WE=42133894;WS=42133875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr15	42134301	rs1648835	A	C	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=3.859;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.04;ReadPosRankSum=1.666;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr15	42134371	rs1648834	G	C	5167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr15	42134523	rs1648833	C	T	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=30;PP=948;SC=GGGGCTGGGACCCAGGCCACA;SOR=1.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=45;WE=42134531;WS=42134513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	42134652	rs1672464	G	A	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=14;PP=586;SC=CTGTGGAGACGGTGGCGGGGC;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=32;WE=42134660;WS=42134642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	42134839	rs1672465	T	C	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=21;PP=545;SC=ACAACCAGGGTGCGGGGCTGG;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=42134847;WS=42134829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	42134930	rs1648832	G	T	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=178;SC=TTGCGCTCGAGGGGGCACGAA;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=42134938;WS=42134920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	42135988	rs1672466	C	T	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=50;PP=1566;SC=TGCAGCTGGACGGAGACCTGC;SOR=0.978;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=100;WE=42135996;WS=42135978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr15	42136977	rs2305654	C	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=207;ReadPosRankSum=-0.631;SC=CTAGAAAGCCCGGGGCACGTG;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=12;WE=42136985;WS=42136967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr15	42137282	rs1648829	G	A	3908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=53;PP=2495;SC=CGGGGGCTGCGGCCTGGGGGC;SOR=1.092;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=77;TCR=54;TR=130;WE=42137290;WS=42137272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr15	42137576	rs1648828	C	T	3375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.28;SOR=2.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	42137581	rs1648827	A	C	3317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.45;SOR=2.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	42137773	rs4924580	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.602;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=314;ReadPosRankSum=-0.248;SC=ACCCTGGGTCGGGGTGGGGGT;SOR=1.164;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=21;WE=42137781;WS=42137763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr15	42137821	rs41277692	G	A	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=2.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.557;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,60:0.53:113
chr15	42138321	rs1197670	A	G	3925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=54;PP=2622;SC=GGGGGTTCACACCTCTTCCCC;SOR=1.094;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=78;TCR=54;TR=132;WE=42138329;WS=42138311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr15	42138456	rs1197669	G	A	4715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=1.079;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,236:0.49:478
chr15	42139038	rs890508	G	A	3859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=78;PP=2364;SC=TTCCAGGTTGGGAAGGGTGGG;SOR=1.357;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=49;TCR=78;TR=127;WE=42139046;WS=42139028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr15	42139390	rs3214531	GT	G	1303.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=12;PP=1067;SC=GGTGTGGAGAGTTTTTTTCCA;SOR=2.066;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=37;WE=42139398;WS=42139380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	42143145	rs58422701	C	CCA	9642.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.738;NF=31;NR=72;PP=2970;ReadPosRankSum=1.616;SC=AGCCTGGCACCCACAGTCACA;SOR=0.649;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=252;TCF=63;TCR=189;TR=103;WE=42143153;WS=42143135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,264:0.50:528
chr15	42143227	rs2054151	T	C	4336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=89;PP=2062;ReadPosRankSum=-1.212;SC=CTGCTGGGGGTGATGCCGGAG;SOR=0.679;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=371;TCF=184;TCR=187;TR=172;WE=42143235;WS=42143217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,217:0.49:442
chr15	42143533	rs1197665	T	G	6400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.125;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=1.700;SC=GCCCTGCAAGTTCCCGCGGCA;SOR=1.028;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=91;TCR=133;TR=223;WE=42143541;WS=42143523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,242:1.00:243
chr15	42143597	rs890507	A	G	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=386;ReadPosRankSum=0.459;SC=AGGTCGCATGAGCCACACGCA;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=26;WE=42143605;WS=42143587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,30:0.46:65
chr15	42144332	rs1197662	T	C	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=4;PP=388;SC=ACTGCATGCTTCAGGGAGACC;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=42144340;WS=42144322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	42144979	rs1197661	C	G	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=29.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=2.404;SOR=2.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,50:0.28:176
chr15	42145420	rs72724186	C	T	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.254;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=14;PP=836;ReadPosRankSum=1.452;SC=GGCTGTATCCCCAGCCCAACC;SOR=1.199;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=68;TCR=27;TR=50;WE=42145428;WS=42145410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,50:0.57:88
chr15	42145936	rs1197660	G	C	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.195;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=894;ReadPosRankSum=0.808;SC=CAGTCGGCAGGCCTCCGTCTG;SOR=0.517;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=112;TCF=60;TCR=52;TR=58;WE=42145944;WS=42145926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,63:0.50:127
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chr15	42147663	rs1672467	G	C	6091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.20;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
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chr15	42149506	rs12442525	G	C	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=691;ReadPosRankSum=-1.614;SC=ACAAAGGCCTGGGCCTGGCCC;SOR=0.831;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=106;TCF=75;TCR=31;TR=49;WE=42149514;WS=42149496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,56:0.48:116
chr15	42149596	rs1197675	C	G	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=53;PP=1505;ReadPosRankSum=0.936;SC=TCGCCCACCCCAGGCAGGGCC;SOR=0.675;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=252;TCF=139;TCR=113;TR=113;WE=42149604;WS=42149586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,122:0.44:277
chr15	42149952	rs1197674	T	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=200;ReadPosRankSum=-0.181;SC=TCAGGACTGCTGGTACCAGGG;SOR=0.569;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=16;WE=42149960;WS=42149942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr15	42150888	rs890503	G	A	3064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.93;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,148:0.62:237
chr15	42155841	rs1648841	T	C	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=10;PP=820;SC=CTCTAGGCAGTGCCCCCTCCC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=42155855;WS=42155831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	42156321	rs1197657	T	C	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=19;PP=431;SC=CCCCGGAGCATGAGGAACTGC;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=42156329;WS=42156311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	42159290	rs2290553	C	T	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	42159623	rs8032462	T	C	3033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=26;PP=1910;SC=ACCCCAGCCTTGCAGGCTCAT;SOR=1.893;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=73;TCR=26;TR=99;WE=42159631;WS=42159613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr15	42168400	rs2290559	C	T	6727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr15	42171462	rs12708402	C	T	2267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	42171537	rs1197683	A	G	2601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=34;PP=1401;SC=AGGGCGTGGCAGGTGTCCTCT;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=53;TCR=35;TR=86;WE=42171545;WS=42171527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr15	42171800	rs2271283	T	C	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=19;PP=685;SC=AGACTGGCTGTCCCTTGCCCC;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=42171808;WS=42171790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	42171877	rs1197685	A	G	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=8;PP=463;SC=AGTCAGGCCCAGGCTGGGCAC;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=42171885;WS=42171867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	42175507	rs1197692	T	C	7124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=102;PP=2965;SC=GTCCCCCACCTTGCTGTGTTT;SOR=0.806;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=230;TCF=128;TCR=102;TR=230;WE=42175515;WS=42175497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr15	42178155	rs1210795	T	C	7483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr15	42182442	rs12905012	T	C	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=45;PP=1164;SC=ATGAAGCCCATGTCCAGAGAG;SOR=1.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=69;WE=42182450;WS=42182432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	42187492	rs1197701	T	C	13691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=220;NR=265;PP=2965;SC=TGCCAGACCTTGCCTCAGCCA;SOR=0.913;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=486;TCF=220;TCR=266;TR=485;WE=42187500;WS=42187482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,529:1.00:529
chr15	42187661	rs1704380	T	C	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=46;PP=1281;SC=TCCTTTCCCATTCTCCATCAT;SOR=2.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=61;WE=42187669;WS=42187651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	42211486	rs1704396	A	G	5117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=77;PP=2965;SC=GGATGTCTCTAAAGAGGTCCT;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=103;TCR=78;TR=179;WE=42211494;WS=42211476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr15	42235173	rs11631075	G	A	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=28;PP=1324;SC=CCTGGAGGACGGATAGAATAA;SOR=1.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=48;TCR=28;TR=76;WE=42235181;WS=42235163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	42279598	rs28438985	G	A	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=35;PP=918;SC=GGGATGAAGGGCAGGTCATGA;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=47;WE=42279606;WS=42279588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	42287578	rs1668586	G	A	3258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr15	42289522	rs1704357	C	T	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=31;PP=765;SC=GACACAGCTTCAGGGTCCATT;SOR=1.532;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=50;WE=42289530;WS=42289512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	42292532	rs1668557	T	C	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=19;PP=453;SC=ACTACCCACCTGCAACTTGGT;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=42292540;WS=42292522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	42297092	rs2598464	G	A	4095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr15	42298133	rs1704366	A	G	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=352;SC=GGAATCAGCAACAGCTATGAG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=42298141;WS=42298123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	42302590	rs1668568	A	G	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=40;PP=996;SC=AGATAAAGAAATATTCCTGGC;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=50;WE=42302598;WS=42302580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	42305769	rs75965569	G	A	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.91;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	42305770	rs76383211	C	T	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.91;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	42305773	rs62004282	A	G	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.91;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	42305852	rs10625152	A	AGAG	3606.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=20;PP=2170;SC=TCCGGTAAGCAGAGAAGGAGA;SOR=1.193;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=39;WE=42305860;WS=42305842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	42305998	rs1668565	T	C	3049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=40;PP=1255;SC=CAAGCATTACTCCAAGGCCAT;SOR=1.300;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=69;WE=42306006;WS=42305988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	42306015	rs1668564	G	A	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=32;PP=881;SC=CCATTGCCCCGGGGGAGACTT;SOR=1.412;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=52;WE=42306023;WS=42306005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	42311454	rs2724935	T	G	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.83;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	42362821	rs2459692	C	G	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=3;PP=451;SC=TTCGGGACCCCGGCGGTGTGG;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=42362829;WS=42362811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	42363769	rs1668589	A	G	3223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.86;SOR=1.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr15	42364652	rs1668587	G	A	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=16;PP=407;SC=CAGTGGCTCCGCCAGGACAGG;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=42364660;WS=42364642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	42373432	rs600415	C	T	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=497;SC=GGGAAGGGACCGCATAGTTGG;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=42373440;WS=42373422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	42374125	.	CT	C	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=9.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.463;QD=3.94;ReadPosRankSum=-1.964;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr15	42374601	rs138949725	A	ATCAT	1998.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.49;ReadPosRankSum=0.402;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,54:0.42:129
chr15	42377744	rs605253	C	G	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	42433802	rs2280248	A	G	2968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=29;PP=1697;SC=CTGGCTTCTCAGTGCCCTCAG;SOR=1.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=69;TCR=29;TR=98;WE=42433810;WS=42433792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr15	42434837	rs1356410	T	C	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=44;PP=919;ReadPosRankSum=1.638;SC=GCCTCCTCCATGTCCTCAGGG;SOR=0.691;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=119;TCR=108;TR=93;WE=42434845;WS=42434827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,110:0.41:267
chr15	42436043	rs681264	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=176;ReadPosRankSum=-3.256;SC=TGGAACCCAGGCCGTCCACAA;SOR=0.986;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=11;WE=42436051;WS=42436033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr15	42436599	rs636535	T	C	186.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.99;ReadPosRankSum=-0.660;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr15	42437711	rs621560	T	C	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.305;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=297;ReadPosRankSum=1.069;SC=ATTCTTCTTGTCTCTGCCAGG;SOR=1.044;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=25;WE=42437719;WS=42437701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr15	42439376	rs4923929	G	A	3363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr15	42442186	rs60486546	A	G	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=20;PP=962;ReadPosRankSum=0.375;SC=GGAGGGAAAAATGTCATCCCC;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=90;TCR=46;TR=59;WE=42442200;WS=42442176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,65:0.44:147
chr15	42442422	rs60506946	T	G	2400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NR=54;ReadPosRankSum=-0.255;SC=CAGCCCTTGCTGCCCTGCGAT;SOR=0.519;Source=Platypus;WE=42442430;WS=42442412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,112:0.50:222
chr15	42442741	rs73403545	A	G	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=36;PP=1068;ReadPosRankSum=2.525;SC=GTCTCCCCCAACGTGGCCCTG;SOR=0.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=203;TCF=113;TCR=90;TR=83;WE=42442749;WS=42442724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,96:0.42:227
chr15	42442823	rs73403546	G	C	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.824;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,81:0.41:198
chr15	42443049	rs74009020	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5731;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=127;ReadPosRankSum=1.426;SC=TGCTGGCAGCGCCCCAGCAGC;SOR=1.402;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=9;WE=42443057;WS=42443039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr15	42445554	rs10220859	G	T	2046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=1.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=-1.054;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,105:0.46:230
chr15	42445654	rs1703754	A	G	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.226;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=329;ReadPosRankSum=-1.458;SC=CAGGGTTTGGAGTGGGGCGAG;SOR=0.475;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=25;WE=42445662;WS=42445644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr15	42445679	rs681029	T	A	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.933;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=438;ReadPosRankSum=0.792;SC=CCGCCCAACATGCAGATGGGT;SOR=1.225;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=25;WE=42445687;WS=42445669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr15	42445724	rs624841	C	G	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=603;ReadPosRankSum=0.226;SC=GGCCAGGCCTCCAAGGCCAGT;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=33;WE=42445732;WS=42445714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr15	42445987	rs1624183	A	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=186;ReadPosRankSum=-2.271;SC=TGTCATGGACATAGGAGGGGC;SOR=0.208;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=12;WE=42445995;WS=42445977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr15	42446208	rs678778	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=201;ReadPosRankSum=-0.787;SC=TGGCCTGTGCCGACCAGAGCC;SOR=1.938;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=12;WE=42446216;WS=42446198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
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chr15	42459034	rs1619030	T	C	2991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=76;PP=2016;ReadPosRankSum=0.063;SC=GAGCCTTCTTTAGCACGTGCT;SOR=0.871;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=274;TCF=125;TCR=149;TR=133;WE=42459042;WS=42459024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,141:0.49:289
chr15	42480119	rs118046627	T	G	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=401;ReadPosRankSum=-1.527;SC=GATAACTAAATTAGAGATTGT;SOR=0.616;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=30;WE=42480127;WS=42480109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr15	42492185	rs2928335	C	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=2.922;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr15	42510402	rs3736099	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=43;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTATTCCTATTCTTTTAATTA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=4;WE=42510410;WS=42510392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr15	42519136	rs1678988	T	C	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=24;PP=725;SC=GTACAACATTTATACACATTA;SOR=1.426;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=40;WE=42519144;WS=42519126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	42520760	rs1678987	C	T	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=6;PP=1069;SC=TTAAAAACCACAGATCCTTCT;SOR=3.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=47;WE=42520768;WS=42520750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	42520829	rs1712417	T	C	4993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr15	42523341	rs56119841	T	TC	6117.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=46;PP=2965;SC=GAAACCCATCTCAAGGGGAGA;SOR=1.205;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=81;WE=42523349;WS=42523331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr15	42524065	rs1630294	T	C	3204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr15	42524165	rs1712420	C	T	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=43;PP=1314;SC=GTTAAAGTTGCTAGAAGTCTA;SOR=1.281;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=71;WE=42524173;WS=42524155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	42528676	rs1679012	C	T	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.914;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=574;ReadPosRankSum=2.053;SC=AGGCCAGATGCCAATACTAGA;SOR=0.393;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=82;TCF=31;TCR=51;TR=44;WE=42528684;WS=42528666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,49:0.50:98
chr15	42529892	rs66512609	C	CT	197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.36;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,13:0.81:16
chr15	42531768	rs11070363	C	T	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	42553218	rs5812215	AT	A	814.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.787;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.52;ReadPosRankSum=0.507;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
chr15	42560312	rs2412681	C	T	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=32;PP=847;SC=ATATCCTATTCATTTCGTACC;SOR=1.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=42560320;WS=42560302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	42564369	rs4244587	C	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.23;ReadPosRankSum=1.621;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr15	42564369	.	CA	TG	245	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=12;NR=10;PP=245;QD=13.5667215846;SC=CTTCAATTACCAAAGCATCAT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=22;WE=42564378;WS=42564359;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr15	42564370	rs4244588	A	G	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.40;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	42564902	rs7181758	A	C	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=4;PP=491;SC=CTATTTCTTCAATTTTAACCA;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=42564910;WS=42564893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	42568547	rs8043515	C	G	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=24;PP=746;SC=TTTATTTAGTCTTGAAGATGA;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=51;WE=42568555;WS=42568537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	42568630	rs8023678	G	A	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=17;PP=482;SC=AAATATAGTAGCTAGATCAAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=42568638;WS=42568620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	42570105	rs12916792	G	C	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=182;SC=TGGCCATAATGTTCATTTGAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=9;WE=42570123;WS=42570095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	42570201	rs12916523	A	G	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=12;PP=363;SC=GCTTTCTAACATATTCCCTCT;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=42570209;WS=42570191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	42570433	rs8024390	C	T	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=176;SC=TCAAGAAAGACAAGATGTCAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=42570441;WS=42570423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	42570718	rs8024732	A	G	2692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,142:0.48:296
chr15	42575956	rs2412688	A	G	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=4.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=1.200;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,115:0.45:257
chr15	42575963	rs2412689	A	G	8873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.66;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr15	42579822	rs11070371	T	C	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=8;PP=950;SC=CTAATTATTGTAATTGGTGCA;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=44;WE=42579830;WS=42579812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	42579948	rs8037627	T	C	5586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr15	42579984	rs16973008	G	A	2315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=1.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.358;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,119:0.50:238
chr15	42580106	rs8036596	A	C	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.42;ReadPosRankSum=-2.169;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr15	42584909	rs4923939	C	T	6904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr15	42589987	rs4924651	T	C	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.80;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	42589996	rs4924652	C	T	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	42590034	rs72029141	TATTCATTC	T	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=1673;SC=TTCATTCATTTATTCATTCAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=42590049;WS=42590024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	42603083	rs2412694	C	T	3467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=59;NR=65;PP=1951;SC=TGTTCTGTTACATATCCAATG;SOR=0.945;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=124;WE=42603091;WS=42603073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr15	42606094	rs7173358	A	G	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=105;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=263;SC=AGGCTGCAGTAAGCACTGTTC;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=42606102;WS=42606084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	42606153	rs141877658	A	AAACAACAAC,AAACAACAACAAC	1524.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=14,14;NR=4,4;PP=183,198;SC=CTATCTCTAAAAACAACAGCA;SOR=2.215;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=18,18;WE=42606169;WS=42606143;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.52,0.48:25
chr15	42606161	rs11637731	G	A	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=40.83;SOR=1.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	42619508	rs1659215	C	T	4011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=1.149;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr15	42622968	.	CTTTT	C	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=-0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.90;ReadPosRankSum=-1.026;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr15	42641755	rs71823989	CTCAAA	C	1342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.490;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.080;NF=2;NR=21;PP=1043;ReadPosRankSum=-0.629;SC=GTTCAGCATCCTCAAATCAAA;SOR=0.144;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=23;WE=42641767;WS=42641745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr15	42643529	rs7181742	T	C	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.67;ReadPosRankSum=-1.961;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr15	42643538	rs7180279	A	G	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.54;ReadPosRankSum=-0.627;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr15	42644105	rs3743008	A	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.160;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=209;ReadPosRankSum=-0.552;SC=TAAAAGTGCTATTAATTTGGA;SOR=0.074;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=11;WE=42644113;WS=42644095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr15	42677959	rs28364393	G	A	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.454;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,35:0.43:82
chr15	42681057	rs4924675	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=109;ReadPosRankSum=-0.957;SC=AAGTTCTGGTGGCAGTGGTAC;SOR=0.136;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=9;WE=42681065;WS=42681047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr15	42694944	rs2241827	T	C	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=15;PP=1078;SC=CAGGACAGGATGTTCCTCCCG;SOR=1.850;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=57;WE=42694952;WS=42694934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	42701688	rs3115883	T	C	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=38;PP=894;SC=CTTTGGACTTTGGTGGAGCCA;SOR=1.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=42701696;WS=42701678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	42703406	rs3115884	T	C	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=21;PP=1136;SC=ACTGGGCACATGGTCCTCTGA;SOR=1.341;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=59;WE=42703414;WS=42703396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	42704105	rs3098423	C	T	3756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr15	42714195	.	G	GA	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.716;QD=1.48;ReadPosRankSum=0.875;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,18:0.23:77
chr15	42734562	rs141505106	G	C	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=494;ReadPosRankSum=-1.066;SC=CTTCGTTCTCGTGTGAGGCTA;SOR=0.886;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=36;WE=42734570;WS=42734552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,44:0.50:88
chr15	42758159	rs2244773	T	A	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.83;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	42764519	rs7177521	G	C	5965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=95;PP=2965;SC=CAACGTCACAGCTGCAATGAG;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=104;TCR=96;TR=199;WE=42764527;WS=42764509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr15	42805000	rs4573906	G	A	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	42820451	rs9302112	C	T	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=24;PP=1035;SC=ACTCCTGACTCTTATATAGAA;SOR=1.112;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=62;WE=42820459;WS=42820441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	42851464	rs11070374	C	T	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=4;PP=262;SC=GCTGGGATTACAGGAGTGAGC;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=42851472;WS=42851454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	42930891	rs1197550	A	T	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	43018518	rs61746356	C	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.488;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=332;ReadPosRankSum=0.825;SC=CTGGCGGCACCGCAGCGTCTG;SOR=0.824;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=23;WE=43018526;WS=43018508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr15	43023327	rs74858594	G	A	3540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=0.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.44;ReadPosRankSum=-1.222;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,177:0.47:375
chr15	43025476	rs34650750	C	CT	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=2.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.679;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.724;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,45:0.21:218
chr15	43075531	rs9920092	C	T	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=3;PP=230;SC=TCACCAGATACCAAATCTGCC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=43075539;WS=43075521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	43075942	rs34530003	T	TA	164.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.73;ReadPosRankSum=1.521;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr15	43122388	.	A	AT	49	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=12.25;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	43170624	rs62020680	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=178;ReadPosRankSum=0.045;SC=TATAAGTAATGTATGTAATAT;SOR=0.165;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=10;WE=43170632;WS=43170620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr15	43170690	rs10650948	T	TAC,TACAC	1198.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.458;NF=11,11;NR=13,13;PP=353,399;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCGATATGTATACACACACAC;SOR=0.873;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=24,24;WE=43170701;WS=43170680;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.40,0.37:63
chr15	43237805	rs11352938	AT	A	335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=312;SC=AAAAAGGGATATTTTCCCTTC;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=43237830;WS=43237795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	43237813	rs67230215	TTCACCATTGA	T	462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=2940;SC=ATATTTTCCCTTCACCATTGA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=43237830;WS=43237795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	43244699	rs2277532	A	G	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=20;PP=592;SC=AACAAAACAAATAAGTACCAT;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=43244707;WS=43244689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	43256121	rs2054389	T	C	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=11;PP=658;SC=CAATATTTTATCCCCATAGTA;SOR=1.203;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=43256129;WS=43256111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	43256144	.	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.724;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=344;ReadPosRankSum=-1.347;SC=TCTGGAGCAAGGGCCTTACAG;SOR=0.296;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=26;WE=43256152;WS=43256134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr15	43308155	rs78688655	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=0.666;SC=CTTAGAATAAGATTCTGAAAC;SOR=0.631;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=5;WE=43308163;WS=43308145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr15	43322113	rs3736054	C	A	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=18;PP=1292;SC=TCTTGAGGTACATAGAGATAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=68;WE=43322121;WS=43322103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	43324942	rs6493077	C	T	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.51;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	43328663	rs3784265	C	T	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=7;PP=315;SC=TATCTTCTCTCCTTAGAAAGA;SOR=0.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=43328671;WS=43328653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	43330175	rs7166596	A	T	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=38;PP=937;SC=TTCTCACGTGAAAAATGGAAG;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=39;WE=43330183;WS=43330165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	43352041	rs4924704	G	A	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=32;PP=1191;SC=TGAAGGGAACGAACCAAAAAA;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=64;WE=43352049;WS=43352031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	43378118	.	CA	C	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.226;QD=1.79;ReadPosRankSum=-1.622;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr15	43398108	rs68062403	A	G	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.901;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=23.05;ReadPosRankSum=-1.404;SOR=1.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,101:0.95:106
chr15	43430934	rs117093529	G	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=1.353;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr15	43453056	rs11070392	C	G	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=18;PP=541;SC=ATACAGTAGTCCTCCCTTATC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=43453064;WS=43453046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	43477938	rs183338108	G	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=0.958;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.836;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr15	43478113	rs540587	G	C	5561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr15	43478511	rs530118	C	T	3694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr15	43481299	rs6493079	A	G	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.86;MQRankSum=4.250;QD=21.28;ReadPosRankSum=-1.528;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr15	43483537	rs495286	T	C	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.54;QD=26.65;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	43498760	rs199505318	G	A	1768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=47;PP=1039;ReadPosRankSum=1.260;SC=GACGGATGCCGTTGTCTTTCT;SOR=0.827;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=146;TCF=63;TCR=83;TR=77;WE=43498768;WS=43498750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,85:0.51:166
chr15	43527236	rs579178	A	G	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=20;PP=571;SC=CAAGTACCAAATCCCAGGGAA;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=43527244;WS=43527226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	43568999	rs530683	C	T	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=10;PP=863;SC=GGTCCTGTGACGCCATGGGGC;SOR=2.049;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=46;WE=43569007;WS=43568989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	43635276	rs11634407	A	G	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=357;ReadPosRankSum=-0.680;SC=GATGTTAGGTAAGAAGATTGT;SOR=0.518;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=30;WE=43635284;WS=43635266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr15	43693987	rs201399662	G	A	3157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.39;ReadPosRankSum=-0.383;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,152:0.50:304
chr15	43701946	rs56813954	TA	T	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=1.893;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr15	43784000	rs555252	C	T	4367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=57;PP=2965;SC=ACCAACAAACCTTAATACAAA;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=78;TCR=57;TR=135;WE=43784008;WS=43783990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr15	43903040	.	G	A	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=3.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.16;MQRankSum=-1.814;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.422;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr15	43903198	.	TTG	T	507.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=3.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQRankSum=-0.607;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.880;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,30:0.35:85
chr15	43924652	.	G	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.589;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.914;NF=3;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=-0.283;SC=GGAAAGGTGGGGTGGAAAGAG;SOR=0.307;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=11;WE=43924660;WS=43924642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr15	43927623	rs375933133	CA	C	540.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=0.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=-0.492;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,89:0.27:334
chr15	43941125	rs2470122	G	C	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=42;PP=1107;SC=CCCGCCCGCCGGACGAAGGCG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=83;WE=43941133;WS=43941115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	44002670	rs373529135	TTG	T	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQRankSum=-1.060;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.226;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,14:0.14:98
chr15	44028569	rs56181031	G	C	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.85;QD=28.99;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	44038899	rs2411284	C	T	4032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=25.20;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr15	44053617	rs8040336	C	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.348;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=386;ReadPosRankSum=-1.449;SC=ATTTTGACTTCTAAGATGGAA;SOR=0.066;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=28;WE=44053625;WS=44053607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
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chr15	44061802	rs1053492	C	T	5701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=116;NR=81;PP=2965;SC=GGTGTGGTCACTGTAAGAACC;SOR=0.966;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=117;TCR=81;TR=197;WE=44061810;WS=44061792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr15	44062874	rs7181912	A	T	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	44067985	rs35454865	A	G	2364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.911;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=57;PP=1497;ReadPosRankSum=0.488;SC=GTGTTCTGCCAACTCTCAGGA;SOR=0.860;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=204;TCF=107;TCR=97;TR=111;WE=44067993;WS=44067975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,118:0.51:231
chr15	44068160	rs3844075	C	G	3951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=57;PP=2355;SC=AGGGTGGAGACCTCTTAAGCA;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=76;TCR=57;TR=132;WE=44068168;WS=44068150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr15	44084705	rs4644832	G	A	10217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=138;NR=211;PP=2965;SC=CGCGCTCTGTGGCCACCCTCA;SOR=1.235;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=349;TCF=138;TCR=211;TR=349;WE=44084713;WS=44084695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr15	44090854	rs654276	T	C	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=14;PP=629;SC=TGAGAGGGGGTTGGGACAGGC;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=44090862;WS=44090844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	44091351	rs656473	A	T	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=55;PP=1579;SC=AGTGTGTGTGAGAGAAATGGC;SOR=1.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=80;WE=44091359;WS=44091341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	44120559	rs678084	T	G	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=46;PP=1512;SC=TACCACACCATCCCTGGTAAG;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=77;WE=44120567;WS=44120549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	44177102	rs3916022	G	A	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=614;ReadPosRankSum=-0.482;SC=GGCATCTGTGGCCCACCCTTT;SOR=0.774;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=116;TCF=46;TCR=70;TR=49;WE=44177110;WS=44177092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,56:0.45:125
chr15	44216559	rs5812256	C	CT	359.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=-0.789;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,30:0.39:76
chr15	44778936	rs2453275	T	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=-1.114;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr15	44778956	.	G	GT	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr15	44859547	.	C	CA	233.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.923;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr15	44896397	.	TA	T	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=2.268;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr15	44900675	rs36014111	C	T	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=250;ReadPosRankSum=-1.859;SC=TATCAGATGGCAGGACACTAG;SOR=0.746;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=28;WE=44900683;WS=44900665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,37:0.46:81
chr15	44943757	rs3759871	A	G	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.455;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=53;PP=1687;ReadPosRankSum=0.855;SC=GCCAAGGGAAAAACACTGCAT;SOR=0.657;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=238;TCF=136;TCR=102;TR=119;WE=44943765;WS=44943747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,124:0.49:255
chr15	44951174	rs7165146	A	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=392;ReadPosRankSum=1.054;SC=AACTAACCACACTTCCTATAT;SOR=0.735;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=29;WE=44951182;WS=44951164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr15	44966389	rs8026845	T	C	5215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=84;NR=89;PP=2963;SC=ATTCCCAGCATACCAGGGGCC;SOR=0.930;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=84;TCR=89;TR=173;WE=44966397;WS=44966379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr15	45028919	rs11388295	C	CT	1365.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.95;MQRankSum=1.495;QD=13.80;ReadPosRankSum=-1.148;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,76:0.77:99
chr15	45047134	rs2470911	G	A	9246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=176;NR=141;PP=2965;SC=CGATCCAGGCGACTATGTTGA;SOR=0.847;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=318;TCF=176;TCR=142;TR=317;WE=45047142;WS=45047124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr15	45047573	rs3100139	C	T	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=23;PP=611;SC=CATTTCTTCACGGTGGGTGAG;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=45047581;WS=45047563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	45048757	rs3759881	T	A	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	45059390	rs6493127	C	T	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr15	45060014	rs3100143	A	T	3841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=85;PP=2523;SC=TTAAAGAGGTATTGAAATATT;SOR=1.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=39;TCR=85;TR=124;WE=45060022;WS=45060004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr15	45123909	.	TA	T	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.83;MQRankSum=-3.931;QD=5.30;ReadPosRankSum=0.858;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr15	45216830	rs16976561	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.340;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr15	45217012	rs57373865	G	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=48;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TTTTAAAAAGGAAAAATAAAC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=45217020;WS=45217002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr15	45250515	rs11633942	G	T	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQRankSum=-2.558;QD=18.96;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr15	45250518	rs11633824	A	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQRankSum=-2.558;QD=18.96;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr15	45250755	rs373082	CA	TG	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=10;PP=497;SC=CAGCCAAATCCAGCTAATCTC;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=14;WE=45250764;WS=45250745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	45315287	rs111900946	T	C	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=6;PP=646;ReadPosRankSum=0.337;SC=TGGAGGAGGCTGGGAAGCCCC;SOR=0.943;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=38;WE=45315295;WS=45315277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
chr15	45332514	rs201108432	T	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.55;MQRankSum=-1.925;QD=4.70;ReadPosRankSum=-1.279;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
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chr15	45388382	rs2554451	C	T	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=27;PP=724;SC=TCTGAGCAAGCGGGGCTCCTG;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=45388390;WS=45388372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	45391566	rs269869	A	T	2477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
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chr15	45398965	rs269862	G	T	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=23;PP=1129;SC=CAAATAGCCAGCCCCTCAGGC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=57;WE=45398973;WS=45398955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	45399467	rs190599	A	G	18581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=707;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=356;NR=297;PP=2965;SC=GACAGCACCAAGTGATTCCCC;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=656;TCF=356;TCR=300;TR=653;WE=45399475;WS=45399457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,704:1.00:704
chr15	45400164	rs269861	T	C	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=4;PP=690;SC=CAAGGGCTCATAGGGGCTGTC;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=45400172;WS=45400158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	45400358	rs269860	C	G	7283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr15	45403694	.	T	TC	365.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.527;NF=0;NR=6;PP=149;ReadPosRankSum=0.429;SC=ACGCCAGCTGTCCCCCCGAGA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=45403702;WS=45403684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr15	45404066	rs2001616	G	A	7394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr15	45404979	rs182090	T	G	5940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr15	45405463	rs269856	G	T	3693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=59;NR=62;PP=2201;SC=TCAGGGAGCCGCTTGCCGCAC;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=59;TCR=62;TR=121;WE=45405471;WS=45405453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr15	45408414	rs2576090	C	G	6871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=132;PP=2965;SC=AGCCCGTGTCCGTCTGCTCGT;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=106;TCR=132;TR=238;WE=45408422;WS=45408404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr15	45408691	rs2576091	C	G	8241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.55;SOR=1.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
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chr15	45408710	rs2554459	A	G	5285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=75;PP=2965;SC=GCCTCACCCCACAGGGACCCC;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=112;TCR=75;TR=187;WE=45408718;WS=45408681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr15	45408933	rs2576092	T	C	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=42;PP=972;SC=CTATGGTAAGTGCTGGAGGGA;SOR=2.267;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=58;WE=45408941;WS=45408923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	45409271	rs955152	C	T	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=33;PP=1732;SC=CACAGCGGGTCCCCCCACTCC;SOR=1.118;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=92;WE=45409279;WS=45409261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr15	45424286	rs1706810	C	G	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=29;PP=849;SC=TCTGGGCTCCCCCAAGGACAG;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=45424294;WS=45424276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	45433646	rs1648283	T	G	7806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=130;NR=136;PP=2965;SC=GTGGTGGGTCTGGAGCCTCGT;SOR=0.872;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=269;TCF=131;TCR=138;TR=266;WE=45433654;WS=45433636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr15	45439910	rs938129	A	G	2890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=48;PP=1678;SC=TCTGTTGGAGATGGGGAAGCC;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=52;TCR=48;TR=99;WE=45439918;WS=45439900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	45444518	rs1706804	A	G	17565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=686;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=340;NR=299;PP=2965;SC=CGGGCATCACAGACACCACCC;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=640;TCF=341;TCR=299;TR=639;WE=45444526;WS=45444508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,683:1.00:683
chr15	45445499	rs1648304	G	C	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=22;PP=1443;SC=CTCTGGCCAGGGTCCTCGATC;SOR=1.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=77;WE=45445507;WS=45445489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	45445691	.	AATGTGTGTGTGTGTGT	AGTGTGTGTGTGTGT,A,AGT	3617.73	.	AC=2,0,0;AF=1.00,0.00,0.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.705;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=1,1;NR=27,27;PP=434,1068;ReadPosRankSum=-0.934;SC=AGTAAGTGCGAATGTGTGTGT;SOR=0.751;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=75;TCF=7;TCR=68;TR=28,28;WE=45445720;WS=45445681;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.99:115
chr15	45445734	.	GTGTGTGTGTGTA	G	1812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=5.543;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.16;ReadPosRankSum=1.375;SOR=1.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr15	45445746	.	A	G	869	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=151;MMLQ=27;MQ=59.06;NF=11;NR=43;PP=869;QD=16.7365039361;SC=GTGTGTGTGTATAATGGGGAG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=54;WE=45445754;WS=45445736;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	45446084	rs11306605	CA	C	775.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQRankSum=0.880;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.614;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,62:0.77:80
chr15	45446156	rs2458236	C	T	4125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;QD=24.41;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr15	45454720	rs1706811	G	A	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.09;SOR=4.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	45467540	rs1632144	C	G	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr15	45544319	rs2899376	T	G	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=112;SC=CTCCTCTACATTGAGGGCAGG;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=45544327;WS=45544309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	45545378	rs17215668	GC	G	1478.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=7;PP=783;SC=TTCAGGCTTGGCCCTGAATTT;SOR=1.775;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=45545386;WS=45545368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	45545478	rs11854484	C	T	3616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=41;PP=1931;SC=ACAGTGAACCCGGGGCTGGAG;SOR=0.994;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=72;TCR=41;TR=113;WE=45545486;WS=45545468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr15	45554267	rs1060896	C	A	4509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr15	45556829	rs11631021	A	G	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=6;PP=388;SC=ACTCACATTGAAATAATATTC;SOR=1.284;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=45556837;WS=45556819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	45557456	rs11632419	C	A	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=59;PP=1653;SC=AGATCAGCGCCCCTGTATACC;SOR=1.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=32;TCR=59;TR=91;WE=45557476;WS=45557446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr15	45557468	rs2271438	A	G	2320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=51;PP=1456;SC=CTGTATACCAATTTGACCCTA;SOR=2.084;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=73;WE=45557476;WS=45557446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	45561868	rs2413769	C	A	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=12;PP=345;SC=ACTACAAAGCCAGCAGAACAG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=45561876;WS=45561858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	45697481	rs149301745	ACTT	A	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.723;NF=6;NR=10;PP=545;ReadPosRankSum=-0.621;SC=TAAACTATATACTTCTTCTTC;SOR=0.646;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=16;WE=45697499;WS=45697471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr15	45707693	.	C	CA	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.995;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr15	45740911	rs56273246	C	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=1.988;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,32:0.46:69
chr15	45777344	rs1153829	T	C	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.04;ReadPosRankSum=1.268;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,68:0.52:130
chr15	45779810	rs2453531	G	A	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=33;PP=972;SC=TACAGATGGGGTCAGCAATCT;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=68;WE=45779818;WS=45779800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	45847921	rs8042811	T	C	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=614;ReadPosRankSum=0.191;SC=AAGTAGGAACTGCAGAGAAGA;SOR=0.623;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=51;WE=45847929;WS=45847911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,51:0.54:95
chr15	45880122	rs16945097	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=158;ReadPosRankSum=0.833;SC=TTGGTCAGCTCGGTGATATTA;SOR=0.439;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=14;WE=45880130;WS=45880112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr15	45889958	rs138588382	G	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=193;ReadPosRankSum=0.036;SC=GTTTCAGGAGGTTTCTTGTTG;SOR=0.668;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=18;WE=45889966;WS=45889948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr15	45890118	rs113052860	T	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=1.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr15	45951064	rs16946633	T	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.18;ReadPosRankSum=-1.477;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr15	45951409	.	AGT	A	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr15	45966101	rs16946821	C	T	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=-0.538;SC=TTTTTTATCTCGGAATTTTTA;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=13;WE=45966109;WS=45966091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr15	45968237	rs199639985	T	TA	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.623;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.691;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr15	45968435	rs1044032	T	C	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=2.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=1.271;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,73:0.50:145
chr15	45968535	rs12914266	A	C	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=25;PP=779;SC=AGCTGTCAGCATGAAGCGTTG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=45968543;WS=45968525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	45974536	rs62008308	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.074;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=180;ReadPosRankSum=-0.501;SC=TGGAGAGGGCGTGGACTGGTA;SOR=2.007;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=10;WE=45974544;WS=45974532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr15	45974593	rs62008309	A	G	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=496;ReadPosRankSum=-0.133;SC=CACAGTGTATAGAGTAAGGAA;SOR=0.519;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=31;WE=45974601;WS=45974583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr15	45981117	rs2304897	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.030;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr15	45981317	rs10643	G	A	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.649;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=36;PP=860;ReadPosRankSum=-0.051;SC=AAGCAGAGCCGCTAGAAACCT;SOR=0.793;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=146;TCF=83;TCR=63;TR=74;WE=45981325;WS=45981307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,82:0.47:173
chr15	47873477	rs4775698	T	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.612;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=142;ReadPosRankSum=2.503;SC=ATAAGTCCTGTGGTTTACATT;SOR=0.384;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=15;WE=47873485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr15	47873549	rs4775699	C	T	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=16;PP=789;SC=GGCAGAACTACATATAAACAA;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=46;WE=47873557;WS=47873539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	47873605	rs4774498	T	A	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=27;PP=928;SC=TGGGAAGTAGTTTGAGAAAAG;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=61;WE=47873613;WS=47873595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	47873769	.	TAGG	T	211.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=145;ReadPosRankSum=-1.465;SC=AAGAGCATTCTAGGAGGAGTA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=47873779;WS=47873759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr15	48053730	rs9920019	A	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=320;ReadPosRankSum=0.215;SC=AATTTGTTTTATCTCTAGTGC;SOR=0.638;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=21;WE=48053738;WS=48053720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr15	48058071	rs532598	G	A	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=-1.055;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,55:0.45:121
chr15	48058484	rs528882	G	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.367;HP=11;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=201;ReadPosRankSum=-0.329;SC=CTTTTTTTTTGTTGTTATGGG;SOR=2.448;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=10;WE=48058492;WS=48058473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr15	48059137	rs11353659	CT	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.331;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr15	48063076	rs568215	T	C	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=31;PP=1183;ReadPosRankSum=-0.701;SC=CTGCTCTTCCTACTCCTGAGT;SOR=0.717;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=170;TCF=103;TCR=67;TR=81;WE=48063084;WS=48063066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,91:0.47:192
chr15	48443699	rs2470103	T	C	9888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=186;NR=155;PP=2965;SC=TCCAAAGCCTTGATTTATTCC;SOR=0.825;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=342;TCF=186;TCR=156;TR=341;WE=48443707;WS=48443689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr15	48450517	rs3736482	T	C	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=34;PP=999;SC=AACTCTCTGATATTTTAATTA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=46;WE=48450525;WS=48450507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	48460786	rs11070626	T	C	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=9;PP=990;SC=CCCCTGCCTATATGAAGATTA;SOR=2.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=46;WE=48460794;WS=48460776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	48460927	rs8023906	C	T	9645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr15	48520699	rs1484547	T	C	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=1;PP=24;SC=TAATACATCATACTCTATAGA;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=48520707;WS=48520689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	48538979	rs35669481	A	AAAC	897.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=487;SC=TGTCTCAAACAAACAACAACA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=10;WE=48538987;WS=48538969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	48539026	rs11636073	A	T	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=18;PP=781;SC=CAGGGGGAAAAAATGTAGTTG;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=50;WE=48539034;WS=48539016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	48539043	rs8028035	G	A	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.33;QD=40.97;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	48541700	rs2279365	G	A	8180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=170;NR=99;PP=2965;SC=TTCAAGCTTCGAGGCTATAAC;SOR=1.268;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=170;TCR=99;TR=269;WE=48541708;WS=48541690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr15	48561834	rs1484551	A	G	3167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr15	48580713	rs1552311	T	C	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.66;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	48623248	rs66822811	TCGGGCGCGGTGTCTTGCCCACAGCTTGGGGAGCGGCCC	T	1093.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.75;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	48626528	rs148901972	G	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=271;ReadPosRankSum=0.120;SC=TACACTGAAAGTAATTTTGTA;SOR=0.616;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=16;WE=48626536;WS=48626518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr15	48712699	rs3214528	AT	A	762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=3;PP=673;SC=CTCAATTATAATTTTTTTTCT;SOR=4.235;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=29;WE=48712707;WS=48712689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	48713996	rs1820488	G	T	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=25;PP=1049;SC=GGCCAACAACGCTTCACATAC;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=48714004;WS=48713986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	48717872	.	G	GT	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.541;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,17:0.24:70
chr15	48720526	rs363832	G	C	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=11;PP=880;SC=GGAAAGTGCGGTGCCAACTGT;SOR=1.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=48720534;WS=48720516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	48729648	rs2042746	T	C	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.86;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	48736684	rs2303502	A	T	5575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=119;NR=68;PP=2965;SC=TCATTCTGCTAAGTCCAGTGG;SOR=1.131;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=187;TCF=119;TCR=68;TR=187;WE=48736692;WS=48736674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr15	48749040	rs6145556	C	CGTGT,CGTGTGT	582.25	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.171;HP=2;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.228;NF=1,1;NR=24,24;PP=248,380;ReadPosRankSum=0.054;SC=AAAGTGCGTGCGTGTGTGTGT;SOR=1.609;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=25,25;WE=48749057;WS=48749030;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.79:28
chr15	48764655	rs67860867	TA	T	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=1.931;QD=3.65;ReadPosRankSum=1.124;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr15	48807637	rs4775765	C	T	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	48826427	.	G	GA	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.006;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.659;QD=2.48;ReadPosRankSum=-0.448;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr15	48903126	rs1018148	A	G	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=30;PP=910;SC=GGTCCCTCACAAACTTTGCTA;SOR=1.197;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=53;WE=48903134;WS=48903116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	49009405	rs11334885	AT	A	176.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=-2.313;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr15	49040864	rs34352957	TA	T	200.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=8.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.712;QD=10.03;ReadPosRankSum=1.326;SOR=2.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr15	49048705	rs16961560	G	C	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.619;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=481;ReadPosRankSum=0.351;SC=ATATTTTCAAGCTCACTCTTC;SOR=1.919;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=28;WE=49048713;WS=49048695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr15	49090134	rs75503597	C	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=246;ReadPosRankSum=0.292;SC=AAAGTGACTTCAGGTGCTTAC;SOR=0.799;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=22;WE=49090142;WS=49090124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr15	49098016	rs1426200	C	A	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=31;PP=880;SC=GGTGATTCACCGAAAATAGCT;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=49098024;WS=49098006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	49127134	rs1426199	G	A	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=731;ReadPosRankSum=0.053;SC=AGCATTCTTCGCTCCACAGCT;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=51;WE=49127142;WS=49127124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,59:0.57:103
chr15	49143528	rs17382534	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=199;ReadPosRankSum=0.220;SC=AATAATCCCAGAAGAATATAG;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=14;WE=49143536;WS=49143518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr15	49148192	rs16961728	T	G	2701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=1.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.80;ReadPosRankSum=2.528;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,127:0.55:229
chr15	49149828	rs4774526	C	T	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=4;PP=638;SC=CAAATAAATACATACAGATAA;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=49149836;WS=49149818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	49168649	rs34156861	TAC	T	585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=6;PP=381;SC=CATATATATATACACACACAC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=11;WE=49168658;WS=49168641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	49217304	rs62010888	G	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=324;ReadPosRankSum=-2.734;SC=ACTGTTAATGGACACATGCCT;SOR=0.402;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=21;WE=49217312;WS=49217294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr15	49285001	rs34895054	G	C	5479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr15	49325289	rs11638215	A	C	4236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=90;PP=2684;SC=GCTGTTGTAAAAGCTGTTGCT;SOR=1.448;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=56;TCR=92;TR=146;WE=49325297;WS=49325279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr15	49420816	rs17394420	A	G	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=12;PP=807;SC=TGAATAATCAAGAATCCAATT;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=49420824;WS=49420806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	49421868	rs507054	T	G	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=10;PP=290;SC=TGCTTGGCAATGATATAAAGT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=49421876;WS=49421858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	49423098	rs2289390	C	T	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=112;SC=TGCTTCTCAACTTTCATATGC;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=49423106;WS=49423088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	49429410	rs17473148	A	G	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	49487225	rs11635814	T	C	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=4;PP=198;SC=TGATGTTGTATCATCTTATCC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=49487233;WS=49487215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	49493250	.	AGT	A	106.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=17.80;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	49620200	rs1055254	C	T	3836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=74;NR=54;PP=1777;SC=GGGGAGGCTGCACAGTATCAA;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=74;TCR=54;TR=128;WE=49620208;WS=49620190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr15	49716845	rs16962440	T	C	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=190;SC=TTTCAGGTGATATGTTTTCTC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=49716853;WS=49716835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	49867148	rs12902794	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.42;ReadPosRankSum=-3.302;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr15	49867323	rs12902107	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=-1.745;SOR=1.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr15	49869141	rs12912703	C	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=197;ReadPosRankSum=1.418;SC=CTATCACTCACTAACATAATT;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=13;WE=49869149;WS=49869131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr15	49869576	rs12148716	T	C	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=-1.813;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,99:0.50:197
chr15	49869949	rs150308112	A	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=105;ReadPosRankSum=0.232;SC=TAGTATGCATAGATAACTATA;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=8;WE=49869957;WS=49869939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr15	49917341	rs3210227	G	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=376;ReadPosRankSum=0.077;SC=AGAAATAGCCGTTAAACTTTG;SOR=0.859;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=31;WE=49917349;WS=49917331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr15	49923026	rs1976551	C	G	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=8;PP=439;SC=TACAGCCGCTCCCCATCACTC;SOR=1.071;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=23;WE=49923034;WS=49923016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	49927093	rs28671247	A	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=-1.039;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr15	50152274	rs4494483	T	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=249;ReadPosRankSum=1.283;SC=AGATTTAAGTTAAGTGAGGCA;SOR=0.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=20;WE=50152282;WS=50152264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr15	50152583	rs4774549	G	T	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=42;PP=1381;SC=CAAAAGCATAGCCAGACCTTC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=63;WE=50152591;WS=50152573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	50154656	rs71742705	C	CT	132.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.739;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr15	50158695	rs11630021	C	A	2094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.973;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=42;PP=1127;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TAAATAAAATCAAATGCAAAC;SOR=0.691;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=121;TCR=95;TR=94;WE=50158703;WS=50158685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,108:0.43:251
chr15	50189303	rs2413975	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr15	50189448	rs2413976	C	A	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.585;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
chr15	50193553	rs2009833	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=88;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGAGAATATGGCATAAGACCC;SOR=0.049;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=7;WE=50193561;WS=50193543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr15	50193914	rs143424523	C	CTT	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=139;ReadPosRankSum=-0.038;SC=TACGATCCAGCTTAAAATAGT;SOR=0.446;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=4;WE=50193922;WS=50193904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr15	50209258	rs16963067	T	C	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=49;PP=1156;ReadPosRankSum=1.255;SC=TAAAGCCCAATTCAGTTAAAA;SOR=0.555;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=172;TCF=68;TCR=104;TR=83;WE=50209266;WS=50209248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,91:0.48:191
chr15	50212785	rs4426299	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.334;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=81;ReadPosRankSum=-1.358;SC=TAATGTGTGTGTTTTCCGTTT;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7;WE=50212793;WS=50212775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr15	50226313	rs2452524	G	T	4350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=74;PP=2332;SC=TCCATCAGATGGTGGTCAAAG;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=66;TCR=74;TR=140;WE=50226321;WS=50226303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr15	50254280	rs12442430	T	C	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=16;PP=423;SC=AGACATTTAGTTTTAAGGAAT;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=50254288;WS=50254270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	50272085	rs8034382	A	G	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=30;PP=740;SC=CTAATTACGCATCTAACTCCA;SOR=3.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=50272093;WS=50272075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	50279662	rs16963151	T	C	6958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr15	50303318	rs72734857	G	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=0.887;SC=AGTGAGTTAGGGGTACTCCTG;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=50303326;WS=50303308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr15	50311135	rs12591825	C	A	3555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.244;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=76;PP=2124;ReadPosRankSum=1.032;SC=TACCAGAGTACTTCCTGTCAT;SOR=0.599;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=340;TCF=172;TCR=168;TR=158;WE=50311156;WS=50311125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,178:0.47:381
chr15	50311148	rs11070741	A	G	9648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=159;NR=167;PP=2965;SC=CCTGTCATTAAACCCTCAGCT;SOR=0.832;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=328;TCF=161;TCR=167;TR=326;WE=50311156;WS=50311125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr15	50474766	rs1648348	A	C	6602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.34;SOR=1.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr15	50489677	rs1863511	A	T	2678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=30;PP=1838;SC=TTGTTTTGATATTTTTCTTAT;SOR=1.538;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=63;TCR=30;TR=92;WE=50489685;WS=50489667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	50497354	rs2278166	G	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=393;ReadPosRankSum=-2.229;SC=AATTTCTACCGTTCAAAGTTG;SOR=0.458;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=26;WE=50497362;WS=50497344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr15	50521265	rs5812509	T	TA	8954.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=88;PP=2936;SC=GATCTGTACCTAACCCATAGA;SOR=0.744;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=115;TCF=24;TCR=91;TR=109;WE=50521273;WS=50521255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr15	50546935	.	TTCTCTCTC	TTC,T	955.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.24;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=0,0;NR=15,15;PP=156,55;SC=TTCTAGTTTTTTCTCTCTCTC;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=15,15;WE=50546950;WS=50546925;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.82:28
chr15	50546971	rs80072362	C	G	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.87;ReadPosRankSum=-0.411;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr15	50546971	.	CTC	GTG	343	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=27;MQ=58.15;NF=6;NR=14;PP=343;QD=19.8233937431;SC=CTCTCTCTCTCTCTGTGTGTG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=20;WE=50546981;WS=50546961;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr15	50546973	rs79724974	C	G	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.86;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr15	50555710	rs854160	T	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.286;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=149;ReadPosRankSum=0.491;SC=AAGAAGGAGATGGATTTGGCC;SOR=0.941;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=15;WE=50555718;WS=50555700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr15	50570999	rs11372405	G	GT	795.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.396;NF=0;NR=31;PP=369;ReadPosRankSum=0.139;SC=AAAGAAGAGGGTTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=31;WE=50571007;WS=50570989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,42:0.93:45
chr15	50581634	rs34330339	T	TA	957.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.446;QD=14.96;ReadPosRankSum=1.894;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,57:0.89:64
chr15	50596121	rs117061984	G	A	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,47:0.52:91
chr15	50596341	.	G	GA	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.700;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.845;QD=1.18;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr15	50601811	rs11636564	T	C	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=13;PP=1247;SC=ATAAACACAATACTGACTACA;SOR=1.996;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=70;TCF=55;TCR=15;TR=68;WE=50601819;WS=50601801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	50652513	rs139520399	C	CA	1480.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=10;PP=1211;SC=TCACCATCCTCAAAGGTGTTA;SOR=1.609;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=30;WE=50652521;WS=50652503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	50754339	rs3098169	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr15	50773755	rs3131561	G	A	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=17;PP=768;SC=ACCATGAGCAGCAATCTCCTC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=50773763;WS=50773745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	50781963	rs3098176	T	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.56;ReadPosRankSum=0.974;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr15	50782335	rs2289108	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=262;ReadPosRankSum=0.145;SC=GAAGTTTATCGCCATTTTATT;SOR=0.770;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=14;WE=50782343;WS=50782325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr15	50782434	.	G	GT	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=-0.367;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,28:0.19:148
chr15	50787955	rs17645290	T	C	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.34;ReadPosRankSum=-0.773;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr15	50821945	rs3098200	G	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=290;ReadPosRankSum=0.890;SC=AGATAATTCTGGAGTTTTCTT;SOR=0.620;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=25;WE=50821953;WS=50821935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
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chr15	50831175	rs3101860	T	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=195;ReadPosRankSum=0.674;SC=AGTCAACAAATCCAGAAGACA;SOR=1.262;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=14;WE=50831183;WS=50831165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr15	50833113	rs2003359	A	G	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=35;ReadPosRankSum=-0.175;SC=GAGCCACCGCACTCAGTCTAT;SOR=1.508;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=5;WE=50833121;WS=50833112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
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chr15	50854029	rs75278275	TA	T	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr15	50867082	rs473357	G	A	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=21;PP=855;ReadPosRankSum=1.704;SC=TATCTTCTTTGTAAATACTTG;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=83;TCR=41;TR=63;WE=50867090;WS=50867072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,69:0.49:140
chr15	50873262	rs2414060	A	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.56;ReadPosRankSum=-0.949;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr15	50878478	rs539383	G	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr15	50878509	rs1395297	T	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=-1.088;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr15	50878574	rs3109894	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.584;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr15	50882045	rs113973270	T	TTTTTTTG	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.72;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr15	50885976	rs567109	G	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=-0.669;SC=AGAAAATCAAGGAAGAGCTAT;SOR=0.339;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=17;WE=50885984;WS=50885966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr15	50888619	rs675011	A	T	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=18;PP=408;SC=ACAACTTAAAAATAGTAATTC;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=50888627;WS=50888609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	50899211	rs12439744	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.492;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr15	50899309	rs11633404	C	A	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=1.177;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,47:0.46:103
chr15	50901929	rs35281039	TA	T	724.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.635;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.555;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,56:0.57:98
chr15	50903600	rs4775894	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=161;ReadPosRankSum=-0.242;SC=ATTAATACTTCCTACTTTTTA;SOR=1.204;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=11;WE=50903608;WS=50903590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr15	50911865	rs34352984	AT	A	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=1.004;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.198;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr15	50916575	rs137968959	GATTTAC	G	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=226;ReadPosRankSum=0.272;SC=AAGTCCTTAGGATTTACATTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=50916588;WS=50916565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr15	50924995	rs2292175	G	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.353;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr15	50926523	rs140773609	AAAAT	A	701.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.568;NF=3;NR=3;PP=219;ReadPosRankSum=-0.183;SC=CTCCGTATCAAAAATAAATAA;SOR=0.507;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=6;WE=50926534;WS=50926513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr15	50941108	rs2063011	C	G	3044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=64;PP=1939;SC=GAGATTAAAACACCCTTCAAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=37;TCR=64;TR=101;WE=50941116;WS=50941098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	50941131	rs2063010	A	G	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.993;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=388;ReadPosRankSum=0.058;SC=ATTAGAGTTAATGAAAAAATG;SOR=0.527;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=33;WE=50941139;WS=50941121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr15	50950141	rs17645826	T	C	305.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5959;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=149;ReadPosRankSum=1.593;SC=TCAGTAGATATTATAGTTCAC;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=50950160;WS=50950131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr15	50950152	rs72740459	G	A	305.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.7979;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=309;SC=TATAGTTCACGTATACCTTGA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=50950160;WS=50950131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:0,8:1.00:8
chr15	51014234	rs76899459	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=225;ReadPosRankSum=-0.867;SC=CATGCCCAAACTGTACTCCTT;SOR=0.591;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=11;WE=51014242;WS=51014224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr15	51017527	rs140174698	AAAAAC	A	361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.28;ReadPosRankSum=-1.473;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr15	51040798	rs8035452	T	C	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=252;ReadPosRankSum=0.876;SC=ACTCAGCCTCTAAACCACACA;SOR=1.140;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=14;WE=51040806;WS=51040788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr15	51204364	rs1147129	G	A	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=1.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.19;ReadPosRankSum=2.500;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,95:0.41:231
chr15	51204394	rs3214932	C	CT	3152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.077;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=1084;ReadPosRankSum=-0.498;SC=GAAATCTAGTCACTGTGGACT;SOR=0.552;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=94;TCF=13;TCR=81;TR=30;WE=51204402;WS=51204384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,95:0.44:214
chr15	51207818	rs2663553	G	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=2.349;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr15	51217361	rs2306331	T	C	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.060;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,86:0.51:167
chr15	51217475	rs2306332	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=198;ReadPosRankSum=0.773;SC=AGAAGTTTATGCTAGAAAATT;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=13;WE=51217483;WS=51217465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr15	51233812	rs2291107	T	C	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=728;ReadPosRankSum=-0.480;SC=CTTTTGAAATTTGCTGTGTAT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=55;TCR=38;TR=47;WE=51233820;WS=51233802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,54:0.50:108
chr15	51240398	rs144809125	ATGCAGTGACTT	A	648.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.070;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=1641;ReadPosRankSum=-1.201;SC=ATAGTTAGTTATGCAGTGACT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=4;WE=51240416;WS=51240388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr15	51276128	rs2306335	A	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=212;ReadPosRankSum=0.672;SC=TATTAGTTCCAGGCTTGAATT;SOR=0.495;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=16;WE=51276136;WS=51276118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr15	51293164	rs3840015	G	GT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.805;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=72;ReadPosRankSum=0.748;SC=TTTGAAATTTGTTGTTTAGAA;SOR=1.819;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=3;WE=51293172;WS=51293154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr15	51294832	rs3825798	G	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=337;ReadPosRankSum=0.777;SC=TACTGTATCAGTGTCAAAAGG;SOR=0.559;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=29;WE=51294840;WS=51294822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,32:0.39:83
chr15	51350655	rs76241791	AT	A	938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=31;PP=693;ReadPosRankSum=-0.468;SC=GGTAAAAAAAATATATATAAA;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=32;WE=51350663;WS=51350644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,43:0.93:46
chr15	51386892	rs201887319	CCGGGCGGCG	C	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=781;ReadPosRankSum=-1.139;SC=CGGCTGGAGCCCGGGCGGCGC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=2;WE=51386908;WS=51386882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr15	51502844	rs4646	A	C	6886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=122;NR=111;PP=2965;SC=AGCAGATGACAAATAGCACCT;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=123;TCR=111;TR=233;WE=51502852;WS=51502834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr15	51502986	rs10046	G	A	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.018;NF=49;NR=50;PP=1330;ReadPosRankSum=-1.183;SC=GCTCCAGAGTGGGTACTGACC;SOR=0.696;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=100;TCR=99;TR=99;WE=51502994;WS=51502976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,110:0.50:222
chr15	51503881	rs28757202	T	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.213;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,22:0.28:80
chr15	51503897	rs28757201	G	A	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=1.140;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,24:0.28:86
chr15	51504811	rs1065779	A	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=182;ReadPosRankSum=0.072;SC=TCCATCTGTGATTGGTATTAA;SOR=0.387;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=14;WE=51504819;WS=51504801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr15	51507508	rs2289105	T	C	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.197;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=388;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CACTCAAGGATCAACAACCTC;SOR=3.056;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=20;WE=51507516;WS=51507498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr15	51507782	rs2289106	T	G	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=3.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=1.683;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,58:0.44:132
chr15	51507794	rs2289107	T	C	3421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.93;ReadPosRankSum=-2.065;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,88:0.56:156
chr15	51507798	rs3214647	TA	T	3436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.254;HP=4;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.912;NF=14;NR=32;PP=2963;ReadPosRankSum=-1.793;SC=AGAAAGTATTTAAAAGCAGAA;SOR=0.592;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=92;TCF=36;TCR=56;TR=46;WE=51507806;WS=51507772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,89:0.55:161
chr15	51507968	rs700519	G	A	2702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=-1.541;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,136:0.51:268
chr15	51510702	rs1143704	T	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=83;ReadPosRankSum=2.209;SC=ACCAATCCAATTGTACTCATA;SOR=0.502;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=8;WE=51510710;WS=51510692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr15	51510868	rs4324076	A	C	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.512;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=35;PP=1060;ReadPosRankSum=0.353;SC=GGAAAAAAAAACACACATACA;SOR=0.777;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=152;TCF=85;TCR=67;TR=82;WE=51510876;WS=51510849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,91:0.53:171
chr15	51519869	rs149494347	C	CAATAAATAAATAAATA	606.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=11;NR=2;PP=1092;ReadPosRankSum=1.959;SC=GAGCCTGTCTCAATAAATAAA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=51519877;WS=51519859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr15	51519945	rs28892005	A	AAAG	4838.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=30;PP=2941;SC=CATAGACAAAAAAGATTGTAG;SOR=1.329;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=59;WE=51519953;WS=51519935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr15	51520206	rs1065778	T	C	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=499;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GACTAGGAGGTAGCTCTCTTA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=26;WE=51520214;WS=51520196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr15	51529112	rs700518	T	C	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=3.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.68;ReadPosRankSum=-0.554;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,75:0.62:120
chr15	51529265	rs3759811	T	C	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=396;ReadPosRankSum=1.279;SC=TGCAACTGTTTTGTGTTACTC;SOR=1.044;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=24;WE=51529273;WS=51529255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr15	51534547	rs727479	C	A	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	51689624	rs1147142	A	C	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.89;ReadPosRankSum=-1.811;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr15	51689647	rs375123214	TTC	T	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=1.795;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,13:0.12:110
chr15	51689772	rs17648128	G	A	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.34;ReadPosRankSum=1.064;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,107:0.44:243
chr15	51743718	rs16964357	T	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=-1.318;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr15	51747606	rs76919677	T	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.467;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=208;ReadPosRankSum=0.297;SC=TTTTTTTAAATTTTTTTAGAG;SOR=1.460;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=15;WE=51747614;WS=51747583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr15	51748610	rs3736485	A	G	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=171;SC=GTATGCAGAAAAGATGAGGAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=51748618;WS=51748600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	51749726	rs930920	A	C	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=30;PP=877;SC=AATTCCAACTAAAAATCTTCT;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=51749734;WS=51749716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	51750652	rs11630842	G	A	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=4;PP=376;SC=ATAACCATTTGGTGGGTACTT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=51750660;WS=51750642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	51750846	rs7165887	G	A	3370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=43;PP=2156;SC=AGGCAGAATCGATGATTTAAG;SOR=1.089;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=70;TCR=43;TR=113;WE=51750854;WS=51750836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr15	51751091	rs111734926	TAGCAGC	T	1070.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=921;SC=GAAGAAAATGTAGCAGCAGCA;SOR=3.014;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=15;WE=51751104;WS=51751081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	51758345	rs10706765	CA	C	602.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=20.09;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	51770456	rs11291027	AT	A	679.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=6;PP=306;SC=ATTTTGGGTGATTTTTTTTTA;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=14;WE=51770464;WS=51770446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	51783820	rs10851500	T	C	7164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr15	51783981	rs12101858	G	C	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=53;PP=1587;SC=CTGCGTAACTGTATCAAATAA;SOR=1.666;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=80;WE=51783989;WS=51783971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	51791559	rs12102203	A	G	10699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=188;NR=167;PP=2965;SC=TCTGCATTAGAACTATCAGCT;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=355;TCF=188;TCR=167;TR=355;WE=51791567;WS=51791549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr15	51795172	rs12592889	G	A	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=46;PP=1319;SC=AAGAATCTACGTTCTTCTGTC;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=80;WE=51795180;WS=51795162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	51857220	rs11070857	C	T	247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=158;SC=GACTATATCACATTATTATCA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=51857228;WS=51857210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	51868373	rs2414105	A	G	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.39;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	51914662	rs2278990	G	A	4781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr15	51914716	rs2278989	T	C	5274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=88;PP=2965;SC=GGTTGACAGCTCCGGTGAGGA;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=87;TCR=88;TR=175;WE=51914724;WS=51914706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr15	51914778	rs6493514	T	G	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=55;PP=1744;SC=GCGCGGGAGGTGCGACAAGCT;SOR=1.074;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=46;TCR=55;TR=101;WE=51914786;WS=51914768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr15	51974910	rs2054166	A	T	173.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=94;SC=TAGGACGGGAAATCTAGTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=51974918;WS=51974900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	51981596	rs11437327	G	GT	198.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=6.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.136;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr15	51981597	rs28493453	G	T,GTGTGT	709.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.996;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.66;ReadPosRankSum=-0.886;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,17,9:0.57,0.30:30
chr15	52017345	rs2414116	A	G	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=18;PP=560;SC=GAGACACAGAATTACATATAA;SOR=2.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=25;WE=52017364;WS=52017335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	52017356	rs3751595	C	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=1.016;SC=TTACATATAACCAAGTCAAGG;SOR=1.179;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=10;WE=52017364;WS=52017335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr15	52029533	rs7496198	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=530;ReadPosRankSum=-0.919;SC=GCCGCGGCGGCGCGCCCTGCT;SOR=0.869;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=19;WE=52029541;WS=52029523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr15	52043327	rs12903500	C	T	3038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=1.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.026;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,149:0.53:280
chr15	52060657	rs61348403	C	CT	2117.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=4.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=1.270;QD=12.53;ReadPosRankSum=1.932;SOR=0.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,136:0.80:169
chr15	52155314	rs2570251	T	C	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=373;SC=CTTCCACCCTTTCCTCCACTT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=52155322;WS=52155304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	52185937	rs2959307	G	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.032;NF=14;NR=5;PP=271;ReadPosRankSum=-0.066;SC=ACTCCGGCCTGGGCGAAAGTG;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=19;WE=52185945;WS=52185927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr15	52185961	rs11370809	C	CA	587.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=1.845;QD=11.53;ReadPosRankSum=-1.064;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,39:0.76:51
chr15	52186158	rs2959285	A	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=168;ReadPosRankSum=1.012;SC=TGTGCTAATCAGAGTGGTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=16;WE=52186166;WS=52186148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr15	52192262	rs113447185	A	AGTTAT	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.684;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=162;ReadPosRankSum=0.365;SC=ACATTAAGGCAGTTAATTAAT;SOR=0.090;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=4;WE=52192270;WS=52192256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr15	52239463	rs16964639	C	T	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.35;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr15	52246665	rs2959293	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.937;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=132;ReadPosRankSum=1.229;SC=CCCTTCAGGCGTTTTGTGCTC;SOR=1.371;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=15;WE=52246673;WS=52246655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr15	52250789	rs2593187	T	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=1.611;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
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chr15	52257874	rs2241503	A	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=461;ReadPosRankSum=0.354;SC=AGATGGGAATAAAGACTAAAT;SOR=0.402;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=26;WE=52257882;WS=52257864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr15	52264094	rs17612102	T	C	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=4.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=33;PP=797;ReadPosRankSum=-0.815;SC=GTGAACCTGTTCTCGCCTGGG;SOR=1.199;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=87;TCF=18;TCR=69;TR=40;WE=52264102;WS=52264084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,46:0.49:94
chr15	52404862	rs2231292	A	C	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=541;ReadPosRankSum=0.984;SC=GGCCAGCAACAGCTCGGTGCG;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=41;WE=52404870;WS=52404852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,48:0.69:70
chr15	52415086	rs142280018	T	TACAC	645.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.651;NF=1;NR=13;PP=442;ReadPosRankSum=0.000;SC=TATGTGTGTGTACACACACAC;SOR=0.385;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=14;WE=52415094;WS=52415076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr15	52421000	rs2414135	A	G	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=530;ReadPosRankSum=1.792;SC=AATAAATGATAATTATTACTG;SOR=0.622;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=32;WE=52421008;WS=52420990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr15	52486335	rs59434591	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=224;ReadPosRankSum=0.861;SC=GCAAAACACAGCTATCTCTAG;SOR=2.409;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=14;WE=52486343;WS=52486325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr15	52487523	rs3751604	T	A	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=456;ReadPosRankSum=1.003;SC=ATCAACATCTTATACCATAGT;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=37;WE=52487531;WS=52487513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,39:0.50:78
chr15	52504142	rs2278295	T	C	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.966;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=275;ReadPosRankSum=2.013;SC=CCTAAGGAACTTGTGACTAGG;SOR=3.116;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=13;WE=52504150;WS=52504132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr15	52505563	rs3751608	C	T	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=461;ReadPosRankSum=-0.847;SC=TCTCCTACCCCATTCTGGCTG;SOR=0.925;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=33;WE=52505571;WS=52505553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,41:0.49:84
chr15	52506655	rs6493546	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=1.059;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr15	52510670	rs3751610	A	G	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=10;PP=543;ReadPosRankSum=-0.339;SC=TTTCAGCAACATCTGCACACA;SOR=1.073;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=95;TCF=69;TCR=26;TR=43;WE=52510678;WS=52510660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,48:0.46:105
chr15	52513210	rs17541016	T	C	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=291;ReadPosRankSum=0.146;SC=TTCCCATATCTTTCAACTAGC;SOR=0.877;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=17;WE=52513218;WS=52513200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr15	52515678	rs4405492	G	T	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,47:0.51:92
chr15	52517737	rs11070887	A	C	2605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=74;PP=1700;ReadPosRankSum=-0.657;SC=TGTCTGAATCACAGCAATGAC;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=250;TCF=97;TCR=153;TR=120;WE=52517745;WS=52517727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,131:0.47:279
chr15	52521383	rs62623565	C	T	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.262;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=787;ReadPosRankSum=1.651;SC=TCAGAAGTGACGTGCTCCCCC;SOR=0.594;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=143;TCF=82;TCR=61;TR=61;WE=52521391;WS=52521373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,65:0.42:156
chr15	52531813	rs17707007	T	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=222;ReadPosRankSum=-0.709;SC=GTGGTCCACGTAAACTGAACC;SOR=0.362;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=13;WE=52531821;WS=52531803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr15	52531941	rs11635028	A	G	2393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.005;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=37;PP=1343;ReadPosRankSum=0.113;SC=TGATCTTCCAACTTTTTCTGC;SOR=0.774;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=215;TCF=133;TCR=82;TR=102;WE=52531949;WS=52531931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,113:0.48:237
chr15	52534344	rs3751631	G	A	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.876;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,72:0.45:159
chr15	52536475	rs56066716	T	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=122;ReadPosRankSum=0.198;SC=TCCCTTGTCCTTGATGAGTCC;SOR=0.412;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=9;WE=52536483;WS=52536472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr15	52536596	rs55712142	C	T	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=785;ReadPosRankSum=-1.023;SC=ATTATCAGGGCGGCTCGTCTC;SOR=0.715;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=100;TCF=62;TCR=38;TR=55;WE=52536604;WS=52536586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,59:0.54:110
chr15	52537754	rs75129292	G	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.620;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=149;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGTTGTCATAGGGCGGGGGTG;SOR=3.702;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=10;WE=52537762;WS=52537744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr15	52539235	rs41504447	A	C	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.249;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=571;ReadPosRankSum=0.388;SC=CTAGAGATCAAACATGGCTCT;SOR=0.346;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=98;TCF=31;TCR=67;TR=44;WE=52539243;WS=52539225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,52:0.48:108
chr15	52539673	rs10163109	C	T	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.577;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,61:0.48:128
chr15	52539825	rs55870025	C	A	2128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=51;PP=1340;ReadPosRankSum=-0.343;SC=TGTCCAAAAGCAACTGCCCAC;SOR=0.730;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=172;TCF=83;TCR=89;TR=94;WE=52539833;WS=52539815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,101:0.53:189
chr15	52545702	rs74455958	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=143;ReadPosRankSum=-1.696;SC=TATTAAAATACGTTTCCAAAG;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=9;WE=52545710;WS=52545692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr15	52548784	.	A	ACACACACG	1425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=4.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.90;MQRankSum=0.857;QD=24.58;ReadPosRankSum=2.978;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,44:0.76:58
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chr15	52556429	rs4776032	A	G	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
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chr15	52628489	rs8035295	T	C	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=181;SC=TTTTCCTCATTTAAAAATGTA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=52628497;WS=52628479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	52640990	rs11386962	T	TA	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.812;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
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chr15	52656722	.	T	TA	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.59;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,22:0.19:116
chr15	52667450	rs3816449	T	C	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.867;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=527;ReadPosRankSum=-0.387;SC=AGATGTGAAATTTGGTTAATG;SOR=0.937;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=35;WE=52667458;WS=52667440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,38:0.45:84
chr15	52667552	rs2414145	G	A	4535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr15	52668822	rs1009157	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=186;ReadPosRankSum=-1.298;SC=AAGAAAAAATGTCTAAAAGCA;SOR=0.495;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=17;WE=52668830;WS=52668812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr15	52671784	rs2242058	C	T	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=646;ReadPosRankSum=-0.029;SC=AACCACAAGGCCTTCTGCTCA;SOR=0.750;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=155;TCF=94;TCR=61;TR=58;WE=52671792;WS=52671774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,66:0.40:164
chr15	52675261	rs4774621	T	C	4058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=85;NR=55;PP=2538;SC=TATGTACTTTTTCACTGGGTG;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=86;TCR=57;TR=140;WE=52675269;WS=52675251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr15	52681573	rs1724623	A	G	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=26.43;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	52681643	rs71425744	AT	A	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.861;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.627;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr15	52684004	rs1669872	C	A	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	52689526	rs2924130	T	C	4927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=92;NR=82;PP=2513;SC=CGCGGGCATTTGTGGCCTGCA;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=92;TCR=82;TR=174;WE=52689534;WS=52689516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr15	52689631	rs1724577	T	G	3267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=55;PP=1751;SC=CACCCATGAGTTCACAGAAGA;SOR=0.865;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=55;TCR=55;TR=110;WE=52689639;WS=52689621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr15	52702400	rs10518689	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=169;ReadPosRankSum=0.855;SC=TTCAGTCCAAGTGTGGTTGGA;SOR=1.508;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=11;WE=52702408;WS=52702390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr15	52702699	rs72623980	T	C	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.574;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=523;ReadPosRankSum=0.536;SC=GAAAATAAGATTTTAGAAGTG;SOR=1.145;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=37;WE=52702707;WS=52702689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,43:0.74:58
chr15	52708189	rs1669858	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=4.771;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=65;ReadPosRankSum=0.084;SC=TTTTTACTTTCCCTAGATTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=52708197;WS=52708179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr15	52708502	rs61363656	T	C	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=486;ReadPosRankSum=0.902;SC=TTCATCTCTGTAAAATAAAAA;SOR=0.553;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=40;WE=52708510;WS=52708492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,44:0.42:104
chr15	52708534	rs11856752	T	G	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=385;ReadPosRankSum=0.502;SC=GTAACTGCCATTGCTGCCTAT;SOR=0.968;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=31;WE=52708542;WS=52708524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
chr15	52725334	rs11853875	C	T	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=261;ReadPosRankSum=0.938;SC=ACTCCCTTCACTTTATGCCAA;SOR=0.506;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=23;WE=52725342;WS=52725324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr15	52892477	rs35694811	CT	C	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=-0.809;SC=AGCCACAATACTTTTTTTTTT;SOR=0.626;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=7;WE=52892485;WS=52892467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr15	52897478	rs2414163	T	C	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=614;ReadPosRankSum=0.597;SC=AATTGTAATATTTAAATACCA;SOR=0.547;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=42;WE=52897486;WS=52897468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,44:0.54:81
chr15	52901283	rs61731670	TT	CC	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=1421;ReadPosRankSum=-0.075;SC=ATTGAGGAAGTTGATAAACTA;SOR=0.682;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=42;WE=52901292;WS=52901273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,48:0.53:90
chr15	52901433	rs12915981	C	T	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.607;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=521;ReadPosRankSum=0.117;SC=TTATTAGGTACTAAGTTTTTC;SOR=1.514;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=35;WE=52901441;WS=52901423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr15	52901638	rs3751614	T	C	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;ReadPosRankSum=0.194;SC=GCTCCAAGTGTTGAGCAATCC;SOR=0.728;Source=Platypus;WE=52901646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,117:0.52:226
chr15	52901914	rs3751613	T	C	3170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=75;PP=2004;ReadPosRankSum=-0.886;SC=AACTAGACTCTTGAGTATTAA;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=327;TCF=170;TCR=157;TR=154;WE=52901922;WS=52901904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,162:0.47:347
chr15	52901977	rs2414166	G	A	2862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=69;PP=1834;ReadPosRankSum=-2.674;SC=TCAAATGTTGGGCAATTCTTG;SOR=0.736;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=254;TCF=123;TCR=131;TR=131;WE=52901985;WS=52901967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,137:0.50:273
chr15	52904046	rs4776063	C	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=244;ReadPosRankSum=-0.700;SC=AGAAAATTATCATTGTAAAGT;SOR=0.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=14;WE=52904054;WS=52904036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr15	52970207	rs374658834	G	A	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.847;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,54:0.42:128
chr15	53081800	rs61735385	G	C	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.550;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=710;ReadPosRankSum=0.914;SC=TCATACCTGGGGGAGTCTCGC;SOR=0.420;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=107;TCF=43;TCR=64;TR=60;WE=53081808;WS=53081790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,64:0.55:116
chr15	53082214	rs149161886	GTC	G	638.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=915;ReadPosRankSum=-1.723;SC=GTGGGGCTCTGTCTCTCTCTC;SOR=1.091;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=21;WE=53082225;WS=53082204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr15	53230662	rs12050508	C	T	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=1.171;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,45:0.48:94
chr15	53815527	rs139512794	A	AAGAG	966.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.436;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=628;ReadPosRankSum=-0.678;SC=GAGCTATTAAAAGAGAGAGAG;SOR=0.361;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=2;TCR=71;TR=26;WE=53815536;WS=53815517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,32:0.41:78
chr15	53994493	rs6416452	A	G	3225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=54;PP=1647;SC=GACCATGTGGATAGAGTAATG;SOR=0.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=52;TCR=54;TR=106;WE=53994501;WS=53994483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr15	53998314	rs690235	G	T	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=30;PP=786;SC=ATTCTAACTAGAGAGAGATGG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=53998322;WS=53998304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	54008845	rs690346	T	C	7406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.225;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=2.050;SC=GCCTTCTCCATGCACTGTCCA;SOR=0.392;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=131;TCR=129;TR=259;WE=54008853;WS=54008835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,289:1.00:290
chr15	54306925	rs12437941	G	A	4371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=75;PP=2688;SC=TTTGAATGGAGGTGTTCAGGG;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=81;TCR=75;TR=156;WE=54306933;WS=54306915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr15	54529629	rs7162346	T	C	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.724;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=484;ReadPosRankSum=-0.198;SC=AGTTGTGGGATCGTTCCAGTT;SOR=0.466;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=84;TCF=62;TCR=22;TR=39;WE=54529637;WS=54529619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,48:0.48:99
chr15	54556259	rs12917364	A	G	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=336;ReadPosRankSum=-2.231;SC=ACTCCACAGAATGAAAGCACT;SOR=1.322;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=26;WE=54556267;WS=54556249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,32:0.39:82
chr15	54592355	rs7164993	T	C	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=1.634;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr15	54630552	rs57449290	T	TTGTC	2797.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.919;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.752;NF=11;NR=20;PP=1524;ReadPosRankSum=-0.843;SC=ATGTCTGTCTTTGTCAGGTTC;SOR=0.886;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=31;WE=54630560;WS=54630542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,74:0.50:148
chr15	54630758	rs12913366	A	G	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.251;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr15	54685463	rs489526	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=-0.500;SC=ATATACTGACGACAATAATAA;SOR=0.495;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=13;WE=54685471;WS=54685453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr15	54792428	rs8025195	A	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=207;ReadPosRankSum=0.481;SC=CACATTGCTTACTTTTAACCT;SOR=2.683;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=10;WE=54792436;WS=54792418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr15	54804450	rs9920072	C	T	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.167;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=477;ReadPosRankSum=0.084;SC=GTTTATTTTTCACATTGAGAA;SOR=0.473;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=29;WE=54804458;WS=54804440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr15	54838909	rs73403813	T	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=9.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.63;ReadPosRankSum=1.270;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr15	54842003	rs149201837	G	GTC	562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.457;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.737;NF=1;NR=5;PP=191;ReadPosRankSum=0.504;SC=GAAGATGTGTGTGTGATTTCA;SOR=0.486;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=6;WE=54842011;WS=54841993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr15	54847509	rs8039515	G	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=106;ReadPosRankSum=-1.817;SC=AATGCATTCAGGTGCAGAAGA;SOR=0.197;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=14;WE=54847517;WS=54847499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr15	54847535	rs62022210	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=241;ReadPosRankSum=1.073;SC=CAAATAGGAAGTTTGGCATAT;SOR=0.632;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=22;WE=54847543;WS=54847525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr15	54847677	rs11639005	C	T	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=4.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.549;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,78:0.48:163
chr15	54847724	rs62022211	G	A	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=4.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.95;ReadPosRankSum=0.814;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,49:0.46:107
chr15	54847724	.	GCT	ACC	1860	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=21;NR=19;PP=1860;QD=47.8366968716;SC=AGATTATAATGCTCCTATATA;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=98;TCF=49;TCR=49;TR=40;WE=54847748;WS=54847714;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:58,40:0.41:98
chr15	54847726	rs62022212	T	C	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=4.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.27;ReadPosRankSum=0.710;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,48:0.46:105
chr15	54847740	rs62022213	C	A	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.705;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=1879;ReadPosRankSum=0.056;SC=ATATATACATCGAGAGAGGCC;SOR=0.425;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=37;WE=54847748;WS=54847714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,45:0.45:99
chr15	54914716	rs2681964	C	T	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=14;PP=396;SC=AAAAACTGCACAATTATTTTA;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=54914724;WS=54914706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr15	55972660	.	C	CT	237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.187;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=0.150;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,38:0.28:135
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chr15	56030756	rs4774222	T	C	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=6.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.29;ReadPosRankSum=-1.931;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,47:0.51:93
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chr15	56032975	rs7182733	G	A	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=345;SC=TTCAGGGTATGAGATGACGAA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=56032983;WS=56032965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr15	56122347	rs2288344	T	G	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=397;ReadPosRankSum=-0.111;SC=GACGTAGGACTGGGTTCTGGG;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=26;WE=56122355;WS=56122337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
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chr15	56125135	rs8024944	C	A	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=731;ReadPosRankSum=-0.102;SC=TGGAAGCTTGCGGATTCGTCA;SOR=0.570;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=58;TCR=41;TR=53;WE=56125143;WS=56125125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,60:0.55:109
chr15	56125182	rs8026172	T	A	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=29;PP=784;ReadPosRankSum=-0.547;SC=TCCATTTTTTTAATGATCTAT;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=62;WE=56125190;WS=56125172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,70:0.51:136
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chr15	56132616	rs11858692	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=73;ReadPosRankSum=-0.790;SC=AATTATACTTCGTCTATACTA;SOR=0.569;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=8;WE=56132624;WS=56132606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr15	56133959	rs9788664	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.532;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr15	56139153	rs2288346	T	C	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=12;NR=7;PP=339;SC=GTATTTATTATAAACATGACT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=56139161;WS=56139143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	56140995	rs12232351	T	A	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=31;PP=941;ReadPosRankSum=-0.317;SC=AGCATTTCTATACACTTACAG;SOR=0.700;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=165;TCF=96;TCR=69;TR=77;WE=56141003;WS=56140985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,94:0.48:196
chr15	56144888	.	AATATATATATAT	A,AATAT	800.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.39;QD=53.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,7:0.53,0.47:15
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chr15	56152729	rs2303579	T	C	4934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
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chr15	56387931	rs11071247	C	T	9686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=159;PP=2965;SC=CCTGGGTCTCCTGCAATGTAG;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=307;TCF=147;TCR=160;TR=306;WE=56387939;WS=56387921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr15	56388033	rs12439907	T	C	3085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=72;PP=2103;ReadPosRankSum=-0.491;SC=TGGTGAAAGTTAAGTTCTGAG;SOR=0.754;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=272;TCF=131;TCR=141;TR=135;WE=56388041;WS=56388023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,150:0.51:295
chr15	56390186	rs4363812	T	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=138;ReadPosRankSum=-2.071;SC=TTGTGGCTACTCTTATACCTG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=10;WE=56390194;WS=56390182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr15	56394538	rs142841844	G	GA	139.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=143;ReadPosRankSum=1.349;SC=TATGAAATGAGAAAAAAAAAT;SOR=1.426;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=56394546;WS=56394528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr15	56471449	rs11637789	T	G	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=395;ReadPosRankSum=-0.873;SC=AGGATTTTAATATTAGTTATT;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=25;WE=56471457;WS=56471439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr15	56535174	rs2460649	A	G	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=12;PP=941;SC=ACCTCCAGAGATCCTACAAAT;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=56535182;WS=56535164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	56657581	rs2682033	A	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=9;PP=512;SC=GCGGGAGGCAACCGGGATGTG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=56657589;WS=56657571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	56680944	rs1477589	T	C	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=11;PP=294;SC=GGAAAAAATGTTAGGTGAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=56680952;WS=56680934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	56719797	rs795785	G	T	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	56720715	rs1554410	T	G	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=16;PP=438;SC=TGGTTTGAATTATTTTTATTC;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=56720723;WS=56720705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	56721195	.	AACAG	A	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.618;NF=5;NR=0;PP=153;ReadPosRankSum=-0.341;SC=ACAAAATCCAAACAGACAATG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=5;WE=56721206;WS=56721185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr15	56721264	rs795787	G	A	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=19;PP=932;SC=GTGGTAACATGCAAAAAATCT;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=60;WE=56721272;WS=56721254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	56721406	rs808730	C	T	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	56923536	rs3803457	A	G	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=8;PP=1099;SC=TGGTGAATTGATTTGTTTGAT;SOR=2.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=49;WE=56923544;WS=56923532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	56923714	rs8043381	G	A	10183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=194;NR=164;PP=2965;SC=TTTCTTTTTCGTCTTCCAGGT;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=358;TCF=194;TCR=164;TR=358;WE=56923722;WS=56923704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr15	56946296	rs8028457	C	A	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=4;PP=257;SC=AAAACAACAACATACTTTAAT;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=56946304;WS=56946286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	56946980	rs12911381	T	G	9886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.149;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.460;SC=GAGTCAGTCTTGGCTCCACAA;SOR=0.333;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=328;TCF=179;TCR=149;TR=327;WE=56946988;WS=56946970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,381:1.00:382
chr15	56961272	rs12911191	T	A	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=287;SC=ACTTGCGGTTTAACATCTCCT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=56961280;WS=56961262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	56981703	rs1871861	T	A	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.25;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	57025801	.	C	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.08;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr15	57210297	rs3803455	G	A	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=13;PP=936;SC=CGGAACGGCCGAGGAGGATGG;SOR=1.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=55;WE=57210305;WS=57210287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	57210562	rs213150	C	A	3017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=60;PP=1798;SC=ACGGTACCTGCCACCCCGCTC;SOR=1.081;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=105;WE=57210570;WS=57210552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr15	57210627	rs2165461	G	C	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=30;PP=910;SC=GCTTCTCGAGGTGCCTGCGAG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=57210635;WS=57210617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	57364814	rs2951904	G	A	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=11;PP=728;SC=AAGGACACACGAATTTTGAAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=57364822;WS=57364804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	57484572	rs369602117	CT	C	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=3.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=-1.329;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,25:0.21:118
chr15	57484613	rs12914481	G	A	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=63;PP=1715;SC=TTAAGACAGCGTCTCACTCTG;SOR=2.455;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=25;TCR=63;TR=88;WE=57484621;WS=57484603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	57523542	rs1037958	A	G	4408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=110;PP=2965;SC=GAGAATACCTATATTCAGGCC;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=34;TCR=110;TR=144;WE=57523550;WS=57523532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr15	57524756	rs2248620	G	A	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=40;PP=1508;SC=GGCTTACCGCGTTTACCATGC;SOR=1.048;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=73;WE=57524764;WS=57524746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	57524857	rs2290938	T	C	3678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr15	57555523	rs7182038	C	A	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=50;PP=1449;SC=CATAGGTAAACATACTTGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=77;WE=57555531;WS=57555513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr15	57731728	rs1280396	A	G	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=40;PP=1223;SC=GAACCGGGCAACAGCAACTTC;SOR=1.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=64;WE=57731736;WS=57731718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	57732743	rs1280398	T	C	4604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr15	57732774	rs17820299	C	T	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.04;ReadPosRankSum=-0.928;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,74:0.54:136
chr15	57734380	.	GAAAA	G	153.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.77;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	57743933	rs1280406	A	G	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=10;PP=192;SC=TAATCACTGAATAAATTCCTG;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=11;WE=57743941;WS=57743923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	57817050	rs10518925	G	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=35;ReadPosRankSum=1.314;SC=TCGTGAGACAGCTTTGGTGCT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=4;WE=57817058;WS=57817040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr15	57836823	rs8029295	G	A	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=635;SC=ACTGCAGTGCGGAGGCCCCAG;SOR=2.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=28;WE=57836831;WS=57836813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	57838258	rs2635390	T	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr15	57884181	rs1690328	T	C	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.08;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	57891858	rs12443389	A	T	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=13;PP=500;ReadPosRankSum=-1.763;SC=TGTGTATCCGAGTTTCAGGAG;SOR=0.916;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=101;TCF=69;TCR=32;TR=47;WE=57891866;WS=57891848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,59:0.50:118
chr15	57910164	rs937254	G	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.876;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=263;ReadPosRankSum=1.099;SC=CAGTGGGCCCGTTATTACAAC;SOR=1.739;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=16;WE=57910172;WS=57910154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr15	57910444	rs935548	A	G	4552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=90;PP=2834;SC=CATGCAAGAGAATGGAGTTGG;SOR=1.185;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=70;TCR=90;TR=160;WE=57910452;WS=57910434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr15	57914094	rs2934439	G	T	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=282;SC=AAGAATAATCGTATTCATATT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=57914102;WS=57914084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	57918069	rs2069133	A	G	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=631;ReadPosRankSum=1.100;SC=CAGCCTTGGCATCAGATTCCA;SOR=0.771;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=56;WE=57918077;WS=57918059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,55:0.46:119
chr15	57918090	rs2958059	A	G	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=53;PP=1686;SC=TTGGCCTGCAAGTACTCATCT;SOR=1.289;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=38;TCR=53;TR=90;WE=57918098;WS=57918080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr15	57922169	rs59322468	A	ATTTTTTTTTTT	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.24;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr15	57925836	rs16977629	C	T	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=1.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.222;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,73:0.45:164
chr15	57925990	rs11637944	A	G	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.181;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr15	57967219	rs1991252	T	C	7328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=130;NR=118;PP=2965;SC=AGGCCAAGACTGAAGTGGAAA;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=249;TCF=130;TCR=119;TR=248;WE=57967227;WS=57967209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr15	57967285	rs5812908	AT	A	1225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=42;PP=539;ReadPosRankSum=0.096;SC=GAATTTCCTGATTTTTTTTTT;SOR=0.692;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=90;TCF=7;TCR=83;TR=49;WE=57967293;WS=57967275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,81:0.56:144
chr15	57976523	rs6493944	A	G	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=11;PP=857;SC=CATTTTCTAGAGTTGTCTTAC;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=57976531;WS=57976513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	57976583	rs2554032	A	C	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.22;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	58000981	rs1062707	C	T	4171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=49;PP=2109;SC=TGAAAGCTGCCATTGCAGAAT;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=80;TCR=49;TR=129;WE=58000989;WS=58000971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr15	58004423	rs117810557	G	A	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=50;PP=1123;ReadPosRankSum=-0.736;SC=TGTTTGTTGGGTGCTGCTTAC;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=73;TCR=92;TR=90;WE=58004431;WS=58004413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,97:0.56:174
chr15	58247563	rs4646640	C	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=240;ReadPosRankSum=0.082;SC=TTATCACCTGCGAACAGCAAG;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=17;WE=58247571;WS=58247553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
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chr15	58253106	rs3784262	T	C	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.257;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=732;ReadPosRankSum=0.277;SC=CTGACTGGCATGGTATTTCTT;SOR=0.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=63;TCR=86;TR=64;WE=58253114;WS=58253096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,69:0.43:162
chr15	58253269	rs3784260	T	G	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=1.459;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,68:0.51:133
chr15	58256127	rs4646626	C	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.691;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,43:0.53:81
chr15	58256296	rs4646625	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=-2.703;SC=ATGTTCTCACCGCTTTGCCTG;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=9;WE=58256304;WS=58256286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr15	58257847	rs3784259	C	T	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=337;ReadPosRankSum=0.155;SC=GCTAGTGTCCCATCAAAAGTG;SOR=0.563;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=26;WE=58257855;WS=58257837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr15	58287435	.	C	A	267	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=22;HapScore=3;MGOF=33;MMLQ=27;MQ=58.27;NF=1;NR=16;PP=267;QD=17.7512477969;SC=AAAAAAAAAACAAACAGAAAT;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=17;WE=58287443;WS=58287424;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,17:0.45:38
chr15	58357611	rs186496587	G	C	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=180;ReadPosRankSum=0.527;SC=GCGCCGGGATGACAGGCTGGC;SOR=0.593;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=10;WE=58357619;WS=58357601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr15	58459075	rs16939839	T	C	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=322;ReadPosRankSum=1.552;SC=CTGCTTCACATACCTTAATTT;SOR=1.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=18;WE=58459083;WS=58459065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr15	58465171	rs2292712	G	A	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=16;PP=752;SC=GTAGTTCTCTGCCTAGAAGAC;SOR=1.199;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=58465179;WS=58465161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	58465483	rs2292713	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=-1.876;SC=TAGGCACAGGCGAGAAAAAGC;SOR=0.283;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=58465491;WS=58465473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr15	58467095	rs2280195	G	A	2424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=47;PP=1438;ReadPosRankSum=0.672;SC=ACACTAATGTGCCAGAGCTTT;SOR=0.650;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=190;TCF=110;TCR=80;TR=109;WE=58467103;WS=58467085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,116:0.57:203
chr15	58471368	rs2249783	C	T	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	58471556	rs2271678	T	C	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=302;ReadPosRankSum=-0.038;SC=TAAGTAACAGTGGTGGGGAAG;SOR=0.824;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=21;WE=58471564;WS=58471546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr15	58471626	rs17821117	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=2.694;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=220;ReadPosRankSum=1.260;SC=TGGAGATCCAGGGAAGTTCAG;SOR=2.147;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=12;WE=58471634;WS=58471616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr15	58476010	rs3742956	A	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=196;ReadPosRankSum=-0.359;SC=GGCAGTTGCCATGCTGCACTG;SOR=0.420;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=15;WE=58476018;WS=58476000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr15	58476281	rs1867380	A	G	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=42;PP=1333;SC=AGTCTTTAAGACAGAACAATC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=77;WE=58476289;WS=58476271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr15	58724371	rs8192701	C	T	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.514;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,72:0.48:149
chr15	58729144	rs17190517	C	T	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=275;ReadPosRankSum=0.313;SC=TCCCATAGAACGGTGTTGATA;SOR=0.856;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=23;WE=58729152;WS=58729134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr15	58833938	rs6076	G	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=141;ReadPosRankSum=0.223;SC=AAGGGTGAGCGGGGAGAAAGG;SOR=0.665;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=9;WE=58833946;WS=58833928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr15	58834741	rs690	G	T	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.343;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=245;ReadPosRankSum=0.545;SC=AGGAATCTGTGCAACTCTCTC;SOR=0.392;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=25;WE=58834749;WS=58834731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr15	58837910	rs2414592	T	C	2806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=34;PP=1485;SC=TCCTTGCTCCTGCGTAACCCT;SOR=0.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=57;TCR=34;TR=91;WE=58837918;WS=58837900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr15	58838038	rs6084	C	G	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=30;PP=871;ReadPosRankSum=0.438;SC=ATACCTTTACCCGGGAGCACA;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=148;TCF=83;TCR=65;TR=66;WE=58838046;WS=58838028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,72:0.43:168
chr15	58840450	rs1007543	A	C	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=24;PP=1453;SC=CTCCTGTGGGATGAGAACCAA;SOR=1.445;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=75;WE=58840458;WS=58840440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	58853079	rs3829462	C	A	2718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=64;NR=32;PP=1617;SC=ATTACCAGTTCAAGATCCAGT;SOR=1.336;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=65;TCR=32;TR=96;WE=58853087;WS=58853069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr15	58853109	rs3829461	A	G	3644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.46;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr15	58853212	rs71964604	GAC	G	6332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=66;PP=2969;SC=CTAGGGTGATGACACACTTAT;SOR=0.796;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=15;TCR=68;TR=81;WE=58853226;WS=58853202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr15	58853218	rs55913623	C	T	6341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.66;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr15	58853307	rs4774305	C	G	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=16;NR=40;PP=1016;SC=AAACCAAAAACTATCTGAGAC;SOR=1.903;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=56;WE=58853315;WS=58853297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	58853363	rs1869129	C	T	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=20;PP=544;SC=AAAGACATTACCGTGACACAG;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=58853371;WS=58853353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	58857230	rs4775080	G	C	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=379;SC=ACCCTCTTCCGTCACCCCCTG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=17;WE=58857238;WS=58857220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	58857255	rs4775081	A	G	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=12;PP=503;SC=TCACTGCCAGATGCCGGCCTG;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=58857263;WS=58857245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	58857378	rs17269397	A	G	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=45;PP=1505;SC=CTGCCAACAGATCTCCCAACA;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=101;WE=58857386;WS=58857368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr15	58891949	.	G	GA	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=0.590;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,20:0.28:72
chr15	59144199	rs16940850	A	G	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=18;PP=491;SC=AAATGTGATGATCATGGCTGG;SOR=1.206;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=59144207;WS=59144189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	59185929	rs4238332	T	C	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=145;SC=ACAAAGCTTATATCTGGATTA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=59185937;WS=59185919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	59323048	rs2899642	C	G	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=400;ReadPosRankSum=-1.353;SC=CTGAATATAACGAGCTCTACA;SOR=0.680;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=28;WE=59323056;WS=59323038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr15	59347929	rs1446239	C	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.740;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr15	59358845	rs62002543	A	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=194;ReadPosRankSum=0.809;SC=CATTATTTACAGAGATTTGAA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=11;WE=59358853;WS=59358835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr15	59358862	rs62002544	G	A	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.946;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=378;ReadPosRankSum=0.705;SC=TGAAATTACCGAACATTTCTT;SOR=1.675;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=22;WE=59358870;WS=59358852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr15	59368167	rs7178935	G	A	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.265;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=12;PP=723;ReadPosRankSum=0.515;SC=CATTGCCAGTGGACCTGAGCA;SOR=1.366;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=122;TCF=85;TCR=37;TR=50;WE=59368175;WS=59368157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,56:0.41:136
chr15	59368510	rs4775115	T	G	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=333;ReadPosRankSum=0.527;SC=GTTCTTAAATTTTTAGTATTT;SOR=1.044;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=19;WE=59368518;WS=59368500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr15	59376202	rs146786527	ATTTAT	A	504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.003;QD=18.03;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr15	59376531	rs12915899	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=108;ReadPosRankSum=0.847;SC=TTGTGATTGATTGCTTTGCAG;SOR=1.781;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=7;WE=59376539;WS=59376521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr15	59381769	rs2289895	A	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=334;ReadPosRankSum=-0.629;SC=TGAGCAGTTGAATTGAAAACA;SOR=0.412;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=22;WE=59381777;WS=59381759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr15	59399501	rs11293095	CT	C	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=1.198;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr15	59406581	rs8039514	T	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.042;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=335;ReadPosRankSum=-0.646;SC=TTTAAGCCAGTTGGCTCTGCA;SOR=0.951;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=25;WE=59406589;WS=59406571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr15	59415934	rs3830310	CAT	C	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.832;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=281;ReadPosRankSum=0.553;SC=ATATTAATAACATGTGGGAGT;SOR=0.707;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=8;WE=59415943;WS=59415924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr15	59429111	rs11539756	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=81;ReadPosRankSum=1.294;SC=TGCAGAGGGCGGGTCCTCCCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=59429119;WS=59429101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr15	59453535	rs16941084	C	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=233;ReadPosRankSum=-1.778;SC=AAACATGAGGCGAGAACGGAC;SOR=0.495;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=19;WE=59453543;WS=59453525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr15	59464039	rs2306788	G	A	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=14;PP=992;ReadPosRankSum=-0.678;SC=TTGGAACAGCGGACCGTGATG;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=54;WE=59464047;WS=59464029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr15	59510189	rs2230155	G	A	2582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=2.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.047;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,127:0.51:248
chr15	59515434	rs2306779	C	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=-0.173;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr15	59515446	rs2306780	C	G	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=485;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TTAAAAGCACCTTAGGAAGAA;SOR=0.765;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=20;WE=59515454;WS=59515424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr15	59524056	rs7165587	T	C	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=35;PP=1021;SC=TACGCCAAACTTTCTCTAAGG;SOR=2.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=59524064;WS=59524046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	59528994	rs11356613	AT	A	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.620;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr15	59548475	rs4508371	C	T	17407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=685;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,682:1.00:682
chr15	59664607	rs7175010	C	A	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=2;PP=142;SC=CCCCTGGCCCCGGCAGCGCGC;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=59664615;WS=59664597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	59750930	rs11071448	G	A	3497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=64;PP=2059;SC=TTACATTATCGGAGAATGGTT;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=51;TCR=64;TR=115;WE=59750938;WS=59750920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr15	59750960	rs7359171	A	G	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=51;PP=1555;SC=GGCAAGAGAAACACTATTGTG;SOR=1.485;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=83;WE=59750968;WS=59750950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr15	59752053	rs3803445	G	A	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=6;PP=628;SC=TGTATTTCCAGACTTCTCTGG;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=59752061;WS=59752043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	59784334	rs4291860	C	A	202.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=163;SC=TTAAGTGTGCCTTAGGTGACT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=59784342;WS=59784326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	59784493	rs4296198	C	T	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=30;PP=1073;SC=AGATTCGTGCCCGGGACAACA;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=63;WE=59784501;WS=59784483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	59784648	rs4417505	A	G	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	59799278	rs4278683	T	C	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=2;PP=235;SC=GGAATTCATTTGAACCTCTGT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=59799286;WS=59799268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	59911892	rs3743119	G	T	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=32;PP=910;SC=TGCTATTAGAGTGTGGGTAAG;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=59911900;WS=59911882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	59931429	rs2306354	G	C	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.20;ReadPosRankSum=1.732;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr15	59931556	rs8033208	G	C	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.68;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	59931574	.	T	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=0.475;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr15	59944203	rs11637071	A	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=-0.489;SC=ATATTTAATGATATCATTCAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=59944211;WS=59944197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr15	59944300	rs4774340	T	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=145;ReadPosRankSum=0.141;SC=CTGGGTCAAATAGTCCAAGAT;SOR=0.646;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=10;WE=59944308;WS=59944290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr15	59960155	rs6151570	G	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=163;ReadPosRankSum=1.910;SC=AGGAACTCTGGGTTCACCCTG;SOR=1.659;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=12;WE=59960163;WS=59960145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr15	59960261	rs6151568	T	C	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.595;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr15	59960941	rs6151566	CCT	C	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=190;ReadPosRankSum=0.728;SC=ATGGCTTCTTCCTCTTTTTCT;SOR=1.609;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=59960964;WS=59960931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr15	59960956	rs71425879	T	TAC	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=380;ReadPosRankSum=-0.992;SC=TTTTCTTTGTTACACACACAC;SOR=0.293;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=8;WE=59960964;WS=59960931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr15	59960980	rs6151565	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=-0.213;SC=CACGCGCGCGCGCGCACAGTT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=4;WE=59960988;WS=59960970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr15	59961646	rs2307273	T	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=0.540;SC=TACAAAATAATAGTTGAAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=8;WE=59961654;WS=59961636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr15	59963235	.	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQRankSum=-1.460;QD=7.99;ReadPosRankSum=-1.156;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr15	59963240	.	C	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQRankSum=-1.460;QD=7.99;ReadPosRankSum=-1.780;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr15	59963245	.	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=-1.358;QD=8.37;ReadPosRankSum=-2.314;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr15	59963246	.	T	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=-1.358;QD=8.51;ReadPosRankSum=-2.314;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr15	59963488	rs1135148	A	G	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=214;ReadPosRankSum=-0.546;SC=TCTGCTACTAATAGCTCCAAA;SOR=0.876;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=19;WE=59963496;WS=59963478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr15	59964798	rs4774342	C	G	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=13;PP=937;SC=AATTAGCTCACAATTCTGTCC;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=59964806;WS=59964788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	59964987	rs6151535	G	A	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=572;ReadPosRankSum=-1.178;SC=TTACTCTTAGGCATTTTTAGA;SOR=0.580;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=111;TCF=52;TCR=59;TR=48;WE=59964995;WS=59964977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,58:0.46:125
chr15	59970298	rs2307272	C	A	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=40;PP=904;ReadPosRankSum=-2.006;SC=TGTCAAAATACAAAGTTTTTG;SOR=0.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=37;TCR=80;TR=58;WE=59970306;WS=59970288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,64:0.51:126
chr15	59972372	rs6151510	A	C	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.930;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=322;ReadPosRankSum=0.629;SC=TTTTTTGGACAAAGAAACGTG;SOR=1.946;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=17;WE=59972380;WS=59972362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr15	59974566	rs2307275	C	G	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.676;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=616;ReadPosRankSum=-0.784;SC=AAATTTTGAACTTTTGCTCTA;SOR=0.927;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=94;TCF=66;TCR=28;TR=44;WE=59974574;WS=59974556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,49:0.48:102
chr15	59974777	rs6151483	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=188;ReadPosRankSum=-0.032;SC=GAAAAGGCGTAATAATCTTAT;SOR=0.555;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=13;WE=59974785;WS=59974767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr15	59981242	rs2306358	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.503;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr15	59981515	rs3087328	A	G	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=2.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.27;ReadPosRankSum=1.386;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,62:0.44:141
chr15	59981590	rs754641	G	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=399;ReadPosRankSum=-0.180;SC=GAGGCGGCGGGGGCGTGGCGG;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=31;WE=59981598;WS=59981580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,36:0.43:83
chr15	59981719	rs754642	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=122;ReadPosRankSum=-1.604;SC=TGTGGGCGGACCCGTCGCGTC;SOR=0.412;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=10;WE=59981727;WS=59981709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr15	60297110	rs75582291	G	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.916;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr15	60643302	rs3743269	T	C	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=13;PP=918;SC=GTCCCCTTCCTCCATCCATGA;SOR=1.278;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=50;WE=60643310;WS=60643292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	60649579	rs5813020	TC	T	2858.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=44;PP=1925;SC=GAATCTATACTCCTACCCCTT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=47;WE=60649587;WS=60649569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	60653205	rs17845226	C	A	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-1.876;QD=6.48;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,43:0.36:119
chr15	60678298	rs11855679	T	A	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.03;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,65:0.58:112
chr15	60678328	rs11858864	C	T	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,66:0.56:117
chr15	60678350	rs7182242	T	C	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=-1.127;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,62:0.55:113
chr15	60689877	rs12904258	A	G	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=19;PP=908;SC=AGGGCTTCTTAGAGAAGCCCG;SOR=2.468;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=41;WE=60689885;WS=60689867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	60689927	rs12904756	G	C	2887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=59;PP=1967;SC=CCGGCCCGAGGGCCGGTGGCC;SOR=1.262;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=44;TCR=60;TR=103;WE=60689935;WS=60689917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr15	60690089	rs12904657	A	G	5242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=93;NR=85;PP=2742;SC=CAGCGTCTCCACACCCCGCTA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=93;TCR=85;TR=178;WE=60690097;WS=60690079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr15	60720488	rs59228235	T	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=137;ReadPosRankSum=0.355;SC=TACAACTTTATCCTTCCTATG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=11;WE=60720496;WS=60720478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr15	60724118	rs12437617	C	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=96;ReadPosRankSum=0.726;SC=AGCAAAATGCCTAAAAAATAC;SOR=0.976;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=10;WE=60724126;WS=60724108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr15	60724317	rs60675189	T	TA	125	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=239;SC=ATACAAAAAATCTGAAACTTA;SOR=3.258;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=60724325;WS=60724307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	60728475	.	G	GA	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.597;QD=2.67;ReadPosRankSum=-1.498;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr15	60734697	rs1063100	A	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=-4.189;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr15	60740915	rs1901993	C	T	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=4;PP=321;SC=ATCAATAGATCGAAAAAATGA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=60740923;WS=60740905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	60742063	rs1869484	G	T	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=736;ReadPosRankSum=0.507;SC=AATTGGTAAAGTATTAGTAAA;SOR=0.584;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=57;WE=60742071;WS=60742053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,68:0.54:127
chr15	60748810	rs7163427	T	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr15	60749073	rs72746688	T	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=33;ReadPosRankSum=1.645;SC=CATGTGACTATGTAATTATTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=60749081;WS=60749063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr15	60771289	rs3743267	A	G	20723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=788;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,787:1.00:787
chr15	60771438	rs11389291	G	GC	2010.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=45;PP=2100;SC=GCAGCGAAGTGCGAGACTGGG;SOR=3.651;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=46;WE=60771446;WS=60771428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	60789798	rs11071539	G	T	4258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr15	60793310	.	TGTCTTAGGAGAAAAACCTAGGTCTTAGGTTTTCCTAAGGTTCTCCTAAGTCCAATAGAAG	T	728.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=6.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.29;ReadPosRankSum=2.140;SOR=1.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr15	60797607	rs7171309	T	C	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=17;PP=949;ReadPosRankSum=0.794;SC=CCTGATGACATTCATTCTTTA;SOR=0.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=85;TCR=33;TR=62;WE=60797615;WS=60797597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,69:0.53:129
chr15	60803741	rs61740274	C	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=465;ReadPosRankSum=0.920;SC=GGTCGCGCTGCTGCTGCTGCA;SOR=0.741;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=35;WE=60803749;WS=60803731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,41:0.44:93
chr15	60807065	rs34783737	A	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=173;ReadPosRankSum=0.576;SC=TGGAGAATTAAACTTGTAGCA;SOR=1.085;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=9;WE=60807073;WS=60807055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr15	60824108	rs10851682	T	C	3293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=50;NR=69;PP=1708;SC=CTTATAAAAGTGTTCCCTGAT;SOR=1.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=50;TCR=69;TR=119;WE=60824116;WS=60824098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr15	61521567	.	A	G	207	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=2;HapScore=3;MGOF=35;MMLQ=23;MQ=57.65;NF=2;NR=7;PP=207;QD=26.8634680608;SC=CGACCGGCGAAAGCAGGAGGG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=61521589;WS=61521557;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	61521579	.	AAA	GAG	334	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=4;HapScore=3;MGOF=35;MMLQ=29;MQ=57.76;NF=2;NR=5;PP=334;QD=55.3525535517;SC=GCAGGAGGGAAAAAGCAGGCG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=61521589;WS=61521557;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr15	62146598	rs17238096	C	T	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=27;PP=885;ReadPosRankSum=-0.981;SC=AGCAGAGTGACTTATAGACAA;SOR=0.768;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=181;TCF=115;TCR=66;TR=70;WE=62146606;WS=62146588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,74:0.36:203
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chr15	62147207	rs2241492	T	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=4.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.618;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
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chr15	62165553	rs17303887	T	C	5472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.89;ReadPosRankSum=0.237;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,146:0.56:262
chr15	62165577	rs17303894	G	A	5436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=65;PP=1706;ReadPosRankSum=0.863;SC=CAACAGAACCGGTGATTCGAG;SOR=0.804;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=232;TCF=121;TCR=111;TR=128;WE=62165585;WS=62165567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,141:0.54:262
chr15	62167017	rs6494299	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.398;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr15	62167897	rs12708469	G	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=185;ReadPosRankSum=-2.210;SC=CCATTTTTCTGTACCTATCCT;SOR=1.058;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=17;WE=62167905;WS=62167887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr15	62169072	rs11071634	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr15	62172907	rs12901055	T	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=115;ReadPosRankSum=-1.628;SC=CAATATCTTGTTGGATTAACT;SOR=1.259;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=8;WE=62172915;WS=62172897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr15	62172985	rs3809517	G	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.848;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=300;ReadPosRankSum=1.358;SC=TCGTTCAAAAGAGGCTGATTT;SOR=1.376;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=22;WE=62172993;WS=62172975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr15	62174894	rs17303915	A	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.531;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,31:0.41:76
chr15	62199342	rs28413840	T	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=-0.981;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr15	62202482	rs10851704	C	T	2888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.953;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=68;PP=1840;ReadPosRankSum=-0.948;SC=GCCTGACAAACTTTCTGGCCA;SOR=0.899;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=250;TCF=125;TCR=125;TR=128;WE=62202490;WS=62202472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,140:0.50:279
chr15	62210274	rs11071639	G	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=-1.212;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr15	62210504	rs11071640	G	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.798;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=267;ReadPosRankSum=-0.541;SC=ATGTAAGTTCGAAAGAAAAAA;SOR=1.688;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=15;WE=62210512;WS=62210494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr15	62211450	rs963024	G	A	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=676;SC=CCATTTCTTGGTACACTGAAA;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=62211458;WS=62211440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	62214607	rs12907567	C	T	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=19;PP=633;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TGTAGTGTCACGTCAGCAACA;SOR=0.866;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=152;TCF=95;TCR=57;TR=54;WE=62214615;WS=62214597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,63:0.38:165
chr15	62217641	rs77585482	T	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=-1.529;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr15	62219231	rs62009109	A	G	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=-1.305;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,61:0.50:121
chr15	62221592	rs28411984	A	C	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=4;PP=783;SC=ATGTTTAAATATAAAAGACTA;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=62221600;WS=62221582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	62223273	rs9788670	C	T	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=2.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.614;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,63:0.41:154
chr15	62228696	rs11071641	G	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=0.917;SC=TACTGAATTAGTTCATACCAC;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=4;WE=62228704;WS=62228689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr15	62228770	rs35523559	A	C	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=415;ReadPosRankSum=0.942;SC=TTTTTTCTCCATAAAGTAAAT;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=28;WE=62228778;WS=62228760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr15	62232796	rs7172838	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.69;ReadPosRankSum=-1.784;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr15	62239304	rs7166891	A	T	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	62239697	rs7172145	C	T	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	62243090	rs10639244	A	AATAT	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=272;SC=ATATAAGGGTAATATAACTTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=62243098;WS=62243080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	62243197	rs11629598	T	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=161;ReadPosRankSum=-0.491;SC=GAAGAGTTAATAATGTGAAGA;SOR=0.646;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=15;WE=62243205;WS=62243187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr15	62244281	rs17238252	C	G	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=152;ReadPosRankSum=0.964;SC=GGAAGAAATTCACACAATGTT;SOR=0.283;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=13;WE=62244289;WS=62244271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr15	62253791	rs2303405	T	C	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.844;NF=14;NR=2;PP=277;ReadPosRankSum=-0.628;SC=AGCATACCTATAAAGTGTAAG;SOR=1.426;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=16;WE=62253799;WS=62253781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr15	62254892	rs12915585	T	C	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.084;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=568;ReadPosRankSum=1.220;SC=CATTTTACAATAGAAGCTCAT;SOR=1.082;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=33;WE=62254900;WS=62254882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr15	62255172	rs17304010	A	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=302;ReadPosRankSum=-0.560;SC=TCAACTCCCAATGGATAAATA;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=18;WE=62255180;WS=62255162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr15	62259637	rs3784634	C	T	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	62259772	rs3784633	C	T	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	62265507	rs11071645	G	A	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=315;SC=AAGAGACTCAGAGTCACACTA;SOR=1.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=62265515;WS=62265497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	62270765	rs3784632	G	A	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.056;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=347;ReadPosRankSum=-0.187;SC=ATATATACACGTATATTACAC;SOR=1.391;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=28;WE=62270773;WS=62270755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr15	62283098	rs34042779	T	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.783;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr15	62302886	rs12916410	G	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.02;ReadPosRankSum=-2.794;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr15	62304420	rs71431422	GACAC	G	677.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.74;MQRankSum=0.605;QD=33.86;ReadPosRankSum=1.833;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,18:0.90:20
chr15	62312840	rs4143844	A	C	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=493;ReadPosRankSum=0.928;SC=AGGTTAAGCCATACAACCCAA;SOR=0.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=32;WE=62312848;WS=62312830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,34:0.45:76
chr15	62327127	rs2414758	T	C	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=642;ReadPosRankSum=-0.896;SC=TGTGATGTTATTGAATGGTTA;SOR=0.576;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=50;WE=62327135;WS=62327117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,57:0.61:94
chr15	62336279	rs17271312	T	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr15	62352374	rs11639147	A	G	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=243;ReadPosRankSum=-0.097;SC=GGGGAGTCTCAGGCGGCGCAG;SOR=0.452;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=21;WE=62352382;WS=62352364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr15	62359914	rs12911068	C	T	2503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.665;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=55;PP=1391;ReadPosRankSum=0.449;SC=CTCGCACCACCGCCGCGTGCG;SOR=1.077;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=185;TCF=91;TCR=94;TR=103;WE=62359922;WS=62359904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,119:0.55:216
chr15	62360485	rs146097394	C	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=-2.479;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr15	62456358	rs8040712	A	C	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.60;SOR=1.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	62456487	rs147804873	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr15	62456945	rs8025811	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.67;ReadPosRankSum=1.746;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr15	62534752	.	C	CT	636	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=11;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=11;NR=8;PP=636;QD=33.9473684211;SC=TTTCCCATAACTTTTTTTTTT;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=19;WE=62534772;WS=62534742;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:44,19:0.30:63
chr15	62534763	rs199607552	TA	T	43.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5014;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=390;ReadPosRankSum=1.862;SC=TTTTTTTTTTTAAATTTGGTG;SOR=0.569;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=18;WE=62534772;WS=62534742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,16:0.20:82
chr15	62534764	rs2414766	A	T	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.98;ReadPosRankSum=-1.886;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,66:0.80:82
chr15	62535030	rs1996469	G	A	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=18;PP=833;SC=AAGCCTGGGCGCTCCTGGGGG;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=62535038;WS=62535020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	62539151	rs7402021	T	C	5770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=26;PP=2125;SC=CATCCACCTCTCTGGCATTCT;SOR=1.628;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=104;TCF=73;TCR=31;TR=93;WE=62539170;WS=62539141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr15	62539153	rs59880159	T	TGG	6170.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=28;PP=2936;SC=TCCACCTCTCTGGCATTCTAA;SOR=1.646;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=71;WE=62539170;WS=62539141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr15	62539162	rs2955803	A	C	6688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=43;PP=2906;SC=CTGGCATTCTAAGCCATCCCC;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=89;TCR=44;TR=131;WE=62539170;WS=62539141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr15	62539185	rs2945418	T	C	6481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=128;NR=85;PP=2965;SC=AGCCCTCTGATGCCAGTCCTG;SOR=1.160;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=129;TCR=85;TR=213;WE=62539193;WS=62539175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr15	62539781	rs2611797	A	G	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=40;PP=1249;SC=GCTGGTTAGCATCAGGGGCTT;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=78;WE=62539789;WS=62539771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	62936830	rs11852582	C	T	2485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=1.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	62939440	rs938979	T	C	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=10;PP=694;SC=ATTATTATCGTGAACATCAGG;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=62939448;WS=62939430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	62944448	rs10775179	G	C	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=11;PP=331;SC=TTAACACGCCGAGTTCTGCCT;SOR=3.126;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=62944456;WS=62944438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	62967342	rs1878785	A	G	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr15	62967395	rs1878784	C	T	3440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr15	62967554	rs1878783	T	C	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	62979016	rs12917611	A	C	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=21;PP=444;SC=GCAGAGGGCAAGGAGAGCACT;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=62979024;WS=62979006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	62989775	rs8034474	T	C	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=14;PP=866;SC=GTGCCTCTTTTAGTTGGCCTT;SOR=1.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=62989783;WS=62989765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	62991210	rs9630428	C	T	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=22;PP=634;SC=TGAGTCTTTGCCTCTCAGTTG;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=62991218;WS=62991200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	62994428	rs12594220	G	C	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=174;SC=CAATCACTCAGGTTCTGATGG;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=62994436;WS=62994418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	63009733	rs938983	A	G	3753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr15	63009804	rs1320191	C	T	4903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr15	63014548	rs10775181	A	G	2488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	63030398	rs12900862	T	C	5414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=80;PP=2965;SC=TGCTTCTCTCTCTCCACGAAT;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=106;TCR=80;TR=185;WE=63030406;WS=63030388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr15	63044379	rs7171264	A	G	3088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=25;PP=2054;SC=AATCCAAATAAAGGAGAAAAT;SOR=1.938;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=75;TCR=25;TR=100;WE=63044387;WS=63044369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	63044637	rs7176359	A	G	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.691;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=774;ReadPosRankSum=0.203;SC=GTAAGGGGCTAGTCCCGATGC;SOR=0.434;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=51;WE=63044645;WS=63044627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,60:0.55:110
chr15	63047778	rs8033767	C	T	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.686;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,110:0.56:197
chr15	63047793	rs4775538	C	T	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=41;PP=1362;ReadPosRankSum=-1.809;SC=CCTGCCGCATCGCCTCATCCA;SOR=0.696;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=207;TCF=119;TCR=88;TR=95;WE=63047801;WS=63047783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,100:0.45:222
chr15	63054439	rs2030040	C	G	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=14;PP=941;SC=GTCTTCGACCCTGACTTTGAT;SOR=1.576;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=56;WE=63054447;WS=63054429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	63055658	rs10152548	T	A	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=1;PP=378;SC=GAGGTGACTGTGTCAGGGAGG;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=63055666;WS=63055648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	63063141	rs34815657	C	CT	589.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.573;QD=7.46;ReadPosRankSum=-1.406;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,49:0.62:79
chr15	63075920	rs202118499	CTGTGTG	C	1139.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.7950;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=8;PP=877;SC=GCGTTTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=1.302;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=16;WE=63075937;WS=63075910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	63336100	.	T	C	3765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=1.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.61;ReadPosRankSum=2.122;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,188:0.53:355
chr15	63340416	rs73431508	A	G	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.033;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,57:0.43:132
chr15	63340607	rs4075047	T	C	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.780;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=366;ReadPosRankSum=2.599;SC=CCCTGGAGGCTGCGACTTCCG;SOR=1.075;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=38;WE=63340615;WS=63340597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,47:0.51:92
chr15	63340647	rs4374117	A	G	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=24;PP=729;SC=GGGCGCCGCCATCGCACAGAG;SOR=1.154;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=63340655;WS=63340637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	63340989	rs148517607	C	CG	1852.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.414;NF=10;NR=19;PP=1644;ReadPosRankSum=0.887;SC=GCTTCCCCCCCCGCAGGCCCC;SOR=0.613;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=76;TCF=18;TCR=58;TR=29;WE=63340998;WS=63340979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,52:0.36:146
chr15	63340990	rs117389407	C	T	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.349;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.910;NF=23;NR=17;PP=1626;ReadPosRankSum=0.516;SC=CTTCCCCCCCCGCAGGCCCCG;SOR=0.636;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=131;TCF=69;TCR=62;TR=40;WE=63340998;WS=63340979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,53:0.36:148
chr15	63349096	rs4775613	G	A	4077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr15	63351687	rs4775614	A	G	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=11;PP=963;SC=AAGCCTCACAAGCCACAGCAG;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=63351695;WS=63351677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	63351840	rs1071646	C	A	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=41;PP=1414;SC=TGAAAGAGGCCAAGCACATTG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=72;WE=63351848;WS=63351830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	63353760	rs4774472	C	A	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=17;PP=1308;SC=TCCTGGAAAACCTAAACATTT;SOR=2.105;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=65;WE=63353768;WS=63353750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	63358246	rs7668	G	T	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.429;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,57:0.50:115
chr15	63363401	rs201620283	C	CATTTTGTTTT	2623.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=54;PP=2304;SC=CACATTCTTTCGTTTTGTTTT;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=0;TCR=54;TR=54;WE=63363409;WS=63363391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	63413997	rs8182083	C	T	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=6;PP=306;SC=CCGCCCCCTGCCCTTCCCTCC;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=63414005;WS=63413987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	63414083	rs34317102	A	C	1987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	63414723	rs189796619	TGG	CTC	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.82;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	63419699	rs34536322	A	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=309;ReadPosRankSum=-0.636;SC=AAAAGAAGGCAAAAGTAATGA;SOR=0.960;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=20;WE=63419707;WS=63419689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr15	63433766	rs2729835	G	A	6121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=100;PP=2965;SC=GTTGTGGAAAGGAAACAAACG;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=118;TCR=101;TR=218;WE=63433774;WS=63433756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr15	63434110	rs8468	C	T	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=15;PP=375;SC=TAGAGTATAACTGAATGCAGA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=63434118;WS=63434100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	63449543	rs7170846	A	C	6749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=139;NR=74;PP=2965;SC=TCCGTCCCATATGACTCTCGG;SOR=1.221;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=139;TCR=74;TR=213;WE=63449551;WS=63449533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr15	63449680	rs2292038	C	G	8164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=124;NR=141;PP=2965;SC=GATCTGCGCTCGGCATCAACT;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=265;TCF=124;TCR=141;TR=265;WE=63449688;WS=63449670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr15	63515946	rs11632192	A	G	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=310;SC=GTTAAGTGACACATGACTGTA;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=63515954;WS=63515936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	63516266	rs17828874	G	C	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=21;PP=590;SC=TCAAAACAAGGAAATGCTTAT;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=63516274;WS=63516256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	63554824	rs72363505	GTA	G	734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=4;PP=556;SC=ATATATATGTGTATATATATA;SOR=1.508;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=63554833;WS=63554814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	63570441	.	G	GA	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=2.139;QD=2.39;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr15	63632425	rs148708737	A	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=0.812;SC=TGATTGTGATATGGAGGATGA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=5;WE=63632433;WS=63632415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr15	63639016	rs2270764	A	G	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=12;PP=290;SC=TCTTTTCTGAATCCCCGGAGG;SOR=1.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=63639024;WS=63639006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	63822709	rs141265605	A	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=41;ReadPosRankSum=0.285;SC=ATGGAGTTTCACCATTTTACC;SOR=0.859;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=63822717;WS=63822699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr15	63837058	rs62011333	G	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.441;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=306;ReadPosRankSum=-0.196;SC=GACATTGTGGGGACCATCAAA;SOR=1.051;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=18;WE=63837066;WS=63837048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr15	63848805	rs3751043	C	G	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	63901113	rs1131647	A	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr15	63908587	rs62012820	G	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.122;NF=18;NR=9;PP=333;ReadPosRankSum=-0.616;SC=TGTGCATATAGGACGTCAACA;SOR=0.542;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=27;WE=63908595;WS=63908577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr15	63915786	rs11630290	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=24;ReadPosRankSum=-0.158;SC=GTATCACTAACAGCATCACTT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=4;WE=63915794;WS=63915783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr15	63918307	rs1140422	G	C	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.512;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=34;PP=529;ReadPosRankSum=-0.314;SC=CCCCATACTGGGGGGGCACTG;SOR=1.093;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=110;TCF=44;TCR=66;TR=53;WE=63918315;WS=63918297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,57:0.49:117
chr15	63921152	rs35700814	CT	C	132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=13.27;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	63922752	rs10851731	T	A	6559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.829;SC=CCACATCTTCTATGATTACTC;SOR=0.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=104;TCR=118;TR=220;WE=63922760;WS=63922742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,250:1.00:251
chr15	63925061	rs62012830	T	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=192;ReadPosRankSum=-2.094;SC=AAAAAATCACTCTTGAATTTG;SOR=1.218;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=14;WE=63925069;WS=63925051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr15	63927155	rs17766325	T	G	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.713;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=299;ReadPosRankSum=-1.333;SC=AATCTGCCATTTTTGGTATTA;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=21;WE=63927163;WS=63927145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr15	63932513	rs2228517	G	C	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=35;PP=1151;ReadPosRankSum=-0.368;SC=CAGGGTCAGGGAGACAGTTCT;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=75;TCR=60;TR=81;WE=63932521;WS=63932503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,92:0.62:149
chr15	63935149	rs10519223	A	G	2637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.772;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,128:0.54:235
chr15	63937209	rs2229749	C	G	9215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr15	63941906	rs138962471	G	GT	895.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=569;ReadPosRankSum=0.022;SC=TCAGCTAGACGTAAGTGCAGT;SOR=0.948;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=15;WE=63941914;WS=63941896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr15	63946203	rs17185876	G	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=311;ReadPosRankSum=-1.378;SC=GTATGTGTACGTGTGAAAGAG;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=18;WE=63946211;WS=63946195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr15	63953153	rs2272209	A	G	2793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	63954029	rs2228511	C	T	4950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=100;NR=58;PP=2701;SC=ACAGGTAGTACGGATTTCCAC;SOR=1.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=100;TCR=58;TR=158;WE=63954037;WS=63954019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr15	63958105	rs10152174	A	G	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=683;ReadPosRankSum=0.126;SC=AAGTACAGAAACTGGAATTTC;SOR=0.594;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=80;TCR=41;TR=51;WE=63958113;WS=63958095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,56:0.42:132
chr15	63958762	rs1815130	T	C	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=9;PP=300;SC=CCTAGTATTGTCCAAGTTTAA;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=63958770;WS=63958752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	63961855	rs76114496	T	C	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=281;ReadPosRankSum=-0.120;SC=GTGCCCGACGTGTGGGAAGTA;SOR=0.512;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=31;WE=63961863;WS=63961845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
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chr15	64011104	rs7176133	T	C	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.780;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=575;ReadPosRankSum=1.134;SC=AATCTGAAAATAAAAATGATG;SOR=0.838;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=45;WE=64011112;WS=64011094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,50:0.53:94
chr15	64015330	rs62012365	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=330;ReadPosRankSum=-0.090;SC=ATATATTTGCGAGCATTATGA;SOR=0.468;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=22;WE=64015338;WS=64015320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr15	64017798	rs11632718	A	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=0.283;SC=CCGTACTGCAATAAGATACTG;SOR=0.260;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=6;WE=64017806;WS=64017788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr15	64019758	rs113752258	T	TA	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=80;ReadPosRankSum=-0.328;SC=TTAGGATAGATAGACTCCAAT;SOR=1.022;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=3;WE=64019766;WS=64019748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr15	64020073	rs9920746	C	T	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=12;PP=313;SC=GGGACAATTGCTTCAAATGAA;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=64020081;WS=64020063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	64039050	rs8034675	T	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=193;ReadPosRankSum=-2.575;SC=GTTGAATATATTGTATAGCTA;SOR=0.327;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=19;WE=64039058;WS=64039040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr15	64039879	rs11631436	G	A	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.82;ReadPosRankSum=0.056;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,50:0.49:102
chr15	64048990	rs2271241	T	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=0.446;SC=TCTGTGAGTATCAAAGTATAA;SOR=0.560;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=14;WE=64048998;WS=64048980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
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chr15	64056437	rs3764186	T	C	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=39;PP=928;ReadPosRankSum=-0.141;SC=GGGAGAGACATATGCATTAAA;SOR=0.450;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=128;TCF=51;TCR=77;TR=69;WE=64056445;WS=64056427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,79:0.54:145
chr15	64214954	rs920762	G	C	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.01;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	64215375	rs4776669	G	C	8903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=145;NR=155;PP=2965;SC=ATCCCAGGTCGACCCGAGCCA;SOR=0.918;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=300;TCF=145;TCR=155;TR=300;WE=64215383;WS=64215365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr15	64231578	.	G	GA	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=3.969;QD=0.93;ReadPosRankSum=-1.314;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,16:0.19:84
chr15	64263532	rs6494457	C	A	3375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=32;PP=1874;SC=AAGGGCTGGTCGGCACTGGGC;SOR=1.463;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=70;TCR=32;TR=102;WE=64263540;WS=64263522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr15	64263784	rs7180050	G	A	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=15;NR=47;PP=1385;SC=GCGGGGGGAGGGGAGGCCCAG;SOR=2.517;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=62;WE=64263803;WS=64263774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	64263795	rs7180057	G	A	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=40;PP=1056;SC=GGAGGCCCAGGCCCAGTCAGC;SOR=2.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=50;WE=64263803;WS=64263774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	64275645	rs55986634	G	A	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=6;PP=1026;SC=GGTTGCTGCTGCCCCCTGGGG;SOR=3.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=44;WE=64275653;WS=64275635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	64275867	rs145090475	C	T	5479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=0.290;SC=CCGGCTCGCCCGGCTCTGCCG;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=541;TCF=289;TCR=252;TR=257;WE=64275875;WS=64275857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,276:0.47:585
chr15	64283625	rs7168753	T	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=16;PP=365;SC=CCTCGTTTCATGAGCCTGTTT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=64283633;WS=64283615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	64365340	rs4622459	C	T	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=433;ReadPosRankSum=-1.116;SC=GAACTTAAACCTGTTTTTGGC;SOR=0.563;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=27;WE=64365348;WS=64365330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr15	64367745	rs332233	T	C	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=4;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=377;ReadPosRankSum=0.607;SC=AACTGGAAAGTGGGAAAAAAA;SOR=0.239;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=14;WE=64367756;WS=64367735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr15	64367748	rs35387822	G	GA	471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.85;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr15	64367775	rs332234	T	C	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.04;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	64367852	.	CT	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=2.943;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr15	64385851	rs332259	T	C	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=13;PP=1484;SC=TACCATAAACTTCTAGCGCTT;SOR=2.537;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=53;TCR=14;TR=65;WE=64385859;WS=64385841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	64404958	rs376284102	CA	C	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=4.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=0.614;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,15:0.25:60
chr15	64410484	rs2290117	G	T	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=2.600;SC=TTTAGATATTGAGGACTGTGT;SOR=0.922;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=14;WE=64410492;WS=64410474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr15	64418221	rs2290119	C	G	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=352;ReadPosRankSum=-0.286;SC=GGATGACTTTCAAGATACCAT;SOR=0.904;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=23;WE=64418229;WS=64418211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr15	64418397	rs1130603	G	A	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=-1.028;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,69:0.51:136
chr15	64418483	rs2290121	C	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=216;ReadPosRankSum=0.190;SC=AAAATTCACTCACTGTTCAGT;SOR=0.776;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=17;WE=64418491;WS=64418473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chr15	64428657	rs2290122	G	A	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=834;ReadPosRankSum=-0.055;SC=TGCTTGTTTTGGGAGTACTCT;SOR=0.748;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=157;TCF=76;TCR=81;TR=65;WE=64428665;WS=64428647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,72:0.43:168
chr15	64445681	rs34975001	GC	G	1071.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.162;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.878;NF=7;NR=21;PP=967;ReadPosRankSum=-0.524;SC=GGGTGGAGGGGCTTTTTTTTG;SOR=1.418;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=28;WE=64445689;WS=64445671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr15	64448365	rs2253557	C	T	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=28;PP=786;SC=AAGGTGGAAGCAGGAGGGCAT;SOR=1.480;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=64448373;WS=64448355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	64496611	.	TAA	T	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-1.429;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr15	64508763	rs6494466	G	A	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=709;ReadPosRankSum=0.017;SC=CAACTTACCAGCTGGATGGCT;SOR=0.810;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=137;TCF=88;TCR=49;TR=56;WE=64508771;WS=64508753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,66:0.42:156
chr15	64675313	rs11635527	C	T	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=7;PP=157;SC=ATGAATTGCTCGAACTTAGAA;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=64675321;WS=64675303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	64679594	rs112815338	A	T	3139.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr15	64689981	rs35103547	A	G	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.173;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=747;ReadPosRankSum=-0.380;SC=TCTGTGAACAAGAAGGCTCAG;SOR=0.523;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=115;TCF=58;TCR=57;TR=61;WE=64689989;WS=64689971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,72:0.54:134
chr15	64693149	rs11380356	G	GT	1062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.69;ReadPosRankSum=-0.460;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr15	64706259	rs2046356	G	A	2882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=28;PP=1732;SC=ACCAATTGTTGCATCCTTTTG;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=69;TCR=28;TR=96;WE=64706267;WS=64706249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr15	64737103	rs7167394	G	C	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=0;PP=291;SC=ATGGAAAGTAGTATCATCAGA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=64737111;WS=64737097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	64737225	rs7167612	G	A	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=18;PP=667;SC=TCAGTCAAGAGTCTGATTCTC;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=64737233;WS=64737215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	64742670	rs7172012	T	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=463;SC=CTCAGAGCTTTGAGTTCCTGC;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=64742678;WS=64742660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	64915106	rs525878	C	T	7749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=132;NR=137;PP=2965;SC=TCTCATCTCCCTGTGAGCAGA;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=269;TCF=132;TCR=137;TR=269;WE=64915114;WS=64915096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr15	64983837	.	AT	A	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=1.414;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr15	65033311	rs6494489	C	T	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.365;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=326;ReadPosRankSum=1.014;SC=GGAGGAACTACGGCCCTTCAG;SOR=0.340;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=75;TCF=48;TCR=27;TR=28;WE=65033319;WS=65033301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,32:0.38:84
chr15	65040928	rs12911708	C	T	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=29;PP=870;SC=CACGTTAAATCGGCCTGTCAT;SOR=2.133;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=39;WE=65040936;WS=65040918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	65041622	rs6494493	C	A	4772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr15	65043677	rs191720575	T	C	3656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=77;PP=1662;ReadPosRankSum=0.511;SC=ATCATCCTGCTGCCCTGCCCG;SOR=0.612;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=368;TCF=200;TCR=168;TR=166;WE=65043685;WS=65043667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,185:0.46:406
chr15	65054533	rs72744744	C	T	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=3;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=13;PP=770;ReadPosRankSum=-0.617;SC=GCCTTGTGCCCCACTAGCTAT;SOR=0.965;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=78;TCF=56;TCR=22;TR=48;WE=65054541;WS=65054523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,55:0.61:90
chr15	65054562	rs57945504	T	TG	4943.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=38;PP=2957;SC=TGGGGATGGGTGCTGGAGCAG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=69;WE=65054579;WS=65054552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr15	65054571	rs71133474	A	AG	5223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=42;PP=2936;SC=GTGCTGGAGCAGGCCCAGCCA;SOR=1.103;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=74;WE=65054579;WS=65054552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr15	65107804	rs74935506	G	T	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.460;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,54:0.53:102
chr15	65108504	rs17802279	A	T	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=592;ReadPosRankSum=0.621;SC=GGCTCAGAGGATTGGGTCCAT;SOR=0.622;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=92;TCF=62;TCR=30;TR=43;WE=65108512;WS=65108494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,54:0.50:108
chr15	65108652	rs6494498	T	C	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=-1.522;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,81:0.50:163
chr15	65108707	rs7180207	G	C	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;ReadPosRankSum=0.111;SC=CTGGGCCGGCGCTCCCTCTGT;SOR=0.851;SbPval=0.63;Source=Platypus;TCF=42;WE=65108715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,48:0.47:103
chr15	65110034	rs5024311	G	T	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=2.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.69;ReadPosRankSum=-0.855;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,64:0.52:123
chr15	65110039	rs5024312	C	T	2566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=2.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.74;ReadPosRankSum=-1.283;SOR=0.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,69:0.53:130
chr15	65110362	rs56057073	G	C	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.644;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=729;ReadPosRankSum=-1.797;SC=GGGGCCTTTGGAGCTTTCCTT;SOR=0.876;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=96;TCF=61;TCR=35;TR=42;WE=65110370;WS=65110352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,47:0.47:99
chr15	65110391	rs55945924	C	T	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=20;PP=870;ReadPosRankSum=0.417;SC=TTTTCTCCCCCCACCATTCCC;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=93;TCR=48;TR=59;WE=65110399;WS=65110381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,65:0.44:149
chr15	65113493	rs1872592	G	A	10679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=212;NR=166;PP=2965;SC=GGAGAGGAGCGTGGGGTGCTT;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=379;TCF=212;TCR=167;TR=378;WE=65113501;WS=65113483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr15	65113764	.	CTTTTT	C	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=12.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=-0.589;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.217;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr15	65114833	rs35204896	G	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.465;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=396;ReadPosRankSum=1.336;SC=AGCTATCTCAGAGCATCCTCC;SOR=3.033;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=20;WE=65114841;WS=65114823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr15	65116328	rs12899195	A	G	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NF=27;SC=CGCGCAGAGGAAAGCAGCGCG;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TCF=27;WE=65116336;WS=65116318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	65140715	rs35048171	C	G	6100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=133;NR=91;PP=2965;SC=GGACACATCCCTTGTGTGACC;SOR=0.985;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=133;TCR=91;TR=224;WE=65140723;WS=65140705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr15	65204285	rs11071820	G	T	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=1.628;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr15	65208227	rs1471834	G	A	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=31;NR=39;PP=1148;SC=AGGGAGGCTCGGGCTCTGTCC;SOR=1.121;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=70;WE=65208235;WS=65208217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	65209718	rs34503100	G	GTGTC	5333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.049;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=36;PP=2583;ReadPosRankSum=1.179;SC=CTGTGTGTACGTGTCTGTCTG;SOR=0.298;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=46;WE=65209726;WS=65209708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,126:0.93:135
chr15	65209818	rs2056496	A	G	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=33;PP=1067;SC=GCAGACATTCAGGTGCAGAGT;SOR=1.131;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=65209826;WS=65209808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	65209880	rs2056497	A	C	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=582;SC=ATTCTGTTTTACTCCTGTACA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=65209888;WS=65209870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	65234869	rs3057944	C	CTT	366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=4.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.344;SOR=0.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,28:0.34:82
chr15	65235776	rs34988193	A	G	2442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.937;NF=52;NR=54;PP=1475;ReadPosRankSum=1.770;SC=CCTGAGAGATAAGGTACCTCT;SOR=0.666;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=190;TCF=96;TCR=94;TR=106;WE=65235784;WS=65235766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,114:0.54:212
chr15	65235861	rs35136467	TC	T	1014.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.913;QD=15.86;ReadPosRankSum=-1.499;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr15	65236875	rs2414865	T	C	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=34;NR=20;PP=694;SC=TGGCAGTGGCTGTCCGCAGCA;SOR=0.886;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=54;WE=65236883;WS=65236865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	65242260	rs67821096	C	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=341;ReadPosRankSum=-0.217;SC=GCAGCAGGGCCCTCCAAGGGC;SOR=0.552;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=29;WE=65242268;WS=65242250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chr15	65268979	rs4776255	C	G	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=185;SC=GACTCAAACACTGACATTTCT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=65268987;WS=65268969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	65273399	rs4776659	T	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=233;ReadPosRankSum=1.151;SC=GTGGAAAACCTTATAAATTTG;SOR=0.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=17;WE=65273407;WS=65273389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr15	65298672	rs4776660	G	A	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=16;PP=472;SC=GGAACAGACCGTAAACATGAC;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=65298680;WS=65298662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	65308981	rs12912782	T	A	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=793;ReadPosRankSum=1.132;SC=CAACTTTTCTTTATGTTCAAA;SOR=0.632;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=79;TCF=17;TCR=62;TR=48;WE=65308989;WS=65308971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,49:0.57:86
chr15	65357558	rs36045000	A	G	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.64;ReadPosRankSum=2.338;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,59:0.58:101
chr15	65369141	rs147079462	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=242;ReadPosRankSum=0.467;SC=AGCCTCCGCCCGGCCAGCTCG;SOR=0.846;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=18;WE=65369149;WS=65369131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr15	65369951	rs2919359	A	G	3209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=55;PP=1484;ReadPosRankSum=-0.933;SC=TCGGCGGCGAATTCCAGAGGA;SOR=0.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=267;TCF=151;TCR=116;TR=129;WE=65369959;WS=65369941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,154:0.49:314
chr15	65370353	rs2919360	T	C	11594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=188;NR=221;PP=2965;SC=TGGTGCGCGGTGACACCGTCT;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=409;TCF=188;TCR=221;TR=409;WE=65370361;WS=65370343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr15	65370652	rs12901617	T	C	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=438;ReadPosRankSum=0.233;SC=ACACCCAGGTTTGGTGCCTTC;SOR=1.036;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=78;TCF=21;TCR=57;TR=25;WE=65370660;WS=65370642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,28:0.35:81
chr15	65449169	rs2946670	C	T	10773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr15	65477364	.	AC	A	541.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=25.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=-1.469;SOR=0.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:310,62:0.17:372
chr15	65489128	rs938952	C	T	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=32;PP=996;ReadPosRankSum=-0.086;SC=ACCACTCCACCCTGGCGCTGG;SOR=0.709;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=154;TCF=90;TCR=64;TR=73;WE=65489136;WS=65489118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,80:0.47:170
chr15	65489688	rs2679117	T	C	22517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=859;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=418;NR=366;PP=2965;ReadPosRankSum=1.267;SC=CCCCACTGTCTGCCGATGAGT;SOR=0.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=788;TCF=418;TCR=370;TR=784;WE=65489696;WS=65489678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,855:1.00:856
chr15	65490901	rs2679118	T	C	9031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=180;NR=111;PP=2965;SC=GTGATGGGCTTTTTCCGACGA;SOR=1.158;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=291;TCF=180;TCR=111;TR=291;WE=65490909;WS=65490891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr15	65540437	rs113977530	C	T	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=616;ReadPosRankSum=-1.259;SC=CCACCGCTCCCGGCCGGATTG;SOR=0.767;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=42;WE=65540445;WS=65540427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr15	65553246	rs2304896	C	T	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=-2.021;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,37:0.45:82
chr15	65558869	rs76739062	C	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=138;ReadPosRankSum=-1.313;SC=CCCTGCTTCCCCACATCAGCA;SOR=1.036;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=16;WE=65558877;WS=65558859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr15	65621138	rs11853777	G	A	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=543;ReadPosRankSum=0.041;SC=GGATAGAAATGCTGGGGAGCC;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=55;TCR=38;TR=47;WE=65621146;WS=65621128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,51:0.51:100
chr15	65621441	rs12907128	C	A	1998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=1.451;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,105:0.52:200
chr15	65621857	rs509652	T	C	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=29;PP=1107;ReadPosRankSum=2.068;SC=CATTTAGGGCTAGAATGCCAG;SOR=0.823;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=165;TCF=106;TCR=59;TR=75;WE=65621865;WS=65621847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,75:0.42:179
chr15	65623124	rs3058049	C	CTCTA	1088.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=1.601;QD=20.16;ReadPosRankSum=-0.601;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr15	65624228	rs686739	G	C	4923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.61;ReadPosRankSum=0.584;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,247:0.53:464
chr15	65667724	rs666623	A	G	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=24;PP=712;SC=ATGCCAGTTCAGCAGAGTGGC;SOR=1.347;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=65667732;WS=65667714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	65681080	rs73478540	C	G	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=801;ReadPosRankSum=0.572;SC=CAGCACTGTTCTCACTGCTGG;SOR=0.514;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=44;WE=65681088;WS=65681070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,52:0.61:85
chr15	65693397	rs667436	T	C	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=594;ReadPosRankSum=-0.936;SC=GCAGCAATGATTCCATCTGTC;SOR=1.038;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=35;WE=65693405;WS=65693387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr15	65703625	rs34355056	C	G	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=689;ReadPosRankSum=-1.968;SC=AGCACTGCAGCCTGCTCTGGG;SOR=0.858;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=92;TCF=41;TCR=51;TR=44;WE=65703633;WS=65703615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,48:0.45:106
chr15	65744267	rs377663509	TA	T	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.725;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.436;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr15	65756072	rs3825891	T	C	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.325;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,75:0.52:145
chr15	65766399	rs8043478	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=73;ReadPosRankSum=-1.483;SC=CCGAGATCACCCCATTGCACT;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=6;WE=65766407;WS=65766389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr15	65771121	rs72739494	T	C	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=21;PP=619;ReadPosRankSum=0.772;SC=AAGCAAGTATTGATGCTTATA;SOR=0.591;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=55;WE=65771129;WS=65771111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,59:0.58:102
chr15	65782451	rs60062953	A	AT	1714.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=8;PP=1401;SC=AAGATTTAGAACTGTGCACTT;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=65782459;WS=65782441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	65804213	rs352478	C	T	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=156;SC=ACATATTTAACATAGGCAGAC;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=65804221;WS=65804203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	65804537	rs352477	A	T	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=383;SC=GTCACTGATTAATTTATTCAT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=65804545;WS=65804527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	65804986	rs9635366	G	A	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.469;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=905;ReadPosRankSum=-1.011;SC=AAAAAAAAGCGGGGGAGTGGG;SOR=0.860;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=111;TCF=44;TCR=67;TR=62;WE=65804994;WS=65804976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,67:0.54:123
chr15	65822823	rs422390	C	G	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=7;PP=851;SC=GCGCGGCCCGCGAGCGTGGGG;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=65822831;WS=65822813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	65847112	.	C	CA	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.834;QD=0.69;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,14:0.21:66
chr15	65856653	rs11539008	G	A	2233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=56;PP=1226;ReadPosRankSum=1.362;SC=GAGTCACTACGTCACCGGTGC;SOR=0.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=103;TCR=123;TR=105;WE=65856661;WS=65856643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,115:0.47:243
chr15	65874368	rs71139418	T	TA	231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
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chr15	65935195	rs12101597	C	G	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=3;PP=541;SC=CCAGGCAGAGCCTTTGATCCA;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=65935203;WS=65935185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr15	65959729	rs12591647	T	C	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.947;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
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chr15	65982628	rs34408949	AC	A	469.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=366;ReadPosRankSum=0.630;SC=TACAAAACTTACATACCCAAT;SOR=0.239;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=10;WE=65982636;WS=65982618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr15	65982677	rs28513670	A	G	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=277;ReadPosRankSum=1.477;SC=AGAATAGTTAAAACGAGTAAG;SOR=0.596;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=21;WE=65982685;WS=65982667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr15	65994034	rs16948954	T	C	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.668;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=367;ReadPosRankSum=0.917;SC=GCATAAATTATTTCTGCCATT;SOR=0.358;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=23;WE=65994042;WS=65994024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr15	65994602	rs28377658	A	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.051;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr15	65998371	rs138329002	G	A	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.46;ReadPosRankSum=1.724;SOR=0.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr15	66007972	rs28687655	A	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.441;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr15	66010379	rs2060454	C	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=-0.700;SC=ACTCACAAAACACTCATGATG;SOR=0.412;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=13;WE=66010387;WS=66010369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr15	66011630	rs2060455	A	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.344;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr15	66023799	rs28556680	G	T	6499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=103;NR=128;PP=2965;SC=AACACTATTAGAAAAGTTTCC;SOR=1.001;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=232;TCF=103;TCR=129;TR=231;WE=66023807;WS=66023789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr15	66025010	rs11071849	G	A	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=318;SC=TCCTCATTCAGAATTGTTATT;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=66025018;WS=66025000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	66025275	rs1435126	C	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.325;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=165;ReadPosRankSum=0.988;SC=TTTTGAAATCCCTAATACTAT;SOR=1.371;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=15;WE=66025283;WS=66025265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr15	66044604	rs8033741	A	T	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=3;PP=1029;SC=TCTGTAATTAAACTATGCTGT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=51;WE=66044612;WS=66044594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	66257236	rs36088570	C	CA	424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.969;NF=8;NR=2;PP=274;ReadPosRankSum=-1.232;SC=CGCCCATTCCCAGCTCATACC;SOR=1.022;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=10;WE=66257244;WS=66257226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr15	66257408	rs333550	T	C	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	66274690	rs551474	T	C	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=30;PP=1034;SC=GGGTGCCAGGTGCGCAGAGCT;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=70;WE=66274698;WS=66274680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	66386853	rs7168565	G	A	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.513;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=444;ReadPosRankSum=0.286;SC=ATGGGGAGAGGGAGGAAGAAC;SOR=0.606;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=37;WE=66386861;WS=66386843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,41:0.32:130
chr15	66587581	rs80126717	G	A	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=811;ReadPosRankSum=-0.502;SC=TATTTTGTCAGAAGGGACTTT;SOR=0.646;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=102;TCF=36;TCR=66;TR=53;WE=66587589;WS=66587571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,59:0.53:111
chr15	66599153	rs74657671	G	T	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.900;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=26;PP=849;ReadPosRankSum=-1.267;SC=TTTCTCCTCCGTGTCACAGAC;SOR=0.707;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=151;TCF=85;TCR=66;TR=63;WE=66599161;WS=66599143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,73:0.42:173
chr15	66601254	rs8025589	G	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.028;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=1.226;SC=AGATCCCTTTGGTAACACAGA;SOR=0.191;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=13;WE=66601262;WS=66601244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr15	66604032	rs28616181	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.03;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr15	66612818	rs750295	A	C	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=0.269;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr15	66612965	rs17851970	T	C	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=36;PP=777;ReadPosRankSum=-0.555;SC=TGTATCCAAATGGACATTTTG;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=102;TCR=81;TR=81;WE=66612973;WS=66612955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,90:0.43:208
chr15	66618342	rs3803412	A	G	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=33;PP=985;ReadPosRankSum=-3.369;SC=AAAGACTTGGATGAGAAGAGC;SOR=0.699;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=169;TCF=91;TCR=78;TR=74;WE=66618350;WS=66618332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,87:0.44:197
chr15	66621382	rs35711894	G	A	2869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.420;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=61;PP=1520;ReadPosRankSum=1.768;SC=AGGCTACTGCGCTCCATGGCC;SOR=0.696;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=276;TCF=145;TCR=131;TR=130;WE=66621390;WS=66621372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,144:0.48:298
chr15	66644263	rs62627278	T	TA	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=209;ReadPosRankSum=-0.880;SC=AGGCGTGAGCTACCACGCCCA;SOR=0.631;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=6;WE=66644271;WS=66644253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr15	66644521	rs9806123	C	G	2751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr15	66645341	rs28614039	A	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=266;ReadPosRankSum=-1.198;SC=AATAGTCTCCACTATATAGAC;SOR=0.745;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=23;WE=66645349;WS=66645331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr15	66679601	rs112542693	G	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=90;ReadPosRankSum=1.468;SC=TTGGTCCTGCGCAGCGGGCGC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=7;WE=66679609;WS=66679591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr15	66679798	rs56149436	C	G	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.10;ReadPosRankSum=2.281;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,67:0.62:108
chr15	66694431	rs16949879	A	G	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=27;PP=743;SC=TGTGGTTACTACATTGTTCCA;SOR=3.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=66694439;WS=66694421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	66727597	rs16949924	G	C	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	66727689	rs368099654	A	ATT	365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.29;ReadPosRankSum=-0.633;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr15	66735551	rs6494573	C	T	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=13;PP=589;SC=CAGCCACAGCCGAAAGTTATC;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=66735559;WS=66735541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	66745890	rs7169326	G	A	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=21;PP=753;SC=CAGTGAGTAGGTGATTCCTGG;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=51;WE=66745898;WS=66745880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	66792761	rs28706938	A	G	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.48;ReadPosRankSum=0.918;SOR=0.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr15	66793480	rs11071895	C	T	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=17;PP=657;SC=AGCCTGTATTCCAACAAAAGA;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=66793488;WS=66793470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	66793677	rs12101954	G	C	2309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=33;PP=1240;SC=GACTTGCAGAGTATACCTAGT;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=75;WE=66793685;WS=66793667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	66794298	.	G	GA	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=2.096;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.043;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr15	66795937	rs28673176	C	T	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	66795980	rs8043062	A	G	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=1.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	66796911	rs139436991	GC	G	1407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=2;PP=1380;SC=TTCCACTACTGCTTCCCGGCG;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=32;WE=66796919;WS=66796904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	66806308	rs4238406	C	T	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	66806517	rs4420479	G	A	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=83;SC=AATCAGCATCGGTGAAAATGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=66806525;WS=66806507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	66815908	rs28509265	A	G	57.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	66816183	rs6494579	C	G	126.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=104;SC=CTCAAAACTTCTTCAGATGTT;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=66816191;WS=66816173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	66821174	rs6494580	G	C	3908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=47;PP=2350;SC=TTCTCTGAAGGTTGCTTCTTT;SOR=1.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=86;TCR=47;TR=133;WE=66821182;WS=66821164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr15	66824526	rs4488397	A	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=4;PP=547;SC=CTTCTCTTTTACTTGTTGGGT;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=66824534;WS=66824516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	66874670	rs8041988	C	T	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.830;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,56:0.47:120
chr15	66956824	rs7178388	A	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=8;PP=196;SC=TATTTGTTTTATTATTATTGT;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=66956832;WS=66956814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	66976149	rs2414910	G	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=226;ReadPosRankSum=-0.605;SC=TCCAAAGGGAGCTCTGTCCCA;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=9;WE=66976166;WS=66976139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr15	66976158	rs2439420	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=0;PP=48;ReadPosRankSum=1.143;SC=AGCTCTGTCCCAGCCCCGTGT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=2;WE=66976166;WS=66976139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr15	66976250	rs2439421	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.075;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=47;ReadPosRankSum=-0.666;SC=TTATTTGCAAGAGTGTGGGAA;SOR=1.574;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=7;WE=66976258;WS=66976240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr15	67003841	rs2245159	C	T	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=588;SC=CCCAAGCCTGCGGCTTTAACT;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=67003849;WS=67003831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	67008737	rs2278604	C	A	1696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.517;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,85:0.53:159
chr15	67224274	rs4776331	A	G	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=211;SC=CTGGGGGGAGATAATATGCCT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=67224282;WS=67224264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr15	67234340	rs7183187	G	A	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=-1.635;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,67:0.48:140
chr15	67358478	rs1061427	G	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr15	67391394	rs5813427	GT	G	2861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=35;PP=1673;SC=CCTTTCTGTGGTTGCCGCCCT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=41;WE=67391402;WS=67391384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	67391497	rs1866319	C	A	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=390;SC=CTCTTGTTCACAGTCACAGGG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=67391505;WS=67391487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	67430223	rs1866318	T	C	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=4;PP=507;SC=TTGGATTTCTTCTGTCTGGGT;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=67430231;WS=67430213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	67457335	rs1065080	A	G	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=433;ReadPosRankSum=0.655;SC=ACCACGAGCTACGGGCCATGG;SOR=0.843;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=34;WE=67457343;WS=67457325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,41:0.43:95
chr15	67457485	rs2289261	G	C	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.339;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;ReadPosRankSum=1.010;SC=ACCTCTCCCCGGCTCCCCATC;SOR=0.968;Source=Platypus;TCF=123;WE=67457493;WS=67457475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,81:0.49:167
chr15	67459013	rs7179893	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=254;ReadPosRankSum=1.167;SC=CCTACAGCCACGGATGCTAGC;SOR=1.127;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=13;WE=67459021;WS=67459011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr15	67528374	rs7173826	T	G	3957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=96;PP=2438;ReadPosRankSum=1.008;SC=CCATGTTTGATGCACCATTCT;SOR=0.745;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=373;TCF=182;TCR=191;TR=181;WE=67528382;WS=67528364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,197:0.48:410
chr15	67596815	rs10438290	T	G	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=37;PP=1122;SC=GTTGTTTTAATGAGCTCTTAT;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=64;WE=67596823;WS=67596805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	67692502	rs7495023	T	C	5107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr15	67768151	rs3985641	G	C	3343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=3.076;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.95;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=0.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr15	67782440	rs10574862	AGGAAAT	A	2018.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=772;SC=CAATAAGCTAAGGAAATAGAC;SOR=1.203;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=14;WE=67782453;WS=67782430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	67813864	rs200367683	C	T	6057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=0.166;SC=TACCACTGCTCCAAGGCTCCC;SOR=0.635;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=533;TCF=261;TCR=272;TR=272;WE=67813872;WS=67813854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,294:0.51:572
chr15	67872983	rs7172298	T	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=5;PP=278;SC=TCAAGGCTGATATGTATATAC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=67872991;WS=67872973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	67879418	rs28730805	G	A	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=296;SC=TTTAGACTGGGTGCTGAGAAG;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=13;WE=67879426;WS=67879408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	67885058	rs28637534	T	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=51;SC=TTATTGCTTTTGATTACTAAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=67885066;WS=67885048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	67951228	rs5813451	GA	G	4543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=125;PP=2626;SC=AACTTCTTCTGAAAAAAAAAT;SOR=1.598;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=143;TCF=6;TCR=137;TR=131;WE=67951236;WS=67951218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr15	67962763	rs35395156	A	G	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=26;PP=859;SC=TTTAGCAAACAAAGACCTGTG;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=54;WE=67962771;WS=67962753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	67984705	rs4343227	G	A	3768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=35;PP=2489;SC=ATTTCGGATTGAGCAGATGAT;SOR=1.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=95;TCR=35;TR=130;WE=67984713;WS=67984695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr15	67984746	rs367827973	G	T	2516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,121:0.52:233
chr15	67985720	rs66548496	TA	T	200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=75;SC=ATTGCCTTTGTAGATAAATTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=67985728;WS=67985710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	67985931	rs8034680	T	C	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	68040775	rs28730809	G	A	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=18;PP=853;SC=GAGCATCAATGTTTTTATAAG;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=42;WE=68040783;WS=68040765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	68041070	rs8037011	A	G	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=27;PP=696;SC=GCTCTGAGCTATGTTACGTGA;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=68041078;WS=68041060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	68124665	rs72751453	C	A	3891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=71;PP=2219;SC=GAAGCTGGAACGGGAATTTCA;SOR=1.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=54;TCR=71;TR=125;WE=68124673;WS=68124655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr15	68346549	rs11855475	T	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=0;PP=553;SC=GGGCGGAGGCTAGAGGCGGGC;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=22;WE=68346557;WS=68346539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	68434211	.	G	GT	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.188;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr15	68445912	rs11633620	T	A	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	68468695	rs12438361	T	C	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=7;PP=1083;SC=GGTTTTCTACTCTCTGGCTCC;SOR=2.604;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=51;WE=68468703;WS=68468685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	68522105	.	A	AGGGAGGCGGG	182.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=71;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=1;NR=2;PP=660;SC=AGCGGAGCGGAGCGGAGCGGA;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=3;WE=68522113;WS=68522095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr15	68583175	rs6494729	T	C	8113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=156;NR=122;PP=2965;SC=TGGCTGTCAATTCCAATACTC;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=156;TCR=122;TR=278;WE=68583183;WS=68583165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr15	68603625	rs898591	C	T	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=45;PP=1325;SC=AGGCCATCACCACCTCGTCCG;SOR=1.525;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=72;WE=68603633;WS=68603615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	68605067	rs4776394	A	C	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	68605169	rs4777035	G	A	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=32;PP=1085;SC=CGAGCTGTTGGGCTTGACCTC;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=65;WE=68605177;WS=68605159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	68609833	rs1516871	T	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=18;PP=383;SC=TATGAAAGCCTGGACCACAGC;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=68609841;WS=68609823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	68612385	rs35808090	C	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.209;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=1.639;SC=ACCTCAGCCTCCCAAAGTGCT;SOR=0.117;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=14;WE=68612393;WS=68612375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr15	68618961	rs2271722	T	C	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=33;PP=1714;SC=CTATAGGAGCTTGGGCTCTGC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=93;WE=68618969;WS=68618951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr15	68624175	rs7167822	C	T	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=5;PP=744;SC=TTGCTCCATCCGCTTCCCCAG;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=68624183;WS=68624165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	68624290	rs2292745	G	A	2351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=2.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.05;ReadPosRankSum=1.855;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,118:0.50:234
chr15	68624396	rs7168069	A	C	3235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=1.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr15	68624641	rs6494733	A	C	11655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=214;NR=181;PP=2965;SC=GGTTGGGGGCACCTGAGAAGC;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=397;TCF=215;TCR=182;TR=395;WE=68624649;WS=68624631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr15	68628143	rs2306023	C	T	9592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=136;NR=184;PP=2965;SC=CCACGTACACCCGCCCCTGCC;SOR=1.124;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=320;TCF=136;TCR=184;TR=320;WE=68628151;WS=68628133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr15	68631740	rs2125998	A	G	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=4;PP=1040;SC=GAATATACACAGCAGGCCCCT;SOR=4.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=47;TCR=4;TR=51;WE=68631748;WS=68631732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	68641362	rs61119953	AG	A	1605.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=39;PP=1099;SC=CTCTCTTTCGAGGGGGGGCTC;SOR=2.628;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=39;WE=68641370;WS=68641352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	68643772	rs72743242	A	G	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=38;PP=1056;ReadPosRankSum=-0.919;SC=AGGGTCATGAAAGGTAAGTGG;SOR=0.682;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=119;TCF=49;TCR=70;TR=66;WE=68643780;WS=68643762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,71:0.54:132
chr15	68649356	rs72743257	T	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=-1.658;SC=CCAGTCAAACTCCAGAATTTT;SOR=0.105;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=68649364;WS=68649346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr15	68649587	rs12907890	G	A	4980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=80;PP=2651;SC=ACCTGTAGTCGTTGAGGTGAA;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=86;TCR=80;TR=166;WE=68649595;WS=68649577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr15	68650648	rs55740555	T	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=51;ReadPosRankSum=-0.103;SC=TGAGCTGCAGTGCCCCAGTGC;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=7;WE=68650656;WS=68650638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr15	68654052	rs2306018	G	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=133;ReadPosRankSum=1.000;SC=CCTGGGGAGGGCAGTGCAGAT;SOR=0.392;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=12;WE=68654060;WS=68654042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr15	68656855	rs2306014	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.960;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=711;ReadPosRankSum=-0.200;SC=CCCTGCCACCCGGAATGGCAT;SOR=1.628;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=17;WE=68656872;WS=68656845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr15	68656864	rs2306013	A	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.535;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=597;ReadPosRankSum=0.499;SC=CCGGAATGGCATAAGCAGGGA;SOR=1.096;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=18;WE=68656872;WS=68656845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr15	68656960	rs2306012	A	G	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.618;NF=22;NR=28;PP=605;ReadPosRankSum=-1.215;SC=CAGGATGGACATGAGGGTGTG;SOR=0.625;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=48;TCR=64;TR=50;WE=68656968;WS=68656950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,69:0.48:143
chr15	68695448	rs4777049	T	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.195;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=475;ReadPosRankSum=1.947;SC=TCAGGACCCATTGGCAGGTCA;SOR=1.136;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=27;WE=68695456;WS=68695438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr15	68724262	rs2305078	G	C	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=267;ReadPosRankSum=0.008;SC=CTGGGAGGAGGGTCGCGTCCC;SOR=0.612;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=29;WE=68724270;WS=68724252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr15	68937441	rs2291534	C	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=4;PP=704;ReadPosRankSum=0.984;SC=AGAGCCCAGCCGAGGCCCTTC;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=60;TCR=8;TR=35;WE=68937449;WS=68937431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr15	68987315	rs11072043	A	C	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=0;PP=523;SC=TGTGGCCCAGACTGACTTGGC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=68987323;WS=68987305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	68987341	rs7359311	A	G	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=4;PP=972;SC=AGGGCCCAAAAACAAAAATAA;SOR=3.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=68987349;WS=68987331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	68987450	rs149581487	TTC	T	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.558;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,25:0.11:232
chr15	69003788	rs71402285	G	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=189;ReadPosRankSum=1.275;SC=TGCATGGGGCGCTTCTCCCAG;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=12;WE=69003796;WS=69003786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
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chr15	69011119	rs33913544	C	T	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=768;ReadPosRankSum=1.611;SC=AGGGCCTGATCGAGCCCATCT;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=46;TCR=56;TR=55;WE=69011127;WS=69011109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,62:0.56:111
chr15	69011389	rs1491640	A	C,G	4014.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=43.64;SOR=1.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,40,52:0.43,0.57:92
chr15	69011389	.	AGTGAC	CGTGAT,GGTGAT	755	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=27,37;NR=10,10;PP=532,755;QD=15.8234560774;SC=GAGCAGGTAGAGTGACTGGAG;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=89;TCF=68;TCR=21;TR=37,47;WE=69011402;WS=69011379;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.42:89
chr15	69011394	rs1491639	C	T	4409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.81;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	69011918	rs55921407	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.249;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=-1.963;SC=ATTACCTCCACAGGCCCTGGA;SOR=1.082;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=18;WE=69011926;WS=69011908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr15	69018137	rs117640463	C	T	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=281;ReadPosRankSum=1.221;SC=GTCTCACCTGCTCTCTCCTGG;SOR=0.534;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=24;WE=69018145;WS=69018127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr15	69075474	rs2290428	G	A	3196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=85;PP=1919;ReadPosRankSum=-1.975;SC=CCCTTGTAGCGTCTTCAGTGT;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=324;TCF=149;TCR=175;TR=157;WE=69075482;WS=69075464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,163:0.47:348
chr15	69077032	rs12442034	C	G	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=527;ReadPosRankSum=1.120;SC=AGATAGCATGCGCAGACCATG;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=39;WE=69077040;WS=69077022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,46:0.49:94
chr15	69112946	rs4777089	C	A	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=5.166;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.25;ReadPosRankSum=-0.151;SOR=1.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr15	69112971	rs35802209	G	GCA	2057.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.978;QD=27.81;ReadPosRankSum=1.082;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,65:0.88:74
chr15	69238445	rs3743093	G	A	2607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.396;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=54;PP=1493;ReadPosRankSum=2.069;SC=ACTGGCATTGGGATCTCTACA;SOR=0.791;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=251;TCF=132;TCR=119;TR=108;WE=69238453;WS=69238435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,125:0.45:276
chr15	69325581	rs311893	C	T	7209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=135;NR=113;PP=2965;SC=CCAAGGGCTGCGGCCAGTGCC;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=248;TCF=135;TCR=113;TR=248;WE=69325589;WS=69325571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr15	69327825	rs311889	C	T	6761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr15	69329319	rs3825855	C	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.654;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=346;ReadPosRankSum=1.103;SC=TCTGTTCCACCCCCCAGGCCT;SOR=1.382;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=22;WE=69329327;WS=69329309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr15	69329624	rs2246273	A	G	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=20;PP=547;SC=GAGCAGCTGGATACCCTGTCA;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=69329632;WS=69329614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	69339787	rs2277552	G	A	2587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=61;PP=1406;ReadPosRankSum=1.366;SC=ACCCCCACCCGCAGGATCTTT;SOR=0.697;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=278;TCF=146;TCR=132;TR=126;WE=69339795;WS=69339777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,137:0.43:316
chr15	69347593	rs311905	G	A	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=15;PP=1286;SC=AAGCCCCAGGGTAAGGTAGTG;SOR=1.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=62;WE=69347601;WS=69347583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	69349087	rs311906	T	C	1889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.54;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	69548046	.	T	TA	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=0.737;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr15	69561518	rs3865014	G	A	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=4.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=2.242;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,66:0.41:161
chr15	69652451	rs73440972	G	A	2215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=2.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,113:0.50:226
chr15	69676892	.	A	G	612	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=16;MMLQ=23;MQ=58.43;NF=15;NR=1;PP=612;QD=40.4232007842;SC=CGTGTTCATCATGGAGGGTGA;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=16;WE=69676912;WS=69676882;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr15	69676904	.	C	T	612	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=16;MMLQ=25;MQ=58.67;NF=17;NR=2;PP=612;QD=34.0405901341;SC=GGAGGGTGAGCGGGCCCTCCG;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=19;WE=69676912;WS=69676882;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr15	69683945	rs2242464	C	G	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=590;ReadPosRankSum=-0.097;SC=AACCTGGACACTCTTGGACCT;SOR=0.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=65;TCR=42;TR=49;WE=69683953;WS=69683935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,55:0.45:121
chr15	69684050	rs7182493	C	T	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,76:0.52:146
chr15	69684376	rs7183388	G	A	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.50;QD=25.27;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	69684389	rs11634798	A	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.678;NF=20;NR=12;PP=327;ReadPosRankSum=-0.818;SC=GAGCCAAGAAAAAAAAGAAAT;SOR=0.588;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=32;WE=69684397;WS=69684366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr15	69684471	rs59606719	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=-1.316;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.200;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr15	69684477	rs58280155	T	A	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=1.267;QD=13.38;ReadPosRankSum=-0.879;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,40:0.67:60
chr15	69684481	rs112633523	AT	A	530.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.59;MQRankSum=1.072;QD=11.54;ReadPosRankSum=-1.687;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr15	69684507	rs11634850	A	G	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=16;PP=529;SC=AGTAGAGACAAGGTTTCGCCA;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=32;WE=69684515;WS=69684497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	69689440	rs1013888	C	T	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=39.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.65;ReadPosRankSum=-0.445;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,55:0.75:73
chr15	69706874	rs3830440	T	TGGGGGCAGGCGTCTCCACTCA	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=2408;ReadPosRankSum=0.207;SC=GCCTCGGGGCTGGGGGCAGGC;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=69706882;WS=69706864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr15	69709686	rs3759825	G	A	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.152;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,51:0.50:103
chr15	69709748	rs3759826	C	A	1707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=1.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.785;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,86:0.51:167
chr15	69709792	rs61751119	C	T	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=-4.227;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,72:0.48:150
chr15	69715488	rs7180624	C	T	100.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=-2.200;SC=TTGAACTTTTCTTTTTTTAGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=69715496;WS=69715478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr15	69715791	rs146515193	G	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr15	69719694	rs13379883	T	C	1693.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=41;PP=1071;ReadPosRankSum=1.165;SC=AACTTTTTTTTCCCCATTATT;SOR=0.724;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=81;TCR=79;TR=81;WE=69719702;WS=69719684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,87:0.49:177
chr15	69728949	rs3825858	A	G	3016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=1.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.358;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,160:0.49:324
chr15	69732483	rs4776448	G	A	3744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=68;PP=2359;SC=AGTTAGGTTCGATATTTTGAA;SOR=1.346;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=50;TCR=68;TR=118;WE=69732491;WS=69732473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr15	69732736	rs937724	C	T	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=711;ReadPosRankSum=-1.099;SC=CTATTGTTACCGAACCTAAAA;SOR=0.574;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=121;TCF=73;TCR=48;TR=59;WE=69732744;WS=69732726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,72:0.48:149
chr15	69733026	rs10518818	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=329;ReadPosRankSum=-1.276;SC=AAGTCTTCATGTGCTAACATT;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=23;WE=69733034;WS=69733016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr15	69740350	rs13613	A	G	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=338;ReadPosRankSum=-0.133;SC=CTTGTATAGTATATGTTTTGC;SOR=0.606;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=23;WE=69740358;WS=69740340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr15	69747675	rs1463911	A	T	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.89;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	69754221	rs8041861	T	C	2827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=3.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.612;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,150:0.49:309
chr15	70345626	rs1057865	C	T	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=-2.684;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,80:0.37:214
chr15	70346923	rs2228178	C	T	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=1.615;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,75:0.58:130
chr15	70347362	rs4777227	C	A	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=658;ReadPosRankSum=-0.655;SC=CAGCTGGAGGCGGCGCAGCAG;SOR=0.991;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=86;TCF=66;TCR=20;TR=40;WE=70347370;WS=70347352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,41:0.44:94
chr15	70347816	rs11440222	A	AG	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=244;ReadPosRankSum=0.936;SC=CGAGGTAGACATGATTAACAG;SOR=0.458;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=7;WE=70347824;WS=70347806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr15	70348523	rs2270871	G	C	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.729;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=369;ReadPosRankSum=-0.617;SC=TCCAAAGGGAGGTGCACCAGG;SOR=1.942;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=21;WE=70348531;WS=70348513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr15	70348786	.	C	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=-0.412;SC=CCTCCACCACCCACCCGGGGT;SOR=0.671;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=14;WE=70348794;WS=70348776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr15	70349744	rs8036209	T	C	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,60:0.55:110
chr15	70350457	rs2291982	C	G	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.664;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,80:0.46:174
chr15	70351649	rs7176098	C	A	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=535;ReadPosRankSum=-0.480;SC=GCTCAGGCTGCCAGTAATACT;SOR=0.641;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=40;WE=70351657;WS=70351639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,45:0.64:70
chr15	70351788	rs2133977	T	C	6500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr15	70352968	rs2228176	C	G	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=34;PP=988;ReadPosRankSum=0.360;SC=GGAGGCTTTCCGAGGGTGACA;SOR=0.807;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=184;TCF=105;TCR=79;TR=81;WE=70352976;WS=70352958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,87:0.44:199
chr15	70353075	rs3825968	C	A	2507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.620;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=54;PP=1593;ReadPosRankSum=1.557;SC=GCAGGTGACACGGAGGTCAGG;SOR=0.581;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=212;TCF=107;TCR=105;TR=114;WE=70353083;WS=70353065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,119:0.53:224
chr15	70368571	rs3830411	A	ATGC	2935.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=32;PP=1795;SC=GCAAGTGGAAATGCAAACTCC;SOR=1.066;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=33;WE=70368579;WS=70368561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	70371571	rs12901770	A	T	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=6;PP=431;SC=AATGCCACACAGATGCAGAAC;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=70371579;WS=70371564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	70387560	rs12441129	A	C	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.838;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=199;ReadPosRankSum=0.775;SC=GATTTTTACCAACCCTAATTT;SOR=0.132;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=13;WE=70387568;WS=70387550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr15	70388449	rs71149952	AG	A	3844.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=40;PP=2548;SC=GGAGCCGCGCAGGGGACCCAC;SOR=1.081;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=66;WE=70388457;WS=70388439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
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chr15	70960068	rs934005	G	A	3680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=75;PP=2108;ReadPosRankSum=-0.748;SC=CAATTGGGGCGTATTTTACCT;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=352;TCF=189;TCR=163;TR=165;WE=70960076;WS=70960058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,184:0.48:386
chr15	70964274	rs62016910	T	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=121;ReadPosRankSum=0.505;SC=CTAGGTGAACTGTAATGATAA;SOR=0.374;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=14;WE=70964282;WS=70964264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr15	70971741	rs143519196	C	CTAAATAAA	398.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=364;SC=GACCCCATCTCTAAATAAATA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=5;WE=70971749;WS=70971731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	70975092	rs62016913	T	C	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.970;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=595;ReadPosRankSum=1.563;SC=AAAATTAATATCTACCTGTTG;SOR=1.119;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=38;WE=70975100;WS=70975082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,41:0.48:85
chr15	70991925	rs4776525	G	C	18691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=739;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=350;NR=341;PP=2965;SC=CAAGGATTGAGGTCACTTTTT;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=694;TCF=352;TCR=342;TR=691;WE=70991933;WS=70991915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,735:1.00:735
chr15	70994283	rs6494889	G	A	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=2.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.57;ReadPosRankSum=1.715;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,77:0.55:141
chr15	71124505	rs150824038	G	A	3522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=76;PP=2252;ReadPosRankSum=0.669;SC=TCTTCCGGGAGAGCAGGGGAC;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=320;TCF=176;TCR=144;TR=170;WE=71124513;WS=71124495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,181:0.53:344
chr15	71175296	rs1528828	A	G	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=34;PP=948;SC=ACCTTATAGGATTTTATCTTT;SOR=1.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=50;WE=71175304;WS=71175286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	71184278	rs2959174	G	T	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.06;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	71184495	rs2955035	A	G	3601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=56;PP=2210;SC=CGGCGCGGCAACCCCGCACGA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=66;TCR=56;TR=122;WE=71184503;WS=71184485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr15	71185793	rs2955036	T	C	195.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=183;SC=AACAAGATCATTTACCAGAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=71185801;WS=71185783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	71185837	rs2955037	G	A	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=4;PP=397;SC=TTTTTTTGTTGTATTTCTGTT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=71185845;WS=71185827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	71185853	rs5813612	CTT	C	799.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,28:0.88:32
chr15	71186811	rs1881568	C	G	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=9;PP=1133;SC=AAGATTATTTCCCCATAATGT;SOR=2.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=51;WE=71186819;WS=71186801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	71200266	rs62019094	C	G	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.776;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,78:0.59:133
chr15	71276480	rs3834543	GCAA	G	1805.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.377;NF=8;NR=14;PP=933;ReadPosRankSum=0.231;SC=AGTGGGACTTGCAACAACAAC;SOR=0.504;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=22;WE=71276490;WS=71276470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,48:0.52:92
chr15	71341050	rs1713569	G	A	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.151;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=423;ReadPosRankSum=0.320;SC=TGATGAAATTGGGGCACAATA;SOR=1.461;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=25;WE=71341058;WS=71341040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr15	71341780	rs148687063	A	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=477;ReadPosRankSum=0.400;SC=TCTGTAAAACATATATAGAAG;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=33;WE=71341788;WS=71341770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr15	71403406	rs6494895	T	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=140;ReadPosRankSum=-1.261;SC=CTGTGAGTATTATCATTTGCA;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=11;WE=71403414;WS=71403396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr15	71404745	rs57841474	A	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.483;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr15	71507764	rs12324441	G	C	2740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.049;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=55;PP=1747;ReadPosRankSum=2.138;SC=TGTCTGTGCCGCTCCCCGTCC;SOR=0.630;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=239;TCF=132;TCR=107;TR=119;WE=71507772;WS=71507754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,130:0.49:265
chr15	71535458	rs12440013	G	C	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=89;PP=2216;SC=AACCCATACCGGGCCTGGAAA;SOR=2.381;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=28;TCR=89;TR=117;WE=71535466;WS=71535448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr15	71952772	rs62024297	C	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=116;ReadPosRankSum=1.852;SC=TCGTAAATAGCTAGAAAAGAA;SOR=0.223;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=9;WE=71952780;WS=71952762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr15	71953045	rs62024298	G	A	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.45;ReadPosRankSum=2.591;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,58:0.40:145
chr15	72023422	rs2277540	C	T	5707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr15	72037610	rs2291994	G	A	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=31;PP=1050;SC=GCCTATTACCGGGTCACTTCA;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=68;WE=72037618;WS=72037600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	72050163	rs2625533	C	G	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=14;PP=868;SC=AGCATTCCATCCTCCTTTCCA;SOR=1.392;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=48;WE=72050171;WS=72050153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	72105928	rs11351249	AC	A	7352.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=84;PP=2969;SC=TTGGCGGTGGACCCCCACGGA;SOR=0.822;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=35;TCR=94;TR=114;WE=72105937;WS=72105918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr15	72186286	rs2128112	A	T	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=6;PP=163;SC=ATAATCCTGAACCTACGCATA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=72186294;WS=72186276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	72191073	rs2415128	T	C	8670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=159;NR=144;PP=2965;SC=CCTCCAAGGATCTGGGTCTCT;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=305;TCF=160;TCR=145;TR=303;WE=72191081;WS=72191063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr15	72191266	rs2415129	C	T	7472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr15	72252189	rs5813671	T	TA	243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=2.417;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr15	72260473	.	TA	T	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=8.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=1.201;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr15	72300031	rs3759820	A	C	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=187;SC=TCTTTTGGAAATGCTATTTAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=72300039;WS=72300026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	72302894	rs2957742	G	C	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=13;PP=341;SC=ATGTATAAATGCAAATTAGAG;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=72302902;WS=72302884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	72324818	.	T	C	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=3.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.972;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,102:0.55:187
chr15	72431883	rs7175792	G	C	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=493;SC=GCATTTTACAGTCAGGTATTT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=72431891;WS=72431873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	72432583	rs930871	A	G	3689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=73;PP=2241;SC=AGATCTCATTACCACACTTGC;SOR=1.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=48;TCR=73;TR=121;WE=72432591;WS=72432573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr15	72454729	rs897731	C	G	3956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr15	72457551	rs2959944	A	G	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=503;SC=GGCAGGTTTAAGAGATGCCCT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=72457559;WS=72457541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	72460339	rs8025939	T	A	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=35;PP=969;SC=AAACAGTCCATTCCCCAGCGT;SOR=2.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=44;WE=72460347;WS=72460329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	72462165	rs11072348	A	C	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=24;PP=1193;SC=GTGTGTATCTATGACTGGGAA;SOR=0.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=65;WE=72462173;WS=72462155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	72462831	rs7182776	T	C	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=12;PP=361;SC=GGAGCCGTCTTATACCAGGAA;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=72462839;WS=72462821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	72543656	rs2959904	T	C	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=16;PP=489;SC=AGCTATCCTTTCTGAACAAGC;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=72543664;WS=72543646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	72545876	rs1426166	T	C	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=27;PP=942;SC=CGTTATCTCCTTGGAGAGGTG;SOR=1.092;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=52;WE=72545884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	72546765	rs2912227	A	G	3718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=57;PP=2120;SC=TGGGCAGGCAAAGGAGAGGGG;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=64;TCR=57;TR=121;WE=72546773;WS=72546755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr15	72556799	rs11072352	G	A	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=18;PP=1228;SC=TTTTGGAAGGGGGCATTCCAT;SOR=1.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=62;WE=72556807;WS=72556789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	72557955	rs1426170	T	C	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=8;PP=300;SC=GTCTTAGCTATAGCCTTACAC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=72557963;WS=72557945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	72559326	rs62022788	T	G	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=14;PP=368;SC=TTTGTGAGAGTCTCAGTCTCT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=72559334;WS=72559316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	72637795	rs4777502	T	C	4184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=59;PP=2385;SC=ACCTCAGCAATTCACAGCGGA;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=79;TCR=59;TR=138;WE=72637803;WS=72637785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr15	72638892	rs1800431	T	C	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=15;PP=536;SC=GGTTCCACTATGTAGAAATCC;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=34;WE=72638900;WS=72638882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	72643444	rs117160567	A	C	6136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=126;NR=85;PP=2965;SC=ATTGACCCATAAACTTGGTCT;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=126;TCR=85;TR=211;WE=72643452;WS=72643434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr15	72859047	rs11403578	A	AT	189.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.6745;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=0.665;SC=CTATTGATAGATTTTTTTTTA;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=9;WE=72859055;WS=72859037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr15	72859640	.	CT	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr15	72862749	rs149718748	G	A	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=456;ReadPosRankSum=0.111;SC=TAACTTGCAAGCTAAATAAAT;SOR=0.975;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=31;WE=72862757;WS=72862739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr15	72864578	rs5813687	AT	A	365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.80;ReadPosRankSum=1.563;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,27:0.87:31
chr15	72875521	.	G	GT	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=4.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=2.997;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,32:0.28:115
chr15	72879653	rs139334001	A	ATTG	2031.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=12;PP=831;SC=TCTTAACTATATTGTACTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=16;WE=72879661;WS=72879643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	72968748	.	G	GT	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-2.111;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr15	72987588	rs4777527	G	T	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	73002035	rs8033604	G	A	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=13;PP=619;SC=AAAATATGCTGCCTAGCTCCA;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=73002043;WS=73002025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	73021855	rs6495015	T	C	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=12;PP=950;SC=CCTCCCAAAGTGCTGGGATTA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=51;WE=73021863;WS=73021845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	73023937	rs12914333	T	C	6092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=111;PP=2965;SC=TGGCACCCTTTGATTGGAAGA;SOR=0.946;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=92;TCR=112;TR=203;WE=73023945;WS=73023927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr15	73024181	rs9806635	G	A	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=28;PP=784;SC=TAGAGATCCTGTAGGAATCTG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=73024189;WS=73024171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	73027478	rs2277598	T	C	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=21;PP=684;SC=CTGGAAGATATAGAAAATGCC;SOR=0.914;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=46;WE=73027486;WS=73027468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	73028375	rs12324395	G	A	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=17;PP=491;SC=ATCAAGCCCAGATCATCCAAA;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=73028383;WS=73028365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	73044575	rs9460	G	A	175.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=0;PP=110;SC=ACCTGATACAGTTTAATCTGC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=73044583;WS=73044565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	73067234	rs11634630	T	C	5136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=89;NR=84;PP=2425;SC=GGAACTCTGATGCAACCTGGG;SOR=0.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=89;TCR=84;TR=173;WE=73067242;WS=73067224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr15	73408756	rs143744012	CTA	C	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=174;ReadPosRankSum=-0.389;SC=AGTGAGATGACTATATTTATG;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=73408765;WS=73408746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr15	73409213	rs3840037	A	AT	272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.077;NF=0;NR=13;PP=162;ReadPosRankSum=-0.352;SC=GTTTTAAGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.454;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=13;WE=73409221;WS=73409203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr15	73418741	.	AT	A	297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.372;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=6.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.414;QD=2.81;ReadPosRankSum=0.617;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,37:0.35:106
chr15	73528937	rs747873	T	C	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.091;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=342;ReadPosRankSum=0.451;SC=TCTGTACCAATTTTTAGTCCA;SOR=0.184;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=20;WE=73528945;WS=73528927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr15	73541513	rs3736510	A	G	2018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.499;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=39;PP=1003;ReadPosRankSum=-1.655;SC=AGAATTATAAATTGTACTACA;SOR=0.511;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=169;TCF=82;TCR=87;TR=86;WE=73541521;WS=73541503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,101:0.52:193
chr15	73545714	.	A	AT	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=2.737;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr15	73545732	rs2623989	T	C	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.11;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	73551250	rs2251205	A	G	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=539;ReadPosRankSum=-0.609;SC=CTGGAACACAATAGATACTAG;SOR=0.943;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=91;TCF=42;TCR=49;TR=45;WE=73551258;WS=73551240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,57:0.52:109
chr15	73564881	rs1131854	C	T	2557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=50;PP=1346;ReadPosRankSum=-0.597;SC=AGCCTCCCTCCGAAGCCAATG;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=127;TCR=109;TR=109;WE=73564889;WS=73564871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,127:0.47:268
chr15	73566942	rs497539	G	A	8653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=1.254;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr15	73567137	rs201909530	CT	C	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-1.405;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr15	73581444	rs489531	A	G	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.890;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,47:0.42:113
chr15	73590579	rs2292915	C	T	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=12;PP=595;ReadPosRankSum=-0.202;SC=TAGCACTGATCGCAAGTGCTA;SOR=0.878;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=102;TCF=70;TCR=32;TR=43;WE=73590587;WS=73590569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,48:0.42:113
chr15	73595089	rs3833036	T	TA	3247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.560;NF=7;NR=43;PP=1874;ReadPosRankSum=0.353;SC=TCTTGGAACTTACCCTTGAAA;SOR=0.593;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=123;TCF=15;TCR=108;TR=50;WE=73595097;WS=73595077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,109:0.45:240
chr15	73614834	rs529004	T	C	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	73616635	rs481579	T	C	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=42;PP=1062;SC=ATGCACAGCCTGCCCAGGCCA;SOR=1.134;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=80;WE=73616643;WS=73616625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr15	74000839	rs2291011	G	A	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.529;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,53:0.55:96
chr15	74032203	.	TA	T	74.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=-0.967;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr15	74032205	.	TA	T	66.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=-0.967;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr15	74032234	.	C	T	557	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=20;MQ=58.43;NF=22;NR=15;PP=557;QD=15.9938165553;SC=ATGTGCCCACCGCCCCCGGCC;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=37;WE=74032242;WS=74032224;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr15	74033033	rs11858458	A	G	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=24;PP=729;SC=GGGTCCCTGCATCAGCCAGGT;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=45;WE=74033041;WS=74033023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	74043523	rs7497362	A	G	3330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=67;PP=2062;SC=CTGGGCACACACTGCGTCTGC;SOR=1.940;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=30;TCR=67;TR=97;WE=74043531;WS=74043513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr15	74176453	rs66619071	GA	G	3701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=51;PP=2872;SC=ATCAGAAGGGGAAAAGCCACC;SOR=0.945;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=77;WE=74176461;WS=74176443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr15	74177250	rs35697698	C	T	2484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=2.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,124:0.45:274
chr15	74178966	rs62007098	G	A	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=539;ReadPosRankSum=0.216;SC=GAGGTGTCCAGCTAGGGATCA;SOR=0.779;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=42;WE=74178974;WS=74178956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,49:0.54:91
chr15	74179024	rs62007099	C	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=305;ReadPosRankSum=0.753;SC=GCAAGTCTTCCTTGCCTCCCC;SOR=0.752;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=22;WE=74179032;WS=74179014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr15	74181255	rs7170803	A	G	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=10;PP=708;SC=AGCAGGCTGTACTACTTGAGA;SOR=1.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=33;WE=74181263;WS=74181245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	74234082	rs11638944	C	G	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=10;PP=479;SC=GCCCTGGAGTCCCCCCTGCCC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=74234090;WS=74234072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	74234171	rs8042181	A	G	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=21;PP=804;SC=ATTCCAATGCAGAATGGAGTC;SOR=1.206;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=45;WE=74234179;WS=74234161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	74244278	rs8818	C	G	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	74276551	rs9630436	T	C	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.55;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,61:0.60:101
chr15	74276560	rs9630437	T	C	1977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.00;ReadPosRankSum=0.819;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,49:0.57:86
chr15	74277795	rs10851866	T	C	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=30;PP=762;SC=CGGCCTCCACTGCCAGCTCCA;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=74277803;WS=74277785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	74280867	rs11072460	T	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=220;ReadPosRankSum=0.789;SC=CTGACTCTTTTCTCAAAGTGA;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=14;WE=74280875;WS=74280857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr15	74282833	rs3214695	G	GC	383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.545;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=226;ReadPosRankSum=0.475;SC=AACTGGACCTGCACGACAGCT;SOR=0.240;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=7;WE=74282841;WS=74282823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr15	74282880	rs3816197	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.543;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=-0.714;SC=GTACCTTACGCCCACCTTCCC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=4;WE=74282888;WS=74282870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr15	74284209	rs3816198	C	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=131;ReadPosRankSum=0.693;SC=ATAGGAGCAACGCTGGCTGGC;SOR=0.275;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=8;WE=74284217;WS=74284199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr15	74284406	rs2304715	C	G	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=56;NR=29;PP=1484;SC=TCCCCCCCGGCTCCGCCGTGC;SOR=1.203;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=85;WE=74284414;WS=74284396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	74317043	rs2277599	T	C	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=379;SC=TCCTTCCAGCTGCCCCTCCAG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=74317051;WS=74317033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	74317362	rs3825941	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=89;ReadPosRankSum=0.784;SC=CAGGGAGAGCGTCTGAGTGAG;SOR=0.273;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=8;WE=74317370;WS=74317352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr15	74325182	rs2304716	A	G	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=24;PP=686;SC=GTGTTTGCTCAACGCCTTCTC;SOR=1.721;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=37;WE=74325190;WS=74325172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	74326711	rs2304718	G	A	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=10;PP=734;SC=CAGGGCATCCGTTTCCCCCAG;SOR=1.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=74326719;WS=74326701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	74328116	rs743580	A	G	3313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=80;PP=2152;ReadPosRankSum=-0.841;SC=GGCAGGGGAAAGCAGAGCCCA;SOR=0.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=366;TCF=169;TCR=197;TR=149;WE=74328124;WS=74328106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,161:0.42:387
chr15	74328141	rs743581	G	T	2513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=4.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.155;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,132:0.42:316
chr15	74336633	rs5742915	T	C	3658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=4.799;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,178:0.53:335
chr15	74467856	rs1052622	G	A	10831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=174;NR=211;PP=2965;SC=TCAAGGGTACGCCGCTGAGCC;SOR=0.989;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=386;TCF=174;TCR=212;TR=385;WE=74467864;WS=74467846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr15	74472716	rs351242	G	A	3625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=82;PP=2434;SC=TCCCCTGCAGGCAGCACATGG;SOR=1.574;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=44;TCR=82;TR=126;WE=74472724;WS=74472706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr15	74477216	rs351238	G	A	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=1;PP=713;SC=AGCCCGGGCCGGCAGAGCCCT;SOR=5.421;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=29;WE=74477224;WS=74477206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	74477239	rs351237	G	A	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=7;PP=1010;SC=CCTCCCTCCAGGCCCAGGGCC;SOR=3.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=46;WE=74477247;WS=74477229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	74483415	rs351228	T	C	3869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=63;PP=2122;SC=ACAAGGATTCTGGGGAGCAGG;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=73;TCR=63;TR=135;WE=74483423;WS=74483405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr15	74489883	rs351218	A	G	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=465;SC=CACTCATGTGACATCTTGGGG;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=74489891;WS=74489873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	74499956	rs351222	G	C	6119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr15	74528985	rs351175	T	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=4.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.91;ReadPosRankSum=1.925;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr15	74529130	rs11633321	T	G	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.327;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr15	74536285	rs67845844	CA	C	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.22;ReadPosRankSum=1.030;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr15	74536400	rs10552820	TAAG	T	2707.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.149;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.369;NF=9;NR=27;PP=1354;ReadPosRankSum=0.110;SC=TGTCTCCCTCTAAGAAGGAGA;SOR=0.527;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=36;WE=74536410;WS=74536390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,71:0.52:136
chr15	74558927	rs440793	A	G	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
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chr15	74572242	rs351165	T	A	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=13;PP=1065;SC=CAAATATCTGTGTATGCCTTG;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=74572250;WS=74572232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	74572917	rs351164	A	G	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=19;PP=1658;SC=GAAAGCAGGCAGCGGGAGACA;SOR=2.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=69;TCR=19;TR=88;WE=74572925;WS=74572907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	74588024	rs1484212	T	C	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=10;PP=482;SC=GGGGTGTAGATGGTGTGCTTA;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=74588032;WS=74588014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	74622365	rs2277601	C	T	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=253;SC=AGGATCAAGTCATAACCACCC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=74622373;WS=74622355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	74622457	rs2277602	A	C	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.92;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	74622678	rs1564782	G	A	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=10;PP=242;SC=GGCAAAGCCAGTGAGGCCCAG;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=74622686;WS=74622668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	74623272	rs2277605	G	A	5289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr15	74623302	rs2277606	T	C	6286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr15	74627222	rs2279356	G	T	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=3;PP=621;SC=TTTGCTTTCTGCCTGGACAGC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=74627230;WS=74627212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	74628242	rs900802	C	T	5406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr15	74628891	rs2959003	A	G	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=31;PP=876;SC=TATCATTGTGAAATACTCCAT;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=50;WE=74628899;WS=74628881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	74710593	rs28362912	C	T	6604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr15	74750978	.	C	CAAA	436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=194;ReadPosRankSum=0.066;SC=TATCCTCCCCCAAAAGAGATC;SOR=0.976;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=5;WE=74750986;WS=74750968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr15	75041917	rs762551	C	A	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=169;SC=CTCTGTGGGCCCAGGACGCAT;SOR=2.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=75041925;WS=75041912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	75043801	.	G	A	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=351;ReadPosRankSum=-0.635;SC=TTTGAGCCTGGGCTATGCCAC;SOR=0.836;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=20;WE=75043809;WS=75043791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr15	75044238	rs2472304	G	A	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=47;PP=1512;SC=GAAGCCTTGAGACCCAGGTTG;SOR=2.412;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=63;WE=75044246;WS=75044228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	75047426	rs2470890	C	T	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=24;NR=44;PP=1364;SC=TCTCCATCAACTGAAGAAGAC;SOR=1.577;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=68;WE=75047434;WS=75047416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	75080872	rs2168519	T	C	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=104;SC=TCAGCTGTAATTCCCGTGTTC;SOR=3.258;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=75080880;WS=75080862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	75081078	rs2168518	G	A	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	75113023	rs145422132	G	A	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.46;ReadPosRankSum=1.202;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,37:0.44:85
chr15	75114322	rs11636952	T	C	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=38;PP=951;SC=CAGAGAGGACTGGGCTGGGCC;SOR=1.308;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=63;WE=75114330;WS=75114312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	75115895	rs7162232	G	A	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=64;NR=44;PP=1783;SC=ACCACCCCCGGTTAGGGATGC;SOR=0.918;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=108;WE=75115903;WS=75115885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr15	75129594	rs2290573	G	A	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=1.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.28;ReadPosRankSum=-1.583;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,90:0.52:173
chr15	75130015	rs11312224	AG	A	7554.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=96;PP=2979;SC=ATACACCAGCAGGGGGGGACG;SOR=0.917;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=138;TCF=36;TCR=102;TR=128;WE=75130023;WS=75130005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr15	75130093	rs12898397	T	C	2694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=3.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=-0.415;QD=8.98;ReadPosRankSum=1.758;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,136:0.45:300
chr15	75130573	rs2290572	A	G	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=387;ReadPosRankSum=-1.325;SC=GGGTGGCCAGAGGCCCTGTGG;SOR=0.521;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=26;WE=75130581;WS=75130563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr15	75131567	rs8039777	C	T	2677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.978;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,132:0.49:271
chr15	75131661	rs4886615	A	G	3909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=71;PP=2302;SC=GTGATAAGGCAGCTGCTGAAT;SOR=1.117;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=59;TCR=71;TR=130;WE=75131669;WS=75131651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr15	75131959	rs936227	A	G	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.476;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=336;ReadPosRankSum=-2.483;SC=GGTGCGCAAAAAAGTCCTGGA;SOR=0.368;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=24;WE=75131967;WS=75131949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr15	75132490	rs12908814	C	G	2426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=36;PP=1475;ReadPosRankSum=-0.759;SC=ATACTCCAGTCTCTGCAGGTC;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=174;TCF=109;TCR=65;TR=99;WE=75132498;WS=75132480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,106:0.56:188
chr15	75132907	.	G	A	2258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.465;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=50;PP=1141;ReadPosRankSum=-0.401;SC=CACCATCTCGGGGGCCATGTA;SOR=1.107;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=204;TCF=100;TCR=104;TR=95;WE=75132927;WS=75132897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,110:0.49:223
chr15	75135447	rs2290574	T	C	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
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chr15	75183935	rs11638130	G	A	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=537;ReadPosRankSum=0.990;SC=AGGACAGAGTGCGGTGCAGAG;SOR=0.542;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=43;WE=75183943;WS=75183925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,47:0.54:87
chr15	75185670	rs7495739	A	G	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.34;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,115:0.57:203
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chr15	75309170	rs371189916	CT	C	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=1.029;SOR=0.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr15	75310075	rs12593566	C	A	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=30;PP=1455;SC=GAACTAACCCCTTCTGACCTC;SOR=1.264;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=78;WE=75310083;WS=75310065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	75336729	rs2304899	A	G	11259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr15	75498548	rs1466663	A	G	6807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=122;NR=104;PP=2965;SC=GCCCCATGGCAGGTACTCCTA;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=122;TCR=104;TR=226;WE=75498556;WS=75498538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr15	75498744	rs1873379	G	C	5331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=0.021;SC=CAGTCCCCAGGCTCACTCCTA;SOR=0.608;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=480;TCF=252;TCR=228;TR=234;WE=75498752;WS=75498734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,252:0.48:520
chr15	75499602	rs12591506	C	A	12470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.47;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=0.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,453:1.00:454
chr15	75499619	rs11072531	T	C	11215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=177;NR=199;PP=2965;SC=TGCCACAGCCTGGTGCCTTCC;SOR=0.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=378;TCF=177;TCR=201;TR=376;WE=75499627;WS=75499609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr15	75499861	rs11072532	G	A	10137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=193;NR=174;PP=2965;SC=CAGAAGGAGGGCGCAAGGCCA;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=371;TCF=195;TCR=176;TR=367;WE=75499869;WS=75499851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr15	75503147	rs3743211	G	A	4376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=54;PP=2387;SC=GTGGCCAGAGGTGAGCCAGAG;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=88;TCR=55;TR=142;WE=75503155;WS=75503137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr15	75518241	rs1994639	G	C	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.68;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	75518246	rs1994640	A	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.68;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	75521833	rs6495165	G	C	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=30;PP=1743;SC=TCCCCCTGGGGAGGTGAAAAG;SOR=1.364;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=86;WE=75521841;WS=75521823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	75630562	rs143588533	C	T	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.884;NF=23;NR=42;PP=946;ReadPosRankSum=0.498;SC=TTCTCTGGGGCTAGGGCCTCA;SOR=0.867;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=128;TCF=50;TCR=78;TR=65;WE=75630570;WS=75630552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,69:0.50:139
chr15	75630635	rs7166436	A	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.132;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.243;NF=1;NR=18;PP=357;ReadPosRankSum=-0.481;SC=GCTCTGAGCCAGTCCCCAGGA;SOR=2.179;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=19;WE=75630643;WS=75630625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr15	75632280	rs117112913	C	T	1961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=1.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.91;ReadPosRankSum=-1.877;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,98:0.49:198
chr15	75640423	rs79244935	C	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=180;ReadPosRankSum=0.599;SC=GGCCCTTTCCCTCCCCCAGGC;SOR=0.686;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=16;WE=75640431;WS=75640413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr15	75643714	rs11634109	T	C	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=344;ReadPosRankSum=0.879;SC=CCTCCAGGGCTCAGGTGATTC;SOR=0.756;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=29;WE=75643722;WS=75643704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr15	75643759	rs7182283	G	T	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.87;ReadPosRankSum=1.580;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr15	75645965	rs5745925	CCT	C	2372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.070;NF=10;NR=31;PP=1602;ReadPosRankSum=1.767;SC=GAGTGTGGCCCCTGACTCAGT;SOR=0.675;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=83;TCF=23;TCR=60;TR=41;WE=75645974;WS=75645955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,65:0.42:156
chr15	75650836	rs1128933	G	A	2676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=54;PP=1432;ReadPosRankSum=2.212;SC=GGCAGCCAACGTCCAGCACAA;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=137;TCR=115;TR=118;WE=75650844;WS=75650826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,136:0.47:291
chr15	75650972	rs3809549	G	A	2282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=3;HapScore=2;MGOF=93;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.589;NF=45;NR=27;PP=1011;ReadPosRankSum=-0.027;SC=ATGGGACAGGGGTGGACATAC;SOR=0.769;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=150;TCF=84;TCR=66;TR=72;WE=75650980;WS=75650962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,109:0.49:224
chr15	75651022	rs149997575	C	CCCACATGCTGCCCAGCCCATA	10762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.40;QD=50.29;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr15	75653378	rs7174408	T	C	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=18;PP=1326;SC=AGCCAAGGCCTGGCCTGACCT;SOR=2.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=71;WE=75653386;WS=75653368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	75655765	rs34386653	G	GT	868.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=656;ReadPosRankSum=2.469;SC=CCCCACCATTGTGACACCAAC;SOR=0.743;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=17;WE=75655773;WS=75655755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr15	75660662	rs75458893	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.058;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
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chr15	75702754	rs79147131	C	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=301;ReadPosRankSum=0.203;SC=GTTCTTAGCACCCGTTCTGAC;SOR=0.916;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=17;WE=75702762;WS=75702744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
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chr15	75913430	rs77935734	C	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.307;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=228;ReadPosRankSum=1.859;SC=ATGGTTCATTCATTTCATATC;SOR=0.990;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=14;WE=75913438;WS=75913420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr15	75916931	rs4886719	T	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.77;ReadPosRankSum=0.524;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr15	75916940	rs4886720	T	G	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.44;ReadPosRankSum=-0.766;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr15	75916965	rs113978196	G	A	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=418;ReadPosRankSum=-1.910;SC=AGTGAGTCGAGATCGTGCCAC;SOR=0.990;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=20;WE=75916973;WS=75916955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr15	75967814	rs1127646	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.573;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr15	75970070	rs8023621	C	T	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.787;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=27;PP=841;ReadPosRankSum=-1.684;SC=GTGGCTGGGGCGCTGGGGACA;SOR=0.968;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=140;TCF=80;TCR=60;TR=68;WE=75970078;WS=75970060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,80:0.50:160
chr15	75977920	rs62027240	A	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.526;NF=12;NR=17;PP=486;ReadPosRankSum=-0.690;SC=AGCTCTGCACAGGGTCCAGGC;SOR=1.028;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=29;WE=75977928;WS=75977910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr15	75979782	rs8030131	G	T	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=339;ReadPosRankSum=-1.641;SC=CCATGGTGTCGCGGGGGCTGA;SOR=1.002;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=26;WE=75979790;WS=75979772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr15	75980112	rs4414463	A	G	3272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.339;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=63;PP=1950;ReadPosRankSum=-0.451;SC=AGCCACGGTCAGCCCCTGAGT;SOR=1.002;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=365;TCF=199;TCR=166;TR=157;WE=75980120;WS=75980102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,172:0.44:391
chr15	75981507	rs12900539	A	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.435;NF=6;NR=7;PP=170;ReadPosRankSum=0.414;SC=CCTGTGCAGGACCACCGCGGT;SOR=1.051;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=13;WE=75981515;WS=75981497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr15	75982072	rs77681934	G	A	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQRankSum=-8.834;QD=6.85;ReadPosRankSum=3.443;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,32:0.23:138
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chr15	76030993	rs12904654	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.124;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=378;ReadPosRankSum=-0.797;SC=CGCCCACCCTAAGGCCCCGCC;SOR=0.293;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=17;WE=76031001;WS=76030983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr15	76031008	rs7181595	C	T	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=366;ReadPosRankSum=-0.635;SC=CCCGCCCCAGCCCAGTGCCAG;SOR=1.270;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=16;WE=76031016;WS=76030998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr15	76031200	rs8041626	C	T	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=583;ReadPosRankSum=0.477;SC=GGGATGGGGGCGCGCCCTGCC;SOR=1.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=32;WE=76031208;WS=76031198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr15	76075343	rs79164384	G	A	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.685;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=552;ReadPosRankSum=-1.237;SC=GGAGCAGGACGAGAGGCTCCG;SOR=0.519;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=48;WE=76075351;WS=76075333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,59:0.60:98
chr15	76078257	rs8037707	C	T	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.156;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=440;ReadPosRankSum=-1.069;SC=GTGGAAGGTGCGAAGGCTGTG;SOR=1.356;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=32;WE=76078265;WS=76078247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr15	76078372	rs72734504	A	G	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.057;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=34;PP=1182;ReadPosRankSum=0.638;SC=GAGAGCTACCAGGCCCTCAAG;SOR=0.518;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=151;TCF=95;TCR=56;TR=85;WE=76078380;WS=76078362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,87:0.56:156
chr15	76078650	rs116528421	C	T	3881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.43;ReadPosRankSum=0.362;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,101:0.53:190
chr15	76078653	rs115619110	C	T	3878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.10;ReadPosRankSum=0.242;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,103:0.53:193
chr15	76079021	rs112623563	G	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.765;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=622;ReadPosRankSum=-0.471;SC=GATGAGCAGGGTGGTGAGTAG;SOR=0.745;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=22;WE=76079043;WS=76079011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr15	76079035	rs144034755	C	T	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=622;ReadPosRankSum=0.494;SC=TGAGTAGAGCCCTCAGGCGGG;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=22;WE=76079043;WS=76079011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
chr15	76136194	rs2047866	C	T	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.19;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	76136768	rs72734531	C	T	2265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=24;PP=1218;ReadPosRankSum=-0.103;SC=CCCTCTCCCCCGGGCCTGGCT;SOR=0.433;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=74;WE=76136776;WS=76136758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr15	76168406	rs66475371	C	CAA	74.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.65;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr15	76175828	rs1868020	G	A	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	76182949	rs335713	C	T	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=18;PP=535;SC=TTTAAAATAGCGTCTACTTTC;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=76182957;WS=76182939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	76189624	rs335692	A	G	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=6;PP=195;SC=CTGTCACCCCAGCTGGAGTGC;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=76189632;WS=76189614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	76191644	rs28607641	A	T	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=232;SC=ATATATATATATTTTTTACGG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=76191652;WS=76191634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	76191802	rs335689	G	A	4714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr15	76191852	rs335688	T	C	4305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr15	76191966	rs335687	T	C	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=28;PP=600;SC=TTACAGCCTTTGCATTTTGCT;SOR=3.086;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=76191974;WS=76191956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	76197071	rs3073843	A	ATCT	1523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=22;PP=1247;SC=TTAAAGGAACATCTCGTTCCG;SOR=1.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=23;WE=76197079;WS=76197061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	76222140	rs335679	G	T	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=544;SC=TGGAGTGCAAGTCAGTAACAT;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=76222148;WS=76222135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	76248427	rs10711025	GT	G	434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.510;NF=0;NR=19;PP=201;ReadPosRankSum=0.185;SC=TAGAAAGAAAGTTTTTTTTTT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=19;WE=76248436;WS=76248417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr15	76298132	rs4886755	A	G	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	76494535	rs72736856	C	A	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.753;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=24;PP=816;ReadPosRankSum=-0.990;SC=CTGTCCCCACCTCTGTAGAAG;SOR=1.072;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=140;TCF=84;TCR=56;TR=63;WE=76494543;WS=76494525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,70:0.45:157
chr15	76496232	rs937732	G	A	4059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=93;PP=2415;ReadPosRankSum=-0.460;SC=AGTGCCTCCCGCAGCTCAGTC;SOR=0.636;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=416;TCF=207;TCR=209;TR=196;WE=76496240;WS=76496222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,208:0.46:453
chr15	76496340	rs937733	C	T	2745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=65;PP=1590;ReadPosRankSum=0.734;SC=CCTTCTCCCCCGCCGCTGCCA;SOR=0.747;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=241;TCF=106;TCR=135;TR=119;WE=76496348;WS=76496330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,131:0.49:265
chr15	76510073	rs1533600	G	A	234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.48;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	76518346	rs11281932	C	CCCTTA	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=10;PP=552;SC=ATTTTAACTTCCAATATATTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=76518354;WS=76518336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	76523771	rs62030234	T	C	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.93;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr15	76603606	.	G	C	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.802;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=379;ReadPosRankSum=-2.231;SC=GAATCTGAGGGGGCCAGTGAT;SOR=0.798;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=34;WE=76603619;WS=76603596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,42:0.49:86
chr15	76603610	rs3215142	CA	C	3954.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=29;PP=1462;SC=CTGAGGGGGCCAGTGATCTTT;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=49;WE=76603619;WS=76603596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	76603928	rs62027052	C	T	107.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.40;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	76630303	rs4636879	T	C	3546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=1.951;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,186:0.45:409
chr15	76630717	rs62028361	C	T	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.444;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,78:0.50:157
chr15	76632907	rs7180257	A	G	4501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=79;PP=2483;SC=GACGGTGAGCAGCCGCTGGGC;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=68;TCR=79;TR=147;WE=76632915;WS=76632897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr15	76673716	rs3765115	T	C	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.71;ReadPosRankSum=1.332;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
chr15	76696768	rs3743175	T	C	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.62;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,39:0.51:76
chr15	76726320	rs16968215	T	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.834;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr15	76726465	rs1607017	G	T	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=3.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=1.000;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.312;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,64:0.49:130
chr15	76763514	rs11072597	C	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.652;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=206;ReadPosRankSum=0.769;SC=ATTTCTCAAACCTTAACTGCT;SOR=1.524;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=14;WE=76763522;WS=76763504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr15	76957958	rs280021	A	G	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.64;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	77057864	rs16968467	G	C	2608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=59;PP=1620;ReadPosRankSum=-0.316;SC=ACAAACTTTTGAACACTGTAC;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=128;TCR=129;TR=117;WE=77057872;WS=77057854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,128:0.46:278
chr15	77064389	rs66496622	TGAA	T	1448.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=26;PP=1225;SC=CTATTAACTATGAAGAAGAAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=26;WE=77064399;WS=77064379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	77067123	rs62028737	C	G	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=266;ReadPosRankSum=1.801;SC=AAGTACAAAACTAAGACATTC;SOR=1.194;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=14;WE=77067131;WS=77067113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
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chr15	77087785	rs11852395	T	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=111;ReadPosRankSum=-0.030;SC=TGAACCTCTATGGAGAAAAAT;SOR=0.684;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=14;WE=77087793;WS=77087775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
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chr15	77231158	rs4886841	C	T	3462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=60;PP=1654;SC=TAACTTTGGGCAAGTTATTAA;SOR=1.153;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=47;TCR=60;TR=107;WE=77231166;WS=77231148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr15	77236266	rs111558646	AT	A	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.98;ReadPosRankSum=-2.509;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr15	77240688	rs79796508	A	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=90;ReadPosRankSum=0.085;SC=GGGATATACCAAACTTCTTAT;SOR=1.276;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=10;WE=77240696;WS=77240678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
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chr15	77288018	rs2254441	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.993;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=101;ReadPosRankSum=-0.386;SC=TCTCCATGCAGGTGATGGGAT;SOR=0.132;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=10;WE=77288026;WS=77288008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
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chr15	77323029	rs12903227	C	A	3930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.68;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
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chr15	77406396	rs3743479	C	T	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=474;ReadPosRankSum=-0.757;SC=TAGAGGTTTGCCTTTCTTCTT;SOR=0.663;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=29;WE=77406404;WS=77406386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr15	77425252	rs35381299	A	G	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=4;PP=663;ReadPosRankSum=2.330;SC=GCTGAATGGAAGAATGAAGGA;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=33;WE=77425260;WS=77425242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr15	77472871	rs10519162	G	A	5333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.427;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.404;SC=GCTGTTCCAGGTTCACAACTC;SOR=0.656;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=323;TCF=165;TCR=158;TR=217;WE=77472879;WS=77472861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,232:0.66:350
chr15	77756457	rs34237392	T	A	561.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=367;ReadPosRankSum=0.354;SC=TGTTTACATTTATACAGATTA;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=20;WE=77756465;WS=77756456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr15	77764053	rs17471809	G	C	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=205;ReadPosRankSum=-0.913;SC=TAGTTTGGCAGAGTCGTATAC;SOR=1.002;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=16;WE=77764061;WS=77764043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr15	77771494	rs16968851	T	C	2615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=29;PP=1645;ReadPosRankSum=-0.249;SC=GGGAGGATTTTCTTACTTTCT;SOR=0.696;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=109;TCR=44;TR=99;WE=77771502;WS=77771484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,110:0.66:167
chr15	77907145	rs3743481	G	A	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.356;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=45;PP=1025;ReadPosRankSum=0.387;SC=CCAGCGGGTTGGAGTCCAGGA;SOR=0.987;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=236;TCF=113;TCR=123;TR=81;WE=77907153;WS=77907135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,95:0.36:263
chr15	77907535	rs2271396	C	G	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=-0.766;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,39:0.22:177
chr15	77907775	rs2271397	T	C	3327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.22;ReadPosRankSum=1.159;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,103:0.25:405
chr15	77907784	rs2271398	G	A	3436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.814;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,108:0.26:415
chr15	77938841	.	C	T	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=1.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=-2.290;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,56:0.28:203
chr15	77940368	.	C	T	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=44;PP=1052;ReadPosRankSum=-1.883;SC=CTGAGACATCCGGAAAGGAAA;SOR=0.698;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=109;TCF=42;TCR=67;TR=70;WE=77940376;WS=77940358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,74:0.63:118
chr15	78189075	rs4569232	G	A	11722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.30;QD=43.74;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr15	78189084	rs4243062	T	C	11390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.58;QD=44.67;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr15	78189370	rs4441238	A	C	2473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.11;QD=26.32;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	78196212	rs7178928	A	G	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.98;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	78211345	rs12592294	A	G	3160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.10;QD=25.09;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr15	78232240	rs12907147	G	C	4315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=70;PP=2243;SC=GTGGGTCCAGGGTGGCCCTGG;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=77;TCR=71;TR=145;WE=78232248;WS=78232230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr15	78268716	rs11072706	G	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.995;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=254;ReadPosRankSum=0.540;SC=CACAGACCCAGCTCTGAATTC;SOR=1.426;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=19;WE=78268724;WS=78268706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr15	78269731	rs11852862	G	T	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.38;QD=41.50;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	78269737	rs11852790	AC	TT	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.44;QD=46.34;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	78269747	rs11852867	G	A	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.50;QD=43.62;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	78269760	rs71402931	C	T	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.58;QD=43.97;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	78269762	rs78023616	CA	TG	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.47;QD=45.10;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	78269793	rs67603081	CT	C	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=121;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=489;SC=CCAGGGTGCCCTTGGGCAGTG;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=13;WE=78269810;WS=78269783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	78269798	rs142983118	G	A	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.29;QD=43.91;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	78269801	rs140951103	G	A	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.29;QD=43.91;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	78269802	rs143146370	T	TG	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.29;QD=43.57;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	78272318	rs12439777	C	G	5993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-4.055;NF=166;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=2.639;SC=AGCACCAGGGCCCTCCCCTCC;SOR=0.794;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=525;TCF=291;TCR=234;TR=292;WE=78272326;WS=78272307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,283:0.55:516
chr15	78276660	rs12916320	A	G	3860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr15	78294163	rs62011475	C	T	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.244;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=363;ReadPosRankSum=0.691;SC=GGGGTGCTGGCCCTACTGGGG;SOR=0.438;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=25;WE=78294171;WS=78294153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr15	78295885	rs17398057	A	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=305;ReadPosRankSum=0.060;SC=GTCACCGGGTAAGCAGACGAG;SOR=1.414;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=65;TCF=15;TCR=50;TR=20;WE=78295893;WS=78295875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
chr15	78337225	rs4886995	G	A	3478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.775;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=49;PP=1903;ReadPosRankSum=-0.271;SC=TTCATATGCTGCTTTCTAAAG;SOR=0.389;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=187;TCF=126;TCR=61;TR=138;WE=78337233;WS=78337215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,155:0.73:211
chr15	78369972	rs7176425	G	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=8.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.15;ReadPosRankSum=0.449;SOR=2.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr15	78390414	rs2289524	T	C	2467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FS=0.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.932;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:386,162:0.30:548
chr15	78398146	rs10456	G	A	7318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=217;NR=202;PP=2962;ReadPosRankSum=0.379;SC=TGCCGTCACCGTCCAAGTCAG;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1243;TCF=639;TCR=604;TR=419;WE=78398154;WS=78398136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:867,430:0.33:1297
chr15	78401540	rs11390540	A	ACC	254.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=9.031;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=256;ReadPosRankSum=0.489;SC=ATGTTCCCCCACCGCATATTC;SOR=4.163;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=78401548;WS=78401530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr15	78402001	rs11072729	A	C	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=1.620;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,9:0.20:44
chr15	78403004	rs1992469	A	G	3022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=58;NR=41;PP=1682;SC=TCACCTGGGAACTTGCTCGAA;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=59;TCR=41;TR=99;WE=78403012;WS=78402994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr15	78403179	rs2867986	C	G	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=48;PP=1718;SC=AGCCAGACAACGGGGAGACAG;SOR=0.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=92;WE=78403187;WS=78403169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	78403213	rs148709604	ACAGGTCTGCCAACTACAG	A	753.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=7.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=0.493;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
chr15	78423479	rs8040395	T	C	7521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.26;SOR=1.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr15	78452296	rs4886560	C	T	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.078;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=296;ReadPosRankSum=-1.358;SC=AAGATTGTGCCGCTGCACTCT;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=23;WE=78452304;WS=78452286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr15	78457537	rs11394499	C	CT	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr15	78472157	.	T	TCA	74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=25;MQ=61.07;NF=0;NR=2;PP=74;QD=38.5;SC=ACAGAAGAAATCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=2;WE=78472165;WS=78472147;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,2:0.17:12
chr15	78474517	rs6495277	T	C	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=330;ReadPosRankSum=-0.079;SC=ATCCCAGCAGTGTCCACAAGC;SOR=1.044;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=105;TCF=51;TCR=54;TR=32;WE=78474525;WS=78474507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,35:0.30:117
chr15	78518951	.	C	CA	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.276;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr15	78519135	.	T	TATATATAATATATATAATATATATATATATATA	219.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.77;QD=43.97;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	78526556	rs10162606	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=0.346;SC=ATGACCAGTTCTTCCATCTTA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=6;WE=78526564;WS=78526546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr15	78556589	rs12898295	C	G	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	78556967	.	A	AGCG	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.857;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.692;NF=9;NR=5;PP=316;ReadPosRankSum=1.103;SC=GGGAGCTACAAGCGGCGGCGG;SOR=0.132;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=14;WE=78556975;WS=78556965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
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chr15	78558509	rs2037347	G	A	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.17;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	78558584	rs142025971	CAT	C	2345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=2.051;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,70:0.27:255
chr15	78563103	rs3169166	A	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.38;ReadPosRankSum=-0.941;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr15	78565478	rs7163689	C	T	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.547;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=427;ReadPosRankSum=1.473;SC=TCTTGAAGATCTATATAATGG;SOR=0.750;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=98;TCF=53;TCR=45;TR=38;WE=78565486;WS=78565468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,41:0.38:109
chr15	78565616	rs56229935	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.183;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=0.442;SC=TTTATAGTTCAGGGAAAATAA;SOR=0.556;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=10;WE=78565624;WS=78565606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr15	78572359	rs9806426	C	G	9843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=197;NR=149;PP=2965;SC=CTGCCTTCCTCCTTCCTAATT;SOR=0.973;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=347;TCF=198;TCR=149;TR=346;WE=78572367;WS=78572349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr15	78581892	rs1879153	C	T	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=12;PP=1223;SC=AATGGCATTTCAATGAAAGAA;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=56;WE=78581900;WS=78581882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	78587910	rs1040262	A	G	5043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr15	78632830	rs1127472	C	G	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.19;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,87:0.74:117
chr15	78633595	rs2139440	T	G	3047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=2.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.32;ReadPosRankSum=-1.533;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,138:0.69:199
chr15	78730591	rs954144	C	T	4135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.229;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=82;PP=2584;ReadPosRankSum=1.027;SC=CTTGCCAGTCCGCCTGTCTTC;SOR=0.475;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=283;TCF=148;TCR=135;TR=179;WE=78730599;WS=78730581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,188:0.66:283
chr15	78758677	rs2958720	G	C	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	78758853	rs2938672	A	C	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=17;PP=350;SC=TTTTTCTTAAAGTTTATTAAT;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=78758861;WS=78758843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	78777312	rs9788758	G	A	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=42;PP=1296;SC=AATTATTGTTGGCTTTTCTGT;SOR=1.310;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=78777320;WS=78777302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	78780104	rs2230940	T	C	5212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=84;PP=2965;SC=GGATGTTCAATTTGTGTGGGA;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=104;TCR=84;TR=188;WE=78780112;WS=78780094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr15	78786410	rs4887060	A	C	2726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=47;PP=1827;SC=TGAGAATGCAAACAAAGTATT;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=86;WE=78786418;WS=78786400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	78789488	rs13180	C	T	3276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.70;ReadPosRankSum=0.234;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,152:0.59:258
chr15	78807250	.	C	CTCTCTCTCTATA,CTCTCTCTCTA	879.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.774;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.944;NF=14,14;NR=11,11;PP=209,563;ReadPosRankSum=-1.437;SC=CTCTCTCTCTCTATATATATA;SOR=0.223;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=25,25;WE=78807262;WS=78807240;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.74:35
chr15	78825498	rs12907169	G	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=171;ReadPosRankSum=0.260;SC=GAAATGGAAGGGGAATGAATT;SOR=1.022;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=11;WE=78825506;WS=78825491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr15	78825562	rs12906951	C	T	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.577;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=19;PP=1205;ReadPosRankSum=-1.353;SC=GTATCAATCACGGAGATCTTA;SOR=1.539;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=110;TCF=77;TCR=33;TR=73;WE=78825570;WS=78825552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,76:0.64:119
chr15	78834689	rs2292117	A	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.757;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;ReadPosRankSum=0.326;SC=AGCAATTATCATCACCAGGTT;SOR=0.739;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=17;WE=78834697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,18:0.25:71
chr15	78836631	rs67437837	CTGA	C	1181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=1.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.560;QD=7.16;ReadPosRankSum=-2.091;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,39:0.24:165
chr15	78836661	.	CT	C	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=0.880;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.775;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,21:0.30:70
chr15	78838837	rs76189127	C	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=232;ReadPosRankSum=-0.091;SC=AATAATAATTCAGGCATTTTT;SOR=0.544;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=17;WE=78838845;WS=78838827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr15	78839110	rs35886075	CT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=1.246;QD=1.71;ReadPosRankSum=0.821;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr15	78841220	rs8053	T	C	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=1.771;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,32:0.36:90
chr15	78857896	rs503464	T	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=356;ReadPosRankSum=-0.098;SC=GCTGCTAGGCTGAGGCTGCTG;SOR=0.807;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=112;TCF=70;TCR=42;TR=35;WE=78857904;WS=78857886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,41:0.34:122
chr15	78873119	rs569207	C	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=1.018;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
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chr15	78880481	rs647041	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=0.180;SC=TGAGAACCACTACACAAGGGG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=78880489;WS=78880474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
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chr15	79059449	rs1810165	G	A	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.29;QD=23.66;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr15	79069187	rs145673455	C	T	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.005;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.945;NF=15;NR=25;PP=579;ReadPosRankSum=-0.924;SC=AGACATTCTGCGAGGAGGAGG;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=40;WE=79069195;WS=79069177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,50:0.68:73
chr15	79069734	rs7161774	G	T	2840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=4.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.72;MQRankSum=1.126;QD=26.30;ReadPosRankSum=-0.696;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
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chr15	79080798	rs3743058	C	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.016;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=0.473;SC=CCACAAGGTGCGCAGTCCTAG;SOR=1.284;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=7;WE=79080806;WS=79080788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr15	79083120	rs2127898	G	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.405;NF=15;NR=15;PP=267;ReadPosRankSum=-0.491;SC=TGCATGGTGCGTGATCTTTAG;SOR=0.608;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=30;WE=79083128;WS=79083110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,33:0.37:90
chr15	79089007	rs3743057	T	C	3249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=104;PP=2578;ReadPosRankSum=-1.988;SC=CATCAGCTACTACCAGGGTCT;SOR=0.724;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=563;TCF=258;TCR=305;TR=189;WE=79089015;WS=79088997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:387,182:0.32:569
chr15	79092481	rs3971703	G	C	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.70;MQRankSum=-2.427;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.277;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr15	79092603	rs6495329	G	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.784;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=146;ReadPosRankSum=-0.684;SC=CGCCAAGCAGGTGGCAGGCCG;SOR=0.275;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=11;WE=79092611;WS=79092593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr15	79132814	rs7402877	T	C	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=15;PP=1427;SC=CCATCATGCCTAGCCAAAATC;SOR=2.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=64;WE=79132822;WS=79132804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	79133026	rs6495341	C	T	7221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=108;NR=147;PP=2965;SC=AGGTAAAGCCCAGAATCCTTT;SOR=1.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=108;TCR=148;TR=255;WE=79133034;WS=79133016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr15	79165441	rs8034658	G	T	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	79173005	rs17832351	A	G	2004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=33;PP=981;SC=ATGCTTTTCAATTCTGCAGTT;SOR=1.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=63;WE=79173013;WS=79172995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	79178501	rs376390420	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-1.375;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,22:0.27:82
chr15	79215568	rs34577742	C	T	3190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.100;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=71;PP=2035;ReadPosRankSum=-0.953;SC=TTCCCCACAGCGGACCAGGGA;SOR=1.991;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=32;TCR=71;TR=102;WE=79215576;WS=79215558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,114:0.98:116
chr15	79217690	rs2044226	G	C	10236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr15	79223681	rs2289699	G	A	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.763;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=392;ReadPosRankSum=0.215;SC=TTTTGCCATCGCCCAGGGCAG;SOR=0.571;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=100;TCF=69;TCR=31;TR=37;WE=79223689;WS=79223671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,41:0.36:115
chr15	79229959	rs60254670	TGGCCAGAATG	T	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=-1.477;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr15	79231478	rs12148472	T	C	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=2.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-0.606;QD=3.97;ReadPosRankSum=-1.637;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,35:0.28:125
chr15	79231518	rs11638844	A	G	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.976;QD=15.08;ReadPosRankSum=1.070;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,114:0.68:167
chr15	79231523	rs35398112	G	GA	1877.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.035;HP=15;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.112;NF=13;NR=35;PP=1798;ReadPosRankSum=-0.610;SC=TCTGTAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.521;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=84;TCF=20;TCR=64;TR=48;WE=79231531;WS=79231508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,109:0.64:170
chr15	79231616	rs10400902	A	G	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.983;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.243;NF=21;NR=40;PP=944;ReadPosRankSum=0.043;SC=CGAAAACTGGACTAAATTTAA;SOR=1.182;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=61;WE=79231624;WS=79231606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,63:0.59:107
chr15	79237180	rs1036937	C	A	5349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.807;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=1.356;SC=GTTCTCCCAGCGTCCACTCTA;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=351;TCF=190;TCR=161;TR=228;WE=79237188;WS=79237170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,243:0.64:377
chr15	79237247	rs1036938	C	G	6315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.403;SC=GGAGTTCACGCACAGTTCGGC;SOR=0.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=364;TCF=183;TCR=181;TR=258;WE=79237255;WS=79237237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,289:0.69:418
chr15	79237324	rs1036939	C	A	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=3.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.60;ReadPosRankSum=1.186;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,105:0.67:157
chr15	79237403	rs67943698	GGA	G	487.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.645;HP=7;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=245;ReadPosRankSum=-1.143;SC=GCGCGGGGGGGGAGCGGCACG;SOR=2.179;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=15;WE=79237413;WS=79237393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr15	79237405	rs28704487	A	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=0.941;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr15	79254480	rs4778732	T	A	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=31;PP=1549;SC=TGGGCTGGGCTCAGCTTCAGG;SOR=1.232;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=64;TCR=31;TR=95;WE=79254488;WS=79254470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	79264097	rs4238514	G	A	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=2;PP=589;SC=AGCTGGGCTCGAGAGAATTCT;SOR=3.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=79264105;WS=79264091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	79264304	rs79497402	T	C	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-1.482;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,64:0.25:261
chr15	79265866	rs3743195	G	A	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.279;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=40;PP=884;ReadPosRankSum=1.307;SC=AGAGGCAAAGGGACTTGCAGT;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=185;TCF=78;TCR=107;TR=71;WE=79265874;WS=79265856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,81:0.38:212
chr15	79271100	rs8037975	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.81;ReadPosRankSum=-2.148;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr15	79271428	rs8038472	G	A	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=36;PP=1011;ReadPosRankSum=-0.016;SC=GGGGGCGGACGGACGGACAAG;SOR=0.650;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=267;TCF=164;TCR=103;TR=89;WE=79271436;WS=79271418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,92:0.33:278
chr15	79271707	rs13379704	T	C	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=1.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=-0.240;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,69:0.32:215
chr15	79277247	rs4778750	A	C	5269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=1.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.20;ReadPosRankSum=0.973;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,234:0.63:371
chr15	79277608	rs4778751	G	A	3845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=82;PP=2251;SC=ATGATAAATGGTCACTATTTG;SOR=1.497;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=45;TCR=82;TR=127;WE=79277616;WS=79277598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr15	79287939	rs7174528	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=200;ReadPosRankSum=1.618;SC=CCCATTCCTGTTGTTTTAAGC;SOR=0.507;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=16;WE=79287947;WS=79287929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr15	79288011	rs6495359	A	C	3848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=87;NR=38;PP=2116;SC=GATGCCTGTGATGGGTCAGGG;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=87;TCR=38;TR=125;WE=79288019;WS=79288001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr15	79288182	rs34428440	G	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.74;ReadPosRankSum=0.778;SOR=1.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,26:0.31:83
chr15	79288184	rs74786906	TG	CA	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=3.434;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.318;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,26:0.32:80
chr15	79290349	rs34906037	C	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=296;ReadPosRankSum=0.534;SC=CTTCACCTCCCGGGCCTCTGA;SOR=0.794;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=17;WE=79290357;WS=79290339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr15	79290366	rs35819709	C	CA	761.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.866;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=523;ReadPosRankSum=0.592;SC=CTGACCAGCCCACATGGAGGC;SOR=0.151;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=15;WE=79290374;WS=79290356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr15	79290600	rs4778771	C	T	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=518;ReadPosRankSum=0.090;SC=TTGAGCTGCTCTGCAGTGGTC;SOR=0.689;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=166;TCF=71;TCR=95;TR=52;WE=79290608;WS=79290590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,56:0.30:188
chr15	79291262	rs12914556	C	T	2879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=3.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.65;ReadPosRankSum=0.534;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,126:0.73:173
chr15	79294162	rs145647446	CTTAATT	C	1217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=923;ReadPosRankSum=1.174;SC=TTTTACTTTTCTTAATTTTAA;SOR=0.506;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=75;TCF=2;TCR=73;TR=21;WE=79294175;WS=79294152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,34:0.38:89
chr15	79317602	rs2304992	C	T	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.374;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,41:0.39:106
chr15	79324419	rs2304991	A	G	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=19;PP=1761;SC=CATCCCCCACACCTGCCTCCC;SOR=2.276;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=96;TCF=77;TCR=19;TR=89;WE=79324427;WS=79324409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	79327686	rs736554	C	T	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=434;ReadPosRankSum=0.463;SC=GAAAACTGCACCGGCAGGATG;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=27;WE=79327694;WS=79327676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr15	79356742	rs62011246	C	T	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=578;ReadPosRankSum=1.152;SC=GGGCTTCCTGCCCTGGGCAAG;SOR=0.718;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=34;WE=79356750;WS=79356732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,38:0.62:61
chr15	79502096	rs12903401	G	C	2506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=3.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=-1.081;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,119:0.60:197
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chr15	79755604	rs2297773	A	G	2456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.988;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.293;NF=55;NR=74;PP=1483;ReadPosRankSum=-0.691;SC=TTCTTGGACCATTGAGGAGTA;SOR=0.551;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=338;TCF=135;TCR=203;TR=129;WE=79755612;WS=79755594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,134:0.38:356
chr15	79755685	rs3831283	GGT	G	1217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.851;NF=1;NR=21;PP=807;ReadPosRankSum=0.621;SC=ACTGTCCCTGGGTGGGGGAAG;SOR=0.479;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=70;TCF=5;TCR=65;TR=22;WE=79755694;WS=79755675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,36:0.38:96
chr15	80189058	rs71874818	GCGTGCGCGCGCCGGGAGGGGAAA	G	2402.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=3.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.60;ReadPosRankSum=0.666;SOR=0.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,60:0.71:84
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chr15	80215601	rs17286886	C	T	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=59;PP=1141;ReadPosRankSum=-1.360;SC=TCGTCCGCCTCGGGTCCATCC;SOR=0.672;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=356;TCF=175;TCR=181;TR=113;WE=80215609;WS=80215591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,121:0.31:385
chr15	80216165	rs17214656	G	T	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.94;ReadPosRankSum=0.544;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,69:0.73:94
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chr15	80263345	rs1138358	A	C	3014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=78;PP=1907;ReadPosRankSum=1.871;SC=AGAACGCAACATTTTGTAGCA;SOR=0.636;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=441;TCF=207;TCR=234;TR=150;WE=80263353;WS=80263335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,162:0.34:472
chr15	80365745	rs2866367	T	G	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=321;ReadPosRankSum=-0.913;SC=AATTGTAGTGTATTTCAGTAC;SOR=1.139;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=19;WE=80365753;WS=80365735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr15	80367831	rs2469600	G	C	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=23;PP=684;SC=AGAGTGGAAAGTAGTTTTCTA;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=80367839;WS=80367821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	80405098	rs12594035	C	G	13399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=250;NR=222;PP=2965;SC=CCTCATGTCTCTTTATTACCC;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=473;TCF=250;TCR=223;TR=472;WE=80405106;WS=80405088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,516:1.00:516
chr15	80413935	rs934003	C	T	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=5;PP=447;SC=CAACATACTACATATTAAAAG;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=80413943;WS=80413925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	80413994	rs12915043	A	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,12:0.21:57
chr15	80414173	rs1522636	C	G	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=27;PP=734;SC=GTAAGATGTACTCTCTGAATT;SOR=1.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=80414181;WS=80414163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	80450328	rs1370276	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=105;ReadPosRankSum=0.085;SC=CTTCAATAGATAGGCTTTCTG;SOR=0.986;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=10;WE=80450336;WS=80450318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr15	80452013	rs35880073	C	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.658;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=469;ReadPosRankSum=0.929;SC=CAAGGGCTGGCAGGCTGGCTG;SOR=1.039;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=121;TCF=85;TCR=36;TR=39;WE=80452021;WS=80452003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,39:0.30:129
chr15	80452075	rs1370274	T	C	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=41;PP=1122;ReadPosRankSum=-2.188;SC=ACGTGATCTTTTTTCTCCCTG;SOR=0.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=294;TCF=165;TCR=129;TR=93;WE=80452083;WS=80452065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,99:0.31:316
chr15	80452172	rs33929922	G	C	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=41;PP=983;ReadPosRankSum=-1.708;SC=AGAACTTGCTGTCTGTGAGCC;SOR=0.656;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=238;TCF=111;TCR=127;TR=77;WE=80452180;WS=80452162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,85:0.32:263
chr15	80452268	rs1370273	G	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.940;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=177;ReadPosRankSum=0.555;SC=AGCAGGGGAGGTGAAGGCTGT;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=6;TCR=51;TR=14;WE=80452276;WS=80452258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr15	80460524	rs1545119	A	G	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.178;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,50:0.34:146
chr15	80460576	.	G	GT	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=9.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=1.058;SOR=1.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,39:0.24:163
chr15	80472431	rs2043691	C	A	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.380;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=26;PP=725;ReadPosRankSum=0.606;SC=CTAAGCCTGCCGCTGCTCATT;SOR=0.823;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=202;TCF=105;TCR=97;TR=70;WE=80472439;WS=80472421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,78:0.35:221
chr15	80473548	rs143241619	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=-0.485;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr15	80695836	rs200865749	GC	G	1350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.389;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.085;NF=11;NR=24;PP=911;ReadPosRankSum=1.021;SC=CTTCCTAGGGGCCATTACCTC;SOR=0.884;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=35;WE=80695844;WS=80695826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,51:0.35:145
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chr15	80884171	rs3935130	C	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=138;ReadPosRankSum=0.801;SC=AGCCTGGGCTCGAGGGAGTCC;SOR=0.829;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=10;WE=80884179;WS=80884161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr15	80886191	rs8033706	T	C	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr15	81166135	rs111403772	C	T	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,87:0.35:246
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chr15	81176721	rs35343835	C	G	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=4.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.61;ReadPosRankSum=0.951;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
chr15	81179876	rs11631636	G	A	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.490;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=11;PP=948;ReadPosRankSum=0.326;SC=GCTTCTTCTGGAGAAGAGAAG;SOR=0.397;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=77;TCF=63;TCR=14;TR=54;WE=81179884;WS=81179866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,57:0.70:81
chr15	81180981	rs8028511	G	A	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=7;PP=747;ReadPosRankSum=0.274;SC=TTGCCTTGGAGTCACAACTTT;SOR=1.863;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=40;WE=81180989;WS=81180971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,41:0.66:62
chr15	81199236	rs2271164	A	G	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=-2.509;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,44:0.36:122
chr15	81212608	rs1553647	G	A	14978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=229;NR=304;PP=2965;SC=ACTCCTACCCGGGGTACATCC;SOR=1.048;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=537;TCF=229;TCR=308;TR=533;WE=81212616;WS=81212598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,560:1.00:560
chr15	81217848	rs2271163	C	T	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=619;ReadPosRankSum=-1.197;SC=GGTTTCTGTTCAGTCAATGCC;SOR=0.387;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=35;WE=81217856;WS=81217838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr15	81234741	rs1553646	C	G	2686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=64;PP=1901;SC=CTGTGTCCTGCGGCTGCTGGC;SOR=2.520;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=20;TCR=64;TR=84;WE=81234749;WS=81234731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	81245310	.	G	C	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.12;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,57:0.68:84
chr15	81282144	rs11855057	C	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=232;ReadPosRankSum=-0.853;SC=TTCGCTGCGCCGCGCAGCGCC;SOR=0.943;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=15;WE=81282152;WS=81282134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr15	81426592	rs147528679	G	C	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=308;ReadPosRankSum=1.227;SC=CCAATCGCCTGGGGCCGGGTC;SOR=0.867;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=23;WE=81426600;WS=81426582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,22:0.33:66
chr15	81427575	rs12900447	A	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.452;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,27:0.33:83
chr15	81430287	rs60867938	C	CA	645.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=5;PP=417;SC=TATAAATTATCAAAAAACTGA;SOR=2.066;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=13;WE=81430295;WS=81430277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	81430343	rs12438947	T	G	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=714;ReadPosRankSum=-1.023;SC=ATAGAATGATTCTAATACAGA;SOR=0.626;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=46;WE=81430351;WS=81430333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,56:0.80:70
chr15	81440147	rs11395672	C	CA	1332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.431;NF=27;NR=13;PP=527;ReadPosRankSum=0.928;SC=TCCCTAAAAGCAAAAAAAAAA;SOR=0.954;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=40;WE=81440155;WS=81440137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,78:0.86:91
chr15	81440461	rs77402473	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=-0.241;SC=ACAAATCCTACCCCTACAAGA;SOR=0.319;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=8;WE=81440469;WS=81440451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr15	81489503	rs74030008	T	C	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=-0.437;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,46:0.25:183
chr15	81518209	rs980618	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5033;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=198;ReadPosRankSum=1.560;SC=CACTGGAACTGTAACAATGAG;SOR=1.473;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=12;WE=81518217;WS=81518199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr15	81565295	.	G	GTTA	258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr15	81565652	rs67847307	T	G	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.061;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=507;ReadPosRankSum=0.087;SC=TCTTGAGTTGTCAGGATACGG;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=36;WE=81565660;WS=81565642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr15	81582406	rs11632576	G	C	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=555;ReadPosRankSum=-0.118;SC=AGCTCAGACAGTATAATAGTG;SOR=0.476;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=35;WE=81582414;WS=81582396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,39:0.80:49
chr15	81582868	rs8031107	G	A	4060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr15	81584373	rs11635336	G	T	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.179;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=38;PP=955;ReadPosRankSum=-0.801;SC=AGCAGGCAGGGTAGACAGAGG;SOR=0.381;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=95;TCF=29;TCR=66;TR=58;WE=81584381;WS=81584363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,68:0.64:106
chr15	81584389	rs4072680	C	T	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=47;PP=1306;SC=AGAGGGAGGACGGAGCTGAGG;SOR=2.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=65;WE=81584397;WS=81584379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	81584418	rs28704803	A	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.945;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=157;ReadPosRankSum=0.385;SC=CAACAGCTTCAGCCAAGCCCT;SOR=1.773;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=13;WE=81584426;WS=81584408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr15	81587713	.	G	C	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=1.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.997;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,76:0.31:249
chr15	81587757	rs17875496	T	A	8531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=154;NR=131;PP=2965;SC=CTGTTCTAAGTTGTAAAGCTG;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=155;TCR=131;TR=285;WE=81587765;WS=81587747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr15	81591639	rs4778636	G	A	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=47;PP=1236;ReadPosRankSum=-0.671;SC=CCTTCTTGCTGTTCAGCTTGG;SOR=0.680;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=313;TCF=183;TCR=130;TR=111;WE=81591647;WS=81591629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,120:0.36:336
chr15	81592802	rs11073001	A	G	3996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=78;PP=2457;SC=CCTTGGACACAGGGTTCTCGC;SOR=1.406;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=52;TCR=79;TR=130;WE=81592810;WS=81592792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr15	81592891	rs11630277	C	T	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=28;PP=878;SC=TAAAAATAATCCTATATATAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=81592899;WS=81592881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	81595827	rs57763246	C	T	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.20;ReadPosRankSum=-2.464;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,81:0.34:239
chr15	81598110	rs17875532	C	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=154;ReadPosRankSum=-0.146;SC=CCAGCAGCTCCAATCTAGGAC;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=11;WE=81598118;WS=81598105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr15	81598225	rs17875533	C	A	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.593;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=23;PP=711;ReadPosRankSum=-0.596;SC=GATTTCTGGTCCTGACTTCCT;SOR=0.506;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=196;TCF=129;TCR=67;TR=64;WE=81598233;WS=81598215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,72:0.33:216
chr15	81598269	rs11556218	T	G	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.241;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=53;PP=1584;ReadPosRankSum=-1.421;SC=TGTTTCCAAATGGGCTGGCCT;SOR=0.824;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=362;TCF=204;TCR=158;TR=128;WE=81598277;WS=81598259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,139:0.35:394
chr15	81598416	rs1803275	G	A	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.243;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=57;PP=1329;ReadPosRankSum=-0.315;SC=TTGTCACAAGGAAGCTGACTC;SOR=0.884;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=290;TCF=127;TCR=163;TR=99;WE=81598424;WS=81598406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,108:0.34:316
chr15	81600510	rs11632978	A	T	6513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.188;SC=TTGCACAAAAATCTCACTAGC;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=451;TCF=237;TCR=214;TR=281;WE=81600518;WS=81600500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,313:0.63:496
chr15	81600995	rs4238526	A	G	3110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr15	81610592	rs4503751	A	C	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=545;SC=GCTTATGCAGATGTGTGTGAA;SOR=2.303;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=24;WE=81610600;WS=81610582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	81610902	rs4617815	T	C	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=29;PP=840;SC=GTCACTGCCATTGGGGTGCCA;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=81610910;WS=81610892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	81614669	rs74028610	C	A	3177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=31;PP=2133;SC=TATCACGGACCCCTTCCAGAA;SOR=1.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=77;TCR=31;TR=108;WE=81614677;WS=81614659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr15	81616329	rs74028612	G	A	8082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr15	81624768	rs4417518	C	T	5155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr15	81625028	rs8031046	C	T	11754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=204;NR=202;PP=2965;SC=TCGTGGCTTTCTGGGCACATA;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=408;TCF=205;TCR=203;TR=406;WE=81625036;WS=81625018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr15	81631681	rs4489964	C	T	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=14;PP=1510;SC=TCAATATGATCTAATTCCCTT;SOR=2.425;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=56;TCR=14;TR=69;WE=81631689;WS=81631671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	81635753	rs149122364	C	T	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=611;ReadPosRankSum=1.207;SC=CAATTAATTACAGACACCTAT;SOR=0.832;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=48;WE=81635761;WS=81635743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,53:0.55:97
chr15	81636267	rs7161991	C	T	11638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=196;NR=209;PP=2965;SC=CAAACTTGCTCTCCAGATCCC;SOR=0.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=405;TCF=196;TCR=209;TR=405;WE=81636275;WS=81636257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr15	81637357	.	GGAGA	G	691.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.064;QD=8.87;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr15	81637404	rs117886930	C	T	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.23;ReadPosRankSum=-1.109;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,46:0.73:63
chr15	81642028	rs9630439	C	T	8983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.03;QD=26.82;SOR=1.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr15	81642064	rs9630440	A	G	4660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=60;NR=133;PP=2965;SC=CTGCTAATTAACTTTTTTCAA;SOR=1.668;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=206;TCF=60;TCR=146;TR=193;WE=81642072;WS=81642054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr15	81642100	.	C	CTT	298.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.577;QD=15.72;ReadPosRankSum=0.618;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr15	81643915	rs9972519	A	G	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=10;PP=654;SC=CTGGGCTGGAACTCCTGACCT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=81643923;WS=81643905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	81644314	rs9972530	A	T	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=19;PP=624;SC=GCATCAATGCACTTCCAGCCC;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=81644322;WS=81644304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	81649001	rs7167034	T	C	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=47;PP=1105;SC=CTAGCACCCATGGAGCCTTTG;SOR=1.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=68;WE=81649009;WS=81648991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	81654757	rs5814058	T	TG	2601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=46;PP=2190;SC=CCTTTAATTATGATTATGGCT;SOR=2.115;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=47;WE=81654765;WS=81654747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
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chr15	82335444	rs11073028	G	A	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.59;SOR=3.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	82336154	rs143622542	G	A	3722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.45;ReadPosRankSum=0.279;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,166:0.69:241
chr15	82387862	rs3087595	G	C	3892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=87;PP=1832;ReadPosRankSum=0.169;SC=ATGCCATCGAGGAACTGAAAA;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=116;TCR=122;TR=170;WE=82387870;WS=82387852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,185:0.72:258
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chr15	82444437	rs905450	A	G	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=72;PP=1781;ReadPosRankSum=-2.138;SC=GAGTATTTTCACCCTCATTCA;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=455;TCF=236;TCR=219;TR=147;WE=82444445;WS=82444427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,156:0.32:487
chr15	82512429	rs2292189	C	G	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.621;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.274;NF=44;NR=10;PP=859;ReadPosRankSum=0.128;SC=CTCTTGGCTCCTCTCCTTTTG;SOR=1.269;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=80;TCF=63;TCR=17;TR=54;WE=82512437;WS=82512419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,59:0.67:88
chr15	82517649	.	T	TA	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=3.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.848;QD=1.61;ReadPosRankSum=1.622;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,29:0.21:135
chr15	82545214	rs4344697	A	T	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.447;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.498;NF=5;NR=31;PP=632;ReadPosRankSum=1.254;SC=ACTTATATTTAATTTGTTATT;SOR=1.678;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=36;WE=82545222;WS=82545204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr15	82558034	rs3858954	G	C	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.365;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.224;NF=16;NR=8;PP=411;ReadPosRankSum=1.904;SC=GAGTCTTAAAGCCAAGCAAGA;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=24;WE=82558042;WS=82558024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr15	82558236	.	G	GA	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=4.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.225;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr15	82563991	rs16973457	C	T	1800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=28;PP=935;ReadPosRankSum=0.009;SC=CGCCATGTGCCAGAAGAATAT;SOR=0.565;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=112;TCF=71;TCR=41;TR=74;WE=82563999;WS=82563981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,84:0.64:131
chr15	82574879	rs11630197	T	C	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=40;PP=829;ReadPosRankSum=1.936;SC=TTTTCAACCATGGGAAATCCC;SOR=0.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=68;WE=82574895;WS=82574869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,63:0.66:96
chr15	83215251	rs1267657	T	C	2368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.94;ReadPosRankSum=0.925;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,111:0.61:183
chr15	83216039	rs71156035	CT	C	37.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=7.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	83224696	rs1145171	C	T	4574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=102;NR=60;PP=2576;SC=GGTCCCAGGACGGCCACACAG;SOR=1.073;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=103;TCR=60;TR=162;WE=83224704;WS=83224686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr15	83230904	rs66642827	CT	C	450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.622;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.245;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,72:0.34:212
chr15	83240293	rs783544	A	C	3101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=1.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.308;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,141:0.62:229
chr15	83241984	rs11336258	AT	A	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.839;QD=1.18;ReadPosRankSum=-1.117;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,31:0.27:114
chr15	83297138	rs10400906	C	T	3186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.98;ReadPosRankSum=-0.858;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,152:0.67:228
chr15	83316767	.	C	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=1.237;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,30:0.31:98
chr15	83328542	rs11635442	C	G	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=61;PP=1526;ReadPosRankSum=-0.476;SC=TGGGGCTCCTCCTTCAAACCA;SOR=0.775;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=377;TCF=187;TCR=190;TR=118;WE=83328550;WS=83328532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,123:0.31:396
chr15	83331155	rs2278355	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=77;ReadPosRankSum=1.109;SC=AGACTGTTCCCGGTTTCCTCC;SOR=0.446;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=8;WE=83331163;WS=83331145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr15	83332152	rs12898427	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=85;ReadPosRankSum=-0.458;SC=CCCAGACCTGGGGAGGTCAGC;SOR=0.399;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=9;WE=83332160;WS=83332142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr15	83334128	.	AACACACACACACACACACACACAC	A	605.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.19;ReadPosRankSum=0.621;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr15	83334419	rs7494860	T	C	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.716;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=446;ReadPosRankSum=-3.000;SC=TGATTCTGGTTGGGACTTCCC;SOR=0.599;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=40;TCR=78;TR=46;WE=83334427;WS=83334409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,48:0.38:126
chr15	83395340	rs11633991	T	C	2311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=1.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=-0.831;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,132:0.33:401
chr15	83441012	rs1105287	C	A	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.552;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,42:0.31:134
chr15	83447631	rs4779061	T	G	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=1.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.327;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,73:0.30:247
chr15	83455137	rs11259947	A	G	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=1.455;SOR=1.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,36:0.39:93
chr15	83491812	rs149649485	TAATAA	T	1161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.635;QD=29.04;ReadPosRankSum=0.532;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr15	83499665	rs3814282	G	A	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=3.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=2.256;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,62:0.28:223
chr15	83499766	rs3814281	G	A	2015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.610;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=60;PP=1667;ReadPosRankSum=-0.654;SC=GACCAGCCACGTCCTCTAGTG;SOR=0.362;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=347;TCF=139;TCR=208;TR=112;WE=83499774;WS=83499756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,120:0.32:374
chr15	83521036	rs1256429	C	T	2421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FS=1.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.824;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:414,156:0.27:570
chr15	83523368	rs1256426	C	G	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=30;PP=986;ReadPosRankSum=-2.538;SC=CAGCTGGCCTCGGGGCTCACT;SOR=0.680;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=132;TCR=79;TR=80;WE=83523376;WS=83523358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,84:0.38:224
chr15	83528056	.	G	GT	57	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=15;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=57;QD=13.8;SC=ACAAGTTTTTGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=5;WE=83528064;WS=83528046;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr15	83561606	rs41310978	A	G	3156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.863;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=70;PP=1811;ReadPosRankSum=-1.976;SC=GCAATAAGAGAGTGGGCGTGT;SOR=0.529;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=223;TCF=97;TCR=126;TR=130;WE=83561614;WS=83561596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,148:0.58:253
chr15	83677270	rs373204607	CA	C	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=1.406;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,42:0.25:169
chr15	83680439	rs147639630	C	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=193;ReadPosRankSum=-2.106;SC=CCCGGCGCATCCGCTCTGGCC;SOR=0.313;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=11;WE=83680447;WS=83680429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr15	83735449	rs66531444	AGCCCG	A	1009.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;QD=42.07;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	83808031	.	TA	T	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.270;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,19:0.23:83
chr15	84116490	rs62027509	C	A	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.143;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=646;ReadPosRankSum=-1.913;SC=GGGCCGCCTGCTCTCTCCTCG;SOR=0.330;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=38;WE=84116498;WS=84116480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,45:0.75:60
chr15	84257493	rs117673766	G	A	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=0.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,99:0.26:381
chr15	84373319	rs3079595	C	CAG	360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.64;MQRankSum=3.966;QD=5.47;ReadPosRankSum=-2.009;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,14:0.21:66
chr15	84442272	rs75442575	T	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=1.995;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,26:0.33:78
chr15	84473325	.	CT	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=-0.941;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr15	84473531	rs7179507	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=0.595;SC=CTCTAAAACTGATGGTCTCTT;SOR=0.784;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=10;WE=84473539;WS=84473521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr15	84488636	rs4483821	A	G	4137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=89;NR=66;PP=2446;SC=TATCAGGGGCATTACTATGAA;SOR=0.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=89;TCR=66;TR=155;WE=84488644;WS=84488626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr15	84566528	rs78494571	G	C	4676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=103;NR=50;PP=2455;SC=GTAGTTCAATGGCTCTCCTTT;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=103;TCR=51;TR=153;WE=84566536;WS=84566518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr15	84611630	rs12901723	G	A	5261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=0.248;SC=CAAGCCTGCCGCCTCACCCCC;SOR=0.726;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=301;TCF=167;TCR=134;TR=214;WE=84611638;WS=84611620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,234:0.71:329
chr15	84651185	rs8031704	C	A	2840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=44;PP=1782;ReadPosRankSum=-0.922;SC=TTAAGTGCCCCGTGCGACGAT;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=100;TCR=65;TR=111;WE=84651193;WS=84651175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,121:0.70:173
chr15	84651290	rs7176737	T	C	10985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=223;NR=164;PP=2965;SC=TAAAAATCCATGGTCTTGCTG;SOR=0.969;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=388;TCF=223;TCR=165;TR=387;WE=84651298;WS=84651280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr15	84657643	rs11629550	T	A	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.96;ReadPosRankSum=2.531;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,56:0.67:84
chr15	84700108	rs35633782	C	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.416;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,20:0.29:68
chr15	84706461	rs950169	C	T	3060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.052;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=41;PP=1866;ReadPosRankSum=-0.186;SC=GGAGACTGCACAGACACAACT;SOR=1.126;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=200;TCF=130;TCR=70;TR=128;WE=84706469;WS=84706451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,141:0.64:220
chr15	84722521	rs1818950	A	G	3786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.480;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.756;NF=94;NR=58;PP=2312;ReadPosRankSum=-0.361;SC=GAGTTGTGAAATCCTCAAAGC;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=238;TCF=144;TCR=94;TR=152;WE=84722529;WS=84722511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,164:0.64:257
chr15	84740748	rs35648189	T	C	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=362;ReadPosRankSum=0.593;SC=AAAAACATTTTGTGTTGTAAT;SOR=0.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=39;WE=84740756;WS=84740738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,43:0.75:57
chr15	84740813	rs75924893	T	C	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5025;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=336;ReadPosRankSum=-0.699;SC=TCTAGAGCTTTACTGAAAAAA;SOR=0.976;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=21;WE=84740821;WS=84740803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr15	84749820	rs139071720	TTTA	T	1525.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQ=59.99;MQRankSum=0.823;NF=16;NR=10;PP=951;ReadPosRankSum=2.300;SC=CCTCCCAGCGTTTATTATTAT;SOR=0.600;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=26;WE=84749830;WS=84749810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,42:0.39:107
chr15	84753177	rs12437525	A	G	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=25;PP=761;SC=AATTGCTGGCAAGAAAAACAG;SOR=1.067;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=45;WE=84753185;WS=84753167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	84758840	rs1567086	A	G	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.009;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=501;ReadPosRankSum=-0.299;SC=AGACCCCGTCACTACAAAAAT;SOR=0.113;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=32;WE=84758848;WS=84758830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,35:0.81:43
chr15	84782417	rs11638297	A	C	5438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.175;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.116;SC=AGGATCACAAACTTTTGACTC;SOR=0.894;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=332;TCF=133;TCR=199;TR=224;WE=84782425;WS=84782407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,240:0.69:349
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chr15	84950110	rs62029582	G	C	3252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.36;MQRankSum=-0.554;QD=15.06;ReadPosRankSum=0.778;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,153:0.71:216
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chr15	85149771	rs2271433	G	T	7217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=123;NR=115;PP=2965;SC=TGTAGCTGTCGTTGCTTCCCT;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=124;TCR=116;TR=238;WE=85149779;WS=85149761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr15	85159397	rs10083683	C	G	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=11;PP=815;SC=GAACCTGGGACGCAGAGGTTG;SOR=1.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=85159405;WS=85159387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr15	85165699	rs11635597	C	T	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.679;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=322;ReadPosRankSum=0.473;SC=TTTGCTGCCACGTTGTTGGGC;SOR=2.419;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=17;WE=85165707;WS=85165689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr15	85175102	rs2121452	G	A	5469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=73;PP=2965;SC=TTTAGAGTGCGGTTGCAAAGC;SOR=0.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=104;TCR=74;TR=177;WE=85175110;WS=85175092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr15	85186637	rs510875	G	C	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=4;PP=524;SC=AGTCCTACATGAGCACCCTTG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=85186645;WS=85186629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	85187103	rs11630487	C	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.87;ReadPosRankSum=-1.369;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr15	85188839	rs11073619	C	T	3341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.219;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:335,192:0.36:527
chr15	85188994	rs2271432	T	C	16867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=295;NR=323;PP=2965;SC=CCAGCCGGCCTGAAGCACAGC;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=621;TCF=296;TCR=325;TR=618;WE=85189002;WS=85188984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,651:1.00:651
chr15	85189464	rs2271431	T	G	4735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.878;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.861;SC=CCTGCAGACTTCGGAGCCTCG;SOR=0.805;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=303;TCF=151;TCR=152;TR=187;WE=85189472;WS=85189454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,205:0.63:327
chr15	85191274	rs7169629	C	G	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.871;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=565;ReadPosRankSum=2.291;SC=GCTTGGGACTCCACTTCCCAT;SOR=1.068;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=137;TCF=65;TCR=72;TR=48;WE=85191282;WS=85191264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,58:0.35:164
chr15	85198362	rs1107179	G	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=187;ReadPosRankSum=0.915;SC=ACCAGGCATTGTATGTAAAGA;SOR=0.745;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=20;WE=85198370;WS=85198352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,21:0.25:83
chr15	85198676	rs117966434	G	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.587;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=-0.041;SC=GAGCCAGGGAGGGGCTCCTGA;SOR=0.307;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=10;WE=85198684;WS=85198666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr15	85200520	rs1051168	G	T	2296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=42;PP=1293;ReadPosRankSum=1.205;SC=GAGGTGTGGGGAGCTGTCCCC;SOR=0.861;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=157;TCF=89;TCR=68;TR=101;WE=85200528;WS=85200510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,110:0.64:171
chr15	85200754	rs2292462	G	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=-0.394;SC=TGGTGGCAAAGCCTGCTCCCT;SOR=0.770;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=8;WE=85200762;WS=85200744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr15	85201419	rs12904605	T	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=274;ReadPosRankSum=2.458;SC=TCGGGCGCGCTTCCCGGCCGC;SOR=0.446;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=16;WE=85201427;WS=85201409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr15	85235757	rs12900890	C	T	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=19;PP=613;SC=CTCCAACAAACTCTAAAATTC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=85235765;WS=85235747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	85259053	rs6496355	C	A	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=13;PP=987;SC=GCCCCGCCCCCGGTAGGCCCT;SOR=1.919;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=49;WE=85259061;WS=85259043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	85333953	rs2241645	A	G	10362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=205;NR=162;PP=2965;SC=AGGTATGCCAAATGCTGCTGC;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=368;TCF=206;TCR=162;TR=367;WE=85333961;WS=85333943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr15	85345686	rs150620103	G	A	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.146;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=767;ReadPosRankSum=0.074;SC=CCTGCCCTGCGGACCGTGGAA;SOR=0.262;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=46;WE=85345694;WS=85345676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,56:0.64:88
chr15	85360004	rs55736017	A	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=6.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=1.146;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,21:0.21:99
chr15	85360101	rs11857356	T	C	6212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=138;NR=70;PP=2965;SC=GGCTTGTCTATGTGCTGGGCC;SOR=1.312;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=139;TCR=71;TR=208;WE=85360109;WS=85360091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr15	85370597	rs891286	C	G	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=478;SC=CGGGGTGCTGCAGCTCTGGCC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=85370605;WS=85370587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	85382193	rs1896864	C	A	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.98;ReadPosRankSum=-0.756;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr15	85383145	rs3803403	C	G	2780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.490;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=40;PP=1741;ReadPosRankSum=-2.820;SC=GAGGTCGACACTCTGCGCAAG;SOR=1.028;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=159;TCF=95;TCR=64;TR=101;WE=85383153;WS=85383135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,115:0.64:181
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chr15	85401419	rs167379	T	C	7638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=115;PP=2965;SC=CTCTGACAGGTCTCCCGGCAG;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=145;TCR=116;TR=260;WE=85401427;WS=85401409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr15	85403340	rs2289140	C	T	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=338;ReadPosRankSum=0.240;SC=GGTGGTCCTACCCCTGCCATC;SOR=0.500;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=96;TCF=36;TCR=60;TR=33;WE=85403348;WS=85403330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,43:0.40:108
chr15	85407564	rs2289138	A	C	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=7;PP=960;SC=GCTGAGAATTACATTCTTGGA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=46;WE=85407572;WS=85407554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	85430969	rs3743162	C	T	3875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.58;ReadPosRankSum=-0.572;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,181:0.59:308
chr15	85431144	rs12442557	G	A	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.113;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=57;PP=1510;ReadPosRankSum=-2.697;SC=GCTTGAGCCCGGCTGCCGAGG;SOR=0.395;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=117;TCF=41;TCR=76;TR=90;WE=85431152;WS=85431134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,98:0.77:128
chr15	85432233	rs34130645	C	T	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=346;ReadPosRankSum=-0.018;SC=CTTTAGCCAACACGCACAGGC;SOR=0.509;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=25;WE=85432241;WS=85432223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr15	85438117	rs61602610	G	A	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,46:0.39:118
chr15	85438118	rs7166433	T	G	4062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.14;SOR=1.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr15	85438311	rs151038463	C	CTTG	4071.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.662;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.819;NF=6;NR=43;PP=2488;ReadPosRankSum=1.383;SC=GAGGAGGTTTCTCAAGCCTCA;SOR=0.987;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=83;TCF=11;TCR=72;TR=49;WE=85438319;WS=85438301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,103:0.61:170
chr15	85447220	rs1545470	C	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr15	85448684	rs2290270	G	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=221;ReadPosRankSum=0.270;SC=TCTGGGCAGGGCAATGCCCCC;SOR=0.963;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=16;WE=85448692;WS=85448674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr15	85448906	rs2290269	C	T	2244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.210;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=55;PP=1388;ReadPosRankSum=0.931;SC=GGTCTGGCTGCCCAGAGCATC;SOR=0.904;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=142;TCF=62;TCR=80;TR=94;WE=85448914;WS=85448896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,102:0.68:151
chr15	85451818	rs149982746	G	GC	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=124;ReadPosRankSum=-2.143;SC=GCCAGGTGGTGCCCCCCCCCG;SOR=0.516;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=13;WE=85451826;WS=85451808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,25:0.31:81
chr15	85461851	rs8187763	C	T	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=2.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=0.706;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,100:0.32:317
chr15	85467207	rs3825875	T	C	10887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr15	85469711	rs2343674	G	A	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	85478153	rs7163966	G	T	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.20;SOR=1.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	85478410	rs2242048	A	G	10222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=187;NR=140;PP=2965;SC=TGGACATCCAAGGGCTCAGCT;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=329;TCF=187;TCR=142;TR=327;WE=85478418;WS=85478400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr15	85478729	rs2242046	G	A	8424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=125;NR=170;PP=2965;SC=GTGGGTCGGCGACAGGAAGCA;SOR=1.157;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=296;TCF=126;TCR=170;TR=295;WE=85478737;WS=85478719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr15	85487960	rs11479919	GC	G	20661.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=269;PP=2966;SC=CGGGGGCCCTGCCCCACCCAC;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=354;TCF=75;TCR=279;TR=337;WE=85487968;WS=85487950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,612:1.00:612
chr15	85488298	rs62021453	G	A	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.816;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=16;PP=1169;ReadPosRankSum=-0.220;SC=GCACAGCCTGGTGGTGGCCCG;SOR=1.069;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=102;TCF=72;TCR=30;TR=66;WE=85488306;WS=85488288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,74:0.66:112
chr15	85488572	rs8025045	T	G	3103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=76;PP=2147;SC=TTGGGAAGGGTTCATGGAGTG;SOR=2.058;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=29;TCR=77;TR=105;WE=85488580;WS=85488562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr15	85666568	.	T	TACAC	42.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.35;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	86029097	rs11856869	C	G	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.927;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.268;NF=6;NR=30;PP=708;ReadPosRankSum=0.140;SC=AACCATATGTCCATGAATATA;SOR=0.180;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=36;WE=86029105;WS=86029087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,36:0.77:47
chr15	86063681	rs11634589	A	G	353.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=234;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GTGAGCTGAGATCACGCCACT;SOR=0.223;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=13;WE=86063689;WS=86063671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr15	86077189	rs2279168	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=186;ReadPosRankSum=0.320;SC=CTACTTTTCTATGGTCATCAT;SOR=0.933;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=16;WE=86077197;WS=86077179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,15:0.23:65
chr15	86087212	rs7162720	C	T	12738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=243;NR=190;PP=2965;SC=GCCTTATTTCCCTCCTCTCAT;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=434;TCF=244;TCR=190;TR=433;WE=86087220;WS=86087202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr15	86087309	rs2291049	T	C	6204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FS=1.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.55;ReadPosRankSum=0.249;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,293:0.64:458
chr15	86098507	rs7180143	G	T	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=13;PP=1047;SC=CATTAAGGTTGGACACTATTA;SOR=2.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=50;WE=86098515;WS=86098497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	86098647	rs7164821	T	C	6410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr15	86122654	rs2061821	T	C	3681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=66;PP=1859;SC=GACTTGGTCATGGAGCCAGGC;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=63;TCR=67;TR=128;WE=86122662;WS=86122644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr15	86122779	rs2061822	T	C	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=30;PP=1271;SC=TGCCACTGTTTGGAAGAATGT;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=76;WE=86122787;WS=86122769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr15	86122916	rs2061823	T	C	4276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=81;NR=72;PP=2255;SC=GTGCCCCTGCTGCCAGTTCCC;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=81;TCR=72;TR=153;WE=86122924;WS=86122906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr15	86123019	rs2061824	C	T	5894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=92;PP=2965;SC=TTCACGAAGTCGTGAGGAGAG;SOR=0.748;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=112;TCR=92;TR=203;WE=86123027;WS=86123009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr15	86123170	rs745191	G	T	5495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.756;SC=GCCCTTCTTGGGCTGGAAGAA;SOR=0.617;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=342;TCF=198;TCR=144;TR=226;WE=86123178;WS=86123160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,246:0.67:369
chr15	86123462	rs745192	T	C	2263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.713;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,134:0.35:379
chr15	86123833	rs4075256	T	C	3748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=62;PP=2278;SC=GACAGGGCAGTAGGCCTGTCC;SOR=0.886;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=57;TCR=62;TR=119;WE=86123841;WS=86123823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr15	86123924	rs4075255	C	T	3520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=55;PP=2012;SC=ATGAGGGTCCCGCCCCTCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=114;WE=86123932;WS=86123914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr15	86123988	rs4075254	G	A	3980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr15	86124419	rs4843073	C	T	4371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=81;NR=58;PP=2421;SC=ACAACAGCTCCGCTCTGTTGC;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=81;TCR=58;TR=139;WE=86124427;WS=86124409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr15	86124483	rs4843074	C	G	6504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=120;NR=91;PP=2965;SC=CTGCAGTCAGCCTTCTCCTCT;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=120;TCR=91;TR=211;WE=86124491;WS=86124473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr15	86124555	rs4843075	G	A	6882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=126;NR=120;PP=2965;SC=GGTGAGTGGAGATGTGACGGT;SOR=0.778;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=126;TCR=120;TR=246;WE=86124563;WS=86124545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr15	86124946	rs7162168	T	C	9464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=178;PP=2965;ReadPosRankSum=0.522;SC=AGGGAAGTCATGCGAGCCCCG;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=352;TCF=173;TCR=179;TR=350;WE=86124954;WS=86124936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,370:0.99:372
chr15	86124968	rs11633087	G	A	10039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=178;NR=173;PP=2965;SC=CTTCAGGCAGGGAAAGGAGCA;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=351;TCF=178;TCR=173;TR=351;WE=86124976;WS=86124958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr15	86125031	rs7178065	G	A	7822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=133;PP=2965;SC=TGCCTAAGGGGGCAGACTTGA;SOR=0.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=260;TCF=127;TCR=133;TR=260;WE=86125039;WS=86125021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr15	86129201	rs931082	T	A	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=33;PP=885;SC=ATAAATGTGTTTATGTTGCTG;SOR=2.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=86129209;WS=86129191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	86182512	rs56092539	A	G	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.11;ReadPosRankSum=-0.905;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr15	86182856	rs35727345	C	CT	565.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=12;PP=500;SC=ATGTAATTACCGAATTTTGTT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=86182864;WS=86182846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	86189006	rs71468130	G	GT,GTT	1040.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.62;ReadPosRankSum=1.433;SOR=0.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,15,30:0.33,0.65:46
chr15	86199049	rs17635450	C	G	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=325;ReadPosRankSum=-0.744;SC=TTTAGTGTCTCAGTGTCTGCT;SOR=0.186;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=25;WE=86199057;WS=86199039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chr15	86205478	rs189264	G	A	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=22;PP=801;ReadPosRankSum=-1.885;SC=AAAATTGTCAGTGTTACATTC;SOR=0.809;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=231;TCF=154;TCR=77;TR=70;WE=86205486;WS=86205468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,75:0.31:244
chr15	86205523	rs170931	C	G	2398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=51;PP=1500;ReadPosRankSum=-0.708;SC=ATCCGTCTGTCTCTAACTATG;SOR=0.856;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=443;TCF=265;TCR=178;TR=133;WE=86205531;WS=86205513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,141:0.30:472
chr15	86212866	rs12904047	A	G	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.773;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=15;PP=1099;ReadPosRankSum=-1.397;SC=TTATTTTACTATGTGGGTCTA;SOR=0.250;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=74;TCF=58;TCR=16;TR=60;WE=86212874;WS=86212856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,64:0.80:80
chr15	86213172	rs338523	A	G	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=26;PP=730;SC=TTTGCTTACTACTTCTTTGAG;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=86213180;WS=86213162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	86227952	rs2306225	A	G	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.047;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.733;NF=33;NR=16;PP=876;ReadPosRankSum=0.523;SC=AAAAAAATCAATCTTCTTGTT;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=49;WE=86227960;WS=86227942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,54:0.67:81
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chr15	86253911	rs8038249	T	G	4399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.809;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=106;PP=2789;ReadPosRankSum=0.691;SC=ATTCCCTTTCTGACTTTCTGG;SOR=0.803;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=321;TCF=151;TCR=170;TR=196;WE=86253919;WS=86253901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,208:0.60:344
chr15	86260700	rs3765096	C	T	3761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=92;PP=2219;ReadPosRankSum=-3.288;SC=TTACCTAGAACATAAGTCTTA;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=231;TCF=95;TCR=136;TR=155;WE=86260708;WS=86260690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,170:0.66:258
chr15	86278174	rs2241267	C	T	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=9;PP=555;SC=ACTTGTTTTCCCCTCATTGAA;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=86278182;WS=86278164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	86278309	rs2241268	G	A	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=24;PP=748;ReadPosRankSum=1.375;SC=AGATGTGGTCGGTCCCGTTTC;SOR=0.626;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=59;WE=86278317;WS=86278299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,70:0.70:100
chr15	86284817	rs13511	T	C	2749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.088;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.530;NF=50;NR=66;PP=1828;ReadPosRankSum=2.120;SC=AGCAGAAATATAGAGCCTGTT;SOR=0.473;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=166;TCF=68;TCR=98;TR=116;WE=86284825;WS=86284807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,119:0.70:169
chr15	86286675	rs1549038	G	A	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.237;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=399;ReadPosRankSum=-0.792;SC=TTGGCATCACGGACGCTGACA;SOR=0.518;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=124;TCF=79;TCR=45;TR=39;WE=86286683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,47:0.32:147
chr15	86287106	rs35016906	TGA	T	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=226;ReadPosRankSum=-0.437;SC=CTGTGCATTCTGAGAGAGGGT;SOR=0.892;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=86287115;WS=86287096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr15	86287724	rs11629690	G	A	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=562;ReadPosRankSum=-0.230;SC=CAGAAACCCCGGTGCGCAGAA;SOR=1.017;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=35;WE=86287732;WS=86287714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
chr15	86287867	rs2614668	G	A	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.337;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,46:0.27:172
chr15	86311188	rs11637444	G	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=327;ReadPosRankSum=0.821;SC=GAAGAGGTGGGACTGCATTCC;SOR=0.551;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=19;WE=86311196;WS=86311186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr15	86311695	rs1978391	G	A	10977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=770;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.815;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=212;NR=251;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.080;SC=TGGTTCCTCCGAAAACAAAGA;SOR=0.850;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=723;TCF=343;TCR=380;TR=463;WE=86311703;WS=86311685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,488:0.64:765
chr15	86312681	rs11073537	G	A	6108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.817;SC=CCTGCCTCCAGCAGTGACTCA;SOR=0.620;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=396;TCF=204;TCR=192;TR=263;WE=86312689;WS=86312671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,282:0.65:431
chr15	86313048	rs2614657	T	C	5518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=93;PP=2965;SC=ACATGGTGCGTCAGCTTGTGG;SOR=1.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=70;TCR=94;TR=163;WE=86313056;WS=86313038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr15	86697596	rs7161846	G	C	3839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.94;ReadPosRankSum=-2.087;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,176:0.68:257
chr15	86702241	rs79814209	C	T	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FS=0.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.312;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:349,139:0.28:488
chr15	86800154	rs185896474	C	T	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.13;ReadPosRankSum=-1.319;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,87:0.69:127
chr15	86800209	rs1353578	C	T	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.642;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=724;ReadPosRankSum=-0.497;SC=TCCCGGTCCCCGGGTGCATCA;SOR=0.457;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=58;WE=86800217;WS=86800199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,67:0.64:105
chr15	86806029	rs1566088	C	T	3314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.234;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=61;PP=1796;ReadPosRankSum=-0.177;SC=TGGAAACAGACGTGAACAAGC;SOR=0.618;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=221;TCF=120;TCR=101;TR=134;WE=86806037;WS=86806019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,153:0.62:245
chr15	86807761	rs10520618	A	G	4438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=81;PP=2614;ReadPosRankSum=-0.298;SC=ATTCTTCTGAAAGTGAAATCC;SOR=0.608;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=140;TCR=114;TR=178;WE=86807769;WS=86807751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,197:0.70:281
chr15	86809807	rs8041327	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=187;ReadPosRankSum=-0.977;SC=TGATGAAAATCCAGGTTAAAG;SOR=0.527;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=12;WE=86809815;WS=86809797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr15	86814654	rs11852354	T	G	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=746;ReadPosRankSum=1.029;SC=ATATTTATGATTGCATTTAGG;SOR=1.035;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=45;WE=86814662;WS=86814644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,45:0.69:65
chr15	86814866	rs11858435	A	G	3332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=67;PP=1928;ReadPosRankSum=0.176;SC=AGCCCACCCTATATTCTGTGA;SOR=0.572;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=98;TCR=96;TR=136;WE=86814874;WS=86814856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,150:0.70:214
chr15	87097468	rs9788743	T	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.648;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=348;ReadPosRankSum=0.398;SC=TTAGGGTTAATAAATGATTTA;SOR=1.837;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=21;WE=87097476;WS=87097458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr15	87099537	rs752270	T	C	3043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=68;PP=1983;ReadPosRankSum=-0.620;SC=AGCATTTATCTTGTGAAATTT;SOR=0.678;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=96;TCR=104;TR=131;WE=87099545;WS=87099527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,139:0.64:217
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chr15	87217613	rs8028043	A	G	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=52;PP=1536;SC=CTCCTGGCTCAAGCTGCAACT;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=85;WE=87217621;WS=87217603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
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chr15	88669382	rs3825882	G	C	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=525;ReadPosRankSum=-0.702;SC=ATCAGTACCAGTTAGACCCCA;SOR=0.684;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=141;TCF=95;TCR=46;TR=44;WE=88669390;WS=88669372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,44:0.30:149
chr15	88679785	rs1863480	G	A	4145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr15	88680684	rs1128994	G	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=1.654;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,40:0.29:140
chr15	88680943	rs7168040	G	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=108;ReadPosRankSum=-0.278;SC=AAAAATCCTTGTAAGTCCATA;SOR=0.573;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=12;WE=88680951;WS=88680933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr15	88690736	rs202101442	CCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTT	C,CCTTCTTCTTCTTCTTCTT	2297.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.07;QD=36.47;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,25,38:0.40,0.60:63
chr15	89056040	rs13835	C	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=38;ReadPosRankSum=0.229;SC=ACCCTCACTCCTCTCTCTGGC;SOR=1.565;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=5;WE=89056048;WS=89056030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr15	89071124	rs34611303	A	AAAC	487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.87;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr15	89155014	rs41276928	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr15	89169614	rs3743476	A	G	2829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=50;PP=1898;ReadPosRankSum=1.460;SC=TGCCTCCAGAACCAGGGTCCT;SOR=0.686;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=166;TCF=95;TCR=71;TR=112;WE=89169622;WS=89169604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,121:0.66:184
chr15	89169858	rs8027765	A	G	14089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=263;NR=253;PP=2965;SC=CTACCATGGCAATGTCCTCTA;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=516;TCF=263;TCR=253;TR=516;WE=89169866;WS=89169848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,542:1.00:542
chr15	89172352	rs3826040	C	T	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=12;PP=1457;SC=GCTGCCTCCCCCCACAGGGAT;SOR=2.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=53;TCR=12;TR=65;WE=89172360;WS=89172342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	89172558	rs3743475	G	C	12331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr15	89173136	rs3826039	A	C	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=5;PP=825;SC=TATGGTGTACAGTTGAGGTTC;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=89173144;WS=89173126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	89173657	rs3826038	A	T	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=591;SC=CCAGAGGAGTAGGGGTCATCT;SOR=3.014;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=24;WE=89173665;WS=89173647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	89182596	rs3200942	A	G	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.32;ReadPosRankSum=0.633;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,54:0.59:92
chr15	89193584	rs8041679	G	C	2258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=48;PP=1485;SC=GGCTGGGGCAGTCACAGCTGG;SOR=1.497;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=75;WE=89193592;WS=89193574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	89195526	rs1137166	A	G	4886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=114;PP=2965;SC=AGCGCCTCCTACACAAGAGCA;SOR=1.316;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=179;TCF=62;TCR=117;TR=176;WE=89195534;WS=89195516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr15	89385151	rs2293087	T	G	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.107;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=41;PP=784;ReadPosRankSum=-0.398;SC=AAGGCCACCTTCCCCTCCCCA;SOR=0.506;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=193;TCF=56;TCR=137;TR=61;WE=89385159;WS=89385141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,66:0.33:203
chr15	89386543	rs11324188	AG	A	3944.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;MQRankSum=0.233;QD=25.45;ReadPosRankSum=-1.570;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,153:0.99:155
chr15	89390434	rs12911138	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=76;ReadPosRankSum=0.810;SC=GCTGCACACCGTGGGTCCCTG;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=10;WE=89390442;WS=89390424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr15	89391160	rs2272023	C	A	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.810;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=638;ReadPosRankSum=0.484;SC=TTGTGAGCCCCCGGACCCCAT;SOR=0.501;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=154;TCF=93;TCR=61;TR=58;WE=89391168;WS=89391150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,64:0.38:169
chr15	89392745	rs1568116	T	C	7315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=158;NR=86;PP=2965;SC=CTCACAATGCTACGCTGGCCA;SOR=1.241;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=159;TCR=86;TR=244;WE=89392753;WS=89392735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr15	89398105	rs2351491	C	T	1981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=34;PP=1210;ReadPosRankSum=0.412;SC=CTTGGCCTCCCACTGGCGCAG;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=294;TCF=202;TCR=92;TR=104;WE=89398113;WS=89398095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,107:0.35:308
chr15	89398330	rs3743399	G	A	5709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=788;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=1.141;SC=CATCAGCCTCGGAAGAGCCGT;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=793;TCF=352;TCR=441;TR=298;WE=89398338;WS=89398320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:491,295:0.38:786
chr15	89398407	rs3743398	C	T	3414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=94;PP=2248;ReadPosRankSum=0.019;SC=TCTGGGGCCCCTGATGTCAGT;SOR=0.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=449;TCF=201;TCR=248;TR=170;WE=89398415;WS=89398397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,177:0.38:467
chr15	89398605	rs938608	G	T	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=33;PP=781;ReadPosRankSum=-0.604;SC=GAGTGGCCCAGCACTCCTACG;SOR=0.582;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=222;TCF=114;TCR=108;TR=69;WE=89398613;WS=89398595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,79:0.31:254
chr15	89398631	rs938609	T	A	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=586;ReadPosRankSum=-0.236;SC=TGAACTGCCCTCTGGAGCTGA;SOR=0.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=92;TCR=81;TR=57;WE=89398639;WS=89398621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,62:0.31:199
chr15	89400339	rs2882676	A	C	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-1.308;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.840;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,45:0.36:124
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chr15	89401615	rs3825994	T	G	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.562;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=42;PP=966;ReadPosRankSum=1.467;SC=GTTTCCCCACTGTCTCTCTTG;SOR=0.813;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=236;TCF=119;TCR=117;TR=79;WE=89401623;WS=89401605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,88:0.32:272
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chr15	89402239	rs1042631	T	C	3110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=71;PP=1555;ReadPosRankSum=-1.088;SC=AAGCTAACCTTGAGAGATCCT;SOR=0.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=435;TCF=236;TCR=199;TR=154;WE=89402248;WS=89402229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,172:0.36:472
chr15	89402596	rs698621	T	G	3536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FS=0.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=1.332;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:379,207:0.35:586
chr15	89415247	rs3817428	C	G	4296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1006;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=2.976;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:720,281:0.28:1001
chr15	89456356	rs3743387	G	C	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=24;ReadPosRankSum=1.146;SC=CCTCTGCCCAGCCCGGTCCCC;SOR=0.223;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=5;WE=89456364;WS=89456346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr15	89456544	rs4945	G	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=-0.679;SC=AGGCGGGGGCGCGGCATGCTG;SOR=0.826;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=10;WE=89456552;WS=89456534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr15	89731347	rs2239288	G	C	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=966;ReadPosRankSum=-0.119;SC=CTGGCTTGCTGTGGCAAGGAA;SOR=0.940;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=83;TCF=58;TCR=25;TR=56;WE=89731355;WS=89731337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,68:0.72:95
chr15	89734466	rs2239287	G	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.024;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=255;ReadPosRankSum=0.203;SC=GAATTTTCCTGGTGGAAGCTC;SOR=0.210;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=17;WE=89734474;WS=89734456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr15	89736558	rs6496562	T	C	4232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=87;PP=2712;ReadPosRankSum=-0.465;SC=CAGGTAAGTGTTTCTTCCTGC;SOR=0.646;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=288;TCF=150;TCR=138;TR=182;WE=89736566;WS=89736548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,192:0.61:313
chr15	89754954	rs950541	G	A	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=551;ReadPosRankSum=-1.047;SC=GCTGCCGTGCGACAGAACTCT;SOR=1.802;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=25;WE=89754962;WS=89754944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr15	89758552	rs4932483	A	G	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=37;PP=1045;SC=CAGAGACCTGACCTCCTGCCA;SOR=2.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=89758560;WS=89758542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	89761664	rs3825991	C	A	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.658;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=14;PP=833;ReadPosRankSum=0.933;SC=ACCTTAGAACCGGCCAGTCTA;SOR=1.362;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=83;TCF=56;TCR=27;TR=49;WE=89761672;WS=89761654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,47:0.57:82
chr15	89804043	rs17803620	C	T	3220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.38;ReadPosRankSum=0.387;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,161:0.57:283
chr15	89804111	rs16942918	G	A	2402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=59;PP=1259;ReadPosRankSum=-0.418;SC=TTGGGGGTAGGTTTTTGAGGG;SOR=0.766;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=188;TCF=86;TCR=102;TR=107;WE=89804119;WS=89804101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,119:0.55:215
chr15	89805189	rs3217022	C	CTG	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=89;ReadPosRankSum=0.652;SC=GAATTTATGTCTGGAGGTTTT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=89805197;WS=89805179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr15	89806710	rs1981623	C	T	3045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.74;ReadPosRankSum=-0.031;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,151:0.63:239
chr15	89806721	rs1981624	G	A	3293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.39;ReadPosRankSum=0.863;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,156:0.63:246
chr15	89811482	rs7497351	T	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=266;ReadPosRankSum=0.080;SC=TGCCACCACATCGGGCTGATT;SOR=0.579;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=20;WE=89811490;WS=89811476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr15	89811543	rs7496308	G	C	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=751;ReadPosRankSum=-0.816;SC=ATCAAGTGATGCGCCCGCCTT;SOR=0.374;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=47;WE=89811551;WS=89811533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,52:0.65:80
chr15	89816541	rs72300014	TA	T	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.273;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,30:0.33:90
chr15	89817689	rs11073853	G	C	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=13;PP=443;SC=ACTGGTAGAGGATACTTTTTC;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=89817697;WS=89817679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	89826496	rs9806604	C	T	3387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.586;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=89;PP=2250;ReadPosRankSum=0.122;SC=GGATTATTTACGTTAACTTGC;SOR=1.104;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=223;TCF=95;TCR=128;TR=145;WE=89826504;WS=89826486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,151:0.63:240
chr15	89836228	rs2283432	G	C	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.19;ReadPosRankSum=-0.359;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr15	89838045	rs2283431	G	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.849;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=469;ReadPosRankSum=-1.331;SC=AAGCTCTGTTGGGTGCTGCTG;SOR=0.330;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=30;WE=89838053;WS=89838035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,33:0.80:41
chr15	89838236	rs7183618	G	A	5361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=0.474;SC=CTCTGCAGAAGGTACAGCAGC;SOR=0.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=98;TCR=87;TR=184;WE=89838244;WS=89838226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,202:1.00:203
chr15	89838318	rs35875311	A	T	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=1023;ReadPosRankSum=0.014;SC=CCTCTGTGACATAACTCGGTA;SOR=0.515;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=91;TCF=33;TCR=58;TR=60;WE=89838326;WS=89838308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,65:0.66:98
chr15	89844688	rs2159081	A	C	3580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=83;PP=2286;ReadPosRankSum=-0.627;SC=TAGTACCGCTAACTTAATCCC;SOR=0.787;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=212;TCF=87;TCR=125;TR=139;WE=89844696;WS=89844678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,157:0.67:234
chr15	89857698	rs16943011	T	G	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.354;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=2683;ReadPosRankSum=1.027;SC=GCCAAAAATTTTAGATTACTG;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=38;WE=89857719;WS=89857688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr15	89857711	rs71464462	A	ATACAAG	2171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=2779;ReadPosRankSum=1.136;SC=GATTACTGGTATACAACTGCA;SOR=0.465;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=30;WE=89857719;WS=89857688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,48:0.62:77
chr15	89858602	rs1138465	T	C	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.036;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=63;PP=1235;ReadPosRankSum=-0.208;SC=GAGAGGATGGTGAAGATGAAA;SOR=0.872;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=151;TCF=58;TCR=93;TR=100;WE=89858610;WS=89858592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,106:0.63:169
chr15	89859932	rs3087377	A	AC	739.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.269;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=653;ReadPosRankSum=-1.352;SC=GGGAGCCTGCACCACCCCGAT;SOR=0.250;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=18;WE=89859940;WS=89859922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr15	89860786	rs2307438	A	C	2573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.693;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=55;PP=1537;ReadPosRankSum=0.627;SC=GACCCAATCTACTCTCACAGT;SOR=0.614;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=141;TCF=64;TCR=77;TR=103;WE=89860794;WS=89860776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,113:0.74:152
chr15	89862341	rs2302084	A	G	6827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.019;SC=CTAAGGGACCAGAAACAGAGG;SOR=0.673;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=534;TCF=272;TCR=262;TR=309;WE=89862349;WS=89862331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,325:0.59:554
chr15	89862366	rs2246900	T	C	7302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.398;SC=ACTTTGTCTTTCAGCATCTCA;SOR=0.664;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=490;TCF=247;TCR=243;TR=296;WE=89862374;WS=89862356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,318:0.61:519
chr15	89863928	rs2307449	T	G	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=158;ReadPosRankSum=-1.811;SC=GAACAGATGGTAGTACTAAAG;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=9;WE=89863936;WS=89863919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr15	89864316	rs2307433	G	GCTAC	6506.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.719;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=39;PP=2954;ReadPosRankSum=0.784;SC=CTGTCAATATGCTGAGGGGCT;SOR=0.454;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=125;TCF=51;TCR=74;TR=64;WE=89864324;WS=89864306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,157:0.66:238
chr15	89866954	rs2072266	A	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.080;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=313;ReadPosRankSum=0.742;SC=CTTAAGACCTAGGGAACTCTG;SOR=0.230;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=15;WE=89866962;WS=89866944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr15	89867154	rs2072267	A	G	3423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=68;PP=2045;ReadPosRankSum=-0.335;SC=CAAGGACCAAAGTAGTGAAGC;SOR=0.660;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=232;TCF=127;TCR=105;TR=146;WE=89867162;WS=89867144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,158:0.61:259
chr15	89869768	rs3176183	A	AC	801.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=866;ReadPosRankSum=0.599;SC=CTGTGCCAGAACCCAGACCAG;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=24;WE=89869776;WS=89869758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr15	89871499	rs3176174	T	C	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.022;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=20;PP=1232;ReadPosRankSum=-0.095;SC=GCCCTCCCCTTCAGGGCCTCT;SOR=0.279;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=98;TCF=71;TCR=27;TR=69;WE=89871507;WS=89871489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,72:0.71:101
chr15	89876236	rs2283430	C	A	2573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=28;PP=1732;ReadPosRankSum=2.303;SC=AGCACCCAGCCCGTAACAGGA;SOR=0.725;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=126;TCR=47;TR=102;WE=89876244;WS=89876226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,109:0.59:184
chr15	90023558	rs17807723	G	A	9313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=157;NR=171;PP=2965;SC=TCTAGGTTGCGTCGGTAGAGG;SOR=0.875;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=328;TCF=157;TCR=171;TR=328;WE=90023566;WS=90023548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr15	90029828	.	A	AGTGT,AGAGTGT	971.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.118;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.70;ReadPosRankSum=0.592;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,25,15:0.61,0.37:41
chr15	90119614	rs11855211	G	C	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=46;PP=1085;SC=CAAATAAATAGGAACAGTTTT;SOR=2.231;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=61;WE=90119622;WS=90119604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	90126121	rs10775247	C	T	8391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=133;NR=164;PP=2965;SC=CACTTTAAACCGTTTGCTCTA;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=299;TCF=133;TCR=166;TR=297;WE=90126129;WS=90126111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr15	90128799	rs893724	T	A	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=6;PP=920;SC=TCTACCTCTATTAATGATCAA;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=90128807;WS=90128789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	90128834	rs11639246	G	A	2863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=26;PP=1928;SC=TAGTTTTCACGTTAATAATAA;SOR=2.063;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=73;TCR=26;TR=98;WE=90128842;WS=90128824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	90128966	rs11629584	C	T	11393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=222;NR=175;PP=2965;SC=TGGTGAAGGCCGGCCCCCCAT;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=397;TCF=222;TCR=175;TR=397;WE=90128974;WS=90128956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr15	90129188	rs1540504	T	C	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=55;PP=1679;SC=GCTCCTAAACTAGTAACTAAC;SOR=2.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=25;TCR=55;TR=80;WE=90129196;WS=90129178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	90129227	rs1540503	A	C	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=28;PP=849;SC=CAGTCTTTTCAAGCATCGGGA;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=90129235;WS=90129217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	90135172	rs35892197	C	T	2830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=11;PP=1340;SC=CTTTGTATGTCCTTTGGAGGG;SOR=2.566;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=61;WE=90135180;WS=90135162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	90135196	rs8041127	A	G	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=31;PP=1981;SC=CAGTCAGTCCAGGGGAGGAGC;SOR=1.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=79;TCR=31;TR=110;WE=90135204;WS=90135186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr15	90135432	rs34494298	A	G	4495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=103;PP=2912;SC=TATCTCTTGAATATTGATTAT;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=59;TCR=103;TR=162;WE=90135440;WS=90135422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr15	90138670	rs8042146	C	T	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	90143865	rs199529840	G	A	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.71;ReadPosRankSum=-0.486;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr15	90144851	rs4932233	T	C	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=42;PP=1765;SC=TCAAAACCTATGTATGGTGTT;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=85;WE=90144859;WS=90144841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	90144894	rs4932234	T	C	3500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=47;PP=2327;SC=AGGACTACTTTTTAGGCTGGG;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=66;TCR=48;TR=112;WE=90144902;WS=90144884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr15	90144944	rs4244876	G	A	6373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=135;NR=84;PP=2965;SC=TAACTGTTCCGTATTCGATCA;SOR=1.099;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=220;TCF=135;TCR=85;TR=219;WE=90144952;WS=90144934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr15	90161355	rs2289486	G	A	7599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=155;NR=123;PP=2965;SC=GTGGTATGGAGTAATCCTTGT;SOR=0.873;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=281;TCF=156;TCR=125;TR=278;WE=90161363;WS=90161345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr15	90168108	rs894157	C	T	7901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=132;PP=2965;SC=GATGCCTTCCCGTGACGTGCA;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=134;TCR=132;TR=266;WE=90168116;WS=90168098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr15	90172133	rs12914042	C	G	2656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=46;PP=1811;SC=AATAAAGGCTCGAGGGAGAGT;SOR=1.046;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=83;WE=90172141;WS=90172123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	90172419	rs143394914	GGGGTGGGGGCTGTGGGCTGGGT	G	1592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.03;QD=44.24;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	90173734	rs35820949	C	CAG	1659.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=30;PP=1518;SC=CCTGCAGAGACGGGCACGCGT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=30;WE=90173742;WS=90173724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	90174789	rs9672286	C	T	3765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr15	90174824	rs12900805	C	T	5021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr15	90174955	rs9672296	C	T	4415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr15	90176073	rs3803530	C	A	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=1.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	90176239	.	T	TAGGGAGGGAGGGAGGG	1592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.70;QD=49.77;SOR=6.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	90176432	rs3803531	T	G	4084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=70;PP=2426;SC=TCCTCTGGAATGCCGCGATCT;SOR=0.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=67;TCR=70;TR=137;WE=90176440;WS=90176422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr15	90177159	rs11633151	C	T	7245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=116;NR=155;PP=2965;SC=GGGGCTACCGCGAGCCTGCCA;SOR=1.268;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=276;TCF=121;TCR=155;TR=271;WE=90177167;WS=90177149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr15	90188514	rs894159	A	G	6166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=79;PP=2965;SC=GCTGGCCCAGAACCGTGGAGG;SOR=1.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=120;TCR=80;TR=199;WE=90188522;WS=90188504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr15	90189054	rs146240885	G	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=4.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=1.072;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,22:0.24:92
chr15	90190048	rs1110060	A	G	3420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr15	90191827	rs8037349	T	C	4726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=103;NR=48;PP=2613;SC=CCGCTCGCCGTCTCTTCGGGT;SOR=1.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=103;TCR=49;TR=151;WE=90191835;WS=90191817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr15	90192905	rs4932240	T	C	3871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=29;PP=2905;SC=AGGTAAGCACTCCACTCCAAA;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=98;TCR=29;TR=126;WE=90192913;WS=90192895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr15	90195712	rs11634571	G	A	3598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=35;PP=2392;SC=CTAGGAAATCGACTCTTCCTC;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=87;TCR=35;TR=122;WE=90195720;WS=90195702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr15	90195765	rs11630003	AA	GG	13345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=147;NR=104;PP=2947;SC=GCAAGAGGACAAGGCAGAAAT;SOR=1.096;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=271;TCF=157;TCR=114;TR=251;WE=90195774;WS=90195755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr15	90195967	rs8179066	C	G	7556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=137;PP=2965;SC=CCTCCTGCCCCGCATCCTCGG;SOR=1.006;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=251;TCF=114;TCR=137;TR=251;WE=90195975;WS=90195957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr15	90209135	rs8179074	G	A	3047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=-1.352;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,154:0.55:281
chr15	90210263	rs2304795	A	G	2851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=54;PP=1631;ReadPosRankSum=0.715;SC=AGGAGACAGCAGGGGCTGGTG;SOR=0.736;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=182;TCF=91;TCR=91;TR=111;WE=90210271;WS=90210253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,126:0.65:194
chr15	90211047	rs894162	A	T	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=85;PP=2326;SC=GGCAGCAGATAGCTGGCTCAA;SOR=3.745;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=98;TCF=13;TCR=85;TR=97;WE=90211055;WS=90211037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	90213134	rs2304794	T	A	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=19;PP=1197;SC=CAGTGGCTGGTTGAGCCACCT;SOR=1.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=60;WE=90213142;WS=90213124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	90213229	rs6496589	G	C	5797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.05;NF=113;NR=79;PP=2965;SC=TCCTTGTCTGGAGGGAGGAGG;SOR=0.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=114;TCR=80;TR=192;WE=90213237;WS=90213219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr15	90214948	rs1077903	C	A	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=40;PP=1099;SC=TGCCCTCTTTCGCCCTTGTCT;SOR=2.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=51;WE=90214956;WS=90214938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	90226947	rs7169981	C	A	5601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=88;PP=2965;SC=GATCCCTGACCAGGCTCAGCA;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=100;TCR=88;TR=188;WE=90226955;WS=90226937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr15	90229786	.	G	GA	657.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.251;QD=4.84;ReadPosRankSum=-0.534;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,50:0.37:136
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chr15	90255099	rs8036614	T	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.389;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=108;ReadPosRankSum=0.560;SC=TGTCCAATTCTTGTACAAAAA;SOR=0.273;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=12;WE=90255107;WS=90255089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr15	90260145	rs7163367	T	A	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=1.862;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,47:0.32:148
chr15	90270567	rs3743117	T	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-1.656;SOR=0.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr15	90274639	rs5814401	T	TG	1212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.639;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=1024;ReadPosRankSum=-0.152;SC=GTGCAGAGTCTGGGGGAACCG;SOR=0.454;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=101;TCF=32;TCR=69;TR=34;WE=90274647;WS=90274629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,66:0.38:173
chr15	90281045	rs11638276	C	G	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.031;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=41;PP=1006;ReadPosRankSum=0.988;SC=CTCCGATCTCCTCCCCACTCT;SOR=0.496;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=84;TCF=21;TCR=63;TR=57;WE=90281053;WS=90281035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,61:0.65:94
chr15	90293794	rs2305440	G	C	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.09;ReadPosRankSum=2.186;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr15	90320120	rs200021459	GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC	G	3986.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=21;PP=2974;SC=GACGCAGGCGGAGGGGCAGGG;SOR=2.059;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=62;WE=90320151;WS=90320110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr15	90344352	rs8192297	T	C	1763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=3.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.76;ReadPosRankSum=-1.557;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,84:0.56:150
chr15	90346861	rs2305443	C	T	2551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=58;PP=1530;ReadPosRankSum=-0.994;SC=CCGTGCCCCACGAGGAGCGGG;SOR=0.777;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=417;TCF=236;TCR=181;TR=140;WE=90346869;WS=90346851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,150:0.34:441
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chr15	90393808	rs4932252	G	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=210;ReadPosRankSum=1.822;SC=GGGCATATTCGTACTGTATTT;SOR=0.551;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=17;WE=90393816;WS=90393798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr15	90393949	rs11435035	C	CT	575.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=19;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=177;ReadPosRankSum=1.637;SC=TGATTTTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.598;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=14;WE=90393957;WS=90393939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr15	90414642	rs3759831	C	G	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	90420673	rs12440156	G	A	3961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=96;PP=2759;SC=TAAAATACACGTAACATAAAA;SOR=2.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=41;TCR=96;TR=137;WE=90420681;WS=90420663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr15	90437301	rs3784388	C	T	3810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=92;PP=2321;ReadPosRankSum=-0.472;SC=TTGGCCCCGGCGCTCACGAGC;SOR=0.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=224;TCF=96;TCR=128;TR=162;WE=90437309;WS=90437291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,171:0.70:244
chr15	90455940	rs1256836	G	C	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=75;PP=2226;SC=AGCCGGGGCAGGGGAGGCCGA;SOR=2.419;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=17;TCR=75;TR=92;WE=90455948;WS=90455930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	90610807	rs74038806	C	A	10185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=222;NR=181;PP=2962;ReadPosRankSum=0.400;SC=CCAGTGGCGGCTGCGACGCCC;SOR=0.727;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=598;TCF=324;TCR=274;TR=403;WE=90610815;WS=90610797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,449:0.70:646
chr15	90623052	rs2970357	T	C	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.62;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,63:0.59:106
chr15	90627616	rs60147683	T	C	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.242;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=32;PP=834;ReadPosRankSum=-1.477;SC=ACATCAGGGGTGGCTCCAGGC;SOR=0.667;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=117;TCF=62;TCR=55;TR=72;WE=90627624;WS=90627606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,84:0.62:136
chr15	90634684	rs11316815	CG	C	1052.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.956;NF=23;NR=10;PP=592;ReadPosRankSum=0.448;SC=ACCAGGACAACGGGGGGGTCC;SOR=0.859;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=117;TCF=72;TCR=45;TR=33;WE=90634692;WS=90634674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,52:0.32:163
chr15	90634941	rs10852126	A	G	5078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.743;SC=CTCTCCTCCCAGCCAGGCCCG;SOR=0.922;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=50;TCR=114;TR=164;WE=90634949;WS=90634931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,178:0.99:179
chr15	90760991	rs1543116	T	C	16055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=280;NR=276;PP=2965;SC=CCCTTTCTCATTCCCCAGCTG;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=558;TCF=281;TCR=277;TR=556;WE=90760999;WS=90760981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,598:1.00:598
chr15	90761136	rs1543115	G	A	4318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=37;NR=107;PP=2965;SC=GGCCAGAGGCGGGAGGTGGGA;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=37;TCR=107;TR=144;WE=90761144;WS=90761126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr15	90762951	rs3833824	A	AG	3189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.208;NF=65;NR=11;PP=2106;ReadPosRankSum=-0.701;SC=TGGGTGTGGAAGGGGGGGCTC;SOR=2.056;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=93;TCF=75;TCR=18;TR=76;WE=90762959;WS=90762941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,104:0.98:106
chr15	90764202	rs7174036	A	G	5610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.868;SC=CCATGTGTCCACCCTCCTGCA;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=118;TCR=83;TR=199;WE=90764210;WS=90764192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,217:0.99:219
chr15	90764348	rs3825999	C	G	11576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.72;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr15	90764357	rs3826000	G	A	11330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.87;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr15	90764359	rs3826001	T	G	11121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.21;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr15	90765093	rs66795544	CG	C	3736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=67;PP=2951;SC=TTTCCCATCCCGCCAAGGAGT;SOR=2.915;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=1;TCR=67;TR=68;WE=90765112;WS=90765083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	90765104	rs35147120	A	G	3346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=60;PP=1755;SC=GCCAAGGAGTACAGCTTGGCT;SOR=2.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=13;TCR=60;TR=73;WE=90765112;WS=90765083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	90768156	rs1040083	A	G	3997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=51;PP=2523;SC=CCTGCCTGCCACCCCGAGGTG;SOR=1.390;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=92;TCR=51;TR=143;WE=90768164;WS=90768146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr15	90784207	rs7166441	A	G	8390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=173;NR=126;PP=2965;SC=GGACTGGGGCAGGCAAACCAT;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=299;TCF=173;TCR=126;TR=299;WE=90784215;WS=90784197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr15	90799320	rs77721616	C	T	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=264;ReadPosRankSum=0.807;SC=CATGCGGCCCCGGGAAAGCCT;SOR=0.561;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=27;WE=90799328;WS=90799310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,29:0.33:87
chr15	90801584	rs2048707	G	C	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=70;PP=2087;SC=GTACACTCAGGTGGTGGAACA;SOR=3.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=10;TCR=70;TR=80;WE=90801592;WS=90801574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	90809633	rs9635390	G	A	7084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=133;NR=115;PP=2965;SC=CAGATACGGTGAGACTCAGGA;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=133;TCR=115;TR=248;WE=90809641;WS=90809623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr15	91009484	rs2074585	G	A	1758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=45;PP=1047;ReadPosRankSum=0.833;SC=TCTGGTAACAGTTCTTTCCCG;SOR=0.618;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=256;TCF=128;TCR=128;TR=92;WE=91009492;WS=91009474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,97:0.35:278
chr15	91017232	rs1145325	G	A	9713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=164;NR=178;PP=2965;SC=GGCCATTAGGGGCAATTTTGC;SOR=0.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=343;TCF=165;TCR=178;TR=342;WE=91017240;WS=91017222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr15	91030797	rs138399745	C	T	4187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=82;PP=2384;ReadPosRankSum=0.111;SC=CCTAGAAACACCAGCCACCAG;SOR=0.661;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=280;TCF=147;TCR=133;TR=176;WE=91030805;WS=91030787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,197:0.62:316
chr15	91035827	rs112274735	G	A	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.826;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,93:0.34:274
chr15	91040725	rs2301832	A	T	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=43;PP=1192;SC=TGAGGGTTTCAGCATGTCTGG;SOR=2.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=61;WE=91040733;WS=91040715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	91043192	rs72311245	ATGTTTTGTTT	A	2591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=43.93;SOR=2.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	91083353	rs8033595	G	A	6357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=126;PP=2965;SC=CTGCGGAGCAGTGCGTCAGAG;SOR=0.954;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=236;TCF=110;TCR=126;TR=234;WE=91083361;WS=91083343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr15	91141810	rs7180867	A	C	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=17;PP=482;SC=AGATCCTAACATGAGTGTCTT;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=91141818;WS=91141800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	91147512	rs1104880	A	G	4491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=91;NR=59;PP=2600;SC=ACTCTTGCAGAGCGAGGTGAG;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=91;TCR=59;TR=150;WE=91147520;WS=91147502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr15	91157680	rs143951831	G	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=3.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.666;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,39:0.25:158
chr15	91181567	rs6496717	C	T	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=1;PP=835;SC=CACAGAACACCGCGGTGAGGA;SOR=3.365;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=35;WE=91181575;WS=91181557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	91308705	rs28385029	G	C	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.875;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=44;PP=1151;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CAGTCCTCTGGATAACCTTTT;SOR=0.594;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=27;TCR=71;TR=60;WE=91308713;WS=91308695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,63:0.63:100
chr15	91308728	rs17181698	C	T	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=36;PP=863;ReadPosRankSum=1.114;SC=TTAAATAGTTCGTGATTTGTA;SOR=0.929;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=72;TCF=17;TCR=55;TR=46;WE=91308736;WS=91308718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,49:0.64:76
chr15	91312823	rs3815003	T	C	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=524;ReadPosRankSum=0.634;SC=AGGTGTAAGTTGTTGCACGTC;SOR=0.452;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=43;WE=91312831;WS=91312813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,45:0.71:63
chr15	91312895	rs28385038	G	GCGCT	897.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.079;NF=2;NR=10;PP=601;ReadPosRankSum=0.520;SC=ATCACCTGTGGCGCTTTAACG;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=12;WE=91312903;WS=91312885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr15	91354782	rs16944863	A	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=0.390;SC=TGGAGTGACAATTAAGGTTTG;SOR=0.052;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=6;WE=91354790;WS=91354772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr15	91358271	rs10685387	G	GGAA	4777.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=22;PP=2753;SC=CAGGTTGAGAGGAAGGTCATT;SOR=2.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=61;WE=91358279;WS=91358261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr15	91424574	rs6226	G	C	13105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=873;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=297;NR=259;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.121;SC=GCCCTCCAGGGTTCGCCCCCC;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=819;TCF=434;TCR=385;TR=556;WE=91424586;WS=91424564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,590:0.68:872
chr15	91428290	rs11539637	C	T	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=14;PP=1380;SC=GCTTCTCTTCCGAGCTGTGCA;SOR=2.043;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=56;TCR=14;TR=70;WE=91428298;WS=91428280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	91428589	rs7183988	T	G	8035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=141;NR=132;PP=2965;SC=GGCAGGCCAATGCTTGGGAGC;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=142;TCR=132;TR=273;WE=91428597;WS=91428579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr15	91428636	rs7177338	G	A	7748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.37;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr15	91430436	rs2071383	T	C	20824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=775;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=355;NR=370;PP=2965;SC=GTGACAAGGCTAAGGACAAGT;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=726;TCF=356;TCR=370;TR=725;WE=91430444;WS=91430426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,774:1.00:774
chr15	91430617	rs2071384	G	A	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.373;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=40;PP=903;ReadPosRankSum=0.754;SC=CCGCAGCCCCGTCCCCTGGCC;SOR=1.519;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=106;TCF=40;TCR=66;TR=57;WE=91430625;WS=91430607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,67:0.56:120
chr15	91430647	rs28438927	A	C	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.132;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=556;ReadPosRankSum=0.913;SC=GAGCAGCCCTAAGCCCAGCCA;SOR=0.276;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=38;WE=91430655;WS=91430637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,39:0.43:90
chr15	91433265	rs4932376	C	G	4464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.457;SC=CTGCTGGCTACCCGCCGCAGA;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=275;TCF=114;TCR=161;TR=177;WE=91433273;WS=91433255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,203:0.64:316
chr15	91435422	rs12909124	G	A	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=52;PP=1250;ReadPosRankSum=-1.077;SC=ACCACCCAGAGACCTCCCTGC;SOR=0.803;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=112;TCF=32;TCR=80;TR=74;WE=91435430;WS=91435412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,77:0.67:115
chr15	91447686	rs2238340	G	A	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=33;PP=853;ReadPosRankSum=-0.019;SC=GTCAGTACAGGACAGGAGCCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=33;WE=91447694;WS=91447676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chr15	91449015	rs2072078	A	G	5308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.67;ReadPosRankSum=0.799;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,246:0.68:362
chr15	91450441	rs2677744	G	A	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.986;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=13;PP=1480;ReadPosRankSum=1.126;SC=TTACAGCCTCGCGGTCTATCA;SOR=1.414;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=128;TCF=102;TCR=26;TR=80;WE=91450449;WS=91450431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,91:0.64:142
chr15	91452595	rs2106673	A	G	3456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.898;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=69;PP=2191;ReadPosRankSum=-0.545;SC=AAGAAGTCCCAGCTGTTCCGA;SOR=0.592;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=289;TCF=168;TCR=121;TR=160;WE=91452603;WS=91452585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,170:0.55:308
chr15	91452836	rs2677748	T	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=2.005;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr15	91455618	rs6496737	C	T	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.456;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=59;PP=1782;ReadPosRankSum=0.663;SC=GCCACCTGACCCACAGTGGAC;SOR=0.943;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=130;TCF=40;TCR=90;TR=82;WE=91455626;WS=91455608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,91:0.65:141
chr15	91456102	rs1266492	T	C	5931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=2.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.48;ReadPosRankSum=2.244;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,255:0.71:360
chr15	91474738	rs1052535	G	C	5766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.889;SC=GTTCCTGATGGAATGAGCTGT;SOR=0.673;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=367;TCF=168;TCR=199;TR=241;WE=91474746;WS=91474728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,256:0.66:390
chr15	91478544	rs17635974	A	C	10515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=725;ExcessHet=3.0103;FS=1.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.61;ReadPosRankSum=0.017;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,489:0.68:720
chr15	91479054	rs2289619	T	C	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=696;ReadPosRankSum=1.155;SC=TGCCAGATGTTTTTTGCACCT;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=42;WE=91479062;WS=91479044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,46:0.70:66
chr15	91482935	rs12440774	G	C	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.54;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,35:0.80:44
chr15	91483531	rs17593423	C	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.662;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,32:0.25:130
chr15	91491206	rs10635983	C	CCT	2982.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.899;NF=4;NR=36;PP=1861;ReadPosRankSum=0.877;SC=GGGCCTCCTCCGTCCTGCTCT;SOR=1.007;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=69;TCF=10;TCR=59;TR=40;WE=91491214;WS=91491196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,75:0.72:104
chr15	91500260	rs11073963	A	G	3339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.743;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=96;PP=2290;ReadPosRankSum=-1.417;SC=TTGGTCCCCAATTCGACCCCT;SOR=0.448;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=220;TCF=78;TCR=142;TR=152;WE=91500268;WS=91500250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,155:0.71:218
chr15	91500296	rs10852140	T	C	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;ReadPosRankSum=1.919;SC=GCTCCCCCCATCCCCGCCGCC;SOR=0.760;Source=Platypus;TCF=10;WE=91500304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,56:0.64:87
chr15	91503049	rs6496741	A	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.6715;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=173;ReadPosRankSum=-1.698;SC=TGTCCCCAGGAGCGGATGCGA;SOR=1.022;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=12;WE=91503057;WS=91503039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr15	91503752	rs1867220	T	C	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=455;ReadPosRankSum=-0.428;SC=GGAGGCACTCTGCTCCACTCG;SOR=0.618;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=46;WE=91503760;WS=91503742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,53:0.63:84
chr15	91509734	rs14280	A	G	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=23;PP=1040;ReadPosRankSum=-0.490;SC=TCATACATGCATACCCCCAAC;SOR=0.997;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=114;TCF=78;TCR=36;TR=76;WE=91509742;WS=91509724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,85:0.67:126
chr15	91513832	rs139256619	GGGA	G	2787.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.331;NF=6;NR=31;PP=1575;ReadPosRankSum=0.569;SC=AAATGACTATGGGAGGAGGCA;SOR=0.705;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=37;WE=91513842;WS=91513822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,71:0.70:101
chr15	91517780	rs12898311	G	C	7189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=1.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.26;ReadPosRankSum=-1.838;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,313:0.66:471
chr15	91522597	rs28384140	T	G	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.634;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=55;PP=1445;ReadPosRankSum=-0.585;SC=AATCCCCGATTCCCTAAAATG;SOR=0.630;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=57;TCR=85;TR=93;WE=91522605;WS=91522587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,103:0.66:157
chr15	91523713	rs1867226	C	G	3232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.50;ReadPosRankSum=2.247;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,152:0.68:223
chr15	91523763	rs35072629	T	TG	824.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=5.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.33;ReadPosRankSum=-0.632;SOR=2.114;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,38:0.84:45
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chr15	91525318	rs11857612	C	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=389;ReadPosRankSum=-1.525;SC=GTTAAACTAACAAGTAAGTCA;SOR=0.412;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=24;WE=91525326;WS=91525308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
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chr15	91557674	rs111274092	GAA	G	2940.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.469;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.803;NF=6;NR=119;PP=2970;ReadPosRankSum=0.612;SC=CTATGAGAGAGAAAGAAAAAA;SOR=1.058;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=193;TCF=15;TCR=178;TR=125;WE=91557686;WS=91557664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,180:0.61:295
chr15	91560367	rs11857433	G	T	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=41;PP=1037;ReadPosRankSum=0.614;SC=ATTATTGAGGGCTTCCTAATT;SOR=0.915;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=67;WE=91560375;WS=91560357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,75:0.66:113
chr15	91561061	rs11542638	G	T	3898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=2.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.73;ReadPosRankSum=-3.054;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,183:0.64:284
chr15	91769465	rs2073967	G	A	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=20;PP=1376;ReadPosRankSum=-0.101;SC=ATAGCTCAAGGGGCAACCAGG;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=84;TCR=29;TR=78;WE=91769473;WS=91769455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,80:0.67:119
chr15	92459187	rs4077721	T	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.228;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=214;ReadPosRankSum=2.986;SC=GGCATCTTCTTGGATTGGCTC;SOR=0.208;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=21;WE=92459195;WS=92459177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,26:0.36:73
chr15	92647645	rs1517618	G	C	16711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=300;NR=290;PP=2965;ReadPosRankSum=0.014;SC=CGCACTCAGAGCCCGCCATGG;SOR=0.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=592;TCF=302;TCR=290;TR=590;WE=92647653;WS=92647635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,628:1.00:629
chr15	92669184	rs8033892	G	A	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=26;PP=1859;SC=CACCACAGTGGGGTCATAGGG;SOR=1.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=70;TCR=26;TR=96;WE=92669192;WS=92669174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr15	92714879	rs2240589	C	T	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.406;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=15;PP=1099;ReadPosRankSum=0.358;SC=CACTTTATTGCTTTGACTGCC;SOR=1.324;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=122;TCF=91;TCR=31;TR=72;WE=92714887;WS=92714869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,81:0.63:129
chr15	92715131	rs2270061	A	T	2875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.501;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=82;PP=2095;ReadPosRankSum=-0.118;SC=AGAACAGCCCACCACCACCCA;SOR=1.286;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=175;TCF=54;TCR=121;TR=113;WE=92715139;WS=92715121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,117:0.64:182
chr15	92715167	rs2270060	C	T	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.022;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=46;PP=1039;ReadPosRankSum=0.121;SC=TCACTTAGCGCGCTCCTCCCT;SOR=2.260;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=83;TCF=15;TCR=68;TR=52;WE=92715175;WS=92715157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,55:0.63:87
chr15	92937268	rs3743365	G	T	2010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=3.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.36;ReadPosRankSum=-0.288;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,59:0.33:177
chr15	92937276	rs3743364	C	T	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=2.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.61;ReadPosRankSum=0.907;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,65:0.33:196
chr15	92977670	rs2242113	T	G	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.503;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=36;PP=822;ReadPosRankSum=0.777;SC=GCAAATTGCTTCTCTTCGTCA;SOR=1.160;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=80;TCF=17;TCR=63;TR=44;WE=92977678;WS=92977660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,47:0.55:85
chr15	92987938	rs2305561	C	G	4959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.409;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=94;PP=2635;ReadPosRankSum=1.487;SC=CCATGAACCCCTCGGTCATCC;SOR=0.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=321;TCF=181;TCR=140;TR=215;WE=92987946;WS=92987928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,235:0.67:351
chr15	92988165	rs11637874	C	T	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=35;PP=838;ReadPosRankSum=-1.578;SC=CGCGGGTGAGCGGCCTCCCTA;SOR=0.635;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=107;TCF=47;TCR=60;TR=67;WE=92988173;WS=92988155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,81:0.66:122
chr15	93015427	rs1455773	G	A	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=2.708;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,62:0.30:209
chr15	93016128	rs13380006	C	T	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=2.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=1.780;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,61:0.34:177
chr15	93043545	rs7178722	T	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=2.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=2.023;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,48:0.28:174
chr15	93198671	rs501381	A	G	3552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.71;QD=26.12;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr15	93198678	rs68056278	TTGGAGC	T	2859.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.441;NF=11;NR=40;PP=2845;ReadPosRankSum=0.752;SC=GCCACTGCTGTTGGAGCTGGA;SOR=0.786;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=51;WE=93198691;WS=93198661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,111:0.98:113
chr15	93198784	rs2438194	A	G	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=27;PP=775;SC=GGTTCGGGCCACGGCGCGGAG;SOR=1.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=93198792;WS=93198774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	93306459	rs56099640	G	A	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	93306602	rs11634113	TG	CA	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQRankSum=3.554;QD=36.86;ReadPosRankSum=-0.871;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,21:0.91:23
chr15	93447631	rs1439619	T	G	3016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr15	93496874	rs1371390	C	T	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=39;PP=1007;SC=TTAAAGCCTTCAGTAGATCAT;SOR=3.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=93496882;WS=93496864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	93510603	rs4777755	A	G	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=24;PP=1126;SC=AGGGGAGAGAAAATGGCTACC;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=61;WE=93510611;WS=93510593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
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chr15	93515801	.	G	GT	547.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.13;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	93515802	.	C	CTTAATTTTTACTTGCATGCCTTTAGGCTACCATATGAAAGTGGTCATGAGGAGA	547.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.64;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	93521604	rs11074121	A	G	4251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=1.369;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr15	93521651	rs11074122	T	G	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.04;SOR=1.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	93522312	rs2272461	G	A	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.36;SOR=2.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	93527794	rs2272459	A	T	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=19;PP=537;SC=AGAAGTGTTGATTATTCAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=93527802;WS=93527784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	93536197	rs2272457	C	T	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	93540089	rs11630582	T	C	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=1.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	93552330	rs12915582	C	T	4012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=53;PP=2616;SC=ACAAGACTTACTTTCTGCAGA;SOR=1.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=90;TCR=54;TR=143;WE=93552338;WS=93552320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr15	93555717	rs2119010	A	G	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=34;PP=1256;SC=ACAAATACCAATTCCACAGAA;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=69;WE=93555725;WS=93555707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	93563661	rs964034	G	C	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=398;SC=GTTTTGTTTTGTGGGTCATAG;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=93563669;WS=93563651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	93567527	rs12905032	CC	TT	4463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=24;PP=2947;SC=TGAGGAAGAGCCAAGTGGGTA;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=67;TCR=26;TR=87;WE=93567536;WS=93567517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr15	93567864	rs12906163	A	C	8519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=127;NR=163;PP=2965;SC=CCTGGATCATAGGTCTCCTTT;SOR=1.135;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=127;TCR=163;TR=290;WE=93567872;WS=93567854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr15	93588264	rs4299103	G	C	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=17;PP=1069;ReadPosRankSum=0.877;SC=GGAGCGGGACGAGGGCGCCCA;SOR=0.819;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=111;TCF=81;TCR=30;TR=66;WE=93588272;WS=93588254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,71:0.59:121
chr15	93588289	rs4778078	G	A	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=18;PP=668;ReadPosRankSum=1.713;SC=GGGCCGGGGGGCCAGGGGCAG;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=107;TCR=51;TR=54;WE=93588297;WS=93588279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,60:0.35:172
chr15	93588336	rs4238485	A	C	8630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=179;NR=120;PP=2965;SC=CCCGAGTCCTATCATACAGGT;SOR=0.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=299;TCF=179;TCR=120;TR=299;WE=93588344;WS=93588326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr15	93632050	rs74029243	G	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.876;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=305;ReadPosRankSum=-0.350;SC=GAGACGCGGGGCTAAGGAAGA;SOR=1.067;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=30;WE=93632058;WS=93632040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,34:0.32:107
chr15	93632123	rs8038770	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.281;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=-0.218;SC=GAGCCGGGTCTGCCCGGCTCC;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=16;WE=93632131;WS=93632113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr15	93844616	rs12914371	T	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.817;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=173;ReadPosRankSum=-1.358;SC=GACTTCTTAGTGGTAGCACCT;SOR=2.985;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=11;WE=93844624;WS=93844614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr15	93844762	rs12909691	C	T	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=33;PP=1157;ReadPosRankSum=1.031;SC=TTCGTCCAACCTTTTGGATTG;SOR=0.623;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=154;TCF=94;TCR=60;TR=92;WE=93844770;WS=93844752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,101:0.62:162
chr15	93844836	rs34239935	G	A	7522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.73;ReadPosRankSum=1.686;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,197:0.62:317
chr15	93844843	rs12914719	T	A	7605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.38;ReadPosRankSum=1.768;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,194:0.62:312
chr15	94304132	rs12905790	C	T	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.730;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=19;PP=962;ReadPosRankSum=-1.544;SC=TAAAATAAAACAGCTGAGATG;SOR=0.601;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=91;TCR=32;TR=73;WE=94304140;WS=94304122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,82:0.61:134
chr15	94304189	rs12910750	T	C	4252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=68;PP=2613;ReadPosRankSum=0.885;SC=GGTGATTTAATTGAAGTCACC;SOR=0.787;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=295;TCF=179;TCR=116;TR=177;WE=94304197;WS=94304179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,193:0.61:315
chr15	94410009	rs11857265	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=1.465;SC=TAATAATCAGCGCCACATCTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=94410017;WS=94410000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr15	94410296	rs12908831	A	G	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.763;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,67:0.54:124
chr15	94841380	.	G	GT	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.521;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr15	94857347	rs294553	T	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=5.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.66;ReadPosRankSum=0.862;SOR=0.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr15	94857890	rs294552	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=341;ReadPosRankSum=-0.676;SC=CTTAGCCACAGGATCGATTAA;SOR=1.420;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=21;WE=94857898;WS=94857880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
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chr15	94858980	rs8024196	G	A	2496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=66;PP=1761;ReadPosRankSum=1.194;SC=GATAGACAGTGGCTCAAATCT;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=131;TCF=38;TCR=93;TR=92;WE=94858988;WS=94858970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,99:0.70:142
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chr15	94884108	rs8025851	G	C	4043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=90;NR=32;PP=2338;SC=GAGTGATCGTGTTAAATTTGA;SOR=1.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=90;TCR=33;TR=122;WE=94884116;WS=94884098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
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chr15	94899586	rs3784658	A	C	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=354;ReadPosRankSum=-0.423;SC=AAAAAAATTAAAAATTGTTTC;SOR=2.613;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=17;WE=94899594;WS=94899576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr15	94913190	rs35497644	A	AT	498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.548;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=1;PP=390;ReadPosRankSum=1.326;SC=ATTTTTGGGGATTTTTTTTTA;SOR=3.755;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=26;WE=94913198;WS=94913180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr15	94913506	rs1368841	C	A	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.346;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=33;PP=732;ReadPosRankSum=-1.612;SC=AGAAGTATGACTATAACAGTC;SOR=1.420;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=56;TCF=9;TCR=47;TR=38;WE=94913514;WS=94913496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr15	94927493	rs3217405	AT	A	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=153;ReadPosRankSum=0.287;SC=GTATCCTTTCATTTTTATAGA;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=7;WE=94927501;WS=94927483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr15	94942497	rs2289009	T	C	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=23;PP=673;SC=ATAGAGTATGTATACTGGTAA;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=94942505;WS=94942487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	94945324	rs6497203	G	A	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=35;PP=1002;SC=ATATTACAGCGTAGGTGATTA;SOR=1.385;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=58;WE=94945332;WS=94945314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	94945704	rs7180682	A	G	6459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.752;SC=ACACATTGCAATTTCATTCAG;SOR=0.554;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=388;TCF=212;TCR=176;TR=264;WE=94945712;WS=94945694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,292:0.69:424
chr15	94945719	rs7178698	G	T	12412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=227;NR=199;PP=2965;SC=ATTCAGCACCGCAAAGAGGAA;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=426;TCF=227;TCR=199;TR=426;WE=94945727;WS=94945709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr15	94986276	.	CT	C	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.758;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,38:0.44:87
chr15	98301740	rs12437740	A	G	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.15;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,68:0.67:102
chr15	98301845	rs2048115	C	T	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	98302002	rs143322276	TAAC	T	579.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=387;SC=GAACAATTTTTAACAATAGTG;SOR=2.985;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=98302012;WS=98301992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	98504100	rs4965046	G	C	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	98504326	rs12101554	A	G	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	98512622	rs5814833	CT	C	309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.124;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=27;PP=582;ReadPosRankSum=1.993;SC=AAGCAAAGCTCTTTTTTAAAA;SOR=1.791;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=83;TCF=5;TCR=78;TR=28;WE=98512636;WS=98512612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,34:0.28:121
chr15	98513845	rs2130882	T	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=284;ReadPosRankSum=0.399;SC=AGATGTGGTATCAGAGGAAGA;SOR=0.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=56;TCR=33;TR=27;WE=98513853;WS=98513835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,29:0.29:100
chr15	98514282	rs62023730	A	G	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=23;PP=806;ReadPosRankSum=-1.879;SC=GCATATAACCATCATATAATT;SOR=1.046;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=266;TCF=171;TCR=95;TR=78;WE=98514290;WS=98514272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,81:0.29:275
chr15	98514489	rs3803385	A	G	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.586;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=45;PP=984;ReadPosRankSum=0.176;SC=CTTTTTGGGAAAGAGACAGGA;SOR=1.287;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=182;TCF=56;TCR=126;TR=61;WE=98514497;WS=98514469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,61:0.33:187
chr15	98514532	rs3803386	G	C	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.306;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=42;PP=1024;ReadPosRankSum=-1.192;SC=TGAACGTCAAGACTGAAGGCA;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=9;TCR=67;TR=48;WE=98514540;WS=98514522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,51:0.64:80
chr15	98995052	rs56374714	G	GT	6353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=47;PP=2975;SC=CACAAGGGGGGTTACCTTGGT;SOR=1.047;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=88;WE=98995060;WS=98995042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr15	98995081	rs12101356	A	G	6144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=64;PP=2965;SC=GGAGACATCGAGCAGCTAACC;SOR=1.031;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=100;TCR=64;TR=164;WE=98995089;WS=98995071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr15	99192754	.	CTTTTTTTT	C	1669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=9.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.73;MQRankSum=1.236;QD=23.85;ReadPosRankSum=2.102;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,55:0.79:70
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chr15	99456253	rs2272037	T	C	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=31;PP=980;ReadPosRankSum=-1.528;SC=GAACTTTCTCTGAACTTAATT;SOR=0.580;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=67;TCR=45;TR=78;WE=99456261;WS=99456243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,89:0.71:125
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chr15	99478505	rs34389972	A	AC	1502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=3;PP=1066;SC=AGCAAGGGCCACCTGACCCTC;SOR=3.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=26;WE=99478513;WS=99478483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr15	99511793	rs1521484	C	G	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=2.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.964;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.193;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,67:0.26:261
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chr15	99511873	rs2715423	G	A	3016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.819;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=72;PP=1792;ReadPosRankSum=1.201;SC=GATGAGTGCCGCGCAGCCCTT;SOR=1.258;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=168;TCF=74;TCR=94;TR=122;WE=99511881;WS=99511863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,132:0.66:200
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chr15	99645862	rs11014	A	C	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=332;ReadPosRankSum=-0.648;SC=ACGCGACGTGAGGGAGCTGCG;SOR=0.716;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=20;WE=99645870;WS=99645852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr15	99646107	rs60530833	A	AG	1075.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=464;SC=CGCAGGAGGCAAGGCGCTGCG;SOR=1.143;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=99646115;WS=99646097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	99653666	rs2305446	C	T	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=2.357;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=3;PP=721;ReadPosRankSum=-0.149;SC=TGTTTAATAACGCCGGGTGTT;SOR=2.015;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=35;WE=99653674;WS=99653656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr15	99653800	rs2305445	T	C	4676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.906;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=95;PP=2374;ReadPosRankSum=-0.468;SC=CTTTAGAGAGTGATTGACTGC;SOR=0.466;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=306;TCF=167;TCR=139;TR=200;WE=99653808;WS=99653790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,218:0.64:338
chr15	99666979	rs5030691	G	A	4369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.466;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=73;PP=2416;ReadPosRankSum=-1.573;SC=GGCTGAGCACGTTGAAAACAT;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=254;TCF=144;TCR=110;TR=173;WE=99666987;WS=99666969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,198:0.69:285
chr15	99667524	rs260090	G	C	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.61;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,90:0.70:128
chr15	99670278	rs3134587	C	T	4738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.719;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=86;PP=2773;ReadPosRankSum=0.218;SC=AGGAGAAGAGCGTGCGAGAGA;SOR=0.657;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=306;TCF=163;TCR=143;TR=194;WE=99670286;WS=99670268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,214:0.64:334
chr15	99670518	rs1670227	T	C	5602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.318;SC=AGCAGTTCACTCAGTCTCCAG;SOR=0.579;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=374;TCF=199;TCR=175;TR=221;WE=99670526;WS=99670508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,247:0.60:412
chr15	99670989	rs3743248	T	C	6080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.351;SC=CCAAGCAGCCTCAGGAGAACA;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=392;TCF=226;TCR=166;TR=258;WE=99670997;WS=99670979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,270:0.66:411
chr15	99671760	rs260087	T	C	3263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=62;PP=2241;ReadPosRankSum=-1.440;SC=GCATTCGCTTTAGGCGTTGGG;SOR=0.605;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=97;TCR=90;TR=129;WE=99671768;WS=99671750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,138:0.68:202
chr15	99678257	rs28617660	G	A	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.31;ReadPosRankSum=0.165;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr15	99679489	rs34077294	GAGAT	G	1558.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=1237;ReadPosRankSum=1.021;SC=GAAAGGGAATGAGATAGAGAA;SOR=0.836;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=25;WE=99679504;WS=99679479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr15	99679830	rs260118	A	G	3661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.751;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=84;PP=2314;ReadPosRankSum=-1.332;SC=ACTCTCTGTGACTATCTGTAT;SOR=0.423;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=228;TCF=96;TCR=132;TR=152;WE=99679838;WS=99679820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,166:0.67:246
chr15	99701857	rs3803472	A	G	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=547;ReadPosRankSum=-0.970;SC=CACACAGTAGATGCTTAATGG;SOR=0.539;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=175;TCF=99;TCR=76;TR=54;WE=99701865;WS=99701847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,60:0.31:196
chr15	99715352	rs2602016	A	G	7010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=116;NR=119;PP=2965;SC=TCAGGATGATAAGATGTGCCT;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=116;TCR=119;TR=235;WE=99715360;WS=99715342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr15	99715502	rs151179826	A	T	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=515;ReadPosRankSum=2.108;SC=AGTGAAATCAACTCGCAGGAA;SOR=0.540;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=29;WE=99715510;WS=99715492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr15	99799474	rs62023769	C	T	12340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=218;NR=205;PP=2965;SC=GCTGAATCTTCTCCATTTGTT;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=424;TCF=218;TCR=206;TR=423;WE=99799482;WS=99799464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr15	99799750	rs1976589	T	C	5482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=89;PP=2965;SC=ACAGAATCTCTGTGTGCTTTG;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=101;TCR=90;TR=189;WE=99799758;WS=99799740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr15	99901749	rs3817147	C	G	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=1.255;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=617;ReadPosRankSum=0.763;SC=TTATTTTTCTCTCTCATTTAG;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=42;WE=99901757;WS=99901739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,47:0.80:59
chr15	99926055	rs768159	A	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=241;ReadPosRankSum=-0.490;SC=GAACATTCACATGTACATACT;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=18;WE=99926063;WS=99926048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr15	100230908	rs325385	T	C	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=11;PP=331;SC=AAGCCAGGCATAGAAAGATAG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=100230916;WS=100230898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	100243487	rs34131461	GT	G	2386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=21;PP=1429;SC=GTCCAAATATGTTTTTTCTAA;SOR=1.514;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=46;WE=100243495;WS=100243477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	100246834	rs325409	T	G	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=2;PP=967;SC=GAAAATGACATTCATATGAAA;SOR=4.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=36;WE=100246842;WS=100246824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	100246936	rs325408	T	C	10020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.34;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr15	100246942	rs325407	G	A	10258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.29;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr15	100251015	rs325403	C	G	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.470;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=52;PP=1071;ReadPosRankSum=-0.833;SC=CCTACACACTCTCTTTTCCTA;SOR=0.732;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=261;TCF=113;TCR=148;TR=89;WE=100251023;WS=100251005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,93:0.34:272
chr15	100252709	rs3138597	CCAGCAG	C	2402.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=1.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.813;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,76:0.27:277
chr15	100252735	.	AGCAGCAGCC	A	1609	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MMLQ=23;MQ=59.86;NF=18;NR=49;PP=1609;QD=24.1044776119;SC=CAGCAGCAGCAGCAGCAGCCG;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=233;TCF=50;TCR=183;TR=67;WE=100252751;WS=100252725;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:166,67:0.29:233
chr15	100252805	rs325400	G	T	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=20.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.902;SOR=1.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,66:0.25:259
chr15	100256618	rs325380	A	C	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=31;PP=858;ReadPosRankSum=0.271;SC=CAAATGGTGAAGACAATGCTA;SOR=0.641;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=295;TCF=196;TCR=99;TR=88;WE=100256626;WS=100256608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,97:0.30:322
chr15	100269309	rs6598263	T	G	3854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=31;PP=2548;SC=AAGCTGGGCCTAGTCTTTAAA;SOR=2.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=107;TCR=31;TR=138;WE=100269317;WS=100269299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr15	100269680	rs2061007	G	C	2453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.675;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,138:0.31:450
chr15	100269796	rs6598264	A	G	7338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=1.300;SC=CTGTGGTCTCAGAAGACGGGC;SOR=0.621;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=276;TCF=115;TCR=161;TR=276;WE=100269804;WS=100269786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,275:1.00:276
chr15	100271253	rs12185079	C	T	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.246;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=16;PP=738;ReadPosRankSum=-0.831;SC=AAAGAGATTTCTTAAATTAAG;SOR=1.488;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=51;WE=100271261;WS=100271243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,53:0.72:74
chr15	100272337	rs73466515	A	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=123;ReadPosRankSum=0.967;SC=CTCAGCATACATCATCAACAG;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=100272345;WS=100272327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr15	100331253	rs1060457	G	A	3777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;QD=26.23;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr15	100331819	rs2958994	A	G	4277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=59;PP=2466;SC=CAAGCAACCCAGAGGACCTGG;SOR=0.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=83;TCR=59;TR=142;WE=100331827;WS=100331809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr15	100332799	rs11639102	A	C	12476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.69;QD=43.63;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr15	100332807	rs11633999	C	T	12848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.75;QD=42.27;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr15	100333075	rs11634114	C	T	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.14;QD=30.89;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	100333090	rs201082411	T	C	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.94;QD=27.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	100339897	rs12910401	T	C	4491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=88;PP=2485;SC=GTGTTGATGTTGCCGATGATG;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=94;TCR=88;TR=182;WE=100339905;WS=100339887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr15	100339938	rs12905599	C	T	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=73;PP=2223;SC=GTGGTGCATGCGCAGCATCTC;SOR=0.711;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=136;TCF=63;TCR=73;TR=133;WE=100339946;WS=100339928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr15	100339970	rs200285387	C	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=3.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQRankSum=0.426;QD=8.06;ReadPosRankSum=2.864;SOR=1.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,19:0.25:76
chr15	100339984	rs202154374	G	C	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQRankSum=1.890;QD=18.74;ReadPosRankSum=2.580;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr15	100341157	rs12916271	T	C	3639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=43;PP=2322;SC=ACCTGCATCCTCAGTGCCACA;SOR=1.376;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=89;TCR=43;TR=132;WE=100341165;WS=100341147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
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chr15	100533218	rs7175995	C	T	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=5;PP=885;ReadPosRankSum=-0.377;SC=CCCTGCACTGCGGCACGGAGA;SOR=0.843;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=68;TCF=60;TCR=8;TR=48;WE=100533226;WS=100533208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,52:0.70:74
chr15	100537494	rs12900132	C	T	2394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.731;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=37;PP=1592;ReadPosRankSum=0.859;SC=GACCTGGGGGCGAGCGAGGGC;SOR=0.617;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=140;TCF=91;TCR=49;TR=103;WE=100537502;WS=100537484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,104:0.74:141
chr15	100589056	rs8028251	T	C	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=2.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=1.446;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,46:0.26:174
chr15	100591992	rs4965569	A	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-2.401;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,37:0.26:142
chr15	100594271	rs28529328	G	A	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=-2.000;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,49:0.31:159
chr15	100594299	rs28587358	G	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=0.011;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,22:0.23:94
chr15	100603776	rs6598297	T	A	5585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=122;NR=58;PP=2965;SC=AACACAGGCGTGAAACCAGCC;SOR=1.364;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=122;TCR=58;TR=180;WE=100603784;WS=100603766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr15	100649465	rs142688382	C	CCAGCTCCTCTAAACACGCGGCA	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.74;ReadPosRankSum=-1.940;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr15	100649473	rs75158695	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr15	100649512	rs35121839	A	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.190;HP=2;HapScore=2;MGOF=82;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=27;ReadPosRankSum=1.450;SC=ACAGTGCAGGACTGAGCTCTG;SOR=0.105;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=4;WE=100649520;WS=100649502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr15	100672237	rs12907333	T	G	9523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=176;NR=164;PP=2965;SC=TTCCTCTGCCTGAAGCGGGCT;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=340;TCF=176;TCR=164;TR=340;WE=100672245;WS=100672227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr15	100692845	rs28567966	A	G	3879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=64;PP=2219;ReadPosRankSum=-0.056;SC=GGTGGCATTCATGCCAAACAG;SOR=0.672;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=267;TCF=165;TCR=102;TR=169;WE=100692853;WS=100692835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,183:0.63:291
chr15	100693032	rs372937234	CT	C,CTTT	2335.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.480;QD=16.93;ReadPosRankSum=2.825;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,95,37:0.69,0.27:138
chr15	100794172	rs7172834	T	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.282;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=151;ReadPosRankSum=-1.144;SC=TAACTTCAAATCATTTCAGGA;SOR=0.195;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=16;WE=100794180;WS=100794162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr15	100794363	rs4369638	C	T	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=1.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.997;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,64:0.29:219
chr15	100801698	rs4965613	G	A	3670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr15	100801965	rs6598316	G	T	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=37;PP=1002;SC=GATGACTCACGGCCCTCGAAG;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=100801973;WS=100801955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	100802495	rs4965296	G	A	4520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.89;SOR=1.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	100802499	rs4965297	A	G	4586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.68;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr15	100821426	rs7496614	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=-1.331;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,21:0.29:72
chr15	100821467	rs7496640	G	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.800;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,34:0.31:111
chr15	100821576	rs7496668	G	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,33:0.24:136
chr15	100821647	rs7497712	T	C	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=-0.495;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,29:0.24:122
chr15	100881214	rs882607	G	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=51;ReadPosRankSum=-1.040;SC=CAGACCGGACGGGCCGACCCG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=5;WE=100881222;WS=100881204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr15	100881995	rs2585224	G	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.57;ReadPosRankSum=-1.529;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,33:0.43:77
chr15	100889496	rs2289584	T	G	3376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=53;PP=1842;SC=GACAGCTCGATTCTGATGGGC;SOR=0.937;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=108;WE=100889504;WS=100889486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr15	100942962	rs2439928	T	C	4013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=87;NR=49;PP=2124;SC=CTCTCAGCCCTGAGGCCGTTC;SOR=1.156;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=87;TCR=49;TR=136;WE=100942970;WS=100942952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr15	100996038	rs12595207	C	T	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.610;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.384;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,83:0.28:301
chr15	100996076	rs11323964	AT	A	8441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.038;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.248;NF=38;NR=113;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.933;SC=ATTAAGAGCAATAATATTTGG;SOR=0.543;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=215;TCF=59;TCR=156;TR=151;WE=100996084;WS=100996066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,281:0.72:389
chr15	101019529	rs2654574	C	T	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	101019793	rs12437474	C	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=-0.586;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.384;SOR=0.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr15	101019819	rs2587763	G	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.825;NF=2;NR=7;PP=134;ReadPosRankSum=0.707;SC=ATTGACCTTTGCCATATTCTT;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=9;WE=101019827;WS=101019809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr15	101020129	rs2587764	T	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.301;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=242;ReadPosRankSum=1.144;SC=CCTAAAGGAATTCACAGACAA;SOR=0.141;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=18;WE=101020137;WS=101020119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr15	101041896	rs1354332	T	C	6170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=130;NR=85;PP=2965;SC=CAAATACACGTCTGATAATCA;SOR=1.068;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=130;TCR=85;TR=215;WE=101041904;WS=101041886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr15	101109358	rs28438569	A	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.057;HP=5;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.320;NF=12;NR=3;PP=254;ReadPosRankSum=-0.134;SC=AAACCCTTTTATGGTGATGAT;SOR=0.317;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=15;WE=101109366;WS=101109354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr15	101109677	rs8451	C	A	6527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.765;SC=GAACCAGAGGCCTTGATGGAG;SOR=0.670;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=404;TCF=209;TCR=195;TR=264;WE=101109685;WS=101109667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,285:0.66:433
chr15	101109794	rs12157	C	G	4766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=98;PP=2675;ReadPosRankSum=-2.198;SC=CTAAACACTGCTCTGTGGATT;SOR=0.682;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=295;TCF=140;TCR=155;TR=187;WE=101109802;WS=101109784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,214:0.65:331
chr15	101109818	rs12460	G	A	3757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.964;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=81;PP=2196;ReadPosRankSum=-0.585;SC=CGTCAGAATCGTCAGAGCTGT;SOR=0.633;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=113;TCR=131;TR=150;WE=101109826;WS=101109808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,169:0.63:270
chr15	101109893	rs6598356	C	A	2545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=48;PP=1559;ReadPosRankSum=1.674;SC=TGGTGTGAGCCCCCTTGGACA;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=70;TCR=70;TR=96;WE=101109901;WS=101109883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,108:0.69:157
chr15	101110265	rs2411836	T	A	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=479;ReadPosRankSum=0.623;SC=CATTTTCATGTGTGTGATGGT;SOR=0.671;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=33;WE=101110273;WS=101110255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr15	101110302	rs2411837	C	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.23;ReadPosRankSum=1.461;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr15	101110356	rs2411838	T	C	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.68;ReadPosRankSum=-1.629;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr15	101110372	rs3084804	AAC	A	749.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=405;ReadPosRankSum=0.030;SC=TACAAAAATAAACAGTTTTAC;SOR=0.582;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=11;WE=101110381;WS=101110362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr15	101112342	rs1493652	T	C	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=48;PP=1446;SC=TATATATAAATTCATAGTGTC;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=59;WE=101112350;WS=101112332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	101113748	rs2062816	C	T	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.074;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr15	101113862	rs12719734	C	T	4335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=46;PP=2469;SC=TTACCTTTCACTTCACTTGCT;SOR=1.207;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=92;TCR=46;TR=137;WE=101113870;WS=101113852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr15	101113950	rs12592868	A	G	4593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.926;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=1.304;SC=CATGATCTGGACTAGTGATAA;SOR=0.827;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=302;TCF=181;TCR=121;TR=191;WE=101113958;WS=101113940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,208:0.64:326
chr15	101114418	rs8039437	G	A	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.492;NF=22;NR=42;PP=1033;ReadPosRankSum=-0.692;SC=AAATGGTGTCGAAATGAGTCA;SOR=0.597;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=64;WE=101114426;WS=101114408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,71:0.70:102
chr15	101114482	rs34231390	AAC	A	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.473;NF=0;NR=10;PP=347;ReadPosRankSum=1.108;SC=AAACAGGAAAAACAGTCTTCT;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=10;WE=101114491;WS=101114472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr15	101115448	rs4965678	C	A	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=142;SC=ATATGTGGCACACCGAGAAGG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=101115456;WS=101115438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	101120963	rs11247226	T	C	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.412;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=50;PP=998;ReadPosRankSum=0.397;SC=AGATAAAAGATGTAATCATGG;SOR=0.437;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=129;TCF=55;TCR=74;TR=90;WE=101120971;WS=101120953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,105:0.71:147
chr15	101152745	rs4965683	A	C	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=25;PP=750;SC=TACTCAACATATTATTCTCTC;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=101152753;WS=101152735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	101440988	rs4646674	A	C	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=711;ReadPosRankSum=-0.073;SC=TGTGTGTGAAACCATGGTGCT;SOR=0.810;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=145;TCF=60;TCR=85;TR=54;WE=101440996;WS=101440978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,56:0.35:160
chr15	101441055	rs4646675	T	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=140;ReadPosRankSum=0.798;SC=TCCCTCTCCGTGAAAGGAATG;SOR=1.119;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=56;TCF=9;TCR=47;TR=14;WE=101441063;WS=101441045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,14:0.24:59
chr15	101550861	.	CTT	C,CT	3013.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=2.818;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.70;ReadPosRankSum=0.064;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:25,63,132:0.29,0.60:220
chr15	101555399	rs2034809	G	A	4662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=38;PP=2965;SC=TGCAGCGTGCGCCCCTGCCAG;SOR=2.176;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=158;TCF=120;TCR=38;TR=156;WE=101555407;WS=101555389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr15	101555714	rs753930	T	A	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=17.076;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=51;PP=1419;ReadPosRankSum=-0.733;SC=TCCCCTTCAATGCCCTGTTGC;SOR=7.864;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=0;TCR=51;TR=51;WE=101555722;WS=101555704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr15	101561980	rs146724273	CGTGTGTGTGTGTGT	CGT,C	2216.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.13;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.696;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.875;NF=15,15;NR=13,13;PP=56,1311;SC=CACGTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=2.393;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=28,28;WE=101562003;WS=101561970;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.96:57
chr15	101562793	rs11247253	G	A	2856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=70;PP=2059;SC=CGGCTGGCTCGAGAGCCAAGG;SOR=2.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=25;TCR=70;TR=95;WE=101562801;WS=101562783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr15	101566118	rs4427776	C	T	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.43;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	101567971	rs41535348	C	T	5057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=1.413;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,246:0.59:416
chr15	101569467	rs11639307	T	C	3631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=80;PP=1897;SC=CGCCAGGCTGTGCAGGTTGCT;SOR=1.302;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=50;TCR=80;TR=130;WE=101569475;WS=101569457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr15	101588923	rs34698485	C	G	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=27;PP=756;SC=CACCGCGGGGCCACGTCAGCA;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=101588931;WS=101588913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	101591857	rs10710683	CG	C	4271.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=41;PP=2539;SC=GAGTGCTGCTCGGGGGGCCCT;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=80;WE=101591865;WS=101591847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr15	101591923	rs4965778	A	G	8627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=189;NR=119;PP=2965;SC=TAGCCCTGACAGCCACAGAGA;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=308;TCF=189;TCR=119;TR=308;WE=101591931;WS=101591913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr15	101593051	rs4965781	G	A	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=15;PP=1196;SC=CTCGGCCGTTGGGGCAAATGA;SOR=1.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=63;WE=101593059;WS=101593041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	101597266	rs2924845	A	G	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.006;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=37;PP=705;ReadPosRankSum=0.151;SC=GTACTTGGGGACACAGAGCCC;SOR=1.128;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=172;TCF=60;TCR=112;TR=51;WE=101597274;WS=101597256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,58:0.31:188
chr15	101598200	rs11857803	G	A	5113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=95;PP=2892;ReadPosRankSum=2.021;SC=CTCAGCGACCGCTGGCCCTGT;SOR=0.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=321;TCF=178;TCR=143;TR=212;WE=101598208;WS=101598190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,235:0.67:353
chr15	101598314	rs11853661	C	T	2378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=58;PP=1569;ReadPosRankSum=1.185;SC=AGGAGTACACCGTGGTGTTTT;SOR=0.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=145;TCF=58;TCR=87;TR=93;WE=101598322;WS=101598304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,101:0.62:163
chr15	101601367	rs148929418	C	CACTT	5781.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.264;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=37;PP=2455;ReadPosRankSum=0.685;SC=CAGTTTCTGCCACTTACAGGA;SOR=0.574;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=87;TCF=14;TCR=73;TR=46;WE=101601375;WS=101601357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,141:0.66:214
chr15	101606889	rs2924835	GC	AA	2896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=0.931;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.955;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,90:0.25:357
chr15	101607513	rs2925201	T	C	4938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=85;PP=2693;SC=GTCTACATGGTTGCAGTGATG;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=74;TCR=85;TR=159;WE=101607521;WS=101607503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr15	101717680	rs8024370	G	T	4767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.804;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=94;PP=2828;ReadPosRankSum=-1.005;SC=CCAGCTGCTGGGTGGACCCAT;SOR=0.526;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=277;TCF=150;TCR=127;TR=196;WE=101717688;WS=101717670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,212:0.71:299
chr15	101717888	rs62621399	C	T	6211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.315;SC=GCCACCCACTCGGACAAGATC;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=413;TCF=216;TCR=197;TR=273;WE=101717896;WS=101717878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,280:0.66:424
chr15	101791684	.	G	GGCCGCCGCCGCCGCCGCC	409.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;QD=45.53;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	101816619	.	AT	A	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.385;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=7.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=1.979;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr15	101826386	rs62621227	G	A	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=558;ReadPosRankSum=-1.291;SC=TTCTGAAGGTGAAGTAGAGTT;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=32;WE=101826394;WS=101826376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr15	101871941	rs34318939	G	GA	2834.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=41;PP=2074;ReadPosRankSum=1.625;SC=CCAGGCAAGAGAGACACACAA;SOR=0.768;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=80;TCF=16;TCR=64;TR=49;WE=101871949;WS=101871931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,89:0.62:143
chr15	101872306	rs2073592	G	A	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=34;PP=742;ReadPosRankSum=0.797;SC=AAATAAGCCAGATGCTGCCTG;SOR=0.601;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=49;WE=101872314;WS=101872296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,48:0.68:71
chr15	101887794	rs1030	T	C	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.813;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=322;ReadPosRankSum=1.121;SC=TCAACAACTGTTTGTGAGCCA;SOR=2.093;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=17;WE=101887802;WS=101887784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr15	101924546	rs1135911	C	T	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=1.762;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,58:0.25:228
chr15	101929632	rs141220261	ATT	A	5495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=71;PP=1428;SC=CAATCTAAACATTTTTTTTTT;SOR=1.172;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=40;TCR=75;TR=108;WE=101929642;WS=101929622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,186:0.94:197
chr15	101929825	rs6598460	G	C	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=36;PP=1047;SC=AACTCACTCTGTGGAGAAGGC;SOR=2.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=46;WE=101929833;WS=101929815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	101970308	rs2643354	G	A	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=52;PP=1577;SC=GAAATGGCATGTGACAGCTCT;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=99;WE=101970316;WS=101970298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr15	101970323	rs3825896	G	T	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=1651;ReadPosRankSum=-0.382;SC=AGCTCTGTTTGAAATGGATTT;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=61;WE=101970344;WS=101970313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,69:0.71:97
chr15	101970336	rs3825895	T	C	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=1513;ReadPosRankSum=-0.916;SC=ATGGATTTTATGTTCCGTTGG;SOR=0.896;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=56;WE=101970344;WS=101970313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,65:0.71:92
chr15	101971388	rs2643356	T	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=386;ReadPosRankSum=-1.395;SC=TCCTAATTCTTTCCAGCATAG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=20;WE=101971396;WS=101971380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr15	101972055	rs12902244	T	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=152;ReadPosRankSum=-0.628;SC=AGCCTTGCGGTAGTGGTTTTA;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=9;WE=101972063;WS=101972045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr15	101984036	rs11855154	C	T	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.872;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=544;ReadPosRankSum=0.761;SC=TGTTTATAAACGTGAAGGTGG;SOR=0.180;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=34;WE=101984044;WS=101984026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr15	102003325	rs150339071	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.176;NF=11;NR=10;PP=177;ReadPosRankSum=-1.477;SC=ACCTGGAGCCGTTGAGCATCA;SOR=0.520;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=75;TCF=45;TCR=30;TR=21;WE=102003333;WS=102003315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,21:0.25:84
chr15	102003442	rs12907397	C	T	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.886;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=734;ReadPosRankSum=1.100;SC=ATGGGAGAGACGAGAGAGGCA;SOR=0.333;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=58;WE=102003450;WS=102003432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,68:0.81:84
chr15	102029685	rs199543153	G	GGC	2208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0;NR=21;PP=1053;SC=GCGCGGCGGGGGCGGAGCAGG;SOR=0.732;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=21;WE=102029693;WS=102029675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	102190382	rs62027585	G	A	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=223;ReadPosRankSum=-0.752;SC=AGGCAAGAGAGAAGCTTATTC;SOR=0.473;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=25;WE=102190390;WS=102190372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,30:0.31:97
chr15	102191869	rs672314	G	A	3759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=86;NR=35;PP=2243;SC=ATAACTACATGTATTTACTAG;SOR=1.558;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=86;TCR=35;TR=121;WE=102191877;WS=102191859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr15	102192034	rs507903	A	G	4861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.827;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=104;PP=2784;ReadPosRankSum=1.285;SC=AGAAAACCTTATTTTGTGTGG;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=333;TCF=165;TCR=168;TR=207;WE=102192042;WS=102192024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,227:0.63:359
chr15	102192418	rs3743188	C	T	3914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=675;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=87;PP=2636;ReadPosRankSum=0.190;SC=CTCGCAGCTCCCGGGGCCCTG;SOR=0.666;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=618;TCF=357;TCR=261;TR=203;WE=102192426;WS=102192408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:454,219:0.33:673
chr15	102192540	rs675436	T	G	14110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=918;ExcessHet=3.0103;FS=1.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.44;ReadPosRankSum=0.004;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,648:0.71:914
chr15	102192548	rs2939587	A	C	32798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=829;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=346;NR=430;PP=2962;SC=CCTCAGCGGGAGCACCCCTCC;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=778;TCF=347;TCR=431;TR=776;WE=102192556;WS=102192530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,826:1.00:826
chr15	102196186	rs572705	C	T	5511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.621;SC=CAGGAATCTACAGCCATGCTT;SOR=0.577;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=382;TCF=200;TCR=182;TR=236;WE=102196194;WS=102196176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,252:0.61:412
chr15	102211654	rs606511	T	C	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.06;ReadPosRankSum=-1.495;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr15	102215765	rs8024223	G	A	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.457;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=42;PP=1251;ReadPosRankSum=0.041;SC=TCTTCCATACGACTAAAATGA;SOR=0.657;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=251;TCF=147;TCR=104;TR=96;WE=102215776;WS=102215755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,99:0.36:274
chr15	102249178	rs8038125	T	G	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.077;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,48:0.26:185
chr15	102251993	rs11247320	G	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=3.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=0.778;SOR=1.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,25:0.26:96
chr15	102264476	rs1143136	C	A	2129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=54;PP=1349;ReadPosRankSum=-2.340;SC=CTGTAGGGCGCGTTCAGCTGC;SOR=0.759;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=368;TCF=198;TCR=170;TR=120;WE=102264484;WS=102264466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,128:0.32:404
chr15	102277480	rs1052887	G	C	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=1.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.206;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,70:0.28:246
chr15	102284675	rs182931332	A	G	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQRankSum=1.018;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.754;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,63:0.18:347
chr15	102287886	rs375110977	G	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.39;MQRankSum=-1.969;QD=16.21;ReadPosRankSum=0.757;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr15	102311914	rs2641284	T	G	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.492;NF=13;NR=3;PP=240;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CCATAACTTTTTTTCCTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=16;WE=102311922;WS=102311904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr15	102312009	rs111745531	G	A	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=3.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.84;MQRankSum=-2.820;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.741;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,43:0.29:149
chr15	102312055	rs62026996	C	T	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.40;MQRankSum=-1.601;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.302;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,45:0.31:145
chr15	102312240	rs59860046	GA	G	6199.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.42;QD=34.25;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr15	102312315	rs57638732	GA	G	4136.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.55;QD=35.97;SOR=1.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr15	102312835	rs62026997	C	T	3598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=84;ReadPosRankSum=-2.084;SC=CACCCCCAGTCACTGGGGCTG;SOR=0.675;Source=Platypus;TCF=262;WE=102312843;WS=102312825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:434,209:0.33:643
chr15	102313716	rs352719	A	G	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr15	102313869	rs72761685	G	A	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=772;ReadPosRankSum=0.943;SC=AGTTTGCCAGGTTGTCCCCCT;SOR=0.570;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=94;TCF=54;TCR=40;TR=58;WE=102313877;WS=102313859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,66:0.62:106
chr15	102315736	rs11852801	A	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.106;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=206;ReadPosRankSum=-1.314;SC=AAGGAAGCAGACAATAAAGGC;SOR=1.017;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=19;WE=102315744;WS=102315726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,23:0.27:86
chr16	97610	rs798675	G	A	4675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=89;PP=2582;SC=GCTACTCATGGCTGTCAAAAG;SOR=1.128;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=72;TCR=89;TR=161;WE=97618;WS=97600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr16	103449	rs11376822	C	CG	4926.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=39;PP=2615;SC=GAGTCGCCCGCGCCCAGCGCC;SOR=0.962;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=57;WE=103457;WS=103439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr16	103517	rs183360	A	C	5731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=82;PP=2628;SC=GTGTTGCAGGAGAAGCGGTGG;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=94;TCR=82;TR=176;WE=103525;WS=103507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr16	106952	rs11435836	G	GC	597.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=380;SC=GATGGCCACTGCACTTCCTGG;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=106960;WS=106942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr16	112151	rs216602	A	G	244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.48;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	113883	rs10659183	G	GCC	8678.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=86;PP=2967;SC=GGGGCAGCATGCTGCCCCCAG;SOR=1.053;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=116;TCF=19;TCR=97;TR=105;WE=113894;WS=113873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr16	113886	rs11285099	GC	G	8746.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=91;PP=2969;SC=GCAGCATGCTGCCCCCAGGCC;SOR=1.094;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=15;TCR=95;TR=105;WE=113894;WS=113873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr16	128179	rs2562162	T	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.949;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr16	136888	rs743725	T	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-2.536;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,23:0.27:84
chr16	138772	rs57321480	A	AG	8138.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=57;PP=2221;SC=ATGCTCCGACAGCTGGCCAGC;SOR=0.779;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=20;TCR=58;TR=77;WE=138780;WS=138762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr16	142825	rs2541618	T	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.628;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=89;ReadPosRankSum=-0.977;SC=GGCAGGTGGGTCAGGACAGTG;SOR=0.064;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=8;WE=142833;WS=142815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr16	148352	rs2541616	G	A	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=728;ReadPosRankSum=0.772;SC=ACCCTGCACCGGGTATGCACC;SOR=0.674;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=135;TCF=54;TCR=81;TR=60;WE=148360;WS=148342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,63:0.43:147
chr16	160668	rs808892	T	C	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=280;ReadPosRankSum=-1.378;SC=GCCTCAGCCTTCCAAGTAGCT;SOR=0.507;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=20;WE=160676;WS=160658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr16	188303	.	AGAGGAGGACGGAGCCGGAGGCGGAGGGGGCCT	A	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=3.029;QD=10.74;ReadPosRankSum=-1.625;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr16	203132	rs2541598	C	G	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQRankSum=0.048;QD=22.41;ReadPosRankSum=2.010;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr16	203135	rs2858919	T	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQRankSum=0.048;QD=22.41;ReadPosRankSum=1.688;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr16	203144	rs2947790	A	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQRankSum=0.344;QD=7.13;ReadPosRankSum=-1.952;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr16	203152	rs12931817	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQRankSum=-1.211;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.053;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr16	216190	rs11431675	C	CG	1090.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.32;ReadPosRankSum=-1.067;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,47:0.32:149
chr16	223706	rs2541640	A	G	4941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=112;PP=2965;SC=CTGAGTGGGCAGCAGCCTGTG;SOR=1.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=51;TCR=112;TR=163;WE=223714;WS=223696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr16	223735	rs2685121	A	G	2675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=57.56;NF=16;NR=76;PP=1990;SC=GGTTCTCTCTATCCCGGAATG;SOR=3.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=16;TCR=76;TR=92;WE=223743;WS=223725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr16	240280	rs1211375	A	C	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=259;ReadPosRankSum=0.157;SC=TCCATCAGTTAATCTCCAATG;SOR=0.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=16;WE=240288;WS=240270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr16	277458	rs1203974	G	A	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=309;ReadPosRankSum=-0.966;SC=CCCATCAAATGCAATGAAAAG;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=16;WE=277466;WS=277448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr16	284556	rs7191945	G	C	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.96;ReadPosRankSum=1.914;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr16	284833	rs7202423	T	G	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=25;PP=684;SC=AGCGGCGCGGTCGGGTGAGAG;SOR=2.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=284841;WS=284823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	311970	.	CTCTCTTCCTGGGCCTTGTGTCATTGCAGCCCCAGGCTCAGGTCCT	C	1210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.038;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=7.303;NF=6;NR=10;PP=1065;ReadPosRankSum=-0.569;SC=GCTCACGTCCCTCTCTTCCTG;SOR=0.651;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=16;WE=312022;WS=311961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr16	312253	rs10903013	A	G	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.726;HP=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;ReadPosRankSum=-0.031;SC=ATCCCTGGCCAGCCTCACTCG;SOR=0.796;Source=Platypus;TCF=75;WE=312261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,68:0.43:159
chr16	313406	rs7189326	A	G	2254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.911;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=57;PP=1318;ReadPosRankSum=-0.496;SC=CCTGAGGTACAGGGTTTCCCC;SOR=0.574;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=291;TCF=136;TCR=155;TR=110;WE=313414;WS=313396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,123:0.38:325
chr16	321626	rs117340695	C	T	3531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.395;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=98;PP=2567;ReadPosRankSum=1.732;SC=GGTCCAAAATCCCCAGCAGGA;SOR=0.904;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=265;TCF=101;TCR=164;TR=152;WE=321634;WS=321616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,160:0.57:280
chr16	324030	rs112344350	T	TG	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.146;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr16	324052	rs2685126	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=331;ReadPosRankSum=0.926;SC=CCTTCTCATAATCCACCAGGG;SOR=0.534;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=109;TCF=63;TCR=46;TR=29;WE=324060;WS=324042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,17:0.20:83
chr16	325683	rs200964940	C	CG	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=244;SC=GGGGAGACCCCGGAGACCCCC;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=325703;WS=325673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	325695	rs201791993	A	AG	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=118;SC=GAGACCCCCAAGGGCCCCAGG;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=325703;WS=325673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	325732	.	A	AG	424	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=51;MMLQ=18;MQ=57.62;NF=1;NR=8;PP=424;QD=54.2050844968;SC=GGCCTCGCAGACCTCCGCCCC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=325740;WS=325722;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr16	333138	rs28365941	T	C	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=-0.275;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
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chr16	337017	rs449401	G	A	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=46;PP=1325;ReadPosRankSum=-1.545;SC=AGGGGCGGGGGCAGGGGTAGG;SOR=0.746;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=269;TCF=150;TCR=119;TR=112;WE=337025;WS=337007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,119:0.43:276
chr16	338332	rs11374767	A	AC	1143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=36;PP=1198;ReadPosRankSum=-0.571;SC=GCGTGTCCACACCCCATCCCG;SOR=0.865;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=106;TCF=4;TCR=102;TR=38;WE=338340;WS=338322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,49:0.38:129
chr16	339415	rs387467	G	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=494;ReadPosRankSum=-1.629;SC=GTGCGGGGAGGGGGCACCCCA;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=65;TCR=20;TR=38;WE=339423;WS=339405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,44:0.47:93
chr16	339672	rs412243	T	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=233;ReadPosRankSum=0.082;SC=TCCCTCCTGCTGGCCTCAGGC;SOR=0.711;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=26;WE=339680;WS=339662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,30:0.41:74
chr16	347184	rs214252	A	G	3934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=121;PP=2376;ReadPosRankSum=-0.481;SC=TCCCCGACTCAGCCTTCTTGG;SOR=0.635;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=630;TCF=268;TCR=362;TR=211;WE=347192;WS=347174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:459,230:0.33:689
chr16	347257	rs117820439	G	T	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=43;PP=824;ReadPosRankSum=0.985;SC=AGTCGCCCTGGCCTCCGGTGG;SOR=0.850;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=181;TCF=41;TCR=140;TR=54;WE=347265;WS=347247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,63:0.31:202
chr16	348222	rs214250	C	T	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=4.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.312;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,77:0.30:254
chr16	359953	rs2301522	A	G	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-1.411;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,32:0.24:136
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chr16	397044	rs758033	G	T	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=757;ReadPosRankSum=0.868;SC=TCTGCGTCAAGGAACAATGAG;SOR=0.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=168;TCF=64;TCR=104;TR=62;WE=397052;WS=397034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,63:0.34:187
chr16	417757	rs13226	T	C	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=0.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.50;ReadPosRankSum=-1.126;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,113:0.33:345
chr16	418462	rs11640313	C	G	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=810;ReadPosRankSum=-0.146;SC=GGCCGGGCCACGAGTCCCCAG;SOR=0.620;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=196;TCF=100;TCR=96;TR=68;WE=418474;WS=418452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,80:0.36:223
chr16	419092	rs3830160	A	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=2.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,30:0.27:112
chr16	419283	rs11434190	A	AG	2867.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=40;PP=2356;SC=AGGGGGGCCCAGGCAACTGCC;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=55;WE=419291;WS=419273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	419512	rs67175660	G	T	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=2.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.72;MQRankSum=9.937;QD=5.50;ReadPosRankSum=1.031;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,87:0.34:259
chr16	419614	.	C	CCCGACCTGCTCTGCTCGCCTCCCCGACCTGCTCTGCTCGCCTCT	1262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.683;ClippingRankSum=0.000;DP=570;ExcessHet=3.0103;FS=8.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.90;MQRankSum=20.138;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.026;SOR=1.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:447,35:0.07:482
chr16	419733	rs114829852	A	C	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=29.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.64;MQRankSum=6.299;QD=3.19;ReadPosRankSum=-2.186;SOR=2.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,49:0.24:202
chr16	419923	rs73492331	G	C	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.401;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,64:0.34:189
chr16	420267	rs117264571	A	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.119;HP=2;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=0.609;SC=CAGCCTGGCCAGGCCCCCGGC;SOR=2.252;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=10;WE=420275;WS=420257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr16	421912	rs17136392	G	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=0.257;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,23:0.29:78
chr16	422544	rs144177536	A	AG	1800.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.611;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,70:0.31:227
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chr16	424695	rs66485171	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=112;ReadPosRankSum=2.767;SC=GGAAAGGCACAGCACAGCACT;SOR=0.425;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=11;WE=424703;WS=424685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
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chr16	449178	rs2363759	T	G	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;ReadPosRankSum=1.198;SC=TGGGGGATCCTTCTCGGCCTT;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=43;WE=449186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,46:0.68:68
chr16	449345	rs763151	G	C	4953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.32;ReadPosRankSum=-0.898;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,229:0.62:372
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chr16	449659	rs14293	G	A	4811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.419;SC=TCCGCGCCTCGAGGGCCATGA;SOR=0.644;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=349;TCF=161;TCR=188;TR=205;WE=449667;WS=449649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,223:0.60:373
chr16	449980	rs28394836	C	T	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.961;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=10;PP=693;ReadPosRankSum=-0.100;SC=GGGGTTGGCACGGGGCAACTT;SOR=0.249;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=42;WE=449988;WS=449970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,44:0.72:61
chr16	450165	rs448063	T	C	5234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=2.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.89;ReadPosRankSum=-0.748;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,247:0.66:377
chr16	450309	rs5841	C	T	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=916;ReadPosRankSum=-1.045;SC=GCTGGGCAGACGGGGGCCAGC;SOR=0.654;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=69;WE=450317;WS=450299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,81:0.71:114
chr16	452159	rs112988705	CCTTT	C	572.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=1.214;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr16	455646	rs873477	A	G	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=773;ReadPosRankSum=-1.693;SC=AGGCAGACAGATCCCGTTTGT;SOR=0.674;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=48;WE=455654;WS=455636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,54:0.61:89
chr16	456239	rs11391097	G	GC	5112.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=52;PP=2936;SC=TGGGCCTTCAGCCTGGACTGG;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=79;WE=456247;WS=456229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr16	456291	rs11391098	G	GC	8203.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=82;PP=2975;SC=CTGGGCAGATGCCCCGGGAGT;SOR=0.701;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=131;TCF=37;TCR=94;TR=110;WE=456301;WS=456281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr16	456416	rs3743890	T	G	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=1.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=-0.627;QD=5.74;ReadPosRankSum=0.914;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,66:0.33:199
chr16	456483	rs3785290	T	C	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=456;ReadPosRankSum=0.261;SC=CCAGAGGCTATGGGGATGTTG;SOR=0.730;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=111;TCF=47;TCR=64;TR=47;WE=456491;WS=456473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,44:0.44:100
chr16	460578	rs11315123	CT	C	443.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=403;ReadPosRankSum=1.271;SC=GGGCCTCCCCCTGACGGCCGC;SOR=0.307;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=10;WE=460586;WS=460575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr16	461697	rs4984667	C	T	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.073;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=704;ReadPosRankSum=-2.739;SC=CCTCCCGGCCCCTGCGCCAGC;SOR=0.511;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=70;TCF=17;TCR=53;TR=43;WE=461705;WS=461687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,45:0.60:75
chr16	476096	rs1883371	A	G	79.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	532248	rs9935319	A	G	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=8;PP=760;SC=GTAGAGACAAATTTCACTTTG;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=532256;WS=532238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	532279	rs12917958	C	G	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=16;PP=1069;SC=TGGTCTTGAGCTCCTGGGTTC;SOR=1.410;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=59;WE=532287;WS=532269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	538711	rs3079539	C	CTT	340.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.000;QD=14.20;ReadPosRankSum=0.540;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr16	539088	rs3830847	T	TAA	4797.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=73;PP=2969;SC=CGTGCATTGGTGAGAGAACTT;SOR=2.002;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=2;TCR=74;TR=75;WE=539101;WS=539078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr16	539093	rs74390230	G	C	4460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=68;PP=2070;SC=ATTGGTGAGAGAACTTGCTTT;SOR=2.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=19;TCR=68;TR=87;WE=539101;WS=539078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
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chr16	601632	rs3213574	T	C	2578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.22;ReadPosRankSum=-1.560;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,125:0.59:211
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chr16	601892	rs28422497	T	C	2141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=2.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.14;ReadPosRankSum=-1.975;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,103:0.63:163
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chr16	679412	rs9929621	C	T	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.776;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=398;ReadPosRankSum=1.474;SC=TGACCTGCCGCGGTTGGCTGG;SOR=1.270;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=28;WE=679420;WS=679402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr16	679814	rs12447874	T	C	11721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=164;NR=211;PP=2965;SC=AAGCCCCTCCTTGGCAGCTCC;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=375;TCF=164;TCR=211;TR=375;WE=679822;WS=679804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr16	707295	rs6600229	T	G	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=348;ReadPosRankSum=-0.284;SC=GGCCCACACCTGGACACACAT;SOR=0.272;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=26;WE=707303;WS=707285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr16	712127	rs10903018	A	G	3114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=43;PP=1825;SC=CTGGGGCAGAAGCCTCATCTG;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=56;TCR=43;TR=99;WE=712135;WS=712117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr16	718514	rs7204542	C	G	9535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr16	745343	.	A	AGCCCCGCCCC	573.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.07;ReadPosRankSum=-1.299;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr16	766001	rs1076939	T	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=26.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-2.908;SOR=2.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,30:0.15:194
chr16	782644	rs36119940	C	CT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=1.322;SOR=0.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr16	813775	.	A	AGCATCCCATCCCCCGTCCCCTCCCCCACACCCCTCCCCCACCCCCATGTCCCCTCCCCACCCCTCCCCCACACCCTCCCCCACCCCTCCCCATGTCCCCTCCCCTACCTCCTCCCCCCGCGTCCCCTCCCCCC	1032.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=30.228;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.54;MQRankSum=-0.476;QD=29.51;ReadPosRankSum=2.695;SOR=5.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,27:0.77:35
chr16	813783	.	C	A	362	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=59.36;NF=1;NR=17;PP=362;QD=22.0428451415;SC=CCAGCATCCCCTCCCCCTTCC;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=18;WE=813791;WS=813773;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,18:0.75:24
chr16	814749	.	A	AC	571.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=5.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=3.167;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,31:0.29:106
chr16	815628	rs1737340	A	G	14703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,566:1.00:566
chr16	816977	rs35935235	G	A	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=0.534;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,77:0.31:249
chr16	822831	rs117278309	C	T	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=664;ReadPosRankSum=-1.140;SC=GAGCCCGGGTCAGTGGGGCAG;SOR=0.745;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=152;TCF=90;TCR=62;TR=50;WE=822839;WS=822821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,65:0.36:182
chr16	828844	rs1737342	A	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=-1.378;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr16	837310	rs531278	A	G	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=29;PP=1357;SC=TGGGGTGGGAATCCTGAGTCC;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=53;WE=837318;WS=837300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	839262	rs569951	A	G	7768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr16	845901	rs2982244	T	C	18005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=27.24;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,661:1.00:661
chr16	855342	rs614048	A	G	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=4.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,26:0.35:75
chr16	905559	rs4984949	A	C	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=3;PP=647;SC=AGGCGCCAGGAGGAATTGTCA;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=905567;WS=905553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	942989	rs11864203	G	C	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=473;ReadPosRankSum=1.388;SC=CTGCCCTCACGCTGCACGGCA;SOR=0.657;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=116;TCF=77;TCR=39;TR=35;WE=942997;WS=942979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,42:0.32:130
chr16	943107	rs4984705	A	G	2296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=59;PP=1415;ReadPosRankSum=-0.890;SC=AGTCAGTCACAGGGGCTGGGG;SOR=0.842;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=395;TCF=212;TCR=183;TR=133;WE=943115;WS=943097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,142:0.33:434
chr16	943130	rs4984706	C	G	2109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=57;ReadPosRankSum=0.074;SC=GCGGCGGCCCCGACAGAAACA;SOR=0.690;Source=Platypus;TCF=200;TR=121;WE=943138;WS=943120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,130:0.32:409
chr16	943317	rs11404654	C	CT	1468.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.595;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.583;NF=12;NR=25;PP=1171;ReadPosRankSum=-0.692;SC=CAGTGGCTTCCTTTGCGCCTT;SOR=0.690;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=104;TCF=31;TCR=73;TR=37;WE=943325;WS=943307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,71:0.38:187
chr16	943361	rs4984707	T	C	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.476;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.633;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,73:0.32:230
chr16	943534	rs4984708	C	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=337;ReadPosRankSum=-1.012;SC=CAAAGGGAGCCGAGGCGCAGG;SOR=0.746;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=21;WE=943542;WS=943524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
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chr16	997473	rs12447306	T	C	2610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.729;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=53;PP=1184;ReadPosRankSum=0.705;SC=TGTCCCTGGGTGCTGGCGGCC;SOR=0.948;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=84;TCR=81;TR=105;WE=997481;WS=997463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,122:0.66:185
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chr16	1004757	rs113750251	C	T	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=5;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=1058;ReadPosRankSum=-0.525;SC=GCGAGGCAGGCGGGAAGGGGA;SOR=1.074;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=31;WE=1004765;WS=1004733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr16	1014070	rs113896668	C	A	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.021;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
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chr16	1020874	rs111980103	C	T	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=1.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.95;ReadPosRankSum=-0.828;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,93:0.58:161
chr16	1031341	.	AGAGAGAGTGTGTGT	A	393	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=20;MQ=57.25;NF=1;NR=13;PP=393;QD=28.2857142857;SC=AGAGAGAGAGAGAGAGAGTGT;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=14;WE=1031362;WS=1031331;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr16	1034834	rs237674	T	C	10530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=163;NR=210;PP=2965;SC=ACTTCAGCAATGTGGACATCT;SOR=1.070;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=373;TCF=163;TCR=210;TR=373;WE=1034842;WS=1034824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr16	1034954	rs11542178	T	C	2843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=64;PP=1406;ReadPosRankSum=-1.215;SC=GCCAGGCCTATGGGGGCGCCT;SOR=0.625;SbPval=0.5;Source=Platypus;TCF=77;TR=118;WE=1034962;WS=1034944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,131:0.69:190
chr16	1035422	rs11542180	G	C	2282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.432;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=75;PP=1402;ReadPosRankSum=0.499;SC=CAGGCGTCAGGGGGCAGCCTT;SOR=0.842;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=158;TCF=41;TCR=117;TR=100;WE=1035430;WS=1035412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,106:0.63:169
chr16	1035456	rs11866418	A	G	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=46;PP=1133;ReadPosRankSum=-0.244;SC=GTGTGTGACCAGGGCGGGAGG;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=15;TCR=67;TR=56;WE=1035464;WS=1035446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,58:0.67:87
chr16	1115849	rs80286221	C	A	2452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.598;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=37;PP=1517;ReadPosRankSum=-1.350;SC=GAACGGCAGGCGGTGCGATTC;SOR=1.056;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=152;TCF=89;TCR=63;TR=94;WE=1115857;WS=1115839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,107:0.62:173
chr16	1115904	rs66626263	G	A	6670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.640;SC=CTGCCGGGCCGGAGGCGCCTG;SOR=0.298;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=132;TCR=98;TR=229;WE=1115912;WS=1115894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,255:1.00:256
chr16	1116169	rs7189857	A	G	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=47;PP=1907;SC=CTGGAGTTGCAGGTGAGGCCA;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=113;TCF=57;TCR=56;TR=104;WE=1116177;WS=1116159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	1116220	rs34024516	T	TG	2703.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=22;PP=1810;SC=CGGGCCGCCCTGGGGGACGCT;SOR=1.673;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=48;WE=1116228;WS=1116210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	1116243	rs35432067	C	T	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=5.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=1.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,44:0.58:76
chr16	1116445	rs530518	A	G	6700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.28;ReadPosRankSum=-0.462;SOR=0.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,254:1.00:255
chr16	1129872	rs169068	C	T	11346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=156;NR=238;PP=2965;SC=GCCACGGAGCCGCGTCCAGAC;SOR=1.263;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=396;TCF=156;TCR=240;TR=394;WE=1129880;WS=1129862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr16	1129912	rs642249	A	G	7065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=154;PP=2965;SC=AGGCCACGCCACCCGCGCACC;SOR=1.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=74;TCR=154;TR=228;WE=1129920;WS=1129902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr16	1131181	rs12599155	C	T	11912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=187;NR=280;PP=2965;SC=GGCACCTTGGCCTTGCTCTGA;SOR=1.536;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=470;TCF=188;TCR=282;TR=467;WE=1131189;WS=1131171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr16	1204051	rs147910127	CGGCGGGGGGCGGGGGGCGGGG	C	1761.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=1.116;QD=28.88;ReadPosRankSum=4.080;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,44:0.72:61
chr16	1244877	rs9936834	G	A	4443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.92;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr16	1244887	rs3751661	T	A	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.57;ReadPosRankSum=-0.757;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,82:0.57:144
chr16	1245293	rs35250176	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=11.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.40;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=0.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr16	1250559	rs8044363	T	C	6368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=0.376;SC=ACGCCTGGATTGCCATCTTCC;SOR=0.714;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=431;TCF=191;TCR=240;TR=281;WE=1250567;WS=1250549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,295:0.66:450
chr16	1252259	rs9934839	A	G	4851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.225;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=0.452;SC=CCAGCCTCAGACTGGCCACAG;SOR=0.388;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=308;TCF=145;TCR=163;TR=185;WE=1252267;WS=1252249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,206:0.61:338
chr16	1252441	rs4984636	T	C	3914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=3.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.41;ReadPosRankSum=1.276;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,176:0.69:254
chr16	1255030	rs2974835	A	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.900;HP=3;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=965;ReadPosRankSum=-1.008;SC=GGTGGGAGCCACGGGTGGGGG;SOR=2.356;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=17;WE=1255048;WS=1255022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
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chr16	1255058	rs8052049	T	G	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.088;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.823;NF=31;NR=5;PP=724;ReadPosRankSum=-0.738;SC=TCAGTGCCGGTGAGGGGTGGG;SOR=2.030;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=36;WE=1255066;WS=1255048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr16	1257731	rs12930875	G	A	10308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=212;NR=154;PP=2965;SC=CCCCACTCACGGGGCCCCTCA;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=370;TCF=213;TCR=157;TR=366;WE=1257739;WS=1257721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr16	1259980	rs202059492	T	TG	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=154;ReadPosRankSum=-1.533;SC=AGGGCCCTGATGGGGGGCCGG;SOR=0.591;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=8;WE=1259988;WS=1259970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr16	1260021	rs8056494	G	T	2949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=26;PP=1726;SC=AGAAGCCGCCGCCTCATCCCA;SOR=1.480;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=69;TCR=26;TR=95;WE=1260029;WS=1260011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	1260481	rs8063574	T	C	16205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=315;PP=2965;SC=CTGACATTGATCCCGGCAGCA;SOR=0.948;Source=Platypus;TCF=316;WE=1260489;WS=1260471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,603:1.00:603
chr16	1260767	rs2738897	G	A	7614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=205;PP=2965;SC=CCTGAGCTCAGTGCCATTGGC;SOR=2.002;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=279;TCF=74;TCR=205;TR=279;WE=1260775;WS=1260757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr16	1261024	rs2738898	C	T	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=30;PP=1143;SC=AGTCCCCTGACGCCACTGCCC;SOR=0.886;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=59;WE=1261032;WS=1261014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	1261119	rs2738899	G	A	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=25;PP=2279;SC=GCCGGCGCCTGGCAGCTGCTG;SOR=2.345;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=82;TCR=26;TR=107;WE=1261127;WS=1261109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	1261219	rs2753326	A	G	19874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.66;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr16	1261222	rs2753325	A	G	19924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.47;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr16	1261282	rs4984637	T	C	14903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=263;NR=258;PP=2965;SC=TTTTTGGCATTTTGGGTGTGC;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=523;TCF=264;TCR=259;TR=521;WE=1261290;WS=1261272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,562:1.00:562
chr16	1261377	rs2738900	G	A	6974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=140;PP=2965;SC=CAGCGCCGCTGCGGGACGGGG;SOR=1.019;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=104;TCR=141;TR=242;WE=1261385;WS=1261367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr16	1265720	rs3897150	C	T	7709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=113;NR=155;PP=2965;SC=GCTGAAGCTGCGTCCCTGCTG;SOR=1.128;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=113;TCR=155;TR=268;WE=1265728;WS=1265710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr16	1266803	rs11395347	C	CT	3048.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=17;PP=2020;SC=TTCCACTTGGCCGGGCCCGGA;SOR=1.905;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=49;WE=1266811;WS=1266793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	1268494	rs2745136	C	T	7532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=138;NR=121;PP=2965;SC=GCGCCAGGGACGCCCCAAACC;SOR=0.788;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=261;TCF=140;TCR=121;TR=259;WE=1268502;WS=1268484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr16	1269029	rs2738893	T	C	7187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr16	1270162	rs1054645	G	A	8689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr16	1270349	rs4247094	T	C	4841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=63;PP=2876;SC=ACAGCGTGGATGCTCAGGGCT;SOR=0.956;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=95;TCR=63;TR=158;WE=1270357;WS=1270339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr16	1271890	rs1004041	G	T	6072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.06;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,232:1.00:233
chr16	1272038	rs11248860	G	A	7708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr16	1272684	rs4984638	C	G	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.17;ReadPosRankSum=-0.502;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,44:0.54:82
chr16	1272865	rs4984639	G	A	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.50;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	1273025	rs35047315	C	T	144.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=108;ReadPosRankSum=-0.589;SC=CAGCTCTTCCCTCCTAGGCTT;SOR=1.609;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=6;WE=1273033;WS=1273015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr16	1273490	rs760357	C	T	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.278;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=468;ReadPosRankSum=-0.493;SC=CACACGTGCACCCTCCGCAGG;SOR=1.382;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=28;WE=1273498;WS=1273480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr16	1273638	rs909920	A	G	5341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr16	1275135	rs9938123	T	C	5496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr16	1275309	rs56245767	C	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=4.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr16	1278599	rs4360940	A	G	4205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=89;NR=57;PP=2722;SC=TGGTGTTTTGAACAGGAGGGG;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=89;TCR=57;TR=146;WE=1278607;WS=1278589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr16	1278744	rs62012862	C	T	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.97;MQRankSum=0.316;QD=19.68;ReadPosRankSum=-0.321;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,65:0.61:106
chr16	1278767	rs201725275	C	T	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.93;MQRankSum=-1.521;QD=23.38;ReadPosRankSum=2.263;SOR=1.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr16	1278806	rs199504258	G	A	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=20.34;ReadPosRankSum=1.928;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr16	1279537	rs188458795	C	G	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQRankSum=-3.072;QD=15.91;ReadPosRankSum=-0.312;SOR=0.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
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chr16	1279555	rs148897236	C	T	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQRankSum=-2.597;QD=16.42;ReadPosRankSum=-0.362;SOR=0.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
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chr16	1291075	rs71380253	T	C	62.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.14;MQRankSum=-1.150;QD=15.70;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr16	1291114	rs28580251	C	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=5.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.91;MQRankSum=1.286;QD=13.52;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
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chr16	1291385	rs3892402	G	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.86;MQRankSum=-1.008;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.927;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,12:0.18:65
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chr16	1291639	rs201223167	A	G	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=7.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.10;MQRankSum=-4.567;QD=2.64;ReadPosRankSum=-1.123;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,76:0.22:343
chr16	1291717	rs202230226	T	TG	1863.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=7.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.58;MQRankSum=-3.264;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,79:0.30:264
chr16	1291753	rs369483846	CCTGGGCTCCCT	C	939.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.10;MQRankSum=-1.337;QD=7.52;ReadPosRankSum=1.547;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,30:0.24:125
chr16	1291800	rs375717182	G	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=9.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.99;MQRankSum=0.330;QD=7.67;ReadPosRankSum=-2.123;SOR=0.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr16	1291831	rs202156919	G	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.74;MQRankSum=-1.058;QD=8.71;ReadPosRankSum=-1.096;SOR=0.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr16	1291850	rs200171211	T	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.72;MQRankSum=-1.058;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.273;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr16	1291941	rs201280504	G	A	83.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.77;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr16	1292425	rs67723611	T	C	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=1;NR=16;PP=414;SC=GACCCTTCCCTATCCTGAGCC;SOR=5.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=1292433;WS=1292415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	1306346	rs3865205	CG	GC	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=2.592;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQRankSum=-7.327;QD=0.69;ReadPosRankSum=-1.847;SOR=1.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,12:0.09:131
chr16	1306355	rs1800984	T	C	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQRankSum=-2.365;QD=16.59;ReadPosRankSum=-1.021;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,84:0.74:114
chr16	1306410	rs3993979	A	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQRankSum=0.170;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.873;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr16	1306439	rs2401941	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.972;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.455;NF=1;NR=6;PP=58;ReadPosRankSum=-0.640;SC=CTGGGGAGGCCGGGCTGGCCC;SOR=2.348;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=7;WE=1306447;WS=1306429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr16	1306642	rs61739908	C	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.958;QD=4.74;ReadPosRankSum=1.260;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,40:0.31:130
chr16	1306671	rs1141966	G	A	3165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=3.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-1.057;QD=24.35;ReadPosRankSum=1.086;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,83:0.64:130
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chr16	1306802	rs2401930	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=16.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQRankSum=-3.714;QD=0.89;ReadPosRankSum=1.034;SOR=3.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,4:0.10:39
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chr16	1306973	rs79313952	A	G	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=6.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQRankSum=-7.298;QD=10.18;ReadPosRankSum=2.484;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,43:0.30:143
chr16	1306986	rs72775467	C	T	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=4.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQRankSum=-7.709;QD=5.21;ReadPosRankSum=1.788;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,44:0.29:153
chr16	1323781	rs1610294	T	C	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=1.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.44;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,73:0.41:177
chr16	1358608	rs148430996	ATGAGGGAGGGAGGGAATTAG	A	1202.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.17;QD=40.09;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	1358917	rs11644706	A	T	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=9;PP=323;SC=GGGAGGGGGGACCGGAAGCGC;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=1358925;WS=1358907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	1358976	rs11645809	T	A	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=10;PP=230;SC=GTCCCCCACGTCCCGCCCGCG;SOR=1.493;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=16;WE=1358984;WS=1358966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	1364140	rs9941160	T	C	7916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;PP=2965;SC=GCGGACAGGCTCCCTCGGCTG;SOR=0.853;Source=Platypus;TCF=130;WE=1364148;WS=1364130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr16	1364281	rs4984806	T	C	4995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.15;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr16	1364365	rs4610	A	G	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.421;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,75:0.60:125
chr16	1370303	rs909916	T	C	5647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.44;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	1370309	rs909917	C	G	5541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.06;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr16	1370597	rs4017786	G	C	3766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=78;PP=2364;SC=GGGAGTGGAGGACACAGGCTC;SOR=1.574;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=40;TCR=78;TR=118;WE=1370605;WS=1370587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr16	1370614	rs8063770	C	G	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=65;PP=1873;SC=GCTCACCCTACGGACAGCCAG;SOR=2.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=24;TCR=65;TR=89;WE=1370622;WS=1370604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	1370630	rs8043720	A	G	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=51;PP=1472;SC=GCCAGGGTCCACGCCTCTGTG;SOR=2.964;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=11;TCR=51;TR=62;WE=1370638;WS=1370620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	1374656	rs761060	A	G	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=15;PP=1255;SC=TGGTCTGCCCAGCTGGCTCCG;SOR=2.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=66;WE=1374664;WS=1374646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	1374818	rs8063	A	G	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.914;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,100:0.32:317
chr16	1388416	rs13338616	T	C	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=17;PP=829;SC=CCATCCAGGCTGTGGGTGAGC;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=42;WE=1388424;WS=1388406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	1388888	rs7197416	C	T	7993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=169;NR=115;PP=2965;SC=TGAGCTGACCCGGCTCTTTCT;SOR=1.050;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=169;TCR=116;TR=284;WE=1388896;WS=1388878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr16	1389153	rs7202563	C	A	10500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=155;NR=207;PP=2965;SC=TCACCCTGGGCCCCACACACA;SOR=1.089;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=363;TCF=155;TCR=208;TR=362;WE=1389161;WS=1389143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr16	1389196	rs61749061	C	T	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.042;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=50;PP=942;ReadPosRankSum=0.091;SC=CCAGCACCCCCGGAGCCTGTG;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=88;TCR=126;TR=85;WE=1389204;WS=1389186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,92:0.38:241
chr16	1391221	rs34468534	G	A	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=74;PP=1805;ReadPosRankSum=0.128;SC=AGCAGACCTCGGCTGCGCCGA;SOR=0.513;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=390;TCF=185;TCR=205;TR=150;WE=1391229;WS=1391211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,156:0.39:405
chr16	1391871	rs2369699	C	G	1855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.596;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=34;PP=1214;ReadPosRankSum=-0.061;SC=ACATCTGGTACAGGCCCCTGC;SOR=1.058;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=280;TCF=163;TCR=117;TR=92;WE=1391879;WS=1391861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,99:0.33:304
chr16	1392877	rs742458	T	C	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=2.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.622;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,76:0.32:237
chr16	1393020	rs2235632	G	A	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=4.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.378;SOR=0.388;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,60:0.55:109
chr16	1393267	rs140321291	A	C	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.56;ReadPosRankSum=-2.644;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr16	1394430	rs12597545	C	T	2484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.354;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=40;PP=1613;ReadPosRankSum=0.945;SC=CTTCCTCTTCCCTGCAATCCA;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=77;TCR=58;TR=91;WE=1394438;WS=1394420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,100:0.68:148
chr16	1394507	rs1132356	A	C	7337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=152;NR=79;PP=2965;SC=ATCCTGAATGACAAGAGTCCC;SOR=1.140;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=152;TCR=79;TR=231;WE=1394515;WS=1394497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr16	1394551	rs11248872	A	G	8033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=166;NR=109;PP=2965;SC=GACCCTGGCCATGAGGGGTAC;SOR=0.943;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=166;TCR=109;TR=275;WE=1394559;WS=1394532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr16	1394741	rs151251565	AGCCAACAGG	A	5064.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FS=1.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=4.745;QD=10.60;ReadPosRankSum=-2.501;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:329,149:0.31:478
chr16	1396788	rs3215518	TGCAGGTGGGGCCAGCGGG	T	2834.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=17;PP=2957;SC=CAGGCCATTCTGCAGGTGGGG;SOR=2.531;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=34;WE=1396813;WS=1396778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	1397518	rs34339539	G	GC	2961.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.467;NF=26;NR=39;PP=2363;ReadPosRankSum=-0.662;SC=GCACCCAGGGGCCCCTCCTGA;SOR=0.830;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=103;TCF=35;TCR=68;TR=65;WE=1397526;WS=1397508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,107:0.66:163
chr16	1397815	rs1132358	C	T	4430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.249;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=65;PP=2620;ReadPosRankSum=2.869;SC=TCCCCCTGGACGCCAACGGTG;SOR=0.893;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=380;TCF=226;TCR=154;TR=195;WE=1397823;WS=1397805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,192:0.57:339
chr16	1398077	rs34766513	C	CCT	34065.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=768;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=274;PP=2930;SC=GCGAGACTCCCGACTGGCCTC;SOR=0.767;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=366;TCF=77;TCR=289;TR=347;WE=1398085;WS=1398064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,757:1.00:757
chr16	1400019	rs72779215	G	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=5.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=1.401;SOR=1.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,51:0.34:148
chr16	1400693	rs2294605	C	T	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=599;ReadPosRankSum=0.525;SC=CTGAACTGTTCCCCTGTCCGT;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=34;WE=1400701;WS=1400683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,36:0.73:49
chr16	1407792	rs4984644	T	C	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	1407809	rs4984820	T	C	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.90;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	1417408	rs4984823	T	C	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=51;PP=1573;SC=CTGCAGACCCTCTTGCCTGTG;SOR=1.636;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=80;WE=1417416;WS=1417398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	1417558	.	G	GCCCT	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.67;ReadPosRankSum=0.944;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr16	1419947	rs11248874	A	G	2266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=24;PP=1399;SC=TTGCAGTCCAACCTGGGCGAC;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=75;WE=1419955;WS=1419937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	1433766	rs12918814	T	C	9407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.412;SC=CGGGTCCTGATGGTGCTGGGG;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=332;TCF=171;TCR=161;TR=330;WE=1433774;WS=1433756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,365:0.99:367
chr16	1435449	rs117511213	G	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=-0.332;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,41:0.27:150
chr16	1447278	rs61738727	A	G	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.68;QD=25.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	1447319	.	G	A	209	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=27;MQ=52.29;NF=2;NR=10;PP=209;QD=20.3142677123;SC=AGGTGTCAGGGGGACACAGAG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=12;WE=1447327;WS=1447309;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,12:0.63:19
chr16	1451519	rs761068	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=10.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.81;ReadPosRankSum=-0.938;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr16	1451847	rs117069883	G	A	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.050;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=39;PP=957;ReadPosRankSum=1.087;SC=AGTGTGTGGCGCTCCGCTGTC;SOR=0.401;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=63;WE=1451855;WS=1451837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,63:0.65:97
chr16	1455900	rs8044833	C	T	12244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=244;NR=203;PP=2965;SC=CCTCAGGAAGCTCTCACCTGA;SOR=0.846;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=452;TCF=249;TCR=203;TR=447;WE=1455908;WS=1455890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr16	1458381	rs1609562	G	C	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	1458561	rs2179534	T	C	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	1464636	rs111437424	A	C	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.93;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	1476465	rs4984834	A	G	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=13;PP=370;SC=AGTTAATCTCAGTCTCAAACA;SOR=3.912;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=14;WE=1476473;WS=1476455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	1478319	rs113339946	C	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=234;ReadPosRankSum=-0.167;SC=CCAGGCTGTCCGCTCCGCGGG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=18;WE=1478327;WS=1478309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr16	1479250	rs11646599	C	T	5041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=1.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.24;ReadPosRankSum=1.062;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,230:0.65:354
chr16	1484338	rs7192100	A	G	2051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=32;PP=2552;ReadPosRankSum=0.182;SC=TCAGCCCCACAGGCCCTGGGT;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=78;TCR=47;TR=86;WE=1484356;WS=1484328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,97:0.68:142
chr16	1484348	rs7196951	T	G	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.403;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=1158;ReadPosRankSum=-0.534;SC=AGGCCCTGGGTAGGCTGTCTC;SOR=0.565;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=133;TCF=80;TCR=53;TR=41;WE=1484356;WS=1484328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,46:0.31:150
chr16	1484385	rs78398531	C	A	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=1.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-0.009;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,55:0.28:195
chr16	1484473	rs7192331	A	G	5214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=98;PP=2965;SC=GGGCTTCTCCAGGACCCCTCC;SOR=1.018;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=210;TCF=112;TCR=98;TR=210;WE=1484481;WS=1484463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr16	1484528	rs61744665	G	A	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=1038;ReadPosRankSum=1.419;SC=GCCTTCCAGCGCAGCCACCTG;SOR=0.683;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=238;TCF=114;TCR=124;TR=82;WE=1484536;WS=1484518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,64:0.35:181
chr16	1484613	rs7190606	G	A	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=43;PP=830;ReadPosRankSum=0.268;SC=TGGGCCCCCAGCCCTGAACCC;SOR=0.591;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=178;TCF=56;TCR=122;TR=65;WE=1484621;WS=1484603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,68:0.37:182
chr16	1484791	rs7192233	C	T	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.228;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=35;PP=915;ReadPosRankSum=3.468;SC=GCGGCGTCCGCGGGCCCTCCT;SOR=0.459;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=160;TCF=77;TCR=83;TR=73;WE=1484799;WS=1484781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,84:0.45:186
chr16	1485243	rs9927318	A	G	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=-1.167;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,33:0.26:129
chr16	1485255	rs9927323	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=1.230;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,27:0.23:115
chr16	1486352	rs909974	T	C	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=16;PP=2316;SC=TCTGTCACGATACCAGGGGAT;SOR=3.045;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=83;TCR=16;TR=99;WE=1486360;WS=1486342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	1486398	rs6600145	A	G	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.030;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=32;PP=1432;ReadPosRankSum=-0.148;SC=CCAGCCCAGTAACGGTCAGCA;SOR=0.786;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=254;TCF=171;TCR=83;TR=96;WE=1486406;WS=1486388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,100:0.37:267
chr16	1486875	rs3751894	C	T	6799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=132;PP=2965;SC=GATGGAAAGACGGACACGGGG;SOR=1.099;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=230;TCF=98;TCR=132;TR=230;WE=1486883;WS=1486865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr16	1486926	rs3751895	C	G	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=38;PP=879;ReadPosRankSum=0.167;SC=ACTTCCAGCTCTGAGACATTT;SOR=0.743;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=101;TCF=36;TCR=65;TR=55;WE=1486934;WS=1486916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,60:0.52:115
chr16	1487975	rs4984839	A	G	4302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=77;PP=2833;ReadPosRankSum=1.524;SC=ACAGGTGGGCACGGGGAGGCC;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=339;TCF=205;TCR=134;TR=195;WE=1487983;WS=1487965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,204:0.58:353
chr16	1488015	rs4984840	A	G	6447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.038;SC=TGTGCGTGGGAGACCCCGTTG;SOR=0.824;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=456;TCF=263;TCR=193;TR=271;WE=1488023;WS=1488005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,291:0.59:495
chr16	1488039	rs4984841	C	T	7526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.379;SC=ACATGTTGCGCTACCCCCTCA;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=534;TCF=300;TCR=234;TR=324;WE=1488047;WS=1488029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,350:0.60:579
chr16	1488224	rs4984843	T	C	3957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=77;PP=2484;SC=CCTGCCCACCTCTCAGCCCTG;SOR=1.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=39;TCR=77;TR=116;WE=1488232;WS=1488214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr16	1488306	rs9924950	G	A	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=254;ReadPosRankSum=-0.298;SC=GATGGGGTGCGGTCACAGTGC;SOR=0.434;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=18;WE=1488314;WS=1488296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr16	1488646	rs8054054	A	G	8674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=60.03;NF=157;NR=137;PP=2965;SC=CCAGTAGGACACGGTTCAGCG;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=294;TCF=157;TCR=137;TR=294;WE=1488654;WS=1488636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr16	1492660	rs760993	T	C	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=30;PP=1276;SC=AACAGAGGAATGGGAAACACA;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=63;WE=1492668;WS=1492650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	1493030	rs1883480	C	G	2790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=63;PP=1751;ReadPosRankSum=-2.148;SC=GCAGCCTCGGCGGGCTGGGGG;SOR=0.650;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=187;TCF=90;TCR=97;TR=120;WE=1493038;WS=1493020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,128:0.65:198
chr16	1493151	rs11641300	C	T	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.901;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=801;ReadPosRankSum=-0.041;SC=TGTGTATCCCCCACTCCAGCG;SOR=0.406;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=47;WE=1493159;WS=1493141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,57:0.61:93
chr16	1493491	rs12929054	T	G	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=427;ReadPosRankSum=1.680;SC=GACCTGTGGGTGGGGGAGCCG;SOR=0.420;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=20;WE=1493499;WS=1493481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr16	1502673	rs114932072	C	T	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=4;PP=717;ReadPosRankSum=-0.784;SC=GGGCAGCCCTCCTCCCGTAGC;SOR=0.871;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=62;TCF=53;TCR=9;TR=37;WE=1502681;WS=1502663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,39:0.61:64
chr16	1504017	rs4786337	A	G	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.92;SOR=1.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	1507778	rs9922189	T	C	18019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=708;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=334;NR=339;PP=2965;ReadPosRankSum=1.055;SC=GGGAGACGCATGGCCTCTGAT;SOR=0.238;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=675;TCF=334;TCR=341;TR=673;WE=1507786;WS=1507768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,703:1.00:704
chr16	1509273	.	A	AGGAGAGCAGCAGACACGTCGGGGCCTCAGGGAAGG	1571.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.58;QD=47.63;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	1509322	.	CAA	C	2603	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=16;MMLQ=23;MQ=57.65;NF=0;NR=20;PP=2603;QD=20;SC=GCTCAGCACACAAACGTCGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=20;WE=1509359;WS=1509303;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,20:0.67:30
chr16	1509336	.	C	T	1534	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=16;MMLQ=29;MQ=57.7;NF=1;NR=18;PP=1534;QD=82.5669059235;SC=CGTCGGGGCCCCAGGGAAGGG;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=19;WE=1509359;WS=1509303;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,19:0.61:31
chr16	1510567	rs2072950	T	G	5963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=110;PP=2965;SC=TTCCCCGTCATGACCACCCAG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=93;TCR=110;TR=203;WE=1510575;WS=1510557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr16	1511552	rs2744994	G	T	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=33;PP=1565;SC=GGAGTGGGCTGGCAGGGGGCA;SOR=1.076;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=90;WE=1511560;WS=1511542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr16	1515162	rs2235580	C	T	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=4;PP=522;SC=GAACCCCGGCCCTGGGGCCCC;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=1515170;WS=1515152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	1515503	rs2744997	G	A	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=275;SC=GGGCTGGGACGGGCCTCCCTG;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=1515511;WS=1515493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	1545448	rs2235624	A	G	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr16	1547220	rs2235630	C	T	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=18;PP=641;SC=TCCCCTTGCCCGGTCCTGTCC;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=1547228;WS=1547210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	1551826	rs72779276	C	G	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=36;PP=1474;SC=GGGAGGCGAACCCCTCACACT;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=59;WE=1551834;WS=1551816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	1557792	.	TGA	T	79.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=146;ReadPosRankSum=0.358;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGATGTG;SOR=0.364;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=12;WE=1557802;WS=1557782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,9:0.16:58
chr16	1557794	rs12927760	A	T	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.88;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,49:0.84:58
chr16	1559679	rs148126152	C	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=276;ReadPosRankSum=0.304;SC=GCCCCAAGGCCGTGGGGAGAG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=18;WE=1559687;WS=1559669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr16	1573810	rs2745176	A	G	14233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=276;NR=243;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.016;SC=CCAGGTCCCCACCGGTGGCCA;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=522;TCF=278;TCR=244;TR=519;WE=1573818;WS=1573800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,552:1.00:554
chr16	1612145	rs113397794	G	GT	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.415;QD=3.47;ReadPosRankSum=0.881;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
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chr16	1716010	rs8058190	A	C	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=523;ReadPosRankSum=-0.423;SC=CCCTGCGGCCACATCCTGCTG;SOR=0.524;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=73;TCR=31;TR=36;WE=1716018;WS=1716000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,37:0.34:110
chr16	1728147	rs113571946	A	G	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=7;PP=473;SC=GACCGTTCAAAGCCTAAGTCG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=1728155;WS=1728137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	1774484	rs111816884	C	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.14;ReadPosRankSum=-1.426;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr16	1813523	rs3751828	G	A	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=6;PP=628;ReadPosRankSum=-2.055;SC=TCCCAGCTGGGCACCCGGTGG;SOR=0.311;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=102;TCF=90;TCR=12;TR=40;WE=1813531;WS=1813515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,40:0.39:103
chr16	1814019	rs2974846	G	C	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=4;PP=230;SC=TGAAGTGGCTGTGCCGCCAGA;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=1814027;WS=1814009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	1814440	rs2294619	A	G	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=155;ReadPosRankSum=0.261;SC=GAGCGCCCACACGTCTCCCGA;SOR=0.704;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=17;WE=1814448;WS=1814430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr16	1814964	rs2294621	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=258;ReadPosRankSum=-0.625;SC=GTGCTGCCACCGGGTAGCCTC;SOR=0.788;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=21;WE=1814972;WS=1814954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr16	1815946	rs2575371	C	T	6926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.255;SC=GCTGACGGGCCGTCCCTCTCC;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=493;TCF=290;TCR=203;TR=305;WE=1815954;WS=1815936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,315:0.61:515
chr16	1817431	rs2575369	C	T	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=428;ReadPosRankSum=-1.148;SC=GACTCAGGCTCGAACAGGCGC;SOR=0.330;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=22;WE=1817439;WS=1817421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr16	1817754	rs2076427	A	G	6559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=87;PP=2965;SC=GCCACGCCAGATGGGGTGGTG;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=122;TCR=87;TR=209;WE=1817776;WS=1817744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr16	1817768	rs2076428	T	G	6708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=90;PP=2965;SC=GGTGGTGGGGTGCTCAAGGCC;SOR=0.880;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=212;TCF=122;TCR=90;TR=211;WE=1817776;WS=1817744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr16	1817935	rs2076429	A	C	8274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=147;NR=148;PP=2965;SC=TGGCCTGCACACCTGCAGGGG;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=147;TCR=148;TR=295;WE=1817943;WS=1817925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr16	1818152	rs2076430	CT	TC	17158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=191;NR=139;PP=2947;SC=GCCTCTCCCACTCTCCACCTG;SOR=1.010;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=338;TCF=197;TCR=141;TR=330;WE=1818161;WS=1818142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr16	1818503	rs2076431	G	C	4840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=77;NR=88;PP=2965;SC=CCCTGAATGGGAGTGTGCTGG;SOR=0.892;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=77;TCR=89;TR=165;WE=1818511;WS=1818493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr16	1818680	rs2072989	G	C	6991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=134;NR=101;PP=2965;SC=GAGCCTGGCCGTCACTCTGCT;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=134;TCR=101;TR=235;WE=1818688;WS=1818670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr16	1820992	rs11890	T	A	12583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=223;NR=225;PP=2965;SC=GCCCCTGCCATACCTGTGCGG;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=451;TCF=224;TCR=227;TR=448;WE=1821000;WS=1820982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
chr16	1822797	rs34595082	C	CACCT	1439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=1098;ReadPosRankSum=-0.407;SC=GGGGTGCACGCACCTGCGCCG;SOR=0.399;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=21;WE=1822805;WS=1822787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,34:0.77:44
chr16	1823444	rs761065	C	G	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=3.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.52;ReadPosRankSum=1.565;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,59:0.63:94
chr16	1824187	rs141044525	C	T	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.258;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=18;PP=738;ReadPosRankSum=0.144;SC=CGCTTTGCTGCTGGACTGCCC;SOR=0.414;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=52;WE=1824195;WS=1824177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,56:0.73:77
chr16	1825768	rs2745169	A	C	4782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=103;PP=2532;ReadPosRankSum=2.524;SC=TGCTCACATGAGGTTCTAAAA;SOR=0.557;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=366;TCF=183;TCR=183;TR=213;WE=1825776;WS=1825758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,229:0.58:394
chr16	1826302	rs2437732	G	T	7752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=0.600;SC=CCTGGGCGGTGGGGGAGGACC;SOR=1.068;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=301;TCF=120;TCR=181;TR=285;WE=1826310;WS=1826292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,291:0.99:293
chr16	1826377	rs2235636	A	G	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;QD=27.69;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	1827836	rs1178432	T	C	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=29;PP=1217;ReadPosRankSum=0.335;SC=CGAACCGCGATGAGAAGCTGG;SOR=0.547;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=125;TCF=86;TCR=39;TR=86;WE=1827844;WS=1827826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,97:0.70:139
chr16	1836709	rs2575351	G	C	4084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.48;ReadPosRankSum=1.943;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,190:0.67:282
chr16	1836796	rs2235648	C	A	4298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.28;ReadPosRankSum=-0.993;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,199:0.66:301
chr16	1837900	rs344358	T	C	5661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=85;PP=2965;SC=GTGTCCCTGCTGGTGCGCCTG;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=104;TCR=85;TR=189;WE=1837908;WS=1837890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr16	1838640	rs344359	T	C	3175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.352;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,154:0.62:247
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chr16	1859432	rs1628812	G	C	2268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=59;PP=1036;ReadPosRankSum=1.554;SC=CACGCCCACCGGAGGAGCCAG;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=160;TCF=59;TCR=101;TR=92;WE=1859440;WS=1859422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,111:0.61:183
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chr16	1859850	rs1742442	A	G	3227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=69;PP=1788;ReadPosRankSum=-0.659;SC=AGAGAAACGCACCACTTTATC;SOR=0.677;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=107;TCR=114;TR=133;WE=1859858;WS=1859840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,154:0.61:254
chr16	1869326	rs2076452	T	C	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=269;ReadPosRankSum=0.309;SC=TCCTCAGCTCTGAGGGAAATG;SOR=0.924;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=73;TCF=18;TCR=55;TR=25;WE=1869334;WS=1869316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,29:0.38:77
chr16	1869987	rs114352351	C	T	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=0.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.32;MQRankSum=-4.779;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.849;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,110:0.32:340
chr16	1870037	rs144480059	TGGGCTGCCTGCTGAGCTGAGG	T	1878.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=5.880;NF=5;NR=29;PP=2923;ReadPosRankSum=0.599;SC=ACAGGAGACCTGGGCTGCCTG;SOR=0.539;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=121;TCF=7;TCR=114;TR=34;WE=1870065;WS=1870027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,91:0.65:140
chr16	1872160	rs238680	G	A	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=20;PP=1113;ReadPosRankSum=-0.872;SC=GTGAGTCCCGGGTCTTTCTCA;SOR=0.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=94;TCF=65;TCR=29;TR=67;WE=1872168;WS=1872150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,73:0.71:103
chr16	1872479	rs238679	A	G	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=33;PP=938;SC=GGCCGCTGACATGGCCCGTCC;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=1872487;WS=1872469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	1873087	rs104843	C	A	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=454;ReadPosRankSum=-0.738;SC=AGGCCCTCCACGACAGGACGC;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=26;WE=1873095;WS=1873077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,34:0.76:45
chr16	1876949	rs7188401	G	C	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.156;NF=32;NR=45;PP=1066;ReadPosRankSum=2.515;SC=AACTTGTTTTGTCCGCGAGCC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=178;TCF=77;TCR=101;TR=77;WE=1876957;WS=1876939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,83:0.43:192
chr16	1876992	rs28364708	A	AGCG	872.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.958;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.891;NF=0;NR=22;PP=1012;ReadPosRankSum=2.132;SC=CGGGCCTGGGAGCGGCGGCGG;SOR=0.089;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=0;TCR=53;TR=22;WE=1877000;WS=1876982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr16	1877175	rs28364709	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.119;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=201;ReadPosRankSum=0.352;SC=GGTCCTCTCCGGGATGCCGTA;SOR=0.252;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=18;WE=1877183;WS=1877165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr16	1877494	rs3743854	T	C	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=38;PP=852;ReadPosRankSum=-1.846;SC=TCCCCGAGGCTGCGGCCATGG;SOR=0.649;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=288;TCF=152;TCR=136;TR=84;WE=1877502;WS=1877484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,93:0.29:321
chr16	1877558	rs3743853	G	A	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.249;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=44;PP=1353;ReadPosRankSum=-0.096;SC=GGACGTGCAGGACGAGTGCAA;SOR=0.862;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=254;TCF=136;TCR=118;TR=108;WE=1877566;WS=1877548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,120:0.43:282
chr16	1878031	rs1143032	GC	AT	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.847;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.415;NF=3;NR=11;PP=501;ReadPosRankSum=-1.175;SC=GCCTGTAATCGCAGCACTTTG;SOR=1.592;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=14;WE=1878040;WS=1878021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr16	1887887	rs141132983	AT	A	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=348;ReadPosRankSum=-0.137;SC=TAAAAAAAAAATATGAGACAA;SOR=0.774;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=13;WE=1887895;WS=1887867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,29:0.29:100
chr16	1887937	rs66509847	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,22:0.32:68
chr16	1888177	rs67309640	G	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=187;ReadPosRankSum=0.871;SC=TATGTTTTATGTTTTGTAGAG;SOR=0.648;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=18;WE=1888185;WS=1888167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,23:0.25:91
chr16	1889189	rs55829224	A	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=567;ReadPosRankSum=-0.304;SC=AAAACAACCTATATTTTTTTG;SOR=0.803;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=121;TCF=83;TCR=38;TR=41;WE=1889199;WS=1889179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,41:0.33:125
chr16	1891723	rs11647044	CA	TG	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=145;ReadPosRankSum=0.852;SC=ACCCCTGTTACATCAACAAAC;SOR=0.527;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=1891732;WS=1891713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr16	1894852	rs9806825	C	G	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=-1.303;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr16	1894912	rs9806826	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=-3.840;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr16	1894961	rs9806945	A	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.091;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr16	1894991	rs116866098	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=1.355;SC=ATAATAAGTAAAAAGCAAACT;SOR=0.941;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=8;WE=1894999;WS=1894981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr16	1895030	rs4598914	T	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.000;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr16	1895030	.	TC	AG	87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=87;QD=46.8226249541;SC=ATTTAAATCATCCAAAATCAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=3;WE=1895039;WS=1895020;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,3:0.21:14
chr16	1895031	rs4644862	C	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.000;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr16	1902889	rs1617255	T	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=158;ReadPosRankSum=-1.277;SC=TCAAAGTTCATTGTAAGTTTT;SOR=0.527;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=13;WE=1902897;WS=1902885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr16	1904239	rs10500322	T	A	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.202;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=55;PP=1416;ReadPosRankSum=-0.635;SC=TTCACCTATATGTAGAAGTTC;SOR=0.951;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=142;TCF=59;TCR=83;TR=90;WE=1904247;WS=1904229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,101:0.66:153
chr16	1907652	rs428123	G	A	2119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.030;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=22;PP=1286;ReadPosRankSum=-1.060;SC=CCAGCTGATCGTGACCACTCC;SOR=1.402;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=111;TCF=75;TCR=36;TR=79;WE=1907660;WS=1907642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,88:0.73:121
chr16	1907701	rs408286	AG	CA	6011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.909;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.90;ReadPosRankSum=0.336;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,149:0.72:208
chr16	1907946	rs411193	C	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=453;ReadPosRankSum=-0.095;SC=ATTGCAAAAACACAAGAAAGT;SOR=0.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=26;WE=1907954;WS=1907936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr16	1910219	rs391288	A	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=111;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AAAGCCATTTATCATGTGACT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=1910227;WS=1910209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr16	1910373	rs433268	C	G	3087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.51;ReadPosRankSum=1.105;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,141:0.75:187
chr16	1912139	rs380846	T	C	2329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=58;PP=1558;ReadPosRankSum=-1.144;SC=CCAATGCTTTTATTTTTCAAA;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=60;TCR=94;TR=95;WE=1912147;WS=1912129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,101:0.63:160
chr16	1917998	rs1742444	T	C	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.45;ReadPosRankSum=-0.934;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr16	1918125	rs1742446	T	G	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.40;ReadPosRankSum=-0.131;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,94:0.58:161
chr16	1961866	rs61742747	G	A	2759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=80;PP=1906;ReadPosRankSum=2.121;SC=TCGCTGACCAGACGCTCCCCG;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=478;TCF=229;TCR=249;TR=155;WE=1961874;WS=1961856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:343,157:0.31:500
chr16	1968338	rs199930198	T	TC	475.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=244;SC=GTCGCGCCGCTCCAGGCCCGG;SOR=1.473;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=1968346;WS=1968328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	1990994	rs13331553	T	C	12166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=903;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.53;ReadPosRankSum=1.432;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:338,561:0.62:899
chr16	1991513	rs9934331	G	C	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=371;ReadPosRankSum=0.649;SC=CCCGTTCCGAGGGTAGGCTGT;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=26;WE=1991521;WS=1991503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr16	1992930	rs41286697	C	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=279;ReadPosRankSum=-0.163;SC=CTCCTCGCCCCCAGGCTCCCC;SOR=0.734;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=21;WE=1992938;WS=1992920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr16	1994743	rs2754179	G	A	4313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.38;ReadPosRankSum=-0.805;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,108:0.71:152
chr16	1994749	rs2531332	A	C	4488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.40;ReadPosRankSum=0.769;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,117:0.69:170
chr16	1994931	rs61276345	C	CAAGAG	3730.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.200;NF=4;NR=42;PP=2907;ReadPosRankSum=0.356;SC=GCCTTAGTCACTCTGGCCAGA;SOR=0.709;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=98;TCF=7;TCR=91;TR=46;WE=1994939;WS=1994921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,95:0.59:162
chr16	1994980	rs11640479	G	T	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.934;NF=6;NR=30;PP=675;ReadPosRankSum=-1.249;SC=ATCACTCAGGGCCGGCCCTAC;SOR=0.064;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=12;TCR=60;TR=36;WE=1994988;WS=1994970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,39:0.55:71
chr16	1996075	rs1003904	G	A	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-6.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.116;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=52;PP=1133;ReadPosRankSum=-0.607;SC=TGACTATCACGCCGCCCCTAC;SOR=0.159;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=78;TCF=4;TCR=74;TR=56;WE=1996083;WS=1996065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,59:0.69:85
chr16	1996535	rs35725974	C	CA	2047.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=1635;ReadPosRankSum=0.939;SC=ATGCCCCCTACATGTATACCA;SOR=0.534;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=39;WE=1996544;WS=1996525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,65:0.70:93
chr16	1996629	rs74930354	C	T	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.543;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=32;PP=775;ReadPosRankSum=-0.341;SC=GCCTCACCAGCGGTGTGATGG;SOR=0.903;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=246;TCF=136;TCR=110;TR=78;WE=1996637;WS=1996619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,89:0.32:280
chr16	2011126	rs758335	A	G	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=7;PP=541;SC=CCGATGAGGCATTTGAGTCTG;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=2011134;WS=2011116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	2012598	rs112659495	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQRankSum=1.179;QD=11.49;ReadPosRankSum=-1.117;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr16	2014031	rs6366	C	G	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=26;PP=761;SC=TCAGTTCTTTCGAAATGAATT;SOR=2.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=2014039;WS=2014021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr16	2014424	rs403609	C	G	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	2043222	rs138868351	C	T	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=362;ReadPosRankSum=-0.894;SC=GGGGGTGGACCCGCGTGTCTG;SOR=0.652;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=37;TCR=65;TR=32;WE=2043230;WS=2043212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,37:0.31:118
chr16	2050941	rs8046471	A	C	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-0.895;QD=11.53;ReadPosRankSum=2.753;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr16	2059621	rs11366527	GC	G	5087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=56;PP=2564;SC=GGTCGCAGCGGCCCCAGCGCC;SOR=0.733;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=70;TCF=11;TCR=59;TR=67;WE=2059629;WS=2059611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr16	2059674	rs71384660	T	C	4090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.23;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
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chr16	2059708	rs71384662	T	G	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.78;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr16	2059736	rs71148116	CG	C	1577.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.30;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	2059762	rs71148117	GC	G	1083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=124;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=22;PP=581;SC=CCGGGATCCGGCCCCCCTCTC;SOR=1.382;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=2059770;WS=2059752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	2059778	rs71148118	GT	G	836.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=85;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=16;PP=681;SC=CTCTCGGCCGGTCGTGGCGCC;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=2059798;WS=2059768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	2059782	rs71384664	T	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=52.12;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	2059790	rs968417	A	C	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.62;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	2059939	rs968418	A	C	5698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=89;NR=28;PP=2467;SC=CCGCTCTACCATGAGCCGACC;SOR=2.068;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=89;TCR=28;TR=117;WE=2059947;WS=2059929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr16	2059955	rs62038790	A	G	7244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=54;PP=2965;SC=CGACCGCTCGAAGGTCCGCGC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=120;TCR=54;TR=174;WE=2059963;WS=2059945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr16	2086966	rs41292293	G	A	2418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=48;PP=1315;ReadPosRankSum=-1.287;SC=GTCCTCTGCCGTCACCCGTCA;SOR=0.602;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=61;TCR=67;TR=93;WE=2086974;WS=2086956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,109:0.72:151
chr16	2088405	rs149481694	CCCCCCTTCCCCT	C	2658.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=57;PP=1508;SC=CCAGAGACCCCCCCCCTTCCC;SOR=6.027;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=71;TCF=0;TCR=71;TR=57;WE=2088424;WS=2088394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	2100599	.	CTTTTT	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.498;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.805;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,5:0.15:34
chr16	2110571	rs2074968	C	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.556;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=308;ReadPosRankSum=0.704;SC=GGGCACTGCGCGCTCAGGCGT;SOR=1.490;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=22;WE=2110579;WS=2110561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr16	2110608	rs12927333	G	A	2125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.217;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=37;PP=1324;ReadPosRankSum=0.814;SC=AGGGTGACTGGGAGGGCGTCC;SOR=0.517;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=131;TCF=83;TCR=48;TR=91;WE=2110616;WS=2110598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,97:0.66:148
chr16	2110795	rs1800725	G	A	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=4.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.340;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,57:0.34:170
chr16	2111779	rs17135764	T	C	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.119;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=344;ReadPosRankSum=-1.560;SC=GGGCTGAGGGTGTCTCCATGC;SOR=0.378;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=104;TCF=79;TCR=25;TR=29;WE=2111787;WS=2111769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,34:0.31:111
chr16	2114407	rs34012042	C	T	1930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=48;PP=1201;ReadPosRankSum=-0.459;SC=ACTTCAACAGCCTGCTGGACA;SOR=0.627;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=138;TCF=59;TCR=79;TR=82;WE=2114415;WS=2114397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,90:0.59:152
chr16	2115506	rs45517185	C	T	2020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=39;PP=1287;ReadPosRankSum=-1.360;SC=TAAGTCCTGGCCTTCTCTTCA;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=85;TCR=61;TR=93;WE=2115514;WS=2115496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,96:0.66:146
chr16	2120402	rs7187438	T	C	7603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=178;NR=71;PP=2965;SC=GGGTGCTGTCTTAGGACTGCG;SOR=1.994;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=251;TCF=180;TCR=71;TR=249;WE=2120410;WS=2120392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr16	2122391	rs137854354	TG	T	1040.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.174;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=648;ReadPosRankSum=-0.586;SC=GGGGTTGGGGTGGGGGACCCA;SOR=0.260;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=71;TCF=7;TCR=64;TR=24;WE=2122399;WS=2122381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,44:0.38:117
chr16	2125788	rs13331451	C	T	4546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=0.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.26;ReadPosRankSum=0.964;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,216:0.58:371
chr16	2125834	rs13337626	T	C	5980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.70;ReadPosRankSum=-1.468;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,285:0.61:471
chr16	2125937	rs1800715	C	G	4354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=93;PP=2771;ReadPosRankSum=1.185;SC=CCGTGGCCCCCGCTAGGCCTT;SOR=0.637;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=293;TCF=145;TCR=148;TR=189;WE=2125945;WS=2125927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,201:0.65:310
chr16	2133640	rs1800724	C	G	3926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=2.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.77;ReadPosRankSum=1.528;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,174:0.70:249
chr16	2136455	rs76029733	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=101;ReadPosRankSum=-0.093;SC=TGCTACCCCACGCCCTGGGGC;SOR=0.556;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=12;WE=2136463;WS=2136445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr16	2138218	rs1800718	A	C	9788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.31;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,440:0.64:684
chr16	2138269	rs1748	T	C	9199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.06;ReadPosRankSum=0.116;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,412:0.67:611
chr16	2138584	rs1051771	G	C	4723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.074;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=122;PP=2462;ReadPosRankSum=0.031;SC=TCATCTCCTCGGTGGAGGACT;SOR=0.569;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=303;TCF=123;TCR=180;TR=210;WE=2138592;WS=2138574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,222:0.70:318
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chr16	2139713	rs77566834	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.193;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=141;ReadPosRankSum=0.495;SC=GGCCCACCCCCGCCAGGAAGG;SOR=1.802;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=10;WE=2139721;WS=2139703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr16	2140010	rs7203729	A	G	4087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.944;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=74;PP=2490;ReadPosRankSum=1.261;SC=GGGAGGGCTCAGGCTCACACC;SOR=0.984;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=291;TCF=162;TCR=129;TR=176;WE=2140018;WS=2140000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,194:0.60:323
chr16	2140321	rs79899502	G	A	10158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=783;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=213;NR=250;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.677;SC=CAGAGGCGCAGCCTGCGCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=737;TCF=340;TCR=397;TR=463;WE=2140329;WS=2140311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,503:0.65:771
chr16	2140454	rs3087632	T	C	4166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.439;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=93;PP=2010;ReadPosRankSum=1.451;SC=ACAGCCGCAGTGCCCAGAGCC;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=261;TCF=113;TCR=148;TR=162;WE=2140462;WS=2140444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,195:0.64:304
chr16	2140554	rs3209986	G	A	2764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.084;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=52;PP=1517;ReadPosRankSum=2.544;SC=CAGGGCCTGGGCCACGCTCCA;SOR=0.585;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=96;TCR=86;TR=110;WE=2140562;WS=2140544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,127:0.60:212
chr16	2140680	rs10960	T	C	2946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=52;PP=1576;ReadPosRankSum=0.951;SC=CCTACCAGGATGGCCAGCTGG;SOR=0.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=122;TCR=85;TR=125;WE=2140688;WS=2140670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,136:0.60:227
chr16	2141338	.	G	GGCGGGGCCCTGCGAGA	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.431;NF=2;NR=0;PP=569;ReadPosRankSum=-0.524;SC=GCGCTGCGAGGGGTGAGACGC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=2;WE=2141351;WS=2141328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr16	2141343	rs11862600	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.78;MQRankSum=0.431;QD=22.29;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr16	2141396	rs11866494	C	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.473;NF=6;NR=2;PP=84;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CGGTGGGAGGCGCGGGGTCTG;SOR=0.399;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=8;WE=2141404;WS=2141386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr16	2142353	rs12918803	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.667;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=280;ReadPosRankSum=-1.087;SC=TACAGAGAAGGAAACGGCGGT;SOR=0.284;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=16;WE=2142361;WS=2142343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr16	2144176	rs34197769	G	A	8265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=180;PP=2962;ReadPosRankSum=0.910;SC=CCTCTGCAGCGCCAGCGTCTC;SOR=0.663;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=523;TCF=259;TCR=264;TR=357;WE=2144184;WS=2144166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,381:0.69:556
chr16	2144299	rs34123233	T	G	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.883;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=53;PP=1285;ReadPosRankSum=-0.423;SC=GGCAGTTTCTTGAGCCTCTTG;SOR=0.938;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=107;TCF=30;TCR=77;TR=72;WE=2144307;WS=2144289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,73:0.68:108
chr16	2152651	rs9928278	T	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.36;ReadPosRankSum=-1.103;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr16	2159996	rs9935526	G	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQRankSum=1.634;QD=11.07;ReadPosRankSum=-1.229;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr16	2160494	rs79884128	C	T	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=1.314;QD=9.05;ReadPosRankSum=2.311;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,46:0.46:101
chr16	2160503	rs71385734	T	G	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.623;NF=24;NR=26;PP=1376;ReadPosRankSum=-3.489;SC=CCGTGCGGCTTGCATTGACGA;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=50;WE=2160511;WS=2160484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,57:0.55:103
chr16	2203456	rs26931	T	C	5780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=81;PP=2965;SC=GAGGAAGCCGTCCAGTCCCTA;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=94;TCR=81;TR=175;WE=2203464;WS=2203446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr16	2213760	rs3217255	G	GT	797.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.353;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=836;ReadPosRankSum=0.550;SC=GGGGCTGGTGGTGGAAGGCTG;SOR=1.361;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=62;TCF=56;TCR=6;TR=23;WE=2213768;WS=2213750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr16	2216073	rs8062006	G	C	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=38;PP=1170;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GCCTCACACCGCAGCCTGTGT;SOR=3.570;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=42;WE=2216081;WS=2216063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr16	2221157	rs13331284	T	C	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=11.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.02;ReadPosRankSum=0.772;SOR=0.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,72:0.69:105
chr16	2224467	rs71394730	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.905;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=423;ReadPosRankSum=-1.297;SC=ACCCTCCACCCGGAGCAGCAC;SOR=0.330;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=24;WE=2224475;WS=2224457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr16	2225823	rs12921326	G	A	3808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.65;ReadPosRankSum=-1.072;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,168:0.65:260
chr16	2233565	rs889495	T	C	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	2238931	rs11860560	G	A	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.765;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=28;PP=891;ReadPosRankSum=1.409;SC=GCCTGCTCCCGCCCTATCCCC;SOR=0.459;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=105;TCF=67;TCR=38;TR=72;WE=2238939;WS=2238921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,82:0.72:114
chr16	2255763	rs12922719	A	C	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=461;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CCTGCGGCAGAGTGGCGCCCG;SOR=0.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=24;WE=2255771;WS=2255753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr16	2255804	rs3214648	TG	T	1207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.762;NF=9;NR=19;PP=417;ReadPosRankSum=1.240;SC=GCTGCGGAGGTGGGGGGGGGA;SOR=0.583;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=28;WE=2255812;WS=2255794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,50:0.65:77
chr16	2256047	rs3217423	AC	A	2622.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.564;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.952;NF=41;NR=31;PP=2451;ReadPosRankSum=0.326;SC=CTGACCTTTGACCCCTGCCGT;SOR=0.453;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=62;TCR=48;TR=72;WE=2256055;WS=2256037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,89:0.70:128
chr16	2256326	rs27699	C	T	6787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.378;SC=GGCCTCAGGGCTACCTTCCCG;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=437;TCF=215;TCR=222;TR=279;WE=2256334;WS=2256316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,303:0.64:472
chr16	2256461	rs26863	C	G	7349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.653;SC=GGGTCGACCTCAGCACAGCCA;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=459;TCF=248;TCR=211;TR=303;WE=2256469;WS=2256451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,321:0.66:487
chr16	2257105	rs26862	C	G	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.732;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=32;PP=1389;ReadPosRankSum=0.744;SC=GCCTGCACCCCAACCAGGTGA;SOR=0.861;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=202;TCF=138;TCR=64;TR=107;WE=2257113;WS=2257095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,118:0.54:217
chr16	2259393	rs1129185	C	G	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.807;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,81:0.28:294
chr16	2259766	rs26858	A	G	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=178;ReadPosRankSum=-0.409;SC=CTGGCTTGGCAGGGCCGGGTA;SOR=0.776;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=15;WE=2259774;WS=2259756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr16	2259865	rs25852	C	G	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=8;PP=883;SC=CCTGAAACCACAGCTCCAGCC;SOR=2.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=2259873;WS=2259855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	2260567	rs26857	C	T	3685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.671;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=77;PP=2411;ReadPosRankSum=-0.666;SC=CCAGCCACAACCCCCACAGCG;SOR=0.544;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=241;TCF=130;TCR=111;TR=156;WE=2260575;WS=2260557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,162:0.65:251
chr16	2260612	rs26856	T	C	3153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=65;PP=2159;ReadPosRankSum=-0.351;SC=AGGAGCAGGCTCACGGCTCTC;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=228;TCF=114;TCR=114;TR=133;WE=2260620;WS=2260602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,136:0.60:226
chr16	2278509	rs2241070	G	A	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=646;ReadPosRankSum=0.043;SC=CCACCACAGCGTTGCTGGGCC;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=46;WE=2278517;WS=2278499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,52:0.57:91
chr16	2282256	rs26839	G	A	5689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=120;NR=83;PP=2965;SC=GGCAGCCCCCGCCAGCAGGGG;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=120;TCR=83;TR=203;WE=2282264;WS=2282246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr16	2285357	rs26840	C	T	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=10.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.84;ReadPosRankSum=3.058;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,127:0.37:344
chr16	2288224	rs27620	G	A	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=10;PP=1423;SC=CAAAGGGCCAGTGGTGACACC;SOR=2.419;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=57;WE=2288232;WS=2288214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	2288244	rs200829063	GGCCCCT	G	2420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.031;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.566;NF=27;NR=17;PP=1967;ReadPosRankSum=0.016;SC=CCTCTGCCCCGGCCCCTGCCC;SOR=0.474;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=44;WE=2288257;WS=2288234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,66:0.69:95
chr16	2293296	rs2071640	G	T	3094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.11;ReadPosRankSum=0.709;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,148:0.63:236
chr16	2296851	rs3803695	A	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=299;ReadPosRankSum=-0.435;SC=GAGCTGAACTAGCACCTACCG;SOR=0.399;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=19;WE=2296859;WS=2296841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr16	2301520	rs11541763	G	C	4155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.210;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=73;PP=2483;ReadPosRankSum=-0.389;SC=TCGCACCCGCGCGGAGCAGAA;SOR=0.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=251;TCF=144;TCR=107;TR=174;WE=2301528;WS=2301510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,186:0.69:271
chr16	2313343	rs40342	C	T	2594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.26;ReadPosRankSum=1.812;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,122:0.67:182
chr16	2314401	rs161431	G	A	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=38;PP=1254;ReadPosRankSum=-0.273;SC=AACCCAAAACGGGGGATCAGC;SOR=0.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=85;TCR=67;TR=87;WE=2314409;WS=2314391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,101:0.57:177
chr16	2318170	rs143373048	TA	T	3420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.403;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=51;PP=1988;ReadPosRankSum=-1.105;SC=AGCGATGACGTAAACGCCTGG;SOR=0.728;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=175;TCF=29;TCR=146;TR=62;WE=2318178;WS=2318160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,128:0.37:343
chr16	2318327	rs161430	C	G	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=443;ReadPosRankSum=-0.657;SC=ACATGGGTAGCCTGTTGAACC;SOR=0.843;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=23;WE=2318335;WS=2318317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr16	2331430	rs149532	A	G	2924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=60;PP=1597;ReadPosRankSum=1.853;SC=GGGAGTCCGGACTGGGGGCCA;SOR=0.650;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=201;TCF=100;TCR=101;TR=123;WE=2331438;WS=2331420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,137:0.61:224
chr16	2333387	rs143391325	C	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=-0.954;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,21:0.33:64
chr16	2338363	rs313908	C	G	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=42;PP=1117;ReadPosRankSum=-0.411;SC=GACACCGGCACCGCTTGGGGC;SOR=0.904;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=42;TCR=61;TR=70;WE=2338371;WS=2338353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,78:0.68:114
chr16	2339714	rs323017	T	C	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.94;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,52:0.62:84
chr16	2348528	rs323043	G	C	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.071;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=44;PP=822;ReadPosRankSum=0.589;SC=GTCCACTGGTGGGGGGAAAGA;SOR=1.073;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=93;TCF=28;TCR=65;TR=60;WE=2348536;WS=2348518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,68:0.66:103
chr16	2349371	rs170447	T	C	2324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=27;PP=1170;ReadPosRankSum=1.027;SC=GGGGGCCTGCTGGTGGCAGGG;SOR=0.648;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=135;TCF=92;TCR=43;TR=87;WE=2349379;WS=2349361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,98:0.66:149
chr16	2358313	rs323074	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.050;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.772;NF=12;NR=3;PP=184;ReadPosRankSum=0.197;SC=GCGCTGTATGCGGATGCTGCT;SOR=0.257;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=15;WE=2358321;WS=2358303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr16	2367488	rs34465231	C	T	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.438;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=52;PP=1500;ReadPosRankSum=-0.980;SC=GTCACAGGGACGCGGCTCCAC;SOR=0.953;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=130;TCF=56;TCR=74;TR=88;WE=2367496;WS=2367478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,86:0.67:128
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chr16	2369485	rs5815117	C	CA	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.222;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
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chr16	2375961	rs46725	C	T	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.59;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr16	2547034	rs72768728	C	G	2879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.393;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=57;PP=1462;ReadPosRankSum=-0.025;SC=TCCGCCTCTTCTCCCGCAAGG;SOR=0.735;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=316;TCF=165;TCR=151;TR=125;WE=2547042;WS=2547024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,145:0.42:347
chr16	2569810	rs11546345	G	C	3844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=711;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=-0.945;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:487,223:0.31:710
chr16	2579050	rs56015787	G	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=407;ReadPosRankSum=-0.023;SC=CCCAGTTGCTGGGGCTGGAGA;SOR=0.697;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=35;WE=2579058;WS=2579040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,38:0.42:90
chr16	2581081	rs71386675	C	G	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.40;ReadPosRankSum=0.282;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr16	2588772	rs187474021	G	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.265;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.053;NF=2;NR=14;PP=301;ReadPosRankSum=1.666;SC=GAGCTTGACAGGTAGGAGGGA;SOR=2.566;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=16;WE=2588780;WS=2588762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr16	2645965	rs1005273	G	A	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=10;PP=273;SC=ATTTTCATCAGACATCATCTC;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=2645973;WS=2645955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	2749195	rs3094473	A	G	2048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=0.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=-1.143;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,130:0.30:437
chr16	2763382	rs191263819	A	G	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=483;ReadPosRankSum=0.105;SC=TACAGGCGTGAGCCACCACAC;SOR=0.791;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=74;TCR=21;TR=32;WE=2763390;WS=2763372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,38:0.34:111
chr16	2802684	rs2240146	T	C	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.99;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	2808363	rs3094778	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=84;ReadPosRankSum=0.151;SC=CAGAGCGAGACTCTTATTTTT;SOR=0.654;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=8;WE=2808371;WS=2808353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr16	2810623	rs2285879	T	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=-1.239;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr16	2812647	rs2240142	C	T	4478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.403;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.317;SC=GCAGTAGAAGCTTAGTTAGAC;SOR=0.495;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=306;TCF=131;TCR=175;TR=184;WE=2812655;WS=2812637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,201:0.61:331
chr16	2812890	rs2240141	A	G	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.472;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=37;PP=1117;ReadPosRankSum=-0.185;SC=CATGCCCTAAACAAAAGTCAC;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=122;TCR=101;TR=81;WE=2812898;WS=2812880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,95:0.38:252
chr16	2814162	rs3094775	G	A	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.517;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,45:0.28:163
chr16	2815237	rs3094773	A	C	5937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=114;NR=86;PP=2965;SC=AGCCAAGACAAGAACCCCACT;SOR=0.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=114;TCR=86;TR=200;WE=2815245;WS=2815227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr16	2818161	rs2301802	T	C	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=972;ReadPosRankSum=2.827;SC=GCTCCTCCTCTTCTTCATCAT;SOR=0.825;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=204;TCF=95;TCR=109;TR=70;WE=2818169;WS=2818151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,66:0.31:211
chr16	2818704	rs3094792	T	G	2230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=57;PP=1385;ReadPosRankSum=-1.089;SC=GGAAGGAGACTACCCAGCTTC;SOR=0.641;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=382;TCF=208;TCR=174;TR=124;WE=2818712;WS=2818694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,134:0.32:416
chr16	2820882	rs1050134	G	T	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=0.534;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,57:0.66:87
chr16	2821573	rs8017	C	T	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=3.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.19;ReadPosRankSum=-1.225;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,86:0.62:138
chr16	2822174	rs2285877	G	A	2459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=3.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.52;ReadPosRankSum=-0.871;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,116:0.64:182
chr16	2825594	rs3094774	A	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.70;ReadPosRankSum=0.808;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,26:0.37:70
chr16	2854907	rs2015682	C	T	3459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.36;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	2868641	rs2074907	A	G	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=6;PP=585;SC=CCAGCCCTCCATCCAGGGCCC;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=2868649;WS=2868631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	2871121	rs11076844	T	C	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.807;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=585;ReadPosRankSum=0.159;SC=GTGAGTGTCCTTGCCACCACT;SOR=0.553;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=34;TCR=64;TR=36;WE=2871129;WS=2871111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,40:0.39:103
chr16	2871555	rs10641	G	A	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.858;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=43;PP=886;ReadPosRankSum=-0.009;SC=CCTCCTGGCCGCTACTCTTTT;SOR=0.947;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=211;TCF=105;TCR=106;TR=81;WE=2871563;WS=2871545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,89:0.41:218
chr16	2880614	rs2190809	T	C	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=21;PP=978;SC=CCTGGAGGGGTGGGGTCCCCT;SOR=1.197;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=60;WE=2880622;WS=2880604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	2880870	rs2240614	G	C	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=20;PP=452;SC=CTCAGGGCAGGGGGTAAGCAC;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=2880878;WS=2880860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	2882197	rs12373	G	T	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.119;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=577;ReadPosRankSum=-0.673;SC=AGGCCATCTGGGTGGTGGTGG;SOR=1.739;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=31;WE=2882205;WS=2882187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr16	2891635	rs11860210	C	G	8882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr16	2903047	rs1054912	G	C	3485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=8;PP=1782;SC=AGATCCAGATGTGGATCTGGC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=70;TCF=61;TCR=9;TR=69;WE=2903055;WS=2903037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	2903068	rs113609771	A	C	5278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=23;PP=2628;SC=CGCCTTTCAGATCCGAGCCCC;SOR=2.794;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=88;TCR=24;TR=111;WE=2903089;WS=2903058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr16	2903081	rs3743944	G	A	6584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=48;PP=2965;SC=CGAGCCCCGCGTCCCGCTGCG;SOR=1.974;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=115;TCR=49;TR=163;WE=2903089;WS=2903058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr16	2903850	rs112285893	G	C	3248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=34;PP=1843;SC=GGGGTGGGGGGCTCGAGGGAG;SOR=1.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=68;TCR=34;TR=102;WE=2903858;WS=2903840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr16	2906934	rs732532	G	A	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=35;PP=1009;SC=AGTGAGGAAGGCCCCCAACAC;SOR=1.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=61;WE=2906942;WS=2906924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	2949248	rs7281	T	C	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=26.47;SOR=1.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	2973249	rs11642228	T	A	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=27;PP=703;SC=GAGGCTGTTTTTGTTTATTTT;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=2973257;WS=2973239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	2987002	rs2074357	C	T	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=645;ReadPosRankSum=0.280;SC=TCCTGGGCTCCGGGGCCACCT;SOR=0.675;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=106;TCF=46;TCR=60;TR=47;WE=2987010;WS=2986992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,51:0.41:123
chr16	3016885	rs58462745	A	G	6608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=100;NR=109;PP=2965;SC=GGTCCTCAGGATGCTGACTGC;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=100;TCR=109;TR=209;WE=3016893;WS=3016875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr16	3017272	rs2285827	G	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=0.592;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,19:0.21:89
chr16	3021116	rs4786365	T	C	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=35;PP=941;ReadPosRankSum=-2.062;SC=CCCTTGAGGATGTGACTGAAA;SOR=0.857;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=239;TCF=145;TCR=94;TR=91;WE=3021124;WS=3021106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,93:0.36:258
chr16	3021417	rs79505645	G	T	2561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.642;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,144:0.35:409
chr16	3024188	rs2074528	T	C	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.959;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=452;ReadPosRankSum=-1.981;SC=AGGATGTGGGTGGGCGGACCC;SOR=0.484;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=78;TCR=57;TR=46;WE=3024196;WS=3024178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,56:0.36:156
chr16	3063264	rs2227269	C	T	2458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=2.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.36;ReadPosRankSum=1.200;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,117:0.59:199
chr16	3065596	rs2257295	T	C	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=3.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.709;QD=5.51;ReadPosRankSum=1.058;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,95:0.33:288
chr16	3065924	rs2269911	G	A	4452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=1.881;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,203:0.57:356
chr16	3071420	rs2232798	T	A	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=37;PP=1475;ReadPosRankSum=0.724;SC=TGGGAAATCATTCGGGAGGAG;SOR=0.248;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=54;TCR=37;TR=90;WE=3071428;WS=3071410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chr16	3073240	rs10508	G	T	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.89;ReadPosRankSum=-1.156;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,39:0.61:64
chr16	3074426	rs56708449	G	C	4414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=98;PP=2093;ReadPosRankSum=0.652;SC=TGGCTGGGACGGGGCGGGCAG;SOR=0.633;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=306;TCF=143;TCR=163;TR=191;WE=3074434;WS=3074416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,211:0.63:333
chr16	3075633	rs2526260	G	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=319;ReadPosRankSum=-0.373;SC=GGCAGGTTTTGGGGGAAGCAG;SOR=0.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=62;TCR=24;TR=24;WE=3075641;WS=3075623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,23:0.27:86
chr16	3075701	rs2717664	C	T	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.161;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,63:0.32:197
chr16	3075999	rs2245000	C	G	9793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=174;NR=147;PP=2965;SC=GGTGGGTATACCTGTGGAGTC;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=321;TCF=174;TCR=147;TR=321;WE=3076007;WS=3075989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr16	3076331	rs117469683	C	T	5229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,242:0.60:406
chr16	3077710	.	CTT	C,CT	1195.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.61;ReadPosRankSum=0.305;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,50,17:0.69,0.24:72
chr16	3078165	rs12448103	A	G	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=34;PP=878;ReadPosRankSum=0.036;SC=GCCCAGGCGCAGCGAGAAGCG;SOR=0.818;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=122;TCF=65;TCR=57;TR=70;WE=3078173;WS=3078155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,83:0.58:143
chr16	3078544	rs2079244	T	G	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=38;NR=26;PP=1196;SC=GGGACTTCTGTACCCGGGCGG;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=64;WE=3078552;WS=3078534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	3078616	rs5815143	CATT	C	7266.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=52;PP=2957;SC=GAGTGGGGATCATTATAACCC;SOR=1.058;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=82;WE=3078626;WS=3078606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr16	3079685	rs2244494	T	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-1.887;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,26:0.26:100
chr16	3085335	rs7204908	G	C	2330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=0.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.600;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,132:0.36:371
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chr16	3097295	rs879734	C	T	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.777;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=410;ReadPosRankSum=-0.235;SC=AGGCAGGCATCCGGGGCTGGG;SOR=0.897;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=32;WE=3097303;WS=3097285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,39:0.44:89
chr16	3097568	rs3743937	C	A	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.937;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=33;PP=639;ReadPosRankSum=1.533;SC=CCCCACCCCTCCCCAGCCCTG;SOR=1.675;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=67;TCF=11;TCR=56;TR=36;WE=3097576;WS=3097558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr16	3097596	rs3743936	T	A	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=37;PP=1042;SC=ACCCAGCCTGTCCACCGCCCA;SOR=4.615;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=42;WE=3097604;WS=3097586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	3100095	rs10431961	C	T	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=1.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=-1.655;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,75:0.28:264
chr16	3106994	rs1064948	A	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=208;ReadPosRankSum=0.142;SC=CCTTTCCCCAAGCAGGGGCGG;SOR=0.527;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=14;WE=3107002;WS=3106984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr16	3117272	.	CTGTG	C,CTGTGTGTGTG	616.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.944;NF=7,7;NR=7,7;PP=576,42;ReadPosRankSum=-0.891;SC=CCATGTGTCTCTGTGTGTGTG;SOR=1.270;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=14,14;WE=3117285;WS=3117262;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.87:23
chr16	3117354	rs1555001	T	A	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.903;QD=17.21;ReadPosRankSum=-1.674;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,74:0.80:93
chr16	3117937	rs2239303	G	A	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=500;ReadPosRankSum=-1.002;SC=ACTGATGTGGGGTGCAGAGGA;SOR=0.785;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=155;TCF=84;TCR=71;TR=49;WE=3117945;WS=3117927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,56:0.32:174
chr16	3118865	rs12934561	T	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.229;NF=7;NR=1;PP=127;ReadPosRankSum=0.198;SC=GGGCTGTGGTTGGGAAACCAA;SOR=0.616;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=8;WE=3118873;WS=3118858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr16	3119167	rs34184287	T	C	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=5.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.20;MQRankSum=-0.574;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.693;SOR=0.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,30:0.31:97
chr16	3119297	rs71818662	C	CG	631.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=7.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=-14.840;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.863;SOR=1.359;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,31:0.13:240
chr16	3119304	rs2981599	A	G	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=7.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-14.391;QD=2.61;ReadPosRankSum=0.496;SOR=1.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,31:0.13:243
chr16	3131566	rs2741927	G	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.75;MQRankSum=0.484;QD=1.69;ReadPosRankSum=0.604;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr16	3131663	rs4247354	A	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.10;MQRankSum=-2.009;QD=4.67;ReadPosRankSum=0.087;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr16	3131937	rs191732434	A	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=9.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQRankSum=-8.761;QD=1.12;ReadPosRankSum=-1.578;SOR=1.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,11:0.10:113
chr16	3131940	rs58826170	C	CGG	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=9.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQRankSum=-9.622;QD=1.39;ReadPosRankSum=-1.621;SOR=1.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,12:0.11:112
chr16	3166587	rs224178	A	G	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=47;PP=1543;SC=GGTGTTAGGGAGAGGTCCTGC;SOR=1.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=68;WE=3166595;WS=3166577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr16	3168836	rs224181	T	G	6900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr16	3170188	rs12032	C	T	20376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=774;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=60.01;NF=310;NR=413;PP=2965;SC=GCCCGTTGTGCGGCAAGAGCT;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=725;TCF=310;TCR=415;TR=723;WE=3170196;WS=3170178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,772:1.00:772
chr16	3254470	rs1834026	T	C	11036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=729;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.972;NF=226;NR=240;PP=2962;ReadPosRankSum=2.352;SC=TGCTTCTCCTTCACCACCGTC;SOR=0.671;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=689;TCF=343;TCR=346;TR=466;WE=3254478;WS=3254460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,494:0.68:728
chr16	3254972	rs2075851	T	C	6350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.98;MQRankSum=-0.947;NF=119;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=0.330;SC=CCACCTGTGGTTCTCACCTGG;SOR=0.879;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=379;TCF=177;TCR=202;TR=259;WE=3254980;WS=3254962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,277:0.69:402
chr16	3266071	rs2550401	A	G	7521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=2.473;SC=GCCAACTCGAATGCTCTGCTG;SOR=0.702;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=526;TCF=293;TCR=233;TR=315;WE=3266079;WS=3266061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,335:0.60:558
chr16	3266552	rs2741916	G	A	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=43;PP=970;ReadPosRankSum=0.677;SC=TTCAATAATGGTATAGGCTTA;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=35;TCR=66;TR=66;WE=3266560;WS=3266542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,70:0.65:108
chr16	3282605	rs2075852	T	C	2852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.067;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=75;PP=1523;ReadPosRankSum=-0.184;SC=ACAGCCCTACTGGTAAGAAAA;SOR=0.837;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=247;TCF=114;TCR=133;TR=137;WE=3282613;WS=3282595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,145:0.54:268
chr16	3293888	rs1231122	C	T	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.04;ReadPosRankSum=-2.693;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,87:0.42:209
chr16	3293922	rs1231123	A	T	2173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.866;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,114:0.42:272
chr16	3294154	rs3974658	GT	G	1836.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.785;NF=11;NR=65;PP=759;ReadPosRankSum=1.694;SC=CAGGTGTTTGGTTTTTTTTTT;SOR=0.794;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=129;TCF=17;TCR=112;TR=76;WE=3294163;WS=3294144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,122:0.59:208
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chr16	3296616	rs224205	C	T	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=35;PP=870;ReadPosRankSum=-0.624;SC=CTGGCCTCTACTTCTGGGCTC;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=48;TCR=54;TR=66;WE=3296624;WS=3296606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,79:0.68:117
chr16	3297073	rs224206	A	G	6268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=1.878;SC=CAATCAGCGCATCGAGCAGGG;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=403;TCF=224;TCR=179;TR=265;WE=3297081;WS=3297063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,293:0.66:444
chr16	3297175	rs224207	T	C	10655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.33;ReadPosRankSum=1.425;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,272:0.62:438
chr16	3297181	rs224208	C	T	10509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.51;ReadPosRankSum=0.292;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,261:0.63:412
chr16	3298642	rs224211	G	A	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.317;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=505;ReadPosRankSum=0.284;SC=TCTTTCTGCAGTAGTCACCGG;SOR=0.387;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=38;WE=3298650;WS=3298632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr16	3298865	rs224212	T	C	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.727;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=19;PP=1084;ReadPosRankSum=-0.925;SC=TCTTCCCACCTTCCTCCCAGG;SOR=1.071;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=104;TCF=71;TCR=33;TR=67;WE=3298873;WS=3298855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,70:0.62:112
chr16	3299749	rs224213	G	A	2945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.09;ReadPosRankSum=-2.046;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,153:0.52:292
chr16	3301897	rs224218	A	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr16	3304463	rs224222	C	T	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=7.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.047;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,49:0.40:123
chr16	3304573	rs224223	G	T	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.853;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=613;ReadPosRankSum=2.554;SC=GGCCCTCCGAGGCCTTCTCTC;SOR=0.328;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=108;TCF=73;TCR=35;TR=55;WE=3304581;WS=3304563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,65:0.52:126
chr16	3304654	rs224224	T	C	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.084;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=32;PP=1114;ReadPosRankSum=1.001;SC=GGCTGGCAGCTCCGCCCCCGT;SOR=0.591;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=187;TCF=117;TCR=70;TR=83;WE=3304662;WS=3304644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,95:0.45:211
chr16	3304762	rs224225	A	G	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=46;PP=1047;ReadPosRankSum=0.904;SC=CTGCGGAATCATCTGTGCCGT;SOR=0.639;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=274;TCF=134;TCR=140;TR=93;WE=3304770;WS=3304752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,99:0.34:294
chr16	3338343	rs188761	G	C	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	3339435	rs220379	G	C	4785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr16	3350639	rs7185015	A	G	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=32;PP=907;SC=TGAACCACCAACAGGAGAAAA;SOR=1.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=3350647;WS=3350629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	3364867	rs12325636	G	C	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=552;ReadPosRankSum=3.105;SC=ACTGTCATTTGTCTAGGTAAA;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=82;TCR=98;TR=52;WE=3364875;WS=3364857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,64:0.32:198
chr16	3367061	rs17611827	G	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.898;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=345;ReadPosRankSum=-1.040;SC=GTGCCTTGATGTGAACTTTTG;SOR=0.956;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=24;WE=3367069;WS=3367051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,28:0.33:85
chr16	3367229	rs17611866	T	C	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-1.895;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,96:0.31:312
chr16	3405875	rs1009429	T	C	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=1;PP=491;SC=CCAACAGCTTTTTCTTGACTT;SOR=3.258;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=3405883;WS=3405865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	3405986	rs1218762	G	A	1722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.25;ReadPosRankSum=0.843;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,75:0.66:113
chr16	3405994	rs1228348	A	G	4577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.62;SOR=1.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr16	3406387	rs1218763	C	G	10708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=201;NR=157;PP=2965;SC=TGATTGCCTGCCTGGGTGGCT;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=358;TCF=201;TCR=157;TR=358;WE=3406395;WS=3406377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr16	3406516	rs11643487	A	G	4862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.750;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=108;PP=2952;ReadPosRankSum=-2.100;SC=GTGGCGACACAAGTCTCAACC;SOR=0.513;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=313;TCF=142;TCR=171;TR=203;WE=3406524;WS=3406506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,221:0.65:339
chr16	3406626	rs11648783	G	A	3356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.213;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=60;PP=2027;ReadPosRankSum=-0.403;SC=CTGAAAATCCGCTCTGCAGAG;SOR=0.345;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=175;TCF=87;TCR=88;TR=128;WE=3406634;WS=3406616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,144:0.74:194
chr16	3434966	rs27231	T	C	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=574;ReadPosRankSum=0.072;SC=ATAGGTCAATTAGATCTGTCA;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=42;WE=3434974;WS=3434956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr16	3438865	rs11643983	G	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.306;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=388;ReadPosRankSum=0.711;SC=GGGAGAAACTGCTGGATGGTT;SOR=0.578;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=129;TCF=67;TCR=62;TR=37;WE=3438873;WS=3438855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,43:0.29:149
chr16	3440390	rs4786412	C	T	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=1.119;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,55:0.41:134
chr16	3440394	rs27237	A	G	4603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.85;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr16	3441697	rs7204842	A	C	2405.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr16	3443262	rs28128	G	T	45.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	3444157	rs12448573	T	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-2.440;SC=CCCCAGCTATTTGGGAGGCTG;SOR=1.140;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=5;WE=3444165;WS=3444147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr16	3445239	rs1149492	A	G	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=2.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.82;ReadPosRankSum=-0.789;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,99:0.65:152
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chr16	3452193	rs37811	T	G	5547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=79;PP=2965;SC=CCCAAGAGGCTCTCTCCCAGC;SOR=0.973;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=112;TCR=79;TR=191;WE=3452201;WS=3452183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr16	3452453	rs377727247	C	CT,CTT	1393.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=6.660;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.80;ReadPosRankSum=1.183;SOR=1.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:16,55,30:0.54,0.30:101
chr16	3455079	rs37813	T	C	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=30;PP=856;SC=GCTTGTACTTTAGATCCTCAA;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=3455087;WS=3455069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	3458219	rs37819	C	T	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=2;PP=131;SC=AAGTTGCCAGCGGAGGGCCAC;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=3458227;WS=3458209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	3487556	rs40534	A	T	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=816;ReadPosRankSum=0.403;SC=TAAAAACAAAAGAAAGCAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=54;WE=3487564;WS=3487546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,55:0.69:80
chr16	3487576	rs37825	T	C	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=702;ReadPosRankSum=0.037;SC=ACATAGACAATATCTTCAAGG;SOR=1.004;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=39;WE=3487584;WS=3487566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,40:0.67:60
chr16	3490922	rs2270494	G	C	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=-0.790;SC=GATCCTCAAAGAGTATTGGTC;SOR=0.494;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=21;WE=3490930;WS=3490912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,24:0.35:68
chr16	3493240	rs3816916	A	C	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.67;ReadPosRankSum=-0.930;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,86:0.67:128
chr16	3493288	rs34496784	T	C	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.059;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=30;PP=1322;ReadPosRankSum=0.020;SC=CTCGATTCCCTCCGAACCCCC;SOR=2.683;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=35;WE=3493309;WS=3493278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr16	3493301	rs7500590	T	C	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.031;HP=7;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=1232;ReadPosRankSum=1.624;SC=GAACCCCCCCTTAAAAACCTA;SOR=2.925;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=21;WE=3493309;WS=3493278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr16	3533577	rs1137454	C	G	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.330;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=34;PP=674;ReadPosRankSum=0.607;SC=TCAACGGCGGCCACCCTCCCT;SOR=1.008;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=149;TCF=46;TCR=103;TR=47;WE=3533585;WS=3533567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,52:0.32:164
chr16	3534892	rs13740	G	A	5243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.764;SC=CCCACCCTTCGGCCGCCCGCA;SOR=0.607;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=589;TCF=309;TCR=280;TR=238;WE=3534900;WS=3534882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:379,271:0.42:650
chr16	3535028	rs2074524	G	A	6672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=0.388;SC=ACAGAACATCGTGGGCATGCG;SOR=0.686;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=469;TCF=205;TCR=264;TR=293;WE=3535036;WS=3535018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,317:0.62:510
chr16	3535116	rs4785936	T	C	6268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=99;NR=105;PP=2965;SC=GCCACAAAAGTGGAAGGCCCT;SOR=0.877;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=209;TCF=99;TCR=110;TR=204;WE=3535124;WS=3535106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr16	3535540	rs2240075	G	A	2462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=0.402;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:295,147:0.33:442
chr16	3583173	rs3751837	C	T	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=815;ReadPosRankSum=2.517;SC=TTCTGTTCTGCCTCATGTGTT;SOR=0.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=60;TCR=78;TR=67;WE=3583181;WS=3583163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,74:0.48:155
chr16	3599655	rs12448257	G	A	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.216;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,80:0.39:203
chr16	3602227	rs56070390	AG	A	6674.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=72;PP=2951;SC=TTCTGCTTCAAGGGCATCTGC;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=20;TCR=73;TR=91;WE=3602235;WS=3602217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr16	3605924	rs146562000	A	AAAAT	542.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.51;ReadPosRankSum=-0.060;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr16	3611610	rs8050566	C	T	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=482;ReadPosRankSum=-0.990;SC=TCCGTGGCAGCGCCGCTGGCC;SOR=0.780;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=111;TCF=74;TCR=37;TR=41;WE=3611618;WS=3611600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,43:0.35:124
chr16	3613126	rs12445430	C	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=391;ReadPosRankSum=-0.658;SC=GGAGGTAGGCCAGGGCAGCGC;SOR=1.191;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=35;WE=3613134;WS=3613116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,39:0.39:100
chr16	3613150	rs8044743	A	G	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=539;ReadPosRankSum=-0.787;SC=GCGCGGGACCAGTCAGCCTGG;SOR=0.890;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=44;WE=3613158;WS=3613140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,48:0.43:112
chr16	3627358	rs758747	C	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=0.010;SC=AGTGCAGCCCCGACCTTCTGC;SOR=1.002;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7;WE=3627366;WS=3627348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr16	3634746	rs12933120	C	A	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.38;ReadPosRankSum=0.602;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr16	3639139	rs3810812	A	G	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.396;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,56:0.28:203
chr16	3639378	rs141567438	T	A	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=10.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-1.090;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,67:0.34:197
chr16	3652340	rs118098382	A	C	4610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.298;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=96;PP=2854;ReadPosRankSum=1.295;SC=CCGTGAGAATAAACTCCAAAG;SOR=0.843;SbPval=0.4;Source=Platypus;TCF=146;TR=183;WE=3652348;WS=3652330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,203:0.64:319
chr16	3656482	rs8061528	C	T	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=-1.608;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,76:0.28:272
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chr16	3739243	rs34759526	CT	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=8.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=0.195;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
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chr16	4027423	rs2072346	C	T	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=4;PP=691;SC=CCAGGCCCTACGCAACCTCGG;SOR=3.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=4027431;WS=4027413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr16	4027749	rs2601774	A	G	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=23;PP=666;SC=ACTGAGTCTCACTCTGTCGCC;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=4027757;WS=4027739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	4039141	rs2072341	A	G	5302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=59.99;NF=75;NR=92;PP=2965;SC=CCAGCACCATAACTGTGCCAA;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=75;TCR=93;TR=167;WE=4039149;WS=4039131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr16	4042449	rs2239307	C	T	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=16;PP=450;SC=CCCCGACCTCCGCTGCGGGGC;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=4042457;WS=4042439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	4042470	rs2239308	T	C	376.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5214;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=228;ReadPosRankSum=0.457;SC=GCTGCTGCACTGGGCGTGGGA;SOR=1.127;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=16;WE=4042478;WS=4042460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr16	4043292	rs2239309	C	G	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	4164364	rs2230738	C	T	2160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.409;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=43;PP=1135;ReadPosRankSum=0.687;SC=AGGTGGCATGCCTCTTGACAG;SOR=0.728;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=316;TCF=179;TCR=137;TR=104;WE=4164372;WS=4164354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,120:0.35:345
chr16	4165432	rs2530898	T	C	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=11;PP=240;SC=GCTGGTGGGGTGGGGAAGCCA;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=4165440;WS=4165422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	4242093	rs8051399	C	T	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=345;ReadPosRankSum=1.353;SC=AAACCAGGACCTCTCAGACAG;SOR=0.462;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=73;TCF=58;TCR=15;TR=25;WE=4242101;WS=4242083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,25:0.33:75
chr16	4243020	rs72764668	G	A	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.055;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=580;ReadPosRankSum=-1.685;SC=CAAAGCCCGCGCACCTCCTTT;SOR=0.937;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=39;WE=4243028;WS=4243010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,43:0.65:66
chr16	4245393	rs11076822	T	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=36;ReadPosRankSum=1.054;SC=GAGATGAGGTTTCACTATGTT;SOR=0.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=4;WE=4245401;WS=4245391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr16	4245426	rs11076823	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.609;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=140;ReadPosRankSum=-1.608;SC=CTTGAACCTCCGGCCTCAAGG;SOR=1.201;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=12;WE=4245434;WS=4245416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr16	4245693	rs10852643	A	G	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.248;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=779;ReadPosRankSum=2.491;SC=GTGAGAAGGAACGGGCGCTGT;SOR=0.461;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=187;TCF=88;TCR=99;TR=61;WE=4245701;WS=4245683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,68:0.33:209
chr16	4253117	rs13339613	C	T	3927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.476;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=66;PP=2398;ReadPosRankSum=0.675;SC=CGCCGACAGGCCTGCGCCGTA;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=147;TCR=95;TR=165;WE=4253125;WS=4253107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,182:0.68:269
chr16	4254479	rs4644864	G	A	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.426;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=8;PP=542;ReadPosRankSum=0.912;SC=GAGTCTGCCCGGGCCCTGGTG;SOR=1.414;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=140;TCF=100;TCR=40;TR=42;WE=4254487;WS=4254469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,51:0.33:156
chr16	4254523	rs60137128	C	T	7181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr16	4254699	rs62039297	G	A	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.039;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=48;PP=1038;ReadPosRankSum=-1.426;SC=TCTGGGCCCCGGCACAGCAGA;SOR=0.793;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=226;TCF=93;TCR=133;TR=77;WE=4254707;WS=4254689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,85:0.33:257
chr16	4254725	rs8054937	A	G	4846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=98;PP=2947;SC=GCTGGGCCTCAAGCAGGGGCT;SOR=1.382;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=58;TCR=98;TR=156;WE=4254733;WS=4254715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr16	4254758	rs62039298	A	T	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=46;PP=1086;ReadPosRankSum=0.510;SC=GCCAAGTTACACTGGACTGAG;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=19;TCR=67;TR=59;WE=4254766;WS=4254748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,68:0.69:99
chr16	4256705	rs13334805	G	A	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=29;PP=1234;ReadPosRankSum=1.532;SC=GGACGGGGTTGCTGTTAGGGA;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=99;TCR=48;TR=89;WE=4256713;WS=4256695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,94:0.63:149
chr16	4256755	rs58255304	TC	T	11141.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=131;PP=2972;SC=GGACTCTCCCTCCCCCTGATG;SOR=1.050;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=75;TCR=140;TR=200;WE=4256763;WS=4256745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr16	4257060	rs13334970	G	A	3758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.47;ReadPosRankSum=-0.518;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,170:0.70:243
chr16	4257131	rs9932378	C	G	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.032;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=44;PP=1135;ReadPosRankSum=-0.305;SC=TCGGAGGCGCCCTCTGCTTCT;SOR=0.879;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=343;TCF=182;TCR=161;TR=101;WE=4257139;WS=4257121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,110:0.29:382
chr16	4257281	rs9922726	A	C	21474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.28;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr16	4257286	rs9924822	T	C	21479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.47;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,483:1.00:483
chr16	4257686	rs868302	A	G	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=-2.188;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:323,122:0.27:445
chr16	4257729	rs9934893	C	T	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=2.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=1.092;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,115:0.27:423
chr16	4258005	rs1104968	C	G	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.267;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,60:0.37:161
chr16	4258173	rs889807	T	C	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=30;PP=857;SC=CAAGAGTCTATAATAACCTAG;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=4258181;WS=4258163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	4383398	rs72766563	G	T	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=5.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.500;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,99:0.30:333
chr16	4386814	rs669561	T	C	19465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=738;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=385;NR=297;PP=2965;SC=GCACCCACTATGTGGACAAGC;SOR=0.996;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=683;TCF=385;TCR=298;TR=682;WE=4386822;WS=4386804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,736:1.00:736
chr16	4391463	rs144614425	C	T	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,55:0.41:134
chr16	4407356	rs61391325	CT	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.086;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr16	4409612	.	G	A	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=2.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.753;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,67:0.39:174
chr16	4410867	rs140995663	TCACTGCTGGCCCCACCTCTCCA	T	3967.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=8;PP=2967;SC=CCGCCACTCCTCACTGCTGGC;SOR=1.346;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=22;WE=4410897;WS=4410857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	4414186	.	C	CA	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=0.214;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,11:0.20:55
chr16	4414727	rs2277852	G	A	4851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=56;PP=2906;SC=TGAGGCCCAGGCCCCCCGACT;SOR=1.141;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=101;TCR=56;TR=156;WE=4414735;WS=4414717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr16	4414987	rs2277851	G	A	7666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=1.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr16	4415410	rs3747575	G	T	5508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr16	4415455	rs3747576	C	G	6563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr16	4431202	rs758044	A	G	22556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=862;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=415;NR=402;PP=2965;SC=TGGACCTGACAGCCAACAGGC;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=818;TCF=415;TCR=403;TR=817;WE=4431210;WS=4431192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,857:1.00:857
chr16	4432029	rs3810818	A	C	14928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=266;NR=291;PP=2965;SC=AGCCCCACAGAGCCGGCCACT;SOR=0.925;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=560;TCF=266;TCR=294;TR=557;WE=4432037;WS=4432019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,572:1.00:572
chr16	4445327	rs3747579	C	T	5657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr16	4455675	rs3747580	G	A	3297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=63;PP=1920;SC=CAGCAGCTACGAGGGTCCTTT;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=56;TCR=64;TR=119;WE=4455683;WS=4455665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr16	4475868	rs2304631	A	T	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=8;PP=582;SC=GCAGGCGCAGAGTCCCCGGGC;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=4475876;WS=4475858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	4476089	rs1139652	T	C	4152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
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chr16	4484396	rs1139653	A	T	4632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=39;PP=2657;SC=AACAAAACATAACCCTTTCAT;SOR=1.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=108;TCR=39;TR=147;WE=4484404;WS=4484386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr16	4484613	rs4785964	A	G	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=58;PP=1677;ReadPosRankSum=-0.804;SC=TGCCCATATGAATAGGTCTCA;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=27;TCR=59;TR=85;WE=4484621;WS=4484603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,97:0.99:98
chr16	4487228	rs72766601	T	C	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.736;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=359;ReadPosRankSum=0.088;SC=TGCCTTCACTTCCCAAAGTGT;SOR=1.282;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=96;TCF=73;TCR=23;TR=28;WE=4487236;WS=4487218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,29:0.28:102
chr16	4493012	rs138078370	T	TA	5742.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.784;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.492;NF=12;NR=58;PP=2483;ReadPosRankSum=-0.239;SC=TTCTTGTTTTTATCAGGAAAC;SOR=0.657;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=237;TCF=49;TCR=188;TR=70;WE=4493020;WS=4493002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,198:0.39:503
chr16	4494549	rs12446640	A	G	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=9;PP=648;SC=GTTGGCCAGGATGGTCTCGAT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=4494557;WS=4494539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	4496973	rs2304633	T	A	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=54;PP=1725;SC=TTCTTGGGGGTACAGCCAGAG;SOR=0.987;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=97;WE=4496981;WS=4496963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	4500544	rs2304634	C	T	6091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=117;NR=90;PP=2965;SC=GGCCTCAGAGCCCCCCAGGGT;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=207;TCF=117;TCR=90;TR=207;WE=4500552;WS=4500534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr16	4516092	rs3747584	T	C	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=15;PP=1222;SC=CCGCGGTCTGTTACACCAACG;SOR=2.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=58;WE=4516100;WS=4516082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	4519548	rs62039231	A	G	4566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=99;PP=2965;SC=GGAGTGCTCCACCACAGCAAG;SOR=1.343;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=59;TCR=99;TR=158;WE=4519556;WS=4519538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr16	4524060	rs3761680	C	A	3925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=93;NR=50;PP=2350;SC=GGCGCCCTGGCTCTGCAAGGG;SOR=1.288;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=93;TCR=50;TR=143;WE=4524068;WS=4524050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr16	4559351	.	TA	T	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.597;QD=1.67;ReadPosRankSum=1.186;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr16	4562351	rs8129	T	C	2778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=22;PP=1539;SC=AAGCTCATTGTCAGCCCCCTG;SOR=1.306;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=84;WE=4562359;WS=4562341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr16	4562512	rs7665	A	G	7480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=151;NR=123;PP=2965;SC=ACCACTGAGCACAGGGAGCAA;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=276;TCF=152;TCR=124;TR=274;WE=4562520;WS=4562502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr16	4562725	rs2270367	G	A	4724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.052;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=96;PP=2921;ReadPosRankSum=0.763;SC=GGCCTGCTGCGGAGGAGGCAG;SOR=0.708;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=279;TCF=143;TCR=136;TR=193;WE=4562733;WS=4562715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,205:0.68:302
chr16	4621725	rs35531180	GA	G	3868.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=67;PP=2951;SC=CTGGGGGTTGGAGCAATGAGG;SOR=2.184;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=70;TCF=1;TCR=69;TR=68;WE=4621733;WS=4621715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr16	4625126	rs9673241	G	A	6860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=142;NR=90;PP=2965;SC=ACTGAGAGTGGGAGGCGGGGC;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=142;TCR=90;TR=232;WE=4625134;WS=4625116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr16	4625470	rs77379438	C	G	3560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.882;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=91;PP=2090;ReadPosRankSum=2.079;SC=GGGCCTGCACCTGGGACTGAA;SOR=0.917;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=280;TCF=123;TCR=157;TR=155;WE=4625478;WS=4625460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,168:0.56:299
chr16	4641814	rs5815211	AG	A	1728.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=24;PP=902;SC=CCCTCCTGGTAGGGGTCCTGC;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=24;WE=4641822;WS=4641804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	4644684	rs753481	G	A	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.658;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,54:0.51:105
chr16	4649955	rs11076843	T	C	2773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.82;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	4649965	rs7403819	T	C	3178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.75;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	4660342	rs841184	C	T	4033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=76;PP=2739;SC=GCAGGACCCACGGAGCCGGGA;SOR=1.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=62;TCR=77;TR=137;WE=4660350;WS=4660332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr16	4664412	rs138923012	T	TG	368.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	4664833	rs860889	T	G	5884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=110;PP=2965;SC=GCCTCCCTCCTCCGCCCGCGC;SOR=1.032;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=88;TCR=111;TR=198;WE=4664841;WS=4664823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr16	4674954	rs3747587	C	G	8940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=173;NR=145;PP=2965;SC=CCGGCAGCGCCGCGCACCATG;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=318;TCF=173;TCR=145;TR=318;WE=4674962;WS=4674944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr16	4675116	rs1386092	G	T	5466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=110;PP=2965;SC=CGGGCGCGGGGGCGGGGACTC;SOR=1.263;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=187;TCF=76;TCR=111;TR=186;WE=4675124;WS=4675106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr16	4714639	rs1659479	T	C	2838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=62;PP=1800;ReadPosRankSum=2.201;SC=TCCAGCTCATTTGTTGACCGA;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=458;TCF=265;TCR=193;TR=149;WE=4714647;WS=4714629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,159:0.33:487
chr16	4715012	rs3813746	C	T	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.926;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=409;ReadPosRankSum=-1.381;SC=GCTGAGCCCTCGGTGCCGCAG;SOR=0.529;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=28;WE=4715020;WS=4715002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr16	4718388	rs34069734	A	G	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=2.108;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,101:0.38:267
chr16	4721468	rs715109	T	C	2950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.619;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=80;PP=1976;ReadPosRankSum=-1.170;SC=AAGGTGTGTATCTGGGTGAGG;SOR=0.720;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=466;TCF=244;TCR=222;TR=159;WE=4721476;WS=4721458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,169:0.33:510
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chr16	4747136	rs841215	G	C	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.081;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=572;ReadPosRankSum=-1.090;SC=GCCTCTCCCGGCCAGGCTCAG;SOR=0.871;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=82;TCR=65;TR=48;WE=4747144;WS=4747126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,53:0.33:160
chr16	4748825	rs841214	C	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=1.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=1.730;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,48:0.28:174
chr16	4751045	rs863980	C	T	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=734;ReadPosRankSum=0.817;SC=TCAGTTGCAGCGCGGGGAGGC;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=98;TCR=99;TR=68;WE=4751053;WS=4751035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,70:0.32:216
chr16	4752134	rs841210	A	G	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,101:0.41:248
chr16	4786456	rs859314	A	G	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=9;PP=1491;SC=CACCCTGTGTACCCCACAGAG;SOR=2.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=52;TCR=9;TR=61;WE=4786464;WS=4786446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	4787987	rs859310	G	A	3013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=60;PP=1823;SC=GTGTGTGTGCGATGTTAGTCT;SOR=1.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=43;TCR=61;TR=102;WE=4787995;WS=4787977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr16	4790059	rs111697257	C	CA	892.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.63;ReadPosRankSum=-0.014;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,53:0.87:61
chr16	4790273	rs859305	G	A	5805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=81;PP=2965;SC=GCTCTGGTGAGGTCAGCGCTC;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=109;TCR=81;TR=190;WE=4790281;WS=4790263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr16	4794873	rs2075469	C	T	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=23;PP=1660;SC=ATCCTCAGACCGCATGGTGCC;SOR=1.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=66;TCR=23;TR=89;WE=4794881;WS=4794863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	4796393	rs737700	A	G	8262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=157;NR=122;PP=2965;SC=TCAAGGAAGCAGGGCTCCCAG;SOR=0.895;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=158;TCR=122;TR=279;WE=4796401;WS=4796383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr16	4796595	rs759988	T	C	4663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=103;PP=2596;SC=TGGTGGATCCTGATGGGGAGG;SOR=1.351;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=66;TCR=103;TR=169;WE=4796603;WS=4796585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr16	4796871	rs2341988	A	G	5149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=26.68;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr16	4797226	rs759989	T	C	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=5;PP=715;SC=GCTGCCTGAATTGCATTCTTG;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=4797234;WS=4797216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	4797457	rs17853375	C	T	7242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=126;NR=119;PP=2965;SC=GCTCAGGCCCCTGAAGACACA;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=127;TCR=119;TR=245;WE=4797465;WS=4797447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr16	4801723	rs921863	G	A	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=26;PP=802;SC=TGTATTGGGGGACCCTAAACC;SOR=1.314;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=4801731;WS=4801713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	4802370	rs3747601	C	A	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=20;PP=1046;SC=AGTTTCAGGCCTGGTGATCAG;SOR=1.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=62;WE=4802378;WS=4802360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	4802386	rs3747602	G	T	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	4812209	rs12599765	G	A	3452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=46;PP=1847;SC=TAACAAGGAAGTGTGACACAC;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=113;WE=4812217;WS=4812199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	4815425	rs4786548	T	C	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.813;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=627;ReadPosRankSum=-1.878;SC=GGCTGAGAAATCTTTTGCAGT;SOR=0.407;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=101;TCF=76;TCR=25;TR=45;WE=4815433;WS=4815415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,50:0.44:114
chr16	4815501	rs12928542	G	C	2259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=46;PP=1356;ReadPosRankSum=2.216;SC=CAAGGAATCTGCAGCTGCAGA;SOR=0.700;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=291;TCF=173;TCR=118;TR=112;WE=4815509;WS=4815491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,122:0.38:319
chr16	4815602	rs12919587	T	C	2344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.690;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,130:0.37:356
chr16	4815608	rs4786549	A	G	11189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.30;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr16	4861709	rs2085329	G	C	6871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=88;PP=2965;SC=GGCCTGTCACGTGGGCCAGGG;SOR=0.950;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=130;TCR=88;TR=218;WE=4861717;WS=4861699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr16	4933939	rs2037912	G	C	10084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=185;NR=168;PP=2965;SC=TGCAGGTTTTGCCTCTCCAGC;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=353;TCF=185;TCR=168;TR=353;WE=4933947;WS=4933929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr16	4934549	rs1049208	G	A	20471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=224;NR=225;PP=2965;SC=CGGCAAAGGCGCTCGCCTCGG;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=451;TCF=225;TCR=226;TR=449;WE=4934557;WS=4934539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr16	4934564	rs1049207	C	G	21161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=242;NR=230;PP=2965;SC=CCTCGGCCCGCAGGCCTGGCT;SOR=0.754;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=472;TCF=242;TCR=230;TR=472;WE=4934572;WS=4934554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,503:1.00:503
chr16	4935820	rs147224647	G	T	6124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=1.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.28;ReadPosRankSum=0.657;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,279:0.65:429
chr16	4938160	rs2734742	T	G	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	4938280	rs2075637	T	C	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.86;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	4938321	rs2075636	A	T	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=17;PP=556;SC=GCCCTGTGCCATGTGCTGGTT;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=4938329;WS=4938311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	4940168	rs117910355	G	A	2262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.52;ReadPosRankSum=1.806;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,103:0.75:137
chr16	4940387	rs11644917	G	A	3407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=51;NR=49;PP=1648;SC=ATGCCTCACCGAGCCCTCATT;SOR=0.856;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=51;TCR=50;TR=100;WE=4940403;WS=4940377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	4940809	rs2471844	A	G	7418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=147;PP=2965;SC=CCAGGTCCGGACAGTGCTCCT;SOR=1.205;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=102;TCR=147;TR=249;WE=4940817;WS=4940799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr16	4940989	rs2471843	A	C	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.99;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	4940994	rs760118	A	G	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.86;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	4941950	.	C	G	2639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.875;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=63;PP=1665;ReadPosRankSum=1.667;SC=CCACATCAACCCTGAGAGCAC;SOR=0.742;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=274;TCF=143;TCR=131;TR=125;WE=4941958;WS=4941940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,136:0.45:303
chr16	4942099	rs1049205	C	T	6403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=110;NR=122;PP=2965;SC=GTCCTCCACCCGGGTCCTCAG;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=111;TCR=123;TR=232;WE=4942107;WS=4942089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr16	4944518	rs1876363	C	G	9376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr16	4945221	rs12709119	A	G	7562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.11;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr16	4947534	rs8051246	T	C	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=3;PP=360;SC=ATCAGAAGCATGGGTGCTGGG;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=4947542;WS=4947524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	4948936	rs12443906	C	T	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=31;NR=3;PP=884;SC=GGGGTCTGCCCGAGCTCCAGG;SOR=3.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=34;WE=4948944;WS=4948926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	4952598	rs2048098	C	G	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=35;PP=996;SC=GGCCCCCCACCCAGACCCCGG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=46;WE=4952606;WS=4952588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	4961003	rs8057613	A	G	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=43;PP=1327;SC=GGTGGGGGCTATGTCCCCACC;SOR=1.488;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=67;WE=4961011;WS=4960993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	5037499	.	G	GGA	1401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=1.040;QD=23.36;ReadPosRankSum=1.272;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,45:0.75:60
chr16	5040717	rs3743845	C	T	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=488;ReadPosRankSum=-0.724;SC=TAGGGGAGGGCAGGGTGCCCC;SOR=1.206;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=30;WE=5040725;WS=5040707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr16	5041778	rs2972265	T	C	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=596;ReadPosRankSum=-1.975;SC=CCTGTGGTGATCCTGTGACCC;SOR=0.596;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=125;TCF=81;TCR=44;TR=46;WE=5041786;WS=5041768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,52:0.36:144
chr16	5046787	rs2270260	G	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=194;ReadPosRankSum=-0.488;SC=TGCCCCGGCTGGTTCTGTAAT;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=19;WE=5046795;WS=5046777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,19:0.26:73
chr16	5050897	rs2286966	G	C	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.918;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,28:0.33:84
chr16	5061085	rs2908669	A	C	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=71;NR=32;PP=1922;SC=GGCAGGGCTGATGTGTTTCAG;SOR=1.342;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=71;TCR=32;TR=103;WE=5061093;WS=5061075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr16	5064917	rs2012649	C	T	3840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.015;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=83;PP=2090;ReadPosRankSum=1.728;SC=TCAGCGCCGCCACCTCGTCCT;SOR=0.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=113;TCR=122;TR=161;WE=5064925;WS=5064907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,179:0.68:263
chr16	5075542	rs887854	G	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.772;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,38:0.30:128
chr16	5075633	rs7188856	G	A	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.70;ReadPosRankSum=0.459;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,108:0.72:149
chr16	5077395	rs71402581	TGGGAGGA	T	1330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=4.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.01;ReadPosRankSum=1.136;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr16	5077794	rs2937112	G	T	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=-1.201;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,48:0.42:115
chr16	5078841	rs1995278	T	C	6943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=138;NR=89;PP=2965;SC=GGGGCAGACCTGGACTTCAGC;SOR=0.939;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=139;TCR=89;TR=227;WE=5078849;WS=5078831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr16	5080523	rs2102065	C	T	2339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.37;ReadPosRankSum=0.509;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,114:0.65:175
chr16	5083483	rs2972272	T	C	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,37:0.32:115
chr16	5094570	rs8055684	G	A	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=286;ReadPosRankSum=1.005;SC=TCAGCCAGACGCGGTGGCTCA;SOR=0.586;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=23;WE=5094578;WS=5094560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr16	5097947	rs1127920	A	G	2662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.59;ReadPosRankSum=0.767;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,126:0.64:196
chr16	5105440	rs741166	T	C	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=755;ReadPosRankSum=1.649;SC=CCACCTGCCTTCATCTGCCTG;SOR=0.889;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=36;WE=5105448;WS=5105430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr16	5106184	rs741164	C	T	3020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.556;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=57;PP=1632;ReadPosRankSum=-0.661;SC=CCTGTGTGCACCCCCTCTGGG;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=99;TCR=83;TR=123;WE=5106192;WS=5106174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,141:0.68:208
chr16	5122072	rs112683515	G	GGTCT	2065.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=1034;ReadPosRankSum=1.935;SC=AGTGGCCAAGGGTCTGGGAGG;SOR=0.733;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=103;TCF=29;TCR=74;TR=41;WE=5122080;WS=5122062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,60:0.30:198
chr16	5122191	rs34061670	C	CG	2824.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=44;PP=1942;SC=ATTAGACGAGCGGTTCTGCCC;SOR=1.525;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=45;WE=5122199;WS=5122181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	5123270	rs62036244	C	T	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=348;ReadPosRankSum=-2.643;SC=GTGTATCAGCCTCTGCCTCCC;SOR=0.465;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=25;WE=5123278;WS=5123260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr16	5125365	rs4786590	C	T	7722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=161;NR=105;PP=2965;SC=GGTTTCCTCCCCTTCAAGTCT;SOR=1.048;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=161;TCR=105;TR=266;WE=5125373;WS=5125355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr16	5127335	rs11076869	T	A	3899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=51;PP=2430;SC=CTCAGGGAGCTCAAACTCTCC;SOR=1.186;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=88;TCR=51;TR=138;WE=5127343;WS=5127325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr16	5517175	rs34212245	T	TTC	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=-0.039;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr16	5649140	rs71404537	T	TTAGGAAA	4232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=0.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.455;QD=11.89;ReadPosRankSum=0.969;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,119:0.33:356
chr16	6533549	rs7187508	C	A	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	6704474	rs11640601	A	G	4046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=2.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.86;ReadPosRankSum=-0.388;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,100:0.56:177
chr16	6704480	rs11645523	C	G	4293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.13;ReadPosRankSum=-1.809;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,116:0.60:194
chr16	6704749	rs2058527	T	G	3889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=84;PP=2151;ReadPosRankSum=1.135;SC=ATGATGGTTTTTAGGTGATTC;SOR=0.618;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=206;TCF=87;TCR=119;TR=151;WE=6704757;WS=6704739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,174:0.73:237
chr16	7102036	rs35212568	CT	C	7442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=81;PP=2966;SC=GACTTTTCCCCTTCATTTTCT;SOR=0.827;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=30;TCR=83;TR=109;WE=7102044;WS=7102026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr16	7645760	.	T	TTA	44	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=22;MQ=58.68;NF=1;NR=2;PP=44;QD=17.6666666667;SC=CCCTCATTGTTTATATATATA;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=3;WE=7645768;WS=7645750;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,3:0.20:15
chr16	7657432	rs4616299	A	G	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=741;ReadPosRankSum=1.075;SC=AATAACCTGAAGCAAGTGAAT;SOR=0.839;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=118;TCF=51;TCR=67;TR=51;WE=7657440;WS=7657422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,53:0.40:133
chr16	7703785	.	G	GCTCT	6948.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=52;PP=2989;ReadPosRankSum=1.922;SC=GACAGCCTGTGCTCTCTCTCT;SOR=0.669;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=130;TCF=24;TCR=106;TR=69;WE=7703794;WS=7703775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,182:0.65:278
chr16	7704032	rs2302216	T	C	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.41;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	7704032	.	TGGTCTTGAC	CGGTCTTGAC,CGGTCTTGAT	254	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=7,1;NR=22,12;PP=60,254;QD=3.26797284646;SC=GAGCGCATGATGGTCTTGACT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29,13;WE=7704049;WS=7704022;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:29
chr16	7715108	rs8064206	T	C	5581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=111;PP=2865;SC=TGGTTTGTCTTGCAGGACAGA;SOR=1.158;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=81;TCR=111;TR=192;WE=7715116;WS=7715098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr16	7721778	rs2286541	C	A	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=516;SC=GGTGGCTATCCCTGTATCTAT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=7721786;WS=7721768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	7726691	rs2191134	A	G	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=3;PP=462;SC=TTTGGGTAACAGCTGCTCTGG;SOR=2.546;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=7726699;WS=7726681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	7743418	rs60812796	C	CT	346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=2.671;QD=2.89;ReadPosRankSum=-1.424;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,42:0.35:120
chr16	7743481	.	GA	G	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=-1.083;QD=7.44;ReadPosRankSum=-1.325;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr16	7759164	rs7196923	T	C	7471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.27;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr16	7759206	rs62011897	G	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=9.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=1.736;SOR=1.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,31:0.24:130
chr16	8619750	rs7198383	C	T	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	8620096	rs9922116	T	C	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=57;PP=1669;SC=GCCACGCTGCTCAGCGTCCAG;SOR=3.943;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=11;TCR=57;TR=68;WE=8620104;WS=8620086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr16	8728953	rs1731044	C	T	3217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr16	8729124	rs2302607	G	A	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=774;ReadPosRankSum=-1.332;SC=CACGGGGCTCGCTAGCATCAT;SOR=0.723;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=98;TCF=54;TCR=44;TR=57;WE=8729132;WS=8729114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,65:0.57:115
chr16	8729254	rs3108687	C	A	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=38;PP=1059;SC=GGCAGAGGCACTGGAAATTGG;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=64;WE=8729262;WS=8729244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	8729275	rs1641040	T	C	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=26;PP=776;SC=ATGTTAGCTGTTGTTGATTTT;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=8729283;WS=8729265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	8729323	rs1731043	A	T	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=12;PP=319;SC=CTCTCCATTTATTCTCAGTGA;SOR=2.448;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=8729331;WS=8729313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	8732733	rs1362345	C	G	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=13;NR=2;PP=309;SC=CGCACTGTCTCTCCCCATCAG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=8732741;WS=8732723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	8732882	rs5815485	CA	C	5643.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=95;PP=2975;SC=TCTCTCTAGGCAAAAAACATG;SOR=0.913;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=141;TCF=39;TCR=102;TR=128;WE=8732890;WS=8732872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr16	8733071	rs1641048	A	G	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=45;PP=1179;SC=TGTTTAGCAGATAGGACAGAC;SOR=1.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=68;WE=8733079;WS=8733061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	8734803	rs11646452	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.94;MQRankSum=-1.294;QD=17.75;ReadPosRankSum=-0.422;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr16	8734807	rs62030896	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.06;MQRankSum=1.294;QD=12.14;ReadPosRankSum=0.281;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr16	8734811	rs62030897	A	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.46;MQRankSum=1.294;QD=12.14;ReadPosRankSum=-0.142;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr16	8734830	.	G	GCTGT,GCTGGCTGT	1099.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.3;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5066,0.4934;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;NF=17,18;NR=6,6;PP=433,7;SC=TGGCTGGCTGGCTGGCTGGCT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=23,24;WE=8734838;WS=8734820;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.38,0.62:8
chr16	8735120	rs8062990	T	C	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=60;PP=2348;SC=GCTCTGTGGTTTTGACAGAGC;SOR=0.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=53;TCR=60;TR=113;WE=8735128;WS=8735110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	8735200	rs8045911	G	A	4103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=57;PP=2310;SC=ATGAGCACCAGCTGTCATTCT;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=75;TCR=57;TR=132;WE=8735220;WS=8735190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr16	8735212	rs1629322	T	C	4065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=55;PP=2041;SC=TGTCATTCTCTGAGCGCCTGC;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=78;TCR=55;TR=133;WE=8735220;WS=8735190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr16	8735245	rs1641055	C	T	5992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr16	8735355	rs1641056	A	G	3751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=63;PP=2100;SC=GTAGGGGCATAGACCCGAGTT;SOR=0.907;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=61;TCR=63;TR=124;WE=8735363;WS=8735345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	8736028	rs1614616	T	C	7636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=153;NR=119;PP=2965;SC=AATTTCTGACTTGTACGATCA;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=274;TCF=154;TCR=120;TR=272;WE=8736036;WS=8736018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr16	8736150	rs1615559	A	C	4448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=66;PP=2925;SC=CCGGGAGTTCAGTTTTAGAAG;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=86;TCR=66;TR=152;WE=8736158;WS=8736140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr16	8736246	rs1731007	G	A	11468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=215;NR=179;PP=2965;SC=CTCTCTGTGCGGATTGCTCTG;SOR=0.812;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=394;TCF=215;TCR=179;TR=394;WE=8736254;WS=8736236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr16	8736499	rs1618219	C	T	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=49;PP=1281;SC=GTGTCCTTGTCAGTGTCATTA;SOR=3.538;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=8;TCR=49;TR=57;WE=8736507;WS=8736489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	8738350	rs11645418	C	T	5255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr16	8738398	rs1641065	A	G	8110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=154;NR=125;PP=2965;SC=TGTGCGTCCGACTGGCTGGTT;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=154;TCR=126;TR=279;WE=8738406;WS=8738388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr16	8738427	rs1641066	T	C	8854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr16	8738499	rs1731000	G	A	6564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=109;NR=126;PP=2965;SC=GGAGCAGCTCGCAGATGGCAA;SOR=0.967;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=109;TCR=127;TR=235;WE=8738507;WS=8738489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr16	8738579	rs1641067	A	G	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=56;PP=1699;SC=GCCTCCAGCAACTGGTAGGTC;SOR=2.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=22;TCR=56;TR=78;WE=8738587;WS=8738569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	8738622	rs9933132	C	T	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=28;PP=803;SC=GGTTGCTTTACTGTGAAGCGG;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=8738630;WS=8738612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	8739954	rs1641070	G	A	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=13;PP=768;SC=TCTTTTCTCTGTTTGCTGCAG;SOR=1.654;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=49;WE=8739962;WS=8739944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	8740015	rs1730994	A	C	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=39;PP=2044;SC=TCGCCTCCACAAGGCGCGGCG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=71;TCR=39;TR=110;WE=8740023;WS=8740005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr16	8740418	rs1641072	T	C	7037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=113;NR=133;PP=2965;SC=GCCATCATATTGCCGCTCGGC;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=113;TCR=133;TR=246;WE=8740426;WS=8740408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr16	8740503	rs1730992	G	A	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=60;PP=2298;SC=TGAGAAGGAAGAGGCAGGAGC;SOR=0.862;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=55;TCR=62;TR=115;WE=8740511;WS=8740493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr16	8740653	rs1641073	C	T	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=34;PP=1093;SC=AGTGATCTTCCTCAGAGGTGT;SOR=1.355;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=56;WE=8740661;WS=8740643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	8829715	rs1640998	T	C	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-4.010;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,40:0.26:155
chr16	8832396	rs79514757	G	A	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=1.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.979;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:295,117:0.28:412
chr16	8832479	rs57866199	G	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=21.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.40;ReadPosRankSum=-3.143;SOR=1.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,10:0.10:100
chr16	8839954	rs1731017	A	G	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=674;ReadPosRankSum=1.299;SC=CCTAGATCTCAGGTGAGTTGA;SOR=1.032;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=42;WE=8839962;WS=8839944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,48:0.71:68
chr16	8840025	rs2103340	C	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=278;ReadPosRankSum=-0.464;SC=AAAAGCACAGCCAAGCTTAGG;SOR=0.260;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=19;WE=8840033;WS=8840015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr16	8841794	rs753071	T	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=87;ReadPosRankSum=0.944;SC=TGGAATAGTTTCCTGCCAACT;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=8841802;WS=8841784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr16	8841834	rs8055737	G	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=1.226;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr16	8841960	rs1641010	T	C	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.63;ReadPosRankSum=-2.643;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,70:0.62:112
chr16	8842128	rs1641011	T	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=-1.221;SC=TTTTTCTCATTTCCTTTGTGA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=8842136;WS=8842118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr16	8851026	rs59134991	T	TTTTA	1129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=2.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.235;QD=13.14;ReadPosRankSum=-1.081;SOR=1.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,33:0.38:86
chr16	8851767	rs12930438	C	T	2687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.954;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=66;PP=1667;ReadPosRankSum=-0.025;SC=TTCATTCATTCCATAAATATG;SOR=0.884;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=177;TCF=80;TCR=97;TR=117;WE=8851775;WS=8851757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,122:0.66:185
chr16	8858580	rs2302608	T	A	4008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=1.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-1.562;QD=15.84;ReadPosRankSum=-2.050;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,180:0.71:253
chr16	8858700	rs148949594	G	GCA	1432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=-0.595;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,71:0.25:286
chr16	8862212	rs8049072	C	T	286.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9989;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=226;ReadPosRankSum=-0.646;SC=ACATATTGTCCCACTGATTGC;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=12;WE=8862220;WS=8862202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,11:0.92:12
chr16	8862506	rs1273406	C	A	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=611;SC=ATATACACCTCCTATGCACCC;SOR=4.332;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=25;WE=8862514;WS=8862498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	8862592	rs1273407	T	C	4209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=100;NR=52;PP=2600;SC=CTGACAGCCTTGCGCTGAAAT;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=100;TCR=53;TR=152;WE=8862600;WS=8862582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr16	8868776	rs1641022	C	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.334;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=344;ReadPosRankSum=0.211;SC=TGGACGAGGTCCAGACCGGAG;SOR=1.209;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=29;WE=8868784;WS=8868766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,34:0.40:85
chr16	8873456	rs1079348	T	C	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,37:0.37:101
chr16	8873493	rs1079349	C	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=221;ReadPosRankSum=1.191;SC=CATCCAGTATCTCCTGCTGTA;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=23;WE=8873501;WS=8873483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,30:0.39:76
chr16	8895909	rs2304471	C	A	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=1.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-1.197;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,85:0.29:295
chr16	8896066	rs2304470	G	C	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.712;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=741;ReadPosRankSum=0.342;SC=TGTACCCGTTGACAGCCCTTC;SOR=0.846;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=179;TCF=97;TCR=82;TR=55;WE=8896074;WS=8896056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,59:0.31:191
chr16	8896094	rs2304469	G	A	2855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.023;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=62;PP=1814;ReadPosRankSum=0.501;SC=AGTCAGACCGGTCTTCATATT;SOR=0.587;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=195;TCF=105;TCR=90;TR=123;WE=8896102;WS=8896084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,129:0.63:206
chr16	8904877	rs34742119	T	TATG	1985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=10;PP=1510;SC=GCTGTTTATCTATGTTGCCCA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=29;WE=8904885;WS=8904867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	8905054	rs11074924	T	C	2244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.21;ReadPosRankSum=-1.104;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,103:0.65:158
chr16	8906914	rs34258285	A	C	5380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.448;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=1.720;SC=CGACATGTGGAAAATGACGGT;SOR=0.481;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=348;TCF=197;TCR=151;TR=227;WE=8906922;WS=8906904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,245:0.64:383
chr16	8907145	rs9924186	G	T	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=62;PP=1735;SC=TCAGACCCCCGACGCCTCTGT;SOR=2.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=15;TCR=62;TR=77;WE=8907153;WS=8907135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	8948974	rs6898	T	C	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=31;PP=1679;SC=GCCTCCTCCCTGCAAAGTCTC;SOR=1.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=62;TCR=31;TR=93;WE=8948982;WS=8948964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	8952248	rs988065	A	G	6726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr16	8988386	rs71155414	C	CG	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.6010;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=3;NR=2;PP=79;SC=CACCAGCCCCCGGGGGGGGGA;SOR=1.981;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5;WE=8988395;WS=8988376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr16	8988777	rs2304467	C	G	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=537;ReadPosRankSum=1.847;SC=CGTCACGTGGCAGCCGCCAAA;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=35;WE=8988785;WS=8988767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,41:0.55:74
chr16	8989403	rs1677473	A	G	5314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=77;PP=2965;SC=TAAAAACACAAATCAAGCTAC;SOR=0.988;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=106;TCR=77;TR=183;WE=8989411;WS=8989393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr16	8992342	rs2304465	G	A	2792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FS=0.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.012;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,163:0.34:475
chr16	8992828	rs2289109	G	T	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.678;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=8;PP=739;ReadPosRankSum=0.873;SC=ATGTGGTCAAGATGTGAGTGG;SOR=0.385;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=75;TCF=64;TCR=11;TR=43;WE=8992836;WS=8992818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr16	8992868	rs2437724	AC	CA	3998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.125;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=33;PP=2947;ReadPosRankSum=-0.878;SC=CAAGAAATGGACTGTCAGGTG;SOR=2.006;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=136;TCF=98;TCR=38;TR=129;WE=8992877;WS=8992858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,143:0.99:145
chr16	8995177	rs79920553	GAAAA	G,GAAA	974.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.43;QD=23.77;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,14,27:0.34,0.66:41
chr16	8995927	rs2304466	G	A	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.73;ReadPosRankSum=-0.394;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,68:0.69:98
chr16	8996377	rs2447918	C	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.311;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr16	8998553	.	AC	CA	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.813;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.189;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=340;ReadPosRankSum=-1.111;SC=TAATCCCAGCACTTTGGGAGG;SOR=1.312;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=10;WE=8998562;WS=8998543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr16	9004564	rs2447916	C	A	12922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=268;NR=181;PP=2965;SC=TAAAGAAGAACGCTACAACAG;SOR=1.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=450;TCF=268;TCR=182;TR=449;WE=9004572;WS=9004554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr16	9004787	.	A	G	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=50;PP=1148;ReadPosRankSum=-1.225;SC=ATTAGCAGAGAAGGTAAACAA;SOR=0.295;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=146;TCF=30;TCR=116;TR=66;WE=9004795;WS=9004777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,64:0.46:139
chr16	9009286	rs45513897	A	G	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=254;ReadPosRankSum=1.463;SC=ATCTTTTAGAACTGGTAGCCA;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=21;WE=9009294;WS=9009276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,28:0.38:73
chr16	9010213	rs7195624	T	G	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=0;PP=172;SC=TAACTAGACATCTGCTGCCTT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=9010221;WS=9010203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	9010446	rs57510291	A	AC	3408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=34;PP=1602;SC=CTCCATTTAAAGCTCAACTTT;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=36;WE=9010454;WS=9010436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	9010826	rs140589701	T	TAA	244.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=6.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=-1.426;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr16	9013035	rs2164506	A	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.963;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=216;ReadPosRankSum=0.579;SC=TCTTGCAGATACCCCATTGCT;SOR=0.915;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=18;WE=9013043;WS=9013025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,23:0.32:72
chr16	9014350	rs1677470	T	C	2894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.31;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	9014385	rs7189170	G	A	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=528;ReadPosRankSum=-0.105;SC=TTAGTGCCCTGTACTTAATAG;SOR=0.595;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=41;WE=9014393;WS=9014375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,47:0.61:77
chr16	9014434	rs2447912	T	G	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=20;PP=509;SC=TCCCAACTTTTTTGCTAATTT;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=9014442;WS=9014424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	9015252	rs30761	A	T	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.95;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	9015252	.	ATTTCAT	TTTTCAC,TTTTCAT	434	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=15,24;NR=18,30;PP=434,118;QD=14.7717537837;SC=CCCATTTATGATTTCATTGCT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=33,54;WE=9015266;WS=9015242;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.61:54
chr16	9015258	rs9940652	T	C	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.52;ReadPosRankSum=0.401;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr16	9017061	rs139138924	T	TACAACGATGTGGGGGTTTGTAGTTGCATCATTTAA	5027.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=2957;SC=AGTAATGAAATACTGTCTTAC;SOR=1.833;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=10;WE=9017069;WS=9017051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	9024282	rs16964691	G	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.74;ReadPosRankSum=0.488;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr16	9030444	rs1382390	C	G	3045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	9056439	rs74010351	A	G	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=5.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.790;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,30:0.38:78
chr16	9186735	rs4630540	C	G	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.39;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	9186749	rs71716338	G	GT	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=0.658;SOR=1.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,12:0.21:58
chr16	9210373	rs8045589	A	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=392;ReadPosRankSum=0.302;SC=TGATATGTTTATCCAGAATAA;SOR=1.528;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=19;WE=9210381;WS=9210363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr16	9862556	rs11866328	G	T	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=323;ReadPosRankSum=-0.055;SC=GCAACACCTGGCTTATGAATG;SOR=0.593;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=18;WE=9862564;WS=9862546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr16	9916204	rs9806806	C	G	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.361;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=37;PP=926;ReadPosRankSum=-0.303;SC=GATAGTTATTCCGAATGTTTC;SOR=0.540;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=97;TCR=103;TR=73;WE=9916212;WS=9916194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,84:0.38:223
chr16	9943666	rs2229193	C	T	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=42;PP=927;ReadPosRankSum=-0.384;SC=ACGTCTCGGTCAGGGGGTCTA;SOR=0.656;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=246;TCF=130;TCR=116;TR=91;WE=9943674;WS=9943656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,103:0.37:276
chr16	10625605	rs149380057	GATGAATGA	G	307.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=981;SC=GATTTATGTTGATGAATGAAT;SOR=0.525;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=6;WE=10625620;WS=10625595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr16	10625887	rs7195563	C	T	3605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.76;ReadPosRankSum=-1.371;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,169:0.65:262
chr16	10625997	rs7194566	G	A	3295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.534;NF=74;NR=70;PP=1946;ReadPosRankSum=0.840;SC=CAGGGAGCGCGTTAGAAATGC;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCF=120;TR=144;WE=10626005;WS=10625987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,154:0.63:243
chr16	10626059	rs35914943	AG	A	2173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=10;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.649;NF=11;NR=42;PP=803;ReadPosRankSum=2.331;SC=GTCTGGGGTGAGGGGGGGGGC;SOR=0.586;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=92;TCF=12;TCR=80;TR=53;WE=10626067;WS=10626049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,88:0.66:134
chr16	10627085	rs4780939	A	G	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.49;ReadPosRankSum=-0.830;SOR=1.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr16	10631945	rs1504883	G	A	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.224;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=706;ReadPosRankSum=1.780;SC=CGGGAAAAGGGCAGGGGCGCA;SOR=1.029;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=47;WE=10631953;WS=10631935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,53:0.71:75
chr16	10631985	rs1504884	T	C	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=325;ReadPosRankSum=-0.604;SC=GCCGGCACTGTGGGGTACACA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=26;WE=10631993;WS=10631975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr16	10783088	.	TA	T	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.791;SOR=0.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,28:0.23:122
chr16	10788106	rs2251984	A	G	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=-1.286;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,30:0.36:83
chr16	10788129	rs2251985	G	T	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.770;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=550;ReadPosRankSum=-1.220;SC=AGTATCCCCAGGACACAGCCA;SOR=0.390;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=124;TCF=90;TCR=34;TR=49;WE=10788137;WS=10788119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,52:0.42:124
chr16	10788406	rs9922129	G	T	2322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.262;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=65;PP=1407;ReadPosRankSum=-1.017;SC=GCCCACAGCCGGGAGGCCTCG;SOR=0.620;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=372;TCF=167;TCR=205;TR=123;WE=10788414;WS=10788396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,131:0.33:395
chr16	10840847	rs4780323	C	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=6.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.11;ReadPosRankSum=-0.081;SOR=0.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr16	10855521	rs36097495	CT	C	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=1.959;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,45:0.30:151
chr16	10864350	rs9925173	T	A	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.56;ReadPosRankSum=0.044;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,51:0.69:74
chr16	10868777	rs149921826	G	A	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=640;ReadPosRankSum=1.606;SC=CTCGTGTTTCGGAAGTGATGA;SOR=0.831;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=118;TCF=75;TCR=43;TR=51;WE=10868785;WS=10868767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,59:0.44:134
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chr16	10989770	rs45601738	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.563;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=305;ReadPosRankSum=0.386;SC=GCTGGAGGAACGGAGACTCCA;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=19;WE=10989778;WS=10989760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr16	10992460	rs6498120	G	A	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.09;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,44:0.66:67
chr16	10992715	rs6498121	T	G	2883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=48;PP=1712;SC=CCAAGGTGGGTACAATAGAGA;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=92;WE=10992723;WS=10992705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr16	10995832	rs45539239	C	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=148;ReadPosRankSum=0.418;SC=ACTCCAGGGCCCTCCCCATCC;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=14;WE=10995840;WS=10995825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr16	10995850	rs6498124	G	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=205;ReadPosRankSum=1.422;SC=TCCCAGGAAGGCCCCTCCAAG;SOR=0.866;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=18;WE=10995858;WS=10995840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
chr16	10995933	rs8046121	A	G	5769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=118;NR=74;PP=2965;SC=TCTCCTAGTGAGACCAGTGAG;SOR=1.079;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=119;TCR=74;TR=192;WE=10995941;WS=10995923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr16	10996399	rs4781016	C	A	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=435;ReadPosRankSum=1.360;SC=ACAGCTACTGCTCTTAGGGAA;SOR=0.905;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=27;WE=10996407;WS=10996389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr16	10996449	rs8045125	G	T	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.509;NF=17;NR=10;PP=354;ReadPosRankSum=1.809;SC=AATCAAATAAGCAAAAGCAGA;SOR=0.520;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=27;WE=10996457;WS=10996439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,29:0.30:97
chr16	10996682	rs35170497	G	A	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=37;PP=896;ReadPosRankSum=0.798;SC=CTGGCTCCCCGACCACCTCTC;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=39;TCR=60;TR=61;WE=10996690;WS=10996672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,69:0.64:107
chr16	10997889	rs11864014	G	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.388;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=241;ReadPosRankSum=-0.779;SC=TCGGGACAGGGAGGGTCTCCA;SOR=0.169;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=17;WE=10997897;WS=10997879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr16	10998482	rs4780333	T	C	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.408;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=10;PP=1164;ReadPosRankSum=-1.588;SC=CGCTATCTTATAACCTCCATC;SOR=1.639;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=96;TCF=77;TCR=19;TR=62;WE=10998490;WS=10998472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,63:0.64:98
chr16	10998857	rs45545642	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=244;ReadPosRankSum=0.535;SC=CTCCACCACTCCCTCAAATAA;SOR=0.569;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=13;WE=10998865;WS=10998847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr16	11000848	rs4774	G	C	12673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=218;NR=221;PP=2965;SC=ATCCTAGACGGCTTCGAGGAG;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=441;TCF=220;TCR=221;TR=439;WE=11000856;WS=11000838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr16	11001691	rs13330686	C	T	2496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=3.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=-0.275;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,71:0.38:187
chr16	11001694	rs13336804	T	C	2442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=1.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.28;ReadPosRankSum=0.032;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,68:0.37:184
chr16	11001770	rs34654419	G	T	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.204;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=49;PP=1401;ReadPosRankSum=-2.401;SC=GGCAGCTGCTGGAGCTGCTGC;SOR=0.446;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=144;TCF=75;TCR=69;TR=95;WE=11001778;WS=11001760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,98:0.68:145
chr16	11001914	rs2229321	G	A	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=1.978;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,110:0.43:257
chr16	11002927	rs7197779	A	G	7036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=149;NR=96;PP=2965;SC=GAGTCCCTGCAGCAGCATGGG;SOR=1.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=149;TCR=97;TR=245;WE=11002935;WS=11002917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr16	11003101	rs7196089	G	A	4182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=88;PP=2799;SC=GGACATGTAGGACCCATTCTC;SOR=1.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=46;TCR=88;TR=134;WE=11003109;WS=11003091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr16	11004150	rs4781019	C	T	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=343;ReadPosRankSum=1.136;SC=TGTGGGTCTGCGCAAGGTTTC;SOR=0.624;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=93;TCF=50;TCR=43;TR=32;WE=11004158;WS=11004140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,33:0.29:113
chr16	11010150	rs6498130	G	T	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=12;PP=997;SC=GGCTGAGGAGGCCCTCACTGG;SOR=2.137;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=52;WE=11010158;WS=11010140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	11015906	rs6498134	A	G	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=57;NR=26;PP=1623;SC=ATAAATATTGATTCCTTCCCC;SOR=1.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=83;WE=11015914;WS=11015896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	11016045	rs2229322	C	T	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=1.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=1.024;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,110:0.31:352
chr16	11136048	rs2302557	C	G	4404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=58;PP=2594;SC=GGATAGGCAGCAGTCTTGGGT;SOR=0.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=86;TCR=58;TR=144;WE=11136056;WS=11136038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr16	11137978	rs8052325	A	G	3353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=80;PP=1959;ReadPosRankSum=0.926;SC=TATTGTAGAAACAGAAGTGTG;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=87;TCR=130;TR=135;WE=11137986;WS=11137968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,151:0.64:236
chr16	11154577	rs112716725	A	AT	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr16	11154770	rs2286973	G	A	2980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=56;PP=1632;ReadPosRankSum=-0.825;SC=CCATCCGGGTGTTCTTCATGC;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=106;TCR=84;TR=128;WE=11154778;WS=11154760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,140:0.67:209
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chr16	11260440	rs11643123	A	G	2192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.460;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=58;PP=1455;ReadPosRankSum=-1.694;SC=TGATATGGGGACATTTGGAGA;SOR=0.450;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=137;TCF=41;TCR=96;TR=86;WE=11260448;WS=11260430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,91:0.63:144
chr16	11272572	rs11647285	G	A	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.833;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=48;PP=1073;ReadPosRankSum=-1.113;SC=CTCCCTTTGTGTGTGTGGCCC;SOR=0.035;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=82;TCF=9;TCR=73;TR=57;WE=11272580;WS=11272562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,61:0.69:88
chr16	11349403	rs27829	A	C	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	11350059	rs27831	T	C	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	11350155	rs33977706	C	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=-1.512;SOR=1.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr16	11367143	rs438289	G	A	6703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=41;PP=2411;SC=GTTGCGGGTCGGGAGGGTGTC;SOR=1.248;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=92;TCR=41;TR=132;WE=11367162;WS=11367133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr16	11367154	rs429744	C	T	7195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=47;PP=2650;SC=GGAGGGTGTCCGCTTGGGCTC;SOR=1.254;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=102;TCR=47;TR=149;WE=11367162;WS=11367133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr16	11369855	rs2070923	G	T	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=1.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr16	11439733	rs918739	G	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=-1.169;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr16	11444403	rs2032929	T	C	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=9;PP=650;SC=GCCGAGATTGTGCCACTGCAC;SOR=1.923;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=35;WE=11444411;WS=11444393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	11444430	rs2032930	T	G	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.39;QD=26.92;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	11444454	rs57767216	GA	G	1462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.651;HP=13;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.032;NF=20;NR=21;PP=627;ReadPosRankSum=1.128;SC=CTCAAAAGAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.165;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=41;WE=11444462;WS=11444444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,80:0.93:86
chr16	11444469	rs2032931	C	T	4291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=38.32;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	11444716	rs2032932	A	G	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=17;PP=429;SC=AATGATGTGGATTTCATGGAC;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=11444724;WS=11444706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	11537347	.	A	AAGAGAGAG	3145.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.07;QD=60.49;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	11540712	rs4500747	T	C	3725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=65;NR=69;PP=1745;SC=GCCTATCAGCTGTGAAGGTCT;SOR=1.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=134;WE=11540720;WS=11540702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr16	11540760	rs4502229	C	T	2241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=45;PP=1349;SC=GCAGGTGCAACGGGTGCCTGG;SOR=1.275;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=77;WE=11540768;WS=11540750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	11541685	rs4296278	A	G	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=15;PP=1437;SC=AGGTCAGCAGAGATTCTCCAG;SOR=2.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=52;TCR=15;TR=67;WE=11541693;WS=11541675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	11541896	rs4238608	G	A	7058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr16	11542894	rs4467099	C	T	8412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=170;NR=127;PP=2965;SC=TGCACTGCTGCGTTCCAGGCT;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=298;TCF=171;TCR=127;TR=297;WE=11542902;WS=11542884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr16	11544741	rs6498192	G	A	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=27;PP=882;SC=GCAGGCAGCTGGAGGTCCCGA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=50;WE=11544749;WS=11544731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	11544824	rs6498194	G	A	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=262;SC=TTTCTAGGACGTTGGTAATGT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=11544832;WS=11544814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	11550619	rs72777209	G	A	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=21;PP=1507;SC=CCAACAAAAGGAAAAGGTGTT;SOR=1.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=72;WE=11550627;WS=11550609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	11553725	rs111874733	C	T	2929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=4.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.43;ReadPosRankSum=2.214;SOR=0.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,134:0.66:203
chr16	11553883	rs35839588	C	G	6769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=109;NR=125;PP=2965;SC=TGCAGGTGGCCCGAGTCCTCC;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=234;TCF=109;TCR=125;TR=234;WE=11553891;WS=11553873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr16	11554301	rs72777212	C	G	10391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=210;NR=171;PP=2965;SC=CTAGTGCTCTCTCCGGATGTC;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=382;TCF=210;TCR=172;TR=381;WE=11554309;WS=11554291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr16	11554737	rs8046254	C	T	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=4;PP=565;SC=CAGCGTATCTCAGCTCACGGA;SOR=2.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=11554745;WS=11554727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	11555016	rs6498202	C	G	5477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.36;ReadPosRankSum=2.405;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,214:0.99:216
chr16	11555861	rs4781101	G	C	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	11556121	rs4254342	A	G	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=46;PP=1412;SC=GGAACCGCTCAGCCTCGCCAC;SOR=1.379;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=76;WE=11556129;WS=11556111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	11645700	rs148088828	A	ACAAG	468.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=371;ReadPosRankSum=3.384;SC=ACAAAACAAAACAAGTTTCTA;SOR=0.767;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=16;WE=11645708;WS=11645690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
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chr16	11797365	rs71406275	TAC	T	354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.541;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
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chr16	11940829	rs1019813	C	T	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=7;PP=164;SC=TTAATGAACACTTGAGGGCCT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=11940837;WS=11940819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	11945231	rs2075158	T	C	12624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
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chr16	11981487	rs3752426	G	A	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=655;ReadPosRankSum=-1.200;SC=AACTCTTGTGGCCAGGGGCAT;SOR=0.848;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=213;TCF=127;TCR=86;TR=62;WE=11981495;WS=11981477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,68:0.29:235
chr16	12009150	rs28653099	C	A	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=7;PP=518;SC=CAGGGCCGCGCGCCCCCGGAC;SOR=1.528;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=24;WE=12009158;WS=12009140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	12009279	rs424518	A	G	7735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
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chr16	12009530	.	C	CCCG	1207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.917;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=1268;ReadPosRankSum=1.622;SC=CGCTGCTGCTCCCGCCGCCGC;SOR=1.122;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=79;TCF=13;TCR=66;TR=34;WE=12009540;WS=12009520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,54:0.58:93
chr16	12009614	rs435108	G	A	3679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=56;PP=2870;SC=ACAGAGAGCGGGAAATGGAGG;SOR=0.873;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=139;TCF=83;TCR=56;TR=135;WE=12009622;WS=12009604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr16	12009781	rs434762	G	A	18586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=705;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=338;NR=325;PP=2965;SC=CGGCGGCGGCGGCAGCTCAAC;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=664;TCF=338;TCR=326;TR=663;WE=12009789;WS=12009758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,703:1.00:703
chr16	12021332	rs256390	G	A	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-1.941;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.244;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,80:0.35:231
chr16	12031353	rs62040806	T	C	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.797;NF=46;NR=27;PP=1069;ReadPosRankSum=-0.461;SC=TTTATTCTTATTTGTGATTAC;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=71;TCR=41;TR=73;WE=12031361;WS=12031343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,81:0.66:123
chr16	12031379	rs62040807	G	A	2637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.853;NF=66;NR=41;PP=1701;ReadPosRankSum=-0.833;SC=TACCTCTACAGAAAGTTAGTA;SOR=0.792;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=164;TCF=99;TCR=65;TR=107;WE=12031398;WS=12031369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,117:0.66:176
chr16	12031390	rs677507	C	T	7260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=73;PP=2962;SC=AAAGTTAGTACACTCACCCAA;SOR=1.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=107;TCR=73;TR=180;WE=12031398;WS=12031369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr16	12031448	rs636664	T	C	5752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.88;QD=25.23;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr16	12059038	rs11570139	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=292;ReadPosRankSum=-0.266;SC=AGACAGCCCCCGTAAGAACCC;SOR=0.621;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=17;WE=12059046;WS=12059028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr16	12060163	rs373496	A	G	5694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=112;PP=2965;SC=AGGAAGATAAACTCTGAACCA;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=93;TCR=112;TR=203;WE=12060171;WS=12060153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr16	12070486	rs446289	T	G	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.48;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	12136954	rs1703492	A	C	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.991;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,22:0.26:85
chr16	12145683	rs373216147	CT	C	402.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.370;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.680;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,45:0.44:103
chr16	12154875	rs3894905	G	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.977;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=336;ReadPosRankSum=-1.413;SC=ATTTCGGAACGTGGAGCAGAT;SOR=4.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=17;WE=12154883;WS=12154865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr16	12162969	rs1641843	A	G	3153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.385;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=68;PP=1846;ReadPosRankSum=-0.591;SC=ACGTTCTCCCAGATCCTGGAC;SOR=0.886;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=208;TCF=103;TCR=105;TR=131;WE=12162977;WS=12162959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,145:0.64:225
chr16	12181510	rs11648468	C	T	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=485;ReadPosRankSum=-0.091;SC=CGTCATTATGCGAGATGCCTC;SOR=0.446;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=31;WE=12181518;WS=12181500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr16	12181702	rs11648228	G	T	5025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=86;PP=2792;ReadPosRankSum=0.096;SC=CCTGGTTGACGTGGCTGGGAA;SOR=0.901;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=331;TCF=183;TCR=148;TR=205;WE=12181710;WS=12181692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,230:0.64:360
chr16	12183500	rs12596549	C	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=376;ReadPosRankSum=-1.181;SC=GCTGGCATTGCGCTGCCAGAA;SOR=0.631;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=25;WE=12183508;WS=12183490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr16	12223637	rs62038898	A	G	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.840;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=397;ReadPosRankSum=1.635;SC=TGAGGGATGGAGAGGTAAGCA;SOR=1.099;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=26;WE=12223645;WS=12223627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr16	12296803	rs1701115	G	T	7949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.565;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.171;SC=CTGGTGGCGTGGGAGGTGACA;SOR=0.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=303;TCF=186;TCR=117;TR=296;WE=12296811;WS=12296793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,302:0.99:305
chr16	12297011	rs9933762	C	G	3524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FS=1.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=1.344;QD=6.63;ReadPosRankSum=1.212;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:333,199:0.37:532
chr16	12297247	.	A	ATAGTGTGGCCCTGATGTCAGATGGACTGGTGGCATTGGAGGTGACGTCTCTGAAGTTGTGTAGTGAGGCCTTGCTGTCAGGTGGACTGGTGGCATTGGAGGTGACAGCTCTGAAGTTGTGTAGTGTGACCCTGGTGTCAGGTGGACTGGTGGCATTGGAGGTGACAGCTCTGAAGTTGTG	13586.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=654;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=21.00;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:647,0:0:647
chr16	12297562	rs1701113	G	A	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=65;PP=1997;SC=TTTGCTGTAAGACAACCATCC;SOR=1.630;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=35;TCR=65;TR=100;WE=12297570;WS=12297552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	12371915	rs12448443	T	C	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	12449855	rs7190509	T	C	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=9;PP=871;SC=ATTGAGCTTATGGGTGGATTG;SOR=2.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=46;WE=12449863;WS=12449845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	12449925	rs11075062	C	G	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.85;ReadPosRankSum=1.126;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,116:0.66:177
chr16	12450163	rs4781211	C	G	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=483;ReadPosRankSum=-0.275;SC=CCCTGTGTGTCTGTCAAGCCT;SOR=0.746;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=36;WE=12450171;WS=12450151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr16	12536703	rs11075077	A	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.066;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr16	12536988	rs11646776	A	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.298;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=0.121;SC=ATCTGCCTAAATCCTGCCGGG;SOR=1.863;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=6;WE=12536996;WS=12536978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr16	12662395	rs192670414	G	A	8831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=736;ExcessHet=3.0103;FS=1.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.11;ReadPosRankSum=-1.546;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:289,440:0.60:729
chr16	12758966	rs1713480	T	C	8046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=130;NR=150;PP=2965;SC=GAACACGACTTTGACACCTGC;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=282;TCF=131;TCR=151;TR=280;WE=12758974;WS=12758956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr16	12759027	rs1713479	A	G	3814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=83;PP=2458;SC=TAGGTAACCTAGGGTCTCCAG;SOR=1.385;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=49;TCR=83;TR=131;WE=12759035;WS=12759017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	12897658	rs151107510	T	G	7799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FS=0.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.83;ReadPosRankSum=0.672;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,364:0.69:526
chr16	13002359	rs9938751	T	C	2537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=1.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.337;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,141:0.39:359
chr16	13297348	rs12444395	C	T	6652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FS=0.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.89;ReadPosRankSum=0.784;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,318:0.62:516
chr16	14026007	rs254942	G	A	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	14026902	.	C	CAAA	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr16	14026951	rs3136130	G	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.02;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr16	14031520	rs31869	G	A	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=1;PP=257;SC=TCAAATATTTGTTATTTGAGC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=14031528;WS=14031510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	14038545	rs1799799	T	C	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.601;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=456;ReadPosRankSum=-0.786;SC=TTTTGAAATTTGTTTCAGAAG;SOR=0.933;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=46;WE=14038553;WS=14038535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,53:0.51:104
chr16	14530726	rs113631743	G	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=564;ReadPosRankSum=0.168;SC=GGCCTGTGACGGCTGCAGACG;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=41;WE=14530734;WS=14530716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,45:0.56:81
chr16	14675943	rs72787692	C	G	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=26;PP=1081;ReadPosRankSum=-1.058;SC=AAGCCCCACACTCGACAGTAA;SOR=0.741;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=105;TCF=67;TCR=38;TR=68;WE=14675951;WS=14675933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,70:0.62:113
chr16	14678349	rs374880534	A	AC	1416.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.399;NF=6;NR=47;PP=998;ReadPosRankSum=0.920;SC=AGATTCACTGACCCCCCCAAA;SOR=0.677;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=179;TCF=14;TCR=165;TR=53;WE=14678364;WS=14678339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,115:0.34:338
chr16	14700254	rs4782156	G	A	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	14738525	rs376559546	CT	C	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.072;QD=3.44;ReadPosRankSum=-0.870;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
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chr16	14951630	rs199610264	CT	C	629.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=4.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQRankSum=-0.792;QD=12.85;ReadPosRankSum=0.226;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,43:0.88:49
chr16	14969016	rs79100490	T	A	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=18.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.42;MQRankSum=-3.358;QD=3.35;ReadPosRankSum=1.640;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,48:0.27:176
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chr16	15082021	rs55973981	G	A	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.468;NF=34;NR=14;PP=729;ReadPosRankSum=2.429;SC=CACAAAGGGCGGGTGCTTCCA;SOR=0.473;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=89;TCF=65;TCR=24;TR=48;WE=15082029;WS=15082011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
chr16	15082865	rs4985167	C	T	3265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.995;NF=82;NR=52;PP=2019;ReadPosRankSum=-1.467;SC=TGGTCTCGCTCCCTGTGGCTC;SOR=0.758;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=286;TCF=168;TCR=118;TR=134;WE=15082873;WS=15082855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,151:0.49:310
chr16	15083131	rs4985166	A	T	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.169;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-10.071;NF=28;NR=35;PP=808;ReadPosRankSum=-2.060;SC=CACCTGGGGGATAATGGGGCC;SOR=1.668;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=181;TCF=89;TCR=92;TR=63;WE=15083139;WS=15083121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,42:0.25:169
chr16	15083531	rs375114359	C	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=4.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.57;MQRankSum=-0.676;QD=11.54;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr16	15083569	.	C	CGCA	343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.686;NF=1;NR=3;PP=136;ReadPosRankSum=0.311;SC=ACGCACGCGGCGCAGCAGCCC;SOR=0.917;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=4;WE=15083577;WS=15083559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr16	15083868	rs9928601	A	C	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.459;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr16	15084045	rs71374762	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=30;ReadPosRankSum=-2.034;SC=GCAAGGGCGCGAGGGCGGCCG;SOR=0.169;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=4;WE=15084053;WS=15084035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr16	15091589	rs11421981	C	CT	464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=14;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.174;NF=11;NR=21;PP=741;ReadPosRankSum=1.300;SC=AAATTTCTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.821;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=98;TCF=29;TCR=69;TR=32;WE=15091609;WS=15091579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,41:0.29:142
chr16	15091601	rs28545123	G	C	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.48;MQRankSum=-5.665;QD=10.14;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,95:0.53:179
chr16	15092116	rs6498535	C	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.576;NF=17;NR=5;PP=316;ReadPosRankSum=1.117;SC=TTATAGGCAACATGGTCATGT;SOR=0.916;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=22;WE=15092124;WS=15092106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr16	15095675	rs9921162	C	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQRankSum=-1.935;QD=5.74;ReadPosRankSum=0.371;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr16	15098047	rs11549900	C	G	2129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=3.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=-1.721;QD=11.27;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,101:0.53:189
chr16	15100202	rs71271216	A	G	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.567;NF=43;NR=21;PP=1099;ReadPosRankSum=0.301;SC=GTTGACTTATACAATCCTTAA;SOR=0.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=84;TCR=41;TR=64;WE=15100210;WS=15100192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,62:0.49:126
chr16	15104255	rs375342956	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=1.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.638;QD=0.99;ReadPosRankSum=-1.758;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,53:0.17:319
chr16	15110077	rs4262938	C	T	2652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-6.365;NF=58;NR=78;PP=1775;ReadPosRankSum=1.526;SC=AGGGGTAAGCCGGCGGTGAGG;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=321;TCF=136;TCR=185;TR=136;WE=15110085;WS=15110067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,135:0.42:318
chr16	15111218	rs4985162	C	T	3725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.296;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.413;NF=88;NR=83;PP=2486;ReadPosRankSum=-1.806;SC=ACTCCTGGCCCGTGGCTGGGT;SOR=0.650;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=323;TCF=160;TCR=163;TR=171;WE=15111226;WS=15111208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,175:0.51:340
chr16	15112771	rs141871886	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.55;MQRankSum=0.375;QD=0.70;ReadPosRankSum=-1.061;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,20:0.14:143
chr16	15116400	rs4985161	T	A	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.021;NF=52;NR=15;PP=1116;ReadPosRankSum=1.547;SC=ATATTTACAGTTGTTGAAATA;SOR=0.675;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=128;TCF=97;TCR=31;TR=67;WE=15116408;WS=15116390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,74:0.54:138
chr16	15116521	rs4985160	C	T	12932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.99;QD=25.76;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr16	15116625	rs1058637	G	T	4488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=100;PP=2965;SC=TAGTATATAAGTTCATCTGTT;SOR=1.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=44;TCR=100;TR=144;WE=15116633;WS=15116615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr16	15120411	rs62039476	T	C	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.97;QD=33.38;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	15126890	rs12926897	C	T	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=36;PP=701;ReadPosRankSum=-2.307;SC=ACTTGGTAACCGGCTTTGAAG;SOR=0.704;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=233;TCF=120;TCR=113;TR=72;WE=15126898;WS=15126880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,81:0.31:261
chr16	15128416	rs35811052	A	G	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=46;PP=1467;SC=AGCAGGTAGGACGGCATAGCC;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=85;WE=15128424;WS=15128406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr16	15129459	rs4985155	A	G	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=34;PP=1053;SC=TCCCCTGTTGACTGTTACTTG;SOR=1.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=64;WE=15129467;WS=15129449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	15129970	rs7200543	A	G	4767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=53;PP=2901;SC=TGGAGCGCCTATCCAGTGGGC;SOR=1.106;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=98;TCR=53;TR=151;WE=15129978;WS=15129960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr16	15131962	rs1135999	A	G	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=23;PP=1193;SC=TTATTTCCAGAAAACAGTGTG;SOR=1.068;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=69;WE=15131982;WS=15131952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	15131974	rs1136001	G	T	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=23;PP=1188;SC=AACAGTGTGTGAGCTGGAGAT;SOR=1.039;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=71;WE=15131982;WS=15131952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	15132108	rs2740	A	G	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=33;PP=1118;SC=AGCCAACCTTACTGTCCCCTG;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=59;WE=15132116;WS=15132098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	15132211	rs111536178	A	AAAAGTTG	615.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=12;PP=827;SC=TTAGTAAGAAAAAAGTTGATT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=12;WE=15132219;WS=15132201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	15133783	rs34345533	C	CT	1295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5797;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=628;ReadPosRankSum=-1.425;SC=CATTTGATGCCTTTTTTTTTT;SOR=0.571;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=44;WE=15133791;WS=15133773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,76:0.81:94
chr16	15133889	rs14347	T	G	8239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=109;PP=2965;SC=CTTGAAAGGATGCTCTGTAAA;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=267;TCF=157;TCR=110;TR=266;WE=15133897;WS=15133879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr16	15135071	rs7498279	G	A	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=28;PP=810;SC=GGAGCTCCTCGATGCAGAAAG;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=15135079;WS=15135061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	15135269	rs9926473	T	G	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.17;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	15155898	rs2966157	T	C	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=26;PP=858;SC=AAAGCCAGTGTAGTGGCACAC;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=15155906;WS=15155888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	15159022	.	CA	C	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=4.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-2.346;QD=0.65;ReadPosRankSum=1.390;SOR=1.177;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,42:0.23:186
chr16	15168760	rs4985147	T	C	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=18;PP=442;SC=AAAAATTCAATGTCAAAGTGG;SOR=1.688;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=27;WE=15168768;WS=15168750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	15173746	rs2941253	G	A	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=10;PP=564;SC=GAGTCACCACGCCTGGCCAAG;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=15173754;WS=15173736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	15178499	rs76732059	G	A	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=1.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQRankSum=-15.307;QD=4.17;ReadPosRankSum=1.121;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,124:0.30:420
chr16	15178688	rs8061051	C	A	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.700;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=6.598;NF=27;NR=52;PP=1633;ReadPosRankSum=-0.810;SC=TTTGGGAGGCCGAGGTGGGTG;SOR=1.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=79;WE=15178696;WS=15178678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,83:0.98:85
chr16	15187912	rs11075256	G	C	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.25;QD=26.16;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr16	15493046	rs153001	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.238;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr16	15494721	rs62039092	T	C	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.751;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr16	15494794	rs144631444	G	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=-1.803;SC=TATATGTTTTGTGTTTATATT;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=5;WE=15494802;WS=15494784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr16	15596142	rs12448500	G	C	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=22;PP=837;SC=TAGCCAGGATGTGAAGCCTGT;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=56;WE=15596150;WS=15596132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	15626831	rs12918517	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=103;ReadPosRankSum=-0.021;SC=CATTCTACCTCTGCCATTTAT;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=9;WE=15626839;WS=15626821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr16	15626960	rs12919246	A	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=223;ReadPosRankSum=-0.109;SC=GAGATCAAGCATATTAAGTGC;SOR=0.520;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=21;WE=15626968;WS=15626950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr16	15695059	rs2071331	A	G	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=676;ReadPosRankSum=0.701;SC=ACATGTGCACACCGTCGCCAG;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=49;WE=15695067;WS=15695049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,53:0.61:87
chr16	15696480	rs71293163	A	AAGGAAAGAAGGAGGGAGGCAGAG	1573.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=52.46;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	15702060	rs72770197	C	T	180.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9944;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=140;ReadPosRankSum=1.593;SC=AGAAACGCTACAGCACACGCA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=15702068;WS=15702050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr16	15705605	rs7185421	A	G	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=549;ReadPosRankSum=0.673;SC=CAAAGCAAATAGTTTATTTAT;SOR=0.479;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=38;WE=15705613;WS=15705595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,45:0.65:69
chr16	15727459	rs5815838	AT	A	695.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=4.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.658;QD=9.94;ReadPosRankSum=-1.778;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,49:0.70:70
chr16	15771601	rs6498567	T	C	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.12;ReadPosRankSum=-1.277;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,46:0.73:63
chr16	15781054	rs8044738	A	G	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=30;PP=920;ReadPosRankSum=-1.493;SC=CCCATTCTGCAGGTAAAGAGC;SOR=0.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=74;TCR=49;TR=74;WE=15781062;WS=15781044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,87:0.60:145
chr16	15793795	rs78273375	G	A	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.001;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=460;ReadPosRankSum=-0.296;SC=AGTCACCATAGTTAGTTAGCT;SOR=0.518;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=39;WE=15793803;WS=15793785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr16	15810882	rs8059010	G	C	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-6.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.707;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=10;PP=1371;ReadPosRankSum=0.146;SC=AGGCATCACAGAGCTTGCTTC;SOR=0.394;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=108;TCF=96;TCR=12;TR=70;WE=15810890;WS=15810872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,74:0.65:114
chr16	15811254	rs76459240	G	C	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=543;ReadPosRankSum=-0.746;SC=AAGCCCAAGAGAGCGCACTGA;SOR=0.462;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=25;WE=15811262;WS=15811244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr16	15812354	rs75982287	C	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.576;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr16	15818991	.	T	TA	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.543;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr16	15819007	rs79015533	C	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.511;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr16	15820863	rs16967494	C	T	2437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=65;PP=1253;ReadPosRankSum=1.566;SC=GCCAGGTCTGCGTTCTCTTTC;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=377;TCF=174;TCR=203;TR=122;WE=15820871;WS=15820853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,137:0.33:416
chr16	15832663	rs74009417	T	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.031;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=271;ReadPosRankSum=1.495;SC=TATAACAAAATACAACTAGAG;SOR=3.797;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=10;WE=15832671;WS=15832653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr16	15838940	rs2384934	G	C	6169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=81;PP=2965;SC=GAGTGAAGAAGCAGGGCTGGG;SOR=0.934;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=122;TCR=81;TR=203;WE=15838948;WS=15838930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr16	15839034	rs1050113	G	A	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=2.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.946;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,103:0.39:266
chr16	15843899	rs6498570	G	A	4948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=105;NR=71;PP=2965;SC=TGGGGTCCTCGGGGTAGGTGG;SOR=0.958;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=180;TCF=106;TCR=74;TR=176;WE=15843907;WS=15843889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr16	15850204	rs2272554	A	G	4612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=1.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr16	15850404	.	G	C	4403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.518;ClippingRankSum=0.000;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=2.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.53;ReadPosRankSum=0.640;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,204:0.67:303
chr16	15853596	rs2280764	C	G	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=33;PP=1052;SC=CTGCAGAGGGCAACCAGGGGA;SOR=1.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=15853604;WS=15853586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	15865734	rs138482163	C	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.91;ReadPosRankSum=0.350;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr16	15869801	rs2072619	T	C	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.078;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=11;PP=984;ReadPosRankSum=-0.519;SC=TGAAGAACTGTTCATATGTCA;SOR=1.023;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=65;TCR=17;TR=52;WE=15869809;WS=15869791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,52:0.60:87
chr16	15870032	rs34341838	A	G	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=617;ReadPosRankSum=0.967;SC=TTTCTAGCAGATCTGGTTTGG;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=73;TCR=99;TR=54;WE=15870040;WS=15870022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,63:0.32:195
chr16	15892479	.	AAC	A	93.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=-0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.810;SOR=2.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr16	15892481	rs12102468	C	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.686;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr16	15973654	rs8045082	G	T	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=16;PP=696;SC=TTAAAAAAATGTCTTACATTG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=42;WE=15973662;WS=15973644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	16108282	rs4148337	T	C	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=11;PP=498;SC=CCAGCCTGGGTGACAAGAGTG;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=16108290;WS=16108272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	16110244	rs185005	C	G	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=1.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	16110253	rs246215	T	C	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.97;SOR=1.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	16126758	rs924137	C	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.37;ReadPosRankSum=-2.374;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr16	16126764	rs924138	T	C	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=11.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.59;ReadPosRankSum=-0.814;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr16	16130514	rs903880	C	A	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.27;ReadPosRankSum=1.566;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,48:0.33:145
chr16	16130524	rs246232	C	G	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.170;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,46:0.35:130
chr16	16138322	rs246221	T	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.031;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,23:0.35:66
chr16	16139714	rs35587	T	C	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=2.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.943;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,88:0.35:251
chr16	16139878	rs35588	A	G	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.181;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=478;ReadPosRankSum=0.084;SC=AAGGTAGGGGACGCTGTGCCA;SOR=1.301;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=123;TCF=58;TCR=65;TR=36;WE=16139886;WS=16139868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,39:0.27:146
chr16	16149901	rs3765129	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=149;ReadPosRankSum=-0.671;SC=GAGTGATGGGCTGATCCCAGG;SOR=0.949;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=14;WE=16149909;WS=16149891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr16	16161976	rs35604	G	A	7355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=99;PP=2965;SC=ACTCTCACTCGGGGCACAGCA;SOR=1.000;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=251;TCF=150;TCR=101;TR=249;WE=16161984;WS=16161966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr16	16162019	rs35605	T	C	10328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=204;NR=164;PP=2965;SC=GCAGGTGGCCTTGTGCACATT;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=368;TCF=204;TCR=164;TR=368;WE=16162027;WS=16162009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr16	16184232	rs2074087	C	G	3070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.17;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	16200756	rs11075296	C	T	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=71;PP=1960;SC=TAAGTGATGACAGTGGCTGGA;SOR=2.280;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=22;TCR=72;TR=93;WE=16200764;WS=16200746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr16	16205449	rs3851716	G	A	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=34;PP=944;SC=GGTTGGTGCCGCTGTCTCCCA;SOR=2.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=16205457;WS=16205439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	16219596	rs113369901	G	GAAAAAAAA	4343.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;QD=37.77;SOR=1.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	16230290	rs212087	G	A	3452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=30;PP=2157;SC=CCATGTCAGCGTGACACAGGT;SOR=1.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=84;TCR=30;TR=114;WE=16230298;WS=16230280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr16	16232397	.	C	G	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=46;PP=1205;ReadPosRankSum=2.149;SC=CGGCTCAACACCATCATGGAC;SOR=0.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=37;TCR=65;TR=72;WE=16232405;WS=16232387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,72:0.70:103
chr16	16243973	rs3902401	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=98;ReadPosRankSum=-1.447;SC=AACTGGGGTACGGTTGAGGGT;SOR=0.551;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=11;WE=16243981;WS=16243963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr16	16244129	rs212097	T	C	4383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr16	16248912	rs59513011	C	T	2850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=65;PP=1876;ReadPosRankSum=-0.584;SC=GGAGGAAAGGCCTGCTCTGAC;SOR=0.906;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=391;TCF=209;TCR=182;TR=148;WE=16248920;WS=16248902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,153:0.37:418
chr16	16251435	rs3896244	G	A	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=11;PP=655;SC=CTGTGGAGGTGGCTGGTGCCC;SOR=1.378;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=16251443;WS=16251425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	16253283	rs56822940	GC	G	5177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;MQRankSum=0.326;QD=28.29;ReadPosRankSum=-0.309;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,181:0.99:183
chr16	16255195	rs3851721	T	G	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=2;PP=771;SC=ACACACCATGTTGGTTTGGAC;SOR=4.047;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=16255203;WS=16255189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	16263837	rs7201980	T	C	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=11;PP=242;SC=CAGACCTCACTGGTTCTCCCG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=16263845;WS=16263827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	16267079	rs11866320	A	G	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=0;PP=839;SC=TTTGGTGGGAAGACTTGGGCC;SOR=7.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=35;WE=16267087;WS=16267069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	16271357	rs6416668	T	C	12069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr16	16272670	rs7500834	T	C	5828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=102;PP=2965;SC=CCTGGAGTAGTCCACCAGGCC;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=100;TCR=102;TR=202;WE=16272678;WS=16272660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr16	16280921	rs8056103	T	C	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=17;PP=1046;SC=CATTATGGGCTGGGGTGGCCC;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=54;WE=16280929;WS=16280911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	16284272	rs7193932	C	T	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	16286614	rs6498618	G	C	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	16291816	rs58394656	G	C	3048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.43;SOR=9.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr16	16297168	rs150203830	C	T	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.18;QD=25.75;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	16306192	rs116914614	G	T	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.84;QD=32.00;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	16350133	.	CT	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.938;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=5.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.73;MQRankSum=-3.538;QD=1.50;ReadPosRankSum=0.520;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr16	17190040	rs3889206	G	T	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-0.686;QD=6.23;ReadPosRankSum=-1.417;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,35:0.35:101
chr16	17221423	rs4782034	C	T	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=5;PP=381;SC=TCCAAGTCCTCTTCTCCTCCA;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=17221431;WS=17221413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	17221755	rs3812961	T	G	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=24;PP=643;SC=GGGCCCAAGGTGTGTAGGATC;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=17221763;WS=17221745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	17228368	rs12708815	G	A	4802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=59;PP=2805;SC=GGGACGTCTCGGCCCGTCGAA;SOR=1.185;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=101;TCR=59;TR=160;WE=17228376;WS=17228358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr16	17432427	rs4782002	T	C	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=3.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.396;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,117:0.36:327
chr16	17564658	rs117041807	G	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=1.478;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr16	18550360	.	C	T	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.476;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-3.763;NF=44;NR=54;PP=1072;ReadPosRankSum=3.121;SC=CCTTCTGCTGCGCCGGCCACC;SOR=0.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=251;TCF=115;TCR=136;TR=98;WE=18550368;WS=18550350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,93:0.37:249
chr16	18570033	.	A	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQRankSum=-1.387;QD=13.42;ReadPosRankSum=-1.025;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr16	18593648	.	G	GA	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=3.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.91;MQRankSum=-3.612;QD=0.70;ReadPosRankSum=2.355;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,19:0.18:106
chr16	18603809	rs200315843	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.84;MQRankSum=0.075;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.803;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr16	18804737	rs2650628	C	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.44;ReadPosRankSum=-1.107;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr16	18804753	rs34143424	CT	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=0.669;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr16	18823192	rs2291662	A	G	5560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.496;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=2.845;SC=TTGCACCGCTATGAAGCAACA;SOR=0.541;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=387;TCF=188;TCR=199;TR=231;WE=18823200;WS=18823182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,251:0.60:416
chr16	18823379	rs2606556	T	C	5988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=102;PP=2965;SC=CAAGATTTTTTTGGATCAGCT;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=96;TCR=102;TR=198;WE=18823387;WS=18823369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr16	18839362	rs12445870	T	C	2018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.212;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=36;PP=1071;ReadPosRankSum=-0.679;SC=CCTGAACTGTTGCAATAGAAG;SOR=0.871;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=133;TCF=76;TCR=57;TR=88;WE=18839370;WS=18839352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,93:0.65:144
chr16	18839496	rs12448649	G	C	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.788;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=627;ReadPosRankSum=-0.150;SC=TGCCACTGTTGAGAGAAAAAG;SOR=1.720;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=38;WE=18839504;WS=18839486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,47:0.59:80
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chr16	18858727	rs2650615	A	C	2823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.12;ReadPosRankSum=0.329;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,127:0.63:200
chr16	18860472	rs12931729	T	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=82;ReadPosRankSum=-1.085;SC=CTTAAAAACTTTGACCTCACT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=18860480;WS=18860462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr16	18861335	rs2650613	A	G	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.907;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=31;PP=900;ReadPosRankSum=-0.992;SC=GCTCACCAGCATGCTTCACGA;SOR=0.464;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=70;WE=18861343;WS=18861325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,84:0.78:108
chr16	18865324	rs59703706	ATAGGAGG	AAGGAGG,A	941.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=1225;ReadPosRankSum=0.026;SC=ATGCTCAAGCATAGGAGGCTC;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=15;WE=18865340;WS=18865314;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.60:42
chr16	18865326	rs58740437	AGGAGGC	A	941.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.97;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr16	18865332	.	C	A	1186	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=7;NR=13;PP=1186;QD=61.0385606274;SC=GCATAGGAGGCTCCTACTGTC;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=20;WE=18865340;WS=18865314;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,20:0.65:31
chr16	19041491	rs4381586	T	C	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=8;PP=472;SC=ACTACTCTTCTGGTTCCCTGC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=19041499;WS=19041481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	19041595	rs28583298	G	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.50;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,27:0.33:81
chr16	19046960	rs12933286	T	C	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.030;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=19;PP=833;ReadPosRankSum=0.835;SC=TCTTTTGCTGTTGTTTCTATA;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=58;WE=19046968;WS=19046950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,62:0.63:98
chr16	19049378	rs8043993	A	G	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=46;PP=963;ReadPosRankSum=-0.036;SC=AGGTAAATTAACTTGTACTCT;SOR=0.862;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=236;TCF=103;TCR=133;TR=79;WE=19049386;WS=19049368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,85:0.33:258
chr16	19051520	rs11074355	A	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.226;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr16	19056069	rs55792501	A	G	216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.68;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	19063220	rs200146213	AT	A	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=-1.410;SOR=0.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr16	19068106	rs73528948	T	G	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=331;ReadPosRankSum=-0.619;SC=CACCCTAGACTTGACAAGTTA;SOR=0.458;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=30;WE=19068114;WS=19068096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,33:0.34:97
chr16	19070965	rs73528950	G	A	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.588;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
chr16	19079037	rs17357834	G	A	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.57;ReadPosRankSum=0.578;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,84:0.60:139
chr16	19079095	rs4531717	T	G	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=38;PP=1229;SC=CCTGCGCCGGTCTAGCGAGCT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=19079103;WS=19079085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	19080227	rs75015998	C	CTG	1347.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=663;SC=AAAAAACAAACAAATTAAAAA;SOR=0.957;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=14;WE=19080235;WS=19080217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	19083221	rs4782202	A	G	4642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=106;NR=62;PP=2480;SC=TTACCTGATCATAACGAAGAA;SOR=1.130;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=106;TCR=62;TR=168;WE=19083229;WS=19083211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr16	19085298	rs11074359	C	T	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.929;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=548;ReadPosRankSum=-1.052;SC=TTGATGGTTACGTTCAGGGTC;SOR=0.691;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=161;TCF=91;TCR=70;TR=49;WE=19085306;WS=19085288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,51:0.28:183
chr16	19089562	rs8051232	C	G	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.389;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=841;ReadPosRankSum=0.734;SC=GTACAGTTATCGTTGTACTTT;SOR=1.152;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=46;WE=19089570;WS=19089552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,45:0.66:68
chr16	19183957	rs113855661	C	CT	272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=-1.908;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,39:0.24:163
chr16	19195130	rs11541511	C	T	12435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=873;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=255;NR=272;PP=2962;ReadPosRankSum=0.453;SC=TCACCGTGCGCGTGATCGAGG;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=826;TCF=400;TCR=426;TR=527;WE=19195138;WS=19195120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,557:0.64:870
chr16	19222713	rs229018	T	G	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=940;ReadPosRankSum=0.669;SC=TGGATTTGTTTCTGGTGCTGT;SOR=0.829;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=207;TCF=117;TCR=90;TR=67;WE=19222721;WS=19222703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,75:0.34:223
chr16	19222946	rs10716359	AT	A	219.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.56;ReadPosRankSum=0.505;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr16	19236181	rs2072076	C	T	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.854;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=41;PP=953;ReadPosRankSum=-1.257;SC=TTCCAAAACCCGATGAACTCC;SOR=1.021;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=97;TCF=36;TCR=61;TR=62;WE=19236189;WS=19236171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,63:0.64:98
chr16	19278429	rs11379176	T	TAAA	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=-1.140;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr16	19333111	rs8049175	T	C	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	19333153	rs8047832	A	C	4835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=3.033;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.06;ReadPosRankSum=-0.556;SOR=0.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,192:0.99:193
chr16	19333241	rs6497343	G	C	3088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=52;PP=1617;SC=AAGGCTGACCGTCCCCTGAAT;SOR=1.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=98;WE=19333249;WS=19333231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
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chr16	19471665	rs6497375	T	C	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.980;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=50;PP=1087;ReadPosRankSum=-1.303;SC=AGGTATGGACTAAAGGCTTTT;SOR=0.784;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=332;TCF=175;TCR=157;TR=101;WE=19471673;WS=19471655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,117:0.32:370
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chr16	19481234	rs4444328	T	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=4.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=0.579;QD=2.29;ReadPosRankSum=-1.000;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
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chr16	19503773	rs1967951	T	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-1.350;QD=12.02;ReadPosRankSum=-0.585;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr16	19505406	rs1475964	T	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=1.179;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
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chr16	19505751	rs2856608	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.303;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=180;ReadPosRankSum=1.481;SC=TAAAAAGCGCGTCAGAGAACT;SOR=1.371;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=14;WE=19505759;WS=19505741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr16	19508573	rs2187659	A	G	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.12;ReadPosRankSum=1.249;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,37:0.36:104
chr16	19508583	rs2187660	C	G	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.14;ReadPosRankSum=0.167;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,30:0.39:77
chr16	19509333	rs2245086	C	T	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=40;PP=963;ReadPosRankSum=-2.793;SC=GGGGAGGAGACGAAAATGGAA;SOR=0.622;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=212;TCF=101;TCR=111;TR=79;WE=19509341;WS=19509323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,94:0.39:242
chr16	19522394	rs12923369	A	G	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=222;ReadPosRankSum=0.037;SC=TTTTTCGACCATAGCAAAGTC;SOR=0.826;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=16;WE=19522402;WS=19522384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr16	19543981	rs12927277	G	C	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.654;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=262;ReadPosRankSum=-0.161;SC=TTACTGTTACGTTTGAGAAGC;SOR=0.425;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=15;WE=19543989;WS=19543971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr16	19547747	rs226891	C	G	8256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=149;NR=127;PP=2965;SC=GAGGTAGTATCAACAGAATTG;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=277;TCF=149;TCR=128;TR=276;WE=19547755;WS=19547737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr16	19548116	rs7190666	G	A	6416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.68;ReadPosRankSum=-0.337;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,300:0.64:469
chr16	19548290	rs7191012	G	A	2622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.535;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=52;PP=1560;ReadPosRankSum=1.438;SC=CTGATTTAGCGGGAGTTTGTT;SOR=0.886;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=170;TCF=84;TCR=86;TR=100;WE=19548298;WS=19548280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,114:0.59:192
chr16	19553183	rs17325092	T	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=197;ReadPosRankSum=0.305;SC=AGGTTTAGCATGTTACAATAA;SOR=1.628;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=19;WE=19553191;WS=19553173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
chr16	19556258	rs3841493	CAT	C	3369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.203;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=42;PP=2132;ReadPosRankSum=1.790;SC=AAGACATGGACATATTATATT;SOR=1.104;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=83;TCF=16;TCR=67;TR=50;WE=19556267;WS=19556248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,87:0.62:140
chr16	19557844	rs112602419	G	GA	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=92;ReadPosRankSum=-0.481;SC=GTTTTTTATAGAAAAAAAAAA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=8;WE=19557852;WS=19557834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr16	19576382	rs35102175	AT	A	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.036;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.411;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr16	19580490	rs62026186	T	C	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.412;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,36:0.23:158
chr16	19580699	rs121235	A	G	4514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.435;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=83;PP=2736;ReadPosRankSum=0.664;SC=GTTTCACTGGAGAGAGTTGTG;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=279;TCF=152;TCR=127;TR=183;WE=19580707;WS=19580689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,199:0.65:306
chr16	19584332	rs371889	A	G	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.967;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=515;ReadPosRankSum=1.776;SC=CCTTGAGACAAATCTCTTTTA;SOR=1.261;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=25;WE=19584340;WS=19584322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr16	19586519	rs12925996	G	A	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.103;SOR=0.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr16	19589695	rs35605554	C	CA	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.475;HP=13;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.790;NF=2;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=-0.914;SC=GACCCCATCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.886;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=7;WE=19589703;WS=19589685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
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chr16	19619355	rs6497388	G	C	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=465;ReadPosRankSum=-2.302;SC=GTTATCATCAGTTACTTCCTA;SOR=0.836;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=24;WE=19619363;WS=19619345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr16	19619602	rs11291600	CT	C	972.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=2.375;QD=6.62;ReadPosRankSum=-1.527;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,83:0.56:147
chr16	19637587	rs8056302	C	T	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=2.626;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,59:0.33:178
chr16	19640099	rs138081043	TTTTA	T	3935.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;QD=43.73;SOR=1.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
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chr16	19653534	rs11647156	A	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=6.043;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=302;ReadPosRankSum=-1.498;SC=TCTGTCTCAAAAGTTTAAAAA;SOR=2.584;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=16;WE=19653542;WS=19653525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr16	19653700	rs11643482	T	C	3512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=1.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.55;ReadPosRankSum=1.043;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,170:0.61:280
chr16	19663269	rs875648	T	C	6099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=127;NR=79;PP=2965;SC=GTTGCACTGCTAGCGTTAATG;SOR=1.048;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=127;TCR=79;TR=206;WE=19663277;WS=19663259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr16	19680414	rs957675	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=257;ReadPosRankSum=-1.190;SC=CTTCAGGCCACGTGAAGAAGA;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=20;WE=19680422;WS=19680404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr16	19680546	rs957676	T	C	5058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr16	19693729	rs3815036	C	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=538;ReadPosRankSum=1.227;SC=GAGCCTCCCCCACCAAACCAT;SOR=0.429;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=31;WE=19693737;WS=19693719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr16	19716505	rs739565	A	G	10787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr16	19726275	rs11640454	C	T	2941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=46;PP=1834;ReadPosRankSum=0.495;SC=AACTGAGTATCGAGTCTCTGG;SOR=0.543;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=156;TCF=91;TCR=65;TR=109;WE=19726283;WS=19726265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,122:0.73:168
chr16	19799962	rs4782283	T	A	223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=292;SC=CTGTTTTTTTTAAAAAAATCC;SOR=4.977;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=19799970;WS=19799961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	19884285	rs2240047	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=64;ReadPosRankSum=0.508;SC=CAAGCGCACACGGCACCTTTG;SOR=0.437;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=6;WE=19884293;WS=19884275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr16	20043330	rs2147865	T	C	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.308;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=705;ReadPosRankSum=-0.601;SC=ACATGATGTGTACCAGCCAGC;SOR=1.036;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=50;WE=20043338;WS=20043320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,52:0.42:124
chr16	20052123	rs1379575	G	A	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=775;ReadPosRankSum=1.727;SC=GAACTTTTTTGATTGCAATGG;SOR=0.624;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=147;TCF=69;TCR=78;TR=63;WE=20052131;WS=20052106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,69:0.40:172
chr16	20322425	rs11647569	T	C	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=7;PP=440;SC=CTAACCTAGCTTGGCCTTGAT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=20322447;WS=20322415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	20322439	rs11642182	A	G	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=5;PP=605;SC=CCTTGATTCTATTAATACCAA;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=20322447;WS=20322415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	20334807	rs10555368	ACC	A,AC	4250.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.910;HP=11;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.204;NF=3;NR=226;PP=2992;ReadPosRankSum=1.734;SC=TTTTTGCTGTACCCCCCCCCC;SOR=4.816;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=251;TCF=5;TCR=246;TR=229;WE=20334826;WS=20334797;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.22,0.75:178
chr16	20334932	rs4393582	G	A	2646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=81;PP=2607;SC=TTTATAAACTGGGAAATTTCA;SOR=6.115;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=3;TCR=81;TR=84;WE=20334940;WS=20334922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr16	20352313	.	CAA	C	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.51;ReadPosRankSum=2.048;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr16	20359783	rs78691203	G	A	4333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.576;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=103;PP=2914;ReadPosRankSum=0.497;SC=GGTGACACTCGGGGGGCGCTG;SOR=0.506;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=272;TCF=112;TCR=160;TR=181;WE=20359791;WS=20359773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,195:0.68:287
chr16	20360101	rs7193058	G	A	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=1161;ReadPosRankSum=1.810;SC=GGTGCGCCTGGCACGGATCCG;SOR=0.636;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=142;TCF=83;TCR=59;TR=79;WE=20360109;WS=20360091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,91:0.58:156
chr16	20410488	rs7185940	G	A	2233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=51;PP=1434;ReadPosRankSum=1.109;SC=TTAGCACTAGGAGACTGCGTT;SOR=0.654;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=299;TCF=158;TCR=141;TR=106;WE=20410496;WS=20410478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,121:0.36:333
chr16	20410547	rs9926580	C	T	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.741;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,92:0.34:271
chr16	20410669	rs9928648	A	G	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=208;ReadPosRankSum=-1.834;SC=TTATCAACACAGGTGGTGGAG;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=14;WE=20410677;WS=20410659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr16	20476893	rs34655000	G	A	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=1.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.24;MQRankSum=2.455;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,56:0.27:206
chr16	20488803	rs1634306	T	A	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=1.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.17;MQRankSum=-1.178;QD=14.53;ReadPosRankSum=-0.789;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,96:0.67:144
chr16	20491926	rs138191656	G	A	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.564;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.477;NF=56;NR=52;PP=1531;ReadPosRankSum=3.645;SC=GCCAACATTCGAGGAGACTTT;SOR=0.702;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=233;TCF=129;TCR=104;TR=108;WE=20491934;WS=20491916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,61:0.31:196
chr16	20492000	rs146233716	A	G	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=6.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=21.204;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-9.693;NF=63;NR=30;ReadPosRankSum=-4.930;SC=GGGACGGGCAAATGATATCAT;SOR=2.253;SbPval=0.85;Source=Platypus;TR=93;WE=20492008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,33:0.14:238
chr16	20498079	rs2072080	T	G	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=58;PP=1749;SC=TTCCTATGATTATATGAGATT;SOR=2.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=80;WE=20498087;WS=20498069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	20551855	rs28750179	A	G	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=5;PP=642;SC=GTCAGCCACCATGTCCGGCCC;SOR=2.613;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=20551863;WS=20551845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	20552075	rs16970280	G	T	4476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=90;PP=2635;SC=GCGAGGCCAGGATCACAAATG;SOR=1.159;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=67;TCR=90;TR=157;WE=20552083;WS=20552065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr16	20563544	rs35623745	T	G	2579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.899;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.987;NF=79;NR=62;PP=1697;ReadPosRankSum=-2.450;SC=ATTCCAAAAGTGAGCCCAAGA;SOR=0.875;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=455;TCF=239;TCR=216;TR=141;WE=20563552;WS=20563534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:342,153:0.31:495
chr16	20570661	rs62035059	T	C	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.81;QD=29.59;SOR=2.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	20634775	rs3087812	T	C	3772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=71;PP=2171;ReadPosRankSum=-1.411;SC=GGATTTGCCTTAGGTGTGCAG;SOR=0.613;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=204;TCF=108;TCR=96;TR=146;WE=20634783;WS=20634765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,167:0.74:227
chr16	20638576	rs1692729	A	T	3419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=1.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.36;ReadPosRankSum=-0.873;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,160:0.62:256
chr16	20647887	rs163238	G	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=54;ReadPosRankSum=-0.921;SC=AAAAGTTCCAGGTGGGTTCAG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=20647895;WS=20647877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr16	20647921	rs62033279	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=0.480;SC=GGAGAATGCACGGTGAGCTTC;SOR=1.140;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=5;WE=20647929;WS=20647911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr16	20648572	.	G	GATAAAAA,GATAAA	3779.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=1710;ReadPosRankSum=0.609;SC=AGGGATAAATGAGAAGAGAGG;SOR=1.270;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=40;WE=20648590;WS=20648562;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.57:160
chr16	20648574	rs2355930	G	A	4002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=8.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.11;ReadPosRankSum=-0.190;SOR=1.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,96:0.58:166
chr16	20648580	rs201196954	AGG	A	4030.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=7.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.52;ReadPosRankSum=-1.618;SOR=1.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,106:0.59:179
chr16	20648702	rs151328	G	A	4897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.383;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=108;PP=2884;ReadPosRankSum=-1.296;SC=CCTGGACGTCGTAGGGTGGAG;SOR=0.735;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=346;TCF=174;TCR=172;TR=214;WE=20648710;WS=20648692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,229:0.61:375
chr16	20681229	rs61745764	T	A	2063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.167;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=46;PP=1158;ReadPosRankSum=1.769;SC=TCTACCAGGGTCCAAATGGTA;SOR=0.925;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=137;TCF=67;TCR=70;TR=88;WE=20681237;WS=20681219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,96:0.64:149
chr16	20749284	.	G	GA	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=5.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=2.266;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,20:0.25:81
chr16	20749461	rs9788809	T	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=104;ReadPosRankSum=-0.912;SC=CGTACTATAATGTATCTAATA;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=10;WE=20749469;WS=20749451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr16	20750498	rs34908456	AT	A	200.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.373;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr16	20753123	rs234271	T	C	9280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=176;NR=142;PP=2965;SC=TCCTCGTCTATCGCCGGCGCG;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=320;TCF=177;TCR=143;TR=318;WE=20753131;WS=20753113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr16	20792188	rs5715	T	C	8724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=151;PP=2965;SC=AGGTATACTTTCACAAAAGTG;SOR=0.934;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=283;TCF=131;TCR=152;TR=282;WE=20792196;WS=20792178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr16	20796508	rs8058758	T	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.313;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=290;ReadPosRankSum=-0.882;SC=ACAGTCTCCTTATGATTATTT;SOR=0.396;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=24;WE=20796516;WS=20796498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr16	20810067	rs3213646	T	C	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=536;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CTTTTGCATATAGATAGGTGA;SOR=0.621;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=45;WE=20810075;WS=20810057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,53:0.40:131
chr16	20810730	rs7198770	A	G	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=2.656;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,75:0.26:293
chr16	20811681	rs2301771	C	T	16132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,629:1.00:629
chr16	20824666	.	CTT	C	317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=2.445;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr16	20824697	rs34169933	A	AG	428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=71;PP=1291;ReadPosRankSum=-2.375;SC=ACCTCTCCCAAGCTCCATCAT;SOR=0.249;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=1;TCR=103;TR=72;WE=20824705;WS=20824687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr16	20827647	rs5816137	AT	A	578.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.717;QD=11.57;ReadPosRankSum=0.076;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,42:0.84:50
chr16	20855309	rs9929443	A	G	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=49;PP=1502;SC=TGGCCATAGAATCCTTGGATG;SOR=1.134;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=90;WE=20855317;WS=20855299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr16	20860897	rs6654	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=0.312;SC=CAGCAGACAGCTTTATGGAAA;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=20860905;WS=20860887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr16	20873767	rs7187522	T	G	2421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=69;PP=1550;ReadPosRankSum=-1.289;SC=CCTGCACCCCTCCTGCTATGT;SOR=0.559;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=418;TCF=191;TCR=227;TR=134;WE=20873775;WS=20873757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,142:0.32:445
chr16	20927105	rs8062877	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=146;ReadPosRankSum=-1.144;SC=TATTTCTTTTCGGTCTTTAAT;SOR=0.793;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=11;WE=20927113;WS=20927095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr16	20956098	rs113676245	G	GAC	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.23;ReadPosRankSum=2.119;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr16	20976667	.	C	T	2508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=60;PP=1478;ReadPosRankSum=-0.245;SC=TTGTCTTTGTCATATGTCTTA;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=161;TCF=69;TCR=92;TR=104;WE=20976675;WS=20976657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,120:0.66:183
chr16	20986506	rs3115438	C	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.893;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=184;ReadPosRankSum=0.967;SC=GGTATAACCACGCTCATTCGG;SOR=2.546;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=12;WE=20986514;WS=20986496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr16	20999464	rs4783517	C	A	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.925;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=560;ReadPosRankSum=-0.134;SC=AGGATGCACACGAGGTGGCTT;SOR=0.235;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=39;WE=20999472;WS=20999454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,40:0.54:74
chr16	21008690	rs3115446	T	C	6037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FS=1.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.82;ReadPosRankSum=1.033;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,277:0.63:437
chr16	21030897	rs3095922	T	C	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=24;PP=1384;SC=GTTTAGAACATGTAATTCCAA;SOR=1.730;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=76;WE=21030905;WS=21030887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	21035826	rs330135	G	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.891;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=172;ReadPosRankSum=1.508;SC=GTTGCCTCCAGGGACTATGAA;SOR=1.609;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=13;WE=21035834;WS=21035818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr16	21051209	rs330150	G	C	2707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.75;ReadPosRankSum=1.601;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,127:0.64:197
chr16	21071404	rs858204	G	A	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=461;ReadPosRankSum=-0.157;SC=CTAACTGCCAGTATTTCACCA;SOR=0.193;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=24;WE=21071412;WS=21071400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr16	21071499	rs858205	G	A	2819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=50;PP=1843;ReadPosRankSum=-1.385;SC=AGAGGGTCCAGCCAAACTACT;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=118;TCR=78;TR=127;WE=21071507;WS=21071489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,127:0.63:200
chr16	21078693	rs861424	T	G	2192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.32;ReadPosRankSum=-1.637;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,108:0.61:178
chr16	21082168	rs704554	C	T	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=788;ReadPosRankSum=0.406;SC=AGATGCCCCACCCTGTCAAGA;SOR=0.431;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=42;WE=21082176;WS=21082158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,44:0.76:58
chr16	21136477	rs7191215	A	G	3723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	21152073	rs7202719	CA	TG	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.908;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=34;PP=1816;ReadPosRankSum=-0.261;SC=TTTGGTTCTCCAGAGAGGTGC;SOR=1.295;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=42;WE=21152082;WS=21152063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,46:0.72:64
chr16	21152481	rs8061542	G	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.47;ReadPosRankSum=1.031;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr16	21156829	rs6497538	G	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=257;ReadPosRankSum=0.087;SC=AGTGCCTTATGCTATGTTTCT;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=16;WE=21156837;WS=21156819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr16	21161526	rs7204599	A	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-2.896;QD=6.93;ReadPosRankSum=2.532;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr16	21161552	rs11074486	T	A	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-1.816;QD=16.15;ReadPosRankSum=-1.250;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
chr16	21161559	rs11074487	T	A	1268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-0.901;QD=15.66;ReadPosRankSum=-0.265;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,37:0.46:81
chr16	21185384	rs1046480	G	A	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.276;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,73:0.39:187
chr16	21190853	rs1063087	A	C	3140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.204;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=76;PP=2006;ReadPosRankSum=0.602;SC=AGTCTGCAGAATTCGAGGGGC;SOR=0.847;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=226;TCF=101;TCR=125;TR=133;WE=21190861;WS=21190843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,142:0.58:244
chr16	21210006	rs7189430	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=179;ReadPosRankSum=1.429;SC=TGTTTAGACTCACCACGGGTA;SOR=0.804;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=12;WE=21210014;WS=21209996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr16	21215672	rs2075526	A	G	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=881;ReadPosRankSum=-1.533;SC=CCTTCTGTCCAGGAGATATAA;SOR=0.760;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=67;WE=21215680;WS=21215662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,80:0.54:147
chr16	21222596	rs2075519	C	A	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=638;ReadPosRankSum=-2.036;SC=GTTTTCTCTGCTAAGAAGACT;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=45;WE=21222604;WS=21222586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,47:0.67:70
chr16	21222941	rs2075521	C	A	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=375;ReadPosRankSum=0.965;SC=AAGCCAGCCGCATCCACACCC;SOR=0.387;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=24;WE=21222949;WS=21222931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr16	21272591	rs14122	G	C	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=22;PP=824;SC=ACTTGAACACGGTGGTCTTCT;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=60;WE=21272599;WS=21272581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	21272768	rs34784464	T	TA	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.978;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr16	21273286	rs226048	A	G	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=6;PP=560;SC=CTGGAAGGGAAGTTAATGAAA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=30;WE=21273294;WS=21273276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	21286699	rs2733911	C	T	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=18;PP=1179;SC=CTAATAATTTCGTGAATTACT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=62;WE=21286707;WS=21286689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr16	21286927	rs226045	A	G	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=51;PP=1744;SC=TTGGAGGAAAAGAGAGACAGT;SOR=1.125;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=41;TCR=51;TR=92;WE=21286935;WS=21286917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	21289626	rs3848259	C	G	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=1.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.164;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,64:0.26:250
chr16	21327243	rs77198019	G	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.531;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=235;ReadPosRankSum=-0.196;SC=TGGATTTCTCGGAGTCTGAAA;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=17;WE=21327251;WS=21327233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr16	21328215	rs367790187	G	T	5499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.616;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.003;SC=TTGTGGAAATGGTCCTCACAT;SOR=0.523;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=346;TCF=204;TCR=142;TR=232;WE=21328223;WS=21328205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,250:0.68:370
chr16	21396859	rs368310563	CT	C	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=3.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.26;MQRankSum=-5.255;QD=1.17;ReadPosRankSum=-2.699;SOR=0.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,27:0.25:106
chr16	21531111	rs7197243	T	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQRankSum=-1.039;QD=0.43;ReadPosRankSum=-1.532;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,19:0.12:156
chr16	21531494	rs42138	T	C	9703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=175;NR=160;PP=2965;SC=ATGCCCGAGCTCATGATGGCG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=337;TCF=175;TCR=162;TR=335;WE=21531502;WS=21531484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr16	21531609	rs42139	C	T	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.08;ReadPosRankSum=-0.570;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:13,153:0.92:166
chr16	21531681	rs42140	C	G	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.6940;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=1032;ReadPosRankSum=0.851;SC=GGCCCGCACCCGCCATGCTCT;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=59;WE=21531689;WS=21531671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,62:0.87:71
chr16	21561490	rs375835156	G	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.463;NF=18;NR=10;PP=353;ReadPosRankSum=-0.703;SC=ACATCTGAGCGGCAGGCATGG;SOR=0.524;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=98;TCF=70;TCR=28;TR=28;WE=21561498;WS=21561480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,29:0.31:94
chr16	21608472	rs194548	G	A	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=561;SC=GCTGTCCCCAGTGGGCAATCT;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=21608480;WS=21608462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	21652720	rs1055740	A	G	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=278;SC=TTACATTCTGACATCCTTCTT;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=21652728;WS=21652710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	21654369	.	A	AT	372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=326;ReadPosRankSum=-1.329;SC=CTGTATTTACATTTTTTTTTG;SOR=2.066;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=19;WE=21654377;WS=21654359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr16	21658266	rs3091404	C	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.737;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=363;ReadPosRankSum=1.548;SC=TGAGCCACCACGCCCAGCCAG;SOR=0.481;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=107;TCF=76;TCR=31;TR=33;WE=21658274;WS=21658256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,34:0.29:119
chr16	21663795	rs3091402	G	A	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.91;ReadPosRankSum=-1.596;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
chr16	21689728	.	C	CAT	142	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=6;NR=0;PP=142;QD=25.5;SC=TCTGAATGTCCATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=6;WE=21689736;WS=21689719;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,6:0.67:9
chr16	21689789	.	AT	A	482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.63;QD=28.40;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	21690559	rs12445216	G	A	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=39;PP=985;ReadPosRankSum=2.027;SC=GAGAGGGGAAGGGATGGTATA;SOR=0.742;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=109;TCF=48;TCR=61;TR=68;WE=21690567;WS=21690549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,76:0.63:120
chr16	21696079	.	TATTA	T	299.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.62;ReadPosRankSum=0.258;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr16	21696083	rs201146251	ATTATTT	A	66.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=1.399;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr16	21696086	.	A	T	139.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=-1.113;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr16	21730449	rs215901	C	T	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=30;NR=15;PP=748;SC=ATTCTCTTCTCGCAGGCTCTG;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=45;WE=21730457;WS=21730439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	21732553	.	TACAC	T	602.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.535;QD=40.18;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,14:0.93:15
chr16	21771645	.	A	G	100	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=47.52;NF=7;NR=1;PP=100;QD=16.8464015684;SC=CTCTTTGGGGATCATTGTTCC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=8;WE=21771653;WS=21771642;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr16	21781496	rs199973756	T	TA	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.82;MQRankSum=-4.553;QD=1.30;ReadPosRankSum=1.115;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,16:0.19:83
chr16	21809211	.	G	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQRankSum=0.149;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.074;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr16	21813953	.	T	C	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.766;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-1.017;NF=51;NR=47;PP=1205;ReadPosRankSum=-0.774;SC=AATAAACTGCTAACCATATTA;SOR=0.724;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=274;TCF=135;TCR=139;TR=98;WE=21813961;WS=21813943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,101:0.36:280
chr16	21821976	rs148768203	C	CA	392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.713;NF=18;NR=1;PP=198;ReadPosRankSum=0.323;SC=CAAGTGGATACAAAAAAAAAA;SOR=3.352;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=19;WE=21821984;WS=21821966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr16	21970546	rs2967178	T	C	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	21974134	rs2228473	C	A	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.49;ReadPosRankSum=1.038;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,56:0.57:99
chr16	21992122	rs2965803	T	C	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=18;PP=492;SC=GTATTATTCTTATGTTTGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=21992130;WS=21992112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	22012146	rs143239876	AATG	A,AATGATG	1448.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.130;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.74;MQRankSum=0.395;QD=32.93;ReadPosRankSum=0.867;SOR=1.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,15,28:0.34,0.64:44
chr16	22086765	rs76803084	G	A	5669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.514;SC=TCCCTGGACAGGCCAAACCCA;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=409;TCF=234;TCR=175;TR=249;WE=22086773;WS=22086755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,262:0.60:434
chr16	22104042	.	TG	T	1449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.616;NF=1;NR=16;PP=587;ReadPosRankSum=-0.231;SC=TACTAAGCTCTGGACTGAGTG;SOR=0.821;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=17;WE=22104050;WS=22104032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,45:0.75:60
chr16	22108284	rs10591498	AT	A	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=1.276;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.194;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr16	22114691	.	T	TA	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=-1.199;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,20:0.22:93
chr16	22128052	rs11649656	TT	GC	9328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.42;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr16	22128153	rs143979988	T	G	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.312;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,88:0.38:229
chr16	22137673	rs185267269	G	A	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=481;ReadPosRankSum=0.725;SC=TTTGGATGCCGTCATTGGGCT;SOR=0.486;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=28;WE=22137681;WS=22137663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr16	22144318	rs1105929	C	T	6024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FS=1.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.01;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,288:0.62:463
chr16	22144578	rs1105928	A	C	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.198;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=36;PP=870;ReadPosRankSum=1.239;SC=GTGATGGTTGAACAACAATGT;SOR=0.302;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=68;TCF=10;TCR=58;TR=44;WE=22144586;WS=22144568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,48:0.67:72
chr16	22149612	rs112136401	C	CTG	438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.709;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=254;ReadPosRankSum=-0.076;SC=GTCCCTCCTGCTGTGTGTGTG;SOR=0.130;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=6;WE=22149620;WS=22149602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr16	22152450	rs11862108	A	G	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=1.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.84;ReadPosRankSum=-0.837;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,91:0.67:136
chr16	22161136	rs1991020	T	C	4376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=79;PP=2537;SC=TGCAGAGAGCTTTCAGTCATG;SOR=0.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=75;TCR=79;TR=154;WE=22161144;WS=22161126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr16	22178256	rs6497575	G	A	2368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.21;ReadPosRankSum=-1.371;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,116:0.60:194
chr16	22178492	rs8060335	T	G	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=0.870;QD=23.94;ReadPosRankSum=-1.227;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr16	22178494	.	T	G	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=0.870;QD=23.94;ReadPosRankSum=-1.694;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr16	22192784	rs55969568	G	A	3155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.275;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=46;PP=1829;ReadPosRankSum=0.738;SC=GCATCTAGACGGAATGTAAAG;SOR=0.853;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=220;TCF=135;TCR=85;TR=129;WE=22192792;WS=22192774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,148:0.62:240
chr16	22198157	rs146454107	T	TCCCTCCCTTCCTACCTCTCCCCAC	700.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=11.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.948;QD=20.61;ReadPosRankSum=0.536;SOR=3.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr16	22268526	rs11640501	A	C	1930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=18;PP=1163;ReadPosRankSum=0.270;SC=GCCTGCACAGACCTCAGCCTG;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=88;TCR=30;TR=72;WE=22268534;WS=22268516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,83:0.62:134
chr16	22269122	rs34547071	G	A	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.375;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=459;ReadPosRankSum=-0.349;SC=TGCTTGGCCTGGCAGGCCCTT;SOR=1.659;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=90;TCF=22;TCR=68;TR=30;WE=22269130;WS=22269112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,31:0.31:99
chr16	22269867	rs4783453	A	G	5476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr16	22271671	rs35233038	TA	T	378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.921;QD=7.57;ReadPosRankSum=1.641;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr16	22271707	rs9934052	G	A	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.755;NF=29;NR=16;PP=645;ReadPosRankSum=-0.284;SC=GGTATGGACCGCCCTAGGCCG;SOR=0.769;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=45;WE=22271715;WS=22271697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,51:0.65:78
chr16	22276365	rs11860812	C	T	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.425;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=709;ReadPosRankSum=-0.052;SC=CTCTTTGAACCTCTGCAGGGC;SOR=1.159;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=50;WE=22276373;WS=22276355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,55:0.71:77
chr16	22277965	rs1559316	T	C	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;ReadPosRankSum=-0.181;SC=GGTGCGGCTTTGGCCCGCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=32;WE=22277973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr16	22320371	rs7196114	C	T	9521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=0.346;SC=CGTGAGTTTCCGGCCCCAAGC;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=632;TCF=332;TCR=300;TR=413;WE=22320379;WS=22320361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,431:0.65:662
chr16	22334035	rs8055191	A	G	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=560;ReadPosRankSum=1.609;SC=TGTGGCTCCTAAGGGGAGGTC;SOR=0.801;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=34;WE=22334043;WS=22334025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,39:0.54:72
chr16	22334084	rs8055349	A	G	1943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=33;PP=1158;ReadPosRankSum=-2.390;SC=GGTGGAAAGAAGCATGGACTG;SOR=0.749;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=136;TCF=79;TCR=57;TR=82;WE=22334092;WS=22334074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,92:0.60:153
chr16	22448133	rs56330751	CA	C	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQRankSum=-1.402;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr16	22579565	.	AATTCATCCATCC	A	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	22579730	rs372533285	ATG	A	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQRankSum=-0.859;QD=5.32;ReadPosRankSum=-1.406;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr16	22826339	rs208951	A	G	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=1.302;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,128:0.29:436
chr16	23079353	rs8047644	T	C	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=14;PP=713;SC=TAAAACACTTTGATTGCAGAA;SOR=1.514;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=43;WE=23079361;WS=23079343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	23080634	rs10083789	C	A	6745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=1.018;SC=GTGCTCACGGCGACTATGACT;SOR=0.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=454;TCF=219;TCR=235;TR=276;WE=23080642;WS=23080624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,301:0.61:497
chr16	23097108	rs375351992	GT	G	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=104;ReadPosRankSum=0.032;SC=CTTCATCATAGTTCCCCATCA;SOR=0.631;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=5;WE=23097116;WS=23097098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr16	23205657	rs4247210	G	C	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.436;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=286;ReadPosRankSum=-0.068;SC=GGGGCAGCAGGACAGTGGGGA;SOR=0.230;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=22;WE=23205665;WS=23205647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr16	23221183	rs5740	A	G	10960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=182;NR=196;PP=2965;SC=ACAGATTGGCAGGGGCACCCA;SOR=0.857;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=378;TCF=182;TCR=196;TR=378;WE=23221191;WS=23221173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr16	23221238	rs4281710	A	G	5671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=81;NR=119;PP=2965;SC=GTTATATCTAAGCTGGGGTGT;SOR=1.233;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=81;TCR=119;TR=200;WE=23221246;WS=23221228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr16	23224573	.	C	CT	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=0.062;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr16	23360199	rs238547	T	C	10143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr16	23379377	rs3214467	A	AG	552.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.488;QD=11.28;ReadPosRankSum=0.844;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr16	23382967	rs13306634	C	T	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.948;NF=24;NR=8;PP=540;ReadPosRankSum=-0.923;SC=TCTGGCGCCCCCTCTGGCGCC;SOR=0.680;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=32;WE=23382975;WS=23382957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,39:0.54:72
chr16	23382982	rs3214466	CT	C	1981.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.848;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.423;NF=21;NR=15;PP=1167;ReadPosRankSum=-2.537;SC=GGCGCCCCCCCTGGCACCTGC;SOR=0.458;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=36;WE=23382990;WS=23382972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,55:0.60:92
chr16	23383247	rs2303157	G	A	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.93;ReadPosRankSum=0.556;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,77:0.58:133
chr16	23388415	rs250570	G	C	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=26;PP=1055;ReadPosRankSum=-1.370;SC=CCAGCCAGAGGCTCAGCAGGG;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=64;TCR=40;TR=69;WE=23388423;WS=23388405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,75:0.68:111
chr16	23400194	rs250587	G	A	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.415;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=20;PP=672;ReadPosRankSum=1.604;SC=CTGGTGAGTCGCGAAACAGCA;SOR=0.313;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=54;WE=23400202;WS=23400184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,59:0.61:97
chr16	23400494	rs250586	C	A	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=36;PP=966;SC=CTGAATACGACACAGAGAAGC;SOR=2.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=46;WE=23400502;WS=23400484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	23456578	rs540719	T	C	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=440;ReadPosRankSum=0.506;SC=GTGGCTTGCTTCTGTCTTTAG;SOR=1.329;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=20;WE=23456586;WS=23456568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr16	23457290	rs71379679	TA	T	251.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.798;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.666;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr16	23486197	rs11074559	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.143;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr16	23489711	rs1135045	C	G	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=367;ReadPosRankSum=1.509;SC=GCTGGCTGTGCTGAGAGGAGG;SOR=0.442;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=29;WE=23489719;WS=23489701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,30:0.36:83
chr16	23490353	rs4968008	T	G	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=51;PP=1319;ReadPosRankSum=1.762;SC=AGCAACTTACTGAAGGTCATG;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=279;TCF=142;TCR=137;TR=102;WE=23490361;WS=23490343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,108:0.35:305
chr16	23506940	rs722069	G	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=-1.474;SOR=0.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr16	23521643	rs1071685	G	C	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=4.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.77;ReadPosRankSum=2.320;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,64:0.51:125
chr16	23521750	rs2285522	T	C	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=-1.760;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr16	23521780	rs2285521	C	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=191;ReadPosRankSum=1.076;SC=CCTCTTCAGCCGCTGTAGCGT;SOR=0.722;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=17;WE=23521788;WS=23521770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr16	23533008	rs11074565	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=4.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=-0.985;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr16	23533111	rs62031460	C	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.520;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,51:0.30:168
chr16	23535680	rs1468138	A	C	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.375;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=519;ReadPosRankSum=1.038;SC=CACTGCCCGAAACATCCTCTC;SOR=0.870;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=158;TCF=103;TCR=55;TR=44;WE=23535688;WS=23535670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,50:0.29:173
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chr16	23536684	rs6497671	T	C	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.007;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,66:0.42:157
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chr16	23541223	rs2072061	G	A	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.989;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=608;ReadPosRankSum=0.782;SC=TGCAGTCTGCGGAAGAAATCA;SOR=0.412;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=91;TCF=26;TCR=65;TR=40;WE=23541231;WS=23541213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,43:0.44:98
chr16	23546561	rs2073951	G	C	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=685;ReadPosRankSum=-0.359;SC=TCCAGCCATAGACCAGGTCCT;SOR=0.678;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=157;TCF=86;TCR=71;TR=58;WE=23546569;WS=23546551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,67:0.37:183
chr16	23555726	rs2369009	C	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.148;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=333;ReadPosRankSum=-0.650;SC=AGATGCCTGACCCACAGAAAC;SOR=0.406;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=59;TCR=21;TR=29;WE=23555734;WS=23555716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,34:0.39:88
chr16	23557718	rs7196534	T	C	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=705;ReadPosRankSum=0.574;SC=AGCTCAGAGATCTTGGGCAAG;SOR=0.676;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=120;TCF=58;TCR=62;TR=53;WE=23557726;WS=23557708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,62:0.45:138
chr16	23557790	rs4968019	T	C	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=309;ReadPosRankSum=1.682;SC=AACTTTCTCATGAGGATCATC;SOR=0.631;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=30;WE=23557798;WS=23557780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr16	23563501	rs7187920	C	T	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=2.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,60:0.36:168
chr16	23573705	rs35228710	CAG	C	1366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.602;NF=1;NR=27;PP=1000;ReadPosRankSum=-0.300;SC=TTTTTTGAGACAGAGTCTTGC;SOR=0.555;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=28;WE=23573714;WS=23573695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr16	23573833	rs152460	A	C	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=187;ReadPosRankSum=0.432;SC=AGGTGATCTGACCGCTTTGGC;SOR=0.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=15;WE=23573841;WS=23573823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr16	23581678	rs152457	A	G	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.65;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr16	23596842	rs60078693	A	ATTTT	737.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.106;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.530;NF=0;NR=15;PP=659;ReadPosRankSum=-0.212;SC=ACTATATTGAATTTATTATAC;SOR=2.044;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=15;WE=23596850;WS=23596832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr16	23606895	rs240744	G	T	5618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=3.051;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.50;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,211:1.00:212
chr16	23607504	rs466719	G	C	3424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.011;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=67;PP=1879;ReadPosRankSum=0.122;SC=CCGCGGAGCAGAGAGCGGTGC;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=226;TCF=116;TCR=110;TR=141;WE=23607512;WS=23607494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,159:0.64:250
chr16	23615042	rs35294437	TA	T	478.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.938;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.230;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,42:0.58:72
chr16	23625224	rs249935	T	C	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=34;PP=909;ReadPosRankSum=0.410;SC=TGAAAAAAGATGCCACGGGGA;SOR=0.697;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=116;TCF=68;TCR=48;TR=80;WE=23625232;WS=23625214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,84:0.67:126
chr16	23625463	rs249936	A	T	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=32;PP=923;SC=ACAAACCAGTATTCAGAAAAT;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=23625471;WS=23625453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	23640467	rs249954	G	A	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=9;PP=725;ReadPosRankSum=0.517;SC=ATTCTTTTCAGTTCATTAAAG;SOR=0.750;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=77;TCF=63;TCR=14;TR=44;WE=23640475;WS=23640457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,51:0.57:89
chr16	23646191	rs152451	T	C	2015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.442;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=27;PP=1113;ReadPosRankSum=0.811;SC=ACCTTTCACTTGAATAAATAA;SOR=0.462;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=130;TCF=90;TCR=40;TR=82;WE=23646199;WS=23646181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,90:0.65:138
chr16	23652236	rs141315496	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=226;ReadPosRankSum=-1.591;SC=TGTAATGAAATTTGTTCTTTA;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=13;WE=23652244;WS=23652226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr16	23654509	rs703769	T	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=0.480;SC=TCCTTTTTGTTTTTTTTTTGT;SOR=2.093;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=7;WE=23654517;WS=23654499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr16	23677006	rs35586	A	G	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.795;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=398;ReadPosRankSum=-1.096;SC=TATTACCTCCAGAAACTGTGG;SOR=0.187;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=34;WE=23677014;WS=23676996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,40:0.67:60
chr16	23677111	rs35585	G	A	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.74;ReadPosRankSum=0.397;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,55:0.63:87
chr16	23692405	rs40076	A	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.724;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=334;ReadPosRankSum=-1.259;SC=TCTCTGGACCAACCTGGTCTC;SOR=0.380;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=23;WE=23692413;WS=23692395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr16	23700231	rs112964547	C	CTT	279.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.72;ReadPosRankSum=0.057;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
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chr16	23711925	rs26764	C	G	2225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.65;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,106:0.60:176
chr16	23712183	rs26763	A	G	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=530;ReadPosRankSum=0.990;SC=AGGGGGCAAAATCAGAGCTGG;SOR=0.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=27;WE=23712191;WS=23712176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr16	23712448	rs26762	G	T	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.290;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=792;ReadPosRankSum=-1.998;SC=GGGGATAAAGGGCCCTTCACT;SOR=1.356;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=112;TCF=47;TCR=65;TR=54;WE=23712456;WS=23712438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,60:0.50:121
chr16	23713607	rs187670402	G	C	2210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=4.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.25;ReadPosRankSum=-1.532;SOR=0.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,100:0.69:145
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chr16	23721601	rs4967959	T	G	4364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr16	23722042	rs3899652	T	C	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=29;PP=1394;SC=CCCCATTTTATAGATGAGGAT;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=62;WE=23722050;WS=23722032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	23724753	rs3809682	G	A	3660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=1.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	23766617	rs113290753	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=163;ReadPosRankSum=2.004;SC=GGTTAACCTAGGGGTCCCAGC;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=11;WE=23766625;WS=23766607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr16	23767124	rs75430694	G	A	4498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=92;PP=2358;ReadPosRankSum=-1.288;SC=TTGACCCTCCGTCTGGCATCT;SOR=0.769;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=275;TCF=143;TCR=132;TR=184;WE=23767132;WS=23767114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,209:0.68:309
chr16	23767633	rs77005706	G	A	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=813;ReadPosRankSum=-0.532;SC=CCTCCAAGGTGGGGGGAAGGA;SOR=1.175;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=48;WE=23767641;WS=23767623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,51:0.71:72
chr16	23768380	rs5816221	T	TG	1719.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=16;PP=1382;SC=GGAAAATTATTGGGGGATATG;SOR=1.445;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=38;WE=23768388;WS=23768370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	23768802	rs80950	T	G	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=21;PP=1067;SC=GTTGGGAGCATGGAGAGCTGA;SOR=1.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=23768810;WS=23768792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	23768908	rs16972893	C	T	1763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.87;ReadPosRankSum=0.105;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,83:0.61:137
chr16	23847575	rs75964872	C	A	3391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=-2.042;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,172:0.59:292
chr16	23999928	rs3729888	G	T	3263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=64;PP=1773;ReadPosRankSum=-1.950;SC=AATGGGCATCGATTGCTTTTC;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=119;TCR=106;TR=137;WE=23999936;WS=23999918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,156:0.60:261
chr16	24043676	rs1971276	C	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.823;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=362;ReadPosRankSum=0.558;SC=CCCCTGTCCTCGTTGGGGCTG;SOR=1.811;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=21;WE=24043684;WS=24043666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr16	24104188	rs3729896	C	T	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.688;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,93:0.31:304
chr16	24104328	rs880824	A	G	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=55;PP=1653;SC=TGCCACCTGAAATCAGGGAGT;SOR=1.691;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=26;TCR=55;TR=81;WE=24104336;WS=24104318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	24105669	rs7196765	G	A	5043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=75;NR=89;PP=2510;SC=TCCATCAAACGCGGGGTCAAG;SOR=1.087;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=75;TCR=89;TR=164;WE=24105677;WS=24105659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr16	24166130	rs432998	T	C	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=-1.329;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,96:0.59:163
chr16	24183784	rs3729902	C	T	2259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=53;PP=1330;ReadPosRankSum=0.002;SC=TTAAACACCTCGGGCATCTTT;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=51;TCR=79;TR=87;WE=24183792;WS=24183774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,100:0.66:151
chr16	24185815	rs72154122	CT	C	1482.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=2.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.139;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.070;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,121:0.77:158
chr16	24196289	rs66639742	A	T	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=440;ReadPosRankSum=0.624;SC=GCCTCTGCAAAGCATGTCTGT;SOR=0.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=27;WE=24196297;WS=24196279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr16	24202458	rs3729904	C	T	4819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=1.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.88;ReadPosRankSum=0.760;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,219:0.68:324
chr16	24202615	rs198145	A	G	4149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=91;PP=2559;SC=CCTGTGCCTCATGTTTTCCAA;SOR=1.354;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=58;TCR=91;TR=149;WE=24202623;WS=24202605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr16	24231248	rs3729908	C	T	4420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.847;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=73;PP=2799;ReadPosRankSum=0.933;SC=TTTCTTCTTACGCTGTGTTAA;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=323;TCF=197;TCR=126;TR=191;WE=24231256;WS=24231238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,203:0.59:344
chr16	24357956	rs9929027	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=77;ReadPosRankSum=0.251;SC=CAGCCCCCAACAACCAGAGAA;SOR=0.484;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=7;WE=24357964;WS=24357946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr16	24357983	rs9929254	G	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=162;ReadPosRankSum=-0.672;SC=TGCACATAGCGGTGAGGACCC;SOR=0.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=17;WE=24357991;WS=24357973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr16	24357998	rs5816249	T	TG	2432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=19;PP=1663;SC=GGACCCAGGCTGGCCCCCAGA;SOR=1.430;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=38;WE=24358014;WS=24357988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	24358006	rs111726266	A	G	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.176;NF=17;NR=8;PP=277;ReadPosRankSum=-0.027;SC=GCTGGCCCCCAGAGCTCTGTC;SOR=0.818;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=25;WE=24358014;WS=24357988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr16	24358186	rs9940070	T	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=470;ReadPosRankSum=1.509;SC=GGGATGGGCCTCTGCCATCAC;SOR=0.883;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=139;TCF=71;TCR=68;TR=42;WE=24358194;WS=24358176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,49:0.30:165
chr16	24358218	rs9929298	C	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.430;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=287;ReadPosRankSum=-1.155;SC=TGAGTCGGAGCTTCCTCAGCA;SOR=1.013;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=113;TCF=54;TCR=59;TR=32;WE=24358226;WS=24358208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,40:0.29:136
chr16	24358244	rs9929236	A	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=3.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.756;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,24:0.25:96
chr16	24564879	rs72133882	GTA	G	1640.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.421;NF=1;NR=21;PP=977;ReadPosRankSum=-1.983;SC=GCTTACAAAGGTATATATATA;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=22;WE=24564888;WS=24564869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,48:0.96:50
chr16	24567320	rs7202501	A	G	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.488;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=194;ReadPosRankSum=-1.217;SC=TTTCTTGGTTAATACTGCCTT;SOR=1.213;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=13;WE=24567328;WS=24567310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr16	24570757	rs3815906	T	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=164;ReadPosRankSum=-0.544;SC=CATTATGTTATAGTAGAACAT;SOR=0.481;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=16;WE=24570765;WS=24570747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr16	24572884	rs34473709	CTT	C	469.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.862;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=219;ReadPosRankSum=0.871;SC=TTCGTAAACACTTTGAGTTCC;SOR=0.159;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=7;WE=24572893;WS=24572874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr16	24572946	rs16973831	A	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.388;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=353;ReadPosRankSum=0.990;SC=TAAGAACAGCACTCCTGGAAT;SOR=0.387;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=25;WE=24572954;WS=24572936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr16	24574645	rs139004713	AT	A	658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=2.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=-1.137;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,53:0.30:176
chr16	24574691	rs66509757	CT	C	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=3.177;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,45:0.41:109
chr16	24578330	rs7194163	G	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=63;ReadPosRankSum=0.390;SC=TACTAATGTTGCTACACTAGT;SOR=0.072;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=6;WE=24578338;WS=24578327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr16	24578458	rs7195386	T	C	7866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=1.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr16	24579397	rs7201851	T	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=210;ReadPosRankSum=-0.404;SC=AGTGTAAATTTTATTGTGTAG;SOR=0.484;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=14;WE=24579405;WS=24579387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr16	24582299	rs7196736	C	G	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=647;ReadPosRankSum=-1.404;SC=ATGACAATACCGCGCCAGCTG;SOR=0.627;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=176;TCF=108;TCR=68;TR=58;WE=24582307;WS=24582289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,62:0.32:193
chr16	24583406	rs7593	A	G	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.990;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=22;PP=690;ReadPosRankSum=-0.930;SC=TGGAGAAAGCAAAAGAGAGCC;SOR=1.046;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=179;TCF=110;TCR=69;TR=68;WE=24583414;WS=24583396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,81:0.39:208
chr16	24675399	rs56765650	C	T	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.975;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=271;ReadPosRankSum=-2.344;SC=GTAATCCCAGCACTTTGGGAG;SOR=1.721;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=17;WE=24675407;WS=24675389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr16	24741005	.	TCGG	T	1762.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.406;NF=1;NR=19;PP=832;ReadPosRankSum=1.156;SC=GGCGGCGGTGTCGGCGGCGGC;SOR=0.639;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=20;WE=24741018;WS=24740995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,47:0.73:64
chr16	24741686	rs7202252	T	C	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.072;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=988;ReadPosRankSum=-1.487;SC=CCGATTCGCCTTTTCTGGGTT;SOR=1.000;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=128;TCF=63;TCR=65;TR=74;WE=24741694;WS=24741676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,76:0.55:139
chr16	24788422	rs71383714	AGCAGCCACAGCC	A	1649.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.881;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=6.328;NF=11;NR=24;PP=2971;ReadPosRankSum=0.203;SC=CAGCCACAGCAGCAGCCACAG;SOR=0.872;Source=Platypus;TR=35;WE=24788441;WS=24788412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,55:0.31:180
chr16	24788549	rs117821015	G	A	2764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.229;NF=60;NR=45;PP=1516;ReadPosRankSum=-0.940;SC=AGAGGGGTCAGCATTTTCCTG;SOR=0.754;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=184;TCF=102;TCR=82;TR=105;WE=24788557;WS=24788539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,123:0.59:210
chr16	24788645	rs11639856	T	A	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=1.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.74;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,57:0.33:171
chr16	24801737	rs6497759	G	A	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=647;ReadPosRankSum=-0.072;SC=TGGAAATGGCGCAAATTCTGG;SOR=0.642;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=159;TCF=84;TCR=75;TR=54;WE=24801745;WS=24801727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,58:0.34:171
chr16	24802325	rs3803716	C	T	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.758;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,34:0.36:95
chr16	24807165	rs1030211	G	A	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	24809158	rs75299354	A	G	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.471;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=179;ReadPosRankSum=0.126;SC=ATAATGAAACACAGTAAAATT;SOR=1.981;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=13;WE=24809166;WS=24809148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr16	24816492	rs2059134	A	G	2166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=71;PP=1384;ReadPosRankSum=-1.483;SC=CTTTCCTTACATTCTCCTGTT;SOR=0.811;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=360;TCF=160;TCR=200;TR=122;WE=24816500;WS=24816482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,127:0.32:392
chr16	24820823	rs56154395	CA	C	521.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.977;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,46:0.78:59
chr16	24831727	rs2287783	C	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=5.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=388;ReadPosRankSum=-0.580;SC=ATTTGCTAAACGCTAACCAGT;SOR=1.066;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=77;TCF=10;TCR=67;TR=24;WE=24831735;WS=24831717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,24:0.30:81
chr16	24835168	rs2303083	G	A	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=872;ReadPosRankSum=0.985;SC=CCTCAGACGCGAGGGAAAGGA;SOR=0.574;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=196;TCF=82;TCR=114;TR=70;WE=24835176;WS=24835158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,72:0.35:207
chr16	24838862	rs36113933	A	G	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=44;PP=1092;ReadPosRankSum=0.079;SC=TCAAATGTGCAGAGGGGTGTC;SOR=0.587;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=261;TCF=137;TCR=124;TR=99;WE=24838870;WS=24838852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,111:0.39:287
chr16	24886886	rs60449337	TG	T	643.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.209;HP=8;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=339;ReadPosRankSum=-0.058;SC=AGGGCTTGTGTGGGGGGGTCA;SOR=0.089;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=7;WE=24886901;WS=24886876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr16	24886893	rs34534629	G	T	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=6;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=325;ReadPosRankSum=2.578;SC=GTGTGGGGGGGTCACGTGCTG;SOR=0.392;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=13;WE=24886901;WS=24886876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr16	24902194	rs274081	T	C	5626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=105;NR=90;PP=2788;SC=TTCTAGGTTTTGCCGCGGTTG;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=105;TCR=90;TR=195;WE=24902202;WS=24902184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr16	24921854	rs201159355	A	AT	991.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=13;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.845;NF=5;NR=38;PP=455;ReadPosRankSum=-0.185;SC=AAAGGGATTGATTTTTTTTTT;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=9;TCR=72;TR=43;WE=24921862;WS=24921844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,67:0.63:107
chr16	24923012	.	CTTTTTTTTT	C	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.52;ReadPosRankSum=-2.003;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr16	24958985	rs16974243	G	A	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=787;ReadPosRankSum=-0.113;SC=CTTCCTGCCTGGGTGCACAAT;SOR=0.937;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=45;WE=24958993;WS=24958975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,47:0.64:74
chr16	24975425	rs12599343	G	T	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=2;PP=728;SC=TATTCTGATAGAAATTATTTA;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=24975433;WS=24975415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	24980189	rs12103073	G	A	4425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=77;PP=2242;SC=CAACAGGAACGCATTAGGGTG;SOR=0.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=74;TCR=77;TR=151;WE=24980197;WS=24980179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr16	24990136	rs58340349	G	GA	316.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=342;SC=CAACAAAACTGTTTTCTTTCC;SOR=3.056;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=24990144;WS=24990126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	24990187	rs56027541	TA	T	243.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.738;QD=8.10;ReadPosRankSum=1.180;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr16	25026470	.	G	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.364;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=712;ReadPosRankSum=1.080;SC=TCCCGCCCCCGCGCCCTCCGC;SOR=2.041;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=31;WE=25026478;WS=25026460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr16	25026760	rs114633930	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=0.187;SC=CTAGGTCTGGCCGAGCCGAGC;SOR=0.184;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=9;WE=25026768;WS=25026750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr16	25043277	rs11074669	G	A	2142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=60;PP=1387;ReadPosRankSum=1.261;SC=CGACGAGGGCGTGGGCTGCAC;SOR=0.861;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=433;TCF=227;TCR=206;TR=130;WE=25043285;WS=25043267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,136:0.29:463
chr16	25137289	rs7189229	G	C	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=6;PP=511;SC=CTTCAGAACTGCCATCAGCAG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=25137297;WS=25137279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	25137385	rs11861481	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=7.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQRankSum=-2.985;QD=1.26;ReadPosRankSum=1.115;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,17:0.16:107
chr16	25137449	rs7188975	A	T	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.006;NF=18;NR=20;PP=369;ReadPosRankSum=-1.028;SC=TGGGAGGAGGAAAGTGTTAGG;SOR=0.949;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=109;TCF=57;TCR=52;TR=38;WE=25137457;WS=25137439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,45:0.35:128
chr16	25151398	rs10681142	A	ACT	547.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.645;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=380;ReadPosRankSum=0.078;SC=ATCCTTAAACACTATTGCTCT;SOR=2.179;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=9;WE=25151406;WS=25151388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr16	25163017	rs139504024	G	GGTGTGT,GGTGTGTGT	2385.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.26;QD=41.85;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,10,45:0.18,0.79:57
chr16	25172274	rs277899	G	T	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;ReadPosRankSum=-0.132;SC=TTGGAAGATAGGATTTTGGTT;SOR=0.650;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=49;WE=25172282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,46:0.59:78
chr16	25172307	rs111379361	A	AT	560.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5025;FS=3.356;HP=13;HapScore=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=358;ReadPosRankSum=2.360;SC=CCTCTTACGTATTTTTTTTTT;SOR=0.365;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=29;WE=25172315;WS=25172297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr16	25180610	rs6497812	G	A	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=14;PP=418;SC=CTTTGCAGATGTGATCATGGA;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=25180618;WS=25180600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	25239588	rs73551053	A	T	197.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=-0.633;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr16	25252085	rs113770347	T	G	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=53;PP=1137;ReadPosRankSum=1.160;SC=ACAATACAAATTTTATACAAG;SOR=0.757;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=131;TCF=38;TCR=93;TR=76;WE=25252093;WS=25252075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,83:0.58:142
chr16	25264196	rs4787702	G	A	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=334;SC=CTGAGATTGCGCCACTGTACT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=25264204;WS=25264192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	25264440	rs11643089	T	C	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=23;PP=552;SC=GAGATGAGTATGTATTGAAAC;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=25264448;WS=25264430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	25266462	rs113303026	G	A	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.326;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=663;ReadPosRankSum=-1.477;SC=CATTCACAGCGTTGGGGTACT;SOR=1.499;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=37;WE=25266470;WS=25266452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr16	25268368	rs4787310	A	G	9686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=177;NR=167;PP=2965;SC=ATGCCCACTCAGGGTCCTTTT;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=344;TCF=177;TCR=167;TR=344;WE=25268376;WS=25268358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr16	25704145	rs2943336	A	G	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=24;PP=1072;SC=GGAGGCGCCCAGGACGCCTGG;SOR=1.162;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=61;WE=25704153;WS=25704135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	27215267	rs877585	G	A	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	27215380	rs908382	A	C	5031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr16	27222442	.	CT	C	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,36:0.35:103
chr16	27226437	rs8054431	G	T	5281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=105;PP=2965;SC=GAGGAGCCAGGCTGTAAGTCT;SOR=1.173;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=76;TCR=105;TR=180;WE=27226445;WS=27226427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr16	27227122	rs7405158	T	C	2840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=19;PP=1829;SC=CCAGGGCCTCTAAGGGTTGGA;SOR=2.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=68;TCR=19;TR=87;WE=27227130;WS=27227112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr16	27227168	rs11645703	T	G	5662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=68;PP=2965;SC=GGGTGACGGGTGCTGCAGCTG;SOR=1.184;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=113;TCR=68;TR=181;WE=27227176;WS=27227158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr16	27236403	rs2958	G	A	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=5;PP=1094;SC=CCTGAAACACGGACGCCTTTC;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=43;WE=27236411;WS=27236393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	27238034	rs34940876	C	T	4263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=73;PP=2533;SC=CCCTGCCCTGCGGGTACCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=74;TCR=73;TR=147;WE=27238042;WS=27238024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr16	27238110	rs1127228	C	T	6701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=111;PP=2965;SC=GGATGTATTGCTCCATCTCCA;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=227;TCF=116;TCR=111;TR=227;WE=27238118;WS=27238100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr16	27244548	rs28456036	A	G	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=31;PP=869;SC=AGTCTGGCAGAGGCACAGTAA;SOR=2.461;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=39;WE=27244556;WS=27244538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	27245712	rs34939984	C	T	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=64;PP=1752;SC=CCAGGCACTGCGGGCCGCAGG;SOR=2.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=17;TCR=64;TR=81;WE=27245720;WS=27245702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	27253059	rs28363677	G	A	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=601;SC=ACTTAGTGACGAACCGTCCTC;SOR=3.528;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=27253067;WS=27253049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	27269023	rs7201652	T	C	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=66;PP=1646;SC=TCATTCTTCATGCTGTTTACT;SOR=1.440;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=38;TCR=66;TR=104;WE=27269031;WS=27269013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr16	27356203	rs1805010	A	G	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=534;ReadPosRankSum=-1.576;SC=CCACACGTGTATCCCTGAGAA;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=175;TCF=105;TCR=70;TR=54;WE=27356211;WS=27356193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,67:0.33:203
chr16	27356359	rs2074572	C	T	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.391;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,48:0.45:106
chr16	27356398	rs2072130	C	T	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.350;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=359;ReadPosRankSum=-1.101;SC=GCTGCCTGGGCTGAGGGTGGG;SOR=0.172;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=88;TCF=52;TCR=36;TR=25;WE=27356406;WS=27356388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr16	27356667	rs3024560	T	G	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=41;PP=895;ReadPosRankSum=-0.989;SC=ACTGGGAACATTCCTTCCATT;SOR=1.100;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=134;TCF=55;TCR=79;TR=64;WE=27356675;WS=27356657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,69:0.47:147
chr16	27364158	rs3024610	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=295;ReadPosRankSum=0.951;SC=ATACACCTGCCGTGGTGTATC;SOR=0.269;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=16;WE=27364166;WS=27364148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr16	27367334	rs4787423	C	T	3048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr16	27367405	rs36125482	CT	C	499.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.76;ReadPosRankSum=1.480;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr16	27367414	rs145435809	T	C	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.04;ReadPosRankSum=2.064;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr16	27370932	rs138640688	AGTG	A	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=778;SC=TCTGGAATCTAGTGGTGTTGG;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=17;WE=27370942;WS=27370922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	27371158	rs3024660	C	T	4409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr16	27414378	rs6498021	T	G	2344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=29;PP=1369;ReadPosRankSum=0.453;SC=TTCAAAACAATGGCTGGTGTG;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=142;TCF=91;TCR=51;TR=86;WE=27414386;WS=27414368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,99:0.65:153
chr16	27441283	rs179760	A	G	5351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr16	27481359	rs117793768	C	T	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.431;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=556;ReadPosRankSum=0.364;SC=ACTGCTGACCCCTGCCCGTCT;SOR=1.237;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=34;WE=27481367;WS=27481349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
chr16	27510117	rs11452553	C	CA	3139.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=36;PP=1835;SC=CTTGGCTCCACAGTCGATTCC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=40;WE=27510125;WS=27510107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	27561204	.	G	A	3113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.244;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.854;NF=76;NR=75;PP=1964;ReadPosRankSum=-1.515;SC=CGACTCCAGCGCGTCCATTGC;SOR=0.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=136;TCR=133;TR=151;WE=27561212;WS=27561194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,148:0.57:258
chr16	27561584	rs4787969	G	A	3853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr16	27629661	rs4787980	G	C	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=15;PP=1385;SC=CTCTCAGCCTGCTGCGCCGGT;SOR=2.070;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=64;WE=27629669;WS=27629651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	27642249	rs233453	A	G	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=61;NR=29;PP=1491;SC=TGCCACAACCACGCTGTAGTC;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=61;TCR=29;TR=90;WE=27642257;WS=27642239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr16	27666204	rs233470	A	G	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=21;PP=633;SC=TAATCCCAGCACTTTGGGAGG;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=27666212;WS=27666194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	27752314	rs5816442	T	TC	453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=376;SC=GCCAGTTAGCTCCTGGACCTC;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=27752322;WS=27752304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	27772880	rs61742593	G	A	3190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=3.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.339;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,154:0.55:280
chr16	27772901	rs4787984	G	A	6786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=120;PP=2965;SC=CGACTCCCGGGCCCTGGACAA;SOR=0.945;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=105;TCR=120;TR=225;WE=27772909;WS=27772891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr16	27777831	rs8043555	A	G	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.563;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=679;ReadPosRankSum=0.959;SC=TCAGTCCAGCATCAGGGAAGC;SOR=1.161;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=171;TCF=82;TCR=89;TR=59;WE=27777839;WS=27777821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,65:0.34:191
chr16	27802805	rs1644600	C	T	4064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=83;PP=2505;ReadPosRankSum=1.236;SC=GGAGACAAGGCGGTCAGTGCT;SOR=0.694;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=258;TCF=134;TCR=124;TR=170;WE=27802813;WS=27802795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,191:0.65:295
chr16	27861969	rs72782161	A	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=0.032;SC=GAAGAGGAGGAGGGTAAATGA;SOR=0.784;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=9;WE=27861977;WS=27861959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr16	27895714	rs147620292	A	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.147;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=348;ReadPosRankSum=0.014;SC=AATTTGTCCAATGCCTCCCGG;SOR=0.245;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=20;WE=27895722;WS=27895704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr16	27974418	rs2051742	T	C	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.30;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	27974487	rs2051743	T	C	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.598;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,33:0.30:111
chr16	28074322	rs71377621	C	T	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=1.235;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,53:0.37:145
chr16	28074353	.	C	G	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=-1.078;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,94:0.40:236
chr16	28143489	rs9930464	C	T	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=16;NR=7;PP=353;SC=CACAGCTTTTCATCATAAGCC;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=28143497;WS=28143479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	28157351	rs28379290	T	C	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=145;SC=CATGGCTGTCTCTTAGGCCAC;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=28157359;WS=28157341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	28167914	rs10445001	C	A	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.47;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	28181306	rs28479048	A	G	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=33;PP=926;SC=CATTAAAGCTATGAAGCATCT;SOR=1.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=48;WE=28181314;WS=28181296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	28488943	rs77595156	T	C	2644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=33;PP=1185;ReadPosRankSum=-0.458;SC=AAACTCCCGGTGCTCATCACT;SOR=0.712;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=155;TCF=98;TCR=57;TR=97;WE=28488951;WS=28488933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,120:0.66:183
chr16	28499121	rs79077329	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.900;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=98;ReadPosRankSum=0.809;SC=CTCCCAACCACGTGGCCAAGG;SOR=0.275;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=10;WE=28499129;WS=28499111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr16	28508716	rs40832	T	C	2997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=49;PP=1533;SC=TTGGAAGGGGTGCTTGGGCAA;SOR=0.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=102;WE=28508724;WS=28508706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr16	28509414	rs199615243	G	A	2696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=68;PP=1554;ReadPosRankSum=-0.958;SC=CCCGCTCCCCGGGTCCCTCCT;SOR=0.698;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=391;TCF=199;TCR=192;TR=141;WE=28509422;WS=28509404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,151:0.36:414
chr16	28600021	rs117985404	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.658;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr16	28603393	rs27742	T	C	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=1;PP=83;SC=GCCATCTTCTTCGCATAGTCC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=28603401;WS=28603383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	28617485	rs1801030	C	T	4631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.77;QD=25.45;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr16	28618238	rs7499134	A	G	15372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=295;NR=256;PP=2965;SC=ACCACCCCTTAGCTCCACACT;SOR=0.801;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=551;TCF=295;TCR=256;TR=551;WE=28618246;WS=28618228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,584:1.00:584
chr16	28618708	rs11648192	C	T	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=26;PP=780;SC=TGAGGACCCACCCTCTAGCTT;SOR=1.464;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=28618716;WS=28618698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	28620800	rs3760091	C	G	4607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=77;NR=80;PP=2678;SC=AGCAAAAGCACAGGCCTAGGC;SOR=0.894;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=77;TCR=80;TR=157;WE=28620808;WS=28620790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr16	28621311	rs2077412	T	C	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=5.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.37;ReadPosRankSum=1.400;SOR=1.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,32:0.33:96
chr16	28631314	rs141320733	T	TTGTGTG,TTGTG	757.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.4999,0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=1,1;NR=4,4;PP=24,172;SC=GTATTGTATATTGTGTGTGTG;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5,5;WE=28631322;WS=28631304;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:17
chr16	28631360	rs28410083	A	T	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=15;PP=570;SC=AGATACTGATAACATTTTCAA;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=34;WE=28631368;WS=28631350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	28834539	rs75139976	C	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.766;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,36:0.33:109
chr16	28835900	rs12920514	G	A	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=638;ReadPosRankSum=0.428;SC=AGGTCGAGGGGATGGGGTGTG;SOR=0.793;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=125;TCF=58;TCR=67;TR=48;WE=28835908;WS=28835890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,59:0.38:154
chr16	28838073	rs12448482	A	G	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=272;ReadPosRankSum=0.631;SC=CGTACTCTGGACTTCTTAAAC;SOR=0.495;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=20;WE=28838081;WS=28838063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr16	28842311	rs4344749	A	G	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=50;PP=1945;SC=CAAAGGCACAACGGCCTCTGA;SOR=0.768;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=110;TCF=59;TCR=51;TR=106;WE=28842319;WS=28842301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	28844068	rs7498491	T	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.681;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr16	28845584	rs35725751	C	T	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.117;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=52;PP=1361;ReadPosRankSum=1.542;SC=GATTTGGTTGCGCTGGTTGAG;SOR=0.646;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=347;TCF=178;TCR=169;TR=116;WE=28845592;WS=28845574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,128:0.34:380
chr16	28856819	rs8061877	C	T	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=1.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=-0.077;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,66:0.30:217
chr16	28883327	rs28433345	T	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=4.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=-1.494;SOR=0.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,22:0.29:76
chr16	28903656	rs6565261	C	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.529;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=238;ReadPosRankSum=0.214;SC=TGACCTCAGGCCAAGAACCCC;SOR=1.058;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=20;WE=28903664;WS=28903646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr16	28903763	rs200957871	CTG	C	988.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.96;ReadPosRankSum=0.168;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr16	28903764	.	TGTAA	T	1257	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=16;PP=1257;QD=76.4705882353;SC=TGAGAAAGGCTGTAACCTTGG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=17;WE=28903777;WS=28903754;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,17:0.74:23
chr16	28903767	rs200961662	AAC	A	988.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.96;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr16	28903769	.	C	A	1198	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=6;NR=16;PP=1198;QD=56.0350551158;SC=AAGGCTGTAACCTTGGCTCCT;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=22;WE=28903777;WS=28903754;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,22:0.76:29
chr16	28906084	rs9931989	G	C	4916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=101;NR=69;PP=2616;SC=GGTGGAAGGAGGGTATGACAG;SOR=1.006;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=101;TCR=69;TR=170;WE=28906092;WS=28906074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr16	28913787	rs7189927	T	C	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=42;SC=CCCATGCAGGTGCTGAGAGGG;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=80;WE=28913795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	28915433	rs2071342	A	C	2376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=28;PP=1504;ReadPosRankSum=-0.696;SC=CGTGCCTGGGAGATGCACCTG;SOR=0.741;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=132;TCF=91;TCR=41;TR=88;WE=28915441;WS=28915423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,96:0.67:143
chr16	28915527	rs10499	G	A	14150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,554:1.00:554
chr16	28922149	rs11646653	C	T	9304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr16	28925978	rs3924376	T	C	7695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=1.685;SC=CAGCGCCCCCTGGCCGTGCCC;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=170;TCR=132;TR=298;WE=28925986;WS=28925967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,303:0.98:309
chr16	28944396	rs2904880	C	G	6208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=124;NR=93;PP=2965;SC=GCCTCCGTGTCTCCCACCGAG;SOR=0.837;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=124;TCR=93;TR=217;WE=28944404;WS=28944386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr16	28944700	rs35979293	G	T	6403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr16	28962755	rs12449272	G	A	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=7;PP=239;SC=CGGCGGAAGGGCCAAGGGCTT;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=28962763;WS=28962745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	28974958	rs118139364	C	T	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.63;ReadPosRankSum=-1.577;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,71:0.72:98
chr16	28993049	rs6565300	A	C	4806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;PP=2965;SC=AATTCGGTCGATACTGTCCCC;SOR=0.872;Source=Platypus;TCF=72;WE=28993057;WS=28993039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr16	28993649	rs11301233	AC	A	11371.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.91;QD=29.54;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr16	28995757	rs7140	C	A	3502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=6.167;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.35;ReadPosRankSum=-1.115;SOR=0.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,148:0.99:150
chr16	28998111	rs4788115	T	A	3591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.438;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=89;PP=2065;ReadPosRankSum=2.202;SC=CCTTTTCACTTCCTTTCAGGG;SOR=0.810;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=270;TCF=123;TCR=147;TR=159;WE=28998119;WS=28998101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,172:0.59:290
chr16	29001460	rs9929088	A	C	10771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=208;NR=168;PP=2965;SC=TACCTGCTGAACCCCGTCAGC;SOR=0.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=376;TCF=208;TCR=168;TR=376;WE=29001468;WS=29001450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr16	29097369	rs252274	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.536;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=260;ReadPosRankSum=-0.819;SC=ATTGGTCAGGCTGGTCTCGAA;SOR=1.625;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=17;WE=29097377;WS=29097362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr16	29097556	rs61151630	C	CAT	3155.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.27;QD=45.08;SOR=1.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr16	29102189	rs56374327	C	CT	1768.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.54;QD=26.01;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	29102197	rs190400	C	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQRankSum=-3.849;QD=0.73;ReadPosRankSum=-1.246;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,7:0.10:70
chr16	29102219	rs252270	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQRankSum=-4.319;QD=0.70;ReadPosRankSum=0.083;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,5:0.10:50
chr16	29113263	rs149472124	C	T	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.610;NF=32;NR=11;PP=584;ReadPosRankSum=-0.280;SC=CAGAGTCACTCCAGCATGTTA;SOR=0.553;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=116;TCF=88;TCR=28;TR=43;WE=29113271;WS=29113253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,47:0.39:121
chr16	29113497	rs11366120	AT	A	4249.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.476;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-5.724;NF=7;NR=131;PP=2456;ReadPosRankSum=-1.425;SC=GAGGAGGTGGATTTTTTTTTT;SOR=1.632;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=167;TCF=10;TCR=157;TR=138;WE=29113505;WS=29113487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,216:0.93:232
chr16	29141436	rs1646128	G	A	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=37;PP=1406;SC=CCTCCCCAGAGTGTCTACCGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=44;TCR=37;TR=81;WE=29141444;WS=29141426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr16	29142189	rs1642021	A	T	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=19;PP=695;SC=CTTCTTGCACAGGAAGGTGCT;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=32;WE=29142197;WS=29142179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	29142204	rs1642022	A	G	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=18;PP=644;SC=GGTGCTGGGCACCAAGTCCTC;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=29142212;WS=29142194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr16	29150785	rs1646119	G	A	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=1.703;QD=7.43;ReadPosRankSum=1.241;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr16	29332380	rs257878	T	C	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=25.54;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	29375985	.	C	CT	365.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.640;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=3.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.79;MQRankSum=-3.380;QD=4.69;ReadPosRankSum=-1.416;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr16	29376400	.	CTG	C	369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQRankSum=-5.370;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.483;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr16	29624247	rs28455095	C	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.778;NF=18;NR=6;PP=358;ReadPosRankSum=-1.560;SC=GAAGTGTAAACGAATGAATGA;SOR=1.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=24;WE=29624255;WS=29624237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr16	29644794	rs11150561	A	G	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.648;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-8.760;NF=21;NR=49;PP=1085;ReadPosRankSum=-2.323;SC=TCACTCCACTATAAATACACC;SOR=1.730;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=109;TCF=38;TCR=71;TR=70;WE=29644802;WS=29644784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,55:0.56:99
chr16	29645078	rs12597368	C	A	2001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=3.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=0.099;QD=14.83;ReadPosRankSum=0.465;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,87:0.64:135
chr16	29645104	rs35388990	CA	C	2036.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-2.456;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.832;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,157:0.65:243
chr16	29647700	rs200123374	C	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.06;MQRankSum=0.682;QD=12.29;ReadPosRankSum=-1.516;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr16	29705854	rs9936468	C	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=7;PP=449;SC=CCGCAGTCCCCCCCCTGGGAC;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=25;WE=29705862;WS=29705852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	29708350	rs9932770	A	G	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	29790669	rs235634	T	A	6957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.17;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr16	29790678	rs183527	T	G	6778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=70;PP=2442;SC=ATTGGGGACTTGGGAAGGCAG;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=133;WE=29790686;WS=29790674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr16	29790767	rs235635	A	G	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=35;PP=1265;SC=AACAGGGGTGATGCAGAGAAA;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=65;WE=29790775;WS=29790757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	29790864	rs235636	G	A	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	29791561	rs235637	T	G	8486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=159;NR=141;PP=2965;SC=GAAGAAGCTGTTATTTGTGAC;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=300;TCF=159;TCR=141;TR=300;WE=29791569;WS=29791551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr16	29791721	rs235638	G	C	6667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=104;NR=129;PP=2965;SC=GTTTACCCCAGTAGCTGCAGC;SOR=1.034;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=235;TCF=104;TCR=131;TR=233;WE=29791729;WS=29791711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr16	29791818	rs35586094	TA	T	919.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=32;PP=765;SC=AATGGCTCAATAAAAAAAATA;SOR=3.365;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=34;WE=29791826;WS=29791808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	29809634	rs5816499	TACAC	T,TAC	598.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=31.51;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,11:0.42,0.58:19
chr16	29811319	rs235648	C	T	5853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=112;PP=2965;SC=AAGAGGAGATCGGGAGCCCTG;SOR=1.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=82;TCR=112;TR=194;WE=29811327;WS=29811309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr16	29814234	rs2450399	G	A	5226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr16	29817998	rs111993640	C	T	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=1.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr16	29821744	rs2516825	G	A	7408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=144;NR=114;PP=2965;SC=CTCCTCTTCTGTCAGACCTGA;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=144;TCR=115;TR=258;WE=29821752;WS=29821734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr16	29821983	rs71650270	CT	C	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=2.558;QD=1.66;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,28:0.27:103
chr16	29822841	rs11150572	A	C	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=5;PP=873;SC=CCCCAGCCGCATCCCTCCCCA;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=29822849;WS=29822831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	29823202	rs12923293	A	G	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=44;PP=1268;SC=CTGCTCGTAGAGACGCCTCCA;SOR=2.070;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=64;WE=29823210;WS=29823192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	29825126	rs11150573	T	C	7430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=137;NR=141;PP=2965;SC=CAGCTCCCAGTTGGCAGGTCC;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=279;TCF=137;TCR=142;TR=278;WE=29825134;WS=29825116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr16	29859430	rs11350750	CT	C	455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.716;HP=15;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.708;NF=2;NR=21;PP=286;ReadPosRankSum=-0.502;SC=CCCCTGGCATCTTTTTTTTTT;SOR=1.389;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=23;WE=29859439;WS=29859420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,31:0.91:34
chr16	29872361	rs3815822	G	A	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=26;PP=1249;SC=ACACCCTTCCGTCTAGGCTCA;SOR=1.300;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=71;WE=29872369;WS=29872351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	29888367	rs139403019	GTC	G	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=123;ReadPosRankSum=-0.551;SC=CCCGGGATCTGTCTCTCTCTC;SOR=0.556;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=4;WE=29888376;WS=29888357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr16	29891490	.	C	CT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.714;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr16	29906546	rs4787484	C	T	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=34;PP=1558;SC=CAGTATGGCCCCTGCCCTTCC;SOR=0.804;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=76;WE=29906554;WS=29906536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	29907298	rs34549819	G	GT	2482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=47;PP=1989;SC=TTTTTGTTTTGTTTGAGACAG;SOR=1.691;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=1;TCR=59;TR=48;WE=29907306;WS=29907288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	29908433	rs11649499	C	G	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=17;PP=513;SC=CGTGGGGTCCCGATCAGATCC;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=29908441;WS=29908423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	29910431	.	GTTTT	G	1297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.408;QD=25.45;ReadPosRankSum=-0.647;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,39:0.76:51
chr16	29910518	rs11344	C	G	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=20;PP=591;SC=CAGAATTGGGCTAGGGGTCGC;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=28;WE=29910526;WS=29910508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	29918034	rs1129700	T	C	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=18;PP=1057;SC=GGGGTTGGGATGGGTGGAGAA;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=50;WE=29918042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	29923510	rs4548895	G	A	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=19;PP=515;SC=AGCTCCGCCAGCCTCTCTGCC;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=29923518;WS=29923500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	29934754	rs12596042	T	A	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=3.960;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.19;ReadPosRankSum=1.235;SOR=1.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,98:0.94:104
chr16	29937081	rs5816505	G	GA	3213.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.61;QD=37.81;SOR=2.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	29982961	rs9932702	C	T	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.48;QD=22.23;SOR=4.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	29993108	rs11642046	C	G	9645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.06;NF=201;NR=236;PP=2965;SC=TGGGCCCAGGCGTTAGGCCAT;SOR=1.676;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=439;TCF=201;TCR=238;TR=437;WE=29993116;WS=29993098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr16	29994736	rs3814884	T	A	12637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=268;PP=2965;ReadPosRankSum=0.115;SC=AGTGCAGCACTCCTCTGAGTC;SOR=1.606;Source=Platypus;TCF=268;WE=29994744;WS=29994726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,433:1.00:434
chr16	29994922	rs3814883	C	T	50576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1967;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1956:1.00:1956
chr16	29998200	rs4077410	A	G	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=39;PP=1846;SC=AGGCTGGGACATGGAGCTTGT;SOR=0.973;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=59;TCR=39;TR=97;WE=29998208;WS=29998190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	30000901	rs3814881	G	A	4574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=102;NR=58;PP=2526;SC=CCCTTGATCCGTCCACTGCAT;SOR=1.083;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=102;TCR=58;TR=160;WE=30000909;WS=30000891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr16	30016022	rs12928610	C	T	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=35;PP=1235;SC=GCTGCCGGGACCCCGAGGAGG;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=40;TCR=35;TR=75;WE=30016030;WS=30016012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	30017895	rs3814880	T	C	10205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr16	30018500	rs3935873	C	T	13603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=251;NR=252;PP=2965;SC=AGACCGGGACCTGGCGCTCGA;SOR=0.762;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=511;TCF=258;TCR=253;TR=503;WE=30018508;WS=30018490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,542:1.00:542
chr16	30018720	rs12921753	C	T	3321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=85;PP=2336;ReadPosRankSum=-0.776;SC=CTAAACACTACGTCTCATCTG;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=16;TCR=86;TR=101;WE=30018728;WS=30018710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr16	30021402	rs1140239	C	T	6456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.24;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr16	30037128	rs11544328	A	C	7401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr16	30093779	rs2278557	C	G	3979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=84;NR=53;PP=2436;SC=TGCTTGAGTTCCAACCCCACT;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=84;TCR=53;TR=137;WE=30093787;WS=30093769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr16	30096468	rs34627357	T	TG	716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=22;PP=558;SC=AGGCTGGGCGTGGGGGGGGCT;SOR=4.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=22;WE=30096476;WS=30096458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	30098189	rs3833842	GTGA	G	7580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=74;PP=2985;SC=AACAGTGGTGGTGATGATGAT;SOR=0.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=11;TCR=82;TR=84;WE=30098202;WS=30098179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr16	30119525	rs8061772	C	A	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	30119828	rs374869950	CCCG	C	1268.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=4;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=1455;ReadPosRankSum=-1.384;SC=TGGTAGTGCCCCCGCCAACTA;SOR=0.473;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=20;WE=30119840;WS=30119818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr16	30119832	.	C	T	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.594;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=1451;ReadPosRankSum=-1.301;SC=AGTGCCCCCGCCAACTAGGGT;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=27;WE=30119840;WS=30119818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr16	30124847	rs61764618	C	T	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=1.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=-1.593;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,66:0.44:151
chr16	30134312	rs36084237	C	G	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=-1.265;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,96:0.37:261
chr16	30198151	rs1132812	A	G	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.449;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=39;PP=1084;ReadPosRankSum=0.122;SC=GGGAGATCCCAGATGGGGGCC;SOR=0.854;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=117;TCF=61;TCR=56;TR=73;WE=30198159;WS=30198130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,82:0.62:132
chr16	30208527	rs2304624	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.67;MQRankSum=-0.396;QD=11.14;ReadPosRankSum=-0.332;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr16	30208637	rs142024916	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.54;MQRankSum=-1.773;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr16	30366039	rs35480350	G	A	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=672;ReadPosRankSum=-1.001;SC=CTGAGGAAAGGATGCAGAGGA;SOR=0.662;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=179;TCF=80;TCR=99;TR=62;WE=30366047;WS=30366029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,70:0.35:200
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chr16	30380486	rs4238961	T	C	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.861;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=600;ReadPosRankSum=0.320;SC=ATCGTTTTCGTTTCGCCCTCC;SOR=1.781;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=28;WE=30380494;WS=30380476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr16	30381303	rs12930787	C	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=0.061;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,6:0.17:36
chr16	30386262	rs8046445	C	T	2060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=1069;ReadPosRankSum=-0.592;SC=GTAGCTGGTTCCCAGTCCAAC;SOR=0.861;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=122;TCF=61;TCR=61;TR=74;WE=30386270;WS=30386252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,94:0.63:150
chr16	30387135	.	C	T	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=5.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.594;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,115:0.32:357
chr16	30390314	rs12447833	T	C	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.842;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=16;PP=980;ReadPosRankSum=0.243;SC=TTGGAGGCTCTGATACTGTCC;SOR=0.439;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=103;TCF=78;TCR=25;TR=58;WE=30390333;WS=30390304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,64:0.56:114
chr16	30393660	rs4787643	G	A	6647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=0.415;SC=GGTTGGGGAGGGCAGCAAAAC;SOR=0.655;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=448;TCF=211;TCR=237;TR=288;WE=30393668;WS=30393650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,307:0.63:485
chr16	30393771	rs4788409	G	A	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=787;ReadPosRankSum=-0.062;SC=GCTAGGAAGAGTCAGTGGGGT;SOR=0.587;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=48;WE=30393779;WS=30393761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,51:0.59:86
chr16	30406410	rs80225586	C	T	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.787;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=733;ReadPosRankSum=1.742;SC=ACCCCTTTCCCCGGGTCCGTC;SOR=0.558;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=52;WE=30406418;WS=30406400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,53:0.56:94
chr16	30407269	rs13333093	C	A	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=2.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.67;ReadPosRankSum=-0.602;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,98:0.78:125
chr16	30408765	rs12921440	C	T	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=785;ReadPosRankSum=0.227;SC=GTAGGAAATGCCTCTCTCAAA;SOR=0.709;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=55;WE=30408773;WS=30408755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,66:0.63:105
chr16	30410445	rs4788413	C	T	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=43;PP=1045;ReadPosRankSum=0.158;SC=CCAGGGAGGGCGGAGGCCCAG;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=35;TCR=65;TR=66;WE=30410453;WS=30410435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,70:0.68:103
chr16	30424888	rs11314620	GT	G	1408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=25;PP=606;SC=GAAATTTTGGGTTTTTTTTTC;SOR=0.787;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=31;WE=30424896;WS=30424878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	30485393	rs11574938	G	C	4854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=66;PP=2527;SC=CGCCCTGGAGGGGAAGCGCAG;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=95;TCR=66;TR=161;WE=30485401;WS=30485383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr16	30492666	.	TAAAA	T	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=1.126;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr16	30492823	rs1064524	C	T	5035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=93;PP=2884;ReadPosRankSum=0.201;SC=TTATGTTAAACGGAAGGACCC;SOR=0.778;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=341;TCF=188;TCR=153;TR=213;WE=30492831;WS=30492813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,235:0.62:376
chr16	30495412	rs2285459	T	C	3443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr16	30495657	rs7197010	T	C	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=16;PP=393;SC=AGGCCGGGCTTGGTGGCTCAC;SOR=1.236;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=30495665;WS=30495647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	30500761	rs3087438	G	A	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=58;PP=1585;SC=TCAGATGGTCGCTCAGCCTGG;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=92;WE=30500769;WS=30500751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr16	30505513	rs4350585	A	G	18594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=726;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=368;NR=322;PP=2965;SC=CTAACTCCACACCCCACACAC;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=690;TCF=368;TCR=322;TR=690;WE=30505521;WS=30505503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,725:1.00:725
chr16	30507817	rs376988959	G	T	4577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.922;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=106;PP=2808;ReadPosRankSum=-3.226;SC=CATCCATGGGGTGAAGGACCT;SOR=0.921;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=294;TCF=133;TCR=161;TR=189;WE=30507825;WS=30507807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,206:0.65:316
chr16	30507972	rs28708641	T	C	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=33;PP=1023;SC=TTTATTTTGGTTTTTTTTAGA;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=30507980;WS=30507962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	30510571	rs1557672	C	T	4122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=1.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.65;ReadPosRankSum=-1.873;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,192:0.64:302
chr16	30522152	rs3087443	G	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.982;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=575;ReadPosRankSum=0.926;SC=GGGCCATGAGGCTGCTCCTCA;SOR=0.476;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=140;TCF=82;TCR=58;TR=53;WE=30522160;WS=30522142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,56:0.36:156
chr16	30532727	.	C	CA	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=0.615;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr16	30536672	rs3751847	A	G	3084.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=91;PP=2164;ReadPosRankSum=1.870;SC=CGCAGATGCCACAGATGTTAG;SOR=0.777;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=473;TCF=216;TCR=257;TR=168;WE=30536680;WS=30536662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:335,169:0.34:504
chr16	30536918	rs10871453	C	G	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=-0.740;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,74:0.27:275
chr16	30566507	.	TA	T	2765.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.619;NF=15;NR=46;PP=1972;ReadPosRankSum=0.835;SC=TAGTCACTTTTAAGGCCGTCA;SOR=0.678;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=176;TCF=55;TCR=121;TR=61;WE=30566515;WS=30566497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,114:0.37:307
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chr16	30666803	rs62057174	C	T	4170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.362;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=75;PP=2437;ReadPosRankSum=-0.215;SC=ACTCTTTCACCCTCTGCCCCA;SOR=0.782;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=290;TCF=155;TCR=135;TR=169;WE=30666811;WS=30666793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,185:0.58:320
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chr16	30718873	rs72793372	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.593;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=90;ReadPosRankSum=-0.098;SC=TGTTTTCACCCTGGGTCTTCA;SOR=0.120;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=9;WE=30718881;WS=30718863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr16	30724070	rs4889500	G	T	5566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr16	30724221	rs4889501	C	T	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.92;SOR=1.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	30732406	rs1470129	C	G	3781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=54;PP=2827;SC=GCTGGGGACACGGGTCTAGTA;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=62;TCR=54;TR=115;WE=30732414;WS=30732396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	30734963	rs4889502	C	A	14239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=327;NR=195;PP=2965;ReadPosRankSum=0.278;SC=TGCCATCCTCCCTCCCTGGGC;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=523;TCF=327;TCR=196;TR=522;WE=30734971;WS=30734953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,535:1.00:536
chr16	30735038	rs79597785	C	G	6853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=207;NR=168;PP=2962;ReadPosRankSum=1.876;SC=CCTCTACAGTCTCAGTTCCAT;SOR=0.684;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1180;TCF=648;TCR=532;TR=375;WE=30735046;WS=30735028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:835,391:0.32:1226
chr16	30744826	rs62057183	C	T	3052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=7.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.15;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,130:0.73:178
chr16	30745976	rs62057184	C	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=521;ReadPosRankSum=-0.065;SC=TGAGCTGATTCTTACAGAATA;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=29;WE=30745984;WS=30745966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,35:0.60:58
chr16	30762640	rs4889504	C	T	6599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=131;PP=2965;SC=GCAGACGACCCCCCACCTCCT;SOR=1.100;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=99;TCR=131;TR=230;WE=30762648;WS=30762630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr16	30766247	rs9941201	G	A	3713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr16	30768492	rs71820772	GCTCTGGC	G	1950.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=24;PP=1491;SC=GCTCCTCTGGGCTCTGGCCTC;SOR=1.464;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=26;WE=30768506;WS=30768482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	30770267	rs7188077	C	G	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=11;PP=972;SC=GTCCTGATGTCATCCAAACCC;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=30770275;WS=30770257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	30770950	rs62622830	T	C	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.24;ReadPosRankSum=1.580;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,37:0.39:95
chr16	30772040	rs4889505	A	G	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=47;PP=1464;SC=TATCATGACAAGGCTGTGACA;SOR=1.037;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=88;WE=30772048;WS=30772030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	30773822	rs1550477	T	C	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=4;PP=1376;SC=CTCCTCCCGTTTGACGCCCCT;SOR=3.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=51;TCR=4;TR=55;WE=30773830;WS=30773812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	30775522	rs141178194	G	A	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.689;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=26;PP=931;ReadPosRankSum=-0.699;SC=TGCAGCTGCGGCCCCCTCTCA;SOR=0.797;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=65;TCR=42;TR=67;WE=30775530;WS=30775512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,72:0.60:121
chr16	30779716	rs7195142	A	G	5272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=90;PP=2965;SC=CGGGAGCTTCAGGAACGGGAA;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=86;TCR=90;TR=176;WE=30779724;WS=30779706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr16	30780828	rs4889506	A	G	4537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=76;PP=2494;SC=TGCAGAAGCTAGAGGAGAAGG;SOR=1.013;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=70;TCR=76;TR=146;WE=30780836;WS=30780818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr16	30832463	rs6565205	A	C	7204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=156;NR=74;PP=2965;SC=GACACCGTCCAGCAGGTGGGC;SOR=1.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=156;TCR=75;TR=230;WE=30832483;WS=30832453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr16	30832475	rs6565206	T	C	7349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=158;NR=86;PP=2965;SC=CAGGTGGGCATGCCGTGGTGT;SOR=1.338;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=159;TCR=86;TR=244;WE=30832483;WS=30832453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr16	30832701	rs8045550	A	C	10204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=184;PP=2965;SC=TGGGCGGGGGAAGAGTGAAGG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=333;TCF=149;TCR=184;TR=333;WE=30832709;WS=30832691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr16	30833246	rs9319587	C	T	9625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FS=1.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.603;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,441:0.68:645
chr16	30833272	rs8046609	A	G	20115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=785;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=382;NR=352;PP=2965;ReadPosRankSum=2.286;SC=AACCGACAGCAACATGGGAGC;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=734;TCF=382;TCR=352;TR=734;WE=30833280;WS=30833262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,782:1.00:784
chr16	30833425	rs4889510	G	C	3898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=95;PP=2893;SC=CTCCCGTGTTGCAGGGGCTGC;SOR=3.003;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=23;TCR=95;TR=118;WE=30833433;WS=30833415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	30886643	rs897984	T	C	6910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=97;NR=133;PP=2965;SC=ACTGCTGAGGTTGCCCGAGGT;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=97;TCR=133;TR=230;WE=30886651;WS=30886633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr16	30938811	rs12930545	A	G	2760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=32;PP=1567;SC=GGTGGGGCAGATTGTCAGGGA;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=88;WE=30938819;WS=30938801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr16	30964940	rs9926903	A	G	14509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=267;NR=224;PP=2965;SC=CACCGTCCCAAGCTGAGCCAG;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=493;TCF=267;TCR=226;TR=491;WE=30964948;WS=30964930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,526:1.00:526
chr16	30965549	rs35717321	A	AT	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.040;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr16	30975312	.	C	CA	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.906;QD=0.37;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=1.177;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,19:0.19:101
chr16	30977799	rs11150601	G	A	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=28;PP=833;SC=AGAGGAGACAGGTGATGGAGG;SOR=2.191;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=30977807;WS=30977789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	30980902	rs897986	T	C	4754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr16	30999142	rs9938550	A	G	10052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.129;NF=206;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.828;SC=GCAGCGGGCAACCCTGATGGG;SOR=0.975;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=349;TCF=207;TCR=142;TR=347;WE=30999150;WS=30999132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,375:0.99:377
chr16	30999462	rs2305880	T	C	6887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=106;PP=2965;SC=GCCGGACCCGTACCATTCTCT;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=109;TCR=106;TR=215;WE=30999470;WS=30999452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr16	31004812	rs12445568	T	C	2870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FS=3.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.87;ReadPosRankSum=1.181;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,162:0.39:418
chr16	31004926	rs7194921	C	T	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=46;PP=1389;SC=GCACATTATTCACCTGCTCTT;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=60;WE=31004934;WS=31004916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	31012781	rs12920772	G	A	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQRankSum=-0.064;QD=15.68;ReadPosRankSum=0.781;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,53:0.65:81
chr16	31044683	rs58726213	A	G	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.714;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,94:0.34:277
chr16	31044897	rs12445650	G	A	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.334;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=33;PP=781;ReadPosRankSum=-0.327;SC=TGCGGGAGCTGGAGCGGGGAA;SOR=0.378;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=82;TCF=20;TCR=62;TR=45;WE=31044905;WS=31044887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,46:0.56:82
chr16	31049155	rs55979739	A	G	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=0.835;SC=ATAAGAGCTCATGCTATTTGC;SOR=1.414;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=8;WE=31049163;WS=31049145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr16	31050023	rs732173	C	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.74;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr16	31050033	rs732172	C	T	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.911;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr16	31072909	rs8046978	G	A	10713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-5.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=767;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=244;NR=221;PP=2962;ReadPosRankSum=1.357;SC=CGCCCCTGCTGCCGGGGCGGC;SOR=0.729;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=710;TCF=370;TCR=340;TR=465;WE=31072917;WS=31072899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,509:0.67:764
chr16	31075708	rs2032917	C	G	14244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=230;NR=255;PP=2965;SC=GTACAGGACACGCACTTGTAG;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=485;TCF=230;TCR=255;TR=485;WE=31075716;WS=31075698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,509:1.00:509
chr16	31090407	rs35713203	G	C	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=485;ReadPosRankSum=-0.831;SC=GAAGAGGAAGGAGTGGCAGAG;SOR=0.590;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=54;TCR=62;TR=35;WE=31090415;WS=31090397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,44:0.31:140
chr16	31091209	rs3751855	T	C	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=14;PP=480;ReadPosRankSum=0.362;SC=GGCTGGAGACTGCCGAGAAGG;SOR=0.776;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=137;TCF=89;TCR=48;TR=46;WE=31091217;WS=31091199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,54:0.36:151
chr16	31092075	rs7196726	G	A	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=595;ReadPosRankSum=0.833;SC=CATAGTGGAGGCTGGGTTCCT;SOR=0.688;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=150;TCF=87;TCR=63;TR=50;WE=31092083;WS=31092065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,56:0.34:166
chr16	31095171	rs11865038	C	T	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=766;ReadPosRankSum=0.516;SC=CTCATCCTCACGGCTTTGGTC;SOR=0.749;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=161;TCF=69;TCR=92;TR=57;WE=31095179;WS=31095161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,39:0.32:120
chr16	31095204	rs11864806	G	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=683;ReadPosRankSum=0.635;SC=CCCATTCCTCGAAGGAACAGG;SOR=0.918;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=92;TCF=16;TCR=76;TR=32;WE=31095212;WS=31095194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,32:0.34:93
chr16	31095251	rs11864839	G	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=476;ReadPosRankSum=-0.636;SC=AGAATACTGAGGCTCAAAGCG;SOR=1.191;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=79;TCF=22;TCR=57;TR=29;WE=31095259;WS=31095241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,27:0.35:78
chr16	31096164	rs7199949	G	C	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=295;ReadPosRankSum=-0.975;SC=TGGTGGTCAGGATAGGGCAGG;SOR=0.741;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=32;WE=31096172;WS=31096154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,41:0.30:135
chr16	31097574	rs4889535	G	C	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=8;PP=573;SC=CTGATTGCAGGTCTTTCCCCC;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=31097582;WS=31097564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	31122229	rs1549296	C	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=21;PP=657;SC=TTCTTTGTCACAGGGGCTGCC;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=31122237;WS=31122219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	31131473	.	C	CGTAA	1973.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=2.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.368;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.109;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,57:0.27:215
chr16	31131614	rs4527034	A	G	7237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=133;NR=112;PP=2965;SC=GCGTGGGTGCAGGGAGTTGGC;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=245;TCF=133;TCR=112;TR=245;WE=31131622;WS=31131604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr16	31138445	rs72785553	G	A	11581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=202;NR=201;PP=2965;SC=CAGGTCCCCCGTCTCCCCTTG;SOR=0.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=404;TCF=202;TCR=202;TR=403;WE=31138453;WS=31138435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr16	31139411	.	A	G	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=1.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=1.558;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,88:0.28:320
chr16	31141826	rs1549295	A	G	6426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=120;NR=99;PP=2965;SC=CGGAGAAGCCACTGTCTGACC;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=120;TCR=99;TR=219;WE=31141834;WS=31141816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr16	31141880	rs1549294	A	G	6762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=111;NR=100;PP=2965;SC=GGGTGCTGCTAGAGATCCTGC;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=111;TCR=100;TR=211;WE=31141888;WS=31141870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr16	31142271	rs17855606	A	G	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=40;PP=1147;SC=GTGTCAGTATATGGACTGGTA;SOR=1.238;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=63;WE=31142279;WS=31142261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	31142381	rs2855479	A	G	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=43;NR=7;PP=1398;SC=GGGCTTCCCTACCCCTCCCCA;SOR=3.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=50;WE=31142389;WS=31142371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	31143993	rs45619735	C	T	8961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=133;NR=154;PP=2965;SC=CACCCAGCGTCCCACCTCACC;SOR=0.994;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=133;TCR=154;TR=287;WE=31144001;WS=31143983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr16	31151521	rs8047469	A	G	561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.05;ReadPosRankSum=-2.231;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
chr16	31152697	rs150305650	T	TAAAC	1122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=752;ReadPosRankSum=1.348;SC=TAATTTTTTTTAAACAAACAA;SOR=0.653;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=15;WE=31152705;WS=31152687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr16	31152717	rs889547	T	C	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.19;SOR=1.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	31153105	rs1549300	A	G	9353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=150;NR=173;PP=2965;SC=CAGGGCCCCAATCCCAGGCTA;SOR=0.899;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=324;TCF=150;TCR=174;TR=323;WE=31153113;WS=31153095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr16	31153780	rs889546	G	A	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=6;PP=469;SC=CGCGTTCCGCGGGCCCCGCCC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=31153788;WS=31153770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	31154146	rs1549299	G	A	4954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=25.15;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr16	31191482	rs929867	A	G	8706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.745;SC=AGGCGTCGGTACTCAGCGGTG;SOR=0.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=293;TCF=167;TCR=126;TR=291;WE=31191490;WS=31191472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,322:1.00:323
chr16	31195279	rs1052352	C	T	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.359;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=735;ReadPosRankSum=1.424;SC=AGTCCTCCTACCCTGGCTATG;SOR=0.546;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=209;TCF=89;TCR=120;TR=70;WE=31195287;WS=31195269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,85:0.36:233
chr16	31196224	.	G	GT	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.58;ReadPosRankSum=2.128;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,21:0.18:116
chr16	31230463	rs7186832	C	T	2395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=23;PP=1312;SC=CATGCATGCGCAAGGAGAAGA;SOR=1.312;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=53;TCR=23;TR=76;WE=31230471;WS=31230453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	31271545	rs11865830	G	A	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.18;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	31273129	rs3764327	T	C	6447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=3.456;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.21;ReadPosRankSum=-0.593;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,245:1.00:246
chr16	31276811	rs1143679	G	A	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=38;PP=677;ReadPosRankSum=0.282;SC=GAGCCCATCCGCCTGCAGGGT;SOR=0.714;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=194;TCF=76;TCR=118;TR=61;WE=31276819;WS=31276801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,69:0.34:202
chr16	31283164	rs35314490	G	A	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=329;ReadPosRankSum=-0.140;SC=CGCCCCCTCCGCAGTTCTCTT;SOR=0.761;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=104;TCF=68;TCR=36;TR=32;WE=31283172;WS=31283154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,42:0.35:120
chr16	31283323	rs35472514	C	G	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=368;ReadPosRankSum=0.766;SC=TGTAAGCTTCCCCTTTTCCCT;SOR=0.754;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=108;TCF=47;TCR=61;TR=33;WE=31283331;WS=31283313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,35:0.31:114
chr16	31284618	rs201225943	T	TA	395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.394;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.278;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,45:0.33:137
chr16	31288121	rs9939679	A	C	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=6.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=-2.226;SOR=0.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr16	31289396	rs1143680	T	C	5114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.728;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=115;PP=2700;ReadPosRankSum=-0.054;SC=AACACTGGCATGTGGGAGTCC;SOR=0.670;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=366;TCF=189;TCR=177;TR=229;WE=31289404;WS=31289386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,241:0.61:392
chr16	31335906	rs41476751	T	C	14514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=923;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=287;NR=327;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.150;SC=CCCCTGGGTCTTCCAAGCATG;SOR=0.790;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=890;TCF=424;TCR=466;TR=614;WE=31335914;WS=31335896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,637:0.69:919
chr16	31336888	rs1143683	C	T	18283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=350;NR=423;PP=2962;ReadPosRankSum=0.162;SC=GTGTCTGGGGCCTTGAAGAGC;SOR=0.679;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1070;TCF=481;TCR=589;TR=773;WE=31336896;WS=31336878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,795:0.72:1097
chr16	31338114	rs186766591	C	T	12042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=779;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=302;NR=213;PP=2962;ReadPosRankSum=0.122;SC=AATCAGATGACGGGCATTTGG;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=733;TCF=428;TCR=305;TR=515;WE=31338122;WS=31338104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,551:0.71:778
chr16	31340368	rs55742763	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.645;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr16	31342608	rs7188189	T	C	3290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=106;PP=2699;SC=TGCTCCCCGCTGCTCCCCCAC;SOR=3.929;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=37;TCR=106;TR=143;WE=31342616;WS=31342598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	31342788	rs111881239	C	CTTG	509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=4.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.74;ReadPosRankSum=0.492;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr16	31343005	rs1143678	C	T	15428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=969;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.97;ReadPosRankSum=-0.970;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,724:0.75:966
chr16	31343181	rs142861575	C	CGTGTGTGCGA	1333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.554;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=2970;ReadPosRankSum=6.028;SC=TGTGTATGTGCGTGTGTGCAA;SOR=0.165;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=70;TCF=1;TCR=69;TR=19;WE=31343189;WS=31343171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,35:0.42:83
chr16	31366696	.	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.53;ReadPosRankSum=-1.044;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,37:0.13:277
chr16	31367318	rs2230424	T	C	2603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=675;ExcessHet=3.0103;FS=1.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.683;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:494,179:0.27:673
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chr16	31371193	rs4264407	C	G	19521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=309;NR=370;PP=2965;SC=GTGGGTGCTTCGATCCTGGTG;SOR=0.907;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=679;TCF=309;TCR=370;TR=679;WE=31371201;WS=31371183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,698:1.00:698
chr16	31371674	rs2230428	G	A	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.855;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,64:0.24:271
chr16	31380596	rs12930249	C	T	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.19;QD=24.04;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	31384422	rs148124533	AAAG	A	1210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=1.163;QD=25.22;ReadPosRankSum=-0.687;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr16	31384648	rs12448775	C	T	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.118;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,72:0.30:243
chr16	31392047	rs11574646	C	T	2925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=82;PP=1929;ReadPosRankSum=0.459;SC=GGGAGGAGGGCGAAGGCCTCT;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=55;TCR=99;TR=127;WE=31392055;WS=31392037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,126:0.82:153
chr16	31393308	rs2929	G	A	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=42;PP=1057;ReadPosRankSum=-0.862;SC=CTGACGGGGAGGAACCACTGC;SOR=1.418;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=54;WE=31393316;WS=31393298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,57:0.81:70
chr16	31405451	.	CA	C	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=16.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.363;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.264;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr16	31405736	rs62051538	C	G	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.122;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=740;ReadPosRankSum=-0.425;SC=TGGGTTACCCCAGGGAGGTGT;SOR=1.421;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=38;WE=31405744;WS=31405726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,46:0.61:75
chr16	31415004	rs56304025	C	T	6136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-6.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.098;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.448;SC=ATGTGACTGCCACCCCCACTT;SOR=0.349;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=332;TCF=107;TCR=225;TR=255;WE=31415012;WS=31414994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,268:0.79:341
chr16	31422429	rs12444660	T	C	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=24;PP=1598;SC=CCCTCTGCTCTGTGGATGTGG;SOR=1.493;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=74;WE=31422437;WS=31422419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	31424727	rs78656641	T	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.513;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=201;ReadPosRankSum=1.097;SC=TCCTCACACCTGGGCCTGTGG;SOR=0.250;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=14;WE=31424735;WS=31424717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr16	31426065	rs62051540	G	A	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=22;PP=1132;ReadPosRankSum=-0.618;SC=AGGAGAACCTGGCTCCACGGC;SOR=0.560;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=60;WE=31426073;WS=31426055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,63:0.77:82
chr16	31427678	rs8056122	C	T	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=15;PP=1304;SC=GATGCTTGTGCTGCTCTCTGG;SOR=1.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=57;WE=31427686;WS=31427668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	31439239	.	G	GCCC	937.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.62;SOR=6.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	31439243	.	G	GCGCCCCGCGCGC	862.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.93;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	31439244	.	A	AC	772.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=110.39;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	31439256	.	CA	C	367	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=79;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=7;PP=367;QD=57.1428571429;SC=CCCCCCCCCGCAGCACCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=31439277;WS=31439249;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr16	31439266	.	CCCCG	C	386	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=8;HapScore=4;MGOF=79;MMLQ=23;MQ=56.43;NF=1;NR=7;PP=386;QD=50.0;SC=CAGCACCCCCCCCCGCCCCCG;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=8;WE=31439277;WS=31439249;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr16	31470540	rs3813002	T	C	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=316;ReadPosRankSum=0.502;SC=TCGGAGGCCCTGGCCCACCTG;SOR=0.567;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=20;WE=31470548;WS=31470534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr16	31475613	.	TAA	T	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr16	31476458	rs11150624	C	T	3137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=84;PP=1920;ReadPosRankSum=0.388;SC=TGCAGCCCCGCGCCCAGGATC;SOR=0.497;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=412;TCF=161;TCR=251;TR=150;WE=31476466;WS=31476448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,162:0.37:436
chr16	31483622	rs11646911	C	T	6529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1265;ExcessHet=3.0103;FS=0.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=-1.524;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:810,412:0.34:1222
chr16	31485605	rs117552655	A	T	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.858;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=55;PP=1747;ReadPosRankSum=0.389;SC=AGTCCTGGATATCTGAGTCAC;SOR=0.999;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=366;TCF=205;TCR=161;TR=133;WE=31485613;WS=31485595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,138:0.35:398
chr16	31488916	rs10596	C	G	2809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=101;PP=1814;ReadPosRankSum=0.442;SC=TCGGCTCGCCCTCTCCCCCGG;SOR=0.868;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=404;TCF=115;TCR=289;TR=139;WE=31488924;WS=31488906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,148:0.34:433
chr16	31503751	rs4536493	A	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.702;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,20:0.22:89
chr16	31519048	rs11861164	A	G	4893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=62;PP=2965;SC=GCAGGGCTGAAAGCAGCAATA;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=99;TCR=62;TR=161;WE=31519056;WS=31519038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr16	31539430	rs4296276	G	A	2292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.76;ReadPosRankSum=-1.936;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,110:0.56:195
chr16	31539934	rs17677	G	T	2929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.355;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=83;PP=2015;ReadPosRankSum=-1.577;SC=TGAACACTCTGGCCAACCCTT;SOR=0.885;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=212;TCF=83;TCR=129;TR=130;WE=31539942;WS=31539924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,133:0.58:228
chr16	31575186	rs7192364	C	T	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.97;MQRankSum=-0.811;NF=42;NR=23;PP=938;ReadPosRankSum=-0.598;SC=CCTTTCCTGCCCAAACTCAGT;SOR=0.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=68;TCR=36;TR=65;WE=31575194;WS=31575176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,67:0.59:113
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chr16	31724836	rs2884713	T	C	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.347;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=47;PP=1147;ReadPosRankSum=-0.645;SC=GAGGTTAGCTTCGGGGTCTGG;SOR=1.079;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=123;TCF=48;TCR=75;TR=74;WE=31724844;WS=31724826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,82:0.60:136
chr16	31734197	rs34186495	G	GA	957.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.805;HP=9;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.825;NF=0;NR=46;PP=717;ReadPosRankSum=2.207;SC=CTGTTTCCAGGAAAAAAAAAT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=79;TCF=0;TCR=79;TR=46;WE=31734205;WS=31734187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,55:0.63:87
chr16	31766044	rs144456453	T	C	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-5.780;NF=65;NR=48;PP=1206;ReadPosRankSum=1.358;SC=GATGTAATAATGGTGAGAAAA;SOR=0.817;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=282;TCF=159;TCR=123;TR=113;WE=31766052;WS=31766034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,118:0.39:302
chr16	31770696	rs34487972	G	GA	2875.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.249;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=45;PP=1491;ReadPosRankSum=-0.219;SC=ATCCTATGGTGAAAAAAATCA;SOR=0.870;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=128;TCF=37;TCR=91;TR=61;WE=31770704;WS=31770686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,145:0.61:239
chr16	31770723	rs12921028	T	A	3483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.843;NF=63;NR=57;PP=1667;ReadPosRankSum=-0.737;SC=TAATCTCTGCTTGAGAAAAAG;SOR=0.680;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=121;TCR=109;TR=120;WE=31770731;WS=31770713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,166:0.59:282
chr16	31926619	rs3850114	G	A	6360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
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chr16	32486756	rs28495417	A	G	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=-2.778;QD=6.60;ReadPosRankSum=-1.054;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr16	32859232	rs201550999	C	T	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQRankSum=0.076;QD=3.25;ReadPosRankSum=1.343;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:379,111:0.23:490
chr16	32889182	.	C	T	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.679;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.623;NF=6;NR=31;PP=623;ReadPosRankSum=-1.734;SC=AAAGGGACAGCGTGGGGACAG;SOR=0.579;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=14;TCR=72;TR=37;WE=32889190;WS=32889172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,36:0.44:82
chr16	32890764	.	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.79;MQRankSum=1.304;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.870;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr16	32891522	rs138173595	G	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.87;MQRankSum=-3.250;QD=10.13;ReadPosRankSum=-1.148;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr16	32891573	rs147501614	C	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.50;MQRankSum=-2.260;QD=5.08;ReadPosRankSum=-2.128;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr16	32893876	rs375167306	T	C	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=8.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.98;MQRankSum=-2.258;QD=5.41;ReadPosRankSum=1.058;SOR=0.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,101:0.35:289
chr16	32893880	rs149083075	G	A	4340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=7.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.33;MQRankSum=2.518;QD=13.96;ReadPosRankSum=-1.655;SOR=1.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,202:0.65:311
chr16	32896488	rs372917285	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.80;MQRankSum=-2.142;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.065;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr16	32896606	rs139370574	GC	AT	2436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.267;NF=66;NR=65;PP=2944;ReadPosRankSum=0.467;SC=CGTTGCCCAGGCCCACGGCGA;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=409;TCF=206;TCR=203;TR=131;WE=32896615;WS=32896596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,75:0.27:277
chr16	32896672	.	G	C	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=1.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.60;MQRankSum=-7.323;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.354;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,41:0.25:161
chr16	32896688	.	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.32;MQRankSum=-5.987;QD=3.78;ReadPosRankSum=1.899;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,31:0.27:113
chr16	32936832	.	A	G	2129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=7.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.11;MQRankSum=-1.095;QD=33.81;ReadPosRankSum=-3.133;SOR=2.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,51:0.81:63
chr16	32936837	.	G	T	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=7.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.29;MQRankSum=-0.401;QD=30.86;ReadPosRankSum=-2.296;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,68:0.85:80
chr16	32945457	rs28593326	G	A	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.919;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.181;NF=12;NR=36;PP=761;ReadPosRankSum=-1.907;SC=TGTCGCCCAGGCTGGAGTGCA;SOR=0.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=24;TCR=73;TR=48;WE=32945465;WS=32945447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr16	32945481	rs28463965	G	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.847;NF=9;NR=28;PP=585;ReadPosRankSum=0.562;SC=GCGCAATCACGGCTCATTGCA;SOR=0.527;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=78;TCF=16;TCR=62;TR=37;WE=32945489;WS=32945471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr16	32956889	.	A	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQRankSum=-5.209;QD=4.35;ReadPosRankSum=-2.971;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr16	32957041	rs62046846	C	T	3292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=1.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.92;MQRankSum=-11.208;QD=15.32;ReadPosRankSum=-0.351;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,90:0.42:215
chr16	32957043	rs62046847	T	C	3292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=1.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.93;MQRankSum=-11.295;QD=15.46;ReadPosRankSum=-0.203;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,89:0.42:213
chr16	33372666	rs4985326	C	T	6407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FS=2.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQRankSum=-19.918;QD=12.97;ReadPosRankSum=-0.200;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:323,171:0.35:494
chr16	33372673	rs4985325	T	C	6925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FS=1.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQRankSum=-19.553;QD=12.78;ReadPosRankSum=-0.443;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:352,190:0.35:542
chr16	33372677	rs4985324	C	T	6998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FS=1.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQRankSum=-19.800;QD=12.48;ReadPosRankSum=-0.448;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:363,198:0.35:561
chr16	33372694	rs4985323	T	C	4256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=657;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-19.785;NF=120;NR=108;PP=2951;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TTCTCTGAGATTTCTGCCCAG;SOR=0.565;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=635;TCF=352;TCR=283;TR=228;WE=33372702;WS=33372684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:420,235:0.36:655
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chr16	33380263	rs57312786	C	G	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.313;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=737;ReadPosRankSum=-0.677;SC=GAACCATCAGCTTTGGGGTTG;SOR=1.153;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=68;TCF=18;TCR=50;TR=39;WE=33380271;WS=33380253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,43:0.60:72
chr16	33390329	rs12232434	G	C	2393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.130;NF=77;NR=34;PP=1555;ReadPosRankSum=-0.039;SC=TTAGAAACAGGTTCACAATTG;SOR=0.711;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=277;TCF=186;TCR=91;TR=111;WE=33390337;WS=33390319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,120:0.41:296
chr16	33390399	rs4086208	C	T	4048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQRankSum=-15.584;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:359,228:0.39:587
chr16	33391213	rs4082382	C	T	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=3.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQRankSum=-0.696;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.464;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,24:0.30:81
chr16	33391222	rs4082381	G	A	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQRankSum=-1.618;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,32:0.31:102
chr16	33391256	rs7193840	A	G	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.369;NF=34;NR=19;PP=557;ReadPosRankSum=0.863;SC=TGGTATGTGCAGGGCACCTTC;SOR=0.634;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=155;TCF=97;TCR=58;TR=53;WE=33391264;WS=33391246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,48:0.34:142
chr16	33391348	rs7188099	G	A	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-2.218;NF=50;NR=46;PP=1032;ReadPosRankSum=0.397;SC=ACGCCCAGCCGGGATGAGGCC;SOR=0.642;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=252;TCF=128;TCR=124;TR=96;WE=33391356;WS=33391338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,91:0.37:243
chr16	33391395	rs7188064	G	A	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.872;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.344;NF=39;NR=43;PP=1003;ReadPosRankSum=1.934;SC=CATCCAGCTGGGCTTTGTTGA;SOR=0.887;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=247;TCF=126;TCR=121;TR=82;WE=33391403;WS=33391385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,88:0.33:266
chr16	33391415	rs357994	A	C	4023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=-3.810;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,177:0.65:271
chr16	33392008	rs56739713	A	G	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=1.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.09;MQRankSum=2.123;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.149;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,65:0.25:255
chr16	33392165	rs11150710	C	G	3826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.497;NF=105;NR=109;PP=2434;ReadPosRankSum=3.544;SC=GTGGTATGGCCGTAGACCCAG;SOR=0.583;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=614;TCF=286;TCR=328;TR=214;WE=33392173;WS=33392155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:413,225:0.35:638
chr16	33392215	rs11150709	G	A	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.327;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.063;NF=53;NR=76;PP=1760;ReadPosRankSum=-0.505;SC=AATACTTGGGGGGCTGGGTAC;SOR=0.617;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=330;TCF=132;TCR=198;TR=129;WE=33392223;WS=33392205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,136:0.39:346
chr16	33392231	rs11150708	C	T	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.653;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.777;NF=30;NR=59;PP=1301;ReadPosRankSum=0.086;SC=GGTACAGTGGCTTTCATGCCT;SOR=0.819;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=241;TCF=85;TCR=156;TR=89;WE=33392239;WS=33392221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,94:0.37:253
chr16	33395795	rs373875949	TA	T	1386.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQRankSum=-0.838;QD=16.71;ReadPosRankSum=1.142;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,36:0.43:83
chr16	33395797	.	A	AAATAATAATAATAATAAT	530.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=6.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=0.723;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.621;SOR=1.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,16:0.20:82
chr16	33395802	rs368088965	AT	A	1542.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-0.902;QD=15.27;ReadPosRankSum=-0.143;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,42:0.42:101
chr16	33395820	rs113700056	A	ACAG	1813.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=4.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-1.864;QD=14.06;ReadPosRankSum=0.844;SOR=1.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,47:0.36:129
chr16	33395882	rs4887691	A	G	2086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-11.394;NF=68;NR=43;PP=1358;ReadPosRankSum=1.302;SC=TGTATTCCCTAAATGCATTTC;SOR=0.810;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=363;TCF=217;TCR=146;TR=111;WE=33395890;WS=33395872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,121:0.32:382
chr16	33395983	rs28650990	T	C	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=4.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQRankSum=-7.105;QD=5.33;ReadPosRankSum=2.441;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,99:0.31:324
chr16	33408626	rs8059234	T	C	2702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=763;ExcessHet=3.0103;FS=2.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-15.444;QD=3.56;ReadPosRankSum=0.407;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:566,193:0.25:759
chr16	33408654	rs60406485	C	A	4378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=753;ExcessHet=3.0103;FS=3.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-13.090;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.262;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:592,160:0.21:752
chr16	33408673	rs28415216	G	A	4063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=732;ExcessHet=3.0103;FS=1.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQRankSum=-13.187;QD=5.56;ReadPosRankSum=-1.429;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:580,151:0.21:731
chr16	33408733	rs8058447	GC	AT	2863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FS=0.666;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQRankSum=-11.872;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.449;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:376,98:0.21:474
chr16	33408793	rs58465568	G	A	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=5.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-4.671;QD=3.88;ReadPosRankSum=1.815;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,54:0.25:218
chr16	33410561	rs2632816	T	C	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.240;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.584;NF=43;NR=17;PP=890;ReadPosRankSum=-2.508;SC=CCACCTGCCTTGGCCTCCCAA;SOR=1.534;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=140;TCF=95;TCR=45;TR=60;WE=33410569;WS=33410551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,44:0.34:129
chr16	33410688	rs56055507	C	T	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=762;ExcessHet=3.0103;FS=11.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.89;MQRankSum=-7.502;QD=1.62;ReadPosRankSum=-3.376;SOR=1.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:638,124:0.16:762
chr16	33410777	rs74905055	G	T	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=844;ExcessHet=3.0103;FS=2.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQRankSum=-20.005;QD=0.76;ReadPosRankSum=6.621;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:714,129:0.15:843
chr16	33424634	rs60026982	T	C	2883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=7.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-2.843;QD=27.21;ReadPosRankSum=0.392;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,72:0.68:106
chr16	33424637	rs62033013	AA	GG	2925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=5.901;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQRankSum=-2.939;QD=26.60;ReadPosRankSum=0.951;SOR=1.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,73:0.66:110
chr16	33424691	rs2632824	T	C	4203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.281;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.177;NF=112;NR=51;PP=2436;ReadPosRankSum=-0.912;SC=GGCCAGACTTTGTAGTTTGTA;SOR=0.887;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=251;TCF=166;TCR=85;TR=163;WE=33424699;WS=33424681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,181:0.67:271
chr16	33424787	rs2632823	C	T	13620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=925;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.437;NF=333;NR=254;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.691;SC=CGTGGGAATGCAGAAAACGTA;SOR=0.677;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=881;TCF=499;TCR=382;TR=587;WE=33424795;WS=33424777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,621:0.67:923
chr16	33424917	rs1906318	A	C	15697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-17.294;NF=338;NR=366;PP=2962;ReadPosRankSum=1.733;SC=TCAGCCAGCAACTTGTGCCTC;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1129;TCF=542;TCR=587;TR=704;WE=33424925;WS=33424907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:435,697:0.62:1132
chr16	33424950	rs2927971	C	T	12381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=924;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-17.398;NF=269;NR=307;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.008;SC=GCTGCACGGCCTCAGGTCAAG;SOR=0.794;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=941;TCF=450;TCR=491;TR=576;WE=33424958;WS=33424940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:366,557:0.60:923
chr16	33500743	rs3888934	T	C	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.997;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.933;NF=22;NR=4;PP=316;ReadPosRankSum=0.719;SC=CACAGAGCCTTAGGCACCAAA;SOR=0.072;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=91;TCF=83;TCR=8;TR=26;WE=33500751;WS=33500740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,28:0.31:91
chr16	33500893	rs4079166	C	T	6997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=891;ExcessHet=3.0103;FS=0.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-19.804;QD=7.86;ReadPosRankSum=1.621;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:672,218:0.24:890
chr16	33500900	rs4079165	C	T	7418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=896;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQRankSum=-19.632;QD=8.29;ReadPosRankSum=3.020;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:673,222:0.25:895
chr16	33500908	rs3888935	C	A	7841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=899;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQRankSum=-18.604;QD=8.73;ReadPosRankSum=3.187;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:664,234:0.26:898
chr16	33500915	rs4079164	T	A	7985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=891;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQRankSum=-17.906;QD=8.97;ReadPosRankSum=3.451;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:649,241:0.27:890
chr16	33500973	rs58427145	CAG	C	3316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.175;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.059;NF=6;NR=111;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.243;SC=CTGTACATGACAGGGGGGGAA;SOR=0.621;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=359;TCF=25;TCR=334;TR=117;WE=33500983;WS=33500963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:390,196:0.33:586
chr16	33530740	rs200449516	TA	T	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=1.367;QD=3.49;ReadPosRankSum=2.208;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr16	33534128	rs4247491	G	C	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.065;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-15.082;NF=62;NR=45;PP=1137;ReadPosRankSum=1.733;SC=GAACAGGACTGGACTCTGATT;SOR=0.398;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=317;TCF=201;TCR=116;TR=107;WE=33534136;WS=33534118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,67:0.23:288
chr16	33534161	rs4247492	T	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FS=12.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQRankSum=-19.820;QD=1.00;ReadPosRankSum=3.095;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:361,55:0.13:416
chr16	33534194	rs112954068	C	CA	2120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FS=17.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQRankSum=-22.391;QD=4.04;ReadPosRankSum=-4.109;SOR=1.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:443,82:0.16:525
chr16	33534198	rs146867572	C	A	2285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FS=15.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQRankSum=-22.406;QD=4.29;ReadPosRankSum=-4.125;SOR=1.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:449,84:0.16:533
chr16	33534205	rs75274563	T	C	2491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FS=11.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQRankSum=-22.448;QD=4.60;ReadPosRankSum=-3.890;SOR=1.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:455,87:0.16:542
chr16	33534209	rs111304289	T	A	2526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FS=8.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQRankSum=-21.961;QD=4.62;ReadPosRankSum=-4.452;SOR=1.444;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:453,94:0.17:547
chr16	33534212	rs74015084	C	T	2550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FS=7.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQRankSum=-21.835;QD=4.71;ReadPosRankSum=-4.148;SOR=1.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:447,94:0.17:541
chr16	33534254	rs79370116	C	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FS=2.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQRankSum=-15.909;QD=0.50;ReadPosRankSum=5.397;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:385,69:0.15:454
chr16	33534278	rs10445205	A	G	5877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.388;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-8.860;NF=68;NR=128;PP=2815;ReadPosRankSum=-0.761;SC=GATGAAATGCATGTAATTAAG;SOR=0.725;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=338;TCF=123;TCR=215;TR=196;WE=33534286;WS=33534268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,221:0.59:376
chr16	33534325	rs375310866	CT	C	902.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQRankSum=-11.340;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.737;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,34:0.22:154
chr16	33534330	rs28594967	G	A	2380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.814;NF=14;NR=51;PP=1191;ReadPosRankSum=0.188;SC=CACAACTTTTGATCCCAGCAC;SOR=0.664;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=132;TCF=31;TCR=101;TR=65;WE=33534338;WS=33534315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,78:0.52:150
chr16	33534344	rs78083012	G	T	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQRankSum=-9.025;QD=4.13;ReadPosRankSum=1.201;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,19:0.16:122
chr16	33534346	rs375719784	G	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQRankSum=-8.260;QD=2.69;ReadPosRankSum=1.185;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,19:0.16:120
chr16	33534352	rs78884180	G	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQRankSum=-9.617;QD=5.42;ReadPosRankSum=1.338;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,21:0.20:107
chr16	33534354	rs74594913	C	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQRankSum=-9.617;QD=5.45;ReadPosRankSum=1.154;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,21:0.20:107
chr16	33534369	rs74800708	C	CAA	453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQRankSum=-8.585;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.043;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,17:0.19:88
chr16	33539512	rs78972024	C	T	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.375;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-6.236;NF=65;NR=22;PP=1187;ReadPosRankSum=1.064;SC=TAGACAACTGCTAAGTTTTAG;SOR=0.463;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=217;TCF=163;TCR=54;TR=87;WE=33539520;WS=33539502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,59:0.35:168
chr16	33539535	rs55950724	T	C	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.783;HP=7;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-6.271;NF=69;NR=39;PP=1147;ReadPosRankSum=1.312;SC=GAAAATAATATAAAAAATGAG;SOR=0.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=326;TCF=208;TCR=118;TR=108;WE=33539549;WS=33539525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,73:0.30:245
chr16	33539541	rs80334711	A	C	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=3.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.88;MQRankSum=-7.942;QD=3.44;ReadPosRankSum=2.527;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,73:0.26:286
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chr16	33539747	rs56272308	G	T	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=41;PP=862;ReadPosRankSum=-0.639;SC=CCCTCCAAAAGAAATGGTAAA;SOR=0.585;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=14;TCR=85;TR=48;WE=33539755;WS=33539736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,47:0.47:99
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chr16	33630022	rs2075113	A	T	11346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.489;NF=265;PP=2962;ReadPosRankSum=0.817;SC=CGCAGACTCCATGAAGGGCCA;SOR=0.647;SbPval=0.48;Source=Platypus;WE=33630030;WS=33630012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:811,579:0.42:1390
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chr16	33630533	rs2110374	A	C	5766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.472;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=0.853;SC=TCAGGGCAGGAGTCTCTGTGG;SOR=0.529;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=532;TCF=223;TCR=309;TR=282;WE=33630541;WS=33630523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,292:0.53:550
chr16	33647132	.	C	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.457;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.89;MQRankSum=-2.361;QD=12.30;ReadPosRankSum=-0.467;SOR=1.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
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chr16	33784956	rs375599241	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
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chr16	33961390	.	GACCCGCTCCGCTGCGAGCCGGCTCTCC	G	858.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=4.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQRankSum=-5.123;QD=5.40;ReadPosRankSum=1.719;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,31:0.19:159
chr16	33961400	rs113037697	G	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQRankSum=-1.596;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.245;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,15:0.12:126
chr16	33961405	.	G	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=1.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQRankSum=-2.585;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.395;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,15:0.11:132
chr16	33961418	rs113700972	A	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQRankSum=-1.718;QD=0.98;ReadPosRankSum=1.290;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,15:0.10:148
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chr16	33961465	rs74932417	G	A	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=6.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQRankSum=-12.370;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.490;SOR=1.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,38:0.15:248
chr16	33961470	.	ACG	A	994.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.694;ClippingRankSum=0.000;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=8.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQRankSum=-13.106;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=1.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,41:0.15:269
chr16	33961475	.	G	GCA	1141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.207;ClippingRankSum=0.000;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=5.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQRankSum=-13.353;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.537;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,40:0.14:286
chr16	33961481	rs366164	A	C	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=11.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQRankSum=-16.067;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.968;SOR=1.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,63:0.22:292
chr16	33961482	rs78161808	T	C	2260.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=7.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=13.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQRankSum=-16.178;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=1.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,62:0.21:296
chr16	33961483	rs77018326	G	T	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=23.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQRankSum=-14.412;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.341;SOR=2.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,44:0.15:298
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chr16	33965402	.	G	A	1436	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=116;MMLQ=27;MQ=56.04;NF=44;NR=3;PP=1436;QD=31.2930045223;SC=TGTTGGGAGCGCCCTTGCCAA;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=121;TCF=106;TCR=15;TR=47;WE=33965416;WS=33965399;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:74,47:0.39:121
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chr16	33965665	rs74016532	C	T	4726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.941;HP=1;HapScore=1;MGOF=111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-9.189;NF=52;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.839;SC=CGGGGCCCTCCGTCCCCCCAA;SOR=1.020;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=592;TCF=210;TCR=382;TR=180;WE=33965698;WS=33965633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:399,134:0.25:533
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chr16	33965681	.	G	GA	4338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=0.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.926;QD=11.04;ReadPosRankSum=1.163;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,117:0.30:393
chr16	33965684	.	C	T	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=11.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.514;QD=2.27;ReadPosRankSum=-1.939;SOR=0.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:326,42:0.11:368
chr16	33965685	.	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=1.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.536;QD=1.19;ReadPosRankSum=1.290;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,44:0.12:358
chr16	33965687	rs78198861	C	T	2661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.516;NF=34;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.608;SC=TGCAGACCGGCGACGTCCGCC;SOR=0.710;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=407;TCF=119;TCR=288;TR=125;WE=33965698;WS=33965633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,83:0.24:346
chr16	33965688	.	G	C	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=14.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.504;QD=1.83;ReadPosRankSum=-2.012;SOR=0.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,37:0.11:337
chr16	33965690	rs74964080	C	T	3730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.967;QD=11.44;ReadPosRankSum=-0.496;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,103:0.32:326
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chr16	33965708	.	G	A	2711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=6.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.715;QD=12.67;ReadPosRankSum=0.691;SOR=1.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,71:0.33:214
chr16	33965711	rs76711006	G	A	5000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-0.844;QD=24.51;ReadPosRankSum=-1.691;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,118:0.58:204
chr16	33965725	.	T	TC	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=4.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.039;SOR=1.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,18:0.12:155
chr16	33965727	.	C	T	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.027;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,48:0.31:157
chr16	33965729	.	T	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.778;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=-0.875;SOR=1.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,18:0.12:147
chr16	33965731	.	C	T	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.39;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,46:0.32:144
chr16	33965735	.	C	T	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=-0.773;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,43:0.32:135
chr16	33965736	rs74212775	G	A	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=-2.151;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,29:0.21:137
chr16	33965741	rs111610856	C	T	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=9.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=0.497;SOR=0.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,48:0.35:136
chr16	34318731	rs6563853	T	G	8991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=187;PP=2965;SC=CATGCACATGTAGGAATGGGA;SOR=1.404;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=299;TCF=112;TCR=187;TR=299;WE=34318739;WS=34318721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr16	34681938	rs237988	C	T	3534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=63;PP=2225;SC=ATGAGTTCTTCCATGTTTAGA;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=54;TCR=63;TR=117;WE=34681946;WS=34681928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr16	34682019	rs237989	G	A	2933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=37;PP=1663;SC=AGTATGAGTGGTTTCATGGTT;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=97;WE=34682027;WS=34682009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr16	46552134	rs56227132	G	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=492;ReadPosRankSum=0.262;SC=TAGTTCAGTGGTTTTTCTACT;SOR=0.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=28;WE=46552142;WS=46552124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr16	46565019	rs1436436	T	G	4547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr16	46637448	rs34474615	C	T	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.212;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,116:0.44:265
chr16	46637746	rs4967259	T	C	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=40;NR=39;PP=1488;SC=CTACTGCTGATGAAAGGCAGG;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=79;WE=46637754;WS=46637736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	46642456	rs8052092	A	G	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=19;PP=611;SC=CACACAACATAGAGACCTTTT;SOR=2.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=23;WE=46642464;WS=46642446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	46651417	rs34949348	TA	T	640.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=446;SC=ACATGGCAATTAGATGTGAAA;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=46651425;WS=46651407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	46652286	.	T	TA	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=2.199;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,21:0.21:101
chr16	46655210	rs6598679	A	G	11444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=221;NR=188;PP=2965;ReadPosRankSum=1.907;SC=CGCCCAGCCCATGCGCTCCGG;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=413;TCF=223;TCR=190;TR=409;WE=46655218;WS=46655200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,449:1.00:451
chr16	46696284	rs168745	G	A	6059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=98;NR=102;PP=2965;SC=TCAGAGGTTCGTGATTCTCTT;SOR=0.890;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=201;TCF=98;TCR=103;TR=200;WE=46696292;WS=46696274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr16	46705502	rs36310	T	C	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=19;PP=919;SC=TTTAATTCAGTTGCAATTCCT;SOR=1.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=53;WE=46705510;WS=46705492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	46714529	rs700582	A	G	3241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=23;PP=2325;SC=ACACTTTTATACATTCTACAA;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=81;TCR=24;TR=103;WE=46714537;WS=46714519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr16	46715191	rs700581	G	A	2330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=53;NR=28;PP=1362;SC=TTGTTAAGAAGTTACCCTTAA;SOR=1.218;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=53;TCR=28;TR=81;WE=46715199;WS=46715181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr16	46743675	rs4141491	G	A	5580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=121;PP=2965;SC=CTGAGTCAGTGGAACAGATTA;SOR=1.417;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=68;TCR=121;TR=189;WE=46743683;WS=46743665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr16	46755213	rs194055	C	G	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=54;PP=1466;SC=ACATGAATGGCTCAGGGCAGC;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=17;TCR=54;TR=71;WE=46755221;WS=46755203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	46764482	rs36460	A	C	3571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.27;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr16	46773752	rs28185	G	T	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=105;SC=CAACCCCGAGGTGTTCAAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=46773760;WS=46773751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	47347780	rs2058769	G	A	4848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=58;NR=107;PP=2824;SC=ACAAAATAAAGTGTTCTTGTA;SOR=1.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=58;TCR=107;TR=165;WE=47347788;WS=47347770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr16	47399670	rs76973321	CT	C	517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.749;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,46:0.67:69
chr16	47462851	rs17811434	A	G	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=1.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	47630539	rs12445959	T	C	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.884;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=34;PP=578;ReadPosRankSum=-1.293;SC=ATTTGGGTGGTGTTTCATGGT;SOR=0.334;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=87;TCF=16;TCR=71;TR=44;WE=47630547;WS=47630529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,44:0.49:89
chr16	47684686	rs150516784	TATTA	T	3900.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=48;PP=2973;SC=AGTATTAGATTATTAATTTAC;SOR=1.338;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=63;WE=47684697;WS=47684676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	48164777	rs12149826	T	C	2841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=70;PP=1782;ReadPosRankSum=-0.729;SC=AAAACTTCATTACATTAAACA;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=281;TCF=120;TCR=161;TR=122;WE=48164785;WS=48164767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,136:0.45:305
chr16	48204986	.	TT	GG	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=41.494;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=1.536;SOR=5.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,21:0.17:122
chr16	48226479	rs12443685	C	T	2752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.498;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=53;PP=1806;ReadPosRankSum=-0.405;SC=TCCTCGTGACCTTGGTGAAAA;SOR=0.837;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=286;TCF=168;TCR=118;TR=131;WE=48226487;WS=48226469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,138:0.46:301
chr16	48333493	.	TA	T	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=1.400;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr16	48390512	rs8053839	G	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=4.075;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr16	49314837	rs61735589	T	G	2230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=33;PP=1467;ReadPosRankSum=-0.397;SC=GGCTGACCTGTATGGTTTGTC;SOR=0.821;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=164;TCF=103;TCR=61;TR=95;WE=49314845;WS=49314827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,101:0.56:180
chr16	49412531	rs27813	A	G	2466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=54;PP=1408;ReadPosRankSum=0.177;SC=GGCCCCGGCCACCAGAATCCT;SOR=0.635;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=210;TCF=105;TCR=105;TR=110;WE=49412539;WS=49412521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,122:0.52:233
chr16	49412608	rs27783	G	A	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.16;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,46:0.63:73
chr16	49412649	rs55863039	T	C	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=265;ReadPosRankSum=0.692;SC=GAAGCCCACATGGAGGCTCAG;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=21;WE=49412657;WS=49412639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr16	49412679	rs56152748	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=0.198;SC=CTCCTGGGGTCGCTCTTGGCA;SOR=0.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=11;WE=49412687;WS=49412669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr16	49432926	rs4785287	C	A	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=584;ReadPosRankSum=2.464;SC=CTGGGAGAGACAGCCCCTTGC;SOR=0.930;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=69;TCR=28;TR=40;WE=49432934;WS=49432916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,41:0.40:102
chr16	49557441	rs2287313	A	C	4031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=36;PP=2720;SC=CCAGCATAAGACTCCACCAGC;SOR=1.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=97;TCR=36;TR=133;WE=49557449;WS=49557431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	49557482	rs2287314	C	T	7088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=164;NR=95;PP=2965;SC=TCGGTGCTGACGGGGGAACCG;SOR=1.225;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=164;TCR=95;TR=259;WE=49557490;WS=49557472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr16	49660026	rs16947716	A	G	1915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.004;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=21;PP=1360;ReadPosRankSum=0.229;SC=TGGAACCGCAAATTTAAAACC;SOR=0.895;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=176;TCF=126;TCR=50;TR=81;WE=49660034;WS=49660016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,85:0.46:184
chr16	49672520	rs3803665	A	G	3554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=72;PP=2174;ReadPosRankSum=1.409;SC=TGTGCCGGTCACGGCTCCTCT;SOR=0.683;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=344;TCF=194;TCR=150;TR=165;WE=49672528;WS=49672510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,179:0.47:378
chr16	49856691	rs8060387	G	C	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=665;ReadPosRankSum=-1.759;SC=AGGCTAGTAAGCATGTGCAAT;SOR=0.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=44;WE=49856699;WS=49856681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,49:0.51:97
chr16	50059279	rs9934704	C	A	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=20;NR=14;PP=525;SC=GGCCCGTCCCCCGTCTCCCCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=50059287;WS=50059269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	50059314	rs9924833	A	G	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=14;PP=608;SC=GCTCCGGAGGAGCCGGCGTCG;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=31;WE=50059322;WS=50059304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr16	50069312	rs2041918	C	G	5898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=103;NR=95;PP=2965;SC=AAAATTCTGTCTTTTCATTTT;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=198;TCF=103;TCR=95;TR=198;WE=50069320;WS=50069302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr16	50100253	rs4389139	T	A	17970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,691:1.00:691
chr16	50102618	rs60730387	G	GAAAT	8746.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=37;PP=2918;SC=GCTAAAAATAGAAATGTGAGA;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=126;TCF=78;TCR=48;TR=104;WE=50102626;WS=50102608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr16	50106594	rs2287197	T	C	4342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr16	50109478	rs12931497	G	A	5751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr16	50112971	rs66756058	GT	G	364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=251;ReadPosRankSum=-0.749;SC=TAATACAGCTGTTTTTTTTTT;SOR=1.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=15;WE=50112979;WS=50112961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr16	50117828	rs5816672	CT	C	1914.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=2.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.378;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.232;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,158:0.77:205
chr16	50118245	rs877639	G	A	3494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=66;PP=2037;SC=GCATGGGAAAGGCTTAAGCAA;SOR=1.288;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=49;TCR=66;TR=114;WE=50118253;WS=50118235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr16	50120122	rs2287196	C	T	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=3;PP=358;SC=CACTTCCTTTCCAGAATGAAC;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=50120130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	50128872	rs10852606	T	C	170.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=92;SC=AATATCTTTCTGCTCCCTACC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=50128880;WS=50128862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	50187957	.	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DP=1082;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.08;ReadPosRankSum=1.588;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:950,128:0.12:1078
chr16	50250233	rs11859225	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=136;ReadPosRankSum=0.242;SC=TAATGTCACCGTGCTTGCACA;SOR=0.124;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=10;WE=50250241;WS=50250223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr16	50251590	rs3887556	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.663;QD=7.89;ReadPosRankSum=-1.708;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,33:0.43:77
chr16	50251671	rs10530119	G	GTCTCTCTCTCTCTCTCTC,GTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTC	468.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.19;QD=42.61;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,7,4:0.64,0.36:11
chr16	50259156	rs151171253	T	TGTC	3827.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=1821;ReadPosRankSum=1.843;SC=TCAGGTCCAGTGTCGTCCTCT;SOR=0.631;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=105;TCF=18;TCR=87;TR=39;WE=50259164;WS=50259146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,100:0.48:208
chr16	50261735	rs4624170	C	T	9256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=192;NR=135;PP=2965;SC=TTATAACTCACGTGACTTGTG;SOR=0.972;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=331;TCF=195;TCR=136;TR=327;WE=50261743;WS=50261725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr16	50323211	rs13332825	T	C	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.49;ReadPosRankSum=2.037;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,73:0.50:145
chr16	50326661	rs8051594	A	G	17823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=319;NR=339;PP=2965;SC=TGCAGGATGCATCCCGGGACC;SOR=0.777;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=659;TCF=320;TCR=339;TR=658;WE=50326669;WS=50326651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,690:1.00:690
chr16	50327439	rs2302712	A	G	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.669;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=47;PP=1032;ReadPosRankSum=-0.346;SC=TGTGATTAGCATATCCCGGGG;SOR=0.573;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=196;TCF=88;TCR=108;TR=88;WE=50327447;WS=50327429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,101:0.47:217
chr16	50327456	rs2302713	C	T	5828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.11;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr16	50327456	.	CCCACCG	TCCACCA,TCCACCG	970	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=24,58;NR=39,91;PP=857,970;QD=14.4518710296;SC=GGGGACTGGGCCCACCGTTCC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=150;TCF=59;TCR=91;TR=63,149;WE=50327470;WS=50327446;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.42:150
chr16	50327462	rs2302714	G	A	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.410;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,73:0.49:149
chr16	50328421	rs2302716	T	C	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=11;PP=940;SC=CTATGGAGGCTGAGGAAGGAC;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=50328429;WS=50328411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	50328483	rs8061123	G	C	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=1115;ReadPosRankSum=-1.839;SC=AGACAGTCCTGCGTGCTCCTG;SOR=0.362;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=133;TCF=76;TCR=57;TR=66;WE=50328491;WS=50328473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr16	50334840	rs3833062	AG	A	2521.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.712;NF=8;NR=55;ReadPosRankSum=0.201;SC=CTGTGGATGGAGGGTTCTGCG;SOR=0.722;SbPval=0.66;Source=Platypus;TCF=20;TR=63;WE=50334848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,88:0.50:177
chr16	50335150	rs35262781	TG	T	1595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.811;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=33;PP=736;ReadPosRankSum=0.906;SC=AGGCCGCAGCTGGGGGGGACC;SOR=0.487;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=113;TCF=11;TCR=102;TR=38;WE=50335158;WS=50335140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,69:0.42:166
chr16	50338723	rs9924714	C	T	2456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.980;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=42;PP=1336;ReadPosRankSum=1.582;SC=TGGACGACCCCGACACCTTGT;SOR=0.789;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=242;TCF=148;TCR=94;TR=111;WE=50338731;WS=50338713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,117:0.46:257
chr16	50339289	rs12444679	C	T	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.991;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=36;PP=1559;ReadPosRankSum=-2.205;SC=CTCAGTGGGACCCACCCATTC;SOR=0.512;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=246;TCF=169;TCR=77;TR=108;WE=50339297;WS=50339279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,112:0.44:253
chr16	50342847	rs2302681	C	G	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=55;PP=1616;SC=CCCCTTTGTACACTCAGGGCT;SOR=1.440;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=88;WE=50342855;WS=50342837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr16	50345710	.	GCCC	G	416.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=19.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.36;ReadPosRankSum=2.933;SOR=2.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr16	50345778	rs2302679	T	C	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=42;PP=1020;SC=TGGGGTGGGGTGGGCTCAGGT;SOR=1.302;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=60;WE=50345786;WS=50345768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	50346114	rs67323835	AGGGGCT	A	4281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.486;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.934;NF=11;NR=94;PP=2970;ReadPosRankSum=1.951;SC=TGTGCTGAGAAGGGGCTGGGG;SOR=0.918;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=229;TCF=17;TCR=212;TR=105;WE=50346133;WS=50346103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,162:0.52:311
chr16	50346748	rs3214383	T	TCC	2039.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=3;PP=2165;SC=TTGCCACTCTTCCTGTCCCCT;SOR=3.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=46;TCR=3;TR=46;WE=50346756;WS=50346738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	50348409	rs9926131	A	T	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.801;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=28;PP=616;ReadPosRankSum=1.676;SC=GCCATCTATTATGAAAGGTTT;SOR=1.214;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=5;TCR=52;TR=31;WE=50348417;WS=50348399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr16	50348813	rs3841348	AGTT	A	384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.005;NF=9;NR=1;PP=369;ReadPosRankSum=0.974;SC=CCTTCACTCTAGTTGTTTTGT;SOR=0.914;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=10;WE=50348823;WS=50348803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr16	50355996	rs7184802	G	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=280;ReadPosRankSum=-0.801;SC=ACATGAAGGCGAATATCAAGG;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=24;WE=50356004;WS=50355986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr16	50359901	rs8046783	G	A	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=46;PP=1301;SC=TACTTCATTGGCTGGTTTGCA;SOR=2.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=62;WE=50359909;WS=50359891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	50367633	rs56370009	T	TA	249.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.84;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr16	50368863	rs143461189	GCATTTTTTTCCCCA	G	747.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.896;NF=2;NR=10;PP=2954;ReadPosRankSum=0.572;SC=TTAAAGTAATGCATTTTTTTC;SOR=0.321;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=12;WE=50368884;WS=50368853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr16	50402569	rs113637419	C	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr16	50733859	rs2067085	C	G	4715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=87;PP=2788;SC=TCACACCGTCCCAGAGGGTGA;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=75;TCR=87;TR=162;WE=50733867;WS=50733849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr16	50733969	rs2111235	A	G	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=30;PP=828;SC=AACTTGGTCCATGGGATTTCC;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=50733977;WS=50733959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	50743919	rs34133110	C	T	5282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=104;PP=2965;SC=CCCAGGTTTTCAAACTCAGGT;SOR=1.214;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=72;TCR=105;TR=175;WE=50743927;WS=50743908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr16	50745583	rs1861759	T	G	9327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=151;NR=157;PP=2965;SC=TCCTGGTGCGTGCCAAAGGTG;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=308;TCF=151;TCR=157;TR=308;WE=50745591;WS=50745573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr16	50746294	rs72796353	A	C	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=767;ReadPosRankSum=-0.693;SC=AGTGAGTGTTACTGGGCATTG;SOR=0.793;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=140;TCF=52;TCR=88;TR=54;WE=50746302;WS=50746284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,56:0.39:144
chr16	50756996	rs11292073	TA	T	59.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr16	50757050	rs11423748	G	GA	253.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.11;MQRankSum=0.828;QD=10.57;ReadPosRankSum=-1.907;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr16	50757276	rs5743291	G	A	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=672;ReadPosRankSum=1.916;SC=GGCAAAGAACGTCATGCTAGA;SOR=0.794;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=115;TCF=53;TCR=62;TR=55;WE=50757284;WS=50757266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,64:0.47:136
chr16	50759267	rs138198313	AC	A	1863.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=10;PP=814;SC=CCCACAACGTACTTTATCTGT;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=19;WE=50759277;WS=50759257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	50759269	rs4990643	T	A	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.55;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	50759547	rs1077861	A	T	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=30;PP=971;SC=GCATTTCTGAATAAGATCTGG;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=57;WE=50759555;WS=50759537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	50827601	rs2302759	A	G	6048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=131;PP=2965;SC=CTTAATGGATAAACTTTTGTT;SOR=1.566;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=73;TCR=133;TR=204;WE=50827609;WS=50827591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr16	50841484	rs1054987	G	A	3701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=67;PP=2024;SC=TTCCCCCACTGCAATACCCTG;SOR=0.904;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=64;TCR=67;TR=131;WE=50841492;WS=50841474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr16	51098427	rs1528601	G	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.73;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr16	51171175	rs4614723	C	T	9362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=158;NR=183;PP=2965;SC=AGCCCACTAACAGGTGAGCTG;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=343;TCF=160;TCR=183;TR=341;WE=51171183;WS=51171165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr16	51173559	rs1965024	G	A	6011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=0.541;SC=TCGACATCTCGAGGGGCAAAG;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=469;TCF=223;TCR=246;TR=251;WE=51173567;WS=51173549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,270:0.55:494
chr16	51177113	rs4399530	A	C	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=6;PP=1254;SC=TGTCCTGAACATTTTATTATA;SOR=2.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=48;TCR=6;TR=54;WE=51177121;WS=51177103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	51177327	rs34204387	G	GAA,GAAA	6929.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.351;QD=29.49;ReadPosRankSum=2.282;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,151,81:0.64,0.34:235
chr16	52082547	.	T	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
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chr16	52484079	rs67375262	T	C	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.563;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=605;ReadPosRankSum=-1.667;SC=ATTTAAATGCTACTCCAAATC;SOR=1.167;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=36;WE=52484087;WS=52484069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,40:0.69:58
chr16	52502318	rs2287144	A	G	3173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=1.480;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,160:0.56:285
chr16	52502571	rs9928698	A	C	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.270;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=579;ReadPosRankSum=1.981;SC=TGGTGTTGCTAAATAAAAGAG;SOR=0.209;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=64;TCF=9;TCR=55;TR=32;WE=52502579;WS=52502561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr16	52580500	rs3095602	G	A	3223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.61;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr16	52992947	rs9933492	T	C	8075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr16	52993016	rs9931362	A	C	10781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=173;NR=201;PP=2965;SC=TTTAGGCTCCATCCCCCTCCT;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=375;TCF=173;TCR=202;TR=374;WE=52993024;WS=52993006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr16	53035592	rs12149531	A	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=267;ReadPosRankSum=-0.171;SC=GCACATTCCTAGCCCCCAGCC;SOR=0.579;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=17;WE=53035600;WS=53035582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr16	53037529	rs6499205	T	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.23;ReadPosRankSum=-1.337;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr16	53191470	rs12597487	T	C	3303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.260;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=86;PP=2260;ReadPosRankSum=2.382;SC=AGCTCTTTGCTTTTATTTTGG;SOR=0.580;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=343;TCF=145;TCR=198;TR=154;WE=53191478;WS=53191460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,167:0.46:367
chr16	53256494	rs12597253	T	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=1.710;SC=ACAATCTTAATTTAATCAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=10;WE=53256502;WS=53256484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr16	53272216	rs8049913	A	C	462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=295;ReadPosRankSum=0.679;SC=TAGAAAAAAAACCCAATGTAT;SOR=0.732;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=22;WE=53272224;WS=53272206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr16	53279123	rs138968213	TA	T	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.518;NF=8;NR=1;PP=260;ReadPosRankSum=-0.426;SC=CACACACACATAACATATATA;SOR=1.414;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=9;WE=53279131;WS=53279113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr16	53283966	rs8052283	G	A	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.717;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=1086;ReadPosRankSum=-1.320;SC=GGAATCCTCAGAATGATCTTC;SOR=0.826;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=178;TCF=87;TCR=91;TR=82;WE=53283974;WS=53283956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,99:0.49:202
chr16	53288265	rs6499510	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=256;ReadPosRankSum=0.208;SC=AAGAATTCTTGTATGTGTTTA;SOR=0.569;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=18;WE=53288273;WS=53288255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr16	53308315	rs57281432	A	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=235;ReadPosRankSum=-0.674;SC=GCCTCCTGAGAGGCTCGCACT;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=13;WE=53308323;WS=53308305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr16	53319390	rs112281896	T	TAATGA	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=530;SC=GATTAAAAAATAATGAAATCC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=10;WE=53319398;WS=53319380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	53320025	rs8056394	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=154;ReadPosRankSum=1.103;SC=TCATTTTAATGTATTATCCCT;SOR=0.160;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=10;WE=53320033;WS=53320015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr16	53321734	rs3815548	T	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.794;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=352;ReadPosRankSum=-1.909;SC=TGCTGTGTCTTGGGCTCTTCT;SOR=0.313;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=27;WE=53321742;WS=53321724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr16	53325691	rs1894903	G	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.997;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=714;ReadPosRankSum=-1.646;SC=TAAATTGCACGTACTTCTGTA;SOR=1.153;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=157;TCF=72;TCR=85;TR=59;WE=53325699;WS=53325681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,59:0.37:161
chr16	53326860	rs2287078	G	A	5558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.639;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:329,284:0.46:613
chr16	53327041	rs7188463	A	G	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.917;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=411;ReadPosRankSum=0.194;SC=GGGTACAATTATCACGCTTTG;SOR=0.238;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=72;TCF=10;TCR=62;TR=29;WE=53327049;WS=53327031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr16	53340080	rs3760010	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=279;ReadPosRankSum=-0.221;SC=GAATAATTATGTAAAATCCTT;SOR=0.935;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=21;WE=53340088;WS=53340070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr16	53341748	rs6499548	T	G	8350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=152;NR=123;PP=2965;SC=AATACAGCGATCCCAGTGTAC;SOR=0.817;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=152;TCR=123;TR=275;WE=53341756;WS=53341738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr16	53342860	rs12596466	C	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=366;ReadPosRankSum=0.310;SC=ATTTATTTTTCCTTTGTTGGA;SOR=0.948;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=25;WE=53342868;WS=53342850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr16	53348157	rs62049810	T	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=135;ReadPosRankSum=0.047;SC=ATGATATTTTTAGTCCAAAAG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=9;WE=53348165;WS=53348155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
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chr16	53349000	rs12596829	G	A	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.506;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=44;PP=870;ReadPosRankSum=-1.193;SC=ATTTTTATGAGTTGTCAGATC;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=126;TCF=39;TCR=87;TR=65;WE=53349008;WS=53348990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,66:0.50:131
chr16	53352329	rs16952168	T	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=134;ReadPosRankSum=2.017;SC=TTTCATTATGTGGTGGTGTTT;SOR=0.260;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=11;WE=53352337;WS=53352319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr16	53358439	rs3743771	A	G	3930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=75;PP=2612;ReadPosRankSum=1.944;SC=TTCTCCTTCCACATCCTCTAC;SOR=0.835;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=395;TCF=227;TCR=168;TR=187;WE=53358447;WS=53358429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,199:0.47:426
chr16	53404203	rs10775327	C	A	3208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=78;PP=2195;SC=GGAACTTTTACCTGACTAAAA;SOR=2.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=31;TCR=78;TR=109;WE=53404211;WS=53404193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	53476804	rs17800577	G	A	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=2.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.030;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,92:0.48:191
chr16	53481010	rs17800727	A	G	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=41;PP=871;ReadPosRankSum=0.637;SC=CTTTTTATATATGCAAAAGGT;SOR=0.759;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=119;TCF=47;TCR=72;TR=66;WE=53481018;WS=53481000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,72:0.55:131
chr16	53487218	rs9941254	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=204;ReadPosRankSum=0.539;SC=AAATTCTTAGCGTTGAAATAG;SOR=0.136;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=13;WE=53487226;WS=53487214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr16	53493346	rs66521736	AT	A	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.25;MQRankSum=1.148;NF=11;NR=5;PP=184;ReadPosRankSum=-0.481;SC=ATTCTGTGTAATTTTTTTTTT;SOR=1.091;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=16;WE=53493354;WS=53493336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr16	53496598	rs7204496	G	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.51;ReadPosRankSum=-1.276;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,35:0.37:94
chr16	53499599	rs1072910	A	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=195;ReadPosRankSum=1.178;SC=GAGGGTGGCAATTAGGTTTAA;SOR=0.324;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=16;WE=53499607;WS=53499589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr16	53503934	rs1131220	G	A	15354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=758;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.28;ReadPosRankSum=-1.291;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:354,403:0.53:757
chr16	53503943	rs11540358	C	G	15520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=774;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.08;ReadPosRankSum=-1.694;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:360,413:0.53:773
chr16	53504721	rs10748	T	C	4862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=2.192;SC=TTCAGATGAATTGAGGAAAAA;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=387;TCF=171;TCR=216;TR=208;WE=53504729;WS=53504711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,223:0.54:410
chr16	53513033	rs8043918	C	T	3295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.33;ReadPosRankSum=0.364;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,160:0.50:319
chr16	53513055	rs8049033	T	C	3382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=1.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.953;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,167:0.51:328
chr16	53524308	rs3929	G	C	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.804;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=43;PP=1043;ReadPosRankSum=-0.588;SC=TCCAGCTGATGAGTTACAGCC;SOR=0.453;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=29;TCR=76;TR=60;WE=53524316;WS=53524298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,60:0.53:113
chr16	53526551	rs9931702	C	T	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=11.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,85:0.50:171
chr16	53699003	rs4133017	G	A	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=49;PP=1366;SC=TTTTAGTGGCGCAGAGACCAC;SOR=1.493;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=83;WE=53699011;WS=53698993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr16	53859720	rs199779864	A	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=146;ReadPosRankSum=-1.718;SC=CACCTTTGGAAATAATACAAT;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=9;WE=53859728;WS=53859713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr16	53860481	rs3826169	G	A	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.693;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=565;ReadPosRankSum=-0.372;SC=AGATACACACGCATATACATG;SOR=0.474;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=92;TCF=39;TCR=53;TR=46;WE=53860489;WS=53860471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,49:0.50:98
chr16	53878247	rs62033438	A	G	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=325;ReadPosRankSum=1.926;SC=TTGAAACTCTAGTGTCTAAAT;SOR=0.452;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=19;WE=53878255;WS=53878237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr16	53913930	rs11076004	G	A	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=63;PP=1889;SC=TTTTTGAGATGGAGTCTCGCT;SOR=3.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=9;TCR=63;TR=72;WE=53913938;WS=53913920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	54273895	rs17175104	G	A	2030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=55;PP=1167;ReadPosRankSum=-0.651;SC=CATGGAAGACGTTAGGCCCCT;SOR=0.727;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=200;TCF=88;TCR=112;TR=96;WE=54273903;WS=54273885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,105:0.47:225
chr16	54318102	rs8050831	C	T	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=22;PP=1547;SC=TGCTCGGCGTCCTCTCCTTTC;SOR=1.559;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=59;TCR=22;TR=80;WE=54318110;WS=54318092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	54318528	rs1450355	A	G	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=2.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	54319571	rs1868692	A	G	5827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=113;PP=2965;SC=AGGGAGCGCGAGTGAGCCCCA;SOR=1.050;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=87;TCR=113;TR=200;WE=54319579;WS=54319561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr16	54319994	rs1868691	G	C	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.840;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.60;ReadPosRankSum=1.707;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr16	54691273	rs4784409	C	A	2274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,115:0.48:242
chr16	54967096	rs13336114	C	A	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=3.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.755;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,83:0.46:180
chr16	54967120	.	G	C	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.02;ReadPosRankSum=1.298;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,62:0.50:124
chr16	55359126	rs31078	A	T	3568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=70;PP=2014;SC=GCCTCTGATCATCCTCCTCTT;SOR=1.038;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=129;TCF=59;TCR=70;TR=127;WE=55359134;WS=55359116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr16	55359141	rs31079	T	C	3554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=69;PP=2207;SC=CCTCTTGTGTTCTGGGGGAAG;SOR=1.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=53;TCR=69;TR=122;WE=55359149;WS=55359131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr16	55360208	rs31081	G	T	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.53;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	55361493	rs31082	C	T	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=3.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.685;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,67:0.44:153
chr16	55362502	rs31085	G	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.42;ReadPosRankSum=0.287;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr16	55362542	rs31086	C	G	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=524;ReadPosRankSum=1.679;SC=AAAAGCTTCTCGGGGATGGAC;SOR=0.613;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=30;WE=55362550;WS=55362532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr16	55363238	rs31087	G	A	2931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=76;PP=1604;ReadPosRankSum=-0.059;SC=TGGGCCCCCAGCGGCGCTGGG;SOR=0.538;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=241;TCF=90;TCR=151;TR=128;WE=55363246;WS=55363228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,144:0.55:264
chr16	55513331	rs2287073	G	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.001;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=370;ReadPosRankSum=0.800;SC=CAGGCGGCGAGGCGGCCACAC;SOR=0.906;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=23;WE=55513339;WS=55513321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr16	55516708	rs857403	T	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=254;ReadPosRankSum=0.804;SC=CCTGGCTTATTTCCTGTCTGG;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=13;WE=55516716;WS=55516698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr16	55523705	rs243849	T	C	3458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=108;PP=1877;ReadPosRankSum=-0.763;SC=ACTACGATGATGACCGCAAGT;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=362;TCF=134;TCR=228;TR=169;WE=55523713;WS=55523695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,178:0.47:380
chr16	55525913	rs243846	G	C	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.38;ReadPosRankSum=1.341;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,40:0.55:73
chr16	55527298	rs243843	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.694;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=351;ReadPosRankSum=-0.259;SC=TGAAGACTCCGCCAAATGCTT;SOR=1.829;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=25;WE=55527306;WS=55527288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr16	55530762	rs171498	G	T	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.45;ReadPosRankSum=1.398;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr16	55530772	rs243838	T	G	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.43;ReadPosRankSum=1.003;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr16	55536622	rs243835	C	T	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=31;PP=1612;SC=CTGGGTGCTCCCATCCAGGCC;SOR=1.134;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=59;TCR=31;TR=90;WE=55536630;WS=55536612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr16	55536687	rs243834	A	G	4552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=88;NR=64;PP=2607;SC=CTGTTTCTTTACAGATACAAT;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=88;TCR=64;TR=152;WE=55536695;WS=55536677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr16	55539191	rs243832	C	G	3622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=46;PP=2124;SC=TTCCCAGGAACCTTCTGTGTG;SOR=0.889;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=115;WE=55539199;WS=55539181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr16	55562257	rs837549	G	A	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=4;PP=1725;SC=TTAATTAACAGAGCTAATTAC;SOR=5.166;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=61;TCR=4;TR=65;WE=55562265;WS=55562253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	55562572	rs71393085	T	C	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=5.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=51;PP=1225;ReadPosRankSum=1.285;SC=AAAATAATCATATATAGTTCA;SOR=1.323;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=122;TCF=24;TCR=98;TR=60;WE=55562580;WS=55562562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,64:0.48:132
chr16	55565766	rs28373256	G	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.237;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr16	55579899	rs2397722	G	A	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=28;PP=770;SC=CAATCTATAAGTATTTTCCCC;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=55579907;WS=55579889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	55583149	rs2160277	T	A	922.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=10;PP=547;SC=CTTTTTTTTTTAAAAAAAATG;SOR=1.418;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=38;WE=55583157;WS=55583129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	55583448	rs9934904	A	T	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=334;SC=GTCAGAGTTGAGAATTTATCT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=55583456;WS=55583438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	55601388	rs1502003	A	G	8591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=177;PP=2965;SC=CTATCAAAGAATGGCTGCAGT;SOR=1.267;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=298;TCF=121;TCR=177;TR=298;WE=55601396;WS=55601378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr16	55612918	rs4784549	T	A	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=442;SC=TTTCTAGCCCTTGCCACAGTA;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=55612926;WS=55612908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	55617127	rs12934747	C	T	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=22;PP=595;SC=ATTTTTAAAACAAAAATGATA;SOR=3.126;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=55617135;WS=55617117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	55728081	rs28613651	T	G	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=42;PP=1427;SC=TGACTCTTGTTGGGTGGCAGA;SOR=1.014;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=79;WE=55728089;WS=55728071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	55729124	rs2279805	T	C	4477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=48;PP=2822;SC=CTATAGCCAGTCCAGCAGTCA;SOR=1.413;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=97;TCR=48;TR=145;WE=55729132;WS=55729114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
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chr16	55735912	rs2242447	C	T	2510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=61;PP=1468;ReadPosRankSum=2.711;SC=CCCTGCTGTGCACTGCCCAAG;SOR=0.684;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=304;TCF=160;TCR=144;TR=123;WE=55735920;WS=55735902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,134:0.41:328
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chr16	55813552	rs28666799	C	T	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=11;PP=514;SC=TTGCCCCACTCACCCAGCTCA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=55813560;WS=55813542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr16	55813750	rs28594163	G	A	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr16	55845084	.	T	TG	504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=0.990;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,27:0.22:121
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chr16	55855150	rs3217164	TG	T	2871.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.436;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=37;PP=2090;ReadPosRankSum=-0.334;SC=GATGCTGGGCTGTGAGTAGGG;SOR=0.510;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=210;TCF=93;TCR=117;TR=61;WE=55855158;WS=55855140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,97:0.30:322
chr16	55857396	rs150951789	A	C	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.40;MQRankSum=-0.566;QD=5.70;ReadPosRankSum=2.836;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,78:0.31:250
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chr16	55862647	rs62028646	A	G	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FS=2.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-6.084;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.014;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:507,108:0.18:615
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chr16	55862717	rs76828834	T	C	2918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FS=1.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQRankSum=-9.974;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.044;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:436,105:0.19:541
chr16	55862720	rs74019278	T	C	2939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FS=1.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQRankSum=-9.764;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:429,103:0.19:532
chr16	55862762	rs3826194	C	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=0.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-14.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=0.016;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:370,78:0.17:448
chr16	55862791	rs114632091	T	C	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQRankSum=-19.438;QD=1.13;ReadPosRankSum=-1.451;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:426,86:0.17:512
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chr16	55862836	rs3826191	G	A	2391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=737;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQRankSum=-21.909;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.028;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:605,130:0.18:735
chr16	55862883	rs3826190	C	A	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=959;ExcessHet=3.0103;FS=4.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-21.609;QD=2.18;ReadPosRankSum=2.233;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:802,150:0.16:952
chr16	55862901	rs3826189	T	G	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=917;ExcessHet=3.0103;FS=3.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-21.888;QD=2.02;ReadPosRankSum=3.262;SOR=1.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:782,131:0.14:913
chr16	55866894	rs56278207	T	TA	8630.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=57;PP=2963;SC=GTGCCCCGCATTTTGATTTCA;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=20;TCR=57;TR=77;WE=55866908;WS=55866884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr16	55880323	rs11864688	G	A	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=9.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.59;ReadPosRankSum=0.212;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr16	55880480	rs11860456	A	C	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=882;ReadPosRankSum=-0.367;SC=TGGTCCAAAAATCCACCCGCG;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=78;TCR=50;TR=64;WE=55880488;WS=55880470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,77:0.52:149
chr16	55880534	rs11860488	G	C	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=29;PP=1068;ReadPosRankSum=-0.435;SC=AGTCCAGCTGGAGGTACTGCT;SOR=0.938;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=161;TCF=97;TCR=64;TR=77;WE=55880542;WS=55880524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,90:0.49:184
chr16	55880639	rs11865638	C	T	2724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.56;ReadPosRankSum=-1.148;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,135:0.47:285
chr16	55880825	rs11076120	T	G	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=510;ReadPosRankSum=0.548;SC=TGTATTTGATTAATCCTTTTC;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=32;WE=55880833;WS=55880815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr16	55883618	rs2160276	T	C	6441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr16	55883761	rs7186875	A	C	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=23;PP=525;SC=CCACCTATCAAGTCTTGGATG;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=55883769;WS=55883751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	55890398	rs9937572	G	C	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=38;PP=1013;ReadPosRankSum=0.767;SC=ATCTGGTCATGAGAAGGTAAA;SOR=0.708;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=191;TCF=105;TCR=86;TR=82;WE=55890406;WS=55890388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,92:0.41:222
chr16	55895249	rs3859104	A	G	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=481;ReadPosRankSum=-1.668;SC=CAAATAAATAACAGAGGGGTA;SOR=0.914;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=22;WE=55895257;WS=55895239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr16	55905636	rs3859108	A	G	7362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr16	56226638	rs149880726	G	GCA	1179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.419;QD=24.58;ReadPosRankSum=1.272;SOR=1.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,41:0.85:48
chr16	56227965	rs59779556	T	G	3047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=36;PP=1852;SC=AAATCTTGGATGTGTAACAGG;SOR=1.089;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=62;TCR=37;TR=98;WE=56227973;WS=56227955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr16	56228066	rs1190761	A	G	4796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr16	56362725	rs2241952	T	C	9987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=142;NR=225;PP=2965;SC=AGCGGGCGCATGGCCTGGAGC;SOR=1.227;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=367;TCF=142;TCR=225;TR=367;WE=56362733;WS=56362715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr16	56368495	rs4784656	T	C	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=6;PP=659;ReadPosRankSum=-2.119;SC=CCCCACTCCCTATGGCCTGGA;SOR=0.891;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=99;TCF=81;TCR=18;TR=40;WE=56368503;WS=56368485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,44:0.42:104
chr16	56368689	rs1065375	C	T	6157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=0.972;SC=ACCAGCCCACCGAGCAGGACA;SOR=0.666;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=628;TCF=322;TCR=306;TR=299;WE=56368697;WS=56368679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,311:0.47:662
chr16	56503762	.	CAAAA	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr16	56535193	rs150693766	C	CA	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=6.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=2.354;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.753;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,14:0.23:62
chr16	56548501	rs4784677	C	T	6404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=126;PP=2965;SC=CTGGTTAATGCTGAGAAGAGA;SOR=1.141;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=221;TCF=94;TCR=127;TR=220;WE=56548509;WS=56548491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr16	56599221	rs182221	C	G	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=65;PP=1802;SC=CTGGCCACCTCTGGGGCAGCT;SOR=1.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=32;TCR=65;TR=97;WE=56599229;WS=56599211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	56601720	rs666636	A	G	9892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.58;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr16	56601720	.	ATT	GTC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=18;MQ=59.93;NF=92;NR=104;PP=2947;QD=20;SC=TGTAAAACATATTGGAAGAGT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=98;TCR=108;TR=196;WE=56601730;WS=56601710;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,196:0.95:206
chr16	56601722	rs666647	T	C	9892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.97;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr16	56623191	rs7195310	C	T	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=21;PP=641;SC=AGTGCGCGCACAGCGGCGGCG;SOR=1.942;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=28;WE=56623199;WS=56623181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	56624079	rs11644094	A	G	4680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=99;PP=2724;SC=GAAGACTCCAATGGCAGCTGG;SOR=1.325;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=64;TCR=99;TR=163;WE=56624087;WS=56624069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr16	56660685	rs117777471	A	G	4174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=98;PP=2824;ReadPosRankSum=-0.651;SC=AGACGAAAAAAAGCATCCTCT;SOR=0.831;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=376;TCF=190;TCR=186;TR=190;WE=56660693;WS=56660669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,199:0.50:401
chr16	56666886	rs1827208	C	T	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=16;PP=506;SC=GGCAGTCCCGCTCCACATCAC;SOR=2.030;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=22;WE=56666894;WS=56666876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	56666918	rs146968757	G	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.745;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=229;ReadPosRankSum=-1.002;SC=GGGTCCTGCTGGCTGGGCCCC;SOR=0.027;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=13;WE=56666926;WS=56666908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr16	56667282	rs1827210	C	A	6532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=113;PP=2965;SC=GGCTCCTGCACGTGCAAAGAG;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=114;TCR=113;TR=227;WE=56667290;WS=56667272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr16	56667854	rs2270837	A	G	5484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=116;PP=2965;SC=TTCTTTTTATATTAAATATGT;SOR=1.190;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=77;TCR=116;TR=193;WE=56667862;WS=56667844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
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chr16	56673249	rs11647171	T	C	13178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=182;NR=118;PP=2965;SC=AGAGTGAGTGTGGGGCCATCT;SOR=1.074;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=301;TCF=182;TCR=119;TR=300;WE=56673257;WS=56673239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr16	56673436	rs58069153	A	AAG	6083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=87;PP=2849;SC=AACTGAGGCCAAGAGTGCACC;SOR=1.911;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=99;TCF=6;TCR=93;TR=92;WE=56673444;WS=56673426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr16	56683626	rs7189840	G	A	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.925;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=31;PP=714;ReadPosRankSum=-0.685;SC=CAAGAGAGCTGGTATGTGTGA;SOR=0.333;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=54;TCF=5;TCR=49;TR=35;WE=56683634;WS=56683616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr16	56686002	rs2070838	G	C	3800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=1.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.20;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,102:0.46:221
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chr16	56686030	rs964372	C	G	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.977;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=38;PP=1081;ReadPosRankSum=-0.993;SC=TTTCCTCTTGCCCAAGCTCCT;SOR=0.942;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=135;TCF=59;TCR=76;TR=65;WE=56686038;WS=56686020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,68:0.47:146
chr16	56686470	rs12051311	C	T	23554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=906;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,903:1.00:903
chr16	56687031	rs35231457	AT	A	1812.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.597;QD=5.87;ReadPosRankSum=2.936;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,139:0.45:309
chr16	56700578	rs34777440	C	CTT	583.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.712;NF=10;NR=4;PP=619;ReadPosRankSum=1.617;SC=AGAGCCCAGTCTAAACTCCCA;SOR=0.307;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=14;WE=56700586;WS=56700568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr16	56701144	rs113821527	G	A	2838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.32;ReadPosRankSum=-1.620;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,137:0.50:275
chr16	56701294	rs2298847	T	A	6857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.403;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=79;PP=2412;ReadPosRankSum=-0.223;SC=AGACACCTGCTAGAAGAGAAA;SOR=0.688;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=311;TCF=162;TCR=149;TR=171;WE=56701302;WS=56701284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,184:0.56:328
chr16	56701315	rs2298846	A	G	7000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.397;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=81;PP=2517;ReadPosRankSum=-1.167;SC=AAGCCAGTGAACGGTGAGTGA;SOR=0.656;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=317;TCF=163;TCR=154;TR=174;WE=56701323;WS=56701305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,188:0.56:336
chr16	56701977	rs78780944	T	A	7857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=110;PP=2804;ReadPosRankSum=-0.312;SC=GAAGGCGGAGTGGAGCCCAAC;SOR=0.696;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=365;TCF=168;TCR=197;TR=204;WE=56701985;WS=56701967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,234:0.57:411
chr16	56702000	rs904770	T	C	6509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=79;PP=2131;ReadPosRankSum=-0.375;SC=CCAGCGGCTGTTTTTATAGTC;SOR=0.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=266;TCF=119;TCR=147;TR=145;WE=56702008;WS=56701990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,165:0.55:298
chr16	56704955	rs71381131	A	AT	5167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=113;PP=1683;ReadPosRankSum=0.602;SC=AAAATCCAGGATTTTTTTTTT;SOR=0.748;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=317;TCF=35;TCR=282;TR=136;WE=56704963;WS=56704945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,334:0.55:610
chr16	56709728	rs8046181	G	C	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.474;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr16	56709729	rs8048049	A	G	3165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.61;SOR=4.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	56716323	rs12921022	G	T	2321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=35;PP=1295;ReadPosRankSum=1.013;SC=GACGAGGCGGGGCCTCTGCGC;SOR=0.589;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=187;TCF=124;TCR=63;TR=100;WE=56716331;WS=56716313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,111:0.55:202
chr16	56718015	rs34700091	AT	A	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=1.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=2.382;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,59:0.29:207
chr16	56855496	rs2118017	C	G	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=580;ReadPosRankSum=-0.847;SC=TCGCAGAGCTCGATGATAAGG;SOR=0.648;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=44;WE=56855504;WS=56855486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,48:0.59:81
chr16	56904587	rs1529927	C	G	10120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=178;NR=167;PP=2965;SC=CGCATCATTGCCGTGGTCTCG;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=179;TCR=167;TR=345;WE=56904595;WS=56904577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr16	56904752	rs71152213	C	CT	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.081;QD=5.02;ReadPosRankSum=1.562;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr16	56911932	.	G	GTCCCTCCCTCCCTCTCTCCC	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=2.130;QD=6.11;ReadPosRankSum=1.581;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,10:0.19:53
chr16	56917953	rs2304483	T	C	2376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=41;PP=1201;ReadPosRankSum=-1.330;SC=CTGGTGCCCTTGGCCCAGGGT;SOR=0.808;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=235;TCF=140;TCR=95;TR=108;WE=56917961;WS=56917943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,118:0.47:251
chr16	56926793	rs2278490	C	T	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.841;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=15;PP=698;ReadPosRankSum=-0.075;SC=GGGGCGTTGGCGGGGCCCTGG;SOR=0.373;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=103;TCF=78;TCR=25;TR=55;WE=56926801;WS=56926783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,63:0.56:113
chr16	56926828	rs2278489	T	C	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.493;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=28;PP=1020;ReadPosRankSum=2.080;SC=GATGCGCGGCTGCTGGCTCTG;SOR=0.446;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=171;TCF=112;TCR=59;TR=76;WE=56926836;WS=56926818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,83:0.46:180
chr16	56928280	rs13306679	G	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=527;ReadPosRankSum=0.334;SC=AGAGCACCGTGTGCGACTTGA;SOR=2.570;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=65;TCF=59;TCR=6;TR=24;WE=56928288;WS=56928277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,24:0.34:71
chr16	56933315	rs9922270	T	C	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=11;PP=989;SC=GCATGAGAATTGCTTGAACCT;SOR=1.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=49;WE=56933323;WS=56933305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	56933409	rs13306687	G	A	2043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=36;PP=1196;ReadPosRankSum=-1.273;SC=TCAAGAAAAAGTAATAACAAT;SOR=0.734;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=234;TCF=144;TCR=90;TR=97;WE=56933417;WS=56933399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,106:0.41:256
chr16	56936458	rs2289117	A	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.160;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr16	56966011	rs37025	G	A	2858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.993;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=52;PP=2080;ReadPosRankSum=-1.926;SC=CCGCAGAGCCGGGCGCGGGGC;SOR=0.962;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=327;TCF=202;TCR=125;TR=144;WE=56966019;WS=56966001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,147:0.43:341
chr16	56966071	rs37024	T	G	5378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.906;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,269:0.52:518
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chr16	56994394	rs61631085	GT	G	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.809;NF=29;NR=25;PP=754;ReadPosRankSum=0.047;SC=TAGTTATTTGGTTTTTTTTTT;SOR=0.902;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=54;WE=56994403;WS=56994384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,84:0.88:96
chr16	56994528	rs17231506	C	T	3745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.232;QD=11.56;ReadPosRankSum=-1.618;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,185:0.57:324
chr16	56994894	rs4783961	G	A	8217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=168;NR=151;PP=2965;SC=GTGCAAACTCGGGACTAGGGC;SOR=0.748;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=339;TCF=168;TCR=171;TR=319;WE=56994902;WS=56994884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr16	56995038	rs4783962	T	C	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=49;PP=1633;SC=CAGCACTTGGTCATCTGGTCA;SOR=1.423;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=79;WE=56995046;WS=56995028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	56995236	rs1800775	C	A	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=2.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.371;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,72:0.42:172
chr16	56996158	rs3816117	T	C	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.752;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=394;ReadPosRankSum=-0.244;SC=ATGGGCTGAGTGGAGCTGTCA;SOR=0.420;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=35;WE=56996166;WS=56996148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,41:0.43:96
chr16	56996211	rs711752	G	A	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=30;PP=857;ReadPosRankSum=-1.351;SC=GTTCTTTGGTGAGAAGGTCCT;SOR=0.688;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=129;TCF=72;TCR=57;TR=70;WE=56996219;WS=56996201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,75:0.54:138
chr16	56996288	rs708272	G	A	1964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=-0.867;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,98:0.57:171
chr16	57003723	rs891141	G	T	3088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=28;PP=2445;SC=GTTTGCAGGGGTGGGGACCCC;SOR=1.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=96;WE=57003731;WS=57003713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr16	57003977	rs891142	T	C	20312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.16;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr16	57003980	rs891143	T	C	20111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.19;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr16	57004889	rs7205804	G	A	5092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=111;PP=2941;ReadPosRankSum=0.352;SC=CACACTAGGCGCTCCATGGAT;SOR=0.581;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=446;TCF=239;TCR=207;TR=236;WE=57004897;WS=57004879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,254:0.53:475
chr16	57005301	rs1532625	C	T	2921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=73;PP=1823;ReadPosRankSum=-1.012;SC=CTGGTGAGTGCGTTTCTGTCT;SOR=0.717;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=233;TCF=106;TCR=127;TR=132;WE=57005309;WS=57005291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,141:0.56:250
chr16	57007446	rs11076176	T	G	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=2028;ReadPosRankSum=0.899;SC=GCTGGGCTGCTAGGGGATCCA;SOR=0.648;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=164;TCF=73;TCR=91;TR=71;WE=57007459;WS=57007436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,79:0.43:183
chr16	57007451	rs289714	G	A	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=45;PP=2491;ReadPosRankSum=-0.403;SC=GCTGCTAGGGGATCCAGATGG;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=59;TCR=81;TR=78;WE=57007459;WS=57007436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,88:0.56:156
chr16	57015091	rs5880	G	C	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.216;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,90:0.45:200
chr16	57015463	rs7195984	G	A	4631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.06;NF=108;NR=57;PP=2965;SC=CTATGAGACAGAAGCACTGGC;SOR=1.325;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=108;TCR=58;TR=165;WE=57015471;WS=57015453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr16	57015545	rs1800774	C	T	8691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr16	57016092	rs5882	G	A	6113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=118;NR=89;PP=2965;SC=CTCCGAGTCCGTCCAGAGCTT;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=118;TCR=89;TR=207;WE=57016100;WS=57016082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr16	57017319	rs1800777	G	A	6516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=781;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.769;SC=ATTATCACTCGAGATGTGAGT;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=724;TCF=340;TCR=384;TR=303;WE=57017327;WS=57017309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:438,339:0.44:777
chr16	57017474	rs289741	G	A	4526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=83;PP=2965;SC=AGCCCAGCTCGCCCCTCTCTC;SOR=1.013;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=66;TCR=83;TR=149;WE=57017482;WS=57017464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr16	57017762	rs289742	C	G	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=578;SC=CCAAGAGCTGCGGAGTCCTTC;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=57017770;WS=57017752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	57056064	rs4784750	G	T	6560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.246;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.760;SC=CCCTTGCTGGGTATCTCCCTG;SOR=0.947;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=560;TCF=324;TCR=236;TR=289;WE=57056072;WS=57056054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,311:0.52:599
chr16	57056295	rs149634155	AGGAGGCTGT	A	1538.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.961;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=4.066;NF=1;NR=37;PP=2978;ReadPosRankSum=-1.384;SC=TCCAAGCTGGAGGAGGCTGTG;SOR=1.299;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=2;TCR=104;TR=38;WE=57056311;WS=57056285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,45:0.42:106
chr16	57057619	rs1684575	G	T	3168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.501;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,162:0.47:344
chr16	57057654	rs1672865	A	G	3599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=91;PP=2358;ReadPosRankSum=-0.019;SC=CTCAGCCCAGATCCCCAGACC;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=421;TCF=223;TCR=198;TR=193;WE=57057662;WS=57057644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,188:0.43:439
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chr16	57070165	rs1651668	T	C	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=227;ReadPosRankSum=-0.270;SC=CCCGTGTTCGTAATCAGCAGT;SOR=0.915;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=15;WE=57070173;WS=57070155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr16	57071113	rs1684579	T	C	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=-1.720;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,89:0.42:210
chr16	57071113	.	TA	CG	831	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=48;NR=30;PP=831;QD=11.339331729;SC=ACAGCCTCAGTAACAACGGGC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=114;TCR=73;TR=78;WE=57071122;WS=57071103;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:109,78:0.42:187
chr16	57071114	rs1672867	A	G	7427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.39;SOR=1.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr16	57071232	rs1684580	C	G	4488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=155.832;HP=9;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=96;PP=2346;ReadPosRankSum=2.855;SC=CCCATCCCCCCCCCCATCATG;SOR=0.233;SbPval=0.04;Source=Platypus;TC=435;TCF=177;TCR=258;TR=212;WE=57071244;WS=57071216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,224:0.58:389
chr16	57071335	rs1651670	G	A	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=27.714;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=44;PP=920;ReadPosRankSum=0.116;SC=CGTTACAGCCGGCACCCCTCT;SOR=0.117;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=176;TCF=58;TCR=118;TR=75;WE=57071343;WS=57071325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,85:0.46:186
chr16	57071375	rs1672866	T	C	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=32;PP=482;ReadPosRankSum=0.127;SC=AGGCTGCTCATGGTTTATACC;SOR=0.903;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=97;TCF=19;TCR=78;TR=39;WE=57071383;WS=57071365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,44:0.42:106
chr16	57073683	rs864750	G	C	3360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,167:0.49:344
chr16	57074451	rs289726	T	C	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.185;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=21;PP=801;ReadPosRankSum=0.721;SC=CAAGGTCTGATTGACTCTAGG;SOR=0.927;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=122;TCF=73;TCR=49;TR=57;WE=57074459;WS=57074441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,66:0.49:135
chr16	57075379	rs35622257	G	GT	1759.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.934;NF=23;NR=19;PP=1341;ReadPosRankSum=-1.632;SC=GCAGCACTGTGTTTTTGTCCC;SOR=0.703;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=42;WE=57075387;WS=57075369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,86:0.54:159
chr16	57075781	rs289727	C	T	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=268;ReadPosRankSum=1.093;SC=GGCCTGGCAGCCCAGGGCTGT;SOR=0.801;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=21;WE=57075789;WS=57075771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr16	57076115	rs158482	T	G	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=15;PP=468;SC=CAATGTAAGTTCTCGGTGAAG;SOR=1.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=27;WE=57076123;WS=57076105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	57080528	rs289723	C	A	4329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=101;PP=2628;ReadPosRankSum=0.511;SC=AGGGTTCCGTCAGCGCTGCAT;SOR=0.674;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=413;TCF=200;TCR=213;TR=199;WE=57080536;WS=57080518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,215:0.48:445
chr16	57095842	rs142124514	AAAAG	A	854.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.50;ReadPosRankSum=-2.101;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,28:0.31:90
chr16	57103579	rs289710	G	A	2521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=42;PP=1506;ReadPosRankSum=-0.388;SC=TCCAAGCTCTGTGGTGGCTTA;SOR=0.597;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=217;TCF=140;TCR=77;TR=116;WE=57103587;WS=57103569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,123:0.53:232
chr16	57103854	rs289711	T	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.164;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=399;ReadPosRankSum=-1.104;SC=GTGGAGGGATTGGGGACAAGT;SOR=0.437;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=75;TCF=20;TCR=55;TR=38;WE=57103862;WS=57103844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr16	57111232	rs11864231	C	T	5738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=1.842;SC=AGATTGGAGACGCTGGTGTCC;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=563;TCF=269;TCR=294;TR=264;WE=57111240;WS=57111222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,287:0.47:606
chr16	57111364	rs34702866	G	C	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=593;ReadPosRankSum=0.357;SC=GCCCCTAGCTGAGGCCAGCAT;SOR=0.822;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=21;TCR=60;TR=36;WE=57111372;WS=57111354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
chr16	57111825	rs27392	T	C	5779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=2.424;SC=GCAGGCCCAGTACTCAATGCT;SOR=0.641;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=629;TCF=329;TCR=300;TR=275;WE=57111833;WS=57111815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:376,289:0.43:665
chr16	57113229	rs42221	A	G	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.999;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=49;PP=1503;ReadPosRankSum=-0.262;SC=CTGCCTGCCTAGGGGACCAGT;SOR=0.479;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=189;TCF=85;TCR=104;TR=94;WE=57113237;WS=57113219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,97:0.48:201
chr16	57114924	rs154045	A	G	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.20;ReadPosRankSum=1.039;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr16	57114982	rs154044	C	T	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=26;PP=823;ReadPosRankSum=1.376;SC=GCTCTCCTGCCGCTGACTTTG;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=69;TCR=44;TR=67;WE=57114990;WS=57114972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,78:0.59:132
chr16	57115274	rs154043	T	C	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.914;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=658;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCAGCCTTCCTGCTGCACCTG;SOR=0.136;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=36;WE=57115282;WS=57115264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr16	57115604	rs77008839	C	T	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.737;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=32;PP=690;ReadPosRankSum=0.029;SC=CTGGAGGAGGCGGCAGGGCCT;SOR=1.270;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=70;TCF=12;TCR=58;TR=37;WE=57115612;WS=57115594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,40:0.53:76
chr16	57116287	rs27195	A	G	3347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=61;PP=2169;ReadPosRankSum=0.065;SC=ACAGATGGCAAAGATGGGAGG;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=311;TCF=181;TCR=130;TR=147;WE=57116295;WS=57116277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,159:0.47:336
chr16	57116514	rs27194	T	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.344;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=36;PP=744;ReadPosRankSum=-0.666;SC=ACTGGGATAATTGACTCAGGA;SOR=0.302;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=67;TCF=7;TCR=60;TR=41;WE=57116522;WS=57116504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,41:0.60:68
chr16	57155457	rs4783976	T	C	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=2;PP=686;SC=GTGGACATCCTGGGAGGCTCC;SOR=3.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=57155465;WS=57155447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	57157206	rs2305696	C	T	4995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.86;SOR=1.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr16	57159248	rs4784771	C	T	3275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.077;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=70;PP=1778;ReadPosRankSum=2.102;SC=ATCGGGGAGACGGGCACTGCT;SOR=0.616;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=311;TCF=166;TCR=145;TR=144;WE=57159256;WS=57159238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,166:0.48:347
chr16	57159402	rs4784772	A	G	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.190;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=501;ReadPosRankSum=2.369;SC=GCAAAGTTAGACGGGAAGAAA;SOR=0.454;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=30;WE=57159410;WS=57159392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr16	57171233	rs2305693	C	G	18731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=233;NR=411;PP=2965;SC=CCAGGAAACACGCACGTCCTC;SOR=1.447;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=644;TCF=233;TCR=411;TR=644;WE=57171241;WS=57171223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,679:1.00:679
chr16	57197745	rs62037356	G	T	6033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=70;PP=2965;SC=TATAAACTCTGGCCTGGTAAT;SOR=1.257;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=131;TCR=70;TR=201;WE=57197753;WS=57197735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr16	57249981	rs11391063	A	AT	3190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.100;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.552;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,255:0.55:466
chr16	57255363	rs7206038	T	C	3080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=59;PP=1509;SC=ATGGGAGCAGTGGCAGTTTGC;SOR=1.188;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=104;WE=57255381;WS=57255353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	57261146	rs11643790	A	C	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.465;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=22;PP=1745;ReadPosRankSum=1.708;SC=CATCATCCAGAAAGCTTAGAA;SOR=1.917;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=64;TCR=23;TR=86;WE=57261154;WS=57261136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr16	57272961	rs3217258	ACT	A	459.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=684;ReadPosRankSum=0.137;SC=GAAAAAAAAAACTCTCTAATC;SOR=0.774;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=0;TCR=54;TR=19;WE=57272970;WS=57272950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr16	57392733	rs4359426	A	C	9327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=168;NR=150;PP=2965;SC=CAGAGCATGGATCGCCTACAG;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=318;TCF=168;TCR=150;TR=318;WE=57392741;WS=57392723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr16	57481305	rs178602	T	C	2775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=31;PP=1376;SC=CTCCACGCCTTGCGCCTCTCG;SOR=1.201;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=85;WE=57481313;WS=57481295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr16	57486613	rs686402	C	T	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=12;PP=472;SC=AATGTCTTCCCAGCATGTGCT;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=57486621;WS=57486603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	57494178	rs223868	T	C	2359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.78;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	57495026	rs223870	T	C	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	57496494	rs178601	A	G	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=14;PP=584;SC=GACGCTCGGCAGTTCTGGCCT;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=57496502;WS=57496484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	57499841	rs223839	A	G	3802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=77;NR=55;PP=2043;SC=GCTAAACTCCATGTCTGCTTC;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=77;TCR=55;TR=132;WE=57499849;WS=57499831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr16	57499902	rs4937	T	C	3891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=52;PP=2494;SC=ATTCCTCAGTTCTTCATGATG;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=76;TCR=52;TR=128;WE=57499910;WS=57499892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	57503213	rs601194	C	T	13771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=250;NR=245;PP=2965;SC=CCGGTCAGTGCGGGAGAGCAT;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=497;TCF=251;TCR=246;TR=495;WE=57503221;WS=57503203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,529:1.00:529
chr16	57503773	rs223874	G	A	3895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=102;PP=2898;SC=GCTTTAGACCGTTTTTCCAGA;SOR=2.355;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=34;TCR=102;TR=136;WE=57503781;WS=57503763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr16	57507777	rs11458669	T	TC	1585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.275;NF=4;NR=37;PP=1296;ReadPosRankSum=0.000;SC=CGTTCCCCCCTCCCCCCGTAC;SOR=2.019;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=68;TCF=14;TCR=54;TR=41;WE=57507785;WS=57507767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr16	57508960	rs477025	T	C	3495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=4.663;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.88;MQRankSum=0.000;QD=26.28;ReadPosRankSum=1.360;SOR=2.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,131:0.98:133
chr16	57509164	rs223877	A	G	4175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=75;PP=2583;SC=ATGCAGCTCCAGAGCCCGGTA;SOR=0.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=68;TCR=75;TR=143;WE=57509172;WS=57509154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr16	57509956	rs2074545	G	C	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=66;PP=1550;SC=GCCTGCCACAGGGGGCGGTGC;SOR=1.825;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=31;TCR=66;TR=97;WE=57509964;WS=57509946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	57551966	rs28649020	A	T	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=5.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.210;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=7;PP=1102;ReadPosRankSum=-0.436;SC=TGGCCACTCCACTCCTTGCCC;SOR=1.196;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=148;TCF=126;TCR=22;TR=61;WE=57551974;WS=57551956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,67:0.41:162
chr16	57552088	rs28756858	T	C	8567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1020;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=217;NR=208;PP=2962;ReadPosRankSum=1.695;SC=CTCCGACCTGTGCCCGCAGCT;SOR=0.614;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=955;TCF=494;TCR=461;TR=425;WE=57552096;WS=57552078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:570,448:0.44:1018
chr16	57555076	rs28446687	C	T	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.655;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=539;ReadPosRankSum=-0.503;SC=TCCTGCTCAACGCCAGTTTAT;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=130;TCF=56;TCR=74;TR=48;WE=57555084;WS=57555066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,56:0.40:139
chr16	57562423	rs8045906	T	C	2680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=1.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=1.076;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,144:0.43:334
chr16	57562804	rs12935069	G	A	12593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,499:1.00:499
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chr16	57689385	rs1801257	C	G	2207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.466;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=33;PP=1217;ReadPosRankSum=-0.828;SC=AAGGCCGGAGCGGGGAGGCTG;SOR=0.996;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=196;TCF=113;TCR=83;TR=89;WE=57689393;WS=57689375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,107:0.48:222
chr16	57689805	rs1801255	A	C	2941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=56;PP=1408;ReadPosRankSum=1.062;SC=ATTCCAGCCAAGTCCTGGGTG;SOR=0.733;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=241;TCF=131;TCR=110;TR=130;WE=57689813;WS=57689795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,145:0.55:263
chr16	57689883	rs1376041	T	C	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.109;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=46;PP=1178;ReadPosRankSum=0.833;SC=TGGTGCTCACTTTCCAGCACC;SOR=1.402;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=140;TCF=63;TCR=77;TR=74;WE=57689891;WS=57689873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,75:0.51:147
chr16	57690606	rs11866912	C	A	2476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.333;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=71;PP=1660;ReadPosRankSum=0.395;SC=TTCATATATTCAGTCATTTAT;SOR=0.545;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=232;TCF=83;TCR=149;TR=115;WE=57690614;WS=57690596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,118:0.50:237
chr16	57691265	rs2305309	C	A	3830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.399;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=71;PP=2181;ReadPosRankSum=-0.568;SC=GGCCAGCTCTCTCCTGTCTCC;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=302;TCF=174;TCR=128;TR=175;WE=57691273;WS=57691255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,187:0.57:328
chr16	57693247	rs60907901	G	A	2522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.56;ReadPosRankSum=2.914;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,114:0.61:186
chr16	57713250	rs4238795	C	T	8943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=121;NR=186;PP=2965;SC=GGCCTGGCAGCCACTGCAGGG;SOR=1.271;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=307;TCF=121;TCR=186;TR=307;WE=57713258;WS=57713240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr16	57713536	rs4784006	G	A	5935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=141;NR=55;PP=2965;SC=ACAGTCGCACGCTTCACACGC;SOR=2.016;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=141;TCR=56;TR=196;WE=57713544;WS=57713526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr16	57722328	rs12444859	C	T	6275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=115;NR=89;PP=2965;SC=CAGTCTCCTCCTCTACTGCAA;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=116;TCR=90;TR=204;WE=57722336;WS=57722318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr16	57722576	rs11648336	T	A	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=504;SC=TAAGCAGGTTTGCAAGGCTCT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=57722584;WS=57722566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	57735852	.	C	T	7609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=192;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.202;SC=GACCAGCCCTCGCACCTGTAC;SOR=0.625;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=628;TCF=352;TCR=276;TR=347;WE=57735860;WS=57735842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,360:0.54:663
chr16	57735900	rs7196016	G	C	25316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=944;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,944:1.00:944
chr16	57741346	rs12933056	C	T	3565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=17;PP=2589;SC=CCATCTGACTCGTAGTCACCC;SOR=3.086;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=87;TCR=17;TR=104;WE=57741354;WS=57741336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	57741612	rs2122486	G	C	9610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=156;NR=183;PP=2965;SC=GGGGGAGCTGGGTGGGTGTGG;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=339;TCF=156;TCR=183;TR=339;WE=57741620;WS=57741602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr16	57756643	rs3809611	C	T	10495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr16	57762401	rs2923147	T	C	2020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=1.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.380;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,107:0.49:219
chr16	57778488	rs2967152	A	G	6931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=126;PP=2965;SC=CTGCAGTTGTACTGCTTCCTC;SOR=1.045;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=98;TCR=126;TR=224;WE=57778496;WS=57778478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr16	57778550	rs2967153	C	G	3285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=72;PP=2245;SC=AGCACTAACCCGGCAGTGTGG;SOR=1.589;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=36;TCR=72;TR=108;WE=57778558;WS=57778540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	57785138	rs9938236	C	T	4773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=102;PP=2815;ReadPosRankSum=-0.850;SC=CTGACCTCTCCTGACTCTGCC;SOR=0.705;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=500;TCF=283;TCR=217;TR=232;WE=57785146;WS=57785128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,247:0.47:530
chr16	57785813	rs34438625	T	C	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.593;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=35;PP=914;ReadPosRankSum=1.188;SC=GCAGCCAAGATGCCTGGTCAC;SOR=0.622;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=136;TCF=80;TCR=56;TR=79;WE=57785821;WS=57785803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,87:0.56:156
chr16	57786517	rs2965797	C	T	2690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.432;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=69;PP=1567;ReadPosRankSum=0.709;SC=CCGTCAGGTACGCAGGCTGTG;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=273;TCF=122;TCR=151;TR=127;WE=57786525;WS=57786507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,135:0.47:287
chr16	57786711	rs2965798	C	T	2019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=35;PP=1223;ReadPosRankSum=0.549;SC=TCAACCCAGACGGCTGCTGCC;SOR=0.730;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=179;TCF=105;TCR=74;TR=91;WE=57786719;WS=57786701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,99:0.51:196
chr16	57787027	rs12922275	C	T	12321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1072;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=286;NR=290;PP=2962;ReadPosRankSum=0.874;SC=TCTCCTCCTACGTGGTGGATC;SOR=0.670;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=1008;TCF=505;TCR=503;TR=576;WE=57787035;WS=57787017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:469,598:0.56:1067
chr16	57790161	rs34131744	G	T	4267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.942;SC=TGTATGTGTGGGTGTGTCTGT;SOR=0.840;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=455;TCF=269;TCR=186;TR=228;WE=57790169;WS=57790149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,213:0.47:456
chr16	57792688	rs71387192	G	A	10135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=948;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=221;NR=240;PP=2962;ReadPosRankSum=0.274;SC=GAGGGGAGACGGGGCAGAAGA;SOR=0.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=890;TCF=424;TCR=466;TR=461;WE=57792696;WS=57792678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:459,486:0.51:945
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chr16	57794888	rs2965799	A	T	5740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.231;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=1.912;SC=GGCACCCACCAGATCAGGCCT;SOR=0.554;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=625;TCF=306;TCR=319;TR=282;WE=57794896;WS=57794878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:367,292:0.44:659
chr16	57795343	rs12920931	G	A	10619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=914;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.874;NF=262;NR=240;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.680;SC=TGTCGTCCACGCTCTGCACTT;SOR=0.698;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=889;TCF=468;TCR=421;TR=502;WE=57795351;WS=57795333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:394,519:0.57:913
chr16	57795394	rs2967172	G	A	6834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=815;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.881;NF=170;NR=179;PP=2962;ReadPosRankSum=0.891;SC=GCCCACTGCCGTCTGGGCACA;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=791;TCF=380;TCR=411;TR=349;WE=57795402;WS=57795384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:457,357:0.44:814
chr16	57797913	rs11649013	C	T	5155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=0.037;SC=AGGGCTAACACAGATAACTAC;SOR=0.577;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=537;TCF=352;TCR=185;TR=242;WE=57797921;WS=57797903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,256:0.45:574
chr16	57803680	rs12148935	C	T	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=47;PP=1567;ReadPosRankSum=0.083;SC=GGATGAGGGGCCGCGGCGTGG;SOR=0.725;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=256;TCF=158;TCR=98;TR=120;WE=57803688;WS=57803670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,131:0.47:281
chr16	57803911	rs3803590	A	G	9867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=202;PP=2965;SC=GGTGCGGGAGAGAGAGGGGCA;SOR=1.191;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=341;TCF=138;TCR=203;TR=339;WE=57803919;WS=57803901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr16	57805048	rs2967166	A	G	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=13;PP=827;SC=CTTATGGGCTAGCCCTGCCCC;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=43;WE=57805056;WS=57805038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	57805078	rs2965790	C	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.06;ReadPosRankSum=-1.582;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,31:0.42:74
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chr16	57806030	rs2965789	A	G	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=5;PP=924;SC=AGGGTGGGATATGCGGGCTCA;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=57806038;WS=57806021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	57829099	rs71387196	A	C	2641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.001;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=61;PP=1715;ReadPosRankSum=1.906;SC=ACCACTGGCCAAAGACTGCTA;SOR=0.900;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=202;TCF=93;TCR=109;TR=109;WE=57829107;WS=57829089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,118:0.53:222
chr16	57850141	rs1477404	C	G	2055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=34;PP=1136;ReadPosRankSum=2.963;SC=AACCGAGGCCCGGAAAGTGTC;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=184;TCF=112;TCR=72;TR=89;WE=57850149;WS=57850131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,104:0.51:205
chr16	57922084	rs11864445	T	G	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.835;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=595;ReadPosRankSum=-0.279;SC=GGTGGTGATTTTGGCTGGTGA;SOR=0.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=25;TCR=75;TR=43;WE=57922092;WS=57922074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,48:0.44:108
chr16	57937856	rs413562	G	C	3434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=67;PP=1690;SC=AGGTCTGTCCGGCGGTGGCGG;SOR=1.072;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=53;TCR=68;TR=119;WE=57937864;WS=57937846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr16	57937895	rs437920	G	A	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=51;PP=1472;SC=TCTGGGGGAAGGGTTATGGGA;SOR=1.788;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=74;WE=57937903;WS=57937885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	57946973	rs434961	A	G	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.058;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=648;ReadPosRankSum=0.615;SC=ACGGGCGCCGAGACTCAGGGC;SOR=0.349;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=112;TCF=34;TCR=78;TR=45;WE=57946981;WS=57946963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,48:0.40:121
chr16	57949251	rs483053	G	A	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.27;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,93:0.46:201
chr16	57950057	rs376270	G	A	3209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=0.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.620;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,169:0.46:366
chr16	57950178	rs440565	G	C	7612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr16	57950270	rs4784871	C	T	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=642;ReadPosRankSum=1.366;SC=GAGGAGGGATCTGTTCTGGTC;SOR=0.919;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=37;WE=57950278;WS=57950260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr16	57951394	rs3991715	T	G	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=34;PP=867;ReadPosRankSum=1.721;SC=TGGGGAAGGTTGACGGGGACG;SOR=0.620;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=49;WE=57951402;WS=57951384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,50:0.65:77
chr16	57951421	rs691490	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=72;ReadPosRankSum=-0.325;SC=CATCAGCCAGGCAAGGCTCTT;SOR=0.593;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=10;WE=57951429;WS=57951411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr16	57952870	rs489106	A	G	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.963;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=10;PP=971;ReadPosRankSum=-0.892;SC=TGAAAGGTATAAAAGATCATG;SOR=0.877;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=99;TCF=81;TCR=18;TR=50;WE=57952878;WS=57952860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,47:0.46:102
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chr16	57973989	rs2303779	G	A	4910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.703;SC=CCAAGAGGGGGCCTCGCAGGA;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=464;TCF=280;TCR=184;TR=222;WE=57973997;WS=57973979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,234:0.49:482
chr16	57974240	rs2303778	G	A	3144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.626;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=90;PP=2069;ReadPosRankSum=-0.459;SC=GACCCGGGGCGGGGTGGGGAG;SOR=0.946;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=382;TCF=148;TCR=234;TR=139;WE=57974248;WS=57974230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,155:0.38:405
chr16	57984483	rs152143	G	A	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=56;PP=1676;SC=TGGGATGTGCGGGAGAGTGGG;SOR=3.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=12;TCR=56;TR=68;WE=57984491;WS=57984473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	57991123	rs34759686	GC	G	3216.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=29;PP=2097;SC=GACCCTAACTGCCCCCCTGTG;SOR=1.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=67;WE=57991131;WS=57991113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	57991317	rs503686	C	T	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.262;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=40;PP=904;ReadPosRankSum=-1.801;SC=AATCCTGCCACGGCCTCTTCA;SOR=0.487;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=124;TCF=48;TCR=76;TR=67;WE=57991325;WS=57991307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,74:0.53:139
chr16	57992119	rs399634	T	A	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.357;NF=43;NR=3;PP=965;ReadPosRankSum=-0.801;SC=CCTCCCCCGCTGACTGTGAAC;SOR=0.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=62;TCR=4;TR=46;WE=57992127;WS=57992117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr16	57992229	rs147036428	G	GGGTCCCTTCTTCCTACTGTGCCTTCACACCCCAGGGACACA	8077.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FS=24.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.995;QD=16.93;ReadPosRankSum=-4.170;SOR=2.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:357,120:0.25:477
chr16	57996932	rs17821448	G	A	2886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=0.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=2.872;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,158:0.40:392
chr16	57996960	rs13336595	C	T	2869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=78;PP=1812;ReadPosRankSum=1.160;SC=CAGTACCCTGCGGCTGGGACT;SOR=0.613;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=303;TCF=141;TCR=162;TR=147;WE=57996968;WS=57996950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,151:0.45:334
chr16	57998345	rs3859043	C	T	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=0.315;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,81:0.59:137
chr16	58019065	rs35768173	TG	T	3137.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=29;PP=1433;SC=GGGCTTGTCCTGGGGGGGGGC;SOR=2.015;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=52;WE=58019078;WS=58019054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	58019070	rs2304485	G	C,T	2931.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=26,25;NR=15,14;PP=455,454;SC=TGTCCTGGGGGGGGGCGGATG;SOR=1.997;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=41,39;WE=58019078;WS=58019054;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.49,0.51:72
chr16	58019253	rs2304486	G	C	3121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.555;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=62;PP=1684;ReadPosRankSum=0.145;SC=GGGGTTGAGGGGGGAGGAGAC;SOR=0.334;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=324;TCF=196;TCR=128;TR=141;WE=58019261;WS=58019243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,153:0.46:335
chr16	58019396	rs9934227	G	A	24618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=969;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,962:1.00:962
chr16	58021395	rs2241771	A	C	9806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=148;NR=220;PP=2965;SC=CTGGCCAGACAGAGGACTTAT;SOR=1.354;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=368;TCF=148;TCR=220;TR=368;WE=58021403;WS=58021385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr16	58030401	rs3743555	T	C	5274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=129;NR=48;PP=2965;SC=GTCAGGCTGGTAGGGGCCACA;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=179;TCF=129;TCR=50;TR=177;WE=58030409;WS=58030391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr16	58030634	rs3743556	C	T	19958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=768;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=362;NR=365;PP=2965;ReadPosRankSum=0.432;SC=ACTTGTAGGGCTTCTCGCCTG;SOR=0.239;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=733;TCF=367;TCR=366;TR=727;WE=58030642;WS=58030624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,763:1.00:764
chr16	58035652	rs12599089	A	T	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=11.461;HP=11;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=667;ReadPosRankSum=1.589;SC=CCTCCCCCCCACCCCAGACAA;SOR=5.207;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=25;WE=58035660;WS=58035642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr16	58036347	rs3743560	G	A	9096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=193;NR=112;PP=2965;SC=ATGCTAACAGGATAAATGTAC;SOR=1.257;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=305;TCF=193;TCR=112;TR=305;WE=58036355;WS=58036337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr16	58051178	rs4784022	C	T	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=4;PP=771;SC=TGCTCGGCTGCGCAGATGGCT;SOR=2.891;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=58051186;WS=58051168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	58053161	rs3743562	C	T	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=26;PP=697;SC=TTATTAACAACACAGATCTTT;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=58053169;WS=58053151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	58200464	rs112507755	ACT	A	406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=4.467;QD=1.49;ReadPosRankSum=-0.914;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,36:0.13:273
chr16	58296542	rs9923694	T	C	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.45;SOR=3.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	58296545	rs3815802	G	A	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=3.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	58313566	rs6499945	T	G	3834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.80;SOR=1.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	58313578	rs71155257	CT	C	1293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=0.615;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,84:0.73:115
chr16	58318604	rs3815803	T	C	7831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=145;NR=137;PP=2965;SC=CTCAGGACACTCATCGTCATG;SOR=0.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=146;TCR=137;TR=282;WE=58318612;WS=58318594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr16	58318721	rs11313996	AT	A	641.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=1.049;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,51:0.82:62
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chr16	58429241	rs80236227	A	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=1.036;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr16	58528736	rs371388096	T	TA,TAA	1856.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.190;QD=19.14;ReadPosRankSum=-1.166;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,21,65:0.22,0.67:97
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chr16	58537897	rs2427787	G	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=530;ReadPosRankSum=-0.722;SC=GGCCCTGTCAGCCCCACTCAC;SOR=0.558;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=21;TCR=67;TR=35;WE=58537905;WS=58537887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr16	58538662	rs9928398	C	T	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=518;ReadPosRankSum=-1.814;SC=TCCCTGCTCTCGCTTCTCCTC;SOR=0.681;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=20;TCR=56;TR=36;WE=58538670;WS=58538652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,36:0.45:80
chr16	58540062	rs2550426	C	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=11.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=-3.401;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,21:0.25:83
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chr16	58545426	rs42945	A	G	3304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=68;PP=1898;ReadPosRankSum=0.915;SC=GCACCCACTCAGAGAGCAGCG;SOR=0.643;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=355;TCF=200;TCR=155;TR=157;WE=58545434;WS=58545416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,173:0.46:378
chr16	58549932	rs4784046	T	C	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=1.878;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,57:0.44:129
chr16	58550028	.	T	TGGGGCGGGGC	141.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=0;PP=2990;SC=GCTAGGGCCCTGGGGCGGGGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=5;WE=58550036;WS=58550018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	58550300	rs77328516	A	AAC	7644.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.442;NF=22;NR=58;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.712;SC=CTGCTGCAAGAAGTTTCCCCG;SOR=0.654;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=189;TCF=49;TCR=140;TR=80;WE=58550308;WS=58550290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,197:0.51:390
chr16	58552921	rs3607	G	A	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=52;PP=1167;ReadPosRankSum=-1.130;SC=AGTTGTTGGAGCTGACAAGTT;SOR=0.849;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=65;TCR=105;TR=83;WE=58552929;WS=58552911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,85:0.49:175
chr16	58561954	rs37057	T	C	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=510;ReadPosRankSum=-0.137;SC=GAAGGGGAGGTTGCAGTAAGC;SOR=0.512;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=35;WE=58561962;WS=58561944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr16	58566304	rs37060	G	A	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.910;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=53;PP=1176;ReadPosRankSum=0.171;SC=AAGGACCTACGTAAAACACAA;SOR=0.854;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=165;TCF=65;TCR=100;TR=85;WE=58566312;WS=58566294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,94:0.53:177
chr16	58571185	rs2244453	C	T	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=5.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.58;ReadPosRankSum=-1.790;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,50:0.50:101
chr16	58571189	rs2243463	T	C	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.23;ReadPosRankSum=-0.991;SOR=0.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,44:0.47:94
chr16	58573901	rs246194	G	A	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=411;ReadPosRankSum=-2.248;SC=AGAGACAAAAGAATGTTAAGG;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=26;WE=58573909;WS=58573891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr16	58573946	rs246195	C	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=256;ReadPosRankSum=0.703;SC=TAGAGGTCTACTAGTATGTTT;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=13;WE=58573954;WS=58573936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr16	58577315	rs5817153	GA	G	951.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=1.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.986;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.120;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,81:0.47:173
chr16	58577421	rs41260	C	T	2738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.612;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.276;NF=66;NR=47;PP=1567;ReadPosRankSum=-0.534;SC=TAAGTGGTAACGCCCAGTGCC;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=207;TCF=120;TCR=87;TR=113;WE=58577429;WS=58577411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,127:0.55:229
chr16	58579158	rs42947	A	C	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.152;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=369;ReadPosRankSum=0.733;SC=CAAACTCTACAACCTAGGAAT;SOR=1.086;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=28;WE=58579166;WS=58579148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
chr16	58579274	rs246258	C	T	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=30;PP=761;ReadPosRankSum=1.245;SC=CTGTTGGATTCAGAGTAATGT;SOR=0.718;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=130;TCF=71;TCR=59;TR=68;WE=58579282;WS=58579264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,76:0.51:149
chr16	58580519	rs246197	A	C	2442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=40;PP=2962;ReadPosRankSum=0.713;SC=CTTCACTGTAAGTTTTAATAA;SOR=0.768;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=217;TCF=135;TCR=82;TR=107;WE=58580538;WS=58580509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,118:0.51:231
chr16	58580530	rs173475	T	C	2777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=53;PP=2962;ReadPosRankSum=0.328;SC=GTTTTAATAATGTGAAGGCAA;SOR=0.657;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=249;TCF=148;TCR=101;TR=127;WE=58580538;WS=58580509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,137:0.52:263
chr16	58585178	.	TA	T	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.723;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,25:0.29:87
chr16	58589069	rs117610965	G	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.615;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=618;ReadPosRankSum=-0.149;SC=CCGAGATTGCGCCACTGCACT;SOR=1.270;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=78;TCF=54;TCR=24;TR=38;WE=58589077;WS=58589059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
chr16	58594340	rs71739184	AT	A	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=2.062;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.724;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
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chr16	58614733	rs72790275	C	T	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.783;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=550;ReadPosRankSum=-0.291;SC=AATGTTTTCACTAGGCTATTG;SOR=1.238;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=28;WE=58614741;WS=58614723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr16	58616984	rs17854029	T	C	4494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.324;SC=CATCTGTTAATCCTGAATGAG;SOR=0.612;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=487;TCF=250;TCR=237;TR=218;WE=58616992;WS=58616974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,225:0.45:502
chr16	58620995	rs12443835	A	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=-0.289;SC=ATAAAGAGAAATTAATTTCAG;SOR=0.074;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=58621003;WS=58620985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr16	58621603	rs72790280	C	T	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=22;PP=937;ReadPosRankSum=-0.402;SC=ATTAAGACATCACATTATGAG;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=157;TCF=109;TCR=48;TR=74;WE=58621611;WS=58621593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,79:0.48:164
chr16	58622596	rs34716647	TC	T	1648.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=1186;ReadPosRankSum=0.587;SC=CCAGCTACAATCACTTCCGGA;SOR=0.489;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=32;WE=58622604;WS=58622586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,52:0.44:119
chr16	58703878	rs200232590	CAA	C	2007.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=2.391;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.321;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,87:0.46:189
chr16	58703966	rs9923128	A	G	3301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=0.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.674;QD=8.53;ReadPosRankSum=-1.496;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,178:0.46:387
chr16	58704861	rs9806843	A	G	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=9;PP=543;ReadPosRankSum=-0.991;SC=TCTCTCCTGCATGTTTTGAGC;SOR=0.756;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=104;TCF=79;TCR=25;TR=43;WE=58704869;WS=58704851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,46:0.42:109
chr16	58705934	rs200662927	CAAAGG	C	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=635;ReadPosRankSum=-0.426;SC=CACACAAGGCCAAAGGACCAT;SOR=0.458;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=6;WE=58705953;WS=58705924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr16	58705944	rs200048425	T	TC	262.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.188;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=646;ReadPosRankSum=-1.512;SC=CAAAGGACCATGTTGGAAGCG;SOR=0.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=6;WE=58705953;WS=58705924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr16	58705945	rs62065312	G	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.719;SOR=0.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr16	58709824	rs146093943	TGG	T	1924.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.330;NF=33;NR=32;PP=820;ReadPosRankSum=-1.539;SC=TCCCAGGTCTTGGGGGGGGGG;SOR=0.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=152;TCF=76;TCR=76;TR=65;WE=58709833;WS=58709814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,90:0.46:195
chr16	58713798	rs7191331	G	A	5519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=1.126;SC=GCCCCCCGCAGTGCTGAAGGC;SOR=0.602;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=525;TCF=264;TCR=261;TR=251;WE=58713806;WS=58713788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,274:0.48:566
chr16	58743454	rs30842	A	C	8087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.638;SC=GTCAGCCATGACTTTCACTTC;SOR=0.260;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=282;TCF=137;TCR=145;TR=281;WE=58743462;WS=58743444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,303:1.00:304
chr16	58750604	rs1058192	G	A	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=13;PP=1639;SC=ATTGGCAGAGGCAAACATTAA;SOR=2.599;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=58;TCR=13;TR=71;WE=58750612;WS=58750594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	58757668	rs14221	A	C	7291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;PP=2965;SC=CGCTAGGCAGAACGTAAGGCT;SOR=0.772;Source=Platypus;TCF=121;WE=58757676;WS=58757658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr16	58757683	rs257636	A	G	6398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.210;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.833;SC=AAGGCTTTCCATTATCATCCC;SOR=0.382;Source=Platypus;TCF=113;WE=58757691;WS=58757673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,244:1.00:245
chr16	58767916	rs3217426	AGT	A	5626.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.227;NF=24;NR=58;PP=2987;ReadPosRankSum=0.546;SC=GTGGCAGAAAAGTGTGTGTGT;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=27;TCR=63;TR=82;WE=58767925;WS=58767906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,160:0.99:162
chr16	58768129	rs11558171	C	A	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=427;ReadPosRankSum=1.452;SC=TGCAGCAGGGCCATGGTGGAC;SOR=0.670;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=34;WE=58768137;WS=58768119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,39:0.51:76
chr16	59772759	.	CA	C	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=9.07;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr16	60393404	rs2407146	T	A	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.993;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.772;NF=15;NR=23;PP=502;ReadPosRankSum=-0.792;SC=ATCCCACCTGTCTGGAAAAGA;SOR=0.489;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=38;WE=60393412;WS=60393394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr16	61689597	rs34124175	A	G	2419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=66;PP=1446;ReadPosRankSum=1.253;SC=TGAATCCATTATGCTTTGCCA;SOR=0.592;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=87;TCR=127;TR=111;WE=61689605;WS=61689587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,117:0.50:234
chr16	64982033	rs2280394	C	T	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.768;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=1073;ReadPosRankSum=2.071;SC=GGTAAGCATTCGTTAAGTCCA;SOR=0.385;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=149;TCF=65;TCR=84;TR=74;WE=64982041;WS=64982023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,82:0.50:163
chr16	65005462	rs12597529	G	A	3717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.384;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=66;PP=2159;ReadPosRankSum=0.329;SC=CTCTGAATGCGTAGGAACCTT;SOR=0.653;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=341;TCF=206;TCR=135;TR=171;WE=65005470;WS=65005452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,181:0.50:364
chr16	65015908	rs35214	C	G	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.835;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=13;PP=684;ReadPosRankSum=0.203;SC=CCTCTTGACTCTAAAATTCCC;SOR=0.603;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=47;WE=65015916;WS=65015898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,53:0.60:89
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chr16	65016285	rs35212	C	A	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=55;PP=1600;SC=TTTATAGGGACGAGTGAATAT;SOR=1.477;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=84;WE=65016293;WS=65016275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr16	65025718	rs35195	G	A	2513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.233;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=46;PP=1407;ReadPosRankSum=-1.149;SC=CAGTGTGATCGTCACTTTGGT;SOR=1.040;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=273;TCF=156;TCR=117;TR=117;WE=65025726;WS=65025708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,127:0.43:296
chr16	65025849	rs35194	A	G	5420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=99;PP=2965;SC=CTGGACAGGTAAGCAGGCAAC;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=77;TCR=99;TR=176;WE=65025857;WS=65025839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr16	65038674	rs35182	G	A	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=39;PP=1223;ReadPosRankSum=0.627;SC=CATGGAAGGAGGGCCGCAGGT;SOR=0.667;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=144;TCF=77;TCR=67;TR=81;WE=65038682;WS=65038664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,94:0.56:167
chr16	66420885	rs1130844	C	T	3232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.542;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=75;PP=1883;ReadPosRankSum=0.462;SC=AGGACACTGGCGAAAACCTGG;SOR=0.446;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=302;TCF=139;TCR=163;TR=150;WE=66420893;WS=66420875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,162:0.49:328
chr16	66432423	rs1049970	T	C	4526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=2.960;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,224:0.53:423
chr16	66434571	rs6499082	G	C	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=6;PP=699;ReadPosRankSum=-0.337;SC=AGCAGCCCAGGGAGCACGCAG;SOR=0.678;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=77;TCF=64;TCR=13;TR=39;WE=66434579;WS=66434561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,43:0.52:82
chr16	66436460	rs113672170	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=6.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.73;ReadPosRankSum=-2.210;SOR=0.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr16	66437131	rs1063438	A	T	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=35;PP=743;ReadPosRankSum=-1.900;SC=GGCCAGTCAGACGCCAGGCAC;SOR=0.990;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=90;TCF=20;TCR=70;TR=43;WE=66437139;WS=66437121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,53:0.51:104
chr16	66511627	rs11075636	A	G	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=715;ReadPosRankSum=-1.177;SC=AGGAGGCCTCATGGGGAAGGG;SOR=0.573;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=137;TCF=62;TCR=75;TR=62;WE=66511635;WS=66511617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,71:0.46:155
chr16	66601057	rs377761335	CT	C	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=4.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=3.444;QD=1.48;ReadPosRankSum=-1.197;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,55:0.30:183
chr16	66656147	rs355947	T	C	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=44;PP=1066;ReadPosRankSum=-1.236;SC=CCAGCACAGTTAGTCCTCGGG;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=61;TCR=94;TR=74;WE=66656155;WS=66656137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,87:0.51:169
chr16	66657471	rs355949	G	A	4667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=93;PP=2731;ReadPosRankSum=0.797;SC=AAAGCAACTGGAGAACTTTCA;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=351;TCF=185;TCR=166;TR=196;WE=66657479;WS=66657461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,220:0.57:388
chr16	66730506	.	TCGC	T	637.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=281;ReadPosRankSum=-0.252;SC=GGCCGCCGCATCGCCGCCGCC;SOR=0.527;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=7;WE=66730516;WS=66730496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr16	66757487	.	G	GT	815.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=5.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=3.377;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.858;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,89:0.34:259
chr16	66757728	rs77481802	GA	G	568.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.185;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.970;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,54:0.45:121
chr16	66759682	rs2305311	C	A	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.505;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=787;ReadPosRankSum=1.868;SC=TCCATCCTTGCAGCACTACTC;SOR=0.887;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=102;TCF=66;TCR=36;TR=52;WE=66759690;WS=66759672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,58:0.50:117
chr16	66759976	rs2305310	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=99;ReadPosRankSum=-1.259;SC=AACATTCATTCGCTACGATGC;SOR=0.307;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=9;WE=66759984;WS=66759966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr16	66762847	rs12599882	T	C	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=9;PP=657;ReadPosRankSum=-0.311;SC=GCAAGCTCTTTGTGACTTCCC;SOR=0.584;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=81;TCF=66;TCR=15;TR=43;WE=66762855;WS=66762837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,46:0.53:87
chr16	66768395	rs201846587	G	GT	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=2.108;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr16	66776657	rs4407052	G	A	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=627;ReadPosRankSum=-0.338;SC=GGAAGATCTTGAAGGTGACAG;SOR=1.305;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=88;TCF=26;TCR=62;TR=40;WE=66776665;WS=66776647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,44:0.48:92
chr16	66789125	rs11075643	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=107;ReadPosRankSum=1.617;SC=TGAGATGCAAATAAGTGCTTA;SOR=0.053;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=7;WE=66789133;WS=66789115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr16	66792714	rs363156	T	C	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.87;ReadPosRankSum=-1.327;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,85:0.43:198
chr16	66793226	rs363157	T	C	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.09;ReadPosRankSum=-1.083;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,77:0.45:172
chr16	66801241	rs34069156	C	CA	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=1.758;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,12:0.23:53
chr16	66812653	rs363161	T	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=416;ReadPosRankSum=-0.073;SC=TCCTTCCACCTGTGAGAAACT;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=79;TCF=60;TCR=19;TR=30;WE=66812661;WS=66812643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,31:0.37:84
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chr16	66839540	.	CA	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.135;SOR=1.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,13:0.25:53
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chr16	66946894	rs150509525	CGT	C	1822.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FS=3.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.089;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.960;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,91:0.32:284
chr16	67036913	rs117385661	G	C	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.225;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=871;ReadPosRankSum=1.625;SC=CAGATGCCCAGAACAGCCCAG;SOR=0.943;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=125;TCF=74;TCR=51;TR=64;WE=67036921;WS=67036903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,68:0.52:132
chr16	67197776	rs5817616	C	CG	2294.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=58;PP=1506;ReadPosRankSum=-0.603;SC=TGAGAGGGAACGGGGGGGGTG;SOR=0.908;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=86;TCF=13;TCR=73;TR=66;WE=67197784;WS=67197766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,89:0.91:98
chr16	67221050	rs9924876	A	G	10510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=187;NR=172;PP=2965;SC=GCCTGGAGATAGGTGGCCTGG;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=359;TCF=187;TCR=172;TR=359;WE=67221058;WS=67221040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr16	67229793	.	ACAG	A	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.897;ClippingRankSum=0.000;DP=666;ExcessHet=3.0103;FS=0.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.08;ReadPosRankSum=-0.468;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:448,61:0.12:509
chr16	67233266	rs12923138	A	C	3509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.374;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=79;PP=2079;ReadPosRankSum=-0.091;SC=GATTGCCATCAAGATGCGTGA;SOR=0.657;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=337;TCF=163;TCR=174;TR=155;WE=67233274;WS=67233256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,175:0.47:375
chr16	67233688	rs200909508	C	T	9313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=885;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=235;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.527;SC=GCCCCAAGCTCGGCCTTCCGA;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=858;TCF=464;TCR=394;TR=430;WE=67233696;WS=67233678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:434,445:0.51:879
chr16	67300016	.	TGAG	T	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=5.205;QD=1.02;ReadPosRankSum=-1.126;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,17:0.10:168
chr16	67315128	rs78476762	C	T	675.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=-4.834;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,45:0.35:130
chr16	67316600	rs7200919	G	A	5738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=655;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.063;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:338,311:0.48:649
chr16	67324957	rs27860	T	C	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=61;PP=1367;SC=AGATGCAGAGTGGGGACTTCT;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=31;TCR=62;TR=91;WE=67324965;WS=67324947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr16	67327642	rs145649592	C	T	2927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=56;PP=1785;ReadPosRankSum=0.603;SC=GAAGCAGCCTCGCTTCCCAAG;SOR=0.682;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=132;TCR=104;TR=127;WE=67327650;WS=67327632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,138:0.53:260
chr16	67333425	.	C	T	3421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=72;PP=2047;ReadPosRankSum=0.205;SC=GCTGGCTGTGCGGGCCCCCTT;SOR=0.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=328;TCF=176;TCR=152;TR=156;WE=67333433;WS=67333415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,172:0.49:350
chr16	67384060	.	CT	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=2.346;QD=1.10;ReadPosRankSum=0.687;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,21:0.27:77
chr16	67571633	.	G	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=508;ReadPosRankSum=-0.493;SC=CGCCGATGCCGGGGTGGAGGC;SOR=0.871;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=32;WE=67571641;WS=67571623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
chr16	67660355	.	CA	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=-0.186;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr16	67670472	.	GTA	G	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.745;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.977;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,25:0.27:92
chr16	67687983	.	CGG	C	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr16	67691668	rs6979	A	G	3767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=70;PP=2309;ReadPosRankSum=0.777;SC=CACTCACCTGACAGCTTGGAC;SOR=0.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=349;TCF=188;TCR=161;TR=158;WE=67691676;WS=67691658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,179:0.47:378
chr16	67805993	rs35741053	C	CA	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=4.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=0.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,27:0.36:74
chr16	67863451	rs3743733	T	C	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=439;ReadPosRankSum=-0.070;SC=TCACAGGGATTCCAGGCCTGA;SOR=0.813;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=31;WE=67863459;WS=67863441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr16	67876823	rs377516180	ACAG	A	1053.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=4.663;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.242;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:447,62:0.12:509
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chr16	67979423	rs17851876	G	T	6224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=671;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.474;SC=CTCTCCAGCCGCAGGGCCGAG;SOR=0.759;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=637;TCF=287;TCR=350;TR=289;WE=67979431;WS=67979413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:365,303:0.45:668
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chr16	68057096	rs237831	T	C	6329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=124;PP=2965;SC=ACCGGCCGCGTTAGAGCCATG;SOR=1.224;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=83;TCR=124;TR=207;WE=68057104;WS=68057086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr16	68100461	rs2285912	C	T	2039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.280;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=50;PP=1210;ReadPosRankSum=0.810;SC=TGTGGTCCTCCTCCTCAGCTA;SOR=0.864;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=204;TCF=101;TCR=103;TR=91;WE=68100469;WS=68100451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,101:0.45:225
chr16	68112624	rs148601058	C	T	2144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.43;ReadPosRankSum=-0.167;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,56:0.53:105
chr16	68112627	rs144524020	A	C	2171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.92;ReadPosRankSum=-0.226;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,57:0.52:109
chr16	68155860	rs57424404	GT	G	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.187;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.128;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,30:0.26:117
chr16	68225515	rs12598	G	A	8916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=753;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=212;PP=2962;ReadPosRankSum=1.741;SC=CACAAAGTACGGGCCAGGGGG;SOR=0.747;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=725;TCF=334;TCR=391;TR=383;WE=68225528;WS=68225505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:352,398:0.53:750
chr16	68269820	rs150603076	C	T	6240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=687;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=1.133;SC=AGCCCAGGTCCCGTCCCAGCG;SOR=0.695;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=653;TCF=296;TCR=357;TR=294;WE=68269828;WS=68269810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:378,309:0.45:687
chr16	68282666	rs143338469	C	T	2992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=2.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,153:0.53:287
chr16	68325665	.	GGTGTGTGT	G,GGTGTGTGTGTGTGTGTGT	1896.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.460;QD=29.18;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,37,27:0.57,0.42:65
chr16	68330989	rs74024440	G	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=470;ReadPosRankSum=-1.144;SC=GGATGATGAGGCTTGTTGGGA;SOR=0.936;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=29;WE=68330997;WS=68330979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr16	68344696	rs3803650	C	T	21626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=823;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,818:1.00:818
chr16	68344945	rs3743741	G	C	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=42;PP=1047;ReadPosRankSum=-0.158;SC=CCCGCCCCGCGTGCTGGCCGC;SOR=0.439;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=150;TCF=59;TCR=91;TR=76;WE=68344953;WS=68344935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,86:0.52:164
chr16	68345036	rs3743742	G	T	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.084;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=356;ReadPosRankSum=0.718;SC=AGGTGGGGTCGCTTTGGGGTT;SOR=0.084;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=26;WE=68345044;WS=68345026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr16	68356187	rs7203220	A	C	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	68356247	rs78318620	C	T	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.673;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr16	68356419	rs4783618	A	G	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	68363181	rs1111571	G	A	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=27;PP=838;SC=TAGCATAGAAGTGGGACCTCT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=68363189;WS=68363171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	68382447	rs2863975	T	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.582;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=271;ReadPosRankSum=0.033;SC=GTCCTCCACATGCAACCTTAC;SOR=1.264;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=18;WE=68382455;WS=68382437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr16	68387373	rs1562479	C	T	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=1.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.444;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,104:0.47:219
chr16	68387496	rs1868159	A	C	4974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=92;PP=2954;SC=TCTGCATAGTACCCCCGACCT;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=75;TCR=92;TR=167;WE=68387504;WS=68387486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr16	68389772	rs1131933	C	T	2043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.868;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=51;PP=1180;ReadPosRankSum=-1.854;SC=CCGAGGGCACCGTGGAGCTCA;SOR=1.034;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=190;TCF=85;TCR=105;TR=88;WE=68389780;WS=68389762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,97:0.46:209
chr16	68390697	rs61733486	C	T	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=585;ReadPosRankSum=-0.520;SC=CTGCAGACCCCGAGGTAGTGC;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=117;TCF=57;TCR=60;TR=51;WE=68390705;WS=68390687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,60:0.45:134
chr16	68391189	rs7192234	C	G	8086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=166;PP=2965;SC=GGCTTTCTAGCGGGGAAGGCT;SOR=1.512;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=259;TCF=93;TCR=166;TR=258;WE=68391197;WS=68391179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr16	68395094	rs2279539	G	A	2494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=51;PP=1440;ReadPosRankSum=-1.011;SC=CAGAGGCCCCGCTGCTCCGGA;SOR=0.650;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=145;TCR=101;TR=122;WE=68395102;WS=68395084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,128:0.48:264
chr16	68395313	rs71393993	G	A	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.705;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=36;PP=966;ReadPosRankSum=1.622;SC=GGGCTGGGGTGGGCTGGGACC;SOR=0.591;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=123;TCF=50;TCR=73;TR=62;WE=68395321;WS=68395303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,64:0.54:119
chr16	68395522	rs71395853	C	T	6832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=1.635;SC=CCAGTCTGGGCACAGCCCCTC;SOR=0.631;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=537;TCF=291;TCR=246;TR=310;WE=68395530;WS=68395512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,330:0.58:569
chr16	68397530	rs3826167	T	G	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.00;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	68397909	rs1465470	A	G	4050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.76;SOR=1.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
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chr16	68398875	rs141322661	A	G	4554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=100;PP=2646;ReadPosRankSum=2.012;SC=GGCCCCAGGCACTGATCCCAT;SOR=0.637;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=507;TCF=255;TCR=252;TR=214;WE=68398883;WS=68398865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,240:0.44:545
chr16	68398924	rs1868158	C	T	13239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=220;NR=252;PP=2965;SC=CCCTACCTTGCGGGGCATGCA;SOR=0.882;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=473;TCF=221;TCR=252;TR=472;WE=68398932;WS=68398914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr16	68573945	rs1182968	C	T	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=83;PP=2410;SC=GTGGTGCGATCTTGTGGGAGG;SOR=3.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=9;TCR=83;TR=92;WE=68573953;WS=68573935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	68591156	rs1728784	T	A	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=71;NR=39;PP=1781;SC=GGCTCAAGCGTTCTGCCGGCC;SOR=1.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=71;TCR=39;TR=110;WE=68591164;WS=68591146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr16	68591230	rs1728785	A	C	6518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr16	68591350	rs1645929	A	G	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=44;PP=1179;SC=GATCTCTAGGATACATAGCTA;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=64;WE=68591358;WS=68591340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	68598007	rs1177648	A	G	19868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=735;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=367;NR=329;PP=2965;SC=CTCTCACTCAAGATGAAAGCA;SOR=0.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=698;TCF=367;TCR=331;TR=696;WE=68598015;WS=68597997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,732:1.00:732
chr16	68598744	rs34979386	A	ATTT	436.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.63;MQRankSum=0.555;QD=31.20;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr16	68679770	rs2236393	G	A	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=12;PP=405;SC=TCAGTTCCCGGGGAGGCGCAG;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=68679778;WS=68679760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	68710165	rs3118229	T	C	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=826;ReadPosRankSum=1.165;SC=AAGCCAAGTCTCCCTTCTGCA;SOR=0.465;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=102;TCF=75;TCR=27;TR=52;WE=68710173;WS=68710155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,53:0.52:101
chr16	68711999	rs1952048	A	G	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.254;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=30;PP=864;ReadPosRankSum=0.426;SC=TGTCCCAGCTATTTGCACATC;SOR=0.578;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=140;TCF=85;TCR=55;TR=73;WE=68712007;WS=68711989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,78:0.50:157
chr16	68712217	rs2296410	T	C	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.768;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=1032;ReadPosRankSum=1.015;SC=CATTGGTGGCTCCAGGGACCC;SOR=0.553;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=54;WE=68712225;WS=68712207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,54:0.56:97
chr16	68713730	rs2296409	G	A	3104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.664;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=58;PP=2069;ReadPosRankSum=-1.185;SC=TGACAGCCACGGATGAGGATG;SOR=0.929;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=356;TCF=205;TCR=151;TR=148;WE=68713738;WS=68713720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,157:0.42:371
chr16	68713823	rs2296408	C	A	5385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.067;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,268:0.49:542
chr16	68716066	rs1886698	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=149;ReadPosRankSum=0.387;SC=TGTATACCCTGAAACCCCGCA;SOR=0.846;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=14;WE=68716074;WS=68716056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr16	68716179	rs1886697	T	C	2185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=4.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.56;ReadPosRankSum=0.044;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,105:0.56:189
chr16	68718367	rs4783661	T	C	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.543;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=13;PP=714;ReadPosRankSum=0.953;SC=GGCAGCACTGTTGCTAGTGAG;SOR=0.205;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=84;TCF=64;TCR=20;TR=47;WE=68718375;WS=68718357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,53:0.57:93
chr16	68718750	rs2281850	A	G	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=46;PP=1049;ReadPosRankSum=-0.433;SC=TGGGCTCAGTAAGCAGCACGT;SOR=0.729;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=148;TCF=57;TCR=91;TR=74;WE=68718758;WS=68718740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,77:0.50:155
chr16	68719113	rs34494880	G	A	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=743;ReadPosRankSum=0.826;SC=TCCAGCTACCGCATCCTGAGA;SOR=0.588;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=69;TCR=49;TR=57;WE=68719121;WS=68719103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,66:0.49:134
chr16	68721340	rs2296406	G	A	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=12;PP=824;ReadPosRankSum=-0.040;SC=AGAGCTGGGCGGTAAACAGGA;SOR=0.695;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=138;TCF=106;TCR=32;TR=58;WE=68721348;WS=68721330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,65:0.45:144
chr16	68721470	rs2296405	T	C	6742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.47;ReadPosRankSum=-1.605;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,328:0.56:588
chr16	68721533	rs1126933	G	C	7141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=0.201;SC=CTGTGCGCCAGGTGCTGAACA;SOR=0.634;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=614;TCF=308;TCR=306;TR=332;WE=68721541;WS=68721523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,351:0.54:645
chr16	68725783	rs2274239	G	A	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=978;ReadPosRankSum=0.525;SC=GACCCTGGAAGGGAGGTTTCA;SOR=0.874;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=131;TCF=54;TCR=77;TR=66;WE=68725791;WS=68725773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,69:0.51:136
chr16	68729112	rs8060790	A	G	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=25;PP=963;ReadPosRankSum=-2.190;SC=GTCTTGGCCCACTGTGTGGTT;SOR=0.706;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=150;TCF=98;TCR=52;TR=76;WE=68729120;WS=68729102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,89:0.54:164
chr16	68729785	rs17715450	C	A	10081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=902;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=250;NR=219;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.531;SC=GTACCGTCCTCGGCCAGCCAA;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=861;TCF=457;TCR=404;TR=469;WE=68729793;WS=68729775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:413,487:0.54:900
chr16	68732049	rs3114409	A	C	3894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=63;PP=2356;ReadPosRankSum=0.611;SC=AGCTGGCAAGAGGCAGGACCC;SOR=0.796;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=410;TCF=262;TCR=148;TR=181;WE=68732057;WS=68732039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,190:0.43:440
chr16	68771372	rs3743674	C	T	4128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.34;QD=26.64;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr16	68771418	rs147838237	C	CGCCCCAGCCCCGT	5145.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=32;PP=2967;SC=GCAAGCTCCGCGCCCCAGCCC;SOR=1.219;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=37;WE=68771426;WS=68771408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	68771502	rs36037011	C	G	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.048;HP=1;HapScore=2;MGOF=201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.196;NF=2;NR=16;PP=318;ReadPosRankSum=-1.356;SC=GCGGAGCGGCCTGGAAGCCTC;SOR=2.613;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=18;WE=68771510;WS=68771492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr16	68771547	rs3743675	G	C	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=24.98;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr16	68857441	rs1801552	T	C	2111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.488;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=43;PP=1017;ReadPosRankSum=2.033;SC=AAGGGGCCGCTGGCGTCTGTA;SOR=0.644;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=201;TCF=107;TCR=94;TR=94;WE=68857449;WS=68857431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,106:0.48:223
chr16	69056606	rs113972965	C	CA	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=-0.775;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr16	69143577	rs2232228	A	G	4232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.727;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=102;PP=2720;ReadPosRankSum=1.053;SC=GCATTGCCGCATACCAGGAGG;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=426;TCF=212;TCR=214;TR=196;WE=69143585;WS=69143567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,210:0.47:450
chr16	69194501	.	C	CT	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=1.733;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.089;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr16	69293926	.	C	CT	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.060;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.746;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,49:0.19:256
chr16	69334880	.	CA	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=3.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.36;ReadPosRankSum=-1.935;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,28:0.19:146
chr16	69373875	.	C	G	2480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.215;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=43;PP=1589;ReadPosRankSum=-0.177;SC=CCGGTTCGTTCGGGCGCGGTC;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=140;TCR=85;TR=113;WE=69373883;WS=69373865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,118:0.49:241
chr16	69377553	rs153060	A	G	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.267;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=430;ReadPosRankSum=0.411;SC=CCTATGAGAGAGACAATTTTA;SOR=1.796;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=28;WE=69377561;WS=69377543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,34:0.40:86
chr16	69395141	.	G	GA	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=6.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=-2.541;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr16	69395434	rs251796	A	G	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=657;ReadPosRankSum=0.324;SC=AAACAAATTCACCCTGGATTG;SOR=0.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=44;WE=69395442;WS=69395424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
chr16	69481876	rs35119053	AT	A	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.549;NF=7;NR=0;PP=216;ReadPosRankSum=0.947;SC=GAGTAGAGGTATCTTTCTATG;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=69481884;WS=69481866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr16	69492973	rs34120910	A	AT	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.188;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr16	69493004	rs34661695	A	C	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.209;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,53:0.50:105
chr16	69599803	rs8048032	A	G	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=24;PP=960;SC=GGGGGCCGCCACGGCTCTTCC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=69599811;WS=69599793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	69602247	.	A	ATG	60.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=300;ReadPosRankSum=0.967;SC=GTATATATATATATGTGTGTG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=69602257;WS=69602237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr16	69602249	rs9937747	A	G	149.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=10;NR=1;PP=240;SC=ATATATATATATGTGTGTGTG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=69602257;WS=69602237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr16	69687076	.	C	CT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=1.122;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr16	69704122	rs72523664	C	CTG	1466.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.854;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.497;NF=4;NR=15;PP=653;ReadPosRankSum=0.702;SC=TAATAAATCACTTTTTATTTC;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=19;WE=69704130;WS=69704112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr16	69704204	rs3217435	CT	C	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=199;ReadPosRankSum=-0.119;SC=AAAATTTAAGCTTTTTTTATA;SOR=1.022;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=12;WE=69704212;WS=69704194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr16	69711311	rs3743673	A	T	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=432;ReadPosRankSum=-0.589;SC=TATGAAGATGACTAGCCAACC;SOR=0.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=31;WE=69711319;WS=69711301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr16	69745145	rs1800566	G	A	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=-1.374;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,42:0.41:103
chr16	69752464	rs689452	C	G	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=37;PP=1106;SC=AAAGCACACACGGAAAACCCA;SOR=1.835;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=53;WE=69752472;WS=69752454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	69782855	rs3811348	C	T	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.324;NF=35;NR=7;PP=740;ReadPosRankSum=-0.996;SC=GCAGCCAACCCGCACGTCCTC;SOR=0.996;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=90;TCF=70;TCR=20;TR=42;WE=69782863;WS=69782845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,48:0.49:98
chr16	69783587	.	G	GT	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.990;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr16	69783599	rs11646303	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=281;ReadPosRankSum=0.099;SC=TTTTTTTTTTGGCCGGGCACG;SOR=0.680;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=23;WE=69783607;WS=69783577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr16	69873992	rs2291959	T	G	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=43;PP=1108;ReadPosRankSum=-0.550;SC=GGGTGCATTCTCTTTAGCCCA;SOR=0.615;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=240;TCF=139;TCR=101;TR=97;WE=69874000;WS=69873982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,103:0.40:260
chr16	69876164	rs9940315	A	G	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=418;ReadPosRankSum=-0.375;SC=AGTAGTTAAGAAAGCTAATAG;SOR=0.772;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=28;WE=69876172;WS=69876154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr16	69942608	rs5817677	AG	A	13646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=180;PP=2966;SC=CCTTTCTAACAGGGGCCTATG;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=227;TCF=37;TCR=190;TR=214;WE=69942616;WS=69942598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr16	69959223	rs2270838	G	A	2543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=42;PP=1321;ReadPosRankSum=-0.835;SC=CCTGCAAAGCGCTCAAATGTG;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=149;TCR=93;TR=109;WE=69959231;WS=69959213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,125:0.45:277
chr16	69959355	rs143999663	A	G	2371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.443;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,120:0.52:232
chr16	69963355	rs1566452	G	A	6543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr16	69965024	rs2270840	A	T	10891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=199;NR=180;PP=2965;SC=GAGAAATCGCATGAACCCCTG;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=380;TCF=200;TCR=180;TR=379;WE=69965032;WS=69965014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr16	69965281	rs8052727	T	G	3543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=43;PP=2357;SC=TCTAGGAAGCTAGTTTTCATT;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=78;TCR=43;TR=121;WE=69965289;WS=69965271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr16	69965592	rs2291961	A	G	5285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=86;PP=2965;SC=CCAGGGCGTGAGTCTTGGTGA;SOR=0.704;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=168;TCF=82;TCR=86;TR=167;WE=69965600;WS=69965582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr16	69967093	rs2102066	G	A	3123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	69967732	rs8047818	G	A	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=3;PP=798;SC=AGGTTAGCCCGGGTGCTTGTC;SOR=3.664;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=36;WE=69967740;WS=69967722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	69967897	rs2270841	T	C	9335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=192;NR=154;PP=2965;SC=TCCTGTCTCATGAGGTGCTCA;SOR=0.766;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=349;TCF=195;TCR=154;TR=346;WE=69967905;WS=69967887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr16	69970000	rs2270842	T	G	6212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=128;PP=2965;SC=CTGAGCTCTTTTCCAGCCTCT;SOR=1.449;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=74;TCR=128;TR=202;WE=69970008;WS=69969990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr16	69970329	rs1983016	A	G	9691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=204;PP=2965;SC=TCCGGGTCACAGAGGAGAACA;SOR=1.490;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=322;TCF=118;TCR=204;TR=322;WE=69970337;WS=69970319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr16	69973127	rs2270843	A	G	2390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.913;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=47;PP=1519;ReadPosRankSum=-0.425;SC=AGTGGGATGGAGAAGAGCTGT;SOR=0.561;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=184;TCF=102;TCR=82;TR=97;WE=69973135;WS=69973117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,106:0.51:206
chr16	69973622	rs10712484	GC	G	8425.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=41;PP=2951;SC=GGCCTGACTGGCAGCCCCTGA;SOR=2.685;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=168;TCF=123;TCR=45;TR=161;WE=69973630;WS=69973612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr16	69973655	rs4985461	C	G	11354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=255;NR=127;PP=2965;SC=GTGGTGCAAGCCCTGTGGCCC;SOR=1.545;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=383;TCF=256;TCR=127;TR=382;WE=69973663;WS=69973645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr16	69973825	rs3748389	G	A	6787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=688;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=181;PP=2962;ReadPosRankSum=1.143;SC=AGGAGACCGAGGGCTTTGGAC;SOR=0.677;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=655;TCF=278;TCR=377;TR=313;WE=69973833;WS=69973815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:358,329:0.48:687
chr16	69988373	rs2549097	T	C	4841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.68;QD=26.17;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr16	69988472	rs75776403	C	T	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.710;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.744;NF=26;NR=40;PP=885;ReadPosRankSum=-3.775;SC=ACCCACTACACGCAGGTGAGT;SOR=1.225;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=115;TCF=51;TCR=64;TR=66;WE=69988480;WS=69988462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,72:0.62:116
chr16	70010458	rs3206834	G	A	3376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=57;PP=1877;SC=GAGGGTGGAAGGGGAATAAGA;SOR=0.993;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=55;TCR=57;TR=112;WE=70010466;WS=70010448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	70016416	rs3748385	T	A	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=52;PP=1053;ReadPosRankSum=0.497;SC=GAAGAAACTCTTTTCTTTGTG;SOR=0.756;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=167;TCF=59;TCR=108;TR=79;WE=70016424;WS=70016406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,79:0.45:175
chr16	70068086	rs34921671	G	C	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.388;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.586;NF=38;NR=17;PP=757;ReadPosRankSum=-1.903;SC=GATTACAAAGGTATTGGCCCA;SOR=0.846;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=117;TCF=79;TCR=38;TR=55;WE=70068094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,63:0.47:135
chr16	70076912	rs58544385	GA	G	564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=4.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQRankSum=-4.862;QD=6.01;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,50:0.53:94
chr16	70099535	rs889378	A	G	173.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.85;QD=24.83;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	70099593	rs889377	T	C	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.02;QD=27.75;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	70100018	rs143944692	G	A	2812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-2.714;NF=66;NR=64;PP=1680;ReadPosRankSum=0.149;SC=AATCATCTAGGTAGAAGTATA;SOR=0.563;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=251;TCF=127;TCR=124;TR=130;WE=70100026;WS=70100008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,137:0.53:260
chr16	70154480	rs200469748	A	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=3.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQRankSum=-18.222;QD=0.69;ReadPosRankSum=-5.404;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:326,60:0.16:386
chr16	70161263	rs2549532	T	C	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=8.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-11.889;NF=56;NR=51;PP=1886;ReadPosRankSum=-3.532;SC=CAAACTCTACTATCAGTTAGA;SOR=1.599;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=256;TCF=129;TCR=127;TR=107;WE=70161271;WS=70161253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,61:0.28:215
chr16	70162581	rs71151174	TC	T	1453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=3.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQRankSum=3.021;QD=8.03;ReadPosRankSum=1.328;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,57:0.31:181
chr16	70163691	rs4985506	C	T	3596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=5.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=701;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-25.042;NF=152;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.093;SC=ACTTAACTAGCGTCCAGGGTA;SOR=0.696;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=765;TCF=398;TCR=367;TR=291;WE=70163699;WS=70163681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:485,208:0.30:693
chr16	70163825	rs4985403	G	C	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-13.224;NF=29;NR=74;PP=1801;ReadPosRankSum=4.268;SC=TTTAAACTGAGTTGCTATTTT;SOR=0.598;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=215;TCF=64;TCR=151;TR=103;WE=70163833;WS=70163815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,82:0.41:202
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chr16	70164334	rs10852462	A	G	3375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.299;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.321;NF=101;NR=49;PP=2114;ReadPosRankSum=-0.829;SC=AGGTGTTCAGATCTATGACCG;SOR=1.097;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=390;TCF=247;TCR=143;TR=150;WE=70164342;WS=70164324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,165:0.40:412
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chr16	70166225	rs2549550	C	A	4901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.849;NF=91;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=2.198;SC=GCATTATAACCGTAGTGCCTT;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=458;TCF=187;TCR=271;TR=224;WE=70166233;WS=70166215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,234:0.48:483
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chr16	70170016	rs8045569	A	G	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.591;NF=28;NR=9;PP=1290;ReadPosRankSum=0.168;SC=GAAAGGGGAGAGTGTAAAAAA;SOR=0.969;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=37;WE=70170024;WS=70169994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr16	70176321	rs113493832	CT	C	615.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=852;ExcessHet=3.0103;FS=1.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-1.467;QD=0.86;ReadPosRankSum=0.691;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:542,170:0.24:712
chr16	70177571	rs12920697	G	A	2540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FS=4.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.08;MQRankSum=-9.422;QD=4.64;ReadPosRankSum=-2.884;SOR=1.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:451,96:0.18:547
chr16	70177577	rs2303198	G	A	2475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FS=3.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.50;MQRankSum=-9.689;QD=4.64;ReadPosRankSum=-1.911;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:441,92:0.17:533
chr16	70177618	rs7191901	G	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=2.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQRankSum=-13.260;QD=1.23;ReadPosRankSum=3.443;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,51:0.15:336
chr16	70177648	rs2303200	G	A	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.434;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.682;NF=20;NR=74;PP=1710;ReadPosRankSum=0.133;SC=GCGCTTCTCCGGGAACCATAA;SOR=0.570;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=196;TCF=40;TCR=156;TR=94;WE=70177656;WS=70177638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,82:0.45:183
chr16	70181537	rs145995386	C	T	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.40;MQRankSum=-0.430;QD=7.57;ReadPosRankSum=-1.393;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr16	70182249	rs62050975	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQRankSum=-3.010;QD=0.70;ReadPosRankSum=2.356;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,10:0.14:74
chr16	70182325	rs55843501	T	C	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=11.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=42.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-12.435;NF=52;NR=9;PP=1261;ReadPosRankSum=-0.546;SC=CCTTGACAAGTAATGTGAGTG;SOR=3.014;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=190;TCF=128;TCR=62;TR=61;WE=70182333;WS=70182315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,55:0.28:199
chr16	70182375	rs62050977	T	C	2687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=6.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.95;MQRankSum=-1.318;QD=6.51;ReadPosRankSum=-3.265;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:326,87:0.21:413
chr16	70182390	rs62050978	T	G	2933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=4.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQRankSum=-0.910;QD=6.97;ReadPosRankSum=-1.423;SOR=1.114;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:323,98:0.23:421
chr16	70182489	rs145754705	ACTTCCCTTCC	A	2548.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=3.816;QD=18.60;ReadPosRankSum=0.973;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,69:0.50:137
chr16	70187164	rs2287979	G	A	2647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=14;PP=1885;ReadPosRankSum=0.169;SC=TCAAGGATGAGACATCCTGGG;SOR=1.044;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=128;TCF=108;TCR=20;TR=97;WE=70187172;WS=70187154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,104:0.76:137
chr16	70187270	rs2287980	T	G	8106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=796;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=213;NR=169;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.039;SC=CTGCTGCTTATGAACTTTCTG;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=763;TCF=422;TCR=341;TR=382;WE=70187278;WS=70187260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:402,394:0.49:796
chr16	70190401	rs6499302	C	T	4941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.347;SC=TTGGTCGCGACGCCCTCCTGC;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=550;TCF=344;TCR=206;TR=263;WE=70190409;WS=70190391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,250:0.49:506
chr16	70191029	rs4985509	T	G	7727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=745;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=200;PP=2962;ReadPosRankSum=1.268;SC=TCACTCAGCTTCTCGTGGTGG;SOR=0.801;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=726;TCF=330;TCR=396;TR=360;WE=70191037;WS=70191019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:377,367:0.49:744
chr16	70191161	rs11647087	C	T	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=49;PP=1092;ReadPosRankSum=-0.901;SC=TCTCAGGGCACGAGTCCCTCT;SOR=0.565;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=34;TCR=106;TR=65;WE=70191169;WS=70191151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,70:0.46:152
chr16	70211199	rs138033591	T	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.51;MQRankSum=-4.903;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.795;SOR=1.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr16	70211226	rs150357848	T	C	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.81;MQRankSum=-8.356;QD=9.20;ReadPosRankSum=-2.268;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,55:0.48:115
chr16	70211290	rs76842247	T	C	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=1.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.39;MQRankSum=-12.064;QD=9.00;ReadPosRankSum=2.795;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,125:0.49:253
chr16	70211370	rs144090331	C	G	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.30;MQRankSum=-7.578;QD=9.29;ReadPosRankSum=1.378;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,35:0.29:119
chr16	70211380	rs200721332	G	A	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.16;MQRankSum=-7.148;QD=10.57;ReadPosRankSum=0.572;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,32:0.32:101
chr16	70219659	rs371530724	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=32.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.90;MQRankSum=-1.379;QD=7.35;ReadPosRankSum=-2.969;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr16	70219914	rs200703987	T	C	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=5.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.25;MQRankSum=-6.005;QD=20.03;ReadPosRankSum=-0.897;SOR=3.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,39:0.68:57
chr16	70285901	rs4985407	A	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=339;ReadPosRankSum=-0.146;SC=TGGGCTGTCGAGAGAGCGGCG;SOR=0.684;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=22;WE=70285909;WS=70285891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr16	70286740	rs149377346	C	T	6022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=720;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.221;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:400,316:0.44:716
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chr16	70303580	rs2070203	G	A	4318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=92;PP=2392;ReadPosRankSum=-1.030;SC=TGGTCCGAGCGTGGTCAGCCA;SOR=0.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=403;TCF=218;TCR=185;TR=201;WE=70303588;WS=70303570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,217:0.50:431
chr16	70350114	.	G	GT	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=3.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=2.020;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,45:0.32:139
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chr16	70395387	rs1134074	C	T	4437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=99;PP=2618;ReadPosRankSum=2.024;SC=TACAAGAGAACGCATTACCCA;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=437;TCF=231;TCR=206;TR=212;WE=70395395;WS=70395377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,225:0.49:463
chr16	70400857	rs8058224	A	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.047;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=409;ReadPosRankSum=-0.825;SC=AGCGCCATGGAAAGAAGGGAA;SOR=2.119;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=20;WE=70400865;WS=70400847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr16	70405991	rs117023031	G	C	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.732;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.042;NF=19;NR=38;PP=998;ReadPosRankSum=-1.695;SC=GACAACGGCAGAAGTAGAGAG;SOR=0.529;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=31;TCR=66;TR=57;WE=70405999;WS=70405981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,61:0.60:101
chr16	70422231	rs4985526	C	T	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.469;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=398;ReadPosRankSum=-0.271;SC=CAAGATGGTCCTGTCACCCAT;SOR=0.397;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=24;WE=70422239;WS=70422221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr16	70502610	rs12446395	C	G	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=648;ReadPosRankSum=-0.375;SC=TGGAGTCTGGCTGCTGGAGTG;SOR=0.580;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=40;WE=70502618;WS=70502600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,42:0.52:81
chr16	70506752	rs17884087	C	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=261;ReadPosRankSum=1.846;SC=GCCTGGCCCCCGACCTGAATT;SOR=0.576;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=18;WE=70506760;WS=70506742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr16	70506907	rs7192865	T	C	4326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.650;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=86;PP=2171;ReadPosRankSum=-1.216;SC=TGTGGGACCCTGAGACGCTGC;SOR=0.596;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=344;TCF=191;TCR=153;TR=186;WE=70506915;WS=70506897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,211:0.54:389
chr16	70508851	rs149607813	A	G	2008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=47;PP=1316;ReadPosRankSum=2.169;SC=GGATGAGATGACTGTGAAGAT;SOR=0.792;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=177;TCF=86;TCR=91;TR=88;WE=70508859;WS=70508841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,95:0.48:198
chr16	70513384	rs11075764	C	G	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.216;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,39:0.41:95
chr16	70514828	rs7919	A	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=113;ReadPosRankSum=-1.943;SC=CCCCCAAGCCAGACAGCCTCG;SOR=0.148;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=8;WE=70514836;WS=70514821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr16	70515355	rs11054	C	T	3677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=74;PP=2028;ReadPosRankSum=-0.357;SC=AGGCAATGAGCGACCTCAGCT;SOR=0.638;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=282;TCF=147;TCR=135;TR=157;WE=70515363;WS=70515345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,179:0.56:322
chr16	70515600	rs6416698	T	G	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=26;PP=1249;ReadPosRankSum=-0.185;SC=GTCCTGGGGGTGGTGGCATGA;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=97;TCR=49;TR=76;WE=70515608;WS=70515589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,77:0.50:154
chr16	70516109	rs12447090	G	A	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=60;PP=1548;ReadPosRankSum=2.367;SC=TGGTCACCATGGGCCTCATAA;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=293;TCF=147;TCR=146;TR=121;WE=70516117;WS=70516099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,134:0.42:317
chr16	70517641	rs34329336	G	A	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=18;PP=879;ReadPosRankSum=1.029;SC=CAGGGCTTGCGTGCTGCTCCC;SOR=0.881;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=106;TCF=70;TCR=36;TR=58;WE=70517649;WS=70517631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,67:0.56:120
chr16	70530359	rs2303793	A	G	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=746;ReadPosRankSum=0.727;SC=TGCATAGAGGAATTGACAGTG;SOR=0.968;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=103;TCF=32;TCR=71;TR=46;WE=70530367;WS=70530349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,47:0.42:113
chr16	70531366	rs2303792	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.116;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=174;ReadPosRankSum=-0.476;SC=GGTACACTGGCCCTAGCTCTG;SOR=0.275;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=9;WE=70531374;WS=70531356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr16	70531754	rs2303791	T	G	3087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=21;PP=2177;SC=GCAGGACCAATAAATATGACA;SOR=2.086;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=76;TCR=21;TR=97;WE=70531762;WS=70531744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr16	70548297	rs3931036	G	A	4753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=86;NR=75;PP=2532;SC=GTAGCGATGAGTATGTGCTGC;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=87;TCR=75;TR=161;WE=70548305;WS=70548287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr16	70566260	.	C	CAAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAA	355.74	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.35;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=3;PP=2170;SC=CCTGTCTCTCCAAAAAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=7;WE=70566268;WS=70566250;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:4
chr16	70571900	.	G	T	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.53;ReadPosRankSum=-0.850;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,61:0.56:108
chr16	70603220	rs4985534	T	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.49;ReadPosRankSum=-1.065;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr16	70680744	rs3813904	G	C	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=9;PP=913;SC=TTCCCTGACTGAGTGACCACC;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=42;WE=70680752;WS=70680734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	70680850	rs3813905	C	G	2297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.907;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=33;PP=1349;ReadPosRankSum=1.045;SC=GGAACACCACCATGCCCCGGG;SOR=0.883;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=230;TCF=153;TCR=77;TR=109;WE=70680858;WS=70680840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,120:0.48:248
chr16	70690989	rs8046424	G	C	4191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=73;NR=62;PP=2189;SC=GCAGGAGGTGGAGACGCTGCT;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=73;TCR=62;TR=135;WE=70690997;WS=70690979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr16	70693872	rs3214847	C	CT	1125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=2.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.414;QD=3.83;ReadPosRankSum=-2.119;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,93:0.32:294
chr16	70694000	rs4985556	C	A	4222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.533;NF=87;NR=106;PP=2614;ReadPosRankSum=1.091;SC=CCCAGCTGTACCCTCCGCCCC;SOR=0.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=356;TCF=161;TCR=195;TR=193;WE=70694008;WS=70693990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,205:0.54:379
chr16	70694991	rs36155323	A	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.442;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=137;ReadPosRankSum=0.856;SC=CCTGGCACCTACATTGAGATC;SOR=1.209;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=9;WE=70694999;WS=70694987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr16	70708093	rs67662127	CAGTCTCAACAGCTATAGT	C	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=1330;ReadPosRankSum=-1.404;SC=GCCTTCAGGCCAGTCTCAACA;SOR=0.657;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=5;WE=70708118;WS=70708083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr16	70710950	rs61095688	C	G	3910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.923;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=93;PP=2343;ReadPosRankSum=0.410;SC=GAGGCCCCCCCCCACTCTCTA;SOR=0.428;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=390;TCF=192;TCR=198;TR=189;WE=70710958;WS=70710933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,199:0.51:390
chr16	70713787	rs140016620	A	G	2557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=3.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.25;ReadPosRankSum=0.517;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,118:0.61:193
chr16	70714811	.	CG	C	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=34.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=3.967;QD=1.20;ReadPosRankSum=-0.905;SOR=0.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,18:0.16:111
chr16	70726940	rs2278984	G	C	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=696;ReadPosRankSum=-1.511;SC=AGCCCACACTGCCTGCCTCCG;SOR=0.682;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=47;WE=70726948;WS=70726930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,52:0.57:92
chr16	70729597	rs149718718	C	G	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.734;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=656;ReadPosRankSum=0.037;SC=CACACGCCCTCCCCCCCTGCA;SOR=0.489;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=33;TCR=61;TR=42;WE=70729605;WS=70729586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,45:0.45:101
chr16	70796515	rs2305689	G	A	7837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=106;PP=2965;SC=ACATCTGGAGGGCAGAGAAGC;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=74;TCR=106;TR=180;WE=70796523;WS=70796505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr16	70796535	rs2305690	C	T	6776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=88;PP=2627;SC=CAGGGGTGCCCGTGAGTGCTC;SOR=1.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=49;TCR=88;TR=137;WE=70796543;WS=70796525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr16	70808234	rs52826576	G	A	4632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.730;SC=TTGGTCTCACGTTTTCTCACG;SOR=0.791;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=440;TCF=195;TCR=245;TR=223;WE=70808242;WS=70808224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,226:0.49:463
chr16	70816893	rs1875941	C	T	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=28;PP=1769;SC=GCAGTGGCAGCAGCAGTGGCA;SOR=1.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=72;TCR=28;TR=100;WE=70816901;WS=70816883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr16	70818557	rs72792880	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.556;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=200;ReadPosRankSum=1.691;SC=CAGGGAGTACATGTAAATTTA;SOR=0.357;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=16;WE=70818565;WS=70818547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr16	70818759	rs2271047	A	G	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=408;ReadPosRankSum=-0.444;SC=AGGCACAGACAGGGGAGGGAC;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=32;WE=70818767;WS=70818749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,38:0.59:64
chr16	70867056	rs150445431	A	G	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.386;NF=5;NR=15;PP=318;ReadPosRankSum=1.457;SC=GAGACTGCCTAGGCTGAGGTT;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=20;WE=70867064;WS=70867046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr16	70891790	rs138762682	G	A	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.409;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-4.730;NF=28;NR=40;PP=845;ReadPosRankSum=1.048;SC=AGACAATTTGGAACAGAGTGG;SOR=0.946;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=179;TCF=78;TCR=101;TR=68;WE=70891798;WS=70891780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,76:0.40:190
chr16	70913651	rs116891635	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.73;ReadPosRankSum=0.538;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr16	70917785	rs74706348	C	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.470;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.408;NF=19;NR=6;PP=357;ReadPosRankSum=1.189;SC=CAGATGAACACCTTTTAAGTG;SOR=2.143;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=25;WE=70917793;WS=70917775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,18:0.24:75
chr16	70923450	rs200406241	CT	C	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.61;MQRankSum=-1.487;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.985;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr16	70935224	rs75445533	A	T	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=17;PP=464;SC=ATAGGTAAACACATGTCATGG;SOR=4.294;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=70935232;WS=70935214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	70954915	rs1798531	G	T	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.16;QD=31.46;SOR=6.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	70972595	rs79004160	T	C	10654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.24;MQRankSum=-1.050;QD=26.05;ReadPosRankSum=-1.215;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,407:1.00:409
chr16	70972784	rs1615602	A	G	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=45;PP=1216;SC=CTCATCCCTGATTGCAGGGGT;SOR=5.376;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=47;WE=70972792;WS=70972774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	70996115	rs77561642	GA	G	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=12.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQRankSum=-7.074;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.776;SOR=0.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,20:0.19:108
chr16	70998557	rs141145866	G	A	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.69;MQRankSum=-4.241;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.807;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr16	71004735	rs76424707	G	A	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.264;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.887;NF=17;NR=26;PP=588;ReadPosRankSum=-0.151;SC=AAACACTGCTGAGGGGAAAAA;SOR=0.374;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=43;WE=71004743;WS=71004725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,49:0.55:89
chr16	71025394	rs149427312	C	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=18.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.48;MQRankSum=-3.783;QD=4.03;ReadPosRankSum=-1.908;SOR=0.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,46:0.29:158
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chr16	71220880	rs12927616	T	C	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=70;PP=2109;SC=ATACAGGTCATAATTTTTTTT;SOR=2.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=20;TCR=70;TR=90;WE=71220888;WS=71220870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chr16	71237702	rs764600	C	T	3172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=56;PP=1750;SC=GAACAGATAACAGAAAATAGT;SOR=0.865;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=111;WE=71237710;WS=71237692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr16	71264399	rs3743954	G	C	11743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=261;NR=128;PP=2965;SC=CGAAAAGAGGGGACGCCCCGG;SOR=1.564;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=390;TCF=262;TCR=128;TR=389;WE=71264411;WS=71264389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr16	71264523	rs12449210	T	A	31760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1198:1.00:1198
chr16	71264561	rs3743953	A	G	8064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=910;ExcessHet=3.0103;FS=3.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=1.627;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:494,409:0.45:903
chr16	71318577	rs3803704	T	C	5762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=94;PP=2965;SC=TAGCCAATTATTTCTGGAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=100;TCR=95;TR=194;WE=71318585;WS=71318567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr16	71319539	rs3826247	C	T	9499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=164;NR=173;PP=2965;SC=TGATTTTCCCCGCTTTATTAG;SOR=0.799;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=337;TCF=164;TCR=173;TR=337;WE=71319547;WS=71319529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr16	71319646	rs3096380	G	A	7297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=110;PP=2965;SC=AATGCATTAAGTTCAGTGTGG;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=130;TCR=111;TR=240;WE=71319654;WS=71319636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr16	71319900	rs9928675	T	C	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=45;PP=996;SC=CGAAATCTCATGAGCAGCAAA;SOR=2.507;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=58;WE=71319908;WS=71319890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	71406024	rs7203012	C	T	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=77;PP=1788;ReadPosRankSum=-1.056;SC=CTATTTAGTGCTGAGATTGAT;SOR=0.905;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=288;TCF=110;TCR=178;TR=105;WE=71406032;WS=71406014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,106:0.43:248
chr16	71411446	rs12445308	G	T	2477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.16;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	71416431	rs12919213	T	C	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=9;PP=744;SC=ATGAGATCACTGTCGAGATAC;SOR=2.362;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=38;WE=71416439;WS=71416421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	71417783	rs35885273	C	T	6501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=141;NR=90;PP=2965;SC=ACGTGTCACCCGTCCTCCTTC;SOR=1.142;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=142;TCR=91;TR=231;WE=71417791;WS=71417773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr16	71418562	rs367842304	CCACA	C	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.64;QD=40.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	71418572	rs111526151	A	G	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.49;QD=41.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	71418586	.	ACATG	A	1965	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=118;MMLQ=21;MQ=53.85;NF=8;NR=6;PP=1965;QD=142.214285714;SC=CACACATCACACATGCACACA;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=14;WE=71418597;WS=71418555;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,14:0.93:15
chr16	71419369	rs76973855	C	G	3390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.387;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,165:0.57:292
chr16	71419595	rs4327058	A	G	2321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=44;PP=1352;SC=CCCAGGGCACAGGAGAGGCTT;SOR=1.416;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=71;WE=71419603;WS=71419585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	71423487	rs34538886	C	T	7738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;PP=2965;SC=CTTTAACCTCCATCTGTCTGA;SOR=0.736;Source=Platypus;TCF=134;WE=71423495;WS=71423477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr16	71465613	rs7203200	T	G	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=594;ReadPosRankSum=-1.494;SC=AGAGCCTCACTGGCAAGCCCT;SOR=0.634;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=107;TCF=73;TCR=34;TR=45;WE=71465621;WS=71465603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,47:0.40:117
chr16	71466088	rs4620964	A	G	28179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1081;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=479;NR=565;PP=2965;ReadPosRankSum=0.631;SC=TGATGTAGCCAGAGCCACACG;SOR=0.293;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1046;TCF=480;TCR=566;TR=1044;WE=71466096;WS=71466078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1079:1.00:1080
chr16	71483497	rs72795864	C	G	4620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=102;PP=2957;ReadPosRankSum=2.095;SC=TTTCCCCAATCCTGTACACCC;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=534;TCF=281;TCR=253;TR=219;WE=71483505;WS=71483487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,231:0.42:552
chr16	71483931	rs730470	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=1.358;SC=TCTCCATAAGGTGGGATAAGT;SOR=0.551;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=7;WE=71483939;WS=71483921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr16	71484621	rs66920642	CA	C	761.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.121;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.562;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,62:0.61:101
chr16	71487206	rs2070832	T	C	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
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chr16	71606716	rs72797767	A	C	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.429;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=321;ReadPosRankSum=-0.527;SC=GTAGTAGGAAATGTACTAAGC;SOR=1.109;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=22;WE=71606724;WS=71606706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr16	71607384	rs2432520	T	G	5660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
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chr16	71678679	rs7204608	G	C	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=32;PP=928;ReadPosRankSum=0.175;SC=TGCAGTGTCAGGGAATGTGGT;SOR=0.843;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=181;TCF=106;TCR=75;TR=82;WE=71678687;WS=71678669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,94:0.45:208
chr16	71683718	rs61733127	A	G	4850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=90;PP=2934;ReadPosRankSum=0.166;SC=GCTCTGCGCTAATGTGCACAG;SOR=0.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=325;TCF=177;TCR=148;TR=198;WE=71683726;WS=71683708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,221:0.61:360
chr16	71687002	rs11298836	CT	C	369.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.168;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,39:0.74:53
chr16	71689406	.	C	CT	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-0.712;QD=2.95;ReadPosRankSum=-1.951;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr16	71690657	.	C	CT	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,15:0.25:59
chr16	71701248	rs1423983	G	A	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=33;PP=709;ReadPosRankSum=-1.065;SC=TAAGGGGGGAGCATACAAACA;SOR=0.826;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=90;TCF=29;TCR=61;TR=47;WE=71701256;WS=71701238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,48:0.49:98
chr16	71703436	rs2032918	T	G	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=793;ReadPosRankSum=-0.747;SC=TAGGTGCTCATTGAATGCTGC;SOR=0.563;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=104;TCF=35;TCR=69;TR=60;WE=71703444;WS=71703426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,65:0.59:111
chr16	71715915	rs11439127	G	GA	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=1.398;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr16	71718366	rs7195059	C	T	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.58;ReadPosRankSum=1.379;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,73:0.45:161
chr16	71718538	.	T	TA	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=4.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.926;SOR=0.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr16	71736702	rs10626314	G	GTATTTT	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr16	71757939	rs7201649	C	G	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.417;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr16	71772795	rs904764	G	A	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.108;QD=7.51;ReadPosRankSum=3.719;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,57:0.46:125
chr16	71779310	rs74980679	G	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.804;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=373;ReadPosRankSum=1.162;SC=ACTCAGCTAAGAGACAAGCTG;SOR=0.287;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=23;WE=71779318;WS=71779303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr16	71784000	rs2270829	A	T	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=663;ReadPosRankSum=-1.690;SC=CTAGAGTGTTAGAAATAAAGA;SOR=1.027;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=36;WE=71784008;WS=71783990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr16	71790166	rs8053186	G	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.121;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=473;ReadPosRankSum=-1.031;SC=CAGATGTGCTGACGTCCTTGC;SOR=1.274;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=24;WE=71790174;WS=71790156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr16	71792288	rs140582999	G	A	2060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=36;PP=1284;ReadPosRankSum=0.081;SC=ATCCTGGGGCGTAAGTACTGT;SOR=0.824;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=128;TCR=72;TR=99;WE=71792296;WS=71792278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,100:0.49:205
chr16	71792696	rs12919271	C	A	4142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=84;PP=2550;ReadPosRankSum=1.054;SC=CTGAGAAAGGCTCTCAGTTTG;SOR=0.694;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=408;TCF=231;TCR=177;TR=196;WE=71792704;WS=71792686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,203:0.48:422
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chr16	71801958	rs7192956	T	C	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=743;ReadPosRankSum=2.482;SC=AGATCTAAAGTACAAAGTGAG;SOR=0.240;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=87;TCF=15;TCR=72;TR=41;WE=71801966;WS=71801948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,45:0.48:94
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chr16	71955426	rs56089063	C	CAT	2545.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.343;NF=2;NR=28;PP=1243;ReadPosRankSum=-0.105;SC=ACAAAAAAAACATTCTTTGCA;SOR=0.654;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=68;TCF=6;TCR=62;TR=30;WE=71955434;WS=71955416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,66:0.53:124
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chr16	71967783	rs12445641	C	T	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.988;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=35;PP=1432;ReadPosRankSum=-0.462;SC=GACCACAGCACACGGAGAAGG;SOR=0.550;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=178;TCF=120;TCR=58;TR=103;WE=71967791;WS=71967773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,105:0.58:180
chr16	71967927	rs17358402	C	T	4916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.248;SC=GGGGCTATGACGCAGCAGGTT;SOR=0.662;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=525;TCF=265;TCR=260;TR=244;WE=71967935;WS=71967917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,247:0.46:539
chr16	71968091	rs12149307	A	C	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.201;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=572;ReadPosRankSum=-1.456;SC=CAGTTTCCCCAGCGCCCCTGC;SOR=1.088;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=42;WE=71968099;WS=71968081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,45:0.54:83
chr16	71968147	rs12149325	G	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=309;ReadPosRankSum=1.363;SC=AATGCTTGTTGATGTGAGAAC;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=18;WE=71968155;WS=71968137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr16	71969497	rs11865456	C	T	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=38;PP=860;ReadPosRankSum=-0.030;SC=GTGTGATGAACGCAGCTGATG;SOR=0.506;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=83;TCF=23;TCR=60;TR=55;WE=71969505;WS=71969487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,58:0.67:87
chr16	71971091	rs7191848	T	C	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=647;ReadPosRankSum=-1.109;SC=CCCGAGTAGCTGGGACCACAG;SOR=0.800;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=80;TCF=59;TCR=21;TR=39;WE=71971099;WS=71971081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,43:0.48:89
chr16	71981374	rs8050058	T	G	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.689;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=336;ReadPosRankSum=-0.343;SC=ATTAGGTAGTTGTTAGAACTA;SOR=0.442;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=80;TCF=54;TCR=26;TR=28;WE=71981382;WS=71981364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,42:0.42:100
chr16	71981414	rs149635567	C	CTTTG	1831.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=729;ReadPosRankSum=1.121;SC=CCAAGATCCTCTTTGTTGTTC;SOR=0.626;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=17;WE=71981422;WS=71981404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,49:0.40:122
chr16	71981630	rs9934803	T	G	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.431;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=206;ReadPosRankSum=0.456;SC=TAATTTCACATTAATTTTTGC;SOR=0.435;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=15;WE=71981638;WS=71981620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr16	71981652	rs9934812	T	G	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=206;ReadPosRankSum=0.332;SC=CAATGATGGGTACCAGGAGAA;SOR=0.986;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=12;WE=71981660;WS=71981642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr16	71986764	rs11648353	G	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=1.388;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr16	71986946	rs7204708	A	G	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=39;PP=1031;ReadPosRankSum=0.008;SC=TGACAGCAGTATGGATGCTGA;SOR=0.633;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=160;TCF=85;TCR=75;TR=87;WE=71986954;WS=71986936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,96:0.52:183
chr16	71987044	rs35601686	CAA	C	1654.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=990;ReadPosRankSum=-2.100;SC=AAAATAATCGCAAAGTCATTC;SOR=0.892;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=26;WE=71987053;WS=71987034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,43:0.53:81
chr16	71987960	rs34041171	A	AC	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=1.772;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,32:0.38:85
chr16	71988106	rs9921412	C	T	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=1.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,105:0.45:231
chr16	72007399	rs9925415	C	T	2520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.926;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=59;PP=1479;ReadPosRankSum=0.352;SC=GGATTCAGCACCCACGTGTAC;SOR=0.852;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=159;TCF=71;TCR=88;TR=101;WE=72007407;WS=72007389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,114:0.63:180
chr16	72011040	rs3929023	A	G	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.718;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=503;ReadPosRankSum=-1.218;SC=TGAGCCTGACAGTTTGAGGCT;SOR=0.927;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=40;WE=72011048;WS=72011030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,45:0.48:94
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chr16	72011193	rs1559400	A	C	2504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=42;PP=2962;ReadPosRankSum=0.796;SC=GAGTGCAGTTAGGCTGATACT;SOR=0.717;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=226;TCF=130;TCR=96;TR=106;WE=72011201;WS=72011171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,124:0.48:257
chr16	72011261	rs1559399	A	G	3210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.925;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=68;PP=2062;ReadPosRankSum=0.875;SC=CTCACTATCAAGGATTTCTCC;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=140;TCR=128;TR=140;WE=72011269;WS=72011251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,150:0.51:296
chr16	72011450	rs1559398	G	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.31;ReadPosRankSum=0.113;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr16	72011456	rs139541803	G	GGTCTTC	587.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.88;ReadPosRankSum=0.351;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr16	72012072	rs8053841	C	T	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.614;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=14;PP=1046;ReadPosRankSum=0.690;SC=TAACATAATTCCCTTTAAGTT;SOR=0.203;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=98;TCF=79;TCR=19;TR=59;WE=72012080;WS=72012062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,62:0.61:101
chr16	72012394	rs71153690	GTATA	G	346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-0.365;QD=24.77;ReadPosRankSum=1.453;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr16	72012400	rs62053844	A	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQRankSum=-1.123;QD=13.59;ReadPosRankSum=2.000;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr16	72012402	rs62053845	A	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-1.123;QD=13.59;ReadPosRankSum=2.000;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr16	72012404	rs62053846	A	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-1.123;QD=13.59;ReadPosRankSum=2.001;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr16	72012406	rs370830204	A	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-1.123;QD=13.59;ReadPosRankSum=2.000;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr16	72012408	.	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=-1.066;QD=14.25;ReadPosRankSum=1.810;SOR=0.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr16	72012410	rs371862331	A	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-1.066;QD=14.41;ReadPosRankSum=1.810;SOR=0.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr16	72012412	.	A	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-1.066;QD=14.41;ReadPosRankSum=1.810;SOR=0.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr16	72013797	rs7185272	G	C	5336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=2.357;SC=CAGCGGTAAAGTTGATATGTT;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=478;TCF=236;TCR=242;TR=248;WE=72013805;WS=72013787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,259:0.51:503
chr16	72016177	.	CT	C	55.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr16	72018099	rs12443563	C	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.892;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=417;ReadPosRankSum=0.841;SC=CAAAATTACTCATACAAAATT;SOR=0.859;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=28;WE=72018107;WS=72018089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,38:0.45:84
chr16	72020134	rs12708923	T	C	4816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.042;SC=CCAGATGCCTTCTGCAATGAC;SOR=0.621;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=384;TCF=208;TCR=176;TR=207;WE=72020142;WS=72020124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,227:0.55:416
chr16	72020294	rs4788590	G	A	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=48;PP=1172;ReadPosRankSum=-1.885;SC=GTTCAGATGCGGCTGATGTTA;SOR=0.637;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=183;TCF=72;TCR=111;TR=81;WE=72020302;WS=72020284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,97:0.47:206
chr16	72020323	rs4788591	A	G	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.931;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=39;PP=748;ReadPosRankSum=-0.459;SC=GTGATACTTGATAGTACTGAA;SOR=0.951;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=147;TCF=54;TCR=93;TR=59;WE=72020331;WS=72020313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,73:0.44:166
chr16	72032231	rs16973585	T	A	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.390;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,96:0.49:195
chr16	72033512	rs58914191	C	CT	628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=464;ReadPosRankSum=0.654;SC=TTAAGATTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.586;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=40;WE=72033520;WS=72033502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,46:0.46:100
chr16	72033580	rs60493669	T	A	3860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=4.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.16;ReadPosRankSum=-0.943;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,184:0.53:346
chr16	72042682	rs3213422	A	C	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.117;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=752;ReadPosRankSum=0.390;SC=GAGACACCTGAAAGTGAGTCC;SOR=0.732;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=107;TCF=62;TCR=45;TR=58;WE=72042690;WS=72042672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,73:0.55:133
chr16	72042825	rs3213423	T	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.054;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=95;ReadPosRankSum=-2.673;SC=GTTTCCGGGGTCTCCTGCAAA;SOR=0.239;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=10;WE=72042833;WS=72042815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr16	72046211	rs8057016	G	T	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.087;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=41;PP=951;ReadPosRankSum=-0.769;SC=GAAGGCTGCAGTCCCCTAAAC;SOR=0.896;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=133;TCF=58;TCR=75;TR=69;WE=72046219;WS=72046201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,81:0.54:149
chr16	72050885	rs11075914	G	C	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=23;PP=1644;SC=CTATGGTGCCGTCTCACTCTG;SOR=1.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=63;TCR=23;TR=86;WE=72050893;WS=72050875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	72089958	.	A	ATG	1195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,47:0.35:135
chr16	72107660	rs117689220	G	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=356;ReadPosRankSum=-1.083;SC=TGCTTAGTGGGAGGAGTGTGT;SOR=0.712;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=25;WE=72107668;WS=72107656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr16	72110323	rs146254843	G	T	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=23.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.09;MQRankSum=-12.995;QD=1.60;ReadPosRankSum=-1.836;SOR=1.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:318,55:0.15:373
chr16	72123992	rs7191127	G	T	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=4.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.66;ReadPosRankSum=-0.313;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,47:0.51:93
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chr16	72132356	rs11862813	C	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=202;ReadPosRankSum=0.827;SC=AGGAAAAATACATCCTGGACC;SOR=0.387;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=14;WE=72132364;WS=72132353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr16	72133211	rs2072141	G	A	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.193;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,52:0.51:101
chr16	72135014	rs1050363	T	C	5727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=0.971;SC=TGAAGGATGCTACTTCTGACC;SOR=0.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=542;TCF=294;TCR=248;TR=269;WE=72135022;WS=72135004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,287:0.51:568
chr16	72135319	rs8043606	T	C	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=593;ReadPosRankSum=-3.444;SC=CGGGGTGAAGTCTGCTCTCCC;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=36;WE=72135327;WS=72135309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,40:0.61:66
chr16	72139396	rs150617	T	C	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=30;PP=1233;ReadPosRankSum=-1.002;SC=ATTTTTCCCTTCCTGTATGTC;SOR=0.791;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=98;TCR=63;TR=76;WE=72139404;WS=72139386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,83:0.45:184
chr16	72139537	rs42544	T	C	3401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=78;PP=1717;ReadPosRankSum=2.234;SC=AGAGAAGACATGGGAGGCAAG;SOR=0.691;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=282;TCF=144;TCR=138;TR=156;WE=72139545;WS=72139527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,168:0.54:311
chr16	72139667	rs55772151	T	G	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=839;ReadPosRankSum=-0.742;SC=TCACATTGACTCACTGTGCTT;SOR=0.960;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=41;WE=72139675;WS=72139657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr16	72142072	rs8051882	C	T	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=420;ReadPosRankSum=-1.038;SC=GGGATGTGCTCAGTGGGCCTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=35;WE=72142080;WS=72142062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr16	72142111	rs3815192	T	G	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.977;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=21;PP=739;ReadPosRankSum=-0.868;SC=GTGAAGGTTCTTTTTCCCTTC;SOR=0.942;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=131;TCF=83;TCR=48;TR=61;WE=72142119;WS=72142101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,68:0.47:146
chr16	72142895	rs9926156	G	C	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=935;ReadPosRankSum=-1.062;SC=CCTTCACTGCGTTCTGGCATG;SOR=0.672;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=56;TCR=79;TR=64;WE=72142903;WS=72142885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,75:0.50:151
chr16	72143414	rs17666927	G	A	3019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.623;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=63;PP=1819;ReadPosRankSum=-0.149;SC=CGGCAGGTGAGGATTCTGTGC;SOR=0.550;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=256;TCF=146;TCR=110;TR=139;WE=72143422;WS=72143404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,149:0.54:277
chr16	72146441	rs7940	C	G	1982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.312;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=51;PP=1388;ReadPosRankSum=0.809;SC=ATTGGGTCCTCAGCCTTCTGG;SOR=0.393;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=137;TCF=46;TCR=91;TR=80;WE=72146449;WS=72146431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,84:0.58:146
chr16	72146570	rs6680	T	C	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=19;PP=1094;ReadPosRankSum=-2.146;SC=GGTGGAGTTCTTCCATGCAGG;SOR=0.503;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=127;TCF=91;TCR=36;TR=63;WE=72146578;WS=72146560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,68:0.51:133
chr16	72146642	rs373424434	T	G	8430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.723;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=89;PP=2924;ReadPosRankSum=1.459;SC=CAGCGGGAGGTGGCTGGACCC;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=359;TCF=195;TCR=164;TR=203;WE=72146650;WS=72146632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,218:0.57:380
chr16	72146666	rs17666993	C	A	9450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=1.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.57;ReadPosRankSum=1.917;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,271:0.56:483
chr16	72146819	rs149504737	TCTGA	T	2102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.446;NF=2;NR=32;PP=1576;ReadPosRankSum=-1.114;SC=TGACTGCATGTCTGACTTTTT;SOR=1.066;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=73;TCF=3;TCR=70;TR=34;WE=72146830;WS=72146809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,56:0.50:113
chr16	72156672	rs79536331	T	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=226;ReadPosRankSum=1.708;SC=TAGATGCAGATTCGAGACCTG;SOR=0.100;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=15;WE=72156680;WS=72156662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr16	72157000	rs12935266	C	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=-1.824;SC=CTGCATCCCACGTCCCCCACG;SOR=0.362;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=14;WE=72157008;WS=72156990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr16	72157384	rs4788606	T	G	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.999;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=31;PP=969;ReadPosRankSum=-1.155;SC=TTGGCACGCATGTGGCTCCTC;SOR=0.345;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=150;TCF=96;TCR=54;TR=72;WE=72157392;WS=72157374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,81:0.48:170
chr16	72158950	rs3812986	T	C	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.079;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=804;ReadPosRankSum=-0.975;SC=TATTTTCTTCTCAGTGGCCAG;SOR=1.009;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=42;WE=72158958;WS=72158940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,50:0.60:84
chr16	72820938	.	C	CT	48.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.06;MQRankSum=-0.000;QD=8.04;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
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chr16	72991286	rs2157786	C	T	3977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
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chr16	72991715	rs4788682	A	G	8211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.341;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=1.019;SC=CGCCGCAGCCACCGCCGCCGC;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=358;TCF=203;TCR=155;TR=348;WE=72991723;WS=72991686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,315:0.98:323
chr16	72992221	rs61735550	G	A	5603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.782;SC=CACCCTCTGTGCTTTCATTTG;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=462;TCF=227;TCR=235;TR=247;WE=72992229;WS=72992211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,263:0.53:496
chr16	72993831	rs7193297	A	C	2090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.519;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=40;PP=1219;ReadPosRankSum=1.578;SC=GCGGGCTCGGAGGGGGGCCCG;SOR=0.386;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=156;TCF=93;TCR=63;TR=87;WE=72993839;WS=72993821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,97:0.56:174
chr16	73126858	rs7189194	T	G	3502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.036;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=51;PP=2192;ReadPosRankSum=0.357;SC=TATCCCTTCGTTTATGCTCTG;SOR=0.882;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=314;TCF=200;TCR=114;TR=152;WE=73126866;WS=73126848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,161:0.48:333
chr16	73177879	.	C	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.084;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=368;ReadPosRankSum=-0.099;SC=TTATTCAAGTCACCCCCTTGT;SOR=0.619;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=25;WE=73177887;WS=73177869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr16	73177898	rs76098878	A	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=270;ReadPosRankSum=-0.499;SC=GTCGGCCAGTATCAAGGCAAA;SOR=0.765;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=14;WE=73177906;WS=73177888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr16	73521307	rs35394633	A	ATT	598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.825;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr16	74366531	rs3743922	A	C	2506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FS=1.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQRankSum=-3.442;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.482;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,154:0.35:439
chr16	74366672	rs3743923	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.110;NF=3;NR=15;PP=222;ReadPosRankSum=-2.281;SC=GGAGACAGACGTCAAGGCAAG;SOR=0.515;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=18;WE=74366680;WS=74366662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,18:0.29:63
chr16	74369200	.	C	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.81;MQRankSum=1.548;QD=14.18;ReadPosRankSum=0.055;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr16	74372596	.	C	CA	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DP=455;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQRankSum=-3.134;QD=0.26;ReadPosRankSum=1.104;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:357,61:0.15:418
chr16	74372914	rs11353924	GT	G	290.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=-2.526;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
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chr16	74394671	rs62055171	T	C	3645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.405;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.870;NF=68;NR=128;PP=2212;ReadPosRankSum=0.091;SC=CGGCAGCTGATGCGCTGTTTC;SOR=1.159;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=499;TCF=203;TCR=296;TR=196;WE=74394679;WS=74394661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,200:0.39:512
chr16	74394745	rs71391080	A	G	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=44.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQRankSum=-13.185;QD=3.00;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=2.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,54:0.18:292
chr16	74425358	rs6564065	G	A	5616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.38;QD=29.88;SOR=2.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr16	74425548	rs2868591	A	G	31018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=828;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=365;NR=440;PP=2965;SC=CTGAAGGAGTATCTCCTGGTC;SOR=0.897;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=809;TCF=365;TCR=444;TR=805;WE=74425556;WS=74425538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,827:1.00:827
chr16	74425569	rs11641596	C	T	12904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-1.814;QD=17.73;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,562:0.77:728
chr16	74443401	.	T	C	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=18.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.00;MQRankSum=-8.650;QD=18.09;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,55:0.64:86
chr16	74443433	.	C	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.899;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=3.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.53;MQRankSum=-2.125;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.041;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,29:0.15:192
chr16	74447514	rs2650549	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQRankSum=-16.068;QD=0.27;ReadPosRankSum=0.099;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:395,56:0.12:451
chr16	74447627	.	G	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.466;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQRankSum=-0.175;QD=2.97;ReadPosRankSum=1.221;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,18:0.23:79
chr16	74452071	rs372741573	G	A	4350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.660;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.423;NF=117;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.258;SC=CCAAGCCCGCGGGCAGCAGCT;SOR=0.604;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=487;TCF=221;TCR=266;TR=252;WE=74452079;WS=74452061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,212:0.53:400
chr16	74485788	rs3851731	C	T	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=518;ReadPosRankSum=1.753;SC=CGCCAAAATACAACATTTAGC;SOR=0.608;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=37;WE=74485796;WS=74485778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr16	74485808	rs77345468	C	T	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.611;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=581;ReadPosRankSum=0.649;SC=CCAATGCCTACTAGAGTGGGT;SOR=0.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=95;TCF=66;TCR=29;TR=42;WE=74485816;WS=74485798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,46:0.42:109
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chr16	74490556	rs9945	G	A	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=-2.431;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,114:0.55:208
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chr16	74504097	rs12716764	G	C	3327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=71;PP=2228;SC=TGACCCACACGTGAGACATCA;SOR=1.692;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=37;TCR=71;TR=108;WE=74504105;WS=74504087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr16	74506447	rs8059315	G	C	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.018;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=695;ReadPosRankSum=-1.228;SC=TCTAGTATTTGAAGTAGATAG;SOR=0.762;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=41;WE=74506455;WS=74506437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,45:0.45:100
chr16	74530611	rs377639967	TACAC	T	540.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.390;QD=11.50;ReadPosRankSum=-1.218;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr16	74537591	rs4887772	C	T	4240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=90;PP=2350;ReadPosRankSum=1.383;SC=GGTGATCCACCAAGCAGGAAA;SOR=0.642;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=365;TCF=188;TCR=177;TR=189;WE=74537599;WS=74537581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,207:0.51:403
chr16	74542837	.	G	GA	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.648;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.738;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr16	74566090	rs200740673	AAAT	A	83.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.88;MQRankSum=-1.065;QD=1.82;ReadPosRankSum=2.855;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr16	74566092	rs202047611	ATAT	A	243.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.89;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=0.424;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr16	74660174	rs12933037	G	A	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.681;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=14;PP=982;ReadPosRankSum=0.986;SC=AAAAGTTCATGTTTTCCCTTA;SOR=0.069;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=78;TCF=63;TCR=15;TR=56;WE=74660182;WS=74660164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,55:0.71:78
chr16	74664698	rs78796563	A	G	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=31;PP=1058;ReadPosRankSum=-0.384;SC=TGAGCTACTAACTCCTGCACA;SOR=0.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=95;TCR=65;TR=77;WE=74664706;WS=74664688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,82:0.48:171
chr16	74664743	rs7193541	T	C	3027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.432;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=51;PP=1817;ReadPosRankSum=-0.651;SC=TATACCAGAATTGAACCATTG;SOR=0.795;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=253;TCF=149;TCR=104;TR=131;WE=74664751;WS=74664733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,146:0.52:280
chr16	74664810	rs7188880	A	T	3105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=5.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.372;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,150:0.56:270
chr16	74664969	rs7193959	T	A	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.415;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=396;ReadPosRankSum=1.714;SC=ACACTCATACTCCCAAACTAT;SOR=2.368;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=24;WE=74664977;WS=74664959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr16	74666634	rs4072450	G	C	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=356;ReadPosRankSum=0.879;SC=ATTCAAACTAGTTTTTCAAGT;SOR=0.481;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=26;WE=74666642;WS=74666624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr16	74670458	rs4888262	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=357;ReadPosRankSum=-0.766;SC=TTTGATGTGACGTAAGTTTTT;SOR=0.405;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=21;WE=74670466;WS=74670448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr16	74671911	rs76497052	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.876;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=143;ReadPosRankSum=-1.802;SC=TAGGAAGGCTACAGAAGACTT;SOR=0.193;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=12;WE=74671919;WS=74671901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr16	74695079	rs8058922	G	T	10126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=172;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.833;SC=GTTCTCCACAGTGTCTTCTCC;SOR=0.225;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=357;TCF=184;TCR=173;TR=356;WE=74695087;WS=74695069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,391:1.00:392
chr16	74706298	rs4888274	A	T	1952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=1.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=2.012;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,92:0.55:168
chr16	74706385	rs76652394	G	A	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.245;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,133:0.45:297
chr16	74709233	rs144526386	C	A	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=29;PP=1147;ReadPosRankSum=-1.095;SC=ACTGGCTGAGCCAGTCTTCAC;SOR=0.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=108;TCR=57;TR=83;WE=74709241;WS=74709223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,86:0.49:175
chr16	74709737	rs7184423	C	A	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=69;PP=1637;ReadPosRankSum=-1.485;SC=ATTGTTGCTACACACAATTGC;SOR=0.724;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=241;TCF=102;TCR=139;TR=117;WE=74709745;WS=74709727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,124:0.49:253
chr16	74712905	rs6564158	A	T	2258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=42;PP=1319;SC=CGGGGAGCATAAGTACCTTTG;SOR=1.416;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=70;WE=74712913;WS=74712895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr16	74719600	.	T	G	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.600;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=795;ReadPosRankSum=0.803;SC=GGGTGAGAACTGGTGCCAGGA;SOR=0.889;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=101;TCF=37;TCR=64;TR=50;WE=74719608;WS=74719590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,56:0.50:111
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chr16	74927507	rs10718591	CA	C	2197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=2.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.078;QD=11.63;ReadPosRankSum=-0.713;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,153:0.81:189
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chr16	74943890	rs12325318	A	G	3520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=60;PP=1926;SC=TTTTGAGACAAAGTCTCTCTT;SOR=0.979;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=32;TCR=60;TR=92;WE=74943898;WS=74943880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr16	75034214	rs34462287	C	A	14618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=260;NR=257;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.754;SC=GGCGTGTGTTCACTTGTGGAA;SOR=0.349;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=519;TCF=262;TCR=257;TR=517;WE=75034222;WS=75034204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,564:1.00:565
chr16	75138927	rs2287989	A	G	3874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=79;PP=2251;SC=GGCAGAGGCCATCAGACAGGT;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=53;TCR=79;TR=132;WE=75138935;WS=75138917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
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chr16	75200407	rs11865310	G	C	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.76;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr16	75202998	rs12716783	A	C	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=12;PP=1053;SC=GTTTGAAAGGAAACATTTGCA;SOR=1.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=75203006;WS=75202988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	75238103	rs4737	C	T	3967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.361;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=89;PP=2430;ReadPosRankSum=-0.267;SC=ATGAGCTTGGCGACACGGGCG;SOR=0.726;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=368;TCF=188;TCR=180;TR=183;WE=75238111;WS=75238093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,194:0.49:399
chr16	75240935	rs57900557	G	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=372;ReadPosRankSum=0.440;SC=CTGGCCTCGGGGCTGGGAGTG;SOR=0.686;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=55;TCR=12;TR=25;WE=75240943;WS=75240925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr16	75263974	rs6564241	T	C	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.904;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=826;ReadPosRankSum=-0.417;SC=GAGTTGGAACTACAGGCCGAG;SOR=0.397;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=98;TCF=34;TCR=64;TR=46;WE=75263982;WS=75263964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,51:0.48:106
chr16	75267676	rs4888361	A	G	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.855;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=559;ReadPosRankSum=-2.640;SC=TCGGCCCTGCAGGGCAAGAGC;SOR=0.504;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=89;TCF=64;TCR=25;TR=44;WE=75267684;WS=75267666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,36:0.41:87
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chr16	75269267	rs3169330	A	G	4771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=0.094;SC=CACTCTGGACAGCGGCCACAG;SOR=0.661;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=505;TCF=254;TCR=251;TR=226;WE=75269275;WS=75269257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,238:0.44:541
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chr16	75327700	rs6625	G	A	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-6.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.960;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=8;PP=1799;ReadPosRankSum=0.222;SC=AACCATTTGTGATTAAGATAC;SOR=0.081;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=104;TCF=91;TCR=13;TR=44;WE=75327719;WS=75327690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,49:0.45:108
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chr16	75327916	rs6624	A	G	13743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=223;NR=274;PP=2965;SC=CCACTCGGTCAAGGAAGGCTT;SOR=0.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=500;TCF=224;TCR=276;TR=497;WE=75327924;WS=75327906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,524:1.00:524
chr16	75339131	rs7192981	T	G	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=47;PP=1533;SC=CTGATCTCTATATTAACAGTT;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=73;WE=75339139;WS=75339121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	75445906	rs247435	C	T	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=26;PP=677;SC=ATATTGTTTACAGATACTTTT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=75445914;WS=75445896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr16	75498253	rs34904236	G	T	3861.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;ReadPosRankSum=-0.703;SC=GGAGGACAGCGCCCACGCCGC;SOR=0.545;Source=Platypus;TR=58;WE=75498261;WS=75498242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,99:0.50:198
chr16	75563330	rs3826107	G	A	4634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=121;PP=2793;ReadPosRankSum=-1.951;SC=GAGCTGTGGCGTGAGGGTCAG;SOR=0.775;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=510;TCF=253;TCR=257;TR=227;WE=75563338;WS=75563320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,241:0.45:535
chr16	75563746	rs8048818	T	G	9049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=996;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.086;NF=218;NR=209;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.600;SC=CCAGGCTGAATGGCTGCCGCG;SOR=0.692;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=944;TCF=483;TCR=461;TR=427;WE=75563754;WS=75563736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:548,446:0.45:994
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chr16	75575410	rs7202717	G	A	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=806;ReadPosRankSum=1.163;SC=GGCAGTTGAAGGCTATAAAGA;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=73;TCR=82;TR=68;WE=75575418;WS=75575400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,83:0.46:179
chr16	75579233	rs2738801	A	T	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=1.764;QD=10.66;ReadPosRankSum=2.896;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,60:0.52:116
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chr16	75590113	rs3743602	C	G	2991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.62;ReadPosRankSum=-0.209;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,83:0.46:180
chr16	75590122	rs138060715	G	A	2932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.95;ReadPosRankSum=-0.445;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,80:0.46:173
chr16	75652407	rs67565404	CA	C	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=4.222;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,35:0.26:134
chr16	75670529	.	A	AT	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=6.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.58;ReadPosRankSum=-2.164;SOR=2.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr16	75674252	.	TAAA	T	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=1.107;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr16	75675609	rs5030748	T	C	2919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=64;PP=2049;ReadPosRankSum=2.494;SC=CTTTCAGGCGTCTCTTCAGCT;SOR=0.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=317;TCF=169;TCR=148;TR=135;WE=75675617;WS=75675599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,144:0.41:350
chr16	75703213	.	TA	T	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=4.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=0.487;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,34:0.27:126
chr16	75794714	.	C	CT	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=1.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.34;ReadPosRankSum=1.298;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,44:0.17:264
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chr16	76311602	rs59314262	G	GT	10866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.07;NF=33;NR=91;PP=2957;SC=CGCTACTTCTGTATCTACTCA;SOR=0.700;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=133;TCF=37;TCR=96;TR=124;WE=76311610;WS=76311592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
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chr16	76343812	rs8053810	GG	AA	2573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.449;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.10;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,67:0.55:122
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chr16	76461273	rs7192076	A	C	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=16;PP=1661;SC=ACACATTGCTAATAGACATTA;SOR=2.455;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=60;TCR=16;TR=76;WE=76461281;WS=76461263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	76461519	rs9927638	C	A	2462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=64;PP=1499;ReadPosRankSum=0.807;SC=TTATCCAATACACTGACATAG;SOR=0.694;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=211;TCF=82;TCR=129;TR=106;WE=76461527;WS=76461509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,118:0.52:225
chr16	76461588	rs9938200	A	G	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=57;PP=1631;SC=TTTTAGCTACATAAAGAGGTA;SOR=2.463;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=17;TCR=57;TR=74;WE=76461596;WS=76461578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	76486581	rs28584228	A	G	2739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.347;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=69;PP=1707;ReadPosRankSum=-1.874;SC=AGCTGATTTCAGGGGGTATCC;SOR=0.917;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=247;TCF=110;TCR=137;TR=117;WE=76486589;WS=76486571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,131:0.47:277
chr16	76495842	rs35994137	C	A	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.30;ReadPosRankSum=-0.859;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,46:0.56:82
chr16	76496131	rs34782687	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.774;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=-0.643;SC=TCTTTGATCACGGACATTTTG;SOR=0.223;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=9;WE=76496139;WS=76496121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr16	76501542	rs1002974	A	G	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=30;PP=837;SC=ACAGGAAATGAATTATATTTA;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=76501550;WS=76501532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	76523792	rs7201030	A	G	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=306;ReadPosRankSum=1.904;SC=TAAGTAAACCATGGTGTCTGT;SOR=0.492;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=18;WE=76523800;WS=76523782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr16	76532392	rs12932943	C	T	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=12;PP=630;ReadPosRankSum=-1.287;SC=TAGTTCAGAACATCTTGGTTT;SOR=0.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=64;TCR=26;TR=43;WE=76532400;WS=76532382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,47:0.47:99
chr16	76532583	rs12933808	A	G	2972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.352;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=75;PP=1850;ReadPosRankSum=-1.789;SC=CTGCTCTGCCAGGGAGACAGT;SOR=0.832;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=311;TCF=148;TCR=163;TR=138;WE=76532591;WS=76532573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,151:0.45:334
chr16	76555015	rs11353699	CT	C	4627.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.36;ReadPosRankSum=-0.785;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,241:0.96:252
chr16	76569754	rs6564348	A	T	3119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=61;PP=1929;SC=GTTCTTTTCTATGCAGCTATT;SOR=1.392;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=99;WE=76569762;WS=76569744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	76574500	rs72799059	C	T	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=420;ReadPosRankSum=1.125;SC=ATGCTAACAACTGCTTAATGT;SOR=0.741;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=23;WE=76574508;WS=76574499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr16	76574842	rs72799060	T	A	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.945;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=40;PP=879;ReadPosRankSum=2.326;SC=GACAGAGGCATATGCAGGCAT;SOR=1.217;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=119;TCF=34;TCR=85;TR=52;WE=76574850;WS=76574832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,58:0.45:128
chr16	76587202	rs7202925	T	G	2339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=42;PP=1388;ReadPosRankSum=1.167;SC=TGGACCAGGATACTGCACTGG;SOR=0.687;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=210;TCF=129;TCR=81;TR=106;WE=76587210;WS=76587192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,117:0.49:239
chr16	76587331	rs7184958	T	C	2964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=0.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.678;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,162:0.43:374
chr16	76587647	rs4243123	G	C	4850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=55;PP=2965;SC=ATAATTCTCTGTGGTTTAAAA;SOR=1.596;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=108;TCR=56;TR=163;WE=76587655;WS=76587637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr16	76592313	rs7196722	T	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=219;ReadPosRankSum=-2.111;SC=TTATGATGACTTATTAAGCAA;SOR=0.866;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=17;WE=76592321;WS=76592311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr16	76592633	rs12599021	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.605;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=179;ReadPosRankSum=-2.645;SC=AATAGCCAGGGGTTCTCAATG;SOR=0.123;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=15;WE=76592641;WS=76592623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr16	76902722	rs34106659	C	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=185;ReadPosRankSum=2.011;SC=GCAATAATATCTGGTACAGAT;SOR=0.573;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=17;WE=76902730;WS=76902712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr16	76902752	rs141493910	A	G	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=0.189;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr16	76902847	rs7500280	T	C	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.73;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	76902850	rs7499278	G	A	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.73;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	77225217	rs3214483	A	AG	3228.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=37;PP=1901;SC=AAAGTGTTGGAGGGGGGACGT;SOR=0.693;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=57;WE=77225225;WS=77225207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr16	77228629	rs2232503	A	G	19115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=311;NR=333;PP=2965;SC=CCCAGGAGCGAAATGTGCTGG;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=644;TCF=311;TCR=333;TR=644;WE=77228637;WS=77228619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,681:1.00:681
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chr16	77233338	rs8398	C	T	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.09;ReadPosRankSum=-3.223;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,67:0.49:136
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chr16	77242063	rs75077644	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.123;SOR=0.388;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr16	77242083	rs9934426	C	G	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=16;PP=910;SC=CTCTGGCTCACTCTTTCTTCC;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=55;WE=77242091;WS=77242073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr16	77246988	rs7203616	T	G	6119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=125;PP=2965;SC=GCCGGACCCCTCCCACCAGTC;SOR=1.169;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=89;TCR=125;TR=214;WE=77246996;WS=77246978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr16	77281779	rs35625788	GTC	G	1337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=6;PP=1169;SC=CTGGCTTGAGGTCTCTCATCA;SOR=2.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=25;WE=77281788;WS=77281769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	77318020	.	CTT	C	493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.024;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
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chr16	77323235	rs3743749	C	G	2184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.440;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,116:0.44:261
chr16	77327211	rs67517591	T	TA	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=4.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.209;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,30:0.25:119
chr16	77327226	rs4888618	C	A	3612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.42;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	77353973	rs9930984	G	T	6323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=129;PP=2965;SC=GCTGGAATGAGGACCACCGGA;SOR=1.146;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=96;TCR=129;TR=225;WE=77353981;WS=77353963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr16	77359919	rs11640912	A	T	11564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=176;NR=226;PP=2965;SC=GGACAGAATAAGCCACCATAC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=402;TCF=176;TCR=226;TR=402;WE=77359927;WS=77359909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr16	77360019	rs62044892	G	T	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=68;PP=1909;SC=GAGAGGCAATGAAGATGAGCA;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=16;TCR=68;TR=84;WE=77360027;WS=77360009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	77389762	rs8058333	C	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.535;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=353;ReadPosRankSum=0.887;SC=ACTGAGTATTCGTTTGCAGGT;SOR=1.112;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=23;WE=77389770;WS=77389752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr16	77389956	rs8059275	A	G	6459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=119;NR=116;PP=2965;SC=TCCCTTCTCCATCGTGAATCA;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=119;TCR=117;TR=235;WE=77389964;WS=77389946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr16	77393207	rs2650907	G	C	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=3.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=1.243;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,78:0.51:153
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chr16	77393450	rs114891228	A	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=2.431;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr16	77395948	rs1909802	C	G	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.723;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=340;ReadPosRankSum=-1.540;SC=TAGAAAGTTTCCATACTGTGT;SOR=1.516;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=20;WE=77395956;WS=77395938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr16	77397899	rs1948718	T	C	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.012;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=549;ReadPosRankSum=1.993;SC=TATGTACATATAAATACAATT;SOR=1.360;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=29;WE=77397907;WS=77397889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr16	77398081	rs1948719	T	C	2807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.945;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=51;PP=1776;ReadPosRankSum=-0.432;SC=ACACCCCCGCTTACCATGTTC;SOR=0.924;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=260;TCF=148;TCR=112;TR=126;WE=77398089;WS=77398071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,137:0.49:282
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chr16	77401545	rs11643211	A	G	2880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.728;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=70;PP=1820;ReadPosRankSum=0.634;SC=GGGGAGCTGTAGTTGTGTTCC;SOR=0.902;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=278;TCF=130;TCR=148;TR=126;WE=77401553;WS=77401535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,140:0.45:310
chr16	77401684	rs2434895	T	G	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.341;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=36;PP=778;ReadPosRankSum=-1.231;SC=AGGGTTGGTTTTCAACAACTG;SOR=1.267;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=92;TCF=32;TCR=60;TR=51;WE=77401692;WS=77401674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,55:0.55:100
chr16	77465036	rs1366545	C	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=107;ReadPosRankSum=0.778;SC=TCTGGGAGCACATTAGATTAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=6;WE=77465044;WS=77465026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr16	77756613	rs2914456	G	A	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=53;PP=1398;SC=TGATTTTGCAGCTCCCGCCAG;SOR=2.271;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=69;WE=77756621;WS=77756603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr16	77769647	rs186305	C	T	2982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=36;PP=1871;SC=AAATAGAAGTCCAGTAAGTAT;SOR=1.189;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=96;WE=77769655;WS=77769637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
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chr16	78011559	rs3751769	C	T	2275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=57;PP=1371;ReadPosRankSum=-0.494;SC=AGGGAGACAGCGAGAACAAGG;SOR=0.648;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=229;TCF=109;TCR=120;TR=111;WE=78011567;WS=78011549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,117:0.49:237
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chr16	78062219	rs2204891	C	T	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=9.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.500;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,36:0.45:80
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chr16	78085836	rs7203483	C	T	4629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.636;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,226:0.53:427
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chr16	78148794	rs1469117	T	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.696;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=135;ReadPosRankSum=0.860;SC=AATGGGGTTTTCCTAAAGTAT;SOR=0.136;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=9;WE=78148802;WS=78148784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr16	78198192	rs2303191	T	C	3791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=111;PP=2044;ReadPosRankSum=-1.299;SC=AATGGGTAAGTGCTTGACTGT;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=419;TCF=183;TCR=236;TR=196;WE=78198200;WS=78198182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,201:0.46:441
chr16	78312489	rs8048830	G	T	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=1.376;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,63:0.59:107
chr16	78312497	rs8050128	C	A	4163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.89;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr16	78312527	rs77067228	A	G	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.279;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=28;PP=891;ReadPosRankSum=2.019;SC=TCCGCCAGAAAAGTGCAGAAT;SOR=0.839;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=106;TCF=64;TCR=42;TR=67;WE=78312535;WS=78312517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,72:0.58:125
chr16	78420642	rs35121047	G	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=465;ReadPosRankSum=1.627;SC=CTCTCTGGGCGTCTTATATTA;SOR=0.362;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=32;WE=78420650;WS=78420632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr16	78420775	rs11545029	G	A	3350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=71;PP=1880;ReadPosRankSum=0.119;SC=CAAGGTAGAAGCAATGACCCT;SOR=0.750;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=364;TCF=195;TCR=169;TR=159;WE=78420783;WS=78420765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,172:0.44:388
chr16	78420882	rs12446823	C	T	2531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.218;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=60;PP=1595;ReadPosRankSum=-1.153;SC=ATCATAATTTCTTGCTATTGT;SOR=0.499;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=195;TCF=84;TCR=111;TR=111;WE=78420890;WS=78420872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,118:0.57:206
chr16	78790765	rs7199110	C	T	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=696;ReadPosRankSum=-0.378;SC=GACATCAGAGCATGTGACTTA;SOR=0.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=52;WE=78790773;WS=78790755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,55:0.62:88
chr16	79245465	rs384216	T	C	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=59;NR=17;PP=1617;SC=ATCACTCCTTTTCTTAAAATT;SOR=2.162;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=59;TCR=17;TR=76;WE=79245481;WS=79245455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	79245820	rs383362	G	T	5722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=95;PP=2965;SC=AATAAGAGCAGTCACAACAGA;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=93;TCR=96;TR=188;WE=79245828;WS=79245810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr16	79245956	rs2288034	C	G	6275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.89;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr16	79245961	rs2288033	T	C	6250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.65;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
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chr16	79619727	rs60080524	GAAA	G,GA	1954.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;QD=31.03;SOR=1.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,47,13:0.75,0.21:63
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chr16	80641936	rs9940376	G	C	3780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=1.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.50;ReadPosRankSum=1.658;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,102:0.47:216
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chr16	81010170	rs2303216	T	C	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.144;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=187;ReadPosRankSum=0.190;SC=AAAATATAAATGTCCTTTGAG;SOR=1.371;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=18;WE=81010178;WS=81010160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr16	81012303	rs9937731	C	A	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=767;ReadPosRankSum=-1.275;SC=AAAGGAAGTCCAGATGGTCCC;SOR=0.742;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=24;WE=81012315;WS=81012293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr16	81012307	rs59299004	TG	T	1016.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=753;ReadPosRankSum=-1.666;SC=GAAGTCCAGATGGTCCCTGAA;SOR=0.922;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=13;WE=81012315;WS=81012293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
chr16	81014684	rs72349077	CA	C	31.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr16	81014700	.	T	C	191	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=46;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=9;PP=191;QD=25.085690283;SC=AAAAAAAAAGTTCAAAAATAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=9;WE=81014708;WS=81014690;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,9:0.60:15
chr16	81015560	rs2549822	C	T	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=38;PP=1056;SC=TAAATACTGCCACAGACATGA;SOR=1.457;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=62;WE=81015568;WS=81015550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
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chr16	81022203	rs34522854	TA	T	1177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=29;PP=537;ReadPosRankSum=-0.295;SC=GCACGTTTCCTAAAAAAAACA;SOR=0.595;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=9;TCR=68;TR=33;WE=81022211;WS=81022193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,73:0.48:151
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chr16	81025506	rs2113197	T	A	2638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.848;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,141:0.42:332
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chr16	81050965	rs935939	A	T	3655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=25.74;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	81051203	rs11866803	T	G	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.31;ReadPosRankSum=2.577;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr16	81051327	rs935940	C	T	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr16	81053682	rs10602593	CT	C	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.766;NF=20;NR=4;PP=262;ReadPosRankSum=0.757;SC=GAAATTAAGCCTTTTTTTTTT;SOR=1.047;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=24;WE=81053691;WS=81053672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,35:0.80:44
chr16	81056111	rs9921914	C	A	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=27;PP=1345;ReadPosRankSum=-2.956;SC=GAAACTATTCCCTAATTGCAG;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=148;TCF=98;TCR=50;TR=83;WE=81056119;WS=81056101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,85:0.57:150
chr16	81056441	rs3743503	T	G	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.677;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=422;ReadPosRankSum=0.811;SC=AGCTTGCAATTAGTGAACATG;SOR=0.323;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=22;WE=81056449;WS=81056431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr16	81058170	rs112620608	T	TCAACTCAGC	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.068;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=1;PP=590;ReadPosRankSum=0.992;SC=AGTGTCCTGCTCAACTCAGCC;SOR=0.610;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=1;WE=81058178;WS=81058160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr16	81061827	rs2549887	G	A	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.243;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,91:0.40:228
chr16	81062030	rs2549888	G	T	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.068;NF=25;NR=25;PP=904;ReadPosRankSum=-1.337;SC=GCTCTCTCTTGCATCTTCTGC;SOR=0.415;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=50;WE=81062038;WS=81062020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,57:0.47:120
chr16	81062151	rs35608064	CTT	C	8376.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.724;QD=21.26;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,215:0.55:394
chr16	81062157	rs114305409	T	C	3754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=4.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.032;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.320;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,203:0.49:417
chr16	81062171	rs2602428	C	T	8389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=4.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.70;ReadPosRankSum=0.164;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,232:0.49:474
chr16	81066159	.	GT	G	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.73;ReadPosRankSum=-0.345;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,38:0.23:166
chr16	81069449	rs2602430	A	G	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	81069691	rs200817365	G	C	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.32;ReadPosRankSum=-1.554;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,58:0.40:144
chr16	81077915	rs2257378	T	C	5605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.238;NF=140;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=1.466;SC=ATCTGCCTGCTCAGACATTGG;SOR=0.681;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=576;TCF=302;TCR=274;TR=267;WE=81077923;WS=81077905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,279:0.47:599
chr16	81094760	rs804884	A	G	3192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=35;PP=2019;SC=GTTCTACCGCAACCGCTCAGA;SOR=1.515;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=80;TCR=35;TR=115;WE=81094768;WS=81094750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr16	81095091	rs7198494	A	G	6573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.766;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.095;SC=CAGCAGGGATATCTGGGCCGC;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=477;TCF=270;TCR=207;TR=275;WE=81095099;WS=81095081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,295:0.59:504
chr16	81095219	rs112523458	C	T	8795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=930;ExcessHet=3.0103;FS=1.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.525;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:478,447:0.48:925
chr16	81095363	rs804885	C	T	12720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=196;NR=260;PP=2965;SC=CTGGGATGGACAGCCCTCTGT;SOR=1.020;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=457;TCF=196;TCR=261;TR=456;WE=81095371;WS=81095353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr16	81118289	rs7187102	C	T	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=22;PP=606;SC=TCCTGTCATACAGCTATGATT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=81118297;WS=81118279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	81118316	rs56359310	CTT	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=-1.255;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr16	81121145	rs7200400	T	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=10;PP=464;SC=ACAAACAAATTACTATTCAAT;SOR=1.022;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=24;WE=81121153;WS=81121135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	81121353	rs8177906	C	T	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.972;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,51:0.50:102
chr16	81129822	rs8052579	G	A	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=1.984;NF=10;NR=17;PP=510;ReadPosRankSum=1.169;SC=CGCGGCGGGTGACGGGACCGC;SOR=1.302;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=27;WE=81129830;WS=81129812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr16	81142257	rs1869348	T	C	4068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=92;PP=2451;ReadPosRankSum=-0.921;SC=CAATGCAGGATCCAATGAGGA;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=327;TCF=155;TCR=172;TR=173;WE=81142265;WS=81142247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,193:0.56:345
chr16	81142358	rs4520846	C	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=521;ReadPosRankSum=0.575;SC=ACTTCCCCTACTGGGAACCCT;SOR=0.771;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=20;TCR=68;TR=36;WE=81142366;WS=81142348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,42:0.45:94
chr16	81145630	rs8053975	C	G	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=10;PP=1548;SC=ACAGCAAAGACACCCTGTACT;SOR=2.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=58;TCR=10;TR=68;WE=81145638;WS=81145620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	81145664	rs8054611	A	G	3877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=37;PP=2580;SC=ACCTTCCTTGAGTTCCCAGGG;SOR=1.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=96;TCR=38;TR=132;WE=81145683;WS=81145654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr16	81145675	rs8059153	T	C	4648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=51;PP=2965;SC=GTTCCCAGGGTCTCCCTAACC;SOR=1.513;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=110;TCR=51;TR=161;WE=81145683;WS=81145654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr16	81145737	rs8059318	T	G	8463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr16	81145755	rs11647962	A	T	3556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=0.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.357;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,180:0.49:370
chr16	81145807	rs8054182	C	G	10373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr16	81151122	rs4889238	A	C	19077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=724;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,723:1.00:723
chr16	81151163	rs8053191	C	T	14202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=227;NR=276;PP=2965;SC=AAGTTGCGGCCGTGACTGCCC;SOR=0.962;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=505;TCF=229;TCR=276;TR=503;WE=81151171;WS=81151153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,541:1.00:541
chr16	81157324	rs4889241	G	A	3486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=49;PP=2042;SC=GTAGACAGTGGACTCCACAAA;SOR=0.876;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=74;TCR=49;TR=122;WE=81157332;WS=81157314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr16	81157521	rs4889242	G	A	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=30;PP=820;SC=GGGCCACCAGGCCAACAGAGC;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=81157529;WS=81157511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	81164274	rs11150345	C	G	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=28;PP=796;SC=ACAGTCCCTGCTCAGGCAGGA;SOR=1.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=39;WE=81164282;WS=81164264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	81167342	rs11150346	T	G	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=23;PP=663;SC=CCCCTACGTGTGCAGAGGAGG;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=81167350;WS=81167332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	81173030	rs4889243	A	G	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=2;PP=784;SC=ATAAAGGAATAAAAGCCCAGG;SOR=4.977;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=36;WE=81173038;WS=81173020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	81173136	rs12918619	T	C	3720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=56;PP=2178;SC=GTGACGAACATGCTCTCCACG;SOR=1.695;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=92;TCR=57;TR=148;WE=81173144;WS=81173126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr16	81173193	rs4889244	C	T	5278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=104;NR=90;PP=2965;SC=CTGGCCCTCCCGTAGTGCAGG;SOR=0.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=104;TCR=90;TR=194;WE=81173201;WS=81173183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr16	81180988	rs7194136	C	G	3348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=1.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.893;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,168:0.52:326
chr16	81183266	rs8044870	A	G	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=18;PP=1248;SC=CCAGCCACTAACCCTGACCTC;SOR=1.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=60;WE=81183274;WS=81183256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	81183624	rs10617579	CTT	C	446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.27;ReadPosRankSum=0.415;SOR=1.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr16	81185326	rs11649028	G	A	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=33;PP=1598;SC=CCTGGGTGGCGGAACAAGACC;SOR=1.029;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=87;WE=81185334;WS=81185316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	81185416	rs8061038	A	G	7244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr16	81190294	rs4889251	G	A	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=19;PP=1141;SC=CAGGTGATCCGTCCACCTTGG;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=63;WE=81190316;WS=81190284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	81190308	rs4889252	G	T	4172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=26;PP=1466;SC=ACCTTGGCCTGCCAAAGTGCT;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=78;WE=81190316;WS=81190284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	81190328	rs4889253	G	A	4490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=33;PP=1798;SC=TGGGATTACAGGCGTGAGCCA;SOR=1.168;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=95;WE=81190336;WS=81190318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr16	81190601	rs1453325	T	C	8425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=143;NR=163;PP=2965;SC=TGGTGGATGTTGATGGCATTG;SOR=0.941;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=308;TCF=143;TCR=165;TR=306;WE=81190621;WS=81190591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr16	81190613	rs1453324	A	G	7621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=144;PP=2965;SC=ATGGCATTGGACATCACCAGG;SOR=0.951;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=124;TCR=144;TR=268;WE=81190621;WS=81190591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr16	81190708	rs1453323	A	C	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=46;PP=1101;SC=CAACCCATAAAGGGGCTGTCA;SOR=2.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=57;WE=81190716;WS=81190698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	81193433	rs734823	G	C	4113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=104;PP=2354;SC=CTGTAGGAAAGGGGGTTCCAG;SOR=2.019;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=42;TCR=104;TR=146;WE=81193441;WS=81193423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr16	81194382	rs2317117	T	C	11075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=217;NR=180;PP=2965;SC=GTGCAATGTCTGGTCTCCAGT;SOR=0.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=397;TCF=217;TCR=180;TR=397;WE=81194390;WS=81194372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr16	81194528	rs11647564	C	T	2372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.647;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=68;PP=1666;ReadPosRankSum=0.135;SC=CAGAAACAATCCTATTGAAGG;SOR=0.914;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=180;TCF=66;TCR=114;TR=103;WE=81194536;WS=81194518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,106:0.55:191
chr16	81197117	rs4889255	A	G	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=44;PP=1757;SC=GCTTGAGCCCAGGAGGCAGAA;SOR=1.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=64;TCR=44;TR=108;WE=81197125;WS=81197107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr16	81198441	rs7191852	T	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=255;ReadPosRankSum=1.124;SC=GAGGGAGCCCTCACACCTCCT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=14;WE=81198449;WS=81198431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
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chr16	81199520	rs12931217	T	C	4974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=107;PP=2637;SC=AGCAGGAGGGTGGTCTGCACA;SOR=1.161;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=74;TCR=107;TR=181;WE=81199528;WS=81199510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr16	81199538	rs12931227	T	C	2319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=6.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.26;ReadPosRankSum=-0.028;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,64:0.42:152
chr16	81199544	rs12925771	G	A	2259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=8.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.80;ReadPosRankSum=-0.208;SOR=1.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,60:0.42:143
chr16	81199554	rs12926898	CA	TG	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=7.825;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.13;ReadPosRankSum=0.145;SOR=1.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,47:0.40:117
chr16	81199572	rs12927442	A	G	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=58;PP=1836;SC=TGGCAATCTGAAAAAGGAGGC;SOR=1.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=84;WE=81199580;WS=81199562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	81199600	rs12599110	G	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.996;HP=1;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=389;ReadPosRankSum=0.856;SC=TGTTGCTATGGACCTGCTGCC;SOR=1.577;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=22;WE=81199608;WS=81199590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,24:0.36:66
chr16	81201448	rs11313252	G	A	2441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=4;PP=1083;SC=GATGGGGGGGGAAAGTTCCAC;SOR=3.575;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=51;TCR=4;TR=53;WE=81201456;WS=81201447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	81201507	rs34188236	C	A	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.430;NF=38;NR=25;PP=757;ReadPosRankSum=1.141;SC=AGGTCTGCATCTGGCCTGGAC;SOR=0.569;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=179;TCF=114;TCR=65;TR=63;WE=81201515;WS=81201497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,70:0.36:196
chr16	81201620	rs35292101	C	A	8226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.82;ReadPosRankSum=-0.762;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,213:0.51:415
chr16	81201625	rs34504526	G	A	8263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.25;ReadPosRankSum=-1.429;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,214:0.52:408
chr16	81201774	rs34172014	C	G	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=35;PP=953;ReadPosRankSum=1.787;SC=CTGTGTCATTCAAGGGACAAG;SOR=0.953;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=97;TCF=41;TCR=56;TR=56;WE=81201782;WS=81201764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,61:0.55:111
chr16	81201837	rs35055907	G	A	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=369;ReadPosRankSum=-0.393;SC=CCTGGCACACGAGCTCCCTGT;SOR=1.204;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=25;WE=81201845;WS=81201827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr16	81201853	rs72822032	C	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=338;ReadPosRankSum=0.012;SC=CCTGTATCTCCGGCTTGAGAC;SOR=1.270;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=20;WE=81201861;WS=81201843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr16	81201868	rs34722210	G	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.71;ReadPosRankSum=0.107;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr16	81201872	rs76815905	C	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.113;QD=17.02;ReadPosRankSum=-0.292;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr16	81204172	rs11648241	A	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=262;ReadPosRankSum=-1.818;SC=ATAAGGAAGCACAGGAGCTGG;SOR=0.420;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=13;WE=81204180;WS=81204166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr16	81204188	rs1901819	A	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=0.053;SC=GCTGGCAGCCAGATGTCAGGC;SOR=0.489;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=10;WE=81204196;WS=81204178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr16	81204423	rs11640279	T	C	7516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=626;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.342;SC=GGAAAGAAGATGACAGAGGTC;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=595;TCF=314;TCR=281;TR=352;WE=81204431;WS=81204413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,366:0.59:623
chr16	81204720	rs35271642	C	A	2535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.210;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.855;NF=43;NR=78;PP=1589;ReadPosRankSum=1.021;SC=AAATGTAATTCTGTGGCTCCA;SOR=0.849;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=240;TCF=90;TCR=150;TR=121;WE=81204728;WS=81204710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,126:0.51:246
chr16	81208056	rs745209	A	G	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.83;ReadPosRankSum=0.571;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr16	81208175	rs11150361	C	T	4323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.572;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,228:0.41:555
chr16	81208203	rs11150362	G	T	5723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.880;SC=CAGCCGCTTGGGAGACACCAC;SOR=0.820;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=616;TCF=346;TCR=270;TR=276;WE=81208211;WS=81208193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:357,290:0.45:647
chr16	81208515	rs12596941	G	A	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=53;PP=1215;ReadPosRankSum=0.012;SC=GTCTCCGAGTGCCACCTGTTA;SOR=0.768;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=190;TCF=77;TCR=113;TR=88;WE=81208523;WS=81208505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,96:0.46:208
chr16	81209207	rs2317114	T	C	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=59;NR=41;PP=1784;SC=TGCCACCACCTACCTTAGCCA;SOR=0.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=59;TCR=41;TR=100;WE=81209215;WS=81209197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	81211496	rs9935113	C	A	5884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=77;PP=2965;SC=AGAACGGTGCCCTCCTCTGGG;SOR=0.946;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=121;TCR=77;TR=198;WE=81211504;WS=81211486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr16	81211548	rs9934605	G	A	6627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=137;NR=99;PP=2965;SC=GCACAGTGCTGATCACATAGG;SOR=0.879;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=137;TCR=99;TR=236;WE=81211556;WS=81211538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr16	81211587	rs148177245	T	C	2955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=66;PP=1677;ReadPosRankSum=-1.211;SC=GCCTGGTCAGTGCTGGGAGTA;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=267;TCF=147;TCR=120;TR=140;WE=81211595;WS=81211577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,147:0.50:294
chr16	81211720	rs9925522	A	G	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=67;PP=1845;SC=AACTTCAGACATCTCTGGATC;SOR=1.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=33;TCR=67;TR=100;WE=81211728;WS=81211710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
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chr16	81224495	rs72823811	G	C	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.839;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=387;ReadPosRankSum=-0.951;SC=GATTAAAAGTGAGTCATCTTG;SOR=0.495;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=31;WE=81224503;WS=81224485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,40:0.44:90
chr16	81228814	rs72823822	G	T	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.843;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=406;ReadPosRankSum=0.862;SC=GAAGGAGCTTGGTTCTTGTCC;SOR=0.501;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=33;WE=81228822;WS=81228804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr16	81232275	rs7205673	G	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=485;ReadPosRankSum=1.283;SC=ACCTTCAACCGGAACAGCCAG;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=40;WE=81232283;WS=81232265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr16	81232564	rs7194871	T	G	3760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.785;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=75;PP=2444;ReadPosRankSum=-1.093;SC=CCCATCAGTTTCTGGGTTTCT;SOR=0.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=325;TCF=174;TCR=151;TR=166;WE=81232572;WS=81232554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,176:0.49:359
chr16	81232743	rs9924038	G	C	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=833;ReadPosRankSum=-0.153;SC=GCAGCTCAGAGTCAGTCTCTG;SOR=0.739;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=134;TCF=52;TCR=82;TR=62;WE=81232751;WS=81232733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,72:0.51:142
chr16	81240931	rs11150368	T	C	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.674;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=474;ReadPosRankSum=-2.148;SC=CCGGACAGCCTACCCCAGCCA;SOR=0.346;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=29;WE=81240939;WS=81240927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr16	81241098	rs11150369	C	T	3733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.70;ReadPosRankSum=-0.413;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,103:0.41:254
chr16	81241098	.	CGG	TGC	2405	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=47;NR=38;PP=2405;QD=28.923151469;SC=CTTACCTCGGCGGGTTGTAGG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=224;TCF=119;TCR=105;TR=85;WE=81241108;WS=81241088;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:139,85:0.38:224
chr16	81241100	rs11150370	G	C	3733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.76;ReadPosRankSum=-0.565;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,102:0.40:253
chr16	81242085	rs7499175	C	T	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=1.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=1.611;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,84:0.36:233
chr16	81242102	rs6420424	G	A	3151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.292;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=49;PP=1840;ReadPosRankSum=0.127;SC=TCACCTTCCCGGCACTGGTAC;SOR=0.855;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=213;TCF=129;TCR=84;TR=131;WE=81242110;WS=81242092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,147:0.63:235
chr16	81242148	rs55980345	GTT	G	5498.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=50;PP=2947;ReadPosRankSum=0.500;SC=TCGGACACAGGTTTCCAAAGT;SOR=0.728;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=113;TCF=24;TCR=89;TR=67;WE=81242159;WS=81242138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,138:0.62:223
chr16	81242151	rs5818326	T	C	5507.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.505;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=49;PP=2962;ReadPosRankSum=0.472;SC=GACACAGGTTTCCAAAGTAGG;SOR=0.752;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=197;TCF=108;TCR=89;TR=113;WE=81242159;WS=81242138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,138:0.62:222
chr16	81242194	rs6564838	T	C	2456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=51;PP=1635;ReadPosRankSum=-1.101;SC=TGACTGTAGCTCCTGGCACTG;SOR=0.730;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=164;TCF=87;TCR=77;TR=105;WE=81242202;WS=81242184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,108:0.61:176
chr16	81242366	rs6564839	T	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=0.639;SC=GAAGACCAGGTACTGGGCTAG;SOR=2.964;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=10;WE=81242374;WS=81242356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr16	81242386	rs6564840	T	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=0.476;SC=GGTACTCAGGTGAGGGAGAAG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=6;WE=81242394;WS=81242376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr16	81248716	rs12933806	C	T	2060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=37;PP=1183;ReadPosRankSum=-2.111;SC=CGCCCGTAGACGGCATCCTGG;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=114;TCR=70;TR=98;WE=81248724;WS=81248706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,105:0.50:209
chr16	81248745	rs8060294	A	G	2356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=36;PP=1140;ReadPosRankSum=-2.415;SC=GACCTGCCCCAAGCCACAGTG;SOR=0.705;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=208;TCF=126;TCR=82;TR=98;WE=81248753;WS=81248735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,119:0.51:235
chr16	81248935	rs8044334	T	G	1696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=46;PP=1155;ReadPosRankSum=-0.111;SC=GCAGGGGTGATAAATTGAATA;SOR=0.978;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=103;TCF=35;TCR=68;TR=67;WE=81248943;WS=81248925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,71:0.64:111
chr16	81249954	rs7191351	T	A	3008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.10;ReadPosRankSum=0.042;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,148:0.55:271
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chr16	81253637	rs9924275	A	G	2873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.496;QD=19.03;ReadPosRankSum=1.352;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,72:0.48:151
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chr16	81301694	rs12934922	A	T	3354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=80;PP=1968;ReadPosRankSum=-0.571;SC=ACATCCGGAGAATGAGCTGGG;SOR=0.668;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=242;TCF=111;TCR=131;TR=146;WE=81301702;WS=81301684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,158:0.59:268
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chr16	81320830	rs8048342	A	G	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=17;PP=808;SC=ATCTTCATGCACTCCTATTTG;SOR=1.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=81320838;WS=81320820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	81396287	rs12448327	C	T	5418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.390;SC=TGTTTTGTGTCTGAGTTCAGG;SOR=0.716;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=421;TCF=183;TCR=238;TR=235;WE=81396295;WS=81396277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,251:0.57:444
chr16	81398520	rs4889313	G	A	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.678;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,109:0.47:234
chr16	81398635	rs2608555	C	T	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.36;ReadPosRankSum=0.015;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,79:0.58:137
chr16	81508297	rs139753709	G	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=656;ReadPosRankSum=-1.845;SC=CCTGCGGAGGGGCCTCAGTGT;SOR=0.625;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=111;TCF=67;TCR=44;TR=50;WE=81508305;WS=81508287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,51:0.42:121
chr16	81529174	rs2925994	A	G	4289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.12;ReadPosRankSum=1.813;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,225:0.43:528
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chr16	81679151	rs4889356	A	G	5558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.167;SC=GAACCCTGGCATATGTGCTTG;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=619;TCF=296;TCR=323;TR=280;WE=81679159;WS=81679141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:352,292:0.45:644
chr16	81679293	rs111585479	T	C	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=1.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.171;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,66:0.40:165
chr16	81694336	rs66465921	C	CT	1614.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=3.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.457;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,97:0.49:197
chr16	81703861	rs11150398	G	A	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.353;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=540;ReadPosRankSum=0.213;SC=GTGGGTCTCCGGCGCGACGTC;SOR=0.919;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=45;WE=81703869;WS=81703851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,52:0.43:121
chr16	81704033	rs8044418	C	G	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=8;PP=182;SC=AGCAACACTGCTGTTTCCTCA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=81704041;WS=81704023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	81712056	.	T	A	4958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DP=529;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.52;ReadPosRankSum=-1.894;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,259:0.50:521
chr16	81730381	rs9933631	C	A	8234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=148;NR=130;PP=2965;SC=CGGAGTTTCCCGGCTAACACA;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=278;TCF=148;TCR=130;TR=278;WE=81730389;WS=81730371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr16	81739376	rs3968320	T	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=266;ReadPosRankSum=0.302;SC=CACCATTCCATGTGCCAGGAA;SOR=3.105;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=13;WE=81739384;WS=81739366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr16	81816733	rs8045964	C	T	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.419;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=665;ReadPosRankSum=1.103;SC=TGGTTTCTGTCTAATTGAAGG;SOR=0.548;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=54;WE=81816741;WS=81816723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,63:0.50:125
chr16	81816787	rs4476171	T	A	4346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr16	81816818	rs72834729	C	T	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.890;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,66:0.44:149
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chr16	81819768	rs1143685	T	C	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=607;ReadPosRankSum=1.520;SC=GCAAGACCGCTGACAAGATCG;SOR=0.523;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=48;TCR=62;TR=59;WE=81819776;WS=81819758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,61:0.51:119
chr16	81887903	rs4072831	A	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=252;ReadPosRankSum=0.348;SC=GAAGGAGGGGACACTGAGTCC;SOR=0.469;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=17;WE=81887911;WS=81887893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr16	81887938	rs4522412	T	C	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=454;ReadPosRankSum=-0.963;SC=CTTTGCGGGATCCTGTTGGGG;SOR=0.429;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=29;WE=81887946;WS=81887928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr16	81887957	rs4072830	A	C	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.264;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=625;ReadPosRankSum=0.525;SC=GGAAGGAAGGAGCCAGGCTGT;SOR=0.352;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=45;WE=81887965;WS=81887947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,48:0.54:89
chr16	81888152	rs1143686	A	G	1844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=1.613;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,92:0.49:188
chr16	81888237	rs4072828	G	C	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=4.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.747;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=484;ReadPosRankSum=1.407;SC=GTGCCTTAGTGTCTTCCTGAA;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=22;WE=81888245;WS=81888227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr16	81891998	rs4341734	G	C	6087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
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chr16	81892043	rs67392656	GAAAA	G	1597.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=13;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=68;PP=2151;ReadPosRankSum=-0.221;SC=CTACAGGGGGGAAAAAAAAAA;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=10;TCR=73;TR=77;WE=81892056;WS=81892031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,86:0.52:165
chr16	81892048	rs5016604	A	C	2891.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.11;ReadPosRankSum=0.518;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,75:0.44:169
chr16	81892708	rs4888183	T	A	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.66;ReadPosRankSum=-2.763;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,74:0.54:137
chr16	81892895	rs41309272	C	T	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=747;ReadPosRankSum=0.674;SC=TTGTGATCTGCGGATGCCATG;SOR=0.555;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=55;WE=81892903;WS=81892885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,67:0.56:119
chr16	81902729	rs77062887	GC	G	1301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.889;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.693;NF=24;NR=8;PP=1095;ReadPosRankSum=0.459;SC=CTCATAGAGGGCTGCCTGAGG;SOR=1.093;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=32;WE=81902737;WS=81902719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,43:0.42:103
chr16	81902797	rs12445580	A	G	3044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=1.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-1.473;QD=10.80;ReadPosRankSum=1.540;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,147:0.52:282
chr16	81903055	rs4889420	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.574;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=0.057;SC=GAGGGATCATGGACATATCTG;SOR=0.071;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=15;WE=81903063;WS=81903045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr16	81904374	rs146168517	A	AT	637.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=208;ReadPosRankSum=-0.214;SC=CATTTCTGAAACAAAAATTAT;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=81904383;WS=81904364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr16	81904375	rs35039495	C	A	646.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=321;ReadPosRankSum=-0.067;SC=ATTTCTGAAACAAAAATTATT;SOR=0.420;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=10;WE=81904383;WS=81904364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr16	81904433	rs34761601	TG	T	823.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.790;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=583;ReadPosRankSum=1.387;SC=AAAAATCATGTGGTCACTTTT;SOR=0.379;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=17;WE=81904441;WS=81904423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr16	81904674	rs7192509	T	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.190;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=323;ReadPosRankSum=0.672;SC=ATGAGAATGATGAAAGCATAC;SOR=1.025;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=29;WE=81904682;WS=81904664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr16	81904711	rs7192535	T	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.467;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=192;ReadPosRankSum=0.252;SC=ATTGGCAAAATTCTTTAACCA;SOR=2.030;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=12;WE=81904719;WS=81904701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr16	81914583	rs11865395	C	T	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=52;PP=1233;ReadPosRankSum=-0.034;SC=GTGTGTCGTTCGGGGCGGCTG;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=82;TCR=102;TR=94;WE=81914591;WS=81914573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,99:0.49:203
chr16	81927566	.	CT	C	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=1.621;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr16	81929488	rs1143688	C	T	4306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FS=0.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=-1.210;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,214:0.49:436
chr16	81931362	rs8053636	T	C	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.384;NF=26;NR=9;PP=625;ReadPosRankSum=-1.069;SC=GTTGGCCAGGTTGGTCTTGAA;SOR=0.484;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=67;TCF=52;TCR=15;TR=35;WE=81931370;WS=81931352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr16	81931403	rs8049305	A	G	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=25;PP=1079;ReadPosRankSum=1.065;SC=TCCCGCCTCAACCTCCCAAAG;SOR=0.719;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=137;TCF=91;TCR=46;TR=72;WE=81931411;WS=81931393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,74:0.51:144
chr16	81939150	rs4435248	G	C	2699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=51;PP=1701;SC=CTGCGGCCACGCCCCTTGCAG;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=88;WE=81939158;WS=81939140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr16	81941319	rs1143689	C	T	5175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=81;PP=2965;SC=GCGCCATTGCCGATGCCAAGC;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=93;TCR=81;TR=173;WE=81941327;WS=81941309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr16	81941444	rs71400183	C	T	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=617;ReadPosRankSum=0.071;SC=AGCCAGTCCCCGGGACCTCCT;SOR=0.586;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=44;WE=81941452;WS=81941434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,47:0.55:86
chr16	81953081	rs12448130	T	C	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr16	81953368	rs12448152	A	G	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=40;PP=1088;SC=TTCACCATGTATCTGATACTG;SOR=1.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=62;WE=81953376;WS=81953358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr16	81964977	rs7187863	A	G	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=9;PP=967;SC=CGTCCCCATCAGTGCTAACCG;SOR=2.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=50;WE=81964985;WS=81964967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	81971403	rs1071644	T	C	2773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.31;ReadPosRankSum=-2.303;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,143:0.48:298
chr16	81973474	rs4405546	C	A	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=30;PP=2089;SC=TGTGGCCTCTCATGAGCTTTG;SOR=1.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=73;TCR=30;TR=103;WE=81973482;WS=81973464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	81973805	rs12923387	A	T	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.414;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=1486;ReadPosRankSum=-0.045;SC=CTTGGAGAGCAGGTGTACAGC;SOR=0.209;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=20;WE=81973815;WS=81973795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr16	81973807	rs141767011	G	GTGCA	1284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.567;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=1486;ReadPosRankSum=-0.208;SC=TGGAGAGCAGGTGTACAGCCT;SOR=0.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=17;WE=81973815;WS=81973795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr16	82124776	rs2955154	G	T	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=30;PP=896;SC=TCAGTTAAAGGGGTGAAAACA;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=53;WE=82124784;WS=82124766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	82131623	rs8191243	C	G	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=479;ReadPosRankSum=0.245;SC=CAAGCGCCTGCTCCCTGACTT;SOR=0.689;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=58;TCR=11;TR=29;WE=82131631;WS=82131613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,32:0.46:69
chr16	82182832	rs11859599	C	G	3032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=32;PP=2096;SC=AGCTGCCGTGCACTGTGGGGT;SOR=1.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=70;TCR=33;TR=102;WE=82182840;WS=82182822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	82197883	rs2303266	G	A	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=22;PP=567;SC=TCTTCTACTTGTTCTCCTTCA;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=82197891;WS=82197873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	82203705	rs2303265	A	C	17197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.50;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr16	82203711	rs2303264	G	T	17659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.50;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr16	82203742	rs1134847	T	C	23229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=258;NR=221;PP=2965;SC=TCATGCGCAGTAGATTCTTGG;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=480;TCF=258;TCR=222;TR=479;WE=82203750;WS=82203732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,525:1.00:525
chr16	82203758	rs2303262	C	T	23919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.13;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,530:1.00:530
chr16	82203768	rs2303261	G	T	23579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.88;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr16	82203786	rs2303260	C	G	21372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.25;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,483:1.00:483
chr16	82672920	rs12444222	G	A	5571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=72;PP=2965;SC=GGGTCAGCCCGGGGTCATTTG;SOR=1.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=124;TCR=73;TR=195;WE=82672928;WS=82672910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr16	82673047	rs4782724	C	T	12618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=227;NR=228;PP=2965;SC=TGGGCGTGACCCACCTGCAGC;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=455;TCF=227;TCR=228;TR=455;WE=82673055;WS=82673037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,477:1.00:477
chr16	82882118	rs1585533	A	G	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=3;PP=2438;SC=TTTTTAAATTATTACTTTGTC;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=87;TCR=3;TR=90;WE=82882126;WS=82882113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	82882187	rs35909991	TG	T	1438.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=4.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.427;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,113:0.42:266
chr16	82882188	rs13336316	G	T	2215.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=3.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.33;ReadPosRankSum=-1.944;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,123:0.46:266
chr16	82882283	rs9935254	C	G	6789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=758;ExcessHet=3.0103;FS=2.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.714;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:405,347:0.46:752
chr16	82891896	rs17740895	G	A	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.159;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=14;PP=826;ReadPosRankSum=3.092;SC=TAAAAGTTGCGGATTTGGCGA;SOR=1.244;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=97;TCF=64;TCR=33;TR=52;WE=82891904;WS=82891886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,52:0.52:100
chr16	82917768	rs929847	G	C	3104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	82917852	rs929848	T	C	5166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=79;PP=2271;SC=TGGGCTCCCATGAGAAGGAAA;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=94;TCR=79;TR=173;WE=82917860;WS=82917842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr16	83065664	rs6565105	G	A	7182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=136;NR=103;PP=2965;SC=ATGAGGTCTCGAGCCCATACT;SOR=0.905;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=242;TCF=136;TCR=106;TR=239;WE=83065672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr16	83065904	rs7197530	T	C	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=62;PP=1833;SC=GGGTCTTTAATTTATTATGTT;SOR=1.502;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=37;TCR=62;TR=99;WE=83065912;WS=83065894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr16	83065965	rs2228685	T	A	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=34;PP=954;SC=AATCCAACTCTAAAAATGTAG;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=83065973;WS=83065955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	83159350	rs7196370	A	C	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=664;ReadPosRankSum=-0.940;SC=GTTGAAATTAAGCAGGAAGAT;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=93;TCF=58;TCR=35;TR=43;WE=83159358;WS=83159340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,41:0.44:94
chr16	83214480	rs7188594	C	A	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=40;PP=944;ReadPosRankSum=0.991;SC=TACAGAGAACCCACAATCCTA;SOR=0.617;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=210;TCF=116;TCR=94;TR=83;WE=83214488;WS=83214470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,93:0.38:243
chr16	83251210	rs4572385	G	A	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=3;NR=12;PP=256;SC=ACCCGGGACTGCATGGCTTTA;SOR=3.126;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=83251218;WS=83251200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr16	83542115	rs117609775	A	G	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
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chr16	83813511	rs57930285	G	A	7146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=5.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.96;ReadPosRankSum=-2.262;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,186:0.47:398
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chr16	83816828	rs153654	A	G	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=35;PP=1802;SC=AGTCTCATCCACTCTCACCAG;SOR=1.530;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=75;TCR=35;TR=108;WE=83816836;WS=83816818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	83817019	rs1048612	A	G	4021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=82;PP=2473;SC=GCAACGCGGCAGGGGCCCTGC;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=60;TCR=82;TR=142;WE=83817027;WS=83817009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr16	83828488	rs74786055	A	G	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.469;HP=9;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=632;ReadPosRankSum=1.044;SC=ATCCTTAAGGAAAAAAAAAAT;SOR=1.371;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=63;TCF=56;TCR=7;TR=28;WE=83828496;WS=83828475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr16	83828544	rs3743617	C	G	2010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=-0.950;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,95:0.51:188
chr16	83842792	rs8053753	G	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=344;ReadPosRankSum=-1.958;SC=TAACAGTGTCGAAAGAAAATT;SOR=0.716;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=20;WE=83842800;WS=83842782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr16	83873259	rs435383	G	A	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=71;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=9;PP=473;SC=AGGAACAGAGGACTCATTTCT;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=83873267;WS=83873249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	83873285	rs435367	G	A	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.96;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	83873300	rs146203605	T	TTG,TTGTG	1022.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=43;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4,4;NR=11,11;PP=251,290;ReadPosRankSum=1.418;SC=CCTGTGTCCTTTGTGTGTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=15,15;WE=83873320;WS=83873290;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.56,0.39:36
chr16	83873312	rs367415	C	G	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.62;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	83886468	rs150603407	GTGCACACA	G	14043.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.779;NF=61;NR=125;PP=2977;ReadPosRankSum=-1.401;SC=GCACACACACGTGCACACATG;SOR=1.105;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=219;TCF=80;TCR=139;TR=186;WE=83886493;WS=83886442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,337:0.99:339
chr16	83886664	rs141778832	G	GT	1860.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.606;NF=2;NR=48;PP=1962;ReadPosRankSum=0.669;SC=CATCAGAAGGGTAACAAGATG;SOR=1.236;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=111;TCF=5;TCR=106;TR=50;WE=83886672;WS=83886654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,64:0.44:145
chr16	83932780	rs138107830	A	G	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=191;ReadPosRankSum=1.000;SC=CTTGACGGCCAGGCGTCTCCT;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=14;WE=83932788;WS=83932770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr16	83933296	rs446036	T	C	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=37;PP=1505;SC=CCGCCGTCGATCCCCCGGCAG;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=74;WE=83933304;WS=83933286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	83940480	rs3815804	A	G	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.019;QD=9.74;ReadPosRankSum=-1.077;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,77:0.50:155
chr16	83982460	rs4782863	A	G	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-7.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.962;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=10;PP=1191;ReadPosRankSum=-0.503;SC=GGATCACGTCACAAGCTCTCA;SOR=0.157;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=151;TCF=137;TCR=14;TR=76;WE=83982468;WS=83982455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,78:0.50:157
chr16	83982670	rs2432561	G	A	8284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=728;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=210;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.519;SC=TCAAGCTTTCGAGGAGCAACT;SOR=0.726;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=694;TCF=309;TCR=385;TR=376;WE=83982678;WS=83982660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,394:0.54:727
chr16	83982960	rs4782864	C	T	3060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.874;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=67;PP=1783;ReadPosRankSum=-0.018;SC=TTGAGCACTCCAGGGTGGGGG;SOR=0.574;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=293;TCF=170;TCR=123;TR=152;WE=83982968;WS=83982950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,157:0.50:314
chr16	83983071	rs4782865	C	T	3188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.023;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=82;PP=1826;ReadPosRankSum=-2.001;SC=AAGTGGAGACCGAGAGGCTGC;SOR=0.895;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=332;TCF=160;TCR=172;TR=152;WE=83983079;WS=83983061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,165:0.46:358
chr16	83983755	rs2245008	G	A	4421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=40;PP=2965;SC=CATGGCCCCAGCTGTGCCTAA;SOR=2.242;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=148;TCF=108;TCR=40;TR=147;WE=83983763;WS=83983745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr16	83983867	.	C	T	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MMLQ=18;MQ=58.38;NF=392;NR=358;PP=2965;QD=20;SC=GGCAGATACGCACACACAGAC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=752;TCF=392;TCR=360;TR=750;WE=83983875;WS=83983857;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,750:1.00:752
chr16	83983920	.	G	A	2470	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=53;MMLQ=24;MQ=56.22;NF=95;NR=97;PP=2470;QD=13.0456833987;SC=ACATGCACACGTGAGCACATG;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=520;TCF=253;TCR=267;TR=192;WE=83983928;WS=83983910;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:328,192:0.37:520
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chr16	83983963	.	TACACAC	T	2973	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MMLQ=23;MQ=40.77;NF=9;NR=43;PP=2973;QD=20;SC=GGCACACACGTACACACACAT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=157;TCF=30;TCR=127;TR=52;WE=83983976;WS=83983939;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:105,52:0.33:157
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chr16	84027176	rs72793623	T	C	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=1.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.735;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,82:0.46:179
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chr16	84028123	rs2292326	T	C	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=796;ReadPosRankSum=-1.125;SC=GCAAGTTTGATGCCCCTGGAG;SOR=0.625;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=139;TCF=69;TCR=70;TR=62;WE=84028131;WS=84028113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,67:0.46:145
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chr16	84030955	rs8052260	C	T	4520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=124;PP=2902;ReadPosRankSum=-0.096;SC=GCTCAATGCCCCTGACCCCGC;SOR=0.801;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=464;TCF=205;TCR=259;TR=216;WE=84030963;WS=84030945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,227:0.47:479
chr16	84031722	rs2292328	G	A	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=1.051;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,52:0.49:107
chr16	84032023	rs7201492	T	C	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=406;ReadPosRankSum=2.252;SC=TAGTACAAGTTGCACCCCAGG;SOR=1.038;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=31;WE=84032031;WS=84032013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr16	84034310	rs36152286	C	T	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.834;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.236;NF=67;NR=54;PP=1393;ReadPosRankSum=0.252;SC=CTCCTCCCCCCGACCATCTCC;SOR=0.798;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=312;TCF=169;TCR=143;TR=121;WE=84034318;WS=84034300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,129:0.38:342
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chr16	84034500	rs36160302	G	T	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=749;ReadPosRankSum=2.133;SC=GGGAGGGTAAGGCCGAGTCCA;SOR=0.784;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=31;WE=84034521;WS=84034490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
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chr16	84035334	rs35654559	G	A	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.164;QD=7.59;ReadPosRankSum=-2.127;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,114:0.39:290
chr16	84035348	rs35016623	G	T	2637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.121;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.611;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,138:0.40:343
chr16	84035446	rs2271298	C	G	5566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.614;SC=GCAGAGCCCCCTGTGTAAGGC;SOR=0.689;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=641;TCF=324;TCR=317;TR=286;WE=84035454;WS=84035436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:366,293:0.44:659
chr16	84035531	rs2271300	A	G	9002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=127;NR=187;PP=2965;SC=GGTAGGGGGCAAAGGCCTGGA;SOR=1.217;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=314;TCF=127;TCR=187;TR=314;WE=84035539;WS=84035521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr16	84035594	rs2271302	A	G	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=76;PP=2028;SC=AGGCTGCCCCATATCTCCCGG;SOR=2.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=20;TCR=76;TR=96;WE=84035602;WS=84035584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr16	84035838	rs1995866	G	A	3635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.34;SOR=1.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr16	84035919	rs5012585	T	C	6645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=129;NR=70;PP=2965;SC=CTCTCTCCTTTTAGCTGCTTG;SOR=1.221;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=129;TCR=70;TR=199;WE=84035927;WS=84035909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr16	84036011	rs34037353	C	CCT	13597.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=96;PP=2930;SC=AAGGAAATCCCGTTTTTTTCT;SOR=0.706;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=134;TCF=36;TCR=98;TR=132;WE=84036019;WS=84036001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr16	84036037	rs56106144	T	G	3618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.407;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.284;NF=63;NR=70;PP=2076;ReadPosRankSum=-0.800;SC=GACACTTTGGTGCAGAAGCTT;SOR=0.727;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=234;TCF=112;TCR=122;TR=133;WE=84036045;WS=84036027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,171:0.54:318
chr16	84043380	rs7196330	A	G	2753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.422;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=48;PP=1818;ReadPosRankSum=1.894;SC=GCCCGGCACTAGCTGCCCATC;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=315;TCF=200;TCR=115;TR=133;WE=84043388;WS=84043370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,137:0.42:323
chr16	84046412	rs11149615	T	C	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.23;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	84046432	rs11864037	A	G	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=3;PP=685;SC=CCGGGCTCCTATCCTGGCTCA;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=84046440;WS=84046422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	84046499	rs11864095	C	T	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=14;PP=1049;SC=AGGTTTCTCACCTGCAGGATG;SOR=1.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=84046507;WS=84046489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	84046715	rs11864146	A	G	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=2.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=1.076;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,68:0.55:123
chr16	84046762	rs11864211	C	T	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.39;ReadPosRankSum=0.525;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr16	84046769	rs13336030	G	A	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.31;ReadPosRankSum=0.756;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr16	84056325	rs5818479	CTT	C	3499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.584;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.221;NF=17;NR=31;PP=1801;ReadPosRankSum=1.132;SC=CGCTGTTACTCTTGTTTCTAC;SOR=0.604;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=48;WE=84056334;WS=84056315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,92:0.56:165
chr16	84063320	rs143276186	A	AAGGAAG	1905.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.405;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.040;NF=2;NR=26;PP=1714;ReadPosRankSum=-0.072;SC=GGAAATGGAAAAGGATGCTGG;SOR=1.341;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=74;TCF=7;TCR=67;TR=28;WE=84063328;WS=84063310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,52:0.50:104
chr16	84065689	rs113463766	G	A	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=-0.876;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.006;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr16	84065710	rs907043	A	G	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=33;PP=869;SC=CTGCCTCACCATCCTCATCTG;SOR=2.540;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=84065718;WS=84065700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	84070238	rs8057543	C	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=327;ReadPosRankSum=0.469;SC=TCCTGCTCAACTGGAAACTCC;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=20;WE=84070246;WS=84070228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr16	84070500	rs1317524	C	G	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.40;ReadPosRankSum=-0.830;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr16	84070510	rs1876962	G	A	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=4.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.88;ReadPosRankSum=-0.291;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr16	84070514	rs1876960	A	C	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=7.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.44;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=1.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr16	84075563	rs1105355	C	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.265;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=278;ReadPosRankSum=0.918;SC=ACTCACTTCCCGGGGACTTAC;SOR=0.443;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=24;WE=84075571;WS=84075553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr16	84087787	rs146603309	C	T	5327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.868;SC=CCAGTTCTCCCGAGTCTTTGG;SOR=0.667;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=545;TCF=284;TCR=261;TR=253;WE=84087795;WS=84087777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,269:0.47:569
chr16	84087888	rs150264549	G	A	4822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.149;SC=GATGTACCAGGAGCCTCTGCC;SOR=0.622;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=413;TCF=200;TCR=213;TR=207;WE=84087896;WS=84087878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,225:0.50:446
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chr16	84088968	rs8053890	T	C	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.69;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,85:0.62:137
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chr16	84089536	rs11415464	T	TG	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=209;ReadPosRankSum=-2.217;SC=GCCCGCCTCCTGGGGAGGGAG;SOR=0.610;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=7;WE=84089544;WS=84089532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr16	84089767	rs17849043	C	T	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=-1.115;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,38:0.40:94
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chr16	84093152	rs2280023	T	G	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=446;ReadPosRankSum=0.392;SC=ACAGAGCCCCTGTGCTCTATT;SOR=0.988;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=26;WE=84093160;WS=84093142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr16	84101240	rs3835163	C	CACATTTT	3190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=2222;ReadPosRankSum=1.047;SC=CCCCAAAAGTCTTATCCAAAT;SOR=0.558;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=35;WE=84101248;WS=84101230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,78:0.49:158
chr16	84101875	rs3817151	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.316;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=291;ReadPosRankSum=-0.451;SC=GGGATTCACTCCTCAGACATT;SOR=2.303;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=15;WE=84101883;WS=84101865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr16	84102135	rs870584	G	C	2523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=51;PP=1536;ReadPosRankSum=0.033;SC=CACAGGGCCGGCTCTGCAAGA;SOR=0.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=94;TCR=91;TR=103;WE=84102143;WS=84102125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,117:0.57:207
chr16	84104478	rs1980011	C	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.768;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=336;ReadPosRankSum=0.193;SC=AAACTGGTTCCGAGAAATACT;SOR=0.090;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=23;WE=84104486;WS=84104468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr16	84115279	rs3826139	T	C	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=409;ReadPosRankSum=-0.828;SC=AGGCTTGTATTTTGTGCAGAG;SOR=0.951;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=22;WE=84115287;WS=84115269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr16	84115483	rs3743631	G	A	3372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=74;PP=2003;ReadPosRankSum=-0.604;SC=TCATACTGGCGGGATTCACCA;SOR=0.806;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=293;TCF=150;TCR=143;TR=147;WE=84115491;WS=84115473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,165:0.51:323
chr16	84115561	rs3743632	G	A	2769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.724;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=61;PP=1587;ReadPosRankSum=-1.363;SC=TAAAAGAATGGAAATTGGACC;SOR=0.538;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=237;TCF=116;TCR=121;TR=125;WE=84115569;WS=84115551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,137:0.53:260
chr16	84121078	rs5818481	CA	C	869.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=5.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.849;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.779;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,78:0.70:112
chr16	84124602	rs8045891	G	A	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.636;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.314;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,73:0.49:150
chr16	84124604	rs11325729	CA	C	2613.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.070;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;MQRankSum=0.912;QD=21.60;ReadPosRankSum=0.446;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:18,103:0.85:121
chr16	84132533	rs4782584	G	A	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-5.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.660;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.609;NF=35;NR=5;PP=632;ReadPosRankSum=-0.998;SC=CCAGGAAAATGTTCACAATTA;SOR=0.191;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=72;TCF=65;TCR=7;TR=40;WE=84132541;WS=84132523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,47:0.57:83
chr16	84132628	rs10690442	G	GAC	13524.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=81;PP=2971;SC=AAACAGCAGAGAGAAATTTGC;SOR=1.324;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=94;TCR=83;TR=169;WE=84132636;WS=84132618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr16	84135453	rs1049884	A	T	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.628;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=47;PP=1088;ReadPosRankSum=-0.691;SC=TTCTTGATTAAAAGTGAATTT;SOR=0.452;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=160;TCF=64;TCR=96;TR=83;WE=84135461;WS=84135443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,87:0.51:171
chr16	84135493	rs907045	A	G	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=62;PP=1838;SC=CAACATTACTAATCAGCCATC;SOR=2.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=16;TCR=62;TR=78;WE=84135501;WS=84135483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	84135515	rs11550471	C	T	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=510;ReadPosRankSum=-0.263;SC=TACAGTCTTGCCCAACATAAA;SOR=2.383;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=24;WE=84135523;WS=84135505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr16	84164008	rs34611937	G	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=521;ReadPosRankSum=0.879;SC=ACTCTTCAGCGTAGGCTTTTC;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=38;WE=84164016;WS=84163998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,40:0.67:60
chr16	84203612	rs17856705	A	G	3962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=62;PP=2255;SC=TGCCCGGAAAAGCCAAGTGGA;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=67;TCR=63;TR=129;WE=84203620;WS=84203602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr16	84203939	rs11644164	C	T	14040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1378;ExcessHet=3.0103;FS=1.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=1.006;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.519;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:684,690:0.50:1374
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chr16	84205726	rs12926474	G	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=155;ReadPosRankSum=0.530;SC=CTTGTGATCCGCCCACCTTGG;SOR=0.870;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=18;WE=84205734;WS=84205720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,21:0.30:69
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chr16	84209815	rs2288021	C	G	3231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=78;PP=1837;ReadPosRankSum=0.737;SC=CTCTGGCCAGCTACTGATGCC;SOR=0.689;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=392;TCF=198;TCR=194;TR=159;WE=84209823;WS=84209805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,173:0.40:430
chr16	84211483	rs8692	C	T	2497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=63;PP=1366;ReadPosRankSum=-0.385;SC=ATGGTTTAATCATAAATGTCT;SOR=0.621;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=220;TCF=95;TCR=125;TR=114;WE=84211491;WS=84211473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,124:0.53:236
chr16	84211788	rs1056612	G	C	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=8;PP=1138;ReadPosRankSum=-0.526;SC=GGGGGAGTCTGTGAGGCACAA;SOR=0.627;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=98;TCF=84;TCR=14;TR=60;WE=84211796;WS=84211778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,66:0.62:106
chr16	84212031	rs1056611	A	C	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.465;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=67;PP=1184;ReadPosRankSum=0.510;SC=CCTGGATCCAAGGCATCTCCC;SOR=1.023;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=182;TCF=60;TCR=122;TR=96;WE=84212039;WS=84212021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,103:0.53:193
chr16	84212779	rs2230131	G	A	3310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.579;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=73;PP=2094;ReadPosRankSum=0.485;SC=CTGGGAGGGCGGGGTCGTGGG;SOR=0.307;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=280;TCF=155;TCR=125;TR=154;WE=84212794;WS=84212769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,167:0.59:285
chr16	84212928	rs3743642	G	A	3083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=63;PP=2188;ReadPosRankSum=-0.260;SC=TCTGTCTCCCGGGCTCCGAGG;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=314;TCF=173;TCR=141;TR=142;WE=84212936;WS=84212918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,149:0.44:339
chr16	84213965	rs2278043	G	A	2873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.121;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=70;PP=1790;ReadPosRankSum=-1.386;SC=GGCCCGAGAAGGAAGGGGGAT;SOR=0.853;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=235;TCF=107;TCR=128;TR=122;WE=84213973;WS=84213955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,139:0.54:256
chr16	84214837	rs2303234	G	C	6717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=688;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=1.438;SC=GTCCCAGGCCGGTGACGCTGT;SOR=0.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=659;TCF=344;TCR=315;TR=313;WE=84214845;WS=84214827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:354,331:0.48:685
chr16	84215314	rs3815814	T	C	9147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=897;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=219;NR=214;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.636;SC=CAGCCCTGCCTCCAGCCCCTC;SOR=0.649;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=856;TCF=427;TCR=429;TR=433;WE=84215322;WS=84215304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:450,447:0.50:897
chr16	84217062	rs4782591	C	T	11971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=1.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr16	84255809	rs56796255	T	C	2947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.420;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=55;PP=1476;ReadPosRankSum=-0.410;SC=CATGTAGTCATGGGGGGTGCT;SOR=0.782;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=264;TCF=151;TCR=113;TR=136;WE=84255817;WS=84255799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,146:0.52:281
chr16	84256410	rs7196482	C	T	4716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=106;PP=2805;ReadPosRankSum=-1.115;SC=TAGGAGCTCCCGCTCGGCCTC;SOR=0.736;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=495;TCF=256;TCR=239;TR=224;WE=84256418;WS=84256400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,237:0.45:531
chr16	84270381	rs244811	G	A	3683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.383;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=66;PP=2140;ReadPosRankSum=0.503;SC=TGACACACAGGCTGACGGCTG;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=338;TCF=199;TCR=139;TR=162;WE=84270389;WS=84270371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,175:0.48:363
chr16	84270476	rs11646443	G	A	7335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.055;SC=TCGCGCAGCCGGTTCATGCAC;SOR=0.624;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=644;TCF=353;TCR=291;TR=331;WE=84270497;WS=84270466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,348:0.51:679
chr16	84271193	rs11647665	C	T	2696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=64;PP=1569;ReadPosRankSum=1.093;SC=GGCAAAGAGTCCTGGATGTCA;SOR=0.628;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=229;TCF=95;TCR=134;TR=113;WE=84271201;WS=84271183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,127:0.51:249
chr16	84328752	rs369797	G	T	7562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.46;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr16	84328756	rs401782	G	C	7405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.43;SOR=1.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr16	84328826	rs429725	A	G	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=49;PP=1422;SC=TGCTCCCCCAAAACGTGGCAA;SOR=3.334;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=9;TCR=49;TR=58;WE=84328834;WS=84328816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	84351789	rs4782606	G	A	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.27;ReadPosRankSum=1.343;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,76:0.52:146
chr16	84357925	rs244786	G	T	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=1.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	84358121	rs244787	A	C	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=48;PP=1219;SC=AGGCAGTGAAAGTTTCTTATG;SOR=1.289;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=83;WE=84358129;WS=84358111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr16	84360361	rs4782921	C	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=-1.553;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,30:0.36:84
chr16	84360427	rs34519449	C	CG	1076.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=3.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.991;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,49:0.29:170
chr16	84360463	rs12933194	C	T	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.070;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=3.133;NF=38;NR=31;PP=899;ReadPosRankSum=-0.902;SC=ACATCTACCCCAACAGAGCTG;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=113;TCR=93;TR=69;WE=84360471;WS=84360453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,79:0.34:231
chr16	84360533	rs12933084	A	G	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.693;NF=34;NR=42;PP=985;ReadPosRankSum=-0.300;SC=GGACAACAGAAGCACTTTCAG;SOR=0.766;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=184;TCF=88;TCR=96;TR=76;WE=84360541;WS=84360523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,84:0.41:203
chr16	84402275	rs62048787	G	C	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=31;PP=669;ReadPosRankSum=-0.295;SC=TCTCGGGCGGGGGCCGCCAGT;SOR=0.683;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=122;TCF=65;TCR=57;TR=68;WE=84402283;WS=84402265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,79:0.53:148
chr16	84431973	rs12148971	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.283;NF=12;NR=4;PP=274;ReadPosRankSum=-2.518;SC=GATCATGACACTGCACTCCAG;SOR=0.461;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=16;WE=84431981;WS=84431963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr16	84438512	rs11149650	G	A	6247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=132;NR=80;PP=2965;SC=GACCAGAGTCGTCTTTTCTGC;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=213;TCF=133;TCR=80;TR=212;WE=84438520;WS=84438502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr16	84444349	rs247818	A	C	6010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr16	84455961	rs2288573	A	G	2427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.766;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=39;PP=1502;ReadPosRankSum=-0.258;SC=GGGGTGACAGAGAGATTCCAC;SOR=0.550;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=195;TCF=130;TCR=65;TR=111;WE=84455969;WS=84455951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,118:0.56:211
chr16	84456642	rs247814	G	A	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=448;ReadPosRankSum=-0.245;SC=ATACGCACAGGTCTTCAGTGC;SOR=0.733;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=33;WE=84456650;WS=84456632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr16	84456905	rs72806604	C	T	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.32;ReadPosRankSum=1.268;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,78:0.51:154
chr16	84459512	rs1887	G	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=155;ReadPosRankSum=-0.249;SC=AGGAAGGGTTGGGAAGGTGCA;SOR=0.518;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=13;WE=84459520;WS=84459502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr16	84473004	rs3085208	C	CTT	5597.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=43;PP=2508;SC=GGCAACTTCTCTTCTATAAAC;SOR=0.781;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=64;WE=84473012;WS=84472994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	84473137	rs247904	G	C	3218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=58;PP=1981;SC=CGAGGTGAGTGCCAAAGGAAT;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=52;TCR=58;TR=110;WE=84473145;WS=84473127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr16	84473192	rs931077	A	G	2330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.62;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	84473195	rs247903	T	A	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.89;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	84474484	rs2303853	G	A	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.117;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr16	84474614	rs2303852	C	A	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=-1.638;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,44:0.43:103
chr16	84474724	rs16973807	G	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=-0.190;SC=GGCCTCAAAAGTGATGGAGAC;SOR=0.330;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=8;WE=84474732;WS=84474714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr16	84476022	rs2288582	A	G	6511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=159;NR=70;PP=2965;SC=TCTTGTCCCCACAACCCCAGC;SOR=1.590;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=160;TCR=71;TR=229;WE=84476030;WS=84476012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr16	84476224	rs2288581	G	T	6209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=135;PP=2965;SC=TCCTGGGGTGGCTCTGCGGGG;SOR=1.567;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=74;TCR=135;TR=208;WE=84476232;WS=84476214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr16	84476297	rs2288580	G	C	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.67;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	84476301	rs2288579	G	A	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.66;SOR=3.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	84480111	rs62050893	C	T	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=-1.554;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,35:0.41:86
chr16	84481995	rs247891	T	C	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=1;PP=663;SC=GTCCAGCACCTGTGAACAGCA;SOR=4.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=84482003;WS=84481985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	84485573	rs247885	C	A	7808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=171;NR=107;PP=2965;SC=TGACGTTTCTCGGTCTTGTGG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=279;TCF=171;TCR=108;TR=278;WE=84485581;WS=84485563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr16	84485677	rs62640926	T	A	5286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQ=60.02;MQRankSum=0.961;NF=119;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=1.456;SC=GGGGATGCCCTGGAGACGGCC;SOR=0.692;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=466;TCF=236;TCR=230;TR=242;WE=84485685;WS=84485667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,264:0.52:506
chr16	84486700	rs193704	G	A	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=1.211;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,49:0.47:105
chr16	84486720	rs147097401	C	T	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=23;PP=787;ReadPosRankSum=0.383;SC=TCAGAGCAGGCCCTCAGAACA;SOR=0.719;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=131;TCF=82;TCR=49;TR=67;WE=84486728;WS=84486710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,75:0.53:142
chr16	84486867	rs2435172	A	G	7334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=146;NR=126;PP=2965;SC=CTTGGCTGGCAGTGGGGCTGG;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=272;TCF=146;TCR=126;TR=272;WE=84486875;WS=84486857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr16	84486903	rs114737121	C	T	3489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=-2.205;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,176:0.49:361
chr16	84488676	rs113623854	A	AGG	326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=18.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.833;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.000;SOR=2.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,14:0.24:59
chr16	84492683	rs693552	A	C	2686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=14;PP=1947;SC=TCCAGCCCTCACGCAGGCCCG;SOR=2.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=71;TCR=14;TR=85;WE=84492691;WS=84492673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	84493080	rs3743655	A	G	9492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=163;PP=2965;SC=CCAAGGCTATAGGGATGAACA;SOR=0.840;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=318;TCF=155;TCR=163;TR=318;WE=84493088;WS=84493070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr16	84493144	rs410388	C	G	6160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=116;PP=2965;SC=TGTTGCACTGCAGTGAGACTG;SOR=1.089;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=91;TCR=116;TR=207;WE=84493152;WS=84493134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr16	84493216	rs377261	T	C	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=53;PP=1246;SC=TGGAACTTTCTGCTCCCTCTG;SOR=2.133;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=76;WE=84493224;WS=84493206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	84494020	rs393515	G	T	4574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr16	84494168	rs62050916	A	T	3229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=60;PP=2112;ReadPosRankSum=-0.092;SC=CCCTGTGCCAACTTGGCCTGG;SOR=0.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=311;TCF=189;TCR=122;TR=151;WE=84494176;WS=84494158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,159:0.48:332
chr16	84494450	rs381467	G	A	4046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=93;PP=2797;SC=GCCCTGGTGCGGTGCAGACGC;SOR=2.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=36;TCR=93;TR=129;WE=84494458;WS=84494440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	84495224	rs369750	A	G	4661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=36;PP=2965;SC=GCTCCCAGCCATGCCCCAGGA;SOR=2.458;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=131;TCR=36;TR=167;WE=84495232;WS=84495214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr16	84495509	rs62050919	G	A	4758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.010;SC=GAGCGGCTCTGGCTCAGCGTG;SOR=0.792;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=450;TCF=194;TCR=256;TR=214;WE=84495517;WS=84495499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,218:0.47:466
chr16	84495770	rs2241639	G	A	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=52;PP=1509;SC=AGGTGACCTCGACCAGGGCCA;SOR=2.211;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=73;WE=84495778;WS=84495760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	84497186	rs2241634	C	T	6828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=146;NR=101;PP=2965;SC=AGCTGCAGCCCGTCCTGAATC;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=146;TCR=101;TR=247;WE=84497194;WS=84497176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr16	84513463	rs899250	T	G	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=6;PP=673;SC=GCTGCAGGCGTTGCCCTCTAC;SOR=2.242;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=84513471;WS=84513453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	84520396	rs422145	A	G	7244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;NR=118;PP=2965;SC=AAGAGCAGGCACCAGCGGTGC;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=138;TCR=118;TR=256;WE=84520404;WS=84520386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr16	84520537	rs431818	T	C	4981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=85;PP=2456;SC=GAGCACAGGATGAGAAAGCCC;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=89;TCR=85;TR=174;WE=84520545;WS=84520527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr16	84520780	rs378384	G	C	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=16;PP=564;SC=ACTGAGCACAGAAAACAGGGC;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=84520788;WS=84520770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	84528235	rs62050761	T	C	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=3;PP=646;SC=TTTCCAGTGTTGTCTTCCCTT;SOR=2.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=84528243;WS=84528225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	84528293	rs2082037	C	T	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=1.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr16	84528317	rs2435171	G	C	4621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr16	84600347	rs247860	T	C	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=395;ReadPosRankSum=0.188;SC=CATGGCTTCTTTTCTCCCTGG;SOR=1.051;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=29;WE=84600355;WS=84600337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr16	84623989	rs2288584	T	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.022;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=169;ReadPosRankSum=0.875;SC=ACCGGTGCAGTTCCCTGGGAG;SOR=0.236;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=11;WE=84623997;WS=84623979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr16	84690467	rs72797510	C	T	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.793;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=9;PP=935;ReadPosRankSum=0.703;SC=AATGTGTCTTCTCTGTCCAGG;SOR=0.335;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=103;TCF=89;TCR=14;TR=57;WE=84690475;WS=84690457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,63:0.58:109
chr16	84691044	rs3751762	C	T	12507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1091;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=276;NR=287;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.147;SC=GCACGACCTCCTGCAGGCCGC;SOR=0.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1030;TCF=508;TCR=522;TR=563;WE=84691052;WS=84691034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:496,590:0.54:1086
chr16	84693149	rs67118461	G	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=148;ReadPosRankSum=0.464;SC=GACTCAGAGCGTCTCCATCCC;SOR=0.990;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=14;WE=84693157;WS=84693139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr16	84693675	rs2303230	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.481;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=0.422;SC=CCATGAGGGGCGGAGGGCGTG;SOR=0.204;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=9;WE=84693683;WS=84693665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr16	84695126	rs12924673	G	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=394;ReadPosRankSum=0.220;SC=CGGCTCGGAGGGGGTAAGCCT;SOR=0.353;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=60;TCF=54;TCR=6;TR=26;WE=84695134;WS=84695116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr16	84695280	rs17755815	A	G	4420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=96;PP=2636;ReadPosRankSum=-0.086;SC=AGAACCTGCTATGCTACGACC;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=466;TCF=253;TCR=213;TR=208;WE=84695288;WS=84695270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,222:0.44:501
chr16	84695490	rs12928590	C	T	2391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=44;PP=1342;ReadPosRankSum=1.249;SC=CGCTGCTGCACGCCAACAGCG;SOR=0.635;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=214;TCF=114;TCR=100;TR=97;WE=84695498;WS=84695480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,113:0.47:240
chr16	84695864	rs3087669	C	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=302;ReadPosRankSum=-1.727;SC=TTTTATGATTCTTGGTATTTC;SOR=0.527;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=20;WE=84695872;WS=84695854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr16	84774022	rs12448489	G	A	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=43;PP=987;ReadPosRankSum=-0.300;SC=TTGGCCATACGTGCTGGGTGG;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=71;TCR=74;TR=85;WE=84774030;WS=84774012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,106:0.61:173
chr16	84774120	rs4510001	T	C	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=415;ReadPosRankSum=0.441;SC=TGTATTTAATTGCTGAATCAC;SOR=0.973;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=36;WE=84774128;WS=84774110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr16	84778222	rs3751759	G	A	3104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=55;PP=1875;ReadPosRankSum=1.099;SC=TTAACTAATAGTTTTCTTTCT;SOR=0.736;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=281;TCF=168;TCR=113;TR=139;WE=84778230;WS=84778212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,150:0.50:301
chr16	84778762	rs4553618	C	T	5794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.99;MQRankSum=1.540;NF=121;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=0.745;SC=TTGTGCCTGACAGTCCTTTCC;SOR=0.659;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=495;TCF=219;TCR=276;TR=268;WE=84778770;WS=84778752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,282:0.54:521
chr16	84779248	rs7185949	T	G	2683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=59;PP=1489;ReadPosRankSum=1.122;SC=TTGTTCCGGTTTCAGAGGATC;SOR=0.812;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=214;TCF=100;TCR=114;TR=110;WE=84779256;WS=84779238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,123:0.52:236
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chr16	84793261	rs3764333	A	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=154;ReadPosRankSum=-1.026;SC=TGGAGCATTGATGATCTGTGT;SOR=0.350;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=10;WE=84793269;WS=84793251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr16	84796603	rs12932018	A	G	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=17;PP=849;ReadPosRankSum=-1.493;SC=AGGGTCGACAAGAAGATGCTG;SOR=0.577;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=107;TCF=75;TCR=32;TR=53;WE=84796611;WS=84796593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,55:0.48:115
chr16	84796864	rs35594082	A	C	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-6.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=509;ReadPosRankSum=-0.488;SC=GGTAAATTACAGTTTATCCCG;SOR=0.941;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=33;WE=84796872;WS=84796854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr16	84797637	rs3213810	T	A	3163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=1.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.81;ReadPosRankSum=-1.479;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,152:0.62:247
chr16	84808824	rs774298	C	A	4954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.101;SC=CCTATCGGCTCTTTGCAGGTG;SOR=0.563;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=455;TCF=257;TCR=198;TR=232;WE=84808832;WS=84808814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,247:0.52:475
chr16	84808900	rs774299	G	A	5025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=116;PP=2752;ReadPosRankSum=-0.725;SC=CTGGGCACAGGTTTGCTGCAA;SOR=0.769;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=440;TCF=220;TCR=220;TR=228;WE=84808908;WS=84808890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,249:0.53:472
chr16	84808969	rs2303232	G	C	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=54;PP=1291;ReadPosRankSum=-0.993;SC=GAGTCGGGGAGTCACGTGAGA;SOR=0.834;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=175;TCF=56;TCR=119;TR=76;WE=84808977;WS=84808959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,85:0.44:193
chr16	84808984	rs774300	T	C	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.925;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=45;PP=1013;ReadPosRankSum=-1.219;SC=GTGAGAGTTTTACCTGAAACT;SOR=1.219;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=135;TCF=37;TCR=98;TR=56;WE=84808992;WS=84808974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,63:0.43:145
chr16	84872051	rs1546124	G	C	2883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=24;PP=2070;SC=AGCTCTGCCCGAGGAGCCCAG;SOR=1.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=72;TCR=24;TR=96;WE=84872059;WS=84872041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	84876693	rs12599235	T	C	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.158;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=927;ReadPosRankSum=0.171;SC=CCTTTCATGTTTTCCTGTTTG;SOR=0.925;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=118;TCF=62;TCR=56;TR=65;WE=84876701;WS=84876683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,68:0.53:129
chr16	84876879	rs12596928	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=27;ReadPosRankSum=-0.367;SC=TCAGCACTGCGCTGCATTGCC;SOR=0.941;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=5;WE=84876887;WS=84876869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr16	84879286	rs12931881	G	A	6116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=128;NR=75;PP=2965;SC=GCAGAGCATTGGCTGTAGGCT;SOR=1.340;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=128;TCR=75;TR=203;WE=84879294;WS=84879276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr16	84879324	rs12051168	T	C	9389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=187;NR=144;PP=2965;SC=GGGGCGTTGCTGTATTTATGG;SOR=0.953;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=331;TCF=187;TCR=144;TR=331;WE=84879332;WS=84879314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr16	84879464	rs12051468	A	G	11082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=178;NR=211;PP=2965;SC=CGGGCCCACCAGTCTGCTGGT;SOR=0.951;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=389;TCF=178;TCR=211;TR=389;WE=84879472;WS=84879454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr16	84882911	rs4783086	T	C	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=6.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.438;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr16	84882974	rs4783087	C	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=551;ReadPosRankSum=1.965;SC=ACTGAGTGAGCGGTTTCTGCC;SOR=0.627;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=43;WE=84882982;WS=84882964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,49:0.40:123
chr16	84883102	rs8061351	C	T	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=2.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.084;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.724;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,98:0.41:238
chr16	84883164	rs142350120	A	G	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.919;NF=26;NR=34;PP=707;ReadPosRankSum=-0.256;SC=CTGCCCCCCAATCCCAGTCAT;SOR=0.613;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=59;TCR=81;TR=60;WE=84883172;WS=84883154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,65:0.45:143
chr16	84883195	rs140532417	A	ATTG	1176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.663;NF=0;NR=23;PP=1038;ReadPosRankSum=0.834;SC=CCCCTGGGGGATTGTCAAATC;SOR=0.601;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=1;TCR=60;TR=23;WE=84883203;WS=84883185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,33:0.43:77
chr16	84884072	rs4782673	T	G	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=30;PP=982;ReadPosRankSum=-1.097;SC=ACCCTTCACCTCGTACCTCTT;SOR=0.552;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=191;TCF=127;TCR=64;TR=84;WE=84884080;WS=84884062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,89:0.44:201
chr16	84884116	rs4783090	A	G	2823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=3.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.022;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,146:0.44:335
chr16	84888541	rs2646127	T	C	2374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.437;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=70;PP=1372;ReadPosRankSum=1.191;SC=TCACCCCTCCTGGCCCTATTT;SOR=0.519;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=256;TCF=106;TCR=150;TR=123;WE=84888549;WS=84888531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,126:0.48:265
chr16	84888597	rs2646126	C	G	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=45;PP=968;ReadPosRankSum=0.239;SC=TGAGCTGAGCCTCATCTCCAG;SOR=0.669;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=34;TCR=81;TR=64;WE=84888605;WS=84888587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,66:0.55:120
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chr16	84902549	rs796487	A	G	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=56;PP=1273;ReadPosRankSum=0.242;SC=CTGCCACTGTAGCCTCTGAGT;SOR=0.575;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=53;TCR=97;TR=87;WE=84902557;WS=84902539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,96:0.59:163
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chr16	84911219	rs2244487	G	A	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.772;NF=14;NR=21;PP=498;ReadPosRankSum=-0.009;SC=ACTTTGGGAGGCCGAGGCGGG;SOR=0.592;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=35;WE=84911227;WS=84911209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,37:0.61:61
chr16	84922859	rs767050	C	T	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-1.109;QD=8.88;ReadPosRankSum=1.489;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,122:0.45:274
chr16	84940479	rs1874008	T	C	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=59;PP=1411;SC=TGCTGGGGCCTGGGGGTCTCC;SOR=2.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=19;TCR=59;TR=78;WE=84940487;WS=84940469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	85009970	rs7195377	A	G	2293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=50;PP=1340;ReadPosRankSum=0.395;SC=ACTCCGGGCCACCTTTTCTGG;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=93;TCR=94;TR=100;WE=85009978;WS=85009960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,111:0.54:206
chr16	85011480	rs8045409	T	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.91;ReadPosRankSum=-1.572;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr16	85011622	rs8044638	G	A	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.564;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,46:0.51:91
chr16	85023855	rs931713	C	T	4002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=62;PP=2367;ReadPosRankSum=0.559;SC=CAGCCACACCCGAGGACACTA;SOR=0.814;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=314;TCF=189;TCR=125;TR=163;WE=85023863;WS=85023845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,183:0.54:340
chr16	85105348	rs61317273	G	GT	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr16	85105554	rs8058770	A	C	1863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=1.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.34;ReadPosRankSum=-0.827;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,88:0.58:151
chr16	85116312	rs2291964	C	T	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=450;ReadPosRankSum=0.975;SC=ACAGCCCAGACGCAGGTGCAG;SOR=0.614;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=29;WE=85116320;WS=85116302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr16	85120364	rs11410626	G	GA	3802.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=14.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.605;QD=20.12;ReadPosRankSum=5.276;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,116:0.61:189
chr16	85120609	rs2291962	A	G	2053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=34;PP=1195;ReadPosRankSum=-0.933;SC=TCCCAGAGACAAGGGCCCAGC;SOR=0.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=108;TCR=64;TR=92;WE=85120617;WS=85120599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,101:0.53:192
chr16	85121733	rs3751753	C	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=214;ReadPosRankSum=-0.300;SC=GCACGCAAGCCGTGTGGCCTG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=11;WE=85121741;WS=85121723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr16	85135968	rs35852446	G	A	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=741;ReadPosRankSum=-0.718;SC=TGTAAGCATCGCAGTGAGAAA;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=52;WE=85135976;WS=85135958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,57:0.58:99
chr16	85139173	rs8050910	G	T	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.045;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=54;PP=1177;ReadPosRankSum=-0.978;SC=CTTGCTAATTGGGTCATCAAA;SOR=0.507;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=217;TCF=91;TCR=126;TR=97;WE=85139181;WS=85139163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,105:0.46:227
chr16	85141292	rs17200798	T	C	2939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.399;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=77;PP=1579;ReadPosRankSum=0.714;SC=AAAAACGTGCTGTTAAGGAAC;SOR=0.719;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=325;TCF=160;TCR=165;TR=146;WE=85141300;WS=85141282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,153:0.47:327
chr16	85141556	rs67587184	G	A	5385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.118;SC=ATCTCAGCCTGCAGAAAAGGA;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=587;TCF=287;TCR=300;TR=258;WE=85141564;WS=85141546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:345,279:0.45:624
chr16	85141661	rs17200833	G	A	3841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=101;PP=2043;ReadPosRankSum=-1.665;SC=TCTGTGCCCCGTAGAGCTTCA;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=512;TCF=241;TCR=271;TR=189;WE=85141679;WS=85141651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:337,211:0.39:548
chr16	85145800	rs60296580	C	G	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=782;ReadPosRankSum=2.225;SC=GGTGGAGGCACCGTGGGAGGG;SOR=0.558;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=83;TCF=69;TCR=14;TR=40;WE=85145808;WS=85145790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr16	85145977	rs9931038	T	C	2571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=71;PP=1315;ReadPosRankSum=-2.303;SC=GAGCTTTGGCTGTCCCGGTGC;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=270;TCF=118;TCR=152;TR=125;WE=85145985;WS=85145967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,134:0.48:279
chr16	85688163	rs113068263	C	CT	699.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.887;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.914;NF=3;NR=14;PP=620;ReadPosRankSum=2.272;SC=GCTGTGCCTGCTAGATGGTTG;SOR=0.146;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=17;WE=85688171;WS=85688153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr16	85690338	rs4843185	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.88;ReadPosRankSum=0.700;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr16	85690878	rs34805959	C	CA	7180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=5.668;NF=50;NR=74;PP=2972;ReadPosRankSum=1.091;SC=TGTTTCCCCCCACAGAGAAGC;SOR=0.548;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=287;TCF=119;TCR=168;TR=124;WE=85690887;WS=85690868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,244:0.51:481
chr16	85691294	rs7404958	A	G	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=39;PP=1186;SC=CTGTTTGCCCAACATCCTGCC;SOR=1.288;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=68;WE=85691302;WS=85691284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
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chr16	85704584	rs2303202	A	G	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.27;ReadPosRankSum=1.205;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr16	85706047	rs9940601	A	C	2818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.624;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,141:0.57:248
chr16	85711860	rs1053328	C	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.972;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=231;ReadPosRankSum=-1.368;SC=GCTGGAGGTTCGTGCGGAGTT;SOR=1.118;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=21;WE=85711868;WS=85711850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr16	85712105	rs3815795	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=229;ReadPosRankSum=-0.999;SC=TGAAATTATGCGGCATCAAGG;SOR=1.230;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=14;WE=85712113;WS=85712095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr16	85720945	rs3815796	C	T	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.768;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=13;PP=2400;ReadPosRankSum=-0.861;SC=CAGTAGATAACGGAACAGAGG;SOR=0.417;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=135;TCF=107;TCR=28;TR=59;WE=85720963;WS=85720935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,68:0.47:146
chr16	85720955	rs3815797	G	A	2654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=32;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.967;SC=CGGAACAGAGGGAGCACGGAC;SOR=0.747;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=134;TCR=56;TR=107;WE=85720963;WS=85720935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,113:0.55:205
chr16	85721297	rs9930592	T	A	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=1.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr16	85722355	rs2303204	GC	TT	2394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.383;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=16;PP=2002;ReadPosRankSum=1.843;SC=TGAAGGCCACGCGGGAGCCCC;SOR=0.928;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=82;TCR=35;TR=54;WE=85722364;WS=85722345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,63:0.48:132
chr16	85722560	rs58171120	C	G	2387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=62;PP=1566;ReadPosRankSum=1.112;SC=CTCAGCGTCCCGGAGGAGACG;SOR=0.704;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=181;TCF=74;TCR=107;TR=102;WE=85722568;WS=85722550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,108:0.57:191
chr16	85743732	rs2305357	C	G	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=509;ReadPosRankSum=-3.002;SC=CGGGCCCCCACAGCCGACCCG;SOR=0.770;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=30;WE=85743740;WS=85743722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr16	85775064	rs388855	A	G	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=14;PP=801;SC=AGCTCCAGCCAGGATTCAGGT;SOR=1.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=85775072;WS=85775054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	85775175	rs446444	G	A	6629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=130;NR=100;PP=2965;SC=GAACTCCCACGTGGAGAGTTT;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=230;TCF=130;TCR=100;TR=230;WE=85775183;WS=85775165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr16	85813231	rs8587	A	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=292;ReadPosRankSum=0.192;SC=CACAGGCTACAAGATATTTTA;SOR=1.045;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=23;WE=85813239;WS=85813221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr16	85813526	rs301163	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=-1.545;SC=CGGGCGGCTTGTAACAGCATC;SOR=0.859;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=85813534;WS=85813516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr16	85813880	rs301164	T	C	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=5;PP=1168;SC=GGTATCATGCTTCTGGAGAAA;SOR=3.300;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=49;WE=85813888;WS=85813870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	85813963	rs301165	C	T	5371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=111;NR=74;PP=2929;SC=CCAGCCCGCGCGGCAGCATGG;SOR=0.954;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=111;TCR=74;TR=185;WE=85813971;WS=85813953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr16	85814899	rs3081701	T	TAGTC	22074.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=146;PP=2957;SC=GTCAAAGAAATAGGCTACCAC;SOR=0.706;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=197;TCF=36;TCR=161;TR=181;WE=85814909;WS=85814888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr16	85814995	rs301166	A	G	9600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=174;PP=2965;SC=AAAGACTGGCAGAGCCAACAG;SOR=1.086;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=298;TCF=124;TCR=174;TR=298;WE=85815003;WS=85814985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr16	85815074	rs301167	C	T	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=46;PP=1378;SC=TCTTGCTCTGCTGCCCTAGCT;SOR=1.810;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=69;WE=85815082;WS=85815064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	85838093	rs2599088	G	A	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=3;PP=343;SC=CTTCCGAGTAGCTGGGACTAT;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=20;WE=85838101;WS=85838089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	85838115	rs2733963	G	A	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=2;PP=344;SC=GGCACGTGCCGCCACGCCCGG;SOR=1.931;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=85838123;WS=85838105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	85838166	rs2599089	G	A	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.04;QD=23.45;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	85838195	rs2733964	A	C	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=14;PP=598;SC=ATCTCCTGACATCGTGATCCG;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=33;WE=85838203;WS=85838185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	85838503	rs2599090	T	C	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=8;PP=649;SC=GACTCTCAACTTACATGGATT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=85838511;WS=85838493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	85838532	rs2733965	A	G	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.65;SOR=1.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	85838653	rs2599091	T	C	4095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr16	85838804	rs11419687	G	GA	3018.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=34;PP=1459;SC=ACTGTCTAGAGGCAGTCTTGC;SOR=1.519;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=34;WE=85838812;WS=85838794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	85839140	rs2599092	T	C	2689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=17;PP=1778;SC=CATTTTCTTCTTTCCTTGCCC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=66;TCR=17;TR=83;WE=85839148;WS=85839130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	85839186	rs2733966	C	T	5027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=111;NR=60;PP=2965;SC=TGTGCACGTACGTGCGTGAAC;SOR=1.228;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=111;TCR=60;TR=171;WE=85839194;WS=85839176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr16	85839211	rs2075532	G	C	6666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=138;NR=89;PP=2965;SC=TGTGGCCTGGGTTGGTGTATC;SOR=1.076;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=229;TCF=140;TCR=89;TR=227;WE=85839230;WS=85839201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr16	85839543	rs2641797	C	G	3004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=66;PP=1955;SC=GGTGGGCTGTCGGGGACCTCC;SOR=1.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=31;TCR=66;TR=97;WE=85839551;WS=85839533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr16	85839977	rs2075553	G	C	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=3.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.73;ReadPosRankSum=-0.562;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,56:0.62:90
chr16	85840035	rs5818557	CA	C	8091.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=59;PP=2957;SC=GGGTTAATAACAGACCCGAAT;SOR=1.306;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=119;TCF=58;TCR=61;TR=112;WE=85840043;WS=85840025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr16	85945076	rs2292980	T	C	3291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=4.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.495;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,171:0.46:368
chr16	85945231	rs8052064	C	T	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=52;PP=1163;ReadPosRankSum=-0.664;SC=AGATGGAGTGCGGTCGCTCTG;SOR=0.753;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=199;TCF=80;TCR=119;TR=85;WE=85945239;WS=85945221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,96:0.44:220
chr16	86369306	rs3828516	C	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=235;ReadPosRankSum=1.717;SC=ACGCAGCACCCGCAGTCTCCA;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=15;WE=86369314;WS=86369296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr16	86369360	rs3762873	G	A	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=623;ReadPosRankSum=0.546;SC=CTTGACACCCGCAGGCCCGGG;SOR=0.839;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=83;TCF=58;TCR=25;TR=48;WE=86369368;WS=86369350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr16	86565826	rs3751803	C	G	8153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.093;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=1.641;SC=CGGGCGTCCCCGGGGAGGTTC;SOR=0.294;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=288;TCF=157;TCR=131;TR=286;WE=86565834;WS=86565816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,317:1.00:318
chr16	86565882	rs3751802	G	C	2536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.458;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=52;PP=1632;ReadPosRankSum=-0.861;SC=CCCTGGTGGGGAGCCAGGGGC;SOR=0.746;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=232;TCF=118;TCR=114;TR=108;WE=86565890;WS=86565872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,121:0.48:253
chr16	86574726	rs1025057	C	G	3490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=72;PP=2326;ReadPosRankSum=-0.532;SC=CCAGCAGAGACAGCATCATAA;SOR=0.679;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=398;TCF=226;TCR=172;TR=166;WE=86574734;WS=86574716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,174:0.42:419
chr16	86574818	rs17192954	C	G	3768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=92;PP=2486;ReadPosRankSum=0.291;SC=GAGATAAAAACCACAAATGCA;SOR=0.601;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=460;TCF=216;TCR=244;TR=187;WE=86574826;WS=86574808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,196:0.41:473
chr16	86574897	rs35698660	T	TA	521.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=1.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,55:0.41:133
chr16	86575460	rs3213418	C	G	8047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=170;PP=2965;SC=AAAGGGGCTGCTGGGAATGCC;SOR=1.311;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=279;TCF=109;TCR=170;TR=279;WE=86575468;WS=86575450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr16	86585587	.	G	GGT	1485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.692;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=1258;ReadPosRankSum=0.000;SC=ACCTGGAAAAGGTGTCCCCCT;SOR=1.222;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=78;TCF=63;TCR=15;TR=31;WE=86585595;WS=86585577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,42:0.45:93
chr16	86585905	rs8046613	C	A	6548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=146;PP=2965;SC=CGCCCTGTTTCCAATGCAATC;SOR=1.590;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=77;TCR=146;TR=223;WE=86585913;WS=86585895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr16	86588655	rs2354022	G	C	18653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=363;NR=309;PP=2965;SC=GACCTCCTCGGCCGCTTCCGG;SOR=0.860;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=674;TCF=364;TCR=310;TR=672;WE=86588663;WS=86588645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,709:1.00:709
chr16	86588993	rs3751796	T	C	3799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.389;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=62;PP=2267;ReadPosRankSum=1.447;SC=CTAGTCATTGTCGAGCGCCGC;SOR=0.595;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=272;TCF=158;TCR=114;TR=150;WE=86589001;WS=86588983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,171:0.56:303
chr16	87339278	rs11646030	T	C	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=10;PP=1168;SC=CAGGTGGACGTCACCATGCCA;SOR=2.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=53;WE=87339286;WS=87339268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	87348415	rs118185906	A	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.262;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=120;ReadPosRankSum=1.316;SC=ACGACAGCACATTACCCATCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=10;WE=87348423;WS=87348405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr16	87349333	rs6540037	A	G	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.81;SOR=1.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr16	87349489	rs7193801	A	G	4331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=73;NR=76;PP=2598;SC=GGGATGCTAGAGCACAGGCCT;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=73;TCR=76;TR=149;WE=87349497;WS=87349479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr16	87349529	rs7198660	T	C	4476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.05;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr16	87349533	rs2277850	A	G	4329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.10;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr16	87350997	rs4843592	A	G	2993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=24;NR=77;PP=2172;SC=GAGCCCAACAACGCCCGCGCG;SOR=2.487;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=25;TCR=78;TR=101;WE=87351005;WS=87350987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	87367380	.	C	CGCCCTCTGTGAGGTCACAG	2412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.458;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.582;SC=CACCGGCTGCCGCCCTCTGTG;SOR=2.070;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=18;WE=87367388;WS=87367370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,44:0.46:95
chr16	87369078	rs12928999	C	T	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=48;PP=1096;ReadPosRankSum=-0.682;SC=GGGGAGCGGACGGGTCAGTAC;SOR=0.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=75;TCR=96;TR=86;WE=87369086;WS=87369068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,97:0.54:180
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chr16	87376623	rs4843237	C	G	6145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
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chr16	87445363	rs1050846	G	A	3177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=80;PP=1995;ReadPosRankSum=-1.457;SC=TGTAAGGGGCGTGCACGACGG;SOR=0.809;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=320;TCF=154;TCR=166;TR=147;WE=87445383;WS=87445353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,156:0.45:347
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chr16	87446053	rs2042395	G	A	3423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=73;PP=2378;ReadPosRankSum=0.383;SC=TCCCCGTGGCGGCCGTGCTGG;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=319;TCF=170;TCR=149;TR=157;WE=87446061;WS=87446043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,161:0.48:335
chr16	87452546	rs4240794	C	A	7705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=1.512;SC=AATTTACAGACAATGAAAATA;SOR=0.512;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=275;TCF=103;TCR=172;TR=272;WE=87452554;WS=87452536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,288:1.00:289
chr16	87452584	rs8046992	C	T	3760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=88;PP=2462;SC=TTTTTTGAGACGGTGTTTTGC;SOR=1.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=37;TCR=88;TR=125;WE=87452592;WS=87452574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr16	87637893	.	CCTGCTGCTGCTGCTG	C	4639.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.712;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=48;PP=2995;ReadPosRankSum=-0.591;SC=CAGGGAGCTGCCTGCTGCTGC;SOR=0.491;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=146;TCF=33;TCR=113;TR=56;WE=87637918;WS=87637883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,123:0.43:286
chr16	87742092	rs2290018	G	A	12421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=184;NR=256;PP=2965;SC=CAGAATGAACGCACATACACG;SOR=1.079;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=441;TCF=184;TCR=257;TR=440;WE=87742100;WS=87742082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr16	87742977	rs141807379	A	G	8747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=934;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=213;NR=205;PP=2962;ReadPosRankSum=1.837;SC=ACATGCCCCCATAGACGTAGA;SOR=0.669;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=884;TCF=449;TCR=435;TR=418;WE=87742985;WS=87742967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:486,446:0.48:932
chr16	87748198	rs2081981	G	C	4554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr16	87760324	.	T	C	296	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=22;MQ=57.34;NF=13;NR=2;PP=296;QD=22.0514141698;SC=GCGCCTCGCCTGTTTCCCGGT;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=15;WE=87760345;WS=87760314;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,15:0.50:30
chr16	87760337	rs67926154	A	C	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=7;PP=1002;SC=TTCCCGGTCCAACGCCTTGCC;SOR=1.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=87760345;WS=87760314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	87764267	rs9934565	A	T	10548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.519;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=204;PP=2965;ReadPosRankSum=1.013;SC=TGAAATAAACAAAAAGACACT;SOR=0.601;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=377;TCF=172;TCR=205;TR=375;WE=87764275;WS=87764257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,397:1.00:398
chr16	87788756	rs2303770	A	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=199;ReadPosRankSum=-0.350;SC=CCAGACTCCCACGTGGGAAGA;SOR=0.941;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=14;WE=87788764;WS=87788746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr16	87871710	.	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=276;ReadPosRankSum=-2.885;SC=GTGGGCCTCTCAGTTCCCCCA;SOR=0.887;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=21;WE=87871718;WS=87871700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr16	87903077	rs33996472	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=209;ReadPosRankSum=0.348;SC=GCGGCCCAGCGAGCAGTGTGC;SOR=0.473;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=16;WE=87903085;WS=87903067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr16	87921917	rs149572777	G	A	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.903;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.236;NF=17;NR=33;PP=723;ReadPosRankSum=-0.021;SC=TGGTATGAGTGCAGGGTGAGC;SOR=1.119;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=50;WE=87921925;WS=87921907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,54:0.57:94
chr16	87935624	.	T	TG	1405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.432;HP=8;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.357;NF=3;NR=36;PP=1954;ReadPosRankSum=2.303;SC=AGGCAGTGGATGGGGGGGGAA;SOR=0.941;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=123;TCF=12;TCR=111;TR=39;WE=87935636;WS=87935614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,73:0.37:198
chr16	87935628	rs73239028	G	C	2640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=7;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.797;NF=57;NR=61;PP=2492;ReadPosRankSum=-1.258;SC=AGTGGATGGGGGGGGAAGCTC;SOR=0.591;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=186;TCF=83;TCR=103;TR=118;WE=87935636;WS=87935614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,128:0.62:207
chr16	87935958	.	CA	C	2964.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DP=439;ExcessHet=3.0103;FS=1.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=-1.117;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.499;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,233:0.57:411
chr16	87936161	rs4843730	A	G	3460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.044;NF=33;NR=109;PP=2529;ReadPosRankSum=-1.076;SC=TAAATTGATCAGCAAGAAATA;SOR=0.593;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=278;TCF=60;TCR=218;TR=142;WE=87936169;WS=87936151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,151:0.52:292
chr16	87969777	.	TA	T	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=1.073;SOR=0.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,39:0.43:90
chr16	88052161	rs7499814	C	A	6339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=115;NR=100;PP=2965;SC=AGATGGCGCTCACGCTGCTGG;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=215;TCF=115;TCR=100;TR=215;WE=88052169;WS=88052151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr16	88066717	rs74992447	C	T	5085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=109;NR=64;PP=2965;SC=CCCCACAGAGCCGATGATGAG;SOR=0.961;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=109;TCR=64;TR=173;WE=88066725;WS=88066707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
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chr16	88105725	rs8050209	G	A	6777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=119;PP=2965;SC=ACCCCGCGGCGGCGGGCGTGG;SOR=1.102;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=97;TCR=119;TR=215;WE=88105733;WS=88105715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
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chr16	88124525	rs28650772	A	G	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.47;QD=26.01;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr16	88494976	rs11640794	A	C	31008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=1157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=547;NR=557;PP=2965;SC=CGGCCCCGAGACCCTTCTCTG;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1109;TCF=549;TCR=560;TR=1104;WE=88494984;WS=88494966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1152:1.00:1152
chr16	88495407	rs7199961	G	C	14221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=269;NR=218;PP=2965;SC=CCCGCGGGGGGCCCCGAGTGG;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=494;TCF=272;TCR=222;TR=487;WE=88495415;WS=88495391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,522:1.00:522
chr16	88495654	rs12927001	A	G	35877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=723;NR=565;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.305;SC=GCGAGTCCCCACTGCCGTCAC;SOR=0.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1293;TCF=724;TCR=569;TR=1288;WE=88495662;WS=88495644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1362:1.00:1364
chr16	88496008	rs12918876	T	C	16773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=249;NR=305;PP=2965;SC=GTGCGCCGCCTCCGTACCCCA;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=556;TCF=250;TCR=306;TR=554;WE=88496016;WS=88495998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,594:1.00:594
chr16	88496378	.	A	G	6198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DP=793;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.344;SC=GGACCTGGACATGGAGGATGA;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=760;TCF=379;TCR=381;TR=314;WE=88496386;WS=88496368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:456,333:0.42:789
chr16	88496785	.	GGGCGGC	G	2276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.379;ClippingRankSum=0.000;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.672;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.291;NF=4;NR=34;PP=1737;ReadPosRankSum=0.024;SC=GGTCGGGGTCGGGCGGCGGCG;SOR=1.116;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=117;TCF=20;TCR=97;TR=38;WE=88496798;WS=88496775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,64:0.37:174
chr16	88497031	rs9924504	T	C	7944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=142;NR=129;PP=2965;SC=AGGAGCTCATTCTGAAGATCG;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=274;TCF=142;TCR=132;TR=271;WE=88497039;WS=88497021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr16	88497400	rs9938800	G	A	7199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=172;NR=90;PP=2965;SC=CCCGTGGCCCGTCTCGAAGCC;SOR=1.540;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=262;TCF=172;TCR=90;TR=262;WE=88497408;WS=88497390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr16	88497446	rs7197071	A	G	12275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=284;NR=173;PP=2965;SC=GGGAGGCCCCAAGTGTGCTGA;SOR=1.261;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=458;TCF=285;TCR=173;TR=457;WE=88497454;WS=88497436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr16	88498221	rs4782300	C	T	29027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=1077;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=571;NR=483;PP=2965;SC=GCATCGCCACCGACCTTGGAG;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1056;TCF=571;TCR=485;TR=1054;WE=88498229;WS=88498211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1073:1.00:1073
chr16	88498297	rs12445417	T	G	35245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=1361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=680;NR=661;PP=2965;SC=GCAGCCTGTCTGCGAACAGGG;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1344;TCF=682;TCR=662;TR=1341;WE=88498305;WS=88498287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1359:1.00:1359
chr16	88499539	rs9931465	C	G	14681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,564:1.00:564
chr16	88501034	rs12598474	G	C	6497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.765;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=2.509;SC=CCCTGAGACCGGGCGCTCTGG;SOR=0.897;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=495;TCF=273;TCR=222;TR=282;WE=88501042;WS=88501024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,296:0.56:524
chr16	88501971	rs3812956	T	A	2618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=45;PP=1555;ReadPosRankSum=-0.256;SC=TTGGCCACTCTGGGACCTGGG;SOR=0.817;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=186;TCF=100;TCR=86;TR=105;WE=88501979;WS=88501961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,118:0.57:207
chr16	88502482	rs3812953	C	T	2461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=75;PP=1771;ReadPosRankSum=-1.334;SC=CAGGCGGTCGCTTGACTAGAA;SOR=0.838;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=285;TCF=107;TCR=178;TR=117;WE=88502490;WS=88502472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,128:0.43:295
chr16	88502505	rs1983014	A	G	6439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;PP=2965;SC=AGGAACCCGCATGTCTACGGG;SOR=1.348;Source=Platypus;TCF=96;WE=88502513;WS=88502495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr16	88504850	rs1105066	G	C	6095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.391;SC=CATGGTGTCTGAGGGGGGGCC;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=471;TCF=271;TCR=200;TR=259;WE=88504859;WS=88504840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,274:0.56:493
chr16	88504868	rs904783	A	G	14663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=303;NR=236;PP=2965;SC=GCCCCGAGGCACCTTCCACAA;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=543;TCF=304;TCR=239;TR=539;WE=88504876;WS=88504858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,559:1.00:559
chr16	88505635	rs4782301	A	G	6711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=906;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=196;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.203;SC=CTGCCGAGCCACACACCCACC;SOR=0.764;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=863;TCF=371;TCR=492;TR=335;WE=88505643;WS=88505625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:552,350:0.39:902
chr16	88505734	rs4782362	C	T	7872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=172;PP=2965;SC=AAGATGCTTCCGAGTAATTTC;SOR=1.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=265;TCF=93;TCR=172;TR=265;WE=88505742;WS=88505724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr16	88505786	rs78600508	C	A	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=45;PP=1083;ReadPosRankSum=2.170;SC=GTTCCTGTCTCGGCCTGCCTC;SOR=0.318;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=104;TCF=26;TCR=78;TR=65;WE=88505794;WS=88505776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,72:0.65:111
chr16	88535242	rs55823018	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=334;ReadPosRankSum=-0.039;SC=CCAGGGGCTGCCCTTGACCTG;SOR=0.412;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=19;WE=88535250;WS=88535232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
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chr16	88535407	rs35613341	C	G	3080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.390;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=71;PP=1928;ReadPosRankSum=-0.575;SC=ACCGTCAGAGCCCAGACCCAC;SOR=0.531;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=344;TCF=193;TCR=151;TR=150;WE=88535415;WS=88535397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,157:0.43:367
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chr16	88593210	rs35678431	CT	C	709.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.131;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=46;PP=623;ReadPosRankSum=1.038;SC=TGTTCCTACCCTCCCCCCCCA;SOR=1.321;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=92;TCF=33;TCR=59;TR=66;WE=88593219;WS=88593198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
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chr16	88599697	.	AG	CC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=71;NR=87;PP=2947;QD=20;SC=GCCAGAGCGGAGCCTCTGGCC;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=166;TCF=72;TCR=94;TR=158;WE=88599712;WS=88599685;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,158:0.95:166
chr16	88599699	.	CCTCTGG	C	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=8;NR=89;PP=2965;QD=20;SC=CAGAGCGGAGCCTCTGGCCCA;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=99;TCF=9;TCR=90;TR=97;WE=88599712;WS=88599685;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,97:0.98:99
chr16	88599700	rs67322929	CT	C	9709.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.54;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr16	88599702	rs67873604	CTGG	C	6582.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.90;ReadPosRankSum=0.467;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,211:0.99:213
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chr16	88620069	.	CCC	AAA	197	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=5;HapScore=3;MGOF=49;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=197;QD=52.0935749724;SC=ACTCCATCCCCCCAAAAAAAA;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=5;WE=88620079;WS=88620067;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:15,5:0.25:20
chr16	88620070	rs2340957	C	A	583.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.92;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr16	88620195	rs2879897	T	G	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr16	88620312	rs2340955	T	C	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.313;NF=31;NR=17;PP=581;ReadPosRankSum=-0.991;SC=CCTGCAGGGCTGCCGTCTGCA;SOR=0.861;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=129;TCF=77;TCR=52;TR=48;WE=88620320;WS=88620302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,51:0.36:140
chr16	88620345	.	A	ACGCAGTGCAGAGCTGGGACGGACGCC	517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.848;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=16.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.75;MQRankSum=4.925;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.568;SOR=2.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,20:0.24:84
chr16	88643457	rs936621	A	G	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	88643633	rs34829088	C	T	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=3.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.929;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,74:0.47:159
chr16	88644005	rs899728	A	G	2445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=38;PP=1435;SC=ATGAGGAGAAAGGCGAAGGCA;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=82;WE=88644013;WS=88643995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	88652794	rs12447794	C	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=237;ReadPosRankSum=0.522;SC=GTGCTTCTCCCTGGTGCTGTG;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=12;WE=88652802;WS=88652791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr16	88664758	rs3887592	T	C	3453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=79;PP=2164;SC=CTTCTTTCATTGTTAGCACAT;SOR=1.488;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=47;TCR=79;TR=126;WE=88664766;WS=88664748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr16	88666035	rs6500481	G	A	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=5;PP=1076;SC=CTCCCCAGAAGGACAACTGTG;SOR=2.970;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=47;WE=88666043;WS=88666025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	88675177	rs9932685	A	G	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=11;PP=2090;SC=GCCTGCTCTTAGATGTAGTTT;SOR=3.742;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=71;TCR=11;TR=81;WE=88675185;WS=88675172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr16	88675194	rs9932692	A	G	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=17;PP=1955;SC=GTTTGTGAACAGATTTCCTAA;SOR=3.037;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=109;TCF=90;TCR=19;TR=107;WE=88675202;WS=88675184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr16	88675529	rs9930974	C	T	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=35;PP=914;SC=TTTTTATTTACAGTAAAAAAT;SOR=3.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=39;WE=88675537;WS=88675519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	88695300	rs4782387	C	T	6232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=142;PP=2965;SC=GGCAGAGGGACGGGAGCCTGG;SOR=1.558;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=224;TCF=82;TCR=142;TR=222;WE=88695308;WS=88695290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr16	88695332	rs4782306	G	C	5523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.49;SOR=2.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	88695338	rs4782388	C	G	5216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.36;SOR=2.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	88697487	rs2291160	G	A	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=9;PP=956;SC=GGGGGCTCAAGGTCTTCCCCA;SOR=2.985;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=45;WE=88697495;WS=88697477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	88705804	rs2254073	T	C	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.246;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=584;ReadPosRankSum=-0.962;SC=TGGGCCTTGGTGGTTCTCACC;SOR=1.146;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=44;WE=88705812;WS=88705794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,45:0.55:82
chr16	88709712	rs7195830	A	G	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=3.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.22;ReadPosRankSum=-1.333;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,43:0.44:97
chr16	88709737	rs1049255	C	T	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=1.694;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,49:0.46:107
chr16	88709828	rs1049254	A	G	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=1.351;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr16	88712712	.	T	TGCAGACCCAGGGGACGTGTGCGGACCGGGGCTGCAAAGTCTCAGCACAAG	1420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=7.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.52;ReadPosRankSum=-1.402;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,42:0.49:86
chr16	88712733	rs12926425	C	T	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=4.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=-2.318;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,23:0.33:69
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chr16	88713473	rs4782308	G	A	2590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=52;PP=1699;ReadPosRankSum=-0.413;SC=GGGCCCCGCAGCCCCCGGAGA;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=289;TCF=173;TCR=116;TR=129;WE=88713481;WS=88713463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,133:0.44:305
chr16	88713501	rs4782393	A	G	4087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=86;PP=2695;ReadPosRankSum=-0.536;SC=GAGCAGGAGGAGACTCACCAG;SOR=0.668;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=425;TCF=240;TCR=185;TR=197;WE=88713509;WS=88713491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,205:0.46:449
chr16	88714559	rs2306422	C	T	6867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=145;PP=2965;SC=GTGGGGCTCCCGTCCCGGGGG;SOR=1.166;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=247;TCF=101;TCR=146;TR=246;WE=88714567;WS=88714549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr16	88716534	rs3812948	A	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=241;ReadPosRankSum=0.372;SC=GAGTGGTGGCAGCGGGCCCCT;SOR=0.374;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=19;WE=88716542;WS=88716532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr16	88717074	rs3794624	G	A	6265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=726;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.053;SC=CTTCCCCTGCGCTGCAACTTC;SOR=0.624;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=676;TCF=306;TCR=370;TR=304;WE=88717082;WS=88717064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:403,319:0.44:722
chr16	88717285	rs149933335	T	C	6504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FS=0.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.53;ReadPosRankSum=1.733;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:305,313:0.51:618
chr16	88717386	rs8053867	T	C	12842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=196;NR=246;PP=2965;SC=CCAGCGCCTGTTCGTTGGCCC;SOR=0.997;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=442;TCF=196;TCR=246;TR=442;WE=88717394;WS=88717376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr16	88719877	rs12926212	C	G	5472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr16	88721012	rs12935454	G	A	2198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=12;PP=1615;SC=CTGTCTCAGCGCCACAGCCTT;SOR=2.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=61;TCR=12;TR=73;WE=88721020;WS=88721002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	88723538	rs112485764	T	TG	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=5.643;HP=9;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=255;ReadPosRankSum=-0.111;SC=TTTGTAGAGATGGGGGGGGGT;SOR=3.500;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=17;WE=88723546;WS=88723528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr16	88724275	rs56812649	A	T	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.256;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=8;PP=718;ReadPosRankSum=0.923;SC=GGATGCTCGGACCCTGCTGAC;SOR=1.110;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=78;TCF=61;TCR=17;TR=42;WE=88724283;WS=88724265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,42:0.52:81
chr16	88724347	rs2279258	G	T	2704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.466;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=49;PP=1747;ReadPosRankSum=0.454;SC=GCCTGCAGCCGCGGCTGCCCC;SOR=0.928;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=245;TCF=146;TCR=99;TR=126;WE=88724355;WS=88724337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,134:0.52:257
chr16	88729008	rs7205116	G	A	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=682;ReadPosRankSum=-0.280;SC=GGGGAGCAGTGGCGCGATTTC;SOR=0.639;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=65;TCR=31;TR=46;WE=88729016;WS=88728998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,51:0.49:104
chr16	88729670	rs7193657	G	T	2317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-4.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.171;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=69;PP=1506;ReadPosRankSum=-0.481;SC=GACGGGATCGGACGATGGGTT;SOR=0.341;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=217;TCF=69;TCR=148;TR=108;WE=88729678;WS=88729660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,113:0.48:234
chr16	88752693	rs11076698	T	G	3923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=54;PP=2125;SC=CTCCCGCCCCTCAGGGTCGAG;SOR=0.875;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=81;TCR=54;TR=134;WE=88752701;WS=88752683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr16	88762943	rs1132579	A	T	3975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.51;ReadPosRankSum=1.769;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:23,204:0.90:227
chr16	88772491	rs7194105	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=15.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.08;ReadPosRankSum=-1.252;SOR=0.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr16	88772815	rs880233	C	T	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=1.372;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr16	88772928	rs880234	C	T	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=433;ReadPosRankSum=0.030;SC=GCGACGGGACCCGGCGTGCCC;SOR=0.676;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=35;WE=88772936;WS=88772918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,37:0.40:93
chr16	88773414	rs57958330	G	T	1961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-4.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.258;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=7;PP=1454;ReadPosRankSum=1.784;SC=GCCTGGGTTTGTGTGTGTACC;SOR=1.494;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=134;TCF=118;TCR=16;TR=74;WE=88773422;WS=88773404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,79:0.56:142
chr16	88773738	rs881633	C	T	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.233;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=665;ReadPosRankSum=-0.806;SC=TATTCCTGCTCCTGATGGGGT;SOR=0.392;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=83;TCF=18;TCR=65;TR=40;WE=88773746;WS=88773728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,42:0.48:88
chr16	88773753	rs6500490	C	A	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=725;ReadPosRankSum=1.406;SC=TGGGGTCCCTCGTGCCCCTGG;SOR=1.015;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=70;TCF=15;TCR=55;TR=37;WE=88773761;WS=88773743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr16	88776141	rs4598894	G	A	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.43;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	88776141	.	GGTGAGCC	AGTGAGCC,AGTGAGCT	527	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=45,20;NR=14,6;PP=527,509;QD=9.52154597538;SC=GGGAGGGGCCGGTGAGCCTCG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=59,26;WE=88776156;WS=88776131;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:59
chr16	88776148	rs4377140	C	T	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=-0.881;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr16	88776297	rs4390574	T	C	13450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=251;NR=215;PP=2965;SC=AGGACGCTGCTCACTGTGCGG;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=466;TCF=251;TCR=215;TR=466;WE=88776305;WS=88776287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr16	88778133	rs2879902	C	A	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=44;PP=887;ReadPosRankSum=-0.292;SC=CTCCTAGTCCCTGGCCACTTG;SOR=0.729;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=179;TCF=75;TCR=104;TR=80;WE=88778141;WS=88778123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,87:0.44:197
chr16	88778167	rs73262659	T	C	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=40;PP=977;ReadPosRankSum=-0.641;SC=GGATCCTCCCTCTGGTGTGGA;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=114;TCF=40;TCR=74;TR=60;WE=88778175;WS=88778157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,70:0.56:126
chr16	88778427	rs11361741	GC	G	8132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.217;NF=61;NR=93;PP=2957;ReadPosRankSum=-0.364;SC=CTGATGGTGAGCGGGGGCCCA;SOR=1.205;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=62;TCR=95;TR=154;WE=88778435;WS=88778416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,261:0.99:263
chr16	88778615	rs7205989	G	A	4556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=101;PP=2677;ReadPosRankSum=0.919;SC=CCAGGTGGAGGTGGCCCTGCA;SOR=0.701;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=434;TCF=222;TCR=212;TR=201;WE=88778623;WS=88778605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,225:0.48:472
chr16	88779132	rs2290895	C	T	2003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=-1.063;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,102:0.52:196
chr16	88779323	rs12148926	C	T	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=574;ReadPosRankSum=-1.148;SC=GGTGAGGCCCCGAGAGCCCCC;SOR=0.653;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=89;TCF=33;TCR=56;TR=48;WE=88779336;WS=88779313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,52:0.60:87
chr16	88779328	rs67815044	GC	G	2989.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=47;PP=1498;SC=GGCCCCGAGAGCCCCCCTTCC;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=0;TCR=50;TR=47;WE=88779336;WS=88779313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	88779361	rs115078297	G	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.746;HP=4;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.941;NF=2;NR=17;PP=268;ReadPosRankSum=-0.218;SC=CCCCACTCATGCCCCTGAGAG;SOR=2.324;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=19;WE=88779369;WS=88779351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr16	88779739	rs11549837	A	G	2835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=64;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.816;SC=GATCCTCCACATGGCCCGAGC;SOR=0.800;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=375;TCF=205;TCR=170;TR=151;WE=88779761;WS=88779729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,164:0.42:393
chr16	88779753	rs73262667	C	T	4949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=0.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.10;ReadPosRankSum=0.056;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,254:0.57:446
chr16	88779952	rs74757912	C	CCT	4302.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=36;PP=2930;SC=AGTCCTGCGGCCTCGGATGGT;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=78;WE=88779960;WS=88779942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr16	88780090	rs2290904	G	A	6779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQ=60.04;MQRankSum=-0.142;NF=178;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=0.124;SC=ACGTGGTGGTGGTGCGGCCCA;SOR=0.601;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=576;TCF=328;TCR=248;TR=319;WE=88780098;WS=88780080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,337:0.55:612
chr16	88780472	rs7205626	T	C	6052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=137;NR=67;PP=2965;SC=ACGGCACCTGTCCTGGGGACT;SOR=1.480;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=205;TCF=138;TCR=67;TR=204;WE=88780480;WS=88780462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr16	88780518	rs3826076	A	G	10303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.97;QD=25.32;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr16	88780634	rs11278302	AGGTGTG	A	18378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=219;PP=2972;SC=CACTGTGTACAGGTGTGGGTG;SOR=0.971;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=262;TCF=25;TCR=237;TR=243;WE=88780654;WS=88780624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr16	88780685	rs7191439	C	T	5841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=101;NR=123;PP=2965;SC=GTGTGCTGTGCGCGGGTGTGT;SOR=1.005;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=101;TCR=124;TR=224;WE=88780693;WS=88780675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr16	88780923	rs8050715	C	G	15025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.62;SOR=1.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,544:1.00:544
chr16	88781040	rs8059048	A	G	8745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1091;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=233;NR=221;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.002;SC=CGTCTCTCCCAGATGCAGTCA;SOR=0.637;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=1042;TCF=511;TCR=531;TR=454;WE=88781048;WS=88781030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:621,466:0.43:1087
chr16	88781125	rs8043637	T	C	15294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=245;NR=284;PP=2965;SC=CCCAGCGCTGTGGCCAGGGGG;SOR=0.842;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=532;TCF=245;TCR=287;TR=529;WE=88781133;WS=88781115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,572:1.00:572
chr16	88781225	rs2306047	T	C	2748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=65;PP=1883;ReadPosRankSum=-0.242;SC=CTGCACGGCATTGAGGTGCCA;SOR=0.569;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=296;TCF=134;TCR=162;TR=125;WE=88781233;WS=88781215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,133:0.40:329
chr16	88781384	rs3217719	C	CTGT	4262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.884;NF=16;NR=49;PP=2919;ReadPosRankSum=2.157;SC=CGCGGGAAGGCCGTCACCTCG;SOR=0.618;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=140;TCF=30;TCR=110;TR=65;WE=88781392;WS=88781374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,115:0.46:248
chr16	88781419	rs2306046	A	G	6747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=122;NR=107;PP=2965;SC=GGGTGCTGGCAGGTTTCTTGG;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=122;TCR=107;TR=229;WE=88781427;WS=88781409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr16	88781534	rs61737996	C	T	3605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.760;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,183:0.51:359
chr16	88782217	rs35544968	G	A	7022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=693;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=-0.925;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:343,349:0.50:692
chr16	88782676	rs2290902	A	G	7301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=132;NR=99;PP=2965;SC=GGAAGAGATTAGGGATGACCC;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=132;TCR=100;TR=231;WE=88782684;WS=88782666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr16	88783374	rs8044367	A	G	9397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=219;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=0.378;SC=GTGGTGCACCACCTTGGCCAG;SOR=1.323;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=345;TCF=220;TCR=125;TR=343;WE=88783382;WS=88783364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,357:0.99:359
chr16	88783412	.	C	T	2365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DP=563;ExcessHet=3.0103;FS=0.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=1.292;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:411,152:0.27:563
chr16	88783449	rs8057031	C	G	21662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=797;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=411;NR=351;PP=2965;SC=CGCCCAGCTTCAGGGTGACGG;SOR=0.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=763;TCF=411;TCR=352;TR=762;WE=88783457;WS=88783439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,797:1.00:797
chr16	88783521	rs6500491	T	C	26913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=1035;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=477;NR=512;PP=2965;SC=TGAAGAGCAGTGGGAACCAGA;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=992;TCF=479;TCR=513;TR=989;WE=88783529;WS=88783511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1034:1.00:1034
chr16	88783738	rs4782432	A	G	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=44;PP=1325;SC=AGTATGGCACAGCGGTAGTAA;SOR=2.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=62;WE=88783746;WS=88783728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	88783903	rs7186082	A	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=6;PP=611;SC=AGGCAGGAGAATGAAACGCAA;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=88783911;WS=88783893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	88785072	rs4620939	G	C	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=0;PP=113;SC=GTTACTAGGGGCCAGGGGAGG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=88785080;WS=88785062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	88785126	rs4520817	A	G	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=4;PP=418;SC=TCTTCTTTTTACTTTTTTAGA;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=88785134;WS=88785116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	88786967	rs4401037	C	T	6146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=151;NR=169;PP=2965;SC=TCAGCCTGGGCCCAGTACCCG;SOR=2.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=321;TCF=152;TCR=169;TR=320;WE=88786981;WS=88786957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr16	88787704	rs8043924	G	C	12132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=210;NR=218;PP=2965;SC=GTCCGACCCTGGCTTCCACCT;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=428;TCF=210;TCR=218;TR=428;WE=88787712;WS=88787694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr16	88788477	rs9935872	A	G	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=41;PP=1209;SC=GCAGGCGCCTACAGGGAGACC;SOR=2.958;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=51;WE=88788485;WS=88788467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	88788903	rs4238687	T	G	7500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=139;PP=2965;SC=TCCTTTGGGGTACAAGGGAAT;SOR=1.094;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=101;TCR=139;TR=240;WE=88788911;WS=88788893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr16	88788934	rs4238686	A	G	6071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=110;PP=2965;SC=GGGGATGGCTAGGCGATGCCC;SOR=1.025;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=87;TCR=110;TR=197;WE=88788942;WS=88788924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr16	88788960	rs3816618	C	A	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.001;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=49;PP=1262;ReadPosRankSum=0.632;SC=CCAGGGGCAGCAGCTGGGGCT;SOR=1.023;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=178;TCF=79;TCR=99;TR=82;WE=88788968;WS=88788950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,87:0.44:200
chr16	88789178	rs34745095	G	A	1930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=38;PP=1381;ReadPosRankSum=-1.157;SC=CGCGGGACTAGGCTGTTAAGC;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=101;TCR=82;TR=84;WE=88789186;WS=88789168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,88:0.45:195
chr16	88789666	rs11281795	G	GCCTGCT	6969.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=733;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.254;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,319:0.51:621
chr16	88791703	rs78217493	G	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.815;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=497;ReadPosRankSum=0.222;SC=GTGATCATGCGGACAGGACAG;SOR=0.627;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=16;WE=88791715;WS=88791693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr16	88791707	rs8050515	A	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.780;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=791;ReadPosRankSum=-1.256;SC=TCATGCGGACAGGACAGGCGG;SOR=0.858;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=20;WE=88791715;WS=88791693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr16	88792047	rs4782430	A	G	4597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=86;PP=2941;SC=TCCTGCGGTGAAAGTCAATGC;SOR=1.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=70;TCR=86;TR=156;WE=88792055;WS=88792037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr16	88792097	rs4782429	A	G	2934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=66;PP=2028;SC=AAGCCCCTGTAGGGAGGCGGG;SOR=1.879;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=27;TCR=66;TR=93;WE=88792105;WS=88792087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	88792895	rs79092320	C	G	2653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.249;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=61;PP=1720;ReadPosRankSum=1.039;SC=GGGTCAGGCCCAGGGCCCAGG;SOR=0.791;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=212;TCF=110;TCR=102;TR=123;WE=88792903;WS=88792885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,128:0.56:230
chr16	88792933	rs2247261	C	T	2341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.176;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=50;PP=1265;ReadPosRankSum=-1.435;SC=CGCCCTCCCCCGCCACCGTCC;SOR=0.543;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=222;TCF=106;TCR=116;TR=100;WE=88792941;WS=88792923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,116:0.48:243
chr16	88793090	rs4516218	A	G	10885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=43.89;SOR=5.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr16	88793103	rs4424896	C	G	11284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=42.42;SOR=4.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr16	88793813	rs8057198	T	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=252;ReadPosRankSum=1.216;SC=GAGGTCTGCGTGCGTGCGTGC;SOR=1.136;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=14;WE=88793821;WS=88793812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr16	88793843	rs2242169	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=356;ReadPosRankSum=-1.465;SC=GCCTGCAGGCCGCCATGTGCC;SOR=2.428;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=20;WE=88793851;WS=88793833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr16	88793910	rs2242171	C	T	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	88800545	rs66935855	CGCTTCT	C	3610.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.149;NF=5;NR=52;PP=2836;ReadPosRankSum=1.778;SC=CTGTCGGCACCGCTTCTGCTG;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=13;TCR=133;TR=57;WE=88800558;WS=88800535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,98:0.40:247
chr16	88801026	rs3214056	G	A	1958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.495;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=37;PP=1202;ReadPosRankSum=-2.029;SC=GGGTTTCGGCGCCCCTGCCCC;SOR=0.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=117;TCR=83;TR=89;WE=88801034;WS=88801016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,96:0.43:222
chr16	88802540	rs734918	G	C	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=325;ReadPosRankSum=-0.590;SC=CCCCGGATGTGGTGGTGCACA;SOR=0.323;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=49;TCR=5;TR=20;WE=88802548;WS=88802530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr16	88803124	rs13333358	T	C	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=255;ReadPosRankSum=-0.633;SC=GACGCCTCCCTGGGCTCAGCC;SOR=0.546;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=95;TCF=65;TCR=30;TR=26;WE=88803132;WS=88803114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,34:0.32:106
chr16	88803195	rs4782410	T	C	4562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.804;SC=TCTGCAGGCCTCCCCACCCTG;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=90;TCR=87;TR=176;WE=88803203;WS=88803185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,180:0.99:182
chr16	88803925	rs66881450	G	GC	1131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.489;HP=10;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=805;ReadPosRankSum=0.281;SC=CCTCCGCCCCGCCCCCCGCAC;SOR=0.523;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=32;WE=88803934;WS=88803915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,58:0.45:130
chr16	88803982	rs6500493	C	G	6920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=85;PP=2965;SC=CGCCGCAGGACGGAGCTCTGG;SOR=0.963;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=217;TCF=130;TCR=87;TR=215;WE=88803990;WS=88803972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr16	88804576	rs72813506	C	T	4691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.02;MQRankSum=0.994;NF=106;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.110;SC=AGGGGCTAGACGAGCCAGGTG;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=443;TCF=209;TCR=234;TR=222;WE=88804584;WS=88804566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,234:0.51:463
chr16	88804618	rs8060643	G	A	3384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=85;PP=2129;ReadPosRankSum=-0.211;SC=AAAAGGGGCTGTGTGGCAAGC;SOR=0.591;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=348;TCF=162;TCR=186;TR=160;WE=88804626;WS=88804596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,168:0.46:362
chr16	88804734	rs7184427	A	G	10298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=187;NR=178;PP=2965;SC=CCCCACCGCGACGCAGAGTCT;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=366;TCF=188;TCR=178;TR=365;WE=88804742;WS=88804724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr16	88804856	rs11076706	G	A	2814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.704;NF=70;NR=58;PP=1705;ReadPosRankSum=-1.888;SC=TGCCTGCGGGGCAGGGGCACA;SOR=0.613;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=276;TCF=155;TCR=121;TR=128;WE=88804864;WS=88804846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,136:0.47:292
chr16	88804924	rs34600315	TC	T	13331.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;PP=2951;SC=ATCAGGGAACTCCCAAGACCC;SOR=0.944;Source=Platypus;TCF=90;WE=88804932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr16	88805183	rs7185630	G	A	3537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=94;PP=2190;ReadPosRankSum=-0.789;SC=CAGGTGTATCGCACTGACGCC;SOR=0.627;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=378;TCF=172;TCR=206;TR=173;WE=88805191;WS=88805173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,182:0.45:403
chr16	88805231	rs12443723	G	A	3409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.55;ReadPosRankSum=-0.296;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,93:0.45:206
chr16	88805236	rs7185664	G	A	3327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.61;ReadPosRankSum=-0.550;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,87:0.46:189
chr16	88807878	rs2242164	G	A	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=35;PP=1091;ReadPosRankSum=-0.164;SC=TGACGCAGCTGCCCTCACCAG;SOR=0.716;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=208;TCF=130;TCR=78;TR=92;WE=88807886;WS=88807868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,98:0.44:225
chr16	88808111	.	T	C	1172	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=56.54;NF=18;NR=51;PP=1172;QD=17.489437863;SC=CGGGTGGGAGTGTGGATGGGT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=69;WE=88808119;WS=88808101;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,69:0.95:73
chr16	88808743	rs6500495	A	G	5412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=91;NR=101;PP=2965;SC=GCGGGGCACAATATGCAGGCA;SOR=0.930;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=91;TCR=101;TR=192;WE=88808751;WS=88808733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr16	88808862	rs7201439	C	T	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=37;PP=1140;SC=AGGCTGGTCCCGGGGACGGGG;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=67;WE=88808870;WS=88808852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	88808918	rs11648555	C	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.552;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=139;ReadPosRankSum=0.435;SC=GCCCCCAGCCCGGCCAGAGCC;SOR=1.426;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=10;WE=88808926;WS=88808908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr16	88809368	rs28525359	G	T	4708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=634;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.316;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.234;NF=131;NR=112;PP=2858;ReadPosRankSum=1.664;SC=GTTGCATCCCGATGCATGGCC;SOR=0.496;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=617;TCF=349;TCR=268;TR=243;WE=88809376;WS=88809358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:382,252:0.40:634
chr16	88809434	rs9925084	A	G	6951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1059;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=60.01;MQRankSum=1.318;NF=194;NR=181;PP=2962;ReadPosRankSum=0.009;SC=CCTGCTGTGCACCAGGTCAGG;SOR=0.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1029;TCF=533;TCR=496;TR=375;WE=88809442;WS=88809424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:670,387:0.37:1057
chr16	88809480	rs9925171	A	G	6838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1040;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=181;PP=2962;ReadPosRankSum=0.508;SC=CTGTGCACCCACACCTGGCAG;SOR=0.690;SbPval=0.45;Source=Platypus;TR=371;WE=88809488;WS=88809470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:652,385:0.37:1037
chr16	88809686	rs9927855	T	C	9926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=892;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=233;NR=222;PP=2962;ReadPosRankSum=0.298;SC=AGCTCACCCTTCAGCAGGGGT;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=843;TCF=429;TCR=414;TR=455;WE=88809694;WS=88809676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:413,474:0.53:887
chr16	88809773	rs8048714	G	C	18669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;PP=2965;SC=ACCCCGGCACGTGCTGGCAGG;SOR=0.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;WE=88809781;WS=88809763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,694:1.00:694
chr16	88809893	rs9933845	GG	AC	7859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.862;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=86;PP=2944;ReadPosRankSum=1.866;SC=TGGAGCTCAGGGACAGGTAGC;SOR=0.571;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=319;TCF=163;TCR=156;TR=175;WE=88809902;WS=88809883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,199:0.57:350
chr16	88810129	rs8053135	A	G	5474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=115;PP=2965;SC=CTGACCGTGAAGCAGCCCTCA;SOR=1.286;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=72;TCR=115;TR=187;WE=88810137;WS=88810119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr16	88815647	rs112962992	C	CA	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=1.787;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,35:0.20:175
chr16	88851310	rs2911442	A	C	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=44;NR=46;PP=1384;SC=CCCACTCACCAGCCAGCAGCG;SOR=1.167;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=90;WE=88851318;WS=88851300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr16	88870099	rs865103	T	C	2830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.68;ReadPosRankSum=0.596;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,128:0.48:265
chr16	88872145	rs507329	T	C	6929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=121;NR=128;PP=2965;SC=TTTTGAGGAGTGCAATGTTGG;SOR=0.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=121;TCR=128;TR=249;WE=88872153;WS=88872135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr16	88872229	rs480727	A	G	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.077;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=40;PP=927;ReadPosRankSum=0.498;SC=CAAGGATGGCACCAGGAGGTC;SOR=0.902;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=203;TCF=105;TCR=98;TR=76;WE=88872237;WS=88872219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,84:0.38:223
chr16	88872511	rs510862	T	C	3523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-1.199;QD=7.61;ReadPosRankSum=-1.256;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,194:0.42:463
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chr16	88874778	rs15829	C	T	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.195;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=585;ReadPosRankSum=0.410;SC=TACACTTTGGCCTTCCTTTCC;SOR=0.267;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=63;TCF=8;TCR=55;TR=33;WE=88874786;WS=88874768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
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chr16	88880811	rs11076715	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=139;ReadPosRankSum=-1.190;SC=CAGGGCCAACCGGAGATTCTA;SOR=0.998;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=11;WE=88880819;WS=88880801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr16	88880965	rs11076716	C	G	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=380;ReadPosRankSum=0.371;SC=AAAGAACATGCAGTTATTCAA;SOR=0.818;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=28;WE=88880973;WS=88880955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr16	88884466	rs2303271	C	T	4488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FS=1.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=-1.918;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,230:0.49:473
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chr16	88901850	rs11076721	T	A	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.989;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=472;ReadPosRankSum=0.065;SC=TTCACGGAGTTCATTAAATCA;SOR=0.551;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=31;WE=88901858;WS=88901840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr16	88902183	rs1064315	G	A	2697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=65;PP=1636;ReadPosRankSum=-0.168;SC=AGACGGGTGCGTGCGTGGCGT;SOR=0.789;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=231;TCF=109;TCR=122;TR=116;WE=88902191;WS=88902173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,130:0.50:260
chr16	88902276	rs12934499	C	T	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=3.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.661;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,80:0.49:164
chr16	88902518	rs2269333	A	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.098;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr16	88902780	rs12444543	A	G	2041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.220;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=50;PP=1335;ReadPosRankSum=-1.402;SC=AAAGAAGGCTAGGGCTGGGCG;SOR=0.455;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=183;TCF=82;TCR=101;TR=96;WE=88902788;WS=88902770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,98:0.52:188
chr16	88902820	rs11076722	T	C	2078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.99;ReadPosRankSum=1.728;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,56:0.54:104
chr16	88902823	rs11076723	G	T	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.90;ReadPosRankSum=2.160;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,53:0.54:98
chr16	88907283	rs8054994	G	T	1912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=26;PP=1329;ReadPosRankSum=-1.734;SC=AGAATCAGCTGCCGTTTCCCA;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=126;TCR=54;TR=85;WE=88907291;WS=88907273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,87:0.47:187
chr16	88909028	rs71395332	C	T	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.636;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=3;PP=602;ReadPosRankSum=0.433;SC=TTGATGCAGCCGCCCAGAGTC;SOR=1.785;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=84;TCF=71;TCR=13;TR=34;WE=88909036;WS=88909018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,38:0.40:94
chr16	88921748	rs147521990	AAAG	A	3713.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.487;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.146;NF=11;NR=45;PP=2275;ReadPosRankSum=1.664;SC=TACACAATGAAAAGAAGAAAT;SOR=0.656;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=135;TCF=23;TCR=112;TR=56;WE=88921758;WS=88921738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,99:0.44:227
chr16	88922989	.	A	AC	91	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=7;PP=91;QD=16.5714285714;SC=GCACGGGGATACCCCCCGTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=7;WE=88922997;WS=88922979;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,7:0.35:20
chr16	88927221	rs3826061	T	C	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=805;ReadPosRankSum=-0.003;SC=CTGGAGAAGGTCCCGAGCATC;SOR=0.571;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=64;TCR=34;TR=49;WE=88927229;WS=88927211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,54:0.49:110
chr16	88931363	rs141563331	A	AGGGAG	565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.585;QD=6.66;ReadPosRankSum=-1.358;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,20:0.24:85
chr16	88931914	rs889753	T	C	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=14;PP=765;ReadPosRankSum=1.216;SC=CGCCAGACCCTCTGGTAGAGA;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=49;WE=88931922;WS=88931904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,55:0.51:108
chr16	88946955	rs564705	A	G	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.594;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=529;ReadPosRankSum=2.283;SC=GTCCTGCCCTAAGTGTGAACC;SOR=0.330;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=55;TCR=18;TR=35;WE=88946963;WS=88946945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr16	88948971	.	GGCATGGCTGTGGGCGTGGCTGTGTGT	G	549.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=3.544;NF=5;NR=2;PP=1301;ReadPosRankSum=-0.712;SC=GCTGTGTGTGGGCATGGCTGT;SOR=0.651;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=7;WE=88949004;WS=88948961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr16	88958282	rs3743541	C	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=7.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.775;SOR=2.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr16	89160158	rs76688594	G	C	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=78;SC=CCGCCACGACGGGACGGGCGG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=89160166;WS=89160157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	89160452	rs9938075	A	G	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	89178457	.	G	GTGCCTGCTCATCTTCCCACCGAGTGCTTCCTTTCCTCCGCCGCCGTGGGTCTC	1074.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=11.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.22;ReadPosRankSum=-1.538;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,11:0.19:59
chr16	89178773	rs4782449	A	G	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.74;ReadPosRankSum=-1.981;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr16	89180664	rs9940965	C	G	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=28;PP=1138;ReadPosRankSum=-0.567;SC=CAAGGGCCGCCTCCTGAGGGG;SOR=0.667;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=99;TCR=49;TR=85;WE=89180672;WS=89180654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,91:0.58:157
chr16	89199651	rs12447947	G	A	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
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chr16	89258037	rs34314447	C	G	12981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr16	89267769	rs34679577	GC	G	1094.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;QD=33.17;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	89287613	rs10586525	CAG	C	2797.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=35;PP=1663;SC=TCCTGATACACAGTGTGTGTA;SOR=1.539;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=36;WE=89287622;WS=89287603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	89288418	rs9931258	A	G	2952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=29;PP=1686;SC=TCCTGCTAGGATGGAATGACT;SOR=1.232;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=65;TCR=30;TR=94;WE=89288426;WS=89288408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr16	89291210	rs113560259	G	GGTGA	3976.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=36;PP=1590;SC=AGTTCTCCAAGGTAAGTGTGA;SOR=1.508;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=38;WE=89291218;WS=89291199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	89291309	rs28533907	A	T	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=92;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=383;SC=GTGTCAAGTTAAGCGGCTGTG;SOR=1.781;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=89291317;WS=89291299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	89291945	rs11464538	A	AT	3973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=48;PP=1131;ReadPosRankSum=-1.347;SC=TTTTTAGGTCATTCTTCTTTC;SOR=0.638;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=83;WE=89291959;WS=89291935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,184:0.96:192
chr16	89291948	rs12926996	C	T	8995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.90;SOR=1.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr16	89291951	rs12926997	C	T	9114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.61;SOR=1.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr16	89293271	rs28417933	A	C	14769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=264;NR=246;PP=2965;SC=ACCTTGTTCAAAATTGGAGAG;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=510;TCF=264;TCR=246;TR=510;WE=89293279;WS=89293261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,544:1.00:544
chr16	89293614	rs4785626	A	G	7689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=137;NR=128;PP=2965;SC=ACCCTGGGGAAAAGCCCTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=137;TCR=129;TR=265;WE=89293622;WS=89293604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr16	89294381	rs28415940	T	C	12778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=223;NR=218;PP=2965;ReadPosRankSum=1.462;SC=AAGCCCTTTATATGTACGGTA;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=445;TCF=224;TCR=221;TR=441;WE=89294389;WS=89294371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,469:1.00:471
chr16	89294439	rs9921361	G	T	11164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=191;NR=205;PP=2965;SC=AGCACATTCAGATTCACACTG;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=396;TCF=191;TCR=205;TR=396;WE=89294447;WS=89294429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr16	89294511	rs28638280	C	T	10520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=180;NR=187;PP=2965;SC=CGAGCCTAACCGAGCACATAC;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=367;TCF=180;TCR=187;TR=367;WE=89294519;WS=89294501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr16	89294697	rs60437616	C	T	8136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=142;NR=134;PP=2965;SC=GAAGGACTCACACAGGAGAGA;SOR=0.780;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=278;TCF=142;TCR=136;TR=276;WE=89294705;WS=89294687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr16	89299054	rs71158785	T	TA	1918.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=3.808;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.02;MQRankSum=1.133;QD=16.54;ReadPosRankSum=0.376;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,105:0.91:116
chr16	89299200	rs61078268	C	A	44980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1061;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=42.60;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1056:1.00:1056
chr16	89299227	rs62068537	C	T	48533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.38;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1202:1.00:1202
chr16	89299280	rs62068538	T	A	30754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=-0.073;NF=547;NR=567;PP=2965;ReadPosRankSum=2.221;SC=CAACTCGCACTGCGTATGCAA;SOR=0.107;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=1124;TCF=548;TCR=576;TR=1114;WE=89299288;WS=89299270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1154:1.00:1156
chr16	89299888	.	T	TCG	11541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DP=455;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.21;MQRankSum=-0.234;QD=28.43;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,405:1.00:406
chr16	89299890	.	A	ACTGCGTGTGCAACTCAACTCG	25884.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=498;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.28;QD=52.19;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,496:1.00:496
chr16	89299899	rs34175485	A	G	27060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=713;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.46;MQRankSum=-0.298;QD=38.22;ReadPosRankSum=1.922;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,706:1.00:708
chr16	89300015	rs62068548	A	G	29377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1135:1.00:1135
chr16	89300147	rs62068549	A	G	30576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1367;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.80;MQRankSum=-0.173;QD=22.48;ReadPosRankSum=15.793;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:121,1239:0.91:1360
chr16	89345122	rs3102367	G	A	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=29;PP=1316;SC=GGAGACACAGGGGGTGGCTCT;SOR=0.897;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=71;WE=89345130;WS=89345112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	89345408	rs3096305	G	A	10784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=195;NR=182;PP=2965;SC=CGGGCTGGAGGAAGCCGTGAC;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=377;TCF=195;TCR=182;TR=377;WE=89345416;WS=89345398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr16	89350038	rs2279348	G	A	23331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=886;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=406;NR=440;PP=2965;SC=CTCCCGGTGCGCCTCCTCGGG;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=849;TCF=406;TCR=443;TR=846;WE=89350046;WS=89350028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,884:1.00:884
chr16	89350178	rs2279349	G	A	10758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=174;NR=179;PP=2965;SC=TATGCTTTTCGGTCTGCTCTT;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=353;TCF=174;TCR=179;TR=353;WE=89350186;WS=89350168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
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chr16	89371839	rs2277908	G	A	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=92;PP=2479;SC=CAGGAGAAGCGCATCTCTTAT;SOR=1.577;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=45;TCR=92;TR=137;WE=89371847;WS=89371817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
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chr16	89576879	.	G	GT	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,22:0.29:76
chr16	89592690	rs3935626	G	A	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=3;PP=1331;SC=AGGGTTGCTCGTCTGTCCCTG;SOR=5.058;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=48;TCR=3;TR=51;WE=89592698;WS=89592680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	89612260	rs34306835	A	AT	1123.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=9;PP=604;SC=TTTCTTTTTAATTTTTCTTTC;SOR=0.941;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=18;WE=89612268;WS=89612250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	89612979	rs35936864	AC	A	799.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=20.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=1.805;SOR=0.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,51:0.70:73
chr16	89613037	rs462464	G	A	6238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=1.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr16	89613123	rs2292954	A	G	10567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=169;NR=190;PP=2965;SC=CCAGTCCAGCACCTTTTACTC;SOR=0.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=360;TCF=170;TCR=190;TR=359;WE=89613131;WS=89613113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr16	89613233	rs461405	A	C	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=52;PP=1718;SC=CACCTGCGCAAACAGCATCGA;SOR=1.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=85;WE=89613241;WS=89613223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	89615453	rs4325552	A	C	3483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=43;PP=2010;SC=CTGCTGTGCCAGACACTGCAA;SOR=1.241;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=77;TCR=43;TR=120;WE=89615461;WS=89615443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr16	89615765	rs2019604	T	G	8002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=160;PP=2965;SC=CAGGGGAGATTTAATGCAAAC;SOR=1.238;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=272;TCF=111;TCR=161;TR=271;WE=89615773;WS=89615755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr16	89616790	rs66845605	G	A	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=11;PP=1427;SC=CATATTGGTCGGGCTGGTCTC;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=62;WE=89616798;WS=89616780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	89617064	rs3794632	G	C	4608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=108;PP=2965;SC=CCAAAGGTGGGTGGGGAGTCC;SOR=2.043;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=148;TCF=37;TCR=111;TR=145;WE=89617072;WS=89617054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr16	89620148	rs730264	A	G	6081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=134;NR=78;PP=2965;SC=GGGGCCCAGCACTGCTCTGCG;SOR=1.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=134;TCR=78;TR=212;WE=89620156;WS=89620138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr16	89620328	rs12960	G	A	4341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=84;PP=2588;SC=GGCATCGGGCGGCGCCCCTTC;SOR=1.369;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=53;TCR=84;TR=137;WE=89620336;WS=89620318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr16	89627460	rs2280370	T	G	4392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=25.69;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr16	89627671	rs174035	C	T	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=9;PP=847;SC=GCCGCATCGCCCCGCGCCCCG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=89627679;WS=89627670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	89628870	rs885268	C	G	8298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr16	89629218	rs258327	A	G	2991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=44;PP=1814;SC=GAGGTCCTCCAGGTTCTCCTG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=69;TCR=44;TR=113;WE=89629226;WS=89629208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	89645437	rs369230	G	T	3738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=80;PP=2385;SC=GGTGGCTCACGCCTGTAATCG;SOR=1.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=46;TCR=80;TR=126;WE=89645445;WS=89645427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr16	89649675	rs455868	G	A	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=3;PP=810;SC=AGGGTCCGGGGCCGTTTGAGC;SOR=3.365;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=34;WE=89649683;WS=89649665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	89650371	rs408800	T	G	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=29;PP=1394;SC=CTGGGGCCTCTGGTCCCCCAC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=80;WE=89650379;WS=89650361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	89652210	rs111488481	A	AG	1322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.586;NF=5;NR=18;PP=1061;ReadPosRankSum=1.579;SC=AGGACGGGGTAGGGGGTCCTC;SOR=0.779;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=23;WE=89652218;WS=89652200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,52:0.55:94
chr16	89653032	rs452176	G	A	5157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=112;NR=79;PP=2965;SC=CCTGGTAGGTGTTCAGAGCCA;SOR=0.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=113;TCR=79;TR=191;WE=89653040;WS=89653022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr16	89653563	rs9924678	G	T	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.40;QD=20.92;SOR=6.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	89653580	.	C	T	473	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MMLQ=27;MQ=49.86;NF=0;NR=17;PP=473;QD=29.8688948557;SC=CCCCTCAGTCCGTGGCCCCGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=17;WE=89653588;WS=89653570;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr16	89653611	.	T	C	377	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=85;MMLQ=23;MQ=46.04;NF=0;NR=13;PP=377;QD=31.6747086575;SC=CCCCTCAGTCTGTGGCCCCGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=13;WE=89653619;WS=89653601;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,13:0.50:26
chr16	89653999	rs140664874	TTGAG	T	9876.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=97;PP=2947;SC=GAGTGAGCGTTTGAGTGAACC;SOR=0.817;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=123;TCF=17;TCR=106;TR=114;WE=89654010;WS=89653989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr16	89654123	rs76691791	A	G	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=0.909;QD=22.23;ReadPosRankSum=-0.734;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr16	89654124	rs79838180	G	T	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=0.878;QD=22.68;ReadPosRankSum=-0.560;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr16	89654130	rs71374184	C	G	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=0.161;QD=19.91;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr16	89656163	rs397564	A	G	2955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=26;PP=1962;SC=TCGGTTCCCCACCTCTGGCAG;SOR=1.991;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=82;TCR=26;TR=107;WE=89656171;WS=89656153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr16	89656251	rs464349	T	C	9626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr16	89657270	rs466141	C	T	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-5.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.493;HP=7;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=1;PP=452;ReadPosRankSum=0.066;SC=CTTTAGTAGGCGGGGGACATG;SOR=0.145;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=89;TCF=78;TCR=11;TR=32;WE=89657278;WS=89657260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,34:0.45:76
chr16	89662422	rs461227	A	G	4434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=108;PP=2965;SC=TCTACCAGGCAAGACACACAT;SOR=2.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=31;TCR=108;TR=139;WE=89662430;WS=89662412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr16	89662990	rs694285	T	C	5492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=117;PP=2928;ReadPosRankSum=-1.031;SC=GAAGCCTGGGTGTCCCTGCCG;SOR=1.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=86;TCR=117;TR=202;WE=89662998;WS=89662980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,215:0.99:217
chr16	89663072	rs659974	G	A	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=52;PP=1425;SC=GAATGGGTCCGTACAGCCTCT;SOR=1.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=79;WE=89663080;WS=89663062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	89696999	rs395593	C	T	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.10;QD=27.05;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	89703424	rs445537	A	G	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=40;PP=1717;SC=GCATCTCCTCACGTGGGACCT;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=88;WE=89703432;WS=89703414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr16	89703519	rs461115	C	T	3998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=95;NR=38;PP=2906;SC=CTTCCAGCCACGAAGGATGAT;SOR=1.897;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=137;TCF=99;TCR=38;TR=133;WE=89703527;WS=89703509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	89712889	rs460879	C	T	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=24;PP=1636;SC=TCCCACAGCACCAGAGCGTGG;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=63;TCR=24;TR=87;WE=89712897;WS=89712879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	89713174	rs460984	C	T	22865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=844;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=402;NR=410;PP=2965;SC=CCCATGGGGCCCCACTCAGCT;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=812;TCF=402;TCR=410;TR=812;WE=89713182;WS=89713164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,842:1.00:842
chr16	89717781	rs141950187	AAAAC	A	1873.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=5;PP=1268;SC=TCCGTCTCAAAAAACAAACAA;SOR=2.935;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=26;WE=89717792;WS=89717778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	89720409	rs258338	T	A	6130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=107;PP=2965;SC=ACTCACTAGGTTCCTTCTAGA;SOR=1.035;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=88;TCR=107;TR=195;WE=89720417;WS=89720399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr16	89724572	rs154664	T	C	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=9;PP=721;SC=TTATTCTGGATCCACGCAGGC;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=89724580;WS=89724562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	89751857	.	CCGCAGTGGGCGGTGGTTTGGGCCCGACCGAGCTGGTCT	C	3338.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=46;PP=2592;SC=CGAGCTGGTCCCGCAGTGGGC;SOR=1.208;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=21;TCR=62;TR=61;WE=89751902;WS=89751847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	89753031	rs397891	G	C	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=12;PP=1016;SC=GCTAAGGAGAGGAAGCCCGGG;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=89753039;WS=89753021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	89753971	rs258325	T	C	6848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr16	89754255	rs258324	T	G	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=64;PP=1851;ReadPosRankSum=-0.839;SC=GGAAAGGGAGTTTGAGACTAG;SOR=0.612;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=34;TCR=65;TR=98;WE=89754263;WS=89754245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr16	89758973	rs187282	A	G	5581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=101;PP=2965;SC=GCTGAGGCCTAACTCTGCTGC;SOR=0.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=91;TCR=102;TR=192;WE=89758981;WS=89758963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr16	89760492	rs465507	C	G	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=24;PP=1947;SC=TTCCAGGCCACCACAGGCTCT;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=62;TCR=24;TR=86;WE=89760500;WS=89760482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	89760552	rs460057	T	C	5845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=126;NR=83;PP=2965;SC=AGGAGCCGGCTGTATTGAGGT;SOR=1.028;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=209;TCF=126;TCR=83;TR=209;WE=89760560;WS=89760542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr16	89760959	rs56380063	C	G	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.209;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=25;PP=1264;ReadPosRankSum=-0.721;SC=CCTGACCCAGCGTGCCTCACA;SOR=0.508;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=133;TCF=93;TCR=40;TR=78;WE=89760967;WS=89760949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,86:0.59:146
chr16	89761214	.	ACCCGCAGCCCCCGCCCGTGCCCACGCCCTCTGCG	A	2089.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.49;SOR=2.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	89763045	rs460367	C	T	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=88;NR=49;PP=2424;SC=GCCGCCTGGGCGGGCTGTCCA;SOR=1.381;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=88;TCR=49;TR=137;WE=89763053;WS=89763035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr16	89763263	rs462769	T	C	7566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=120;NR=135;PP=2965;SC=GCAGATTGGCTCCAGCAGAGC;SOR=0.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=120;TCR=135;TR=255;WE=89763271;WS=89763253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr16	89774411	rs11860230	T	C	7669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=134;PP=2965;SC=AACAGAAGGATACCCCCGGCC;SOR=0.901;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=126;TCR=134;TR=260;WE=89774419;WS=89774401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr16	89775429	rs143353176	C	CCCCG	1646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=28;PP=1460;SC=ACCCCTTATACCCCGCCCACC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=28;WE=89775437;WS=89775419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	89778202	rs376041423	G	GCC	1897.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.29;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	89778219	rs28588261	A	T	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.07;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	89778224	rs7206836	G	C	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.75;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	89782989	rs7206570	A	G	3809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	89783187	rs4785706	C	T	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	89784521	rs10468304	T	A	49710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=1959;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=786;NR=1087;PP=2965;SC=CTGTGATCCTTTGTGCAGCGG;SOR=1.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1887;TCF=794;TCR=1093;TR=1873;WE=89784529;WS=89784511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1945:1.00:1945
chr16	89787040	rs4785589	C	T	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=6;PP=819;SC=CCGGGAACCGCGGCCCGGGAT;SOR=2.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=38;WE=89787048;WS=89787031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	89790167	rs4785590	G	C	5187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=106;PP=2780;SC=GCTCCTCAGTGGGGCAGGGTT;SOR=1.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=86;TCR=106;TR=192;WE=89790175;WS=89790157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr16	89793555	rs2099105	T	C	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=13;PP=916;SC=GATGGGGCCATGGTGGGGAGA;SOR=1.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=53;WE=89793563;WS=89793545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	89795485	rs7204478	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=150;ReadPosRankSum=-0.800;SC=TGTTCGGAAACGGGATTGGAA;SOR=0.813;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=11;WE=89795493;WS=89795475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr16	89800529	rs9935559	C	T	10619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr16	89836507	rs7200990	T	C	11632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=59.96;NF=197;NR=204;PP=2965;SC=TGAAGACGAATTGAGAAGTAG;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=401;TCF=197;TCR=204;TR=401;WE=89836515;WS=89836497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr16	89973777	rs143440936	CTCCCAGT	C	3294.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=1.300;NF=4;NR=63;PP=2971;ReadPosRankSum=0.694;SC=CACCTCCCTCCTCCCAGTTCC;SOR=1.000;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=5;TCR=79;TR=67;WE=89973804;WS=89973767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,84:0.97:87
chr16	89973796	rs111916961	A	G	2800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=1.352;NF=21;NR=51;PP=1829;ReadPosRankSum=1.163;SC=CCCAGCTCCCAGCTCCCACCT;SOR=0.768;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=83;TCF=26;TCR=57;TR=72;WE=89973804;WS=89973767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,61:0.94:65
chr16	89973811	.	GC	G	1453.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=8.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.84;MQRankSum=1.143;QD=38.26;ReadPosRankSum=0.075;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chr16	89973813	.	TCCAACCTTCCAGC	T	1243.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=8.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.84;MQRankSum=1.143;QD=32.73;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chr16	89985844	rs1805005	G	T	21480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=826;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=422;NR=360;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.316;SC=CGCGCTGGTGGTGGCCACCAT;SOR=0.139;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=786;TCF=426;TCR=360;TR=782;WE=89985852;WS=89985834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,822:1.00:824
chr16	90000925	rs4396536	T	C	6104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr16	90015247	.	TCGGGGCCGGCGGGGACGGGGCCGGCGGGGACGGGGCCGGCGGGGA	T	210.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.02;QD=26.34;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	90037828	rs4785755	G	A	12283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=247;NR=201;PP=2965;SC=CAGCATTTCTGTGTACATGTC;SOR=0.861;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=450;TCF=248;TCR=202;TR=448;WE=90037836;WS=90037818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr16	90050880	rs4785759	A	C	4938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=56;PP=2965;SC=GCCCCTGTTTACTGTTGAATA;SOR=1.217;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=109;TCR=56;TR=165;WE=90050888;WS=90050870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr16	90075100	rs11642185	C	G	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.21;QD=39.21;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	90075412	rs2241084	T	C	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=12;PP=243;SC=GGAGAGAGTGTGCTGTGTCCT;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=90075420;WS=90075402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	90102835	rs868045	A	G	8011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=180;NR=74;PP=2965;SC=TGAGGGACGAACTCGACTTGC;SOR=1.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=180;TCR=75;TR=254;WE=90102843;WS=90102825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr16	90103087	rs4464078	C	T	9010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=188;PP=2965;ReadPosRankSum=1.758;SC=AGCTCTCCACCCCAACACACC;SOR=0.652;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=290;TCF=101;TCR=189;TR=289;WE=90103095;WS=90103077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,319:1.00:320
chr16	90103117	rs7498985	G	A	6382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=143;PP=2965;SC=TTATAAGATTGTTTGACAATG;SOR=1.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=61;TCR=143;TR=204;WE=90103125;WS=90103107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr16	90103246	rs4374173	C	G	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=20;PP=644;SC=GAAGTGTGTTCTGGTTTGTAA;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=90103254;WS=90103236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	90108832	rs2241035	C	T	14912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=273;NR=272;PP=2965;SC=CCCGTTGCCTCGGCCAAAAGA;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=547;TCF=274;TCR=273;TR=545;WE=90108840;WS=90108822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr16	90109711	rs3743825	A	G	6540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=97;NR=120;PP=2965;SC=TCGGACAGACACTGGGCCAGG;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=97;TCR=120;TR=217;WE=90109719;WS=90109701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr16	90128224	rs2077426	C	G	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=38;PP=2009;SC=CAGAGCTAACCATGTTATCCC;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=72;TCR=38;TR=110;WE=90128232;WS=90128214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	90133137	rs16966444	G	T	7394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=166;NR=82;PP=2965;SC=AATGATGATGGCAGACACTGC;SOR=1.523;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=166;TCR=82;TR=248;WE=90133145;WS=90133127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr16	90141355	rs12925933	A	C	8671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=166;NR=146;PP=2965;SC=CTTCATCGGAATCTTCTGTGT;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=312;TCF=166;TCR=146;TR=312;WE=90141363;WS=90141345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr16	90141477	rs7196459	T	G	4627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=93;PP=2947;SC=AGAGCTGGGATGAGGAACAAA;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=63;TCR=94;TR=156;WE=90141485;WS=90141467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr16	90142087	rs35256427	G	A	12846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=59.96;NF=278;NR=178;PP=2965;SC=CAGAGCAGTCGCTGATGCTAG;SOR=1.252;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=457;TCF=279;TCR=178;TR=456;WE=90142095;WS=90142077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr16	90161065	rs8051193	A	T	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=30;PP=1402;SC=GCGGGCGAGGACTGGGGTGCG;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=68;WE=90161073;WS=90161055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	90161164	rs8049480	G	A	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.67;QD=44.08;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	90161167	.	CT	TG	2568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.47;QD=45.07;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	90161292	rs6500468	G	C	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=29;PP=980;SC=TGGCTATTGCGTTTCCTGAGA;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=90161300;WS=90161282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	6115	rs61739713	G	C	6727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=118;NR=120;PP=2965;SC=TGTACTTGAGGGAGATGAGGA;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=119;TCR=121;TR=238;WE=6123;WS=6105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr17	6157	rs2294076	A	G	4322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=84;PP=2666;SC=ACTTGTCTTCAGTCTTGTCCA;SOR=1.077;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=66;TCR=85;TR=150;WE=6165;WS=6147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	11743	rs34663111	A	G	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=7;NR=3;PP=123;SC=CAAGCCCCCAAGCTGGAGTTG;SOR=1.402;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=10;WE=11751;WS=11733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	11830	rs62054999	A	G	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.74;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	13905	rs6565705	G	A	3500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=69;NR=55;PP=1947;SC=GGGCAGGCCTGGGTGGAACCC;SOR=0.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=69;TCR=55;TR=124;WE=13913;WS=13895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	14008	rs2294075	G	C	3991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=62;PP=2094;SC=GGGCAGAGAAGAGCAAACGGT;SOR=0.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=66;TCR=62;TR=128;WE=14016;WS=13998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr17	22211	rs2294074	G	A	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=4;PP=471;SC=CCCACACAGCGCAGACATCCA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=22219;WS=22201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	31208	rs147645420	G	A	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.48;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	63683	rs117190076	G	A	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	65632	rs7207457	C	T	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=2;NR=4;PP=76;SC=GATCTCAAACCGAGACGGGGT;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=65640;WS=65622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	131516	rs12942829	C	A	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=177;SC=GAGGGCATATCCAGCCCACTC;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=131524;WS=131506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	181474	rs12953074	T	C	11503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.59;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr17	181479	rs12947988	C	A	11676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr17	295585	.	T	TA	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=-0.969;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,14:0.22:63
chr17	423051	rs2034088	T	C	3903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr17	435896	rs11650424	C	T	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=2;PP=744;SC=AGTAGGCGTTCAAACAAAATT;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=435904;WS=435887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	436221	rs2304947	G	C	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=40;PP=1176;SC=AAACTTTAAGGTTCCACGTAT;SOR=2.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=50;WE=436229;WS=436211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	440108	rs11653961	A	C	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=1;PP=618;SC=GTGTGTGGGGAGGTGTCGGTA;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=440116;WS=440106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	455383	rs12450578	C	G	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=25;PP=820;SC=CTCACCCAGTCAGGATATAGA;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=455391;WS=455373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	463843	rs741677	A	G	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	465775	rs2075443	G	A	3374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	505162	rs4968055	A	G	3772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	505250	rs4968092	A	G	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=22;PP=670;SC=GCTATCTGATAAAGAAGAACT;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=505258;WS=505240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	530339	rs16954064	T	C	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=45;NR=23;PP=1057;SC=CAGGACAACATGGAACCATTA;SOR=1.164;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=68;WE=530347;WS=530329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	600735	rs4968100	A	G	4934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=71;NR=93;PP=2863;SC=CTAGCAAAACAGTTCAAGGAT;SOR=1.102;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=71;TCR=93;TR=164;WE=600743;WS=600725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	618039	rs2474694	G	A	4210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=86;PP=2644;SC=ACTCCCTCGCGGCAGCGACCT;SOR=1.463;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=51;TCR=86;TR=137;WE=618047;WS=618029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	618100	rs2955626	C	G	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=40;PP=1229;SC=GCACTTCCGGCAGGCCAGGGC;SOR=2.235;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=53;WE=618108;WS=618090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	636266	rs141977343	A	AGGGCC	2076.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=1436;ReadPosRankSum=-0.224;SC=GTCAGGCCGAAGGGCCGGGCC;SOR=1.578;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=57;WE=636277;WS=636256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,75:0.97:77
chr17	636320	rs111405529	T	TCTC	7104.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=45;PP=2091;SC=CGCGCGCTGTTCTCTCCGCCC;SOR=1.085;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=77;WE=636330;WS=636308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	648186	rs7813	G	A	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=21;PP=1116;SC=TTTAAGAAGCGCTGCTCGTGT;SOR=1.134;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=66;WE=648194;WS=648176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	648498	rs2740349	C	T	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	649232	rs3744741	C	T	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=29;PP=1188;SC=GTATTCCTCTCGGCACGCGTT;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=62;WE=649240;WS=649222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	649547	rs910925	G	C	5850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=73;PP=2965;SC=GAGAATCTGGGCCAGGAACTT;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=111;TCR=73;TR=184;WE=649555;WS=649537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr17	649935	rs2740348	G	C	9101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=160;NR=155;PP=2965;SC=AAGTCTGGCTGTCGGAAGAGG;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=315;TCF=160;TCR=155;TR=315;WE=649943;WS=649925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr17	673895	rs2644706	C	G	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	685640	rs2273454	G	T	7298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=126;NR=117;PP=2965;SC=GGTGAGACCCGCGAGGTTTGT;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=126;TCR=117;TR=243;WE=685648;WS=685630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr17	686296	rs34512506	GT	G	217.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=197;ReadPosRankSum=-0.475;SC=ATAGTTACCTGTTTTTTTTTT;SOR=1.739;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=15;WE=686304;WS=686286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr17	686589	rs35144249	C	CT	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.678;QD=9.70;ReadPosRankSum=1.785;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr17	686643	rs12945945	C	G	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=16;PP=491;SC=ATGGCGCGATCTCGGCCCACT;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=686651;WS=686633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	704480	rs570710	C	A	185.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=185;SC=CCTGAAGAGCCGGCGTTTCCC;SOR=2.833;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=9;WE=704488;WS=704470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	706812	.	A	G	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=19;PP=1043;SC=TCAGAAGCACAGGCAGCCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=61;WE=706820;WS=706802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	706862	rs598974	G	C	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=44;PP=1814;SC=GCCAGGATCAGTCCTGTGCCA;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=63;TCR=45;TR=107;WE=706870;WS=706852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	725433	rs503779	C	T	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=6;PP=414;SC=GCAGGAGAATCGCTTGAACCC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=725441;WS=725423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	799933	rs2467248	A	G	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=10;PP=1286;SC=CCCCGGCCCAAGGAAGTTTTT;SOR=2.419;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=57;WE=799941;WS=799923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	800050	rs7207312	C	G	5353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=89;NR=93;PP=2965;SC=GACACTTGAACCTCTGCAGAT;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=184;TCF=90;TCR=94;TR=182;WE=800058;WS=800040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr17	910636	rs2586304	A	G	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=382;ReadPosRankSum=-0.705;SC=CGCTGTGGGAACTCCTGAAGG;SOR=1.044;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=19;WE=910644;WS=910626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr17	912914	rs12600864	G	A	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	915368	rs333652	A	G	8068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=133;NR=138;PP=2965;SC=AGGGCAGAGAAAGAGGCCACC;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=272;TCF=134;TCR=138;TR=271;WE=915376;WS=915358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr17	934753	rs201716920	TCAGCCCCCG	T	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.61;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	960221	rs2304959	C	G	5331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr17	961149	rs9912632	T	A	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=5;PP=526;SC=CGCTTAGAAATACAAAAGGCC;SOR=2.165;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=961157;WS=961139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	961304	rs2260448	C	A	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	961900	rs2304961	G	A	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=412;SC=TTTCCGGTTCGTACAGGTCAG;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=961908;WS=961890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	970251	rs2258097	TG	CA	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=4;PP=442;SC=TACAACTTCCTGCCTCCACCT;SOR=1.863;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=29;WE=970260;WS=970241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	970413	rs2262150	C	T	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.68;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	976711	rs2258893	T	C	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=23;PP=945;SC=CCTGGCGGCATGGATACCGCG;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=67;WE=976719;WS=976701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	986742	rs2257468	A	G	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	1083083	rs62070499	A	G	2174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.24;SOR=1.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	1183354	rs6502774	T	C	7889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=156;NR=108;PP=2965;SC=TCCGCCGCATTCCTGGACCTG;SOR=1.050;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=264;TCF=156;TCR=108;TR=264;WE=1183362;WS=1183344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr17	1183464	rs6502776	A	G	11039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=219;NR=165;PP=2965;SC=GGAGCAGAACAGCCAGGGCCT;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=385;TCF=220;TCR=165;TR=384;WE=1183472;WS=1183454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr17	1326754	.	G	GA	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=4.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=3.898;QD=0.52;ReadPosRankSum=-0.182;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,25:0.19:133
chr17	1371376	rs45598333	C	T	6926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=128;PP=2965;SC=GGGAGCGAGGCTTGTAGCCCT;SOR=1.016;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=106;TCR=128;TR=233;WE=1371384;WS=1371366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr17	1371818	rs8080389	C	T	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	1373612	rs8081370	C	T	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.69;SOR=2.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	1377878	rs2286871	T	C	4238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.09;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	1377884	rs2286872	C	T	4369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.27;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	1381005	rs2286876	T	C	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=29;PP=873;SC=TCACAGGGAGTCTCCACAGAG;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=1381013;WS=1380995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	1384066	rs4790518	A	G	9898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=177;NR=159;PP=2965;SC=TCTCCTCCTCACCCCCCTCCA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=337;TCF=177;TCR=160;TR=336;WE=1384074;WS=1384056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr17	1386094	.	G	GCACTGA	1544	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=27;MQ=58.29;NF=15;NR=0;PP=1544;QD=109.211133354;SC=TCCCACACTGGGCTTCTCTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=15;WE=1386103;WS=1386084;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,15:0.71:21
chr17	1386095	.	G	C	1418	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=23;MQ=58.52;NF=22;NR=1;PP=1418;QD=63.1639657629;SC=CCCACACTGGGCTTCTCTCCC;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=23;WE=1386103;WS=1386084;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:23,23:0.50:46
chr17	1412455	rs5818804	GC	G	1145.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=7;PP=666;SC=GGAACGGTCTGCCAGACCCAG;SOR=1.547;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=1412463;WS=1412445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	1419853	rs3815465	C	A	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=490;SC=CAGCGGGTCCCGGCCAGAGCA;SOR=1.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=1419861;WS=1419843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	1424948	rs2277669	A	G	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	1480088	rs7222193	G	A	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=30;PP=847;SC=TGGTGACCCCGGGCTGCACCG;SOR=2.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=1480096;WS=1480078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	1489076	rs72820319	G	A	4127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	1489088	rs4790208	C	G	4868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=57;PP=2831;SC=GCTCCGGGAGCAGCTGGAGTG;SOR=1.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=96;TCR=57;TR=152;WE=1489096;WS=1489066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	1490383	.	T	TGCGTTTCCCGCACC	1355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=10;PP=2957;SC=TTTCCCACACTGCGTTTCCCG;SOR=1.609;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=11;WE=1490391;WS=1490373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	1490409	rs8078582	T	C	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=286;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=256;SC=CATTTCCCACTAAGCGTGACT;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=1490417;WS=1490399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	1494027	rs4790668	T	C	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.11;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	1495028	rs55748456	AG	GA	131	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.56;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr17	1516265	.	CA	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.032;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr17	1516267	rs7214201	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=-0.481;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr17	1516268	rs74326604	A	G	58.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=-1.461;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr17	1516480	rs7219369	T	C	3023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	1538546	rs4790250	C	T	4573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=73;PP=2402;SC=ACTGTCCGGCCACCAAGTGGG;SOR=0.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=81;TCR=73;TR=154;WE=1538554;WS=1538536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	1538628	rs3744644	C	G	4731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=89;NR=66;PP=2537;SC=CTTCTGCTTCCTCTGGGCCTG;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=89;TCR=66;TR=155;WE=1538636;WS=1538618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr17	1542153	rs2272012	G	A	4276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=69;PP=2478;SC=AGCAGGCAAGGCCCAGGAAGA;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=79;TCR=69;TR=148;WE=1542161;WS=1542143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	1542190	rs2272011	G	A	4565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=72;PP=2526;SC=AAGGCTGCCCGCGATGAGGGC;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=88;TCR=73;TR=159;WE=1542198;WS=1542180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr17	1550106	rs2293067	C	T	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=24;PP=1017;SC=AGCAGGGTGACGGGCAGAGAA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=44;WE=1550114;WS=1550096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	1611433	rs4790809	A	G	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=43;PP=1304;SC=GCAAGCAGGCAGAGTTCAGTT;SOR=1.275;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=75;WE=1611441;WS=1611423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	1611545	rs4790810	A	C	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=18;PP=539;SC=GGTCAGAGGAACCCCATGACC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=1611553;WS=1611535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	1613203	.	T	TG	403.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=7.225;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.17;ReadPosRankSum=-0.505;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr17	1630992	rs9912287	G	A	10965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=171;NR=204;PP=2965;SC=GCGCGGTGCTGAAGGACATCA;SOR=0.945;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=379;TCF=174;TCR=205;TR=375;WE=1631000;WS=1630981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr17	1631340	rs35048651	TGAG	T	5699.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=46;PP=2978;SC=CAGGGGCTGCTGAGGAGGAGG;SOR=0.859;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=80;WE=1631350;WS=1631330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr17	1636950	rs11657394	C	A	5892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.696;SC=GGCACCGGGCCCGAGTGGGAC;SOR=0.366;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=125;TCR=88;TR=211;WE=1636958;WS=1636940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,231:1.00:232
chr17	1637302	rs3809872	A	G	13130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=224;NR=224;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.013;SC=TGGCACCCCTAAGCAGCGAGG;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=451;TCF=225;TCR=226;TR=448;WE=1637310;WS=1637292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,480:1.00:482
chr17	1637458	rs8065251	G	A	6495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=134;PP=2965;SC=TTGAGGCCCCGCAGCACGTGG;SOR=1.231;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=91;TCR=135;TR=225;WE=1637466;WS=1637448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr17	1639458	rs11549259	A	G	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	1640640	rs62090051	C	G	5943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=133;NR=64;PP=2965;SC=CCTGCTGAGGCTCTCCTCTCC;SOR=1.533;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=134;TCR=64;TR=197;WE=1640648;WS=1640630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr17	1640793	rs8077638	C	T	15071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=278;NR=268;PP=2965;SC=TGTACGGCAGCGAGGTGGTCA;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=549;TCF=280;TCR=269;TR=546;WE=1640801;WS=1640783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,580:1.00:580
chr17	1641035	rs2287322	A	G	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=23;PP=683;SC=GCGCGTGTCCACTCACCCTGT;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=1641043;WS=1641025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	1648502	rs2070863	C	T	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	1649238	rs35388948	TG	T	6444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=98;PP=2951;SC=CCAAGAGAGCTGGGAGGCCAG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=7;TCR=98;TR=105;WE=1649246;WS=1649228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr17	1649259	rs7503952	G	C	6570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.52;SOR=1.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	1649267	rs7501729	A	G	6330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.22;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	1651780	rs2277695	A	G	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=5;PP=1224;SC=TGGGTGGGACAGGCAACGGGC;SOR=3.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=55;TCR=5;TR=59;WE=1651788;WS=1651770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	1657899	rs1057355	G	T	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=42;PP=1269;SC=CTTTCCAACCGGCTTTGTGGC;SOR=1.320;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=74;WE=1657907;WS=1657889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	1657979	rs67887323	TG	T	77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.25;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	1674429	rs8074840	T	C	3983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	1675127	rs4274474	C	T	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=1;PP=288;SC=TGCTTGTCGTCGAGTCTCATA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=1675146;WS=1675123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	1675138	rs4274475	C	T	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=2;PP=356;SC=GAGTCTCATACGCTAACCTCT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=1675146;WS=1675123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	1675451	rs5008943	T	C	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=21;PP=634;SC=TACTCTGTAGTCCTAACTGGA;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=1675459;WS=1675441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	1678256	rs2269344	G	C	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.93;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	1679793	rs2071021	A	G	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=10;PP=796;SC=TGGGCTCTGAAGGACTAACCA;SOR=1.559;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=1679813;WS=1679783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	1679805	rs2071022	A	G	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=13;PP=821;SC=GACTAACCACATGCTTTCTCA;SOR=1.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=49;WE=1679813;WS=1679783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	1680002	rs6828	T	C	2964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQ=59.97;NF=50;NR=57;PP=1554;SC=AGCTGAGTTATGAAGGCGAAG;SOR=0.978;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=50;TCR=57;TR=107;WE=1680010;WS=1679992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	1684772	rs7224977	T	C	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	1686410	rs9902398	T	C	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	1686563	rs11078639	C	T	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=4;PP=262;SC=GTTTACAGAGCGGGGGGTAAC;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=1686571;WS=1686553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	1687796	rs3815612	A	G	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=24;PP=645;SC=TGCCAGGGTCAGTTATCAACA;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=1687804;WS=1687786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	1690303	rs34115092	AAG	A	2470.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=43;PP=2017;SC=TATTGAAAGCAAGAGAGAGTC;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=43;WE=1690312;WS=1690293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	1690752	rs11549830	G	A	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.88;ReadPosRankSum=-1.127;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,58:0.97:60
chr17	1748028	rs4790827	A	G	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=26;PP=751;SC=GAATGGGAACAAATTTAGGAA;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=1748036;WS=1748018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	1756351	rs2287321	A	G	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=28;PP=1356;SC=TCATTTGAACAGAATTTGTTT;SOR=1.477;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=82;WE=1756359;WS=1756341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	1761358	.	G	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQRankSum=-3.455;QD=0.32;ReadPosRankSum=0.235;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,10:0.07:149
chr17	1761367	.	G	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQRankSum=-4.473;QD=0.23;ReadPosRankSum=0.411;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,12:0.07:169
chr17	1761373	.	A	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.072;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=1.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQRankSum=-5.617;QD=0.72;ReadPosRankSum=-0.859;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,16:0.09:180
chr17	1761377	.	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.539;ClippingRankSum=0.000;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQRankSum=-5.768;QD=0.44;ReadPosRankSum=0.012;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,16:0.08:196
chr17	1761383	rs375054050	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQRankSum=-6.199;QD=0.57;ReadPosRankSum=0.101;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,17:0.08:211
chr17	1761391	.	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.367;ClippingRankSum=0.000;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQRankSum=-6.960;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,18:0.08:221
chr17	1761401	.	G	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQRankSum=-8.495;QD=2.05;ReadPosRankSum=-1.839;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,27:0.11:245
chr17	1761404	.	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=4.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQRankSum=-9.789;QD=2.23;ReadPosRankSum=-2.817;SOR=1.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,36:0.14:255
chr17	1761423	.	T	C	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.970;ClippingRankSum=0.000;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=5.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQRankSum=-12.149;QD=4.15;ReadPosRankSum=-4.153;SOR=1.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,48:0.16:298
chr17	1761425	.	C	A	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=3.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQRankSum=-12.286;QD=4.01;ReadPosRankSum=-3.582;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,48:0.16:304
chr17	1761428	.	G	T	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=4.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQRankSum=-12.563;QD=4.07;ReadPosRankSum=-3.097;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,48:0.15:311
chr17	1761431	rs3809874	T	C	9287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=155;NR=142;PP=2962;SC=TTTCCTAGGTTCCACATCAAG;SOR=0.799;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=303;TCF=159;TCR=144;TR=297;WE=1761465;WS=1761413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr17	1761436	.	A	G	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.936;ClippingRankSum=0.000;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=3.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQRankSum=-13.389;QD=4.39;ReadPosRankSum=-1.581;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,49:0.15:327
chr17	1761445	.	C	T	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.096;ClippingRankSum=0.000;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=1.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQRankSum=-14.430;QD=4.67;ReadPosRankSum=-1.309;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,57:0.17:343
chr17	1761447	.	G	A	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.078;ClippingRankSum=0.000;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQRankSum=-15.041;QD=4.46;ReadPosRankSum=-1.290;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,59:0.17:349
chr17	1761457	.	C	T	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=2.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQRankSum=-15.466;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.945;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,58:0.16:355
chr17	1761482	.	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=1.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQRankSum=-12.064;QD=0.32;ReadPosRankSum=2.050;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,41:0.13:319
chr17	1778911	rs66498893	GTAGAA	G	3276.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=15;PP=2145;SC=AAAAAGCTAAGTAGAATAGTA;SOR=2.062;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=41;WE=1778923;WS=1778901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	1782957	rs2230930	C	T	4624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=80;PP=2502;SC=TGGACACATCCGGGAAGGTGG;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=76;TCR=80;TR=154;WE=1782965;WS=1782947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	1792174	rs2270412	G	A	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=40;PP=1308;SC=TGAGAACCACGGTTGTGTTCA;SOR=1.248;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=72;WE=1792182;WS=1792164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	1800217	rs7406062	G	C	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=11;PP=617;SC=ACATTCAGGAGGAGGCTGTCA;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=1800225;WS=1800207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	1839674	rs9902457	G	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=5;PP=352;SC=GCAGCCGAAGGCTCTACCAGC;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=1839682;WS=1839664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	1840468	rs9903800	C	T	2908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=47;PP=1777;SC=GGTCGTGGAACGCCTTGTGGT;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=51;TCR=47;TR=98;WE=1840476;WS=1840458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	1933241	rs35350758	AG	A	1139.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=5;PP=1031;SC=ACTAAGTCGCAGGGCAAGGGC;SOR=2.899;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=26;WE=1933249;WS=1933230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	1933381	rs2273981	G	A	6446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=25.68;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr17	2091765	rs903160	C	T	7761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=152;NR=114;PP=2965;SC=CCCAGAGCTGCGGCTTGTTCC;SOR=0.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=152;TCR=114;TR=266;WE=2091773;WS=2091755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr17	2092006	rs903161	A	T	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=29;PP=809;SC=GTGTTTGATAAGATGATAAGG;SOR=2.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=2092014;WS=2091996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	2186100	rs749240	C	T	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=52;PP=1786;SC=CTTTCCGCCACTGGTCAGGGC;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=62;TCR=53;TR=112;WE=2186108;WS=2186090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	2238741	.	TA	T	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=0.208;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr17	2265113	rs2429906	C	A	8677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.83;ReadPosRankSum=-0.882;SOR=0.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,335:1.00:336
chr17	2266709	rs2003969	T	C	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=31;PP=1738;SC=TTCCCAAGCCTTGAGGCCAGT;SOR=1.189;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=91;WE=2266717;WS=2266699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	2266799	rs745400	G	A	4637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=91;NR=64;PP=2572;SC=TCGGAGGACAGGCTGGCTGCC;SOR=0.847;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=91;TCR=65;TR=155;WE=2266820;WS=2266789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	2266812	rs2003968	T	C	4749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=87;NR=71;PP=2227;SC=TGGCTGCCTGTGCCCGCGAGT;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=87;TCR=71;TR=158;WE=2266820;WS=2266789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr17	2268139	rs2447099	G	C	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=22;PP=988;SC=GGCCAGCAGGGTGTGATAGCC;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=2268147;WS=2268129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	2268311	rs2248821	G	A	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=46;PP=2101;SC=CTGCTGCCTCGGGGACAGCTA;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=66;TCR=46;TR=112;WE=2268319;WS=2268301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	2268681	rs2429908	T	C	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=36;PP=869;SC=GAAGACGCTCTGGGAGGCGGG;SOR=1.528;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=53;WE=2268689;WS=2268671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	2270777	rs2429910	T	C	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=34;PP=1016;SC=ACCACAGGGGTTCGAACGGCA;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=39;WE=2270785;WS=2270767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	2276401	rs66956940	CTGA	C	5752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=68;PP=2967;SC=TCCCATGGGGCTGATGAGATG;SOR=1.306;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=6;TCR=70;TR=74;WE=2276411;WS=2276391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	2279621	rs2429916	A	G	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=52;PP=1593;SC=TGTGAAGATGAGGTCCGGAAG;SOR=1.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=80;WE=2279629;WS=2279611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	2297571	.	GCA	G	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=0.491;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,10:0.18:57
chr17	2323517	rs17834783	C	T	16834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,648:1.00:648
chr17	2565299	rs8067353	T	A	138.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.83;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	2595215	rs5818873	GC	G	1328.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=40;PP=1159;SC=AAGGGATCAGGCCCCCCCGTG;SOR=2.737;SbPval=0.96;Source=Platypus;TCF=4;TR=41;WE=2595223;WS=2595203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	2595273	.	C	CCCCG	1010.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=67.38;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	2595281	rs377576086	A	C	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.90;QD=41.12;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	2595964	rs2302199	G	A	3014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=43;PP=1873;SC=GCTGGCTGCTGGCGAAGCAGT;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=96;WE=2595972;WS=2595954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	2597711	rs72194150	TGCAGCAGGGAC	T	3452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.340;NF=17;NR=43;PP=2971;ReadPosRankSum=1.058;SC=AGTGGGAGCCTGCAGCAGGGA;SOR=0.954;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=60;WE=2597742;WS=2597701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,127:0.98:129
chr17	2597734	rs60218044	A	G	3944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.304;NF=83;NR=58;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.581;SC=CAGCGGGGACACAGCGGGGAC;SOR=0.870;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=147;TCF=87;TCR=60;TR=141;WE=2597742;WS=2597701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,157:0.99:159
chr17	2597969	rs2277663	C	T	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=21;PP=880;SC=ACTGCCCCACCCGGCCCCCGG;SOR=1.206;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=38;WE=2597977;WS=2597959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	2598627	rs1003398	T	C	11565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=229;NR=185;PP=2965;SC=TCCATCCCAGTCCCACAGCTC;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=414;TCF=229;TCR=185;TR=414;WE=2598635;WS=2598617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr17	2699935	rs123059	T	C	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=37;NR=26;PP=916;SC=TTAAGTGCATTGGCGGCCGTG;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=63;WE=2699943;WS=2699925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	2868935	rs12950923	T	C	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	2883500	rs4790400	A	G	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=25;PP=1227;SC=GCCTCCCAAAATGCTGAGATG;SOR=1.121;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=68;WE=2883508;WS=2883490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	2921210	rs71377570	C	CGTGT	765.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=4.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.88;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,29:0.83:35
chr17	2921251	rs8064800	A	G	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=24;PP=1189;SC=GTATGTGTGCACGCATACGTG;SOR=0.844;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=54;WE=2921259;WS=2921229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	2923597	rs2304981	C	A	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=6;PP=507;SC=CTGTGACTGGCCTGAGTCTCC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=2923605;WS=2923587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	2923767	rs2304982	A	G	5014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	2924011	rs4790416	T	C	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=523;SC=AGGAGATGGCTCTGCCTTCAG;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=2924019;WS=2924001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	2929286	rs4072679	A	C	5004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=99;NR=70;PP=2965;SC=CTCACTCCTCATTTCCATTCC;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=99;TCR=70;TR=169;WE=2929294;WS=2929276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr17	2929674	rs12941934	T	C	4037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=40;PP=2308;SC=AAAACGGCCGTGCCATCTCCC;SOR=1.891;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=90;TCR=40;TR=130;WE=2929682;WS=2929664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	2930438	rs35213780	C	G	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=51;PP=1535;SC=TAGCAGGGCCCCAGCCACGCT;SOR=1.639;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=77;WE=2930446;WS=2930428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	2935577	rs4239038	T	G	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=8;PP=344;SC=GGGAAGTGCTTGTTCCTGGGG;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=2935599;WS=2935567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	2935591	rs4239039	T	C	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=12;PP=349;SC=CCTGGGGTCCTGAATCCCTTC;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=2935599;WS=2935567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	2965945	rs182442561	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.83;MQRankSum=-1.282;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr17	2965978	rs370377496	A	G	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.19;MQRankSum=-1.105;QD=10.83;ReadPosRankSum=1.864;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr17	2966032	rs202049082	C	G	2334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.00;QD=30.72;SOR=3.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	2966064	rs200196918	G	C	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=3.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.15;MQRankSum=-2.523;QD=8.71;ReadPosRankSum=-1.664;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,66:0.44:150
chr17	2966154	rs145256155	G	A	3159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.113;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.685;NF=85;NR=63;PP=2041;ReadPosRankSum=-1.628;SC=CCATAAAAGAGGGAGACCACA;SOR=0.898;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=341;TCF=187;TCR=154;TR=148;WE=2966162;WS=2966144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,154:0.44:348
chr17	2966173	rs61752193	G	C	3400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=1.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.29;MQRankSum=-5.396;QD=9.04;ReadPosRankSum=-2.681;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,168:0.45:376
chr17	2966191	rs61752194	G	A	3495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.783;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-4.333;NF=89;NR=76;PP=2242;ReadPosRankSum=-1.359;SC=AGGTAGAGAAGGTTTTGTATT;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=384;TCF=205;TCR=179;TR=165;WE=2966199;WS=2966181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,172:0.43:396
chr17	2966273	rs2676567	G	A	5337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.470;NF=124;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=1.607;SC=GAACCCTAAGGGGGTGAGGAA;SOR=0.856;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=481;TCF=252;TCR=229;TR=230;WE=2966281;WS=2966263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,249:0.50:497
chr17	2966308	rs2855605	C	T	6181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-3.173;NF=145;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.743;SC=TGGCAATCAACGCTGTGTGAA;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=538;TCF=284;TCR=254;TR=274;WE=2966316;WS=2966298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,295:0.53:555
chr17	3101076	rs2241092	G	C	3855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=59;PP=2513;SC=ATCTCTTGGGGAGCAAGTTCA;SOR=0.723;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=125;TCF=64;TCR=61;TR=123;WE=3101084;WS=3101066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	3119008	rs4325604	T	C	3772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=45;PP=1876;SC=CATCCTCTTCTTGTTCATTTA;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=114;WE=3119016;WS=3118998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	3119397	rs769425	G	T	11245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=193;NR=182;PP=2965;SC=CCCACACTCTGCTCACAGCTA;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=375;TCF=193;TCR=182;TR=375;WE=3119405;WS=3119387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr17	3119611	rs17762735	G	A	7982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=132;NR=144;PP=2965;SC=CACCAAGGGCGTGCTCAAGGC;SOR=0.857;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=276;TCF=132;TCR=144;TR=276;WE=3119619;WS=3119601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr17	3181555	rs2013809	A	G	10077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=194;NR=171;PP=2965;SC=GGCTGTAGGCAGTGATGATGA;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=366;TCF=194;TCR=172;TR=365;WE=3181563;WS=3181545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr17	3181662	rs9901356	G	C	5681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;PP=2965;SC=AGCTGTGGGAGGTCACAGTAG;SOR=1.189;Source=Platypus;TCF=87;WE=3181670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr17	3182309	rs2014057	GT	AG	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.57;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	3213545	rs8071097	G	C	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=23;PP=1650;SC=ACCTCATCCTGCTTCTGCCAC;SOR=1.536;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=85;WE=3213553;WS=3213535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	3213728	rs9905684	A	G	7027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr17	3213862	rs9905086	C	G	5386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=90;PP=2965;SC=CCATGCTGAGCCATTTCATAT;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=89;TCR=92;TR=178;WE=3213870;WS=3213852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr17	3213911	rs9903671	G	C	5439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=80;PP=2965;SC=CTGCCTCTCCGAGCTCTTCTT;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=96;TCR=82;TR=176;WE=3213919;WS=3213901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr17	3213962	rs9906179	A	G	6156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=102;PP=2965;SC=CTTGCTGACCATCATGGCCTA;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=214;TCF=112;TCR=102;TR=213;WE=3213970;WS=3213952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr17	3214106	rs9911226	C	A	12940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=159;NR=122;PP=2965;SC=TGCCCTGTCTCCTCTTAACTT;SOR=0.862;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=282;TCF=159;TCR=123;TR=281;WE=3214114;WS=3214096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr17	3214128	rs9912090	A	G	12696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=151;NR=113;PP=2965;SC=TGTGGCCCCAATGTGATCAAT;SOR=0.930;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=265;TCF=152;TCR=113;TR=264;WE=3214136;WS=3214118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr17	3324004	rs146946227	C	T	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=32.36;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	3324086	rs227788	G	A	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=24.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	3324255	rs769432	C	T	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.22;QD=26.59;SOR=1.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	3397702	rs12948217	C	T	5634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr17	3417123	rs906418	C	T	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=8;PP=1018;SC=CCGGACTCCACCATCCCTCAA;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=47;WE=3417131;WS=3417113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	3419689	rs8081785	CA	TG	4545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=28;PP=2947;SC=ATCCTGTCACCATCCTGCCCC;SOR=1.609;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=90;TCF=62;TCR=28;TR=85;WE=3419698;WS=3419679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	3422032	rs7216486	G	A	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=59;PP=1866;SC=GGATGTTCAGGTCACCCAGGC;SOR=0.962;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=56;TCR=60;TR=115;WE=3422040;WS=3422022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	3424183	rs8079980	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=4;PP=418;SC=AATTGTTGCCAAGGCCGCCAT;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=3424191;WS=3424173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	3445901	rs11078458	T	G	9415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=183;NR=156;PP=2965;SC=GGATCCGCACTATCTCCTTGG;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=339;TCF=183;TCR=156;TR=339;WE=3445909;WS=3445891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr17	3447914	rs1039519	C	T	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	3458072	rs322965	T	C	6281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=119;NR=97;PP=2965;SC=TCTGGCAGGATGGCAGGGTTC;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=119;TCR=98;TR=216;WE=3458080;WS=3458062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr17	3475367	rs224548	T	G	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=31;PP=1422;ReadPosRankSum=-0.985;SC=TGTCCACAGGTGAGCCCCAAA;SOR=0.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=82;WE=3475375;WS=3475357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr17	3475405	rs224549	C	T	3486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	3475564	rs224550	CA	TC	6043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=52;NR=60;PP=2947;SC=ACACCAAGGGCAGAGGAGCTG;SOR=1.043;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=54;TCR=62;TR=112;WE=3475573;WS=3475554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	3476826	rs11441416	G	GC	833.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.90;ReadPosRankSum=1.578;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr17	3476832	rs2456855	A	C	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.95;ReadPosRankSum=0.900;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr17	3486702	rs224534	G	A	3508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	3492002	rs161390	A	G	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=433;SC=CGGCTACTTGAGAGGCCGAGA;SOR=3.160;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=3492010;WS=3492000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	3492107	rs3837859	TA	T	1717.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.21;ReadPosRankSum=0.295;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,110:0.85:130
chr17	3492120	rs520671	A	C	6172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.19;ReadPosRankSum=0.146;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,165:0.99:166
chr17	3493200	rs222747	C	G	11439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=188;NR=174;PP=2965;SC=TGGCCCCCAGCATCAGAATCT;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=362;TCF=188;TCR=174;TR=362;WE=3493208;WS=3493190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr17	3493533	rs161387	A	G	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=64;PP=2246;SC=GGTCTGCCACACTGTCTCCCT;SOR=0.955;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=64;TCR=64;TR=128;WE=3493541;WS=3493523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	3494361	rs222748	G	A	3137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	3495391	rs55916885	T	C	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	3514028	rs224496	G	C	8347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=136;NR=145;PP=2965;SC=CCACGCCCCAGTCCTGGAGCT;SOR=0.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=281;TCF=136;TCR=145;TR=281;WE=3514036;WS=3514018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr17	3526637	rs150857	C	T	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=28;PP=1137;SC=ACTCACGTCTCTACGTTCCAG;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=73;WE=3526645;WS=3526627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	3527281	rs222785	C	T	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=10;PP=528;SC=CTGACGCAGCCCCGGCCTATT;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=3527289;WS=3527271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	3533697	rs111935631	G	A	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=31;PP=809;SC=GGGGAGGGGCGCAGGCCTCCC;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=3533705;WS=3533687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	3539627	rs111541274	A	T	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=28;PP=808;SC=TTTCAGCCACACCCAACATGG;SOR=1.298;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=3539635;WS=3539617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	3553526	rs161350	A	G	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	3553655	rs2047855	A	G	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=174;SC=GTGCACCTGTAATCCCAGCTA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=3553663;WS=3553645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	3558417	rs459613	C	G	5079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=87;PP=2965;SC=TCAGGGTGTGCGGGCCTCACG;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=84;TCR=87;TR=171;WE=3558425;WS=3558407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	3558698	rs467277	G	A	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=18;PP=495;SC=TAGGAGCAGGGCGTTCCAGCA;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=3558706;WS=3558688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	3566857	rs11541134	C	T	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=167;SC=GAGAGAAAGCCGGTCCCAGAG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=3566865;WS=3566853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	3567461	rs2235107	G	A	3941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr17	3568012	rs8278	A	G	5650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	3593074	rs220486	A	G	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=5;PP=182;SC=GCGCCCCAGCACCACCCACCG;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=3593082;WS=3593064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	3618298	rs1367950	C	T	4810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=87;NR=68;PP=2430;SC=TTCAGAAAACCGGCATTCTGG;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=87;TCR=68;TR=155;WE=3618306;WS=3618288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr17	3620138	rs2293881	A	G	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=45;PP=1363;SC=TGAAGCAAACAAGGAAAAAAT;SOR=1.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=68;WE=3620146;WS=3620128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	3627473	rs9907144	C	T	10377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=182;NR=180;PP=2965;SC=GCGGCGGAGGCGTCCCGGCGG;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=363;TCF=182;TCR=181;TR=362;WE=3627481;WS=3627463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr17	3627840	rs220462	G	A	13306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,509:1.00:509
chr17	3628212	rs220461	T	C	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=43;PP=1766;SC=CCAAGGGGAATAGACAGGCTG;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=95;WE=3628220;WS=3628202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	3628362	rs3809806	T	C	3035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=38;PP=1905;SC=TTACAGAATGTCTGCTTTTGG;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=60;TCR=38;TR=98;WE=3628370;WS=3628352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	3629698	rs170208	A	G	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=64;PP=1719;SC=TTCAACCTCCATCCCCACAGG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=21;TCR=64;TR=85;WE=3629706;WS=3629688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	3632836	rs1716	G	A	3815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=65;NR=73;PP=2146;SC=GCCAAAGACCGTCTTTCATTG;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=65;TCR=73;TR=138;WE=3632844;WS=3632826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	3632952	rs2915554	C	T	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=14;PP=474;SC=GCAGTGTTGCCGTCTCAGCTC;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=3632960;WS=3632942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	3649214	rs1183610	G	A	5862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=116;PP=2965;SC=GAAGTGCCTCGCGGAGGCCTG;SOR=1.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=84;TCR=117;TR=200;WE=3649222;WS=3649204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr17	3657159	rs2272606	C	T	14618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=164;NR=145;PP=2965;SC=ATGTTTGTACCGTGGAGCCCC;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=310;TCF=165;TCR=145;TR=309;WE=3657167;WS=3657149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr17	3657175	rs220479	T	C	14412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=157;NR=145;PP=2965;SC=GCCCCCGCGATGTAGGAGAGG;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=302;TCF=157;TCR=145;TR=302;WE=3657183;WS=3657165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr17	3658358	rs3833165	A	AGGCCCCGCCCTCATCAGGT	864.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=86.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	3664477	rs10687117	A	AATT	1876.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=17;PP=938;SC=ATTTTCTTTAAAAACACACAT;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=3664485;WS=3664467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	3665116	rs8080482	A	G	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=29;PP=1369;SC=CGGGAACAGCATGGCAGTCAG;SOR=1.275;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=80;WE=3665124;WS=3665106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	3665160	rs220471	C	G	4443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=87;NR=69;PP=2574;SC=ACCACGAGGGCTAGCACCAGC;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=87;TCR=69;TR=156;WE=3665168;WS=3665150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr17	3687533	rs55722017	A	G	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=13;NR=7;PP=317;SC=CCGCCTGGGCAACAGAGCAAG;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=3687541;WS=3687523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	3724724	.	C	CT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=0.888;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,12:0.18:66
chr17	3775916	rs7214864	T	C	6742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=109;NR=122;PP=2965;SC=CGTCGATGAATGGGCACTGTG;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=109;TCR=122;TR=231;WE=3775924;WS=3775906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr17	3776555	rs34231122	T	C	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=16;PP=1721;SC=CAGAGAAAGATAGAAAAAGCC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=68;TCR=17;TR=84;WE=3776563;WS=3776545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	3783872	rs11651131	T	C	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=28;PP=1017;SC=TAATAAAAAATTTAAAGCACA;SOR=0.898;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=58;WE=3783880;WS=3783862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	3801080	rs711174	C	T	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=4;PP=466;SC=CCTCACGCTGCACCCAGTCAG;SOR=2.303;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=23;WE=3801088;WS=3801070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	3828702	rs887387	T	C	5449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=106;NR=81;PP=2965;SC=GAGACTCCACTCTGTTCCCAG;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=106;TCR=81;TR=187;WE=3828710;WS=3828692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr17	3985832	rs2727061	A	G	5949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr17	3989636	.	AGCG	A	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=5.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.78;ReadPosRankSum=0.126;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr17	3989642	.	AATCCCTTTCTGGGGGATTCCCACAGCG	A	428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=5.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.49;ReadPosRankSum=-0.689;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr17	3989669	.	G	A	398	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=14;NR=6;PP=398;QD=21.6385606274;SC=TTCCCACAGCGGCAATCCCTT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=20;WE=3989677;WS=3989659;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr17	3989968	rs2727060	C	T	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=527;SC=AGACAAAAAACATCAGAGAGC;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=3989976;WS=3989958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	3994170	rs2727075	T	C	2864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=52;PP=1623;SC=TTGAAACTTCTCAAGGGTCTA;SOR=1.232;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=40;TCR=52;TR=91;WE=3994178;WS=3994160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	4005770	rs1869493	T	C	3779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=68;PP=1947;SC=GAAACTAGCATGCCTATCTGT;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=70;TCR=68;TR=138;WE=4005778;WS=4005760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	4007875	rs9907500	C	T	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=131;SC=AATGGTTTTACGATTTGTCCA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=4007883;WS=4007865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	4027036	rs11078481	C	G	183.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=148;SC=CACCACCGTACTGGGGATGAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=4027044;WS=4027032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	4027392	rs7208760	G	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=14;PP=440;SC=TCAAGTAAACGAGGGCAGTTT;SOR=1.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=4027400;WS=4027382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	4045809	rs4239043	T	C	3397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=1.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	4046101	rs1454121	A	G	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=47;PP=1680;SC=CGTGCCCGAGACCGCGGCCCA;SOR=1.240;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=82;WE=4046109;WS=4046091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	4046270	rs1454122	T	C	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=23;PP=564;SC=CGACAGCAGCTGGCGGGCGGG;SOR=1.280;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=4046278;WS=4046260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	4071302	rs4790583	G	C	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=32;PP=1024;SC=GGCAGCCAAGGCGCCCGCAAT;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=4071310;WS=4071292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	4071326	rs4790178	C	G	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=26;PP=742;SC=ACTCTGGCAACTCTGCCAACT;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=4071334;WS=4071316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	4074261	rs897030	A	C	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=568;SC=GCTGGCAGGAAATCTGTTCAC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=4074269;WS=4074251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	4077485	rs4790585	G	A	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=377;SC=TGGGAGCATAGGAGCTTCACA;SOR=2.712;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=17;WE=4077493;WS=4077475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	4088291	rs2020118	C	T	3088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=53;NR=53;PP=1737;SC=GGAGCTCTGCCGTGAGGTTGG;SOR=0.978;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCF=53;TR=106;WE=4088299;WS=4088281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	4098573	rs5818941	A	AT	4834.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=57;PP=1866;ReadPosRankSum=-2.333;SC=TCAATGACACATTTTTTTTTA;SOR=0.809;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=149;TCF=68;TCR=81;TR=115;WE=4098585;WS=4098563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:17,224:0.93:241
chr17	4166804	rs2325881	C	T	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=85;PP=2825;SC=AGGAGACCCACGCTCTTCCGC;SOR=1.315;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=125;TCF=40;TCR=85;TR=123;WE=4166812;WS=4166794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	4192401	rs148114489	TACAC	T	1512.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=0.449;QD=37.82;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr17	4349508	rs56005249	G	A	6525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=122;NR=111;PP=2965;SC=GGTATCACCCGTGGGTCTACT;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=234;TCF=122;TCR=112;TR=233;WE=4349516;WS=4349498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr17	4350182	rs2047233	T	C	2936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=36;PP=1896;SC=CCCTGCCCCTTTGTTGCAGTG;SOR=1.253;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=66;TCR=36;TR=102;WE=4350190;WS=4350172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	4350367	rs2047232	A	G	6630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.93;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	4350373	rs3055435	GGT	G	3381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=68;PP=2429;ReadPosRankSum=1.470;SC=GGGGACGGGGGGTGGTGGTCA;SOR=1.129;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=77;TCF=5;TCR=72;TR=72;WE=4350382;WS=4350357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,113:0.97:117
chr17	4350407	rs2047231	G	C	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=51;PP=1139;SC=TTGGACATGTGGGGCCTCATA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=75;WE=4350415;WS=4350397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	4351396	rs6502786	C	T	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=4;PP=405;SC=CCCGGGGGTCCCTTGGGCTGT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=4351404;WS=4351386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	4351640	rs884250	G	A	10290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr17	4352636	rs34457931	G	A	5336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=85;NR=100;PP=2965;SC=CGTGGTTCACGGGCTGCAGCC;SOR=0.982;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=85;TCR=100;TR=185;WE=4352644;WS=4352626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr17	4402803	rs184566	T	C	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=26;PP=769;SC=GCTTTTGGTCTCAGGCCTGCT;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=4402811;WS=4402793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	4416638	rs9894697	G	A	7778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=25.50;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr17	4416674	rs7214270	T	C	8947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.109;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.03;MQRankSum=0.125;NF=160;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=1.142;SC=GTCCTGTTGGTCGTCATCTGC;SOR=0.442;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=310;TCF=163;TCR=147;TR=306;WE=4416682;WS=4416664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,341:0.99:344
chr17	4436005	rs9892232	T	C	3631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=75;PP=1912;SC=AGGGGTCTGGTGGGAAGAGAG;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=59;TCR=75;TR=134;WE=4436013;WS=4435995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	4437214	rs4790202	C	T	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.24;SOR=1.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	4439313	rs1077200	A	G	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=13;PP=1146;SC=GCCCGGGGCCAGGGCCAAGCG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=62;WE=4439321;WS=4439303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	4439497	rs12945732	A	G	21781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.00;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr17	4439501	rs1076071	C	G	21871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.74;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
chr17	4439727	rs146210718	T	TGG	1846.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=38.47;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	4439795	rs12945562	C	G	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=14;PP=352;SC=TGAGCCCTGCCCTGGGGTGGG;SOR=1.022;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=15;WE=4439803;WS=4439785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	4448853	rs2306267	C	T	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=11;PP=588;SC=TGGTGCAGCTCGCTGCTCAGT;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=4448861;WS=4448843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	4455500	rs7206974	T	C	12424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=211;NR=225;PP=2965;SC=CTTCCTTGAGTGCCAGGCGGA;SOR=0.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=436;TCF=211;TCR=225;TR=436;WE=4455508;WS=4455490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr17	4458302	rs1871348	C	A	11967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.02;NF=197;NR=227;PP=2965;SC=AAGGTGCACGCCCCCGCGCAC;SOR=0.854;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=426;TCF=198;TCR=228;TR=424;WE=4458322;WS=4458292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,454:1.00:454
chr17	4458314	rs1871347	C	T	10961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=180;NR=213;PP=2965;SC=CCCGCGCACCCTGGCATCCAG;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=394;TCF=181;TCR=213;TR=393;WE=4458322;WS=4458292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr17	4463023	rs11657054	G	A	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=45;PP=1267;SC=CACTACACGGGCCCAGGTTCC;SOR=1.338;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=77;WE=4463031;WS=4463013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	4497160	rs8080130	T	C	4321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr17	4498656	rs59211026	C	G	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=33;PP=953;SC=GGCCCGGCCCCACGGTGTGCC;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=4498664;WS=4498646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	4498682	rs4790655	C	G	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=21;PP=569;SC=CCAGACGGGGCTTGGGTGGGT;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=4498690;WS=4498672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	4500072	rs9906333	A	G	162.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=113;SC=TGGTGGTGCCAGGACAGCCTC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=4500080;WS=4500062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	4535385	rs2619112	A	G	10636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=158;PP=2965;ReadPosRankSum=1.160;SC=GTCAGTGCCTACCAAGCACGC;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=350;TCF=191;TCR=159;TR=348;WE=4535393;WS=4535375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,390:0.99:392
chr17	4535413	rs6502804	T	C	9529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=173;NR=154;PP=2965;SC=GTGGTCCACCTGCACACAGAC;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=327;TCF=173;TCR=154;TR=327;WE=4535421;WS=4535403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr17	4541744	rs899452	T	C	280.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=0;PP=260;SC=CAACCATGCCTCCTTGACTCC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=4541752;WS=4541734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	4544729	rs9906597	A	G	3137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=33;PP=1637;SC=GCCAGAGGCCAACGGGGGCGC;SOR=1.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=70;TCR=33;TR=103;WE=4544737;WS=4544719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	4544978	rs369435246	G	GAGA	2583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=31;PP=1699;SC=CCTTCTGGTGGAGAAGGGTGG;SOR=1.421;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=33;WE=4544986;WS=4544968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	4545581	rs2255888	C	T	3402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	4575283	rs3862485	A	G	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	4577112	rs11658808	G	A	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=26;PP=743;SC=TAGAAAATGGGGATCATAAAA;SOR=2.242;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=4577120;WS=4577102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	4578007	rs4790673	C	G	11892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr17	4579638	rs8071990	G	A	2633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	4580137	rs6502806	A	G	3973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=69;NR=68;PP=2320;SC=GGAAGAGGCCAGTGAGCCAGC;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=69;TCR=68;TR=137;WE=4580145;WS=4580127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	4580224	rs11078530	C	T	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=43;PP=1234;SC=CCTGTAGACACAAGAAGCAAA;SOR=2.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=61;WE=4580232;WS=4580214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	4580258	rs117368106	G	A	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=34;PP=973;SC=CATCAACACCGGGCACGGACA;SOR=2.256;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=46;WE=4580266;WS=4580248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	4586253	rs34352526	GA	G	1682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=26;PP=958;SC=TGGGTCTAAAGAAAAAAATAA;SOR=0.807;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=34;WE=4586261;WS=4586243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	4594847	rs7226084	T	C	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=20;PP=536;SC=TGAAGTCACATCTCCTCTGAG;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=4594855;WS=4594837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	4620497	rs7208257	C	T	5657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr17	4622071	rs2036656	C	G	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=32.23;SOR=1.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	4622077	rs11463798	C	CT	1496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=32.54;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	4622638	rs1045280	C	T	13470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,521:1.00:521
chr17	4641755	rs1050997	C	T	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	4642069	rs2250333	A	G	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=78;NR=49;PP=2298;SC=AGAGGCAGGTAAAATTACCTC;SOR=1.136;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=79;TCR=49;TR=127;WE=4642077;WS=4642059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	4644491	rs9903643	A	G	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=12;PP=318;SC=CTCCCTTCGGAAGCCCTCCCC;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=4644499;WS=4644481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	4646533	.	CA	C	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=2.309;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,20:0.24:83
chr17	4686340	rs3853643	TT	GG	9608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.28;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	4688996	rs2279962	A	C	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.41;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	4693054	rs12951761	G	A	11804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=195;NR=217;PP=2965;SC=TCGCCCGCAGGTTCCTGACTC;SOR=0.891;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=413;TCF=195;TCR=218;TR=412;WE=4693062;WS=4693044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr17	4693170	rs34850425	T	C	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=57;PP=1335;SC=TGGTCGCTGGTGGCCATGGCG;SOR=2.419;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=20;TCR=58;TR=77;WE=4693178;WS=4693160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	4693342	rs35910358	C	A	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.017;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.41;ReadPosRankSum=1.201;SOR=0.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,70:0.97:72
chr17	4693508	rs34421346	G	C	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=35;PP=1150;SC=GGCCGCGCTGGTCCGGGCCGC;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=73;WE=4693516;WS=4693498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	4712395	rs1132446	A	T	6984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr17	4713981	rs7212512	A	G	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=12;PP=778;SC=TACACGCCCTATCCCTGTGCA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=4713989;WS=4713971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	4714021	rs3081314	G	GGAAA	3774.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.18;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	4718027	rs2286670	G	T	4422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=65;NR=72;PP=2390;SC=TGGTCAGGCCGCAGGGGGAGG;SOR=1.026;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=65;TCR=72;TR=137;WE=4718035;WS=4718017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	4720131	rs2302325	C	G	5847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=100;PP=2965;SC=GAGGGGTCAACGGTGGTACAG;SOR=0.837;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=198;TCF=97;TCR=101;TR=197;WE=4720139;WS=4720121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr17	4721376	rs17854914	A	G	14308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=259;NR=250;PP=2965;SC=ACCATCAGGGAGAGCCAGCAC;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=509;TCF=259;TCR=250;TR=509;WE=4721384;WS=4721366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,544:1.00:544
chr17	4722133	rs3764900	C	T	5273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr17	4722299	rs2326097	T	C	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=25;PP=1377;SC=GTAGGAAGAGTTTCTGGAGTG;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=58;WE=4722307;WS=4722293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	4724936	rs4790233	T	G	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.46;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	4724942	rs4790234	A	G	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.36;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	4758174	rs73341669	C	A	3486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=67;PP=2106;SC=GAGTAAGAAGCGCTGAGAAAA;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=48;TCR=67;TR=115;WE=4758182;WS=4758164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	4772111	rs74548398	G	A	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=6;PP=211;SC=CATGATCATGGCTTACTGCAT;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=4772119;WS=4772101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	4774476	.	ATTT	A	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr17	4784177	rs145519071	A	C	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=2;PP=449;SC=TCTGGGCGACAGAGCGAGACC;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=4784185;WS=4784167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	4784249	rs142531662	A	C	3702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	4787804	rs2302321	G	A	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=25;PP=659;SC=CTTCTCCTCCGCTACCCTGGC;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=4787812;WS=4787794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	4789961	rs78767298	C	T	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=19;PP=508;SC=CTAGGGGACACTCCAGCCTGG;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=4789969;WS=4789951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	4790231	rs76378292	T	TC	423.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=0;PP=376;SC=CCAGTCCCGGTCCTGTCCAGG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=11;WE=4790239;WS=4790221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	4793052	rs2277681	C	T	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=21;PP=582;SC=AGGCGGAGCGCGAGCAGGTAG;SOR=1.675;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=31;WE=4793060;WS=4793042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	4795619	rs36079581	TG	T	1121.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=30;PP=1662;SC=CCTACCCGCCTGGGGGTGGGA;SOR=4.921;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=46;WE=4795627;WS=4795609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	4796274	rs11556634	T	C	8226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr17	4796286	rs11556635	C	T	8209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr17	4796656	rs2302320	T	C	7530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=138;NR=125;PP=2965;SC=CCTGCTGGGGTGTCCCGGCAC;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=263;TCF=138;TCR=125;TR=263;WE=4796664;WS=4796646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr17	4796712	rs75672719	G	A	8547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr17	4800180	rs3214298	T	TG	1059.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=960;SC=GGCAGAGTTCTGGGGAGAGGA;SOR=1.002;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=25;WE=4800188;WS=4800170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	4801887	rs12936083	A	G	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=0;PP=175;SC=ACGCCAGGGAACGGGCACACA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=4801895;WS=4801877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	4801966	rs56067981	G	A	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=13;PP=1171;SC=CCGTGGTGGCGGCAGCCTACT;SOR=2.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=58;WE=4801974;WS=4801956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	4802317	rs55681486	T	C	7895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr17	4802470	rs148340961	CGGGCCA	C	9472.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;QD=44.47;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr17	4805167	rs79436576	C	T	131.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.07;QD=21.97;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	4805389	rs72835059	G	A	9121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=183;NR=135;PP=2965;SC=AATACTGTGGGCTCGGGGAAA;SOR=0.943;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=320;TCF=183;TCR=137;TR=318;WE=4805397;WS=4805379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr17	4805437	rs72835061	C	A	12854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=250;NR=219;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.522;SC=TCTCAGAGTACCCCCTTCCCC;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=472;TCF=251;TCR=221;TR=469;WE=4805445;WS=4805427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,490:1.00:492
chr17	4806428	rs2302315	G	A	2624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=68;PP=1860;SC=GGGTGCCTGTGTGAGGGGGAG;SOR=2.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=28;TCR=68;TR=96;WE=4806436;WS=4806418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	4835895	rs2243093	T	C	8537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=194;NR=96;PP=2965;SC=TGCCCACAGGTCCTCATGCCT;SOR=1.475;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=290;TCF=194;TCR=96;TR=290;WE=4835903;WS=4835885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr17	4837171	.	GGAGCCCACCTCAGAGCCCGCCCCCAGCCCGACCACCCCA	G	714.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.57;QD=31.08;SOR=6.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	4837210	.	A	G	837	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=23;MQ=55.18;NF=1;NR=33;PP=837;QD=25.6403297808;SC=CGACCACCCCAGAGCCCACCT;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=34;WE=4837218;WS=4837200;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:16,34:0.68:50
chr17	4837952	rs199616811	A	AG	1310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=31;PP=1303;SC=ACAGGGTGATAGGGAGGGGTC;SOR=3.365;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=31;WE=4837960;WS=4837942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	4859110	.	GCC	G	660.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.73;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	4859112	.	C	T	1821	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=58.89;NF=11;NR=23;PP=1821;QD=54.5815062514;SC=TTGTCTCTGCCCTGTCTCTGC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=34;WE=4859153;WS=4859102;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,34:0.89:38
chr17	4859114	.	TGTCTCTGCTCTGTCTCTGCCCTGTCTCTGCC	T	654.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	4859123	.	T	C	1610	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=58.79;NF=10;NR=24;PP=1610;QD=48.3756238984;SC=CTGTCTCTGCTCTGTCTCTGC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=4859153;WS=4859102;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	4859134	.	C	T	1254	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=58.57;NF=4;NR=16;PP=1254;QD=64.4385606274;SC=CTGTCTCTGCCCTGTCTCTGC;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=20;WE=4859153;WS=4859102;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr17	4863410	rs238224	A	G	4798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.27;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr17	4875566	rs238230	T	C	8032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;NR=152;PP=2965;SC=CAGCGTCCTCTGGAGCAGCCC;SOR=0.874;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=291;TCF=138;TCR=153;TR=290;WE=4875574;WS=4875556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr17	4877120	rs238229	G	A	6690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=147;PP=2965;SC=CTGGCTTGAGGTGGCCTTGGC;SOR=1.380;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=245;TCF=96;TCR=149;TR=243;WE=4877128;WS=4877110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr17	4881776	rs376516	C	G	4149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=99;NR=52;PP=2404;SC=AGTCCCTCCCCCTACGGTTCC;SOR=1.207;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=100;TCR=52;TR=151;WE=4881784;WS=4881766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr17	4882952	rs1859434	G	A	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.48;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	4883402	rs200943343	G	A	6310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=89;PP=2965;SC=GGGTATGAGCGGCCTCTGCCT;SOR=0.853;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=121;TCR=89;TR=210;WE=4883410;WS=4883392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr17	4883818	rs238234	C	G	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	4885982	rs238233	G	A	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=14;PP=859;SC=AGCCCAGGTCGGGCTAGAGCC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=4885990;WS=4885972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	4886037	rs238232	A	G	3043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=35;PP=1749;SC=TGAGCTGAATATCTGACTCTC;SOR=1.241;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=63;TCR=36;TR=98;WE=4886045;WS=4886027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	4890843	rs8071428	T	C	3227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=64;NR=42;PP=2151;SC=AGCTGCGCCCTCTGGCGCGGG;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=64;TCR=42;TR=106;WE=4890851;WS=4890833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	4891956	rs426475	G	A	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=10;PP=858;SC=TCTCACCTACGTTATTTTTGT;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=4891964;WS=4891946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	4893357	rs427703	G	C	4748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=63;PP=2846;SC=GAAATTAACCGCAGACTAGGG;SOR=0.947;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=92;TCR=63;TR=155;WE=4893365;WS=4893347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	4907989	rs391271	A	G	4976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=89;PP=2965;SC=GAAGAGTGCCAGGAGTTCAGA;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=80;TCR=89;TR=169;WE=4907997;WS=4907979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	4926882	rs346828	A	G	3560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=44;PP=1891;SC=CCCCCTCGCCACCACTGTCAA;SOR=0.953;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=69;TCR=45;TR=113;WE=4926890;WS=4926872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	4936972	rs346821	G	A	7536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=117;PP=2965;SC=CAGCTGATGGGCCTCAGGGTC;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=140;TCR=117;TR=257;WE=4936980;WS=4936962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr17	4937575	rs346822	T	C	10130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=177;NR=179;PP=2965;SC=CGGGGCCAGCTGCCTCCACAG;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=357;TCF=177;TCR=180;TR=356;WE=4937583;WS=4937555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr17	4937903	rs346823	C	A	7634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=148;PP=2965;SC=TGCTGCCATTCAGCCCAAAGC;SOR=1.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=112;TCR=148;TR=260;WE=4937911;WS=4937893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr17	4937982	rs346824	T	C	3717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=74;PP=2323;SC=GATGCTTTGGTTCTTCTGGAA;SOR=1.521;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=43;TCR=74;TR=117;WE=4937990;WS=4937972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	5036122	.	C	G	543	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=30;MMLQ=27;MQ=53.1;NF=8;NR=1;PP=543;QD=64.1968013941;SC=CCCACCAGGGCTCCAGAGCCC;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=9;WE=5036130;WS=5036096;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,9:0.31:29
chr17	5036191	rs75631218	G	A	2165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=1.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQRankSum=-8.306;QD=14.34;ReadPosRankSum=0.256;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,59:0.39:151
chr17	5036205	rs80328123	A	C	2639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQRankSum=-9.151;QD=14.42;ReadPosRankSum=1.458;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,67:0.37:183
chr17	5036210	.	TC	GT	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQRankSum=-9.036;QD=13.78;ReadPosRankSum=0.435;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,73:0.38:194
chr17	5036214	rs114647990	C	T	3016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQRankSum=-8.913;QD=15.01;ReadPosRankSum=-0.307;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,78:0.39:201
chr17	5036224	rs72830922	C	G	3326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQRankSum=-8.853;QD=14.16;ReadPosRankSum=-1.324;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,98:0.42:235
chr17	5036274	rs78465432	C	A	3256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=1.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQRankSum=-7.195;QD=14.22;ReadPosRankSum=0.979;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,91:0.40:229
chr17	5036281	rs76236903	G	C	3255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=1.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-6.490;QD=15.36;ReadPosRankSum=0.246;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,87:0.41:212
chr17	5036329	rs72830923	A	G	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.200;NF=14;NR=18;PP=451;ReadPosRankSum=0.695;SC=TCTCTGCAGAAACAGGGGACA;SOR=0.620;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=32;WE=5036337;WS=5036319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,35:0.38:91
chr17	5036383	rs76207017	C	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=6;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.818;NF=1;NR=7;PP=70;ReadPosRankSum=-0.261;SC=TCTCAGAGGGCGGGTGGCACA;SOR=1.402;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=8;WE=5036391;WS=5036373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr17	5042894	rs8073787	T	C	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	5048207	rs2304447	A	G	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.055;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-1.200;NF=23;NR=58;PP=1687;ReadPosRankSum=-1.021;SC=AAATGTTCTGACCACAAATAC;SOR=1.966;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=24;TCR=59;TR=81;WE=5048215;WS=5048197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,78:0.98:80
chr17	5058808	rs9899177	G	A	8412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.74;QD=27.05;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr17	5066305	rs2307138	A	T	2644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	5084763	rs1689965	G	A	11182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=181;NR=203;PP=2965;SC=GTTTTCTCACGTTCTTCAAGT;SOR=0.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=384;TCF=181;TCR=203;TR=384;WE=5084771;WS=5084753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr17	5085893	rs4115657	C	T	10535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NF=180;PP=2965;SC=CCCTAAGCTCCTCATCCTGGC;SOR=0.795;Source=Platypus;TCF=181;WE=5085901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
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chr17	5126689	rs2585271	G	A	5705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.65;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
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chr17	5268356	rs71151866	TA	T	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.454;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr17	5295060	rs149382078	G	A	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=13;PP=332;SC=ACAGGTCCGCGGCCTTCTCAG;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=23;WE=5295068;WS=5295050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	5328659	.	CT	C	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.693;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.592;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
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chr17	6021541	rs2302838	C	T	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=21;PP=586;SC=GGGTGGGAGGCTTGTCAGTAC;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=6021549;WS=6021531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	6330068	rs2292546	T	C	8276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr17	6331803	rs8075035	T	C	5811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=106;PP=2965;SC=GGCTCCGGGATAGGATGGGGT;SOR=1.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=88;TCR=106;TR=193;WE=6331811;WS=6331793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr17	6331836	rs12453262	T	G	4594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=81;PP=2597;SC=GCTGTGGGGATAAACGGATGG;SOR=1.199;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=62;TCR=81;TR=143;WE=6331844;WS=6331826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr17	6350727	rs12947546	C	T	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.08;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	6352863	rs34107703	C	T	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=32;PP=998;SC=GCCTCAGTCTCCCTCATCTCA;SOR=1.366;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=55;WE=6352871;WS=6352853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	6353679	rs7218283	A	C	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	6364753	rs11654099	A	G	6207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=123;NR=93;PP=2965;SC=GCACCAGCCCATCGGAGAAGA;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=123;TCR=93;TR=216;WE=6364761;WS=6364743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr17	6371738	rs35021251	A	G	2878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=55;PP=1714;SC=AGTGCCCACCAGCTTGTGGCC;SOR=1.118;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=97;WE=6371746;WS=6371728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	6373737	rs11654175	C	T	5627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr17	6374779	rs9902425	T	C	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=14;PP=428;SC=CTTGGAGGAGTCAGCCCCGGC;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=6374787;WS=6374769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	6377668	rs11078632	C	A	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=6;PP=1071;SC=CTGTCCCCGACTTCACTCTCC;SOR=2.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=44;WE=6377676;WS=6377658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	6381939	rs938288	G	A	5725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=3.230;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.68;ReadPosRankSum=-0.515;SOR=0.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,222:1.00:223
chr17	6387482	rs11656015	G	C	3203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=33;PP=2088;SC=GAGGGCTCTTGCTAAAATCCT;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=75;TCR=34;TR=108;WE=6387490;WS=6387472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	6406883	rs3809835	C	T	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	6483046	rs3744720	T	C	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	6493056	rs367918	T	C	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=0;PP=142;SC=TCTAAAATTTTGCAATTTGGT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=6493064;WS=6493046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	6493198	rs1443417	T	C	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	6493391	rs2278646	C	T	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=6;PP=144;SC=TGTTAATTTACCCTCATGGTT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=6493399;WS=6493381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	6503518	rs2289640	C	T	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=1;PP=277;SC=CCCCTTGTCCCTTTATCTCTA;SOR=2.531;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=6503526;WS=6503515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	6511781	rs4796519	A	G	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=41;PP=1196;SC=TTAGCCATGCAGCACTGAAAT;SOR=1.478;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=64;WE=6511789;WS=6511771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	6513329	rs2304977	G	A	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=18;PP=1112;SC=AGGAGACGCTGGTGGGGATGT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=63;WE=6513337;WS=6513319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	6515387	rs2289642	A	G	9621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=163;NR=170;PP=2965;SC=TCCTTCTTCCAGAACTATATC;SOR=0.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=334;TCF=163;TCR=171;TR=333;WE=6515395;WS=6515377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr17	6515454	rs2289643	C	T	4244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=82;PP=2553;SC=AGCTCCGTATCGGGCTGATAC;SOR=1.309;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=57;TCR=82;TR=138;WE=6515462;WS=6515444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	6524298	rs9889363	T	A	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.42;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	6524358	rs8074991	G	A	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=5;PP=100;SC=AGTTTATCTCGCAAAAGTATG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=6524366;WS=6524348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	6531648	rs2072149	A	G	5114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=72;PP=2965;SC=CTTTGGCACCAGAGCTGGAGA;SOR=0.992;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=110;TCR=72;TR=180;WE=6531656;WS=6531638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr17	6555546	rs56268735	C	CG	10175.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=90;PP=2974;SC=CCCGACCCCGCGGCCAAGCCG;SOR=1.096;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=143;TCF=43;TCR=100;TR=131;WE=6555556;WS=6555536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr17	6558645	rs8077691	G	A	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=75;SC=GTGTGTGTGTGTGTGCATGTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=6558653;WS=6558639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	6558768	rs8078913	C	T	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.27;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	6594322	rs4796540	G	A	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=7;PP=234;SC=TCAGGGCCAGGGCAAGCTTGG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=6594330;WS=6594312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	6596497	.	AACACACACAC	A	801.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=5.798;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.18;ReadPosRankSum=1.005;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr17	6597480	rs55698160	G	A	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	6599095	rs56224509	G	A	5759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=114;NR=82;PP=2965;SC=GCATGAAGCCGGGGTCTCGGG;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=114;TCR=82;TR=196;WE=6599103;WS=6599085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	6606537	rs8072966	C	T	2435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=55;PP=1632;SC=CTGCTGCTGACCTGAGGATTG;SOR=1.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=26;TCR=55;TR=81;WE=6606545;WS=6606527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	6659324	rs3785793	A	G	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	6661584	rs4796550	T	C	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=22;PP=496;SC=AGAGTCAAGGTGAGTGTTCAG;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=6661592;WS=6661574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	6662320	rs67528158	G	T	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	6663144	rs71157213	CT	C	1877.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=1164;SC=CCTGACCACTCTTTTCACCCC;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=6663152;WS=6663134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	6663638	.	G	A	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.10;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	6663895	rs2271231	C	G	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=27;PP=819;SC=ATGTCTGTCGCAGTGAACAGG;SOR=1.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=49;WE=6663903;WS=6663885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	6683215	rs4796555	C	T	6649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=130;NR=93;PP=2965;SC=ACTGATCCAGCCCCAAGACCA;SOR=0.913;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=224;TCF=131;TCR=93;TR=223;WE=6683223;WS=6683205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr17	6690161	rs17853331	C	T	4909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr17	6690354	rs28407857	T	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=430;SC=AACGAAGGGCTGAATAAGGCA;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=6690362;WS=6690344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	6690555	rs200110837	GTA	G	2648.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.67;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	6690566	.	T	TGCGC	725	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=59.87;NF=14;NR=14;PP=725;QD=26.2142857143;SC=TATGTGTGTGTGTGTGTGCGT;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=28;WE=6690591;WS=6690547;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,28:0.85:33
chr17	6690568	.	T	TGCGCGC	826.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.21;ReadPosRankSum=3.144;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,43:0.84:51
chr17	6690570	rs74809992	T	C	2661.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.02;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr17	6690572	rs72836242	T	C	3673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.34;SOR=1.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	6690583	rs5016848	G	A	3978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=49;NR=31;PP=1387;SC=GCGTGTGTGCGTGCTCATATG;SOR=1.067;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=80;WE=6690591;WS=6690547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	6690829	rs4239266	G	A	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=31;PP=882;SC=GGGCACTGCCGGCCCTTTTGC;SOR=1.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=6690837;WS=6690819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	6690853	rs67163717	CT	C	1415.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;QD=41.64;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	6690857	rs111623068	A	G	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.60;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	6690865	.	T	TTC	894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=594;SC=CCACTTTTTTTTTTTGTCAGC;SOR=3.160;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=17;WE=6690873;WS=6690843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	6704273	rs2136282	G	A	3452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	6716242	rs3744395	G	A	4618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	6716385	rs8081510	T	C	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.20;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	6733672	rs8078571	T	C	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=54;PP=1246;SC=GGAACTTGGGTGGAGGTTGTA;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=86;WE=6733680;WS=6733662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	6899559	rs312467	C	G	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	6900076	rs2073438	G	A	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=34;PP=1486;ReadPosRankSum=2.020;SC=ACAGGAGCGCGGCTCTGTCCT;SOR=0.395;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=90;WE=6900084;WS=6900066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr17	6900383	rs312468	T	C	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=9;PP=325;SC=GCACAAGGTCTCGGGAACTGC;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=6900391;WS=6900373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	6902179	rs312470	G	A	4118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=69;PP=2560;SC=CTAGACCTCGGAGTGAAATAA;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=77;TCR=69;TR=146;WE=6902187;WS=6902169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	6904934	rs434473	A	G	6608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=79;PP=2965;SC=CAGCCTCCCAACCCCAGCTCT;SOR=1.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=142;TCR=79;TR=221;WE=6904942;WS=6904924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr17	6909378	.	C	CGGGG	337	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5046;HP=4;HapScore=2;MGOF=63;MMLQ=23;MQ=59.49;NF=0;NR=1;PP=337;QD=419.038504373;SC=AATGGTGGGGCCGGGGGGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=1;WE=6909386;WS=6909368;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,1:0.14:7
chr17	6909379	rs3934010	C	G	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.36;QD=27.45;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	6909393	.	GCTC	G	37.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.842;QD=7.55;SOR=2.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr17	6909397	.	T	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=0.842;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=2.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr17	6919093	rs14309	T	C	3810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=1.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	6927350	rs312461	A	G	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=20;PP=1040;SC=GAAGCTGCGCATGTCTCCCTT;SOR=1.078;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=58;WE=6927358;WS=6927340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	6928019	rs146207245	C	CCAG	6320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.562;NF=10;NR=54;PP=2991;ReadPosRankSum=1.022;SC=GACGAGGCCTCCAGCAGCAGC;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=18;TCR=96;TR=64;WE=6928027;WS=6928009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,159:0.87:183
chr17	6929924	rs379478	T	C	7441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=144;NR=87;PP=2965;SC=TTGCCAGTCATCGTACAGTGC;SOR=1.141;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=144;TCR=87;TR=231;WE=6929932;WS=6929914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr17	6933217	rs421264	T	G	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=33;PP=975;SC=GTGTGGAGGCTGCAGGGAGAA;SOR=1.366;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=55;WE=6933225;WS=6933207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	6942108	rs11078663	C	T	12160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=210;NR=196;PP=2965;SC=TGGCCTTCTCCGTGCTGCCTG;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=406;TCF=210;TCR=196;TR=406;WE=6942116;WS=6942098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr17	6943266	rs4796576	G	A	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=33;PP=942;SC=CCAAGGAGGGGCTGGAAGAGG;SOR=1.032;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=62;WE=6943274;WS=6943256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	6946559	rs35634464	G	A	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=9;PP=787;SC=CGGGTAATCAGGTGGGTCTCC;SOR=1.911;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=32;WE=6946567;WS=6946555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	7011087	.	T	TACACATTACACACACCGC	17154.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=74;PP=2974;SC=ACCGCACACGTACACACTACA;SOR=0.912;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=142;TCF=61;TCR=81;TR=126;WE=7011095;WS=7011059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr17	7011129	rs530779	C	T	13088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=78;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=157;NR=150;PP=2965;SC=CACGCACATGCGCACACACCC;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=308;TCF=158;TCR=150;TR=307;WE=7011137;WS=7011119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,507:1.00:507
chr17	7012073	rs2304980	G	T	9139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.02;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr17	7012077	rs2304979	C	T	9402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.87;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr17	7012079	rs2304978	C	T	9392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.10;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr17	7080069	rs12945299	A	G	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.24;SOR=1.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	7080111	rs34652175	TCA	T	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=2.154;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,21:0.19:109
chr17	7080316	rs55714927	C	T	4613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=96;PP=2965;SC=TGCTCAAGCCCTTGACCTGGG;SOR=0.872;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=189;TCF=92;TCR=97;TR=183;WE=7080324;WS=7080306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	7096707	rs3215125	TC	T	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=10;PP=811;SC=TACACACCGATCCCCCAGGAG;SOR=1.209;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=23;WE=7096715;WS=7096705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	7099811	rs17203281	G	A	11017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr17	7111624	rs178471	T	C	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=38;PP=983;SC=CTGGCCGCCCTGGCCGCCGCC;SOR=1.217;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=61;WE=7111632;WS=7111614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	7121785	rs2521985	T	C	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=50;PP=1499;SC=AAATGATCTCTGGGCTCCCAA;SOR=1.488;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=75;WE=7121793;WS=7121775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	7123240	rs139223575	T	TGGGCGTGCAGGACGC	4577.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=22;PP=2456;SC=CGCCAGGACGTGGGCGTGCAG;SOR=0.839;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=33;WE=7123248;WS=7123230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	7124768	.	T	C	161	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=127;MMLQ=27;MQ=63.02;NF=9;NR=3;PP=161;QD=16.3142677123;SC=CTGCCCTAGGTCAGGAACTGC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=7124776;WS=7124763;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	7127718	rs17671352	T	C	6117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.590;SC=AGCTGGTAAGTGGCCAGGGGT;SOR=0.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=107;TCR=111;TR=216;WE=7127726;WS=7127708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,239:1.00:240
chr17	7129840	rs35594616	T	C	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=49;PP=1569;ReadPosRankSum=-1.016;SC=GGGCAGGGTATTGGTAGGAGA;SOR=1.190;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=86;WE=7129848;WS=7129830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,101:0.98:103
chr17	7129974	rs2074222	A	G	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.590;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.02;ReadPosRankSum=-0.646;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr17	7132556	rs222837	C	T	6450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=110;NR=100;PP=2965;SC=GCTCATTGCTCTGGCCAACAA;SOR=0.797;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=111;TCR=100;TR=210;WE=7132564;WS=7132546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr17	7133162	rs222836	G	A	3330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr17	7133609	rs2074216	G	A	7965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;PP=2965;SC=CTCACTGGAAGGATGGAGGCC;SOR=1.230;Source=Platypus;TCF=110;WE=7133617;WS=7133599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr17	7134129	rs222835	A	G	11744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=214;NR=205;PP=2965;SC=GCCAAGCGACAAGGTAGAGGT;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=420;TCF=215;TCR=205;TR=419;WE=7134137;WS=7134119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr17	7150552	rs2074217	A	G	4206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	7154534	rs414206	G	A	10845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=172;NR=226;PP=2965;SC=TGCCTCCGCAGAAGGTAAATG;SOR=1.020;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=403;TCF=174;TCR=229;TR=398;WE=7154542;WS=7154524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr17	7156186	rs2074218	A	G	7754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=142;NR=124;PP=2965;SC=CCTACCCTGGATAGGGCACCT;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=266;TCF=142;TCR=124;TR=266;WE=7156194;WS=7156176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr17	7156447	rs2074219	A	G	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=292;SC=TTGGATATGGATCTTTCAGGA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=7156455;WS=7156437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr17	7163739	rs4562	A	G	5037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=96;NR=74;PP=2965;SC=AGAGCGGGGTACACGGTACCC;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=96;TCR=74;TR=170;WE=7163747;WS=7163729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr17	7165395	rs56219105	CG	C	2173.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;QD=33.44;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr17	7185788	rs222848	T	C	8564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=160;NR=147;PP=2965;SC=CCCCCCCTCCTCCAGCTCAGG;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=309;TCF=161;TCR=148;TR=307;WE=7185796;WS=7185778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr17	7185861	rs222849	T	C	10223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr17	7187123	rs5435	T	C	5210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=91;PP=2846;SC=GCCTGGCCAATGCTGCTGCCT;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=92;TCR=91;TR=183;WE=7187131;WS=7187113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr17	7192091	rs222842	C	T	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	7192198	rs222841	T	G	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=29;PP=729;SC=GTTCTTTTTGTTTTTGAGACA;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=54;WE=7192206;WS=7192188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	7193055	rs3833134	GA	G	3475.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=29;PP=1427;SC=CTAAGGCAAGGAACAAGGCTC;SOR=1.207;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=7193068;WS=7193045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	7193060	rs55781423	A	G	3483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=29;PP=983;SC=GCAAGGAACAAGGCTCTGAGG;SOR=1.194;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=57;WE=7193068;WS=7193045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	7193255	rs3744405	G	A	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=15;PP=1277;SC=ACACTGGAAGGGGAAGACCAA;SOR=1.641;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=64;WE=7193263;WS=7193245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	7193448	rs222838	A	G	5475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=88;PP=2965;SC=CTGGAGCCAGATTATCCACAG;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=94;TCR=88;TR=182;WE=7193456;WS=7193438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr17	7194010	rs2521992	C	T	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=28;PP=735;SC=GTGGAATGTGCTTGCACCCAT;SOR=2.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=7194018;WS=7194000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	7197633	rs8069533	A	G	163.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.40;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	7197794	rs222859	C	A	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.31;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	7213560	rs72840907	C	G	3823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=72;PP=2202;SC=TTTCAGGTCACCTTGCTGCTT;SOR=1.280;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=52;TCR=72;TR=124;WE=7213568;WS=7213550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	7213694	rs4796399	C	A	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=12;PP=320;SC=AACATTCTTGCTAGCACTTCC;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=7213702;WS=7213684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	7214824	rs11658072	C	T	6783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=118;NR=107;PP=2965;SC=CTCCCTGCTTCTGTGCTCAGC;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=118;TCR=107;TR=225;WE=7214832;WS=7214814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr17	7217463	rs2292064	T	C	3788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=50;PP=2443;SC=CAGCTGATGTTAGGGTGGTCA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=72;TCR=51;TR=122;WE=7217471;WS=7217453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	7220697	rs62059198	G	T	12413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr17	7221385	rs1127440	G	A	5482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=88;PP=2965;SC=GGGACTCACCGGGAAGCAGCA;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=92;TCR=89;TR=178;WE=7221393;WS=7221375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr17	7221544	rs7222233	T	C	4617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=66;PP=2576;ReadPosRankSum=-1.929;SC=AGGGTGAGGGTGGGGGAGTAG;SOR=0.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=92;TCR=67;TR=157;WE=7221552;WS=7221534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,174:0.99:176
chr17	7221707	rs7216490	G	T	12045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=233;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.663;SC=GACAGAGCTTGGTCAGACCCC;SOR=0.523;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=423;TCF=234;TCR=189;TR=420;WE=7221715;WS=7221697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,451:1.00:452
chr17	7224319	rs3809811	T	C	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=23;PP=776;SC=TTTGCACAGATCCTGAGTGTG;SOR=1.562;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=7224327;WS=7224309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	7225149	rs3809814	C	G	9506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=181;NR=147;PP=2965;SC=TCGTGATGGGCCTCGCAGCCC;SOR=0.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=329;TCF=182;TCR=147;TR=328;WE=7225157;WS=7225139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr17	7225425	rs2062771	T	C	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=68;PP=1613;SC=GAAATGGGGATGCCAACGCCC;SOR=1.650;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=35;TCR=68;TR=103;WE=7225433;WS=7225415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	7226957	rs35776863	G	A	19120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=732;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=367;NR=312;PP=2965;SC=ACACACAGACGGCCCTCACCA;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=682;TCF=367;TCR=315;TR=679;WE=7226965;WS=7226947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,730:1.00:730
chr17	7245371	rs4796407	A	G	4573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=90;PP=2867;SC=TGGGTCCACCAGAGCCCATGA;SOR=1.213;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=63;TCR=90;TR=153;WE=7245379;WS=7245361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr17	7245674	rs8069505	G	A	6853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr17	7246940	rs3809829	T	G	4202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=59;PP=2425;SC=CCTCGAGGCTTGGGGGTCTCC;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=77;TCR=60;TR=136;WE=7246948;WS=7246930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	7251605	rs2292066	G	C	4703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=87;NR=71;PP=2903;SC=GGAAGACTGCGTGCTTCTCCC;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=87;TCR=71;TR=158;WE=7251613;WS=7251595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr17	7253659	rs2292068	T	C	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=24;PP=504;SC=CAGAAGCCTGTGCTGTGGGGC;SOR=4.091;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=26;WE=7253667;WS=7253649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	7254602	rs66687178	T	G	10668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=197;NR=182;PP=2965;SC=CGGCCTTTCCTCCCTCCCCCA;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=379;TCF=197;TCR=182;TR=379;WE=7254610;WS=7254592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr17	7259073	rs6503016	C	T	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=13;PP=737;SC=GACAGGAGGGCTGATCAGGGA;SOR=1.096;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=35;WE=7259095;WS=7259063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	7259087	rs193159515	G	A	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=12;PP=847;SC=TCAGGGAGGGGCTGCGTGAAG;SOR=1.501;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=38;WE=7259095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	7286326	rs1554948	T	A	5593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=101;NR=84;PP=2965;SC=GGCCCATCCTTGAGGAGCTTA;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=101;TCR=84;TR=185;WE=7286334;WS=7286316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr17	7292107	rs6503018	G	A	5601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=79;PP=2965;SC=TCTGTCACAGGTGGAGCTGAG;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=182;TCF=100;TCR=82;TR=179;WE=7292115;WS=7292097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr17	7293715	rs3744549	C	T	5403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=70;PP=2965;SC=TAACTGGTGACGGCAGAGGGC;SOR=1.184;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=109;TCR=71;TR=179;WE=7293723;WS=7293705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr17	7296899	rs72842811	C	T	6905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.36;ReadPosRankSum=1.657;SOR=0.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,261:1.00:262
chr17	7297452	rs4613118	A	G	2658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	7307103	rs56134360	ACC	A	2173.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=14;NR=46;PP=1226;SC=GAGAAAGGGCACCCCCCCCCC;SOR=4.215;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=60;WE=7307122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	7307287	rs9900153	T	C	13800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=262;NR=227;PP=2965;SC=ACGCCCCAAGTACAGTCCCAT;SOR=0.789;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=489;TCF=262;TCR=227;TR=489;WE=7307295;WS=7307277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,520:1.00:520
chr17	7317647	rs60631713	A	AC	3199.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=48;PP=2976;SC=CCACCTGCCCACCCCTCCCCA;SOR=2.054;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=71;WE=7317655;WS=7317637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	7318396	rs2241233	C	T	5880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=126;PP=2965;SC=GAGAGGACAGCGCTGAAGCTG;SOR=1.480;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=71;TCR=126;TR=197;WE=7318404;WS=7318386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr17	7318559	rs6503019	G	A	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=17;PP=615;SC=TGGCAAGGAGGGATGGGCTTC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=7318567;WS=7318549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	7320142	rs3752031	C	T	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=6;PP=822;SC=CTTGCTGTCCCCCTGTCTCTC;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=7320150;WS=7320138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	7329632	rs13290	T	G	16098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=290;NR=295;PP=2965;SC=CTCCTCTTTCTCCTGCCACCA;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=585;TCF=290;TCR=295;TR=585;WE=7329640;WS=7329622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,609:1.00:609
chr17	7349622	.	T	TTGTG	220.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=27.61;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr17	7350544	rs2302767	G	A	6382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=99;NR=125;PP=2965;SC=CTGACTCCCCGGCGACTCCCA;SOR=1.120;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=229;TCF=99;TCR=130;TR=224;WE=7350552;WS=7350534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr17	7350975	rs2302765	T	C	5386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=91;PP=2965;SC=CATTGGTGAGTAGGCATGGCT;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=84;TCR=91;TR=175;WE=7350983;WS=7350965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr17	7358803	rs7214344	G	A	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=17;PP=449;SC=ACCCACATAAGAGGGAGAGGG;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=7358811;WS=7358793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	7358861	rs2302762	T	C	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=9;PP=268;SC=GCCCATGCTCTCGGAAGACGC;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=7358869;WS=7358851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	7359277	rs2302763	T	C	3827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=90;PP=2101;SC=CCAACGGGGGTGGAACAAGGC;SOR=1.382;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=147;TCF=52;TCR=95;TR=142;WE=7359285;WS=7359267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	7366651	rs871990	C	G	4016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=77;PP=2594;SC=TGGTGGTGGCCATGGCTGGCC;SOR=1.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=51;TCR=77;TR=128;WE=7366659;WS=7366641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	7385174	rs8065577	G	C	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=11;PP=1076;SC=TTCTAGCTCCGAAGAGTTCCT;SOR=2.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=7385182;WS=7385173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	7385454	rs3760422	G	A	2805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=45;PP=2002;SC=GGGCCTGCCTGCTGGCTTCGT;SOR=0.773;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=51;TCR=47;TR=95;WE=7385462;WS=7385444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	7400041	rs9890920	C	T	3067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=29;PP=1996;SC=AGGGAAATGGCCCACCCTCTG;SOR=1.524;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=66;TCR=29;TR=95;WE=7400049;WS=7400031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	7400137	rs9898024	T	C	8634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.856;SC=TGGCCTAGAGTTGTATGCGGA;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=162;TCR=123;TR=285;WE=7400145;WS=7400127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,327:0.99:329
chr17	7402556	rs2277638	G	A	9537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=177;NR=161;PP=2965;SC=TCAAGGTTTCGCTGCAGACAT;SOR=0.775;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=339;TCF=178;TCR=161;TR=338;WE=7402564;WS=7402546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr17	7402600	rs2228129	T	C	10498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=196;NR=183;PP=2965;SC=TTAACTGTAGTGTGACAACTC;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=382;TCF=197;TCR=185;TR=379;WE=7402608;WS=7402590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr17	7403942	rs12936464	A	C	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=36;NR=3;PP=991;SC=TGTCTGCCTTACTCTTTGTCT;SOR=4.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=39;WE=7403950;WS=7403932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	7404107	rs7217707	T	C	9372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=171;NR=144;PP=2965;SC=GTACCCACAGTACCCATCCCG;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=315;TCF=171;TCR=144;TR=315;WE=7404115;WS=7404097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr17	7404209	rs6503030	G	A	6154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=109;NR=109;PP=2965;SC=GAATTTGGACGTGGGAGCCAG;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=109;TCR=110;TR=218;WE=7404217;WS=7404199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr17	7404991	rs2228130	T	C	5313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr17	7405074	rs8075218	C	T	3926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;SC=TTTCCATATACGGGGCCGCTG;SOR=0.779;Source=Platypus;TCF=66;WE=7405082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	7405937	rs2071504	C	T	5682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=91;NR=102;PP=2965;SC=AGCTGCGCTACGGCGAAGACG;SOR=0.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=91;TCR=103;TR=193;WE=7405945;WS=7405927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr17	7406049	rs9910214	C	T	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=33;PP=1012;SC=GGGTGGTTCTCGCCCCTGGGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=7406057;WS=7406039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	7406343	rs9890028	T	C	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=277;SC=ACCACTGTACTTGGTCGGCTG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=7406351;WS=7406340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	7411855	rs4796432	A	G	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=28;PP=859;SC=TCAACTGGGTATGGTGGCTCA;SOR=1.203;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=7411863;WS=7411845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	7412212	rs9889368	A	G	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=68;NR=32;PP=2030;SC=GTTAGAAGAGACGTTTAGAGC;SOR=1.392;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=69;TCR=32;TR=100;WE=7412220;WS=7412202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	7413038	rs2269459	A	G	3212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=36;PP=995;SC=TGCAATCAACATTGAGGGGCG;SOR=1.151;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=67;WE=7413046;WS=7413028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	7413057	rs7213878	C	T	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=27;PP=808;SC=CGGCCAGGCGCGGTGGCTCAC;SOR=1.123;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=49;WE=7413065;WS=7413047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	7413120	rs7218412	A	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=11;PP=332;SC=ACCTGAGCTCAGGAGTTCGAG;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=7413128;WS=7413110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	7416683	rs9894023	A	G	42891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1701;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.009;NF=832;NR=805;PP=2965;ReadPosRankSum=1.320;SC=CCAGCTACTCACCGACATCTC;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1682;TCF=841;TCR=841;TR=1637;WE=7416691;WS=7416673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,1682:1.00:1686
chr17	7417086	rs4344809	G	A	26566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1012;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=493;NR=454;PP=2965;SC=CTACAGCCCAGCCTCACCCAA;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCR=456;TR=947;WE=7417094;WS=7417076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1006:1.00:1006
chr17	7417551	rs9533	T	C	3349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=96;PP=2231;SC=CCCGTGCTGCTGTGCAGTTCT;SOR=3.506;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=19;TCR=96;TR=115;WE=7417559;WS=7417541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	7452977	rs9899183	C	T	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=32;PP=1022;SC=TGCATGGGTGCGTGTCTGCAG;SOR=1.197;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=56;WE=7452985;WS=7452967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	7460559	rs4968189	T	G	4429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=67;PP=2676;SC=AGGTGTCTGGTCTGTTGGCCC;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=83;TCR=67;TR=150;WE=7460567;WS=7460549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	7463644	rs72154130	TCAA	T	6117.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=49;PP=2967;SC=CCTGTTTTCTTCAACATCTCC;SOR=1.114;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=66;WE=7463654;WS=7463634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	7464413	rs6608	C	T	5175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr17	7468216	rs4968212	T	C	7714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr17	7470285	rs58837213	CA	C	4849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=49;PP=2880;SC=AACTCCGTACCAAAGGGTTAT;SOR=0.796;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=69;WE=7470293;WS=7470275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr17	7474277	rs4968213	C	T	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=24;PP=727;SC=GGCCACCTCCCCTAGCTCTGA;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=7474285;WS=7474267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	7476189	.	A	G	8767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=142;NR=146;PP=2965;SC=CCCGGTAAGAAAGGCATTTGC;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=142;TCR=148;TR=288;WE=7476197;WS=7476179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr17	7477938	rs1057086	G	C	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=13;PP=416;SC=GCATCTACGCGTATGGTTTTG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=7477946;WS=7477928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	7480547	rs2270341	T	A	3618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	7484101	rs9901673	C	A	10325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=172;PP=2965;ReadPosRankSum=2.535;SC=CCACGCAGCACGTAAGTAACC;SOR=0.377;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=364;TCF=191;TCR=173;TR=361;WE=7484109;WS=7484091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,387:0.99:390
chr17	7484812	rs9901675	G	A	11480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr17	7489417	rs74336587	C	T	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=15;PP=407;SC=CACCCTTCCACCCCAAGGGTA;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=7489425;WS=7489407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	7490379	rs2302661	G	C	1968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.38;ReadPosRankSum=-0.845;SOR=2.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr17	7490810	rs10852891	G	A	8398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=163;NR=127;PP=2965;SC=CCTCATCGCCGCCCAGCTGCT;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=291;TCF=164;TCR=127;TR=290;WE=7490818;WS=7490800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr17	7499382	rs858526	A	G	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=28;PP=779;SC=GACCCTTTGCATAACTTAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=7499390;WS=7499372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	7504858	rs17643401	G	A	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=18;PP=577;SC=GAGGAAACCAGTGGGAAAGTC;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=7504866;WS=7504848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	7529902	rs13894	G	A	3133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=45;PP=2112;SC=ACGGCCAGGCGGAATTGGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=58;TCR=46;TR=103;WE=7529910;WS=7529892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	7533901	rs9913778	C	T	4905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.25;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr17	7536690	rs35338190	C	CT	3051.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=56;PP=2491;SC=TAAGAACCCCCTTTGAAAGTT;SOR=1.588;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=3;TCR=60;TR=59;WE=7536698;WS=7536680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	7557419	rs1642763	A	G	10051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=192;NR=143;PP=2965;SC=GCCGCCCTGGACGCTATTACG;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=335;TCF=192;TCR=143;TR=335;WE=7557427;WS=7557409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr17	7565336	.	AAG	A	35	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=35;QD=22.5;SC=CCTTGGCCTAAAGAGAGAGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=2;WE=7565345;WS=7565326;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,2:0.12:16
chr17	7569698	rs8073498	A	C	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	7577046	.	C	A	7960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.608;ClippingRankSum=0.000;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=17.681;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.576;SC=GGGGGCAGCTCGTGGTGAGGC;SOR=0.516;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=275;TCF=130;TCR=145;TR=270;WE=7577054;WS=7577036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,304:0.98:309
chr17	7578115	rs1625895	T	C	2709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=31;PP=1585;SC=ACTGCTCACCTGGAGGGCCAC;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=62;TCR=31;TR=92;WE=7578123;WS=7578105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	7578645	rs2909430	C	T	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	7579472	rs1042522	G	C	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=34;PP=1340;SC=AGGGGCCACGGGGGGAGCAGC;SOR=1.072;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=88;WE=7579480;WS=7579462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	7579643	rs146534833	CCCCCAGCCCTCCAGGT	C	8994.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=103;PP=2983;SC=GCCCCCCAGCCCCCCAGCCCT;SOR=1.337;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=157;TCF=29;TCR=128;TR=119;WE=7579679;WS=7579633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr17	7579801	rs1642785	G	C	2772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=39.923;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.44;ReadPosRankSum=0.926;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,152:0.96:159
chr17	7660622	rs62062621	C	G	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=28;PP=840;SC=CTCTTATCTGCCCTGTAATGT;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=7660630;WS=7660612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	7660676	.	C	CA	185.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.38;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr17	7674850	rs7212989	C	T	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=553;SC=GTCATGGTTGCGTGCTTCATT;SOR=5.994;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=7674858;WS=7674840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	7677927	rs4791759	A	G	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=1;PP=352;SC=CATGTTAGACAGTCTGGGGAT;SOR=2.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=7677935;WS=7677922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	7680159	rs62059684	G	A	5775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr17	7681412	rs7359662	C	G	4437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=59;PP=2714;SC=ATGACTGTGTCATCCGCCAGA;SOR=0.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=87;TCR=59;TR=146;WE=7681420;WS=7681402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	7700419	.	CA	C	101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;MQRankSum=0.632;QD=9.25;ReadPosRankSum=1.426;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr17	7701204	rs8072174	A	G	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=13;PP=348;SC=GGGTATGTCTAAGGAAATAGG;SOR=1.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=7701212;WS=7701194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	7701806	rs2131810	C	T	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=18;PP=790;SC=GTTCCTAAATCTCAGAAAAGG;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=39;WE=7701814;WS=7701796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	7702126	rs138048200	GCACACCCCCACTGC	G	853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=2967;SC=TGTGCCACTGGCACACCCCCA;SOR=1.127;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=7702147;WS=7702116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	7702357	rs12949280	C	T	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=20;PP=1243;SC=CCACCTGACCCGCTGCCCCCG;SOR=1.439;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=66;WE=7702365;WS=7702347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	7705344	rs8073196	G	C	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=47;PP=1193;SC=AAGTATGAAGGGGGGCAGGGG;SOR=1.076;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=85;WE=7705352;WS=7705334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	7705410	rs8073332	G	T	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=16;PP=425;SC=AAATGATGCTGATGTGCAAGG;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=7705418;WS=7705400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	7707839	rs56187054	C	T	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=536;SC=CCGGCTACTGCGTCAGGGAAC;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=7707847;WS=7707829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	7721231	rs9916791	T	C	8720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=172;NR=155;PP=2965;SC=ACCTCTCCCGTAGTGTTCCTT;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=327;TCF=172;TCR=155;TR=327;WE=7721239;WS=7721221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr17	7722365	rs7213894	C	T	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	7726665	rs55758061	C	CAGAG	1315.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=1206;ReadPosRankSum=1.490;SC=GAGAAAAATACAGAGAGAGAG;SOR=0.719;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=23;WE=7726673;WS=7726655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,35:0.90:39
chr17	7733555	rs7405476	A	G	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=18;PP=1381;SC=TGTACATGGCAGTGCTAGTGG;SOR=2.463;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=59;TCR=18;TR=77;WE=7733563;WS=7733545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	7733833	rs34121753	A	G	3573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=77;PP=2403;SC=AGGGGTCCTCATCCCAGCCCT;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=43;TCR=77;TR=120;WE=7733841;WS=7733823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr17	7750177	.	T	TACCACCACC	3127.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=46.00;SOR=8.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	7751858	.	TCAC	T	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=7.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-1.343;SOR=0.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,20:0.10:207
chr17	7754993	rs12939056	G	A	5719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=107;PP=2965;SC=AGGAGCTGCTGAAGCTGCCCG;SOR=1.236;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=78;TCR=107;TR=185;WE=7755001;WS=7754983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr17	7788145	.	CGAG	C	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=28;QD=13.0;SC=CTCTGAGGGACGAGGAGGAGG;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=3;WE=7788155;WS=7788135;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,3:0.15:20
chr17	7788409	rs201772788	C	G	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	7811876	.	CA	C	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.37;ReadPosRankSum=0.401;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,28:0.18:159
chr17	7811998	rs4239111	T	C	5759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.30;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr17	7906439	.	C	T	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	7948175	rs6503070	C	T	3911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=81;PP=2894;SC=GGCAGGAGGACGCCTTCTTCG;SOR=1.076;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=85;TCR=81;TR=164;WE=7948183;WS=7948165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	7950394	rs9895916	G	A	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=49;PP=1689;SC=GCAGTGGAACGGTGAGGGGCC;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=89;WE=7950402;WS=7950384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	7951819	rs4792147	A	G	4113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	7960625	rs9896256	C	T	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=46;PP=1943;SC=AGAGCAATATCGTCCTTGGTT;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=66;TCR=46;TR=112;WE=7960633;WS=7960615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	7960656	rs9897109	A	T	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	7961129	rs7214975	G	A	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=141;SC=CAGGAACCACGAGCGCATGGT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=7961137;WS=7961119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	7977105	rs12937410	A	G	2855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=58;PP=1652;SC=CCCAGGCGACATCAGTCGTGC;SOR=1.232;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=97;WE=7977113;WS=7977095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	7979463	rs2289586	A	G	9071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=174;NR=131;PP=2965;SC=TGTCCACCCTAAGAGCCACCC;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=306;TCF=174;TCR=132;TR=305;WE=7979471;WS=7979453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr17	7984157	rs3816263	A	C	3781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=49;PP=2474;ReadPosRankSum=1.223;SC=GCAGGCGCCCAGGGGAAAACC;SOR=1.203;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=86;TCR=49;TR=133;WE=7984165;WS=7984147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,142:0.99:144
chr17	7990577	rs3217514	GAC	G	455.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=3.380;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,29:0.20:146
chr17	7991330	rs9909784	T	G	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	8019125	rs3027218	C	T	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=14;PP=401;SC=CTGTGAAACACGTGGCGGTGC;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=8019133;WS=8019115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	8022065	rs3027232	G	A	12853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=259;PP=2965;ReadPosRankSum=1.011;SC=ATACAGCGCCGGCAAACAGGG;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=464;TCF=204;TCR=260;TR=462;WE=8022073;WS=8022055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,487:1.00:489
chr17	8027318	rs1372869	A	G	4680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=98;NR=60;PP=2868;SC=CCAGTCCCCTAGCCAAACCAG;SOR=1.192;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=98;TCR=60;TR=158;WE=8027326;WS=8027308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	8077794	rs144844529	G	A	3589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	8141707	rs6503093	T	C	5649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	8275001	rs2909439	C	T	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=133;SC=CCAGTTTTGACGCTGCCAGAG;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=8275009;WS=8274991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	8275023	rs1004151	T	G	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=3;PP=77;SC=TGTAGCCCATTTATTAATCTT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=8275031;WS=8275013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	8283379	rs409445	C	G	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=18;PP=580;SC=AAAGAGCCCACTTCGGCAACC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=8283387;WS=8283369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	8296383	rs12601362	C	T	2535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=31;PP=1320;SC=GGGAGCTGGGCGCTCTGGCCC;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=78;WE=8296391;WS=8296373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	8296440	rs12601265	G	A	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=26;PP=1202;SC=CTCCAGGCAGGGGAGGAGGCG;SOR=0.840;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=64;WE=8296448;WS=8296430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	8339103	rs8065181	C	T	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.76;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	8339283	rs3744652	C	T	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.00;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	8339307	rs8064417	G	A	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=17;PP=651;SC=TGGCCGGGCCGGCGGAGGGGA;SOR=0.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=35;WE=8339315;WS=8339297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	8349984	rs369297844	T	TC	647.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=29.44;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	8383253	rs4791316	G	C	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=5;PP=406;SC=GTCCTCCCAGGCTCTGAATGC;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=8383261;WS=8383249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	8383344	rs3215073	G	GC	2518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.217;NF=32;NR=16;PP=1390;ReadPosRankSum=-1.169;SC=GTGGTGGGGAGCCCCCCCGAA;SOR=0.597;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=48;WE=8383352;WS=8383334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr17	8383894	rs6503120	A	G	3340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	8384875	rs904417	T	G	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=18;PP=484;SC=AATTAAACTGTCAAGAAAATC;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=8384883;WS=8384865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	8387438	rs113838551	G	GATGA	5770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=32;PP=2847;SC=TGAACAAATGGATAAGTAACA;SOR=1.366;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=61;WE=8387446;WS=8387428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr17	8390655	rs7219356	C	T	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=4;PP=187;SC=ACGCTGACAGCGGTGCTGTGC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=8390663;WS=8390645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	8393900	rs2270744	G	C	3080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=62;PP=2004;SC=GGAAAGAGTTGACCGGGGTGG;SOR=1.295;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=105;WE=8393908;WS=8393890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	8393979	rs2270743	C	T	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=25;PP=733;SC=CCACTTTGGTCCCCCTGGGCC;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=8393987;WS=8393969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	8395894	rs904416	T	C	3824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=25.67;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
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chr17	8449767	rs4791724	A	G	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=28;PP=1753;SC=AAGACAGTTTATATTGATTCA;SOR=1.563;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=89;WE=8449775;WS=8449757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	8451744	rs57472344	GA	G	711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.658;HP=15;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=479;ReadPosRankSum=-0.593;SC=TTGATAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.447;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=27;WE=8451752;WS=8451734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr17	8455532	rs883811	G	A	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=37;PP=977;SC=CTCTTTCAGCGTCTGTAAATT;SOR=1.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=54;WE=8455540;WS=8455522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr17	8478586	rs10573578	CAAT	C	1762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=603;SC=ATGTTAACAACAATGATTTAT;SOR=0.902;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=8478596;WS=8478576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	8478605	rs268460	C	T	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=12;PP=306;SC=ATGTGTTCCACAGGGAATTTG;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=8478613;WS=8478595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	8647127	rs9895426	C	T	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	8647181	rs9902109	T	C	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=7;PP=442;SC=TCCCACTTTCTACCCCATGCC;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=8647189;WS=8647171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	8647337	rs7218546	A	G	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=54;PP=1897;SC=AGGCTCTCCCAGAGCCCCAGC;SOR=2.505;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=108;TCF=54;TCR=54;TR=103;WE=8647345;WS=8647327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	8647931	rs10852904	G	C	6404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr17	8701116	rs2242374	G	A	10093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=171;NR=175;PP=2965;SC=GCTGCCCAGCGAGGCAGCTCA;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=348;TCF=171;TCR=177;TR=346;WE=8701124;WS=8701106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr17	8701799	rs17854013	G	T	6191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=107;NR=100;PP=2965;SC=TTCCCCCCAGGAAGCAAGGGG;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=107;TCR=100;TR=207;WE=8701807;WS=8701789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr17	8725214	rs56322041	A	AG	10388.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=101;PP=2936;ReadPosRankSum=-1.534;SC=AGTGGCCCGCAGGAAACGGTG;SOR=0.819;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=121;TCF=15;TCR=106;TR=116;WE=8725222;WS=8725204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,302:0.99:304
chr17	8787847	rs436193	G	C	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=381;SC=AAGAAGCACAGAGATATCCAC;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=8787855;WS=8787838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	8787955	rs436384	T	C	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=28;PP=1966;SC=CAGCTCTGGGTCCAAGCTCTG;SOR=1.674;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=76;TCR=29;TR=104;WE=8787963;WS=8787945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	8788154	rs454347	C	A	6572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.48;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=0.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,257:1.00:258
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chr17	8791958	rs143826606	G	T	5334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=82;PP=2965;SC=CATCAGAGAGGCCTGAGACAA;SOR=0.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=103;TCR=82;TR=185;WE=8791966;WS=8791948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr17	8792029	rs381309	A	G	7076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=140;NR=94;PP=2965;SC=GCAAGGGACAAGGTGGAGTCA;SOR=0.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=140;TCR=94;TR=234;WE=8792037;WS=8792019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr17	8792514	rs394811	G	A	3044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	8793905	rs365024	T	C	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=4;PP=170;SC=ACACCCTCTATGAGGTCAGCC;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=8793913;WS=8793895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	8794002	rs364676	T	C	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=15;PP=700;SC=AGGGAGAGGGTGCTACCTCCT;SOR=1.201;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=8794022;WS=8793992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	8794014	rs381198	A	G	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=18;PP=892;SC=CTACCTCCTCAGAGAGGTGCT;SOR=1.263;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=56;WE=8794022;WS=8793992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	8809075	rs92535	G	A	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;QD=24.35;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	8812683	rs181534	T	C	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=9;PP=202;SC=CTCAGCTCACTGCAACCTCTG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=8812691;WS=8812673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	9153861	rs8974	G	C	2977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=36;PP=2005;SC=TCTGTCATTGGCAGGTGTCAC;SOR=1.365;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=71;TCR=36;TR=107;WE=9153869;WS=9153851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
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chr17	9154118	rs17675967	C	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=19;PP=526;SC=TGGGGCGCCGCTGCTGCTACA;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=9154126;WS=9154108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	9395034	rs7222078	T	C	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr17	9515777	rs6503235	G	A	5321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=117;PP=2965;SC=TGATGCTGTCGAGGATATTGT;SOR=1.298;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=77;TCR=117;TR=194;WE=9515785;WS=9515767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr17	9712092	rs56256681	G	A	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=8;PP=885;SC=TGTCCAGTCTGACACTCTGCT;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=9712100;WS=9712082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	9712255	rs9908677	G	A	6410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr17	9714009	rs4079466	C	A	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=23;PP=769;SC=AATTTCTAGCCCCTTAACTGG;SOR=0.823;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=9714017;WS=9713999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	9725091	rs28590474	G	A	24752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.76;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,553:1.00:553
chr17	9725091	.	GGC	AGT	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=276;NR=219;PP=2947;QD=20;SC=TCACCGTTGAGGCTCTCCTCG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=513;TCF=283;TCR=230;TR=495;WE=9725101;WS=9725081;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:18,495:0.96:513
chr17	9725093	rs28376468	C	T	24752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.04;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,562:1.00:562
chr17	9725279	rs9915294	C	T	6075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=140;PP=2965;SC=CTTCACCACCCGTCGGGTCCC;SOR=1.889;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=63;TCR=140;TR=203;WE=9725287;WS=9725269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	9801299	.	ATG	A	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,6:0.15:39
chr17	9820695	rs4791910	C	T	7533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=136;NR=121;PP=2965;SC=CTGTTAGAGACGGCGGCCAAG;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=136;TCR=121;TR=257;WE=9820703;WS=9820685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr17	9820739	rs11078821	A	G	4674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=88;PP=2765;SC=TGCTGTCCTCACCTTAGTGTC;SOR=1.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=72;TCR=88;TR=160;WE=9820747;WS=9820729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	9821249	rs11078822	C	T	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=8;PP=920;SC=TAACCTGCCACGGCCTAGCGC;SOR=2.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=46;WE=9821257;WS=9821239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	9821614	rs61532416	G	GA	3135.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=54;PP=2344;SC=TTTACTTCCTGAAATCCTGCT;SOR=3.290;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=1;TCR=63;TR=55;WE=9821626;WS=9821604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	9821618	rs55976773	T	G	3144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=54;PP=1528;SC=CTTCCTGAAATCCTGCTCCGC;SOR=3.290;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=5;TCR=54;TR=59;WE=9821626;WS=9821604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	9830171	rs56199323	C	T	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=38;PP=1088;SC=AGGGGCACCCCCACTTCCCCA;SOR=1.681;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=57;WE=9830179;WS=9830161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	9850286	rs34907720	C	T	3459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=53;PP=1957;SC=GGTGAGGGAACGTCACACAGT;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=73;TCR=53;TR=126;WE=9850294;WS=9850276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	10205067	rs2008528	C	T	5808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=118;PP=2965;SC=CCTCTCAGTCCGATTATGAGG;SOR=1.311;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=78;TCR=118;TR=196;WE=10205075;WS=10205057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	10214628	rs2074867	C	T	3922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=73;PP=2183;SC=CAGGGATGGGCGATTCATTCA;SOR=1.103;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=54;TCR=73;TR=127;WE=10214636;WS=10214618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	10216442	rs4239113	C	A	2407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=32;PP=1337;SC=TGTCCTCGGGCCCCCTCTGCT;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=79;WE=10216450;WS=10216432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	10219113	rs17690195	C	T	5977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr17	10219366	rs2240577	C	T	4219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=78;PP=2454;SC=AAAGTCAACACGAATGGGAAG;SOR=1.060;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=65;TCR=78;TR=143;WE=10219374;WS=10219356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	10219470	rs2240578	A	T	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=25;PP=730;SC=AACAAAAAAAAGTTCAGTTTC;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=10219478;WS=10219460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	10223714	rs2074877	T	C	5998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.02;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr17	10227708	rs3826442	C	T	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=33;PP=1014;SC=CACACATGCACGCACATGTGC;SOR=3.160;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=40;WE=10227716;WS=10227698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	10231498	rs2277645	A	C	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=33;PP=944;SC=CTGCACCCCCAACCTGTCCCC;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=10231506;WS=10231488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	10233561	.	A	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=-1.506;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr17	10235360	rs8064714	G	C	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=353;SC=GATCAGCTAAGAAGCAGCCCA;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=10235368;WS=10235350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	10236465	rs2240579	G	A	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	10243589	rs4445936	C	A	5043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr17	10243717	rs3760423	G	A	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=31;PP=842;SC=CTCCGGAGTCGCCTGGAGACA;SOR=1.567;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=10243725;WS=10243707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	10249888	rs34168540	G	GA	1990.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=12;PP=1900;SC=CTCTTAATGTGAAAGCTGATT;SOR=2.483;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=44;WE=10249896;WS=10249878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	10250159	rs56191439	G	A	2838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	10254197	rs2108568	A	G	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=41;PP=1328;SC=TGGGTGGGTGAAGACTATGGG;SOR=1.300;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=69;WE=10254205;WS=10254187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	10297658	rs8069834	A	G	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=38;PP=1199;SC=AGAGTGGCCCACAGCTCCTCG;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=80;WE=10297666;WS=10297648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	10303144	rs3815314	G	C	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=10;PP=300;SC=TAGGCATGGCGAGTGCATAGT;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=10303152;WS=10303134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	10304261	rs3744552	G	A	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=29;PP=1334;SC=TCAAATTGCTGATTTCAAATT;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=68;WE=10304269;WS=10304251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	10308043	rs147823087	TAC	T	888.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;QD=40.40;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	10318636	rs8068729	A	G	2919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=37;PP=1578;SC=CATTCCTCACAGTTTTGGCAT;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=97;WE=10318644;WS=10318626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	10357281	rs3826444	T	G	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=35;PP=970;SC=AGGTGGAAATTTCAGTGACTA;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=10357289;WS=10357271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	10359782	rs970292	A	G	5842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.18;SOR=1.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	10400963	rs723903	C	G	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=25;PP=1579;SC=TGAGAACAGCCCTCAGATGGT;SOR=1.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=66;TCR=25;TR=91;WE=10400971;WS=10400953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	10409241	rs73974725	T	C	5906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=120;NR=77;PP=2965;SC=TCATGCTCCATGGCACCTAAA;SOR=1.069;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=198;TCF=120;TCR=78;TR=197;WE=10409249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr17	10411322	.	G	GT	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=7.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.432;QD=1.36;ReadPosRankSum=-2.216;SOR=1.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,30:0.23:133
chr17	10415840	rs2007027	A	G	6447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=113;NR=94;PP=2965;SC=CATCTGAAGTAAAGCCCAGAA;SOR=0.754;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=113;TCR=94;TR=207;WE=10415848;WS=10415830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr17	10424897	.	CAT	C	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.921;NF=0;NR=6;PP=173;ReadPosRankSum=0.053;SC=TTATTGATGTCATATATATAT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=6;WE=10424906;WS=10424887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr17	10426343	rs7223755	C	T	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=4;PP=281;SC=ACAGCTTGTTCACTACAAGAA;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=10426351;WS=10426333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	10435325	rs11379780	G	GA	813.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=26;PP=877;SC=ACATGCAGATGAAAAAATTCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=26;WE=10435333;WS=10435315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	10532884	rs12940161	G	A	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=3;PP=261;SC=CAGTCCCTGGGGGGGGGCTCC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=10532892;WS=10532874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	10533595	rs3216886	C	CT	5535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=49;PP=2969;SC=GGGGTTCCTCCTGCACACACC;SOR=0.848;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=68;WE=10533610;WS=10533585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	10533602	rs200954595	C	T	5604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=52;PP=1799;SC=CTCCTGCACACACCCTGGTCT;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=97;WE=10533610;WS=10533585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	10536018	rs2285479	G	A	7068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr17	10536184	rs2285478	A	G	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=21;PP=539;SC=CAAAACTTCAATGGAATAGTC;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=10536192;WS=10536174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	10541515	rs2285477	C	T	5221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=90;NR=81;PP=2924;SC=TTCCTCAGCGCGGCCACCATG;SOR=0.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=90;TCR=81;TR=171;WE=10541523;WS=10541505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr17	10542471	rs2285475	T	G	6553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=113;PP=2965;SC=CCAGGTCTACTCGGAGCTTCT;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=105;TCR=113;TR=218;WE=10542479;WS=10542461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr17	10542765	rs2285474	A	G	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=37;PP=1157;SC=CATCTAACCCAGAGAGTTCCT;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=10542773;WS=10542755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	10542803	rs2285473	T	C	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=30;PP=1011;SC=TAAGAAGAATTCGCAAGCAAT;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=50;WE=10542811;WS=10542793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	10542886	rs2285472	T	C	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=13;PP=486;SC=CCTTGTTCTCTGTGGCATGCT;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=10542894;WS=10542876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	10543183	rs2285471	A	G	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=15;PP=427;SC=CCAGTATTTCACTATATATGA;SOR=1.609;Source=Platypus;TCF=8;TR=23;WE=10543191;WS=10543173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	10543218	rs2285470	A	G	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=8;PP=385;SC=CATTTCAACTAAAAAGCAAAA;SOR=0.836;Source=Platypus;TCF=9;TR=16;WE=10543226;WS=10543208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	10543281	rs138188093	TAA	T	638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.607;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.57;ReadPosRankSum=-0.268;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr17	10543463	rs2285469	T	C	4621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=63;PP=2540;SC=TCTCAGTCTCTGCACTCTTGA;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=93;TCR=64;TR=155;WE=10543471;WS=10543453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr17	10544018	rs876660	T	C	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=32;PP=722;SC=ATTGTAGACATGGAAATCATC;SOR=1.453;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=10544026;WS=10544008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	10544416	rs876657	G	T	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	10544696	rs3216884	GA	G	891.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.377;NF=4;NR=27;PP=555;ReadPosRankSum=1.108;SC=TTTCCTAAGAGAAAAAAAAAA;SOR=1.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=31;WE=10544704;WS=10544686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,45:0.96:47
chr17	10545432	rs3216883	C	CAGTA	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=453;SC=CACTTCACCTCAGTGACAGTA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=10545440;WS=10545431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	10546130	rs2285468	T	G	7073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=117;PP=2965;SC=ACGGTGGGGATGGAACTGGAT;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=124;TCR=118;TR=240;WE=10546138;WS=10546120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr17	10549184	rs2239933	G	A	6678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=141;NR=87;PP=2965;SC=AGGGCAGCACGTCAGTCAGTT;SOR=1.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=141;TCR=87;TR=228;WE=10549192;WS=10549174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr17	10550845	rs142213434	TTTTTG	T	1523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.572;NF=2;NR=19;PP=977;ReadPosRankSum=0.756;SC=CCCCCTAAAATTTTTGTTTTG;SOR=0.527;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=21;WE=10550857;WS=10550835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr17	10553046	rs1989810	A	G	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=35;PP=1022;SC=CAAGTCTGTTAGTATAAACAG;SOR=1.296;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=61;WE=10553054;WS=10553036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	10555028	rs2285466	G	A	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	10555049	rs138453847	TTTA	T	1204.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.51;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	10589898	.	CAA	C	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.20;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr17	10595388	rs2520178	A	G	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=54;PP=1623;SC=AGGTGTTTTGAAAGCAGATGG;SOR=1.563;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=87;WE=10595396;WS=10595378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	10614051	rs3215180	AT	A	758.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.411;NF=10;NR=10;PP=381;ReadPosRankSum=-0.093;SC=TGAGATAGCAATTTTTTTTTC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=20;WE=10614059;WS=10614041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr17	10614442	rs406446	A	G	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=38;PP=1271;SC=TACAAGAAAGAAAGAGCCTTC;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=71;WE=10614450;WS=10614432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	10618665	rs10676707	A	AAACT	801.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=614;SC=GAGTTTTAAAACTATTAGCCC;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=10618673;WS=10618655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	10632174	rs453318	A	G	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=476;SC=ACATTACATTAGAACTCTGAT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=10632182;WS=10632164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	10632499	rs421541	G	A	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=29;PP=862;SC=GGCATCGAGGGTACAAAATCT;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=10632507;WS=10632489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	10632535	rs378707	C	T	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=587;SC=CAGATGAGGACGGGTGAAGGG;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=10632543;WS=10632525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	10633181	rs3826448	A	G	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	10633245	rs202312	T	C	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	10633320	rs57860819	G	GT	1222.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=14;PP=558;SC=CCGTCGCTCCGCCCGGGGGCG;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=14;WE=10633329;WS=10633310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	10633321	rs60373482	C	G	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=14;PP=381;SC=CGTCGCTCCGCCCGGGGGCGG;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=10633329;WS=10633310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	10633358	rs202311	C	T	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=9;PP=195;SC=GTGTAGCCCCCACTCAGCGAC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=10633366;WS=10633348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	11511412	rs4792156	A	G	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	11513661	rs2191072	C	T	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	11522764	rs10852799	G	A	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=8;PP=651;SC=TATTATCCTCGTGAAAAATAT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=11522772;WS=11522754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	11523082	rs9892256	A	G	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=61;PP=1838;SC=TTCCTGGGACAACTGCACGTG;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=44;TCR=61;TR=105;WE=11523090;WS=11523072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	11550355	rs75771366	C	T	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=11;PP=1273;SC=TGGGAGGGGGCTTATGAGGTG;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=60;WE=11550363;WS=11550345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	11555990	rs4792159	T	C	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=5;PP=294;SC=CACTCGCAAGTATTAAATCCC;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=11555998;WS=11555980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	11583089	rs8071438	T	C	4211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	11604598	rs7214186	T	A	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=269;SC=TCCTCCATGGTTGGGGCTGTC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=11604606;WS=11604588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	11622494	rs12945437	A	G	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=4;PP=683;SC=TTGCCCGCTAAAGAGTCCTCC;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=11622502;WS=11622486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	11648332	rs3744578	C	T	7067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr17	11648444	rs3744580	T	C	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.90;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	11660722	rs11078030	G	T	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=259;SC=CCATTTACCCGCTCACATCTT;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=11660730;WS=11660712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	11772285	rs59647695	C	T	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=6;PP=683;SC=AGATCTTCCCCGAATGTGCTT;SOR=2.073;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=35;WE=11772293;WS=11772275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr17	11787975	rs11078042	T	C	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.43;QD=25.84;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr17	11887518	rs34299203	GA	G	277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=2.618;QD=2.62;ReadPosRankSum=-2.088;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,40:0.38:106
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chr17	11985504	rs11654465	T	C	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=31;PP=903;SC=CCATAGACAATACCTGGCAAG;SOR=3.545;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=35;WE=11985512;WS=11985494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	12620761	rs12944823	A	G	5131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr17	12620897	rs12602716	G	A	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=488;SC=TCTAGGCCACGTAGATACCCA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=12620905;WS=12620887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	12639770	rs200960280	C	CCT	763.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=371;SC=CAGAGATGTCCCTGGCTGCCA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=9;WE=12639778;WS=12639760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	12647490	rs12709295	T	C	3232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.17;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	12656417	rs28730824	T	C	5092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=48;PP=2965;SC=GTGAAGCTGCTCAACTCCAGC;SOR=1.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=110;TCR=48;TR=158;WE=12656425;WS=12656407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr17	12656711	rs4792277	G	A	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=78;PP=2245;SC=TTCTGGAAGTGGGTTACAAAT;SOR=3.142;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=16;TCR=78;TR=94;WE=12656719;WS=12656701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	12799985	rs2302068	G	A	2954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=66;PP=1940;SC=TTTTCTGTGGGGTAATGACCC;SOR=1.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=33;TCR=66;TR=99;WE=12799993;WS=12799975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	12820421	rs35221864	T	C	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=7;PP=376;SC=GGACACTCCATCTATATAAAA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=12820429;WS=12820411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	12820632	rs12451747	A	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.95;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	12832063	rs1317990	G	T	207.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=168;SC=AGCAGTTGACGCATGGAAATA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=12832071;WS=12832055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	12852392	rs2072255	G	A	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	12852459	rs2072254	A	G	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	12855719	rs2072253	G	A	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=19;PP=1272;SC=GTCAGTTACAGTGGTTGGTAT;SOR=1.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=66;WE=12855727;WS=12855709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	12856039	rs201371135	CTTTTTTTTTTTTTTT	C	199.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.36;MQRankSum=0.180;QD=28.50;ReadPosRankSum=0.566;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr17	12860183	rs10602009	AACACACAC	AAC,A	1070.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=2,2;NR=22,22;PP=741,167;SC=TTCCCCTATAAACACACACAC;SOR=1.519;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=24,24;WE=12860198;WS=12860173;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:28
chr17	12862170	rs3213687	C	T	7100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=139;NR=110;PP=2965;SC=GGCCCCTCAGCGTCGCCACGG;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=140;TCR=110;TR=249;WE=12862178;WS=12862160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr17	12862359	rs9904572	G	A	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=27;PP=653;SC=AACTGTATCTGCTGTGTCTGG;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=12862367;WS=12862349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	12897293	rs9915058	A	C	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=516;SC=TAGCCAGCACAATCTCCCCTG;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=12897301;WS=12897283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	12898994	rs2286338	C	G	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=239;SC=AACAGCCCAGCGGGCCAGGCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=12899002;WS=12898984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	12917607	.	CA	C	36.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.381;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr17	13399486	rs11385090	A	AT,ATT	2641.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=7.195;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.305;QD=18.60;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:10,105,27:0.74,0.19:142
chr17	13504474	rs73298111	C	T	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=17;PP=450;SC=TCGGGCAACGCGCCGGCCATG;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=13504482;WS=13504464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	13927886	rs11649821	G	A	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.08;QD=26.31;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	13972811	rs6502330	G	A	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=4;PP=379;SC=GCCGGAAGTGGCGGCCCGGAA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=13972819;WS=13972801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	13977813	rs143814384	C	CTTTA	2492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=34;PP=1826;SC=TACTTTCTGCCTTTTTCTCTG;SOR=2.428;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=35;WE=13977821;WS=13977803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	13980350	rs2072279	G	A	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=31;PP=926;SC=ATTTTGGCTCGACTATCCAAA;SOR=2.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=13980358;WS=13980340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	14005373	rs1017076	C	T	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=30;PP=1380;SC=TTTTGTCGTTCTGGCCTTTAC;SOR=1.029;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=84;WE=14005394;WS=14005363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	14005386	rs2108683	T	C	2646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=32;SC=GCCTTTACAGTTGGGACTCCT;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=55;TCR=32;TR=87;WE=14005394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	14005439	rs2159132	G	A	3035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	14063389	rs7212977	G	T	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=171;SC=AAGAAACAAAGTGATATGGAA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=14063397;WS=14063379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	14095309	rs2230354	A	G	4857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=109;NR=63;PP=2808;SC=TTTCCAGCCCATTGCTAGCTG;SOR=1.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=110;TCR=63;TR=172;WE=14095317;WS=14095299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	14095566	rs151441	T	C	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.205;NF=46;NR=61;PP=1855;ReadPosRankSum=0.840;SC=TGGAGTCTCATATGAGCACAC;SOR=0.471;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=246;TCF=99;TCR=147;TR=107;WE=14095574;WS=14095556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,66:0.33:203
chr17	14095639	rs373313742	A	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=11.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.99;MQRankSum=-2.344;QD=0.99;ReadPosRankSum=-4.575;SOR=1.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,31:0.15:203
chr17	14095682	rs2158978	T	C	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.05;QD=26.23;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	14139414	rs146117581	C	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.867;NF=6;NR=9;PP=184;ReadPosRankSum=-2.900;SC=AAGCCTCTCTCCAGCGAGGTA;SOR=0.836;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=15;WE=14139422;WS=14139404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
chr17	14139565	rs4791563	T	C	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.004;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.880;NF=18;NR=6;PP=374;ReadPosRankSum=-0.082;SC=ACGCTTTCAGTTCCAGGGTTA;SOR=1.074;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=24;WE=14139573;WS=14139555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr17	14139774	rs4791564	C	A	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.78;QD=26.49;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	14139891	rs62052131	A	C	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.14;QD=25.47;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	14140103	rs4792453	A	G	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=11;PP=345;SC=CACTCCCTCCATTCCTGAAGC;SOR=1.911;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=14140111;WS=14140093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	14248423	rs9906855	T	C	4081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=87;PP=2218;SC=GGGAGGCCCCTGCGCGCATCT;SOR=1.394;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=53;TCR=87;TR=140;WE=14248431;WS=14248413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	14683545	rs62060073	G	A	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=2;PP=20;SC=GTGGACGAGAGTGCTCCCCCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=14683553;WS=14683535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	15134175	rs13422	T	G	2830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	15154966	rs66507245	T	A	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.00;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	15162389	rs231020	T	C	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=10;PP=631;SC=GACAAGCTCATGGAGCACAAA;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=15162397;WS=15162379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	15207364	rs13961	T	G	3104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=49;PP=1895;SC=CATACTCGAGTGTGGCTTTGA;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=104;TCF=54;TCR=50;TR=103;WE=15207372;WS=15207354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	15215660	rs2286516	T	C	5893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr17	15222535	rs11387328	C	CA	253.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=231;SC=AACAATGTAACAAACATCAAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=15222543;WS=15222525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	15343524	rs71150251	C	CCTT	10026.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=64;PP=2295;SC=CCCAACCCTACCTTCTTTCTT;SOR=0.738;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=87;TCF=17;TCR=70;TR=81;WE=15343532;WS=15343514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr17	15406123	rs71974269	CCTCT	C	1146.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=42.47;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	15468718	rs200463402	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.173;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.751;NF=19;NR=0;PP=369;ReadPosRankSum=-0.236;SC=TTTGGCTCAGGGGAAGATAAT;SOR=4.143;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=19;WE=15468726;WS=15468708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr17	15468765	.	CA	C	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQRankSum=-4.349;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,28:0.28:100
chr17	15492409	rs151442	T	C	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.68;QD=30.83;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	15492426	rs28445278	C	T	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.34;QD=28.69;SOR=2.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	15602900	rs2601942	T	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=147;ReadPosRankSum=-0.115;SC=TCTTCGATCGTCCGATTCTCC;SOR=1.547;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=9;WE=15602908;WS=15602891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr17	15602950	rs12449956	G	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.257;NF=19;NR=8;PP=320;ReadPosRankSum=0.606;SC=GAGAACCGGAGTCTGGCGATG;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=27;WE=15602958;WS=15602940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr17	15603021	rs12452845	T	C	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=3.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQRankSum=-6.343;QD=11.72;ReadPosRankSum=1.895;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,34:0.34:100
chr17	15603031	rs12450403	G	T	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQRankSum=-6.606;QD=11.27;ReadPosRankSum=0.305;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,33:0.32:102
chr17	15620481	rs2530064	C	T	3028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.96;QD=28.04;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	15620647	rs61435333	G	A	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	15640815	rs201215351	A	G	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.52;QD=22.97;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	15643382	rs11429009	A	AC	4283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=2.844;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;MQRankSum=4.527;QD=18.87;ReadPosRankSum=0.557;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,217:0.96:227
chr17	15643579	.	T	C	3873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=80;PP=2473;SC=CAGGACGTAGTAGGCAGGACT;SOR=1.357;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=51;TCR=80;TR=131;WE=15643587;WS=15643569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr17	15644392	rs7222367	T	C	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=23;PP=1252;SC=GTGGCCTCAGTCCTCCTAGGT;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=68;WE=15644400;WS=15644382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	15668330	rs2955833	G	C	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;SC=TGCTTTTGGGGTGGAATTCCT;SOR=0.711;Source=Platypus;TCF=59;WE=15668338;WS=15668320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	15668720	rs935147	C	G	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=20;PP=886;SC=GAGGCGGAGACCAGGGCATTC;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=54;WE=15668728;WS=15668710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	15668775	rs1814454	A	G	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.05;QD=26.08;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	15690210	rs376068178	AC	A	612.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.94;QD=29.18;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	15884227	rs2286796	A	G	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=10;PP=611;SC=CTGAAGACAAAGACAAAAAAC;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=15884235;WS=15884217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	15884561	rs10491104	C	T	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=414;SC=CAAATTGCACCGAGAAGAACT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=15884569;WS=15884551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	15903602	rs758853	C	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.85;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	15905190	rs3760298	A	G	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=12;PP=940;SC=TGCATCTACTATATGTTTCAT;SOR=1.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=49;WE=15905198;WS=15905180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	15907084	.	CAT	C	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=1.109;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,7:0.13:55
chr17	15909728	rs3760297	A	G	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=271;SC=CCATCTCAACAGAAGGAAGAA;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=15909736;WS=15909718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	15928584	rs2301652	T	G	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=17;PP=468;SC=CAGCAGATGGTCCTAGATCCT;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=15928592;WS=15928574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	15928600	rs2301651	G	C	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=16;PP=448;SC=ATCCTCCTTGGTCCCCAGTCT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=15928608;WS=15928590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	15930087	rs35168566	G	A	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=530;SC=GATTTGTGAAGTGGTATGTAG;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=15930095;WS=15930077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	15943910	rs1075901	T	C	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=21;PP=618;SC=TTTTTATTTTTCATGATCTCA;SOR=1.819;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=15943918;WS=15943900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	15950198	rs1079533	G	A	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=8;PP=937;SC=TTACAGGAGAGGCAACACTGG;SOR=2.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=15950206;WS=15950188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	15961951	rs2157991	A	G	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	15961993	rs2157990	T	A	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=9;PP=265;SC=CCTGTAGCATTTTTTCAATTC;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=15962001;WS=15961983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	15968143	rs2285583	T	C	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	15973844	rs12942295	A	T	3708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=74;PP=2147;SC=TGTGCCCTAAAGGGAAAGAAA;SOR=1.381;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=45;TCR=74;TR=119;WE=15973852;WS=15973834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	15977005	rs11078330	A	T	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=31;PP=781;SC=CTTAACCTACAATAAAATATG;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=15977013;WS=15976995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	16005187	rs2285580	T	C	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=12;PP=357;SC=AGAAACCATGTTTGAAAGTAG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=16005195;WS=16005177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	16011493	rs35417050	CA	C	302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.717;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.603;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr17	16024701	rs11410605	C	CA	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=12.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.77;ReadPosRankSum=0.991;SOR=3.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr17	16041636	rs2875265	T	C	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=24;PP=561;SC=TGGTGGCTCATGCCTGTAATC;SOR=1.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=16041644;WS=16041626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	16046845	rs2285579	A	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=4;PP=573;SC=TACATACAAAAAAACCCTTAG;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=16046853;WS=16046835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	16049626	rs11078333	A	T	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.59;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	16052606	.	C	CATATATAT	139.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.95;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr17	16221271	rs56228407	A	AC	1590.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=24;PP=950;SC=CCTGCCCCAGACCCCTGTCTC;SOR=1.656;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=24;WE=16221279;WS=16221261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	16251859	rs2286666	A	G	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=29;PP=1288;SC=GCATGCTAACAGTTGGGTGGG;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=80;WE=16251867;WS=16251849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	16253229	rs192528929	A	G	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.306;HP=8;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=32;PP=1466;ReadPosRankSum=-1.886;SC=CAATTTAGGGAAAAAAAAATA;SOR=0.682;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=80;WE=16253237;WS=16253219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,92:0.97:95
chr17	16256240	rs3095172	C	A	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.60;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	16256686	.	G	GCGGAGGCCC	500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.52;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	16323589	rs4273076	C	A	9044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=93;NR=106;PP=2965;SC=GGATCCAAGGCTAGGCATCCT;SOR=0.977;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=93;TCR=106;TR=199;WE=16323597;WS=16323579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr17	16323608	rs68189233	ATAGT	A	7854.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=87;PP=2957;SC=CTGTGAGCTGATAGTTAGGTG;SOR=1.108;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=5;TCR=87;TR=92;WE=16323619;WS=16323598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr17	16325968	rs8121	A	G	4747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=58;PP=2611;SC=TTAAGGACGGAGTCAATGCCT;SOR=0.997;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=97;TCR=58;TR=154;WE=16325976;WS=16325958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	16326005	rs1129235	A	C	5829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=80;PP=2772;SC=GCAGATCGACAGGGACTCTGG;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=115;TCR=80;TR=194;WE=16326013;WS=16325995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr17	16326253	rs7225104	G	T	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=27;PP=771;SC=AGTAAGGCCTGGTTCAAGGTC;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=16326261;WS=16326243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	16331820	rs4792742	T	C	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=39;PP=1214;SC=GAAGTCGGGATCTGTGTACAG;SOR=1.758;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=54;WE=16331828;WS=16331810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	16335191	rs34786363	C	A	8327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr17	16336828	rs7213055	G	A	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=20;PP=1490;SC=CTTGCCTTGTGTGCCTTTGCC;SOR=1.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=63;TCR=20;TR=83;WE=16336836;WS=16336818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	16336992	rs14039	C	G	3311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=63;PP=1973;SC=ATGGCAGCCCCGATGAGCGCT;SOR=1.316;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=44;TCR=64;TR=107;WE=16337000;WS=16336982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	16340316	rs7214366	A	C	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=33;PP=970;SC=TTCACTAACTAACTCTTCTGG;SOR=2.208;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=16340324;WS=16340306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	16340405	rs7215836	T	C	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=5;PP=83;SC=GGTCTGTGTATGGGACTAGGT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=16340413;WS=16340395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	16342813	rs4072454	T	C	4259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=61;PP=2677;SC=GGAAGACTTATTCGACTGTCC;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=82;TCR=61;TR=143;WE=16342821;WS=16342803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	16344314	rs55710649	A	ACT	8244.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=43;PP=2957;SC=TCATTAATTGACTGTCATCAG;SOR=1.197;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=84;WE=16344322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr17	16344600	rs4617905	TG	CC	9907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.43;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr17	16344875	rs9251	C	T	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=9;PP=309;SC=TCATTACATTCTTGAGTTTTT;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=16344883;WS=16344865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	16346932	rs4792745	G	T	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=15;PP=822;SC=CAGTCTCCTTGCCCTCATGGT;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=16346940;WS=16346922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	16347567	rs4438345	T	G	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=17;PP=494;SC=AACACTTGGATGTCGGATGCC;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=16347575;WS=16347557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	16350156	rs1009237	T	C	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.90;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	16350239	rs2882581	A	G	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.65;SOR=3.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	16351592	rs2351084	T	C	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=43;PP=1078;SC=CCATGATCCCTGCCACTCCCC;SOR=1.141;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=78;WE=16351600;WS=16351582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	16527795	rs8065506	C	A	3369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=60;PP=1730;SC=TTCGTGTAGCCTTCTTGGTTG;SOR=0.983;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=57;TCR=60;TR=117;WE=16527803;WS=16527785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	16537372	rs60858649	CA	C	3172.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=49;PP=2235;SC=ATGACCATTACAGGAAGTTCT;SOR=1.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=2;TCR=51;TR=51;WE=16537380;WS=16537362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	16537397	rs9911677	T	C	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=40;PP=901;SC=CTGCACTGTCTGATACAGTTG;SOR=1.647;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=59;WE=16537405;WS=16537387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	16550817	rs7218241	C	T	2878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	16552913	rs28626982	C	A	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=5;PP=201;SC=AGCCTTCAGGCAAAGTAAACA;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=16552921;WS=16552903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	16734809	rs2688010	A	G	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.80;QD=27.08;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	16734869	rs62074145	A	G	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.77;QD=26.78;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	16734971	rs62074146	A	T	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.34;QD=24.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	16855878	rs8072293	C	T	6722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr17	16891946	rs12950509	C	G	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=25;PP=779;SC=ACTTCTAGATCCAAAGAGTCA;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=16891954;WS=16891936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	16892265	rs9907308	G	A	3591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=41;PP=1856;SC=AGGGATGAATGTGATGCAATG;SOR=1.011;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=70;TCR=41;TR=111;WE=16892273;WS=16892255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	16946343	rs61242604	G	C	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	17035036	rs2271520	A	G	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=40;PP=1261;SC=GGTTTGCCAGATGGCATCCCC;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=82;WE=17035044;WS=17035026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	17039561	rs3833098	CCAG	C	5146.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.322;NF=21;NR=93;PP=2995;ReadPosRankSum=-0.614;SC=GTGGCTGTTACCAGCAGCAGC;SOR=0.714;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=138;TCF=24;TCR=114;TR=114;WE=17039574;WS=17039551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,188:0.99:190
chr17	17046024	rs3744137	C	A	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	17046736	rs6502563	T	G	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.389;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=20;PP=1553;ReadPosRankSum=-0.670;SC=CTTGCTATGGTGGCTAGGCAG;SOR=1.872;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=78;WE=17046744;WS=17046726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr17	17050573	rs3744134	G	A	3613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	17062241	rs11551189	C	G	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.75;QD=24.46;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	17064775	rs5819603	G	GC	3463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=33;PP=1752;SC=CTGAGCAGGGGTGTCTCCCAG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=38;WE=17064783;WS=17064765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	17069105	rs3744131	G	A	13202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=205;NR=242;PP=2965;SC=TCAAAGACGTGACCGTGAGGC;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=448;TCF=206;TCR=242;TR=447;WE=17069113;WS=17069095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,483:1.00:483
chr17	17075318	rs2292530	A	G	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=30;PP=811;SC=TTCTTTGACTATTCACTCTGA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=17075326;WS=17075308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	17118442	rs34235236	T	C	3837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=89;NR=63;PP=2784;SC=GGGCAGGCGTTAGCGCGGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=90;TCR=63;TR=152;WE=17118450;WS=17118432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	17120668	rs4985705	G	C	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=415;SC=TAAAGGGGCAGAGAGAGAAGT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=17120676;WS=17120658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	17122286	rs8065572	C	T	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=1;PP=317;SC=CAGCCCATGACTGGCTCTCCT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=17122294;WS=17122284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	17122327	rs8065832	G	A	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=8;PP=625;SC=TGCCCCTGCCGCCTACCTGCC;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=17122335;WS=17122317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	17127471	rs1736219	G	A	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=29;PP=859;SC=GAGGGACACCGGCGACTCAGA;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=17127479;WS=17127461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	17158128	rs71152853	G	GAA	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=1.628;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr17	17165136	rs1736210	C	A	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=15;PP=559;SC=GAATGTGTAGCAGACATTCAA;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=35;WE=17165144;WS=17165126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	17168164	rs3182911	G	A	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	17179209	rs9892352	A	T	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=256;SC=TGTGCCAAGAATGTGCCACTG;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=17179217;WS=17179206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	17179299	rs4985760	C	G	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=20;PP=1622;SC=AGGAAGTGCACAGTGTTCCAT;SOR=1.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=74;WE=17179307;WS=17179289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	17179481	rs4985761	G	A	6909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr17	17184033	rs3853545	G	T	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=8;PP=223;SC=CGCTCCCGGCGGCCTAGTCAG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=17184041;WS=17184023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	17184080	rs1029829	G	C	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=145;SC=ACATGGCGGTGCGCCAATCAC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=17184088;WS=17184070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	17184399	rs2012954	A	C	4736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.763;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=56;PP=2508;ReadPosRankSum=0.868;SC=GATCCAGGCCAGTTCCCGGTA;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=101;TCR=57;TR=157;WE=17184407;WS=17184389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,175:0.99:176
chr17	17326363	rs35590625	G	A	5431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=105;NR=70;PP=2758;SC=AGCTTTGAGTGTTCTTCGAAG;SOR=0.920;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=105;TCR=70;TR=175;WE=17326371;WS=17326353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr17	17326604	rs7225976	CA	TG	9870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=90;PP=2947;SC=CATGATGGGGCAAATGCCAGA;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=195;TCF=102;TCR=93;TR=190;WE=17326613;WS=17326594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr17	17409401	rs3816511	G	A	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=23;PP=1167;SC=TACCATGGCCGCTCTGACCTG;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=56;WE=17409409;WS=17409391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	17409560	rs7946	C	T	3933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.84;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr17	17409709	rs1918249	T	A	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=373;SC=GCCGTGACCCTGGCCCTCCGG;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=17409717;WS=17409699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	17412032	rs4646407	G	C	6109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.25;ReadPosRankSum=-0.594;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,240:0.99:242
chr17	17425631	rs897453	C	T	3790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=82;NR=57;PP=2462;SC=AGGATGGTGACGCTTAGAGAG;SOR=1.027;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=82;TCR=58;TR=139;WE=17425639;WS=17425621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	17480195	rs2124344	A	G	9665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr17	17682484	rs1006656	G	A	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	17698254	rs8067439	G	A	10609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=217;NR=145;PP=2965;SC=CTGGGGAGCCGGAGGCCCTGC;SOR=1.152;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=364;TCF=218;TCR=146;TR=362;WE=17698262;WS=17698244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr17	17707105	rs3818717	T	C	8651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=178;NR=110;PP=2965;SC=GGGCCACCATTGGGTGCTGCC;SOR=1.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=289;TCF=178;TCR=111;TR=288;WE=17707113;WS=17707095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr17	17715317	rs2297508	C	G	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	17719503	rs7501788	G	T	510.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=8.239;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.41;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=1.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr17	17721457	rs4925115	A	G	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=1;PP=503;SC=TGAGGTGGGCAGGGCAGAGGG;SOR=6.358;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=26;WE=17721465;WS=17721447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	17722581	.	ATG	A	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=2.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.39;ReadPosRankSum=0.070;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,32:0.10:318
chr17	17726965	rs12936927	C	T	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=2.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	17740164	rs60282872	GC	G	3747.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=35.03;SOR=2.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	17750907	rs7501812	G	A	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=1;PP=280;SC=CACGGGGTGCGAGCGGGGACC;SOR=2.147;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=17750915;WS=17750897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	17767526	rs34383547	A	AT	221.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.574;QD=9.64;ReadPosRankSum=1.016;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr17	17770355	rs11657074	G	A	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=12;PP=315;SC=GTCCCACCTGGGGGCTAGGGA;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=17770363;WS=17770345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	17772622	rs34879782	G	GA	484.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.531;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,37:0.79:47
chr17	17774118	rs9907287	C	T	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=30;PP=882;SC=CCTCAAGCCCCGCACTGAGCC;SOR=1.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=17774126;WS=17774108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	17875407	rs59304093	A	G	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=8;PP=370;SC=AGCGCCCGGCAAAGGCCCGAC;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=17875415;WS=17875397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	17880877	rs7219320	A	G	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	17948475	rs2955355	G	A	3463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=45;PP=1767;SC=TGGACACGGGGAACTCTTACC;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=109;WE=17948483;WS=17948465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	17997209	rs2230316	G	A	5051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=93;NR=75;PP=2553;SC=AATCGGCCTCGTCCAAAGGAG;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=93;TCR=76;TR=168;WE=17997217;WS=17997199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr17	18003671	rs2272570	T	G	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=15;PP=1166;SC=GGGGTACTCTTCCTAGGTCTC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=59;WE=18003679;WS=18003661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	18003845	rs854813	C	T	7137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=123;NR=122;PP=2965;SC=TGTGACCCCTCGGTCAGCAGT;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=123;TCR=122;TR=245;WE=18003853;WS=18003835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr17	18041507	rs2280777	C	T	8719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr17	18042276	rs2075658	A	C	3850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=59;PP=2178;SC=GTCGGCCTGGACGCTGGTGCT;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=66;TCR=59;TR=124;WE=18042284;WS=18042266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	18042527	rs854783	A	G	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	18042976	rs854782	C	A	1812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=39;PP=1080;SC=ATGTCCCCACCCCCACACCCA;SOR=1.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=60;WE=18042984;WS=18042966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	18043766	rs854780	C	G	7429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr17	18044270	rs854779	T	C	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=16;PP=475;SC=ATATTCACCATGATAATGCCT;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=27;WE=18044278;WS=18044260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	18046058	rs854778	A	C	5869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.20;ReadPosRankSum=-0.840;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,223:1.00:224
chr17	18046898	rs854777	T	C	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=11;PP=771;SC=AGAGTGGAGGTGCCAGGTGGA;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=18046906;WS=18046888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	18047671	rs11421905	G	GC	1275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=6;PP=1058;SC=CCCCTCACCAGCCTCAGTTTC;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=18047679;WS=18047661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	18047772	rs11421904	T	TC	4886.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=45;PP=2559;SC=TGCCTGTCAGTCCAGCTCTGT;SOR=0.722;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=59;WE=18047780;WS=18047762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	18051975	rs854774	T	C	5121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=93;PP=2965;SC=ATAGGGTCCATTCTGTTCATG;SOR=0.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=84;TCR=94;TR=176;WE=18051983;WS=18051965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr17	18052466	rs4303606	A	G	4156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	18052867	rs2955379	T	C	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=39;PP=934;SC=ATAGCCTCTTTGACCCTGTGC;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=18052875;WS=18052857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	18054868	rs854773	G	T	4598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=30.113;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.758;SC=CCCCCAGCCCGCCAGCCCCCT;SOR=2.303;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=183;TCF=56;TCR=127;TR=174;WE=18054876;WS=18054858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,181:0.97:186
chr17	18054917	rs865923	T	C	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=60;PP=1427;SC=ACCAGCTTACTGGGTTGAAGC;SOR=3.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=13;TCR=60;TR=73;WE=18054925;WS=18054907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	18055229	rs854772	G	A	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=60;PP=1713;SC=TCCTGAAAGGGCAGATGACCC;SOR=1.148;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=44;TCR=60;TR=104;WE=18055237;WS=18055219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	18057167	rs712270	A	T	9591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr17	18057272	rs712271	A	G	3993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.13;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	18058521	rs712272	C	T	11228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr17	18059494	rs861278	C	T	3934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=44;PP=2324;SC=GTCATGCCACCGGCCCATCCT;SOR=1.219;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=83;TCR=44;TR=127;WE=18059502;WS=18059484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	18060192	rs854771	G	A	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=11;PP=791;SC=AAGGATGTGAGGAGCAGGGGT;SOR=1.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=18060200;WS=18060182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	18062443	rs854807	G	A	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=26;PP=1650;SC=TCCCTCCCAAGGACAGCCTCT;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=72;WE=18062451;WS=18062433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	18063441	rs712273	T	C	2028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=48;PP=1449;SC=ATTATCTTCCTCTCACCCTCA;SOR=2.517;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=64;WE=18063449;WS=18063431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	18070761	rs854796	G	A	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	18077175	rs854800	T	C	6013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=89;NR=119;PP=2965;SC=GCTACCCCTATGTGGAGATTG;SOR=1.130;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=89;TCR=119;TR=208;WE=18077183;WS=18077165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr17	18111802	rs142135062	GTTTTTGT	G	5632.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.53;QD=43.33;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	18111868	rs1378602	G	A	4875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=75;PP=2965;SC=TTGCCTGTTAGGGCTGAAGAA;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=96;TCR=75;TR=170;WE=18111876;WS=18111858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	18133495	rs2290502	G	A	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=26;PP=759;SC=GGGCTTCTGCGGAGGTTGGCG;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=18133503;WS=18133485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	18135753	rs2290503	T	C	4256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=53;PP=2885;SC=TTGGGTGTCTTCCTCACTGTG;SOR=1.201;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=91;TCR=53;TR=144;WE=18135761;WS=18135743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	18137141	rs2290505	A	G	8783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=160;NR=125;PP=2965;SC=GGTGGCTGCCAGCGACATAGC;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=160;TCR=125;TR=285;WE=18137149;WS=18137131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr17	18144683	rs2605138	T	C	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	18144720	rs2245737	C	T	5150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=117;NR=76;PP=2965;SC=GCCCTGGGGACGAGGACAGGG;SOR=1.184;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=117;TCR=77;TR=193;WE=18144728;WS=18144710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr17	18145379	rs2746030	G	A	5689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=104;PP=2965;SC=TCCCACCCCCGAGATCTGCCT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=88;TCR=104;TR=191;WE=18145387;WS=18145363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr17	18149854	rs2856289	A	G	9462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=151;PP=2965;SC=GCTGGGTCTGAGCCCCACCAC;SOR=0.865;Source=Platypus;TCF=151;WE=18149862;WS=18149844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr17	18150444	rs71155326	A	AC	269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr17	18156541	rs2071241	A	G	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=22;PP=1898;SC=ACAGACCACAAGGTGGGCTCT;SOR=2.054;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=69;TCR=22;TR=90;WE=18156549;WS=18156531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	18164404	rs2605142	C	T	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=14;PP=617;SC=TCCTGCTTCTCGGAGCTGGAA;SOR=1.075;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=37;WE=18164412;WS=18164394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	18167505	rs2605143	T	C	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=22;PP=1285;SC=CGCTGGCTGCTTCTGTCAACT;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=67;WE=18167513;WS=18167495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	18178012	rs3215557	C	CG	1002.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=4;PP=529;SC=ACACTGTCCTCTAAGTTTCCA;SOR=1.697;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=12;WE=18178020;WS=18178002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	18181794	rs8071231	A	G	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=27;PP=818;SC=GGAAGCCCACACAAGTCCCCT;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=18181802;WS=18181784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	18184011	rs6502644	G	T	5023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=85;NR=87;PP=2636;SC=AGGAGTGCAGGAGATGCTCTC;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=85;TCR=87;TR=172;WE=18184019;WS=18184001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr17	18193941	rs2230154	G	A	2440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	18194362	rs6502645	C	T	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=25;PP=716;SC=AAGAGGAGTACGAAACTCCCC;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=18194370;WS=18194352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	18205750	rs66697088	TGGAGAGTGAA	T	1495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=10;PP=2984;SC=AGGCAGCTCCTGGAGAGTGAA;SOR=1.085;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=20;WE=18205767;WS=18205740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	18208334	rs7225932	C	A	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.72;ReadPosRankSum=-0.711;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr17	18208544	rs7207123	G	A	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=42;PP=1196;SC=TCTTAAGTTCGCAGTGGAATA;SOR=1.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=60;WE=18208552;WS=18208534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	18211537	.	CAAAAAAAAAAAAAAA	C	944.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;QD=33.74;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr17	18211817	.	G	A	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=14;PP=405;SC=TGAGAGGGAGGAGCTTCTATT;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=18211825;WS=18211807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	18211984	rs10647472	C	CTT	132.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	18219742	rs34824853	G	A	4030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=62;PP=2360;SC=ACACAGAAACGGAGATCCAGA;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=67;TCR=63;TR=129;WE=18219750;WS=18219732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	18220674	rs8080966	C	T	5334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=89;PP=2965;SC=AGTACCTGCCCCTCTGAGGCC;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=88;TCR=89;TR=177;WE=18220682;WS=18220664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr17	18220770	rs1563632	G	A	3263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=56;PP=2084;SC=GGAGCCATCCGCTTCCAGGCA;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=56;TCR=56;TR=112;WE=18220778;WS=18220760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	18221134	rs1563631	C	T	8414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=156;NR=125;PP=2965;SC=CCACCAGCTACGTGAGCAGTG;SOR=0.799;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=283;TCF=158;TCR=125;TR=281;WE=18221142;WS=18221124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr17	18226177	rs4925171	G	T	8005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr17	18231998	rs1979276	G	A	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=224;SC=CCATCTCTCAGGTGGGGGTCC;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=18232006;WS=18231988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	18232017	rs3783	G	C	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=4;PP=218;SC=CCTCCGGCAGGCAGCTTCCTC;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=18232025;WS=18232007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	18232096	rs1979277	G	A	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	18233810	rs12937300	T	C	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=11;PP=814;SC=AGCTACAACTTTGGCCAGAAG;SOR=1.514;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=43;WE=18233818;WS=18233800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	18239012	rs2273028	G	A	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	18259415	rs12950117	A	G	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=12;PP=471;SC=TGCCCAGGCTAGAGTGCAGTG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=18259423;WS=18259405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	18284262	rs570145	G	A	6071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=113;PP=2965;SC=ATGCAAGCCAGCGCCGACCAG;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=101;TCR=113;TR=214;WE=18284270;WS=18284252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr17	18286916	rs112094897	A	AG	2595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=20;PP=1415;SC=GCCCTCGGGCAGCGGCAGGGC;SOR=0.899;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=28;WE=18286946;WS=18286905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	18286922	rs111736884	A	AG	2510.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=21;PP=1146;SC=GGGCAGCGGCAGGGCGGCAGG;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=18286946;WS=18286905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	18286930	rs200680358	A	AG	2302.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=21;PP=1159;SC=GCAGGGCGGCAGGGCGGCAGG;SOR=1.036;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=18286946;WS=18286905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	18286938	rs145486982	A	AG	2234.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=22;PP=1149;SC=GCAGGGCGGCAGGGCGGGAGG;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=26;WE=18286946;WS=18286905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	18291432	rs140944304	TCACAGC	T	442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.80;QD=40.25;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	18291456	rs578670	C	G	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.49;QD=48.27;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	18291470	rs586214	C	G	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=5;PP=400;SC=AGTGTAGGACCCTTACAACGT;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=26;WE=18291478;WS=18291446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	18291544	rs586322	A	G	2313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.01;QD=25.71;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	18291618	rs586757	C	T	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.06;MQRankSum=1.843;QD=23.80;ReadPosRankSum=1.076;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,91:0.97:94
chr17	18314830	rs62074236	T	C	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=17;PP=1546;SC=TTCTTCCTCATCCCGCACCCT;SOR=2.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=72;WE=18314838;WS=18314824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	18314964	rs62074238	T	G	4852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=699;ExcessHet=3.0103;FS=13.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQRankSum=-18.903;QD=6.95;ReadPosRankSum=-3.306;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:422,276:0.40:698
chr17	18315107	rs113907775	C	CCT	25124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-5.854;NF=99;NR=248;PP=2927;ReadPosRankSum=0.774;SC=GCCCTCTTCTCCTCACTGTCT;SOR=0.741;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=903;TCF=224;TCR=679;TR=347;WE=18315117;WS=18315097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:648,674:0.51:1322
chr17	18380154	rs1682220	A	G	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.04;QD=21.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	18380185	rs79350397	G	C	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.04;QD=21.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	18380260	rs77759205	C	A	56.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.01;QD=14.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	18394431	rs140402450	T	C	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=11;PP=927;SC=AACCTTTGCCTCTCCCTCGTC;SOR=1.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=43;WE=18394439;WS=18394421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	18394552	rs201945348	G	A	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=80;NR=60;PP=2442;SC=CTTTACTCAGGAGAGCCTGGG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=142;TCF=80;TCR=62;TR=140;WE=18394560;WS=18394542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	18394706	rs368033760	A	G	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.46;QD=27.06;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	18395647	.	G	T	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=20;PP=1712;SC=TGGAACCAAGGAAAGATATCG;SOR=2.802;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=69;TCR=20;TR=88;WE=18395655;WS=18395637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	18396007	rs1725650	C	G	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.14;QD=28.18;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	18397711	rs75054442	G	A	2444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=65;PP=2121;SC=GCCGGGGGCTGGGGTGTGGGG;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=65;TCR=67;TR=128;WE=18397719;WS=18397701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	18565143	rs55636053	T	C	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=1;PP=981;SC=TAGATGCATATAGAATTGGTC;SOR=5.031;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=38;WE=18565151;WS=18565133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	18565350	rs9912644	G	C	5699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.627;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=8.049;NF=135;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=2.671;SC=TTTCTCTCCGGTATGAGTTCT;SOR=0.622;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=336;TCF=174;TCR=162;TR=240;WE=18565358;WS=18565340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,247:0.83:298
chr17	18565423	rs9912852	G	A	6966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.104;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=4.789;NF=129;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.989;SC=CATTTGTACGGTTTCTTTCCA;SOR=0.160;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=266;TCF=129;TCR=137;TR=246;WE=18565431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,260:0.99:262
chr17	18574794	rs201620470	C	T	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.26;QD=30.24;SOR=2.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	18574872	rs146810330	G	T	5521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.89;QD=26.17;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr17	18574998	rs9635701	A	T	4727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=83;PP=2634;SC=GGTATACGGGAAGCTAGAACT;SOR=0.974;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=159;TCF=76;TCR=83;TR=158;WE=18575006;WS=18574988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr17	18575127	rs9635680	G	A	4327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.12;QD=41.22;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	18575140	rs9635681	A	G	4136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.45;QD=43.09;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	18575675	rs55797270	T	G	3007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=54;PP=1914;SC=GGCACGCAACTCACCATCCAC;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=58;TCR=54;TR=112;WE=18575683;WS=18575665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	18576252	.	CCCGG	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.02;MQRankSum=0.598;QD=13.29;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr17	18576256	rs4924901	G	C	56.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.02;MQRankSum=-0.598;QD=9.46;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr17	18602476	rs1969051	A	G	4435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=54;PP=2788;SC=GTTTTTGGCAAAATGCTGGCA;SOR=1.264;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=96;TCR=54;TR=150;WE=18602484;WS=18602466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	18610134	rs1973459	T	G	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=32;PP=1051;SC=TTGTAAGAGTTGAGCTCTGGC;SOR=1.146;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=59;WE=18610142;WS=18610124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	18630995	rs8075739	G	A	3690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=63;PP=2273;SC=CTGGAGTACAGGAGTGCCGAG;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=62;TCR=63;TR=125;WE=18631003;WS=18630985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
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chr17	18653070	rs9895749	G	A	4950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=111;NR=65;PP=2965;SC=GTGTATATCCGAAATGAATAG;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=111;TCR=66;TR=176;WE=18653078;WS=18653060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
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chr17	18670278	rs4611519	A	G	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.16;QD=29.71;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	18671733	rs10775382	C	A	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.445;NF=20;NR=8;PP=499;ReadPosRankSum=-0.626;SC=TACCGAGTGACTGGCAGTCAC;SOR=0.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=28;WE=18671741;WS=18671723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr17	18678548	rs4630608	C	T	4443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr17	18684487	rs59588820	A	G	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=7;PP=233;SC=GTGAGGCCGGACTGAGGCTCT;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=18684495;WS=18684477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	18684642	rs75174617	G	T	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.18;QD=24.09;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	18694277	rs61075345	G	A	4294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=98;NR=82;PP=2965;SC=CTTCTCTGTGGGTTGCTCAGC;SOR=0.863;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=181;TCF=99;TCR=82;TR=180;WE=18694285;WS=18694267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	18700843	rs115776459	C	A	3038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.80;QD=24.91;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	18702094	rs2270139	A	G	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=26;PP=1918;SC=AAATTTCACAACATGATAATT;SOR=1.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=68;TCR=26;TR=94;WE=18702102;WS=18702084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	18702220	rs8080471	T	C	7934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.19;QD=25.35;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr17	18708830	rs55974180	G	GT,GTT	3395.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.29;MQRankSum=0.434;QD=16.56;ReadPosRankSum=-0.384;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:23,140,42:0.68,0.20:205
chr17	18769349	rs2386404	T	C	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=12;PP=359;SC=TATTGTTAAATTTGAAAGCAG;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=18769357;WS=18769339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	18770733	rs2305064	G	A	4045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=73;PP=2350;SC=CTATTGAAACGATTTGATTCA;SOR=1.171;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=61;TCR=73;TR=134;WE=18770741;WS=18770723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr17	18775900	rs4393623	A	G	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	18776020	rs7503678	A	T	2321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	18793061	rs3803835	C	T	2820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=28;PP=1435;SC=TTCAACTAGCCAAGCATTTTT;SOR=1.064;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=88;WE=18793069;WS=18793051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	18793225	rs3826380	A	G	3980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=76;PP=2522;SC=TTCTGGATCTACTTCTAAGGA;SOR=1.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=65;TCR=77;TR=141;WE=18793233;WS=18793215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	18814661	rs55971101	T	TTA	2525.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=48;PP=616;SC=CGTTTTTTTTTAGTTGGCAAA;SOR=1.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=3;TCR=49;TR=51;WE=18814669;WS=18814651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	18833810	rs1634411	C	T	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=15;PP=907;SC=CATGAAGCTACTTGGCTTTCT;SOR=1.569;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=52;WE=18833818;WS=18833800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	18863105	rs2074276	C	T	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=23;PP=752;SC=TTGCTATTAGCCCGACTAATA;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40;WE=18863113;WS=18863095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	18872337	rs8415	T	C	3825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	18874685	rs3071666	C	CGGT	5835.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=56;PP=2924;SC=GGGGTCTTTGCGGTCCCGGGG;SOR=0.892;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=16;TCR=66;TR=70;WE=18874693;WS=18874675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	18874720	rs916823	C	G	3524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	18880268	rs2472715	C	A	7751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.720;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=1.136;SC=GCCTGATCATCATGCCGGGCA;SOR=0.746;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=266;TCF=115;TCR=151;TR=264;WE=18880276;WS=18880258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,291:1.00:292
chr17	18882991	rs2472714	T	A	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=664;ReadPosRankSum=0.095;SC=GAGATTCTGTTTTGGGAACCA;SOR=0.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=46;WE=18882999;WS=18882981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr17	18916893	rs11652575	T	C	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=516;SC=GCCCAATGAGTATGGGGACTG;SOR=1.552;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=18916901;WS=18916883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	18918258	rs28526726	C	G	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=11;PP=954;SC=CTTGGAGGAGCATGCAAATGG;SOR=1.692;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=49;WE=18918266;WS=18918248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	18918510	.	A	ACGGTACGGGGGTGGGGGC	780.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=7;PP=498;SC=TGCTGGTGGGACGGTACGGGG;SOR=1.329;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=8;WE=18918518;WS=18918500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	18923818	rs1624825	G	A	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=12;PP=317;SC=GGGATCCCGAGGCCCCAAGAG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=18923826;WS=18923808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	19213335	rs2296981	C	G	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=42;PP=1208;SC=CAGGTCTGCACTGCATTGACT;SOR=1.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=66;WE=19213343;WS=19213325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	19216917	rs3826405	T	C	6413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=107;NR=104;PP=2965;SC=ACACCCAGCGTCCCAGCTGAA;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=107;TCR=104;TR=211;WE=19216925;WS=19216907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr17	19231898	rs7206963	T	C	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=7;PP=764;SC=AGTACCCTTTTGATGGCTGTC;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=19231906;WS=19231888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	19232078	rs6587220	T	C	8222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=149;NR=138;PP=2965;SC=GGAGCCACCGTACAATCTGTC;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=149;TCR=139;TR=287;WE=19232086;WS=19232068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr17	19233096	rs2296979	T	C	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=54;PP=1762;SC=GAGCCTGAAGTTTCTAATTCT;SOR=1.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=83;WE=19233104;WS=19233086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	19237613	rs11656071	C	T	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=40;PP=1147;SC=TGGAGGATGCCGAGCAGGGAC;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=19237621;WS=19237603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	19240972	rs11652712	G	A	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	19247075	rs4924987	G	A	4979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=76;NR=89;PP=2835;SC=TATGGGGGATGGGGGTAAGAG;SOR=1.018;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=76;TCR=89;TR=165;WE=19247083;WS=19247065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	19265797	rs10445411	C	T	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.03;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	19314611	rs739830	T	C	9166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr17	19318031	rs1295330	A	G	9863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=169;NR=175;PP=2965;SC=GGTGGGGAAGACATGGGAGGC;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=346;TCF=171;TCR=175;TR=344;WE=19318039;WS=19318021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr17	19319015	rs1295329	C	T	5661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr17	19458777	rs2440149	G	C	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=14;PP=653;SC=GGAGGGTGAGGCTGCTCTGGG;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=19458785;WS=19458767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	19608773	rs4925042	G	A	3132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	19609947	rs12942065	C	G	6289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.47;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr17	19610104	rs35263947	C	T	4859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=110;PP=2965;SC=GAGCTGACAGCCTGCCCTGCT;SOR=1.518;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=60;TCR=110;TR=170;WE=19610112;WS=19610094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	19617236	rs4924792	G	T	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=62;NR=58;PP=1845;SC=GGACCAGCGCGCCCCGCTGCA;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=62;TCR=58;TR=120;WE=19617244;WS=19617226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	19617393	rs9900497	G	T	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=17;PP=459;SC=TGGCGGACCCGGCGGCCTCTG;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=19617401;WS=19617383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	19642952	rs2228100	G	C	5139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=79;PP=2377;SC=TGCATCACCGGGGACTGGGGG;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=87;TCR=79;TR=166;WE=19642960;WS=19642942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr17	19645938	rs887241	A	C	7583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr17	19651482	rs2072327	T	G	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.30;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	19699358	rs192511	T	C	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	19699605	rs10587010	CAT	C	1149.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=33.82;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	19713740	rs150122	C	T	5476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr17	19729495	rs157397	T	C	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	19749952	rs140413803	CA	C	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=1.085;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr17	19999781	rs12942179	G	A	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=4;PP=428;SC=CTAGTATAAAGCCTATAAACC;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=19999789;WS=19999775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	20000131	rs4925085	G	T	3318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=69;PP=2031;SC=AAAATGCACAGGGCCAGGCAG;SOR=1.392;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=40;TCR=69;TR=109;WE=20000139;WS=20000121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	20059591	rs3833861	A	AC	1516.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.71;ReadPosRankSum=-1.795;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,55:0.93:59
chr17	20135171	rs56020655	A	G	3290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	20200129	rs144910117	CTCTG	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=188;SC=GAATTCGGCTCTCTGTCTGTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=20200140;WS=20200119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	20297545	rs3874846	T	G	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.90;QD=31.48;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	20305306	.	CAATAATAAT	C	742.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.36;QD=39.09;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	20354836	rs150485558	A	G	133.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.01;QD=19.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	20370735	rs4985833	T	C	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.33;QD=23.61;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	20370782	rs10687699	A	ATC	1018.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.01;QD=40.75;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	20370796	rs28699183	T	C	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.97;QD=24.62;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	20370885	rs56271154	G	C	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.46;QD=23.54;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	20370938	rs71297931	A	AGGT	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.50;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	20435927	rs200997592	C	G	183.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=30.64;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	20436054	.	G	GAGA	3013.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=7;PP=1062;SC=ACGCTGCTGCGAGAAGGTGGG;SOR=4.731;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=42;WE=20436066;WS=20436044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	20459595	rs57570943	A	G	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=40;PP=1170;SC=ACGTTGTAAGAGTCCTACACT;SOR=1.573;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=61;WE=20459603;WS=20459585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	20483954	.	G	A	4299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.61;QD=26.54;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	20640440	rs114948035	C	T	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=56;NR=46;PP=1674;SC=TGAATCTATGCCACAGCAATG;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=56;TCR=46;TR=102;WE=20640448;WS=20640430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	20641139	rs1815571	C	T	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=6;PP=440;SC=GTTCGAGGGACTGGGGTGGAC;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=20641147;WS=20641138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	20768788	rs78365129	G	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=6.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-13.948;QD=0.91;ReadPosRankSum=-3.211;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,29:0.09:335
chr17	20768803	rs76135364	C	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=2.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQRankSum=-13.424;QD=1.57;ReadPosRankSum=-2.654;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:289,34:0.11:323
chr17	20768816	rs73298040	C	T	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQRankSum=-12.922;QD=2.23;ReadPosRankSum=-2.002;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,38:0.13:300
chr17	20768839	rs372665136	GA	G	422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQRankSum=-10.342;QD=1.90;ReadPosRankSum=2.502;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,34:0.15:222
chr17	20768850	rs114103783	G	T	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQRankSum=-11.073;QD=2.05;ReadPosRankSum=4.861;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,34:0.16:215
chr17	20768867	rs9906896	A	C	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=3.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQRankSum=-12.258;QD=7.53;ReadPosRankSum=5.243;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,43:0.26:167
chr17	20768928	rs141057464	AAT	A	853.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.319;HP=6;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.596;NF=1;NR=18;PP=1105;ReadPosRankSum=-0.044;SC=TCCAGAAAAAAATATGTGAGA;SOR=0.291;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=53;TCF=1;TCR=52;TR=19;WE=20768939;WS=20768918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr17	20768931	rs76382049	A	G	862.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.707;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.439;NF=3;NR=16;PP=1092;ReadPosRankSum=0.266;SC=AGAAAAAAATATGTGAGAGAG;SOR=0.326;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=19;WE=20768939;WS=20768918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr17	20799119	rs2279263	A	G	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=26;PP=1319;SC=ATCGTGCTGGAGCTGGTCTAA;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=68;WE=20799127;WS=20799109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	20906251	rs4985956	C	T	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.72;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	20906257	rs4985957	A	G	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.24;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	20908081	rs66644145	CTAGTGGAGCTGCGGGCAGCCAA	C	2478.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=12;PP=2925;SC=GCGGCCTTTCCTAGTGGAGCT;SOR=2.221;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=20;WE=20908110;WS=20908071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	20908325	rs9797279	T	C	3047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=60;PP=1964;SC=AACGGCAGGATTCAGCATCAT;SOR=1.253;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=102;WE=20908333;WS=20908315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	20916022	rs17770614	A	C	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=11;PP=1144;SC=GGCGTCTATTAATCATTTATC;SOR=2.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=51;WE=20916043;WS=20916012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	20916035	rs4985962	A	G	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=17;PP=1214;SC=CATTTATCTCATAGCCTCCTT;SOR=1.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=70;WE=20916043;WS=20916012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	20916362	rs719093	G	A	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=639;SC=CGCTTTAAAAGGCCATGTGAG;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=20916370;WS=20916352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	20919334	rs7213684	T	G	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.31;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	20919337	rs7207753	G	C	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.08;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	20921492	rs1038107	C	T	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=13;PP=364;SC=TGGATCCCAGCGGCTTCCTCT;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=20921500;WS=20921482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	20924523	rs2291037	G	A	4377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr17	20924620	rs899342	T	C	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=37;PP=980;SC=TTAAACACAGTGAGGTTCTGT;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=67;WE=20924628;WS=20924610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	20945874	rs10579510	GCA	G	1897.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=5;PP=1392;SC=ACAGGGAAAGGCAACGGGGGA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=20945895;WS=20945864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	20945887	rs4985967	G	A	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;QD=42.22;SOR=3.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	21117837	rs4985988	T	C	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=176;SC=CCCAGAGCACTGCGCGGAGGC;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=21117845;WS=21117827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	21147404	rs897926	A	G	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=25;PP=1424;SC=TGGCCCTGCCACCTGCCTGCC;SOR=1.562;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=85;WE=21147412;WS=21147394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	21156530	rs201190568	G	GC	1097.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=728;SC=GGATGGGGCAGCCTGCTCCAG;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=21156538;WS=21156520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	21194769	rs72840055	C	T	4320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.94;ReadPosRankSum=-1.697;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,116:0.43:271
chr17	21194771	rs114473529	A	T	4440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.27;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,114:0.42:273
chr17	21194785	rs72840057	T	C	4504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.20;ReadPosRankSum=-0.415;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,118:0.42:278
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chr17	21194843	rs75693966	T	C	2988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=1.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.98;ReadPosRankSum=1.971;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,75:0.40:187
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chr17	21199515	rs5025581	C	T	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=243;ReadPosRankSum=2.351;SC=CAGCACTGTGCGGGGCAGGTG;SOR=0.722;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=19;WE=21199523;WS=21199505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
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chr17	21201884	rs2305875	T	C	5909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.30;ReadPosRankSum=0.756;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,162:0.50:323
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chr17	21202063	rs77850849	G	C	3885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.23;ReadPosRankSum=2.156;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,92:0.50:183
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chr17	21202078	rs35477472	G	A	4952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.291;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=33;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.302;SC=AGGCGCCTCCGGGGCAGGAGG;SOR=0.439;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=221;TCF=165;TCR=56;TR=120;WE=21202086;WS=21202046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,126:0.54:233
chr17	21202102	rs35701021	C	T	6022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=62;PP=2369;ReadPosRankSum=0.280;SC=CTCGTCCCCACGCCAGGCCCC;SOR=0.529;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=356;TCF=237;TCR=119;TR=179;WE=21202110;WS=21202092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,188:0.51:372
chr17	21202191	rs33911218	C	A	8780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1036;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=219;NR=209;PP=2962;ReadPosRankSum=0.338;SC=TCTCCACAGACCCCCCCGGAA;SOR=0.634;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=988;TCF=511;TCR=477;TR=428;WE=21202199;WS=21202180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:578,454:0.44:1032
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chr17	21202272	rs34880480	C	G	6919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=780;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=177;PP=2962;ReadPosRankSum=1.686;SC=CAGGGCCTCTCACTTCACCTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=727;TCF=318;TCR=409;TR=314;WE=21202280;WS=21202262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:431,347:0.45:778
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chr17	21202370	rs34794731	G	A	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=1;HapScore=4;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=0.000;SC=GAAGAGCCTCGTCCTGCGCTG;SOR=1.190;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=138;TCF=15;TCR=123;TR=64;WE=21202390;WS=21202360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,63:0.46:136
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chr17	21203689	rs71207220	G	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.226;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=199;ReadPosRankSum=-2.726;SC=GGCTCAGAGAGGTTAAGTGAC;SOR=2.235;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=12;WE=21203697;WS=21203682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr17	21203711	rs73311537	C	T	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.928;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=317;ReadPosRankSum=0.720;SC=TGCTGAGGGTCACACAGCAGG;SOR=1.609;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=18;WE=21203719;WS=21203701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr17	21203820	rs78304829	G	C	3827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.86;ReadPosRankSum=-0.403;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,99:0.49:203
chr17	21203825	rs75854955	C	G	4017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=2.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.77;ReadPosRankSum=-1.276;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,108:0.50:214
chr17	21203893	rs34105301	T	C	2563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=63;PP=1696;ReadPosRankSum=0.110;SC=GGTGACCATCTCAGAACTGGG;SOR=0.652;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=288;TCF=161;TCR=127;TR=127;WE=21203901;WS=21203883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,132:0.42:315
chr17	21203934	rs62057672	G	A	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=60;PP=1268;ReadPosRankSum=-1.660;SC=TAGAGAAGGTGCGGCACGCCC;SOR=1.122;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=228;TCF=109;TCR=119;TR=101;WE=21203942;WS=21203924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,103:0.41:249
chr17	21203949	rs62057673	C	T	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.987;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=50;PP=1099;ReadPosRankSum=0.018;SC=ACGCCCAGAGCGGCACCATCA;SOR=1.117;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=191;TCF=87;TCR=104;TR=81;WE=21203957;WS=21203939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,82:0.39:208
chr17	21203998	rs62057674	G	A	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=631;ReadPosRankSum=-0.246;SC=GCAGCTGGGAGGGCTCCCTGG;SOR=0.812;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=30;TCR=58;TR=39;WE=21204006;WS=21203988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,42:0.42:100
chr17	21204153	rs66883103	C	T	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=25;PP=1163;ReadPosRankSum=-0.023;SC=GCCTCTGCCACGGCAACCTCT;SOR=0.745;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=227;TCF=155;TCR=72;TR=84;WE=21204161;WS=21204143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,83:0.37:227
chr17	21204187	rs56067280	G	T	5042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=0.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.232;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,138:0.35:392
chr17	21204192	rs56216806	C	T	5203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=0.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=-0.457;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,151:0.36:418
chr17	21204210	rs55796947	C	T	3735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=78;PP=2375;ReadPosRankSum=-0.522;SC=CGTGAACTCACAGGAGCAGAA;SOR=0.816;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=532;TCF=315;TCR=217;TR=202;WE=21204218;WS=21204200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,206:0.38:545
chr17	21204257	rs56166328	G	A	12461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=796;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.71;ReadPosRankSum=-1.777;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:457,336:0.42:793
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chr17	21204308	rs55777930	G	T	12079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=824;ExcessHet=3.0103;FS=0.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.71;ReadPosRankSum=3.301;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:489,332:0.40:821
chr17	21204314	.	TTG	T	12138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DP=813;ExcessHet=3.0103;FS=0.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=3.093;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:484,326:0.40:810
chr17	21204318	.	A	ACG	12087.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DP=778;ExcessHet=3.0103;FS=0.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.60;ReadPosRankSum=3.116;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:458,317:0.41:775
chr17	21204428	rs36191822	G	T	4063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=1.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.16;ReadPosRankSum=1.447;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,117:0.44:268
chr17	21204437	rs76549047	T	C	3851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=3.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.43;ReadPosRankSum=2.040;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,99:0.45:221
chr17	21204441	rs78162711	T	C	3656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=4.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.10;ReadPosRankSum=1.670;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,93:0.46:202
chr17	21205352	rs66761201	CGGA	C	1396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=3.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.207;QD=11.94;ReadPosRankSum=0.800;SOR=0.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,40:0.34:117
chr17	21205360	rs74998514	G	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.335;QD=11.07;ReadPosRankSum=1.780;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,39:0.31:124
chr17	21205361	rs67557217	GGCT	G	1360.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.371;QD=10.71;ReadPosRankSum=2.043;SOR=0.427;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,39:0.31:127
chr17	21205396	rs75974715	C	A	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=2.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.36;ReadPosRankSum=-0.764;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,50:0.34:148
chr17	21205406	rs72831582	A	G	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=3.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=-1.022;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,55:0.34:163
chr17	21205460	rs62057721	C	T	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.855;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=3.103;NF=56;NR=42;PP=1274;ReadPosRankSum=-0.248;SC=CACAGGGAGACGTGTGGATCT;SOR=0.889;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=267;TCF=149;TCR=118;TR=98;WE=21205468;WS=21205450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,93:0.35:269
chr17	21205642	.	T	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MMLQ=29;MQ=59.94;NF=20;NR=47;PP=2962;QD=20;SC=CCAGCAGGCATGGAGCCTGCC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=136;TCF=40;TCR=96;TR=67;WE=21205663;WS=21205632;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:69,67:0.49:136
chr17	21205654	.	AT	GA	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=59.92;NF=13;NR=34;PP=2944;QD=20;SC=GAGCCTGCCTATTGATGGTGT;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=108;TCF=32;TCR=76;TR=47;WE=21205663;WS=21205632;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:61,47:0.44:108
chr17	21206269	rs73982750	G	A	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=3;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=499;ReadPosRankSum=-0.202;SC=AGGTGAGCCCGGGAGGATGAG;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=50;TCR=6;TR=29;WE=21206277;WS=21206259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr17	21206294	rs73311581	C	T	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=9;PP=734;ReadPosRankSum=-0.119;SC=GGCAGGAGGCCGAGTGTGTCT;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=64;TCR=17;TR=43;WE=21206302;WS=21206284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,42:0.52:81
chr17	21206360	rs67280439	A	G	4486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.85;ReadPosRankSum=0.896;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,115:0.48:238
chr17	21206372	rs72838545	G	C	5299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=3.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.20;ReadPosRankSum=0.430;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,134:0.49:276
chr17	21206385	rs72838547	C	T	5282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=2.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.30;ReadPosRankSum=1.832;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,147:0.45:324
chr17	21206444	rs62057728	A	G	4949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.131;SC=TTTTGACGTGACCAGGAATAA;SOR=0.659;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=539;TCF=269;TCR=270;TR=246;WE=21206452;WS=21206422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,245:0.46:535
chr17	21206556	rs736103	C	T	2731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=89;PP=1936;ReadPosRankSum=-0.722;SC=GGTCAGTGCCCGGCAGCCACC;SOR=0.612;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=334;TCF=136;TCR=198;TR=142;WE=21206564;WS=21206546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,153:0.47:324
chr17	21206616	rs57761454	G	A	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=43;PP=895;ReadPosRankSum=0.309;SC=GCGGGTGGACGTCTCCCTATG;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=34;TCR=91;TR=59;WE=21206624;WS=21206606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,64:0.48:133
chr17	21206632	rs35678520	C	T	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.78;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr17	21206635	rs77285979	T	A	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.17;ReadPosRankSum=0.488;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr17	21206642	rs59259996	G	A	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.36;ReadPosRankSum=-0.265;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr17	21206654	rs56821097	G	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=1750;ReadPosRankSum=-0.879;SC=GAGGTGATAGGTTGTGACGTG;SOR=0.909;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=22;WE=21206662;WS=21206622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr17	21207602	rs55677712	C	G	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.788;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=532;ReadPosRankSum=1.155;SC=GACCCTGGTGCAACCTGCCCA;SOR=0.299;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=32;WE=21207610;WS=21207592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr17	21207649	rs56342308	C	T	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=800;ReadPosRankSum=2.001;SC=GGGTCTTGGGCGAGGGAGGGG;SOR=0.519;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=112;TCF=73;TCR=39;TR=58;WE=21207657;WS=21207639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,63:0.51:123
chr17	21207764	.	A	C	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DP=444;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=1.797;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:356,78:0.18:434
chr17	21207835	rs76111309	G	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=5.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=2.787;QD=1.32;ReadPosRankSum=-1.723;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:394,51:0.11:445
chr17	21207844	rs2230436	C	T	3667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.899;NF=85;NR=96;PP=2285;ReadPosRankSum=-1.609;SC=CGATGGATGCCGGCTGCAAGC;SOR=0.533;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=389;TCF=188;TCR=201;TR=181;WE=21207852;WS=21207834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,188:0.45:418
chr17	21207909	rs41301807	G	A	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.737;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.660;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,66:0.36:184
chr17	21207916	rs7209761	A	G	3376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=2.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.810;QD=22.22;ReadPosRankSum=-0.505;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,93:0.61:152
chr17	21207938	rs75147012	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.573;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,28:0.26:108
chr17	21207945	rs9896440	A	G	2030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=4.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.11;ReadPosRankSum=-0.163;SOR=1.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,63:0.62:101
chr17	21208292	rs7214432	T	C	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=26;PP=854;ReadPosRankSum=-1.408;SC=AGTTTGGGGATTGGGAGGCAA;SOR=0.653;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=215;TCF=137;TCR=78;TR=70;WE=21208300;WS=21208282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,70:0.33:213
chr17	21208317	rs4456559	G	A	6041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.59;ReadPosRankSum=-1.503;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,226:0.70:325
chr17	21208331	rs1898407	G	A	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=55;PP=1360;ReadPosRankSum=-0.441;SC=TACCTGGGGCGGGTGTTCACG;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=365;TCF=211;TCR=154;TR=135;WE=21208339;WS=21208307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,136:0.37:367
chr17	21208347	rs4559960	C	A	2781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FS=0.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.47;ReadPosRankSum=1.355;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,151:0.35:430
chr17	21208413	rs1657695	C	T	2574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.897;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,154:0.33:463
chr17	21208449	rs1657694	G	T	4035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=0.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.37;ReadPosRankSum=-1.454;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,118:0.33:355
chr17	21208456	rs1657693	A	G	3883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=-2.208;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,111:0.33:333
chr17	21208640	rs7209152	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=0.092;SC=GTCACTCATCGTGAAGTCCTG;SOR=0.307;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=8;WE=21208648;WS=21208630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr17	21215424	rs35026048	G	A	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=4;PP=2575;ReadPosRankSum=0.172;SC=ATCTGGGGCCGGGGCCTCTGA;SOR=0.712;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=123;TCF=104;TCR=19;TR=37;WE=21215454;WS=21215414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,49:0.36:135
chr17	21215434	rs113634008	A	AC	1746.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.652;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=4;PP=2966;ReadPosRankSum=-1.114;SC=GGGGCCTCTGACCCCCTGTCC;SOR=1.172;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=127;TCF=89;TCR=38;TR=36;WE=21215454;WS=21215414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,65:0.40:162
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chr17	21215483	rs55935757	C	T	2884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=1.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.736;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.925;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,155:0.40:387
chr17	21215537	rs55736474	C	A	5992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=736;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=0.244;SC=AGGAGCCGTCCCCCCAGCTCC;SOR=0.735;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=702;TCF=387;TCR=315;TR=288;WE=21215545;WS=21215525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:432,293:0.40:725
chr17	21215552	rs56369732	C	T	11853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=777;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.30;ReadPosRankSum=1.103;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:456,319:0.41:775
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chr17	21215637	rs66486636	G	A	9135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.10;ReadPosRankSum=0.655;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:351,254:0.42:605
chr17	21215643	rs73302034	A	G	8902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.90;ReadPosRankSum=0.079;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:324,236:0.42:560
chr17	21215682	rs73302038	G	A	2560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.549;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=78;PP=1673;ReadPosRankSum=-1.353;SC=TTATTCCTTTGGCAAATAAAC;SOR=0.947;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=300;TCF=116;TCR=184;TR=121;WE=21215690;WS=21215672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,131:0.41:317
chr17	21215700	rs73302043	T	G	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=61;PP=1303;ReadPosRankSum=-0.871;SC=AACCCCCAGATGACTTGGCAT;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=70;TCR=149;TR=90;WE=21215708;WS=21215690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,94:0.41:229
chr17	21216661	rs4994551	C	T	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=12.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.761;QD=14.30;ReadPosRankSum=-0.290;SOR=0.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,32:0.40:80
chr17	21216664	rs4081986	A	G	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=6.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.878;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.529;SOR=0.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,31:0.37:84
chr17	21216686	rs4994549	C	A	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.930;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.846;NF=28;NR=12;PP=510;ReadPosRankSum=-0.358;SC=CCCTTCTTCCCTGGGTGCACG;SOR=0.380;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=113;TCF=83;TCR=30;TR=40;WE=21216694;WS=21216676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,45:0.38:120
chr17	21216710	rs4994548	T	C	2039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.986;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.721;NF=40;NR=21;PP=789;ReadPosRankSum=-1.481;SC=CCCCTGCTGCTAGGCCTGGGG;SOR=0.514;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=161;TCF=108;TCR=53;TR=61;WE=21216718;WS=21216700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,72:0.41:177
chr17	21216758	rs5819747	G	GCTTC	4898.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.848;QD=14.67;ReadPosRankSum=1.044;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,124:0.37:334
chr17	21216788	rs1673840	C	T	3197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FS=1.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.155;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.863;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,177:0.39:449
chr17	21216846	rs1657688	G	C	2610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=6.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.123;QD=7.44;ReadPosRankSum=2.182;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,141:0.40:351
chr17	21216891	rs934688	G	A	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=19.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.131;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.312;SOR=0.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,79:0.44:178
chr17	21216951	rs1673839	C	G	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.030;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=44;PP=1680;ReadPosRankSum=0.298;SC=TGGGTAGCTCCTCTGGCTGGC;SOR=0.521;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=45;TCR=115;TR=61;WE=21216972;WS=21216941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,33:0.41:80
chr17	21216964	rs1657686	T	C	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.012;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=38;PP=1680;ReadPosRankSum=0.536;SC=TGGCTGGCCCTGTGTTCTCTC;SOR=1.564;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=129;TCF=25;TCR=104;TR=46;WE=21216972;WS=21216941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr17	21217290	rs1673837	G	A	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.404;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=804;ReadPosRankSum=-0.339;SC=AGGAGCCACAGATGCCATCTG;SOR=0.472;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=116;TCF=77;TCR=39;TR=54;WE=21217298;WS=21217280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,56:0.45:125
chr17	21217397	rs1657685	A	G	8003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.55;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,215:0.47:456
chr17	21217400	rs1622401	G	A	7971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.18;ReadPosRankSum=0.264;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,219:0.47:464
chr17	21217411	rs1657684	T	C	5437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.859;SC=TGGCCACCTCTCCCTCCCGCT;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=493;TCF=271;TCR=222;TR=244;WE=21217419;WS=21217387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,260:0.50:519
chr17	21217513	rs2363198	G	A	6466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.001;SC=TGCTGCCTTCGTGAAGGAGAT;SOR=0.679;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=577;TCF=277;TCR=300;TR=301;WE=21217521;WS=21217503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,318:0.52:611
chr17	21217547	rs2363197	T	C	7558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.95;ReadPosRankSum=-0.997;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,212:0.50:421
chr17	21217554	rs2363196	C	T	7065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=1.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.99;ReadPosRankSum=-0.397;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,184:0.49:372
chr17	21217566	rs2363375	C	T	3578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.339;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.709;SC=GACCCCACTCCGGCCCTCCAG;SOR=0.777;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=305;TCF=127;TCR=178;TR=156;WE=21217574;WS=21217537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,165:0.52:320
chr17	21217586	rs2363374	G	T	4472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=2.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.96;ReadPosRankSum=-0.768;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,125:0.50:249
chr17	21217596	rs2363373	C	G	4005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=5.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.90;ReadPosRankSum=0.574;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,105:0.50:212
chr17	21318521	rs76804083	C	T	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.067;HP=1;HapScore=1;MGOF=94;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=5;PP=748;ReadPosRankSum=0.312;SC=CCTCCAGTCACGTCTGGGGGC;SOR=1.130;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=138;TCF=115;TCR=23;TR=49;WE=21318529;WS=21318511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,52:0.35:148
chr17	21318546	rs112960185	A	G	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=2.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.96;ReadPosRankSum=0.031;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,66:0.34:193
chr17	21318552	rs112854769	G	A	2902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=2.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.25;ReadPosRankSum=0.082;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,74:0.34:219
chr17	21318555	rs58462457	C	T	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=22;PP=1134;ReadPosRankSum=0.769;SC=TAGAGGAGCCCGGAGCCACCA;SOR=0.668;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=227;TCF=169;TCR=58;TR=79;WE=21318577;WS=21318536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,82:0.34:240
chr17	21318569	rs74584621	C	T	3667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=2;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=29;PP=2962;ReadPosRankSum=0.445;SC=GCCACCAGCCCAGCCAGACAT;SOR=0.775;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=294;TCF=197;TCR=97;TR=96;WE=21318577;WS=21318536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,102:0.33:309
chr17	21318586	rs59891808	G	C	10532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=3.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.60;ReadPosRankSum=1.559;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,259:0.65:396
chr17	21318586	.	GTCTCTGTTG	CTCTCTGTTC,CTGTCTGTTG	2645	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=44;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=72,77;NR=49,44;PP=452,2645;QD=4.17742045341;SC=ACATGCTGTCGTCTCTGTTGC;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=379;TCF=236;TCR=143;TR=121,121;WE=21318611;WS=21318576;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.32:379
chr17	21318588	rs77791524	C	G	5106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=0.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.77;ReadPosRankSum=0.062;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,135:0.34:400
chr17	21318595	rs58780973	G	C	4495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.90;ReadPosRankSum=2.012;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:317,137:0.30:454
chr17	21318603	rs79809401	C	T	5655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=69;PP=2664;ReadPosRankSum=-0.586;SC=TTGCAGGAGCCGCCCTGCCTG;SOR=0.701;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=479;TCF=283;TCR=196;TR=171;WE=21318611;WS=21318576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,179:0.36:499
chr17	21318629	rs58862472	C	A	5394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FS=2.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.66;ReadPosRankSum=0.466;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,260:0.51:506
chr17	21318663	rs72846666	G	A	6791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1055;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=1.733;SC=GGATGACCGCGGCCAGCCGGG;SOR=0.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1007;TCF=548;TCR=459;TR=352;WE=21318671;WS=21318653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:680,375:0.36:1055
chr17	21318698	rs1657738	C	T	6080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.601;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:890,383:0.30:1273
chr17	21318782	rs78117732	G	A	3406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.884;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=215;NR=196;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.156;SC=CGCAGGTGCCGCAACCGCTTC;SOR=1.000;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=1284;TCF=669;TCR=615;TR=411;WE=21318790;WS=21318772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:911,291:0.24:1202
chr17	21318821	rs1714865	A	C	7033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=200;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.343;SC=TGCAACATTGAGTTCGCCAAC;SOR=0.675;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1230;TCF=602;TCR=628;TR=399;WE=21318829;WS=21318811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:836,409:0.33:1245
chr17	21318867	rs73979893	G	A	2661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.457;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=192;PP=2962;ReadPosRankSum=3.509;SC=TGGCTGACATGTTCACCACCT;SOR=1.089;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=1156;TCF=571;TCR=585;TR=364;WE=21318875;WS=21318857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:844,255:0.23:1099
chr17	21318897	rs1657739	G	C	6514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=2.686;SC=TCCGCTGGCGGTACATGCTGC;SOR=0.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=1106;TCF=531;TCR=575;TR=355;WE=21318905;WS=21318887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:766,362:0.32:1128
chr17	21318912	rs35011501	C	A	10762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1094;ExcessHet=3.0103;FS=1.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.372;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:767,325:0.30:1092
chr17	21318918	rs79626424	G	A	10521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1067;ExcessHet=3.0103;FS=1.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.175;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:755,311:0.29:1066
chr17	21318948	rs112314728	C	T	7696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=944;ExcessHet=3.0103;FS=2.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.261;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:705,237:0.25:942
chr17	21318951	rs75757803	C	T	7706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=924;ExcessHet=3.0103;FS=2.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.099;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:691,231:0.25:922
chr17	21318952	rs8076599	A	G	16418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=925;ExcessHet=3.0103;FS=1.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.79;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:370,553:0.60:923
chr17	21318969	rs79666990	C	T	6622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=881;ExcessHet=3.0103;FS=0.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:676,204:0.23:880
chr17	21318981	rs9909970	C	T	5339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=860;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=1.749;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:671,181:0.21:852
chr17	21319007	rs1657740	G	A	4995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=763;ExcessHet=3.0103;FS=1.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.33;ReadPosRankSum=4.578;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:405,277:0.41:682
chr17	21319007	.	GG	AC	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MMLQ=23;MQ=59.96;NF=112;NR=131;PP=2944;QD=20;SC=GCTGAGGGCCGGGGCCGCACA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=739;TCF=341;TCR=398;TR=243;WE=21319016;WS=21318997;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:496,243:0.33:739
chr17	21319008	rs1657741	G	C	10409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=758;ExcessHet=3.0103;FS=1.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.38;ReadPosRankSum=2.022;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:371,306:0.45:677
chr17	21319069	rs76265595	G	A	5983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=787;ExcessHet=3.0103;FS=0.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.634;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:598,186:0.24:784
chr17	21319079	rs76518282	C	A	6074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=777;ExcessHet=3.0103;FS=0.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.700;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:587,187:0.24:774
chr17	21319087	rs75029097	G	A	6209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=765;ExcessHet=3.0103;FS=1.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.472;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:570,192:0.25:762
chr17	21319110	rs77283567	G	A	3187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=740;ExcessHet=3.0103;FS=1.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=1.800;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:540,196:0.27:736
chr17	21319121	rs1714864	C	T	4823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=742;ExcessHet=3.0103;FS=2.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.281;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:476,262:0.36:738
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chr17	21319208	rs73979896	C	T	4166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=810;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=114;PP=2683;ReadPosRankSum=0.532;SC=GCCAAGATGGCAAGGCCCAAG;SOR=0.674;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=781;TCF=410;TCR=371;TR=238;WE=21319216;WS=21319198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:559,248:0.31:807
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chr17	21319785	rs1657745	C	T	2522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=3.335;NF=37;NR=37;PP=810;ReadPosRankSum=1.534;SC=CCTTCTGCTACGAGAACGAGC;SOR=0.562;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=224;TCF=103;TCR=121;TR=74;WE=21319794;WS=21319775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,74:0.33:227
chr17	21319786	rs78547883	G	A	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=6.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-7.858;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.934;SOR=1.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,60:0.27:221
chr17	21319845	rs72846670	C	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-1.741;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.044;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,33:0.24:135
chr17	21319860	rs2917720	C	T	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.629;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,48:0.49:98
chr17	21319860	.	CGGCCTCAG	AGGCCTCAT,TGGCCTCAG	360	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=12,18;NR=10,26;PP=343,360;QD=18.0212670392;SC=GAAGCCGGGACGGCCTCAGCC;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=117;TCF=51;TCR=66;TR=22,44;WE=21319876;WS=21319850;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.19:117
chr17	21319868	rs73979902	G	T	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=1.793;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,25:0.21:117
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chr17	25628820	rs6561	T	C	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.427;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=23;PP=867;ReadPosRankSum=-2.110;SC=TTAGTGAGATTACGTACTATA;SOR=0.946;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=195;TCF=122;TCR=73;TR=65;WE=25628828;WS=25628810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,69:0.33:210
chr17	25630388	rs2270761	T	C	2409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.172;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=47;PP=1596;ReadPosRankSum=-2.199;SC=CTTCCCCCACTCCAGTCTCTT;SOR=0.927;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=352;TCF=213;TCR=139;TR=127;WE=25630396;WS=25630378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,136:0.36:373
chr17	25636954	rs11080131	T	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=-0.392;SOR=0.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,9:0.16:55
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chr17	25753033	rs13341669	T	C	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-8.927;NF=28;NR=26;PP=539;ReadPosRankSum=-0.293;SC=CTGGCTTCTCTGGGTGCTGAA;SOR=0.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=65;TCR=58;TR=54;WE=25753041;WS=25753023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,58:0.42:138
chr17	25783681	rs1829803	A	G	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	25924596	rs16966333	C	T	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=55;PP=1566;SC=ACTTGTCCGGCGCCCCAAGCA;SOR=2.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=20;TCR=55;TR=75;WE=25924604;WS=25924586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	25931637	rs2289567	G	T	5075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
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chr17	25972311	rs2304886	C	T	10602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.80;MQRankSum=-0.482;QD=25.55;ReadPosRankSum=0.544;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,413:1.00:415
chr17	26079689	rs117094752	T	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.104;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.94;MQRankSum=0.634;NF=11;NR=0;PP=165;ReadPosRankSum=1.021;SC=CCCAAAGCCCTGTGCACCTGG;SOR=1.992;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=11;WE=26079697;WS=26079684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr17	26088337	rs59685746	GC	G	355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=50.99;NF=1;NR=8;PP=320;SC=CCACACCACGGCCCTCCTTGG;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=26088345;WS=26088327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	26089867	rs1060826	T	C	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=9;PP=523;SC=GGTGGATCTCTGTGGGCGTGT;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=26089875;WS=26089857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	26092555	rs2297512	G	A	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=24;NR=9;PP=567;SC=CTAGCCCGGGGCTCACCACTC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=26092563;WS=26092545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	26092631	rs1060822	A	G	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.31;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	26099171	rs2274894	T	G	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.99;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	26100321	rs2248814	A	G	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=47;PP=1497;SC=GGCTTGGCTCAGCTCGCGGAT;SOR=1.240;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=80;WE=26100329;WS=26100311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	26108040	rs2297520	T	C	10170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=190;NR=174;PP=2965;SC=CAATGGCCGGTGGCTGAGGCT;SOR=0.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=367;TCF=191;TCR=176;TR=364;WE=26108048;WS=26108030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr17	26109030	rs3729508	T	C	4932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=67;PP=2692;SC=CCCTGGGAAATGTGCACCGAC;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=103;TCR=67;TR=170;WE=26109038;WS=26109020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	26116896	rs2072324	C	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr17	26125743	rs3730014	G	A	3319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=48;PP=2152;ReadPosRankSum=0.465;SC=TGGCACAGGGGGCTTTCTCCA;SOR=0.806;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=181;TCF=109;TCR=72;TR=125;WE=26125751;WS=26125733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,142:0.68:210
chr17	26125918	rs3730013	G	A	6609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=134;PP=2965;SC=GCTGAAGAAGGGAAGCAGAGG;SOR=1.221;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=92;TCR=134;TR=226;WE=26125926;WS=26125908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr17	26206414	rs3751972	C	A	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=7;PP=713;SC=AGGCCAATGGCTCTTCCAAAC;SOR=2.165;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=31;WE=26206422;WS=26206404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	26574820	rs61141479	G	A	2460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=64;PP=1470;ReadPosRankSum=0.857;SC=GTGCTGACCAGGCCTGGGCCC;SOR=0.562;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=408;TCF=198;TCR=210;TR=131;WE=26574828;WS=26574810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,145:0.32:453
chr17	26574911	rs139797808	G	A	3555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.907;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=60;PP=2143;ReadPosRankSum=1.610;SC=TCCAGGTATGGAGAAAGAGAC;SOR=0.488;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=199;TCF=108;TCR=91;TR=124;WE=26574919;WS=26574901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,145:0.64:225
chr17	26575380	rs2292633	G	A	2157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=69;PP=1507;ReadPosRankSum=0.605;SC=TGCATGGAAAGGGGAGGGCAG;SOR=0.829;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=251;TCF=82;TCR=169;TR=101;WE=26575388;WS=26575370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,106:0.41:260
chr17	26633347	rs35679432	T	TG	695.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.69;MQRankSum=2.046;QD=15.12;ReadPosRankSum=1.408;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr17	26633350	rs74318769	T	G	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=1.674;QD=16.02;ReadPosRankSum=2.040;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr17	26646434	rs5819836	G	GC	6843.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=74;PP=2965;SC=AGGCTCTCCCGGCGCTGCGTC;SOR=1.199;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=5;TCR=77;TR=78;WE=26646442;WS=26646424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	26657261	rs34843464	CA	C	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=9.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=1.870;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr17	26669245	rs5819838	A	AG	3082.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=9;PP=2491;SC=CCTCACTCCCAGCCGCTTGGC;SOR=2.948;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=55;WE=26669253;WS=26669235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	26676135	rs13469	C	T	2950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=66;PP=1879;ReadPosRankSum=-0.274;SC=AAGCCTGCAGCGAGACGTGGC;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=99;TCR=109;TR=126;WE=26676143;WS=26676125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,137:0.60:230
chr17	26678960	rs2073867	G	C	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=218;ReadPosRankSum=1.291;SC=CAAACAAGGTGCTCATACATG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=14;WE=26678968;WS=26678950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr17	26684283	rs11314852	GT	G	6310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=60;PP=2948;SC=TCCAGGCCCAGTTCCTCGCGC;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=15;TCR=60;TR=75;WE=26684291;WS=26684273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr17	26684390	rs11448856	G	GC	5579.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=45;PP=2399;SC=GCACAGAGCGGCTTTGCCACC;SOR=0.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=57;WE=26684402;WS=26684380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	26684394	rs17856014	T	G	5613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=39;PP=1484;SC=AGAGCGGCTTTGCCACCGGGC;SOR=0.902;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=73;WE=26684402;WS=26684380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	26684449	rs4795429	G	C	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=31;PP=952;SC=ACGGCCAGGGGCCGCCGGGCT;SOR=1.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=50;WE=26684457;WS=26684439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	26684529	rs113967755	G	GGC	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=14;PP=665;SC=GCGGCCGGGCGGTTCCGCCCC;SOR=1.802;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=26684537;WS=26684519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	26687484	rs11379368	G	GC	2576.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=23;PP=1824;SC=AGAGGGCTGAGCCAGACTGTC;SOR=1.340;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=44;WE=26687492;WS=26687474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	26687898	rs11382918	G	GC	1511.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=953;SC=AGGGCAGGGTGCCCTGGTGGG;SOR=1.251;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=26687906;WS=26687888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	26691321	rs9910163	A	G	3226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	26692224	rs11387886	A	AG	18708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=129;PP=2936;SC=GGGCCATGCCAGGCTGTGCCC;SOR=0.823;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=205;TCF=69;TCR=136;TR=196;WE=26692232;WS=26692214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,522:1.00:522
chr17	26694861	rs704	G	A	7275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.226;SC=GGACAGCCACGTGGCGCGGGA;SOR=0.683;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=472;TCF=247;TCR=225;TR=310;WE=26694869;WS=26694851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,332:0.66:501
chr17	26695704	rs2227725	A	G	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=31;PP=1473;SC=CCTGAGGAGCAGGGTGGTGGG;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=77;WE=26695712;WS=26695694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	26695832	rs2071379	A	G	5028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.49;ReadPosRankSum=-0.710;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,222:0.73:305
chr17	26699121	rs7212814	G	C	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	26699195	rs11437592	C	CG	2051.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=17;PP=778;SC=TGCGGGTGGCCCGGGCCCGCG;SOR=0.874;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=26699213;WS=26699185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	26699199	rs112387743	G	GC	2027.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.06;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	26699205	rs11340312	GA	G	2016.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=17;PP=750;SC=CCGGGCCCGCGAAAGTGTCGC;SOR=0.929;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=19;WE=26699213;WS=26699185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	26699367	rs11437594	G	GC	2078.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=12;PP=1052;SC=CCTGGCTGCTGCGGCCGTGGG;SOR=0.970;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=26699375;WS=26699357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	26708298	.	A	AGC	7790.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.14;ReadPosRankSum=0.948;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,296:0.99:298
chr17	26708302	.	GGT	G	13432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.63;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr17	26708550	rs11658194	TC	CG	9694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=91;NR=78;PP=2947;SC=CGAGCTGCTTTCGCTGCACGC;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=177;TCF=93;TCR=84;TR=169;WE=26708559;WS=26708540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	26715319	rs373002076	G	A	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.24;ReadPosRankSum=1.060;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,74:0.72:103
chr17	26716821	rs4795433	C	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.590;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,49:0.51:97
chr17	26716917	rs4795434	G	T	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.158;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,38:0.49:77
chr17	26727721	rs5819844	GA	G	1637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=15;PP=807;SC=GTGAGTTGAAGAATGCCGGAG;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=20;WE=26727729;WS=26727711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	26729428	rs4795436	C	T	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=27;NR=33;PP=1000;SC=CCATACCCCACGTGGGGCTTA;SOR=1.195;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=60;WE=26729436;WS=26729418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	26729453	rs17719944	A	G	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=2.725;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr17	26816365	rs11443311	G	GC	8578.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=72;PP=2966;SC=TCTGAGGTGAGCCCCATCCAT;SOR=0.811;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=18;TCR=77;TR=89;WE=26816373;WS=26816355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr17	26817537	rs11568466	G	A	2926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=67;PP=1807;ReadPosRankSum=-1.999;SC=TGGCCATCGCGGTGGAACACT;SOR=0.724;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=447;TCF=239;TCR=208;TR=147;WE=26817545;WS=26817527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,162:0.33:485
chr17	26818676	rs9890678	T	C	15455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=269;NR=249;PP=2965;SC=GATCTGCACATTCACTGGGAG;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=520;TCF=270;TCR=250;TR=518;WE=26818684;WS=26818666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,559:1.00:559
chr17	26824156	rs11567842	A	G	9521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=175;NR=166;PP=2965;SC=TGGAGTCCTGATCATCGCACT;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=341;TCF=175;TCR=166;TR=341;WE=26824164;WS=26824146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr17	26850810	rs148642848	TTCTCTCTC	T	408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=9.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.76;ReadPosRankSum=-2.207;SOR=2.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr17	26850929	rs483434	A	C	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=46;PP=1325;ReadPosRankSum=2.082;SC=GTTGGTCCCCACTGGATGCTG;SOR=0.766;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=130;TCR=104;TR=103;WE=26850937;WS=26850919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,117:0.45:258
chr17	26854159	rs117401661	A	T	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=21;PP=1039;ReadPosRankSum=0.673;SC=TCCAGGAATAAGCTTTGGGGG;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=75;TCR=32;TR=71;WE=26854167;WS=26854149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,76:0.67:114
chr17	26856261	rs548973	A	G	3553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=701;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=106;PP=2270;ReadPosRankSum=-0.460;SC=CCCACTCTCCAGGGATGGGAG;SOR=0.630;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=654;TCF=316;TCR=338;TR=210;WE=26856269;WS=26856251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:472,223:0.32:695
chr17	26864302	rs532648	G	C	14880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=273;NR=279;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.077;SC=TGACTTGGCAGCCCCGGGCAG;SOR=0.417;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=554;TCF=274;TCR=280;TR=552;WE=26864310;WS=26864291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,568:0.99:571
chr17	26883313	rs631905	A	G	2399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=59;PP=1361;ReadPosRankSum=0.197;SC=TTGCCACAACATCATACCAGG;SOR=0.622;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=306;TCF=149;TCR=157;TR=120;WE=26883321;WS=26883303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,132:0.39:340
chr17	26890310	.	C	CA	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.856;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.071;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,18:0.22:81
chr17	26904517	rs652677	C	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-1.403;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr17	26911204	rs117510770	C	T	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=32;PP=1077;ReadPosRankSum=0.163;SC=CCTCTTTGGCCAGGACAGCTT;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=259;TCF=162;TCR=97;TR=87;WE=26911212;WS=26911194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,88:0.33:269
chr17	26911529	rs71372388	C	A	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=936;ReadPosRankSum=-1.016;SC=TGACACCATGCGGTCAGCAGG;SOR=0.948;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=46;WE=26911537;WS=26911519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,50:0.68:73
chr17	26916124	.	T	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=3.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.216;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,35:0.43:82
chr17	26947652	rs688536	G	A	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=5.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=1.480;SOR=1.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,30:0.26:117
chr17	26971965	.	CCCG	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=1.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.23;ReadPosRankSum=1.802;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:311,25:0.07:336
chr17	27000391	rs9904043	A	G	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=432;ReadPosRankSum=-1.023;SC=TTCCCTAGTTATCTTCAGGCA;SOR=0.837;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=33;WE=27000399;WS=27000381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr17	27002402	rs9892089	A	G	3204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=65;PP=1813;ReadPosRankSum=1.822;SC=GCCCCAACCCATCCTTTTCCT;SOR=0.540;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=252;TCF=145;TCR=107;TR=149;WE=27002410;WS=27002392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,158:0.58:273
chr17	27004703	rs7207976	C	A	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=16;PP=1076;ReadPosRankSum=1.823;SC=AGATAAAGTCCGTCTCACCCT;SOR=0.979;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=62;TCR=22;TR=62;WE=27004711;WS=27004693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,66:0.75:88
chr17	27010854	rs201577643	AT	A	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.449;QD=3.99;ReadPosRankSum=-1.538;SOR=0.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr17	27014942	.	CT	C	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=-1.001;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr17	27024870	rs76669329	G	A	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=29;PP=766;ReadPosRankSum=1.664;SC=TGCACCAGACGTTGTGTACCA;SOR=0.625;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=159;TCF=91;TCR=68;TR=64;WE=27024878;WS=27024860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,72:0.40:182
chr17	27050924	rs368186775	AAT	A	380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.357;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=60.11;MQRankSum=-0.859;NF=1;NR=22;PP=452;ReadPosRankSum=0.764;SC=CCTAATTCTGAATATATATAT;SOR=0.144;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=65;TCF=1;TCR=64;TR=23;WE=27050935;WS=27050914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr17	27053568	rs12952249	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.894;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=323;ReadPosRankSum=-0.834;SC=CCGGGCCACCGGCTACCCCGC;SOR=1.329;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=19;WE=27053576;WS=27053558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr17	27061704	.	C	CA	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.40;ReadPosRankSum=1.170;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,16:0.18:90
chr17	27068860	.	CTCTT	C	1678.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.763;NF=23;NR=4;PP=1256;ReadPosRankSum=-0.112;SC=TGCTGAAACTCTCTTTCTGGC;SOR=0.458;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=27;WE=27068871;WS=27068850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,43:0.65:66
chr17	27075423	rs2070265	C	T	3632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.001;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=75;PP=2303;ReadPosRankSum=-1.061;SC=CTAAGGAGTTCGTCTTTGACA;SOR=0.512;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=224;TCF=109;TCR=115;TR=149;WE=27075431;WS=27075413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,162:0.66:247
chr17	27085564	rs2043031	A	G	4230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.342;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=95;PP=2648;ReadPosRankSum=-0.290;SC=ACGGCATGGCAAGGTCCTGAG;SOR=0.565;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=318;TCF=144;TCR=174;TR=177;WE=27085572;WS=27085554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,198:0.57:345
chr17	27093542	rs9900141	G	A	3286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.027;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.901;NF=86;NR=64;PP=2170;ReadPosRankSum=0.453;SC=CTTCAAGGACGGCCCAAATGT;SOR=0.849;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=271;TCF=151;TCR=120;TR=150;WE=27093550;WS=27093532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,154:0.56:277
chr17	27183732	rs372784089	CT	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-1.457;QD=3.51;ReadPosRankSum=-1.354;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr17	27185827	rs2242345	C	T	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.625;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=47;PP=1010;ReadPosRankSum=-2.628;SC=GCCAGGAGGACGTGAAAACAC;SOR=0.862;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=292;TCF=143;TCR=149;TR=90;WE=27185835;WS=27185817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,99:0.31:322
chr17	27187636	rs9279	G	T	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=57;PP=1150;ReadPosRankSum=0.221;SC=GACCAGTTCTGTCCTTGGCTG;SOR=0.670;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=259;TCF=101;TCR=158;TR=96;WE=27187653;WS=27187626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,105:0.38:274
chr17	27188296	.	A	C	165	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=59.07;NF=4;NR=8;PP=165;QD=16.6476010456;SC=CCCTACCCCCAATCCCACGCC;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=12;WE=27188304;WS=27188286;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr17	27207571	rs1060244	C	T	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.773;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,39:0.33:118
chr17	27210253	rs6505095	T	C	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=39;PP=973;ReadPosRankSum=0.432;SC=TCTTCACCTGTCAGTGACGAC;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=116;TCR=108;TR=81;WE=27210261;WS=27210243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,91:0.35:262
chr17	27213104	.	AC	A	182	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=24;MQ=58.03;NF=1;NR=9;PP=182;QD=20.9;SC=CAGTAATCCAACCCCCCAACT;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=10;WE=27213112;WS=27213094;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,10:0.42:24
chr17	27225399	rs12947849	G	A	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=6.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.86;ReadPosRankSum=-0.110;SOR=0.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,46:0.77:60
chr17	27225937	rs4795473	C	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.584;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=522;ReadPosRankSum=0.786;SC=AGAAAGGAGTCGGGCTAGGCA;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=27;WE=27225945;WS=27225927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr17	27228198	rs4795474	G	A	8656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.38;ReadPosRankSum=1.290;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,415:0.64:647
chr17	27239376	rs4795475	G	C	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.417;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=16;PP=1147;ReadPosRankSum=-0.488;SC=ATGAGAGTAAGACAAACAATA;SOR=0.387;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=88;TCF=67;TCR=21;TR=63;WE=27239384;WS=27239366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,68:0.74:92
chr17	27244473	rs8066347	G	A	2229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=44;PP=1193;ReadPosRankSum=-0.041;SC=TTCAGCTAGGGACAAAGCAGA;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=86;TCR=81;TR=91;WE=27244481;WS=27244463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,106:0.55:194
chr17	27246368	rs68042462	CCTCCCCTCCTTGATCCTAACATT	C	1872.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=18;PP=2971;SC=TGTGGAACAGCCTCCCCTCCT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=18;WE=27246398;WS=27246358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	27284443	rs12941884	A	G	4966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.253;NF=98;NR=107;PP=2667;ReadPosRankSum=1.182;SC=GGAGCTGCCCATCAGCACAAA;SOR=0.738;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=319;TCF=150;TCR=169;TR=205;WE=27284451;WS=27284433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,230:0.66:349
chr17	27284566	rs67322066	AG	A	2729.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.311;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.179;NF=9;NR=47;PP=1828;ReadPosRankSum=0.229;SC=CACTATGGGTAGGGGGTGATG;SOR=0.443;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=86;TCF=11;TCR=75;TR=56;WE=27284574;WS=27284556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,100:0.69:145
chr17	27286851	rs1976165	T	C	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=2.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.07;ReadPosRankSum=0.350;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,101:0.63:161
chr17	27290969	rs11450637	T	TG	2322.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=13;PP=1684;SC=CCCTTTCCCCTGGGCACTCAC;SOR=1.852;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=42;WE=27290977;WS=27290959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	27306898	.	CGTGTGTGT	C	1383	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=1383;QD=277.2;SC=AAGGCTGAACCGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=5;WE=27306913;WS=27306888;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,5:0.28:18
chr17	27413908	rs4795495	C	G	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.297;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=450;ReadPosRankSum=0.397;SC=TCAGCAGCTACTCAAGGGGCT;SOR=2.376;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=21;WE=27413916;WS=27413903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr17	27417209	rs79749090	A	G	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=216;ReadPosRankSum=0.592;SC=AGTGACCAGAAGGCAAGGGGA;SOR=1.027;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=16;WE=27417217;WS=27417199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr17	27437134	rs2279958	A	G	4234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=102;PP=2740;ReadPosRankSum=-0.245;SC=CGAGGGGAAGAGACTGCCCTC;SOR=0.721;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=263;TCF=117;TCR=146;TR=179;WE=27437142;WS=27437124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,189:0.67:281
chr17	27437208	rs2279959	A	G	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.998;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=1001;ReadPosRankSum=-0.014;SC=CACTGCTCACAGGGTAGCAGC;SOR=0.478;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=57;WE=27437216;WS=27437198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,58:0.66:88
chr17	27441077	rs12601535	C	G	5934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.340;SC=AGTCATCCGTCGGGGGTTCCA;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=400;TCF=209;TCR=191;TR=249;WE=27441085;WS=27441067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,271:0.63:430
chr17	27442710	rs28587908	G	C	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=6;PP=553;ReadPosRankSum=-0.422;SC=CACTCTCCTCGGGGCCCTGGC;SOR=0.636;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=37;WE=27442718;WS=27442700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,45:0.63:71
chr17	27443631	.	G	GCACACACACACACACACACA	485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.99;ReadPosRankSum=2.425;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr17	27446571	.	A	AT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.833;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr17	27455736	rs8075284	A	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.478;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr17	27467487	rs9893528	C	T	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=32;PP=725;ReadPosRankSum=1.005;SC=CGGCCCCTCCCGTCCCGAGCT;SOR=0.444;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=38;WE=27467495;WS=27467477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,39:0.75:52
chr17	27492869	rs6505113	A	G	2132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=24;PP=1278;ReadPosRankSum=-0.118;SC=GGCTCTGATAACAGCTCTTGG;SOR=0.786;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=128;TCF=89;TCR=39;TR=83;WE=27492877;WS=27492859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,95:0.66:144
chr17	27580756	rs1047790	C	T	4109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=1.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.79;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,192:0.64:298
chr17	27581500	.	T	TA	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=14.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.573;SOR=3.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr17	27591393	.	C	CTA	1722.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.428;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=3.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.334;QD=17.95;ReadPosRankSum=0.446;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,61:0.64:96
chr17	27594687	rs34178472	A	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=1.168;SC=AATTCTATGAAGTTCAGATAA;SOR=0.446;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=11;WE=27594695;WS=27594677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr17	27613677	rs12452857	G	A	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=38;PP=1177;ReadPosRankSum=0.757;SC=CAGAAGAGATGGGTGTTAGAG;SOR=0.663;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=219;TCF=123;TCR=96;TR=84;WE=27613685;WS=27613667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,94:0.38:246
chr17	27614758	rs34613266	TA	T	642.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.325;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.198;NF=0;NR=31;PP=327;ReadPosRankSum=-0.416;SC=AAAAAAGGATTAAAAAAAAAA;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=1;TCR=52;TR=31;WE=27614767;WS=27614736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr17	27809104	rs6505138	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=83;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=272;ReadPosRankSum=-1.331;SC=ATGTCCAGATATATTGGCTAG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=10;WE=27809112;WS=27809097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr17	27816599	.	T	TA	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.286;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr17	27829588	rs367720840	CT	C	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.911;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.534;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,59:0.37:158
chr17	27835138	rs508706	C	T	4495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=84;PP=2396;SC=ACCAGGCTGCCATGGAGAAAG;SOR=1.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=61;TCR=84;TR=144;WE=27835146;WS=27835128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr17	27835211	rs622096	A	C	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=284;ReadPosRankSum=-1.299;SC=AGAATTAACCAACATGGCAGT;SOR=0.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=21;WE=27835219;WS=27835201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr17	27844593	rs75790207	A	G	3318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.28;ReadPosRankSum=0.201;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,158:0.63:250
chr17	27857698	rs536327	C	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=-0.246;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,29:0.27:106
chr17	27861329	rs3744624	T	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.306;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=292;ReadPosRankSum=0.309;SC=GTATAAGTAATAGAAGGAAAA;SOR=0.061;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=24;WE=27861337;WS=27861319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr17	27869968	rs507577	G	A	2742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=67;PP=1602;ReadPosRankSum=1.837;SC=GGGGACGGACGGAGCAGGGCA;SOR=0.681;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=392;TCF=199;TCR=193;TR=141;WE=27869976;WS=27869958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,158:0.37:425
chr17	27889578	rs539307	T	C	7425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=148;NR=97;PP=2965;SC=GGCCAGGTCTTTCACCTTGTG;SOR=1.080;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=148;TCR=97;TR=245;WE=27889586;WS=27889568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr17	27893015	rs2292973	G	A	2268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=29;PP=1370;ReadPosRankSum=-0.370;SC=GCCCACGCCTGTTCCAATGCT;SOR=0.929;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=114;TCF=76;TCR=38;TR=90;WE=27893023;WS=27893005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,98:0.78:126
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chr17	27901975	rs550818	A	G	11918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=225;NR=199;PP=2965;SC=ACTTTAAGCCACCAGCTGAGA;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=426;TCF=227;TCR=199;TR=424;WE=27901983;WS=27901965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr17	27904322	rs601364	A	G	9502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=209;PP=2965;SC=CTGACGCAGGACGGCAGGGAC;SOR=1.581;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=319;TCF=110;TCR=209;TR=319;WE=27904330;WS=27904312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr17	27904617	rs2278217	C	A	6611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=1.553;SC=GGAGGGACCGCGGGGATGAAG;SOR=0.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=449;TCF=247;TCR=202;TR=283;WE=27904625;WS=27904607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,302:0.63:476
chr17	27904711	rs11080105	G	A	7021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.397;SC=GGAAGGGCACGGCACTGCGCT;SOR=0.787;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=530;TCF=260;TCR=270;TR=335;WE=27904719;WS=27904701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,341:0.63:544
chr17	27905673	rs563976	A	G	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=20;PP=1506;SC=TCAGAGGCAGAGGAAGCAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=67;WE=27905681;WS=27905663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	27910706	rs2303623	C	T	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=39;PP=859;ReadPosRankSum=2.251;SC=TGCTCTGGCCCGTGCCAAGCC;SOR=0.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=26;TCR=66;TR=54;WE=27910714;WS=27910696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,55:0.59:94
chr17	27949934	rs77991986	G	GC	595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.04;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr17	28011503	.	A	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.185;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=23.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.06;ReadPosRankSum=2.223;SOR=3.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,28:0.33:85
chr17	28029938	rs3102560	T	C	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.089;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=382;ReadPosRankSum=-1.704;SC=ACAAAAGATATAGTTACCAAG;SOR=1.194;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=29;WE=28029946;WS=28029928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,34:0.35:97
chr17	28088161	rs142973370	G	C	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.416;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=49;PP=1283;ReadPosRankSum=-0.400;SC=GCGCGCGGCGGACTCACAGCT;SOR=0.661;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=326;TCF=178;TCR=148;TR=102;WE=28088169;WS=28088151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,108:0.30:360
chr17	28120851	rs2617882	A	C	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-0.679;QD=15.22;ReadPosRankSum=-1.213;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,50:0.67:75
chr17	28268800	rs4567782	A	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=3.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.230;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,23:0.29:80
chr17	28296327	rs9897794	T	G	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,67:0.32:209
chr17	28320248	rs4795524	T	A	9156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=3.315;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.87;ReadPosRankSum=0.495;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,353:1.00:354
chr17	28323499	rs12944395	A	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=191;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGGGGCAATTAGGCTCTTCCA;SOR=0.223;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=15;WE=28323507;WS=28323489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr17	28378276	rs11653805	C	T	5307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.03;MQRankSum=0.606;NF=91;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.161;SC=GCTGGAGTGTCGCAGTGCACT;SOR=0.612;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=282;TCF=122;TCR=160;TR=209;WE=28378284;WS=28378266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,240:0.74:326
chr17	28381141	rs4074170	C	G	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=38;PP=881;ReadPosRankSum=0.609;SC=AAGTTCCAACCTTAAGCAGAA;SOR=0.620;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=40;TCR=56;TR=65;WE=28381149;WS=28381131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,69:0.64:108
chr17	28386526	rs4075623	A	G	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.737;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=30;PP=1007;ReadPosRankSum=-0.618;SC=CAATGAACATATATCTTCCGT;SOR=0.415;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=113;TCF=72;TCR=41;TR=80;WE=28386534;WS=28386516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,91:0.72:126
chr17	28400079	.	A	AT	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=1.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.969;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,46:0.20:228
chr17	28407287	rs11080114	C	T	2464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.493;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=61;PP=1320;ReadPosRankSum=-0.098;SC=AGATTGGTTTCACCCTCCTAA;SOR=0.332;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=155;TCF=59;TCR=96;TR=106;WE=28407295;WS=28407277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,115:0.69:167
chr17	28407876	rs7221743	T	G	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.12;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,47:0.57:82
chr17	28410124	rs12941382	T	C	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.701;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=367;ReadPosRankSum=-0.402;SC=TGTTATTTCTTGCTAATATTT;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=24;WE=28410132;WS=28410114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr17	28417376	rs8065059	T	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.399;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=252;ReadPosRankSum=1.536;SC=CAATATGTTTTGGTGGAATGA;SOR=1.802;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=15;WE=28417384;WS=28417366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr17	28434826	rs5819880	ACTTTT	A	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.505;QD=3.23;ReadPosRankSum=1.521;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr17	28444183	rs6505162	A	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=28;ReadPosRankSum=0.483;SC=TTGCTTCCTAACCCGCGCTTG;SOR=0.330;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=5;WE=28444191;WS=28444173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr17	28499499	rs3764450	T	A	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.380;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=13;PP=939;ReadPosRankSum=-0.122;SC=TAGGGGACGCTCGTACTGGAA;SOR=0.261;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=76;TCF=60;TCR=16;TR=55;WE=28499507;WS=28499489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,54:0.71:76
chr17	28505024	rs7221154	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=240;ReadPosRankSum=-2.405;SC=TTCTCAAAAAGCATAGACTTT;SOR=0.609;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=21;WE=28505032;WS=28505014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,22:0.24:91
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chr17	28549978	rs25528	G	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=2.496;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,11:0.17:64
chr17	28811946	rs118191118	T	G	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=-2.159;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,24:0.25:97
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chr17	28900915	rs58713975	C	G	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.92;QD=26.46;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	28960991	.	CT	C	428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=1.436;QD=4.16;ReadPosRankSum=1.635;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,54:0.52:103
chr17	29161503	rs11080134	A	G	3057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.55;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	29192700	.	AT	A	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.51;ReadPosRankSum=1.389;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,19:0.22:85
chr17	29195444	.	CTTTT	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=1.193;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr17	29206583	.	A	AT	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr17	29221227	rs9898911	A	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=57;ReadPosRankSum=2.100;SC=GGGGAAATCAATAGAGTTTTT;SOR=0.458;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=9;WE=29221235;WS=29221217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr17	29258846	.	CAAA	C	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-0.103;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,10:0.16:62
chr17	29283603	rs2232281	C	G	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.655;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=255;ReadPosRankSum=-0.336;SC=TGACTATGCTCTTTTCATTGT;SOR=1.532;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=19;WE=29283611;WS=29283593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr17	29325624	rs79533578	T	G	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=17;PP=1065;ReadPosRankSum=0.171;SC=CTTCTTAGCATGGACCATCAA;SOR=0.712;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=95;TCF=69;TCR=26;TR=68;WE=29325632;WS=29325614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,80:0.71:112
chr17	29482878	rs2269855	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=48;ReadPosRankSum=0.377;SC=TGAGATGCAAGTATAGGTATC;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=5;WE=29482886;WS=29482868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr17	29486152	rs2952976	G	A	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=42;PP=996;ReadPosRankSum=-1.348;SC=TTGTGAATTTGATCTTGAGAA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=263;TCF=141;TCR=122;TR=92;WE=29486160;WS=29486142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,102:0.35:292
chr17	29508775	rs1801052	G	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,31:0.31:100
chr17	29508819	rs71142032	A	AT	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.665;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.309;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,19:0.29:65
chr17	29509791	rs2953000	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.12;ReadPosRankSum=1.107;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr17	29545987	rs67472948	A	AT	429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,30:0.33:90
chr17	29546175	rs2905880	T	C	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=596;ReadPosRankSum=-0.083;SC=GAAGGAAAGATTGTAACTATG;SOR=0.868;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=142;TCF=60;TCR=82;TR=45;WE=29546183;WS=29546165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,47:0.31:151
chr17	29553336	.	G	GACACACAC	1279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-0.344;QD=34.59;ReadPosRankSum=0.730;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr17	29553485	rs2285892	G	A	7629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.37;ReadPosRankSum=0.152;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,352:0.66:531
chr17	29558082	rs2071009	T	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=248;ReadPosRankSum=-0.137;SC=TATGTAAAGATGCTAATCTTT;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=19;WE=29558090;WS=29558072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr17	29559932	rs2066736	C	A	2410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=39;PP=1578;ReadPosRankSum=0.319;SC=TATAGAAATACAAAACCTAGA;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=80;TCR=62;TR=89;WE=29559940;WS=29559922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,99:0.63:157
chr17	29563076	rs59745739	T	TG	4452.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.73;ReadPosRankSum=-0.359;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,121:0.78:155
chr17	29563085	rs56874702	T	TG	4235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.15;ReadPosRankSum=-0.693;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,106:0.78:136
chr17	29647361	.	TA	T	303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=4.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.239;QD=3.01;ReadPosRankSum=0.518;SOR=0.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,37:0.37:101
chr17	29663625	rs33925668	T	TA	396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=5.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr17	29670190	rs7405740	C	G	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=39;PP=964;ReadPosRankSum=-0.751;SC=TTATGAAGTACTATTAAGAAA;SOR=0.551;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=61;WE=29670198;WS=29670180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,68:0.70:97
chr17	29758774	rs34137478	C	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=48;ReadPosRankSum=-1.813;SC=ACCCAGCTCCCTGAGTCTTCG;SOR=1.015;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=6;WE=29758782;WS=29758764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr17	29761030	rs36082230	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=1.738;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,20:0.28:71
chr17	29815385	rs57391434	G	T	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.95;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	29815404	rs8075239	T	G	2282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=12;PP=587;SC=TGGGAGGTCGTGTTACCTGAG;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=29815412;WS=29815394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	29848450	rs2301684	G	T	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=23.177;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=47;PP=1038;ReadPosRankSum=-1.254;SC=CCTAGGGGGTGGGGGGGTGCG;SOR=1.727;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=114;TCF=47;TCR=67;TR=70;WE=29848458;WS=29848440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,79:0.63:125
chr17	29850691	rs2074146	G	A	3560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=89;PP=2216;ReadPosRankSum=-1.509;SC=GAGATGGGGTGCACTCAGGCT;SOR=0.775;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=222;TCF=97;TCR=125;TR=156;WE=29850699;WS=29850681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,165:0.70:236
chr17	29852092	rs2023795	A	G	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.07;ReadPosRankSum=-0.978;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,82:0.71:115
chr17	29899005	.	G	GT	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=3.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,32:0.20:158
chr17	30183663	rs71142094	G	GC	1119.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=7;PP=1004;SC=GAAGCTCCAAGCAAGGCTTCC;SOR=1.839;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=30183671;WS=30183653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	30183857	rs8068049	T	C	2954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=53;NR=40;PP=1323;SC=CTCTCCTGACTGGAGTGGTCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=53;TCR=40;TR=93;WE=30183865;WS=30183847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	30185565	rs9906443	G	A	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=6;PP=945;SC=TGTAATAACGGTCTGTAACGT;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=30185573;WS=30185555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	30185892	rs11542477	A	G	5095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=106;PP=2965;SC=CTGCTGACCCAGAGCGCCCAC;SOR=1.305;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=70;TCR=106;TR=176;WE=30185900;WS=30185882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr17	30186375	.	C	CGGGGGCGGGGCGGCGCA	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.524;NF=0;NR=1;PP=400;ReadPosRankSum=-1.645;SC=CACGAGCAAGCGGGGGCGGGG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=1;WE=30186383;WS=30186365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr17	30222002	rs3760454	T	C	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=24.77;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	30293149	.	CT	C	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=1.065;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,29:0.34:86
chr17	30469470	.	C	CCCGCCG	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-1.027;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
chr17	30509939	rs6505286	C	G	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=39;PP=1150;SC=TTACTAAATTCGGGTTTTAAA;SOR=2.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=30509947;WS=30509929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	30519351	.	CTT	C	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=6.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=1.595;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr17	30611885	rs60163475	A	G	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.943;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=297;ReadPosRankSum=-2.240;SC=TTTGAGGGTTATGGCTTCCAC;SOR=0.930;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=25;WE=30611893;WS=30611875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,26:0.27:97
chr17	30632274	rs16967266	G	A	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.501;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=468;ReadPosRankSum=-1.350;SC=GTCTTAGCACGGAGCCTGCAG;SOR=0.415;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=157;TCF=115;TCR=42;TR=46;WE=30632282;WS=30632264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,47:0.29:161
chr17	30643361	rs2344973	A	G	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.707;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=231;ReadPosRankSum=-2.972;SC=CCAGGGCCTGAGGTTCAAAGA;SOR=0.238;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=19;WE=30643369;WS=30643351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr17	30659006	rs1019152	T	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=145;ReadPosRankSum=0.137;SC=GCCTAGAAAATGATTACCCAG;SOR=0.559;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=12;WE=30659014;WS=30658996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr17	30665005	rs35677406	T	C	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=804;ReadPosRankSum=-1.725;SC=AAAGGATGAATAATGAAGACA;SOR=0.766;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=116;TCR=129;TR=75;WE=30665013;WS=30664995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,82:0.31:263
chr17	30687522	rs6505295	G	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=99;ReadPosRankSum=0.045;SC=ATCTCATGAAGTAATTTTACC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=7;WE=30687530;WS=30687512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr17	30689814	rs9896320	G	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=54;ReadPosRankSum=0.210;SC=ATTCATTTCAGTATTAGAGGT;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=4;WE=30689822;WS=30689804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr17	30696292	rs2286645	C	T	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=1.046;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr17	30791503	rs2302276	C	T	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=818;ExcessHet=3.0103;FS=2.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=1.004;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:651,157:0.19:808
chr17	30791509	rs2302277	C	G	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=836;ExcessHet=3.0103;FS=1.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.219;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:664,168:0.20:832
chr17	30807420	.	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=7.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-1.702;SOR=2.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,12:0.19:63
chr17	30980972	rs2249638	G	A	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=49;NR=72;PP=2126;SC=GCTTCTGAAAGAGAAAGGAAA;SOR=1.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=49;TCR=73;TR=121;WE=30980980;WS=30980962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	31039255	rs11080184	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.168;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,20:0.18:114
chr17	31065200	rs75095788	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=248;ReadPosRankSum=-0.304;SC=CAAATCATACATACATTCTTT;SOR=0.613;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=20;WE=31065208;WS=31065190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr17	31065456	rs76645480	A	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=0.387;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,57:0.35:165
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chr17	31261382	rs29016	G	A	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=2.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=-0.573;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,44:0.27:165
chr17	31261463	rs29015	T	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.337;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,19:0.23:84
chr17	31261490	rs9915765	T	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.513;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=157;ReadPosRankSum=-1.699;SC=TGTGGTTTACTTCCCCCCCTG;SOR=1.209;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=15;WE=31261498;WS=31261480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,16:0.24:67
chr17	31266419	rs2726134	T	C	8985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.38;SOR=1.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr17	31266438	rs377006515	A	AAGG,AAAGG	11608.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.32;QD=47.00;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,111,136:0.45,0.55:247
chr17	31319024	rs2188953	A	C	6844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.51;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	31319033	rs3922357	G	C	6500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	31319092	rs2188952	T	G	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=31;PP=984;SC=TAGGGTGGGGTTATCCTGGCC;SOR=1.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=31319100;WS=31319082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	31319126	.	GGA	G	88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=54;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=88;QD=23.5;SC=AGCTGAGAGAGGAGAGAGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=4;WE=31319135;WS=31319116;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,4:0.20:20
chr17	31319160	rs2346391	T	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=256;ReadPosRankSum=1.268;SC=TCTGGAGCTGTTGTGAAATGC;SOR=1.148;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=18;WE=31319168;WS=31319150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr17	31323728	rs140981292	A	AG	2341.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=8;PP=2199;SC=AGCAGGTGGGAGGCACCTGCC;SOR=3.511;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=51;WE=31323736;WS=31323718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	31324077	rs28904	C	A	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=416;ReadPosRankSum=0.690;SC=GCTTTTGTTCCATTCCCAGTT;SOR=0.892;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=66;TCF=10;TCR=56;TR=25;WE=31324085;WS=31324067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr17	31324330	.	AGT	A	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.915;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,9:0.20:45
chr17	31324657	rs28958	T	C	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=1.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.388;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,103:0.28:363
chr17	31344549	rs2074215	T	C	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=14;PP=812;SC=TTCCCTCTACTATGATTCTGA;SOR=1.358;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=46;WE=31344557;WS=31344539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	31355227	rs58042873	A	AG	1255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=8;PP=779;SC=GGCAGATCCCAGGGCCCTGTG;SOR=1.236;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=19;WE=31355235;WS=31355217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	32364722	rs4795846	T	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=8.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-4.096;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.664;SOR=1.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,20:0.17:115
chr17	32583132	rs2857657	G	C	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=17;PP=1290;SC=TGAGCTCTTTGTCTTCTCCTG;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=62;WE=32583140;WS=32583122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	32583269	rs4586	T	C	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.835;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=49;PP=1266;ReadPosRankSum=2.426;SC=TCACCTGCTGTTATAACTTCA;SOR=0.625;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=349;TCF=192;TCR=157;TR=105;WE=32583277;WS=32583259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,118:0.31:386
chr17	32583911	rs13900	C	T	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FS=3.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=1.518;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:329,112:0.25:441
chr17	32598338	rs70937036	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=348;ReadPosRankSum=0.683;SC=TCTTCCCTGGGCAGGGAATAG;SOR=1.329;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=21;WE=32598346;WS=32598328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr17	32684389	rs159313	T	C	4645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=103;NR=53;PP=2759;SC=GTAAGATCTATTTCTTCCTCT;SOR=1.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=103;TCR=53;TR=156;WE=32684397;WS=32684379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr17	32688712	rs159271	T	C	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=5;PP=396;SC=AACCTTATTCTGGTAAAATAC;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=32688720;WS=32688702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	32904480	rs887231	G	A	5328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr17	32904586	rs887230	C	T	10374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=181;NR=178;PP=2965;SC=TGGTTTTGTCCTGCTCACTGT;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=359;TCF=181;TCR=178;TR=359;WE=32904594;WS=32904576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr17	32906373	rs56322375	G	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=373;ReadPosRankSum=-2.423;SC=GCGCCGCCAGGCTAGGAATGC;SOR=0.544;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=22;WE=32906381;WS=32906363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr17	32908036	rs79263247	C	T	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=38;PP=761;ReadPosRankSum=1.873;SC=CAAGCCCAGCCTGGGGCCAAG;SOR=0.597;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=254;TCF=137;TCR=117;TR=76;WE=32908044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,79:0.28:284
chr17	32908064	rs4795938	T	C	7302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
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chr17	32962064	rs111689642	C	A	2361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=62;PP=1446;ReadPosRankSum=0.132;SC=TGGTGGACAGCAGCACGCTGG;SOR=0.806;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=285;TCF=138;TCR=147;TR=116;WE=32962072;WS=32962054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,125:0.41:307
chr17	32962152	rs139484537	C	T	2106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.401;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=51;PP=1296;ReadPosRankSum=-0.246;SC=TGTCGGGAGCCTTATTTACCT;SOR=0.308;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=123;TCF=45;TCR=78;TR=87;WE=32962160;WS=32962142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,93:0.70:132
chr17	32965275	.	AC	A	441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=-1.355;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,29:0.27:107
chr17	33266431	rs12452225	A	C	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=741;ReadPosRankSum=0.525;SC=TACAATCTTCATTTGAATTTT;SOR=0.627;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=37;WE=33266439;WS=33266421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr17	33279125	rs55856327	C	T	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=40;PP=1135;ReadPosRankSum=0.389;SC=CTAAAATAAACCAAGGGCCCA;SOR=0.715;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=77;WE=33279133;WS=33279115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,82:0.61:134
chr17	33288882	rs931196	T	G	10766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=181;NR=186;PP=2965;SC=CAGCGCCTCATTCCGTCAAGA;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=367;TCF=181;TCR=186;TR=367;WE=33288890;WS=33288872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr17	33307700	rs57311484	GC	G	2191.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=40;PP=1661;SC=AAGGCAGCGGGCCCGGGGCGA;SOR=1.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=42;WE=33307708;WS=33307690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	33326780	rs2066505	G	A	4131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.60;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,190:0.67:283
chr17	33329648	rs2074522	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=170;ReadPosRankSum=1.612;SC=GGGACTATAGGTGTGCACCAC;SOR=0.585;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=15;WE=33329656;WS=33329638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr17	33330150	rs4796030	A	C	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.42;ReadPosRankSum=0.246;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,75:0.58:129
chr17	33332655	rs60014690	A	G	3066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.247;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=88;PP=2451;ReadPosRankSum=0.817;SC=CCAAAACTCAATCGATTTTTT;SOR=1.289;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=276;TCF=134;TCR=142;TR=165;WE=33332663;WS=33332645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,147:0.56:261
chr17	33339283	rs2074520	G	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=400;ReadPosRankSum=-1.697;SC=TGTAAACAAAGTCTCAGTGCA;SOR=0.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=21;WE=33339291;WS=33339273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr17	33341834	rs2074519	T	C	4696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.232;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=97;PP=2879;ReadPosRankSum=-0.459;SC=ATGGTACAAATACAGTCTCTT;SOR=0.646;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=287;TCF=150;TCR=137;TR=195;WE=33341842;WS=33341824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,215:0.67:320
chr17	33353332	rs3926358	T	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=4.964;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=203;ReadPosRankSum=-0.251;SC=GAGGGGTCAGTGGCGCTTGCC;SOR=2.494;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=12;WE=33353340;WS=33353322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr17	33428487	rs28363289	A	G	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.838;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=43;PP=1048;ReadPosRankSum=0.969;SC=AGCACAGAGAAATAACTTCCC;SOR=0.556;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=98;TCF=29;TCR=69;TR=63;WE=33428495;WS=33428477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,70:0.65:108
chr17	33433487	rs4796033	C	T	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.168;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=48;PP=1063;ReadPosRankSum=-1.802;SC=CTGGATCCTCCGGAGAGCTTC;SOR=1.163;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=99;TCF=29;TCR=70;TR=66;WE=33433495;WS=33433477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,71:0.68:104
chr17	33433820	rs936656	A	G	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=321;ReadPosRankSum=-0.324;SC=TGGAAGAATCAGTGTGAGTAG;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=21;WE=33433828;WS=33433814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr17	33445416	rs147268486	T	TA	1246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.256;QD=9.59;ReadPosRankSum=0.483;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,77:0.59:130
chr17	33445549	rs9901455	G	A	4797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.03;MQRankSum=0.734;NF=106;NR=94;PP=2847;ReadPosRankSum=-0.549;SC=GGATGGCAGTGGAGGTCTTCA;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=304;TCF=161;TCR=143;TR=200;WE=33445557;WS=33445539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,223:0.65:341
chr17	33448818	rs1871892	T	C	16948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,648:1.00:648
chr17	33454415	rs2306508	C	A	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.893;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=34;PP=771;ReadPosRankSum=-0.346;SC=TTGAGCACACCGTCAACAATT;SOR=0.496;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=156;TCF=61;TCR=95;TR=57;WE=33454423;WS=33454405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,61:0.36:170
chr17	33463568	rs3736143	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=176;ReadPosRankSum=-1.207;SC=CACGCCTGGGCGATTAGCCCC;SOR=0.821;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=12;WE=33463576;WS=33463558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr17	33464864	rs7215209	C	T	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=34;PP=1095;SC=GGCCAGCTTCCTGCCATCTGG;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=50;WE=33464872;WS=33464854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	33469279	rs1471615	G	C	4895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=56;NR=100;PP=2965;SC=ACACCCACCGGCACTGCTGCC;SOR=2.093;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=56;TCR=101;TR=156;WE=33469287;WS=33469269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	33477242	rs80100968	G	A	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=-1.081;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,85:0.26:328
chr17	33478185	rs4796042	C	G	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.56;MQRankSum=8.063;QD=25.43;ReadPosRankSum=-0.680;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,63:0.97:65
chr17	33497050	rs8066133	C	T	12176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=235;NR=182;PP=2965;SC=GGACCTCACCCCTGGTTCACC;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=418;TCF=236;TCR=182;TR=417;WE=33497058;WS=33497040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr17	33497331	rs7213921	A	G	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=25;PP=694;SC=TGCTGGGTCCAGACCCACAGG;SOR=3.334;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=33497339;WS=33497321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	33501432	rs1384220	C	T	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=32;PP=937;SC=GGCTGGGGGCCGAGGGTCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=33501440;WS=33501422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	33502937	rs11657816	G	A	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=17;PP=1021;SC=CTGCTGCCTGGGAAGGTGTGC;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=56;WE=33502945;WS=33502927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	33504809	rs4795065	C	T	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=18;PP=600;SC=AAAAATGCTACAAGGCCCTTC;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=33504817;WS=33504799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	33510323	rs59781678	G	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.666;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=90;ReadPosRankSum=-0.042;SC=GGTAGCATGAGTGACCTGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=9;WE=33510331;WS=33510313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr17	33510656	rs8074705	A	G	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=526;ReadPosRankSum=1.578;SC=GAATCTCCCCACCCACAGACC;SOR=0.439;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=36;WE=33510664;WS=33510646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,39:0.83:47
chr17	33513649	rs3744366	A	G	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.944;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=598;ReadPosRankSum=0.025;SC=GGTTCTCCTGAAGAGTCAGGT;SOR=0.579;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=40;WE=33513657;WS=33513639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr17	33591987	rs11080334	T	G	6372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.497;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.000;NF=112;PP=2962;ReadPosRankSum=1.827;SC=GCTTTCAGTTTACTTGCTAAA;SOR=0.874;Source=Platypus;TCF=171;WE=33591995;WS=33591977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,269:0.69:392
chr17	33592591	rs11651240	C	T	4870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.549;SC=GGTTATTCTCCGAAGGATATT;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=321;TCF=174;TCR=147;TR=204;WE=33592599;WS=33592581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,220:0.64:342
chr17	33680840	rs28571667	T	C	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=30;PP=2286;SC=CCTCTGCATCTTGCTCCCTGA;SOR=2.078;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=77;TCR=31;TR=107;WE=33680848;WS=33680830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	33689926	rs4796077	T	C	15834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=294;NR=254;PP=2965;SC=TTTAACACATTCACAATTTTG;SOR=0.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=550;TCF=294;TCR=256;TR=548;WE=33689934;WS=33689916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,591:1.00:591
chr17	33690466	rs12453150	C	A	5550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.408;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.547;SC=CGGGGCTTGACAGAGCGATCT;SOR=0.711;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=325;TCF=169;TCR=156;TR=213;WE=33690474;WS=33690456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,240:0.67:357
chr17	33690619	rs72825958	G	T	3264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=1.123;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:382,189:0.33:571
chr17	33690863	rs4796078	G	T	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=106;PP=2965;SC=AAGAAATGAAGTGTTACATGC;SOR=2.208;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=37;TCR=106;TR=143;WE=33690871;WS=33690853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	33768199	rs1822403	G	A	8279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=159;PP=2965;SC=TCTGAAAGTAGTCCAGAAAGA;SOR=1.094;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=283;TCF=124;TCR=159;TR=283;WE=33768207;WS=33768189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr17	33768354	rs3744371	C	T	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=32;PP=1403;SC=AGGAAAGTTTCCCGGGTCTCT;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=42;TCR=32;TR=73;WE=33768362;WS=33768344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	33805150	rs2304968	T	C	6697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=112;PP=2965;SC=ACGAAGAGGATAACTCTGGGA;SOR=0.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=106;TCR=112;TR=218;WE=33805158;WS=33805140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr17	33806863	rs12451746	G	A	9823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=180;NR=149;PP=2965;SC=TCACAAAAATGTGAAAGTAGT;SOR=0.871;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=329;TCF=180;TCR=149;TR=329;WE=33806871;WS=33806853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr17	33807250	rs9905892	T	A	3031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=27;NR=70;PP=2028;SC=GAGTTAAGCCTGAGAGACAGC;SOR=2.131;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=27;TCR=70;TR=97;WE=33807258;WS=33807240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	33814735	rs10626701	G	GAA	16323.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=91;PP=2973;SC=TAAAGAAAAAGAGAACGAACC;SOR=0.913;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=62;TCR=93;TR=152;WE=33814743;WS=33814725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr17	33876083	rs1001441	G	A	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.064;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=68;PP=1515;ReadPosRankSum=0.084;SC=CTTGGCAGGTGGTTTGTTGGC;SOR=0.957;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=329;TCF=147;TCR=182;TR=111;WE=33876091;WS=33876073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,121:0.34:358
chr17	33876129	rs1531057	A	G	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.173;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=45;PP=886;ReadPosRankSum=0.012;SC=GAGGCATATCAACAAAGAGAA;SOR=1.603;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=178;TCF=63;TCR=115;TR=59;WE=33876137;WS=33876119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,62:0.32:192
chr17	33879678	.	T	TATAC	304	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=28;MMLQ=20;MQ=59.35;NF=6;NR=1;PP=304;QD=46.8571428571;SC=CACATATATATACACATATAT;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=7;WE=33879690;WS=33879668;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr17	33879682	.	C	T	272	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=28;MMLQ=26;MQ=59.47;NF=5;NR=1;PP=272;QD=51.1285354245;SC=TATATATACACATATATATAC;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=33879690;WS=33879668;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr17	33880003	rs28498569	C	G	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.495;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=35;PP=897;ReadPosRankSum=-0.783;SC=ACAGGGAGACCACCACCAGAG;SOR=0.636;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=221;TCF=125;TCR=96;TR=78;WE=33880011;WS=33879993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,84:0.35:240
chr17	33881631	rs321612	T	C	11616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr17	33881718	rs321613	G	A	10892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=35.71;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr17	33881734	rs321614	A	G	3415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=3.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-1.156;QD=14.17;ReadPosRankSum=2.252;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,157:0.65:241
chr17	33881769	.	TAAAA	T,TA	2755.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.29;QD=34.45;SOR=1.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,53,27:0.66,0.34:80
chr17	33884804	rs10512472	T	C	1808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=40;PP=997;ReadPosRankSum=0.190;SC=AAGGTATTTCTGTGAACCTGA;SOR=0.654;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=300;TCF=181;TCR=119;TR=97;WE=33884812;WS=33884794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,105:0.33:322
chr17	33900514	rs200421105	T	TA	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr17	33902635	rs1037590	G	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=183;ReadPosRankSum=-2.621;SC=AGGCTAAAAGGTTAGGATCAA;SOR=0.813;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=14;WE=33902643;WS=33902625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr17	33921160	rs225305	C	T	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=22;PP=683;SC=AGGCAGAATGCTGCTGACCTC;SOR=1.493;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=36;WE=33921168;WS=33921150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	33933006	rs225284	A	C	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.776;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=688;ReadPosRankSum=0.792;SC=TCATCCAGGGAAATTCAAACC;SOR=0.310;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=42;WE=33933014;WS=33932996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,54:0.68:79
chr17	33953875	rs151201529	G	A	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.80;ReadPosRankSum=-0.615;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,72:0.77:93
chr17	33963611	rs11345348	AT	A	1954.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=37;PP=1518;SC=AATCGGAAACATTAAAATGGT;SOR=2.001;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=39;WE=33963619;WS=33963601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	33968871	rs225270	A	T	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=17;PP=1106;SC=ATTCTTTCACACTATCACAAA;SOR=1.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=33968879;WS=33968861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	33998802	rs1049379	G	C	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=21;PP=1217;ReadPosRankSum=1.474;SC=CATCATCGGTGCCTGCAACCT;SOR=0.335;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=105;TCF=77;TCR=28;TR=72;WE=33998810;WS=33998792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,70:0.68:103
chr17	34009701	rs117164887	T	C	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=346;ReadPosRankSum=0.684;SC=GATTTATGTATCCTCTCTTCT;SOR=0.665;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=79;TCF=61;TCR=18;TR=28;WE=34009709;WS=34009691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,32:0.36:89
chr17	34067892	rs12944858	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=1.096;SC=CATCTTTTAGGTCAGTTGTGC;SOR=0.627;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=8;WE=34067900;WS=34067891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr17	34073301	rs56135703	C	T	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=1.966;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,111:0.34:326
chr17	34074992	rs200562123	CG	C	591.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=440;ReadPosRankSum=-0.443;SC=AGGTTAAGGGCGGGGTGGAGG;SOR=0.495;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=15;WE=34075000;WS=34074982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr17	34076097	rs75650393	TG	T	4649.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=675;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.894;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=99;PP=2966;ReadPosRankSum=1.436;SC=AACCCTATTCTGGGGGTCCCT;SOR=0.617;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=407;TCF=83;TCR=324;TR=120;WE=34076105;WS=34076086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:448,205:0.31:653
chr17	34077412	rs55951822	T	G	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=7.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.304;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,63:0.28:229
chr17	34077428	rs11650416	A	C	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=4.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.780;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=36;PP=686;ReadPosRankSum=1.583;SC=GGAGGAAAGCACTGGGGTCAT;SOR=0.774;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=162;TCF=36;TCR=126;TR=45;WE=34077436;WS=34077418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,47:0.27:174
chr17	34088036	rs79845981	A	AT	475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.752;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,20:0.26:76
chr17	34090916	.	A	AAAAT	1482.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.70;ReadPosRankSum=-1.457;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,35:0.80:44
chr17	34091078	rs4795087	C	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.914;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,32:0.28:114
chr17	34091283	.	G	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.743;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=225;ReadPosRankSum=0.021;SC=CGCGGACAGCGGCTTCTGGGG;SOR=0.583;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=13;WE=34091291;WS=34091273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr17	34093597	rs118052277	T	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=1.413;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,29:0.25:116
chr17	34093663	rs117651561	G	A	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-2.593;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,45:0.28:162
chr17	34093681	rs79742527	G	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=-2.312;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,38:0.24:158
chr17	34097039	rs3826404	T	G	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.274;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=22;PP=667;ReadPosRankSum=0.211;SC=CAGGAGGCCTTGGGGGCAGGA;SOR=0.811;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=147;TCF=88;TCR=59;TR=59;WE=34097047;WS=34097029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,63:0.40:157
chr17	34100350	rs58543174	G	GC	16912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=144;PP=2965;SC=GCCGGCTCCGGAGATGCTCAG;SOR=0.917;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=175;TCF=29;TCR=146;TR=171;WE=34100358;WS=34100340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr17	34147533	.	CT	C	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.59;MQRankSum=2.607;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.958;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr17	34161648	rs76903662	GT	G	448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=-0.960;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,43:0.30:144
chr17	34182341	rs2306630	G	A	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=49;PP=1056;ReadPosRankSum=1.237;SC=CTCATATACAGAGAGAACCTT;SOR=0.700;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=294;TCF=148;TCR=146;TR=94;WE=34182349;WS=34182331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,99:0.31:315
chr17	34183956	rs78655848	G	A	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=440;ReadPosRankSum=-1.118;SC=GAAGCAGACAGGTAAATAGGC;SOR=1.102;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=33;WE=34183964;WS=34183946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,35:0.39:89
chr17	34183983	rs77598005	AG	A	308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=287;ReadPosRankSum=1.116;SC=AATACTGTGTAGGGGTACACA;SOR=0.653;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=11;WE=34183991;WS=34183973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr17	34185535	rs35283303	AG	A	916.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=3.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.496;QD=6.84;ReadPosRankSum=1.564;SOR=0.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,42:0.31:134
chr17	34191406	rs2291299	T	C	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.801;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=622;ReadPosRankSum=0.703;SC=TGGAATACCATCCCCACAACC;SOR=1.144;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=104;TCF=50;TCR=54;TR=39;WE=34191414;WS=34191396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,40:0.35:114
chr17	34191650	rs146446948	A	AC	1775.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=3.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.144;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.643;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,76:0.31:249
chr17	34192406	rs56221144	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=142;ReadPosRankSum=2.321;SC=GGCATCTGGGGGTTGCAAGTG;SOR=0.765;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=11;WE=34192414;WS=34192396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr17	34195600	rs77067063	G	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=1.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,27:0.24:111
chr17	34195739	rs77630516	T	C	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=1.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.76;ReadPosRankSum=2.299;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,82:0.33:249
chr17	34207405	rs2280788	G	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=1.380;SC=AGGGCCAGTTGAGGGGCATCC;SOR=0.616;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=8;WE=34207413;WS=34207395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr17	34245629	rs2242597	T	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.588;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=75;ReadPosRankSum=-0.857;SC=TAGGAGGGGTTTTGGGAGGTG;SOR=0.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=8;WE=34245637;WS=34245619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr17	34257637	rs2280786	T	C	3246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=59;PP=1800;ReadPosRankSum=0.667;SC=CCGGCTCACATGCAAAGCCTC;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=421;TCF=260;TCR=161;TR=158;WE=34257645;WS=34257627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,174:0.38:463
chr17	34261747	rs2242596	C	T	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.677;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=405;ReadPosRankSum=0.472;SC=TGAAGAATCCCTGAGTGAGGA;SOR=0.509;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=106;TCF=73;TCR=33;TR=32;WE=34261755;WS=34261737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,37:0.31:118
chr17	34264718	rs78999738	T	C	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=275;ReadPosRankSum=-1.070;SC=GAGCAGAGCCTGGTTGCTGCT;SOR=0.551;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=106;TCF=69;TCR=37;TR=29;WE=34264726;WS=34264708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,32:0.27:118
chr17	34264859	rs2280783	A	G	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.709;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,97:0.37:265
chr17	34305048	rs7216969	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=329;ReadPosRankSum=0.578;SC=AGGCCCCTGAGAGCCAAAGGC;SOR=0.950;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=17;WE=34305056;WS=34305038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr17	34305071	rs11080368	C	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.865;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=509;ReadPosRankSum=0.087;SC=AACCCTTAGCCACTGCTCCAC;SOR=1.483;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=25;WE=34305079;WS=34305061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr17	34305164	rs11080369	A	C	2568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=35;PP=1457;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GAAATATCTAAAAGGACGTGC;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=158;TCF=101;TCR=57;TR=99;WE=34305172;WS=34305154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,116:0.65:178
chr17	34310760	rs41495150	C	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=-1.339;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,19:0.25:75
chr17	34313612	rs75238886	G	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-1.734;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,26:0.30:86
chr17	34313674	rs113937434	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.683;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,22:0.23:96
chr17	34325532	rs2075746	T	C	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=40;PP=1301;SC=CCTCCTCGGCTAGCACTTGCT;SOR=1.574;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=62;WE=34325540;WS=34325522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	34328461	rs854625	A	G	3160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=2.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.91;ReadPosRankSum=-3.007;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,144:0.68:212
chr17	34340161	rs1734953	T	A	6376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=142;NR=84;PP=2965;SC=AATGCTTCTTTAAAAAATAAT;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=142;TCR=84;TR=226;WE=34340169;WS=34340151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr17	34340284	rs1003645	C	T	4650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=104;PP=2729;ReadPosRankSum=-1.026;SC=AGCATTCTCACGCAAACCTGA;SOR=0.785;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=332;TCF=165;TCR=167;TR=199;WE=34340292;WS=34340274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,216:0.60:363
chr17	34341082	rs1719204	C	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=239;ReadPosRankSum=0.336;SC=GGGTGGGCCACAGCAGGACCA;SOR=0.399;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=14;WE=34341090;WS=34341072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr17	34341398	rs61737011	A	G	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=584;ReadPosRankSum=0.771;SC=GGATTTTCCAATGGAAGCTTT;SOR=0.667;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=181;TCF=105;TCR=76;TR=52;WE=34341406;WS=34341388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,55:0.27:205
chr17	34341513	rs145880426	ATCC	A	883.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=612;ReadPosRankSum=0.394;SC=CCCATTGCTCATCCTCCTCCT;SOR=0.575;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=62;TCF=5;TCR=57;TR=18;WE=34341523;WS=34341503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,27:0.28:98
chr17	34416665	rs1719133	A	G	10020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=26.23;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr17	34431287	rs1049750	G	T	6384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.78;QD=26.49;SOR=1.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr17	34431961	rs1719146	T	C	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.67;QD=26.84;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	34432125	rs1719147	A	G	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=934;ReadPosRankSum=-1.328;SC=GTGATTGAGCATTGGGGAGGC;SOR=0.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=64;WE=34432133;WS=34432115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,78:0.98:80
chr17	34848874	rs2306589	T	C	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=28;PP=966;SC=TTCCTTAGCCTTGAGCATCAG;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=34848882;WS=34848864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	34854280	rs2306590	G	A	8533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=140;NR=165;PP=2965;SC=AGGGGCCAGAGGCGGATTATT;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=305;TCF=140;TCR=165;TR=305;WE=34854288;WS=34854270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr17	34865131	rs17560870	A	G	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=16;PP=400;SC=CTTCCGGCCTATCACGTCTTG;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=34865139;WS=34865121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	34866546	rs2306593	C	T	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=9;PP=950;SC=GAGCACTTGTCGGGGTCCTCC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=47;WE=34866554;WS=34866536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	34867415	rs34476742	A	AGT	1357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=834;SC=TCATGGCCCAAGTGCCCATCT;SOR=1.839;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=34867423;WS=34867405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	34868683	rs187954683	C	T	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=5.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.32;ReadPosRankSum=-1.780;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,83:0.71:117
chr17	34869150	rs6607296	C	A	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=16;PP=961;SC=TGGAGGTAGCCCAGAGGGGCC;SOR=1.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=54;WE=34869158;WS=34869140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	34916879	rs8068351	T	C	148.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=115;SC=CATTTTGCCTTGATATATATA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=34916887;WS=34916869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	34935878	rs2074103	C	A	7128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=130;PP=2965;SC=TCCAGTATCTCAGATTGCTTA;SOR=1.036;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=239;TCF=108;TCR=131;TR=238;WE=34935886;WS=34935868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr17	34942595	rs1106908	G	A	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.61;SOR=1.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	34943347	rs11367622	CT	C	441.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.27;ReadPosRankSum=-0.713;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,33:0.92:36
chr17	34943719	rs3744593	C	T	5358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=121;PP=2965;SC=TGTTTGGGAACGGGGTGGATG;SOR=1.516;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=64;TCR=121;TR=185;WE=34943727;WS=34943709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr17	34951327	rs2285639	C	T	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=9;PP=1036;SC=TGACGGGGGTCGGGGTCTGAG;SOR=2.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=47;WE=34951335;WS=34951317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	34955249	rs145977011	G	A	4076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.230;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=44;PP=2702;ReadPosRankSum=0.675;SC=AAGTCTTCCCGATGGGCATCT;SOR=0.148;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=215;TCF=162;TCR=53;TR=162;WE=34955257;WS=34955239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,170:0.74:229
chr17	34956585	rs377424786	CCA	C	14782.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=165;PP=2965;SC=CTTGTACCTTCCACAGATTGG;SOR=1.148;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=196;TCF=28;TCR=168;TR=193;WE=34956594;WS=34956575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr17	34964038	.	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=-0.736;QD=2.78;ReadPosRankSum=-2.367;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,20:0.22:91
chr17	35294340	rs113265097	C	CA	272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.559;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr17	35299688	rs8075125	A	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.96;ReadPosRankSum=-0.561;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,22:0.23:95
chr17	35300494	rs138151008	GAA	G	818.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=8.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.991;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.512;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,40:0.33:121
chr17	35310644	rs78698928	T	G	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=39;PP=977;ReadPosRankSum=0.758;SC=GTATCTGCATTTGGTCTACTT;SOR=0.650;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=95;TCF=35;TCR=60;TR=63;WE=35310652;WS=35310634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,66:0.67:99
chr17	35378121	rs2301685	G	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.684;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=308;ReadPosRankSum=-2.201;SC=TGAGGAACTTGATGTAGGTTG;SOR=2.448;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=15;WE=35378129;WS=35378111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr17	35378217	rs2301686	C	A	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.22;ReadPosRankSum=2.464;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,73:0.69:106
chr17	35478362	rs1470452	T	C	6507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.93;ReadPosRankSum=0.400;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,259:0.99:261
chr17	35486486	rs9789070	C	T	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=29;PP=843;SC=ACAATAGTTACAGACAAAGAC;SOR=2.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=35486494;WS=35486476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	35549275	rs2305099	T	C	3502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	35550158	rs12603097	C	T	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=241;SC=AGAAAGGAATCGGCTTTAGTT;SOR=1.911;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=14;WE=35550166;WS=35550148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	35550179	rs12603098	C	T	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.73;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	35550448	rs2305097	C	A	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=14;PP=377;SC=CATTTAGAAGCCAGTTTTCTA;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=35550456;WS=35550438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	35557289	rs11659129	C	T	3236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=34;PP=2090;SC=TATTAGTAAGCATAAGATTAC;SOR=1.397;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=76;TCR=34;TR=110;WE=35557297;WS=35557279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	35562546	rs2278679	C	T	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=5;PP=644;SC=TATCCCTAAACGCAGAACTAG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=35562554;WS=35562536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	35567261	rs77476454	G	A	228.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5731;FS=5.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=128;ReadPosRankSum=-0.402;SC=GGGGAGCTCAGGACTCCCTAG;SOR=2.225;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=9;WE=35567269;WS=35567251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr17	35581887	rs144469510	TTA	T	847.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=-1.112;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,43:0.52:82
chr17	35608781	rs72010031	CCT	C	2546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=13;PP=2025;SC=GTCAACATCCCCTCTCTTTCT;SOR=2.340;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=45;WE=35608790;WS=35608771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	35608889	rs1519091	G	A	7710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=26.05;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr17	35609746	rs2252757	G	A	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=2;PP=1555;SC=TCATGTAGTGGCAGGGATTGA;SOR=5.856;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=58;TCF=55;TCR=3;TR=57;WE=35609754;WS=35609736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	35632979	rs2542660	C	A	4751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
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chr17	35696820	rs147333574	AAAAG	A	1163.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-4.845;NF=3;NR=21;PP=1142;ReadPosRankSum=0.219;SC=CCTAGAGAGAAAAAGAGAGAA;SOR=0.733;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=35696831;WS=35696810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,49:0.96:51
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chr17	35818592	rs9897879	T	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.226;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,12:0.20:60
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chr17	35896123	rs1045000	T	C	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=0.276;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,73:0.34:217
chr17	35899141	rs1034686	T	A	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.730;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=559;ReadPosRankSum=-0.067;SC=AGCCTCACCTTAGATGCATGA;SOR=0.598;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=135;TCF=98;TCR=37;TR=46;WE=35899149;WS=35899131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,49:0.35:142
chr17	35900732	.	CTT	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=12.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=2.263;SOR=3.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr17	35902225	rs3110623	C	G	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.586;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=529;ReadPosRankSum=-1.306;SC=AACATTCGTTCGGGGTTTCTT;SOR=0.888;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=105;TCF=52;TCR=53;TR=34;WE=35902233;WS=35902215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,38:0.32:117
chr17	35936594	rs11654048	T	C	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.66;ReadPosRankSum=0.038;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,43:0.73:59
chr17	35937637	rs12602536	T	C	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=47;PP=1123;ReadPosRankSum=-0.425;SC=ACTTCAGAAGTATTTAATTTA;SOR=0.613;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=115;TCR=142;TR=86;WE=35937645;WS=35937627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,97:0.35:281
chr17	35944605	rs200792076	T	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=0.513;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr17	35946814	rs59650365	T	A	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=25;PP=720;SC=AAATAAAAGATGCAAATATAC;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=35946822;WS=35946804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	35956263	rs4795207	T	C	6041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=127;NR=85;PP=2965;SC=ACTAAAGAAGTAAGTACCTGC;SOR=1.115;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=127;TCR=85;TR=212;WE=35956271;WS=35956253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr17	35981285	rs34337635	A	G	3700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=1.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.164;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,181:0.57:316
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chr17	35988672	rs7224513	C	T	3633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=3.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.14;ReadPosRankSum=0.986;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,163:0.77:212
chr17	35988718	.	TA	T	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=-2.841;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,18:0.18:102
chr17	36003275	rs3813911	T	A	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=10;PP=1230;SC=CGGGTGTCCATGTGCGCCGGC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=54;WE=36003283;WS=36003265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	36003613	.	C	CTT	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=6.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.713;QD=10.47;ReadPosRankSum=-1.120;SOR=1.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr17	36047275	rs1800929	C	T	3445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=41;PP=2190;SC=TCGCAGGTGCCGGTCAGGTCA;SOR=1.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=72;TCR=41;TR=113;WE=36047283;WS=36047265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	36047417	rs3110641	A	G	6582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=111;PP=2965;SC=GAGGAGAGAGAGTGCTCAGCT;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=110;TCR=111;TR=221;WE=36047425;WS=36047407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr17	36059385	rs12938438	C	G	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=190;ReadPosRankSum=-0.078;SC=ATAACCAACTCCCGAAAGCAT;SOR=1.292;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=13;WE=36059393;WS=36059375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr17	36061297	rs2074429	C	T	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=17;PP=384;SC=GCCTGTTACACAGGAGATTCC;SOR=2.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=23;WE=36061305;WS=36061287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	36064897	rs2107133	A	G	4936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=91;PP=2847;ReadPosRankSum=0.628;SC=CCTGCCCCCAAGTTTTCCAAC;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=309;TCF=171;TCR=138;TR=202;WE=36064905;WS=36064887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,226:0.66:344
chr17	36093863	rs3216929	G	GCAGA	4865.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.200;NF=10;NR=41;PP=2912;ReadPosRankSum=0.508;SC=CCTTCACTCAGCAGACAGACA;SOR=1.061;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=72;TCF=10;TCR=62;TR=51;WE=36093871;WS=36093853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,112:0.98:114
chr17	36233930	rs2677184	G	A	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-4.211;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.164;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,62:0.35:179
chr17	36234106	rs2677185	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=-0.464;SC=ACCACTACTAGAAAAAGCATT;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=36234114;WS=36234096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
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chr17	36352489	rs4796259	A	C	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=936;ExcessHet=3.0103;FS=3.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQRankSum=-4.806;QD=0.98;ReadPosRankSum=-1.867;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:797,137:0.15:934
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chr17	36358189	rs5820175	GATATATATATAT	G,GATATATATAT	3039.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=0.922;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.66;MQRankSum=-3.319;QD=17.47;ReadPosRankSum=1.365;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:21,106,47:0.61,0.27:174
chr17	36358847	rs77355093	T	A	33617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1876;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.499;NF=873;NR=527;PP=2962;ReadPosRankSum=0.119;SC=TTTACCTCTATTGCAAATTTT;SOR=0.686;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1830;TCF=1140;TCR=690;TR=1400;WE=36358855;WS=36358837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:436,1432:0.77:1868
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chr17	36374963	rs11389346	TA	T	988.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=4.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=-0.349;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,110:0.47:235
chr17	36375227	rs2271169	C	T	3186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.178;NF=49;NR=110;PP=2206;ReadPosRankSum=-0.029;SC=ACTGACAAGACGAAATCAAGA;SOR=0.600;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=445;TCF=132;TCR=313;TR=159;WE=36375235;WS=36375217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,163:0.36:453
chr17	36384810	rs142086381	A	G	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQRankSum=2.917;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.351;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,54:0.25:220
chr17	36384823	.	G	GAGACA	1768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.463;ClippingRankSum=0.000;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQRankSum=-9.777;QD=7.43;ReadPosRankSum=2.764;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,57:0.24:238
chr17	36384868	rs71252892	C	G	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQRankSum=2.392;QD=2.77;ReadPosRankSum=1.134;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,83:0.21:389
chr17	36398089	rs7221889	C	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQRankSum=-3.892;QD=3.60;ReadPosRankSum=1.931;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,48:0.25:192
chr17	36398125	.	GTC	G	1403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=7.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQRankSum=-8.583;QD=5.12;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=0.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,87:0.32:274
chr17	36398156	rs147730015	ACACACACACC	A	1873.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=5.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQRankSum=3.223;QD=5.31;ReadPosRankSum=4.496;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,108:0.31:353
chr17	36398164	rs372289585	ACC	A	310.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.54;MQRankSum=-6.141;QD=0.88;ReadPosRankSum=1.519;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,54:0.15:352
chr17	36584639	rs11871184	C	A	40.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr17	36614524	rs16965349	G	A	5244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.929;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.103;SC=CCGGCTCGCCGCTGCCCTGGT;SOR=0.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=347;TCF=164;TCR=183;TR=228;WE=36614532;WS=36614514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,246:0.66:372
chr17	36614563	rs16965350	C	T	3201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=83;PP=1984;ReadPosRankSum=-0.689;SC=GGGAGGGAGACTCTTTTGTGC;SOR=0.830;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=196;TCF=73;TCR=123;TR=129;WE=36614571;WS=36614553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,144:0.67:216
chr17	36617210	rs9898977	A	G	5753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.463;SC=GGACCTGCACAGGACTCCTCT;SOR=0.785;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=469;TCF=268;TCR=201;TR=271;WE=36617218;WS=36617200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,282:0.57:496
chr17	36638179	rs144390029	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.115;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.952;NF=4;NR=2;PP=50;ReadPosRankSum=-0.692;SC=ATCCCCATACGTCCAAATGTG;SOR=0.636;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=6;WE=36638187;WS=36638169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr17	36638255	rs7503829	C	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=1.680;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.330;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr17	36638388	rs11867891	A	G	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.333;NF=12;NR=7;PP=243;ReadPosRankSum=0.051;SC=GAACCAGGTGAGTCTCTGCCA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=19;WE=36638396;WS=36638378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr17	36638695	rs139165577	G	T	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=6.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQRankSum=0.394;QD=12.77;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,91:0.64:143
chr17	36642473	rs71138626	CT	C	771.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.365;QD=8.97;ReadPosRankSum=1.506;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,67:0.78:86
chr17	36646261	rs181216140	G	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=2.047;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,39:0.25:157
chr17	36646291	rs12937928	A	G	6450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=100;PP=2965;SC=GGCCGGGAGAACAGGGGAAGG;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=107;TCR=100;TR=207;WE=36646299;WS=36646281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	36646386	rs9891156	A	G	4257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=86;PP=2676;SC=TTGAGGACGCACGGGAGCGAA;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=66;TCR=86;TR=152;WE=36646394;WS=36646376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	36666551	rs62074752	T	C	3061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=49;PP=1379;SC=GGGCGGGGGATGAGGCGGACG;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=57;TCR=49;TR=106;WE=36666559;WS=36666541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
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chr17	36700347	rs8065291	C	T	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=568;ReadPosRankSum=-0.101;SC=TAGCTCCACACCCGAGTCCAG;SOR=0.546;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=34;WE=36700355;WS=36700337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr17	36700376	rs2502363	C	G	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.084;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=416;ReadPosRankSum=-2.042;SC=TCCACCCTCTCAGTCCCCACT;SOR=0.203;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=24;WE=36700384;WS=36700366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr17	36704829	rs56321748	G	A	3103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.60;ReadPosRankSum=1.038;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,142:0.76:187
chr17	36708648	rs35447171	A	C	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=18;PP=1195;ReadPosRankSum=1.134;SC=CGGTGTGTGAACCCATGGGAA;SOR=0.880;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=69;TCR=23;TR=71;WE=36708656;WS=36708638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,76:0.78:97
chr17	36718610	rs6503709	T	A	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	36720590	.	ACCC	A	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	36734700	rs7503695	T	C	6636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=56;PP=1933;SC=CCGCTGGCCGTGGCCGCAGCC;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=75;TCR=56;TR=131;WE=36734719;WS=36734690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr17	36734706	rs144253512	CAGCCGG	C	6871.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=62;PP=2973;SC=GCCGTGGCCGCAGCCGGAGCC;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=18;TCR=69;TR=78;WE=36734719;WS=36734690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr17	36760878	rs62077547	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=1.581;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,18:0.26:70
chr17	36861983	rs17855918	T	C	3389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	36889466	rs5820264	G	GCCTGC	16181.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.644;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.155;NF=48;NR=100;PP=2981;ReadPosRankSum=2.998;SC=AGCTCCTGCAGCCTGCCCTGC;SOR=1.206;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=220;TCF=80;TCR=140;TR=148;WE=36889482;WS=36889456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,342:0.98:348
chr17	36894839	rs1138349	G	A	9143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=143;NR=184;PP=2965;SC=CCTTCTTCTCGTCCCGGTCCC;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=329;TCF=144;TCR=185;TR=327;WE=36894847;WS=36894829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr17	36895206	rs2075056	A	G	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=25;PP=791;SC=AGGTGAGCCCAGCCACCTTCT;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=31;WE=36895214;WS=36895196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	36896746	rs12601476	T	C	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=61;PP=2051;SC=GGCGCGGTGGTTCACGCCTGT;SOR=1.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=26;TCR=61;TR=87;WE=36896754;WS=36896736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	36909061	rs228274	A	G	3175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	36918551	rs228280	G	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=122;ReadPosRankSum=0.116;SC=CTTACTTCAGGCATGTCTTGG;SOR=0.541;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=11;WE=36918559;WS=36918541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr17	36926731	rs228289	T	G	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.745;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=555;ReadPosRankSum=0.418;SC=CTTTCTTCTTTGTATCGTATG;SOR=0.873;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=154;TCF=86;TCR=68;TR=48;WE=36926739;WS=36926721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,56:0.31:178
chr17	36926767	rs228290	G	A	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=3.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.419;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,56:0.34:167
chr17	36927690	rs25540	C	CTAAG	1809.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=1223;SC=CGCGAGCTCTCTCTAATGGGG;SOR=1.721;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=24;WE=36927698;WS=36927680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	36932200	rs228293	C	G	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	36932891	rs228294	A	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.464;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr17	36962670	rs228249	A	G	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=2.484;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,61:0.33:183
chr17	36993655	rs645686	T	C	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=23;PP=583;SC=CCAGACCGGGTGCAGTGGCTC;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=36993663;WS=36993645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	36997288	rs595306	T	C	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=409;SC=GAGCGAGACTTTGTCTCAAAA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=36997296;WS=36997283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	36997679	rs597234	G	A	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=34;PP=743;ReadPosRankSum=0.446;SC=TTTCTGGTGGGGGATGAGGAC;SOR=0.862;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=131;TCF=47;TCR=84;TR=52;WE=36997687;WS=36997669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,55:0.40:137
chr17	37010150	rs923370	G	A	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=464;ReadPosRankSum=0.417;SC=TGGGAGTTGAGGTAGAAGCGC;SOR=4.143;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=20;WE=37010158;WS=37010140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr17	37026640	.	G	C	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.796;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=40;PP=997;ReadPosRankSum=-0.222;SC=GGGCGAGCGGGCGGTGTCATG;SOR=1.276;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=78;TCF=21;TCR=57;TR=53;WE=37026648;WS=37026630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,57:0.70:82
chr17	37054772	rs1130638	C	T	10501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=756;ExcessHet=3.0103;FS=0.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.95;ReadPosRankSum=1.477;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,497:0.66:753
chr17	37054884	rs2286883	A	G	5473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.380;SC=TGCCTCCACTACCCCTGCCCT;SOR=0.696;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=354;TCF=154;TCR=200;TR=225;WE=37054892;WS=37054874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,238:0.63:376
chr17	37055077	rs17590541	G	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.685;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,49:0.30:165
chr17	37070658	rs525989	A	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.166;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=340;ReadPosRankSum=-0.218;SC=GTCGGGATTCACAGGACGGCA;SOR=1.329;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=24;WE=37070666;WS=37070648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr17	37070680	.	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.532;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=-0.199;SC=CAGCTACCGGCGGCCCCTGGA;SOR=0.732;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=9;WE=37070688;WS=37070670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr17	37070737	rs525767	A	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=167;ReadPosRankSum=-0.082;SC=GGGTGAGTGCAGGTCCTGTTG;SOR=0.586;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=14;WE=37070745;WS=37070727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr17	37071189	rs2241009	C	T	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=-0.182;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,70:0.67:104
chr17	37075286	rs144614922	A	AGGGCGAGGCCCGTGG	12511.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.156;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.637;NF=6;NR=89;PP=2897;ReadPosRankSum=1.107;SC=TCTCTGGGGGAGGCAGGGCTG;SOR=1.366;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=307;TCF=26;TCR=281;TR=95;WE=37075294;WS=37075276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,314:0.60:525
chr17	37076331	rs646097	G	A	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=300;ReadPosRankSum=1.470;SC=ATCTCTGAGTGGAGGAAGCCC;SOR=0.515;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=28;WE=37076339;WS=37076321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr17	37094715	rs57980928	CT	C	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=0.862;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr17	37101380	rs9906595	T	C	3928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.640;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=100;PP=2129;ReadPosRankSum=2.134;SC=CTCCAGTTTTTGGGCACTTCC;SOR=0.905;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=222;TCF=93;TCR=129;TR=169;WE=37101388;WS=37101370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,180:0.75:239
chr17	37226399	rs12453656	A	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=238;ReadPosRankSum=0.085;SC=TATCCAATACAGGAAGAGGTT;SOR=0.631;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=18;WE=37226407;WS=37226389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr17	37228765	rs9907595	A	G	3117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	37234111	rs3744078	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=318;ReadPosRankSum=1.071;SC=CCAGAGGGGTGGGTAGCTCTC;SOR=0.903;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=20;WE=37234119;WS=37234101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr17	37239671	rs9891236	A	G	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=27;PP=1337;SC=TCCCCTCCACAGTCGGCCAGT;SOR=1.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=82;WE=37239679;WS=37239661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	37253316	rs4795349	G	A	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=656;ReadPosRankSum=-2.718;SC=GAGGCTGTGAGGAGTCCTCCC;SOR=0.795;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=43;WE=37253324;WS=37253306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,47:0.55:86
chr17	37261981	rs3744351	T	C	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=11;PP=1378;ReadPosRankSum=0.408;SC=CTTTCCTGCCTGGTTTCCCTC;SOR=1.009;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=98;TCF=82;TCR=16;TR=72;WE=37261989;WS=37261971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,78:0.72:108
chr17	37265378	rs16490	C	T	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.407;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=893;ReadPosRankSum=-1.168;SC=CCCATGGGAACCCCTGGAAGG;SOR=0.404;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=47;WE=37265386;WS=37265368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,49:0.70:70
chr17	37307816	rs188501857	C	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=1.733;SC=GAGGAGACGGCGGAGCGCGGG;SOR=1.136;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=7;WE=37307824;WS=37307806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr17	37308644	rs535337	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=104;ReadPosRankSum=-0.786;SC=ATGGCTCACCCCACCTGTCAC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=9;WE=37308652;WS=37308634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr17	37316988	rs16522	T	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.211;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,27:0.30:89
chr17	37317672	rs511163	C	G	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=30;PP=802;SC=TGCCCTCTTTCTTTCCCCACT;SOR=2.891;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=37;WE=37317680;WS=37317662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	37319029	rs544198	T	G	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.665;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,45:0.36:125
chr17	37319065	rs657672	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.690;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,27:0.36:74
chr17	37319103	rs657723	T	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=-1.910;SC=GACCACCTCATTGGTCAAGCT;SOR=0.804;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=12;WE=37319111;WS=37319093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr17	37321538	rs520054	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=276;ReadPosRankSum=-1.516;SC=TTCCCACCCAGCTCCGACACC;SOR=0.759;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=17;TCR=55;TR=26;WE=37321546;WS=37321528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,28:0.37:75
chr17	37321961	rs593772	C	T	4049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FS=1.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:343,219:0.39:562
chr17	37322080	rs16527	T	C	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=62;PP=1352;ReadPosRankSum=-1.560;SC=GGCCCTGGTATTCGGAGCTCC;SOR=0.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=344;TCF=155;TCR=189;TR=114;WE=37322088;WS=37322070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,123:0.33:372
chr17	37332036	rs529955	A	G	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.468;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr17	37334426	rs186559351	A	T	884.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.52;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr17	37334427	rs200040112	G	GT	896.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.30;ReadPosRankSum=1.375;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr17	37334429	rs115149510	C	A	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.69;ReadPosRankSum=0.959;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr17	37349655	rs16531	T	C	5068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=995;ExcessHet=3.0103;FS=0.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.597;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:677,316:0.32:993
chr17	37349710	rs16532	C	G	4738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=937;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=0.097;SC=ACCACCACCACGGTCCGGCTG;SOR=0.790;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=901;TCF=399;TCR=502;TR=271;WE=37349718;WS=37349700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:650,284:0.30:934
chr17	37351041	rs16535	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=267;ReadPosRankSum=0.284;SC=AAATGGCACAGGGAAGGGTGC;SOR=1.140;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=16;WE=37351049;WS=37351037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr17	37357653	.	C	CT	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.483;QD=1.38;ReadPosRankSum=1.832;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,44:0.25:179
chr17	37359216	rs72823347	C	T	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=492;ReadPosRankSum=-0.369;SC=GGGTAGTGGCCCGTTCCTAAC;SOR=0.840;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=101;TCF=78;TCR=23;TR=33;WE=37359224;WS=37359206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,36:0.32:114
chr17	37371141	rs8070891	G	C	21490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=807;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=445;NR=324;PP=2965;SC=GAAAGGGTGAGAGGCAGCAGG;SOR=1.047;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=770;TCF=446;TCR=324;TR=769;WE=37371149;WS=37371131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,805:1.00:805
chr17	37374516	.	GGCA	G	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=8.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=1.848;SOR=1.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,17:0.11:161
chr17	37381851	rs35137197	G	C	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=360;ReadPosRankSum=-1.317;SC=CTCTGAAGCCGTTCTCCAGAG;SOR=0.601;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=51;TCR=57;TR=32;WE=37381859;WS=37381841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,36:0.30:119
chr17	37393677	rs56006000	G	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.334;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=226;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTGGCGTCAGGGGAGGGGCCG;SOR=2.712;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=13;WE=37393685;WS=37393667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr17	37396201	rs34473775	G	T	3447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=59;PP=2088;ReadPosRankSum=0.509;SC=TCTGGCTCAGGAGTCCTTGTG;SOR=0.757;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=200;TCF=118;TCR=82;TR=147;WE=37396209;WS=37396191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,155:0.72:215
chr17	37399364	rs2338795	T	G	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.791;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=498;ReadPosRankSum=-0.528;SC=GGCTGACAGGTGGCAGGCGGG;SOR=0.324;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=27;WE=37399372;WS=37399354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr17	37399379	rs2879258	G	T	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=18;PP=994;SC=GGCGGGTAACGGGTTTTGGGT;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=49;WE=37399387;WS=37399369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	37400109	rs112005308	A	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=8.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.955;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.715;SOR=1.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr17	37401051	rs11078895	A	G	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=17;PP=927;SC=GTTCCTCACCACCATTCGCTC;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=51;WE=37401059;WS=37401041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	37410700	rs752314	C	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.706;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=199;ReadPosRankSum=-0.042;SC=TATGTCTGGACACCTCTCTTC;SOR=0.148;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=11;WE=37410708;WS=37410699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr17	37410892	rs2879259	C	G	6521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=127;NR=95;PP=2965;SC=AAAAGGGGTGCAGTTGATCAG;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=128;TCR=95;TR=222;WE=37410900;WS=37410882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr17	37417575	rs3744348	C	G	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=500;ReadPosRankSum=-0.510;SC=ATGTGTGGCTCTGGGGATCTG;SOR=0.988;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=32;WE=37417583;WS=37417565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,34:0.79:43
chr17	37421767	rs2061338	T	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=186;ReadPosRankSum=-0.341;SC=GAGTCATACCTGATTCTTTTT;SOR=0.662;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=15;WE=37421775;WS=37421757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr17	37425238	rs1966916	T	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=298;ReadPosRankSum=-0.395;SC=AATTCTTTGGTGTTTCAGAGC;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=19;WE=37425246;WS=37425228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr17	37425262	rs1966915	A	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=236;ReadPosRankSum=0.549;SC=TGTCATGCTAATTTTTTTTTC;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=13;WE=37425270;WS=37425252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr17	37427114	rs11307198	TA	T	461.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.797;QD=7.10;ReadPosRankSum=1.540;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
chr17	37441679	rs679995	A	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=5.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.660;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr17	37441973	rs16968717	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=-0.554;SC=TATATCCTACGACCCTTCACA;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=6;WE=37441981;WS=37441963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr17	37453294	rs632202	C	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=248;ReadPosRankSum=-0.772;SC=AAAATTTGCTCAATAGAGTTA;SOR=0.494;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=19;WE=37453302;WS=37453284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr17	37499604	rs9903363	C	G	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.22;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr17	37499614	rs16965088	A	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.84;ReadPosRankSum=1.046;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr17	37561712	.	A	AT	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.207;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.871;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.917;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,20:0.20:99
chr17	37580203	rs7405667	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=172;ReadPosRankSum=1.080;SC=TGGCGTGATCTTGGCTCACTG;SOR=2.303;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=10;WE=37580211;WS=37580193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr17	37587534	rs35691977	CT	C	743.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.917;QD=8.55;ReadPosRankSum=1.174;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,59:0.68:87
chr17	37596535	rs72825188	T	A	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=291;ReadPosRankSum=-0.701;SC=CAGTGGCTCATGGAAAAACCT;SOR=0.698;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=59;TCR=14;TR=21;WE=37596543;WS=37596525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,21:0.28:74
chr17	37647042	rs72827109	T	A	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.087;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=631;ReadPosRankSum=-1.372;SC=CCTTTTGAACTAAATCTCTCA;SOR=0.514;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=149;TCF=61;TCR=88;TR=50;WE=37647050;WS=37647032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,58:0.35:165
chr17	37671910	rs8070799	G	A	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=14;PP=1105;SC=TATCAATAATGTAAAAATTTT;SOR=2.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=60;WE=37671918;WS=37671900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr17	37830900	rs2941504	A	G	3141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.488;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=61;PP=1930;ReadPosRankSum=-0.170;SC=TGGTGTGGAAAACTGTGGACC;SOR=0.642;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=217;TCF=116;TCR=101;TR=132;WE=37830908;WS=37830890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,144:0.61:235
chr17	37831035	rs1565922	A	G	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=36;PP=834;ReadPosRankSum=-0.598;SC=GGGGCTCTGCAGGACAAGAAA;SOR=0.805;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=106;TCF=42;TCR=64;TR=58;WE=37831043;WS=37831025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,68:0.56:121
chr17	37855713	.	TA	T	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=2.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=2.599;QD=2.00;ReadPosRankSum=1.193;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,44:0.28:159
chr17	37866005	rs1810132	C	T	9351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.02;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,436:0.65:667
chr17	37868715	rs4252627	C	T	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=814;ReadPosRankSum=3.133;SC=AGAGTGGGCACGATGACCTGA;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=48;WE=37868723;WS=37868705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,49:0.77:64
chr17	37879494	rs117066453	T	C	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.599;NF=14;NR=4;PP=358;ReadPosRankSum=2.154;SC=CCAAACACCTTCATGTCCCCC;SOR=0.826;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=18;WE=37879502;WS=37879484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr17	37879762	rs903506	G	A	3874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=91;PP=2562;ReadPosRankSum=2.077;SC=ACCGGCCCCCGGCACTGACCC;SOR=0.847;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=273;TCF=138;TCR=135;TR=174;WE=37879770;WS=37879752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,187:0.63:295
chr17	37884037	rs1058808	C	G	5340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.027;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=1.302;SC=TCTGGAAAGGCCCAAGACTCT;SOR=0.568;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=298;TCF=165;TCR=133;TR=211;WE=37884045;WS=37884027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,222:0.69:320
chr17	37884142	rs201353217	C	T	3441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=676;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=92;PP=2205;ReadPosRankSum=0.216;SC=AGGAGCTGCCCCTCAGCCCCA;SOR=0.613;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=632;TCF=331;TCR=301;TR=188;WE=37884150;WS=37884132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:468,205:0.30:673
chr17	37898543	rs2952142	T	C	14993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=280;NR=259;PP=2965;SC=GCCCCTCTCTTGCTCAGACGC;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=541;TCF=281;TCR=260;TR=539;WE=37898551;WS=37898533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,582:1.00:582
chr17	37901802	.	CTG	C	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=2.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=-0.475;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,16:0.13:119
chr17	37902887	rs150443878	GAAAAAGAAAAAGA	G	4318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=4.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.97;MQRankSum=4.047;QD=26.50;ReadPosRankSum=-0.207;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,114:0.70:163
chr17	37921899	rs2952141	C	T	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=361;SC=ACAGTGTTTCCCTGGCTACCC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=37921907;WS=37921889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	37922259	rs907092	G	A	6930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.376;SC=TCACTTTGACGGAGTCTCTTG;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=463;TCF=231;TCR=232;TR=285;WE=37922267;WS=37922249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,313:0.63:495
chr17	37985801	rs3816470	A	G	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.803;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=894;ReadPosRankSum=0.348;SC=TTATAAATATATATTAAGTAG;SOR=0.336;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=52;WE=37985809;WS=37985791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,52:0.69:75
chr17	38020419	rs1453559	T	C	2471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=52;PP=1424;ReadPosRankSum=-1.621;SC=CTGTGGCTACTCGGCCTCTCC;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=126;TCF=58;TCR=68;TR=93;WE=38020427;WS=38020409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,109:0.74:147
chr17	38024626	rs11557466	C	T	3032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=52;PP=1709;ReadPosRankSum=1.528;SC=AACGTGCGTCCTACTCTCCGC;SOR=0.685;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=191;TCF=113;TCR=78;TR=124;WE=38024634;WS=38024616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,140:0.65:217
chr17	38028634	rs11557467	G	T	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=0.755;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,74:0.61:121
chr17	38031674	rs10852935	C	T	4493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=103;PP=2604;ReadPosRankSum=0.719;SC=ACAGTAATTGCGCTAGCTGTT;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=296;TCF=133;TCR=163;TR=185;WE=38031682;WS=38031664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,207:0.63:326
chr17	38031714	rs10852936	C	T	2553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=4.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.02;ReadPosRankSum=-2.626;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,118:0.69:170
chr17	38062196	rs2305480	G	A	3702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.944;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=58;PP=2423;ReadPosRankSum=-1.507;SC=GGCTTGTCTGGGTCCTCCATG;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=266;TCF=165;TCR=101;TR=156;WE=38062204;WS=38062186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,166:0.59:282
chr17	38062217	rs2305479	C	T	4538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=78;PP=2820;ReadPosRankSum=1.573;SC=TGTAGCTCCCCGGAAATCAGG;SOR=0.763;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=331;TCF=192;TCR=139;TR=190;WE=38062225;WS=38062207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,204:0.58:353
chr17	38063381	rs883770	C	T	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.853;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=250;ReadPosRankSum=-1.947;SC=TCCTCACCAGCGTGTGTCAAT;SOR=0.184;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=19;WE=38063389;WS=38063371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr17	38064405	rs11078927	C	T	6683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.294;SC=AAATGACGAACGGGAAGCCCA;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=424;TCF=238;TCR=186;TR=290;WE=38064413;WS=38064395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,305:0.68:448
chr17	38064469	rs11078928	T	C	7033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.39;ReadPosRankSum=1.486;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,319:0.70:457
chr17	38066240	rs2290400	T	C	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=497;ReadPosRankSum=-0.340;SC=ACTGACTCTTTTCCCTCTCTG;SOR=0.529;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=33;WE=38066248;WS=38066230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,35:0.69:51
chr17	38066267	rs1008723	G	T	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=384;ReadPosRankSum=1.173;SC=AGCTCCTATTGAAGATTAATC;SOR=0.521;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=29;WE=38066275;WS=38066257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr17	38068514	rs1011082	T	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=100;ReadPosRankSum=-0.736;SC=CTGCCACCCTTGAATCCCTTG;SOR=0.512;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=8;WE=38068522;WS=38068504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr17	38097602	rs11344927	TA	T	168	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=6.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr17	38100134	rs4795406	G	C	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=1.080;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,88:0.29:300
chr17	38121993	rs3894194	G	A	4047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=790;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.457;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:526,260:0.33:786
chr17	38122680	rs7212938	G	T	1869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.33;ReadPosRankSum=1.372;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,48:0.73:66
chr17	38122686	rs7212944	G	A	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.07;ReadPosRankSum=0.395;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,44:0.77:57
chr17	38122708	rs9914973	T	C	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.204;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=358;ReadPosRankSum=0.286;SC=TGGGCGGGACTGAGGGTCTCC;SOR=0.137;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=25;WE=38122716;WS=38122698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr17	38126911	rs10531136	AACACACAC	A,AAC	1514.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=4.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.344;NF=2,2;NR=22,22;PP=493,540;ReadPosRankSum=1.097;SC=GTTTGATTCAAACACACACAC;SOR=1.587;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=24,24;WE=38126926;WS=38126901;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.52,0.45:40
chr17	38127713	rs3916061	A	G	3887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	38128584	rs5820314	A	AG	1875.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=18;PP=1884;SC=CCTCAACTTTAGAAAGACAGA;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=38;WE=38128592;WS=38128574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	38128648	rs3859192	C	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.478;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=339;ReadPosRankSum=-0.377;SC=AGACAGAGACCGGAAGGCACA;SOR=2.285;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=24;WE=38128656;WS=38128638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,24:0.26:92
chr17	38128714	rs3859191	G	A	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=630;ReadPosRankSum=0.270;SC=CATGGGGGTGGATGAGCTAGC;SOR=0.591;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=170;TCF=101;TCR=69;TR=58;WE=38128722;WS=38128704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,67:0.36:188
chr17	38128765	rs8077456	G	C	4080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.967;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=74;PP=2623;ReadPosRankSum=-1.026;SC=TGATGAAACTGCCTTGAAGAC;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=136;TCR=111;TR=165;WE=38128773;WS=38128755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,181:0.66:276
chr17	38129996	rs60137005	A	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=2.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.224;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,55:0.29:192
chr17	38130139	rs56326707	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.916;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,44:0.31:142
chr17	38131187	rs56030650	C	A	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=1.852;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,57:0.35:164
chr17	38137364	rs3087852	G	A	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.74;ReadPosRankSum=-0.475;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,53:0.63:84
chr17	38140524	rs3816471	T	C	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=10;PP=871;SC=AGTGACATCATTTTCTTCTCT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=46;WE=38140532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	38142677	rs3816472	A	C	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=651;ReadPosRankSum=0.995;SC=GAAAGACTGTAATCTTTATTT;SOR=0.900;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=32;WE=38142685;WS=38142667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,36:0.80:45
chr17	38145088	rs9915252	C	G	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=388;ReadPosRankSum=2.107;SC=GGCAGCCAAGCATCTCACTTG;SOR=1.528;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=21;WE=38145096;WS=38145078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr17	38145828	rs57968500	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=124;ReadPosRankSum=-0.520;SC=CGCACCCAGAATAGTGCTGTA;SOR=1.071;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=9;WE=38145836;WS=38145824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr17	38146263	rs3217173	GA	G	1710.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=1376;ReadPosRankSum=-0.463;SC=TGGTGCATAAGAGGCCCATTT;SOR=0.722;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=96;TCF=57;TCR=39;TR=37;WE=38146271;WS=38146253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,54:0.42:129
chr17	38146482	rs11405679	C	CT	843.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.806;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,69:0.59:117
chr17	38146542	rs3744245	C	G	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=40;PP=988;ReadPosRankSum=-1.884;SC=TCTTGAACTCCTGGGTTCAAG;SOR=0.586;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=56;WE=38146550;WS=38146532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,37:0.74:50
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chr17	38152373	rs35244421	CA	C	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=-1.318;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr17	38153473	rs12453334	C	T	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.039;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=8;PP=1027;ReadPosRankSum=1.221;SC=AGGGGCCCGCCGCTTCCTGCC;SOR=1.064;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=101;TCF=83;TCR=18;TR=55;WE=38153481;WS=38153463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,57:0.54:105
chr17	38153554	rs2241244	G	C	5086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.390;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.687;SC=TCCTTCCCTCGCTCATCTCCT;SOR=0.886;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=361;TCF=217;TCR=144;TR=214;WE=38153562;WS=38153544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,226:0.59:380
chr17	38153714	rs10671123	T	TGA	18042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=164;PP=2957;SC=CTGGAAGGGCTGAGCTGCTCT;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=45;TCR=175;TR=206;WE=38153722;WS=38153704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr17	38153875	rs7021	T	A	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.063;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.443;NF=25;NR=37;PP=669;ReadPosRankSum=-1.244;SC=GGGGACAGGCTCTTTCCCCCT;SOR=0.331;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=70;TCR=103;TR=62;WE=38153883;WS=38153865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,48:0.42:115
chr17	38171668	rs2227322	C	G	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=1.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,40:0.26:152
chr17	38172192	rs2227324	G	A	2307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=34;PP=1111;SC=TGGAAGGGACGTGGGAGAATA;SOR=0.972;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=70;WE=38172200;WS=38172182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	38172305	rs2071369	T	C	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	38172452	rs2071370	T	C	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=17;PP=784;SC=GACCCGGCCATGGCGAGTCTC;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=38172460;WS=38172442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	38172942	rs2227338	A	G	3027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=70;PP=2248;SC=CACCACAGCCAGGCCTGTGTA;SOR=1.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=31;TCR=70;TR=101;WE=38172950;WS=38172932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	38173143	rs25645	G	A	2316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.95;ReadPosRankSum=0.579;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,108:0.70:155
chr17	38176256	rs2270401	A	T	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.736;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=40;PP=978;ReadPosRankSum=0.208;SC=CTCTGGGAGAAGGTGGGACTG;SOR=0.785;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=101;TCF=39;TCR=62;TR=64;WE=38176264;WS=38176246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,67:0.60:112
chr17	38176476	rs9899955	A	G	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=19;PP=1399;SC=ATGAGAAGAGAGACTCGTCCA;SOR=1.451;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=67;WE=38176484;WS=38176466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	38178149	rs2302776	A	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=322;ReadPosRankSum=1.034;SC=GCAGAGTGGCAGCATCGGGGA;SOR=0.495;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=22;WE=38178157;WS=38178139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr17	38178627	rs3213762	A	G	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.321;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=63;PP=1575;ReadPosRankSum=-0.407;SC=GAAGCCGGCGAGGGCAGCTGG;SOR=0.763;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=396;TCF=203;TCR=193;TR=138;WE=38178635;WS=38178617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,143:0.35:413
chr17	38179290	rs4794824	G	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=245;ReadPosRankSum=0.392;SC=CCTGGCTCACGGCAGCCTCTC;SOR=1.061;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=15;WE=38179298;WS=38179280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr17	38179492	rs2302777	A	G	4781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=5.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=2.664;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,220:0.62:354
chr17	38179667	rs2302778	A	G	4074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=58;NR=79;PP=2419;SC=GGGCCGAGAGAACCTGAGGCT;SOR=1.225;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=58;TCR=79;TR=137;WE=38179675;WS=38179657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	38183090	rs2302774	G	T	5018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=0.510;SC=CCCTTGGAGTGGGCGCCCGGG;SOR=0.794;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=296;TCF=154;TCR=142;TR=209;WE=38183098;WS=38183080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,227:0.69:327
chr17	38188419	rs3935281	C	T	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=45;PP=1034;ReadPosRankSum=-0.009;SC=GGCATCCCCCCGAACCCCTGC;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=27;TCR=60;TR=65;WE=38188427;WS=38188409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,68:0.73:93
chr17	38188844	rs7502514	A	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=460;ReadPosRankSum=-0.450;SC=CCAGGGTGCCACTGGTCTTGC;SOR=0.808;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=29;WE=38188852;WS=38188834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr17	38189049	rs4072639	G	A	6637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=1.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.77;ReadPosRankSum=-0.028;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,169:0.71:239
chr17	38189055	rs3935280	A	G	6550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=1.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.48;ReadPosRankSum=0.299;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,162:0.70:230
chr17	38189793	rs11078934	T	C	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.666;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=21;ReadPosRankSum=-0.316;SC=ATTTTGGCACTCCCTCCGGCA;SOR=0.518;Source=Platypus;TCF=65;TR=60;WE=38189801;WS=38189783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,64:0.61:105
chr17	38192137	rs11078935	T	G	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.402;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=605;ReadPosRankSum=0.303;SC=GGACTCCTGCTCCTCTCTCCT;SOR=1.508;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=38;WE=38192145;WS=38192127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
chr17	38251385	rs141144358	A	AT	1598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.914;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.892;NF=2;NR=33;PP=1330;ReadPosRankSum=0.139;SC=TGGGGGAGGAAAAGATTGAAG;SOR=1.777;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=35;WE=38251393;WS=38251375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,46:0.73:63
chr17	38252582	.	G	GT	1327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=885;SC=GACATCCCCTGGCACATGTGA;SOR=2.584;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=23;WE=38252590;WS=38252572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	38252660	rs883871	G	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=3.285;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,43:0.30:145
chr17	38252667	rs939346	G	A	5005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.88;SOR=1.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
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chr17	38282624	rs28526298	C	T	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.613;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=54;PP=1370;ReadPosRankSum=-1.748;SC=CTCCCAAGCCCTTCTCATGTG;SOR=0.379;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=92;TCF=20;TCR=72;TR=71;WE=38282632;WS=38282614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,74:0.78:95
chr17	38282670	rs140328859	A	G	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.813;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=602;ReadPosRankSum=0.332;SC=GTGTGCTGATAACTTTGTTTG;SOR=0.245;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=35;WE=38282678;WS=38282660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,38:0.79:48
chr17	38285693	rs143879261	C	A	4213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.487;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=69;PP=2539;ReadPosRankSum=0.894;SC=CAGTGGACACCCCACCAAGAC;SOR=1.121;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=251;TCF=146;TCR=105;TR=174;WE=38285701;WS=38285683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,186:0.70:265
chr17	38289419	rs74939788	T	G	2751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.037;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=62;PP=1642;ReadPosRankSum=-1.743;SC=TAGGACAGAGTATCAGGGAAC;SOR=1.084;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=152;TCF=68;TCR=84;TR=108;WE=38289427;WS=38289409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,121:0.71:171
chr17	38290022	rs17678817	C	T	6753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FS=1.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.71;ReadPosRankSum=-0.455;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,306:0.67:459
chr17	38297325	rs79777572	A	G	5457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.163;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.427;SC=CTACTACTTGATAAAGATTTA;SOR=0.525;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=351;TCF=216;TCR=135;TR=235;WE=38297333;WS=38297315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,243:0.68:356
chr17	38297544	rs113161637	T	TCATCTATTTC	3271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.548;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.201;NF=4;NR=46;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.384;SC=TAAACTCAGGTCATCTATTTC;SOR=0.993;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=128;TCF=7;TCR=121;TR=50;WE=38297552;WS=38297534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,85:0.60:141
chr17	38297716	rs41283417	T	C	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=226;ReadPosRankSum=-1.009;SC=TTATCCACGTTGTAGGTTGAT;SOR=1.282;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=15;WE=38297724;WS=38297706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr17	38319728	rs112472335	T	TTG	1599.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.937;NF=20;NR=12;PP=1338;ReadPosRankSum=-0.396;SC=ATTCCATTTTTTGTAGATATG;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=32;WE=38319736;WS=38319718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,44:0.71:62
chr17	38324766	rs11327454	AT	A	740.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=785;SC=TTGAGAGAACATTTTCAGTGC;SOR=1.781;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=21;WE=38324774;WS=38324756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	38324782	rs112500395	AT	A	474.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=427;ReadPosRankSum=-1.099;SC=AGTGCCACTGATTTGTATGTG;SOR=1.688;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=38324790;WS=38324772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr17	38325943	rs9909811	G	C	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.21;ReadPosRankSum=0.940;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr17	38328208	rs148396384	C	T	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.609;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=12;PP=1040;ReadPosRankSum=-0.394;SC=AGGCTGTTCCCTTTGCCTTAA;SOR=0.268;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=87;TCF=71;TCR=16;TR=54;WE=38328216;WS=38328198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,57:0.64:89
chr17	38334104	.	C	CG	658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5275;FS=1.329;HP=13;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=206;ReadPosRankSum=1.709;SC=AGGAGAGGGGCGGGGGGGGGC;SOR=0.498;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=11;WE=38334112;WS=38334094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr17	38334359	rs66989091	A	AG	1987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=9;PP=1955;SC=CCGCCCCCTGAGAGGAAGGAG;SOR=2.917;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=43;WE=38334367;WS=38334349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	38337468	rs75157020	A	T	3215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=38;PP=1985;ReadPosRankSum=0.115;SC=ACATGCACACACACAGTCCCC;SOR=0.612;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=195;TCF=133;TCR=62;TR=127;WE=38337476;WS=38337452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,139:0.67:207
chr17	38337818	rs45612441	C	T	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=557;ReadPosRankSum=1.226;SC=TTTCCAGTTTCGTTCTGGAAG;SOR=0.749;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=33;WE=38337826;WS=38337808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr17	38346802	rs56304903	C	G	2708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NR=81;ReadPosRankSum=-0.324;SC=TTCCCAAGGCCTTGACTGGAA;SOR=0.756;Source=Platypus;WE=38346810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:350,164:0.32:514
chr17	38348616	rs56357916	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.039;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=157;ReadPosRankSum=0.000;SC=AAGGTGTTTAGTGTATGGGAC;SOR=1.773;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=14;WE=38348624;WS=38348606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr17	38412542	rs17679361	T	C	111.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=48;ReadPosRankSum=-0.366;SC=AAAGATAAGGTGTTCAGTCTC;SOR=0.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=5;WE=38412550;WS=38412532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr17	38412718	.	A	G	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=761;ReadPosRankSum=-0.249;SC=AAGAATGCCAATTCCTCCTCC;SOR=0.552;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=124;TCF=60;TCR=64;TR=55;WE=38412726;WS=38412708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,50:0.45:111
chr17	38450248	rs4135012	G	A	7404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.14;ReadPosRankSum=1.137;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,340:0.70:489
chr17	38451739	rs57344278	T	TA	335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-1.368;SOR=0.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr17	38506301	rs33998939	C	T	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=43;PP=1014;ReadPosRankSum=0.939;SC=CCGTGGTGTGCGGGCTCACGG;SOR=0.784;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=78;TCF=14;TCR=64;TR=53;WE=38506309;WS=38506291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,55:0.67:82
chr17	38507681	rs182610022	T	C	2563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=51;PP=1465;ReadPosRankSum=1.201;SC=CCCCGCCAGGTCCCCCACTCT;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=77;TCR=76;TR=101;WE=38507689;WS=38507671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,118:0.65:181
chr17	38512197	rs8069541	T	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=236;ReadPosRankSum=-1.204;SC=GAGCCAGGCTTGCTGGGGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=10;WE=38512205;WS=38512187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr17	38512480	rs2229773	C	T	12142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=865;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.14;ReadPosRankSum=2.164;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:288,571:0.66:859
chr17	38519291	rs502041	C	G	2961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=25;PP=1288;SC=GCGGGGCGCACGGCTCGGGGC;SOR=1.236;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=71;WE=38519299;WS=38519281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	38519310	.	C	G	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=773;ReadPosRankSum=0.487;SC=GCCGGGGCGCCGGGAGGGCAG;SOR=0.654;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=54;WE=38519318;WS=38519300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,56:0.66:85
chr17	38519545	rs202055764	GC	AG	5887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.120;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=74;PP=2944;ReadPosRankSum=0.778;SC=TCGACCGTGTGCGGGCAGGGC;SOR=0.498;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=216;TCF=98;TCR=118;TR=139;WE=38519554;WS=38519535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,149:0.65:230
chr17	38519831	rs141158879	G	T	5975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.258;SC=GGATGTGGAAGAGCCAGAAGC;SOR=0.650;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=384;TCF=247;TCR=137;TR=263;WE=38519839;WS=38519821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,273:0.67:407
chr17	38520279	rs76239196	A	C	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=651;ReadPosRankSum=-0.395;SC=GCTATGGGTTACCTTCTCTTT;SOR=0.489;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=41;WE=38520287;WS=38520269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,45:0.62:72
chr17	38545824	rs11540720	C	A	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.68;ReadPosRankSum=-0.409;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,50:0.64:78
chr17	38547868	rs34300454	C	T	3432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=-0.710;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,160:0.60:267
chr17	38548229	rs76135118	G	A	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=498;ReadPosRankSum=0.995;SC=TCCAAAGGAAGTACTTGGATA;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=34;WE=38548237;WS=38548219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,36:0.65:55
chr17	38548586	rs34270904	T	G	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=338;ReadPosRankSum=-0.295;SC=TTGTGAATTTTGTTTTTGCTA;SOR=0.446;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=22;WE=38548594;WS=38548576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr17	38556754	rs28362321	C	T	2593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=45;PP=1408;ReadPosRankSum=-0.073;SC=GATCACAAACCTAAAAAAGAA;SOR=0.666;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=164;TCF=89;TCR=75;TR=102;WE=38556762;WS=38556744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,116:0.66:177
chr17	38556770	rs471692	T	C	5447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=83;PP=2965;SC=AAGAAATCCATAATTATTTAC;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=103;TCR=84;TR=186;WE=38556778;WS=38556760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr17	38559314	rs35730982	GA	G	2336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.403;NF=5;NR=72;PP=1789;ReadPosRankSum=1.057;SC=CATCTGTGGGGAAAAAAAGAT;SOR=0.660;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=127;TCF=10;TCR=117;TR=77;WE=38559322;WS=38559304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,123:0.68:182
chr17	38561242	.	C	CT	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.566;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.627;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr17	38563228	rs76819265	C	T	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.023;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=40;PP=1044;ReadPosRankSum=-0.114;SC=TTCAAAAGAACTGTTAGGCTG;SOR=0.369;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=101;TCF=35;TCR=66;TR=65;WE=38563236;WS=38563218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,66:0.63:105
chr17	38563710	rs558068	C	G	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=1;PP=536;SC=TCCTATTTAACTAATTTATTT;SOR=3.528;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=38563718;WS=38563700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	38565550	.	CCTGGGAGGCGCGGGTTGCAGTGAA	C	1218	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=1218;QD=431.922269763;SC=ATTGCTTTAACCTGGGAGGCG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=38565581;WS=38565540;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,3:0.75:4
chr17	38566327	.	GAGACTCTGCCTAAAAAAAA	G	442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=2221;ReadPosRankSum=1.120;SC=GCGACAGAGCGAGACTCTGCC;SOR=1.022;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=38566353;WS=38566317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr17	38566396	rs2715548	G	A	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	38568131	rs17680507	G	T	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=368;ReadPosRankSum=1.829;SC=TTCAATGATAGACTATGAGGA;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=19;WE=38568139;WS=38568121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr17	38568894	rs367747137	TCAAA	T	574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.37;ReadPosRankSum=0.547;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr17	38572366	rs2586112	G	A	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=13;PP=360;SC=AGTGTTTTAAGAAACATTCTG;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=38572374;WS=38572356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	38609187	rs1009727	G	A	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=24;PP=800;ReadPosRankSum=-1.389;SC=TTGGTGTGACGCTCTGACCTC;SOR=0.734;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=204;TCF=129;TCR=75;TR=69;WE=38609195;WS=38609177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,72:0.34:209
chr17	38609207	rs1009728	T	C	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=31;PP=921;ReadPosRankSum=0.127;SC=CTTCCGGTGCTGACCTCTCCT;SOR=0.661;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=250;TCF=155;TCR=95;TR=82;WE=38609215;WS=38609197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,86:0.33:261
chr17	38609431	rs5820347	G	GAC	2206.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.13;MQRankSum=0.254;NF=2;NR=35;PP=1801;ReadPosRankSum=1.184;SC=CATGTGCATAGACACACACAC;SOR=1.300;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=53;TCF=2;TCR=51;TR=37;WE=38609439;WS=38609421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr17	38634367	rs9895505	G	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=287;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGGCTCCCAGGCTCATGTCAC;SOR=0.169;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=17;WE=38634375;WS=38634359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr17	38634383	rs8072052	A	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.431;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=256;ReadPosRankSum=1.226;SC=GTCACCCCCAACAGCCCAGAG;SOR=0.139;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=20;WE=38634391;WS=38634373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr17	38634605	rs17472276	T	C	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=3.338;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,95:0.59:162
chr17	38634929	rs749906	C	T	5905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.832;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.151;SC=AGAAGGGAAGCGATGACAGCC;SOR=0.670;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=414;TCF=213;TCR=201;TR=268;WE=38634937;WS=38634919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,280:0.65:433
chr17	38635064	rs749907	C	T	1658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.702;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=44;PP=961;ReadPosRankSum=0.514;SC=GGGGCCCTGGCGCCCCGCTCC;SOR=0.606;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=121;TCF=39;TCR=82;TR=66;WE=38635072;WS=38635054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,75:0.57:132
chr17	38635107	rs749908	C	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=468;ReadPosRankSum=-0.257;SC=TTGTCTGCCTCTGTCTTACAC;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=27;WE=38635115;WS=38635097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr17	38635876	rs72819648	C	T	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.797;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=693;ReadPosRankSum=-1.817;SC=CTATCCCCTCCAGCTCTACTC;SOR=1.355;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=50;WE=38635884;WS=38635866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,56:0.58:96
chr17	38635897	rs8076413	G	A	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.316;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=28;PP=1246;ReadPosRankSum=-3.590;SC=CGCCAGCCCCGGAGCCCCAGG;SOR=1.045;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=127;TCF=81;TCR=46;TR=84;WE=38635905;WS=38635887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,94:0.67:141
chr17	38640744	rs2290207	C	T	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.33;ReadPosRankSum=1.207;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,88:0.33:265
chr17	38640992	rs2290206	A	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.153;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=190;ReadPosRankSum=-1.964;SC=GTACTGTCAAATCTCCACCAT;SOR=1.634;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=12;WE=38641000;WS=38640982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr17	38644752	rs34377860	G	A	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=359;ReadPosRankSum=-0.214;SC=GCATGCGTGCGTGTGCCTGTG;SOR=0.825;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=106;TCF=64;TCR=42;TR=35;WE=38644767;WS=38644742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,38:0.33:115
chr17	38645125	rs3764424	A	G	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=25;PP=707;ReadPosRankSum=-1.149;SC=ACCACTGCGAAGGGAGCCGAA;SOR=0.605;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=179;TCF=100;TCR=79;TR=63;WE=38645133;WS=38645115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,67:0.36:188
chr17	38645331	rs34879399	C	T	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.793;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,33:0.37:89
chr17	38652088	rs72819661	G	A	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=686;ReadPosRankSum=0.328;SC=CCTTTGTGTAGCACAGAAAAC;SOR=0.452;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=37;WE=38652096;WS=38652078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,42:0.82:51
chr17	38786451	rs4890092	A	T	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=10;PP=660;SC=TATTATTATTATTTTTTACCT;SOR=1.547;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=33;WE=38786459;WS=38786441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	38787296	rs145383757	ATG	A	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=0.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,4:0.15:26
chr17	38801695	rs376363717	CT	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,19:0.23:82
chr17	38813758	rs187736239	T	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=418;ReadPosRankSum=1.777;SC=ATATCATTTATGATATATTAA;SOR=0.555;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=27;WE=38813766;WS=38813748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr17	38813824	rs8068721	G	A	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=21;PP=842;SC=TTCAAATATTGCTTGTTTTTT;SOR=0.914;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=38;WE=38813836;WS=38813814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	38813828	rs11412331	G	GT	787.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=19;PP=691;SC=AATATTGCTTGTTTTTTTTCG;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=29;WE=38813836;WS=38813814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	38816526	rs917593	A	G	2004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.05;SOR=1.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	38816536	rs35466162	CT	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr17	38816595	rs2008469	T	C	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=21;PP=476;SC=TGCAATGCCATGATCTCGGTT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=38816603;WS=38816585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	38858029	rs6416908	A	T	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=-0.351;QD=20.32;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr17	38905477	rs10491127	T	G	4580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=4.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.27;ReadPosRankSum=0.002;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,210:0.65:321
chr17	38910811	rs34344021	G	T	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=406;ReadPosRankSum=1.518;SC=TTCTCTTTAAGAAATCACAAG;SOR=0.589;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=30;WE=38910819;WS=38910801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr17	38911212	rs12951078	G	A	6305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=113;NR=103;PP=2965;SC=CCAGGTCAGCGTTGGCCTCCT;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=114;TCR=103;TR=216;WE=38911220;WS=38911202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr17	38911327	rs35076248	C	G	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=28;PP=793;ReadPosRankSum=-0.737;SC=CACAGTGAAGCCAGCACAGGG;SOR=0.542;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=186;TCF=94;TCR=92;TR=62;WE=38911335;WS=38911317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,70:0.34:205
chr17	38911363	rs12951399	G	A	2686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.68;ReadPosRankSum=1.642;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,118:0.64:183
chr17	38922718	rs35253595	TTC	T	1271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.472;QD=26.49;ReadPosRankSum=-0.760;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,41:0.85:48
chr17	38923932	rs5820359	AT	A	277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=5.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.838;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
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chr17	38925099	rs5820360	GT	G	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.200;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
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chr17	38935812	rs981684	A	G	4539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=86;NR=69;PP=2451;SC=TTTCATCTCGATAAGCTCATT;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=86;TCR=69;TR=155;WE=38935820;WS=38935802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	38936659	rs17558560	C	T	3536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=75;PP=2132;ReadPosRankSum=-1.162;SC=CTTCGCAAACCATTGATGTCC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=260;TCF=134;TCR=126;TR=159;WE=38936667;WS=38936649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,165:0.60:273
chr17	38938216	rs17473777	T	G	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=377;ReadPosRankSum=0.752;SC=CAAAGCCCTGTTATTGTGATA;SOR=0.945;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=29;WE=38938224;WS=38938206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr17	38938316	rs12453124	C	T	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.107;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,45:0.32:142
chr17	38938591	rs2469826	C	G	4016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=746;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=113;PP=2256;ReadPosRankSum=1.997;SC=TGCAGATGAGCTGCCCCCAAA;SOR=0.737;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=712;TCF=358;TCR=354;TR=223;WE=38938599;WS=38938581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:506,238:0.32:744
chr17	38950272	rs2250671	T	C	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=1.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-0.232;QD=5.28;ReadPosRankSum=-1.184;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,85:0.32:263
chr17	38953540	rs3813038	A	G	2768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=76;PP=1615;ReadPosRankSum=-2.238;SC=TCTCCTGGAGAGAAGCAAGAG;SOR=0.778;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=454;TCF=222;TCR=232;TR=146;WE=38953548;WS=38953530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:329,161:0.33:490
chr17	38954687	rs9914044	C	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.006;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,29:0.33:89
chr17	38955991	rs7209228	C	T	2484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=1.301;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:348,149:0.30:497
chr17	38974612	rs1132367	T	C	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,43:0.27:157
chr17	38975307	.	TGCCGCCGTGGCC	T	2207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=4.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.627;QD=23.74;ReadPosRankSum=1.452;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,57:0.61:93
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chr17	38976716	rs1799915	C	T	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=42;PP=816;ReadPosRankSum=0.401;SC=ACACGAGGACCATAATGAACT;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=254;TCF=109;TCR=145;TR=74;WE=38976724;WS=38976706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,83:0.31:267
chr17	38976998	rs1799873	G	A	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=421;ReadPosRankSum=0.921;SC=TTAAAAAGCAGCTACATAGTT;SOR=0.540;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=103;TCF=44;TCR=59;TR=41;WE=38977006;WS=38976988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,46:0.41:113
chr17	38978536	rs4261597	A	C	27311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1035;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1034:1.00:1034
chr17	38990834	rs2240078	G	C	4536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=49;PP=2965;SC=CCAGCTATGTGCCCTCTGTTG;SOR=1.482;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=106;TCR=50;TR=155;WE=38990842;WS=38990824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	38991032	rs6694	T	A	5747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FS=0.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.975;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:368,177:0.32:545
chr17	38991052	rs1044806	TT	GA	5676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=66;PP=2944;ReadPosRankSum=0.892;SC=AGAGAAGGACTTCTTCTTCCT;SOR=0.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=461;TCF=243;TCR=218;TR=142;WE=38991061;WS=38991042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,158:0.32:492
chr17	39018961	rs9894091	A	G	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.141;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,57:0.29:196
chr17	39023396	rs11650915	G	A	5706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=0.887;SC=GACAGTCCGGGGGTGCGCACT;SOR=0.674;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=344;TCF=131;TCR=213;TR=232;WE=39023404;WS=39023386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,245:0.67:368
chr17	39032768	rs971812	A	T	2526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=71;PP=1857;ReadPosRankSum=-1.059;SC=CTGATTTATAATATTCAACTT;SOR=1.040;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=151;TCF=48;TCR=103;TR=101;WE=39032776;WS=39032758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,104:0.67:155
chr17	39033672	.	G	GT	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.094;QD=0.59;ReadPosRankSum=-1.093;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,13:0.18:73
chr17	39038941	rs149855322	T	TTTTATTTA	1836.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=2.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.000;QD=20.64;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,49:0.55:89
chr17	39081713	rs8037	A	G	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.562;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr17	39084504	rs9257	T	C	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.304;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=5;PP=597;ReadPosRankSum=-0.882;SC=CTGTACTGTGTCTGCAGGTCA;SOR=1.162;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=98;TCF=80;TCR=18;TR=35;WE=39084512;WS=39084494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,41:0.37:110
chr17	39116728	rs17843021	G	A	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=822;ReadPosRankSum=-0.598;SC=CTCTGTCTCCGTTAGGATGCA;SOR=0.996;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=113;TCF=56;TCR=57;TR=65;WE=39116736;WS=39116718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,75:0.59:128
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chr17	39134455	rs2271277	G	A	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=840;ReadPosRankSum=1.460;SC=ACATTCACAAGCAGCAGTTTT;SOR=1.136;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=56;WE=39134463;WS=39134445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,62:0.64:97
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chr17	39135089	rs11649834	G	A	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.30;ReadPosRankSum=3.351;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,45:0.71:63
chr17	39135205	rs8064910	A	G	5113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=7.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.32;ReadPosRankSum=-0.576;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,128:0.63:202
chr17	39135214	rs8068970	T	C	5156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=5.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.76;ReadPosRankSum=1.351;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,133:0.61:217
chr17	39135322	rs8068223	C	T	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.228;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=578;ReadPosRankSum=-2.448;SC=TGCAGTCTCTCGGGCCAGAGT;SOR=0.402;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=46;WE=39135330;WS=39135312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,50:0.63:79
chr17	39137104	rs9908389	A	G	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.053;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=17;PP=970;ReadPosRankSum=-1.051;SC=CAAGATCTCCATCTGGCAGCC;SOR=1.026;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=69;TCR=25;TR=66;WE=39137112;WS=39137094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,69:0.70:99
chr17	39137154	rs721958	C	G	3706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.501;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=61;PP=2329;ReadPosRankSum=0.552;SC=GCTGATTCAGCTCTTCTGTCT;SOR=0.643;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=239;TCF=149;TCR=90;TR=158;WE=39137162;WS=39137144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,164:0.66:249
chr17	39137297	rs721957	C	T	5015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=111;PP=2945;ReadPosRankSum=-0.441;SC=CACCGTTTCACACTGACAGCG;SOR=0.768;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=321;TCF=153;TCR=168;TR=210;WE=39137305;WS=39137287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,227:0.65:349
chr17	39137387	rs2010027	C	T	2730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.948;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=56;PP=1901;ReadPosRankSum=-1.280;SC=AAGCTGTTCACGAAGCAAGTT;SOR=0.404;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=190;TCF=91;TCR=99;TR=113;WE=39137395;WS=39137377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,118:0.58:204
chr17	39137553	rs8074364	T	G	3577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=79;PP=2052;ReadPosRankSum=0.778;SC=TTTTCACCACTTAGAAGGGCC;SOR=0.725;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=217;TCF=106;TCR=111;TR=151;WE=39137561;WS=39137543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,167:0.68:247
chr17	39138436	rs11078972	A	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=231;ReadPosRankSum=1.279;SC=GCCCTGCCTCAAGTAGTTTTA;SOR=0.395;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=18;WE=39138444;WS=39138426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr17	39138476	rs11078973	CG	TA	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=1037;ReadPosRankSum=0.934;SC=TGCCCAAATTCGATTTACAAA;SOR=0.969;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=30;WE=39138485;WS=39138466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr17	39138712	rs4243257	G	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=258;ReadPosRankSum=-0.099;SC=GTTCACTCTCGTACCTTTCAC;SOR=0.495;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=23;WE=39138720;WS=39138702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr17	39139256	rs9910558	A	T	2232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.11;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,57:0.56:101
chr17	39139274	rs34812152	A	T	3272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.57;ReadPosRankSum=0.945;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,82:0.57:145
chr17	39139279	rs35072663	A	T	3297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.61;ReadPosRankSum=2.120;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,86:0.54:160
chr17	39139370	rs9908304	G	A	3882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.41;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,187:0.60:313
chr17	39139413	rs9910145	C	A	4908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=61;PP=1559;ReadPosRankSum=0.304;SC=ATAAATGATTCTTTGAGAGAA;SOR=0.680;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=103;TCR=102;TR=124;WE=39139421;WS=39139403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,139:0.62:226
chr17	39139430	rs9908522	G	A	4356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=5.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.33;ReadPosRankSum=0.597;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,107:0.62:172
chr17	39139435	rs111938052	C	G	4086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=3.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.07;ReadPosRankSum=0.466;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,102:0.63:163
chr17	39139961	rs6503570	C	T	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=13;PP=861;ReadPosRankSum=-0.446;SC=CTATGTATCACTAACTCTTAG;SOR=1.027;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=76;TCF=56;TCR=20;TR=53;WE=39139969;WS=39139951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,58:0.71:82
chr17	39140221	rs1510068	C	T	5336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.308;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=1.453;SC=CTCCAGATAGCTGGCGAGTCT;SOR=0.805;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=340;TCF=183;TCR=157;TR=217;WE=39140229;WS=39140211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,236:0.64:369
chr17	39140417	rs1510069	T	C	5337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.492;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.759;SC=GTAGCACAGGTACCGGGGAGA;SOR=0.860;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=319;TCF=141;TCR=178;TR=213;WE=39140425;WS=39140407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,237:0.68:350
chr17	39140591	rs112679140	C	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=160;ReadPosRankSum=1.227;SC=AAACTCTCCTCTCCTGAGAGT;SOR=0.610;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=11;WE=39140599;WS=39140581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr17	39150167	rs12452295	G	A	3351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.354;NF=86;NR=46;PP=2313;ReadPosRankSum=1.392;SC=AGGTGGGCACGCAGGGCTGAG;SOR=0.781;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=195;TCF=125;TCR=70;TR=132;WE=39150175;WS=39150157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,140:0.69:204
chr17	39150443	rs2010209	G	A	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=49;PP=1120;ReadPosRankSum=-0.075;SC=GGGCTCTTATGTACCCTCTCC;SOR=0.617;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=24;TCR=73;TR=66;WE=39150451;WS=39150433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,68:0.67:101
chr17	39156224	rs3813051	C	G	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=38;PP=901;ReadPosRankSum=-0.789;SC=CAACTGGAAGCCTTCCTGTTT;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=11;TCR=53;TR=46;WE=39156232;WS=39156214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,44:0.71:62
chr17	39190954	.	G	GCAGCAGCTTGGCTGGCAGCAGCTGGTCTCA	1746.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.416;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-3.735;QD=32.96;ReadPosRankSum=3.170;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr17	39197538	rs146863522	G	T	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=-10.933;QD=0.73;ReadPosRankSum=5.261;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,23:0.09:259
chr17	39197549	.	G	C	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQRankSum=-10.189;QD=0.73;ReadPosRankSum=5.418;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,23:0.09:262
chr17	39216019	rs12937861	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.487;NF=6;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=1.535;SC=GCAGGTGGTGGCCCAGCAGCA;SOR=0.836;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=15;WE=39216027;WS=39216009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr17	39240781	.	CCTGCTGCCGCCCCAG	C	2117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.551;NF=22;NR=37;PP=2966;ReadPosRankSum=-2.485;SC=TGCCAGCCCACCTGCTGCCGC;SOR=0.632;Source=Platypus;TR=59;WE=39240803;WS=39240771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,64:0.34:188
chr17	39240804	.	C	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.146;ClippingRankSum=0.000;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=22.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQRankSum=0.094;QD=0.73;ReadPosRankSum=-4.013;SOR=2.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,18:0.09:196
chr17	39240805	.	G	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.585;ClippingRankSum=0.000;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=19.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=0.218;QD=0.65;ReadPosRankSum=-3.845;SOR=2.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,17:0.08:201
chr17	39240807	rs188505452	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=17.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=0.122;QD=0.42;ReadPosRankSum=-4.131;SOR=2.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,16:0.08:205
chr17	39254444	rs6416913	T	C	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=55;PP=1412;ReadPosRankSum=0.415;SC=AGGCCCGTTGTCACCACGTCA;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=25;TCR=73;TR=73;WE=39254452;WS=39254434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,75:0.76:99
chr17	39258070	rs113753849	C	T	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.609;NF=57;NR=44;PP=1374;ReadPosRankSum=-0.438;SC=ACAGACTGGACGCAGGCAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=140;TCF=81;TCR=59;TR=101;WE=39258078;WS=39258060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,108:0.72:150
chr17	39262015	rs376253266	T	C	2802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=4.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQRankSum=0.344;QD=13.28;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,129:0.61:211
chr17	39274518	rs9897031	C	T	6799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.71;MQRankSum=-2.813;NF=150;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=0.316;SC=GCAGAGGTCTCGGCCACAGCC;SOR=0.644;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=420;TCF=224;TCR=196;TR=285;WE=39274526;WS=39274508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,305:0.68:451
chr17	39324123	rs143200002	C	T	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQRankSum=-1.488;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.624;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,40:0.41:98
chr17	39333956	rs377518	T	C	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=8;PP=830;SC=CACAGGTGGATCATATCAAGA;SOR=2.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=39333964;WS=39333946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	39334133	rs389784	T	C	5684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.67;QD=26.94;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr17	39334456	rs493514	G	A	9838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=155;NR=190;PP=2965;SC=TTTCCAGGAAGGTGGGTTTGG;SOR=1.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=345;TCF=155;TCR=190;TR=345;WE=39334464;WS=39334446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr17	39340597	rs452216	G	A	4331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=44;PP=2404;SC=ACATGGACAAGTTGATATAAA;SOR=1.230;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=95;TCR=44;TR=139;WE=39340605;WS=39340587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	39340707	rs398825	C	T	6530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;QD=26.12;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr17	39340795	.	ACGGCAGCAGCTGGACATACCACAGCTGGGGTGGCAGGTGGTCTGACAGCAGAGTGGG	A	4674.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.04;QD=40.65;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	39340812	.	T	C	1953	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MMLQ=25;NF=35;NR=54;SC=CAGCTGGACATACCACAGCTG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TR=89;WS=39340802;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,89:0.98:91
chr17	39340826	.	T	C	1612	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=40;MMLQ=23;MQ=55.02;NF=34;NR=50;PP=1612;QD=19.604419197;SC=ACAGCTGGGGTGGCAGGTGGT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=84;WE=39340834;WS=39340802;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,84:0.95:88
chr17	39340843	.	GCAGAGTGGG	ACAGACTGGG,ACAGAGTGGA	2128	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MMLQ=27;MQ=54.93;NF=4,27;NR=18,17;PP=675,2128;QD=33.1121761301;SC=TGGTCTGACAGCAGAGTGGGC;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=22,44;WE=39340860;WS=39340833;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.28:78
chr17	39340910	rs2320231	T	C	3884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=79;NR=60;PP=2358;SC=ACAGACTGGGTGGCAGCAGCT;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=141;TCF=79;TCR=62;TR=139;WE=39340918;WS=39340900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr17	39341158	rs452531	G	A	3814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=62;PP=2151;SC=TGAGTTTTTCGAATGTGGGAA;SOR=1.016;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=59;TCR=62;TR=121;WE=39341166;WS=39341148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	39341266	rs449817	A	G	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=25;PP=681;SC=TAGATAGGCAATTATCAAGTT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=39341274;WS=39341256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	39341294	rs385122	T	A	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=508;SC=TGTGGGAAAATATCTGTATAA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=39341302;WS=39341284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	39346518	rs238824	T	C	14652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.30;QD=27.08;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,541:1.00:541
chr17	39346595	rs11283848	T	TGCTGTGGGTCCAGCTGCTGCCAGCCTA	17252.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=52;PP=2768;SC=CCAGCCCACCTGCTGTGGGTC;SOR=0.827;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=188;TCF=40;TCR=148;TR=71;WE=39346603;WS=39346585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
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chr17	39406447	rs3967754	A	G	5204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.714;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.166;NF=90;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.581;SC=ATCAAGTCCCAAGAGAACCAC;SOR=0.834;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=373;TCF=158;TCR=215;TR=220;WE=39406455;WS=39406437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,236:0.59:397
chr17	39432562	rs9893993	A	T	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=658;ReadPosRankSum=-0.919;SC=AAACCAACAAAGTGAACTTAG;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=44;WE=39432570;WS=39432552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,52:0.60:86
chr17	39458476	rs1001191	A	T	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=1.493;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,93:0.29:325
chr17	39458573	rs144150438	TGTACAGATGGTTG	T	2330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=1.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.611;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.334;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,69:0.28:246
chr17	39458765	rs1005197	A	G	4458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.358;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=0.677;SC=GACAACAAGTAGATTCCGAGC;SOR=0.614;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=301;TCF=174;TCR=127;TR=181;WE=39458773;WS=39458755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,195:0.61:322
chr17	39458893	rs758741	G	A	3113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=76;PP=2112;ReadPosRankSum=-0.776;SC=GCTGGAAGGCGGGTAGGTTGA;SOR=0.723;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=398;TCF=204;TCR=194;TR=154;WE=39458901;WS=39458883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,161:0.38:420
chr17	39459167	rs1005196	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=218;ReadPosRankSum=0.191;SC=AAAGACATCCGATACAGAGGG;SOR=0.678;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=14;WE=39459175;WS=39459157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr17	39464046	rs2074286	G	C	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,52:0.31:167
chr17	39464487	rs2074285	G	C	9248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=185;NR=152;PP=2965;SC=GCAGACAGAAGGACAGCGCTT;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=337;TCF=185;TCR=152;TR=337;WE=39464495;WS=39464477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr17	39464736	rs2074284	C	G	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=40;PP=1157;ReadPosRankSum=-0.200;SC=CTCTGAGCAACTTGGCTCACA;SOR=0.655;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=231;TCF=123;TCR=108;TR=85;WE=39464744;WS=39464726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,90:0.35:257
chr17	39465094	rs12453338	C	T	3161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.505;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:383,181:0.32:564
chr17	39465389	rs12451604	T	A	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=44;PP=960;ReadPosRankSum=0.584;SC=CCAGCTGCCATGTCTGGCTCT;SOR=0.866;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=200;TCF=84;TCR=116;TR=72;WE=39465397;WS=39465379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,79:0.36:219
chr17	39471752	rs72106118	TGCCCCCGCAGCCAGA	T	3436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FS=1.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=2.386;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:332,184:0.36:516
chr17	39471778	rs78413710	C	T	3706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.175;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=76;PP=2962;ReadPosRankSum=1.446;SC=GCCCCCGCAGCCAGAGCCCCC;SOR=0.714;SbPval=0.31;Source=Platypus;TCF=243;TR=142;WE=39471786;WS=39471742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,200:0.38:525
chr17	39471929	rs12449671	G	A	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.487;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=47;PP=994;ReadPosRankSum=0.372;SC=CTCGCAGGTCGGTAACGCAGC;SOR=0.505;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=267;TCF=115;TCR=152;TR=88;WE=39471937;WS=39471919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,95:0.32:297
chr17	39471972	rs12452669	T	G	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.270;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=637;ReadPosRankSum=-1.311;SC=TGGCCAGCCATCTGGATGGCA;SOR=0.583;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=156;TCF=68;TCR=88;TR=55;WE=39471980;WS=39471962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,60:0.35:173
chr17	39472018	rs12449683	G	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=305;ReadPosRankSum=0.473;SC=TGAGGGACGGGATGTTTTCTT;SOR=0.765;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=22;WE=39472026;WS=39472008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,22:0.32:69
chr17	39506659	rs16966713	G	A	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=37;PP=936;ReadPosRankSum=1.041;SC=GCACTGTGTCGCCCACTCCTC;SOR=0.651;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=284;TCF=161;TCR=123;TR=89;WE=39506667;WS=39506649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,102:0.32:315
chr17	39520360	rs78931901	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=110;ReadPosRankSum=0.930;SC=AGTTCTGATACAGTGGCAGAA;SOR=0.412;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=10;WE=39520368;WS=39520350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr17	39523969	.	TA	T	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.468;QD=2.13;ReadPosRankSum=-2.389;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,26:0.26:100
chr17	39525750	rs12450621	C	T	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.120;NF=25;NR=33;PP=642;ReadPosRankSum=0.583;SC=ATGAGGTTCTCCAGCTCCGCG;SOR=0.697;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=167;TCF=69;TCR=98;TR=58;WE=39525758;WS=39525740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,64:0.35:181
chr17	39535672	rs112570296	G	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.209;NF=22;NR=13;PP=523;ReadPosRankSum=-0.739;SC=GATGATCTCCGCCTGGCAGGA;SOR=0.622;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=35;WE=39535680;WS=39535662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
chr17	39535859	rs2239710	A	G	6663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=0.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=-2.170;QD=15.14;ReadPosRankSum=1.377;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,301:0.68:440
chr17	39553811	rs6503629	G	T	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=54.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=362;ReadPosRankSum=-1.008;SC=AGGGAGGGAGGGAGTGCCTGG;SOR=0.391;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=34;WE=39553819;WS=39553801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr17	39578424	rs2071607	G	T	3274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQRankSum=-3.041;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.081;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:323,179:0.36:502
chr17	39579010	rs116874025	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQRankSum=-5.389;QD=6.15;ReadPosRankSum=-3.313;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr17	39579016	.	AG	GC	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.237;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.519;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQRankSum=-5.930;QD=4.59;ReadPosRankSum=-1.627;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr17	39579059	rs78158550	G	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.683;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.968;NF=16;NR=8;PP=266;ReadPosRankSum=-0.081;SC=AGGGAGAGCTGCTCCTCCTTC;SOR=0.296;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=24;WE=39579067;WS=39579049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,32:0.32:100
chr17	39579112	rs16966811	G	A	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=3.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-3.726;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.856;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,75:0.34:220
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chr17	39580816	rs72485487	G	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=85;ReadPosRankSum=-0.205;SC=AGATCAGCTGGGAAGGCTGAG;SOR=0.818;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=9;WE=39580824;WS=39580806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr17	39593620	rs9894044	T	C	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.73;ReadPosRankSum=-1.531;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,43:0.72:60
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chr17	39593872	rs897415	A	G	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=113;SC=ATGAGGAAGGAGTCCCCACTG;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=39593880;WS=39593862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	39594679	rs7209968	A	G	2140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=47;PP=1582;ReadPosRankSum=-1.374;SC=AGACCTCCAAAATAAAATGCT;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=44;TCR=64;TR=78;WE=39594687;WS=39594669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,81:0.71:114
chr17	39594934	rs71155140	AC	A	6179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=970;ExcessHet=3.0103;FS=2.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.867;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.328;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:631,303:0.32:934
chr17	39595116	rs9894668	G	T	11072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=829;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=242;NR=246;PP=2962;ReadPosRankSum=2.093;SC=ACTTCCTGCAGAAGGGAGGAA;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=771;TCF=384;TCR=387;TR=488;WE=39595124;WS=39595106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,526:0.64:825
chr17	39595661	rs2071611	T	A	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.016;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=59;PP=1101;ReadPosRankSum=-0.489;SC=CAAGAGCCCCTCTCGGCTGCC;SOR=1.088;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=261;TCF=110;TCR=151;TR=92;WE=39595669;WS=39595651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,95:0.35:274
chr17	39596402	rs2071610	G	A	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=39;PP=1151;ReadPosRankSum=-0.703;SC=GCCCTCCTCCGCCTGACTTAC;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=150;TCR=108;TR=92;WE=39596410;WS=39596392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,95:0.35:270
chr17	39596611	rs1350046	T	C	15876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=294;NR=267;PP=2965;SC=TTCTCTGAGCTTTACATGGAT;SOR=0.804;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=561;TCF=294;TCR=267;TR=561;WE=39596619;WS=39596601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,585:1.00:585
chr17	39616430	rs2604953	G	T	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=73;NR=43;PP=1933;SC=ACGGTGCGGGGCACGCATGGG;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=73;TCR=43;TR=116;WE=39616438;WS=39616420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	39619093	rs2604954	GT	AC	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.820;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.12;ReadPosRankSum=-1.825;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,30:0.26:117
chr17	39619219	rs2857257	G	A	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.635;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.351;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,77:0.28:273
chr17	39619388	rs4796636	C	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=158;ReadPosRankSum=1.192;SC=CCAAATCTCCCTTTGATGCTG;SOR=0.641;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=14;WE=39619396;WS=39619378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr17	39620565	rs72830046	C	T	10728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=752;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=256;NR=201;PP=2962;ReadPosRankSum=0.154;SC=CACGTCCCTGCGGTTGGCCTC;SOR=0.622;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=693;TCF=394;TCR=299;TR=457;WE=39620573;WS=39620555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,494:0.66:747
chr17	39620733	rs2604958	G	C	2911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=93;PP=2018;ReadPosRankSum=1.225;SC=ATGTGACAATGATAGGATCCT;SOR=0.794;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=491;TCF=192;TCR=299;TR=149;WE=39620741;WS=39620723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:355,158:0.31:513
chr17	39622068	rs2071561	G	T	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=17;PP=1741;SC=CTCCTTCAGGGACTCAACCTG;SOR=2.502;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=70;TCR=18;TR=87;WE=39622076;WS=39622058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	39623363	rs3744786	T	C	3148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.501;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=67;PP=1754;ReadPosRankSum=0.337;SC=ACTGGCTGCCTGGCAGGAACT;SOR=0.886;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=107;TCR=99;TR=140;WE=39623371;WS=39623353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,145:0.67:215
chr17	39623622	rs1807434	A	C	3535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=77;PP=2197;ReadPosRankSum=0.159;SC=CTGGATGTCTACAGACCCCAT;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=88;TCR=106;TR=140;WE=39623630;WS=39623612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,155:0.72:215
chr17	39623708	rs737487	C	T	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.714;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=585;ReadPosRankSum=-1.947;SC=TGTTGATGTTCACACCCAGCC;SOR=1.185;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=37;WE=39623716;WS=39623698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr17	39633317	rs2239711	A	G	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=12;PP=772;SC=CTCAGAACCGACCCCCTGGGC;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=39633325;WS=39633307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	39633349	rs2071601	G	C	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=-2.139;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr17	39633354	rs12451652	C	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=779;ReadPosRankSum=2.670;SC=GCGGGGGCTGCAGTTTGTGCG;SOR=0.584;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=29;WE=39633362;WS=39633339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr17	39634082	rs75126797	C	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.836;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.103;NF=7;NR=13;PP=264;ReadPosRankSum=-0.267;SC=AGCGGGCCTCCGTCTCTGCCA;SOR=1.371;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=20;WE=39634090;WS=39634072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,19:0.28:69
chr17	39634105	rs77490421	A	G	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.030;NF=6;NR=10;PP=169;ReadPosRankSum=-1.930;SC=GTGGATTCCAAAGCATCTCTC;SOR=0.921;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=16;WE=39634113;WS=39634095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr17	39634625	rs7216017	A	G	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=7;PP=694;ReadPosRankSum=0.312;SC=TGCTGTGCTGAGCCTGCAGCT;SOR=0.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=73;TCF=59;TCR=14;TR=40;WE=39634633;WS=39634615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr17	39636044	rs2011243	G	A	3949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	39637244	rs743686	A	G	3374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=74;PP=2040;ReadPosRankSum=1.470;SC=AGCTTGCAAGAGCTGCTGGAG;SOR=0.680;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=99;TCR=111;TR=140;WE=39637252;WS=39637234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,152:0.64:239
chr17	39643646	rs2301354	G	A	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=762;ReadPosRankSum=-1.182;SC=CGCGTTGACCGTACGTCTCAG;SOR=0.732;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=64;TCR=19;TR=46;WE=39643654;WS=39643636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,53:0.57:93
chr17	39644057	rs2301353	G	A	4908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=122;PP=2965;SC=TCAATGACCTGAATTCAAACC;SOR=2.066;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=46;TCR=122;TR=168;WE=39644065;WS=39644047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	39646021	rs1003842	A	G	7492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=118;NR=138;PP=2965;SC=AGCCCACAGAACGGATGGAGG;SOR=0.993;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=118;TCR=138;TR=256;WE=39646029;WS=39646011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr17	39659183	rs4796698	G	A	17143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=186;PP=2965;SC=TGGGAGGGCCGGGTACCTTGG;SOR=0.761;Source=Platypus;TCF=186;WE=39659202;WS=39659173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr17	39659194	rs4796697	T	C	17396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=192;NR=196;PP=2965;SC=GGTACCTTGGTGTGGAACCAT;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=388;TCF=192;TCR=196;TR=388;WE=39659202;WS=39659173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr17	39659529	rs7211835	T	C	5037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=70;PP=2965;SC=AGCCTGCAATTCCCGCTCACC;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=91;TCR=70;TR=161;WE=39659537;WS=39659519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr17	39659913	rs9891361	G	A	3268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=62;NR=51;PP=1661;SC=GAAGTCGTCCGCAGCCAGCCT;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=113;WE=39659921;WS=39659903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	39661689	rs8182306	G	A	25217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=970;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=413;NR=509;PP=2965;SC=CTGATCCCCCGGACACAAACC;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=925;TCF=413;TCR=512;TR=922;WE=39661697;WS=39661679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,965:1.00:965
chr17	39670912	rs897420	G	C	3921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	39671045	rs897421	T	C	5987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr17	39674641	rs1050784	T	C	8657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=168;NR=117;PP=2965;SC=TCTGGGCTGGTTGGGGTCTGC;SOR=1.070;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=168;TCR=117;TR=285;WE=39674649;WS=39674631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr17	39680580	rs1869719	A	C	10880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=206;NR=169;PP=2965;SC=TAGGGAACACAAAGCCCTCCC;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=375;TCF=206;TCR=169;TR=375;WE=39680588;WS=39680570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr17	39680796	rs1869720	T	A	9378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=149;NR=175;PP=2965;SC=TGATTTCCTGTAAAGATACAG;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=324;TCF=149;TCR=175;TR=324;WE=39680804;WS=39680786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr17	39681475	rs4601	A	G	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=60;PP=1898;SC=CCAGACGGGCATTGTCGATCT;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=111;WE=39681483;WS=39681465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	39684321	rs4602	G	C	3475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=56;PP=2173;SC=GCCGCCGTAGGCCCCCGAGGA;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=60;TCR=57;TR=115;WE=39684329;WS=39684311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	39684410	rs11550883	G	A	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	39738752	rs11551760	C	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=0.131;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,47:0.34:137
chr17	39742807	rs3826550	C	T	15994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,630:1.00:630
chr17	39742856	rs6503639	G	A	12121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=195;NR=241;PP=2965;SC=CAAAGCTGCTGCTGCTGCTGC;SOR=0.966;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=436;TCF=195;TCR=241;TR=436;WE=39742864;WS=39742846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr17	39742899	rs6503640	C	T	7132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=103;NR=155;PP=2965;SC=CCCCAGCCCGCAGGCTCCCCC;SOR=1.273;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=260;TCF=104;TCR=156;TR=258;WE=39742907;WS=39742889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr17	39766504	rs7406899	A	G	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	39779160	rs9916519	G	C	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQ=59.49;NF=9;NR=8;PP=270;SC=GAGATCCTCCGCCAGCTGGCC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=39779168;WS=39779159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	39871700	rs7220169	G	A	5275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr17	39874075	rs7213435	C	A	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=38;PP=1775;SC=CTTCTGTATCCCCGGTGGCAA;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=64;TCR=38;TR=102;WE=39874083;WS=39874065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	39874137	rs7212417	G	A	5535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=108;NR=74;PP=2965;SC=TGAGTGGCTGGTGCAGGCATT;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=108;TCR=74;TR=182;WE=39874145;WS=39874127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr17	39874267	rs7218465	T	A	3229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=69;PP=1934;SC=TCTTAGGTCCTCGGCTGGGGC;SOR=1.292;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=46;TCR=69;TR=115;WE=39874275;WS=39874257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	39874283	rs11079007	T	A	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=63;PP=1850;SC=GGGGCTCTGTTATAAAAGACA;SOR=1.633;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=32;TCR=63;TR=95;WE=39874291;WS=39874273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	39881289	rs8075017	G	C	40570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=1502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=646;NR=791;PP=2965;SC=CCTGGGGCACGAACTCCTCCG;SOR=0.893;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1440;TCF=647;TCR=793;TR=1437;WE=39881300;WS=39881278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1499:1.00:1499
chr17	39881487	rs11869104	T	C	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=70;PP=2123;SC=TCCACACAGATCCTGATGGTT;SOR=7.024;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=72;TCF=1;TCR=71;TR=71;WE=39881495;WS=39881477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	39883559	rs33914436	G	A	2923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.06;ReadPosRankSum=-1.067;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,139:0.67:208
chr17	39883595	rs7216154	T	C	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=45;PP=976;ReadPosRankSum=-0.454;SC=CAGTGGACACTGGGGGTTGCT;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=54;TCR=75;TR=78;WE=39883603;WS=39883585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,90:0.62:146
chr17	39883672	rs11867808	G	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=278;ReadPosRankSum=-1.236;SC=TACTTCTCCCGCAGGTCCTGC;SOR=0.436;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=23;WE=39883680;WS=39883662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr17	39883972	rs4796600	C	T	3312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=14;PP=2555;SC=TCTGGGCCAGCGGCTCTCCAG;SOR=3.651;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=94;TCR=14;TR=108;WE=39883980;WS=39883962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	39884065	rs35612698	C	A	3689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=687;ExcessHet=3.0103;FS=0.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=1.094;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:467,219:0.32:686
chr17	39884091	rs4796601	G	C	22494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=860;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,859:1.00:859
chr17	39884246	rs4796602	G	A	7120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=143;PP=2965;SC=GGGGAGTCACGCAGCCTGGTT;SOR=1.462;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=88;TCR=143;TR=231;WE=39884254;WS=39884236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr17	39884419	rs4796692	C	T	13226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=249;NR=213;PP=2965;SC=CCCATGGGGCCACGACAAGAG;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=463;TCF=249;TCR=214;TR=462;WE=39884427;WS=39884409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,508:1.00:508
chr17	39884583	rs4796693	G	A	7056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=105;NR=150;PP=2965;SC=GCTGGCCTCCGCTGGGGAGGG;SOR=1.268;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=105;TCR=151;TR=255;WE=39884591;WS=39884573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr17	39884684	rs4796694	C	T	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=35;PP=991;SC=TCGGCTGCTGCGCTGTGCCAG;SOR=2.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=39884692;WS=39884674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	39888455	rs3895103	G	C	13450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,503:1.00:503
chr17	39890715	rs4796603	A	T	7394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.598;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=1.312;SC=AGGAACTGGGATCCAGAGGTG;SOR=0.359;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=133;TCR=135;TR=261;WE=39890723;WS=39890705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,286:0.99:288
chr17	39890876	rs4796604	T	C	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=1051;ReadPosRankSum=1.750;SC=GCCCAACCTCTTCGGGCGCAT;SOR=0.867;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=126;TCF=58;TCR=68;TR=67;WE=39890884;WS=39890866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,76:0.52:145
chr17	39912145	rs1126821	T	A	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.37;ReadPosRankSum=1.074;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,92:0.73:126
chr17	39912259	rs141010071	A	AC	453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=410;ReadPosRankSum=0.415;SC=GGTGGGCCTGACCCCTCCCCA;SOR=0.395;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=12;WE=39912267;WS=39912249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr17	39912581	rs9890858	A	G	593.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5105;FS=2.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=246;ReadPosRankSum=-0.036;SC=GCTGGGTGCCATGGCTCACGC;SOR=1.445;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=19;WE=39912589;WS=39912571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,26:0.87:30
chr17	39913645	rs7216034	T	C	4937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=3.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.15;ReadPosRankSum=-1.760;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,223:0.68:326
chr17	39914070	rs8067890	G	T	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.002;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=701;ReadPosRankSum=1.102;SC=CAGGGGAGAGGTGGAAAGGGG;SOR=1.061;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=79;TCF=28;TCR=51;TR=42;WE=39914078;WS=39914060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,47:0.55:85
chr17	39923614	rs12942034	A	G	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.62;SOR=1.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	39925925	rs7405731	A	G	4236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=80;PP=2376;SC=GGTACTCCAGATCACCTGGGG;SOR=1.201;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=59;TCR=80;TR=139;WE=39925933;WS=39925915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	39959189	rs1065029	C	G	5407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=83;PP=2965;SC=CAAGCTTGAGCGGTGTGGGGT;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=100;TCR=83;TR=183;WE=39959197;WS=39959179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr17	39959511	rs3809877	C	T	6874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.17;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr17	39977862	rs8072866	C	T	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=5;PP=885;SC=GCCCAGACCCCGGCCTGACTA;SOR=2.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=36;WE=39977870;WS=39977852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	39983644	rs9896766	A	C	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=6;PP=707;SC=GAGAAGAAAGACATGAAGAGA;SOR=2.235;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=32;WE=39983652;WS=39983634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	39983808	rs1046404	G	C	6591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=125;NR=104;PP=2965;SC=GAAGTAACCAGAGTTCTCACA;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=231;TCF=125;TCR=106;TR=229;WE=39983828;WS=39983798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr17	39983820	rs1046403	G	A	6535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=123;NR=109;PP=2965;SC=GTTCTCACACGCAGAGCTGTT;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=123;TCR=110;TR=232;WE=39983828;WS=39983798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr17	39983849	rs1128966	G	C	6465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=114;NR=108;PP=2965;SC=ATGTGTGTATGAGCTGGCCCT;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=114;TCR=108;TR=222;WE=39983857;WS=39983839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr17	39987130	rs4796712	T	C	14277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=60.02;NF=231;NR=292;PP=2965;SC=GGAGATTGTGTGCTTTGGTCC;SOR=1.001;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=525;TCF=233;TCR=292;TR=523;WE=39987138;WS=39987120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,562:1.00:562
chr17	39988601	rs7208062	C	T	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=34;NR=10;PP=702;SC=CAGCCTACTCCATCTCAAGGG;SOR=1.524;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=39988609;WS=39988591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	39991790	rs1319763	C	T	3543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=64;NR=39;PP=1797;SC=TATCAGGTCCCTCCTAAGAGA;SOR=1.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=64;TCR=39;TR=103;WE=39991798;WS=39991780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	39991867	rs3039772	A	ATATC	7030.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=51;PP=2918;SC=GGGGAGGATAAGGCCCTAGGT;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=70;TCF=18;TCR=52;TR=68;WE=39991875;WS=39991857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	39991988	rs1865841	G	A	4000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=44;PP=2591;SC=TCAAGCTCCCGGCCATTTCTT;SOR=1.418;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=87;TCR=44;TR=131;WE=39991996;WS=39991978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	39998141	rs1529933	C	T	7195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=114;PP=2965;SC=GCATTTCTCCCGACATGATGA;SOR=0.845;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=251;TCF=137;TCR=114;TR=250;WE=39998149;WS=39998131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr17	40003421	rs4796721	C	T	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=8;PP=680;SC=ACTGTACAGACTGGAATTAAG;SOR=2.235;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=33;WE=40003429;WS=40003411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	40003762	rs370591937	CT	C	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.382;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.081;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,24:0.38:64
chr17	40010979	rs3744782	G	A	18487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=347;NR=323;PP=2965;SC=CATCAACAAAGTATCCCACAC;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=671;TCF=348;TCR=323;TR=670;WE=40010987;WS=40010969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,707:1.00:707
chr17	40024023	rs7217218	A	T	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.61;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	40024868	rs57604811	AG	A	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=-1.984;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
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chr17	40025264	rs9912300	G	T	9083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr17	40025285	rs9914829	A	G	10781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr17	40025453	rs3744779	T	C	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=59;PP=1768;SC=CTGTCACTACTATTACTACGA;SOR=2.484;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=15;TCR=60;TR=74;WE=40025461;WS=40025443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	40025670	rs3744780	G	A	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	40027869	rs1808787	A	T	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=12;PP=895;SC=TGGCCTCCCAAAGTGCTGTGA;SOR=1.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=49;WE=40027877;WS=40027859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	40028450	rs8071627	A	T	9835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=159;NR=186;PP=2965;SC=AGTGGGGGGAACAAAGGCCAG;SOR=0.942;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=345;TCF=159;TCR=186;TR=345;WE=40028458;WS=40028440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr17	40028541	rs8071753	A	G	2487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=59;PP=1707;SC=GTAACTACCAATCCAAGTCTA;SOR=3.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=15;TCR=59;TR=74;WE=40028549;WS=40028531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	40028568	rs8071234	C	G	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=45;PP=1271;SC=CCACACAACTCTAAGGCAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=57;WE=40028576;WS=40028558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	40048613	rs8065502	A	G	4084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	40049171	rs4796735	G	A	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.66;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	40049473	rs4796736	A	G	2174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=42;PP=1340;SC=ACATACCCCCAGGAGACCTGC;SOR=1.207;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=70;WE=40049481;WS=40049463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	40053021	rs11652326	T	C	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=43;PP=1403;SC=AAAGCCCTCATCATCCCTCTC;SOR=1.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=73;WE=40053029;WS=40053011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	40058204	rs3816121	C	A	3239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.07;SOR=2.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	40058212	rs3816122	G	A	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.54;SOR=2.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	40068613	rs2304499	G	A	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=4;PP=794;SC=TGCTGACCTGGAGGTGACCAT;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=40068621;WS=40068603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	40101597	rs35481109	CA	C	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=5.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.870;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr17	40105401	rs77012779	T	TATG	7929.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=44;PP=2924;SC=AAGTCTGACTTATGAACACAA;SOR=0.890;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=61;WE=40105409;WS=40105391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr17	40118807	rs4432296	C	T	141.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=118;SC=GGGCTCGGGTCGTGCCACCGC;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=40118815;WS=40118797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	40123829	rs12602950	G	A	3915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=30;PP=2904;SC=AGTGTTTTGCGCTGGGCCTCG;SOR=2.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=101;TCR=31;TR=131;WE=40123837;WS=40123819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	40125864	rs2070106	G	A	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=0.696;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,58:0.24:242
chr17	40129468	rs77147872	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=0.378;SC=CCCTCCTTTCCCAACACTTCA;SOR=1.148;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=13;WE=40129476;WS=40129458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr17	40146970	rs6503679	G	A	6302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=140;PP=2965;SC=GAACTGCACCGGAAAATCAGA;SOR=1.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=209;TCF=69;TCR=140;TR=209;WE=40146978;WS=40146960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr17	40152431	rs374909941	CT	C	1160.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=8;PP=749;SC=GCCACCAGGACTTGGCAGCTA;SOR=1.473;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=19;WE=40152439;WS=40152421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	40169519	rs4796758	G	T	3249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=86;PP=2505;SC=CCGCGGCGCCGCGCCCAGAAG;SOR=3.035;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=18;TCR=87;TR=104;WE=40169527;WS=40169509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	40173851	rs9894001	A	C	8283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr17	40186128	rs4277396	C	A	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=11;PP=1141;SC=TGGAAAATACCGACCACAGCC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=54;WE=40186136;WS=40186118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	40215180	rs4796765	A	G	2220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=42;PP=1237;SC=TGTATCCTCTATATCCCTCTG;SOR=1.320;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=70;WE=40215188;WS=40215170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	40271757	rs730086	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,14:0.23:61
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chr17	40272406	rs35184688	G	C	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=2.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=-0.359;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,85:0.25:337
chr17	40272594	rs2285657	C	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=322;ReadPosRankSum=0.635;SC=TGGTGCACACCCCCCCCCAAC;SOR=0.794;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=21;WE=40272602;WS=40272584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr17	40274873	rs1122326	A	C	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.439;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=442;ReadPosRankSum=1.437;SC=ACTCGGATGCAGAGAGTCGGT;SOR=1.182;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=91;TCF=75;TCR=16;TR=29;WE=40274881;WS=40274863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,32:0.33:98
chr17	40278081	rs2240010	T	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.403;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=194;ReadPosRankSum=-3.071;SC=TGCGGCAAAGTAAGGTTAAAT;SOR=1.705;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=14;WE=40278089;WS=40278071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr17	40280291	rs2230326	G	A	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=32;PP=892;ReadPosRankSum=2.217;SC=GGAATTCCACGGCTCTCTTGC;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=145;TCR=98;TR=79;WE=40280299;WS=40280281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,84:0.32:259
chr17	40280944	rs739637	G	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=178;ReadPosRankSum=-1.299;SC=GAACCCTCAAGCCAGGAGCCA;SOR=2.360;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=11;WE=40280952;WS=40280934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr17	40359505	rs377476267	GCACA	G,GCA	2014.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.679;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.84;MQRankSum=0.476;QD=29.20;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,24,43:0.35,0.62:69
chr17	40447558	rs2293158	T	C	2619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.504;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=41;PP=1656;ReadPosRankSum=-0.184;SC=TTGGGGTCTGTAGTATTGGTG;SOR=0.868;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=145;TCF=89;TCR=56;TR=108;WE=40447566;WS=40447548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,115:0.75:153
chr17	40451643	rs8072785	C	T	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.47;ReadPosRankSum=-0.005;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,55:0.69:80
chr17	40452675	rs2293157	C	A	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.500;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.395;NF=43;NR=34;PP=1076;ReadPosRankSum=-2.994;SC=TGTCTTGGGGCCTGGCGTCTG;SOR=0.324;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=107;TCF=62;TCR=45;TR=77;WE=40452683;WS=40452665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,83:0.74:112
chr17	40462796	.	TTG	T	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=3.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.297;QD=2.32;ReadPosRankSum=1.900;SOR=0.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,15:0.21:71
chr17	40476667	rs17881940	C	G	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-6.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=199;ReadPosRankSum=2.050;SC=AATGAACAGCCCTATGGGCCG;SOR=0.295;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=84;TCF=61;TCR=23;TR=22;WE=40476675;WS=40476657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr17	40481529	rs2293152	G	C	6563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=135;NR=89;PP=2965;SC=AGCCCTCTCCGGCAGCCAGAG;SOR=0.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=224;TCF=135;TCR=89;TR=224;WE=40481537;WS=40481519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr17	40490539	.	TGACCTGAGGGAATACTCCTG	T	1078.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=0.000;QD=22.95;ReadPosRankSum=-0.610;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,43:0.91:47
chr17	40490559	.	G	T	1148	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=26;MQ=55.21;NF=43;NR=18;PP=1148;QD=19.389692009;SC=GAATACTCCTGGACCTGAGGG;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=61;WE=40490567;WS=40490549;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,61:0.92:66
chr17	40500265	rs2306581	C	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=195;ReadPosRankSum=0.214;SC=AAAGGGTGCCCCTTTATCTCC;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=14;WE=40500273;WS=40500255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr17	40557000	.	G	T	3289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=90;PP=1998;ReadPosRankSum=2.439;SC=CTTGTCCCGCGACGTCTTCAG;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=603;TCF=311;TCR=292;TR=188;WE=40557008;WS=40556990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:442,193:0.30:635
chr17	40619937	rs4796668	A	G	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=413;SC=ACTTTTTGTAACCAGGTCTTA;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=40619945;WS=40619928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	40639422	rs8069972	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=-0.657;SC=CTCGTGGCCCGGAAGAGAGGT;SOR=1.244;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=10;WE=40639430;WS=40639412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr17	40642452	rs9899168	T	C	7406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=171;NR=91;PP=2965;SC=GTGTAACCACTACCACAATTA;SOR=1.540;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=171;TCR=91;TR=262;WE=40642460;WS=40642442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr17	40646251	.	C	CA	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.838;QD=1.45;ReadPosRankSum=1.281;SOR=0.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr17	40653356	rs72352728	CTTTTG	C	545.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=5.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.00;ReadPosRankSum=1.353;SOR=1.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,19:0.21:91
chr17	40689455	rs659497	T	C	8045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr17	40689613	rs2071046	G	C	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=224;ReadPosRankSum=2.109;SC=GGGAGCCACCGTAGGTGTTTT;SOR=0.678;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=19;WE=40689621;WS=40689603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr17	40696233	rs86312	C	G	6208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr17	40699291	rs607740	G	A	5079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=92;NR=78;PP=2884;SC=CGCAGTGTGTGACACAGGCCT;SOR=0.736;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=174;TCF=92;TCR=82;TR=170;WE=40699299;WS=40699281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr17	40699332	rs607795	T	C	4450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=24.45;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr17	40699475	rs67843205	G	GC	1262.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=23;PP=1237;SC=CAGGGACCGGGCCCGGAGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=32;WE=40699483;WS=40699465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr17	40705100	rs597255	C	T	3304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.428;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.068;NF=83;NR=57;PP=2264;ReadPosRankSum=-0.173;SC=CCTTGGAGGCCAGAAGGGAAG;SOR=0.911;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=245;TCF=138;TCR=107;TR=140;WE=40705108;WS=40705090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,147:0.56:262
chr17	40706596	rs147402365	C	T	2724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=64;ReadPosRankSum=0.756;SC=GAGGAGGTGGCGGAGGTGAGC;SOR=0.750;SbPval=0.63;Source=Platypus;TR=146;WE=40706604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,154:0.35:442
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chr17	40714804	rs615942	C	A	5646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=0.016;SC=CAGCCCCAGTCCAGCCCCGTG;SOR=0.609;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=332;TCF=216;TCR=116;TR=233;WE=40714812;WS=40714794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,247:0.69:357
chr17	40716235	rs668799	C	T	4593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.696;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=97;PP=2918;ReadPosRankSum=2.842;SC=GGATGGGGGACGGGGAAGGCC;SOR=0.608;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=298;TCF=157;TCR=141;TR=199;WE=40716243;WS=40716225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,209:0.69:303
chr17	40716520	rs598126	A	G	5700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.016;SC=TCAGACATACAGAGAATGAAG;SOR=0.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=394;TCF=198;TCR=196;TR=258;WE=40716528;WS=40716510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,269:0.66:408
chr17	40720605	rs646174	G	A	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=42;PP=1085;ReadPosRankSum=-1.257;SC=CCCCGACCTCGGGGGGCTCAG;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=64;TCR=77;TR=76;WE=40720613;WS=40720595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,85:0.52:162
chr17	40720632	rs646123	G	A	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=818;ReadPosRankSum=0.082;SC=CATAATTGTAGTACCTTTCCT;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=45;TCR=63;TR=56;WE=40720640;WS=40720622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,61:0.50:121
chr17	40721042	rs650558	C	T	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=590;ReadPosRankSum=-0.911;SC=CCCACTCAGACAGTCCCAGGC;SOR=0.857;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=34;WE=40721050;WS=40721032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr17	40721360	rs632758	C	A	4866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.500;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.672;SC=TGGAGCCAAGCGGGGCTGTGA;SOR=0.539;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=333;TCF=167;TCR=166;TR=208;WE=40721368;WS=40721350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,225:0.63:359
chr17	40722029	rs665268	A	G	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.980;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=31;PP=1119;ReadPosRankSum=-0.370;SC=AAGGCACACCAGGACAACCCC;SOR=0.885;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=150;TCF=97;TCR=53;TR=92;WE=40722037;WS=40722019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,106:0.62:172
chr17	40722162	rs1474040	G	A	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=552;ReadPosRankSum=1.362;SC=AGCTGTCAGCGTGTGTCTTCA;SOR=0.712;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=172;TCF=88;TCR=84;TR=58;WE=40722170;WS=40722152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,77:0.36:214
chr17	40723391	rs2010750	C	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.036;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,24:0.35:68
chr17	40725656	rs2292752	G	C	2328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.500;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=50;PP=1435;ReadPosRankSum=-1.306;SC=AACCACATCCGCCTGGGGTCA;SOR=0.486;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=121;TCF=46;TCR=75;TR=84;WE=40725664;WS=40725646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,99:0.72:138
chr17	40735469	rs1517002	T	G	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.92;ReadPosRankSum=-1.258;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,101:0.60:169
chr17	40735641	rs10454087	C	T	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=737;ReadPosRankSum=1.999;SC=CTTCTCCCAGCGTAAAATCCC;SOR=0.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=54;WE=40735649;WS=40735631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,57:0.56:101
chr17	40737043	rs9889580	G	C	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=3.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.03;ReadPosRankSum=-1.152;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,53:0.50:105
chr17	40737117	rs4792992	G	A	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=47;PP=1130;ReadPosRankSum=0.956;SC=TTGCGTAAGTGGAAAGAATGA;SOR=0.822;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=316;TCF=176;TCR=140;TR=102;WE=40737125;WS=40737107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,105:0.33:314
chr17	40744320	rs4793253	A	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=256;ReadPosRankSum=1.775;SC=CTAGTTATACACCTAGGGTAA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=21;WE=40744328;WS=40744310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,22:0.32:68
chr17	40766546	rs1045710	C	G	3733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=6.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.303;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-9.796;NF=99;NR=43;PP=2962;ReadPosRankSum=1.694;SC=TCCGGGAACGCAAGTTGGCCA;SOR=1.386;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=267;TCF=171;TCR=96;TR=142;WE=40766554;WS=40766536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,139:0.52:265
chr17	40811781	rs2292750	C	T	10975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=770;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=244;NR=236;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.682;SC=TCGTGTCAGCCTCTGAGACTA;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=730;TCF=370;TCR=360;TR=480;WE=40811789;WS=40811771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,499:0.65:769
chr17	40811919	rs525911	A	G	6046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.914;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.471;NF=103;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.356;SC=TCGTGGAGGAATTCGCCACCG;SOR=0.843;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=385;TCF=156;TCR=229;TR=260;WE=40811927;WS=40811909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,267:0.66:402
chr17	40812797	rs3835175	C	CT	1442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.668;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.800;NF=1;NR=34;PP=1266;ReadPosRankSum=0.400;SC=AGGAGGTGGCCTGGATAGGTA;SOR=0.499;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=2;TCR=91;TR=35;WE=40812805;WS=40812787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,51:0.39:132
chr17	40817448	rs3817331	G	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.261;NF=21;NR=5;PP=337;ReadPosRankSum=0.953;SC=TTATTTCTATGCCCATTTTAT;SOR=0.720;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=26;WE=40817456;WS=40817446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr17	40817990	rs7225374	G	A	4513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=86;PP=2778;SC=CAGAGCGGGCGACTTTCTTGC;SOR=1.348;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=59;TCR=88;TR=145;WE=40817998;WS=40817980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	40818451	rs1554227	G	A	12999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=836;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.552;NF=313;NR=235;PP=2962;ReadPosRankSum=1.099;SC=ACCTGCCCTCGGCCCACCGGG;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=822;TCF=469;TCR=353;TR=548;WE=40818459;WS=40818441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,576:0.69:836
chr17	40818584	rs2292749	C	T	13575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=938;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=259;NR=309;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.617;SC=ACTCCTAACCCCCTGGCTCGC;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=891;TCF=406;TCR=485;TR=568;WE=40818592;WS=40818574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,601:0.64:934
chr17	40818699	rs1046097	A	G	7003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.873;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=0.214;SC=TAAGGAGGACATGTTCAAGGA;SOR=0.873;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=450;TCF=217;TCR=233;TR=303;WE=40818707;WS=40818689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,323:0.67:481
chr17	40822308	rs8071056	C	A	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	40826525	rs35595844	AAGG	A	1634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=1201;SC=GGGATTGAGGAAGGAGGAGTC;SOR=3.500;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=26;WE=40826535;WS=40826515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	40835819	rs36108420	A	AT	6483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.475;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.988;NF=26;NR=48;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.105;SC=GCTGACTAACAGTCGGTTTCC;SOR=0.634;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=125;TCF=45;TCR=80;TR=74;WE=40835827;WS=40835809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,183:0.68:271
chr17	40835922	rs2271029	A	C	4196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=0.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.178;QD=12.38;ReadPosRankSum=1.062;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,201:0.59:339
chr17	40836975	rs9889373	A	G	2961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.861;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=40;PP=2065;ReadPosRankSum=-1.099;SC=AGCAGAGGGCAGGACGTGGTT;SOR=0.979;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=195;TCF=134;TCR=61;TR=134;WE=40836983;WS=40836965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,137:0.68:202
chr17	40841397	rs2271028	C	T	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-5.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.209;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=5;PP=647;ReadPosRankSum=-2.376;SC=CCTGCATCTGCGCTTATACCC;SOR=0.128;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=61;TCF=55;TCR=6;TR=38;WE=40841405;WS=40841387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr17	40842084	rs3760386	G	A	2757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.79;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,128:0.64:200
chr17	40848342	.	ATT	A	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.230;QD=12.21;ReadPosRankSum=0.980;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr17	40849842	rs1553468	A	G	4971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.921;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.917;SC=CACAGAGGACAGAAGGGAGGG;SOR=0.633;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=289;TCF=128;TCR=161;TR=191;WE=40849850;WS=40849832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,210:0.67:312
chr17	40850552	rs112344327	CGT	C	457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.176;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.438;NF=6;NR=10;PP=494;ReadPosRankSum=0.018;SC=TCAAAGAGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.269;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=16;WE=40850565;WS=40850542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr17	40854534	rs3841620	G	GT	3029.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.703;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.950;NF=24;NR=25;PP=2022;ReadPosRankSum=2.364;SC=AAGTGCTGCCGTGGGGCCTGG;SOR=0.777;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=49;WE=40854542;WS=40854524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,96:0.70:138
chr17	40874643	rs11298431	CA	C,CAA	337.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,28,14:0.56,0.28:50
chr17	40912760	rs1078523	A	G	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=483;ReadPosRankSum=0.896;SC=CCTGAGCTGCATGGCTCAGCT;SOR=0.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=30;TCR=57;TR=37;WE=40912768;WS=40912750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,37:0.39:94
chr17	40945874	rs34930579	C	CT	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.369;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr17	40986454	.	GGA	G	484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.332;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.686;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr17	41046440	rs324079	T	G	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=21;PP=1621;SC=CCCTACCTGCTCAGTTCAAGG;SOR=2.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=67;TCR=21;TR=88;WE=41046448;WS=41046430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	41063466	rs2229611	T	C	5555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=144;PP=2965;SC=CTTCGGTGTTTAAAGTCAACA;SOR=4.016;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=19;TCR=144;TR=163;WE=41063474;WS=41063456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	41103938	rs534720	T	C	5805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=99;NR=97;PP=2965;SC=GGAGATAAGCTCTGATACTGA;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=99;TCR=97;TR=196;WE=41103946;WS=41103928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	41108009	rs151078413	AAC	A	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=1.473;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,26:0.12:222
chr17	41113131	rs35166621	CA	C	2090.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=14;PP=1575;SC=CTAGAGAACCCAAACTACGTC;SOR=2.019;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=41;WE=41113139;WS=41113121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	41113543	rs2670865	C	G	173.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=110;SC=CAGTCCTTTTCATTCTAAACA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=41113551;WS=41113533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	41114315	rs59823866	CA	C	56.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=0.385;QD=5.67;ReadPosRankSum=-2.394;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr17	41116234	rs690941	G	A	11631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=184;NR=210;PP=2965;SC=CGGGACAGCAGGAGACCACGG;SOR=0.894;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=395;TCF=185;TCR=210;TR=394;WE=41116242;WS=41116224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr17	41116291	rs11278824	CAGCCCT	C	8882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.23;NF=24;NR=100;PP=2980;SC=GCCCCGACCCCAGCCCTAGCC;SOR=1.011;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=148;TCF=26;TCR=122;TR=124;WE=41116304;WS=41116281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr17	41116565	rs690971	G	T	5100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=3.372;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.50;ReadPosRankSum=1.103;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,199:1.00:200
chr17	41116723	rs690979	G	A	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=17;PP=594;SC=CAAGGCACGTGGTTTAGTGAG;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=41116731;WS=41116713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	41121205	.	TGGG	T	2375.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=51;PP=1295;ReadPosRankSum=2.396;SC=AGAATCATCCTGGGGGCGGGG;SOR=0.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=15;TCR=57;TR=64;WE=41121227;WS=41121195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,105:0.90:117
chr17	41121217	.	G	GGA	4526.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=51;PP=1177;SC=GGGGCGGGGGGGAAAAAAGAC;SOR=0.734;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=74;TCF=15;TCR=59;TR=62;WE=41121227;WS=41121195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	41121263	rs4793187	G	A	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=57;PP=1734;SC=AGGAACATTTGTGTTAACAAA;SOR=1.257;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=98;WE=41121271;WS=41121253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	41122443	rs2670866	T	C	2914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=53;PP=1404;SC=GAAGAATGGTTGCAGCCAGAA;SOR=1.149;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=94;WE=41122451;WS=41122433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	41132578	rs692074	T	C	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.40;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	41133071	rs1708875	T	C	5143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr17	41133242	rs550285	G	A	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=56;PP=1707;SC=TGGAGTGCGGGGCCGGCTGAA;SOR=1.189;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=99;WE=41133250;WS=41133232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	41150949	rs2271539	G	A	3691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=65;PP=1968;SC=TGGGGCAGTAGCCAGTGAGCA;SOR=0.991;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=60;TCR=65;TR=125;WE=41150957;WS=41150939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	41150983	rs691954	T	C	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=52;PP=1579;SC=CGTGGGAGAGTTTTTGAGAGA;SOR=1.485;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=83;WE=41150991;WS=41150973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	41154817	rs11871636	A	C	3805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	41164126	rs692651	A	C	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=5;PP=655;SC=AATAGGCCCCACTTCCCCTGG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=41164134;WS=41164116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	41165493	rs588703	A	G	6783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr17	41165734	rs443759	C	T	3025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=51;PP=1570;SC=TGCAAGATTACGGTGCAGGGA;SOR=1.282;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=39;TCR=51;TR=90;WE=41165742;WS=41165724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	41165878	rs13229	C	T	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=23;PP=904;SC=CGTATGTGAACGGGGAGATCC;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=58;WE=41165886;WS=41165868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	41167957	rs455055	C	A	3987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=2.018;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.56;ReadPosRankSum=-1.199;SOR=1.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,152:0.97:156
chr17	41170898	rs429464	T	C	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=60;PP=2021;SC=GGTACAAGGCTACCTTCTTCC;SOR=1.161;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=49;TCR=60;TR=109;WE=41170906;WS=41170888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	41170943	rs55845054	GTAA	G	1755.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=27;PP=1288;SC=AATAGTCATGGTAATAATAAT;SOR=2.038;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=28;WE=41170953;WS=41170933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	41246481	rs1799950	T	C	3645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=107;PP=2102;ReadPosRankSum=-1.785;SC=TGGCAGTTTCTGCTTATTCCA;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=602;TCF=288;TCR=314;TR=205;WE=41246489;WS=41246471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:425,213:0.33:638
chr17	41251931	rs799923	G	A	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.640;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,102:0.38:272
chr17	41327684	rs10684756	C	CTG	9879.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=50;PP=2957;SC=TTGTTCATTGCTGTCTCCCAA;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=64;TCR=55;TR=110;WE=41327692;WS=41327674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr17	41332804	rs9904555	T	C	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	41338178	.	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=9.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=-0.298;SOR=2.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,13:0.13:103
chr17	41341027	rs117796976	C	A	3896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.189;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=67;PP=2368;ReadPosRankSum=0.418;SC=GAAAAAGTAACCTCTAACATC;SOR=0.851;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=248;TCF=143;TCR=105;TR=162;WE=41341035;WS=41341017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,179:0.67:269
chr17	41361881	rs11322550	AT	A	309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.232;QD=3.26;ReadPosRankSum=2.141;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,37:0.39:95
chr17	41368082	rs140334356	G	A	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=3.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.20;ReadPosRankSum=-0.609;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,65:0.77:84
chr17	41465867	rs12600401	A	G	7251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=140;NR=108;PP=2962;SC=GGTCTGTGGAAGAGACCTGTA;SOR=0.753;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=348;TCF=183;TCR=165;TR=248;WE=41465885;WS=41465857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr17	41465968	rs377041387	T	C	7214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=17.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=24.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-6.561;QD=15.82;ReadPosRankSum=-9.695;SOR=1.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,182:0.40:456
chr17	41465970	rs371420425	A	G	6962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=14.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=21.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-6.675;QD=15.20;ReadPosRankSum=-8.134;SOR=1.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,179:0.39:458
chr17	41465973	.	A	C	6616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.403;ClippingRankSum=0.000;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=19.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-6.624;QD=14.67;ReadPosRankSum=-6.987;SOR=1.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:273,178:0.39:451
chr17	41465975	rs142037739	T	C	6604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=17.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=-6.710;QD=14.84;ReadPosRankSum=-5.534;SOR=1.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,173:0.39:445
chr17	41465989	rs147059896	A	G	6107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=11.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-6.409;QD=15.66;ReadPosRankSum=-4.155;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,161:0.41:390
chr17	41465993	rs145825652	T	C	6363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=13.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=6.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=-6.321;QD=16.70;ReadPosRankSum=-3.872;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,160:0.42:381
chr17	41465994	.	T	C	6377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.840;ClippingRankSum=0.000;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=5.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=-6.273;QD=16.78;ReadPosRankSum=-3.961;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,161:0.42:380
chr17	41466000	.	C	CGAGGGG	6399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.858;ClippingRankSum=0.000;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=0.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=-5.800;QD=17.83;ReadPosRankSum=-4.497;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,159:0.44:359
chr17	41466002	.	C	CGAG	6666.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.187;ClippingRankSum=0.000;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=2.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=-5.805;QD=19.21;ReadPosRankSum=-3.384;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,150:0.43:347
chr17	41466003	.	T	G	6219.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=12.315;ClippingRankSum=0.000;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=5.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=-5.742;QD=18.03;ReadPosRankSum=-3.369;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,151:0.44:345
chr17	41466007	.	C	CG	5889.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.932;ClippingRankSum=0.000;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=5.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=-5.686;QD=17.63;ReadPosRankSum=-3.313;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,148:0.44:334
chr17	41466009	.	GC	G	8228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.648;ClippingRankSum=0.000;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=9.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQRankSum=-5.607;QD=25.09;ReadPosRankSum=-2.680;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,144:0.44:328
chr17	41466019	.	T	G	7974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.121;ClippingRankSum=0.000;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=3.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-4.279;QD=21.32;ReadPosRankSum=-4.540;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,200:0.53:374
chr17	41466022	rs79526563	G	C	7898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=3.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-4.163;QD=21.23;ReadPosRankSum=-4.339;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,204:0.55:372
chr17	41466035	rs79889672	A	C	4512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.400;HP=1;HapScore=4;MGOF=65;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.589;NF=50;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.429;SC=TCAGGGAAGCAGAAGGCCTGG;SOR=0.658;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=254;TCF=105;TCR=149;TR=123;WE=41466063;WS=41466009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,211:0.59:355
chr17	41466049	rs62080661	A	G	8351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=1.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-2.064;QD=24.64;ReadPosRankSum=0.992;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,212:0.63:339
chr17	41466055	rs62080662	G	C	8262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=1.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-1.305;QD=25.35;ReadPosRankSum=1.951;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,208:0.64:326
chr17	41466073	rs4986155	T	C	3943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.698;HP=1;HapScore=1;MGOF=158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=58;PP=1734;ReadPosRankSum=4.618;SC=GGGGCTGGAGTTCCTCTGCCA;SOR=0.335;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=206;TCF=89;TCR=117;TR=112;WE=41466081;WS=41466063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,176:0.59:296
chr17	41466096	rs62080664	A	G	4850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.777;HP=1;HapScore=1;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=0.282;SC=CAGGAGGCTGACACCAGACAC;SOR=0.303;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=201;TCF=88;TCR=113;TR=138;WE=41466138;WS=41466086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,207:0.75:276
chr17	41466108	rs62080665	G	C	4521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-5.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.382;HP=2;HapScore=1;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.087;SC=ACCAGACACCGGGCAGAGGGA;SOR=0.164;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=196;TCF=84;TCR=112;TR=140;WE=41466138;WS=41466086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,206:0.77:266
chr17	41466120	rs66825422	GCGGCGCATGGA	G	7744.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=24.242;HP=1;HapScore=1;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=56;PP=2971;ReadPosRankSum=-1.441;SC=GCAGAGGGAGGCGGCGCATGG;SOR=0.117;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=110;TCF=13;TCR=97;TR=68;WE=41466138;WS=41466086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,187:0.81:232
chr17	41477710	rs3179287	A	G	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=10;PP=290;SC=ACGGTGACCCAAGCCCCCCCT;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=41477718;WS=41477700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	41522213	rs7207008	T	A	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	41561601	rs140026870	CGGAAGGA	C	12247.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=169;PP=2984;SC=TTGAGGGAAGCGGAAGGAGGA;SOR=1.438;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=17;TCR=216;TR=182;WE=41561615;WS=41561591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr17	41566969	rs1807204	T	G	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;QD=28.54;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	41570427	rs2279191	T	C	2567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=49;PP=1532;SC=TGGTGCTCTTTTGTTCACACC;SOR=1.305;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=83;WE=41570435;WS=41570417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	41571390	rs138000343	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=-0.897;SC=CTGATAAAGACGTACCTGAGA;SOR=1.112;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=9;WE=41571398;WS=41571380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr17	41573730	rs12602059	T	C	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=58;PP=1686;SC=CTATTAATCATTTGTTCTTTG;SOR=1.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=28;TCR=58;TR=86;WE=41573738;WS=41573720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	41573796	rs117446019	A	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=149;ReadPosRankSum=0.214;SC=GGAAGCAAGAAGTTCATTTTT;SOR=0.263;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=10;WE=41573804;WS=41573786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr17	41582284	rs55956367	A	G	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=40;PP=1076;SC=CGGGACAAGTATGTGCCTACT;SOR=1.281;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=70;WE=41582292;WS=41582274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	41585657	rs2293014	G	A	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=16;PP=1091;SC=CCTTGTATAGGACACACATAC;SOR=1.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=57;WE=41585665;WS=41585647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	41590928	rs9893137	C	T	5386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=114;PP=2965;SC=CTTTCTGAAACTTTTTTATGG;SOR=1.321;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=71;TCR=114;TR=185;WE=41590936;WS=41590918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr17	41598940	rs2271957	T	C	7014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr17	41599383	rs2271958	G	A	3290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=27;PP=1925;SC=TGAAAGCTGAGTGGGCTCATA;SOR=1.630;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=74;TCR=28;TR=101;WE=41599391;WS=41599373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	41603882	rs9915640	T	C	3086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=42;PP=1546;SC=ACTTCCTCCCTGTGGTTGCTG;SOR=0.978;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=64;TCR=42;TR=106;WE=41603890;WS=41603872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	41606996	.	T	C	3775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.456;ClippingRankSum=0.000;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=86;PP=2466;ReadPosRankSum=-0.193;SC=CCGGCGCTGGTAGGGCGGCCC;SOR=0.817;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=214;TCF=92;TCR=122;TR=150;WE=41607004;WS=41606986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,162:0.72:225
chr17	41610398	rs2242598	C	T	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.20;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	41613691	rs56357945	G	T	6879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr17	41622507	rs79868029	A	G	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=12;PP=1483;SC=AGAATGACCAAAATCCCTTGG;SOR=1.666;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=60;WE=41622515;WS=41622497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	41622562	rs34640745	C	CGT	515.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-1.310;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,33:0.33:100
chr17	41622740	rs2271959	G	T	5231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=1.938;SC=CGATTTCTGCGAGAAGCGGGG;SOR=0.290;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=89;TCR=101;TR=189;WE=41622748;WS=41622730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,201:1.00:202
chr17	41738823	rs9898682	G	A	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.46;ReadPosRankSum=-1.312;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,62:0.79:78
chr17	41846964	rs1230403	T	C	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=3;PP=333;SC=CGAGCAGAGGTGGTGGGGGTG;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=41846972;WS=41846954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	41858623	rs71382995	G	A	3039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.377;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=86;PP=2040;ReadPosRankSum=-1.516;SC=GTTTCCTAAAGAGGTTCAATT;SOR=0.490;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=174;TCF=49;TCR=125;TR=121;WE=41858631;WS=41858613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,129:0.72:180
chr17	41879074	rs17742683	T	C	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=2.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.114;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,92:0.30:304
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chr17	41930241	rs34483421	CG	C	5042.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.450;NF=71;NR=36;PP=2948;ReadPosRankSum=1.059;SC=GGGTTCAGAGCGGTGCCACCC;SOR=0.766;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=172;TCF=112;TCR=60;TR=107;WE=41930249;WS=41930231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,157:0.66:238
chr17	41955158	rs231521	A	G	9758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=181;NR=138;PP=2965;SC=AGTGAGCCAAAGACCAGGTGA;SOR=0.805;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=323;TCF=183;TCR=140;TR=319;WE=41955166;WS=41955148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr17	41959808	rs124721	T	C	35231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=1318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=636;NR=617;PP=2965;SC=GCAGGCCTTGTTGAGCCACCA;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1256;TCF=638;TCR=618;TR=1253;WE=41959816;WS=41959798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1315:1.00:1315
chr17	41960343	rs124719	T	C	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	41960633	rs412849	CG	GC	14359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=149;NR=130;PP=2947;SC=TGCTCAGCCACGTGCGCCAGG;SOR=0.819;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=286;TCF=154;TCR=132;TR=279;WE=41960642;WS=41960623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr17	41961451	rs231518	T	C	5641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	41987062	rs3744416	A	G	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=45;PP=1770;SC=GTATCTCTCTAATAAAGGCCT;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=49;TCR=45;TR=94;WE=41987070;WS=41987052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	41994696	rs61455159	G	A	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.527;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,52:0.32:164
chr17	41994792	rs61231498	T	C	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=-2.290;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,39:0.23:169
chr17	42018471	rs231473	T	C	16356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQ=59.93;NF=305;NR=284;PP=2965;SC=CCATTTCAGCTCCAGGGAGCT;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=592;TCF=307;TCR=285;TR=589;WE=42018479;WS=42018461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,626:1.00:626
chr17	42030409	rs162430	G	A	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=-0.584;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,90:0.32:278
chr17	42030531	rs1058046	G	C	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=35;PP=957;ReadPosRankSum=1.532;SC=GGAAAGAAGCGTGTCCGGGCC;SOR=0.753;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=127;TCF=60;TCR=67;TR=73;WE=42030539;WS=42030521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,83:0.62:133
chr17	42030743	rs229969	G	C	7587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=151;NR=113;PP=2965;SC=GCGTCTTCGCGGGGAGCCTCG;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=264;TCF=151;TCR=113;TR=264;WE=42030751;WS=42030733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr17	42031331	rs2070592	C	T	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=0.535;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,52:0.60:87
chr17	42083840	rs228770	T	C	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=19;PP=1442;SC=TCCGTGGGGGTAGGGGGGCAG;SOR=1.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=68;WE=42083848;WS=42083830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	42084067	rs55708447	T	C	3980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	42085150	rs228773	T	C	4709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=93;PP=2406;SC=TGGTAGGTCCTGCCACTCCCA;SOR=1.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=76;TCR=93;TR=169;WE=42085158;WS=42085140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	42085672	rs147086401	AATGAG	A	3329.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=13;PP=2974;SC=GTGAGGATAAAATGAGATAAC;SOR=2.630;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=55;WE=42085684;WS=42085662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	42113807	rs9675211	T	C	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=57;PP=1643;SC=TTGCTGTCTATTGGCCTTCCC;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=26;TCR=57;TR=83;WE=42113815;WS=42113797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	42155838	rs9913925	G	A	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=0.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.443;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,97:0.28:342
chr17	42156471	rs376816	A	C	10087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=202;NR=143;PP=2965;SC=GGCCCCTCAGACCTCTGGCCT;SOR=1.010;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=345;TCF=202;TCR=143;TR=345;WE=42156479;WS=42156461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr17	42157739	rs850856	C	T	20212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=792;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.01;QD=25.68;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,787:1.00:787
chr17	42158310	rs377963	T	G	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=34;PP=1120;SC=ATGGTCAAATTCCACCTGTCA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=54;WE=42158318;WS=42158300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	42162694	rs56379369	CT	C	387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.674;QD=11.40;ReadPosRankSum=-2.612;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chr17	42164885	rs228757	G	C	18438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,687:1.00:687
chr17	42170181	rs67111880	TG	T	417.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.34;MQRankSum=0.485;QD=23.21;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr17	42170289	rs368328	G	A	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=18;PP=665;SC=GGAAGAGGACGTGGATCTTGG;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=34;WE=42170297;WS=42170279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	42171206	rs454192	T	C	10039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr17	42188311	rs228767	C	G	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=12;PP=734;SC=GCAGCCCGCACAGCACAGGTT;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=29;WE=42188319;WS=42188301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	42232405	rs62078933	G	A	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=491;ReadPosRankSum=-0.252;SC=CACCAGGCACGGAGTGGCTGA;SOR=0.861;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=142;TCF=67;TCR=75;TR=46;WE=42232413;WS=42232395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,52:0.32:160
chr17	42248346	rs7218599	A	T	2882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=4.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,145:0.56:257
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chr17	42266224	rs8073555	G	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.842;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=233;ReadPosRankSum=-0.510;SC=AGGTCTTTAGGTTTAGGTTGG;SOR=0.086;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=14;WE=42266232;WS=42266214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr17	42266285	rs370100314	CT	C	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=1.079;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
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chr17	42334950	rs2252501	T	C	2452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.870;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=63;PP=1715;ReadPosRankSum=-1.098;SC=AGTCAAAGGGTCTTGGGGCAA;SOR=0.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=327;TCF=146;TCR=181;TR=115;WE=42334958;WS=42334940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,121:0.35:346
chr17	42335685	rs13306775	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=8.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=0.061;SOR=1.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr17	42337091	rs2857082	C	T	2135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=48;PP=1281;ReadPosRankSum=0.948;SC=TGCTTGTGGTCGGTTTTTCAG;SOR=0.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=319;TCF=178;TCR=141;TR=107;WE=42337099;WS=42337081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,120:0.34:348
chr17	42392042	.	TGG	T	301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=30.17;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr17	42475983	rs936019	G	C	6182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=115;PP=2965;SC=TGGGCTTTCGGGTAGCTGGGA;SOR=0.702;Source=Platypus;TCF=115;WE=42475991;WS=42475973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr17	42483233	rs2045088	T	A	3969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	42483531	rs1377808	T	A	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=200;SC=GTATTAGTGTTGAACACATTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=42483539;WS=42483521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	42501692	rs1869495	C	A	4042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=48;PP=2471;SC=GTACCTTCTTCTGTTAGCAAG;SOR=1.319;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=94;TCR=48;TR=142;WE=42501700;WS=42501682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	42552364	.	CT	C	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.767;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.481;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr17	42734746	rs35032511	CT	C	48.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr17	42751607	rs6416902	C	T	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=691;SC=GATAAATATACCAAGACATGC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=42751615;WS=42751597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	42786109	.	G	A	2779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.914;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=48;PP=1474;ReadPosRankSum=0.519;SC=GTGGAATCGGGAAGAGCTCAT;SOR=0.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=90;TCR=75;TR=104;WE=42786117;WS=42786099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,125:0.66:188
chr17	42824402	rs4793144	C	A	11302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.12;ReadPosRankSum=1.322;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,447:0.99:450
chr17	42824648	rs9893320	T	C	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=20;PP=1389;SC=GCGATCTCTATGCTGCTATGG;SOR=1.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=60;WE=42824656;WS=42824638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	42824731	rs9912745	G	A	5178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr17	42846994	rs8070918	T	C	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=10;PP=514;SC=TGGCCACCCCTTCCCCAGGGC;SOR=0.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=25;WE=42847002;WS=42846984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	42847033	rs58726064	C	G	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=22;PP=1464;SC=CCCCCCGACTCCCACCTTCAG;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=52;WE=42847041;WS=42847023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	42850352	rs68017435	T	C	5701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=132;PP=2886;ReadPosRankSum=0.226;SC=CTGAGGAGCCTGGCCCTCCTC;SOR=0.610;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=386;TCF=179;TCR=207;TR=252;WE=42850360;WS=42850342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,267:0.66:405
chr17	42851634	rs62066014	G	A	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=6;PP=473;SC=GAGGGCAGGAGGCCATCCTGA;SOR=2.124;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=24;WE=42851642;WS=42851624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	42851729	rs35936481	C	T	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=2.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	42852604	rs1558083	G	T	19422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.55;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr17	42852610	rs1558084	T	C	19569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.98;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr17	42853427	rs4792955	A	G	3043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.24;ReadPosRankSum=0.722;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,114:0.98:116
chr17	42853694	rs4793151	C	T	8721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=185;PP=2965;SC=GCATCGACCTCCACTGATCAG;SOR=1.283;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=311;TCF=126;TCR=185;TR=311;WE=42853702;WS=42853684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr17	42854208	rs1558085	G	A	13107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,515:1.00:515
chr17	42854502	rs1558086	G	A	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=14;PP=832;SC=GTCCTGGGGCGCGTGGGGTCA;SOR=1.280;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=43;WE=42854510;WS=42854492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	42854610	rs8075210	T	C	3911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr17	42855248	rs2070603	T	C	10973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=216;NR=157;PP=2965;SC=GCCTGGAGCCTGGGATGGCGG;SOR=0.974;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=374;TCF=216;TCR=158;TR=373;WE=42855256;WS=42855238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr17	42855472	rs2070604	T	C	11890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=197;NR=228;PP=2965;SC=CTGTCTGTCCTGCTCTCTATG;SOR=0.911;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=425;TCF=197;TCR=228;TR=425;WE=42855480;WS=42855462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr17	42855554	rs2070605	T	C	6975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=140;PP=2965;SC=TTGGCTCCATTGCTGGGGCTG;SOR=1.136;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=240;TCF=100;TCR=140;TR=240;WE=42855562;WS=42855544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr17	42857430	rs35504352	G	A	21777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=842;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=365;NR=425;PP=2965;SC=ACTCGGGGGCGCCTGGAGGGA;SOR=0.891;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=796;TCF=368;TCR=428;TR=790;WE=42857438;WS=42857420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,838:1.00:838
chr17	42857517	rs16970986	C	T	8761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=193;PP=2965;SC=CAGGGTCTTACCTCTCTGGGA;SOR=1.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=97;TCR=193;TR=289;WE=42857525;WS=42857507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr17	42928997	rs183840463	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=257;ReadPosRankSum=-0.037;SC=TAGGAAAAGGGGCCAAAAGAA;SOR=0.481;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=13;WE=42929005;WS=42928988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr17	42932474	rs16971033	A	G	3717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=73;PP=2252;SC=AAGTGACATCAGTGAAAGCCA;SOR=1.290;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=51;TCR=73;TR=124;WE=42932482;WS=42932464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	42934694	rs2277615	T	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=176;ReadPosRankSum=-0.766;SC=GCTGTCCAAATCATCACCAAA;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=14;WE=42934702;WS=42934684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr17	42937963	.	AT	A	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.883;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr17	43003484	rs3169733	T	C	5600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=123;PP=2774;ReadPosRankSum=-0.525;SC=CTGCTGAGAGTGCTCTCCCCA;SOR=0.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=356;TCF=174;TCR=182;TR=244;WE=43003492;WS=43003474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,264:0.69:382
chr17	43003906	rs9911406	CT	GG	5319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=61;PP=2944;ReadPosRankSum=1.627;SC=GGTTACGGCCCTGTCTCTGGA;SOR=0.586;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=89;TCR=99;TR=117;WE=43003915;WS=43003896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,133:0.62:215
chr17	43101684	.	TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGG	T	659.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=68.61;MQRankSum=1.504;QD=24.43;ReadPosRankSum=0.785;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,25:0.93:27
chr17	43111154	rs10451271	A	G	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=1.649;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr17	43111162	rs9303432	A	G	2441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.91;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	43131480	rs4793172	A	T	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.396;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:403,179:0.31:582
chr17	43131618	rs145150422	A	AT	1107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.072;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=43;PP=1279;ReadPosRankSum=-2.398;SC=AGACAGTTTTATTTATTTTTT;SOR=0.260;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=99;TCF=3;TCR=96;TR=45;WE=43131631;WS=43131608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,57:0.45:127
chr17	43138597	rs62065834	C	T	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=1.578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.510;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,94:0.38:250
chr17	43158902	rs916661	G	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-1.300;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,23:0.24:96
chr17	43163756	rs6416904	A	G	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=5.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.655;SOR=0.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr17	43163851	rs6503422	T	C	2156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.12;ReadPosRankSum=-1.620;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,111:0.37:303
chr17	43170907	rs2239921	C	T	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=20;PP=1973;SC=GCTGGAAAGACGGTTTGCAGT;SOR=2.325;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=78;TCR=20;TR=98;WE=43170915;WS=43170897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	43176632	rs877598	A	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=177;ReadPosRankSum=-0.768;SC=GGGAGGCTGGAGAGCAGGGTG;SOR=0.439;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=13;WE=43176640;WS=43176622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr17	43176804	rs2239923	C	T	3756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=74;PP=2202;ReadPosRankSum=-0.418;SC=CCCACGGAAGCTGATTGAAGT;SOR=0.707;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=245;TCF=132;TCR=113;TR=164;WE=43176812;WS=43176794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,179:0.66:272
chr17	43181287	rs4793167	A	G	7298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=111;NR=139;PP=2965;SC=TGCAGGGAAGAGGCAGTGGAG;SOR=1.024;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=252;TCF=111;TCR=141;TR=250;WE=43181295;WS=43181277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr17	43183028	rs1053733	G	A	2133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.04;ReadPosRankSum=0.429;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,99:0.74:133
chr17	43183108	rs1053739	G	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=313;ReadPosRankSum=0.464;SC=GAGAATCCCTGGCAAAGGGAG;SOR=1.802;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=16;WE=43183116;WS=43183098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr17	43192549	rs35911033	T	TC	13600.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=89;PP=2973;SC=GGGTGCAGGGTCGCAGGCGGG;SOR=1.098;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=72;TCR=99;TR=155;WE=43192557;WS=43192539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr17	43192681	rs713102	C	A	3729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=5.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=2.995;SOR=1.181;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,252:0.68:370
chr17	43192821	rs713101	A	G	8493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=196;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.165;SC=GCAGCGGGCAACTTCTTTCCC;SOR=0.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=542;TCF=253;TCR=289;TR=367;WE=43192829;WS=43192811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,381:0.67:565
chr17	43196584	rs12603813	T	C	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=963;ReadPosRankSum=-1.133;SC=CAGGGCAGGATTTTTTGGTTT;SOR=0.473;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=56;WE=43196592;WS=43196574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,58:0.73:80
chr17	43198166	rs11382448	A	AG	5180.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=48;PP=2936;SC=CCCTCAGGACAGGGCCCTGCC;SOR=1.031;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=34;TCR=53;TR=78;WE=43198174;WS=43198156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	43213772	rs2306828	A	C	4153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.539;SC=GGGACCCATCACCACCTCTGC;SOR=0.679;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=250;TCF=134;TCR=116;TR=166;WE=43213780;WS=43213762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,166:0.65:254
chr17	43226887	rs12051846	A	G	7565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=2.006;SC=CAGAAGTGGAACCGACGCCCG;SOR=0.736;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=500;TCF=261;TCR=239;TR=316;WE=43226895;WS=43226877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,340:0.62:549
chr17	43227214	rs1044977	T	C	10471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=698;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=233;NR=220;PP=2962;ReadPosRankSum=0.257;SC=AGGAGCCGGATCTCAAAACCG;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=674;TCF=343;TCR=331;TR=453;WE=43227222;WS=43227204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,472:0.68:696
chr17	43227766	rs78243847	T	TTTGG	2211.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=1368;SC=TCCCCCTGGCTTTGGTTTCGT;SOR=1.519;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=25;WE=43227774;WS=43227756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	43308183	rs58744688	A	C	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=19;PP=536;SC=TCAGTGGCCAATGTAGCACCT;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=43308191;WS=43308173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	43314515	rs35156005	TG	T	1741.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=12;PP=1626;SC=GGCCAGGTTTTGGTGGCCACA;SOR=2.303;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=42;WE=43314523;WS=43314512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	43316520	rs1023995	T	C	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=38;PP=1134;SC=TGGGGTCAGGTAGACCTGGGT;SOR=1.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=43316528;WS=43316510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	43318778	rs7218169	GC	CG	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.90;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	43319434	rs372669041	TCCGCCG	TCCG,T	4066.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5048,0.4952;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10,10;NR=52,52;PP=1648,7;SC=GGCCGGTGCCTCCGCCGCCGC;SOR=0.848;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=81;TCF=17;TCR=64;TR=62,62;WE=43319447;WS=43319421;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:95
chr17	43319458	.	GCCT	G	1061	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=23;MQ=59.91;NF=10;NR=52;PP=1061;QD=17.2580645161;SC=CGCCGCCGCCGCCTCCCGGAG;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=97;TCF=23;TCR=74;TR=62;WE=43319468;WS=43319448;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:35,62:0.64:97
chr17	43342141	rs1047833	G	C	4498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=78;PP=2504;SC=CGTCTTTGGTGACCAAGCTGA;SOR=0.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=74;TCR=78;TR=152;WE=43342149;WS=43342131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr17	43352049	rs17685379	C	T	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=14;PP=362;SC=GTGCTCCACACACAGAGGCTG;SOR=2.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=43352057;WS=43352039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	43364293	rs56405343	C	CG	11664.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=93;PP=2969;SC=GAGGCAGAGCCGCCGTAGGCC;SOR=0.845;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=158;TCF=56;TCR=102;TR=146;WE=43364301;WS=43364283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr17	44060859	rs63750072	A	G	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.01;QD=25.98;SOR=1.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	44074018	rs11568305	G	A	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=95;PP=2913;SC=AGCACCAGCCGGGAGGCGGGA;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=175;TCF=80;TCR=95;TR=173;WE=44074026;WS=44074008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	44091780	rs66499584	G	A	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.37;QD=29.41;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	44109843	rs1078997	A	G	164.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.17;QD=27.47;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	44788253	rs78850923	G	A	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=106;SC=AGCATGTACGGATTATAACTC;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=44788261;WS=44788243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	44833088	rs148844034	ATT	A	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=-0.476;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.204;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr17	44950122	rs4968281	T	C	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	44950225	rs79877551	T	C	237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=2;PP=85;SC=CCTTTCCTTTTTCCTGGCTCC;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=44950233;WS=44950215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	45000547	rs183199	G	C	3730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	45012248	rs169126	T	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=3;PP=533;SC=GCCTTTGCTTTGCTTTTTCTT;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=45012256;WS=45012242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	45044147	rs11079745	C	A	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=48;PP=1480;SC=ACCTGCCTTGCAAGAATTATT;SOR=1.550;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=73;WE=45044155;WS=45044137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	45050533	rs11079746	T	C	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	45198400	rs938904	G	A	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	45214519	rs74348171	A	G	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=3.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQRankSum=-13.447;QD=7.06;ReadPosRankSum=-6.168;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,45:0.22:201
chr17	45214527	rs62075618	T	C	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=3.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQRankSum=-13.318;QD=7.76;ReadPosRankSum=-5.658;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,51:0.26:197
chr17	45214558	rs77685276	G	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=1.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQRankSum=-12.690;QD=4.05;ReadPosRankSum=2.063;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,52:0.29:180
chr17	45214604	rs75661039	AT	TC	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.872;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQRankSum=-9.888;QD=7.28;ReadPosRankSum=-1.924;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,26:0.24:109
chr17	45214682	rs62075622	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQRankSum=-6.736;QD=1.91;ReadPosRankSum=1.456;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,6:0.13:47
chr17	45214690	rs74390782	G	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQRankSum=-6.507;QD=2.18;ReadPosRankSum=2.010;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,6:0.14:44
chr17	45234303	rs200611688	G	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQRankSum=-6.340;QD=2.35;ReadPosRankSum=-3.884;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,23:0.20:114
chr17	45234367	rs200148949	A	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.03;MQRankSum=-2.733;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.945;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,7:0.12:60
chr17	45234386	.	G	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.452;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQRankSum=-2.761;QD=1.74;ReadPosRankSum=-0.987;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,8:0.15:54
chr17	45234406	rs112848754	CA	C	375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.143;NF=0;NR=8;PP=565;ReadPosRankSum=1.461;SC=GGTGAAATTACAGCTGAATCA;SOR=1.077;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=8;WE=45234428;WS=45234396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr17	45234417	rs193061947	A	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQRankSum=-1.311;QD=3.79;ReadPosRankSum=-1.271;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr17	45234420	rs78493795	T	G	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQRankSum=-5.675;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.328;SOR=1.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr17	45234430	rs78072949	A	G	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQRankSum=-4.565;QD=1.05;ReadPosRankSum=-0.311;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,4:0.11:35
chr17	45234760	rs11372544	C	CA	695.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.8726;FS=1.524;HP=14;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=295;ReadPosRankSum=0.316;SC=CCTGTGAAGACAAAAAAAAAA;SOR=0.600;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=18;WE=45234768;WS=45234750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,46:0.82:56
chr17	45380002	rs3760372	T	C	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=8;PP=369;SC=CATACTTCCCTGGAAGTCCTG;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=45380010;WS=45379992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	45385012	rs3809863	C	T	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=39;PP=1161;SC=CAGTAAGAGACGGGGCTGGGC;SOR=1.065;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=69;WE=45385020;WS=45385002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	45422628	rs7214410	A	G	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=15;PP=372;SC=GCAAAAGTAGATAGTTTAATC;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=45422636;WS=45422618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	45425115	rs7206971	G	A	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.62;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	45425144	rs3851808	C	T	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	45438886	rs10538163	CAGTG	C	3477.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=39;PP=2171;SC=CCTATATTGACAGTGAGTTAT;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=41;WE=45438897;WS=45438876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	45438952	rs6504872	C	T	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=26;PP=662;SC=CATTTTTTTCCGGATATCAAT;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=45438960;WS=45438933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	45451894	rs4968318	G	A	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=7;PP=502;SC=GTTATCAAGTGTAGCAGGATG;SOR=1.284;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=45451902;WS=45451884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	45469042	rs141554085	A	G	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	45479446	rs12452315	A	C	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=18;PP=1080;SC=GCTTTATTGGATCTGACTTTT;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=57;WE=45479454;WS=45479436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	45479706	rs11079774	C	G	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=347;SC=GCAGATGAAACTTGGTTTTGA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=45479714;WS=45479696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	45479733	rs12452796	A	C	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=293;SC=ATTGGCTGGCATATAGGAACT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=45479741;WS=45479723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	45567593	rs142960189	ATC	A	10959.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=116;PP=2975;SC=TCTCTCTATCATCTCTCCTTT;SOR=0.800;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=140;TCF=19;TCR=121;TR=135;WE=45567602;WS=45567583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr17	45569815	rs2610367	A	G	3153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=51;PP=1837;SC=TTGAGGTATGAGGGCTGCCAT;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=108;WE=45569823;WS=45569805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	45600306	rs201678252	AT	A	1081.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.18;MQRankSum=-6.306;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,46:0.28:162
chr17	45623409	.	G	GGTGTGT,GGT	650.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.344;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4,4;NR=53,53;PP=636,1662;ReadPosRankSum=-0.469;SC=GCATATGTGGGGTGTGTGTGT;SOR=0.399;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=141;TCF=7;TCR=134;TR=57,57;WE=45623417;WS=45623399;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.32:80
chr17	45623439	.	T	TGTGAGAGA,TGTGTGA	126.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.906;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.447;NF=4,4;NR=52,52;PP=583,1698;ReadPosRankSum=0.160;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SOR=1.140;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=76;TCF=7;TCR=69;TR=56,56;WE=45623447;WS=45623429;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.15:98
chr17	45646981	rs367947091	CT	C	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=0.336;QD=1.89;ReadPosRankSum=2.011;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr17	45663680	rs372546318	GTA	G,GTATA	630.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.325;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.579;NF=15;NR=43;PP=665;ReadPosRankSum=-0.618;SC=TGATGCAAGAGTATATATATA;SOR=1.379;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=32;TCR=90;TR=58;WE=45663691;WS=45663670;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.19:190
chr17	45664573	rs368843753	CT	C	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=5.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQRankSum=-4.028;QD=1.63;ReadPosRankSum=-1.420;SOR=1.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,66:0.29:225
chr17	45669359	rs200616431	T	G	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=770;ExcessHet=3.0103;FS=1.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQRankSum=-0.791;QD=2.00;ReadPosRankSum=0.308;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:616,152:0.20:768
chr17	45669428	rs59875832	T	TA	1122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=1.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.04;MQRankSum=-11.471;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.693;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,97:0.38:258
chr17	45669524	rs3865314	A	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.407;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.786;NF=0;NR=12;PP=119;ReadPosRankSum=-0.588;SC=GTTCCCAAATAGTTTCTGGCT;SOR=3.983;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=12;WE=45669532;WS=45669514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr17	45677192	rs34538095	CT	C	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.540;QD=3.24;ReadPosRankSum=0.142;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,30:0.34:87
chr17	45695832	rs3760370	C	T	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=0.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=-0.009;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,126:0.31:408
chr17	45695914	rs3760371	T	C	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.849;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,61:0.27:226
chr17	45696333	.	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.172;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=190;ReadPosRankSum=0.365;SC=ACCAGAATATGTTTTTGATAC;SOR=0.283;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=14;WE=45696341;WS=45696323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr17	45700384	rs3065062	C	CCTA	896.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.217;NF=0;NR=13;PP=524;ReadPosRankSum=-0.818;SC=AACAGTATATCCTAATAAGCC;SOR=0.909;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=13;WE=45700392;WS=45700374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr17	45734209	rs68149542	CTTT	C	1257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=338;ReadPosRankSum=1.177;SC=TATCTTTTGTCTTTTTTTTTG;SOR=0.762;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=22;WE=45734219;WS=45734199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,39:0.29:133
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chr17	45754569	rs11301979	AC	A	2869.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=33;PP=1547;SC=TTAAATATCGACCAGGCTGGG;SOR=1.031;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=37;WE=45754577;WS=45754559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	45755810	rs4239162	G	A	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.485;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=492;ReadPosRankSum=-0.205;SC=CCCTTCGTCCGCTCGCCAATG;SOR=0.342;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=26;WE=45755818;WS=45755800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,27:0.84:32
chr17	45757598	rs7210738	G	A	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.718;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=523;ReadPosRankSum=-1.484;SC=GATGGCAACAGTTCACTTTTT;SOR=0.614;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=44;TCR=70;TR=43;WE=45757606;WS=45757588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,44:0.37:120
chr17	45774072	rs8078309	T	C	6790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.593;SC=CCACCCCACCTGCAGTACCCA;SOR=0.658;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=415;TCF=221;TCR=194;TR=290;WE=45774080;WS=45774062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,317:0.70:456
chr17	45786452	rs4794057	C	T	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=1.469;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=549;ReadPosRankSum=-1.152;SC=CCAGCCACCACGTGAAGGCCG;SOR=0.845;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=36;WE=45786460;WS=45786442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,39:0.81:48
chr17	45885687	rs9907142	A	G	2413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=1.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	45885756	rs9911983	C	T	3742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.412;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=51;PP=2233;ReadPosRankSum=-0.525;SC=CGCTGCTATCCGTCTGCCGCC;SOR=0.452;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=207;TCF=137;TCR=70;TR=146;WE=45885764;WS=45885746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,159:0.72:222
chr17	45888251	rs2074188	C	G	4286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=60;NR=85;PP=2495;SC=CACCATTAGGCTACCCCAAAG;SOR=1.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=146;TCF=61;TCR=85;TR=145;WE=45888259;WS=45888241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	45894735	rs9914156	A	G	4013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	45895571	rs916798	T	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=4.301;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=175;ReadPosRankSum=0.229;SC=AGGTAACATTTTCCCCTCCTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=11;WE=45895579;WS=45895566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr17	45896478	rs878171	T	C	5220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=99;PP=2629;SC=GGGGGTGAAGTGTTGGTAGAG;SOR=0.880;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=94;TCR=99;TR=193;WE=45896486;WS=45896468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr17	45897531	rs1985407	C	A	16305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=298;NR=285;PP=2965;SC=TGTCTGGTTCCAGCTTGGCCC;SOR=0.696;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=584;TCF=298;TCR=286;TR=583;WE=45897539;WS=45897521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,615:1.00:615
chr17	45904163	rs3809869	A	G	2723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=63;PP=1726;ReadPosRankSum=0.928;SC=AACAGCAGGGAAAAATGGCTT;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=385;TCF=203;TCR=182;TR=135;WE=45904171;WS=45904153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,146:0.35:418
chr17	45905850	rs4793671	C	T	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	45913653	rs11654648	C	T	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=463;ReadPosRankSum=2.782;SC=GCATCCTCCACGCCAGGGTGC;SOR=0.708;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=36;WE=45913661;WS=45913643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,38:0.41:92
chr17	45913847	rs16948662	C	A	2586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=61;PP=1483;ReadPosRankSum=2.277;SC=ACGAGGTGACCCTGCTTTCCA;SOR=0.616;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=172;TCF=83;TCR=89;TR=116;WE=45913855;WS=45913837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,124:0.63:196
chr17	45915395	rs6503875	T	C	3348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.678;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=50;PP=1812;ReadPosRankSum=2.650;SC=CTGAGATGAGTCTGTCCGGGA;SOR=0.456;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=195;TCF=108;TCR=87;TR=122;WE=45915403;WS=45915385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,144:0.63:230
chr17	45915788	rs7350974	T	C	9839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=173;NR=158;PP=2965;SC=GCCACCCCCATCCCGAAGATG;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=331;TCF=173;TCR=158;TR=331;WE=45915796;WS=45915771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr17	45959620	rs17616603	T	C	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=930;ReadPosRankSum=0.419;SC=TGGATGGTATTTGAACTTTCC;SOR=0.754;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=215;TCF=105;TCR=110;TR=71;WE=45959628;WS=45959610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,75:0.32:233
chr17	45992580	rs60876460	C	CA	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.429;QD=1.40;ReadPosRankSum=2.402;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,24:0.22:111
chr17	45992622	rs11871969	G	A	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=2.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-0.816;QD=3.32;ReadPosRankSum=1.341;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,60:0.25:238
chr17	45994044	rs2228253	C	T	10522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=736;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=249;PP=2962;ReadPosRankSum=0.073;SC=TGTGGTGAAGCTGACAGGTGG;SOR=0.866;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=711;TCF=329;TCR=382;TR=454;WE=45994052;WS=45994034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,472:0.64:733
chr17	45994094	rs2228251	T	C	9215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=217;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.327;SC=TCAACAACCTTGTGAACGCCA;SOR=0.852;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=645;TCF=310;TCR=335;TR=404;WE=45994102;WS=45994084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,420:0.63:666
chr17	45994154	rs2229358	G	A	7961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FS=1.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.18;ReadPosRankSum=0.102;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,382:0.63:604
chr17	46000406	rs62067380	T	C	3668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.740;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:391,205:0.34:596
chr17	46002744	rs1130932	G	T	4765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.381;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=93;PP=2718;ReadPosRankSum=-0.971;SC=AGAAGCACGTGTGCCACATCC;SOR=0.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=336;TCF=182;TCR=154;TR=203;WE=46002752;WS=46002734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,224:0.60:374
chr17	46022065	rs17679445	G	A	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=1.279;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,49:0.58:85
chr17	46022889	rs2002136	C	T	2959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=-1.175;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,138:0.63:219
chr17	46023694	rs4378657	G	A	2103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=41;PP=1275;ReadPosRankSum=0.898;SC=GACAGTATCTGAGAAAGAAAA;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=77;TCR=63;TR=92;WE=46023702;WS=46023684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,100:0.63:158
chr17	46023954	rs79515268	A	G	3296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=63;PP=1961;ReadPosRankSum=-2.299;SC=TCCACAGAGCACTGAAACCTC;SOR=0.571;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=229;TCF=134;TCR=95;TR=149;WE=46023962;WS=46023944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,160:0.66:244
chr17	46048157	rs2525084	A	G	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.73;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr17	46048168	rs2255697	C	T	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.68;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	46048412	rs2285860	G	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=210;ReadPosRankSum=1.567;SC=GCCGAAGGATGCCCGTTTGTG;SOR=0.580;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=16;WE=46048420;WS=46048402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,19:0.28:68
chr17	46048592	rs2905846	A	G	7906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=152;NR=115;PP=2965;SC=CTCCCTCCGGAAGCGGCTCAA;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=152;TCR=115;TR=267;WE=46048600;WS=46048582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr17	46048858	rs2525085	C	G	7917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=159;PP=2965;SC=GAGCTCTGACCCCTGAAAGCC;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=263;TCF=104;TCR=159;TR=263;WE=46048866;WS=46048848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr17	46051911	rs886444	G	A	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.701;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=613;ReadPosRankSum=1.161;SC=TCTGTGAGTGGGAAGAGACTG;SOR=1.302;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=30;WE=46051919;WS=46051901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr17	46052793	rs2597172	A	G	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=38;PP=1382;SC=GCCTGGTTGCACCCCCTTTGG;SOR=0.867;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=75;WE=46052801;WS=46052783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	46054264	rs2525087	C	A	2978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=53;PP=1628;SC=GTGTCTGTAACGGCATCACTT;SOR=1.081;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=99;WE=46054272;WS=46054254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	46055106	rs2597173	C	T	4650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=61;PP=2692;SC=GAATGTGCAGCCATTGACCTC;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=99;TCR=61;TR=160;WE=46055114;WS=46055096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	46055347	rs2875746	A	G	3062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=64;PP=1953;SC=CTAGAAACAAAAAATGCAGCG;SOR=1.449;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=38;TCR=66;TR=102;WE=46055355;WS=46055337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	46103760	rs12051	A	G	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=1.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	46106634	rs9898218	G	T	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=23;PP=590;SC=CCTCTCCGAAGGCATCCTGCA;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=46106642;WS=46106624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	46109428	rs35091825	T	C	3489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.218;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=47;PP=2200;ReadPosRankSum=-1.619;SC=GAGTGAGAAGTTGGTCAGAGT;SOR=0.491;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=216;TCF=146;TCR=70;TR=140;WE=46109447;WS=46109418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,150:0.64:233
chr17	46110469	rs7209072	A	G	2819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.861;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=40;PP=1930;ReadPosRankSum=0.071;SC=AGCCTAAAAGAAGGGGTCCAA;SOR=0.433;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=176;TCF=121;TCR=55;TR=117;WE=46110477;WS=46110459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,121:0.65:186
chr17	46111172	rs2240119	T	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=160;ReadPosRankSum=-1.605;SC=TGTGTCCAGATGGAGAAGATG;SOR=0.457;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=18;WE=46111180;WS=46111162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr17	46111237	.	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.950;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=218;ReadPosRankSum=-0.624;SC=ACTCTCAGTCCGGCTGGTCTT;SOR=0.765;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=21;WE=46111245;WS=46111227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,23:0.29:78
chr17	46115072	rs199699704	C	CG	3867.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=43.46;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	46115079	.	C	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.560;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=5.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=1.110;QD=8.66;ReadPosRankSum=-1.143;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,46:0.54:85
chr17	46115084	rs201261614	T	TGG	3677.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.83;QD=44.85;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	46115122	.	A	AG	921.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=74;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=29;PP=1301;SC=GGACGTGGCCAGCCTCGGGCC;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=29;WE=46115130;WS=46115112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	46128359	rs12936731	G	C	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=12;PP=922;SC=CTGCCAGGGTGGGGTACGGGG;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=46128367;WS=46128349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	46132212	rs373501023	T	TG	602.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.49;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	46132564	rs143423898	AG	A	2312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.298;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.857;NF=4;NR=36;PP=892;ReadPosRankSum=-1.690;SC=TCTTAGGGTCAGGGGGGGTTA;SOR=0.329;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=65;TCF=5;TCR=60;TR=40;WE=46132572;WS=46132554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,88:0.74:119
chr17	46134236	rs60312877	A	ACT	1093.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=688;SC=GGACTCTTTCACTCTCTTCTG;SOR=2.147;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=14;WE=46134244;WS=46134226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	46136133	rs2229369	G	C	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=27;PP=960;ReadPosRankSum=-0.562;SC=CCTTAGACTCGAGCCATAGCC;SOR=0.565;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=188;TCF=116;TCR=72;TR=63;WE=46136141;WS=46136123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,67:0.33:202
chr17	46137055	rs148827257	GCTGGAC	G	1043.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=1115;ReadPosRankSum=-1.306;SC=CTGGAGAAGGGCTGGACCTGG;SOR=0.729;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=92;TCF=0;TCR=92;TR=24;WE=46137068;WS=46137045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,30:0.33:90
chr17	46152557	rs199539567	C	CTA	52.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.61;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,17:0.20:86
chr17	46152558	.	T	TA	80.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=-1.261;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,20:0.23:86
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chr17	46189235	rs140936606	A	AT	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5096;FS=3.282;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=56;ReadPosRankSum=0.882;SC=GCTAATGGGGATTTTTTTTTT;SOR=0.105;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=6;WE=46189243;WS=46189225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr17	46239985	rs208005	A	G	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.462;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=902;ReadPosRankSum=-1.588;SC=TTTCCGAGGTACCCATGTTTT;SOR=0.270;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=51;WE=46239993;WS=46239975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,57:0.79:72
chr17	46248088	rs7225484	T	C	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.76;ReadPosRankSum=2.898;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr17	46474118	rs11079820	G	T	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=-2.083;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,76:0.32:237
chr17	46607021	rs7226137	T	C	7607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=147;NR=105;PP=2965;SC=GACCCGACCTTCCTCTCGCTC;SOR=0.895;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=252;TCF=147;TCR=105;TR=252;WE=46607029;WS=46607011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr17	46620288	rs1042815	G	A	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=10;PP=1055;SC=AGAAGAAAGGGAGTGGATTAA;SOR=2.348;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=49;WE=46620296;WS=46620278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	46622335	rs111979968	A	AC	287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=32;PP=1079;SC=ATCGGAAGGGACCCCCCTCCT;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=33;WE=46622356;WS=46622325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	46622348	rs138169880	A	AC	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr17	46629593	rs2229304	G	T	4940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=69;PP=2965;SC=GCCGACAGGGGCTCGGGGGCC;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=87;TCR=69;TR=155;WE=46629601;WS=46629583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr17	46632725	rs79077418	A	G	1556.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	46632727	rs9913170	G	A	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.06;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	46632731	.	G	A	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.31;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	46651061	rs2288277	T	C	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	46669430	rs9299	C	T	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=3;PP=438;SC=AGACCTAAGACCAAACGAAAT;SOR=2.670;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=23;WE=46669438;WS=46669425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	46670520	rs7406798	T	C	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=5;PP=702;SC=AGGGGAATATTTGCGGAGTCT;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=46670528;WS=46670510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	46673723	rs12949148	TC	GT	47027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1050;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=518;NR=430;PP=2947;ReadPosRankSum=-1.271;SC=TCTGACGCCCTCGGCTCCCCA;SOR=0.333;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=980;TCF=535;TCR=445;TR=948;WE=46673732;WS=46673713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1048:1.00:1049
chr17	46688256	rs7406910	T	C	14579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=247;NR=277;PP=2965;SC=GAAAATAAAGTATTCGCATAA;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=525;TCF=247;TCR=278;TR=524;WE=46688264;WS=46688246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,551:1.00:551
chr17	46691587	rs112987208	A	AGGCCCCCTGCCC	2624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=2;PP=2073;SC=CCGGCCTGCCAGGCCTTGGGC;SOR=4.534;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=36;WE=46691595;WS=46691577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	46709835	rs718079	A	G	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=7;PP=318;SC=CCAGCTAAGCAAGGAGCAGTA;SOR=1.101;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=46709843;WS=46709825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	46840178	rs12936178	T	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=2.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=1.135;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,34:0.26:132
chr17	46847364	rs2032844	C	A	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=46;PP=1174;ReadPosRankSum=-3.261;SC=GGCCACTGTACTCAGAGCTGG;SOR=0.615;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=55;TCR=68;TR=84;WE=46847372;WS=46847354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,90:0.67:135
chr17	46847524	rs2032843	T	A	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=239;ReadPosRankSum=-0.976;SC=ATGCTATTTTTTTTTTATTTT;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=18;WE=46847532;WS=46847514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr17	46847575	rs11868085	C	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.14;ReadPosRankSum=0.354;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr17	46868710	rs3887854	C	T	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=5.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.19;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,37:0.73:51
chr17	46879079	rs12947660	G	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=403;ReadPosRankSum=-0.702;SC=CCATTACTAGGTGCTCCCAGA;SOR=0.743;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=24;WE=46879087;WS=46879069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr17	46881748	rs489005	T	C	6724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr17	46894377	rs3959442	A	C	14997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1058;ExcessHet=3.0103;FS=0.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.19;ReadPosRankSum=-1.458;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:348,709:0.67:1057
chr17	46926742	.	A	G	33	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=33;QD=16.9428031368;SC=AGAAGCAGGTATGGCTGCTGG;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=4;WE=46926750;WS=46926732;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr17	46926772	rs551605	A	G	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=8;PP=301;SC=ACCTTGGAGCATGGAGATCAG;SOR=0.914;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=46926780;WS=46926762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	46934001	rs72437948	GCATT	G	411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=2.897;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,18:0.15:120
chr17	46934007	rs2546495	A	C	2448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.054;SC=CTGTGCATTCATTCATTCATT;SOR=0.874;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=128;TCF=41;TCR=87;TR=96;WE=46934015;WS=46933991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,103:0.75:138
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chr17	46970836	rs684682	A	G	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=54;PP=1661;SC=GCCGCGCCGCAGTGCTCTGTA;SOR=0.956;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=49;TCR=54;TR=103;WE=46970844;WS=46970826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	46972479	rs3080082	ATCTC	A	6733.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FS=1.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=4.019;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.078;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:450,197:0.30:647
chr17	46973139	rs35074390	TG	T	2443.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=45;PP=1379;SC=TGAGGCTCCATGGGGGGGTCA;SOR=1.730;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=49;WE=46973147;WS=46973129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	46985756	rs71144541	AG	A	1316.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=12;NR=8;PP=709;SC=GTGGAAGCGGAGGGGGTGGGG;SOR=1.721;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=20;WE=46985764;WS=46985746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	46988044	rs999475	G	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.44;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr17	46993370	rs4378658	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=1.711;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr17	46993620	.	G	GT	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.306;QD=3.99;ReadPosRankSum=1.380;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr17	47000110	rs2088139	C	T	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.43;ReadPosRankSum=0.651;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr17	47000251	rs1058018	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.048;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.727;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,16:0.21:77
chr17	47007963	rs2270576	C	T	2552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.33;ReadPosRankSum=0.776;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,122:0.59:207
chr17	47010795	rs72523750	CAG	C	445.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=401;ReadPosRankSum=-0.317;SC=AGGATACTGACAGAAAATTTA;SOR=0.610;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=11;WE=47010804;WS=47010785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,17:0.23:75
chr17	47011897	rs57901004	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=1.247;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
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chr17	47013393	rs59383380	G	GT	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.50;ReadPosRankSum=-1.412;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,20:0.19:106
chr17	47013717	rs3215074	AT	A	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=1.333;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr17	47014651	rs5820737	CT	C	11778.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.239;NF=21;NR=175;PP=2964;ReadPosRankSum=-1.138;SC=ACGGTAACTCCTGCTGAAGAA;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=296;TCF=33;TCR=263;TR=196;WE=47014659;WS=47014641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,331:0.66:499
chr17	47014675	rs2132201	C	T	14554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=146;NR=210;PP=2965;SC=GGTCAGACGGCTCCAGAGGGC;SOR=1.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=358;TCF=147;TCR=211;TR=356;WE=47014683;WS=47014665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr17	47014754	rs2132200	T	C	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=63;PP=1973;SC=CTTTGGGACATCGAGCTAGGT;SOR=2.174;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=23;TCR=64;TR=86;WE=47014762;WS=47014744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	47035869	rs4793605	T	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=-0.932;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr17	47036042	rs55936433	C	A	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=1.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.45;ReadPosRankSum=1.087;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,90:0.64:140
chr17	47038391	rs6504587	T	C	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=42;PP=1251;SC=TAGCCTGAGCTTCGCCCAGAG;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=57;WE=47038399;WS=47038381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	47038471	rs4794004	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CGACACAGCTATCTCTCCGTT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=47038479;WS=47038461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr17	47039132	rs2291725	T	C	2081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=1.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=-1.119;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,120:0.37:323
chr17	47039254	rs2291726	T	C	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.687;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=37;PP=1042;ReadPosRankSum=-0.647;SC=TCTTTTAATATCTGAACCCCA;SOR=1.042;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=97;TCF=41;TCR=56;TR=61;WE=47039262;WS=47039244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,69:0.64:108
chr17	47039302	rs8081301	A	T	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=417;ReadPosRankSum=1.893;SC=ACCCCACCTAACAGTGGTCTT;SOR=0.223;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=30;WE=47039310;WS=47039292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr17	47044463	rs62078384	C	T	2512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.204;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:349,156:0.31:505
chr17	47044721	rs369779985	CTTTTT	C	582.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.11;MQRankSum=0.820;QD=29.14;ReadPosRankSum=-0.351;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,18:0.90:20
chr17	47076551	rs2411760	G	T	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	47103981	rs200023769	TCCTTCCTTCCTTCCTG	T	547.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=5.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.00;MQRankSum=2.489;QD=14.41;ReadPosRankSum=-5.876;SOR=1.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr17	47120776	rs2289636	T	C	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.69;ReadPosRankSum=1.903;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,61:0.57:107
chr17	47122525	rs8068981	T	C	3890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=95;PP=1967;ReadPosRankSum=0.711;SC=TCCCGTTAGCTGTCAAGTCCT;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=90;TCR=142;TR=156;WE=47122533;WS=47122515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,181:0.69:261
chr17	47123423	rs4643373	T	C	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=423;ReadPosRankSum=2.828;SC=TGGGCCTTGGTCTCCAATCTC;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=21;WE=47123431;WS=47123413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr17	47210429	rs7207842	A	G	3759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=49;PP=1932;SC=TCCACGTGGAAGTGGCCTCTC;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=68;TCR=50;TR=116;WE=47210437;WS=47210419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	47210506	rs7207403	C	A	2374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.199;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=38;PP=1269;ReadPosRankSum=-0.584;SC=GGCTTCGGGGCTCTCTGCTTG;SOR=0.395;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=79;WE=47210514;WS=47210496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr17	47219542	rs12453819	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=-0.468;SC=GAGGTAATGCGGGTCATGAAG;SOR=0.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=15;WE=47219550;WS=47219532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,16:0.30:54
chr17	47237802	rs1523137	A	G	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=3;PP=999;SC=TCTCATCCCAACCAGGACTCT;SOR=3.365;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=38;WE=47237810;WS=47237792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	47238028	rs8071836	C	T	4606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=91;PP=2622;SC=CTTGGGGCTCCGTGGTGGCAA;SOR=1.009;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=74;TCR=92;TR=165;WE=47238036;WS=47238018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	47241604	rs8074457	T	C	8035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr17	47243622	rs16970025	G	T	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.085;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=575;ReadPosRankSum=0.369;SC=ACGTGGTAAGGGACAGTTGCC;SOR=1.312;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=36;WE=47243630;WS=47243612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,43:0.73:59
chr17	47280301	rs4794029	T	C	6991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=128;NR=120;PP=2965;SC=TGGATTCATGTGATGTCTTCT;SOR=0.701;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=250;TCF=128;TCR=122;TR=248;WE=47280309;WS=47280291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr17	47284683	rs2293215	C	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.867;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=326;ReadPosRankSum=-0.035;SC=AGAGCAGGGACGGGGCGAGGA;SOR=0.914;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=89;TCF=62;TCR=27;TR=28;WE=47284691;WS=47284673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,30:0.31:98
chr17	47288241	.	C	T	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=318;ReadPosRankSum=1.301;SC=CCCCAGCCCCCGGAGGGGGGA;SOR=0.936;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=34;WE=47288249;WS=47288231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,35:0.32:109
chr17	47293848	rs2233368	C	T	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.70;ReadPosRankSum=-0.277;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,49:0.61:80
chr17	47297297	rs616338	T	C	5192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	47389521	.	CTT	C	36.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=12.08;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	47390014	rs2072153	G	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=294;ReadPosRankSum=-1.024;SC=GCACACAGAAGAACAAGGGAA;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=16;WE=47390022;WS=47390004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr17	47390136	rs11654557	A	G	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.68;ReadPosRankSum=0.286;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,88:0.67:131
chr17	47484228	rs2233667	G	C	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.042;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=34;PP=929;ReadPosRankSum=-1.136;SC=TAAGGGGAGAGAGTGAGCACA;SOR=0.679;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=198;TCF=106;TCR=92;TR=80;WE=47484236;WS=47484218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,94:0.42:224
chr17	47484286	rs2233666	T	C	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=46;PP=943;ReadPosRankSum=0.667;SC=GAGGGCTCCATGGCCGCTGGA;SOR=0.747;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=161;TCF=80;TCR=81;TR=87;WE=47484294;WS=47484276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,95:0.52:183
chr17	47486905	rs3033735	G	GT	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.230;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr17	47583581	rs55759007	A	G	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=-1.510;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,53:0.32:168
chr17	47588000	rs11466155	C	T	2403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=73;PP=1463;ReadPosRankSum=0.829;SC=TGGTTGTGGGCCTTGTGGCCT;SOR=0.723;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=419;TCF=184;TCR=235;TR=127;WE=47588008;WS=47587990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,140:0.31:454
chr17	47779288	.	CA	C	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=3.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=0.826;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,32:0.32:99
chr17	47780710	rs201296363	GCACA	G,GCA	1048.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.07;ReadPosRankSum=-1.233;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,9,42:0.16,0.76:55
chr17	47783464	rs71146929	C	CT	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=1.501;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr17	47783663	rs1135034	C	T	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.96;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,68:0.63:108
chr17	47785064	rs9908959	C	A	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.986;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=760;ReadPosRankSum=0.449;SC=TGGGGAGAGACTGTCGGCCCG;SOR=0.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=41;WE=47785072;WS=47785054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,48:0.96:50
chr17	47801651	rs11079874	A	G	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=330;ReadPosRankSum=-1.094;SC=CACCCCCCACACAAACCTGTT;SOR=0.693;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=26;WE=47801659;WS=47801641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr17	47888852	rs4462645	A	G	5205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr17	47923640	rs11297059	AT	A	628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.59;MQRankSum=1.616;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.702;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,54:0.75:72
chr17	47924267	rs56186849	G	C	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.011;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=17;PP=687;ReadPosRankSum=0.596;SC=AAGCCTTGGGGGGTCACTTCC;SOR=0.904;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=203;TCF=144;TCR=59;TR=60;WE=47924275;WS=47924257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,64:0.30:214
chr17	48046775	rs58769681	G	A	3021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-5.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.042;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.353;NF=97;NR=29;PP=2062;ReadPosRankSum=0.106;SC=AAAGAGAGTTGGCAGCGGGAG;SOR=0.489;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=197;TCF=153;TCR=44;TR=126;WE=48046783;WS=48046766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,132:0.65:203
chr17	48068720	rs8081044	T	A	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.98;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	48070741	rs2303467	G	A	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=7;PP=2201;SC=CGCCCCCGCGGCCCTGGACAG;SOR=4.281;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=79;TCR=7;TR=86;WE=48070749;WS=48070731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr17	48148413	rs2301628	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=258;ReadPosRankSum=0.337;SC=TAGCACACACGGATTGGCCGG;SOR=0.157;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=16;WE=48148421;WS=48148403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
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chr17	48154668	rs144239147	G	A	15007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1017;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.589;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=300;NR=331;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.990;SC=TAGGGCTTCTGACCTTGCACC;SOR=0.744;SbPval=0.62;Source=Platypus;TCF=470;TR=631;WE=48154676;WS=48154658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,673:0.67:1012
chr17	48155771	rs16948648	C	T	2384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=79;PP=1869;ReadPosRankSum=-1.156;SC=CAGGCCTCCACTTTCCCTGGA;SOR=0.533;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=142;TCF=39;TCR=103;TR=105;WE=48155779;WS=48155761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,110:0.75:146
chr17	48157827	rs371281488	GGTGTGT	G	414.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.65;ReadPosRankSum=1.682;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr17	48165064	rs12951197	T	C	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=4.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.65;ReadPosRankSum=1.087;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,64:0.70:91
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chr17	48174908	rs9839	C	T	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=1.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.501;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,73:0.28:263
chr17	48182659	rs9902933	G	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=1.143;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr17	48183471	rs11237	G	T	1961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.514;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=69;PP=1405;ReadPosRankSum=1.091;SC=CGGGCGGTGGGGGGGGCGGTG;SOR=1.012;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=317;TCF=128;TCR=189;TR=110;WE=48183479;WS=48183458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,109:0.34:320
chr17	48184288	rs847694	G	A	8595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=144;PP=2965;SC=GAGAAGCCCCGGGGACCCCTC;SOR=0.787;Source=Platypus;TCF=145;WE=48184296;WS=48184278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr17	48184377	rs847693	A	G	9537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=179;NR=153;PP=2965;SC=CCCAGTATCAATGTCAGGAGG;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=332;TCF=179;TCR=153;TR=332;WE=48184385;WS=48184367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr17	48186131	rs3059824	T	TCTC	4755.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=58;PP=2969;SC=GGGAGGCTTCTCTCCTCACTC;SOR=1.743;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=75;TCF=5;TCR=70;TR=63;WE=48186145;WS=48186121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	48191854	rs9890968	T	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=289;ReadPosRankSum=-0.204;SC=CCTGAAGCCTTTGGGAGAGCA;SOR=0.610;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=82;TCF=12;TCR=70;TR=21;WE=48191862;WS=48191844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,24:0.28:85
chr17	48202135	.	G	GCGCGCGCA,GCACA	222.74	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=11;MQRankSum=0.728;NF=2,6;NR=4,4;PP=311,281;ReadPosRankSum=-0.253;SC=ACGCGCGCGCGCACACACACA;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=6,10;WE=48202143;WS=48202125;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.67:15
chr17	48212647	rs11317638	GA	G	1434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.87;SOR=1.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	48226445	rs112058541	G	GC	2365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=6;PP=2587;SC=TGGCTGGCGAGCGGGGGCGGC;SOR=4.343;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=62;TCF=56;TCR=6;TR=55;WE=48226453;WS=48226435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	48226811	rs74676292	C	T	4830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.170;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=116;PP=2960;ReadPosRankSum=-0.888;SC=CTACCGCCGCCGCCTCCTTCT;SOR=0.449;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=594;TCF=282;TCR=312;TR=226;WE=48226819;WS=48226801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,247:0.41:598
chr17	48227384	.	G	GGC	9673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=86;PP=2957;SC=GCCGCGCCGCGCTCCTTGTCG;SOR=1.056;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=9;TCR=89;TR=95;WE=48227392;WS=48227374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr17	48227403	.	G	GGC	8168.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=88;PP=2973;SC=CGCCGCCTGCGCGCTGGGGCG;SOR=1.415;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=4;TCR=88;TR=92;WE=48227411;WS=48227393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr17	48243504	rs9911548	C	T	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.69;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	48245180	rs2696297	C	T	5886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=76;PP=2965;SC=GGATTGGGTGCTCATTCACAG;SOR=1.089;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=120;TCR=80;TR=194;WE=48245188;WS=48245170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr17	48248998	rs36107109	C	T	7082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.17;ReadPosRankSum=-1.906;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,326:0.65:500
chr17	48249450	rs2696293	C	G	8446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=144;NR=143;PP=2965;SC=GAAGTCTCCACTGGGCTGCCC;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=144;TCR=144;TR=287;WE=48249458;WS=48249440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr17	48249801	rs2696292	C	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=133;ReadPosRankSum=-0.299;SC=ACGGTGCGTGCACATATGCAT;SOR=0.375;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=13;WE=48249809;WS=48249791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr17	48252804	rs2696288	T	C	8812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=161;NR=146;PP=2965;SC=ACTGACAGCCTAGCCAGGTAG;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=309;TCF=161;TCR=148;TR=307;WE=48252812;WS=48252794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr17	48258140	rs2586484	T	C	7133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr17	48258284	.	G	GA	423.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=0.000;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=3.504;QD=2.23;ReadPosRankSum=1.444;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,51:0.27:190
chr17	48258321	rs2586485	C	T	4463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=103;PP=2965;SC=TACTGTATTCCGGTGATAGAA;SOR=1.207;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=64;TCR=103;TR=167;WE=48258329;WS=48258311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr17	48263021	rs2249492	C	T	3886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	48264717	rs2696245	C	T	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=3;PP=292;SC=GATTCTTCCTCTCTTTGCCCA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=48264725;WS=48264707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	48265426	rs2586488	A	G	10812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=163;NR=215;PP=2965;SC=GTAGAGTTCTAAAGGCATGGG;SOR=1.084;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=380;TCF=164;TCR=216;TR=378;WE=48265434;WS=48265416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr17	48265495	rs1800215	T	C	3705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=92;PP=2216;SC=ACAGGACCGGTGGGACCAGCA;SOR=1.931;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=40;TCR=92;TR=132;WE=48265503;WS=48265485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	48266160	rs138425306	CAG	C	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=0.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=-1.022;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:400,42:0.10:442
chr17	48266669	rs2586489	G	C	11603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=222;NR=178;PP=2965;SC=AGGTGCCAGAGAGCAGCACAG;SOR=0.833;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=401;TCF=223;TCR=178;TR=400;WE=48266677;WS=48266659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr17	48267291	rs2075559	G	C	2661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=58;PP=1528;ReadPosRankSum=1.367;SC=AGAGCACAGAGGCATCAAGCC;SOR=0.786;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=410;TCF=237;TCR=173;TR=142;WE=48267299;WS=48267281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,150:0.34:444
chr17	48268223	rs2734272	A	G	7795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=147;NR=128;PP=2965;SC=CAATGGGGCCAGTCAGACCAC;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=275;TCF=147;TCR=128;TR=275;WE=48268231;WS=48268213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr17	48268626	rs2696246	A	G	6672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.16;SOR=1.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr17	48269302	rs2857396	G	A	12942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=234;NR=213;PP=2965;SC=GGCCAAGTACGACGCACCTTG;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=453;TCF=234;TCR=219;TR=447;WE=48269310;WS=48269292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr17	48269426	rs2586490	C	T	5770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=120;PP=2965;SC=GAGCAAAACCCACCTGGGGCC;SOR=1.377;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=74;TCR=121;TR=194;WE=48269434;WS=48269416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr17	48270098	rs1800695	G	A	6733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.720;SC=CCGAGGAGACGAGGGGCTGAG;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=425;TCF=201;TCR=224;TR=277;WE=48270106;WS=48270088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,304:0.66:461
chr17	48271433	rs1007086	A	G	4789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	48272055	rs2253369	C	T	5499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.82;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr17	48273439	rs2734281	T	C	5197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=59;PP=2965;SC=CATAACCTGCTCCCATTGTCA;SOR=1.191;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=167;TCF=106;TCR=61;TR=165;WE=48273447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr17	48273464	rs2141279	T	C	5770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr17	48273903	rs17639446	A	C	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.755;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=49;PP=1534;ReadPosRankSum=1.173;SC=TAGATCAGAGAATAATGAGTG;SOR=0.792;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=301;TCF=160;TCR=141;TR=110;WE=48273911;WS=48273893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,116:0.35:330
chr17	48274291	rs2075555	T	G	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=242;ReadPosRankSum=-1.479;SC=TGCAACTCAGTATCTTTTGGG;SOR=1.765;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=12;WE=48274299;WS=48274281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr17	48274309	rs2075554	T	C	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=350;ReadPosRankSum=-0.117;SC=GGGGAAGAGGTTGGGACTGGA;SOR=1.329;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=20;WE=48274317;WS=48274299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr17	48276004	rs5820805	G	GC	2176.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=33;PP=1613;SC=AGACATTCCTGCAAAGATGCA;SOR=1.571;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=35;WE=48276012;WS=48275994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	48277059	.	AGCCCCAG	A	7861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=30;NR=80;PP=2990;SC=CCCCAGCCCCAGCCCCAGGCC;SOR=0.811;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=132;TCF=32;TCR=100;TR=110;WE=48277073;WS=48277049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	48423415	.	AG	A	117	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=117;QD=27.6;SC=GGCGTGGAGGAGGGGGGGCGG;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=5;WE=48423423;WS=48423405;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,5:0.50:10
chr17	48431032	rs739990	G	A	3528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.830;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=69;PP=1963;ReadPosRankSum=-0.587;SC=ACCCTGGCGAGGGTTCCAAGG;SOR=0.708;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=231;TCF=128;TCR=103;TR=148;WE=48431040;WS=48431022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,165:0.64:259
chr17	48431197	rs739989	C	T	2008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.188;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=33;PP=1293;ReadPosRankSum=-0.093;SC=CTGCCCCACCCCCGGAAGCCC;SOR=0.459;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=124;TCF=76;TCR=48;TR=78;WE=48431205;WS=48431187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,86:0.62:138
chr17	48432042	rs11430429	G	GA	3615.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=44;PP=2967;SC=AGGTAGCCTAGGAGGGAAACT;SOR=1.130;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=69;WE=48432050;WS=48432032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	48432324	rs12451299	G	C	4039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=87;PP=2160;ReadPosRankSum=0.509;SC=AGCCTCCTGAGGATGTACCTG;SOR=0.684;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=266;TCF=143;TCR=123;TR=182;WE=48432332;WS=48432314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,191:0.65:292
chr17	48432681	rs2526538	G	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=134;ReadPosRankSum=0.177;SC=GCAAGGGGCAGAGGAAGGATG;SOR=0.509;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=11;WE=48432689;WS=48432678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr17	48433081	rs886568	G	A	3246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.678;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=59;PP=1884;ReadPosRankSum=-1.379;SC=TGCCAGGCGGGTGAAAGAGCT;SOR=0.341;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=197;TCF=113;TCR=84;TR=130;WE=48433089;WS=48433071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,143:0.69:208
chr17	48433958	rs4794136	T	C	11470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=805;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=254;NR=257;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.756;SC=TCCACCTGTATGGCAGCTACC;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=776;TCF=385;TCR=391;TR=511;WE=48433974;WS=48433948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,534:0.66:805
chr17	48437456	rs6504649	C	G	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FS=0.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=1.432;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:315,117:0.27:432
chr17	48440467	.	T	TA	448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=1.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.777;QD=1.47;ReadPosRankSum=0.397;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,75:0.25:305
chr17	48440522	rs10656180	T	TCCA	17378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=104;PP=2967;SC=CCTGTCCTTCTCCACCATATT;SOR=0.830;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=29;TCR=109;TR=132;WE=48440530;WS=48440512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr17	48445674	rs111380254	CCTGGTCAG	C	3172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=35;PP=2983;ReadPosRankSum=-1.660;SC=AACACACAGACCTGGTCAGCT;SOR=0.643;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=110;TCF=7;TCR=103;TR=37;WE=48445689;WS=48445664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,82:0.51:162
chr17	48445699	rs2586438	C	T	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=1109;ReadPosRankSum=0.714;SC=AGCTGGTCAGCGAGGTGGTCC;SOR=0.666;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=67;TCR=79;TR=70;WE=48445707;WS=48445689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,80:0.48:168
chr17	48452481	rs17714829	T	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=41;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AGCCTGGCTATGGAACACAGC;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=48452489;WS=48452471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr17	48452776	rs3760413	A	C	7049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=136;NR=93;PP=2965;SC=CTGTCCCAGAAATAGCTGAAA;SOR=0.935;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=136;TCR=93;TR=229;WE=48452784;WS=48452766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr17	48452978	rs3060668	A	AAGC	10855.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.005;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.665;NF=34;NR=63;PP=2966;ReadPosRankSum=0.489;SC=TGACTGGAAAAAGCCCTTTCC;SOR=0.810;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=176;TCF=56;TCR=120;TR=97;WE=48452986;WS=48452968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,262:0.70:376
chr17	48455985	rs2189712	A	T	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=23;PP=1093;ReadPosRankSum=0.364;SC=AGGAGCCAACAGTACTGGTGT;SOR=0.970;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=103;TCF=69;TCR=34;TR=72;WE=48455993;WS=48455975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,80:0.71:112
chr17	48456193	rs12450550	T	C	3709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=77;PP=2234;ReadPosRankSum=-1.896;SC=GTAACTGACATCACAGCAAAG;SOR=0.562;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=208;TCF=96;TCR=112;TR=145;WE=48456201;WS=48456183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,162:0.70:230
chr17	48457567	rs917029	G	A	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	48460745	rs3744525	C	G	182.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=123;SC=AATGTCTCCACAGACCGAAAC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=48460753;WS=48460735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	48465636	rs3760412	A	G	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=862;ReadPosRankSum=-0.108;SC=GTGGTGGCTCACGCCTGTAAC;SOR=0.649;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=46;WE=48465644;WS=48465626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,56:0.80:70
chr17	48469724	rs757509	T	C	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=16;PP=1078;SC=CCAGGGAGTGTATAAGGAGCC;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=54;WE=48469732;WS=48469714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	48472270	rs3760407	C	T	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=25;PP=1303;SC=GAAGGAGTCACGGCTGCATGC;SOR=1.054;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=70;WE=48472278;WS=48472260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	48474501	rs72832501	G	A	2990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=1.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=1.161;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,137:0.61:224
chr17	48504132	rs9901133	A	G	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=642;ReadPosRankSum=-0.847;SC=TCATGGGCAAACTTGGGGATC;SOR=0.560;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=95;TCF=68;TCR=27;TR=36;WE=48504140;WS=48504122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,38:0.37:102
chr17	48539763	rs2277631	C	A	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=82;PP=1945;ReadPosRankSum=-1.281;SC=TGTCTCTCACCATCGTCCCCA;SOR=0.760;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=321;TCF=88;TCR=233;TR=109;WE=48539771;WS=48539753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,94:0.32:294
chr17	48539997	rs8082089	T	C	1808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.671;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=54;PP=1124;ReadPosRankSum=-1.946;SC=ATGCCCCCTGTCCCTGTGACA;SOR=0.549;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=286;TCF=120;TCR=166;TR=101;WE=48540005;WS=48539987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,104:0.34:304
chr17	48540960	rs3744522	C	G	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.414;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,51:0.32:161
chr17	48541443	rs2277630	G	C	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=408;ReadPosRankSum=-0.628;SC=CCAGCCCAGGGCCAGCTGCCA;SOR=0.624;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=90;TCF=51;TCR=39;TR=32;WE=48541451;WS=48541433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,33:0.35:93
chr17	48541491	rs2277629	A	G	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.358;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=531;ReadPosRankSum=0.931;SC=AGAAAAGGGAATGTTCCTCCC;SOR=0.847;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=158;TCF=94;TCR=64;TR=45;WE=48541499;WS=48541481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,47:0.28:170
chr17	48541707	rs898455	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=270;ReadPosRankSum=0.638;SC=TGGGATGACAGCAGATGGACA;SOR=0.735;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=26;WE=48541715;WS=48541697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,29:0.29:100
chr17	48542572	rs898454	C	G	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=576;ReadPosRankSum=0.491;SC=CCCTCCAGGGCCAGGGGGTAT;SOR=0.518;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=149;TCF=92;TCR=57;TR=48;WE=48542580;WS=48542562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,46:0.33:141
chr17	48543391	.	A	C	49	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=49;QD=13.9618687579;SC=ATCTCAGATAATCCAATCTAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=6;WE=48543399;WS=48543381;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr17	48545596	rs34864120	G	A	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.466;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=944;ReadPosRankSum=3.624;SC=GGTTCTCCACGTCGTCCAGGG;SOR=0.758;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=239;TCF=129;TCR=110;TR=79;WE=48545604;WS=48545586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,93:0.34:271
chr17	48549791	rs2305998	C	G	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=2.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,53:0.25:211
chr17	48557326	rs2290862	G	A	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=773;ReadPosRankSum=0.937;SC=TGTGGCACAGGCAGCCCACCT;SOR=0.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=119;TCR=101;TR=69;WE=48557334;WS=48557316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,76:0.31:242
chr17	48557348	rs2290861	T	C	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=1.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.966;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,96:0.37:262
chr17	48595017	rs61749931	C	T	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.253;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=411;ReadPosRankSum=0.634;SC=TGGGGAGTCTCCAGGATTTTA;SOR=0.442;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=134;TCF=53;TCR=81;TR=42;WE=48595025;WS=48595007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,50:0.34:147
chr17	48595109	rs56994118	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr17	48595988	rs8064455	G	C	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.087;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,42:0.32:131
chr17	48596287	rs76113260	G	A	2534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=65;PP=1475;ReadPosRankSum=-0.523;SC=CAAGGCCCCTGTTTGTTCTGG;SOR=0.648;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=457;TCF=255;TCR=202;TR=143;WE=48596295;WS=48596277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,156:0.32:487
chr17	48597114	rs28498091	C	T	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=337;ReadPosRankSum=-1.279;SC=CCATCACTCACATCAGGAAGC;SOR=0.647;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=121;TCF=59;TCR=62;TR=35;WE=48597122;WS=48597104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,35:0.25:138
chr17	48598785	rs1380657	G	A	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=2.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=-0.707;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,50:0.33:152
chr17	48599195	rs9893172	T	C	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=7;PP=532;SC=GGAAGCTGCGTGGGAGTGGAG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=48599203;WS=48599185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	48599450	rs7216625	A	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=2.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.372;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,32:0.25:129
chr17	48600952	rs17642181	T	G	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=31;PP=803;ReadPosRankSum=0.239;SC=TCTCTGTCCCTCTCAGGTGTG;SOR=0.546;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=189;TCF=109;TCR=80;TR=69;WE=48600960;WS=48600942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,74:0.37:201
chr17	48601195	rs79912286	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.673;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=385;ReadPosRankSum=2.427;SC=AGGGTATCCTGGTGTTCTTCC;SOR=2.133;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=18;WE=48601203;WS=48601185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr17	48602072	.	C	CGTGT	270.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.000;QD=15.04;ReadPosRankSum=0.591;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr17	48602100	rs28671114	A	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.86;MQRankSum=-0.672;QD=1.19;ReadPosRankSum=3.401;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr17	48602412	rs1106730	C	A	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.155;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=505;ReadPosRankSum=-0.031;SC=CCCCTGCCCCCTCATGTGTGC;SOR=1.088;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=142;TCF=57;TCR=85;TR=47;WE=48602420;WS=48602402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,53:0.34:157
chr17	48605780	rs8067733	C	G	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=392;ReadPosRankSum=1.378;SC=CCTTTCTGTCCGCTGCCAGGA;SOR=0.688;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=114;TCF=32;TCR=82;TR=31;WE=48605788;WS=48605770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,33:0.29:113
chr17	48606313	rs2290864	G	A	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=4.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.118;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,53:0.43:122
chr17	48606537	rs1133818	C	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-1.947;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr17	48606606	rs4793659	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=1.517;SC=TATTCATTCCGTTCAGTCTGC;SOR=1.179;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=6;WE=48606614;WS=48606596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr17	48607267	rs78009100	G	A	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.901;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=1932;ReadPosRankSum=-2.489;SC=CAGGTTTTCCGTTTTGTTTGT;SOR=0.913;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=248;TCF=127;TCR=121;TR=74;WE=48607288;WS=48607257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,83:0.29:284
chr17	48607280	rs6504671	G	C	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=2.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=0.268;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,66:0.26:258
chr17	48608717	rs1064055	T	C	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.003;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,42:0.36:118
chr17	48610272	rs755046	G	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=113;ReadPosRankSum=0.212;SC=GTGCCGTCCCGCTGCTGCACA;SOR=0.563;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=14;WE=48610280;WS=48610262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr17	48617493	rs62059698	A	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=452;ReadPosRankSum=-1.303;SC=GATCATGAATAGGTATCTGTG;SOR=0.726;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=107;TCF=72;TCR=35;TR=37;WE=48617501;WS=48617483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,41:0.35:118
chr17	48625543	rs12943759	G	A	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=30;PP=1002;ReadPosRankSum=-1.154;SC=CTGGGAGCAGGGGTCCTACTG;SOR=0.601;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=215;TCF=127;TCR=88;TR=75;WE=48625551;WS=48625533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,83:0.35:240
chr17	48629458	rs8065903	A	G	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=44;PP=993;ReadPosRankSum=1.247;SC=ACACAGGACAAGCTCTTTTGG;SOR=0.774;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=290;TCF=152;TCR=138;TR=89;WE=48629466;WS=48629448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,95:0.29:326
chr17	48646346	.	A	AGTGTGTGTGT	3000	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=16;MQ=60.54;NF=5;NR=38;PP=3000;QD=20;SC=CCTGCAGGTGAGTGTGTGTGT;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=77;TCF=5;TCR=72;TR=43;WE=48646354;WS=48646336;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:34,43:0.56:77
chr17	48646376	.	T	TGTGTGTGTTG	1102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.89;QD=22.05;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,33:0.66:50
chr17	48647011	rs12946808	T	G	9340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr17	48652875	rs198550	A	G	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=9;PP=670;SC=TCTTCAGGACATTTCCTCTTC;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=48652883;WS=48652865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	48653354	rs12449998	C	A	32166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=563;NR=596;PP=2965;ReadPosRankSum=0.518;SC=TGGGTCCCGCCGGCTCATGCT;SOR=0.119;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1165;TCF=565;TCR=600;TR=1159;WE=48653362;WS=48653344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1210:1.00:1212
chr17	48668013	rs8064333	G	C	5178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.386;NF=57;NR=69;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.259;SC=CTGACTCTCAGTTGAGGAATG;SOR=0.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=206;TCF=95;TCR=111;TR=126;WE=48668029;WS=48668003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,135:0.61:220
chr17	48668021	rs34926473	AT	A	4873.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.427;NF=6;NR=62;PP=2948;ReadPosRankSum=0.974;SC=CAGTTGAGGAATGGTAGCAGG;SOR=0.730;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=118;TCF=13;TCR=105;TR=68;WE=48668029;WS=48668003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,123:0.60:205
chr17	48668091	rs8066026	A	C	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.658;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=35;PP=673;ReadPosRankSum=0.642;SC=GTCTGGAGTCAGGCCCCACTG;SOR=1.200;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=45;WE=48668099;WS=48668081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr17	48668653	rs7359536	A	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.09;ReadPosRankSum=0.849;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr17	48668720	rs7359527	C	A	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=313;ReadPosRankSum=0.734;SC=CCCTTGGGTGCTACTGAGTCC;SOR=0.407;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=24;WE=48668728;WS=48668710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
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chr17	48678325	rs198530	A	T	6726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=134;NR=83;PP=2965;SC=CTGGGAGGGCACTGGAGGGGC;SOR=1.219;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=134;TCR=84;TR=217;WE=48678333;WS=48678315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr17	48750231	.	G	GA	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=0.516;SOR=0.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr17	48752890	rs2072366	G	A	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.391;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=438;ReadPosRankSum=-2.406;SC=GGCCTCCCCAGGCCCTGCCAG;SOR=0.421;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=29;WE=48752898;WS=48752880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr17	48761105	rs2277624	C	T	1863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=57;PP=1119;ReadPosRankSum=-0.035;SC=TGCATGTGCACGGTGGCGAGA;SOR=0.770;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=320;TCF=161;TCR=159;TR=110;WE=48761113;WS=48761095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,118:0.33:353
chr17	48768486	rs1051640	A	G	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.697;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=469;ReadPosRankSum=2.315;SC=TAGTAGCTGAATTTGATTCTC;SOR=0.588;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=78;TCR=42;TR=43;WE=48768494;WS=48768476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,48:0.37:129
chr17	48777822	rs6504677	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=4.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-1.550;SOR=1.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,15:0.23:65
chr17	48797210	rs11398903	T	TG	6251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.331;NF=10;NR=102;PP=2973;ReadPosRankSum=0.202;SC=CCGCGGGCCTTGGCCTGAGCC;SOR=1.240;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=118;TCF=10;TCR=108;TR=112;WE=48797220;WS=48797200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,229:0.99:231
chr17	48801313	rs79915367	TC	T	2681.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=1288;ReadPosRankSum=0.937;SC=CCTACCTTACTCCATAGTAAA;SOR=0.734;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=37;WE=48801321;WS=48801303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,85:0.57:149
chr17	48821201	rs9894501	T	C	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=682;ReadPosRankSum=-1.206;SC=CATTATCTCATCTGTCTGTTA;SOR=0.734;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=48;WE=48821209;WS=48821191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,56:0.63:89
chr17	48834023	rs3760403	A	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr17	48834032	rs3760402	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=-1.051;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr17	48834053	.	CAAAAAAAA	C,CA	1170.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.59;ReadPosRankSum=-0.694;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,20,10:0.62,0.31:32
chr17	48834080	rs9303561	A	G	2027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.57;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	48917333	rs9675120	C	T	22493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=839;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=331;NR=429;PP=2965;SC=AGACAGTGAGCTTCCTCTGTG;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=764;TCF=333;TCR=431;TR=760;WE=48917341;WS=48917323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,833:1.00:833
chr17	48940422	rs4626	T	C	5714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr17	49047943	rs76571715	C	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.660;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=244;ReadPosRankSum=0.682;SC=AAAATCCTTTCGTGTGTAAAG;SOR=0.361;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=17;WE=49047951;WS=49047933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr17	49076857	.	T	TA	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.202;QD=3.50;ReadPosRankSum=1.266;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,27:0.33:81
chr17	49084471	.	GGT	G	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr17	49197654	rs5820842	A	AC	1095.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=31.31;SOR=1.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	49231623	rs34431255	C	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=-1.477;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,6:0.13:46
chr17	49231627	rs11556835	G	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=-1.393;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,6:0.12:48
chr17	49271018	rs12453388	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.419;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=49;ReadPosRankSum=-0.725;SC=TTGCTCTGTCGCCCAGGCTGG;SOR=1.502;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=7;WE=49271026;WS=49271008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr17	49281133	rs17574235	G	A	3082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=38;PP=2011;ReadPosRankSum=1.867;SC=ATTACGGTAAGGGTAAATAAA;SOR=0.850;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=200;TCF=134;TCR=66;TR=122;WE=49281141;WS=49281123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,135:0.62:216
chr17	49338320	.	A	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.254;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=93;ReadPosRankSum=0.589;SC=GGCTGGGCGCACTCGGGCGGG;SOR=0.522;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=12;WE=49338328;WS=49338310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr17	49350546	rs35339641	AT	A	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=16;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=95;ReadPosRankSum=1.141;SC=CTCCTTTAAAATTTTTTTTTT;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=7;WE=49350555;WS=49350536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr17	49350802	rs2318789	A	C	2598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.132;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=44;PP=1395;ReadPosRankSum=-1.985;SC=TTCCAAGAGGAATCTTGAAGG;SOR=0.611;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=140;TCF=80;TCR=60;TR=94;WE=49350810;WS=49350792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,115:0.70:165
chr17	49350959	rs36097713	G	GT	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=14;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=106;ReadPosRankSum=1.006;SC=TTATGTTATTGTTTTTTTTTT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=11;WE=49350967;WS=49350949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr17	49371230	rs12940196	G	C	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.38;ReadPosRankSum=-0.806;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr17	49371505	rs917654	C	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=-0.464;SC=TTAATAAATTCTAGTCTGTTT;SOR=0.551;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=5;WE=49371513;WS=49371495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr17	49710713	rs3815371	G	A	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.965;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=2;PP=574;ReadPosRankSum=0.800;SC=GGAGTGTGATGGCTATTGTCA;SOR=1.923;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=53;TCF=46;TCR=7;TR=30;WE=49710721;WS=49710703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr17	49711041	rs59307927	A	ACCC	271.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.355;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=336;ReadPosRankSum=1.154;SC=CGTGAGATCCAACCATCCTCT;SOR=0.052;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=6;WE=49711050;WS=49711031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr17	49711042	rs60848939	A	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.355;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=377;ReadPosRankSum=0.778;SC=GTGAGATCCAACCATCCTCTT;SOR=0.052;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=6;WE=49711050;WS=49711031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr17	49713205	rs10514986	G	T	3234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.595;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=56;PP=1965;ReadPosRankSum=-0.975;SC=AATGACCAGAGAGAAACTCAC;SOR=1.005;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=231;TCF=139;TCR=92;TR=144;WE=49713213;WS=49713195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,153:0.63:243
chr17	49713300	rs11870209	G	A	4834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=112;PP=2781;ReadPosRankSum=-0.990;SC=TCGACCCATCGTAAGTGATGA;SOR=0.766;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=309;TCF=146;TCR=163;TR=207;WE=49713308;WS=49713290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,224:0.67:334
chr17	50149899	rs5820905	C	CT	1141.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQRankSum=0.379;QD=16.31;ReadPosRankSum=1.378;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,63:0.90:70
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chr17	51900729	rs3803824	C	T	2999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.747;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:455,182:0.29:637
chr17	51901084	rs3803825	A	G	8572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=153;NR=118;PP=2965;SC=AGACAACCTTAAAGGACCTGG;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=271;TCF=153;TCR=118;TR=271;WE=51901092;WS=51901074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr17	51901385	rs3803826	C	T	5144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.506;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.442;SC=CATTTATGCTCTGGTGGCACA;SOR=0.576;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=336;TCF=180;TCR=156;TR=208;WE=51901393;WS=51901375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,230:0.62:368
chr17	51901643	rs4561518	C	T	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=60;PP=2016;SC=CAGGCAAACACCTGTCAACGC;SOR=1.466;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=39;TCR=60;TR=99;WE=51901651;WS=51901633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	51901703	rs4561519	C	G	2220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=35;PP=1254;SC=GAAGTCAGGACGGATAATGCA;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=73;WE=51901711;WS=51901693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	51902252	rs3826355	C	T	4213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=61;PP=2403;SC=TAGCCAATGGCTGGAAAACAT;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=66;TCR=61;TR=127;WE=51902260;WS=51902242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr17	51902492	rs10693171	A	AAAT	1765.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=26;PP=1408;SC=AAAACTGTCCAAATTATCTAA;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=28;WE=51902500;WS=51902482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	52991026	rs58570485	CAAAAAA	C	867.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.883;QD=17.71;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr17	52992128	rs3834969	TA	T	8354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.875;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.892;NF=5;NR=155;PP=2948;ReadPosRankSum=0.676;SC=TCATTGCATTTAATTGATGTC;SOR=0.829;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=258;TCF=15;TCR=243;TR=160;WE=52992136;WS=52992118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,292:0.67:439
chr17	52993346	rs2934935	G	A	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=30;PP=815;SC=CCTGATTTCAGTTGATTTCTA;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=52993354;WS=52993336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	53007655	rs12939352	T	G	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.718;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=26;PP=585;ReadPosRankSum=-0.948;SC=TGCCTACAAGTGACCCCTCTT;SOR=1.863;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=29;WE=53007663;WS=53007645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,30:0.83:36
chr17	53013980	rs17745189	A	G	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=304;ReadPosRankSum=-0.733;SC=TATTTTTTTAAAAACACATGC;SOR=1.106;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=21;WE=53013988;WS=53013970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr17	53014232	rs5821077	A	ATTAAG	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=205;ReadPosRankSum=0.674;SC=ACTTAATGTTATTAACGTTAA;SOR=0.368;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=53014240;WS=53014222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr17	53014442	rs5821078	C	CT	588.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=2.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=1.104;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,61:0.32:190
chr17	53024537	rs72831206	G	A	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.540;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=18;PP=1201;ReadPosRankSum=1.957;SC=TTTAGGTTTTGTTTTTAGACT;SOR=1.033;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=119;TCF=86;TCR=33;TR=70;WE=53024545;WS=53024527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,74:0.58:128
chr17	53026823	rs71159274	TAAAAG	T	4624.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.876;NF=44;NR=30;PP=2968;ReadPosRankSum=-0.540;SC=GTCTCAGTAATAAAAGAAAAG;SOR=0.634;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=128;TCF=78;TCR=50;TR=74;WE=53026835;WS=53026813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,118:0.67:175
chr17	53038430	rs4793784	A	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=302;ReadPosRankSum=0.000;SC=AACTATCAAAACTTATTTATT;SOR=1.158;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=19;WE=53038438;WS=53038420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr17	53038654	rs1802212	A	C	2877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=60;PP=1687;ReadPosRankSum=-1.616;SC=TAAAACGTAGACTCTGTGCAG;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=101;TCR=95;TR=122;WE=53038662;WS=53038644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,135:0.62:218
chr17	53038745	rs17817901	A	G	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=706;ReadPosRankSum=-0.230;SC=ATTAAATAGAATAACAGTTCC;SOR=0.654;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=50;WE=53038753;WS=53038735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,56:0.64:88
chr17	53041965	rs12951542	T	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=327;ReadPosRankSum=-0.780;SC=ATTAGAATCATAGTGTTAAAA;SOR=0.368;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=19;WE=53041973;WS=53041955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr17	53046072	rs17209882	C	G	6648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.023;SC=GAGGCGTGCTCCGTCTCGCGA;SOR=0.684;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=398;TCF=151;TCR=247;TR=269;WE=53046080;WS=53046062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,285:0.68:422
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chr17	53076986	rs11658717	G	A	7379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=153;NR=96;PP=2965;SC=TTTCTTTTTAGTACTAGGTTA;SOR=1.204;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=153;TCR=96;TR=249;WE=53076994;WS=53076976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
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chr17	53342796	rs10635027	G	GTTTC	4282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=3.800;QD=12.00;ReadPosRankSum=-0.804;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,118:0.33:357
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chr17	53485186	rs2286806	C	T	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.38;ReadPosRankSum=-0.983;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,87:0.66:132
chr17	53491458	rs57789347	C	T	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.724;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,46:0.38:120
chr17	53498846	rs75646226	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.134;SOR=0.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr17	53498990	rs78612327	T	C	3964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.504;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=69;PP=2327;ReadPosRankSum=-1.047;SC=GGGAACCCGCTTCTGACACGG;SOR=0.801;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=240;TCF=131;TCR=109;TR=162;WE=53498998;WS=53498980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,183:0.70:262
chr17	53828448	.	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=151;ReadPosRankSum=-0.327;SC=AGGCGGAGGAGCCCGGACTGC;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=12;WE=53828456;WS=53828438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr17	53828668	.	G	A	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.667;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=1046;ReadPosRankSum=-1.377;SC=CCTCCCCGCAGGGAGTGCGGG;SOR=0.825;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=31;WE=53828686;WS=53828658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,35:0.33:107
chr17	53828678	rs111819298	G	A	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=2469;ReadPosRankSum=0.245;SC=GGGAGTGCGGGGCGGCAGTCG;SOR=0.607;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=66;WE=53828686;WS=53828658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,71:0.70:101
chr17	53828706	rs890488	C	G	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=36;PP=1945;SC=GACAGGGGCGCGTCTTCTCCG;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=86;WE=53828714;WS=53828696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	53844647	rs16956397	C	T	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.312;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=25;PP=1055;ReadPosRankSum=-1.355;SC=ATGCAGCTTTCTCTCAACTTG;SOR=0.496;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=85;TCR=39;TR=79;WE=53844655;WS=53844637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,91:0.65:141
chr17	53844833	rs57156382	CT	C	700.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=30;PP=1123;ReadPosRankSum=-1.796;SC=GCTTGCTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=6;TCR=99;TR=32;WE=53844855;WS=53844823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,56:0.38:147
chr17	53844847	rs35430620	C	T	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=1100;ReadPosRankSum=-1.459;SC=TTTTTTTAGACGTACTTTCAC;SOR=0.651;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=49;TCR=78;TR=48;WE=53844855;WS=53844823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,56:0.39:142
chr17	53851071	rs2960063	A	G	3615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.64;SOR=1.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	53851078	rs2912558	T	C	3814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.35;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	53851228	rs2960062	C	T	4869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=82;PP=2720;SC=GCCTGGCGATCGAGAGTGACG;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=85;TCR=82;TR=167;WE=53851236;WS=53851218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	53852111	rs2960061	T	C	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	54428067	rs2215756	C	T	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=10;PP=1085;SC=ATGATAAAATCATATGTCAAC;SOR=2.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=50;WE=54428075;WS=54428057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	54428436	rs17759670	A	G	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=407;SC=GATGCTTGCAATTTTATAAAT;SOR=4.514;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=54428444;WS=54428426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	54450038	rs957724	C	A	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=8;PP=683;SC=CAATGCACCTCAACACACTGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=54450046;WS=54450028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	54450134	rs8069322	G	A	2644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	54517855	rs7224536	T	C	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=19;PP=542;SC=GTAGCAAATGTCTATTCTGAA;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=54517863;WS=54517845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	54526301	rs2024316	C	T	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	54534634	rs10852985	G	A	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	54558282	rs68128704	GTA	G	513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=663;ReadPosRankSum=0.288;SC=GTGTGTGTGTGTAAATTTTCC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=22;WE=54558292;WS=54558268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr17	54892126	rs4794668	A	G	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=7;PP=488;SC=AACTCTAACCAAACCCCTAAC;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=54892134;WS=54892116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	54912737	rs7225724	A	G	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=16;NR=55;PP=1648;SC=TTTTGAGGAAACAAGCTAATA;SOR=2.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=71;WE=54912745;WS=54912727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	54921322	rs3760157	G	A	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	54921494	rs3760158	A	C	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=27;PP=817;SC=GTTATTTAACATCCATTAATC;SOR=1.390;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=45;WE=54921502;WS=54921484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	54925262	rs6503775	G	T	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=1.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	54925480	rs56356802	C	CAT,CATAT	1695.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=2,2;NR=34,34;PP=346,990;ReadPosRankSum=-0.079;SC=ATATACTATACATATATATAT;SOR=0.800;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=36,36;WE=54925488;WS=54925470;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.60,0.38:52
chr17	54939715	rs9911560	T	C	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=45;PP=1087;SC=CAGTGGTTTATGGCTCATGCA;SOR=2.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=65;WE=54939723;WS=54939705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	54939737	rs3826295	T	A	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=33;PP=959;SC=CTGGTCACTGTACACTAGCGG;SOR=2.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=54939745;WS=54939727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	54972920	rs61731985	G	T	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=686;ReadPosRankSum=1.605;SC=TAACTGTTCCGGGGCTCCAAA;SOR=0.565;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=176;TCF=92;TCR=84;TR=63;WE=54972928;WS=54972910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,68:0.35:197
chr17	54978794	rs205498	G	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=302;ReadPosRankSum=0.466;SC=ACTGGGGGTGGGCTCCTGGAG;SOR=0.610;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=26;WE=54978802;WS=54978784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,29:0.33:87
chr17	54981571	.	CA	C	467.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=3.316;QD=2.18;ReadPosRankSum=-1.112;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,68:0.32:215
chr17	55027850	rs8071691	T	C	7402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=116;PP=2965;SC=CATCACAAGATTCAGACTCCG;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=131;TCR=116;TR=247;WE=55027858;WS=55027840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr17	55038062	rs9899845	T	C	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=8;PP=492;SC=GTCTAGCGGCTTCAGGCCCGG;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=55038070;WS=55038052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	55055444	.	A	ACCCGCAGGCCCCGCCCCCGC	906.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.767;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.959;NF=6;NR=9;PP=604;ReadPosRankSum=-0.091;SC=CCCGCCCCCGACCCGCCCCGT;SOR=2.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=15;WE=55055452;WS=55055434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr17	55058417	rs3095500	A	G	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=26;PP=1225;SC=ACTCTTCTGGAGAGTGAAATT;SOR=0.959;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=72;WE=55058425;WS=55058407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	55058689	rs3095499	G	C	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=17;PP=410;SC=AGTGAAGGGCGGATTTGGTCC;SOR=1.697;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=25;WE=55058697;WS=55058679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	55074482	.	T	TA	427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-1.146;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,42:0.34:125
chr17	55075670	rs367630962	CA	C	375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=12.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=2.020;QD=2.00;ReadPosRankSum=0.995;SOR=1.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,59:0.31:188
chr17	55182811	rs3833091	CT	C	1598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.364;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.386;NF=18;NR=13;PP=1064;ReadPosRankSum=0.273;SC=GGTGTAATTACTTCAAGCCTC;SOR=0.427;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=31;WE=55182819;WS=55182801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,51:0.69:74
chr17	55183203	rs2230772	T	C	10341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.907;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=212;NR=240;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.078;SC=CACGCAGAGATGACAGTACAA;SOR=0.537;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=660;TCF=302;TCR=358;TR=452;WE=55183211;WS=55183193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,475:0.68:695
chr17	55183716	rs1050515	T	C	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.246;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=34;PP=1047;ReadPosRankSum=0.898;SC=AAGCCCAGGATAGAGGTGTCG;SOR=0.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=46;TCR=50;TR=66;WE=55183724;WS=55183706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,69:0.75:92
chr17	55189723	rs3094444	T	G	3368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.879;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=34;PP=2400;ReadPosRankSum=0.113;SC=AAGTGTTTTGTTACCTCAAAG;SOR=1.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=83;TCR=35;TR=116;WE=55189731;WS=55189713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,117:0.98:119
chr17	55197802	rs4583	C	A	2982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=66;PP=1728;ReadPosRankSum=1.431;SC=TCCTTTCTTTCTCCATACTGT;SOR=0.650;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=185;TCF=85;TCR=100;TR=125;WE=55197810;WS=55197792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,135:0.69:196
chr17	55363421	rs11079286	G	C	2871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	55606875	rs55990806	G	GT	2739.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.735;QD=12.12;ReadPosRankSum=1.536;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,154:0.68:226
chr17	55704465	rs1861474	A	G	3941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	55822171	rs12451748	T	C	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=29;PP=1606;SC=ACCCACGAGGTTCAGTCAGCC;SOR=1.431;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=88;WE=55822179;WS=55822161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	55822214	rs12451753	T	A	4299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.435;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=56;PP=2253;ReadPosRankSum=-0.758;SC=GGGCGTCACGTCCCCTGTCCA;SOR=0.552;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=139;TCF=81;TCR=58;TR=137;WE=55822222;WS=55822204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
chr17	55822467	rs12449409	G	A	8668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=156;NR=152;PP=2965;SC=TTGCACCCCGGCCACCTTCTG;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=308;TCF=156;TCR=152;TR=308;WE=55822475;WS=55822457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr17	55917353	rs2099914	C	G	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=42;PP=862;ReadPosRankSum=1.981;SC=TCAATTAATTCGCTAAAGATA;SOR=0.818;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=208;TCF=85;TCR=123;TR=66;WE=55917361;WS=55917343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,72:0.31:233
chr17	56056706	rs12939279	C	T	4093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=99;PP=2618;ReadPosRankSum=-0.544;SC=AACACTGTATCTACCTGTAAA;SOR=0.921;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=226;TCF=93;TCR=133;TR=162;WE=56056714;WS=56056696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,186:0.74:251
chr17	56060028	rs143850195	G	GAAGCA	5661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=2983;ReadPosRankSum=-0.020;SC=ATACCATAATGAAGCAAAGCA;SOR=0.737;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=110;TCF=42;TCR=68;TR=57;WE=56060036;WS=56060018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,133:0.67:198
chr17	56060215	rs2228270	T	C	5357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.415;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.638;SC=AGAGCTTGTGTCGATTGAGAT;SOR=0.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=319;TCF=164;TCR=155;TR=209;WE=56060223;WS=56060205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,226:0.66:341
chr17	56060793	rs35869410	C	T	1928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.214;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,96:0.51:190
chr17	56083934	rs2233911	G	A	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.775;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=42;PP=986;ReadPosRankSum=-0.745;SC=ACCAGGAGGAGAAGCTCGCTC;SOR=0.419;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=166;TCF=63;TCR=103;TR=71;WE=56083942;WS=56083924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,73:0.44:166
chr17	56232459	rs145787234	TTTTG	T	1753.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.520;NF=17;NR=17;PP=1406;ReadPosRankSum=1.327;SC=TTTTCATTTTTTTTGTTTGTT;SOR=0.539;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=34;WE=56232470;WS=56232449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,50:0.39:127
chr17	56233034	rs7218964	C	A	2612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FS=0.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=-1.850;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:401,163:0.29:564
chr17	56233499	rs3863502	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.649;NF=5;NR=26;PP=507;ReadPosRankSum=1.247;SC=TTTTATTTTCCCACATGAAAA;SOR=0.519;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=92;TCF=13;TCR=79;TR=31;WE=56233507;WS=56233489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,31:0.31:100
chr17	56235322	rs1987665	G	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=111;ReadPosRankSum=0.056;SC=CACAGCTGAAGTTTGTTCTTT;SOR=0.446;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=10;WE=56235330;WS=56235312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr17	56272390	rs2240815	A	G	16996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=290;NR=308;PP=2965;ReadPosRankSum=1.703;SC=ACCGTGGCCGAGCCCTCATGT;SOR=0.278;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=599;TCF=290;TCR=309;TR=598;WE=56272398;WS=56272380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,646:1.00:647
chr17	56274781	rs34415223	T	TG	2049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.18;NF=2;NR=41;PP=1891;SC=ATCAGAACGTTGAGTCCCTTT;SOR=2.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=43;WE=56274789;WS=56274771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	56282763	rs2302312	C	T	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=15;PP=1469;SC=CCTAGCCATACCAGCAACCTG;SOR=2.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=69;WE=56282771;WS=56282753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	56283026	rs2302313	G	A	4497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=91;PP=2596;SC=CCCTCTCACCGTCCACCTTCC;SOR=1.297;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=64;TCR=92;TR=155;WE=56283034;WS=56283016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr17	56286027	.	CT	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=-1.417;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr17	56287892	rs72839966	G	A	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=26;PP=1390;SC=TTGGTAAAGTGGATGTGATCT;SOR=1.248;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=74;WE=56287900;WS=56287882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	56289545	rs3213698	T	C	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=9;PP=955;SC=ACCTTTTTCTTAGCATTAACA;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=52;WE=56289553;WS=56289535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	56289717	rs3217067	TGCA	T	10222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=93;PP=2967;SC=CTCACAGTGCTGCAGGAAGCC;SOR=0.773;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=131;TCF=33;TCR=98;TR=122;WE=56289727;WS=56289707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr17	56290334	rs3826300	T	C	4829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr17	56290556	rs3744105	A	G	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=26;PP=877;SC=ACACCTCACTAAAGTATATGA;SOR=1.203;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=56290564;WS=56290546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	56321451	.	G	GAC	530.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=3.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.94;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr17	56343394	rs8178400	G	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.25;ReadPosRankSum=1.957;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr17	56344656	rs8178407	A	G	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.472;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=23;PP=1443;ReadPosRankSum=0.523;SC=GCCCCAAAGGAGGCTGTGAAC;SOR=0.995;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=132;TCF=92;TCR=40;TR=85;WE=56344664;WS=56344646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,91:0.65:139
chr17	56350721	rs35112109	C	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.450;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=243;ReadPosRankSum=-0.602;SC=CAAGGTGATCCCTACCCCACC;SOR=2.279;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=14;WE=56350729;WS=56350711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr17	56351708	.	A	AGT	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=2.083;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr17	56381729	rs72839982	A	G	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,92:0.58:158
chr17	56382308	rs72839983	G	T	5310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=5.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.04;ReadPosRankSum=1.953;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,235:0.67:353
chr17	56383053	rs3744103	C	T	2484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.878;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=48;PP=1641;ReadPosRankSum=0.389;SC=GAGCCCTACACCCCATCCTGT;SOR=0.628;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=176;TCF=93;TCR=83;TR=104;WE=56383061;WS=56383043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,110:0.61:180
chr17	56383187	rs3744102	C	T	4073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.19;ReadPosRankSum=1.649;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,188:0.66:287
chr17	56383690	rs72839985	G	A	2797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.73;ReadPosRankSum=1.288;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,127:0.67:190
chr17	56383744	rs11079346	T	C	4683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.55;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,222:0.69:322
chr17	56384374	rs11652816	A	G	4170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.432;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=101;PP=2415;ReadPosRankSum=-1.293;SC=CTCACTCCCTATGCCCCTAGG;SOR=0.664;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=284;TCF=118;TCR=166;TR=177;WE=56384382;WS=56384364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,192:0.62:309
chr17	56384928	rs36057095	C	T	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.965;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=734;ReadPosRankSum=-0.437;SC=AGGGAAGACCCAGCTGGTGTT;SOR=0.957;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=52;WE=56384936;WS=56384918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,60:0.71:85
chr17	56385145	rs72839988	C	T	2361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=42;PP=1340;ReadPosRankSum=-0.113;SC=GTGGAGAGGGCGGTGACGCAG;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=91;TCR=65;TR=102;WE=56385153;WS=56385135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,112:0.64:174
chr17	56386118	rs2680689	A	G	4607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.260;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=99;PP=2744;ReadPosRankSum=-0.914;SC=CCTCCTGCTCATCCTCCGAAT;SOR=0.583;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=343;TCF=184;TCR=159;TR=206;WE=56386126;WS=56386108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,219:0.60:365
chr17	56386358	rs2526360	T	A	5550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.392;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=2.379;SC=TGCAGTGTTCTCGGGGATCTG;SOR=0.727;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=338;TCF=180;TCR=158;TR=221;WE=56386366;WS=56386348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,246:0.66:375
chr17	56386732	rs61741210	C	T	4486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.741;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=99;PP=2469;ReadPosRankSum=1.155;SC=CAAAAGGGGTCGGGCTGGGAC;SOR=0.885;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=263;TCF=120;TCR=143;TR=175;WE=56386740;WS=56386722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,200:0.68:296
chr17	56388238	rs2680704	C	G	2222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=42;PP=1312;ReadPosRankSum=-2.183;SC=GACCCTTTTGCCATCTCTCTG;SOR=0.686;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=135;TCF=70;TCR=65;TR=89;WE=56388246;WS=56388228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,101:0.61:165
chr17	56388927	rs2072144	T	C	5369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=1.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.67;ReadPosRankSum=-1.624;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,247:0.67:366
chr17	56390260	rs72839990	G	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=1.132;SC=ATCTGGATTAGAGATAGGTCT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=56390268;WS=56390250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr17	56393277	.	GATGGATGGATGGATGA	G	1893.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.847;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=6.969;NF=13;NR=17;PP=2994;ReadPosRankSum=-1.941;SC=TGGATGGATGGATGGATGGAT;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=30;WE=56393300;WS=56393267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,64:0.67:95
chr17	56397574	rs113903491	G	C	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.656;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=64;PP=1695;ReadPosRankSum=0.026;SC=GGAGAAGGGGGCCTAAGTGGA;SOR=0.986;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=166;TCF=75;TCR=91;TR=112;WE=56397582;WS=56397564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,124:0.67:185
chr17	56398006	rs2526380	C	G	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=47;PP=1339;SC=GTAGAGAGGGCTGCGAGGGAG;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=86;WE=56398014;WS=56397996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	56404349	rs2526378	A	G	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=433;ReadPosRankSum=0.195;SC=CCACATAGACACCCCCAAACC;SOR=0.313;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=25;WE=56404357;WS=56404339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr17	56405046	rs61743284	C	T	7725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=0.903;SC=AGCCTCTGCTCCTTCAGGGTC;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=466;TCF=240;TCR=226;TR=317;WE=56405054;WS=56405036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,341:0.68:499
chr17	56429673	rs2680703	A	G	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=63;PP=1515;ReadPosRankSum=-0.372;SC=TTCTCCCGCCAGCAGGCGGGG;SOR=0.373;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=105;TCF=16;TCR=89;TR=76;WE=56429681;WS=56429663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,71:0.74:96
chr17	56435885	rs2526374	G	T	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=35;PP=583;ReadPosRankSum=1.099;SC=AGGTGGCTCAGTCCCCAGCCT;SOR=0.742;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=214;TCF=96;TCR=118;TR=61;WE=56435893;WS=56435875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,64:0.27:234
chr17	56438301	rs2680701	G	A	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=40;PP=945;ReadPosRankSum=0.789;SC=CTGCTGAAGCGGATCCTGGGA;SOR=0.649;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=14;TCR=64;TR=49;WE=56438309;WS=56438291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,51:0.62:82
chr17	56440642	rs76384648	C	T	5303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=792;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.022;SC=TTACCCAGGCCGGGGGCTCCT;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=749;TCF=436;TCR=313;TR=267;WE=56440650;WS=56440632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:510,279:0.35:789
chr17	56544280	rs1017089	T	G	7879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=139;NR=135;PP=2965;SC=GGAAGAGGCATTGGGAGTGAC;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=274;TCF=139;TCR=135;TR=274;WE=56544288;WS=56544270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr17	56569842	rs75741842	T	TGA	4037.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=4.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=1.322;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,113:0.31:360
chr17	56580997	rs1860262	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=-1.386;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr17	56581651	rs4277402	C	G	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=42;PP=1072;ReadPosRankSum=0.230;SC=TTGTCACAGGCCTTAGGACTT;SOR=0.613;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=251;TCF=116;TCR=135;TR=82;WE=56581659;WS=56581641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,87:0.33:260
chr17	56584205	rs2302189	A	C	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.901;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=546;ReadPosRankSum=1.218;SC=TGTGCTCTCCACTCCAGAGCA;SOR=0.874;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=174;TCF=89;TCR=85;TR=50;WE=56584213;WS=56584195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,60:0.29:210
chr17	56585872	rs3744108	G	C	1918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=-1.384;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,112:0.36:315
chr17	56598213	rs10719315	GA	G	537.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.080;NF=5;NR=14;PP=511;ReadPosRankSum=-1.326;SC=GCTAAAGGGAGAAAAGGGTTG;SOR=0.666;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=19;WE=56598221;WS=56598203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,29:0.32:90
chr17	56598439	rs1057068	T	C	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=1.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.329;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,114:0.34:336
chr17	56603978	rs2079703	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.590;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr17	56609525	rs11869828	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=-0.520;SC=GTGCCGGCGCGAAGTGGGTCG;SOR=1.508;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=4;WE=56609533;WS=56609515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr17	56621286	rs8071623	G	T	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=1.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.462;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,95:0.31:303
chr17	56621359	rs6503867	T	C	2097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.079;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=42;PP=1121;ReadPosRankSum=-0.738;SC=AGTCTGATGCTGAATGGGGAG;SOR=0.923;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=324;TCF=171;TCR=153;TR=104;WE=56621367;WS=56621349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,117:0.33:355
chr17	56636854	rs7225128	T	C	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=-1.252;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,95:0.30:321
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chr17	56708019	rs694720	T	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=326;ReadPosRankSum=-0.051;SC=TACTTTCATATATTGCTGTGA;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=22;WE=56708027;WS=56708009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr17	56798207	rs28363318	T	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=416;ReadPosRankSum=-0.750;SC=TTTTAGTTTATCACAGTTTTT;SOR=1.008;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=25;WE=56798215;WS=56798197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr17	56833457	rs201186780	G	GGAACCC	19305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=887;ExcessHet=3.0103;FS=0.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.09;MQRankSum=7.129;QD=27.70;ReadPosRankSum=2.763;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,467:0.67:697
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chr17	57089588	rs72443487	G	GCAGCAGCAGCAGCAGCAC	881.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=6.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.84;MQRankSum=7.481;QD=3.50;ReadPosRankSum=1.852;SOR=1.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,53:0.21:252
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chr17	57152920	rs6416933	A	G	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQRankSum=0.000;QD=14.07;ReadPosRankSum=1.109;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr17	57158345	rs7214402	T	C	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=389;ReadPosRankSum=0.199;SC=CCTATCAAATTTGCAAATCTT;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=17;WE=57158353;WS=57158336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr17	57208752	rs9652856	T	C	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=39;PP=1127;ReadPosRankSum=-0.042;SC=CAAATCATTATTGTGTAAACC;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=51;TCR=49;TR=77;WE=57208760;WS=57208742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,82:0.77:107
chr17	57287454	rs6503905	A	G	2409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=50;PP=1477;ReadPosRankSum=0.216;SC=TAATGGGAGCATCAGCCTGGA;SOR=0.689;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=99;TCR=78;TR=112;WE=57287462;WS=57287444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,115:0.62:185
chr17	57311748	rs6503908	C	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.197;HP=14;HapScore=4;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=113;ReadPosRankSum=0.491;SC=TGTCTACCCCCAAAAAAAAAA;SOR=1.402;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=10;WE=57311756;WS=57311733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr17	57466917	rs2290266	A	G	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=537;ReadPosRankSum=0.829;SC=CTCGCTTTCCATGGCCTTGTG;SOR=1.106;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=106;TCF=47;TCR=59;TR=41;WE=57466925;WS=57466907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,40:0.35:115
chr17	57474396	rs3214250	GA	G	753.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=16;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.072;NF=23;NR=7;PP=432;ReadPosRankSum=0.074;SC=CCTCAAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.140;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=30;WE=57474404;WS=57474386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,45:0.74:61
chr17	57663596	rs58298344	TA	T	492.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQRankSum=-3.664;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.105;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,68:0.42:162
chr17	57717737	rs9910530	C	G	3287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	57719360	rs10547125	GT	G	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=8.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=2.284;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,56:0.28:203
chr17	57719366	rs9899439	T	G	811.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-1.215;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,96:0.44:220
chr17	57719367	.	T	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=10.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=0.37;ReadPosRankSum=2.322;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,47:0.21:226
chr17	57721907	rs113812535	T	TTTTG	1072.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.99;ReadPosRankSum=1.075;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr17	57725043	rs8071749	T	G	4909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=105;PP=2965;SC=ATTTTAACTATTTTTTTATGA;SOR=1.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=56;TCR=105;TR=161;WE=57725051;WS=57725033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr17	57733479	rs4349212	T	A	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=56;PP=1631;SC=TCCCCAAGATTAAAAAATAGA;SOR=1.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=86;WE=57733487;WS=57733469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	57743691	rs9893154	G	A	4799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.884;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=1.882;SC=AGCTACTGAGGGGCCTACTCC;SOR=1.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=48;TCR=109;TR=155;WE=57743699;WS=57743681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,160:0.99:162
chr17	57750982	rs8065248	T	C	2257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	57889192	rs2063353	T	G	7358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=152;PP=2965;SC=ATGAACCCATTACAAGACAAT;SOR=1.174;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=107;TCR=152;TR=259;WE=57889200;WS=57889182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr17	57937792	.	G	GA	406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=1.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.164;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,44:0.29:153
chr17	58040730	rs4968401	T	C	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	58042117	.	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.924;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,26:0.27:95
chr17	58066607	rs200816848	AT	A	527.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-2.657;QD=2.44;ReadPosRankSum=-1.820;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,77:0.36:216
chr17	58123612	.	T	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=188;ReadPosRankSum=0.394;SC=GTAAATGCTTTAGAAATCTGT;SOR=0.384;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=16;WE=58123620;WS=58123602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,19:0.27:71
chr17	58149745	rs3744375	G	A	7074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=148;PP=2965;SC=AATGAGGCTTGCAAAAGACTA;SOR=1.263;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=96;TCR=148;TR=244;WE=58149753;WS=58149735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr17	58180062	rs8075626	T	C	10028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.96;NF=121;NR=161;PP=2965;SC=GCTTGGCCGGTGGCGGCGGAG;SOR=1.095;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=282;TCF=121;TCR=161;TR=282;WE=58180070;WS=58180052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr17	58180079	rs8074512	C	G	9875.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=132;PP=2965;SC=GGAGCTTGGCCGGCGGCGGCG;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=83;TCR=132;TR=215;WE=58180087;WS=58180069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr17	58180172	rs8075789	T	C	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=29;PP=867;SC=CATTTCTATTTCTCATTCCAT;SOR=3.442;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=58180180;WS=58180162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	58300971	rs72843524	A	T	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=675;ReadPosRankSum=-0.473;SC=AGAGGATAGAATCTCTTATTT;SOR=0.620;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=45;WE=58300979;WS=58300961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,50:0.70:71
chr17	58303313	rs11309727	CA	C	382.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.707;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,38:0.73:52
chr17	58332409	rs11324851	CT	C	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.266;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr17	58525216	.	G	GA	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.652;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.657;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr17	58786625	rs2643103	A	G	8876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.881;SC=AGTACTGGGAATGAACCGCCT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=311;TCF=175;TCR=136;TR=309;WE=58786633;WS=58786615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,341:0.99:343
chr17	58824567	rs7501675	T	C	5893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=118;NR=91;PP=2877;SC=AGATCAGTGGTGAAGCACAAG;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=118;TCR=91;TR=209;WE=58824575;WS=58824557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr17	58885299	rs9904053	G	A	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=541;ReadPosRankSum=-0.856;SC=TTGAAAGCATGAAAATAGTGG;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=37;WE=58885307;WS=58885289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,43:0.74:58
chr17	58946192	rs8066880	C	G	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=198;ReadPosRankSum=0.327;SC=TGGAATAACTCTAAGATTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=12;WE=58946200;WS=58946182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr17	58969056	rs9303430	T	C	1924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.004;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=33;PP=1011;ReadPosRankSum=0.270;SC=CGTGCATGTTTGTTACACAGG;SOR=0.890;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=151;TCF=86;TCR=65;TR=82;WE=58969064;WS=58969046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,91:0.57:159
chr17	58969174	rs9303431	C	G	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.89;ReadPosRankSum=0.074;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,122:0.65:189
chr17	59477903	rs75743672	C	A	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=-1.183;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,55:0.24:232
chr17	59480289	rs200207014	GAT	G	2685.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.06;MQRankSum=1.154;QD=39.50;ReadPosRankSum=-0.694;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,65:0.96:68
chr17	59480291	.	T	G	1063	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=128;MMLQ=18;MQ=59.11;NF=53;NR=12;PP=1063;QD=16.8887878853;SC=GAAGAACCGATAGAGAGAGAG;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=67;TCF=53;TCR=14;TR=65;WE=59480299;WS=59480281;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,65:0.97:67
chr17	59480311	rs202026270	GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA	G	122.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=66.05;MQRankSum=-0.745;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.421;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,10:0.16:63
chr17	59480313	rs140392356	GAGAGAGAGAGAGAGAGAGA	G	1399.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=66.10;MQRankSum=1.303;QD=22.22;ReadPosRankSum=1.708;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,50:0.79:63
chr17	59482165	rs66504335	GC	G	1890.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.299;NF=12;NR=19;PP=2856;ReadPosRankSum=0.820;SC=CAGGGAGGTGGCGGCGGGGGG;SOR=0.557;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=31;WE=59482181;WS=59482155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr17	59482169	rs35619711	C	G	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.348;QD=20.65;ReadPosRankSum=0.912;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,49:0.53:92
chr17	59482173	rs9891115	G	A	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.346;QD=21.11;ReadPosRankSum=0.708;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,48:0.53:90
chr17	59482300	rs8080990	G	C	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.804;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=42;PP=1195;ReadPosRankSum=0.386;SC=GGCGGTCCCCGGTAGCCAGAA;SOR=0.484;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=286;TCF=183;TCR=103;TR=107;WE=59482308;WS=59482290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,112:0.37:302
chr17	59485393	rs2240736	C	T	8658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=1.334;SC=GTCTAACCCTCGTCTTGTTCT;SOR=0.599;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=568;TCF=330;TCR=238;TR=379;WE=59485401;WS=59485383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,402:0.66:609
chr17	59485555	rs1057987	C	T	11992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=882;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=265;NR=262;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.804;SC=TCTCCCGGAGCCCCTTCCTGG;SOR=0.691;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=843;TCF=421;TCR=422;TR=527;WE=59485563;WS=59485545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,554:0.63:879
chr17	59489893	rs9907379	T	C	10832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.49;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr17	59557755	.	GC	G	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-1.156;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr17	59560974	rs149977669	A	AGTGTGTGT	374.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.47;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	59760996	rs4986763	A	G	3748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=51;PP=2522;ReadPosRankSum=-0.971;SC=CTTCAGGATCATAAAGTTCAG;SOR=1.108;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=82;TCR=52;TR=132;WE=59761004;WS=59760986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,141:0.99:143
chr17	59763347	rs4986764	A	G	5825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=87;PP=2965;SC=AAATAAGGTGAGGTACTGTAC;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=104;TCR=87;TR=190;WE=59763355;WS=59763337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr17	59763465	rs4986765	T	C	8618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=143;NR=148;PP=2965;SC=CAGCCAAGGATTCCAGTGCAC;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=291;TCF=143;TCR=148;TR=291;WE=59763473;WS=59763455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr17	59955426	rs606072	T	G	7316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=151;PP=2965;SC=ACTTGTGTGTTATTTACTGGG;SOR=1.427;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=244;TCF=92;TCR=152;TR=243;WE=59955434;WS=59955416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr17	59971067	rs8077835	A	T	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.18;SOR=2.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	59982085	rs72843757	G	A	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=24;PP=598;SC=ATCTCAAGTTGCCAAATGCAA;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=59982093;WS=59982075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	60038880	rs56723756	CA	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-1.272;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr17	60043884	rs671347	G	A	13891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,533:1.00:533
chr17	60070111	rs11375626	G	GT	920.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=866;SC=GATTCTTACAGTAACAAGTAA;SOR=1.697;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=60070119;WS=60070101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	60070140	rs11375627	C	CT	371.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=71;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=13;PP=233;SC=CTTATTATTACTTTTTTTTGA;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=60070148;WS=60070130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	60142710	.	G	GC	265.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=89;PP=2974;SC=AGGCCGCCGGGCGCCCGCCCT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=89;TCF=0;TCR=89;TR=89;WE=60142718;WS=60142700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	60215748	rs11079465	T	C	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=6;PP=311;SC=CAGCTCCCGGTGCAGCTCGGC;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=60215756;WS=60215738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	60215768	rs59589773	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-0.836;QD=14.71;ReadPosRankSum=-0.973;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr17	60217236	rs56068498	A	G	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=29;PP=971;SC=GGCGTTGTACATGTCCAGCGT;SOR=0.955;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=59;WE=60217244;WS=60217226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	60324448	rs12325728	C	T	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=-1.406;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,46:0.30:153
chr17	60324593	rs11079467	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.875;NF=3;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=-1.045;SC=CTATTTTGTGCTTTTCTTGCC;SOR=0.200;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=9;WE=60324601;WS=60324583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr17	60360238	rs10163525	A	G	2359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.577;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.350;NF=40;NR=45;PP=837;ReadPosRankSum=0.413;SC=GGTAGTAAGGATGAACATTCC;SOR=0.573;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=290;TCF=138;TCR=152;TR=85;WE=60360246;WS=60360228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,80:0.26:304
chr17	60360261	rs62069132	T	C	2299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQRankSum=-10.756;QD=9.27;ReadPosRankSum=2.100;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,70:0.28:248
chr17	60363906	rs202158824	G	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.34;MQRankSum=0.978;QD=13.51;ReadPosRankSum=0.755;SOR=1.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr17	60363941	rs148555715	G	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.89;MQRankSum=1.418;QD=8.23;ReadPosRankSum=1.515;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr17	60364233	rs4968513	A	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.451;NF=8;NR=22;PP=479;ReadPosRankSum=-0.926;SC=ATGTCCTATAATCCAATCAGA;SOR=0.526;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=88;TCF=22;TCR=66;TR=30;WE=60364241;WS=60364223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,29:0.32:90
chr17	60365762	.	C	T	24	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=43.11;NF=0;NR=4;PP=24;QD=14.6928031368;SC=TCCTAGAAGTCTGAGAGGAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=4;WE=60365770;WS=60365752;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr17	60365992	rs149569922	C	G	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.98;QD=34.03;SOR=5.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	60366741	rs2668983	C	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=5.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-9.615;QD=0.81;ReadPosRankSum=0.555;SOR=1.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,25:0.15:172
chr17	60366787	rs200284807	CT	C	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=5.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQRankSum=-4.275;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.498;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,20:0.29:68
chr17	60374173	rs202112984	CT	C	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-0.918;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.277;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
chr17	60464688	rs9909704	C	T	2293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=28;PP=1287;SC=AATATTTTCACATCTTTCCTC;SOR=1.153;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=78;WE=60464696;WS=60464678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	60464838	rs111797029	TTCTC	T	3322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.057;NF=5;NR=38;PP=2150;ReadPosRankSum=2.072;SC=TGATCCTTTCTTCTCTAAGAA;SOR=0.901;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=6;TCR=48;TR=43;WE=60464849;WS=60464828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,83:0.79:105
chr17	60472623	rs11079476	C	T	3056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=50;PP=1670;SC=CAGTCAGCTCCCACTAACATC;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=101;WE=60472631;WS=60472613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	60491298	rs9913294	G	T	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=19;PP=428;SC=AAAACCAAGAGAATTTTTATC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=60491306;WS=60491288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	60503892	rs2543409	A	G	3521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=98;PP=2871;SC=AGTGTTCTTCAAAGAGCCTTG;SOR=2.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=48;TCR=98;TR=145;WE=60503900;WS=60503882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	60503921	rs2319055	T	C	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.14;QD=32.76;SOR=4.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	60597986	rs2430926	C	T	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=5;PP=311;SC=TGCAGTGAGCCGAGATCACGC;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=15;WE=60597994;WS=60597976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	60651680	rs143320659	T	G	3145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.56;ReadPosRankSum=-0.367;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,146:0.63:232
chr17	60689653	.	ATATTTGCTCT	A	551.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.326;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=3.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.915;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,40:0.20:202
chr17	60689664	.	G	GAA	584.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.712;ClippingRankSum=0.000;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=3.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=-0.775;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,40:0.20:201
chr17	60689666	.	GCC	G	579.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.895;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=4.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.607;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,42:0.20:207
chr17	60742348	rs2252814	G	T	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=643;ReadPosRankSum=-0.073;SC=TGGGGTCCCCGATGTCCAGGG;SOR=0.701;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=158;TCF=56;TCR=102;TR=60;WE=60742356;WS=60742338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,67:0.40:168
chr17	60744029	.	T	G	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.10;ReadPosRankSum=-1.378;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,83:0.73:113
chr17	60748926	rs729647	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=1.409;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr17	60753904	rs4968617	A	C	5876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.37;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,262:0.73:359
chr17	60758273	rs2245463	G	C	13555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=278;NR=202;PP=2965;SC=AGCTGACCTCGGTGCACAGCC;SOR=0.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=483;TCF=278;TCR=205;TR=480;WE=60758281;WS=60758263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr17	60759340	rs2429389	A	G	11990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.60;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr17	60759347	rs2460300	A	G	11990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.25;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr17	60766224	rs2465430	A	G	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=35;PP=1334;SC=CCAGCTGTGCAGTGGTCCTGC;SOR=1.005;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=81;WE=60766232;WS=60766214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	60766483	rs2465429	A	G	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=15;PP=419;SC=TGGAAAAGCAATAGCACCCAC;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=60766491;WS=60766473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	60767015	rs2429387	G	A	12758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,483:1.00:483
chr17	60767135	rs56288724	A	G	7016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=5.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.26;ReadPosRankSum=2.115;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,319:0.65:492
chr17	60767151	rs740698	C	T	3157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.473;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=92;PP=2160;ReadPosRankSum=-1.395;SC=GCCCTGGGCCCCAGCCTTGCC;SOR=0.421;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=544;TCF=247;TCR=297;TR=178;WE=60767159;WS=60767141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,181:0.36:509
chr17	60767461	rs2465426	C	G	4371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=74;PP=2641;SC=CATGGGCAAGCTGTCGGTGGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=79;TCR=75;TR=153;WE=60767469;WS=60767451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	60767953	rs11357719	GC	G	8275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.247;NF=40;NR=110;PP=2983;ReadPosRankSum=0.150;SC=GGGGGACTCTGCCCCCCCCGG;SOR=0.360;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=177;TCF=45;TCR=132;TR=150;WE=60767961;WS=60767943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,276:1.00:277
chr17	60768243	rs2465425	A	G	5361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=115;NR=82;PP=2965;SC=TCTAGAACACACCTGCTCTCC;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=115;TCR=82;TR=197;WE=60768251;WS=60768233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr17	60769406	rs35688424	T	C	2407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.906;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=36;PP=1201;ReadPosRankSum=1.044;SC=GTGCTTTGTATGTTTACTTAA;SOR=0.444;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=156;TCF=104;TCR=52;TR=102;WE=60769414;WS=60769396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,112:0.65:171
chr17	60769803	rs3826537	A	G	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.95;ReadPosRankSum=0.912;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,68:0.59:115
chr17	60778932	rs2251393	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=1.845;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
chr17	60779025	rs2251391	A	G	3779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=57;PP=2132;SC=AAGGGCTGGCAGGAGAGGTCT;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=73;TCR=57;TR=130;WE=60779033;WS=60779015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr17	61087073	rs16946713	A	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=124;ReadPosRankSum=-2.583;SC=GTAACACTTTATTAATGCTTA;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=14;WE=61087081;WS=61087063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr17	61315272	rs2460111	G	A	7314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=143;NR=105;PP=2965;SC=AACCTTGGCAGTCTCAAAAAT;SOR=0.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=143;TCR=105;TR=248;WE=61315280;WS=61315262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr17	61432774	rs4968765	A	G	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=36;PP=1047;SC=TCTGTGATAAACAATTCTGAG;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=49;WE=61432782;WS=61432764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	61457217	rs8065950	G	C	9364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=192;PP=2965;ReadPosRankSum=0.196;SC=CCATTTTTCCGCCATCTCTAG;SOR=0.988;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=349;TCF=156;TCR=193;TR=346;WE=61457225;WS=61457206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,368:0.99:370
chr17	61473325	rs2270133	C	A	2852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=47;PP=1399;SC=TTTTCAAGCTCTGTATTGAAG;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=91;WE=61473333;WS=61473315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	61489968	rs34592714	CT	C	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=-1.596;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,60:0.23:264
chr17	61548918	rs4277405	C	T	6534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=135;NR=96;PP=2965;SC=GGGAGCCCTGCCATGCCATGT;SOR=0.974;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=136;TCR=96;TR=231;WE=61548926;WS=61548908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr17	61548948	rs4459609	C	A	8373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=159;NR=134;PP=2965;SC=TATAGTATATCTATGCCCAGC;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=293;TCF=159;TCR=134;TR=293;WE=61548956;WS=61548938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr17	61556298	rs4295	C	G	7602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.25;SOR=1.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr17	61556527	rs4296	A	G	4326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=107;PP=2965;SC=GCTGCACTCCAGACCATGCAG;SOR=1.783;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=153;TCF=45;TCR=108;TR=152;WE=61556535;WS=61556517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	61559923	rs4309	C	T	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.949;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=44;PP=1263;ReadPosRankSum=-2.538;SC=AGGATCTGCCCGTCTCCCTGC;SOR=0.827;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=307;TCF=170;TCR=137;TR=105;WE=61559944;WS=61559913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,107:0.32:334
chr17	61560763	rs4311	T	C	9279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr17	61562309	rs4316	C	T	11209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=206;NR=190;PP=2965;SC=TGCTGGTCCCCAGCCAGGAGG;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=400;TCF=207;TCR=193;TR=396;WE=61562317;WS=61562299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr17	61562553	rs4320	G	A	3069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=29;PP=2377;SC=AACCTGGAGAGGGGAGGCAGA;SOR=1.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=63;TCR=30;TR=91;WE=61562561;WS=61562543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	61562774	rs4321	T	C	15334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=242;NR=304;PP=2965;SC=AGCATGTGCATACACACAGAG;SOR=0.994;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=547;TCF=242;TCR=305;TR=546;WE=61562782;WS=61562764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,581:1.00:581
chr17	61564052	rs4331	A	G	11295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=194;NR=208;PP=2965;SC=AACGGGCAGCACTGCCTGCCC;SOR=0.894;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=403;TCF=194;TCR=209;TR=402;WE=61564060;WS=61564042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr17	61564281	rs4332	T	C	4909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=101;NR=61;PP=2940;SC=GGCCTGGGGGTAGTGCAGGCC;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=101;TCR=61;TR=162;WE=61564289;WS=61564271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr17	61564522	rs4333	T	C	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=46;PP=1378;SC=CAGAGTTGGGTTCCCCTCGCT;SOR=3.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=10;TCR=46;TR=56;WE=61564530;WS=61564512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	61565990	rs4341	G	C	10175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.23;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr17	61565998	rs4342	A	C	10752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.00;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr17	61566031	rs4343	G	A	8048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr17	61573761	rs4362	T	C	11384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=220;NR=185;PP=2965;SC=CCAGGTACTTTGTCAGCTTCA;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=406;TCF=221;TCR=185;TR=405;WE=61573769;WS=61573751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr17	61574492	rs4363	G	A	3047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	61600717	rs71376915	A	G	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=34;PP=2116;SC=CCGAGGACAGACGGAGACGCC;SOR=1.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=64;TCR=34;TR=98;WE=61600725;WS=61600707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	61611423	rs7225568	T	C	6270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=210;NR=176;PP=2965;SC=TGCTCAGCGATCAGGACGAAT;SOR=2.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=386;TCF=210;TCR=176;TR=386;WE=61611431;WS=61611413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr17	61615371	rs4465659	T	G	7314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=159;NR=85;PP=2965;SC=GGTAAGCCCTTGGTGGTGTGG;SOR=1.389;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=244;TCF=159;TCR=85;TR=244;WE=61615379;WS=61615361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr17	61615660	rs148485289	T	TG	4398.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=105;PP=2155;ReadPosRankSum=0.552;SC=GCCCCGGGCGTGGGGGGGAGC;SOR=1.230;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=142;TCF=14;TCR=128;TR=117;WE=61615668;WS=61615650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,158:0.98:161
chr17	61621330	rs76957877	C	T	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=5;PP=550;SC=GGCTGCAGCTCCCTGGGCAGT;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=61621338;WS=61621320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	61621805	rs8070334	T	G	5059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=81;PP=2859;SC=TGGGGGCTGGTCATGGGTAGC;SOR=0.944;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=78;TCR=81;TR=159;WE=61621813;WS=61621795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	61623052	rs35819807	C	T	17676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=337;NR=304;PP=2965;ReadPosRankSum=0.436;SC=GCTGTGGCAACGGACAAAACT;SOR=0.254;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=643;TCF=339;TCR=304;TR=641;WE=61623060;WS=61623042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,681:1.00:682
chr17	61660889	rs66502552	CG	C	9924.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=116;PP=2972;SC=TTAGCCGGGCCGGGGGGTGGC;SOR=1.050;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=213;TCF=80;TCR=133;TR=189;WE=61660897;WS=61660879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr17	61710010	rs6504171	G	A	2664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=59;NR=37;PP=1416;SC=GTATTTAAGTGTCTTAGTCCA;SOR=1.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=96;WE=61710018;WS=61710000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	61729882	rs8080211	A	G	3831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=49;PP=2522;SC=TTTTAAGTATACAATTAACCA;SOR=1.237;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=83;TCR=49;TR=132;WE=61729890;WS=61729872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	61735056	rs6504173	T	C	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=4;PP=1066;SC=TTCCTCCAAATGTATTTTTAT;SOR=3.219;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=46;TCR=4;TR=50;WE=61735064;WS=61735046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	61763031	rs11658329	G	C	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=33;PP=939;SC=GTTAGCTCTGGAGGCCCAGGG;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=61763039;WS=61763021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	61766880	rs1877316	C	A	6792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=147;NR=98;PP=2965;SC=GACTTGCTCTCCTCTGGCCCT;SOR=1.044;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=245;TCF=147;TCR=98;TR=245;WE=61766888;WS=61766870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr17	61769456	rs7211213	T	C	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=10;PP=611;SC=GACTCCCCTTTGCTAAATCCT;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=61769464;WS=61769446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	61776479	rs1877317	T	C	5268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr17	61776538	rs3817181	G	C	8260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr17	61781980	rs66871703	TG	T	4060.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=39.42;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	61781984	rs372457035	G	T	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.936;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;MQRankSum=0.310;QD=28.20;ReadPosRankSum=-1.177;SOR=0.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,87:0.98:89
chr17	61782325	rs9897229	T	C	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	61783908	rs3817182	A	G	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=5;PP=363;SC=TAGTATTCCTAGTCTGTGTCC;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=61783916;WS=61783904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	61805607	rs2137144	G	A	6129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr17	61805747	rs4968597	G	A	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=43;PP=1288;SC=TACTGTGTAGGCCTACTTCAG;SOR=1.134;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=81;WE=61805755;WS=61805737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	61829157	rs11283431	A	ATAGTGTT	4319.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=8;PP=2974;SC=ATTCTTCTTTATAGTGTTATC;SOR=3.586;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=68;TCF=54;TCR=14;TR=52;WE=61829165;WS=61829147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	61829989	rs3785572	C	T	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=23;PP=1494;SC=TAAGCAAGCACAGGCTTATAG;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=73;WE=61829997;WS=61829979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	61838196	rs374704881	CA	C	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=2.739;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr17	61838259	rs11654841	G	A	6866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=149;NR=119;PP=2965;SC=GAAAACCAGCGGGAAGAATAC;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=149;TCR=119;TR=268;WE=61838267;WS=61838243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr17	61870024	.	A	AT	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=4.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.618;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.276;SOR=0.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr17	61877666	rs3833115	AAT	A	2341.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=11;PP=1681;SC=TGTTCTTCTGAATATTGCTAT;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=61877675;WS=61877656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	61884120	rs2251164	G	A	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=34;PP=920;SC=GTAGAACCTTGTTGATAAGGA;SOR=3.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=61884128;WS=61884110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	61888618	.	T	TA	781.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.130;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=398;ReadPosRankSum=-1.143;SC=ACTATTGAGATAAAAAAAAAA;SOR=0.441;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=57;TCF=3;TCR=54;TR=28;WE=61888626;WS=61888608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,46:0.59:78
chr17	61888693	rs2584629	T	A	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=23;PP=643;SC=GGGATAGACGTAACAAGACTG;SOR=5.058;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=61888701;WS=61888683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	61889213	rs3217509	G	GA	8377.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=86;PP=2936;SC=GATGCAGGTAGAAATATAATG;SOR=0.956;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=64;TCR=91;TR=145;WE=61889221;WS=61889203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr17	61898063	rs3833114	C	CGCTTGAACCTGGAAGACGG	1073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=7;PP=2957;SC=CAAGGAGAATCAGGCTGCAGT;SOR=0.693;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=11;WE=61898071;WS=61898053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	61898135	rs2665836	C	A	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;MQRankSum=-0.112;QD=20.56;ReadPosRankSum=-0.901;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,62:0.94:66
chr17	61901197	rs2727288	T	A	8822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=175;NR=134;PP=2965;SC=CGGATGGTGCTCAAGGAGAAC;SOR=0.956;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=310;TCF=176;TCR=134;TR=309;WE=61901205;WS=61901187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr17	61901439	rs2584627	T	C	12881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=238;NR=207;PP=2965;SC=CCCAGCTCCTTTCACCTCTTC;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=445;TCF=238;TCR=207;TR=445;WE=61901447;WS=61901429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,469:1.00:469
chr17	61901641	rs894407	T	C	15916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=175;NR=160;PP=2965;SC=TTCCCAGACTTTTCCCCTGGA;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=337;TCF=175;TCR=162;TR=335;WE=61901649;WS=61901631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr17	61901657	rs894406	A	G	16374.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=191;NR=174;PP=2965;SC=CTGGACACCCAGTCCACACCT;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=366;TCF=191;TCR=175;TR=365;WE=61901665;WS=61901647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr17	61901880	rs752621	G	C	2891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=70;PP=1851;SC=TAAATCAAAAGGCTCAGGCCC;SOR=1.466;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=39;TCR=70;TR=108;WE=61901888;WS=61901870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	61902822	rs716880	C	G	12511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=240;NR=185;PP=2965;SC=AATTAGTTGACGCACTCTGCA;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=428;TCF=240;TCR=188;TR=425;WE=61902830;WS=61902812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr17	61903445	rs2584625	G	C	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=13;PP=1671;SC=GTGATGTCCTGCTGGAGAGTC;SOR=2.642;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=60;TCR=13;TR=73;WE=61903453;WS=61903435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	61904337	rs141581810	TCCACTTCCAGTTTC	T	3100.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=33;PP=2973;SC=AGCACCAGATTCCACTTCCAG;SOR=1.211;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=33;WE=61904358;WS=61904327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	61904465	rs28362566	C	CG	427.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.64;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	61904724	rs2665834	T	C	9457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.61;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr17	61904728	rs2727287	G	A	9655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.30;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr17	61906846	rs2665833	T	C	4926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr17	61908055	rs55833669	CT	C	909.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.085;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.324;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,67:0.66:102
chr17	61908271	rs968719	C	T	7391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.99;NF=137;NR=113;PP=2965;SC=TGGCTCTGAACTGGTACAGAA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=138;TCR=113;TR=250;WE=61908279;WS=61908261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr17	61908316	rs7220892	G	A	6775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=116;NR=104;PP=2965;SC=CTAGCAATGTGAGAAGCAAGA;SOR=0.742;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=222;TCF=116;TCR=106;TR=220;WE=61908324;WS=61908306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr17	61912261	rs2665832	C	T	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=29;PP=821;SC=CCTGGAGCTCCGGATACTGAA;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=61912269;WS=61912251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	61958669	rs2006123	G	T	20375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=795;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=400;NR=348;PP=2965;ReadPosRankSum=1.612;SC=GCGGGGGAAAGTCACCCCTTC;SOR=0.831;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=752;TCF=403;TCR=349;TR=748;WE=61958677;WS=61958659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,785:1.00:787
chr17	61986027	rs2854152	A	G	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.91;MQRankSum=-0.959;NF=24;NR=5;PP=557;ReadPosRankSum=-1.606;SC=CTTACACCAAATTACCCCAAT;SOR=0.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=29;WE=61986035;WS=61986017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr17	61987405	rs2006122	A	T	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.276;NF=52;NR=35;PP=1278;ReadPosRankSum=0.308;SC=ATGAAGAATAAGGTGAGTTCT;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=97;TCR=66;TR=87;WE=61987413;WS=61987395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,100:0.55:182
chr17	61996255	rs2005172	A	C	6518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FS=1.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-1.185;QD=12.42;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,308:0.59:525
chr17	62006497	rs1051684	A	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=186;ReadPosRankSum=0.300;SC=TGGGGGGTCCAGGAAAGGGGT;SOR=0.446;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=13;WE=62006505;WS=62006487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr17	62007498	rs2070776	A	G	8119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.116;SC=ACTTCTGCTGACAGAAGTAGA;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=582;TCF=338;TCR=244;TR=356;WE=62007506;WS=62007488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,369:0.61:606
chr17	62019103	rs56342400	G	T	10389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=711;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=226;NR=198;PP=2962;ReadPosRankSum=1.159;SC=ACATATCATCGATGCCCGACT;SOR=0.597;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=660;TCF=356;TCR=304;TR=424;WE=62019111;WS=62019093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,459:0.65:709
chr17	62020348	rs2058194	T	C	6545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=0.099;SC=TGGCTCTGGTTGTCTGTCTCC;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=451;TCF=238;TCR=213;TR=287;WE=62020356;WS=62020338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,300:0.65:463
chr17	62020563	.	CAGAGATGACAG	C	1006.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.812;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.672;NF=0;NR=54;PP=2984;ReadPosRankSum=0.213;SC=ACAGAGATGACAGAGATGACA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=81;TCF=2;TCR=79;TR=54;WE=62020585;WS=62020539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,42:0.58:72
chr17	62022659	rs58028318	A	AG	2503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=19;PP=2503;SC=GTACAACGAGAGGACCGGGGT;SOR=2.206;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=57;WE=62022667;WS=62022649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	62041068	rs6504191	T	C	4734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=97;NR=55;PP=2334;SC=TCTCCGCTGCTGCTCTGCCTC;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=98;TCR=55;TR=152;WE=62041076;WS=62041058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	62041317	rs2331408	G	T	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=29;PP=857;SC=CAAACTTAGTGCAGGTGGGGG;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=62041325;WS=62041307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	62042078	rs2877373	T	C	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=19;PP=570;SC=TCCCATGACGTCCACCTCCTT;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=62042086;WS=62042068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	62045293	rs11418006	C	CA	727.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,52:0.75:69
chr17	62048467	rs2302236	A	G	3760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=75;NR=54;PP=1997;SC=CCAGGCCTGCACATGGTACGG;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=75;TCR=54;TR=129;WE=62048475;WS=62048457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr17	62049235	rs9892013	A	G	2905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=56;PP=1739;ReadPosRankSum=-0.548;SC=GCCGGCCGGGACAGGCATGTC;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=86;WE=62049243;WS=62049225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr17	62075994	rs76735942	G	GA	5799.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=52;PP=2979;SC=CACTGGCCGGGGGGGTTGGGG;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=84;WE=62076002;WS=62075984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	62079286	rs12939821	G	A	10009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr17	62080969	rs4141180	A	C	7847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=155;NR=109;PP=2965;SC=AAAGTGACTTATCACTCCCAA;SOR=1.035;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=155;TCR=109;TR=264;WE=62080977;WS=62080959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr17	62083929	rs6504194	A	G	6655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=138;NR=97;PP=2965;SC=CACAGGGAACAGGGCACCCCC;SOR=0.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=138;TCR=97;TR=235;WE=62083937;WS=62083919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr17	62121480	rs196912	T	C	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.425;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,31:0.29:108
chr17	62122145	rs196915	A	G	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	62122677	rs196917	G	A	3687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=35;PP=2557;SC=AGGCGGCAGCGACTTTTGCAA;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=93;TCR=35;TR=128;WE=62122685;WS=62122667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	62123022	rs196918	C	T	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=27;PP=739;SC=CTGTTCCTCACGAAGCACAGG;SOR=3.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=62123030;WS=62123012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	62125272	rs196923	A	G	5014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr17	62130389	rs10689374	G	GCCT	1434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=19;PP=1055;SC=GCAACCCCAGGCCTCCTCCAA;SOR=2.765;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=21;WE=62130397;WS=62130379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	62130937	rs196929	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=59;ReadPosRankSum=0.691;SC=CTCAAGTTCATTGCCTCATAT;SOR=0.346;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=6;WE=62130945;WS=62130927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr17	62132309	rs196931	C	T	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=9;PP=270;SC=AGGCACTGCACCCCAGACTGC;SOR=1.061;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=15;WE=62132317;WS=62132299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	62132330	rs4968607	G	A	325.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.590;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=188;ReadPosRankSum=1.914;SC=TGCTCAGCAAGAGCCTGCCAG;SOR=0.829;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=14;WE=62132338;WS=62132320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr17	62141455	rs187826	A	G	5749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr17	62144344	rs16947425	C	A	4417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.864;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=120;PP=2796;ReadPosRankSum=0.142;SC=ATCTTGCAACCACATCCTCTA;SOR=0.477;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=308;TCF=108;TCR=200;TR=191;WE=62144352;WS=62144334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,200:0.63:319
chr17	62145672	rs196939	A	G	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.763;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=394;ReadPosRankSum=-2.448;SC=CAGACCAGCCAGCCCATTACC;SOR=0.856;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=99;TCF=58;TCR=41;TR=33;WE=62145680;WS=62145662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,34:0.29:117
chr17	62145728	rs196940	A	G	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.168;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=285;ReadPosRankSum=1.404;SC=TTATCTAATTATAACAAACAA;SOR=1.131;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=24;WE=62145736;WS=62145718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,26:0.30:86
chr17	62156933	rs196947	T	C	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=6;PP=548;SC=AAGCTCCAGGTGGGAGACACA;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=62156941;WS=62156923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	62158012	rs196950	T	C	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=-1.260;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,41:0.31:134
chr17	62158278	rs196951	T	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-1.252;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,16:0.21:76
chr17	62158300	rs196952	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.349;SOR=1.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,10:0.18:57
chr17	62158319	rs196953	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=1.071;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr17	62232073	rs4968693	A	T	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=34;PP=2165;SC=GGATATTAATAAAAAAACCAT;SOR=1.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=78;TCR=34;TR=112;WE=62232081;WS=62232063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	62254983	rs1967130	G	A	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=19;PP=511;SC=GTCCCACATTGTATTGGTGAC;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=62254991;WS=62254973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	62265838	rs36104018	TC	T	3634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=55;PP=2370;SC=GTAAGCGGACTCCCTGAGAAA;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=2;TCR=55;TR=57;WE=62265846;WS=62265828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	62270785	rs2166290	T	C	3163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=27;PP=2009;SC=GTCATGAGAATGCACATTAGG;SOR=2.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=80;TCR=27;TR=107;WE=62270793;WS=62270775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	62385606	rs12952899	C	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=-1.592;QD=16.05;ReadPosRankSum=1.097;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
chr17	62385609	rs113369705	A	AAAAC,AAAACAAAC	2600.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.33;QD=44.84;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,45,13:0.78,0.22:58
chr17	62385918	rs112933893	C	A	3968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.487;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.945;NF=87;NR=91;PP=2650;ReadPosRankSum=3.248;SC=TCTTTGAGTGCCTGAGGGGAA;SOR=0.634;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=264;TCF=128;TCR=136;TR=178;WE=62385926;WS=62385908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,175:0.68:258
chr17	62386078	rs28670385	T	C	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=39;NR=59;PP=1870;SC=GGAAAGGAAATTGGCCACTAT;SOR=1.279;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=39;TCR=59;TR=98;WE=62386086;WS=62386068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	62401118	rs2812	T	C	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=1.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=2.534;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,40:0.28:145
chr17	62406971	rs2070783	A	G	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.800;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,35:0.34:104
chr17	62461735	rs8067243	C	T	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.024;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=43;PP=1060;ReadPosRankSum=0.422;SC=TACAGACATACGGGAGTGGGG;SOR=1.563;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=79;TCF=23;TCR=56;TR=58;WE=62461743;WS=62461725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,64:0.76:84
chr17	62463825	rs199721035	T	TG	2558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=35;PP=1750;SC=CTGAGGCAGGTGATTACTTGA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=39;WE=62463833;WS=62463815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	62476375	rs9908620	A	C	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=661;ReadPosRankSum=-1.208;SC=TCTTGAATAAATACACTCTTT;SOR=0.465;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=47;WE=62476383;WS=62476365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,54:0.76:71
chr17	62476638	rs7225672	T	C	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=-0.771;SC=TATGTGATGTTAATGTTTATA;SOR=0.129;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=14;WE=62476646;WS=62476628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr17	62479028	rs70937066	T	TA	1350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.739;NF=9;NR=14;PP=873;ReadPosRankSum=0.051;SC=TAAACTCATTTAACTCACCTG;SOR=0.873;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=23;WE=62479036;WS=62479018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,54:0.58:93
chr17	62481801	rs7223078	A	G	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-4.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.455;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=6;PP=627;ReadPosRankSum=-0.928;SC=AAACAAACCCATATTTTTAGT;SOR=0.382;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=60;TCR=10;TR=41;WE=62481809;WS=62481791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,49:0.58:85
chr17	62492413	rs3744409	A	G	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=6.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.33;ReadPosRankSum=-1.346;SOR=0.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,75:0.57:131
chr17	62492582	rs1427463	C	T	6021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.497;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.660;SC=TCAAGAAATGCTACTAGCTGT;SOR=0.894;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=446;TCF=242;TCR=204;TR=270;WE=62492590;WS=62492572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,282:0.61:464
chr17	62499701	rs9896462	G	C	2863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=64;PP=1690;ReadPosRankSum=-0.320;SC=TAAGGAAAGAGAAACAGCTTT;SOR=0.557;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=163;TCF=63;TCR=100;TR=107;WE=62499709;WS=62499691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,123:0.68:181
chr17	62500753	rs2075552	C	T	3917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=65;PP=2242;ReadPosRankSum=-0.763;SC=CTAGAATCCACGATCGAGTTA;SOR=0.643;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=234;TCF=141;TCR=93;TR=160;WE=62500761;WS=62500743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,177:0.68:259
chr17	62501006	rs6504237	C	T	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=41;PP=874;ReadPosRankSum=1.699;SC=TGGCTATACCCAGGTTTCTGT;SOR=1.096;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=89;TCF=24;TCR=65;TR=54;WE=62501014;WS=62500996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,65:0.65:100
chr17	62501856	rs16947825	C	G	6721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=0.316;SC=CCTCCCGAAACGCCGCACCTA;SOR=0.617;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=499;TCF=284;TCR=215;TR=293;WE=62501864;WS=62501846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,311:0.60:517
chr17	62501928	rs2075551	C	G	9013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FS=1.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=-1.828;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,426:0.60:711
chr17	62501967	rs2075550	A	G	7575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.75;ReadPosRankSum=-0.327;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,369:0.62:594
chr17	62503131	rs3744407	T	C	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=444;ReadPosRankSum=0.234;SC=CGCGCCCCAGTGTCGGGTCTG;SOR=0.900;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=33;WE=62503139;WS=62503121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,43:0.77:56
chr17	62528251	rs71831837	G	GT	513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.852;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=1.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,39:0.63:62
chr17	62541858	.	G	C	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.99;ReadPosRankSum=-1.337;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,37:0.93:40
chr17	62574803	rs112909827	A	G	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=563;ReadPosRankSum=2.556;SC=CAAATTACCAATCTATTTTAT;SOR=1.127;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=31;WE=62574811;WS=62574793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr17	62587143	rs8068867	T	C	2375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.740;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=31;PP=1321;ReadPosRankSum=-1.729;SC=TTAAAAGGTATTTTACACTTT;SOR=0.827;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=121;TCF=79;TCR=42;TR=91;WE=62587151;WS=62587133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,105:0.75:140
chr17	62754586	rs9908143	T	C	9751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=165;NR=164;PP=2965;SC=TAAGTTTTCATCCCTTTCCAA;SOR=0.761;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=329;TCF=165;TCR=164;TR=329;WE=62754594;WS=62754576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr17	62758626	rs189498994	T	A	3415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=2.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.77;MQRankSum=-0.955;QD=14.47;ReadPosRankSum=-0.268;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,142:0.60:236
chr17	62758984	rs11374577	G	GC	1091.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=26;PP=1179;SC=TAAGTTAAAAGTAAAGCTAAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=26;WE=62758992;WS=62758974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	62782689	rs6504255	T	C	2933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.39;QD=26.43;SOR=1.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	62796112	.	C	T	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.353;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.648;NF=27;NR=21;PP=539;ReadPosRankSum=-0.776;SC=CAGAGCAAGTCGGCACCTGCG;SOR=0.689;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=169;TCF=95;TCR=74;TR=48;WE=62796120;WS=62796102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,54:0.29:188
chr17	62855003	.	T	TA	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.959;QD=0.71;ReadPosRankSum=-1.272;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,31:0.19:161
chr17	62924044	rs6504263	G	A	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=55;PP=1509;SC=ATACACTTACGTTACAAATTC;SOR=4.375;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=5;TCR=55;TR=60;WE=62924052;WS=62924034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	62952689	rs3960389	C	G	3248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.36;QD=26.85;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	63052344	rs12945514	G	T	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=16;PP=998;SC=GCGACACAGCGGACCAGGGCG;SOR=0.859;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=45;WE=63052352;WS=63052334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	63052361	rs7216195	C	G	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=21;PP=1031;SC=GGCGGTGCCCCGCCCCGCACC;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=52;WE=63052369;WS=63052351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	63133804	rs2585858	A	G	3554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=61;PP=2158;SC=AGGAGTGGAGAGCACCCCTTT;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=67;TCR=61;TR=127;WE=63133812;WS=63133794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	63532767	rs28684769	C	G	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=49;PP=1503;SC=CTATTCTGCTCAGAGAGAGAG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=70;WE=63532787;WS=63532757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	63532779	.	T	TA	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.386;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=0.282;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr17	63532914	rs28760438	A	G	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=13;PP=883;SC=CTGCAAAAACAGCCATTCCCA;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=49;WE=63532922;WS=63532904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	63533768	rs1133683	G	A	6666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=69;PP=2589;SC=AGCGGGAGCGGGGGCTATAGC;SOR=0.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=134;WE=63533776;WS=63533758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	63533789	rs9915936	T	C	6676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=69;PP=2189;SC=GGCCTACGCCTGGAGACTGGC;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=69;TCR=69;TR=138;WE=63533797;WS=63533779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr17	63534250	rs8078753	T	C	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=43;NR=16;PP=1100;SC=ACGCACCCCATGCACATGCGC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=59;WE=63534258;WS=63534240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	63534538	rs4541111	C	A	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=22;PP=639;SC=GAGCTTCCCGCACCAGGCGCT;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=63534546;WS=63534528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	63554591	rs2240308	G	A	12759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=220;NR=242;PP=2965;SC=GAAGAGACAGGCATGGGTTTG;SOR=0.907;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=462;TCF=220;TCR=242;TR=462;WE=63554599;WS=63554581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
chr17	63739352	rs12948946	A	G	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.32;ReadPosRankSum=0.766;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,70:0.67:104
chr17	64001925	rs1015098	G	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.946;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,12:0.20:61
chr17	64023483	rs11079627	A	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=151;ReadPosRankSum=-0.179;SC=TGACAGAGCAAGACTCTGTCT;SOR=0.706;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=9;WE=64023501;WS=64023473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr17	64023493	rs35334393	T	TA	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=1.065;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,20:0.31:64
chr17	64023552	rs12449542	A	C	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.565;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.841;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,29:0.30:98
chr17	64023624	rs17704679	T	C	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.484;NF=20;NR=22;PP=609;ReadPosRankSum=-2.346;SC=ATTACCTTTTTTTCATAGATG;SOR=0.512;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=42;WE=64023632;WS=64023614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,46:0.70:66
chr17	64023642	rs11079628	A	G	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.397;NF=7;NR=10;PP=216;ReadPosRankSum=1.523;SC=ATGTGTTTTAAATGACTTTTC;SOR=0.698;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=17;WE=64023650;WS=64023632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr17	64023781	rs11079629	C	T	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=4;PP=67;SC=TGTCAAACTTCAGTTCAGAGT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=64023789;WS=64023771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	64024255	rs56239919	A	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=73;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=338;SC=CTACATCTCAAAGCATCAATC;SOR=4.174;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=16;WE=64024263;WS=64024254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	64024303	rs4277386	G	A	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=531;ReadPosRankSum=-1.358;SC=TATACAATGCGATAAAAGAAT;SOR=0.586;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=31;WE=64024311;WS=64024293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chr17	64024340	rs9901053	T	C	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.012;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=869;ReadPosRankSum=-0.082;SC=CATTTCTGAGTTTTATTTTTT;SOR=1.410;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=56;WE=64024348;WS=64024330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,61:0.77:79
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chr17	64025435	rs60700240	T	TTAATCA	398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.227;NF=0;NR=7;PP=404;ReadPosRankSum=0.676;SC=ATGAAATTTTTTAATCAGCTA;SOR=0.838;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=7;WE=64025443;WS=64025425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
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chr17	64049733	rs1401049	A	G	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=911;ReadPosRankSum=1.345;SC=GTAGGAAGGTAAAGTTTTTCT;SOR=0.763;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=69;TCR=32;TR=56;WE=64049741;WS=64049723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,60:0.54:112
chr17	64050007	rs11079637	G	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=367;ReadPosRankSum=0.203;SC=GCTACATCAGGAAATCAAGAG;SOR=0.839;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=26;WE=64050015;WS=64049997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr17	64050062	rs1401048	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=165;ReadPosRankSum=0.426;SC=GTAATTCAGCGGAAAAAATGG;SOR=1.214;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=9;WE=64050070;WS=64050052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr17	64062830	rs908713	T	A	2957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=37;PP=1547;SC=ATCAAATTTTTTTCTCCACAT;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=58;TCR=37;TR=95;WE=64062838;WS=64062820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	64173170	rs2159557	A	G	2445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.47;ReadPosRankSum=0.218;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,109:0.64:169
chr17	64179537	rs77237016	T	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=161;ReadPosRankSum=1.203;SC=TCTCCCCAAATTGACCTGTAG;SOR=0.582;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=9;WE=64179545;WS=64179527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr17	64208230	rs6933	G	A	2891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=1.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.57;ReadPosRankSum=-1.651;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,145:0.58:250
chr17	64208396	rs1558359	G	A	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=598;ReadPosRankSum=0.742;SC=TACATTTTACGAGTATATAGA;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=35;WE=64208404;WS=64208386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr17	64210528	rs1544556	G	A	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=20;PP=918;ReadPosRankSum=-1.280;SC=TTATGATGACGGGCAAGTGGG;SOR=0.705;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=78;TCF=54;TCR=24;TR=62;WE=64210536;WS=64210518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,71:0.76:94
chr17	64213104	rs2041398	A	G	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=1039;ReadPosRankSum=-0.037;SC=TTTATTCAATAAGACATATTA;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=37;TCR=62;TR=62;WE=64213112;WS=64213094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,71:0.63:112
chr17	64216644	rs3744317	G	A	3263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.025;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=51;PP=2041;ReadPosRankSum=1.382;SC=GCCCTACCATGCGTATTTTGT;SOR=0.466;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=220;TCF=147;TCR=73;TR=141;WE=64216652;WS=64216634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,148:0.63:235
chr17	64684265	rs17689224	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=129;ReadPosRankSum=-1.433;SC=ACTCCTGTAGCGCTTTGCTTG;SOR=1.096;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=10;WE=64684273;WS=64684263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr17	64685078	rs2227857	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=2.188;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,29:0.21:136
chr17	64731527	rs112091316	G	A	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=21;PP=1146;ReadPosRankSum=0.638;SC=TCACTGAGCCGTCACCTGGCC;SOR=0.486;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=101;TCF=73;TCR=28;TR=74;WE=64731535;WS=64731517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,86:0.75:115
chr17	64735035	rs5821506	C	CT	4578.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.191;NF=15;NR=79;PP=2563;ReadPosRankSum=-0.054;SC=TGGAAACTTCCTTTTTTCCCC;SOR=0.574;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=110;TCF=15;TCR=95;TR=94;WE=64735049;WS=64735025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,198:0.98:203
chr17	64735143	rs4324167	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.384;NF=4;NR=10;PP=168;ReadPosRankSum=-0.438;SC=TGGGACTACAGGCACACACCA;SOR=0.752;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=14;WE=64735151;WS=64735133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr17	64737717	rs3803821	T	A	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=702;ReadPosRankSum=0.006;SC=TTTGAGAATGTAAAGTATACA;SOR=0.592;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=211;TCF=120;TCR=91;TR=63;WE=64737725;WS=64737707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,63:0.27:232
chr17	64738635	rs61761552	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=-1.115;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,12:0.16:75
chr17	64783081	rs6504459	G	A	9104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=171;NR=155;PP=2965;SC=GGCTGTTTCTGTCTGCAAAGG;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=327;TCF=171;TCR=156;TR=326;WE=64783089;WS=64783071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr17	64785191	rs11420909	T	TG	1700.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.263;NF=0;NR=33;PP=1508;ReadPosRankSum=1.791;SC=AGGAGGCCGGTGCCCCTGGCT;SOR=1.341;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=33;WE=64785199;WS=64785181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,65:0.97:67
chr17	65026515	rs2240648	A	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=201;ReadPosRankSum=1.210;SC=TGCCCGTCCCACTGTGGGTCT;SOR=0.426;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=18;WE=65026523;WS=65026505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr17	65027740	rs740555	G	C	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.320;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=59;PP=1259;ReadPosRankSum=-1.760;SC=CGCTGTCCCGGGGCCAGCTTC;SOR=0.586;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=359;TCF=174;TCR=185;TR=121;WE=65027748;WS=65027730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,128:0.34:382
chr17	65051104	rs11322532	CA	C	779.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.235;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.479;NF=15;NR=5;PP=561;ReadPosRankSum=0.288;SC=GACACACACACAATGACACAC;SOR=1.169;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=20;WE=65051112;WS=65051094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,32:0.32:100
chr17	65051180	rs2363844	A	G	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.04;MQRankSum=1.453;NF=47;NR=29;PP=756;ReadPosRankSum=1.945;SC=AAGAGCTCCCATGCTGAGGCC;SOR=0.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=236;TCF=141;TCR=95;TR=76;WE=65051188;WS=65051170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,81:0.32:250
chr17	65074354	rs35467630	G	GA	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.528;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.219;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr17	65104666	rs11657929	T	G	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=434;ReadPosRankSum=0.831;SC=CAGTCTGCCCTCACTGGCGGC;SOR=0.502;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=143;TCF=91;TCR=52;TR=46;WE=65104674;WS=65104656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,54:0.34:161
chr17	65104743	rs11653020	G	A	6513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=127;NR=95;PP=2965;SC=TGGGTATGGAGCGCTGCCCTG;SOR=0.826;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=224;TCF=129;TCR=95;TR=222;WE=65104751;WS=65104733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr17	65116491	rs12709454	T	C	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.958;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,59:0.36:166
chr17	65119931	rs148790310	C	CTG,CTGTGTGTG	591.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.45;ReadPosRankSum=1.598;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,17,16:0.39,0.36:44
chr17	65142070	rs34812114	G	GA	473.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.863;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=2.039;NF=0;NR=19;PP=189;ReadPosRankSum=-0.112;SC=TCACCCATAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.002;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=73;TCF=2;TCR=71;TR=19;WE=65142078;WS=65142060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,37:0.35:106
chr17	65145874	rs3213754	A	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=275;ReadPosRankSum=-0.464;SC=TTGAAGTACTAAAGTTATAAT;SOR=0.861;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=19;WE=65145882;WS=65145864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,19:0.28:68
chr17	65156919	rs1035176	G	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=75;ReadPosRankSum=1.244;SC=AGAGCTGCATGAAAACTGTCT;SOR=0.474;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=10;WE=65156927;WS=65156909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr17	65157277	rs2287127	A	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=8.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=-1.398;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr17	65211876	rs10512514	A	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.345;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=0.757;SC=TGGGAATGTCATCATCCAAAT;SOR=1.527;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=7;WE=65211884;WS=65211866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr17	65341976	rs62086002	A	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.424;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr17	65342066	rs17647947	T	C	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=225;ReadPosRankSum=1.691;SC=ATATATCCATTTCAAATTTTA;SOR=0.622;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=20;WE=65342074;WS=65342056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr17	65362552	rs11079691	T	A	2946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=81;PP=1939;ReadPosRankSum=0.678;SC=CACACTCGGGTAGGCGCTGAT;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=512;TCF=265;TCR=247;TR=168;WE=65362560;WS=65362542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:372,175:0.32:547
chr17	65528801	rs2304278	C	T	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=7;PP=669;SC=ATGTGGCTGCCTTCTCTTCTC;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=65528809;WS=65528791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	65548540	rs2916133	G	T	4999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr17	65549847	rs2570046	A	G	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=28;PP=780;SC=GAATAATTCCAAGTCAGAAAT;SOR=2.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=65549855;WS=65549837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	65574283	rs2570035	A	G	2159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=1.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,123:0.34:366
chr17	65574437	rs8082003	A	G	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.869;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=758;ReadPosRankSum=0.723;SC=AGCACTTCTCACAGCCCCTCT;SOR=0.415;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=157;TCF=60;TCR=97;TR=62;WE=65574445;WS=65574427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,65:0.39:166
chr17	65628456	.	G	A	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=521;ReadPosRankSum=1.703;SC=ATCTCTCGTCGTGTGGATTCA;SOR=0.500;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=123;TCF=40;TCR=83;TR=42;WE=65628464;WS=65628446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,51:0.38:136
chr17	65665608	rs36013607	AT	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=4.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=0.893;SOR=1.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr17	65714359	rs3760226	G	A	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=40;PP=1197;SC=AGTGAGGTCTGGAATCTGGCT;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=43;WE=65714367;WS=65714349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	65718798	rs5821454	TA	T	202.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.692;NF=3;NR=9;PP=142;ReadPosRankSum=-0.876;SC=GAAATTTCTTTAAAAAAAAAA;SOR=1.765;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=12;WE=65718806;WS=65718788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr17	65718839	rs999043	C	T	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=24.98;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	65722849	rs3744268	G	A	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=27;PP=704;SC=TTTTCATTTCGTTATTACCCA;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=65722857;WS=65722839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	65730404	rs4790943	G	A	3965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	65732959	rs7223990	A	G	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=8;PP=260;SC=TATCCTTACAACTCTTAGAGC;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=65732967;WS=65732949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	65734514	rs1542610	A	G	5129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=75;NR=107;PP=2965;SC=TCTTTATAGGATATAGTTATA;SOR=1.208;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=75;TCR=107;TR=182;WE=65734522;WS=65734504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr17	65735872	rs12948027	A	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=9;PP=222;SC=CACTGCAGCTAGAAATGGGGA;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=65735880;WS=65735862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	65736725	rs11439892	C	CA,CAAA	353.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.500;QD=17.69;ReadPosRankSum=-1.610;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,7,11:0.35,0.55:20
chr17	65737016	rs34886243	CT	C	318.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.516;QD=13.86;ReadPosRankSum=-0.685;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chr17	65739789	rs2286917	A	G	3693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=68;NR=57;PP=2136;SC=TCCTTAAATAACTTACTCATG;SOR=0.766;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=69;TCR=57;TR=125;WE=65739797;WS=65739779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr17	65821481	rs12945266	C	T	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.912;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=20;PP=1004;ReadPosRankSum=-1.911;SC=AGCCCAGGCGCCCAGGGCTCC;SOR=0.493;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=101;TCF=74;TCR=27;TR=70;WE=65821489;WS=65821471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,72:0.69:104
chr17	65882457	rs8072824	T	A	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=31;PP=713;ReadPosRankSum=0.116;SC=CATCCATTCCTTTAAAGGGAA;SOR=0.960;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=41;WE=65882465;WS=65882447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,41:0.72:57
chr17	65944515	rs11870068	A	C	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=43;PP=802;ReadPosRankSum=0.964;SC=TTAAAATTTCAGTATGTTTTC;SOR=1.096;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=95;TCF=35;TCR=60;TR=65;WE=65944523;WS=65944505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,72:0.68:106
chr17	65955651	rs8068790	T	C	4351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=53;PP=2535;SC=CTTTAATTGATAACAGGAAGA;SOR=1.130;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=87;TCR=54;TR=139;WE=65955659;WS=65955641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	65962538	rs5821446	A	AT	2032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=13;PP=1596;SC=TTAGGTAACTATTACTAGAGC;SOR=1.839;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=38;WE=65962546;WS=65962528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	65972188	rs61489754	TA	T	571.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.69;QD=20.42;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	65988049	rs9891146	T	C	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.604;NF=41;NR=35;PP=1084;ReadPosRankSum=-0.890;SC=TGGGTATGAATTGCACCTTGA;SOR=0.761;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=222;TCF=122;TCR=100;TR=76;WE=65988057;WS=65988039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,82:0.35:236
chr17	65989048	rs28368756	T	C	6412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr17	66036934	rs75756883	A	AT	2661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=17.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.513;QD=13.79;ReadPosRankSum=2.278;SOR=0.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,154:0.80:193
chr17	66036943	rs141699894	T	TG	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=26.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=-0.399;QD=0.56;ReadPosRankSum=-1.237;SOR=2.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,31:0.15:209
chr17	66038181	rs62084696	C	G	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.551;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,61:0.33:187
chr17	66038556	rs62084697	G	A	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.625;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=56;PP=1449;ReadPosRankSum=1.310;SC=TAGTGACTTTGTCAAGTTTTG;SOR=0.635;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=65;TCR=82;TR=100;WE=66038564;WS=66038546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,112:0.69:163
chr17	66039350	rs4638	A	G	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;PP=903;ReadPosRankSum=-1.143;SC=ATCCAGAAGTATTAGCAGATA;SOR=0.722;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=248;TCF=133;TCR=115;TR=76;WE=66039358;WS=66039340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,80:0.29:274
chr17	66039618	rs35594666	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=143;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TCAGGAGTTCGAGACCAGCCT;SOR=0.804;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=10;WE=66039626;WS=66039608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr17	66040400	rs138710933	C	G	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=8.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=1.467;SOR=1.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,40:0.22:182
chr17	66042639	rs138669765	T	A	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.910;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.268;NF=37;NR=18;PP=813;ReadPosRankSum=0.615;SC=GATCAAAACGTTGTACCAGAA;SOR=0.910;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=55;WE=66042647;WS=66042629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,61:0.70:87
chr17	66122027	rs374673808	TA	T	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=0.017;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr17	66195421	rs71387380	A	G	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;SC=GGGCCCCGACAGCACCCCCGC;SOR=1.036;Source=Platypus;TCF=44;WE=66195429;WS=66195411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	66246416	rs3213690	A	G	3138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=32;PP=2146;SC=TGAGAAATTAAATGCTGGGGA;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=70;TCR=32;TR=102;WE=66246424;WS=66246406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	66247426	rs58359332	A	ACTGTATAG	1121.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=1204;SC=GATATTTAAAATATTTTCAGT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=15;WE=66247434;WS=66247416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	66265367	rs199555462	T	C	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.73;QD=27.03;SOR=6.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	66267691	rs7222013	A	T	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=21;PP=928;SC=CCTCTGATAAAGATGGGTCTG;SOR=1.034;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=53;WE=66267699;WS=66267681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	66342876	rs11077495	C	T	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=2;PP=695;SC=CGATGTGGGGCGGTGCACCTG;SOR=3.545;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=66342884;WS=66342866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	66342985	rs12601520	G	T	3458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=40;PP=2062;SC=CCTCTTTGAGGGGCAGAGGCT;SOR=1.281;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=70;TCR=40;TR=109;WE=66342993;WS=66342975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	66364691	rs1558876	C	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=1;PP=480;SC=TGTTTCAGCACCAGCGGGAGG;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=66364699;WS=66364681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	66364749	rs1558877	T	C	2506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=17;PP=1588;SC=TGCCCTTACCTGTGACTCAGC;SOR=2.196;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=63;TCR=17;TR=80;WE=66364757;WS=66364739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	66364804	rs1558878	T	C	5850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=121;NR=93;PP=2965;SC=TGCAGGGCTCTGGGAGATGGA;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=121;TCR=93;TR=214;WE=66364812;WS=66364794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr17	66420766	rs3785605	T	C	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=28;PP=856;SC=CCTGTAATCCTAGCACTTTGG;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=66420774;WS=66420756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	66422383	.	T	TGG	207.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.04;ReadPosRankSum=-1.085;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr17	66422388	rs3744304	A	G	217.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.16;ReadPosRankSum=-1.085;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr17	66422390	rs1006226	C	G	217.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=31.06;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr17	66425995	rs3785610	T	G	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.42;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	66425995	.	TCC	GCT	1708	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=30;NR=15;PP=1708;QD=39.1437305525;SC=CTCCCAAGGTTCCGGGATTAC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=45;WE=66426005;WS=66425985;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr17	66425997	rs3785611	C	T	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.67;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	66430923	rs10445211	A	G	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=27;PP=811;SC=TATGTGCCATATCAACAATTC;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=66430931;WS=66430913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	66447073	rs2302783	T	C	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=26;PP=583;SC=TTACATGGATTGATCACTTCC;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=66447081;WS=66447063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	66449122	rs883541	G	A	2738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	66453305	rs71378928	C	G	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=1;PP=976;SC=GTGGGGGGTGCGGCAAACCCC;SOR=5.610;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=35;WE=66453313;WS=66453295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	66453344	rs76441646	C	T	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.18;SOR=2.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	66518780	rs17550507	TA	T	354.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=356;SC=CCTCTTAACTTACATTGTTAA;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=66518788;WS=66518770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	66519857	rs35723852	C	CT	1110.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=15;PP=909;SC=ACCTTCAGTTCTTTTCTAGGT;SOR=0.788;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=23;WE=66519865;WS=66519847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	66524987	rs2302230	G	A	4410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr17	66526027	rs2302231	G	T	2616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=3.174;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.23;ReadPosRankSum=0.369;SOR=0.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr17	66526316	rs2302233	A	T	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=5;PP=693;SC=TAATGAAATTACTGATTGTCT;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=66526324;WS=66526306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	66533655	rs2907373	A	G	5744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=127;NR=75;PP=2965;SC=GTCTGGGGCCAACTGTTCCAC;SOR=1.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=127;TCR=75;TR=202;WE=66533663;WS=66533645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr17	66536212	rs3214285	CAG	C	1472.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=22;PP=1019;SC=ACTTGAGAGACAGGGGTGTGA;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=66536227;WS=66536202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	66536219	rs2286558	G	C	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=22;PP=622;SC=AGACAGGGGTGTGAACGAAGC;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=66536227;WS=66536202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	66547829	rs10675641	A	AATTATT	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	66596463	rs986099	C	T	8982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=174;NR=138;PP=2965;SC=TGGCCAGGAGCGAGTCCTCGG;SOR=0.847;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=313;TCF=175;TCR=138;TR=312;WE=66596471;WS=66596453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr17	66872802	rs1481	G	C	4220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=64;PP=2349;SC=AGGTCTTCACGGGAGACTTCA;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=85;TCR=64;TR=149;WE=66872810;WS=66872792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	66880081	rs8080098	A	G	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=9;PP=229;SC=TTCAATATCAAAGATATACTA;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=66880089;WS=66880071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	66880371	rs1470293	G	A	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=20;SC=ATAGATACCTGTATCTCTAAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=66880379;WS=66880361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	66883719	rs6501839	A	G	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=45;PP=1266;SC=AACTATTCAAACAAAACCTTT;SOR=2.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=56;WE=66883727;WS=66883709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	66890117	rs4148000	C	G	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=2;PP=113;SC=ATGTTTTGTTCATTTTATTTT;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=66890125;WS=66890107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	66925116	rs4147980	G	A	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	66933003	rs4147967	C	T	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=9;PP=879;SC=TAGTGATGCTCTAATTTGGCA;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=66933011;WS=66932993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	66978907	.	A	G	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	66985383	.	C	CCT	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.51;MQRankSum=-0.000;QD=15.17;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr17	66985399	.	A	T	117	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=0.9991;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=22;MQ=61.7;NF=1;NR=2;PP=117;QD=50.5904041824;SC=TCTCTCTCTCACACACACACA;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=3;WE=66985407;WS=66985389;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:14,3:0.18:17
chr17	66986162	rs9902444	A	C	3255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.83;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	66987202	rs2302293	A	T	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=35;PP=992;SC=AGATTCATTCAGAGCACAACA;SOR=3.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=40;WE=66987210;WS=66987192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	67017819	rs146273534	G	GTCCT	1767.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.70;QD=41.11;SOR=1.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	67020526	rs7221250	A	G	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.82;QD=25.93;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	67023385	rs16973521	C	G	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=25;PP=1177;SC=AGTTCTCTTACATTTATCATT;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=67023393;WS=67023375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	67023755	rs6501947	A	G	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=10;PP=628;SC=TTTTATGGCTATGTGACATCT;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=67023763;WS=67023745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	67024585	rs12940103	T	C	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=32;PP=1250;SC=GGATTACAGGTGTGAGCCACC;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=79;WE=67024593;WS=67024575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	67024799	rs8066758	T	A	2183.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.271;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=68;PP=1606;ReadPosRankSum=0.419;SC=GGCATGATTTTAAAAAAAATT;SOR=1.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=38;TCR=70;TR=104;WE=67024807;WS=67024785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,97:0.96:101
chr17	67108362	rs9282553	C	G	5584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr17	67109833	rs9282554	T	A	2808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	67119593	rs4603621	G	C	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=22;PP=650;SC=AATAGTAAAAGAATGCGCAAA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=67119601;WS=67119583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	67125840	rs4968839	C	T	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	67132022	rs7219200	T	C	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=26;PP=1327;ReadPosRankSum=1.753;SC=TGCATCTGCATGCTCAACACA;SOR=0.555;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=61;TCR=26;TR=86;WE=67132030;WS=67132012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr17	67145190	rs3842375	TGA	T	4035.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=39;PP=2320;SC=CAAGGTAGCCTGAGAGAGGCT;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=45;WE=67145199;WS=67145180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	67145241	rs75706760	G	A	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=33;PP=1310;SC=TGCATGTAAAGAGACTGACAT;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=79;WE=67145249;WS=67145231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	67149557	rs12601012	A	T	6252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr17	67149973	rs10491178	G	A	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=35;PP=1757;SC=TCTCTGTACCGTGAAATACTG;SOR=1.199;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=65;TCR=35;TR=100;WE=67149981;WS=67149963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	67150118	rs16973656	C	T	4418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=76;PP=2450;SC=CATGCTGTTGCCTTACTGATG;SOR=0.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=69;TCR=76;TR=145;WE=67150126;WS=67150108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	67150176	rs2886232	T	C	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=49;PP=1639;SC=AATGTCAGATTCACCTTTGGT;SOR=1.265;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=84;WE=67150184;WS=67150166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	67152893	rs10605889	CAAAT	C	534.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=456;SC=AAAACAAAAACAAATAAATAA;SOR=2.833;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=9;WE=67152904;WS=67152883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	67170736	rs740520	A	G	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=8;SC=TGTGGAAAAAATGATCACTTA;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=67170744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	67178316	rs4968849	A	G	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.75;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	67178954	rs4968851	C	T	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	67178976	rs200637080	GAA	G	569.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.35;ReadPosRankSum=0.229;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,24:0.86:28
chr17	67188565	rs12602962	A	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=450;SC=GTTAATGAGGAAGACATTTTG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=67188584;WS=67188555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	67188576	rs8070232	A	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=2;PP=440;SC=AGACATTTTGAGCTGTTTATT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=67188584;WS=67188555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	67188668	rs8074259	T	C	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=30;PP=1126;SC=CATATTAATATGCTCATTTAA;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=76;WE=67188676;WS=67188658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	67190536	rs113082690	AACAG	A	5593.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=42;PP=2947;SC=CTTCTGTAGAAACAGACAATC;SOR=1.016;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=58;WE=67190547;WS=67190526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	67212574	rs9912127	A	C	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.29;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	67219703	rs11655507	G	A	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=16;PP=982;SC=TATTAACTTTGTATCTCACTC;SOR=1.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=56;WE=67219711;WS=67219693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	67245941	rs1420904	G	A	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.24;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	67252275	rs80160851	C	T	4140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=90;NR=58;PP=2416;SC=TTTACTATGACTTAGCCATAA;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=90;TCR=58;TR=148;WE=67252283;WS=67252265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr17	67257529	rs78123766	C	G	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=12;PP=342;SC=ATTTAGCCAGCAAGCAACAAG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=67257537;WS=67257519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	67267317	rs557491	T	C	4645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	67273882	rs536009	C	A	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	67279959	rs56193366	C	CAGTA	279.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=96;SC=CTATCACTATCAGTATCTCAT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=67279967;WS=67279949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	67280310	rs564426	A	C	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=170;SC=ACAGCCTGTGAAACATATCAT;SOR=2.494;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=67280318;WS=67280300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	67290644	rs2441358	C	A	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=6;PP=261;SC=ACCTGGGTGACAGAGCGAGAC;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=67290652;WS=67290634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	67293535	rs487382	A	G	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=310;SC=GAGTTACCATAATTAGTTTTT;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=67293543;WS=67293525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	67293580	rs568536	C	G	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=11;PP=282;SC=CATATGACAACCTGCATCTAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=67293588;WS=67293570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	67310417	rs371112566	A	C	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=6;PP=395;SC=AAGCAAAATAAACTGCAAAAA;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=67310425;WS=67310407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	67502138	rs2074027	G	A	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=37;PP=978;SC=ACCTGAAATAGTCATCTTATC;SOR=5.994;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=38;WE=67502146;WS=67502128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	67512924	rs35105918	G	GTT	11221.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=68;PP=2971;SC=TATCCTCAGTGGTGTGTGATT;SOR=1.125;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=44;TCR=72;TR=111;WE=67512932;WS=67512914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr17	67513003	rs1133228	C	A	11568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=178;NR=179;PP=2965;SC=TAGACCACCTCGAGATTTAGA;SOR=0.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=357;TCF=178;TCR=179;TR=357;WE=67513011;WS=67512993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr17	67513055	rs2251855	A	G	8567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=141;NR=160;PP=2965;SC=GTAAGAAAAAATCATGTCTGC;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=303;TCF=142;TCR=161;TR=301;WE=67513063;WS=67513045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr17	67516340	.	G	GT	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.095;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr17	67519542	rs2251160	G	A	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=19;PP=1578;SC=GTGTTGGGCAGCTTGGGGAAA;SOR=2.007;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=82;TCF=63;TCR=19;TR=80;WE=67519550;WS=67519532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	67521241	rs2716206	C	A	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=44;PP=1219;SC=TCCTGCTGAGCTGGTAGGAGA;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=69;WE=67521249;WS=67521231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	67522919	rs2074030	C	T	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=21;PP=654;SC=TTTCTTCCATCGGGGTTGAAT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=38;WE=67522927;WS=67522909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	67522975	rs2074031	T	C	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=13;PP=379;SC=GAGTATGCCCTCTCTGCTGGA;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=67522983;WS=67522965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	69334502	rs199921000	CT	C	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
chr17	69334553	rs4401085	G	C	3577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.37;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chr17	69334971	.	TATTTC	T	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.57;QD=37.99;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	69334981	.	CTTTCTTTCTTCCTTCCTTTCTTTCTTT	C	1112.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.02;QD=38.37;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	70118935	rs2229989	C	T	8849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=1.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr17	70845688	rs12449747	C	A	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.92;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	70845949	.	CA	C	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,29:0.31:95
chr17	70846027	rs4998297	G	A	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=36;PP=1253;SC=AGCTACAGCAGGAAGAAGCTT;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=66;WE=70846035;WS=70846017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	70846116	rs4436821	C	T	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=16;PP=496;SC=CACTGCAGCCCCAACTTCCCG;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=70846124;WS=70846106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	70943990	rs2466517	T	C	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	71027543	rs9912666	G	A	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=79;SC=AGAAATCACCGATCAGTTCCT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=71027551;WS=71027533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	71193633	rs11658510	G	A	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=39;PP=1111;SC=CTCTGGGGATGGAGCAGTGAA;SOR=1.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=58;WE=71193641;WS=71193623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	71197200	rs1026130	T	C	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=1;PP=435;SC=TGTTTTGAAATGTCCTTAAAG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=71197208;WS=71197195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	71201675	rs3829571	T	C	4090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	71203231	.	C	CA	44.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr17	71206030	rs11655892	T	C	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=594;SC=GATGAAGACATATACTGGGCT;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=71206038;WS=71206020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	71208960	rs11655656	T	C	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=46;PP=1415;SC=CGTACTATAATAGCACAAGGG;SOR=3.113;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=55;WE=71208968;WS=71208950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	71232804	rs904384	C	A	5913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=120;NR=73;PP=2965;SC=CCAGAATCATCATTGTGTCCC;SOR=1.069;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=120;TCR=73;TR=193;WE=71232812;WS=71232794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr17	71239087	rs1566290	G	T	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.15;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	71239216	rs5821952	AT	A	215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=14.38;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	71244630	rs8915	C	T	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	71244702	rs12885	G	T	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	71344584	rs4969105	G	A	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=44;PP=2611;SC=GGAGGGGACAGATGGCCCATA;SOR=1.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=100;TCR=44;TR=144;WE=71344592;WS=71344574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	71344889	rs9905883	C	T	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=27;PP=792;SC=GGAGTGGGGCCGAGAGGTGCA;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=71344897;WS=71344879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	71346329	.	T	TGGGCACTGCTGGGCCTGGCCCCCCACCC	2079	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=23;MQ=64.14;NF=8;NR=3;PP=2079;QD=191.272727273;SC=TCTCCCCACCTGGGCACTGCT;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=11;WE=71346337;WS=71346319;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,11:0.50:22
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chr17	71346353	.	A	C	1054	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=5;HapScore=1;MGOF=42;MMLQ=22;MQ=64.64;NF=40;NR=17;PP=1054;QD=19.1012493429;SC=CCTGGCCCCCAACCCACGCAG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=57;WE=71346361;WS=71346343;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	71346353	.	A	ACCCGGGCACTGCTGGGCCTGGCCCCCC	2223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.73;QD=71.73;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	71346750	rs1995163	C	G	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.89;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	71346943	rs4969107	A	G	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=30;PP=857;SC=GAGCACAGATAGTCAGGTATA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=71346951;WS=71346933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	71347027	rs12449590	G	A	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=159;SC=ACAATCTATGGGAAGGCAGGG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=71347035;WS=71347017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	71353985	rs2279730	T	C	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.32;SOR=1.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	71365150	.	CA	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.911;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr17	71382747	rs7212508	T	C	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=25;PP=874;SC=CGCCCCATGCTCCCACCAAGG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=71382755;WS=71382737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	71386577	rs61752521	G	T	4634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.229;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=77;PP=2672;ReadPosRankSum=-0.724;SC=CCACAGTGGCGGTGTTGGCCG;SOR=0.401;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=82;TCR=77;TR=157;WE=71386585;WS=71386567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,182:0.99:183
chr17	71397375	rs7226251	T	G	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	71415245	rs8071352	G	A	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=48;NR=15;PP=1222;SC=GTCCACTCCCGATCTTCCCCC;SOR=2.457;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=63;WE=71415253;WS=71415235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	71418605	rs9894213	T	C	4092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=87;PP=2825;SC=CAGAAGTGGGTATCTTGGGTG;SOR=1.418;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=53;TCR=87;TR=140;WE=71418613;WS=71418595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	71420035	rs6501636	T	C	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=26;PP=1379;SC=TCTGCCGGGGTCTGGGAGGGC;SOR=1.319;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=70;WE=71420043;WS=71420025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	71503636	rs9895895	T	C	4154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=58;PP=2115;SC=TGAACTCCAGTGGCCAGCTGC;SOR=1.026;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=86;TCR=58;TR=144;WE=71503644;WS=71503626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	72209858	rs7206926	A	G	10266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr17	72245986	rs36208397	CCACTGTGGGGCTCCTGGGAGACGGAGCCT	C	2355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=6.369;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;MQRankSum=0.268;QD=26.17;ReadPosRankSum=-0.331;SOR=3.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,88:0.98:90
chr17	72281367	rs6501706	A	G	4981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=83;PP=2712;SC=CCCCAGCTGCAAGAGCCCCAT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=78;TCR=84;TR=161;WE=72281375;WS=72281357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr17	72285659	rs35604335	CA	C	659.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.447;QD=13.46;ReadPosRankSum=1.516;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,44:0.90:49
chr17	72297104	rs34880269	C	T	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=1;PP=358;SC=GACCCCAGGACGGTGGGGTGA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=72297112;WS=72297094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	72297180	rs8076337	A	G	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=25;PP=1071;SC=CCCTCCTCCCACCAGGTCATG;SOR=1.079;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=68;WE=72297188;WS=72297170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	72301432	rs8073660	A	G	16102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=309;NR=259;PP=2965;SC=CGTCAGCTGAAAAGATTGTGT;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=569;TCF=309;TCR=260;TR=568;WE=72301440;WS=72301422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,605:1.00:605
chr17	72303449	rs11867486	G	A	3246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	72305534	rs2290955	C	T	6903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr17	72305753	rs2290957	C	T	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=27;PP=837;SC=CACAACAGAACCACCTGGGGG;SOR=2.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=72305761;WS=72305743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	72306116	rs66769719	CCT	C	8464.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=63;PP=2974;SC=TAACTTTGCTCCTCTCTCCTC;SOR=1.236;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=114;TCF=44;TCR=70;TR=100;WE=72306125;WS=72306106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr17	72308319	rs1979370	G	A	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	72308447	.	G	A	361	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=25;MQ=59.64;NF=8;NR=14;PP=361;QD=17.9896005703;SC=TCTGCTTGCCGACTTCCTGGG;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=22;WE=72308455;WS=72308437;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr17	72310476	rs2054400	G	A	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=59;PP=1769;SC=GTGGTGGGCTGGGAGCATCGG;SOR=1.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=30;TCR=59;TR=89;WE=72310484;WS=72310466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	72338164	rs11285065	TC	T	4282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=80;PP=2969;SC=CAGGAGCCCCTCCCCCACCCT;SOR=1.490;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=92;TCF=5;TCR=87;TR=84;WE=72338172;WS=72338154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	72344723	rs75219617	TGTAA	T	7279.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=68;PP=2957;SC=CCCTGAGGGCTGTAAGTTTTA;SOR=0.730;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=92;TCF=18;TCR=74;TR=86;WE=72344734;WS=72344713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	72346736	rs12451539	C	T	6423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=122;NR=93;PP=2965;SC=TCCCAGGACCCTCCAGGCCCC;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=122;TCR=93;TR=215;WE=72346744;WS=72346726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr17	72346855	rs11077744	T	C	6486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=126;NR=92;PP=2965;SC=GCTGGAAGCATGAGAAGTCCC;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=126;TCR=92;TR=218;WE=72346863;WS=72346845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr17	72348741	rs11655890	T	C	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=23;PP=1069;SC=CACAAATGGCTCCAGCTGCCC;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=46;WE=72348749;WS=72348731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	72348810	rs1814832	A	C	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=18;PP=1660;SC=CCACAGCTTAACCCCGAGGAC;SOR=1.882;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=74;WE=72348818;WS=72348800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr17	72350277	rs2382642	T	G	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=15;PP=932;SC=TCTCGGGTTGTATGTTCCCCG;SOR=1.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=72350285;WS=72350267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr17	72357585	rs6501712	A	G	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=8;PP=689;SC=GTTTCCCAGCACGGCCTTCCC;SOR=2.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=72357593;WS=72357575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	72357805	rs12939498	C	T	5906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=74;PP=2965;SC=CCTGGCCGGCCGCGTGCAGCC;SOR=0.967;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=116;TCR=74;TR=189;WE=72357813;WS=72357795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr17	72366695	rs2382647	C	A	5907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=3.164;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.69;ReadPosRankSum=0.865;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,229:1.00:230
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chr17	72439808	rs3840056	TG	T	6861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=66;PP=2951;SC=ACCCCCAAGTTGGCCACTCCT;SOR=0.828;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=109;TCF=37;TCR=72;TR=102;WE=72439816;WS=72439798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr17	72443192	rs2706527	G	T	3597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=73;PP=2163;SC=GGAGAGGCGGGCGGATTTGGG;SOR=1.280;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=56;TCR=73;TR=129;WE=72443200;WS=72443182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	72469958	rs1127737	A	G	11357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.88;QD=44.37;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr17	72469966	rs2272111	G	A	11692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.11;QD=43.31;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr17	72473553	rs7209406	T	C	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	72519798	rs1472726	C	T	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	72521760	rs372366394	GTC	G	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.531;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=280;ReadPosRankSum=0.069;SC=CTGTCTGTCTGTCTCTCTCTC;SOR=1.022;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=9;WE=72521769;WS=72521750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr17	72521897	rs17553512	G	A	6091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=118;NR=89;PP=2965;SC=CTGGGTCAACGATCACTTTCA;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=119;TCR=89;TR=207;WE=72521905;WS=72521887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr17	72527718	rs965229	A	G	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=48;PP=1381;SC=CACAGGGCTTAAGCATCGTCA;SOR=2.376;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=63;WE=72527726;WS=72527708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	72537894	rs2140253	A	G	4119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=80;PP=2409;SC=ACACGGTGACAGGCAGTGAGT;SOR=1.186;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=59;TCR=80;TR=139;WE=72537902;WS=72537884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	72538917	rs7215669	A	G	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=86;SC=AGGGACTGGAAGAAGGGACAT;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=72538925;WS=72538907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	72541052	rs2292107	C	T	13805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.97;NF=238;NR=245;PP=2965;SC=CCACGGGGCCCGCCACGGTCA;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=483;TCF=238;TCR=245;TR=483;WE=72541060;WS=72541042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,527:1.00:527
chr17	72541838	rs809740	A	G	3130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=43;PP=1862;SC=AGAGCTCCCCAAGTCCAGGGT;SOR=1.033;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=75;TCR=43;TR=116;WE=72541846;WS=72541828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	72541980	rs783230	A	G	5050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr17	72613589	rs581157	T	G	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=62;PP=1710;SC=GCCGGGGCCCTTCAGAGACAA;SOR=1.295;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=42;TCR=62;TR=104;WE=72613597;WS=72613579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	72615293	rs12950039	C	T	7060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr17	72699384	rs749780	C	A	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	72700943	rs35489971	A	G	12584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=182;NR=251;PP=2965;SC=GATTTGAGTGACAATGGAGTA;SOR=1.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=436;TCF=183;TCR=253;TR=433;WE=72700951;WS=72700933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,469:1.00:469
chr17	72736755	rs11651291	A	G	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=18;PP=1470;SC=CAGGGTGAAGATGGCGGCTGG;SOR=2.155;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=72;WE=72736763;WS=72736745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	72744798	rs745666	G	C	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	72791088	rs3830567	A	AG	1536.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.12;MQRankSum=2.264;QD=11.64;ReadPosRankSum=0.593;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,95:0.72:132
chr17	72791266	rs9910463	G	A	2640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=55;PP=1498;SC=TACCCTCCTGGCCCCCAGGTT;SOR=1.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=84;WE=72791274;WS=72791256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	72791618	rs7221435	A	G	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=49;NR=25;PP=1104;SC=CAGCCCAGCCAGGCGGCCTCG;SOR=1.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=74;WE=72791626;WS=72791608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	72832032	rs72851753	C	G	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=5;PP=1120;SC=CCGTGCCTGTCCCCACCAGGT;SOR=3.564;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=45;WE=72832040;WS=72832022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	72832928	rs11558036	G	A	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=62;PP=1921;SC=TCATGGGGCAGGTGGGACTGT;SOR=2.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=25;TCR=62;TR=87;WE=72832936;WS=72832918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	72834954	rs3826320	C	A	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=8;PP=767;SC=CACGTGCATCCGGCACGTTTC;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=72834962;WS=72834944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	72838481	rs939536	C	T	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=2;PP=1122;SC=GATTTCATGGCAGAAGCCAGA;SOR=5.507;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=46;TCR=2;TR=48;WE=72838489;WS=72838471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	72838649	rs3744215	C	A	14823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=277;NR=254;PP=2965;SC=CACGGGCTACCCTGCTGATCT;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=531;TCF=277;TCR=254;TR=531;WE=72838657;WS=72838639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,567:1.00:567
chr17	72839130	rs139495021	A	AGCTCCGGGG	726.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=2239;SC=CAGGTCCTCCAGCTCCGGGAA;SOR=0.804;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=5;WE=72839138;WS=72839120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	72843378	rs3826314	C	T	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=89;PP=2965;SC=CTGTCCAGGGCCTGCCCACTC;SOR=5.136;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=173;TCF=81;TCR=92;TR=164;WE=72843386;WS=72843368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	72843411	rs3833106	GC	G	2299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=112;PP=2409;ReadPosRankSum=-2.094;SC=CACCCTCAGTGCCCCCCCCCA;SOR=6.642;SbPval=1.0;Source=Platypus;TCF=23;TR=116;WE=72843428;WS=72843401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,82:0.98:84
chr17	72843923	rs3744192	G	A	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=6;PP=448;SC=TGAAGGACCCGTTGCCCCTGA;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=72843931;WS=72843913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	72844165	rs3744193	C	T	3218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=49;NR=61;PP=1725;SC=TTCCCTGCCCCAGGCCCAGAA;SOR=0.958;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=49;TCR=61;TR=110;WE=72844173;WS=72844155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	72846093	rs199742081	A	G	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=20;PP=758;SC=GACGCCACGGAGGTTTGAAAA;SOR=1.038;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=39;WE=72846101;WS=72846083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	72847548	rs3744194	G	T	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	72848758	rs75018418	C	CG	5566.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=73;PP=2974;SC=CTCCTGGGGGCGGGCGGGGCC;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=3;TCR=77;TR=76;WE=72848786;WS=72848748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	72848772	rs199662980	G	GC	5102.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=68;PP=2975;SC=CGGGGCCTGAGCGGGGCGGGA;SOR=1.567;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=69;TCF=1;TCR=68;TR=69;WE=72848786;WS=72848748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	72848778	rs201209302	C	CG	4687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=60;PP=2352;SC=CTGAGCGGGGCGGGAGGGCCG;SOR=1.657;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=1;TCR=60;TR=61;WE=72848786;WS=72848748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	72848800	rs117147802	C	G	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=102;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=44;PP=1273;SC=GCCCCTCCTCCCGCCCCTTCC;SOR=2.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=51;WE=72848808;WS=72848790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	72848828	rs116833065	A	G	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=128;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=26;PP=714;SC=CGGCCCCTCCATCAGCTCCCA;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=72848836;WS=72848818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	72851133	rs689730	A	G	4036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	72859078	rs690371	A	G	16831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=313;NR=268;PP=2965;SC=CCCTGAAGCAAAGGGGAGATT;SOR=0.827;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=582;TCF=313;TCR=269;TR=581;WE=72859086;WS=72859068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,636:1.00:636
chr17	72860253	rs552432	A	G	5923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr17	72861974	rs2467577	G	A	4224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	72861991	rs2070919	C	T	3772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	72862155	rs516035	T	G	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=12;PP=872;SC=CAATGTCACATCTCGCCACTG;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=72862163;WS=72862145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	72862593	rs690514	C	T	5287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=0.937;SC=GTAGGCCTCCCGCAGCTCCGG;SOR=0.231;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=191;TCF=100;TCR=91;TR=188;WE=72862601;WS=72862583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,202:1.00:203
chr17	72862809	rs509911	T	C	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=47;PP=1284;SC=TGGGCACAGATGGCATGAAGT;SOR=1.364;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=77;WE=72862817;WS=72862799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	72863030	rs1688149	T	C	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	72864768	rs560323	A	G	3863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=80;PP=2360;SC=TCTGCCGGATATTCTTACCCC;SOR=1.260;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=54;TCR=80;TR=134;WE=72864776;WS=72864758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	72869078	rs492095	A	G	5965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.925;SC=ATGGCTGGGAACAGCAACCTG;SOR=1.285;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=73;TCR=106;TR=177;WE=72869086;WS=72869068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,210:0.99:212
chr17	72888836	rs489152	G	A	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=52;NR=55;PP=1810;SC=GAGGAGGAAGGAGACGGGTCT;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=107;WE=72888844;WS=72888826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	72889676	.	G	GGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATC	10031.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.60;MQRankSum=-0.170;QD=45.39;ReadPosRankSum=0.417;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,220:1.00:221
chr17	72939854	rs10649261	A	AAC,AACAC	914.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.72;ReadPosRankSum=1.099;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,8,21:0.24,0.64:33
chr17	72948369	rs17853024	A	G	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=44;PP=1469;SC=CTCACTTGTCAATGCAGATCT;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=82;WE=72948377;WS=72948359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	72951823	rs9899490	C	T	5339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=36;PP=1916;SC=GGCTGTGCCCCCCTTATGTAG;SOR=1.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=70;TCR=36;TR=106;WE=72951831;WS=72951813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	72951845	rs9903414	G	A	6302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.64;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	72952017	rs9906160	A	G	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=49;PP=1399;SC=ACTTGTTGGCAGTCACCATGG;SOR=1.583;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=77;WE=72952025;WS=72952007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	72955227	rs902727	C	G	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=575;SC=CCCAACAAATCCCCCCCTCCA;SOR=4.514;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=19;WE=72955235;WS=72955217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	72957962	rs10719287	CT	C	3019.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=23;PP=1716;SC=GCCAAGGGCCCTTCACCTGTT;SOR=1.220;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=43;WE=72957970;WS=72957952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr17	72997364	rs58998428	T	TAGG	3945.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=20;PP=1166;SC=AAAAAAGAAGTAGGAGGGTCT;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=40;WE=72997376;WS=72997354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	72999773	rs3744204	C	T	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=33;PP=1184;SC=CCAGCCGGCACGCGGGCAACC;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=50;TCR=33;TR=83;WE=72999781;WS=72999763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	73000061	rs3744203	A	G	6486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=126;NR=86;PP=2965;SC=AGCGGCTGGAACAGAGCCAGC;SOR=1.025;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=213;TCF=126;TCR=87;TR=212;WE=73000069;WS=73000051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr17	73008939	.	A	C	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.173;ClippingRankSum=0.000;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=258.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.49;ReadPosRankSum=0.005;SOR=8.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,65:0.33:196
chr17	73015707	rs12449492	C	A	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=5;PP=386;SC=CAATATAATACCTTCCCTACA;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=73015715;WS=73015697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	73016621	rs1044228	C	T	4835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr17	73043337	rs12952376	C	T	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	73059231	.	G	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.581;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=7.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=-1.574;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,40:0.51:78
chr17	73089524	rs4789133	G	A	6130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr17	73089706	rs4789134	G	A	6738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=116;NR=108;PP=2965;SC=TTGGCAGTGAGGCCGTGGCAG;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=117;TCR=108;TR=224;WE=73089714;WS=73089696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr17	73089852	rs4788863	T	C	10904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr17	73094407	rs7212311	C	T	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=29;PP=784;SC=CCTGTTATCCCAGCACTTTGG;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=73094415;WS=73094397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	73110144	rs1531565	G	T	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=10;PP=759;SC=AGCCCCAGTTGCCCAGGTCCC;SOR=1.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=40;WE=73110159;WS=73110134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	73110279	rs1531564	C	T	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=50;PP=1495;SC=GCAGTCTGAACGGTGACGGTG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=98;WE=73110287;WS=73110269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	73124692	rs2291028	C	T	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=11;PP=935;SC=AGCCTGGGCCCCTACCTGGGG;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=73124700;WS=73124682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	73125173	rs2291027	A	G	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=435;SC=CTACTGCTGGAGACCACAGTC;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=73125181;WS=73125163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	73126746	rs10715821	GT	G	10311.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=101;PP=2974;SC=GCCTAGGACAGTGAAAGACAG;SOR=0.807;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=45;TCR=104;TR=145;WE=73126754;WS=73126736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr17	73127024	rs9910084	C	G	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=62;PP=1878;SC=GGGATAGGGACTTGGCTCTAA;SOR=1.253;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=41;TCR=62;TR=103;WE=73127032;WS=73127014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	73127683	rs4788867	T	C	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	73138980	rs151283915	TAC	T	396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=11;PP=548;SC=TATATGAAAATACACACACAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=11;WE=73138989;WS=73138970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	73143574	rs1382508	T	A	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=227;SC=TTCCAGTGGGTGAACTGAAAC;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=73143582;WS=73143564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	73177444	rs1471453	C	A	172.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=5;PP=112;SC=AATGTGAAAGCGGAAAAATCC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=73177452;WS=73177434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	73204530	rs899326	T	C	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.31;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	73208182	rs12946479	C	T	2864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.733;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.472;NF=39;NR=67;PP=1921;ReadPosRankSum=0.750;SC=CGCGTGCGCGCGTGTGTGTGT;SOR=0.274;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=108;TCF=39;TCR=69;TR=106;WE=73208190;WS=73208172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,108:0.98:110
chr17	73208205	rs56406015	G	GTGTT,GTGTGTT	4376.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=2;NR=47;PP=1549;SC=GTGTGTGTGTGGGTATTTTGA;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=2;TCR=55;TR=49;WE=73208213;WS=73208195;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.17,0.83:96
chr17	73211642	rs9909306	A	G	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=7;PP=736;SC=TAAAATCACAACCACTAAAAC;SOR=2.517;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=73211650;WS=73211632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	73221439	rs2291029	C	T	5552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;PP=2965;SC=TCCCTTAGCCCGGGAACACCC;SOR=0.847;Source=Platypus;TCF=94;WE=73221447;WS=73221429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr17	73222847	rs1551967	C	T	6741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.62;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	73222865	rs1478785	G	A	6541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.93;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	73227827	rs148363627	G	GT	2522.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=19;PP=1346;SC=TTGGCTCCTTGAAGGCTTCGG;SOR=0.787;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=29;WE=73227835;WS=73227817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	73228101	rs899318	T	C	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=39;PP=920;SC=CCCAGCCTACTGTCTGTGGGA;SOR=1.457;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=63;WE=73228109;WS=73228091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	73230856	rs9988	C	T	7608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=129;NR=123;PP=2965;SC=TGCTGACAGACGCCTTGCCCC;SOR=0.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=252;TCF=129;TCR=123;TR=252;WE=73230864;WS=73230846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr17	73231817	rs3841603	AT	A	1899.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=39;PP=1183;SC=ATGTATATAGATTTTTTTAAA;SOR=1.151;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=3;TCR=47;TR=42;WE=73231825;WS=73231807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	73236605	rs11077781	C	A	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=11;PP=402;SC=GTGAAGGCGCCGGGAGAAGCT;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=73236613;WS=73236595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	73240559	rs2306216	A	G	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=3;PP=463;SC=CGTTACCTCCAGGGCCTAGCT;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=73240567;WS=73240549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	73240836	rs4789156	T	C	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=55;PP=1299;SC=AGTGAGGGCGTGCTCGGGGCT;SOR=1.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=84;WE=73240844;WS=73240826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	73242895	rs2242230	A	G	6313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=113;PP=2965;SC=CACAACAAAGAAGAGGACAAG;SOR=1.105;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=90;TCR=113;TR=203;WE=73242903;WS=73242885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr17	73242935	rs2242231	A	G	3489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=70;PP=2269;SC=GATGCAATGGAAGGTTTTCTT;SOR=1.495;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=39;TCR=70;TR=109;WE=73242943;WS=73242925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	73257830	rs2279161	C	T	3476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	73257986	rs8075276	C	T	4066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=25.42;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	73258085	rs36039201	GGC	G	1607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.087;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=38;PP=650;ReadPosRankSum=-1.749;SC=GGCGAGCAGCGGCGGGGGGGC;SOR=1.421;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=40;WE=73258094;WS=73258075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,59:0.94:63
chr17	73258479	rs6501772	C	T	8833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=154;NR=133;PP=2965;SC=CGCGCCGCTCCCCCTCGTCGG;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=288;TCF=155;TCR=133;TR=287;WE=73258487;WS=73258469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr17	73259083	rs2279162	C	T	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=43;PP=1228;SC=TGCATGTGTACGGGCTTTAAT;SOR=2.833;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=55;WE=73259091;WS=73259073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	73268801	rs3744231	C	T	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=36;PP=1095;SC=CCTGCACGGGCGCTGGGATCT;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=68;WE=73268809;WS=73268791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	73269530	rs1809352	A	G	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	73269676	rs4789164	C	T	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=23;PP=609;SC=CTTCCTTTTGCAGCACCTGCT;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=73269684;WS=73269666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	73279624	rs7213318	A	G	3359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=41;PP=1562;SC=CCCGGGCGTCATACACGCTGC;SOR=0.908;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=64;TCR=41;TR=105;WE=73279632;WS=73279614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	73279700	rs4788882	C	T	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=53;NR=49;PP=1589;SC=AAGAAGTCACCGACAGCCCAA;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=102;WE=73279708;WS=73279690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	73282299	rs2306218	C	T	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=2;PP=596;SC=CTGCCCTGCGCGGCATTCCTG;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=73282307;WS=73282289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	73282636	rs2306219	C	T	4369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=60;PP=2783;SC=GGATAGAATTCCAAGTTTTAG;SOR=0.994;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=86;TCR=61;TR=145;WE=73282644;WS=73282626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	73316679	rs8079197	G	C	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=32;PP=978;SC=TTCCTGGTCTGTGACTGGCCA;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=73316687;WS=73316669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	73317644	rs12946365	C	T	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=8;PP=562;SC=GAAGGGCGCCCGCATGTTGAG;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=30;WE=73317652;WS=73317634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	73328773	rs1529844	T	C	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=40;PP=1626;SC=TAATGGAGCTTAACTTACGGA;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=62;TCR=40;TR=102;WE=73328781;WS=73328763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	73389446	rs4788890	A	G	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=4;PP=457;SC=ACCACACATCACACCAACTCA;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=73389454;WS=73389436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	73402246	rs7220246	C	A	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	73482110	rs11331365	TC	T	1061.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=20;PP=849;SC=CCCCAACCTCTCCAGCTGTGC;SOR=2.546;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=21;WE=73482118;WS=73482100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	73482664	rs9899149	T	C	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=34;PP=968;SC=CCACTCTCTTTTGAGCAGGGC;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=73482672;WS=73482654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	73484753	rs11652993	C	G	2877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.67;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	73485033	rs11867527	T	C	3162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=63;PP=1518;SC=TGGTGTCTTCTGTGAAGAGGG;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=47;TCR=63;TR=110;WE=73485041;WS=73485023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	73485781	rs8079362	C	T	16770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=302;NR=305;PP=2965;SC=TGCTTCCCTCCGACCCGCAGG;SOR=0.763;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=607;TCF=302;TCR=305;TR=607;WE=73485789;WS=73485771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,650:1.00:650
chr17	73488794	rs4078259	C	T	13001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=209;NR=233;PP=2965;SC=TGTGCAACATCGCCCTGCAAG;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=442;TCF=209;TCR=233;TR=442;WE=73488802;WS=73488784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr17	73489220	rs7215753	T	C	8072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=126;NR=148;PP=2965;SC=CCAGGCGAGATCTTCCAGAGC;SOR=0.978;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=126;TCR=148;TR=274;WE=73489228;WS=73489210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr17	73489567	rs4078474	C	G	10266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=200;NR=156;PP=2965;SC=AACTCTCTCCCCCAGGCACAG;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=356;TCF=200;TCR=156;TR=356;WE=73489575;WS=73489557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr17	73490611	rs8078131	A	G	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=11;PP=705;SC=CCTGGGGCCCATATGCTCATT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=73490619;WS=73490601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	73491894	rs11077792	G	A	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=11;PP=1150;SC=CAGAAGTGCCGATGTTCACAT;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=73491902;WS=73491884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	73494963	rs9894026	G	A	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=22;PP=1159;SC=AAGCAGTGTCGGGTTCACACG;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=45;WE=73494971;WS=73494953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	73497415	rs8081353	T	C	2982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.89;SOR=2.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	73497415	.	TTT	CTC	2669	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=46;NR=13;PP=2669;QD=20;SC=ATCTAGGTGATTTCAACACCT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=59;WE=73497425;WS=73497405;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,59:0.95:62
chr17	73497417	rs8081354	T	C	2982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.86;SOR=2.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	73497439	rs8075850	G	A	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.36;SOR=1.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	73497794	rs9892311	T	C	5455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=95;NR=77;PP=2965;SC=AAAGGTTGGCTTGGGACTTGG;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=95;TCR=77;TR=172;WE=73497802;WS=73497784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr17	73498483	rs7503373	T	C	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=9;PP=1077;SC=CCCTGGGCTCTCATCTAGTGG;SOR=1.903;Source=Platypus;TCF=44;TR=53;WE=73498491;WS=73498473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	73498623	rs7502835	A	G	4983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=104;NR=86;PP=2965;SC=TTGGGGTCACACTAGGACTGG;SOR=1.026;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=104;TCR=86;TR=190;WE=73498631;WS=73498613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	73499697	rs7207376	T	C	7148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=125;NR=108;PP=2965;SC=CAGCTGAGGGTGACAGCACGT;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=234;TCF=125;TCR=109;TR=233;WE=73499705;WS=73499687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr17	73501752	rs8069700	G	A	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=20;PP=760;SC=CGGGGTGGGGGACAGGTGTCA;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=73501760;WS=73501742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	73502118	rs28558885	G	A	2566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	73504416	rs6501815	T	C	5216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=86;NR=96;PP=2965;SC=CTGCCCTCACTCAGCATCCCT;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=86;TCR=96;TR=182;WE=73504424;WS=73504406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr17	73510012	rs4789206	A	T	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=44;PP=1216;SC=GGAGCAAGTCAGGTGTCCCAG;SOR=4.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=49;WE=73510020;WS=73510002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	73512653	rs7216673	G	T	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	73513185	rs7218675	C	A	4615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=111;PP=2965;SC=CGGGGACCGCCCTCCCTGCCC;SOR=1.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=92;TCR=111;TR=203;WE=73513193;WS=73513175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr17	73518203	rs9911502	G	C	5033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.21;SOR=1.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	73518284	rs6501820	G	C	2864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=52;PP=1618;SC=AGGTGCAGCGGTGCTCCAGCT;SOR=1.201;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=40;TCR=52;TR=92;WE=73518292;WS=73518274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	73519413	rs8064529	C	T	2996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=54;PP=1705;SC=GATGGAGGTGCCCGGTAAGTT;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=51;TCR=54;TR=105;WE=73519421;WS=73519403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	73519758	rs150169668	C	G	3538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=56;PP=2051;SC=TTGGAGAAGTCTGGGGGCTTG;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=67;TCR=56;TR=123;WE=73519766;WS=73519748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	73539631	rs6501822	A	G	3187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=59;PP=1805;SC=TCGGCCAAGCAGCTCAGGCTG;SOR=0.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=54;TCR=59;TR=113;WE=73539639;WS=73539621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	73552062	rs2305528	G	C	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=17;PP=1103;SC=TGCTGCAGCTGCAGCAGCCAT;SOR=1.536;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=60;WE=73552070;WS=73552052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	73552185	rs1671036	G	A	7482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr17	73554523	rs1671033	C	G	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=16;PP=858;SC=ACTGGGGCTGCGTGGCCCCAG;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=73554531;WS=73554513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	73559914	.	C	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr17	73565262	rs2305526	T	A	4912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=81;PP=2965;SC=AGCTGGGTCCTGTCCCCGTGG;SOR=0.846;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=78;TCR=84;TR=159;WE=73565270;WS=73565252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr17	73587640	rs707709	T	C	3390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	73588067	rs736523	A	G	4439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=66;PP=2337;SC=GGTGGAGGATATGCTGCCTAT;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=84;TCR=66;TR=150;WE=73588075;WS=73588057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr17	73588199	rs736525	T	C	2715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=41;PP=1680;SC=TACAATCACTTACCCTTCCTG;SOR=0.799;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=88;WE=73588207;WS=73588189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	73588233	rs56298033	G	T	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=32;PP=1191;SC=CTTCCCTGGGGTCCAGACCCT;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=63;WE=73588241;WS=73588223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	73588542	rs736521	A	G	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=15;PP=398;SC=TGTTTTTTACAAGCTGCTGGC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=73588550;WS=73588532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	73590830	rs820256	T	G	6154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=82;PP=2965;SC=GGAAAGTGCCTTTGATGCCAG;SOR=0.881;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=207;TCF=124;TCR=83;TR=206;WE=73590838;WS=73590820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr17	73598904	rs62089251	C	G	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=3;PP=522;SC=GCCCTTCACCCCCACAGCTGG;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=73598912;WS=73598894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	73601517	rs11448916	T	TA	173.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr17	73601755	rs936054	G	A	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=18;PP=604;SC=GAAAGGAGAGGTGCATTCTGG;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=38;WE=73601763;WS=73601745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	73602081	rs8068464	G	A	3081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	73606310	rs11657863	G	A	2282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=40;PP=1102;SC=TGGTGGCCCAGCCCCTGCTCC;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=78;WE=73606318;WS=73606300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	73607549	rs11410750	C	CA	89.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;MQRankSum=0.230;QD=8.11;ReadPosRankSum=2.093;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,9:0.82:11
chr17	73608203	rs820140	T	C	3063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=72;PP=2111;SC=TTGCCCTCCTTCCTCCCCAGC;SOR=2.131;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=28;TCR=72;TR=100;WE=73608211;WS=73608193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	73608744	rs11336364	CA	C	354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=8.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.870;QD=10.14;ReadPosRankSum=-1.685;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr17	73609112	rs820142	G	A	4583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=72;PP=2965;SC=GATCATGGGCGCATACCTGGT;SOR=0.866;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=158;TCF=83;TCR=75;TR=155;WE=73609120;WS=73609102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	73611467	rs3803729	A	G	2241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=50;PP=1597;SC=GAGAGCAGCCACCAGCTCTGG;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=74;WE=73611475;WS=73611457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	73611724	rs35131709	G	GTC	5573.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=48;PP=2930;SC=TGGAGGAGAGGTCTGTGGCTC;SOR=0.804;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=61;WE=73611732;WS=73611714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	73611823	rs820144	T	C	4804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=77;NR=76;PP=2052;SC=GAGCAGCAGATGCAGCAGCGG;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=77;TCR=76;TR=153;WE=73611831;WS=73611813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr17	73612461	rs371699907	CAGG	C	243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=1.730;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,13:0.16:83
chr17	73612642	rs11439064	A	AT	13512.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=100;PP=2974;SC=TGAAGAAGCCATGAAGCAAGG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=63;TCR=106;TR=159;WE=73612650;WS=73612632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr17	73613975	rs820145	G	A	6698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=130;PP=2965;SC=ACACCGGCACGCCCTGGAAGT;SOR=1.111;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=98;TCR=130;TR=228;WE=73613983;WS=73613965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr17	73614357	rs1093992	G	A	4527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=1.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	73615644	rs820147	C	T	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=15;PP=881;SC=GCAGGAGAGCCGGGGAGCAGA;SOR=1.347;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=39;WE=73615652;WS=73615634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	73615887	rs820148	A	G	8558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=163;NR=125;PP=2965;SC=CAGGTGCGCTAGCCCACGACC;SOR=0.847;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=288;TCF=163;TCR=125;TR=288;WE=73615895;WS=73615877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr17	73615933	rs820149	T	C	7088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=123;NR=115;PP=2965;SC=CAAGGTGACCTCAGTTCATGC;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=123;TCR=115;TR=238;WE=73615941;WS=73615923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr17	73615962	rs820150	T	C	8541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=100;PP=2965;SC=TGCGCAGCTTTGCGGAGGTGC;SOR=0.861;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=196;TCF=96;TCR=100;TR=196;WE=73615970;WS=73615952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	73615983	rs820151	G	A	7922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=92;PP=2925;SC=TGGGTGTGGAGTGCCGGGGCG;SOR=0.904;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=173;TCF=81;TCR=92;TR=170;WE=73615991;WS=73615973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	73616088	rs820152	T	C	4894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=85;NR=77;PP=2323;SC=TATTCCTGAATGAGCTTAAGA;SOR=0.901;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=164;TCF=85;TCR=79;TR=162;WE=73616096;WS=73616078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr17	73616211	rs3840857	TG	T	3155.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=42;PP=2303;SC=GCCAAATCCCTGGAAGTCTGG;SOR=1.065;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=56;WE=73616219;WS=73616201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	73616239	rs820153	C	G	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=38;PP=1647;SC=GGTGGAGGGGCAGGCCAGCAG;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=78;WE=73616247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	73616446	rs820154	A	T	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=47;PP=1676;SC=AGGTATCGCCAGAGGCCGGCA;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=101;WE=73616454;WS=73616436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	73616853	rs10808	G	C	7024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=128;NR=110;PP=2965;SC=CCCTCTGCCCGCTCCTGATGG;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=240;TCF=128;TCR=112;TR=238;WE=73616872;WS=73616843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr17	73616864	rs11470	C	A	7121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=130;NR=114;PP=2965;SC=CTCCTGATGGCTCGCCTTGTC;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=247;TCF=130;TCR=117;TR=244;WE=73616872;WS=73616843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr17	73616920	rs10814	A	G	7035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=130;NR=107;PP=2965;SC=GCTGGGCTGGATGCTGCTCTT;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=130;TCR=108;TR=237;WE=73616928;WS=73616910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr17	73617104	rs820182	A	C	10517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=195;NR=147;PP=2965;SC=GTTTCTTGTGATCCCAGCGCC;SOR=1.004;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=342;TCF=195;TCR=147;TR=342;WE=73617112;WS=73617094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr17	73617377	rs820183	A	G	5069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=107;PP=2965;SC=GCTGGGATGAAGGCAGGAGGG;SOR=1.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=51;TCR=107;TR=158;WE=73617385;WS=73617367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr17	73617403	rs820184	T	C	3463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=74;PP=2384;SC=CAAGCTGGGCTGTCTCCCTCT;SOR=1.498;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=40;TCR=74;TR=114;WE=73617411;WS=73617393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	73619920	rs820186	G	A	6490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=128;NR=76;PP=2965;SC=AGCAGGTCACGGGACACCCCC;SOR=1.079;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=129;TCR=77;TR=204;WE=73619928;WS=73619910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr17	73619952	.	GCTTCT	G	9486.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.96;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr17	73619953	.	CT	GG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=107;NR=73;PP=2947;QD=20;SC=GGACCGGTGGCTTCTGGGGGT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=194;TCF=113;TCR=81;TR=180;WE=73619965;WS=73619930;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:14,180:0.93:194
chr17	73619955	.	TCTG	T	2948	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=38;NR=73;PP=2948;QD=20;SC=ACCGGTGGCTTCTGGGGGTGG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=117;TCF=39;TCR=78;TR=111;WE=73619965;WS=73619930;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,111:0.95:117
chr17	73619958	.	G	GGT	9485.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.53;SOR=1.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr17	73620804	rs820187	C	A	4214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=52;PP=2412;SC=GTGGCAGGGCCGGGTGTGTGT;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=75;TCR=52;TR=126;WE=73620812;WS=73620794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr17	73621432	rs820188	A	G	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;SC=GGGGCCTGTGAACATCTGTCC;SOR=1.354;Source=Platypus;TCF=41;WE=73621440;WS=73621422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	73625286	rs820190	G	A	4337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=64;PP=2354;SC=TGGCAAGGGAGCTGCCCCCAG;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=80;TCR=65;TR=143;WE=73625294;WS=73625276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr17	73625478	rs820191	T	C	3865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=59;PP=1897;SC=TGATCCGAGTTGTCTCCATCA;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=69;TCR=59;TR=128;WE=73625486;WS=73625468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	73625629	rs820192	A	C	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=32;PP=1210;SC=CTGGAGCAGTAACTCACATTG;SOR=1.159;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=54;WE=73625637;WS=73625619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	73626208	rs820193	G	C	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=5;PP=570;SC=CAGCTTCTGCGTCAGAGTATG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=73626216;WS=73626198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	73626817	rs820194	G	A	5325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=50;PP=2311;SC=CGCGGCTGGGGGAGGGCCCCG;SOR=0.941;Source=Platypus;TCF=66;TR=115;WE=73626837;WS=73626807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	73626829	rs820195	C	G	5333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=45;PP=2396;SC=AGGGCCCCGGCGGGTGGCTGA;SOR=1.179;Source=Platypus;TCF=70;TR=114;WE=73626837;WS=73626807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	73626921	.	TG	T	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.458;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=0.111;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr17	73627565	rs820197	A	G	5328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.90;ReadPosRankSum=1.069;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,212:0.99:214
chr17	73647138	rs1661744	CA	TG	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=2;PP=1736;SC=CCCGACACAACAGCCTTTGCA;SOR=3.767;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=37;WE=73647147;WS=73647135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	73658489	rs820159	T	C	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=203;SC=GGTCTTAGACTAATCTCCATC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=73658497;WS=73658485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	73661411	rs820157	A	G	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=25;PP=708;SC=TTCTATGAAAAAGGCAAGGAT;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=73661419;WS=73661401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	73663296	rs2165635	CT	AG	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=2;PP=956;SC=AGCGCGAGCGCTGGCATGAGG;SOR=2.737;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=19;WE=73663305;WS=73663286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	73663313	rs864234	C	A	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=5;PP=598;SC=GAGGGCGGAGCCAGGCGCAGG;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=73663321;WS=73663303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	73663372	rs820156	A	T	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=21;PP=860;SC=GTCTCCTGGGATCCGAAAGAA;SOR=1.011;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=60;WE=73663380;WS=73663362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	73687495	rs820218	G	A	4689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr17	73698557	rs820232	C	T	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=14;PP=705;SC=CTCCTCTTCACAGGACAAGAT;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=73698565;WS=73698547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	73702317	rs820230	A	G	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=26;PP=1375;SC=GGGGTGGGCCACTTCGGGGTC;SOR=0.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=58;WE=73702325;WS=73702307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	73702402	rs820229	T	C	4808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=100;NR=58;PP=2918;SC=GTGATCCTGATTTCTGCTTTA;SOR=1.134;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=100;TCR=58;TR=158;WE=73702410;WS=73702392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	73720638	rs820166	C	T	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=18;PP=1424;SC=CAGGGCCCTGCCTCTGGCGGC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=71;WE=73720646;WS=73720628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	73720900	rs820167	A	G	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=61;PP=1762;SC=TCCTGGCAGGATCATCCCTTG;SOR=1.380;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=40;TCR=61;TR=101;WE=73720908;WS=73720890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	73723453	rs34275940	GC	G	4197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=59;PP=2174;SC=AATGGGTGCTGCCCCCCAGTG;SOR=0.994;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=74;TCF=12;TCR=62;TR=69;WE=73723461;WS=73723443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	73725239	rs71271523	CA	C	594.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.435;QD=12.93;ReadPosRankSum=0.837;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,42:0.91:46
chr17	73725298	rs1661674	C	T	8250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=46.09;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	73725301	rs34598265	C	T	8469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=45.29;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr17	73725304	rs1661675	C	G	8551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=44.31;SOR=1.149;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr17	73726681	.	CCCTT	C	740.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.80;QD=41.15;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	73746910	rs145928221	C	T	9605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr17	73748558	rs61735288	C	T	8527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr17	73749924	rs372879741	T	G	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.59;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	73752999	rs2249613	C	G	4695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=65;PP=2965;SC=GGGCCGCAGACGCTGAAGGCA;SOR=1.026;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=88;TCR=65;TR=153;WE=73753007;WS=73752989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	73753503	rs871443	T	C	7423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=128;NR=127;PP=2965;SC=ACAGATGGGCTGACCCTGGGG;SOR=0.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=128;TCR=127;TR=255;WE=73753511;WS=73753493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr17	73753661	rs9367	C	T	5054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=82;NR=152;PP=2965;SC=ACCCCCGCCACGTCCCACTAG;SOR=1.658;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=268;TCF=115;TCR=153;TR=234;WE=73753669;WS=73753651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr17	73759038	rs35008831	TC	T	5953.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=69;PP=2970;SC=GTGGGCACACTCCCACCCAGG;SOR=0.941;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=102;TCF=28;TCR=74;TR=96;WE=73759046;WS=73759028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr17	73759304	rs820386	G	T	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.227;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=33;PP=1295;ReadPosRankSum=-0.675;SC=TCCAGGGAGAGTCCCTGCCAC;SOR=0.421;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=75;WE=73759312;WS=73759294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,81:0.99:82
chr17	73759552	rs7209235	G	A	2712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=52;PP=1566;SC=ATGGTAAGAGGGGCTGCCTGG;SOR=1.125;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=95;WE=73759560;WS=73759542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	73780506	rs11655389	G	A	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=273;SC=GAACCTAGCTGTACTAAGTAT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=73780514;WS=73780496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	73781075	.	GCC	G	67	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5579;HP=13;HapScore=3;MGOF=18;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=0;NR=7;PP=67;QD=10.2857142857;SC=CGTACGTAGAGCCCCCCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=73781085;WS=73781065;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr17	73812909	rs9908146	A	G	5820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=122;NR=79;PP=2965;SC=CCACCCAGCCAGGTCCTGTCC;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=122;TCR=79;TR=201;WE=73812917;WS=73812899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr17	73813181	.	CAGAGCCTGTGCTGATGAGCCTGTAGGACTGG	C	2966	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=26;MQ=62.79;NF=0;NR=10;PP=2966;QD=20;SC=GGGCAGTCCCCAGAGCCTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=73813219;WS=73813171;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	73816026	rs11868471	A	G	12803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=238;NR=210;PP=2965;SC=AGAGCTCTGCACCCGTGAACA;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=448;TCF=238;TCR=210;TR=448;WE=73816034;WS=73816016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr17	73913729	rs4788912	C	G	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=145;SC=AGTGAGGTCACGGGAGTGCCG;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=73913737;WS=73913728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	73913965	rs11288315	TC	T	1951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=23;PP=1334;SC=CAGCAGCTGCTCCCCCTTCCC;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=37;WE=73913973;WS=73913955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	73949540	rs1135640	G	C	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=32;PP=1637;SC=ACCCTGGCTTGATTTCAGACT;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=86;WE=73949548;WS=73949530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	73951864	rs10852766	T	C	8706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=159;NR=150;PP=2965;SC=CAGAAGAAAGTGCTCAGTTTC;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=160;TCR=150;TR=309;WE=73951872;WS=73951854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr17	73953404	rs11077798	T	C	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=10;PP=702;SC=TCAAGTGATCTGCCCACCTCA;SOR=1.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=73953412;WS=73953394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	73969953	rs3744033	A	G	2907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=39;NR=54;PP=1659;SC=TTGGCCTTCAAGGAGAAGGTC;SOR=1.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=93;WE=73969961;WS=73969943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	73987590	rs11544990	G	T	3443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=48;PP=1825;SC=AACACTGATGGCTCAGCACGG;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=63;TCR=48;TR=110;WE=73987598;WS=73987580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	73987782	rs151119102	GGGCTC	G	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=702;SC=AGTGAGAAATGGGCTCGTGAC;SOR=1.051;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=73987794;WS=73987772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	73997474	rs2069528	G	A	3174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=42;PP=1875;SC=CAAATTGCCCGGTGCCTTCTG;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=65;TCR=42;TR=107;WE=73997482;WS=73997464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	74007846	rs2290251	A	G	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=46;PP=1647;ReadPosRankSum=-0.987;SC=GCAAGGTCCCATCTCACCTGG;SOR=0.742;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=58;TCR=46;TR=103;WE=74007854;WS=74007836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,123:0.98:125
chr17	74014228	rs8071298	G	A	6848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr17	74014468	rs2071194	C	A	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=9;PP=630;SC=GGCTTGGACACCGCAGGGCCG;SOR=1.284;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=74014476;WS=74014458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	74014628	rs2071193	G	A	5082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=72;PP=2648;SC=CGACCCAGGCGTGCGGGTCAG;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=99;TCR=72;TR=171;WE=74014636;WS=74014618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr17	74014668	rs2071192	T	C	4952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=90;NR=77;PP=2419;SC=CCGCTCACCCTGCAGCAGCTG;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=90;TCR=77;TR=167;WE=74014676;WS=74014658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr17	74015590	rs2244371	C	T	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.50;SOR=1.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	74015595	rs2244370	T	C	3181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.00;SOR=1.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	74017677	rs200115767	G	GCC	996.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;QD=38.34;SOR=5.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	74017700	rs71161251	T	TC	870.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.25;QD=31.10;SOR=6.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	74018597	rs10445216	T	C	7694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=122;NR=146;PP=2965;SC=GCCCGGCCCGTACTGGCCTGC;SOR=0.932;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=269;TCF=122;TCR=147;TR=268;WE=74018605;WS=74018587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr17	74018640	rs1806914	C	G	5965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=95;PP=2953;SC=GCCGGCGGCTCAGTCCCCAAA;SOR=1.562;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=49;TCR=95;TR=144;WE=74018648;WS=74018630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	74018655	rs2598417	C	T	5119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=84;PP=2446;SC=CCCAAAGGACCGCGGTGGGGA;SOR=2.142;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=30;TCR=84;TR=114;WE=74018663;WS=74018645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	74019453	rs150149800	G	A	5886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=102;NR=88;PP=2965;SC=TACAGGGCACGGTACTCCGCA;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=102;TCR=88;TR=190;WE=74019461;WS=74019443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	74019572	rs2257388	T	C	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=42;PP=1484;SC=CTGCCGCAGCTCCACTCACTC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=73;WE=74019580;WS=74019562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	74019680	rs78044548	C	T	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=21;PP=654;SC=CTTCAGGCTGCGGCCCGTCTC;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=40;WE=74019688;WS=74019670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	74036468	rs2305346	C	T	4820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	74076127	rs34700740	TC	T	1754.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=30;PP=1259;SC=GCCCTCCTTTTCCCCCATCTA;SOR=1.047;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=35;WE=74076135;WS=74076117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	74076415	rs2257020	G	A	14033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,555:1.00:555
chr17	74076642	rs2257028	G	A	11393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=216;NR=175;PP=2965;SC=GAACTCCCAGGTCTGTGTTCA;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=393;TCF=216;TCR=177;TR=391;WE=74076650;WS=74076632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr17	74077497	rs8836	G	C	5714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=61;PP=2965;SC=AGTCAAGTCGGGAGGAGGCCG;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=122;TCR=61;TR=183;WE=74077505;WS=74077487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr17	74079838	rs2665986	A	G	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=394;SC=AAACCTGAGGAGGCACTGTGG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=74079846;WS=74079828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	74081345	rs2246277	C	T	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=5;PP=520;SC=AGGAAGAGTGCGTGGTGGCAC;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=74081353;WS=74081335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	74081618	rs2598450	C	T	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=24;PP=1112;SC=TCCCACCTTCCGGGTCCTGGG;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=56;WE=74081626;WS=74081608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	74083905	rs2243481	C	T	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	74084029	rs2243486	C	T	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=11;PP=1076;SC=CACAAAGGTGCGAGCGGCTCT;SOR=2.348;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=50;WE=74084037;WS=74084019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	74084428	rs2305348	C	G	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=22;PP=842;SC=GCCAGTGGCGCAGCTGGCTGC;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=74084457;WS=74084418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	74084441	rs2246621	C	T	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.84;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	74084449	rs2246623	C	T	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.20;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	74084737	rs2246632	T	C	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=28;PP=904;SC=TCCATGCACCTTCAGAGCAGA;SOR=1.565;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=74084745;WS=74084727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	74085012	rs2084666	G	A	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	74086633	rs2598451	C	G	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=39;PP=1074;SC=TGAGCCCCTCCTCTACCTCAA;SOR=2.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=74086641;WS=74086623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	74090700	rs2250081	G	A	167.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=102;SC=CGGCTGCCAGGCCCTGTCTCT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=74090708;WS=74090690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	74094105	rs7208391	C	G	3541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=67;PP=2154;SC=AGTTTCTGCACAGACAACAGA;SOR=1.152;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=52;TCR=67;TR=119;WE=74094113;WS=74094095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	74133974	rs894542	C	T	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=47;NR=26;PP=1201;SC=CGGTATTCACCGTCAGCGGCC;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=73;WE=74133982;WS=74133964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	74134318	rs34418968	A	AG	718.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.34;QD=28.75;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	74151456	rs894544	C	T	5782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr17	74152366	rs881502	A	G	3622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	74158801	rs4788915	C	T	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=43;NR=55;PP=1687;SC=TAACCAAGGACTACCGATTCA;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=98;WE=74158809;WS=74158791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	74169889	rs71996459	CAGG	C	1987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=17;PP=1061;SC=AGAAACAAAGCAGGAGAAGGT;SOR=0.737;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=23;WE=74169899;WS=74169879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	74208424	rs9911122	G	A	5380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=109;NR=71;PP=2965;SC=CCAAGTAGGAGTAAACTGATT;SOR=0.996;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=109;TCR=71;TR=180;WE=74208432;WS=74208414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr17	74208622	rs35372072	T	TA	890.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=5.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.051;QD=16.20;ReadPosRankSum=0.962;SOR=0.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,50:0.91:55
chr17	74261677	rs2585751	T	C	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	74261929	rs71382201	A	G	3890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=56;PP=2506;SC=TGGGGGGCCCAGCCGCTGCGT;SOR=1.149;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=87;TCR=57;TR=143;WE=74261937;WS=74261919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	74270069	rs71815	T	C	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	74273165	rs164011	G	A	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=2;PP=204;SC=CTGATTTTCTGGTGGCTTTAG;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=74273173;WS=74273164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	74274998	rs347676	G	A	3274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=25;PP=1981;SC=TCTCCACACTGTCCCACAGCA;SOR=2.157;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=116;TCF=88;TCR=28;TR=110;WE=74275006;WS=74274988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	74275030	rs182972	TG	CA	9296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=59;PP=2947;SC=CACGTTCCGCTGGGCCCTCCG;SOR=1.265;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=172;TCF=110;TCR=62;TR=161;WE=74275039;WS=74275020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr17	74276067	rs164010	C	T	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=4;PP=581;SC=TCTGCCCTCACCCCCTGAAGA;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=27;WE=74276075;WS=74276057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	74283170	.	T	C	511	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=106;MMLQ=20;MQ=59.92;NF=18;NR=3;PP=511;QD=25.9891053594;SC=CACACACACATGATGGGAGGG;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=21;WE=74283178;WS=74283160;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,21:0.75:28
chr17	74283253	rs8072620	A	G	3944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=59;PP=2717;SC=CCCTGGAGCTAAAGAGTGGGG;SOR=0.886;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=89;TCR=60;TR=148;WE=74283261;WS=74283243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr17	74283769	rs346785	T	C	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.10;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	74286032	.	C	CA	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=-1.005;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,18:0.27:66
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chr17	74286106	rs4789274	C	T	6526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.79;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	74286173	rs17509527	A	G	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=56;PP=1770;SC=GGAAAGCAGAAGCCTTATGAT;SOR=1.118;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=101;WE=74286181;WS=74286163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	74287204	rs2279052	C	G	4094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=55;PP=2058;SC=CTACTGAGCTCTCCCATCAGA;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=73;TCR=55;TR=128;WE=74287212;WS=74287194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	74287389	rs2279053	T	C	3038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=43;PP=1409;SC=AGGAATTCCATGTCGGTCCGA;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=58;TCR=43;TR=101;WE=74287397;WS=74287379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	74288564	rs35035566	CTGA	C	22607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=216;PP=2969;SC=CCAAACCACGCTGATGATCTG;SOR=0.899;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=325;TCF=98;TCR=227;TR=304;WE=74288574;WS=74288554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr17	74289500	rs3803737	G	A	4953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=62;PP=2965;SC=GCTCATCCACGACAAATGGTA;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=100;TCR=63;TR=162;WE=74289508;WS=74289490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	74289705	rs6501880	A	G	9785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=180;NR=164;PP=2965;SC=GTCTCTGGCCAAGGGTAAGTC;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=344;TCF=180;TCR=164;TR=344;WE=74289713;WS=74289695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr17	74289839	rs6501881	G	A	6105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=93;PP=2965;SC=GTCGTGGCACGCCAGCTTCAT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=110;TCR=93;TR=203;WE=74289847;WS=74289829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr17	74289875	rs6501882	C	T	6627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=101;PP=2965;SC=GCTGCTGTCTCCCAGTACCAG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=118;TCR=101;TR=218;WE=74289883;WS=74289865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr17	74289908	rs6501883	A	G	6679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=98;PP=2965;SC=TTTGTTCCCTACTGGAAACCC;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=124;TCR=98;TR=222;WE=74289916;WS=74289898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr17	74290097	rs7225131	T	A	2926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=65;PP=1954;SC=TAAGTGTTTCTGAGCCCTGGT;SOR=1.879;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=28;TCR=65;TR=93;WE=74290105;WS=74290087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	74301100	rs113070211	GCACA	G	2429.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=5;NR=33;PP=2030;SC=ACACAGATGCGCACACACACT;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=38;WE=74301111;WS=74301090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	74324729	rs346791	C	A	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=1.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	74326553	rs449114	G	A	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.05;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	74326556	rs399029	A	T	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.60;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	74328576	rs382008	C	G	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=60;PP=1685;SC=TAGAAAAGATCTTGACTTTAT;SOR=1.544;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=32;TCR=60;TR=92;WE=74328584;WS=74328566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	74381555	rs2247856	G	A	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	74381567	rs346803	G	A	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	74387284	rs3803739	C	T	7895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=135;NR=133;PP=2965;SC=GAGGCCAGGCCCTGGGCACCG;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=136;TCR=133;TR=268;WE=74387292;WS=74387274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr17	74398514	rs11652985	G	C	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=8;PP=731;SC=AATAGGCCACGGCAGATAAGG;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=74398522;WS=74398506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	74401405	rs11290311	AG	A	4512.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=64;PP=2974;SC=GTCCTGGGGGAGGGGAGGAGA;SOR=1.112;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=89;TCF=16;TCR=73;TR=79;WE=74401413;WS=74401395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	74468552	rs12942767	A	G	5558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr17	74471298	rs12951122	G	A	3125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=56;PP=1743;SC=GGGCCACCCTGGCCTGGTCAC;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=101;WE=74471306;WS=74471288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	74473593	rs3833088	A	AG	4099.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=30;PP=2674;SC=ATGGGGGCCCAGCAGCTCCAC;SOR=1.402;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=61;WE=74473601;WS=74473583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	74475024	rs3744045	G	A	3379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=47;PP=1865;SC=CGGTGGGTGCGGGGCGTGGGG;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=66;TCR=48;TR=112;WE=74475032;WS=74475014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	74476089	.	ATG	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=-0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=-0.065;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr17	74477340	rs3826288	A	G	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=13;PP=546;SC=GGCTGCACAGACAGCAGCTGT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=36;WE=74477348;WS=74477330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	74477691	rs11870168	C	T	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=6;PP=192;SC=AGGACCCTGACGCCAGGGCAC;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=74477699;WS=74477681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	74524651	rs4238995	TT	GG	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.25;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	74536332	rs8176326	TC	T	1128.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=28.22;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	74539092	rs4318240	C	T	8835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=170;NR=144;PP=2965;SC=TGCTGATCTGCTCTGGTTTTC;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=314;TCF=170;TCR=144;TR=314;WE=74539100;WS=74539082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr17	74541129	rs4232870	A	G	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=4.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	74557681	rs4510053	A	C	5367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.701;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.163;NF=113;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=1.482;SC=TGTTTGTAAGATTTGTTTACA;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=113;TCR=74;TR=186;WE=74557689;WS=74557671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,203:1.00:204
chr17	74557803	rs60161580	GT	G	4099.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.273;HP=10;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.441;NF=11;NR=107;PP=2111;ReadPosRankSum=-1.016;SC=TGGCTCCATGGTTTTTTTTTT;SOR=0.331;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=138;TCF=11;TCR=127;TR=118;WE=74557811;WS=74557791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,194:0.97:201
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chr17	74581914	rs3135934	C	G	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	74581945	rs12449329	AA	GC	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.25;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	74582025	rs1867561	G	C	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=8;PP=210;SC=TGCGGCGCCTGCCCGCCCGGC;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=74582033;WS=74582015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	74621635	rs2286595	C	T	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	74625865	rs11433733	G	GT	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=-1.177;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr17	74639530	rs719430	T	C	3105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	74680879	.	T	G	702	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=12;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=22;MQ=58.4;NF=0;NR=36;PP=702;QD=20.4658670152;SC=GTGGAGGGGGTGGGGGGGTGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=36;WE=74680887;WS=74680869;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:30,36:0.55:66
chr17	74681435	rs2286593	A	G	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=27;PP=786;SC=CTACAACGAGACAGCCAGAGA;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=74681443;WS=74681425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	74684598	rs4788942	C	T	5723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=95;PP=2965;SC=CTGCGGCCAGCAGACAAAGGG;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=102;TCR=95;TR=196;WE=74684606;WS=74684588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	74684858	rs7219390	T	C	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=26;PP=604;SC=CTTGCAGGAATGTCAGAGGAT;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=74684866;WS=74684848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	74716759	rs12943725	A	G	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=13;PP=315;SC=GAGAAACCCAATACGGTGCCC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=74716767;WS=74716749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	74728938	rs4789351	C	T	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=102;SC=TTTATACAAACCCAGAAAGAC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=74728946;WS=74728928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	74732507	rs237058	A	G	11598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr17	74733099	rs237057	G	A	5366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;SC=TGGTGTAGCGGTCCCGCGGGA;SOR=0.894;Source=Platypus;TCF=84;WE=74733107;WS=74733089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr17	74733403	rs3744061	G	A	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=3;PP=103;SC=TAGCGCACCTGAGTAACAACT;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=74733411;WS=74733393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	74734323	rs237054	G	A	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=9;PP=1008;SC=CCTGGCTCCTGCATCTGCCTT;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=48;WE=74734331;WS=74734313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	74734598	rs237053	C	T	3689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=75;PP=2240;SC=TGAAAATAAACGTTCATTATA;SOR=1.263;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=49;TCR=76;TR=124;WE=74734606;WS=74734588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	74736999	.	CT	C	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.517;QD=2.12;ReadPosRankSum=1.094;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,34:0.36:95
chr17	74750215	rs11399997	C	CT	8172.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.05;NF=19;NR=56;PP=2967;SC=TCAGGAACAACTCGGCATTTG;SOR=0.777;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=79;TCF=19;TCR=60;TR=75;WE=74750223;WS=74750205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr17	74750331	rs116719	C	T	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=44;PP=1398;SC=CAACATCTCTCTAACATGGGG;SOR=1.409;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=69;WE=74750339;WS=74750321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	74920957	rs3889146	G	T	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=28;PP=1745;SC=CTCTGCACTTGTACAGTTCAT;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=88;WE=74920965;WS=74920947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	74921257	rs8067585	G	A	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=38;PP=965;SC=CTGCCCCCACGTCCCCACTCA;SOR=2.041;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=51;WE=74921265;WS=74921247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	74922636	rs12450749	G	A	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=6;PP=1097;SC=AGGGACACACGGGGAGGTTGC;SOR=2.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=45;WE=74922644;WS=74922626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	74922652	rs11653088	C	T	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=14;PP=1487;SC=GTTGCTGACCCTGGTTCCTGG;SOR=2.245;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=53;TCR=15;TR=67;WE=74922660;WS=74922642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	74922706	rs33966966	C	T	5427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=71;PP=2965;SC=TCGACACCTTCGGGACGGAAC;SOR=1.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=106;TCR=71;TR=177;WE=74922714;WS=74922696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr17	74928758	rs79286496	C	T	10074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=175;NR=170;PP=2965;SC=TCATGGGCTTCGTGTCCGAGG;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=347;TCF=177;TCR=170;TR=345;WE=74928766;WS=74928748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr17	74928921	rs77352627	C	T	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.14;SOR=2.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	74928931	rs8078608	C	T	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	74929442	rs12600695	A	G	4736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=101;PP=2965;SC=TCCAGCAGCCACTCCAGGGGT;SOR=1.238;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=66;TCR=101;TR=167;WE=74929450;WS=74929432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr17	74936576	rs8081793	G	A	19056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=738;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=345;NR=345;PP=2965;SC=GCTTCAGCCCGCCCCACAGCT;SOR=0.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=691;TCF=345;TCR=346;TR=690;WE=74936584;WS=74936566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,733:1.00:733
chr17	74937066	rs9900337	C	G	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=15;PP=376;SC=CATCCCTCCCCTGGTCAGACA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=74937074;WS=74937056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	74942478	rs8067984	C	T	9309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.69;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr17	74944709	rs9894270	T	C	7771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=176;NR=149;PP=2965;SC=CGGTGCTGTGTGGTCCCTGCC;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=325;TCF=176;TCR=149;TR=325;WE=74944717;WS=74944699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr17	75085226	rs3214724	TC	T	1251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=4;PP=1301;SC=TGTTACTTTTTCCCCCAAGGT;SOR=3.516;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=38;WE=75085234;WS=75085216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	75085260	rs2247814	C	G	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=21;PP=1465;SC=GAGAAATATCCCCCGACGATT;SOR=1.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=86;WE=75085268;WS=75085250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	75085434	rs2678770	G	A	5781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;PP=2965;SC=GCCAAGTTGTGGGTGCAGCAT;SOR=0.906;Source=Platypus;TCF=94;WE=75085442;WS=75085424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	75187248	.	C	CT	2505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.433;QD=18.29;ReadPosRankSum=0.297;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,128:0.93:137
chr17	75190846	rs673918	A	C	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=45;PP=1926;SC=TTCCATCACGACCTCTTCAGA;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=67;TCR=45;TR=112;WE=75190854;WS=75190836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	75199580	rs12602668	A	G	3368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=35;PP=1978;SC=ATTCCTGTTAAGGGTCTTAGA;SOR=1.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=75;TCR=35;TR=110;WE=75199588;WS=75199570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	75207966	rs2280269	A	G	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=83;SC=GGAGAGCACGATGCGCTCGCA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=75207974;WS=75207956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	75303298	rs4789439	T	C	4888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=98;PP=2965;SC=CTCGCTCCGCTCTGGCCCCAC;SOR=1.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=55;TCR=98;TR=153;WE=75303306;WS=75303288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr17	75316497	rs3760143	C	T	3016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	75397802	rs139887327	C	CA	338.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.04;ReadPosRankSum=0.178;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr17	75398498	rs34587622	C	T	11469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=217;NR=186;PP=2965;SC=ACGCCAGAACCGGCCCCTCGG;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=403;TCF=217;TCR=186;TR=403;WE=75398506;WS=75398488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr17	75478481	rs425139	C	T	10916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=195;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.754;SC=CCCAGGGCGGCCCACAAGCCT;SOR=0.260;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=387;TCF=190;TCR=197;TR=384;WE=75478489;WS=75478471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,414:1.00:415
chr17	75494705	rs2627223	A	G	1889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.23;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	75494746	rs1059485	A	G	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=29;PP=1308;SC=TGTAGACGCCACCCTGCCCAC;SOR=1.364;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=75494754;WS=75494736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	75494787	rs5822173	T	TC	481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0;NR=17;PP=571;SC=GTCATTTCCGTCCCCCCCCAG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=17;WE=75494795;WS=75494777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	75495065	rs448203	T	C	3744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	75495397	rs9038	T	C	7584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.689;SC=GCAGACTGCTTGGCCAGATGC;SOR=0.243;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=268;TCF=137;TCR=131;TR=266;WE=75495405;WS=75495387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,291:1.00:292
chr17	75834770	rs9910282	A	G	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	76087407	rs60735984	C	CA	425.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=8.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.51;ReadPosRankSum=2.125;SOR=0.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr17	76116917	rs117553598	C	T	3793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=77;NR=66;PP=2641;SC=GAGGTTCCTGCGGAGGGCGGG;SOR=1.043;SbPval=0.58;Source=Platypus;TCF=77;TR=143;WE=76116925;WS=76116907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	76117361	rs2073285	T	C	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=11;PP=263;SC=CTCCAAGATCTGGCCCTCCCC;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=76117369;WS=76117351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	76117971	rs1997978	G	A	6150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=153;PP=2965;SC=CCCTCCAGGCGCAGAGAGGAC;SOR=2.324;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=52;TCR=154;TR=205;WE=76117979;WS=76117961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	76119930	rs55677349	T	C	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	76128386	rs1354985	G	C	4462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=97;NR=67;PP=2965;SC=GACTCTCAGCGCGGCCCCAGC;SOR=0.897;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=97;TCR=67;TR=164;WE=76128394;WS=76128376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	76128662	rs1396149	G	C	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=32;PP=1425;SC=CCAGGGCCCAGAGCGTGGCGA;SOR=0.781;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=62;WE=76128670;WS=76128652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	76130575	rs7208422	A	T	9979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=198;NR=156;PP=2965;SC=AACGTACTCAACGGGCTCCTG;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=356;TCF=200;TCR=156;TR=354;WE=76130583;WS=76130565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr17	76131070	rs12452890	G	A	6932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr17	76134828	rs7221365	C	A	3827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=75;PP=2570;SC=TCAGGGCAGCCGGGGCCATGG;SOR=1.301;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=48;TCR=76;TR=122;WE=76134836;WS=76134818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	76137198	rs369764	T	G	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=32;PP=955;SC=CTGTAACCCCTACCCCTGCCT;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=76137206;WS=76137188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	76142402	rs2310998	G	A	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=23;NR=6;PP=495;SC=CACCCACCCAGGGAGCATCCC;SOR=1.819;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=29;WE=76142410;WS=76142392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	76142811	rs147459634	GT	G	2551.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=20;PP=1882;SC=AAGAGCTTTTGTGAGTGATGG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=76142819;WS=76142801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	76143009	rs7217374	G	A	3992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=64;NR=73;PP=2051;SC=GGCATAGCCTGCTGCAGGGAG;SOR=1.088;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=65;TCR=73;TR=137;WE=76143017;WS=76142999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	76157266	rs4071641	T	C	6247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=120;PP=2965;SC=CTACTTCTGCTGGGCGTCCTC;SOR=1.169;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=90;TCR=120;TR=210;WE=76157274;WS=76157256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr17	76157348	rs12951279	G	A	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=39;PP=1255;SC=GAGTGCGGTGGGGGGCACAGG;SOR=1.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=60;WE=76157356;WS=76157338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	76170830	rs1065768	C	T	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.01;SOR=1.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	76171330	rs2854702	C	T	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=183;SC=GATTCACAAGCACTGAAGCCA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=76171338;WS=76171320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	76178748	rs1143697	T	C	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=54;PP=1381;SC=AGGCGGGCAGTGCCTCCATGG;SOR=1.115;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=94;WE=76178756;WS=76178738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	76182766	.	A	AAGGGGAGGGG	888.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.08;MQRankSum=0.912;QD=49.37;ReadPosRankSum=-1.351;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,17:0.94:18
chr17	76183043	rs1071664	A	G	11254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=181;NR=197;PP=2965;SC=TGGGGGAGCCAGGCAGCACAG;SOR=0.817;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=380;TCF=182;TCR=198;TR=378;WE=76183051;WS=76183033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr17	76198754	rs35822441	T	C	4929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=86;PP=2664;SC=GGGCGGGCCTTGCTCACACGC;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=99;TCR=86;TR=185;WE=76198762;WS=76198744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr17	76218857	rs4789559	G	A	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	76218869	rs17882271	G	A	2978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	76219123	.	TAGACTAGCTGGGGTGCCC	T	1925	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=63.82;NF=0;NR=6;PP=1925;QD=328.0;SC=CTGGGGTGCCTAGACTAGCTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=76219148;WS=76219113;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,6:0.75:8
chr17	76219591	rs2071214	G	A	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=20;PP=969;SC=GGAAACTGCGGAGAAAGTGCG;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=76219599;WS=76219581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	76228088	rs8068943	T	A	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=14;PP=439;SC=ACCCGTCCCCTCCCGCCGGCC;SOR=0.990;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=23;WE=76228096;WS=76228078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	76229983	rs61730389	C	T	3284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=67;NR=40;PP=1784;SC=CAGGGCAGAACGGCTGCATCC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=67;TCR=40;TR=107;WE=76229991;WS=76229973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	76230693	rs79885699	T	G	7676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=142;NR=114;PP=2965;SC=GTGCAGTCATTGTGGTCCTGC;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=256;TCF=142;TCR=114;TR=256;WE=76230701;WS=76230683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr17	76230729	rs11077350	T	C	7631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=142;NR=126;PP=2965;SC=TTCTCGTGTGTGGCTGGATCT;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=142;TCR=126;TR=268;WE=76230737;WS=76230719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr17	76267843	rs872359	G	A	6287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=106;NR=101;PP=2965;SC=GGTATCTCCCGACATGAGCAC;SOR=0.764;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=209;TCF=106;TCR=103;TR=207;WE=76267851;WS=76267833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr17	76354534	.	G	T	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=1.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=-1.743;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,83:0.24:347
chr17	76394042	rs16971107	G	A	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=7;PP=768;SC=ACCTGGTGTCGTAGCGTTTCC;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=76394050;WS=76394032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	76394449	rs2292644	C	T	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=25;PP=773;SC=GGCATGCAAGCCTGGCCCCTC;SOR=1.225;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=76394457;WS=76394439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	76395421	rs2292643	G	A	4988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=3.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	76395430	rs2292642	C	T	5386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.08;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr17	76395750	rs12450500	C	T	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.82;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	76396963	rs3817294	A	G	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=33;PP=983;SC=ACACCCTTCTATGGCTGTGGG;SOR=1.385;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=55;WE=76396971;WS=76396953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	76400236	rs3744219	G	A	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=34;PP=1018;SC=AGGGGGTGGGGAGCCCTGGCG;SOR=3.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=39;WE=76400244;WS=76400226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	76400258	rs3744217	G	A	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;QD=44.83;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	76400268	rs3826323	C	G	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=45.22;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	76410871	rs3744216	G	A	2641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=57;NR=29;PP=1292;SC=AGGGCAGGCCGCCTTTCTCTT;SOR=1.000;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=86;WE=76410879;WS=76410861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	76411154	rs3833108	T	TG	1356.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=833;SC=AGGGTGTGGCTGGGGGCCCAG;SOR=1.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=23;WE=76411162;WS=76411144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	76422473	rs4969188	T	C	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=14;PP=989;SC=GGGTGTGGGGTGTGCCGAGCT;SOR=1.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=55;WE=76422481;WS=76422463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	76423097	rs2271613	G	A	4576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr17	76424482	rs651806	A	G	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=22;PP=1596;SC=ACCCAAGCCCAAGGCTGGGGC;SOR=2.327;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=66;TCR=22;TR=88;WE=76424490;WS=76424472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	76433685	rs2289757	A	G	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=6;PP=531;SC=AGGCCGTGGCATGGGATGGGG;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=76433693;WS=76433679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	76433898	rs12941494	T	C	5306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr17	76449505	rs2289751	G	C	6176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=108;NR=117;PP=2965;SC=CAATGAGCAAGGTGTCCCCTT;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=226;TCF=109;TCR=117;TR=225;WE=76449513;WS=76449495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr17	76451921	rs8069561	A	G	3890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	76456352	rs623336	T	C	4752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.41;QD=25.69;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	76456403	.	C	CGTGCATGTGTGTGCATGTGT	2949.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=17;PP=2990;SC=GGGGCGTGTACGTGCATGTGT;SOR=1.306;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=52;TCF=4;TCR=48;TR=19;WE=76456411;WS=76456393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	76457559	rs692529	T	G	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=6;PP=380;SC=TGACCACACGTGGAAGCCCAG;SOR=1.721;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=19;WE=76457567;WS=76457549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	76457910	rs640292	G	C	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=233;SC=CGTGTCTTACGACTCCCAGTG;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=76457918;WS=76457900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	76462674	.	C	A	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.243;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr17	76462770	rs691225	G	A	6530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=89;PP=2965;SC=GGAAGCGGGCGCTGACGGACA;SOR=0.785;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=122;TCR=89;TR=210;WE=76462778;WS=76462760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr17	76481608	rs11077370	A	G	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=16;PP=772;SC=CCGGGTAGGCAGGGCGTGGCC;SOR=1.355;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=76481616;WS=76481598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	76481693	rs11872051	C	G	5857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=119;NR=86;PP=2965;SC=GGTAGTTGTCCGTGTTCAGGC;SOR=0.962;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=119;TCR=87;TR=205;WE=76481701;WS=76481683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr17	76481997	rs12944880	T	C	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=21;PP=1249;SC=CACCGATTCCTGCCTCTAAAT;SOR=1.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=66;WE=76482005;WS=76481987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	76482256	rs691142	A	G	6165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr17	76482432	rs691151	A	G	8322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=139;NR=151;PP=2965;SC=GCAGGTACAGAATCGTTTGGA;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=290;TCF=139;TCR=151;TR=290;WE=76482440;WS=76482422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr17	76488937	rs10655360	G	GTTTTTTTTTTT	435.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=36.31;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	76491127	rs691652	TG	CC	9153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=96;PP=2947;SC=CCCTCGGCCATGAGCATGATC;SOR=1.118;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=77;TCR=100;TR=172;WE=76491136;WS=76491117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr17	76495050	rs691291	C	T	4368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr17	76496492	rs2028734	A	G	5452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=88;PP=2900;SC=CGGGGCCGGCAGGGGCTCCAC;SOR=0.847;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=88;TCR=88;TR=176;WE=76496500;WS=76496482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr17	76496577	rs2028735	C	T	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=51;PP=1566;SC=TGTGTGCCAGCGACCCCATGG;SOR=1.059;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=98;WE=76496585;WS=76496567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	76498346	rs141632101	CCTT	C	4344.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=41;PP=2687;SC=GGTAAATTCTCCTTCTTTTCA;SOR=0.773;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=60;WE=76498356;WS=76498336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	76498393	rs73380870	A	G,T	2824.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.59;QD=27.97;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,85,16:0.84,0.16:101
chr17	76498406	rs930572	A	G	2445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=62;PP=2153;SC=TTTTTTTTAAAGACTCTCAGT;SOR=1.109;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=127;TCF=64;TCR=63;TR=118;WE=76498414;WS=76498382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	76498692	rs930571	C	T	6069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr17	76502734	rs11077378	T	C	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=8;PP=445;SC=GCGGTTGAGGTAGAGGTGCCC;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=76502742;WS=76502724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	76503593	rs9896398	T	C	5583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=101;PP=2965;SC=GGGAGCTGGGTGCGGATGTCT;SOR=0.906;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=97;TCR=102;TR=198;WE=76503601;WS=76503583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	76503966	rs9902653	T	C	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=45;PP=1485;SC=TTCCAGGACATAGACTGAAGC;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=78;WE=76503974;WS=76503956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	76506607	rs867654	G	A	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=50;NR=37;PP=1344;SC=AAAAAATCCAGGCAGGATTCA;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=87;WE=76506615;WS=76506585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	76525475	rs884714	T	G	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=6;PP=1152;SC=ATGGTTGCGTTTGATGGGCTG;SOR=3.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=44;WE=76525483;WS=76525465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	76525565	rs4273108	A	G	5776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=71;PP=2965;SC=TGCAGCTTCAAGTGGATCTCC;SOR=1.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=197;TCF=124;TCR=73;TR=194;WE=76525573;WS=76525555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr17	76525805	rs4969212	C	G	4513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=96;PP=2932;SC=ATTTGTGTGGCCCCAGCCCCC;SOR=1.780;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=45;TCR=97;TR=141;WE=76525813;WS=76525795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	76528591	rs11868065	C	T	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	76528790	rs11651537	A	G	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	76528831	rs11077379	G	A	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=30;PP=999;SC=GAAAGGGGCAGGGGAGAAGCA;SOR=1.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=58;WE=76528839;WS=76528821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	76533269	rs111781371	A	AAAAG	2996.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.59;QD=39.96;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	76535759	rs7220871	T	C	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=6;PP=489;SC=CTAGAAACTATAGATTCTAAC;SOR=2.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=21;WE=76535767;WS=76535749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr17	76547634	rs16971526	T	C	11235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
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chr17	76567707	rs894968	T	C	4101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=64;PP=2194;SC=AGCAGCCGAGTGTCCCAGAAC;SOR=0.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=84;TCR=64;TR=148;WE=76567715;WS=76567697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
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chr17	76569056	rs12951733	G	T	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=581;SC=TCCCCGGGGGGTTCCAAAGAC;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=76569064;WS=76569046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	76570771	rs12946156	G	A	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=599;SC=TCGACACCCCGGATGGCAGCC;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=76570779;WS=76570761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	76571269	rs9903478	A	C	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=11;PP=293;SC=GAGCAGGAACAAAACAGTTGG;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=76571277;WS=76571259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr17	76794774	rs3744799	T	C	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=22;PP=681;SC=ATGACCCCTGTGCACGGCGAC;SOR=1.151;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=76794782;WS=76794764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr17	76799795	rs1057040	G	A	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=39;PP=1089;SC=TGTGGGAGGCGCGTCTCTGAG;SOR=4.091;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=48;WE=76799803;WS=76799785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr17	76799898	rs9302885	A	G	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	76814782	rs35273233	G	A	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=23;PP=1361;SC=AGTTGGCAAAGCGCTTGAGGG;SOR=1.320;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=71;WE=76814790;WS=76814772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	76816199	rs7222131	G	A	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	76832133	rs900349	T	C	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=304;SC=AATATTTAAGTCCATCCACTT;SOR=2.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=76832141;WS=76832130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	76867185	rs55743137	G	T	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=29;PP=864;SC=ACAACCTGTAGCTGGGGTACA;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=49;WE=76867193;WS=76867175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr17	76897974	rs4789936	C	T	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=30;PP=924;SC=CTTGAAATCACTGGGCTGACT;SOR=1.238;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=51;WE=76897982;WS=76897964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	76970879	rs3744166	A	G	6853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=116;PP=2965;SC=ACTGGACCTCATCCAGCATGA;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=237;TCF=121;TCR=116;TR=237;WE=76970887;WS=76970869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr17	77079786	rs112315317	G	A	3983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=73;PP=2601;SC=CTGCCGCTCCGGGCACCCCTG;SOR=1.006;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=57;TCR=73;TR=130;WE=77079794;WS=77079776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	77083153	rs57039616	G	A	6770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr17	77088790	rs11286198	GA	G	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=-3.159;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
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chr17	77089630	rs371204042	GA	G	660.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=3.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.251;QD=8.58;ReadPosRankSum=1.576;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,57:0.74:77
chr17	77097649	rs11651975	G	A	3455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=42;PP=1851;SC=GCCTTGTGGGGGGACCCAGCC;SOR=0.933;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=71;TCR=42;TR=112;WE=77097657;WS=77097639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr17	77102966	rs36122090	T	TC	1309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=622;SC=GGCCAGATTCTCCCCACCCTT;SOR=1.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=16;WE=77102974;WS=77102956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	77681036	rs73410309	G	C	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.75;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	77704912	rs8074547	T	C	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=8;PP=712;SC=ATGAGAGGCCTGGCCGTCCTC;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=77704920;WS=77704902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	77705045	rs8074728	T	C	6293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=130;NR=96;PP=2965;SC=ACGACCAGGATGTGGACACCC;SOR=0.890;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=130;TCR=96;TR=226;WE=77705053;WS=77705035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr17	77707282	rs113286331	C	T	4467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=64;PP=2582;SC=ATCCCGCCGCCCTCTGCACCT;SOR=0.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=84;TCR=64;TR=148;WE=77707290;WS=77707272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	77709339	rs11657217	C	G	7711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=112;NR=140;PP=2965;SC=TGTACGATGCCCTCAAGGACG;SOR=1.072;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=112;TCR=141;TR=252;WE=77709347;WS=77709329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr17	77710700	rs55840948	G	A	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=7;PP=1172;SC=CTCAGAATTCGGGGAAACTGA;SOR=3.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=51;WE=77710708;WS=77710691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	77751983	rs71368052	C	G	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=294;SC=GCGCGGCGGTCCGGGCGGGTG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=77751991;WS=77751976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	77768654	rs4889891	C	A	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=34;PP=1703;SC=CAGGCCCCCCCCAGAGCTGGG;SOR=1.106;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=95;WE=77768662;WS=77768644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	77772068	rs9905914	G	A	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	77772187	rs9906169	G	C	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	77807917	.	T	TGCCGCC	7856.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=77;PP=2974;SC=TGGGTGCCGCTGCCGCCGCCA;SOR=0.914;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=102;TCF=15;TCR=87;TR=89;WE=77807925;WS=77807907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	77809591	.	G	GC	811.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=5.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=0.000;QD=12.30;ReadPosRankSum=0.152;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr17	77811854	rs2289728	G	A	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=9;PP=258;SC=CAGGCCTGACGTAGTCCCTGA;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=77811862;WS=77811844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	77914561	rs2241950	C	T	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=5;PP=850;SC=TAGGTTTCTACCGTCCCCTGT;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=77914569;WS=77914556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	77916134	rs2650236	G	A	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=18;PP=575;SC=AGCCCAGCTCGGGGGCCGTGT;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=77916142;WS=77916124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	77923478	rs894858	G	A	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.92;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	78010548	rs3752041	C	A	6308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr17	78013724	rs2289527	G	C	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=41;PP=1566;SC=AGGGGGAGGTGGAGACAGAAG;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=101;WE=78013732;WS=78013714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	78022378	rs2289530	C	G	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=10;PP=962;SC=GTCTCTCCCCCCAGTGATCCC;SOR=2.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=53;WE=78022386;WS=78022368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	78024094	rs2289533	C	T	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=76;SC=TAAGGCAACCCGGCAGCCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=78024102;WS=78024084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	78032915	rs11654770	C	T	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=29;PP=739;SC=CTGCAAACATCGGGCCCTCCC;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=78032923;WS=78032905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	78059889	rs60684213	G	A	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	78060109	rs73436177	G	A	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=14;PP=360;SC=GGGGCACGTCGCTGGATTTGC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=78060117;WS=78060099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	78061317	rs11150839	A	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=402;SC=GAGAGACAAAACCTGGCTCAC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=78061325;WS=78061307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	78061353	rs11150840	G	A	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=6;PP=660;SC=GCCTGCGGGCGAGGACCCGTA;SOR=2.133;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=35;WE=78061361;WS=78061343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	78064006	.	G	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.576;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-1.001;QD=1.20;ReadPosRankSum=4.056;SOR=1.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr17	78064015	rs4889953	G	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=10.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQRankSum=0.148;QD=17.72;ReadPosRankSum=-1.349;SOR=2.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr17	78064145	.	A	ACAC	1227	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=20;MQ=48.79;NF=26;NR=62;PP=1227;QD=14.806525641;SC=TGCACGAACAAGGGACGCGCG;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=93;TCF=26;TCR=67;TR=88;WE=78064153;WS=78064106;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,88:0.95:93
chr17	78064216	.	CAGCACGTGCATGAACAACACAGGACACACACA	C	2074.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.40;QD=39.90;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	78069324	rs1561810	C	A	4460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr17	78070996	rs72849388	C	T	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=15;PP=1140;SC=CCCTGTCCGCCAAGTAGCCGG;SOR=1.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=63;WE=78071004;WS=78070986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	78071052	rs12952612	T	C	5017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=106;NR=63;PP=2447;SC=AGGCCACCGATGAGTGCACCA;SOR=1.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=106;TCR=63;TR=169;WE=78071060;WS=78071042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr17	78071247	rs59252872	A	G	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=69;PP=1962;SC=GCCATGGAACATGCCACTCAC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=45;TCR=69;TR=114;WE=78071255;WS=78071237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	78073201	rs55990144	G	A	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=6;PP=272;SC=CCTTCACGCCGTCCCTTTTCA;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=78073209;WS=78073191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr17	78073589	rs2304853	T	C	4085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	78078709	rs1800300	T	C	13926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=259;NR=216;PP=2965;SC=CCCGCGGCTGTTGCTACATCC;SOR=0.873;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=477;TCF=260;TCR=217;TR=475;WE=78078717;WS=78078699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr17	78079481	rs8069491	C	G	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=17;PP=1107;SC=CTGTCCTTGGCGTGCGGGTTG;SOR=1.503;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=56;WE=78079489;WS=78079471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	78079509	rs12452721	T	G	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=50;NR=31;PP=1453;SC=GAGAGTAAGGTGGCTGTGGGG;SOR=1.046;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=51;TCR=31;TR=81;WE=78079517;WS=78079499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	78079544	rs3816256	C	G	3799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	78079597	rs1042393	A	G	4166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	78079669	rs1042395	G	A	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=43;PP=1193;SC=GTGATCGTGCGCCGGCAGCTG;SOR=1.240;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=70;WE=78079677;WS=78079659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	78081526	rs3071247	A	AGCAGCGG	7146.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=69;PP=2980;SC=CCCACGGTACAGCGGCGGGCG;SOR=1.146;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=16;TCR=75;TR=83;WE=78081534;WS=78081516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr17	78081551	rs2304845	T	C	5329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=53;PP=1516;SC=GCGGGGGCACTGAGCTGGGGA;SOR=1.046;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=93;WE=78081559;WS=78081541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	78081707	rs2252455	G	A	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	78081982	rs2241888	G	A	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=27;PP=1334;SC=TGAGCTCCTCGTGGGGAGAGA;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=77;WE=78081990;WS=78081972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	78082005	rs2241887	C	T	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=62;NR=40;PP=1729;SC=CTCAACTCTCCGCCTGTGATT;SOR=1.127;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=63;TCR=40;TR=102;WE=78082013;WS=78081995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	78082504	rs1800304	G	A	4318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.54;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr17	78083726	rs2278619	A	G	8643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr17	78084507	rs2304844	G	C	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=9;PP=1146;SC=TCTCCCCACTGCAGCCTCTCG;SOR=2.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=50;WE=78084515;WS=78084497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	78084688	rs2304843	C	A	8902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=172;NR=145;PP=2965;SC=GGGGACTACCCCACCCTCCTC;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=317;TCF=172;TCR=145;TR=317;WE=78084696;WS=78084678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr17	78084940	rs199788201	GC	G	848.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.95;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	78084942	rs4889817	G	T	857.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.31;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	78086043	rs2304838	C	T	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=82;PP=2218;SC=TCTCCCCACCCGCTGCCTGCA;SOR=4.429;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=10;TCR=82;TR=92;WE=78086051;WS=78086033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	78086846	rs2304836	A	G	4308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=85;PP=2679;SC=GGGTGGCGGCATGGCAGGTGG;SOR=0.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=74;TCR=85;TR=159;WE=78086854;WS=78086836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	78090928	rs2304832	G	A	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=65;PP=1718;SC=GGGACCCTAAGCCCTGGGGAG;SOR=3.070;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=80;TCF=15;TCR=65;TR=79;WE=78090936;WS=78090918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	78091405	rs1126690	G	A	4758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr17	78092063	rs1042397	G	A	3142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=51;PP=1804;SC=CCAAGGGTGGGGAGGCCCGAG;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=58;TCR=51;TR=108;WE=78092071;WS=78092053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	78155182	rs9906472	A	C	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=11;PP=968;SC=GGTCCTGCTTACCTGACAACT;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=78155190;WS=78155172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	78157592	rs11656949	C	T	1713.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.48;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	78158063	rs4889991	G	A	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=16;PP=403;SC=GCACCCCGGCGCGACCCTGCT;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=78158071;WS=78158053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	78162170	rs28674001	G	A	7724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr17	78164411	.	CAAA	C	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr17	78164427	rs12942414	A	G	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.08;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr17	78165088	rs142309150	G	A	5183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=95;NR=77;PP=2732;SC=CGGTGGTGATGGCGCGGCCTC;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=96;TCR=77;TR=172;WE=78165096;WS=78165078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr17	78171944	rs2066964	G	C	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	78175807	rs11356264	TC	T	1182.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=11;PP=795;SC=GTGCCCCAGGTCCCCAGGAGG;SOR=1.061;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=22;WE=78175815;WS=78175797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	78184679	rs9894254	C	T	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=41;PP=1409;SC=CTGCCAAAGACGGTGGCCCAG;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=78;WE=78184687;WS=78184669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr17	78191036	rs9900509	C	T	6065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.33;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	78193831	rs4889841	T	C	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.05;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	78196742	rs5822330	T	TGTG	1539.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.70;QD=41.61;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	78201554	rs6565652	T	C	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	78201783	rs6565653	T	G	4051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.371;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=69;PP=2097;ReadPosRankSum=1.095;SC=GGCTGACATCTTATGCAACCT;SOR=0.506;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=75;TCR=70;TR=142;WE=78201791;WS=78201773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,162:0.99:163
chr17	78210776	rs3924207	C	T	5919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr17	78221887	rs113361368	C	T	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=9;PP=842;SC=GTTGGGGCCTCGGGCAGCTGC;SOR=1.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=44;WE=78221895;WS=78221877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	78222280	rs7209848	A	G	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	78222565	rs7214131	A	G	2844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=48;PP=1618;SC=CCCTGTCCCCAACGCTCTCCA;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=102;WE=78222573;WS=78222555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	78223170	rs9895606	T	C	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=10;PP=285;SC=ATGTGACATCTCTGGGCTGTG;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=78223178;WS=78223160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	78237275	.	G	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.169;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=6.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.771;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr17	78272294	rs72849841	C	T	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.18;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	78281088	rs61087724	G	T	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=34;PP=1016;SC=TGACCCACATGTGCTGTTGTA;SOR=2.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=46;WE=78281096;WS=78281078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	78298938	rs6565674	A	G	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=50;PP=1452;SC=GGACAACTTCAATGACATTTT;SOR=1.015;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=91;WE=78298946;WS=78298928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	78302157	rs8082521	C	A	3915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	78305871	rs10782008	G	A	4672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr17	78306102	rs9913636	G	C	7109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=137;NR=109;PP=2965;SC=CCTTGAGCTTGAAGAGGTGTA;SOR=0.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=137;TCR=109;TR=246;WE=78306110;WS=78306092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr17	78306280	rs8074015	A	G	4940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=92;PP=2965;SC=GACCACCAGGACCAAAGAGAT;SOR=1.005;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=73;TCR=92;TR=165;WE=78306288;WS=78306270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr17	78306308	rs9908287	C	G	4400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=88;PP=2844;SC=AGGACCGAGTCGAACAGATCA;SOR=1.252;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=58;TCR=88;TR=146;WE=78306316;WS=78306298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr17	78308136	rs11658902	G	A	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=403;SC=ACTGTGTGGCGTTCCTAAACT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=78308144;WS=78308126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	78311508	rs4890009	G	A	5925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=74;PP=2965;SC=TGATCCAGGCGCCCAAAGGTG;SOR=1.189;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=125;TCR=75;TR=199;WE=78311516;WS=78311498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr17	78319136	rs9674961	G	A	6416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=124;NR=99;PP=2965;SC=GATGCCATCAGTCACTTGACT;SOR=0.842;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=224;TCF=124;TCR=100;TR=223;WE=78319144;WS=78319126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr17	78319380	rs4890012	G	C	4295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=88;NR=64;PP=2312;SC=GTGGGATCCCGGTTATCATCA;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=88;TCR=65;TR=152;WE=78319388;WS=78319370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr17	78323445	rs35993981	T	A	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=12;PP=845;SC=TTGGATTCTGTGCCGTTGTGT;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=78323453;WS=78323435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	78323757	rs7223115	T	C	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=25;PP=572;SC=GCCGCAGCCGTGTGGCTTCTG;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=78323765;WS=78323747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	78324048	rs9944443	T	A	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	78327358	rs7216493	G	A	2535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=45;PP=1469;SC=AGGCGATGGAGACGGAGGCCA;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=82;WE=78327366;WS=78327348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	78332396	rs9915562	A	G	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=34;PP=933;SC=CAACGTTGACATGGGTGCTTT;SOR=1.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=52;WE=78332404;WS=78332386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	78333840	rs8067292	T	C	4704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	78348494	rs6565681	A	G	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=16;PP=436;SC=CCACTGATGCAGCCCATCACG;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=78348502;WS=78348484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	78354661	rs4889848	C	T	9599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=178;NR=148;PP=2965;SC=AGACCGGCCACGTGCTGGGCA;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=328;TCF=180;TCR=148;TR=326;WE=78354669;WS=78354651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr17	78362300	rs6565683	A	T	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=6;PP=448;SC=AGGGATACACAGGGCAGCGCG;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=78362308;WS=78362290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	78395734	rs34933300	G	A	3345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=47;PP=1995;SC=CAGCAGCTGCGGGAGAAGGAG;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=61;TCR=47;TR=108;WE=78395742;WS=78395724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	78396091	rs9907097	C	G	1938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=30;PP=1000;SC=TGGGGAAGAGCGGGGGGAGAG;SOR=1.148;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=57;WE=78396099;WS=78396081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	78401588	rs8065290	G	T	3935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=79;PP=2464;SC=CAGGCGCTGCGGCGCTCCTGG;SOR=1.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=51;TCR=79;TR=130;WE=78401596;WS=78401578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	78404175	rs113730607	ATTTG	A	6339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=63;PP=2982;SC=TATTTCACATATTTGTTTGTT;SOR=1.017;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=78;TCF=5;TCR=73;TR=68;WE=78404186;WS=78404165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	78444658	rs12943620	T	G	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=18;PP=1030;SC=TGGTGGCCCCTCCGTAGATCT;SOR=1.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=59;WE=78444666;WS=78444648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	78444948	rs11869626	A	C	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=24;PP=763;SC=ACTCTCACGGACACTCCTAGG;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=78444956;WS=78444938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	78445702	rs1131609	A	G	4483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=73;PP=2387;SC=ACAAAAGGCAACTTGGCCACC;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=70;TCR=73;TR=143;WE=78445710;WS=78445692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr17	78446932	rs11657630	C	A	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=10;PP=960;SC=GCCCTGTCTCCGCATGCAACA;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=45;WE=78446940;WS=78446922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	78820212	rs3829572	G	A	3947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=44;PP=2221;SC=GGCAGGGGTGGGCAAGACCAG;SOR=1.027;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=79;TCR=45;TR=123;WE=78820220;WS=78820202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	78820329	rs3751945	C	T	7234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=131;NR=116;PP=2965;SC=TCACCATGGGCGTGGAGAACC;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=131;TCR=116;TR=247;WE=78820337;WS=78820319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr17	78897146	rs2271607	T	C	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=30;PP=1801;SC=TCGGGAGCCATGATGGCATGC;SOR=1.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=71;TCR=30;TR=101;WE=78897154;WS=78897136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	78897561	rs6565491	C	T	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=86;PP=2303;SC=AGGCTGCTCACATCACCATGG;SOR=3.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=18;TCR=86;TR=104;WE=78897569;WS=78897551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	78919324	rs28403145	G	A	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=3;PP=484;SC=CCTGGGAGGCGGAGCTTGCAG;SOR=2.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=19;WE=78919357;WS=78919314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	78919327	rs68078977	GCTTGCAGTGAGC	G	1528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=2957;SC=GGGAGGCGGAGCTTGCAGTGA;SOR=3.126;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=17;WE=78919357;WS=78919314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	78919349	rs8080910	A	G	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=8;PP=689;SC=CCAAGATTGCACCACTGCACT;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=78919357;WS=78919314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	78921211	rs9912373	G	A	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=383;SC=GGCGGGGAGGGTGTGTGATCC;SOR=2.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=19;WE=78921219;WS=78921201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	78923178	rs3751940	C	T	4264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr17	78935197	rs9899178	C	T	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	78937925	rs3751938	C	T	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=3;PP=789;SC=CCGGCATTTCCGGGCCTGAGG;SOR=3.477;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=78937933;WS=78937915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	78969386	rs4969333	G	C	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=9;PP=533;SC=CGCCCAGCAAGGGTGTCATCC;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=78969394;WS=78969376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	78969590	rs66738175	T	C	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=26;NR=33;PP=875;SC=GGCATGGAGGTGTGGGGAGCC;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=59;WE=78969598;WS=78969580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	78970779	rs12951796	G	C	2275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	78970909	rs4969334	A	G	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=21;PP=1328;SC=CCCAACTGTGAGAACCCACAA;SOR=1.195;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=64;WE=78970917;WS=78970899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	78971176	rs9989475	A	G	10431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.29;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr17	78971182	rs9989472	C	T	10119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.00;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr17	78971262	rs77195123	C	T	4714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=58;PP=1754;SC=AAATAGTCTGCGGTTTGTGAC;SOR=1.150;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=103;WE=78971270;WS=78971252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	78971283	rs8081168	A	C	3783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=43;PP=1499;SC=TGGTTTTCCTACCTGAGGTGA;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=74;WE=78971291;WS=78971273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	78972326	rs10871491	A	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=20;PP=578;SC=GGCCGTGGGCAAGCCCTGCTG;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=78972334;WS=78972316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	78972864	rs11870458	T	C	8141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr17	79006850	rs11870986	T	C	10077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=180;NR=165;PP=2965;SC=GCAGGCCAGCTCAGGAAGTAA;SOR=0.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=345;TCF=180;TCR=165;TR=345;WE=79006858;WS=79006840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr17	79007075	rs11150764	C	A	3080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=57;PP=1782;SC=TTCCTCCAGGCGAGCAGAGCT;SOR=1.199;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=43;TCR=57;TR=100;WE=79007083;WS=79007065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	79009153	rs8073224	T	C	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	79010533	rs4969350	G	A	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=15;PP=1192;SC=GGGGTTGTTAGGTTTGGTTTC;SOR=1.512;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=63;WE=79010541;WS=79010523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	79010839	rs6565527	A	C	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=18;PP=389;SC=ACCGGGCAGTAGGCCTTCACC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=79010847;WS=79010829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	79031825	rs9898347	G	A	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=35;PP=1042;SC=GGCAGCTCTGGGGCCCTGTCC;SOR=5.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=37;WE=79031833;WS=79031815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	79077957	rs34057293	T	C	4944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=100;PP=2965;SC=ACGTGCCTCCTCAGACCCTAC;SOR=1.325;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=62;TCR=100;TR=162;WE=79077965;WS=79077947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	79077980	rs57792378	A	C	3452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=73;PP=2240;SC=TCATGCCACAACCCTCAATAG;SOR=1.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=33;TCR=73;TR=106;WE=79077988;WS=79077970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	79082362	rs55879913	C	T	4135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr17	79089428	rs12450670	A	C	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.84;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	79090198	rs62073016	C	T	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=33;PP=1013;SC=TGGGGCTCTCCTGGGCCCCTC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=79090206;WS=79090188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	79093142	rs144250320	C	CCGCGTGCCCTACCTCT	2336.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=10;PP=403;SC=GCCCTGCCTCCCGCGTGCCCT;SOR=0.902;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=16;WE=79093150;WS=79093132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	79093384	.	C	A	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=248;ReadPosRankSum=0.724;SC=CCACCACCTGCAGCCCAGGTC;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=16;WE=79093392;WS=79093374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr17	79093427	rs62073018	C	T	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=332;SC=CCTGGGACCCCGGCCCGGCCC;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=79093435;WS=79093417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	79093822	rs36000545	A	G	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	79095144	rs8073904	G	A	3859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=63;PP=2307;SC=AGGTGGCCTCGGCCGTGTCCT;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=63;TCR=63;TR=126;WE=79095152;WS=79095134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr17	79096115	rs61738821	C	T	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=18;PP=732;SC=TCGTGGCCGGCGGCGGGTGCG;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=79096123;WS=79096105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	79096645	rs72854175	G	A	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=50;PP=1387;SC=TCCCCCGGGGGCCACGTCAGA;SOR=1.280;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=85;WE=79096653;WS=79096635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	79098838	rs141491493	GGCAGGGTGA	G	2148.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.71;QD=42.97;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	79105850	rs4969253	T	C	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=33;NR=44;PP=1093;SC=ATGTAGAGGCTGCACCTGTAT;SOR=1.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=77;WE=79105858;WS=79105840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	79108141	rs4969397	A	G	12400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=239;NR=187;PP=2965;SC=GGATCCCACGACAGCTCCCGC;SOR=0.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=426;TCF=239;TCR=187;TR=426;WE=79108149;WS=79108131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr17	79139473	rs2659034	C	G	12398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=201;NR=243;PP=2965;SC=CCCTCCGTGCCCCAGTTACCT;SOR=0.997;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=444;TCF=201;TCR=243;TR=444;WE=79139481;WS=79139463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr17	79140505	rs12946891	C	G	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=14;PP=702;SC=GCCGCCCCCCCACCCCATGCC;SOR=1.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=79140513;WS=79140495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	79155116	rs906180	A	G	8124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=123;NR=152;PP=2965;SC=TGCTGCCCACAGACATGAGAC;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=123;TCR=153;TR=275;WE=79155124;WS=79155106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr17	79165171	rs869370	G	A	7773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=107;NR=158;PP=2965;SC=GTTGCCACCCGGAGCCGGCCC;SOR=1.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=265;TCF=107;TCR=158;TR=265;WE=79165179;WS=79165161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr17	79166136	rs113590232	G	A	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=46;PP=1898;SC=TGGTGCGGCCGGCCTCCCACG;SOR=0.812;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=114;WE=79166144;WS=79166126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	79171967	rs2659016	A	G	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=27;PP=1287;SC=GCGGGGCAGCACGTCCGGCTC;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=81;WE=79171975;WS=79171957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	79173184	rs2659015	T	C	2645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	79173224	rs2725419	T	C	3906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=3.095;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.20;ReadPosRankSum=-0.669;SOR=0.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,154:0.99:155
chr17	79173398	rs906176	A	G	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=19;SC=GGACGACCCCAGGCTCCACAG;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=46;WE=79173406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	79173462	rs906175	C	T	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=24;PP=985;SC=CAGCAGCAGCCCCGCACGGTC;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=48;WE=79173470;WS=79173452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	79174221	rs2466773	T	C	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=30;NR=30;PP=863;SC=ATGGTGACAGTGGCCTGGTTC;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=60;WE=79174229;WS=79174211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	79180775	rs2256881	A	G	4093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=43;PP=2728;SC=TCCCATACAGACAGGTGGATG;SOR=1.385;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=82;TCR=44;TR=125;WE=79180783;WS=79180765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	79182667	rs9896314	A	G	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=6;PP=410;SC=GGAGCAGGCCAGGGTGGGGCA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=79182675;WS=79182657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	79182778	rs62075318	T	C	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	79202956	rs2048057	T	C	8249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=145;NR=134;PP=2965;SC=CCGTGCCCCCTGGGATCCGTT;SOR=0.713;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=298;TCF=146;TCR=152;TR=279;WE=79202964;WS=79202946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr17	79213305	rs2659009	G	A	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	79213562	rs2255166	T	C	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.34;SOR=1.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	79219500	rs10569617	AATG	A	6970.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=59;PP=2969;SC=GGTTAAGGCCAATGATGACCC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=80;TCF=19;TCR=61;TR=76;WE=79219510;WS=79219490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	79220224	rs2725405	G	C	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=49;PP=1997;SC=TCTCAGCTTGGCCTGGGCTGC;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=102;WE=79220232;WS=79220214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	79288124	rs9891595	C	T	5849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr17	79288337	rs78567895	C	G	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=13;PP=411;SC=TGTACCCCCCCCAAGGTGACC;SOR=1.302;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=79288345;WS=79288327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	79372928	.	AGT	A	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.276;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr17	79372952	rs112097074	T	C	1642.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=23;PP=700;SC=TGTGTGTGTGTGCGAGTGTGC;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=57;WE=79372960;WS=79372942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	79385314	.	G	GCCTGCCTGCCTT	849.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5022;FS=5.193;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.966;NF=7;NR=20;PP=815;ReadPosRankSum=3.323;SC=CTGCCTGCCTGCCTTCCTTCC;SOR=1.472;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=27;WE=79385322;WS=79385304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,34:0.81:42
chr17	79389251	rs9897258	C	T	4500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=87;NR=61;PP=2362;SC=GTAACGCGAGCGCGAGGCCCC;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=87;TCR=61;TR=148;WE=79389259;WS=79389241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr17	79389486	rs11870740	G	A	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=10;PP=271;SC=CCCCTCGGTGGGAGGTGGAGC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=79389494;WS=79389476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	79390260	rs151241907	G	GGT,GGTGT	2025.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.294;NF=9;NR=37;PP=2250;ReadPosRankSum=-1.138;SC=GTCCATTGAGGGTGTGTGTGT;SOR=1.519;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=46;WE=79390285;WS=79390244;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.15,0.81:52
chr17	79390277	.	G	A	1217	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=62;MMLQ=20;MQ=58.59;NF=40;NR=11;PP=1217;QD=24.5445335794;SC=GTGTGTGTGTGTGTCCATGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=128;TCF=69;TCR=59;TR=51;WE=79390285;WS=79390244;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:77,51:0.40:128
chr17	79390298	.	T	TGCGTGTGCGCGTGTGTGTCCATGAAAATGGGTGTGTGCATGTGTATGTCCATGAGGATGGGTGTGTGC,TGC	5928.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.34;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=61;PP=2971;SC=GATGGGTGTGTGCATGTGTGC;SOR=0.963;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=98;WE=79390314;WS=79390288;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:48
chr17	79390370	rs36169187	CGT	C	10466.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=115;PP=2985;SC=GGTGTATGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.869;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=160;TCF=33;TCR=127;TR=146;WE=79390381;WS=79390357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr17	79395814	rs34098647	A	AT	1278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=31;PP=420;ReadPosRankSum=0.502;SC=TCCTCTCGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=34;WE=79395822;WS=79395804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,78:0.78:100
chr17	79409189	rs12952981	G	A	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=32;NR=35;PP=1109;SC=ACCCCGAGGGGCCTGCGAGGG;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=67;WE=79409197;WS=79409179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	79409309	rs12938890	A	G	2524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=35;PP=1250;SC=GCGGCCTGGCACGGGGGTGGT;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=83;WE=79409317;WS=79409299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	79409434	rs12939225	A	G	3088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=45;PP=1877;SC=ACGCCGGGCCACCCCCGCCCC;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=58;TCR=45;TR=103;WE=79409442;WS=79409424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	79409710	rs12943867	G	A	10149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=187;NR=155;PP=2965;SC=CCCACCTGAAGGCCGAGGGCA;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=342;TCF=187;TCR=155;TR=342;WE=79409718;WS=79409700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr17	79411662	rs11655860	G	A	5811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=115;NR=80;PP=2965;SC=CCGAGAGTGCGAGGCCTGACC;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=115;TCR=81;TR=195;WE=79411670;WS=79411652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	79414307	rs7213444	A	G	10149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr17	79414897	rs11650750	C	A	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	79414914	rs10871497	A	G	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=40;PP=1188;SC=GAGTCCCAGCAGTGGGACCCA;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=60;WE=79414922;WS=79414904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	79418260	rs6565571	A	G	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=44;PP=1392;SC=GCTTCCGTGCACGAGGCCTCA;SOR=1.204;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=34;TCR=44;TR=78;WE=79418268;WS=79418250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	79418599	rs28576195	C	T	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=37;PP=1858;SC=GTCTTCAAGGCTGGGTGGCTT;SOR=1.241;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=71;TCR=38;TR=107;WE=79418607;WS=79418589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	79419025	rs35572189	G	A	5021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=95;PP=2791;SC=GCCATCGACCGGCTGGACACG;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=77;TCR=95;TR=171;WE=79419033;WS=79419015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr17	79419159	rs142997686	TGGGAGGGTCGCAGCACCCCCACCCCC	T	315.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=4;PP=1327;SC=CGGGGGGGCCTGGGAGGGTCG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=79419192;WS=79419149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	79422252	rs1478610	G	A	1776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=13;PP=1104;SC=TGGGGCGGCCGGGCCTGCATC;SOR=2.157;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=54;WE=79422260;WS=79422242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	79422289	rs1842041	C	T	3171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	79424516	rs12601317	A	G	5944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.11;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	79424537	rs34224936	C	T	5029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=54;PP=1594;SC=TGTGGCCGTGCTGGGGCCCTC;SOR=1.199;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=95;WE=79424545;WS=79424527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	79426021	rs34202212	GC	G	6775.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=80;PP=2967;SC=AAGGGTGCCAGCCGCCTGGGG;SOR=0.726;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=116;TCF=30;TCR=86;TR=109;WE=79426029;WS=79426011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr17	79426416	rs4969272	A	G	4664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=84;PP=2965;SC=GGACAAAGGAAGGCCTTGGCC;SOR=1.060;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=62;TCR=84;TR=146;WE=79426424;WS=79426406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	79426481	rs4969273	A	G	2964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=49;PP=2096;SC=GCCCTGGGCCAGGCCCCACCT;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=49;TCR=49;TR=98;WE=79426489;WS=79426471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	79477716	rs11549223	T	C	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=11;PP=830;SC=CTGAGTCCGTTTAGAAGCATT;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=79477724;WS=79477710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	79477818	rs1139406	A	G	3773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.80;QD=26.03;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr17	79477830	rs1139807	C	T	4188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=80;NR=66;PP=2392;SC=CGATCCACACCGAGTACTTGC;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=81;TCR=66;TR=146;WE=79477838;WS=79477808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	79477891	rs76770927	A	G	4439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=66;PP=2529;SC=GCTTCAGCTCACAGAGCGCCC;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=83;TCR=66;TR=148;WE=79477899;WS=79477881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr17	79478181	rs80345231	T	A	5809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=106;NR=85;PP=2965;SC=ACCGAGGATGTAAGAGTAGAA;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=106;TCR=85;TR=191;WE=79478189;WS=79478171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	79478287	rs2230159	G	A	3875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.126;NF=69;NR=66;PP=2551;ReadPosRankSum=-1.115;SC=CCTGGCCATCGGGCAGCTCGT;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=70;TCR=67;TR=135;WE=79478295;WS=79478277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,143:0.99:145
chr17	79478617	rs2230158	G	A	3670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=65;PP=2310;SC=GGATGGCCACGTACATGGCCG;SOR=0.921;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=57;TCR=66;TR=122;WE=79478625;WS=79478607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	79479469	rs8064532	A	C	11846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=172;NR=235;PP=2965;SC=TCCCGCGGGGAAGCCTCGGCC;SOR=1.032;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=408;TCF=172;TCR=236;TR=407;WE=79479477;WS=79479459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr17	79508400	rs14422	T	C	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=42;NR=31;PP=936;SC=GAGCCCTGGGTGGCCTGCTCT;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=73;WE=79508408;WS=79508390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	79513881	rs369579337	TA	T	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.962;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr17	79516197	rs79387795	G	A	5811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=25.95;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr17	79526569	rs4076819	C	G	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=170;SC=CAGTGCTGGTCCTGCCCACAC;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=79526577;WS=79526559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	79539213	rs117824378	T	A	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.38;ReadPosRankSum=-0.178;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr17	79567610	rs7213849	C	T	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=20;PP=542;SC=ATGCGACACGCCTCCCGGCTT;SOR=3.716;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=22;WE=79567618;WS=79567600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	79573860	rs10695650	C	CTTAA	2771.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=26;PP=1541;SC=AGAGAAGCAACTTAAACATCA;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=28;WE=79573868;WS=79573850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	79577127	rs8077038	T	G	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=5;PP=997;SC=GTAAGTTCTTTGAACCACTCA;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=79577135;WS=79577117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	79603831	rs9895741	A	G	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	79612397	rs6420484	A	G	6040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=1.508;SC=CTGGCTGGCTACCTGGGCGCC;SOR=0.283;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=110;TCR=87;TR=196;WE=79612405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,206:1.00:207
chr17	79614932	rs34872037	TTAAC	T	10715.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=91;PP=2972;SC=TGCAGGTACTTTAACTAACTG;SOR=0.912;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=122;TCF=20;TCR=102;TR=106;WE=79614955;WS=79614922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr17	79615225	rs7406494	G	T	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=14;PP=392;SC=CTGCCCGCAGGGGGGCGGCGT;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=79615233;WS=79615215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	79620347	rs60243881	CG	C	3528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=59;PP=2429;SC=GTGAGGCTGACGGAGACACCG;SOR=1.896;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=63;TCF=0;TCR=63;TR=59;WE=79620355;WS=79620337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	79637349	rs10438817	T	C	6374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=122;SC=AGGGGGAGTCTGACGGGGCCT;SOR=0.717;Source=Platypus;TCF=123;WE=79637357;WS=79637339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr17	79655985	rs12450153	G	A	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=13;PP=415;SC=GGAGGGCGGTGGCCTGGAGCC;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=79655993;WS=79655975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	79657673	rs12451387	G	A	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	79667397	.	C	CA	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=1.650;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,23:0.26:87
chr17	79682214	rs12452231	G	A	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=44;PP=1327;SC=GACCCACCAGGCCGAGAGCTG;SOR=1.099;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=83;WE=79682222;WS=79682204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	79682558	rs2072700	T	C	9271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=192;NR=156;PP=2965;SC=TGCGGGACCGTGTGGCCAAGG;SOR=0.829;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=366;TCF=192;TCR=174;TR=348;WE=79682566;WS=79682548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr17	79683997	rs140229959	T	TGCCTCACCCCTG	12439.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=48;PP=2857;SC=CCTCACCCCTTGCCTCACCCC;SOR=1.202;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=114;TCF=47;TCR=67;TR=87;WE=79684005;WS=79683987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,255:1.00:256
chr17	79687218	rs11150813	G	A	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=41;PP=1066;SC=GTGGCCACCCGTCCTCCGCAG;SOR=3.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=49;WE=79687226;WS=79687208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	79784101	rs374374934	GCA	G	644.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=3.302;QD=2.10;ReadPosRankSum=0.436;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,55:0.18:307
chr17	79816926	rs1533756	C	T	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=3;PP=353;SC=GAGAACCCGGCCTGAGGAACG;SOR=1.893;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=79816934;WS=79816916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	79827863	rs113241788	C	G	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=21;PP=584;SC=AGGCCTTGGACCTGGATCCCC;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=79827871;WS=79827853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	79862882	rs146889521	C	G	6286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=111;NR=107;PP=2965;SC=GGGGAGGGCACGGTAAGTCTA;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=220;TCF=112;TCR=108;TR=218;WE=79862890;WS=79862872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr17	79872129	rs1879568	A	G	11807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=217;NR=198;PP=2965;SC=ACCCTCGGGCAGGCAGGGGCT;SOR=0.748;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=416;TCF=218;TCR=198;TR=415;WE=79872137;WS=79872119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr17	79872241	rs1879569	A	G	13527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=241;NR=246;PP=2965;SC=TCCCAGTTCAAAGGCTGCCCC;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=487;TCF=241;TCR=246;TR=487;WE=79872249;WS=79872231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,501:1.00:501
chr17	79891147	rs61747618	T	C	4101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=76;NR=49;PP=1781;SC=GGCCAGAAGGTGACAGAGCGG;SOR=0.889;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=76;TCR=49;TR=125;WE=79891155;WS=79891137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	79893962	rs34419046	G	A	10431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr17	79898644	rs2293098	G	A	2820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=31;PP=1849;SC=CCCTCGCAGAGCCTGGAGCTG;SOR=1.563;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=97;WE=79898652;WS=79898634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	79899272	rs4796856	A	G	4590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=55;PP=2749;SC=GGCTCGGGGGAACACTCCCGC;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=85;TCR=55;TR=140;WE=79899280;WS=79899262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	79899495	rs4796854	G	A	5493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=107;PP=2965;SC=CACCCCGGTGGGCCACCAGGC;SOR=1.128;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=78;TCR=107;TR=185;WE=79899503;WS=79899485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr17	79899698	rs4796852	G	A	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=293;SC=AGTCCTCTGCGGTAGTGGCAG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=79899706;WS=79899688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	79911171	rs140248367	C	T	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	79912164	rs79066457	G	A	3627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=70;PP=2186;SC=AGAGGCAGGCGGGGGCAAAGC;SOR=1.384;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=44;TCR=70;TR=114;WE=79912172;WS=79912154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	79914360	rs113956329	G	A	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=2;PP=244;SC=CCTCCTCCCTGGTACACAGCC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=79914368;WS=79914354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	79915629	rs36023555	A	G	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=33;NR=13;PP=744;SC=CCTTCCATGCACCCTGCACAC;SOR=1.298;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=79915637;WS=79915619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	79915907	rs74002707	G	A	2445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=44;PP=1273;SC=TTCTGAGAAGGGGTCAGGGGC;SOR=1.346;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=77;WE=79915915;WS=79915897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	79935636	rs9906594	C	G	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.67;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	79941356	.	G	GGGATGGCGGGGCGT	2834.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.00;QD=56.69;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	79952700	rs116149334	G	A	4005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	79977813	rs4969471	C	G	3209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=10.969;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=1.568;SC=GTCAGCGCCACGCCCCGCCCT;SOR=4.904;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=26;TCR=113;TR=138;WE=79977821;WS=79977803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,124:0.99:125
chr17	79980891	rs4444402	C	T	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=43;PP=1287;SC=AGCCAATGAGCCCGGAGCGCG;SOR=2.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=53;WE=79980899;WS=79980881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	79982477	rs11659000	T	C	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=21;PP=1408;SC=ACCCCAGGCTTGTCCCCTGGC;SOR=1.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=74;WE=79982485;WS=79982467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	79986156	rs72861736	C	T	3849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=51;PP=2106;SC=TTGTCTGCTGCCAATGAAAAG;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=73;TCR=51;TR=124;WE=79986164;WS=79986146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	79990728	rs72861739	C	T	6914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=126;NR=119;PP=2965;SC=GGGCCAGCCCCGGGAGCTGGG;SOR=0.724;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=249;TCF=127;TCR=122;TR=245;WE=79990736;WS=79990718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr17	79990972	rs10708637	CG	C	1119.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=19;PP=840;SC=AATTGCGATACGGGTTCTGCC;SOR=1.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=22;WE=79990980;WS=79990962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	79994019	rs8067668	A	G	9251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.03;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	79994026	rs6502047	G	A	9543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.32;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr17	79994600	rs61739740	C	T	10587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=197;NR=177;PP=2965;SC=AGCTCACCTGCGACACCTGGA;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=376;TCF=199;TCR=177;TR=374;WE=79994608;WS=79994590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr17	79995320	rs113680823	A	G	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=17;PP=921;SC=ACCCGGCGGGACCTACCTCGC;SOR=1.159;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=44;WE=79995328;WS=79995310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	79995490	rs113364103	C	CTT	7468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=36.79;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr17	79995616	rs57552134	A	G	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=42;PP=1303;SC=TCTGGCCACGATGGGCGGGGC;SOR=0.888;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=86;WE=79995624;WS=79995606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	80000798	rs140905889	GAC	G	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=1.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=5.731;QD=0.51;ReadPosRankSum=-1.981;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,39:0.10:375
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chr17	80006504	rs1128009	T	C	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=217;SC=CTCACTGGTGTGGCCGTGGCA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=80006512;WS=80006494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr17	80008392	rs9916764	G	T	6345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=98;PP=2965;SC=GGAGGCTCCTGGCGTTCACAT;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=111;TCR=98;TR=209;WE=80008400;WS=80008382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr17	80008676	rs4464142	A	C	4589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=91;PP=2951;SC=CACGTAGAGGATGGCACTGGG;SOR=1.353;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=60;TCR=91;TR=151;WE=80008684;WS=80008666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr17	80009156	rs28552909	T	G	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.06;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
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chr17	80013235	rs4969464	A	G	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=31;NR=25;PP=903;SC=GGGCACATGTACAGGTGTAGG;SOR=0.957;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=56;WE=80013243;WS=80013225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	80014861	rs4969484	T	G	6195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=118;NR=98;PP=2965;SC=GTGGGCTGGCTTGAGGGGGGG;SOR=0.773;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=118;TCR=98;TR=216;WE=80014872;WS=80014851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr17	80018714	rs58204115	C	T	12238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=214;NR=204;PP=2965;SC=CCTGCAAGGCCGGGCTCCCAC;SOR=0.715;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=423;TCF=217;TCR=206;TR=418;WE=80018722;WS=80018704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,469:1.00:469
chr17	80020974	rs4531805	C	T	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=40;PP=1135;SC=TGGGAGGCAGCCCGGGCCACC;SOR=3.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=48;WE=80020982;WS=80020964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	80022656	rs34249409	C	CG	1005.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=9;PP=713;SC=ATTCCAGGACCGGGAACCCAA;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=80022664;WS=80022646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	80038952	rs4246444	T	G	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=6;PP=684;SC=CGAAGGGCGGTATGCCTGCCG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=80038960;WS=80038946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	80039028	rs4246445	A	G	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
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chr17	80040607	rs4969465	T	C	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=27;PP=1430;SC=GTCTCTTCCCTACACGCCGGG;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=60;WE=80040615;WS=80040597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	80041466	rs2229425	G	A	13803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=232;NR=254;PP=2965;SC=AGCACCTCACGCTGGCCTGCA;SOR=0.820;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=493;TCF=232;TCR=261;TR=486;WE=80041474;WS=80041456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr17	80043349	rs17848939	C	T	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.45;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	80043739	rs2229422	A	G	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=7;PP=193;SC=GACCGTGGCCAGCCAGCACCT;SOR=1.230;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=80043747;WS=80043729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	80050272	rs17848925	G	A	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=226;SC=CCCAGCCATGGCGCAACCCAG;SOR=1.609;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=80050280;WS=80050269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	80050554	rs10591316	CGG	C	375.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.9801;FS=0.000;HP=16;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=0;PP=295;SC=GTGAGTGGGGCGGGGGGGGGG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=12;WE=80050564;WS=80050544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	80051183	rs2228309	A	G	4153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	80053166	rs45555535	C	T	8637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=160;NR=133;PP=2965;SC=CAGGAGCCCTCGGCGCAGCAG;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=294;TCF=161;TCR=133;TR=293;WE=80053174;WS=80053156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr17	80054375	rs17848934	C	A	4999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.776;SC=GGCCACGACACCCCCGTCAAC;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=63;TCR=115;TR=177;WE=80054383;WS=80054365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,193:0.99:194
chr17	80059596	rs13949	T	C	3806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr17	80059758	rs7225637	G	A	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
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chr17	80071244	rs7211808	T	C	5275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr17	80085283	rs73360060	C	T	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=75;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=1;PP=655;SC=AGTCAGCCTGCGCCCGGGTGT;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=80085303;WS=80085273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	80085295	rs74001545	C	T	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=75;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=4;PP=841;SC=CCCGGGTGTACGGTGCTGCAT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=80085303;WS=80085273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	80085326	rs62078305	G	A	2929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=47;NR=19;PP=1109;SC=TGTGCGCCCGGGTGTACGGTG;SOR=1.503;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=66;WE=80085334;WS=80085316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	80085341	rs62078306	A	G	3573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;QD=38.02;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr17	80085703	rs7213172	G	T	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=41;NR=37;PP=1212;SC=TCAGGGTGCTGGGGAGCCTGG;SOR=0.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=78;WE=80085711;WS=80085693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	80086386	rs7406162	C	T	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.46;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	80086389	rs7406163	C	T	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.11;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	80086395	rs4625783	T	C	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.11;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	80086597	rs4459614	C	T	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	80092131	rs4789753	T	C	2760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	80092171	rs4789752	A	G	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	80103631	rs35131420	T	C	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=5;PP=921;SC=TGCAGGCCCCTGAGTGGGGCT;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=40;WE=80103639;WS=80103621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	80141907	.	G	GCACACA	329.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=27.48;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	80195582	rs9303026	T	C	8661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=148;NR=149;PP=2965;SC=ACCTGGCGGGTTCTACGGCGG;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=298;TCF=149;TCR=149;TR=297;WE=80195590;WS=80195572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr17	80198007	rs9901910	G	C	5604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	80273407	rs4530194	G	C	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=56;PP=1430;SC=AGACCCCCACGGGGCTCCTCT;SOR=1.202;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=91;WE=80273415;WS=80273397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	80280865	rs11077986	G	A	10466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=169;NR=201;PP=2965;SC=ACCCAGTGTCGGGGGCGGACT;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=371;TCF=169;TCR=202;TR=370;WE=80280873;WS=80280855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr17	80356315	rs6502107	A	G	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=19;PP=620;SC=TTGCTCCATCACCCAGGCTGG;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=80356323;WS=80356305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	80367353	rs7211306	G	A	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	80369128	rs9916119	G	A	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=6;PP=349;SC=TCACCATGTTGCCCAGGCTGG;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=80369136;WS=80369120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	80373452	rs4789769	C	T	5652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=116;PP=2965;SC=TCCTTAGCCACGGCCTCTGCC;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=78;TCR=117;TR=193;WE=80373460;WS=80373442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr17	80376130	rs7220204	T	A	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.40;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	80376170	.	GCC	G	639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.63;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	80377690	rs1141463	T	G	3572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	80391684	rs4789773	A	G	10045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=175;NR=185;PP=2965;SC=GCGGCTGCACATCGGGTGTGA;SOR=0.864;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=360;TCF=175;TCR=185;TR=360;WE=80391692;WS=80391674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr17	80394530	rs4789777	G	T	7067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr17	80397484	rs28561791	A	G	5624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=63;PP=2965;SC=CTGCGGAGCTAAGCGCCCCTC;SOR=1.213;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=117;TCR=63;TR=179;WE=80397492;WS=80397474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr17	80399193	rs7501824	C	T	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.72;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	80400586	rs9648	T	G	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=23;PP=618;SC=CAGCCACTACTGAGGAGGAGG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=80400594;WS=80400576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	80402296	rs7221125	G	A	6395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=146;NR=76;PP=2965;SC=CTGCAGCTCCGGCCAGATCAA;SOR=1.404;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=223;TCF=146;TCR=77;TR=222;WE=80402304;WS=80402286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr17	80404326	rs11077994	G	T	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=5;PP=1228;SC=AACGGTCCCAGATGAGTGCAG;SOR=4.479;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=58;TCF=52;TCR=6;TR=57;WE=80404334;WS=80404316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	80426550	rs3214988	TA	T	2959.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=24;PP=2180;SC=GACCATCTATTAACGTTGTTC;SOR=1.525;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=54;WE=80426558;WS=80426540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	80430359	.	C	CA	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=1.860;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,23:0.32:73
chr17	80438158	.	AGC	A	123	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=8;NR=2;PP=123;QD=15.0;SC=TGAAGTAGCCAGCGCGCGCAC;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=10;WE=80438174;WS=80438148;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr17	80438165	rs28451401	G	A	946.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.132;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=844;ReadPosRankSum=1.233;SC=GCCAGCGCGCGCACACACACA;SOR=0.148;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=40;WE=80438174;WS=80438148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,39:0.75:52
chr17	80439606	rs61126963	CA	C	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-0.119;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr17	80440296	rs149259276	T	TAAAACATGCGCGGTGGGCTGTTGACAAAATA	561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=43.21;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	80443296	rs11453409	C	CA,CAA	814.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.97;ReadPosRankSum=-1.716;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,30,12:0.62,0.25:48
chr17	80443309	rs9890316	G	A	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=16;PP=1147;SC=AAAAAAAAAGGAAGTGTTCTT;SOR=1.573;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=54;WE=80443317;WS=80443286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	80521092	rs4789795	A	G	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=1;PP=307;SC=TTGGCGACTTATAATAACACG;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=80521100;WS=80521086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	80521135	rs4789796	T	C	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=2;PP=756;SC=GCATCCATGTTCTCAGCTGCT;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=80521143;WS=80521125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	80526139	rs2291395	A	G	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=4;PP=106;SC=AGGGCCCTCAATGTCACCTGC;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=80526147;WS=80526129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	80529495	rs3794723	G	A	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=4;PP=656;SC=GACAAATGAGGTATCAGAGGA;SOR=4.003;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=80529503;WS=80529485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	80544855	rs1387545	T	C	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=16;PP=1300;SC=GTGTGATAGCTATCTGGTTAT;SOR=1.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=61;WE=80544863;WS=80544845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	80545156	rs6502124	A	G	2027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=46;PP=1257;SC=ATGGTAAGACATGCTGGTCGG;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=72;WE=80545164;WS=80545146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	80574082	rs753569	T	G	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.09;SOR=2.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	80601769	rs59318270	TA	T	4043.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=41;PP=2568;SC=AGGTTAAATTTAAGACTCCGA;SOR=0.920;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=63;WE=80601777;WS=80601759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	80606364	rs150551798	A	ACGTGCGTG	142.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=3;PP=279;SC=TGTGTGCTGGACGTGCGTGCG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=80606372;WS=80606354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	80618760	rs79808127	C	T	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=23;PP=1178;SC=TAAGCTTAACCGCCTTGTCCT;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=61;WE=80618768;WS=80618750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	80619080	rs4789706	T	C	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=194;SC=CCAATGTCCCTGAAGGGATCC;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=80619088;WS=80619070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	80626210	rs7221877	T	C	6487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr17	80656616	rs2243606	T	G	229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=3;NR=8;PP=238;SC=ACAGCGCGCATCCCCGCCCGG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=80656624;WS=80656606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	80674643	rs2250000	C	G	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.57;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	80676946	rs111661651	A	ACCACCCC	1199.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=805;SC=GCATCTTCACACCACCCCCCA;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=13;WE=80676954;WS=80676936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	80676971	rs7207719	C	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=255;SC=GCTTTATTACCTGAGCAGGTG;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=80676979;WS=80676961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	80680589	rs3748812	G	A	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=16;NR=7;PP=383;SC=GTAGGAGCTCGCTGAGGTCGT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=80680597;WS=80680579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	80684638	rs2246103	T	C	2907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=36;PP=1669;SC=CTGGGGGCGGTGGGGACCTGG;SOR=1.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=64;TCR=36;TR=99;WE=80684646;WS=80684628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	80685126	rs2243446	T	C	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=16;PP=335;SC=CTTCACATGCTGGACTAGCTT;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=80685134;WS=80685116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	80693679	.	C	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr17	80693705	rs2256322	A	G	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	80696410	rs2253149	A	C	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=14;PP=670;SC=GGAGGCCCTCAGGAGCACGGG;SOR=1.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=80696418;WS=80696400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	80696542	rs2253132	G	A	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	80698542	rs77084831	G	C	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=20;PP=773;SC=ATGGAGAATAGTTTTCAATGT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=80698550;WS=80698532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	80698587	rs75537818	G	A	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	80699093	rs2252848	A	G	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=2;PP=432;SC=ATATTCTAGCATGCGTAGCCC;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=80699101;WS=80699090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	80700592	rs1994554	T	C	5717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr17	80700712	rs1994553	T	C	3389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=70;PP=1694;SC=TCTGTCTCCTTGTCGACGCCC;SOR=1.294;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=48;TCR=70;TR=118;WE=80700720;WS=80700702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	80706719	rs72318398	CTTG	C	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=545;SC=CCTCTTTTCCCTTGTTGTCCA;SOR=1.292;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=80706729;WS=80706709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	80706928	rs2243416	G	A	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	80708601	rs1056534	C	G	4356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=99;PP=2712;SC=GGAGCCCTTCCTTGGGCACCA;SOR=1.565;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=51;TCR=101;TR=150;WE=80708609;WS=80708591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	80710097	rs11550062	G	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.77;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	80730527	rs615630	T	C	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=32;PP=711;SC=TCTGAGGGAGTGTGCAGCAGT;SOR=1.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=80730535;WS=80730517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	80755760	rs7215396	T	G	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=22;PP=669;SC=TAACATTTTATTCATAGATAT;SOR=1.075;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=80755768;WS=80755750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr17	80785898	rs75044636	C	T	24636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=892;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.71;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,889:1.00:889
chr17	80785954	rs75047678	C	A	27991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1042;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.02;ReadPosRankSum=-1.052;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1035:1.00:1036
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chr17	80827955	rs7222931	A	G	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=10;PP=1579;SC=GGAGCCCCGAACCTCTGGGTG;SOR=3.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=57;TCR=10;TR=67;WE=80827963;WS=80827945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	80828281	rs74530485	C	T	7319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=101;NR=141;PP=2965;SC=CGAGGTACATCGGATGCGCCG;SOR=1.170;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=101;TCR=141;TR=242;WE=80828289;WS=80828271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr17	80841895	rs55681405	G	T	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=8;PP=812;SC=GCTGTGTGTTGCCTGTGGGGC;SOR=2.160;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=41;WE=80841903;WS=80841885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	80863857	rs2292971	T	C	3471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	80869550	rs78986388	C	G	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=29;PP=1140;SC=TTTTTGGAGCCTGAGGTTACA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=74;WE=80869558;WS=80869540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	80869706	rs12601746	C	G	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=34;PP=1139;SC=AGCCCTTTGCCGCAGCCATCG;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=80869714;WS=80869696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	80869775	rs12600371	T	C	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=19;PP=420;SC=GGTGAAGGGCTGGGTGTGTTT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=80869783;WS=80869765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	80878263	rs2279064	G	C	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	80878389	rs1471197	A	G	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	80887194	rs729123	G	A	17208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=657;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=311;NR=303;PP=2965;SC=CAGCCATGGCGAGATCATTGG;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=616;TCF=312;TCR=304;TR=614;WE=80887202;WS=80887184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,655:1.00:655
chr17	80887537	rs146460515	CA	C	3317.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=39;PP=1948;SC=GTGTCTTCCTCATGACCCAGG;SOR=1.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=45;WE=80887545;WS=80887527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	80895253	rs8079398	G	A	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=47;PP=1302;SC=TTCAAGTGCTGCTGGCCTTAG;SOR=1.305;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=79;WE=80895261;WS=80895243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	80895745	rs3785520	T	C	6406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=120;NR=101;PP=2965;SC=GCGACACTCGTGTGTGTAGGC;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=120;TCR=101;TR=221;WE=80895753;WS=80895735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr17	80895769	rs3785521	A	G	7496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr17	80895933	rs3785522	A	G	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=54;PP=1651;SC=AGGTTCTGCGAGATGGTGCAG;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=35;TCR=54;TR=89;WE=80895941;WS=80895923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	80897492	rs8073471	A	G	5462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=113;PP=2965;SC=TCCTCTGCTTAGGTTTTACAA;SOR=1.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=67;TCR=113;TR=180;WE=80897500;WS=80897482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr17	80963331	rs9901757	C	T	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=17;PP=821;SC=ACGCGCATCTCGGCGGTGAAC;SOR=0.997;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=49;WE=80963339;WS=80963321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	81006286	rs10852789	G	A	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=25;PP=1701;SC=AAACTGTTTCGGTACGTAAGT;SOR=1.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=65;TCR=25;TR=90;WE=81006294;WS=81006276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	81006387	rs1143006	G	A	7914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr17	81009487	rs73360407	C	G	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.96;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	81042773	rs72854237	C	T	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=27;PP=1440;SC=GGGTGTGTGACGGGAGCTCCG;SOR=1.536;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=58;TCR=27;TR=85;WE=81042781;WS=81042763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	81043039	rs9908756	A	G	5777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=96;NR=95;PP=2965;SC=TGCTGGTACCAGACGGGGACG;SOR=0.943;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=97;TCR=95;TR=191;WE=81043047;WS=81043029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr17	81083419	rs28399067	G	A	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.99;MQRankSum=2.476;QD=20.46;ReadPosRankSum=-0.750;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,58:0.97:60
chr18	117236	rs199601219	A	G	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.75;QD=25.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	180211	rs79829832	CT	C	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.593;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr18	196829	rs655781	G	A	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=31;PP=910;SC=TACATTTACCGTACTTACTGG;SOR=1.654;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=196837;WS=196819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	197741	rs35489764	AT	A	281.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=179;SC=TTATACCTTGATTTTTTTTTT;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=197749;WS=197731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	203081	rs471274	A	C	3456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=55;PP=2064;SC=GGATTTCTTTACATTTTGTCT;SOR=0.895;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=57;TCR=55;TR=111;WE=203089;WS=203071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr18	204780	rs61607000	A	G	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	204815	rs56806027	T	A	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=12;PP=300;SC=TATAGTATTATTTGGATCAAT;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=204824;WS=204805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	204816	rs4039610	T	TAAAAA	997.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=743;SC=ATAGTATTATTTGGATCAATC;SOR=1.708;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=204824;WS=204805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr18	252559	rs657138	G	A	4906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr18	260140	rs72856275	T	A	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=104;SC=GAATTCTGGATCTATAGAAAG;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=260148;WS=260130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	348265	rs8085115	T	C	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=29;PP=831;SC=AGGAAACAGATTGAACGAAAA;SOR=4.680;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=348273;WS=348255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	618124	rs518471	T	C	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=49;PP=1608;SC=TGGTTTCTTATCTGTGCTGTG;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=84;WE=618132;WS=618114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr18	619050	rs546696	G	T	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=2;PP=401;SC=GTGGCAGCTGGGTCCATGTGG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=619058;WS=619048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	624783	rs495688	A	G	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=8;PP=387;SC=TTTAGAATGTATACATTTCAA;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=624791;WS=624773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	624824	rs495799	T	C	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=12;PP=651;SC=GCACATAGATTATGAAATGGA;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=624832;WS=624814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	625070	rs498466	G	A	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=394;SC=CACAGTTCTTGAGGCACCTAT;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=625078;WS=625060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	627044	.	C	T	975	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=26;MQ=58.04;NF=31;NR=2;PP=975;QD=30.5991276529;SC=AAGAAAGAGTCGAGAAAGAAA;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=33;WE=627052;WS=627013;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	645176	rs565034	C	A	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=32;PP=931;SC=AACTTGTTTCCAAATACCTGG;SOR=1.893;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=48;WE=645184;WS=645166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	649879	rs34918478	CT	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.617;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr18	674320	rs3744962	A	G	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=9;PP=893;SC=TTTCTTGAGCAGGAAGGAGTT;SOR=2.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=50;WE=674328;WS=674310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr18	674579	rs111811424	C	T	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=21;PP=628;SC=AGTGCAGTGGCGCAATCTTGG;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=674587;WS=674569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	678847	rs2606246	T	C	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=35;PP=1014;SC=TGTTAAGCCATGTGAAGGCTC;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=76;WE=678855;WS=678837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr18	678947	rs2741186	A	G	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=14;PP=377;SC=CTGAGCTGCCACCACCAGCCC;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=678955;WS=678937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	683094	rs2741183	C	G	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=5;PP=388;SC=AGGTCTGTAACCCCTGTATTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=683102;WS=683084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	683116	rs2741182	C	G	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=7;PP=511;SC=TCACACATTACAATTATTTCA;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=683124;WS=683106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	685797	rs2847329	C	T	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=8;PP=1377;SC=ACTGCAAGACCACAGAAGTGT;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=53;TCR=8;TR=61;WE=685805;WS=685787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr18	688428	rs2847152	G	A	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=4;PP=327;SC=CTGGCCTAAGGGGAAACTTCT;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=688436;WS=688418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	688463	rs2612088	G	T	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=1.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	690436	rs2847614	C	T	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=24;NR=12;PP=603;SC=AGGAAAACCACACACATCTGG;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=690444;WS=690426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	691173	rs2612087	G	A	4033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr18	691266	rs2612086	A	G	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=42;PP=1143;SC=GGATACCAGCATCCTGGGATC;SOR=1.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=69;WE=691274;WS=691256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr18	693269	rs2612083	A	C	7855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.56;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr18	693285	rs2606248	A	T	7139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=83;PP=2532;SC=CAATGGCCTGATCTTATTCTT;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=66;TCR=83;TR=149;WE=693293;WS=693275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr18	693767	rs2612082	C	T	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=4;PP=747;SC=GCTTTATCATCGCTATAGTGA;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=693775;WS=693757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	693828	rs2305996	A	C	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=21;PP=1389;SC=GCATGTCATCAATGATATCCA;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=72;WE=693836;WS=693818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr18	693986	rs3217714	GCT	G	6733.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=67;PP=2965;SC=CGCGTTGGCAGCTCTAATGCT;SOR=0.974;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=10;TCR=68;TR=77;WE=693995;WS=693976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr18	694206	rs2847602	A	G	3482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=37;PP=2279;SC=TCAGTGTCGTACAGCTCCCAG;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=77;TCR=37;TR=114;WE=694214;WS=694196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr18	697377	rs34911737	CTT	C	5873.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=65;PP=2965;SC=GGATTGAACTCTTGTTTATGC;SOR=1.406;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=5;TCR=68;TR=70;WE=697386;WS=697367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr18	706322	rs3831414	C	CACTG	1029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=1167;SC=AACCATGAAACTTTTTACTCA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=706330;WS=706320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr18	712319	.	TCGG	T	379	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=22;MQ=55.75;NF=2;NR=7;PP=379;QD=45.7777777778;SC=AGAGCTGCAGTCGGCGGGGCG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=712329;WS=712309;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr18	742858	rs9961743	C	T	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.59;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr18	743436	rs3786348	T	C	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=5;PP=201;SC=GAATAAACTATACTGTAATAT;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=743444;WS=743426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	751858	rs200135493	GA	G	516.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;QD=22.47;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr18	905537	rs2231183	T	C	2440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=42;PP=1355;SC=AGCTGGGGCTTCCCAGGCACA;SOR=1.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=905545;WS=905527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr18	907675	rs8192597	G	A	5346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr18	1278665	rs1595005	C	T	3856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr18	2539016	rs8084295	C	G	4391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr18	2544356	rs2176451	T	C	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=25;SC=CACAGCTGCATTGATTTTTGT;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=2544364;WS=2544346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	2547500	rs2677879	G	T	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr18	2554915	rs61749937	G	A	4898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr18	2585077	rs6506019	G	A	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=10;PP=530;SC=GTGTTTTTCAGATCAACTTGC;SOR=1.002;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=2585085;WS=2585067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	2610978	rs3817350	G	A	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=35;PP=987;SC=AGTATGATCTGGCAAAAATTT;SOR=2.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=43;WE=2610986;WS=2610968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	2616320	rs1983345	G	A	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=5;PP=167;SC=CACCATGCCCGGCCCTTTTTA;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=2616328;WS=2616310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	2616457	rs9051	G	C	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	2688798	rs637651	G	A	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=7;PP=190;SC=GATAGACGGTGGGACAGAACT;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=2688806;WS=2688788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	2698125	rs626994	T	C	190.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=112;SC=ATCGGTTGGGTTATTCAGGTT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=2698133;WS=2698115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	2705700	rs635132	A	G	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	2707619	rs2276092	G	A	3316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=49;PP=1814;SC=GCCTAATGAGGTTAGGCCTGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=62;TCR=49;TR=111;WE=2707627;WS=2707609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr18	2724930	rs633422	A	T	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=14;PP=505;SC=AAATAACCAAAGGACCAAATT;SOR=0.793;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=35;WE=2724938;WS=2724920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	2739579	rs113825505	A	G	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	2740625	rs521992	G	A	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=0;PP=103;SC=TTCTAAGCATGTTTTTATAGT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=2740633;WS=2740615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	2751475	rs300293	A	G	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=29;PP=818;SC=GTAAATATATAATGTTATATA;SOR=1.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=2751483;WS=2751465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	2763697	rs483547	C	T	4469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
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chr18	2885118	rs592120	C	T	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=10;PP=244;SC=GGCCTCGAAACAGCTTGAAGA;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=2885126;WS=2885108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	2909831	rs607411	C	G	3834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr18	2946291	rs643507	C	T	4491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=84;SC=AGTTCCTTCTCCTCAGTAGTC;SOR=0.836;Source=Platypus;TCF=84;WE=2946299;WS=2946281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr18	2951447	rs138599261	TAA	T	274.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;QD=21.13;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,11:0.85:13
chr18	2960969	rs17881253	TTATTAA	T	578.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=13;PP=653;SC=ATCATTAGCCTTATTAATTTT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=2960982;WS=2960959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	2982817	rs1539792	C	A	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=24;PP=673;SC=GTATATAATCCAAACAGAAAG;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=2982825;WS=2982807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr18	3067599	rs7227886	A	G	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=10;PP=268;SC=ATTAGATGTAATAGACACACT;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=3067607;WS=3067589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	3072052	.	AT	A	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.317;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr18	3075503	rs10667835	C	CAAA	8515.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=64;PP=2967;SC=AACAAACAGACGAAGAATTTT;SOR=0.768;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=24;TCR=66;TR=88;WE=3075511;WS=3075493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr18	3075554	rs2298540	T	C	5535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=78;PP=2965;SC=TGACGACATTTTCCTTGCCTC;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=83;TCR=78;TR=160;WE=3075562;WS=3075544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr18	3075712	rs2298539	C	A	2241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=43;PP=1349;SC=TTGCTAGGACCAGGGACTTAC;SOR=1.220;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=73;WE=3075720;WS=3075702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr18	3112231	rs8096379	G	C	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=11;PP=652;SC=AGCACAGAAAGGCCGAACCTT;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=3112239;WS=3112221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	3112568	rs8097874	C	A	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=217;SC=TCAAACACTACGCAGGTGACT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=3112576;WS=3112558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	3120060	rs6506068	G	A	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=21;PP=546;SC=TACTTGTTGAGCATTTTATTT;SOR=1.209;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=34;WE=3120068;WS=3120050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	3164385	rs11659820	C	T	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr18	3169070	rs59171311	C	CAAAAA	617.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;QD=36.34;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	3173873	rs10153407	G	A	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=4;PP=183;SC=AGCATTATGGGCTAACTTATT;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=3173881;WS=3173863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	3173964	rs2230163	G	A	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=26.98;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr18	3174056	rs10153428	C	A	4346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=27.00;SOR=1.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr18	3174084	rs150558788	C	CAT	10494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=52;PP=2985;SC=AAAACACACACACACTTTGAA;SOR=1.025;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=96;TCF=40;TCR=56;TR=91;WE=3174092;WS=3174074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr18	3176040	rs8099021	C	G	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=17;PP=636;SC=GTTCTCTTACCCATTAATCTC;SOR=0.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=44;WE=3176048;WS=3176030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	3176063	rs2230162	C	T	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=26.26;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	3176198	rs71297348	C	CAT	937.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=322;SC=TAAACACACACACAATTCTTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=3176206;WS=3176188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	3188976	rs1962519	A	G	8408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=127;NR=167;PP=2965;SC=GACTGTTTAGATGTTGTGATT;SOR=1.119;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=127;TCR=167;TR=294;WE=3188984;WS=3188966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr18	3214918	rs7232679	G	C	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=4;PP=282;SC=GTTGGAGGAGGGCGTCCGACA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=3214926;WS=3214908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	3215156	rs1662316	C	G	6199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.60;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr18	3215156	.	CAC	GAG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=66;NR=50;PP=2947;QD=20;SC=CGGTGCTGCGCACGTCCTTGT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=68;TCR=51;TR=116;WE=3215166;WS=3215146;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,116:0.97:119
chr18	3215158	rs1791085	C	G	6199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.60;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr18	3215230	rs1662315	C	T	2813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=43;PP=1462;SC=ATCCTGTGCCCCTTGAAGGAA;SOR=0.876;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=45;TCR=43;TR=88;WE=3215238;WS=3215220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr18	3272744	rs7242012	A	G	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=0;PP=244;SC=GTTTAGGTGCATACTTATTCC;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=3272752;WS=3272734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	3272798	rs6506097	AG	TA	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=6;PP=1535;SC=TTTTACCTACAGACTTTAGGT;SOR=1.958;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=40;WE=3272807;WS=3272788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	3272855	rs6506099	C	T	3578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr18	3272874	rs7407072	T	A	3891.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr18	3273153	rs7407045	C	T	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=16;PP=445;SC=TTTTTTTGTGCGATGTACAAA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=3273161;WS=3273131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	3277466	rs6506100	TG	CA	10038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.03;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr18	3277691	rs6506102	A	T	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=18;PP=1097;SC=TACGATTGACAAGCTTTAGGA;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=65;WE=3277699;WS=3277681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr18	3447871	rs151472	T	C	4143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr18	3452222	rs11571510	CT	C	4016.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.863;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=78;PP=2979;ReadPosRankSum=-0.382;SC=TGCGCCCCCCCTCCTCCACCG;SOR=0.214;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=107;TCF=25;TCR=82;TR=99;WE=3452230;WS=3452212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,146:0.99:148
chr18	3456443	.	AAGG	A	2570.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.754;NF=15;NR=17;PP=1206;ReadPosRankSum=0.028;SC=CAGGCAAGAGAAGGAGAAGGG;SOR=0.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=46;TCR=55;TR=32;WE=3456453;WS=3456433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,70:0.40:176
chr18	3874343	rs72863445	T	C	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=54;PP=1619;SC=GAGCGTTTTGTTTCCCTTTTC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=17;TCR=54;TR=71;WE=3874351;WS=3874333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr18	5133199	rs78070621	G	A	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=22;PP=653;SC=CACCACCACCGACCACGATGG;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=5133207;WS=5133189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	5196888	rs7240473	C	G	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=3;PP=259;SC=GGCGACGCGCCGAGGCACTCC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=5196896;WS=5196878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr18	5433722	rs3931700	C	T	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=21;PP=798;SC=GCACTACAAACGAACACCTGG;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=5433730;WS=5433712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	5577258	rs11876037	T	C	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=3;PP=605;SC=GTATCCAATGTAGAGTTATAA;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=5577266;WS=5577248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr18	5630676	rs56114101	G	T	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=1;PP=24;SC=AGCCCGCGCCGCTCAGCCCTC;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=5630684;WS=5630666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	5956238	rs3737353	C	T	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=8;PP=591;SC=GACTTCTTGGCCTGAGGCAAT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=5956246;WS=5956228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	5956425	rs3737354	C	T	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=34;PP=1293;SC=AAATGTTTTGCCACGGAAGCC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=78;WE=5956433;WS=5956415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr18	5956483	rs3737357	G	C	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;QD=25.72;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	5956502	rs34472471	GCT	G	2486.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=1205;SC=TCCGTGTTGAGCTCACCAGTG;SOR=1.047;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=5956511;WS=5956492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr18	5960060	rs10658145	C	CGT	1097.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.21;QD=42.22;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr18	6032384	rs150758288	T	TACACAC	78.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.78;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
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chr18	6870524	rs62082833	T	C	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=5;PP=284;SC=ATTTGTTTTATAGCAAATAGT;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=6870532;WS=6870514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr18	6890434	rs1116757	A	G	3458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr18	6890591	rs1116756	C	T	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=22;PP=565;SC=TAGATTTGTACTCCTCAAAGG;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=6890599;WS=6890581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	6896450	rs11081282	C	T	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=22;PP=1176;SC=ATCATTGAGCCGATATTCATC;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=69;WE=6896458;WS=6896440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr18	6898415	rs12185460	C	T	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.34;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr18	6912143	rs1056408	A	C	2445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=56;PP=1646;SC=AAACCCCAACAAAGTTCTTAA;SOR=2.331;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=20;TCR=56;TR=76;WE=6912151;WS=6912133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr18	6927348	rs2282629	G	A	6496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.12;SOR=1.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr18	6927352	rs2282630	TG	CA	6660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.31;SOR=1.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr18	6942295	rs733918	T	C	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=7;PP=177;SC=ATGCGATCCATAGCACAAAAG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=6942303;WS=6942285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	6947013	rs489023	C	T	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=3;PP=332;SC=AAAAGGTTTTCTTGTAGCAAT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=6947021;WS=6947003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	6947143	rs2155697	A	C	2960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=40;PP=1784;SC=GAAGACCCTCATGGAGAGGAA;SOR=0.865;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=63;TCR=40;TR=103;WE=6947151;WS=6947133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr18	6947362	rs12966847	C	G	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=16;PP=491;SC=CATTTGGCCTCCTGGCTAGGG;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=6947370;WS=6947352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	6948614	rs62081479	A	G	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=40;PP=1119;SC=GGGTTTGGACACATTTTCCTT;SOR=3.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=47;WE=6948622;WS=6948604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	6948629	rs3840904	TTCA	T	1524.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=27;PP=1372;SC=TTCCTTCCACTTCATCAGACT;SOR=3.321;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=28;WE=6948639;WS=6948619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	6949052	rs500355	A	G	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=27;PP=1654;SC=TACAAAATAAACACGAACACA;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=62;TCR=27;TR=89;WE=6949060;WS=6949042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr18	6950999	rs62081480	A	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=492;SC=CAGCGTTGAGAAAGGAAACTT;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=6951007;WS=6950989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	6951060	rs17439137	G	A	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=184;SC=TTGTTTCAGCGTTTACATTGA;SOR=4.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=6951068;WS=6951050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	6956393	rs11875257	T	C	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=10;PP=1059;SC=ATATTATACATCAGCCCAATG;SOR=2.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=51;WE=6956401;WS=6956383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr18	6980457	rs693360	T	C	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr18	6980523	rs607230	T	C	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr18	6982443	rs538815	C	T	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr18	6985270	rs11664063	C	T	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=43;PP=1549;SC=TGGAACTCAGCGGCATGGTCC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=91;WE=6985278;WS=6985260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr18	6985468	rs11660907	A	C	3126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=46;PP=1911;SC=TGCATATAGAAAAGATGTGTG;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=61;TCR=46;TR=106;WE=6985476;WS=6985458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr18	6985499	rs11664115	C	T	6547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.24;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr18	6985506	rs616722	T	C	6673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.06;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr18	6985655	rs617573	C	T	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=25;PP=693;SC=GCAGCAGAAACGGCATTTTAA;SOR=1.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=6985663;WS=6985645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	6986259	rs62081531	G	A	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=30;PP=991;SC=TTGAAAGGACGTGGCTTGCTG;SOR=0.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=63;WE=6986267;WS=6986249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr18	7015714	rs603258	T	C	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=6;PP=556;SC=TGGATGACAGTGCTCACCTGG;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=7015722;WS=7015704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	7016794	rs35419086	TC	T	504.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=314;SC=CATGACACCATCCCCATCCCT;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=7016802;WS=7016784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	7017322	rs539713	A	G	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=36;PP=1182;SC=GTTTGCAGTCACAGAGCCCGG;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=75;WE=7017330;WS=7017312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr18	7035915	rs677136	A	C	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=20;PP=1153;SC=CTCACCTAGTAACTTTCAGTC;SOR=1.263;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=63;WE=7035923;WS=7035905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	7037866	rs647595	T	C	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=225;SC=TCTCTAGGGATGGCATTAACA;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=7037874;WS=7037856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	7117623	rs334406	G	C	3540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr18	7117782	rs334407	A	G	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=34;PP=1118;SC=GGAACGCTCCACGGGACGCGA;SOR=1.068;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=66;WE=7117790;WS=7117772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr18	7117880	rs36201812	CCCCGCCCCGT	C	763.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.03;QD=42.43;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	7774104	rs875530	T	C	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=4;PP=454;SC=ATTCTAGAGGTCTGGTTGGTA;SOR=1.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=20;WE=7774112;WS=7774094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	8069868	rs2230601	C	T	5596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=108;PP=2965;SC=ATACAGAAAACTCACACCCTC;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=91;TCR=108;TR=199;WE=8069876;WS=8069858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr18	8088969	rs488952	G	C	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=473;SC=AAATCCATATGTTTATTAGCT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=8088977;WS=8088959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	8089027	rs658110	G	A	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=87;SC=TTGATGTAAGGTGATCAAGTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=8089035;WS=8089017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	8343333	rs2246146	G	A	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=5;PP=428;SC=CTGCATGTGGGTATTAATAGA;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=8343341;WS=8343323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	8784370	rs918272	A	G	6760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.71;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr18	8784612	rs1965665	A	G	5133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;PP=2965;SC=GAAGAGGAGCAGGGTGAGGGG;SOR=0.791;Source=Platypus;TCF=89;WE=8784620;WS=8784602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr18	8786117	rs10682130	C	CCA,CCCA	1992.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.32;QD=48.60;SOR=7.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,12,29:0.29,0.71:41
chr18	8793236	rs556991	T	C	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=52;NR=56;PP=1443;SC=GCTAGACTCCTGGGCACGTAT;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=108;WE=8793244;WS=8793226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr18	8821301	rs656602	T	C	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=15;PP=696;SC=GATTGTACTTTAAAGGCCTCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=8821309;WS=8821291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	8821556	rs629142	G	T	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=178;SC=GTCTTAAAATGTTGTTTTGTC;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=8821564;WS=8821546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	8825192	rs581894	A	G	5504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=90;PP=2965;SC=ACACCAAGGGAGGCCCTCCAG;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=86;TCR=90;TR=176;WE=8825200;WS=8825182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr18	8826083	rs3744977	G	C	4482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=68;PP=2840;SC=CTGGCTACACGCTCACTGAGA;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=78;TCR=68;TR=146;WE=8826091;WS=8826073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr18	9105108	rs1396740	C	T	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=20;PP=553;SC=ATTACTTATACAACCAGGCCC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=9105116;WS=9105098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	9117867	rs906807	T	C	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr18	9182329	rs149819427	T	TA	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	9182331	.	A	AACTTCAGGTAGGT	419	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9990;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=419;QD=519.0;SC=GTGGTGCGTAACCTATTGTAT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=1;WE=9182339;WS=9182321;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1:0.50:2
chr18	9182332	rs60039834	C	CTTCAGGTAGGTT	174.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=58.29;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	9216773	.	G	A	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.889;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=32;PP=1071;ReadPosRankSum=0.828;SC=ACCACTGCATGAAGCTTGCAA;SOR=0.930;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=82;TCR=53;TR=81;WE=9216781;WS=9216763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,90:0.59:153
chr18	9255539	rs116726679	C	T	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=12;PP=471;SC=AAAAGGAAAGCGAGAAATCTT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=9255547;WS=9255529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	9255982	rs4798791	A	G	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	9279688	.	T	TA	150.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.393;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr18	9512985	rs1813100	G	A	2801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=34;PP=1296;SC=TTCTCTTGGTGCAGGTGTAAT;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=57;TCR=34;TR=91;WE=9512993;WS=9512975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr18	9522606	rs329007	G	A	3223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=79;PP=2257;SC=TGAACTTGAGGAGATAGGTAA;SOR=1.650;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=41;TCR=79;TR=120;WE=9522614;WS=9522596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr18	9577352	rs329000	C	T	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=11;PP=372;SC=TTAGCTAGGACTGAAAAATTC;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=9577360;WS=9577342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	9614096	rs71360847	C	G	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=4;PP=358;SC=GCCACCCCAGCCCGCCTGGGG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=9614104;WS=9614086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	9708582	rs62078920	C	T	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=38;PP=1070;SC=CTCGTCCGCGCGCCCCCTGGT;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=58;WE=9708590;WS=9708572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	9775372	rs6506697	A	G	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=45;PP=1270;SC=CCTGTATGTCATTCTCCTTCG;SOR=1.153;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=79;WE=9775380;WS=9775362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr18	9775411	rs6506698	A	G	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=28;PP=818;SC=CATCAGAATGACCACTCTGTC;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=9775419;WS=9775401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	9859134	rs10695443	A	AAATATT	2423.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=13;PP=1983;SC=TGCACAGCCCAAAGCAGGAGT;SOR=1.848;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=33;WE=9859142;WS=9859124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr18	9886567	rs62078799	T	G	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=24.85;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	9886568	rs112324257	TTATG	T	1208.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=24.67;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	9887394	rs2240910	C	T	10624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.46;MQRankSum=3.718;QD=23.82;ReadPosRankSum=-0.755;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,440:0.99:446
chr18	9887497	rs11081510	G	A	17129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;MQRankSum=5.713;QD=36.06;ReadPosRankSum=0.811;SOR=0.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,473:1.00:475
chr18	9887546	rs2240906	G	A	17016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.76;MQRankSum=8.324;QD=35.30;ReadPosRankSum=1.317;SOR=0.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,481:1.00:482
chr18	9888069	rs2240905	A	G	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=24;PP=721;SC=ATAAAAAAGAAGAAAAGGTGG;SOR=1.421;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=9888077;WS=9888059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr18	10454960	rs28769876	C	G	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr18	10681711	rs3748428	C	T	4700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=72;PP=2698;SC=TGGTCCATAACTTTCAACTGG;SOR=0.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=80;TCR=72;TR=152;WE=10681719;WS=10681701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr18	10691216	rs3748422	G	A	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=10;PP=582;SC=GTTGCAGAGCGTCCTACCCTT;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=10691224;WS=10691206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	10696043	rs11661737	T	C	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=638;ReadPosRankSum=1.569;SC=TGGAGGCAGGTTGGTGCCTCT;SOR=0.422;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=39;WE=10696051;WS=10696033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr18	10696333	rs868525	C	G	4759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.90;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr18	10696337	rs868526	A	G	4759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.48;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr18	10697681	rs2277858	T	C	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=51;SC=TCCTGGTTTATAGGAAATAAT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=10697689;WS=10697671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	10697708	rs875957	C	A	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=2;PP=258;SC=CAAAACCCTACAATAAAGCAC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=10697716;WS=10697698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	10697913	rs2277857	G	A	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=25;PP=808;SC=ATGGGTGGTGGAGCCTGGGGT;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=52;WE=10697921;WS=10697903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr18	10698010	rs6146217	C	CGGATGCATTTGTGAACAATTACTGA	411.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=2900;SC=TGAGTATGCACGGCCTTGGGA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=10698022;WS=10698000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	10698014	rs182735032	C	T	195.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=120;SC=TATGCACGGCCTTGGGATTTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=10698022;WS=10698000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	10705744	rs7227022	G	A	4452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=76;PP=2252;SC=GCGTGGGCTCGCTGTTGGGAG;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=71;TCR=76;TR=147;WE=10705752;WS=10705734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr18	10715851	rs28712767	A	G	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=11;PP=289;SC=TTAAAGGAACAAAATACCATT;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=10715859;WS=10715841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	10731665	rs3034920	AT	A	253.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.517;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr18	10741011	rs5024299	G	A	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.49;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr18	10743986	rs7233917	C	T	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=6;PP=364;SC=GCATGAGCAACTGCCCCCGCA;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=10743994;WS=10743976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	10744108	rs8093389	G	A	3342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=39;PP=1669;SC=ATCAGAAGACGGAAGGAGGAT;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=62;TCR=39;TR=101;WE=10744116;WS=10744098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr18	10748603	rs8096037	A	T	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=38;PP=1094;SC=CCCCACTGGGAAGTGTACAGG;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=69;WE=10748611;WS=10748593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr18	10752666	rs7234309	C	T	4888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=87;NR=78;PP=2549;SC=ATCACAAAAACGTTGTATGCG;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=87;TCR=78;TR=165;WE=10752674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr18	10758023	rs7407105	G	A	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=34;PP=1700;SC=CCGCATCAAGGTTCATGCAGA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=65;TCR=35;TR=99;WE=10758031;WS=10758013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr18	10759935	rs2865119	A	G	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=37;PP=1105;SC=GAGGCAAAAAAAAAAAATCAG;SOR=1.276;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=64;WE=10759943;WS=10759925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr18	10759961	rs2865118	G	A	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	10762418	rs8095476	G	A	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=21;PP=1484;SC=CAAATGTGATGTTAAGCGTCT;SOR=1.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=75;WE=10762426;WS=10762408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr18	10762962	rs7241380	G	A	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.22;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr18	10763007	rs7227167	T	C	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=63;NR=42;PP=1463;SC=ACGTCCAGACTGTGCAGACAC;SOR=0.968;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=105;WE=10763015;WS=10762997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr18	10763218	rs2865131	T	C	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=24;PP=515;SC=ATTCCTAGCATGCGCAAGGAA;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=10763226;WS=10763208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	10770370	.	T	C	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=27;PP=812;SC=TTAAAGCATATCTTGTAACTT;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=10770378;WS=10770360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	10784733	rs3830641	GA	G	273.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=2;PP=235;SC=TAGGGTTGAAGAGCTGCCTTC;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=10784741;WS=10784723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	10785070	rs12604151	A	C	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=269;SC=TCGTTTATTGAATCCCTCTCT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=10785078;WS=10785060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	10787047	rs6505592	G	A	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	10789014	rs2870106	G	A	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=10;PP=789;SC=AATCTCTGCAGAGGTAGCTCA;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=10789022;WS=10789004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	10795051	rs7236574	C	A	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.58;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr18	10795057	rs7236576	C	G	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.68;SOR=1.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	10795128	rs7237911	T	C	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.88;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	11066010	rs7236754	T	C	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=212;SC=CCATGCCATATTAGCCCTGCT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=11066018;WS=11066009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	11609903	rs8087561	CA	GG	16963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=168;NR=159;PP=2947;SC=TCCGAGGCCGCACCTGCTTCT;SOR=0.736;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=336;TCF=171;TCR=165;TR=327;WE=11609912;WS=11609893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr18	11619799	rs112261054	ATGT	A	4165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.9859;FS=2.147;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=2.779;NF=2;NR=48;PP=2220;ReadPosRankSum=-1.597;SC=CAGTTATAGAATGTTGTTGAG;SOR=1.516;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=60;TCF=3;TCR=57;TR=50;WE=11619809;WS=11619789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,99:0.96:103
chr18	11824829	rs1647555	A	G	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=8;PP=941;SC=CTTGCAAAAAACAGTTTTTGC;SOR=2.780;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=40;WE=11824837;WS=11824820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	11824880	rs1647556	T	A	5973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.26;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr18	11824886	rs1647557	T	G	6266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.63;SOR=1.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr18	11852182	rs1786581	C	T	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	11864707	rs4315401	A	G	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=19;PP=533;SC=TGTGCATGGCAGCCCTTTCAG;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=11864715;WS=11864697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	11884670	rs643652	C	G	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.27;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	11886563	rs662515	C	G	5392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=77;PP=2921;SC=CTTTCCTCTGCAGGAGCAGCG;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=98;TCR=77;TR=175;WE=11886571;WS=11886553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr18	11893764	rs2277729	T	C	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=515;SC=GGGAATTAAGTATCAGAGAAG;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=11893772;WS=11893754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	12012451	rs2028624	G	A	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.08;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	12012457	rs635370	A	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.43;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	12014411	rs643107	T	G	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=901;ReadPosRankSum=-0.632;SC=ACTTCTGAAATAAAAGTGTGA;SOR=1.287;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=46;WE=12014419;WS=12014400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chr18	12057195	rs9959517	A	G	2697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=29;PP=1437;SC=GTCCTCCTCTATGAGCCGCGA;SOR=0.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=84;WE=12057203;WS=12057185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr18	12057389	rs9959781	C	G	18301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=59.91;NF=220;NR=176;PP=2965;SC=GGTCCTGCAGCGCCTGCAGCT;SOR=0.866;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=396;TCF=220;TCR=176;TR=396;WE=12057411;WS=12057379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr18	12057403	rs9959774	A	G	18957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.92;MQRankSum=-0.072;NF=228;NR=194;PP=2965;ReadPosRankSum=1.512;SC=TGCAGCTCCCAGTCCTTGCTG;SOR=0.378;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=424;TCF=229;TCR=195;TR=422;WE=12057411;WS=12057379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,439:1.00:440
chr18	12057809	rs9960429	G	C	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	12067762	rs7506731	C	T	2463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr18	12067777	rs6505712	T	C	2445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.79;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr18	12067919	rs12966234	G	A	2640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.45;SOR=2.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr18	12076504	rs12966109	A	C	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=11;PP=297;SC=CCCCTCGGGGACGCCCATCGT;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=15;WE=12076512;WS=12076494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	12081940	rs4389195	A	C	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.61;QD=25.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	12094006	rs9964971	C	T	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=6;PP=402;SC=GAGAAGATCTCTGGCTTCAGG;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=12094014;WS=12093996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	12096249	rs1986751	G	T	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=16;PP=605;SC=GCAAATGGTGGCATTTTTGTT;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=12096257;WS=12096239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr18	12097547	rs4796945	A	G	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=7;PP=972;SC=TTCTACATGGACAGGCATATT;SOR=3.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=42;WE=12097555;WS=12097541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	12099654	rs6505715	T	C	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	12115002	rs9959641	A	G	196.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=117;SC=AAACACAGAGATTTTATATAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=12115010;WS=12114992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	12115310	rs8091585	C	T	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=15;PP=501;SC=TGTAAAAAGACGGATAATTCC;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=12115318;WS=12115300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr18	12115339	rs8091463	A	G	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=14;PP=502;SC=TATATTTAGTATATGCTATAA;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=33;WE=12115347;WS=12115329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr18	12115509	rs4519391	G	A	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=7;PP=201;SC=GTTACTCATTGAACAAAGTGG;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=12115517;WS=12115499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	12125657	rs7243248	G	A	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=53;NR=28;PP=1380;SC=GAATGAGGAAGCATTAACAAA;SOR=1.067;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=53;TCR=28;TR=81;WE=12125665;WS=12125647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr18	12126407	rs9303759	T	A	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=370;SC=AGATAAGTATTTTTCAAACTT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=12126415;WS=12126397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	12254562	rs71369912	C	CCCGCGCACACACCCAT	15499.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=928;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=121;PP=2973;ReadPosRankSum=0.676;SC=GCTCCGCGACCCCGCGCACAC;SOR=1.084;SbPval=0.03;Source=Platypus;TC=278;TCF=28;TCR=250;TR=146;WE=12254570;WS=12254552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,559:0.99:565
chr18	12254577	.	A	ATCCGCGCACACACCCC	2954	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=22;MQ=59.99;NF=24;NR=120;PP=2954;QD=20;SC=GCACACACCCATCCGCCCCAC;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=298;TCF=33;TCR=265;TR=144;WE=12254590;WS=12254567;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:154,144:0.48:298
chr18	12308243	rs8087840	T	A	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.41;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	12308243	.	TGC	AGT	524	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=9;NR=7;PP=524;QD=36.0917421789;SC=GGCCCGCAGTTGCCGCTGTCG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=12308253;WS=12308233;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	12308245	rs8086821	C	T	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.41;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	12308377	rs8086993	C	A	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=4;PP=138;SC=AGGGCCTCTCCGCGGGTCGGC;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=12308385;WS=12308367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	12348285	rs11553521	T	C	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=33;PP=2092;SC=CAATCACTCGTTCAATTGCCT;SOR=1.312;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=78;TCR=33;TR=111;WE=12348293;WS=12348275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr18	12351342	rs11080572	C	T	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=30;PP=936;SC=CCGGCCTAAGCAGCGCGGGGT;SOR=1.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=54;WE=12351350;WS=12351332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr18	12358997	rs7407640	A	G	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=62;PP=1775;SC=TCCAGCTTTCACATGTGGTGC;SOR=2.429;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=21;TCR=63;TR=83;WE=12359005;WS=12358987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
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chr18	12363950	rs2298542	C	T	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=75;SC=GTTTCAGCCACACAAGGAAAG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=12363958;WS=12363940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	12453005	rs499013	A	G	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	12512385	rs5823223	CA	C	1684.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.099;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.805;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,128:0.83:154
chr18	12512559	rs550613	C	A	3836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=83;PP=2493;SC=CAGGCATAAACATTTCATTAA;SOR=1.431;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=47;TCR=83;TR=130;WE=12512567;WS=12512549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr18	12512574	rs567709	T	C	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=68;PP=2051;SC=CATTAAGTTATCTTCTCAAAT;SOR=2.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=25;TCR=68;TR=92;WE=12512582;WS=12512564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr18	12546608	rs35057526	GA	G	305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=1;PP=167;SC=TCCAGGGGGGGAAAAAAAAGA;SOR=2.448;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=8;WE=12546616;WS=12546601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	12634934	rs35302137	CA	C	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.738;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.896;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr18	12634986	rs12454931	T	G	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=14;PP=557;SC=TATAGTGAGATAGTTCAGTAC;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=35;WE=12634994;WS=12634976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	12658108	.	G	GCGCCC	400.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=44.53;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	12680595	rs35232551	CA	C	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=-1.226;QD=5.18;ReadPosRankSum=1.073;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr18	12695201	rs370722082	ATAC	A	2245.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=13;PP=917;SC=ACAGGTAAATATACTACTATG;SOR=0.994;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=17;WE=12695211;WS=12695191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr18	12700092	rs2542173	A	G	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr18	12817106	.	T	TA	986.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQRankSum=0.395;QD=18.98;ReadPosRankSum=-1.764;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr18	12819041	rs7245206	C	T	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.53;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	12951738	rs1474043	G	A	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	12955439	rs11286163	CT	C	186.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=0.112;QD=10.99;ReadPosRankSum=1.136;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr18	12963146	rs35999381	AT	A	794.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.06;ReadPosRankSum=1.112;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr18	12979028	rs56263236	T	C	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=12;PP=206;SC=ATGTAAACTTTGAAATGTTTT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=12979036;WS=12979018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	12982760	rs12955780	G	A	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=41;PP=1254;SC=AATATTTTTTGAAAATGGTCT;SOR=2.507;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=54;WE=12982768;WS=12982750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr18	12984144	rs6505776	C	A	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=38;PP=1353;SC=CTAGGTTCAACTATTCCAAGT;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=89;WE=12984152;WS=12984134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr18	12986802	rs113784266	G	GT	1023.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.25;ReadPosRankSum=-1.517;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,56:0.89:63
chr18	13001512	rs4499304	G	C	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=34;NR=20;PP=724;SC=GTTCCATCCGGGTCATCTCCC;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=54;WE=13001531;WS=13001502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr18	13001523	rs11080618	G	A	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=21;PP=931;SC=GTCATCTCCCGGAAGCCAGAG;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=59;WE=13001531;WS=13001502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr18	13008369	rs6505777	A	G	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=236;SC=TTTAAGAGGTAAAATACATAA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=13008377;WS=13008359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	13024392	.	G	A	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr18	13030383	rs9964466	G	A	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=1;PP=69;SC=GTAGTCATCTGAATTTAAAAA;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=13030391;WS=13030373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	13040084	rs7229869	A	C	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.04;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	13049948	rs11441028	G	GA	936.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=25;PP=809;SC=TAGGAACTGGGAAAAAAATGT;SOR=2.073;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=28;WE=13049956;WS=13049938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	13056333	rs2282541	C	T	7763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=138;NR=128;PP=2965;SC=CTGCTGTGCACGCACTCTTGA;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=138;TCR=128;TR=266;WE=13056341;WS=13056323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr18	13068132	rs578208	T	C	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=37;PP=1313;SC=TTCCAAGGAATCCGTCCGAGC;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=64;WE=13068140;WS=13068122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr18	13069782	rs6505780	C	T	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.16;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr18	13072979	rs1787013	T	C	4997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=79;PP=2965;SC=CTGCTTTGTTTTATGCATTTA;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=78;TCR=79;TR=157;WE=13072987;WS=13072969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
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chr18	13087815	rs527839	G	A	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=11;PP=321;SC=ATGTGAGGAAGAAATACCCGT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=13087823;WS=13087805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr18	14105923	rs2159940	T	C	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=19;PP=724;SC=TAAGGCTTTTTTTGAATATGG;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=45;WE=14105931;WS=14105913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr18	14124346	.	C	T	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.723;ClippingRankSum=0.000;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=7.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQRankSum=-11.084;QD=5.60;ReadPosRankSum=1.214;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,55:0.19:283
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chr18	14179603	rs4797872	A	G	238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=5;PP=144;SC=ACAGGTAGCGAGGGCTCAGCC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=14179611;WS=14179593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	14378533	rs2137484	G	C	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=22;PP=605;SC=GCGGCCGTCGGGGAAAGCTCG;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=14378541;WS=14378523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr18	14542979	rs200806970	A	G	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.388;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.837;NF=32;NR=45;PP=766;ReadPosRankSum=-1.880;SC=GCTCCTGAGCATCTTCATAAA;SOR=1.229;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=221;TCF=109;TCR=112;TR=77;WE=14542987;WS=14542969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,86:0.37:230
chr18	14543139	rs28535987	T	C	3647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=70;PP=2315;SC=CAAACCTCAGTCACCATCTGC;SOR=1.033;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=124;WE=14543147;WS=14543129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr18	14779969	rs9675365	C	G	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	14796214	rs9303863	G	T	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	14830262	.	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.532;NF=1;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=-0.130;SC=TTAGAGAAATCCAACTATCAG;SOR=0.804;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=7;WE=14830270;WS=14830252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr18	14837168	rs56391489	GT	G	974.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=16;PP=444;SC=TTTTTCTGAAGTTTTTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=24;WE=14837176;WS=14837158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	14848821	rs28555630	G	A	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.54;QD=25.63;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	14848935	rs3878726	C	T	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=6;PP=148;SC=TGAGGTATGACATCCTAGTTT;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=9;WE=14848943;WS=14848925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	14850375	rs3126404	G	A	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=14;PP=417;SC=CAAGTAATTTGAATCAGGTAA;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=14850383;WS=14850365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr18	14852335	rs12386087	C	A	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=36;PP=1393;SC=GTCATCTAAACGAGAAAAATG;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=74;WE=14852343;WS=14852325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
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chr18	19065494	rs7234335	C	G	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.19;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr18	19100517	rs1395251	T	C	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=13;PP=1071;SC=TTTAAGTTAATATTGGAAAAA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=51;WE=19100525;WS=19100507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	19100717	rs17720074	T	C	4726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=87;PP=2182;SC=TGTTTTTCAGTGGACTCCTTT;SOR=1.160;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=56;TCR=87;TR=143;WE=19100725;WS=19100707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr18	19100758	rs34960489	A	ATCT	4959.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=55;PP=2957;SC=GTAGGTGCTGATCTTAAGAAA;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=69;TCF=4;TCR=65;TR=58;WE=19100766;WS=19100748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr18	19100854	rs9947441	A	G	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=406;SC=GAAGATAAAGATATTTTTAAA;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=19100862;WS=19100844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	19115896	rs4800780	A	T	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=2;PP=160;SC=ATTAAAACTGATCTTTACATG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=19115904;WS=19115891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	19119801	rs1818274	C	T	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.81;QD=26.72;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	19119974	rs35031202	GAT	G	1889.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.681;QD=26.99;ReadPosRankSum=0.125;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,64:0.91:70
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chr18	19408950	rs9989532	C	T	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.87;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr18	19423963	rs3216119	GT	G	679.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=4;PP=356;SC=TCTTCAGTAGGTCCAGGGTGT;SOR=1.493;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=19423971;WS=19423953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	19780527	rs11352746	AC	A	3811.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=37;PP=2339;SC=GGCTGCACAGACCCCGTTCAT;SOR=1.081;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=61;WE=19780535;WS=19780517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr18	19996011	rs7227477	G	A	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=21;PP=888;SC=TTTGTGGAGGGAGAGCTGAAT;SOR=0.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=52;WE=19996019;WS=19996001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr18	20555219	rs2336916	T	C	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=28;PP=1037;SC=TTTTATTTTATTTAGCTATAC;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=58;WE=20555227;WS=20555209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr18	20586245	rs72889626	C	T	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=4;PP=271;SC=AGTTTGAGTGCGTGTCATTTT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=20586253;WS=20586235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	20715656	rs113232639	G	A	128.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	20932384	rs8084251	A	G	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=262;SC=TGTTTTCTAGATCTGTGATCT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=20932392;WS=20932374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	20953485	rs9944662	C	A	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=4;PP=314;SC=TGCAGCCCTGCGGAGAAGGCA;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=20953493;WS=20953475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	20953720	rs8099409	G	A	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=27;NR=26;PP=845;SC=GCCAGGAGGAGGAGGGCACTG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=53;WE=20953728;WS=20953710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	20964769	rs8094375	A	G	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=6;PP=458;SC=ATATTCCCACATATGTCTGGT;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=20964777;WS=20964759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	21017836	rs7226498	T	C	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=59;PP=1967;SC=CGTCCCCTTCTCGGGGATCCA;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=104;WE=21017844;WS=21017826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr18	21033582	rs8086258	G	C	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=54;PP=1311;SC=GGGACCCCGCGGACCTCGGCA;SOR=1.227;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=36;TCR=55;TR=90;WE=21033590;WS=21033572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr18	21044607	rs2291993	G	A	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=36;PP=1131;SC=GTTACAGAAAGTATCTATCTC;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=66;WE=21044615;WS=21044597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr18	21055092	rs7235571	A	C	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr18	21089320	rs375025352	AAT	A	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-1.445;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
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chr18	21120444	rs1805082	T	C	7255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=151;NR=124;PP=2965;SC=TCCAATCCAATATCTACTTTG;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=280;TCF=155;TCR=125;TR=275;WE=21120452;WS=21120434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr18	21123536	rs11299077	TA	T	143.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.239;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr18	21124945	.	C	G	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=43;PP=1672;SC=GACAGCTTTTCATGTGCCCCA;SOR=0.846;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=74;WE=21124953;WS=21124935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr18	21127910	rs2435307	C	T	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr18	21134569	rs11340795	CA	C	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.722;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.274;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr18	21140432	rs1805081	T	C	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=27;PP=725;SC=CTCCATCCCATGGACTGGAAA;SOR=1.378;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=43;WE=21140440;WS=21140422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	21192261	rs1652366	G	T	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=26;PP=789;SC=CCTCATACCCGTAACCTTCCT;SOR=1.287;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=21192269;WS=21192251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	21338515	rs11308832	TC	T	887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=19;PP=597;SC=CGTGGCCTTCTCCCCCCTCTC;SOR=2.621;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=21338523;WS=21338505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	21399999	rs45448896	G	A	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=21;PP=688;SC=TGGCTGAGTAGCTCAGATACT;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=21400007;WS=21399989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	21447659	rs79745076	C	T	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=311;SC=ATATTTTTACCAGTCAGTTAA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=21447667;WS=21447649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	21474827	rs1268716	G	A	3239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=68;NR=46;PP=2025;SC=GCAGTCCCACGGCTCCCCCCA;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=114;WE=21474835;WS=21474817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr18	21475153	rs1262340	G	A	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.15;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	21481233	rs1154226	C	G	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=23;PP=732;SC=CTGCCCAAGCCAAGCAGGCAA;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=21481241;WS=21481223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	21481340	rs1154227	A	G	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=290;SC=TGAGAGAAGCAGGGATCTTTA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=21481348;WS=21481330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	21483206	rs729814	G	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=404;SC=CTCTTAGATGGAAGAGAATAT;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=21483214;WS=21483196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	21495483	rs1541836	T	C	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=7;PP=158;SC=GAGATGCTATTGATGTTGCTA;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=21495491;WS=21495473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	21511034	rs1154232	C	A	4012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr18	21511089	rs1154233	A	G	4254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr18	21511172	rs1258107	G	C	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=47;PP=1174;SC=CTGGGTGAGTGGAATAATACT;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=81;WE=21511180;WS=21511162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr18	21513768	rs1131521	C	T	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr18	21534365	.	TAA	T	730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.16;QD=24.36;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr18	21662816	rs2305024	A	C	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=28;PP=1435;SC=TGGAGTTTTGAAAAATGGAAA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=75;WE=21662824;WS=21662806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr18	21693671	rs894931	G	A	5416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=86;PP=2965;SC=AGATTAAACTGATGCTTTGAA;SOR=0.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=96;TCR=86;TR=181;WE=21693679;WS=21693661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
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chr18	21696599	rs28582690	A	C	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=5;PP=488;SC=TATATCTCACACACTCTTCCT;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=21696607;WS=21696589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr18	21912865	rs2848605	A	G	1926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
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chr18	21938413	rs45485003	G	A	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=25;PP=1228;SC=CAGGTGTGATGCCACGAGCAC;SOR=1.116;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=73;WE=21938421;WS=21938403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr18	21938658	rs7227401	T	G	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=20;PP=636;SC=TTAGGTGAGATAGAGAGAATT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=21938666;WS=21938648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	21946572	rs656487	T	A	1478.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.41;ReadPosRankSum=-1.457;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
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chr18	22010421	rs9783924	C	T	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=22;PP=615;SC=ACCTGTGAACCCTTTGTTAGA;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=22010429;WS=22010411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	22017736	rs45492905	C	T	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=2;PP=107;SC=TTTAACGTTGCTATAACCTGT;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=22017744;WS=22017726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	22017752	rs1941814	C	A	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=104;SC=CCTGTATTAACTACTCAGACA;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=22017760;WS=22017742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	22020543	rs677688	C	G	2395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
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chr18	22056970	rs11662595	A	G	5061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr18	23603804	rs34038435	AT	A	610.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=18;PP=346;SC=CAATTTAAAAATTTTTTTTTC;SOR=2.226;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=18;WE=23603812;WS=23603794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	23714109	rs7235001	T	C	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr18	23772224	rs141374631	G	GTAAA	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr18	23772573	rs2069310	G	C	183.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=7;PP=159;SC=GATTTTCTTTGAAAGGGGATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=23772581;WS=23772563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	24035675	rs3753	T	C	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.92;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr18	25562831	rs8092870	C	T	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=7;PP=635;SC=CATTTTCTTACTGATGTATTA;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=25562839;WS=25562821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	25565082	rs1220144	A	G	5187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr18	25569981	rs140106879	CAAAT	C	1207.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=1158;SC=AATTTCTACTCAAATAGTGAA;SOR=3.767;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=25569992;WS=25569971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	25570228	rs1628684	G	C	4900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=77;PP=2250;SC=TTGACTGAGGGGGGTGCTGAA;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=82;TCR=77;TR=159;WE=25570236;WS=25570218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr18	25572837	rs1662733	G	A	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr18	25573308	rs1662734	C	T	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=7;PP=1066;SC=GGATGCCTCACGTAAGGCCCT;SOR=3.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=48;WE=25573316;WS=25573298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr18	25573622	rs2957286	G	C	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=37;PP=1060;SC=ATAAAGATAAGAACTTAAATG;SOR=2.019;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=52;WE=25573630;WS=25573612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr18	25727760	.	G	GA	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.070;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,50:0.23:221
chr18	28581601	rs114935867	G	A	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=12;PP=505;SC=TCGTCTCCAGGTGCTTCTGTG;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=28581609;WS=28581591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	28586964	rs1313586	A	G	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
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chr18	28605715	rs202439	A	T	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=11;PP=406;SC=GCATATCAATAAAAGTCCTAC;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=28605723;WS=28605705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr18	28721913	rs12458870	C	T	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.67;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr18	28723832	rs12454773	G	A	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.29;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	28723835	rs12454734	C	T	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.05;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	28723875	rs35474327	ATATT	A	353.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;QD=39.30;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr18	28737299	rs2118342	T	G	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=16;PP=817;SC=GTAAGCATATTACTGTGCTAG;SOR=1.157;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=46;WE=28737307;WS=28737289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	28739495	rs35550730	C	CAA,CAAA	983.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.047;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.59;ReadPosRankSum=0.961;SOR=0.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,22,13:0.59,0.35:37
chr18	28935375	rs8099566	C	T	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=509;SC=ACTAAAAAACCAACAATGTGA;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=28935383;WS=28935365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr18	28993501	rs7234288	C	A	2585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr18	29028057	rs141268501	T	TTTTG	758.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;QD=42.15;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	29037131	rs17660414	T	C	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=41;PP=1232;SC=AGAATAAATGTATAAGGTGTA;SOR=1.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=59;WE=29037139;WS=29037121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr18	29040756	rs3737364	T	A	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr18	29046401	rs35427815	T	C	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.67;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	29046430	rs35293326	T	G	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=10;PP=919;SC=ATGTAAAAGATTCTCCTTTTT;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=46;WE=29046438;WS=29046420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	29052883	rs35242229	G	C	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=13;PP=253;SC=CCACTGAAATGGAGAAAAGCT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=29052891;WS=29052873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr18	29101215	.	CT	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=0.246;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,16:0.24:66
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chr18	29211163	rs10657836	C	CTT	282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.20;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	29238076	rs67738912	CA	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.600;QD=1.19;ReadPosRankSum=-1.178;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr18	29264182	rs1449081	G	A	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=3;PP=245;SC=GCCCCTGTTTGAACAGCTTCC;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=29264190;WS=29264172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	29419382	rs149708037	T	C	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.53;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr18	29426868	rs682279	A	T	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=319;SC=AGTGGAAATAATATGGCCAAT;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=29426876;WS=29426858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	29435778	.	TA	T	368.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.781;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.689;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
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chr18	29487369	rs187376688	C	A	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=5;PP=311;SC=AGAGAAATTTCTAAATAATTT;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=29487377;WS=29487359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	29493616	rs35203717	A	G	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	29497573	rs6506948	A	G	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr18	29775226	.	TAC	T	99	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=99;QD=51.0;SC=AAAGTAGGGCTACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=2;WE=29775235;WS=29775216;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,2:0.13:15
chr18	29796831	.	TA	T	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.827;QD=0.97;ReadPosRankSum=1.610;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr18	29797921	rs616114	C	T	5393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=101;PP=2965;SC=AATTTGACTCCGCAAAATGTA;SOR=1.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=87;TCR=101;TR=186;WE=29797929;WS=29797911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr18	29797958	rs680321	T	C	3925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=87;PP=2639;SC=TGATTATTCATAACCTATTGG;SOR=1.543;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=47;TCR=87;TR=134;WE=29797966;WS=29797948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr18	29800119	rs673408	A	G	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	29890042	rs616601	T	C	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=8;PP=793;SC=CACTAACTATTAGAAGATAAA;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=29890050;WS=29890032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	29890297	rs683701	G	C	5753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr18	29890411	rs625361	C	T	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=29;PP=801;SC=CATCATTAATCTTTTTAAAAA;SOR=3.675;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=33;WE=29890419;WS=29890401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	29890448	rs628733	A	G	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.58;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	29890456	rs682827	G	T	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.24;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	30050356	rs11664566	C	T	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.10;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr18	30349691	rs17851892	C	T	3585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=50;PP=2145;SC=TCTGGCAGACCGGGTCGGTTC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=65;TCR=50;TR=115;WE=30349699;WS=30349681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr18	30351955	rs7234849	G	A	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.82;QD=24.82;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr18	30352057	rs200605696	GCGCCGGCC	G	5244.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.40;QD=43.34;SOR=1.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr18	30672631	rs1995096	G	A	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=4;PP=218;SC=GGATATCATCGTCAGATCAGA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=30672639;WS=30672621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	30804756	rs466113	C	T	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=11;PP=664;SC=TGTTCTTTGTCGAGACTTCTG;SOR=1.559;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=39;WE=30804764;WS=30804746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	30846895	rs9965081	A	T	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=11;PP=642;SC=ATTGGTTTTTACTGTTATTTT;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=30846903;WS=30846885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	30908046	.	GATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT	G	727.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=6.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.66;ReadPosRankSum=-1.737;SOR=0.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr18	30950168	rs9965655	T	C	4221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=65;NR=78;PP=2450;SC=AGAGAACAAATAGAAGTTCAT;SOR=1.040;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=65;TCR=78;TR=143;WE=30950176;WS=30950158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr18	30976968	rs4447495	C	G	77.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=81;SC=TTTAAAGAAGCGTTACGATTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=30976976;WS=30976958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	30977255	rs6507018	G	A	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=380;SC=GTAAGGATACGGGAAGAAAAT;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=30977263;WS=30977245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	31684975	rs4564652	A	C	5464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=114;NR=68;PP=2965;SC=ATTATGAATAAAATTACTTTA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=114;TCR=68;TR=182;WE=31684983;WS=31684965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr18	32457923	rs140501534	GT	G	283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=213;SC=GATTTGAGGGGTTTTTTTTTT;SOR=3.126;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=13;WE=32457931;WS=32457913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	32459704	rs2288085	A	G	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr18	32461896	rs623966	A	G	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=443;SC=TTTAGGTATTACTAAAGAAGA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=18;WE=32461904;WS=32461893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	32470291	rs9944927	G	A	2751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=33;PP=1578;SC=GACCAGACTCGAGCACCCCTG;SOR=1.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=94;WE=32470299;WS=32470281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr18	32470459	rs7227051	C	T	3166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=57;PP=1885;SC=CTACATCTTGCGGGGGTTGTT;SOR=1.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=46;TCR=57;TR=102;WE=32470467;WS=32470449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr18	32650341	rs3744923	A	G	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=26;PP=698;SC=GTCATGTGGAATGTGATTTTA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=32650349;WS=32650331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	32720189	rs3786314	A	G	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=22;PP=1413;SC=GGCAGTGGCAATGGGCTGGGA;SOR=1.639;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=73;WE=32720197;WS=32720179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr18	32822382	rs4799374	G	T	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=7;PP=667;SC=ACACTCCTTCGCAAGCACAGA;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=32822390;WS=32822372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	32823757	rs62096496	A	C	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=23;PP=795;SC=AGCCCAAGTAAAGGCCATACC;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=32823765;WS=32823747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	32823905	rs1054890	T	C	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=25;PP=1303;SC=GTATGTCATGTTAATTTGTTT;SOR=1.048;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=72;WE=32823913;WS=32823895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr18	32826088	rs2278463	A	G	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=40;PP=1726;SC=GACATCAGAGAATTCATAGTG;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=88;WE=32826096;WS=32826078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr18	32836089	rs4799376	T	C	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=1;PP=84;SC=ATTATGAGACTAGAGAAAAAT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=32836097;WS=32836079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	32838807	rs7229055	T	C	141.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=74;SC=GCACTCTAGCTTGGGCGACAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=32838815;WS=32838797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	32886528	rs147217916	T	TAGTC	2085.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=9;PP=1727;SC=ACAAACATTTTAGAGTTCTGA;SOR=1.828;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=30;WE=32886536;WS=32886518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	32887914	rs1131709	A	G	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=18;PP=542;SC=CATTAAAACCACACTGGATCC;SOR=1.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=32887922;WS=32887904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	32887933	rs9963614	A	G	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=14;PP=407;SC=CCGGATACGTATGGTGGCTCA;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=32887941;WS=32887923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	32917644	rs2032729	T	C	3606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=64;PP=2174;SC=AACACCCATATTGAGAGTGCC;SOR=0.933;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=124;WE=32917652;WS=32917634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr18	32917780	rs5823970	G	GA	349.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=486;SC=TCTATTAAGGGAAAAGAAACC;SOR=2.303;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=13;WE=32917788;WS=32917770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	32948446	.	T	TTTTA	1822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=3.019;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;MQRankSum=0.323;QD=40.51;ReadPosRankSum=-1.162;SOR=1.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,43:0.96:45
chr18	32948510	rs2909340	G	A	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=609;SC=CTGTCTGAGCGGTTCAAGCAA;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=32948518;WS=32948500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	33048554	rs3088182	C	T	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	33272291	rs201969184	AAT	A	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=-1.258;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,6:0.16:37
chr18	33647254	rs1789517	A	C	7836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=166;NR=94;PP=2965;SC=TGACGATGGGACGCGAGTGTT;SOR=1.195;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=260;TCF=166;TCR=94;TR=260;WE=33647262;WS=33647244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr18	33694120	rs1050631	G	A	3590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=44;PP=2037;SC=ATCCAGGCCAGAGTGGCGACG;SOR=1.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=78;TCR=45;TR=122;WE=33694128;WS=33694110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr18	33696772	rs1789504	A	C	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=31;PP=937;SC=CAATACTTTAAAACAGTAATT;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=33696780;WS=33696762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	33706614	rs1789528	C	G	8849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=154;NR=147;PP=2965;SC=GATGCTCGTGCTCTGAGTGAT;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=302;TCF=155;TCR=147;TR=301;WE=33706622;WS=33706604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr18	33709762	rs1632169	G	C	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=22;PP=1331;SC=TCAGGGGGGCGGGGCTGCCTC;SOR=1.522;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=72;WE=33709770;WS=33709752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr18	33713132	rs1785904	T	C	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=5;PP=420;SC=CTGAAATCTGTTTTTACTTAT;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=33713140;WS=33713122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	33713287	rs1785905	T	A	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=27;PP=809;SC=GCTGTAAGTATTAACCAGATT;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=56;WE=33713295;WS=33713277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr18	33718326	rs1785934	A	C	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr18	33719409	rs74586912	G	T	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=6;PP=914;SC=CAGGTGGAACGAGGCAGGGCC;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=42;WE=33719417;WS=33719399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	33719434	rs1785932	C	T	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=16;PP=1205;SC=AGCCACCAGCCTCTCTCGCCC;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=61;WE=33719442;WS=33719424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr18	33722425	rs1789549	A	G	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=27;PP=725;SC=ATGTTTTTCTATTGTCCCAAT;SOR=2.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=33722433;WS=33722415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr18	33725874	rs1789546	T	G	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=24;PP=1090;SC=ACATGATGATTGTTGATCACC;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=66;WE=33725882;WS=33725864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr18	33725931	rs1785928	G	A	2824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=37;PP=1350;SC=ACAGCAGCCAGTGAGATTATT;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=54;TCR=37;TR=91;WE=33725939;WS=33725921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr18	33726447	rs1785927	C	G	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=452;SC=AGTAGAGGCACTTGAAGTTCA;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=33726455;WS=33726437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	33744677	rs684890	T	C	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=19;PP=495;SC=ACAGTTATGTTCATTTTATCT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=33744685;WS=33744667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	33750046	rs8299	C	T	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=37;PP=1653;SC=GGGGTGAGTGCGACTCCACTG;SOR=1.039;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=68;TCR=37;TR=105;WE=33750054;WS=33750036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr18	33750314	rs637786	G	A	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=6;PP=124;SC=TCACTCTGTCGCCCAGGCTGG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=33750322;WS=33750304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	33767479	rs11665282	G	A	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=8;PP=310;SC=GGGCCCGGCCGGCCTGGATGG;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=33767487;WS=33767469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	33767655	rs141031604	C	A	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=33;NR=20;PP=814;SC=GTGAGGCGGGCGGGCAGGCTT;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=33767663;WS=33767645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	33767749	rs4267398	G	A	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	33778607	rs596644	C	A	4780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=66;PP=2782;SC=ACAAAAGAAGCGACCCTAAGT;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=94;TCR=66;TR=160;WE=33778615;WS=33778597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr18	33779821	rs646424	C	A	4494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=93;PP=2965;SC=AGTGGGTATGCGGAACGTGAC;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=183;TCF=89;TCR=94;TR=175;WE=33779829;WS=33779811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr18	33779855	rs623053	C	T	5853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=102;PP=2965;SC=GTCATATCCACCCCGGTCAGG;SOR=0.768;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=215;TCF=113;TCR=102;TR=210;WE=33779863;WS=33779845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr18	33779896	rs540967	A	G	8743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=163;NR=131;PP=2965;SC=AGAGGAACGTAGTGCTTCAGC;SOR=0.839;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=296;TCF=165;TCR=131;TR=294;WE=33779904;WS=33779886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr18	33780020	rs623558	A	G	10242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=177;NR=180;PP=2965;SC=GGGCGGTTGCACCCTGTGAGC;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=358;TCF=177;TCR=181;TR=357;WE=33780028;WS=33780010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr18	33783030	rs579596	T	C	6737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr18	33785093	rs678560	G	A	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr18	33785185	rs667667	A	G	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=17;PP=663;SC=TTCAGGGCCCAATCATCAATT;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=33785193;WS=33785175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	33785304	rs667195	T	C	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=389;SC=GAGAGCAATGTAGTGTGACAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=33785312;WS=33785294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	33793511	rs687387	T	C	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	33795425	rs631108	G	A	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=539;SC=ACTGTTTCCAGTGTCTCTATG;SOR=3.098;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=33795433;WS=33795415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	34174958	rs8087763	T	C	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=11;PP=291;SC=TAAGAATTAATAGAATTCCCG;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=34174966;WS=34174948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	34182800	rs34287129	A	G	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=30;PP=817;SC=GACCCCTGGTATCTGTGCTTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=34182808;WS=34182790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	34205385	rs2644253	A	G	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=3;PP=166;SC=AAAAATCCCTATTAGGGCAAT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=34205393;WS=34205379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	34232610	rs2848901	C	T	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=1.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr18	34232952	rs1893433	T	C	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=31;PP=1035;SC=ACACAGTGTGTTAACTGCACC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=46;WE=34232960;WS=34232942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	34233231	rs1893434	C	T	5658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=120;NR=70;PP=2965;SC=GTCTTTTTGACGCTGAAGAAT;SOR=1.201;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=120;TCR=70;TR=190;WE=34233239;WS=34233221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr18	34297753	rs3809994	C	T	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=7;PP=690;SC=GAAGTGAGGCCCCCTTGCCCC;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=34297761;WS=34297743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	34298732	rs7240383	G	C	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=28;PP=849;SC=GGGCTGAAGAGATTCGTTCTG;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=34298740;WS=34298722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	34310668	rs3744903	C	T	4525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr18	34323855	rs11878091	T	C	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=1;PP=320;SC=CCATGGATCATGGAGCATGTG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=34323863;WS=34323845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	34324091	rs2303510	G	A	2512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=47;PP=1434;SC=CACCATGGTGGTAGAAAACTT;SOR=1.067;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=86;WE=34324099;WS=34324081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr18	34324190	rs2303509	C	T	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=19;PP=584;SC=TGGGCCTGGTCTCGCTGCAGC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=34324198;WS=34324180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	34398914	rs1045781	C	T	4319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=72;PP=2339;SC=TGATGGTCACCTCAGTCACAC;SOR=0.934;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=69;TCR=73;TR=141;WE=34398922;WS=34398904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr18	34408969	rs9958080	C	G	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=4;PP=169;SC=CCTTCGCCCCCACCCTCTCGC;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=34408977;WS=34408964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	34424155	.	A	AT	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=2.363;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.599;NF=1;NR=2;PP=28;ReadPosRankSum=-0.785;SC=GTGTAACTAAATTTTTTTTTT;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=3;WE=34424163;WS=34424145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr18	34465499	.	GT	G	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.607;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr18	34539578	rs3744904	A	G	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	34647525	rs11311186	CT	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.138;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr18	35065396	rs4799451	T	C	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	35145660	rs138975334	T	TCTCG	979.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5747;FS=3.385;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.510;NF=1;NR=14;PP=822;ReadPosRankSum=-1.810;SC=CGCTCCTCTCTCTCGCTCGCT;SOR=2.215;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=15;WE=35145668;WS=35145650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,25:0.93:27
chr18	37201910	rs2852341	G	A	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=2;PP=626;SC=AGCTTTCTTTGCTCCTACAGT;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=37201918;WS=37201900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	39623942	rs534507	A	G	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=10;PP=238;SC=ATGCTTTGACATAATAGTATT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=39623950;WS=39623932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	40323764	rs1430922	G	C	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=11;PP=329;SC=TACTAGAGCTGTGTGTCAGGC;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=40323772;WS=40323754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	40613840	rs12954451	A	G	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=8;PP=260;SC=TTGCTGAAAGAAAAAAAACAC;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=40613848;WS=40613830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	40695620	rs77169968	G	T	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=494;SC=CGTCGGGCTGGCTGCTGGTCC;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=40695628;WS=40695610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	41559142	rs7229537	G	A	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.67;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	41559193	rs199932125	GTTTTTTT	G	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.52;QD=42.93;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	41559268	rs7230555	T	G	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	41559321	rs7229587	C	G	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=24;PP=1176;SC=ATATTTGACACCATCCAGGAT;SOR=0.992;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=66;WE=41559329;WS=41559311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr18	42456653	rs663651	G	A	3031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=25.69;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr18	42456670	rs3085861	C	CTCTT	4694.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=23;PP=2015;SC=CCGGTTCTCTCACTCTTCCTT;SOR=0.750;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=32;WE=42456678;WS=42456660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr18	42533130	rs8096662	A	G	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=47;PP=1609;SC=GCACGAGATCAGAGAACCTGG;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=91;WE=42533138;WS=42533120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr18	43206985	rs1484873	A	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=3;PP=212;SC=GGTGATGTTCATCAACAATCC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=43206993;WS=43206975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	43221341	rs7233416	T	C	5393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr18	43223345	rs377728344	GGT	G	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=52;ReadPosRankSum=-1.767;SC=GAGAGGGAGGGGTGTGTGTGT;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=2;WE=43223354;WS=43223335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr18	43243679	rs8092227	A	G	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.44;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	43245986	rs7234198	T	G	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=13;PP=706;SC=GCTTCCTCAGTAGGAACAGGA;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=43245994;WS=43245976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	43246156	rs9960464	G	A	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr18	43246779	rs2170973	C	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=6;PP=349;SC=GGAGGTTAAACAGCAATTTAA;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=43246787;WS=43246769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	43247001	rs2156609	C	G	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr18	43248504	rs6507631	T	C	6312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.54;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr18	43248509	rs10451385	T	C	6229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.18;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr18	43248578	rs9304319	C	A	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=34;PP=948;SC=GTCCACTGGACTAATAACTAA;SOR=1.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=48;WE=43248586;WS=43248568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr18	43252786	rs1531926	A	G	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=22;PP=1007;SC=GGAAGGGTTCAGTGCCAAGTC;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=66;WE=43252794;WS=43252776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
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chr18	43307246	rs11877062	C	T	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr18	43319519	rs1058396	G	A	5167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
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chr18	43420177	rs61104666	G	A	16322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,635:1.00:635
chr18	43422280	rs500899	T	C	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=13;PP=253;SC=GCTCCTCCCCTGCTCAAGGTC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=43422288;WS=43422270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	43435738	rs514001	A	C	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=11;PP=383;SC=TATGACATAAAAAGATGAACA;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=43435746;WS=43435728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	43438156	rs567801	C	T	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=22;SC=CACAGGCTAACGGCTGATGTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=43438164;WS=43438146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr18	43445730	.	CAA	C,CA	560.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.472;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.446;QD=10.99;ReadPosRankSum=-0.734;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:10,21,20:0.41,0.39:51
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chr18	43446734	rs3826633	T	C	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=33;PP=1574;SC=AGGAACAGTCTCTGCCTTTTA;SOR=1.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=87;WE=43446742;WS=43446724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr18	43480926	rs3826634	A	G	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr18	43490811	rs148081820	G	C	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=15;PP=414;SC=TGTGATTGTGGATATACACCA;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=43490819;WS=43490801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	43505558	rs4476262	C	G	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=3;PP=931;SC=GAGAATTAAACAGAAAATCCT;SOR=4.021;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=38;WE=43505566;WS=43505556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	43547127	rs11301517	TG	T	4692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=49;PP=2725;SC=CTCGGGAGGGTGGGGGAGATC;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=26;TCR=53;TR=73;WE=43547135;WS=43547117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr18	43914438	rs8084936	A	C	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=26;PP=761;SC=CCCCCACCCCATTTTAGGGGG;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=43914446;WS=43914428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	44036086	rs149704592	G	GT	1860.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=1111;SC=TCTCTTATAGGTATTGGTGAC;SOR=0.941;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=26;WE=44036094;WS=44036076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	44063598	rs1377016	G	A	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr18	44109115	rs59252058	G	A	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.30;SOR=1.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr18	44114473	rs436433	T	C	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr18	44122010	rs10775482	T	C	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=29;PP=845;SC=CTGGCTGATATCATTAACATG;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=44122018;WS=44122000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	44124967	rs988213	A	G	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=13;PP=354;SC=ACAACTCTACAATGCCTGGAG;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=44124975;WS=44124957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	44125590	rs56323729	CTTTT	C	239.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=26.66;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr18	44126909	rs1893566	T	C	5823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr18	44135027	rs732108	A	G	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=9;PP=846;SC=TAAAGCTATAATAATGTTTAA;SOR=1.893;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=44;WE=44135035;WS=44135017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	44135050	rs732109	G	A	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.06;SOR=1.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	44135143	rs11665444	T	C	2293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr18	44135328	rs62097104	C	T	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=10;PP=282;SC=GGTCAGGACCCTGGTTCCCAG;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=44135336;WS=44135318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	44138902	rs4243280	C	T	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=11;PP=904;SC=GGCTTAGCACCGACCACAGCT;SOR=2.038;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=40;WE=44138910;WS=44138892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	44157489	rs328167	G	T	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=184;SC=GTGGTAGGGGGTGAGAAGGGA;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=44157497;WS=44157487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	44157506	rs328166	G	T	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=239;SC=GGGAATGTGAGGCTCAGGTCT;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=44157514;WS=44157496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	44173449	rs328145	A	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=312;SC=TCCATCGTACATTTTTGTCTT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=44173457;WS=44173443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	44181596	rs674948	G	A	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=556;SC=TGTCCCTCTCGACCTCATTTC;SOR=4.615;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=22;WE=44181604;WS=44181586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	44197963	rs328130	A	C	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=346;SC=TCACACACATAAACTTTACAA;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=44197971;WS=44197960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	44272034	rs533027	A	C	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=13;PP=707;SC=GGGAAGATGCACGCTGAGAGC;SOR=1.067;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=41;WE=44272042;WS=44272024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	44424105	rs34052557	G	GA	684.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.05;QD=20.14;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	44426877	rs644731	C	T	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=176;SC=AAGATAGATACAGGATCCTGC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=44426885;WS=44426867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	44526798	rs2187092	A	C	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.89;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	44595809	rs2289036	A	T	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=42;PP=1490;SC=AAGCAGGGGGATGGAGTTGAA;SOR=1.501;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=70;WE=44595817;WS=44595799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr18	44601611	rs3816125	A	G	7448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=150;NR=101;PP=2965;SC=CTTTAAGTCTATAAGCTTGAA;SOR=0.923;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=251;TCF=150;TCR=101;TR=251;WE=44601619;WS=44601601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr18	44610718	rs16954999	T	C	4346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr18	44610879	rs7504798	A	G	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=36;PP=1265;SC=ACCAAGTTAAAGACAGTTCAA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=62;WE=44610887;WS=44610869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr18	44635048	rs2635058	C	T	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=32;PP=1285;SC=GATGCACACACTGCTTCACAA;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=76;WE=44635056;WS=44635038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr18	44702502	rs12968552	A	C	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.50;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr18	44702718	rs2277717	C	A	2934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=49;NR=50;PP=1627;SC=GGCGCCTCCACGGCCGGCGCC;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=49;TCR=50;TR=99;WE=44702726;WS=44702708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr18	44746460	rs1355593	A	T	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=16;PP=540;SC=AACATTATTGACAGTCCCATG;SOR=1.358;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=44746468;WS=44746450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	44757226	rs7236105	G	T	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=3;PP=185;SC=AAATATGGTGGAGAACAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=44757234;WS=44757216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	44771481	rs17723754	C	T	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=30;PP=842;SC=CTATTAACTCCAAGGAGAAAC;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=44771489;WS=44771471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	44773382	rs9956387	A	T	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.51;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr18	45395845	.	TAA	T,TA	623.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.426;QD=11.99;ReadPosRankSum=-1.800;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,20,25:0.38,0.48:52
chr18	45706779	rs7228157	T	C	6082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=113;PP=2965;SC=GGCACGCTCATTGACAGGCCA;SOR=0.962;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=98;TCR=113;TR=211;WE=45706787;WS=45706769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr18	46196856	rs3830253	AC	A	1269.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=20;NR=4;PP=453;SC=TTACGGGAGGACCCCCCCCCC;SOR=2.833;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=24;WE=46196865;WS=46196846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	46196880	rs2279304	T	G	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=8;PP=687;SC=CACACACAGCTTCTCTAGGGC;SOR=2.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=42;WE=46196888;WS=46196870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	46736201	.	G	GA	40.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=0.253;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr18	47088826	rs35978968	C	T	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.18;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr18	47088830	rs35816125	C	G	3003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.17;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	47328930	rs10680947	C	CAA	367.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.577;QD=19.35;ReadPosRankSum=0.941;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,16:0.84:19
chr18	47339798	rs2945506	G	A	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=36;PP=1221;SC=GGGAGGGCAGGACCCCGAGGG;SOR=0.954;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=72;WE=47339806;WS=47339788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr18	47363009	rs621101	C	T	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr18	47363917	rs138128932	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQRankSum=-10.749;QD=0.90;ReadPosRankSum=-1.900;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,10:0.09:117
chr18	47363930	rs79271359	AG	GC	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-10.553;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.839;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,13:0.12:113
chr18	47364009	rs149010847	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQRankSum=-4.922;QD=0.54;ReadPosRankSum=2.287;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,12:0.16:76
chr18	47373466	rs3017176	G	A	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr18	47375932	rs488890	C	G	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=8;PP=445;SC=CTCACACCCCCCTACCTTCTA;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=47375940;WS=47375922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	47376103	rs490648	C	G	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=21;PP=633;SC=ATCCTGCTTGCAGTTGGAGGT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=44;WE=47376111;WS=47376093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	47376128	rs490697	A	G	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=17;PP=449;SC=AGTGCGGCCCATGGGCAGCCG;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=47376136;WS=47376118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	47402280	rs657424	A	C	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=10;PP=294;SC=GCCTCCCTCTATATCAGCCAT;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=47402288;WS=47402270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	47406913	rs1217632	A	G	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=18;NR=29;PP=798;SC=AACTGGATACATGTAAATGCT;SOR=1.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=47406921;WS=47406903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr18	47406938	rs1217633	T	C	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=20;PP=431;SC=TTAAGAAAATTGATTTGGTTA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=30;WE=47406946;WS=47406928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	47455923	rs2298628	C	T	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	47455980	.	GAA	G	305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.29;ReadPosRankSum=2.940;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr18	47563299	rs1815930	T	C	4934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=89;NR=70;PP=2803;SC=CCACTGTAGGTATAGATGACA;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=89;TCR=70;TR=159;WE=47563307;WS=47563289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr18	47563429	rs58132038	G	A	4041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=76;PP=2201;SC=TTAGCTCAAGGCACCCATCCA;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=60;TCR=76;TR=136;WE=47563437;WS=47563419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr18	47765121	rs35839946	G	C	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=22;PP=750;SC=TTTCAGACAAGAATTGCCAAC;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=47765129;WS=47765111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr18	47777008	.	T	C	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=466;SC=GCTGATGCTGTTGGCTTGTGG;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=47777016;WS=47776998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	47777244	rs35193847	C	T	5234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=89;NR=86;PP=2805;SC=TCTATCCTCTCTTGTAGGGCT;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=90;TCR=86;TR=175;WE=47777252;WS=47777234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr18	47778172	rs35295154	A	G	3554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=52;NR=65;PP=1980;SC=GAAAATTTTAAAAAGACAAAA;SOR=1.153;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=52;TCR=65;TR=117;WE=47778180;WS=47778162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr18	47787402	rs1899671	G	A	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	47788256	rs698617	C	T	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=291;SC=TTAATATAAACATCTCAGCCA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=47788264;WS=47788254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	47801800	rs140690	G	A	3426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=59;PP=2366;SC=GGCGACGCAGGCGGTGAGCAA;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=110;WE=47801808;WS=47801790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr18	47802971	rs10775495	A	G	4158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=82;NR=62;PP=2371;SC=CCAGCCTAGCATGACACTGGA;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=82;TCR=62;TR=144;WE=47802979;WS=47802961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr18	47809871	rs12458654	G	T	4444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.015;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=69;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.389;SC=TCACTGCGTGGCACCCTCACT;SOR=0.131;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=180;TCF=111;TCR=69;TR=175;WE=47809879;WS=47809861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,174:0.99:176
chr18	47810351	rs7228084	A	G	5542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=89;PP=2965;SC=CCTGAAGGCGAGTGCGGGCAC;SOR=0.787;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=98;TCR=89;TR=187;WE=47810359;WS=47810341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr18	47810731	rs2276367	T	C	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=10;PP=704;SC=CCCTTGAACCTCTCAGGAATG;SOR=1.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=40;WE=47810739;WS=47810721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	47902337	rs1970679	A	G	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	47906416	rs1441293	A	G	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=195;SC=ACAGCTATCTATTCTAAGAGT;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=47906424;WS=47906406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	47906690	rs1441294	T	C	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	47906719	rs1441295	T	G	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.05;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	48326378	rs2586778	G	T	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	48327815	rs2276186	G	A	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr18	48577782	rs7229678	G	C	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=16;PP=480;SC=TGATACAAGAGCAGGTAACTA;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=48577790;WS=48577772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	48723217	rs35675106	C	T	2568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.46;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr18	48991640	rs112801463	C	T	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=10;PP=468;SC=TGTGTGCGCGCGCAAAACGAA;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=48991648;WS=48991639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	48991689	rs78556356	A	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=8;PP=618;SC=TTTTTTCCCTAAAGTAAAGAA;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=48991697;WS=48991679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	49867224	rs9951523	T	C	4336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr18	50450240	rs2276204	T	G	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=55;PP=1579;SC=ATTTCACATTTAAGACTTTTT;SOR=1.418;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=40;TCR=55;TR=95;WE=50450248;WS=50450230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
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chr18	50592640	rs28683803	A	G	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=35;PP=951;SC=CAATATGGCAATATGAAATCA;SOR=1.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=50592648;WS=50592630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr18	50912352	rs3764496	T	C	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=26;PP=1669;SC=AATGTTTGCCTTGAGTATTTT;SOR=1.533;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=85;WE=50912360;WS=50912342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr18	50917982	rs12604262	C	T	4119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr18	50918311	rs1393331	A	G	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=22;PP=682;SC=TTTGTTTAACACATTGTTTTA;SOR=1.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=50918319;WS=50918301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	50923932	rs7231978	G	T	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=35;PP=1038;SC=ATATAAAATAGTTCATCCTCT;SOR=3.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=42;WE=50923940;WS=50923922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	50929276	rs72933411	A	G	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=58;PP=1762;SC=AAGCATCTCCACTTTCTCTCC;SOR=1.511;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=87;WE=50929284;WS=50929266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr18	50936780	rs10853631	G	A	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=568;SC=GAACTGCAGCGTGTAGGACAC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=50936788;WS=50936774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	50936994	rs2229082	T	C	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr18	50937026	rs11873515	A	G	3144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=61;PP=1774;SC=GGTTTGAATAATTTCCTATTA;SOR=1.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=45;TCR=61;TR=106;WE=50937034;WS=50937016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr18	50942653	rs2270951	C	T	3896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr18	50994208	rs1502229	G	T	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=7;PP=377;SC=CTAGAAATTAGGTAAAGTGTT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=50994216;WS=50994198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	51748706	.	C	G	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=8;PP=448;SC=GGCAAGGATGCCAACAAAGGT;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=51748714;WS=51748696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	51904461	rs35286005	C	CTTTA	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.52;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	51904498	rs3753057	G	A	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=6;PP=663;SC=TGGCTATTCAGTTCTTAATAA;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=51904506;WS=51904488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	52551716	rs3737477	C	T	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=47;PP=1432;SC=ACTCAACTGCCTTAGGTGCTT;SOR=1.771;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=70;WE=52551724;WS=52551706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr18	52555398	rs4343367	G	A	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=40;PP=1236;SC=CTGCTGTTCAGCAAATGGAGC;SOR=1.068;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=72;WE=52555406;WS=52555388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr18	52571434	rs4801109	T	C	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=2;PP=317;SC=TTTGTTTGATTTTCTGAAATG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=52571442;WS=52571424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	52571741	rs4801110	C	T	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=431;SC=ATACTATTCACATCAAATCTG;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=52571749;WS=52571731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	52575002	rs1944382	G	A	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr18	52585071	rs138785518	GACACACACACAC	GACAC,G	1109.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5348,0.4652;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=6,6;NR=7,7;PP=727,7;SC=CACGTGCACAGACACACACAC;SOR=1.426;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13,13;WE=52585090;WS=52585061;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:28
chr18	52586691	rs8090983	A	G	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=228;SC=GCCCTCCTACACACTCTACTG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=52586699;WS=52586681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	52608329	rs8087479	C	A	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=31;PP=1027;SC=AGAAGGAAAACAAAACCATTT;SOR=0.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=52608337;WS=52608319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr18	52610147	.	G	A	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=262;SC=TAGCAGAAAAGCTATAAATCA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=52610155;WS=52610137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	52895531	rs8766	T	C	3473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=58;NR=64;PP=1643;SC=GGGGAGGCTCTGAGGACACCT;SOR=0.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=58;TCR=64;TR=122;WE=52895539;WS=52895521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr18	52895657	rs10221362	C	T	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=18;PP=489;SC=GGCAGCAATGCACTCTTCTTG;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=52895665;WS=52895647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	52921606	rs1539950	C	T	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=105;SC=ATGGGCTCATCGTATGTTAAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=52921614;WS=52921596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	52921673	rs1539951	T	C	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=4;PP=256;SC=AGTATCTATATCTGAAATTCT;SOR=1.402;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=17;WE=52921681;WS=52921663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	52922000	rs62092442	T	C	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=116;SC=ACAAGTAAAATTTTAGTCGAC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=52922008;WS=52921990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	52942827	rs1788027	G	A	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	53070914	rs17522826	G	A	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr18	53131202	rs143184224	TGTGTGTGA	T	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5187;FS=6.264;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=7;PP=920;ReadPosRankSum=1.489;SC=TGTGTGTGTGTGTGTGTGAGA;SOR=0.061;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=11;WE=53131217;WS=53131192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr18	53131488	rs3760600	C	A	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=50;SC=AACCAGGCACCGGGCTACCAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=53131496;WS=53131478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr18	53302845	rs610362	C	T	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=10;PP=600;SC=TAGAAACTACCGTTATGTTTG;SOR=1.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=32;WE=53302853;WS=53302835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr18	54283362	.	CAAA	CAA,C	43	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5886,0.4113;HP=15;HapScore=3;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2,2;NR=2,2;PP=43,5;QD=11.5;SC=GACTCTGTCTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4,4;WE=54283372;WS=54283359;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.80:5
chr18	54293843	rs11664091	C	T	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=10;PP=348;SC=GACAGAGTCTCACTCTGTCGG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=54293851;WS=54293833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	54339818	rs568078	C	G	3901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr18	54339977	rs566956	A	G	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=21;PP=582;SC=TATAGTCCCCAAATGATGCTT;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=54339985;WS=54339967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	54346482	rs683248	T	G	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=8;PP=711;SC=GTCTTCTATTTTACTATGGCT;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=54346490;WS=54346472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	54346510	rs597585	G	A	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=13;PP=1046;SC=CACTCAAATAGAAGGTTAATT;SOR=2.024;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=50;WE=54346518;WS=54346500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	54346745	rs11452823	A	AT	758.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.551;HP=11;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=426;ReadPosRankSum=-0.264;SC=GTAGCGAGGTATTTTTTTTTT;SOR=0.320;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=26;WE=54346753;WS=54346735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,39:0.93:42
chr18	54346804	rs525682	T	G	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=528;SC=TAAATCTAAATGTAGATATTT;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=54346812;WS=54346794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	54348514	rs605067	C	T	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr18	54348650	rs474607	T	C	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=19;PP=571;SC=TGACTCTAAGTACAAACTATT;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=54348658;WS=54348640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	54353382	rs609195	A	T	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=443;SC=TTATTTTTTGATAATTTTCTT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=54353390;WS=54353372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	54354074	rs1943016	C	T	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=9;PP=473;SC=TTTTACAAATCTTTCTTTTCA;SOR=1.077;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=28;WE=54354084;WS=54354064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	54354076	rs5825199	T	TTC	2432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=9;PP=806;SC=TTACAAATCTTTCTTTTCAGG;SOR=1.118;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=18;WE=54354084;WS=54354064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr18	54354239	rs576095	T	C	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=19;PP=589;SC=AGCTGTATTTTTATCCTTCAA;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=54354247;WS=54354229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	54359062	rs2110414	G	A	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=8;PP=197;SC=AAATTCTTGAGGTGTCATTTA;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=54359070;WS=54359052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	54363747	rs1468742	A	G	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	54448778	rs2302845	G	A	2464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=44;NR=38;PP=1265;SC=GAGAAGCCGCGCAGGCCCTGC;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=82;WE=54448786;WS=54448768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr18	54694452	rs3745033	C	T	5552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=112;PP=2965;SC=TGCTGCCTGCCGCCGTGACTG;SOR=1.043;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=88;TCR=112;TR=200;WE=54694460;WS=54694442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr18	55019963	.	T	TCA	592.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.46;ReadPosRankSum=1.245;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr18	55027212	rs1942964	T	G	3264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.92;ReadPosRankSum=1.840;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,130:0.99:131
chr18	55143589	rs618953	A	G	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=7;PP=626;SC=ATCTCTTTGTACAACTTTGTC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=55143597;WS=55143579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	55240455	rs577152	T	C	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr18	55253710	rs317815	G	A	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr18	55287739	rs388644	A	C	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	55288007	rs389031	G	A	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=20;PP=499;SC=AGGTCCATAAGTAATTAATAT;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=55288015;WS=55287997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	55288879	rs368935	A	G	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=43;PP=2231;SC=CCGAAACCCGACTGGAGCAGA;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=66;TCR=43;TR=109;WE=55288887;WS=55288869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr18	55317676	rs222581	C	T	3867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr18	55335366	rs28424873	G	T	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=57;NR=48;PP=1829;SC=CAAGAGGGATGGCCCTTTCAG;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=105;WE=55335374;WS=55335356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr18	55335495	rs317844	A	G	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=24;PP=1132;SC=GATGCAGAAGAATGTGCTGGA;SOR=0.836;Source=Platypus;TCF=27;TR=51;WE=55335503;WS=55335485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr18	55335550	rs28473343	A	C	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=33;PP=1637;ReadPosRankSum=-0.613;SC=CCGTCCAAAGAAACAGTGTTT;SOR=0.353;Source=Platypus;TCF=52;TR=83;WE=55335558;WS=55335540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,97:0.99:98
chr18	55335786	rs10639378	T	TAAAAAAA	439.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=36.64;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	55352436	rs319459	G	A	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr18	55352470	rs143958246	TTTA	T	2432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=28;PP=1410;SC=GGCTAAAATATTTATTATCTG;SOR=1.739;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=55352480;WS=55352460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	55362532	rs319443	T	G	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=37;PP=1307;SC=TTATCTAGTCTGTTATTGGGT;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=69;WE=55362540;WS=55362522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr18	55362816	rs319442	G	A	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=267;SC=TGAGTTCAAAGTGGAAGTTAA;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=14;WE=55362824;WS=55362806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	55364830	rs319439	G	A	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=7;PP=945;SC=TTTAAATCAGGCCCATCGAGA;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=55364838;WS=55364820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	55364852	rs319438	A	G	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=16;PP=1047;SC=ACACTTACCCATCCAGTTCTG;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=60;WE=55364860;WS=55364842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr18	55397512	rs319432	T	G	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=7;PP=662;SC=TAGAAAGCCTTCAAGGGCAGA;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=55397520;WS=55397502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	55397624	rs33964473	GATA	G	4987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=37;PP=2791;SC=AGAACACTATGATAATGATTT;SOR=0.881;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=58;WE=55397634;WS=55397614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr18	55397674	rs319433	G	C	3463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=46;PP=1733;SC=TAGAATTTTAGGGAACACCAT;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=66;TCR=46;TR=112;WE=55397682;WS=55397664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr18	55397871	rs319434	T	C	4290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr18	55398604	.	TAT	CAC	276	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=76;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=5;NR=3;PP=276;QD=41.1834843578;SC=TATATATATATATACACACAC;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=55398614;WS=55398594;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	55398756	rs651867	T	C	3238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr18	55832896	rs564442	C	T	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=408;SC=TGCTTATGCTCGAATTGATTT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=55832904;WS=55832888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	56008827	rs4149611	CGTT	C	3118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=15;PP=1873;SC=TTGCTGTTTGCGTTGTTGTTT;SOR=1.745;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=40;WE=56008837;WS=56008817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr18	56024396	rs201044327	ATT	A	2399.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;QD=23.53;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,93:0.91:102
chr18	56037849	rs2075405	A	G	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=24;PP=618;SC=TGAAAAGTTCATTGATCTAAT;SOR=3.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=56037857;WS=56037839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	56040649	rs1943994	T	C	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=42;PP=1328;SC=GCAGCACCTTTTTGTCATGCC;SOR=1.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=56040657;WS=56040639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr18	56054616	rs5825274	AT	A	644.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.93;MQRankSum=0.706;QD=14.33;ReadPosRankSum=-1.360;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,41:0.91:45
chr18	56054651	rs5825275	GT	G	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.59;MQRankSum=-1.050;QD=0.62;ReadPosRankSum=-1.511;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,15:0.21:70
chr18	56056502	rs2277718	G	A	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=18;PP=522;SC=CTCCATTGTGGTCTGACTTCA;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=56056510;WS=56056492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	56149048	rs3744867	A	G	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=19;PP=1268;SC=TAGGTTACCCAGGGACGTTAG;SOR=1.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=70;WE=56149056;WS=56149038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr18	56149099	rs7240666	T	C	5014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=103;NR=66;PP=2813;SC=GCCTTCTTTATTGTCATAGAG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=103;TCR=66;TR=169;WE=56149107;WS=56149089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr18	56149276	.	G	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=617;ReadPosRankSum=-0.676;SC=TTGTACCTGTGAGTTTGGGTG;SOR=0.791;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=37;WE=56149284;WS=56149266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr18	56182145	rs59425126	A	G	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=1;PP=173;SC=CACTTGCCCTACTGTTCCTTC;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=56182153;WS=56182135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	56182174	rs7505023	T	C	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=3;PP=389;SC=TCGTCCCTCCTAGTCCCCAAC;SOR=2.066;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=56182182;WS=56182164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	56184325	rs374271622	C	T	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.622;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,53:0.27:198
chr18	56191351	rs7228617	C	T	202.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=163;SC=TGCATTTTTTCCTAATATACT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=56191359;WS=56191341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	56196451	rs7236563	C	T	2661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=51;PP=1669;SC=CAGCTTGGATCTTTTTCAGTA;SOR=1.214;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=86;WE=56196459;WS=56196441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr18	56202059	rs10469211	A	G	4589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=57;PP=2739;SC=CAGCAACAGAACCTCACCTCT;SOR=1.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=91;TCR=57;TR=148;WE=56202067;WS=56202049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr18	56202418	rs10469212	T	C	5166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=87;NR=80;PP=2965;SC=CCTGCAGTAATTTAGGGGCTT;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=87;TCR=80;TR=167;WE=56202426;WS=56202408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr18	56202768	rs3809983	C	A	5119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=77;PP=2965;SC=CCAAGAGAAGCGTGAGTCATT;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=86;TCR=77;TR=163;WE=56202776;WS=56202758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr18	56202982	rs3826594	A	T	4432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=79;PP=2591;SC=GAATTTGTTCAGCCTCCTGCT;SOR=0.834;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=72;TCR=79;TR=151;WE=56202990;WS=56202972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr18	56203074	rs3809982	G	A	3009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=44;PP=1816;SC=AAAATGGCCGGCTGGATTTCC;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=95;WE=56203082;WS=56203064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr18	56203120	rs3809981	C	T	2878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=33;PP=1613;SC=TTGATTGACCCCCTTCTCTGG;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=87;WE=56203128;WS=56203110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr18	56203411	rs3809980	G	C	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=49;PP=1745;SC=CCAGGAGTCTGGGTTGGCTGA;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=101;WE=56203419;WS=56203401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr18	56203447	rs3809979	A	G	3379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=48;PP=1948;SC=GACTTCTCCAATGTACACTGA;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=103;WE=56203455;WS=56203437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr18	56203891	rs3809978	G	T	5429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.14;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr18	56203898	rs3809977	T	G	5258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.57;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr18	56204250	rs3809976	A	C	5888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=109;NR=78;PP=2965;SC=ATATGATCCAACTGCACTTGG;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=109;TCR=78;TR=187;WE=56204258;WS=56204240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr18	56204387	rs67925233	ACAGTTGATGTGTCCT	A	7698.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=62;PP=2933;SC=GGCAATGGTAACAGTTGATGT;SOR=0.938;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=83;TCF=17;TCR=66;TR=79;WE=56204418;WS=56204377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr18	56204410	rs55910046	C	T	7876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=73;PP=2950;SC=CCTCAGTCTCCCTGGTCGCTT;SOR=0.988;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=65;TCR=73;TR=138;WE=56204418;WS=56204377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr18	56204671	rs4940404	A	T	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=21;PP=912;SC=GGTAGGTGGAATTCTCCACCT;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=54;WE=56204679;WS=56204661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr18	56204747	rs3826593	G	A	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=17;PP=974;SC=GAAAGTACTGGTAAAAAGAGG;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=56204755;WS=56204737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr18	56204932	rs3809973	T	G	6236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=109;NR=92;PP=2965;SC=GAGGCGAATATTTATCAACTG;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=110;TCR=93;TR=201;WE=56204953;WS=56204922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr18	56204945	rs3809972	C	G	6483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=113;NR=101;PP=2965;SC=ATCAACTGGTCTCCCAACAAG;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=114;TCR=101;TR=214;WE=56204953;WS=56204922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr18	56204977	rs3809971	C	T	7043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=102;PP=2965;SC=TATCAAAACACGTTCCTTGGT;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=132;TCR=102;TR=233;WE=56204999;WS=56204967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr18	56204991	rs3809970	C	T	7080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=135;NR=104;PP=2965;SC=CCTTGGTCACCAGCCTCAAAA;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=240;TCF=135;TCR=105;TR=239;WE=56204999;WS=56204967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr18	56205262	rs12103986	A	C	10101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=3.114;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.51;ReadPosRankSum=-0.742;SOR=0.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,380:1.00:381
chr18	56205481	rs9962203	G	A	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=26;PP=751;SC=AGTGATATTAGTAGAATTGTT;SOR=1.480;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=56205489;WS=56205471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	56205551	rs9962964	C	T	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=220;SC=CCTCAATGACCGTAATAATGG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=56205559;WS=56205541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	56245965	.	G	GACACACACACACACAC	168.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=168.87;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1:1.00:1
chr18	56274514	rs6566986	A	G	3506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.40;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr18	56279025	rs6566987	T	G	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.94;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	56383323	rs9959997	T	C	143.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=5;PP=127;SC=AAATGTTTTATTTTTTTGTAT;SOR=1.981;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=56383331;WS=56383313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	56400826	rs28740963	T	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=480;SC=CTAATCTTTATTAAAGAATTG;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=56400834;WS=56400816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	56401523	rs35049034	C	T	7765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr18	57000303	rs2298712	G	A	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=34;NR=10;PP=784;SC=AATTATAAAAGGAAAAGGAAA;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=57000311;WS=57000293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	57000518	.	G	GT	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=0.593;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr18	57115133	rs3809990	T	C	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=264;SC=CTGGAGAACATTGTCCAGGCC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=57115141;WS=57115132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	57134152	rs4940876	A	G	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=10;PP=321;SC=AGAGAATACTAAGTTTCTGAG;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=57134160;WS=57134142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	57136869	rs632899	A	G	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=13;PP=442;SC=GCTCACATCAACTACAGGAGG;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=57136877;WS=57136859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	57136902	rs663452	C	A	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=11;PP=298;SC=CTGGCCCTGGCCTGGAAAGGA;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=57136910;WS=57136892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	57136943	rs650033	G	A	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=10;PP=239;SC=TCAAGGGCACGTGTGAAGTGT;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=57136951;WS=57136933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	57364089	rs3114280	G	C	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=11;PP=236;SC=GCGTACGCGGGGCAGACTCCG;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=57364097;WS=57364079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr18	59166541	rs12964819	C	T	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=28;NR=19;PP=692;SC=AGAGGCTCGACCGAGAGGAAA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=47;WE=59166549;WS=59166531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr18	59166762	rs113925343	TAC	TACAC,T	368.74	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002,0.4917;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.993;NF=2,2;NR=5,5;PP=265,5;ReadPosRankSum=-0.749;SC=CCTATATATATACACACACAC;SOR=0.458;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=7,7;WE=59166771;WS=59166752;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.72:18
chr18	59170304	rs595093	C	G	3105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr18	59206197	rs5825446	C	CT	2185.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=18;PP=958;SC=AACCATTACTCTTTTTTTTCT;SOR=1.533;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=39;WE=59206205;WS=59206187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr18	59206480	rs11875000	C	T	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=32;PP=922;SC=ACTCCAGAAACGAACAGTTCA;SOR=1.565;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=59206488;WS=59206470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr18	59212511	rs5825448	AT	A	302.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=6.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.11;ReadPosRankSum=0.932;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,22:0.88:25
chr18	59217405	rs145451234	G	C	4567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=82;PP=2748;SC=CATGCTCCCAGTCAGTTTGAG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=68;TCR=83;TR=150;WE=59217413;WS=59217395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr18	59768375	rs17714063	A	G	4982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr18	59770033	rs12326381	C	T	3267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=40;PP=1724;SC=TGACCTGTAACAGATGTACCA;SOR=1.170;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=72;TCR=40;TR=112;WE=59770041;WS=59770023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr18	59772926	rs17714262	G	A	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=15;PP=432;SC=TATCATTAGTGTTTCACAGAC;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=59772934;WS=59772916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	59774037	rs9319997	C	T	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr18	59774186	rs2840359	T	C	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=22;PP=850;SC=ATAAAAGAAATTTGCAAATGT;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=48;WE=59774194;WS=59774176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	59780424	rs17714875	A	G	3896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=50;PP=2213;SC=TGATCAACAAAGAGGCATAAG;SOR=0.904;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=73;TCR=50;TR=123;WE=59780432;WS=59780414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr18	59781592	rs71902463	C	CAA	275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.57;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr18	59781955	rs13381633	A	T	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=4;PP=70;SC=TAAAAAACAAAGATAGTGAAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=59781963;WS=59781945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	59805532	rs9959632	T	C	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=19;PP=642;SC=TCATTTTCACTTGGGAACCAA;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=59805540;WS=59805522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	59807547	rs55951317	T	TA	41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=1;PP=51;SC=AGACCCCATCTAAAAAAAAAA;SOR=3.258;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=59807555;WS=59807537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	59807604	rs55715769	G	A	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=5;PP=246;SC=TTTACTGTGCGATAGTTTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=59807612;WS=59807594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	59807796	rs56189211	A	T	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=8;PP=239;SC=TATTTTGGAAAATAACCATGA;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=59807804;WS=59807786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	59810563	rs34227891	A	G	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=20;PP=562;SC=GCCTCTTCCAATTCTCCAATC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=38;WE=59810571;WS=59810553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	59813265	rs61751989	A	T	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=35;PP=1080;SC=GAACCTACAAATAAGATATAA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=63;WE=59813273;WS=59813255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	59814268	rs9320000	G	A	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr18	59814324	rs9320001	G	C	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	59815284	rs7243994	G	C	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=53;SC=TGATTTAAACGACTATATTGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=59815292;WS=59815274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	59821949	rs11659731	G	A	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=17;PP=428;SC=TAAAATATGAGCTAGTCATTC;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=59821957;WS=59821939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	59824209	rs1021952	A	T	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=645;SC=GGAAAAAAAAATACTGTAATT;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=59824217;WS=59824200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	59824490	rs1021953	A	T	3505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=70;PP=2138;SC=AGTAATAGTTATATACACATG;SOR=1.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=47;TCR=70;TR=117;WE=59824498;WS=59824480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
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chr18	59855291	rs17644012	C	T	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=23;PP=611;SC=TGTCACACTCCGGCAGGGTAT;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=59855299;WS=59855281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr18	59942746	.	A	AT	922.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=6.320;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=15.38;ReadPosRankSum=-1.065;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,53:0.88:60
chr18	59946943	rs10515985	G	A	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=9;PP=1148;SC=CCTTCTTCCCGTGGCGCACTG;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=57;WE=59946951;WS=59946933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	59947118	rs2980981	G	A	5816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=93;PP=2965;SC=TTTTATATTCGGCATCCCTTT;SOR=0.918;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=94;TCR=93;TR=186;WE=59947126;WS=59947108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr18	59947988	rs1506325	G	A	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=29;PP=843;SC=TATTGATGTGGTCATGATACA;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=62;WE=59947996;WS=59947978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr18	59954765	rs1567038	G	T	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=50;PP=1463;SC=AACTTGGTTGGTAAAGATTGA;SOR=1.423;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=79;WE=59954773;WS=59954755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr18	60025458	.	G	GT	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=4.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=-2.659;SOR=1.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,41:0.28:147
chr18	60036083	rs8092336	A	G	3862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=55;PP=2123;SC=GTCAGGGCACATGTGTAGGAG;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=74;TCR=55;TR=129;WE=60036091;WS=60036073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr18	60190786	.	C	CG	61	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=0.9998;HP=5;HapScore=2;MMLQ=24;MQ=65.19;NF=1;NR=1;PP=61;QD=36.5;SC=ACTGCCGCCCCCCGCCGCCGC;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=60190794;WS=60190776;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr18	60191428	rs7229802	G	A	5083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
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chr18	60237388	rs8096750	A	G	2760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr18	60241732	rs3744926	C	T	5335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=106;NR=72;PP=2965;SC=GTAGTACTCCCGCTTTGCATC;SOR=1.018;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=106;TCR=73;TR=178;WE=60241740;WS=60241722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr18	60243700	.	C	A	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=27;PP=1537;SC=TTTGTGATGACGTTTGCTTGT;SOR=1.374;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=61;TCR=27;TR=88;WE=60243708;WS=60243690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr18	60243876	rs11557713	G	A	4889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr18	60382986	.	CCGGCGGCCGCCGCTGCGGCAGCAGCAGCAGCAGCGGCGGCCG	C	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=2.046;SOR=1.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,7:0.15:47
chr18	60491364	rs34639796	CA	C	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=14.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.204;SOR=0.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr18	60493391	rs35765989	G	GT	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.14;ReadPosRankSum=2.509;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr18	60612536	rs525092	T	G	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=40;PP=1326;SC=ACTCTAAGCTTCAGGTCGGCA;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=80;WE=60612544;WS=60612526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr18	60630531	rs547690	T	C	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=17;PP=741;SC=TTTTATTTCTTGGATAAAGGT;SOR=1.094;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=60630539;WS=60630521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr18	61022556	rs72946535	C	T	3960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr18	61060873	rs898890	G	A	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=344;SC=ATGTATAATAGTTTTGTATGT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=61060881;WS=61060863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	61066463	rs2276317	A	G	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr18	61067959	rs952245	T	C	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=43;PP=1041;SC=TTTAGAAAAATGTCATGAGAA;SOR=1.143;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=79;WE=61067967;WS=61067949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr18	61078888	rs11383277	G	GT	541.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.636;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.821;SOR=1.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,39:0.83:47
chr18	61154043	rs34587228	T	C	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=17;PP=954;SC=GTGCTGAGGTTGAGGAGCCTT;SOR=1.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=54;WE=61154051;WS=61154033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr18	61154388	rs2271254	C	T	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=239;SC=GTTAGACCTACAACTTTTTTT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=61154396;WS=61154378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	61156606	rs12454742	G	C	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr18	61160287	rs2289519	T	C	7086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=116;NR=126;PP=2965;SC=GAAGAAATTTTCTGAATCAGA;SOR=0.905;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=243;TCF=116;TCR=127;TR=242;WE=61160295;WS=61160277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr18	61160385	rs2289521	T	C	3138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=61;PP=1843;SC=TGAAAAATGATAGGGACAGAG;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=98;WE=61160393;WS=61160375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
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chr18	61166273	rs12458191	C	T	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.23;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr18	61254525	rs3216123	A	AT	1874.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.318;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.324;NF=24;NR=30;PP=1276;ReadPosRankSum=0.927;SC=TTGGGCATAGATTTTTTTTAA;SOR=0.697;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=54;WE=61254533;WS=61254515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,82:0.96:85
chr18	61256117	rs77936810	GC	G	380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=321;SC=AATTCATTTGGCGGGGGGGTT;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=61256125;WS=61256107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	61261515	rs11152394	T	C	4896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=53;PP=1587;SC=CAAGTCCATCTGCATCATATT;SOR=1.112;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=105;TCF=50;TCR=55;TR=103;WE=61261523;WS=61261505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr18	61261540	rs11152395	T	C	5144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=45;PP=1665;SC=ATACATATTATTTGTCATTTG;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=95;WE=61261548;WS=61261530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
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chr18	61264468	rs1020693	C	T	9933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=194;NR=149;PP=2965;SC=CAGCTGCCACCGGCATAGGCT;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=344;TCF=194;TCR=150;TR=343;WE=61264476;WS=61264458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr18	61271065	rs7229459	G	A	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr18	61323259	rs150069636	A	T	5398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=93;PP=2965;SC=AAACTTGTCCATTCCATCAAT;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=89;TCR=94;TR=181;WE=61323267;WS=61323249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr18	61325905	rs7228687	T	G	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr18	61326505	rs8089032	T	A	3544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=79;NR=40;PP=2192;SC=AACGGAGCTATTGCACTCTGA;SOR=1.519;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=121;TCF=79;TCR=42;TR=119;WE=61326513;WS=61326495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr18	61326597	rs8085479	A	C	10194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.61;QD=45.31;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr18	61326602	rs8085482	A	G	10294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.61;QD=45.35;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr18	61326609	rs8089201	T	G	10166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.61;QD=44.79;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr18	61326628	rs11370831	A	AT	6962.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=85;PP=2936;SC=GCCAGGTGAAATTACCTGTAA;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=23;TCR=87;TR=107;WE=61326636;WS=61326618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr18	61328260	rs146226385	G	C	5527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.99;NF=110;NR=77;PP=2965;SC=ACTGCAACAGGACAACATAAT;SOR=0.996;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=112;TCR=78;TR=187;WE=61328268;WS=61328250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr18	61377579	rs1395268	A	C	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=53;PP=1709;SC=GGAGAGACTGAAGAGCAATTG;SOR=1.321;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=86;WE=61377587;WS=61377569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr18	61383181	rs8087185	A	C	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=0;PP=154;SC=TTTTCTCTGCATTAGAATTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=61383189;WS=61383171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	61387993	rs12607732	T	C	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=179;SC=ATCCGTGTTATGCAAGGTAAT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=61388001;WS=61387983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	61388269	.	AAC	A	54	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=54;QD=21.3333333333;SC=TGTGCATGTTAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=3;WE=61388278;WS=61388259;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr18	61390316	rs1395265	C	A	3519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=45;PP=2053;SC=ACACCTCCCCCGATTCAAACT;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=71;TCR=45;TR=116;WE=61390324;WS=61390306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr18	61390332	rs1395266	C	T	3254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=41;PP=1937;SC=AAACTTGAAACTAAGTATGAG;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=64;TCR=41;TR=105;WE=61390340;WS=61390322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr18	61390361	rs1395267	T	C	3259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=47;PP=1996;SC=CCTGTTAAAATCTCTAGGGGT;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=63;TCR=47;TR=110;WE=61390369;WS=61390351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr18	61390570	rs953695	T	G	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.04;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr18	61390649	rs953696	C	T	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=27;PP=779;SC=TGGGGTTGAGCAAGGCTCAGA;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=61390657;WS=61390639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	61391228	rs2089318	T	C	2453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr18	61391323	rs147160513	CTCT	C	2250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.28;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	61391449	rs144614464	C	CTCTTCT	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.72;ReadPosRankSum=0.979;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr18	61391505	rs144622175	CTCT	C	2894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.01;QD=35.74;SOR=1.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr18	61391697	rs12326861	A	G	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=68;PP=1870;SC=TATACTCAGGATAACATGGAG;SOR=1.945;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=27;TCR=69;TR=95;WE=61391705;WS=61391687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr18	61393442	rs9965604	T	C	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=5;PP=320;SC=CCAACCCAAATCCACAGAAGG;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=61393450;WS=61393432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	61393644	rs1893563	T	A	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=22;PP=718;SC=CTGCTATTTCTGACTCCTAAG;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=61393652;WS=61393634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	61394300	rs8097334	C	T	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr18	61394403	rs8098025	A	G	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=46;PP=1541;SC=ACCAGAGGCAACCACACCCTC;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=91;WE=61394411;WS=61394393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr18	61394522	rs6567386	A	G	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=334;SC=TAGTCCTTGGACAGGTCATTC;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=61394530;WS=61394512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	61650865	rs11537989	G	A	3525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr18	61654297	rs3169983	A	G	4971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=66;PP=2494;ReadPosRankSum=-1.258;SC=TGGAATGTCAACTGAGAAGAA;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=93;TCR=67;TR=158;WE=61654305;WS=61654287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,189:0.99:191
chr18	61654463	rs3826616	A	G	2488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=41;PP=1356;SC=TTCATCAGGCACCACAAAACC;SOR=0.953;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=79;WE=61654471;WS=61654453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr18	63477317	rs11332924	GA	G	387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.03;MQRankSum=1.539;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.854;SOR=1.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr18	63489378	rs8097752	C	T	4911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=66;PP=2715;SC=ATTTGCTTGTCATTCAGGCAA;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=95;TCR=66;TR=161;WE=63489386;WS=63489368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr18	63511410	rs145270355	G	GATTTATATATAT	264.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=193;SC=ATAAAAACCAGATATATATAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=63511418;WS=63511400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	63530016	rs2291343	A	G	7497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=111;PP=2965;SC=AGCAGCACCAACACCCTCACC;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=123;TCR=111;TR=234;WE=63530024;WS=63530006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr18	63530140	rs17711596	C	T	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=50;PP=1412;SC=TCGCCTGTGTCTTGACATTAT;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=76;WE=63530148;WS=63530130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr18	64176365	rs1055335	G	T	3198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr18	66367607	rs72955911	A	G	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.18;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr18	66367726	.	T	TA	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.868;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=4.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=2.471;QD=0.76;ReadPosRankSum=-2.406;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,15:0.22:69
chr18	66503897	rs66538157	CAAA	C	302.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=23.29;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,10:0.77:13
chr18	66504093	rs485613	A	C	6016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=82;PP=2965;SC=ACATGGTGGCACCTGCCTCAC;SOR=0.816;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=107;TCR=82;TR=189;WE=66504101;WS=66504083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr18	66504459	rs572020	A	T	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr18	66511027	rs9962597	C	T	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=1;PP=24;SC=AATATACATCCCAATTATAAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=66511035;WS=66511017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	66511207	rs33926572	TA	T	120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.25;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	66513235	rs12959654	G	A	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=4;PP=155;SC=ATCCTCCTATGTAAGAGAATA;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=66513243;WS=66513225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	66513256	rs8088575	A	G	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.42;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	66513471	rs1954878	C	G	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=383;SC=TAGGAAAATGCCTATAAAATT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=66513479;WS=66513461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	66513662	rs1977942	T	C	3363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr18	66513749	rs1970675	T	C	2661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=50;PP=1588;SC=GCACAACAGATAAGAGGAAGG;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=90;WE=66513757;WS=66513739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr18	66513840	rs1970674	C	A	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=17;PP=428;SC=AATTCAGACTCTATGACATCT;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=66513848;WS=66513830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	66678131	rs7234663	A	G	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=1;PP=305;SC=TTTTATCAGAATAGACTATAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=66678139;WS=66678121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	66678453	rs930164	A	G	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=148;SC=ATAAATATTCATATCTTAATG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=66678461;WS=66678443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	67345034	rs8099030	T	C	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=32;PP=1104;SC=GGCTCAATGATATCAGCCTTG;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=65;WE=67345042;WS=67345024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr18	67365585	rs4581806	A	G	5820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=122;NR=93;PP=2965;SC=TCGTATGGCCATAGACACTCA;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=123;TCR=93;TR=215;WE=67365593;WS=67365575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr18	67365668	rs4426448	A	G	6831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=113;NR=130;PP=2965;SC=TTATGCCTACACCAAACCTGG;SOR=0.890;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=246;TCF=116;TCR=130;TR=243;WE=67365676;WS=67365658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr18	67365815	rs75985402	G	A	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=20;PP=497;SC=CGTGGTTCACGTTTGAGTCAG;SOR=3.180;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=24;WE=67365823;WS=67365805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	67531642	rs763361	T	C	7178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=127;NR=119;PP=2965;SC=GTAGGTTGACTGGTAGAGATG;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=127;TCR=119;TR=246;WE=67531650;WS=67531632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr18	67563309	rs1630425	A	C	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=29;PP=886;SC=ATGATTAGATACAGGTTGTCA;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=50;WE=67563317;WS=67563299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr18	67563348	rs1788115	T	C	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	67613926	rs10782036	A	G	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	67614674	rs3214811	T	TA	676.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.717;QD=14.10;ReadPosRankSum=-1.677;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,40:0.83:48
chr18	67718688	rs4891392	A	G	5040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=78;PP=2750;SC=CACGGTAACAAACGGGAGTGT;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=84;TCR=78;TR=162;WE=67718696;WS=67718678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr18	67724802	rs12968602	A	G	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=178;SC=TCTCTTTTCTAACATCCAGAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=67724810;WS=67724798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	67726975	rs11876398	A	G	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=410;SC=GAGCCTAAAAAAGAATAAAGC;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=67726983;WS=67726965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	67727003	rs1435086	A	T	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=7;PP=496;SC=CCAGGTCACAAGAAATCTTGT;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=67727011;WS=67726993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	67733234	rs11151561	T	A	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=23;PP=698;SC=ACACACAAGATATCCTTAAAC;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=67733242;WS=67733224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	67741117	rs1369292	G	A	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	67741309	rs1369293	G	A	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=25;PP=782;SC=CGCATTACAGGAAACCAATTC;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=67741317;WS=67741299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	67742801	rs285228	G	A	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=20;PP=698;SC=GGGAAAGAAGGAGGAGACACT;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=40;WE=67742809;WS=67742791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	67759549	rs4891394	C	A	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=451;SC=ATGAAAACAACGTGAAAATGT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=67759557;WS=67759539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	67809647	rs11665653	A	C	922.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	67812773	rs11662011	G	A	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=326;SC=ACAAACTGAAGAATGTCACAT;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=67812781;WS=67812763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	67817744	rs12606964	T	C	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	67818046	rs12604751	C	T	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=156;SC=CTTCTGTTTACAATCCCATTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=67818054;WS=67818036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	67860412	rs35759421	CA	C	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.266;QD=3.15;ReadPosRankSum=3.066;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr18	67860719	rs283250	T	C	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=327;SC=ATAAAATTATTCTTTAGTAGA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=67860727;WS=67860709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	67863850	rs74941514	T	TCTC	4126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=23;PP=1506;SC=ATGCTTTCCATCTCCAAAGGC;SOR=0.760;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=27;WE=67863858;WS=67863840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr18	67871343	rs3911730	A	C	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=46;PP=1963;SC=GTTTGGTATGAGGCAGAAGAT;SOR=1.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=79;TCR=46;TR=125;WE=67871351;WS=67871333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr18	70209321	rs7237888	C	A	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=26;NR=23;PP=828;SC=CGCAGCCGCCCGGCTCGCGCA;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=70209329;WS=70209311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr18	70416367	rs35742923	C	CA	1742.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.672;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=43;PP=1293;ReadPosRankSum=1.498;SC=ACTATTTGCACAAAAAAATAT;SOR=1.708;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=45;WE=70416375;WS=70416357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,73:0.97:75
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chr18	70532185	rs71924600	TA	T	456.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=237;ReadPosRankSum=1.454;SC=GCTTTTCTGTTAAAAAAAAAA;SOR=1.162;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=22;WE=70532194;WS=70532175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,31:0.91:34
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chr18	70532977	rs10163845	A	G	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=7;PP=169;SC=CAGACTGTGGAGGAGGAGAAT;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=70532985;WS=70532967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	71815050	rs77229530	C	A	5383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=96;NR=88;PP=2844;SC=CAGGACCGCGCCAGGGCTGAA;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=184;TCF=96;TCR=88;TR=184;WE=71815058;WS=71815040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
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chr18	71930844	rs2032264	C	G	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=136;SC=CTAACTTGTCCATAAATGTGG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=71930852;WS=71930824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	72021717	rs12606060	T	C	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr18	72109174	rs1559805	C	A	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=28;PP=1641;SC=CCAGCCCTGGCGGACTCTCAT;SOR=1.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=80;WE=72109182;WS=72109164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr18	72113730	rs3861310	A	G	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=41;NR=18;PP=953;SC=CTGCAGAAGCAACAGTAGTTT;SOR=1.574;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=59;WE=72113738;WS=72113720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr18	72114455	rs8087020	C	T	5445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=93;PP=2965;SC=AACAGCAGCTCTCCCGCCACA;SOR=0.784;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=187;TCF=91;TCR=96;TR=184;WE=72114463;WS=72114445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr18	72180723	rs2241511	G	A	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=2;PP=823;SC=TCCTGGGGTCGGTGCAGGAAA;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=33;WE=72180731;WS=72180713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	72186059	rs733062	G	A	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=23;PP=1233;SC=GACCTTGAACGCGGGCTTGCT;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=69;WE=72186067;WS=72186049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr18	72223591	rs10663835	G	GTGC	5482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.001;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=2406;ReadPosRankSum=-0.330;SC=CCTGCTGGCTGTGCTGCTGCT;SOR=0.328;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=46;WE=72223599;WS=72223581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,126:0.97:130
chr18	72228124	rs4263028	A	G	5341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=86;PP=2763;SC=AATACCTCCCATCATCCTGGC;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=91;TCR=86;TR=177;WE=72228132;WS=72228114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr18	72229167	rs9319909	C	G	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr18	72234337	rs4891562	A	C	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=108;SC=CCATGATTCAATTACCTCCCC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=72234345;WS=72234327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	72234635	rs12960862	C	T	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=27;PP=816;SC=CAATCACTTACGGAACCCGGG;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=72234643;WS=72234625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	72238283	rs4892244	A	G	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	72245660	rs141377822	A	AG	3541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=47;PP=2347;SC=CTACCATTGGAGTATCATTTT;SOR=1.298;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=53;TCF=5;TCR=48;TR=51;WE=72245668;WS=72245650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr18	72264397	rs7505285	A	C	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.39;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	72264406	rs7505289	A	G	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.42;SOR=1.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	72264473	rs7505334	C	T	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr18	72343008	rs7243081	T	C	3923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=80;NR=51;PP=1896;SC=CCGAAAATGATGAGGATGAAA;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=80;TCR=51;TR=131;WE=72343016;WS=72342998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr18	72344238	rs17817969	C	T	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr18	72344509	rs7227263	G	A	4685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=69;PP=2893;SC=TCCGGACTCCGGGCTGCATTC;SOR=0.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=88;TCR=69;TR=157;WE=72344517;WS=72344499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr18	72344553	rs7227391	G	A	6734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr18	72347482	rs12327359	T	C	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=39;PP=1446;SC=GAATTTATTTTTACATATTAA;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=80;WE=72347490;WS=72347472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr18	72493314	rs7228438	G	T	244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.25;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	72589044	rs183569210	G	A	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=184;SC=AGTGCTCCTCGCAGAGGCTGC;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=72589052;WS=72589034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	72593118	rs2628126	C	T	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=558;SC=GCAGAGAGGACGGCAAGACAC;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=72593126;WS=72593108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	72776121	rs3744913	G	A	5567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=107;NR=72;PP=2886;SC=TCATCGTGACGGAGGAGCTGG;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=107;TCR=73;TR=179;WE=72776129;WS=72776111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
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chr18	73130653	rs3214645	G	GTT	1236.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;QD=30.92;SOR=2.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr18	74090957	rs56087742	CG	C	4285.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=66;PP=2219;SC=GAGTGTAGGACGGGGGGGCGC;SOR=0.862;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=85;TCF=14;TCR=71;TR=80;WE=74090965;WS=74090947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr18	74091718	rs17059302	G	A	9224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=155;NR=170;PP=2965;SC=TGCAGCTGACGCGGTGCCAGA;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=327;TCF=155;TCR=172;TR=325;WE=74091726;WS=74091708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr18	74092366	rs12970367	G	A	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=21;PP=596;SC=TGTCTTCAGCGGGAGAAGCCA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=74092374;WS=74092356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	74153146	rs59762437	G	A	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr18	74208485	rs3841258	CG	C	1837.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.263;NF=8;NR=24;PP=812;ReadPosRankSum=-0.018;SC=GGCGATCAGACGGGGGGGGGC;SOR=1.078;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=32;WE=74208493;WS=74208475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,65:0.97:67
chr18	74208573	rs4891164	G	A	179.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=21;PP=600;SC=TCAGGCAGAAGGACAGGGACA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=74208581;WS=74208563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	74591992	rs5826483	G	GT	252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr18	74611127	rs608433	A	G	5018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=85;PP=2618;SC=CAAGACGAATATTCCAGTCCC;SOR=1.107;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=74;TCR=85;TR=159;WE=74611135;WS=74611117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr18	74622529	rs684192	A	G	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=322;SC=GCCCCTTTAGACATTTTAAAT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=74622537;WS=74622519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	74627577	rs537945	C	T	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=258;SC=TGGTTCCAGCCGTTTTTTCTG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=74627585;WS=74627567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	74638978	rs72985226	T	C	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=12;PP=1030;SC=ATTCTCTTTCTCTTTCTCTGG;SOR=1.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=50;WE=74638986;WS=74638968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr18	74648107	rs34003753	CGT	C	3514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=39;PP=2233;SC=CTGACAGGCGCGTGTTTCTTT;SOR=0.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=47;WE=74648116;WS=74648097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr18	74648536	rs630229	G	T	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=33;PP=947;SC=TTTATGAGATGTATTTTGACC;SOR=3.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=40;WE=74648544;WS=74648526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	74671768	rs470403	T	C	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.29;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	74680259	rs657066	C	T	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=53;PP=1834;SC=TGCAGGAGGCCGCCGGCGAGT;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=64;TCR=53;TR=117;WE=74680267;WS=74680249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr18	74680369	rs470774	C	T	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=29;PP=861;SC=TTGGAATCTCCGTTTTAAAGC;SOR=1.140;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=52;WE=74680377;WS=74680359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr18	74701984	rs470797	G	A	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	74778515	rs7241461	G	T	4576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr18	74779972	rs112846387	C	CGT	133.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=2;PP=93;SC=CCCTCCATCCCGTGTGTGTGT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=74779980;WS=74779962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	74962447	rs13306375	A	G	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=9;PP=677;SC=CCCGGCGCCTACTATCCCGCC;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=74962455;WS=74962437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	74962645	rs5374	T	C	7364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=145;NR=108;PP=2965;SC=TCGCGCTGGGTGTGCTGGGCA;SOR=0.881;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=253;TCF=145;TCR=108;TR=253;WE=74962653;WS=74962635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr18	74980498	.	GCCT	G	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=1.349;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,8:0.16:49
chr18	74980809	rs5376	G	A	5481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=102;PP=2965;SC=ACTAAAGAAAGTAAAAGTCGA;SOR=1.018;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=83;TCR=102;TR=185;WE=74980817;WS=74980799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr18	76753588	rs7240860	A	G	5489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=91;PP=2965;SC=ACTGCCGCCCACTGTCCCTGG;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=86;TCR=91;TR=177;WE=76753596;WS=76753578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr18	76753768	rs2447437	C	G	6971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.080;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.633;SC=CGGGCCGCCCCTCACTAAAGC;SOR=0.996;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=292;TCF=128;TCR=164;TR=285;WE=76753776;WS=76753758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,283:1.00:284
chr18	76754466	rs2472644	C	T	3539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=26.03;SOR=2.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr18	76829232	rs4381664	C	T	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=128;SC=AGGGCGGGGCCTAGGGACGCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=76829240;WS=76829229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	76829377	rs4502288	A	G	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.10;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	76829549	.	C	CG	960.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=465;SC=GCGGCACTGGCCCCGTTCCCC;SOR=1.528;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=76829557;WS=76829539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	76829599	rs4312374	C	T	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=151;SC=CGCAGGAACCCGGAGCCGGGC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=76829607;WS=76829589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr18	76870397	rs492657	G	A	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=19;PP=1161;SC=GAAAGAAAGAGCTGAAAGCTC;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=65;WE=76870405;WS=76870387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
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chr18	77160367	.	C	CGCCCCG	2240.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;MQRankSum=0.367;QD=23.34;ReadPosRankSum=-0.899;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,91:0.95:96
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chr18	77210909	rs55928096	G	A	3083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.12;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr18	77287385	rs451691	T	C	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=1;PP=195;SC=TGGACCAGGGTGGGACCGAGG;SOR=1.739;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=14;WE=77287393;WS=77287375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	77402305	rs56014953	C	G	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=20;PP=638;SC=ACCCCCCCCCCCCGCCCGACG;SOR=2.303;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=24;WE=77402313;WS=77402285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	77420703	rs868678	C	G	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=25;PP=968;SC=AGCTCCCTCCCGGGGTCTTTC;SOR=0.844;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=61;WE=77420711;WS=77420693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr18	77439532	rs3826573	T	C	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=38;PP=1207;SC=CCCGCCATGCTCTGTCCGCGG;SOR=1.362;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=64;WE=77439540;WS=77439522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr18	77439844	rs56006341	G	T	52.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	77440128	rs17855830	T	G	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=2;PP=67;SC=CGCGCAGTCCTCCGGGGCCTC;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=77440136;WS=77440118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	77455871	rs558700	C	T	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=14;PP=952;SC=AAGATAGCAGCGTGTGTCCGT;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=49;WE=77455879;WS=77455861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	77458037	rs2242174	T	C	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr18	77513721	rs626169	T	C	4728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=85;PP=2171;SC=GCAACGAGGATGAGGGCAGCA;SOR=1.095;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=70;TCR=85;TR=155;WE=77513729;WS=77513711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr18	77623611	rs62103176	G	C	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=2;PP=174;SC=CCCTAACGCGGTCCGTTCCTT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=77623619;WS=77623601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	77659561	rs3744886	G	T	9966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=200;NR=141;PP=2965;SC=GCCTGCCCGGGCAGGTGGTGG;SOR=0.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=343;TCF=200;TCR=143;TR=341;WE=77659569;WS=77659551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr18	77663940	rs3744881	G	A	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=156;SC=ACCAGTGCCCGCGGCTGGCGG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=77663948;WS=77663934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	77694128	rs3837882	TA	T	791.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.027;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.787;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,64:0.72:89
chr18	77703476	rs2277723	A	G	3770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=77;PP=2351;SC=CGGGAGAGACACTGTGTCAGG;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=56;TCR=77;TR=133;WE=77703484;WS=77703466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr18	77724726	rs8095764	A	C	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=20;PP=907;SC=GCCCCCGGCCAGCGGTCCACA;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=77724734;WS=77724716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr18	77896699	rs11411000	C	CA	42.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr18	77917479	rs62101564	G	A	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=3;PP=199;SC=AAGTTCTGTGGCGAAATTCTA;SOR=1.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=77917487;WS=77917469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	77921331	rs33942860	CAG	C	7582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.53;NF=15;NR=65;PP=2965;SC=CACTGACTCACAGAGTTTGAG;SOR=0.763;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=84;TCF=17;TCR=67;TR=80;WE=77921340;WS=77921321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr18	77926795	rs11275834	T	TACAAATAAC	2297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=2900;ReadPosRankSum=-0.478;SC=AATATTTTCTTACAAATAACC;SOR=0.976;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=24;WE=77926803;WS=77926785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,78:0.98:80
chr18	77926937	.	A	G	3446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=26.72;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr18	77927028	rs1879105	A	G	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=29;PP=818;SC=GAGAGCTTGCACCGGGGTGGA;SOR=1.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=77927036;WS=77927018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	107456	.	T	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=12.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.52;MQRankSum=0.162;QD=6.84;ReadPosRankSum=-1.855;SOR=0.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr19	281360	rs7815	C	T	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=8;PP=452;SC=GGACTCACAGCAGCTCCCTGC;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=281368;WS=281350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	282875	rs62103050	G	A	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=18;PP=454;SC=TCCCCGCCCCGCCCACAGAAG;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=282883;WS=282865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	287970	.	G	GT	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=14;PP=1371;SC=GGGTAAAGCTGGCCCCACCCC;SOR=0.997;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=33;WE=287978;WS=287960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	288246	rs10409452	T	C	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=249;SC=ACACCTGCCTTGGCCTGGAGG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=288254;WS=288236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	307037	rs72982402	C	T	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=316;SC=GCAAATGCCTCCCACCCTCCT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=307045;WS=307027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	311787	rs111820777	C	G	3856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=39;PP=2556;SC=GCCTGCGGACCCTGAGCCCCT;SOR=1.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=97;TCR=39;TR=135;WE=311795;WS=311777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	312026	rs60667274	C	T	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=79;PP=2539;SC=GAACAGTCAGCGGCGCCCAGG;SOR=2.415;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=114;TCF=34;TCR=80;TR=106;WE=312034;WS=312010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	312107	rs147239603	G	A	2512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=29.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=2.199;QD=34.90;ReadPosRankSum=0.213;SOR=0.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,59:0.82:72
chr19	312122	.	GCCGGGGAGAACGGTCAGCAGTGCCCAGGGCGGGGCCGCAGCGGAAGGAAGGCCCAGA	G	3071.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=14.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=2.273;QD=33.39;ReadPosRankSum=2.400;SOR=0.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,85:0.92:92
chr19	312141	.	AGT	GGC	2804	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MMLQ=19;MQ=57.52;NF=45;NR=36;PP=2804;QD=20;SC=AACGGTCAGCAGTGCCCAGGG;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=81;WE=312151;WS=312131;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,81:0.92:88
chr19	312164	.	G	A	1956	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MMLQ=23;MQ=58.28;NF=63;NR=47;PP=1956;QD=18.0979201141;SC=GGGCCGCAGCGGAAGGAAGGC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=63;TCR=48;TR=110;WE=312172;WS=312154;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,110:0.99:111
chr19	312179	.	A	G	2326	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MMLQ=16;MQ=58.54;NF=72;NR=60;PP=2326;QD=17.8846303981;SC=GAAGGCCCAGACCGCTGCTCA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=72;TCR=60;TR=132;WE=312187;WS=312169;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	312311	rs60199290	G	C	10526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.42;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr19	312313	rs58749922	A	G	10526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.37;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr19	325514	rs73916894	A	G	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=15;PP=1320;SC=CCACAGGCTCAGCTGCCCCAG;SOR=2.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=69;WE=325522;WS=325504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	327182	rs7256086	C	T	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	327260	.	T	TA	405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=1.525;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr19	327323	rs7250846	T	C	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=12;PP=388;SC=CCACTAATGATAACAACAGTA;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=327331;WS=327313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	327821	rs7257040	C	A	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=17;PP=782;SC=CAGGCCCCCCCACCTTCAGCT;SOR=1.201;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=327829;WS=327811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	328028	rs57488274	C	T	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=34;PP=1032;SC=TCAGGAGGGACGGCTCTGGGG;SOR=1.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=68;WE=328036;WS=328018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	334474	rs11084956	T	G	7654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr19	336279	rs11879189	T	G	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=16;PP=428;SC=CAGTCCCCAGTGACCAGGGAA;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=336287;WS=336269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	367313	rs585487	G	A	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=26;PP=864;SC=GAGCAACACTGAAAGACACAA;SOR=1.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=38;WE=367321;WS=367303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	371396	rs644644	G	C	1680.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=8.136;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.71;ReadPosRankSum=0.769;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,71:0.96:74
chr19	372551	rs652081	A	G	3064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=40;PP=1802;SC=CCTTTCCCACACAGCATCCTG;SOR=1.040;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=64;TCR=40;TR=104;WE=372559;WS=372541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	373673	rs2303814	G	A	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.07;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	373677	rs149062342	G	A	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.67;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	374453	rs3815960	T	C	3383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	374492	rs10410345	G	C	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=44;PP=1294;SC=CCAGAGAAGCGTGGGTCTTGC;SOR=1.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=61;WE=374500;WS=374482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	422543	rs2287958	G	A	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=16;PP=441;SC=CGGGTTCCCCGGGGAGTCCCT;SOR=3.160;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=422563;WS=422533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	422555	rs2287957	G	A	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=14;PP=314;SC=GGAGTCCCTCGTGCACCCGTC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=422563;WS=422533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	425290	rs73916977	G	A	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=13;PP=383;SC=GGCTCGCAGGGAGCAAGGCGG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=425298;WS=425280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	439055	rs112380345	G	A	4420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.12;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr19	460475	rs12980271	G	C	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	460668	rs189741717	C	G	107.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.40;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	463810	rs60512152	GC	G	1076.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=9;PP=670;SC=AGGCCCGCCAGCCCCCCGTTC;SOR=1.483;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=21;WE=463818;WS=463800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	464310	rs34551779	A	G	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	496532	rs78668504	G	A	2550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	498212	rs12461640	A	C	7411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=122;NR=138;PP=2965;SC=GATTGCAGGCAGGGTCCCAGC;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=261;TCF=122;TCR=139;TR=260;WE=498220;WS=498202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr19	498524	rs2302217	A	G	9238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr19	500215	rs74361302	C	A	5287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	501697	.	T	TCCCAACACCACCTC	3554.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.62;QD=46.17;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	501701	.	G	GGAGCCTCCCA	3633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.96;QD=41.77;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	501743	.	T	TCTCCCGACACCACCTCCCAGGAGCCTCCCGACACCACCTCCCAGGAGC	6107.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=93.97;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	505071	rs1140823	T	C	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=27;PP=822;SC=CATCCCTCTGTTCACAGAGAT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=505079;WS=505061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	507450	rs7246920	G	T	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	536088	.	C	T	2178	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MMLQ=20;MQ=58.5;NF=45;NR=14;PP=2178;QD=37.5045968228;SC=TTCCGGGACCCGAGGCGCTGG;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=59;WE=536098;WS=536078;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,59:0.70:84
chr19	536088	.	C	CGGGGCGCTGGGAGCCTCACATCCTCGTCCTTCCGGGACCT	2794.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.69;QD=75.53;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	541685	rs7150	C	T	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=168;SC=CTTTTTCTCCCTCCCCATGTC;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=541693;WS=541675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	544315	rs3760874	A	G	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=16;PP=501;SC=ACATCCCGGGACCGTGGGAGA;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=544323;WS=544305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	547224	rs4919846	A	G	2869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=38;PP=1758;SC=GGACAGTCGCAGCAGGCAGCA;SOR=1.199;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=69;TCR=38;TR=107;WE=547232;WS=547214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	547491	rs2070795	C	T	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=22;PP=605;SC=CCGACGGCGCCCATTCTCTGC;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=547499;WS=547481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	548865	rs12972174	C	T	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=9;PP=570;SC=TGCCGCCCCCCGCCCCCGCAC;SOR=1.179;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=15;WE=548873;WS=548855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	549595	rs1599883	T	C	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=25;PP=1605;SC=CCTCAGCAGGTGCAGAGGCTG;SOR=1.431;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=66;TCR=25;TR=91;WE=549603;WS=549585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	549678	rs1599882	A	G	6741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.25;ReadPosRankSum=0.700;SOR=0.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,266:1.00:267
chr19	582253	rs4919862	T	C	4074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=53;PP=2213;SC=GTGGGGCCAGTGCTGACAGGC;SOR=1.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=81;TCR=53;TR=134;WE=582261;WS=582243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	590172	rs113534512	G	A	113.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	605171	rs12981860	T	C	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	641215	rs7246140	T	C	2916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=52;PP=1307;SC=CCCACCCTCCTGGGGCTCCCA;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=103;WE=641223;WS=641205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	643104	.	G	GGAGGGGACTCGTGGTCTGGGGCAGGGGGGGCTCCTCGTGTCTGTCGTGGTCAT	904.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.35;QD=226.18;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	646891	rs10403235	G	A	3638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=64;PP=1961;SC=CAGACACGTCGCGGGACACAG;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=69;TCR=64;TR=133;WE=646899;WS=646881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr19	647039	rs2074460	T	C	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	649110	rs2040736	G	C	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=5;PP=82;SC=GAGCCCGCCCGGGGTCGGAGA;SOR=1.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=649118;WS=649100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	652206	rs8102953	G	A	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	652238	rs11554788	A	G	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=40;PP=1552;SC=CTCACCTCCAACGGTGGCCGG;SOR=0.878;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=84;WE=652246;WS=652228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	652739	rs12973146	C	G	4406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=48;PP=2920;SC=CCACACTCGGCGGGGCGGACG;SOR=1.534;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=95;TCR=48;TR=143;WE=652747;WS=652729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr19	652948	rs10153505	T	G	5308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=1.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr19	676559	rs62134281	G	A	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.99;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	686791	rs10439152	C	T	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=5;PP=608;SC=TCCCTGCCTTCCCTGGGCCTC;SOR=2.448;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=686799;WS=686781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	687142	rs8102982	G	A	5447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=104;PP=2965;SC=TCTCCCTGGCGGCCTCAGCAG;SOR=1.167;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=74;TCR=104;TR=178;WE=687150;WS=687132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr19	727262	rs117394995	A	G	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=73;PP=2027;SC=CCCTGACCCCAACCTGACCCC;SOR=2.805;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=24;TCR=83;TR=93;WE=727270;WS=727252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	727448	rs79721592	C	A	9747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=7.724;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.06;ReadPosRankSum=-0.919;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,372:0.99:374
chr19	727544	rs3746168	C	G	19487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.69;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr19	727550	rs3746169	T	C	19299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.95;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr19	727552	rs3746170	C	T	18969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.27;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
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chr19	746206	rs2384776	C	T	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	756985	rs8110536	T	G	4604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
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chr19	830621	rs653847	A	C	3844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=88;NR=43;PP=2531;SC=GACTACAGTTAATGTCGCTGA;SOR=1.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=88;TCR=43;TR=131;WE=830629;WS=830611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
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chr19	841100	rs62132296	C	T	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=29;PP=1241;SC=TCCATCCAGCCTCCAGGCCCC;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=70;WE=841108;WS=841090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	843692	rs2301879	A	G	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=1.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	862024	rs1683561	C	G	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=34;PP=1015;SC=AGAGGGAGCGCGAAGCGGGGG;SOR=2.613;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=50;WE=862032;WS=862014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	863356	rs10506	C	T	4777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=95;PP=2842;SC=AAGGGGAGGCCGAGGTGGGAG;SOR=1.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=70;TCR=96;TR=165;WE=863364;WS=863346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr19	871447	rs1683570	A	G	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.38;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	876914	.	GC	G	154	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=40;MMLQ=23;MQ=63.4;NF=13;NR=3;PP=154;QD=11.5625;SC=CTGCCACGGGGCCCCCACCTG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=876922;WS=876904;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,16:0.94:17
chr19	876933	.	C	CCCCCACCTGCCACGGGG	854.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=67.08;QD=35.61;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr19	880066	rs34799086	G	A	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=21;PP=616;SC=TCGGGGCCGCGGAGCTGTAGA;SOR=1.157;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=880074;WS=880056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	884782	rs2965294	C	G	3479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.19;SOR=1.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	897571	rs3746149	G	C	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.31;ReadPosRankSum=1.166;SOR=0.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr19	899978	rs2306718	G	A	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=25;PP=1051;SC=GACCTGCACCGGGTGAGAACC;SOR=1.042;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=66;WE=899986;WS=899968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	901869	.	G	T	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=45;PP=1940;SC=TGGGTCCCCAGCCCCACCCAG;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=100;WE=901877;WS=901859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	913048	rs1683587	G	C	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	913051	rs1623302	C	G	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	920170	rs350131	G	T	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=15;PP=494;SC=GGTGGGAGGCGCCGGTGGGGG;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=920178;WS=920160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	920642	rs350132	T	A	3529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=87;PP=2441;SC=GCGGAGCTGCTCCGCCTGGGG;SOR=2.778;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=113;TCF=26;TCR=87;TR=111;WE=920650;WS=920632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	929678	rs3826948	G	A	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=22;PP=875;SC=GAGAGCCCGAGAGTGCCCGGA;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=47;WE=929686;WS=929668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	929753	rs1799595	A	G	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=20;PP=912;SC=TGGGACACCCAGCCAGCCCCG;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=50;WE=929761;WS=929743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	960187	rs1637993	G	C	5407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=2.549;SC=CCCCCACCCCGCTGGAGGGAG;SOR=0.521;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=87;TCR=117;TR=203;WE=960195;WS=960177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,213:0.99:216
chr19	960266	rs1683584	C	T	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=52;PP=1399;SC=GTGAGCACCCCGTGGCTGGAG;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=12;TCR=52;TR=64;WE=960274;WS=960256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	964434	rs2240615	G	A	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	965043	rs12608658	T	C	4522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=1.060;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	966458	rs71335324	CA	C	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.54;ReadPosRankSum=2.019;SOR=2.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr19	966693	rs6510986	C	T	3857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=60;PP=2155;SC=CAGCTGTGGCCGCACAGGCAG;SOR=0.862;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=55;TCR=60;TR=115;WE=966701;WS=966683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	968318	rs8105235	C	T	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=25.11;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	968345	rs7251219	CA	TG	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=46.12;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	971933	rs1051504	A	G	5748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.88;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr19	971949	rs1051505	G	A	6201.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=81;NR=60;PP=2391;SC=CGGCGGCGGCGGCAGCAGCAG;SOR=0.771;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=81;TCR=60;TR=141;WE=971957;WS=971939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	984218	rs8112598	C	T	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=4;PP=456;SC=ACAAGAAAGCCCCTCTCTCCG;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=984239;WS=984215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	984231	rs34402804	G	A	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.13;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	984533	rs2301810	T	C	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	984554	rs4806884	C	G	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=44;PP=1392;SC=CCTGGGAGCTCCAGCGGAAGG;SOR=1.439;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=71;WE=984562;WS=984544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	984578	rs2301811	T	G	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=32;PP=1026;SC=GGCGGTGCGGTCTCGCTGCTG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=984586;WS=984568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	985815	rs2074573	T	G	4405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=93;NR=51;PP=2709;SC=ACTGCTGTAGTAGCTCCCGTG;SOR=1.281;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=93;TCR=52;TR=144;WE=985823;WS=985805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	985997	rs2074574	C	G	6714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=130;PP=2965;SC=AAAGCGTGAGCGTTTCCCACA;SOR=0.962;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=111;TCR=131;TR=241;WE=986005;WS=985987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr19	990185	rs10409367	G	C	2871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.88;SOR=1.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	990281	rs2158367	G	A	9038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr19	990394	rs2240148	T	C	6123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=105;PP=2935;ReadPosRankSum=-1.965;SC=CCACGGTCCATGAGCGGAGCC;SOR=0.885;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=207;TCF=101;TCR=106;TR=205;WE=990402;WS=990384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,237:0.99:239
chr19	990819	rs2240149	G	A	6290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=133;NR=97;PP=2965;SC=TCCCCCTGCCGGGCCGAGCCC;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=134;TCR=98;TR=230;WE=990827;WS=990809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr19	991196	rs60416441	CGTCCCAG	CCCCAG,C	10258.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=79;PP=2957;SC=CTGTCTGGCACGTCCCAGGTG;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=25;TCR=85;TR=102;WE=991212;WS=991186;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:229
chr19	991199	rs201372013	CCCAGG	C	10261.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr19	991204	.	G	C	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=88;NR=78;PP=2965;QD=20;SC=CACGTCCCAGGTGACCCCTGT;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=180;TCF=99;TCR=81;TR=166;WE=991212;WS=991186;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:14,166:0.92:180
chr19	991873	rs71335284	G	T	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=2;PP=827;SC=GGCGGGGACTGCCCTGGATGG;SOR=5.728;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=33;WE=991881;WS=991863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	991892	rs71335285	T	C	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=46;NR=5;PP=1024;SC=GGGGCGGAACTTGGCTTGCTG;SOR=5.507;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=51;WE=991900;WS=991882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	1000420	rs112743753	A	G	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=30;PP=1035;SC=GTGGCGAGCGACGCCGACAAC;SOR=0.933;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=59;WE=1000428;WS=1000410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	1000568	rs112236900	C	A	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=7;PP=201;SC=CCCTCCTGCCCCGCGCGCCTC;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=15;WE=1000576;WS=1000558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	1000785	rs12986002	C	T	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.78;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	1000799	rs2301813	G	C	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	1003808	rs2240155	A	G	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	1003857	rs4806904	G	A	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.38;QD=42.57;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	1003860	rs2240156	C	T	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.36;QD=43.31;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	1004442	.	G	C	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=14;PP=1097;SC=AGTGGGAATCGGGCACGTGCT;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=54;WE=1004450;WS=1004432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	1004710	rs4807399	C	T	13790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=159;NR=143;PP=2965;SC=TGCCTCTGCACGGCCCCCGCC;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=305;TCF=161;TCR=144;TR=302;WE=1004732;WS=1004700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr19	1004724	rs11880849	A	G	15267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=175;NR=147;PP=2965;SC=CCCCGCCCCCACAGGGTGCCC;SOR=0.767;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=326;TCF=178;TCR=148;TR=322;WE=1004732;WS=1004700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr19	1004740	rs2240157	T	C	15375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=192;NR=164;PP=2965;SC=TGCCCAGGTCTGGCCCAAGCT;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=356;TCF=192;TCR=164;TR=356;WE=1004748;WS=1004730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr19	1004823	rs4806908	G	A	17336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQ=60.07;NF=201;NR=179;PP=2965;SC=AGTGCCCAGCGGGGCAGCTGT;SOR=0.814;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=393;TCF=201;TCR=192;TR=380;WE=1004831;WS=1004813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr19	1004844	rs4806909	T	C	15928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=41.16;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr19	1004896	rs10666583	G	GCGTT	17421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=132;PP=2918;SC=GCTGGCCAACGGCTCAGCGCC;SOR=0.736;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=186;TCF=45;TCR=141;TR=176;WE=1004904;WS=1004885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr19	1005230	rs2240158	C	T	12768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=249;NR=195;PP=2965;SC=CACTGGTCCACGTGGCTGGGC;SOR=0.978;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=446;TCF=251;TCR=195;TR=444;WE=1005238;WS=1005220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr19	1005531	rs12973948	G	C	6376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=122;PP=2965;SC=TCGAGGAGCTGTCGGGGATCC;SOR=1.556;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=71;TCR=122;TR=193;WE=1005539;WS=1005521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr19	1005598	rs11671828	T	C	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=47;PP=1191;SC=GGGCTAGCGGTGGCCCCGGGC;SOR=1.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=71;WE=1005606;WS=1005588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	1008358	rs10403909	A	G	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=52;PP=1578;SC=CCTTGTCTGAAGTGACCAACC;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=18;TCR=52;TR=70;WE=1008366;WS=1008348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	1009365	rs10417824	T	A	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=6;PP=237;SC=GCTGTGCTCCTACGGCCGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=1009373;WS=1009355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	1009485	rs10401245	C	G	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=161;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=6;PP=429;SC=GCGGCGCGGCCAGCTCCTGGC;SOR=1.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=1009493;WS=1009475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	1009550	rs142516571	GGCCCCCGCGGAGGCCCCACCACACTCT	G	1724.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=2918;SC=AGGCCAGAGCGGCCCCCGCGG;SOR=1.096;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=15;WE=1009584;WS=1009540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	1010691	rs2240159	A	G	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=33;PP=1119;SC=CGCTGGCCCCAGGCGAGACGG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=59;WE=1010699;WS=1010681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	1010908	rs7248769	A	G	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.52;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	1010910	rs7252527	T	C	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.52;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	1011823	rs2240161	A	G	11870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=151;NR=88;PP=2965;SC=AGGAAGCGCTATGAGGGGCTG;SOR=1.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=240;TCF=151;TCR=89;TR=239;WE=1011831;WS=1011813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr19	1011846	rs10420656	T	C	15162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.09;SOR=1.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr19	1011856	rs113138803	C	A	16007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.80;SOR=1.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr19	1012379	rs2240162	C	G	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	1012379	.	CGT	GGC	1986	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=38;NR=14;PP=1986;QD=39.220536055;SC=CACAGCCCCCCGTCCCGCACC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=52;WE=1012389;WS=1012369;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,52:0.96:54
chr19	1012381	rs2240163	T	C	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.69;SOR=1.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	1012416	rs112926823	G	A	3117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=37;PP=1809;SC=AGGGAGGAGGGGAGGCCCCGC;SOR=1.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=65;TCR=37;TR=102;WE=1012424;WS=1012406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	1012611	rs970100	A	C	4369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr19	1014398	rs7146	A	G	3880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	1014537	rs67806247	ACGTGATGGGG	A	866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=13;PP=2983;SC=CCAAGGGCCTACGTGATGGGG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=13;WE=1014554;WS=1014527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	1020673	rs1005504	C	G	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.84;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	1031212	rs7247087	A	G	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=26.45;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	1031338	.	G	GGGGGGGA	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.87;QD=37.57;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	1031340	rs12978059	C	G	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.19;QD=49.23;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	1032369	rs10401325	C	T	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	1032702	rs4315451	C	T	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	1032756	rs55784632	C	T	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=8;PP=228;SC=GATGTAGCTGCTGCATTCACT;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=1032764;WS=1032746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	1032871	rs4630683	A	G	111.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=2;PP=71;SC=TCCAACTCCCAGGTTCAAGCG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=1032879;WS=1032861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	1036018	rs930232	G	A	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	1036444	rs930231	G	A	6335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=141;NR=67;PP=2965;SC=CCAGCCAGTCGGGCATGACTG;SOR=1.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=142;TCR=68;TR=208;WE=1036452;WS=1036434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr19	1036552	rs2304262	T	C	23760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=899;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=26.49;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,897:1.00:897
chr19	1037640	rs200303627	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.628;HP=2;HapScore=4;MGOF=223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-3.640;NF=2;NR=1;PP=748;ReadPosRankSum=-1.476;SC=ATGACGGCTCCCGGGACCCGG;SOR=2.815;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=3;WE=1037653;WS=1037630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,3:0.13:23
chr19	1037645	.	AC	A	756	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=223;MMLQ=21;MQ=45.4;NF=1;NR=1;PP=756;QD=391.5;SC=GGCTCCCGGGACCCGGCGGCA;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=2;WE=1037653;WS=1037630;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,2:0.15:13
chr19	1037715	rs200177867	T	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQRankSum=-5.646;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.443;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,6:0.15:41
chr19	1037716	rs201532581	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQRankSum=-5.646;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.369;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,6:0.15:41
chr19	1037718	rs199741851	G	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQRankSum=-5.720;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.324;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,6:0.14:42
chr19	1037731	rs75808449	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQRankSum=-5.936;QD=0.75;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,6:0.13:45
chr19	1037749	rs77454210	G	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQRankSum=-5.953;QD=2.02;ReadPosRankSum=0.639;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,5:0.11:47
chr19	1037756	rs77830704	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=4.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQRankSum=-6.279;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.239;SOR=1.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,6:0.12:50
chr19	1037766	rs78386506	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQRankSum=-7.100;QD=1.53;ReadPosRankSum=0.621;SOR=0.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,5:0.10:52
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chr19	1044753	rs3764648	T	C	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=11;PP=233;SC=GGTGAGGGCCTGTCCACCTGC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=1044761;WS=1044743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	1047002	rs3752234	A	G	4266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=67;PP=2818;SC=TCAGCGCCGCACTGCTGGTTC;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=77;TCR=67;TR=144;WE=1047010;WS=1046992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr19	1047161	rs3752237	A	G	9626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=184;NR=149;PP=2965;SC=CACAGCTGGGAGACATCCTCC;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=333;TCF=184;TCR=149;TR=333;WE=1047169;WS=1047151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr19	1049012	rs4147912	A	C	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	1049471	.	C	CCA	754.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=28;PP=506;SC=CGTGAGCCCCCCCACTCCCAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=28;WE=1049499;WS=1049456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	1049480	rs75864702	A	T	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=392;SC=CCCCACTCCCACCCCGTGAGC;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=23;WE=1049499;WS=1049456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	1049489	.	GC	G	505	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;FR=1.0000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=23;MQ=50.18;NF=0;NR=23;PP=505;QD=22.8695652174;SC=CACCCCGTGAGCCCCCCCACC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=1049499;WS=1049456;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	1049491	.	C	G	397	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;FR=1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=23;MQ=49.6;NF=0;NR=17;PP=397;QD=25.3983066204;SC=CCCCGTGAGCCCCCCCACCAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=17;WE=1049499;WS=1049456;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,17:0.74:23
chr19	1050781	rs145363837	AAATAATAATAATAAT	A	1088.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=4;PP=1863;SC=TCCGTCTCAAAAATAATAATA;SOR=1.802;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=6;WE=1050803;WS=1050771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	1050836	rs55999131	T	A	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.96;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	1050874	rs12151021	A	G	3886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=35;PP=1759;SC=TGTAACTGCCAGTGCACTCTG;SOR=1.290;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=72;TCR=35;TR=107;WE=1050882;WS=1050864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	1051214	rs3752240	A	G	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=39;PP=1332;SC=GTGCCGCTGTAGTGGGCCCCG;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=67;WE=1051222;WS=1051204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	1051370	.	TACTGAGGTCCACGTGGGTAGGCAACCTTGCCCAAGGCTGGGTGTGACAC	T	2957	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=8;PP=2957;QD=20;SC=GGAAGCCGGGTACTGAGGTCC;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=10;WE=1051426;WS=1051360;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,10:0.83:12
chr19	1056492	rs3752246	G	C	12339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=176;NR=243;PP=2965;SC=CTGTCTGAGGGTGCACTGTGA;SOR=1.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=420;TCF=176;TCR=244;TR=419;WE=1056500;WS=1056482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr19	1057776	rs113768208	G	GA	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=1.631;QD=5.22;ReadPosRankSum=2.517;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr19	1061698	.	CA	C	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=1.211;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr19	1062370	rs34606911	T	C	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=61;PP=1529;SC=ACCCAGGCCGTGCCTCTAAAG;SOR=2.494;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=20;TCR=61;TR=81;WE=1062378;WS=1062360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	1063930	rs4807499	C	T	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=1.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	1064193	rs4147930	G	A	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=39;NR=25;PP=992;SC=GCTCGCGCCTGGCCATCATGG;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=64;WE=1064201;WS=1064183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	1064453	rs4147931	G	C	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	1065018	rs4147934	G	T	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=23;PP=1163;ReadPosRankSum=1.844;SC=GTTCCCTGGGGCGGAGCTGCG;SOR=0.387;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=67;WE=1065026;WS=1065008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr19	1065044	rs4147935	C	T	2278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=28;PP=1204;SC=CACATGGAGGCCGCCTGCGCT;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=72;WE=1065052;WS=1065034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	1065197	rs4147936	G	C	4387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=64;PP=2388;SC=GGTCGGGCTGGGGGAGGCAGG;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=87;TCR=64;TR=151;WE=1065205;WS=1065187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr19	1066256	rs4147938	G	A	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	1071312	rs4807506	C	T	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	1073409	rs2074441	C	G	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=40;PP=1832;SC=CAAGCTCCCTCCTGTTCCCCC;SOR=0.730;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=54;TCR=40;TR=93;WE=1073417;WS=1073399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	1074000	rs2074442	A	T	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	1074064	rs12610818	C	G	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.78;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	1074252	rs11084881	T	G	4302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=59;PP=2237;SC=TGAGAGCTGGTGTCCCAGCAG;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=76;TCR=59;TR=134;WE=1074260;WS=1074242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	1074885	.	C	CGGGCGGGCGG	271.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=2761;SC=GCTGGTGAGGCGGGCGGGCGG;SOR=3.611;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=3;WE=1074893;WS=1074875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	1078101	rs72975505	G	A	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=26;PP=732;SC=CCAATGCTTGGTGTGACATTT;SOR=2.242;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=1078109;WS=1078091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	1080311	rs2074454	G	C	13954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=253;NR=239;PP=2965;SC=TGGCGCGGCCGGAGGCTGCCG;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=493;TCF=253;TCR=240;TR=492;WE=1080319;WS=1080301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,525:1.00:525
chr19	1081120	rs8113708	A	G	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=26;NR=39;PP=1179;SC=TGGGGTGCCCAGCACCGCCGG;SOR=1.193;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=1081128;WS=1081110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	1081462	rs34275968	C	CG	1281.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=854;SC=GGGCTGTGAGCGCCCCGGGGA;SOR=1.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=1081470;WS=1081452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	1081617	rs10404947	A	G	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	1085508	.	CT	C	646	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=24;MQ=59.35;NF=17;NR=1;PP=646;QD=37.1111111111;SC=CTTGTCTCTCCTCCATCTCTC;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=18;WE=1085516;WS=1085499;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,18:0.53:34
chr19	1085509	.	T	TCCATCTCTCCTGTCTCTCC	435.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=87.15;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	1085966	rs3761028	A	G	6146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.355;SC=GGCGGATGACACTGGGCTCCT;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=101;TCR=115;TR=214;WE=1085974;WS=1085956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,235:0.99:237
chr19	1086043	rs3761026	T	C	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=51;PP=1261;SC=GCTTCTCTCTTGCCTGCTCCT;SOR=2.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=66;WE=1086051;WS=1086033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	1090020	rs61585798	TG	T	493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.43;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	1090803	rs3787016	A	G	6708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr19	1094004	rs12459404	G	A	4335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr19	1095151	rs10416031	A	G	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	1095336	rs1046041	C	T	5933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=100;NR=95;PP=2965;SC=CCGCCGCCGCCGCTCGCACCC;SOR=0.782;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=100;TCR=95;TR=195;WE=1095344;WS=1095326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr19	1104078	rs4807542	G	A	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.56;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	1105621	rs8178973	A	AG	3925.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=47;PP=2957;SC=AGGGGGTGCCAGCCCCCGACT;SOR=1.127;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=73;WE=1105629;WS=1105611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	1106477	rs8178977	G	C	9800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=152;NR=174;PP=2965;SC=TCTCTAGGGAGCCCGCTTGAG;SOR=0.867;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=329;TCF=153;TCR=176;TR=326;WE=1106485;WS=1106467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr19	1106615	rs713041	T	C	7964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=137;NR=151;PP=2965;SC=CCCACGCCCTTGGAGCCTTCC;SOR=0.895;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=288;TCF=137;TCR=151;TR=288;WE=1106623;WS=1106605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr19	1109213	rs2159133	A	G	6722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.22;ReadPosRankSum=-1.097;SOR=1.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,245:0.99:247
chr19	1109213	.	AGG	GGA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=132;NR=69;PP=2947;QD=20;SC=GCGGTGACCTAGGGACACAGG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=136;TCR=72;TR=201;WE=1109223;WS=1109203;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,201:0.97:208
chr19	1109215	rs11669443	G	A	11055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.40;SOR=1.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr19	1110829	rs2302109	G	A	11802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=222;NR=196;PP=2965;ReadPosRankSum=0.640;SC=GGAACAGGGCGTTCTGCTTGT;SOR=0.245;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=423;TCF=226;TCR=197;TR=418;WE=1110837;WS=1110819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,448:1.00:449
chr19	1115782	rs2072281	G	A	5251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.67;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	1115789	rs2072282	A	G	5400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.86;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	1116935	rs7251039	G	A	5304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=97;PP=2965;SC=ACTGTGGGACGGCAGAGGACT;SOR=0.974;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=85;TCR=97;TR=182;WE=1116943;WS=1116925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	1117007	rs8112247	T	C	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=41;PP=985;SC=CCTGGGGTGATGGCCACATCC;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=57;WE=1117015;WS=1116997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	1119019	rs2074920	C	T	5766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=71;PP=2965;SC=CCAGCAGGGCCGCGCGGTTGT;SOR=1.142;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=121;TCR=71;TR=192;WE=1119027;WS=1119009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr19	1119699	rs7249751	A	G	3078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.808;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=75;PP=2251;ReadPosRankSum=-0.752;SC=AGTTGGGACCACCCGACGAGG;SOR=1.495;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=37;TCR=75;TR=111;WE=1119707;WS=1119689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,117:0.99:118
chr19	1119876	rs8107205	T	G	2656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=19;PP=1683;SC=CTGCTGCGGGTGGGTCACGTG;SOR=1.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=57;TCR=19;TR=76;WE=1119884;WS=1119866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	1119963	rs2074921	A	G	6024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=118;NR=79;PP=2965;SC=GGTCTAGCACAGCCTTGCCCA;SOR=0.977;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=198;TCF=119;TCR=79;TR=197;WE=1119971;WS=1119953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr19	1120101	rs2074922	C	G	4652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.21;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	1122147	rs2072280	G	A	5560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr19	1124053	rs2024093	A	G	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=40;PP=1238;SC=AGCCCGGGCCAGACGGGACAG;SOR=1.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=76;WE=1124061;WS=1124043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	1127615	rs2074915	G	C	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=15;PP=610;SC=TATCGTGGGTGGAGGGGGCAG;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=39;WE=1127623;WS=1127605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	1127720	rs2074916	G	A	3239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=48;PP=1640;SC=CCACGGACGAGGAGAAGATGG;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=60;TCR=48;TR=108;WE=1127728;WS=1127710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	1128312	rs10412207	A	G	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=54;PP=1596;SC=GGGCGGGGGCAGCCACGCCCA;SOR=1.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=77;WE=1128320;WS=1128302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	1268178	rs12975875	G	A	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=2;PP=266;SC=GGGGCAGAGAGGCAGGGGTCC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=1268186;WS=1268168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	1270231	rs56378951	GC	G	2155.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=59;PP=1117;SC=CTGACAGCCAGCCCCCCCCCC;SOR=2.774;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=1;TCR=66;TR=60;WE=1270249;WS=1270221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	1271274	rs12609287	C	T	8721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=161;NR=143;PP=2965;SC=AGCAGGAGTCCCGTCTCGAGG;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=304;TCF=161;TCR=143;TR=304;WE=1271282;WS=1271264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr19	1271529	rs4807050	C	T	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.50;SOR=1.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	1272040	rs12488	T	C	4403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.46;ReadPosRankSum=-1.360;SOR=1.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,171:0.99:173
chr19	1274539	rs8108009	T	C	364.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=293;ReadPosRankSum=-0.623;SC=TATGGCCCCATGGCGGGCGCC;SOR=2.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=16;WE=1274547;WS=1274529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr19	1277275	rs757292	G	C	3550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	1349357	rs147416206	T	C	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=39;PP=1197;SC=AAAATTAATTTTTTTCTCATC;SOR=2.387;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=56;WE=1349365;WS=1349347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	1354983	rs10555657	AGCG	A	634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=48.83;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	1357082	rs713042	T	C	3408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=73;PP=2258;SC=AAATCCTCTCTCTAGAGGAAA;SOR=1.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=119;TCF=46;TCR=73;TR=117;WE=1357090;WS=1357072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	1358726	rs2285972	C	T	4996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=76;NR=98;PP=2965;SC=TCTCGTACCCCCGTGGCCTCC;SOR=1.090;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=76;TCR=98;TR=174;WE=1358734;WS=1358716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr19	1358773	rs145541401	G	C	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=57;PP=1320;SC=CTGCCATAAGGGGGGAGGTCC;SOR=1.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=84;WE=1358781;WS=1358763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	1360575	rs3826942	G	A	5719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=81;PP=2965;SC=TAAGAGGGGAGGAAACTCAGC;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=111;TCR=81;TR=192;WE=1360583;WS=1360565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr19	1364306	rs17673260	A	G	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=27;PP=734;SC=TCACTGTCTCATCATTGGTGG;SOR=3.500;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=1364314;WS=1364296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	1366179	rs72377165	CGCTGGGGTCACCCCCAGA	C	2890.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=14;PP=2957;SC=CGGGAGACTTCGCTGGGGTCA;SOR=1.539;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=24;WE=1366204;WS=1366169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	1366422	rs2668418	C	G	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=66;PP=2093;SC=GCCTGAGGGGCCAGGCCGGCC;SOR=1.161;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=47;TCR=66;TR=112;WE=1366430;WS=1366412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	1370675	rs12608765	C	G	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	1383649	rs3848638	G	T	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=48;NR=13;PP=1276;SC=GGTGACTTTTGCCCTCCTGGA;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=61;WE=1383657;WS=1383639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	1387933	rs60896822	A	G	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	1388538	rs1142530	C	T	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	1389064	rs7258846	G	T	11419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr19	1389324	rs66919466	ACT	A	7754.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.246;NF=41;NR=77;PP=2979;ReadPosRankSum=0.113;SC=ACACATGCACACTCACACACA;SOR=1.029;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=43;TCR=78;TR=118;WE=1389333;WS=1389312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,204:0.99:206
chr19	1389517	rs11666067	C	A	8757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=145;NR=164;PP=2965;SC=TGGAGATGACCCCTCCGTTTC;SOR=0.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=309;TCF=145;TCR=164;TR=309;WE=1389525;WS=1389507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr19	1391235	rs2074897	G	A	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=19;PP=485;SC=CCCTGATGGCGCTTATCAAAA;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=1391243;WS=1391225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	1407618	.	A	AGCCGCCGCC	307.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=76.94;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	1467684	rs265273	A	C	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=16;PP=1303;SC=GGGCAAGAACAGAGCAGGGCT;SOR=1.574;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=59;WE=1467692;WS=1467674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	1487561	rs62128466	C	G	6586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr19	1489770	rs791468	T	G	5686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=89;NR=84;PP=2813;SC=GGGCAGGGGGTTGGCCTCCAG;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=89;TCR=84;TR=173;WE=1489778;WS=1489760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr19	1490377	rs791469	T	G	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=26;PP=730;SC=CCTGCGCAAATCCCCTCCCTC;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=1490385;WS=1490367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	1491171	rs791473	T	G	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=6;PP=719;SC=GGCCGGAGCATCGCGGCTCAG;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=1491179;WS=1491161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	1495277	rs12459408	C	T	6540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=136;NR=94;PP=2965;SC=GGCACACCACCGCCTCTCTCC;SOR=1.013;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=137;TCR=95;TR=230;WE=1495285;WS=1495267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr19	1495634	rs2277748	G	A	6916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=89;NR=145;PP=2965;SC=GGGCACAGCCGTGGAGCGCAT;SOR=1.406;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=89;TCR=146;TR=234;WE=1495642;WS=1495624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr19	1496263	rs2244686	A	G	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=22;PP=1592;SC=GCCCGCGTGTAACTCCTGCCC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=71;WE=1496271;WS=1496253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	1496716	rs34524945	TGC	T	1290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.876;NF=2;NR=44;PP=2054;ReadPosRankSum=3.268;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGCGCGC;SOR=1.179;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=65;TCF=2;TCR=63;TR=46;WE=1496725;WS=1496702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,47:0.85:55
chr19	1497121	rs2244801	G	T	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=10;PP=874;SC=AGCAGCTCCGGGGAGCCCAGG;SOR=2.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=1497129;WS=1497111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	1497144	rs2292456	C	T	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=27.02;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	1497543	rs1050017	A	G	15422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=279;NR=257;PP=2965;SC=TACTTCCTCCAGCCCCTCCCA;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=539;TCF=280;TCR=259;TR=536;WE=1497551;WS=1497533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,585:1.00:585
chr19	1506710	rs3215149	TC	T	806.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=891;SC=TCCCCACTCATCCCCCACCCT;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=25;WE=1506718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	1507483	rs791460	T	C	8046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=150;PP=2965;SC=GGCCTCAGTCTCCCCATCTGT;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=283;TCF=132;TCR=151;TR=281;WE=1507491;WS=1507473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr19	1507535	rs791461	T	C	5266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=96;PP=2965;SC=CGGGTGCCTCTCGCCTCACAT;SOR=1.238;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=65;TCR=97;TR=160;WE=1507543;WS=1507525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr19	1507710	rs791462	T	A	3477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=58;PP=1929;SC=CTTGAGGATTTAATGAGCTAC;SOR=1.027;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=112;WE=1507718;WS=1507700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr19	1511435	rs12976420	G	C	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=7;PP=507;SC=GCCTCCCAAAGTGCTAGGATT;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=1511443;WS=1511425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	1526931	rs2656858	A	C	6756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=3.079;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.39;ReadPosRankSum=-0.449;SOR=0.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,255:1.00:256
chr19	1527051	rs11288093	CG	C	473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.87;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr19	1533868	.	TGTGGGGGCGAGGG	T	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=7;NR=9;PP=2965;QD=20;SC=GGGTGCTGGGTGTGGGGGCGA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=16;WE=1533891;WS=1533858;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
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chr19	1535193	rs58035688	GCCC	G	13174.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=122;PP=2969;SC=CCACGGCTGCGCCCCCACCAC;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=45;TCR=126;TR=166;WE=1535213;WS=1535183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
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chr19	1619339	rs8140	T	C	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr19	1632071	rs145152739	G	C	3676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=71;NR=47;PP=1801;SC=TGGATGAAGAGAGGCTGCTGT;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=71;TCR=47;TR=118;WE=1632079;WS=1632061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr19	1753589	rs112596908	C	T	104.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr19	1785772	rs8110462	T	C	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=40;PP=1243;SC=GAGATCAGGATCTCCTCGGGC;SOR=1.503;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=1785780;WS=1785762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	1806210	rs7252063	A	C	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=32;PP=977;SC=CTCCCTCTGCAAACCCTCCCC;SOR=1.453;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=1806218;WS=1806200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	1809836	rs8107742	T	C	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=40;PP=927;SC=ACCCAGGCACTGGGGAGGCCC;SOR=3.528;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=47;WE=1809844;WS=1809826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	1810605	rs716993	T	C	6812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr19	1811547	rs12609187	A	G	11663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=229;NR=198;PP=2965;SC=GCCTCCTCTCAGGTGCCCCTC;SOR=0.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=428;TCF=229;TCR=199;TR=427;WE=1811555;WS=1811537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,456:1.00:456
chr19	1817134	.	C	CCCAGATGGGG	2090.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=5;PP=2982;SC=GTGAGCCAGGCCCAGATGGGG;SOR=2.419;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=20;WE=1817142;WS=1817124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	1818459	rs1610106	A	G	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=1.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	1818952	rs893538	C	G	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=24;PP=1482;SC=CCGTGTGGCACAGCAGGGGCT;SOR=1.164;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=69;WE=1818960;WS=1818942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	1819234	rs113598561	ACT	A	1854.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=39;PP=1749;SC=CTCTGCCTCAACTCCCCCTTT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=39;WE=1819243;WS=1819224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	1821637	rs4807145	A	G	4304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.25;ReadPosRankSum=1.853;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,163:0.99:164
chr19	1848243	rs12984809	A	G	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	1863628	rs112570276	A	C	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=7;PP=175;SC=GCCGCCGCCGACGCCCGCGCT;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=1863636;WS=1863618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	1880950	rs4807160	T	C	3608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=70;NR=58;PP=1799;SC=CCCCAGCTCTTGCCCAGCAGG;SOR=0.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=70;TCR=58;TR=128;WE=1880958;WS=1880940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	1914795	rs11666645	C	T	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=18;NR=9;PP=548;SC=GCACTGGAGCCGAGGGGAGGG;SOR=1.136;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=27;WE=1914803;WS=1914785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	1914940	rs11084918	A	G	3044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	1915118	rs10853957	A	C	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=16;PP=470;SC=GCCGTTGGCAAACAGTGTCCT;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=1915126;WS=1915108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	1918023	rs10415845	T	C	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=15;PP=1189;SC=ATGGGGTCACTGGGCTGGGGA;SOR=1.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=64;WE=1918031;WS=1918013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	1924050	rs4807170	T	C	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=15;PP=707;SC=TGAGTCCCCGTGCCCGGCCGC;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=43;WE=1924058;WS=1924040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	1986414	rs2286352	G	A	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=20;PP=1090;SC=TGGTGGGGGGGCCCCAGCAGC;SOR=1.319;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=69;WE=1986422;WS=1986404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	1986455	rs7254820	A	G	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=36;PP=1570;SC=GGCTATCCCCACGGAGGGAGG;SOR=1.047;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=65;TCR=36;TR=101;WE=1986463;WS=1986445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	1986520	rs7253519	G	A	4396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=65;PP=2252;SC=GGATCTGGCCGTCCTCCACGG;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=83;TCR=65;TR=148;WE=1986528;WS=1986510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	1987279	rs11669527	C	T	5754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=103;PP=2965;SC=CAGGCAGCAGCGTGGATACCC;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=95;TCR=103;TR=197;WE=1987287;WS=1987269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr19	1987386	rs8111128	G	A	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=35;PP=905;SC=CGGCCCCCCCGCCGTCTTCAT;SOR=7.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=35;WE=1987394;WS=1987376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	2041032	rs2287003	T	C	5422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=66;PP=2965;SC=GTGCGGCTGGTACTCACCCCC;SOR=1.087;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=113;TCR=66;TR=179;WE=2041040;WS=2041022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr19	2042886	rs7253052	A	G	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=42;PP=1413;SC=AGGGCAGGGCAGGGCAGGACA;SOR=1.151;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=2042894;WS=2042876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	2073466	rs758145	T	C	11026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr19	2078409	rs2074893	A	G	5272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=119;PP=2965;SC=CCCGGGGGCAACTGCACGGCC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=205;TCF=86;TCR=119;TR=203;WE=2078417;WS=2078399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr19	2078488	rs2074894	T	C	5317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=98;PP=2914;SC=GCTGGGTGCCTGGCTCAAACT;SOR=0.996;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=89;TCR=99;TR=187;WE=2078496;WS=2078478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr19	2097986	rs7250336	T	C	8899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=185;NR=124;PP=2965;SC=CTGAGGGGCGTGCCGGTGGCA;SOR=1.121;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=312;TCF=186;TCR=126;TR=309;WE=2097994;WS=2097976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr19	2109019	rs2072306	T	C	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	2109071	rs56150334	C	T	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	2109157	rs25673	T	C	3291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=59.96;NF=53;NR=57;PP=1816;SC=TCGACTTTGATTGAGCTCATG;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=110;WE=2109165;WS=2109147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	2109812	rs79162849	G	C	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.73;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	2109988	rs77265501	A	T	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	2110019	rs2074958	T	C	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=24;PP=1033;SC=GGGCTCAGGGTTCCCCAGGCA;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=52;WE=2110027;WS=2110009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	2110108	rs113684349	T	C	2324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	2110746	rs20567	G	A	3973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=84;NR=59;PP=2388;SC=CATCGTGGACGGAGGAGCCCT;SOR=0.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=85;TCR=59;TR=143;WE=2110754;WS=2110736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	2111382	rs17604954	G	A	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=20;PP=576;SC=CTCCGTCTCAGCGAAGACTCC;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=2111390;WS=2111372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	2111397	rs75865123	T	C	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=17;PP=447;SC=GACTCCAGTATGGCCCAATAC;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=2111405;WS=2111387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	2111649	rs2074959	T	C	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=3;PP=648;SC=AACCCCGGCGTGGGGCGGGGG;SOR=3.477;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=2111669;WS=2111639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	2111661	rs55759847	G	A	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=7;PP=943;SC=GGGCGGGGGCGCTGAAGTACC;SOR=3.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=2111669;WS=2111639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	2113301	rs117630602	C	T	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.34;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	2114175	rs55698722	T	C	5893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr19	2115439	rs2066764	C	G	8179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=143;NR=137;PP=2965;SC=CAGCGGGCAGCCACTCAGCAC;SOR=0.748;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=281;TCF=144;TCR=137;TR=280;WE=2115447;WS=2115429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr19	2115493	rs2066775	A	G	8216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr19	2116400	rs9676693	C	T	3828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	2116466	rs734727	G	C	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=32;PP=1087;SC=AATCGCTAACGCTCTGGGAGG;SOR=1.487;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=2116474;WS=2116456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	2116649	rs2074960	A	G	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=51;NR=40;PP=1584;SC=GGTGCTTGGGACGCCGCTGCT;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=91;WE=2116657;WS=2116639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	2116760	rs78648742	A	G	5474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.45;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	2116764	rs114460651	C	T	5426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.99;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	2117075	rs75223679	G	A	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=11;PP=1305;SC=TGGTGAGTCCGTGTGAGGGAT;SOR=2.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=59;WE=2117083;WS=2117065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	2118692	rs34569645	C	T	4484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=63;PP=2396;SC=TCTGCCTCCCCGGCCTGCTCC;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=84;TCR=63;TR=146;WE=2118700;WS=2118682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr19	2121316	rs11667435	C	T	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=76;PP=2351;SC=GACACCTGGGCAAAAGTGTAC;SOR=1.069;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=59;TCR=76;TR=135;WE=2121324;WS=2121306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr19	2123328	rs76578931	A	G	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=1.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	2123516	rs2072304	A	G	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=35;PP=1191;SC=CGTCAGCCCCACCCACCAATC;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=76;WE=2123524;WS=2123506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	2123712	rs2072305	G	C	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=9;PP=964;SC=CTCCCAAGCCGCAAGATGGCG;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=42;WE=2123720;WS=2123702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	2123928	rs75483641	C	T	6511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=113;NR=119;PP=2965;SC=TGGCCAGCGCCGACACCAACT;SOR=0.858;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=113;TCR=119;TR=232;WE=2123936;WS=2123918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr19	2127272	rs4807203	A	G	3249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=63;PP=2037;SC=CAGTGCCGGCAGCTCAGCTGG;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=48;TCR=63;TR=111;WE=2127280;WS=2127262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	2128987	.	GCC	ACA	518	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=1.0000;HP=7;HapScore=3;MGOF=53;MMLQ=27;MQ=51.96;NF=13;NR=2;PP=518;QD=38.0978583241;SC=GCCCGCCCCCGCCGCTCCGAC;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=15;WE=2128997;WS=2128971;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,15:0.60:25
chr19	2129027	.	GCC	ACA	1693	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=7;HapScore=1;MGOF=24;MMLQ=22;MQ=56.89;NF=32;NR=13;PP=1693;QD=38.8103972192;SC=GCCCGCCCCCGCCGCTCCGAC;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=45;WE=2129037;WS=2129011;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,45:0.85:53
chr19	2244903	rs6510652	T	G	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=24;PP=697;SC=CCTGGGCGCTTGAGTACGGTT;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=2244911;WS=2244893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	2246652	rs2074861	G	A	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=12;PP=962;SC=GGCCTCCCCCGGGGTCCCGCT;SOR=2.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=51;WE=2246660;WS=2246642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	2249477	rs10407022	G	T	4393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=73;PP=2644;SC=CCTCCAGGCAGCCCACAAGAG;SOR=0.837;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=71;TCR=73;TR=144;WE=2249485;WS=2249467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	2250528	rs8112524	G	A	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	2251512	rs7252789	T	A	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=12;PP=630;SC=TCTGCCCAGGTGGCCCCGGCG;SOR=1.005;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=2251520;WS=2251502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	2251817	rs10417628	T	C	10088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=142;NR=191;PP=2965;SC=AAGATGCAGGTCCGTGGGGCC;SOR=1.121;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=334;TCF=142;TCR=192;TR=333;WE=2251825;WS=2251807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr19	2253590	rs3746158	C	T	5653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr19	2255336	rs886363	A	G	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=35;PP=1059;SC=AGCAGGTCCCAGGCCAGGCTG;SOR=1.318;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=61;WE=2255344;WS=2255326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	2271282	rs2074457	T	C	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=7;PP=700;SC=GCGGGGTCTTTTGGCCGAGGC;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=2271290;WS=2271272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	2271323	rs2523175	A	G	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=26;PP=1211;SC=GGCCGCCCGGACGCCCTGGAG;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=73;WE=2271331;WS=2271313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	2271577	rs28384674	CT	C	2242.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=24;PP=1345;SC=GCCACAGGTACTTTCTTGTGC;SOR=0.787;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=34;WE=2271585;WS=2271567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	2271741	rs2074458	G	A	4208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=85;NR=50;PP=2140;SC=GTCCTGTGGGGTGAGTCAGGG;SOR=1.074;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=86;TCR=51;TR=135;WE=2271749;WS=2271731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	2324384	rs10404826	A	G	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=18;PP=515;SC=GCAGCAGACCACGTCTGCGGG;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=2324392;WS=2324374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	2328281	rs11666344	G	A	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.61;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	2337377	rs3752204	C	G	3425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=41;PP=2027;SC=GGTGGGAGAACGGGCAGCTGG;SOR=1.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=66;TCR=41;TR=107;WE=2337385;WS=2337367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	2339949	rs3746285	T	C	11506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.84;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr19	2339958	rs1609752	T	C	10885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.61;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr19	2340046	rs3746287	C	T	4882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=89;PP=2710;SC=GCGGGCCTGGCCCCCGGCCTC;SOR=1.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=65;TCR=89;TR=154;WE=2340054;WS=2340036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr19	2340154	rs5826760	G	GC	3685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=37;PP=1772;SC=TGCGGCGGCTGCCTTCGGCAA;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=42;WE=2340162;WS=2340144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	2340235	rs12460384	C	T	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=16;PP=379;SC=GCCCCTTTGCCGCCCCATAGC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=2340243;WS=2340225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	2341047	rs55818311	C	T	4305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=121;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=68;PP=2293;SC=CGGCGGGCAGCGGAGTCCTCG;SOR=0.718;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=143;TCF=75;TCR=68;TR=141;WE=2341068;WS=2341037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
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chr19	2389958	rs891176	T	A	7463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.16;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
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chr19	2524685	rs4807291	C	A	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.92;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
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chr19	2524925	rs8112435	A	C	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=151;SC=TGCGCACGGGAGTGCATGTGG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=2524933;WS=2524915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	2538074	rs71337145	C	CAAACA	1142.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.71;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	2538760	rs7250546	A	T	4497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=27.26;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr19	2538808	rs142216309	C	T	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=34;PP=989;SC=ACTCTGTCTCCCAGGCTGGAG;SOR=1.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=50;WE=2538816;WS=2538798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	2823257	rs6510702	CT	AC	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=24;PP=1273;SC=TGAGGTACTCCTGCTGCTCCC;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=2823277;WS=2823247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	2823269	rs6510704	G	A	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=22;PP=630;SC=GCTGCTCCCAGGTGTAAAGAG;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=2823277;WS=2823247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	2833576	rs8107668	G	A	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=8;PP=617;SC=TTGAACATCAGTCCGCACAGG;SOR=1.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=2833584;WS=2833566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	2833617	rs8107771	G	A	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=17;PP=970;SC=CTTCTGTCCCGCTGGTTTTCA;SOR=1.358;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=52;WE=2833625;WS=2833607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	2834808	rs8102063	T	C	9123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.444;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=0.156;SC=TCATTGACTGTGGGAAAGCGT;SOR=0.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=327;TCF=153;TCR=174;TR=325;WE=2834816;WS=2834798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,357:1.00:358
chr19	2841360	rs1006717	G	A	3620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=44;PP=2393;SC=ACAGCGCCAGGGGACGGACTG;SOR=1.294;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=77;TCR=44;TR=121;WE=2841368;WS=2841350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	2841695	rs10412693	G	T	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=16;PP=448;SC=GGCGCAGGACGGGAGCCTGGG;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=2841703;WS=2841685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr19	2853566	rs10412087	A	G	8594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=144;NR=146;PP=2965;SC=ATATGAGAAGACATACCGCAG;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=144;TCR=150;TR=290;WE=2853574;WS=2853556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
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chr19	2896818	rs8100809	C	T	4510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=70;PP=2701;SC=CAAATGTCCTCGAAAAGATGA;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=92;TCR=71;TR=161;WE=2896826;WS=2896808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr19	2896948	rs8104326	T	C	7663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.56;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr19	2896953	rs8101379	A	G	7589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.13;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr19	2900865	rs10420989	G	A	149.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=0;PP=34;SC=GGGGCTTAGAGATTGTCCAAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=2900873;WS=2900862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	2900915	rs7255359	G	A	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.26;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	2900916	rs7256762	A	T	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.26;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	2900930	rs12981209	C	T	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	2901114	rs11279103	CGCCGAAGTCT	C	1359.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=2967;SC=AACCAGAGTCCGCCGAAGTCT;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=2901131;WS=2901104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	2915738	rs2043336	T	A	4361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=103;PP=2965;SC=GGGAAAGGACTAAGACAGACA;SOR=1.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=48;TCR=103;TR=151;WE=2915746;WS=2915728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr19	2916048	rs2043335	T	A	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=1.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	2916358	rs34115054	C	CA	280.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5647;FS=3.278;HP=11;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.589;NF=0;NR=15;PP=171;ReadPosRankSum=0.927;SC=GAATTTTAACCAAAAAAAAAA;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=15;WE=2916366;WS=2916348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr19	2917186	rs2288959	T	C	5331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=89;PP=2764;SC=ACGGAAGAACTGACACTGAGG;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=93;TCR=89;TR=182;WE=2917194;WS=2917176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr19	2917287	rs2288958	C	A	4927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=67;PP=2688;SC=GCAGAGAAAACCTACAAATGC;SOR=0.831;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=156;TCF=88;TCR=68;TR=155;WE=2917295;WS=2917277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr19	2917612	rs10410539	T	C	5667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=96;PP=2965;SC=GGATCCACACTGGGGACAAAC;SOR=0.790;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=208;TCF=112;TCR=96;TR=206;WE=2917620;WS=2917602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr19	2933480	rs3786948	C	T	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=5;PP=611;SC=CCACTGTATTCGTAGATTCAC;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=2933488;WS=2933479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	2934282	rs3746073	T	C	3809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=65;PP=2107;SC=CTCGAAAGTATGAGGGACAGC;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=69;TCR=65;TR=134;WE=2934290;WS=2934272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr19	2936443	rs7251272	A	G	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=6;PP=557;SC=CCCTGTGCCCAGCCGATACTT;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=2936451;WS=2936433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	2936623	rs4807371	C	T	2965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.96;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	2939268	rs10410034	A	G	7215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=44;PP=2615;SC=AGGGAATGACACCACCCTTAC;SOR=1.548;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=151;TCF=105;TCR=46;TR=141;WE=2939276;WS=2939258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	2939289	rs12608916	A	C	8851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=148;NR=65;PP=2965;SC=CCAAGGAGGCAAGGTTCCTGC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=149;TCR=66;TR=213;WE=2939297;WS=2939279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr19	2939396	rs12609268	T	C	15147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.21;ReadPosRankSum=0.599;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,576:1.00:578
chr19	2939401	rs12610412	C	G	26053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.46;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,586:1.00:586
chr19	2982047	rs10445609	G	C	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=11;PP=952;SC=AATTTAAGGTGGGGGAGTAGG;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=2982055;WS=2982037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	2982293	rs11673024	T	C	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=41;PP=1017;SC=CCCAGCACTTTGGGAGGCCGA;SOR=1.339;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=71;WE=2982301;WS=2982283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	2989380	rs3746075	C	G	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=36;PP=1105;SC=TTGAGTCTGGCAGAGCCCAGA;SOR=1.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=52;WE=2989388;WS=2989370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	2989697	rs6510730	T	C	3429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=65;NR=58;PP=1583;SC=AGGCCCTGGATGCCAACCTGG;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=65;TCR=58;TR=123;WE=2989705;WS=2989687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	2989810	rs504199	G	T	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	2991814	rs428113	T	C	5009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=78;PP=2859;SC=CTTGACCTGATTGCCTCCCGA;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=88;TCR=78;TR=166;WE=2991822;WS=2991804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr19	2993946	rs35271493	G	A	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=22.59;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	2994107	rs34438430	C	CT	1431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=905;SC=CTGCGGTGGGCTGGGGGCAGG;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=21;WE=2994115;WS=2994097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	2994814	rs439808	T	C	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=23;PP=888;SC=TTTGAAGAGATGATGCTTCAT;SOR=0.876;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=66;WE=2994822;WS=2994804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	2994837	rs401886	A	G	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=27;PP=1115;SC=TTGAGCTGACAGGTGGAGACC;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=73;WE=2994845;WS=2994827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	2994885	rs11084986	G	T	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	2995054	rs144994820	T	TCC	285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=31.75;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr19	3006236	rs3050847	A	AAT	3736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=51;PP=2965;SC=CAGATTGGCCAGAGCCCCACC;SOR=1.666;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=8;TCR=55;TR=59;WE=3006244;WS=3006226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	3009788	rs216284	T	C	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=385;SC=GCCTTTCATTTAGAGTTTCCA;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=3009796;WS=3009778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	3014647	rs1844880	C	A	3818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=66;NR=67;PP=2239;SC=TCATTGTGGTCATGCCCCTGC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=66;TCR=68;TR=133;WE=3014655;WS=3014637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	3017976	rs147508094	CAG	C	1193.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=21;PP=1254;SC=CCACCCCACTCAGAGTCTCTC;SOR=3.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=26;WE=3017985;WS=3017966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	3019899	rs72988931	T	C	5966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.26;ReadPosRankSum=1.295;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,244:0.99:246
chr19	3028871	rs2288950	G	C	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=25;PP=731;SC=CCCGCAGTCCGCACTCACCGG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=3028879;WS=3028861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	3053802	rs425485	T	C	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=71;PP=2105;SC=CCAACCTCCCTGTCCCGGCCC;SOR=2.189;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=43;TCR=71;TR=113;WE=3053817;WS=3053792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
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chr19	3056285	rs58280427	G	C	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.12;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	3061354	rs112386926	C	T	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=11;PP=256;SC=GGCGCCCCCCCTCCTGCCCCA;SOR=3.126;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=3061362;WS=3061344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	3062857	rs11539938	T	C	5169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr19	3062986	rs56193569	C	G	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	3110340	rs143987260	G	A	5579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=96;NR=100;PP=2965;SC=AGGTGAGCCCGCGGGCGCCTG;SOR=0.900;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=198;TCF=96;TCR=102;TR=196;WE=3110348;WS=3110330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr19	3113305	rs1682811	G	C	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=19;PP=1212;SC=AGCTCTCGACGTCTCCCCTGC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=59;WE=3113313;WS=3113295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	3115124	rs10407783	C	T	4978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=101;PP=2951;SC=CTCATTTGCCCGGTGTGCCGG;SOR=1.424;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=60;TCR=101;TR=161;WE=3115132;WS=3115114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr19	3119184	rs308046	T	G	3590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=58;PP=2357;SC=TCTGATTCCCTCTGCCTTCGC;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=57;TCR=58;TR=115;WE=3119192;WS=3119174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	3119405	rs370286	T	G	3868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	3136692	rs411210	T	C	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=12;PP=350;SC=AGGTCAGACATTGGCATCGTG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=3136700;WS=3136682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	3148819	rs8113569	G	T	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=27;PP=844;SC=CAGGGGCCCAGGGCAGGGTTC;SOR=1.316;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=49;WE=3148827;WS=3148809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	3149990	rs170159	G	C	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=1;PP=313;SC=GTGCGGGGGGGTCGGGAGCTC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=3149998;WS=3149986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	3150238	rs310680	A	G	4831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.14;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr19	3155736	rs2074864	T	C	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=18;PP=1069;SC=TTATGGATCTTGGCATATCCC;SOR=1.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=61;WE=3155744;WS=3155726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	3179021	rs34728133	G	A	7191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=0.446;SC=ACATGCGGTCGCGACGCTGGG;SOR=0.354;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=146;TCR=97;TR=241;WE=3179029;WS=3179011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,272:1.00:273
chr19	3186085	rs11551095	G	T	2186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	3193180	rs538197	C	G	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=11;PP=766;SC=GGGACAGTCACTGGGCCCCCT;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=3193188;WS=3193170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	3193484	rs499877	A	G	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=27;PP=745;SC=AGGCGTCCCCATCCCAAGGGC;SOR=1.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=3193492;WS=3193474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	3196122	rs311615	T	C	4586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.955;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=59;PP=2494;ReadPosRankSum=-1.336;SC=GTGCTGGGGATGCCCCCTGGC;SOR=1.291;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=171;TCF=109;TCR=62;TR=167;WE=3196130;WS=3196112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,179:0.98:183
chr19	3198695	rs311620	C	G	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=1;PP=623;SC=AGTGCTGAGGCCGATGCTGGC;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=3198703;WS=3198690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	3198777	rs311621	A	G	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=60;PP=2461;SC=CACCTGCCCCAGGAACAGCCA;SOR=1.026;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=91;TCR=60;TR=150;WE=3198785;WS=3198767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr19	3201323	rs311624	C	T	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=5;PP=305;SC=AGGGGAGCGACCACAGCTGCC;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=3201331;WS=3201313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	3201678	rs12979678	A	G	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=31;PP=957;SC=ACTGCCGGACAGCGCTGCCCA;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=3201686;WS=3201668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	3201695	rs311625	A	G	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=25;PP=772;SC=CCCACCAGGCACCTCTGCAGA;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=3201703;WS=3201685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	3204172	rs8106438	A	G	3129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=55;PP=1778;SC=ATGGGTCCGGAGCTCTGCGGA;SOR=1.104;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=49;TCR=55;TR=104;WE=3204180;WS=3204162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	3205810	.	A	ATT	27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.6467;HP=15;HapScore=2;MGOF=38;MMLQ=19;MQ=58.82;NF=2;NR=1;PP=27;QD=10.0;SC=GCTAAGCTTAATTTTTTTTTT;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=3;WE=3205818;WS=3205804;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr19	3206235	rs482758	A	G	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=4.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	3207338	rs312068	T	C	10184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.44;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr19	3207348	rs312069	G	C	9915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.49;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr19	3273818	rs312928	T	C	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=75;PP=2258;SC=ACCCCCCGCCTGCCACACCCC;SOR=2.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=31;TCR=75;TR=106;WE=3273826;WS=3273798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	3284819	rs3746064	T	C	2823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=52;NR=39;PP=1596;SC=TTTGTTGCTGTCCTTGCGGCT;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=91;WE=3284827;WS=3284809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	3285012	rs59656659	T	C	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=31;PP=1033;SC=CGCCCCCGCCTAGGGCCCCGC;SOR=2.409;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=42;WE=3285020;WS=3285002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	3293593	rs313784	A	G	2627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=74;PP=2093;SC=GTGATGCTTCAAGAGGCTACA;SOR=5.969;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=3;TCR=74;TR=77;WE=3293601;WS=3293583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr19	3448869	rs4807473	A	G	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=10;PP=1182;SC=TAATGGGCTCACAGCCTCTCC;SOR=3.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=59;WE=3448877;WS=3448859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	3452683	rs8105687	A	G	9718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=146;NR=200;PP=2965;SC=GGCGGGGCGCATTCGGGCCTC;SOR=1.139;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=347;TCF=146;TCR=201;TR=346;WE=3452691;WS=3452673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr19	3456705	rs117299764	G	A	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=22;PP=971;SC=GGCTCAGGGCGAAGAGGGCCT;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=49;WE=3456713;WS=3456695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	3539444	rs7258234	T	G	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=818;ReadPosRankSum=-0.713;SC=CACTGTGGGGTCTACAGACCT;SOR=1.230;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=32;WE=3539452;WS=3539434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr19	3543478	.	GC	G	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.448;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.956;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
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chr19	3610502	rs740349	G	A	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=6;PP=397;SC=AGGGACCACCGGGCCCCAGTT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=3610510;WS=3610492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	3611146	rs2074786	A	G	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=42;PP=1532;SC=CCCTGTGCTCAGAGGTGGGGG;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=45;TCR=42;TR=87;WE=3611154;WS=3611136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	3611186	rs758016	C	T	5678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.02;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
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chr19	3611765	rs2369188	A	G	5991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr19	3611972	rs2158935	G	A	11192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=205;NR=185;PP=2965;SC=GGAAGATGCCGTTGGCAAACT;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=392;TCF=206;TCR=186;TR=390;WE=3611980;WS=3611962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr19	3612914	rs6510763	T	C	3449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=68;PP=1801;SC=GGTGACGGAATGCACGCTCAG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=50;TCR=68;TR=117;WE=3612922;WS=3612904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	3613346	rs2074789	G	A	3280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=56;PP=1964;SC=GGTGGGCGCCGCGTCCTCAGG;SOR=0.955;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=51;TCR=57;TR=107;WE=3613354;WS=3613336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	3613400	rs2240504	C	G	4941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=44;PP=1868;SC=GGAGGCTGCCCACGGCCCCTC;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=100;WE=3613408;WS=3613390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	3613422	rs2074790	G	A	5561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=55;PP=2095;SC=ATCCTGCTCCGCGTCTGCATC;SOR=0.844;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=69;TCR=56;TR=124;WE=3613430;WS=3613412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	3613596	rs57918402	A	G	3636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=59;PP=1976;ReadPosRankSum=-0.838;SC=TGGGACGCAGAGCCGGGGTCA;SOR=0.381;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=120;TCF=57;TCR=63;TR=116;WE=3613604;WS=3613586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,135:0.99:136
chr19	3614403	rs7255692	T	C	4208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=47;PP=2525;SC=ACCGGGCCCGTGCCATGTGGG;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=91;TCR=48;TR=138;WE=3614411;WS=3614393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr19	3623229	rs7252821	A	T	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.46;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	3623505	rs7252742	C	T	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=13;PP=1105;SC=CCAGCCTGGGCGACAGAGCGA;SOR=2.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=57;WE=3623513;WS=3623495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	3623534	rs7253265	A	G	2905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=32;PP=1783;SC=GTCAAAAAAGAAAGCTGATAG;SOR=1.374;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=96;WE=3623542;WS=3623524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	3626476	rs4806945	T	C	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.27;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	3633273	rs542690	G	C	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=25;PP=857;SC=GAGACACTTAGCCCACGGCCA;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=45;WE=3633281;WS=3633263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	3637395	rs10408855	T	C	13640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,522:1.00:522
chr19	3638041	rs1879038	G	C	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	3641672	rs3815338	C	T	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=16;PP=1053;SC=AGCAGGTGGGCGCCCCGACCT;SOR=1.508;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=58;WE=3641680;WS=3641662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	3645947	rs12460780	G	A	6422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr19	3647440	rs4806948	A	G	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=40;PP=1302;SC=ATGCCAGGCCACCTCACTCAG;SOR=0.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=85;WE=3647448;WS=3647430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	3653525	rs2074957	C	T	4495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=86;PP=2536;SC=TCTTGCCCCCCGACTGCACGC;SOR=1.284;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=60;TCR=86;TR=146;WE=3653533;WS=3653515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr19	3656652	rs10432303	G	A	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=24;PP=693;SC=AACTGATGACGGGTCGCTGCA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=3656660;WS=3656642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	3660944	rs3826944	G	A	12424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,483:1.00:483
chr19	3667461	rs7257360	T	C	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=40;PP=942;SC=TGTGTAACTCTGCGTGGGGCT;SOR=3.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=48;WE=3667469;WS=3667451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	3730041	rs7258176	C	T	7579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr19	3731783	rs8101530	G	A	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=9;PP=1082;SC=ATCAGATCTCGGGTCCTACGG;SOR=2.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=48;WE=3731791;WS=3731773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	3731847	rs1879039	C	T	4945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=60;PP=2965;SC=TGGGAGGGCCCGCACCTGGAC;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=111;TCR=61;TR=171;WE=3731855;WS=3731837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr19	3731985	rs1879040	G	A	7189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=106;NR=131;PP=2965;SC=TTACAGATTCGGGCCTGGCTG;SOR=0.989;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=107;TCR=132;TR=237;WE=3731993;WS=3731975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr19	3738649	rs599587	A	C	2524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=46;PP=1285;SC=GGTGACGCAGAGGAAGCAGGA;SOR=1.099;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=85;WE=3738657;WS=3738639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	3738971	rs600986	A	G	5329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=97;NR=86;PP=2798;SC=AGCCCAGTCCACCGTCTGGCC;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=97;TCR=86;TR=183;WE=3738979;WS=3738961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr19	3740658	rs10416362	T	G	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
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chr19	3762926	rs7245624	G	A	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=35;PP=1016;SC=CAAGCGCAGAGAGGCGGATGC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=3762934;WS=3762916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	3767265	rs7239	C	T	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=20;PP=1232;SC=TCAGGCTGTTCGAGATGAACT;SOR=1.576;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=65;WE=3767273;WS=3767255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	3771880	rs11085039	C	T	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=18;PP=755;SC=GGCCGGCATGCGCTCTGCATC;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=3771888;WS=3771870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	3772325	rs10419790	T	C	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=46;PP=1012;SC=CACTTGGTCCTGGGCTGTTCT;SOR=1.997;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=64;WE=3772333;WS=3772315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	3779934	rs12610723	A	C	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=721;ReadPosRankSum=-1.249;SC=TGAAACACAGACCCCATGCTC;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=38;WE=3779942;WS=3779924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
chr19	3781566	rs11671881	C	A	7697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr19	3783070	rs3746115	G	A	4862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=52;PP=2965;SC=CCTTCCTCCCGGACTGGGCTA;SOR=1.431;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=107;TCR=52;TR=159;WE=3783078;WS=3783060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr19	3784757	rs2074976	T	G	4010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr19	3785223	rs4807509	T	G	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=33;PP=1090;SC=CACAGGCCAGTCGGCTGGCAC;SOR=1.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=48;WE=3785231;WS=3785213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	3806162	rs8109765	T	C	3567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=70;PP=2178;SC=CCCCGCCCGCTCTGCTCCCCG;SOR=1.241;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=118;WE=3806170;WS=3806152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr19	3811457	rs10413220	G	C	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=647;ReadPosRankSum=-2.072;SC=GCCCCTCGACGCTTTTTTTTT;SOR=1.236;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=35;WE=3811466;WS=3811446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,39:0.91:43
chr19	3819275	rs2301840	A	T	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=28;PP=806;SC=GTCTGTGGGGACCCTTGGGGA;SOR=1.493;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=40;WE=3819283;WS=3819265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	3820191	rs2301843	C	T	2320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=46;NR=28;PP=1078;SC=TGGAGTGGGGCGCTGGCGGGT;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=74;WE=3820199;WS=3820181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	3820293	rs2301844	A	G	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=31;PP=1243;SC=AGCCGCCTGCAGGACCGAGAC;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=79;WE=3820313;WS=3820283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	3820305	rs2301845	T	G	2566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=33;PP=1358;SC=GACCGAGACGTGACAGAGCAT;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=81;WE=3820313;WS=3820283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	3820389	rs2301846	A	C	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=33;PP=1052;SC=GCAAGGAAGGAAGGGCCAAAG;SOR=1.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=59;WE=3820397;WS=3820379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	3820441	rs2301847	A	G	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=21;PP=570;SC=TGCCTGCTGTATGCACAGAAG;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=3820449;WS=3820431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	3822008	rs28510805	C	G	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=8;PP=1454;SC=GGCCCGACCACAGGCCTCCCA;SOR=3.422;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=56;WE=3822016;WS=3821998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	3823192	rs34503630	T	C	5272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr19	3823237	rs2240231	G	A	7917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr19	3831198	rs12461577	A	G	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=11;PP=703;SC=ACCTTCTTTCAGCAGGCAGCG;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=3831206;WS=3831188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	3831449	rs2240232	G	A	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=28;PP=1220;SC=CGCGGGCGGCGGGGGCAGCTG;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=67;WE=3831457;WS=3831439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	3831525	rs2240233	C	A	3550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.142;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=43;PP=1784;ReadPosRankSum=1.695;SC=GCGGAGTACACCGACGCGTCA;SOR=0.343;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=66;TCR=44;TR=109;WE=3831533;WS=3831515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr19	3831765	rs2240235	G	A	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=26;PP=922;SC=GGTGTATCCCGAGGACAAGGT;SOR=1.094;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=3831773;WS=3831755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr19	3869128	rs35860262	C	T	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=22;PP=641;SC=GCGCGAAGCCCTCACCTTCTC;SOR=3.056;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=27;WE=3869136;WS=3869118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr19	4024020	rs2028827	G	A	7962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.03;QD=25.28;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
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chr19	4117705	rs350890	T	C	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=40;PP=1254;SC=CCGTGGTGCATCGGCCCCCAG;SOR=1.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=64;WE=4117713;WS=4117695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	4169998	rs350852	G	A	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=3;PP=287;SC=CTGACCTGCCGAGTAACCTTG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=4170006;WS=4169992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	4170378	rs350851	G	A	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=15;PP=412;SC=AGGCCGAGGCGGGTGGATCAC;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=4170386;WS=4170368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr19	4177331	rs350843	A	C	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=9;PP=239;SC=GGGCAAGTGGACCAACCTCTC;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=4177339;WS=4177321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	4180836	rs352493	C	T	6052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr19	4202683	rs352513	T	C	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=6;PP=263;SC=CCTCAAATTCTCAGCTGCTTC;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=4202691;WS=4202673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	4217207	rs353693	T	G	4973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=87;NR=75;PP=2574;SC=AGGGATGGAATCCACAGGAGT;SOR=0.803;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=87;TCR=75;TR=162;WE=4217215;WS=4217197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr19	4229635	rs400089	A	G	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=57;PP=1918;SC=CCCCTGGGGGACTGGGGGGCC;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=51;TCR=57;TR=107;WE=4229643;WS=4229625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	4236996	rs4740	G	A	4207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr19	4237067	rs4905	A	G	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	4250917	rs3803907	G	A	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.24;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	4250991	rs3803908	A	G	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr19	4254211	rs10853970	T	C	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	4254308	rs11085067	T	C	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=13;PP=529;SC=AAGATTCTAGTGCCTGGGGAT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=4254316;WS=4254298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	4254375	rs11085068	C	T	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.37;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	4267954	.	CT	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=1.252;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr19	4268543	rs4807565	G	C	4644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=101;NR=54;PP=2729;SC=CCTGTCTGCTGTGGAGCTGAG;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=101;TCR=54;TR=155;WE=4268551;WS=4268533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr19	4280186	rs10419363	C	T	8943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr19	4292961	.	C	CT	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=2.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.633;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.372;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,21:0.24:86
chr19	4294542	rs12977100	C	T	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	4297855	rs112590213	TA	T	390.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=0.792;QD=12.60;ReadPosRankSum=0.990;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,27:0.87:31
chr19	4297925	rs12459030	G	C	4543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=25.38;SOR=1.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr19	4302173	.	T	C	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.415;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=172;ReadPosRankSum=-0.194;SC=CAGAGGATCCTTCCTTAATCC;SOR=0.328;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=14;WE=4302181;WS=4302163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr19	4302504	rs888933	C	G	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=56;PP=1642;SC=GGTGTTCCAGCCTGCTGGGGG;SOR=1.489;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=86;WE=4302512;WS=4302494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	4304855	rs62129299	A	G	180.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=10;PP=261;SC=CCCCGCCTCCACCCCAGCTGC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=4304863;WS=4304845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	4306311	rs4807578	T	C	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=28;PP=903;SC=GTGCCAGCCGTACCTACGAGC;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=4306319;WS=4306301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	4308098	rs11669091	T	C	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=32;NR=34;PP=1112;SC=TTGGCAAAAGTACATACTGAT;SOR=1.032;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=66;WE=4308106;WS=4308088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	4357555	rs4807583	A	G	7195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr19	4402840	rs77734548	G	A	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=1;NR=2;PP=25;SC=CGAGGGGAAGGGGGGGCGCGG;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=4402848;WS=4402830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	4408751	rs243347	A	G	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=9;PP=681;SC=GATTACAGGCATGAGCCACCA;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=4408759;WS=4408741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	4442999	rs243383	T	G	3922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=85;NR=53;PP=2239;SC=CACCCTGACCTCGAGCCCACT;SOR=1.036;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=87;TCR=53;TR=138;WE=4443007;WS=4442989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	4453235	rs72990638	C	T	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=2;PP=605;SC=GGCTCGTGTACCTGAGGCCCA;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=4453243;WS=4453234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	4453324	rs376965	T	C	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	4454000	rs11909	G	A	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=36;PP=1468;SC=GGGCTAGGGCGGCAGCGGCTG;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=89;WE=4454008;WS=4453990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	4457496	rs10425328	CG	GC	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=39;NR=5;PP=2417;SC=CTGACCCTCGCGTGCCGCTCC;SOR=2.362;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=44;WE=4457505;WS=4457486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	4472447	rs57169858	TG	T	489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.65;ReadPosRankSum=0.875;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr19	4472460	rs182316418	G	T	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.49;ReadPosRankSum=1.161;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr19	4498440	rs2288924	T	C	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=39;NR=29;PP=836;SC=CTCCCTTAGATGTCTCGGGAA;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=68;WE=4498448;WS=4498430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	4498700	rs10406139	A	T	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=475;SC=TTCTGCAGATACAGCTCCCCT;SOR=3.014;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=4498708;WS=4498697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	4499023	rs67274054	C	T	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=28;PP=784;SC=CCTGGGTCAGCGAGGAGGCCG;SOR=1.559;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=4499031;WS=4499013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	4499632	rs72100503	AAGCTGGCCGGGGAGG	A	2617.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=31;PP=2933;SC=GGCCGAGGAGAAGCTGGCCGG;SOR=1.498;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=60;TCF=7;TCR=53;TR=36;WE=4499654;WS=4499622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	4502287	rs7254167	G	T	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=19;PP=513;SC=TGGGGCGCAGGCGGCAGTGTC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=4502295;WS=4502277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	4508945	rs8105775	A	G	6084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr19	4510377	rs11458793	C	CA	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=6.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.811;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.195;SOR=0.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,18:0.23:78
chr19	4510560	rs7251858	C	T	9286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=155;NR=161;PP=2965;SC=TGTGTGGTGGCCAAAAGCCCC;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=317;TCF=156;TCR=161;TR=316;WE=4510568;WS=4510550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr19	4511140	rs7255715	C	G	14079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.16;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
chr19	4511341	rs74202324	T	C	2522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=674;ExcessHet=3.0103;FS=8.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQRankSum=-5.007;QD=3.78;ReadPosRankSum=-8.049;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:514,154:0.23:668
chr19	4511350	rs7259721	T	A	20539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=687;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=324;NR=273;PP=2962;SC=CTTTGGCCACTTTCGCAGCAC;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=597;TCF=324;TCR=273;TR=597;WE=4511358;WS=4511331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,685:1.00:685
chr19	4511453	rs7255187	G	A	18375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=382;NR=367;PP=2965;SC=GGCCACGTTCGCAGCACCGGT;SOR=0.699;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=791;TCF=415;TCR=376;TR=749;WE=4511461;WS=4511443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,710:1.00:710
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chr19	4511935	rs113821070	T	C	3233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=808;ExcessHet=3.0103;FS=0.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-13.943;QD=4.02;ReadPosRankSum=-7.688;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:682,123:0.15:805
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chr19	4512447	rs373218885	C	G	8410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=11.297;NF=152;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=2.494;SC=ACGTTCACAGCCCCTGTGAGC;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCF=156;TR=306;WE=4512455;WS=4512437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,314:0.99:316
chr19	4512669	rs55901236	T	C	9202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=1.542;SC=CTGCAGACGGTGTCCTTTGTA;SOR=0.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=329;TCF=175;TCR=154;TR=325;WE=4512677;WS=4512659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,344:1.00:345
chr19	4513143	rs4807595	C	T	9933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=1.435;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.11;MQRankSum=5.449;QD=41.05;ReadPosRankSum=0.889;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,234:0.97:242
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chr19	4513144	rs4807596	A	G	9933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=1.434;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.14;MQRankSum=5.488;QD=40.55;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,237:0.97:245
chr19	4513559	rs4807597	A	G	7623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=147;PP=2965;SC=GCTGGACACCACCTCCTTGGT;SOR=1.084;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=107;TCR=148;TR=254;WE=4513567;WS=4513549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr19	4525009	rs199793340	C	T	4959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
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chr19	4529622	rs147345372	TACACACACACAC	T	1110.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;QD=39.67;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	4544645	rs28731213	T	A	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.57;SOR=4.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	4546592	rs112691576	T	TTTAA	636.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.45;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	4548015	rs4807602	G	A	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=17;PP=1146;SC=TCCCGCCCACGGCTGGCCTGG;SOR=1.439;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=63;WE=4548023;WS=4548005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	4548245	rs10853972	C	A	11065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=208;NR=173;PP=2965;SC=CTCCTGCTGGCGACCCCTTCC;SOR=0.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=383;TCF=209;TCR=174;TR=381;WE=4548253;WS=4548235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr19	4550698	rs2043328	C	T	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=11;PP=505;SC=AACTGTATAACGGGTACAGCT;SOR=1.121;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=30;WE=4550706;WS=4550688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	4554583	rs1610094	A	C	2302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=52;PP=1577;ReadPosRankSum=-1.136;SC=AAGGGGGGACATAGGCTGGTT;SOR=0.833;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=74;WE=4554591;WS=4554573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr19	4555310	rs10853973	T	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	4556816	rs62115778	C	A	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=0;PP=517;SC=CCAGGGCTGGCAGTTGGGCGG;SOR=5.211;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=24;WE=4556824;WS=4556806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	4556978	.	C	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=2.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,46:0.23:204
chr19	4557056	rs10422881	A	C	4065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	4557299	rs17434453	C	T	7072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr19	4557437	rs11673058	C	T	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=42;PP=1154;SC=CTGCCCGGCACGCCCCACGGA;SOR=2.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=55;WE=4557445;WS=4557427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	4695359	rs34206268	C	A	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=21;PP=821;SC=AGGGCCCAGGCGGGCATACAG;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=52;WE=4695367;WS=4695349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	4714044	rs2277733	T	C	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=10;PP=603;SC=CAGGGAACTGTGGTCCCAGAT;SOR=1.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=4714052;WS=4714034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	4720031	rs3833278	C	CCCT	2391.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=32;PP=1730;SC=CCCCTTCGCCCCCTCCTCATT;SOR=2.303;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=33;WE=4720060;WS=4720021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	4720042	rs11672100	G	T	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=32;PP=945;SC=CCTCCTCATTGCTCCAGGCAG;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=4720060;WS=4720021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	4720052	rs3833277	G	GC	1807.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=30;PP=907;SC=GCTCCAGGCAGCCCCCCAAGC;SOR=3.086;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=30;WE=4720060;WS=4720021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	4723670	rs2277732	C	A	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=5;PP=461;SC=GGACGAGGCGCGCGGGCGCTG;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=4723678;WS=4723660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	4769740	rs11878617	C	A	3957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=60;NR=77;PP=2379;SC=GGCTCCGTTTCGTCTCCAGAA;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=60;TCR=77;TR=137;WE=4769748;WS=4769730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	4772449	rs2885717	C	T	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=51;PP=1546;SC=CTGCTGTGTCCCCAGCGCCTG;SOR=2.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=11;TCR=51;TR=62;WE=4772471;WS=4772439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	4772463	rs3760951	C	T	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=40;PP=1151;SC=GCGCCTGGTCCGGGGCCCGGC;SOR=3.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=45;WE=4772471;WS=4772439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	4844665	rs36066928	TC	T	1009.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=10;PP=737;SC=CACCCCCCAGTCCCCTCATGG;SOR=1.609;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=20;WE=4844673;WS=4844655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	4847713	rs9973235	A	G	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=22;PP=1142;SC=CAGGCTTAGGACCTGCGACAG;SOR=1.263;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=61;WE=4847721;WS=4847703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	4847868	rs10406652	G	A	5997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.46;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr19	4847874	rs9304915	A	G	5884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.92;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	4852106	rs2271058	A	G	25320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=961;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=468;NR=444;PP=2965;SC=ACCCCACTCAACACCATCTGG;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=912;TCF=468;TCR=444;TR=912;WE=4852114;WS=4852096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,956:1.00:956
chr19	4859937	rs8289	T	C	1736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	4890914	rs2656938	A	G	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=129;SC=GGGGAGACACAGATACCTAAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=4890922;WS=4890909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	4896948	rs35308440	C	CT	679.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.688;QD=13.33;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=0.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,39:0.76:51
chr19	4902754	rs2779168	G	A	5953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr19	4929124	rs5826865	GC	G	2500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=23;PP=939;SC=GATGCAGATTGCCCCCCCCCC;SOR=1.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=49;WE=4929133;WS=4929114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	4929413	rs2251520	T	C	5004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	4929473	rs2123731	A	G	3671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=75;PP=2186;SC=ATGAGACGGAATTGGGGCTGT;SOR=1.213;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=53;TCR=76;TR=128;WE=4929481;WS=4929463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	4932993	rs963277	C	T	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=46;PP=1455;SC=CTGGGGCGAGCCCTTCCTCTC;SOR=1.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=74;WE=4933001;WS=4932983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	4944555	rs2602730	G	A	4840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr19	4945914	rs2250982	A	C	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	4945917	rs2250981	C	T	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.67;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	4945974	rs2250978	T	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	4950770	rs2307213	C	T	4303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.59;QD=26.24;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr19	4954679	rs55946225	G	GC	2535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=26;PP=2521;SC=CCCGAGCAGGGCGGGTCCCCG;SOR=1.296;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=55;WE=4954687;WS=4954669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	5041178	rs2240678	T	C	5876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.01;ReadPosRankSum=2.472;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,233:0.99:235
chr19	5047442	rs141865002	T	TG	2875.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=20;PP=1757;SC=TCGCAGGTTCTGGGGGTGGCC;SOR=1.927;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=48;WE=5047450;WS=5047432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	5111994	rs2613736	A	G	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=29;PP=762;SC=GCCAGGCACGATCGCTCACAC;SOR=1.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=5112002;WS=5111984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	5132051	rs2620839	G	A	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=41;PP=1199;SC=GGCTCTCATCGGCCCTGCTCC;SOR=1.678;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=61;WE=5132059;WS=5132041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	5135392	rs2620836	A	G	6779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=125;NR=101;PP=2965;SC=CTCCCTCGGAAAGGGCTGCCC;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=125;TCR=101;TR=226;WE=5135400;WS=5135382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
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chr19	5151384	rs201917119	G	C	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr19	5661896	.	AT	A	561.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,47:0.77:61
chr19	5663920	rs3745628	T	G	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=27;PP=1540;SC=GAGAGAACACTCTTGGTGAAA;SOR=1.464;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=87;WE=5663928;WS=5663910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr19	5687059	rs113901360	G	C	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr19	5707204	rs945828	T	C	3336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=55;PP=1515;SC=GGCATCTGTGTGTGTAGGGCC;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=56;TCR=55;TR=111;WE=5707212;WS=5707194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
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chr19	5720074	rs11551011	G	T	2952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=43.912;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=97;PP=2748;ReadPosRankSum=1.062;SC=GCGGCGGCCAGCATCGGCCGC;SOR=4.021;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=120;TCF=22;TCR=98;TR=113;WE=5720082;WS=5720064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,125:0.96:130
chr19	5733771	.	AT	A	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=1.274;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr19	5749171	rs72983139	A	G	3913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=88;PP=2447;SC=CAATCTGGGCATCGTGCCAAG;SOR=1.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=44;TCR=88;TR=132;WE=5749179;WS=5749161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	5759231	rs11879365	T	G	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=39;PP=1189;SC=GAGAAGCAGGTCTGAGATCAG;SOR=1.437;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=5759239;WS=5759221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr19	5768331	rs10680062	T	TTTTA	1404.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=34;PP=1725;SC=AAATTAGGAATTTTATTTATT;SOR=5.728;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=0;TCR=55;TR=34;WE=5768339;WS=5768321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	5775337	rs1026466	G	C	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	5778517	rs2305925	A	T	7423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=122;PP=2965;SC=GGCCTACAAGACCCCCAAGCT;SOR=0.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=116;TCR=122;TR=237;WE=5778525;WS=5778507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr19	5783634	rs2446210	T	C	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.89;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	5783712	rs2446211	C	T	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.15;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	5783905	rs3745640	G	A	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	5784314	rs10410693	G	A	4103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=65;PP=2418;SC=ACTTAGGGACGGGGCAGGGGC;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=60;TCR=65;TR=125;WE=5784322;WS=5784304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	5784370	rs2446212	C	T	4095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=60;PP=2288;SC=TCGTCAAGGGCTCAGGGGAGG;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=65;TCR=61;TR=125;WE=5784378;WS=5784360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	5785113	rs3826798	C	T	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=8;PP=572;SC=AGGTGGGGGCCGAGGAGGGGC;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=5785121;WS=5785103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr19	5786815	rs10811	G	A	3397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	5786901	rs1128792	C	T	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	5788228	rs113274115	GCA	G	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-1.722;QD=0.32;ReadPosRankSum=-2.595;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:394,46:0.10:440
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chr19	5832589	rs9807877	A	C	5226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=107;PP=2965;SC=GGGTCAGAGTATCTGGGAAGT;SOR=1.341;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=69;TCR=107;TR=176;WE=5832597;WS=5832579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	5844537	rs778986	A	G	8672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=161;NR=143;PP=2965;SC=CACGATGACCATGTCTGCCTG;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=304;TCF=161;TCR=143;TR=304;WE=5844545;WS=5844527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr19	5844649	rs812936	G	A	3841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.44;SOR=2.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
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chr19	5866654	rs778983	A	G	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.51;QD=26.22;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
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chr19	5867748	rs778971	G	T	6314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=89;NR=124;PP=2965;SC=GGTCAGAGTAGCTGGGAAGAG;SOR=1.164;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=89;TCR=124;TR=213;WE=5867756;WS=5867738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr19	5892317	rs1626918	C	T	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=5;PP=449;SC=CCTCAGCGCGCGCATCCGTGG;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=5892325;WS=5892307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	5892382	rs1678867	C	T	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=16;PP=852;SC=CCTGGAGGGCCGGGGAAGGGC;SOR=1.092;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=5892390;WS=5892372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	5892433	rs1627779	C	T	2302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	5892486	rs1628564	C	T	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
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chr19	5892743	rs10432306	C	T	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=42;PP=1772;SC=CCCTGCCGGCCGCAGTAGAGA;SOR=0.916;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=102;WE=5892751;WS=5892733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	5892770	rs1631032	C	T	2838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.06;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
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chr19	5905141	rs10406399	G	A	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=11;PP=343;SC=GGTAGGCGGAGGCAGAGCCGA;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=5905149;WS=5905131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	5928185	rs274793	T	C	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=23;PP=499;SC=CACCAGATCATGTACTCCACA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=5928193;WS=5928175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	5978210	rs62107180	C	T	5608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=122;PP=2965;SC=GCGGCCAGCTCGCGCCTGCGC;SOR=1.598;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=67;TCR=122;TR=188;WE=5978218;WS=5978200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr19	6141471	rs10853992	C	A	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=13;PP=781;SC=TTGGCCTCATCCCTACAGCCC;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=6141479;WS=6141461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	6141758	rs9304926	G	T	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=14;PP=400;SC=CCACCCTTTTGTTTTGAGACA;SOR=2.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=6141766;WS=6141748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	6141809	rs9304927	G	A	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=8;PP=297;SC=CAGTGGTGCAGTCATAGCTCA;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=6141817;WS=6141799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	6147342	rs184523718	A	C	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=5;PP=355;SC=TCACCCTAGAAGGGGATTAAT;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=6147350;WS=6147332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	6147743	rs9304929	G	C	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=38;PP=1168;SC=ATAGGTAACAGACATACATAC;SOR=2.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=6147751;WS=6147733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	6151549	rs10422296	T	C	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=12;PP=533;SC=CTCGAACTTCTGGCCTCAAGC;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=6151557;WS=6151539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	6151703	rs7252466	C	T	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	6156483	rs4807840	T	C	8104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
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chr19	6418142	rs2860167	C	T	7066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=146;PP=2965;SC=TGCCCCACACCCCCCCACCTC;SOR=1.423;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=235;TCF=87;TCR=148;TR=233;WE=6418150;WS=6418132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr19	6443675	rs348341	G	A	2728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
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chr19	6469042	rs150679157	CT	C	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.560;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.916;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,28:0.26:106
chr19	6495064	rs446199	C	G	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.12;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr19	6590789	rs344589	A	G	5072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	6665020	rs344560	T	C	14750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=250;NR=266;PP=2965;SC=ACGACCACCTTCTCCCCAGCC;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=516;TCF=250;TCR=266;TR=516;WE=6665028;WS=6665010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,550:1.00:550
chr19	6677989	rs17030	G	A	4591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=95;NR=53;PP=2399;SC=CGTCCTCCTCGGGCCAGTGCT;SOR=0.960;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=95;TCR=54;TR=148;WE=6677997;WS=6677979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr19	6679360	rs344555	T	C	3033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=40;PP=1716;SC=ATGGGATAGATGACCTGGGTA;SOR=1.054;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=64;TCR=40;TR=104;WE=6679368;WS=6679350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	6679511	rs2277984	C	T	7725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr19	6679563	rs2277983	T	C	4967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=77;NR=90;PP=2294;SC=CCAAAGACCATGCCTGGGAGG;SOR=0.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=77;TCR=91;TR=167;WE=6679571;WS=6679553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr19	6685230	rs2241394	G	C	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=22;PP=700;SC=GGGGGATAAAGAGGTTCAAAT;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43;WE=6685238;WS=6685220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	6685304	rs2241393	G	C	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=12;PP=332;SC=ATAACTGGAGGTCACTGGACT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=6685312;WS=6685294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	6689298	.	A	ACCCCACAGTCCCCCAC	2843.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.304;HP=4;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.363;NF=0;NR=23;PP=2963;ReadPosRankSum=1.377;SC=GATTTGTCTGACCCCACCTCT;SOR=5.577;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=23;WE=6689306;WS=6689288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr19	6689343	.	C	T	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.98;QD=18.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr19	6689346	rs141412883	C	A	30.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;QD=15.39;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:0,2:1.00:2
chr19	6690460	rs11569513	C	G	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=267;SC=TATTAGAGGGCGGGTCTGTAT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=6690468;WS=6690450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	6690571	rs11569511	C	T	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=15;PP=835;SC=GGCAACCTCTCACTCTCCAAG;SOR=1.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=55;WE=6690579;WS=6690561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	6690742	rs11569510	A	G	3606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.98;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	6690744	rs11569509	A	G	3606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.66;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	6690746	rs11569508	A	G	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.21;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	6690771	rs3745567	C	T	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=30;PP=836;SC=AGGATGGGGTCACCGGTGTGT;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=6690779;WS=6690761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	6690805	rs11569507	T	C	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=17;PP=511;SC=TCATCCCCCCTTGCAGATTCA;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=6690813;WS=6690795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	6693317	rs2241389	G	A	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=285;SC=GTCCAGGGCTGTTTGGGCAAG;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=6693325;WS=6693307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	6693387	rs389404	G	A	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=17;PP=864;SC=TGAGGGTGGGGAGTATGCATG;SOR=1.123;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=48;WE=6693395;WS=6693377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	6693636	rs400443	A	G	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=5;NR=12;PP=331;SC=GGACCTTAAAAAGGGAAGGAC;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=6693644;WS=6693626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	6696496	rs2287847	T	C	9207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=167;NR=154;PP=2965;SC=GAGTGAGAGATACCGATGGCT;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=321;TCF=167;TCR=154;TR=321;WE=6696504;WS=6696486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
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chr19	6702598	rs406514	G	A	5719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=104;PP=2965;SC=TACCTGCAGGGGGTTTAGATC;SOR=1.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=87;TCR=104;TR=191;WE=6702606;WS=6702588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
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chr19	6710584	rs112132860	GGA	G	785.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.05;ReadPosRankSum=0.378;SOR=2.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,25:0.89:28
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chr19	6718534	rs2250656	T	C	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=33;PP=1028;SC=TTCTTGGTCTTCCGAGGTGGC;SOR=3.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=39;WE=6718542;WS=6718524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	6731057	rs2279624	T	C	4467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr19	6731766	rs1702375	C	A	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	6732018	rs2291666	C	T	8361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=0.042;SC=AGCCTCAGCCCGGGGGCAGGG;SOR=0.851;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=315;TCF=176;TCR=139;TR=312;WE=6732026;WS=6732008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,324:0.99:326
chr19	6737481	rs340138	T	C	9073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=179;NR=131;PP=2965;SC=CAGCGCCAGCTGGTGGATGCG;SOR=0.962;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=311;TCF=180;TCR=131;TR=310;WE=6737489;WS=6737471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr19	6737509	rs339401	G	A	9965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr19	6739749	.	TGCG	T	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-0.374;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,6:0.12:52
chr19	6739934	rs344633	T	C	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=17;PP=502;SC=CACCCTCCGCTCTCTCTCGAA;SOR=2.387;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=23;WE=6739942;WS=6739924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	6743399	rs381897	A	T	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.07;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	6743405	rs2277986	A	G	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.82;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	6743634	rs339407	G	C	2488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=11.500;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.02;ReadPosRankSum=1.898;SOR=5.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr19	6744762	rs339405	A	C	9653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=187;NR=140;PP=2965;SC=AGAGGGAGGTACCCATAGGCT;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=329;TCF=187;TCR=142;TR=327;WE=6744770;WS=6744752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr19	6753363	.	C	T	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=5;PP=752;SC=CTCCGGGAGGCGTGGCGAGAG;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=6753371;WS=6753353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	6754774	rs168129	C	A	6252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=113;PP=2965;SC=TCAGGTGAAGCGTGATTATGT;SOR=0.913;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=102;TCR=113;TR=214;WE=6754782;WS=6754764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr19	6820951	rs164016	C	T	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=20;PP=622;SC=ATATACAAGACGCAAATAGCA;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=29;WE=6820959;WS=6820941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	6825032	rs12979659	T	C	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	6828040	rs164022	G	C	4641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr19	6832060	rs625828	T	A	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=13;PP=702;SC=TCCCACCCTCTGCGGGGGCAG;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=6832068;WS=6832050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	6833072	rs308200	C	T	258.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=154;SC=GACCCAAAAGCCAATCAATGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=6833080;WS=6833062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	6833777	rs186295	A	G	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=25;PP=997;SC=CCTGTGTACCACAAATAATGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=55;WE=6833785;WS=6833767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	6833989	rs308199	G	T	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=20;PP=596;SC=GTTGCTGTGTGGGGGCAGGAG;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=6833997;WS=6833979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	6836271	rs308196	A	C	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=231;SC=AAATAGTTTTACAAAGAGTAT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=6836279;WS=6836261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	6836836	rs308194	G	A	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=1;PP=593;SC=CCATTGAGCAGAGAGATGGAC;SOR=4.548;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=21;WE=6836877;WS=6836826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	6836844	.	GACACACACACACACACACACACAC	G,GAC	1348.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=40.87;SOR=4.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,25:0.24,0.76:33
chr19	6908675	rs34044572	C	CT	1550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=11.32;ReadPosRankSum=1.326;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,105:0.77:137
chr19	6913707	rs466876	C	T	4683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.18;ReadPosRankSum=2.136;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,184:0.99:186
chr19	6913811	rs457857	A	G	2413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr19	6919529	rs171674	T	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=97;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=167;SC=AAACGATTCCTTCCTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=6919537;WS=6919519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr19	6937683	rs388711	A	G	4504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=89;PP=2751;SC=TGCTCCCTGCAGGTGCTGGTC;SOR=1.057;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=70;TCR=89;TR=159;WE=6937691;WS=6937673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	6939910	rs463891	G	A	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=16;PP=860;SC=TAACATTTTAGTGTTTATCCT;SOR=1.524;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=6939918;WS=6939900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	6940189	rs464849	G	C	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=26;PP=553;SC=TGTTGGGGGCGGTCTTCCTGT;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=6940197;WS=6940179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr19	6974564	rs466123	C	T	4876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr19	6977211	rs4807919	A	G	4335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=48;PP=2766;SC=AAATAAAACAATGATGTGTAG;SOR=1.406;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=95;TCR=48;TR=143;WE=6977219;WS=6977201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr19	6977409	rs7255801	C	T	4270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=81;PP=2495;SC=AAGTCTCATACCTAAATAATT;SOR=1.068;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=66;TCR=81;TR=147;WE=6977417;WS=6977399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	6980939	rs2035972	T	C	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=5;PP=527;SC=TTTTTGAAAATGGAGTCCTTC;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=6980947;WS=6980929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	6981582	rs2035971	A	T	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=11;PP=1578;SC=GTGTCCCCAGACATTGACAGA;SOR=2.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=60;TCR=11;TR=71;WE=6981590;WS=6981572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	6981849	rs1874003	T	C	2788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=62;PP=1836;SC=TCCCTTCTTCTAGTCACCCTC;SOR=2.486;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=15;TCR=62;TR=77;WE=6981857;WS=6981839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	6981885	rs1874002	T	C	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=36;PP=803;SC=CTAATAATTCTGCAGCCCATC;SOR=5.376;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=36;WE=6981893;WS=6981875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr19	6984927	rs34752448	T	C	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=20;PP=591;SC=CCCATGAAATTTTTATTGCCC;SOR=1.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=6984935;WS=6984917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr19	6988791	rs8103492	G	C	3194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	6988914	rs1466715	A	G	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=19;PP=612;SC=GCTGAAGACTAGGTGAGTTAG;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=6988922;WS=6988904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	6990702	rs12972391	A	G	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	6991010	rs8108538	C	T	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=59.96;NF=12;NR=12;PP=354;SC=ATCGCATCACCGCACTCCAGC;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=6991018;WS=6991000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	6994972	rs10416745	G	A	5076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=110;NR=70;PP=2965;SC=TCTGCAAAACGTAGCTAAGAA;SOR=1.041;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=111;TCR=70;TR=180;WE=6994980;WS=6994962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	7005905	rs62126094	T	A	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.75;QD=29.15;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	7011766	rs6510942	T	C	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=178;SC=TCTTGCTTCTTGTTGGCAAAG;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=7011774;WS=7011756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	7074872	rs2967648	G	A	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=7;PP=544;SC=CGGGCAGGAGGGGGGGTGACC;SOR=2.226;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=29;WE=7074880;WS=7074862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr19	7083761	rs8110740	A	G	4034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
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chr19	7122511	rs34073323	AT	A	1716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=18;NR=8;PP=1127;SC=AAAAAGAAGTATCTTGCCCCT;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=7122519;WS=7122501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	7150418	rs2252673	C	G	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=2;PP=330;SC=CAAAAAGCCACAGAAACCCCT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=7150426;WS=7150408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	7166043	.	TA	T	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=2.121;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.016;SOR=0.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr19	7184651	.	G	GGA	59	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=59;QD=21.6666666667;SC=CGGGCAAACTGGAGAGAGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=3;WE=7184659;WS=7184641;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,3:0.21:14
chr19	7293898	rs7508518	G	C	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=4;PP=114;SC=GCCCCCGGTGGCCATGGCTGC;SOR=1.402;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=7293906;WS=7293888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	7427607	rs11260007	T	C	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=13;PP=1550;SC=AGAATCCAGGTCCTGGCTTCC;SOR=2.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=57;TCR=13;TR=70;WE=7427615;WS=7427597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	7441763	.	C	T	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=7;PP=196;SC=TGGTGGGGCTCCAGATGGGCC;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=7441771;WS=7441753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	7516176	rs62109836	G	T	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=34;PP=1008;SC=CCACTGCCCCGCCCGCCCGTG;SOR=1.085;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=63;WE=7516184;WS=7516166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	7518268	rs11463454	T	TC	1096.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=7;PP=684;SC=ACCTCATAGATCCACATGTCC;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=17;WE=7518276;WS=7518258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	7524743	rs11259996	G	C	4747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr19	7528734	rs2287918	A	G	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=38;PP=1523;SC=ATCTGCAGGCAGCTGGGCAGC;SOR=1.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=61;TCR=39;TR=98;WE=7528742;WS=7528724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	7531690	.	CA	C	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.621;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr19	7533767	rs10405143	T	G	3213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	7533850	rs9329368	A	G	4129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=75;NR=51;PP=2036;SC=CCCACCGAGAACCGGCTGGCC;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=75;TCR=51;TR=126;WE=7533858;WS=7533840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	7534075	rs2241396	C	T	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=326;SC=CAGGCTCTAGCGGCTCGCTGG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=7534083;WS=7534065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	7538039	rs11880122	A	G	4212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=61;PP=2483;SC=GGCCATGAGTATGAAATCATC;SOR=0.897;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=86;TCR=61;TR=147;WE=7538047;WS=7538029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr19	7538117	rs11880140	A	G	4016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	7568966	rs113706007	A	ATCTCTCTC,ATCTCTC	1680.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.4983,0.5017;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;NF=11,11;NR=7,7;PP=9,532;SC=GGGAATCTCAATCTCTCTCTC;SOR=1.949;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=18,18;WE=7568974;WS=7568956;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:40
chr19	7570729	rs683729	G	A	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=8;PP=1107;SC=AGTGCTACCAGGTGGGGCCCA;SOR=3.442;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=48;WE=7570737;WS=7570719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	7570978	rs685034	T	C	7735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=119;NR=129;PP=2965;SC=ACTACTGCCCTTCAGAGTGGA;SOR=0.915;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=248;TCF=119;TCR=129;TR=248;WE=7570986;WS=7570968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr19	7571094	rs3826735	G	T	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=60;PP=1479;ReadPosRankSum=-0.094;SC=GCCCCGCCCCGGGAAGCCCCA;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=81;TCF=12;TCR=69;TR=60;WE=7571102;WS=7571074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,55:0.98:56
chr19	7584223	rs11555037	A	G	17971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=685;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=348;NR=293;PP=2965;SC=CTAGACCCCAATCCTGAAGAT;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=643;TCF=348;TCR=295;TR=641;WE=7584231;WS=7584213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,682:1.00:682
chr19	7593589	rs612862	C	T	5203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr19	7594159	rs625910	G	A	4939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr19	7595121	rs11880842	C	T	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=100;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=6;PP=1323;SC=CCCCAGCCCCCGGTTCCTGGC;SOR=3.682;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=56;TCR=6;TR=61;WE=7595129;WS=7595113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	7606737	rs492092	G	C	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=31;PP=1312;SC=CGAGGAAGCTGTGGCCTCGTC;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=71;WE=7606745;WS=7606727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	7606908	rs17854645	G	C	3076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	7607441	rs574930	C	T	4680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr19	7607564	rs620744	T	C	4161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=53;PP=2319;SC=CGGGTAAGGCTTGGGACCCTG;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=76;TCR=53;TR=128;WE=7607572;WS=7607554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	7615585	rs577219	T	G	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=21;PP=709;SC=CCTCGACAACTCACACACATC;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=7615593;WS=7615575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	7615903	rs8107538	G	A	9523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr19	7619199	rs534464	C	G	4765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=26.93;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr19	7619239	rs597582	T	C	3967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=60;PP=2141;SC=TTCAAGTTCTTGGCTTCCAAC;SOR=0.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=66;TCR=60;TR=125;WE=7619247;WS=7619229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	7619329	rs598023	G	A	5404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.59;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	7619338	rs598028	G	C	5357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.86;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	7619647	rs599328	GT	CC	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=31;PP=2391;SC=CCCACCTCGGGTCCCGTCCTT;SOR=0.917;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=53;WE=7619656;WS=7619637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr19	7620116	rs563826	A	G	9248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr19	7621475	rs45505598	T	G	6855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=125;NR=125;PP=2965;SC=CCTCATCCCCTGCCCTGCCTA;SOR=0.779;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=251;TCF=125;TCR=126;TR=250;WE=7621483;WS=7621465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr19	7621648	rs489056	C	T	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=46;PP=1338;SC=ACCGCTGACGCCACGTGGGGT;SOR=1.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=71;WE=7621656;WS=7621638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	7621981	rs2446176	A	G	2184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=24;PP=1333;SC=CAGCGAGCCCATCGGGCCGGC;SOR=1.302;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=77;WE=7621989;WS=7621971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	7622224	.	ACG	A	73.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.133;ClippingRankSum=0.000;DP=591;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.13;ReadPosRankSum=2.198;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:504,50:0.09:554
chr19	7622226	rs1645800	G	A	11321.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.55;ReadPosRankSum=-1.798;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,501:0.91:551
chr19	7623700	rs535208	G	A	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=4;PP=700;SC=CCGGGCCCCCGAGGGGAGCAG;SOR=2.476;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=7623708;WS=7623690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	7625723	rs62111318	C	T	5403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr19	7626013	rs11307097	AC	A	7612.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=126;PP=2975;SC=GGCCCAGGGGACCCCCCAAGA;SOR=1.106;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=145;TCF=10;TCR=135;TR=134;WE=7626021;WS=7626003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr19	7626071	rs62111319	T	C	4428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=88;PP=2318;SC=TCCCCTCACCTGTGCCCTGCT;SOR=1.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=67;TCR=88;TR=154;WE=7626079;WS=7626061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr19	7626275	rs45474094	C	G	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=16;PP=633;SC=GCAGGGGAGCCGGGGGCGTAT;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=7626283;WS=7626265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	7626669	rs2303178	G	A	6710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=1.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr19	7670033	rs56244737	G	GGT	2565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=1899;ReadPosRankSum=0.269;SC=CGGGCCATGTGGTGTGTGTGT;SOR=0.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=28;TCR=56;TR=50;WE=7670044;WS=7670023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,106:0.74:143
chr19	7702133	.	C	T	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.47;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr19	7735318	rs112669651	AGATGATGAT	A	1200.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=42.88;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr19	7743159	rs74489689	G	A	6467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=121;NR=98;PP=2965;SC=GGTGCTGGGGGGCCTAGACTT;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=121;TCR=98;TR=219;WE=7743167;WS=7743149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr19	7744075	.	ACCC	A	858.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.89;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	7754912	rs4996980	G	A	3091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.15;SOR=1.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	7754917	rs4996979	T	C	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.63;SOR=1.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	7754942	rs4996978	A	C	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=35;PP=2189;SC=AGAGACCCTTATCTCTGAGCC;SOR=1.219;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=75;TCR=35;TR=108;WE=7754950;WS=7754932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	7754964	rs4996977	T	C	7515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.68;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	7754968	rs4996976	A	G	7845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.88;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	7754971	rs4996975	C	T	7796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.55;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr19	7755056	rs2228138	G	A	8659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr19	7755159	rs4996973	A	G	4548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=95;PP=2965;SC=GTCCTGGGGGACAGGACAGGG;SOR=0.881;Source=Platypus;TCF=95;WE=7755167;WS=7755149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	7755213	rs4996972	C	T	4252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=124;NR=100;PP=2965;SC=CAGCCCACTTCGAGAGGTTGG;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=124;TCR=101;TR=224;WE=7755221;WS=7755203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr19	7755285	rs28364072	A	G	9506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=208;PP=2965;ReadPosRankSum=0.506;SC=GCAGAGCCCCAGCCCACCTGC;SOR=0.406;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=423;TCF=214;TCR=209;TR=406;WE=7755293;WS=7755275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,394:1.00:395
chr19	7755469	rs2277995	T	C	4971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.23;SOR=2.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	7755472	rs74927160	G	T	4858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.84;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	7755478	rs75584211	TG	CA	4291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.15;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	7755482	rs77121754	A	G	4021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.70;SOR=2.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	7755485	rs76013233	GC	AT	3931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.26;SOR=3.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	7755518	rs2277994	A	G	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=134;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=39;PP=1131;SC=AGGTGGCAGCACCCCTCCTAG;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=45;WE=7755526;WS=7755508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	7761472	rs35446135	G	A	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=74;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=4;PP=682;SC=TGTATGCTCTGTGTGTCCTGC;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=7761480;WS=7761462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	7761494	rs35085623	CTT	C	1841.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=1260;SC=CCATCAGAAACTTAGTCCTAT;SOR=3.056;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=27;WE=7761503;WS=7761484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	7761667	rs66479741	A	G	6863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=129;NR=101;PP=2965;SC=CCCGAGCCCCAGGTGAGGTCA;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=129;TCR=101;TR=230;WE=7761675;WS=7761657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr19	7761812	rs2277989	A	G	7254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=128;NR=124;PP=2965;SC=TTGGGGAGTCAACAAGGGGCG;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=129;TCR=124;TR=252;WE=7761820;WS=7761802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr19	7762380	rs113716290	TCCCCTGCAA	T	2549.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=12;PP=2969;SC=CCTCGCTTTTTCCCCTGCAAC;SOR=1.278;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=25;WE=7762396;WS=7762370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	7762653	rs35652200	CTA	C	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=735;SC=ATATAATGAACTACTGTGTAC;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=7762662;WS=7762643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	7763045	rs7249320	C	A	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=5;PP=545;SC=CCATTGCAAGCGGAAGAGCAT;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=7763053;WS=7763035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	7763878	rs12981234	C	T	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=31;PP=928;SC=TCTCAGTGGACCCCCAGCTCC;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=7763886;WS=7763868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	7764157	rs12984870	A	G	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=13;PP=982;SC=CTCCCCAGCCACTTTCCCAGG;SOR=2.019;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=56;WE=7764165;WS=7764147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	7764363	rs55828544	GTTTT	G	2728.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=57;PP=655;SC=AGCTGAAGCCGTTTTTTTTTT;SOR=2.730;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=77;TCF=3;TCR=74;TR=59;WE=7764375;WS=7764353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr19	7764436	rs12980031	G	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=25;PP=815;SC=CCCTCAATTTGCCACTCCTTC;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=7764444;WS=7764426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	7764473	rs62111766	C	A	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=14;PP=660;SC=AAAGTCAGTCCGGCCTCACCT;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=7764481;WS=7764463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	7764810	rs11672993	G	A	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=587;SC=GGGACTTGGTGGCACTCAGGG;SOR=2.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=7764818;WS=7764800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	7764865	rs11672997	G	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=267;SC=ACTCACTAGCGTGGTTAGCAG;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=7764873;WS=7764855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	7794605	rs2277997	T	C	5659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=118;NR=65;PP=2965;SC=CATCCCTAAGTATGGAGCCCC;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=118;TCR=67;TR=183;WE=7794613;WS=7794595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr19	7795813	rs6603117	G	A	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=16;PP=498;SC=ACCAGCCCCCGCCCCGCACCA;SOR=3.160;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=19;WE=7795821;WS=7795803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	7796497	rs11260026	C	G	4608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr19	7913974	rs555609	T	C	11012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr19	7916475	rs2452012	T	C	11514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=182;NR=240;PP=2965;SC=TGAGGACCGATGGTGCCTGGG;SOR=1.068;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=422;TCF=182;TCR=240;TR=422;WE=7916483;WS=7916465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr19	7916620	rs580790	A	G	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=53;NR=61;PP=1881;SC=TGAACCAGGCAGAGCTGATGC;SOR=1.027;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=53;TCR=61;TR=114;WE=7916628;WS=7916610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	7918103	rs526464	A	G	8978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=137;NR=154;PP=2965;SC=GGTACTGGTAAGAAGGGGGGA;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=137;TCR=154;TR=291;WE=7918111;WS=7918093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr19	7925383	rs118176823	G	A	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=4;PP=366;SC=AAGCCAGCAGGCATGGAGGCT;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=7925391;WS=7925373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	7928462	rs10410459	T	C	5739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr19	7935055	rs56831289	C	G	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	7935177	rs73500088	C	G	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.67;QD=27.13;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	7935634	rs73500091	A	G	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.81;QD=24.55;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	7938306	rs58971992	A	AG	2134.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=19;PP=1270;SC=CTGGGGTACCAGGTTTCGGGA;SOR=0.790;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=30;WE=7938314;WS=7938296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	7944348	rs56796931	TC	T	4749.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=42;PP=2760;SC=CAGCAACTTCTCCAAGAAATT;SOR=1.038;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=66;WE=7944356;WS=7944338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	7963914	rs524029	A	C	11529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=202;PP=2965;ReadPosRankSum=1.609;SC=TATCCGAGGTATCCGGGGAGA;SOR=0.410;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=405;TCF=201;TCR=204;TR=402;WE=7963922;WS=7963904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,426:0.99:429
chr19	7963949	rs2042919	A	G	8849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=162;PP=2965;SC=GCAGCCACCGAACGGGCTGCG;SOR=0.980;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=293;TCF=131;TCR=162;TR=293;WE=7963957;WS=7963939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr19	7963976	rs2115108	T	C	6422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=127;PP=2965;SC=ATAGTGGCCATGGCAGGGACC;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=102;TCR=127;TR=229;WE=7963984;WS=7963966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr19	7964727	rs3745382	G	A	7243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=134;PP=2965;SC=GTGAGGTGGAGTCACTCAGGC;SOR=0.951;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=115;TCR=134;TR=247;WE=7964735;WS=7964717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr19	7969486	rs3810211	C	T	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=56;PP=1637;SC=GAGGATTCTCCCTCTCGCTCT;SOR=2.505;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=17;TCR=56;TR=73;WE=7969494;WS=7969476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	7970635	rs4804833	A	G	4947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=121;PP=2965;SC=TGGACGAATCAGTCGTTTCTG;SOR=2.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=96;TCR=121;TR=216;WE=7970643;WS=7970625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr19	7975464	rs11879199	A	C	11389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=207;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.005;SC=CAACGTGAGTACCTGGCCGCG;SOR=0.237;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=395;TCF=208;TCR=187;TR=394;WE=7975472;WS=7975454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,425:1.00:426
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chr19	7986638	rs475002	C	G	5769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=93;NR=99;PP=2948;SC=GGAAGAAGCCCTGGCAGTGGC;SOR=0.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=93;TCR=99;TR=192;WE=7986646;WS=7986628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr19	7990134	rs112578370	T	G	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.74;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	7995987	rs58157552	T	TA	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.871;QD=1.03;ReadPosRankSum=-1.536;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,36:0.21:172
chr19	7997576	rs139625465	G	T	4872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=57;PP=2965;SC=GTCAAAGGCCGGGTCCACCCG;SOR=1.172;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=110;TCR=57;TR=167;WE=7997584;WS=7997566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
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chr19	8005990	rs145509783	T	C	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	8046239	.	C	CT	167.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;MQRankSum=0.667;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.804;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,12:0.80:15
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chr19	8121360	rs2032887	A	G	3632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=58;PP=1907;SC=GCAAAGCTCCACCACAACACG;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=59;TCR=58;TR=117;WE=8121368;WS=8121350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	8122737	rs2303164	G	A	5535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr19	8122767	rs2303165	T	C	5937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=99;PP=2965;SC=TCAGCAGCAGTAAGAGGAATG;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=109;TCR=99;TR=208;WE=8122775;WS=8122757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr19	8122840	rs201836610	A	G	3484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=69;PP=1970;SC=TCTCCCATCCATCACCTTTGC;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=52;TCR=70;TR=121;WE=8122848;WS=8122830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	8127075	rs34145389	C	G	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	8136839	rs73005512	G	C	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=8;PP=849;SC=GCTCCTTCTTGGGGGGGCTGA;SOR=2.356;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=40;WE=8136847;WS=8136829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	8137102	rs7256904	G	T	3954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.825;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=87;PP=2637;ReadPosRankSum=-0.800;SC=GATGGGCAGGGTGGAGGGGTT;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=58;TCR=87;TR=144;WE=8137110;WS=8137092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr19	8137850	.	C	CGT	617.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=1.321;QD=12.87;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr19	8150952	.	A	G	1028	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=126;MMLQ=16;MQ=54.07;NF=8;NR=2;PP=1028;QD=106.277121255;SC=CAGGCAGTGGAGGGAACAGGC;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=10;WE=8150997;WS=8150942;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,10:0.71:14
chr19	8150989	.	G	GCAGGCAGTGGGGGGAACAGGCAGTGGGGGGGGACAGGCAGTGGGGGGAA,GAA	575.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.53;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=126;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=2851;SC=AGTGAAGGGGGCAGGCAGTGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=8;WE=8150997;WS=8150942;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:1
chr19	8151261	rs11665747	C	T	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=61;PP=1744;SC=GGCAGCCAGCCTCTCCCACAG;SOR=1.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=29;TCR=61;TR=90;WE=8151269;WS=8151251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	8152725	rs12460643	A	G	3201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=46;PP=1648;SC=ACATGGCCCCATCCTCCCGCA;SOR=0.879;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=65;TCR=46;TR=111;WE=8152733;WS=8152715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	8154760	rs35033566	T	C	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=10;PP=351;SC=GCTCTTAGCATGTGGGTGAGG;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=8154768;WS=8154750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	8154990	rs35002391	C	T	5031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr19	8156290	rs8104453	A	G	8993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=177;NR=173;PP=2965;SC=TTTTCTGGGCAATCTGACCCT;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=350;TCF=177;TCR=173;TR=350;WE=8156298;WS=8156280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr19	8160517	rs10413994	A	G	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=17;PP=517;SC=TGTATAGACTATGTATATTAG;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=8160525;WS=8160507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	8162121	rs45624733	C	T	3556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=50;PP=1997;SC=TGCACAGTGGCGGACATGCAT;SOR=0.889;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=70;TCR=50;TR=120;WE=8162129;WS=8162111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	8167830	rs12986396	A	G	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=22;PP=781;SC=CCAAAGAGATAGGAACTCCTT;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=8167838;WS=8167820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	8168326	rs3865463	G	A	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=187;SC=ACTGCCACATGTCAGCACTTC;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=8168334;WS=8168316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr19	8168545	rs33967815	C	T	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.259;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=788;ReadPosRankSum=-0.496;SC=CCACAGATGCCGGAGTGTGTG;SOR=0.448;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=53;WE=8168553;WS=8168535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
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chr19	8454236	rs72996752	A	G	173.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.72;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	8464653	rs2913970	G	A	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=13;PP=1274;SC=GTTGGCAGCCGCGTTGGTGCA;SOR=2.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=67;WE=8464661;WS=8464643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	8467538	rs148680686	C	CTTGTTTTTTTCTTT	1393.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.96;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	8486884	rs1133893	G	A	7366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr19	8503574	rs11259981	A	G	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=5;NR=10;PP=238;SC=GACACCATGCAGAGCCTAGTC;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=15;WE=8503582;WS=8503564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	8528310	rs8102587	A	G	2816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=26;PP=1600;SC=ACTGTCATTGATATTTACTAT;SOR=1.519;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=66;TCR=26;TR=91;WE=8528318;WS=8528300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	8531356	rs144107861	G	GACTGTGTGTATTC	2254.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=2957;SC=AGGAAGAGGTGACTGTGTGTA;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=24;WE=8531364;WS=8531346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	8533504	rs7258281	T	C	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=17;PP=1239;SC=ATAGGAAGCATGCTCCGCATG;SOR=1.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=64;WE=8533512;WS=8533494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	8536373	rs12973706	A	G	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	8548175	rs1599871	A	C	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=52;PP=1261;SC=AGTGGTGAGAAGTGCGGGTTC;SOR=1.429;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=82;WE=8548183;WS=8548165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	8551094	rs2230647	T	C	5737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=94;PP=2965;SC=GCATGGGCCCTGCCATGGGCC;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=96;TCR=95;TR=190;WE=8551102;WS=8551084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr19	8551852	rs11669139	A	G	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=35;PP=1357;SC=GCTGCAAGGCATGCCTTAGGA;SOR=0.878;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=50;TCR=36;TR=85;WE=8551860;WS=8551842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	8553630	rs6992	C	T	3486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	8555886	rs2303110	G	C	12310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=219;NR=211;PP=2965;SC=CTTCCTGATAGCCCCCACCAA;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=431;TCF=219;TCR=212;TR=430;WE=8555894;WS=8555876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr19	8563456	rs2910435	C	G	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=46;PP=1749;SC=GTGTCCCAGCCGCTCCAAACC;SOR=0.726;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=63;TCR=46;TR=107;WE=8563464;WS=8563446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	8567265	rs11667920	T	C	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=4;PP=320;SC=CGCGCTGTCCTGGGGTGTGCC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=8567273;WS=8567263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	8576307	rs2910443	A	G	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=21;PP=969;SC=GGTATCCACCAGACCCCGCAG;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=54;WE=8576315;WS=8576297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	8576888	rs2042302	C	G	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=26.39;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	8576947	rs73002688	G	T	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=9;PP=300;SC=ACGGAGCCTGGGCACTAATCA;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=8576955;WS=8576937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	8578035	rs8100431	T	C	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=35;PP=1120;SC=GGAGCCCTGCTGCATCCCTCC;SOR=0.844;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=68;WE=8578043;WS=8578025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	8579081	rs2287862	C	T	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	8642160	rs4542783	T	C	4773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.12;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	8645786	rs7252299	A	C	4487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=90;NR=62;PP=2442;SC=CCTAGTGGCCATGGCAGGTTT;SOR=0.870;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=90;TCR=64;TR=152;WE=8645794;WS=8645776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr19	8649943	rs138501563	G	GAGGGGGC	2795.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=20;PP=1433;SC=AGAGCACTGCGAGGGGGCACC;SOR=1.430;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=22;WE=8649951;WS=8649933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	8651562	rs4476282	A	G	5803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=106;PP=2965;SC=GGGGGGTCCCAGGCAGCCCCT;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=91;TCR=106;TR=196;WE=8651570;WS=8651552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr19	8657074	rs35484313	C	CAG	1646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=148;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=26;PP=1055;SC=AGGCCCCAGCCAGAGATATCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=26;WE=8657082;WS=8657064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	8657092	rs71179860	C	CGGGATGGGGCTGGAAG	1455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=26;PP=2900;SC=TCAGCCTCTCCGGGATGGGCA;SOR=2.235;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=8657100;WS=8657082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	8657871	rs34134669	G	C	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=62;PP=1468;SC=CAGAGAGCCCGGTGCTCCCTT;SOR=2.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=21;TCR=62;TR=83;WE=8657879;WS=8657861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	8662347	rs5827006	TTGC	T	767.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.03;QD=40.41;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	8668885	rs36044688	CT	C	448.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;MQRankSum=0.902;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.301;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,34:0.83:41
chr19	8669873	rs7260282	T	C	4184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=89;NR=36;PP=2193;SC=CATTTCCCCCTGCGTTCCAGA;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=90;TCR=38;TR=125;WE=8669881;WS=8669862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	8669931	rs7255721	G	C	5859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=117;NR=78;PP=2965;SC=CACATGGGAGGTGCTGGCCTG;SOR=0.951;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=118;TCR=78;TR=195;WE=8669939;WS=8669921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr19	8841558	rs28324	T	C	7096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=104;PP=2965;SC=CCCGGCTCCATACACCCATGT;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=233;TCF=129;TCR=104;TR=233;WE=8841566;WS=8841548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr19	8923117	rs250315	A	G	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=11;PP=644;SC=CCAGGAACACAGCATTCTCAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=8923125;WS=8923107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	8992971	.	T	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.454;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-1.940;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.514;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr19	8992972	.	A	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.767;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-2.003;QD=3.90;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr19	8992980	.	C	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.630;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=-2.065;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.251;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
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chr19	8992988	rs371102230	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-2.239;QD=2.72;ReadPosRankSum=-0.898;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,4:0.15:26
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chr19	8998860	.	T	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.030;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQRankSum=-4.104;QD=1.38;ReadPosRankSum=-1.900;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,4:0.12:34
chr19	8998863	.	G	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQRankSum=-2.509;QD=2.87;ReadPosRankSum=-1.382;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,5:0.15:33
chr19	8998867	.	G	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQRankSum=-1.760;QD=2.87;ReadPosRankSum=-0.291;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,3:0.09:32
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chr19	8999386	rs77049866	A	G	4045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=4.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQRankSum=-8.792;QD=13.40;ReadPosRankSum=0.003;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,118:0.39:302
chr19	8999429	.	G	T	2063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=3.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=0.667;QD=5.78;ReadPosRankSum=2.804;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,74:0.21:357
chr19	8999438	rs77891947	A	T	3776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=2.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQRankSum=-3.503;QD=10.32;ReadPosRankSum=3.347;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,133:0.36:366
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chr19	8999443	.	T	C	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.801;ClippingRankSum=0.000;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-5.240;QD=4.30;ReadPosRankSum=2.959;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,62:0.17:374
chr19	8999449	rs76798407	G	T	4994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=5.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQRankSum=-3.282;QD=12.97;ReadPosRankSum=2.001;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,141:0.37:385
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chr19	8999497	.	G	GACCA	1069.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=6.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-9.246;QD=3.34;ReadPosRankSum=2.003;SOR=1.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,46:0.14:320
chr19	8999498	.	GCTTT	G	917.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=4.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-10.104;QD=2.76;ReadPosRankSum=1.194;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:289,44:0.13:333
chr19	8999502	.	T	TCCGA	301.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=7.602;ClippingRankSum=0.000;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=48.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=-0.036;QD=0.91;ReadPosRankSum=1.093;SOR=4.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,30:0.09:332
chr19	8999511	rs79907258	G	A	2755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=46.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-9.569;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.290;SOR=2.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,83:0.26:323
chr19	8999512	.	G	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.127;ClippingRankSum=0.000;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=52.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-0.303;QD=0.50;ReadPosRankSum=1.735;SOR=5.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,26:0.08:322
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chr19	8999518	rs77650227	A	G	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=36.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQRankSum=-9.723;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.037;SOR=2.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,78:0.25:310
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chr19	9012867	rs202204633	G	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQRankSum=-8.393;QD=0.93;ReadPosRankSum=-2.596;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,45:0.16:273
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chr19	9019320	.	C	G	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.469;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=2.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQRankSum=-8.437;QD=0.34;ReadPosRankSum=-0.877;SOR=1.114;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,12:0.08:150
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chr19	9019352	.	T	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.181;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQRankSum=-7.116;QD=1.66;ReadPosRankSum=-0.698;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,12:0.11:109
chr19	9019353	.	G	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.734;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=-7.080;QD=1.70;ReadPosRankSum=-0.830;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,12:0.11:108
chr19	9019605	rs12981679	C	G	1855.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=18;PP=1045;SC=CTCACTGCTGCTGGTGGGCAC;SOR=1.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=59;WE=9019613;WS=9019595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	9020153	rs75217292	CA	TG	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=41;PP=2454;SC=CCATCCTTCTCAGACCTGGGG;SOR=1.519;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=63;WE=9020162;WS=9020143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
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chr19	9021275	rs7246797	G	C	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=21;PP=630;SC=TTTAAATTGAGTGACAAAATA;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=9021283;WS=9021265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	9024758	rs1862463	T	C	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=11;PP=838;SC=GGGAGTGTGATCTCTAGTTAG;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=9024766;WS=9024748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	9025536	.	G	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=-6.107;QD=0.81;ReadPosRankSum=-1.831;SOR=1.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,3:0.08:39
chr19	9025542	.	T	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.997;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=5.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-6.516;QD=1.13;ReadPosRankSum=-1.563;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,4:0.09:44
chr19	9025545	.	A	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.136;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=7.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-6.893;QD=2.59;ReadPosRankSum=-2.121;SOR=2.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,6:0.12:49
chr19	9025546	.	G	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=7.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-6.966;QD=2.54;ReadPosRankSum=-1.953;SOR=2.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,6:0.12:50
chr19	9025549	.	A	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.498;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=10.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-7.249;QD=2.07;ReadPosRankSum=-1.884;SOR=3.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,7:0.13:54
chr19	9025551	.	T	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.433;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=10.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-7.521;QD=1.51;ReadPosRankSum=-1.311;SOR=3.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,7:0.12:58
chr19	9025556	.	G	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=13.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-8.343;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.757;SOR=3.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,8:0.11:71
chr19	9025561	.	G	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.921;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=13.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-8.580;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=3.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,8:0.11:75
chr19	9025562	.	C	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.012;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=16.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-8.639;QD=5.17;ReadPosRankSum=-0.845;SOR=3.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,9:0.12:76
chr19	9025568	.	G	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQRankSum=-9.393;QD=4.56;ReadPosRankSum=-3.819;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,21:0.23:91
chr19	9025584	rs77811999	T	G	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-10.119;QD=3.57;ReadPosRankSum=-3.132;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,30:0.26:116
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chr19	9025669	rs200046834	G	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=49.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=-9.055;QD=1.52;ReadPosRankSum=0.562;SOR=5.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,19:0.11:179
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chr19	9047305	rs10415818	G	A	3128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=49;PP=1814;SC=CTGAACTTGTGTGTGTCTCAG;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=103;WE=9047313;WS=9047295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	9048035	rs10417358	G	C	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr19	9049149	rs12461007	G	A	3421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=49;PP=1982;SC=GTCTGTGCAGGATGCGTGACC;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=115;WE=9049157;WS=9049139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
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chr19	9049396	rs10425044	C	G	3840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=46;PP=2238;SC=TTCTGTCTGTCCCAGAACTAG;SOR=1.001;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=124;TCF=76;TCR=48;TR=122;WE=9049404;WS=9049386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	9056930	rs918535	T	G	5197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=66;PP=2965;SC=GGGACATGTTTGTCTTCCTAA;SOR=0.982;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=102;TCR=66;TR=168;WE=9056949;WS=9056920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr19	9056941	rs10410136	A	G	5293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=71;PP=2939;SC=GTCTTCCTAAATCCAGAAGTC;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=106;TCR=71;TR=177;WE=9056949;WS=9056920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
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chr19	9057704	rs12984130	G	T	3624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
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chr19	9057896	rs12984471	G	C	4628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
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chr19	9059808	rs7508222	A	G	5287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=77;PP=2965;SC=GACTTCAGTGATGGCCAGTAT;SOR=0.924;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=104;TCR=77;TR=181;WE=9059816;WS=9059798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr19	9060059	rs12977368	A	C	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=57;PP=2237;SC=GCCATGGCACATCTCCAGGAG;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=49;TCR=57;TR=106;WE=9060067;WS=9060049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	9060125	rs12972088	G	A	3740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=44;PP=2099;SC=ATGCAGTTGAGTGGGTCCCTG;SOR=0.969;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=73;TCR=44;TR=116;WE=9060133;WS=9060115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	9060605	rs2194168	G	A	3107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=52;PP=1876;SC=CTTGTCTAGCGCTGATGGTGC;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=52;TCR=52;TR=104;WE=9060613;WS=9060595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	9060812	rs1820099	T	C	4419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=72;PP=2394;SC=GGAGAGGAGATGAGTGGCTAC;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=85;TCR=72;TR=157;WE=9060820;WS=9060802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
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chr19	9062544	rs2547063	T	G	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=36;PP=1585;SC=CAGGCCAGGGTTGAGAAGAGA;SOR=0.878;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=82;WE=9062552;WS=9062522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
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chr19	9083174	rs7245960	G	A	3290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=47;PP=1975;SC=CCCCAAGTTGGGGGAGCTGTA;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=59;TCR=47;TR=106;WE=9083182;WS=9083164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	9084183	rs1609460	G	A	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=34;PP=1631;SC=CTGAGAGATGGGGAGTGAAGG;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=82;WE=9084191;WS=9084173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	9084216	rs1609459	T	C	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=38;PP=1430;SC=CAATAGTTGATGCTAGAAGTG;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=52;TCR=38;TR=90;WE=9084224;WS=9084206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	9084299	rs1609458	T	C	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=57;PP=2568;SC=CCTACACTGGTCCATGTACCT;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=72;TCR=57;TR=129;WE=9084307;WS=9084289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	9086123	rs10402812	A	C	2598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=46;PP=1677;SC=TTCTCTGTGTAAGTCATGGAA;SOR=0.953;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=85;WE=9086131;WS=9086113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	9087615	rs1596798	T	A	6886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr19	9088017	rs1596797	T	G	6066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.450;SC=CCATGGTAAGTTTGATGGTGC;SOR=0.307;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=110;TCR=94;TR=203;WE=9088025;WS=9088007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,230:1.00:231
chr19	9090531	rs12976721	T	C	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=30;PP=1179;SC=TTCCTTCTGTTTCCTTTCCAC;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=68;WE=9090539;WS=9090521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	9204307	rs4804097	A	G	11521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=237;NR=165;PP=2965;SC=TCTGCCACCCATTGCACTACG;SOR=1.132;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=402;TCF=237;TCR=165;TR=402;WE=9204315;WS=9204297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr19	9212864	rs4804399	A	C	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=7;PP=593;SC=GGAGACAGAGAAAGACTCCAT;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=9212872;WS=9212863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	9213026	rs4804400	T	C	6289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr19	9213079	rs4804401	A	C	6528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=96;PP=2965;SC=ATTTGAGGGAACACAGAATAC;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=117;TCR=96;TR=213;WE=9213087;WS=9213069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr19	9213132	rs12610094	A	G	6666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=128;NR=98;PP=2965;SC=GTCAGTAACCACAGAACTAAT;SOR=0.816;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=128;TCR=98;TR=226;WE=9213140;WS=9213122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr19	9324863	rs8109935	G	A	6707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=116;NR=104;PP=2965;SC=TCTGAGAGTAGGAGAAGAGGA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=116;TCR=104;TR=220;WE=9324871;WS=9324853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr19	9346762	rs2015157	T	G	4140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr19	9362297	rs12980833	C	T	11097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=178;NR=198;PP=2965;SC=GTGGACATTTCTAATTTCTTC;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=376;TCF=178;TCR=198;TR=376;WE=9362305;WS=9362287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr19	9362343	rs2240927	C	T	10846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=167;NR=191;PP=2965;SC=TTAGGTGTTCCGACACCTTCA;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=358;TCF=167;TCR=191;TR=358;WE=9362351;WS=9362333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr19	9362443	rs2240928	C	T	3966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=70;PP=2498;SC=AATTGTTTCCCCCATTCTGAG;SOR=1.076;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=124;WE=9362451;WS=9362433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	9407634	rs60111631	T	A	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=16;PP=409;SC=AGACACATTATTAGTAATAAA;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=9407642;WS=9407624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	9408163	rs56161262	G	A	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.46;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	9408658	rs73920733	G	A	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=53;PP=1595;SC=GGTGTGTGTAGCGGATACCCT;SOR=1.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=92;WE=9408666;WS=9408648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	9408759	rs73504738	T	C	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=22;PP=688;SC=CTTCTGATATTCCAAAAATGG;SOR=1.552;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=9408767;WS=9408749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	9408815	rs74782357	T	A	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	9415597	.	C	CAAA	82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.33;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	9434930	rs10411624	T	C	5836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=99;NR=95;PP=2965;SC=TGGGCGGCGTTCGGTGGTGTC;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=196;TCF=99;TCR=97;TR=194;WE=9434938;WS=9434920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr19	9435320	rs368039177	GA	G	249.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.671;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.582;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr19	9448917	rs8113427	T	G	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=287;SC=GATCAGTTTCTTTTTTGGCAA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=9448925;WS=9448907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	9449149	rs8110197	A	G	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=174;SC=GGATTCTCAGATTTTATTTCT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=9449157;WS=9449139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	9449337	rs8110584	G	A	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=14;PP=375;SC=AGTGGAACAGGGCCCCTGCAA;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=9449345;WS=9449327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr19	9489132	rs2304110	C	T	2616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	9490358	rs12461520	C	T	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=16;PP=405;SC=TTGGGAATGTCACTCAGTGAA;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=9490366;WS=9490348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	9490814	rs2217652	C	T	5542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr19	9491210	rs1347165	C	G	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=4;PP=621;SC=TCATACGCACCTACTGAAAAT;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=9491218;WS=9491200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	9492141	rs3826783	C	T	5858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=93;PP=2965;SC=AAGCCTTCATCGATCAGTCAT;SOR=0.801;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=191;TCF=98;TCR=93;TR=190;WE=9492149;WS=9492131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr19	9492370	rs2230752	A	T	4950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=66;PP=2965;SC=TTATAAATGTATTCAGTGTGA;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=90;TCR=66;TR=156;WE=9492378;WS=9492360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr19	9524185	rs2241356	A	G	4127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=47;PP=2529;SC=GAAACTTAAAAGCTTTGCCAC;SOR=1.067;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=82;TCR=47;TR=129;WE=9524193;WS=9524175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	9528423	.	C	CA	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.918;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr19	9579672	rs138932433	G	A	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=5;PP=339;SC=CCAAAGTGCTGGGATTAGAGG;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=9579680;WS=9579662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	9582092	rs28393052	T	A	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.92;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,25:0.89:28
chr19	9582164	rs5827059	G	GA	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=3;PP=144;SC=ATAAACATAAGAAAAAAGAAA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=5;WE=9582172;WS=9582154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	9582180	rs5827061	A	AT	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=2;PP=68;SC=AGAAAGCTAAATTGAACATTT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=9582188;WS=9582170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	9583742	rs10401559	A	T	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=660;SC=CTATTTTCTTAATAAATCACC;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=9583750;WS=9583732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	9583804	rs10408343	T	C	2363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=24;PP=1606;SC=ACACAGCTTCTAAACATACTG;SOR=1.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=56;TCR=24;TR=79;WE=9583812;WS=9583794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	9646137	rs888870	A	G	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=23;PP=641;SC=GTTGAGGTGGAAGGATTACTT;SOR=2.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=9646145;WS=9646127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	9646739	rs888872	C	G	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=363;SC=ACAGGCAGAGCCTGACTCACA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=9646747;WS=9646729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	9646862	rs2042199	T	G	3869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	9646898	rs2042200	G	A	4941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	9678535	rs1559200	G	A	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=8;PP=367;SC=TAATACAAGCGATGGGGAATG;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=9678543;WS=9678525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	9678732	rs35536068	CT	C	1823.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=455;SC=GAATCCCAATCTTTTTTTGAG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=17;WE=9678740;WS=9678722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	9678748	rs12462832	T	G	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.90;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr19	9764668	rs57141679	A	AT	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=1.600;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr19	9768829	rs200242374	T	C	12863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=25.83;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,498:1.00:498
chr19	9768925	rs10418705	A	G	5486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=118;PP=2965;SC=CAAGTCTCCCATGATCTACTC;SOR=1.201;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=79;TCR=120;TR=197;WE=9768933;WS=9768915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr19	9769913	rs2287843	G	A	2526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=26;PP=1420;SC=ATTCCCTGGGGAAATTCACCT;SOR=1.305;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=78;WE=9769921;WS=9769903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	9771286	rs111723152	G	GA	1027.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=4.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.18;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=1.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,65:0.83:78
chr19	9801440	rs112014279	TCTCTC	T	12380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=120;PP=2969;SC=TCAAAGGACTTCTCTCCTTTA;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=30;TCR=128;TR=148;WE=9801452;WS=9801430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr19	9804424	rs16981648	T	G	9830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=206;NR=123;PP=2965;SC=TAGAGGCATTTCTCAGTTGTG;SOR=1.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=329;TCF=206;TCR=123;TR=329;WE=9804432;WS=9804414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr19	9868278	rs10420364	T	C	5587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=75;PP=2965;SC=AACGTTAAGGTATGTGGAATA;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=108;TCR=75;TR=183;WE=9868286;WS=9868268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr19	9868404	rs10414485	C	T	6924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=0.127;SC=CTTACATTCACAGGCCTTTTC;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=119;TCR=117;TR=234;WE=9868412;WS=9868394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,264:0.99:266
chr19	9873820	rs60184154	CA	C	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=1.074;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr19	9873947	rs78197630	G	A	3270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=67;NR=37;PP=1734;SC=AAGAAATGATGCCAGTTTTAC;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=67;TCR=37;TR=104;WE=9873955;WS=9873937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	9922223	rs17849496	G	A	3331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=54;PP=2023;SC=GGTCGGCCACGTGCAGGCAGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=61;TCR=55;TR=115;WE=9922231;WS=9922213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	9958878	rs2010457	A	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=17;PP=489;SC=GGTAGAGGCCAGGAGGGTCTG;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=9958886;WS=9958868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	9964823	rs8111802	A	G	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=17;PP=1338;SC=CCCAGCCCCCAGAGGCCCCCC;SOR=2.012;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=71;WE=9964831;WS=9964813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	10071063	rs10406152	T	C	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=12;PP=640;SC=GGCTCCCTCATGGTCCCTCCC;SOR=1.775;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=40;WE=10071071;WS=10071053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	10071634	rs918542	T	C	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=28;PP=623;SC=AGCCACCCCCTGGAATCTCCA;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=10071642;WS=10071624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	10073744	rs35427045	C	A	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=21;PP=568;SC=CTGAGGCAGCCCTCACCCAAT;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=10073752;WS=10073734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	10077931	rs3786698	C	G	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=5;PP=598;SC=CCCAGTGCTGCGCACGGAAGG;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=10077939;WS=10077921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	10080140	rs2277966	C	G	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=28;PP=1327;SC=TGGACCCCCCCCCGACCATGC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=59;WE=10080148;WS=10080130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	10080619	rs57674179	A	AG	1359.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.41;QD=30.22;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	10080729	.	A	G	81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=65;MMLQ=27;MQ=54.86;NF=2;NR=2;PP=81;QD=28.9428031368;SC=GGGGTGAATGAGGTCTGGGTG;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=10080737;WS=10080719;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	10081193	rs62104327	T	A	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.89;ReadPosRankSum=1.959;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr19	10081200	rs62104328	T	G	701.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=7.458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-0.445;QD=28.07;ReadPosRankSum=1.428;SOR=2.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr19	10081276	rs1895371	C	G	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=40;NR=20;PP=986;SC=GCTGAGGACCCAGGAGGTGGC;SOR=1.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=60;WE=10081284;WS=10081266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	10081322	rs61729461	G	A	3534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=1.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	10082034	rs114936356	G	A	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=47;PP=1576;SC=TGGTTTCTGGGGACACATTAG;SOR=1.481;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=77;WE=10082042;WS=10082024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	10083510	rs33996380	CA	C	160.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.23;QD=13.39;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	10084292	rs2287813	C	G	3323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=37;PP=1736;SC=AGCGTCCCCTCGCTCACCCTG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=65;TCR=37;TR=102;WE=10084300;WS=10084282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	10084551	rs2287811	T	G	7718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=134;NR=122;PP=2965;SC=TAGGAAATGGTTGTCCCCATC;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=258;TCF=135;TCR=123;TR=256;WE=10084559;WS=10084541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr19	10087200	rs2287810	C	T	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	10087886	rs114827216	A	G	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.138;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=68;PP=2800;ReadPosRankSum=1.508;SC=ACCCTGCCCCACTGGGGACCT;SOR=0.340;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=177;TCF=109;TCR=68;TR=163;WE=10087894;WS=10087876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,137:0.99:138
chr19	10088204	rs115981461	T	C	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=39;PP=1452;SC=GCAGGAGCCATGTCCTGGGAT;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=77;WE=10088212;WS=10088194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	10088271	rs2161468	C	G	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	10089262	rs12610207	G	A	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	10090467	rs60233060	GAA	G	910.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.301;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.05;MQRankSum=0.733;QD=24.61;ReadPosRankSum=-1.488;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,34:0.92:37
chr19	10090758	rs11882346	C	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=25;PP=691;SC=TCTCATCCCCCCTGCCTCCCT;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=10090766;WS=10090748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	10091267	rs144086896	A	ATCTC	2160.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=41.55;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	10091294	.	T	TCA	1926.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.465;QD=23.79;ReadPosRankSum=-0.407;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,69:0.85:81
chr19	10096482	rs11670705	C	T	2293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	10096681	rs11670525	G	A	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.61;SOR=1.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	10096686	rs1862473	G	A	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.06;SOR=1.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	10097187	rs60604169	G	GC	11453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=160;PP=2969;SC=TCTTCCCCGAGCCCCCAGACC;SOR=1.510;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=67;TCR=176;TR=220;WE=10097195;WS=10097177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr19	10097443	rs111955359	T	TA,TAA	2398.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=23.75;ReadPosRankSum=1.359;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,24,73:0.24,0.72:101
chr19	10097536	rs8113693	G	T	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=24;PP=704;SC=CCCAAGAGGAGGCTAGGCAGA;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=10097544;WS=10097526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	10099744	rs11879755	C	T	5380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.99;SOR=1.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	10099748	rs11883111	T	C	5474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.80;SOR=1.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	10099910	rs2287805	C	T	11097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr19	10100061	rs2287804	C	A	9012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.966;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=175;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.806;SC=GAAACATTCTCAGTTGTCAGA;SOR=0.159;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=322;TCF=145;TCR=177;TR=320;WE=10100069;WS=10100051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,339:0.99:341
chr19	10102177	rs7248892	C	T	209.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=141;SC=ATGTTGCAGTCTATCACTATC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=10102185;WS=10102167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	10102567	rs7251453	G	A	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=35;PP=1438;SC=CATGGTGTTGGGGCGTTAGTG;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=74;WE=10102575;WS=10102557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	10102676	rs7252953	A	G	2782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=56;NR=38;PP=1444;SC=CACAGGGCACATACCACATTG;SOR=0.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=94;WE=10102684;WS=10102666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	10103583	rs2010448	C	T	4537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr19	10103892	rs11672571	G	A	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=20;PP=1538;SC=TTCCATTCAGGCCCCTGACTC;SOR=1.504;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=74;WE=10103900;WS=10103882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	10106671	rs3745592	C	G	5115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=116;NR=70;PP=2965;SC=TTTCCCCATCCAGCACTGTAT;SOR=1.162;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=117;TCR=70;TR=186;WE=10106679;WS=10106661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	10106871	rs10415783	G	A	5985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=122;PP=2965;SC=CCACGCAGTCGCCTTACTCAC;SOR=1.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=88;TCR=123;TR=210;WE=10106879;WS=10106861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr19	10106936	rs1559186	G	C	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=31;NR=56;PP=1795;SC=CTTTCATAGAGAGCTGGAAAG;SOR=1.408;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=87;WE=10106944;WS=10106926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	10108714	rs7254800	G	A	10252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=195;NR=169;PP=2965;SC=GAAGGGAGAAGTGAGTGTCGG;SOR=0.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=367;TCF=196;TCR=171;TR=364;WE=10108722;WS=10108704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr19	10108850	rs3745594	A	G	8551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=40.34;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr19	10108861	rs3745595	A	G	7503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=97;PP=2756;SC=GAGAAAAGAGATGTGAACTTG;SOR=1.325;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=63;TCR=99;TR=160;WE=10108869;WS=10108840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	10108908	rs143525824	GCA	G	1089.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.490;QD=25.95;ReadPosRankSum=0.650;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,39:0.93:42
chr19	10112346	rs2287803	T	C	10316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=194;NR=151;PP=2965;SC=TCCAAGCTCCTCTGAGAACGT;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=346;TCF=194;TCR=152;TR=345;WE=10112354;WS=10112336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr19	10116076	rs11085529	G	C	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=8;PP=647;SC=CACAATCACAGGCTGCAACGG;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=10116084;WS=10116066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	10116375	rs2303099	G	T	9172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=153;PP=2965;SC=CTATGCTGACGGCCACACGGT;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=302;TCF=148;TCR=154;TR=301;WE=10116383;WS=10116365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr19	10116508	rs2303098	C	T	3562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=63;PP=2239;SC=GGGGAGGGGGCGGAAGGGGTC;SOR=1.072;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=121;TCF=58;TCR=63;TR=118;WE=10116516;WS=10116498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	10131851	.	T	TA	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr19	10192425	rs112439574	G	GGAA	1244.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.91;QD=41.49;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	10197479	.	C	CG	618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=453;ReadPosRankSum=-0.796;SC=GGATGAAAGGCGGGGGGGGGG;SOR=0.990;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=30;WE=10197487;WS=10197469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr19	10218030	rs1551570	C	T	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=1;PP=409;SC=CTGCGTCCGACTGACTCTAAA;SOR=4.294;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=10218038;WS=10218020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	10218434	rs55752217	C	T	5586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=116;PP=2965;SC=CTCCGGGCACCTCTGCTAGAC;SOR=1.135;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=201;TCF=84;TCR=117;TR=197;WE=10218442;WS=10218424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr19	10218524	rs2305791	C	G	3750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=57;PP=2654;SC=CCTTCCAGGTCAAGAAGGTGA;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=119;WE=10218532;WS=10218514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	10221151	rs2305792	C	G	4817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=97;PP=2965;SC=ACCCGCGTCTCTTGGCTCAGT;SOR=1.198;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=69;TCR=97;TR=166;WE=10221159;WS=10221141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr19	10222558	rs2010353	G	T	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=17;PP=477;SC=GAGGTCGAGGGGGGTGGAACA;SOR=1.075;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=33;WE=10222566;WS=10222548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	10224526	rs3745600	C	T	9761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=172;NR=151;PP=2965;SC=TGCTCTGCGCCCTGACGCTGC;SOR=0.769;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=326;TCF=175;TCR=151;TR=323;WE=10224534;WS=10224516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr19	10225777	rs7401	A	G	4802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.39;ReadPosRankSum=-0.625;SOR=0.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,181:0.99:182
chr19	10226052	rs2305795	G	A	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=9;PP=633;SC=AAAACCAGCCGGGGGACTGTT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=10226060;WS=10226042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	10226256	rs7710	A	G	3706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=23.46;SOR=3.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	10226340	rs71188883	GTGCC	G	13878.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=164;PP=2982;SC=CAGCCCCACCGTGCCTGCCTG;SOR=0.982;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=214;TCF=34;TCR=180;TR=196;WE=10226351;WS=10226330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr19	10229240	rs61403454	CA	C	191.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.59;ReadPosRankSum=-1.198;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr19	10229297	rs11667630	C	A	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=61;NR=21;PP=1446;SC=TCCGGGAGCACGGTTTTCCAA;SOR=1.477;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=61;TCR=21;TR=82;WE=10229305;WS=10229287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	10229521	rs2290687	C	T	4062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=104;PP=2965;SC=AGGGTCCCCACTCCCTGCACC;SOR=1.392;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=199;TCF=93;TCR=106;TR=181;WE=10229529;WS=10229511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	10229726	rs149991692	TGGCAGTCCTCACTCACCTCCC	T	3023.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=43;PP=2926;ReadPosRankSum=-1.083;SC=GGACACCGAGTGGCAGTCCTC;SOR=1.140;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=74;TCF=13;TCR=61;TR=53;WE=10229754;WS=10229716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,116:0.97:120
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chr19	10370542	rs11115	C	T	6890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=161;PP=2965;SC=TTGGGAGCCTCAGGCCCACGC;SOR=1.418;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=96;TCR=162;TR=257;WE=10370550;WS=10370532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr19	10400810	rs11575073	C	T	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr19	10405865	rs10402760	C	T	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=6;PP=445;SC=GCAACAGCAGCCTGATTGTCG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=10405873;WS=10405864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	10407169	rs710845	G	C	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
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chr19	10449392	rs2304240	A	G	3407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=38;PP=2060;SC=CTGTTATCTGAGAGCCATTGC;SOR=1.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=71;TCR=38;TR=109;WE=10449400;WS=10449382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	10561261	.	A	AT	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.892;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr19	10625067	rs6511701	A	C	6437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=118;NR=98;PP=2965;SC=GTGCACAGATAGCGGCCAGGA;SOR=0.787;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=118;TCR=98;TR=216;WE=10625075;WS=10625057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr19	10659737	rs12979378	C	T	7033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=25.86;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr19	10665691	rs10419405	T	C	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=6;PP=668;SC=CAACAAGAGGTTGACGGAGCC;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=10665699;WS=10665681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	10665912	rs6146467	C	CCCGCCCTGCCCGCAGCGCACCTGGCT	5984.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=21;PP=2975;SC=CCCGAGGCTGCCCGCCCTGCC;SOR=1.515;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=27;WE=10665920;WS=10665902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	10668383	rs3745256	T	C	14353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=249;NR=261;PP=2965;SC=GCCAGGCTGCTGGGCTATGCC;SOR=0.768;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=512;TCF=249;TCR=263;TR=510;WE=10668391;WS=10668373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,550:1.00:550
chr19	10668452	rs3745255	A	G	10859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=164;NR=199;PP=2965;SC=CACCGGGTTCAAACACGGGCT;SOR=0.934;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=366;TCF=164;TCR=202;TR=363;WE=10668460;WS=10668442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr19	10668953	rs875569	G	A	5739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=120;PP=2965;SC=GAGCCCACTCGAGACATAGGA;SOR=1.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=71;TCR=120;TR=191;WE=10668961;WS=10668943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr19	10669032	rs892084	T	C	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=29;PP=841;SC=TAGGGCTCCCTACAGCCCTCC;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=10669040;WS=10669022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	10670992	rs3745249	C	T	4641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr19	10672493	rs12984043	C	T	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=88;PP=2464;SC=GAAGTCTCCCCGTCTGAGTTC;SOR=3.132;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=131;TCF=42;TCR=89;TR=114;WE=10672501;WS=10672483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	10676319	rs147139658	G	A	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=11;PP=1078;SC=GTTCCCCCCCGTCTACATCGG;SOR=2.428;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=56;WE=10676327;WS=10676309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	10676343	rs3745246	A	T	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=65;NR=20;PP=1381;SC=CGGGGTGCAGAGGGGGGCTTG;SOR=1.967;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=90;TCF=65;TCR=25;TR=85;WE=10676351;WS=10676333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	10676423	rs3745245	G	A	3645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	10676487	rs34864064	G	GC,GCC	9427.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=31.85;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,71,225:0.24,0.76:296
chr19	10676681	rs3218222	T	C	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=57;PP=1721;SC=GGCATGGCGGTTCTGTGGCCC;SOR=3.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=10;TCR=57;TR=67;WE=10676689;WS=10676671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	10679067	rs33926515	GAGA	G	2764.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=19;PP=1507;SC=TGAAAGCCTAGAGAAGAAGGA;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=32;WE=10679077;WS=10679057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	10679240	rs1968445	C	G	5398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr19	10685859	rs1560712	G	C	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=46;PP=1528;SC=GAGATACCATGTCTACAAAAA;SOR=1.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=72;WE=10685867;WS=10685849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	10687757	rs7252007	T	C	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=30;PP=1705;SC=TCATGAGCCATCACACCTGAC;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=86;WE=10687765;WS=10687747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
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chr19	10697773	rs75323740	A	G	5702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr19	10697801	rs75192074	G	T	8056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.504;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.573;SC=CGGAGGGGTCGCCCCTGAATC;SOR=0.592;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=277;TCF=160;TCR=117;TR=276;WE=10697809;WS=10697791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,306:1.00:307
chr19	10738639	rs3087969	C	T	4596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr19	10741622	rs12710257	A	G	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=24.59;SOR=1.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	10741681	rs60016481	C	CA	1154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.041;QD=11.90;ReadPosRankSum=-0.118;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,77:0.79:97
chr19	10741907	rs12972963	A	G	16152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=286;NR=298;PP=2965;SC=AGTCCTGAGCAGTCTGCCCCA;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=584;TCF=286;TCR=298;TR=584;WE=10741915;WS=10741897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,627:1.00:627
chr19	10742170	rs2288904	A	G	4360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=57;PP=2425;SC=GAGGTGCTTCAAGATGGTGAC;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=80;TCR=57;TR=137;WE=10742178;WS=10742160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr19	10742287	rs1560711	C	T	4966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=72;PP=2965;SC=TGGTGCCATCCTCTGCTCCAT;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=94;TCR=72;TR=166;WE=10742295;WS=10742277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr19	10742443	rs1560710	C	T	8843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=161;NR=138;PP=2965;SC=TATTGGCGCACCGCGCCAGGG;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=301;TCF=162;TCR=139;TR=299;WE=10742451;WS=10742433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr19	10742463	rs1560709	G	T	9413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=172;NR=142;PP=2965;SC=GTCTCACTTTGCTGGGTGGGA;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=314;TCF=172;TCR=142;TR=314;WE=10742471;WS=10742453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr19	10745764	rs2163832	T	C	6665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=127;NR=94;PP=2965;SC=GGGGCCAGGGTGCCAGGGGCC;SOR=0.894;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=127;TCR=94;TR=221;WE=10745776;WS=10745754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr19	10748820	rs3859514	T	C	5048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=83;PP=2965;SC=GATTTCTGTCTTCTGTGATGA;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=78;TCR=83;TR=161;WE=10748828;WS=10748810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr19	10751769	rs111569642	G	GA	381.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5466;FS=4.809;HP=10;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=0.555;SC=TCTCAGGAGGGAAAAAAAAAA;SOR=0.300;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=11;WE=10751777;WS=10751759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr19	10752968	rs10405617	A	G	4851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=121;NR=61;PP=2862;SC=TGGTCCCAGCATAGGATGGAC;SOR=1.432;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=121;TCR=61;TR=182;WE=10752976;WS=10752958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr19	10793749	rs2738039	A	G	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=15;PP=800;SC=CTCCCATGTGACTGGAATGCC;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=10793757;WS=10793739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	10794630	rs2229383	G	T	10889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=187;NR=199;PP=2965;SC=GAGGCAACTCGGCGACAGCAG;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=386;TCF=187;TCR=199;TR=386;WE=10794638;WS=10794620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr19	10794793	rs892087	C	T	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=29;PP=785;SC=AGACGGCCCTCGACCCCCACC;SOR=3.145;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=10794801;WS=10794781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	10818092	rs892085	G	A	8172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=171;PP=2965;SC=GGGATATGTGGTGGGAGGGGA;SOR=1.160;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=294;TCF=121;TCR=173;TR=292;WE=10818100;WS=10818082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr19	10883126	rs3826803	C	G	3337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.14;SOR=1.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	10959254	rs138730301	TC	T	6803.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=173;PP=2975;SC=CCCACGCCTTTCCCCCCATCC;SOR=3.119;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=192;TCF=8;TCR=184;TR=181;WE=10959268;WS=10959244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr19	10970558	rs8100581	A	G	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.02;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	11038843	rs892010	G	C	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=8;PP=579;SC=TAGGGTTGACGCTGGGATGGG;SOR=2.242;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=36;WE=11038851;WS=11038833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	11221454	rs2738442	T	C	21257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.47;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr19	11221457	rs12710260	G	C	12408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.96;ReadPosRankSum=-1.408;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,476:1.00:478
chr19	11224181	rs1003723	C	T	4066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=54;PP=2336;SC=GGGCTCCTGGCGCTGATGCCC;SOR=0.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=76;TCR=55;TR=130;WE=11224189;WS=11224171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr19	11224265	rs5930	A	G	7006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr19	11224491	rs1569372	A	G	2591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=21;NR=58;PP=1775;SC=AGCAGGAAGGAGCTTCAGGAA;SOR=1.981;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=21;TCR=59;TR=79;WE=11224499;WS=11224481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	11227480	rs2738447	A	C	167.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=68;SC=GGCCCTCAGGACCCTCTGGGA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=11227488;WS=11227470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	11227602	rs688	C	T	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	11227814	rs58321173	CT	C	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=12.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=3.291;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr19	11230645	rs2569549	T	C	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=9;PP=1126;SC=AGTGAAACTCTGTCTGAAACA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=57;WE=11230661;WS=11230635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
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chr19	11277232	rs4804573	G	A	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	11303459	rs35706290	GC	G	10667.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.680;HP=12;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.176;NF=51;NR=83;PP=2696;ReadPosRankSum=-1.222;SC=GAAGAAAGAGGCCCCCCCCCC;SOR=0.720;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=170;TCF=62;TCR=108;TR=134;WE=11303479;WS=11303449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,240:1.00:241
chr19	11303469	rs7254270	C	G	11368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.574;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.165;NF=147;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.036;SC=GCCCCCCCCCCCCAAGCCATT;SOR=0.643;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=257;TCF=155;TCR=102;TR=249;WE=11303479;WS=11303449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,270:1.00:271
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chr19	11310920	rs8101345	C	T	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=4;PP=245;SC=CCATCCTGTACCTGTCCTGGT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=11310928;WS=11310910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr19	11327527	.	G	A	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=21;PP=1225;SC=CCCGCAGCACGCTGGGTCCCT;SOR=1.512;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=69;WE=11327535;WS=11327517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	11348098	rs34301174	G	A	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr19	11363146	rs8113582	A	T	2848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=37;PP=1616;SC=GCTGCCCCTAAGTCAGACTCA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=92;WE=11363154;WS=11363136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	11422998	.	TAA	T,TA	518.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.487;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.72;ReadPosRankSum=-2.205;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,14,17:0.42,0.52:33
chr19	11436302	rs56363898	A	AG	1204.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=19;PP=882;SC=AAGACCCCTGAGGGCAGAGTC;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=22;WE=11436310;WS=11436292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	11459665	rs78738753	G	GA	6438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.854;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.400;NF=26;NR=69;PP=2936;ReadPosRankSum=0.920;SC=CAAGGCTCTGGAGCGTACAGC;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=30;TCR=78;TR=95;WE=11459673;WS=11459655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:14,189:0.93:203
chr19	11461834	rs118019382	C	T	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.03;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	11526765	rs167479	G	T	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=28;PP=804;SC=ATGGGCAGGGGGGTCTCGGAA;SOR=1.345;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=11526773;WS=11526755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	11529958	rs1549168	C	T	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.32;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	11534503	rs57892201	TG	T	876.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=1;PP=422;ReadPosRankSum=-1.002;SC=CCGTCTGGGGTGGGGGGGGGG;SOR=3.516;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=28;WE=11534512;WS=11534493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,39:0.87:45
chr19	11541685	rs34095	G	A	9952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=177;NR=174;PP=2965;SC=ATCCACCGCCGCGGGAACCCT;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=352;TCF=177;TCR=175;TR=351;WE=11541693;WS=11541675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr19	11541712	rs34094	T	C	9130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr19	11558240	rs186375	T	C	6852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=140;NR=106;PP=2965;SC=CCGACCGCACTGCTCACCCGC;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=248;TCF=140;TCR=108;TR=246;WE=11558248;WS=11558230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr19	11558340	.	AGAGGAG	A	7329.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=84;PP=2995;SC=CGTCGCCCACAGAGGAGGAGG;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=14;TCR=108;TR=95;WE=11558356;WS=11558330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr19	11559418	rs201787445	C	T	6503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=2.560;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.85;ReadPosRankSum=1.744;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:28,284:0.91:312
chr19	11565284	rs35334288	TTC	T	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=0.036;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,6:0.14:42
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chr19	11725823	rs1969533	A	G	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-0.189;QD=30.99;ReadPosRankSum=2.314;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
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chr19	11727503	rs4545929	T	C	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=10;PP=1401;SC=CTCATTTTTCTGACAAGTCAT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=52;TCR=10;TR=62;WE=11727511;WS=11727493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	11728802	rs4804611	A	G	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=43;PP=1266;SC=AAGGATTCACAGTGGAGAAAG;SOR=3.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=50;WE=11728810;WS=11728792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	11878095	rs384148	T	G	4519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.070;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.42;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,179:0.93:193
chr19	11889347	rs371134	C	T	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=331;ReadPosRankSum=-0.749;SC=GATCATAGCTCGCTGTAGCCT;SOR=0.346;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=24;WE=11889355;WS=11889337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr19	11890921	rs33949590	C	T	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.67;ReadPosRankSum=-0.873;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,126:0.95:133
chr19	11891003	rs799193	G	A	3843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=68;PP=2347;ReadPosRankSum=0.814;SC=TAATTGCTACGTTAGAGTTGA;SOR=0.810;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=167;TCF=91;TCR=76;TR=151;WE=11891011;WS=11890993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:18,161:0.90:179
chr19	11918093	rs71166630	AT	A	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.365;NF=6;NR=36;PP=1229;ReadPosRankSum=2.056;SC=GAGAAATGCTATTTTTTAATT;SOR=0.693;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=52;TCF=6;TCR=46;TR=42;WE=11918101;WS=11918083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,54:0.92:59
chr19	11941221	rs424132	T	A	5699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=-2.808;NF=105;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.964;SC=CCTGACCTCTTTAGGTAAGGA;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=119;TCR=139;TR=229;WE=11941229;WS=11941211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:28,243:0.90:271
chr19	11941256	rs421355	A	G	4803.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.790;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-3.358;NF=85;NR=105;PP=2920;ReadPosRankSum=1.231;SC=CCCTCAGTCCATTAGTGAACC;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=96;TCR=119;TR=190;WE=11941264;WS=11941246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:25,203:0.89:228
chr19	11941363	rs2545810	G	A	1783.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.349;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-2.179;NF=31;NR=41;PP=1401;ReadPosRankSum=2.008;SC=AATCATGGGCGTAGAATCTAA;SOR=0.291;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=72;WE=11941371;WS=11941353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,71:0.90:79
chr19	11941532	rs35392612	C	G	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.443;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=4.846;NF=37;NR=43;PP=1169;ReadPosRankSum=0.243;SC=TCTCTCTAGACAATCTTAGAA;SOR=1.095;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=80;WE=11941540;WS=11941522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,92:0.92:100
chr19	11941617	rs410885	G	A	681.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.9985;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.306;NF=6;NR=16;PP=430;ReadPosRankSum=-0.834;SC=TAGAATATTTGATCAAAAAAC;SOR=0.487;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=22;WE=11941628;WS=11941607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr19	11942362	rs427880	A	G	8125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.964;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.985;NF=186;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=1.205;SC=TTTAATATGAACATCAGAGGT;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=366;TCF=215;TCR=151;TR=322;WE=11942370;WS=11942352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,335:0.88:381
chr19	11942615	rs394416	A	C	5389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.743;NF=96;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.309;SC=GTGGGAAAGCATTCCATTGTC;SOR=0.527;Source=Platypus;TCF=108;WE=11942623;WS=11942605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,209:0.88:238
chr19	11942771	rs436411	G	A	8225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.831;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.97;MQRankSum=-0.356;NF=180;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=1.060;SC=AATATCAGGAGTGTGGGAAAG;SOR=0.559;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=335;TCF=192;TCR=143;TR=315;WE=11942779;WS=11942761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:22,332:0.94:354
chr19	11943697	rs400106	G	A	8061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=143;PP=2965;SC=ATGGAGAGAAGCCCTATGCAT;SOR=0.851;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=282;TCF=138;TCR=144;TR=281;WE=11943705;WS=11943687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr19	11943823	rs375049	G	A	3908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.796;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.350;NF=71;NR=66;PP=2608;ReadPosRankSum=1.149;SC=TATGTGGGAGGGGCTTTTATT;SOR=0.234;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=148;TCF=79;TCR=69;TR=137;WE=11943831;WS=11943813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,148:0.94:158
chr19	11943852	rs3745669	T	C	3781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.376;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=2.833;NF=65;NR=66;PP=2605;ReadPosRankSum=0.243;SC=TCATTTCAAATACATGAAAAA;SOR=0.431;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=72;TCR=69;TR=131;WE=11943860;WS=11943842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,143:0.93:154
chr19	12058536	rs4804175	C	T	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.9994;FS=5.946;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=483;ReadPosRankSum=1.305;SC=TATATTTAAACGTGACTGAGG;SOR=2.476;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=22;WE=12058544;WS=12058526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr19	12059645	rs12327617	A	G	2466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=46;PP=1629;ReadPosRankSum=-1.304;SC=CAAATACATGAAAGAACTCAC;SOR=0.608;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=114;TCF=58;TCR=56;TR=94;WE=12059653;WS=12059635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,100:0.82:122
chr19	12140896	.	CA	C	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.607;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
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chr19	12541532	rs10422063	C	A	20862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=236;NR=220;PP=2965;SC=GAAATCAATACAGGCTTTCCC;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=458;TCF=237;TCR=221;TR=456;WE=12541540;WS=12541522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr19	12541547	rs10402252	T	G	21041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=238;NR=220;PP=2965;SC=TTTCCCAAGTTTGCATTTATA;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=460;TCF=240;TCR=220;TR=458;WE=12541555;WS=12541537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,489:1.00:489
chr19	12542772	rs1134389	C	T	4074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=93;PP=2552;SC=TTACTTTCAACAAATCTCTCT;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=47;TCR=93;TR=140;WE=12542780;WS=12542762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	12542848	rs4804692	G	C	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=42.67;SOR=6.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	12542851	rs4804693	AT	GC	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=44.96;SOR=6.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	12542891	rs140908232	G	A	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.81;QD=30.67;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	12542904	rs78266625	C	T	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.31;QD=29.97;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	12543333	rs3979432	C	T	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=32;PP=862;SC=ACACTGCAATCGTTCAAAATG;SOR=3.500;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=12543341;WS=12543323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	12551616	rs35084134	C	G	3546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=20;PP=2315;SC=GGACCCGGGTCCGTAGATCCC;SOR=2.322;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=86;TCR=20;TR=106;WE=12551624;WS=12551609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	12551715	rs11881297	A	C	11405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=216;NR=171;PP=2965;SC=ACGCCGGCCCAGCACACGCAC;SOR=0.847;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=387;TCF=216;TCR=171;TR=387;WE=12551723;WS=12551705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr19	12574740	rs3071438	CA	C	250.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=10.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=0.763;QD=8.09;ReadPosRankSum=1.001;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr19	12576049	rs7259240	G	A	7427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=127;NR=112;PP=2965;SC=ACGTTTTCCCGCATTCTTTAC;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=127;TCR=112;TR=239;WE=12576057;WS=12576039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr19	12576573	rs10404972	G	A	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=24;PP=660;SC=AAAACAAAACGCACAATTAGT;SOR=2.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=12576581;WS=12576563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	12659875	rs146138143	C	CCATA	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr19	12662318	rs79749579	G	GC	8458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=103;PP=2973;SC=GTTGAACATTGCCCCTGTCCC;SOR=1.106;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=133;TCF=13;TCR=120;TR=116;WE=12662326;WS=12662308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr19	12692001	rs3745651	G	A	7699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=139;PP=2965;SC=GAGTCCTTTCGTGGGTTAGAA;SOR=0.951;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=261;TCF=122;TCR=139;TR=261;WE=12692009;WS=12691991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr19	12694089	rs12461643	T	G	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=16;PP=1271;SC=TCCTGACCTCTTAATCCGCCC;SOR=2.239;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=68;WE=12694097;WS=12694079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	12707904	rs1864082	T	C	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=27;PP=1723;SC=GGTCTTCCCATAGCCGGTTCC;SOR=1.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=87;WE=12707912;WS=12707894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	12707978	rs1864081	G	A	7487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=144;NR=117;PP=2965;SC=CTCGGCTTACGGAGGCTCCAG;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=261;TCF=144;TCR=117;TR=261;WE=12707986;WS=12707968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr19	12720631	rs8100964	C	T	170.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.35;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	12760287	rs12984441	A	C	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.75;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	12760664	rs3815914	T	C	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.66;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	12763350	rs71168621	C	CT	791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.000;QD=17.21;ReadPosRankSum=0.699;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,43:0.93:46
chr19	12768391	rs73002392	G	A	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=49;PP=1648;SC=CAATGAGTCCGGTGAGGTTCT;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=102;WE=12768399;WS=12768381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	12768843	rs34324185	G	T	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=929;ReadPosRankSum=0.948;SC=AACTTCAGCCGCAAACCTCTT;SOR=0.469;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=58;WE=12768851;WS=12768833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,63:0.93:68
chr19	12772090	rs1133330	C	T	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.025;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=24;PP=1223;ReadPosRankSum=-1.580;SC=ATTTACCAGCCGGATGAGCTT;SOR=0.939;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=81;WE=12772098;WS=12772080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,98:0.98:100
chr19	12772165	rs1054487	G	A	3642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.50;ReadPosRankSum=-1.233;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,153:0.99:155
chr19	12772263	rs2303731	T	C	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=62;PP=1846;ReadPosRankSum=0.119;SC=TTTTGATGTATATGGGGTCAA;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=58;TCR=66;TR=117;WE=12772271;WS=12772253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,126:0.95:133
chr19	12774208	rs1054486	G	C	7902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=0.057;SC=TCCTCCACCAGCGGCTGATCG;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=296;TCF=160;TCR=136;TR=277;WE=12774216;WS=12774198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:20,319:0.94:339
chr19	12787002	rs34820996	G	GAGAC	1112.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=1158;ReadPosRankSum=0.129;SC=CCAGTCACAGGAGACAGACAC;SOR=2.376;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=20;WE=12787010;WS=12786992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr19	12810279	rs9467	A	T	138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.88;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	12876278	rs1205169	C	A	4437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=97;PP=2965;SC=GAAAAGAAAGCAGGCCAGGCG;SOR=1.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=48;TCR=97;TR=145;WE=12876286;WS=12876268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr19	12876964	rs897804	G	C	4545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=71;NR=80;PP=2542;SC=CATCCTCCAGGTGGCGCTGCA;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=71;TCR=81;TR=151;WE=12876972;WS=12876954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr19	12944663	.	AGCC	A	75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=17;MQ=58.01;NF=0;NR=2;PP=75;QD=42.5;SC=CCCTCCCCTCAGCCGCCGCCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=2;WE=12944673;WS=12944653;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,2:0.15:13
chr19	13029188	rs2965214	G	A	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=30;PP=986;SC=AAGGAGGGAGGATGAGGAGTG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=13029196;WS=13029178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	13030939	.	AT	ACACACACACACACACT,A	863.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.29;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=11,11;NR=10,10;PP=706,387;SC=ACACACACACATAATTATATT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=21,21;WE=13030947;WS=13030929;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:20
chr19	13030940	rs8104603	T	A	899.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.81;QD=39.12;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	13031210	rs2967897	T	C	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=29;PP=856;SC=TCTAGACAGATAGGCCTTGCT;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=13031218;WS=13031200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	13039284	rs2293683	A	G	7041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.234;SC=GGTGGGAGACACAGCCTGACT;SOR=0.925;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=255;TCF=151;TCR=104;TR=253;WE=13039292;WS=13039274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,275:0.99:277
chr19	13044544	rs2974750	C	A	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.35;SOR=2.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	13218799	rs71168652	CT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.674;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr19	13220703	rs35601737	C	G	6448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=1.423;SC=CTGGGACTCCCCTTCTTCTCC;SOR=1.043;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=96;TCR=122;TR=215;WE=13220711;WS=13220693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,243:0.99:245
chr19	13249244	rs8112067	A	G	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=46;PP=1305;SC=CCGCGGGGCCACACACTTCCC;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=61;WE=13249252;WS=13249234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	13255536	rs2304095	T	C	6302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=104;PP=2965;SC=CACACCAGGGTGGCCGAGAGC;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=107;TCR=104;TR=211;WE=13255544;WS=13255526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr19	13260240	.	A	AAAAG	1081.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.60;MQRankSum=1.966;QD=20.41;ReadPosRankSum=0.961;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,49:0.92:53
chr19	13319693	rs16051	A	G	2097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=7.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=19.07;ReadPosRankSum=1.539;SOR=2.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,93:0.85:110
chr19	13319989	rs10413221	T	C	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=13;PP=695;SC=TTCCTGCAGCTGCTGCCTGGC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=13320010;WS=13319979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	13320002	rs2304093	C	G	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=13;PP=702;SC=TGCCTGGCCCCCTCTGTCCCC;SOR=1.075;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=13320010;WS=13319979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	13322822	rs3217380	AG	A	1564.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=7;PP=1241;SC=TGAGTCCGGCAGGGAGGGGAT;SOR=2.687;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=31;WE=13322830;WS=13322812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	13323124	rs16048	T	G	2938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.308;NF=49;NR=63;PP=2384;ReadPosRankSum=-1.387;SC=TGTGTGTGTGTGGGGGGCCCA;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=50;TCR=65;TR=112;WE=13323132;WS=13323114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,112:0.98:114
chr19	13323641	rs370860384	TAC	T	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=117;ReadPosRankSum=-1.699;SC=ATCCCCAGTATACACACACAC;SOR=0.307;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=13323650;WS=13323631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr19	13325497	rs80216489	T	C	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=51;PP=1474;ReadPosRankSum=-1.274;SC=TGCAAAGCCATAGGCTCCCGA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=18;TCR=53;TR=69;WE=13325505;WS=13325487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,74:0.97:76
chr19	13335300	rs71168691	CAAA	C	790.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;QD=26.36;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr19	13335432	rs3816027	G	A	4207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=25.97;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr19	13338180	rs143245670	AAAG	A	1677.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=6.201;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.21;MQRankSum=0.000;QD=16.95;ReadPosRankSum=1.940;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,91:0.92:99
chr19	13339419	.	GATAT	G	1737.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.22;QD=41.37;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	13355900	rs16039	T	G	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=6;PP=891;SC=AGCTATGGCTTCCGGGACACA;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=13355908;WS=13355890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	13356150	rs16035	T	G	3750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.20;ReadPosRankSum=-1.330;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,148:0.95:155
chr19	13364012	rs8103699	C	T	457.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=258;ReadPosRankSum=-0.611;SC=GGCAACACTCCAGCCCCAGGC;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=16;WE=13364020;WS=13364002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr19	13373477	rs16031	A	G	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	13899041	.	CTTTTTT	C,CT	1427.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=4.543;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.48;MQRankSum=0.396;QD=38.59;ReadPosRankSum=1.218;SOR=1.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,23,13:0.62,0.35:37
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chr19	13910539	rs28480458	G	A	6691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.541;SC=TACAGGTGGAGGAGCGGTTCT;SOR=0.894;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=242;TCF=139;TCR=103;TR=233;WE=13910547;WS=13910529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,271:0.97:279
chr19	13940959	rs10403445	G	C	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=7;PP=981;ReadPosRankSum=0.535;SC=ATGTACGTGTGTCTGCCCCCG;SOR=1.437;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=47;WE=13940967;WS=13940949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr19	13947292	rs895819	T	C	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=1234;ReadPosRankSum=-0.941;SC=CACGACTTGGTGTGGACCCTG;SOR=0.763;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=45;TCR=42;TR=81;WE=13947300;WS=13947282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,87:0.92:95
chr19	14045311	.	A	AGTGT	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.84;ReadPosRankSum=0.524;SOR=3.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr19	14048587	rs55873182	G	C	6097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=2.270;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.73;ReadPosRankSum=1.548;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,234:0.99:237
chr19	14065074	rs55681834	G	A	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.452;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.14;ReadPosRankSum=-0.779;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr19	14065341	rs10409785	T	C	5583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=1.363;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.15;ReadPosRankSum=1.114;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,214:0.96:222
chr19	14065488	rs1056143	A	G	3887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=68;PP=2270;ReadPosRankSum=2.689;SC=GGAGGCTTCAACACCAGGCTG;SOR=0.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=130;WE=14065496;WS=14065478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,145:0.97:150
chr19	14065534	rs1056142	A	C	2508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=49;PP=1579;SC=GGTCACAGCAACCTCTGAGCC;SOR=1.338;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=82;WE=14065542;WS=14065524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	14070706	rs141180609	A	AGGTGGGCCCAGGGCGGGCAG	3889.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=58.94;SOR=5.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	14091543	rs146048336	T	TGCATCCTCTCTGGGGTGGGCTC	2806.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=17;PP=2900;SC=GGGGTGGGCTTGCATCCTCTC;SOR=0.693;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=20;WE=14091551;WS=14091533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	14104251	rs12459114	G	A	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=2;PP=345;SC=TGGGGGGCATGGCAGCCCTGT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=15;WE=14104259;WS=14104241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	14104688	rs143370000	CT	C	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr19	14139004	rs1982632	A	G	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=6;PP=716;SC=CGTTCAAAGCATCTCCGTCCA;SOR=2.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=36;WE=14139012;WS=14138994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	14141480	rs4263049	A	G	3577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=46;PP=1973;ReadPosRankSum=0.828;SC=TGGGTGCAGCAGCAGCTGAGC;SOR=1.048;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=78;TCR=47;TR=123;WE=14141488;WS=14141470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,142:0.99:144
chr19	14141666	rs78161395	G	T	3565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.796;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=66;PP=2136;ReadPosRankSum=1.693;SC=GGAACCCCTGGGGTTCTTCGG;SOR=0.691;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=66;TCR=67;TR=130;WE=14141674;WS=14141656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,143:0.97:148
chr19	14142616	rs6511905	C	G	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=2;PP=447;SC=ACCCAGAGCTCGAAGAGGAGC;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=18;WE=14142624;WS=14142606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	14156840	rs149367806	AAAAC	A	1037.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5024;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.392;NF=7;NR=4;PP=497;ReadPosRankSum=-0.064;SC=TCCGTCTCAAAAAACAAACAA;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=11;WE=14156851;WS=14156830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr19	14161745	rs10404803	T	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=11;PP=285;SC=TACTCCACAGTGGGGAGAGGT;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=14161753;WS=14161735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	14162347	rs10404921	C	G	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=23;PP=1039;ReadPosRankSum=-0.041;SC=GGGCAAGACTCTGTCTCAAAA;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=69;WE=14162355;WS=14162337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,76:0.96:79
chr19	14162676	rs2306190	A	C	3265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.37;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,130:0.97:134
chr19	14164629	rs75841596	C	T	4653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=1.481;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.57;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,175:0.96:182
chr19	14184713	rs35666756	C	CG	8041.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.526;NF=34;NR=97;PP=2936;ReadPosRankSum=1.112;SC=GTAGCAACGCCGGGACCCCCA;SOR=0.651;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=147;TCF=34;TCR=113;TR=131;WE=14184721;WS=14184703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:31,345:0.92:376
chr19	14185226	rs7258963	T	C	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=522;ReadPosRankSum=-0.676;SC=GGAAAGTTGGTGGTGATCTGG;SOR=0.240;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=42;WE=14185234;WS=14185216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr19	14194458	rs35357458	C	A	4958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.703;SC=AGCTGGCCTGCGAGGAGTGGG;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=89;TCR=99;TR=175;WE=14194466;WS=14194448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:17,196:0.92:213
chr19	14200738	.	G	A	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.44;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	14200896	.	C	CG	61	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=22;MQ=59.58;NF=2;NR=0;PP=61;QD=41.0;SC=TGTGGCGGCGCCGGCGGGGCC;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=2;WE=14200904;WS=14200886;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr19	14237119	.	A	AT	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=-0.534;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr19	14267378	rs187316047	T	G	185.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.97;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	14294288	rs61051191	GC	G	4650.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=61;PP=1813;SC=CATTTTATCTGCCCCCCCCAG;SOR=0.828;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=93;TCF=24;TCR=69;TR=77;WE=14294297;WS=14294278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr19	14301821	rs35845368	A	C	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=6;PP=365;SC=AATTGCTTGAACCTGGGAGGC;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=14301829;WS=14301811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr19	14499357	rs2302094	T	A	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5007;FS=2.462;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=1.850;NF=17;NR=21;PP=773;ReadPosRankSum=0.556;SC=AGCCAGAGCCTGGGGAGGGTC;SOR=0.891;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=38;WE=14499365;WS=14499347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,39:0.93:42
chr19	14499410	rs2302092	G	C	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.345;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.596;NF=30;NR=24;PP=1179;ReadPosRankSum=-0.947;SC=GAAAGAGAGGGCTCGCGCACG;SOR=0.525;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=54;WE=14499429;WS=14499400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr19	14507102	rs200115962	T	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQRankSum=-7.699;QD=1.23;ReadPosRankSum=-2.591;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,9:0.15:61
chr19	14507128	rs75902260	C	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQRankSum=-5.422;QD=4.42;ReadPosRankSum=-3.147;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,32:0.26:122
chr19	14507307	rs62122581	C	T	4298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-11.595;NF=97;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.197;SC=AGGAAGACGCCGTGAGGCTGG;SOR=0.718;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=566;TCF=273;TCR=293;TR=212;WE=14507327;WS=14507297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:389,241:0.38:630
chr19	14507319	rs200058302	C	T	3588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-12.086;NF=78;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.486;SC=TGAGGCTGGACGGGAGCTGGG;SOR=0.820;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=514;TCF=240;TCR=274;TR=184;WE=14507327;WS=14507297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:362,209:0.37:571
chr19	14507342	rs62122582	G	T	4048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=2.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQRankSum=-13.858;QD=9.92;ReadPosRankSum=-4.930;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,122:0.30:408
chr19	14507345	rs62122583	C	G	4069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=5.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQRankSum=-14.019;QD=10.44;ReadPosRankSum=-5.222;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,114:0.29:390
chr19	14507373	.	G	A	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.412;ClippingRankSum=0.000;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=25.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQRankSum=-14.170;QD=1.55;ReadPosRankSum=-2.151;SOR=2.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,31:0.15:211
chr19	14508223	rs10412108	A	G	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=49;PP=1412;SC=ACTGAGGGGGAAGGCTCAGGG;SOR=3.150;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=60;WE=14508231;WS=14508213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	14508385	rs10410071	G	A	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=621;SC=CACTAATGCCGGGAGGAATGA;SOR=2.925;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=26;WE=14508393;WS=14508375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	14508964	rs7508244	T	C	6754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=120;NR=117;PP=2965;SC=AAGGGCAGGATGCTGGGGGAC;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=121;TCR=118;TR=237;WE=14508972;WS=14508954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr19	14520829	rs12461754	G	A	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=1120;ReadPosRankSum=1.039;SC=TCGCTCAAAAGCTGGATGTAA;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=60;WE=14520837;WS=14520819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,64:0.96:67
chr19	14522434	rs55968966	GCCTTA	G	19386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=192;PP=2971;SC=TAAGAAGAGGGCCTTACCTTA;SOR=0.809;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=266;TCF=61;TCR=205;TR=242;WE=14522446;WS=14522424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr19	14561722	rs8107892	A	G	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	14578354	rs34422078	C	G	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.555;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=40;PP=1730;ReadPosRankSum=-0.826;SC=TCCCCTTACTCTGGCCTCCTC;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=106;WE=14578362;WS=14578344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,124:0.95:131
chr19	14580869	rs34241778	GC	G	2800.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=47;PP=1860;SC=TATTCGGGGTGCCCCCCACCC;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=14;TCR=55;TR=59;WE=14580877;WS=14580859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	14582539	rs8598	C	T	11929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,473:1.00:473
chr19	14583264	rs2241363	G	C	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	14583582	rs11668633	C	T	3926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr19	14590236	rs3815715	C	T	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=11;PP=818;SC=GATCCTCCACCGTGGCGGGGC;SOR=1.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=40;WE=14590244;WS=14590226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	14627050	rs4926222	G	A	3702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=65;PP=2131;SC=CCCAGAGGCCGTCTGCCATAG;SOR=1.027;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=58;TCR=65;TR=122;WE=14627058;WS=14627040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	14627215	rs8112776	T	C	4179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.16;ReadPosRankSum=1.457;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,169:0.98:173
chr19	14674235	rs891089	C	T	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=36;PP=1076;SC=CGTGGCACTCCGCAGGAACGC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=46;WE=14674243;WS=14674225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	14682804	rs9543	G	C	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=20;PP=675;SC=GGACCAGGTGGGCCCCCATGG;SOR=0.773;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=43;WE=14682812;WS=14682794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	14717791	rs10409868	A	G	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	14719854	rs10404194	T	C	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.70;QD=26.89;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	14721019	rs6511944	C	T	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=36;PP=1078;SC=AGCCCAGGGCCGAGGCTGGGG;SOR=1.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=56;WE=14721027;WS=14721009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	14736288	rs34381727	C	G	2783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=30;PP=1821;ReadPosRankSum=1.839;SC=TAGAACAATTCAGATGTTTCA;SOR=0.805;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=75;TCR=34;TR=99;WE=14736296;WS=14736278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,107:0.92:116
chr19	14740824	rs77548886	A	AG	1176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=13.090;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.605;NF=24;NR=3;PP=1123;ReadPosRankSum=-1.324;SC=TTAAGTTTAAATAACAAAGAA;SOR=3.241;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=27;WE=14740832;WS=14740814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,34:0.87:39
chr19	14741065	rs62124014	G	A	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=23;PP=631;SC=AACTAATAATGAGCATGAACA;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40;WE=14741073;WS=14741055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	14744032	rs732722	G	A	720.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.20;ReadPosRankSum=0.658;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,31:0.91:34
chr19	14744181	rs899217	T	A	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.49;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	14744311	rs62124017	G	A	170.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.53;ReadPosRankSum=2.362;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr19	14752325	rs8102646	C	T	5796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.808;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-3.625;NF=130;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=1.004;SC=GCTGGTGTTCCGGATGGCTTT;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=144;TCR=108;TR=227;WE=14752333;WS=14752315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:24,229:0.91:253
chr19	14758168	rs34226397	G	A	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=48;PP=1325;SC=AAAGGCAATGGCACTGGGACC;SOR=1.257;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=79;TCF=28;TCR=51;TR=76;WE=14758176;WS=14758158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	14769207	rs4488589	G	T	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=38;NR=22;PP=946;SC=CATTATATATGTATATATAAT;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=60;WE=14769215;WS=14769197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	14769339	rs4606855	C	G	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	14772984	rs8111916	G	T	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=30;PP=839;SC=TTATTGAGCAGCTACTATGTG;SOR=3.383;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=14772992;WS=14772974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	14779550	rs4239642	C	A	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=403;SC=CCACTGGAGACCATGAGTGGC;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=14779558;WS=14779540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	14804064	rs10404773	G	A	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=1;PP=320;SC=AAGTTAAAATGTTCCTTTGAT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=14804072;WS=14804054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	14805719	rs3850141	T	C	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=1.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	14806017	rs3813144	G	C	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=424;SC=GCCATGTGAAGAAGACAGACG;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=14806025;WS=14806007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	14806551	rs28575925	C	T	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=55;PP=1473;SC=AGAGCATTTTCAAAGGCCCTT;SOR=2.599;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=17;TCR=56;TR=72;WE=14806559;WS=14806541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	14815918	rs75269766	A	C	2425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=40;PP=1013;SC=GAAGAGAGGGAGACACCATTG;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=84;WE=14815926;WS=14815908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	14817145	rs4809215	G	T	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=12;PP=343;SC=TGCCTGCTCCGCATTCACGCA;SOR=1.230;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=14817153;WS=14817135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	14817548	rs6511961	T	A	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	14819307	rs62125496	G	A	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=13;PP=501;SC=TCATCTCAGGGGACGGGAGAG;SOR=1.022;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=22;WE=14819318;WS=14819297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	14819310	rs34925577	C	CAG	1762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=849;SC=TCTCAGGGGACGGGAGAGTTC;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=14819318;WS=14819297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	14826849	rs4078586	T	C	3542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=37;PP=2238;SC=TTCCCCAGGCTTGCCAGCCTC;SOR=1.463;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=77;TCR=37;TR=114;WE=14826857;WS=14826839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	14827076	.	CT	C	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.686;QD=0.35;ReadPosRankSum=-2.023;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,31:0.18:168
chr19	14846897	rs1859257	T	A	8523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=181;NR=112;PP=2965;SC=ATTGAATGCCTAGCACGCCTT;SOR=1.171;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=293;TCF=181;TCR=112;TR=293;WE=14846905;WS=14846887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr19	14847013	rs1859258	G	C	9094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=153;NR=190;PP=2965;SC=GATTTTCCACGGGCAAAGAGG;SOR=1.013;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=343;TCF=153;TCR=190;TR=343;WE=14847021;WS=14847003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr19	14857055	rs58281547	G	A	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	14857187	.	CT	C	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr19	14862430	rs2524383	C	G	8375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=153;NR=135;PP=2965;SC=GCATCCAGGTCAAGGTGGCCA;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=289;TCF=153;TCR=136;TR=288;WE=14862438;WS=14862420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr19	14866698	rs28420691	C	T	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=399;SC=GCCTGCAGGGCGAGGCCAAGG;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=14866706;WS=14866688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	14866974	rs2253472	T	C	5897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=126;NR=70;PP=2965;SC=ATCTTTAAATTTCTTATTTTT;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=126;TCR=71;TR=196;WE=14866982;WS=14866964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr19	14867186	rs2524386	G	A	2824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=65;PP=1907;SC=ACATAAGGGGGGTTAGGTTAG;SOR=2.184;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=24;TCR=65;TR=89;WE=14867194;WS=14867176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	14875201	rs7253782	G	T	2409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;MQRankSum=0.213;QD=27.08;ReadPosRankSum=-0.622;SOR=0.305;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,88:0.99:89
chr19	14877043	rs2074892	C	T	5524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.283;NF=94;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.978;SC=TCTGAGCTCTCGACCTTCACA;SOR=1.047;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=96;TCR=106;TR=198;WE=14877051;WS=14877033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,208:0.99:210
chr19	14877630	rs6511971	T	A	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=5;PP=898;SC=GTGTGGCGAGTCCTTCCTGGG;SOR=3.202;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=14877638;WS=14877625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	14877756	rs8109241	G	A	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.17;QD=26.54;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	14877799	rs12976472	G	C	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.01;QD=40.66;SOR=1.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	14877806	rs12976475	G	A	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.37;QD=47.24;SOR=1.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	14877816	rs12985807	T	A	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.56;QD=47.94;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	14877820	rs12976493	G	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.89;QD=43.43;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	14877845	rs10420288	C	G	85.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=28.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	14877848	rs10418767	G	A	50.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=50.74;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1:1.00:1
chr19	14877857	rs10418770	G	A	115.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.87;QD=28.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	14884946	rs2302090	A	G	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.20;QD=31.72;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	14884965	rs28492070	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.36;QD=42.18;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	14884970	rs35975843	C	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.36;QD=42.18;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	14952017	rs11880955	T	A	3458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=42;PP=2184;SC=ATTGCACGTATGGAGGAAACT;SOR=1.151;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=72;TCR=42;TR=114;WE=14952025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	14952238	rs12972670	A	G	6764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=130;NR=110;PP=2965;SC=CAGAACACTCATGATCCAGGA;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=240;TCF=130;TCR=110;TR=240;WE=14952246;WS=14952228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr19	14952560	rs12985894	G	T	4422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;SC=AGGATGATGAGCAGGTTCCCG;SOR=0.900;Source=Platypus;TC=160;TCF=79;TCR=81;WE=14952568;WS=14952550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr19	14952645	.	C	T	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,38:0.22:169
chr19	14952706	rs141373725	CAG	C	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=4.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=2.005;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,12:0.18:67
chr19	14974930	rs10407452	G	A	5696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=113;NR=79;PP=2965;SC=GCTGCAAAATGCATCACCATG;SOR=0.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=113;TCR=79;TR=192;WE=14974938;WS=14974920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr19	14975368	rs10415965	A	G	5404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=92;PP=2965;SC=GTGTGGAGGCAGGAGTCTGAG;SOR=0.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=83;TCR=92;TR=175;WE=14975376;WS=14975358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr19	14975471	rs11085912	C	T	2374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=45;PP=1454;SC=ATTCTTGTTTCTCTGAAAATC;SOR=1.286;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=80;WE=14975479;WS=14975461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	14991133	rs139042522	TAGA	T	1742.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=7;PP=943;SC=TGAGAAAAAATAGAAGGAGCA;SOR=2.670;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=21;WE=14991143;WS=14991123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	14992042	rs10405136	A	G	5136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=96;PP=2965;SC=TGATGAGCAGATTCCCGAGCA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=77;TCR=96;TR=173;WE=14992050;WS=14992032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr19	15052983	rs3044711	T	TATC	7470.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=105;PP=2957;ReadPosRankSum=0.362;SC=GTCCTAAGAGTATCTGCCAGA;SOR=0.625;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=138;TCF=21;TCR=117;TR=121;WE=15052994;WS=15052973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,269:0.99:272
chr19	15064065	rs10417793	A	G	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=12;PP=318;SC=ATCCCCACCCACCCCGCCCCT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=15064073;WS=15064055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	15064858	rs2269913	A	C	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=21;PP=901;SC=GCTCCAGCTGAGGCCCCCTCC;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=49;WE=15064866;WS=15064848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	15065169	rs757465	T	C	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=8;PP=234;SC=GGACTGAGGATGGGGCGTGGC;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=15065177;WS=15065159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	15072787	rs3827000	A	T	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=16;PP=1056;SC=TGGCTCCACCATCCCGTGGGC;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=54;WE=15072795;WS=15072777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	15075020	rs10407669	A	G	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=10;PP=868;SC=ACCCCTGCCCATTGCTCTGTC;SOR=1.942;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=49;WE=15075028;WS=15075010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	15075277	.	T	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=1.579;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,16:0.15:109
chr19	15078986	rs2097836	C	T	499.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.43;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	15078986	.	CG	TA	353	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=7;NR=1;PP=353;QD=50.8084843578;SC=TAGAAGTGCCCGTCTCTGCTC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=15078995;WS=15078976;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr19	15078987	rs2097837	G	A	499.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.65;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	15131213	rs7248834	G	T	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=5;PP=394;SC=GAAATCACTTGCATCCACTTC;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=15131221;WS=15131203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	15131261	rs4405675	C	T	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=7;PP=682;SC=TTCTCCTCCCCTCCCCACCCA;SOR=2.247;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=36;WE=15131269;WS=15131251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	15132574	rs757463	C	G	4762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=72;PP=2965;SC=GTGCCGGTGGCTGGAGGCTGG;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=94;TCR=72;TR=166;WE=15132582;WS=15132564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr19	15133762	rs8111625	G	C	11384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr19	15165818	rs3181162	A	C	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=59.61;NF=18;NR=6;PP=414;SC=TGGTGCAATCATGGCTCACTG;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=15165826;WS=15165817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	15166997	rs11574685	C	T	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	15198263	rs8105277	A	G	13759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=234;NR=244;PP=2965;SC=TTGTCCACCCACAGCGTTACT;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=481;TCF=235;TCR=246;TR=478;WE=15198271;WS=15198253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,509:1.00:509
chr19	15198292	rs8104843	C	G	14463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=255;NR=254;PP=2965;SC=ATGTGCTCCCCTGTCTGTGGG;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=511;TCF=256;TCR=255;TR=509;WE=15198300;WS=15198282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,548:1.00:548
chr19	15198507	rs8108721	T	C	11665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=180;NR=220;PP=2965;SC=CACCAGCCCATTCTCCTGCAT;SOR=0.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=400;TCF=180;TCR=220;TR=400;WE=15198515;WS=15198497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr19	15198631	rs8105737	A	C	5662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=83;PP=2965;SC=TCACTGTCCTATGGGACCATC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=92;TCR=83;TR=175;WE=15198639;WS=15198621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr19	15198764	rs12975625	T	C	6423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=113;PP=2965;SC=GGAACAAGGATATGAAGGCAG;SOR=0.946;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=102;TCR=113;TR=215;WE=15198772;WS=15198754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr19	15222492	rs33980637	G	A	9747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr19	15223466	rs4808977	A	G	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=42;PP=1201;SC=TCAGTGTCTTAGGCTTGAAGC;SOR=3.952;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=47;WE=15223474;WS=15223456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	15224225	rs8109071	G	C	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=7;PP=1193;SC=GCCTAGTTGCGTAAGCAACCA;SOR=3.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=46;TCR=7;TR=52;WE=15224233;WS=15224215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	15224265	rs8109089	G	C	3614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=38;PP=2128;SC=AAACCTGAAAGGGTCGAAGGC;SOR=1.646;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=122;TCF=84;TCR=38;TR=120;WE=15224273;WS=15224255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	15226611	rs2074261	C	A	7038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=103;NR=140;PP=2965;SC=CCCCTGGTGACATCTCCCAGA;SOR=1.290;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=103;TCR=140;TR=243;WE=15226619;WS=15226601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr19	15226970	rs2074262	G	A	10033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=179;NR=162;PP=2965;SC=TACCAGGATCGAGCCAGCGCA;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=341;TCF=179;TCR=162;TR=341;WE=15226978;WS=15226960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr19	15227030	rs2074263	G	A	13202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,503:1.00:503
chr19	15227798	rs12972958	G	C	4264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=70;PP=2458;SC=GTGAGGCTCTGCCGCTGTTCA;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=60;TCR=71;TR=130;WE=15227806;WS=15227788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	15234194	rs373514197	C	T	18882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=713;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=302;NR=352;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.011;SC=ACCGGACAGGCGGGCCATAGC;SOR=0.297;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=657;TCF=303;TCR=354;TR=654;WE=15234202;WS=15234184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,712:1.00:713
chr19	15235932	rs4141356	G	A	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=12;PP=362;SC=GAACCTCTCCGGAAGAAATCG;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=15235940;WS=15235922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	15271771	rs1044009	G	A	2517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	15273221	rs757472	T	C	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.87;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	15273231	rs4809028	A	G	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.13;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	15273248	rs4809029	A	C	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=9;PP=422;SC=CACTGCTGACACCCAGTGGAC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=15273256;WS=15273238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	15273381	rs4809030	A	G	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=25;PP=899;SC=TCCCTGGAGGATGAAGGGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=60;WE=15273389;WS=15273371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	15276007	rs2886698	C	A	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=6;PP=879;SC=CCCTGAGGCACCCTAAGGACT;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=15276015;WS=15275997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	15276055	rs2074617	C	G	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=17;PP=1336;SC=CTTCATGAAGCCTGGTTATGT;SOR=1.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=65;WE=15276063;WS=15276045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	15276143	rs2074618	C	T	5100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=104;NR=68;PP=2965;SC=CAGGTGACACCAACCCAGCTT;SOR=1.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=104;TCR=68;TR=172;WE=15276151;WS=15276133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr19	15276919	rs2074619	G	A	6702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.69;SOR=1.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr19	15276923	rs10416777	C	T	6492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.40;SOR=1.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	15277006	rs45591935	T	C	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.03;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	15277009	rs62113791	CA	TG	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.04;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	15277938	rs1548554	C	T	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	15278057	rs1548555	A	G	4931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=82;PP=2895;SC=CACTGTCACTAACCTGGGCCA;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=85;TCR=82;TR=167;WE=15278065;WS=15278047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr19	15281386	rs2074620	C	A	4827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;SC=AAGCAGAGGGCGGGGCTTCAG;SOR=1.325;Source=Platypus;TCF=56;WE=15281394;WS=15281376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr19	15285052	rs1044006	T	C	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=29;PP=991;SC=GTAGCTCCTCTGGCGGCAGCA;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=70;WE=15285060;WS=15285042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	15285272	rs10422818	T	C	4038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	15285382	rs71168591	ATTTT	A,AT	646.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=30.80;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,12,9:0.57,0.43:21
chr19	15289613	rs11670823	A	T	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=5;PP=651;SC=TCCTCCTCCAAAGGCCGCCAC;SOR=2.712;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=32;WE=15289621;WS=15289603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	15290125	rs56061231	G	A	4910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=66;PP=2914;SC=GGTCAAGAGGGAATGAAGACA;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=90;TCR=66;TR=156;WE=15290133;WS=15290115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr19	15290412	rs2074621	G	A	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=51;PP=1481;SC=GACACACACAGATGTTCAGCG;SOR=2.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=73;WE=15290420;WS=15290402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	15292088	rs7257550	G	C	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=280;SC=CCCTTATCTCGGCAAGAAGCT;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=15292096;WS=15292078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	15292366	rs11669982	C	T	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.55;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	15292437	rs1043997	T	C	3883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=43;PP=2134;SC=CTCCGTAGCCTGGCGGGCAGG;SOR=1.237;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=86;TCR=43;TR=129;WE=15292445;WS=15292427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	15294991	rs2074616	C	T	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=16;PP=1003;SC=ATAAATAAAACGGGAAAAGTA;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=54;WE=15294999;WS=15294981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	15295134	rs1043996	G	A	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr19	15300069	rs10423702	T	C	12713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=241;NR=214;PP=2965;ReadPosRankSum=1.584;SC=TCACAGACGATGGAGCTCCCC;SOR=0.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=456;TCF=241;TCR=215;TR=455;WE=15300077;WS=15300059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,491:1.00:492
chr19	15302844	rs1043994	T	C	5962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=108;PP=2952;SC=ATGGTGAGGGTGCACAGGGCA;SOR=1.054;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=90;TCR=110;TR=198;WE=15302852;WS=15302834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr19	15350594	rs11669901	G	A	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NR=59;PP=2139;SC=TCACCACCACGAGGGGCTGGG;SOR=1.016;Source=Platypus;TCR=60;WE=15350602;WS=15350584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	15366010	rs34027119	A	AG	312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.02;QD=24.06;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	15378434	rs139141985	GCCAC	G	1795.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=32;PP=1732;SC=GGCACCCCATGCCACCCACCC;SOR=3.312;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=35;WE=15378445;WS=15378424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	15383582	rs34855805	C	A	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=12;PP=594;SC=ATGCAGGAGACGACCTCCAGG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=15383590;WS=15383572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	15508362	rs2058322	G	C	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=16;PP=711;SC=TGTAGATTTGGTGGATGAGGC;SOR=0.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=42;WE=15508370;WS=15508352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	15511205	.	CT	C	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.335;QD=2.96;ReadPosRankSum=-0.405;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,34:0.34:101
chr19	15580290	rs36020076	G	A	4530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=66;PP=2435;SC=CAAAGGCTGGGCCTAGGTTTC;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=82;TCR=67;TR=148;WE=15580298;WS=15580280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	15582863	rs34440547	C	T	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=43;PP=1319;SC=CGGGCGGCCCCGATAAGGCGC;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=81;WE=15582871;WS=15582853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	15586672	rs892145	A	T	5367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr19	15587185	rs733731	C	T	9248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=164;NR=153;PP=2965;SC=TACGTCATGTCGGGCCACCTC;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=318;TCF=164;TCR=154;TR=317;WE=15587193;WS=15587175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr19	15587345	rs3813135	T	C	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=51;PP=1541;SC=GTGTGTCTGGTCTTGGCAGCT;SOR=1.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=77;WE=15587353;WS=15587335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	15658813	.	A	AGT	362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=8.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQRankSum=1.814;QD=11.70;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr19	15726487	rs4646523	G	T	4136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=49;PP=2308;SC=CCCCGTGGCTGCTCCTGCTGG;SOR=1.106;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=86;TCR=49;TR=135;WE=15726495;WS=15726477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	15726589	rs11673150	C	A	8338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.58;ReadPosRankSum=1.320;SOR=0.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,325:1.00:326
chr19	15726721	rs148338083	A	AACTCACTCATTCCTCTGATC	822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=41.14;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	15730498	rs55848814	G	GC	5427.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=55;PP=2965;SC=ACCGTCGCTTGTGACGCCTGC;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=20;TCR=58;TR=73;WE=15730510;WS=15730488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	15730502	rs61746468	C	T	5495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=55;PP=2060;SC=TCGCTTGTGACGCCTGCCTTC;SOR=1.299;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=47;TCR=59;TR=100;WE=15730510;WS=15730488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	15730632	rs11668616	T	C	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr19	15739084	rs4239613	T	C	4035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=35;PP=2595;SC=GTGTATGCTCTCTGGATAATT;SOR=1.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=100;TCR=36;TR=133;WE=15739092;WS=15739074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr19	15739274	rs2056820	C	T	14474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=252;NR=250;PP=2965;SC=GAGGAGGGTCCTGGGCAGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=502;TCF=252;TCR=250;TR=502;WE=15739282;WS=15739264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,542:1.00:542
chr19	15739315	rs2056821	T	C	13267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=214;NR=239;PP=2965;SC=CGGACCTTGTTCTTACTGTCC;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=455;TCF=214;TCR=241;TR=453;WE=15739323;WS=15739305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,483:1.00:483
chr19	15739446	rs11669673	G	T	7809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=114;PP=2965;SC=GGGCCTGGTCGGGGGAGGGGT;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=253;TCF=139;TCR=114;TR=253;WE=15739454;WS=15739436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr19	15739597	rs2056822	A	C	10260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=174;NR=183;PP=2965;SC=GCTTCGACCCAGAAAACGCCC;SOR=0.865;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=357;TCF=174;TCR=183;TR=357;WE=15739605;WS=15739587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr19	15739992	rs2239366	T	C	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=5;PP=1211;SC=ACCTTCCACCTTGGCCCCCAG;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=51;WE=15740000;WS=15739987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	15740220	rs4239614	C	T	9116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=138;NR=183;PP=2965;SC=TTTGCACCAACTACCTTTTCA;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=322;TCF=139;TCR=183;TR=321;WE=15740228;WS=15740210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr19	15740268	rs2239367	C	G	6204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.64;SOR=1.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	15740275	rs2283605	G	A	5882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.32;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	15757927	rs1290626	T	C	7079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=59.94;NF=125;NR=110;PP=2965;SC=TGAGTATCTGTAGGTGAACAG;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=237;TCF=126;TCR=111;TR=235;WE=15757935;WS=15757917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr19	15760053	rs1053037	G	A	5567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
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chr19	15763691	rs1805041	G	A	3445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=69;PP=2287;SC=CAAAGCACCCGGAATACCAGG;SOR=1.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=49;TCR=69;TR=118;WE=15763699;WS=15763681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	15763775	rs4646511	G	A	2897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=54;PP=1651;SC=GAGTGCAGGTGCTGGTGCCCT;SOR=1.148;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=46;TCR=54;TR=100;WE=15763783;WS=15763765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	15763798	rs2683039	G	C	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=43;PP=1431;SC=TCCTGAGCCTGTCTCATTGGC;SOR=1.046;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=82;WE=15763806;WS=15763788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	15763929	rs2683040	C	G	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=167;SC=ACTGTCTGGGCAAAGGTTATA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=15763937;WS=15763919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	15769625	rs1915390	A	G	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=44;PP=1706;SC=CCCAGGTAAGAGCGGCCTGTG;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=50;TCR=44;TR=94;WE=15769633;WS=15769615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	15769965	rs2176919	A	C	100.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.19;QD=20.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr19	15784061	rs7254013	C	A	3980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=3.176;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.88;ReadPosRankSum=-0.555;SOR=0.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,159:0.99:160
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chr19	15784200	rs55794585	C	T	3596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.96;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
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chr19	15784285	rs56205003	C	T	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=17;PP=980;SC=ACACTGTCCCCGGAGCTCTTC;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=44;WE=15784293;WS=15784275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	15784319	rs56124328	G	T	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=11;PP=1142;SC=TCCTCACCCTGCATCCCCTCT;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=15784327;WS=15784309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	15784377	rs16995376	C	T	4725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.01;SOR=1.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	15784386	rs16995378	C	T	5156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.60;SOR=1.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	15784617	.	A	G	1857	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=30;NR=63;PP=1857;QD=20.3416259414;SC=TCAGTGAGCTAGGTATTGATG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=30;TCR=63;TR=93;WE=15784625;WS=15784607;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	15784660	.	A	G	1134	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=7;NR=39;PP=1134;QD=25.408069838;SC=GAGAAGCAAGAGAGATGGCTC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=46;WE=15784668;WS=15784650;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	15789034	rs28416595	C	A	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=1.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	15789098	rs609636	A	G	4082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=54;PP=2404;SC=GGGCTTGAAGAACTCGACCCA;SOR=0.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=76;TCR=54;TR=130;WE=15789106;WS=15789088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	15789140	rs609290	A	G	4141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=59.94;NF=83;NR=53;PP=2397;SC=GGGCTTTACGATATGGCTGGG;SOR=1.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=83;TCR=53;TR=136;WE=15789148;WS=15789130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr19	15791180	rs8100667	C	T	6959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=145;PP=2965;SC=CTCTTGCCCACTGTCCTTGGC;SOR=1.118;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=103;TCR=145;TR=247;WE=15791188;WS=15791170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr19	15793069	rs10415700	G	A	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=5;PP=465;SC=TCTGGTCCTCGCTGGCAATGG;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=15793077;WS=15793059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	15793235	rs2285888	T	C	5157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=98;NR=77;PP=2463;SC=GGGCAGCAGTTGTCTGGACAT;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=98;TCR=77;TR=175;WE=15793243;WS=15793225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	15795842	rs2018030	C	T	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=29;PP=1235;SC=GTCCACCCTCCGGTGCTGAAG;SOR=0.736;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=69;WE=15795850;WS=15795832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	15806703	rs695149	A	C	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=28;PP=2460;SC=AGAGTTGTGTATTTGTTCCCT;SOR=1.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=86;TCR=28;TR=114;WE=15806711;WS=15806693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	15807062	rs687774	C	T	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=37;PP=1270;SC=TCACCACCACCACCCCCATCC;SOR=1.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=68;WE=15807070;WS=15807052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	15807157	rs688231	A	G	4873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=35;PP=1387;SC=ACATCACCTCACCCCAAAACA;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=53;TCR=35;TR=88;WE=15807165;WS=15807147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	15807175	rs688256	G	C	5213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.38;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	15807212	rs596252	T	G	3216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	15807305	rs688755	T	C	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	15807830	rs593421	T	C	6302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=113;NR=102;PP=2965;SC=GAAGCTGGAATTGATCATGCG;SOR=0.701;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=216;TCF=113;TCR=103;TR=215;WE=15807838;WS=15807820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr19	15807884	rs593818	A	G	6857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=109;NR=117;PP=2965;SC=CCTGAATGTAAGCTTGCAGTG;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=109;TCR=117;TR=226;WE=15807892;WS=15807874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr19	15807984	rs594255	G	A	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=34;PP=986;SC=ACAGCCTGCAGGGGGCTCTTG;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=55;WE=15807992;WS=15807974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	15838972	rs4569397	T	A	8730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=154;NR=143;PP=2965;SC=TTCACGCTGCTGGGCAACCTG;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=300;TCF=156;TCR=144;TR=297;WE=15838980;WS=15838962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr19	15839081	rs2067083	C	T	7884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=4.186;NF=131;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=0.561;SC=ACACCGTGGCCATCATCCCGC;SOR=0.903;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=297;TCF=139;TCR=158;TR=286;WE=15839089;WS=15839071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,301:0.99:305
chr19	15839910	rs10426009	G	A	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=292;SC=AAAGATTTCTGTATATGACAA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=15839918;WS=15839900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	15852223	rs1966357	A	C	5580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=47;PP=2965;SC=AGAACTACAGAACCATATCTG;SOR=1.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=126;TCR=48;TR=173;WE=15852231;WS=15852213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	15852363	rs11670007	G	A	13336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=222;NR=237;PP=2965;SC=TGGATTGAACGCAGACTCCAC;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=459;TCF=222;TCR=237;TR=459;WE=15852371;WS=15852353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
chr19	15852544	rs11670326	C	T	7333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=122;NR=121;PP=2965;SC=CTCACTCCTTCCTTCTCATGG;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=122;TCR=122;TR=243;WE=15852552;WS=15852534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr19	15853150	rs16980824	C	T	2358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	15881751	rs8112713	A	C	7799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=164;NR=114;PP=2965;SC=CATTTGACATAAAGCTCCATT;SOR=1.094;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=278;TCF=164;TCR=114;TR=278;WE=15881759;WS=15881741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr19	15881953	rs4807986	A	G	5818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=102;PP=2965;SC=CGGAAGCGCCACCCGTCATGG;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=91;TCR=103;TR=192;WE=15881961;WS=15881943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr19	15882077	rs72995323	G	A	4220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=79;PP=2646;SC=TGCAGGCCAAGGGCAGAAAGG;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=61;TCR=79;TR=140;WE=15882085;WS=15882067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	15884810	rs10421246	A	T	2485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=30;PP=1452;SC=ATTCCAGACCAGATCTGTCCA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=84;WE=15884818;WS=15884800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	15890388	rs7259595	A	G	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=587;SC=GAGTGAGTGAATGAGCCGCCT;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=15890396;WS=15890383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	15890517	rs11669449	A	C	5212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr19	15890625	rs11673423	C	G	7369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=125;NR=129;PP=2965;SC=GCCAGGAAGCCGGCCAGGAGC;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=254;TCF=125;TCR=129;TR=254;WE=15890633;WS=15890615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr19	15890771	rs56317414	T	G	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.95;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	15890777	rs55926517	G	T	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.16;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	15890800	rs56180406	A	G	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=13;PP=384;SC=CAGTGGAGAGAAGCAGGGAAG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=15890808;WS=15890790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	15905661	rs67455341	C	A	7414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.879;NF=128;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=0.787;SC=GGTCCCCAGTCTCCGGAAGGA;SOR=0.332;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=130;TCR=144;TR=271;WE=15905669;WS=15905651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,288:0.99:290
chr19	15918380	rs28426969	C	T	7836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.88;QD=26.66;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr19	15918647	rs4081570	G	T	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.55;MQRankSum=-1.468;QD=28.91;ReadPosRankSum=0.906;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr19	15932941	rs3761012	A	G	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=40;PP=1649;SC=GTTTGCGTCCAAGGCGATCTC;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=87;WE=15932949;WS=15932931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	15933059	rs3761013	A	G	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=32;PP=1012;SC=ATGACCTGGAATCTGGCTGAA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=58;WE=15933067;WS=15933049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	15933155	rs367984219	A	AT	519.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	15934599	rs2285881	C	G	3058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	15934656	rs10411865	A	G	3025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	15989589	rs3093200	G	T	2964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=45;PP=2047;SC=ACTCAGCTCAGGGGCTCCACC;SOR=1.127;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=115;TCF=70;TCR=45;TR=113;WE=15989597;WS=15989579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	15989811	rs201777106	T	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQRankSum=-4.212;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.529;SOR=0.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr19	15989857	rs376410257	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQRankSum=-3.686;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.446;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr19	15997136	rs3093159	A	AC	1880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.124;NF=1;NR=66;PP=1716;ReadPosRankSum=0.702;SC=GAAGGCAGTAACCCCCCCCAA;SOR=2.780;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=92;TCF=7;TCR=85;TR=67;WE=15997144;WS=15997126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,73:0.94:78
chr19	16024538	rs1060467	A	G	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.74;SOR=3.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	16024662	rs1064796	G	C	3451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=70;PP=1918;SC=AGTGCAGCAGGGTGAGCGCCA;SOR=1.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=55;TCR=70;TR=125;WE=16024670;WS=16024652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	16025176	rs1060463	C	T	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	16025312	rs12985248	T	G	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NF=39;SC=GTGTCTCCATTGAGGAGAGGT;SOR=0.718;Source=Platypus;TCF=39;WE=16025320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	16033379	rs4808409	G	T	2474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=59;PP=1713;SC=GATGTCTCTTGGTCACCACCA;SOR=1.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=27;TCR=59;TR=86;WE=16033387;WS=16033369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	16034714	rs8104361	A	G	9869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=175;NR=172;PP=2965;SC=GGGAGGGTGCAGCGCCGCTCC;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=347;TCF=175;TCR=172;TR=347;WE=16034722;WS=16034704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr19	16035517	rs3746156	G	A	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=7;PP=1126;SC=TCCTTTTCCAGCCTACTCCCT;SOR=3.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=47;WE=16035525;WS=16035516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	16038334	rs2219358	G	A	3959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=96;PP=2836;SC=GGAGAGGGGTGAGAGAAGGAC;SOR=1.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=42;TCR=96;TR=138;WE=16038342;WS=16038324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	16038390	rs2305803	G	T	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=45;PP=1270;SC=GCACTTCCACGCATCCCACCC;SOR=2.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=57;WE=16038398;WS=16038380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	16040292	rs3765070	A	G	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=36;PP=1430;SC=TAGGCCGGATAATGTCAGGGT;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=83;WE=16040300;WS=16040282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	16040473	rs4808414	T	C	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=31;PP=923;SC=CCTGAATTAATCATGAATTCC;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=52;WE=16040481;WS=16040463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	16045141	rs2305801	T	C	7310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=152;PP=2965;SC=GCCAGGAGCCTCCAACCAGCA;SOR=1.128;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=106;TCR=152;TR=257;WE=16045149;WS=16045131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr19	16060827	rs1594685	T	G	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	16145560	rs73004880	T	C	7411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=121;NR=122;PP=2965;SC=GAAATTATCCTTGAACCAGAA;SOR=0.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=121;TCR=122;TR=243;WE=16145576;WS=16145550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr19	16178587	rs4808031	A	C	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=41;PP=989;SC=GGCTGCTGGGAGTCCTCTCTG;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=74;WE=16178595;WS=16178577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	16186813	rs139298941	A	AC	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=12.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.891;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr19	16254694	rs2446366	A	G	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.73;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	16268207	rs5827321	TA	T	8982.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=159;PP=2975;SC=CGGCAGCAGCTAAAAAAGCCA;SOR=0.779;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=236;TCF=56;TCR=180;TR=210;WE=16268215;WS=16268197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr19	16435717	rs8106384	T	C	5604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr19	16436262	rs3745318	T	C	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=53;PP=1309;SC=GATGCGCCGCTGGGGCCCGCA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=92;WE=16436270;WS=16436252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	16539347	rs71178694	G	GAAGA	1887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.84;QD=46.04;SOR=3.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	16547929	rs62118102	G	A	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	16548521	.	TAC	T	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=-1.095;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,27:0.11:239
chr19	16582785	rs7252649	G	T	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.74;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr19	16591464	rs9305079	G	A	3597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.34;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=0.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr19	16593189	rs138347151	CAACAA	C	2419.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=11;PP=1095;SC=GACCCTGTCTCAACAAAACAA;SOR=1.656;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=21;WE=16593211;WS=16593179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	16593203	rs75847259	A	G	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.80;QD=38.85;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	16593415	rs8100755	G	A	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.38;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	16594967	rs10413787	A	G	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.58;ReadPosRankSum=-1.421;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr19	16594978	rs369414539	TC	T	407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.18;ReadPosRankSum=-1.281;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr19	16601154	rs3810196	T	C	4334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=96;NR=50;PP=2679;SC=CTAGAAGTGGTTGTGTTGCAC;SOR=1.319;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=96;TCR=51;TR=146;WE=16601162;WS=16601144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	16601194	rs3810198	C	T	6853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr19	16606742	rs3810199	G	C	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=32;PP=1172;SC=GGGGACCCTCGAGGATTCGAG;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=61;WE=16606750;WS=16606732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	16606766	rs3810200	G	C	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=25;PP=813;SC=TCGCTGCCGTGGACCCCGTGG;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=16606774;WS=16606756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	16633950	rs1043481	T	C	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	16666101	rs2287869	G	C	3608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=52;PP=1602;SC=AGTAGCTCAGGGGGCTAACGA;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=66;TCR=52;TR=118;WE=16666109;WS=16666091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	16676026	.	C	CT	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-1.134;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr19	16797240	rs2249827	A	G	2883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.693;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.26;ReadPosRankSum=0.735;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,119:0.96:124
chr19	16798927	rs2547112	T	C	16373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=680;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=345;NR=269;PP=2965;ReadPosRankSum=0.636;SC=CTGTCTCTCTTGCTGTCTCCC;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=637;TCF=356;TCR=281;TR=614;WE=16798935;WS=16798917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:24,655:0.96:679
chr19	16860105	rs706764	G	A	10687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=187;NR=178;PP=2965;SC=CTGCCTGGACGCTGATGCCCA;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=368;TCF=188;TCR=180;TR=365;WE=16860113;WS=16860095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr19	16876099	rs4808526	T	C	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=49;PP=1598;SC=TTTTCATCAATTCTCATACCT;SOR=1.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=81;WE=16876107;WS=16876089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	16899838	rs2608737	A	T	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=6;PP=659;SC=ACCCTCGCCAACTCTGCTTCA;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=16899846;WS=16899828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	16905474	rs2431802	G	T	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=353;SC=GGTTAGCAACGTTTTCTGCCA;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=16905482;WS=16905464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr19	16957638	rs2241377	A	C	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=506;ReadPosRankSum=-0.925;SC=AAGATCCACAAGTGTGCAGAC;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=28;WE=16957646;WS=16957629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr19	16976117	rs10625481	A	AC	58	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.36;MQRankSum=0.524;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
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chr19	16988476	rs2258663	T	C	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.66;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	17011950	rs77345177	A	AC	6222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NR=70;PP=2936;SC=AGCCAGCCTGACCTGGGTGCC;SOR=1.218;Source=Platypus;TCR=70;WE=17011958;WS=17011940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	17088299	rs1824152	T	C	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.45;MQRankSum=-0.678;QD=22.46;ReadPosRankSum=-1.159;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,47:0.94:50
chr19	17088319	rs3745335	G	T	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=4.502;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.11;MQRankSum=-0.572;QD=21.22;ReadPosRankSum=-0.174;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,59:0.94:63
chr19	17088440	rs138639265	C	T	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=477;ReadPosRankSum=0.511;SC=ATTTGCCCTGCGCTATGCTCC;SOR=0.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=28;WE=17088448;WS=17088430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr19	17091368	rs8103646	T	G	3989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.94;ReadPosRankSum=0.641;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,153:0.96:160
chr19	17091533	rs8100517	C	T	6524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=1.314;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.64;ReadPosRankSum=1.532;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,267:0.97:276
chr19	17100552	rs1973093	A	G	8318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.88;MQRankSum=-0.370;QD=23.70;ReadPosRankSum=1.078;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,339:0.97:351
chr19	17107825	rs3745337	G	A	4866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.537;SC=CAGGGGATCCGTTTTCAGCTG;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=116;TCR=76;TR=178;WE=17107833;WS=17107815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,192:0.94:204
chr19	17108135	rs3745340	C	T	4357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.399;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=1.469;NF=75;NR=69;PP=2318;ReadPosRankSum=0.281;SC=GTCGAAGTCCCGGGAGCCGAG;SOR=0.437;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=80;TCR=73;TR=144;WE=17108143;WS=17108125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,171:0.96:179
chr19	17111297	rs4808551	A	G	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	17111411	rs4808064	A	G	2607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=41;PP=1354;SC=GGCCAGGTTGACATAGTGTGG;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=83;WE=17111419;WS=17111401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	17119560	rs897768	T	C	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	17160564	rs4808557	T	C	131.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=101;SC=TCATAGAAAATGGAGGCTTCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=17160572;WS=17160554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	17163661	rs2305758	C	T	4976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.863;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=71;PP=2854;ReadPosRankSum=-0.370;SC=CCTTTTTCGCCGTCACGTCCT;SOR=0.672;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=108;TCR=74;TR=176;WE=17163669;WS=17163651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,195:0.97:201
chr19	17166896	rs3214849	TAA	T	2223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=1103;SC=TGTGCAGGGTTAAGATACAGC;SOR=1.565;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=25;WE=17166905;WS=17166886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	17171035	rs35562523	TAAA	T	1155.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.656;QD=23.11;ReadPosRankSum=1.166;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,45:0.90:50
chr19	17173418	rs71338609	A	G	3985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.329;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.17;ReadPosRankSum=-1.900;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,163:0.95:172
chr19	17179789	rs2305754	G	A	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=5.363;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.51;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,81:0.91:89
chr19	17180033	rs2305753	C	T	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.907;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=570;ReadPosRankSum=-1.041;SC=GTCACCACTCCTCCTGCTCGC;SOR=1.885;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=32;WE=17180041;WS=17180023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr19	17186136	rs2305751	C	A	14109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.342;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=295;NR=236;PP=2965;ReadPosRankSum=3.029;SC=TAACTCCCCACCTCCGCTGCC;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=563;TCF=309;TCR=254;TR=531;WE=17186144;WS=17186126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:30,572:0.95:602
chr19	17212989	rs117386912	C	T	21635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.02;ReadPosRankSum=-0.958;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,527:0.93:569
chr19	17212992	rs3745349	C	T	21615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.99;ReadPosRankSum=-1.008;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,527:0.93:569
chr19	17264963	rs2305768	C	T	1465.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.9923;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=1070;ReadPosRankSum=-0.504;SC=CAGAGGCAGCCTGCCCTGGCC;SOR=0.498;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=54;WE=17264971;WS=17264953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,56:0.92:61
chr19	17273753	rs12980061	C	T	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=352;ReadPosRankSum=-0.362;SC=CTGGCTCCCTCGGGGTGCACC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=17273761;WS=17273743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr19	17273893	rs7256689	G	T	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=33;PP=1165;ReadPosRankSum=-0.859;SC=ATGAGCAGCTGCAGTATTACT;SOR=0.414;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=70;WE=17273901;WS=17273883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,81:0.96:84
chr19	17283383	rs11463235	A	AG	1731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=15;PP=1740;SC=GCGAGGTTCCAGGTGCTCAGA;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=41;WE=17283391;WS=17283373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	17286438	rs8113494	A	T	783.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.10;ReadPosRankSum=-0.113;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,35:0.90:39
chr19	17316697	rs12327728	C	G	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=15;PP=1283;SC=GACCAGGAGGCAGAGGCCCCC;SOR=2.070;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=63;WE=17316705;WS=17316692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	17326567	rs388484	A	T	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=13;PP=602;SC=CATGATCAGGACATGGGAAAG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=27;WE=17326575;WS=17326557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	17329935	.	CA	C	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=-0.939;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,28:0.24:117
chr19	17330060	rs414528	T	C	8597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=161;NR=144;PP=2965;SC=GAGAAGCAGTTGGCAGCTGAG;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=306;TCF=162;TCR=144;TR=305;WE=17330068;WS=17330050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr19	17392483	rs7246262	C	G	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=16;PP=649;SC=TCCTCCCACCCGGGCTCTTAT;SOR=1.201;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=46;WE=17392491;WS=17392473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	17392894	rs8100241	G	A	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.95;ReadPosRankSum=-1.100;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,94:0.96:98
chr19	17393015	rs1864116	C	T	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=20;PP=574;SC=GACCCCAACGCTCGGTAAGAT;SOR=3.014;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=17393023;WS=17393005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	17393504	rs1864113	G	C	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=10;PP=449;SC=TGGCCGCCGCGTGGGGCTGCC;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=17393512;WS=17393494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	17393530	rs8108174	T	A	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=10;PP=492;SC=GGCCTGGAGCTGCTGCTGAGC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=17393538;WS=17393520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	17394124	rs2363956	T	G	5826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.158;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.315;SC=GACATTGGCTTGGAGGCTGAC;SOR=0.532;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=213;TCF=118;TCR=95;TR=205;WE=17394132;WS=17394114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,225:0.97:233
chr19	17394504	rs891017	A	C	25884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=969;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=445;NR=480;PP=2965;SC=ACGGACACCAACCCCTGGAGC;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=926;TCF=445;TCR=481;TR=925;WE=17394512;WS=17394494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,969:1.00:969
chr19	17395003	rs11086065	A	G	4592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=99;PP=2965;SC=CAGTTTGAGCAGCCAGATCCT;SOR=1.795;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=47;TCR=99;TR=146;WE=17395011;WS=17394993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	17395055	rs11882562	C	G	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=51;PP=1449;SC=CTAGCTTCACCTATCTGCTGC;SOR=2.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=74;WE=17395063;WS=17395045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	17395182	rs4808614	G	T	280.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=8;PP=233;SC=ATCATCAGCTGCTTCTTCTTC;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=15;WE=17395200;WS=17395172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	17395192	rs60208686	CT	C	182.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=6;PP=146;SC=GCTTCTTCTTCTTTTTTTTTA;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=17395200;WS=17395172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	17396549	rs751599	T	C	3061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=45;PP=1400;SC=GTGGTTGCGGTGTTGTGTCCC;SOR=0.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=97;WE=17396557;WS=17396539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	17396761	rs891018	T	C	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=13;PP=297;SC=AACCTGCACATGCATGTATTT;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=17396769;WS=17396751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	17397481	rs1465581	G	T	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.210;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=31.42;ReadPosRankSum=3.231;SOR=0.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,29:0.88:33
chr19	17397501	rs1465582	T	G	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=-1.137;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr19	17397700	rs10401700	A	C	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=9;PP=223;SC=GGGCAACTCCACCTGGAATAG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=17397708;WS=17397690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	17411507	rs34641950	G	C	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.249;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=659;ReadPosRankSum=-1.396;SC=GACTGTTCCCGAACTCCCAAC;SOR=2.080;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=39;WE=17411515;WS=17411497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,43:0.93:46
chr19	17412366	rs11086066	G	A	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.04;ReadPosRankSum=1.175;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,111:0.97:114
chr19	17412399	rs11086067	G	A	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.66;ReadPosRankSum=0.668;SOR=0.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr19	17416590	rs3217329	CT	C	4730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=72;PP=2975;SC=CCAACGGCCTCTTTTTTGCAC;SOR=1.155;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=121;TCF=46;TCR=75;TR=110;WE=17416598;WS=17416580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	17424932	rs2288463	A	G	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=37;SC=TGTTCCTGGGACTGGGAGGAA;SOR=0.789;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=90;WE=17424940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	17430319	rs145884597	AAG	A	2452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.874;NF=26;NR=17;PP=1823;ReadPosRankSum=-0.610;SC=TCCGAAAAAAAAGACTCACAG;SOR=0.394;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=43;WE=17430328;WS=17430309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,72:0.92:78
chr19	17434587	rs12977101	T	G	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	17435884	rs755123	T	C	9196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr19	17435887	rs56286266	C	T	4849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.15;ReadPosRankSum=0.070;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,205:0.94:219
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chr19	17441488	rs1529482	C	T	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=5;PP=906;SC=ACCTCTCCCCCTGGGGAGCAC;SOR=3.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=17441496;WS=17441485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr19	17450445	rs11669718	G	C	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.94;ReadPosRankSum=1.430;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,36:0.95:38
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chr19	17450446	rs4808623	G	A	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.89;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	17471723	.	C	CTT	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=3.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=1.042;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr19	17502698	rs2278235	G	A	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=21;NR=58;PP=1711;SC=AGGCAGAGGAGAGGAGGAGTG;SOR=2.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=22;TCR=60;TR=79;WE=17502706;WS=17502688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	17514440	rs919265	G	C	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.85;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	17514646	rs113321277	T	TGGG	11928.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.12;NF=35;NR=83;PP=2924;SC=GCGGTACAGATGGCAAATCAG;SOR=0.747;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=124;TCF=36;TCR=88;TR=118;WE=17514654;WS=17514636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr19	17516400	rs111617488	A	AGCTGAAAG	6453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=59;PP=2965;SC=TCTCCCCTTTAGAGTCTGGCC;SOR=1.577;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=75;TCF=5;TCR=70;TR=64;WE=17516408;WS=17516390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	17531990	rs10679842	C	CTT	704.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.62;ReadPosRankSum=1.771;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,34:0.85:40
chr19	17533126	rs2303678	A	G	3038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=43;PP=2159;SC=TCACTCCCCTACCCCCCACTC;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=72;TCR=43;TR=115;WE=17533134;WS=17533116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	17534693	rs2288408	T	C	3852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.52;SOR=1.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	17535546	rs4808636	C	T	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;SC=CCTGAGGGGCCGGCACCCGCC;SOR=1.248;Source=Platypus;TCF=47;WE=17535554;WS=17535536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	17535658	rs4808637	A	C	9626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr19	17544039	rs62125232	C	T	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=9;PP=551;SC=ACTGTCCACACCCTAGAACAT;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=17544047;WS=17544029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	17544165	rs10415889	C	T	3516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=46;PP=1738;SC=AGATCACCTCCGTTTGTAAAG;SOR=0.770;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=112;WE=17544173;WS=17544155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	17544375	rs55761990	G	A	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=19;PP=467;SC=TCCCCTTCCAGGCAGTGCAGA;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=17544383;WS=17544365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	17547292	rs4808641	A	G	2384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=27;PP=1121;SC=GTCCTTCCCCATGCTCCCTGG;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=76;WE=17547300;WS=17547282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	17556054	rs3810209	A	G	4700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=94;PP=2807;SC=CAAGGGCCACATGTCTGAGGA;SOR=1.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=70;TCR=94;TR=164;WE=17556062;WS=17556044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr19	17559076	rs4808643	T	C	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=40;PP=1472;SC=GGCAGCAGCGTCCCGGCCGCG;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=90;WE=17559084;WS=17559066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	17571200	rs12984622	A	G	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=12;PP=672;SC=CATGGAAGCCAGCATGTGGAA;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=17571208;WS=17571190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	17571766	rs890839	A	G	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=23;PP=692;SC=AAATCTTTAGAAAACCAGCTT;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=17571774;WS=17571756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	17608516	rs11672333	T	C	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=12;PP=330;SC=AGTTGGAGGATAGGTATGGCT;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=17608524;WS=17608506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	17611490	rs11879407	T	G	10301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=173;NR=179;PP=2965;SC=ATGGGGATCCTCCACCCATCT;SOR=0.817;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=353;TCF=173;TCR=180;TR=352;WE=17611498;WS=17611480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr19	17612251	rs11668681	T	C	5884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr19	17615609	rs10417922	T	C	5697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;MQRankSum=0.518;QD=21.50;ReadPosRankSum=1.486;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:21,244:0.92:265
chr19	17615724	rs10418172	T	C	1685.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.398;NF=21;NR=42;PP=1211;ReadPosRankSum=1.420;SC=TTTTTTAAGATAGAGTCTCAC;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=63;WE=17615732;WS=17615714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,64:0.89:72
chr19	17628587	rs6743	A	G	9422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=1.053;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.86;ReadPosRankSum=0.201;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:13,382:0.97:395
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chr19	17644224	rs66723561	CAA	C	275.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.34;ReadPosRankSum=0.597;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,13:0.87:15
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chr19	17692324	rs8100092	T	G	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=49;PP=1420;SC=GGACATCAGGTCCACCTCTGG;SOR=1.212;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=86;WE=17692332;WS=17692314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	17734488	rs10419420	A	G	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=30;PP=875;SC=CCAGCCCAGAAGAGGTGGAAG;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=17734496;WS=17734478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	17744075	rs71162163	G	GC	3356.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.397;NF=5;NR=59;PP=2456;ReadPosRankSum=1.132;SC=GTCCTTCCCTGCCCCACAGAG;SOR=0.941;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=73;TCF=5;TCR=68;TR=64;WE=17744101;WS=17744065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,110:0.96:115
chr19	17746947	rs4239634	A	G	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=57;PP=1869;SC=TTCCTCTGGGAGAACTTCCCC;SOR=1.035;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=48;TCR=57;TR=105;WE=17746955;WS=17746937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	17758368	rs4808675	A	G	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.984;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=44;PP=1290;ReadPosRankSum=1.027;SC=CCAAGGCGAGAGCCCCGCCCC;SOR=1.644;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=67;WE=17758376;WS=17758358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,68:0.92:74
chr19	17760232	rs11665838	C	T	3229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=39;PP=1713;ReadPosRankSum=1.179;SC=CCCCCAACCCCAGGTTGACCA;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=67;TCR=40;TR=105;WE=17760240;WS=17760222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,122:0.98:124
chr19	17760508	rs73009926	A	G	680.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=486;ReadPosRankSum=1.062;SC=TGGGTCCCTCAAAAAAAAGAT;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=22;WE=17760516;WS=17760498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr19	17760561	rs11665951	C	T	205.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5481;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=122;ReadPosRankSum=-0.126;SC=GGTGACCTTACTTGGAAACGG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=17760569;WS=17760551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr19	17763392	rs1159365	A	G	6772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr19	17769166	rs7258943	C	T	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=15;PP=436;SC=CTTACGGTGCCGCTACCGAAG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=17769174;WS=17769156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	17777431	rs10424761	A	G	3226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	17777508	rs9305092	C	G	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	17778832	rs7248783	A	G	4222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=98;NR=48;PP=2505;SC=AGGGAAAGACAAGCTTAGAGA;SOR=1.405;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=98;TCR=48;TR=146;WE=17778840;WS=17778822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr19	17786748	rs61036582	C	T	841.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.351;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.05;ReadPosRankSum=0.641;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,32:0.91:35
chr19	17885336	rs2287856	C	T	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=28;PP=800;SC=CCGAGATCCCCTCCCCTGCCC;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=17885344;WS=17885326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	17887024	rs2287853	T	C	5712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=104;NR=94;PP=2965;SC=GCTGGATGCATTCGTGTGTGA;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=104;TCR=94;TR=198;WE=17887032;WS=17887014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr19	17887563	rs13345379	G	A	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=25;PP=710;SC=CCATGTCTCCGCCTGGTGTTC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=17887571;WS=17887553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	17888847	rs34991275	C	CA	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.624;QD=11.14;ReadPosRankSum=-2.079;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr19	17889044	rs34062212	G	A	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.20;ReadPosRankSum=0.649;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,44:0.92:48
chr19	17892193	rs2287852	G	C	5906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=115;NR=71;PP=2965;SC=TGGGGGTCGCGTCTGGGGTCC;SOR=0.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=115;TCR=71;TR=186;WE=17892201;WS=17892173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr19	17892478	rs2042299	A	G	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=24;PP=1103;SC=CTATATTCACACTGTCTATCC;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=57;WE=17892486;WS=17892468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	17892591	rs2042298	A	G	4862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	17892796	rs67498129	CTTTTTTTTTTTTTTTT	C	398.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.23;ReadPosRankSum=1.859;SOR=3.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr19	17894878	rs265558	C	T	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.915;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=822;ReadPosRankSum=1.086;SC=GGGCATGTCCCGAGGATTGGG;SOR=0.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=50;WE=17894886;WS=17894868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,58:0.92:63
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chr19	17941937	rs3212777	A	G	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=2;PP=802;ReadPosRankSum=-0.813;SC=GGGCGGGGCTAAGGCTGGGGA;SOR=2.737;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=38;WE=17941945;WS=17941927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr19	17942005	rs3212774	A	G	3329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.85;ReadPosRankSum=-0.093;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,121:0.98:124
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chr19	17955003	rs3212712	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=1.531;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr19	18172043	rs67773732	G	GT	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.266;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.326;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr19	18218444	rs62123561	A	G	3894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=57;PP=2304;SC=TTCACCTGGGACTGGCGGGCT;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=70;TCR=57;TR=127;WE=18218452;WS=18218434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr19	18232754	rs11086090	G	T	9084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=94;NR=114;PP=2965;SC=CCGGCTTTGGGAGACAGTGCG;SOR=1.141;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=209;TCF=94;TCR=115;TR=208;WE=18232762;WS=18232744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr19	18232778	rs273483	A	G	6975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=81;PP=2437;SC=ACCACGGGCAAGGGTTGGGCA;SOR=1.406;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=54;TCR=81;TR=135;WE=18232786;WS=18232768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr19	18233279	rs273486	C	G	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=418;SC=GGCAGCTGGACTCACGGGGGG;SOR=3.258;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=18233287;WS=18233269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	18234005	rs12611216	G	A	8031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr19	18234567	rs740692	G	T	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=20;PP=653;SC=TTGCCAGTCTGTTCATTTCTG;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=18234575;WS=18234557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	18235352	rs123202	T	G	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=40;PP=2218;SC=GGAGACCCAGTGGGTGAGCTG;SOR=0.953;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=91;WE=18235360;WS=18235342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	18235424	rs123203	T	C	5474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=108;NR=73;PP=2756;SC=AACCAAGCCCTGGGTGACCAG;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=108;TCR=74;TR=181;WE=18235432;WS=18235414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr19	18242669	rs3826967	G	C	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.40;SOR=5.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	18242675	rs273497	C	T	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.72;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	18245813	rs273499	T	C	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	18248146	rs541225	T	C	13216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=250;NR=234;PP=2965;SC=AGCTCGAAGCTGAGGATGATA;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=485;TCF=251;TCR=234;TR=484;WE=18248154;WS=18248136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,511:1.00:511
chr19	18252829	rs613339	A	G	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	18255593	rs11086092	A	G	3981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=83;PP=2449;SC=GAGGCTGGGGATGAGCCCCAG;SOR=1.340;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=53;TCR=83;TR=136;WE=18255601;WS=18255583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	18256418	rs11305984	TC	T	1784.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=8;PP=1477;SC=GAGTAGGAGTTCCCCCAGGAT;SOR=2.958;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=41;WE=18256426;WS=18256416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	18258459	rs1566030	A	G	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=49;PP=1451;SC=ACCCCCCACCACCCCGGCTAC;SOR=4.029;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=58;TCF=9;TCR=49;TR=55;WE=18258467;WS=18258439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	18272190	rs2241088	A	C	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=3;PP=124;SC=CCGCGTGGCCAGCCGCGCCCC;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=18272198;WS=18272180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	18273047	rs1011320	T	C	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=20;PP=1076;SC=AAAGCCGGCCTCCACAGTCCT;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=57;WE=18273055;WS=18273037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	18273410	rs2006885	A	G	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=31;PP=906;SC=TCAAGAATGGAGGGCCAGGCA;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=18273418;WS=18273400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	18276856	rs4808755	T	C	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	18277206	rs3730179	G	A	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=13;PP=432;SC=CAGCCACTTGGAGGCAAAGAG;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=18277214;WS=18277196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	18279638	rs273269	T	C	8884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=162;NR=140;PP=2965;SC=AGATGCTGAGTGGCAAGCGGG;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=304;TCF=164;TCR=140;TR=302;WE=18279646;WS=18279628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr19	18279816	rs3746187	A	G	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=47;PP=1882;SC=CATCCGGGACAGGGGAGCACG;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=89;WE=18279824;WS=18279806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	18284651	rs2241089	G	T	4247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=98;NR=57;PP=2729;SC=CCCCTGCTGCGATGACCCTGT;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=98;TCR=57;TR=155;WE=18284659;WS=18284641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	18285751	rs2241090	G	C	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=7;PP=1585;SC=GATGAATTGCGTATCACAGCC;SOR=3.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=55;TCR=7;TR=60;WE=18285759;WS=18285741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	18286546	rs200373	T	A	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	18288069	rs7125	A	G	6777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=117;PP=2965;SC=TCCAGCCACCACACGAGTATG;SOR=0.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=110;TCR=117;TR=227;WE=18288077;WS=18288059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr19	18305578	rs16982263	G	C	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.34;SOR=1.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	18306751	rs62120383	G	A	3673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=84;NR=40;PP=2313;SC=AGGGCAGGTAGAGGGACAGGG;SOR=1.476;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=84;TCR=41;TR=124;WE=18306759;WS=18306741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	18306990	rs17683509	G	C	8136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=152;NR=129;PP=2965;SC=CTTCAGCTCCGGAGCATTGGG;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=152;TCR=129;TR=281;WE=18306998;WS=18306980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr19	18308508	rs8109807	C	T	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=28;PP=850;SC=ACCCTGGCCACGCCCTATGCC;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=18308516;WS=18308498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	18309365	rs2271882	A	G	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=13;PP=781;SC=TCTGCATGGCAAACTCCTACA;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=18309373;WS=18309355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	18311111	rs3803919	A	G	5967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=1.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr19	18311199	rs1046565	A	G	8903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=158;NR=152;PP=2965;SC=TGAAGCCCATAGCGCCCCGGT;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=310;TCF=158;TCR=152;TR=310;WE=18311207;WS=18311189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr19	18322095	rs12611244	G	A	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=51;PP=1497;SC=ACCTGTGGCGGGGGGTGGGGC;SOR=1.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=77;WE=18322103;WS=18322085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	18329240	rs1042050	T	C	8786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=150;NR=153;PP=2965;SC=GGTAGTGACCTTCCAGCATCA;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=303;TCF=150;TCR=153;TR=303;WE=18329248;WS=18329230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr19	18329784	rs2229228	C	T	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=11;PP=487;SC=TGTGAGGGGCCGGTTCCCACT;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=18329792;WS=18329774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	18331357	rs5827400	AC	A	3963.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=76;PP=2275;SC=GGCCTGCCCAACCCCCCCGCT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=5;TCR=79;TR=81;WE=18331365;WS=18331347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	18331859	.	T	TCCGCCAGGCCCCGCCCCACC	407.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=1811;SC=CAGCCCGCTTTCCGCCCACCT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=3;WE=18331867;WS=18331849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	18337260	rs4808768	G	A	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	18344273	rs35421958	AC	A	4892.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.367;NF=19;NR=74;PP=1721;ReadPosRankSum=1.773;SC=GGCTGAAGAGACCCCCCCCCA;SOR=0.541;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=105;TCF=21;TCR=84;TR=93;WE=18344282;WS=18344263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,173:0.96:180
chr19	18368810	rs999813	G	T	6228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.224;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.652;SC=CCGCCTGGGAGGCACCACCGC;SOR=0.394;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=115;TCR=92;TR=206;WE=18368818;WS=18368800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,228:1.00:229
chr19	18369120	rs2891654	G	A	4506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=65;PP=2697;SC=TCCCCAGTGCGGATGACGGGC;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=84;TCR=65;TR=149;WE=18369128;WS=18369110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr19	18375608	rs8102923	G	A	7919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.948;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.585;SC=CCTTGGACAGGGCCTGGTTCA;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=154;TCR=131;TR=271;WE=18375616;WS=18375598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,295:0.95:311
chr19	18375815	rs8103177	G	A	10464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.84;ReadPosRankSum=0.043;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:21,418:0.95:439
chr19	18375846	rs2277921	G	A	8328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.359;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.204;SC=GGGTGCCATCGGCGGCACCAG;SOR=0.924;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=310;TCF=150;TCR=160;TR=294;WE=18375854;WS=18375836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:17,321:0.95:338
chr19	18375882	rs12608777	G	C	6466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.864;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=1.785;SC=ACAGGCTGCCGGGCATGGTCC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=266;TCF=132;TCR=134;TR=248;WE=18375898;WS=18375872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:21,270:0.93:291
chr19	18376407	rs8110972	T	A	6387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=120;NR=92;PP=2965;SC=TACAGGCACATACACGTGAGG;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=213;TCF=120;TCR=93;TR=212;WE=18376415;WS=18376397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr19	18376517	rs61740752	C	T	5738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=2.505;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.21;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,225:0.95:237
chr19	18376522	rs2277922	T	G	10030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr19	18377274	rs3746186	A	G	3968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=57;PP=2334;SC=GGTGGTGGTCATCGTGGACGC;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=79;TCR=57;TR=135;WE=18377282;WS=18377264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	18377496	rs8104533	C	G	12329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=218;NR=208;PP=2965;SC=GGTCCGGGCACTTACACGTTT;SOR=0.715;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=428;TCF=220;TCR=208;TR=426;WE=18377504;WS=18377486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr19	18377647	rs8103906	G	C	4442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=82;PP=2903;SC=AGGAAGGCCAGCCCCCGGACT;SOR=1.208;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=57;TCR=83;TR=139;WE=18377655;WS=18377637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr19	18377761	rs12609001	A	G	4535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=67;PP=2746;ReadPosRankSum=-1.355;SC=AGATTGTCACAGGAAGGGAAC;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=100;TCR=71;TR=163;WE=18377769;WS=18377751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,178:0.95:187
chr19	18378219	rs1469023	A	G	5306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.940;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.358;SC=CATTTTGTCCAGGAGACTGGG;SOR=1.274;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=86;TCR=107;TR=189;WE=18378227;WS=18378209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,196:0.98:200
chr19	18391171	rs7249	C	T	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=173;SC=GCACCCTCTCCAAGTCCGGGG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=18391179;WS=18391161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	18392873	rs7247222	C	A	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	18420704	rs2227270	C	A	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.562;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.25;ReadPosRankSum=1.712;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,92:0.93:99
chr19	18423402	rs2232968	T	C	9014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=11.028;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=1.855;SC=CGTTGGTGGGTGCAGCACCCA;SOR=0.323;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=364;TCF=201;TCR=163;TR=342;WE=18423410;WS=18423392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,358:0.97:370
chr19	18426950	rs2232965	T	C	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=431;ReadPosRankSum=-0.601;SC=GTCCCACCCATGACTCATAGA;SOR=0.280;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=35;WE=18426958;WS=18426940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr19	18497024	rs1059519	G	C	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=8;PP=1089;SC=ACTCAGGACGGTGAATGGCTC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=47;WE=18497032;WS=18497014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	18497137	rs6413435	G	A	6504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=0.526;SC=CCTCAGAGTTGCACTCCGAAG;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=152;TCR=98;TR=235;WE=18497145;WS=18497127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:14,260:0.95:274
chr19	18499151	rs1059022	C	T	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.222;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=30;PP=1481;ReadPosRankSum=2.347;SC=CCGCCCTTCCCGAGGGGCTCC;SOR=0.966;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=62;TCR=33;TR=87;WE=18499159;WS=18499141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,100:0.90:111
chr19	18499780	rs1227733	A	G	2363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=43;PP=1356;SC=ACCTGCGCGGAGGACGCGACC;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=74;WE=18499788;WS=18499770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	18502728	rs6512264	C	A	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=3;PP=323;SC=GCCATGGAGGCGTTAGGACGC;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=18502736;WS=18502718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	18502835	rs6512265	G	A	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	18503019	rs7254789	T	C	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=744;ReadPosRankSum=0.262;SC=AAGTCCAGAGTGGGCCAGGTG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=51;WE=18503027;WS=18503009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,63:0.95:66
chr19	18503093	rs6512266	T	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=15;PP=468;SC=CCTGAGATCATGAGTTCAAGA;SOR=2.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=18503101;WS=18503083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	18541579	rs11395316	G	GA	4456.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=29;NR=28;PP=1875;SC=CTGCAGAGAGGGGGGGCACAC;SOR=1.270;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=57;WE=18541587;WS=18541569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	18544498	rs2544723	A	C	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.27;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	18544501	rs62122438	C	T	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.16;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	18544505	rs2544724	G	C	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.82;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	18544677	rs78783575	G	GC	3132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=30;PP=1987;SC=GGCCGGAGGGGCTGGCGGGCA;SOR=1.967;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=43;WE=18544685;WS=18544667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	18562345	rs62122441	A	C	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.94;ReadPosRankSum=1.073;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,80:0.94:85
chr19	18650278	rs7247733	T	C	4578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=96;NR=57;PP=2364;SC=GCCTGGGGTGTGTGGGGATAG;SOR=1.005;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=97;TCR=57;TR=153;WE=18650286;WS=18650268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr19	18652844	rs10854166	A	G	4033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=68;PP=2260;SC=AGAATCCTACACAGCCCCTCA;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=60;TCR=68;TR=128;WE=18652852;WS=18652834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	18699489	rs10415257	T	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr19	18731439	rs7258375	C	G	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=38;PP=969;ReadPosRankSum=-0.883;SC=TGGGTCCAGCCTTGAGCCCCT;SOR=0.955;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=54;WE=18731447;WS=18731429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr19	18794473	.	TGGA	T	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=3.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=4.495;QD=1.96;ReadPosRankSum=-0.486;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,21:0.13:160
chr19	18857939	rs373778758	AC	A	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=5.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=0.422;SOR=0.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr19	18876208	rs79054960	C	G	9148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.46;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:17,373:0.96:390
chr19	18897526	rs5827423	A	AG	2172.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=27;PP=1580;SC=CATTAGGATGAGCCAGCCTGA;SOR=0.986;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=33;WE=18897534;WS=18897516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	18942888	rs4808161	C	G	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=11;PP=1040;SC=CGCCGGGGCGCGCGGTTTGGT;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=18942896;WS=18942878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	18956699	rs59045002	G	A	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=9;PP=1254;SC=ATGAGGCCAGGGTGTCACACC;SOR=2.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=56;WE=18956707;WS=18956689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	18971322	rs757115	T	C	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=44;PP=1396;SC=ATTCTACTTATTTTTAACATG;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=53;WE=18971330;WS=18971312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	18979324	rs11673194	A	C	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=9;PP=584;SC=CCTCCCCACCACCCAGGCAAG;SOR=1.075;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=32;WE=18979332;WS=18979314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	18980172	rs4808863	G	A	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.30;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	18980213	rs4808864	A	G	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=7;PP=174;SC=GGGAGGTAGGAACAGGAACTC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=18980221;WS=18980203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	18993503	rs62138063	C	T	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=4;PP=132;SC=TATTTATGTACGTGTTTGTTT;SOR=0.859;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=10;WE=18993511;WS=18993493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	19006666	rs3746263	G	C	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr19	19018866	rs758032	A	G	3287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	19020328	.	CTT	C	124.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.80;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr19	19021970	rs1468461	T	C	4751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=84;PP=2702;SC=AGACAGGAAGTCCCTGCCCCA;SOR=1.055;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=73;TCR=85;TR=157;WE=19021978;WS=19021960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr19	19022007	rs1468462	C	A	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=53;PP=1526;SC=CCAGCATGGGCCACCTCCACT;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=31;TCR=54;TR=84;WE=19022015;WS=19021997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	19023853	rs3177137	T	C	7454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=128;NR=125;PP=2965;SC=CTGGGCTTGATAGCTGTGGGA;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=253;TCF=128;TCR=125;TR=253;WE=19023861;WS=19023843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr19	19032637	rs2231997	T	C	6883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.774;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=0.296;SC=CTGCCTCTCATGCTCTGTCCC;SOR=0.572;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=287;TCF=150;TCR=137;TR=266;WE=19032645;WS=19032627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:22,290:0.93:312
chr19	19035159	rs5827425	CT	C	2589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.515;NF=3;NR=40;PP=1702;ReadPosRankSum=1.650;SC=CCTGGGATACCTTCCCCGCCT;SOR=1.319;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=43;WE=19035167;WS=19035149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,75:0.97:77
chr19	19035354	rs2301659	GC	TT	7998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=52;PP=2947;ReadPosRankSum=-1.312;SC=GACTGTCCCGGCCTCCACCCT;SOR=0.822;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=179;TCF=125;TCR=54;TR=167;WE=19035363;WS=19035344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,187:0.98:191
chr19	19037053	rs2301661	T	C	14325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,550:1.00:550
chr19	19037294	rs2301662	G	A	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=24;PP=677;SC=GCCTGCTCCCGTGAGCAGATT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=19037302;WS=19037284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	19039908	rs62138076	G	A	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=19;PP=1472;SC=ATCTGCAAGCGGCTTATAACT;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=74;WE=19039916;WS=19039898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	19040312	rs1059240	G	C	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.02;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	19049194	rs11540741	G	A	4199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=3.283;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.46;ReadPosRankSum=1.295;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,171:0.96:179
chr19	19105773	rs3180770	G	A	3552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	19135319	rs6511010	A	G	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=8;PP=533;SC=TAAAATCCTGATATGTTTCCA;SOR=1.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=19135327;WS=19135309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	19136541	rs4808907	C	T	10281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=181;NR=180;PP=2965;SC=ACTTGACTGCCGCCCCTAAGC;SOR=0.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=362;TCF=181;TCR=181;TR=361;WE=19136549;WS=19136531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr19	19137051	.	CA	C	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.165;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,15:0.25:60
chr19	19145193	rs2269806	G	A	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=23;PP=737;SC=AGATAGAGAAGGTGCGGATAA;SOR=1.280;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=41;WE=19145201;WS=19145183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	19150183	rs12979565	C	T	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=15;PP=965;SC=AGACTTGAAACAGTCCTCCCA;SOR=1.463;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=61;WE=19150191;WS=19150173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	19151692	rs8104799	T	C	6848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr19	19153801	rs3214143	G	GC	761.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=580;SC=GAAACCAGGTGCCATTGGGCC;SOR=2.030;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=19153809;WS=19153791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	19168183	rs7258637	C	T	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=603;SC=GGACCCCACCCCAAAGCCCCA;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=19168191;WS=19168173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	19215612	rs56247515	T	TA	1528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=9;PP=1299;SC=GGGACAAGATTGGGGGGAAAA;SOR=2.191;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=28;WE=19215620;WS=19215602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	19230868	rs756791	A	G	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=9;PP=568;SC=GGCCACCCAGAGCCCCGGCAA;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=19230876;WS=19230858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	19232666	rs72993474	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=-1.060;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,10:0.16:63
chr19	19243843	rs10414676	T	C	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=3;PP=965;SC=GGGCCGGTCCTGTGTCCCTGA;SOR=3.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=19243851;WS=19243833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	19245771	rs3746259	A	G	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.977;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=921;ReadPosRankSum=2.018;SC=AACCCAGGCTATTTATAGAGA;SOR=0.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=63;WE=19245779;WS=19245761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,72:0.95:76
chr19	19256870	rs2238663	G	A	83.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=46;SC=TGAGCTCAGCGAGGAAGGGAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=19256878;WS=19256860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	19258022	.	A	AACTGTTTGCCTGTTGAACTCTTATTCATCCTT	222.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.14;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	19267802	rs7256766	A	G	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=3;PP=173;SC=CTACAAAAAAAGTAAAAATTA;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=19267810;WS=19267794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	19267990	rs7257072	C	T	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	19307797	rs72997200	C	T	5512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=104;NR=80;PP=2742;SC=AGCACTCCACCACTCTCACCA;SOR=0.841;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=106;TCR=81;TR=184;WE=19307805;WS=19307787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr19	19348947	rs12981871	T	C	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=6;PP=860;SC=GAGGGGTGATTTCGCCCCGCA;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=19348955;WS=19348937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	19359500	rs10423874	C	G	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=20;PP=1520;SC=AGAGATTCCTCTGTCCCAGTG;SOR=1.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=78;WE=19359508;WS=19359490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	19359854	.	TTGTGTGTGTG	T,TTG	250	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=14;MMLQ=23;MQ=60.69;NF=1,1;NR=11,11;PP=157,250;QD=13.3333333333;SC=TTTCCTTCATTTGTGTGTGTG;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=12,12;WE=19359873;WS=19359844;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.63:19
chr19	19369435	rs2074295	A	G	12004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=213;NR=216;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.863;SC=CGCCCCCTGCACTCCCGGTCC;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=432;TCF=215;TCR=217;TR=429;WE=19369443;WS=19369425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,455:1.00:457
chr19	19372150	rs7257875	C	T	5102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	19372185	rs10422893	G	C	9044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.24;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr19	19375372	rs72999053	G	A	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=5;PP=311;SC=AAAGACACCCGGAGATGTCCC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=19375380;WS=19375362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	19378671	rs998732	A	G	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=31;PP=1059;SC=GTCATGGAACACTCAGGTTAG;SOR=2.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=19378679;WS=19378661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	19378767	.	A	AGGGGGAGACCAACC	3192.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=9;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.284;NF=9;NR=19;PP=974;ReadPosRankSum=-1.060;SC=GTGGCAGGGGAGGGGGAGACC;SOR=1.012;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=28;WE=19378775;WS=19378757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,66:0.96:69
chr19	19379017	rs11382213	C	CT	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=1.083;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr19	19380596	rs72999063	G	T	3314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=59;PP=1974;SC=GGGGATGGAGGGGTGACCAGC;SOR=0.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=52;TCR=59;TR=111;WE=19380604;WS=19380586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	19380646	rs2074299	T	C	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=40;PP=1538;SC=AGCCAGGGCCTGGAGACCACC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=78;WE=19380654;WS=19380636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	19380685	rs72999068	A	G	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=27;PP=1477;SC=GGTCCCTTTCAGTTTTGCCCA;SOR=1.195;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=66;WE=19380693;WS=19380683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	19381728	rs2074302	G	C	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=32;PP=1778;SC=AGCTCTTAAAGGGCCCCCAGT;SOR=1.493;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=73;TCR=32;TR=104;WE=19381736;WS=19381718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	19381755	rs2074303	C	T	4590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=1.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr19	19383871	.	C	T	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.83;ReadPosRankSum=1.994;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr19	19387356	rs2010506	C	T	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=2;PP=349;SC=TTACACGGCACGGCACTCGTG;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=19387364;WS=19387346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	19387743	rs2074550	A	C	3531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=44;PP=1922;SC=GCAGCCCAGGAGGACATGCGT;SOR=1.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=71;TCR=44;TR=115;WE=19387751;WS=19387733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr19	19390185	rs11555053	G	A	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=17;PP=405;SC=TGATCATGTCGTACATCTGCT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=19390193;WS=19390175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	19408209	rs143856162	A	ATTCTGGGCAGGAGCAGTTCTGGCC	4605.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=28;PP=1253;SC=CCTGTCCCTGATTCTGGGCAG;SOR=2.124;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=83;TCF=5;TCR=78;TR=31;WE=19408217;WS=19408199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	19413092	rs17751061	C	T	3899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	19413381	rs2315022	A	G	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=15;PP=412;SC=TCAAGCCCCCACCCCCGACCC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=19413401;WS=19413371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	19413393	rs2315023	C	T	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=323;SC=CCCCGACCCCCGCCCCGTCCC;SOR=3.258;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=14;WE=19413401;WS=19413371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	19447933	rs34414052	G	GT	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=2.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.00;ReadPosRankSum=-0.854;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,47:0.25:187
chr19	19453742	rs2965192	A	G	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=23;PP=713;SC=GCCAGACGCTAGCTGTACCAG;SOR=1.298;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=19453750;WS=19453732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	19545990	rs2916076	T	C	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	19546866	rs117034789	A	G	4183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.35;ReadPosRankSum=-1.127;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:16,180:0.92:196
chr19	19547086	rs2916077	T	C	2753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=64;PP=1635;SC=CAGCAGGCTTTGGTCAGCTTC;SOR=2.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=26;TCR=64;TR=90;WE=19547094;WS=19547076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	19550912	.	GGAGT	G	3448.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.900;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.239;NF=16;NR=25;PP=2179;ReadPosRankSum=0.449;SC=AAGGGAGGAAGGAGTAGGTGA;SOR=0.898;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=41;WE=19550923;WS=19550902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr19	19606443	rs3067692	T	TAA	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.83;ReadPosRankSum=1.047;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr19	19606481	rs113249403	TA	T	1507.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=19;PP=1394;SC=TGTACTTTCATAAAAGCAGCA;SOR=1.077;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=35;WE=19606489;WS=19606471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	19606634	rs1047361	G	A	3588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=47;PP=2365;SC=AGGCGTCCTCGAAGCTGGGGC;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=69;TCR=47;TR=115;WE=19606642;WS=19606624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	19613381	rs892022	G	A	3483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=79;PP=2316;SC=CCCATTGTGGGGTTCACCCTT;SOR=2.604;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=23;TCR=79;TR=102;WE=19613389;WS=19613371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	19615981	rs111762799	T	TG	509.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=3;PP=304;SC=TCTTCAGCTCTGGGGGGGCCT;SOR=2.303;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=11;WE=19615989;WS=19615971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	19616026	rs3752151	T	C	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=8;PP=699;SC=GTAGTGTGGGTGGGTTTGCAA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=19616034;WS=19616016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	19625547	rs7250893	A	G	6761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=130;NR=101;PP=2965;SC=GGCCTTCGGGATAGAGCACGC;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=130;TCR=101;TR=231;WE=19625555;WS=19625537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr19	19626734	rs80007081	A	G	3140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=30;PP=1981;SC=GGCTCCTTTGAGAGCTCGGAG;SOR=1.567;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=67;TCR=30;TR=97;WE=19626742;WS=19626724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	19626769	rs17684164	C	T	4542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=90;NR=57;PP=2530;SC=GCGCAACACCCCAGAGGCAAG;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=90;TCR=57;TR=147;WE=19626789;WS=19626759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr19	19626781	rs77254326	T	G	5466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=108;NR=73;PP=2965;SC=AGAGGCAAGGTGAACGCGAGG;SOR=0.957;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=108;TCR=73;TR=181;WE=19626789;WS=19626759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr19	19637930	rs7251447	A	G	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=3;PP=450;SC=CTCTGCCCACAGCCCTTGCCC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=19637938;WS=19637920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	19638218	rs75525243	G	A	3671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=72;PP=2130;SC=CCAGGCTGCAGGGCCTGACCT;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=52;TCR=72;TR=124;WE=19638226;WS=19638208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr19	19638743	rs45631651	A	G	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=24;PP=784;SC=GGGGCCACTGATCCTGGGGGA;SOR=0.900;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=46;WE=19638751;WS=19638733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	19643343	rs113527843	A	T	3558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=1.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	19643636	rs8100927	C	G	8875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=134;NR=192;PP=2965;SC=GGGTGGTTCACCCCTCAAGAA;SOR=1.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=328;TCF=135;TCR=193;TR=326;WE=19643644;WS=19643626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr19	19646272	rs2304098	T	C	10120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=169;NR=181;PP=2965;SC=CAGCGCTGGGTGGCAAGCAAG;SOR=0.847;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=350;TCF=169;TCR=181;TR=350;WE=19646280;WS=19646262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr19	19648346	rs1054930	G	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=9;PP=308;SC=GCCACCCGCGGCCACACCGCA;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=19648354;WS=19648336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	19649327	rs11670761	G	C	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=19;PP=538;SC=GGACCCACGCGCTTCCCCGGG;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=19649335;WS=19649317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	19651140	rs4808970	A	G	5956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=104;NR=96;PP=2965;SC=TGGCGCTGGAAGCGCGCACCA;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=104;TCR=96;TR=200;WE=19651148;WS=19651130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr19	19652157	rs76790018	G	A	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	19653524	rs34067609	G	A	3459.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=31;PP=1437;SC=TCTAGCACTCGATCAAGAGAG;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=62;WE=19653533;WS=19653514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	19653525	rs10664406	A	AAG	3450.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=30;PP=2543;SC=CTAGCACTCGATCAAGAGAGG;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=50;WE=19653533;WS=19653514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	19654117	rs7252453	G	C	5574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=42;PP=2965;SC=ACCTGGAGCTGCGGGGACTGC;SOR=1.975;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=126;TCR=42;TR=168;WE=19654125;WS=19654107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr19	19654189	rs45556231	G	A	12289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=240;NR=183;PP=2965;SC=CCGTGCGCTCGGGCACTGCCC;SOR=0.955;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=423;TCF=240;TCR=183;TR=423;WE=19654197;WS=19654179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr19	19655670	rs11669558	C	T	11263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=178;NR=212;PP=2965;SC=CCGGCTTCTCCGCCAACCCCC;SOR=0.913;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=391;TCF=178;TCR=213;TR=390;WE=19655678;WS=19655660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr19	19656615	rs61744761	C	T	5202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr19	19735257	rs1266503	G	T	7545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.497;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=0.440;SC=CATTGACCAGGGAGTTGGCCT;SOR=0.318;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=281;TCF=138;TCR=143;TR=278;WE=19735265;WS=19735247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,289:0.99:291
chr19	19754149	rs4808975	G	C	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=39;NR=18;PP=856;SC=GAAGGGCTGGGGTCCTGAACC;SOR=1.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=57;WE=19754157;WS=19754139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	19756662	rs10405234	T	C	3678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=97;NR=83;PP=2965;SC=AGTGAATGTTTGGGCAGGGCC;SOR=2.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=98;TCR=83;TR=180;WE=19756670;WS=19756652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	19758190	rs892035	T	C	4078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=2.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr19	19765568	rs2288867	C	T	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	19770329	rs10403579	T	C	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=4;PP=537;SC=CAGATGCCTCTGTCCCGCTTC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=27;WE=19770337;WS=19770319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	19772722	rs919778	G	A	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=8;PP=670;SC=GAGGCTATACGCTGTGATGGC;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=19772730;WS=19772712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	19773923	rs884480	G	A	5557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr19	19779885	rs190511995	C	T	372.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9989;FS=2.884;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=220;ReadPosRankSum=0.630;SC=GGACCCGAGTCCCCCAGGCGC;SOR=1.911;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=13;WE=19779893;WS=19779875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
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chr19	19822126	rs73006749	G	C	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=17;PP=1052;ReadPosRankSum=-1.326;SC=GAAGGAGCTGGAACAACCGAA;SOR=0.633;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=61;WE=19822134;WS=19822116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,70:0.95:74
chr19	19824879	rs73006755	T	C	5412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.27;ReadPosRankSum=0.310;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,212:0.95:223
chr19	19825258	rs61731046	G	A	2701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.361;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.70;ReadPosRankSum=-1.295;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,111:0.93:119
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chr19	20150075	rs2286920	A	G	3130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=36;PP=1793;SC=GGGAGGCCCCAGTCCCGTCAC;SOR=1.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=71;TCR=36;TR=107;WE=20150083;WS=20150065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	20150125	rs2286921	T	C	5784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=114;NR=79;PP=2965;SC=TGCCCCCACCTCGGGATGCGC;SOR=0.918;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=114;TCR=79;TR=193;WE=20150133;WS=20150115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr19	20150175	rs2286922	G	C	7038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=125;NR=115;PP=2965;SC=CCGGGATGTCGTGGAGTCTTA;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=240;TCF=125;TCR=115;TR=240;WE=20150183;WS=20150165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr19	20150247	rs2286923	A	C	4572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=85;PP=2694;SC=GTCACCGGGAACTACTAGAGC;SOR=1.126;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=66;TCR=85;TR=151;WE=20150255;WS=20150237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr19	20150380	rs2335896	T	C	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=15;PP=446;SC=GTTCCCACTCTAGCGCCCATG;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=20150388;WS=20150370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	20242379	.	C	CT	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=5.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=-0.594;SOR=0.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr19	20727463	rs10411329	T	C	10916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=220;NR=170;PP=2965;SC=TTAAAGCCTTTGCCACATTCT;SOR=0.944;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=411;TCF=238;TCR=173;TR=390;WE=20727471;WS=20727444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr19	20727932	rs33926	G	A	13348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=253;NR=237;PP=2965;SC=GAATTATCTTGTGTGTAGTAA;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=494;TCF=255;TCR=239;TR=490;WE=20727940;WS=20727922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,516:1.00:516
chr19	20735138	rs58829785	GA	G	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=8.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=1.049;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.446;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr19	20735196	rs7250860	A	T	5413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=25.66;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr19	20735272	rs7251976	T	C	11045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=207;NR=202;PP=2965;SC=CATTTTCACTTGCACCTACCT;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=410;TCF=208;TCR=202;TR=409;WE=20735280;WS=20735262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr19	20736677	rs2562632	A	G	8999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=126;NR=172;PP=2965;SC=TTTACCAAGTAGCCAAGGGTG;SOR=1.172;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=298;TCF=126;TCR=172;TR=298;WE=20736685;WS=20736667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr19	20806770	rs34554673	T	TCA	2646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=22;PP=1958;SC=ATATCAATTCTTAGTTAGAAA;SOR=0.922;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=41;WE=20806778;WS=20806762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	20806824	rs10409289	T	C	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=24;PP=1234;SC=CACATTCACATGGTTTCTCTC;SOR=1.192;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=73;WE=20806832;WS=20806814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	20808149	rs1991528	A	G	7525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=132;PP=2965;SC=AAGCTTTGCCACATTCTATAT;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=122;TCR=132;TR=254;WE=20808157;WS=20808139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr19	20808515	rs1968385	T	A	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=52;PP=1574;SC=AATATAAATATATATATGCAG;SOR=1.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=82;WE=20808523;WS=20808505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	20828106	rs34588720	C	CAA	1132.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=397;ReadPosRankSum=-1.692;SC=AGATCTGATGCAAAGAGAACT;SOR=0.582;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=11;WE=20828114;WS=20828096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,33:0.92:36
chr19	20828410	rs34679916	A	AAAG	8828.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.278;NF=57;NR=47;PP=2964;ReadPosRankSum=-2.989;SC=CCCAAATCACACTTTAAGGAC;SOR=1.031;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=113;TCF=61;TCR=52;TR=104;WE=20828418;WS=20828400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,208:0.94:222
chr19	20988555	rs34589343	A	G	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=7;PP=867;SC=AGTTTGTATAATTTTATAGGT;SOR=2.252;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=39;WE=20988563;WS=20988545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	21120153	rs34083865	A	G	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	21131728	rs12972502	A	G	4004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=61;PP=2195;SC=GACTTAACCAATGTCTCACAG;SOR=0.866;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=68;TCR=61;TR=128;WE=21131736;WS=21131718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	21203552	rs2081054	C	T	8761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=173;NR=119;PP=2965;SC=CCCTGTGACCCGCAGGTATTG;SOR=1.062;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=294;TCF=174;TCR=120;TR=292;WE=21203560;WS=21203542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr19	21216536	rs3760839	G	A	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=31;PP=870;SC=TTCCATATAGGAAAGAATTTT;SOR=5.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=32;WE=21216544;WS=21216526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	21217211	rs1470020	A	G	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=400;SC=CAAGTTTGCTATCAGAACCAA;SOR=5.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=21217219;WS=21217201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	21239293	.	T	TA	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.70;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr19	21281765	rs34494287	T	TA	838.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=2.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=2.045;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,65:0.47:137
chr19	21299774	rs36125838	T	TATA	9337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=81;PP=2924;SC=CAAAAAAGGTTATGAACTAAA;SOR=1.014;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=18;TCR=87;TR=98;WE=21299782;WS=21299764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
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chr19	21300964	rs111456417	T	C	4321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=50;NR=82;PP=2567;SC=TTACTAAACATAGGAAAATTC;SOR=1.475;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=50;TCR=82;TR=132;WE=21300972;WS=21300954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	21326358	rs17445374	A	G	5238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr19	21349311	rs7256576	C	T	5128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=106;PP=2965;SC=CTAAATGTTTCATGTCTCTTT;SOR=1.536;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=57;TCR=106;TR=163;WE=21349326;WS=21349301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr19	21350520	rs113788883	TA	T	576.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FS=0.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.570;QD=1.27;ReadPosRankSum=1.057;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:353,102:0.22:455
chr19	21477431	rs1781873	T	C	6790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.489;SC=TCCACACTTTTACAGCCTTTC;SOR=0.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=117;TCR=135;TR=242;WE=21477439;WS=21477421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,268:0.96:278
chr19	21492062	rs547516	G	A	16341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=292;NR=303;PP=2965;SC=GGGTTTGGCTGCCATCTCGTG;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=596;TCF=292;TCR=304;TR=595;WE=21492070;WS=21492052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,628:1.00:628
chr19	21493257	rs202120976	AT	A	57.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-1.531;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr19	21493258	rs669560	T	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.71;ReadPosRankSum=1.504;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr19	21493278	rs34067558	TA	T	789.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=1.066;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,54:0.81:67
chr19	21541806	rs2012013	T	C	3888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=46;PP=2653;ReadPosRankSum=-0.216;SC=TTCTTTGTCTTTGGCTGCCGC;SOR=0.654;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=101;TCR=48;TR=142;WE=21541814;WS=21541796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,147:0.95:154
chr19	21544503	rs12981775	C	T	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=3.694;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.92;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=1.176;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,79:0.92:86
chr19	21544514	rs12981564	A	G	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=3.432;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.80;ReadPosRankSum=-0.322;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,87:0.93:94
chr19	21544571	rs1142653	G	A	3560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.74;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,143:0.95:150
chr19	21544714	rs12982282	C	G	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=30;PP=815;SC=AAAACATGCTCTACTAAAAAT;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=21544722;WS=21544704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	21558311	rs2914645	C	T	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=25;PP=649;SC=ATTATCCATGCAGAAAAAAAT;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=21558319;WS=21558301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	21560141	rs1875256	G	A	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=607;SC=ACTGCCTTCAGTTCCTCTCTT;SOR=3.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=21560149;WS=21560135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	21587918	rs7254059	G	T	8706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=1.608;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;MQRankSum=0.291;QD=22.79;ReadPosRankSum=1.163;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:28,354:0.93:382
chr19	21588165	rs2650847	G	A	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=59;PP=1515;ReadPosRankSum=1.694;SC=TGAGTTTCTGGTGCCTGTTTT;SOR=1.440;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=17;TCR=61;TR=75;WE=21588173;WS=21588155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,76:0.95:80
chr19	21588692	rs1055753	T	C	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=9.423;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.04;ReadPosRankSum=-1.019;SOR=0.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,66:0.96:69
chr19	21606429	rs4621113	G	T	4201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.324;NF=83;NR=59;PP=2839;ReadPosRankSum=-1.371;SC=CCCTATAAATGTGAAGAATGT;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=89;TCR=62;TR=142;WE=21606437;WS=21606419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,154:0.94:163
chr19	21688495	rs73017722	C	T	5284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.657;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=67;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.787;SC=TTCTTAGAGGCCCAGCCTGTG;SOR=1.240;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=205;TCF=132;TCR=73;TR=193;WE=21688503;WS=21688485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,202:0.95:213
chr19	21688602	rs10420016	C	G	12841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=227;NR=231;PP=2965;SC=CTGACATCCCCAGAGAGGGGG;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=460;TCF=227;TCR=233;TR=458;WE=21688610;WS=21688592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,497:1.00:497
chr19	21719401	rs35782355	T	C	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=36;PP=1629;ReadPosRankSum=0.985;SC=GCAAATCATTTTGCATGCTTT;SOR=0.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=53;TCR=39;TR=86;WE=21719409;WS=21719391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,95:0.94:101
chr19	21736788	rs2562502	T	C	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	21838002	rs7351091	G	T	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.51;QD=26.38;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	21838113	rs34320073	A	AGAT	2264.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.289;NF=5;NR=25;PP=1679;ReadPosRankSum=-0.376;SC=TACACAAAGAAGATAACAAAC;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=30;WE=21838121;WS=21838103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,54:0.96:56
chr19	21838146	rs7351088	C	T	1569.80	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.25;ReadPosRankSum=-1.453;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr19	21838146	.	CA	TG	1373	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=14;NR=19;PP=1373;QD=43.2262992382;SC=TGATAACTACCAAGAGCAATA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=33;WE=21838155;WS=21838136;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
chr19	21838147	rs7351087	A	G	1569.80	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.25;ReadPosRankSum=-1.430;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr19	21838240	rs6511279	C	A	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-1.127;NF=33;NR=20;PP=1021;ReadPosRankSum=0.902;SC=TAGAAAGAAACCTTTCAAATG;SOR=0.499;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=53;WE=21838248;WS=21838230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,58:0.94:62
chr19	21838351	rs7508059	A	G	4160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.65;MQRankSum=-1.443;QD=22.74;ReadPosRankSum=0.007;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:15,168:0.92:183
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chr19	22270928	.	T	C	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=-8.127;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.346;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,36:0.14:266
chr19	22270929	.	G	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQRankSum=-8.178;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.294;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,36:0.13:269
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chr19	22270935	.	G	A	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=-8.466;QD=2.70;ReadPosRankSum=-0.315;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,35:0.13:278
chr19	22270958	.	T	C	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.248;ClippingRankSum=0.000;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=14.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=-9.193;QD=1.16;ReadPosRankSum=-2.397;SOR=1.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,26:0.10:263
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chr19	22270961	.	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.513;ClippingRankSum=0.000;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=20.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-8.930;QD=1.00;ReadPosRankSum=-2.302;SOR=2.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,24:0.09:257
chr19	22270965	.	T	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.166;ClippingRankSum=0.000;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=19.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=-9.488;QD=0.60;ReadPosRankSum=-1.909;SOR=2.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,21:0.08:251
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chr19	22585517	rs35315232	A	C	2607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.065;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-2.264;NF=92;NR=28;PP=2306;ReadPosRankSum=0.665;SC=ATTTTAAGGAATGGCTTTTTT;SOR=1.691;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=130;TCF=97;TCR=33;TR=120;WE=22585531;WS=22585507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,88:0.94:94
chr19	22585521	rs35112061	CT	C	1016.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=3.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.87;MQRankSum=-5.168;QD=10.70;ReadPosRankSum=1.254;SOR=1.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,76:0.80:95
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chr19	22586074	.	A	AC	415.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=1.354;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,30:0.94:32
chr19	22586084	rs113181884	A	C	2900.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=3.772;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.61;MQRankSum=0.000;QD=32.96;ReadPosRankSum=3.038;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,84:0.95:88
chr19	22586192	rs1368476	A	G	5161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.871;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-2.396;NF=155;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=0.895;SC=CCTCACCCACAAAGACCAGGT;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=267;TCF=164;TCR=103;TR=251;WE=22586200;WS=22586182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:21,220:0.91:241
chr19	22605103	rs11669353	G	C	5188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.957;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=120;PP=2959;ReadPosRankSum=0.903;SC=GACACAGAAGGGCGAAGACGA;SOR=0.988;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=220;TCF=90;TCR=130;TR=199;WE=22605111;WS=22605093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:20,218:0.92:238
chr19	22605120	rs11669356	G	T	4540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.328;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=101;PP=2716;ReadPosRankSum=0.258;SC=ACGAGACCAGGAACTCCGGCT;SOR=1.123;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=182;TCF=74;TCR=108;TR=167;WE=22605128;WS=22605110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,184:0.92:199
chr19	22782955	rs3214614	CT	C	448.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=328;ReadPosRankSum=-0.229;SC=TTATTGTCTGCTTTTTTTTCC;SOR=0.906;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=15;WE=22782963;WS=22782951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr19	22784766	rs138245872	GAGA	G	4069.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=3.328;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;MQRankSum=1.232;QD=36.02;ReadPosRankSum=-0.351;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,106:0.94:113
chr19	22784843	rs11670104	T	G	4441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;MQRankSum=1.136;QD=22.55;ReadPosRankSum=1.858;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,185:0.94:197
chr19	22785134	rs11670207	T	C	6028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.159;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=0.084;SC=CCAGTGCAGATGGGGAGCAGG;SOR=0.607;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=120;TCR=117;TR=227;WE=22785142;WS=22785124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,248:0.96:259
chr19	22786020	rs2304141	G	T	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.457;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=22;PP=1801;ReadPosRankSum=0.699;SC=TCTCTCCAAAGATCTTTGCCA;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=79;TCR=25;TR=97;WE=22786028;WS=22786010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,106:0.93:114
chr19	22786126	rs2304143	T	A	7248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.031;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=2.559;SC=ATGCAGCTGTTTGGTGAGATG;SOR=0.531;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=279;TCF=173;TCR=106;TR=262;WE=22786134;WS=22786116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,287:0.95:302
chr19	22836873	rs35837772	GA	G	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-0.255;QD=0.72;ReadPosRankSum=-0.093;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,42:0.21:201
chr19	23328940	rs7247102	G	A	7994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=142;PP=2965;SC=CATACTGGAGGGAAACCCTAC;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=122;TCR=143;TR=264;WE=23328948;WS=23328930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr19	23329081	rs140123624	C	T	9133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.613;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=194;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=2.121;SC=TCACACCTTACTACACATAAG;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=364;TCF=206;TCR=158;TR=339;WE=23329089;WS=23329071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:26,367:0.93:393
chr19	23406165	rs2885604	T	C	5527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=105;PP=2893;SC=TAAGGGTTGATGATTGGTTAA;SOR=0.894;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=88;TCR=105;TR=193;WE=23406173;WS=23406155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr19	23413937	rs7256859	A	G	3782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=24;PP=2445;SC=TGCCCGCCTTAGCCTCTCCAA;SOR=2.379;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=89;TCR=24;TR=113;WE=23413945;WS=23413927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	23542290	rs428549	AG	GC	4117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.538;NF=52;NR=25;PP=2947;ReadPosRankSum=-1.184;SC=CTCCCAAAGTAGTGGGATTAC;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=84;TCF=56;TCR=28;TR=77;WE=23542299;WS=23542280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,94:0.97:97
chr19	23543834	rs7255296	C	T	8349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.506;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=4.822;NF=173;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=4.409;SC=TATGAATTCTCTTATGTTTAG;SOR=0.250;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=370;TCF=186;TCR=184;TR=329;WE=23543842;WS=23543827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:33,357:0.92:390
chr19	23545004	rs296092	G	A	10769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.64;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:18,419:0.96:437
chr19	23557966	rs12976946	T	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr19	23837365	rs4380159	A	C	7433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr19	23845038	rs10418600	T	G	5346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.77;SOR=1.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	23845042	rs10418602	T	C	5107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.20;SOR=1.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	23869684	rs4020520	G	A	4060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=106;NR=41;PP=2749;SC=TCTTATGGCTGCAGGGGACTG;SOR=1.874;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=107;TCR=41;TR=147;WE=23869692;WS=23869674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	23869823	rs2364624	T	G	10934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=191;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.477;SC=GTCGCACCCGTAACTCTCACC;SOR=0.250;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=378;TCF=185;TCR=193;TR=375;WE=23869831;WS=23869813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,401:1.00:402
chr19	23869941	rs2364625	A	G	6076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=112;PP=2965;SC=ACACAGAGCAATGAAAGCGAG;SOR=1.065;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=88;TCR=112;TR=200;WE=23869949;WS=23869931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
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chr19	23927468	rs1818989	A	G	5406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=104;PP=2965;SC=AGTAAGGGTTAAGGACTGATT;SOR=1.220;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=181;TCF=75;TCR=106;TR=179;WE=23927476;WS=23927458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr19	23928102	rs7248674	C	G	4513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=66;NR=98;PP=2733;SC=GGTGAAAAGTCTTGGGCAAAA;SOR=1.159;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=66;TCR=98;TR=164;WE=23928110;WS=23928092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr19	23941459	rs6417220	G	A	7554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=159;NR=103;PP=2965;SC=GGAGAACTCAGGGCGCAAATT;SOR=1.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=265;TCF=160;TCR=105;TR=262;WE=23941467;WS=23941449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr19	29704002	rs11666764	T	C	5699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.57;QD=44.53;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	29704010	rs8100724	A	C	5864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.83;QD=43.44;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	30099457	rs1465585	A	G	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=24;PP=1473;ReadPosRankSum=-1.923;SC=GACTACAGGTATGAGCCACTG;SOR=0.996;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=82;WE=30099465;WS=30099447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,94:0.95:99
chr19	30193721	rs10424582	G	A	6427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=126;NR=85;PP=2965;SC=TGACCAGCGCGGTCAGCTGCA;SOR=0.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=127;TCR=85;TR=211;WE=30193729;WS=30193711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr19	30303714	rs3218029	T	TC	3259.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=50;PP=1389;ReadPosRankSum=0.266;SC=TTGGGGAGCATCCCCCCCATC;SOR=0.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=19;TCR=60;TR=65;WE=30303722;WS=30303704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,117:0.92:127
chr19	30313523	rs67602822	CCTT	C	1881.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=2.987;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=1083;ReadPosRankSum=-1.059;SC=CAGTGCTGCTCCTTCTTTCAG;SOR=1.931;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=25;WE=30313533;WS=30313513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,46:0.96:48
chr19	30313576	rs3218069	C	T	481.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.7410;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=275;ReadPosRankSum=-0.920;SC=ATAGGCCAGCCGCGGTGGTTC;SOR=1.201;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=19;WE=30313584;WS=30313566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr19	30314666	rs7257694	C	T	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.275;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=46;PP=1222;ReadPosRankSum=0.419;SC=AGCAGAGCAGCGGGCCGGAAA;SOR=1.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=69;WE=30314674;WS=30314656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,76:0.95:80
chr19	30433668	rs1990903	C	T	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=18;PP=464;SC=CCCAGCTGCCCGGGCCCCCGG;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=30433676;WS=30433658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	30500118	rs3840928	GTGA	G	17850.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.76;MQRankSum=0.435;QD=42.60;ReadPosRankSum=0.115;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,417:1.00:419
chr19	31768416	rs3745784	A	G	3852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=66;PP=2467;ReadPosRankSum=-1.082;SC=TGGCCACAGCAGCCTTCTCCG;SOR=0.505;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=77;TCR=70;TR=140;WE=31768424;WS=31768406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,149:0.96:156
chr19	31770009	rs28609894	C	T	8179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.956;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=172;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.420;SC=TCATGTGCACCGTCAACTCCA;SOR=0.507;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=339;TCF=154;TCR=185;TR=320;WE=31770017;WS=31769999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:18,342:0.95:360
chr19	31840190	rs71173962	AG	A	867.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=15;PP=680;SC=ACAGGGAGGGAGGGGGCGGCG;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=19;WE=31840198;WS=31840180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	31930388	rs8103449	A	T	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	32083696	rs7245697	T	C	8652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=152;NR=150;PP=2965;SC=ATGGCTCTACTGCCGTCCACC;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=152;TCR=150;TR=302;WE=32083704;WS=32083686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr19	32873698	rs2270399	A	G	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=66;PP=2243;SC=CTGGAAGTTCAGAAAATGCAG;SOR=1.006;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=57;TCR=66;TR=123;WE=32873706;WS=32873688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	32930069	rs6510249	G	A	4803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.66;ReadPosRankSum=-1.606;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,198:0.93:212
chr19	32948885	rs11385163	A	AT	1480.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=1159;ReadPosRankSum=-0.882;SC=ACATTTACTGATTTTGTACAC;SOR=0.362;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=30;WE=32948893;WS=32948875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr19	32954725	rs1544511	G	A	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.61;ReadPosRankSum=-1.064;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,79:0.93:85
chr19	32955406	rs7252536	A	T	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=77;SC=ATTTCTGGTAATTTTTTAAGG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=32955414;WS=32955400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	33072069	rs10402931	G	A	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=5;PP=309;SC=TGGATTGGTGGCGCCTGGGCC;SOR=1.508;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=18;WE=33072077;WS=33072059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	33072085	rs10405535	A	G	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.48;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	33072118	rs11084660	C	G	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	33072266	rs10411464	T	C	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=16;NR=18;PP=531;SC=GGCTTGGCCCTCGCGGGGCGC;SOR=1.236;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=33072274;WS=33072256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	33076973	rs10500262	T	A	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=51;PP=1412;SC=GAGAATAAATTGCCTTTCCTA;SOR=2.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=14;TCR=52;TR=65;WE=33076981;WS=33076963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	33098632	rs2302970	G	C	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=47;NR=20;PP=1203;SC=CAGCAGGAGGGGGATGAGGTC;SOR=1.673;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=67;WE=33098640;WS=33098622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	33098870	rs2903755	C	T	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.22;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	33098875	rs2868150	T	C	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.28;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	33106390	rs614370	T	G	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.68;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	33106621	rs405858	C	T	4749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr19	33108662	rs200142873	T	TC	111.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=97;ReadPosRankSum=-1.345;SC=TGATTTAGTTTTTTTTTTTTT;SOR=0.330;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=3;WE=33108670;WS=33108652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr19	33110149	rs28615461	T	C	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=11;PP=757;SC=CCCCAGCCCTTCCTCTGGAAG;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=38;WE=33110157;WS=33110139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	33110204	rs2287669	T	C	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=74;NR=30;PP=1786;SC=TGCCTTGAGCTGGCTGACATG;SOR=1.118;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=74;TCR=30;TR=104;WE=33110212;WS=33110194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	33117666	rs6510271	T	C	4687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=55;PP=2878;SC=GCGGAGTGGCTCCATGGTAGT;SOR=1.159;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=100;TCR=56;TR=155;WE=33117674;WS=33117656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr19	33117842	rs6510272	C	A	3959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=78;PP=2207;SC=GGCATGAAACCCACGGTAGAT;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=58;TCR=78;TR=136;WE=33117850;WS=33117832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	33117884	rs6510273	T	C	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.50;SOR=1.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	33119883	rs6510274	A	G	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=28;PP=728;SC=CTGGAGTGCAATGGTGTGATC;SOR=3.202;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=33119891;WS=33119873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	33130496	rs11084666	T	C	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=30;PP=697;SC=TCTAGTCAGTTGGTTCGCTCA;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=33130504;WS=33130486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	33131112	rs3760943	G	A	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=8;PP=1403;SC=CTCGTGATCCGCCCGCCTTGG;SOR=2.939;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=54;TCR=8;TR=62;WE=33131120;WS=33131102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	33131336	rs10416829	T	C	11206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=195;NR=231;PP=2965;SC=GAGATTCAAATGGACTGACAA;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=426;TCF=195;TCR=231;TR=426;WE=33131344;WS=33131326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr19	33133936	rs3841621	CG	C	2246.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=12;PP=1765;SC=ATCAAACCAGCGTGTCACCTC;SOR=2.428;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=40;WE=33133944;WS=33133926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	33134425	rs259229	G	A	3984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=76;PP=2555;SC=AAAGGGCTTGGATTTGCATGG;SOR=1.260;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=51;TCR=76;TR=127;WE=33134433;WS=33134415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	33134635	rs259228	A	G	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=381;SC=AAGTGCTAACACAAGCTTTAT;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=33134643;WS=33134625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	33135458	rs259225	C	T	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=17;PP=516;SC=TCCTACAGGGCCTAGGCCCTC;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=33135466;WS=33135448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	33137629	rs259220	T	A	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=40;PP=989;SC=CTTCACCCCATTGTGGGTTTG;SOR=2.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=33137637;WS=33137619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	33149768	rs259251	G	A	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=5;PP=710;SC=AGTCTACCACGTCTCTGGAAC;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=33149776;WS=33149758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	33150039	.	C	CTT	478.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.76;ReadPosRankSum=-1.945;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr19	33150045	rs11486502	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.94;ReadPosRankSum=-1.802;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr19	33167455	rs259290	G	T	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=26;PP=1314;SC=CATGCGACGCGCGCTGGAGCT;SOR=0.877;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=53;WE=33167463;WS=33167445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	33167879	rs259291	G	A	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=21;PP=608;SC=CTGAGCTGACGGACACCCGAC;SOR=2.242;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=33167887;WS=33167869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	33291291	rs376929162	ATG	A	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=4.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.421;QD=0.69;ReadPosRankSum=0.490;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,7:0.14:50
chr19	33308875	.	C	CA	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=2.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.844;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.503;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,37:0.22:171
chr19	33321717	rs3214460	A	G	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=1.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	33390796	rs10418340	G	A	7974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=153;NR=115;PP=2965;SC=CCTGGGTTATGTTTTCTGCCA;SOR=0.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=153;TCR=116;TR=268;WE=33390804;WS=33390786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr19	33391006	rs10426667	T	G	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=40;PP=1065;ReadPosRankSum=-0.881;SC=TGTTAGCATTTAAATGCTATT;SOR=0.534;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=49;WE=33391014;WS=33390996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,50:0.93:54
chr19	33406206	.	G	GA	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr19	33406442	rs7246178	A	G	3285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=66;PP=2149;SC=CAAAAGAGGAAGATAAAAACT;SOR=1.530;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=40;TCR=67;TR=106;WE=33406450;WS=33406432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	33406484	rs7260149	G	T	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.36;SOR=1.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	33406549	rs7246326	A	G	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=20;PP=556;SC=CTTTTGAGCCAGACGTGGTGG;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=33406557;WS=33406539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	33418037	rs141452719	CCCAT	C	987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=9;PP=453;SC=TACCCACCTACCCATCCATCC;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=9;WE=33418048;WS=33418027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr19	33430816	rs12461782	T	G	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=811;ReadPosRankSum=-1.846;SC=GAGAGAGAGATAAACTTTTAA;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=47;WE=33430824;WS=33430804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,55:0.96:57
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chr19	33490442	.	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=1;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.178;NF=8;NR=2;PP=233;ReadPosRankSum=-0.405;SC=GTGAGCAGGACCAGCTGGGCA;SOR=1.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=10;WE=33490450;WS=33490419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr19	33490462	.	G	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.014;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.931;NF=16;NR=3;PP=278;ReadPosRankSum=-2.048;SC=ACCAAGTGGGGCCCACATCTG;SOR=1.765;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=19;WE=33490470;WS=33490452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr19	33490480	rs74603434	G	A	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.72;MQRankSum=-6.787;QD=12.92;ReadPosRankSum=-0.988;SOR=1.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
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chr19	33490566	rs201801079	T	C	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=3.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.22;MQRankSum=-2.886;QD=1.20;ReadPosRankSum=-0.895;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,21:0.11:187
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chr19	33490667	rs200498530	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.772;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-7.206;NF=7;NR=14;PP=352;ReadPosRankSum=-3.877;SC=ACAGACCCACGTAGAGATTTC;SOR=1.326;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=21;WE=33490685;WS=33490657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr19	33579248	.	C	CT	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.869;SOR=1.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
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chr19	33696708	rs2112800	T	C	5820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=110;PP=2965;SC=GCCGCCTCACTGTGGCCTACC;SOR=0.956;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=93;TCR=110;TR=203;WE=33696716;WS=33696698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr19	33698291	rs3745974	T	C	3596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=45;PP=2337;SC=GAGCCACTGGTAGACGGCCCA;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=65;TCR=45;TR=110;WE=33698299;WS=33698281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	33698655	rs376080905	C	CGG	239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=34.25;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	33699664	rs57394649	T	TA	1033.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=11;PP=1140;SC=AGGGCTTCCTTAAACAGGCTT;SOR=1.885;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=28;WE=33699672;WS=33699654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	33700445	rs2303093	C	T	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.883;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=45;PP=1396;ReadPosRankSum=-0.951;SC=GCTGTCTGTACCCCCGACCCC;SOR=1.852;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=64;WE=33700453;WS=33700435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,71:0.97:73
chr19	33702245	rs2241378	A	G	7595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=128;PP=2965;SC=CTGGGTGGGCACAGTAGAGAG;SOR=0.841;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCF=128;WE=33702253;WS=33702235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr19	33703103	rs11669156	C	T	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.657;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=17;PP=1588;ReadPosRankSum=0.241;SC=AGGACCAGCCCGAGCCTTGGG;SOR=1.464;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=87;TCF=67;TCR=20;TR=78;WE=33703111;WS=33703093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,86:0.91:95
chr19	33703706	rs11673535	A	G	627.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.8508;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=411;ReadPosRankSum=-1.075;SC=GGCAGGATGGAGCCCGGGCAG;SOR=0.776;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=21;WE=33703714;WS=33703696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
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chr19	33878837	rs17570	G	A	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.22;ReadPosRankSum=-0.874;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,85:0.91:93
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chr19	34288202	rs1139231	C	T	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=13;PP=1146;SC=CGCGCGCGCGCGCGCGCTTGT;SOR=2.345;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=57;WE=34288210;WS=34288166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	34302673	.	C	CT	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.168;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=7.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.32;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=1.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,27:0.19:139
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chr19	34304260	rs60235724	A	AT	1789.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=19;PP=1105;SC=GAGATGGCTTATTTTCTACAG;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=28;WE=34304268;WS=34304250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	34584137	rs574004	A	G	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.558;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=32;PP=1227;ReadPosRankSum=-1.596;SC=CGAGCAGCAAACACACCAGTC;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=52;TCR=35;TR=81;WE=34584145;WS=34584127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,92:0.93:99
chr19	34687746	rs3119815	C	A	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=9;PP=231;SC=AACTCAACACCAACTATTAGA;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=34687754;WS=34687736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	34706440	rs57270694	A	G	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=32;PP=1367;ReadPosRankSum=-1.127;SC=ATTTCTAACTATGGAAGTTTT;SOR=0.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=81;WE=34706448;WS=34706430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,99:0.95:104
chr19	34710532	rs2297521	A	G	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.93;ReadPosRankSum=1.003;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,59:0.92:64
chr19	34710807	rs2599557	A	C	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.64;ReadPosRankSum=-0.643;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr19	34712654	rs536367	C	T	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.00;ReadPosRankSum=2.612;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,100:0.97:103
chr19	34712736	rs537252	T	C	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=23;PP=689;SC=GTGAATTGTTTTGAGGACATT;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=34712744;WS=34712726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	34717269	rs67394960	CAT	C	244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	34824582	rs35956890	G	GT	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.428;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr19	34872355	.	G	GT	380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=-1.165;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,64:0.22:293
chr19	34885006	rs8108038	A	G	4126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=78;PP=2421;SC=GGAGTCAGCAAGATTTGTGGG;SOR=1.386;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=54;TCR=78;TR=132;WE=34885014;WS=34884996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr19	34890322	rs2301263	G	A	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=18;PP=865;SC=GGCTTGGGGCGTGCCTGGCTT;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=54;WE=34890330;WS=34890312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	34904539	rs9653103	C	G	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=7;NR=6;PP=201;SC=ACTGCGCCTGCCCTGATAAAA;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=34904547;WS=34904529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	34922865	rs3217243	T	TGTATAAA	2210.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=1232;SC=ATTGCAAAGTTGTATAAGGGT;SOR=1.473;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=18;WE=34922873;WS=34922855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	34942872	rs2161472	A	T	1578.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.31;ReadPosRankSum=1.737;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr19	34954873	rs10412944	C	G	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=237;SC=TTTAAAAAATCAACCTGACTG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=34954881;WS=34954863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	34959812	rs7258977	A	G	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=7;PP=408;SC=CGTAATGTGTAAAGTGAAAAT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=34959820;WS=34959802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	34959979	rs7259160	A	G	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=17;PP=652;SC=TAGTTGATTCAGATGAAGAAG;SOR=0.963;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=34959987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	34971763	rs7257588	T	C	3689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=1.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	34971846	rs4344866	C	T	6963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=127;NR=115;PP=2965;SC=CCCTAGTCACCTCTCGATTCC;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=244;TCF=128;TCR=116;TR=242;WE=34971854;WS=34971836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr19	34971998	rs7248705	G	A	3873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=67;PP=2474;SC=GGGGAGGCTCGCCGCCCACCG;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=67;TCR=70;TR=134;WE=34972006;WS=34971988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	34972146	rs7248847	G	C	6473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=124;NR=100;PP=2965;SC=TTCAGAGGCCGGTGCGCGGCC;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=124;TCR=100;TR=224;WE=34972154;WS=34972136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr19	34972892	rs12609305	A	C	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	34973413	rs1465433	T	C	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.24;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr19	35173717	rs199664059	T	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.25;MQRankSum=-3.734;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.782;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,31:0.16:199
chr19	35231472	rs11426796	T	TA	379.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=296;ReadPosRankSum=-0.986;SC=TTCAAATAGTTAAAAAAAAAC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=15;WE=35231480;WS=35231462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr19	35260281	rs2242129	G	A	2255.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5156;FS=1.293;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=30;PP=1555;ReadPosRankSum=1.289;SC=CCTAGAAAGGGTGGATTCAAA;SOR=0.458;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=68;TCR=33;TR=91;WE=35260289;WS=35260271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,93:0.89:104
chr19	35270543	rs7259475	G	T	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.801;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=961;ReadPosRankSum=1.107;SC=GCACTCATAAGGCCTTTCTCC;SOR=0.242;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=62;WE=35270551;WS=35270533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,70:0.97:72
chr19	35491326	rs3072398	A	AGCCCT	866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=6;PP=573;SC=CGCGCAGCCCAGCCCTGCCCT;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=35491334;WS=35491316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	35502352	rs140658050	CCT	C	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=766;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=4.605;QD=0.07;ReadPosRankSum=-1.593;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:649,70:0.10:719
chr19	35513896	rs4806072	C	T	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.614;SC=CCCCATGCCCCCCAGCTCCCC;SOR=0.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=127;TCF=47;TCR=80;TR=122;WE=35513904;WS=35513886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,129:0.99:130
chr19	35533550	rs11399986	A	AC	2125.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.310;NF=3;NR=42;PP=1768;ReadPosRankSum=0.478;SC=ATGCATCCCCACCCCTGTTAG;SOR=1.759;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=45;WE=35533558;WS=35533540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr19	35541330	rs57035236	TA	T	1257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=10;PP=623;SC=CTGTCCCTGGTAATTAGCTCC;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=35541338;WS=35541320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	35550878	rs45512696	C	T	4916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.343;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.014;SC=CACCCAGAGGCTGCTGGAGGT;SOR=0.390;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=114;TCR=79;TR=184;WE=35550886;WS=35550868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,199:0.96:208
chr19	35551428	rs58895965	C	A	5262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.261;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=0.807;SC=TGAGTGCCCCCCAATGGCGCT;SOR=0.425;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=194;TCF=102;TCR=92;TR=184;WE=35551436;WS=35551418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,205:0.95:215
chr19	35556123	rs2305744	G	A	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=18;PP=1245;SC=GCAGGCCAGCGGGGGCTGGAC;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=61;WE=35556131;WS=35556113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	35556281	rs2305745	G	A	5703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr19	35556300	rs2305746	A	G	5594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.43;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr19	35556357	rs2305747	C	T	4341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=84;NR=68;PP=2787;SC=GGAGTAGGGACGCTGAGGGGA;SOR=0.897;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=154;TCF=84;TCR=70;TR=152;WE=35556365;WS=35556347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr19	35556640	rs1688031	T	C	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=56;PP=1342;SC=GGGATGGAGATGCAGGGGAGT;SOR=2.102;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=23;TCR=56;TR=79;WE=35556648;WS=35556630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	35556659	rs1672991	A	G	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=41;PP=1217;SC=GTGGGTGGTCAGGCTCCCCAT;SOR=2.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=54;WE=35556667;WS=35556649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	35556744	rs1688030	T	C	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=9;PP=672;SC=ACTTTGGCCTTCAGCCAGACC;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=35556752;WS=35556735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	35577870	rs7250814	G	A	8291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=148;NR=131;PP=2965;SC=CTGTGTGTCCGTCTTTGCCGA;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=149;TCR=131;TR=279;WE=35577878;WS=35577860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr19	35590180	rs1687994	T	A	3852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr19	35590295	.	GA	G	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=-1.902;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr19	35597352	rs2445826	T	C	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=15;PP=1449;SC=ACCACCCGGCTGGGGAGGCCT;SOR=2.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=69;WE=35597360;WS=35597342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	35602445	rs71856123	TG	T	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=8;PP=139;SC=TGAGTCAGGCTGGGGGGGGGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=35602453;WS=35602435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	35608092	rs1006162	C	T	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	35608148	rs1688021	C	T	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.35;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	35609972	rs10543115	GGAC	G	4181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.766;NF=37;NR=27;PP=2945;ReadPosRankSum=0.095;SC=TGTCCAGTGAGGACAACAGCG;SOR=0.787;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=64;WE=35609989;WS=35609962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,100:0.92:109
chr19	35609981	rs10426785	C	T	4646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.691;NF=79;NR=36;PP=2603;ReadPosRankSum=-0.382;SC=AGGACAACAGCGGGCAGTGGC;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=85;TCR=39;TR=115;WE=35609989;WS=35609962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,122:0.93:131
chr19	35610245	rs2278994	A	G	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.143;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=78;PP=2330;ReadPosRankSum=-0.992;SC=TGCTAAGGCCAGACCTCCCGC;SOR=1.058;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=149;TCF=65;TCR=84;TR=137;WE=35610253;WS=35610235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,152:0.92:165
chr19	35612159	rs2290649	C	G	3543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=3.732;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.01;ReadPosRankSum=2.338;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,148:0.96:154
chr19	35612286	rs2290650	A	G	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=0.540;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,9:0.15:61
chr19	35614253	rs112343981	G	GGT	2069.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.638;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=1446;ReadPosRankSum=-0.110;SC=ACACGGAAGTGGTGTGTGTGT;SOR=0.705;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=36;WE=35614282;WS=35614243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,74:0.71:104
chr19	35614336	rs1672974	T	C	4553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=77;NR=69;PP=2542;SC=ACCCCATCACTTCCCGCAGGC;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=77;TCR=69;TR=146;WE=35614344;WS=35614326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr19	35616087	rs3826989	G	A	3311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=2.019;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.49;ReadPosRankSum=0.007;SOR=0.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,137:0.97:141
chr19	35622695	rs1673007	A	G	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=29;NR=13;PP=769;SC=AGCCTCACACATGAGTAAGGG;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=35622703;WS=35622685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	35624890	rs11666576	C	T	5286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.59;ReadPosRankSum=-0.018;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,208:0.97:215
chr19	35644855	rs62111370	T	C	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=27;PP=669;SC=CGACCCTGCCTGAGCGCGGGA;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=35644863;WS=35644845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	35649324	rs1633915	C	G	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=75;PP=2239;SC=CAGGGGCAGGCGGCGGGGACA;SOR=1.558;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=46;TCR=75;TR=121;WE=35649332;WS=35649314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	35651531	rs1617607	A	G	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=26;PP=1697;SC=ATACAGACATAAGCCACCGCG;SOR=1.489;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=85;WE=35651539;WS=35651521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	35655151	rs1672994	T	C	5157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=110;PP=2965;SC=GCCATCTGGTTAGTAACTGCC;SOR=2.044;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=42;TCR=110;TR=152;WE=35655159;WS=35655141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr19	35657351	rs8106303	A	C	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=19;PP=533;SC=AGCTGCATATACATACAAACC;SOR=1.885;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=35657359;WS=35657341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	35660450	rs2285515	T	C	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.21;ReadPosRankSum=-0.681;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,89:0.98:91
chr19	35660508	rs12110	G	A	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	35660546	rs1046294	T	C	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=525;ReadPosRankSum=0.489;SC=GCTGACAACCTGCTGGGCACC;SOR=0.335;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=40;WE=35660554;WS=35660536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr19	35719106	rs565791	A	G	11461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.141;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=237;PP=2965;ReadPosRankSum=3.155;SC=AGGCGTTTACACTCGCCCGGC;SOR=0.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCF=215;TR=437;WE=35719114;WS=35719096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:31,467:0.94:498
chr19	35719257	rs11673347	G	A	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.825;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=54;PP=1638;ReadPosRankSum=0.563;SC=CATCCTGAAAGTCAATTTCAT;SOR=0.327;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=96;WE=35719265;WS=35719247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,106:0.91:117
chr19	35719577	rs34873156	G	A	246.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.58;ReadPosRankSum=2.460;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr19	35740069	rs10412357	C	G	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=10;PP=318;SC=CTGCGGAACGCCGGAGGGAAC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=35740077;WS=35740059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	35741456	rs2073900	T	C	7008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.39;ReadPosRankSum=-1.263;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:23,290:0.93:313
chr19	35757250	rs916147	G	A	11581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=246;NR=192;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.296;SC=CCTGTTGATTGTGTCCTCACA;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=465;TCF=262;TCR=203;TR=438;WE=35757258;WS=35757240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:29,480:0.94:509
chr19	35758275	rs142507475	G	GGGA	7978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.377;NF=44;NR=46;PP=2967;ReadPosRankSum=-0.330;SC=GAGTAATGGTGGGAGAAGCCG;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=90;WE=35758283;WS=35758265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,185:0.96:193
chr19	35760167	rs2515621	G	C	97.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	35785378	rs55976703	C	T	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=40;PP=1133;ReadPosRankSum=0.813;SC=ACTGTGTGGCCTTGGGCGAGT;SOR=1.314;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=57;WE=35785386;WS=35785368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,64:0.96:67
chr19	35793589	rs1126770	C	T	5499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=0.061;SC=AGAGGGCCACCGCCTTCAACC;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=89;TCR=130;TR=202;WE=35793597;WS=35793579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:18,222:0.93:240
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chr19	35801221	rs73031732	G	C	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=428;ReadPosRankSum=-0.555;SC=AAGCCGCCCTGAGTTTGCCCC;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=19;WE=35801229;WS=35801211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
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chr19	36024367	rs62623387	G	C	6538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.952;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.000;SC=CAGCCCTGGCGCTCCGCACGC;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=141;TCR=114;TR=242;WE=36024375;WS=36024357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,266:0.94:282
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chr19	36050969	rs2733743	A	G	6821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=107;NR=136;PP=2965;SC=CAGGCCCTGCACGGTGCCTGC;SOR=0.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=107;TCR=136;TR=243;WE=36050977;WS=36050959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr19	36105917	rs34572637	A	G	4028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=52;PP=2105;ReadPosRankSum=-1.405;SC=CGATCAGACCATCTGACCCTG;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=90;TCR=54;TR=138;WE=36105925;WS=36105907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,162:0.97:167
chr19	36113658	rs2285414	A	G	4746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr19	36122441	rs2285415	G	A	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=30;PP=864;SC=CCTAAAGCACGAACCTGATCA;SOR=1.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=46;WE=36122449;WS=36122431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	36133982	rs3214104	TG	T	1745.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=42;PP=1873;ReadPosRankSum=-1.284;SC=AGGTGGGGACTGGGGTCCCGA;SOR=0.811;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=50;WE=36133990;WS=36133972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr19	36135279	rs3835005	C	CT	5459.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=42;PP=2490;SC=CAGCCAAATCCGCCCCGTCTC;SOR=0.737;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=55;WE=36135287;WS=36135269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	36145409	rs377609041	CA	C	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.725;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.724;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,35:0.37:94
chr19	36168663	rs10413852	G	C	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	36206986	rs2234371	G	A	5081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.990;SC=CAGTGAGTTGGCGCTGGGATT;SOR=0.798;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=190;TCF=108;TCR=82;TR=180;WE=36206994;WS=36206976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,198:0.95:208
chr19	36214632	rs11373774	A	AG	1447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=14;PP=1066;SC=CTGTTCCCGCAGCCGGACGAT;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=23;WE=36214640;WS=36214622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	36217333	rs16970648	C	T	4179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=73;PP=2571;SC=TAGCACAGACCCTCTTTTCTC;SOR=1.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=61;TCR=73;TR=134;WE=36217341;WS=36217323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	36224705	rs231591	A	G	4092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	36235655	rs34632325	G	C	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=24;PP=704;SC=TGAACAGAGAGTGAGGCATGA;SOR=1.347;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=36235663;WS=36235645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	36236120	rs231597	A	G	11840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=229;NR=167;PP=2965;SC=AACCCTGGAAAAGGTGCAAAG;SOR=0.987;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=398;TCF=229;TCR=169;TR=396;WE=36236128;WS=36236110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr19	36237245	rs2293688	C	G	5383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=109;NR=76;PP=2965;SC=AAATAGATCTCGGTGGGAGTT;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=109;TCR=76;TR=185;WE=36237253;WS=36237235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr19	36242998	rs11878987	C	T	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=14;PP=1197;SC=AGGACACGCACGCCCTTCCCT;SOR=2.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=60;WE=36243006;WS=36242988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	36243089	rs170758	T	C	5475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=111;NR=71;PP=2965;SC=CTGGAGATGGTCAAAGCCCGG;SOR=0.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=185;TCF=112;TCR=73;TR=182;WE=36243097;WS=36243079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr19	36243190	rs231244	T	C	4022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=68;PP=2229;SC=GGCACCCTGGTGGGTTGGGCC;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=73;TCR=68;TR=141;WE=36243198;WS=36243180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	36243813	rs231243	G	A	6932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.08;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr19	36245413	rs231241	G	A	6577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr19	36250646	rs7254581	T	C	5196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=112;NR=70;PP=2770;SC=GGATGACCCATGAGACCTCAC;SOR=1.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=113;TCR=71;TR=182;WE=36250654;WS=36250636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr19	36253317	rs807479	C	T	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=56;PP=1602;SC=AGCCCTAGGACAGAATTAGAA;SOR=1.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=25;TCR=56;TR=81;WE=36253325;WS=36253307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	36255965	rs7252936	C	G	21754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=806;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=362;NR=397;PP=2965;ReadPosRankSum=1.502;SC=CCTCCTCCCTCAGCCCCAGCG;SOR=0.357;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=764;TCF=365;TCR=399;TR=759;WE=36255973;WS=36255955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,801:1.00:802
chr19	36257932	rs35876904	CCT	C	1552.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=24;PP=1164;SC=GACCCTCCACCCTCTCTCTCT;SOR=1.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=25;WE=36257941;WS=36257922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	36258937	rs5827939	AG	A	5795.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=80;PP=2951;SC=CTGCTTGCCCAGGGCCGCCCT;SOR=0.848;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=131;TCF=47;TCR=84;TR=127;WE=36258945;WS=36258927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr19	36259292	rs11881839	C	T	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=11;PP=560;SC=TCTGCTCTCCCGGCCTTTCTC;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=36259300;WS=36259282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	36259415	rs35178229	G	A	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=25.74;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	36259494	rs231216	C	A	2382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=30.55;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	36268471	rs12982672	G	A	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=35;PP=1579;SC=CTCTGGACCCGCGCTGCCAGA;SOR=1.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=98;WE=36268479;WS=36268461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	36268771	rs231228	C	T	11540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr19	36268923	rs807491	C	T	2890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=75;PP=2200;SC=CTGCTGCACGCGTCTGAGCAG;SOR=2.350;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=23;TCR=75;TR=98;WE=36268931;WS=36268913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	36269915	rs231230	T	C	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=7;PP=439;SC=AGAGGCCCACTCTGACAACCT;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=36269923;WS=36269905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	36270052	rs231231	A	G	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	36271139	rs231233	C	T	6564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=141;NR=87;PP=2965;SC=GGCGACTGCTCCTCAGTGAGG;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=142;TCR=87;TR=228;WE=36271147;WS=36271129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr19	36273230	rs231223	C	G	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=15;PP=1687;SC=CGTGAGCGAGCCCCTCTGACC;SOR=2.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=57;TCR=15;TR=72;WE=36273238;WS=36273220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	36276403	rs120959	T	G	5072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=94;PP=2762;SC=AGGCGGGCAATTGGGGGGCGC;SOR=0.955;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=80;TCR=94;TR=173;WE=36276411;WS=36276393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr19	36278470	rs231235	C	G	8669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=166;NR=140;PP=2965;SC=AGGTCAGTGCCCAGCTCAGGG;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=308;TCF=167;TCR=141;TR=306;WE=36278478;WS=36278460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr19	36279862	rs59882609	AG	A	1047.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=700;SC=ATCTGCAGAGAGGGGAACCAT;SOR=1.214;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=19;WE=36279870;WS=36279852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	36355595	rs382789	A	G	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	36359046	rs190499044	G	A	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.13;ReadPosRankSum=-1.286;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,51:0.94:54
chr19	36369450	.	G	GA	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=-1.341;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,12:0.19:63
chr19	36486445	rs7249826	G	C	3665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=48;PP=2303;SC=GGCGTGGGTTGCCAGCCTGAC;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=69;TCR=49;TR=117;WE=36486453;WS=36486435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	36497358	rs2285422	C	G	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=21;PP=1029;SC=GGGGCCCCCTCTGGCCACACA;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=60;WE=36497366;WS=36497337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	36632024	.	GGGC	G	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=5.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-0.350;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,11:0.16:68
chr19	36632060	rs11084845	T	A	1978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	36640769	rs14100	T	C	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=61;PP=1546;SC=GCCCCCTCACTGCCTTGCTAT;SOR=1.536;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=95;WE=36640777;WS=36640759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	36642310	rs2008683	T	C	2598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=24;PP=1767;SC=CAGCCACCTCTTACTCTGGGT;SOR=1.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=85;WE=36642318;WS=36642300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	36727365	rs2070132	G	A	4572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.33;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,184:0.94:196
chr19	36940760	rs2967532	G	T	9372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=176;PP=2965;ReadPosRankSum=0.370;SC=TTAAACTGCCGATTACATTCC;SOR=0.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=358;TCF=174;TCR=184;TR=344;WE=36940768;WS=36940750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:18,371:0.95:389
chr19	36940965	rs2912441	A	G	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=21;PP=576;SC=CAAAACTTCAATCAATATGGG;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=36940973;WS=36940955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	36963637	rs2967539	C	T	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=265;SC=AGGAGAAAAGCAGGCAAAGTG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=36963645;WS=36963627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr19	37039069	rs2912444	A	C	9000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.206;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.780;SC=GGTCCTTGTAAGTCAATCTTG;SOR=0.197;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=325;TCF=174;TCR=151;TR=323;WE=37039077;WS=37039059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,353:0.99:355
chr19	37064240	rs2967442	A	G	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=27;PP=1464;SC=CGCGGCCCTGAGGCCTGTGGG;SOR=1.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=56;TCR=27;TR=83;WE=37064248;WS=37064230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr19	37065914	rs3108597	G	A	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=24;PP=648;SC=AGTTTGCTTTGCTATGTTTGT;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=37065922;WS=37065904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	37068081	rs2912410	G	C	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=7;PP=453;SC=GGGCTGGTCTGGAACTCCTGA;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=37068089;WS=37068071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	37068235	rs3108598	T	C	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.45;ReadPosRankSum=-1.536;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,59:0.86:69
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chr19	37238537	.	CA	C	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=3.172;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr19	37239278	rs11672680	C	A	6955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.041;SC=TGTGAATTCGCCGATGTTGGA;SOR=0.504;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=125;TCR=118;TR=233;WE=37239286;WS=37239268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,253:0.97:260
chr19	37241141	rs1673082	A	G	8327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=144;NR=141;PP=2965;SC=GTTGAATAAGATGTGCAGACG;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=144;TCR=142;TR=285;WE=37241149;WS=37241131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr19	37310344	rs3745775	T	C	4053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=56;PP=2154;ReadPosRankSum=0.586;SC=ATGAATTCTCTGATGTCGAGT;SOR=0.958;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=150;TCF=88;TCR=62;TR=142;WE=37310352;WS=37310334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,159:0.96:165
chr19	37440363	rs17242235	G	A	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=3;PP=193;SC=GTTATTAATAGTCTAGTGGTA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=37440371;WS=37440353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	37641650	rs371643138	GA	G	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=-0.178;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
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chr19	37690420	rs1234250	C	T	3851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.85;ReadPosRankSum=0.600;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,146:0.98:149
chr19	37733771	rs12974332	A	C	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.011;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=1092;ReadPosRankSum=-0.226;SC=GTTGTGGTTCACATGTTACTC;SOR=0.333;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=62;WE=37733779;WS=37733761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,68:0.94:72
chr19	37854580	rs3745764	C	T	4514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=81;PP=2354;ReadPosRankSum=2.140;SC=CACCAGAGGACACATTCAGGA;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=91;TCR=88;TR=164;WE=37854588;WS=37854570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,187:0.93:202
chr19	37864925	rs61161652	A	AC	2075.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=16;PP=1393;SC=CCACCCCGCCACCCTGGCCAG;SOR=1.306;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=32;WE=37864933;WS=37864915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	37958973	rs35295578	GT	G	608.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.419;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.83;ReadPosRankSum=-1.157;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,39:0.89:44
chr19	38024271	rs12977460	T	G	2997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.98;ReadPosRankSum=-0.166;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,117:0.98:120
chr19	38135403	rs2972458	T	C	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=24;PP=1596;SC=CCACTGCACTTCAGCCTGGTG;SOR=1.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=75;WE=38135411;WS=38135393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	38135444	rs71298747	C	CAAAAAG	9485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=50;PP=2882;SC=TGGAAAAAAACAAAGACAGCC;SOR=1.256;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=46;TCR=54;TR=94;WE=38135452;WS=38135434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr19	38189440	rs958305	T	C	9283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=166;PP=2965;SC=TTCAAAGGGTTTCTTACCACT;SOR=0.705;Source=Platypus;TCF=166;WE=38189448;WS=38189430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr19	38189616	rs2075284	T	C	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=46;PP=1533;SC=GTTTCTCTCCTGTATGAATTC;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=54;TCR=46;TR=100;WE=38189624;WS=38189606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	38190845	rs5827990	GT	G	689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=477;SC=AAATGTCAATGTTATTGTAGA;SOR=1.721;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=38190853;WS=38190835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	38202516	rs2909097	A	C	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=6.736;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.51;ReadPosRankSum=1.535;SOR=0.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,106:0.98:108
chr19	38229378	rs1291	G	A	5348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr19	38229824	rs3095726	T	C	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=37;PP=1665;SC=TAGGGTTTCATACCAGTATGA;SOR=0.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=56;TCR=37;TR=92;WE=38229832;WS=38229814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	38230720	rs3752365	C	G	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.982;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=78;PP=2432;ReadPosRankSum=0.566;SC=AAAGGCCTTCCCACACTGCCT;SOR=1.318;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=52;TCR=80;TR=128;WE=38230728;WS=38230710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,136:0.97:140
chr19	38377409	rs7252765	A	T	2445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	38621473	rs861304	G	A	3779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=81;PP=2387;SC=CTGGCATGAGGCCTCCCTGGC;SOR=1.558;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=42;TCR=81;TR=123;WE=38621481;WS=38621463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	38652993	rs332864	C	T	3091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.98;ReadPosRankSum=1.112;SOR=1.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,117:0.98:119
chr19	38697054	rs3745946	G	A	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=236;SC=GGGTCAGCGCGCACAGCCCTC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=38697062;WS=38697044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	38708329	rs2304174	A	C	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=38;PP=1536;ReadPosRankSum=0.511;SC=TCAGCCAGAGACCTGAGCAGC;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=65;WE=38708337;WS=38708319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,72:0.96:75
chr19	38708398	rs2304175	A	C	2591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.28;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	38709532	rs2288907	C	G	10802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=235;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.461;SC=AGGGGTGAGACGAAGCCATGC;SOR=0.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=417;TCF=242;TCR=175;TR=404;WE=38709540;WS=38709522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:17,416:0.96:433
chr19	38709552	rs2288909	C	T	13114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.24;ReadPosRankSum=1.318;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:25,516:0.95:541
chr19	38709568	rs2255456	C	T	16032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,620:1.00:620
chr19	38799396	.	C	A	3776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.776;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=42;PP=2180;ReadPosRankSum=-0.465;SC=GCCTCCCAAACCCCACCTTAT;SOR=0.327;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=92;TCR=44;TR=130;WE=38799404;WS=38799386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,147:0.96:153
chr19	38817110	rs7250755	A	G	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=10;PP=1007;SC=AGGATCACTTAGGTCCAGGAG;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=38817118;WS=38817100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	38849967	rs150469402	G	T	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.70;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	38853511	rs59933684	GT	G	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr19	38861333	rs1052375	G	A	3902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.127;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=68;PP=2033;ReadPosRankSum=-1.660;SC=CGAGCATGCCGTCTCTGAGAC;SOR=0.911;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=150;TCF=77;TCR=73;TR=138;WE=38861341;WS=38861323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,160:0.93:172
chr19	38877997	rs62123482	G	T	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.269;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=46;PP=1240;ReadPosRankSum=-0.631;SC=TTGATCTAATGCGTCCGCACC;SOR=1.810;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=66;WE=38878005;WS=38877987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,73:0.92:79
chr19	38899501	.	CAAG	C	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=3.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=-1.101;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,8:0.13:62
chr19	38935280	rs2229139	A	G	7032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.707;NF=133;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.057;SC=TGCAGACACTATGGAACATGA;SOR=0.647;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=239;TCF=139;TCR=100;TR=226;WE=38935288;WS=38935270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,279:0.96:290
chr19	38935350	rs35018208	T	TC	12832.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.662;NF=15;NR=128;PP=2975;ReadPosRankSum=-0.685;SC=TAAATGGAGATCCCCCCAAAA;SOR=0.963;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=186;TCF=27;TCR=159;TR=143;WE=38935363;WS=38935340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:14,432:0.97:446
chr19	38939408	rs10406027	T	C	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=37;PP=867;SC=TCACCTATGCTGCTCCAGACC;SOR=1.308;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=65;WE=38939416;WS=38939398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	38939505	rs4476278	T	C	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	38942714	rs4802469	G	A	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=22;PP=677;SC=GGATCGCTTGGGCCCAGGAGC;SOR=1.942;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=27;WE=38942722;WS=38942704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	38943728	rs12460768	G	A	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5368;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=688;ReadPosRankSum=0.286;SC=GGGCCACGGCGCTGGGCGGGG;SOR=1.209;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=44;WE=38943736;WS=38943718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,36:0.95:38
chr19	38945851	rs7254832	T	C	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=18;PP=1064;SC=CCTATTGTGATGCCTCTTATT;SOR=1.385;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=60;WE=38945859;WS=38945841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	38946182	rs2288888	G	A	8943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.790;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=181;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.343;SC=TGGAGGCCTCGTCTGGTAGGA;SOR=0.942;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=351;TCF=159;TCR=192;TR=332;WE=38946190;WS=38946172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:22,365:0.94:387
chr19	38946215	rs2288889	G	C	6139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.976;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.635;SC=GTGGGACAGAGGCTTGTGGGA;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=100;TCR=147;TR=234;WE=38946223;WS=38946205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,257:0.94:273
chr19	38948356	rs2071085	T	C	4848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=83;PP=2847;ReadPosRankSum=-1.801;SC=ATGGATGTCCTTTCCTTAATC;SOR=0.909;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=80;TCR=84;TR=162;WE=38948364;WS=38948346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,182:0.99:184
chr19	38948420	rs73044990	C	G	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=1218;ReadPosRankSum=1.661;SC=TGGCCCCACTCTCCCTTGGCA;SOR=0.843;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=70;WE=38948428;WS=38948410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,74:0.94:79
chr19	38949904	rs3745847	C	T	3076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	38950947	rs2304147	C	T	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=33;PP=2189;ReadPosRankSum=-0.392;SC=GCTTCCATGTCCCCCACTGAC;SOR=1.018;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=81;TCR=36;TR=110;WE=38950955;WS=38950937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,117:0.95:123
chr19	38953996	rs2304148	A	G	4248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=83;NR=59;PP=2422;SC=GTGTTCTTGGAAAGAGGGGTC;SOR=0.881;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=83;TCR=59;TR=142;WE=38954004;WS=38953986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	38956803	rs2228069	G	A	6260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=1.508;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.65;ReadPosRankSum=-0.730;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,247:0.97:254
chr19	38993391	.	TGGGGCAGGGGCA	T	996.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.53;SOR=6.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	39051680	.	TA	T	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.266;QD=4.15;ReadPosRankSum=1.021;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr19	39077895	.	AAT	A	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=176;ReadPosRankSum=0.798;SC=CCTGTCTAAAAATATATATAT;SOR=0.404;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=8;WE=39077906;WS=39077885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr19	39218706	rs148995680	GCT	G	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=2.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.33;ReadPosRankSum=-1.557;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,18:0.09:191
chr19	39219050	.	G	GCTCCTC	1283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=42.79;SOR=6.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	39322087	rs9419	T	G	5544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.950;SC=TCCGGAAGCCTCCTCTTGTGC;SOR=0.624;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=88;TCR=113;TR=190;WE=39322095;WS=39322077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,216:0.94:229
chr19	39328145	rs2278010	A	C	3497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.71;ReadPosRankSum=1.013;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,143:0.93:154
chr19	39334811	rs2278011	T	A	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.233;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=45;PP=1221;ReadPosRankSum=-0.574;SC=TACCCCAGAGTGTGATAAGGA;SOR=1.638;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=71;WE=39334819;WS=39334801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,83:0.95:87
chr19	39334830	rs2278012	C	T	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.276;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=725;ReadPosRankSum=-1.242;SC=GACAAGGTAGCACCCCAAGAC;SOR=1.688;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=51;WE=39334838;WS=39334820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,60:0.94:64
chr19	39338125	rs862454	G	A	4504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=90;PP=2270;ReadPosRankSum=-0.235;SC=ACAAGATGACGCCCCACTGGC;SOR=0.661;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=92;TCR=100;TR=173;WE=39338133;WS=39338115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:19,195:0.91:214
chr19	39338142	rs862455	A	G	4229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=77;PP=2372;ReadPosRankSum=0.198;SC=TGGCCTCTGTACTGTTGTAGA;SOR=0.796;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=84;TCR=84;TR=153;WE=39338150;WS=39338132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,175:0.92:190
chr19	39370448	.	G	GT	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=11.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=-2.124;SOR=0.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr19	39380030	rs11667030	CA	TG	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.29;ReadPosRankSum=1.160;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,101:0.97:104
chr19	39385532	rs10410544	T	C	13486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.360;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=213;NR=268;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.309;SC=CTCTCTGCCCTCAGATCCGGG;SOR=0.937;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=506;TCF=226;TCR=280;TR=481;WE=39385540;WS=39385522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:23,521:0.96:544
chr19	39390931	rs2053071	C	G	2826.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.020;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.48;ReadPosRankSum=1.169;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:16,122:0.88:138
chr19	39399277	rs3136646	C	T	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=5;PP=241;SC=GGCTTTGAGGCGAGACCTAAT;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=14;WE=39399285;WS=39399275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	39407014	rs4801945	C	A	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.652;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=52;PP=1449;ReadPosRankSum=-0.265;SC=GCAAGAGGAACAAATGGAAAC;SOR=1.791;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=68;WE=39407022;WS=39407004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,72:0.96:75
chr19	39408360	rs7508411	A	G	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=1213;ReadPosRankSum=-1.206;SC=GCCCCTCTCCACACCGGAAGT;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=58;WE=39408368;WS=39408350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr19	39408688	rs4803034	C	G	4173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.212;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=81;PP=2547;ReadPosRankSum=1.363;SC=GGAGGGAAGACTGATTGTCAC;SOR=0.443;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=82;TCR=87;TR=159;WE=39408696;WS=39408678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,167:0.94:178
chr19	39409236	rs11083489	C	A	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.766;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.46;ReadPosRankSum=0.774;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,55:0.92:60
chr19	39416966	rs4803045	GA	TT	5086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5030;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=61;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.789;SC=GAGAAAAGGAGATGAAGCAGC;SOR=1.095;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=102;TCF=35;TCR=67;TR=94;WE=39416975;WS=39416956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,122:0.95:128
chr19	39421388	rs730078	A	G	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.716;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=54;PP=1484;ReadPosRankSum=-1.897;SC=TTGGACCGGGAACAAGGCGGC;SOR=1.462;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=26;TCR=57;TR=78;WE=39421396;WS=39421378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,93:0.93:100
chr19	39433299	rs8113389	A	G	6375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.327;SC=CAAGGGCGCCATAGTGCCCCA;SOR=0.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=134;TCR=109;TR=232;WE=39433307;WS=39433289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,263:0.95:276
chr19	39433497	rs11313800	GT	G	1760.74	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.082;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=34;PP=1657;ReadPosRankSum=-2.899;SC=TCCTGCGCTAGTTTGCTGGGG;SOR=2.694;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=35;WE=39433507;WS=39433487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,44:0.94:47
chr19	39433499	rs57290038	T	G	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.082;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=34;PP=1177;ReadPosRankSum=-1.926;SC=CTGCGCTAGTTTGCTGGGGAC;SOR=2.694;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=37;WE=39433507;WS=39433487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,44:0.94:47
chr19	39435485	rs10416055	G	A	536.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=396;ReadPosRankSum=2.138;SC=AGAAGGGCTCGATACTTCTTA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=17;WE=39435493;WS=39435475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr19	39435933	rs11672849	C	G	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.68;QD=25.84;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	39437270	rs2278412	G	A	5455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.995;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.92;ReadPosRankSum=0.067;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:16,222:0.93:238
chr19	39437411	rs2278413	G	T	567.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.855;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=436;ReadPosRankSum=2.188;SC=CCACCCTGCTGCGGGCTCCAG;SOR=3.716;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=19;WE=39437419;WS=39437401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr19	39735687	rs200719718	G	A	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=48;PP=1510;SC=AGCTGAGCACGGACAGAGATG;SOR=1.132;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=87;WE=39735695;WS=39735677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	39760069	rs30481	G	C	4821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=75;PP=2965;SC=TCTCTATCCTGCTCCCCAACC;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=76;TCR=75;TR=151;WE=39760077;WS=39760059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
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chr19	39883264	rs11432802	C	CT	416.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.26;ReadPosRankSum=-0.663;SOR=0.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,28:0.82:34
chr19	39948871	rs376659194	CCCA	C	3898.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;QD=40.19;SOR=9.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	40007067	.	GTC	G	56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=56;QD=32.0;SC=CTGGCCCCTTGTCTCTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=2;WE=40007076;WS=40007057;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,2:0.20:10
chr19	40093111	rs3764843	C	A	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=26;PP=1376;SC=GAATGAAGCCCGAGGGCAAGG;SOR=1.295;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=78;WE=40093119;WS=40093101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	40096127	rs2233709	C	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=436;SC=CAGGGTCCATCTCCCATAACT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=40096135;WS=40096117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	40149297	rs1860134	T	A	4691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=83;PP=2466;SC=TACGTGTGTCTCAATGAGTAT;SOR=0.897;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=80;TCR=83;TR=163;WE=40149305;WS=40149287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr19	40325564	rs76210236	T	C	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=425;ReadPosRankSum=-0.555;SC=CTCAGTGCTATGGTTCTAGTG;SOR=3.442;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=22;WE=40325572;WS=40325554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr19	40362573	rs10422312	A	G	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=7.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	40363020	rs741143	G	A	5123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=81;PP=2965;SC=GGAGCCGGGCGCCCGCCATGC;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=87;TCR=81;TR=168;WE=40363028;WS=40363010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr19	40363926	rs3746013	C	G	9068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=175;NR=136;PP=2965;SC=CGTTGGAGATCTCCAGCTGCA;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=312;TCF=176;TCR=136;TR=311;WE=40363934;WS=40363916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr19	40366362	rs3855679	G	C	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=37;NR=24;PP=1018;SC=CCACAGCCTTGAGGTCGTCTG;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=61;WE=40366370;WS=40366352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	40366603	rs3061825	G	GGC	1774.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=20;PP=990;SC=GGGGGGATGGGGCGCGGTGAG;SOR=1.105;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=22;WE=40366611;WS=40366593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	40367862	rs6508920	T	C	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.42;QD=26.24;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	40368274	.	C	A	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.916;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=6.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.62;MQRankSum=-5.299;QD=10.57;ReadPosRankSum=1.540;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
chr19	40368280	rs62106924	A	G	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=3.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.35;MQRankSum=-6.257;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=1.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,52:0.45:115
chr19	40368330	rs74540349	C	T	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.432;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.750;NR=87;PP=2100;ReadPosRankSum=0.855;SC=CGCCAGTCTTCGATGACAACC;SOR=1.256;Source=Platypus;TCR=153;WE=40368338;WS=40368320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,120:0.49:243
chr19	40368395	rs28472548	C	T	5721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=103;NR=114;PP=2965;SC=AAGAATGTCACGGTCCCCACC;SOR=0.808;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=218;TCF=104;TCR=114;TR=217;WE=40368403;WS=40368385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
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chr19	40368520	rs36079378	G	C	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=46;PP=1459;SC=AGAAGCCAGGGCCCTCGTACT;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=79;WE=40368528;WS=40368510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	40376662	rs79630345	G	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.44;MQRankSum=-3.268;QD=11.31;ReadPosRankSum=-1.207;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr19	40376880	rs75009537	T	C	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=29;PP=1000;SC=GGAGGACACTTGTCGCTGGGG;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=65;WE=40376888;WS=40376870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	40384589	rs200138312	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
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chr19	40537922	rs17654098	G	A	1991.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.92;ReadPosRankSum=-0.477;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,88:0.88:100
chr19	40590499	.	C	CT	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.340;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr19	40744697	rs3730051	T	C	7485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.293;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.301;SC=AGAGGGGCACTAGATGACACT;SOR=1.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=275;TCF=167;TCR=108;TR=259;WE=40744705;WS=40744687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:14,287:0.95:301
chr19	40839664	rs8103796	A	C	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=210;SC=TCTACCTTTGAAAATTACAGG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=40839672;WS=40839654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	40854331	rs10414431	A	T	5711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.849;SC=CCGCCCCGGAAGCATCCTCTC;SOR=0.739;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=228;TCF=138;TCR=90;TR=216;WE=40854339;WS=40854321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,231:0.97:238
chr19	40882486	rs3745200	C	G	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.285;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=7;PP=1062;ReadPosRankSum=1.992;SC=CCTCTGCATCCTGCCCCACCT;SOR=2.517;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=52;TCR=8;TR=56;WE=40882494;WS=40882476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,64:0.93:69
chr19	40886993	rs11670988	C	T	11097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=212;NR=196;PP=2965;ReadPosRankSum=1.480;SC=GAAGGTTAGCCGACTGGCCAC;SOR=0.612;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=425;TCF=221;TCR=204;TR=408;WE=40887001;WS=40886983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:19,446:0.96:465
chr19	40900179	rs139624657	TTCC	T	412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.822;QD=1.56;ReadPosRankSum=-0.829;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,28:0.11:265
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chr19	40929553	rs268686	G	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.408;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
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chr19	41010044	.	C	CT	722	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=59.49;NF=2;NR=1;PP=722;QD=248.666666667;SC=ATGCAGGTGCCGGCGGGGGGG;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=3;WE=41010054;WS=41010034;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:14,3:0.18:17
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chr19	41083854	rs140884118	TACACAC	T,TAC	1036.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.94;QD=37.03;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,12,16:0.43,0.57:28
chr19	41123093	rs59030801	A	AG	4507.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=63;PP=1773;SC=CTCTGTGACCAGGTTACGAGG;SOR=1.005;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=76;TCF=9;TCR=67;TR=72;WE=41123103;WS=41123083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	41188890	rs3833218	TG	T	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=7.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.38;ReadPosRankSum=1.934;SOR=1.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,31:0.12:252
chr19	41211056	rs3865452	T	C	1968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=19;PP=904;ReadPosRankSum=-1.023;SC=CTCAAAGATGTGCTGCAGCTG;SOR=0.819;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=58;WE=41211064;WS=41211046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,76:0.96:79
chr19	41251180	rs2369302	T	G	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=21;PP=635;SC=CTGGGAGTGGTCGTATCCAGG;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=41251188;WS=41251170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	41255500	rs2254343	C	G	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.24;ReadPosRankSum=0.569;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,103:0.96:107
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chr19	41265201	rs736625	C	T	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=4;PP=523;SC=GTGATCTGCTCGCTTTAGCCT;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=41265209;WS=41265191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	41269076	rs2305797	T	C	2822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=67;PP=1644;ReadPosRankSum=1.044;SC=TTGGGTGGTCTGGGCAGGCCC;SOR=0.631;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=37;TCR=69;TR=102;WE=41269084;WS=41269066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,113:0.97:117
chr19	41283365	rs2233159	C	G	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.61;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	41306362	rs11547373	G	A	448.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5895;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=287;ReadPosRankSum=-0.782;SC=CCTGCCCCACGCCAGGCCCGG;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=18;WE=41306370;WS=41306352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr19	41313202	rs3736329	C	A	9234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=179;PP=2965;ReadPosRankSum=0.313;SC=CTTCTGGAGACGCACCCAGGT;SOR=0.693;Source=Platypus;TCF=194;WE=41313210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:31,372:0.92:403
chr19	41316355	rs41530251	T	C	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.428;NF=15;NR=38;PP=1011;ReadPosRankSum=1.371;SC=ACAGATAACATTGGATACAGC;SOR=1.346;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=53;WE=41316363;WS=41316345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,58:0.95:61
chr19	41316370	rs11552615	T	C	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.990;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.454;NF=9;NR=32;PP=882;ReadPosRankSum=2.551;SC=TACAGCATTATCCAGTAGCCG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=41;WE=41316378;WS=41316360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,43:0.96:45
chr19	41324832	rs2545773	T	C	362.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.701;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.38;MQRankSum=-1.927;QD=21.35;ReadPosRankSum=0.242;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr19	41327313	rs2604863	C	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.19;MQRankSum=-4.133;QD=5.83;ReadPosRankSum=-3.514;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr19	41349874	rs143731390	T	A	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.84;MQRankSum=-1.202;QD=25.64;ReadPosRankSum=0.506;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,52:0.96:54
chr19	41350664	rs1809810	A	T	226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.08;QD=22.68;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	41352807	rs55805386	A	G	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.47;MQRankSum=-3.465;QD=15.82;ReadPosRankSum=1.038;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr19	41354712	rs8192725	A	G	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=25;PP=723;SC=AGGGGGCGGCAGGGGCAGGAG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=41354720;WS=41354702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	41356281	rs1137115	T	C	10279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=-0.352;NF=174;NR=189;PP=2965;ReadPosRankSum=0.396;SC=TCAAGACCATTACAGTCAGGC;SOR=0.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=371;TCF=177;TCR=194;TR=363;WE=41356289;WS=41356271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,391:0.98:401
chr19	41381647	rs12460590	A	C	5244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.746;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-1.380;NF=73;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=1.496;SC=CGTGGCAAAGACCACGTGTTT;SOR=1.214;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=209;TCF=81;TCR=128;TR=196;WE=41381655;WS=41381637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,202:0.95:213
chr19	41381771	rs12462918	T	A	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.26;QD=29.14;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	41382607	rs2316206	AG	CA	3916.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.516;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.30;MQRankSum=-1.133;QD=40.38;ReadPosRankSum=-1.287;SOR=1.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,94:0.97:97
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chr19	41382645	rs3865455	G	A	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.64;MQRankSum=-1.883;QD=37.84;ReadPosRankSum=1.051;SOR=1.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,47:0.94:50
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chr19	41386366	rs3815706	T	G	9176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.894;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-0.372;NF=187;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=1.154;SC=GCCCCCGCACTCGGGGAACCT;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=360;TCF=195;TCR=165;TR=344;WE=41386374;WS=41386356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:18,377:0.95:395
chr19	41387669	rs10425185	A	G	3588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=68;PP=2207;ReadPosRankSum=-1.136;SC=GATGGAGGCGAGTGGGAGTGG;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=134;TCF=64;TCR=70;TR=129;WE=41387677;WS=41387659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,142:0.95:150
chr19	41397806	rs8106551	C	A	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=7;PP=697;SC=TGTTTATATCCCTCTAAAATC;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=41397814;WS=41397796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	41397988	rs12609161	A	G	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-1.995;NF=49;NR=62;PP=1778;ReadPosRankSum=-0.718;SC=GGAAGCCTTGATAGACCAAGC;SOR=0.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=111;WE=41397996;WS=41397978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,120:0.98:122
chr19	41399887	rs12609982	A	G	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.10;ReadPosRankSum=-0.111;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,99:0.90:110
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chr19	41415087	rs34724660	G	A	733.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.9848;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=403;ReadPosRankSum=0.929;SC=GGTAAGGGAGGCCCCTGCTGG;SOR=0.340;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=28;WE=41415095;WS=41415077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr19	41430151	rs34418474	G	T	4183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=52;PP=2334;ReadPosRankSum=1.698;SC=AGGCTGCAGTGGGGTGCAGGG;SOR=0.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=99;TCR=55;TR=146;WE=41430159;WS=41430141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,164:0.95:172
chr19	41447136	rs148719590	C	G	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.49;QD=30.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	41497274	rs8192709	C	T	5615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=1.216;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.40;ReadPosRankSum=1.447;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,230:0.96:240
chr19	41509950	rs2279341	G	C	3470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.870;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.260;NF=71;NR=43;PP=2141;ReadPosRankSum=-1.433;SC=ACCTGGGACCGAGGCCCGTGG;SOR=0.917;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=119;TCF=73;TCR=46;TR=114;WE=41509958;WS=41509940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,132:0.96:137
chr19	41515702	rs2279345	T	C	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=9;PP=940;SC=GAAACAGAGTTAGGAAGACTA;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=45;WE=41515710;WS=41515696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	41522451	rs2291287	A	G	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.201;NF=29;NR=2;PP=735;ReadPosRankSum=-1.196;SC=TCTTATGCAAATCTGTTGCAG;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=31;WE=41522459;WS=41522442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,33:0.92:36
chr19	41531487	rs11670798	A	G	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=37;PP=1398;SC=GGGGCGTGACAGCCAGGCTGC;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=88;WE=41531495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	41531825	rs3745276	A	G	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=55;NR=29;PP=1386;SC=TTTCCCCACCAAGGCCCGGTC;SOR=1.122;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=84;WE=41531833;WS=41531815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	41531915	rs3745277	G	A	5394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.87;ReadPosRankSum=-2.055;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,219:0.97:226
chr19	41594300	rs77700984	C	T	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=9;PP=795;SC=TATAATCAACCAAAGTCCATC;SOR=2.030;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=41;WE=41594308;WS=41594290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	41700343	rs338600	C	T	3701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=42;PP=2199;SC=TGGTAGAGGGCGTAGAAGCTA;SOR=1.381;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=126;TCF=83;TCR=43;TR=125;WE=41700351;WS=41700333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	41700493	rs338599	G	C	7233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr19	41703604	.	CA	C	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=5.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=2.243;SOR=1.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr19	41704832	rs338592	A	G	2744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=58;PP=1667;SC=CTGAATGGGCATGGTGACCTG;SOR=1.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=98;WE=41704840;WS=41704822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	41709222	rs57934551	T	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=-0.699;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr19	41725271	rs10411012	A	G	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=8;PP=351;SC=TGGGAGCCCAACAACTTCTGA;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=41725279;WS=41725261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	41743861	rs7249222	A	G	16355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=304;NR=263;PP=2965;SC=TGTGCTGTCAAACGATGGGAT;SOR=0.806;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=567;TCF=304;TCR=263;TR=567;WE=41743869;WS=41743851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,613:1.00:613
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chr19	41797899	.	C	CA	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=-1.335;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr19	41811730	rs12745	T	C	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=95;PP=2293;SC=CACCCCCCACTGCACAGACCT;SOR=5.528;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=9;TCR=96;TR=104;WE=41811738;WS=41811720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	41838206	rs8179181	G	A	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=29;PP=761;SC=GGAGAGACGCGTCAGGGGCAG;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=41838214;WS=41838196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	41858921	rs1800470	G	A	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=50;PP=1683;ReadPosRankSum=0.400;SC=TAGCAGCAGCGGCAGCAGCCG;SOR=0.401;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=105;WE=41858929;WS=41858908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,113:0.97:116
chr19	41863777	rs11668109	A	C	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=17;PP=939;SC=CTCAGCCTGGACCCGGGTCCA;SOR=1.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=57;WE=41863785;WS=41863767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	41869392	rs2241714	T	C	4550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=25.86;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	41869468	rs2241713	G	C	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=31;PP=1092;SC=TGTGAGGTAAGTGTATTATCT;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=62;WE=41869476;WS=41869458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	41869487	rs3217387	C	CA	2726.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=26;PP=1648;SC=CTCCATTTGACGGGGGGGAAA;SOR=0.779;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=35;WE=41869495;WS=41869477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	41889423	rs11880674	A	T	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.30;SOR=1.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	41889429	rs7259900	A	T	3239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.38;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	41889748	rs12602	T	C	4447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=62;PP=2025;SC=TGACCCTGGCTGCCTACCTTG;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=72;TCR=62;TR=134;WE=41889756;WS=41889738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr19	41895839	.	C	CT	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.320;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr19	41897674	rs878082	G	A	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=11;PP=1033;SC=CTAGCAGTGAGGGTATATGTA;SOR=2.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=41897696;WS=41897664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	41897688	rs878083	G	A	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=16;PP=1122;SC=ATATGTATCCGCCAGGAGGGA;SOR=1.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=57;WE=41897696;WS=41897664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	41903220	rs10853751	G	A	6834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=106;NR=130;PP=2965;SC=GTCAGTATGCGTCTCCTCCTC;SOR=1.048;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=107;TCR=131;TR=236;WE=41903228;WS=41903210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr19	41903671	rs892044	A	G	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.65;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	41903675	rs892043	A	G	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.22;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	41919944	rs3213861	A	C	4401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr19	41920211	rs3213860	T	C	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=19;PP=571;SC=AAGCCAGGGTTAGGACTCTGG;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=41920219;WS=41920201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	41928336	rs284651	T	C	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=2.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	41928652	rs284652	C	T	8132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;PP=2965;SC=ACCAGCCCTTCCTCATCGAGG;SOR=1.002;SbPval=0.51;Source=Platypus;WE=41928660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr19	41928701	rs284653	C	T	14531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=154;NR=156;PP=2965;SC=CCCGTCAGCACCCCCACAGCA;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=311;TCF=154;TCR=157;TR=310;WE=41928709;WS=41928677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr19	41928724	rs284654	G	A	16025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;QD=40.16;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr19	41928765	rs284655	C	T	14684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=260;NR=243;PP=2965;SC=CAAAACATGGCCTTATCACCT;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=503;TCF=260;TCR=243;TR=503;WE=41928773;WS=41928755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,560:1.00:560
chr19	41928867	rs3217385	G	GC	16970.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=160;PP=2936;SC=ACTCCAGGGAGCCCACACTGA;SOR=0.758;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=213;TCF=44;TCR=169;TR=203;WE=41928875;WS=41928857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,508:1.00:508
chr19	41930396	rs4674	A	G	20601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=763;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.04;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,762:1.00:762
chr19	41931454	rs113478859	A	AGGCCAGGGCCGG	2794.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=11;PP=2900;SC=CCAGAGGCCCAGGCCAGGTCA;SOR=1.532;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=23;WE=41931462;WS=41931444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	41932084	rs284660	G	T	7388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=134;NR=124;PP=2965;SC=GGCTCTCCCAGGCCACTAGTG;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=134;TCR=124;TR=258;WE=41932092;WS=41932074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr19	41932120	rs284661	C	T	7520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.076;SC=CCGCCTCACCCACCGGAGACC;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=264;TCF=143;TCR=121;TR=260;WE=41932128;WS=41932110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,283:0.99:285
chr19	41932275	rs284662	T	C	5958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=107;PP=2965;SC=GAGACTTGGCTGCCACCACCT;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=209;TCF=102;TCR=107;TR=209;WE=41932283;WS=41932265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
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chr19	42219306	rs62117363	C	A	3898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.205;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=80;PP=2264;ReadPosRankSum=0.953;SC=GACTTTCTGCCCCAGAAAAAC;SOR=0.969;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=65;TCR=86;TR=139;WE=42219314;WS=42219296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,155:0.93:166
chr19	42489516	rs2217342	A	C	4079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=64;PP=1999;ReadPosRankSum=1.351;SC=GGTTGTCGTGAGTGCAGTCGG;SOR=0.228;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=73;TCR=64;TR=136;WE=42489524;WS=42489506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,157:0.99:158
chr19	42728934	.	C	G	3780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=84;PP=2304;ReadPosRankSum=-0.975;SC=CCTGGCCCACCAGGATGCCCA;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=405;TCF=214;TCR=191;TR=178;WE=42728942;WS=42728924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,191:0.44:431
chr19	42736267	rs851609	A	G	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	42793590	rs3826706	G	A	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	42799049	rs1052023	C	T	9876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=162;NR=167;PP=2965;SC=AGTTGAAGATCCGTGAGGTGC;SOR=0.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=330;TCF=163;TCR=167;TR=329;WE=42799057;WS=42799039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr19	42814708	rs138700619	C	T	15232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=284;NR=274;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.473;SC=GCCACGCCACCCCCTCCTCGG;SOR=0.572;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=584;TCF=297;TCR=287;TR=558;WE=42814716;WS=42814698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:26,597:0.96:623
chr19	43372386	rs1064491	T	C	6627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=129;NR=113;PP=2965;SC=GCTGAAACTTTTCATTAATTG;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=243;TCF=129;TCR=114;TR=242;WE=43372394;WS=43372376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr19	43406432	rs62110886	C	T	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=25;PP=1383;SC=GCACATTTTCCAATAAAAAAT;SOR=1.550;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=75;WE=43406440;WS=43406422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	43420264	rs2074856	C	T	15199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=306;NR=232;PP=2965;SC=AGGGATCATGCGGAATCACTC;SOR=0.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=540;TCF=308;TCR=232;TR=538;WE=43420272;WS=43420254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,572:1.00:572
chr19	43420451	rs3198831	G	C	13452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=219;NR=240;PP=2965;SC=ATTTGACCGTGTACTACATAT;SOR=0.834;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=463;TCF=220;TCR=243;TR=459;WE=43420459;WS=43420441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,497:1.00:497
chr19	43433570	rs2074857	A	C	4364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=63;PP=2878;SC=CAGCCTGGCTAACAGAGGAAC;SOR=0.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=90;TCR=63;TR=153;WE=43433578;WS=43433560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	43433805	rs1065178	A	G	4774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=79;PP=2881;SC=CACAGGTTAAAATCACAGCCT;SOR=0.996;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=72;TCR=79;TR=151;WE=43433813;WS=43433795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	43439793	rs7245978	G	A	8993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=146;NR=173;PP=2965;SC=TACCAGATGTGGCCAGTAAGA;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=321;TCF=146;TCR=175;TR=319;WE=43439801;WS=43439783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr19	43448156	rs55931787	G	A	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.85;QD=27.38;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	43519362	rs11083680	C	T	5529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.825;SC=TTGGAGTAATCTGAGGGATAA;SOR=0.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=125;TCR=78;TR=192;WE=43519370;WS=43519352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,218:0.95:229
chr19	43519442	rs10414166	T	C	8829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=59.97;NF=146;NR=148;PP=2965;SC=GGGTTAGAGTTTGCGAAGCAG;SOR=0.820;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=147;TCR=148;TR=294;WE=43519450;WS=43519432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr19	43530379	rs2526716	A	G	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.73;MQRankSum=-0.710;QD=24.06;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,57:0.95:60
chr19	43530390	rs2736151	C	T	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.638;NF=41;NR=17;PP=1159;ReadPosRankSum=-1.013;SC=ACCCCAGGAGCCTCTCCAGGA;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=58;WE=43530398;WS=43530377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,69:0.96:72
chr19	43530640	rs60941975	GT	G	2230.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=35;PP=1526;SC=ACTCTTCCCGGTGGAAGGAGC;SOR=1.773;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=35;WE=43530648;WS=43530630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	43690506	rs8107936	G	C	3121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=61;NR=45;PP=1858;SC=GTGAGCAGGAGCCCCTTCCAG;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=61;TCR=45;TR=106;WE=43690514;WS=43690496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	43690667	rs12610783	CT	TC	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.815;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.01;MQRankSum=-0.552;QD=41.40;ReadPosRankSum=1.926;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr19	43690678	rs12610809	G	A	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.19;MQRankSum=-0.616;QD=42.41;ReadPosRankSum=1.182;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr19	43690700	rs12609374	T	C	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.814;NF=14;NR=24;PP=626;ReadPosRankSum=-0.848;SC=GGCTCATGGGTGGGGTCAGGC;SOR=0.460;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=38;WE=43690708;WS=43690690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr19	43708926	rs11673307	G	T	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr19	43708978	rs67183694	TC	T	318.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=2;PP=45;SC=TCTGGATGTTTCTTTTTCCCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=43708986;WS=43708958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr19	43772270	rs3746296	G	T	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.821;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.380;NF=50;NR=55;PP=1735;ReadPosRankSum=0.534;SC=CTTCGGCAGTGGTGGGCGGGT;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=105;WE=43772278;WS=43772260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,128:0.96:133
chr19	43857873	rs45441892	G	C	2735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=31;PP=1556;ReadPosRankSum=-0.947;SC=GGTCATGAGCGCGGTATTACT;SOR=0.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=88;WE=43857881;WS=43857863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,103:0.97:106
chr19	43860192	rs71337594	T	G	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=27.97;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr19	43920443	rs3810375	C	G	3663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=52;PP=2153;SC=GGTTGATTATCTCCATGCCAA;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=67;TCR=52;TR=118;WE=43920451;WS=43920433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	43967692	rs2682583	T	C	5112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=3.258;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.56;ReadPosRankSum=0.627;SOR=1.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,189:0.94:200
chr19	43969757	rs2259013	A	G	3231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=84;PP=2247;ReadPosRankSum=2.315;SC=TCCCCCCTGGATGTGCCGCCT;SOR=0.578;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=113;TCF=26;TCR=87;TR=110;WE=43969765;WS=43969747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,116:0.97:119
chr19	43982467	rs2682543	A	G	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=113;SC=GAGACTGGGCACAGAAACTGG;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=43982475;WS=43982457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	43983740	rs1133929	T	C	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.78;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	43999256	.	A	G	254	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=91;MMLQ=27;MQ=53.75;NF=11;NR=3;PP=254;QD=20.6265151819;SC=TGGACTCCTGAGTCTGAGGGA;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=14;WE=43999264;WS=43999250;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr19	43999271	.	G	GA	2565	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MMLQ=27;MQ=52.46;NF=16;NR=7;PP=2565;QD=20;SC=GAGGGAGGAGGGGCTGGGGCC;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=23;WE=43999300;WS=43999261;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,23:0.79:29
chr19	43999292	.	G	GGTCTGAGGGAGGAGGAGACTCGGGGCAGGACCCCTGA	2357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.20;QD=87.32;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	43999307	.	G	GA	136	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=70;MMLQ=24;MQ=55.01;NF=11;NR=5;PP=136;QD=10.1875;SC=GAGGGAGGAGGGGCTAGGGCC;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=16;WE=43999315;WS=43999297;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:27,16:0.37:43
chr19	43999634	rs1125030	A	C	5490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.62;ReadPosRankSum=1.128;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,216:0.97:223
chr19	44001891	rs2682549	T	C	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=5.603;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.79;ReadPosRankSum=0.931;SOR=0.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,98:0.97:101
chr19	44012005	rs2599452	G	A	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=2.011;NF=12;NR=18;PP=571;ReadPosRankSum=-0.893;SC=CAGGAGTCCAGGCCCCCAGCC;SOR=0.416;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=30;WE=44012013;WS=44011995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr19	44012880	rs2682578	A	G	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.260;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.85;ReadPosRankSum=0.875;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,46:0.94:49
chr19	44047493	.	C	CGT	78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=19;MQ=57.6;NF=2;NR=1;PP=78;QD=27.0;SC=TTAAATGCATCGTGTGTGTGT;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=3;WE=44047501;WS=44047483;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr19	44047826	rs2682557	T	A	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=52;NR=60;PP=1883;SC=TCACTCATATTGTCCTCGAGC;SOR=1.131;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=52;TCR=60;TR=112;WE=44047834;WS=44047816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	44049881	rs25476	G	T	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.905;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=28;PP=1489;ReadPosRankSum=-0.589;SC=CACGGGGGCAGCAGTGACCCC;SOR=1.230;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=82;WE=44049889;WS=44049871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,90:0.96:94
chr19	44050195	rs25479	C	T	4043.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.36;ReadPosRankSum=1.414;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,163:0.98:166
chr19	44050966	rs25484	T	C	4353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.108;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.56;ReadPosRankSum=0.035;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:13,180:0.93:193
chr19	44055726	rs25487	T	C	6473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=2.427;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.96;ReadPosRankSum=1.345;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:13,269:0.95:282
chr19	44055898	rs25486	C	T	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.281;NF=33;NR=36;PP=1180;ReadPosRankSum=0.351;SC=CAAAGGGGAACGAGACAGGGG;SOR=1.003;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=69;WE=44055906;WS=44055888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,79:0.95:83
chr19	44057227	rs915927	T	C	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.175;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=381;ReadPosRankSum=0.793;SC=TAGGTCCTGCTGGGTCGCTGG;SOR=1.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=28;WE=44057235;WS=44057217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr19	44081288	rs2682585	A	G	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	44081499	rs2682586	A	G	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.79;ReadPosRankSum=0.328;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,57:0.90:63
chr19	44082945	rs304731	T	C	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=46;PP=1275;SC=GGGATCATCATGGTTCTCAAG;SOR=0.956;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=92;WE=44082953;WS=44082935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	44085827	rs11407	C	T	3726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=65;PP=2142;ReadPosRankSum=0.000;SC=AAAACCACTGCGTCTCCTTAT;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=67;TCR=67;TR=130;WE=44085835;WS=44085817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,144:0.97:148
chr19	44098903	rs304726	T	A	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=4;PP=568;SC=ACCTCCATGGTCGCACCTAGG;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=44098911;WS=44098893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	44098963	rs304725	C	G	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=16;PP=1473;SC=GCACTCACCTCCGCAGCGCTT;SOR=2.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=66;WE=44098971;WS=44098953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr19	44268730	rs145810077	TGTC	T	861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.94;QD=41.03;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr19	44274041	rs2306799	G	A	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=73;PP=1959;SC=CCTTGAACCCGCCCAACAGCC;SOR=1.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=36;TCR=73;TR=109;WE=44274049;WS=44274031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	44276370	rs3760979	A	G	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=29;PP=764;SC=ATACCCTCCCATCCCCTTCCC;SOR=1.714;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=42;WE=44276378;WS=44276360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	44278779	rs649540	T	G	8828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=1.351;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.77;ReadPosRankSum=-0.819;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,214:0.96:222
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chr19	44278781	rs563995	G	A	8828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.87;ReadPosRankSum=-0.746;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,208:0.96:216
chr19	44280837	rs514328	G	A	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	44280980	rs35773079	T	G	177.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=142;SC=CCCAGTGCGGTGGCTCACACC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=44280988;WS=44280970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	44303066	rs11547806	C	G	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.791;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=1185;ReadPosRankSum=-1.303;SC=AGCGCGTCCGCGTTCGATTGC;SOR=0.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=68;WE=44303074;WS=44303056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,78:0.94:83
chr19	44376681	rs1050054	G	T	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr19	44377669	rs12977303	G	A	5235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=83;PP=2879;SC=ATTTTCTGATGTTCTGTAAGG;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=84;TCR=83;TR=167;WE=44377677;WS=44377659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr19	44417575	rs417699	A	G	6324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=129;NR=93;PP=2965;SC=CTGATGAAGGAAAGTCCTTGT;SOR=0.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=129;TCR=93;TR=222;WE=44417583;WS=44417565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr19	44418077	rs407731	C	T	6089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=102;NR=104;PP=2965;SC=CTTACCACACCTCTCGCATTT;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=102;TCR=105;TR=206;WE=44418085;WS=44418067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr19	44418343	rs406968	C	T	5456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr19	44418544	rs425221	A	G	7784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=124;NR=132;PP=2965;SC=TACAATGAATATTAAGGTGTG;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=124;TCR=133;TR=256;WE=44418552;WS=44418534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr19	44418680	rs388685	G	C	10971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.03;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr19	44418693	rs388706	T	C	11122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=117;NR=122;PP=2965;SC=TTCTTTCCAGTGTGAACTTTC;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=239;TCF=117;TCR=122;TR=239;WE=44418701;WS=44418670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr19	44418824	rs399098	C	T	5890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=91;PP=2965;SC=CCCAACATTCCTCCCACACTC;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=102;TCR=91;TR=193;WE=44418832;WS=44418814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr19	44419030	rs420242	A	G	8372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=161;NR=136;PP=2965;SC=TCTCTCCTGCATGAGCCCTTT;SOR=0.803;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=297;TCF=161;TCR=136;TR=297;WE=44419038;WS=44419020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr19	44422982	rs423320	G	A	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=65;NR=36;PP=1707;SC=TATCTCCAAGGCTAACAGAAA;SOR=1.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=65;TCR=36;TR=101;WE=44422990;WS=44422972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	44423195	rs423752	G	A	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=29;PP=893;SC=TCATTTCATCGTCTTCAGGAC;SOR=1.199;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=50;WE=44423203;WS=44423185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	44423981	rs384329	T	C	2606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=57;PP=1761;SC=TTCAACTTTATTACAGTTAAA;SOR=1.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=29;TCR=58;TR=86;WE=44423989;WS=44423971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	44426265	rs413093	A	G	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=375;SC=AATAAGGTGTATGTAATCTTT;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=44426273;WS=44426255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	44426467	rs57712519	T	TG	994.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=13;PP=594;SC=TGTTTTGTTTTTTTTAACGTG;SOR=1.302;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=44426475;WS=44426457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	44469577	rs451601	T	G	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=23;PP=664;SC=TTGCCAAACTTCTTTCATAAC;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=44469585;WS=44469567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	44470189	rs454301	T	A	10022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=179;NR=171;PP=2965;SC=TAAACAGTCCTTCAGTGATGT;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=352;TCF=180;TCR=172;TR=350;WE=44470197;WS=44470179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr19	44470420	rs439676	T	C	7116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=141;NR=109;PP=2965;SC=ACCATTCAAATGTGGGCAATG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=251;TCF=141;TCR=110;TR=250;WE=44470428;WS=44470410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr19	44470548	rs453640	A	G	8765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=149;NR=146;PP=2965;SC=CACAGCTTCAAGAACATCAGA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=297;TCF=149;TCR=148;TR=295;WE=44470556;WS=44470538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr19	44470663	rs435590	G	C	14524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=257;NR=230;PP=2965;SC=AGGAGAAAAAGCATTCAGATG;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=489;TCF=258;TCR=231;TR=487;WE=44470671;WS=44470653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,537:1.00:537
chr19	44471209	rs365745	T	A	5130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=83;PP=2813;SC=TACTCAGAGTTCACAACTTCA;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=98;TCR=83;TR=181;WE=44471217;WS=44471199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr19	44471323	rs366111	G	A	4759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=91;SC=GAGGGTCCACGGGGGAGAGCG;SOR=0.771;Source=Platypus;TCF=92;WE=44471331;WS=44471313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	44471632	rs56887248	CT	C	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.756;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr19	44500478	rs398235	A	T	4090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=61;PP=2234;SC=TAAACAGTCCATCAGTGATGT;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=126;TCF=64;TCR=62;TR=125;WE=44500486;WS=44500468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	44500761	rs448921	G	A	12181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=223;NR=204;PP=2965;SC=AATGTTCATCGTAAATTACAC;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=429;TCF=224;TCR=205;TR=427;WE=44500769;WS=44500751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr19	44501116	rs388812	A	G	11038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=171;NR=212;PP=2965;SC=ACACAGGAGAAAAACCATATA;SOR=1.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=384;TCF=171;TCR=213;TR=383;WE=44501124;WS=44501106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr19	44501227	rs388471	A	G	6484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=113;PP=2965;SC=AAGAATGTGGAAAGGGATTTT;SOR=0.939;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=213;TCF=99;TCR=114;TR=212;WE=44501235;WS=44501217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr19	44501627	rs35292176	T	C	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=722;ReadPosRankSum=2.046;SC=TGACACATAATTGTTCATATT;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=30;WE=44501635;WS=44501617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr19	44503379	rs452554	C	T	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=20;PP=957;SC=TACATTTCATCCAGTCCTGTA;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=44503387;WS=44503369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	44503541	rs11314755	TA	T	1387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=18;PP=959;SC=AGACAGACCTTAAGAGTTCAT;SOR=1.096;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=44503549;WS=44503531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	44503569	rs7252394	G	A	587.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=342;ReadPosRankSum=0.602;SC=TTTACAAAACGAATCATGAAC;SOR=2.030;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=19;WE=44503577;WS=44503559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr19	44503607	rs7253205	T	C	225.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=93;ReadPosRankSum=-1.112;SC=CACTAGAATGTCAGTGACATG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=44503615;WS=44503597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr19	44511202	rs2356549	A	T	5183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=82;PP=2892;ReadPosRankSum=0.083;SC=TACTCAAGACACTGAAGACTC;SOR=0.593;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=102;TCR=85;TR=179;WE=44511210;WS=44511192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,206:0.96:215
chr19	44511223	rs424147	T	G	5915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=91;PP=2965;SC=CAAAAAGTAGTAGGAAAAATG;SOR=0.702;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=193;TCF=101;TCR=92;TR=192;WE=44511231;WS=44511213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr19	44511389	rs2191566	G	T	3272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=64;PP=1919;ReadPosRankSum=-0.198;SC=TGTCTCTTTTGTGTTGACTTT;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=57;TCR=68;TR=118;WE=44511397;WS=44511379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,130:0.95:137
chr19	44530390	rs8101750	T	C	2996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=51;PP=1815;SC=TACATGATCTTCACAGTGGCA;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=102;WE=44530398;WS=44530380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	44530444	rs3830527	GAC	G	1436.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.351;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=1211;ReadPosRankSum=-0.428;SC=ATGGGCGTGAGACACAGGTGG;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=27;WE=44530453;WS=44530434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,36:0.95:38
chr19	44535999	rs7258517	G	T	4592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.20;ReadPosRankSum=-1.563;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,184:0.93:198
chr19	44564401	rs12610472	T	C	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=26;PP=741;SC=AAGACTTCTTTGTCGTTGGAC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=59;WE=44564409;WS=44564391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	44564981	rs3826941	G	A	9086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=159;NR=162;PP=2965;SC=CAACCCAAAGGGAAGGGAATT;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=322;TCF=159;TCR=163;TR=321;WE=44564989;WS=44564971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr19	44565125	rs4502339	A	G	2991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=57;PP=1777;SC=CCTTCCAGCTAGTGGCCCTGC;SOR=1.274;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=98;WE=44565133;WS=44565115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
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chr19	44570551	rs4375771	G	A	3063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=43;SC=ACATCTCAGCGCTTCATATTC;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=59;TCR=43;TR=102;WE=44570559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
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chr19	44604914	rs62115526	T	C	4039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.576;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=66;PP=2767;ReadPosRankSum=-0.390;SC=CCAGGAATCATTGGTCATGAG;SOR=0.254;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=101;TCR=69;TR=162;WE=44604922;WS=44604904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,158:0.95:166
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chr19	44610798	rs4239529	A	T	6631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=1.992;SC=GATGTCTCCCACTTTGATTTT;SOR=0.277;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=113;TCR=113;TR=224;WE=44610806;WS=44610788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,245:1.00:246
chr19	44611066	rs7508149	T	C	13270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=235;NR=233;PP=2965;SC=ATGTTCATCATAAATTACACA;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=469;TCF=235;TCR=234;TR=468;WE=44611074;WS=44611056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr19	44611420	rs4508518	A	G	10592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=191;PP=2965;ReadPosRankSum=1.219;SC=ACACGGGAGAAAAGCCATATA;SOR=0.855;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=402;TCF=195;TCR=207;TR=372;WE=44611428;WS=44611410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:30,411:0.93:441
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chr19	44612231	rs3746319	A	G	3281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=60;PP=2089;ReadPosRankSum=-1.058;SC=TTCATTCTCTAAAGTGCAAGA;SOR=0.791;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=62;TCR=65;TR=117;WE=44612239;WS=44612221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,128:0.92:139
chr19	44634903	rs10413195	A	G	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=4;PP=963;SC=AACATTCCCTATATTTATTAA;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=41;WE=44634911;WS=44634893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	44662274	rs35483237	T	TA,TAA	806.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.22;ReadPosRankSum=1.485;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,33,13:0.62,0.25:53
chr19	44676148	rs2232801	G	C	3842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=44;PP=1963;SC=ACAAACGGCTGGGCATCCAGA;SOR=1.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=83;TCR=44;TR=126;WE=44676156;WS=44676138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	44677233	rs12459795	A	G	3062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=63;PP=1957;SC=CACCCTTTGTACTGCTTGCCC;SOR=1.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=32;TCR=63;TR=95;WE=44677241;WS=44677223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	44721699	rs9304640	C	T	6880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=131;NR=100;PP=2965;SC=CATTGCCTCTCGTTTCCTGCT;SOR=0.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=132;TCR=100;TR=231;WE=44721707;WS=44721689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr19	44739303	rs2279073	T	C	5472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=75;PP=2965;SC=ATGGCTCCAATCAGAAATTAC;SOR=0.913;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=111;TCR=75;TR=185;WE=44739311;WS=44739293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr19	44739399	rs2279072	T	C	4993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=74;PP=2965;SC=CGAATGTTCATACAGGAGAAA;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=92;TCR=74;TR=166;WE=44739407;WS=44739389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr19	44764064	rs1233444	A	G	4702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=61;PP=2594;ReadPosRankSum=-0.663;SC=AGGAGGGCGAAGCAGCCGTCA;SOR=0.301;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=159;TCF=98;TCR=61;TR=157;WE=44764072;WS=44764054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,175:0.99:176
chr19	44769974	rs12462723	C	T	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=12;PP=547;SC=GTACAAACACCTTTTTCAGCG;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=46;WE=44769982;WS=44769954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	44778405	rs1233428	A	C	6322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.585;SC=AGAGTTCACAAAGGAGAGAAG;SOR=0.263;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=119;TCR=93;TR=208;WE=44778413;WS=44778395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,235:1.00:236
chr19	44792701	rs2125579	T	G	7378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=119;NR=124;PP=2965;SC=GTCCTTCTCATGTGTACTACA;SOR=0.857;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=243;TCF=119;TCR=124;TR=243;WE=44792709;WS=44792691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
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chr19	44807359	rs67283809	GAT	G	226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=0;PP=255;SC=GAAATTAACAGATATATATAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=44807368;WS=44807349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr19	44833851	rs4280359	G	C	3568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=56;PP=2174;SC=CTATATGAGTGAATATATAGT;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=59;TCR=56;TR=115;WE=44833859;WS=44833841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	44840789	rs2571104	T	C	2321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.70;ReadPosRankSum=-1.184;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,91:0.97:94
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chr19	44890697	rs1836280	A	G	6108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.806;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-2.006;NF=127;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.447;SC=CACGCTCACAATGTGTGTACT;SOR=0.586;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=132;TCR=101;TR=222;WE=44890705;WS=44890687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,237:0.96:247
chr19	44890801	rs12610859	T	C	7216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.647;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-1.301;NF=124;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.342;SC=GGCCTCTCTCTTGTGTGGACT;SOR=0.320;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=129;TCR=113;TR=235;WE=44890809;WS=44890791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,265:0.98:271
chr19	44891784	rs2571089	T	C	5186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=66;PP=2965;SC=TTTCCCACAGTTGGGATGTCT;SOR=0.913;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=103;TCR=66;TR=168;WE=44891792;WS=44891774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr19	44892206	rs73557001	C	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQRankSum=-16.729;QD=0.21;ReadPosRankSum=0.576;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:419,65:0.13:484
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chr19	44892228	rs117953191	G	C	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQRankSum=-17.780;QD=2.27;ReadPosRankSum=-4.493;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:394,53:0.12:447
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chr19	44896487	rs2571123	G	C	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.95;NF=84;NR=31;PP=2278;SC=CCAGTGGTCTGATGCTCAGTT;SOR=1.686;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=84;TCR=31;TR=115;WE=44896495;WS=44896477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	44896857	rs2571122	G	A	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=343;SC=GTGTCCTTACGTGGCAGAGGG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=44896865;WS=44896847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	44898575	rs56836152	T	TA	80.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=1;PP=36;SC=TAAAGTATAATAAAAAAAAAG;SOR=1.022;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=3;WE=44898583;WS=44898565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	44898662	rs2571124	C	T	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.05;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	44901526	rs2722650	A	G	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=10;PP=242;SC=TCCTCTCACTAGATATCATCT;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=44901534;WS=44901516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	44901557	rs2722651	A	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=229;SC=TGAACAGACTAAACTCCCACC;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=44901565;WS=44901547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	44932972	rs1434579	C	T	6379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=0.068;SC=AAGCCCTTTCCGCACTCTTGG;SOR=0.514;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=226;TCF=121;TCR=105;TR=219;WE=44932980;WS=44932962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,243:0.97:250
chr19	44933947	rs12151338	G	A	4543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=84;PP=2740;ReadPosRankSum=0.264;SC=GGGTGGTTACGTATGTGCGTG;SOR=0.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=72;TCR=89;TR=153;WE=44933955;WS=44933937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,173:0.96:181
chr19	44934489	rs2571174	G	A	4166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=80;PP=2751;SC=ACTGTCCAGGGAATTCTCAAT;SOR=1.156;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=59;TCR=80;TR=139;WE=44934497;WS=44934479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	44983728	rs35167767	TG	T	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=71;ReadPosRankSum=-0.987;SC=ATTGGTGACCTGGGGAGTTGT;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=4;WE=44983736;WS=44983718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr19	45004042	rs12459496	T	C	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=3;PP=1179;ReadPosRankSum=0.424;SC=GTTCTCAAGATGTCCCCTTAC;SOR=2.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=50;TCR=3;TR=51;WE=45004050;WS=45004041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chr19	45004305	rs12977470	G	C	12346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=250;PP=2965;ReadPosRankSum=0.636;SC=GACACCAAGCGCTGCCCCACG;SOR=0.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=465;TCF=205;TCR=260;TR=446;WE=45004313;WS=45004295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:21,485:0.96:506
chr19	45015596	rs1004605	T	G	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.552;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=40;PP=1804;ReadPosRankSum=0.319;SC=TGCCATGAAATGTTTAGACAA;SOR=0.795;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=65;TCR=41;TR=102;WE=45015604;WS=45015586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,113:0.94:120
chr19	45016116	rs8100718	A	G	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.94;ReadPosRankSum=-1.156;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,89:0.94:95
chr19	45016990	rs5828200	CT	C	5597.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=59;PP=2951;SC=GACTGGGGTCCTTCTGTTGTT;SOR=0.733;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=73;TCF=14;TCR=59;TR=72;WE=45016998;WS=45016980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
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chr19	45017503	.	CTT	C	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=-0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=-0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.224;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr19	45024581	rs12982449	C	G	3884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=47;PP=2269;SC=CATAGGGCCCCGTGTCATTCC;SOR=1.240;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=92;TCR=47;TR=139;WE=45024589;WS=45024571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	45024875	rs12975863	T	C	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=46;PP=1323;SC=TCCAGGAGTGTGTGCGTGTGT;SOR=2.303;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=59;WE=45024887;WS=45024865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	45024879	rs144346131	C	CGT,CGTGT	2223.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQ=60.19;NF=0,0;NR=28,28;PP=940,199;SC=GGAGTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=28,28;WE=45024887;WS=45024865;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.22,0.77:40
chr19	45029208	rs10408247	G	A	3916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=54;PP=1865;ReadPosRankSum=-1.316;SC=ACTTTGGGTGGCATCAAGTGG;SOR=0.557;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=80;TCR=56;TR=130;WE=45029216;WS=45029198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,156:0.96:163
chr19	45033379	rs146778060	GCACACACA	G	2396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;QD=34.74;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,66:0.96:69
chr19	45121424	rs10412507	G	A	5073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=68;PP=2756;ReadPosRankSum=1.784;SC=CTGCCTTCTCGGAGCTGCCCT;SOR=0.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=100;TCR=69;TR=167;WE=45121432;WS=45121414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr19	45126994	rs846857	A	G	6820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=148;NR=91;PP=2965;SC=TTCCCTGTTTACACAGACAGC;SOR=1.125;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=148;TCR=91;TR=239;WE=45127002;WS=45126984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr19	45138648	.	TTC	T	65	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=3;NR=2;PP=65;QD=13.6;SC=ATGATTCTTATTCTCTCTCTC;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=5;WE=45138659;WS=45138638;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr19	45147518	rs5828211	C	CA	8675.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=67;PP=2973;SC=GTCTGGCTCCCGCTCCGCATC;SOR=0.925;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=12;TCR=68;TR=79;WE=45147526;WS=45147508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	45147542	rs439446	T	C	7472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=66;PP=1865;SC=GCCGGGTACTTGCCCCCTTGG;SOR=0.991;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=58;TCR=67;TR=124;WE=45147550;WS=45147532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr19	45147576	rs5828212	CG	C	3464.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=50;PP=2489;SC=ACGGCCCCGCCGCGGCGCCAC;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=8;TCR=50;TR=58;WE=45147584;WS=45147566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	45157113	rs71171278	A	AG	17096.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=157;PP=2974;SC=AATCCCGCGTACCCCAGGCCC;SOR=0.823;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=242;TCF=75;TCR=167;TR=229;WE=45157121;WS=45157103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr19	45162038	rs203710	A	G	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=38;PP=1321;SC=ACTCAGGCATATCCCGTAACG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=83;WE=45162046;WS=45162028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	45381359	.	T	A	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=10;PP=373;SC=TTCTGGTCACTCCCGCTCCCT;SOR=1.292;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=18;WE=45381367;WS=45381349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	45385759	rs3745150	G	C	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=326;SC=GGTCTAAATGGAGTAGGGAGG;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=45385767;WS=45385749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	45389224	rs283814	A	G	10107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=25.33;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr19	45404431	rs741780	T	C	3732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.42;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	45404431	.	TG	CA	989	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=0.9998;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=31;NR=36;PP=989;QD=15.5592220129;SC=TGGGGCCACTTGCTAATTCTC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=67;WE=45404440;WS=45404421;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:15,67:0.82:82
chr19	45404432	rs117264457	G	A	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.08;ReadPosRankSum=-0.188;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,77:0.92:84
chr19	45404691	rs405697	A	G	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	45409167	rs440446	C	G	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	45476422	rs204481	T	C	6884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=117;PP=2965;SC=CCGGAGGAGCTCCACGCGTCG;SOR=0.958;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=106;TCR=117;TR=223;WE=45476430;WS=45476412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr19	45477910	rs11318909	CT	C	2904.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=74;PP=2843;SC=ACTGAAGGACCTTTTCCTCCA;SOR=2.903;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=83;TCF=1;TCR=82;TR=75;WE=45477918;WS=45477900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	45488434	rs204472	A	G	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=21;PP=1025;SC=TGCAGGTGCCAGCAGGTCTCA;SOR=1.288;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=63;WE=45488442;WS=45488424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	45488567	rs204471	T	C	3951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	45489548	rs58800134	A	AG	2231.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=19;PP=1735;SC=GCTTGAGCCCAGAATTCGAGA;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=40;WE=45489556;WS=45489538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	45490636	rs204468	T	C	5248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.733;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=115;PP=2778;ReadPosRankSum=-0.420;SC=ACTTCCTGGGTGATGAGTTGT;SOR=0.337;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=209;TCF=82;TCR=127;TR=192;WE=45490644;WS=45490626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,215:0.93:231
chr19	45490702	rs150554721	C	T	3246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=67;PP=2002;ReadPosRankSum=-1.203;SC=CCGGTGTGGGCGGGACTTCCC;SOR=0.580;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=57;TCR=74;TR=120;WE=45490710;WS=45490692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,131:0.92:142
chr19	45493635	rs875255	C	G	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.709;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=21;PP=1197;ReadPosRankSum=0.032;SC=CTGGTTCCCCCCTACCCCCTG;SOR=0.284;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=72;WE=45493643;WS=45493625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,85:0.98:87
chr19	45494247	rs11405080	A	AC	9518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.04;NF=19;NR=106;PP=2936;SC=GTCTCCAGGTACCACGTATCC;SOR=0.929;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=130;TCF=19;TCR=111;TR=125;WE=45494255;WS=45494237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
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chr19	45571781	rs10445571	T	C	5289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=3.765;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=22.90;ReadPosRankSum=1.871;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,217:0.94:231
chr19	45571900	rs34337168	G	GCC	2415.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=28;PP=1440;SC=CAGCTCCGCTGCCGCTATGCT;SOR=2.024;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=32;WE=45571911;WS=45571890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	45571903	rs36097205	G	C	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=27;PP=889;SC=CTCCGCTGCCGCTATGCTGGG;SOR=2.024;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=34;WE=45571911;WS=45571890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	45593289	rs76007960	G	T	4603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=3.537;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.92;ReadPosRankSum=-0.804;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:17,193:0.92:210
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chr19	45643890	rs2041262	T	C	3598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.670;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=71;PP=1834;ReadPosRankSum=-0.555;SC=ACCGCCCACTTGGCTCCCTGA;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=127;WE=45643898;WS=45643880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr19	45645553	rs112401916	G	A	9737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.54;ReadPosRankSum=0.653;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:26,406:0.94:432
chr19	45655647	rs117934605	G	T	6897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=2.167;SC=GCCCTCGGGCGCGCCCCCGGT;SOR=0.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=252;TCF=139;TCR=113;TR=240;WE=45655655;WS=45655627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:14,268:0.95:282
chr19	45662295	rs75291769	G	A	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=27;PP=904;SC=TGATTGGGGGGAAGGCCGACA;SOR=0.950;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=53;WE=45662303;WS=45662285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	45667694	rs79323322	G	T	531.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=438;ReadPosRankSum=-0.457;SC=TGGAGTGGGTGCCTGTGCCCT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=45667702;WS=45667684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr19	45668292	rs77838861	C	T	3923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=83;PP=2516;ReadPosRankSum=-0.672;SC=AAGACAGGCCCGACTCCTGCA;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=42;TCR=86;TR=123;WE=45668300;WS=45668282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,141:0.97:145
chr19	45681560	rs7254936	T	C	7100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=151;PP=2965;SC=TCTTGCGTCATGGCGCGAGCC;SOR=1.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=103;TCR=151;TR=254;WE=45681568;WS=45681550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr19	45716678	rs346740	G	C	4560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr19	45766729	rs7255933	G	A	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=42;PP=1127;ReadPosRankSum=-0.908;SC=ACCAGGCGCAGTGGCTCACTC;SOR=1.240;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=56;WE=45766737;WS=45766719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr19	45801018	rs173179	T	C	7432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.23;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr19	45801579	rs139000043	GGGTCTGTGCGT	G	1977.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.309;NF=0;NR=30;PP=2935;ReadPosRankSum=-1.732;SC=GTGGATGTGAGGGTCTGTGCG;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=30;WE=45801597;WS=45801569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr19	45810035	rs4884	A	G	8627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.780;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.010;SC=TCATGTCGTCAATGGACTGGC;SOR=0.870;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=361;TCF=204;TCR=157;TR=334;WE=45810043;WS=45810025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:25,361:0.94:386
chr19	45815248	rs10402747	T	C	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=43;PP=1232;ReadPosRankSum=1.576;SC=GCCCAGGGTTTCCCCTGCTGC;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=66;WE=45815256;WS=45815238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,74:0.97:76
chr19	45818628	rs377993	A	G	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=7;PP=856;SC=CCCTACTTTGAAAAGCGGGGG;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=45818636;WS=45818618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	45818835	rs1133190	A	G	5745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.416;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=1.330;SC=GCACGTAGTTAGGGTCCAGGT;SOR=0.516;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=111;TCR=100;TR=204;WE=45818843;WS=45818825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,224:0.97:231
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chr19	45849690	rs12979984	G	C	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=690;ReadPosRankSum=-0.598;SC=AGAATCTGGGGGTGTCGTGCA;SOR=0.622;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=36;WE=45849698;WS=45849680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
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chr19	45852954	.	T	TGGGGTG	52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;FR=1.0000;HP=12;HapScore=4;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=61.76;NF=0;NR=2;PP=52;QD=33.0;SC=AACGTGAGGGTGGGGGGGGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=45852962;WS=45852940;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,2:0.40:5
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chr19	45855524	rs1052555	G	A	3360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.49;ReadPosRankSum=1.875;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:16,148:0.90:164
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chr19	45856468	rs238417	G	C	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.73;ReadPosRankSum=1.170;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,123:0.95:130
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chr19	45859072	rs35665496	CT	C	473.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.918;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.735;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,43:0.69:62
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chr19	45865217	rs238403	T	C	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.475;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=39;PP=805;ReadPosRankSum=-0.112;SC=TTTGTTCAGATGGAGTCTTGC;SOR=2.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=49;WE=45865225;WS=45865207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,49:0.96:51
chr19	45867259	rs1799793	C	T	2393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.928;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=37;PP=1553;ReadPosRankSum=-0.474;SC=AGCACTTCGTCGGGCAGCACG;SOR=0.392;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=90;WE=45867267;WS=45867249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,91:0.96:95
chr19	45868006	rs238405	A	T	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=15;PP=946;ReadPosRankSum=0.190;SC=GACTCACAGCAAGCAACAGAC;SOR=1.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=55;WE=45868014;WS=45867996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,60:0.95:63
chr19	45868038	rs1799786	G	A	2271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=26;PP=1348;ReadPosRankSum=0.208;SC=GACAGGAGACGGGCGGGCAGC;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=81;WE=45868046;WS=45868028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,93:0.93:100
chr19	45868309	rs238406	T	G	5532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.85;ReadPosRankSum=-0.688;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,222:0.96:232
chr19	45868478	rs238407	T	A	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=56;PP=1687;ReadPosRankSum=0.768;SC=CTTCAAACCCTGGTCTCCACA;SOR=0.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=92;WE=45868486;WS=45868468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,98:0.92:106
chr19	45872036	rs1799783	C	T	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.884;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=1070;ReadPosRankSum=-0.913;SC=GGAGCTTGTGCTCATTGGAGG;SOR=0.207;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=54;WE=45872044;WS=45872026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,59:0.97:61
chr19	45873942	rs3810366	G	C	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=60;PP=1782;ReadPosRankSum=-0.742;SC=CGCTAGGGCAGAGCCAATCGG;SOR=0.977;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=48;TCR=64;TR=105;WE=45873950;WS=45873932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,118:0.94:125
chr19	45911319	rs11314106	CA	C	1166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=7.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.98;ReadPosRankSum=1.130;SOR=0.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,67:0.92:73
chr19	45912489	rs35729377	CAAG	C	7784.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.283;NF=24;NR=76;PP=2985;ReadPosRankSum=-0.922;SC=CCACATCCACCAAGAAGAAGA;SOR=0.484;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=138;TCF=36;TCR=102;TR=100;WE=45912502;WS=45912479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,189:0.94:202
chr19	45912736	rs3212986	C	A	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=1.840;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=861;ReadPosRankSum=0.558;SC=GAAGCGGAAGCAGCAGCAGCA;SOR=1.514;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=46;WE=45912744;WS=45912723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,47:0.89:53
chr19	45913086	rs3212985	C	G	139.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	45913093	rs1007616	T	C	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	45918849	rs10401261	A	G	614.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.96;ReadPosRankSum=-1.607;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr19	45923496	rs3212955	T	C	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=944;ReadPosRankSum=0.595;SC=AGGCTTCTCATAGAACAGTCC;SOR=1.396;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=44;WE=45923504;WS=45923486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,45:0.94:48
chr19	45923653	rs11615	A	G	8157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.855;SC=CCCAGGGCACATTGCGCACGA;SOR=0.754;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=321;TCF=172;TCR=149;TR=306;WE=45923661;WS=45923643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:14,334:0.96:348
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chr19	45971961	rs2282695	C	G	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.63;ReadPosRankSum=-0.902;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
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chr19	45998346	rs2298887	C	A	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=811;ReadPosRankSum=-1.166;SC=TGCTCCCCACCACTTACCTTC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=47;WE=45998354;WS=45998336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chr19	46002766	rs45440199	G	T	3244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.266;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=56;PP=2071;ReadPosRankSum=0.456;SC=AGAGGCAAGAGTAAAGCTAGC;SOR=0.454;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=73;TCR=59;TR=123;WE=46002774;WS=46002756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,132:0.93:142
chr19	46003399	rs147723657	C	CT	413.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-0.707;QD=12.54;ReadPosRankSum=0.505;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
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chr19	46020890	rs80016077	C	T	4831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=59;PP=2820;ReadPosRankSum=-0.252;SC=AGAAGGTGACCGGCCCCTCTC;SOR=0.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=109;TCR=64;TR=162;WE=46020898;WS=46020880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,189:0.94:202
chr19	46027681	.	C	CA	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=4.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-1.310;SOR=1.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr19	46027752	rs4802260	C	T	4912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=0.032;SC=CTCAATGTGACCCCTGGAATA;SOR=0.871;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=212;TCF=134;TCR=78;TR=198;WE=46027760;WS=46027742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,196:0.94:208
chr19	46057081	rs3826860	A	G	11202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=189;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.648;SC=CGCCCAGCTCAGCTGCCGCCT;SOR=0.257;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=385;TCF=195;TCR=190;TR=384;WE=46057089;WS=46057071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,427:1.00:428
chr19	46116670	rs45507595	A	G	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=777;ReadPosRankSum=1.017;SC=GATCAAGACTACTGTCCTCCT;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=36;WE=46116678;WS=46116660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr19	46120003	rs73050347	G	A	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=38;PP=1665;ReadPosRankSum=0.306;SC=CCGCTTGGGTGTCCCAGGCCT;SOR=0.649;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=76;TCR=40;TR=109;WE=46120011;WS=46119993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,127:0.98:130
chr19	46121020	rs12985660	T	C	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=719;ReadPosRankSum=1.291;SC=GGACATTCTCTTGCCTCAGGG;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=38;WE=46121028;WS=46121010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,45:0.94:48
chr19	46125008	rs34741603	C	CT	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.591;QD=1.84;ReadPosRankSum=-0.462;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,20:0.26:76
chr19	46130191	rs1548026	T	G	747.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=716;ReadPosRankSum=1.233;SC=CGGCTGTTTGTGTTGTATGCT;SOR=0.968;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=34;WE=46130199;WS=46130181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,30:0.88:34
chr19	46136268	rs111885973	C	CT	14828.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=121;PP=2967;ReadPosRankSum=-0.514;SC=GGGGTGCCAGCTGCTTGTCCC;SOR=0.737;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=184;TCF=45;TCR=139;TR=161;WE=46136276;WS=46136258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,413:0.97:425
chr19	46136487	rs16979952	T	C	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.294;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=56;PP=1644;ReadPosRankSum=-0.120;SC=AATTGGCTGGTTGAGTTTAGT;SOR=2.207;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=13;TCR=58;TR=68;WE=46136495;WS=46136477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,77:0.96:80
chr19	46141994	rs73050371	T	C	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;ReadPosRankSum=1.752;SC=GCAGGGAAACTGAGGCCAGAG;SOR=0.475;Source=Platypus;TCF=43;WE=46142002;WS=46141984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,87:0.95:92
chr19	46144814	rs28602630	G	A	9245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.001;SC=TCTAGGTTACGACCTCGTGGC;SOR=0.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=348;TCF=201;TCR=147;TR=332;WE=46144822;WS=46144804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,364:0.97:376
chr19	46145025	rs2286756	G	T	4200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=94;PP=2768;SC=GAGCACACAGGTGGGGGCAGA;SOR=1.895;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=39;TCR=94;TR=132;WE=46145033;WS=46145015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	46180150	rs4803846	A	G	4398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=53;PP=2553;SC=GCTGGGGGAGACTGGGAGACA;SOR=1.144;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=90;TCR=54;TR=143;WE=46180158;WS=46180140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr19	46185217	rs12709891	C	A	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.60;ReadPosRankSum=1.782;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,138:0.99:139
chr19	46195051	rs61466254	G	GC	6710.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=11.445;HP=8;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=91;PP=2914;ReadPosRankSum=-1.016;SC=ATCTGCCCCTGCCCCCCCCGC;SOR=1.247;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=217;TCF=92;TCR=125;TR=153;WE=46195059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,271:0.88:308
chr19	46199106	rs34362798	CT	C	250.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=2.935;HP=15;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.624;NF=4;NR=10;PP=150;ReadPosRankSum=0.737;SC=CCACAGGGATCTTTTTTTTTT;SOR=0.191;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=14;WE=46199114;WS=46199096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr19	46204938	rs4803847	C	T	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=26;PP=1607;SC=CTGGCATTCACTCTTGTTGGG;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=65;TCR=26;TR=90;WE=46204946;WS=46204928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	46238555	rs2041975	T	C	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	46248407	rs10404220	G	A	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	46258024	rs918164	A	G	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=37;PP=1033;SC=TTTCAGTAAGATGCCACTCTG;SOR=1.394;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=64;WE=46258032;WS=46258014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	46260375	rs4802275	C	T	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.94;SOR=1.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	46265029	rs8112282	C	T	7067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=99;NR=136;PP=2965;SC=TCTCGCTGAGCGGGAACAGCA;SOR=1.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=100;TCR=137;TR=235;WE=46265037;WS=46265019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr19	46265047	rs139434566	A	ATCCAGC	5692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=45.18;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	46265069	.	A	AGCTCCC	2281	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=16;MQ=60.11;NF=4;NR=59;PP=2281;QD=36.3650793651;SC=CTCCAGCTCCAGCTCCAGCTC;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=117;TCF=10;TCR=107;TR=63;WE=46265077;WS=46265059;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:54,63:0.54:117
chr19	46269076	rs2014576	G	A	4974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.89;SOR=1.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	46269313	rs2014377	G	C	2463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=36;PP=1196;SC=CCCTGCTGCAGGGCCACACCC;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=49;TCR=36;TR=84;WE=46269321;WS=46269303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	46274171	rs635299	A	C	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=5;PP=386;SC=GCGGGTGGCAAGGGGCGGGTG;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=46274179;WS=46274161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	46274972	rs915915	A	C	9684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=172;NR=143;PP=2965;SC=ACGAGAGGGGATGCCAAGGGT;SOR=0.786;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=315;TCF=172;TCR=143;TR=315;WE=46274980;WS=46274962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr19	46276056	rs16939	C	A	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=32;PP=875;SC=AATGCTGATTCTCTGGTGGAG;SOR=2.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=46276064;WS=46276046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	46281745	rs1799894	A	G	4393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=59;PP=2798;SC=GCCATGCTGCACCCACCTGTG;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=99;TCR=59;TR=158;WE=46281753;WS=46281735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr19	46287200	rs617988	C	G	1800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	46288706	rs3760843	A	T	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=5;PP=379;SC=GAGGTCTTGTACTGAGACACT;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=46288714;WS=46288696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	46289392	rs8110017	G	C	4654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.485;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=75;PP=2854;ReadPosRankSum=-0.734;SC=GGGCCAGGGGGGGGTGCGGGT;SOR=0.586;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=90;TCR=75;TR=165;WE=46289400;WS=46289382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,173:0.99:174
chr19	46313758	rs10402263	G	C	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=17;PP=1453;SC=ACTGGATTGTGCAATGCTGTC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=68;WE=46313766;WS=46313748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	46313825	rs10407137	A	T	6056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=130;NR=75;PP=2965;SC=GCCCCCACTGACCCTGATGCC;SOR=1.224;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=207;TCF=130;TCR=77;TR=205;WE=46313833;WS=46313815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr19	46318963	rs3810331	C	A	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=44;PP=1954;SC=CTCCTGGTGACCGGGGAAGGA;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=63;TCR=44;TR=107;WE=46318971;WS=46318953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	46326200	rs12976060	A	G	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=43;PP=1299;SC=TGGGGAGCTGAGGGCAAGCTC;SOR=1.320;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=74;WE=46326208;WS=46326190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	46327185	rs7252416	G	C	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=34;PP=937;SC=TTAGGGGAGGGTCAGGTGTTG;SOR=1.342;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=53;WE=46327193;WS=46327175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	46327209	rs11284049	CT	C	1348.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=29;PP=1169;SC=GGCAGGGTGGCTTGCGGGGCA;SOR=2.012;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=29;WE=46327217;WS=46327199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	46329438	rs7246155	G	A	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=20;PP=1273;SC=GGCCCAGAGCGCGGACACAGC;SOR=1.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=65;WE=46329446;WS=46329428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	46331302	rs4239535	C	G	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=26;PP=720;SC=CAAGCCCCTGCTTATAAAGCT;SOR=2.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=46331310;WS=46331292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	46332194	rs3745929	C	T	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=16;PP=1071;SC=GGAAGCCTCTCGGGGACAGGA;SOR=2.107;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=53;WE=46332202;WS=46332184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	46333632	rs4516331	G	A	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=22;PP=646;SC=GTGGGTAAGAGGAAGGAAGAG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=46333640;WS=46333622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	46334955	rs4803866	C	T	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=30;NR=57;PP=1595;SC=CACAAAACCTCGTTTAAATCC;SOR=1.634;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=30;TCR=57;TR=87;WE=46334963;WS=46334945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	46367901	rs1363538	T	C	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	46394187	rs62111265	C	T	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.859;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.18;ReadPosRankSum=0.150;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,66:0.93:71
chr19	46404428	rs35633692	G	A	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.85;ReadPosRankSum=1.267;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,105:0.95:110
chr19	46404579	rs10423899	A	G	3977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.25;ReadPosRankSum=0.398;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,153:0.93:164
chr19	46443739	rs28742045	T	G	2706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=3.151;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.37;ReadPosRankSum=0.325;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,113:0.93:121
chr19	46443886	rs1047061	C	A	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=1219;ReadPosRankSum=-0.079;SC=CCGCGGCTGGCAGCACATCCG;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=59;WE=46443894;WS=46443876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,67:0.96:70
chr19	46498353	rs892217	C	G	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.89;ReadPosRankSum=-1.343;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,112:0.92:122
chr19	46498827	rs746401	G	A	830.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.197;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.62;ReadPosRankSum=2.346;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr19	46498835	rs55951953	C	T	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.94;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	46511548	rs2287305	T	C	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.02;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	46511617	rs9676886	C	T	122.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=30;PP=840;SC=TCATGCACCGCGGGGCCCATG;SOR=2.303;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=39;WE=46511625;WS=46511607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	46520728	rs11669048	G	C	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=15;PP=496;SC=GGCAATTGTAGCTCACGGCAG;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=46520736;WS=46520718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr19	46640551	rs1990765	C	A	10408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr19	46652396	rs138711585	TCTCTCTCTCTCC	T	777.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;QD=43.21;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr19	46733912	rs2286802	A	G	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.39;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr19	46734255	rs2286804	A	C	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=22;PP=472;SC=CCCACCCTGCAGCTGCCCTGA;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=46734263;WS=46734245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	46887007	rs1024781	G	C	6397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr19	46890222	rs7359899	G	A	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=566;ReadPosRankSum=1.488;SC=GGAAGGCACCGCAGTGGCAAG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=23;WE=46890230;WS=46890220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr19	46892111	rs759290	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=0.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,6:0.12:50
chr19	46892118	rs3815505	C	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.568;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,6:0.13:45
chr19	46893465	rs2311213	A	G	7088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=120;PP=2965;SC=GGTAAGGGGCAGGGGTAGGTT;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=121;TCR=120;TR=241;WE=46893473;WS=46893455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr19	46915702	rs35262679	C	T	10115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=191;PP=2965;ReadPosRankSum=1.624;SC=TCTTGCCCCGCCGCGGGCCCT;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=386;TCF=185;TCR=201;TR=365;WE=46915710;WS=46915692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:21,404:0.95:425
chr19	46916008	rs149839442	A	G	4511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=73;PP=2387;ReadPosRankSum=2.498;SC=AGACGCCCCCAGCCAGCCTGA;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=85;TCR=75;TR=155;WE=46916016;WS=46915998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,179:0.97:185
chr19	46997149	rs201060790	G	A	13306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.385;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=290;NR=206;PP=2965;ReadPosRankSum=1.784;SC=CCTGTCCTCCGGCTCCGACGC;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=520;TCF=301;TCR=219;TR=496;WE=46997157;WS=46997139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:24,533:0.96:557
chr19	47028898	rs3745792	C	T	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=13;PP=1193;ReadPosRankSum=-0.305;SC=CCCGGGTGCCCGGTACCTGAC;SOR=0.420;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=62;WE=47028906;WS=47028888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,68:0.96:71
chr19	47030432	rs3745795	T	C	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=54;PP=1277;SC=GAAGTCAGGCTGCCCGGGCAC;SOR=1.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=25;TCR=54;TR=79;WE=47030440;WS=47030422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	47137162	rs1005774	C	A	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=5;PP=606;SC=TCCACGTCCACCCCTACCCCC;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=47137170;WS=47137152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	47137459	rs12974613	C	T	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.30;ReadPosRankSum=-1.725;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,98:0.97:101
chr19	47177913	rs314665	A	G	14714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=289;NR=257;PP=2965;SC=CTCCCAGCGCACGTCGTCACT;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=546;TCF=289;TCR=257;TR=546;WE=47177921;WS=47177903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,575:1.00:575
chr19	47228985	rs313844	G	C	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=14;PP=419;SC=GGGCTTGAGGGCCCCTGTCTT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=47228993;WS=47228975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	47232158	.	C	T	439.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.9904;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=293;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTGCCTCAGCCGCCAGCCAGC;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=16;WE=47232166;WS=47232148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr19	47241599	rs56374620	C	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.39;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,12:0.13:91
chr19	47291174	rs3027956	G	C	4897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.37;ReadPosRankSum=-1.060;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,189:0.94:201
chr19	47543774	rs3745615	G	A	4666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=75;PP=2759;SC=TCCACGGACAGGACGCCACGA;SOR=0.884;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=75;TCR=75;TR=150;WE=47543782;WS=47543764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr19	47548327	rs10423289	A	T	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.24;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	47548678	rs889169	G	A	3081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=65;PP=1824;SC=GGGGCCTGGCGCCTCCCGGGG;SOR=1.309;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=41;TCR=66;TR=106;WE=47548686;WS=47548668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	47549155	rs889170	AT	GC	9061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.08;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr19	47549791	rs1862499	A	G	3300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=1.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr19	47575223	.	GGCATGTCTGCGT	G	10061.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.957;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=1.459;NF=13;NR=97;PP=2934;ReadPosRankSum=-0.481;SC=AGGGCCCATCGGCATGTCTGC;SOR=0.331;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=16;TCR=118;TR=110;WE=47575242;WS=47575213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,239:0.96:248
chr19	47584699	rs3745619	C	T	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=5;PP=417;SC=AGGCAGGCCACAGCACTGAGG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=47584707;WS=47584689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	47585517	rs7250850	G	C	6692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=122;NR=113;PP=2965;SC=GCTTCTTTGGGAGTTCGATGT;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=122;TCR=114;TR=235;WE=47585525;WS=47585507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr19	47585698	rs7251104	G	C	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=34;PP=1079;SC=GAAGACAGGTGTAGGAAGGGC;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=49;WE=47585706;WS=47585688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	47587772	rs2303107	G	A	4266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=81;PP=2382;SC=AGATGGGATCGGGGTTAATAA;SOR=1.281;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=53;TCR=81;TR=134;WE=47587780;WS=47587762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	47588202	rs7248181	G	T	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=10;PP=1403;SC=CAGCCCTTTGGGGGGTGGCTG;SOR=3.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=53;TCR=10;TR=63;WE=47588210;WS=47588192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	47597102	rs10408163	T	C	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=575;SC=GGGGATTAAATTAATACCTGA;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=47597110;WS=47597099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	47634313	rs177918	T	G	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=19;PP=560;SC=TTGAGGCCGCTAGGGTCTGGA;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=47634321;WS=47634303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	47700438	.	C	CA	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=1.368;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr19	47761646	rs12985905	G	C	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=55;PP=2118;SC=TTGGCTCCACGCAGCCAGCGA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=118;WE=47761654;WS=47761636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	47778054	rs34227852	G	GC	149.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=2;PP=456;SC=GCGTGACCATGCTGGCGGGGG;SOR=3.611;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=7;WE=47778062;WS=47778044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	47778101	rs35912982	T	TC	517.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=850;SC=AGCGGGGCGGTCTGCGGGGTG;SOR=5.549;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14;WE=47778109;WS=47778091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	47778221	rs10407367	A	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=59.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=-0.708;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,27:0.22:124
chr19	47823038	rs4467185	G	A	5250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=104;NR=70;PP=2965;SC=TTCCCCTTAGGACTCCTTCAA;SOR=1.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=104;TCR=70;TR=174;WE=47823046;WS=47823028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr19	47823484	rs4804049	T	C	9189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=155;NR=171;PP=2965;SC=TCCGAGGGGCTGGCTTGGCCT;SOR=0.850;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=326;TCF=155;TCR=171;TR=326;WE=47823492;WS=47823474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr19	47823871	rs11880097	G	T	9513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=190;PP=2965;SC=TGCTGCTGAAGAAGCTGGACT;SOR=0.852;Source=Platypus;TCF=190;WE=47823879;WS=47823861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr19	47876081	rs117334188	C	T	8489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.99;ReadPosRankSum=0.434;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:21,365:0.95:386
chr19	47885180	rs889167	A	G	5116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=115;NR=66;PP=2965;SC=ATTTGGGTGCAGGTAGACCTG;SOR=1.190;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=115;TCR=66;TR=181;WE=47885188;WS=47885170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	47913119	.	C	CA	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=-1.177;QD=2.51;ReadPosRankSum=-1.194;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr19	47916598	rs11673488	C	T	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.19;QD=23.21;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	47922426	rs62130535	G	A	161.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	47933190	rs142312177	A	AG	1265.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=5;PP=796;SC=GACACAGAACAGGGCAATCAA;SOR=2.362;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=19;WE=47933198;WS=47933180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	47933728	rs8104926	A	G	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=59;PP=1760;SC=CGTGTCTGCGAGGCAGAGACA;SOR=1.542;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=34;TCR=59;TR=93;WE=47933736;WS=47933718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	47935352	rs4801722	T	C	5272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	47944710	rs2254560	T	C	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=33;PP=997;SC=GTGCAGGGGGTAAGGGGGAGG;SOR=1.148;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=61;WE=47944718;WS=47944700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	47951519	rs200288891	G	T	3768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=91;PP=2650;ReadPosRankSum=0.224;SC=GGAAGAGCGGGGTGAGGGTCG;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=54;TCR=95;TR=142;WE=47951527;WS=47951509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,145:0.96:151
chr19	47980153	rs2293424	G	A	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	48182522	rs56106931	A	G	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=35;PP=1865;ReadPosRankSum=0.119;SC=GCTGTGGCCTAAGCGTAGCCC;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=68;TCR=36;TR=101;WE=48182530;WS=48182512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,110:0.97:113
chr19	48182568	rs2911005	C	T	5341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.28;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,212:0.96:220
chr19	48182787	rs4802382	C	T	2186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.893;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=35;PP=1213;ReadPosRankSum=1.321;SC=CGCTGGAGGCCGAGGCTGAGC;SOR=0.418;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=67;WE=48182795;WS=48182777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,81:0.95:85
chr19	48182946	rs2911006	T	C	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=39;PP=1759;ReadPosRankSum=-0.899;SC=AGGGCCCGCCTACCGTGCTGA;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=54;TCR=40;TR=92;WE=48182954;WS=48182936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,111:0.98:113
chr19	48183114	rs2914438	A	G	3599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.472;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=59;PP=1948;ReadPosRankSum=-0.064;SC=CGGCGGCCACACTGGGCCTGG;SOR=0.597;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=66;TCR=61;TR=122;WE=48183122;WS=48183104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,146:0.95:153
chr19	48183771	rs1035938	C	T	21991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=972;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.70;ReadPosRankSum=1.044;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:59,910:0.94:969
chr19	48184474	rs3745762	C	T	6668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.587;SC=GGGGCAGCCGCCCTCTGCCAC;SOR=0.506;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=256;TCF=141;TCR=115;TR=245;WE=48184482;WS=48184464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,270:0.97:277
chr19	48184642	rs58014830	TG	T	1635.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=39;PP=889;ReadPosRankSum=1.068;SC=CTGTGGCAGCTGGGGGGGGAA;SOR=1.091;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=42;WE=48184650;WS=48184631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,59:0.94:63
chr19	48198675	rs13346368	A	G	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5118;FS=8.796;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=1364;ReadPosRankSum=2.514;SC=CAACCTCCCGACCCTGAATGT;SOR=0.881;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=69;WE=48198683;WS=48198665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,82:0.92:89
chr19	48198817	rs2241612	T	A	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.333;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=530;ReadPosRankSum=-1.683;SC=AGGGAGACACTGGAAGACGCG;SOR=0.304;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=36;WE=48198825;WS=48198807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,42:0.82:51
chr19	48202125	rs7248050	C	G	5939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.548;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.005;SC=AGCCGCAGGTCCACGGTGCGC;SOR=0.385;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=205;TCF=113;TCR=92;TR=195;WE=48202133;WS=48202115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,208:0.95:220
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chr19	48219893	rs11550017	C	T	4283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=68;PP=2435;ReadPosRankSum=0.434;SC=TGAAGCGGGGCGGGGCACGGG;SOR=0.586;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=171;TCF=100;TCR=71;TR=162;WE=48219901;WS=48219883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,178:0.95:188
chr19	48229169	rs8111184	A	G	10678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.245;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=214;PP=2965;ReadPosRankSum=0.910;SC=ACGAGTTCTCAGAGGCCATCG;SOR=0.491;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=444;TCF=216;TCR=228;TR=420;WE=48229177;WS=48229159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:24,434:0.95:458
chr19	48239557	rs11669035	T	G	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.52;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	48239557	.	TG	GA	1722	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=33;NR=14;PP=1722;QD=37.7759122311;SC=GAGTGGGGCCTGCAGCCTGTG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=47;WE=48239566;WS=48239547;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,47:0.89:53
chr19	48239558	rs188196069	G	A	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.41;ReadPosRankSum=1.589;SOR=1.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,50:0.91:55
chr19	48244045	rs34197064	C	CT	2537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=11;PP=1341;SC=CAGCTACCCCCGAGCTTCTCC;SOR=1.284;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=48244053;WS=48244035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	48244194	rs7255434	A	G	3656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=50;PP=2262;SC=CGAAGCTGCTAGAGGCACTGG;SOR=0.854;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=70;TCR=50;TR=120;WE=48244202;WS=48244184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	48244692	rs3833256	C	CG	2642.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=52;PP=2352;SC=CCGAGTGAGCCGGCCCCCCTC;SOR=2.524;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=59;TCF=4;TCR=55;TR=55;WE=48244700;WS=48244682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	48245075	rs28384119	T	C	5797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=2.784;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.06;ReadPosRankSum=1.059;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,231:0.96:241
chr19	48245169	rs17703870	G	A	8177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.178;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.240;SC=GCAGCCCTGTGGCTGAAATGA;SOR=0.565;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=322;TCF=160;TCR=162;TR=303;WE=48245177;WS=48245159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:19,331:0.95:350
chr19	48248834	rs10404034	T	C	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	48250203	rs2334292	T	A	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.315;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.80;ReadPosRankSum=-1.074;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,93:0.91:102
chr19	48250320	rs2334293	G	C	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	48250414	rs3745756	A	G	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=202;SC=GGTCAACCTTAATATAAACAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=48250422;WS=48250404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	48253579	rs3745754	A	G	8620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=134;NR=171;PP=2965;SC=CTTCTTTCCCACCAGACTCTG;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=306;TCF=135;TCR=171;TR=305;WE=48253587;WS=48253569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr19	48254392	rs10402957	T	C	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=48;NR=60;PP=1413;SC=CACCTATGAATGGGGACAGGA;SOR=1.123;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=48;TCR=60;TR=108;WE=48254400;WS=48254382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	48255988	rs10415778	G	T	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=37;PP=958;ReadPosRankSum=-0.498;SC=TCCGCAACGGGGCTCACGGTC;SOR=0.463;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=50;WE=48255996;WS=48255978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,55:0.95:58
chr19	48258551	rs10406879	T	C	2222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	48258578	rs10405135	A	G	2512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	48258717	rs1804994	A	G	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=14;PP=422;SC=GCGCGGCGGCAGAGGCGGCGG;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=48258725;WS=48258707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	48258772	rs11083895	G	A	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=10;PP=417;SC=GAAGGCTGGGGCGGCTCAAGT;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=48258780;WS=48258762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	48258826	rs10411523	G	A	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	48260079	rs889142	T	C	2746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=47;PP=1936;SC=CAGGGCCCCTTCCAGAGTGTG;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=86;WE=48260087;WS=48260069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	48260295	rs142144226	T	TA	7288.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.756;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.417;NF=20;NR=101;PP=2975;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CGCCCTTCAATAAAAAATCTC;SOR=0.800;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=142;TCF=23;TCR=119;TR=121;WE=48260303;WS=48260285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:26,312:0.92:338
chr19	48282077	rs111841672	C	CGCAGCGG	3309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.87;QD=41.37;SOR=2.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	48282172	rs1862485	T	C	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=22;NR=37;PP=1101;SC=ATGGGAGCCCTTGTATGGGAA;SOR=1.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=59;WE=48282180;WS=48282162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	48305542	.	TGGGCCTGGGATCGGGCCTGGGTTC	T	3488.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.75;MQRankSum=1.365;QD=34.89;ReadPosRankSum=-1.585;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,91:0.91:100
chr19	48305654	rs73036913	C	T	3064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.400;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;MQRankSum=0.016;QD=22.21;ReadPosRankSum=1.107;SOR=0.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,130:0.94:138
chr19	48321645	.	C	CTCCA	1098.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5745;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.459;NF=11;NR=2;PP=813;ReadPosRankSum=-0.563;SC=CCATCCATCCCTCCATCCATC;SOR=0.968;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=13;WE=48321653;WS=48321639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,27:0.93:29
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chr19	48389425	rs11083907	A	G	6920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=123;NR=128;PP=2965;SC=CCCTTATCACAAACTCATCAC;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=252;TCF=123;TCR=129;TR=251;WE=48389433;WS=48389415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
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chr19	48479854	rs10404937	C	A	481.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.90;ReadPosRankSum=-2.495;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,19:0.86:22
chr19	48495128	rs11671612	T	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.58;QD=28.29;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr19	48522894	rs2115100	C	G	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=266;SC=TGGGATAAAGCGTGGCACAGT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=48522902;WS=48522884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	48523197	rs2303691	C	A	613.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5417;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=430;ReadPosRankSum=-0.053;SC=GCTCAACAAACACCTCCTGAA;SOR=0.643;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=19;WE=48523205;WS=48523187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr19	48525507	rs2303690	G	A	4674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=1.386;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.10;ReadPosRankSum=-1.517;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,186:0.96:194
chr19	48537777	.	G	GT	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.105;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.978;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr19	48543774	rs8102084	C	G	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=0;PP=263;SC=TCTCCACCCCCAACTCTACTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=48543782;WS=48543770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	48543862	rs8105198	G	A	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=22;PP=990;SC=CTGGACTCACGGTTCATGCGG;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=61;WE=48543870;WS=48543852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	48544753	rs3745745	G	A	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=17;PP=815;SC=GAATTTATACGGAAATGCACA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=48544761;WS=48544743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	48551546	rs9226	A	T	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=11;PP=484;SC=CCAGGTGGACATCAGGGCCCT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=48551554;WS=48551536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	48558003	rs744399	A	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=290;SC=GAGGCCTCTCAATCCATGCTG;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=48558011;WS=48557993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	48558342	rs3217328	TCTCCAGAAGACCC	T	370.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=2967;SC=TTGCAAGACCTCTCCAGAAGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8;WE=48558362;WS=48558332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	48581253	rs1019785	C	G	163.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=128;SC=TCTGTGCTCGCTGACCTCATG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=48581261;WS=48581243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	48598916	rs156632	A	G	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=34;PP=1003;SC=GGAATGTAGCAGGTATGCAGG;SOR=1.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=55;WE=48598924;WS=48598906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	48608598	rs2307279	C	G	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=24;PP=1312;ReadPosRankSum=-0.037;SC=ACCTCATCAGCCTCAATCCTT;SOR=1.107;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=74;WE=48608606;WS=48608588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,84:0.97:87
chr19	48608891	rs1653555	T	C	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=15;PP=419;SC=GTGAATGCATTGAATGCCAGT;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=48608899;WS=48608881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	48609715	rs380359	C	T	3195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.21;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,128:0.97:132
chr19	48613544	rs251696	C	A	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=51;SC=CGGAGCTTGCCGTGAGCCGAG;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=48613552;WS=48613534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	48613602	rs138934663	CA	C	246.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=66;SC=GATGCTGTCTCAAAAAAAAAT;SOR=1.179;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=48613610;WS=48613592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	48613788	.	T	TGCTCCGGAATCCGGTGCGGAGGCTTGGGCTCCGGAATCCGGTGCGGAGGCTTGG	1242.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=88.77;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	48621036	rs13436	C	G	4033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=2.170;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.05;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,158:0.98:161
chr19	48622427	rs20581	A	G	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=21;PP=811;ReadPosRankSum=-1.196;SC=CCAGCTCCTCATCACTGAAGC;SOR=0.625;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=57;WE=48622435;WS=48622417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,72:0.94:77
chr19	48622483	rs156647	A	G	2658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=32;PP=1258;ReadPosRankSum=-0.618;SC=AGGCTCAGCCAGCCACAGGCC;SOR=0.723;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=63;TCR=34;TR=90;WE=48622491;WS=48622473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,112:0.93:121
chr19	48622545	rs274883	A	G	3032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=3.753;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.15;ReadPosRankSum=-1.254;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,125:0.95:131
chr19	48624625	rs153023	C	T	4329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.994;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=105;PP=2906;ReadPosRankSum=0.079;SC=GCGCCCAAGGCGGGGCCCTCA;SOR=1.412;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=180;TCF=71;TCR=109;TR=171;WE=48624633;WS=48624615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,172:0.95:182
chr19	48626604	rs3731007	G	A	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.756;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=42;PP=1243;ReadPosRankSum=-0.478;SC=GAAGAGAGATGAGACATCTTT;SOR=0.060;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=87;TCF=42;TCR=45;TR=84;WE=48626612;WS=48626594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,101:0.96:105
chr19	48630700	rs61230848	GCC	G	1961.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.337;NF=3;NR=31;PP=1302;ReadPosRankSum=1.717;SC=TCTCCCTCTCGCCCCACCTAA;SOR=1.189;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=34;WE=48630709;WS=48630690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,47:0.94:50
chr19	48634319	rs392891	T	A	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.659;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=20;PP=1263;ReadPosRankSum=0.457;SC=TGCAAGTGTGTGGCAGACGCC;SOR=0.302;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=56;TCR=21;TR=72;WE=48634327;WS=48634309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,78:0.92:85
chr19	48640234	rs2288880	C	G	5013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=80;PP=2855;ReadPosRankSum=0.640;SC=CTGCAGTCCCCCTCTGTAGCC;SOR=0.569;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=105;TCR=82;TR=180;WE=48640242;WS=48640224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,203:0.96:212
chr19	48643124	rs2304136	T	C	3246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.36;ReadPosRankSum=-1.135;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,128:0.92:139
chr19	48646883	rs2288878	T	C	5138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=25.07;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,200:0.98:205
chr19	48646993	rs415465	C	T	5924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=109;PP=2965;SC=CCCAGGGCTGCCTCTCTGTCC;SOR=0.907;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=95;TCR=110;TR=204;WE=48647001;WS=48646983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr19	48668966	rs143468290	G	GA	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.766;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,17:0.19:88
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chr19	48707583	rs1965758	G	A	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.15;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	48709635	rs8110489	G	A	5516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=109;NR=75;PP=2889;SC=TTCAGGAAGCGCCTACCGTAT;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=109;TCR=76;TR=184;WE=48709643;WS=48709625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr19	48715153	rs3745718	T	C	5375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.01;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	48715269	rs2008521	T	C	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=41;PP=1202;SC=TTGAGAATCGTTCACTTACAG;SOR=2.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=53;WE=48715277;WS=48715259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	48722180	rs10500299	C	T	5732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.30;ReadPosRankSum=1.239;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,232:0.94:246
chr19	48734018	rs2304134	G	A	5949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.171;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=1.363;SC=CACAGCCTCCGCTCACCCCAC;SOR=0.633;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=119;TCR=103;TR=212;WE=48734026;WS=48734008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,230:0.95:241
chr19	48735287	rs4802448	A	G	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.94;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr19	48737706	rs2043211	A	T	4914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.70;ReadPosRankSum=-1.503;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,193:0.97:199
chr19	48744345	rs16981853	T	C	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.304;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=35;PP=972;ReadPosRankSum=0.887;SC=GGAGGTTGTATTTAGGTACTT;SOR=2.540;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=46;WE=48744353;WS=48744335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,51:0.93:55
chr19	48788904	rs140236127	GGAAAGAAA	G	1963.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.44;MQRankSum=0.313;QD=40.91;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=2.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr19	48848702	.	C	CATTTATTTATTTATTT	836.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=2793;SC=CAGATACTTTCATTTATTTAT;SOR=3.716;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=6;WE=48848710;WS=48848692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	48863386	rs438767	C	T	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	48876661	rs2569713	A	G	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.690;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=10;PP=1267;ReadPosRankSum=-0.630;SC=AAAGAGGGAGAGGTCCAGACG;SOR=2.658;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=54;TCR=11;TR=61;WE=48876669;WS=48876651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,63:0.94:67
chr19	48893675	rs276701	C	T	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.585;NF=37;NR=32;PP=1129;ReadPosRankSum=3.553;SC=GGGGTGGAGCCTCTACCTTCA;SOR=0.768;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=69;WE=48893683;WS=48893665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,81:0.95:85
chr19	48908631	rs34833452	AG	A	3769.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.494;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.423;NF=4;NR=65;PP=2213;ReadPosRankSum=-0.160;SC=CTGGAATGGGAGGGGTGTGGG;SOR=1.026;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=75;TCF=5;TCR=70;TR=69;WE=48908643;WS=48908621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,117:0.98:120
chr19	48945880	rs62130268	T	C	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=25;PP=602;SC=GCTGCAGCGCTGAGGCCGCCC;SOR=1.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=41;WE=48945888;WS=48945870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	48946325	rs111420822	T	C	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=7;PP=200;SC=ACTCTGCCGCTTGGCCTTCGA;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=48946333;WS=48946315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	48946405	rs112893228	A	G	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=6;PP=542;SC=TGCTGGGGCCAGGCGCGGGCG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=48946413;WS=48946395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	48949286	rs1643487	G	T	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=12;PP=643;SC=AGGGTCGGCGGCGCACGTGTG;SOR=1.236;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=48949294;WS=48949276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	48949766	rs929743	C	G	4649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;SC=ACAGGTAAGACCCGAGGCTTT;SOR=0.922;Source=Platypus;TCF=74;WE=48949774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr19	48954571	rs1799274	A	T	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=31;PP=871;SC=TCCTCCTTGAATAGTTTTACA;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=48954579;WS=48954561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	48977019	rs1799258	C	T	3867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=41;PP=2641;SC=ATTGGTGAGACTGGATCATGT;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=96;TCR=41;TR=137;WE=48977027;WS=48977009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr19	49079246	rs2544794	C	T	8297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.734;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:27,347:0.93:374
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chr19	49090348	rs10424655	A	G	1148.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.48;MQRankSum=-0.283;QD=37.06;ReadPosRankSum=1.579;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
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chr19	49102399	rs1132054	C	T	2880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=29;PP=1497;SC=CAGGGGTCTGCGGCGACTGGA;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=92;WE=49102407;WS=49102389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	49104308	rs1236093	C	T	2535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=30;PP=1651;SC=GGCTCTGAGCCGACAGTTGTC;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=86;WE=49104316;WS=49104298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	49116134	rs2617800	T	G	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=15;PP=1123;SC=CCCAGTCTGGTGAATGGACAC;SOR=1.835;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=51;WE=49116142;WS=49116124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	49141406	rs137896889	AAGAC	A	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.81;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	49141532	rs3848543	T	C	130.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=10;PP=299;SC=CAGAATGTACTAGGTCGAGAA;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=14;WE=49141540;WS=49141522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	49143025	rs2303147	T	C	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=33;PP=1114;SC=TCCCTCCCTCTGAATCTCGCC;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=63;WE=49143033;WS=49143015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	49148781	rs10426317	C	T	7771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr19	49164952	rs281392	A	G	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=47;PP=1594;SC=CCGGCCTGGGACTGGGTGTGG;SOR=0.921;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=93;WE=49164960;WS=49164942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	49166875	rs371690	G	A	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=33;PP=937;SC=CCATCCCTCCGTTCCATCTTG;SOR=1.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=49166883;WS=49166865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	49168182	rs373002	T	C	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=8;PP=249;SC=ATTATCTTTTTTTTTTGAGAC;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=49168190;WS=49168172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	49183705	rs3826846	G	A	5593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=107;PP=2965;SC=CGCTGTGTCCGCCTCACGGGC;SOR=0.702;Source=Platypus;TCF=107;WE=49183713;WS=49183695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr19	49206108	rs679574	C	G	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=7;PP=1335;SC=AGTAGAAGCACACACACACCC;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=52;WE=49206116;WS=49206098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	49206145	rs516316	G	C	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=33;PP=2091;SC=CCACCGCATGGCCACGTTCAC;SOR=1.524;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=70;TCR=34;TR=103;WE=49206153;WS=49206135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	49206172	rs516246	C	T	5039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=1.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr19	49206417	rs492602	A	G	4207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=74;SC=CGATCAATGCAATAGGCCGCC;SOR=0.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=71;TCR=74;TR=145;WE=49206425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	49206462	rs681343	C	T	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=57;PP=2503;SC=CCACACTGTACGCCCTGGCCA;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=69;TCR=57;TR=126;WE=49206470;WS=49206452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	49206674	rs601338	G	A	6437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=115;NR=101;PP=2965;SC=CCCTGCTCCTGGACCTTCTAC;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=217;TCF=115;TCR=102;TR=216;WE=49206682;WS=49206664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr19	49206985	rs602662	G	A	8846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=138;PP=2965;SC=CACCTCCCACGGTGATGTGGT;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=296;TCF=157;TCR=139;TR=295;WE=49206993;WS=49206975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr19	49207206	rs485186	A	G	9469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=139;NR=186;PP=2965;SC=CGGAGTGGACAGGGATTGCCG;SOR=1.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=325;TCF=139;TCR=186;TR=325;WE=49207214;WS=49207196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr19	49207255	rs485073	A	G	4780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.27;ReadPosRankSum=-1.261;SOR=1.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,180:0.99:182
chr19	49207255	.	ATT	GTC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=56;NR=102;PP=2947;QD=20;SC=ATGCTGGCCCATTCTTTGAGA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=59;TCR=106;TR=158;WE=49207265;WS=49207245;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,158:0.96:165
chr19	49207257	rs603985	T	C	7974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.55;SOR=1.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr19	49216926	rs281384	A	G	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=30;PP=2123;SC=GCAGGAGTCCAGAACCTCAGC;SOR=1.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=82;TCR=30;TR=112;WE=49216934;WS=49216916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	49217261	rs281385	A	G	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=22;PP=686;SC=TATCCGCGGCACGTGGAAGAG;SOR=1.552;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=49217269;WS=49217251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	49217520	rs281387	T	C	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=12;PP=803;SC=TTCCTACCGCTGGTCCTCGCC;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=42;WE=49217528;WS=49217510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	49217605	rs281388	T	G	2937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	49218060	rs35866622	C	T	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	49218111	rs33988101	G	T	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	49218430	rs12978750	A	G	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.28;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	49218437	rs12978752	A	C	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.86;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	49218602	rs12979278	C	T	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=35;PP=1328;SC=CTTGGGGGTCCGCCCTGGATC;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=49;TCR=35;TR=84;WE=49218610;WS=49218592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	49228272	rs2287921	T	C	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=33;PP=1056;SC=CCAGGAAGCTTCAGGGTAATA;SOR=1.355;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=55;WE=49228280;WS=49228262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr19	49299533	rs557106	A	G	5575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=83;PP=2965;SC=AGAGCAGCACAGAAAGCCCAC;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=110;TCR=84;TR=193;WE=49299541;WS=49299523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr19	49300605	rs526744	T	C	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=40;PP=1269;SC=TGGAGGGCAGTCTGGTTGGGT;SOR=1.136;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=69;WE=49300613;WS=49300595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	49336014	.	GT	G	1102.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.32;ReadPosRankSum=-1.121;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,67:0.87:77
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chr19	49401205	rs60572211	C	CTTAT	1434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.369;NF=0;NR=23;PP=1221;ReadPosRankSum=-1.344;SC=AATCTTTAGCCTTATTTATTT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=0;TCR=55;TR=23;WE=49401213;WS=49401195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr19	49416936	rs746075	C	T	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=340;SC=GGCCCAAGAGCCAAGCCTATG;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=49416944;WS=49416926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	49421829	rs2287834	A	G	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=25;PP=1888;ReadPosRankSum=-1.033;SC=CTAGTGGGGTACTAAAGCCTG;SOR=0.992;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=73;TCR=26;TR=95;WE=49421837;WS=49421819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,109:0.95:115
chr19	49421966	rs2287836	T	C	9446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.855;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.056;SC=GATACCTTGCTATCCTCTTCC;SOR=0.577;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=364;TCF=194;TCR=170;TR=344;WE=49421974;WS=49421956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:20,371:0.95:391
chr19	49424354	rs12979307	C	T	1156.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.36;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,55:0.87:63
chr19	49424381	rs12979328	C	A	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.632;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=26;PP=1181;ReadPosRankSum=-0.663;SC=TGGACCTGTGCCCCTGATGGC;SOR=1.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=73;WE=49424389;WS=49424371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,79:0.93:85
chr19	49424925	rs11671777	C	T	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=988;ReadPosRankSum=-1.269;SC=TTATTAAGCCCGACTGTCAAT;SOR=1.213;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=56;WE=49424933;WS=49424915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,59:0.92:64
chr19	49425772	rs1532704	T	C	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=35;PP=786;SC=CCCTGGGGGCTGGTGTCATGT;SOR=2.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=49425780;WS=49425762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	49459104	rs1805419	A	G	2462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=56;PP=1676;SC=TGGGCCCCTGAGGACCCAGAA;SOR=1.408;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=88;WE=49459112;WS=49459094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	49464097	rs375291870	A	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=1.381;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,22:0.18:122
chr19	49464971	rs704243	G	A	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	49529379	rs7255292	T	C	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=166;SC=TCAGAGCACATGGAGACAGGG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=49529387;WS=49529369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	49605530	rs10419811	A	G	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=65;PP=1851;SC=CCCTCCTCCCACCCCAGTCGC;SOR=6.091;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=68;TCF=3;TCR=65;TR=67;WE=49605538;WS=49605520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	49611319	rs1058882	C	T	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=25;PP=1148;SC=AGCTGCGTGGCGGCGGTGGCG;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=60;WE=49611327;WS=49611309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	49617787	rs35767922	C	T	129.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.54;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	49617889	rs35234762	G	T	154.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	49617901	rs35903102	A	C	155.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.26;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	49618266	.	GTCC	G	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=2.216;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,14:0.10:143
chr19	49618457	rs1009212	C	T	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=17;PP=1127;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GAGGCCTGAACTCCTGCGTCT;SOR=0.510;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=46;WE=49618465;WS=49618447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr19	49618681	rs5828374	CATG	C	5476.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.948;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.235;NF=14;NR=107;PP=2970;ReadPosRankSum=0.587;SC=TTTCCTCCCTCATGATTTTTG;SOR=0.866;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=131;TCF=14;TCR=117;TR=121;WE=49618691;WS=49618671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,233:0.93:250
chr19	49618778	rs1009213	A	G	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.761;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=901;ReadPosRankSum=0.067;SC=GCAACTGCAAATGGAAACAGT;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=48;WE=49618786;WS=49618768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,52:0.95:55
chr19	49621355	rs1009214	C	A	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=791;ReadPosRankSum=0.928;SC=GCCAGTGCTTCCTGGATCTTC;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=41;WE=49621363;WS=49621345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,46:0.96:48
chr19	49621592	rs1060967	G	C	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=46;PP=1975;ReadPosRankSum=-1.055;SC=CGGGTCCCTTGTCCACCCCCC;SOR=0.606;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=122;TCF=74;TCR=48;TR=113;WE=49621604;WS=49621582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,121:0.92:131
chr19	49621964	rs2232003	T	C	8586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=3.351;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.94;ReadPosRankSum=-0.659;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,330:1.00:331
chr19	49632079	rs4802565	C	A	16894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.37;ReadPosRankSum=1.191;SOR=0.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,663:1.00:666
chr19	49632309	rs4802566	T	C	3041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=60;PP=2032;SC=AATGGAAACCTATAGTTGACT;SOR=1.322;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=101;WE=49632317;WS=49632299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
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chr19	49639948	rs2303052	A	G	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=12;PP=516;SC=GCCCCCAGCCACCTAATGTCC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=49639956;WS=49639938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr19	49644840	rs112961847	C	CGTGT	3290.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=37;PP=2028;SC=TGTGTGTGTGCGTGTATGTGT;SOR=1.874;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=40;WE=49644848;WS=49644826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	49644858	rs147872140	A	AGT	1216.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.641;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=30;PP=1217;ReadPosRankSum=-0.807;SC=TGTGTGTATGAGTGTGTGTGT;SOR=2.368;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=49644866;WS=49644848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr19	49645176	rs10417260	C	G	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=23;PP=1464;SC=TTCATAAAAGCTGCGTGTGCG;SOR=1.354;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=53;TCR=23;TR=76;WE=49645184;WS=49645166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	49645194	rs113859565	A	ATG	3037.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.9993;FS=1.311;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.558;NF=25;NR=30;PP=2550;ReadPosRankSum=2.219;SC=GCGTATGTGCATGTGTGTGTG;SOR=0.973;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=55;WE=49645214;WS=49645184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,125:0.93:134
chr19	49646006	rs4545921	A	G	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=11;PP=742;SC=CATCTCTCCGATTTTCTCCTC;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=28;WE=49646014;WS=49646004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	49649031	rs117778189	A	C	3668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.583;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=36;PP=2193;ReadPosRankSum=-0.537;SC=ATTGCCTGGTACATGGCAGGT;SOR=0.242;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=86;TCR=37;TR=119;WE=49649039;WS=49649021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,134:0.98:137
chr19	49649051	rs3764625	T	G	5169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=52;PP=2965;SC=TGCCCTATAATAAGAATCATT;SOR=1.597;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=112;TCR=52;TR=164;WE=49649059;WS=49649041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr19	49649498	rs10421292	C	T	3023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=49;PP=1488;SC=CTGTGCACGACGCATGGATGC;SOR=1.028;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=91;WE=49649506;WS=49649488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	49651790	rs4802576	G	A	173.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=139;SC=TCCTGAGGGGGTCAACAGTCA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=49651798;WS=49651780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	49652128	rs112505587	GT	G	2891.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=25;PP=2300;SC=CACCATAACCGTGGGGGTGGA;SOR=1.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=52;WE=49652138;WS=49652118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	49652130	rs116573491	G	A	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=44;NR=25;PP=1370;SC=CCATAACCGTGGGGGTGGAGC;SOR=1.793;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=69;WE=49652138;WS=49652118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	49654421	rs2278004	C	T	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=23;NR=12;PP=615;SC=CCCCGATGCCCTGAGATTCCC;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=49654429;WS=49654411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	49655174	rs1423520	A	T	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	49657710	rs66501117	ACAT	A	4333.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.579;QD=24.62;ReadPosRankSum=0.577;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,169:0.96:176
chr19	49657889	rs147238387	T	TTCC	4660.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.412;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.919;NF=12;NR=50;PP=2691;ReadPosRankSum=-1.296;SC=AGGCCTCCTCTTCCTCCTCCT;SOR=0.383;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=116;TCF=21;TCR=95;TR=62;WE=49657899;WS=49657879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,122:0.89:137
chr19	49658209	rs3745297	A	C	9895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=3.056;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.77;ReadPosRankSum=1.271;SOR=0.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,383:1.00:384
chr19	49658367	rs3745298	C	T	6302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=105;NR=120;PP=2965;SC=GACTCCAGTGCTGTTGTTCCG;SOR=0.980;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=226;TCF=106;TCR=120;TR=225;WE=49658375;WS=49658357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr19	49658390	rs3745299	T	C	5444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=99;PP=2965;SC=TTCTGAAGCCTAGCCCATCCC;SOR=1.029;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=83;TCR=99;TR=182;WE=49658398;WS=49658380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr19	49661582	rs3760664	T	C	5206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=106;PP=2965;SC=CCGCGGATGGTCACGCCCCAG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=74;TCR=106;TR=180;WE=49661590;WS=49661572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr19	49671030	.	CA	TC	597	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=47;MMLQ=27;MQ=41.44;NF=14;NR=2;PP=597;QD=40.6542421789;SC=TCTCTGTCCCCATCTCTCTGG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=16;WE=49671042;WS=49671018;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr19	49671442	rs35449031	A	AGT	1859.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=1343;ReadPosRankSum=-0.608;SC=CCCGCCGCCCAGTGTGTGTGT;SOR=0.981;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=28;WE=49671450;WS=49671432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chr19	49674495	rs1477363	C	A	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=33;PP=1263;ReadPosRankSum=1.505;SC=TCCAATGAGCCTCTGAACAGA;SOR=0.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=59;TCR=35;TR=87;WE=49674503;WS=49674485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,90:0.93:97
chr19	49684787	rs35727661	C	CTT	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=4.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr19	49685708	rs371907605	CCCATCCATCCATCCAT	C	3146.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.17;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr19	49691822	rs909010	T	C	6052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.91;ReadPosRankSum=-1.044;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,235:0.97:243
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chr19	49839015	rs354021	T	C	9439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
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chr19	49878115	rs1054770	G	A	6221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=129;NR=91;PP=2965;SC=CCTGGAGGGCGGCCACTGGCT;SOR=0.948;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=129;TCR=91;TR=220;WE=49878123;WS=49878105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr19	49878196	rs2288481	G	A	10099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
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chr19	49894028	rs57104627	T	C	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=44.31;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
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chr19	49894217	rs7256984	G	T	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.24;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	49899076	rs10405154	G	A	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=9;PP=309;SC=CTGACCTCCCGGCAACTGCCA;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=49899084;WS=49899066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	49900877	rs9304688	A	G	3022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=43;PP=1562;SC=GTTCCAGGGAAGCCAACATTC;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=55;TCR=43;TR=98;WE=49900885;WS=49900867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	49901125	rs12977735	C	T	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=10;PP=749;SC=GAGTCTCTCTCCTGTTTATCT;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=49901133;WS=49901115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	49901318	rs10421748	T	C	3975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr19	49901484	rs12980364	T	C	240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=5;PP=153;SC=CCCATGCTCGTGTCTGCATCC;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=49901492;WS=49901474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	49902990	rs9807898	A	C	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=18;PP=492;SC=GAGGCCACCTACATAAGAGTG;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=49902998;WS=49902980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	49903008	rs8110789	G	C	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=14;PP=388;SC=GTGGACCAGTGCCTCCCTTCT;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=49903016;WS=49902998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	49925667	rs12974629	T	G	4279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=92;NR=61;PP=2554;SC=GCGCAGGAACTAGGCGCAGTC;SOR=1.099;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=93;TCR=62;TR=153;WE=49925675;WS=49925657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr19	49926530	.	CCAG	C	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=1.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=1.456;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,22:0.10:217
chr19	49935927	rs5828394	A	AG	2265.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=34;PP=1635;SC=ACAGGTGTACAGGGACACTAG;SOR=1.385;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=39;WE=49935935;WS=49935917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	49944730	rs58045148	CA	C	2753.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=61;PP=2659;SC=TCCCGGGGTCCAGCCCCGGCC;SOR=4.468;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=0;TCR=64;TR=61;WE=49944738;WS=49944720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	49949589	rs1043263	A	T	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=1.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	49950298	rs13394	C	T	8148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=127;NR=155;PP=2965;SC=GGGAGGTCAACTTCGGCCAAG;SOR=1.055;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=129;TCR=155;TR=282;WE=49950306;WS=49950288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr19	49950356	rs12443	C	G	3027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=60;PP=1840;SC=GCTTTTCAGGCCTGAGGAGGA;SOR=1.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=35;TCR=61;TR=95;WE=49950364;WS=49950346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	49953051	rs61447252	CTTTTT	C	632.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;QD=37.22;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr19	49954282	rs68029391	CTT	C	164.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.738;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr19	49954356	rs6509432	G	A	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.47;QD=26.47;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	49954803	rs2293013	C	T	12748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.58;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr19	49954807	rs2293012	T	G	12685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.51;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr19	49955016	rs2293011	G	T	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=49;PP=1414;SC=TCAAATCCGTGGGGAATATGT;SOR=1.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=76;WE=49955024;WS=49955006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	49956460	rs11267495	GTAGCCCCACCCCATTCCCAT	G	1940.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=10;PP=2957;SC=TCTGTATCTTGTAGCCCCACC;SOR=2.461;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=21;WE=49956487;WS=49956450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	49956690	rs3760670	C	T	4290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=79;PP=2503;SC=TGAGAGTCTGCCCGGCCGGCG;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=70;TCR=79;TR=149;WE=49956698;WS=49956680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr19	49963971	rs35639941	A	AT	299.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr19	49964977	rs1320303	C	G	5017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr19	49965131	rs76844851	GG	AC	3691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=37;PP=2829;SC=GAACTGGGGGGGGTCCCTAGG;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=77;WE=49965140;WS=49965121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	49965173	rs7259560	A	T	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=32;PP=1279;SC=GCCTGGCGGGAGAGTGTGCGG;SOR=0.779;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=69;WE=49965181;WS=49965163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	49967680	rs2293009	G	A	10326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=199;NR=147;PP=2965;SC=ACAGGCTCCAGGTGGGCACTG;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=347;TCF=199;TCR=148;TR=346;WE=49967688;WS=49967670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr19	49969310	rs2914668	A	G	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=10;PP=370;SC=CCAGGATGCCAACCCCCACTG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=49969318;WS=49969300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	49971596	rs11879863	C	T	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=19;PP=1279;ReadPosRankSum=-0.504;SC=TTACTGCGGGCGGGGCTCCCC;SOR=1.291;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=55;TCR=20;TR=71;WE=49971604;WS=49971586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,77:0.96:80
chr19	49973784	rs1055637	A	G	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=3;PP=77;SC=TGCACCCCACAGACACCTGGG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=49973792;WS=49973774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	50028163	rs1132990	A	G	14614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=271;NR=267;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.049;SC=CTTGAACCTCACGCCTGTCAG;SOR=0.500;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=565;TCF=284;TCR=281;TR=538;WE=50028171;WS=50028153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:25,588:0.96:613
chr19	50028306	rs71724821	CCTGCTG	C	4384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.601;NF=3;NR=68;PP=2990;ReadPosRankSum=1.064;SC=CATCTTCCATCCTGCTGCTGC;SOR=1.815;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=113;TCF=5;TCR=108;TR=71;WE=50028322;WS=50028296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,108:0.92:117
chr19	50059718	rs6509437	G	A	9723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=192;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.071;SC=CTCTGATCAGGGGCCTTCCTG;SOR=0.671;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=367;TCF=202;TCR=165;TR=349;WE=50059726;WS=50059708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:17,382:0.96:399
chr19	50063770	rs138827072	C	CG	3706.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=31;PP=1841;SC=CAGTGTATATCGGGGGCGGGA;SOR=0.932;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=48;WE=50063778;WS=50063760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	50086626	rs3745473	T	C	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=21;PP=897;SC=TCAGGAATGTTTCTAGTCCTT;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=43;WE=50086634;WS=50086616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	50086806	rs3745474	C	T	6337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.16;ReadPosRankSum=-0.070;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:23,263:0.92:286
chr19	50091798	rs2288920	G	T	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.96;ReadPosRankSum=-0.550;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr19	50092002	rs2288921	T	G	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=9;PP=227;SC=ATGAAAGACCTAAGGACACAG;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=50092010;WS=50091992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	50093454	rs4429389	A	T	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=53;NR=13;PP=1305;SC=CCCCATGCAAAGGTCTAGGGG;SOR=2.400;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=66;WE=50093462;WS=50093444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	50093572	rs7249925	A	G	7359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.804;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=0.178;SC=TCCTGGTTGAAGGGGGGAGAA;SOR=0.593;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=303;TCF=175;TCR=128;TR=278;WE=50093580;WS=50093560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:23,309:0.93:332
chr19	50095047	rs146415405	AGCCGG	A	1202.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.394;NF=1;NR=22;PP=1133;ReadPosRankSum=-1.399;SC=GTGGGAGCCCAGCCGGGCCGG;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=23;WE=50095059;WS=50095037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr19	50096421	rs10404887	C	G	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=1;PP=489;ReadPosRankSum=2.012;SC=TTGAGCACCCCGATTCCCTTG;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=28;WE=50096429;WS=50096415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr19	50097547	rs7251877	A	G	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.466;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.97;ReadPosRankSum=-0.101;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,77:0.95:81
chr19	50097607	rs57940349	C	T	5191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.18;ReadPosRankSum=0.859;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,210:0.94:224
chr19	50097784	rs10414643	T	C	7606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=2.016;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=25.53;ReadPosRankSum=-0.452;SOR=1.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:18,280:0.94:298
chr19	50097932	rs16981329	G	C	10390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.271;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.240;NF=195;NR=179;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.465;SC=TCTCTCTGACGCGCGGTCTTC;SOR=0.643;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=395;TCF=207;TCR=188;TR=374;WE=50097940;WS=50097922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:21,400:0.95:421
chr19	50098423	rs12462756	G	A	10526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.590;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=204;PP=2965;ReadPosRankSum=1.610;SC=GCCCACCGCCGCCTGAGCGGG;SOR=0.458;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=392;TCF=184;TCR=208;TR=379;WE=50098431;WS=50098413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,413:0.97:425
chr19	50099422	rs73058052	C	T	4743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.096;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=84;PP=2573;ReadPosRankSum=-0.512;SC=GCTATGCAGCCGGAGCAGGTG;SOR=0.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=99;TCR=90;TR=176;WE=50099430;WS=50099412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,196:0.94:209
chr19	50100295	rs3745475	A	G	4750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.216;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=64;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.428;SC=GCGTAGGCCCACCAAACTCGG;SOR=1.008;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=185;TCF=115;TCR=70;TR=174;WE=50100303;WS=50100285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,191:0.95:202
chr19	50103252	rs2116922	G	A	4741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.035;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=0.428;SC=TGATCACTAGGTAACAGTTGT;SOR=0.953;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=194;TCF=67;TCR=127;TR=179;WE=50103260;WS=50103242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:17,191:0.92:208
chr19	50105239	rs6509439	C	T	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=330;SC=GTTGAGTGCCCGCTGGATGAC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=50105247;WS=50105229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	50123756	rs372317811	AG	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.237;QD=0.93;ReadPosRankSum=1.063;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr19	50124663	rs73058085	G	A	3133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=36;PP=1934;SC=GGGGGCTGGGGCCTGTACTTT;SOR=1.258;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=112;TCF=76;TCR=36;TR=109;WE=50124671;WS=50124653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	50128543	rs7256146	A	G	4501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=89;PP=2687;SC=GCCCAGCCCCATCCTGCCTCA;SOR=1.159;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=69;TCR=90;TR=158;WE=50128551;WS=50128533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr19	50139119	rs731861	G	C	420.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.51;ReadPosRankSum=-0.939;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr19	50140068	rs1368464	C	T	11413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.147;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=224;NR=215;PP=2965;ReadPosRankSum=0.792;SC=CCGCCACCAGCAACCCCTGTC;SOR=0.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=473;TCF=240;TCR=233;TR=439;WE=50140076;WS=50140058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:33,481:0.94:514
chr19	50140092	rs1865077	G	A	10977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=209;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.799;SC=TCTGCCGGTCGTTAATGGCGA;SOR=0.594;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=436;TCF=214;TCR=222;TR=409;WE=50140100;WS=50140082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:27,445:0.94:472
chr19	50140209	rs1368463	C	T	10008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.308;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.215;NF=193;NR=178;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.381;SC=GAGGGGCCATCGTGGGGACCA;SOR=0.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=391;TCF=203;TCR=188;TR=371;WE=50140217;WS=50140199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:20,389:0.95:409
chr19	50140246	rs1865076	C	A	12251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.322;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=243;NR=243;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.668;SC=CCCCAAGAGCCCTCAGCCCCC;SOR=0.674;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=516;TCF=261;TCR=255;TR=486;WE=50140254;WS=50140236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:29,512:0.95:541
chr19	50148219	rs188641671	T	G	3464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=54;PP=1891;ReadPosRankSum=-0.482;SC=ATGTCTATCCTCTACTTCCAT;SOR=0.602;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=155;TCF=96;TCR=59;TR=138;WE=50148227;WS=50148209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,152:0.91:167
chr19	50148261	rs73060070	C	A	5511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.920;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.45;ReadPosRankSum=-1.397;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:18,239:0.93:257
chr19	50154904	rs7251334	A	C	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	50155361	rs3833232	GCCGCTC	G	632.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=514;ReadPosRankSum=-1.333;SC=TCCGCCCGCCGCCGCTCCCGC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=10;WE=50155374;WS=50155351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,16:0.94:17
chr19	50156896	rs10401743	T	C	4625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=1.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	50161807	rs7047	T	C	779.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=1041;ReadPosRankSum=0.344;SC=CTGCCCCGTGTCCACCTCCCT;SOR=0.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=46;WE=50161815;WS=50161797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,39:0.89:44
chr19	50162909	rs7251	C	G	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.47;ReadPosRankSum=-0.229;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,102:0.91:112
chr19	50167726	rs2304207	C	G	13721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=269;NR=249;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.160;SC=ATTCCCGTAACCCTGCAGCTC;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=555;TCF=289;TCR=266;TR=518;WE=50167734;WS=50167716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:35,557:0.94:592
chr19	50168927	rs2304205	A	C	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=81;SC=GCTGGAACCCACCCCTGTCTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=50168935;WS=50168917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	50169020	rs2304204	T	C	701.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.491;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.64;ReadPosRankSum=1.384;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,30:0.88:34
chr19	50182697	rs8109314	T	C	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=154;SC=TGTGGGCATATCCTGCCAGCC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=50182705;WS=50182687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	50183980	rs1433102	TT	CC	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=38;PP=1112;SC=TGCTGCGCACTTCCTAGGGTC;SOR=4.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=42;WE=50183989;WS=50183970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	50187079	rs7260179	A	G	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=515;ReadPosRankSum=0.077;SC=CTGCTCACGCAGTTCTCTGAA;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=38;WE=50187087;WS=50187069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,44:0.94:47
chr19	50193437	rs45613034	C	A	4629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=62;PP=2671;ReadPosRankSum=0.895;SC=CACCGCCTGGCGGAGATCATA;SOR=0.704;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=173;TCF=109;TCR=64;TR=165;WE=50193445;WS=50193427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,184:0.95:194
chr19	50195770	rs10423579	TT	CG	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=29;PP=1637;SC=CCCCTTTTTCTTAGAATTTTG;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=40;WE=50195779;WS=50195760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	50209095	rs7249356	T	G	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=26;PP=1605;SC=CTAAGAAGTATATAATAAATG;SOR=1.300;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=65;TCR=26;TR=90;WE=50209103;WS=50209085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	50216118	rs56405217	T	TG	5678.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=49;PP=2974;SC=TGAGTGGAGCTGGGCGCGCTG;SOR=1.030;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=85;WE=50216126;WS=50216108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr19	50250872	rs8109529	G	A	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=27;PP=808;SC=CCTTGGCTAAGGGGATGGCTT;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=50250880;WS=50250862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	50265230	rs1273634	C	T	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	50270265	.	A	AGCCC	280	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=65.19;NF=3;NR=4;PP=280;QD=44.2857142857;SC=CCCGCCAGCCAGCCCTCCCCG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=50270273;WS=50270255;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr19	50304336	rs1003424	A	G	4414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=86;PP=2776;SC=CTCAGCCTGCAGGGGAGAACA;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=68;TCR=86;TR=154;WE=50304344;WS=50304326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr19	50304392	rs10421561	T	C	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=48;PP=1613;SC=CCCAGGGGTCTCAGGGCAGGC;SOR=1.501;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=77;WE=50304400;WS=50304382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	50304439	rs10421754	T	C	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=28;PP=1138;SC=TCCACCCCAATCCACCTAGCA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=50304447;WS=50304429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	50305688	rs2159984	G	C	11064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.73;ReadPosRankSum=0.378;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,411:0.99:414
chr19	50308893	rs8101959	T	C	4577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=91;NR=76;PP=2641;SC=CGGGGCCTAATGGAGCCTCCC;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=167;TCF=91;TCR=76;TR=167;WE=50308901;WS=50308883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	50310775	rs62129186	C	T	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=34;PP=996;SC=GGCCTCGGGGCTCTAGCTGGC;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=50310783;WS=50310765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	50314458	rs55810357	GA	G	671.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;MQRankSum=0.478;QD=13.43;ReadPosRankSum=-1.181;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,43:0.86:50
chr19	50315423	rs8104825	G	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=9;PP=638;SC=AAGTGTTGGTGGTCTGCACTC;SOR=1.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=29;WE=50315431;WS=50315413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	50315698	rs2305919	A	C	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;ReadPosRankSum=-0.714;SC=CCTCTCTCAGACCAACCTGCC;SOR=0.333;Source=Platypus;TCF=48;WE=50315706;WS=50315688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr19	50315773	rs2305918	T	A	3756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr19	50316083	rs35816883	C	T	4917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=109;PP=2965;SC=GCCCCATCCTCTTTCCATATG;SOR=0.882;Source=Platypus;TC=181;TCF=110;TCR=71;WE=50316091;WS=50316073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	50339382	rs77029922	T	G	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.010;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=894;ReadPosRankSum=-0.072;SC=GAAGAAAAACTTCCCCTCACC;SOR=0.707;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=41;WE=50339390;WS=50339372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,40:0.91:44
chr19	50342111	rs10403127	G	A	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.379;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=62;PP=1724;ReadPosRankSum=1.291;SC=ATTAACAGAAGTGGCGCGGCA;SOR=1.081;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=44;TCR=66;TR=102;WE=50342119;WS=50342101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,113:0.93:122
chr19	50354211	rs7260222	C	T	11334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr19	50358133	rs75478119	T	G	4487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=154;PP=2965;SC=AGCTGATCCCTCAGCAGCTGC;SOR=3.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=131;TCR=154;TR=285;WE=50358141;WS=50358123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr19	50358183	rs2278836	C	A	5238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=1.618;SC=ACTCTGAGCACCCCCATGCCT;SOR=0.783;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=238;TCF=60;TCR=178;TR=234;WE=50358195;WS=50358173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,211:1.00:212
chr19	50360989	rs59595912	A	G	3601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=43;PP=2160;ReadPosRankSum=-0.623;SC=CCCAGTCCAGATCGTCAACAA;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=92;TCR=47;TR=128;WE=50360997;WS=50360979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,142:0.93:152
chr19	50363175	rs1290646	A	G	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=19;PP=1648;SC=CCACGGCATGATGCCGTGGTT;SOR=1.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=61;TCR=19;TR=80;WE=50363183;WS=50363165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	50368361	rs1290649	T	A	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=8;PP=1169;SC=GGCGGCTCCCTCAGCCCTCGG;SOR=2.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=50;WE=50368369;WS=50368351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	50375035	rs2290774	T	C	4748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=89;NR=63;PP=2573;SC=GTGCCTGCCCTCAGGTCGGGA;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=89;TCR=63;TR=152;WE=50375043;WS=50375025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	50375242	rs2290775	C	T	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=21;PP=635;SC=ACAGCCACCACCTCCACCTCC;SOR=1.206;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=38;WE=50375250;WS=50375232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	50380858	rs731826	T	G	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=3;PP=633;SC=CACCCGCTCCTTCTCTAGAAC;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=50380866;WS=50380848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	50383591	rs8109661	A	G	7186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr19	50383636	rs3745486	T	C	4291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.347;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=77;PP=2468;ReadPosRankSum=2.416;SC=CGGCCACAGCTCTGCCACTCA;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=71;TCR=80;TR=144;WE=50383644;WS=50383626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,166:0.96:173
chr19	50386340	rs746738	T	C	5137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.94;ReadPosRankSum=1.627;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,210:0.94:224
chr19	50394203	.	CCT	C	1125	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5042;HP=10;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=24;MQ=60.18;NF=5;NR=22;PP=1125;QD=42.0;SC=GCCCCCCCCCCCTGCCCGCCA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=27;WE=50394212;WS=50394193;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,27:0.96:28
chr19	50399384	rs3840921	G	GC	1611.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.442;NF=6;NR=22;PP=1017;ReadPosRankSum=0.552;SC=TTGTTCCAGAGCCCCTCCCCT;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=28;WE=50399392;WS=50399374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,57:0.86:66
chr19	50404939	rs1290754	T	G	5724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.628;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=0.058;SC=CCATGGCCTTTATGGTTAGCC;SOR=0.381;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=225;TCF=128;TCR=97;TR=216;WE=50404947;WS=50404929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,232:0.95:243
chr19	50411742	rs892028	A	G	11603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=233;NR=197;PP=2965;SC=TGAGCTGTGCATCGATGTTCT;SOR=0.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=430;TCF=233;TCR=197;TR=430;WE=50411750;WS=50411732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr19	50433994	rs117996769	C	G	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=514;ReadPosRankSum=1.036;SC=TGTAGGTCTTCCACTTTCGCC;SOR=0.651;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=30;WE=50434002;WS=50433984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr19	50435747	rs283525	T	C	5285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=176;PP=2965;SC=GGAGCCTCCCTTACCCCCCGG;SOR=4.163;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=208;TCF=31;TCR=177;TR=207;WE=50435757;WS=50435737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr19	50657786	rs66651303	AG	A	10420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=107;PP=2966;SC=TGACCCATCCAGGGGAGTCGC;SOR=1.252;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=183;TCF=66;TCR=117;TR=170;WE=50657794;WS=50657776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr19	50662726	rs3745499	G	C	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.088;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.59;ReadPosRankSum=1.402;SOR=0.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,92:0.96:96
chr19	50735340	rs11666328	C	T	5562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=149;PP=2965;SC=GAGTGAGCCCCGTGGAGGCCA;SOR=1.779;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=249;TCF=100;TCR=149;TR=225;WE=50735348;WS=50735330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr19	50750419	rs607227	C	T	6660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=113;NR=116;PP=2965;SC=GAAAGAGCCGCGCACCCCGGC;SOR=0.901;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=114;TCR=117;TR=229;WE=50750427;WS=50750409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr19	50760716	rs378811	C	G	13445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=236;NR=228;PP=2965;SC=GTTTTGTCCGCTGCATTGTCC;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=465;TCF=236;TCR=229;TR=464;WE=50760724;WS=50760706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,505:1.00:505
chr19	50771609	rs3745504	G	A	2758.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.017;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.14;ReadPosRankSum=-1.114;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:15,122:0.89:137
chr19	50771635	rs930086	T	C	2672.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.074;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=54;PP=1758;ReadPosRankSum=-1.553;SC=GTCTGGCCCCTTGCATGCCCA;SOR=0.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=67;TCR=60;TR=114;WE=50771643;WS=50771624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:14,117:0.89:131
chr19	50775742	rs1651543	A	G	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=11;PP=394;SC=GTGACTGGGGACCTGTGGTCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=50775750;WS=50775732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	50779500	rs708133	A	G	144.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=98;SC=GCCTGTGCACATACAGGGCTG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=50779508;WS=50779490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	50779897	rs77206276	TA	T	765.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=2;PP=707;SC=CTGAGGAGCATAACATGAGGC;SOR=3.258;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=50779905;WS=50779893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	50779987	rs77061052	C	G	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.38;ReadPosRankSum=0.846;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,86:0.95:91
chr19	50779988	rs788337	A	T	3895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.35;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	50805138	rs3826772	C	T	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=47;PP=1360;SC=TAGGTGAGAGCGGAGGCCACA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=82;WE=50805146;WS=50805128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	50812221	rs889002	A	G	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	50813263	rs627491	T	G	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=52;PP=1621;SC=AGGGAGGCAATGACTGGAGCT;SOR=2.617;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=66;WE=50813271;WS=50813253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	50832152	rs375912738	T	C	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	50837130	rs143536669	G	A	4607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.620;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=57;PP=2837;ReadPosRankSum=-0.966;SC=TCACCTGGGCGGCACCCGCGG;SOR=0.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=104;TCR=61;TR=157;WE=50837138;WS=50837120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,176:0.96:184
chr19	50880741	rs2695121	T	C	3304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=23;PP=2400;SC=AGTAGGGTCTTTGGAGAGATG;SOR=2.595;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=106;TCF=82;TCR=24;TR=105;WE=50880749;WS=50880731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	50881820	rs55652650	A	AAAC	3492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.976;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.616;NF=35;NR=37;PP=1937;ReadPosRankSum=0.740;SC=GAAGATTCGGAAACAGCAGCA;SOR=0.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=72;WE=50881830;WS=50881810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,131:0.97:135
chr19	50882169	rs2248949	A	G	3026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=66;PP=2087;SC=TGGGAAGAGGATCCCCCAGGG;SOR=1.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=26;TCR=66;TR=92;WE=50882177;WS=50882159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	50909765	rs2230245	C	T	3132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=65;PP=1921;ReadPosRankSum=-0.360;SC=GCATCATCACCGACCTGCAGG;SOR=0.877;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=124;TCF=56;TCR=68;TR=116;WE=50909773;WS=50909755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,127:0.96:132
chr19	50922370	rs2244095	A	G	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=23;PP=722;SC=GGAGGGGTCCACCCTGTCTCT;SOR=0.866;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=45;WE=50922378;WS=50922360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	50926264	rs1673030	TG	CC	4059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.61;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	50926742	rs3745516	A	G	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=6;PP=1133;SC=AAAGGCCAAAATCTAGGCTGT;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=47;WE=50926750;WS=50926732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	50946647	rs147720211	TGA	T	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,7:0.16:45
chr19	50951492	rs372679762	G	A	7159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.814;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.30;ReadPosRankSum=-0.548;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:22,299:0.93:321
chr19	50957677	.	G	GTT	31.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.598;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr19	51128661	rs16986142	T	C	6860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=26.80;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr19	51128856	rs10426057	A	C	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
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chr19	51133356	rs10407511	C	G	4578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
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chr19	51262620	rs10424138	A	C	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=3.327;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.02;MQRankSum=2.174;QD=25.84;ReadPosRankSum=-0.862;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
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chr19	51487067	rs1275221	T	C	5999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
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chr19	51499195	rs1612902	T	C	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=662;ReadPosRankSum=1.885;SC=CCCCACCTAGTCTGCCAGCAG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=30;WE=51499203;WS=51499185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
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chr19	51504075	rs1701947	A	T	877.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=558;ReadPosRankSum=-0.961;SC=ACAGGCCCCGAGTACTCCCAG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=31;WE=51504083;WS=51504065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,34:0.92:37
chr19	51507020	rs2075802	T	G	4682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.434;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=54;PP=2569;ReadPosRankSum=2.772;SC=CCGAGATGTGTCCAGGGTATG;SOR=0.852;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=152;TCF=92;TCR=60;TR=140;WE=51507028;WS=51507010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,183:0.93:196
chr19	51518222	rs2075696	G	A	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.78;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	51519114	rs2075691	C	T	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=13;PP=689;SC=CCTGAGGTTCCGGCCTCAGAG;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=41;WE=51519122;WS=51519104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	51519236	rs2075690	A	G	3246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=38;PP=1682;SC=GCGGGGCCCCAGCACTACGGG;SOR=1.010;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=69;TCR=38;TR=107;WE=51519244;WS=51519226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	51519259	rs2075689	C	T	3930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=81;NR=46;PP=2001;SC=TGGCCAGCTTCAGCAACATGA;SOR=0.978;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=82;TCR=46;TR=127;WE=51519267;WS=51519249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	51519346	rs1061368	G	C	3957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.16;ReadPosRankSum=-0.853;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,173:0.93:187
chr19	51519364	rs2075688	T	G	4254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr19	51519451	rs2075687	T	C	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=33;PP=976;SC=AAACCCTTCATAGGGACTGGG;SOR=1.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=51519459;WS=51519441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	51519480	rs12981039	C	A	692.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5452;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=424;ReadPosRankSum=-1.384;SC=TGGGCAGTGACGCAGGGCCTG;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=26;WE=51519488;WS=51519470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,30:0.88:34
chr19	51520487	rs3745535	A	C	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	51522286	rs2304156	C	T	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=7.597;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.09;ReadPosRankSum=0.607;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,62:0.93:67
chr19	51522291	rs2304157	G	C	2933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.91;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	51563965	rs2569474	G	A	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=7;PP=172;SC=GGTAAGGGTCGGATTATTGCC;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=51563973;WS=51563955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	51566873	rs10426620	G	A	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=1.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	51602298	rs12983578	C	G	3858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=67;PP=2057;SC=GCGCCCCCCTCGCCGGGAGAG;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=57;TCR=67;TR=124;WE=51602306;WS=51602280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	51628529	rs2075803	A	G	9493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=183;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.776;SC=CCCACATACCAAGAATTGCAC;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=347;TCF=159;TCR=188;TR=336;WE=51628537;WS=51628519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,372:0.96:387
chr19	51630482	rs2258983	C	A	3982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=67;PP=2168;ReadPosRankSum=-0.830;SC=CTGAGGGATGCAGCTGAATTC;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=137;TCF=67;TCR=70;TR=131;WE=51630490;WS=51630472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,153:0.96:160
chr19	51631165	rs867188	C	A	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.33;ReadPosRankSum=2.069;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,70:0.96:73
chr19	51656218	rs273661	G	C	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=406;SC=CTATACAGAGGAATATATCCG;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=51656226;WS=51656208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	51656454	rs273662	A	T	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=34;PP=1164;SC=ACCTATCAGGACAAGAAGCCA;SOR=0.881;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=67;WE=51656462;WS=51656444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	51767205	rs6509523	C	T	4714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr19	51767485	rs875283	A	G	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=266;SC=AATAATCAACATGAATTAGAC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=51767493;WS=51767475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	51768967	rs1875425	G	T	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.94;ReadPosRankSum=-1.173;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,100:0.94:106
chr19	51769145	rs10410689	T	C	2808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.84;ReadPosRankSum=-1.164;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,75:0.90:83
chr19	51769154	rs10410697	T	A	2678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.21;ReadPosRankSum=-0.636;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,64:0.89:72
chr19	51815243	rs4802779	G	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	51835892	rs11402251	T	TG	6229.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=70;PP=2965;SC=CTGGGGTCTGTGCCTGGAAGA;SOR=1.000;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=85;TCF=11;TCR=74;TR=81;WE=51835900;WS=51835882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr19	51837332	rs10418551	A	G	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=19;PP=1008;ReadPosRankSum=0.923;SC=GTAGGAGGGCAGGATGGATGA;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=56;WE=51837340;WS=51837322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr19	51841417	rs34380065	C	T	7281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=149;PP=2965;SC=CTCCCCCAACCGTGTCTCTGC;SOR=1.309;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=102;TCR=150;TR=249;WE=51841425;WS=51841407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
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chr19	51843808	rs7259266	C	T	4201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=78;PP=2416;SC=CCTCTGAGCGCATCCGGGGCG;SOR=1.208;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=60;TCR=79;TR=138;WE=51843816;WS=51843798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
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chr19	51918901	rs112905231	G	A	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-1.922;NF=20;NR=31;PP=818;ReadPosRankSum=0.422;SC=GGCTCTAGACGGACCAGGGGC;SOR=0.588;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=51;WE=51918909;WS=51918891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,51:0.93:55
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chr19	51919507	rs62114257	T	C	6881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.735;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.03;MQRankSum=0.320;QD=21.37;ReadPosRankSum=1.056;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:28,294:0.91:322
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chr19	51957556	rs3829659	T	C	688.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=526;ReadPosRankSum=0.994;SC=GATTTCTTCCTGCAGGACCTC;SOR=1.075;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=29;WE=51957564;WS=51957546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
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chr19	52004551	rs3810109	C	T	6271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=84;PP=2965;SC=TCTTGGAGCCCGTGCCTTACC;SOR=1.041;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=210;TCF=126;TCR=84;TR=210;WE=52004559;WS=52004541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
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chr19	52004791	rs66949844	G	GC	19475.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=143;PP=2936;ReadPosRankSum=0.433;SC=ATGGTCCCCTGCCCGGAACCA;SOR=0.707;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=234;TCF=60;TCR=174;TR=198;WE=52004803;WS=52004781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,443:0.97:459
chr19	52004795	rs61742108	G	T	19625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=1.132;SC=TCCCCTGCCCGGAACCAGTAG;SOR=0.606;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=332;TCF=162;TCR=170;TR=301;WE=52004803;WS=52004781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:19,461:0.96:480
chr19	52031162	rs897783	A	G	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=712;ReadPosRankSum=2.648;SC=CCCACTCCCTATGGAGAGTAC;SOR=1.262;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=45;WE=52031170;WS=52031152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,55:0.96:57
chr19	52031648	rs10419617	A	G	2689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=59;PP=1700;ReadPosRankSum=0.181;SC=TGAACCCGGAACCAGCCTCTT;SOR=0.499;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=47;TCR=62;TR=105;WE=52031656;WS=52031638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,108:0.95:114
chr19	52032964	rs3976745	C	G	8779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.791;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.889;SC=TCGCGCACCTCCCCCCACACT;SOR=0.629;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=354;TCF=184;TCR=170;TR=331;WE=52032972;WS=52032954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:23,352:0.94:375
chr19	52033742	rs2305772	G	A	3712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=58;PP=2193;ReadPosRankSum=0.238;SC=GGAGCATCTGGGGTGGAAAGA;SOR=0.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=68;TCR=60;TR=124;WE=52033750;WS=52033732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,141:0.98:144
chr19	52034940	rs1551559	C	T	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.845;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=37;PP=964;ReadPosRankSum=0.418;SC=GGAAGGACTGCGGGGAGGAAC;SOR=1.918;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=49;WE=52034948;WS=52034930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,58:0.95:61
chr19	52085291	rs1543923	T	C	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.19;ReadPosRankSum=1.715;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,28:0.90:31
chr19	52097401	rs35740364	T	C	17484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=729;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=363;NR=290;PP=2965;ReadPosRankSum=2.256;SC=TCCACTCCCATGGCTGCAGGG;SOR=0.916;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=686;TCF=379;TCR=307;TR=653;WE=52097409;WS=52097391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:36,692:0.95:728
chr19	52101918	rs1868947	T	C	4231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;SC=GTGCAGCACATGGTGCTTGTG;SOR=0.866;Source=Platypus;TCF=69;WE=52101926;WS=52101908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	52104560	rs3752127	T	C	2640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	52104713	rs3752126	G	C	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=33;PP=939;SC=TGCTGGACCTGGTGCACTCGG;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=67;WE=52104721;WS=52104703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	52130788	rs8104955	G	A	6627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=0.274;SC=TGAGGTCGGAGCTGAGCCCCC;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=114;TCR=141;TR=245;WE=52130796;WS=52130778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,267:0.97:274
chr19	52130830	rs8107754	C	A	3732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=87;PP=2372;ReadPosRankSum=-0.580;SC=TGGCCCAGGGCCCAGCTGAGC;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=50;TCR=92;TR=135;WE=52130838;WS=52130820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,145:0.97:150
chr19	52130925	rs8108074	G	A	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=952;ReadPosRankSum=0.263;SC=GGGGCCGGCCGGGCTCGAAAG;SOR=0.614;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=45;WE=52130933;WS=52130915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,48:0.94:51
chr19	52132405	rs76610544	G	A	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=23;PP=809;SC=TACCCAAAGAGGAGCCACAGA;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=52132413;WS=52132395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	52132425	rs79955662	A	C	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=20;PP=643;SC=AAACCCACCAAGCGGGGAAGG;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=52132433;WS=52132415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	52132524	.	TAC	T	893.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.86;MQRankSum=0.806;QD=21.80;ReadPosRankSum=0.102;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,36:0.88:41
chr19	52148980	rs11424909	C	CA	535.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQRankSum=-1.262;QD=18.47;ReadPosRankSum=-0.977;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr19	52148981	rs28477771	C	A,CA	1298.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.02;QD=44.78;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,21:0.28,0.72:29
chr19	52196453	rs12976445	T	C	4444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.124;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=70;PP=2661;ReadPosRankSum=0.552;SC=TCTCTGTGCCTATCTCCATCT;SOR=0.524;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=164;TCF=89;TCR=75;TR=154;WE=52196461;WS=52196443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,175:0.94:187
chr19	52208277	rs11382950	G	GC	5282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=39;PP=2925;SC=TGGTGTCCAGGCTCCGGGACC;SOR=0.960;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=63;WE=52208285;WS=52208267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr19	52222552	rs11084112	G	A	11036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=228;NR=181;PP=2965;ReadPosRankSum=1.536;SC=ACACGCACCTGCGAGTCCTCA;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=429;TCF=236;TCR=193;TR=409;WE=52222560;WS=52222542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:17,443:0.96:460
chr19	52223121	rs7248778	A	G	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=24;PP=869;SC=GAGCAGCGGCAGGCTGCAGGA;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=55;WE=52223129;WS=52223111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	52223251	rs59168688	T	G	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=2.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	52223266	rs57088533	T	C	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.06;SOR=3.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	52227137	rs58597876	T	TACAC,TACACAC	1640.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.02;ReadPosRankSum=1.863;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,10,28:0.25,0.70:40
chr19	52249071	rs5828493	CT	C	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.754;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.523;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr19	52249211	rs867228	T	G	4912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=48;PP=2759;SC=TGCCTGTAACTCCACCTCTGC;SOR=1.367;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=112;TCR=48;TR=160;WE=52249219;WS=52249201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	52249672	rs1042229	A	G	11184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.18;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr19	52249680	rs5030880	T	A	11207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.48;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr19	52250216	rs5030878	A	G	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=32;PP=962;SC=CCCTCCAGAGATGTTCGTGGG;SOR=1.306;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=56;WE=52250231;WS=52250206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	52327784	rs3752125	C	T	11237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=212;NR=168;PP=2965;SC=AACTAATTGGCATTCTAATGG;SOR=0.894;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=380;TCF=212;TCR=168;TR=380;WE=52327792;WS=52327774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr19	52376507	rs2288868	T	C	7904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=160;NR=122;PP=2965;SC=TTTCCGCATTTGCTGCATCTG;SOR=0.898;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=282;TCF=160;TCR=122;TR=282;WE=52376515;WS=52376497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr19	52376952	rs8107969	T	A	2968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=58;PP=1843;SC=TACTCTGGATTACAAAACCTA;SOR=1.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=95;WE=52376960;WS=52376942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	52380681	rs3764540	T	A	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=34;PP=999;SC=GGGGAATGGATGAAGATGGAG;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40;WE=52380689;WS=52380671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	52381552	rs12151288	A	G	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=425;SC=AACATATAATACTTTAGTCTA;SOR=5.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=52381560;WS=52381542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	52381616	rs17778649	G	A	1736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=14;PP=1077;SC=GAAAGAAAAGGTAAGTGACGG;SOR=2.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=52381624;WS=52381606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	52381862	rs12150982	C	A	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=42;PP=1298;SC=TTCTCCATGACAACGTATGCA;SOR=1.349;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=71;WE=52381870;WS=52381852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	52383510	rs8110531	C	T	4989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	52383556	rs8110546	C	A	7406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=3.131;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.37;ReadPosRankSum=0.495;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,291:1.00:292
chr19	52383569	rs8110461	A	C	8238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr19	52403516	rs1549931	T	C	3272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=57;PP=1774;SC=CCTTCCTTCATTTGAACTCTC;SOR=1.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=49;TCR=57;TR=106;WE=52403524;WS=52403506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	52468203	rs2278415	T	A	5734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.050;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.457;SC=GTGCAAATCCTCTGTTATCTC;SOR=0.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=106;TCR=88;TR=193;WE=52468211;WS=52468193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,219:1.00:220
chr19	52468587	rs3764538	G	T	8182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=148;PP=2965;SC=TACATTCAAAGGGTTTCTCTC;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=131;TCR=149;TR=279;WE=52468595;WS=52468577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr19	52468998	rs4988334	A	G	7077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=106;PP=2965;SC=CACATAGACTACATCTGTGGG;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=130;TCR=106;TR=236;WE=52469006;WS=52468988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr19	52471769	rs2278417	C	T	2983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=15;PP=905;SC=CACAGCTGTGCTGCCTTCTCT;SOR=1.418;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=59;WE=52471777;WS=52471759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	52471785	rs2278418	T	A	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=18;PP=1067;SC=TCTCTGACTGTCTAGAATGTG;SOR=1.292;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=66;WE=52471793;WS=52471775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	52471813	rs2278419	T	C	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=30;PP=1628;SC=TAGCCTTCTGTCTTGTGGGTT;SOR=1.101;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=95;TCF=65;TCR=30;TR=93;WE=52471821;WS=52471803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	52471872	rs2278420	A	G	3176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=66;NR=44;PP=1743;SC=AATTGTCCACAGTTGTTCTCC;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=66;TCR=44;TR=110;WE=52471880;WS=52471862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	52472295	rs4986773	A	G	5730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr19	52496149	rs16983353	C	T	4712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=94;NR=69;PP=2869;SC=GTGAATTCTCCTGTGTTTAAC;SOR=0.944;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=94;TCR=69;TR=163;WE=52496157;WS=52496139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	52497250	rs1978717	G	A	9222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=142;PP=2965;SC=ATGATGTGCAGTAAGACGCCT;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=307;TCF=164;TCR=143;TR=306;WE=52497258;WS=52497240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr19	52497943	rs10500311	G	A	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=29;PP=1043;SC=TAAGTCAAACGTATCACAATC;SOR=0.864;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=62;WE=52497951;WS=52497933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	52503658	rs58197197	T	C	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.90;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	52504920	rs2903709	T	C	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=3;PP=442;SC=TTCCATACTATAACAAAAAAG;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=52504928;WS=52504910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	52505641	rs10714016	GT	G	4552.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=92;PP=2979;SC=AGCTGGTGGGGTTTTTTTCTT;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=19;TCR=107;TR=108;WE=52505649;WS=52505631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	52506985	rs1433089	T	C	4222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr19	52516360	rs11671702	C	T	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=0;PP=54;SC=CATGGGCCTTCGGCTCCCAAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=52516368;WS=52516356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	52519608	rs8104890	C	T	7580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=115;PP=2965;SC=TGATGTATAACGAGAGTGCGT;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=129;TCR=115;TR=243;WE=52519616;WS=52519598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr19	52520607	rs61574510	C	T	2961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=51;PP=1526;SC=TCAACTTTCCCGATTCCTAAG;SOR=1.109;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=95;WE=52520615;WS=52520597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	52520714	rs12976476	G	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=12;PP=321;SC=CCCAGCACTTGGGGAGGCTGA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=52520722;WS=52520704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	52521192	rs61287503	A	C	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	52521296	rs9636139	G	A	2217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	52521928	rs12610953	G	A	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=73;SC=AATATTAAACGTAGGCAAATG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=52521936;WS=52521918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr19	52587907	rs11084141	G	A	3389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.02;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	52587917	rs11084142	A	G	3605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.93;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	52803669	rs3217319	CTG	C	8312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=90;PP=2969;SC=AAGAGTCATGCTGTGTGATGA;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=22;TCR=102;TR=109;WE=52803678;WS=52803659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr19	52817726	.	C	CAAAAAA	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQRankSum=-0.022;QD=6.84;ReadPosRankSum=1.699;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
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chr19	52869022	rs2241586	G	T	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	52869278	rs321937	G	C	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=50;PP=2294;SC=TTTAGAGTCCGTGCAAGCCTT;SOR=0.905;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=68;TCR=50;TR=118;WE=52869286;WS=52869268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	52869312	rs162120	T	C	3831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=77;NR=60;PP=2196;SC=TAATCCATACTGCAGAGAAAC;SOR=0.901;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=77;TCR=61;TR=137;WE=52869320;WS=52869302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	52869534	rs162119	G	A	6343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=94;PP=2965;SC=GAGAGTGTTCGGGACTTACTA;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=110;TCR=95;TR=203;WE=52869542;WS=52869524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr19	52873023	rs707312	A	G	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=3;PP=905;SC=CTCTGCCGGGACACAATCTAT;SOR=4.174;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=32;WE=52873031;WS=52873021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	52873345	rs74363354	C	T	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.057;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=49;PP=1286;ReadPosRankSum=-1.118;SC=CCCTCCACCCCGACTAAACTC;SOR=1.562;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=70;TCF=17;TCR=53;TR=64;WE=52873353;WS=52873335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,70:0.92:76
chr19	52877716	.	A	AT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.000;QD=0.36;ReadPosRankSum=0.980;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,17:0.18:97
chr19	52887603	rs78052167	G	A	4691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.071;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NR=79;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CTCCTTGCACGACATCAGAGA;SOR=0.399;Source=Platypus;TCR=80;WE=52887611;WS=52887593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,174:0.98:177
chr19	52893473	rs7253837	A	G	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=3;PP=633;SC=TGTCCCCTGCACTGGCCCGCA;SOR=3.321;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=52893481;WS=52893463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	52905067	rs324091	A	C	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.06;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	52909303	rs2290745	C	T	11094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=186;NR=192;PP=2965;SC=ATAATGTCCCCTCAGAAGCCG;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=380;TCF=186;TCR=194;TR=378;WE=52909311;WS=52909293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr19	52909458	rs2245620	T	G	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=30;PP=783;SC=CTTTCTTCAGTTATTCTCCTC;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=52909466;WS=52909448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	52909989	rs11668956	A	G	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=15;PP=496;SC=TGCGGTGGCAATCATAGCTCA;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=52909997;WS=52909979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	52917590	rs162124	G	A	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=59;PP=1843;SC=GGGACTGAACGAAGGGGGCGA;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=35;TCR=59;TR=94;WE=52917598;WS=52917580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	52917626	rs162123	A	G	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=29;PP=841;SC=ACAAAGGTGTATATTTGGAAG;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=52917634;WS=52917616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	52920006	rs10664588	C	CTG	6549.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=59;PP=2957;SC=TCCCTACAAACTGTATGGCAA;SOR=1.091;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=74;TCF=9;TCR=65;TR=68;WE=52920014;WS=52919996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	52937100	rs2560996	G	T	2879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.488;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=33;PP=1725;ReadPosRankSum=-0.011;SC=TGTGGATTTGGCGCAGTGCTC;SOR=0.428;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=77;TCR=35;TR=105;WE=52937108;WS=52937090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,117:0.94:125
chr19	52937339	rs17780173	G	A	9008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.264;SC=CCCTAGGTGAGGATAATGTCC;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=333;TCF=158;TCR=175;TR=317;WE=52937347;WS=52937329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:18,360:0.95:378
chr19	52937487	rs2608546	G	A	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=702;ReadPosRankSum=1.581;SC=AGTGGCTCACGCCTGTAATCC;SOR=1.054;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=41;WE=52937495;WS=52937477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,54:0.93:58
chr19	52937530	rs2560997	C	T	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=467;SC=AAATGGTTCACGAGGTCAGGA;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=52937538;WS=52937520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	52938361	rs11084161	C	A	4225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=65;PP=2430;SC=CTGAGTGTTACCTCCATGTTG;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=84;TCR=65;TR=149;WE=52938369;WS=52938351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	52938417	rs11084162	A	G	4490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=80;NR=82;PP=2479;SC=AGTGAAAATAATAAACAATCC;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=80;TCR=83;TR=162;WE=52938425;WS=52938407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr19	52938459	rs11084163	A	G	3194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=66;PP=2024;SC=AGGTGTGAACACAGGTGAGAG;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=49;TCR=66;TR=115;WE=52938467;WS=52938449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	52940931	rs1428179	A	T	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=200;SC=TTTCTGTCAGACTTTAAACAT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=52940939;WS=52940921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	52941171	rs1428180	T	C	2566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	52941540	rs1366257	G	A	5239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=72;PP=2965;SC=AAAGAATGTGGGAAAGTCTTT;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=83;TCR=72;TR=155;WE=52941548;WS=52941530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	52941618	rs1366258	A	C	4612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=60;PP=2875;SC=AAATGTAGTGAATGTGGCAAA;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=76;TCR=60;TR=136;WE=52941626;WS=52941608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
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chr19	52942159	rs2608497	A	G	8888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=154;NR=155;PP=2965;SC=CAAACCTTCAACGACATAGGA;SOR=0.801;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=310;TCF=155;TCR=155;TR=309;WE=52942167;WS=52942149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr19	52942445	rs2608498	C	T	13347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=174;NR=164;PP=2965;SC=AGAGAAGCCTCACAGTTGTAA;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=338;TCF=174;TCR=164;TR=338;WE=52942453;WS=52942435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr19	52942495	rs2561001	G	A	12917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;PP=2965;SC=CACACCTTGCGCGACATAGGA;SOR=0.736;Source=Platypus;WE=52942503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr19	52942734	rs2446079	C	T	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=44;PP=1335;SC=CAGTGGCTCACGTCTGTAATC;SOR=1.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=65;WE=52942742;WS=52942724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	52954507	rs324104	T	C	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	53075519	rs8104138	G	T	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=19;PP=759;SC=TGTTGGTCAGGATGGTCTCGA;SOR=0.994;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=47;WE=53075527;WS=53075509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	53075734	rs3826655	C	T	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=16;PP=447;SC=AAGGAAGTTTCTTTATCCCAG;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=53075742;WS=53075724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	53077411	rs162832	T	C	6777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=114;NR=107;PP=2965;SC=ATGGCTCTTCTTCAGGTGAGA;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=114;TCR=107;TR=221;WE=53077419;WS=53077401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr19	53078863	rs192210211	C	A	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.43;QD=23.31;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	53085416	rs12975229	G	A	3355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=29;PP=2226;SC=TATAACTTCCGTACTTAATTT;SOR=1.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=80;TCR=29;TR=109;WE=53085424;WS=53085406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	53085659	rs366793	C	T	8287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=147;PP=2965;SC=ATGACAAAAACCAAAAAGTTG;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=131;TCR=147;TR=278;WE=53085667;WS=53085649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr19	53085813	rs3745101	T	C	4373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=81;PP=2756;SC=TTGAGAAGGCTATCAACGATG;SOR=1.003;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=67;TCR=81;TR=148;WE=53085821;WS=53085803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	53086124	rs373554	C	A	6921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=130;NR=96;PP=2965;SC=AATCCTTACACGTGTAATGAG;SOR=0.918;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=130;TCR=96;TR=226;WE=53086132;WS=53086114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr19	53086598	rs3745102	G	A	5302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=100;PP=2965;SC=GCATGTCATCGTAGACTTCAT;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=98;TCR=101;TR=198;WE=53086606;WS=53086588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr19	53270384	rs1820128	A	G	8389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=161;PP=2965;SC=TGACATCTACAATGGCATGTA;SOR=0.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=292;TCF=131;TCR=161;TR=292;WE=53270392;WS=53270374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr19	53303527	rs8107444	A	G	7852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=140;NR=126;PP=2965;SC=TTCATTACACATGTATGGTTT;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=269;TCF=141;TCR=128;TR=266;WE=53303535;WS=53303517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr19	53303705	rs10417163	T	G	6662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.993;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.410;SC=TTGTATGGTTTCTCTGCAGTA;SOR=0.570;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=233;TCF=124;TCR=109;TR=217;WE=53303713;WS=53303695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:18,254:0.93:272
chr19	53311395	rs7257656	G	A	7950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=127;NR=137;PP=2965;SC=CCCTGAAATGGAAACACATTT;SOR=0.930;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=265;TCF=127;TCR=138;TR=264;WE=53311403;WS=53311385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr19	53452965	rs3745177	C	T	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=29;PP=1429;ReadPosRankSum=-0.788;SC=TTATGAATGACGTCTGAAAAA;SOR=1.167;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=84;WE=53452973;WS=53452955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,95:0.98:97
chr19	53453777	rs8110062	C	T	8078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.945;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=0.589;SC=CAGTATGAATCTTCCTATGTC;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=313;TCF=177;TCR=136;TR=288;WE=53453785;WS=53453767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:22,312:0.93:334
chr19	53454475	rs33949217	C	CACT	7840.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.333;NF=35;NR=53;PP=2635;ReadPosRankSum=0.569;SC=GAGGAAGCACCGATAGACTTG;SOR=0.819;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=94;TCF=35;TCR=59;TR=88;WE=53454483;WS=53454465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,183:0.97:189
chr19	53454789	rs12459008	A	T	7346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-0.288;NF=113;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=0.417;SC=TTCTCCTGTAATACTGTGCCT;SOR=0.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=276;TCF=118;TCR=158;TR=263;WE=53454797;WS=53454779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,290:0.96:303
chr19	53456490	rs66502718	C	CA	91.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=86;ReadPosRankSum=0.984;SC=ACTAAAAATACAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=5;WE=53456498;WS=53456480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr19	53456645	rs66883833	C	CAA	269.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.62;QD=26.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	53553125	rs150642692	C	T	5133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-2.673;NF=139;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=1.281;SC=ACACTGTCCCCACATGGCCAA;SOR=0.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=314;TCF=152;TCR=162;TR=288;WE=53553133;WS=53553115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:23,227:0.91:250
chr19	53553686	rs12975552	G	A	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.081;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=1.092;NF=34;NR=21;PP=1173;ReadPosRankSum=-1.055;SC=TCTTAGCAGAGCAGGGTGGAG;SOR=1.005;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=55;WE=53553694;WS=53553676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
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chr19	53576589	rs329733	C	G	9780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
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chr19	53667913	rs12459469	A	G	5463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=0.553;SC=CAAGATGTGAATTTTGAGTGA;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=103;TCR=106;TR=194;WE=53667921;WS=53667903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,215:0.93:231
chr19	53667940	rs12459471	A	G	5618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.97;MQRankSum=-0.349;NF=99;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.067;SC=TGCCACATTCATTACATTTGT;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=104;TCR=118;TR=212;WE=53667948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,231:0.94:246
chr19	53669273	rs4801959	T	C	5745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=113;NR=90;PP=2965;SC=TTTCCCTTCATGTTGAAATTG;SOR=0.817;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=113;TCR=90;TR=203;WE=53669281;WS=53669263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr19	53669492	rs12460170	A	G	5630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=1.903;SC=GGACAAGCCTACAGTGTCACA;SOR=0.536;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=87;TCR=101;TR=185;WE=53669500;WS=53669482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,213:0.99:216
chr19	53669653	rs12460233	C	T	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=14;PP=405;SC=AGGTAAATAACTATTTCCCAT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=53669661;WS=53669643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr19	53716190	rs10775558	A	G	3903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.66;ReadPosRankSum=-1.886;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,158:0.96:165
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chr19	53716460	rs10853859	A	G	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.366;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=37;PP=1669;ReadPosRankSum=-0.622;SC=GTCAAAATTCACACCTTGTAA;SOR=0.518;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=85;WE=53716468;WS=53716450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,88:0.99:89
chr19	53727097	rs36114232	G	A	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=406;ReadPosRankSum=-0.712;SC=CTTGGTATTGGTTTTGTTTTT;SOR=0.929;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=23;WE=53727108;WS=53727087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,45:0.96:47
chr19	53727100	rs35443981	T	TTA	2016.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=666;ReadPosRankSum=-0.669;SC=GGTATTGGTTTTGTTTTTGCC;SOR=1.067;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=15;WE=53727108;WS=53727087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,48:0.96:50
chr19	53727145	rs112228801	G	GGTTTT	3044.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.399;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=1286;ReadPosRankSum=-0.941;SC=CGTTGCCTTGGGTTTTGTTTT;SOR=0.551;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=23;WE=53727153;WS=53727135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr19	53727282	rs11084227	A	G	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=38;PP=1550;ReadPosRankSum=1.515;SC=CAAAGGGGTAAGACCTCCAGC;SOR=0.393;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=87;WE=53727290;WS=53727272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,98:0.97:101
chr19	53727392	rs10401578	T	C	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.884;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=34;PP=1755;ReadPosRankSum=-0.769;SC=CTGTCAAATCTTCATAGTAAT;SOR=0.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=87;WE=53727400;WS=53727382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,99:0.95:104
chr19	53727573	rs12985503	A	G	5580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.326;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.412;NF=95;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.802;SC=AGTAGTGCAGACCTGAATGTG;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=204;TCF=101;TCR=103;TR=195;WE=53727581;WS=53727563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,216:0.96:225
chr19	53727591	rs10401984	T	C	7998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.49;QD=43.00;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr19	53727591	.	TCA	CCG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=22;MQ=52.13;NF=66;NR=77;PP=2947;QD=20;SC=GTGATACTTTTCAACTGGCTT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=77;TCR=89;TR=143;WE=53727601;WS=53727581;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:23,143:0.86:166
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chr19	53727644	rs12972588	T	C	3522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.115;NF=49;NR=77;PP=2484;ReadPosRankSum=1.260;SC=CATATACTCTTATTGGAGGTA;SOR=1.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=52;TCR=81;TR=126;WE=53727652;WS=53727634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,130:0.95:137
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chr19	53741188	rs12984473	C	T	2844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.6884;FS=4.727;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=49;PP=1571;ReadPosRankSum=-1.277;SC=AGTCATTACACTTGTATGATT;SOR=0.259;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=113;TCF=56;TCR=57;TR=101;WE=53741196;WS=53741178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,117:0.92:127
chr19	53754736	rs2965240	T	C	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.37;ReadPosRankSum=0.541;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,82:0.94:87
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chr19	53761740	rs2965249	T	C	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=5;PP=491;SC=TAAATATCAGTGCAGCCTGGC;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=53761748;WS=53761739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	53770261	rs12977715	T	C	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.03;MQRankSum=-3.329;QD=20.40;ReadPosRankSum=0.434;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr19	53787683	rs71363323	C	G	2248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.203;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.595;NF=57;NR=44;PP=1875;ReadPosRankSum=-2.064;SC=AAGGAGCCTGCCCCCGTCCCC;SOR=0.832;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=119;TCF=66;TCR=53;TR=101;WE=53787691;WS=53787673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,89:0.84:106
chr19	53802337	rs1965725	A	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.71;QD=31.18;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	53818564	rs73055190	C	T	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=3.302;NF=54;NR=41;PP=1519;ReadPosRankSum=-1.153;SC=CTTAGCTCTCCGCTGTAAAGG;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=57;TCR=44;TR=95;WE=53818572;WS=53818554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,103:0.94:109
chr19	53818603	rs10439122	G	A	3217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.121;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=2.001;NF=63;NR=44;PP=1888;ReadPosRankSum=-1.498;SC=AGCTTTTGGGGTTAGATATTT;SOR=0.375;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=112;TCF=64;TCR=48;TR=107;WE=53818611;WS=53818593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,122:0.96:127
chr19	53849446	rs4803089	G	A	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=7;PP=446;SC=TCTGTTTCATGTTATCTGTAT;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=53849454;WS=53849436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	53849632	rs11406858	G	GC	1942.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=19;PP=1142;SC=AGCCGGCTTCGCTCTCGTGCT;SOR=0.808;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=53849640;WS=53849622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	53849700	rs4803090	G	A	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=15;PP=436;SC=TTGGGAGGCCGAGGCAGGCAA;SOR=1.688;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=24;WE=53849708;WS=53849690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	53856349	rs55874600	A	T	7854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.418;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.758;SC=AGTGTAATGAATGTGGCAAGA;SOR=0.377;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=306;TCF=156;TCR=150;TR=292;WE=53856357;WS=53856339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,305:0.96:318
chr19	53879561	rs72163028	GACA	G	1313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=977;SC=GTCTTCTGTGGACAACAAGTA;SOR=0.976;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=20;WE=53879571;WS=53879551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	53884412	rs4438413	G	A	9709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=162;NR=168;PP=2965;SC=TAACTATGGGGATAATTTTCT;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=330;TCF=162;TCR=168;TR=330;WE=53884420;WS=53884402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr19	53905129	rs111753331	TA	T	799.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=1.061;QD=10.52;ReadPosRankSum=-2.755;SOR=1.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,62:0.82:76
chr19	53905501	rs72582439	CTTTTT	C	1380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;QD=34.52;SOR=3.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr19	53905524	.	TTTTG	T	734	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=23;HapScore=1;MGOF=33;MMLQ=24;MQ=57.02;NF=1;NR=57;PP=734;QD=12.7068965517;SC=TTTTTTTTTTTTTTGAGATGG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=1;TCR=72;TR=58;WE=53905535;WS=53905514;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,58:0.79:73
chr19	53910912	rs2061773	G	A	1636.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.6940;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=16;PP=973;ReadPosRankSum=-0.881;SC=TTTACCATCTGTACTTAATTT;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=62;WE=53910920;WS=53910902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,68:0.91:75
chr19	53911973	rs10425136	A	G	16199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.430;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=309;NR=297;PP=2965;ReadPosRankSum=0.829;SC=TAATGAGTGTAGCAAGACCTT;SOR=0.497;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=636;TCF=325;TCR=311;TR=606;WE=53911981;WS=53911963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:28,629:0.96:657
chr19	53912242	rs10426347	G	A	9813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.716;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-0.414;NF=182;NR=181;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.226;SC=TCAGCCGGACGTCATCCCTTA;SOR=0.538;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=385;TCF=195;TCR=190;TR=363;WE=53912250;WS=53912232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:23,393:0.94:416
chr19	53926318	rs36087592	T	A	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.20;QD=44.38;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	53926320	rs34818233	T	G	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.24;QD=44.38;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	53958126	rs2708743	T	G	6836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.96;NF=114;NR=115;PP=2965;SC=TTGACAGGTATTACAGAACGA;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=114;TCR=115;TR=229;WE=53958134;WS=53958116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr19	53958263	rs1984432	G	A	9964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=185;NR=152;PP=2965;SC=TGTGAAGTCTGTCCACGATGC;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=338;TCF=186;TCR=152;TR=337;WE=53958271;WS=53958253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr19	53959343	rs2708742	G	A	12305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=206;NR=206;PP=2965;SC=TAATGAGTGCGGCAAGACCTT;SOR=0.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=414;TCF=207;TCR=207;TR=412;WE=53959351;WS=53959333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr19	53959568	rs2617726	G	C	12978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.162;NF=245;NR=196;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.667;SC=TCATACTGAAGAGAATCCTTA;SOR=0.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=443;TCF=246;TCR=197;TR=441;WE=53959576;WS=53959558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,475:1.00:476
chr19	53983591	.	C	CATA	315.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.682;NF=0;NR=9;PP=215;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GAGCCCAATGCATGTCTTTAA;SOR=0.484;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=9;WE=53983599;WS=53983581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr19	53991335	rs2617675	G	A	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=4;PP=340;SC=CTGGAGTGCAGTGGCACAATC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=16;WE=53991343;WS=53991330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	53995004	rs2708845	G	A	8310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.72;QD=27.34;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr19	54007145	rs72487103	G	A	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=54;PP=1592;SC=ATACTGTTCTGCTGCTGATCA;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=47;TCR=55;TR=101;WE=54007153;WS=54007135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	54172317	rs1968439	A	G	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.01;QD=22.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	54188219	rs2060230	G	A	5276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=68;PP=2965;SC=TTAACCAGGTGAGGAAAATTC;SOR=1.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=112;TCR=68;TR=180;WE=54188227;WS=54188209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr19	54201810	rs71189852	G	GT	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr19	54215465	rs4803166	C	G	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=10;PP=494;SC=AGCCGAGATCCCACCACCGCA;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=54215473;WS=54215455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	54255878	rs56196717	GTTT	G	1516.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.349;QD=30.33;ReadPosRankSum=1.738;SOR=2.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,46:0.92:50
chr19	54257185	rs611356	C	G	3975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-0.698;QD=39.36;ReadPosRankSum=1.632;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,92:0.91:101
chr19	54257190	rs62144158	AC	GA	4303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-0.723;QD=38.09;ReadPosRankSum=-0.013;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,104:0.92:113
chr19	54261644	rs3901466	C	T	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.990;HP=6;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.838;NF=3;NR=16;PP=372;ReadPosRankSum=-0.456;SC=TGGACGGTGGCGGGGTTCTGT;SOR=2.908;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=19;WE=54261652;WS=54261634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr19	54307322	rs12460528	G	A	9588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.177;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=177;PP=2965;ReadPosRankSum=3.504;SC=GGTTGGTGCCGAGCACAGAAG;SOR=0.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=360;TCF=177;TCR=183;TR=347;WE=54307330;WS=54307312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,375:0.97:386
chr19	54308554	rs4806773	C	T	3803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=52;PP=2208;SC=GCAGCCTGCACTGGGGATGCC;SOR=1.011;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=81;TCR=52;TR=132;WE=54308562;WS=54308544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr19	54308775	rs34166148	C	CT	159.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.612;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr19	54310961	rs2866112	G	C	4013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=72;PP=2424;SC=TGTTACTGGTGCTTGACAACT;SOR=1.186;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=56;TCR=72;TR=128;WE=54310969;WS=54310951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	54311090	rs11084300	C	T	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	54314585	rs6509827	G	A	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=26;PP=774;SC=CTCATCAGCAGCCTCTAATGA;SOR=1.316;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=54314593;WS=54314575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	54327440	rs4539722	G	A	4256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=79;PP=2541;SC=GGGGTGCCGTGAGCCCCAAAG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=65;TCR=79;TR=144;WE=54327448;WS=54327430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr19	54385437	rs307942	A	C	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=37;PP=2232;SC=CGCCTCCCCCAACCCGGGGCT;SOR=1.266;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=77;TCR=37;TR=112;WE=54385445;WS=54385427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	54385820	rs2547362	C	T	7037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=152;PP=2965;SC=GAAAGGGGGCCCTGAGGCAGA;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=82;TCR=152;TR=232;WE=54385828;WS=54385810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr19	54387313	rs307956	A	T	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=26;PP=1130;SC=TGGTTTTCTCAGTGTCCGAGT;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=67;WE=54387321;WS=54387303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	54445594	rs11324363	AG	A	9673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.747;NF=6;NR=183;PP=2975;ReadPosRankSum=0.155;SC=TCCTCGTCTTAGGGGGGTCTC;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=7;TCR=215;TR=189;WE=54445602;WS=54445584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:17,317:0.95:334
chr19	54483311	rs71949256	CGT	C	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,11:0.18:61
chr19	54483335	.	T	C	770.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.63;ReadPosRankSum=-1.160;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,38:0.62:61
chr19	54483337	rs202060954	T	C	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.75;ReadPosRankSum=0.142;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,62:0.91:68
chr19	54483339	rs12979538	T	C	2415.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.01;ReadPosRankSum=-1.456;SOR=0.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,64:0.93:69
chr19	54515415	rs12980121	G	C	8523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.625;SC=GGGTCCCTCTGTCCCAAGCGG;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=305;TCF=183;TCR=122;TR=295;WE=54515423;WS=54515405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,323:0.97:334
chr19	54544092	rs34886038	C	T	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.88;ReadPosRankSum=-0.818;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr19	54544177	rs1035829	C	T	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.741;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=914;ReadPosRankSum=2.533;SC=TTGGCCAGCACGATCCCCCCT;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=58;WE=54544185;WS=54544167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
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chr19	54554942	rs4442924	C	A	181.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=158;SC=TATGAATGACCCTGCTAACGC;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=54554950;WS=54554932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	54566901	rs662850	C	T	13543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,530:1.00:530
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chr19	54600232	rs1657535	A	C	3690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr19	54603130	rs4806708	C	G	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=9;PP=274;SC=CTGAGGCAGACTCTCACTCTG;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=54603138;WS=54603120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	54606116	.	T	A	559.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=383;ReadPosRankSum=0.666;SC=GGGAGCGGGTTCTCGCGCATA;SOR=1.697;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=25;WE=54606124;WS=54606106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,26:0.87:30
chr19	54606209	rs254260	T	G	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=31;PP=1241;SC=AAGTGCAGGTTCCGGTGGCGC;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=78;WE=54606217;WS=54606199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	54613420	rs12609379	G	A	4237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=50;PP=2398;SC=CAGAGGGGACGGAGAAGGGGT;SOR=1.130;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=92;TCR=51;TR=142;WE=54613428;WS=54613410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr19	54626055	rs56220912	C	G	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=39;PP=1124;SC=CCAGAGGCCTCAGGGTCTGGA;SOR=2.604;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=51;WE=54626063;WS=54626045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	54627097	rs2303557	T	C	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=21;PP=1546;SC=AGGCGGGAGATCCAGGAGGCT;SOR=1.358;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=68;WE=54627105;WS=54627087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	54627462	rs56234781	G	A	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=31;PP=778;SC=GCAAAGCCTCGTCTGTGGGAA;SOR=2.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=54627470;WS=54627452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	54631378	rs171703	T	C	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=3;PP=115;SC=ACTCGGGGGGTCCGCTCAGAG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=54631386;WS=54631368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	54631880	rs74716353	T	C	158.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=116;SC=CCCAGCCTCCTCCCCCCCGGC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=54631888;WS=54631870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	54632352	rs608608	C	G	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=10;PP=494;SC=GCTGGGCTTCCGGCTGGTGGA;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=54632360;WS=54632342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	54632423	rs655240	T	C	2765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=23;PP=1487;SC=CGCCTCCTCTTCCCCCTAGAT;SOR=1.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=59;TCR=23;TR=82;WE=54632431;WS=54632413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	54649671	rs36665	T	C	10985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=208;NR=274;PP=2965;ReadPosRankSum=0.829;SC=CCACCTCCCCTCCCAGCCACA;SOR=1.390;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=492;TCF=214;TCR=278;TR=482;WE=54649679;WS=54649660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,432:0.98:439
chr19	54652203	rs43211	T	C	4591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=79;PP=2510;SC=GCAGCGGAGGTGGAGGGAGCA;SOR=0.716;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=175;TCF=86;TCR=89;TR=164;WE=54652211;WS=54652193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr19	54653572	rs36661	C	T	4087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.281;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.326;NF=64;NR=90;PP=2401;ReadPosRankSum=0.108;SC=GCTGCACCCCCTGCCCCCACC;SOR=0.121;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=67;TCR=97;TR=154;WE=54653580;WS=54653562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,171:0.96:179
chr19	54653597	rs1611078	CTT	C	4518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.318;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.371;NF=6;NR=57;PP=2633;ReadPosRankSum=-1.992;SC=TTCTGGATCTCTTTCTCTGGC;SOR=0.150;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=6;TCR=62;TR=63;WE=54653606;WS=54653587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,105:0.97:108
chr19	54657069	rs42318	C	T	13703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=265;NR=234;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.070;SC=CTCTGCTCATCGGCACATTCT;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=527;TCF=279;TCR=248;TR=499;WE=54657077;WS=54657059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:32,534:0.94:566
chr19	54657877	rs4806718	T	C	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=59;PP=1918;SC=GCACACTCGCTTGGGGTGTGG;SOR=1.585;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=32;TCR=59;TR=91;WE=54657885;WS=54657867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	54664209	rs36657	G	C	4556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr19	54664752	rs36656	A	C	4703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr19	54665970	rs36655	C	T	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=63;PP=1982;ReadPosRankSum=1.699;SC=CCTGGAACTCCTGGGTCCCCG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=56;TCR=64;TR=118;WE=54665978;WS=54665960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,133:0.99:135
chr19	54667709	rs33938391	CTT	C	462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;QD=24.35;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	54667748	rs36654	G	A	372.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5169;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=292;ReadPosRankSum=-0.541;SC=TCGCTCTGTTGCCCAGCCTAG;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=16;WE=54667756;WS=54667738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr19	54668487	rs36653	C	T	1359.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.752;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=36;PP=916;ReadPosRankSum=-1.056;SC=TGGTTCCACCCGCTCCAGGAA;SOR=1.781;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=52;WE=54668495;WS=54668477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,56:0.88:64
chr19	54671789	rs56242780	CA	C	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=0.857;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,14:0.22:63
chr19	54672316	rs149646954	A	G	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.47;ReadPosRankSum=-0.623;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,67:0.97:69
chr19	54676763	rs641738	C	T	7565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=113;NR=147;PP=2965;SC=GGCCAGCCACCCCCTAGAGGA;SOR=0.939;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=263;TCF=114;TCR=149;TR=260;WE=54676771;WS=54676753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr19	54676814	.	G	GC	4002.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=71;PP=2936;SC=TTCTTCCATGGCCCAGGCTGG;SOR=1.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=2;TCR=78;TR=73;WE=54676822;WS=54676804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	54677759	rs4806721	T	C	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=4;PP=824;SC=GGAGCTTCTCTGGGGCAAGGC;SOR=2.948;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=54677767;WS=54677749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	54687334	rs254283	C	G	6493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr19	54691225	rs1865961	T	C	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=37;PP=1226;SC=GCCTTGGCCATTCACTCCACG;SOR=1.463;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=54691233;WS=54691215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	54696292	rs74269111	CT	C	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=1.638;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr19	54697079	rs7595	C	T	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=27;PP=1082;SC=GCTGGGCCCCCGAGGACACCA;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=66;WE=54697087;WS=54697069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	54697602	rs36622	G	A	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=43;PP=1274;SC=GGCCTGGAGGGGGGGGACTGA;SOR=1.240;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=34;TCR=44;TR=77;WE=54697610;WS=54697592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	54705317	rs158366	C	G	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=1191;ReadPosRankSum=-0.284;SC=TGTGCCAGTACGTGGGACTAC;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=62;WE=54705325;WS=54705307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,68:0.87:78
chr19	54705340	rs2304524	C	G	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=900;ReadPosRankSum=1.891;SC=TTGTCCACCCCCTTCTCCCCA;SOR=0.729;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=47;WE=54705348;WS=54705330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,51:0.82:62
chr19	54705588	rs17305304	A	G	5196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=1.050;SC=GATAAATGGAACCAGCCTTCT;SOR=0.799;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=178;TCF=74;TCR=104;TR=172;WE=54705596;WS=54705578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,191:0.97:196
chr19	54705619	rs36614	A	G	3792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=78;PP=2423;SC=GGCACTTGTGAAGTAGGAAAA;SOR=1.441;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=45;TCR=78;TR=123;WE=54705627;WS=54705609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	54705641	rs17305311	T	C	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=60;PP=1807;ReadPosRankSum=-0.647;SC=TGTATCTGGATCAGTCTTTGC;SOR=0.941;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=25;TCR=62;TR=85;WE=54705649;WS=54705631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr19	54711258	rs2304523	T	G	2738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	54720896	rs3745410	A	G	5192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.796;SC=CACTGGGGGCAGCTCCCGTGC;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=127;TCR=80;TR=200;WE=54720904;WS=54720886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,208:0.97:215
chr19	54723355	rs255774	A	G	6755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.695;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=0.853;SC=CGGGAGTCTGACCTGCAGCCC;SOR=1.498;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=93;TCR=151;TR=238;WE=54723363;WS=54723345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,250:0.98:256
chr19	54723409	rs117408808	G	A	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.963;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=74;PP=1858;ReadPosRankSum=-0.019;SC=CAGGGAAAGAGCCTGACCGTC;SOR=3.659;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=88;TCF=11;TCR=77;TR=83;WE=54723417;WS=54723399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,90:0.95:95
chr19	54723738	rs255772	G	C	2934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=5.599;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.91;MQRankSum=-1.861;QD=25.08;ReadPosRankSum=2.042;SOR=0.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,109:0.93:117
chr19	54723813	rs8101337	G	C	2689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQRankSum=-4.444;QD=27.73;ReadPosRankSum=1.585;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,69:0.71:97
chr19	54723822	rs2885369	GT	AC	2497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.822;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQRankSum=-5.094;QD=26.86;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,61:0.66:93
chr19	54723829	rs4023903	C	T	2385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.89;MQRankSum=-5.406;QD=25.38;ReadPosRankSum=-2.489;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,59:0.63:94
chr19	54723876	rs4023902	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=19.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQRankSum=-6.428;QD=1.76;ReadPosRankSum=-4.428;SOR=4.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,7:0.16:43
chr19	54726226	rs75672336	T	C	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.13;QD=24.15;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	54726324	rs79304773	G	C	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.47;QD=23.15;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	54735619	rs7250243	G	A	3501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=88;PP=2054;ReadPosRankSum=-0.189;SC=TTAAACAGGCGGGAGCCTCTG;SOR=0.783;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=442;TCF=223;TCR=219;TR=174;WE=54735627;WS=54735609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,189:0.41:465
chr19	54742738	rs448461	G	C	2902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.458;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.077;NF=91;NR=36;PP=1699;ReadPosRankSum=-1.079;SC=CCCCTCTGGAGGTCCTAGATT;SOR=0.654;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=278;TCF=200;TCR=78;TR=127;WE=54742746;WS=54742728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,138:0.46:300
chr19	54742999	rs8100079	C	A	6913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=2.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.356;QD=19.87;ReadPosRankSum=-0.090;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,181:0.52:348
chr19	54743004	rs8099961	A	T	6555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=1.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.335;QD=20.36;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,170:0.53:322
chr19	54743057	rs73053480	G	A	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=49;PP=1069;ReadPosRankSum=-1.669;SC=CCCCCCATCCGCCATTGACAG;SOR=0.675;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=144;TCF=42;TCR=102;TR=70;WE=54743065;WS=54743047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,77:0.50:155
chr19	54744163	rs3193486	T	C	3962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=5.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.622;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.523;NF=136;NR=60;PP=2962;ReadPosRankSum=0.048;SC=AGACCATGAGTTCCAGGGGCT;SOR=1.029;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=540;TCF=345;TCR=195;TR=196;WE=54744171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:381,198:0.34:579
chr19	54745907	rs62133127	A	G	1979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.126;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.629;NF=66;NR=31;PP=1256;ReadPosRankSum=-1.009;SC=CTCACCTGTCATCACCAGCTC;SOR=0.929;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=244;TCF=167;TCR=77;TR=97;WE=54745915;WS=54745897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,101:0.44:232
chr19	54746081	rs28445220	T	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=788;ExcessHet=3.0103;FS=0.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=-27.151;QD=0.43;ReadPosRankSum=2.070;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:679,106:0.14:785
chr19	54746300	.	C	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.804;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.31;ReadPosRankSum=-1.201;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
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chr19	54754820	rs429425	T	G	381.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=8.625;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.785;NF=13;NR=5;PP=223;ReadPosRankSum=1.901;SC=GAGTGAGAGGTAAGGAACGTG;SOR=1.414;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=18;WE=54754828;WS=54754810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
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chr19	54756302	rs415860	A	G	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=25;PP=1071;SC=GGGCAGTGAGAGGGCTGTGCG;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=61;WE=54756310;WS=54756292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	54756657	rs434755	C	T	7459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.22;ReadPosRankSum=-0.658;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,294:0.95:308
chr19	54759361	rs12975366	T	C	15789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=275;NR=287;PP=2965;ReadPosRankSum=0.093;SC=ATAGCCGACATCAGAGCGACA;SOR=0.468;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=583;TCF=284;TCR=299;TR=562;WE=54759369;WS=54759351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:20,618:0.97:638
chr19	54780012	rs183239618	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=13.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQRankSum=-5.637;QD=1.42;ReadPosRankSum=-2.036;SOR=2.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,11:0.20:56
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chr19	54780394	rs148142331	AC	A	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.523;NF=0;NR=4;PP=158;ReadPosRankSum=-0.562;SC=AAGGAAGGAAACCTAAAAACA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=4;WE=54780406;WS=54780384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
chr19	54780398	rs188606040	A	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.624;NF=0;NR=4;PP=172;ReadPosRankSum=-0.666;SC=AAGGAAACCTAAAAACACTCC;SOR=2.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=4;WE=54780406;WS=54780384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,3:0.18:17
chr19	54780798	.	TG	CA	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.354;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.599;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.86;MQRankSum=-4.978;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,37:0.29:127
chr19	54780805	rs189835390	G	A	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.90;MQRankSum=-5.874;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.616;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,31:0.29:108
chr19	54780839	.	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.983;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.570;NF=5;NR=15;PP=178;ReadPosRankSum=-0.432;SC=AGCGCCTACTGTGTGCAGGTG;SOR=1.569;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=20;WE=54780847;WS=54780829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,16:0.23:70
chr19	54783923	rs366337	A	G	3093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=59;PP=1842;SC=TGGGCTTGGGAATGGTCCCTG;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=102;WE=54783931;WS=54783913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	54849463	rs12976217	C	T	3928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=60;PP=2095;ReadPosRankSum=0.061;SC=CTCCTGAGGTCACCACAGGGC;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=77;TCR=63;TR=134;WE=54849471;WS=54849453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,155:0.96:161
chr19	54849481	rs7256494	T	G	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=59;PP=2186;ReadPosRankSum=-0.638;SC=GGCTTGGCAGTGCGGACAGGG;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=75;TCR=62;TR=131;WE=54849489;WS=54849471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,155:0.96:161
chr19	54849566	rs2241385	T	C	2696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=38;PP=1745;ReadPosRankSum=0.774;SC=CACCTTATCCTACAAGGCTGG;SOR=0.256;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=83;WE=54849574;WS=54849556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr19	54867572	rs7257187	C	T	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.780;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.22;ReadPosRankSum=-0.216;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,117:0.96:122
chr19	54870191	rs111949142	T	A	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.86;MQRankSum=-0.147;QD=20.55;ReadPosRankSum=-0.646;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr19	54875881	rs62132211	C	T	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=1.108;NF=47;NR=30;PP=1145;ReadPosRankSum=-1.097;SC=ACTGGGAAGACGGGACGAAGG;SOR=0.505;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=77;WE=54875889;WS=54875871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,80:0.91:88
chr19	54881850	rs77507448	G	T	2919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=2.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.65;MQRankSum=-4.332;QD=18.14;ReadPosRankSum=1.195;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,133:0.83:161
chr19	54971229	rs3745437	T	C	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=7;PP=706;SC=CACCTTCCCCTCAAGGAGGCT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=54971237;WS=54971219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	55009497	rs3865495	A	C	3253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.151;NF=65;NR=73;PP=2100;ReadPosRankSum=-1.116;SC=CTGCTACCACACCACCCTCAG;SOR=0.905;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=172;TCF=86;TCR=86;TR=138;WE=55009505;WS=55009487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,147:0.82:179
chr19	55044241	.	CT	C	501.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=2.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.327;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,49:0.32:154
chr19	55049049	.	CA	C	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=1.018;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr19	55085925	rs61739166	T	G	7098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=0.636;SC=TACAAGAGCCTGGGAAGAATG;SOR=0.610;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=284;TCF=150;TCR=134;TR=266;WE=55085933;WS=55085915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:19,295:0.94:314
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chr19	55087313	rs7249811	T	G	9520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.252;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=0.879;SC=GTGCAGCCGGTCCCCACAGTA;SOR=0.526;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=369;TCF=199;TCR=170;TR=347;WE=55087321;WS=55087303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:23,379:0.94:402
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chr19	55107854	rs116973751	G	T	5575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=20.96;ReadPosRankSum=1.713;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:28,238:0.89:266
chr19	55110773	rs45541031	G	A	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.97;MQRankSum=-0.775;QD=23.47;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,55:0.96:57
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chr19	55142300	rs2781771	A	G	4645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=1.391;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.82;ReadPosRankSum=-2.188;SOR=0.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,187:0.96:195
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chr19	55143982	rs10427127	T	C	5098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.201;SC=AGACCCTGACTCTGCAGTGTG;SOR=0.525;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=198;TCF=103;TCR=95;TR=190;WE=55143990;WS=55143972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,206:0.97:213
chr19	55144100	rs61737891	A	G	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.203;NF=35;NR=56;PP=1618;ReadPosRankSum=-0.976;SC=GGCCAACTTCACCCTGGGCCC;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=91;WE=55144108;WS=55144090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,102:0.97:105
chr19	55144623	rs61739171	C	T	8942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.41;ReadPosRankSum=0.634;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,346:0.98:352
chr19	55144684	rs61739244	G	A	7561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.354;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-1.355;NF=120;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=2.856;SC=CAGCCCATGCGGGGACCTACA;SOR=0.988;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=124;TCR=150;TR=266;WE=55144692;WS=55144674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,283:0.97:291
chr19	55144710	rs61739175	AG	TC	10431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.85;MQRankSum=-1.072;QD=43.65;ReadPosRankSum=0.278;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,235:0.98:239
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chr19	55145093	rs2114511	G	C	8551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.56;ReadPosRankSum=-0.688;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:23,340:0.94:363
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chr19	55145546	rs2098952	T	G	871.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.389;NF=21;NR=23;PP=728;ReadPosRankSum=0.318;SC=CTAGGTTCAGTCTCCTCTGGA;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=44;WE=55145554;WS=55145536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,33:0.89:37
chr19	55145566	rs117460180	A	G	620.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.19;MQRankSum=-1.918;QD=23.88;ReadPosRankSum=-1.691;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr19	55145587	rs2098953	T	C	446.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.96;MQRankSum=-1.666;QD=22.34;ReadPosRankSum=-1.095;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,18:0.90:20
chr19	55146036	rs10414552	C	T	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.907;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-1.269;NF=27;NR=12;PP=842;ReadPosRankSum=1.378;SC=CACCTGCACACAGTAGGCGCT;SOR=1.885;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=39;WE=55146044;WS=55146026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr19	55146070	rs10414578	C	T	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.31;MQRankSum=-1.518;QD=43.41;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr19	55146076	rs10414581	CA	TG	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.18;MQRankSum=-1.569;QD=42.54;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr19	55146139	rs1061683	A	G	3441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.550;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=-1.838;NF=87;NR=46;PP=2091;ReadPosRankSum=1.188;SC=GGTGGCCGTCATCCTACTGCT;SOR=1.138;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=92;TCR=49;TR=133;WE=55146157;WS=55146129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,139:0.95:146
chr19	55146462	rs67481620	GT	G	539.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQRankSum=-0.660;QD=36.00;ReadPosRankSum=1.557;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,14:0.93:15
chr19	55146469	rs62133428	G	A	548.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQRankSum=-0.660;QD=36.60;ReadPosRankSum=1.769;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,14:0.93:15
chr19	55146728	.	T	C	39	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=23;MQ=49.95;NF=3;NR=1;PP=39;QD=18.4428031368;SC=CAGCTGCCGATGCCCAGGAAG;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=4;WE=55146736;WS=55146718;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,4:0.25:16
chr19	55146824	rs10421766	G	A	473.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.69;MQRankSum=-0.647;QD=39.48;ReadPosRankSum=-0.647;SOR=3.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,11:0.92:12
chr19	55146824	.	GCT	ACC	557	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=23;MQ=49.68;NF=11;NR=2;PP=557;QD=46.9590672971;SC=GGAAAGGGGCGCTGGCTGGAA;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=13;WE=55146834;WS=55146814;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,13:0.87:15
chr19	55146826	.	T	C	473.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQRankSum=-0.689;QD=33.84;ReadPosRankSum=-0.797;SOR=2.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,13:0.93:14
chr19	55146853	rs10422981	T	C	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.122;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.405;NF=19;NR=11;PP=519;ReadPosRankSum=0.363;SC=GGGCTCAGGGTGAGATCATCT;SOR=1.108;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=30;WE=55146861;WS=55146843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr19	55147071	rs10421688	A	G	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-1.355;NF=31;NR=33;PP=990;ReadPosRankSum=2.132;SC=GTGAGACCCCACCCCTGTCCC;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=64;WE=55147079;WS=55147061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,77:0.95:81
chr19	55147445	rs1808512	G	C	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.15;QD=26.43;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	55147509	rs113420280	C	T	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.545;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.22;MQRankSum=-1.691;QD=20.42;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,74:0.91:81
chr19	55147542	rs117649119	A	C	1140.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=1.456;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.541;NF=21;NR=23;PP=659;ReadPosRankSum=-1.500;SC=AAGGAACATAAACCAGAGAAA;SOR=1.051;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=44;WE=55147550;WS=55147532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,50:0.86:58
chr19	55147593	rs188732935	G	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=1.770;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.973;NF=7;NR=10;PP=257;ReadPosRankSum=-0.250;SC=CTGAATGGAAGGGGAGGGCTG;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=17;WE=55147601;WS=55147583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr19	55148176	.	G	A	667.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.646;NF=21;NR=12;PP=610;ReadPosRankSum=0.227;SC=ACTCTCCCCCGCTGCAGGCTG;SOR=0.584;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=33;WE=55148184;WS=55148166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,33:0.87:38
chr19	55148242	rs1061684	C	T	3479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;MQRankSum=-0.284;QD=21.22;ReadPosRankSum=-1.325;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,150:0.91:164
chr19	55148299	rs41548213	C	A	7982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=4.336;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;MQRankSum=-0.242;QD=23.07;ReadPosRankSum=-1.716;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:21,325:0.94:346
chr19	55148331	rs8101240	C	T	8176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=1.835;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.40;ReadPosRankSum=0.150;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:21,344:0.94:365
chr19	55174498	rs28366008	T	C	5784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.474;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.37;ReadPosRankSum=-1.871;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,221:0.97:228
chr19	55175596	rs3050015	T	TGTGGGAG	6321.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=48;PP=2969;SC=CTGGGGATGATGTGGGAGCCC;SOR=0.905;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=101;TCF=33;TCR=68;TR=69;WE=55175604;WS=55175586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	55176705	rs11574572	G	C	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.25;ReadPosRankSum=-0.717;SOR=0.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr19	55179364	rs1048801	A	G	3631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=53;PP=2193;SC=ACCTACGCCCAGCTGCACAGC;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=73;TCR=53;TR=125;WE=55179372;WS=55179354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	55246731	rs77241525	C	A	4711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=80;PP=2965;SC=TAACTCCAGACACCTGCACGT;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=103;TCR=80;TR=183;WE=55246739;WS=55246721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr19	55246909	rs62132700	G	A	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.52;QD=44.17;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	55246909	.	GCA	ACT	1207	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=53.8;NF=8;NR=22;PP=1207;QD=42.0155958287;SC=TTCCTCACAGGCAGGATGGTC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=30;WE=55246919;WS=55246899;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr19	55246911	rs62132701	A	T	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.52;QD=44.17;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	55315307	rs112963206	C	G	95.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.40;QD=19.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	55344170	rs78732506	C	T	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	55346424	rs4806585	C	A	101.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	55350963	.	T	TCCCGGAGCTCCTATGACATGTA	142	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.81;QD=47.33;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	55378008	rs3745902	C	T	9741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.069;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.280;NF=191;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=1.714;SC=CAGGAGGTGACGTACGCACAG;SOR=0.461;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=374;TCF=198;TCR=176;TR=357;WE=55378016;WS=55377998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,384:0.96:400
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chr19	55386890	rs11084377	A	G	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=28;PP=886;SC=AAGAAATTGAAGAATAGCCTG;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=58;WE=55386898;WS=55386880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	55386920	rs8112766	A	G	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.651;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=709;ReadPosRankSum=-0.648;SC=TCTTATTTTAATCCCCATTCT;SOR=0.746;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=47;WE=55386928;WS=55386910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr19	55420537	.	G	GA	564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=5.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.583;QD=14.12;ReadPosRankSum=0.752;SOR=2.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,34:0.85:40
chr19	55420801	rs3765013	C	A	7026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.677;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.363;SC=CACAGCCCACCGAGGGACATA;SOR=0.503;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=254;TCF=133;TCR=121;TR=247;WE=55420809;WS=55420791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,274:0.98:279
chr19	55420924	rs3765014	C	G	3932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=83;PP=2509;ReadPosRankSum=-1.338;SC=GCCGCCATGTCCTACCTGGAG;SOR=0.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=60;TCR=84;TR=142;WE=55420932;WS=55420914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,150:0.98:153
chr19	55423488	rs73619967	T	C	3075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.182;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=41;PP=1948;ReadPosRankSum=0.080;SC=AGTGCTGGGGTGGAGGAGGTC;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=133;TCF=86;TCR=47;TR=120;WE=55423496;WS=55423478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:14,124:0.90:138
chr19	55423530	rs73619969	C	T	5733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.918;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.75;ReadPosRankSum=-0.408;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:18,234:0.93:252
chr19	55438940	.	AAAAC	A	5440.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.51;MQRankSum=1.195;QD=37.26;ReadPosRankSum=0.817;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,138:0.95:146
chr19	55439166	rs269933	T	C	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=20;PP=609;SC=AACATGGAAATCCACGCATTC;SOR=3.180;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=24;WE=55439174;WS=55439156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	55439197	rs269934	A	C	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=16;PP=375;SC=TAGTGGCTCAAGCGTGTAATC;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=55439205;WS=55439187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	55441769	rs269949	G	A	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=3;PP=231;SC=GACCGAAGCCGCAGTGAGCCG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=12;WE=55441777;WS=55441759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	55441902	rs269950	T	C	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.411;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.51;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,94:0.92:102
chr19	55441995	rs269951	A	G	2258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.023;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=42;PP=1107;ReadPosRankSum=2.798;SC=CCTCTGAGAGATATCTACAGC;SOR=0.176;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=81;WE=55442003;WS=55441985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,93:0.94:99
chr19	55450696	rs775880	G	A	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=3.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=-11.732;QD=2.01;ReadPosRankSum=1.443;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,67:0.19:361
chr19	55452194	.	C	CA	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-1.504;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr19	55481746	rs75741558	C	T	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=643;ReadPosRankSum=-1.154;SC=AGGCCAGGCGCGCTGGCTCAC;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=39;WE=55481754;WS=55481736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
chr19	55488180	.	CT	C	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=3.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.454;SOR=0.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,46:0.37:125
chr19	55493441	rs55799796	C	T	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=10;PP=445;SC=CCACTGTGCCCGGCCAACACA;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=55493449;WS=55493431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	55494320	rs147207921	G	A	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5979;FS=3.174;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=1.338;NF=13;NR=10;PP=324;ReadPosRankSum=-0.441;SC=GGGAGGACCCGGTCCCCACCT;SOR=0.458;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=23;WE=55494328;WS=55494310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr19	55494612	rs61735082	A	G	2579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.497;HP=4;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.460;NF=34;NR=19;PP=891;ReadPosRankSum=-2.529;SC=CCTGTTCTACACCCTGGAGAA;SOR=1.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=53;WE=55494620;WS=55494602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,60:0.88:68
chr19	55494631	rs61735083	AA	GG	4512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQRankSum=-2.013;QD=39.94;ReadPosRankSum=-0.620;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,101:0.89:113
chr19	55494638	rs61735084	T	C	4801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQRankSum=-1.936;QD=37.51;ReadPosRankSum=-0.049;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,115:0.90:128
chr19	55494651	rs34804158	A	G	5341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.724;NF=79;NR=42;ReadPosRankSum=-1.049;SC=GGACGGCCACACCTGGGACAT;SOR=0.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=87;TCR=46;TR=121;WE=55494659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,140:0.92:153
chr19	55494740	rs10412915	T	C	5860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=1.180;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.63;MQRankSum=-0.570;QD=23.63;ReadPosRankSum=-1.445;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,237:0.96:248
chr19	55496494	rs61733928	C	T	4193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.96;ReadPosRankSum=1.017;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,164:0.98:168
chr19	55497506	rs71367132	C	T	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.82;ReadPosRankSum=-0.773;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr19	55497843	rs1036231	T	C	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=459;ReadPosRankSum=-0.463;SC=CTTGAGTTTCTACTTGCCTTG;SOR=0.818;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=23;WE=55497851;WS=55497833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr19	55501348	rs71269532	C	CA	314	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=-1.649;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,23:0.85:27
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chr19	55501834	rs1654496	C	A	3004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.429;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=34;PP=1844;ReadPosRankSum=-0.291;SC=GAAGTTGGACCTGTCAACCGT;SOR=0.139;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=94;WE=55501842;WS=55501824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,110:0.97:113
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chr19	55525894	rs1671151	G	A	4786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=71;PP=2965;SC=AGGGAAGCACGGGAGGATTTT;SOR=0.837;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=93;TCR=72;TR=164;WE=55525902;WS=55525884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	55526345	rs1671152	T	G	12338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=120;NR=145;PP=2965;SC=TGACCCCCGTTTGATTTCCGG;SOR=0.989;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=265;TCF=120;TCR=145;TR=265;WE=55526381;WS=55526335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr19	55526359	rs1654413	A	T	12207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=132;PP=2965;SC=TTTCCGGGTCAGCGGGAGGGG;SOR=0.989;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=109;TCR=133;TR=241;WE=55526381;WS=55526335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr19	55526373	rs2304166	G	C	10640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=124;PP=2965;SC=GGAGGGGCGGGAGGGGCGGAA;SOR=1.131;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=91;TCR=124;TR=215;WE=55526381;WS=55526335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr19	55527081	rs2304167	C	T	2916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	55527189	rs1671153	G	T	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.58;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	55527276	rs1654484	T	C	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=11;PP=326;SC=GAGGCTGAGGTAGGAGGCTGG;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=55527284;WS=55527266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	55529836	rs1654415	C	T	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=209;SC=TCACCCAAAACGCTCCTCCTT;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=55529844;WS=55529826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	55529933	rs1671192	A	G	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=19;PP=1096;SC=CGGTGAAGTGATTAAAAGCCT;SOR=1.571;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=57;WE=55529941;WS=55529923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	55530035	rs1654416	C	T	5385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
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chr19	55538980	rs1654425	T	C	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=33;PP=1319;SC=CGCTGGGGGCTGACCACAGGT;SOR=1.090;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=89;WE=55538988;WS=55538970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	55539061	rs892089	A	G	4807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=89;NR=74;PP=2715;SC=TGATGATGGGAAAACTAGCCC;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=167;TCF=91;TCR=76;TR=163;WE=55539080;WS=55539051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr19	55539072	rs892090	T	G	4800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	55570574	rs1654447	A	G	3160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=60;NR=47;PP=1606;SC=CTGTGTTGGCACCCGTCACGA;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=60;TCR=47;TR=107;WE=55570582;WS=55570564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	55574403	rs1654455	C	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.300;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,4:0.10:40
chr19	55574412	rs1654456	G	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.468;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,4:0.11:37
chr19	55574429	rs113253419	A	AGGCGTCC	1249.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=654;SC=GTCAGGCGTCAGGGGTCGGCG;SOR=0.976;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=11;WE=55574437;WS=55574419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	55574468	rs1654458	G	A	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=11;PP=413;SC=AGCCGCCTGGGTAGCTCCGAG;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=55574476;WS=55574458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	55574496	rs10417529	G	A	592.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5066;FS=6.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.709;NF=11;NR=6;PP=261;ReadPosRankSum=2.159;SC=GCGCGACGCAGCCACAGGCGA;SOR=0.549;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=17;WE=55574504;WS=55574486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr19	55587648	rs372742476	TG	T	3073.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5820;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.246;NF=27;NR=25;PP=1777;ReadPosRankSum=-0.389;SC=GAGGAGGGGCTGGGGGCCTGG;SOR=0.381;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=52;WE=55587676;WS=55587637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,71:0.97:73
chr19	55587658	rs62124197	G	A	3496.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.616;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.79;MQRankSum=-0.168;QD=42.13;ReadPosRankSum=-0.713;SOR=0.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,81:0.98:83
chr19	55587668	rs61448344	C	T	3655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.608;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;MQRankSum=-0.120;QD=38.08;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,93:0.97:96
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chr19	55589384	rs79473534	T	C	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=39;PP=1531;ReadPosRankSum=-0.267;SC=AAGCCCTTGCTGCCCTGCTTG;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=60;TCR=40;TR=97;WE=55589392;WS=55589374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,103:0.97:106
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chr19	55660537	rs9636153	T	C	8405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.635;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=1.076;SC=ACCTAGGCTGTGTCTGAGATG;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=352;TCF=171;TCR=181;TR=327;WE=55660545;WS=55660527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:26,356:0.93:382
chr19	55665584	rs7252610	A	C	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	55671337	rs890872	C	T	2992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.46;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	55672967	rs12104158	G	T	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=5.119;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.49;ReadPosRankSum=-0.144;SOR=1.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr19	55677523	rs3848619	C	T	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.718;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=671;ReadPosRankSum=-1.382;SC=CTGGGATTCGCAGTCCGCAGA;SOR=1.662;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=41;WE=55677531;WS=55677513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,44:0.85:52
chr19	55678188	.	TA	T	1860.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=31;PP=1577;SC=GGGGCGGTGCTAGAACAGGTT;SOR=2.352;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=36;WE=55678196;WS=55678178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	55697932	rs10522859	C	CCAGGCAGAGAGACCCAGAGAGGCACAGAGACAAGACCA	497.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=99.55;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:0,5:1.00:5
chr19	55699454	rs890870	T	C	6039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.51;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr19	55699455	.	G	C	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.197;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.078;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,86:0.49:174
chr19	55708557	rs2288521	A	G	8834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.477;SC=AAATTGTACAACGTCCCGGGT;SOR=0.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=350;TCF=208;TCR=142;TR=329;WE=55708565;WS=55708547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:22,354:0.94:376
chr19	55709928	rs2288519	C	T	1078.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.891;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=12;PP=961;ReadPosRankSum=0.909;SC=TACTCTTCATCTCCCAAGGAG;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=52;WE=55709936;WS=55709918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,43:0.84:51
chr19	55710074	rs16986309	G	A	6733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.003;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=0.024;SC=CAGACGGTGAGGTGGTACAGG;SOR=0.293;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=135;TCR=116;TR=242;WE=55710082;WS=55710064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,275:0.97:284
chr19	55713535	rs2288515	G	A	7353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.864;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=4.804;NF=139;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=2.789;SC=ATGTTGGTGTGTGCTGTGCTT;SOR=0.567;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=147;TCR=137;TR=269;WE=55713543;WS=55713525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:20,295:0.94:315
chr19	55716800	rs2288516	A	G	6577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.273;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-2.187;NF=113;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=3.082;SC=CGGTGATGTTAGTGTGTGCTG;SOR=0.207;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=246;TCF=116;TCR=130;TR=234;WE=55716808;WS=55716790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,242:0.95:254
chr19	55741961	rs28678477	G	C	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	55742071	rs116604313	G	A	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.42;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	55751123	rs8104509	G	A	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=32;PP=1463;SC=TATCGGTGGCGGTGGGAGGCT;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=77;WE=55751131;WS=55751113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	55758628	rs7258327	C	T	3470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=73;PP=2111;SC=GGCCCCGCCCCGGGACTGCCC;SOR=1.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=40;TCR=73;TR=113;WE=55758636;WS=55758618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	55785715	rs11427517	A	AC	191.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=145;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CCCACCCGGCACCCCCCCCCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=7;WE=55785723;WS=55785707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr19	55790886	rs10701478	A	AGCCGCCGCC	4706.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.141;NF=18;NR=27;PP=2980;ReadPosRankSum=1.549;SC=CCAGCCGAGGAGCCGCCGCCG;SOR=0.731;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=45;WE=55790894;WS=55790876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,106:0.96:110
chr19	55791091	rs62126354	C	T	3843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.89;ReadPosRankSum=0.081;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:18,166:0.90:184
chr19	55795758	rs201695409	A	AC	308.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;QD=30.87;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	55800789	rs62126358	C	G	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=18;PP=1023;ReadPosRankSum=-0.376;SC=AGTGGGAGACCAGGCCCTTTG;SOR=1.025;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=60;WE=55800797;WS=55800779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,62:0.93:67
chr19	55801050	rs78811144	G	A	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=894;ReadPosRankSum=0.572;SC=GGCCCTTGGGGGCATGTGGAG;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=50;WE=55801058;WS=55801040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,56:0.88:64
chr19	55813457	rs76773991	G	C	4757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.27;ReadPosRankSum=1.770;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,186:0.95:196
chr19	55815386	rs5828618	A	AT	653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.16;MQRankSum=0.689;NF=5;NR=18;PP=265;ReadPosRankSum=1.582;SC=CTCCCATCTGATTTTTTTTTT;SOR=0.558;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=23;WE=55815394;WS=55815376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,43:0.74:58
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chr19	55820142	.	CCGTGGGTGGCGGGGGG	C	253	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=17;MQ=59.43;NF=1;NR=1;PP=253;QD=160.385855181;SC=GTGGCGGGGGCCGTGGGTGGC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=2;WE=55820165;WS=55820132;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,2:0.67:3
chr19	55866336	.	G	GC	578.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.54;ReadPosRankSum=-1.915;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr19	55869892	rs28420516	C	T	11974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=7.458;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;MQRankSum=-0.237;QD=40.59;ReadPosRankSum=-0.989;SOR=0.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,286:0.97:295
chr19	55869903	rs28712579	T	C	7718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=6.495;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;MQRankSum=-0.253;QD=23.75;ReadPosRankSum=-1.315;SOR=0.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,314:0.97:325
chr19	55870104	rs12974819	G	C	9231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=171;NR=150;PP=2965;SC=GGATTTCGAGGGCTGCTCTTT;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=321;TCF=171;TCR=150;TR=321;WE=55870112;WS=55870094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr19	55870600	rs12460416	C	G	6405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=96;NR=126;PP=2965;SC=ATCTGGTATTCGGTAGGTGAG;SOR=1.108;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=224;TCF=96;TCR=128;TR=222;WE=55870608;WS=55870590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr19	55871019	rs12609732	A	G	2878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=41;PP=1666;SC=AGATGTGACAAGGCCAGATGG;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=51;TCR=42;TR=92;WE=55871027;WS=55871009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	55872397	rs2124918	A	G	6003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=118;NR=144;PP=2965;SC=TCCTGACGTCAGCATGCTCCA;SOR=1.511;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=267;TCF=122;TCR=145;TR=262;WE=55872405;WS=55872387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr19	55872566	rs2124919	A	G	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=51;PP=1710;SC=GTCTCTGAGCAGCCACCGTCT;SOR=0.928;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=52;TCR=51;TR=102;WE=55872574;WS=55872556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	55872955	rs11673554	G	C	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	55880385	rs62128183	G	T	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=15;PP=487;SC=TGGACTCCCGGGTCTGAGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=55880393;WS=55880375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	55888518	.	T	TCCTGGGTCTGAGGGAGGAGGGGCTGGGCCTGGACA	1067.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;QD=53.39;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	55888542	.	TGG	T	254	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=61;MMLQ=21;MQ=55.31;NF=2;NR=7;PP=254;QD=31.6666666667;SC=GAGGAGGGGCTGGGGGCCTGG;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=9;WE=55888551;WS=55888532;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,9:0.38:24
chr19	55895588	rs1870074	G	A	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=14;PP=389;SC=GCACCCGGCGGGCTCCCCTGC;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=55895596;WS=55895578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	55903158	rs10653185	C	CAG	1749.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=997;SC=CAGATGGACTCATGATCACAG;SOR=1.151;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=20;WE=55903166;WS=55903148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	55913286	rs11393810	T	TC	1044.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=932;SC=TCATCTTTGCTCCTGTCTCCC;SOR=2.694;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=23;WE=55913294;WS=55913276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	55993260	rs34864744	A	G	6060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=161;PP=2965;SC=CGCCCCGGGTACCGCCTCCGC;SOR=2.844;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=222;TCF=59;TCR=163;TR=220;WE=55993268;WS=55993250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr19	55993790	rs7254184	A	G	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=37;PP=1365;SC=GCCACGTGGAAGAGGCCGCGG;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=74;WE=55993798;WS=55993780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	55993876	rs10423355	T	C	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=47;PP=1807;SC=GCCGCCCCCGTCCCGCCGCCA;SOR=2.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=11;TCR=47;TR=58;WE=55993884;WS=55993866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	55996939	rs3745450	G	A	595.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=447;ReadPosRankSum=-0.443;SC=GTCCTGATCTGGGAAGTGCCG;SOR=1.426;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=24;WE=55996947;WS=55996929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr19	55998262	rs77664073	C	T	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.18;ReadPosRankSum=-0.893;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,61:0.92:66
chr19	55999993	rs4405662	A	G	5963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.85;ReadPosRankSum=1.382;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:15,258:0.95:273
chr19	56000243	.	G	GGGAGCACCAAAGCCGTGGTCCCCAGCCCTGACTTCAGGGGCCAGACATCTGCAGCCCCACCCGCCTCAGAGACCTGCGTCTCAGCCAGCCCCTC	962.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.726;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=28.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=50.67;ReadPosRankSum=2.517;SOR=5.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr19	56000246	.	T	TCCAGAGTCCTTCCTCCCAGCAGTGGGGGTTTCTGGTTCAGAG	841.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.37;MQRankSum=-0.833;QD=70.14;ReadPosRankSum=1.474;SOR=4.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,11:0.92:12
chr19	56000250	.	T	TGAGGACC	992.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.755;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=27.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQRankSum=-0.988;QD=41.36;ReadPosRankSum=2.709;SOR=4.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr19	56000429	.	GC	G	890.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;NF=0;NR=39;PP=595;SC=CCATCTGCCCGCCCCCCCCCC;SOR=6.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=0;TCR=48;TR=39;WE=56000438;WS=56000419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	56000896	rs62130160	G	T	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=33;PP=1303;ReadPosRankSum=0.578;SC=CCTTCTTCGGGGAGGGGGCAG;SOR=0.768;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=75;WE=56000904;WS=56000886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,81:0.98:83
chr19	56001419	rs10716127	CG	C	109.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5906;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=13;PP=481;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CTGCCCCCCCCGAGGGGAGAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=56001427;WS=56001409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr19	56001871	rs4274529	C	T	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=52;PP=1308;ReadPosRankSum=-0.601;SC=TCTCCTTAGCCGGGGCCCTGG;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=84;WE=56001879;WS=56001861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,92:0.94:98
chr19	56024519	rs671542	T	C	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
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chr19	56024599	rs671152	A	G	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=13;PP=349;SC=GTAAAGAGACAGATTCCAGAC;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=18;WE=56024607;WS=56024589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr19	56030428	rs10217	C	A	3083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=36;NR=53;PP=1521;SC=ACAAAAAAAACCCCCAAAGTA;SOR=1.138;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=89;WE=56030436;WS=56030418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	56041255	rs620251	C	G	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=51;PP=1750;SC=TCGGCCGCGGCGGCCAGGCCG;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=44;TCR=52;TR=95;WE=56041263;WS=56041245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	56047448	rs310453	A	G	5440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
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chr19	56052337	rs55643341	A	AC	20187.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=795;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.589;NF=38;NR=268;PP=2966;ReadPosRankSum=1.355;SC=GCTCCCCAAAACCCAGGTCCC;SOR=0.945;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=330;TCF=41;TCR=289;TR=306;WE=56052345;WS=56052327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,769:0.99:773
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chr19	56055436	rs694398	A	G	3259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=46;PP=1904;ReadPosRankSum=-0.832;SC=TGGGATAAGCACTCCCAACCT;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=85;TCR=49;TR=126;WE=56055444;WS=56055426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,138:0.94:147
chr19	56056184	rs491639	A	G	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	56114045	rs1077806	C	T	5256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=1.115;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.96;ReadPosRankSum=-1.270;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,217:0.95:229
chr19	56114237	rs310459	G	A	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=61;PP=1846;SC=GGGCCGAGGAGGAGGAGGAGA;SOR=1.350;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=105;TCF=44;TCR=61;TR=100;WE=56114245;WS=56114227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	56160399	rs7246799	T	C	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=5;PP=771;SC=CTGGGGTCCGTAGGAAGCCGC;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=56160407;WS=56160389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	56162776	rs2287791	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=-1.146;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,9:0.16:55
chr19	56170771	rs537728	G	A	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=20;PP=648;SC=GTGTTGGCCGGCCTGTGGGTG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=41;WE=56170779;WS=56170761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	56171778	rs507498	A	C	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=42;PP=2553;SC=TGGAGCTTACATGGTTGCGGG;SOR=1.079;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=65;TCR=43;TR=107;WE=56171786;WS=56171769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	56175147	rs2303087	C	A	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.41;ReadPosRankSum=-2.022;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,91:0.91:100
chr19	56175147	.	CAG	AAA	2817	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=30;NR=47;PP=2817;QD=20;SC=CTTTCTCCCCCAGTCCTGTTC;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=77;WE=56175157;WS=56175137;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,77:0.88:88
chr19	56175149	rs310444	G	A	4245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.89;SOR=1.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	56179746	rs58490076	G	A	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=681;ReadPosRankSum=-0.801;SC=GGCACGTGGCGACCCCTCCCT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=28;WE=56179754;WS=56179741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr19	56188772	rs10415521	T	C	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.191;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=497;ReadPosRankSum=1.880;SC=CTTGACTCTCTTGTTTCTCGT;SOR=1.198;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=19;WE=56188780;WS=56188762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr19	56203229	rs199806653	C	T	11257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=228;PP=2965;ReadPosRankSum=1.018;SC=ACGGCTGCCCCCACCTCGGAC;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=408;TCF=174;TCR=234;TR=394;WE=56203237;WS=56203219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,433:0.97:445
chr19	56220245	rs2287832	C	G	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=3;PP=440;SC=CAAGGAAAGCCTTTGTGAGAC;SOR=2.468;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=56220253;WS=56220235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	56241265	rs193384	A	G	3365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=49;PP=1903;SC=AGGGATCATCAAGGCTGGTAT;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=61;TCR=49;TR=109;WE=56241273;WS=56241255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	56243341	rs370307959	C	T	2934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.40;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,124:0.95:131
chr19	56249445	rs755804	A	G	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=11;PP=711;ReadPosRankSum=0.697;SC=TCCTCGCCCCATCATCCAGCA;SOR=0.402;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=47;WE=56249453;WS=56249435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,54:0.96:56
chr19	56273136	rs59333538	T	C	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.31;QD=26.47;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	56273155	rs62126990	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=7.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.44;MQRankSum=-1.942;QD=6.46;ReadPosRankSum=1.278;SOR=2.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr19	56273285	rs200422093	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.44;MQRankSum=-0.366;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.712;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr19	56273293	rs2019946	G	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=11.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.28;MQRankSum=-0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.431;SOR=2.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr19	56274086	rs138079370	G	A	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.08;MQRankSum=-2.161;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.747;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,43:0.49:88
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chr19	56477710	rs306496	T	C	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=46;PP=1172;ReadPosRankSum=-0.777;SC=CTATGCAGGGTGCTGAGATCC;SOR=0.599;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=84;WE=56477718;WS=56477700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,90:0.97:93
chr19	56487430	rs306483	G	A	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.20;ReadPosRankSum=-0.634;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
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chr19	56487603	rs306481	A	G	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.682;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.91;ReadPosRankSum=-0.977;SOR=0.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,105:0.95:111
chr19	56490778	rs306475	C	T	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=338;ReadPosRankSum=-0.025;SC=ACTGCCTGTTCACCTCCATCT;SOR=1.314;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=24;WE=56490786;WS=56490768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
chr19	56499279	rs306457	G	C	4313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.004;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.36;ReadPosRankSum=-0.680;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:15,187:0.93:202
chr19	56499345	rs306455	A	G	2144.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.8605;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=51;PP=1277;ReadPosRankSum=0.077;SC=GGCAAATACCAGGCGTTATCA;SOR=0.710;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=77;WE=56499353;WS=56499335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,89:0.90:99
chr19	56511082	rs35427984	C	G	3944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	56515334	rs1560691	C	T	4169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.42;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,174:0.94:186
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chr19	56527179	rs149794790	T	TC	5850.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.285;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=46;PP=2957;ReadPosRankSum=0.622;SC=ATGAAATAGATCTATTCATTT;SOR=0.272;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=72;WE=56527187;WS=56527169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,164:0.95:172
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chr19	56527345	rs12610242	C	T	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=35;PP=859;ReadPosRankSum=0.515;SC=GAACCTTGCACGTTCACTACG;SOR=0.507;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=44;WE=56527353;WS=56527335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,49:0.94:52
chr19	56530664	rs306428	A	G	9331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=-5.086;NF=219;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=0.352;SC=TCTCTGACTCAAATAATAAAC;SOR=0.621;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=371;TCF=226;TCR=145;TR=358;WE=56530672;WS=56530654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,383:0.97:394
chr19	56530874	rs147415314	T	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=9.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.17;MQRankSum=-4.432;QD=1.03;ReadPosRankSum=0.522;SOR=2.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,9:0.14:64
chr19	56531729	.	A	ATTC	1284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.694;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.526;NF=3;NR=27;PP=1383;ReadPosRankSum=1.113;SC=GTTGGAATTCATTCTTTTGCA;SOR=2.190;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=30;WE=56531737;WS=56531719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr19	56538203	rs3103612	C	A	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=439;ReadPosRankSum=1.618;SC=TGACCTCCCACAGTGCTGGGA;SOR=2.884;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=22;WE=56538211;WS=56538193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr19	56538976	rs471979	G	C	5323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.31;ReadPosRankSum=-0.151;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,205:0.94:219
chr19	56539240	rs397977	C	T	4820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=80;PP=2903;SC=CAGTGTTTGACGGTGACGACC;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=83;TCR=80;TR=163;WE=56539248;WS=56539230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr19	56552230	rs2569425	A	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=636;ReadPosRankSum=-0.650;SC=AAAGGAGGGAAAGATGGAACT;SOR=2.376;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=26;WE=56552238;WS=56552223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr19	56561749	rs2574762	A	G	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=5;PP=443;SC=GGGAATGAGCATCACGATCTT;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=56561757;WS=56561739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	56564916	rs35553570	G	C	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=31;NR=15;PP=868;SC=AGGAATAAAGGAAACTCCAGT;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=46;WE=56564924;WS=56564906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	56565164	rs3103057	G	A	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=41;PP=1184;SC=CAGTGTTCTGGCGAGACTCGG;SOR=1.216;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=72;WE=56565172;WS=56565154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	56599405	rs4077285	C	G	238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=13;PP=538;SC=GCCCTCCCCACCGCGGCACTC;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=56599413;WS=56599395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	56599437	rs5828672	CTCG	C	1561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=23;PP=1444;SC=CGCCCGCGGCCTCGTCGTCGT;SOR=1.040;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=29;WE=56599463;WS=56599427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	56691912	rs274171	G	C	5256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=62;PP=2965;SC=CGCCTGCCCCGCTTTCTGTCT;SOR=1.221;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=109;TCR=62;TR=170;WE=56691920;WS=56691902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr19	56693643	rs274174	T	C	4261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr19	56694505	rs575756	C	T	3993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr19	56703248	rs527025	G	A	3445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=38;PP=1825;SC=GCGACCCTGGGCAGGATCTGC;SOR=0.993;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=69;TCR=38;TR=107;WE=56703256;WS=56703238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	56901293	rs6509995	C	T	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.920;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=995;ReadPosRankSum=0.948;SC=CAGGGAAGATCTTCTAAGACA;SOR=1.238;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=53;WE=56901301;WS=56901283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,57:0.93:61
chr19	56904509	rs11439847	T	TA	1438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.382;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,98:0.62:159
chr19	56918560	rs4801159	T	A	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=194;SC=GAACATTTTGTTTTTCTTCCA;SOR=2.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=56918582;WS=56918550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	56918574	rs2288862	T	C	177.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=142;SC=TCTTCCAAAATTCTGCAACCT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=56918582;WS=56918550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	56918598	rs2288863	T	C	127.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=148;SC=AAGGTTCCATTCATCCAGTGA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=56918606;WS=56918588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	56935527	rs3810340	A	G	5450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=1.416;SC=GTGGGAAAGCATTTAGCTATA;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=111;TCR=84;TR=191;WE=56935535;WS=56935517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,212:0.98:216
chr19	56953585	rs3760849	T	C	6987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.822;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.600;SC=ATTGAAGGCTTTTCCGCACTT;SOR=0.590;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=266;TCF=136;TCR=130;TR=245;WE=56953593;WS=56953575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:22,272:0.93:294
chr19	56953863	rs8107758	T	C	4061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=48;PP=2391;SC=GCTTCTCTCCTGTATGAATGT;SOR=1.308;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=84;TCR=48;TR=132;WE=56953871;WS=56953853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	57023025	rs67525856	CTT	C	9313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=102;PP=2969;SC=CTGTTTAGGACTTTTTGTAAT;SOR=0.710;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=134;TCF=24;TCR=110;TR=123;WE=57023034;WS=57023015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr19	57027606	rs10419939	C	T	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=15;PP=1094;SC=TCTTTGGACACGAGCATTGGT;SOR=2.080;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=56;WE=57027614;WS=57027596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	57036012	rs11667052	G	T	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=23;PP=1102;SC=AAAATTCTATGGTAATAAAAC;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=57036020;WS=57036002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	57036193	.	C	T	3549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.7195;FS=1.177;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=53;PP=1784;ReadPosRankSum=0.429;SC=TGCTCAACATCACAGAACACA;SOR=0.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=135;TCF=76;TCR=59;TR=124;WE=57036201;WS=57036183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,146:0.93:157
chr19	57036653	rs3752176	G	A	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=38;PP=1541;SC=TACAAATGTGGTGTGTGTGGA;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=77;WE=57036661;WS=57036643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	57037103	rs16987303	C	G	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.248;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=52;PP=1785;ReadPosRankSum=1.112;SC=AGCCAAACTTCCAATCTTACT;SOR=0.439;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=110;WE=57037111;WS=57037093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,127:0.91:139
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chr19	57062073	rs379214	T	C	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr19	57085769	rs10421285	G	C	7486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.158;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.793;SC=TTAGGGTTCAGTGACTTTCAC;SOR=0.343;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=239;TCF=130;TCR=109;TR=239;WE=57085777;WS=57085759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,268:1.00:269
chr19	57087951	rs995934	G	A	131.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=102;SC=CTAATCTTATGTAAGAACCAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=57087959;WS=57087949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	57089050	rs4801177	C	T	5011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=88;PP=2965;SC=CATAAGAGAACTCATACTGGA;SOR=0.986;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=78;TCR=88;TR=166;WE=57089058;WS=57089040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr19	57089375	rs4570977	A	G	4046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=53;PP=2321;SC=ACCTCGCGCAACATCAGAAAA;SOR=0.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=72;TCR=53;TR=125;WE=57089383;WS=57089365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr19	57293394	rs2286751	A	G	3428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=64;NR=45;PP=1836;SC=CACTAAGGGAACTAAGTTCCT;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=109;WE=57293402;WS=57293384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	57327503	rs33931963	A	G	6233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.870;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=0.154;SC=ATTTTGCCTCATAGACATTTT;SOR=0.559;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=130;TCR=123;TR=233;WE=57327511;WS=57327483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:20,261:0.93:281
chr19	57335179	rs1860566	T	C	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=69;PP=2241;SC=CATTTCTGAGTTCAAAACCCT;SOR=1.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=50;TCR=69;TR=119;WE=57335187;WS=57335169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr19	57641146	rs1027392	A	G	4829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=75;PP=2965;SC=TTTTCTGGCAACATGCAGAAT;SOR=0.753;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=79;TCR=75;TR=153;WE=57641154;WS=57641136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr19	57642098	rs3764574	G	A	4956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=95;NR=74;PP=2700;SC=TTCAAGAGGTGCCTCAACATC;SOR=0.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=95;TCR=74;TR=169;WE=57642106;WS=57642088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	57642782	rs9973206	C	A	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=24;PP=685;SC=AGGGGGAATACGAAGGTGACT;SOR=2.115;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=33;WE=57642790;WS=57642772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	57646570	rs4801433	T	C	4488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=65;PP=2566;SC=TTATGTTGAATGAGGTTTTTC;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=155;TCF=89;TCR=66;TR=154;WE=57646578;WS=57646560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr19	57647015	rs7251328	A	G	7380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=138;NR=124;PP=2965;SC=GCTTGTAGGCATTTCCACAGT;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=138;TCR=124;TR=262;WE=57647023;WS=57647005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr19	57647236	rs7252632	T	C	6044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=103;PP=2965;SC=GATGGATTATTGCCAACTAAT;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=106;TCR=103;TR=208;WE=57647244;WS=57647226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr19	57648277	rs4801200	A	T	4682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr19	57648433	rs2370135	T	C	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.57;ReadPosRankSum=-0.823;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,108:0.98:110
chr19	57653864	rs11084488	T	C	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=9;PP=549;SC=GTAGAGTGTGTGTTACCTTTT;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=57653872;WS=57653854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	57654065	rs58537382	T	C	2696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	57654104	rs59976893	T	C	2997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=43;PP=1596;SC=GCTTTGGAAGTTGGGGATCAT;SOR=0.825;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=92;WE=57654112;WS=57654094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	57654217	rs10426157	T	G	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	57665750	rs8108591	T	C	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=12;PP=928;SC=GTCCAGTTGATATTATCAAGT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=54;WE=57665758;WS=57665740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	57665935	rs201840017	CT	C	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=1.386;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr19	57666840	rs12459119	G	A	262.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.304;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=219;ReadPosRankSum=1.335;SC=TTGAGACAGCGGTCTCTCTCA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=10;WE=57666848;WS=57666830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr19	57742472	rs11084490	G	C	7291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=2.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.79;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,177:0.94:188
chr19	57742489	rs58264281	C	T	7958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=1.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.60;ReadPosRankSum=-1.667;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,190:0.95:201
chr19	57742493	rs142269286	AGGACGAGCAGGATT	A	8001.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.399;NF=18;NR=73;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.722;SC=GTGAGGCTGCAGGACGAGCAG;SOR=0.593;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=107;TCF=24;TCR=83;TR=91;WE=57742518;WS=57742479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,190:0.93:204
chr19	57742703	rs758097	A	G	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=908;ReadPosRankSum=0.803;SC=GAAAGGACGCAGGGAAGGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=44;WE=57742711;WS=57742693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
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chr19	57835279	rs4801467	G	A	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=31;PP=835;SC=CTGGCACCACGCAGGGGTGTT;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=57835287;WS=57835269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	57837926	rs8110400	C	A	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=3.067;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.35;ReadPosRankSum=0.666;SOR=0.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,75:0.97:77
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chr19	57865082	rs862703	T	C	5709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=77;PP=2965;SC=CAGCTGTACTTATCATGGCAG;SOR=0.983;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=121;TCR=77;TR=198;WE=57865090;WS=57865072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
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chr19	57901422	rs75599624	G	T	5504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.47;ReadPosRankSum=1.249;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,217:0.96:225
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chr19	57922664	rs4801480	T	C	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=7;PP=709;SC=TGAGGCTCGGTTGAATCGGTT;SOR=2.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=57922672;WS=57922654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	57931303	rs2014827	C	A	3817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.027;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=66;PP=2529;ReadPosRankSum=0.575;SC=AGGAACCTCACATGCATGCAG;SOR=0.124;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=67;TCR=68;TR=133;WE=57931311;WS=57931293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,140:0.99:142
chr19	57932027	rs2158009	C	T	5463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.30;ReadPosRankSum=-1.494;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:19,226:0.92:245
chr19	57955244	rs12986235	A	G	2354.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.130;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=42;PP=1418;ReadPosRankSum=0.055;SC=ATTAAATATCAGCAAAATCAT;SOR=0.706;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=87;WE=57955252;WS=57955234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,102:0.89:115
chr19	57983457	rs10153521	A	G	3272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.439;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=28;PP=1948;ReadPosRankSum=1.373;SC=ACAGGTATGGAAATATTTCTG;SOR=0.455;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=85;TCR=30;TR=106;WE=57983465;WS=57983447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,125:0.93:134
chr19	57985460	rs2074059	T	A	3723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=64;PP=1973;ReadPosRankSum=-0.613;SC=GACATCTCCATTGATTGCACA;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=68;TCR=67;TR=128;WE=57985468;WS=57985450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,155:0.93:166
chr19	57985566	rs2074060	G	C	3318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=51;PP=1902;ReadPosRankSum=1.291;SC=TTGCACTGAAGCAGAACTGTT;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=113;WE=57985574;WS=57985556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,131:0.96:137
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chr19	58117223	rs2360543	T	A	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=54;PP=1936;SC=TTGAGCTCCATGCCTCACCCT;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=54;TCR=54;TR=108;WE=58117231;WS=58117213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	58118715	rs10715037	CT	C	1070.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.965;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.358;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,85:0.77:110
chr19	58213693	rs61730373	C	T	8896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=169;NR=132;PP=2965;SC=TGTGAACTCTCCGGTGCTGAA;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=301;TCF=169;TCR=132;TR=301;WE=58213701;WS=58213683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr19	58213773	rs2188736	G	C	11013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=201;NR=169;PP=2965;SC=CCAGTGTGAAGTCTCCAATGG;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=370;TCF=201;TCR=169;TR=370;WE=58213781;WS=58213763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr19	58214279	rs35063765	T	G	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=21;PP=578;SC=CGTCTCACAGTGGTGGGCCTT;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=58214287;WS=58214269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	58231807	rs2239986	A	G	5746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=121;NR=88;PP=2965;SC=ATAGTAAGTCAGGGGCATTGG;SOR=0.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=122;TCR=88;TR=209;WE=58231815;WS=58231797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr19	58233008	rs3746207	G	A	8048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr19	58258466	rs60751243	G	T	9882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr19	58262454	rs11419013	C	CT	2084.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=46;PP=2166;SC=ACTGCCCTCTCTCTCCTTGAG;SOR=4.370;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=47;WE=58262462;WS=58262444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	58281192	rs74911211	T	TC	6034.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=2.733;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.48;MQRankSum=0.888;QD=25.14;ReadPosRankSum=-1.754;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,226:0.94:240
chr19	58281374	rs2285614	G	A	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=39;PP=1213;SC=GCGCCGGCGGGTGGGATCCCT;SOR=3.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=58281382;WS=58281364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	58288169	rs2285615	C	T	4824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=105;PP=2965;SC=TGTTGTTGGTCGGACTGAGGT;SOR=1.568;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=57;TCR=105;TR=162;WE=58288177;WS=58288159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
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chr19	58301766	rs72530696	TG	T	13055.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=161;PP=2951;SC=ATATCCTCCCTGGGTAAGGTA;SOR=0.766;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=214;TCF=46;TCR=168;TR=201;WE=58301774;WS=58301756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
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chr19	58352522	rs12981244	G	A	12354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.08;QD=25.69;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
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chr19	58374130	rs7253130	C	T	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=50;PP=1897;SC=ATGGGACATTCTGAGGGACCC;SOR=0.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=47;TCR=50;TR=97;WE=58374138;WS=58374120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	58385954	rs10412929	T	C	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=38;PP=2623;SC=CACATTCATGTTTTTTTTCAG;SOR=1.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=86;TCR=38;TR=124;WE=58385962;WS=58385944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr19	58386651	rs12610589	C	A	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=34;PP=1212;SC=AAGGCACAGACCACCCACAAG;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=77;WE=58386659;WS=58386641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	58386762	rs7252219	A	G	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=59.76;NF=29;NR=42;PP=1268;SC=CTGGACTATAACGGTCACAGA;SOR=1.319;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=71;WE=58386770;WS=58386752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	58423375	rs201300339	CAG	C	4014.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.46;MQRankSum=-0.810;QD=39.75;ReadPosRankSum=-0.986;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,96:0.95:101
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chr19	58455381	rs257652	C	T	8601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr19	58458711	rs2161616	G	A	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=4;PP=401;SC=GCGAGCCCCCGTGTCCTGTCC;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=58458719;WS=58458701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	58459023	rs16988298	C	G	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.45;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	58472948	rs10588188	GCA	G	2976.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=37;PP=1843;SC=GAATTTAGAAGCACAGTTTTC;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=39;WE=58472971;WS=58472938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	58472963	rs8102308	T	G	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=35;PP=1003;SC=GTTTTCATGATGAATAATTCA;SOR=2.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=58472971;WS=58472938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	58483709	rs3810128	A	G	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=276;SC=CTTGTCTAACACACATGAAGG;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=58483717;WS=58483708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr19	58485439	rs257676	C	T	2607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=17;PP=1523;ReadPosRankSum=-0.985;SC=GATTCTCACTCCACTGAATGA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=70;TCR=19;TR=82;WE=58485447;WS=58485429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,97:0.93:104
chr19	58485828	rs7249794	C	T	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=53;PP=1395;ReadPosRankSum=-1.346;SC=TATTTTATCCCGTAGATGAAA;SOR=0.487;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=73;TCF=17;TCR=56;TR=70;WE=58485836;WS=58485818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,73:0.96:76
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chr19	58513807	rs4801243	A	C	3527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.651;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=58;PP=2246;ReadPosRankSum=-0.453;SC=GCGCAGCAGGATCGGGGTCTG;SOR=0.357;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=63;TCR=62;TR=119;WE=58513815;WS=58513797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,134:0.96:140
chr19	58514095	rs141913767	A	AC	8229.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.960;NF=17;NR=97;PP=2975;ReadPosRankSum=1.457;SC=GGCTCTCCTGACCCCCCAAGC;SOR=0.761;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=135;TCF=18;TCR=117;TR=114;WE=58514103;WS=58514085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:21,286:0.93:307
chr19	58514183	rs9304808	T	C	4537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.503;NF=62;NR=79;PP=2721;ReadPosRankSum=0.022;SC=TTCCCCGGCGTCGACCGGAGC;SOR=0.652;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=66;TCR=85;TR=141;WE=58514191;WS=58514173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,169:0.94:179
chr19	58514475	rs9304809	G	T	7168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.30;ReadPosRankSum=1.488;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,284:0.96:295
chr19	58549366	rs159870	C	G	5323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=1.404;SC=GGCCGCACCTCGCGCTGGGCC;SOR=0.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=205;TCF=98;TCR=107;TR=193;WE=58549374;WS=58549356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,211:0.95:222
chr19	58549593	rs2241406	C	G	4870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=100;NR=72;PP=2937;SC=CGCAGGCTTCCTGCCCCGGGC;SOR=1.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=100;TCR=72;TR=172;WE=58549601;WS=58549583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr19	58570697	rs7256947	G	T	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=25.34;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	58570714	rs146738840	A	AGGCCG	392.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=0;PP=135;SC=AGGGGAGGCCAGGCCGGGCCG;SOR=0.892;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=2;WE=58570722;WS=58570704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	58570794	rs8110363	C	T	154.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.93;QD=19.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	58571615	rs151015554	GGTGCCCGGCCTCTACTC	G	3130.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=58;PP=2931;SC=GGCCTCTACTGGTGCCCGGCC;SOR=3.026;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=1;TCR=74;TR=59;WE=58571639;WS=58571605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	58572979	rs1469087	G	A	3632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	58578578	rs2229375	C	T	9971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=185;PP=2965;ReadPosRankSum=1.200;SC=AGAGACCTTACGAATGTCACG;SOR=0.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=383;TCF=191;TCR=192;TR=369;WE=58578586;WS=58578568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,388:0.97:401
chr19	58579923	rs2229379	A	G	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=664;ReadPosRankSum=-1.230;SC=AGAAACGTACATTCATACACA;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=32;WE=58579931;WS=58579913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr19	58597405	rs1064267	C	T	4016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=100;NR=26;PP=2566;SC=CTCACTCAGACACGGTGGTGG;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=100;TCR=27;TR=126;WE=58597413;WS=58597395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr19	58598784	rs2260914	A	G	2863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=54;PP=1673;SC=GGGGAGAAGGAGAGGCAGAGC;SOR=0.956;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=46;TCR=54;TR=100;WE=58598792;WS=58598774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	58601221	rs2547354	T	C	8968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=172;NR=142;PP=2965;SC=TTCTCCTCTGTGACAGCCCAC;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=314;TCF=172;TCR=142;TR=314;WE=58601229;WS=58601211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr19	58629830	rs8108978	A	T	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	58629878	rs8109275	G	T	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=37;PP=1075;SC=GGCCGCAGCTGCCTGGCAGCC;SOR=2.737;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=47;WE=58629886;WS=58629868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	58718269	rs7256349	G	A	5361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=88;NR=86;PP=2520;SC=CAGTGAGCAGGTCCAACAGCA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=88;TCR=86;TR=174;WE=58718277;WS=58718259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr19	58718360	rs59557917	A	AG	2568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=32;PP=2044;SC=GGTCCCCGGGAGCCCTGGACC;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=45;WE=58718368;WS=58718350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	58757870	rs12972443	G	C	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=34;PP=1215;SC=GGTGTTCTGGGATGTGCTGGA;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=70;WE=58757878;WS=58757860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	58774071	rs260462	A	G	2982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	58790359	rs11666156	C	A	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=15.141;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=4;PP=912;ReadPosRankSum=0.568;SC=CATTGTCCGGCGTTCGGCGAG;SOR=3.272;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=43;WE=58790367;WS=58790349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr19	58790675	rs437229	T	C	4473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=93;PP=2360;SC=CCGTCCTGGCTGGTCAGAGAG;SOR=1.338;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=60;TCR=93;TR=153;WE=58790683;WS=58790665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr19	58790713	rs374431	G	C	2966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=65;PP=2027;SC=CAGGCGCCTGGCCCCCGAATG;SOR=2.040;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=27;TCR=66;TR=92;WE=58790721;WS=58790703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	58791213	rs260500	C	A	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.93;MQRankSum=0.386;QD=25.10;ReadPosRankSum=-1.398;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr19	58791252	rs66668551	TTA	T	332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.58;MQRankSum=0.000;QD=15.12;ReadPosRankSum=-1.577;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr19	58797344	rs400733	A	C	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=18;PP=730;SC=GCCCTTTTCCATCACCATGCA;SOR=0.968;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=34;WE=58797352;WS=58797334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	58797583	rs59553565	C	CT	5940.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=52;PP=2926;SC=TGAGAACCCACTATGTGGGAG;SOR=0.705;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=66;TCF=12;TCR=54;TR=64;WE=58797591;WS=58797573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr19	58858231	rs3214663	GC	G	3576.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=30;PP=2485;SC=TTTAAACAGAGCCTCTCTTCA;SOR=1.337;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=60;WE=58858239;WS=58858221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	58858614	rs11345647	AG	A	2178.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=26;PP=1402;SC=AGCGCTAACCAGGGGTGCCCA;SOR=0.754;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=38;WE=58858622;WS=58858604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	58858676	rs1265957	A	G	3085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.44;QD=24.89;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	58859055	rs144085420	C	CCCCAGGCCGCG	369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.736;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=2966;ReadPosRankSum=1.704;SC=CCAGGCCACGCCCCAGGCCAC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=13;WE=58859074;WS=58859045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr19	58859066	rs1265959	A	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=14;PP=379;SC=CCCAGGCCACACCCCAGGCCA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=58859074;WS=58859045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	58863161	rs10164322	C	CT	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=6.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=1.679;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr19	58864479	rs893184	T	C	7912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=146;NR=112;PP=2965;SC=AGTCTCCAGGTGGGCCTGGCA;SOR=0.866;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=258;TCF=146;TCR=112;TR=258;WE=58864487;WS=58864469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr19	58864867	rs2375470	A	G	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=25.83;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	58864879	rs3833872	T	TG	2515.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=31.84;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
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chr19	58929194	rs3764533	A	G	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.44;ReadPosRankSum=0.561;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
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chr19	58945089	rs3764529	A	G	3931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=67;PP=2383;ReadPosRankSum=0.926;SC=TCCCACATTCATTGCACTCAT;SOR=0.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=78;TCR=70;TR=142;WE=58945097;WS=58945079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,156:0.98:159
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chr19	58946056	rs1465789	G	A	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=51;PP=1926;ReadPosRankSum=1.260;SC=CAGATGGTTGGGGAGAGTGGA;SOR=0.507;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=113;WE=58946064;WS=58946046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,129:0.95:136
chr19	58946203	rs1122955	C	T	2907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.135;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=46;PP=1777;ReadPosRankSum=0.250;SC=GTCACAGCTGCCCAGGATGAC;SOR=0.469;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=56;TCR=47;TR=100;WE=58946211;WS=58946193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,110:0.97:113
chr19	58946833	rs11668814	T	C	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.74;ReadPosRankSum=2.143;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,34:0.85:40
chr19	58951096	rs45617039	G	A	4036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.552;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=69;PP=2067;ReadPosRankSum=0.119;SC=GAATCCCAGCGGGTGAGGGCC;SOR=0.470;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=67;TCR=73;TR=134;WE=58951104;WS=58951086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,163:0.96:169
chr19	58951123	rs7259841	T	C	3684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.90;ReadPosRankSum=0.146;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,142:0.96:148
chr19	58956888	rs12972898	A	G	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=47;PP=1346;ReadPosRankSum=-0.758;SC=TTTAGTATAAAAGAATTCACA;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=88;WE=58956896;WS=58956878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,95:0.93:102
chr19	58982384	rs10418774	A	G	6825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.954;SC=TCCGGCTTAGAGAAAAGACAC;SOR=0.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=222;TCF=117;TCR=105;TR=220;WE=58982392;WS=58982374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,259:0.99:261
chr19	58983558	rs55875034	T	G	3268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=66;PP=1845;ReadPosRankSum=0.080;SC=TGTGAATCCCTTCCACAGCTA;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=51;TCR=68;TR=115;WE=58983566;WS=58983548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,130:0.96:135
chr19	58989424	rs731259	C	T	3691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=2.715;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.65;ReadPosRankSum=-0.434;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,152:0.93:163
chr19	58989495	rs893185	A	C	7814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.92;ReadPosRankSum=-0.629;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:23,318:0.93:341
chr19	58992220	rs3752112	T	G	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=778;ReadPosRankSum=1.896;SC=CCCAAGCCAGTTCCCTGCCCC;SOR=1.314;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=38;WE=58992228;WS=58992210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr19	59010593	rs4801274	A	G	8924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=183;PP=2965;SC=TCCATCTGCAAGGAGGGAGCC;SOR=1.193;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=307;TCF=123;TCR=184;TR=306;WE=59010601;WS=59010583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr19	59023166	rs34415062	G	A	1267.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=7.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.29;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,32:0.94:34
chr19	59023174	rs35350976	A	G	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.12;ReadPosRankSum=0.584;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,37:0.93:40
chr19	59025685	rs4801602	A	C	3031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=48;PP=1412;SC=CCCCTGCGGAAGACAGGGCGG;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=92;WE=59025693;WS=59025675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	59028585	rs11545185	G	A	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=22;PP=1642;ReadPosRankSum=-0.563;SC=GGTGGCGCAGGCGGTGACGCA;SOR=1.292;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=73;WE=59028593;WS=59028575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr20	76962	rs6111385	T	C	3161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1070;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=1.108;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:819,247:0.23:1066
chr20	138004	rs6055356	G	C	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=3;PP=233;SC=TGGGTGGCCTGAAATTTCCTG;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=12;WE=138012;WS=137995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	138125	rs2298108	G	T	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=16;PP=890;ReadPosRankSum=-0.583;SC=GAGGAAGGTAGCATAGTGTGC;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=58;WE=138133;WS=138115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,61:0.73:84
chr20	138148	rs2298109	C	T	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=25;PP=1104;ReadPosRankSum=0.227;SC=TTCACTGGACCAAAAGCTTTG;SOR=0.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=69;TCR=33;TR=77;WE=138156;WS=138138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,84:0.76:111
chr20	138178	rs3216039	GC	G	536.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=5.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.086;SOR=1.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,27:0.19:140
chr20	139362	rs6055460	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=264;ReadPosRankSum=-0.138;SC=CAAAACCAACGTGCCTTCAGT;SOR=0.160;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=17;WE=139370;WS=139352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr20	139409	rs12624951	G	A	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=19;PP=1192;ReadPosRankSum=-0.257;SC=TCCTTTCTGTGTATAGTAACC;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=82;TCR=29;TR=75;WE=139417;WS=139399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,77:0.66:116
chr20	139456	rs12624954	G	A	4313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=59;PP=2755;ReadPosRankSum=-1.054;SC=CTATGTACAAGGACATTGCAG;SOR=0.764;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=248;TCF=162;TCR=86;TR=175;WE=139464;WS=139446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,187:0.70:266
chr20	139576	rs16995685	C	A	8250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=2.313;SC=AAAGCCACCTCGTCCAAAGCC;SOR=0.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=451;TCF=212;TCR=239;TR=334;WE=139584;WS=139566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,370:0.76:489
chr20	139745	rs4142304	T	C	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=36;PP=1059;SC=CTTCTTCCTTTTGGTTTCTTG;SOR=3.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=41;WE=139753;WS=139735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr20	168466	rs4813042	T	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=0.512;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,36:0.21:171
chr20	168728	rs4813043	T	A	9669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=163;NR=188;PP=2965;SC=AGCCTGTTACTTTATTGAAGC;SOR=0.974;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=351;TCF=163;TCR=188;TR=351;WE=168747;WS=168718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr20	170114	rs79404131	T	C	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=6;PP=1091;ReadPosRankSum=1.326;SC=ATGGGTACTTTTTTATGATTT;SOR=0.558;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=69;TCF=60;TCR=9;TR=53;WE=170122;WS=170104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,57:0.76:75
chr20	208168	rs6110460	T	C	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.960;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=674;ReadPosRankSum=0.517;SC=AACTGCCAGATTGTGTCCAGT;SOR=0.110;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=33;WE=208176;WS=208158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,36:0.78:46
chr20	210306	rs1053783	C	G	18873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=399;NR=387;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.798;SC=AAGAGTAACACCAAAGAAAGC;SOR=0.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1071;TCF=545;TCR=526;TR=786;WE=210314;WS=210296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,832:0.74:1125
chr20	238435	rs66489228	CTGGTCT	C	12500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.959;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.779;NF=31;NR=137;PP=2970;ReadPosRankSum=0.253;SC=GTTCCTGCTCCTGGTCTTGGC;SOR=0.716;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=221;TCF=37;TCR=184;TR=168;WE=238448;WS=238425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,309:0.80:388
chr20	238507	rs373225	A	C	4200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.380;NF=69;NR=98;PP=2934;ReadPosRankSum=0.702;SC=GGAAAGGAAAACTGGGAACGA;SOR=0.494;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=208;TCF=84;TCR=124;TR=167;WE=238515;WS=238497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,175:0.79:221
chr20	238530	rs412143	T	G	4546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQRankSum=1.352;QD=31.14;ReadPosRankSum=1.111;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,117:0.80:146
chr20	238540	rs416360	C	T	4255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=3.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=1.330;QD=34.05;ReadPosRankSum=0.756;SOR=0.427;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,101:0.81:125
chr20	239664	rs420525	T	C	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=14;PP=973;ReadPosRankSum=-0.930;SC=GACGCTTTAGTAGCCCTGTGC;SOR=0.555;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=51;WE=239672;WS=239654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,56:0.77:73
chr20	239688	rs399083	G	A	3244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=3.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.50;ReadPosRankSum=-0.096;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,80:0.78:103
chr20	239697	rs399094	G	C	3496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=3.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.14;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,93:0.77:120
chr20	252083	.	AT	A	362.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.43;ReadPosRankSum=2.470;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr20	252085	.	ACACACACACAC	A	295.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.83;ReadPosRankSum=2.463;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr20	256485	rs111450572	A	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=15.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.89;ReadPosRankSum=1.158;SOR=1.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr20	256573	rs6075567	A	G	4138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=87;NR=50;PP=2264;SC=TCAGAGTGTGACTGGTTTAAG;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=87;TCR=50;TR=137;WE=256581;WS=256563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
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chr20	256763	rs61354763	G	C	2438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=31;PP=1022;SC=GAAGGGAGAGGCAAATGGCCC;SOR=1.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=46;WE=256771;WS=256750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr20	256803	rs112654430	C	T	749.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.9975;FS=2.706;HP=2;HapScore=1;MGOF=76;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=506;ReadPosRankSum=1.206;SC=CCAAAATGAACGAGGAGCAAA;SOR=1.828;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=25;WE=256811;WS=256793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,29:0.91:32
chr20	257320	rs2277779	G	A	3760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=31;PP=2487;SC=CAACACCAGAGTCAGAGACCT;SOR=2.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=93;TCR=32;TR=123;WE=257328;WS=257310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr20	257733	rs2277781	A	G	10563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=182;NR=186;PP=2965;SC=GAATCTTGTCAGACAAGGATT;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=372;TCF=184;TCR=188;TR=368;WE=257741;WS=257723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr20	257812	rs6046375	T	C	6857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.705;SC=AGGGTGTTGGTCACCAGTCCT;SOR=0.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=102;TCR=127;TR=225;WE=257820;WS=257802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,244:1.00:245
chr20	258865	rs6046492	A	G	6485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=152;NR=83;PP=2965;SC=GAAGAGAGCCAATGGGGCTGA;SOR=1.383;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=152;TCR=83;TR=235;WE=258873;WS=258855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr20	259156	rs6035505	G	A	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=36;PP=756;ReadPosRankSum=-0.561;SC=GGAGTCCCCAGTCCCAACCTC;SOR=0.570;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=45;WE=259164;WS=259146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,46:0.77:60
chr20	259735	.	C	G	281.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.85;MQRankSum=-0.000;QD=46.97;SOR=3.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr20	259738	.	A	C	281.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=9.542;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.18;MQRankSum=-0.000;QD=31.31;SOR=4.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr20	259818	rs6035541	G	A	4452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=1.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.62;ReadPosRankSum=4.524;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,231:0.81:285
chr20	259928	rs151192874	C	G	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-0.265;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:524,167:0.24:691
chr20	259969	rs7271033	G	C	10846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=174;NR=230;PP=2965;SC=TCCTGAGCGAGGTCTGCGGGC;SOR=1.008;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=404;TCF=174;TCR=230;TR=404;WE=259977;WS=259959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr20	270414	rs11478105	TC	T	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=3.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=0.841;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,23:0.13:179
chr20	270428	rs6035784	C	T	4179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=102;PP=2962;SC=GAGCCTCAATCTTCTCATCTG;SOR=1.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=48;TCR=102;TR=150;WE=270436;WS=270404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr20	271131	rs201204813	G	GA	1913.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.373;SC=TCAGAAGACCGAGGGCGACCT;SOR=0.950;Source=Platypus;TCF=50;TR=67;WE=271143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
chr20	271135	rs374906295	G	C	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.898;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=28;PP=2962;ReadPosRankSum=0.167;SC=AAGACCGAGGGCGACCTCGAG;SOR=0.999;Source=Platypus;TCF=78;TR=76;WE=271143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,49:0.59:83
chr20	271225	rs3835237	T	TTTA	4992.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.66;MQRankSum=0.125;QD=26.84;ReadPosRankSum=1.531;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,172:0.92:186
chr20	278515	rs2223665	T	C	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=495;ReadPosRankSum=-0.525;SC=GCCGCGGGGATCCGAAGGGCC;SOR=0.622;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=29;WE=278523;WS=278505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr20	278687	rs5839847	CCGG	C	5282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.09;NF=53;NR=26;PP=2983;SC=CCAGGATGAGCCGGCGGCGGC;SOR=2.167;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=79;WE=278700;WS=278677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr20	278806	rs1057189	C	T	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FS=0.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=-0.515;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.617;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:468,126:0.21:594
chr20	279483	rs1046560	T	C	2757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FS=1.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=2.839;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:469,178:0.28:647
chr20	334317	rs5839855	TC	T	33257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=1091;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=518;PP=2973;SC=CCTGGATCCTTCCCCCCTTCT;SOR=0.747;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=638;TCF=99;TCR=539;TR=614;WE=334325;WS=334307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1058:1.00:1058
chr20	340044	rs142345508	GCAC	G	838.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.550;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,28:0.22:128
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chr20	397754	rs145329089	C	T	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=463;ReadPosRankSum=1.143;SC=AGGGATACAGCAGTACCTGTC;SOR=0.414;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=25;WE=397762;WS=397744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr20	397928	rs6115906	C	T	5222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=24.99;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr20	398039	rs67707964	TTG	T	583.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=10.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=0.914;QD=17.69;ReadPosRankSum=0.277;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr20	402710	rs2057251	A	G	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.498;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,64:0.26:242
chr20	402921	rs6051905	C	G	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=5.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=0.283;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,79:0.21:379
chr20	425606	rs2273465	C	A	3744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.185;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=60;PP=2385;ReadPosRankSum=0.935;SC=GTCCCTGAGGCGGCAGGGTCC;SOR=0.513;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=119;TCR=75;TR=153;WE=425614;WS=425596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,161:0.79:205
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chr20	488930	rs74119	C	T	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.980;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,39:0.23:171
chr20	590456	rs282164	A	G	6381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=140;NR=119;PP=2965;SC=TGCCCGCGGCACGGAAGCACG;SOR=0.831;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=140;TCR=119;TR=259;WE=590464;WS=590446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr20	590542	rs2754502	CG	GC	16563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=166;NR=178;PP=2947;SC=GCCAGGCGCACGGTCTCGATC;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=346;TCF=166;TCR=180;TR=344;WE=590551;WS=590532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr20	590600	rs113965101	C	T	4232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=96;PP=2249;ReadPosRankSum=-0.604;SC=GCGTGCGCAGCGCCGTGAAGG;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=102;TCR=130;TR=172;WE=590608;WS=590590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,191:0.74:257
chr20	590900	rs183989	T	C	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr20	656407	rs146589074	T	TGGC	417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=132;ReadPosRankSum=1.009;SC=GGCTCGGGCTTGGCGGCGGCG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=4;WE=656415;WS=656397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr20	741847	rs910857	A	G	4507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=73;PP=2506;SC=CCTTGACGTAACTGAGGCAGC;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=71;TCR=74;TR=144;WE=741855;WS=741837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr20	742237	rs3746801	G	A	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.64;SOR=4.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr20	742237	.	GGT	AGC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=64;NR=6;PP=2947;QD=20;SC=TTCCCGGGAGGGTCCCACAGA;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=77;TCF=68;TCR=9;TR=70;WE=742247;WS=742235;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,70:0.91:77
chr20	742239	rs6054589	T	C	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.03;SOR=3.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr20	744050	rs8122335	A	G	2836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.740;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=36;PP=1907;ReadPosRankSum=1.104;SC=CTTAACCACTACATGTACAGC;SOR=0.617;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=96;TCR=46;TR=111;WE=744058;WS=744040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,117:0.77:152
chr20	744450	rs3746805	G	A	9957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr20	744662	rs3833341	A	ACAGGTCAAT	1662.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.311;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.194;NF=0;NR=31;PP=2881;ReadPosRankSum=0.686;SC=AAAGGACAAGACAGATCCCTG;SOR=1.886;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=31;WE=744670;WS=744652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,43:0.75:57
chr20	746098	rs3746808	G	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-1.462;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,69:0.21:333
chr20	825678	rs538094	T	C	21903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=793;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=437;NR=309;PP=2965;SC=AGCCGCTCTTTAGCCCTGAGA;SOR=1.070;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=747;TCF=438;TCR=309;TR=746;WE=825686;WS=825668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,792:1.00:792
chr20	826492	rs2282050	G	C	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=49;PP=1456;SC=GACCAGCATTGTTGGGCAAGG;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=61;WE=826500;WS=826482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr20	854940	rs944110	T	C	5134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=6.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.29;ReadPosRankSum=-0.601;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,228:0.77:297
chr20	865664	rs55955946	TC	T	5754.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.178;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.335;NF=35;NR=70;PP=2973;ReadPosRankSum=-1.292;SC=GAGCAGGGTCTCCCCTCCCCT;SOR=0.917;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=150;TCF=51;TCR=99;TR=105;WE=865672;WS=865654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,195:0.74:263
chr20	896658	rs140900541	G	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=1.700;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,57:0.18:314
chr20	944649	rs61740632	T	G	4081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=63;PP=2511;ReadPosRankSum=0.425;SC=TGCCTCCTCATGCCCAGCCCG;SOR=0.626;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=210;TCF=128;TCR=82;TR=159;WE=944657;WS=944639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,176:0.76:231
chr20	982892	rs6056520	G	A	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=51;PP=1273;ReadPosRankSum=-0.461;SC=CGGCGGGCGCGGGGGCTGCTG;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=16;TCR=68;TR=63;WE=982900;WS=982882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,68:0.76:89
chr20	1099329	rs2072962	A	G	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=13;PP=1677;SC=AGAGGGAAGCAGAGTTATAGC;SOR=3.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=70;TCR=13;TR=83;WE=1099337;WS=1099328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr20	1099523	rs1803415	T	G	19952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=749;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=356;NR=364;PP=2965;SC=CACGGTTACTTCGGCTTGGGT;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=720;TCF=356;TCR=364;TR=720;WE=1099531;WS=1099513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,748:1.00:748
chr20	1099666	rs2072961	G	C	3479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=90;PP=2702;SC=GTCTGGGGCAGATGGCAGCGT;SOR=3.238;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=17;TCR=90;TR=107;WE=1099674;WS=1099656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr20	1108262	rs6040024	C	G	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=69;PP=1875;SC=ATGGAAGAACCTTTTATTTCT;SOR=4.407;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=6;TCR=70;TR=75;WE=1108270;WS=1108252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr20	1115529	rs4813939	A	G	8621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr20	1147057	rs45560131	A	G	1859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.258;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=54;PP=1195;ReadPosRankSum=-0.626;SC=ATTAGGACCTATTATTTACCT;SOR=0.293;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=100;TCF=24;TCR=76;TR=74;WE=1147065;WS=1147047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,79:0.75:105
chr20	1184045	rs11477838	TA	T	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.793;QD=8.34;ReadPosRankSum=2.805;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
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chr20	1214814	rs203534	A	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.962;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,30:0.23:133
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chr20	1457910	rs6135048	C	A	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.604;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:339,84:0.20:423
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chr20	1600524	rs1535882	T	C	5666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.291;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.895;SC=CCTGTGAGTCTCCCCAGCAGT;SOR=0.749;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=320;TCF=161;TCR=159;TR=232;WE=1600532;WS=1600514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,247:0.71:346
chr20	1610790	rs3746719	G	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=281;ReadPosRankSum=0.289;SC=GGTGCTGCATGGCATGTGGGC;SOR=0.598;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=83;TCF=56;TCR=27;TR=26;WE=1610798;WS=1610780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,26:0.29:89
chr20	1610812	rs3746720	G	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.826;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=320;ReadPosRankSum=1.873;SC=GGGCCTTCCTGTTGGCCTTGC;SOR=0.863;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=100;TCF=66;TCR=34;TR=30;WE=1610820;WS=1610802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,30:0.28:108
chr20	1610894	rs3746721	G	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-1.856;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,35:0.24:145
chr20	1610939	rs3746722	G	A	3133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=55;PP=1662;SC=GCGCAGTAAGGGATGATGCCG;SOR=1.208;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=103;WE=1610947;WS=1610929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr20	1615959	rs9305125	T	C	9812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=198;NR=140;PP=2965;SC=CTGTGACCTCTAGGGCAAGGC;SOR=1.001;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=340;TCF=199;TCR=141;TR=338;WE=1615967;WS=1615949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr20	1616137	rs6034239	G	A	2102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FS=3.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.601;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:370,140:0.27:510
chr20	1616206	rs6043409	A	G	5602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=119;PP=2965;SC=CTGGTTCCCCACCCTCATGGG;SOR=1.516;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=70;TCR=120;TR=189;WE=1616214;WS=1616196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr20	1616816	rs71964196	GGT	G	11226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.771;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.302;NF=47;NR=112;PP=2964;ReadPosRankSum=1.668;SC=GCTTGGGCTGGGTGTGAGGGT;SOR=0.541;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=231;TCF=74;TCR=157;TR=159;WE=1616825;WS=1616806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,289:0.78:371
chr20	1616892	rs2277760	A	G	2161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-2.762;QD=3.33;ReadPosRankSum=0.405;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:489,160:0.25:649
chr20	1617069	rs2277761	A	G	3566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;ReadPosRankSum=0.898;SC=GAGAGAAGCCATGGGACTCAC;SOR=0.782;Source=Platypus;TCF=87;WE=1617077;WS=1617059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,154:0.73:210
chr20	1629547	rs6110775	T	C	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=7;PP=879;SC=GTCCCTGGGCTTCAACTCACC;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=38;WE=1629555;WS=1629537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	1629604	rs6074948	A	C	3727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.14;SOR=1.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr20	1629604	.	AAA	CAA,CAG	888	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=69,22;NR=33,10;PP=888,414;QD=9.0467765936;SC=TGAGCACTGAAAATCACACCT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=71;TCR=34;TR=102,32;WE=1629614;WS=1629594;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.97:105
chr20	1629606	rs6110777	A	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=1.848;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,37:0.31:121
chr20	1629906	rs6079967	C	T	6606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=1.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.43;ReadPosRankSum=-0.988;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,292:0.73:402
chr20	1875929	rs189060213	C	T	301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.000;QD=16.76;ReadPosRankSum=1.190;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr20	1908299	rs2076552	C	T	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=634;ReadPosRankSum=0.133;SC=TGGCAACTTCCAGAAGTGGAA;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=36;WE=1908307;WS=1908289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr20	1915226	rs2076554	G	A	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=11;PP=1526;SC=ATATGCAGTTGTATTTCTGTT;SOR=2.955;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=60;TCR=11;TR=70;WE=1915234;WS=1915216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr20	2082732	rs6112857	C	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=0.214;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr20	2290333	rs214803	C	A	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.122;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=24;PP=1114;ReadPosRankSum=0.213;SC=AACTGGCAGACGGCCTTCAAC;SOR=1.173;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=103;TCF=66;TCR=37;TR=74;WE=2290341;WS=2290323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,79:0.72:110
chr20	2290532	rs214804	T	G	5138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=100;PP=2965;SC=TAGCCCTTGTTCATTCAAGGA;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=79;TCR=100;TR=178;WE=2290540;WS=2290522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr20	2290547	rs214805	C	T	4258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=87;PP=2479;SC=CAAGGACTGACGGGGACCACA;SOR=1.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=66;TCR=87;TR=153;WE=2290555;WS=2290537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr20	2291164	rs11477461	AG	A	575.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.053;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=523;ReadPosRankSum=-0.327;SC=GATTAGGGAAAGTCCATGGGC;SOR=0.297;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=16;WE=2291172;WS=2291154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,22:0.33:66
chr20	2321363	rs214831	A	G	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=3.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.982;SOR=0.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,41:0.24:172
chr20	2321665	rs214832	T	C	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.307;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=399;ReadPosRankSum=-0.692;SC=GGATGGTTAGTCACCTGCCCC;SOR=0.454;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=143;TCF=61;TCR=82;TR=41;WE=2321673;WS=2321655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,42:0.28:150
chr20	2361505	rs9680025	A	G	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=2;PP=323;SC=GGAGTGTCCCAAGGTTTTCCT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=2361513;WS=2361495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	2375262	rs2076405	A	G	3619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=56;PP=1875;SC=CATCTTCACGATGGAGACAGG;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=120;WE=2375270;WS=2375252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr20	2375440	rs7266902	G	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.722;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=-0.404;SC=CTTTCTGGGGGTGGTTGGGAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=2375448;WS=2375430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr20	2380323	rs6114033	G	A	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=13.37;ReadPosRankSum=1.074;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,111:0.68:163
chr20	2384151	rs6137891	G	A	13108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=815;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=279;NR=276;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.128;SC=GTGAAGGTACGCTCAATTGGG;SOR=0.618;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=778;TCF=393;TCR=385;TR=555;WE=2384159;WS=2384141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,584:0.72:814
chr20	2398017	rs2295077	G	A	3949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=1.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.12;ReadPosRankSum=-1.353;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,182:0.74:245
chr20	2411731	rs71329366	CAG	C	4680.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=75;PP=2971;SC=GTGGATGAGCCAGAGAGAAGT;SOR=2.366;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=83;TCF=4;TCR=79;TR=78;WE=2411740;WS=2411721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr20	2413125	rs2076653	CC	TT	6290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.38;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
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chr20	2442273	rs6049216	C	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=137;ReadPosRankSum=0.433;SC=AAATAAAGATCCATAGGTGCA;SOR=0.606;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=13;WE=2442281;WS=2442263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
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chr20	3007228	rs571058	G	A	4076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=33;PP=2671;SC=GAGAAGAGCAGTATGGAGCCA;SOR=2.014;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=98;TCR=34;TR=131;WE=3007236;WS=3007218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
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chr20	3147762	rs6051612	A	G	5970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=120;PP=2965;SC=CCAGGAGAGGATCCCGCCCTG;SOR=1.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=86;TCR=120;TR=206;WE=3147770;WS=3147752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr20	3171285	rs41281844	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=4.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,23:0.29:80
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chr20	3211719	rs3803953	T	G	3129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=781;ExcessHet=3.0103;FS=0.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=-1.440;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:576,200:0.26:776
chr20	3212222	rs147477986	T	TG	6279.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.507;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.697;NF=5;NR=77;PP=2954;ReadPosRankSum=2.924;SC=GAGTCACCCCTAGAAACAGAG;SOR=0.982;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=116;TCF=5;TCR=111;TR=82;WE=3212233;WS=3212212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,153:0.81:189
chr20	3212223	.	A	T	6315.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=2.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.59;ReadPosRankSum=2.932;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,152:0.81:188
chr20	3212223	.	AGA	TGG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=33;NR=77;PP=2944;QD=20;SC=AGTCACCCCTAGAAACAGAGG;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=149;TCF=47;TCR=102;TR=110;WE=3212233;WS=3212212;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:39,110:0.74:149
chr20	3212225	.	A	G	6273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.590;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=2.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.37;ReadPosRankSum=2.952;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,152:0.81:188
chr20	3214020	rs2144771	G	T	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=-0.446;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,32:0.26:121
chr20	3214126	rs3803955	C	T	3347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=864;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.374;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:634,227:0.26:861
chr20	3214819	rs3827075	T	G	11062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=251;NR=265;PP=2962;ReadPosRankSum=0.895;SC=TCAGGGTCCCTGGCGAAGCGG;SOR=0.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=673;TCF=328;TCR=345;TR=516;WE=3214827;WS=3214809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,502:0.75:668
chr20	3215049	rs3842433	T	TCCAGCCC	1349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=1019;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCCGCAGCAGTCCAGCCCCCA;SOR=0.627;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=14;WE=3215057;WS=3215039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr20	3215548	rs3803957	C	A	7742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.237;SC=AGCCTAGAGACCCCCAAGAGC;SOR=0.634;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=472;TCF=234;TCR=238;TR=330;WE=3215556;WS=3215538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,353:0.71:498
chr20	3218355	rs3827076	C	G	3966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.631;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=85;PP=2646;ReadPosRankSum=-0.628;SC=ATGCAACCCACGCCACCCTAG;SOR=1.037;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=194;TCF=78;TCR=116;TR=138;WE=3218363;WS=3218345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,155:0.73:211
chr20	3218634	rs3810562	G	C	5464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.025;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=113;PP=2704;ReadPosRankSum=-0.714;SC=CTCTCTCCTCGGATGCCAAGG;SOR=0.504;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=312;TCF=152;TCR=160;TR=226;WE=3218642;WS=3218624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,248:0.73:341
chr20	3219692	rs6084314	C	T	4034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.878;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=58;PP=2455;ReadPosRankSum=0.624;SC=GAGACGGTGGCGGAGACCCGG;SOR=0.496;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=207;TCF=133;TCR=74;TR=159;WE=3219700;WS=3219682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,175:0.77:227
chr20	3219894	rs6107260	A	G	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=44;PP=1132;ReadPosRankSum=1.722;SC=ACACACCCCCACGCCGCGCCT;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=69;WE=3219902;WS=3219884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,81:0.74:109
chr20	3236015	rs1569942	A	G	5690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=89;NR=111;PP=2965;SC=TCTATTACACAACTAAGATCT;SOR=1.036;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=89;TCR=111;TR=200;WE=3236023;WS=3236005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr20	3245219	.	CT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.41;ReadPosRankSum=1.044;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,15:0.20:75
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chr20	3275377	rs2281506	G	C	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.973;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=41;PP=1125;ReadPosRankSum=-0.850;SC=CAATGACAGAGTCAACTCTTC;SOR=0.525;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=91;TCF=38;TCR=53;TR=73;WE=3275385;WS=3275367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,79:0.80:99
chr20	3285126	rs2254916	A	T	6506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.192;SC=GATCCTTGGAAATGATGATAC;SOR=0.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=349;TCF=176;TCR=173;TR=276;WE=3285148;WS=3285116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,295:0.78:376
chr20	3285140	rs2422864	T	C	9387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=155;NR=170;PP=2962;SC=ATGATACTTCTATGACGACAG;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=325;TCF=155;TCR=170;TR=325;WE=3285148;WS=3285116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr20	3298881	rs59462924	CAA	C	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=8.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=-1.838;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr20	3311438	.	C	CT	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.793;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr20	3355567	rs2208030	T	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=372;ReadPosRankSum=1.271;SC=TTGGTAAAAATAGACGAAGGG;SOR=0.498;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=111;TCF=77;TCR=34;TR=33;WE=3355575;WS=3355557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,33:0.28:118
chr20	3515924	rs151518	G	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.267;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,27:0.22:124
chr20	3515951	rs151519	C	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=0.162;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,33:0.21:154
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chr20	3553299	rs11475024	TA	T	377.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.316;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.118;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
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chr20	3564772	rs170976	T	A	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.015;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=542;ReadPosRankSum=1.942;SC=GCATGCCCTCTGTATAGGCAA;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=35;WE=3564780;WS=3564762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,41:0.60:68
chr20	3565546	rs235538	C	G	7314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=0.419;SC=CCTTGCATATCCAAATTCAAG;SOR=0.809;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=430;TCF=193;TCR=237;TR=300;WE=3565554;WS=3565536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,328:0.71:464
chr20	3575248	rs235532	G	C	4515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.743;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=117;PP=2444;ReadPosRankSum=0.187;SC=GGACCACCAGGGAGGACCAAG;SOR=0.372;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=243;TCF=89;TCR=154;TR=191;WE=3575256;WS=3575238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,205:0.79:261
chr20	3605059	rs235519	A	G	7323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=1.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.61;ReadPosRankSum=1.281;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,317:0.76:416
chr20	3614900	rs8125775	AC	GT	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-1.206;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,25:0.22:113
chr20	3619384	rs6051991	G	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=3.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-1.088;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,37:0.24:155
chr20	3624704	rs2246799	G	A	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=5.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.837;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,39:0.23:168
chr20	3624830	rs2246808	G	A	2445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=-0.572;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:546,183:0.25:729
chr20	3640467	rs635674	C	T	3540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=45;PP=2342;SC=GGTAAGCCAGCCCCTTCTCAA;SOR=1.406;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=83;TCR=45;TR=128;WE=3640475;WS=3640457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr20	3640499	rs679393	C	T	3313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=60;PP=1892;ReadPosRankSum=-0.808;SC=GCCACAGAGGCGGCCCAGGCA;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=184;TCF=104;TCR=80;TR=140;WE=3640507;WS=3640489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,152:0.78:196
chr20	3643876	rs12624874	C	T	3625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=57;PP=2400;ReadPosRankSum=-0.168;SC=GCGCACAGGCCTCTCACTGGC;SOR=0.546;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=196;TCF=122;TCR=74;TR=146;WE=3643884;WS=3643866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,154:0.75:204
chr20	3649679	rs543749	G	T	1758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.44;ReadPosRankSum=-0.206;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,80:0.75:107
chr20	3649713	rs628965	A	G	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.18;ReadPosRankSum=0.265;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,60:0.80:75
chr20	3649721	rs628977	T	C	2209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.57;ReadPosRankSum=1.407;SOR=0.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,54:0.77:70
chr20	3649803	rs678881	G	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=1.000;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr20	3650066	rs630712	C	A	3369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=61;NR=49;PP=1763;SC=TCAGCAGGAGCCCCTGGGGCT;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=61;TCR=49;TR=110;WE=3650074;WS=3650056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr20	3651742	rs528557	C	G	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.246;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=32;PP=1638;ReadPosRankSum=0.829;SC=CCAGGCCGGCCCCTGGGAGCA;SOR=1.128;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=159;TCF=110;TCR=49;TR=111;WE=3651750;WS=3651732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,119:0.70:171
chr20	3651765	rs3918396	C	T	3677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=50;PP=2256;ReadPosRankSum=1.128;SC=GGCAGCAGGACGCTGAGGAGC;SOR=1.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=208;TCF=134;TCR=74;TR=151;WE=3651773;WS=3651755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,161:0.73:221
chr20	3652207	rs612709	G	A	10697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.085;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=250;NR=196;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.250;SC=GGCAAGGAGGGGTCGGGTGGG;SOR=0.887;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=591;TCF=327;TCR=264;TR=446;WE=3652215;WS=3652197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,457:0.76:605
chr20	3654993	rs2485700	T	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,16:0.19:85
chr20	3655085	rs511898	C	T	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=14;PP=1067;SC=TGTGAATTCCCGTCTCTTCTG;SOR=1.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=3655093;WS=3655075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	3659956	rs7354032	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=8.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=1.345;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,9:0.18:49
chr20	3662736	rs6084435	A	G	2191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.593;NF=24;NR=58;PP=1537;ReadPosRankSum=-1.122;SC=TGCCCGGTGCAGCCTCAGGCC;SOR=1.068;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=113;TCF=35;TCR=78;TR=82;WE=3662744;WS=3662726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,91:0.73:125
chr20	3670512	rs17701662	A	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.003;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=326;ReadPosRankSum=-0.672;SC=CAGGCAAATCATGCTGCAGCA;SOR=0.908;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=81;TCF=62;TCR=19;TR=24;WE=3670520;WS=3670502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,25:0.28:90
chr20	3670945	rs609203	C	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.864;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,41:0.23:175
chr20	3673815	rs2474436	A	G	3537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=65;PP=2074;SC=AGTCACAGGCAGCAGCCTGCA;SOR=0.905;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=58;TCR=65;TR=122;WE=3673823;WS=3673805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
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chr20	3682242	rs45472900	C	T	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=1.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.840;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,63:0.26:243
chr20	3682275	rs1018492	A	G	2632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=68;PP=1797;ReadPosRankSum=-1.213;SC=TCAGGACTGGAGTGAGAGGCG;SOR=0.794;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=129;TCF=40;TCR=89;TR=100;WE=3682283;WS=3682265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,107:0.77:139
chr20	3684022	rs611847	A	G	12912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=187;NR=259;PP=2965;SC=TGGGTGCCTCATTGGGTGTGT;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=448;TCF=188;TCR=260;TR=446;WE=3684030;WS=3684012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr20	3684426	rs1005885	C	T	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FS=0.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.386;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:310,107:0.26:417
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chr20	3686248	rs55742084	A	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.125;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,14:0.24:59
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chr20	3722892	rs115920834	C	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-0.758;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,51:0.24:213
chr20	3723091	rs611073	A	G	4539.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=102;PP=2927;ReadPosRankSum=-0.302;SC=GAGGTGGGGAAGGTGGGGAGT;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=218;TCF=96;TCR=122;TR=180;WE=3723099;WS=3723081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,191:0.81:235
chr20	3732633	rs541760	C	T	17744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1057;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.90;ReadPosRankSum=1.658;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,792:0.75:1050
chr20	3734386	rs9171	T	C	5249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.49;ReadPosRankSum=-1.081;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,239:0.71:339
chr20	3734514	rs2295340	T	C	4599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=0.000;QD=17.83;ReadPosRankSum=-1.012;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,199:0.77:258
chr20	3740620	rs11470482	GCA	G	10993.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FS=0.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.440;QD=25.10;ReadPosRankSum=-1.211;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,351:0.80:438
chr20	3759200	rs2281477	G	A	5076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.180;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.770;NF=66;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.724;SC=AGCTGGGGTGGGAAGCAGCTT;SOR=0.583;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=86;TCR=166;TR=193;WE=3759208;WS=3759190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,210:0.77:273
chr20	3759528	rs2281478	C	T	11663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=688;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.05;ReadPosRankSum=-1.439;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,522:0.76:684
chr20	3760548	rs6116037	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=506;ReadPosRankSum=0.444;SC=GTGGAGATGCGGAAAGGGGAA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=25;WE=3760556;WS=3760538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr20	3767121	.	TGGGGCCCATCCCGGCGCGCCCCCCGCCCCGGGGCCCGGCGCCGCCGCCGCCGCCCCGGGGCGG	T	459.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=31.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.775;SOR=3.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,23:0.12:199
chr20	3778433	rs3746644	T	C	2778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=66;PP=1849;ReadPosRankSum=-0.806;SC=TCTGCCTGTGTCAGGAGAGTT;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=152;TCF=64;TCR=88;TR=113;WE=3778441;WS=3778423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,119:0.73:162
chr20	3780857	rs140901750	T	TGGACTGGAGACCTGGTGCTAG	2877.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.123;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.466;NF=17;NR=5;PP=2390;ReadPosRankSum=-0.251;SC=TACTCCCCCCTGGACTGGGGG;SOR=1.660;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=22;WE=3780865;WS=3780845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,51:0.59:86
chr20	3783649	rs592687	G	C	15857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,597:1.00:597
chr20	3846843	rs3746660	C	T	9500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr20	3870023	rs142832849	G	A	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.284;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=37;PP=775;ReadPosRankSum=-0.631;SC=GCCGGCCGAGGGCGCGCCTCT;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=176;TCF=52;TCR=124;TR=50;WE=3870031;WS=3870013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,50:0.27:185
chr20	3870124	rs3737084	G	C	2855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=47;NR=49;PP=1509;SC=CGGATGGGAGGGGGCCGGCTC;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=96;WE=3870132;WS=3870114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
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chr20	4055656	rs6139292	C	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.931;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=224;ReadPosRankSum=0.958;SC=ACCCTCATGGCCCTCATGCAA;SOR=0.346;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=19;WE=4055664;WS=4055646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr20	4163302	rs1051904	A	G	10206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=217;NR=217;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.881;SC=AGGACGAAGCAGAGAGCCACA;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=614;TCF=305;TCR=309;TR=434;WE=4163310;WS=4163292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,466:0.71:655
chr20	4164283	rs1741327	A	G	4728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.924;SC=TGCCGTACACAGAGAGCTCAA;SOR=0.648;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=97;TCR=159;TR=188;WE=4164291;WS=4164273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,202:0.74:272
chr20	4167234	rs6139351	C	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=466;ReadPosRankSum=0.514;SC=CAGCATCTTCCGAGAACCAGT;SOR=1.685;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=20;WE=4167242;WS=4167231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr20	4202091	rs61759831	G	T	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=16;PP=1322;ReadPosRankSum=0.228;SC=TTGCACGGGGGCTCTTAGAAC;SOR=0.572;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=88;TCF=70;TCR=18;TR=71;WE=4202099;WS=4202081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,71:0.81:88
chr20	4202802	rs835873	A	G	8115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr20	4680251	rs1799990	A	G	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FS=3.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,101:0.23:432
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chr20	4705756	rs2756263	T	C	2728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.309;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=71;PP=1391;ReadPosRankSum=-1.497;SC=CAGTACAGAGTGCAGCAGCGA;SOR=0.440;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=157;TCF=55;TCR=102;TR=113;WE=4705764;WS=4705746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,127:0.73:173
chr20	4764879	rs41279438	G	T	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=1.271;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,71:0.25:288
chr20	4768183	rs2422986	G	A	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=1.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.944;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,64:0.28:230
chr20	4768475	rs111533115	A	AAGGGACT	854.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.10;ReadPosRankSum=0.360;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,25:0.32:77
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chr20	4776445	rs2423004	G	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.710;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=253;ReadPosRankSum=0.544;SC=TCCCTGCCCCGTCTCTCCTCA;SOR=1.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=79;TCF=62;TCR=17;TR=21;WE=4776453;WS=4776435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,20:0.26:78
chr20	4776718	rs2423005	C	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=3.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=1.665;SOR=1.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,42:0.28:152
chr20	4776764	rs2423006	G	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=275;ReadPosRankSum=-0.608;SC=AGTTCACACCGCAGCTCTGAG;SOR=0.363;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=19;WE=4776772;WS=4776754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr20	4837929	rs34817640	TACAC	T	654.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=7.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.879;QD=26.19;ReadPosRankSum=1.178;SOR=1.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
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chr20	4848271	rs10545639	TA	T	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.855;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.049;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr20	4854682	rs1110277	A	G	4733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.957;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=97;PP=2681;ReadPosRankSum=-1.120;SC=GAGGGAAGACATCTGTCACCG;SOR=0.526;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=263;TCF=127;TCR=136;TR=194;WE=4854690;WS=4854672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,216:0.74:292
chr20	4864570	rs2298174	G	C	2228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.583;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=61;PP=1630;ReadPosRankSum=-1.377;SC=AAGGCAATAAGTTATTACATC;SOR=0.429;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=101;TCF=28;TCR=73;TR=85;WE=4864578;WS=4864560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,87:0.84:103
chr20	5099636	rs25406	G	A	2432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.314;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=71;PP=1621;ReadPosRankSum=0.025;SC=TGGAGGGTAAGCGGACTGCTG;SOR=0.416;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=120;TCF=32;TCR=88;TR=99;WE=5099644;WS=5099626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,102:0.83:123
chr20	5149064	rs6116671	A	C	626.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.46;MQRankSum=0.485;QD=34.82;ReadPosRankSum=1.167;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr20	5149065	rs6116672	A	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.629;QD=5.40;ReadPosRankSum=3.938;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr20	5159344	rs2295508	C	T	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=4;PP=872;SC=TGAGCTGTCCCGGGGGACTCA;SOR=3.383;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=5159352;WS=5159336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr20	5169877	rs6038087	A	G	3660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=87;PP=2444;ReadPosRankSum=-0.666;SC=TCCCTCACCCATCTTCTGCCT;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=36;TCR=88;TR=123;WE=5169885;WS=5169867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr20	5261029	rs6038114	G	A	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=24;PP=1744;SC=TGGTCACAATGTTTTTGTCAA;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=64;TCR=24;TR=88;WE=5261037;WS=5261019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr20	5261132	rs6038115	G	A	10003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.03;QD=25.98;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr20	5261161	rs150894323	ACT	A	2853.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=3.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.980;QD=7.55;ReadPosRankSum=-1.518;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,96:0.25:378
chr20	5261206	rs4553880	T	C	7196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=117;NR=127;PP=2965;SC=CAGAGCCTTCTTGTACTTAAG;SOR=0.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=245;TCF=117;TCR=128;TR=244;WE=5261214;WS=5261196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
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chr20	5283256	rs3746682	C	G	10380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=159;NR=199;PP=2965;SC=TAAAGAGGACCGTTTCTGTTG;SOR=1.027;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=358;TCF=159;TCR=199;TR=358;WE=5283264;WS=5283246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr20	5283316	rs3746683	G	C	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=3.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-1.152;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,68:0.22:303
chr20	5283376	rs3746684	G	A	3492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.10;ReadPosRankSum=0.987;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,155:0.80:193
chr20	5294461	rs8116536	G	A	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=6;PP=877;ReadPosRankSum=-0.426;SC=AGATTGGTGAGCATTCCTATC;SOR=0.646;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=64;TCF=56;TCR=8;TR=44;WE=5294469;WS=5294456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,45:0.70:64
chr20	5294496	rs8116897	C	T	3721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=26;PP=2583;SC=CCTGTCAGAGCCTAAATGAGG;SOR=2.376;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=97;TCR=26;TR=122;WE=5294504;WS=5294486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr20	5296798	rs7351709	T	C	9148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=191;PP=2962;ReadPosRankSum=0.184;SC=CCACGGACGCTTGCTGTTTCC;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=495;TCF=239;TCR=256;TR=366;WE=5296806;WS=5296788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,382:0.74:515
chr20	5454400	rs606389	A	T	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FS=1.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQRankSum=-20.749;QD=1.90;ReadPosRankSum=2.254;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:410,95:0.19:505
chr20	5482307	rs6053447	G	A	4620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=73;PP=2965;SC=CTGGGCAGGCGTGTCTGACCA;SOR=1.409;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=110;TCR=73;TR=183;WE=5482315;WS=5482297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr20	5545873	rs200724429	CT	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.431;QD=5.64;ReadPosRankSum=-2.744;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
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chr20	5548081	rs4815840	T	C	3829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=65;PP=2186;ReadPosRankSum=-0.733;SC=GCAAGTACAATAGTCCTAAAG;SOR=0.710;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=208;TCF=117;TCR=91;TR=151;WE=5548089;WS=5548071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,168:0.73:230
chr20	5548208	rs11475275	TA	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.64;ReadPosRankSum=2.459;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr20	5551034	rs1056244	G	C	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=30;PP=941;SC=AAAACAATGGGTTTTCTCTTT;SOR=1.085;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=54;WE=5551042;WS=5551024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr20	5551073	rs73896224	A	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.120;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr20	5554689	rs2295371	T	C	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=361;ReadPosRankSum=1.535;SC=AAGCAAAGTGTACTTTCAACA;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=25;WE=5554697;WS=5554679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr20	5556512	rs2273373	G	A	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.84;ReadPosRankSum=0.729;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,28:0.85:33
chr20	5556743	rs151308594	GTA	G	446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.42;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr20	5564774	rs6053517	T	C	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=4;PP=406;SC=CATATGAGACTGCTGCTGCAC;SOR=1.819;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=5564782;WS=5564764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	5574134	rs1983694	T	C	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	5584843	rs2273375	G	A	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=283;ReadPosRankSum=-0.621;SC=GAGGTTTTTGGTGTGTTTACT;SOR=1.108;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=20;WE=5584851;WS=5584833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr20	5752917	rs237420	A	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=218;ReadPosRankSum=0.778;SC=GGGGCCATTAATAAGTAAAAT;SOR=0.680;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=22;WE=5752925;WS=5752907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,23:0.25:92
chr20	5753579	rs237422	C	T	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=531;ReadPosRankSum=0.828;SC=CTGCCATCAGCGTGTGACATA;SOR=0.745;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=188;TCF=106;TCR=82;TR=53;WE=5753587;WS=5753569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,57:0.28:206
chr20	5843812	rs1699233	T	C	4623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.543;SC=AAATGTTTGGTCATCCACAGC;SOR=0.642;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=142;TCR=96;TR=181;WE=5843820;WS=5843802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,197:0.75:261
chr20	5844121	rs1699232	CA	TG	4287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.975;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=48;PP=2795;ReadPosRankSum=-0.467;SC=TGGTGCCGGGCAGTGTGCAGG;SOR=0.422;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=108;TCF=44;TCR=64;TR=84;WE=5844130;WS=5844111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,105:0.80:132
chr20	5903517	rs236151	A	G	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=0.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.067;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,81:0.25:320
chr20	5905779	rs2821	C	A	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=2.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.104;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,75:0.25:306
chr20	5933108	rs236110	C	A	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=752;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=2.239;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:588,161:0.21:749
chr20	5935385	rs236114	T	C	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=-2.565;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,78:0.26:295
chr20	5935449	rs236115	C	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=4.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=-1.940;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,40:0.21:192
chr20	5935825	rs145133959	A	G	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-0.028;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,71:0.22:321
chr20	5948706	rs236100	A	G	4739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.48;SOR=1.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr20	5948712	rs236101	C	T	4711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.63;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
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chr20	5988095	rs4813786	A	G	8383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=136;NR=171;PP=2965;SC=CTCTCCTAACATTAACTTTGA;SOR=1.006;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=307;TCF=136;TCR=171;TR=307;WE=5988103;WS=5988085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
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chr20	5990726	rs59996436	T	TG	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.80;MQRankSum=0.000;QD=9.55;ReadPosRankSum=0.679;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
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chr20	6069562	rs6117076	C	T	3177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.95;ReadPosRankSum=1.307;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,145:0.82:177
chr20	6077726	rs6076938	T	C	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.999;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=735;ReadPosRankSum=1.464;SC=ACAGAAATGTTATAAATATAA;SOR=0.307;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=48;WE=6077734;WS=6077716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,58:0.73:79
chr20	6100002	rs6038363	C	A	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=29;PP=1548;SC=TGGTGATGCACCAGACAGGGT;SOR=1.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=91;WE=6100010;WS=6099992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr20	6751034	rs1049007	A	G	14028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=871;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=293;NR=312;PP=2962;ReadPosRankSum=1.936;SC=GCAGGCACTCAGGTCAGCCGG;SOR=0.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=817;TCF=393;TCR=424;TR=605;WE=6751042;WS=6751024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,644:0.74:869
chr20	6759115	rs235768	A	T	7334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=1.464;SC=CCGTGACCAGACTTTTGGACA;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=432;TCF=221;TCR=211;TR=301;WE=6759123;WS=6759105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,332:0.70:472
chr20	6759706	rs13037675	C	T	3759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.579;NF=72;NR=82;PP=2095;ReadPosRankSum=1.249;SC=ACTATCAGGACATGGTTGTGG;SOR=0.571;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=211;TCF=95;TCR=116;TR=154;WE=6759714;WS=6759696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,173:0.76:229
chr20	6759758	.	A	AAT	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.292;QD=2.40;ReadPosRankSum=-1.736;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,16:0.20:81
chr20	7887025	rs6055387	G	C	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=632;ReadPosRankSum=-1.200;SC=TTAGAAATACGTTTCCAATGA;SOR=1.031;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=33;WE=7887033;WS=7887015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr20	7894726	rs6118002	C	T	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=9;PP=813;ReadPosRankSum=2.131;SC=TGTTTAGCAACGTTGCTATCA;SOR=0.598;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=45;WE=7894734;WS=7894716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,50:0.74:68
chr20	7894803	rs75277125	A	G	3311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.658;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=54;PP=1866;ReadPosRankSum=-0.071;SC=CCACATGATCATGGTTACCTG;SOR=0.944;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=199;TCF=120;TCR=79;TR=142;WE=7894811;WS=7894793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,155:0.72:216
chr20	7920986	rs33931524	C	T	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.64;ReadPosRankSum=2.144;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,99:0.75:132
chr20	7980390	rs1012891	C	T	5218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.361;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.653;SC=TTAGAGAAGCCGGGGATTTCC;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=262;TCF=147;TCR=115;TR=204;WE=7980398;WS=7980380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,229:0.77:296
chr20	7999537	rs2294247	C	A	3496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=43;PP=2144;ReadPosRankSum=-0.007;SC=ATGACATCTCCAGGTCTTCAA;SOR=0.845;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=198;TCF=133;TCR=65;TR=136;WE=7999545;WS=7999527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,152:0.69:219
chr20	7999642	rs2294248	G	A	9867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=213;NR=208;PP=2962;ReadPosRankSum=1.351;SC=CATACTGCACGTGGATGTCAC;SOR=0.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=551;TCF=281;TCR=270;TR=421;WE=7999650;WS=7999632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,449:0.76:587
chr20	8637727	rs6140670	G	A	3126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.43;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr20	8665502	.	GAA	G	1890.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.404;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.413;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,107:0.63:171
chr20	8689441	rs6133609	T	C	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.775;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,65:0.25:265
chr20	8696722	rs2076690	C	T	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5365;FS=6.351;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=1;PP=732;ReadPosRankSum=0.736;SC=TCAGTGCCTTCGCTGTCCATC;SOR=3.967;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=32;WE=8696730;WS=8696721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,36:0.88:41
chr20	8703145	rs6086563	C	G	4301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=88;PP=2671;SC=TGGTCACTTTCTGCCATCTAG;SOR=1.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=53;TCR=88;TR=141;WE=8703153;WS=8703135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr20	8705496	rs6056043	A	C	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=45;PP=987;SC=CTTAATAGAGAGATTTATGCT;SOR=1.463;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=70;WE=8705504;WS=8705486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr20	8708166	rs17446441	A	G	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=64;PP=2071;SC=TGGGGCGGATAAATAGTTTCA;SOR=2.059;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=25;TCR=64;TR=88;WE=8708174;WS=8708156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr20	8713842	rs993670	G	A	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr20	8719777	rs6039246	G	A	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=458;SC=CAGCCTGGGTGACACAGCAAG;SOR=2.226;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=8719785;WS=8719775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	8737734	rs2076413	G	A	8763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=2.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr20	8741247	rs3886935	C	T	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=61;PP=1668;SC=TAGAGACATACACTTTTAGTT;SOR=2.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=20;TCR=61;TR=81;WE=8741255;WS=8741237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr20	8769423	rs2076411	T	C	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=10;PP=325;SC=TTATTTTATTTTGTACGTCAG;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=8769431;WS=8769413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr20	8770108	rs4633993	A	C	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=15;PP=1547;SC=GTCTGAGATTACCATTTGTCA;SOR=2.406;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=53;TCR=15;TR=68;WE=8770116;WS=8770098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr20	8770318	rs4816086	A	G	4175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=76;PP=2305;ReadPosRankSum=-1.261;SC=ATGCCTTGCCATAACTTTTTA;SOR=1.017;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=65;TCR=76;TR=140;WE=8770326;WS=8770308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,161:0.99:163
chr20	8770822	rs2294597	C	T	4384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=1.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
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chr20	8773295	rs6056119	T	C	16574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=307;NR=309;PP=2965;SC=CATCTTTTTGTGTCTGGATTT;SOR=0.724;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=622;TCF=311;TCR=311;TR=616;WE=8773303;WS=8773285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,656:1.00:656
chr20	8782901	rs6056128	G	C	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=44;PP=1333;SC=GGACTTGCTCGTTTGTCCTTC;SOR=3.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=51;WE=8782909;WS=8782891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr20	8862157	rs141768696	A	AAGTT	1755.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=1349;ReadPosRankSum=0.206;SC=ATGATATTTTAAGTTAATGTA;SOR=0.859;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=28;WE=8862165;WS=8862147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,43:0.70:61
chr20	9288522	rs6077510	G	A	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.58;ReadPosRankSum=2.543;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,46:0.67:69
chr20	9453567	rs2206389	T	C	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=400;SC=AGCCACCAGATCTCTAGCTAA;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=9453575;WS=9453557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	9453901	rs61639466	ATT	A	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=1.322;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr20	9496285	rs148870783	T	TC	2753.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.245;NF=10;NR=56;PP=1281;ReadPosRankSum=-1.564;SC=AAGGAATCTTTCCCCCCCCTC;SOR=0.554;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=115;TCF=14;TCR=101;TR=66;WE=9496293;WS=9496275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,119:0.68:176
chr20	9496716	rs2232264	C	G	3099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=8.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.48;ReadPosRankSum=1.718;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,146:0.63:230
chr20	9497057	rs2232267	A	G	2372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=62;PP=1677;ReadPosRankSum=0.059;SC=AACTCGCAGAACAGGCTTGGA;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=34;TCR=77;TR=89;WE=9497065;WS=9497047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,91:0.79:115
chr20	9498657	rs143992809	T	TCTGCCAGCAGGAGGGGC	1008.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=2897;ReadPosRankSum=0.507;SC=CAATGAGGGTTCTAACTATTG;SOR=1.463;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=11;WE=9498665;WS=9498647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr20	9543622	rs2297345	C	T	4401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=83;PP=2609;ReadPosRankSum=-1.082;SC=AAGGTAGCTGCTGTACATGTC;SOR=0.649;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=263;TCF=142;TCR=121;TR=175;WE=9543630;WS=9543612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,199:0.67:297
chr20	9547018	rs11700112	C	G	3608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=77;PP=2080;ReadPosRankSum=-1.454;SC=CATCTGTGCTCGATCGTAATC;SOR=0.591;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=242;TCF=111;TCR=131;TR=148;WE=9547026;WS=9547008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,164:0.62:266
chr20	9560712	rs3746545	A	G	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=453;ReadPosRankSum=-0.108;SC=TTTACAATCCAATCGTATAAA;SOR=0.495;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=46;TCR=7;TR=31;WE=9560720;WS=9560702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr20	9625003	rs4816157	G	A	5449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=105;PP=2965;SC=AAATATAAATGGAAAAGAGGC;SOR=1.167;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=80;TCR=106;TR=185;WE=9625011;WS=9624993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr20	10019093	rs575534	A	G	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:386,115:0.23:501
chr20	10023689	rs4813909	G	A	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=8;PP=1016;ReadPosRankSum=-0.807;SC=AGCTAAATATGGATTTTTAAT;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=51;TCR=9;TR=51;WE=10023697;WS=10023679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,53:0.85:62
chr20	10026108	rs6077636	A	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=4.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=269;ReadPosRankSum=2.107;SC=TGAATTTTCAATAGTCATACG;SOR=1.561;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=48;TCR=2;TR=15;WE=10026116;WS=10026098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr20	10030931	rs656111	C	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.026;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=328;ReadPosRankSum=-1.225;SC=AAAAGATGACCGAATTTTAGT;SOR=0.425;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=95;TCF=28;TCR=67;TR=29;WE=10030939;WS=10030921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,34:0.32:107
chr20	10032641	rs6141103	G	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.847;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr20	10273694	.	C	CT	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.104;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=6.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.627;QD=2.14;ReadPosRankSum=-1.717;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,34:0.25:136
chr20	10280083	rs363006	G	A	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=36;PP=771;ReadPosRankSum=0.148;SC=CAGTCAGCAAGTCCCTACTGC;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=49;WE=10280091;WS=10280073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,50:0.81:62
chr20	10438780	rs6104617	A	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	10439002	rs6039947	T	A	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.29;ReadPosRankSum=0.617;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr20	10439037	rs6039948	A	G	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=22;PP=590;SC=GTTCTGGGGCATGTGTGCAGG;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=10439045;WS=10439027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr20	10620275	rs1051421	G	A	6714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.279;SC=CTACCAGCGTGTACGCCGGCT;SOR=0.736;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=453;TCF=235;TCR=218;TR=295;WE=10620283;WS=10620265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,310:0.66:468
chr20	10620386	rs1051419	A	G	6304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.197;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=0.455;SC=TCTTGTTCTCATAATCCTTGA;SOR=0.564;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=395;TCF=194;TCR=201;TR=268;WE=10620394;WS=10620376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,292:0.69:426
chr20	10622080	rs3215563	CA	C	1845.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.849;NF=25;NR=35;PP=815;ReadPosRankSum=1.277;SC=ATCCACCATTCAAAAAAAAAA;SOR=0.708;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=104;TCF=42;TCR=62;TR=60;WE=10622088;WS=10622070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,109:0.70:155
chr20	10624924	.	T	TCTCACACACA	1376.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=4.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQRankSum=0.000;QD=16.01;ReadPosRankSum=-0.171;SOR=1.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,52:0.60:86
chr20	10633237	rs1131695	G	A	2509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=3.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.40;ReadPosRankSum=-0.653;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,120:0.74:163
chr20	10633313	rs6040055	T	C	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.54;ReadPosRankSum=2.755;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,83:0.77:108
chr20	10639385	rs2273060	A	G	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=36;PP=856;ReadPosRankSum=1.871;SC=AGACAAAGTGATGAATCATGT;SOR=0.558;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=63;WE=10639393;WS=10639375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,78:0.67:117
chr20	10653469	rs1051415	C	T	12370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=771;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.01;MQRankSum=-1.608;NF=296;NR=241;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.388;SC=TGCAGGGCCCCCCGGCCGTGA;SOR=0.625;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=751;TCF=422;TCR=329;TR=537;WE=10653477;WS=10653455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,553:0.72:766
chr20	11790885	rs3036550	C	CTT	1345.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=6;PP=910;SC=TTTCCTCATACTTCACCTGCC;SOR=1.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=21;WE=11790893;WS=11790875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr20	11791008	rs803665	C	T	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr20	11791094	rs803664	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=291;ReadPosRankSum=2.768;SC=GAGACTGTTAGAAGGAAAGTG;SOR=0.745;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=28;WE=11791102;WS=11791084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,31:0.31:100
chr20	11791211	rs803663	T	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=30;ReadPosRankSum=0.070;SC=AAGAATGAAATCACATCTTTC;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=4;WE=11791219;WS=11791201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr20	11830180	rs33956420	CT	C	1603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.56;ReadPosRankSum=0.778;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr20	11871253	rs11908312	G	C	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=327;ReadPosRankSum=0.352;SC=CAGTTCGTGGGACAAGGACGA;SOR=0.928;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=17;WE=11871261;WS=11871248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr20	12989901	rs3761896	T	C	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.614;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=303;ReadPosRankSum=-1.726;SC=TCCCGGGCTCTGTCACTTCAC;SOR=1.274;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=88;TCF=65;TCR=23;TR=24;WE=12989909;WS=12989891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,25:0.27:93
chr20	12990044	rs3761895	T	C	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=35;PP=1662;ReadPosRankSum=-0.305;SC=TAAGAGGCACTCTCCCCTACT;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=228;TCF=109;TCR=119;TR=67;WE=12990065;WS=12990034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,73:0.29:251
chr20	12990057	rs3761894	T	A	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=1.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.945;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,67:0.29:229
chr20	13029764	rs1431433	A	C	13840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=229;NR=265;PP=2965;ReadPosRankSum=1.256;SC=AGCTGTGGAAAGAAAAGAACA;SOR=0.545;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=497;TCF=230;TCR=267;TR=494;WE=13029772;WS=13029754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,536:1.00:537
chr20	13029790	rs6078899	C	T	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=-0.633;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,108:0.24:444
chr20	13029862	rs919604	C	T	9608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=152;NR=167;PP=2965;SC=AGGTGCAGATCCTAGAAAGCA;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=320;TCF=153;TCR=167;TR=319;WE=13029870;WS=13029852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr20	13029920	rs934335	C	G	8862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=151;NR=149;PP=2965;SC=ATCTCCACCTCCTAAACCCCA;SOR=0.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=301;TCF=151;TCR=150;TR=300;WE=13029928;WS=13029910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr20	13053018	rs243887	T	G	3170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=73;PP=1938;ReadPosRankSum=1.240;SC=TCTGTTTGATTTGATGGAGAG;SOR=0.669;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=84;TCR=95;TR=138;WE=13053026;WS=13053008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,142:0.78:182
chr20	13053035	rs243888	A	G	2908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.723;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=69;PP=1776;ReadPosRankSum=-0.431;SC=AGAGGGTATCAGACGACTATA;SOR=0.481;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=153;TCF=66;TCR=87;TR=125;WE=13053043;WS=13053025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,130:0.82:158
chr20	13073963	rs1030561	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.276;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,9:0.18:49
chr20	13074235	rs708937	G	A	9441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.58;SOR=1.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr20	13074235	.	GTGTATTTT	ATGTATTTA,ATGTATTTT	2806	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=31,114;NR=39,165;PP=746,2806;QD=11.4209696409;SC=GTGAGTATCAGTGTATTTTCT;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=279;TCF=114;TCR=165;TR=70,279;WE=13074251;WS=13074225;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.25:279
chr20	13074243	rs1011290	T	A	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=-2.441;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,79:0.31:256
chr20	13090745	rs2236126	G	C	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=1.187;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,14:0.16:85
chr20	13134931	rs2073303	C	G	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=59;PP=1659;SC=CCACCTGTCACTCTATCAGCT;SOR=2.174;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=23;TCR=59;TR=82;WE=13134939;WS=13134921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr20	13202315	rs113569834	G	C	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=3;PP=388;SC=CGGGAGCCGAGGCGGGAGCCG;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=13202323;WS=13202305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr20	13269438	rs34117863	C	CT	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=2.402;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,18:0.21:86
chr20	13509263	rs3761890	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=50;ReadPosRankSum=-0.665;SC=TAATAATGATGTAAAACAACT;SOR=0.117;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=5;WE=13509271;WS=13509253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr20	13561632	.	T	TA	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.440;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.540;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,31:0.29:106
chr20	13595316	.	C	T	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=30;QD=21.5904041824;SC=GACATCACAACAGTTTTCACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=3;WE=13595324;WS=13595306;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,3:0.17:18
chr20	13597717	rs6033773	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-3.009;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.010;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,26:0.26:99
chr20	13605903	rs2070307	A	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.080;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=383;ReadPosRankSum=-0.239;SC=CCTGCACCTAAAGTAGAAAAT;SOR=1.024;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=30;WE=13605911;WS=13605893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr20	13695680	rs6110019	C	T	7023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=124;NR=115;PP=2965;SC=CTTGTTCTTTCCGTTCTCTTT;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=124;TCR=115;TR=239;WE=13695688;WS=13695670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr20	13698006	rs4239710	T	C	3812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=45;PP=2402;SC=GCCTGGTGTCTATGGTTACCT;SOR=1.211;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=83;TCR=46;TR=127;WE=13698014;WS=13697996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr20	13743298	rs754796	A	G	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=2;PP=250;SC=TAATAATTCTAACAGTAAGCC;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=13743306;WS=13743288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	13747441	rs3180370	A	G	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.58;SOR=1.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr20	13750448	rs35589194	C	CA	671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	13755728	rs67609153	CA	C	278.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=-1.030;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr20	13763896	rs28372964	C	CATTA	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=231;SC=TTTTAAAACACATTCACAATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=13763904;WS=13763886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr20	13769127	rs6042362	A	G	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr20	13782409	rs1015517	A	G	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=29;PP=791;SC=AGAAAACTGTATGTGTTCATG;SOR=2.964;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=35;WE=13782417;WS=13782399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr20	13830179	rs62640920	G	A	4583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=92;PP=2562;ReadPosRankSum=1.417;SC=GAACAATGAGGCCAATCACAA;SOR=0.607;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=251;TCF=126;TCR=125;TR=184;WE=13830187;WS=13830169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,205:0.73:282
chr20	13845987	rs761811	C	T	7595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=146;NR=118;PP=2965;SC=AATTTTAACTCATCTTACTAG;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=265;TCF=146;TCR=119;TR=264;WE=13845995;WS=13845977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr20	13846191	rs761812	A	G	6468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=96;NR=122;PP=2965;SC=CAAGGAGACTAGTTAGCCAGT;SOR=1.104;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=96;TCR=122;TR=218;WE=13846199;WS=13846181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr20	13847420	rs660710	A	G	10706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr20	13868745	rs243910	T	C	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=59;PP=1817;SC=CCTAGCTCCATAATGACCCAT;SOR=1.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=33;TCR=59;TR=92;WE=13868753;WS=13868735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr20	13869206	rs6135002	T	C	484.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5214;FS=2.207;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=300;ReadPosRankSum=1.209;SC=ATTTATTTCCTAATTATCTAT;SOR=1.508;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=19;WE=13869214;WS=13869196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr20	13895660	rs17191270	G	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=5.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=-1.587;SOR=1.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,12:0.19:64
chr20	14066168	rs35070683	T	G	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=210;SC=TAGTAGAGCATGACACATATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=14066176;WS=14066158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr20	14830453	rs438632	C	T	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=20;PP=1286;SC=TAAGTAGTAACTCTCACATCT;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=53;TCR=20;TR=73;WE=14830461;WS=14830443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr20	15210739	rs200307551	CT	C	1759.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.634;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.016;NF=0;NR=52;PP=1664;ReadPosRankSum=0.354;SC=ATTTCTCACTCTTTTTCAACC;SOR=1.525;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=77;TCF=0;TCR=77;TR=52;WE=15210747;WS=15210729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,82:0.67:123
chr20	15480226	rs2180526	T	C	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=234;ReadPosRankSum=0.667;SC=TCTGTACTGGTGTAGGACCAG;SOR=0.470;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=46;TCR=2;TR=16;WE=15480234;WS=15480225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr20	15480308	rs2145014	G	T	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=26;PP=777;ReadPosRankSum=0.939;SC=TGTACTTATTGGTTGAACTGA;SOR=0.666;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=214;TCF=137;TCR=77;TR=67;WE=15480316;WS=15480298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,70:0.31:227
chr20	15480548	rs2145015	T	A	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.585;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=376;ReadPosRankSum=-0.024;SC=TGATGCTCAGTTCCCCCCAAA;SOR=0.300;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=130;TCF=44;TCR=86;TR=41;WE=15480556;WS=15480538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,43:0.31:140
chr20	15948230	rs150617904	G	C	3604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-1.276;QD=13.35;ReadPosRankSum=-0.659;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,168:0.62:270
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chr20	16025192	rs11482445	C	CT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.26;ReadPosRankSum=0.541;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,22:0.17:126
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chr20	16352234	rs111754823	C	CAA	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.819;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.730;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
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chr20	16359650	rs8116503	C	T	9231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=213;NR=185;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.615;SC=CTCTCTGCTGCTTCTCTCTGG;SOR=0.581;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=559;TCF=303;TCR=256;TR=398;WE=16359658;WS=16359640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,426:0.71:603
chr20	16362173	rs11306679	CA	C	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.605;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,25:0.34:74
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chr20	16410559	rs34550969	A	T	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=1.063;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,64:0.67:96
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chr20	16475112	rs6044027	G	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=239;ReadPosRankSum=-0.794;SC=AAATGAGATCGCGACTTTTAC;SOR=0.407;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=18;WE=16475120;WS=16475102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr20	16486698	rs2295115	G	A	3265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.026;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=49;PP=1983;ReadPosRankSum=1.665;SC=CCAGAGTCACGAGGGACTTGT;SOR=1.069;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=170;TCF=99;TCR=71;TR=126;WE=16486706;WS=16486688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,142:0.75:189
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chr20	16493580	rs6135776	A	G	4415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=1.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.76;ReadPosRankSum=0.637;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,206:0.64:321
chr20	16496362	rs6044046	T	A	3439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.380;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=90;PP=2383;ReadPosRankSum=0.629;SC=ATTTTAATAATAGCCCCTTCA;SOR=0.488;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=216;TCF=77;TCR=139;TR=144;WE=16496370;WS=16496352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,153:0.67:227
chr20	16496415	rs6131837	T	C	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=50;PP=1298;ReadPosRankSum=0.225;SC=CTCTTAAGGATTAGACCATAT;SOR=0.500;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=87;TCF=14;TCR=73;TR=61;WE=16496423;WS=16496405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,66:0.74:89
chr20	16506939	rs6034517	C	T	2622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=64;PP=1506;ReadPosRankSum=0.136;SC=GACTAAAAACCATTTCATTCC;SOR=0.655;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=131;TCF=45;TCR=86;TR=99;WE=16506947;WS=16506929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,112:0.77:146
chr20	16554067	rs4814510	A	G	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=46;PP=1120;ReadPosRankSum=-0.471;SC=GTTCCGCGGCAGCCCCACCTG;SOR=0.612;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=23;TCR=64;TR=62;WE=16554075;WS=16554057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,64:0.76:84
chr20	16712280	rs6111262	C	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.425;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=172;ReadPosRankSum=-0.044;SC=ATGCCACAGTCCAGTATAATT;SOR=1.123;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=12;WE=16712288;WS=16712270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr20	16713144	rs4814548	T	G	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=1.037;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr20	16731951	rs34747330	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=109;ReadPosRankSum=0.227;SC=CTTGTTTCCTGCTGGCCTGGT;SOR=0.402;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=11;WE=16731959;WS=16731941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr20	16732004	rs12479958	T	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=-0.651;SC=CTCAAATGGGTAAATTGAGAC;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=16732012;WS=16731994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr20	17350043	rs111813860	GCA	G	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=1.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=-1.537;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,24:0.13:188
chr20	17389830	rs2217182	T	C	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.584;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=16;PP=1043;ReadPosRankSum=-0.724;SC=GGACTAGAAATGTTTAAAGTC;SOR=1.501;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=95;TCF=68;TCR=27;TR=65;WE=17389838;WS=17389820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,75:0.70:107
chr20	17436895	rs2021789	G	A	5597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.44;ReadPosRankSum=0.730;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,214:0.97:220
chr20	17462150	rs11907226	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=154;ReadPosRankSum=-1.200;SC=CCCTTTCCGCCACCTGAAGCT;SOR=0.595;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=18;WE=17462158;WS=17462140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,18:0.26:68
chr20	17474690	rs6105762	T	G	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FS=0.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.389;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:346,129:0.27:475
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chr20	17474968	rs6080718	T	C	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=0.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,117:0.29:400
chr20	17479730	rs6111549	T	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.466;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=431;ReadPosRankSum=0.563;SC=CCCCTTCTTCTCTAAGAGACA;SOR=0.838;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=128;TCF=57;TCR=71;TR=37;WE=17479738;WS=17479720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,42:0.29:145
chr20	17479763	rs2235585	T	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=1.009;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,23:0.26:90
chr20	17539168	rs6044883	A	G	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=14;PP=1457;SC=TCAGACTACTACTGAGCCAAT;SOR=2.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=63;WE=17539176;WS=17539158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr20	17594714	rs35586556	GC	G	763.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=5;PP=759;SC=TTCTCTCGGAGCTACCGGAAG;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=17594722;WS=17594704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	17595329	rs7261001	G	A	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=17;PP=1941;SC=CTGCCTCCCCGGGGCTCCCGG;SOR=2.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=71;TCR=17;TR=88;WE=17595337;WS=17595319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr20	17596731	rs2236250	C	T	14389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=221;NR=288;PP=2965;SC=GCACAGGCACCGCTCTCTAGC;SOR=1.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=512;TCF=223;TCR=289;TR=509;WE=17596739;WS=17596721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,549:1.00:549
chr20	17597331	rs911347	C	T	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=16;PP=1680;SC=GGCCTGCACTCTTCTGGGATT;SOR=2.184;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=70;TCR=16;TR=86;WE=17597339;WS=17597321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr20	17597361	rs911348	A	G	3919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=32;PP=2285;SC=TCTGGGGACCAGCTCACCGCC;SOR=1.787;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=103;TCR=32;TR=134;WE=17597369;WS=17597351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr20	17599214	rs2328181	T	C	3244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr20	17600357	rs11960	G	A	13966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,534:1.00:534
chr20	17602028	rs2236253	T	C	5541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=72;PP=2813;SC=GGCCACCTCCTGCCCCATAGG;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=115;TCR=72;TR=187;WE=17602036;WS=17602018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr20	17605016	rs2236254	T	C	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=16;PP=1814;SC=TCCTAGTGCCTCTGTGTGTCC;SOR=2.679;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=84;TCF=67;TCR=17;TR=83;WE=17605024;WS=17605006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr20	17605240	rs6034867	A	T	5787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=103;PP=2965;SC=GGTCAGGGAGAGCAGCTTCTC;SOR=1.011;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=89;TCR=103;TR=192;WE=17605248;WS=17605230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr20	17606372	rs2295672	T	C	8405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.12;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr20	17610729	rs6044917	T	C	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=42;PP=921;SC=CTGGTCCATGTGGGAAGGAAA;SOR=2.115;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=60;WE=17610737;WS=17610719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr20	17617531	rs6044923	T	C	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=17;PP=486;SC=CCAGCTGCAGTGGGAACGACG;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=17617539;WS=17617521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr20	17622676	rs41276398	C	T	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=520;ReadPosRankSum=0.814;SC=GCAGGGGCTTCGAGTCAAGGG;SOR=0.533;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=34;WE=17622684;WS=17622666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr20	17640009	rs13040917	A	C	9932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.98;QD=25.21;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr20	17674451	rs6080781	G	C	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=16;PP=343;SC=TGTGTCCAGTGGGAGGAGGTG;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=17674459;WS=17674441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr20	17705677	rs4814640	A	G	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=28;PP=1612;SC=GGAGATGGACAACATGTCTCC;SOR=1.536;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=88;WE=17705685;WS=17705667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr20	17927980	rs78163990	G	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=125;ReadPosRankSum=0.535;SC=CCATGAGGATGACTGTGCATG;SOR=1.112;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=9;WE=17927988;WS=17927970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr20	17933368	rs145799736	T	TG	1885.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.496;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,68:0.33:203
chr20	17933511	rs910900	C	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=91;ReadPosRankSum=2.452;SC=TAGTTAGATACTAAGGCAGTT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=12;WE=17933519;WS=17933501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr20	17937801	rs3790301	T	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.160;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr20	18005600	rs2281543	A	C	6397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=103;PP=2965;SC=CGAATGCCTGAAAGGATGAGG;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=210;TCF=107;TCR=103;TR=210;WE=18005608;WS=18005590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr20	18005678	rs373772460	TGC	TC,T	4226.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=53;PP=2747;SC=GTAAAAGTCATGCCATGACCA;SOR=1.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=5;TCR=53;TR=58;WE=18005690;WS=18005668;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:95
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chr20	18005682	.	A	C	1637	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=27;MQ=60.11;NF=25;NR=52;PP=1637;QD=21.7113144487;SC=AAGTCATGCCATGACCAAGGA;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=80;TCF=25;TCR=55;TR=77;WE=18005690;WS=18005668;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,77:0.96:80
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chr20	18143117	rs1205193	T	G	6789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.788;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.997;SC=GTGGTTGGGGTCAGAAAGAAG;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=102;TCR=134;TR=233;WE=18143125;WS=18143107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,243:1.00:244
chr20	18165137	rs56127806	T	G	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
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chr20	18287104	rs41276428	G	C	2044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.972;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=54;PP=1552;ReadPosRankSum=0.132;SC=GGGAGAGGAGGCGTTGCTCAG;SOR=0.285;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=103;TCF=28;TCR=75;TR=77;WE=18287112;WS=18287094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,78:0.74:105
chr20	18287450	rs11368034	TA	T	516.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=371;ReadPosRankSum=-2.261;SC=AATGGAATTCTAAAAAAAACT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=20;WE=18287458;WS=18287440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,28:0.88:32
chr20	18291064	rs2424155	C	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=504;ReadPosRankSum=0.330;SC=TTAATTTTCTCGGCTGTTTCA;SOR=0.502;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=27;WE=18291072;WS=18291054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr20	18296072	rs1033545	T	A	6774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=108;PP=2965;SC=CCCAGCTCAGTCAGGGAACCC;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=121;TCR=108;TR=229;WE=18296080;WS=18296062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr20	18361603	rs1883938	T	C	2092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=6.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.116;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,124:0.34:370
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chr20	18429497	rs6081147	T	C	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.47;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr20	18446004	rs367638464	TTC	T	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=1.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-0.480;QD=0.58;ReadPosRankSum=1.893;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,14:0.11:128
chr20	18446024	rs6111974	C	A	3095.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;MQRankSum=0.319;QD=23.63;ReadPosRankSum=-1.313;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,124:0.95:131
chr20	18446050	rs111987137	A	ATGTGCACTTATAGC	3564.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.22;NF=0;NR=39;PP=2900;SC=ATAAATTCCAATGTACACAAA;SOR=1.952;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=39;WE=18446058;WS=18446040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr20	18448079	rs1474974	C	A	5866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=137;NR=66;PP=2965;SC=TCCACTGGTTCCCCGGGTTCC;SOR=1.494;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=137;TCR=66;TR=203;WE=18448087;WS=18448069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr20	18460614	rs6035056	A	T	4131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=48;PP=2632;SC=CTGTTCCAAAATATAGGTGTT;SOR=1.390;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=95;TCR=49;TR=142;WE=18460622;WS=18460604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr20	18461237	rs57962043	GT	G	738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=40;PP=535;ReadPosRankSum=0.855;SC=GACCCACATTGTTTTTTTTTT;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=41;WE=18461246;WS=18461227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,45:0.90:50
chr20	18462175	rs146840575	G	A	3537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.444;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.405;NF=94;NR=47;PP=2079;ReadPosRankSum=-3.087;SC=GAGCCACTGCGCCCAGCAACC;SOR=0.901;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=214;TCF=140;TCR=74;TR=141;WE=18462183;WS=18462165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,158:0.67:237
chr20	18462421	rs1055171	A	G	7900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=171;PP=2965;SC=TCCCTCCCACAGGTTTGGTCC;SOR=1.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=279;TCF=108;TCR=171;TR=279;WE=18462429;WS=18462411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr20	18462492	rs4813332	A	G	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=51;PP=1523;SC=TTGACTGCCCACGGGTGCAAG;SOR=2.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=68;WE=18462500;WS=18462482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr20	18462518	rs6111983	C	G	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=33;PP=966;SC=CATTAAGAAACAGAGCAAGCA;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=38;WE=18462526;WS=18462508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	18464110	rs3827965	T	C	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr20	18470664	rs3748450	A	G	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.15;NF=25;NR=37;PP=1136;SC=ATCTTTCAGTACCCATGGATA;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=62;WE=18470672;WS=18470654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr20	18470980	rs2424217	A	G	14255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=286;NR=220;PP=2965;SC=TTTACAACCTAAACAGACAGC;SOR=0.943;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=508;TCF=287;TCR=221;TR=506;WE=18470988;WS=18470970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,534:1.00:534
chr20	18477614	rs2247746	A	G	7562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=168;NR=96;PP=2965;SC=GGGCTTTGCTAGAGGGGATTA;SOR=1.242;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=264;TCF=168;TCR=96;TR=264;WE=18477622;WS=18477604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr20	18477870	rs2247757	T	A	5039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.146;NF=61;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.703;SC=CCCAGCCTGCTCCCGCAGGGA;SOR=0.717;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=180;TCF=61;TCR=119;TR=179;WE=18477878;WS=18477860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,187:0.99:188
chr20	18505403	rs3762200	G	C	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=25;PP=1138;SC=GCCCAGGCTGGAGTTCAGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=55;WE=18505411;WS=18505393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr20	18505563	.	C	CT	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=3.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=-0.040;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,48:0.18:271
chr20	18506616	rs911115	TG	CA	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=41;PP=1032;SC=ATCATACAAATGTGCTCTCAG;SOR=1.795;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=60;WE=18506625;WS=18506606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr20	18511456	rs6081189	A	G	3193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=29.57;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr20	18511458	rs57738665	C	CT	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.844;QD=0.92;ReadPosRankSum=-0.666;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,15:0.20:74
chr20	18511504	rs3762201	T	C	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=35;PP=1116;SC=CAGGCTGGTCTCAAACTCCTG;SOR=1.747;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=50;WE=18511512;WS=18511494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr20	18523864	rs2295557	C	T	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=28;PP=767;SC=TTCTGCTTTACTTTCGAGAAG;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=18523872;WS=18523854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr20	18535982	rs1555363	A	G	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=28;PP=806;SC=GAATAACATTACTGGGCCGGA;SOR=2.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=18535990;WS=18535972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr20	18548293	rs11475009	TC	T	11698.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=186;PP=2966;SC=CGATGAGAGTTCCCCGGGGGT;SOR=1.106;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=219;TCF=17;TCR=202;TR=203;WE=18548301;WS=18548283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr20	18549848	rs11475239	CT	C	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=-1.069;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr20	18550218	.	CTT	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-2.572;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr20	18568918	rs6075372	A	G	59.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr20	18576912	rs1884875	C	G	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=26;PP=779;SC=CATCCAGGAACGGGTCTTTGG;SOR=1.314;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=18576920;WS=18576902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	18608945	rs3818220	G	C	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=37;PP=1067;SC=GTCCCTGGAAGAGTCCTCGGT;SOR=2.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=18608953;WS=18608935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	19261623	rs1569767	G	A	4343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.98;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,204:0.70:290
chr20	19261922	rs3790176	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=76;ReadPosRankSum=0.836;SC=CTCTGTGTTCGTTTTCTACTG;SOR=0.330;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=7;WE=19261930;WS=19261912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr20	19560555	rs11087288	GA	G	9598.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=95;PP=2967;SC=GATGACAGAAGACATTATCAA;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=43;TCR=98;TR=136;WE=19560563;WS=19560545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr20	19560664	rs3790261	G	A	8754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=25.83;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr20	19634732	rs3790278	G	A	5588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=102;NR=90;PP=2945;SC=CCTGGTGCCTGCTGAGGGATT;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=103;TCR=90;TR=192;WE=19634740;WS=19634722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr20	19634747	rs3790279	T	C	5754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=96;NR=91;PP=2965;SC=GGGATTCTATTTACTACACGC;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=96;TCR=91;TR=187;WE=19634755;WS=19634737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr20	19646436	rs11470600	CGTGTGT	C,CGTGT	1295.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=8.850;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.356;QD=28.79;ReadPosRankSum=-0.296;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,19,23:0.42,0.51:45
chr20	19654452	rs11468498	GTAA	G	764.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,25:0.24:105
chr20	19654454	rs1406971	A	G	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=46;PP=2148;ReadPosRankSum=-0.903;SC=GAGTCACTGTAATTTTGATTA;SOR=0.884;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=74;WE=19654462;WS=19654442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,80:0.76:105
chr20	19673862	rs11481303	A	AT	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.061;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,19:0.26:74
chr20	19677615	rs113059140	AAGGGAGGGAGGG	A	441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.94;MQRankSum=0.856;QD=29.45;ReadPosRankSum=1.903;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr20	19915611	rs374156281	TA	T	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.642;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.355;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,30:0.46:65
chr20	19915678	rs117184213	C	G	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=3.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-0.728;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,35:0.21:164
chr20	19951534	rs3803981	T	A	6150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.641;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.053;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,287:0.71:403
chr20	19970705	rs2076584	C	T	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=24;PP=629;ReadPosRankSum=-0.719;SC=TCAAGGGGCACGTGGAGGCCA;SOR=0.799;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=211;TCF=129;TCR=82;TR=64;WE=19970713;WS=19970695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,73:0.30:243
chr20	19970888	rs35151304	G	A	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=1.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.351;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,65:0.27:243
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chr20	20140196	rs2179823	T	C	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=22;PP=615;SC=TCCCTGCCTGTCTCCACCAGT;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=20140204;WS=20140186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr20	20150027	rs6075630	C	T	10113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=196;NR=162;PP=2965;SC=TCATCCAGAACTTCGTGAAAA;SOR=0.779;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=360;TCF=198;TCR=162;TR=358;WE=20150035;WS=20150017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr20	20150182	rs6112802	A	T	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.189;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=70;PP=2050;ReadPosRankSum=-0.626;SC=CCCTGCTATTATAATTTAATA;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=33;TCR=70;TR=102;WE=20150190;WS=20150172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr20	20152462	rs996197	A	C	7273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=144;NR=111;PP=2965;SC=GCATCACCAGAGTGTCAAAGG;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=144;TCR=111;TR=255;WE=20152470;WS=20152452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr20	20152581	rs2328500	G	A	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=68;PP=1913;SC=ACAGGGAAGGGTGGAATGAGA;SOR=1.898;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=30;TCR=69;TR=98;WE=20152589;WS=20152571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr20	20168497	rs2179825	A	G	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=3;PP=1093;SC=AGTGTGATATATTACAATTCT;SOR=3.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=42;WE=20168505;WS=20168487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	20180288	rs11474984	AT	A	2364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.658;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.356;NF=46;NR=32;PP=1315;ReadPosRankSum=0.845;SC=TTATTTGCTGATTTTTTTTTT;SOR=1.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=57;TCR=40;TR=78;WE=20180297;WS=20180278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,118:0.98:120
chr20	20232356	rs56102210	C	T	4866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=1.646;SC=TTTCCACGGACGAGATCGTGC;SOR=0.443;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=77;TCR=105;TR=180;WE=20232364;WS=20232346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,190:0.99:191
chr20	20243527	rs144717739	C	CT	385.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=6.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=-0.192;SOR=0.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,25:0.83:30
chr20	20243562	rs41279010	A	G	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=16;PP=1115;SC=CACTTTATCTATTATCACTGA;SOR=1.366;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=55;WE=20243570;WS=20243552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr20	20269631	rs1410263	C	G	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=759;ReadPosRankSum=-0.882;SC=TTAGGTATGGCTCAGCAGTCA;SOR=0.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=46;WE=20269639;WS=20269621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,55:0.67:82
chr20	20348962	rs111558392	C	T	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=1.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.587;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,97:0.24:404
chr20	20350516	rs6137007	T	G	4549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=111;PP=2965;SC=CGCCCTGCACTCCCCGAACCC;SOR=2.561;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=37;TCR=111;TR=148;WE=20350524;WS=20350506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr20	20377421	rs11426947	A	AC	16650.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=31.90;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,522:1.00:522
chr20	20445793	.	T	TCACA,TCA	201	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=24;MMLQ=16;MQ=57.47;NF=5,5;NR=3,3;PP=201,104;QD=25.5;SC=CCGCAGGCCTTCACACACACA;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=8,8;WE=20445801;WS=20445783;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.38:21
chr20	20445843	rs146880364	T	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=-1.360;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,31:0.22:138
chr20	20609964	rs11467035	AACACACACAC	A	3046.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.378;QD=30.78;ReadPosRankSum=0.545;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,84:0.85:99
chr20	21106714	rs5840900	C	CG	11416.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=95;PP=2973;SC=CCCGGCCGAACGGCCACCCAG;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=34;TCR=102;TR=126;WE=21106722;WS=21106704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr20	21117240	rs11476720	GT	G	682.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.93;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,41:0.84:49
chr20	21126194	rs6047271	C	G	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr20	21142441	rs11482798	G	GA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.29;ReadPosRankSum=0.169;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,24:0.22:108
chr20	21142454	rs11482592	A	AC	1666.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.416;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,98:0.71:139
chr20	21142523	rs4815025	C	G	10444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=213;NR=149;PP=2965;SC=TTGCAGTGCACGAGGGGATTA;SOR=0.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=362;TCF=213;TCR=149;TR=362;WE=21142531;WS=21142513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr20	21142813	rs2236178	T	C	14661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=265;NR=270;PP=2965;SC=GGTGAGAAAATGCCAGTCACA;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=536;TCF=265;TCR=271;TR=535;WE=21142821;WS=21142803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,565:1.00:565
chr20	21186161	rs11087346	A	AG	7562.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.05;NF=21;NR=57;PP=2138;SC=AGACGTACCGAGGCACAGGTG;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=22;TCR=60;TR=78;WE=21186170;WS=21186151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr20	21186296	rs11321878	TA	T	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.948;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,26:0.36:73
chr20	21227314	rs6047326	C	T	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=40;PP=1105;SC=AGTTTTCTCACTGTTTTATGG;SOR=5.376;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=42;WE=21227322;WS=21227304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr20	21284236	rs2295412	T	C	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=546;ReadPosRankSum=0.868;SC=GCTGCCAGCCTCGCGAGCAGT;SOR=0.368;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=26;WE=21284244;WS=21284226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,28:0.85:33
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chr20	21314079	rs202840	T	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=-1.544;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,30:0.31:96
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chr20	21321294	rs202845	C	T	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=7;PP=1006;SC=GCCCTTCTTTCCTTTCTGTCA;SOR=2.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=21321302;WS=21321284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr20	21328715	rs11087351	GT	G	1471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=16;PP=1064;SC=TCTAATTTTTGTTTTTTTTAA;SOR=2.035;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=47;WE=21328723;WS=21328705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr20	21336825	rs3787500	G	A	2760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=55;PP=1344;ReadPosRankSum=1.591;SC=GGTATGTTACGCAATTTGGTT;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=70;TCR=83;TR=103;WE=21336833;WS=21336815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,125:0.69:180
chr20	21346441	rs11467475	TATATA	T	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=216;ReadPosRankSum=-0.457;SC=TTATGCCATATATATAATATA;SOR=1.347;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=21346453;WS=21346431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr20	21362703	rs11476840	TA	T	5573.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.572;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.437;NF=9;NR=117;PP=2963;ReadPosRankSum=0.911;SC=CAGGTAATATTAAAAGTAGAC;SOR=0.833;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=182;TCF=20;TCR=162;TR=126;WE=21362711;WS=21362693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,229:0.71:322
chr20	21362758	rs6047417	T	G	3167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.655;NF=61;NR=83;PP=1903;ReadPosRankSum=-1.263;SC=GGGTTTATGGTTTTTATGGAA;SOR=0.603;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=204;TCF=84;TCR=120;TR=144;WE=21362766;WS=21362748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,149:0.71:211
chr20	21687344	rs17861031	G	A	3128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1184;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.425;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:916,262:0.22:1178
chr20	22562674	rs1212275	T	C	10607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.14;ReadPosRankSum=0.931;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,411:0.97:422
chr20	23016970	rs3746726	T	G	13381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=894;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=322;NR=278;PP=2962;ReadPosRankSum=1.890;SC=GCTGAACCTCTTCGTGACCAG;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=854;TCF=451;TCR=403;TR=600;WE=23016978;WS=23016960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,622:0.70:893
chr20	23017017	rs2567609	T	C	14297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=918;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=311;NR=298;PP=2962;ReadPosRankSum=1.172;SC=CCCTTATCCTTAGCTATGCCA;SOR=0.677;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=892;TCF=447;TCR=445;TR=609;WE=23017025;WS=23017007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,623:0.68:916
chr20	23017044	rs3746728	C	T	13622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=915;ExcessHet=3.0103;FS=0.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.95;ReadPosRankSum=-2.675;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,619:0.68:911
chr20	23017082	rs2567608	T	C	12765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=821;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=260;NR=291;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.118;SC=TTCCGCCGATTCTTCCAGCGG;SOR=0.798;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=802;TCF=387;TCR=415;TR=551;WE=23017090;WS=23017072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,558:0.68:820
chr20	23064810	rs11087413	C	T	7747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=171;NR=90;PP=2965;SC=AAACCTGGGCCTGCTCTTGCT;SOR=1.520;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=171;TCR=90;TR=261;WE=23064818;WS=23064800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr20	23065209	rs3746731	G	A	9810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=171;NR=162;PP=2965;SC=CAGACGCCTGGGGACCCACTG;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=333;TCF=171;TCR=162;TR=333;WE=23065217;WS=23065199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr20	23065342	rs3746732	A	G	12192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=217;NR=201;PP=2965;ReadPosRankSum=1.345;SC=CTGTTGCAGCACGGGGCACGG;SOR=0.237;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=419;TCF=217;TCR=202;TR=418;WE=23065350;WS=23065332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,464:1.00:465
chr20	23377815	rs17750862	G	A	3484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=60;PP=1859;SC=GACAAAATGCGTTTCCTGCAG;SOR=1.152;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=50;TCR=60;TR=110;WE=23377823;WS=23377805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr20	23401904	rs377282170	ACCC	A,AC	16522.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.156;QD=35.53;ReadPosRankSum=-1.979;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,100,362:0.22,0.78:465
chr20	23472391	rs2983288	A	G	4769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=69;PP=2642;SC=AGAATGAGACAGGGGTGCTGA;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=98;TCR=69;TR=167;WE=23472399;WS=23472381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr20	23476389	rs2273378	A	G	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.501;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=5;PP=748;ReadPosRankSum=-0.897;SC=GACACCTAGCAACAGGACAAT;SOR=0.342;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=73;TCF=64;TCR=9;TR=51;WE=23476397;WS=23476379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr20	23476412	.	CTT	C	589.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=5.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.752;QD=6.70;ReadPosRankSum=1.618;SOR=1.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,39:0.44:88
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chr20	23529388	rs2983611	C	T	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=19;PP=1100;SC=CACCACACCCCATGCGGCATC;SOR=1.395;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=68;WE=23529396;WS=23529367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr20	23667865	rs112308292	C	A	13768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=968;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.497;NF=269;NR=333;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.516;SC=ACAGGAAGCACGGACAGCGCC;SOR=0.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=916;TCF=417;TCR=499;TR=602;WE=23667873;WS=23667855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,635:0.66:965
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chr20	23729722	rs3188314	G	T	26191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=1001;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=510;NR=446;PP=2965;SC=TACATATGGTGCGGCCCACCT;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=961;TCF=513;TCR=448;TR=956;WE=23729730;WS=23729712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,999:1.00:999
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chr20	23731560	rs6076123	C	T	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.689;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.464;NF=12;NR=55;PP=1345;ReadPosRankSum=0.800;SC=GGTGAGAGCCCGAGGCAGGGA;SOR=0.274;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=91;TCF=14;TCR=77;TR=67;WE=23731568;WS=23731550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,67:0.74:91
chr20	23731589	rs113896553	G	C	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.676;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.660;NF=12;NR=41;PP=1093;ReadPosRankSum=0.615;SC=CAGCAGGCAGGTGTGCATTTA;SOR=0.176;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=66;TCF=13;TCR=53;TR=53;WE=23731597;WS=23731579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,55:0.80:69
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chr20	23806929	rs58314206	A	C	3162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=41;PP=2132;ReadPosRankSum=1.738;SC=TGAAGGCCATAAGCAGAGAGT;SOR=0.595;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=160;TCF=110;TCR=50;TR=126;WE=23806937;WS=23806919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,133:0.78:171
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chr20	23807308	rs6106731	G	C	2165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=48;PP=1283;ReadPosRankSum=0.588;SC=GGTCTCCTCGGAGGCAGAGCA;SOR=0.736;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=48;TCR=60;TR=87;WE=23807316;WS=23807298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,96:0.83:115
chr20	23807360	rs6106732	G	A	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.685;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=29;PP=687;ReadPosRankSum=-0.080;SC=AGCCTGAGGCGGGGATCCCAG;SOR=2.554;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=33;WE=23807368;WS=23807350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,35:0.73:48
chr20	24524218	rs4815274	C	G	7013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=155;PP=2965;SC=CTGGAGGTCACAGGATGTGTT;SOR=1.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=74;TCR=155;TR=229;WE=24524226;WS=24524208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr20	24524245	rs4813519	A	G	4090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=100;PP=2945;SC=AGGCCCTCTAAGAATGTGTGA;SOR=2.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=27;TCR=100;TR=127;WE=24524253;WS=24524235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr20	24645939	rs2892217	G	A	10618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
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chr20	24944933	rs761368	T	C	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=38;PP=1228;SC=CTGGATGGCCTGGCTGAACTG;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=78;WE=24944941;WS=24944923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr20	24945079	rs10534910	AGGC	A	8739.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=77;PP=2948;SC=CATTTCAAATAGGCAAGGTGC;SOR=0.868;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=21;TCR=82;TR=97;WE=24945089;WS=24945069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr20	24950373	rs2064404	A	C	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=20;PP=606;SC=TATGGGCCTGAAGAAGGTGAC;SOR=1.201;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=40;WE=24950381;WS=24950363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	24952147	rs78661674	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=2.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=1.052;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,33:0.20:167
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chr20	24959382	rs11087491	C	G	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.02;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	24959385	rs6083703	A	C	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.38;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	24987438	rs6083718	C	T	3032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=27;PP=2080;SC=TGGTTCTCACCGCCCCAACCA;SOR=1.679;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=69;TCR=28;TR=96;WE=24987446;WS=24987428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr20	25004071	rs4813543	G	T	2821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=23;PP=2052;SC=ATATGACCTCGCCTCAAACTG;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=71;TCR=23;TR=94;WE=25004079;WS=25004061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr20	25013153	.	A	G	3754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=1.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.52;ReadPosRankSum=0.339;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,168:0.69:242
chr20	25027331	rs6132792	G	A	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=0;PP=771;SC=TTCGCAGGCAGATGGAGCTGG;SOR=6.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=25027339;WS=25027326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	25038372	rs62217194	G	A	5342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=2.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.76;ReadPosRankSum=1.999;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,243:0.72:339
chr20	25038798	rs7265950	C	T	90.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=3.979;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=62;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CCCGGGGCGCCCCGTGGAGTC;SOR=1.447;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=25038806;WS=25038788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr20	25053105	rs743018	G	A	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=20;PP=1252;ReadPosRankSum=-0.053;SC=CCCCCAGGCCGATACTGTCCT;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=102;TCF=73;TCR=29;TR=73;WE=25053113;WS=25053095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,79:0.72:110
chr20	25057191	rs11427085	T	TA	1631.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=7.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=0.613;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,96:0.69:140
chr20	25059381	rs56157240	A	T	2902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.923;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=48;PP=1805;ReadPosRankSum=0.425;SC=GCTATAGAGAAGGGACTGCTG;SOR=0.964;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=178;TCF=106;TCR=72;TR=124;WE=25059389;WS=25059371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,132:0.71:185
chr20	25059546	rs12480307	T	C	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.687;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=52;PP=1041;ReadPosRankSum=-0.050;SC=CCTCGCTGAATGCCTTCTCCA;SOR=0.973;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=113;TCF=44;TCR=69;TR=81;WE=25059554;WS=25059536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,87:0.71:123
chr20	25061865	rs145972043	AATC	A	1017.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.895;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.815;NF=13;NR=7;PP=1175;ReadPosRankSum=-0.484;SC=AGGACCCGTCAATCATTCGAT;SOR=0.379;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=20;WE=25061883;WS=25061855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr20	25061875	rs61304082	T	C	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.079;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.800;NF=19;NR=10;PP=1030;ReadPosRankSum=-0.463;SC=AATCATTCGATCATTTCCGCC;SOR=0.188;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=29;WE=25061883;WS=25061855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr20	25062001	rs7344824	T	A	3733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.912;QD=15.24;ReadPosRankSum=-2.075;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,174:0.71:245
chr20	25062145	rs6050306	C	T	3173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=72;PP=1831;ReadPosRankSum=-0.123;SC=GGGCAGGCGGCGCAGCTCCGC;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=81;TCR=99;TR=130;WE=25062153;WS=25062135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,143:0.74:193
chr20	25176296	rs6083773	A	C	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr20	25187213	rs2076559	G	A	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=-0.888;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,74:0.34:220
chr20	25187575	rs11699392	A	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=369;ReadPosRankSum=0.382;SC=TGAGGCTCAAATGAAGCTTCT;SOR=0.407;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=29;WE=25187583;WS=25187565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,30:0.39:76
chr20	25190598	rs1007707	A	G	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=2.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=3.234;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,62:0.29:212
chr20	25193863	rs2076560	T	C	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.370;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,44:0.24:186
chr20	25193949	rs2076561	G	A	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,61:0.26:238
chr20	25195394	rs6050445	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=41;ReadPosRankSum=2.184;SC=CAGATTTTTTCGTTCTTCTCC;SOR=0.941;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=6;WE=25195402;WS=25195384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr20	25195509	rs6050446	A	G	3739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=75;NR=44;PP=1904;SC=TTAGGTGAAAAAAGTATTTAA;SOR=0.910;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=75;TCR=44;TR=119;WE=25195517;WS=25195499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr20	25197982	rs4815394	T	C	5177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=48;PP=2965;SC=ATTGGCTCCTTATTGCCTGCT;SOR=1.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=119;TCR=48;TR=167;WE=25197990;WS=25197972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr20	25255205	rs55654244	C	T	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-0.120;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,36:0.22:160
chr20	25257462	rs2424699	G	A	2234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.864;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:436,160:0.27:596
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chr20	25259200	rs2261109	T	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=451;ReadPosRankSum=-0.509;SC=AGTGGAATGGTACATGCCCCT;SOR=0.688;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=119;TCF=42;TCR=77;TR=35;WE=25259208;WS=25259190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,39:0.29:134
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chr20	25275843	rs2258719	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=148;ReadPosRankSum=0.010;SC=AGACTTAAGACGGCAAATGGA;SOR=0.655;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=15;WE=25275851;WS=25275833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
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chr20	25276343	rs2258728	G	A	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=4.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-1.205;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,75:0.27:274
chr20	25281398	rs2424708	C	T	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.383;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=16;PP=610;ReadPosRankSum=1.105;SC=GCCGGCCCCCCGGGGCTTCAG;SOR=0.467;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=137;TCF=99;TCR=38;TR=51;WE=25281406;WS=25281388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,54:0.38:142
chr20	25282944	rs10966	A	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=279;ReadPosRankSum=0.014;SC=GAACTTTGAAATCTCGGAAGC;SOR=0.646;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=24;WE=25282952;WS=25282934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,25:0.35:72
chr20	25284343	rs2260197	T	C	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=1.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=0.089;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,57:0.23:252
chr20	25288505	rs884613	C	T	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.73;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr20	25288632	rs6107027	G	A	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=17;PP=746;ReadPosRankSum=-0.981;SC=TAGCTTCTTCGCGGATATTAG;SOR=0.661;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=68;TCR=31;TR=55;WE=25288640;WS=25288622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,63:0.55:115
chr20	25295787	rs2297496	T	C	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.247;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=29;PP=506;ReadPosRankSum=0.163;SC=AGATGCCAACTGCCACTGCAG;SOR=3.500;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=31;WE=25295795;WS=25295777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr20	25301022	rs2274890	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=265;ReadPosRankSum=-1.734;SC=GCGACTGCACGTGGTGTTACT;SOR=0.446;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=24;WE=25301030;WS=25301012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr20	25320228	rs6050544	T	A	6676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.509;SC=TTGAAAGACATAGAAATAGCT;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=387;TCF=226;TCR=161;TR=277;WE=25320236;WS=25320218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,291:0.72:406
chr20	25371112	rs139848340	GGCCCCC	G	3005.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.134;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.728;NF=16;NR=22;PP=2002;ReadPosRankSum=1.565;SC=GTGAGGGACCGGCCCCCCCCC;SOR=0.835;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=38;WE=25371133;WS=25371102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,71:0.95:75
chr20	25371125	rs77202707	C	G	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=10.242;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.94;MQRankSum=0.569;QD=39.33;ReadPosRankSum=1.977;SOR=0.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,77:0.96:80
chr20	25371378	rs145380090	G	GGCCTCCGCC	836.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.570;NF=2;NR=12;PP=2897;ReadPosRankSum=-0.873;SC=GGCGCCCGCTGGCCTGCGCCG;SOR=0.495;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=14;WE=25371386;WS=25371368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
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chr20	25398876	rs4815425	G	C	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.555;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=53;PP=1374;ReadPosRankSum=-0.017;SC=AAATGCTAAAGTTCTGGCATT;SOR=0.293;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=123;TCF=43;TCR=80;TR=87;WE=25398884;WS=25398866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,97:0.72:135
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chr20	25829319	rs76467023	A	G	5145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=734;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-26.553;NF=163;NR=154;PP=2501;ReadPosRankSum=0.774;SC=TGGGGGTATCAATGGGATCCA;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=847;TCF=441;TCR=406;TR=317;WE=25829327;WS=25829302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:551,179:0.25:730
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chr20	25829384	rs75757905	T	C	2680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FS=11.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQRankSum=-18.850;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.475;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:349,100:0.22:449
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chr20	29626027	rs2137756	C	T	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-4.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.144;HP=3;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.831;NF=9;NR=73;PP=1505;ReadPosRankSum=2.605;SC=GTCAGTTTAACAGAAAGTCTG;SOR=1.279;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=211;TCF=21;TCR=190;TR=82;WE=29626037;WS=29626017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,46:0.33:138
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chr20	29632569	.	CAG	C	1297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.235;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.530;NF=48;NR=22;PP=850;ReadPosRankSum=0.372;SC=TATGTGTAATCAGAGTTTGAG;SOR=1.077;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=204;TCF=124;TCR=80;TR=70;WE=29632578;WS=29632554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,47:0.19:254
chr20	29632593	rs112146379	A	G	1738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.87;MQRankSum=-0.572;QD=3.88;ReadPosRankSum=1.220;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:333,115:0.26:448
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chr20	29632674	rs138867112	T	TA	2260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=855;ExcessHet=3.0103;FS=1.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQRankSum=6.859;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.202;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:641,181:0.22:822
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chr20	29632775	.	T	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.789;ClippingRankSum=0.000;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=4.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQRankSum=-2.661;QD=2.54;ReadPosRankSum=1.887;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,31:0.13:230
chr20	29632782	.	A	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.429;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=1.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.94;MQRankSum=-3.086;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.768;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,31:0.15:206
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chr20	29633794	rs10084493	C	A	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.024;NF=35;NR=8;PP=618;ReadPosRankSum=-0.059;SC=ACAATAACCACAATTGAACAC;SOR=0.787;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=61;TCF=51;TCR=10;TR=43;WE=29633802;WS=29633777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr20	29633823	rs77782557	A	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=4.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQRankSum=-1.936;QD=4.98;ReadPosRankSum=-1.328;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,28:0.27:102
chr20	29633847	.	ATGGCAT	AGGCAT,A	1163.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.236;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.537;HP=2;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=4.222;NF=27;NR=21;PP=2032;ReadPosRankSum=1.516;SC=TTGAATATATATGGCATGTTT;SOR=1.385;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=132;TCF=63;TCR=69;TR=48;WE=29633869;WS=29633837;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.23:161
chr20	29633849	rs374283656	GGC	G	1241.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=8.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQRankSum=4.202;QD=7.30;ReadPosRankSum=1.172;SOR=1.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,38:0.22:170
chr20	29633853	.	T	TTA	1229.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.894;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=10.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.02;MQRankSum=4.329;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.615;SOR=1.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,40:0.23:172
chr20	29633854	rs77178122	G	A	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=11.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQRankSum=4.398;QD=7.00;ReadPosRankSum=1.114;SOR=1.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,40:0.23:177
chr20	29633854	.	G	GATTAA	2025	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=52;MMLQ=26;MQ=49.72;NF=28;NR=21;PP=2025;QD=42.0204081633;SC=TATATGGCATGTTTTACATAG;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=49;WE=29633869;WS=29633837;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:85,49:0.37:134
chr20	29633915	rs78740969	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQRankSum=-5.221;QD=0.64;ReadPosRankSum=2.574;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,34:0.09:365
chr20	29633916	rs2554494	G	T	5741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.573;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-4.655;NF=69;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=2.470;SC=ATTGAAAGCCGACAGATACTG;SOR=0.430;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=416;TCF=240;TCR=176;TR=136;WE=29633960;WS=29633905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,153:0.41:370
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chr20	29633929	rs7509092	A	G	5259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=11.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQRankSum=-4.423;QD=13.84;ReadPosRankSum=2.040;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,138:0.36:380
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chr20	29634102	rs113531250	TC	T	388.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.649;NF=1;NR=8;PP=466;ReadPosRankSum=-2.641;SC=TGGATGTACTTCCTTGGCTAA;SOR=0.512;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=9;WE=29634115;WS=29634092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr20	29634104	rs56780525	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQRankSum=-5.553;QD=11.70;ReadPosRankSum=-2.475;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr20	29652036	rs62206781	C	T	2542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.894;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.169;NF=103;NR=27;PP=1963;ReadPosRankSum=1.059;SC=CAATTCCTTACAATAAACCTA;SOR=1.431;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=340;TCF=252;TCR=88;TR=130;WE=29652044;WS=29652026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,124:0.45:276
chr20	29652065	rs73611950	A	G	4410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-2.693;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,124:0.29:423
chr20	29652083	rs66615221	C	T	6568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.493;NF=160;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.318;SC=TTTGTTGTTACAGATTTGGCT;SOR=0.714;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=796;TCF=507;TCR=289;TR=240;WE=29652091;WS=29652073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:403,180:0.31:583
chr20	29652099	rs74613177	G	T	8274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=736;ExcessHet=3.0103;FS=1.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-0.786;QD=11.46;ReadPosRankSum=-1.773;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:493,229:0.32:722
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chr20	29652107	rs62206782	T	G	5463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=804;ExcessHet=3.0103;FS=0.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=0.284;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.752;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:600,188:0.24:788
chr20	29652172	rs78862124	T	C	34816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1094;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-4.397;QD=32.45;ReadPosRankSum=0.531;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,872:0.81:1073
chr20	29652172	.	TGGAGTGCCTCGGCAGCCTC	CAGAGTGCCTCAGCAGCCTT,CGGAGTGCCTCGGCAGCCTC	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=59;MMLQ=25;MQ=59.16;NF=111,677;NR=118,670;PP=2924,2962;QD=20;SC=AGGCGACCCATGGAGTGCCTC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=1553;TCF=775;TCR=778;TR=229,1347;WE=29652204;WS=29652162;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.15:1553
chr20	29652173	rs79057885	G	A	10881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1088;ExcessHet=3.0103;FS=1.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=4.625;QD=10.30;ReadPosRankSum=2.822;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:735,321:0.30:1056
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chr20	29652183	rs71276709	G	A	10360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1034;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=4.195;QD=10.24;ReadPosRankSum=3.015;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:713,299:0.30:1012
chr20	29652190	rs76344754	T	G	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1004;ExcessHet=3.0103;FS=3.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=-1.660;QD=1.74;ReadPosRankSum=1.324;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:887,108:0.11:995
chr20	29652191	rs62206784	C	T	28335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=992;ExcessHet=3.0103;FS=1.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-3.048;QD=28.83;ReadPosRankSum=-3.849;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,697:0.71:983
chr20	29652236	rs62206786	G	C	19949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=840;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.067;HP=3;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.405;NF=262;NR=403;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.253;SC=CTGCAACCACGTTTCTACAGG;SOR=0.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=895;TCF=358;TCR=537;TR=665;WE=29652244;WS=29652226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,619:0.75:827
chr20	29652254	rs77357187	G	A	3232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FS=2.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQRankSum=2.034;QD=5.52;ReadPosRankSum=1.288;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:404,182:0.31:586
chr20	29652260	rs77655567	C	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQRankSum=-0.536;QD=1.01;ReadPosRankSum=3.425;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:451,79:0.15:530
chr20	29652294	rs148337041	C	A	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=1.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQRankSum=-0.946;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.765;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,67:0.28:240
chr20	29652302	rs74429828	A	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.38;MQRankSum=-1.265;QD=0.20;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,21:0.11:186
chr20	29652303	rs62206787	T	C	4031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.426;HP=2;HapScore=1;MGOF=73;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.496;NF=24;NR=121;PP=2224;ReadPosRankSum=1.423;SC=TCATTTTACATACTAAGGACA;SOR=1.223;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=212;TCF=40;TCR=172;TR=145;WE=29652311;WS=29652284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,109:0.78:139
chr20	29847211	rs6088879	T	C	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=390;SC=TCTTTAATTGTATTTATTTTT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=29847219;WS=29847201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	29965014	rs709045	T	C	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=10;PP=1003;SC=CAGGTCTCTGTGCCCAGAGAG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=29965022;WS=29965004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr20	29966275	rs2223527	G	A	6568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr20	29966362	rs2206383	A	C	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=30;PP=875;SC=AACTGAGAGCAACCCAAGTTG;SOR=2.476;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=29966370;WS=29966352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr20	29978216	rs2206381	T	C	4389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
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chr20	30449516	.	G	GC	108	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=22;MQ=58.03;NF=0;NR=2;PP=108;QD=70.5;SC=GTCAAGGCCGGCGCGGGGCGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=30449524;WS=30449506;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr20	30452782	rs4911536	C	T	10294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;NR=288;PP=2965;SC=TATCAGCGACCGGGATGCGAA;SOR=2.049;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=464;TCF=176;TCR=288;TR=426;WE=30452790;WS=30452772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr20	30513735	rs4911195	C	T	29083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=1149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=544;NR=544;PP=2965;SC=CCAACACCCGCTTCACACTGA;SOR=0.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1094;TCF=549;TCR=545;TR=1088;WE=30513743;WS=30513725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1138:1.00:1138
chr20	30661297	rs2297304	G	A	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=64;PP=1710;SC=CCTCTGAAGTGCTTTGCGCAG;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=39;TCR=64;TR=103;WE=30661305;WS=30661287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr20	30729488	rs6089193	T	C	18480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=668;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=283;NR=328;PP=2965;SC=CCTGTGCTCCTTGCTGCCTCA;SOR=0.858;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=611;TCF=283;TCR=328;TR=611;WE=30729496;WS=30729478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,665:1.00:665
chr20	30746248	rs6061195	T	C	6039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr20	30747679	rs4911553	C	T	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=10;PP=972;SC=GCCAGGCCCACGGGCCCTGAT;SOR=2.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=50;WE=30747687;WS=30747669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr20	30753270	rs14316	T	C	5332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=98;PP=2965;SC=ACGGCCAAGCTTGCTCCGTCC;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=77;TCR=98;TR=175;WE=30753278;WS=30753260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr20	30777800	rs11907716	T	C	10412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=165;NR=210;PP=2965;SC=CGCTGGCTCCTGCCCGAGTCC;SOR=1.181;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=375;TCF=165;TCR=210;TR=375;WE=30777808;WS=30777790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr20	30777860	rs11907235	A	G	4710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
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chr20	30954295	rs2295454	A	G	10687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=174;NR=215;PP=2965;SC=GTTGCTTAACATGAGGGTTTC;SOR=1.082;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=390;TCF=175;TCR=215;TR=389;WE=30954303;WS=30954285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr20	31016314	rs3818190	A	G	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=23;PP=649;SC=AGCTGTGAACATGTTCAGAGA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=31016322;WS=31016304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	31017119	rs4911230	T	C	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=1.798;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,26:0.25:105
chr20	31019024	rs2295765	C	T	12150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=238;NR=186;PP=2965;SC=GCAGATAACTCCTGGGTAGCT;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=426;TCF=240;TCR=186;TR=424;WE=31019032;WS=31019014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr20	31022959	rs6058694	T	C	7615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=145;NR=123;PP=2965;SC=GGTCCCATTCTGTCTCTAGTG;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=145;TCR=123;TR=268;WE=31022967;WS=31022949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr20	31024274	rs4911231	T	C	7152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=134;PP=2965;SC=CACAGGACAGTAATTCAAATG;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=111;TCR=134;TR=245;WE=31024282;WS=31024264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr20	31025163	rs2295764	A	G	5619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=80;NR=112;PP=2965;SC=CATGGGAAACATTGTATATTT;SOR=1.168;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=81;TCR=112;TR=192;WE=31025171;WS=31025153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr20	31025231	rs2295763	T	C	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=39;PP=1165;SC=ATCATTGATATAATACTCTTT;SOR=1.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=57;WE=31025239;WS=31025221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr20	31074372	rs6141734	G	A	3962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=51;PP=2492;SC=TGGGACTCTGGTTTGCCATTA;SOR=1.422;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=91;TCR=51;TR=142;WE=31074380;WS=31074362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr20	31097877	rs293566	T	C	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=375;SC=CTCCTGCAGCTCAAACTACTT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=31097885;WS=31097867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	31099311	rs159428	T	C	2753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr20	31108805	rs6141745	T	A	4111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=85;PP=2414;SC=GGTCTGAGCTTTGGTGGCAGG;SOR=1.354;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=61;TCR=85;TR=146;WE=31108813;WS=31108795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr20	31291161	rs9421	C	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-0.155;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,15:0.17:89
chr20	31291625	rs28620238	A	G	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.448;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=608;ReadPosRankSum=-1.445;SC=CGGCTCTTCAACTGTGGGGGC;SOR=0.929;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=113;TCF=79;TCR=34;TR=40;WE=31291633;WS=31291615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,47:0.38:125
chr20	31291919	rs35093495	GGGCA	G	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=3.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.138;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.074;SOR=1.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,14:0.18:76
chr20	31292298	rs59379723	CA	C	264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.326;QD=2.38;ReadPosRankSum=1.071;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,44:0.40:111
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chr20	31374259	rs2424913	C	T	7063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.922;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=0.591;SC=CGCCAGACCCCAGGCCTCCAG;SOR=0.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=381;TCF=249;TCR=132;TR=288;WE=31374267;WS=31374249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,301:0.75:399
chr20	31374520	rs2424914	A	G	8370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=204;PP=2962;ReadPosRankSum=0.600;SC=TGTGGCTGGTAGATAATCTGT;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=460;TCF=182;TCR=278;TR=337;WE=31374528;WS=31374510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,360:0.74:489
chr20	31374991	rs4911107	G	A	4906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.942;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.533;SC=TCTGGTCACCGACATCCTTTG;SOR=0.921;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=275;TCF=184;TCR=91;TR=186;WE=31374999;WS=31374981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,207:0.69:299
chr20	31376490	rs4911260	T	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=4.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.90;ReadPosRankSum=1.934;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
chr20	31380309	rs1474738	G	A	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=7;PP=843;ReadPosRankSum=-2.278;SC=CAGGACAGCTGTCTGGCTATG;SOR=0.561;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=57;TCR=9;TR=47;WE=31380317;WS=31380301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,48:0.68:71
chr20	31381229	rs993419	G	A	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=607;ReadPosRankSum=-0.855;SC=CGCCGAGATCGCACCACTGCA;SOR=0.839;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=34;WE=31381237;WS=31381224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,43:0.74:58
chr20	31383353	rs910085	T	G	5598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.316;SC=GATTGTTGGGTACCTGGGATC;SOR=0.827;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=283;TCF=143;TCR=140;TR=219;WE=31383361;WS=31383343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,237:0.77:309
chr20	31383530	rs875041	C	T	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.382;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=37;PP=1013;ReadPosRankSum=-0.166;SC=AGTCATCCCCCTCACACCCTG;SOR=0.268;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=61;WE=31383538;WS=31383506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,68:0.82:83
chr20	31386347	rs6058891	T	C	7856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.375;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.956;SC=CCTGGAGCTGTTACATGTGTC;SOR=0.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=410;TCF=211;TCR=199;TR=321;WE=31386355;WS=31386337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,340:0.78:435
chr20	31386449	rs2424922	T	C	5387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=123;PP=2772;ReadPosRankSum=-0.043;SC=GGCTTGAATATGTAAGCCACA;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=316;TCF=138;TCR=178;TR=218;WE=31386457;WS=31386439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,249:0.70:357
chr20	31387954	rs1997797	C	G	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.099;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=28;PP=1047;ReadPosRankSum=2.356;SC=CTCTGGCCCCCACAGGCTACC;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=76;WE=31387962;WS=31387944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,82:0.77:106
chr20	31388636	rs2424928	T	C	4011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=70;PP=2487;ReadPosRankSum=2.520;SC=GTCTCTCTCTTTCAGATTGAA;SOR=0.663;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=138;TCR=99;TR=166;WE=31388644;WS=31388624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,175:0.69:254
chr20	31389009	rs2065576	C	T	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.058;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=23;PP=868;ReadPosRankSum=-0.059;SC=TGGGAACCTGCTGGTCTCAGG;SOR=0.986;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=85;TCF=51;TCR=34;TR=63;WE=31389017;WS=31388999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,68:0.76:89
chr20	31414020	rs3092521	CT	C	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr20	31446645	rs853853	A	G	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.658;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=16;PP=1016;ReadPosRankSum=-0.692;SC=TCATTTCCCTAGTTCTAAATA;SOR=1.325;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=59;WE=31446653;WS=31446635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,69:0.71:97
chr20	31466347	rs13037174	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.775;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.714;NF=5;NR=1;PP=68;ReadPosRankSum=-1.567;SC=GACGGAGTCTCGCTCTGTCGC;SOR=2.303;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=6;WE=31466355;WS=31466338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr20	31466364	rs13037187	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.808;NF=7;NR=2;PP=90;ReadPosRankSum=-0.974;SC=TCGCCCAGGTCGGACTGCGGA;SOR=0.502;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=9;WE=31466372;WS=31466354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr20	31466387	rs13037762	A	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=0.868;QD=7.09;ReadPosRankSum=2.342;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
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chr20	31473180	rs4911271	A	G	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.80;ReadPosRankSum=-1.058;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr20	31473180	.	ATG	GTT	922	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=21;NR=3;PP=922;QD=40.6444947859;SC=TGGCGTGCGCATGTGCGTGCG;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=24;WE=31473190;WS=31473170;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr20	31473182	rs4911272	G	T	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.63;ReadPosRankSum=-0.904;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr20	31473483	rs6119300	G	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.154;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,20:0.19:106
chr20	31480938	rs2377733	C	T	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=1.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,83:0.29:284
chr20	31480961	rs2377734	C	T	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.788;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=47;PP=1011;ReadPosRankSum=-1.284;SC=CAACCTCTTCCGTCTCCATCT;SOR=0.505;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=337;TCF=194;TCR=143;TR=102;WE=31480969;WS=31480951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,107:0.29:363
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chr20	31577572	rs6088057	C	T	2658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.544;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.991;NF=41;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=1.464;SC=CACGTGTCCACGGGAGGTAAC;SOR=0.992;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=141;TCF=55;TCR=86;TR=111;WE=31577591;WS=31577562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,118:0.77:154
chr20	31577582	rs141745544	CAG	C	4048.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.747;NF=2;NR=66;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.284;SC=CGGGAGGTAACAGGGGGCTGC;SOR=0.814;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=83;TCF=3;TCR=80;TR=68;WE=31577591;WS=31577562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,104:0.81:128
chr20	31583384	rs2070310	A	G	3962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.73;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,179:0.67:269
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chr20	31585415	rs190097	T	C	3211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.665;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=50;PP=1708;ReadPosRankSum=0.979;SC=ACCTGTCAGCTGTGGGGCCTG;SOR=0.388;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=167;TCF=107;TCR=60;TR=133;WE=31585423;WS=31585405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,145:0.80:181
chr20	31585545	rs440139	C	T	3815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.908;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=96;PP=2558;ReadPosRankSum=-0.705;SC=AGATGAAGAGCCTAGGTGCTG;SOR=0.896;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=245;TCF=109;TCR=136;TR=166;WE=31585553;WS=31585535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,174:0.66:262
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chr20	31587793	rs15850	A	G	5097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=0.994;SC=GTCACGTGGCAGTGCAGTGTC;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=294;TCF=165;TCR=129;TR=223;WE=31587801;WS=31587783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,235:0.75:312
chr20	31590530	rs41305793	T	G	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=1.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.502;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,48:0.26:187
chr20	31590686	rs1133358	C	A	2438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=42;PP=1291;ReadPosRankSum=0.290;SC=GGGAGGTGTCCTCTGCCATCC;SOR=0.646;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=97;WE=31590694;WS=31590676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,109:0.80:136
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chr20	31596472	rs6088066	A	T	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=0.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=1.460;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,81:0.22:367
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chr20	31598994	rs6141358	G	A	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=871;ReadPosRankSum=2.090;SC=CCAGGTGGGTGCTTCAGTCCA;SOR=1.249;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=58;WE=31599002;WS=31598984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,61:0.73:83
chr20	31603405	rs35897534	TAA	T	761.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.53;ReadPosRankSum=0.725;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,33:0.85:39
chr20	31604811	rs111284661	C	T	6105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.684;SC=CCCAGGGCTGCCCTAACCCCA;SOR=0.689;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=325;TCF=174;TCR=151;TR=246;WE=31604819;WS=31604801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,273:0.75:363
chr20	31606237	rs3746388	C	T	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.779;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=1222;ReadPosRankSum=-0.635;SC=CCTAAAGGAGCGGGGGAGTGG;SOR=0.353;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=56;WE=31606245;WS=31606227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,60:0.81:74
chr20	31607654	rs45626037	T	C	5724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.416;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.347;SC=CACACTATTGTCTTCGCTGTT;SOR=0.742;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=335;TCF=157;TCR=178;TR=230;WE=31607662;WS=31607644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,250:0.69:360
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chr20	31609246	rs62207506	G	A	3472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.260;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=87;PP=2137;ReadPosRankSum=0.172;SC=CCACCTCCCAGGCTCACAGGG;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=72;TCR=111;TR=145;WE=31609254;WS=31609236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,159:0.80:200
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chr20	31624368	rs6059035	C	T	2165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FS=1.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.796;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:443,150:0.25:593
chr20	31626558	rs6088078	G	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=338;ReadPosRankSum=0.027;SC=TCATCACCTGGGCTGCCCAGA;SOR=0.848;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=24;WE=31626566;WS=31626548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,24:0.33:73
chr20	31626621	rs6057708	C	T	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=18;PP=756;ReadPosRankSum=-0.171;SC=TGAAGGGAGCCTCAAAGGGTA;SOR=0.706;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=207;TCF=145;TCR=62;TR=62;WE=31626629;WS=31626611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,72:0.31:230
chr20	31627291	rs4911287	A	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-1.302;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,26:0.24:107
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chr20	31651247	rs1535232	A	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=5.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.307;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,31:0.23:132
chr20	31651583	rs403461	A	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=6.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=2.234;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr20	31652292	rs4911290	G	A	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FS=3.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.148;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:363,114:0.24:477
chr20	31656632	rs6057717	C	G	2928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=863;ExcessHet=3.0103;FS=0.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.111;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:659,199:0.23:858
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chr20	31673846	rs2070325	A	G	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-2.425;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,76:0.30:252
chr20	31676622	rs2424949	G	T	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-5.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.512;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=451;ReadPosRankSum=0.146;SC=CCAAGGTGAAGGTACTCTGTC;SOR=0.245;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=131;TCF=113;TCR=18;TR=38;WE=31676630;WS=31676612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,38:0.28:134
chr20	31676804	rs2889732	A	C	2240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=821;ExcessHet=3.0103;FS=0.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.304;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:644,177:0.22:821
chr20	31677474	rs7271727	A	G	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.237;SOR=0.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,14:0.22:63
chr20	31677476	rs6057722	T	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.118;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,13:0.21:61
chr20	31688241	rs11699009	T	C	4654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=4.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.00;ReadPosRankSum=-0.400;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,207:0.71:291
chr20	31688260	rs11696307	C	T	4375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=3.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.25;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,206:0.72:287
chr20	31688330	rs11696310	C	T	3256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=65;PP=1662;ReadPosRankSum=0.792;SC=GGGGTCCTGACGGTGCTGGTG;SOR=0.707;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=185;TCF=86;TCR=99;TR=125;WE=31688338;WS=31688320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,147:0.71:206
chr20	31695373	rs62210238	T	C	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.146;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.99;MQRankSum=1.782;NF=45;NR=23;PP=1114;ReadPosRankSum=-0.507;SC=ACCTGGGAGGTGGAGGTTGCA;SOR=0.443;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=68;WE=31695381;WS=31695363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,71:0.76:94
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chr20	31812923	rs3818222	G	A	5089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=1.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.42;ReadPosRankSum=-0.711;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,232:0.75:310
chr20	31814348	rs1570033	G	A	6159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.949;SC=CCGAGGGTTAGGGCATATATC;SOR=0.692;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=303;TCF=124;TCR=179;TR=234;WE=31814356;WS=31814338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,259:0.78:332
chr20	31825703	.	CATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	C	2395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.936;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.562;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=37;PP=2972;ReadPosRankSum=-2.787;SC=TGTATGTGTGCATGTGTGTGT;SOR=1.723;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=139;TCF=12;TCR=127;TR=42;WE=31825738;WS=31825693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,104:0.62:168
chr20	31825704	.	ATGTGTG	A	1308	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=52;MMLQ=19;MQ=59.6;NF=5;NR=37;PP=1308;QD=31.2142857143;SC=GTATGTGTGCATGTGTGTGTG;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=118;TCF=11;TCR=107;TR=42;WE=31825738;WS=31825693;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:76,42:0.36:118
chr20	31828265	rs6059187	A	G	2060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=44;PP=1228;ReadPosRankSum=-0.143;SC=TGGAAAGCTGAGACAATGAGA;SOR=0.605;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=111;TCF=47;TCR=64;TR=80;WE=31828273;WS=31828255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,87:0.73:119
chr20	31829083	rs2273529	G	A	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=9;PP=902;ReadPosRankSum=0.863;SC=GACAAGGCTCGGCTTTAGTGA;SOR=1.161;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=46;WE=31829091;WS=31829073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,47:0.85:55
chr20	31873821	rs3746393	C	T	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=471;ReadPosRankSum=1.736;SC=GCCTCAGGTCCCTCTGTGCTC;SOR=0.949;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=28;WE=31873829;WS=31873811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr20	31876485	rs2295576	T	C	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.016;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=695;ReadPosRankSum=1.028;SC=AGCCTGGAGCTCCCACCAAGC;SOR=0.230;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=36;WE=31876493;WS=31876475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr20	31876681	rs1078761	A	G	5789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.328;SC=CCTGAAGCACATCATCTGGTG;SOR=0.682;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=390;TCF=201;TCR=189;TR=256;WE=31876689;WS=31876671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,276:0.66:417
chr20	31877898	rs1884885	C	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.911;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=671;ReadPosRankSum=-0.251;SC=AAGAGAGTTCCGAGCAGAGAG;SOR=1.880;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=34;WE=31877906;WS=31877888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr20	31886782	rs35028429	C	CT	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.644;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,21:0.25:84
chr20	31894766	rs41311304	C	T	2923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=67;PP=1681;ReadPosRankSum=0.931;SC=CCTTGGGATTCGAGGCAGCTG;SOR=0.674;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=199;TCF=92;TCR=107;TR=127;WE=31894774;WS=31894756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,136:0.63:215
chr20	31897554	rs1999663	G	C	3554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=1.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.63;ReadPosRankSum=-1.705;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,167:0.69:243
chr20	31954535	rs111360441	G	A	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.621;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=8;PP=1034;ReadPosRankSum=1.082;SC=CTACTTGGGAGGCTGAGGCAG;SOR=2.132;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=74;TCF=58;TCR=16;TR=53;WE=31954543;WS=31954525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,53:0.72:74
chr20	31954819	rs368904466	TA	T	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=1.681;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,40:0.25:160
chr20	31954890	rs291674	C	G	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=52;PP=1530;SC=GCACAGAGGGCGACCATGTTC;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=71;WE=31954898;WS=31954880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr20	31960719	rs11291803	CT	C	151	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr20	31961860	rs291676	T	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=0;PP=543;ReadPosRankSum=-0.815;SC=ACAAGGACACTGTTTGGTCAT;SOR=3.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=23;WE=31961868;WS=31961850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr20	31981849	rs291700	T	C	9199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=156;NR=184;PP=2965;SC=TGATAGAGCATGTGACAAGGA;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=341;TCF=156;TCR=185;TR=340;WE=31981857;WS=31981839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr20	31984481	rs75837607	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=57;ReadPosRankSum=1.770;SC=ACCTTCCAAGCCAGTTCTGTA;SOR=0.255;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=8;WE=31984489;WS=31984471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr20	32000351	rs291694	A	G	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=15;PP=1522;ReadPosRankSum=0.576;SC=CGGAAGAGAGAGAGGGATAGG;SOR=1.038;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=53;TCR=15;TR=67;WE=32000359;WS=32000341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr20	32077925	rs75667555	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.45;ReadPosRankSum=-2.491;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr20	32162067	rs149392217	G	C	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=2.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.641;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,91:0.29:316
chr20	32212690	rs3803939	C	T	2997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=46;PP=1884;ReadPosRankSum=1.174;SC=TCATGAATCCCGGGGGCCAAT;SOR=0.805;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=182;TCF=113;TCR=69;TR=119;WE=32212698;WS=32212680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,129:0.65:198
chr20	32245546	rs13037669	T	C	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr20	32245869	rs3746461	C	G	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=317;ReadPosRankSum=-0.129;SC=AGTGACCTCGCTCTCCCCACT;SOR=0.754;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=25;WE=32245877;WS=32245859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
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chr20	32255233	rs3746459	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=94;ReadPosRankSum=1.555;SC=GACTCGCCGTTGGCGCCGCCC;SOR=0.368;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=8;WE=32255241;WS=32255228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
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chr20	32891200	rs819146	G	T	4787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=89;PP=2922;SC=TATCTTCCTCGCACTTGCATA;SOR=1.325;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=59;TCR=89;TR=148;WE=32891208;WS=32891190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr20	32996689	rs3761147	G	T	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.22;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr20	33114290	rs10684716	C	CTT	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.952;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr20	33117533	.	C	CA	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.086;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.033;SOR=1.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr20	33147737	rs6059915	C	G	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=57;PP=1833;SC=GGGAGTCGGGCGGCCCCGGTC;SOR=1.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=43;TCR=57;TR=100;WE=33147745;WS=33147727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr20	33148607	rs141314118	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=165;ReadPosRankSum=0.196;SC=CTGGCTGGAGGGCTTGGCCCA;SOR=0.641;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=11;WE=33148615;WS=33148597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr20	33148861	rs6059916	T	G	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=65;PP=1852;SC=CTGGCAGGTGTTGTTGGAAGA;SOR=1.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=44;TCR=65;TR=109;WE=33148869;WS=33148851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr20	33169495	rs11467128	AAGAG	A	2239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;QD=43.07;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr20	33297810	rs369052205	G	GC	1151.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=618;SC=GCGCCCTCTAGACCCCCCGCC;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=22;WE=33297819;WS=33297801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	33297811	rs2378257	A	C	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=667;SC=CGCCCTCTAGACCCCCCGCCC;SOR=3.690;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=24;WE=33297819;WS=33297801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr20	33326876	rs6060025	A	G	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=1.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr20	33334540	rs910872	T	C	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=26;PP=1325;SC=ATTGTTTCCTTGAAGACATGG;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=78;WE=33334548;WS=33334530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr20	33337751	rs3787220	T	C	10027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=162;NR=188;PP=2965;SC=CTTGCATGTTTGGAGTTGGTC;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=351;TCF=163;TCR=188;TR=350;WE=33337759;WS=33337741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr20	33342439	rs1884432	T	C	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=5;PP=432;SC=CCAAGACTTATTACTTATCTG;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=33342447;WS=33342429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr20	33364584	rs6060043	C	T	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr20	33370266	rs6060048	T	C	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr20	33464532	.	T	C	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5203;FS=1.796;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=265;ReadPosRankSum=1.401;SC=GGGCGCGGAGTTGGTCTCCGC;SOR=1.270;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=17;WE=33464540;WS=33464522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr20	33572941	rs2425007	A	G	7108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.713;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.194;SC=CTGTGAGTCAACCCCCTGCGG;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=109;TCR=131;TR=239;WE=33572949;WS=33572931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,260:1.00:261
chr20	33574022	rs2425008	G	C	3032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr20	33575347	rs3053708	C	CAT	5756.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=39;PP=2957;SC=TTACCCCACTCGTGCCCTGCC;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=66;WE=33575355;WS=33575337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr20	33575677	rs754511	T	A	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=1.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=1.930;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,54:0.27:198
chr20	33578899	rs2425009	T	C	6437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=126;PP=2965;SC=CCCCAACAGGTTGCTCTACAC;SOR=1.159;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=223;TCF=97;TCR=126;TR=223;WE=33578907;WS=33578889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr20	33581955	rs2425012	G	A	12043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=233;NR=192;PP=2965;SC=CTAGGGATGCGCTGTTCACCA;SOR=0.876;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=425;TCF=233;TCR=192;TR=425;WE=33581963;WS=33581945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr20	33583033	rs10536288	CAAA	C	710.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=419;SC=AGAGCACAGCCAAACTTTGCT;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=33583045;WS=33583032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	33583037	rs61501849	C	G	719.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=1;PP=234;SC=CACAGCCAAACTTTGCTACAG;SOR=2.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=13;WE=33583045;WS=33583032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	33583114	rs2425014	T	C	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=7;PP=879;SC=TCCCCCAACCTGGCCCCGTTC;SOR=2.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=33583122;WS=33583104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr20	33584289	rs3746438	C	T	4384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=84;NR=68;PP=2496;SC=GCGCGCTGACCAAGGCCAAGC;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=84;TCR=68;TR=152;WE=33584297;WS=33584279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr20	33584864	rs11167251	C	CT	850.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=11;PP=630;SC=CCTGTGCTGGCCACCCACTCT;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=15;WE=33584872;WS=33584854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	33587553	rs369393561	TCC	T	2913.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.064;HP=11;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.080;NF=1;NR=79;PP=1207;ReadPosRankSum=1.455;SC=CCACTGGCCATCCCCCCCCCC;SOR=5.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=104;TCF=18;TCR=86;TR=80;WE=33587563;WS=33587543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr20	33590096	rs4911167	A	G	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=62;PP=1886;SC=TGCTGCCTTCAGCCTTCCCTG;SOR=1.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=107;WE=33590104;WS=33590086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr20	33591197	rs11481073	A	AG	11303.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=110;PP=2936;SC=CACCCCCTTGAGGGTGGGGCA;SOR=0.717;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=165;TCF=52;TCR=113;TR=156;WE=33591205;WS=33591187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr20	33592474	rs752449	A	G	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=27;PP=757;SC=CTCTGAAGCTAGGAGCTCATC;SOR=4.548;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=33592482;WS=33592464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr20	33593457	rs3746431	T	C	7736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr20	33593674	rs3746430	T	C	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=45;PP=1364;SC=CCCGGGGGGATAGTCACTACA;SOR=1.488;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=70;WE=33593682;WS=33593664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr20	33594226	rs6060151	G	T	4950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr20	33595300	rs2273636	C	T	2629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=24;PP=1781;SC=GACACAGCAACGCGTGGGCTG;SOR=2.019;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=66;TCR=24;TR=90;WE=33595308;WS=33595290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr20	33604042	rs3736802	T	C	3058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=69;PP=2083;SC=TCAGGACAAGTATCAGTACTG;SOR=1.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=35;TCR=69;TR=104;WE=33604050;WS=33604032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr20	33632203	.	G	GAA	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr20	33632600	rs3803938	C	T	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=9;PP=203;SC=CCCTTACATACGGGGCTTAGT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=33632608;WS=33632590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr20	33637606	rs2281626	T	G	7673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=156;NR=112;PP=2965;SC=TATTATTCAGTTTTGAGAATC;SOR=0.962;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=156;TCR=112;TR=268;WE=33637614;WS=33637596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr20	33642732	rs4911462	G	T	3657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.07;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr20	33657126	rs1998233	G	A	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr20	33706187	rs6088722	T	C	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=537;SC=AGGAACTAATTCTAGCTCTAC;SOR=3.816;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=33706195;WS=33706177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	33711624	rs6120838	T	A	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=10;PP=595;SC=GATGGAGCCTTGTAGAGGGGA;SOR=1.352;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=32;WE=33711632;WS=33711614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr20	33713963	rs2295885	T	C	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=408;SC=ACTCAAGCAATTAACAAAGTA;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=33713983;WS=33713953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	33713975	rs2295886	A	C	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=6;PP=539;SC=AACAAAGTACATTATTTGACT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=33713983;WS=33713953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	33714187	rs2295887	G	A	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=43;NR=35;PP=1267;SC=CTCTGCAGTGGGGGAGATGGG;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=78;WE=33714195;WS=33714177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr20	33867697	rs619865	A	G	3660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=52;PP=2361;SC=AACACTAGGCAAAAGGATCTG;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=67;TCR=53;TR=119;WE=33867705;WS=33867687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr20	33971914	rs4911494	C	T	7239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=126;NR=114;PP=2965;SC=ACCACATGCTCGGGACTGGCT;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=127;TCR=114;TR=240;WE=33971922;WS=33971904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr20	33972053	rs4911496	C	T	3361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=52;NR=64;PP=1853;SC=CCCACTTCCCCGTGATCAGCT;SOR=1.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=52;TCR=64;TR=116;WE=33972061;WS=33972043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr20	33972451	.	T	TA	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=1.992;SOR=1.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr20	33974051	rs6141549	T	C	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.48;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr20	33974163	rs6088812	T	A	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	33997291	rs6142378	T	A	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr20	34079200	rs224373	A	G	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.046;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=430;ReadPosRankSum=2.020;SC=GGGAGTAGGGAAGAAAGGGGC;SOR=0.500;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=35;WE=34079208;WS=34079190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr20	34097644	.	G	A	503.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5274;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=335;ReadPosRankSum=0.857;SC=CATTATGCTGGTGTGGGGCCT;SOR=0.412;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=19;WE=34097652;WS=34097634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,20:0.91:22
chr20	34099165	rs72173955	CT	C	528.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=2.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.319;QD=2.10;ReadPosRankSum=0.375;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,82:0.33:252
chr20	34144107	rs224420	T	C	4820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr20	34164422	rs1557202	T	C	9782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=180;NR=162;PP=2965;SC=AATTCTTCCTTCAGGGACCTG;SOR=0.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=345;TCF=181;TCR=164;TR=342;WE=34164430;WS=34164412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr20	34170035	rs6060486	C	G	16824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,650:1.00:650
chr20	34170174	rs6119628	C	A	9677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.967;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=197;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.646;SC=AAATGGGCACCCGGATGTTGG;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=347;TCF=148;TCR=199;TR=344;WE=34170182;WS=34170164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,363:1.00:364
chr20	34170316	rs6060487	C	A	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=50;PP=1406;SC=GGGGCTCCACCTCACTGGGCA;SOR=1.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=75;WE=34170324;WS=34170306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr20	34173046	rs1536147	C	T	30275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=1159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=577;NR=541;PP=2965;SC=GTCCCCTCACCGTGAGCATTA;SOR=0.763;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1120;TCF=579;TCR=541;TR=1118;WE=34173054;WS=34173036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1155:1.00:1155
chr20	34173178	rs6060488	A	G	18440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=705;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=282;NR=394;PP=2965;SC=AGACCAGCACATCGGGGAGGG;SOR=1.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=676;TCF=282;TCR=394;TR=676;WE=34173186;WS=34173168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,704:1.00:704
chr20	34208516	rs2425067	C	T	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	34214723	rs2425068	T	C	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=1.131;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:511,167:0.25:678
chr20	34240740	rs201181145	A	AGGGCCG	5125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.219;NF=23;NR=72;PP=2982;ReadPosRankSum=-0.070;SC=GGATTGGGCCAGGGCCGGGGC;SOR=0.840;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=208;TCF=41;TCR=167;TR=95;WE=34240748;WS=34240730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,210:0.78:269
chr20	34320202	rs11479445	TA	T	244.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=-1.941;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr20	34328274	rs1538426	G	A	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=23;PP=1645;SC=TTATAAGACTGTTAGAAGATT;SOR=2.135;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=66;TCR=23;TR=89;WE=34328282;WS=34328264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr20	34328952	.	C	T	209	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=25;HapScore=2;MGOF=48;MMLQ=23;MQ=51.14;NF=0;NR=11;PP=209;QD=22.1610193225;SC=AAACATTTTTCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=11;WE=34328960;WS=34328942;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr20	35064912	rs1275393	G	A	2640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=51;PP=1588;SC=TGCTTCTTGAGAGAACCCCTT;SOR=1.942;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=74;WE=35064920;WS=35064902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr20	35068018	rs1275396	A	G	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=6;PP=954;SC=ACAGTCAAATACAAGCTGGTG;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=42;WE=35068026;WS=35068008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	35090820	rs1275391	C	G	12586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=296;NR=173;PP=2965;SC=CTGAAGGCCCCCCTTTGAGCC;SOR=1.358;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=469;TCF=296;TCR=173;TR=469;WE=35090828;WS=35090810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr20	35127613	.	C	CT	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=1.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=4.429;QD=0.43;ReadPosRankSum=-1.006;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,68:0.18:368
chr20	35288967	rs192145960	A	T	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=1.373;QD=13.99;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr20	35288971	rs6028627	A	T	387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=5.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=1.468;QD=18.46;ReadPosRankSum=-1.153;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr20	35414905	rs73109216	G	T	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=3.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.72;ReadPosRankSum=0.663;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,80:0.80:100
chr20	35445890	rs368000406	TA	T	372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=1.029;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,41:0.39:104
chr20	35467713	rs1146250	G	A	8336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.894;SC=TGCGCAGCCGGTACTGCAGGA;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=473;TCF=264;TCR=209;TR=346;WE=35467721;WS=35467703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,373:0.74:506
chr20	35491551	rs6029806	A	G	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=64;PP=2081;SC=CCGTGAGGAGAACGCGGCGCT;SOR=1.171;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=119;WE=35491559;WS=35491541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr20	35507542	rs3748459	G	A	12515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=713;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=227;NR=291;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.493;SC=TGTACCGGCGGATGGAGGGCT;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=671;TCF=297;TCR=374;TR=518;WE=35507550;WS=35507532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,552:0.78:711
chr20	35507621	rs3748461	G	A	3420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=109;PP=2530;ReadPosRankSum=0.901;SC=GGCACCACCCGAGGCTCTGGG;SOR=0.656;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=188;TCF=39;TCR=149;TR=138;WE=35507629;WS=35507611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,143:0.74:194
chr20	35508959	rs1291125	T	C	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=714;ReadPosRankSum=0.409;SC=TTCCCAGGTGTCCTCTAGGAT;SOR=0.565;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=122;TCR=65;TR=58;WE=35508967;WS=35508949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,60:0.31:196
chr20	35559352	rs6072746	A	C	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=2.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.868;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,67:0.21:326
chr20	35569619	rs6030312	G	T	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5011;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=36;PP=950;ReadPosRankSum=-0.010;SC=ACTAACAGAAGTTAGATTGGA;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=52;WE=35569627;WS=35569609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,57:0.85:67
chr20	35672436	rs200990142	GT	G	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=6.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.484;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,25:0.29:85
chr20	35695535	rs371434822	GA	G	278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=6.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.214;QD=2.45;ReadPosRankSum=1.313;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,38:0.33:114
chr20	35710283	rs62206488	A	T	2715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=29;PP=1532;SC=ATCTGAGAGGAGACTCACCAG;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=87;WE=35710291;WS=35710273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr20	35710453	rs1892205	T	C	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=30;PP=830;SC=GCACAGAGCATGTGTCTCTAT;SOR=0.904;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=59;WE=35710461;WS=35710443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr20	35748039	rs138010782	G	GAAAGA	6916.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=1.911;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;MQRankSum=0.428;QD=45.81;ReadPosRankSum=1.095;SOR=1.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,147:0.97:151
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chr20	35766337	rs8115854	A	G	7627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=127;NR=152;PP=2965;SC=CTGATTATGGATAACTGGGCA;SOR=1.009;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=279;TCF=127;TCR=152;TR=279;WE=35766345;WS=35766327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr20	35769592	rs1744769	T	C	10335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=194;NR=184;PP=2965;SC=CTGTATTTTTTGCCAAAGTTA;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=380;TCF=195;TCR=185;TR=378;WE=35769600;WS=35769582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr20	35786188	rs1780687	A	C	4377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=46;PP=2918;SC=ACCACTGAATACTTCCACATT;SOR=1.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=103;TCR=46;TR=149;WE=35786196;WS=35786178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr20	35786397	rs55732474	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.556;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,49:0.21:233
chr20	35807790	rs11467214	G	GCTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT	2917.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=6;PP=2900;SC=GTTGCGCGTGGCTTTGGGGAG;SOR=0.818;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=9;WE=35807798;WS=35807780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr20	35812526	rs16986470	C	A	7404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.668;SC=ATCATTGGGACTGTGTATAGC;SOR=0.389;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=161;TCR=108;TR=268;WE=35812534;WS=35812516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,286:1.00:287
chr20	35826683	rs2076399	T	G	2698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=18;PP=2143;SC=ACTAAATTCATGTAGCTCATT;SOR=2.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=70;TCR=18;TR=88;WE=35826691;WS=35826673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr20	35827028	.	A	ATTT	991.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;QD=31.99;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	35827682	rs2076398	G	T	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=39;PP=1037;SC=GGTCCTATCCGAAGAGGGCTC;SOR=4.003;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=43;WE=35827690;WS=35827672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr20	35828696	rs6032013	A	G	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=6;PP=1098;SC=CCGGCTGCCCAGCTAATTTTT;SOR=3.113;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=48;TCR=6;TR=54;WE=35828704;WS=35828686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr20	35828757	.	ATT	A	3579.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=27;PP=1022;SC=GCCGGTTGTAATTTTTTTTTT;SOR=2.564;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=96;TCF=63;TCR=33;TR=86;WE=35828767;WS=35828747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,125:0.91:137
chr20	35835657	rs11698281	C	T	4141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=41;PP=2413;SC=GAAACAGCTGCATTTCGCATT;SOR=1.521;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=144;TCF=103;TCR=41;TR=142;WE=35835665;WS=35835647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr20	35835889	rs1079657	A	G	10149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=147;NR=195;PP=2965;SC=CCCTCTGATTATCATTCCTAG;SOR=1.063;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=343;TCF=147;TCR=196;TR=342;WE=35835897;WS=35835879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr20	35838372	rs2272950	T	A	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=33;PP=1899;SC=TTGCAACCTATAGATAAAGCA;SOR=1.496;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=65;TCR=33;TR=98;WE=35838380;WS=35838362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr20	35838591	rs2050091	T	C	8031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=126;NR=155;PP=2965;SC=CATATTTTGGTGGGGCGCTGA;SOR=1.053;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=126;TCR=155;TR=281;WE=35838599;WS=35838581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr20	35838756	rs3817885	G	A	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=21;PP=590;SC=TTCATTCTCTGTTTCTAGTTG;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=35838764;WS=35838746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr20	35852395	rs2076397	A	C	5425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=124;PP=2965;SC=CCACCTGATCACTCAGGGAGC;SOR=2.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=51;TCR=124;TR=175;WE=35852403;WS=35852385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr20	35852450	rs2076396	G	C	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=10;NR=60;PP=1745;SC=ACTGAGCCCTGCAGGCATCAG;SOR=3.611;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=10;TCR=61;TR=70;WE=35852458;WS=35852440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr20	35865054	rs4608	C	T	11873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=196;NR=228;PP=2965;SC=CCTGGCCATCCTGGGCAGTGT;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=426;TCF=198;TCR=228;TR=424;WE=35865062;WS=35865044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr20	35869619	rs2050093	C	T	4507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=59;PP=2666;SC=GGGAGAGTACCTTAGTCTCTC;SOR=1.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=93;TCR=59;TR=151;WE=35869627;WS=35869609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr20	36030939	rs1885257	G	C	6971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=137;NR=104;PP=2965;SC=GCAAAGTGGCGGACTTTGGGC;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=137;TCR=104;TR=241;WE=36030947;WS=36030929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr20	36031097	rs2145792	A	G	10325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=188;NR=154;PP=2965;SC=TGCTTATCTAACAGAGCGGTC;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=343;TCF=189;TCR=154;TR=342;WE=36031105;WS=36031087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr20	36150582	rs149299117	C	CA	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=12;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=409;ReadPosRankSum=-0.513;SC=AATTGCTTTACAAAAAAAAAA;SOR=0.446;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=36150608;WS=36150573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr20	36150600	rs5841264	T	TA	738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.65;MQRankSum=0.387;QD=23.09;ReadPosRankSum=-0.437;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr20	36375071	rs2297154	T	C	4866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=103;PP=2965;SC=CTGTTACTCTTTCTCCTGTCT;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=175;TCF=72;TCR=103;TR=173;WE=36375079;WS=36375061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
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chr20	36488911	rs1474623	G	T	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=23;PP=654;SC=GTCAGAATACGGAAGACTAGC;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=36488919;WS=36488901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr20	36932660	rs1341023	C	T	4232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.130;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.165;SC=CCGAGATGGGCGTCCCTGATG;SOR=0.803;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=231;TCF=102;TCR=129;TR=174;WE=36932668;WS=36932637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,187:0.74:252
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chr20	36932798	rs5741798	C	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.403;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=0.380;SC=CCCTGAGGAGCACTTACTTAG;SOR=0.160;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=6;WE=36932806;WS=36932788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
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chr20	36965617	rs1131847	A	G	4187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=104;PP=2685;ReadPosRankSum=-0.542;SC=GCTGTCAGCCACACCTGTTCC;SOR=0.805;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=228;TCF=91;TCR=137;TR=170;WE=36965625;WS=36965607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,183:0.74:247
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chr20	37272589	rs419162	G	A	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.132;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=56;PP=1213;ReadPosRankSum=-0.074;SC=CCCTCTGGGTGCAGCTGCCGT;SOR=1.062;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=101;TCF=26;TCR=75;TR=74;WE=37272597;WS=37272579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,78:0.74:106
chr20	37274559	rs11426603	C	CA	4973.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.565;NF=75;NR=39;PP=2964;ReadPosRankSum=0.513;SC=GTCCCGTGTCCAACAAATGCA;SOR=0.776;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=162;TCF=103;TCR=59;TR=114;WE=37274567;WS=37274549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,182:0.76:238
chr20	37274861	rs117796	A	G	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=54;PP=1371;ReadPosRankSum=-0.076;SC=ACAGGTGGAGAAGGGCCGAGG;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=31;TCR=71;TR=77;WE=37274869;WS=37274851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,84:0.77:109
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chr20	37277271	rs220526	C	T	5346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=1.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-1.988;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.849;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,243:0.80:304
chr20	37278558	rs6027039	C	T	5231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.389;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.170;SC=TGTCCATGTACCCAGCATGAG;SOR=0.478;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=110;TCR=147;TR=206;WE=37278577;WS=37278548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,232:0.80:291
chr20	37278569	rs6027040	A	C	4449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.197;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.457;SC=CCAGCATGAGAACAAAGCTAT;SOR=0.585;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=86;TCR=131;TR=167;WE=37278577;WS=37278548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,189:0.76:248
chr20	37278612	rs220522	T	A	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.747;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=47;PP=1149;ReadPosRankSum=-0.477;SC=ATTCCAAGGCTTCCTTTTCTG;SOR=0.951;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=94;TCF=31;TCR=63;TR=67;WE=37278620;WS=37278602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,76:0.67:113
chr20	37278823	rs220521	T	C	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.908;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=8;PP=835;ReadPosRankSum=3.735;SC=CCCTCCACCCTCCAGCCCTCC;SOR=1.295;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=43;WE=37278831;WS=37278813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,50:0.78:64
chr20	37278946	rs220520	T	C	6317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.678;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.566;SC=AAAAATGCAGTACCTTTATCA;SOR=0.579;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=314;TCF=181;TCR=133;TR=256;WE=37278954;WS=37278936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,272:0.80:338
chr20	37279255	rs220519	C	T	3940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=57;PP=2287;ReadPosRankSum=-0.603;SC=AATATGTAAACGTAATTGTTT;SOR=0.864;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=206;TCF=124;TCR=82;TR=149;WE=37279263;WS=37279245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,173:0.74:233
chr20	37279376	rs67738971	TGACGA	T	7567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=78;PP=2954;ReadPosRankSum=-1.054;SC=GGGAGCTTGGTGACGAGAGCA;SOR=0.751;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=134;TCF=17;TCR=117;TR=90;WE=37279388;WS=37279366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,186:0.76:244
chr20	37279458	rs6015551	C	T	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.333;HP=8;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=40;PP=951;ReadPosRankSum=1.766;SC=CCACCGGGGGCGGGAGGGCAG;SOR=1.520;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=53;WE=37279466;WS=37279448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,55:0.74:74
chr20	37377139	rs2254105	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=0.038;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr20	37378982	rs67064795	A	AGT	1364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.803;QD=7.38;ReadPosRankSum=-1.484;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,44:0.24:185
chr20	37383482	rs35702444	T	G	2442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQRankSum=1.562;QD=32.14;ReadPosRankSum=0.502;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,60:0.79:76
chr20	37383484	rs35956429	G	A	2568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQRankSum=1.562;QD=33.80;ReadPosRankSum=0.102;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,60:0.79:76
chr20	37383487	.	TC	CT	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.257;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQRankSum=1.680;QD=32.45;ReadPosRankSum=-0.602;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,65:0.80:81
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chr20	40979160	rs2071854	T	C	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=23;PP=1119;ReadPosRankSum=-0.403;SC=GGAAGCTTTGTTCCTGGCCAG;SOR=0.464;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=94;TCF=65;TCR=29;TR=69;WE=40979168;WS=40979150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,79:0.74:107
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chr20	41514690	.	C	CAT	886.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.234;NF=3;NR=41;PP=1204;ReadPosRankSum=0.713;SC=GAAGATTTTCCATATATATAT;SOR=0.755;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=79;TCF=3;TCR=76;TR=44;WE=41514699;WS=41514680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,40:0.45:89
chr20	41818289	rs2867655	C	G	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.32;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	42089140	rs34934568	T	A	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=15;PP=1223;ReadPosRankSum=0.194;SC=GACTTCATTGTTTTTCTCCTA;SOR=0.917;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=61;WE=42089148;WS=42089130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,63:0.77:82
chr20	42089511	rs2235611	T	C	6213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=96;PP=2965;SC=CCCGATCCCCTAAAGAAAATG;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=112;TCR=96;TR=208;WE=42089519;WS=42089501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr20	42157237	rs2071972	C	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-1.483;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,24:0.20:118
chr20	42163768	rs2071968	C	G	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=60;PP=1415;ReadPosRankSum=-0.037;SC=AGCAGTGCTTCTGGCTACCCC;SOR=0.678;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=88;TCF=17;TCR=71;TR=75;WE=42163776;WS=42163758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,77:0.85:91
chr20	42164722	rs3746528	T	C	2318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=-1.202;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:443,158:0.26:601
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chr20	42199925	rs3127060	G	A	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=44;PP=1215;SC=CATGTACATAGGGGGCAGGGG;SOR=1.946;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=64;WE=42199933;WS=42199915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr20	42205061	rs763227	G	A	3600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=85;PP=2307;SC=CATGGGGCTCGCAGCTTCCTG;SOR=1.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=37;TCR=85;TR=122;WE=42205069;WS=42205051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr20	42208522	rs2301483	T	G	2706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=20;PP=1805;SC=GCCAGTTGCTTGTGGAGCTCT;SOR=1.942;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=66;TCR=20;TR=86;WE=42208530;WS=42208512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr20	42225114	rs2664519	G	A	5972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr20	42242700	rs4473450	C	T	3829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=92;PP=2808;SC=CAGAAGGCTTCTATATGTTTT;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=127;TCF=35;TCR=92;TR=126;WE=42242708;WS=42242690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr20	42249398	rs1555348	C	T	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=4;PP=1118;SC=TTTAATCTTTCTTCCTTTATC;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=42;WE=42249406;WS=42249388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr20	42249479	rs11483104	C	CT	3774.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;MQRankSum=0.396;QD=16.56;ReadPosRankSum=2.116;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:28,200:0.88:228
chr20	42264502	rs6031007	G	A	8272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr20	42264726	rs2273523	T	C	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=53;PP=1359;SC=AGGCATTCGCTGTGGTCCCTT;SOR=2.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=68;WE=42264734;WS=42264716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr20	42265700	rs6065638	T	C	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=5;PP=959;SC=TTAGTTATGATTTTGGACAAG;SOR=3.365;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=42;WE=42265708;WS=42265690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	42265966	rs6031008	G	A	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=30;PP=897;SC=GCAATGGTGCGATCTCGGCTC;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=42265974;WS=42265956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr20	42275499	rs393115	G	T	5457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=139;NR=50;PP=2965;SC=AATCTCTAAAGTCCAAAGCAC;SOR=2.030;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=140;TCR=50;TR=189;WE=42275507;WS=42275489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr20	42295828	.	G	A	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.465;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=5;PP=1196;ReadPosRankSum=0.168;SC=CCGGGGCCCGGAGCGGCCGGA;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=57;TCR=6;TR=54;WE=42295836;WS=42295818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,56:0.88:64
chr20	42302201	rs826949	C	T	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=8;PP=927;SC=CATTTGAGTCCAGGAGTTCAA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=46;WE=42302209;WS=42302191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr20	42302371	rs826950	C	T	11888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=245;NR=176;PP=2965;SC=GTGGGCTGGCCGCTGCCTACA;SOR=0.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=421;TCF=245;TCR=176;TR=421;WE=42302379;WS=42302361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr20	42310509	rs442143	T	C	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=79;PP=2002;SC=AGTACAGTCCTGCTGTGGCCC;SOR=1.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=52;TCR=79;TR=131;WE=42310517;WS=42310499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr20	42328639	rs285162	T	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=1.867;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,40:0.21:191
chr20	42574442	rs4812769	T	C	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=2.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr20	42806429	rs2064381	A	T	3356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=84;NR=31;PP=2092;SC=TTGTCCTCAAATATCCTCCCG;SOR=1.727;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=84;TCR=31;TR=115;WE=42806437;WS=42806419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr20	42814931	rs6031442	T	C	5505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.38;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr20	42815190	rs1883790	G	A	23465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=905;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=392;NR=451;PP=2965;SC=TGGGCCAGGTGTAGACACCTG;SOR=0.881;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=847;TCF=395;TCR=452;TR=843;WE=42815198;WS=42815180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,900:1.00:900
chr20	42939750	rs6073401	T	C	33553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=1263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=608;NR=581;PP=2965;SC=GCACCAGCGTTCCCCGCAACA;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=1191;TCF=608;TCR=583;TR=1189;WE=42939758;WS=42939740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1259:1.00:1259
chr20	43034660	rs736824	T	C	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=307;ReadPosRankSum=-1.416;SC=TGACATTCTGTTCTTCCTGAA;SOR=1.123;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=18;WE=43034668;WS=43034650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr20	43034693	rs745975	C	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=475;ReadPosRankSum=-1.064;SC=TCTCTCCTGGCGCAGACACGT;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=27;WE=43034701;WS=43034683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,29:0.83:35
chr20	43036649	rs8121034	A	G	526.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.51;ReadPosRankSum=0.312;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,24:0.89:27
chr20	43036691	rs8122476	T	G	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.64;ReadPosRankSum=2.287;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,41:0.85:48
chr20	43043051	rs3212194	C	G	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=23;PP=2221;SC=AGCCCCCTCCCCACATCTGAT;SOR=2.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=90;TCR=23;TR=113;WE=43043059;WS=43043041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
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chr20	43052570	rs2273618	T	C	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=5;PP=928;SC=CCTTGTGTGATACAAGTCAGG;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=40;WE=43052578;WS=43052560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr20	43343930	rs1980804	T	G	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=27;PP=1132;SC=GCGTGTGTACTCGTGCGTGTG;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=69;WE=43343938;WS=43343920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr20	43378770	rs1111032	A	G	3037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.536;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=35;PP=1890;ReadPosRankSum=0.841;SC=CCCTGCATAGAGTACGGCCAC;SOR=1.015;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=141;TCF=93;TCR=48;TR=109;WE=43378778;WS=43378760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,123:0.77:160
chr20	43379264	rs6073538	A	C	4130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=25.583;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.587;SC=CGCTGCCCGCACCCCCAGCCC;SOR=1.739;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=325;TCF=128;TCR=197;TR=221;WE=43379285;WS=43379254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,187:0.64:294
chr20	43379454	rs13042905	T	C	4327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.965;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=93;PP=2623;ReadPosRankSum=-1.301;SC=GCTCCCAGGCTTGGGGCCCGG;SOR=0.806;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=310;TCF=159;TCR=151;TR=182;WE=43379462;WS=43379444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,200:0.59:337
chr20	43438782	rs150963275	C	T	4465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=1.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.61;ReadPosRankSum=0.375;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,227:0.79:286
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chr20	43534903	rs16989481	G	A	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.436;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=40;PP=1131;ReadPosRankSum=-0.077;SC=AATCATCCCTGTCTGCAGTGA;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=66;TCF=16;TCR=50;TR=54;WE=43534911;WS=43534893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,57:0.83:69
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chr20	43723627	rs734784	T	C	11278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.04;ReadPosRankSum=1.574;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,508:0.77:662
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chr20	43940112	rs2743327	C	G	2658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.13;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,112:0.81:139
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chr20	43964707	rs3830725	C	CT	1490.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.639;NF=1;NR=25;PP=1105;ReadPosRankSum=-0.456;SC=CACTCTACCTCTAACTCACCG;SOR=0.724;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=26;WE=43964715;WS=43964697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,47:0.92:51
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chr20	43976875	rs5841588	GC	G	7864.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=1.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.008;QD=34.80;ReadPosRankSum=0.977;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,204:0.90:226
chr20	43976991	rs2228384	A	G	19082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1056;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.543;NF=376;NR=416;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.583;SC=CCTACGAAGAACAGCAGCAGC;SOR=0.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=1000;TCF=481;TCR=519;TR=792;WE=43976999;WS=43976981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,835:0.79:1054
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chr20	44004155	rs10546815	CATT	C	4857.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.694;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.856;NF=4;NR=72;PP=2964;ReadPosRankSum=0.438;SC=TGGAACTCTTCATTATTTTGT;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=6;TCR=110;TR=76;WE=44004165;WS=44004145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,124:0.73:169
chr20	44006078	rs2231614	C	G	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.739;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=988;ReadPosRankSum=1.340;SC=AGCCAAGGGCCGGCCTGCTGG;SOR=0.320;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=58;WE=44006086;WS=44006068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,67:0.74:90
chr20	44038574	rs1127497	A	G	8949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.595;NF=202;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.998;SC=CTGGGCAGGGATGGACAACCA;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=498;TCF=272;TCR=226;TR=366;WE=44038582;WS=44038564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,390:0.74:526
chr20	44049916	rs3092450	T	TC	1754.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.427;NF=23;NR=12;PP=1289;ReadPosRankSum=-0.851;SC=GCAGGGCTGTTCCCCATCTAC;SOR=0.631;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=35;WE=44049924;WS=44049906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,61:0.87:70
chr20	44052992	rs13217	G	A	18349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1058;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=433;NR=367;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.192;SC=CCGAGTACACGCCAGATCCTA;SOR=0.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1038;TCF=562;TCR=476;TR=800;WE=44053000;WS=44052982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,815:0.77:1056
chr20	44053069	rs2741566	T	C	21921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=457;NR=452;PP=2962;ReadPosRankSum=1.083;SC=GACCTACCCTTTCTGCTGCTT;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1195;TCF=600;TCR=595;TR=909;WE=44053077;WS=44053059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,944:0.76:1238
chr20	44054349	rs707577	T	C	15221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=930;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=328;NR=355;PP=2962;ReadPosRankSum=0.491;SC=CCGTGTGCTATGGCTCCTTCT;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=901;TCF=437;TCR=464;TR=683;WE=44054357;WS=44054339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,703:0.76:927
chr20	44141201	rs11470736	TCACACA	T	2851.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;QD=35.65;SOR=2.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,72:0.90:80
chr20	44141331	rs6032259	A	G	5672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.557;QD=16.88;ReadPosRankSum=-0.705;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,258:0.77:336
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chr20	44163988	rs6032274	T	C	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=50;PP=1544;SC=GATCGCAGAATAGAGCTGTTT;SOR=1.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=75;WE=44163996;WS=44163978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chr20	44180868	rs17433181	A	G	3470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.411;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=98;PP=2484;ReadPosRankSum=2.237;SC=GACAAATTTGAGGAATCTTGG;SOR=1.233;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=192;TCF=65;TCR=127;TR=142;WE=44180876;WS=44180858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,147:0.74:200
chr20	44181723	rs2294559	A	G	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=333;ReadPosRankSum=1.408;SC=AGACAGCATGACATCCTTGGC;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=17;WE=44181731;WS=44181713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr20	44181980	rs3817886	C	A	4632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.71;ReadPosRankSum=-0.025;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,228:0.72:315
chr20	44182081	rs6032299	A	G	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.723;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=37;PP=857;ReadPosRankSum=-0.077;SC=TCATCATATCATGGGATATGG;SOR=0.459;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=56;TCF=10;TCR=46;TR=46;WE=44182089;WS=44182071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,51:0.84:61
chr20	44184285	rs6032305	G	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=223;ReadPosRankSum=0.272;SC=TAACCTCATTGGTATACTATT;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=16;WE=44184293;WS=44184275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr20	44184375	rs2250860	T	C	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.994;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=806;ReadPosRankSum=-0.568;SC=GGCATCCTCATTTAAGAAGTT;SOR=0.424;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=83;TCF=56;TCR=27;TR=53;WE=44184383;WS=44184365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,61:0.66:93
chr20	44190705	rs3817887	T	G	6551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.745;SC=TCATCCCCAATAATGCTTTCT;SOR=0.761;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=338;TCF=193;TCR=145;TR=262;WE=44190713;WS=44190695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,290:0.79:367
chr20	44190996	rs2272956	A	G	834.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.09;ReadPosRankSum=0.698;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,29:0.91:32
chr20	44190996	.	AGTCTGTC	GGTCTGTA,GGTCTGTC	179	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=17;MMLQ=23;MQ=59.95;NF=3,9;NR=6,16;PP=106,179;QD=17.7186527625;SC=ATGGGGAAGGAGTCTGTCTGA;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=9,25;WE=44191011;WS=44190986;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.32:28
chr20	44191003	.	C	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.88;ReadPosRankSum=-1.183;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr20	44208011	rs7273669	C	T	5546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.657;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=0.099;SC=GCCAGTCTGCCCCTCTAGCCC;SOR=0.437;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=274;TCF=71;TCR=203;TR=208;WE=44208019;WS=44208001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,220:0.76:289
chr20	44259549	rs2272961	G	A	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FS=2.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.847;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:390,135:0.26:525
chr20	44277494	.	C	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.438;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=-0.611;SC=AATACTTTAACGTAACAACAG;SOR=0.478;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=10;WE=44277502;WS=44277484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr20	44279034	rs6065851	C	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.207;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=189;ReadPosRankSum=-2.010;SC=GGTGATACTACGAAGGTGGGT;SOR=0.049;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=66;TCF=60;TCR=6;TR=18;WE=44279042;WS=44279026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr20	44313401	rs2072974	G	A	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=2.278;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,56:0.23:241
chr20	44314609	rs232729	A	G	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=2.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-1.278;QD=2.93;ReadPosRankSum=-1.540;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,49:0.23:215
chr20	44331043	rs6032445	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=260;ReadPosRankSum=2.280;SC=ATCTGGGCCTCAGGTTTTTAT;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=16;WE=44331051;WS=44331033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr20	44333326	rs11361717	CT	C	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=6.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.364;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.757;SOR=0.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr20	44378577	rs380421	T	C	12487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=243;NR=202;PP=2965;SC=AACTATCCTCTGAAGAAGGGC;SOR=0.787;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=445;TCF=243;TCR=202;TR=445;WE=44378585;WS=44378567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr20	44402970	rs73122720	C	T	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.030;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=10;PP=996;ReadPosRankSum=0.047;SC=GCCATGAGTGCCCCTGGAAAT;SOR=1.296;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=49;WE=44402978;WS=44402960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,53:0.79:67
chr20	44405974	rs183890826	G	T	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=41;PP=1009;ReadPosRankSum=-0.137;SC=ATATTTATGTGTATCATGTAT;SOR=1.032;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=9;TCR=55;TR=48;WE=44405982;WS=44405964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,49:0.73:67
chr20	44417643	rs6032537	A	G	10761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=179;NR=217;PP=2965;SC=ACAATTCATCACCCTGGCACA;SOR=0.986;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=399;TCF=182;TCR=217;TR=396;WE=44417651;WS=44417633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr20	44417675	rs6032538	G	C	8074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=115;NR=186;PP=2965;SC=GGGTTCTTATGGGGAGGGCAT;SOR=1.419;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=302;TCF=115;TCR=187;TR=301;WE=44417683;WS=44417665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr20	44418471	rs411945	G	C	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr20	44418564	rs3746493	A	G	4498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=62;PP=2413;SC=AGGATTCCAGAGACCCAAGAG;SOR=0.777;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=86;TCR=62;TR=148;WE=44418572;WS=44418554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
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chr20	44420682	rs2664591	T	C	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=20;PP=693;SC=CGCGGGGACCTAGCGGGGCCG;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=44420690;WS=44420672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr20	44452697	rs4629	C	A	8486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=185;PP=2962;ReadPosRankSum=2.744;SC=TCTCCTCGTCCGTCACGTGCT;SOR=0.645;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=481;TCF=229;TCR=252;TR=359;WE=44452705;WS=44452687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,379:0.74:512
chr20	44453335	rs144529565	A	AC	3263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.597;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=127;PP=2158;ReadPosRankSum=0.568;SC=CCTCACACCTACCCCCCCCCA;SOR=1.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=327;TCF=46;TCR=281;TR=132;WE=44453343;WS=44453323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,154:0.55:281
chr20	44456059	rs373018	T	C	2287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.573;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=80;PP=2087;ReadPosRankSum=-0.119;SC=GGTCAGCGAGTCCCACCCCTC;SOR=1.323;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=23;TCR=103;TR=98;WE=44456067;WS=44456049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,89:0.77:116
chr20	44468931	rs197669	T	C	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=17;PP=925;ReadPosRankSum=-1.478;SC=AGAGATTGGCTGGGGTTTCAG;SOR=0.509;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=97;TCF=71;TCR=26;TR=60;WE=44468939;WS=44468921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,73:0.67:109
chr20	44468982	rs11418101	A	AC	4710.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.182;NF=32;NR=37;PP=2794;ReadPosRankSum=-0.395;SC=AGAAGAACTAATGCTCTATGG;SOR=0.700;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=106;TCF=45;TCR=61;TR=69;WE=44468990;WS=44468972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,136:0.69:198
chr20	44469290	rs4638862	G	A	18361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.79;ReadPosRankSum=2.133;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,850:0.73:1163
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chr20	44472163	rs55931834	C	T	9755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=200;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.256;SC=GCCCCACACTCACCGGCCCAG;SOR=0.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=531;TCF=269;TCR=262;TR=409;WE=44472171;WS=44472153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,430:0.78:554
chr20	44501458	rs6130959	A	G	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.406;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=55;PP=1408;ReadPosRankSum=-1.984;SC=CACTGTGCACACAATAGGTAC;SOR=0.881;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=132;TCF=51;TCR=81;TR=85;WE=44501466;WS=44501448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,89:0.62:144
chr20	44505973	rs2903808	T	C	6130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=2.139;SC=GCGGAGACAGTCACCTCTGTG;SOR=0.567;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=332;TCF=166;TCR=166;TR=244;WE=44505981;WS=44505963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,256:0.73:353
chr20	44506418	rs1045493	G	A	5926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.193;SC=GCCTCTTTCGGGAACAGCAGT;SOR=0.674;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=307;TCF=161;TCR=146;TR=224;WE=44506426;WS=44506408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,253:0.75:339
chr20	44515059	rs6094224	T	C	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.473;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=9;PP=903;ReadPosRankSum=-1.291;SC=AACCACCAGCTCTATCCCCAT;SOR=1.453;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=47;WE=44515067;WS=44515049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,51:0.67:76
chr20	44516444	rs7268221	A	G	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=62;PP=1638;ReadPosRankSum=-1.883;SC=TCTTGCCCTAACCTTGAACGA;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=20;TCR=79;TR=77;WE=44516452;WS=44516434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,80:0.78:102
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chr20	44518843	rs3817731	A	T	5925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=1.953;SC=AGTAGATTCCAGTCCCCACAC;SOR=0.594;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=184;TCR=101;TR=226;WE=44518851;WS=44518833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,246:0.80:306
chr20	44519643	rs2868362	G	A	1903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.00;ReadPosRankSum=2.857;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,92:0.77:119
chr20	44520237	rs3080212	CCTG	C	13818.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.437;NF=89;NR=109;PP=2989;ReadPosRankSum=0.897;SC=CGCCGCTGTTCCTGCTGCTGC;SOR=0.519;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=291;TCF=126;TCR=165;TR=198;WE=44520253;WS=44520227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,343:0.82:420
chr20	44522005	rs742034	A	G	5722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=0.241;SC=ACATGATCTCAGGTCTGTCCT;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=302;TCF=130;TCR=172;TR=236;WE=44522013;WS=44521995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,251:0.79:319
chr20	44522125	rs10633828	C	CT	123	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.839;QD=4.56;ReadPosRankSum=0.914;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
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chr20	44523248	rs2075962	T	C	6565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.107;SC=GTGGAGAGGCTGGGGATCTGT;SOR=0.638;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=354;TCF=224;TCR=130;TR=273;WE=44523256;WS=44523238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,289:0.77:375
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chr20	44526783	rs7270170	G	A	4723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=0.230;SC=TAACTGGGCCGGAGGCAAAGG;SOR=0.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=124;TCR=124;TR=200;WE=44526791;WS=44526773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,207:0.82:252
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chr20	44538427	rs378114	T	C	3930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=76;PP=2807;SC=CTACCAAACCTTCCTATCAAC;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=55;TCR=76;TR=131;WE=44538435;WS=44538417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr20	44538484	rs435306	G	T	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=41;PP=2816;SC=ATGAAGAAACGGAAACTCAGG;SOR=1.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=70;TCR=41;TR=111;WE=44538492;WS=44538474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr20	44540178	rs394643	A	G	4705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.445;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.140;SC=CATAAGTGGGAACTAGCCTGG;SOR=1.035;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=275;TCF=119;TCR=156;TR=199;WE=44540186;WS=44540168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,203:0.71:284
chr20	44574533	rs11696196	C	T	5095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.655;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=2.762;SC=GTAAGAGCTGCGGGGAGGAAG;SOR=0.586;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=148;TCR=121;TR=203;WE=44574541;WS=44574523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,222:0.76:292
chr20	44574658	rs62213347	C	T	7104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=1.089;SC=CTCTCTGTCCCGCTCCACAGT;SOR=0.603;SbPval=0.47;Source=Platypus;TCF=230;TR=295;WE=44574666;WS=44574648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,311:0.72:430
chr20	44576502	rs7679	T	C	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=1.274;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,46:0.22:206
chr20	44578776	rs6065910	A	G	3787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;SC=CTGCTACTGTACCCAGTGGTG;SOR=1.797;Source=Platypus;TCF=35;WE=44578784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr20	44582435	rs41280276	G	T	9630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=211;NR=207;PP=2962;ReadPosRankSum=0.134;SC=TCTGCGGTAGGTCAGGAGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=561;TCF=283;TCR=278;TR=418;WE=44582443;WS=44582425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,439:0.75:584
chr20	44586036	rs3746506	G	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=416;ReadPosRankSum=-0.530;SC=GATACCCTGCGGCCTCCGTGG;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=22;WE=44586044;WS=44586030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr20	44586694	rs11480828	C	CT	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=3.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.470;SOR=0.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,22:0.27:83
chr20	44587801	rs56295229	G	A	3487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=53;PP=2001;ReadPosRankSum=0.659;SC=TGGGAGAAGCGGCCTCACTCT;SOR=0.711;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=197;TCF=121;TCR=76;TR=140;WE=44587809;WS=44587791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,156:0.70:222
chr20	44588109	rs3746507	G	A	4835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=110;PP=2965;SC=AAGTCTGCCCGTCCCTAGCCT;SOR=1.678;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=54;TCR=111;TR=164;WE=44588117;WS=44588099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr20	44596207	rs6032606	C	G	11818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=219;NR=177;PP=2965;SC=TTCCTCTTGGCTCTTGGTGGA;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=397;TCF=220;TCR=177;TR=396;WE=44596215;WS=44596197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr20	44596545	rs3848719	G	A	7200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.631;SC=GCACCGGGGAGCTGGGCCCAC;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=453;TCF=204;TCR=249;TR=308;WE=44596558;WS=44596535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,337:0.69:490
chr20	44599839	rs6017715	G	C	4921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=48;PP=2810;SC=CCGTCCAGCCGGGTCCATACC;SOR=1.556;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=110;TCR=48;TR=158;WE=44599847;WS=44599829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr20	44638415	rs191726918	C	A	4722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=6.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.67;ReadPosRankSum=0.670;SOR=1.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,207:0.82:253
chr20	44639511	rs3918253	C	T	16083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=341;NR=230;PP=2965;SC=AGCGCACAATCTGCGCAGCAG;SOR=1.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=574;TCF=341;TCR=233;TR=571;WE=44639519;WS=44639501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,596:1.00:596
chr20	44640959	rs3918256	G	A	13246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.02;QD=25.14;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,527:1.00:527
chr20	44642406	rs2250889	G	C	5641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=110;PP=2965;SC=TTTGAGGAGCGGCTCTCCAAG;SOR=1.098;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=87;TCR=110;TR=197;WE=44642414;WS=44642396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr20	44642833	rs13969	A	C	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.87;SOR=1.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr20	44645010	rs20544	C	T	7788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=162;PP=2965;SC=AGGACTAGGGCTCCCGTCCTG;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=284;TCF=121;TCR=163;TR=283;WE=44645018;WS=44645000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr20	44663475	rs11699481	T	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.095;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=152;ReadPosRankSum=-0.385;SC=AGCCCCATTTTCCCAATGCGC;SOR=0.135;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=65;TCF=56;TCR=9;TR=16;WE=44663483;WS=44663465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,18:0.27:66
chr20	44673546	rs2297197	C	G	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=0.082;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,78:0.26:303
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chr20	44746982	rs1883832	T	C	5046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.847;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=0.256;SC=CTCACCTCGCTATGGTTCGTC;SOR=0.889;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=292;TCF=167;TCR=125;TR=215;WE=44746990;WS=44746972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,228:0.74:310
chr20	44747086	rs745307	G	A	6744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.63;ReadPosRankSum=-1.470;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,280:0.77:362
chr20	44755111	rs3746821	G	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.543;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=227;ReadPosRankSum=1.636;SC=AGTCTGTGTCGTTCCTATAAT;SOR=0.374;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=79;TCF=65;TCR=14;TR=24;WE=44755119;WS=44755101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,26:0.31:84
chr20	44756891	rs3765456	G	A	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=12.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.624;SOR=0.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,60:0.28:212
chr20	44762385	rs57147349	C	T	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=0.659;QD=0.59;ReadPosRankSum=0.336;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,9:0.16:56
chr20	44815693	rs73908637	T	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.553;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,11:0.14:76
chr20	44979641	rs4810503	TA	GC	2855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=35;PP=2226;SC=ATCAAGATCTTACTGAAATCC;SOR=1.249;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=58;WE=44979650;WS=44979631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr20	44983517	rs12480667	G	A	4304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=3.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.48;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,187:0.80:233
chr20	44985307	rs911435	T	G	6759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=114;NR=128;PP=2965;SC=ACAGGACAGCTTGGGAGGTCC;SOR=0.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=244;TCF=115;TCR=129;TR=242;WE=44985315;WS=44985297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr20	44987318	rs1044369	C	G	10919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=212;NR=237;PP=2962;ReadPosRankSum=1.599;SC=GAGCCCCAGGCAGAGTCCTCA;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=588;TCF=279;TCR=309;TR=449;WE=44987326;WS=44987308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,473:0.76:624
chr20	44996182	rs2257495	A	G	7097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=128;NR=125;PP=2965;SC=CACTGAGGCCATCAATCCAGA;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=253;TCF=128;TCR=125;TR=253;WE=44996190;WS=44996172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr20	44998791	rs2261964	C	T	3674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=45;PP=2355;SC=CAATGTTATACACTATACGAT;SOR=1.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=94;TCR=45;TR=139;WE=44998799;WS=44998781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr20	45003326	rs2261213	A	G	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=50;PP=1474;SC=GTCTCCGTGTATGCAGGGACC;SOR=1.284;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=87;WE=45003334;WS=45003316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr20	45003788	rs2257545	T	C	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=4;PP=957;SC=CACCATGGGGTTGGTTGTCAG;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=37;WE=45003796;WS=45003778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr20	45192254	.	GGA	G	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=3.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.693;QD=1.16;ReadPosRankSum=-0.645;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,20:0.12:171
chr20	45212455	rs389905	T	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,13:0.21:62
chr20	45242269	rs2273024	G	C	9740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=183;NR=154;PP=2965;SC=TGAAGGGGAAGAGGACGATGG;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=338;TCF=183;TCR=155;TR=337;WE=45242277;WS=45242259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr20	45358145	rs2425906	T	G	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=0.331;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,37:0.25:151
chr20	45358223	rs2425907	C	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=-1.311;SOR=1.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,7:0.17:40
chr20	45629941	rs3746492	G	A	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.010;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=21;PP=1153;ReadPosRankSum=1.109;SC=AGCATCTGTGGTGGAGAAAGC;SOR=0.360;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=114;TCF=85;TCR=29;TR=75;WE=45629949;WS=45629931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,85:0.68:125
chr20	45630157	rs6094549	T	G	3638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=92;PP=2153;ReadPosRankSum=1.246;SC=CCACCTTTTCTTCTTTCTTGG;SOR=0.589;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=211;TCF=81;TCR=130;TR=150;WE=45630165;WS=45630147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,166:0.73:228
chr20	45717954	rs866937	C	T	2810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=775;ExcessHet=3.0103;FS=0.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:569,201:0.26:770
chr20	45725959	rs947018	A	G	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=67;PP=1878;SC=AATTCCTATGACATTTTCCTT;SOR=2.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=19;TCR=67;TR=86;WE=45725967;WS=45725949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr20	45795744	rs3091782	T	C	2669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=57;PP=1430;ReadPosRankSum=1.539;SC=GCATCCCTTATGACTCTTGGC;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=69;TCR=73;TR=110;WE=45795752;WS=45795734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,120:0.78:154
chr20	45795855	rs3092020	A	G	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=700;ReadPosRankSum=0.223;SC=TACTGGCTTCAAACAACACAC;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=42;WE=45795863;WS=45795845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,45:0.74:61
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chr20	45801319	rs3827049	T	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.270;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=234;ReadPosRankSum=1.304;SC=TGCACCCCCCTGCACTAACAC;SOR=0.235;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=18;WE=45801327;WS=45801309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
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chr20	45905651	rs3746485	T	C	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr20	45985077	rs71183243	G	GA	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=3.160;QD=0.37;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,16:0.17:94
chr20	46266543	.	GT	G	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=0.970;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,39:0.23:166
chr20	46267950	rs4810648	C	T	6685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=138;PP=2965;SC=AGTATGGGTACGTTATTTCTA;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=93;TCR=138;TR=231;WE=46267958;WS=46267940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr20	46279613	rs2745724	G	A	1018.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=10.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.43;ReadPosRankSum=-2.147;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,53:0.85:62
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chr20	46287012	rs444271	C	G	7425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=177;NR=56;PP=2965;SC=CTGGCCAATACCACAGGTCTG;SOR=2.283;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=233;TCF=177;TCR=56;TR=233;WE=46287020;WS=46287002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr20	46292149	rs2235734	T	G	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=11;PP=1661;SC=AGAAGTTTCTTGAACCCCTGG;SOR=2.463;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=56;TCR=11;TR=67;WE=46292157;WS=46292139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
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chr20	46294864	rs13044281	A	G	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=24.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQRankSum=1.503;QD=4.30;ReadPosRankSum=-1.518;SOR=1.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,69:0.26:263
chr20	46305112	rs11906661	C	T	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=262;SC=GGGCACCACACGGCAGCAAAG;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=46305120;WS=46305106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	46313135	rs2297586	C	T	3806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=31;PP=2568;SC=GCTGGGGGTTCGGAGCCACGC;SOR=1.918;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=93;TCR=31;TR=124;WE=46313143;WS=46313125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr20	46365571	rs3810526	A	G	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=2.259;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:362,101:0.22:463
chr20	46365636	rs56218501	C	T	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=2.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.782;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,85:0.24:356
chr20	46385875	.	T	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=4.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.011;SOR=1.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,9:0.14:66
chr20	47251182	rs184734368	T	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=5.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-1.473;SOR=1.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,31:0.21:147
chr20	47253150	rs2664521	T	C	15492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=291;NR=268;PP=2965;SC=AGCAGCTGCTTGGAGAAGGTG;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=562;TCF=292;TCR=270;TR=559;WE=47253158;WS=47253140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,601:1.00:601
chr20	47266491	rs117404763	G	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.747;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,29:0.24:119
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chr20	47273037	rs723291	C	T	14146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=854;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.981;QD=16.68;ReadPosRankSum=-1.100;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,642:0.76:848
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chr20	47626847	rs2295580	T	C	10503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=200;NR=158;PP=2965;SC=TCCGCTCAGGTTGGAAGAACA;SOR=0.879;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=358;TCF=200;TCR=158;TR=358;WE=47626855;WS=47626837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr20	47627095	rs6095395	A	G	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=37;PP=1031;SC=CTTGATGAGTATTAATCTTGA;SOR=2.137;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=53;WE=47627103;WS=47627085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr20	47628368	rs11473356	A	ATG	1031.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=2.676;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:311,65:0.17:376
chr20	47628434	rs2273531	T	C	23788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=932;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=488;NR=414;PP=2965;SC=CCTGGTCTTATGAAAAATGTG;SOR=0.835;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=905;TCF=489;TCR=416;TR=902;WE=47628443;WS=47628424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,930:1.00:930
chr20	47635339	rs9631141	A	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=326;ReadPosRankSum=0.041;SC=AGGCTGGACCAGCCGTGTTAA;SOR=0.546;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=115;TCF=84;TCR=31;TR=35;WE=47635347;WS=47635329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,37:0.30:122
chr20	47639464	rs2426106	G	C	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=19;PP=1363;SC=CCAGCCTGGAGAACGTAGTGA;SOR=1.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=64;WE=47639472;WS=47639454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr20	47639737	rs7270848	A	G	3786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=92;PP=2841;SC=AGGAGGCCTCAGGAAGAGCAT;SOR=1.816;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=40;TCR=92;TR=132;WE=47639745;WS=47639727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr20	47645002	rs73623293	G	GT	4028.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=17;PP=2957;SC=TAGATTTCTAGTCATACACAG;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=56;TCR=18;TR=72;WE=47645010;WS=47644992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
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chr20	47649525	rs7263488	T	C	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.756;QD=3.43;ReadPosRankSum=1.379;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,117:0.26:453
chr20	47675176	rs2064853	T	A	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
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chr20	47679663	rs201335585	T	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.65;ReadPosRankSum=-1.500;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr20	47679963	rs6019621	C	T	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=22;PP=618;SC=AGATAAGGCACGTGCTTGTAG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=47679971;WS=47679953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr20	47685320	rs2227946	G	C	9666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=227;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.893;SC=TTTCTTCCCTGATCCTGATCT;SOR=0.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=591;TCF=265;TCR=326;TR=411;WE=47685328;WS=47685310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,426:0.69:616
chr20	47689036	rs79186842	A	G	3937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.193;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=78;PP=2440;ReadPosRankSum=3.122;SC=TTCTCTCCCTATCTCCTCCAA;SOR=0.516;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=187;TCF=88;TCR=99;TR=151;WE=47689044;WS=47689026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,162:0.79:204
chr20	47691211	rs2075676	C	A	6754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.91;ReadPosRankSum=2.127;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,250:1.00:251
chr20	47693690	rs11439721	C	CT	457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=4.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.622;SOR=1.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr20	47701765	rs1885163	T	C	7737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=163;NR=111;PP=2965;SC=AAGGGTAATCTGCAGTGACAA;SOR=1.047;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=163;TCR=111;TR=274;WE=47701773;WS=47701755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr20	47705763	rs3092348	GTT	G	2382.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=27;PP=650;SC=GCATAATTAGGTTTTTTTTTT;SOR=1.516;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=48;WE=47705773;WS=47705753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,82:0.94:87
chr20	47770443	rs3092191	CAAA	C	1229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=2.397;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.276;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,61:0.33:185
chr20	47837868	rs6019695	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-2.160;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
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chr20	48184871	rs566468	AT	GG	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr20	48479356	rs3092598	TATGA	T	2309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=6;PP=1839;SC=TGAATGATGGTATGAATGAAT;SOR=3.872;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=38;WE=48479367;WS=48479352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr20	48491258	rs542234	T	G	31453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1191:1.00:1191
chr20	48500758	.	CACACACACACACACACACACG	C	647.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=10.086;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.12;MQRankSum=3.005;QD=35.99;ReadPosRankSum=2.187;SOR=1.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
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chr20	48522585	rs492702	G	A	6288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=88;PP=2965;SC=TGGAGAGGGCGGACTCTTTGG;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=122;TCR=88;TR=210;WE=48522593;WS=48522575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr20	48524827	rs2769982	A	G	6045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=89;PP=2965;SC=CCACCACCTCATAGAACTGGA;SOR=0.974;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=211;TCF=121;TCR=90;TR=210;WE=48524835;WS=48524817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr20	48561893	rs4810993	A	G	3434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=72;NR=28;PP=1941;SC=TCACTAACTTATGGGCTCTGA;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=72;TCR=29;TR=100;WE=48561901;WS=48561883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr20	48562083	rs11473738	G	GTTGGACACC	6288.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=53;PP=2900;SC=ATACAAAGAGGTTGCATGCCC;SOR=1.593;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=75;TCF=3;TCR=72;TR=55;WE=48562091;WS=48562071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr20	48562797	rs34310744	C	CT	1393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=5.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.434;QD=9.55;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,99:0.68:146
chr20	48568503	rs2281216	C	T	4909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=62;PP=2965;SC=GGGATCCGGTCCCTGGCAACC;SOR=1.429;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=115;TCR=62;TR=176;WE=48568511;WS=48568493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr20	48599473	rs113842434	AC	A	1321.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=27;PP=1262;SC=ACCCCCCACCACCCCCCCGGA;SOR=0.784;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=39;WE=48599481;WS=48599463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	48701351	.	CT	C	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.424;QD=2.46;ReadPosRankSum=0.307;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,36:0.34:107
chr20	48713049	rs6012831	G	A	3671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr20	48729677	rs126907	C	G	9010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.456;NF=132;NR=206;PP=2962;ReadPosRankSum=0.188;SC=TTGCGTCGCTCTTGCTTGAAG;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=492;TCF=195;TCR=297;TR=338;WE=48729685;WS=48729667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,410:0.70:583
chr20	48770159	rs232733	T	C	4317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=77;PP=2372;SC=CCCGGCCAGTTCTCGGCGCCC;SOR=1.364;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=55;TCR=77;TR=132;WE=48770167;WS=48770149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
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chr20	48892374	rs17789629	C	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=463;ReadPosRankSum=1.323;SC=CAAGGGCTTCCTCTGGCCACA;SOR=1.828;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=23;WE=48892382;WS=48892364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
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chr20	49507892	rs761240	T	G	2948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=6;PP=2239;SC=TCACACTGGATATCAGAGTTC;SOR=4.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=77;TCR=6;TR=83;WE=49507900;WS=49507887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr20	49557764	.	AATATAT	A	51	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=51;QD=27.0;SC=AAAAAAAGTGAATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=49557777;WS=49557754;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,2:0.40:5
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chr20	50015300	rs11478012	GA	G	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=1.761;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,38:0.31:124
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chr20	50224161	rs2273089	C	T	2471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=55;PP=1442;ReadPosRankSum=-1.722;SC=GCCGGTTTCGCGGGGGGCTCA;SOR=0.655;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=139;TCF=60;TCR=79;TR=99;WE=50224169;WS=50224151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,111:0.72:155
chr20	50224206	rs3818004	G	A	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=41;PP=980;ReadPosRankSum=0.172;SC=TTATTCTCCCGCTAACGAGAT;SOR=0.944;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=30;TCR=54;TR=63;WE=50224214;WS=50224196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,69:0.75:92
chr20	50225206	rs3827032	G	A	4259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.160;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=111;PP=2848;ReadPosRankSum=0.725;SC=TGGCTGACGCGATAGGAGCTA;SOR=0.817;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=227;TCF=80;TCR=147;TR=168;WE=50225214;WS=50225196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,181:0.73:248
chr20	50225235	rs6021312	G	A	2897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.756;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=81;PP=2040;ReadPosRankSum=0.913;SC=GCCAGCCTCCGGCACCCAAGT;SOR=1.054;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=141;TCF=34;TCR=107;TR=104;WE=50225243;WS=50225225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,113:0.73:155
chr20	50230462	rs2235863	A	G	3799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.505;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=96;PP=2425;ReadPosRankSum=1.177;SC=CATTGTAGGAAATCTTTGAAG;SOR=0.898;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=72;TCR=118;TR=154;WE=50230470;WS=50230452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,162:0.81:199
chr20	50238545	rs2235862	A	G	4506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=78;PP=2825;ReadPosRankSum=1.171;SC=GGGCCCACTCAAGGTTAGGAG;SOR=0.548;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=142;TCR=95;TR=192;WE=50238553;WS=50238535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,204:0.82:250
chr20	50241714	rs2235859	C	A	4063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=52;PP=2878;ReadPosRankSum=-0.614;SC=CCCTTCCCTGCGGGCAGCCCG;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=142;TCR=69;TR=161;WE=50241722;WS=50241704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,164:0.77:214
chr20	50243941	rs1467413	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=23;ReadPosRankSum=0.481;SC=AGAAGCGAGGAAATGGGCCAT;SOR=0.631;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=4;WE=50243949;WS=50243934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr20	50243966	rs80257071	G	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=0.998;SC=CTCTGTGGGTGAAGAGAGTTC;SOR=1.112;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=10;WE=50243974;WS=50243956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
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chr20	50245732	rs2426318	G	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.107;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,21:0.19:110
chr20	50255762	rs2426333	T	C	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=1;PP=908;SC=TATATTCCCTTGTTAGTCTGG;SOR=6.043;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=41;WE=50255770;WS=50255752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr20	50255849	rs6063682	A	C	2694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.58;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,112:0.77:145
chr20	50256107	rs2426334	T	C	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=626;SC=CAGGCTGTGCTATGAACACAA;SOR=3.098;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=50256115;WS=50256097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	50273749	rs6021355	G	A	4665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.991;SC=TTGGAGAGTGGAAGAACAGCC;SOR=0.583;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=228;TCF=95;TCR=133;TR=188;WE=50273757;WS=50273739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,200:0.82:245
chr20	50286484	rs5841856	T	TA	3557.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.729;NF=35;NR=50;PP=1156;ReadPosRankSum=0.261;SC=ATATAGCTGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.723;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=48;TCR=70;TR=85;WE=50286492;WS=50286474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:29,200:0.87:229
chr20	50287553	rs6013248	G	A	2141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.663;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=8;PP=1551;ReadPosRankSum=0.571;SC=GCAGCAACACGCATCTCTCAT;SOR=0.399;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=95;TCF=86;TCR=9;TR=74;WE=50287561;WS=50287552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,78:0.80:98
chr20	50287736	rs2255341	C	T	2837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=936;ExcessHet=3.0103;FS=0.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:716,212:0.23:928
chr20	50287790	rs2255342	A	G	24771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=953;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=457;NR=473;PP=2965;SC=CCAGGTTCACACGCAAACTAG;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=932;TCF=458;TCR=474;TR=930;WE=50287798;WS=50287780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,948:1.00:948
chr20	50287925	rs2255358	A	G	5228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=129;PP=2965;SC=GCACACTGCCAGAGCTGAACG;SOR=2.485;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=41;TCR=130;TR=169;WE=50287933;WS=50287915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr20	50290654	rs6091346	T	C	6465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=155;NR=81;PP=2965;SC=GAGAAGAAGATGTCACGGCAG;SOR=1.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=155;TCR=82;TR=236;WE=50290662;WS=50290644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr20	50305755	rs6067898	G	A	16820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FS=2.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.64;ReadPosRankSum=2.072;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,431:0.79:549
chr20	50305761	rs6067899	G	A	16424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FS=2.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.59;ReadPosRankSum=1.085;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,400:0.79:504
chr20	50307502	rs4811222	G	C	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=-1.409;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,41:0.22:187
chr20	50310466	rs6021389	T	C	7991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=-0.258;QD=16.65;ReadPosRankSum=1.004;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,363:0.76:480
chr20	50310483	rs143733288	A	ATC	21847.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=144;PP=2957;SC=CCCCCCAGGTATGAGTTTGAG;SOR=0.805;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=218;TCF=62;TCR=156;TR=204;WE=50310491;WS=50310473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr20	50310709	rs6013259	G	A	2546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=62;PP=1418;ReadPosRankSum=1.184;SC=TCTGGGCAGCGTCTGCTCTGG;SOR=0.569;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=132;TCF=46;TCR=86;TR=97;WE=50310717;WS=50310699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,111:0.76:147
chr20	50314052	rs58432772	C	T	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=699;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=1.335;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:552,142:0.20:694
chr20	50314200	rs1205690	A	G	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=68;PP=2009;SC=TTCAACCGCTACAGAGGCCGT;SOR=2.383;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=21;TCR=69;TR=89;WE=50314208;WS=50314190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr20	50329416	rs1205698	T	C	5523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.35;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr20	50329704	rs1205699	G	A	3523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.669;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=91;PP=2320;ReadPosRankSum=-0.183;SC=CAGGAAAGGCGAGAGGTCACT;SOR=0.586;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=178;TCF=58;TCR=120;TR=137;WE=50329712;WS=50329694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,149:0.77:194
chr20	50342285	rs1205708	A	G	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.617;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,34:0.17:200
chr20	50342555	rs1205709	C	T	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=65;PP=2001;SC=TGAATAACATCTAAAAACATT;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=23;TCR=65;TR=88;WE=50342563;WS=50342545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr20	50384821	rs3746416	A	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=2.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=-0.997;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:287,49:0.15:336
chr20	50405502	rs17802735	C	G	7124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.789;SC=CGCTAGCAGACGAGAAGTTCT;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=403;TCF=214;TCR=189;TR=294;WE=50405510;WS=50405492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,311:0.71:435
chr20	50407162	rs6021437	T	C	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=725;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.152;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:579,141:0.20:720
chr20	50407502	rs6126344	A	C	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=1.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.870;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,58:0.19:299
chr20	50407966	rs13038893	C	T	5754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5035;FS=1.280;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.604;SC=ATGTGTCTAGCGCCACAGTGG;SOR=0.574;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=276;TCF=140;TCR=136;TR=238;WE=50407974;WS=50407956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,250:0.85:294
chr20	50408482	rs6013281	A	G	12520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
chr20	50668746	rs201746789	CTTTATATTTATATA	C	218.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.64;MQRankSum=-3.307;QD=16.77;ReadPosRankSum=-0.495;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr20	50701061	rs34648990	G	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=-1.959;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,13:0.17:75
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chr20	50713992	rs11309611	AT	A	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=3.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=-1.412;SOR=0.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,46:0.81:57
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chr20	52557958	.	C	CGCGCGTGTGTGT	3821.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.527;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.37;MQRankSum=2.634;QD=30.33;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,98:0.78:126
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chr20	52611427	rs11471603	T	TACACAC	2586.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.460;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=1464;ReadPosRankSum=1.281;SC=ATAGATATGATACACACACAC;SOR=1.162;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=43;WE=52611436;WS=52611417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,78:0.76:103
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chr20	52840743	rs11474477	C	CTTTT	725.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=4.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=1.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,54:0.64:85
chr20	54823779	rs13044293	G	T	6396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=147;NR=72;PP=2965;SC=AAACTCTAAGGCCAGATTGAA;SOR=1.372;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=220;TCF=148;TCR=72;TR=219;WE=54823787;WS=54823769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr20	54956707	rs6024840	A	G	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.55;ReadPosRankSum=1.425;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,49:0.61:80
chr20	54959296	rs2298016	G	C	1936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.401;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=28;PP=1042;ReadPosRankSum=0.257;SC=TAGTAGAACAGTACAGAACTT;SOR=0.849;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=74;WE=54959304;WS=54959286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,87:0.81:107
chr20	54961463	rs1047972	T	C	5931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=109;NR=98;PP=2965;SC=TGCAAAGGAATGCGCTGGGAA;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=109;TCR=98;TR=207;WE=54961471;WS=54961453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr20	54961541	rs2273535	A	T	5803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.150;NF=126;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.356;SC=TGACAAGGAAATTGCTGAGTC;SOR=0.691;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=355;TCF=184;TCR=171;TR=241;WE=54961549;WS=54961531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,264:0.70:379
chr20	54963149	rs67542863	C	CGACAAGACCAACCTCCATGTGGGTTTATAAATGTGAATGAGATTACAGATTATTCAATTTA	4229.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=111.31;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr20	54974424	rs2426617	C	A	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=55;PP=1651;SC=GTATGTGAGACGTTGATGTTA;SOR=2.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=78;WE=54974432;WS=54974414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr20	55012461	rs35360819	G	A	10624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=242;NR=181;PP=2962;ReadPosRankSum=0.451;SC=GCTCCTGCCAGCTCAGAGGAG;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=536;TCF=303;TCR=233;TR=423;WE=55012469;WS=55012451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,440:0.79:559
chr20	55048496	rs11471796	T	TGAG	669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=3.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=1.323;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,24:0.19:124
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chr20	55070539	rs3827107	G	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=177;ReadPosRankSum=0.907;SC=AGTGCTTTTGGGGGTGGGAGC;SOR=0.321;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=16;WE=55070547;WS=55070529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr20	55071639	rs6069763	A	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.362;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,16:0.22:73
chr20	55072472	rs6024911	A	G	2037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=1.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=3.343;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:344,125:0.27:469
chr20	55088404	rs1059768	A	G	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=563;ReadPosRankSum=-0.032;SC=TGATGTCATCATGCTCAATGG;SOR=0.640;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=103;TCR=69;TR=56;WE=55088412;WS=55088394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,60:0.31:193
chr20	55108617	rs3209183	C	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=3.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=-0.078;QD=2.35;ReadPosRankSum=1.237;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,43:0.20:219
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chr20	55748206	rs2148328	G	A	5044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.196;SC=TGGTGGCCCCGCAGCCTGCCC;SOR=0.626;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=266;TCF=154;TCR=112;TR=214;WE=55748214;WS=55748196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,224:0.80:279
chr20	55759048	rs6025429	T	C	2409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.077;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=68;PP=1263;ReadPosRankSum=1.454;SC=GCTGCAGAGATGCTATGCCTC;SOR=0.973;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=153;TCF=56;TCR=97;TR=104;WE=55759056;WS=55759038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,115:0.68:168
chr20	55800937	rs6070031	C	T	10051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=186;NR=160;PP=2965;SC=TCTGCTGGAACGTGAGCTTCC;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=348;TCF=186;TCR=162;TR=346;WE=55800945;WS=55800927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr20	55910542	rs3764674	T	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.959;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,25:0.30:82
chr20	55918014	rs2236330	A	G	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=206;SC=CACGACTAACATAAGTGTTGT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=55918022;WS=55918004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	55929881	rs4811837	T	C	14806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=250;NR=283;PP=2965;SC=ATGTAAGTGCTCCTTAAATAC;SOR=0.868;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=533;TCF=250;TCR=283;TR=533;WE=55929889;WS=55929871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,555:1.00:555
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chr20	56089869	rs11086612	GT	G	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=884;ExcessHet=3.0103;FS=1.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=5.656;QD=0.06;ReadPosRankSum=-0.666;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:685,137:0.17:822
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chr20	56137895	rs707555	G	C	7398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=129;PP=2965;SC=CCTGGAAGCAGTGGGCGATGG;SOR=0.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=114;TCR=129;TR=243;WE=56137903;WS=56137885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr20	56138648	rs11552145	G	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=-2.383;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,28:0.24:119
chr20	56139403	rs2070756	T	C	13074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=229;NR=234;PP=2965;ReadPosRankSum=1.705;SC=TAGCTTCAGGTGTCACCATCA;SOR=0.266;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=464;TCF=229;TCR=235;TR=463;WE=56139411;WS=56139393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,507:1.00:508
chr20	56139967	rs1023049	C	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=1.273;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
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chr20	56140980	rs1042531	T	G	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5060;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=871;ReadPosRankSum=0.987;SC=CACCACACCGTGAGCAGATCT;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=54;WE=56140988;WS=56140970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,55:0.87:63
chr20	56179422	rs6064572	C	A	8569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=3.496;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.89;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,330:1.00:331
chr20	56179586	rs6123710	G	A	14504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=281;NR=229;PP=2965;SC=CCTAGCATGCGCCCACCCCCA;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=512;TCF=281;TCR=231;TR=510;WE=56179594;WS=56179576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,540:1.00:540
chr20	56182296	rs6123711	A	C	3455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.00;ReadPosRankSum=1.865;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,127:0.99:128
chr20	56185209	rs41275646	G	A	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=16;PP=912;ReadPosRankSum=-0.095;SC=GCTCACCTGCGTCCTCCCCTG;SOR=0.557;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=84;TCF=62;TCR=22;TR=59;WE=56185217;WS=56185199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,58:0.69:84
chr20	56185303	rs41275648	G	A	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-1.188;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,43:0.19:227
chr20	56186884	rs2865394	T	C	13925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=253;NR=252;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.177;SC=CAGTATGGACTGCTCCATGTG;SOR=0.253;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=506;TCF=254;TCR=252;TR=505;WE=56186892;WS=56186874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,543:1.00:544
chr20	56190634	rs2073145	C	T	4589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.93;ReadPosRankSum=0.855;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,214:0.84:256
chr20	56191172	rs11468882	CAG	C	14396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-5.510;NF=76;NR=248;PP=2973;ReadPosRankSum=1.490;SC=AACCAAGGCACAGAGAGAGGA;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=364;TCF=88;TCR=276;TR=324;WE=56191181;WS=56191162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,532:1.00:534
chr20	56227514	rs6025698	T	C	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=1.704;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:326,86:0.21:412
chr20	56227532	rs6025699	T	C	10744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=195;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.165;SC=AGATGGTGGGTGGCAGGTCGA;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=390;TCF=194;TCR=196;TR=388;WE=56227540;WS=56227522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,416:1.00:418
chr20	56228019	rs8183538	G	C	3857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=36;PP=2573;SC=AGCCCACACTGTTCCAGCCGC;SOR=1.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=90;TCR=36;TR=126;WE=56228027;WS=56228009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr20	56726107	rs6070358	C	T	13066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=240;NR=239;PP=2965;SC=TGGGATCGGGCAACGCGGTGG;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=480;TCF=241;TCR=239;TR=479;WE=56726115;WS=56726097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr20	56793546	rs583987	A	G	4184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=42;PP=2513;SC=CGTTCCCACCAGGAGCTAATG;SOR=1.639;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=106;TCR=42;TR=148;WE=56793554;WS=56793536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr20	56793706	rs584855	G	A	12083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=209;NR=209;PP=2965;SC=TGGTTCAGGCGGTGTGCAATG;SOR=0.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=421;TCF=209;TCR=212;TR=418;WE=56793714;WS=56793696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr20	56793764	rs1192511	G	A	7526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=155;PP=2965;SC=TGGAGGCCCCGTGCTGGAGCA;SOR=1.183;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=265;TCF=110;TCR=155;TR=265;WE=56793772;WS=56793754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr20	56796266	rs8122848	A	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=899;ReadPosRankSum=-0.068;SC=GGGGACCCTGACTGGTGGCTG;SOR=0.638;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=17;WE=56796275;WS=56796256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr20	56796267	rs521615	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=337;ReadPosRankSum=0.136;SC=GGGACCCTGACTGGTGGCTGA;SOR=0.752;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=8;WE=56796275;WS=56796256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr20	56796386	rs41275660	A	C	3290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=3.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.90;ReadPosRankSum=1.815;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,147:0.71:207
chr20	56798017	rs573485	T	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr20	56803353	rs1192514	C	T	2187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=798;ExcessHet=3.0103;FS=0.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.424;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:622,175:0.22:797
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chr20	56806821	rs586193	A	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=9.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=-1.075;SOR=1.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,60:0.19:322
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chr20	56810446	rs633276	A	G	10100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=146;NR=200;PP=2965;SC=AAAAACATCAAAAGAGCACAT;SOR=1.148;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=146;TCR=200;TR=346;WE=56810454;WS=56810436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
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chr20	56813472	rs678936	G	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=0.993;SC=TCACTGGCAAGAACTTTTGCA;SOR=0.627;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=6;WE=56813480;WS=56813462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr20	56814195	rs3831236	A	AC	582.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.029;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.759;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,26:0.20:131
chr20	56814265	.	G	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.176;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.132;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,53:0.18:302
chr20	56814892	rs614507	G	T	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=3.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,63:0.20:314
chr20	56815878	rs514706	A	T	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=38;PP=1002;SC=TTTTAAGTGCAAAGGAAAATT;SOR=4.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=41;WE=56815886;WS=56815868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	56820702	rs595292	G	T	6679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=159;NR=73;PP=2965;SC=CCTCTCAATGGGTATACAGTG;SOR=1.590;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=160;TCR=73;TR=232;WE=56820710;WS=56820692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr20	56820734	rs77752322	G	A	6794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.920;SC=AGGTCCACACGCACATGCGTC;SOR=0.721;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=366;TCF=229;TCR=137;TR=284;WE=56820742;WS=56820724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,298:0.76:391
chr20	56820880	rs3746406	C	T	10862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=671;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=223;NR=239;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.707;SC=CTGCAAGCTACCAAGGACTTT;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=629;TCF=302;TCR=327;TR=462;WE=56820888;WS=56820870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,483:0.72:670
chr20	56822536	rs4811972	G	A	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.16;ReadPosRankSum=-0.656;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr20	56823395	rs518929	T	A	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=36;PP=1037;SC=AACCTGTTTTTTTTATTTATT;SOR=1.498;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=56;WE=56823403;WS=56823385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	56838389	rs6128295	A	G	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-4.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=565;ReadPosRankSum=0.246;SC=CTTATGGGACAGTGCCCACAG;SOR=0.043;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=39;WE=56838397;WS=56838379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,47:0.85:55
chr20	56846580	rs6015238	T	A	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.08;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,79:0.77:102
chr20	56861443	rs41303905	T	C	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.27;ReadPosRankSum=-0.973;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,101:0.71:142
chr20	56861637	rs6026181	A	G	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=597;ReadPosRankSum=0.686;SC=GAATCGCAACATTGAGAATTC;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=37;WE=56861645;WS=56861627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,40:0.85:47
chr20	56884186	rs483569	T	G	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=25;NR=7;PP=774;SC=CGACAAGGAGTGCCTGGCTTG;SOR=1.949;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=32;WE=56884194;WS=56884176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr20	56886062	rs542165	A	G	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.698;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:447,141:0.24:588
chr20	56918598	rs501253	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=-1.550;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr20	56928215	rs146846981	C	CT	468.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=30.121;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=520;ReadPosRankSum=1.623;SC=ATGTCATTTTCTTGGCTTAAG;SOR=5.891;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=16;WE=56928223;WS=56928210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr20	56928308	rs138275429	A	AT	2815.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.718;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=1838;ReadPosRankSum=0.453;SC=AATTTTGTTTATTTTTCCCCC;SOR=0.913;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=51;WE=56928316;WS=56928298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,125:0.82:152
chr20	56934551	.	CTT	C,CT	1799.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=2.039;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.969;QD=9.68;ReadPosRankSum=1.273;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:43,70,73:0.38,0.39:186
chr20	57009796	rs2234487	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=194;ReadPosRankSum=1.446;SC=TTTTCAGTAACAATAATTTAA;SOR=1.062;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=18;WE=57009804;WS=57009786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,18:0.23:78
chr20	57011383	rs201039529	CTTTTTTTTTTTTTT	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.43;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr20	57045667	rs1980576	T	C	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=0.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=2.110;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,82:0.23:361
chr20	57045765	rs3946003	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=1.385;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,26:0.18:144
chr20	57210712	rs58749102	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=157;ReadPosRankSum=-0.480;SC=CTCCCTCGACCTCTCTCTTCT;SOR=0.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=13;WE=57210720;WS=57210702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
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chr20	57246480	rs11474130	T	TTTA	72.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.77;QD=14.41;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr20	57563061	rs6070684	C	T	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.761;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=501;ReadPosRankSum=-0.826;SC=GACATGCTTGCACGCAAGAGG;SOR=2.494;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=27;WE=57563069;WS=57563051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
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chr20	57564695	rs17851253	C	T	6655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.045;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=1.233;SC=CTGAGTTTGCCGTAAGTTCTT;SOR=0.518;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=328;TCF=180;TCR=148;TR=263;WE=57564703;WS=57564685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,284:0.81:350
chr20	57565943	rs163782	G	C	14025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=300;NR=209;PP=2965;SC=TAGTAACGGGGTCTATGGTTT;SOR=1.070;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=512;TCF=302;TCR=210;TR=509;WE=57565951;WS=57565933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,520:1.00:520
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chr20	57569617	.	C	CA	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=2.016;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.373;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,25:0.32:78
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chr20	57570854	rs3787492	G	A	3777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.306;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=96;PP=2335;ReadPosRankSum=1.109;SC=ATCTGCAGCCGTCTCCCGCTC;SOR=0.494;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=197;TCF=73;TCR=124;TR=156;WE=57570862;WS=57570844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,168:0.80:209
chr20	57571763	rs9760	A	G	2180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=825;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-0.399;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:633,183:0.22:816
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chr20	57572839	rs2295357	G	T	4344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=94;PP=2684;ReadPosRankSum=-2.423;SC=TCAGCATGAGGCCGTCTCCTC;SOR=0.637;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=120;TCR=122;TR=187;WE=57572847;WS=57572829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,196:0.76:257
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chr20	57610059	rs151358	C	A	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.620;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=8;PP=1546;ReadPosRankSum=-0.198;SC=CCAACTGTCACGATCACTTCT;SOR=0.153;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=84;TCF=76;TCR=8;TR=69;WE=57610067;WS=57610058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,69:0.83:83
chr20	57612390	rs151359	C	G	3145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
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chr20	57613704	rs61329417	CA	C	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.674;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.786;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,48:0.80:60
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chr20	57768222	rs61743775	G	A	2609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=784;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=0.333;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:598,186:0.24:784
chr20	57828914	rs56738506	T	TC	106.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.05;MQRankSum=0.812;QD=11.86;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr20	57828923	rs259957	A	C	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.61;QD=29.47;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	57829301	rs259956	T	C	12250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=223;NR=203;PP=2965;SC=CAGTGCTGAATCACGAGACCA;SOR=0.698;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=427;TCF=224;TCR=203;TR=426;WE=57829309;WS=57829291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr20	57829821	rs3041675	C	CTT	5305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=66;PP=2957;SC=AACATGGTGTCTGGTCAAAAA;SOR=1.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=2;TCR=71;TR=68;WE=57829829;WS=57829811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr20	58179932	rs11477768	CT	C	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=0.487;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,29:0.39:74
chr20	58330128	rs1182477	G	C	2822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=11;PP=1983;SC=AGAGGGGTGGGGGACCACCCA;SOR=3.185;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=69;TCR=11;TR=79;WE=58330136;WS=58330118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr20	58342130	rs2426831	T	A	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=8;PP=1176;SC=AGGTCACTGCTCTGTATGCTC;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=47;TCR=8;TR=55;WE=58342138;WS=58342120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	58381204	.	A	T	4250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.642;ClippingRankSum=0.000;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=88;PP=2416;ReadPosRankSum=-0.441;SC=AGGACTGATGAAGAAAGACAG;SOR=0.655;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=120;TCR=116;TR=179;WE=58381212;WS=58381194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,195:0.75:260
chr20	58411441	rs2426849	T	C	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=3;PP=314;SC=TTTCTCTCCTTCCAATTTTGG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=58411449;WS=58411431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	58420336	rs1416388	G	A	9055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.55;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,412:0.80:516
chr20	58425413	rs2865768	C	T	6465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr20	58468790	rs55798744	G	A	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.981;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=347;ReadPosRankSum=1.260;SC=TTTCATAAACGTTATGCCCGT;SOR=1.811;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=21;WE=58468798;WS=58468780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr20	58587841	rs910695	A	C	769.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5043;FS=2.989;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=543;ReadPosRankSum=0.132;SC=ATCACTATTCAGGGATTTTTC;SOR=2.038;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=33;WE=58587849;WS=58587831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,35:0.90:39
chr20	58644995	rs6071100	T	C	5169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=53;PP=2965;SC=GAGGCTCTTCTGGGGCCAGCC;SOR=1.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=115;TCR=54;TR=168;WE=58645003;WS=58644985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr20	58645262	rs35835192	A	T	2244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=65;PP=1667;ReadPosRankSum=-0.272;SC=TGGAATGCAAACATATTTAGA;SOR=0.807;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=97;TCF=17;TCR=80;TR=78;WE=58645270;WS=58645252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,84:0.82:103
chr20	58883399	rs11408280	A	AT	1730.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=7.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.786;QD=6.61;ReadPosRankSum=1.934;SOR=1.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,63:0.24:262
chr20	58883516	rs6513495	A	G	5691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=795;ExcessHet=3.0103;FS=1.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.532;QD=7.18;ReadPosRankSum=1.415;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:604,189:0.24:793
chr20	58883534	rs6513496	T	C	5937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=743;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.395;QD=8.01;ReadPosRankSum=-1.335;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:549,192:0.26:741
chr20	58883675	rs6027486	C	T	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FS=2.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=-1.196;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:359,100:0.22:459
chr20	58883730	rs6027487	T	C	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.801;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,49:0.24:201
chr20	58883732	rs6027488	T	C	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.870;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,47:0.24:193
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chr20	60708216	rs6089657	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=1.681;SOR=1.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,23:0.26:90
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chr20	60712511	rs2281740	A	G	2335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=907;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.093;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:709,195:0.22:904
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chr20	60713332	rs1135961	A	G	8803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=141;NR=177;PP=2965;SC=TGGCACCCCGACCTATGGCAT;SOR=0.969;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=320;TCF=142;TCR=178;TR=318;WE=60713340;WS=60713322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
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chr20	60735098	rs6121926	T	C	4514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=97;PP=2803;ReadPosRankSum=-0.092;SC=GGGCATGTCATCTCAGGTAGC;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=97;TCR=113;TR=179;WE=60735106;WS=60735088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,193:0.84:229
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chr20	60737908	rs61744430	G	A	20309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.323;NF=399;NR=412;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.617;SC=GACCCGCCTCGCAGGGCGTCC;SOR=0.628;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=1064;TCF=516;TCR=548;TR=811;WE=60737916;WS=60737898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,916:0.78:1172
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chr20	60738070	rs73309158	C	T	3850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.008;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.872;NF=42;NR=109;PP=2607;ReadPosRankSum=-1.179;SC=CATGTGGTCCCGGGGAAGCTG;SOR=0.891;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=210;TCF=63;TCR=147;TR=151;WE=60738078;WS=60738060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,163:0.73:224
chr20	60738344	rs73309161	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.26;ReadPosRankSum=-0.600;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
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chr20	60738566	rs73309164	C	T	4635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.333;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=85;PP=2627;ReadPosRankSum=1.176;SC=CGGCGCAGGGCGGCAGCCAGC;SOR=0.711;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=269;TCF=149;TCR=120;TR=198;WE=60738574;WS=60738556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,214:0.73:292
chr20	60740584	rs60919036	CTG	C	22876.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=765;ExcessHet=3.0103;FS=1.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.78;MQRankSum=16.762;QD=31.73;ReadPosRankSum=1.159;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,569:0.79:721
chr20	60740585	.	TGCGTGCTGGGCTCGA	CGCGTGCTGGGCTCGA	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=67.11;NF=196,32;NR=247,235;PP=2962,2954;QD=20;SC=GGAGCACGGCTGCGTGCTGGG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=598;TCF=264;TCR=334;TR=443,267;WE=60740607;WS=60740575;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:155,443:0.74:598
chr20	60740585	.	TGCGTGCTGGGCTCGA	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=67.11;NF=196,32;NR=247,235;PP=2962,2954;QD=20;SC=GGAGCACGGCTGCGTGCTGGG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=598;TCF=264;TCR=334;TR=443,267;WE=60740607;WS=60740575;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:108,267:0.71:375
chr20	60740587	.	CGTGCTGGGCTCGA	C	22855.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.793;ClippingRankSum=0.000;DP=718;ExcessHet=3.0103;FS=1.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=66.14;MQRankSum=16.608;QD=31.88;ReadPosRankSum=0.320;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,569:0.79:717
chr20	60773041	rs6062140	G	C	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=9.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=-1.513;SOR=1.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,43:0.17:254
chr20	60773684	rs4925355	C	T	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=2.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.659;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,56:0.25:226
chr20	60774035	rs6142990	A	G	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=1.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=1.617;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,66:0.20:332
chr20	60776182	rs1054885	G	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.467;SOR=0.433;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,9:0.20:44
chr20	60831300	rs6089706	G	A	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=41;PP=1291;SC=AGAACCAACTGGGGACGTACT;SOR=1.457;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=67;WE=60831308;WS=60831290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr20	60847086	rs2297594	C	T	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=2.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=1.400;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,61:0.24:256
chr20	60848248	rs6061476	G	T	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=4;PP=934;SC=AACTGAAAACGCACACGGAAC;SOR=3.086;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=60848256;WS=60848247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr20	60856281	rs2282213	G	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.921;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=243;ReadPosRankSum=-0.368;SC=GGGCGAGCCGGGGAGCGTGAG;SOR=0.223;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=56;TCF=8;TCR=48;TR=19;WE=60856289;WS=60856271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr20	60859381	rs4925225	A	G	4386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=26.43;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr20	60859430	rs11306058	AT	A	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=3.412;QD=0.44;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,17:0.22:79
chr20	60859486	rs4925226	A	G	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=25;PP=788;SC=AGGCTGGAGTACAGTGGTGCA;SOR=1.508;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=39;WE=60859494;WS=60859476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	60861505	.	G	GA	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=6.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.014;QD=1.31;ReadPosRankSum=-0.610;SOR=0.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,46:0.20:227
chr20	60861782	rs2297592	A	G	3721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=84;PP=2477;SC=GTGTCCCTCCATGGCCTGACG;SOR=1.875;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=34;TCR=84;TR=118;WE=60861790;WS=60861772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr20	60881330	rs2427273	G	A	15500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=294;NR=262;PP=2965;SC=TGCCTGGGGCGCTGGGGGCCA;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=559;TCF=296;TCR=263;TR=556;WE=60881340;WS=60881320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,600:1.00:600
chr20	60881643	rs2427274	T	C	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=28;PP=1259;SC=GCGCAGGCAGTGCGGTGGGGC;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=62;WE=60881651;WS=60881633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr20	60881780	rs2427275	T	C	6761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=133;NR=86;PP=2965;SC=CAGCCGGCCTTGGAGGACTGG;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=133;TCR=87;TR=219;WE=60881788;WS=60881770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr20	60882277	rs2427277	C	T	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=6;PP=432;SC=ACCCGCCCCACGCCGCTCCTC;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=60882285;WS=60882273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr20	60882888	rs2427278	A	G	10679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=137;NR=227;PP=2965;SC=CAGCAAGGTAACGTGTGCTGT;SOR=1.357;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=364;TCF=137;TCR=227;TR=364;WE=60882896;WS=60882878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr20	60883273	rs2236523	A	C	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.720;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=40;PP=981;ReadPosRankSum=-0.207;SC=CTGTGTGCTCAGGGAGTGGGC;SOR=0.201;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=73;WE=60883281;WS=60883263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,77:0.79:97
chr20	60884339	rs3184293	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=-0.785;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr20	60884651	rs6143020	T	G	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=237;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=376;SC=AGGAGGGTGGTAGGGGGGTGG;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=60884659;WS=60884641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr20	60884687	.	T	A	41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MMLQ=24;MQ=56.21;NF=3;NR=0;SC=GGGCAGGGGGTGGAGGGGTGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=3;WE=60884703;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,3:0.15:20
chr20	60884695	.	T	TGGGGGGGTGGGAGGGGGTGGG	577.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;SC=GGTGGAGGGGTGGGGGGAGGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=4;WE=60884703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr20	60886611	rs2297590	C	T	13261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=237;NR=240;PP=2965;SC=GGCGGGCAGGCGGTCAGCAGC;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=480;TCF=239;TCR=241;TR=477;WE=60886619;WS=60886601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,503:1.00:503
chr20	60887468	rs16985970	G	A	2375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=850;ExcessHet=3.0103;FS=1.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=1.730;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:660,187:0.22:847
chr20	60887581	rs944895	G	A	16316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=267;NR=294;PP=2965;SC=GGGAAGAGCCGTCGCAGGCTG;SOR=0.812;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=563;TCF=267;TCR=296;TR=561;WE=60887589;WS=60887571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,602:1.00:602
chr20	60890375	rs6062210	C	T	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=41;PP=1238;SC=CCCTATGGATCGTGTGAGACC;SOR=2.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=53;WE=60890383;WS=60890365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr20	60891288	rs2065578	A	G	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=73;PP=2183;SC=GTCTCAGCGTAGCCTCTGTTC;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=35;TCR=73;TR=108;WE=60891296;WS=60891278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr20	60891986	rs41296211	G	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,21:0.16:130
chr20	60892116	rs2236521	G	A	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=43;PP=1293;SC=GTGGGTAAGCGCAGACGCCCT;SOR=1.068;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=78;WE=60892124;WS=60892106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr20	60892526	rs2427281	A	G	14784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=287;NR=249;PP=2965;ReadPosRankSum=0.385;SC=TCCGAGCCCCATCCAGGCTGG;SOR=0.421;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=539;TCF=289;TCR=250;TR=536;WE=60892534;WS=60892516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,580:0.99:583
chr20	60892692	rs6062216	C	T	4230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=87;PP=2959;SC=GATGGGGTGGCGACAGGGGCC;SOR=1.414;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=56;TCR=87;TR=143;WE=60892700;WS=60892682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr20	60893387	rs183361685	A	G	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.79;QD=26.80;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	60893639	rs6089732	G	C	8408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.93;ReadPosRankSum=1.437;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,390:0.74:528
chr20	60895738	rs6089346	A	G	7010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=135;NR=94;PP=2965;SC=GTGGGAGGCGAAAGGTGAAGG;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=135;TCR=94;TR=229;WE=60895746;WS=60895728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr20	60897071	rs2274936	A	G	6299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=98;PP=2965;SC=TGTTGAGGACACACCTTCACA;SOR=0.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=125;TCR=98;TR=222;WE=60897079;WS=60897061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr20	60897487	rs2274934	C	T	9150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=158;NR=154;PP=2965;SC=CCGCAGCCATCGAAACCAAAA;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=312;TCF=158;TCR=154;TR=312;WE=60897495;WS=60897477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr20	60897721	rs3737137	C	T	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=12.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.761;SOR=0.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,45:0.26:176
chr20	60898505	rs2379128	C	T	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=17;PP=966;SC=CCCAGCCCGACGCCTACGGGT;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=51;WE=60898513;WS=60898495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr20	60899206	rs2427283	C	T	5898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr20	60900481	rs2427284	A	G	13867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=280;NR=211;PP=2965;SC=CCTGCGCAGGAAGACAGCCGA;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=491;TCF=280;TCR=211;TR=491;WE=60900489;WS=60900471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr20	60900579	rs2427285	C	A	17801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=677;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=320;NR=319;PP=2965;SC=CAGTGTTGCGCGTCTCCGTAT;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=639;TCF=320;TCR=319;TR=639;WE=60900587;WS=60900569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,673:1.00:673
chr20	60902214	rs944894	G	A	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=34;PP=1703;SC=GACAGACCCCGCTCCTGGCTC;SOR=1.227;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=57;TCR=34;TR=91;WE=60902222;WS=60902204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr20	60902490	rs944892	C	T	37516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=1442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=746;NR=644;PP=2965;SC=TGGCTGCACACGGGTGGATGC;SOR=0.852;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1399;TCF=753;TCR=646;TR=1390;WE=60902498;WS=60902480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1434:1.00:1434
chr20	60902544	rs944891	A	C	42677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=1585;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=748;NR=794;PP=2965;SC=CCCACCTAAGACCTCCCCGAG;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1542;TCF=748;TCR=794;TR=1542;WE=60902552;WS=60902534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1582:1.00:1582
chr20	60902883	rs4925375	C	T	14220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=254;NR=237;PP=2965;SC=CTGATGAGGCCGGAGGGAGAG;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=491;TCF=254;TCR=237;TR=491;WE=60902891;WS=60902873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,537:1.00:537
chr20	60904421	rs3065756	GCAGCC	G	2766.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=49;PP=2614;SC=CCTGGCAGCAGCAGCCCAGCC;SOR=4.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=74;TCF=1;TCR=73;TR=49;WE=60904433;WS=60904411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr20	60904853	rs2427286	T	C	11199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=204;NR=197;PP=2965;SC=CACCGGCCCTTGGGCACACGC;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=402;TCF=204;TCR=198;TR=401;WE=60904861;WS=60904843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr20	60905717	rs2095235	T	C	13238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=238;NR=254;PP=2965;SC=GAGCCCCTGCTGCCCCCTGGA;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=494;TCF=238;TCR=256;TR=492;WE=60905725;WS=60905707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,515:1.00:515
chr20	60905878	rs3810548	A	G	5651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=103;PP=2965;SC=AGCTGGGGACATGGCTGGAGT;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=102;TCR=103;TR=204;WE=60905886;WS=60905868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr20	60906055	rs73613564	C	T	16341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=315;NR=270;PP=2965;SC=GGCCCTCGGCCGCGCCCCTCC;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=585;TCF=315;TCR=270;TR=585;WE=60906063;WS=60906045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,627:1.00:627
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chr20	60908908	.	G	GTGGGC	342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.272;HP=3;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.268;NF=53;NR=0;PP=2028;ReadPosRankSum=2.272;SC=GTGGGGTGGGGTGGGCTGGGC;SOR=1.187;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=100;TCF=81;TCR=19;TR=53;WE=60908916;WS=60908898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,23:0.16:141
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chr20	60909060	rs13038331	A	G	19209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=738;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=330;NR=366;PP=2965;SC=AGAAAAGGTCAGGGGAGGTCA;SOR=0.841;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=699;TCF=331;TCR=368;TR=696;WE=60909068;WS=60909041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,735:1.00:735
chr20	60909466	rs2379127	G	A	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=28;PP=820;SC=GCGGCCCCGGGTCTCCAGGGA;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=60909474;WS=60909456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr20	60909518	rs1105019	G	T	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=14;PP=720;SC=GACACGGAGAGGCCCGGAGGA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=60909526;WS=60909508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr20	60909809	.	C	CAGGGCTCAGGGCGAGGGCG,CAGGGCTCAGGGCGAGGGCGAGGGCG	2546.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.47;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=7,7;NR=20,20;PP=32,667;SC=GCTCAGGGCTCAGGGCGAGGG;SOR=0.739;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=27,27;WE=60909817;WS=60909799;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.80,0.20:49
chr20	60909974	rs12625368	T	C	4454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=37;PP=2965;SC=TCACCCGGGCTTCATGCTGCC;SOR=2.062;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=103;TCR=38;TR=140;WE=60909982;WS=60909964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr20	60911958	rs2890083	G	A	33645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=1322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=650;NR=616;PP=2965;SC=CAGCACAGGTGCCTCTCATCC;SOR=0.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1273;TCF=655;TCR=618;TR=1266;WE=60911966;WS=60911948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1314:1.00:1314
chr20	60912683	rs2427289	T	C	13899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,543:1.00:543
chr20	60913495	rs2151512	T	C	10508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=192;NR=168;PP=2965;SC=CGAGCGCAGGTAGAGGTTGAG;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=360;TCF=192;TCR=168;TR=360;WE=60913503;WS=60913485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr20	60917294	rs4925380	G	A	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.36;QD=24.89;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr20	60921044	rs4925386	T	C	5944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.15;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr20	60921643	rs4925229	T	C	10881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=219;NR=147;PP=2965;SC=TTGACGCCGGTGGTGTGGTGC;SOR=1.077;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=367;TCF=219;TCR=148;TR=366;WE=60921651;WS=60921633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr20	60921701	rs4925387	A	G	17551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=678;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=354;NR=281;PP=2965;SC=GCCCCACCTCAGGGCCAGCCC;SOR=0.915;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=637;TCF=356;TCR=281;TR=635;WE=60921709;WS=60921691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,676:1.00:676
chr20	60921896	rs4925388	A	G	16670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=264;NR=337;PP=2965;SC=CGCCCTCCACAGGCCCGGGCA;SOR=1.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=603;TCF=265;TCR=338;TR=601;WE=60921916;WS=60921886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,627:1.00:627
chr20	60927349	rs483876	C	T	18444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=708;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=364;NR=332;PP=2965;SC=TGCAGATGGCCGCGTCGTCCC;SOR=0.699;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=706;TCF=373;TCR=333;TR=696;WE=60927357;WS=60927339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,706:1.00:706
chr20	60927412	rs624313	G	A	19472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=743;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,743:1.00:743
chr20	60927482	rs482220	G	A	8221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.68;SOR=1.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr20	60927538	rs623834	C	T	5932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=113;PP=2965;SC=CAAGAGGCCGCGTGACAGAGA;SOR=3.001;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=27;TCR=113;TR=139;WE=60927559;WS=60927528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr20	60927551	rs482010	A	G	5424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=92;PP=2685;SC=GACAGAGACCACAGCTCACTG;SOR=3.219;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=22;TCR=92;TR=114;WE=60927559;WS=60927528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr20	60937597	rs477859	A	G	6372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=121;PP=2965;SC=TGCAGATGTCACAGTACTGGC;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=95;TCR=123;TR=215;WE=60937605;WS=60937587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr20	60963055	rs911077	T	C	6348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.829;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=1.352;SC=GGTGCCTGAGTAGATCTGCTG;SOR=0.543;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=341;TCF=153;TCR=188;TR=265;WE=60963063;WS=60963045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,280:0.78:358
chr20	60963109	.	CT	C	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=-1.990;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,21:0.14:155
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chr20	60966318	rs6089219	G	T	7833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=125;NR=133;PP=2965;SC=GATGAGCTGCGTCACGCCGCT;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=125;TCR=133;TR=258;WE=60966326;WS=60966308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
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chr20	60971327	rs748037	A	C	2813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.973;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=21;PP=1913;ReadPosRankSum=0.977;SC=CCGTGGGCTTATGGAGACCAC;SOR=1.127;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=135;TCF=103;TCR=32;TR=99;WE=60971335;WS=60971317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,109:0.74:148
chr20	60982024	rs146975578	C	T	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;ReadPosRankSum=0.961;SC=TGGGGCTGAGCAGGCCCTGGG;SOR=0.529;Source=Platypus;TCF=26;WE=60982032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,43:0.75:57
chr20	60986019	rs2236200	A	C	9891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=227;NR=209;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.168;SC=AGTGGCTGTCAGTTTCCTTCT;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=577;TCF=302;TCR=275;TR=436;WE=60986027;WS=60986009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,453:0.76:598
chr20	60988010	rs17824418	C	T	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=2.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=3.450;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,84:0.24:343
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chr20	60990170	rs911079	C	T	1863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.34;ReadPosRankSum=-1.485;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,89:0.68:130
chr20	60990606	rs3810554	A	C	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=34;PP=1360;ReadPosRankSum=0.896;SC=CCAGCTGCACATGGTGGGCTC;SOR=0.606;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=118;TCF=74;TCR=44;TR=89;WE=60990614;WS=60990596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,99:0.76:130
chr20	60992224	rs2427325	T	C	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.623;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,81:0.25:327
chr20	60992402	rs6061521	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=1.389;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
chr20	61039958	rs6061550	T	C	4005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr20	61040125	rs113912772	G	C	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=-0.502;QD=18.28;ReadPosRankSum=0.059;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,40:0.77:52
chr20	61040453	rs6061243	C	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=0.822;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,29:0.21:140
chr20	61040668	rs112618954	C	T	2639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=32;PP=1987;ReadPosRankSum=-1.259;SC=TGTGGCCGGGCGTGGCTTCTT;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=79;TCR=37;TR=101;WE=61040676;WS=61040658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,104:0.87:120
chr20	61040951	rs6587239	C	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=5.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=-1.355;SOR=1.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,38:0.18:212
chr20	61041653	rs6061244	G	C	3268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=61;PP=1512;SC=CCGGGTGCGCGGCTGGAGCAG;SOR=0.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=53;TCR=61;TR=114;WE=61041661;WS=61041643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr20	61041687	rs6121610	C	T	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=38;PP=1125;SC=AGACTCAGGTCGGCCTTGCGG;SOR=1.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=66;WE=61041695;WS=61041677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr20	61048549	rs41305803	G	A	11418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=283;NR=188;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.425;SC=GGCCGGTGCCGTCTCGGCGCC;SOR=0.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=633;TCF=376;TCR=257;TR=471;WE=61048557;WS=61048539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,506:0.75:675
chr20	61050379	rs6142775	T	G	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=0.721;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,35:0.18:191
chr20	61143364	rs12625668	T	C	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=-1.382;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,42:0.18:228
chr20	61143487	rs3934574	T	C	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=990;ExcessHet=3.0103;FS=1.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.100;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:777,213:0.22:990
chr20	61143945	rs3934573	T	G	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.934;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=443;ReadPosRankSum=1.513;SC=GCCTCTGCGTTGGGCAGCCTC;SOR=0.390;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=108;TCF=31;TCR=77;TR=36;WE=61143953;WS=61143935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,40:0.36:112
chr20	61150928	rs12624794	A	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=5.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=1.171;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,19:0.26:73
chr20	61162100	rs13040413	G	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=393;ReadPosRankSum=1.069;SC=CTTCACCGACGTCGCTGTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=22;WE=61162108;WS=61162090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr20	61162267	rs6062251	T	C	7347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=133;NR=110;PP=2965;SC=ACCCAGCAGGTGGCGCGGGGA;SOR=0.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=135;TCR=111;TR=243;WE=61162275;WS=61162257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr20	61162423	rs6062250	T	C	5151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=103;PP=2965;SC=AGCTGGGTGCTCCTGCTTGTT;SOR=1.239;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=75;TCR=104;TR=178;WE=61162431;WS=61162413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr20	61167517	rs6143065	C	T	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.858;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=1;PP=570;ReadPosRankSum=0.113;SC=AGAGACCCTGCTCCCACCCCG;SOR=2.833;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=31;WE=61167525;WS=61167507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr20	61167632	rs11483745	G	GTTT	5837.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.83;ReadPosRankSum=-1.477;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,179:0.79:226
chr20	61167883	rs6143064	G	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=4.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=-0.759;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,25:0.16:158
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chr20	61292373	rs144381587	G	GAGCCCCC	2521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=45;PP=2982;SC=CCACCTCCGGGAGCCCCCAGC;SOR=5.330;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=70;TCF=12;TCR=58;TR=50;WE=61292381;WS=61292363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr20	61443687	rs6122311	G	A	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=1.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,54:0.20:274
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chr20	61449057	rs2273080	C	T	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=0.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=-0.937;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:334,89:0.21:423
chr20	61456464	.	G	A	69	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=37;MMLQ=17;MQ=46.51;NF=2;NR=5;PP=69;QD=14.8244589353;SC=CGGGAGGGAGGGGCTGGGCTC;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=7;WE=61456472;WS=61456454;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,7:0.70:10
chr20	61458547	rs2249766	A	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=3.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.472;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,32:0.19:165
chr20	61460338	rs6062700	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=1.265;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,8:0.16:51
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chr20	61462011	.	TG	CC	1864	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=48;MMLQ=27;MQ=53.22;NF=0;NR=16;PP=1864;QD=119.841742179;SC=CCCACCCCCATGACAGTCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=16;WE=61462050;WS=61461994;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,16:0.89:18
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chr20	61462033	rs184924201	A	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.53;QD=52.72;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	61462042	rs111259897	C	A	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.47;QD=49.23;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr20	61467445	rs6011413	C	T	3492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-6.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.365;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=84;PP=2487;ReadPosRankSum=-0.870;SC=CAAGGCTGGGCAAGACGGCTC;SOR=0.435;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=172;TCF=57;TCR=115;TR=129;WE=61467453;WS=61467435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,136:0.76:180
chr20	61467898	rs910152	G	C	8014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=158;PP=2962;SC=AGTCAGCCACGTGCACCGGCT;SOR=1.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=72;TCR=158;TR=230;WE=61467932;WS=61467888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr20	61467912	rs111293413	GCGGGGCCCATCCC	G	6796.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.684;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.687;NF=4;NR=75;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.128;SC=ACCGGCTGCAGCGGGGCCCAT;SOR=0.512;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=114;TCF=7;TCR=107;TR=79;WE=61467932;WS=61467888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,166:0.81:204
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chr20	61468571	rs2294995	T	C	7030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.502;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.070;SC=GAGGACCCCCTGGATACCGCG;SOR=0.624;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=364;TCF=184;TCR=180;TR=282;WE=61468579;WS=61468552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,301:0.79:379
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chr20	61527563	rs2013097	T	C	11576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=736;ExcessHet=3.0103;FS=1.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.79;ReadPosRankSum=-2.279;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,533:0.73:733
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chr20	61528306	rs1883848	A	G	5570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.729;SC=TGAGGCTGCCATGGCTGCCGC;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=126;TCR=158;TR=228;WE=61528314;WS=61528296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,249:0.81:308
chr20	61536938	rs2295000	G	A	3974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.43;ReadPosRankSum=0.992;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,178:0.78:228
chr20	61572760	rs13039291	C	T	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=5;PP=984;ReadPosRankSum=-0.909;SC=TGGGATTCTCCGGCTCACAGC;SOR=1.179;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=45;WE=61572768;WS=61572758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,48:0.87:55
chr20	61577275	rs2427452	T	C	1768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FS=2.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.404;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:402,133:0.25:535
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chr20	61588159	rs2245341	A	G	8451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=193;NR=118;PP=2965;SC=TGCTGGGCACATGCCTTCTGT;SOR=1.196;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=313;TCF=193;TCR=120;TR=311;WE=61588167;WS=61588149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr20	61588745	rs2427457	C	T	12331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
chr20	61591693	rs78908362	C	T	3599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.85;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,154:0.81:191
chr20	61594679	rs2427463	A	G	29344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=1068;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=447;NR=580;PP=2965;SC=TCCAGGCACAACAGAGTCCCC;SOR=1.001;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1027;TCF=447;TCR=580;TR=1027;WE=61594687;WS=61594669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1066:1.00:1066
chr20	61595537	rs2427464	A	G	7201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.97;ReadPosRankSum=-0.862;SOR=0.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,266:1.00:267
chr20	61597946	rs5842409	CT	C	33652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=924;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=113;NR=411;PP=2951;SC=AGGACCTTGCCTTACCCCAGC;SOR=0.764;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=541;TCF=115;TCR=426;TR=524;WE=61597954;WS=61597936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,903:1.00:903
chr20	61598731	rs7271712	C	T	10713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.34;ReadPosRankSum=-0.958;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,486:0.79:618
chr20	61598899	rs3746750	A	G	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=72;PP=2302;SC=CAGCAGCCCCAGGACACAGGG;SOR=1.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=32;TCR=72;TR=104;WE=61598907;WS=61598889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr20	61834092	rs41282994	G	A	12156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=686;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.958;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=204;NR=276;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.320;SC=GGTGGATGTCGTCCTCAGAGT;SOR=0.944;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=643;TCF=281;TCR=362;TR=480;WE=61834100;WS=61834082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,515:0.76:682
chr20	61834695	rs6122103	G	A	17374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=948;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=323;NR=401;PP=2962;ReadPosRankSum=0.491;SC=CCGTCTTGACGGCGGAGGAGC;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=916;TCF=415;TCR=501;TR=724;WE=61834703;WS=61834685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,746:0.79:946
chr20	61834779	rs147844381	G	A	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FS=1.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.949;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:396,111:0.22:507
chr20	61834855	rs141487890	G	A	7424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=0.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.46;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,341:0.76:451
chr20	61847056	rs45518532	C	T	2373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.010;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=33;PP=1488;ReadPosRankSum=0.374;SC=CCGCGAGCTCCGCCGGCCCCG;SOR=0.465;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=112;TCF=73;TCR=39;TR=91;WE=61847076;WS=61847046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,97:0.82:119
chr20	61847068	rs6090310	C	G	4866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=43;PP=2541;SC=CCGGCCCCGACGCGCGGTCAC;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=77;TCR=44;TR=120;WE=61847076;WS=61847046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr20	61867454	rs6011691	A	G	10518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.03;ReadPosRankSum=1.212;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,465:0.71:656
chr20	61867828	rs6011692	G	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=1.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=327;ReadPosRankSum=-1.033;SC=CCTTCCTGCCGTGGGCCTGGG;SOR=1.708;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=21;WE=61867836;WS=61867818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr20	61869223	rs6062855	T	C	8605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=149;NR=140;PP=2965;SC=TGGGTGGGACTTGGCTGGGGC;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=289;TCF=149;TCR=140;TR=289;WE=61869231;WS=61869213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
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chr20	61870465	rs1075557	A	G	6822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=128;NR=106;PP=2965;SC=GGGCCGGCCCAGCTTTCTCCT;SOR=0.834;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=128;TCR=106;TR=234;WE=61870473;WS=61870455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr20	61870605	rs3215649	T	TG	9371.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=104;PP=2974;SC=CGGGACCCCCTGGGTGAGGGC;SOR=0.759;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=158;TCF=47;TCR=111;TR=146;WE=61870613;WS=61870595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr20	61870634	rs1075556	A	G	7161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.46;NF=115;NR=101;PP=2965;SC=GGGAGGGCTGAGGGACCCCGA;SOR=0.945;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=217;TCF=115;TCR=102;TR=216;WE=61870642;WS=61870624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr20	61872905	rs1047826	A	G	10442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=205;NR=175;PP=2965;SC=GGGCTGGGGCAGCCACTGGGG;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=380;TCF=205;TCR=175;TR=380;WE=61872930;WS=61872895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr20	61873039	rs1047822	T	C	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=1.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-1.011;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,70:0.23:307
chr20	61873080	rs1047819	T	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=2.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,36:0.18:203
chr20	61875497	rs2236186	A	C	8129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.945;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=172;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.962;SC=GGTGTCATTGAGGCGATGTGG;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=294;TCF=121;TCR=173;TR=292;WE=61875505;WS=61875487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,314:1.00:315
chr20	61875513	rs41282998	A	G	4923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.789;SC=TGTGGGCCGAAGCACTGGAGC;SOR=0.594;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=214;TCF=79;TCR=135;TR=187;WE=61875521;WS=61875503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,202:0.87:232
chr20	61878632	rs2236193	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-4.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.843;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=228;ReadPosRankSum=0.889;SC=GAGGCGGGGTGTCTCGGCCTG;SOR=0.308;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=84;TCF=72;TCR=12;TR=23;WE=61878640;WS=61878622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,23:0.26:90
chr20	61878649	rs4809512	T	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=5.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.172;SOR=0.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,30:0.25:121
chr20	61878950	rs872808	A	C	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FS=1.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:583,98:0.14:681
chr20	61880073	rs78017705	G	A	6307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.35;ReadPosRankSum=1.723;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,269:0.83:326
chr20	61880169	rs1129659	T	G	2946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=850;ExcessHet=3.0103;FS=2.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:639,211:0.25:850
chr20	61880274	rs2273497	A	G	11288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=154;NR=243;PP=2965;SC=ATGGGGCGGCAGCTGAACACA;SOR=1.246;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=399;TCF=155;TCR=244;TR=397;WE=61880282;WS=61880264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr20	61881296	rs927081	A	G	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FS=2.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=-1.350;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:440,133:0.23:573
chr20	61885452	rs34203226	G	T	2684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.61;ReadPosRankSum=0.019;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,126:0.73:172
chr20	61907075	rs6011712	T	C	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=57;PP=1547;ReadPosRankSum=-0.065;SC=AGCCTGTAGTTCTGGGACCCT;SOR=0.766;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=91;TCF=15;TCR=76;TR=69;WE=61907083;WS=61907065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,68:0.76:90
chr20	61912715	rs2236195	T	C	3477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.057;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=87;PP=1869;ReadPosRankSum=0.637;SC=TCACTGCCCCTGCCATGCCAC;SOR=1.076;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=178;TCF=74;TCR=104;TR=141;WE=61912723;WS=61912705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,155:0.77:202
chr20	61916379	rs13042357	C	T	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=-1.818;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:458,87:0.16:545
chr20	61917241	rs6090342	A	G	4708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=49;PP=2965;SC=TATGGAAACAACTTGGCCCAC;SOR=1.465;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=105;TCR=49;TR=154;WE=61917249;WS=61917231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr20	61918005	rs142823159	T	G	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.526;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=499;ReadPosRankSum=1.329;SC=GAGGGGGCACTGTGGAGGCTT;SOR=0.248;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=30;WE=61918013;WS=61917995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr20	61918164	rs6062431	C	G	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.457;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,68:0.22:308
chr20	61939982	rs200002318	G	A	9033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.334;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=183;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.330;SC=TTCTGGTGACGGACGGCAAGT;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=486;TCF=249;TCR=237;TR=372;WE=61939990;WS=61939972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,401:0.77:521
chr20	61941747	rs4809287	A	G	10653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=210;NR=175;PP=2965;ReadPosRankSum=2.190;SC=TGGTGGAGGGACCCGCCGCCT;SOR=0.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=385;TCF=210;TCR=175;TR=385;WE=61941755;WS=61941737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,406:1.00:407
chr20	61942847	rs375157219	C	T	4696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.345;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.622;SC=CTACCTGGTGCGATGTTCTCC;SOR=0.864;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=274;TCF=123;TCR=151;TR=200;WE=61942855;WS=61942837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,207:0.74:278
chr20	61946692	rs6090357	C	T	12940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=282;NR=205;PP=2965;SC=CCCTCCCCAGCGGTCTGTCAG;SOR=1.019;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=491;TCF=285;TCR=206;TR=487;WE=61946700;WS=61946682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr20	61950587	rs376132929	G	A	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=0.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.034;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,97:0.26:368
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chr20	61952490	rs4809533	A	G	6714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=103;NR=126;PP=2965;SC=ACCAGGGAACACTGGCCAATG;SOR=1.048;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=103;TCR=126;TR=229;WE=61952498;WS=61952480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr20	61953365	rs1884821	T	C	4597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr20	61956782	rs2314251	T	C	13465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.10;ReadPosRankSum=-1.078;SOR=0.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,515:1.00:516
chr20	61960762	rs5842416	CTG	C	6425.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.684;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.232;NF=76;NR=66;PP=2969;ReadPosRankSum=0.792;SC=CAGGAGGCGCCTGTGTGGAGC;SOR=1.705;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=162;TCF=80;TCR=82;TR=142;WE=61960771;WS=61960752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,229:0.99:231
chr20	61980991	rs3827020	T	C	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=1.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,51:0.18:288
chr20	61981104	rs1044397	C	T	4411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.394;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=90;PP=2329;ReadPosRankSum=-2.196;SC=GCGGGGGCGGCGCTTTGGTGC;SOR=0.777;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=243;TCF=125;TCR=118;TR=182;WE=61981112;WS=61981094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,207:0.75:275
chr20	61981134	rs1044396	G	A	4025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=81;PP=2144;ReadPosRankSum=1.088;SC=TGACCGTGGCGCTCGGGGACA;SOR=0.840;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=217;TCF=106;TCR=111;TR=157;WE=61981142;WS=61981124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,182:0.73:248
chr20	61981536	rs2229960	A	G	4904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.28;ReadPosRankSum=-1.613;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,192:0.99:194
chr20	61981554	rs2229959	C	A	5631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=111;NR=81;PP=2965;SC=ACGGTGAGGGCGGGTGCAGGC;SOR=0.933;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=112;TCR=81;TR=192;WE=61981562;WS=61981544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr20	61982085	rs1044394	A	G	20236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=780;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=419;NR=327;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.354;SC=AGATCTCGGCACAGCACTCGT;SOR=0.142;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=751;TCF=423;TCR=328;TR=746;WE=61982093;WS=61982075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,776:1.00:778
chr20	61982124	rs1044393	A	G	24235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=933;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=488;NR=410;PP=2965;SC=TGCCCACGGCATCCACGATGA;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=899;TCF=489;TCR=410;TR=898;WE=61982132;WS=61982114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,933:1.00:933
chr20	61982496	.	T	C	970	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=58;MMLQ=23;MQ=51.49;NF=12;NR=32;PP=970;QD=22.8357093761;SC=CACGCCCACATCCACGTCCAC;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=44;WE=61982504;WS=61982486;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,44:0.90:49
chr20	61990874	rs6090384	T	C	15057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=277;NR=262;PP=2965;SC=TCAGTCACAGTGCACGATGGC;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=539;TCF=277;TCR=262;TR=539;WE=61990882;WS=61990864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,586:1.00:586
chr20	61992547	rs6090387	G	C	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.34;ReadPosRankSum=-0.667;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,34:0.77:44
chr20	62038277	rs1801475	T	G	8780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=175;PP=2965;SC=GTCCCGCAGGTTCCCCTCGGG;SOR=1.154;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=300;TCF=124;TCR=176;TR=299;WE=62038285;WS=62038267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr20	62046496	rs112006486	C	CGACAGACA	20602.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=132;PP=2980;SC=CCACGGGAACCGACAGACAGA;SOR=0.868;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=201;TCF=25;TCR=176;TR=153;WE=62046504;WS=62046486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr20	62055417	rs6089910	G	A	10831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=668;ExcessHet=3.0103;FS=2.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.26;ReadPosRankSum=-0.174;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,494:0.74:666
chr20	62076743	rs6062939	C	A	12982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=748;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.949;NF=218;NR=322;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.287;SC=GCTGAGGCCACCTTGAGGCCT;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=706;TCF=288;TCR=418;TR=540;WE=62076751;WS=62076733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,573:0.77:744
chr20	62119559	rs2750403	C	G	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr20	62119588	rs71799118	GC	G	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;QD=71.82;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr20	62119594	rs71792296	GC	G	829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;QD=48.81;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	62119615	rs2750402	A	G	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;QD=32.23;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr20	62121702	rs310607	A	G	7620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=166;NR=91;PP=2965;SC=ACAGGCGTGAACCACTGCGCC;SOR=1.265;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=260;TCF=167;TCR=93;TR=257;WE=62121710;WS=62121692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr20	62121726	rs310608	T	C	11563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=252;NR=148;PP=2965;SC=CCTGAGGGTCTGGTTTTCTCC;SOR=1.259;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=401;TCF=253;TCR=148;TR=400;WE=62121734;WS=62121716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr20	62124459	rs12480745	G	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.282;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=243;ReadPosRankSum=1.875;SC=AGCTGGCCAGGCAGGAGCTCC;SOR=1.321;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=74;TCF=59;TCR=15;TR=21;WE=62124467;WS=62124449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,21:0.27:77
chr20	62126128	rs149125493	G	C	3788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.912;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=26;PP=2858;ReadPosRankSum=0.763;SC=GCCAGCTCCCGTGGCCCGCCC;SOR=1.536;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=186;TCF=148;TCR=38;TR=145;WE=62126136;WS=62126118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,144:0.78:185
chr20	62126185	rs310617	A	G	9370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=264;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.303;SC=GCATGTTGTCACCGTGCCAGC;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=490;TCF=328;TCR=162;TR=395;WE=62126193;WS=62126175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,415:0.81:513
chr20	62127121	rs310618	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=133;ReadPosRankSum=0.501;SC=CAGGAGACCCTACCATCCCAG;SOR=0.809;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=11;WE=62127129;WS=62127111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
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chr20	62163812	rs13041839	G	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.074;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.666;NF=13;NR=6;PP=187;ReadPosRankSum=1.006;SC=GTGGGGGGGGGGTGTGCACTT;SOR=0.152;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=19;WE=62163820;WS=62163803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,21:0.33:64
chr20	62173029	rs310656	A	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.970;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=48;ReadPosRankSum=-0.062;SC=CGGTGAGGCCAGCGTCCACCC;SOR=0.276;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=8;WE=62173037;WS=62173019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
chr20	62187187	rs3746348	T	C	3225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1018;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.824;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:784,231:0.23:1015
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chr20	62191321	rs3810477	A	G	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=2.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=1.603;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,72:0.22:320
chr20	62191558	rs3810479	G	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=-1.086;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,40:0.19:206
chr20	62191623	rs150429222	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=1.424;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,35:0.19:189
chr20	62192374	rs3810480	C	T	7459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.890;SC=ACAGGGCACCCCAGGTGGGAG;SOR=0.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=376;TCF=201;TCR=175;TR=275;WE=62192382;WS=62192364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,297:0.75:396
chr20	62193019	rs11551684	C	T	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FS=0.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=-0.803;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:469,104:0.18:573
chr20	62193414	rs310629	A	G	10327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=149;NR=297;PP=2965;SC=CTCCCCCGGCATGGGCCCTAC;SOR=2.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=447;TCF=150;TCR=297;TR=446;WE=62193422;WS=62193395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr20	62193587	rs3810482	T	C	3363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.749;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=39;PP=2073;ReadPosRankSum=0.603;SC=TGAGCACTCATGCAGGGTGGG;SOR=1.347;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=204;TCF=126;TCR=78;TR=143;WE=62193595;WS=62193577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,138:0.80:172
chr20	62194030	rs3810483	G	C	12054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=197;NR=191;PP=2965;SC=TCCCAGTCCTGCGTCTGCCCG;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=389;TCF=197;TCR=192;TR=388;WE=62194038;WS=62194020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr20	62194103	rs3810484	A	G	9423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=169;NR=151;PP=2965;SC=TGCTGGGCCCAGGGCGTGGGC;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=320;TCF=169;TCR=151;TR=320;WE=62194111;WS=62194093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr20	62194128	rs3810485	G	A	7310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.936;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=0.870;SC=CGTGGGAGCCGGCAGCCCCTC;SOR=0.585;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=352;TCF=186;TCR=166;TR=280;WE=62194136;WS=62194118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,312:0.82:382
chr20	62194713	rs3810486	A	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.683;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,49:0.20:241
chr20	62195220	rs3827022	C	T	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FS=0.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:400,124:0.24:524
chr20	62195672	rs3827023	C	T	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=748;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=-1.431;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:584,161:0.22:745
chr20	62196033	rs3810487	C	T	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=0.641;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,94:0.23:403
chr20	62196807	rs310632	T	C	19948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=741;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=368;NR=348;PP=2965;SC=GGGCTCCGCGTGCAGCAGCTT;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=717;TCF=368;TCR=349;TR=716;WE=62196815;WS=62196797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,740:1.00:740
chr20	62196884	rs310633	A	G	17446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=334;NR=289;PP=2965;SC=GCCTGGCGACAGTGTCCAGCA;SOR=0.830;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=623;TCF=334;TCR=289;TR=623;WE=62196892;WS=62196874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,654:1.00:654
chr20	62197905	rs310634	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.624;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.665;NF=5;NR=10;PP=477;ReadPosRankSum=0.798;SC=GGGGATGAGCGCAGGACGCAG;SOR=1.152;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=15;WE=62197920;WS=62197895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr20	62197912	.	G	T	328	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MMLQ=22;MQ=56.79;NF=6;NR=4;PP=328;QD=36.2771212547;SC=AGCGCAGGACGCAGTGAGGAC;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=10;WE=62197920;WS=62197895;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr20	62198236	rs415304	G	A	19446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.634;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=449;NR=382;PP=2962;ReadPosRankSum=0.342;SC=ACCTCTGCTCGCGGCCGCCCC;SOR=0.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1078;TCF=587;TCR=491;TR=831;WE=62198244;WS=62198226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,878:0.77:1133
chr20	62198348	rs438363	C	T	28733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=1115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=60.01;NF=498;NR=564;PP=2965;SC=CCGGTCTGGGCTGCCCGCCAC;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1072;TCF=500;TCR=572;TR=1062;WE=62198356;WS=62198338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1106:1.00:1106
chr20	62198662	rs367440	A	G	10162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=182;NR=168;PP=2965;SC=CGTGCGAGGCATAGGCCAGCG;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=351;TCF=182;TCR=169;TR=350;WE=62198670;WS=62198652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr20	62199100	rs422888	G	A	4702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=107;PP=2906;ReadPosRankSum=-0.009;SC=GGCTGTCAGAGGTGAGCAGCA;SOR=0.669;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=99;TCR=130;TR=187;WE=62199108;WS=62199090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,205:0.81:253
chr20	62199126	rs3810491	C	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=1.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-0.972;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,43:0.20:216
chr20	62200471	rs6089923	C	G	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=6.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-1.059;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,43:0.21:204
chr20	62200575	rs1741594	T	C	8477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.83;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr20	62200575	.	TG	CA,CG	2724	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=30,125;NR=25,114;PP=538,2724;QD=10.7539613611;SC=AGTTGGTTGGTGAGATGGGGC;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=239;TCF=125;TCR=114;TR=55,239;WE=62200584;WS=62200565;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.23:239
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chr20	62200860	rs1757752	A	G	22682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=849;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=381;NR=426;PP=2965;SC=CGAACGAGGCAGCCTGCACAC;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=809;TCF=382;TCR=427;TR=807;WE=62200868;WS=62200850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,847:1.00:847
chr20	62202240	rs402211	A	G	3955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=77;PP=2422;ReadPosRankSum=-0.738;SC=CAGGGAGGTCAGCAGGGCTAC;SOR=1.366;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=54;TCR=79;TR=130;WE=62202248;WS=62202230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,147:0.99:149
chr20	62202301	rs3746346	A	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=0.854;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
chr20	62203748	rs34681475	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=-1.284;SC=TCTCCACGGCGCTGTGTGCAA;SOR=0.627;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=7;WE=62203756;WS=62203738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr20	62221364	rs2297427	G	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=1.982;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,8:0.18:44
chr20	62221610	rs311496	T	C	14129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=243;NR=227;PP=2965;SC=TGAGCAGCTGTAGCGGGCTGA;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=471;TCF=244;TCR=227;TR=470;WE=62221618;WS=62221600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr20	62221766	rs2297428	C	T	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FS=0.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.335;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,103:0.24:434
chr20	62222211	rs1291170	T	G	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.371;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=682;ReadPosRankSum=-0.049;SC=TCTGCTCACCTGATGCCACAA;SOR=0.201;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=35;WE=62222219;WS=62222201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,38:0.81:47
chr20	62223371	rs311494	A	G	9999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=241;NR=118;PP=2965;SC=TGGTCTCAGCATACCTGCCAG;SOR=1.705;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=360;TCF=242;TCR=118;TR=359;WE=62223379;WS=62223361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr20	62224083	rs2236502	C	T	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.211;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=682;ReadPosRankSum=0.322;SC=GGGCAGCCACCACAGCCACAA;SOR=1.051;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=51;WE=62224091;WS=62224073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,56:0.74:76
chr20	62224595	rs2236503	G	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=4.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=1.210;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,44:0.25:174
chr20	62227081	rs311489	A	G	12473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=240;NR=215;PP=2965;SC=AGACCTTGTCATGCTGGTAGA;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=455;TCF=240;TCR=215;TR=455;WE=62227089;WS=62227071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr20	62227180	rs2282157	C	G	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=2.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-1.699;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,47:0.20:235
chr20	62229244	rs2297430	T	C	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-1.195;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:482,121:0.20:603
chr20	62229337	rs414897	G	A	6061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=136;PP=2965;SC=GGCTCTGACCGGTGCAGGCCT;SOR=1.822;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=63;TCR=136;TR=199;WE=62229345;WS=62229327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr20	62234240	rs4809312	C	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr20	62234240	.	CA	TG	182	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=15;NR=4;PP=182;QD=12.3930460454;SC=AGGATGCACTCAGCACAGCTG;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=19;WE=62234249;WS=62234230;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:47,19:0.29:66
chr20	62234241	rs2145262	A	G	2384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=14;PP=870;SC=GGATGCACTCAGCACAGCTGC;SOR=2.712;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=55;TCR=14;TR=67;WE=62234249;WS=62234230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr20	62234273	rs766915	A	G	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=31;PP=2087;SC=AGTCACAGACACCATGAGGCC;SOR=1.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=82;TCR=31;TR=113;WE=62234281;WS=62234263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr20	62236148	rs6090471	T	C	10439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=175;NR=197;PP=2965;SC=CGGCAGCTGCTGCCGCTGCAT;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=372;TCF=175;TCR=197;TR=372;WE=62236156;WS=62236138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr20	62272658	rs2150910	T	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.051;NF=11;NR=6;PP=182;ReadPosRankSum=1.071;SC=GAACGTGTTCTGTCGCAGGAT;SOR=1.127;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=17;WE=62272666;WS=62272648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr20	62273435	rs186744824	G	A	2339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.953;NF=66;NR=44;PP=2038;ReadPosRankSum=-1.455;SC=CCCGCTCCGAGCTCCGCCCCG;SOR=0.603;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=89;TCR=58;TR=110;WE=62273443;WS=62273425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,101:0.79:128
chr20	62275844	rs6010986	TC	CT	5355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.495;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=84;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CTTCCAGACGTCGGCACTGTC;SOR=0.536;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=158;TCF=40;TCR=118;TR=111;WE=62275853;WS=62275834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,133:0.73:182
chr20	62291008	rs6089953	A	G	2984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=87;PP=2196;ReadPosRankSum=-0.822;SC=AGGTGGGGTCAGAGAGAGGAT;SOR=0.606;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=157;TCF=38;TCR=119;TR=116;WE=62291016;WS=62290998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,119:0.73:163
chr20	62294015	rs2297434	C	T	8404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=0.085;SC=GCTCAGTGTCCGACAGGCGAG;SOR=0.751;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=455;TCF=233;TCR=222;TR=345;WE=62294023;WS=62294005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,356:0.77:464
chr20	62303794	rs6062300	G	A	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=639;ReadPosRankSum=0.245;SC=CGACATCGCCGGCGCTGTTGC;SOR=0.823;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=38;WE=62303802;WS=62303784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,41:0.73:56
chr20	62309554	rs41309367	C	T	14586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=251;NR=264;PP=2965;SC=TTGCCCTCCCCGCCTCCTTGC;SOR=0.786;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=520;TCF=253;TCR=267;TR=515;WE=62309562;WS=62309544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,561:1.00:561
chr20	62309679	rs35877957	C	T	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.183;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,34:0.24:142
chr20	62312299	rs2297440	T	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.545;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=304;ReadPosRankSum=-1.938;SC=CCCAGGGTGATGCTGGTGAGG;SOR=2.494;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=22;WE=62312307;WS=62312289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
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chr20	62322288	rs3208007	T	C	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.14;ReadPosRankSum=0.884;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,75:0.73:103
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chr20	62323006	rs2236507	G	C	5638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.831;SC=GGGCTCCTTGGGACCATCTTC;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=319;TCF=184;TCR=135;TR=239;WE=62323014;WS=62322996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,252:0.74:341
chr20	62324289	rs3848672	C	T	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FS=0.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-2.608;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.114;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:473,139:0.23:612
chr20	62326110	rs3208008	A	C	6853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.748;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=76;PP=2962;ReadPosRankSum=0.286;SC=CTGGCAGCCAACCACAGTGGG;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=345;TCF=237;TCR=108;TR=257;WE=62326118;WS=62326100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,286:0.75:380
chr20	62328267	rs2257440	C	T	2715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=797;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:603,194:0.24:797
chr20	62328375	rs2738787	A	G	22730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=840;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=366;NR=430;PP=2965;ReadPosRankSum=2.070;SC=GGAACTACCTAGAGCGCTGCC;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=799;TCF=367;TCR=432;TR=796;WE=62328383;WS=62328365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,835:1.00:837
chr20	62328453	rs2258056	T	C	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FS=0.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=1.880;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:362,122:0.25:484
chr20	62328742	rs909341	C	T	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FS=0.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.286;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:587,138:0.19:725
chr20	62328829	rs1291205	C	G	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:504,118:0.19:622
chr20	62332436	rs2738788	A	G	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=12;PP=1623;SC=TCAGTGATGGAGGCAGTCTGC;SOR=2.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=60;TCR=12;TR=72;WE=62332444;WS=62332426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr20	62332537	rs6122147	C	T	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=0.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.824;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.426;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:360,123:0.25:483
chr20	62332638	rs374497353	A	AC	17984.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=177;PP=2936;SC=GTGAAGATTCACCTGGCCCTC;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=49;TCR=190;TR=222;WE=62332646;WS=62332628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr20	62337622	rs1291211	A	G	2463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.68;SOR=3.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr20	62340115	rs1291212	C	G	5747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=104;NR=92;PP=2965;SC=GGAAGAGCAGCTTGTTGGCCG;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=104;TCR=93;TR=196;WE=62340123;WS=62340105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr20	62364885	rs6011068	T	A	22700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=852;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=460;NR=351;PP=2965;SC=GGTGGTTCCCTTCAGTGGCAC;SOR=0.989;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=811;TCF=460;TCR=351;TR=811;WE=62364893;WS=62364875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,851:1.00:851
chr20	62367377	rs2427535	A	G	6377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=138;PP=2965;SC=TGGGGCGTGCAGACACTGCTG;SOR=1.652;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=71;TCR=138;TR=209;WE=62367385;WS=62367367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr20	62369161	rs2236511	C	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=8.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.434;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,9:0.18:49
chr20	62369300	rs914559	C	G	14328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=268;NR=232;PP=2965;SC=GTCCGCAGGGCACCGACCAGC;SOR=0.847;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=503;TCF=269;TCR=234;TR=500;WE=62369308;WS=62369290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,543:1.00:543
chr20	62369426	rs150938918	C	CGGGGCG	3829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.066;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.693;NF=44;NR=44;PP=2327;ReadPosRankSum=-1.435;SC=GAGCAGAGGGCGGGGCGGGGG;SOR=1.697;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=172;TCF=54;TCR=118;TR=88;WE=62369439;WS=62369416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,138:0.95:146
chr20	62369895	rs1151624	A	G	9135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.499;SC=GGGCCGGCAGATCCTCAGCAG;SOR=0.882;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=315;TCF=152;TCR=163;TR=312;WE=62369903;WS=62369885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,333:0.99:335
chr20	62370349	rs1056441	T	C	4073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=122;PP=2965;SC=GTCCCCGGGCTGCCAGCCCGT;SOR=2.410;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=63;TCR=122;TR=185;WE=62370357;WS=62370339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr20	62372706	rs4809221	G	A	3431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=44;PP=2009;SC=CCCGCACCCCGCCCCCATCTC;SOR=1.170;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=75;TCR=44;TR=119;WE=62372714;WS=62372696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr20	62372813	rs2427536	G	A	9135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=166;NR=156;PP=2965;SC=TGGGGGCCCCGGTTGCAGCCT;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=323;TCF=166;TCR=157;TR=322;WE=62372821;WS=62372803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr20	62373707	rs8957	G	T	7057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=110;PP=2965;SC=CAGAGCCTGAGCAGAGTGATG;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=236;TCF=126;TCR=110;TR=236;WE=62373715;WS=62373697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr20	62374219	rs1151626	A	C	15788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=288;NR=260;PP=2965;ReadPosRankSum=0.586;SC=ATGTCCTGTGACCCCCCGCAC;SOR=0.261;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=551;TCF=290;TCR=261;TR=548;WE=62374227;WS=62374209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,592:1.00:593
chr20	62374441	rs6742	T	C	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=68;PP=2227;SC=AGGGGCTGGCTTTCACCAGCT;SOR=1.374;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=118;TCF=43;TCR=75;TR=111;WE=62374449;WS=62374431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr20	62378349	rs5019252	C	T	27745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.69;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,635:1.00:635
chr20	62378364	rs12625387	C	T	29013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=349;NR=296;PP=2965;SC=CCTTGTCGTCCGCCAACAGCG;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=646;TCF=349;TCR=297;TR=645;WE=62378372;WS=62378354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,694:1.00:694
chr20	62407176	rs35738769	G	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=0.471;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,54:0.21:258
chr20	62488889	rs368004706	CT	C	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.951;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,45:0.29:156
chr20	62504840	.	C	CA	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.416;QD=3.28;ReadPosRankSum=1.957;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr20	62514059	.	G	A	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=1.998;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,47:0.19:244
chr20	62517549	rs4809241	A	G	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=44;PP=1127;SC=TGGTTGCTGCATCTCAGGGAA;SOR=2.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=56;WE=62517557;WS=62517539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr20	62559964	rs817362	G	A	2487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=66;PP=1797;SC=TGTGTAATGTGCTCCTTATAG;SOR=3.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=15;TCR=66;TR=81;WE=62559972;WS=62559954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr20	62571417	.	AGG	A,AG	2502.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.831;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.50;MQRankSum=0.810;QD=21.58;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,56,52:0.48,0.45:116
chr20	62573064	rs817370	T	C	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=511;ReadPosRankSum=-0.586;SC=CTCTTGGCTGTCCCGTCCCGC;SOR=0.951;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=28;WE=62573072;WS=62573054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,29:0.83:35
chr20	62574016	rs191451021	C	T	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=2.360;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,53:0.22:244
chr20	62576991	rs2252258	G	A	6350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=1.110;SC=GGGTATTCCCGGCGGGTGCTT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=302;TCF=182;TCR=120;TR=256;WE=62576999;WS=62576981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,278:0.86:325
chr20	62578077	rs111264888	A	AT	2523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=39;PP=2044;SC=CCCACAGGGCACCCCCCCCAC;SOR=1.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=46;WE=62578085;WS=62578067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr20	62594836	rs817323	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,20:0.25:80
chr20	62594899	rs817324	G	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;ReadPosRankSum=1.606;SC=GTTAGAAACCGGGGGCACTGC;SOR=0.657;Source=Platypus;TCF=67;TR=32;WE=62594907;WS=62594889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,31:0.30:105
chr20	62595169	rs817325	A	G	22276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=821;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=371;NR=397;PP=2965;SC=TGTGCTTCTTAAGCCCCACGA;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=770;TCF=372;TCR=398;TR=768;WE=62595177;WS=62595159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,819:1.00:819
chr20	62595547	rs6062599	C	T	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=1.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.083;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:370,119:0.24:489
chr20	62595990	rs817326	T	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=9.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=2.169;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,42:0.20:212
chr20	62597433	.	G	A	157	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=68;MMLQ=23;MQ=57.23;NF=9;NR=0;PP=157;QD=21.3079125052;SC=CCTGACCTGGGACGAGCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=9;WE=62597441;WS=62597430;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:19,9:0.32:28
chr20	62597455	.	T	C	1978	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=26;MQ=58.52;NF=42;NR=5;PP=1978;QD=42.8249194159;SC=TACCTTTTCTTACCACTGTTC;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=47;WE=62597479;WS=62597438;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr20	62597463	.	TTCC	T	1888	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=23;MQ=59.01;NF=31;NR=7;PP=1888;QD=50.5526315789;SC=CTTACCACTGTTCCTCCCCGA;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=38;WE=62597479;WS=62597438;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,38:0.88:43
chr20	62597471	.	C	T	713	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=26;MQ=59.08;NF=35;NR=7;PP=713;QD=17.8040764892;SC=TGTTCCTCCCCGACCTGGGAC;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=70;TCF=55;TCR=15;TR=42;WE=62597479;WS=62597438;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:28,42:0.60:70
chr20	62597666	rs45486695	C	T	2272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=837;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.413;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:649,185:0.22:834
chr20	62597694	rs817329	T	G	28071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=1012;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=541;NR=419;PP=2965;SC=CAAGCTTTGTTACCGTAATGG;SOR=0.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=960;TCF=541;TCR=419;TR=960;WE=62597702;WS=62597684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1011:1.00:1011
chr20	62598815	rs817330	C	T	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=1.809;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:548,149:0.21:697
chr20	62599141	rs817331	C	T	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=1.031;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:472,108:0.19:580
chr20	62599357	rs56015416	C	T	3048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.864;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=78;PP=1925;ReadPosRankSum=2.847;SC=ACTTGGAACACGTGGTGAGGC;SOR=1.024;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=174;TCF=70;TCR=104;TR=124;WE=62599365;WS=62599347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,137:0.71:192
chr20	62606765	rs817341	C	T	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=15;PP=1124;ReadPosRankSum=0.653;SC=CCCGGCATCCCGCAGGGTCCA;SOR=1.124;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=65;TCR=22;TR=59;WE=62606773;WS=62606755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,64:0.70:92
chr20	62606973	rs817342	G	A	12332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=728;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.13;ReadPosRankSum=1.077;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,573:0.80:720
chr20	62607160	rs817343	C	T	4888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.34;ReadPosRankSum=-1.186;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,218:0.77:282
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chr20	62609766	rs817349	C	T	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.41;ReadPosRankSum=0.377;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,53:0.69:77
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chr20	62663416	rs816935	C	T	2652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=73;PP=1860;ReadPosRankSum=-0.414;SC=CCTCGACAGACCGCCGCTCAG;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=33;TCR=88;TR=100;WE=62663424;WS=62663406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,105:0.81:129
chr20	62664103	rs112404136	G	GC	1916.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.375;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=1313;ReadPosRankSum=-0.498;SC=TGCTGCCAGGGCCAGGTCTGC;SOR=0.055;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=35;WE=62664111;WS=62664096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,59:0.89:66
chr20	62697751	rs4809251	T	C	6753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr20	62714783	rs6010717	C	G	11862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=210;NR=192;PP=2965;SC=CACTCTCAGTCGCCGTCACCG;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=402;TCF=210;TCR=192;TR=402;WE=62714791;WS=62714773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr20	62715089	rs4337532	G	A	3180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=24.85;ReadPosRankSum=1.758;SOR=2.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,127:0.99:128
chr20	62715548	rs4431000	C	A	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=26;PP=896;SC=CCCTTGCGCCCGCCCTCCTTC;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=62715556;WS=62715538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	62729431	rs2229205	C	T	3784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1057;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.626;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:791,262:0.25:1053
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chr20	62737039	.	G	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQRankSum=-0.610;QD=23.12;ReadPosRankSum=-0.363;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr20	62737043	.	G	A	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.78;QD=35.80;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr20	62737075	.	G	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQRankSum=-0.000;QD=26.29;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr20	62737078	.	G	GATGATGGGGGT	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=-0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=-0.000;QD=21.53;ReadPosRankSum=0.366;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr20	62737318	rs13036542	G	A	10757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=187;NR=198;PP=2965;SC=GTGGGGTCTGGGGCAGGTCCG;SOR=0.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=387;TCF=188;TCR=199;TR=385;WE=62737326;WS=62737308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr20	62896665	rs17878941	G	A	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.93;ReadPosRankSum=1.601;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,58:0.78:74
chr20	62903535	rs11906201	T	C	5542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=0.156;SC=TGAGGGTTTCTGAAGAACAGT;SOR=0.672;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=327;TCF=202;TCR=125;TR=238;WE=62903543;WS=62903525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,251:0.72:351
chr20	62903550	rs11905831	A	G	7061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.669;SC=AACAGTGGAGATGCTGAGATT;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=388;TCF=227;TCR=161;TR=290;WE=62903558;WS=62903540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,312:0.74:419
chr20	62903729	rs11907696	C	T	2590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=71;PP=1777;ReadPosRankSum=0.739;SC=TGCATGAAATCGTGAGCTTTA;SOR=0.829;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=49;TCR=102;TR=104;WE=62903737;WS=62903719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,109:0.69:158
chr20	62904542	rs6062361	A	G	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=11;PP=876;SC=ACTCCGATGCATTTGACTGTG;SOR=1.942;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=53;WE=62904550;WS=62904532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr20	62905090	rs148085913	T	TTTC	253.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=210;ReadPosRankSum=0.887;SC=ACACCATGGTTTTCTTCTAGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=62905098;WS=62905080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr20	62959184	rs200444735	T	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=3.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQRankSum=-7.397;QD=0.97;ReadPosRankSum=-1.000;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,21:0.16:135
chr20	62959306	.	T	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQRankSum=-4.520;QD=0.41;ReadPosRankSum=0.217;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,20:0.15:135
chr20	62959363	rs111569474	G	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.520;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-7.398;NF=8;NR=10;PP=254;ReadPosRankSum=-1.236;SC=TGCGCCTGGGGTGGCGGCGGG;SOR=0.336;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=18;WE=62959371;WS=62959353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr21	9825735	rs371225382	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=12.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.75;MQRankSum=-2.260;QD=17.92;ReadPosRankSum=-1.774;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr21	9825769	rs367745251	C	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=18.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.07;MQRankSum=-3.076;QD=2.33;ReadPosRankSum=1.377;SOR=3.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,37:0.23:162
chr21	9825838	.	T	C	3313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.949;ClippingRankSum=0.000;DP=915;ExcessHet=3.0103;FS=1.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.89;MQRankSum=-0.073;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.061;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:620,203:0.25:823
chr21	9826301	rs374753985	T	C	112155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=4285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.25;MQRankSum=0.276;QD=26.21;ReadPosRankSum=-1.963;SOR=0.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:20,4259:1.00:4279
chr21	9907198	.	C	T	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.928;ClippingRankSum=0.000;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.56;MQRankSum=-4.137;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.771;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,60:0.22:276
chr21	9907222	.	T	C	7060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.885;ClippingRankSum=0.000;DP=495;ExcessHet=3.0103;FS=7.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.53;MQRankSum=-9.547;QD=14.38;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=1.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,275:0.56:491
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chr21	9907345	.	C	T	18437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DP=1399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-18.787;NF=434;NR=471;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.911;SC=ATGGCAGTGACGTCCTTCTCC;SOR=0.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1455;TCF=694;TCR=761;TR=905;WE=9907353;WS=9907335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:543,856:0.61:1399
chr21	9907375	rs146622385	T	C	24738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1072;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.04;MQRankSum=-14.355;QD=23.10;ReadPosRankSum=0.080;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:417,654:0.61:1071
chr21	9907384	rs140139768	G	A	23592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=968;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQRankSum=-12.253;QD=24.37;ReadPosRankSum=1.497;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:383,585:0.60:968
chr21	9907397	rs150294462	C	T	21089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=844;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-9.330;NF=223;NR=328;PP=2962;ReadPosRankSum=1.861;SC=GGGACTGCTCCGCTTGTAGAA;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=899;TCF=362;TCR=537;TR=551;WE=9907405;WS=9907365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,511:0.61:844
chr21	9907416	.	C	T	16619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DP=669;ExcessHet=3.0103;FS=1.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.47;MQRankSum=-4.708;QD=24.88;ReadPosRankSum=1.386;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,411:0.62:668
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chr21	9907592	.	T	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.762;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.82;MQRankSum=-2.216;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.907;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr21	10793771	rs200837359	A	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=1.244;QD=14.70;ReadPosRankSum=4.515;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr21	10793776	rs368569117	GGAGTT	G	515.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-1.718;QD=12.89;ReadPosRankSum=-3.266;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr21	10793781	rs113770789	T	G	613.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.289;HP=1;HapScore=2;MGOF=84;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.206;NF=30;NR=2;PP=1527;ReadPosRankSum=3.938;SC=AGAATGGAGTTGAATGGAGCA;SOR=1.911;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=32;WE=10793806;WS=10793771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr21	10793789	.	GCAGAATGGAA	G	678.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=7.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=1.290;QD=12.81;ReadPosRankSum=3.212;SOR=1.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr21	10793822	rs143361187	G	T	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=1.232;QD=11.45;ReadPosRankSum=1.042;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,28:0.33:86
chr21	10793825	rs139250106	T	A	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=1.251;QD=11.05;ReadPosRankSum=0.383;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,31:0.33:93
chr21	10793860	.	T	TGG	3201.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=2.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-0.384;QD=20.26;ReadPosRankSum=0.176;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,80:0.51:158
chr21	10793861	.	A	AATGGAATGGAATGGAGTG	6395.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-1.251;QD=29.34;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,167:0.77:218
chr21	10793885	rs200167075	A	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.595;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.448;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,28:0.10:273
chr21	10793891	rs28490105	T	G	5454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-0.739;QD=19.07;ReadPosRankSum=0.445;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,224:0.78:286
chr21	10793906	rs146787155	G	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.429;QD=0.52;ReadPosRankSum=-0.033;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,25:0.08:308
chr21	10793912	rs200243265	A	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=1.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.306;QD=0.41;ReadPosRankSum=-1.209;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:288,25:0.08:313
chr21	10793925	rs28641787	T	A	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-1.639;QD=3.82;ReadPosRankSum=2.525;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,86:0.27:319
chr21	10793946	.	C	CGAATAGAATGGACTT	2954	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=62;MMLQ=22;MQ=59.7;NF=5;NR=35;PP=2954;QD=20;SC=GGAATGGAGTCGAATAGAATG;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=142;TCF=9;TCR=133;TR=40;WE=10793954;WS=10793936;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:102,40:0.28:142
chr21	10793961	.	T	TGAATGGAATGGACTC	4718.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.825;ClippingRankSum=0.000;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.583;NF=4;NR=34;PP=2971;ReadPosRankSum=1.736;SC=AGAATGCACTTGAATGGAATG;SOR=0.858;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=116;TCF=7;TCR=109;TR=38;WE=10793969;WS=10793951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,115:0.74:156
chr21	10794022	rs28971978	A	G	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=862;ReadPosRankSum=-0.084;SC=GAGTGTAATCAAACAGAATGG;SOR=0.620;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=47;WE=10794030;WS=10794008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,42:0.71:59
chr21	10794047	rs28970391	G	A	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.06;ReadPosRankSum=2.220;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr21	10794051	rs200584440	T	C	739.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.42;ReadPosRankSum=0.598;SOR=1.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr21	10794052	rs74672900	G	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.53;ReadPosRankSum=0.348;SOR=1.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr21	10794061	.	GGAATGGAATGGAATGGAATA	G	925	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=75;MMLQ=23;MQ=54.28;NF=1;NR=9;PP=925;QD=93.6;SC=TGGATGGAATGGAATGGAATG;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=10;WE=10794088;WS=10794037;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,10:0.40:25
chr21	10862599	rs3883945	C	T	15753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FS=1.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.78;ReadPosRankSum=-0.860;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,379:0.84:453
chr21	10862618	rs3916251	T	C	17152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=242;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=0.795;SC=CACAGCTCCTTACCATGGACT;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=523;TCF=289;TCR=234;TR=437;WE=10862626;WS=10862608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,450:0.84:538
chr21	10862846	rs3916645	A	T	29330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=704;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.63;QD=41.66;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,704:1.00:704
chr21	10862846	.	ATCACCAG	TTCACCAA,TTCACCAG	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=24;MQ=56.19;NF=323,395;NR=225,287;PP=2944,1105;QD=20;SC=TGGATACACCATCACCAGCTA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=688;TCF=399;TCR=289;TR=548,682;WE=10862861;WS=10862836;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.80:688
chr21	10862853	rs1961808	G	A	14640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=751;ExcessHet=3.0103;FS=1.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQRankSum=-7.399;QD=19.52;ReadPosRankSum=1.608;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,623:0.83:750
chr21	10862874	rs1807747	A	G	16905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=909;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.668;NF=405;NR=324;PP=2962;ReadPosRankSum=1.972;SC=CACTGGGTGCACCAGGTCCAT;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=890;TCF=492;TCR=398;TR=729;WE=10862882;WS=10862864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,747:0.82:909
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chr21	10959858	rs8132579	G	C	2097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.111;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.812;NF=39;NR=53;PP=1325;ReadPosRankSum=0.998;SC=ACACAAAATAGTGATGAAAAA;SOR=0.498;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=210;TCF=82;TCR=128;TR=92;WE=10959866;WS=10959848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,100:0.45:223
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chr21	10973787	rs469953	T	A	2795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-15.820;NF=57;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.733;SC=CTAGAGGATGTCAAAAGAATA;SOR=0.676;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=414;TCF=157;TCR=257;TR=149;WE=10973806;WS=10973777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,151:0.35:434
chr21	10973798	rs469961	T	C	2556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.422;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-16.494;NF=43;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=0.733;SC=CAAAAGAATATAGTCAGACAG;SOR=0.851;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=372;TCF=130;TCR=242;TR=130;WE=10973806;WS=10973777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,131:0.34:390
chr21	10998165	rs364232	C	A	5376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=155;NR=71;PP=2965;SC=TTTAATTAACCAAGTGTTGAT;SOR=1.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=155;TCR=71;TR=226;WE=10998173;WS=10998155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
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chr21	11059853	rs75278999	C	T	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=4.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=-4.106;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.692;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,54:0.30:178
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chr21	14756973	rs2821831	T	A	5215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.639;NF=109;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=1.843;SC=GCTTTTGGATTTCCTTTGAGC;SOR=0.643;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=109;TCR=71;TR=179;WE=14756981;WS=14756963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,190:0.99:191
chr21	14757095	rs148845140	G	GT	7979.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=17.657;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.82;MQRankSum=3.433;QD=24.25;ReadPosRankSum=3.873;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,322:0.98:329
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chr21	14758516	rs2821833	T	A	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.03;QD=25.10;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	14760151	rs2775777	T	C	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.61;QD=25.82;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr21	14760251	rs191993517	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.151;NF=7;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=-0.303;SC=TGATAGGGTAGTTGAATCTGT;SOR=0.850;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=14;WE=14760259;WS=14760241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr21	14766010	.	T	C	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.42;MQRankSum=-0.566;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr21	14766093	rs2775805	G	A	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=15;PP=413;SC=ATTTATTATCGGTCATAAGTA;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=14766101;WS=14766083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	14771327	rs143695938	TC	T	3148.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=42;PP=1863;SC=CTTCTTTTCTTCCTAATTCTG;SOR=0.972;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=45;WE=14771335;WS=14771317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr21	14778721	rs2747232	A	T	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.40;QD=25.72;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr21	14917181	rs62215474	C	T	9898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=176;NR=173;PP=2965;SC=CATTTCACTGCCAGTGAAGAG;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=350;TCF=177;TCR=173;TR=349;WE=14917189;WS=14917171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr21	15352253	rs56270809	A	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=0.264;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
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chr21	15374334	.	TA	T	1242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.390;NF=8;NR=39;PP=544;ReadPosRankSum=-0.887;SC=GCTAAACTACTAAAAAAAAAA;SOR=0.760;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=75;TCF=14;TCR=61;TR=47;WE=15374343;WS=15374324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,81:0.66:123
chr21	15399864	rs2298673	T	C	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQRankSum=0.047;QD=15.01;ReadPosRankSum=-0.976;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,80:0.70:115
chr21	15481157	.	T	C	65	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=5;HapScore=3;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=65;QD=33.2570708491;SC=ACTGTATGCATTTTTTATTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=3;WE=15481176;WS=15481147;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,3:0.18:17
chr21	15481234	rs7279700	C	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=-1.799;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,26:0.32:82
chr21	15481365	rs7278737	G	T	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=-2.240;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,39:0.32:122
chr21	15516976	rs7283442	T	A	2406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr21	15554338	rs381352	T	C	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=27;PP=815;SC=AGTGAATGAATAGCAGGTAAC;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=15554346;WS=15554328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr21	15558203	rs200600449	C	CAAA	573.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;QD=31.87;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr21	15558464	rs397825	G	A	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.22;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr21	15561781	rs416402	G	A	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=11;PP=327;SC=TACTGGGATAGTATTTTATTC;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=15561789;WS=15561771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr21	15583220	rs440287	G	A	7012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
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chr21	15599142	rs4817028	A	G	2647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.161;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=37;PP=2639;ReadPosRankSum=0.385;SC=GTAAACTGTTAATTTTTTTTC;SOR=1.209;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=129;TCF=81;TCR=48;TR=103;WE=15599152;WS=15599132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,112:0.79:142
chr21	15599144	rs2822444	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=5.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.420;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,30:0.21:142
chr21	15646397	rs8129984	A	G	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=18;PP=761;SC=GCCAGCGGCCAGGCGCCCCGC;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=15646405;WS=15646387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	15646439	rs61742419	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=248;ReadPosRankSum=-0.631;SC=AGAACGCGGGCGGCTCCTATC;SOR=0.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=22;WE=15646447;WS=15646429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,23:0.28:82
chr21	15652069	rs2254297	A	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=74;ReadPosRankSum=0.316;SC=CTCAAAGTGAATAGTTGTACA;SOR=0.465;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=9;WE=15652077;WS=15652059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr21	15659778	rs1014538	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=105;ReadPosRankSum=0.864;SC=TAAAATAATGCAAAAATCAAA;SOR=0.892;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=8;WE=15659786;WS=15659768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr21	15660716	rs1153305	G	A	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=656;ReadPosRankSum=1.200;SC=ATTTTCTTTAGTTATGTAGGT;SOR=0.656;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=43;WE=15660724;WS=15660706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,45:0.75:60
chr21	15663704	rs372000716	TA	T	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.859;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr21	15663777	rs148015529	AGTGTGTGT	A	2394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.204;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.855;NF=26;NR=22;PP=2995;ReadPosRankSum=1.057;SC=AACAGGTAAGAGTGTGTGTGT;SOR=0.324;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=48;WE=15663794;WS=15663767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,61:0.65:94
chr21	15748186	rs2822642	C	A	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=45;PP=1349;SC=AGGATGCGATCAAGTAATCTC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=71;WE=15748194;WS=15748176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr21	15755349	rs7281846	T	C	17989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,695:1.00:695
chr21	15870638	rs2274796	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=126;ReadPosRankSum=-1.503;SC=ATGAAAATACCTATTTTATGG;SOR=0.223;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=10;WE=15870646;WS=15870629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr21	15884949	rs3761320	A	T	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;QD=38.13;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	15884949	.	ACATTGA	TCATTGA,TCATTGT	539	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=26;MQ=60.24;NF=19,10;NR=42,25;PP=255,539;QD=4.75034774668;SC=ACAGAGATGTACATTGAGTAC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=61,35;WE=15884963;WS=15884939;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:61
chr21	15884955	rs3761321	A	T	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.108;QD=13.83;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr21	15884974	rs10679308	C	CAAG	1216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.042;NF=1;NR=16;PP=858;ReadPosRankSum=-0.471;SC=ATTTAATAGACACATATTTTA;SOR=0.499;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=17;WE=15884982;WS=15884964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr21	15893567	rs760344	A	T	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=580;ReadPosRankSum=-1.362;SC=AGAAAAAGCAAAGGAAACTTA;SOR=0.798;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=45;WE=15893575;WS=15893557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr21	15893594	rs760345	T	C	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=23;PP=782;SC=ATTTTCACTGTCCAAACTGAT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40;WE=15893602;WS=15893584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr21	15954593	rs2822786	G	A	6754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=0.141;SC=TTCAGGAAAAGGCTTCCAGTG;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=250;TCF=140;TCR=110;TR=247;WE=15954601;WS=15954583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,269:0.99:271
chr21	15954660	rs2822787	T	C	8442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=142;NR=123;PP=2965;SC=AAGTTGCAGTTATTTAAAGTG;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=267;TCF=142;TCR=125;TR=265;WE=15954668;WS=15954650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr21	15964920	rs466913	C	G	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=49;PP=1555;SC=CATTTGACTACATAAGTATCT;SOR=1.265;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=87;WE=15964928;WS=15964910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr21	15966421	rs460852	T	A	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	15974409	rs456067	T	C	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=30;PP=977;SC=AGAAAATCATTTTCATTTAGA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=58;WE=15974417;WS=15974399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	15984982	rs2822809	C	A	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.000;NF=26;ReadPosRankSum=-0.739;SC=TAAATATAAACGGAAAATATT;SOR=0.567;Source=Platypus;TCF=63;WE=15984990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,58:0.38:152
chr21	15991786	rs1292586	C	G	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=350;SC=GACTCATTTACGATCAAGCAT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=15991794;WS=15991776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	16015250	rs458292	A	G	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.49;SOR=2.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr21	16340289	rs2229741	C	T	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=45;PP=1156;ReadPosRankSum=1.056;SC=GCATGCCAGACCCCTGATATG;SOR=0.684;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=285;TCF=148;TCR=137;TR=90;WE=16340297;WS=16340279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,100:0.31:319
chr21	17196218	.	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=0.056;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
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chr21	17247018	rs2252133	T	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=-1.231;SC=TACTTTATTCTTTTCTCTTTA;SOR=0.527;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=5;WE=17247026;WS=17247008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr21	17533075	rs147455337	T	TTTCTTC	2029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.44;QD=40.59;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr21	17560174	rs10629120	T	TTCCTTCCC	4501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=46.41;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr21	17763803	rs2218735	G	A	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=100;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=76;SC=AATCTACTAAGTTGCTGATTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=17763811;WS=17763799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	18937758	rs437470	A	G	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=1.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.521;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,41:0.22:185
chr21	18966724	rs5842649	GACAA	G	412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.072;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=240;ReadPosRankSum=1.250;SC=TCTCATTAAAGACAAACAAAG;SOR=0.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=5;WE=18966735;WS=18966714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr21	19165942	rs2824493	C	T	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=19;PP=557;SC=TGCAGAAAGCCGGTGCTATGA;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=19165950;WS=19165932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr21	19169155	rs1047978	G	C	10987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=194;NR=210;PP=2965;SC=GTACTTGGGAGTCAAACTGTG;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=404;TCF=194;TCR=210;TR=404;WE=19169163;WS=19169145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr21	19190427	rs243556	C	T	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=377;SC=TCATTGAAGACATTTTAGTTT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=19190435;WS=19190424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	19506651	rs2824646	G	A	6076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=123;NR=89;PP=2965;SC=ATAAACAGTGGTGACTTCACT;SOR=0.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=123;TCR=89;TR=212;WE=19506659;WS=19506641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr21	19506694	rs9977750	T	G	13169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.066;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=1.682;SC=TGGAGGTGTTTTAAGTCAAGC;SOR=0.275;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=275;TCF=152;TCR=123;TR=273;WE=19506702;WS=19506684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,311:1.00:312
chr21	19506715	rs2824647	C	T	13528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.54;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr21	19628809	rs201642242	C	CT	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.148;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,26:0.22:117
chr21	19666526	rs6517807	C	T	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.31;SOR=2.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr21	19666530	rs4395327	T	C	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.51;SOR=2.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	19666901	rs1540000	T	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=1.645;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,16:0.21:76
chr21	19666910	rs2824718	A	G	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=1157;ReadPosRankSum=-1.644;SC=ATGACAACATATTTACTTACA;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=46;WE=19666918;WS=19666891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,53:0.77:69
chr21	19670118	rs2824721	G	A	5426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=80;NR=102;PP=2965;SC=CCATCGGTAGGGAAGATTGGC;SOR=1.184;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=80;TCR=102;TR=182;WE=19670126;WS=19670108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr21	19685405	rs7281534	A	G	3167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=67;PP=1772;ReadPosRankSum=1.460;SC=CTAAAGACACAGAGAGCATAA;SOR=0.662;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=185;TCF=83;TCR=102;TR=124;WE=19685413;WS=19685395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,146:0.69:211
chr21	19687376	rs2144203	G	A	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.173;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=579;ReadPosRankSum=0.506;SC=GGTCCTAATAGACACAGTTAT;SOR=1.467;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=86;TCF=67;TCR=19;TR=31;WE=19687384;WS=19687366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,32:0.34:94
chr21	19687691	rs147894844	A	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=16.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQRankSum=1.359;QD=25.85;ReadPosRankSum=-0.119;SOR=5.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr21	19687691	.	ACC	GCT	595	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MMLQ=27;MQ=57.37;NF=0;NR=12;PP=595;QD=54.0389895719;SC=TCAAGGTGGAACCAGCTTTGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=12;WE=19687701;WS=19687681;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr21	19687693	.	C	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=15.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQRankSum=1.288;QD=27.08;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr21	19701421	rs68023548	GCT	G	4197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=41;PP=1434;SC=ATTAAGAAACGCTCTTTCCAT;SOR=0.813;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=52;WE=19701430;WS=19701409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr21	19704296	rs1155847	C	T	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=11;PP=889;SC=ACATGATAGGCGTACCCATGT;SOR=2.256;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=49;WE=19704304;WS=19704286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr21	19713821	rs2824751	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.944;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,37:0.23:162
chr21	19744415	.	A	ATG	609.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.45;ReadPosRankSum=-0.682;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr21	19756040	rs2824790	C	G	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=1.665;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,104:0.32:321
chr21	19775646	rs76632502	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.324;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr21	20058298	rs6517825	C	T	3007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr21	22643720	rs8127865	A	G	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=14;PP=397;SC=TGCTCCTAGCAAATAGTACAG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=22643728;WS=22643710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr21	22656409	rs34246223	AT	A	491.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=3;PP=420;SC=CTGTTACATAATTTTTTTTCT;SOR=3.352;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=22656417;WS=22656399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	22658544	rs111713483	TTTTGTGA	T	2298.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=10;PP=1757;SC=GCAATGATACTTTTGTGATTT;SOR=2.093;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=28;WE=22658558;WS=22658534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr21	22696837	rs232467	C	G	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr21	22696881	rs11334381	TG	T	2623.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=36;PP=1487;SC=GGAACAGTATTGGGGATCTTA;SOR=1.040;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=39;WE=22696889;WS=22696871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr21	22746187	rs232518	T	C	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.83;ReadPosRankSum=2.498;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,53:0.33:161
chr21	22804674	rs2826833	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=5.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=0.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr21	22840930	rs2250501	A	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.787;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,26:0.24:109
chr21	22841123	rs2250508	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.772;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=315;ReadPosRankSum=0.505;SC=CTTGTTTATTGTCATATCATG;SOR=0.963;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=31;TCR=59;TR=30;WE=22841131;WS=22841113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,38:0.37:104
chr21	22910116	rs2826891	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.86;ReadPosRankSum=0.090;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr21	22910123	rs9979040	T	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.86;ReadPosRankSum=0.480;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr21	26960189	rs2829806	T	G	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=19;PP=607;SC=GCTTAACCAGTGTTTGTGGCA;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=26960197;WS=26960179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr21	26961086	rs2829807	T	C	3056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr21	26965100	rs2829809	C	A	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=31;PP=1381;SC=AATTGGAAGACCTAGAACTTT;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=85;WE=26965108;WS=26965090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr21	26965148	rs1135638	G	A	3950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr21	26965205	rs1057885	T	C	3383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.03;ReadPosRankSum=1.025;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,129:0.99:130
chr21	26966317	rs13048408	A	G	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=16;PP=434;SC=CAAAATATGTAAAAAGGTGTT;SOR=1.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=26966325;WS=26966307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr21	26969703	rs1135618	T	C	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	26973663	rs140202502	A	ATATACT	8957.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=49;PP=2969;SC=ACAAAAAGACATATATGTATA;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=77;WE=26973671;WS=26973653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr21	26976250	rs7278164	A	G	8266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=145;NR=151;PP=2965;SC=GCTTAAATCTAGAAATTTAAA;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=297;TCF=145;TCR=152;TR=296;WE=26976258;WS=26976240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr21	26978950	rs3989369	A	G	4781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=71;NR=85;PP=2713;SC=TGAGAAGCTGACGATGTTGCT;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=156;TCF=71;TCR=85;TR=156;WE=26978958;WS=26978940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr21	26979628	rs9653688	G	A	16387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=330;NR=249;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.069;SC=TGCCCCGCGGGACCTCCCCGG;SOR=0.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=582;TCF=331;TCR=251;TR=579;WE=26979636;WS=26979618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,608:1.00:610
chr21	27012088	rs118115569	C	A	2453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.83;ReadPosRankSum=0.152;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,110:0.71:155
chr21	27056099	rs2829863	C	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=267;ReadPosRankSum=1.005;SC=TGTCACCAAACTTTAGGACAG;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=13;WE=27056107;WS=27056089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr21	27141273	rs56048433	C	CATTT	2558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.19;NF=12;NR=18;PP=1414;SC=TAAGAAGTCTCATTTTTTCTG;SOR=1.140;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=30;WE=27141281;WS=27141263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr21	27254194	rs2829966	C	T	110.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=87;SC=GCCAAGATTGCAGAACACCCA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=27254202;WS=27254184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	27277464	rs76431353	G	C	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=1.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.073;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,67:0.34:196
chr21	27326859	rs2829997	G	A	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr21	27327100	rs417676	G	A	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=422;SC=ACGGAGTCTCGCTCTGTCGCC;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=27327108;WS=27327090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	27327862	rs2251337	G	C	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=8;PP=1039;SC=CGGAGAATGCGTGGGATCCTG;SOR=2.604;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=49;WE=27327870;WS=27327852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr21	27369481	rs2051504	C	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=4;PP=353;SC=GTCAATGATGCTCTTAGCCCA;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=27369489;WS=27369471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr21	28215987	rs417301	T	C	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.091;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=494;ReadPosRankSum=-1.846;SC=TCAGCCCGCCTGGGTCAGCCT;SOR=0.465;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=42;WE=28215995;WS=28215977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,52:0.70:74
chr21	28216038	rs422803	C	A	1493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.575;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=738;ReadPosRankSum=-0.036;SC=GAACAGAGATCCTAGCGTAGC;SOR=0.498;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=58;WE=28216046;WS=28216028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,70:0.62:112
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chr21	28216692	rs445784	G	T	5052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.461;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=108;PP=2847;ReadPosRankSum=0.633;SC=ACGTGCCGCCGACGTCGCCCT;SOR=0.844;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=314;TCF=152;TCR=162;TR=203;WE=28216700;WS=28216682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,228:0.66:343
chr21	28217178	rs434857	T	G	4257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=82;PP=2466;ReadPosRankSum=-0.930;SC=GCGTGGGTACTGGCCCAAAGC;SOR=0.616;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=278;TCF=155;TCR=123;TR=181;WE=28217186;WS=28217168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,203:0.66:309
chr21	28217320	rs402007	C	G	2979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=74;PP=1973;ReadPosRankSum=0.429;SC=GAGCGAGGGACCTTTAGTTCG;SOR=0.618;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=74;TCR=102;TR=127;WE=28217328;WS=28217310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,134:0.71:188
chr21	28296324	rs151065	A	G	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=46;PP=1972;SC=CGACTGCATCAGTGCTGAATC;SOR=1.043;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=76;TCR=47;TR=122;WE=28296332;WS=28296314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr21	28302147	rs229091	C	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=136;ReadPosRankSum=0.977;SC=TTTATCAATTCTGCAAGAGTC;SOR=0.602;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=10;WE=28302155;WS=28302137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr21	28302355	rs226794	A	G	6066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=124;PP=2965;SC=ATTACTGTACAGCCTACATTC;SOR=1.121;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=94;TCR=124;TR=218;WE=28302363;WS=28302345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr21	28307173	rs162495	C	T	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=23;PP=553;SC=GAGCACGAGGCACCCATGAAT;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=28;WE=28307181;WS=28307163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	28326276	rs233894	G	A	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.19;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr21	28338423	rs55933916	C	G	9204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=200;PP=2962;ReadPosRankSum=2.557;SC=AGAGGAACCTCCGGCCGCCCG;SOR=0.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=523;TCF=233;TCR=290;TR=364;WE=28338431;WS=28338413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,405:0.70:579
chr21	30250555	rs2205446	T	C	3477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=39;PP=2223;SC=GAATAATCCTTTTGGTGAAAG;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=78;TCR=39;TR=117;WE=30250563;WS=30250545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr21	30250615	rs2205447	T	C	5955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr21	30250812	rs2205448	T	C	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=229;SC=TCATCATTTTTTAGTGTGTAA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=30250820;WS=30250802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	30252088	rs2205449	T	A	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=7;PP=244;SC=ATCAGAGTAGTCTGTGATAGC;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=30252096;WS=30252078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr21	30257418	rs1997605	G	A	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=29;PP=1853;SC=TCATCTGCAAGTGGACCCCGC;SOR=1.699;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=105;TCF=71;TCR=34;TR=100;WE=30257426;WS=30257408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr21	30257560	rs1997606	C	G	19322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.52;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr21	30257568	rs1997607	T	C	18930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.64;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr21	30257729	rs2859734	A	G	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=50;PP=1484;SC=GCATGCCCTCACCCTCATGCG;SOR=2.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=63;WE=30257737;WS=30257719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr21	30303388	rs10608923	GGT	G	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=-0.404;SOR=0.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr21	30315730	rs2274800	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.990;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=-1.534;SC=AGAGCAGAAAGACCAATACTT;SOR=0.180;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=30315738;WS=30315720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr21	30316304	.	T	TTTAA	225.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,9:0.19:47
chr21	30316305	rs3053575	G	GATTTAAGAAA	224.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.044;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,9:0.19:47
chr21	30316308	rs2026246	A	T	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-1.186;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,8:0.18:45
chr21	30319938	rs35916992	G	GA	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.996;HP=13;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=69;ReadPosRankSum=-1.094;SC=ACTGTTTAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.306;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=8;WE=30319946;WS=30319928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr21	30324644	rs2832145	T	G	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.499;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=159;ReadPosRankSum=-1.563;SC=AATAAAATGTTTAAACACTGG;SOR=0.585;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=18;WE=30324652;WS=30324634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr21	30324755	rs2832146	G	A	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=12;PP=270;SC=TATCCAAAGAGCTGAGAGTTT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=30324763;WS=30324745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	30325875	rs2243491	A	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=34;ReadPosRankSum=-0.638;SC=CTGAGAATATATGTCTGATAC;SOR=0.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=4;WE=30325883;WS=30325865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr21	30332911	rs34635840	C	T	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=0.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=2.252;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,89:0.22:396
chr21	30338293	rs5843357	G	GC	1536.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=23;PP=1169;SC=ATGGGGTTTTGTATGTTGCCC;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=26;WE=30338301;WS=30338283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr21	30341891	rs2254796	A	G	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.457;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr21	30357307	rs2245434	C	T	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=33;PP=900;SC=CAGACATTTCCGGATATGCTA;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=30357315;WS=30357297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr21	30365322	rs2249028	G	A	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=42;PP=1089;ReadPosRankSum=-0.344;SC=CGCCACCGGAGACGTCACAGC;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=22;TCR=59;TR=58;WE=30365330;WS=30365312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,61:0.70:87
chr21	30391671	rs138840391	GAAA	G	797.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;QD=34.68;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	30400110	rs8133768	G	A	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=268;SC=CATAATATACGTGGCTTAGTT;SOR=2.985;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=30400118;WS=30400100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	30408670	rs2274802	A	T	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=3.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.119;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,96:0.28:344
chr21	30414724	rs2254872	C	T	2229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.87;ReadPosRankSum=-1.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,103:0.69:150
chr21	30442475	rs2183569	T	C	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.36;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	30442481	rs2183570	C	T	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.94;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	30445961	rs2012645	G	A	3145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.899;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=84;PP=2163;ReadPosRankSum=-0.476;SC=GACCGCGGAGGAAGCGAGGAG;SOR=0.962;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=174;TCF=65;TCR=109;TR=130;WE=30445969;WS=30445951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,135:0.70:192
chr21	30481371	rs2832181	G	T	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.334;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,60:0.26:227
chr21	30481612	rs2832182	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=1.213;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,13:0.21:61
chr21	30532146	rs66780570	TA	T	478.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.881;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,51:0.42:122
chr21	30714776	rs388707	T	C	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.549;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,63:0.27:236
chr21	30715275	rs425989	T	C	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=0.548;SC=TAGTTTACCATAAGGGAATTT;SOR=0.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=8;WE=30715283;WS=30715265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr21	30925853	.	C	CT	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.701;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=10.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=-1.280;SOR=2.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,16:0.20:79
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chr21	31026967	rs10637196	A	AAAAG	1285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.841;NF=23;NR=4;PP=1236;ReadPosRankSum=-1.958;SC=AAGAAAGAAAAAAAGCCTGCT;SOR=1.022;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=27;WE=31026975;WS=31026957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
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chr21	31654809	rs77638540	C	T	4235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=71;PP=2470;ReadPosRankSum=1.435;SC=CAGTTGGAACCGTTGCGGAGG;SOR=0.721;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=252;TCF=137;TCR=115;TR=163;WE=31654817;WS=31654799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,186:0.66:280
chr21	31655212	rs1557291	A	C	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=29;PP=874;SC=TACTGCAGACACCAGGATAGC;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=31655220;WS=31655202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr21	31692377	rs3804008	A	C	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=408;ReadPosRankSum=0.313;SC=GAGCAGGCTGAAGTTGAGGCA;SOR=0.397;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=26;WE=31692385;WS=31692367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr21	31692417	.	C	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=68;ReadPosRankSum=-0.944;SC=TTTGTTCTGCCCTTCCTTAGC;SOR=1.656;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=6;WE=31692425;WS=31692407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr21	31720287	rs762377	A	G	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.287;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=758;ReadPosRankSum=0.278;SC=AATATTAATAAGTTTAAAACA;SOR=0.354;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=50;WE=31720295;WS=31720277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,56:0.67:84
chr21	31744310	rs3804010	G	C	4647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.526;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.353;NF=103;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.589;SC=TCTGGCAGGGGCTGGACTCCA;SOR=0.563;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=302;TCF=165;TCR=137;TR=192;WE=31744318;WS=31744300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,205:0.64:318
chr21	31768539	rs9636833	G	C	5465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.799;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.622;NF=105;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.157;SC=CTCCCAGCACGTGCCAGCTGG;SOR=0.388;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=298;TCF=138;TCR=160;TR=210;WE=31768547;WS=31768529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,225:0.72:314
chr21	31802768	rs2226548	G	A	2179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=56;PP=1207;ReadPosRankSum=0.704;SC=CTGGGAGCCCGCCAGCTGCCA;SOR=0.630;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=302;TCF=151;TCR=151;TR=114;WE=31802776;WS=31802758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,125:0.36:345
chr21	31803159	rs1539783	T	C	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=306;ReadPosRankSum=-1.182;SC=TCCCAATATCTTTTTATTCTT;SOR=0.707;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=21;WE=31803167;WS=31803149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,26:0.34:76
chr21	31803210	rs1539784	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=61;ReadPosRankSum=-1.560;SC=TGGCAGACTGCGAAATTAATG;SOR=1.022;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=6;WE=31803218;WS=31803200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr21	31812772	rs2832873	C	A	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=6.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.050;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,82:0.30:272
chr21	31869286	rs2298437	T	C	2497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.91;MQRankSum=-2.159;NF=76;ReadPosRankSum=1.697;SC=TGGGCGGCAGTAGCCATATCC;SOR=0.593;Source=Platypus;TCF=257;WE=31869294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:336,144:0.30:480
chr21	31869601	rs373820212	T	C	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.992;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=725;ReadPosRankSum=-1.160;SC=TGTGTGTGTTTTAAATTAGTT;SOR=0.131;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=41;WE=31869609;WS=31869591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,46:0.72:64
chr21	31913981	rs5843453	AG	A	15728.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=174;PP=2976;SC=GTTTTTTAGTAGAATCCAGAG;SOR=0.974;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=88;TCR=178;TR=258;WE=31913989;WS=31913971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr21	31914000	rs1023364	T	A	20815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=60.11;NF=259;NR=201;PP=2965;SC=AGAATCCATATCCTTCACGGC;SOR=0.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=463;TCF=260;TCR=203;TR=460;WE=31914008;WS=31913990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr21	31964916	rs9305426	A	C	2810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.653;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:391,169:0.30:560
chr21	31973516	rs198915	T	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,28:0.19:147
chr21	31973685	rs1961491	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.855;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,8:0.17:47
chr21	31992864	rs1702405	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=-3.071;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr21	32007466	rs72613606	G	A	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=551;ReadPosRankSum=0.051;SC=CAGGTCCTGTGGTGGGTCCCA;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=33;WE=32007474;WS=32007456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr21	32201822	rs9982910	G	T	4835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=47;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.893;SC=CATAGCAGCCGCCCAGGTTGT;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=106;TCR=76;TR=112;WE=32201843;WS=32201812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,122:0.61:201
chr21	32201835	rs9982675	A	C	5224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.329;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=53;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.240;SC=CAGGTTGTTGATGTTGCTACC;SOR=0.856;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=121;TCR=85;TR=127;WE=32201843;WS=32201812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,139:0.62:225
chr21	32201866	rs9982755	A	G	3657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.726;NF=84;NR=69;PP=2119;ReadPosRankSum=-0.042;SC=TAGCCCAGGGAGCTGTAGCCA;SOR=0.669;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=231;TCF=123;TCR=108;TR=153;WE=32201874;WS=32201856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,167:0.67:249
chr21	32201951	rs9982775	A	G	3208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.939;NF=62;NR=68;PP=1758;ReadPosRankSum=0.605;SC=TGAAGGTCCCATGGAAGTTGG;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=187;TCF=90;TCR=97;TR=130;WE=32201959;WS=32201941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,146:0.71:205
chr21	32201969	rs35359062	GA	G	8149.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=87;PP=2951;SC=TGGTCCCATAGAATAGGGTAT;SOR=0.933;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=15;TCR=87;TR=102;WE=32201977;WS=32201959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
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chr21	32508094	rs71321371	G	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=161;ReadPosRankSum=0.858;SC=GTTTCATTTAGTGTTTGTGAG;SOR=0.412;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=10;WE=32508102;WS=32508084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr21	32597972	.	CA	C	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.214;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.658;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr21	33057312	rs367618143	TG	T	212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=23.64;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	33068865	rs11389728	T	TA	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=1.598;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
chr21	33073985	rs204734	T	C	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=4;PP=454;SC=GAAAAGCAGATGTATTTTCTC;SOR=2.948;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=33073993;WS=33073975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	33368188	rs2070371	T	C	5446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=79;NR=100;PP=2965;SC=CAGGCTCGCTTATGACACAGA;SOR=1.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=79;TCR=100;TR=179;WE=33368196;WS=33368178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr21	33370900	rs9305483	T	C	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=1.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=-1.507;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,126:0.30:425
chr21	33371123	rs10775648	C	T	3809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=96;PP=2312;ReadPosRankSum=-0.511;SC=CAGCTTGGCTCGCAGAAATTC;SOR=0.731;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=649;TCF=331;TCR=318;TR=203;WE=33371131;WS=33371113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:468,220:0.32:688
chr21	33371540	rs2070372	T	G	4591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=103;PP=2965;SC=AAACAGCAACTGAACAGAGCT;SOR=1.525;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=56;TCR=104;TR=159;WE=33371548;WS=33371530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr21	33416324	rs141311372	AGT	A	579.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=576;ReadPosRankSum=0.191;SC=TGTACACATGAGTGTGTGTGC;SOR=1.101;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=14;WE=33416333;WS=33416314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr21	33641152	rs8129993	A	G	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=5;PP=394;SC=AGACTAGAACACAGTAGTGGC;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=33641160;WS=33641150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	33641240	rs57672040	A	AT	761.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,49:0.73:67
chr21	33690293	rs2070380	C	A	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=377;SC=GTCAGCACTGCGGCACCCTGA;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=33690301;WS=33690283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	33691502	rs11402028	G	GC	2014.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=16;PP=1411;SC=GGCCAGAAGGGCCCCCTGGCG;SOR=1.646;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=38;WE=33691510;WS=33691492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr21	33691754	rs958828	G	A	4902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr21	33694224	rs3761342	C	G	9892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=181;NR=164;PP=2965;SC=TGCCGCAGAACGCCAAACACC;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=346;TCF=181;TCR=165;TR=345;WE=33694232;WS=33694214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr21	33710001	rs13046776	C	A	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=10;PP=394;SC=TTATTATTTTCTTTTCTTTTT;SOR=1.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=17;WE=33710009;WS=33709991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	33719695	rs2070378	C	T	5117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr21	33721843	rs743306	T	C	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=477;SC=GGTTCACAGCTACCAGGCAGT;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=33721851;WS=33721833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	33726201	rs2298363	C	T	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=21;PP=1300;SC=ACAGACTAGCCGGCCAGGTGC;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=68;WE=33726209;WS=33726191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr21	33730013	rs7283283	T	C	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.42;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	33733468	.	A	AAAAGAAAGAAAGAAAGAAAG	443.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;QD=40.34;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	33740637	rs7276783	G	A	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=8;PP=745;SC=TCGGCCTCCCGAAGTGCTGGG;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=33740645;WS=33740627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr21	33749533	rs4816431	A	C	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=31;PP=2010;SC=AGCCTACGGGAACAGAGGCCA;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=69;TCR=31;TR=100;WE=33749541;WS=33749523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr21	33984308	.	C	T	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr21	34127438	rs5843565	TA	T	383.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;MQRankSum=0.381;QD=11.63;ReadPosRankSum=1.551;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr21	34157235	rs35174687	GT	G	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=12;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=205;ReadPosRankSum=-0.770;SC=CCCATGGTAAGTTTTTTTTTT;SOR=0.458;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=21;WE=34157245;WS=34157225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,53:0.85:62
chr21	34165864	rs2231391	C	A	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=375;SC=GTTTCTTTTTCTTTTGTTTTT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=34165872;WS=34165858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	34166190	rs74617086	A	T	4169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=55;PP=2515;SC=TATATGATTTAAAGGCTGAGT;SOR=0.923;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=81;TCR=55;TR=136;WE=34166198;WS=34166180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr21	34166343	rs2231390	C	T	6211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=109;NR=104;PP=2965;SC=GATGCTTGGCCTCCATGTTGA;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=213;TCF=109;TCR=104;TR=213;WE=34166351;WS=34166333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr21	34169181	rs762228	A	G	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	34169317	rs72564613	C	CT	1617.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=13;PP=1000;SC=TATTGGTTTGCGGAACATGTG;SOR=0.954;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=34169325;WS=34169307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr21	34399401	rs762178	A	G	8878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.012;SC=GCTTCAAGTCATCCTCGTCCA;SOR=0.579;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=330;TCF=188;TCR=142;TR=325;WE=34399409;WS=34399391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,349:0.99:354
chr21	34442676	.	CCCT	C	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=1.450;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,13:0.12:105
chr21	34538065	rs11444667	C	CT	3503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=41;PP=2061;SC=TGGCCTCCTTCTTGTATCCCC;SOR=0.990;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=48;WE=34538073;WS=34538055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr21	34540594	rs11379155	C	CT	1285.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=6;PP=709;SC=TGCTATAGAGCTGGAATTTAT;SOR=1.547;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=16;WE=34540602;WS=34540584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr21	34602934	rs12482556	T	C	8878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=136;NR=195;PP=2965;SC=GCTCACCAGCTGGGTGCTCAG;SOR=1.256;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=331;TCF=136;TCR=195;TR=331;WE=34602942;WS=34602924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr21	34614255	rs1051393	T	G	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=34;PP=1224;SC=TGCCTTCATCTTCAGATCACT;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=80;WE=34614263;WS=34614245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr21	34617074	rs17860256	G	A	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=305;SC=TATGTTGCTCGTTAATTGACT;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=34617082;WS=34617064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	34624386	.	C	CATCTATCTATCTATCT	1307.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=4;PP=2344;SC=AGACCCCATCCATCTATCTAT;SOR=3.611;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=7;WE=34624394;WS=34624376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	34624917	rs2236757	A	G	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=300;SC=ATTAAGGCCTACCTCTAAATG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=34624925;WS=34624916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	34634878	rs1131668	G	A	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=304;SC=GCAAGGTCTCGCTAAGGGCTG;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=34634886;WS=34634868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	34635053	rs3216172	G	GT	5138.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.68;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr21	34635065	rs9984273	C	T	5176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=42.78;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr21	34635079	.	C	CT	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-0.591;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.223;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,24:0.22:107
chr21	34649123	rs2285020	G	A	3062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=66;PP=1815;SC=TTCCACATTGGTTGGTCCATC;SOR=1.490;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=38;TCR=66;TR=104;WE=34649131;WS=34649113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr21	34660676	rs66527331	ACG	A	622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.14;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	34660686	.	G	A	687	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=83;MMLQ=20;MQ=59.58;NF=3;NR=5;PP=687;QD=90.2214015684;SC=ACGCGCGCGCGCACACACACA;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=8;WE=34660699;WS=34660674;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:19,8:0.30:27
chr21	34660709	rs66834406	CAG	C	732.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.56;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	34666111	.	CAAA	C,CA	562.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.90;MQRankSum=0.487;QD=26.80;ReadPosRankSum=-0.876;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,9,11:0.43,0.52:21
chr21	34666376	rs1467845	A	G	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=52;PP=1525;SC=CTGCTGGCATAAGCTCTCACC;SOR=1.265;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=87;WE=34666384;WS=34666366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr21	34668747	rs3171425	A	G	6369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=106;PP=2965;SC=GGCAGCAAACAAGGGCCAAGA;SOR=0.761;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=106;TCR=106;TR=212;WE=34668755;WS=34668737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr21	34697197	rs145550964	G	GGTGTGTGT	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=3;PP=554;SC=GCGGAGGGGCGGTGTGTGTGT;SOR=1.371;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=34697205;WS=34697187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	34697264	rs2850015	T	C	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr21	34707808	rs2243592	T	G	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr21	34708061	rs2243594	A	G	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=7;PP=228;SC=TCTATTTTTTAGAAATGTTAC;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=34708069;WS=34708051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	34721348	rs2834196	A	G	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=234;SC=TGGCAATTGTAAATACTTAAT;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=34721356;WS=34721338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	34793638	rs11458804	C	CA	34.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.319;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr21	34793706	rs2834214	C	T	2380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=65;NR=26;PP=1771;SC=AATAAACCTGCGTTTTGAACA;SOR=1.691;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=65;TCR=26;TR=91;WE=34793714;WS=34793696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr21	34799084	rs371608644	CTA	C	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=224;ReadPosRankSum=-0.067;SC=TCTACACCCACTATATATATA;SOR=1.828;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=9;WE=34799093;WS=34799074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr21	34799350	rs11910627	C	G	3678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=77;PP=2153;SC=GCAAGAGCATCTTTCTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=54;TCR=78;TR=131;WE=34799358;WS=34799340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
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chr21	34860749	rs139852262	CAATTA	C	5256.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=45;PP=2974;SC=AGGATGGGAACAATTAAATTA;SOR=0.850;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=68;WE=34860761;WS=34860739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr21	34870990	rs62226457	G	A	4088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=61;NR=79;PP=2437;SC=TACAAAGCCTGGAAGTTGGAA;SOR=1.157;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=61;TCR=80;TR=140;WE=34870998;WS=34870980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr21	34871107	rs140133985	ATT	A,AT	349.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.65;ReadPosRankSum=1.077;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,10,10:0.48,0.48:21
chr21	34878450	rs2070390	A	T	3350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;QD=31.91;SOR=1.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
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chr21	34883618	rs8971	T	C	6168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr21	34892896	rs2834232	C	T	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=33;PP=894;SC=TAAACATCCACATTAGGGAAT;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=34892904;WS=34892886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr21	34894623	rs2834234	T	C	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=23;PP=741;SC=CACCTAAACGTCAGGGAAAAT;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=34894631;WS=34894613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr21	34896962	rs1804385	C	G	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=0;PP=352;SC=GACTGTATCACTCCCACAGAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=34896970;WS=34896952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	34897113	rs8788	C	T	4018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=84;NR=45;PP=2229;SC=CGAAAGCCGACGTCTTTCCTA;SOR=1.082;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=85;TCR=46;TR=129;WE=34897121;WS=34897103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr21	34897391	rs35083461	C	CT	351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=2.480;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr21	34900924	rs5843611	G	GA	499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.537;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr21	34901062	.	T	TA	346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.635;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr21	34903875	.	AT	A	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.382;QD=2.26;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,33:0.38:88
chr21	34915324	rs1041745	CG	GC	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=10;PP=1392;SC=CGAATTGGCCCGTGCGCCTCC;SOR=1.923;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=36;WE=34915333;WS=34915314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr21	34924243	rs16990760	T	C	3384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=58;NR=48;PP=1848;SC=GTACCCAAGATTCTGCTATGT;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=58;TCR=49;TR=106;WE=34924251;WS=34924233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr21	34925142	rs13433428	C	T	4072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=61;PP=2451;SC=GTGCCATCATCACCATCTGAA;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=69;TCR=61;TR=130;WE=34925150;WS=34925132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr21	34925689	rs61739710	G	A	9835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=173;PP=2965;SC=TAACTGTCCTGGAGCCTTCGG;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=339;TCF=166;TCR=173;TR=339;WE=34925697;WS=34925679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr21	34926260	rs13047599	C	T	8183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=156;NR=129;PP=2965;SC=GACTAAACAGCGCACAGTATT;SOR=0.813;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=157;TCR=130;TR=285;WE=34926268;WS=34926250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr21	34927751	rs34040109	A	AT	1167.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=35;PP=1089;SC=TTAAACCTTAATTTTTTTCTG;SOR=2.256;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=37;WE=34927759;WS=34927741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr21	34948684	rs34377180	G	GA	3681.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=21;PP=1404;SC=TTGAGAAATGGAGCCCTTACC;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=34948704;WS=34948674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr21	34948696	rs34373121	GA	G	3847.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=25;PP=1487;SC=GCCCTTACCAGACCCAATTGT;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=34948704;WS=34948674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr21	34959776	rs7283856	G	A	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	34968605	rs150787088	GTA	G	1182.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=591;SC=ATTTTGCTAAGTATATGTCAA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=34968614;WS=34968595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	34985754	rs2276226	T	C	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=27;PP=1204;SC=ACAACACTTATGGTAGATTCA;SOR=1.281;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=73;WE=34985762;WS=34985744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr21	35012719	rs6517185	GG	CT	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=445;SC=AGTTTGAATCGGGGCTTTCCT;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=35012728;WS=35012709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	35124253	rs2834255	A	G	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=22;PP=608;SC=GGTTAAGGCCATTACCTGATT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=35124261;WS=35124243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr21	35127735	rs2154434	C	A	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=1.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr21	35134084	rs11444980	G	GC	4914.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=31;PP=2936;SC=TTTTTACAAAGCCCTGCGGTA;SOR=1.366;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=81;TCF=44;TCR=37;TR=73;WE=35134092;WS=35134074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr21	35138326	rs2248815	A	G	7165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=121;NR=123;PP=2965;SC=GGTAAGGAACATGGGCTCTGA;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=121;TCR=124;TR=244;WE=35138334;WS=35138316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr21	35174897	rs11390596	T	TA	1638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.330;NF=1;NR=44;PP=676;ReadPosRankSum=0.655;SC=TTGTGCTTTTTAAAAAAAAAG;SOR=1.265;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=56;TCF=2;TCR=54;TR=45;WE=35174905;WS=35174887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,76:0.96:79
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chr21	35247611	rs2298681	G	A	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=40;PP=1638;SC=TCACAGGCCCGCCCACATTGC;SOR=0.951;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=58;TCR=40;TR=98;WE=35247619;WS=35247601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr21	35247873	rs933130	C	G	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=17;PP=492;SC=CAGAGCCTCGCCTGCCAGCCT;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=35247881;WS=35247863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	35256000	rs13052780	T	A	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.557;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=645;ReadPosRankSum=1.658;SC=CTCCCCAGCATGGGCCCCAGG;SOR=1.183;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=45;WE=35256008;WS=35255990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,48:0.69:70
chr21	35258514	.	TA	T	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=-0.512;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr21	35260418	rs67686176	TGGTCCCTC	T	3402.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.145;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.557;NF=10;NR=25;PP=2939;ReadPosRankSum=-1.819;SC=AGAGAGGGAATGGTCCCTCTT;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=35;WE=35260433;WS=35260408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,84:0.78:108
chr21	35260481	rs2073370	T	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=2.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.446;QD=1.61;ReadPosRankSum=-3.208;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,25:0.18:141
chr21	35275955	rs9980730	G	A	10177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr21	35278919	rs3831798	A	ACT	4079.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=24;PP=2085;SC=ATTATAGCCCACTATCAAGTC;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=43;WE=35278927;WS=35278909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr21	35279500	rs62226669	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.872;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=89;ReadPosRankSum=0.545;SC=GGTCACAGAAGCTGATATAAA;SOR=1.508;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=9;WE=35279508;WS=35279490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr21	35279604	rs62226670	T	C	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=1.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.990;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,64:0.28:230
chr21	35281393	rs4591	A	G	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr21	35281421	rs4842	T	C	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=683;ReadPosRankSum=-0.263;SC=GAACCTCTCTTTTGCTGTGAT;SOR=0.593;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=43;WE=35281429;WS=35281411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,53:0.69:77
chr21	35284734	rs2211873	A	G	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr21	35446136	rs79607614	C	G	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.360;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,22:0.22:98
chr21	35467372	rs11295804	AC	A	1135.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=2;PP=1004;SC=AAAGACTTTGACCCTGCTGTG;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=35467380;WS=35467362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr21	35467472	rs11295803	AG	A	7597.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=67;PP=2965;SC=CTGTCATTGGAGCGCTATTAT;SOR=1.045;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=38;TCR=69;TR=104;WE=35467480;WS=35467462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr21	35467645	rs8129891	A	G	5181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=76;PP=2965;SC=GACCTGGGTAACAATTGGTGC;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=90;TCR=77;TR=166;WE=35467653;WS=35467635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr21	35469193	rs4817617	C	A	6116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=116;NR=101;PP=2965;SC=GGAACCATACCAAATGCAAGA;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=117;TCR=101;TR=217;WE=35469201;WS=35469183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr21	35469708	rs35685523	G	GA	346.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=411;SC=GGTCTTTGGGGAAAAAAGTTA;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=35469716;WS=35469698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	35742722	rs9305548	C	T	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.291;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=359;ReadPosRankSum=0.118;SC=AGAAAAGATCCGTTTTCCTAA;SOR=0.368;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=78;TCF=61;TCR=17;TR=31;WE=35742730;WS=35742712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,34:0.37:92
chr21	35773137	rs61746786	C	T	4956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=1.052;SC=CTTGACTACCCGCAGCATGCA;SOR=0.580;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=305;TCF=164;TCR=141;TR=208;WE=35773145;WS=35773127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,213:0.67:319
chr21	35774491	rs72279748	AT	A	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=3.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=-0.794;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,46:0.22:209
chr21	35821419	rs2070357	T	C	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=4;PP=810;SC=AATCCACCCCTCACCCCTTAC;SOR=3.321;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=35821427;WS=35821412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr21	35821821	rs1805127	T	C	11017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=183;NR=200;PP=2965;SC=TTGCCGTCACTGCTGCGGGGG;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=384;TCF=183;TCR=201;TR=383;WE=35821829;WS=35821811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr21	35985895	rs915540	C	T	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.255;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=847;ReadPosRankSum=-1.493;SC=AGGAAAAGGTCTGAAATGCTG;SOR=1.149;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=48;WE=35985903;WS=35985885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,53:0.71:75
chr21	36041978	rs7280973	A	G	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	36042203	rs9680380	G	C	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.58;QD=22.63;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	36079735	rs139343765	GCACACACACACA	G,GCACACACACACACACACACACACA	1466.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=15;NF=1,1;NR=23,23;PP=2619,1956;SC=CTAGTTCTCTGCACACACACA;SOR=2.179;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=24,24;WE=36079760;WS=36079725;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.80,0.20:41
chr21	36080204	rs6517253	A	G	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=10;PP=634;SC=CCAGATTCTCACGGTGGCCCA;SOR=1.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=36080212;WS=36080194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr21	36080290	rs6517254	C	T	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.06;ReadPosRankSum=0.840;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,71:0.69:103
chr21	36080398	rs2070368	T	C	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,45:0.48:93
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chr21	36081626	rs3819041	C	G	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=2.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=2.475;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,63:0.26:240
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chr21	36410910	rs8126848	C	G	296.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.41;QD=37.09;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	36419920	rs75759495	C	A	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=575;ReadPosRankSum=0.390;SC=TTTCAGGGACCCGGAAACATA;SOR=0.786;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=191;TCF=102;TCR=89;TR=60;WE=36419928;WS=36419910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,50:0.29:170
chr21	36421036	rs8133634	T	C	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=314;ReadPosRankSum=0.994;SC=GACAGGGAACTGGCAGGCACC;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=30;WE=36421044;WS=36421026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,32:0.35:91
chr21	37092980	rs9981293	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=3.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=1.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,20:0.18:114
chr21	37429679	rs7282629	G	C	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=42;PP=1509;SC=CGCAATGACTGACTTCTGTAT;SOR=1.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=83;WE=37429687;WS=37429669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr21	37507501	rs8133052	G	A	5621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=74;PP=2965;SC=ATGTCGTCCTGCAGCCGCGTG;SOR=0.998;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=111;TCR=74;TR=185;WE=37507509;WS=37507491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr21	37507745	rs881711	C	T	5701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr21	37507769	rs881712	C	T	5889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr21	37509995	rs12626192	C	T	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=2;PP=555;SC=TCACCGACCTCGTTCTTAAAA;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=37510003;WS=37509993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	37518362	rs2835286	A	G	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	37537135	.	C	T	3955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=3.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.45;ReadPosRankSum=1.525;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,185:0.63:294
chr21	37581247	.	TG	T	579.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.186;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.236;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=534;ReadPosRankSum=-2.529;SC=AGGCGACATGTGGGCACAGCA;SOR=2.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=15;WE=37581255;WS=37581237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr21	37583804	rs2239568	C	T	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,98:0.26:373
chr21	37584475	rs74913394	C	G	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.187;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=516;ReadPosRankSum=0.906;SC=AAGATTTGGTCTTGGTGATGT;SOR=2.557;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=25;WE=37584483;WS=37584465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr21	37586877	rs2850079	T	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=1.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.430;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,61:0.24:258
chr21	37599824	rs7280662	T	G	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=3;PP=121;SC=CAGCCTGGGCTACAGAGCAAG;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=37599832;WS=37599816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	37599842	.	C	CA	49	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=58.5;NF=4;NR=1;PP=49;QD=12.6;SC=AAGACTCTGTCAAAAAAAAAG;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=5;WE=37599850;WS=37599832;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,5:0.29:17
chr21	37609571	rs2835322	T	C	7361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.718;SC=GGGTGGCTCGTGTGCTTTGGA;SOR=0.786;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=471;TCF=250;TCR=221;TR=304;WE=37609579;WS=37609561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,339:0.65:522
chr21	37617630	rs4817788	T	G	14150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=276;NR=247;PP=2965;SC=TACAAGCTCCTGCCACACGGA;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=523;TCF=276;TCR=247;TR=523;WE=37617638;WS=37617620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,537:1.00:537
chr21	37619724	rs1023367	C	T	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,64:0.27:240
chr21	37619931	rs5843755	A	AT	1441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=5.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=2.915;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.186;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,100:0.47:213
chr21	37623447	rs2298450	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.155;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,31:0.28:111
chr21	37623565	rs76166909	C	T	2458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.474;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=49;PP=1298;ReadPosRankSum=1.021;SC=GAAAGCCCAGCGTCACAGTAA;SOR=0.895;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=121;TCF=59;TCR=62;TR=92;WE=37623573;WS=37623555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,110:0.73:151
chr21	37626011	rs62232368	C	T	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.534;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,44:0.34:131
chr21	37642196	rs11700664	G	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.683;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr21	37649138	rs57389991	CAAA	C	542.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.84;ReadPosRankSum=1.985;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr21	37649170	rs7279450	A	T	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.55;SOR=2.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	37650182	rs2070516	C	T	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=8;PP=672;SC=TCAAGTGATCCGCCCTCCTCA;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=37650190;WS=37650172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr21	37650235	rs2070517	T	C	2419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=16;PP=1519;SC=CCGTCGCACCTGGCCAGTTTC;SOR=2.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=71;WE=37650243;WS=37650225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr21	37652840	rs7281457	C	T	3316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=86;PP=2459;SC=TTGACAAGAACGCCACGACAA;SOR=2.543;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=24;TCR=86;TR=110;WE=37652848;WS=37652830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr21	37653705	rs7277281	A	G	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=10;PP=955;SC=ATAGAATTACACTAGTATGAA;SOR=2.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=54;WE=37653713;WS=37653695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr21	37660161	rs2268299	G	A	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=9;PP=879;SC=GGGATTACAAGTGCGAGCCAC;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=37660169;WS=37660151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr21	37660190	rs78702655	C	T	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=10;PP=1166;SC=GCCTGTAACACTCATTCCTTA;SOR=2.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=54;WE=37660198;WS=37660180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr21	37660268	rs74949130	A	G	5010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=103;NR=64;PP=2965;SC=AAGAAACCCTAAACTGCATAT;SOR=1.123;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=103;TCR=64;TR=167;WE=37660276;WS=37660258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr21	37661180	rs9979272	A	G	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr21	37664554	rs55884666	C	CT,CTT	1055.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=37.70;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,15,13:0.54,0.46:28
chr21	37664571	rs9978153	G	T	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=19;PP=481;SC=TTTTTTTTTGGTGAGACAGAG;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=37664579;WS=37664561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr21	37665503	rs201394335	CAA	C	406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=21.41;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,16:0.84:19
chr21	37692589	rs2236433	A	T	5644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=4.162;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.40;ReadPosRankSum=-0.583;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,205:1.00:206
chr21	37706087	.	G	GT	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=2.252;QD=4.69;ReadPosRankSum=-2.143;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr21	37709963	.	GTATT	G	39	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=39;QD=17.3333333333;SC=AAGATTATAGGTATTTATTTA;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=3;WE=37709974;WS=37709953;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
chr21	37728892	rs141327973	C	CTTGAA	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=4;PP=384;SC=AGAATTTTTTCTTGATTTTAT;SOR=1.371;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=37728900;WS=37728882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	37729088	rs2835339	G	C	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr21	37760118	rs372818231	CT	C	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=1.234;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr21	37784070	rs218630	G	A	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=20;PP=669;SC=TCTGTCACCCGGGCTGGAGTG;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=37784078;WS=37784060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr21	37787572	.	CT	C	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.57;ReadPosRankSum=-0.098;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,66:0.19:341
chr21	38113998	rs2070519	C	A	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=18;PP=1156;SC=CTGAGGACTCCTGTCACCTTG;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=60;WE=38114006;WS=38113988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr21	38117308	rs2073601	C	A	16513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=304;NR=316;PP=2965;ReadPosRankSum=2.880;SC=CCTGAGCACACTGCCAGCCAG;SOR=0.071;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=625;TCF=304;TCR=321;TR=620;WE=38117316;WS=38117298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,649:1.00:652
chr21	38118089	rs9982519	G	C	9929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=169;NR=176;PP=2965;SC=CCTTCTCCTGGTGGCAGGCAA;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=345;TCF=169;TCR=176;TR=345;WE=38118097;WS=38118079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr21	38128707	rs9977769	G	A	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=386;SC=AGCCAAGATCGTGCCACTGCA;SOR=2.833;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=21;WE=38128715;WS=38128697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	38132172	rs2073420	C	T	7597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=1.143;SC=TTAATTAAGCCGTCACAGGAC;SOR=0.317;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=124;TCR=151;TR=274;WE=38132180;WS=38132162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,289:1.00:290
chr21	38302769	rs2073425	C	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=0.449;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,26:0.22:119
chr21	38334256	rs58618927	G	GA	550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.649;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr21	38338969	rs9980304	T	C	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,28:0.33:84
chr21	38339023	rs184468430	G	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=2.543;SOR=0.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr21	38339028	.	C	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=10.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=-2.320;SOR=3.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr21	38444863	rs2507733	C	T	4413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=69;PP=2347;SC=ACAATCAGCGCCAGCGATGTG;SOR=0.908;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=66;TCR=69;TR=135;WE=38444871;WS=38444853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr21	38444890	rs2298682	A	G	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=988;ReadPosRankSum=-0.083;SC=GGCACCATTGATCCATTCTCG;SOR=0.708;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=109;TCF=50;TCR=59;TR=63;WE=38444898;WS=38444880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,78:0.59:132
chr21	38444995	rs7280542	A	G	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.146;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=412;ReadPosRankSum=-0.858;SC=GCGCATACAGACACCCAGGCT;SOR=0.144;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=24;WE=38445003;WS=38444985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chr21	38460338	rs2835584	T	A	212.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=168;ReadPosRankSum=-0.765;SC=ATAGAGTTTTTGCCAGCACTT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=38460346;WS=38460328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr21	38461326	rs2835586	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=377;ReadPosRankSum=-0.274;SC=TAAATCTGCTGTCCATCAGTG;SOR=1.532;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=23;WE=38461334;WS=38461316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr21	38462614	rs3787780	A	G	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=-1.473;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,94:0.66:142
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chr21	38463868	rs138290419	A	ATTATTTAT	352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-0.998;QD=23.52;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr21	38466203	rs2835595	G	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=164;ReadPosRankSum=0.859;SC=ATATAGGACCGTTGTGGACTC;SOR=1.058;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=12;WE=38466211;WS=38466193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
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chr21	38467857	rs2251161	C	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.578;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=242;ReadPosRankSum=-1.575;SC=CCAACTTGTGCAGAATAGATT;SOR=1.244;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=19;WE=38467865;WS=38467847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr21	38468958	rs2835600	A	G	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.776;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=692;ReadPosRankSum=-2.534;SC=GTTGGTTAAAATATCTCAACC;SOR=1.002;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=47;WE=38468966;WS=38468948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,57:0.61:93
chr21	38469017	rs2835601	T	G	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.039;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=336;ReadPosRankSum=0.748;SC=TTTCTGTTTTTCAGGTATACA;SOR=0.542;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=27;WE=38469025;WS=38469007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr21	38469069	rs2835602	G	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.566;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=222;ReadPosRankSum=-1.844;SC=TACTTAAGTGGTTAAAAGAGT;SOR=0.105;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=13;WE=38469077;WS=38469059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr21	38495185	rs11440324	G	GT	1569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=11;PP=1205;SC=TAAATTTGAGGTCCTTACTAT;SOR=1.455;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=38495193;WS=38495175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr21	38495213	rs11440325	G	GA	2145.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=19;PP=1469;SC=AAGTAAATTTGAAATCTTTTA;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=40;WE=38495221;WS=38495203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr21	38495270	rs11440326	A	AT	3982.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=35;PP=2101;SC=TGTGTGTGTGATGACTTTTAT;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=38495278;WS=38495257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr21	38498178	rs67628252	GT	G	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=251;SC=TCAAGAATTTGTTCGTTGCCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=38498193;WS=38498168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	38498185	rs66532388	GC	G	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=251;SC=TTTGTTCGTTGCCATATCATG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=38498193;WS=38498168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	38498341	rs201506911	GT	G	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.51;ReadPosRankSum=1.167;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
chr21	38498585	rs12185849	G	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=0.757;SC=AGAAAATATTGAATATTTATT;SOR=0.426;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=8;WE=38498593;WS=38498575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr21	38512956	rs1133001	A	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=0.562;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
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chr21	38517058	rs764175	C	T	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=402;ReadPosRankSum=-0.092;SC=CTCCCTTACACGCATTTCCCC;SOR=0.522;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=37;WE=38517066;WS=38517048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,41:0.36:114
chr21	38520091	.	C	T	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=54.77;NF=2;NR=2;PP=31;QD=16.4428031368;SC=TGCAGTGGCACGATCTTGGCT;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=4;WE=38520099;WS=38520081;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr21	38522353	rs35491163	GT	G	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=-0.131;SOR=0.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr21	38523266	rs3737540	C	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=-1.021;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr21	38525198	rs2051162	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=0.491;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,15:0.17:87
chr21	38525356	rs1053808	T	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.449;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,30:0.27:112
chr21	38525652	rs767998	T	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=0.722;SC=CATTTTCATTTTCCTGCCATA;SOR=0.569;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=8;WE=38525660;WS=38525642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr21	38528872	rs10706050	TG	T	1724.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=12;PP=1067;SC=TATAATCAGCTGGCTTTCAGA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=38528880;WS=38528856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr21	38531863	rs4817852	T	C	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=5;PP=386;SC=GTTTCTAAACTACACTTGTGT;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=38531871;WS=38531853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	38531921	rs1787365	C	A	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.23;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr21	38532058	rs34771928	TG	T	6624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=69;PP=2974;SC=GTAAGTTACTTGGATCACTTG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=13;TCR=70;TR=82;WE=38532076;WS=38532048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr21	38532068	rs113972351	G	GA	5500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=67;PP=2974;SC=TGGATCACTTGAATCTTACGT;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=10;TCR=67;TR=77;WE=38532076;WS=38532048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr21	38532086	rs34586966	TG	T	6772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=69;PP=2957;SC=CGTTCTAATCTGATGTTAAAC;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=7;TCR=69;TR=76;WE=38532094;WS=38532076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr21	38532192	rs34367119	A	AT	1161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=761;SC=ACGTACTATTATTCATTAGAA;SOR=1.493;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=38532200;WS=38532182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr21	38532904	rs5843798	T	TA	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.89;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	38532910	rs5843800	A	AG	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=405;SC=AGTATACATTAGTATTATTAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=9;WE=38532918;WS=38532892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	38534228	rs11424055	A	AT	1206.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=9;PP=364;SC=AATTTTAATGATTTTTCTCTT;SOR=0.976;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=14;WE=38534242;WS=38534218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr21	38539718	rs2000413	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.24;ReadPosRankSum=1.853;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr21	38539745	rs5843802	G	GA	1465.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=13;PP=558;SC=ATCTAAATGGGAAAAAAAACT;SOR=0.933;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=24;WE=38539753;WS=38539735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr21	38539836	rs5843803	T	TA	3810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=29;PP=1703;SC=AAGTGAATTTTATTTTTTGTT;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=38539852;WS=38539826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr21	38539844	rs2000415	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.025;NF=10;NR=12;PP=276;ReadPosRankSum=-1.443;SC=TTTATTTTTTGTTTTGCCCAC;SOR=0.873;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=22;WE=38539852;WS=38539826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,34:0.33:102
chr21	38563725	rs2835655	G	A	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.797;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,44:0.42:105
chr21	38564530	rs202143959	CT	C	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=1.203;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,50:0.24:207
chr21	38567902	rs2835659	C	T	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.89;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,40:0.34:116
chr21	38567911	rs7280251	T	C	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.08;ReadPosRankSum=0.342;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,44:0.34:129
chr21	38568009	rs1053966	G	C	2726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=64;PP=1827;ReadPosRankSum=2.209;SC=GTCTTCAGGCGACGATGGCCA;SOR=0.674;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=439;TCF=245;TCR=194;TR=144;WE=38568017;WS=38567999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,154:0.32:476
chr21	38568308	rs6579	C	T	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=1.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,36:0.22:165
chr21	38574018	rs1053984	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.691;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr21	38593620	rs13864	G	T	9412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=-1.069;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,423:0.67:628
chr21	38599934	rs11300896	TG	T	3951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=30;PP=2159;SC=CCATGAGGGCTGGGAGGCGAG;SOR=1.371;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=55;WE=38599942;WS=38599924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
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chr21	38850640	rs928763	G	A	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=469;ReadPosRankSum=-1.090;SC=CTATCTTGCAGTATGTCATTG;SOR=0.745;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=127;TCF=37;TCR=90;TR=39;WE=38850648;WS=38850630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,44:0.31:141
chr21	38862862	rs67837743	C	T	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=17;PP=422;SC=TTGCGGTTTTCGCCATTGCAG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=38862870;WS=38862852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	38877503	rs2186339	T	G	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.175;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=549;ReadPosRankSum=0.455;SC=ACATATATATTTAAACATATT;SOR=0.210;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=37;WE=38877511;WS=38877493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,42:0.76:55
chr21	38997701	rs702859	G	A	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=44;PP=911;ReadPosRankSum=-3.136;SC=CGTAGAACCCGTCCTCCAGGG;SOR=0.684;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=259;TCF=125;TCR=134;TR=88;WE=38997709;WS=38997691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,95:0.34:281
chr21	39086965	rs2070995	T	C	3395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.754;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=52;PP=1837;ReadPosRankSum=0.568;SC=TAATTCCCTCTGGGCATTTAT;SOR=0.871;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=203;TCF=117;TCR=86;TR=132;WE=39086973;WS=39086955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,150:0.66:229
chr21	39089582	rs857961	A	G	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=20;PP=584;SC=CAAATACCAGAATAGGTGTTG;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=31;WE=39089590;WS=39089572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr21	39212857	rs55948847	A	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.618;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,36:0.23:154
chr21	39213020	rs2836016	G	A	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.997;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=683;ReadPosRankSum=0.997;SC=TCCTGGAGGTGAGAAGAAAAG;SOR=1.044;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=47;WE=39213028;WS=39213010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,57:0.69:83
chr21	39325234	rs2836061	C	T	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=26;PP=581;ReadPosRankSum=0.674;SC=AAACTGTGCGCTCCAGGCTCT;SOR=0.534;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=154;TCF=75;TCR=79;TR=53;WE=39325242;WS=39325224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,59:0.34:173
chr21	39671476	rs2230033	G	A	7335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=129;NR=116;PP=2965;SC=TTAGAACCCGGTGAGCCCATT;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=129;TCR=117;TR=245;WE=39671484;WS=39671466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr21	39739665	rs2836346	T	A	3749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.782;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=70;PP=1921;ReadPosRankSum=0.602;SC=CTGCACAGACTTTCATCAACA;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=108;TCR=94;TR=148;WE=39739673;WS=39739655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,172:0.73:236
chr21	39775373	rs2836373	A	G	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=3;PP=472;SC=TCTGAAGCTCAGGTCATAAGA;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=39775381;WS=39775363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	39818923	rs2836409	G	C	4167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=1.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.21;ReadPosRankSum=-1.146;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,197:0.72:274
chr21	39822650	rs2211871	G	T	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=0;PP=723;SC=TACACCACTTGTCACATTTTA;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=39822658;WS=39822640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr21	39822906	rs9305648	G	C	6785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=126;PP=2965;SC=GTTTGTGTCTGTGAATGGAAT;SOR=0.902;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=237;TCF=110;TCR=127;TR=236;WE=39822914;WS=39822896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr21	39823349	rs2051165	T	C	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=26;PP=794;SC=GATGTGTTCATTGCAGGTGGA;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=39823357;WS=39823339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr21	39870310	rs2836441	G	A	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=25;PP=812;SC=GCCATAATGCGATCAAGTTTA;SOR=1.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=45;WE=39870318;WS=39870300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr21	39947711	rs2836526	C	T	2465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.22;ReadPosRankSum=1.915;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,113:0.70:162
chr21	40190620	rs10854389	C	G	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=54;PP=1664;SC=ATTCTGAGAACCCCAGAGCCA;SOR=1.109;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=46;TCR=54;TR=100;WE=40190628;WS=40190610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr21	40191431	rs457705	T	G	7018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=147;NR=102;PP=2965;SC=TGCCAGGGACTCCCAAAGACC;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=250;TCF=147;TCR=103;TR=249;WE=40191439;WS=40191421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr21	40191638	rs461155	A	G	5310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=98;PP=2965;SC=GGAGTGACCCAGTGGAGCAAG;SOR=1.150;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=79;TCR=98;TR=177;WE=40191646;WS=40191628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr21	40250361	rs11464500	T	TAA	1562.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.91;ReadPosRankSum=2.403;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,54:0.96:56
chr21	40250762	rs5843936	GA	G	6516.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=64;PP=2974;SC=TGGTGCAATTGAGAGGAAATT;SOR=1.088;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=85;TCF=14;TCR=71;TR=78;WE=40250774;WS=40250752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr21	40250766	rs1569306	G	A	6573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=67;PP=2291;SC=GCAATTGAGAGGAAATTGCCC;SOR=1.139;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=121;WE=40250774;WS=40250752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr21	40547387	rs9305670	A	G	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=7;PP=459;SC=ACTACAATTAATTTTTTACAA;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=40547395;WS=40547377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr21	40549289	rs2142111	G	C	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.99;ReadPosRankSum=-0.284;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr21	40549466	rs14194	T	C	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.86;ReadPosRankSum=-0.985;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,78:0.80:97
chr21	40551943	rs34227163	A	G	8090.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.233;SC=CTTTTTGTCAAGTAAGTTTTA;SOR=0.678;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=256;TCF=101;TCR=155;TR=136;WE=40551952;WS=40551933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,207:0.62:335
chr21	40551944	rs3835285	G	GT	8081.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=83;PP=2967;ReadPosRankSum=-2.344;SC=TTTTTGTCAAGTAAGTTTTAT;SOR=0.678;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=168;TCF=14;TCR=154;TR=94;WE=40551952;WS=40551933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,207:0.62:335
chr21	40552307	rs3171465	A	G	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-2.733;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,47:0.26:182
chr21	40552408	rs7280375	A	G	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=697;ReadPosRankSum=0.763;SC=TCTGCAAGCTATATTTTCTAT;SOR=1.136;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=41;WE=40552416;WS=40552398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,42:0.74:57
chr21	40553845	rs6517522	T	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.07;ReadPosRankSum=0.867;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr21	40555160	rs34294410	C	G	6339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FS=2.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-2.058;QD=14.41;ReadPosRankSum=-0.699;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,299:0.68:440
chr21	40555351	rs13052882	G	C	4670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=129;PP=2606;ReadPosRankSum=1.458;SC=GCAGCGCCGCGGGACCGCACG;SOR=0.625;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=277;TCF=105;TCR=172;TR=206;WE=40555359;WS=40555341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,215:0.73:295
chr21	40571246	rs1041439	A	G	9086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=162;NR=151;PP=2965;SC=CACTGGTAATAGTTGATTTTC;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=315;TCF=163;TCR=152;TR=313;WE=40571254;WS=40571236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr21	40572072	rs2234543	G	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=456;ReadPosRankSum=-2.289;SC=GCATTAAATCGAGAATCTATT;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=28;WE=40572080;WS=40572062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr21	40574305	rs2183573	A	G	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.885;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=256;ReadPosRankSum=0.630;SC=CTTTCTGATGATTCTGCTGAA;SOR=0.805;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=22;WE=40574313;WS=40574295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,24:0.26:91
chr21	40574552	rs2150411	G	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=-1.385;SC=CTAAATAGAAGTATATCATAT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=4;WE=40574560;WS=40574542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr21	40582181	rs35580733	TAG	T	733.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=748;ReadPosRankSum=-1.636;SC=AGGAAAAGGTTAGAGGACTCT;SOR=1.697;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=18;WE=40582190;WS=40582171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr21	40584598	rs6517529	C	T	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr21	40585330	rs142696785	AAAGCCAACATTTTCTTCACTTT	A	496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=-1.067;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,17:0.22:77
chr21	40587003	rs11434832	G	GC	1212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=6;PP=547;SC=CACCATGTTGGTACGCTGGTC;SOR=1.044;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=40587011;WS=40586993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	40587049	rs4818004	A	G	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=14;PP=549;SC=GACGGCCTTCACTTCCCAAAG;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=36;WE=40587057;WS=40587039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr21	40590624	rs35571600	A	C	2120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.838;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=52;PP=1418;ReadPosRankSum=0.373;SC=GGAAGAAAAAAACACAAAAAA;SOR=0.815;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=37;TCR=70;TR=80;WE=40590632;WS=40590614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,86:0.74:116
chr21	40597215	rs139986112	A	AAAG	3385.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=47;PP=2594;SC=TACAGATAAAAAAGCCAAAAG;SOR=1.833;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=58;TCF=5;TCR=53;TR=50;WE=40597223;WS=40597205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr21	40600313	rs11702268	T	C	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=3;PP=299;SC=ATATCTCTTCTGGAATTTACA;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=15;WE=40600321;WS=40600303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	40604429	rs2836950	C	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.800;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,31:0.26:119
chr21	40619887	rs2836955	G	A	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=463;ReadPosRankSum=0.143;SC=AAAGAAGGTAGCATTTTTGCC;SOR=0.668;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=28;WE=40619895;WS=40619877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr21	40636354	rs58999088	TAAA	T,TAA	1628.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=6.257;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.31;ReadPosRankSum=1.902;SOR=1.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,50,14:0.75,0.21:67
chr21	40637047	.	GA	G	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=2.492;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.532;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,19:0.23:81
chr21	40642189	rs6517532	C	T	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=74;NR=48;PP=1976;SC=ATTTGTTACACTGTACCAGAA;SOR=1.038;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=75;TCR=48;TR=122;WE=40642197;WS=40642179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr21	40642386	rs2836968	A	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=336;ReadPosRankSum=0.723;SC=CAACATGTAAACTTATTTAGA;SOR=1.115;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=22;WE=40642394;WS=40642376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr21	40646230	rs56135543	CGA	C	2310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=1363;ReadPosRankSum=1.814;SC=ACACAGAGAGCGAGAGAGAGA;SOR=0.678;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=41;WE=40646243;WS=40646220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,92:0.71:130
chr21	40648265	rs2836969	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.172;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr21	40650621	rs973521	G	A	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.55;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr21	40650627	.	T	TA	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=3.506;QD=0.64;ReadPosRankSum=-0.999;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,14:0.19:75
chr21	40652040	rs2836971	A	C	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.457;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=444;ReadPosRankSum=1.323;SC=CTACATTAAAAAACAAAACCT;SOR=0.520;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=89;TCR=50;TR=41;WE=40652048;WS=40652030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,47:0.32:147
chr21	40652142	rs2836972	G	A	3794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.21;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,179:0.67:267
chr21	40670460	rs2056844	G	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=0.685;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,20:0.15:134
chr21	40684641	rs2272578	C	G	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	40684861	rs2297258	C	G	198.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.28;QD=22.09;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	40684901	rs71316130	G	C	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	40684904	rs71316131	C	G	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	40684975	rs35687055	C	T	213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.38;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	40685114	.	G	A	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=360;ReadPosRankSum=1.329;SC=GACCCCCGGCGGCGGGGACAC;SOR=0.877;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=26;WE=40685122;WS=40685104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr21	40685239	rs34240248	A	G	3224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=1.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr21	40685246	rs34436313	A	G	3193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.63;SOR=1.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr21	40685284	rs35182074	A	C	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.36;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr21	40685515	rs148082602	GCGC	G,GCGCCGC	773.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=28;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=0,0;NR=5,5;PP=194,194;SC=TCTCAGGCGCGCGCCGCCGCC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5,5;WE=40685525;WS=40685505;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.65,0.35:20
chr21	40686020	rs35994303	C	T	5470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=106;NR=92;PP=2965;SC=TTTCACGGACCGGTCGTCTGG;SOR=0.762;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=108;TCR=93;TR=198;WE=40686028;WS=40686010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr21	40686078	rs9981301	G	C	5802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr21	40686327	rs4624474	T	C	4837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=84;PP=2392;SC=ACGGCTCGGCTGGATCCATCC;SOR=0.918;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=79;TCR=84;TR=163;WE=40686335;WS=40686317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr21	40715132	rs2070867	G	A	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=51;PP=1535;SC=ACACGTTGTCGTTTTATTTAT;SOR=1.167;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=89;WE=40715140;WS=40715122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr21	40769017	rs1060180	G	T	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=534;ReadPosRankSum=1.017;SC=CTTTATGAGAGAGTCTTATAA;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=28;WE=40769025;WS=40769007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr21	40799955	rs2837028	A	C	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=197;SC=TTCCTAATTTATTCTATAAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=40799963;WS=40799945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	40823981	rs6517549	G	A	8711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr21	40847249	rs760284	T	G	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=59;PP=1879;SC=AAATTAACATTACTTTAGTAC;SOR=1.121;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=47;TCR=60;TR=106;WE=40847257;WS=40847239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr21	40871690	.	G	GT	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.894;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr21	40871810	rs9974333	T	C	3807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.89;ReadPosRankSum=-0.848;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,151:0.99:153
chr21	40880881	rs138818478	CTTGAA	C	2934.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=17;PP=1566;SC=TTTAAACGTACTTGAATTATG;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=31;WE=40880893;WS=40880871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	40883671	rs3831201	G	GAGA	3747.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=22;PP=2033;SC=ACTGCAGAAGGAGAAGAGCCT;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=39;WE=40883679;WS=40883661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr21	40969621	rs661650	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.600;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=202;ReadPosRankSum=-1.218;SC=ATGGAAGAGGCGGGAGAGAGT;SOR=0.394;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=15;WE=40969629;WS=40969611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr21	40969826	rs662571	G	C	13298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=238;NR=229;PP=2965;SC=CGTGGATCCTGCACCAGAGCT;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=468;TCF=239;TCR=229;TR=467;WE=40969834;WS=40969816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,497:1.00:497
chr21	40977763	rs73360110	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=117;ReadPosRankSum=0.037;SC=AGGCTGGTCTCGAACTCCTGA;SOR=0.864;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=13;WE=40977771;WS=40977753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,14:0.24:59
chr21	40977826	rs506382	A	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.599;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,46:0.27:169
chr21	40978115	rs78905016	C	T	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.107;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=605;ReadPosRankSum=-0.602;SC=TCCTCAAATGCAGAAATTTGA;SOR=0.528;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=155;TCF=66;TCR=89;TR=52;WE=40978123;WS=40978105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,55:0.34:162
chr21	40981430	.	GA	G	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.48;ReadPosRankSum=0.136;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,17:0.21:81
chr21	41032740	rs3746887	T	C	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,97:0.30:322
chr21	41032804	rs734413	G	A	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.500;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,81:0.28:292
chr21	41117368	rs403527	G	A	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.79;QD=26.49;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr21	41117533	rs425320	T	C	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=32;PP=853;SC=GCTGGGAGGTTGGGACGACAG;SOR=0.920;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=65;WE=41117541;WS=41117523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr21	41137362	rs9784201	A	C	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=445;ReadPosRankSum=0.933;SC=TGGATGGACAACCTGGGGGTT;SOR=0.706;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=26;WE=41137370;WS=41137352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr21	41137507	rs2205204	G	C	7160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=1.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.40;ReadPosRankSum=0.269;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,325:0.70:465
chr21	41142803	rs2837199	T	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=-0.682;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr21	41142940	rs2837200	G	A	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.82;ReadPosRankSum=0.723;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr21	41143246	rs62237180	G	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.56;ReadPosRankSum=1.180;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr21	41160242	rs456818	A	G	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.92;SOR=1.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr21	41165301	rs464574	A	G	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=3;PP=1298;SC=CATTCTAAAGAGATGGGATCT;SOR=4.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=45;TCR=3;TR=48;WE=41165309;WS=41165291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr21	41165566	rs460504	T	C	10228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=144;NR=213;PP=2965;SC=TTCCCCCTTTTTGGACTTTTT;SOR=1.213;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=359;TCF=145;TCR=214;TR=357;WE=41165574;WS=41165556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr21	41165677	rs463903	G	A	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=32;PP=744;SC=CTCCATATCAGCTGGTCAGCA;SOR=7.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=32;WE=41165685;WS=41165667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr21	41297873	rs2037920	G	A	2840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.273;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=40;PP=1894;ReadPosRankSum=1.325;SC=CTGAATCTGGGGTATTTAGAA;SOR=0.513;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=158;TCF=105;TCR=53;TR=114;WE=41297881;WS=41297863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,119:0.72:166
chr21	41297992	rs2037921	C	T	7722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.46;ReadPosRankSum=0.418;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,363:0.68:534
chr21	41384834	rs35506939	C	CTT	375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.207;HP=13;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=205;ReadPosRankSum=0.086;SC=AGTATTTTCTCTTTTTTTTTT;SOR=1.508;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=15;WE=41384842;WS=41384824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr21	41434671	rs2837408	T	C	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=6;PP=500;SC=AAATTACAGTTTTTTCTAAAA;SOR=1.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=41434679;WS=41434661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	41434841	rs2837409	T	C	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=220;ReadPosRankSum=-1.667;SC=GGAAAGAAAGTTAACATTAGT;SOR=0.769;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=23;WE=41434849;WS=41434831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,29:0.31:93
chr21	41516366	rs2297266	G	A	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=6;PP=723;ReadPosRankSum=-0.873;SC=GGGCAGACCCGAGGGAACCTT;SOR=0.579;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=50;TCR=8;TR=41;WE=41516374;WS=41516356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,44:0.70:63
chr21	41725630	rs2297270	G	C	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=44;PP=1583;SC=CTTTGCGATGGTCAAACCCAT;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=92;WE=41725638;WS=41725620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr21	41741016	rs2837585	A	G	2743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr21	42080840	rs2205135	G	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.512;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=134;ReadPosRankSum=1.010;SC=CAAATTTTCTGAAAATGCTGT;SOR=0.976;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=11;WE=42080848;WS=42080830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr21	42218491	rs41339251	G	GC	455.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=0.000;QD=14.70;ReadPosRankSum=-1.969;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
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chr21	42809206	rs468646	A	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.857;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=287;ReadPosRankSum=-0.906;SC=ACATCAGGCCACGGTTCCTTC;SOR=1.212;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=81;TCF=22;TCR=59;TR=21;WE=42809214;WS=42809196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,22:0.26:86
chr21	42812891	rs467960	C	T	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=451;ReadPosRankSum=1.578;SC=ATGTGGACATCGCCACCACAG;SOR=0.632;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=63;TCR=62;TR=42;WE=42812899;WS=42812881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,46:0.33:139
chr21	42813933	rs145807679	A	AGTGTGT	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.674;NF=0;NR=10;PP=303;ReadPosRankSum=0.651;SC=AGATGTGTGGAGTGTGTGTGT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=10;WE=42813942;WS=42813923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr21	42817582	rs469288	A	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=163;ReadPosRankSum=0.182;SC=TTCCTTCTTCACTCCCCCAAG;SOR=1.426;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=9;WE=42817590;WS=42817572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr21	42817612	rs469382	G	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=142;ReadPosRankSum=0.358;SC=AAGACATCTGGCCCGTAGCAC;SOR=0.976;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=8;WE=42817620;WS=42817602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr21	42817930	rs469390	G	A	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=495;ReadPosRankSum=0.174;SC=TTGACAGAAAGTTAATGCCTT;SOR=0.782;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=148;TCF=83;TCR=65;TR=45;WE=42817938;WS=42817920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,49:0.32:155
chr21	42818106	rs467773	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=220;ReadPosRankSum=-1.300;SC=CTGCTACAACCGAATACCTGA;SOR=0.655;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=18;WE=42818114;WS=42818096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr21	42818132	rs364199	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=153;ReadPosRankSum=1.873;SC=GGTCATTTATAAACAGTAGAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=9;WE=42818140;WS=42818122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr21	42821113	rs2070229	T	C	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.72;ReadPosRankSum=1.934;SOR=0.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,84:0.74:114
chr21	42822983	rs1050080	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.34;ReadPosRankSum=1.097;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr21	42824733	rs469304	G	A	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=487;ReadPosRankSum=-0.319;SC=GGGCTTTCCAGTCCAGCTCGG;SOR=0.774;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=45;WE=42824741;WS=42824723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,50:0.33:152
chr21	42824852	rs2156302	C	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=260;ReadPosRankSum=0.906;SC=TTCTTCTGAACGCCTCTCTCT;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=19;WE=42824860;WS=42824842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr21	42824874	rs467798	C	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=81;ReadPosRankSum=1.441;SC=TAGTCTTGCTCTCTCTGTAGG;SOR=1.119;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=8;WE=42824882;WS=42824864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr21	42840580	rs462321	T	C	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=18;PP=572;SC=CAGCCCTATTTTCCAGCCCTG;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=42840588;WS=42840570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	42842713	rs112132031	C	CCTAAGGCCTCGGG	2967.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=27;PP=2900;SC=GCGGGTATCACCTATGTCTCC;SOR=1.911;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=28;WE=42842721;WS=42842703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr21	42842771	rs28524972	C	G	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=2;HapScore=2;MGOF=404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=239;ReadPosRankSum=-0.767;SC=CCCTGGCCACCCTGCCCAGAG;SOR=0.278;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=22;WE=42842779;WS=42842761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr21	42843960	rs464431	A	G	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.77;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr21	42843960	.	AGT	GGA,GGT	527	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=59.75;NF=6,21;NR=15,37;PP=289,527;QD=16.3079940411;SC=CAGAGCTCTCAGTGGATGAAC;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=21,58;WE=42843970;WS=42843950;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.36:58
chr21	42843962	rs458213	T	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.242;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr21	42845383	rs17854725	A	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=2.592;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,30:0.25:121
chr21	42848560	rs140530035	CAG	C	9019.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.37;NF=12;NR=84;PP=2957;SC=GCAAAAAGAACAGGGGAAATT;SOR=0.884;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=12;TCR=85;TR=96;WE=42848569;WS=42848550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr21	42850911	rs9974995	C	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=444;ReadPosRankSum=0.120;SC=ACCTCAGCCACTTCCTATGAA;SOR=0.963;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=26;WE=42850919;WS=42850901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr21	42850977	rs9974933	A	G	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=7.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.27;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,109:0.72:152
chr21	42851006	rs9975014	A	G	3463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=2.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.96;ReadPosRankSum=-1.453;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,163:0.75:217
chr21	42852320	rs734056	C	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.076;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=331;ReadPosRankSum=-0.236;SC=TGTGCCGGTGCTTTCACAGGG;SOR=1.683;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=69;TCF=56;TCR=13;TR=21;WE=42852328;WS=42852310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,20:0.25:81
chr21	42860307	rs422471	C	T	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=6;PP=498;SC=TTCCCAAGGTCAAGGCTGACT;SOR=1.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=31;WE=42860315;WS=42860297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr21	42860485	rs386416	G	C	3137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr21	42861332	rs429442	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=179;ReadPosRankSum=-0.866;SC=AGGAACCTCACGGAGGGCCTC;SOR=0.874;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=11;WE=42861340;WS=42861328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr21	42879724	rs8126497	G	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.638;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr21	43133145	rs6586229	A	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=3.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.565;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.581;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,46:0.25:184
chr21	43133242	rs58060925	A	T	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.580;QD=28.47;ReadPosRankSum=-0.737;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
chr21	43133243	rs138319143	ATTT	A,ATT	1420.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.27;QD=38.40;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,31:0.16,0.84:37
chr21	43133248	rs113237601	T	A	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.592;QD=28.76;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr21	43133714	rs2838095	G	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=-1.310;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,9:0.20:45
chr21	43133829	rs2838096	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=36;ReadPosRankSum=0.304;SC=GGGTAGCAGCATCCCTGGAAA;SOR=0.382;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=7;WE=43133837;WS=43133819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr21	43161022	rs7276592	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=4.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.224;SOR=0.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,29:0.23:128
chr21	43161357	rs3746891	T	C	8936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.326;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=0.005;SC=TCTGAGGTCATGGCCTCCTTG;SOR=0.463;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=322;TCF=152;TCR=170;TR=320;WE=43161365;WS=43161347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,341:1.00:342
chr21	43161805	rs2838113	G	A	11552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.90;ReadPosRankSum=-1.011;SOR=0.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,445:1.00:446
chr21	43161877	rs3746893	C	T	2851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=87;PP=1795;ReadPosRankSum=2.317;SC=TGATCTTCCGCGCCAGCAGGA;SOR=0.708;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=537;TCF=269;TCR=268;TR=170;WE=43161885;WS=43161867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:390,177:0.31:567
chr21	43162150	rs3746894	G	A	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=3.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-1.545;SOR=1.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,41:0.26:157
chr21	43162200	rs3746895	T	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.744;SOR=1.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,16:0.21:78
chr21	43164232	rs2277789	C	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.86;ReadPosRankSum=-1.179;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,35:0.35:100
chr21	43164345	rs2277790	A	C	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=14;PP=425;SC=CCTGCCATAGACCGCATGGCC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=43164353;WS=43164335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	43165824	rs34366846	T	C	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=483;ReadPosRankSum=-0.953;SC=GGGAGAGTGGTCCGGGCGGCG;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=25;WE=43165832;WS=43165814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr21	43169357	rs2838114	C	G	3294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=1.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.04;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,150:0.68:219
chr21	43176799	rs13049286	T	G	3577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=64;PP=2094;ReadPosRankSum=-0.067;SC=CGTGGATGATTCGGAACCGGA;SOR=0.633;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=237;TCF=136;TCR=101;TR=150;WE=43176807;WS=43176789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,166:0.63:262
chr21	43176832	rs2277791	A	G	4328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.904;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=82;PP=2652;ReadPosRankSum=-1.546;SC=ATGGCTCCGAAGCCAGCAGCT;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=156;TCR=127;TR=181;WE=43176840;WS=43176822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,195:0.64:306
chr21	43177124	rs59885183	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=62;ReadPosRankSum=-1.099;SC=TGTCACATCACGAATGCAGGG;SOR=0.426;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=7;WE=43177132;WS=43177114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr21	43221483	rs3850706	A	G	4004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=85;NR=61;PP=2693;SC=TGCGGCTGCGAGGGTGGCAAG;SOR=0.930;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=85;TCR=61;TR=146;WE=43221491;WS=43221473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr21	43231296	rs28461265	A	T	5877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=126;PP=2965;SC=TAGGGCCTTCAGGAGAAGGTG;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=82;TCR=126;TR=208;WE=43231304;WS=43231286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr21	43231342	rs28484650	C	T	2847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=74;PP=2157;SC=AACGCTCATCCCCAGCCTCGG;SOR=2.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=18;TCR=74;TR=92;WE=43231350;WS=43231332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr21	43236252	rs28657504	A	G	7365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=0.797;SC=CTGGGGGCCCATGCCCGAGAC;SOR=1.443;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=95;TCR=161;TR=253;WE=43236260;WS=43236242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,275:0.99:277
chr21	43239972	rs28477638	A	G	13121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,520:1.00:520
chr21	43242207	rs28360603	G	A	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=13;PP=903;SC=GCCTTGAAACGACCACCTTCC;SOR=1.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=43;WE=43242215;WS=43242197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr21	43243585	rs28545527	A	G	6436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=107;NR=109;PP=2965;SC=TGCCCTGCCCACAGAACTCTG;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=107;TCR=109;TR=216;WE=43243593;WS=43243575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr21	43246223	rs28559700	C	T	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=9;PP=1153;SC=CAAATCTTCCCTGCAATATTC;SOR=2.372;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=58;WE=43246231;WS=43246213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	43246495	rs28473463	T	G	7321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=1.373;SC=GCCAGCATCCTTTCCAGCGCA;SOR=0.578;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=91;TCR=167;TR=257;WE=43246503;WS=43246485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,275:1.00:276
chr21	43254463	rs2839388	A	G	4047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=42;PP=2775;SC=CCCATGTGCGACAGCCCTGGT;SOR=1.677;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=95;TCR=43;TR=137;WE=43254471;WS=43254453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr21	43255359	rs2839391	G	C	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=3;PP=952;SC=TTACTGGAAAGTTTCCATCTG;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=42;WE=43255367;WS=43255349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr21	43255727	rs2839393	T	G	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=51;PP=1498;SC=TCCACGCCTGTGTCTGTTATG;SOR=2.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=12;TCR=51;TR=63;WE=43255735;WS=43255717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr21	43256073	rs8129229	C	G	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	43256076	rs8129333	C	T	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	43256082	rs8132216	A	G	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	43256252	rs4920098	C	T	6262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=123;NR=95;PP=2965;SC=AGGAAACGTGCTGCTTTAGGC;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=123;TCR=95;TR=218;WE=43256260;WS=43256242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr21	43256438	rs4920101	T	A	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=28;PP=869;SC=GCTGCAGAGATGATCGCCCAC;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=41;WE=43256446;WS=43256428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr21	43258000	rs8127003	T	C	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=21;PP=1890;SC=GCTGCCAGCATTGTCTGTCCA;SOR=2.141;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=70;TCR=21;TR=91;WE=43258008;WS=43257990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr21	43258353	rs6586335	G	A	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=33;PP=902;SC=ACATTTACTAGTACAAACAGA;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=43258361;WS=43258343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr21	43267260	rs2277793	C	T	3655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr21	43277279	rs3833355	C	CT	5047.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=42;PP=2936;SC=TGGCAACAGCCTTTACCTTCA;SOR=0.979;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=74;WE=43277287;WS=43277269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr21	43298846	rs143393748	C	T	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=1.905;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,55:0.33:166
chr21	43298954	rs202107842	C	CG	388.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.90;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	43299261	rs112381381	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr21	43299327	rs185321045	C	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=6.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=1.220;SOR=1.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr21	43309191	rs2839403	A	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=36;ReadPosRankSum=-0.971;SC=GGTAGTTAACATGGGTGCACG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=43309199;WS=43309181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr21	43315057	rs2839411	C	T	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=499;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCCACCTCCACGAGCAACACC;SOR=0.679;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=104;TCF=37;TCR=67;TR=39;WE=43315065;WS=43315047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,41:0.34:120
chr21	43325742	rs35279709	CA	C	3940.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=34;PP=2467;SC=CAACTTTTTCCAAATTCTGAA;SOR=1.250;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=62;WE=43325750;WS=43325732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr21	43327856	rs3746906	A	G	3539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr21	43332605	rs201192263	T	TA	1050.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.74;QD=42.03;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	43332608	rs11387062	T	TA	1050.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;QD=43.78;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr21	43332623	rs2026283	A	G	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;QD=43.16;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr21	43506485	rs749020	A	G	100.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=83;SC=GGGTTGGGTCACTCCTTGGCC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=43506493;WS=43506475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	43510427	rs67055914	T	C	2531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.45;ReadPosRankSum=-0.154;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,63:0.71:89
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chr21	43519032	rs220312	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=1.348;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,38:0.27:139
chr21	43521647	rs66994219	G	A	2334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.873;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=22;PP=1630;ReadPosRankSum=1.012;SC=AATTGCCGCCGACCTGCTCCT;SOR=0.447;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=135;TCF=104;TCR=31;TR=92;WE=43521655;WS=43521637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,96:0.70:138
chr21	43521902	rs12483409	G	A	3039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=87;PP=2212;ReadPosRankSum=-0.910;SC=CCCTGATGTTGGGGGCCTGAG;SOR=0.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=179;TCF=56;TCR=123;TR=125;WE=43521910;WS=43521881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,127:0.68:187
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chr21	43523941	rs220111	C	A	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.382;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=50;PP=1084;ReadPosRankSum=1.542;SC=GTCGTGAAGACGTTGATGGAT;SOR=0.798;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=319;TCF=157;TCR=162;TR=97;WE=43523949;WS=43523931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,107:0.31:349
chr21	43523972	rs11701371	G	C	4701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.213;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=98;PP=2391;ReadPosRankSum=-0.593;SC=GCCTCTTCTTGGCTAGGTCGA;SOR=0.524;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=297;TCF=149;TCR=148;TR=201;WE=43523980;WS=43523962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,218:0.67:324
chr21	43529515	rs220120	G	C	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=5;PP=783;SC=AGGCCGTAAGGTTGTCATGAG;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=43529523;WS=43529505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	43529548	rs35742122	A	AG	2819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=15;PP=1889;SC=ATGCCCCAAAATGCCCCTGCT;SOR=1.577;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=43;WE=43529556;WS=43529536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr21	43529642	rs8127300	A	C	3141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.638;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=47;PP=2962;ReadPosRankSum=0.284;SC=CTGTTTTCTCATGGGTTTTGA;SOR=0.573;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=167;TCF=90;TCR=77;TR=92;WE=43529660;WS=43529632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,148:0.64:233
chr21	43529652	rs11371744	A	AC	5521.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.252;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=50;PP=2933;ReadPosRankSum=0.541;SC=ATGGGTTTTGATTGTGTCTCC;SOR=0.597;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=103;TCF=25;TCR=78;TR=62;WE=43529660;WS=43529632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,158:0.64:246
chr21	43530856	rs2051401	G	A	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.383;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=547;ReadPosRankSum=0.778;SC=GAACGCTGGCGCCCGCCTGCG;SOR=2.030;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=28;WE=43530864;WS=43530846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,33:0.80:41
chr21	43530897	rs220125	G	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=264;ReadPosRankSum=-1.187;SC=GGGATGCAGAGCAGTCCTGCT;SOR=0.587;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=82;TCF=63;TCR=19;TR=25;WE=43530905;WS=43530887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,27:0.31:88
chr21	43531008	rs220126	T	C	8991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=178;NR=142;PP=2965;SC=GTGAGCCCCATGGGCGGTGGA;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=321;TCF=178;TCR=143;TR=320;WE=43531016;WS=43530998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr21	43531403	rs220127	C	G	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.13;SOR=1.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr21	43531553	rs220128	A	C	2714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FS=0.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.723;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:482,172:0.26:654
chr21	43531632	rs220129	T	C	24554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=932;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,929:1.00:929
chr21	43534075	rs55981015	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=123;ReadPosRankSum=-0.132;SC=TAGGGACATCCGGCTGGCTTC;SOR=0.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=8;WE=43534083;WS=43534065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr21	43539523	rs220147	C	T	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=21;PP=588;SC=TGAAAGATGTCGTGTTGTGCC;SOR=2.694;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=27;WE=43539531;WS=43539513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	43541342	rs220150	C	T	2275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=43;PP=1393;SC=AAGGTAATGTCGTCAGAGTTT;SOR=1.468;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=68;WE=43541350;WS=43541332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr21	43541478	.	CGT	C	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=1;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=214;ReadPosRankSum=1.326;SC=TGTGGGTGCACGTGTGTGTGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=43541489;WS=43541468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr21	43546509	rs111996953	G	A	10966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=681;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=224;NR=220;PP=2962;ReadPosRankSum=1.163;SC=GTCCCAGGAGGGCATCATCCA;SOR=0.676;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=630;TCF=322;TCR=308;TR=444;WE=43546517;WS=43546499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,485:0.71:680
chr21	43546705	rs220157	T	C	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=42;PP=941;SC=TTCCTTGAGATGGAATATACA;SOR=3.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=49;WE=43546713;WS=43546695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr21	43547788	rs220158	T	C	3810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=44;PP=2138;SC=TCAGCTGCCCTGTGCCCAACA;SOR=1.448;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=86;TCR=44;TR=130;WE=43547796;WS=43547778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr21	43547873	rs220159	G	A	4126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=1.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.69;ReadPosRankSum=-1.382;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,190:0.72:263
chr21	43548239	rs2839470	T	C	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=3.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=1.856;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,63:0.33:193
chr21	43549794	rs7275646	C	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-0.977;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.536;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,39:0.24:161
chr21	43549808	rs56804381	GA	G	2013.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.31;MQRankSum=1.601;NF=32;NR=39;PP=1550;ReadPosRankSum=0.960;SC=TCTCTTCTTGGAAAAAAAAAA;SOR=0.611;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=117;TCF=47;TCR=70;TR=71;WE=43549816;WS=43549784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,128:0.65:197
chr21	43557494	rs3819140	A	G	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.9967;FS=10.784;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=0;PP=612;ReadPosRankSum=-0.153;SC=GGCTTGCTCTATCGCATTCCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=27;WE=43557502;WS=43557485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr21	43557559	rs3819141	T	A	2089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=29;PP=1258;ReadPosRankSum=2.410;SC=GTGAGCCTCCTCATGCAGAAG;SOR=0.681;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=116;TCF=79;TCR=37;TR=86;WE=43557567;WS=43557549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,92:0.71:129
chr21	43557736	rs220178	G	A	1901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.078;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.707;NF=44;NR=48;PP=1336;ReadPosRankSum=1.790;SC=AATAGGAGGCGCAGGCTGACA;SOR=0.413;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=136;TCF=61;TCR=75;TR=92;WE=43557744;WS=43557726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,84:0.66:128
chr21	43557778	.	C	T	751	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=27;MQ=59.74;NF=15;NR=28;PP=751;QD=18.273749129;SC=GTGGGAGGTGCAGGCTGACAG;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=43;WE=43557786;WS=43557768;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,43:0.74:58
chr21	43639332	rs372886183	CCCG	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=3.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=3.342;QD=0.35;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,18:0.08:217
chr21	43693584	rs225400	G	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=52.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=5.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,25:0.16:155
chr21	43696999	rs56145149	C	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=-1.454;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,30:0.27:112
chr21	43704650	rs2234719	C	T	3347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=6.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.08;ReadPosRankSum=-1.133;SOR=0.388;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,153:0.69:222
chr21	43708431	rs2234720	G	GC	1318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.127;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.439;NF=1;NR=28;PP=876;ReadPosRankSum=-1.334;SC=CGGTAAGGCTGCCCGCATCTT;SOR=0.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=3;TCR=105;TR=29;WE=43708439;WS=43708421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,56:0.34:165
chr21	43710052	rs4148137	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=4.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.771;SOR=1.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr21	43710096	rs2234721	G	T	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=265;ReadPosRankSum=-1.149;SC=GCCGCATCCGGGTTGTTCTCT;SOR=0.463;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=28;WE=43710104;WS=43710086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,32:0.35:91
chr21	43711805	rs55934803	T	G	2046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=55;PP=1383;ReadPosRankSum=0.210;SC=GCATGACGGCTGGGCTTCCCT;SOR=0.836;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=92;TCF=18;TCR=74;TR=69;WE=43711813;WS=43711795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,78:0.76:103
chr21	43720512	rs72117495	CAT	C	579.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=1.129;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,24:0.24:98
chr21	43720525	rs1023156	A	G	3265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=34;PP=2498;ReadPosRankSum=0.536;SC=ACACACACATACACACACATA;SOR=1.423;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=73;TCR=34;TR=107;WE=43720533;WS=43720502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,109:0.98:111
chr21	43720875	rs35803624	T	C	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.096;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=452;ReadPosRankSum=0.397;SC=TAGATACTTATAAAGAATAAA;SOR=0.089;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=27;WE=43720883;WS=43720865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
chr21	43732425	rs533093	C	T	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=302;ReadPosRankSum=0.263;SC=TCTCCACCCACGCTGCCCAGC;SOR=0.425;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=23;WE=43732433;WS=43732415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr21	43766560	rs225334	G	A	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=-1.921;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,89:0.33:266
chr21	43767500	rs225337	T	A	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.554;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,35:0.30:116
chr21	43786512	rs225358	C	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.951;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=582;ReadPosRankSum=-0.702;SC=GGAAGAAGCACGCCTTACCTG;SOR=0.478;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=153;TCF=100;TCR=53;TR=51;WE=43786520;WS=43786502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,54:0.31:176
chr21	43808964	rs225432	T	A	196.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=184;SC=TGGACCCATTTTACAGATGGG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=43808972;WS=43808954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr21	43826344	rs3746923	C	T	6528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.157;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQ=60.02;MQRankSum=0.783;NF=159;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.287;SC=TGTGCAAGGCCACACCCTGCC;SOR=0.738;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=468;TCF=246;TCR=222;TR=287;WE=43826352;WS=43826334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,308:0.62:495
chr21	43826391	rs3746924	T	C	6585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.658;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=1.085;SC=CGACGTGACTTTGTGTCTGTG;SOR=0.506;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=409;TCF=199;TCR=210;TR=278;WE=43826399;WS=43826381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,298:0.69:435
chr21	43826567	rs75916108	G	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.611;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=403;ReadPosRankSum=0.737;SC=GGAAGAGCCGGGCGCCTCTGG;SOR=1.942;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=21;WE=43826575;WS=43826557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr21	43829758	rs11702374	G	A	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=41;PP=1021;ReadPosRankSum=1.451;SC=ACGGCAGCTGGAGGCATTTTT;SOR=0.654;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=81;TCF=25;TCR=56;TR=61;WE=43829766;WS=43829748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,68:0.76:90
chr21	43838403	rs9974660	T	A	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=706;ReadPosRankSum=-1.778;SC=ACAGAACACATTGGAGGGGCA;SOR=0.423;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=47;WE=43838411;WS=43838393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,52:0.74:70
chr21	43846801	rs973344	TG	CA	4761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=1.159;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.55;ReadPosRankSum=-1.245;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,124:0.64:194
chr21	43847066	rs75224711	C	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=-1.064;SC=GCGTGGTCAGCAAGGGGGCCT;SOR=3.033;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=7;WE=43847074;WS=43847056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr21	43852146	rs58639264	A	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.582;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=942;ReadPosRankSum=0.549;SC=GAGAGCTGCCATTGGTGCAAG;SOR=0.446;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=27;WE=43852168;WS=43852136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr21	43852160	rs2839512	A	G	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=942;ReadPosRankSum=-0.084;SC=GTGCAAGTCCAGTGAGTTGGA;SOR=0.387;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=28;WE=43852168;WS=43852136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr21	43852232	rs13052676	C	T	1696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.743;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=938;ReadPosRankSum=0.389;SC=CAAGGAAGAGCGTGCTGGTGG;SOR=0.460;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=96;TCF=61;TCR=35;TR=66;WE=43852240;WS=43852222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,76:0.70:109
chr21	43854985	rs17114925	A	C	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=38;PP=1125;ReadPosRankSum=0.024;SC=GCAGTCTGCCAAGACGGAGTC;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=71;TCR=65;TR=79;WE=43854993;WS=43854975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,89:0.59:151
chr21	43857602	rs17114930	C	G	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.67;ReadPosRankSum=-0.899;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,104:0.68:152
chr21	43863521	rs868092	A	G	2980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.766;NF=50;NR=69;PP=1760;ReadPosRankSum=-0.556;SC=ACACCTGTCCACAGGACAGTA;SOR=0.634;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=195;TCF=79;TCR=116;TR=119;WE=43863529;WS=43863511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,133:0.62:213
chr21	43892775	rs11203205	G	A	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=11;PP=937;SC=GAGCAGTGGCGCGATCTCCAC;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=43892783;WS=43892765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr21	43892875	rs1043807	G	A	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=451;ReadPosRankSum=0.168;SC=CACTGCACCCGGCTAACGACA;SOR=0.610;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=144;TCF=78;TCR=66;TR=42;WE=43892883;WS=43892865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,46:0.29:159
chr21	43897355	rs11702140	C	T	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.780;HP=3;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.459;NF=36;NR=9;PP=763;ReadPosRankSum=-2.352;SC=GGGGGTGCCCCACACCCTCTG;SOR=1.447;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=45;WE=43897363;WS=43897345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr21	43905887	rs2839536	C	T	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=47;PP=1082;ReadPosRankSum=-1.093;SC=TGCCCGTCTCCGCGTATAAAT;SOR=0.581;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=43;TCR=73;TR=76;WE=43905895;WS=43905877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,84:0.66:127
chr21	43906351	rs2839537	G	C	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.180;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=30;PP=1568;ReadPosRankSum=1.146;SC=AGAAAGATTGGACCTGCCTGG;SOR=1.062;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=140;TCF=91;TCR=49;TR=91;WE=43906359;WS=43906341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,100:0.65:153
chr21	43916339	rs1573413	G	A	4382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.37;ReadPosRankSum=-0.802;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,218:0.71:305
chr21	43938673	rs4919990	T	C	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.838;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=1013;ReadPosRankSum=-1.085;SC=AGGTGAGGGCTACTGTGCAGG;SOR=0.854;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=62;WE=43938681;WS=43938663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,65:0.68:96
chr21	43955427	rs228056	A	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=120;ReadPosRankSum=-0.443;SC=GAAACTGAACAGAAAATGCAC;SOR=0.307;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=11;WE=43955435;WS=43955417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr21	43959770	rs228063	A	G	3483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.084;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.805;NF=63;NR=66;PP=1858;ReadPosRankSum=2.188;SC=AAGGGTTTGGATCCGTGGCTC;SOR=0.519;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=84;TCR=91;TR=129;WE=43959778;WS=43959760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,152:0.76:200
chr21	43959908	rs58348531	TC	T	893.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.510;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.695;NF=1;NR=21;PP=753;ReadPosRankSum=-1.212;SC=ACAAAGTCCTTCCCTTTCTCT;SOR=0.231;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=22;WE=43959916;WS=43959898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,30:0.83:36
chr21	43963401	rs228074	T	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.441;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=183;ReadPosRankSum=-1.145;SC=TCGCGAGTCCTGCATGGCACA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=9;WE=43963409;WS=43963392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr21	43963759	rs228075	A	G	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.094;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=821;ReadPosRankSum=1.413;SC=GAGGCCTCGGATTTCCCTGCC;SOR=1.274;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=52;WE=43963767;WS=43963749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,51:0.69:74
chr21	43967126	rs228082	G	A	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.769;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=647;ReadPosRankSum=0.011;SC=CGGTGCTCCCGTGTTGCCCTG;SOR=1.540;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=40;WE=43967134;WS=43967116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,43:0.75:57
chr21	43984126	rs7282730	C	T	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=34;PP=934;SC=AGGGTCAGGCCGTCACCTGGG;SOR=1.571;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=52;WE=43984134;WS=43984116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr21	43985016	rs915874	G	A	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=23;PP=593;SC=TGACAAGCCCGCTTCATTCCC;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=43985024;WS=43985006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr21	43985955	rs228104	G	A	5989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=128;NR=84;PP=2965;SC=CTTCTCCACCGTCAGCAAGAT;SOR=1.103;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=128;TCR=85;TR=212;WE=43985963;WS=43985945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr21	43986117	rs36113965	T	TC	7036.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=96;PP=2973;SC=GCTAAAATTGTCCGTGTCCTC;SOR=1.364;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=7;TCR=99;TR=103;WE=43986125;WS=43986107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr21	43986175	rs4919992	C	T	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=52;PP=1525;SC=CTCCCCAGTGCGAGGCTTGCC;SOR=1.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=72;WE=43986183;WS=43986165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr21	43987325	rs9977293	C	T	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr21	43987329	rs9979646	G	C	2663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.40;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr21	43988437	rs7280392	G	A	8176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=160;NR=115;PP=2965;SC=ATGCTGTGGCGATAACTGCAC;SOR=0.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=160;TCR=116;TR=275;WE=43988445;WS=43988427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr21	43999983	rs453592	T	C	3456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=66;PP=1902;SC=ATCTGCCTTCTGCACCTGGCT;SOR=1.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=54;TCR=66;TR=120;WE=43999991;WS=43999973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr21	44000052	rs380152	A	G	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=31;PP=1000;SC=CTTCACTCTCACTTTTTCTTT;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=44000071;WS=44000042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr21	44000063	rs380161	T	G	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=28;PP=967;SC=CTTTTTCTTTTCTAATAAATA;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=44000071;WS=44000042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr21	44000078	rs453647	T	C	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=24;PP=693;SC=TAAATACCTCTGGATGGGTTA;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=44000086;WS=44000068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr21	44000366	rs388907	A	G	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr21	44107960	rs2839573	T	A	2465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.287;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=32;PP=1513;ReadPosRankSum=-0.480;SC=TGGCCCCATGTGTACATTCAA;SOR=0.514;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=146;TCF=103;TCR=43;TR=98;WE=44107968;WS=44107950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,108:0.68:159
chr21	44107989	rs2839574	A	G	4149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.348;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=78;PP=2445;ReadPosRankSum=-1.765;SC=CCCAGAGCACACTATGGGCGA;SOR=0.435;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=265;TCF=161;TCR=104;TR=185;WE=44107997;WS=44107979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,201:0.70:286
chr21	44118958	rs1515755	T	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.73;ReadPosRankSum=-0.736;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr21	44152149	rs2269153	G	A	2453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.78;ReadPosRankSum=-0.055;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,117:0.61:192
chr21	44163839	rs6586344	A	G	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr21	44173971	rs57957426	CA	C	891.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=2.018;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,78:0.80:98
chr21	44174275	rs4919999	T	C	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;QD=26.25;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	44178992	rs11702144	A	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.954;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=382;ReadPosRankSum=-0.324;SC=GAGGGGGAGAACCCACCTCCT;SOR=1.226;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=22;WE=44179000;WS=44178973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr21	44180443	rs13047953	C	T	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FS=0.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.306;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:402,131:0.25:533
chr21	44180866	rs55905735	ACC	A	2299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;QD=40.35;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr21	44180916	rs1547379	G	A	2596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=5.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.014;QD=13.60;ReadPosRankSum=0.191;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,127:0.66:191
chr21	44182135	rs2269168	C	G	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=21;PP=929;ReadPosRankSum=0.199;SC=GTTGCTCCCCCGTGCAGGTAC;SOR=0.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=106;TCF=71;TCR=35;TR=67;WE=44182143;WS=44182125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,80:0.65:123
chr21	44185794	rs2284970	TC	GA	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=570;ReadPosRankSum=1.395;SC=TCCTGATGGGTCCTCCTTCAT;SOR=0.420;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=17;WE=44185803;WS=44185784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr21	44188249	rs68104891	GC	G	1892.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.460;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.968;NF=19;NR=21;PP=1364;ReadPosRankSum=-0.836;SC=GCAGCAGCAGGCCCGTGTTCT;SOR=1.115;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=40;WE=44188257;WS=44188234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,64:0.52:122
chr21	44188485	rs2284977	T	A	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=900;ReadPosRankSum=-1.503;SC=CGAGCACGCCTGGGTGGTCCC;SOR=0.591;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=63;WE=44188493;WS=44188475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,70:0.78:90
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chr21	44189166	rs1045382	T	C	4252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.60;ReadPosRankSum=0.919;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,105:0.76:139
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chr21	44274845	rs1107831	A	G	4286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=1.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.24;ReadPosRankSum=-0.724;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,193:0.73:264
chr21	44275945	rs62215012	G	A	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.692;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=42;PP=1040;ReadPosRankSum=-1.177;SC=CCGTCAGGTAGGGTGACAGAG;SOR=1.047;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=65;WE=44275953;WS=44275935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,73:0.65:113
chr21	44279668	rs149300976	C	CCAGGGGCCAGCGATCCA	243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.16;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr21	44293744	rs2248490	C	G	4124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=68;PP=2396;ReadPosRankSum=-0.551;SC=AGCTGCCAGACTTGGAGAAGG;SOR=0.593;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=142;TCR=99;TR=166;WE=44293752;WS=44293734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,182:0.70:261
chr21	44296933	rs71332377	AT	A	1123.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.153;NF=2;NR=54;PP=2037;ReadPosRankSum=-2.065;SC=GAAATAACAAATTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=3;TCR=92;TR=56;WE=44296943;WS=44296923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,70:0.71:98
chr21	44296935	rs116944707	T	A	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.603;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.939;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,68:0.62:110
chr21	44323590	rs4148973	T	G	2054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.980;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=40;PP=1240;ReadPosRankSum=0.650;SC=CTTCATCCTCTTCCAGCTCCT;SOR=0.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=82;WE=44323598;WS=44323580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,90:0.81:111
chr21	44324365	rs10595	G	A	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=41;PP=966;ReadPosRankSum=-0.350;SC=CGCGCCAGGGGACGACCGAGG;SOR=0.619;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=102;TCF=40;TCR=62;TR=70;WE=44324373;WS=44324355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,82:0.70:117
chr21	44327015	rs2839604	G	A	2967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=71;PP=1744;ReadPosRankSum=-1.244;SC=CTCTTTAAATGAGACATCGTT;SOR=0.623;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=184;TCF=81;TCR=103;TR=129;WE=44327023;WS=44327005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,137:0.71:194
chr21	44328830	rs4148976	A	G	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=0;PP=647;ReadPosRankSum=0.481;SC=AAGCGCCTGTATGTGAGCCAA;SOR=2.012;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=38;TCR=0;TR=28;WE=44328838;WS=44328820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr21	44371114	rs451887	T	C	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=48;PP=1485;SC=TGTGATATTATTCATAATATC;SOR=1.233;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=81;WE=44371122;WS=44371104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr21	44424689	rs3216136	G	GA	1498.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=35;PP=1150;SC=TTCGTGTTCAGAAAAAAAGCC;SOR=1.850;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=38;WE=44424697;WS=44424679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr21	44430325	rs234781	T	C	2875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.37;SOR=1.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
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chr21	44445185	rs234719	C	T	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=427;ReadPosRankSum=0.456;SC=CCAACTGAGACGGGGTCTTGC;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=31;WE=44445193;WS=44445175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,35:0.78:45
chr21	44448763	rs170916	G	C	2430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=37;PP=2962;ReadPosRankSum=1.320;SC=TCCTGTATAGGGTCTTTACGA;SOR=0.632;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=152;TCF=98;TCR=54;TR=102;WE=44448783;WS=44448753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,107:0.67:159
chr21	44448775	rs234728	G	A	3133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=48;PP=2962;ReadPosRankSum=1.096;SC=TCTTTACGAAGGCTGTTTTCA;SOR=0.596;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=192;TCF=123;TCR=69;TR=128;WE=44448783;WS=44448753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,137:0.67:205
chr21	44449095	rs234729	G	A	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=14;PP=368;SC=TGGTGAACGAGAGTGCGTGGT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=44449103;WS=44449085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	44449917	rs234733	G	A	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.570;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=537;ReadPosRankSum=-0.485;SC=TAGGTCAAACGAGCAAACAGC;SOR=0.132;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=34;WE=44449925;WS=44449907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,38:0.75:51
chr21	44452424	rs141407897	T	TTCCCTCACCACCCTCCGTCTCTTCG	618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.002;QD=20.62;ReadPosRankSum=1.914;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr21	44452455	rs378528	T	C	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=105;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=12;PP=310;SC=CTTCGGCTGCTTGCTCTTTAG;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=44452463;WS=44452445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	44475714	rs2124459	T	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=48;ReadPosRankSum=0.434;SC=CCTTGCATTTTGGGGAAACGG;SOR=0.036;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=5;WE=44475722;WS=44475704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
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chr21	44475796	rs2124461	T	C	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=-1.339;SOR=0.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,14:0.19:73
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chr21	44478217	rs139077204	T	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,38:0.19:204
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chr21	44486271	rs234707	G	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=460;ReadPosRankSum=-0.711;SC=CTGCAGCTCAGCCATCCCCCC;SOR=0.498;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=29;WE=44486279;WS=44486263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr21	44486324	rs234708	T	C	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=636;ReadPosRankSum=-1.138;SC=CAGCCAGCCCTGGCCACCCCC;SOR=0.566;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=59;WE=44486332;WS=44486314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,71:0.63:112
chr21	44487891	rs234713	G	A	11450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=761;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.07;ReadPosRankSum=-1.257;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,525:0.69:760
chr21	44488033	rs234714	T	C	3909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=93;PP=2881;SC=TCCCTCCACGTTCTTGAGCCT;SOR=2.575;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=29;TCR=94;TR=122;WE=44488041;WS=44488023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr21	44488755	rs5844149	G	GA	425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.87;ReadPosRankSum=-1.804;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr21	44579848	rs56218428	G	A	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.78;ReadPosRankSum=1.024;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,110:0.76:145
chr21	44836478	.	CAAAAAT	C	510.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=9;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=467;ReadPosRankSum=0.488;SC=AAAAATAAAACAAAAATAAAC;SOR=1.033;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=11;WE=44836491;WS=44836468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr21	44837551	rs430552	G	A	16210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr21	44837555	rs430554	G	A	16309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.20;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr21	44839654	rs229346	A	G	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=2;PP=221;SC=CCTGGGACCCACTGCCCACGC;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=15;WE=44839662;WS=44839648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	44840382	rs657978	G	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.664;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr21	44841036	rs2006191	A	G	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=667;ReadPosRankSum=-0.907;SC=ACAGAGCCACATCAGCGCCAG;SOR=0.637;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=196;TCF=119;TCR=77;TR=69;WE=44841044;WS=44841026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,84:0.38:220
chr21	44841052	rs2006112	T	C	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=27;PP=708;ReadPosRankSum=2.467;SC=GCCAGGGCGGTGCCCCCGGGA;SOR=0.600;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=134;TCR=77;TR=74;WE=44841060;WS=44841042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,88:0.38:234
chr21	44985202	rs9637217	G	A	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.95;QD=31.14;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr21	44985272	rs9637218	C	T	5022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;NR=103;PP=2965;SC=AGGTCCACCCCGACACCGGCA;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=138;TCR=103;TR=241;WE=44985280;WS=44985262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr21	45053011	rs7277539	A	G	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=6;PP=418;SC=ATATACGATAAGTATTCAATA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=45053019;WS=45053001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	45064296	rs2246602	C	A	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=49;PP=1427;SC=CATAAAATTACTCAAGATATT;SOR=1.420;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=80;WE=45064304;WS=45064286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr21	45076373	rs2838340	A	G	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=5;PP=1655;SC=GGACTGTAAGAGTACCTTAAA;SOR=4.582;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=58;TCR=5;TR=63;WE=45076381;WS=45076363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr21	45076443	rs2838341	A	G	8090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=104;PP=2965;SC=GTTACCACCAATGACTGCTGA;SOR=1.202;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=270;TCF=166;TCR=104;TR=270;WE=45076451;WS=45076433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr21	45077865	rs2838342	G	A	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=33;NR=5;PP=581;SC=GTCTCCGAGCGCACGGGGCGA;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=45077873;WS=45077855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr21	45078035	rs2838343	C	T	8586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr21	45089877	rs2838344	G	A	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr21	45092095	rs11909064	G	C	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=15;PP=1317;SC=ACCTTCCCACGAGCGGAAGTG;SOR=2.194;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=60;WE=45092103;WS=45092085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr21	45092257	rs2251253	T	A	8150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.109;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=0.605;SC=GTAAGTCCTGTTGTTTCTTCT;SOR=0.306;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=289;TCF=155;TCR=134;TR=288;WE=45092265;WS=45092247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,312:1.00:313
chr21	45096206	rs2155722	G	A	6159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=118;NR=97;PP=2965;SC=AAATTGCTGCGAAGACGAAGG;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=118;TCR=98;TR=215;WE=45096214;WS=45096196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr21	45107285	rs2838348	C	G	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=2;PP=806;SC=GAACTTTCCTCGTGGTAGAAT;SOR=4.479;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=28;WE=45107293;WS=45107275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	45107518	rs7279959	A	G	5556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=96;PP=2965;SC=GTGCAGCCCCATCCCTGGAAC;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=109;TCR=97;TR=205;WE=45107526;WS=45107508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr21	45107562	rs9306160	T	C	5186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=100;NR=90;PP=2965;SC=GCCTCTGGGCTGAAAGCCCTG;SOR=0.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=101;TCR=91;TR=190;WE=45107570;WS=45107552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr21	45111512	.	A	AT	462	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=8;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=22;MQ=55.33;NF=3;NR=3;PP=462;QD=80.6666666667;SC=CCATTTCTTTATTTTTATTTT;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=6;WE=45111520;WS=45111502;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,6:0.35:17
chr21	45170285	rs1106797	A	G	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=1.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.129;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,74:0.35:214
chr21	45170580	rs1079268	A	G	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=478;ReadPosRankSum=-0.368;SC=AGCAGGATATATGTGTGTGTG;SOR=0.934;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=34;WE=45170588;WS=45170570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr21	45173705	rs77699447	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-1.166;SOR=0.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr21	45175958	rs7527	T	C	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=1.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=-1.556;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,79:0.33:239
chr21	45193758	rs28691645	T	C	517.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5315;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=256;ReadPosRankSum=-0.600;SC=CCGCCCTCCATGCCCCCGAGG;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=18;WE=45193766;WS=45193748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,22:0.88:25
chr21	45209714	rs2276245	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=152;ReadPosRankSum=1.068;SC=CGGCGGCGGCCGGAGCTGGGG;SOR=0.741;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=15;WE=45209722;WS=45209704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,16:0.30:54
chr21	45215046	rs2838371	T	C	2119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.069;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,60:0.31:196
chr21	45215052	rs117695203	C	T	3324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=52;PP=2962;ReadPosRankSum=0.157;SC=CTAATGCCAACCTCCTTCTGT;SOR=0.670;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=197;TCF=120;TCR=77;TR=131;WE=45215063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,150:0.69:218
chr21	45215055	rs2838373	C	G	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.782;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,73:0.32:230
chr21	45217559	rs2838378	T	C	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.175;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,90:0.30:301
chr21	45217753	rs2070538	C	T	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=448;ReadPosRankSum=1.919;SC=TCCAGCATAACGGGCCTGCTC;SOR=0.892;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=33;WE=45217761;WS=45217743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,37:0.35:105
chr21	45217929	rs2838379	T	C	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=1.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.89;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,82:0.35:231
chr21	45219524	rs4566449	T	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.845;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,21:0.24:86
chr21	45220483	rs915770	A	G	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=-3.456;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,32:0.24:136
chr21	45220570	rs731935	T	C	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=9.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.789;SOR=1.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,7:0.17:40
chr21	45220626	rs3216106	A	AC	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=119;ReadPosRankSum=-0.775;SC=GGACCCTGAGACCGTCCCCAG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=5;WE=45220634;WS=45220616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr21	45220787	rs2329576	A	G	4621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr21	45390749	.	TA	T	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=-0.392;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr21	45499685	rs17178515	G	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-4.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=337;ReadPosRankSum=-0.717;SC=ATTAAGGAGAGAAAAGTCCTA;SOR=0.392;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=21;WE=45499693;WS=45499675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr21	45514141	rs11287102	TG	T	1122.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=10;PP=349;SC=TTTGGGAGGGTGGGGGTGAAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=45514157;WS=45514131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	45514149	rs9941801	A	G	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.53;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	45514168	rs4819371	C	T	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	45514188	rs4818879	A	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=9;PP=255;SC=ATAATCTGAAAAACTGAATAG;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=45514196;WS=45514178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	45522595	rs111964977	C	G	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.811;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=319;ReadPosRankSum=-0.622;SC=TAACGACGGCCGTGACTCTCG;SOR=0.323;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=28;WE=45522603;WS=45522585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,32:0.42:77
chr21	45527112	rs72257518	GCTC	G	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=550;SC=GGGCGACGCAGCTCCTCCTGC;SOR=2.147;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=13;WE=45527122;WS=45527102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	45527460	rs2850153	G	A	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=16;PP=484;SC=CTGCGCGCCCGTGGCCTCGGG;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=45527468;WS=45527450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	45528919	rs2020945	G	A	7921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=129;NR=136;PP=2965;SC=TTTTACCTGCGATGGAAATTC;SOR=0.891;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=266;TCF=129;TCR=137;TR=265;WE=45528927;WS=45528909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr21	45534032	rs2243999	C	T	9156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=170;NR=154;PP=2965;SC=GGGGTAGCTGCGCGGTGGTGA;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=325;TCF=171;TCR=154;TR=324;WE=45534040;WS=45534022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr21	45538512	rs5844173	TG	T	2937.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=16;PP=2229;SC=AGTGAATTGTTGGAGTCTGGT;SOR=2.191;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=55;WE=45538520;WS=45538502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr21	45538647	rs756553	T	C	11255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=208;NR=195;PP=2965;SC=TCTGCAGCATTTCAGATCAGA;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=403;TCF=208;TCR=195;TR=403;WE=45538655;WS=45538637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr21	45538725	rs756554	C	A	8213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=146;PP=2965;SC=GTTTGTCCCCCGCCTGGGTGG;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=138;TCR=146;TR=284;WE=45538733;WS=45538715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr21	45538782	rs756555	A	T	3609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=55;NR=70;PP=2046;SC=GGCTACAGGCATACTTGACAG;SOR=1.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=56;TCR=72;TR=125;WE=45538790;WS=45538772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr21	45539240	rs2855652	G	C	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=13;PP=563;SC=GCCTGAGCCGGGTACCCCAGC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=45539248;WS=45539230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr21	45539426	rs2071142	G	A	4096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr21	45540143	rs2855653	G	A	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=1;PP=1018;SC=AGCATCTTAGGTGGGGCGGCA;SOR=4.271;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=40;TCR=1;TR=41;WE=45540151;WS=45540133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr21	45540207	rs2850157	C	T	3774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.740;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=26;PP=2366;ReadPosRankSum=1.847;SC=GGTCTGCCCCCGCCCCTCCTG;SOR=2.075;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=99;TCR=27;TR=124;WE=45540215;WS=45540197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,134:0.99:135
chr21	45540919	rs2071143	A	G	14238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=256;NR=250;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.727;SC=GGGACAAGACAGTGCGCCTAT;SOR=0.229;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=507;TCF=256;TCR=251;TR=506;WE=45540927;WS=45540909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,546:1.00:547
chr21	45544594	rs2187313	T	C	5710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=109;PP=2965;SC=CAACCTGTCTTTGGACGCCAT;SOR=1.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=80;TCR=109;TR=189;WE=45544602;WS=45544584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr21	45547736	rs368215943	T	TAA	943.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=10.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.84;ReadPosRankSum=-0.402;SOR=3.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,35:0.92:38
chr21	45550460	rs11311220	TC	T	1059.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=9;PP=512;SC=GCATTGACCATCCCCTGTGTG;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=14;WE=45550468;WS=45550450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr21	45553430	rs2187314	A	C	6910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=147;NR=82;PP=2965;SC=CCCACCGGCGAACTCACTGGA;SOR=1.390;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=233;TCF=147;TCR=86;TR=229;WE=45553438;WS=45553420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr21	45553476	rs968713	A	C	11385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=229;NR=170;PP=2965;SC=GGCTCCGCCCAGAAGGCTGCG;SOR=1.041;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=402;TCF=229;TCR=173;TR=399;WE=45553484;WS=45553466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr21	45553596	rs968714	T	C	13110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=217;NR=235;PP=2965;SC=GCTGTGAGGGTCCTGGTGGCC;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=453;TCF=217;TCR=236;TR=452;WE=45553604;WS=45553586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr21	45560331	rs2838492	C	G	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=29;PP=753;SC=CTCACAGCTGCTTTTCTTGTT;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=45560339;WS=45560321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr21	45561039	rs1059813	T	C	13508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=243;PP=2965;SC=TGTCTCCCCATCCACAGTCAC;SOR=0.742;Source=Platypus;TCF=244;WE=45561047;WS=45561029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr21	45564575	rs2838496	G	C	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=0;PP=1363;SC=CCAGGAGCGAGTTCTCCTCTT;SOR=7.978;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=56;TCR=6;TR=56;WE=45564583;WS=45564565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr21	45565473	rs7676	C	T	2246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr21	45648992	rs7278940	T	C	6155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=109;NR=102;PP=2965;SC=CAGGCAGACGTCGGTTTTCTC;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=109;TCR=102;TR=211;WE=45649000;WS=45648982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr21	45649494	rs7278772	A	G	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.02;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr21	45649499	rs9974245	G	A	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.32;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	45649666	rs4511811	G	A	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=567;ReadPosRankSum=-0.170;SC=GGAGCGCGGGGGTCTAGCACT;SOR=0.540;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=175;TCF=106;TCR=69;TR=55;WE=45649674;WS=45649656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,60:0.31:194
chr21	45649778	rs4568033	A	G	7791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.584;SC=AGGAAATGCCATGCGCACCAT;SOR=0.266;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=267;TCF=150;TCR=117;TR=266;WE=45649786;WS=45649768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,301:1.00:302
chr21	45649848	rs13052840	T	C	8789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.21;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr21	45650008	rs145424134	A	AC	1369.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.878;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=38;PP=1066;ReadPosRankSum=1.444;SC=GGCAGCAGCGATGGGGGGTGT;SOR=0.478;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=3;TCR=63;TR=40;WE=45650017;WS=45649998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,53:0.62:86
chr21	45650009	rs2236668	T	C,G	3398.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=19,14;NR=28,34;PP=373,1075;SC=GCAGCAGCGATGGGGGGTGTC;SOR=1.356;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=97;TCF=33;TCR=64;TR=47,48;WE=45650017;WS=45649998;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.38,0.62:87
chr21	45651413	rs3746962	A	G	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=37;PP=1074;SC=AAGTGTTGCAAGGAAGTATTT;SOR=2.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=45651421;WS=45651403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr21	45660835	rs2847224	C	A	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=14;PP=460;SC=GCGCTCCCGCCGCGCCCGAGG;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=45660843;WS=45660825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	45670770	rs7354779	T	C	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr21	45681153	rs2070565	T	C	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=34;PP=863;SC=GGGGATGCTGTGTCAGGACAC;SOR=1.197;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=58;WE=45681161;WS=45681143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr21	45709568	rs1055311	C	T	7226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr21	45712357	rs5844181	AC	A	380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=367;SC=AGGCTGGGCCACCCCCTCCTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=45712365;WS=45712347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	45732116	rs1057034	C	T	4884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr21	45733911	rs61750224	G	A	6008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr21	45741854	rs4818904	T	C	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=57;PP=1778;SC=AGGTGGAGGCTGAGACCTGGG;SOR=1.420;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=88;WE=45741862;WS=45741844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr21	45742115	rs2277808	G	A	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=27;PP=762;SC=GTACCTGGGGGCAGGAGGGCC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=45742123;WS=45742105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr21	45743594	rs12482028	C	T	3300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.386;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=19;PP=2187;ReadPosRankSum=0.709;SC=AGCCTGTCCCCGGCCCACCCT;SOR=2.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=88;TCR=20;TR=105;WE=45743602;WS=45743584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,112:0.98:114
chr21	45746214	rs4818905	A	C	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=38;PP=911;SC=TCCCTGAGGCAGGTGTGCCAG;SOR=2.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=45746233;WS=45746204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr21	45746225	rs4818906	G	A	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=36;PP=981;SC=GGTGTGCCAGGCCCAGCCCCA;SOR=2.348;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=48;WE=45746233;WS=45746204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr21	45750145	rs11552066	T	C	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.610;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,45:0.28:159
chr21	45750248	rs11552067	G	A	7501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=141;NR=129;PP=2965;SC=CACCCGGCACGGCGAGGCTGC;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=272;TCF=141;TCR=131;TR=270;WE=45750256;WS=45750238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr21	45755736	rs147855042	C	T	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.233;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,69:0.25:276
chr21	45757631	rs56242109	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=0.013;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,9:0.15:61
chr21	45758909	.	T	G	67	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=23;MQ=54.86;NF=5;NR=3;PP=67;QD=12.7214015684;SC=CTCCGCCCTCTCCCCGCCCCG;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=8;WE=45758917;WS=45758899;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:25,8:0.24:33
chr21	45759045	rs11870	C	T	2212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=1.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=-3.180;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:288,137:0.32:425
chr21	45759197	rs73374031	G	C	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.967;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=462;ReadPosRankSum=1.720;SC=ATCCTGAGCCGATTGGCGGCT;SOR=1.360;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=97;TCF=25;TCR=72;TR=28;WE=45759205;WS=45759187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,30:0.28:106
chr21	45784271	rs2276252	G	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.194;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=325;ReadPosRankSum=-1.509;SC=GGCTGGCAAAGCTCCAGGGTG;SOR=1.347;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=22;WE=45784279;WS=45784261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr21	45789011	rs34543751	A	AG	2038.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.18;NF=15;NR=11;PP=1080;SC=CCTGGGTGTCAGGTGCCCCTC;SOR=1.532;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=26;WE=45789019;WS=45789001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr21	45789344	.	G	C	81.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=88;ReadPosRankSum=0.674;SC=ACGTCTGACCGGGCGCTGTGG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=4;WE=45789360;WS=45789334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr21	45789352	.	T	C	163	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=5;HapScore=4;MGOF=18;MMLQ=19;MQ=56.86;NF=5;NR=3;PP=163;QD=24.7214015684;SC=CCGGGCGCTGTGGGGAGCAGG;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=8;WE=45789360;WS=45789334;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr21	45799164	rs2838556	T	C	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.934;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=49;PP=909;ReadPosRankSum=0.093;SC=CCAGGACTCATGGACCGATGC;SOR=1.329;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=90;TCF=16;TCR=74;TR=57;WE=45799172;WS=45799154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,57:0.61:94
chr21	45811343	rs1556314	T	G	5023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.067;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=1.612;SC=TGGTGGAGGATCCCGAGCGCC;SOR=0.849;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=281;TCF=143;TCR=138;TR=200;WE=45811351;WS=45811333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,218:0.70:312
chr21	45815567	.	GTGTGGAGGGCTGTGGAGGATGTGGAGGGGTGTGGAGGGCTGTGGAGGGA	G	2987	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=16;MQ=55.49;NF=0;NR=24;PP=2987;QD=20;SC=GTGTGGAGGGGTGTGGAGGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=24;WE=45815623;WS=45815557;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,24:0.77:31
chr21	45815573	rs67099101	AG	A	747.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.54;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	45815575	rs150668005	G	A	755.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.99;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	45815580	.	TG	T	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.77;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	45815583	.	AGGATGTGG	A	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.59;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	45817620	rs1785436	T	C	5058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr21	45820196	rs35288229	C	T	3802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.133;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=84;PP=2206;ReadPosRankSum=-0.635;SC=TGGGCTGTGGCGTGTGACCCT;SOR=0.742;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=246;TCF=129;TCR=117;TR=163;WE=45820204;WS=45820186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,177:0.67:265
chr21	45821794	rs1785437	C	T	7300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=0.496;SC=CAGCCCCACCCGCTTTTCCAC;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=80;TCR=163;TR=242;WE=45821802;WS=45821784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,265:1.00:266
chr21	45825975	rs1614122	G	A	5005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=122;PP=2965;SC=GGTGGGCCTCGGGGAGGGCAG;SOR=2.441;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=163;TCF=36;TCR=127;TR=158;WE=45825983;WS=45825965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr21	45826434	rs1785454	C	T	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr21	45826462	rs1618355	C	A	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.110;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.79;ReadPosRankSum=1.501;SOR=0.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr21	45826744	rs1785439	A	G	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=4;PP=74;SC=GGCCGGCTCCATCAGGGGGTC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=45826752;WS=45826734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	45834025	rs915779	T	C	4633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=115;PP=2683;SC=GCAGTGGCCATGCTGTCTCCA;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=47;TCR=115;TR=162;WE=45834033;WS=45834015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr21	45837790	rs1785452	T	C	9870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr21	45843707	rs35058894	TGAG	T	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=639;SC=AGGAGGGCTCTGAGGAGTGAT;SOR=3.383;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=14;WE=45843717;WS=45843697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	45844601	rs13050999	C	T	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr21	45844751	rs9978351	A	G	2867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=49;NR=50;PP=1562;SC=CAGACAGCCCAAGCCCTGCAC;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=49;TCR=50;TR=99;WE=45844759;WS=45844741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr21	45845807	rs762428	C	T	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=15;PP=402;SC=ATCCTGGCTCCCAGCCACTGC;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=45845815;WS=45845797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	45854925	rs41277556	G	A	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=0.000;QD=16.22;ReadPosRankSum=-2.028;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,64:0.73:88
chr21	45942111	rs233230	A	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.054;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=52;ReadPosRankSum=0.826;SC=ACCCACGAGGACAAGGCCAAC;SOR=0.239;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=7;WE=45942119;WS=45942101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
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chr21	45959195	rs233316	G	A	6096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=125;NR=96;PP=2965;SC=TCAGCAGGCCGGGCGGGAGCA;SOR=0.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=127;TCR=96;TR=221;WE=45959203;WS=45959185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr21	45959312	rs233317	C	T	7338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=143;NR=111;PP=2965;SC=GCAGGCGGGCCGGCATACAGG;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=255;TCF=143;TCR=112;TR=254;WE=45959320;WS=45959302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr21	45959386	rs233318	G	A	11407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=7.861;NF=249;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.775;SC=AAGCCGGCTGGCAGCTAGACT;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=423;TCF=252;TCR=171;TR=416;WE=45959394;WS=45959376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,423:0.98:433
chr21	45959482	rs200124107	G	A	3280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.197;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.663;NF=104;NR=88;PP=2070;ReadPosRankSum=-0.216;SC=GGACGGGCACGCAGCAGGCCT;SOR=0.795;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=644;TCF=334;TCR=310;TR=192;WE=45959490;WS=45959472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:459,200:0.30:659
chr21	45959556	.	A	ATG	25555.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DP=583;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.60;ReadPosRankSum=1.671;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,571:1.00:573
chr21	45959557	.	ATC	TGA	2937	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=22;MQ=59.9;NF=214;NR=257;PP=2937;QD=20;SC=ATGAAGAGGAATCCTCAGAGC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=521;TCF=242;TCR=279;TR=471;WE=45959567;WS=45959547;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:50,471:0.90:521
chr21	45959557	.	ATC	A	25555.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DP=565;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=45.31;ReadPosRankSum=1.820;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,562:1.00:564
chr21	45959918	rs233320	G	A	4269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=61;PP=2704;SC=GCAGGGGGCCGGGGCGCAGCA;SOR=0.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=79;TCR=61;TR=139;WE=45959926;WS=45959908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr21	45970570	rs117070879	G	A	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.822;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.054;NF=37;NR=28;PP=716;ReadPosRankSum=1.296;SC=GGGGGACATGGCCATCAGCAG;SOR=0.325;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=182;TCF=118;TCR=64;TR=65;WE=45970578;WS=45970560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,71:0.35:203
chr21	45970812	rs2329834	G	A	10512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.58;ReadPosRankSum=0.463;SOR=0.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,410:1.00:411
chr21	45971380	rs6147532	A	AGTGAGTGAGTGT	2703.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=31;PP=2982;SC=GAGGTGTGTGAGTGAGTGAGT;SOR=1.263;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=33;WE=45971388;WS=45971370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	45978488	rs12483390	G	A	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-2.032;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.509;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,44:0.29:153
chr21	45978499	rs377549	T	G	7196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.71;QD=44.42;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr21	45978503	rs435424	G	A	7221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.71;QD=44.86;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr21	46000398	rs2020221	C	T	4736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=88;NR=65;PP=2444;SC=GGGCAGTCGTCCACTCGCCAG;SOR=0.809;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=88;TCR=65;TR=153;WE=46000406;WS=46000388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr21	46011468	rs465279	G	A	8612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.073;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.953;NF=179;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=0.598;SC=GAGGAGGAGGGTCTGCAGCAG;SOR=0.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=331;TCF=180;TCR=151;TR=327;WE=46011476;WS=46011455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,326:0.99:329
chr21	46012240	rs543542	A	G	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.86;QD=33.04;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr21	46012259	rs201362069	T	G	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.827;NF=17;NR=3;PP=327;ReadPosRankSum=-0.442;SC=CTCTGGGCAGTCGTCCACCTG;SOR=1.066;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=20;WE=46012267;WS=46012249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,26:0.34:77
chr21	46020473	rs113686885	C	CTCAT	10607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=57;PP=2689;SC=GACTCACTCACTCACTCACTC;SOR=1.056;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=100;TCF=35;TCR=65;TR=90;WE=46020481;WS=46020463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr21	46020527	rs1211103	C	T	8529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=9.107;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.76;MQRankSum=5.829;QD=25.31;ReadPosRankSum=2.699;SOR=0.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,333:0.99:337
chr21	46020655	rs36208679	CCTGCTGCGCCCCCAG	C	521.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=20.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.28;MQRankSum=1.505;QD=10.23;ReadPosRankSum=-2.438;SOR=3.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr21	46021088	rs388827	C	T	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.70;QD=30.68;SOR=1.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr21	46021179	rs363877	C	A	7471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.166;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=1.820;NF=171;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.041;SC=GTCTAGCTGCCAGCCGGCTTG;SOR=0.975;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=276;TCF=171;TCR=105;TR=272;WE=46021187;WS=46021169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,281:0.99:285
chr21	46021205	rs389167	C	T	8615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=2.415;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.01;MQRankSum=3.667;QD=22.61;ReadPosRankSum=0.427;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,378:0.99:381
chr21	46021370	rs437149	T	C	24472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=256;NR=294;PP=2965;SC=GCTGTGTGCCTGTCTGCTCTG;SOR=0.863;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=553;TCF=257;TCR=296;TR=550;WE=46021378;WS=46021360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,584:1.00:584
chr21	46021390	rs446817	G	C	23066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.89;QD=44.27;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,521:1.00:521
chr21	46021481	rs437334	T	C	17802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=194;NR=178;PP=2965;SC=TCTGCCGCCCTGTGTGCAGGC;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=377;TCF=194;TCR=183;TR=372;WE=46021502;WS=46021471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr21	46021494	rs369720	A	G	18281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=216;NR=184;PP=2965;SC=GTGCAGGCCCACCTGCTGCGT;SOR=0.817;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=404;TCF=217;TCR=187;TR=400;WE=46021502;WS=46021471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr21	46021607	rs370092	A	G	19503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=771;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=374;NR=357;PP=2965;SC=GCTCCCGCCCAGCCTGCTGTG;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=734;TCF=375;TCR=359;TR=731;WE=46021615;WS=46021597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,767:1.00:767
chr21	46021759	rs659638	A	G	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=83;PP=2223;SC=TGCAGTGGACATCAGTGGTCA;SOR=3.958;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=11;TCR=83;TR=94;WE=46021767;WS=46021749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
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chr21	46032769	rs150190426	G	A	3390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=1.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.15;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,156:0.74:210
chr21	46047418	rs8126553	C	T	8080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQRankSum=-4.559;QD=13.54;ReadPosRankSum=2.007;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,378:0.63:597
chr21	46047633	rs8127342	A	G	15156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=967;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.151;NF=329;NR=326;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.927;SC=CAGCAGTCCTACTGTGTGCCT;SOR=0.699;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=948;TCF=473;TCR=475;TR=655;WE=46047641;WS=46047623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,668:0.69:963
chr21	46047710	rs8131142	T	C	11547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=731;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.966;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.112;SC=GGCTTCCTCTTTGTGCTGCCA;SOR=0.775;Source=Platypus;WE=46047718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,496:0.68:728
chr21	46047857	rs9980129	C	T	11892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=788;ExcessHet=3.0103;FS=0.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-0.910;QD=15.11;ReadPosRankSum=-1.199;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,556:0.71:787
chr21	46047925	rs9979457	G	T	9880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=226;PP=2962;ReadPosRankSum=0.405;SC=GCTCCCGCCCGGCCTGCTACA;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=630;TCF=298;TCR=332;TR=427;WE=46047933;WS=46047915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,448:0.68:656
chr21	46047971	rs463217	T	C	6519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.88;MQRankSum=-1.404;NF=108;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=0.387;SC=CTGCTGACGGTCATGTCCCCC;SOR=0.759;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=392;TCF=166;TCR=226;TR=262;WE=46047979;WS=46047961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,275:0.67:410
chr21	46057391	rs9306108	A	G	5618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-0.886;QD=28.52;ReadPosRankSum=-0.410;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,141:0.72:197
chr21	46057391	.	AGT	GGA	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MMLQ=20;MQ=59.88;NF=62;PP=2944;QD=20;SC=CTTGGCGGGTAGTCGACTGCC;Source=Platypus;TCF=94;WE=46057401;WS=46057381;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:62,111:0.64:173
chr21	46057393	rs2838602	T	A	5780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-0.910;QD=29.95;ReadPosRankSum=0.141;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,136:0.70:193
chr21	46057417	rs114653592	AG	CC	5740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-0.932;QD=30.21;ReadPosRankSum=0.906;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,132:0.69:190
chr21	46057422	rs112205018	T	A	5365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-0.943;QD=28.69;ReadPosRankSum=1.307;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,129:0.69:187
chr21	46057548	rs4818947	A	C	4140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=3.867;NF=109;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.642;SC=CTCCTGCACAACCCCATGCTA;SOR=0.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=236;TCF=143;TCR=93;TR=177;WE=46057556;WS=46057538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,180:0.74:244
chr21	46057612	rs66931310	CCTGCTGTGTGCCTGT	C	8984.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=5.357;NF=28;NR=105;PP=2971;ReadPosRankSum=5.122;SC=TGCCAGCAGGCCTGCTGTGTG;SOR=0.674;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=244;TCF=56;TCR=188;TR=133;WE=46057634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,239:0.55:435
chr21	46057711	rs4818948	G	C	13934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.289;QD=24.15;ReadPosRankSum=2.282;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,357:0.62:577
chr21	46057720	rs4818949	A	C	14030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.279;QD=24.19;ReadPosRankSum=2.436;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,361:0.62:580
chr21	46057806	rs4818950	G	A	7021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FS=1.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.567;QD=14.78;ReadPosRankSum=0.795;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,325:0.68:475
chr21	46057958	rs4818951	C	T	6619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=1.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQRankSum=-2.315;QD=14.39;ReadPosRankSum=2.277;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,316:0.69:460
chr21	46058229	rs1785474	A	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.451;NF=1;NR=4;PP=26;ReadPosRankSum=-0.679;SC=ATGCTCCCCCAGTCCTTCCCA;SOR=0.197;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=5;WE=46058237;WS=46058219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr21	46066764	rs4818952	C	T	7763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FS=0.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=2.208;QD=15.31;ReadPosRankSum=-1.164;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,359:0.71:507
chr21	46067180	rs462007	C	T	9085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=187;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.109;SC=CAGCTGCTGCCGCCCGGCCTC;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=554;TCF=290;TCR=264;TR=386;WE=46067188;WS=46067170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,406:0.70:576
chr21	46074104	rs2073437	T	C	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=375;ReadPosRankSum=0.184;SC=CAGTTTGCTGTGGGAGGATGT;SOR=0.844;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=22;WE=46074112;WS=46074094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr21	46074202	rs9984726	A	G	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.562;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=26;PP=1116;ReadPosRankSum=-1.925;SC=CTCAGCAGCCAGTGGGGGTGC;SOR=0.864;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=70;TCR=38;TR=75;WE=46074210;WS=46074192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,80:0.67:120
chr21	46074565	rs12482041	C	G	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.330;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=205;ReadPosRankSum=-0.159;SC=GCGCAGAGGACAGGGCTGGTC;SOR=0.191;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=14;WE=46074573;WS=46074555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr21	46077812	rs2838617	A	G	4266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=64;PP=2524;ReadPosRankSum=0.379;SC=CCCAGATGACAGGACCCAGGT;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=263;TCF=171;TCR=92;TR=188;WE=46077820;WS=46077802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,204:0.73:280
chr21	46077946	rs9306111	A	G	9844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=223;NR=204;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.347;SC=TGCTGCATACACAGCCCCTGC;SOR=0.674;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=639;TCF=337;TCR=302;TR=427;WE=46077954;WS=46077936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,456:0.67:678
chr21	46078220	rs9306112	T	C	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.187;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=49;PP=905;ReadPosRankSum=-0.926;SC=GGTACACACCTGTATCCCTCC;SOR=1.949;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=73;TCF=7;TCR=66;TR=52;WE=46078228;WS=46078210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,57:0.73:78
chr21	46086407	rs12481809	C	T	3501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.439;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=30;PP=2375;ReadPosRankSum=0.374;SC=CTGCAGAGGACGCTGGTGCAG;SOR=0.868;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=147;TCR=44;TR=132;WE=46086415;WS=46086397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,145:0.70:206
chr21	46086457	rs12483730	G	A	7242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.418;SC=GGACGGAGCCGCATACACGAC;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=391;TCF=266;TCR=125;TR=279;WE=46086465;WS=46086447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,306:0.73:422
chr21	46086757	rs7275298	GC	AT	12148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.963;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.040;NF=80;NR=185;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.773;SC=GGGGCTGGGCGCGCAGCAGGC;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=360;TCF=110;TCR=250;TR=265;WE=46086766;WS=46086747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,299:0.75:400
chr21	46086827	rs55914221	C	A	2701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.712;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.508;NF=14;NR=81;PP=1984;ReadPosRankSum=1.292;SC=TGGATAAGGTCGAGGCAGAGG;SOR=1.254;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=129;TCF=21;TCR=108;TR=95;WE=46086835;WS=46086817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,102:0.74:138
chr21	46101939	rs9984476	C	T	12649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=881;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=268;NR=318;PP=2962;ReadPosRankSum=0.656;SC=GGCACGCACACGGAGGACTGG;SOR=0.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=838;TCF=388;TCR=450;TR=586;WE=46101947;WS=46101929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,609:0.70:871
chr21	46102015	rs7283084	C	T	6256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.932;SC=GCTGGCAGCCCGAGGAGCAGC;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=359;TCF=135;TCR=224;TR=249;WE=46102023;WS=46102005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,271:0.71:383
chr21	46117792	rs34302939	G	A	8324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=183;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.517;SC=GCCAAGCTGCGGCCGCCTGGC;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=490;TCF=238;TCR=252;TR=355;WE=46117800;WS=46117782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,371:0.72:517
chr21	46228528	rs118156675	G	A	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=3.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.001;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,88:0.26:343
chr21	46314907	rs235330	T	A	5829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=108;NR=79;PP=2965;SC=TCTTAATGAGTTGGACCACAT;SOR=0.808;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=189;TCF=108;TCR=81;TR=187;WE=46314915;WS=46314897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr21	46321677	rs5030669	G	A	6993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=139;PP=2965;SC=GGCTGGGGAGGTGGCAGGCTG;SOR=1.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=97;TCR=139;TR=236;WE=46321685;WS=46321667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr21	46326815	rs5030668	C	T	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=1.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=0.019;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,74:0.27:279
chr21	46327835	rs3746972	A	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.083;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=290;ReadPosRankSum=-0.034;SC=AAATAAAAGTACATCAGCAAG;SOR=1.420;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=26;WE=46327843;WS=46327825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,26:0.25:106
chr21	46328026	rs3746973	G	A	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=490;ReadPosRankSum=0.151;SC=GAGGACAGACGGGAGCCACCC;SOR=0.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=169;TCF=79;TCR=90;TR=52;WE=46328034;WS=46328016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,62:0.33:189
chr21	46328099	rs760462	T	C	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=38;PP=1015;SC=AGCCGCTCCCTGTGGGACGCA;SOR=1.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=46328107;WS=46328089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr21	46354055	rs9974172	A	G	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=19;PP=1075;SC=TTGGGCTGGCACCCAGGGCCT;SOR=1.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=62;WE=46354063;WS=46354045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr21	46389017	rs12106383	C	A	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=7.163;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.96;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,100:0.98:102
chr21	46389189	rs12106389	C	T	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=21;PP=562;SC=AGCGGCCGCCCGGAGTGGCGA;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=46389197;WS=46389179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	46393090	rs3827260	C	T	4987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=1.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr21	46554604	rs11369444	A	AT	1168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=6.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.643;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,106:0.47:224
chr21	46572572	rs420085	A	G	2930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=44;PP=1437;SC=CTTTTTCAGCATCATGGGGCG;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=52;TCR=44;TR=96;WE=46572580;WS=46572562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr21	46596639	rs71324410	A	G	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=35;PP=852;ReadPosRankSum=0.221;SC=ATGCTTCTAGACAGCATTTTA;SOR=1.078;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=9;TCR=47;TR=41;WE=46596647;WS=46596629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,45:0.74:61
chr21	46602483	.	C	CT	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.46;ReadPosRankSum=1.221;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,18:0.17:105
chr21	46604363	rs35076710	AT	A	57.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr21	46641968	rs1051367	G	A	8688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FS=0.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.63;ReadPosRankSum=1.202;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,406:0.68:594
chr21	46685592	rs1006887	C	G	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.21;ReadPosRankSum=1.412;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,52:0.62:84
chr21	46825028	.	G	C	225	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=104;MMLQ=24;MQ=59.17;NF=1;NR=3;PP=225;QD=64.9428031368;SC=CCCCTGCCCGGCCCCTGCCCG;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=4;WE=46825036;WS=46824996;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,4:0.57:7
chr21	46825214	rs113272297	G	C	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.80;ReadPosRankSum=0.400;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr21	46825223	rs60499034	G	C	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.36;ReadPosRankSum=0.193;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr21	46875564	rs914230	T	C	19695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=739;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=401;NR=297;PP=2965;SC=ACACCAGCCATGCAGCTACCA;SOR=1.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=701;TCF=402;TCR=299;TR=698;WE=46875572;WS=46875554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,738:1.00:738
chr21	46876083	rs2236451	A	G	6218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=1.694;SC=TGCCACCACCATCTTCAGGTA;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=382;TCF=206;TCR=176;TR=267;WE=46876091;WS=46876073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,287:0.70:410
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chr21	46894002	rs2236457	C	T	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.235;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=790;ReadPosRankSum=0.314;SC=CCACTTGGGGCACTGGGAAGC;SOR=0.494;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=118;TCF=49;TCR=69;TR=65;WE=46894010;WS=46893992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,78:0.57:136
chr21	46895507	rs77596926	G	A	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=2.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.52;ReadPosRankSum=-2.494;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,108:0.69:156
chr21	46895659	rs76610230	CGT	C	1075.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.389;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.861;NF=2;NR=18;PP=811;ReadPosRankSum=-0.523;SC=CTGGCCGCCGCGTGTCTCTGG;SOR=1.061;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=20;WE=46895668;WS=46895649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr21	46896303	rs2230687	C	G	8938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=0.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.25;ReadPosRankSum=1.102;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,226:0.64:354
chr21	46896312	rs2230688	G	T	9158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=1.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.29;ReadPosRankSum=0.377;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,243:0.64:377
chr21	46897221	rs2236462	C	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=444;ReadPosRankSum=-1.412;SC=AGCCGGGCTCCAGGACTGAAA;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=25;WE=46897229;WS=46897214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr21	46897253	rs2236463	T	C	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.604;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=577;ReadPosRankSum=-0.854;SC=GCCGGGGCCGTCTGGGGTGCC;SOR=0.164;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=40;WE=46897261;WS=46897243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,41:0.69:59
chr21	46898243	rs13046486	C	G	6646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=93;PP=2965;SC=ACACCCAGGGCGACCCCGGTG;SOR=0.995;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=130;TCR=94;TR=223;WE=46898251;WS=46898233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr21	46902273	rs2236468	A	G	2602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=62;PP=1547;ReadPosRankSum=-0.236;SC=CCGGGGCCCCAGGCGTTTGTG;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=73;TCR=94;TR=111;WE=46902281;WS=46902263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,121:0.66:182
chr21	46906711	rs2274809	G	A	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.78;ReadPosRankSum=0.503;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,59:0.79:75
chr21	46910415	.	T	C	67	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=23;MQ=56.9;NF=2;NR=5;PP=67;QD=14.5387446496;SC=CTCCCGGGTCTCTGGGCCTCC;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=7;WE=46910423;WS=46910405;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,7:0.50:14
chr21	46910574	rs71240730	G	GGGTCTCT	468.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.122;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=508;ReadPosRankSum=0.705;SC=GCCCACTCCCGGAGCGCCAGG;SOR=1.627;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=12;WE=46910582;WS=46910564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
chr21	46910654	rs71334070	TAAAG	T	1323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=1.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=3.913;QD=5.91;ReadPosRankSum=1.611;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,47:0.21:224
chr21	46912386	rs1556329	C	T	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=20;PP=813;ReadPosRankSum=-0.623;SC=GTAAGTCGCTCGAGTCCAGTT;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=61;WE=46912394;WS=46912376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,65:0.67:97
chr21	46912658	rs11270246	G	GCCCGCCACTGCCCT	567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=5.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.68;ReadPosRankSum=0.937;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr21	46912970	rs2297289	T	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.497;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=301;ReadPosRankSum=1.614;SC=GGTCGGGCTGTCGAGGCAGGC;SOR=4.382;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=16;WE=46912978;WS=46912964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr21	46913310	rs749626	C	G	2144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.249;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=47;PP=1437;ReadPosRankSum=0.140;SC=GTGAAAGGACCCAGCCTGCGA;SOR=0.465;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=141;TCF=77;TCR=64;TR=97;WE=46913318;WS=46913300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,98:0.69:142
chr21	46913517	rs749627	A	G	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.899;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=34;PP=841;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TCCTTCCGGCAGGCGTGGGGG;SOR=0.502;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=58;WE=46913525;WS=46913507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,66:0.70:94
chr21	46914263	rs1556330	T	C	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.588;NF=21;NR=14;PP=900;ReadPosRankSum=1.758;SC=CACCAGTGGCTCCTGTCCTCC;SOR=0.631;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=35;WE=46914271;WS=46914253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,35:0.78:45
chr21	46914576	rs1556331	C	T	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=36;PP=989;ReadPosRankSum=1.344;SC=TTGTGCTGTGCGGCCCAGGGC;SOR=0.919;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=63;WE=46914584;WS=46914566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,76:0.82:93
chr21	46916516	rs5844240	AC	A	3319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.230;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.937;NF=5;NR=58;PP=2236;ReadPosRankSum=1.035;SC=TCCTACAGCCACCCTTGGCTG;SOR=0.527;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=96;TCF=8;TCR=88;TR=63;WE=46916524;WS=46916506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,110:0.70:157
chr21	46917782	rs2236478	A	G	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=17;PP=538;SC=GCAGGGCACAAGCCCAGCAAG;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=46917790;WS=46917772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr21	46918574	rs2282120	T	C	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=607;ReadPosRankSum=0.114;SC=ATGGAAGATGTGCCCATGCCA;SOR=0.686;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=58;WE=46918582;WS=46918564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,69:0.77:90
chr21	46924425	rs149296338	CGGCCCCCCA	C	3012.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.93;QD=41.84;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr21	46927370	rs144246690	TGGGAGGGCCAGGTGCTGGGGCGGGAGAGTCGGGTGCTGGGCA	T	1694.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=5.055;NF=8;NR=19;PP=2897;ReadPosRankSum=-0.625;SC=TCCTGTGGGCTGGGAGGGCCA;SOR=0.518;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=27;WE=46927419;WS=46927360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,48:0.65:74
chr21	46929467	rs1050351	G	A	4577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.014;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.146;NF=100;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=0.421;SC=TGCGGCCGGCGCGACCCACAA;SOR=0.471;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=299;TCF=145;TCR=154;TR=210;WE=46929475;WS=46929457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,214:0.76:283
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chr21	46930993	rs55690336	C	A	4148.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=-0.673;QD=19.30;ReadPosRankSum=-0.543;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,125:0.58:215
chr21	46931004	rs148407279	T	TAC	6083.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=2.905;QD=24.93;ReadPosRankSum=-0.948;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,153:0.63:244
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chr21	46932383	rs8199	G	A	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=35;PP=950;ReadPosRankSum=0.960;SC=GGCAGGGAGCGGCCGGCCAGC;SOR=0.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=55;WE=46932391;WS=46932373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,60:0.73:82
chr21	46934826	rs1051298	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.881;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=489;ReadPosRankSum=-0.308;SC=CAGCACGTCCGCGGTGACCGG;SOR=1.547;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=28;WE=46934834;WS=46934816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr21	46934861	rs1051296	A	C	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.27;ReadPosRankSum=-1.124;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,56:0.68:82
chr21	46935077	rs11284347	TA	T	732.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQRankSum=1.104;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.821;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,53:0.76:70
chr21	46951556	rs12659	A	G	2505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.188;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:342,144:0.30:486
chr21	46952094	rs914231	T	C	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=1.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=1.176;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,87:0.32:275
chr21	46954343	rs2330184	T	C	4808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=60;PP=2965;SC=GGGCACAGGTTCTGCCCACAG;SOR=1.185;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=102;TCR=60;TR=162;WE=46954351;WS=46954333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr21	46957634	.	CCCCG	C	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=51;MMLQ=16;MQ=57.92;NF=0;NR=2;PP=30;QD=32.0;SC=AGACGCTGCTCCCCGCCCACC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=2;WE=46957645;WS=46957624;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,2:0.12:16
chr21	46957794	rs1051266	T	C	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,63:0.28:224
chr21	47320377	rs2075891	C	T	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=464;ReadPosRankSum=2.801;SC=CTGGTTTGCTCCTCCAGCACA;SOR=1.476;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=23;WE=47320385;WS=47320367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr21	47320425	rs7281638	T	C	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=749;ReadPosRankSum=-1.728;SC=TGGGCCAGGCTGCTCCCCACC;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=58;WE=47320433;WS=47320415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,64:0.79:81
chr21	47320605	rs2075890	G	A	458.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.993;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=622;ReadPosRankSum=0.804;SC=CCCAGGCTCTGCCCCTGCCGA;SOR=0.172;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=36;WE=47320613;WS=47320595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr21	47320633	rs2075889	T	C	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=436;ReadPosRankSum=0.995;SC=CCTGTGCTCTTGGCCAGCCGG;SOR=0.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=31;WE=47320641;WS=47320623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr21	47329352	rs2277812	T	C	4857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=115;PP=2475;ReadPosRankSum=1.065;SC=CCAGCCAGTGTGGGTCCCTGA;SOR=0.668;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=276;TCF=117;TCR=159;TR=201;WE=47329360;WS=47329342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,221:0.74:297
chr21	47337484	.	GTC	G	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.28;ReadPosRankSum=0.858;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,14:0.10:139
chr21	47401760	rs7671	C	G	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=119;ReadPosRankSum=-1.130;SC=CCGCAGGCCCCAGACATGAGG;SOR=1.179;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=13;WE=47401768;WS=47401750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr21	47404397	rs3746993	A	G	6685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=129;PP=2965;SC=AGTGGCCCCCAGCCTCCTGCC;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=101;TCR=129;TR=230;WE=47404405;WS=47404387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr21	47406421	rs741956	G	A	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=0.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=1.365;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,111:0.28:397
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chr21	47407362	rs62215498	C	T	11256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=680;ExcessHet=3.0103;FS=0.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.68;ReadPosRankSum=-1.392;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,503:0.75:675
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chr21	47410380	.	ATGGGGCGAGATGGGGAGGGACGGAGTGGACGGCGTGAAGGTGACC	A	2972	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=23;MQ=58.03;NF=0;NR=3;PP=2972;QD=20;SC=ACGAGGAGGAATGGGGCGAGA;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=3;WE=47410432;WS=47410370;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,3:0.27:11
chr21	47410388	.	AGATGGGGAGGGACGGAGTGGACGGCGTGAAGGTGACC	A	3016.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=5.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.70;MQRankSum=1.241;QD=33.90;ReadPosRankSum=-0.025;SOR=0.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,71:0.80:89
chr21	47410626	rs1980981	T	G	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=30;PP=942;SC=AGTCTGACAGTTGATTGGCCT;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=62;WE=47410634;WS=47410616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr21	47410931	rs1980982	T	C	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-0.008;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,84:0.25:338
chr21	47412751	rs2850173	A	C	2567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=42;PP=1379;SC=GGAGCTGGGAACCACCCCAGG;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=85;WE=47412759;WS=47412741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr21	47412840	rs2075893	C	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=186;ReadPosRankSum=-2.114;SC=GGCCCCTCAACGTGGCCAGCC;SOR=0.432;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=15;WE=47412848;WS=47412830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr21	47417147	rs148786363	CCAGGCCCTTCGTG	C	951.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=2933;ReadPosRankSum=1.446;SC=ACACTTGTGCCCAGGCCCTTC;SOR=0.743;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=11;WE=47417167;WS=47417143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,24:0.89:27
chr21	47417206	rs11701583	A	G	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=70;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=14;PP=870;SC=CTCCCCCTGCACTGATGGGAC;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=47417214;WS=47417196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr21	47417303	rs2839077	T	C	3518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.733;NF=79;NR=59;PP=1605;ReadPosRankSum=0.446;SC=GTGAGGCCTGTGGTCCAACGT;SOR=0.554;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=184;TCF=108;TCR=76;TR=138;WE=47417311;WS=47417293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,158:0.73:216
chr21	47417415	rs2276254	C	A	4818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.323;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.29;MQRankSum=0.199;NF=72;NR=55;PP=2258;ReadPosRankSum=-0.223;SC=CCACTCCCCACCCACACCCGC;SOR=0.469;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=130;TCF=72;TCR=58;TR=127;WE=47417423;WS=47417405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,186:0.99:187
chr21	47417432	rs3216137	A	AG	4918.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.229;NF=19;NR=55;PP=2414;ReadPosRankSum=0.567;SC=CCGCCCACCCAGGGGGGCCTG;SOR=0.249;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=82;TCF=20;TCR=62;TR=74;WE=47417440;WS=47417422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,161:0.99:162
chr21	47417975	rs3737437	A	G	3065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=32;PP=1801;SC=GGCCTGTGCCAGCCAGTGGGT;SOR=1.456;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=75;TCR=32;TR=107;WE=47417983;WS=47417965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr21	47418728	rs141212516	C	CT	3337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=24;PP=2020;SC=CCTCTCTTATCTTTATTTTTT;SOR=1.238;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=50;WE=47418736;WS=47418718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr21	47419697	rs8131101	C	T	2735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=34.20;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr21	47419706	rs11464071	C	CG	1048.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=11.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.414;QD=22.30;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,42:0.89:47
chr21	47419747	rs8131632	A	G	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=104;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=43;PP=1329;SC=GCCAGGCCCTAGGGACCCGTG;SOR=0.836;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=56;WE=47419755;WS=47419737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	47419770	rs73908116	G	A	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.64;QD=47.94;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	47419775	.	C	CGTGAAGATCATAGGGGGACGT	485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.64;QD=40.48;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	47419788	.	G	GA,GGGGGACGTGTGAGGATCATAGA	486.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.44;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=87;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=22;PP=1294;SC=GAGGATCATAGGGGGATGTGT;SOR=1.981;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=23;WE=47419825;WS=47419760;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:12
chr21	47419794	rs8126900	T	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.46;QD=43.12;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	47419804	rs8131227	C	T	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.43;QD=42.98;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	47419829	.	T	TAG	653	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=5;HapScore=4;MGOF=206;MMLQ=27;MQ=54.82;NF=0;NR=12;PP=653;QD=57.0;SC=GTGAGGATCATGGGGGACATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=12;WE=47419838;WS=47419819;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,12:0.71:17
chr21	47419830	.	G	A	649	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=206;MMLQ=27;MQ=54.82;NF=0;NR=4;PP=649;QD=170.942803137;SC=TGAGGATCATGGGGGACATGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=4;WE=47419838;WS=47419819;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,4:0.24:17
chr21	47420565	rs142824931	AGGAGGGCGGCCGGGGAG	A	5926.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=57;PP=2967;SC=AGGCCGGGGAAGGAGGGCGGC;SOR=1.202;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=32;TCR=60;TR=86;WE=47420589;WS=47420555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr21	47420726	rs7276098	C	G	5196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.44;QD=26.65;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr21	47420761	rs7283989	G	A	5643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=1.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr21	47420769	rs7276782	A	G	5312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.02;SOR=1.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr21	47421136	rs117330552	C	T	3046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.500;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=51;PP=1882;ReadPosRankSum=0.891;SC=AGGGGAGGGGCGTGCTCTGCT;SOR=0.973;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=193;TCF=122;TCR=71;TR=136;WE=47421144;WS=47421126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,142:0.68:209
chr21	47421315	rs11701124	C	T	4856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=116;PP=2762;ReadPosRankSum=-0.083;SC=GGCCTCGCCCCGCCCGGCTTT;SOR=0.671;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=284;TCF=117;TCR=167;TR=200;WE=47421323;WS=47421305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,219:0.73:302
chr21	47421793	rs8132377	C	T	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.94;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,64:0.63:101
chr21	47421797	rs8131313	G	A	2609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.73;ReadPosRankSum=-0.656;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,70:0.64:110
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chr21	47422639	rs2236485	A	G	6366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.55;SOR=1.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr21	47422639	.	ACCCGG	GCCCGA,GCCCGG	1617	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=59.85;NF=36,49;NR=61,96;PP=1617,491;QD=17.2213182975;SC=GCATGGGGCCACCCGGGCAGT;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=145;TCF=49;TCR=96;TR=97,145;WE=47422652;WS=47422629;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.67:145
chr21	47422644	rs2236486	G	A	3351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=7.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.20;ReadPosRankSum=0.577;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,107:0.71:151
chr21	47422679	rs2236487	G	A	2229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=5;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=39;PP=833;ReadPosRankSum=-0.949;SC=GCGCGGGGCCGCCCGGGCAGT;SOR=0.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=24;TCR=57;TR=55;WE=47422687;WS=47422669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,61:0.75:81
chr21	47422712	rs2236488	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr21	47423133	rs2236489	C	G	4973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=87;PP=2965;SC=TCTGAGAGGACGGGGCTCTGG;SOR=1.114;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=67;TCR=87;TR=154;WE=47423141;WS=47423123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr21	47423233	rs59769541	C	T	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.803;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=28;PP=1021;ReadPosRankSum=0.792;SC=GGAGCTTAGACGCTCTCTGGC;SOR=0.381;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=106;TCF=67;TCR=39;TR=68;WE=47423241;WS=47423223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,72:0.65:111
chr21	47423509	rs13051496	C	T	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=44;PP=1063;ReadPosRankSum=-0.086;SC=GAGCGGGCGTCGCTGCAGTTC;SOR=0.682;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=321;TCF=176;TCR=145;TR=96;WE=47423517;WS=47423499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,109:0.31:354
chr21	47532544	rs1010688	C	T	7145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;PP=2965;SC=CACGGTGGGCCGTCCACCCAC;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;WE=47532552;WS=47532534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr21	47536546	rs762438	C	T	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=31;PP=1457;SC=CTCACTGCGCCGGCTTTCCTC;SOR=1.116;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=51;TCR=31;TR=82;WE=47536554;WS=47536536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr21	47536840	rs71185194	T	TACAC	245.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=30.72;ReadPosRankSum=0.157;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr21	47537222	rs143691012	G	A	3270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=63;PP=2024;ReadPosRankSum=-1.871;SC=GCAGCCCTGCGGGGCAGAACC;SOR=0.763;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=179;TCF=97;TCR=82;TR=140;WE=47537230;WS=47537212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,147:0.78:189
chr21	47537666	rs5844252	T	TG	431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=4;PP=323;SC=TCACTGAGCCTGGGCCTCACA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=9;WE=47537674;WS=47537656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	47537882	rs7279347	G	A	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=65;NR=55;PP=1889;SC=CGGGGCAGGCGGGGTCACCAG;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=120;WE=47537890;WS=47537872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr21	47538050	rs7279535	G	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=15;PP=372;SC=GGGCGGCCCCGCCGCTGCTCA;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=47538058;WS=47538040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	47538960	rs2839110	G	A	6855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr21	47539790	rs3737362	A	G	6246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr21	47540573	rs743503	G	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.27;ReadPosRankSum=-0.937;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr21	47542220	rs2070578	C	T	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=38;PP=1504;SC=GAGAAGGCTTCGGGTGACTCA;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=73;WE=47542228;WS=47542210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr21	47542654	rs5844253	G	GC	5123.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=39;PP=2802;SC=TTCAGGCTTTGCAAAAAAACC;SOR=0.965;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=62;WE=47542662;WS=47542644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr21	47542861	rs915786	A	G	4142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=73;PP=2259;SC=TGTGAGTGTCACCGTCCCGAA;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=62;TCR=73;TR=135;WE=47542869;WS=47542851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr21	47544451	rs36033678	GC	G	1542.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=3;PP=1146;SC=GCACCTGTTAGCCCCCCCCCC;SOR=3.675;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=26;WE=47544462;WS=47544441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr21	47544454	rs369935000	C	T	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=3;PP=828;SC=CCTGTTAGCCCCCCCCCCCGC;SOR=3.797;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=36;WE=47544462;WS=47544441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr21	47544541	rs3746995	C	G	3292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=1.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr21	47545155	rs2839113	A	G	3447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=40;PP=2043;SC=CGGGGGGACTACCCTGCCTGC;SOR=1.107;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=73;TCR=40;TR=112;WE=47545163;WS=47545145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr21	47545768	rs1042917	G	A	13408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,503:1.00:503
chr21	47545823	rs13052956	G	A	26003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.76;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,581:1.00:581
chr21	47545826	rs13046639	C	T	25989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.58;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,583:1.00:583
chr21	47545913	rs2839114	G	A	10913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.894;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=226;NR=238;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.878;SC=TGTTTGCGGTGGTCATCACGG;SOR=0.578;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=610;TCF=309;TCR=301;TR=464;WE=47545921;WS=47545903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,487:0.76:643
chr21	47546244	rs13050660	T	C	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=42;PP=1462;SC=ACCTGAGGGATGAATGTGCAG;SOR=1.195;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=72;WE=47546252;WS=47546241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr21	47556267	.	G	A	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=5.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.145;SOR=1.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,58:0.27:211
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chr21	47608580	rs2968	G	A	8082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.720;SC=AGTCCTCTTCGTGGAACAGGA;SOR=0.844;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=291;TCF=159;TCR=132;TR=289;WE=47608588;WS=47608570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,310:0.99:312
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chr21	47609677	rs914247	A	G	3853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=59;PP=2331;SC=AAGAGCAGATAAGGAGGTATA;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=73;TCR=59;TR=132;WE=47609685;WS=47609667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr21	47611285	rs73144744	T	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=323;ReadPosRankSum=-0.165;SC=AGCAAGAGCATAGGAAAGCAA;SOR=2.658;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=15;WE=47611293;WS=47611275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
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chr21	47612512	rs146297977	C	CTG	8378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=79;PP=2746;SC=GTACGTATGTCTGTGTGGCAC;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=27;TCR=87;TR=103;WE=47612524;WS=47612502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr21	47614443	rs2254522	A	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=-0.049;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,34:0.27:124
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chr21	47614660	rs2277824	G	T	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=2.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=0.305;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,48:0.27:177
chr21	47615477	rs58875826	AAAAC	A	2286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=4.175;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.552;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,73:0.26:281
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chr21	47616080	rs2839140	G	A	5999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.86;SOR=1.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr21	47625658	rs2839143	T	C	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.486;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=10;PP=634;ReadPosRankSum=-1.450;SC=GCTTCTGAGATGGGCCACCAG;SOR=0.289;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=42;WE=47625666;WS=47625648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr21	47626728	rs16978976	C	T	9429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.963;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=196;PP=2962;ReadPosRankSum=0.628;SC=GTGCTGAGCACACACAGGCGC;SOR=0.535;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=540;TCF=255;TCR=285;TR=381;WE=47626736;WS=47626718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,427:0.72:597
chr21	47632995	rs2839151	T	C	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.960;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=280;ReadPosRankSum=0.609;SC=CCAAGTCAGGTGCAAGGAGAA;SOR=0.442;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=25;WE=47633003;WS=47632985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr21	47633789	rs9974665	C	G	7113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=0.264;SC=CGCTCCAGACCCACAGCAGCC;SOR=0.786;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=410;TCF=196;TCR=214;TR=301;WE=47633797;WS=47633779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,328:0.74:442
chr21	47635176	rs34115287	T	C	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.292;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.302;NF=26;NR=19;PP=593;ReadPosRankSum=-0.284;SC=CTGCCGCAGGTGGGCACTGTG;SOR=0.369;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=45;WE=47635184;WS=47635166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,50:0.61:82
chr21	47635302	rs5844259	T	TC	1349.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=32;PP=1350;SC=GACTTGCCCTTCCCAGGGTTT;SOR=2.780;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=32;WE=47635310;WS=47635292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr21	47635713	rs11701729	G	A	2880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.297;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=69;PP=1884;ReadPosRankSum=-1.083;SC=AGCTCCTGGTGGGGGCAGTGT;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=181;TCF=86;TCR=95;TR=124;WE=47635721;WS=47635703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,135:0.65:208
chr21	47635856	rs2839153	C	G	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=327;ReadPosRankSum=0.195;SC=GACCCCGAGGCCACATGAAGG;SOR=0.582;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=19;WE=47635864;WS=47635846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr21	47639492	rs2277826	C	G	12467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=171;NR=258;PP=2965;SC=ACCACCTGAGCGGGGAGAGAA;SOR=1.227;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=430;TCF=171;TCR=259;TR=429;WE=47639500;WS=47639482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr21	47641700	rs2839157	G	T	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=6;PP=786;SC=TTTCTGTATCGCGTTTGTGAG;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=47641708;WS=47641690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr21	47641794	rs2839158	C	T	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=20;PP=894;ReadPosRankSum=0.338;SC=GTTCCGGGCTCGTACCAGGTC;SOR=0.924;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=103;TCF=68;TCR=35;TR=63;WE=47641802;WS=47641784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,72:0.61:119
chr21	47642609	rs11558754	G	A	4633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=97;PP=2655;ReadPosRankSum=1.531;SC=CTCTGTATCCGGCTGGCAGAG;SOR=0.806;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=268;TCF=128;TCR=140;TR=184;WE=47642617;WS=47642599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,204:0.69:295
chr21	47647618	rs369702446	GA	G	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=2.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.953;QD=0.76;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,57:0.21:275
chr21	47648729	.	CCCCGCCCCT	C,CCCCGCCCCTCCCGCCCCT	1972.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=41.10;SOR=7.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,37,11:0.77,0.23:48
chr21	47656712	rs2839166	T	C	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.54;ReadPosRankSum=1.513;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,82:0.72:114
chr21	47662913	.	A	C	1318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=4.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.51;ReadPosRankSum=-1.572;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,59:0.69:85
chr21	47676948	rs17176611	A	C	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=685;ReadPosRankSum=-0.897;SC=AGGGTCTTCAAACTGAGAAAC;SOR=0.546;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=45;WE=47676956;WS=47676938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,50:0.68:74
chr21	47686152	rs2839182	C	T	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.505;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=327;ReadPosRankSum=-0.014;SC=AGTGCCCTGCCGAGTACTGCA;SOR=0.385;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=20;WE=47686160;WS=47686142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr21	47686174	rs4818831	T	C	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.663;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=202;ReadPosRankSum=0.736;SC=GCCCCTTGGGTGTCACCACAG;SOR=0.407;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=16;WE=47686182;WS=47686164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr21	47687144	rs2839183	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=228;ReadPosRankSum=-0.860;SC=CATGGCCAGCGTGGGGCACAT;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=15;WE=47687152;WS=47687134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr21	47697650	rs17182664	A	G	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.37;ReadPosRankSum=0.181;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,55:0.60:92
chr21	47699856	rs2839195	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=399;ReadPosRankSum=-0.951;SC=GCTATAGGGCGCTATTTCCTG;SOR=1.302;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=21;WE=47699864;WS=47699846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr21	47700498	rs4438580	C	T	3228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=57;PP=1729;ReadPosRankSum=-2.257;SC=GCCTGGAAAACAGTCCACAAC;SOR=0.687;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=221;TCF=124;TCR=97;TR=133;WE=47700506;WS=47700488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,150:0.62:242
chr21	47703455	.	C	CA	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=3.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=1.104;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,26:0.23:113
chr21	47703649	rs11702450	G	A	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=701;ReadPosRankSum=-2.019;SC=AGTCAGGGATGTTCTTGCACT;SOR=0.551;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=50;WE=47703657;WS=47703639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,55:0.66:83
chr21	47704896	rs9975588	G	A	3089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=59;PP=2020;ReadPosRankSum=0.608;SC=CAGCACAGATGAACTTGAAGG;SOR=0.637;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=171;TCF=85;TCR=86;TR=121;WE=47704904;WS=47704886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,130:0.71:182
chr21	47717616	rs8651	G	A	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=5.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.29;ReadPosRankSum=-0.320;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,89:0.67:133
chr21	47722530	rs4365550	G	A	2369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.91;ReadPosRankSum=-2.500;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,83:0.70:119
chr21	47722610	rs1556338	C	G	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.08;ReadPosRankSum=-0.167;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr21	47731495	rs13049522	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=314;ReadPosRankSum=2.048;SC=GGAACAGCCAGGTGATTAGCT;SOR=0.501;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=22;WE=47731503;WS=47731485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr21	47734842	rs117095783	A	G	8929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=1.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.18;ReadPosRankSum=-0.019;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,222:0.73:306
chr21	47734844	rs114869542	G	A	8929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=1.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.28;ReadPosRankSum=-0.339;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,223:0.73:305
chr21	47744037	rs3842460	CG	C	654.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=369;ReadPosRankSum=0.325;SC=ACAGTTGTCGCGGGGGGAGGG;SOR=0.856;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=14;WE=47744045;WS=47744027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr21	47766139	rs9982233	T	C	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=62;PP=1579;SC=CGGCGGGGCCTGCACAGGCTC;SOR=1.047;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=126;TCF=48;TCR=78;TR=110;WE=47766147;WS=47766129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr21	47766650	rs2839217	G	A	2445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.066;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=49;PP=1410;ReadPosRankSum=-2.028;SC=CCTTTTCTCCGCCGCAGGCCG;SOR=0.786;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=83;TCR=68;TR=111;WE=47766658;WS=47766640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,114:0.71:161
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chr21	47773177	rs2249060	C	T	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.829;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=533;ReadPosRankSum=-0.417;SC=GAAGACCTAACCCTGTTACAG;SOR=1.036;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=176;TCF=89;TCR=87;TR=50;WE=47773185;WS=47773167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,52:0.28:186
chr21	47777063	rs2839223	G	A	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=4.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.58;ReadPosRankSum=1.358;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,71:0.74:96
chr21	47777222	rs2839224	A	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=1.049;SC=AGTGCTGTACATGGCACATTT;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=11;WE=47777230;WS=47777212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr21	47783796	rs8131546	T	C	2089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.171;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=43;PP=848;ReadPosRankSum=0.756;SC=GGGAGCTTGCTGCGCTCCACG;SOR=0.896;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=123;TCF=59;TCR=64;TR=80;WE=47783804;WS=47783786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,99:0.66:150
chr21	47786449	rs9637173	T	A	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=31;PP=1177;ReadPosRankSum=-0.373;SC=GCAAGGGTCATTGCTTCCTGA;SOR=0.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=80;WE=47786457;WS=47786439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,92:0.71:130
chr21	47786494	rs2839226	C	T	3970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.580;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=55;PP=2209;ReadPosRankSum=2.457;SC=ACTTTGTTGCCGCAGGTTTTT;SOR=0.918;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=128;TCR=74;TR=152;WE=47786502;WS=47786484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,173:0.73:236
chr21	47786524	rs2839227	A	G	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=1.195;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,76:0.26:291
chr21	47786817	rs2839228	C	G	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.259;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=46;PP=1440;ReadPosRankSum=1.102;SC=CCTGTTACCTCTCTGAATTTC;SOR=0.530;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=123;TCF=63;TCR=60;TR=88;WE=47786825;WS=47786807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,93:0.73:128
chr21	47787002	rs6518289	T	C	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.176;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=42;PP=1003;ReadPosRankSum=0.942;SC=CGAACCGAAGTGAGCACAGAG;SOR=0.545;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=139;TCF=75;TCR=64;TR=93;WE=47787010;WS=47786992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,99:0.66:150
chr21	47801504	rs34950974	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.600;SOR=0.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr21	47805663	rs2073378	C	G	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.235;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=386;ReadPosRankSum=0.288;SC=CTCTCAAATACTGAAATTGTG;SOR=1.692;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=84;TCF=65;TCR=19;TR=26;WE=47805671;WS=47805653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,25:0.27:91
chr21	47808617	rs7279052	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.400;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,20:0.21:97
chr21	47808679	rs7279204	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=-0.307;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,20:0.21:94
chr21	47811272	rs3737438	C	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=309;ReadPosRankSum=-0.329;SC=CAGCCACGGACGCCGAGGCCA;SOR=1.911;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=15;WE=47811280;WS=47811262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr21	47821588	rs6518291	A	G	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.321;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,83:0.24:342
chr21	47832012	rs71318074	A	AT	442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.403;NF=2;NR=14;PP=185;ReadPosRankSum=1.311;SC=ATGGCAGGGTATTTTTTTTTA;SOR=0.633;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=62;TCF=5;TCR=57;TR=16;WE=47832020;WS=47832002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,32:0.34:93
chr21	47836653	rs2070425	C	T	2263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=27;PP=943;ReadPosRankSum=0.656;SC=ACCCAGGGGCCGGGGCTGCTT;SOR=0.723;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=112;TCF=70;TCR=42;TR=76;WE=47836661;WS=47836643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,106:0.71:149
chr21	47850178	rs57385578	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.331;SOR=0.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,12:0.21:57
chr21	47850405	rs2839257	C	T	2717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=52;NR=38;PP=1467;SC=GATTGTTCTGCGATGTCTCCA;SOR=0.791;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=90;WE=47850413;WS=47850395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr21	47850484	rs2070426	G	C	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=37;PP=978;SC=AGAGTGAGCAGGGGAAGGGGC;SOR=1.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=69;WE=47850492;WS=47850474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr21	47851753	rs2073376	A	G	5443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=91;PP=2965;SC=GCTCTGCTGCAGAAGCTGAAG;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=102;TCR=91;TR=193;WE=47851761;WS=47851743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr21	47851796	rs9983522	G	A	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=42;PP=1105;ReadPosRankSum=0.126;SC=ACTTGCAAGCGATGCTTGAAA;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=239;TCF=129;TCR=110;TR=90;WE=47851811;WS=47851786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,94:0.36:260
chr21	47852151	rs5844270	A	AG	807.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=16;PP=709;SC=CTGCCGGCGGACGTCCACACC;SOR=3.816;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=16;WE=47852159;WS=47852141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	47855876	rs17371795	A	G	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FS=1.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:318,113:0.26:431
chr21	47856106	rs2236616	C	A	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=636;ReadPosRankSum=1.908;SC=CTTGCAGCCACCCCTCTGTCC;SOR=0.644;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=42;WE=47856114;WS=47856096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr21	47860764	rs2839260	T	C	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=882;ReadPosRankSum=0.919;SC=TTTTTTTCTTTTAGATGGAAA;SOR=0.700;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=55;WE=47860772;WS=47860754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,58:0.74:78
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chr21	47959692	rs1008548	G	A	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.57;ReadPosRankSum=1.019;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr21	47959698	rs1008549	C	T	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.92;ReadPosRankSum=0.741;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,49:0.63:78
chr21	47961711	rs2070435	G	A	3911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.779;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=76;PP=2155;ReadPosRankSum=1.103;SC=AAGCAGTCCTGTCGATGAACG;SOR=0.700;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=252;TCF=136;TCR=116;TR=162;WE=47961719;WS=47961701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,179:0.66:273
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chr21	47970581	rs2255397	G	A	3995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.969;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=79;PP=2340;ReadPosRankSum=0.371;SC=TGGAAGGGACGCTGCACCCGT;SOR=0.611;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=260;TCF=146;TCR=114;TR=177;WE=47970589;WS=47970571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,190:0.67:283
chr21	47971539	rs2255526	G	A	2320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.46;ReadPosRankSum=2.736;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,102:0.72:141
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chr21	47978321	rs34920477	G	GC	6546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=63;PP=2966;SC=GGTGCCTGGGGCTGCGGTTCT;SOR=0.800;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=84;TCF=18;TCR=66;TR=81;WE=47978329;WS=47978311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr21	47980760	rs2839324	T	G	3120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.209;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=71;PP=1793;ReadPosRankSum=1.360;SC=AAACCAGGTCTGCACTGACTA;SOR=0.986;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=191;TCF=84;TCR=107;TR=124;WE=47980768;WS=47980750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,139:0.66:211
chr21	47983657	rs762253	G	A	3009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=32;PP=1945;SC=GACCTGACATGAGCACATCAG;SOR=1.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=73;TCR=32;TR=105;WE=47983665;WS=47983647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr21	47986633	rs3819044	C	A	6314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=127;PP=2965;SC=CACGTGGTCCCTCCAGCCCTT;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=88;TCR=127;TR=215;WE=47986641;WS=47986623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr21	48022230	rs1051169	C	G	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.622;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,59:0.26:229
chr21	48022375	rs2186358	C	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=1.681;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,18:0.24:74
chr21	48063476	rs10854485	C	G	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=18;PP=708;SC=GCAGTGAGGCCGGTCTCCTGC;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=48063484;WS=48063466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr21	48069682	rs76937225	C	T	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.818;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=34;PP=1259;ReadPosRankSum=-0.250;SC=AGCTGGGGGCCGGAGCTGGGG;SOR=0.489;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=108;TCF=66;TCR=42;TR=85;WE=48069690;WS=48069672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,96:0.79:122
chr21	48080896	rs113970410	C	G	4643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.450;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=107;PP=2897;ReadPosRankSum=-2.333;SC=ATGAATTGCTCCTTACATTCG;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=129;TCR=157;TR=194;WE=48080904;WS=48080886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,208:0.68:305
chr22	17054103	rs4008588	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQRankSum=0.322;QD=2.25;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,20:0.21:96
chr22	17054332	rs143558414	T	C	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=4.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQRankSum=1.967;QD=3.82;ReadPosRankSum=-1.367;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,49:0.28:178
chr22	17055569	rs3729688	T	G	1427.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=36;PP=950;ReadPosRankSum=0.747;SC=TTCACTGCAGTGGGGCAGAGT;SOR=0.832;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=54;WE=17055577;WS=17055559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,57:0.89:64
chr22	17060409	rs147992329	TTTTG	T	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.497;QD=4.40;ReadPosRankSum=-1.002;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,13:0.18:74
chr22	17060419	rs142683207	T	C	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.524;QD=5.00;ReadPosRankSum=-1.444;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,13:0.19:68
chr22	17063359	rs2006108	A	G	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=37;PP=1970;SC=TGGCAGGGAAAGGTTGCTGTC;SOR=1.413;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=69;TCR=37;TR=106;WE=17063367;WS=17063349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr22	17072483	rs2236639	A	G	14920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=274;NR=268;PP=2965;SC=ATCTCCATCCAAGACCTAGCT;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=542;TCF=274;TCR=268;TR=542;WE=17072491;WS=17072473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,566:1.00:566
chr22	17073066	rs5747988	A	G	9443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=176;NR=162;PP=2965;SC=GAGGCAGGCCAGCCTTCAGCA;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=339;TCF=177;TCR=162;TR=338;WE=17073074;WS=17073056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr22	17073475	rs2070503	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=-1.164;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr22	17156061	rs8142573	A	G	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.480;NF=36;NR=16;PP=899;ReadPosRankSum=0.795;SC=TTTCTTTTAAAAGAGTGCATT;SOR=0.870;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=52;WE=17156069;WS=17156051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,57:0.79:72
chr22	17326914	rs165927	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=2.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=1.108;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,35:0.19:189
chr22	17327068	rs165588	A	G	2406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=49;PP=1529;SC=CCGGGCACTGACCAAGCTCCC;SOR=1.477;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=77;WE=17327076;WS=17327058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr22	17445502	rs5748765	A	C	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=4;PP=963;SC=TGCCTGATACACCTGTGCTCA;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=17445510;WS=17445493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	17446991	rs4819925	C	T	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=14;PP=1109;SC=AAGACTTACCCTTCTGGTTAG;SOR=1.903;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=57;WE=17446999;WS=17446981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	17449076	rs5748768	C	G	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=11;PP=1270;SC=ACCTAGGCAGCCTCCTAGGAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=56;WE=17449084;WS=17449066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	17449115	rs5748769	G	C	2513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=35;PP=1511;ReadPosRankSum=-0.074;SC=TGGGGGATGTGCTTTTAGTTC;SOR=0.613;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=80;TCR=44;TR=97;WE=17449123;WS=17449105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,105:0.77:136
chr22	17469026	rs5992604	G	A	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr22	17469049	rs28502153	C	A	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	17488727	rs5748800	A	C	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=262;SC=AGTCGCCTCCACCCGCAGCTC;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=17488735;WS=17488723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	17488823	rs11378060	C	CG	2583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=17;PP=1123;SC=CCCCACTGCCCCACTCACAAA;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=27;WE=17488831;WS=17488813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	17565888	rs13053694	C	A	7126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=1.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.13;ReadPosRankSum=1.867;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,321:0.82:393
chr22	17565932	rs917864	T	C	9144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.93;ReadPosRankSum=-1.639;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,402:0.83:483
chr22	17565974	rs917865	G	C	6457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.472;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=1.347;SC=CGCGACGCCAGCCGGGCCATG;SOR=0.637;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=337;TCF=156;TCR=181;TR=266;WE=17565982;WS=17565964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,283:0.79:359
chr22	17566206	rs2270241	G	T	742.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.6770;FS=2.509;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=398;ReadPosRankSum=-0.835;SC=GGGACTACGCGCCCGGGCTGG;SOR=0.948;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=26;WE=17566214;WS=17566196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,30:0.91:33
chr22	17566229	rs2270242	T	A	740.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.50;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,34:0.89:38
chr22	17582788	rs41454546	C	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.627;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=393;ReadPosRankSum=-1.770;SC=GACAGGCTCCCAGTGGGGAAA;SOR=0.203;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=24;WE=17582796;WS=17582778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr22	17585808	rs721930	G	C	2329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=58;PP=1481;ReadPosRankSum=0.401;SC=AGGGAGGAGAGTTTAGTTTAA;SOR=0.728;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=122;TCF=45;TCR=77;TR=94;WE=17585816;WS=17585798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,102:0.77:133
chr22	17586471	rs2241046	C	T	4248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=64;PP=2490;SC=TTCCTCTGTTCTCATTGCAGA;SOR=0.771;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=80;TCR=64;TR=144;WE=17586479;WS=17586461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr22	17586583	rs2241047	C	G	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=3;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=1012;ReadPosRankSum=-0.019;SC=GCCAGGCAGACAAGGCTGAAC;SOR=1.000;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=58;WE=17586591;WS=17586573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,65:0.82:79
chr22	17586609	rs144979983	GT	G	2093.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.557;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=1680;ReadPosRankSum=0.251;SC=CCAGCCCGGGGTGGGGGGTGA;SOR=1.136;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=53;WE=17586622;WS=17586598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,52:0.79:66
chr22	17586610	rs11089412	T	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.557;HP=10;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=452;ReadPosRankSum=-0.126;SC=CAGCCCGGGGTGGGGGGTGAG;SOR=0.387;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=22;WE=17586622;WS=17586598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,14:0.21:66
chr22	17586614	.	GG	CG	918	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000,0.5000;HP=5;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=22,18;NR=27,35;SC=CCGGGGTGGGGGGTGAGACCA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TCF=32;TR=49,53;WE=17586622;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,49:0.70:70
chr22	17586614	.	GG	GTG	918	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000,0.5000;HP=5;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=22,18;NR=27,35;SC=CCGGGGTGGGGGGTGAGACCA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TCF=32;TR=49,53;WE=17586622;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,53:0.96:55
chr22	17586614	rs35078252	G	C,GT	2995.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=42.80;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,55,15:0.79,0.21:70
chr22	17586631	rs4819959	G	A	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=4;HapScore=1;MGOF=66;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=904;ReadPosRankSum=-0.199;SC=ACCATGGTTTGTCGTGGTGGG;SOR=0.479;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=49;WE=17586639;WS=17586621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,51:0.77:66
chr22	17586715	rs56736183	ATCAC	A	2897.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.096;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.11;MQRankSum=0.613;NF=29;NR=16;PP=2228;ReadPosRankSum=0.872;SC=GCCCCGCCGCATCACTCACGC;SOR=1.361;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=45;WE=17586726;WS=17586705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,72:0.74:97
chr22	17589152	rs41372049	T	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.314;SOR=0.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr22	17590744	rs1468488	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=-1.355;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,18:0.17:109
chr22	17600148	rs9605220	A	G	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=330;SC=GGTGCAGAAGAACACCCTGGC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=17600156;WS=17600138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	17600689	rs61741012	G	A	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=45;PP=1557;ReadPosRankSum=0.432;SC=TGAGCTCGTAGAGCCAGAGCA;SOR=0.657;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=122;TCF=62;TCR=60;TR=93;WE=17600697;WS=17600679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,113:0.80:142
chr22	17601466	rs75243280	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=0.909;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,18:0.21:84
chr22	17602839	rs5992629	G	A	4894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=65;PP=2531;SC=CCCTGGGGTCGCGAGCCATCT;SOR=0.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=96;TCR=65;TR=161;WE=17602847;WS=17602829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr22	17603477	rs5748871	A	G	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=18;PP=917;SC=TTGCAGCGTGATAACACCATG;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=56;WE=17603485;WS=17603467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr22	17623837	rs5747009	A	G	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=716;ReadPosRankSum=0.691;SC=CAGAGGTGGTAAGTGGCAGAT;SOR=0.454;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=39;WE=17623845;WS=17623827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,54:0.79:68
chr22	17623880	rs34058953	G	GC	3644.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=30;PP=1966;SC=TGACTCCAAGGCCCCTTGCTG;SOR=1.129;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=50;WE=17623888;WS=17623870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr22	17629544	rs3214349	G	GA	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.822;NF=1;NR=14;PP=406;ReadPosRankSum=-1.666;SC=CCTAGGGAAGGAAAAAACCCG;SOR=1.109;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=15;WE=17629552;WS=17629534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,27:0.84:32
chr22	17630378	rs2286956	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.80;ReadPosRankSum=0.281;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr22	17630486	rs1034859	C	A	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.08;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,66:0.69:96
chr22	17640022	rs11550530	G	C	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.77;ReadPosRankSum=1.363;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,54:0.68:79
chr22	17640045	rs7287672	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=1.455;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,19:0.27:70
chr22	17640176	.	GC	G	660.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.06;ReadPosRankSum=0.476;SOR=0.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,36:0.77:47
chr22	17640399	rs148919630	G	GGGC	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=6.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.218;SOR=2.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,8:0.11:74
chr22	17662699	rs58754958	A	G	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=17;PP=706;SC=GGGAGGACACAGGACACTCAC;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=44;WE=17662707;WS=17662689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	17662793	rs7289170	A	G	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr22	17662917	rs3764846	G	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=1.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=1.098;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,24:0.17:145
chr22	17669151	rs2231496	C	T	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=1.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr22	17669199	rs7284498	G	A	2949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=47;PP=1540;ReadPosRankSum=-1.360;SC=GACCACCTCCGCTGCCTCTGC;SOR=0.544;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=138;TCF=84;TCR=54;TR=116;WE=17669207;WS=17669189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,130:0.85:153
chr22	17669406	rs9619005	G	C	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=39;PP=1189;SC=GCGCGCCCTGGAGCCTGTGCA;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=54;WE=17669414;WS=17669396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	17671133	rs2286348	C	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=1.985;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,52:0.17:300
chr22	17680306	rs144627322	T	TCCTCCCTCCCCTCCTCTATCCTCTTCC	607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=607.73;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1:1.00:1
chr22	17680519	rs17807317	A	C	2662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.40;ReadPosRankSum=-1.916;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,115:0.75:153
chr22	17680584	rs35963312	TAGG	T	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=-1.688;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,11:0.22:50
chr22	17690409	rs362129	G	A	2095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=45;PP=1265;ReadPosRankSum=0.081;SC=CCTCCTTGGTGTTCAGCACCA;SOR=0.638;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=77;WE=17690417;WS=17690399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,89:0.77:115
chr22	17690430	rs7289141	C	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,21:0.18:114
chr22	17956759	rs4819593	C	G	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=1.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
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chr22	18021604	rs1296794	C	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=1.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,54:0.22:245
chr22	18021760	rs1296795	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=2.324;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr22	18027817	rs35190782	CT	C	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=11.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.891;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.916;SOR=2.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr22	18030096	rs66840782	TA	T	542.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=1.230;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,76:0.43:176
chr22	18032459	rs201209827	GTTTTTTTTTTTTTTT	G,GT	2894.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.25;QD=38.60;SOR=2.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,55,19:0.73,0.25:75
chr22	18084001	rs5747254	T	G	3076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=47;NR=46;PP=1480;SC=AGTCGGCTCATAACCCACTGT;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=47;TCR=46;TR=93;WE=18084009;WS=18083991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr22	18084033	rs3747023	C	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=1.611;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,25:0.31:80
chr22	18095734	rs5992080	C	G	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=4.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=-0.335;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr22	18111431	rs7751	T	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=0.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.18;ReadPosRankSum=-0.882;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,44:0.12:364
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chr22	18179100	rs12160637	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.951;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=158;ReadPosRankSum=-0.328;SC=CAAATCTATGTTAAGGGGATA;SOR=1.821;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=10;WE=18179108;WS=18179090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr22	18189469	rs2587086	G	A	6180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=2.188;SC=TGGTTCATGTGCTGTGATTCT;SOR=0.974;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=325;TCF=188;TCR=137;TR=252;WE=18189477;WS=18189459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,274:0.79:345
chr22	18209718	rs2535688	C	T	3317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.650;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=65;PP=1856;ReadPosRankSum=-3.266;SC=TAGACAGCAACGGAGCTGGAG;SOR=0.489;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=76;TCR=81;TR=128;WE=18209726;WS=18209708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,145:0.83:174
chr22	18210409	rs725768	T	G	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.422;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=539;ReadPosRankSum=-0.444;SC=CTGGGATAATTGGGGACTTCT;SOR=2.636;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=26;WE=18210417;WS=18210399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr22	18218441	rs4819624	A	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=119;ReadPosRankSum=0.072;SC=CAGTAGAGCAAAGCTGGGGTT;SOR=0.631;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=13;WE=18218449;WS=18218431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,12:0.21:56
chr22	18218464	rs181382	T	C	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=24;PP=581;SC=TGCAAAAACATGTTCTCCAGA;SOR=1.552;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=36;WE=18218483;WS=18218454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	18218475	rs181383	C	G	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=20;PP=610;SC=GTTCTCCAGACCCCTGAAGTC;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=18218483;WS=18218454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	18220831	rs11538	A	G	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.19;ReadPosRankSum=1.246;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,77:0.75:102
chr22	18222089	rs372897	C	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.498;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=596;ReadPosRankSum=1.396;SC=CTTGCCCGCCCACGCGGTCCT;SOR=1.981;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=30;WE=18222097;WS=18222079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,34:0.77:44
chr22	18222263	rs181390	A	G	3815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.67;ReadPosRankSum=-2.039;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,172:0.80:216
chr22	18222350	rs4819464	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.136;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=157;ReadPosRankSum=-0.795;SC=GGACAGGTCCGCGATGGGACA;SOR=0.279;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=17;WE=18222358;WS=18222340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,16:0.22:72
chr22	18222868	rs147461488	GGCCACGCTCAACT	G	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.25;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:376,55:0.13:431
chr22	18257138	rs443912	T	G	5404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.14;ReadPosRankSum=-0.714;SOR=0.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,214:1.00:215
chr22	18274092	rs451548	G	C	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=2.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=1.101;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,58:0.17:336
chr22	18291791	rs423710	C	G	7558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=150;PP=2965;SC=AGGGGAAACACAGGAGTTGCC;SOR=1.290;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=103;TCR=151;TR=252;WE=18291799;WS=18291781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr22	18293650	rs436590	A	G	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=59;PP=1908;SC=CAGCAGGCCAACAGGGGCCTG;SOR=1.158;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=42;TCR=59;TR=101;WE=18293658;WS=18293640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr22	18300240	rs5992854	T	C	9272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=169;NR=148;PP=2965;SC=CGGCTTCTTCTAGGAGGTTGG;SOR=0.717;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=319;TCF=171;TCR=148;TR=317;WE=18300248;WS=18300230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr22	18300594	rs11704160	G	A	8524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=165;NR=123;PP=2965;SC=TGGCCATGGCGTCCCGCAGCG;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=165;TCR=123;TR=288;WE=18300602;WS=18300584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr22	18300879	rs11704809	G	A	14840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,579:1.00:579
chr22	18301693	rs8135914	T	C	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=36;PP=1572;SC=CACGGGTGGCTGGGGCTGCGG;SOR=2.185;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=94;TCF=56;TCR=38;TR=92;WE=18301701;WS=18301683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr22	18304392	rs2305006	G	T	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=5;PP=137;SC=TCGCTGAGTCGGCTCCCAGTT;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=18304400;WS=18304382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	18304695	rs5992112	A	G	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=28;PP=2001;SC=GGTGTGCACCATGGCTCTGCT;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=82;TCR=28;TR=110;WE=18304703;WS=18304685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr22	18310363	rs5992872	C	T	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.78;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	18310367	rs5992121	T	C	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.31;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	18310700	rs143017613	T	TACAC	952.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.64;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr22	18314989	rs5992123	C	T	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=38;PP=1087;SC=GCTGAGCAGGCGGAGAGAGAC;SOR=1.503;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=18314997;WS=18314979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr22	18317423	rs11705197	C	T	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=21;PP=612;SC=AACACAAGCACGGTGGGCGGA;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=18317431;WS=18317413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	18347851	.	T	TTTTA	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=-0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=109;ReadPosRankSum=-1.602;SC=TGGTTTTAAATTTTATTTATT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=2;WE=18347859;WS=18347841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr22	18370066	rs4819472	C	A	5495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=84;NR=97;PP=2965;SC=CTTTGCAGCCCATCAAGAGAC;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=84;TCR=97;TR=181;WE=18370074;WS=18370056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
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chr22	18609642	rs362203	C	T	9112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FS=0.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.07;ReadPosRankSum=1.587;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,417:0.78:534
chr22	18609854	rs361776	G	A	2905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=3.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.91;ReadPosRankSum=-0.268;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,78:0.83:94
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chr22	18628499	rs1465384	G	T	2962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=46;PP=1862;ReadPosRankSum=1.089;SC=GTTCCTCAAAGCTGTCTTTGA;SOR=0.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=94;TCR=60;TR=117;WE=18628507;WS=18628489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,127:0.77:165
chr22	18628632	rs5747493	C	T	4941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.073;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=97;PP=2780;ReadPosRankSum=0.409;SC=GGGAACAGCACAGAAGTGATA;SOR=0.614;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=261;TCF=136;TCR=125;TR=203;WE=18628640;WS=18628622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,226:0.77:292
chr22	18628715	rs361534	C	T	2922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=56;PP=1635;ReadPosRankSum=0.241;SC=TTTCTTGTACCGAATATTTAC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=66;TCR=70;TR=109;WE=18628723;WS=18628705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,126:0.80:158
chr22	18642865	rs147007821	G	A	2564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=32;PP=1459;ReadPosRankSum=-0.291;SC=ACAGGCATGAGCCACCATGCC;SOR=0.583;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=125;TCF=83;TCR=42;TR=98;WE=18642873;WS=18642855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,111:0.80:138
chr22	18643166	rs2543716	G	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.498;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=534;ReadPosRankSum=0.137;SC=TCTGCCTCCCGGGTTCAAGCG;SOR=1.981;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=30;WE=18643174;WS=18643156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,36:0.82:44
chr22	18649922	rs9605536	A	G	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-0.951;QD=21.68;ReadPosRankSum=-0.785;SOR=1.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,69:0.77:90
chr22	18650682	rs3180408	C	T	4613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=2.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQRankSum=-5.102;QD=18.60;ReadPosRankSum=0.393;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,207:0.83:248
chr22	18655860	rs4819484	G	A	8196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.47;QD=26.02;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr22	18896169	rs426065	C	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.66;MQRankSum=-1.183;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.830;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,36:0.19:191
chr22	18896189	rs425576	T	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQRankSum=-1.135;QD=1.82;ReadPosRankSum=1.028;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,44:0.18:244
chr22	18896301	rs5746636	G	T	4052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=94;PP=2554;ReadPosRankSum=0.040;SC=CTAGCAGGATGGGGAGTTTCA;SOR=0.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=82;TCR=114;TR=162;WE=18896309;WS=18896291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,171:0.81:211
chr22	18897416	rs436638	C	T	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=3;PP=201;SC=CCCGCCTGCCCCCTCCAGCTG;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=18897424;WS=18897406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	18898289	rs441862	G	C	4075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=94;NR=47;PP=2437;SC=GGAGAGGCCTGGGTGTGGTGA;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=94;TCR=48;TR=141;WE=18898297;WS=18898279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr22	18898874	.	G	A	163	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=28;MQ=57.18;NF=2;NR=9;PP=163;QD=17.9792011407;SC=TGGGGGCAGAGGCTCAGATTC;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=11;WE=18898882;WS=18898865;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,11:0.48:23
chr22	18899016	rs428224	G	A	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=14;PP=528;SC=GGGCCTGGGGGTCACTCTGGC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=33;WE=18899024;WS=18899006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	18900669	rs383964	A	G	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=50;NR=15;PP=1247;SC=GCTGGAGGCTAAGGGTGTGCT;SOR=2.035;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=65;WE=18900677;WS=18900659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	18900750	rs372055	G	A	3852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=52;PP=2174;SC=AGCCACAGCAGCTGCCGCTCC;SOR=1.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=82;TCR=52;TR=134;WE=18900758;WS=18900740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr22	18901004	rs450046	C	T	7097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQ=59.98;NF=123;NR=126;PP=2965;SC=AAAGTACACCCGGTGGTCAGC;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=250;TCF=123;TCR=127;TR=249;WE=18901012;WS=18900994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr22	18901090	rs385440	A	G	2444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=52;PP=1573;SC=CACTGTCCCCAGTGCAGGGAT;SOR=1.557;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=81;WE=18901098;WS=18901080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr22	18904414	rs455072	A	G	3048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=44;PP=1938;SC=TGCGCAGTGCAAAGCGCACTG;SOR=1.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=75;TCR=44;TR=119;WE=18904422;WS=18904404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr22	18904606	rs375115	T	G	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=46;PP=1186;SC=GATCCATCCATTGAGCTGGCT;SOR=2.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=10;TCR=46;TR=56;WE=18904614;WS=18904596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr22	18905964	rs2904552	C	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQRankSum=-4.547;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.630;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,21:0.33:64
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chr22	18907124	rs1076466	G	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.962;QD=1.72;ReadPosRankSum=1.423;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,32:0.18:175
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chr22	19121872	rs712965	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.453;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,34:0.19:177
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chr22	19189003	rs11386977	A	AC	6548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=56;PP=2936;SC=GCGGTCTCCAACTACGGATAA;SOR=0.822;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=13;TCR=58;TR=69;WE=19189011;WS=19188993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr22	19217613	rs2800963	C	T	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.11;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr22	19217621	rs9306213	G	T	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.16;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	19278973	rs11704250	G	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=0;PP=287;SC=CGCCCGGGACGCCGCAGCCCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=19278981;WS=19278963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	19279194	rs3747060	G	T	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=31;NR=33;PP=1105;SC=CGGCGGCGGCGGCAGCGGCAG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=19279202;WS=19279170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr22	19318622	rs1210690	T	C	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=5;PP=611;SC=AGCAGCATGGTGCCTGCAGCA;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=19318630;WS=19318612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	19371052	rs34292276	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,20:0.17:120
chr22	19419093	rs8140291	A	G	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=80;PP=2296;SC=CTCCCGCGCCACCCGCCCTCC;SOR=2.649;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=22;TCR=80;TR=102;WE=19419101;WS=19419083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr22	19458412	rs17811336	A	G	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=283;ReadPosRankSum=-0.129;SC=AGCACTCCTGAGAGTTTCCAG;SOR=0.542;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=19;WE=19458420;WS=19458402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr22	19462466	rs5746744	C	G	446.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.9988;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=207;ReadPosRankSum=-0.471;SC=ATGCCCTCCACGGACAATTCA;SOR=0.622;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=19462474;WS=19462456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr22	19466757	rs11392459	A	AG	4332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.633;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.089;NF=6;NR=88;PP=2394;ReadPosRankSum=0.028;SC=CGAGACCCGGAGGGGGGGTGC;SOR=0.620;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=9;TCR=137;TR=94;WE=19466765;WS=19466747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,166:0.78:214
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chr22	19511055	rs756654	C	A	546.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5045;FS=2.062;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=262;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCATGCGGGGCTCCCCAGGCT;SOR=1.358;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=20;WE=19511063;WS=19511045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr22	19702168	.	C	CTGCCCGCG	970.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.613;ClippingRankSum=0.000;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=10.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=3.126;QD=4.62;ReadPosRankSum=-1.644;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,36:0.17:210
chr22	19747082	rs737868	G	C	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=21;PP=1374;SC=TGGTTGCAGCGGAGGCGGCGG;SOR=1.634;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=79;WE=19747090;WS=19747072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr22	19750773	rs41298814	T	C	7862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=0.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.04;ReadPosRankSum=-2.443;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,344:0.83:413
chr22	19752007	rs41298826	T	C	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=34;PP=833;ReadPosRankSum=-0.753;SC=CCTGCGAGGCTAGAGGCTGAG;SOR=1.217;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=40;WE=19752015;WS=19751997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
chr22	19753449	rs41298840	A	G	3195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.214;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=86;PP=2338;ReadPosRankSum=0.990;SC=GGCCCGGCGCACTGCCGCTCA;SOR=1.527;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=173;TCF=64;TCR=109;TR=132;WE=19753457;WS=19753439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,137:0.75:183
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chr22	19754091	rs72646967	A	C	3951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.713;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=53;PP=2672;ReadPosRankSum=2.018;SC=CAGTCCCCCGAACCCCGAGCT;SOR=0.992;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=133;TCR=73;TR=153;WE=19754099;WS=19754081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,163:0.74:219
chr22	19794366	rs737860	C	A	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=44;PP=1401;SC=GCGATTAGCCCGGGCTGCTGT;SOR=1.275;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=75;WE=19794374;WS=19794356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr22	19898837	rs885987	A	G	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=-2.242;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,34:0.19:178
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chr22	19906306	rs3747067	C	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.879;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr22	19907099	rs5748469	C	A	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=1.189;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,30:0.12:242
chr22	19907118	rs5748470	G	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=1.597;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,24:0.12:207
chr22	19907192	rs5748471	A	G	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=-1.786;SOR=1.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,13:0.14:95
chr22	19921003	rs5746847	T	C	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=48;PP=1113;ReadPosRankSum=-2.025;SC=GCAGGGCCCTTGTTAGGTCAT;SOR=0.751;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=112;TCF=52;TCR=60;TR=86;WE=19921011;WS=19920993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,97:0.78:124
chr22	19950235	rs4633	C	T	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=-1.408;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:361,84:0.19:445
chr22	19950428	rs2239393	A	G	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.172;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=37;PP=833;ReadPosRankSum=-1.755;SC=TTATCACCCCATTTCCAGGGG;SOR=1.565;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=45;WE=19950436;WS=19950418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,42:0.72:58
chr22	19951207	rs4818	C	G	4992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.173;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.515;SC=GGGCGAGGCTCATCACCATCG;SOR=0.857;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=264;TCF=156;TCR=108;TR=196;WE=19951215;WS=19951197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,219:0.72:303
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chr22	19956262	rs362204	G	GC	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=0.427;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,14:0.19:72
chr22	19958669	rs165849	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=1.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=0.906;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,62:0.17:365
chr22	19959366	rs165824	G	A	4826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=109;NR=59;PP=2755;SC=CCCTAGACACGGGGCCTCACC;SOR=1.292;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=172;TCF=109;TCR=63;TR=168;WE=19959374;WS=19959356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr22	19959473	rs165815	C	T	9752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr22	19959955	rs2073744	A	G	11319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=250;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.520;SC=GGAGGAGGAGACGGGCTGCAT;SOR=0.751;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=368;TCF=116;TCR=252;TR=366;WE=19959963;WS=19959945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,400:1.00:401
chr22	19960184	rs71313931	C	G	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-1.387;SOR=0.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,19:0.20:97
chr22	19960188	rs2518823	T	C	3478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=21;PP=2962;SC=CTCCTTCACCTTCACCCAAGG;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=76;TCR=21;TR=97;WE=19960206;WS=19960174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr22	19960198	rs71313932	G	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=2.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.113;SOR=0.433;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,21:0.16:129
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chr22	19967808	rs55812801	G	T	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.179;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=41;PP=1044;ReadPosRankSum=0.220;SC=CACAGCAGCCGCCAGCCCTGC;SOR=1.165;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=72;WE=19967816;WS=19967798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,80:0.77:104
chr22	19968971	rs2073748	G	A	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.200;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,26:0.25:104
chr22	19969075	rs2073747	A	G	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=0.926;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,38:0.14:267
chr22	19969106	rs2240717	A	G	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=-1.469;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,42:0.15:284
chr22	19978022	rs4819527	C	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=2.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=1.594;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,40:0.25:161
chr22	20020601	rs117194710	G	A	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.419;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=16;PP=1385;ReadPosRankSum=0.443;SC=GGCAGGGGGAGGGGGAGACCT;SOR=0.315;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=88;TCR=20;TR=88;WE=20020609;WS=20020591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,87:0.85:102
chr22	20020889	rs9605051	T	C	4905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=117;PP=2767;SC=CTGCTGCCCCTGCACCCTGGC;SOR=1.573;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=62;TCR=118;TR=178;WE=20020897;WS=20020879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr22	20093967	rs113088659	G	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.746;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=1.223;SC=GGCCTGAATCGGGCGTGTGGA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=5;WE=20093975;WS=20093957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr22	20096314	rs146291827	G	GCGCCTACCTTGCCAGACCCTGGGCA	1184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.623;NF=6;NR=1;PP=652;ReadPosRankSum=-0.883;SC=GACCCTGGGCGCGCCTGCCTT;SOR=2.712;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=7;WE=20096322;WS=20096304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr22	20100596	rs1633445	T	C	8177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.00;ReadPosRankSum=1.897;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,379:0.79:481
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chr22	20136263	rs175181	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.407;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,26:0.16:162
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chr22	20378965	rs55698413	T	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.79;MQRankSum=-0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=0.842;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr22	20379008	rs62218641	G	A	80.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.96;MQRankSum=-0.674;QD=13.43;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
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chr22	20385706	rs79640249	G	T	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.87;MQRankSum=-6.616;QD=14.98;ReadPosRankSum=-1.103;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,68:0.74:92
chr22	20385739	rs146242498	TTGTC	T	3510.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.14;MQRankSum=-7.302;QD=25.63;ReadPosRankSum=3.280;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,88:0.64:137
chr22	20388691	rs9606381	A	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQRankSum=-2.655;QD=4.86;ReadPosRankSum=-2.655;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr22	20394502	rs201085493	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.00;MQRankSum=-3.052;QD=13.80;ReadPosRankSum=3.296;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr22	20394526	rs201289136	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=5.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.87;MQRankSum=-4.443;QD=11.37;ReadPosRankSum=1.401;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr22	20394630	.	C	A	250	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=29;MQ=42.53;NF=1;NR=12;PP=250;QD=21.9054778882;SC=TAACTGCTCCCGGAGGTCGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=13;WE=20394638;WS=20394620;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,13:0.39:33
chr22	20721058	rs71312755	C	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.21;MQRankSum=-2.275;QD=2.69;ReadPosRankSum=1.129;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,35:0.21:163
chr22	20743771	rs361766	C	T	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=24;PP=1949;ReadPosRankSum=-1.230;SC=GCGCCTGGGGCATGACTGCCC;SOR=1.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=73;TCR=24;TR=96;WE=20743779;WS=20743761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr22	20745201	rs362125	A	G	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=65;PP=1872;SC=ACAGTGAGGCACACACACACA;SOR=1.915;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=26;TCR=66;TR=91;WE=20745209;WS=20745191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr22	20753861	.	C	CT	87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=0.9973;HP=13;HapScore=4;MGOF=14;MMLQ=23;MQ=58.58;NF=2;NR=4;PP=87;QD=15.3333333333;SC=TTTACATGTCCTTTTTTTTTT;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=6;WE=20753870;WS=20753851;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,6:0.67:9
chr22	20754039	rs361860	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-1.034;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,9:0.18:49
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chr22	20779946	rs759612	C	G	776.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.15;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr22	21322377	rs75810376	C	G	5568.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.02;SOR=8.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr22	21322380	rs71317868	A	G	5371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.52;SOR=8.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr22	21322383	rs432390	A	G	5146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.37;SOR=8.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
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chr22	21327834	rs178265	C	G	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.06;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
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chr22	21331043	rs178269	A	T	7262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=148;NR=105;PP=2965;SC=GCGTGGGTCGAGCCCTCATGA;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=148;TCR=105;TR=253;WE=21331051;WS=21331033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr22	21331918	rs178275	C	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAAGCGCATGCTGTAGGGTGT;SOR=1.022;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=7;WE=21331926;WS=21331908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr22	21331950	rs178276	C	G	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=20;PP=1211;SC=ACGCAGAAGGCAGGGACAGGG;SOR=1.647;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=60;WE=21331958;WS=21331940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	21332122	rs178277	G	A	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=5.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=1.372;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,63:0.20:317
chr22	21334873	rs13057408	G	C	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=4;PP=594;ReadPosRankSum=0.439;SC=TCACCCTCTGGGAGAGAGCTC;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=32;WE=21334881;WS=21334863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr22	21335259	rs178278	C	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=3.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.402;QD=0.87;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,43:0.14:297
chr22	21337266	rs178280	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr22	21337415	rs178281	C	G	3361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=59;NR=54;PP=1755;SC=GGACCAGGTACGGAGAAGTAC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=113;WE=21337423;WS=21337405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr22	21340088	rs178287	T	C	3562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.687;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=58;PP=2120;ReadPosRankSum=1.775;SC=CACTGCAGAGTAGACCTGGCT;SOR=0.518;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=96;TCR=70;TR=137;WE=21340096;WS=21340078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,154:0.85:181
chr22	21343982	rs138025454	TGGGGAGCCAGGGCGCAGGTAGAGGAGGTGAGGGGCAC	T	2145.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=1.153;NF=8;NR=59;PP=2966;ReadPosRankSum=0.205;SC=GTGAGGGGCGTGGGGAGCCAG;SOR=0.898;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=11;TCR=79;TR=67;WE=21344026;WS=21343972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,91:0.91:100
chr22	21344884	rs2073989	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-1.574;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,19:0.21:91
chr22	21344905	rs178290	A	G	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=43;PP=1214;SC=CCTGGTGGCCATGGTAACCAT;SOR=1.875;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=63;WE=21344913;WS=21344895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	21344920	rs17820542	G	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=-0.235;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,9:0.18:49
chr22	21346485	rs112544	T	C	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=4;PP=832;SC=CTCATGCCCATGTGTCTCCCC;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=21346493;WS=21346475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	21346719	rs756876	A	C	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FS=1.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=-0.748;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:377,76:0.17:453
chr22	21348084	rs178291	T	C	3506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=69;PP=2131;SC=CTGCTGTGCCTGGGCAGTGGG;SOR=1.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=53;TCR=69;TR=122;WE=21348092;WS=21348074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr22	21349037	rs178292	A	G	6912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=152;NR=105;PP=2965;SC=GGGTCAGCGCAATCAGGGTTG;SOR=1.008;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=261;TCF=153;TCR=108;TR=257;WE=21349045;WS=21349027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr22	21349579	rs178293	C	T	3627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=3.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.80;ReadPosRankSum=0.347;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,166:0.77:216
chr22	21349676	rs412470	TC	AT	6814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.917;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.89;ReadPosRankSum=-0.265;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,173:0.76:228
chr22	21350461	rs178294	A	G	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=31;PP=915;SC=CACCCACCTCAGGTGGCTTTG;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=21350469;WS=21350451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr22	21350880	rs178295	T	C	2721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.261;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=24;PP=1671;ReadPosRankSum=-0.442;SC=TTGGAGAGCATGCTGGCGTGG;SOR=1.129;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=91;TCR=29;TR=103;WE=21350888;WS=21350870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,111:0.85:131
chr22	21350936	rs11704198	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=1.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.529;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,48:0.15:331
chr22	21354970	rs426938	C	G	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=0.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=2.298;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,77:0.22:343
chr22	21356538	rs368989	A	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.622;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,19:0.22:87
chr22	21372405	rs2073598	G	T	15877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.028;NF=273;NR=304;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.043;SC=CAGCCCCAGGGGGCCACCCGT;SOR=0.309;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=582;TCF=276;TCR=306;TR=577;WE=21372413;WS=21372395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,617:1.00:618
chr22	21372467	rs2073599	C	G	7323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=159;PP=2965;SC=TGCTCGGTGTCCCCCAGGCAC;SOR=1.752;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=234;TCF=74;TCR=160;TR=233;WE=21372475;WS=21372457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr22	21377071	rs9613540	C	T	4168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=72;NR=73;PP=2639;SC=CCAGTGCCCCCAGCAGGGTGG;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=73;TCR=74;TR=145;WE=21377079;WS=21377061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr22	21377650	rs2277838	G	A	9368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=217;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.284;SC=CCCGTGTTCCGCATTGGGGAC;SOR=0.689;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=476;TCF=204;TCR=272;TR=382;WE=21377658;WS=21377640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,415:0.81:514
chr22	21377958	rs929671	A	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=456;ReadPosRankSum=0.491;SC=TCGCCCTCTCACTGTGGCGGC;SOR=0.416;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=28;WE=21377966;WS=21377948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
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chr22	21385985	rs402931	C	T	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=2.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=2.401;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,70:0.25:285
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chr22	21968716	rs3831682	CA	C	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.59;ReadPosRankSum=1.430;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,21:0.21:100
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chr22	22025476	rs108815	A	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=1.062;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,23:0.19:121
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chr22	22036832	rs1669112	T	C	3553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=83;PP=1637;ReadPosRankSum=-1.314;SC=GTCCCCTGCCTGCCTGCCCCA;SOR=0.686;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=175;TCF=66;TCR=109;TR=136;WE=22036840;WS=22036822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,162:0.82:198
chr22	22036883	.	G	GCTGCCTCCTCAGTCTAGCTCTTACATCTCCTCCCCGATC	2048.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=25.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.52;ReadPosRankSum=0.526;SOR=5.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,49:0.75:65
chr22	22039199	rs861833	C	T	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.76;ReadPosRankSum=-0.811;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,52:0.73:71
chr22	22040713	rs861831	G	A	5116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=82;PP=2956;ReadPosRankSum=0.550;SC=CAAGCGACACGTCCCCACCCA;SOR=1.057;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=284;TCF=170;TCR=114;TR=213;WE=22040721;WS=22040703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,231:0.75:306
chr22	22041438	rs436496	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=5.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.599;SOR=1.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,19:0.19:102
chr22	22042318	rs861829	C	T	4861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=88;PP=2907;ReadPosRankSum=-0.140;SC=CGGTGGGCCTCGGGTCTCAGA;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=139;TCR=109;TR=199;WE=22042326;WS=22042308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,213:0.79:268
chr22	22042440	rs861828	C	T	2593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5937;FS=5.083;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=63;PP=1799;ReadPosRankSum=0.142;SC=TTGGCTGCTCCGTGGGGCATG;SOR=0.271;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=130;TCF=54;TCR=76;TR=110;WE=22042448;WS=22042430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,113:0.86:132
chr22	22048862	rs5999098	C	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=-0.890;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,20:0.17:118
chr22	22049369	rs861820	G	T	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.521;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=52;PP=1332;ReadPosRankSum=2.382;SC=CGTGAGTGCCGCGGGGCTGGC;SOR=0.134;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=84;TCF=18;TCR=66;TR=69;WE=22049377;WS=22049359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,74:0.81:91
chr22	22049783	rs12484060	C	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=3.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,39:0.26:152
chr22	22055280	rs710172	A	G	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=20;PP=1502;SC=GAGATGGCCGAGAGTGTCAAG;SOR=1.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=72;WE=22055288;WS=22055270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr22	22055394	rs1860	A	G	8774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=167;NR=139;PP=2965;SC=AACAGCATTCAAAGGAGAAGG;SOR=0.778;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=306;TCF=167;TCR=139;TR=306;WE=22055402;WS=22055384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr22	22055581	rs861816	C	A	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=47;PP=1277;SC=TTGGCAAAAACCCCCCCCAAG;SOR=2.564;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=61;WE=22055589;WS=22055571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr22	22057997	rs147967901	C	CG	482.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.585;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.022;NF=20;NR=2;PP=1028;ReadPosRankSum=-1.557;SC=CAGAAACTCCCGGCGGGGGGA;SOR=3.528;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=22;WE=22058008;WS=22057987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr22	22058000	rs861814	C	G	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.645;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.811;NF=37;NR=8;PP=1349;ReadPosRankSum=-0.644;SC=AAACTCCCGGCGGGGGGATGG;SOR=1.556;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=45;WE=22058008;WS=22057987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
chr22	22058355	rs2236643	A	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=4.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-4.032;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,33:0.18:181
chr22	22058586	rs861813	T	C	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=34;PP=645;ReadPosRankSum=0.910;SC=AGTTCAGATGTGCTCACGCTG;SOR=0.757;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=53;WE=22058594;WS=22058576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,59:0.73:81
chr22	22162126	rs3729910	A	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=2.606;SOR=0.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,16:0.18:87
chr22	22287862	rs2027789	G	A	6379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr22	22287964	rs2027790	T	C	6325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=115;PP=2965;SC=GGTGGGGATGTGGTGGGAGTC;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=226;TCF=111;TCR=115;TR=226;WE=22287972;WS=22287954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr22	22288011	rs9607409	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=-1.952;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,24:0.15:156
chr22	22288309	rs94194	T	C	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	22288560	rs9610645	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=1.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.548;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,31:0.18:174
chr22	22312315	rs71316717	C	T	3404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.753;NF=77;NR=89;PP=1948;ReadPosRankSum=0.451;SC=GCTACTCTGGCGGCAGCAGGA;SOR=0.731;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=380;TCF=181;TCR=199;TR=166;WE=22312323;WS=22312305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,183:0.45:405
chr22	22312350	rs2187583	GG	CC	4022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.130;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.997;NF=40;NR=57;PP=2648;ReadPosRankSum=1.142;SC=TCTCACTCCCGGGGCAGCCTG;SOR=0.996;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=237;TCF=104;TCR=133;TR=97;WE=22312359;WS=22312340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,109:0.43:256
chr22	22312502	rs239920	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.849;NF=1;NR=10;PP=179;ReadPosRankSum=1.297;SC=GTAATGAGGACGAGGATGAGG;SOR=0.776;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=11;WE=22312510;WS=22312492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr22	22313829	rs239918	A	C	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=3;PP=881;SC=GGTGTCACTGACCTGGCCTAC;SOR=3.365;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=36;WE=22313837;WS=22313819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	22316631	rs239915	G	A	626.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=400;ReadPosRankSum=0.057;SC=GGGGATGCCCGCTGTGGACCT;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=20;WE=22316639;WS=22316629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr22	22317337	rs239914	C	T	1191.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=579;ReadPosRankSum=-0.179;SC=CCAGTACTCTCGCTCGAGCAG;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=44;WE=22317345;WS=22317327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,50:0.89:56
chr22	22318538	rs9610728	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=3.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=2.781;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,39:0.14:279
chr22	22318671	rs9610729	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=6.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=1.366;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,23:0.18:126
chr22	22322138	rs9610750	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=307;ReadPosRankSum=1.887;SC=GTCTCCAGGTGAGCCCAACGC;SOR=0.898;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=98;TCF=52;TCR=46;TR=31;WE=22322146;WS=22322128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,32:0.29:112
chr22	22322192	rs9607460	C	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.900;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=189;ReadPosRankSum=1.043;SC=GTCTGGGAGCCAAATAGCCCT;SOR=1.179;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=14;WE=22322200;WS=22322182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr22	22324542	rs139881270	A	AGTGAGG	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=5.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.181;SOR=0.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr22	22325624	rs34239349	G	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=398;ReadPosRankSum=0.866;SC=CTTGAGCCACGGGTGAGAGCT;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=18;WE=22325632;WS=22325614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr22	22330082	rs239927	T	C	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr22	22517026	rs738885	T	C	10928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=183;NR=203;PP=2965;SC=AACCTCCAGTTTGAGGATGAG;SOR=0.861;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=386;TCF=183;TCR=203;TR=386;WE=22517034;WS=22517016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr22	22517136	rs737840	C	G	2142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=56;PP=1498;ReadPosRankSum=0.359;SC=GGCTATTGTTCAGTGACAATT;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=26;TCR=70;TR=77;WE=22517144;WS=22517126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,83:0.81:103
chr22	22517162	rs737841	T	A	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=37;PP=843;ReadPosRankSum=-1.373;SC=TTTTAAAACATTTTCTGTATG;SOR=0.429;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=43;WE=22517170;WS=22517152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,46:0.87:53
chr22	22550339	rs9623052	G	C	10373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=192;NR=165;PP=2965;SC=CATCTCTCCCGACTGATCTCT;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=359;TCF=193;TCR=166;TR=357;WE=22550347;WS=22550329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr22	22550401	rs11705157	C	G	6634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.602;SC=TGACTCAGCCCCACTCTGTGT;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=339;TCF=168;TCR=171;TR=268;WE=22550409;WS=22550391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,287:0.77:373
chr22	22550510	rs2073448	T	G	10195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=173;NR=144;PP=2965;SC=CCCGGGCAGTTCCCCCACCAC;SOR=0.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=317;TCF=173;TCR=144;TR=317;WE=22550518;WS=22550500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr22	22550760	rs5757323	A	G	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=57;PP=1751;SC=TGTCTCCACCAGAGAGGGTAG;SOR=1.499;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=88;WE=22550768;WS=22550750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr22	22556270	rs5995639	T	C	9161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=187;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.295;SC=AGCCGCCCTCTCTGTCTGCAT;SOR=0.694;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=467;TCF=234;TCR=233;TR=372;WE=22556278;WS=22556260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,400:0.80:501
chr22	22556368	rs9306341	C	T	5197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.705;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.456;SC=CAGCAGAAGCCAGGGAGCTCT;SOR=0.581;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=274;TCF=122;TCR=152;TR=208;WE=22556376;WS=22556358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,224:0.77:290
chr22	22556662	rs2330029	A	T	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=36;PP=882;ReadPosRankSum=0.189;SC=CATTAAATACAGGATTGTTGT;SOR=0.438;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=52;WE=22556670;WS=22556652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,57:0.84:68
chr22	22569448	rs5750741	T	A	14059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=259;NR=266;PP=2965;ReadPosRankSum=0.276;SC=AACAGCAACATTGTTGGCAAC;SOR=0.235;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=535;TCF=260;TCR=275;TR=525;WE=22569456;WS=22569438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,546:1.00:547
chr22	22569554	rs6001413	C	A	10521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=175;NR=203;PP=2965;SC=CAGAGAGATTCTCTGCATCCA;SOR=0.922;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=378;TCF=175;TCR=203;TR=378;WE=22569562;WS=22569544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr22	22569640	rs6001415	T	G	4880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=97;PP=2965;SC=TGCTCAGCATTGGACAGCAGC;SOR=1.185;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=72;TCR=97;TR=169;WE=22569648;WS=22569630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr22	22577869	rs201277699	A	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.54;QD=26.51;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr22	22676970	rs6001803	T	C	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.803;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.634;NF=57;NR=35;PP=1629;ReadPosRankSum=-1.493;SC=GCTTTCTCCTTCTCTCTCTAG;SOR=1.248;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=108;TCF=65;TCR=43;TR=92;WE=22676978;WS=22676960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,83:0.84:99
chr22	22681721	rs12484322	T	C	5536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.210;NF=123;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.519;SC=GGCCTGGTCTTCTCTCCTCCT;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=255;TCF=144;TCR=111;TR=219;WE=22681729;WS=22681711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,240:0.86:280
chr22	22681765	rs3819309	G	A	6417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.282;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-3.248;NF=146;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.938;SC=GTGACTGGATGCAGATCGAGG;SOR=0.575;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=306;TCF=168;TCR=138;TR=267;WE=22681773;WS=22681755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,288:0.87:331
chr22	22697490	rs6519245	C	A	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.389;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=511;ReadPosRankSum=-0.661;SC=ATGTCCCTGCCCACTTCTTCA;SOR=1.432;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=29;WE=22697498;WS=22697480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr22	22698027	rs1894246	A	G	5197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=91;PP=2965;SC=TCCAGGAAGAAGATGAGAGTG;SOR=1.095;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=74;TCR=91;TR=165;WE=22698035;WS=22698017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
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chr22	22707403	.	TA	T	717.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.064;ClippingRankSum=0.000;DP=465;ExcessHet=3.0103;FS=13.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-14.014;QD=1.59;ReadPosRankSum=-7.427;SOR=2.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:407,44:0.10:451
chr22	22707411	.	A	C	830.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=6.720;ClippingRankSum=0.000;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=21.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-13.597;QD=1.65;ReadPosRankSum=-6.550;SOR=3.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:454,51:0.10:505
chr22	22707412	.	TA	T	830.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=12.823;ClippingRankSum=0.000;DP=521;ExcessHet=3.0103;FS=21.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=-13.380;QD=1.60;ReadPosRankSum=-6.754;SOR=3.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:466,54:0.10:520
chr22	22707419	.	T	C	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.029;ClippingRankSum=0.000;DP=537;ExcessHet=3.0103;FS=32.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQRankSum=-13.196;QD=1.78;ReadPosRankSum=-5.657;SOR=3.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:479,57:0.11:536
chr22	22707421	.	G	C	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.492;ClippingRankSum=0.000;DP=547;ExcessHet=3.0103;FS=32.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQRankSum=-13.410;QD=1.91;ReadPosRankSum=-5.410;SOR=3.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:487,59:0.11:546
chr22	22707422	.	G	C	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.811;ClippingRankSum=0.000;DP=558;ExcessHet=3.0103;FS=32.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=-13.949;QD=1.86;ReadPosRankSum=-5.261;SOR=3.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:496,61:0.11:557
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chr22	22843118	rs2236730	C	T	5573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=89;PP=2965;SC=CTGAAGGGAACGAAGCTGAAG;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=106;TCR=90;TR=195;WE=22843126;WS=22843108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr22	22868211	rs361558	G	A	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=9;PP=429;SC=ATGTCACTGTGAAAAACAACC;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=22868219;WS=22868201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	22868493	rs361666	G	T	13082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.11;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr22	22868497	rs361762	G	C	13214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
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chr22	22868776	rs362173	G	A	9355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.60;QD=44.13;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
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chr22	22869742	rs361959	C	A	6900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr22	22891081	rs2072049	G	T	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=43;PP=1346;SC=AATAGACAAAGCAGTTAGTGC;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=71;WE=22891089;WS=22891071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr22	22899234	rs1129172	A	G	4970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr22	22899363	rs8139318	GA	AG	5197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=47;NR=56;PP=2947;SC=CCAAAAAGAAGAATACATGTA;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=47;TCR=56;TR=103;WE=22899372;WS=22899353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr22	22899414	rs2283800	A	G	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=38;PP=1102;SC=AAACCTCCGCAAATACTGCTG;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=49;WE=22899422;WS=22899404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr22	22901979	rs113160976	CG	C	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=8.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.69;ReadPosRankSum=0.518;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr22	22901988	rs28364788	G	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=1.315;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr22	22930770	rs6002909	A	G	9977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=187;NR=151;PP=2965;SC=CCTCTGAGCTAATGCTTGGTC;SOR=0.777;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=338;TCF=187;TCR=151;TR=338;WE=22930778;WS=22930760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr22	22989256	rs2904923	A	G	5476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=77;PP=2965;SC=CCGGTCAGCGAGATCCTGTTC;SOR=1.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=104;TCR=78;TR=181;WE=22989264;WS=22989246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr22	23010943	rs406876	G	A	11240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=191;NR=195;PP=2965;SC=CTGGCAATGCGTCCTTTGTCC;SOR=0.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=387;TCF=191;TCR=196;TR=386;WE=23010951;WS=23010933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr22	23029263	rs443102	T	C	15918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=59.95;NF=329;NR=245;PP=2965;SC=TCTCCCCCTCTTCACTCTCTG;SOR=1.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=574;TCF=329;TCR=245;TR=574;WE=23029271;WS=23029253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,593:1.00:593
chr22	23029374	rs451369	G	A	17386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=313;NR=319;PP=2965;SC=AAGCCCAGACGCAGCCTCTGG;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=634;TCF=313;TCR=321;TR=632;WE=23029382;WS=23029364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,656:1.00:656
chr22	23029698	rs443756	T	C	9450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.105;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.130;NF=172;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=1.365;SC=AGGCAGAAGATGAGGCTGACT;SOR=0.301;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=332;TCF=173;TCR=159;TR=331;WE=23029706;WS=23029688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,371:1.00:372
chr22	23077258	rs451894	T	C	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-4.631;QD=6.96;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,55:0.22:248
chr22	23077262	rs451895	T	C	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=1.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-4.590;QD=7.03;ReadPosRankSum=1.018;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,56:0.22:249
chr22	23077271	rs392011	A	G	1835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=3.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-5.098;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.485;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,61:0.24:254
chr22	23135588	rs2016511	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=-1.953;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,6:0.15:39
chr22	23161843	rs72002333	TCC	T	3396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.541;NF=19;NR=36;PP=2061;ReadPosRankSum=-1.700;SC=GTGCTCATGGTCCCCTGAGGA;SOR=0.578;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=55;WE=23161852;WS=23161833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,83:0.88:94
chr22	23165340	rs5996397	C	G	2458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.782;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.554;NF=56;NR=29;PP=1423;ReadPosRankSum=-1.210;SC=CTCCTCCTCACCCTCCTCACT;SOR=0.463;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=109;TCF=74;TCR=35;TR=85;WE=23165348;WS=23165330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,101:0.78:130
chr22	23165839	rs5844528	G	GC	5052.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=75;PP=2966;SC=GGGCTCTCAGGCCCCTTCTTG;SOR=1.300;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=88;TCF=8;TCR=80;TR=83;WE=23165847;WS=23165829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr22	23247028	rs464478	A	G	4016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=88;NR=42;PP=2510;SC=TCTGTGGGTTAAGTGTGGGGG;SOR=1.528;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=90;TCR=42;TR=130;WE=23247036;WS=23247018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr22	23247082	rs2009433	C	T	7929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=163;NR=121;PP=2965;SC=GGACCACTGGCCCCAGCTTCC;SOR=0.916;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=285;TCF=164;TCR=121;TR=284;WE=23247090;WS=23247072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr22	23248758	rs1059142	G	A	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.87;QD=24.96;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr22	23248839	rs7117	A	T	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.32;QD=30.18;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	23256464	rs463185	G	C	11903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=228;NR=201;PP=2965;ReadPosRankSum=1.220;SC=GTGAGGGGACGGAGCTGACCG;SOR=0.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=430;TCF=229;TCR=201;TR=429;WE=23256472;WS=23256454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,457:1.00:458
chr22	23260275	rs202040985	GGGC	G	45.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=9.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=0.075;SOR=0.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr22	23260276	rs139283039	GGC	G	580.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=9.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.73;ReadPosRankSum=0.050;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr22	23260507	rs410521	T	A	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr22	23262162	rs375081	C	A	237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=4;PP=84;SC=ATCCTCAGTCCACCAGAAACC;SOR=1.085;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=23262170;WS=23262152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr22	23263708	rs737885	T	G	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=21;PP=690;SC=CCTGTCTGGATGTCTGGAATC;SOR=1.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=23263716;WS=23263698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	23405957	rs8139280	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=200;ReadPosRankSum=0.428;SC=GCTCCCTCCTGCCCCTGGGCA;SOR=1.688;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=14;WE=23405965;WS=23405947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
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chr22	23480962	rs5759598	T	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=508;SC=GCAGCTCAAGTGCATCCACCC;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=23480970;WS=23480952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	23481133	rs10568631	GA	G	1982.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=2.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQRankSum=2.283;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.422;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,171:0.71:242
chr22	23482460	rs4822360	A	G	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr22	23482718	rs4822361	C	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=465;SC=TACTTCTCATCTGATCCTCCA;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=23482726;WS=23482708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	23482744	rs4822362	C	A	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=12;PP=315;SC=TGAGGGCAGGCAAATGGGTAT;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=23482752;WS=23482734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	23492236	rs9612248	C	T	2810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.44;ReadPosRankSum=-0.846;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,127:0.74:171
chr22	23494833	rs5759603	T	G	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.148;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=786;ReadPosRankSum=-0.063;SC=GGAACTGCTGTGCCTCAGCCT;SOR=0.338;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=41;WE=23494841;WS=23494823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,44:0.77:57
chr22	23494904	rs2301555	T	G	488.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=379;ReadPosRankSum=0.580;SC=TGGGCAGAAATTGTGGCGTCC;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=18;WE=23494912;WS=23494894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr22	23497998	rs5759607	G	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=1.494;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,6:0.17:36
chr22	23498327	.	T	TCTGAGAAAA	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=4.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.96;MQRankSum=4.486;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.356;SOR=0.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,8:0.18:45
chr22	23498330	rs56055341	A	ACTG	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.96;MQRankSum=5.316;QD=3.11;ReadPosRankSum=0.869;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,6:0.13:45
chr22	23498332	rs56254210	G	GAAA	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.96;MQRankSum=5.316;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.752;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,6:0.13:45
chr22	23498334	rs56396215	C	CA	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.00;MQRankSum=5.189;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.246;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,6:0.14:43
chr22	23501286	rs2246716	T	G	3027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=4.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.30;ReadPosRankSum=-0.208;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,139:0.79:175
chr22	23502987	rs9612252	A	G	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=4.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.142;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=481;ReadPosRankSum=1.005;SC=AGGGTAGGCTAGCCTGGCTTT;SOR=1.981;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=22;WE=23502995;WS=23502977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr22	23503008	rs9612253	T	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.317;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=449;ReadPosRankSum=1.808;SC=CACACCCAGATGCATTAAGGG;SOR=2.140;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=29;WE=23503016;WS=23502998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr22	23503121	rs5759611	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.784;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,39:0.16:242
chr22	23503170	rs5759612	A	G	5400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.43;ReadPosRankSum=-0.941;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,246:0.84:293
chr22	23503205	rs5759613	G	C	4847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.588;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=104;PP=2526;ReadPosRankSum=1.808;SC=GGTGTGACTGGGTTGGGCTGG;SOR=0.768;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=260;TCF=131;TCR=129;TR=206;WE=23503213;WS=23503195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,222:0.80:278
chr22	23503266	rs5759614	G	A	3457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=75;PP=1995;ReadPosRankSum=-2.529;SC=GTCACCTGAGGCCTTGCCATT;SOR=0.671;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=78;TCR=97;TR=138;WE=23503274;WS=23503256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,152:0.80:189
chr22	23503319	rs5759615	A	G	1912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=45;PP=1119;ReadPosRankSum=-0.715;SC=CCCTCCTCTCAGGGTGTCACT;SOR=0.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=40;TCR=61;TR=75;WE=23503327;WS=23503309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,82:0.76:108
chr22	23503382	rs5759616	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.872;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=88;ReadPosRankSum=-1.084;SC=CAGACACCCTCCCTAGCCCTC;SOR=1.508;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=9;WE=23503390;WS=23503372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr22	23503533	rs5759617	G	T	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=9;PP=853;ReadPosRankSum=-0.856;SC=GTGCCTGGAAGGCCCTCTCTT;SOR=0.963;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=70;TCF=56;TCR=14;TR=49;WE=23503541;WS=23503523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,51:0.70:73
chr22	23503569	rs10775764	T	C	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=32;PP=2609;ReadPosRankSum=-1.604;SC=ATTCAGGCCTTGAACAGCAGG;SOR=0.908;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=125;TCF=81;TCR=44;TR=95;WE=23503588;WS=23503559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,98:0.77:128
chr22	23503580	rs9608085	C	T	2882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=49;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.224;SC=GAACAGCAGGCCCAGAAGCTT;SOR=0.684;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=153;TCF=92;TCR=61;TR=121;WE=23503588;WS=23503559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,126:0.80:158
chr22	23503651	rs713682	C	T	5196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=3.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.62;ReadPosRankSum=2.281;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,238:0.81:295
chr22	23503756	rs737818	G	A	2782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=66;PP=1718;ReadPosRankSum=0.991;SC=TGCTAACTGGGGCCTGCGTGG;SOR=0.677;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=141;TCF=55;TCR=86;TR=110;WE=23503764;WS=23503746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,121:0.78:156
chr22	23503819	rs737819	T	C	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=34;PP=627;ReadPosRankSum=-0.154;SC=GACTGTGGTGTGGAGACTGGA;SOR=0.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=43;WE=23503827;WS=23503809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,46:0.81:57
chr22	23504862	rs5759619	C	T	15532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=921;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=337;NR=323;PP=2962;ReadPosRankSum=2.095;SC=AGCCCCAGGCCCCTGTCACCT;SOR=0.571;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=879;TCF=457;TCR=422;TR=660;WE=23504870;WS=23504852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,691:0.75:919
chr22	23504916	rs5759620	G	A	11447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FS=0.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.10;ReadPosRankSum=-2.108;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,521:0.73:711
chr22	23504959	rs5759621	C	T	6318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FS=0.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.98;ReadPosRankSum=-1.948;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,309:0.68:452
chr22	23505084	rs5751594	G	C	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=42;PP=1040;ReadPosRankSum=0.520;SC=ATTTTTTGTAGTTTTTTATAT;SOR=0.843;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=14;TCR=62;TR=51;WE=23505092;WS=23505074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,56:0.70:80
chr22	23505101	rs5844548	C	CT	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.162;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr22	23523073	.	G	GC	674.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=407;SC=CCGGGGCCGGGCTGGCGAGGC;SOR=1.911;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=23523090;WS=23523071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	23523082	rs199698427	G	GC	674.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=445;SC=GGCTGGCGAGGCGCCGCGCCG;SOR=2.049;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=23523090;WS=23523071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	23523630	rs5751602	C	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=5.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,61:0.22:281
chr22	23540414	rs2071431	T	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=2.480;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr22	23540609	rs4822371	A	G	2616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=46;PP=1540;ReadPosRankSum=-0.809;SC=AAGGTTGGTGACCCCCAAAGA;SOR=1.037;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=89;WE=23540617;WS=23540599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,99:0.98:101
chr22	23541309	.	C	CA	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=0.439;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,27:0.23:116
chr22	23541488	rs2071436	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=-1.146;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,33:0.16:210
chr22	23627369	rs140504	A	G	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=22;PP=585;SC=CAGATCAAGAATGACATCCAG;SOR=2.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=23627377;WS=23627359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	23627441	rs131675	T	C	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=175;SC=GTGGCAGCAGTCCCCGCACAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=23627449;WS=23627431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	23632665	rs131677	C	A	3048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=64;PP=1874;SC=AGGAAGGACTCATCGGGCAGG;SOR=1.432;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=102;WE=23632673;WS=23632655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr22	23735649	rs8135826	C	A	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=5.825;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.50;ReadPosRankSum=1.174;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr22	23962744	rs72559613	T	TTTC	7212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.541;NF=32;NR=40;PP=2967;ReadPosRankSum=2.247;SC=GCCAGCAAGTTTGTTTCTCAG;SOR=0.756;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=72;WE=23962752;WS=23962734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,174:0.77:227
chr22	23982724	rs56397271	T	C	12841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=1.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQRankSum=-1.362;QD=31.25;ReadPosRankSum=-1.367;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,315:0.77:411
chr22	23982727	rs28645846	A	G	12854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=0.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=-1.436;QD=30.98;ReadPosRankSum=-0.838;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,315:0.76:415
chr22	24034288	rs738786	A	G	2513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=45;PP=1545;ReadPosRankSum=0.148;SC=GCTGTGCTCCAGGGCCTTTGG;SOR=0.579;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=71;TCR=51;TR=105;WE=24034296;WS=24034278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,112:0.84:133
chr22	24035970	rs2070446	C	T	4752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=74;PP=2589;ReadPosRankSum=-0.144;SC=GGTGGTGCTCCACGAATGCTT;SOR=0.546;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=211;TCF=125;TCR=86;TR=178;WE=24035978;WS=24035960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,203:0.86:236
chr22	24036040	rs140846458	G	A	6437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.201;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=0.030;SC=CCCACAGTTCGTGCCACCATC;SOR=0.502;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=311;TCF=165;TCR=146;TR=257;WE=24036048;WS=24036030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,293:0.84:348
chr22	24038847	rs1007298	T	C	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=953;ReadPosRankSum=1.585;SC=CCCCAGAGAGTCCAGATGAGG;SOR=0.702;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=59;WE=24038855;WS=24038837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,72:0.87:83
chr22	24086107	rs5759985	A	G	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=6.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.918;SOR=1.176;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,52:0.16:319
chr22	24094912	rs4820566	T	C	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,70:0.20:345
chr22	24096400	rs2070453	T	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.986;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=81;ReadPosRankSum=-1.069;SC=TCCCAGGACCTGCCCTACTGT;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=10;WE=24096408;WS=24096390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr22	24096674	rs2070454	A	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=2.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.015;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,31:0.17:180
chr22	24106674	rs140181	G	A	7463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=0.520;SC=GGCCCTGTCCGGCCTCCCACC;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=387;TCF=201;TCR=186;TR=301;WE=24106682;WS=24106664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,317:0.77:413
chr22	24108288	rs140182	C	G	3225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=51;PP=1592;ReadPosRankSum=0.097;SC=TCCCCCTCCCCGCCTGAGTCG;SOR=0.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=157;TCF=90;TCR=67;TR=121;WE=24108296;WS=24108278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,146:0.78:186
chr22	24108412	rs80027270	G	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=6.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.74;ReadPosRankSum=-0.607;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,37:0.73:51
chr22	24109550	rs131444	T	C	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	24109774	rs179468	T	G	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=4;PP=345;SC=AGGGCGCGGCTGGGCGGCTGC;SOR=3.816;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=23;WE=24109782;WS=24109764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	24121378	rs738792	C	T	6410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=130;NR=82;PP=2965;SC=GCCTAGGACGCCCACCACCTC;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=130;TCR=82;TR=212;WE=24121386;WS=24121368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr22	24122499	rs9612427	G	A	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=9;PP=560;SC=CTCAGCCATCGGGGGCTGTCC;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=24122507;WS=24122489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	24125565	rs2877173	G	A	5804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=133;NR=74;PP=2965;SC=CCCAGTGTCCGCTCGCCCAGG;SOR=1.410;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=133;TCR=74;TR=207;WE=24125573;WS=24125555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr22	24129240	rs11090285	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=2.546;SOR=0.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,18:0.20:88
chr22	24129553	rs55705149	GGC	G	2031.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.29;QD=36.94;SOR=3.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr22	24135968	rs11413092	C	CT	365.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=1.622;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr22	24143502	rs738797	C	G	10367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=160;NR=197;PP=2965;SC=CTCTCTGGCCCCTCAAGTGGA;SOR=1.006;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=359;TCF=161;TCR=198;TR=357;WE=24143510;WS=24143492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr22	24145395	rs5760030	A	G	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=43;PP=1967;SC=GGTTTGCAGAAGCCTGCTGTG;SOR=1.133;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=69;TCR=43;TR=112;WE=24145403;WS=24145385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr22	24145675	rs5751738	G	C	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=36;PP=1092;SC=GAACAGTCCCGTTTCCTGCCA;SOR=2.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=46;WE=24145683;WS=24145665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	24176959	rs35305666	CA	C	6887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=66;PP=2951;SC=AGGCTCAGGGCAAGAGGCTCT;SOR=0.793;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=107;TCF=32;TCR=75;TR=96;WE=24176967;WS=24176949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr22	24179724	rs2070462	G	C	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=3;PP=444;SC=GCAGGAAGATGGGGATGGAGC;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=24179732;WS=24179723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	24199764	rs11393545	A	AC	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=15.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=1.682;SOR=4.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr22	24204158	rs2275979	A	G	338.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=193;ReadPosRankSum=0.154;SC=TCTGTGCCTCACTTTCCTCAT;SOR=0.560;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=15;WE=24204166;WS=24204157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr22	24209759	rs2330626	G	C	328.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=185;ReadPosRankSum=2.651;SC=TGCGCTTATGGTAATGAGATG;SOR=0.976;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=12;WE=24209767;WS=24209749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr22	24212360	rs181163038	T	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.497;SOR=0.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,14:0.20:70
chr22	24226242	rs2070460	A	G	4913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.939;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=98;PP=2603;ReadPosRankSum=0.791;SC=CTGGGCATCCATCATCACATA;SOR=0.812;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=233;TCF=115;TCR=118;TR=191;WE=24226250;WS=24226232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,219:0.83:263
chr22	24236819	rs2096525	T	C	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=963;ReadPosRankSum=-0.488;SC=GACGAGGGGTTCCGCGCTGGG;SOR=0.981;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=44;WE=24236827;WS=24236809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,49:0.84:58
chr22	24237189	rs33958703	C	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.01;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,36:0.25:145
chr22	24237221	rs2070766	C	G	2881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=51;PP=1659;ReadPosRankSum=-0.638;SC=CCTCCTCCCCCCGCAGGGTCT;SOR=0.514;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=150;TCF=85;TCR=65;TR=116;WE=24237229;WS=24237211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,132:0.79:168
chr22	24237463	rs2070767	T	C	3094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr22	24237862	rs2000466	T	G	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.74;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr22	24238079	rs34383331	T	A	3001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.64;ReadPosRankSum=0.579;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,135:0.84:161
chr22	24325006	rs200925305	G	A	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.55;QD=39.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	24325024	rs201723657	C	T	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.55;QD=39.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	24325047	rs149686121	C	G	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.55;QD=39.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	24340650	rs11343686	GT	G	523.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;MQRankSum=0.447;QD=12.77;ReadPosRankSum=-0.558;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,36:0.88:41
chr22	24340938	rs140290	A	G	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=33;PP=1027;SC=CATGGGCTGTAGATAGACGAA;SOR=1.571;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=53;WE=24340946;WS=24340928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	24345691	rs140302	A	C	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.55;QD=25.75;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	24376322	rs4630	G	A	2566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=24;PP=1555;SC=GCAAGTCTTAGGCAAGCCATT;SOR=1.714;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=60;TCR=24;TR=83;WE=24376330;WS=24376312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr22	24377034	rs140308	A	G	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=38;PP=1119;SC=GAGTTACTGGAGTAGGGAGTT;SOR=3.014;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=49;WE=24377042;WS=24377024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	24379577	.	CT	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=-0.692;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
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chr22	24509603	.	C	T	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.34;ReadPosRankSum=1.612;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,85:0.78:109
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chr22	24560254	rs5760229	C	G	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=541;ReadPosRankSum=-1.547;SC=AAGCCCCTGGCTGGGCAGTGT;SOR=1.387;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=29;WE=24560262;WS=24560244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
chr22	24561364	rs7293224	A	G	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.471;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,28:0.19:145
chr22	24564477	rs17854875	C	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=1.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.022;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,52:0.19:281
chr22	24564648	rs5760233	G	T	2014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.413;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=57;PP=1465;ReadPosRankSum=0.343;SC=CCTCCAGCACGTGGCCATAGT;SOR=1.112;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=93;TCF=25;TCR=68;TR=76;WE=24564656;WS=24564638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,79:0.81:98
chr22	24566000	rs5760234	C	T	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.620;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=535;ReadPosRankSum=-0.311;SC=TGCTGGGCGACGCCAGGCCAG;SOR=1.352;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=34;WE=24566008;WS=24565990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,33:0.80:41
chr22	24572034	rs5760236	G	A	2302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=27;PP=1337;ReadPosRankSum=0.334;SC=TGGAGCCTGCGGGGTGGATGA;SOR=0.889;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=114;TCF=76;TCR=38;TR=85;WE=24572042;WS=24572024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,97:0.76:127
chr22	24578995	rs62231980	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-4.237;QD=1.48;ReadPosRankSum=-2.025;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,8:0.13:62
chr22	24579049	rs62231981	G	A	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.109;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.825;NF=38;NR=18;PP=627;ReadPosRankSum=-1.491;SC=TGCTCCATGCGCTGTGGCGCC;SOR=0.899;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=163;TCF=102;TCR=61;TR=56;WE=24579057;WS=24579039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,52:0.30:172
chr22	24579157	rs200945728	GA	TC	2185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=4.294;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQRankSum=-1.363;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,64:0.30:210
chr22	24580381	rs1985047	G	C	1464.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=694;ReadPosRankSum=-1.617;SC=GTGGGGTTGAGGAGGGAAGGG;SOR=0.397;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=64;WE=24580389;WS=24580371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,69:0.90:77
chr22	24580924	rs3752498	T	G	8173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=1.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.19;ReadPosRankSum=-2.238;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,349:0.82:426
chr22	24581207	rs3752497	C	T	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=813;ReadPosRankSum=-0.965;SC=CCTGGAGGAGCTGCCGGACTG;SOR=0.563;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=46;WE=24581215;WS=24581197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,51:0.86:59
chr22	24582041	rs8141797	A	G	16612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=928;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.94;ReadPosRankSum=0.780;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,724:0.78:926
chr22	24583879	rs2070470	T	C	7586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=112;PP=2965;SC=CAGATGTGTGTATGCATGGCA;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=126;TCR=113;TR=237;WE=24583887;WS=24583869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr22	24627910	rs77343908	T	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=-1.771;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,12:0.19:62
chr22	24628928	rs762276	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=30;ReadPosRankSum=-0.664;SC=GGCGGCCATGGCGGCGGTGGG;SOR=0.941;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=5;WE=24628936;WS=24628918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr22	24717850	rs204710	A	G	4321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=82;PP=2706;SC=ATCACCCCTGATAACCAGAGC;SOR=0.881;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=74;TCR=82;TR=156;WE=24717858;WS=24717840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr22	24730587	rs5760351	C	T	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=30;PP=800;SC=CGGTTGTGTTCACTTACCTTA;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=24730595;WS=24730577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	24761467	rs204718	G	A	4956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=93;NR=66;PP=2657;SC=TAGTGAAGAAGTGAAACGGGA;SOR=0.878;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=94;TCR=67;TR=159;WE=24761475;WS=24761457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr22	24808435	rs743363	G	A	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=6;PP=624;SC=GAGGGTGGCCGGGCCTAGTGC;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=24808443;WS=24808425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	24837301	rs5751876	T	C	4683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=96;PP=2965;SC=CCAATGGCTATGCCCTGGGGC;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=69;TCR=96;TR=165;WE=24837309;WS=24837291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr22	24891292	rs2070474	C	G	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=4;PP=1108;SC=GGGCGCCTGACCGGGCCTGGG;SOR=3.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=43;WE=24891300;WS=24891282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	24898310	rs2232866	C	T	14585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=258;NR=266;PP=2965;SC=GAAAGTTCTCCGTCCACATCA;SOR=0.777;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=524;TCF=258;TCR=266;TR=524;WE=24898318;WS=24898300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,546:1.00:546
chr22	24936970	rs9704	A	G	15318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,601:1.00:601
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chr22	24953571	rs5760472	A	G	5467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.871;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.644;SC=GATGTGTGCCACATGCCTTTT;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=122;TCR=75;TR=195;WE=24953579;WS=24953561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,216:1.00:217
chr22	24964128	rs4597	T	C	4448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr22	24982254	rs41277319	G	A	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FS=0.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-0.734;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:456,123:0.21:579
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chr22	25119210	rs56199175	A	C	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=384;ReadPosRankSum=-1.747;SC=CCACAATGAAAGCTAGAGTGA;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=32;WE=25119218;WS=25119200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,37:0.86:43
chr22	25124095	rs738827	C	T	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=38;PP=2201;SC=AAGAGAATCTCAAGTTTTATT;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=76;TCR=38;TR=114;WE=25124103;WS=25124085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr22	25129964	rs5760612	A	G	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.67;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	25145453	rs1892723	C	T	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=68;PP=2096;SC=AATTCTTTCACAATGCTATAA;SOR=1.197;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=47;TCR=69;TR=115;WE=25145461;WS=25145443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr22	25145471	rs1892722	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=3.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=0.643;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,22:0.24:93
chr22	25151638	rs6004259	T	C	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=19;PP=1716;SC=ACTCTCTTAATACATGAGGAC;SOR=2.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=62;TCR=19;TR=81;WE=25151646;WS=25151628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr22	25151890	rs5760623	CA	AC	1542.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=5.586;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.05;ReadPosRankSum=1.734;SOR=1.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,77:0.95:81
chr22	25153810	rs149304338	GAA	G	425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr22	25158326	rs5751975	A	G	3027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=35;PP=1722;SC=GTACAGGCACATATCTCTTGC;SOR=1.266;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=71;TCR=35;TR=106;WE=25158334;WS=25158316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr22	25158597	rs738822	G	C	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=33;PP=820;SC=TAAAGGAAGAGGTGTGTTTGG;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=25158605;WS=25158587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	25282765	rs139719	T	C	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=53;PP=1357;SC=GGCTGGGGAGTGCTGGTTCCA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=81;WE=25282773;WS=25282755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr22	25289335	rs3765480	G	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=0.188;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,16:0.16:97
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chr22	25294369	rs2073201	G	A	1808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=3.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.809;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,60:0.22:270
chr22	25294376	rs2073202	C	T	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=4.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.659;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,64:0.24:272
chr22	25315753	rs5752018	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.862;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr22	25334037	rs10658230	C	CTCATTCAT	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=7.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=5.136;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.949;SOR=1.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,17:0.10:164
chr22	25577554	rs9612886	G	A	1856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=22;PP=1230;ReadPosRankSum=0.272;SC=AGCGTCTTCTGTGCAGGTCTG;SOR=0.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=66;TCR=27;TR=75;WE=25577562;WS=25577544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,78:0.79:99
chr22	25577688	rs763279	G	A	6463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.584;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.662;SC=CCAGGAAGGAGGAGTCGGATG;SOR=0.617;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=307;TCF=156;TCR=151;TR=264;WE=25577696;WS=25577678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,295:0.87:341
chr22	25577733	rs9612887	T	C	4135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=86;PP=1999;ReadPosRankSum=0.525;SC=AGAGGACCCCTGTCAGCCATC;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=101;TCR=103;TR=169;WE=25577741;WS=25577723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,188:0.83:226
chr22	25577846	rs6004466	T	C	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.482;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=357;ReadPosRankSum=-0.365;SC=ACCTTAGCAGTGTAAAGAATA;SOR=1.162;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=26;WE=25577854;WS=25577836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr22	25586564	rs713707	A	G	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.056;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=747;ReadPosRankSum=2.057;SC=GCTTGCCCCAACCCCGCCTGG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=38;WE=25586572;WS=25586554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,40:0.95:42
chr22	25617602	rs739315	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,9:0.18:50
chr22	25624049	rs5760923	G	A	3606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=72;PP=2181;SC=ACCAGGAAGGGGCCCGCCCCT;SOR=1.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=38;TCR=72;TR=110;WE=25624057;WS=25624039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr22	25625554	rs55700037	G	A	3588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=64;PP=1997;SC=ACGTAAGTGCGTTGCCAGCCC;SOR=0.953;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=57;TCR=64;TR=121;WE=25625562;WS=25625544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr22	25627604	rs8140949	G	A	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.294;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,48:0.24:198
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chr22	26158910	rs2331158	C	G	3280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=41;PP=1925;ReadPosRankSum=-1.163;SC=AACCAGCAGCCTTGACCATAC;SOR=0.786;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=165;TCF=114;TCR=51;TR=136;WE=26158918;WS=26158900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,149:0.82:182
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chr22	26159289	rs133885	G	A	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=35;PP=1207;SC=CTGGTCCGGGGGACTGAAAAA;SOR=0.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=69;WE=26159297;WS=26159279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
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chr22	26164079	rs133902	C	T	6416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=1.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
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chr22	26166900	rs3859866	G	C	5050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=103;PP=2965;SC=TGAGACTTTGGATTGATGCTG;SOR=1.095;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=74;TCR=103;TR=177;WE=26166908;WS=26166890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
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chr22	26173661	rs5761170	T	C	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=33;PP=1108;SC=GGCCCTGGGCTGGAGTGGCGC;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=82;WE=26173669;WS=26173651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr22	26177593	rs28729695	G	A	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.64;ReadPosRankSum=0.290;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr22	26181594	rs13053299	T	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.781;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=244;ReadPosRankSum=-0.605;SC=GTGGAAGAGTTGGCACTGCCT;SOR=2.833;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=18;WE=26181602;WS=26181584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr22	26193824	rs2877299	C	T	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=4.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.90;ReadPosRankSum=-1.283;SOR=0.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,50:0.77:65
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chr22	26194093	rs738644	G	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=436;ReadPosRankSum=0.687;SC=GCTCACCTGGGAGGGCAGCTG;SOR=0.789;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=25;WE=26194101;WS=26194083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr22	26219412	rs5752226	T	C	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=17;PP=1420;SC=TCCTCTCGGGTGTTCATTCAC;SOR=2.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=69;WE=26219420;WS=26219402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr22	26222454	rs9624909	C	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=-0.668;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,31:0.24:131
chr22	26222505	rs2331162	G	A	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.82;ReadPosRankSum=0.672;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,59:0.75:79
chr22	26224632	rs3848861	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=4.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=-1.826;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,15:0.17:88
chr22	26228757	rs35045598	TA	T	236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=-0.690;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,27:0.22:120
chr22	26228797	rs3859879	A	G	5353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
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chr22	26239950	rs5761271	A	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=5.254;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=329;ReadPosRankSum=-1.153;SC=ACTACAACACAGTGTGGGAGG;SOR=3.383;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=16;WE=26239958;WS=26239940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
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chr22	26241994	rs2072012	T	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.76;ReadPosRankSum=-0.330;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,36:0.77:47
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chr22	26273834	rs4822666	A	C	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.459;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,23:0.17:136
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chr22	26273889	rs5752240	C	T	3379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.24;ReadPosRankSum=0.485;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,146:0.87:167
chr22	26286738	rs33928909	T	A	5282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.03;ReadPosRankSum=0.905;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,239:0.82:293
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chr22	26342232	rs9613047	T	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,26:0.29:90
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chr22	26346311	rs10600754	AT	A	696.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.22;ReadPosRankSum=-0.236;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,38:0.78:49
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chr22	26690407	rs137204	T	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.361;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=146;ReadPosRankSum=-0.218;SC=CCCAGGAGAGTACCTCACAGA;SOR=0.384;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=17;WE=26690415;WS=26690397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,19:0.26:73
chr22	26702015	rs1210894	A	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=2.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.875;SOR=0.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,26:0.18:143
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chr22	26769234	rs1076660	T	G	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=5;PP=389;SC=CTTCTCTTGGTAACTTAGGAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=26769242;WS=26769224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr22	26859942	rs5752330	C	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=3.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=-0.716;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,39:0.24:163
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chr22	26862153	rs739289	C	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=1.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=0.737;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,48:0.18:263
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chr22	26864658	rs739290	A	G	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.926;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,62:0.23:272
chr22	26877539	rs739291	C	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=5.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.026;SOR=0.114;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
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chr22	29104940	rs374623367	CAA	C,CA	7186.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.62;QD=45.49;SOR=1.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,131,27:0.83,0.17:158
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chr22	29104959	rs5762757	A	C	10513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.44;QD=43.27;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
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chr22	29169050	rs139091725	AGGGCGGGC	A	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=62.13;NF=0;NR=1;PP=48;SC=CGCAGGGCGCAGGGCGGGCGG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=1;TCF=0;TCR=1;TR=1;WE=29169065;WS=29169040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	29179739	rs2347447	C	A	337.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=-0.833;SC=TCTCCTGATCCCCAGGCAATT;SOR=0.776;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=11;WE=29179747;WS=29179729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
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chr22	29440692	rs713834	A	C	3381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=75;NR=39;PP=2099;SC=TTATCCTGACAAAGCCAAGAT;SOR=1.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=75;TCR=39;TR=114;WE=29440700;WS=29440682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr22	29446611	rs5997435	A	C	4937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=75;PP=2965;SC=CCGAGGAACCACCGCCCGGCT;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=84;TCR=75;TR=159;WE=29446619;WS=29446601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
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chr22	29456733	rs6005977	T	C	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr22	29469130	rs7292708	A	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.20;ReadPosRankSum=-1.614;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr22	29495079	rs134665	G	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.453;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr22	29562853	rs132316	T	C	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=11;PP=1180;SC=TCCAAGAGTTTGAGGCTGCAG;SOR=2.200;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=58;WE=29562861;WS=29562843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	29562893	rs132317	G	C	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=36;PP=1771;SC=CGCACTCCAGGCTGGGTGACA;SOR=1.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=69;TCR=36;TR=105;WE=29562901;WS=29562883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
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chr22	29656389	rs2231398	G	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=-1.988;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,30:0.16:193
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chr22	29833639	rs174718	C	G	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.82;QD=26.53;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chr22	29885567	rs147489453	A	AAAGTCCCCTGAGAAGGCC	2054.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FS=0.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.70;MQRankSum=12.873;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.516;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:357,77:0.18:434
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chr22	29908154	rs2007668	G	T	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.76;ReadPosRankSum=-0.234;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,57:0.74:77
chr22	29913272	rs737976	C	T	3359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=2.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.92;ReadPosRankSum=1.057;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,153:0.73:211
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chr22	29925284	rs2302141	T	C	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=646;ReadPosRankSum=-1.257;SC=TGCTAAGCAGTGTGAGTAGGC;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=54;WE=29925292;WS=29925274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,64:0.80:80
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chr22	30051705	.	CT	C	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.285;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.444;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
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chr22	30124614	rs140096	A	T	2425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=29;PP=1771;ReadPosRankSum=-0.247;SC=CTGTGCCTCCACCAGGTGATG;SOR=0.530;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=123;TCF=88;TCR=35;TR=100;WE=30124622;WS=30124604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,100:0.79:126
chr22	30124833	rs140097	T	C	3971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.592;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=89;PP=2808;ReadPosRankSum=-0.373;SC=GGATGACCACTTCAGGCTTGT;SOR=0.223;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=143;TCF=47;TCR=96;TR=135;WE=30124841;WS=30124823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,145:0.95:153
chr22	30138548	rs140120	T	C	2304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=47;PP=1302;ReadPosRankSum=-0.585;SC=CACAGGGGCATATGGACCCTT;SOR=0.684;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=50;TCR=65;TR=84;WE=30138556;WS=30138538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,99:0.76:130
chr22	30138689	rs140121	C	T	334.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=183;ReadPosRankSum=2.369;SC=TCCCACCCCACGCAGGACGGG;SOR=0.430;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=12;WE=30138697;WS=30138679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr22	30184950	rs7954	A	G	1745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=23;PP=1018;ReadPosRankSum=1.816;SC=CGATGGGAGCACGGCCTGGTG;SOR=0.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=64;TCR=29;TR=73;WE=30184958;WS=30184940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,81:0.79:103
chr22	30200893	rs2074706	G	C	3985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=1.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.28;ReadPosRankSum=-0.287;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,169:0.78:218
chr22	30200936	rs36572	T	C	1909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=53;PP=1324;ReadPosRankSum=2.182;SC=CTGGGCTATATCTAAGTGGTA;SOR=0.603;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=30;TCR=69;TR=76;WE=30200944;WS=30200926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,77:0.75:102
chr22	30202774	rs737945	G	C	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.16;ReadPosRankSum=-0.448;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,73:0.69:106
chr22	30212194	rs713656	C	G	478.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=348;ReadPosRankSum=2.443;SC=GCAGCTAGGACCTAGGACGAG;SOR=1.714;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=18;WE=30212202;WS=30212184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr22	30217827	rs2057882	A	T	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.74;ReadPosRankSum=-0.789;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr22	30217985	rs200888756	C	CT	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.660;QD=1.63;ReadPosRankSum=1.937;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr22	30217992	rs5763521	C	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.798;QD=16.92;ReadPosRankSum=1.722;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr22	30221826	rs9306465	T	A	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=512;ReadPosRankSum=-0.513;SC=GAGGGCCCATTTGCCAACCCA;SOR=1.280;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=38;WE=30221834;WS=30221816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,43:0.74:58
chr22	30223746	rs147155722	G	GACAC	528.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.10;ReadPosRankSum=0.317;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr22	30223796	rs148580571	T	TCTC	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=755;ReadPosRankSum=1.704;SC=GGCTACTCATTCTGACACACA;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=17;WE=30223804;WS=30223786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,11:0.92:12
chr22	30229399	rs3958025	C	G	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.020;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=417;ReadPosRankSum=0.082;SC=AAGAATAGAACGACATGAGAA;SOR=1.685;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=22;WE=30229407;WS=30229389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr22	30234192	.	T	TGCCGCC	3498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=3.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.468;QD=36.45;ReadPosRankSum=1.580;SOR=0.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,81:0.84:96
chr22	30366924	rs34749290	C	CT	723.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.92;ReadPosRankSum=0.956;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,42:0.75:56
chr22	30367073	.	T	TA	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=-1.458;SOR=0.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
chr22	30374281	rs9306468	T	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=110;ReadPosRankSum=0.719;SC=AGAAAAACTTTTTAAGATCAA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=30374289;WS=30374280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
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chr22	30661184	rs5763918	T	C	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.786;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=44;PP=832;ReadPosRankSum=-1.471;SC=AAGCCACAGATGGGAGCCTCG;SOR=1.230;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=62;WE=30661192;WS=30661174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,68:0.84:81
chr22	30681797	rs6147585	T	TCTGCCCCAGCCCTTGGTGCTCCCC	8466.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=23;PP=2965;SC=CACTCTCCCCTCTGCCCCAGC;SOR=0.884;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=35;WE=30681805;WS=30681787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr22	30683285	rs5753058	C	G	11248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.700;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=212;NR=240;PP=2962;ReadPosRankSum=1.662;SC=ACCTGGGCCACAGCAGATGGC;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=547;TCF=258;TCR=289;TR=452;WE=30683293;WS=30683275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,476:0.83:574
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chr22	30690904	rs77539689	C	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=2.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=-0.266;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,45:0.19:240
chr22	30691631	rs2097919	G	A	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=1.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.273;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,83:0.22:381
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chr22	30730745	rs11705056	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.829;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,29:0.17:173
chr22	30733111	rs2229807	C	A	1565.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.079;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.07;ReadPosRankSum=0.129;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,69:0.88:78
chr22	30735047	rs11089445	A	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=1.290;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,50:0.19:258
chr22	30736559	rs13057861	G	A	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=599;ReadPosRankSum=0.888;SC=TGTAACAGACGGGCTTGCAAT;SOR=0.608;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=36;WE=30736567;WS=30736549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,43:0.78:55
chr22	30738161	rs9608885	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=-2.040;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,30:0.16:191
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chr22	30741230	rs67616715	CAGGGG	C	1707.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.206;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.618;NF=1;NR=26;PP=1260;ReadPosRankSum=0.259;SC=GAACAGGCTCCAGGGGAGGGG;SOR=1.902;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=27;WE=30741242;WS=30741220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,43:0.86:50
chr22	30742623	rs740221	T	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=51;ReadPosRankSum=-1.147;SC=AACCAGCCCATCCCTCAGCAG;SOR=0.425;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=8;WE=30742631;WS=30742613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr22	30761940	rs740222	G	C	2882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=28;PP=1642;ReadPosRankSum=0.859;SC=CAGCAGCCACGTGGCTCTGGC;SOR=1.005;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=90;TCR=35;TR=100;WE=30761948;WS=30761930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,118:0.77:153
chr22	30762139	rs41281641	C	T	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FS=2.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.039;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:330,101:0.23:431
chr22	30762140	rs740223	G	A	7347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.316;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=0.587;SC=CTGTGACCTCGACATGGTGGC;SOR=0.611;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=395;TCF=206;TCR=189;TR=297;WE=30762148;WS=30762129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,322:0.76:425
chr22	30765502	rs5749080	G	A	6038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=0.841;SC=CACAGGCTGCGGGGCCCTGCA;SOR=0.634;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=294;TCF=141;TCR=153;TR=248;WE=30765510;WS=30765492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,264:0.84:313
chr22	30767536	rs11705092	T	G	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=12;PP=797;ReadPosRankSum=0.652;SC=GCGGCCCCTCTGCAGGCGATG;SOR=0.620;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=52;WE=30767544;WS=30767526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,57:0.74:77
chr22	30767729	rs1076298	A	G	3657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=2.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.09;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,168:0.79:214
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chr22	30769476	rs3840093	CA	C	1382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.667;NF=11;NR=14;PP=927;ReadPosRankSum=-0.416;SC=ACACACACCCCAGGGGGGTAG;SOR=0.765;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=25;WE=30769484;WS=30769466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
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chr22	30769906	rs4820839	T	C	4033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.33;ReadPosRankSum=1.101;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,102:0.77:133
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chr22	30770626	rs5753105	G	C	6980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=0.286;SC=GCAGGAAGATGTGCAGTTAGC;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=363;TCF=162;TCR=201;TR=276;WE=30770634;WS=30770616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,295:0.76:386
chr22	30771458	rs1002189	T	C	9219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=0.212;SC=TCCTGTCCCATTGGGCACAGG;SOR=0.595;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=448;TCF=248;TCR=200;TR=370;WE=30771466;WS=30771448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,410:0.83:492
chr22	30771554	rs2015035	T	G	18593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=702;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=328;NR=326;PP=2965;ReadPosRankSum=1.207;SC=GCAAGTGCAGTCCAACGACAT;SOR=0.283;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=655;TCF=329;TCR=326;TR=654;WE=30771562;WS=30771544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,701:1.00:702
chr22	30774340	rs9619104	A	G	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=38;PP=1177;SC=TTGAGAAGCCAGGCGCAGTGG;SOR=2.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=54;WE=30774348;WS=30774330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	30775675	rs35711436	G	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=293;ReadPosRankSum=-0.039;SC=AGAGTAGGCCGAGGGACCCCA;SOR=0.172;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=22;WE=30775683;WS=30775665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr22	30776095	rs5749088	C	T	5753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.152;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=3.365;SC=CAGGTCTCAGCACCCGGATCT;SOR=0.837;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=317;TCF=183;TCR=134;TR=247;WE=30776103;WS=30776085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,263:0.77:343
chr22	30782089	rs5997629	A	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.749;NF=3;NR=13;PP=192;ReadPosRankSum=0.785;SC=TCAGGATGAGAAGAAGCAGGG;SOR=0.936;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=16;WE=30782097;WS=30782079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
chr22	30793137	rs757660	G	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.367;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,49:0.17:294
chr22	30793270	rs887098	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=7.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=2.091;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,10:0.17:60
chr22	30795484	rs5753124	G	C	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=2;PP=290;SC=GCCTGGGCGAGAGTGCGAGAC;SOR=2.712;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=19;WE=30795492;WS=30795474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	30812549	rs5997642	C	G	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=35;PP=1170;SC=AGAAATCTAGCCTTGGAGACT;SOR=1.276;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=62;WE=30812557;WS=30812539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr22	30823065	rs2072159	G	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.404;QD=1.49;ReadPosRankSum=-1.552;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,9:0.15:59
chr22	30823196	rs5753130	T	C	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=0.115;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,64:0.19:332
chr22	30857373	rs2240345	A	C	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=3.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,75:0.19:387
chr22	30857448	rs5749104	A	G	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=1.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=0.151;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:326,68:0.17:394
chr22	30862400	rs1057995	T	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=0.607;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,23:0.15:150
chr22	30863163	rs5997653	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.550;QD=4.51;ReadPosRankSum=1.303;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
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chr22	30864692	rs4820854	G	A	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FS=0.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.318;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:434,113:0.21:547
chr22	30864792	rs2269962	C	T	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=4.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.964;SOR=0.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,57:0.24:235
chr22	30864817	rs2269963	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.777;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,28:0.20:137
chr22	30885727	rs34092815	CT	C	1227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.090;NF=18;NR=8;PP=976;ReadPosRankSum=0.261;SC=CGCACACCCCCTGAAGCTGGA;SOR=0.776;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=26;WE=30885735;WS=30885717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,36:0.73:49
chr22	30885980	rs17670808	G	A	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.190;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=27;PP=1043;ReadPosRankSum=-0.419;SC=AAATGGTGACGTGGGACAAGT;SOR=0.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=70;WE=30885988;WS=30885970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,79:0.85:93
chr22	30887446	rs9608942	T	C	3302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=22;PP=2103;ReadPosRankSum=3.211;SC=GCCCCAAAGCTGGCTCCCCTG;SOR=0.556;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=128;TCF=104;TCR=24;TR=112;WE=30887454;WS=30887436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,127:0.88:145
chr22	30888412	rs5997665	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=112;ReadPosRankSum=-0.872;SC=TTAGCATTGACCTCTGCTTCC;SOR=0.569;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=10;WE=30888420;WS=30888402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
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chr22	30889967	rs8141671	G	C	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=272;ReadPosRankSum=-0.689;SC=CTCCGGCCTGGGTGACAGAGG;SOR=0.665;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=20;WE=30889975;WS=30889957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr22	30891250	rs9606738	T	C	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.957;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=21;PP=1312;ReadPosRankSum=-0.465;SC=CCTTCTGAGTTTGCAGCTCAC;SOR=0.208;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=84;TCF=61;TCR=23;TR=67;WE=30891258;WS=30891240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,71:0.79:90
chr22	30891294	rs9606739	G	C	3854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.388;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=63;PP=2507;ReadPosRankSum=0.775;SC=ACTTTGATGCGCTTCCGGATC;SOR=0.292;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=185;TCF=112;TCR=73;TR=151;WE=30891302;WS=30891284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,162:0.82:197
chr22	30891859	rs9608944	A	G	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.05;ReadPosRankSum=0.019;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,94:0.79:119
chr22	30901592	rs9608956	T	C	2403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=50;PP=1089;ReadPosRankSum=-2.142;SC=CCGACTCGGCTGCTCATGGTG;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=52;TCR=57;TR=96;WE=30901600;WS=30901582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,110:0.88:125
chr22	30920965	rs41282475	T	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-0.970;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,18:0.22:82
chr22	30921249	rs7289828	G	T	3588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=40;PP=2385;ReadPosRankSum=-2.159;SC=AGAACCAAGGGCCCTCACCTG;SOR=0.883;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=180;TCF=123;TCR=57;TR=135;WE=30921257;WS=30921239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,146:0.78:188
chr22	30921294	rs41282477	C	T	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=1.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=2.331;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:295,73:0.20:368
chr22	30921371	rs6518698	T	C	11694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-1.353;QD=17.99;ReadPosRankSum=1.164;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,516:0.79:650
chr22	30927975	rs5749118	C	T	9501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr22	30930080	rs5753187	T	A	2601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr22	30930158	rs2899151	T	C	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=24;PP=500;SC=GTTCTTGACCTGGGGAGCCAC;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=30930166;WS=30930148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	30934816	rs5753190	T	C	14355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,564:1.00:564
chr22	30934887	rs5753191	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-1.471;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,47:0.16:294
chr22	30987861	rs737953	G	C	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FS=2.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.870;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:511,104:0.17:615
chr22	30988382	rs13053923	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=40;ReadPosRankSum=1.063;SC=TCGCGGTTATGCGGCTAAAAT;SOR=0.478;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=6;WE=30988390;WS=30988372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr22	31003561	rs16988828	A	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=-1.595;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,7:0.14:50
chr22	31009118	rs11703570	T	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.005;SOR=0.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,23:0.27:86
chr22	31010242	rs5749134	G	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=169;ReadPosRankSum=-0.221;SC=CCAAAAGAGCGTGTTGGAAAG;SOR=1.061;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=13;WE=31010250;WS=31010232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr22	31010556	rs5997703	C	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=-1.717;SOR=0.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,8:0.19:43
chr22	31011504	rs139588634	CAG	C	1685.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=4.826;QD=3.41;ReadPosRankSum=-1.350;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:422,73:0.15:495
chr22	31011557	rs2267163	T	C	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FS=0.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=3.728;QD=1.92;ReadPosRankSum=0.581;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:410,89:0.18:499
chr22	31011610	rs1801198	G	C	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=3.504;QD=2.35;ReadPosRankSum=2.060;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:403,99:0.20:502
chr22	31011882	rs4820021	A	T	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=42;PP=1197;SC=TCAGCACAAGATTGTGGGTGT;SOR=2.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=51;WE=31011890;WS=31011872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr22	31013549	rs740235	G	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.421;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=-0.540;SC=GGTCACAGAAGAGACGGGGAA;SOR=0.049;SbPval=0.04;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=16;WE=31013557;WS=31013539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr22	31018777	rs2301956	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=38;ReadPosRankSum=-0.423;SC=TCGGGGGTCTGGAGGGGAAGG;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=6;WE=31018785;WS=31018767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr22	31018817	rs2301957	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=-0.496;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,9:0.16:58
chr22	31018884	rs2301958	G	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=0.142;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,27:0.16:170
chr22	31022272	rs2072194	G	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=36;ReadPosRankSum=1.264;SC=GGAACCCTGTGGGAAGCTGAG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=5;WE=31022280;WS=31022262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr22	31032920	rs5997714	A	G	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1079;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=2.541;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:892,180:0.17:1072
chr22	31032952	rs150781327	T	G	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=788;ExcessHet=3.0103;FS=0.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=0.404;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:640,144:0.18:784
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chr22	31089958	rs11383654	G	GA	741.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.25;ReadPosRankSum=-0.491;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,46:0.82:56
chr22	31090067	rs111265481	T	TCCACAACTA	5980.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.810;NF=26;NR=35;PP=2962;ReadPosRankSum=1.600;SC=CAGGTAAACCTCTGCGGAAGC;SOR=0.843;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=61;WE=31090075;WS=31090057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,141:0.76:186
chr22	31091139	rs13053290	A	G	4554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=93;PP=2926;ReadPosRankSum=-1.024;SC=CAAGATCGGAACCTGTGTCCG;SOR=0.519;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=243;TCF=116;TCR=127;TR=183;WE=31091147;WS=31091129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,194:0.76:256
chr22	31091633	rs7288635	A	C	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.701;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=39;PP=1054;ReadPosRankSum=0.991;SC=GGACACTGCCACTAGTCTAGA;SOR=0.281;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=64;TCF=8;TCR=56;TR=46;WE=31091641;WS=31091623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,47:0.72:65
chr22	31266546	rs2301816	T	C	7390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=138;NR=128;PP=2965;SC=AGCACGGCGCTGCACTCCAGC;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=139;TCR=130;TR=266;WE=31266554;WS=31266536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr22	31266777	rs4820909	T	C	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=17;PP=404;SC=CCATTTCCTGTGGTTCCACGG;SOR=1.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=31266785;WS=31266767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	31283324	rs4820912	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.492;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=143;ReadPosRankSum=1.203;SC=AGCTCCTGTTTAAGGTGGAGT;SOR=0.248;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=16;WE=31283332;WS=31283314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,16:0.26:61
chr22	31285680	rs5749186	G	A	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=71;PP=1874;SC=TTTCCTGTGCGTGGATGAGCA;SOR=2.511;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=22;TCR=72;TR=92;WE=31285688;WS=31285670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr22	31289891	rs34240867	A	G	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=4.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.874;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,48:0.17:286
chr22	31301734	rs10625967	A	AGG	5194.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=30;PP=2769;SC=GCGACCCGGGAGGAGACACCG;SOR=1.342;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=59;WE=31301742;WS=31301724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr22	31302125	rs3804084	C	G	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=6.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=-0.717;QD=14.69;ReadPosRankSum=0.032;SOR=0.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,70:0.65:108
chr22	31302233	rs3804085	T	C	5995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=95;PP=2965;SC=AGAGGCTGGATCCGCTGACCG;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=110;TCR=95;TR=204;WE=31302241;WS=31302223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr22	31329056	rs2074578	G	C	3478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=80;PP=2493;SC=GAAAACTAGCGTAGAGTCCCT;SOR=1.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=34;TCR=80;TR=114;WE=31329064;WS=31329046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr22	31329954	rs5753398	A	G	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=4;PP=753;SC=CTGCTGGTGGATGGTATAGAC;SOR=3.841;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=31;WE=31329962;WS=31329944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	31333631	rs3747151	T	C	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=21;PP=980;SC=GCTCACTGGATGGGGGCTGGT;SOR=1.211;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=62;WE=31333639;WS=31333621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr22	31335724	rs1005252	T	A	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=34;PP=1304;SC=TGAGGGGAGGTGGCACTCTAG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=64;WE=31335732;WS=31335714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr22	31336149	rs739896	G	A	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=48;PP=1426;SC=AGAGTAGGGGGAGCTATGGCT;SOR=2.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=19;TCR=48;TR=67;WE=31336157;WS=31336139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr22	31342376	rs2072132	G	C	3768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr22	31342594	rs5753403	C	T	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=21;PP=562;SC=CCACAGCCCTCGTTCCCTCTC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=31342602;WS=31342584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	31354653	rs737924	G	A	3446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=55;PP=1900;SC=GTTCAGCAAGGGCACCAAACA;SOR=0.840;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=55;TCR=55;TR=110;WE=31354661;WS=31354643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr22	31486291	rs2074738	G	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5023;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=464;ReadPosRankSum=-1.587;SC=TGCAGTCCCTGATACTGCACC;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=23;WE=31486299;WS=31486281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr22	31486911	rs2074737	C	G	15156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=954;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=342;NR=322;PP=2962;ReadPosRankSum=0.366;SC=AGACCCTGTCCCACCCAGTTG;SOR=0.682;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=905;TCF=466;TCR=439;TR=664;WE=31486919;WS=31486901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,693:0.73:950
chr22	31491295	rs3205187	G	C	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	31491332	rs5997872	C	T	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=18;PP=826;ReadPosRankSum=-0.533;SC=GCAGTGGAAGCGGCCAATGGG;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=55;TCR=24;TR=60;WE=31491340;WS=31491322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,67:0.76:88
chr22	31493125	rs917208	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=4.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.542;SOR=1.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,27:0.18:149
chr22	31493460	rs5753458	T	C	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=33;PP=839;SC=GAGGCCGAGGTGGGCGGATCA;SOR=2.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=31493468;WS=31493450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	31494568	rs33991833	A	AC	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=6.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,13:0.18:74
chr22	31497054	rs5753459	A	C	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr22	31501788	rs11705137	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=23.924;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=226;ReadPosRankSum=-1.070;SC=GGCTAGACTCTCAGCCTAGGC;SOR=1.583;SbPval=0.04;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=18;WE=31501796;WS=31501778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr22	31503560	rs13053829	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=349;ReadPosRankSum=-0.056;SC=CGTCTGGGCCCCCAGGCTGGC;SOR=0.484;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=8;WE=31503588;WS=31503550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr22	31503569	.	G	GCCCCGCCCCCGC	447.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=4;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=2981;ReadPosRankSum=1.688;SC=CCCCAGGCTGGCCCCGCCCCC;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=13;WE=31503588;WS=31503550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr22	31503580	rs140459227	GC	G	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.39;ReadPosRankSum=0.413;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr22	31521404	rs2240432	G	A	14002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=272;NR=221;PP=2965;SC=GGCATCAGGCGCAGCCTCTGT;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=495;TCF=273;TCR=222;TR=493;WE=31521412;WS=31521394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,526:1.00:526
chr22	31521850	rs2240431	A	C	23417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=865;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=386;NR=452;PP=2965;ReadPosRankSum=1.729;SC=GGCTTGGCACACAGAGTACAG;SOR=0.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=843;TCF=388;TCR=455;TR=838;WE=31521858;WS=31521840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,862:1.00:864
chr22	31529043	rs9917541	C	A	5810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=3.048;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.05;ReadPosRankSum=0.986;SOR=0.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,231:1.00:232
chr22	31529772	rs728206	C	T	2413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=32;PP=1714;SC=CTACATTCTGCTCCTTGAGTT;SOR=1.085;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=75;WE=31529780;WS=31529762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr22	31532568	rs757872	G	C	3089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=35;PP=1864;SC=AGAGGTCTCCGGATCCCTTCC;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=73;TCR=35;TR=107;WE=31532576;WS=31532558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr22	31532608	rs2232184	G	A	3264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.45;ReadPosRankSum=0.700;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,141:0.80:177
chr22	31533967	rs2074739	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.402;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,16:0.18:91
chr22	31535995	rs2074734	C	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,26:0.19:138
chr22	31536133	rs2232176	A	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=1.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=1.247;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,37:0.16:230
chr22	31583007	rs5997902	A	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=31;ReadPosRankSum=-0.506;SC=GCAGAAATGGACAGTCAAGAG;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=5;WE=31583015;WS=31583005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr22	31588491	rs34541395	C	T	3842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.701;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=54;PP=2312;ReadPosRankSum=-1.331;SC=TTTTAATTTCCGATACCAGTA;SOR=0.579;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=117;TCR=67;TR=147;WE=31588499;WS=31588481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,158:0.81:195
chr22	31600460	rs2413035	T	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-2.320;QD=0.75;ReadPosRankSum=0.642;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,21:0.15:136
chr22	31602139	rs3208937	A	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=-1.733;QD=2.70;ReadPosRankSum=-1.177;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr22	31658281	rs2073857	A	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=1.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.57;ReadPosRankSum=0.661;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,31:0.14:227
chr22	31663842	rs2228619	C	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-1.098;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,41:0.23:175
chr22	31669267	rs2040532	A	G	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=6;PP=442;SC=GTTCACCTACAGCTGAGGAAG;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=31669275;WS=31669257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	31679110	rs2040533	G	C	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.998;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,12:0.15:82
chr22	31685458	rs5753543	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=1.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.29;ReadPosRankSum=-1.586;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:345,59:0.15:404
chr22	31687142	rs5753544	G	C	5172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=81;PP=2674;SC=CCAGCCCCGGGGCCGTCCCCC;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=95;TCR=82;TR=176;WE=31687150;WS=31687132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr22	31687313	rs4820044	A	G	4547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr22	31687455	.	ACC	A	203.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.65;ReadPosRankSum=-2.200;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr22	31724972	rs131207	CA	C	662.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.76;ReadPosRankSum=-1.802;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,27:0.28:98
chr22	31737436	rs62236170	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=8.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-1.448;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,12:0.21:58
chr22	31741067	rs714909	G	A	5961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=1.212;SC=GGGGGCGAAAGAGCATTATAT;SOR=0.646;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=314;TCF=170;TCR=144;TR=247;WE=31741075;WS=31741057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,258:0.79:326
chr22	31795866	rs4820047	T	C	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=37;PP=1166;SC=TCTGCCACGATTAGGAGTCCC;SOR=2.041;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=52;WE=31795874;WS=31795856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	31839151	rs16989617	T	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.164;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,14:0.19:74
chr22	31843567	rs2273251	G	C	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.25;ReadPosRankSum=0.821;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,59:0.84:70
chr22	31844293	rs738658	A	C	4566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.400;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=82;PP=2588;ReadPosRankSum=1.498;SC=TTAATGCATGACATTTCTTGC;SOR=0.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=222;TCF=111;TCR=111;TR=171;WE=31844301;WS=31844283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,197:0.77:255
chr22	31854434	rs11293411	AT	A	4374.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=64;PP=2975;SC=TTAACCACACATTTTTTAAGT;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=97;TCF=33;TCR=64;TR=95;WE=31854442;WS=31854424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr22	31904170	rs2413054	A	G	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr22	31926725	rs3818134	C	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.429;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=377;ReadPosRankSum=-1.871;SC=AGGCATTTGCCGGCCATTTTA;SOR=0.029;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=24;WE=31926733;WS=31926715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
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chr22	31969249	rs142095380	T	TC	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=134;ReadPosRankSum=-1.327;SC=GGTCACAGTTTCACTCTCCTG;SOR=0.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=6;WE=31969257;WS=31969239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr22	31971172	rs10657905	A	ATCT	3963.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=27;PP=2493;SC=TTTCCAGCTCATCTAACCTTA;SOR=0.740;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=45;WE=31971180;WS=31971162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr22	31971258	rs5753700	T	C	4158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.979;QD=18.65;ReadPosRankSum=0.830;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,188:0.84:223
chr22	31976299	rs55894054	T	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-1.359;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,68:0.21:330
chr22	31983287	rs112798271	A	ATTTGTTTTGT,ATTTGTTTTTTT	5538.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=6,8;NR=24,24;PP=1364,222;SC=ATGCCAATTTATTTGTTTTGT;SOR=1.138;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=68;TCF=6;TCR=62;TR=30,32;WE=31983295;WS=31983277;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.82,0.18:144
chr22	31985312	rs138844666	A	ATT	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=81;ReadPosRankSum=-0.688;SC=ATAAATAATGATTCATCTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=6;WE=31985320;WS=31985302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr22	31999846	rs16989312	G	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=1.968;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,13:0.16:79
chr22	32002294	rs5753723	T	C	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=22;PP=1620;SC=TCTGCCTTCCTCGCACCCATG;SOR=1.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=75;WE=32002302;WS=32002284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr22	32003798	rs8139560	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=0.738;SOR=1.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,7:0.13:52
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chr22	32011225	rs12171042	T	C	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=3.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.855;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,59:0.18:337
chr22	32012658	rs45594940	A	G	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=-2.171;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,38:0.26:146
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chr22	32021596	rs62237838	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.638;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,6:0.16:37
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chr22	32081436	rs375258831	CAA	C	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.889;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.851;SOR=0.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,20:0.23:88
chr22	32081681	rs8142355	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=-0.608;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,31:0.14:227
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chr22	32108475	rs16989427	C	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=-2.509;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,34:0.22:153
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chr22	32154502	rs186011712	T	C	4030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=61;PP=2330;ReadPosRankSum=-1.717;SC=TGAGTGTTTTTCTACTTGAAG;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=192;TCF=116;TCR=76;TR=157;WE=32154510;WS=32154492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,175:0.84:208
chr22	32179850	rs138286	G	C	4070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.87;SOR=1.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr22	32198862	rs5998133	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=-1.819;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,30:0.14:211
chr22	32205632	rs5998135	A	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=2.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=-1.254;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,27:0.17:159
chr22	32211412	rs5749334	A	C	167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=25;PP=728;SC=AGCACCTAGGATAAAGTGCAG;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=33;WE=32211420;WS=32211402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	32222476	rs17761491	C	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.417;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,71:0.22:330
chr22	32229977	rs55645350	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=3.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.53;ReadPosRankSum=0.555;SOR=0.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,16:0.14:114
chr22	32257164	.	CT	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=1.213;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr22	32266546	rs5994441	A	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=4.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.059;SOR=1.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,15:0.17:86
chr22	32275353	rs5994443	T	C	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.481;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=128;ReadPosRankSum=-0.949;SC=TTTGCCTATTTGCTACGTTTC;SOR=0.389;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=16;WE=32275361;WS=32275343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr22	32340565	rs71697452	TGCCTGCA	T	507.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.588;NF=2;NR=1;PP=201;ReadPosRankSum=0.581;SC=GCGGCGGCGCTGCCTGCAGCC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=32340579;WS=32340555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,14:0.93:15
chr22	32340837	rs71845980	CG	C	270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.25;ReadPosRankSum=1.186;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr22	32340880	rs138873821	C	CG	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=90;ReadPosRankSum=1.255;SC=TGGCCGCGGGCGCGTTCCCCT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=32340888;WS=32340870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr22	32341669	rs2301415	A	G	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=31;PP=677;ReadPosRankSum=-1.115;SC=TTTTCTGTAAATGAATATTTC;SOR=0.544;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=34;WE=32341677;WS=32341659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,36:0.80:45
chr22	32341684	rs7290696	C	T	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=517;ReadPosRankSum=-0.888;SC=TATTTCCTCTCCCTGCGTCAA;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=22;WE=32341692;WS=32341674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr22	32343613	rs10631788	G	GCTCT	2370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.949;NF=1;NR=41;PP=2287;ReadPosRankSum=-1.286;SC=GTATCTTCAAGCTCTATCTCA;SOR=0.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=1;TCR=52;TR=42;WE=32343621;WS=32343603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,60:0.88:68
chr22	32346468	rs4820059	G	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=399;ReadPosRankSum=-0.072;SC=CCTTCAATTCGGATGCCTCTA;SOR=2.025;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=21;WE=32346476;WS=32346458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr22	32352791	rs1049583	G	A	8869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.877;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=192;PP=2962;ReadPosRankSum=1.601;SC=GATCCTTCAGGTCCCCTGGCC;SOR=0.887;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=493;TCF=235;TCR=258;TR=358;WE=32352799;WS=32352781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,395:0.74:535
chr22	32478972	rs131880	A	AG	7253.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=54;PP=2975;SC=GAAGGCCAGCAGAAGTAGAGG;SOR=0.890;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=80;WE=32478980;WS=32478962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr22	32482127	.	CA	C	340.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=1.357;QD=2.42;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,41:0.29:141
chr22	32495092	.	A	AAT	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=-0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.703;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr22	32545849	rs58570639	C	CA	3474.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=34;PP=1649;SC=CACTTGGTGACGTAGAAAACA;SOR=0.997;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=35;WE=32545857;WS=32545839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr22	32579550	rs136428	T	C	8029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.38;ReadPosRankSum=0.705;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,200:0.81:248
chr22	32579559	rs136429	A	G	8182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=1.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.22;ReadPosRankSum=-0.090;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,207:0.81:254
chr22	32579676	rs136430	A	G	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=43;PP=1045;ReadPosRankSum=-0.553;SC=AAGAATCACTATATTTATCAG;SOR=0.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=75;WE=32579684;WS=32579666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,88:0.77:115
chr22	32579742	rs1297809	C	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=-0.648;QD=24.22;ReadPosRankSum=0.103;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr22	32579751	rs136431	C	G	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=-0.636;QD=26.83;ReadPosRankSum=0.207;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr22	32586632	rs136466	C	T	547.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=430;ReadPosRankSum=-0.963;SC=AGATTAAGTACAATCAAGAAA;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=21;WE=32586640;WS=32586623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr22	32586854	rs136467	C	T	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=4.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.940;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.705;NF=23;NR=30;PP=1020;ReadPosRankSum=-2.296;SC=TTAGGTGGAACTGAAGGAGCC;SOR=1.090;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=53;WE=32586862;WS=32586844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,52:0.51:102
chr22	32586875	rs136468	G	A	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.01;MQRankSum=-7.481;QD=17.14;ReadPosRankSum=-2.049;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,43:0.46:93
chr22	32586878	rs136469	A	G	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.42;MQRankSum=-8.103;QD=11.02;ReadPosRankSum=-2.390;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,40:0.44:91
chr22	32586926	rs136470	T	C	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.129;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.226;NF=37;NR=14;ReadPosRankSum=0.519;SC=TGGGAACCACTTTCAGCATCA;SOR=1.445;Source=Platypus;TCF=63;TR=51;WE=32586934;WS=32586916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,43:0.44:98
chr22	32587023	rs55974778	C	G	11028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=3.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQRankSum=-5.459;QD=32.92;ReadPosRankSum=0.019;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,267:0.80:335
chr22	32587027	rs136472	G	C	11163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=3.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQRankSum=-5.392;QD=32.17;ReadPosRankSum=1.120;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,275:0.79:347
chr22	32587478	rs136473	T	C	527.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.309;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=463;ReadPosRankSum=1.166;SC=CTTCATGAGGTAACTTCCCTG;SOR=2.833;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=19;WE=32587486;WS=32587468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr22	32589023	rs136478	C	T	6747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.438;NF=151;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.672;SC=CATGGAAGAGCAACAGCAAAG;SOR=0.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=340;TCF=190;TCR=150;TR=268;WE=32589042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,297:0.79:376
chr22	32589034	rs136479	T	C	7077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.635;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.861;NF=147;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=1.522;SC=AACAGCAAAGTAGATCCTCCC;SOR=0.556;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=350;TCF=193;TCR=157;TR=269;WE=32589042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,293:0.77:381
chr22	32589090	rs8135276	C	T	6922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.735;NF=151;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.811;SC=AGGCAGACGGCGCATCCACAC;SOR=0.668;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=376;TCF=207;TCR=169;TR=281;WE=32589098;WS=32589080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,296:0.75:394
chr22	32590449	rs108211	G	A	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.856;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=718;ReadPosRankSum=1.811;SC=ACTGGGTCACGCCCTTCCACA;SOR=1.259;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=48;WE=32590457;WS=32590439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,51:0.73:70
chr22	32590522	rs136484	T	C	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=-1.426;SC=ACTGGTGATATATCTCCAGTT;SOR=0.593;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=7;WE=32590530;WS=32590512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr22	32614393	.	CAAAAAAAAAAAAAAAAA	C	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.82;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr22	32621619	rs2294208	C	T	4458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.76;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,220:0.83:266
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chr22	32633505	rs5998328	G	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=0.247;SC=CCCTTGCCTTGCCCTGATTCA;SOR=0.399;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=8;WE=32633513;WS=32633495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr22	32754028	.	G	A	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=1.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=-0.598;QD=2.82;ReadPosRankSum=1.370;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,66:0.23:293
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chr22	32756684	rs61729165	C	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQRankSum=-13.757;QD=1.65;ReadPosRankSum=3.584;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,41:0.19:212
chr22	32756703	rs73166367	C	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQRankSum=-14.129;QD=1.73;ReadPosRankSum=3.629;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,43:0.20:213
chr22	32831540	rs2076050	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=216;ReadPosRankSum=0.965;SC=ATGTTCACTCCACAATTCCCT;SOR=3.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=11;WE=32831548;WS=32831536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr22	32843436	rs4821063	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.253;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr22	32871227	rs8136485	C	T	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=14;PP=773;SC=GGCGATAGGCCAAGTGCGGGG;SOR=0.954;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=37;WE=32871235;WS=32871217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	32871383	rs8137714	T	G	3249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=57;NR=46;PP=1655;SC=GGTCCCCTCCTCGGTGAGTCA;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=57;TCR=46;TR=103;WE=32871391;WS=32871373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr22	32871442	rs8140067	C	A	3752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr22	32875190	rs11107	G	A	9332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=157;NR=174;PP=2965;SC=AGACTAGCATGCAGGATGAAC;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=333;TCF=157;TCR=176;TR=331;WE=32875198;WS=32875180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr22	32875388	rs5845002	CT	C	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.319;QD=10.65;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr22	32886998	rs738982	T	C	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=2.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	32887150	rs9726	C	T	4446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr22	32891368	rs10648473	T	TTC	1793.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.09;QD=33.22;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr22	32934274	rs2239766	T	G	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=40;PP=1194;SC=TTTCCCTTCATGCTGTTTGCC;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=32934282;WS=32934264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr22	32937740	rs135479	T	C	7347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
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chr22	33229830	rs242076	A	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.190;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,32:0.22:144
chr22	33253280	rs9862	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.588;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,22:0.18:119
chr22	33253292	rs11547635	C	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,21:0.19:113
chr22	33376839	.	C	CT	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=2.962;QD=0.74;ReadPosRankSum=-1.670;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr22	33562683	rs743794	T	C	2559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr22	33562887	rs9609729	G	T	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=28;PP=745;SC=TCTATGCAATGATACTGGCTA;SOR=1.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=33562895;WS=33562877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	33670584	rs17722172	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=1.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=0.925;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,50:0.18:275
chr22	33670679	rs41282597	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=4.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.359;SOR=2.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,10:0.17:60
chr22	33679425	rs1018365	G	C	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-0.117;SOR=0.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,14:0.15:91
chr22	33780344	rs150907937	GCTAGGCACAC	G	583.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=2745;ReadPosRankSum=1.305;SC=AAGATGGAGAGCTAGGCACAC;SOR=0.076;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=33780361;WS=33780334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr22	33968056	.	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=4.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.699;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,14:0.16:87
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chr22	34022284	rs86487	G	A	2717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.508;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=67;PP=1758;ReadPosRankSum=-0.914;SC=CATTGTATCCGGCGCAGACAA;SOR=1.149;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=140;TCF=55;TCR=85;TR=105;WE=34022292;WS=34022274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,114:0.73:156
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chr22	35681893	rs1543303	G	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=0.760;SC=TTAAATATGAGCTTCAAAACC;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=8;WE=35681901;WS=35681883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
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chr22	35684533	rs5750093	G	C	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=25;PP=737;SC=TCTCAGGATGGCGTAACATAG;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=35684541;WS=35684523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	35695802	rs4461	G	A	1033.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.011;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=7;PP=835;ReadPosRankSum=-0.741;SC=CGAGCTTCGCGGTGCCACCGC;SOR=2.786;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=49;WE=35695810;WS=35695792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,43:0.88:49
chr22	35696077	rs138728	G	C	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.184;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=33;PP=644;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGGAGGGCAAGGAGGCTGGCG;SOR=1.721;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=39;WE=35696085;WS=35696067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,40:0.83:48
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chr22	35742925	rs743810	T	G	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.616;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,44:0.27:163
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chr22	35786003	rs143430077	GGACTTGGCTGTCT	G	419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=2933;ReadPosRankSum=0.496;SC=ACACATGGAGGGACTTGGCTG;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=35786023;WS=35785993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr22	35796605	rs2307335	C	T	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.607;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=44;PP=1124;ReadPosRankSum=0.604;SC=ACAGGTGCGGCTCCTGCGGGG;SOR=0.294;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=61;WE=35796613;WS=35796595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,67:0.88:76
chr22	35796652	rs743813	C	G	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=31;PP=823;SC=GCTCACACGCCTCTACCAGCC;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=35796660;WS=35796642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr22	35797333	rs743815	T	C	5023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.30;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr22	35799542	rs713618	C	T	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=45;PP=1262;SC=GAAGGTGGGTCGGAGGGCAGT;SOR=1.666;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=70;WE=35799550;WS=35799532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr22	35810052	rs80433	T	C	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=39;PP=1261;SC=CTCTGGGTCCTCAGGACACCT;SOR=2.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=35810060;WS=35810042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	35812504	.	C	CTGTGTG	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=-0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=13.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.55;ReadPosRankSum=-0.154;SOR=1.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr22	35817553	rs2071744	C	T	4139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=84;PP=2649;SC=CAGTGTGTGTCTTGCTTCTCT;SOR=1.216;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=60;TCR=84;TR=144;WE=35817561;WS=35817543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
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chr22	35947585	rs41279993	C	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=2.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,45:0.19:243
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chr22	36424170	rs76819114	C	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,10:0.19:52
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chr22	36537725	rs61731692	G	A	7331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=138;NR=116;PP=2965;SC=CTGATGATGTGTATGAGTGCT;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=254;TCF=138;TCR=116;TR=254;WE=36537733;WS=36537715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr22	36541725	rs1807672	G	T	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=221;SC=GGTGGTTCGAGGTTAATCCTC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=36541733;WS=36541715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	36545137	rs132642	A	T	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chr22	36545826	rs132644	T	C	3314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=36;PP=1877;SC=TACATGCTTATTGTAAATGAC;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=72;TCR=36;TR=108;WE=36545834;WS=36545816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr22	36556823	rs132653	G	T	5595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=88;PP=2965;SC=CGTTCTCCAGGCTCTGAGATA;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=109;TCR=88;TR=195;WE=36556831;WS=36556813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr22	36587202	rs6000172	G	A	2289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-0.498;QD=17.89;ReadPosRankSum=0.789;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,101:0.79:128
chr22	36587223	rs6000173	G	T	2696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.835;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=33;PP=1387;ReadPosRankSum=-1.127;SC=CTCGGATTTTGCCCCCTTGTG;SOR=0.566;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=75;TCR=41;TR=94;WE=36587231;WS=36587213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,116:0.82:141
chr22	36587279	rs6000174	A	G	2782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=35;PP=1478;ReadPosRankSum=1.678;SC=CCAGCACAACAAGGACACCTG;SOR=0.700;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=131;TCF=89;TCR=42;TR=107;WE=36587287;WS=36587269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,126:0.82:154
chr22	36587486	rs2227167	A	G	6432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.677;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.010;SC=CAAGTGCAAAAGAAAGCACAT;SOR=0.540;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=334;TCF=191;TCR=143;TR=252;WE=36587494;WS=36587476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,276:0.76:364
chr22	36587511	rs2227168	C	T	6089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.445;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.144;SC=TGTGATGTCACGCAGAATGTC;SOR=0.652;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=175;TCR=141;TR=234;WE=36587519;WS=36587501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,263:0.75:352
chr22	36587845	rs3075364	A	ACT	21756.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.161;NF=47;NR=160;PP=2927;ReadPosRankSum=-0.833;SC=ATTTGAGGAAACTTTCAAAAA;SOR=0.607;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=305;TCF=66;TCR=239;TR=207;WE=36587853;WS=36587834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,546:0.79:692
chr22	36587952	rs2227169	C	T	4327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.717;NF=46;NR=105;PP=2798;ReadPosRankSum=-0.194;SC=GAGCATCTGCCTCTTCCCTGT;SOR=0.854;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=193;TCF=61;TCR=132;TR=151;WE=36587960;WS=36587942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,176:0.80:220
chr22	36591380	rs2007468	A	G	3503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.68;ReadPosRankSum=0.303;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,161:0.77:210
chr22	36593628	rs112900962	A	AC	1192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.58;ReadPosRankSum=1.341;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,38:0.27:139
chr22	36593640	rs6000178	A	T	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.19;ReadPosRankSum=2.163;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,41:0.27:151
chr22	36623731	rs132760	T	C	16257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=250;NR=294;PP=2965;SC=CGCCCAATGATATGCGGGGGT;SOR=0.977;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=544;TCF=250;TCR=294;TR=544;WE=36623739;WS=36623721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,588:1.00:588
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chr22	36635444	rs136144	A	G	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=8;PP=769;SC=GAGCTATTGCAAGAATAAGGA;SOR=2.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=42;WE=36635452;WS=36635434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	36650956	rs9610468	G	A	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=18;PP=1286;SC=GGAGCACACTGTCTCAACCCC;SOR=1.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=71;WE=36650964;WS=36650946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr22	36655735	rs78188930	G	A	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=1.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.312;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,52:0.24:219
chr22	36657596	rs713929	A	G	9582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.345;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.999;SC=GCTGTTATGCACTCCCACACT;SOR=0.476;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=341;TCF=189;TCR=152;TR=339;WE=36657604;WS=36657586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,377:1.00:378
chr22	36657628	rs136163	T	G	11783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=25.45;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr22	36657789	rs136164	T	C	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.085;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,27:0.22:121
chr22	36661149	rs136169	A	G	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.78;QD=44.58;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	36661152	rs28480494	G	A	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.78;QD=44.39;SOR=1.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr22	36661330	rs2239785	G	A	4934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=97;NR=60;PP=2710;SC=GTTGAAAAGTGAGCTTGAGGA;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=97;TCR=60;TR=157;WE=36661338;WS=36661320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr22	36661536	rs136174	C	A	11594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=199;NR=190;PP=2965;SC=GAATCACAGCCGCTTTGACCG;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=390;TCF=199;TCR=191;TR=389;WE=36661544;WS=36661526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr22	36661566	rs136175	G	A	10111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.259;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=176;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.491;SC=GCAGTACCATGGACTACGGAA;SOR=0.414;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=348;TCF=172;TCR=176;TR=347;WE=36661574;WS=36661556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,376:1.00:377
chr22	36661646	rs136176	G	A	7559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.19;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr22	36661842	rs136177	G	A	5700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=102;NR=89;PP=2965;SC=AGGTGGAGAGGGTTAATGAAC;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=103;TCR=90;TR=191;WE=36661850;WS=36661832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr22	36682706	rs2071734	C	T	7181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=0.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.90;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,328:0.77:425
chr22	36690113	rs4821478	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=3.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=1.124;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,25:0.13:189
chr22	36691607	rs710181	A	C	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=47;NR=20;PP=1043;SC=CTGTTTTCAGAGCCTCTAGCT;SOR=1.252;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=67;WE=36691615;WS=36691597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr22	36695173	rs2187776	C	T	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=34;PP=1041;SC=GCCCGGAAATCTGGGGCTGAA;SOR=1.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=55;WE=36695181;WS=36695163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	36695247	rs4821480	G	T	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=12;PP=327;SC=GGATAATTTTGAAAGGTCACG;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=36695255;WS=36695237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	36700175	rs9619601	A	G	6113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=2.502;SC=TGCGGTACAGATTGCTGTCGA;SOR=0.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=334;TCF=156;TCR=178;TR=247;WE=36700183;WS=36700165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,271:0.75:362
chr22	36705529	rs1557529	A	G	3844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=92;PP=2654;SC=AACCCCATGCATGGAAAAGTC;SOR=1.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=42;TCR=92;TR=134;WE=36705537;WS=36705519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr22	36708084	rs2413396	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.692;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,14:0.16:89
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chr22	36710056	rs5756142	A	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=-1.096;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,5:0.11:44
chr22	36710183	rs3752462	T	C	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=1.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=0.737;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,66:0.20:322
chr22	36712387	rs5756150	A	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=16.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.902;SOR=0.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr22	36712400	rs67607973	GA	G	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=4.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=2.162;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr22	36712414	rs5756151	C	G	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=7.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=2.023;SOR=0.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr22	36712472	rs5756152	A	G	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=27;PP=1610;SC=AGATCGATGCAGGACCATGAG;SOR=1.538;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=62;TCR=27;TR=89;WE=36712480;WS=36712462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr22	36715610	rs56001030	G	A	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=-0.481;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:362,82:0.18:444
chr22	36716202	rs3833922	C	CT	1950.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=1.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.004;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,66:0.20:329
chr22	36716209	rs3752463	G	A	2037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.993;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.434;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,75:0.20:371
chr22	36718351	rs55743715	G	A	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=8.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.89;ReadPosRankSum=-1.320;SOR=0.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,47:0.73:64
chr22	36722490	rs8136069	C	A	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5279;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=13;PP=1078;ReadPosRankSum=0.900;SC=ATGGGCCCAGCCTCTGCTTCA;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=53;TCR=15;TR=59;WE=36722498;WS=36722480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,64:0.88:73
chr22	36722534	rs8136336	G	A	3973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=37;PP=2510;SC=AGCTGAAGCCGGGACCACTAA;SOR=1.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=92;TCR=37;TR=129;WE=36722542;WS=36722524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr22	36722838	rs11316214	CG	C	570.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=3.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.398;QD=5.76;ReadPosRankSum=-2.391;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,26:0.26:99
chr22	36744886	rs56147525	GC	G	3829.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.157;HP=15;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=67;PP=2360;ReadPosRankSum=-0.862;SC=GGGAAGACCCGCCCCCCCCCC;SOR=0.178;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=119;TCF=30;TCR=89;TR=82;WE=36744898;WS=36744876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,105:0.97:108
chr22	36744888	rs56084634	C	G	2748.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=75.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.22;ReadPosRankSum=0.032;SOR=1.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,71:0.65:109
chr22	36744888	.	CCC	GCT	1567	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=11;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=59.86;NF=34;NR=18;PP=1567;QD=31.1628437474;SC=GAAGACCCGCCCCCCCCCCCC;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=133;TCF=55;TCR=78;TR=52;WE=36744898;WS=36744876;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:81,52:0.39:133
chr22	36744890	rs55932404	C	T	2748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=62.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.70;ReadPosRankSum=1.349;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,71:0.61:116
chr22	36864063	rs73169632	G	T	2385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.93;ReadPosRankSum=-0.841;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,106:0.84:126
chr22	36872750	rs2281082	T	G	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=21;PP=2045;SC=TATACTGGCTTCCCTGTGGCA;SOR=2.208;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=71;TCR=21;TR=92;WE=36872758;WS=36872740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr22	36889556	rs62229991	G	A	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.510;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=614;ReadPosRankSum=-0.462;SC=CGGCATTGTCGGGAACAGTAG;SOR=1.734;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=29;WE=36889564;WS=36889546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
chr22	36891786	rs5756218	G	C	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=1.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=1.239;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,90:0.23:398
chr22	36891858	rs5756219	C	A	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FS=2.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=-2.057;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:371,94:0.20:465
chr22	36900271	rs2277841	T	C	9196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr22	36900806	rs760718	A	G	4161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=59;NR=78;PP=2402;SC=GTGGCTACAAAGAGGACGCTG;SOR=1.216;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=139;TCF=59;TCR=80;TR=137;WE=36900814;WS=36900796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr22	36901817	.	T	TA	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=0.923;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr22	36907098	rs728785	T	C	9085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=176;NR=148;PP=2965;SC=TGTGATATGATGTTCACTTTC;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=326;TCF=177;TCR=149;TR=324;WE=36907106;WS=36907088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr22	36912438	rs62230003	A	G	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.66;ReadPosRankSum=1.089;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr22	36912448	rs62230004	A	G	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.77;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,30:0.83:36
chr22	36912459	rs16996838	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=0.869;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,6:0.14:43
chr22	36912630	rs11558519	A	G	6111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=117;NR=94;PP=2965;SC=GGTCAATATCATCTCCAAGCT;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=117;TCR=95;TR=211;WE=36912638;WS=36912620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr22	36913495	rs76174946	T	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=329;ReadPosRankSum=-1.710;SC=AAGCGTGGCATGGTCACTCAC;SOR=0.675;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=29;WE=36913503;WS=36913485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,36:0.65:55
chr22	36916753	rs41283217	T	C	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=1.137;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,32:0.26:124
chr22	36919343	rs8140240	A	G	8699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=148;NR=154;PP=2965;SC=AAAGACAGACATATGATCTCA;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=304;TCF=149;TCR=155;TR=302;WE=36919351;WS=36919333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr22	36919358	rs62230012	A	G	5043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.050;NF=99;NR=110;PP=2959;ReadPosRankSum=0.094;SC=ATCTCAGTGCAGACCTTTAAA;SOR=0.790;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=262;TCF=126;TCR=136;TR=209;WE=36919366;WS=36919348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,229:0.79:291
chr22	36919423	rs142575825	ATCACCAC	A	3263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.634;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=60.49;MQRankSum=1.110;NF=1;NR=48;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.852;SC=AAACCTTACCATCACCACTAA;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=1;TCR=61;TR=49;WE=36919455;WS=36919413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,82:0.81:101
chr22	36919441	rs62230013	A	G	1745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=4.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.727;QD=20.30;ReadPosRankSum=-0.065;SOR=1.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,69:0.80:86
chr22	36919447	rs2076084	C	T	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=41.37;SOR=2.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr22	36919845	rs74947325	G	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.38;ReadPosRankSum=0.397;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr22	36919854	rs12170906	T	G	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.51;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	36920064	rs55889583	G	A	2966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.02;ReadPosRankSum=1.400;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,131:0.84:156
chr22	36920099	rs12165971	G	C	3254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr22	36920200	rs12166028	G	A	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=25;PP=653;SC=GGGGGTAAGTGCTTGGACTTT;SOR=3.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=28;WE=36920208;WS=36920190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	36920834	rs742146	T	C	6020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=101;NR=118;PP=2965;SC=TTACCAGATATGCACCAGTCT;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=101;TCR=118;TR=219;WE=36920842;WS=36920824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
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chr22	36983404	rs2235681	C	G	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=504;ReadPosRankSum=1.057;SC=TTTTCCTGCCCTCTGCTGTGA;SOR=0.551;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=35;WE=36983412;WS=36983394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,38:0.84:45
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chr22	37159819	rs739002	T	C	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=68;NR=32;PP=1806;SC=GGCTGCTAAGTGGCAGGGCCA;SOR=1.462;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=68;TCR=32;TR=100;WE=37159827;WS=37159809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr22	37163329	rs1048012	C	T	11517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
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chr22	37207319	rs113051616	CTAAATAAATAAA	C	540.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=2;NR=2;PP=1406;SC=GAGACTGTCTCTAAATAAATA;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=37207338;WS=37207309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	37207667	rs34262500	T	A	706.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.9994;FS=4.233;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=412;ReadPosRankSum=1.096;SC=TTTCTCTTCATCAGGTAGGTT;SOR=1.154;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=28;WE=37207675;WS=37207657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,32:0.86:37
chr22	37263618	rs35583148	G	A	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=58;PP=1468;ReadPosRankSum=-1.111;SC=CTCTGGCTCTGATGGCCCCAT;SOR=0.955;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=79;TCF=13;TCR=66;TR=70;WE=37263626;WS=37263608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,71:0.87:82
chr22	37266322	rs2075938	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=0.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,9:0.17:54
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chr22	37271882	rs2075939	T	C	20860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=796;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=370;NR=384;PP=2965;SC=CTACGACCACTGCCCCTCACA;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=758;TCF=371;TCR=387;TR=754;WE=37271890;WS=37271872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,794:1.00:794
chr22	37273742	rs11552115	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-1.065;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,52:0.18:293
chr22	37318175	rs117937233	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=30;ReadPosRankSum=-0.161;SC=GACTTCAGGACACTAAGGACC;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=6;WE=37318183;WS=37318165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr22	37321973	rs116857186	T	C	3110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.212;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=42;PP=1989;ReadPosRankSum=-0.053;SC=CGAGGAACCTTTCGTGAGTCA;SOR=0.991;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=159;TCF=101;TCR=58;TR=121;WE=37321981;WS=37321963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,132:0.75:175
chr22	37326443	rs16845	G	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=0.161;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,17:0.14:122
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chr22	37333366	.	C	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.187;SOR=1.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,13:0.20:66
chr22	37333794	rs131840	A	G	3482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=52;PP=2120;SC=CGATGGGACCAGGACAGGCCG;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=66;TCR=52;TR=117;WE=37333802;WS=37333784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr22	37334250	rs1801116	G	A	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FS=1.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:376,111:0.23:487
chr22	37335326	rs1803	C	T	5787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=113;PP=2965;SC=GGCAGGCTGGCGGGACCTGGG;SOR=1.289;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=78;TCR=113;TR=191;WE=37335334;WS=37335316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr22	37387119	rs5750354	C	G	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.25;ReadPosRankSum=1.666;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,70:0.80:87
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chr22	37398195	rs743749	C	T	6505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.89;ReadPosRankSum=-0.012;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,163:0.80:204
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chr22	37533786	rs228957	C	G	4450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.67;ReadPosRankSum=0.267;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,114:0.76:150
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chr22	37580442	rs11089827	A	T	3148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=69;PP=2057;ReadPosRankSum=-0.067;SC=GCCGTCAGCCACCACAGCCTG;SOR=0.763;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=161;TCF=79;TCR=82;TR=132;WE=37580450;WS=37580432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,139:0.82:170
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chr22	37602583	rs11406761	G	GC	10981.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=91;PP=2936;SC=CTTTCCCCAGGCCCTACAGGT;SOR=0.822;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=141;TCF=43;TCR=98;TR=132;WE=37602591;WS=37602560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr22	37622999	rs62235085	C	T	396.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=288;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCATACACCCCTCCCACGCCA;SOR=1.981;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=16;WE=37623007;WS=37622989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr22	37678551	rs3213556	A	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=1.881;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,16:0.23:70
chr22	37678565	rs3213557	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.581;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,19:0.21:89
chr22	37678814	rs5995410	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=1.477;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
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chr22	37691907	rs2269590	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,9:0.18:49
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chr22	37709524	.	G	A	8451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=0.869;SC=GTCTCTACTCGGAAGAAGAAG;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=432;TCF=191;TCR=241;TR=347;WE=37709532;WS=37709514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,371:0.81:459
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chr22	37888868	rs5756696	G	C	4464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=84;PP=2792;SC=ATACCAGCTCGTCGATACCCC;SOR=1.151;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=61;TCR=84;TR=145;WE=37888876;WS=37888858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr22	37902177	rs738304	T	C	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=7;PP=802;SC=TGCCAGGACCTCCACAATCTT;SOR=2.613;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=37902185;WS=37902167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	37904957	rs932326	C	G	5954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr22	37964299	rs2281098	C	G	8131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.331;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.449;NF=151;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=0.070;SC=TCATGAGCCTCCCAGAAGCCC;SOR=0.581;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=396;TCF=192;TCR=204;TR=316;WE=37964307;WS=37964289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,346:0.81:425
chr22	37964408	rs200195385	CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT	C	3929.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=10.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.93;MQRankSum=9.427;QD=20.26;ReadPosRankSum=-1.064;SOR=1.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,116:0.60:194
chr22	38025640	rs148382108	G	A	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=3.461;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.13;ReadPosRankSum=0.876;SOR=1.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,93:0.92:101
chr22	38037105	rs11436470	T	TC	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=7.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=1.950;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr22	38086574	rs9610834	C	T	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=4;PP=813;SC=GAAGCCTTCTCTAGTCCCAAC;SOR=3.056;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=39;WE=38086582;WS=38086564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	38119213	rs12628603	G	A	9232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=194;NR=126;PP=2965;SC=GGGGGCCGGAGCGCAGGACAG;SOR=1.151;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=320;TCF=194;TCR=126;TR=320;WE=38119221;WS=38119203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr22	38119754	rs67890459	TCAA	T	40229.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=936;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=458;PP=2957;SC=ACAGAACCACTCAACGAGAGA;SOR=0.885;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=602;TCF=119;TCR=483;TR=565;WE=38119764;WS=38119743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,906:1.00:906
chr22	38121152	rs9610841	C	A	17571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=315;NR=281;PP=2965;SC=AACGAGACAACCCTGGAACCT;SOR=0.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=596;TCF=315;TCR=281;TR=596;WE=38121160;WS=38121142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,642:1.00:642
chr22	38122122	rs5756795	T	C	20901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=766;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.32;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,765:1.00:765
chr22	38122448	rs739137	C	T	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=65;PP=1903;SC=AGTGCAGCAGCGGGGGCCGCA;SOR=1.550;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=102;WE=38122470;WS=38122438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr22	38122462	rs739138	A	G	2440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=50;PP=1524;ReadPosRankSum=-0.798;SC=GGCCGCACCCACAGCCCTGGC;SOR=1.557;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=78;WE=38122470;WS=38122438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,89:0.98:91
chr22	38129332	rs7284476	G	A	5252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr22	38130385	rs13054052	A	C	9360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=185;NR=145;PP=2965;SC=AGCCTCACCTACCCCCTCACC;SOR=0.882;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=330;TCF=185;TCR=145;TR=330;WE=38130393;WS=38130375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr22	38130472	rs8140958	T	C	10607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=193;NR=192;PP=2965;SC=CCCTCATCCTTGGAGTCCTGA;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=385;TCF=193;TCR=192;TR=385;WE=38130480;WS=38130462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr22	38142468	rs5756803	A	G	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr22	38146585	rs4821704	C	T	4230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=82;NR=58;PP=2151;SC=TACAGAGCAGCGGGACAAACG;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=83;TCR=59;TR=140;WE=38146593;WS=38146575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr22	38146847	rs6519081	T	C	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=22;PP=790;SC=CACCGCCCACTCCACTGAGCC;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=38146855;WS=38146837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	38155317	rs5756810	C	G	7385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.96;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr22	38161835	rs3833924	T	TG	1003.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=224;ReadPosRankSum=-1.708;SC=GTATGGACCCTGGGGGGGGCA;SOR=0.798;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=17;WE=38161843;WS=38161824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr22	38168508	rs762984	T	C	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=11;PP=1427;SC=TGAAGCGAGGTATCTGCGGGG;SOR=2.505;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=56;TCR=12;TR=67;WE=38168516;WS=38168498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	38204089	rs710187	C	T	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr22	38211954	rs2285179	G	A	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=32;PP=893;SC=GCTTCTGCCTGTTCCCCTCCC;SOR=2.110;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=45;WE=38211962;WS=38211944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	38212068	rs739269	C	T	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=18;PP=716;SC=CCTGGCTCCCCTCTGCCTCTT;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=47;WE=38212076;WS=38212058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr22	38212762	rs13911	A	G	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=53;PP=1573;SC=AGGTCCGCCTACTGCCACAGG;SOR=2.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=74;WE=38212770;WS=38212752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr22	38220964	rs8138029	T	C	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=42;PP=1262;SC=TGCCCGTGGCTGTGGTGAGCC;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=86;WE=38220972;WS=38220954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr22	38240368	rs141002682	G	C	13185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=749;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=271;NR=279;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.175;SC=CCGCAACCACGGCAACCGAGC;SOR=0.671;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=695;TCF=345;TCR=350;TR=550;WE=38240376;WS=38240358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,593:0.79:748
chr22	38243675	rs5750504	A	T	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=10;PP=524;SC=AATTTTACAAAAGCAAAGGAC;SOR=1.445;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=34;WE=38243683;WS=38243665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr22	38259110	rs61195610	CT	C	648.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.126;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.614;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,76:0.54:141
chr22	38282897	rs17752670	C	T	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=41;NR=33;PP=1116;SC=CAGGACAGAGCTTAGGAACTG;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=74;WE=38282905;WS=38282887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr22	38308048	.	ATG	A	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=2.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=4.060;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.855;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,27:0.20:136
chr22	38341134	rs139859	T	C	4951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr22	38369976	rs139884	A	G	5883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=126;NR=91;PP=2965;SC=AGCTGCTCACATGGCCTGGGT;SOR=0.953;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=126;TCR=91;TR=217;WE=38369984;WS=38369966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr22	38382011	rs138592496	G	A	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=5;PP=187;SC=CACCCCCGGCGCTGCCAACCC;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=12;WE=38382019;WS=38382001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	38384681	rs61199507	C	A	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.068;QD=16.36;ReadPosRankSum=2.226;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,48:0.65:74
chr22	38453679	rs5845366	A	AG	2439.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=9;PP=2303;SC=GTCCCGTATGAGGTGGTGGAG;SOR=2.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=54;WE=38453687;WS=38453669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr22	38455469	rs713729	T	A	3629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=74;PP=2131;SC=TCTGACCCTCTCAGAGGGGCT;SOR=1.114;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=58;TCR=74;TR=132;WE=38455477;WS=38455459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr22	38463535	rs880669	C	T	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=6;PP=393;SC=AAGCTGGTCTCAAACTCCTGA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=38463543;WS=38463525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	38463652	rs2076369	T	G	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=36;PP=1784;SC=CAGTCTTGGCTGGGAAGGGGC;SOR=1.297;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=72;TCR=36;TR=107;WE=38463660;WS=38463642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr22	38463968	rs2076370	A	G	16666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=321;NR=270;PP=2965;ReadPosRankSum=0.918;SC=CTCTCCCTGCATCTGTTCTTG;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=594;TCF=322;TCR=272;TR=591;WE=38463976;WS=38463958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,649:1.00:651
chr22	38465089	rs147840806	C	T	2577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=45;PP=1366;ReadPosRankSum=-0.914;SC=GTTCAGGGACCGCAGATGCTC;SOR=0.551;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=98;WE=38465097;WS=38465079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,114:0.83:138
chr22	38467784	rs760975	G	C	7192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=127;PP=2965;SC=TGGTGTGACCGTGGGCAATCC;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=247;TCF=120;TCR=127;TR=246;WE=38467792;WS=38467774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr22	38474696	rs2076371	A	G	6520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=118;PP=2965;SC=GTTCTTCAACACATCCACCAG;SOR=1.052;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=96;TCR=118;TR=214;WE=38474704;WS=38474686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr22	38474852	rs1004764	G	A	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=454;SC=CTTTATTCCTGTTTTACAGAT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=38474860;WS=38474842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	38477275	rs75640043	G	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,39:0.23:173
chr22	38477342	rs4289289	T	A	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=39;NR=40;PP=1265;SC=GGCCGGACCCTGGGGGATGCC;SOR=0.982;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=79;WE=38477350;WS=38477332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr22	38477930	rs2235573	G	A	14305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=231;NR=287;PP=2965;SC=AGAGCTCCAGGAGGCGCGTGG;SOR=0.953;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=519;TCF=231;TCR=288;TR=518;WE=38477938;WS=38477920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,550:1.00:550
chr22	38504372	rs5750540	T	C	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.84;ReadPosRankSum=0.007;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,93:0.76:122
chr22	38506509	rs4820313	A	G	4987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=80;NR=84;PP=2831;SC=TGGACCTGTAAAACTGGTCCA;SOR=0.904;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=80;TCR=84;TR=164;WE=38506517;WS=38506499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr22	38609950	rs2235264	G	A	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=40;PP=1167;SC=TGCCCATGCAGAGCCTCCTCA;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=56;WE=38609958;WS=38609940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	38611080	rs9610915	C	G	5274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=99;PP=2965;SC=GGAAGGGGAACTTGGGTAGGT;SOR=1.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=75;TCR=99;TR=174;WE=38611088;WS=38611070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr22	38689984	rs5757022	T	A	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	38699050	rs3830720	GAGGC	G	10031.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.127;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-3.699;NF=46;NR=166;PP=2973;ReadPosRankSum=1.581;SC=TCAGGGGTCAGAGGCAGGCAG;SOR=1.509;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=231;TCF=52;TCR=179;TR=212;WE=38699068;WS=38699040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,277:0.99:281
chr22	38875549	rs401933	C	T	3407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=43;PP=2109;SC=GTAAATAGGCCGGGAAATGAC;SOR=1.064;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=69;TCR=43;TR=112;WE=38875557;WS=38875539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr22	38881822	rs138440	T	TA	141.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.75;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	38917543	rs10672394	T	TAC	204.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.61;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr22	39024961	rs5995602	G	T	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=20;PP=574;SC=AAAATTCACAGTATTATTATT;SOR=1.559;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=39024969;WS=39024951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr22	39441096	rs2020390	G	T	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.483;NF=34;NR=52;PP=1685;ReadPosRankSum=-1.813;SC=CGAATTCCTGGCTGAGCACCC;SOR=0.679;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=140;TCF=57;TCR=83;TR=86;WE=39441104;WS=39441086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,88:0.61:144
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chr22	39498038	rs139302	G	C	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=3.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=1.380;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,33:0.20:161
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chr22	39499604	rs139314	T	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=4.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.849;SOR=0.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,16:0.26:61
chr22	39499653	rs139315	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=3.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.630;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,22:0.17:130
chr22	39499763	rs139316	T	C	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=1.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.985;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,46:0.19:243
chr22	39499902	rs139317	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=4.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.020;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,7:0.16:45
chr22	39529817	rs55779697	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=3.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,22:0.19:116
chr22	39621819	rs114786489	G	A	6639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.406;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.726;SC=GACTCGCACCGTCCGAATGGT;SOR=0.742;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=367;TCF=192;TCR=175;TR=279;WE=39621827;WS=39621809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,302:0.76:395
chr22	39626024	rs2239769	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr22	39626375	rs4821874	A	C	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=25;PP=586;SC=GTGGGGCAAAAGCTTTGGCCC;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=39626383;WS=39626365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	39627571	.	GGGT	G	393	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=393;QD=142.0;SC=AGCCCCAGAAGGGTGGTCTCC;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=3;WE=39627590;WS=39627561;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,3:0.27:11
chr22	39627573	.	GT	G	511.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=6.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.95;ReadPosRankSum=-2.244;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr22	39627575	.	GGT	G	511.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.409;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=6.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.95;ReadPosRankSum=-2.769;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr22	39627582	.	A	AGAAGCCCCAGAAG	883.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.331;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.174;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=928;ReadPosRankSum=-2.550;SC=GGTGGTCTCCACCCACCACCG;SOR=2.494;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=3;WE=39627590;WS=39627561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr22	39627630	rs55634318	G	C	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=18;PP=954;ReadPosRankSum=0.874;SC=TACGCACCTGGACAGGTCGCA;SOR=0.935;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=58;WE=39627638;WS=39627620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,63:0.80:79
chr22	39629329	rs11704525	C	A	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.189;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=24;PP=1232;ReadPosRankSum=-1.385;SC=GTGGGGGGAACGGGAGTTGTA;SOR=0.393;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=93;TCF=64;TCR=29;TR=72;WE=39629337;WS=39629319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,88:0.78:113
chr22	39636899	.	GTC	G	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.31;MQRankSum=-1.137;QD=1.12;ReadPosRankSum=-1.499;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr22	39636928	rs5757575	A	G	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.06;MQRankSum=0.000;QD=20.04;ReadPosRankSum=1.732;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr22	39636930	rs5757576	A	G	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.65;MQRankSum=1.253;QD=33.65;ReadPosRankSum=-0.342;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,28:0.88:32
chr22	39636944	rs138673005	ACACT	A	354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.845;NF=0;NR=14;PP=793;ReadPosRankSum=0.151;SC=ACACACACACACACTCTCTCT;SOR=0.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=14;WE=39636957;WS=39636918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr22	39639853	rs1800817	G	T	4005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.04;ReadPosRankSum=1.315;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,185:0.83:222
chr22	39709776	rs137620	T	C	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=3.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,71:0.20:362
chr22	39711351	rs2076125	A	G	5759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.857;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=1.955;SC=TTGCACAGCAACTCAAGCCAC;SOR=0.493;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=296;TCF=144;TCR=152;TR=232;WE=39711359;WS=39711341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,248:0.79:315
chr22	39712981	rs137623	A	G	3947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=60;PP=2141;SC=CTTTTCCACCAGCAAGCGGAG;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=69;TCR=61;TR=129;WE=39712989;WS=39712971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr22	39713105	rs470081	C	T	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=30;PP=896;SC=CCTTTCTGCCCTGGGGAAGCC;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=39713113;WS=39713095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr22	39713128	rs2072872	A	G	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=392;ReadPosRankSum=1.355;SC=CTCAGTGATGAAGGAAATGGG;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=21;WE=39713136;WS=39713118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr22	39714490	rs6509	C	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=2.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=0.057;QD=1.09;ReadPosRankSum=-1.369;SOR=0.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,46:0.16:284
chr22	39714704	rs1569498	C	T	708.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=515;ReadPosRankSum=-1.167;SC=AGAATCCTGACCAGACACCCA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=27;WE=39714712;WS=39714694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,28:0.90:31
chr22	39714908	rs137625	A	G	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=14;PP=1393;SC=GCAGCTTTATATGCCAATTAG;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=67;WE=39714916;WS=39714898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr22	39746168	rs3747177	C	A	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.06;ReadPosRankSum=0.535;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:13,137:0.91:150
chr22	39770597	rs4821888	A	G	8604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=181;PP=2965;SC=CACAGAGTCTACAGAGGGCTG;SOR=1.488;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=107;TCR=181;TR=287;WE=39770605;WS=39770587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr22	39770780	rs4820377	G	A	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=9;PP=261;SC=GCAGGGGAGCGTGGATGGGAT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=39770788;WS=39770770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	39777822	rs149306472	C	CCAA	16835.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=218;PP=2924;ReadPosRankSum=1.333;SC=TACGTGGAGCCCACTGGGCCG;SOR=0.940;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=276;TCF=37;TCR=239;TR=253;WE=39777832;WS=39777811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,630:1.00:632
chr22	39795683	rs4821892	G	C	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.41;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	39812986	rs6001585	C	A	2616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=53;PP=1550;SC=GAGCAACAGGCGTTAGGGAGC;SOR=1.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=90;WE=39812994;WS=39812976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr22	39832306	rs370640084	GA	G	389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=19;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=182;ReadPosRankSum=1.127;SC=TCAAAAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.487;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=16;WE=39832314;WS=39832301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
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chr22	40054948	rs5757761	T	C	4776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=1.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.89;ReadPosRankSum=1.823;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,216:0.81:267
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chr22	40058186	rs136853	A	G	8345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=2.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.10;ReadPosRankSum=-2.047;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,388:0.80:488
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chr22	40068853	rs2235342	T	C	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=17;PP=1348;SC=TGGGCCACAATAGAAGGGTCA;SOR=1.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=63;WE=40068861;WS=40068843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr22	40364415	rs2267423	A	G	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=26;PP=735;SC=AAATAGGGAAACTGTTCTTGG;SOR=2.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=31;WE=40364423;WS=40364405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	40415140	rs2071771	C	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=305;ReadPosRankSum=0.606;SC=GTGTAGACACCGTGTGCCTCA;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=15;WE=40415148;WS=40415130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr22	40417780	rs5995793	C	T	5916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.56;ReadPosRankSum=-0.960;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,284:0.84:337
chr22	40417820	rs5995794	A	G	4723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.208;SC=CGCCCCCGCCAGGCGCTTCAG;SOR=0.596;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=117;TCR=129;TR=208;WE=40417828;WS=40417810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,214:0.84:255
chr22	40545595	rs6001804	A	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=1.769;QD=11.37;ReadPosRankSum=1.398;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr22	40545797	rs34190441	T	TA	193.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=3;PP=203;SC=GTGTCAAAACTAAAAATTGTA;SOR=1.402;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=40545805;WS=40545787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	40545998	rs35899845	C	CA	1328.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=16;PP=952;SC=TGAAAGCCAACAAAAAATTGA;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=40546006;WS=40545988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr22	40546041	rs35629137	C	CA	2033.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=20;PP=1323;SC=AAAGTAGAGTCAAAAAGGTTT;SOR=1.108;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=37;WE=40546049;WS=40546031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr22	40546153	rs5995826	G	A	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=25;PP=753;SC=AGGCCAAGGCGGGCAGATCAC;SOR=1.378;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=41;WE=40546161;WS=40546143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr22	41194947	rs113368977	CA	C	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-1.736;QD=1.98;ReadPosRankSum=1.006;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,46:0.31:149
chr22	41195191	rs113851841	A	AGTGGCATGGTT	2165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=2957;SC=GCTGGAGTGCAGTGGTTTACG;SOR=2.608;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=16;WE=41195199;WS=41195181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr22	41236730	rs199774761	TAG	T	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=1.505;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,9:0.16:58
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chr22	41545024	rs71761046	G	GT	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.769;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,26:0.23:113
chr22	41548008	rs20551	A	G	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=0.501;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,26:0.25:105
chr22	41550954	rs4822011	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.50;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,15:0.14:111
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chr22	41606030	rs139439	A	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=220;ReadPosRankSum=0.038;SC=AGAGCCATCCAGATGTAAAAG;SOR=0.439;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=18;WE=41606038;WS=41606020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr22	41609859	rs139450	T	C	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.76;ReadPosRankSum=-0.096;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,68:0.72:95
chr22	41610024	rs139451	G	A	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.47;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,74:0.70:105
chr22	41612965	rs85220	T	G	570.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=387;ReadPosRankSum=-0.846;SC=CACTGGTGGATCAGGTATGGG;SOR=1.931;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=21;WE=41612973;WS=41612963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr22	41613188	rs9611519	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.067;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,41:0.19:212
chr22	41613303	rs9611520	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=76;ReadPosRankSum=-1.637;SC=TGGACAGTGACAGTGGGGAGG;SOR=0.260;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=8;WE=41613311;WS=41613293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr22	41616663	rs34923440	GA	G	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=0.507;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr22	41617160	rs139471	T	TG	2542.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=10;PP=2010;SC=TCAGTGGAGGTTTGTCAGTCT;SOR=2.904;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=48;WE=41617168;WS=41617150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	41617318	rs139472	G	C	9019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.92;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr22	41621714	rs2179744	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.266;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr22	41635425	rs139495	C	T	3709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=57;PP=2151;ReadPosRankSum=0.405;SC=CCACTCTGTGCCTGTGCTCCT;SOR=0.857;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=175;TCF=104;TCR=71;TR=145;WE=41635433;WS=41635415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,161:0.83:194
chr22	41645500	rs139500	TG	T	7760.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=118;PP=2979;SC=CAAAGTCACCTGGGGGGGCCC;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=11;TCR=131;TR=128;WE=41645508;WS=41645490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr22	41645757	rs71948	C	G	4751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr22	41650190	rs7364221	C	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.235;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,18:0.17:107
chr22	41652345	rs470112	C	G	2215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.421;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=49;PP=1329;ReadPosRankSum=-0.027;SC=GGCCAGGACACCAGGTTCTAC;SOR=0.323;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=104;TCF=40;TCR=64;TR=84;WE=41652353;WS=41652335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,95:0.78:122
chr22	41652733	rs139509	G	A	5454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.509;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.571;SC=TGGGCAGGCCGCCGCGGATGG;SOR=0.525;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=294;TCF=163;TCR=131;TR=231;WE=41652741;WS=41652723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,250:0.81:308
chr22	41652846	rs4820435	G	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=3.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.161;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,40:0.17:232
chr22	41657626	rs2235850	C	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.920;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,19:0.22:88
chr22	41660964	rs139520	A	G	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=23;PP=611;SC=TGCAGAACCAACACAGACACA;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=30;WE=41660972;WS=41660954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	41676559	rs35821769	C	CAGCT	658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.399;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=653;ReadPosRankSum=2.771;SC=GGGAAAGCTGCAGCTATTCCC;SOR=1.802;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=12;WE=41676567;WS=41676549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr22	41723113	rs62238180	G	A	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.446;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=12;PP=739;ReadPosRankSum=-0.736;SC=TCTCTGCCAGGAAGGGAAGCT;SOR=1.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=43;WE=41723121;WS=41723103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,47:0.82:57
chr22	41829794	rs6609	C	G	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.36;QD=28.19;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	41833116	rs202641	C	T	22119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=838;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=363;NR=400;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.452;SC=CATCTTCCACCGCCAGGCCAC;SOR=0.252;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=765;TCF=363;TCR=402;TR=763;WE=41833124;WS=41833106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,830:1.00:831
chr22	41864190	rs9611597	A	T	2738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.51;ReadPosRankSum=1.074;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,124:0.84:148
chr22	41864216	rs505533	A	C	3823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr22	41911525	rs1799932	C	T	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr22	41923121	rs62236521	C	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=294;ReadPosRankSum=1.222;SC=GTCTCATTCACGCAGGCTTCA;SOR=1.189;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=19;WE=41923129;WS=41923112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr22	42016699	rs2267437	C	G	2332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.589;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=18;PP=1523;ReadPosRankSum=0.058;SC=CCTCGGCCAGCCGCCACCCTC;SOR=0.403;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=97;TCF=76;TCR=21;TR=80;WE=42016707;WS=42016689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,89:0.84:106
chr22	42059768	rs132788	G	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=7.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=0.988;QD=0.64;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=1.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,11:0.13:85
chr22	42076381	rs5758405	C	A	3497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr22	42089623	rs739134	T	C	15753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=329;NR=235;PP=2965;SC=CCAGGAATCATGGGCCCAGAA;SOR=1.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=566;TCF=330;TCR=236;TR=564;WE=42089631;WS=42089613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,599:1.00:599
chr22	42101712	.	C	CT	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.187;QD=2.70;ReadPosRankSum=-0.990;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr22	42109917	rs5758431	A	G	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=7;PP=340;SC=GCAAATCACTATCCTGCACTG;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=42109925;WS=42109907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	42111896	rs9306355	A	T	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=12;PP=1309;SC=CCAGTGGGGGAGCTGGACACT;SOR=2.419;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=60;WE=42111904;WS=42111886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr22	42126683	rs12171085	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr22	42139054	rs5751147	G	A	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	42139078	rs5751148	A	G	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=30;NR=16;PP=673;SC=GTCTCTCTGGATGCAGGAAGG;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=46;WE=42139086;WS=42139068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	42140792	rs56663311	G	A	646.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.73;QD=46.20;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	42140793	rs62236786	C	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.81;QD=46.12;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	42140798	rs56138604	G	A	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.06;QD=43.51;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	42140800	rs58323591	C	CTTTG	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=523;SC=CCGCGCCCGGCCTATGATTTT;SOR=2.948;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=42140808;WS=42140786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	42148467	rs715498	G	A	3397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=31;PP=1896;SC=CTAGACAGTGGTGGAGTACAT;SOR=1.572;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=75;TCR=31;TR=106;WE=42148475;WS=42148457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr22	42150146	rs1534932	C	T	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=34;PP=941;SC=AGTACAGCCACGAGATTTCTT;SOR=1.765;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=53;WE=42150154;WS=42150136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	42159229	rs2050033	G	T	8733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=170;NR=128;PP=2965;SC=TCCTCCTGTCGCTGCAGGACC;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=298;TCF=170;TCR=128;TR=298;WE=42159237;WS=42159219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr22	42190309	rs738247	A	G	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.014;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,8:0.15:53
chr22	42274034	rs9623465	G	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=2.635;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,52:0.20:257
chr22	42289405	.	CGTTTGTTT	C	644	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=644;QD=326.0;SC=TTGTTGAGTCCGTTTGTTTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=2;WE=42289420;WS=42289395;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,2:0.17:12
chr22	42336172	rs5758511	G	A	10457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=228;NR=216;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.397;SC=TCCCACACTCGGCCCATGCAC;SOR=0.676;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=565;TCF=290;TCR=275;TR=444;WE=42336180;WS=42336162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,475:0.79:605
chr22	42354389	rs62240996	A	C	6670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.162;SC=CTTGGGCCAGACCAGCCGCAC;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=337;TCF=142;TCR=195;TR=259;WE=42354397;WS=42354379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,286:0.79:362
chr22	42354487	rs149263017	G	GGAGA	545.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.60;ReadPosRankSum=-0.743;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr22	42388826	rs56234624	A	G	2537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=5.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.00;ReadPosRankSum=-0.731;SOR=0.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,115:0.82:141
chr22	42388841	rs133299	G	A	3139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=47;NR=59;PP=1658;SC=GCATCTATAGGTCAAGGCACT;SOR=1.150;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=47;TCR=59;TR=106;WE=42388849;WS=42388831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr22	42390093	rs133301	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=12.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.708;SOR=0.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr22	42390209	rs7290907	G	A	11029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.412;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=0.631;SC=AAATGCCTCCGTGACCCAAAC;SOR=0.470;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=290;TCF=183;TCR=107;TR=239;WE=42390217;WS=42390199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,270:0.83:326
chr22	42390225	rs7290655	C	G	12068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=2.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.95;ReadPosRankSum=1.110;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,320:0.82:390
chr22	42390887	rs372946947	CTG	C	716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;QD=23.89;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr22	42392811	rs1062753	G	A	5958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=0.221;SC=TGGCACCCCTGAACCATGATC;SOR=0.601;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=173;TCR=121;TR=239;WE=42392819;WS=42392801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,262:0.81:322
chr22	42415661	.	C	T	6434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.020;SC=TCTGTCCTTGCGTAGGTGATT;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=329;TCF=192;TCR=137;TR=255;WE=42415669;WS=42415651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,285:0.79:360
chr22	42416056	rs133335	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=0.503;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,37:0.14:259
chr22	42418185	rs133341	T	C	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=13;PP=1645;SC=GTTAATTGTTTAGTTGATATC;SOR=2.513;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=60;TCR=13;TR=73;WE=42418193;WS=42418175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr22	42428727	rs133349	A	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=0.504;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,20:0.19:108
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chr22	42463689	rs133368	T	C	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=8;PP=851;SC=ATCTCAATCATGTAAGTGAGC;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=42463697;WS=42463679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	42463814	rs133369	C	T	7846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
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chr22	42523528	rs1058172	C	T	2746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQRankSum=-4.733;QD=6.04;ReadPosRankSum=1.595;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,159:0.35:455
chr22	42523943	rs16947	A	G	6611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.79;QD=26.55;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr22	42524696	rs58440431	T	C	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.174;NF=23;NR=7;PP=526;ReadPosRankSum=1.226;SC=AACCCATCTATGCAAATCCTG;SOR=0.269;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=30;WE=42524704;WS=42524686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr22	42524947	rs3892097	C	T	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.503;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.369;NF=29;NR=35;PP=1208;ReadPosRankSum=0.037;SC=AAGGGGCGTCCTGGGGGTGGG;SOR=0.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=64;WE=42524955;WS=42524937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,66:0.78:85
chr22	42525132	rs1058164	G	C	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=2.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-2.098;QD=2.82;ReadPosRankSum=-1.408;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,74:0.21:345
chr22	42525798	rs28371705	G	C	3075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-2.005;NF=61;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=0.288;SC=GGCGGTCGGCGGTGTCCTCGC;SOR=0.717;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=163;TCF=76;TCR=87;TR=132;WE=42525829;WS=42525788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,141:0.80:176
chr22	42525811	rs28371704	T	C	3849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-1.833;QD=28.73;ReadPosRankSum=1.888;SOR=1.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,104:0.78:134
chr22	42525821	rs28371703	G	T	3660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=3.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQRankSum=-1.851;QD=30.76;ReadPosRankSum=0.964;SOR=1.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,95:0.80:119
chr22	42525952	rs71328650	C	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.43;MQRankSum=1.373;QD=3.90;ReadPosRankSum=-0.381;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
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chr22	42526515	.	T	G	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.767;NF=24;NR=11;PP=529;ReadPosRankSum=-1.010;SC=CTTCTCAGCCTGGCTTCTGGT;SOR=0.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=35;WE=42526523;WS=42526505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr22	42526549	rs56011157	C	T	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=30;PP=1584;SC=TCACCCACCACCCATGTTTGC;SOR=1.364;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=84;WE=42526588;WS=42526539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr22	42526561	rs28695233	GG	TC	4426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.89;QD=45.17;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr22	42526567	rs76312385	G	A	4786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.01;QD=46.03;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr22	42526571	rs74644586	C	G	4831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.09;QD=44.74;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr22	42526573	rs1080996	T	G	5006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.09;QD=46.36;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr22	42526580	rs1080995	G	C	5151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.28;QD=42.93;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr22	42526694	rs1065852	G	A	2499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=45;PP=1386;ReadPosRankSum=-0.710;SC=GGGCCTGGTGGGTAGCGTGCA;SOR=0.642;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=85;WE=42526702;WS=42526684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,104:0.86:121
chr22	42536263	rs1058174	G	A	534.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5350;FS=2.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.672;NF=15;NR=7;PP=320;ReadPosRankSum=-1.424;SC=TGGCTAGGGAGCAGGCTGGGG;SOR=1.426;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=22;WE=42536271;WS=42536253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr22	42536313	rs2743456	G	A	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQRankSum=-0.441;QD=18.44;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,41:0.84:49
chr22	42536653	rs2070907	T	C	212.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.30;QD=30.40;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	42537196	rs56404506	T	C	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.17;QD=24.47;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	42537271	rs28510588	T	C	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=5.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQRankSum=3.593;QD=15.37;ReadPosRankSum=6.363;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,44:0.71:62
chr22	42537404	rs2854741	G	C	5216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.24;QD=27.60;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr22	42537597	rs1800754	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.314;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,44:0.18:248
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chr22	42538040	rs200178893	GA	G	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=2.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQRankSum=-4.196;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.977;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,29:0.11:267
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chr22	42538876	.	ACACCCCTGG	TCACCCCTGG,TCACCCCTGT	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=59.6;NF=220,164;NR=173,130;PP=1637,2944;QD=4.25387076984;SC=CGCGACAGGAACACCCCTGGG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=393;TCF=220;TCR=173;TR=393,294;WE=42538905;WS=42538866;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:393
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chr22	42609148	rs5758651	T	C	4008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.811;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=79;PP=2133;ReadPosRankSum=0.515;SC=GGAAAGCCACTGACATTTCGT;SOR=0.501;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=208;TCF=113;TCR=95;TR=167;WE=42609156;WS=42609138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,183:0.79:233
chr22	42783019	rs45551335	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=-0.216;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,32:0.14:222
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chr22	42983413	.	G	C	429.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5274;FS=3.941;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=325;ReadPosRankSum=-0.833;SC=AAACGGAATGGGGGGATGAAG;SOR=2.613;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=17;WE=42983421;WS=42983403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr22	43024410	rs137139	C	T	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=635;SC=GGCCTTCTCCCGTGGAGCCCC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=43024418;WS=43024400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	43026792	rs5758820	A	G	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=13;PP=1064;SC=TGCACAGGGCAGGAGCGGGAG;SOR=2.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=55;WE=43026800;WS=43026782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	43027356	rs743889	G	A	11623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.16;ReadPosRankSum=-0.689;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,460:1.00:462
chr22	43035849	rs59947151	CTT	C	1008.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;QD=21.93;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,39:0.85:46
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chr22	43088549	rs3747194	C	T	4125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=1.369;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr22	43193603	rs11913246	G	A	4448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.24;ReadPosRankSum=-0.868;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,202:0.78:258
chr22	43193719	rs9611907	G	A	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.507;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=861;ReadPosRankSum=0.144;SC=CCCATGTCAGGCATGTGACAT;SOR=1.270;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=68;TCF=18;TCR=50;TR=48;WE=43193727;WS=43193709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,54:0.72:75
chr22	43195147	rs1128013	A	G	7212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=0.350;SC=TGGGCAGCACACTGGACAGGC;SOR=0.639;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=376;TCF=175;TCR=201;TR=295;WE=43195155;WS=43195137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,322:0.79:407
chr22	43203210	rs11913107	T	C	1707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.973;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=841;ReadPosRankSum=-1.742;SC=GCTCCAAAGATTGTGGGCAGT;SOR=0.928;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=59;WE=43203218;WS=43203200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,75:0.79:95
chr22	43203238	rs17003350	T	C	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=504;ReadPosRankSum=-1.714;SC=AAAGAATCACTGAAGAGCTGT;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=46;WE=43203246;WS=43203228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,53:0.74:72
chr22	43206950	rs1018448	A	C	2474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.86;ReadPosRankSum=0.772;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,117:0.75:156
chr22	43213032	rs9611918	T	C	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=171;SC=GCCAGAGCTTTTAAAAACAGT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=43213040;WS=43213022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	43218397	rs9607957	T	C	4945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.05;ReadPosRankSum=0.626;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,217:0.79:274
chr22	43218446	rs9611920	G	A	4508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=88;PP=2619;ReadPosRankSum=0.020;SC=TAGTCTACACGAGCTGTTTGA;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=108;TCR=105;TR=178;WE=43218454;WS=43218436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,198:0.83:238
chr22	43218463	rs5758957	C	T	4252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=82;PP=2534;ReadPosRankSum=0.293;SC=TTGAAAGCTTCTGTGACTACA;SOR=0.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=104;TCR=99;TR=170;WE=43218471;WS=43218453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,187:0.83:224
chr22	43219836	rs5751378	C	G	133.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=103;SC=ACTTTAGTTTCTCATCCAGAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=43219844;WS=43219826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	43223067	rs11912205	A	G	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.637;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=585;ReadPosRankSum=-0.733;SC=GCTTTTGAATATATAATAATT;SOR=0.363;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=45;WE=43223075;WS=43223057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,56:0.74:76
chr22	43223095	rs10654612	C	CAT	1016.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=766;ReadPosRankSum=-1.163;SC=CTCAGTGCTACATCTTATCCA;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=17;WE=43223103;WS=43223085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr22	43230140	rs2273142	C	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=347;ReadPosRankSum=-0.337;SC=TATGTTTCAGCACTTCTTGTT;SOR=1.358;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=19;WE=43230148;WS=43230130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr22	43231610	rs41310256	G	A	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.369;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=465;ReadPosRankSum=-1.696;SC=GGCAGATCACGAGGTCGGGAG;SOR=1.136;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=28;WE=43231618;WS=43231600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr22	43237072	rs55653419	C	A	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.620;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=54;PP=1397;ReadPosRankSum=0.192;SC=TCCCCAGGAGCAAAATCAGTG;SOR=1.203;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=99;TCF=34;TCR=65;TR=79;WE=43237080;WS=43237062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,83:0.81:102
chr22	43253254	rs742858	C	T	2683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.01;ReadPosRankSum=-0.722;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,123:0.83:149
chr22	43253848	rs9611941	C	T	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.63;ReadPosRankSum=-0.502;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr22	43253986	rs3046483	C	CTT	839.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=554;ReadPosRankSum=0.138;SC=GCGCCCGACTCTTTTTAATTC;SOR=0.515;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=43253994;WS=43253976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,27:0.90:30
chr22	43254010	rs9611942	A	T	528.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=377;ReadPosRankSum=-0.485;SC=CCCTCAGCTCACGCCAGGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=21;WE=43254018;WS=43254000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chr22	43267336	rs3842298	T	TC	2750.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.003;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=18;PP=1727;ReadPosRankSum=0.695;SC=GCCGCCTCCGTCCCCCCGCTG;SOR=0.522;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=101;TCF=62;TCR=39;TR=59;WE=43267344;WS=43267326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,103:0.80:128
chr22	43272085	rs5751396	G	C	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=542;ReadPosRankSum=-0.075;SC=AAAAAAGACCGCCCACAGCCT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=26;WE=43272093;WS=43272076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chr22	43272384	rs9611949	G	A	2599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.380;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=65;PP=1597;ReadPosRankSum=-0.518;SC=CAGGGCGGCAGAGGGTGTGAG;SOR=0.411;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=121;TCF=39;TCR=82;TR=99;WE=43272392;WS=43272374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,111:0.83:133
chr22	43272792	rs5751397	C	T	2787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.884;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=19;PP=1510;ReadPosRankSum=0.144;SC=CTGCAGAGCTCCGTGCATTGC;SOR=0.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=80;TCR=25;TR=80;WE=43272800;WS=43272782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,110:0.81:136
chr22	43272830	rs35041824	C	CAG	4242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=43;PP=2976;ReadPosRankSum=-0.478;SC=GACCCCTGGACAGAGAGAGAG;SOR=0.651;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=134;TCF=61;TCR=73;TR=85;WE=43272838;WS=43272820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,179:0.78:229
chr22	43275250	rs2073199	G	A	2279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.16;ReadPosRankSum=0.519;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,101:0.85:119
chr22	43278162	rs4822217	T	C	3135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=48;PP=1676;ReadPosRankSum=0.936;SC=TCCAGGCTGATGAGCTCATGG;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=103;TCR=63;TR=129;WE=43278170;WS=43278152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,139:0.78:179
chr22	43278220	rs2899365	C	T	4463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=81;PP=2529;ReadPosRankSum=-0.222;SC=TGGCCATGCCCGGCCCGTGAT;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=227;TCF=122;TCR=105;TR=179;WE=43278228;WS=43278210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,199:0.80:249
chr22	43280650	rs2273143	T	C	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=595;ReadPosRankSum=0.689;SC=TCTCAGGCCTTCCCAGATTCC;SOR=1.064;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=33;WE=43280658;WS=43280640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,39:0.78:50
chr22	43286876	rs5759012	A	G	2569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=38;PP=1505;ReadPosRankSum=0.725;SC=AGGAAGTCCTAGGTGCAGGAG;SOR=0.621;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=75;TCR=46;TR=99;WE=43286884;WS=43286866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,108:0.82:131
chr22	43435668	rs2072883	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.333;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=331;ReadPosRankSum=-0.099;SC=AAGTGCCTTCGTTTATTTACA;SOR=2.531;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=20;WE=43435676;WS=43435663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr22	43435812	rs1052163	C	T	2673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=48;PP=1515;ReadPosRankSum=-0.550;SC=CCGCTCTCCCCGAGTCTCTCG;SOR=0.644;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=77;TCR=63;TR=106;WE=43435820;WS=43435802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,119:0.76:157
chr22	43442599	rs5759111	T	C	2042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=3.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.31;ReadPosRankSum=-1.025;SOR=1.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,94:0.80:118
chr22	43447983	rs2076159	G	A	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=670;ReadPosRankSum=-0.969;SC=ATCGTCCCACGTCCCGACCTC;SOR=0.516;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=44;WE=43447991;WS=43447973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,50:0.78:64
chr22	43455665	rs5759126	A	G	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=651;ReadPosRankSum=0.405;SC=GCAAACATCCAGACCCCTGCC;SOR=0.627;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=38;WE=43455673;WS=43455655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,41:0.76:54
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chr22	43459864	rs2272870	G	A	3338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=56;PP=1889;ReadPosRankSum=-0.175;SC=CGAACATGTTGTCCAGCTCAC;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=98;TCR=68;TR=138;WE=43459872;WS=43459854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,150:0.83:180
chr22	43464355	rs6003029	G	A	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=25;PP=1073;ReadPosRankSum=-0.508;SC=CAAAGACTGCGAACAGCATAA;SOR=0.997;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=104;TCF=69;TCR=35;TR=78;WE=43464363;WS=43464345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,86:0.75:115
chr22	43465814	rs2076155	A	G	3818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=89;PP=2432;ReadPosRankSum=-1.900;SC=ATCCAGCTTCAACGCTGAACA;SOR=0.585;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=71;TCR=109;TR=148;WE=43465822;WS=43465804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,162:0.82:197
chr22	43466247	rs2076161	G	C	2080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.58;ReadPosRankSum=-0.794;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,92:0.82:112
chr22	43471386	rs2294413	G	C	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=322;ReadPosRankSum=0.513;SC=ACAGGAGACAGTGGCTCTGAG;SOR=1.009;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=25;WE=43471394;WS=43471376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,30:0.83:36
chr22	43523921	rs4988434	A	ACT	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.965;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=276;ReadPosRankSum=-0.345;SC=GTGCCTTGACACTGGGGCTAT;SOR=2.142;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=8;WE=43523929;WS=43523911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,10:0.18:56
chr22	43524487	rs4988438	CCT	C	562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.890;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,20:0.24:85
chr22	43529314	rs13815	G	C	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FS=0.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.181;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:436,91:0.17:527
chr22	43555194	rs3937387	C	G	5639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=1.208;SC=ATGCCCTCACCCAGCCCTGTC;SOR=0.637;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=321;TCF=168;TCR=153;TR=232;WE=43555202;WS=43555184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,260:0.73:355
chr22	43558926	rs6971	A	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,41:0.21:199
chr22	43565443	rs138932	C	T	2939.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5045;FS=1.099;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=26;PP=1607;ReadPosRankSum=1.532;SC=GGAGCAGCTCCTGCAGGCCCC;SOR=0.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=114;TCF=84;TCR=30;TR=102;WE=43565451;WS=43565433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,121:0.89:136
chr22	43565855	rs138933	C	T	3284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.511;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=71;PP=1873;ReadPosRankSum=-0.269;SC=GACTTTGCCACGCAGCTGTGA;SOR=0.373;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=162;TCF=68;TCR=94;TR=127;WE=43565863;WS=43565845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,144:0.78:185
chr22	43568707	rs368382622	CT	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=5.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.668;QD=1.43;ReadPosRankSum=-2.599;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr22	43569608	rs138938	C	A	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.18;ReadPosRankSum=0.237;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,64:0.82:78
chr22	43575774	rs138945	A	C,T	3972.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=16,68;NR=14,44;PP=180,1737;SC=CCAAGACATGAGTGCCCATCA;SOR=0.978;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=142;TCF=84;TCR=58;TR=30,112;WE=43575782;WS=43575764;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.21,0.79:165
chr22	43583184	.	GCGC	G	86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.9965;HP=1;HapScore=2;MGOF=105;MMLQ=15;MQ=57.7;NF=0;NR=4;PP=86;QD=30.25;SC=CCTCCTCCCAGCGCCCCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=43583194;WS=43583174;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:0,4:1.00:4
chr22	43594361	rs116600414	C	G	2205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=24;PP=1213;ReadPosRankSum=-1.598;SC=TGGGAGGGCACGCAGGCCATG;SOR=0.871;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=112;TCF=76;TCR=36;TR=81;WE=43594369;WS=43594351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,96:0.76:126
chr22	43594833	rs1543792	G	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=414;ReadPosRankSum=1.568;SC=GGGGCAGGGTGTCTGTCTATC;SOR=1.991;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=24;WE=43594841;WS=43594823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr22	43599917	rs138983	T	C	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=10;PP=879;ReadPosRankSum=1.952;SC=CCCAAGGTGGTGTGGAGGCCC;SOR=0.754;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=44;WE=43599925;WS=43599907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,44:0.88:50
chr22	43599991	rs13056939	C	T	2734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=40;PP=1639;ReadPosRankSum=-0.050;SC=CAGGCAGGGCCGCTCCCCCCG;SOR=0.567;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=133;TCF=87;TCR=46;TR=109;WE=43599999;WS=43599981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,117:0.81:144
chr22	43606143	rs5759217	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=3.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=1.381;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,57:0.21:273
chr22	43610207	rs138993	A	G	10302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=203;NR=163;PP=2965;SC=GGCATACATGACACACACTGG;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=368;TCF=203;TCR=165;TR=366;WE=43610215;WS=43610197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr22	43614223	rs9623782	C	G	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=2;PP=745;ReadPosRankSum=-1.175;SC=CAAGGAAGGACAGAGTCAGCA;SOR=1.136;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=42;TCR=3;TR=33;WE=43614231;WS=43614218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,34:0.76:45
chr22	43614316	rs9620123	C	G	3696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.365;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=59;PP=2163;ReadPosRankSum=1.284;SC=GCCCCTCCAGCGCCTTGGCTG;SOR=0.875;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=189;TCF=108;TCR=81;TR=144;WE=43614324;WS=43614306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,159:0.79:202
chr22	43614588	rs5759218	A	G	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=22;PP=636;SC=ACATTCTCACAACAGTCCTGG;SOR=3.126;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=43614609;WS=43614578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	43614601	rs5759219	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=240;ReadPosRankSum=0.088;SC=AGTCCTGGGGCAAGGGGCCAC;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=14;WE=43614609;WS=43614578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr22	43618632	rs139005	CG	C	2114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.003;NF=32;NR=19;PP=1213;ReadPosRankSum=-1.082;SC=ATGGACAGGCCGGGGGGGTTA;SOR=0.591;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=51;WE=43618640;WS=43618622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,80:0.84:95
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chr22	43739395	rs7286392	A	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-0.097;SC=CCGCCCAGCCAGCCCGGCTGA;SOR=0.368;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=5;WE=43739403;WS=43739385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr22	43813897	rs12329986	G	A	590.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=421;ReadPosRankSum=0.907;SC=GCCAAGGTGCGTCTAGGATCC;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=22;WE=43813905;WS=43813887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
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chr22	43830996	rs2413761	C	T	13496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=812;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.68;ReadPosRankSum=1.077;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,629:0.78:809
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chr22	43870743	rs34665977	G	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.33;ReadPosRankSum=-0.801;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:493,74:0.13:567
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chr22	44282307	rs739232	G	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=3.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,42:0.20:208
chr22	44283556	rs5764380	A	G	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=2.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=-2.017;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,61:0.19:327
chr22	44283676	.	G	GAC	1100.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=1.775;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,34:0.25:138
chr22	44283677	.	CAGGAG	C	1094.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.88;ReadPosRankSum=1.584;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,33:0.24:139
chr22	44283687	rs143992164	GGCA	G	993.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=1264;ReadPosRankSum=1.319;SC=CAGGAGCCTGGGCAGGACCTT;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=8;TCR=54;TR=15;WE=44283697;WS=44283666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,31:0.26:118
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chr22	44285667	rs713864	G	A	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=14;PP=777;SC=CGGGGTTCCAGAGTGCACTCA;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=44285675;WS=44285657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	44285765	rs2017461	A	G	3261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr22	44287062	rs2071884	A	G	5152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=79;PP=2920;SC=GGGGCAGAGCATCCTGCAGCT;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=98;TCR=79;TR=176;WE=44287070;WS=44287052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr22	44287629	rs74445350	G	A	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=-0.240;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:330,91:0.22:421
chr22	44322922	rs2076213	T	G	3998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=73;PP=2130;ReadPosRankSum=-2.074;SC=ACAGGGTCTCTGCAAATGCCT;SOR=0.729;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=207;TCF=112;TCR=95;TR=162;WE=44322930;WS=44322912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,187:0.79:236
chr22	44322970	rs2076212	G	T	3709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=4.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.10;ReadPosRankSum=1.364;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,168:0.77:217
chr22	44324676	rs139051	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=4.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-3.094;QD=1.63;ReadPosRankSum=-2.006;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,38:0.17:220
chr22	44324727	rs738409	C	G	7721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=1.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.91;ReadPosRankSum=1.905;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,190:0.79:242
chr22	44324730	rs738408	C	T	7700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=2.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.82;ReadPosRankSum=2.393;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,189:0.78:242
chr22	44324855	rs3747207	G	A	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=767;ReadPosRankSum=-0.471;SC=CACTGGTGTCGGGCACCTCAG;SOR=0.665;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=50;WE=44324863;WS=44324845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,53:0.79:67
chr22	44328730	rs4823173	G	A	2626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.60;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,115:0.86:134
chr22	44332878	rs34879941	C	T	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=1212;ReadPosRankSum=-0.746;SC=GGGTGGGTAACGACCACCACT;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=32;WE=44332896;WS=44332868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,41:0.77:53
chr22	44332888	rs36038527	T	TC	1314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=1419;ReadPosRankSum=-0.904;SC=CGACCACCACTCCCACGTTCG;SOR=0.571;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=26;WE=44332896;WS=44332868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,47:0.80:59
chr22	44333172	rs2072906	A	G	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=473;ReadPosRankSum=-0.231;SC=CCTCGGGGTGAGCACGGGCAG;SOR=0.614;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=31;WE=44333180;WS=44333162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,36:0.80:45
chr22	44335744	rs2073081	T	C	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=434;ReadPosRankSum=-0.042;SC=CTTGTCGCTTTTGTGAGTGCC;SOR=0.963;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=30;WE=44335752;WS=44335734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr22	44342116	rs2294918	A	G	6068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.485;SC=CTGCTCCCCCAAGGGCTGTCC;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=336;TCF=180;TCR=156;TR=256;WE=44342124;WS=44342106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,273:0.77:356
chr22	44386281	rs7587	C	T	7876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=0.911;SC=TACAGACAGGCGACAGGTACG;SOR=0.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=448;TCF=233;TCR=215;TR=329;WE=44386289;WS=44386271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,357:0.73:487
chr22	44420156	rs112388263	T	A	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=4;PP=145;SC=GCCCTCGGCCTCTCCCCGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=44420164;WS=44420146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	44514809	rs5764541	C	T	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=377;SC=GCTGTGGTCCCGGTGGTGGCT;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=44514817;WS=44514799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	44527227	rs2281269	T	G	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5133;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=299;ReadPosRankSum=-0.684;SC=TCACCATATTTGCCAGGCTGG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=21;WE=44527235;WS=44527217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr22	44535904	rs11270419	G	GCTTTCTGGCTGGCTCTGTCCCTCATCCTCCA	1254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.033;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.416;NF=2;NR=4;PP=2521;ReadPosRankSum=-0.134;SC=CGAGGGCCCAGCTTTCTGGCT;SOR=1.981;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=6;WE=44535912;WS=44535894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,26:0.93:28
chr22	44559645	rs139079	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.039;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,25:0.15:167
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chr22	44564297	rs139095	A	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=1.026;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr22	44581549	rs6006693	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.727;SOR=0.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr22	44582499	rs79478	T	C	15464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,605:1.00:605
chr22	44586522	rs2272942	C	T	6025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=3.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.67;ReadPosRankSum=-0.761;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,265:0.78:341
chr22	44589857	rs139142	T	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.228;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,18:0.23:79
chr22	44594476	rs139151	T	C	7904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=168;NR=113;PP=2965;SC=TTCCATGTGATTGTCTCCAGT;SOR=1.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=170;TCR=114;TR=281;WE=44594484;WS=44594466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr22	44594584	rs139152	C	G	9394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=207;PP=2962;ReadPosRankSum=0.277;SC=ACCTCACTCCCAACTCTCCTG;SOR=0.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=484;TCF=227;TCR=257;TR=390;WE=44594592;WS=44594574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,421:0.80:523
chr22	44594739	rs142865703	T	TATCC	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.51;ReadPosRankSum=3.181;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
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chr22	44602001	rs139185	G	T	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=412;ReadPosRankSum=0.722;SC=ATTCAGAGGAGGACTGGCCAG;SOR=1.112;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=24;WE=44602009;WS=44601991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr22	44602229	rs139186	A	C	7383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr22	44645332	rs9614402	G	A	732.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.366;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.274;NF=19;NR=9;PP=535;ReadPosRankSum=0.826;SC=ACTATTGCTTGCGGACAGGTG;SOR=1.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=28;WE=44645340;WS=44645322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,30:0.88:34
chr22	44681612	rs135388	A	G	3999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=61;NR=77;PP=2525;SC=ACTCCCAACAAGGCGGTGTAA;SOR=1.097;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=61;TCR=78;TR=138;WE=44681620;WS=44681602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr22	44761631	rs5765807	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.106;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,10:0.19:54
chr22	44761797	rs5765809	T	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=-0.174;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,45:0.18:249
chr22	44761884	rs112900724	G	A	1830.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=43;PP=1114;ReadPosRankSum=-0.916;SC=TGTCCGTGACGAAACTCTCTC;SOR=0.556;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=31;TCR=50;TR=71;WE=44761892;WS=44761874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,77:0.89:87
chr22	44967767	rs138596	C	G	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.56;ReadPosRankSum=1.201;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr22	44967892	rs182008537	C	G	2612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=45;PP=1352;ReadPosRankSum=2.055;SC=TCGTAACCCCCGATGACAATT;SOR=0.594;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=137;TCF=76;TCR=61;TR=104;WE=44967900;WS=44967882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,124:0.76:163
chr22	45075738	rs763213	T	C	2775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=49;NR=51;PP=1349;SC=CCGGAAAAGATGCCGGCGCAG;SOR=0.912;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=100;WE=45075746;WS=45075728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr22	45126638	rs3761484	G	T	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=2;PP=701;SC=CTATTGGAAGGGGTCTCCGTG;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=45126646;WS=45126628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	45126775	rs3761485	T	C	7268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=141;NR=99;PP=2965;SC=CACCCCTGGCTACTGCCCTTA;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=141;TCR=99;TR=240;WE=45126783;WS=45126765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr22	45128288	rs5764979	G	C	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr22	45128449	rs5764980	G	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.70;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr22	45198009	rs2239813	A	G	7130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.007;SC=GCCGGATGCCACCCTCCCACG;SOR=0.660;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=376;TCF=193;TCR=183;TR=293;WE=45198017;WS=45197999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,322:0.77:417
chr22	45204520	rs35386894	AT	A	816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.016;HP=11;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=425;ReadPosRankSum=0.760;SC=GTTGGCACTCATTTTTTTTTT;SOR=0.230;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=32;WE=45204528;WS=45204510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,46:0.88:52
chr22	45210666	rs2071758	G	A	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=45;PP=1058;ReadPosRankSum=0.128;SC=AGAGGACCTCGCTGGGGTTGG;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=33;TCR=61;TR=69;WE=45210674;WS=45210656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,74:0.73:101
chr22	45218223	rs136662	C	T	5355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr22	45243771	rs2269542	G	A	3335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=54;PP=1824;ReadPosRankSum=-0.466;SC=GGGTGATGCCGTGGGCAGGGG;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=96;TCR=64;TR=134;WE=45243779;WS=45243761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,146:0.81:180
chr22	45244930	rs2269543	C	T	7459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=118;NR=143;PP=2965;SC=AGCAGATTCTCGGGATCACCT;SOR=1.032;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=118;TCR=143;TR=261;WE=45244938;WS=45244920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr22	45255527	rs4490294	A	C	1648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.867;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=1354;ReadPosRankSum=1.547;SC=TGTCCTTCCTACACCCCTGTT;SOR=0.238;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=39;WE=45255541;WS=45255517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,41:0.84:49
chr22	45255532	rs3216832	CCT	C	1661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.913;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.497;NF=13;NR=12;PP=1473;ReadPosRankSum=1.576;SC=TTCCTACACCCCTGTTCTCCT;SOR=0.197;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=25;WE=45255541;WS=45255517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,41:0.84:49
chr22	45255580	rs7510897	G	C	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.603;NF=43;NR=29;PP=1125;ReadPosRankSum=0.160;SC=GGCCCCTCTGGAGCTCAGCAG;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=56;TCR=38;TR=72;WE=45255588;WS=45255570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,77:0.75:103
chr22	45255637	rs6007344	G	C	2801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.671;NF=62;NR=58;PP=1360;ReadPosRankSum=-0.186;SC=GCGTGTCACTGGCTGCCGCCA;SOR=0.772;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=169;TCF=90;TCR=79;TR=120;WE=45255645;WS=45255627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,129:0.70:185
chr22	45258489	rs67889566	CTG	C	11318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.253;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.148;NF=13;NR=142;PP=2954;ReadPosRankSum=-2.155;SC=TGCGAACACTCTGTATATTTC;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=191;TCF=17;TCR=174;TR=155;WE=45258516;WS=45258479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,279:0.82:339
chr22	45258495	rs8777	A	G	11351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.195;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.530;SC=CACTCTGTATATTTCGAGCTA;SOR=1.018;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=299;TCF=129;TCR=170;TR=242;WE=45258516;WS=45258479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,274:0.83:332
chr22	45283897	rs6006901	C	T	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=2.795;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=512;ReadPosRankSum=-1.098;SC=TCTTGAGGGGCGGCTCCAGGC;SOR=0.704;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=42;WE=45283905;WS=45283887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,51:0.81:63
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chr22	45287420	rs6007370	A	G	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.58;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr22	45309653	rs3213527	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=0.917;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
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chr22	45312244	rs6519902	G	A	4013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=77;PP=2302;ReadPosRankSum=0.748;SC=CCATGGCGGCGGCATTGCTGG;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=98;TCR=94;TR=156;WE=45312252;WS=45312234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,177:0.82:215
chr22	45316507	rs4823420	T	A	1144.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=30;PP=945;SC=TTATGATTTTTAAAAAATCAC;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=45316515;WS=45316497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr22	45404335	rs74671205	G	C	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.91;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,39:0.83:47
chr22	45577372	rs372438307	TCAAGTGGAACAGGAAAGAATTCTTGGCCAGTTTATTTA	TTGGAACAGGAAAGAATTCTTGGCCAGTTTATTTA,T	2068.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=2967;SC=TTGCCTGCTCTCAAGTGGAAC;SOR=1.863;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=11;WE=45577419;WS=45577362;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:48
chr22	45577377	rs376698610	TGGAACAGGAAAGAATTCTTGGCCAGTTTATTTAA	T	2059.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.91;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	45577411	.	A	T	364	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=6;NR=9;PP=364;QD=26.5847475031;SC=AGTTTATTTAAAAATCCAGTT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=15;WE=45577419;WS=45577362;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,15:0.83:18
chr22	45579422	rs6006950	A	G	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=33;PP=1282;SC=TTTTTCAGTTAGCACAAAATC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=80;WE=45579430;WS=45579412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr22	45595721	rs5765217	A	G	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=81;NR=61;PP=2284;SC=ACTGAAGGGCACGGGGACCCT;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=81;TCR=61;TR=142;WE=45595729;WS=45595711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr22	45598833	rs732373	C	T	2664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.731;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=25;PP=1830;ReadPosRankSum=-0.513;SC=GTGAACTTGACGGATGGGAGC;SOR=1.153;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=144;TCF=106;TCR=38;TR=105;WE=45598841;WS=45598823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,111:0.72:154
chr22	45601611	rs5766534	G	A	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=3.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.519;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,61:0.22:280
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chr22	45603731	rs34056255	C	T	2968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.77;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,137:0.68:201
chr22	45608977	rs13055864	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,16:0.14:113
chr22	45680824	rs2255432	A	G	224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.48;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	45682975	rs2673087	A	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=144;ReadPosRankSum=0.717;SC=AAGGATGATCAGGCATTTGAT;SOR=1.765;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=10;WE=45682983;WS=45682965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr22	45683246	rs2673088	C	T	4730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=90;PP=2606;ReadPosRankSum=-0.646;SC=CCTACCTGGTCAGGGTGGGTG;SOR=0.602;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=231;TCF=120;TCR=111;TR=190;WE=45683254;WS=45683236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,210:0.83:253
chr22	45683304	rs1057353	G	C	5369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.388;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=1.361;SC=CCTCTGTAACGCACCCCTGTC;SOR=0.556;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=123;TCR=125;TR=212;WE=45683312;WS=45683294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,232:0.86:270
chr22	45685002	rs1135360	A	G	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=1.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.783;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,62:0.17:364
chr22	45691594	rs1057356	A	G	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=40;PP=1245;SC=GCAAGCTCCAAGACTGAGCCC;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=75;WE=45691602;WS=45691584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr22	45718922	.	CTG	C	317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.276;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.263;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr22	45723696	rs6007591	G	C	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=284;ReadPosRankSum=-0.619;SC=CTGATGTTTTGGTAACTGTCG;SOR=0.493;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=88;TCF=65;TCR=23;TR=27;WE=45723704;WS=45723686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,29:0.30:96
chr22	45723807	rs11556482	G	C	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=1.994;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,59:0.17:338
chr22	45723842	rs17851057	G	A	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-3.113;QD=1.63;ReadPosRankSum=0.092;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,59:0.17:345
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chr22	45736434	rs1056322	C	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,26:0.19:136
chr22	45748284	rs11375006	C	CT	4170.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=29;PP=2365;SC=GGAAGGTCCCCTGGCTTCTGC;SOR=1.238;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=54;WE=45748292;WS=45748274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr22	45767369	rs470062	A	G	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.21;ReadPosRankSum=0.532;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,43:0.77:56
chr22	45767421	rs56174639	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=-0.415;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,13:0.20:65
chr22	45767455	rs136569	A	G	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	45767599	rs136570	G	A	185.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=106;SC=TGGATAAAAGGTTAAATACCA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=45767607;WS=45767589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr22	45828091	rs35724408	CA	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=6.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.085;SOR=2.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
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chr22	45898130	rs3810634	A	T	12080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr22	45898252	rs3810635	T	G	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=74;PP=2083;ReadPosRankSum=-0.700;SC=ATTTTGGTTGTTTGTTGGCCT;SOR=1.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=19;TCR=75;TR=93;WE=45898260;WS=45898242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,109:0.99:110
chr22	45914461	rs7292978	G	A	497.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=422;ReadPosRankSum=0.326;SC=TGATGCTGTCGTCAAGACAGA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=20;WE=45914469;WS=45914451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr22	45923827	rs136730	A	G	4229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr22	45924001	rs136731	T	TG	353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=294;SC=CATGTGATCGTGGGGCTGGCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=8;WE=45924009;WS=45923991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	45929577	rs105199	T	C	5404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=117;NR=66;PP=2965;SC=CACATTCCTTTCTAGGATGTA;SOR=1.150;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=184;TCF=117;TCR=67;TR=183;WE=45929585;WS=45929567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr22	45931262	rs2071938	C	T	3416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=71;PP=2043;SC=CCAGGAGGGGCCAGCGACCTA;SOR=2.001;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=29;TCR=71;TR=99;WE=45931270;WS=45931252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr22	45937061	rs136756	G	A	3594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=49;PP=2265;SC=TGGGTTCTGGGACACCCTCCA;SOR=1.144;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=76;TCR=49;TR=125;WE=45937069;WS=45937051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr22	45937149	rs9682	C	T	6796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
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chr22	45937384	rs470068	G	A	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.15;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	45954029	rs2097484	G	A	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	45958694	rs743930	C	T	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=13;PP=1445;SC=CGGCGGGAGGCCCCGCCTGCC;SOR=2.602;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=63;WE=45958702;WS=45958684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	45961213	rs1118	C	T	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=28;PP=763;SC=CTTTGAGCTGCACCTGCCCCA;SOR=1.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=45961221;WS=45961203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	45961904	rs1985671	G	T	106.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=3;PP=74;SC=ATCGGAGTATGGCACACCAGC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=45961912;WS=45961894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	46096333	rs190007232	G	A	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.377;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=652;ReadPosRankSum=1.520;SC=TATAAAGTTCGAAAACAGGAA;SOR=1.071;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=43;WE=46096341;WS=46096323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,50:0.72:69
chr22	46114244	rs2071852	C	T	2781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=20;PP=1778;SC=GGGCATGTCTCTTTTACTATG;SOR=2.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=67;TCR=20;TR=87;WE=46114252;WS=46114234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr22	46114398	rs138156	G	T	7560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.421;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.632;SC=AGCGTGGTCTGGAGTATTTAG;SOR=0.533;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=274;TCF=132;TCR=142;TR=272;WE=46114406;WS=46114388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,287:1.00:288
chr22	46156234	rs9614515	C	T	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=393;SC=TATTCAACATCGTTCCCTTTA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=46156242;WS=46156224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	46189432	rs11431850	A	AT	3431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=23;PP=2489;SC=AAGCTCTTCAATCTTTCTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=56;WE=46189440;WS=46189422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr22	46207701	rs9614521	T	C	5494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr22	46327188	rs146315543	G	A	4086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.977;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=86;PP=2401;ReadPosRankSum=-0.100;SC=TGCAGGCAGCGGTGACGGCGT;SOR=0.470;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=206;TCF=91;TCR=115;TR=159;WE=46327196;WS=46327178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,179:0.80:225
chr22	46345714	rs10448591	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=0.027;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,17:0.26:65
chr22	46346121	rs10448592	G	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=117;ReadPosRankSum=0.441;SC=CTCAGTCACAGGCCCTGCACT;SOR=0.237;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=9;WE=46346129;WS=46346111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr22	46368130	rs62226057	T	C	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	46402715	rs28575622	G	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=2.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=-1.032;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,66:0.17:378
chr22	46403039	rs28469186	G	A	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=0.364;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,57:0.22:261
chr22	46447714	rs59929908	T	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.257;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr22	46494529	rs141384799	GAC	G	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=3.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.990;QD=0.20;ReadPosRankSum=-0.874;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,17:0.10:167
chr22	46498868	rs73177017	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.612;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=140;ReadPosRankSum=1.342;SC=TAGCCCCACCGTGGAGCAGCC;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=10;WE=46498876;WS=46498858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr22	46505986	rs2474020	T	C	3499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=67;PP=2158;SC=GTGAGCACTGTAGGCTCTAGG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=38;TCR=67;TR=105;WE=46505994;WS=46505976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr22	46642725	rs73177046	C	A	854.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.610;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=612;ReadPosRankSum=2.208;SC=GGTGAGAGGGCGCACAAGGAC;SOR=0.116;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=34;WE=46642733;WS=46642715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,34:0.92:37
chr22	46643023	rs55641018	A	C	6402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=1.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.79;ReadPosRankSum=0.507;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,288:0.80:360
chr22	46643131	rs368537877	GA	G	7684.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=1.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.62;ReadPosRankSum=1.232;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,190:0.76:251
chr22	46643133	.	A	G	7693.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=2.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.78;ReadPosRankSum=1.394;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,190:0.76:250
chr22	46643135	rs200519607	G	GC	7736.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=2.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.45;ReadPosRankSum=2.178;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,184:0.75:246
chr22	46643964	rs9627280	T	C	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=2.507;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=650;ReadPosRankSum=-0.051;SC=CAGGGTGGGGTCTAAAGCTCC;SOR=0.349;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=32;WE=46643972;WS=46643954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,41:0.93:44
chr22	46643984	rs73177049	A	C	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5177;FS=5.141;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=778;ReadPosRankSum=-0.389;SC=CACACCTGAGACAGTTGTCAG;SOR=0.156;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=44;WE=46643992;WS=46643974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,56:0.93:60
chr22	46644168	rs9627281	A	G	7031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.097;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.303;SC=ACGGCACTCTACATGGGACGC;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=357;TCF=191;TCR=166;TR=283;WE=46644176;WS=46644158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,306:0.79:386
chr22	46652372	rs6008361	G	A	489.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=341;ReadPosRankSum=-0.712;SC=AGCATGACTAGGCCACTGACA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=46652380;WS=46652362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr22	46652737	rs6008362	G	A	6122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.496;SC=TGATCAAGACGCAGATCATCA;SOR=0.580;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=321;TCF=173;TCR=148;TR=254;WE=46652745;WS=46652727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,269:0.79:342
chr22	46652929	rs6008365	G	A	4165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=81;PP=2643;ReadPosRankSum=1.640;SC=AGAAATACACGGACACAACAA;SOR=0.695;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=210;TCF=100;TCR=110;TR=156;WE=46652937;WS=46652919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,176:0.75:234
chr22	46652959	rs4508712	A	G	3947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.220;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=72;PP=2432;ReadPosRankSum=-1.188;SC=GGCAGATGCCAGGGAGGGCAG;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=206;TCF=108;TCR=98;TR=156;WE=46652967;WS=46652949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,170:0.76:223
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chr22	46655779	rs36125344	G	C	5978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.774;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.496;SC=CCGTGAGTCCGATTGTGCCCA;SOR=0.583;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=286;TCF=155;TCR=131;TR=226;WE=46655787;WS=46655769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,252:0.79:317
chr22	46655948	rs6008384	T	C	5229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.873;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.428;SC=TAGCTTGTCATTGAGCTTCAT;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=258;TCF=125;TCR=133;TR=209;WE=46655956;WS=46655938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,224:0.81:278
chr22	46656246	rs7291444	T	G	7485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.388;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=0.498;SC=CTAAGCACTGTGCTGTCCACT;SOR=0.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=367;TCF=192;TCR=175;TR=295;WE=46656254;WS=46656236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,327:0.80:410
chr22	46656479	rs6519993	A	G	8091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.546;SC=CCAAGGAAAGAGGTCATTTGT;SOR=0.563;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=418;TCF=222;TCR=196;TR=324;WE=46656487;WS=46656469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,349:0.78:449
chr22	46656511	rs9627324	A	G	8103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.327;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=0.864;SC=ACATTGTAGAAATGGGACCAT;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=425;TCF=216;TCR=209;TR=325;WE=46656519;WS=46656501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,347:0.77:453
chr22	46656607	rs8143066	G	A	5477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.809;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.571;SC=AGAGCTGGTTGATACCCCACT;SOR=0.558;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=271;TCF=119;TCR=152;TR=216;WE=46656615;WS=46656597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,236:0.80:295
chr22	46656805	rs6519994	G	A	4549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.339;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=72;PP=2753;ReadPosRankSum=0.355;SC=CAGTACTCACGATTTCTATTT;SOR=0.559;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=208;TCF=120;TCR=88;TR=166;WE=46656813;WS=46656795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,188:0.81:231
chr22	46657261	rs6007747	A	G	3945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=65;PP=2124;ReadPosRankSum=0.089;SC=CTCCTAGAGAATCATAGACCT;SOR=0.547;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=173;TCF=96;TCR=77;TR=147;WE=46657269;WS=46657251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,168:0.84:199
chr22	46657798	rs6007748	A	G	4369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=88;PP=2555;ReadPosRankSum=-0.734;SC=AAGAAAATCTATCAGAGACAA;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=212;TCF=99;TCR=113;TR=164;WE=46657806;WS=46657788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,182:0.80:228
chr22	46658978	rs112735000	T	C	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=1;PP=71;SC=GGTCCCGCCATGGGGGAAGCA;SOR=1.179;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=46658986;WS=46658968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	46659186	rs113101219	C	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.46;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr22	46664564	rs138035782	TTTTTG	T	1840.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.83;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	46664985	rs58531030	GC	G	1317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.968;NF=13;NR=17;PP=438;ReadPosRankSum=1.515;SC=ACATATCTCTGCCCCCCCCCC;SOR=0.569;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=30;WE=46664993;WS=46664975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,55:0.77:71
chr22	46665006	rs9615330	A	G	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.018;NF=39;NR=22;PP=954;ReadPosRankSum=-0.971;SC=ACAGCGTCCTAAAAGGGCCTC;SOR=0.578;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=61;WE=46665014;WS=46664996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,73:0.75:97
chr22	46674639	rs6008473	G	A	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=46;PP=1020;ReadPosRankSum=1.203;SC=GGCACCATTCGTGTGTGACCC;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=68;WE=46674647;WS=46674629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,70:0.84:83
chr22	46677607	rs130642	T	C	6669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=98;PP=2965;SC=CTCAGAGACCTTCTGGAAGGT;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=124;TCR=98;TR=222;WE=46677615;WS=46677597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr22	46685375	rs56340734	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=-0.935;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,22:0.22:98
chr22	46719054	rs8135305	T	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=1.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,45:0.17:262
chr22	46722400	rs140054	T	C	12389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=257;NR=188;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.123;SC=GCTGAGCGCATGGCGTGTGTC;SOR=1.026;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=449;TCF=259;TCR=190;TR=445;WE=46722408;WS=46722390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,475:1.00:477
chr22	46724558	rs140053	T	C	6113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr22	46739070	rs112770345	T	TTC	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=121;ReadPosRankSum=0.708;SC=CAAGGGGAAATTACATTAAAC;SOR=0.439;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=19;WE=46739078;WS=46739060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr22	46739096	.	C	CT	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=4.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.912;SOR=0.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr22	46760481	rs9615351	C	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=-1.924;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,28:0.17:169
chr22	46761497	rs12165943	C	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=3.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.274;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,22:0.19:118
chr22	46762152	rs9615353	A	G	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.38;QD=25.35;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	46763490	rs7285194	A	G	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=28;ReadPosRankSum=1.458;SC=CTGAGTCCTCACAGCCACAGG;SOR=0.344;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=6;WE=46763498;WS=46763480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr22	46763578	rs7289948	T	C	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.811;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,27:0.30:90
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chr22	47064164	rs2748338	C	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=10;PP=261;SC=CGCCGGCCTCCGCTGCTGCCT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=47064172;WS=47064154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	47064665	rs9616088	C	T	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=0.592;SC=CTGCGGCGCCCGCCCGGCCTG;SOR=0.582;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=142;TCF=46;TCR=96;TR=106;WE=47064673;WS=47064655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,75:0.69:108
chr22	47064837	rs2076711	A	C	1280.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.510;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=34;PP=996;ReadPosRankSum=1.461;SC=CTGTAGCTTCAGGAGGAGGGA;SOR=0.379;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=53;WE=47064845;WS=47064827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,57:0.86:66
chr22	47066796	rs12159145	G	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.326;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=75;ReadPosRankSum=1.222;SC=CACTGCGCCCGGCCCCTGCTG;SOR=0.998;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=9;WE=47066804;WS=47066786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr22	47070432	rs2073275	G	C	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=20;PP=839;ReadPosRankSum=-0.378;SC=CTCACTGTGGGTGTGACGTGA;SOR=0.704;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=54;WE=47070440;WS=47070422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,64:0.81:79
chr22	47071531	rs2073276	T	C	4339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.12;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr22	47072477	rs2236028	G	A	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.94;ReadPosRankSum=-0.840;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,74:0.70:105
chr22	47073199	rs375658129	CT	C	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=3.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.391;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,47:0.40:118
chr22	47073254	rs35748179	T	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=141;ReadPosRankSum=1.220;SC=TCATGAGCTTTTGCAATAATT;SOR=0.348;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=15;WE=47073262;WS=47073244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr22	47083010	rs2542014	T	C	8975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.52;ReadPosRankSum=-2.105;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,217:0.83:260
chr22	47083012	rs2748349	T	A	8975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.13;ReadPosRankSum=-2.565;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,220:0.84:263
chr22	47083172	.	CTGGACAGGGGCTGCAGTAAACCCCACGTGTCCCTCACTCAAAGCTGGCCCTGAGCACCGCTCT	C	1917.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=3.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.80;ReadPosRankSum=-5.318;SOR=0.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,83:0.81:102
chr22	47083219	.	GC	G	2150	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=59.27;NF=0;NR=18;PP=2150;QD=122.168383326;SC=CTCAAAGCTGGCCCTGAGCAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=18;WE=47083243;WS=47083209;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr22	47091321	rs135676	C	T	334.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=191;ReadPosRankSum=-0.345;SC=CTGCCTAAACCGTCTGCAGGA;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=10;WE=47091329;WS=47091311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr22	47097450	rs135688	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5018;FS=6.781;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=264;ReadPosRankSum=3.434;SC=GGCTGGAACACGCGACGGGGA;SOR=2.833;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=16;WE=47097458;WS=47097440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr22	47106800	rs135701	T	C	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=1;PP=398;SC=CAGAGAGGAGTGTGTGACTGC;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=47106808;WS=47106790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	47116274	rs6008965	C	T	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=41;PP=1035;ReadPosRankSum=0.923;SC=AAAAAACATCCGATCTTTCAA;SOR=0.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=59;WE=47116282;WS=47116264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,59:0.94:63
chr22	47116905	rs12166204	G	A	5472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.464;SC=CAGGCACAGAGCAGGCATCTG;SOR=0.819;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=274;TCF=134;TCR=140;TR=226;WE=47116913;WS=47116895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,243:0.83:293
chr22	47134147	.	G	GGCGGGCT	1288.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=42.96;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	47185265	rs801606	G	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.457;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,36:0.22:163
chr22	47274638	rs131869	C	T	2413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=49;PP=1477;SC=CACCGCACCGCCCATCAGCGC;SOR=1.130;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=86;WE=47274646;WS=47274628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr22	47307828	rs34153333	A	AC	1130.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.60;QD=29.76;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr22	47311404	rs738935	A	T	2441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=39;PP=1383;SC=TGCAGCTGCCAGTGGCACTAG;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=46;TCR=39;TR=85;WE=47311412;WS=47311394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr22	47370060	rs4436	A	G	2017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=24;PP=1195;ReadPosRankSum=-1.249;SC=TCATTTAGCTAGACTGATGAG;SOR=0.382;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=89;TCF=62;TCR=27;TR=73;WE=47370068;WS=47370050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,84:0.84:100
chr22	47857656	rs202008662	TTA	T	246.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=2.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=1.642;QD=2.06;ReadPosRankSum=1.329;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,33:0.28:120
chr22	47857657	rs71687944	TA	T	429.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=-2.118;QD=3.64;ReadPosRankSum=2.114;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,44:0.37:118
chr22	47859199	rs2294230	C	T	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	48023241	rs8137874	G	T	2545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=37;PP=1468;ReadPosRankSum=-0.382;SC=TGCAGAAGTGGGTCTGGCCCA;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=72;TCR=44;TR=97;WE=48023249;WS=48023231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,112:0.83:135
chr22	48885598	.	G	T	3476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.411;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=82;PP=2070;ReadPosRankSum=-0.826;SC=CGCCCCGCGGGCCTCCCGGAG;SOR=0.497;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=169;TCF=66;TCR=103;TR=137;WE=48885606;WS=48885588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,150:0.80:188
chr22	48896580	rs10460766	G	A	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.706;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=8;PP=710;ReadPosRankSum=-0.331;SC=CCAGCCTGCCGTCGCCGCCTC;SOR=0.260;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=42;WE=48896588;WS=48896570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,46:0.81:57
chr22	48940553	rs4823540	T	C	8556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=151;NR=158;PP=2965;SC=CACTCCGGGCTGCGGGGAGGC;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=309;TCF=151;TCR=158;TR=309;WE=48940561;WS=48940543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr22	48940644	rs9615919	C	T	5444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=102;PP=2965;SC=TGGGGTCCCACGCTGCCTCTG;SOR=1.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=81;TCR=102;TR=183;WE=48940652;WS=48940634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr22	48942566	rs739155	G	A	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=43;PP=1252;SC=TGCAGTTCTGGAAAGGCTCAC;SOR=3.180;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=52;WE=48942574;WS=48942556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr22	49246723	rs28394186	A	C	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=18;PP=415;SC=GCCCAGCCAGAGCCCCCCACA;SOR=1.236;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=49246731;WS=49246713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	49246747	rs28556787	T	C	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=14;PP=410;SC=TCGCAGCGGATAGCTAAAGAG;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=49246755;WS=49246737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	49246786	rs28635747	C	T	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=333;SC=GCCTGGAGTCCGCCAAGAAGG;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=49246794;WS=49246776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	49668188	rs2688112	T	C	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.28;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	49834624	rs11705513	A	G	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=15;PP=1396;SC=CCCTGTGAGCATCTTTCAGGG;SOR=2.524;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=60;TCR=15;TR=75;WE=49834632;WS=49834617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr22	49834747	rs1016809	C	T	17809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.77;ReadPosRankSum=0.539;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,690:1.00:691
chr22	49937184	rs135771	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.909;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,22:0.17:130
chr22	49937283	rs135772	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=5.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-1.769;SOR=0.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr22	50014002	rs135877	A	G	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=12;PP=860;ReadPosRankSum=-0.399;SC=CTGCTGTCCCAAGCTTGTCAC;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=51;WE=50014010;WS=50013992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,50:0.79:63
chr22	50017234	rs916362	A	G	7946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=0.781;SC=CACGTGCTGCAGAGCTCAGGG;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=408;TCF=196;TCR=212;TR=335;WE=50017242;WS=50017224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,354:0.82:433
chr22	50018045	rs763128	G	A	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.143;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.796;NF=43;NR=17;PP=1016;ReadPosRankSum=1.704;SC=AGTGATGCTCGGGGCTGCTGA;SOR=1.095;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=60;WE=50018053;WS=50018035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,64:0.75:85
chr22	50018069	rs2011097	A	G	3017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.847;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.726;NF=53;NR=29;PP=1355;ReadPosRankSum=-1.690;SC=TTGTGGGGAGAGCACAGTGAT;SOR=0.821;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=112;TCF=68;TCR=44;TR=82;WE=50018077;WS=50018059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,92:0.79:117
chr22	50018497	rs5770594	G	A	6835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=1.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.63;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,302:0.82:367
chr22	50018639	rs4524218	G	A	2795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=48;PP=2550;ReadPosRankSum=-0.501;SC=CCCTGACGCCGGGCTGACGGC;SOR=1.006;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=85;TCF=27;TCR=58;TR=68;WE=50018662;WS=50018629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,74:0.79:94
chr22	50018651	rs135879	C	T	2456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.65;ReadPosRankSum=-1.394;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,57:0.78:73
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chr22	50277835	rs910796	T	C	7695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=144;NR=113;PP=2965;SC=AAAATGGCAGTGTGTCTGCCG;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=145;TCR=113;TR=257;WE=50277843;WS=50277825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr22	50277883	rs910797	A	G	10598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=193;NR=168;PP=2965;SC=TGCTTCCACCACAGCCTGCGG;SOR=0.703;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=363;TCF=195;TCR=168;TR=361;WE=50277891;WS=50277873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr22	50278438	rs910798	A	G	10791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=183;NR=187;PP=2965;SC=CCTCGTCTCCAGTAAAGCCGG;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=373;TCF=185;TCR=188;TR=370;WE=50278446;WS=50278428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr22	50278568	rs910799	A	G	6635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.009;SC=TTCCGATGACATAGGGGAGGC;SOR=0.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=112;TCR=115;TR=226;WE=50278576;WS=50278558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,252:1.00:253
chr22	50278642	rs910800	C	T	6706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=115;PP=2965;SC=TTGAATCTGGCGCCATCTTCC;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=112;TCR=115;TR=227;WE=50278650;WS=50278632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr22	50280136	rs5770755	T	C	14340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=237;NR=277;PP=2965;SC=CCTTCGAGGCTGCGAGCCGGG;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=514;TCF=237;TCR=277;TR=514;WE=50280144;WS=50280126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,547:1.00:547
chr22	50356274	rs28645887	C	T	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=11;PP=1141;SC=CCAGCAGGGACCTCGCCGTCT;SOR=2.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=54;WE=50356282;WS=50356264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	50356302	rs28691713	C	T	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=23;PP=1694;SC=GGCTCTGCCTCTGTGGTGGGC;SOR=1.586;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=70;TCR=24;TR=92;WE=50356310;WS=50356292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr22	50356555	rs4078443	T	C	6479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=110;PP=2965;SC=CTCGCCCTGCTTGGGCCCTCC;SOR=0.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=101;TCR=110;TR=211;WE=50356563;WS=50356545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
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chr22	50356850	rs1801645	C	T	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr22	50480108	rs9628315	C	T	5230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.747;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.377;SC=GTGAGGTCCTCCACGGCATCT;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=148;TCR=104;TR=200;WE=50480116;WS=50480098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,223:0.78:285
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chr22	50483889	rs8137790	A	G	3603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=76;PP=2394;SC=GGCCAGGGCCACGGAGGCTCC;SOR=1.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=51;TCR=76;TR=127;WE=50483897;WS=50483879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr22	50483926	rs8138277	T	C	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=45;PP=1487;SC=CCCGCCCTCATAGCCGATGGG;SOR=2.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=59;WE=50483934;WS=50483916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	50485793	rs137906	T	C	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=58;PP=1467;SC=TGGGATGGAGTGAGGCAACCA;SOR=1.129;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=106;WE=50485801;WS=50485783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr22	50487567	rs137911	T	C	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=9;PP=567;SC=GGCTTTGCCCTCGCCGGGCTG;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=50487575;WS=50487557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	50488547	rs117334902	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=-0.482;SOR=0.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,14:0.17:83
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chr22	50493062	rs17013085	T	C	2274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.20;ReadPosRankSum=0.142;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,104:0.83:125
chr22	50499964	rs137919	T	C	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=15;PP=746;ReadPosRankSum=-0.158;SC=TGCGTTTCCATGCTTGGGGCC;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=51;WE=50499972;WS=50499954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,54:0.73:74
chr22	50500263	rs75152548	T	C	1044.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=634;ReadPosRankSum=-0.942;SC=AGCCTTCACTTCCTCAGTGTC;SOR=1.051;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=35;WE=50500271;WS=50500253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,39:0.91:43
chr22	50502469	.	A	G	419	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=51;MMLQ=23;MQ=57.73;NF=11;NR=13;PP=419;QD=18.9071338561;SC=TCACCTCCCCAGCCAGGCGCT;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=24;WE=50502477;WS=50502459;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr22	50502491	.	T	C	758	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=26;NR=20;PP=758;QD=17.2341567945;SC=CTGCGGGCCGTTCTGGGTGTC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=46;WE=50502499;WS=50502481;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:32,46:0.59:78
chr22	50502636	rs11568185	G	A	2260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.149;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=1161;ReadPosRankSum=-2.031;SC=GGCTGCAGGCGGAAGGAGGTG;SOR=0.818;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=52;WE=50502658;WS=50502626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,64:0.77:83
chr22	50502650	rs11568184	G	A	1943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.249;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=844;ReadPosRankSum=2.237;SC=GGAGGTGTGAGCAGAGTGGCC;SOR=1.112;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=42;WE=50502658;WS=50502626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,49:0.65:75
chr22	50502766	rs11568183	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=-1.027;SC=AAACGCATTGCTATTTCAACA;SOR=0.495;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=10;WE=50502774;WS=50502756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr22	50506810	rs5771349	A	G	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.891;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=453;ReadPosRankSum=-0.707;SC=GGGCCAGGCCAACACGCAGAG;SOR=1.065;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=35;WE=50506818;WS=50506800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,41:0.77:53
chr22	50507019	rs11568179	G	A	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.8225;FS=1.600;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.688;NF=12;NR=19;PP=483;ReadPosRankSum=2.284;SC=GACCACGGCCGGAGCCTGGGA;SOR=1.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=31;WE=50507027;WS=50507009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,39:0.83:47
chr22	50507064	rs75474964	G	C	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.9835;FS=4.771;HP=6;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.401;NF=7;NR=16;PP=393;ReadPosRankSum=1.338;SC=GGCTGGGGGGGCGGGCATGGC;SOR=1.539;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=23;WE=50507072;WS=50507054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr22	50507094	rs111258391	T	C	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=12;PP=293;SC=ATGGGCATAGTCCCAAGCTGG;SOR=2.303;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=15;WE=50507102;WS=50507084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	50508895	rs2076134	A	G	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.56;ReadPosRankSum=-0.912;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,29:0.91:32
chr22	50508895	.	AGG	GGT	627	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=19;NR=6;PP=627;QD=27.2187149945;SC=AGGGAGGGCTAGGCCAGGCCC;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=25;WE=50508905;WS=50508885;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr22	50508897	rs2076135	G	T	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.56;ReadPosRankSum=-0.678;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,29:0.91:32
chr22	50512617	rs2038048	C	T	2771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.850;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=39;PP=1659;ReadPosRankSum=-0.415;SC=CCCAGAGCGGCGGCGGGCGGG;SOR=0.413;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=93;TCR=49;TR=111;WE=50512625;WS=50512607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,123:0.79:155
chr22	50515677	rs6010166	C	T	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=7;PP=491;ReadPosRankSum=-1.226;SC=CCCTCCTGGCCGGGGTTTCTG;SOR=0.724;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=39;WE=50515685;WS=50515667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,47:0.92:51
chr22	50518723	rs79301	A	G	3956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=59;PP=2552;SC=ACTGTCTGTCAGCCCCTCCGG;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=87;TCR=59;TR=146;WE=50518731;WS=50518713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr22	50523433	rs137930	T	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=140;ReadPosRankSum=-0.471;SC=CTGAGGAAACTTCAATAAGTT;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=12;WE=50523441;WS=50523423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr22	50529105	rs150705221	T	TTG	299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.941;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.394;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,18:0.18:99
chr22	50546788	rs138215	G	C	7852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=1.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.44;ReadPosRankSum=-1.279;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,203:0.79:258
chr22	50546797	rs138216	T	C	7660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=1.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.92;ReadPosRankSum=-1.246;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,188:0.78:240
chr22	50547247	rs138217	A	G	3014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=57;PP=1718;SC=TCTGGAGGGCACTTTGTATGA;SOR=1.074;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=46;TCR=57;TR=103;WE=50547255;WS=50547237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr22	50548099	.	CAAA	C	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=-0.566;QD=2.23;ReadPosRankSum=-0.307;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr22	50555486	rs126241	G	C	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=6;PP=634;SC=CTAAAGATGAGTCTTAACTCT;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=50555494;WS=50555476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	50555619	rs138222	C	T	5267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr22	50564413	rs138242	A	G	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=9;PP=727;SC=AGTAGAGATGAGGTTTCGCCG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=50564421;WS=50564403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	50566969	.	CTTT	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=1.649;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr22	50585528	rs5771080	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=-2.334;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,18:0.22:81
chr22	50585626	.	A	G	110	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=58.62;NF=4;NR=6;PP=110;QD=14.4771212547;SC=TCTCAGAGGCACTCTGTGCAG;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=10;WE=50585634;WS=50585616;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr22	50587979	rs138270	T	G	3005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.55;ReadPosRankSum=1.396;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,132:0.81:162
chr22	50588131	rs138271	C	T	1918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.218;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=51;PP=1157;ReadPosRankSum=-1.889;SC=TGATGTCGGACATCAGTGGCC;SOR=1.264;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=114;TCF=46;TCR=68;TR=81;WE=50588139;WS=50588121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,87:0.72:121
chr22	50596655	rs140564205	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=3.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.462;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,18:0.20:92
chr22	50598296	rs17781047	G	A	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.336;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=655;ReadPosRankSum=0.603;SC=ATCTAAAGGGGCAGAGGCTGA;SOR=1.201;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=42;WE=50598304;WS=50598286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,44:0.77:57
chr22	50616656	rs7286904	T	C	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=50;PP=1657;SC=CGCCCGCCCCTGACAAGAAGC;SOR=3.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=7;TCR=50;TR=57;WE=50616664;WS=50616646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr22	50616806	rs5771206	A	G	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	50632963	rs6537637	GA	TT	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=2.628;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=-1.034;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,53:0.17:309
chr22	50635627	rs5771095	C	T	1675.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.213;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=20;PP=986;ReadPosRankSum=-1.497;SC=AGCGCACCCCCGCACCCGCCC;SOR=1.080;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=59;WE=50635635;WS=50635617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,68:0.88:77
chr22	50636086	rs117073176	C	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.318;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,24:0.24:99
chr22	50636097	rs115013776	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.224;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,23:0.26:88
chr22	50637597	rs8238	G	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,32:0.15:209
chr22	50639367	rs7293065	A	C	126.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=152;SC=CCCTCCCCCCACCCGCCCCAC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=50639375;WS=50639364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	50639473	rs5771225	T	C	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	50639528	rs5771226	T	C	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	50639636	rs6010201	C	G	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=6;PP=192;SC=CCCTGCGCGCCCTGCCCGTGG;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=50639644;WS=50639626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	50639778	rs3747942	T	C	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=5;PP=233;SC=CGCGCTGGCGTTGCTGGGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=16;WE=50639786;WS=50639768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	50639965	rs2272846	C	A	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.82;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	50644969	rs2294399	G	A	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.833;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=36;PP=911;ReadPosRankSum=0.304;SC=GGGGCCTTTCGGCCTGTCTAC;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=63;WE=50644977;WS=50644959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,76:0.72:106
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chr22	50654064	rs71750910	TGGGGGG	T	1002.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=19;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=475;ReadPosRankSum=1.075;SC=GCCAGGGGGGTGGGGGGGGGG;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=50654077;WS=50654054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
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chr22	50655676	rs2272852	G	A	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FS=2.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=-1.108;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:387,114:0.23:501
chr22	50656096	rs2038050	A	G	13637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=232;NR=261;PP=2965;SC=CTCAGCCCCCACCCAGGAGAG;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=493;TCF=232;TCR=261;TR=493;WE=50656104;WS=50656086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,528:1.00:528
chr22	50657010	rs4838864	C	G	10777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=178;NR=192;PP=2965;SC=TACTTGCTCACGCAGCCCTCG;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=370;TCF=178;TCR=192;TR=370;WE=50657018;WS=50657000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr22	50658053	rs6537642	A	G	5646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=86;PP=2965;SC=CTCCCTGCCAACAGCAACTGC;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=111;TCR=86;TR=197;WE=50658061;WS=50658043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr22	50658274	rs2272854	C	G	7668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.178;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=0.457;SC=GTCCCCACAACCAGCTTGTGC;SOR=0.521;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=395;TCF=207;TCR=188;TR=310;WE=50658282;WS=50658264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,330:0.78:423
chr22	50658424	rs11703226	T	C	7712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.519;SC=AGGTCCTCAGTGTCCCCGCTC;SOR=0.539;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=423;TCF=197;TCR=226;TR=329;WE=50658432;WS=50658414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,349:0.78:445
chr22	50658501	rs9617119	A	G	5943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=101;PP=2965;SC=TGGCGGGTACAGAGCCGAGCC;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=103;TCR=101;TR=203;WE=50658509;WS=50658491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr22	50658570	rs17248273	A	G	4936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.027;SC=CCTGGCTGACAAGGAGGCCTG;SOR=0.561;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=263;TCF=167;TCR=96;TR=203;WE=50658578;WS=50658560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,219:0.79:276
chr22	50664612	rs4838865	A	G	14417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=260;PP=2965;SC=TGTCCAGTACAACTTATCTAA;SOR=0.790;Source=Platypus;TCF=261;WE=50664620;WS=50664602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,539:1.00:539
chr22	50665306	rs139864746	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,45:0.22:209
chr22	50678571	rs5771109	T	C	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=4;PP=769;SC=ACACACCCCATCCAAGGCCAC;SOR=2.636;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=37;WE=50678579;WS=50678561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	50682061	.	AAAG	A	806.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.05;ReadPosRankSum=-1.293;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr22	50682865	rs5771270	G	A	5288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=115;PP=2965;SC=ACAGGTCGTCGAACAGCTGCG;SOR=1.648;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=59;TCR=115;TR=174;WE=50682873;WS=50682855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr22	50684296	rs13058062	T	C	5510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=86;PP=2965;SC=ACTGGTCCTTTCCCTCGTCCC;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=96;TCR=87;TR=182;WE=50684304;WS=50684286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr22	50685508	rs4838866	A	G	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=16;PP=426;SC=TCAGCCACACATCTTCTTACA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=50685516;WS=50685498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	50686371	rs34402301	C	T	5800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.645;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.821;SC=TGTTGGATGACGTCAGGGGGC;SOR=0.498;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=312;TCF=172;TCR=140;TR=242;WE=50686379;WS=50686361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,258:0.77:333
chr22	50687655	rs3830749	A	AG	528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=2;PP=2128;SC=GGCCCGGGGGAGGGGGTGGGT;SOR=5.892;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=15;WE=50687663;WS=50687645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	50688235	rs738334	T	C	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NF=44;SC=CCTCCTGCGCTGCCCCTTGCT;SOR=1.164;Source=Platypus;TCF=44;WE=50688243;WS=50688225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr22	50688348	rs1555048	A	G	5408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=113;NR=75;PP=2965;SC=TGTTGAACACACAGAACCCGT;SOR=0.959;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=113;TCR=75;TR=188;WE=50688356;WS=50688338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr22	50689030	rs909688	A	G	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=46;PP=1243;SC=CCTGGGATTCATGGTGGGAGT;SOR=1.571;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=67;WE=50689038;WS=50689020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	50693479	rs5771281	A	G	4716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=15;PP=1659;SC=CAGGGCCCACAGGGTCCACAC;SOR=2.723;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=94;TCF=77;TCR=17;TR=92;WE=50693487;WS=50693469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr22	50693521	rs5771282	C	T	11141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQ=59.99;NF=149;NR=60;PP=2965;SC=ACTCACGGGTCCACACAGGCC;SOR=1.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=216;TCF=152;TCR=64;TR=209;WE=50693546;WS=50693511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr22	50693534	rs6010218	A	G	13094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=45.79;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr22	50693538	rs6010219	G	A	14095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;QD=45.62;SOR=1.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr22	50693554	rs6010220	A	G	14855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=41.73;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr22	50693647	.	G	A	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DP=617;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:486,130:0.21:616
chr22	50694297	rs1129880	A	G	5997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=118;PP=2965;SC=TGCAGCCCACAGACCAGATGT;SOR=1.213;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=93;TCR=118;TR=210;WE=50694305;WS=50694287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
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chr22	50699668	rs2272857	A	G	3925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=73;PP=2271;ReadPosRankSum=0.139;SC=CGGACTGGAAAGGCCGATACA;SOR=0.628;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=210;TCF=106;TCR=104;TR=152;WE=50699676;WS=50699658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,172:0.74:233
chr22	50703572	rs10626765	C	CAG	6044.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.648;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.922;NF=22;NR=57;PP=2954;ReadPosRankSum=1.575;SC=AGCCTCAGCACAGTCTGGGAG;SOR=0.605;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=111;TCF=28;TCR=83;TR=79;WE=50703580;WS=50703562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,152:0.78:194
chr22	50704661	rs2076139	T	C	3581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.74;ReadPosRankSum=-1.908;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,161:0.75:214
chr22	50705059	rs742185	A	G	16484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=907;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.650;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=363;NR=327;PP=2962;ReadPosRankSum=0.009;SC=GGGCGAGGGGACCTCCATCAG;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=874;TCF=457;TCR=417;TR=690;WE=50705067;WS=50705049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,715:0.79:904
chr22	50705466	rs760748	A	G	12952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,497:1.00:497
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chr22	50708731	rs9617050	A	G	2967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.77;ReadPosRankSum=0.405;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,132:0.79:167
chr22	50713866	rs1042979	G	C	4484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
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chr22	50715029	rs5771119	T	C	5790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=125;NR=71;PP=2965;SC=CGGGGAGGGCTGTGGGTGCGT;SOR=1.112;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=125;TCR=71;TR=196;WE=50715037;WS=50715019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr22	50715973	rs28637964	G	T	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=19;PP=1501;SC=GCCTCCTGGGGACAGACCCAG;SOR=2.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=57;TCR=19;TR=76;WE=50715981;WS=50715963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr22	50716167	rs1127000	G	A	8563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr22	50717129	rs28718510	T	G	5120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=82;PP=2965;SC=CGCCACTCTGTGGGAAGAGAC;SOR=0.878;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=82;TCR=82;TR=164;WE=50717137;WS=50717119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr22	50717547	rs28633213	T	C	3103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=76;PP=1852;SC=GCGGCACCCTTGGGCAGCAGG;SOR=1.817;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=36;TCR=76;TR=112;WE=50717555;WS=50717537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr22	50718397	rs28611220	A	G	7106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=147;NR=106;PP=2965;SC=AGTCTGCCTCATCCCTCAAGC;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=148;TCR=106;TR=253;WE=50718405;WS=50718387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr22	50719165	rs28540713	T	C	4030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=129;PP=2965;SC=GCCCGACGCCTGGCTCACATT;SOR=3.243;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=24;TCR=129;TR=153;WE=50719173;WS=50719155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr22	50719251	rs11547734	A	G	7279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=130;NR=119;PP=2965;SC=GCCGCGGCTCAGGGATGTCCA;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=250;TCF=130;TCR=120;TR=249;WE=50719259;WS=50719241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr22	50719911	.	G	T	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DP=579;ExcessHet=3.0103;FS=0.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:469,110:0.19:579
chr22	50719976	rs111925803	C	T	9363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.325;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=197;PP=2962;ReadPosRankSum=0.028;SC=GCACCCCCCGCCAGTCCCCGC;SOR=0.513;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=460;TCF=216;TCR=244;TR=374;WE=50719984;WS=50719966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,402:0.81:495
chr22	50720181	rs28442189	C	G	7782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=137;NR=130;PP=2965;SC=CCTGGGGAGGCGGCAGTGGTC;SOR=0.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=267;TCF=137;TCR=130;TR=267;WE=50720189;WS=50720171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr22	50720622	rs11547728	C	T	10592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=177;NR=193;PP=2965;SC=CCGTCATGGGCTGCAGGGATT;SOR=0.790;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=372;TCF=177;TCR=195;TR=370;WE=50720630;WS=50720612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr22	50722134	rs11547731	T	C	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FS=0.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=-0.495;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:456,121:0.21:577
chr22	50724172	rs56015849	A	AC	567.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=4.478;NF=13;NR=5;PP=699;ReadPosRankSum=0.457;SC=ACCGGCCGGCACCCCTCCCTC;SOR=0.859;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=18;WE=50724180;WS=50724162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr22	50724190	rs28604596	G	T	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.500;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.394;NF=21;NR=9;PP=519;ReadPosRankSum=1.064;SC=CTCCGCACCTGAGCCTGCCTG;SOR=1.360;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=30;WE=50724198;WS=50724180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr22	50724733	rs55709850	G	T	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=50;PP=1138;ReadPosRankSum=1.053;SC=ACAGCAGAGGGGGAGGTGTCA;SOR=0.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=72;WE=50724741;WS=50724723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,79:0.84:94
chr22	50727921	rs28578714	T	C	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=11;PP=860;ReadPosRankSum=0.306;SC=GTCCGGGCCCTGCGAGAACAC;SOR=0.818;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=52;WE=50727929;WS=50727911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,58:0.87:67
chr22	50728062	rs28379706	T	C	4889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=85;PP=2272;ReadPosRankSum=-0.506;SC=GCGTGCACCTTGTCCAGCGGG;SOR=0.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=138;TCR=108;TR=191;WE=50728070;WS=50728052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,224:0.78:286
chr22	50751594	rs189121341	G	A	4848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=91;PP=2919;ReadPosRankSum=-2.365;SC=GCCTGCACCCGGTACGCTTCC;SOR=0.632;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=130;TCR=117;TR=194;WE=50751602;WS=50751584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,211:0.80:263
chr22	50757348	rs62241232	G	A	6848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
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chr22	50853134	rs115621755	C	T	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=40.49;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	50854317	rs6520165	T	C	118.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=75;SC=ATGGTGGTCATCCTTTATCAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=50854325;WS=50854315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	50857130	.	T	TA	227	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=9;HapScore=3;MGOF=9;MMLQ=23;MQ=59.85;NF=8;NR=3;PP=227;QD=21.9090909091;SC=TCCCACATCTTAAAAAAAAAG;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=11;WE=50857148;WS=50857129;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:20,11:0.35:31
chr22	50857139	.	AG	A	119	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5011;HP=8;HapScore=3;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=59.84;NF=8;NR=3;PP=119;QD=12.0909090909;SC=TTAAAAAAAAAGAAAAAGTAT;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=11;WE=50857148;WS=50857129;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr22	50857140	rs7293044	G	A	506.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;MQRankSum=0.490;QD=16.90;ReadPosRankSum=-0.752;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,26:0.87:30
chr22	50860565	rs9616844	G	A	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=10;PP=802;SC=CTGCTCTAGGGTTTCTTTTTG;SOR=2.004;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=43;WE=50860573;WS=50860555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	50870620	rs2076712	G	T	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=3.039;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.76;ReadPosRankSum=-1.319;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,146:0.99:148
chr22	50876077	rs9306550	T	C	5523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=73;PP=2717;SC=CGGCTCTCCCTGCTGCTGAGC;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=181;TCF=107;TCR=74;TR=180;WE=50876085;WS=50876067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr22	50876235	rs5770779	T	C	11319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=194;PP=2965;ReadPosRankSum=0.836;SC=GCAGTGGGCCTGGAGGAACGC;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=415;TCF=219;TCR=196;TR=412;WE=50876243;WS=50876225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,437:1.00:439
chr22	50876357	rs5770890	C	G	9466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=154;NR=192;PP=2965;SC=TGTGGGGTGCCGCCACCCTTT;SOR=0.975;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=346;TCF=154;TCR=192;TR=346;WE=50876365;WS=50876347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr22	50877166	rs4824131	G	C	4431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=82;PP=2685;SC=AGAAGGAAGCGCCCCCTGTGG;SOR=1.009;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=77;TCR=82;TR=158;WE=50877174;WS=50877156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr22	50879447	rs2273260	T	G	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=27;PP=820;SC=CAGAGGAGGCTGTCGGCAGGT;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=54;WE=50879455;WS=50879437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr22	50882752	rs59017944	CT	C	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.685;QD=1.42;ReadPosRankSum=-1.205;SOR=0.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,31:0.24:129
chr22	50885775	rs1053744	A	G	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=749;ExcessHet=3.0103;FS=1.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:601,145:0.19:746
chr22	50885893	rs56853707	CCA	C	1835.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=7.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.50;ReadPosRankSum=2.533;SOR=1.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,64:0.19:334
chr22	50887135	rs117845086	C	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=2.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.870;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,24:0.19:124
chr22	50894849	rs2076713	G	A	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.542;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,55:0.25:218
chr22	50895020	rs5771001	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.945;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,30:0.18:164
chr22	50895133	rs4824117	A	G	3687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=56;NR=54;PP=1876;SC=AAGCACCCAAAGGGGGCCAGG;SOR=0.917;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=56;TCR=54;TR=110;WE=50895141;WS=50895123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr22	50897868	rs2281439	G	A	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=5.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=1.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,36:0.22:160
chr22	50898619	rs2073278	G	A	12921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.687;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=237;NR=255;PP=2962;ReadPosRankSum=0.948;SC=TGGTCATCACGGGGCCACTCC;SOR=0.576;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=606;TCF=294;TCR=312;TR=492;WE=50898627;WS=50898609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,564:0.81:696
chr22	50899755	rs35628474	AG	A	3504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=3.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.70;ReadPosRankSum=1.676;SOR=0.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,93:0.89:104
chr22	50899758	rs2073280	G	C	3463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=5.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.63;ReadPosRankSum=1.331;SOR=0.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,93:0.90:103
chr22	50901259	rs9617014	G	C,T	4624.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=19;NF=26,84;NR=16,52;PP=273,2217;SC=CACCAGGAAGGGGGGGCTGGG;SOR=1.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=111;TCR=69;TR=42,136;WE=50901267;WS=50901249;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.23,0.77:192
chr22	50901534	rs5771039	A	G	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=72;PP=2338;SC=CCCAGGCCCCAGCACCTGCCC;SOR=1.792;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=40;TCR=73;TR=110;WE=50901542;WS=50901519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr22	50903221	rs2076714	C	T	3979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=77;PP=2201;ReadPosRankSum=0.482;SC=GGCGGTACGACGCCCTCCCGT;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=195;TCF=97;TCR=98;TR=155;WE=50903229;WS=50903211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,176:0.80:221
chr22	50906518	rs1983679	G	A	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=39;PP=987;ReadPosRankSum=1.706;SC=CAGTCTCTCCGGGTGAAGGGA;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=63;WE=50906526;WS=50906508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,67:0.83:81
chr22	50906917	rs9616852	C	A	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.689;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.223;SC=GGGGTCAGAGCACCCAACCCG;SOR=1.249;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=148;TCF=33;TCR=115;TR=99;WE=50906925;WS=50906907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,92:0.75:122
chr22	50913182	rs149886696	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-1.555;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr22	50913394	rs373485644	CGCG	C	906.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=9;PP=570;SC=TGGTTCGCTCCGCGGCGGCGG;SOR=0.990;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=12;WE=50913404;WS=50913384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr22	50921148	rs72438078	AACACTCGGGCCCCCGAAG	A	1268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=7.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=5.328;QD=4.50;ReadPosRankSum=-1.519;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,50:0.18:282
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chr22	50927447	rs139170143	C	CGTCCCTCCT	1180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=3.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=5.416;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,39:0.19:210
chr22	50928026	rs2232885	G	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=2.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=-0.452;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,46:0.21:217
chr22	50941985	rs6009975	T	C	3293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.00;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr22	50944163	rs128941	G	A	5975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=92;PP=2965;SC=TGGTCGTCCAGCAGCGCAGTG;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=106;TCR=92;TR=198;WE=50944171;WS=50944153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr22	50945256	rs131824	A	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=3.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.363;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,40:0.17:236
chr22	50946965	rs131823	T	C	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=234;SC=CGCCCCACCGTCTCCACGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=50946973;WS=50946955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	50954124	.	CT	C	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.131;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
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chr22	50960101	rs131814	G	A	9644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.12;ReadPosRankSum=0.225;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,432:0.99:436
chr22	50961169	rs131813	A	G	4634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.42;SOR=1.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr22	50961854	rs2782	T	C	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=34;PP=862;SC=AGGAGCCGTGTGTCTGCTCCT;SOR=2.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=48;WE=50961862;WS=50961844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	50962208	rs12148	T	G	5869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=117;NR=81;PP=2965;SC=CCTTGGGGCCTGCATTGTAGT;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=117;TCR=81;TR=198;WE=50962216;WS=50962198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr22	50962782	rs140523	C	G	5881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=129;NR=70;PP=2965;SC=AGGGAGGACCCGAGGCTTGAG;SOR=1.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=129;TCR=71;TR=199;WE=50962790;WS=50962772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr22	50964153	rs131805	T	C	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr22	50964862	rs131804	G	A	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=21;PP=1105;SC=CAGCGCCCTGGGCCTGAGTCC;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=63;WE=50964870;WS=50964852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr22	50966197	rs131803	CTTTT	C	2184.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=8.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.588;QD=28.37;ReadPosRankSum=2.623;SOR=0.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,66:0.86:77
chr22	50966914	rs470119	T	C	4390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=83;NR=67;PP=2515;SC=CAACCTGGATTAATGACTGAT;SOR=0.741;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=84;TCR=67;TR=150;WE=50966922;WS=50966904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr22	50968826	.	CAG	C	684.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=1.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=3.270;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.891;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,45:0.16:290
chr22	50988062	rs140519	G	T	17935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=293;NR=313;PP=2965;SC=GCGACATCGTGGCACTGGGGG;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=610;TCF=293;TCR=317;TR=606;WE=50988075;WS=50988052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,659:1.00:659
chr22	50988193	rs131779	A	G	8559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=319;PP=2965;SC=GCCCCACTGCACTGCACCACC;SOR=2.943;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=402;TCF=83;TCR=319;TR=401;WE=50988201;WS=50988183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr22	51009953	rs470117	C	T	6726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=127;PP=2965;SC=TAGGAACTCTCGATGACCGCC;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=115;TCR=127;TR=241;WE=51009961;WS=51009943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr22	51010052	rs2516557	C	T	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.046;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=42;PP=1069;ReadPosRankSum=-0.727;SC=TGACGTTTAGCTGGTGGAGAA;SOR=1.308;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=56;WE=51010060;WS=51010042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,58:0.82:71
chr22	51010788	rs131761	T	A	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=61;PP=1770;SC=TGTCCAGAGGTGCCTGACCTG;SOR=1.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=32;TCR=61;TR=93;WE=51010796;WS=51010778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr22	51011936	rs131760	T	C	6497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr22	51015210	rs140515	G	C	6414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=135;NR=75;PP=2965;SC=TGCCTCTCCCGTCTAGCTCAG;SOR=1.326;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=135;TCR=76;TR=210;WE=51015218;WS=51015200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr22	51015481	rs131759	G	A	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=66;PP=2026;SC=AGAGGGGCAAGGGCTGCAGGG;SOR=2.141;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=23;TCR=67;TR=89;WE=51015489;WS=51015471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr22	51018579	rs140514	A	G	3945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=63;PP=2197;SC=CAAGAGCCCTATGGGAACAGA;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=67;TCR=63;TR=130;WE=51018587;WS=51018569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr22	51020668	rs86337	C	A	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr22	51042336	rs116947359	G	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=-2.642;SOR=1.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,12:0.14:85
chr22	51042513	rs140511	C	CG	6212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;QD=39.83;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr22	51043278	rs3219201	G	A	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=25;PP=1055;SC=TGGTGGATGAGCACACGCAGC;SOR=0.813;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=49;WE=51043286;WS=51043268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	51045190	rs1140555	C	T	4550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.09;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr22	51045433	rs131736	C	T	5404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=1.800;SC=AGAGTCTGACCGTCCCCGAGT;SOR=0.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=99;TCR=106;TR=203;WE=51045441;WS=51045423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,208:1.00:209
chr22	51045480	rs131735	G	A	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=65;PP=1852;SC=GAGTCCAACCGCCCCCTGAGT;SOR=2.758;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=95;TCF=29;TCR=66;TR=89;WE=51045488;WS=51045469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr22	51048781	rs5770941	T	G	4215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=89;PP=2584;SC=GGGTGCAGGGTTACGGAGGTG;SOR=1.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=44;TCR=89;TR=133;WE=51048789;WS=51048771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr22	51048812	rs9616798	G	C	2372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=60;PP=1449;SC=GTGAGCAGGTGGGGGCAGGAG;SOR=2.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=19;TCR=60;TR=79;WE=51048820;WS=51048802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr22	51063987	rs762674	G	C	6686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr22	51064039	rs743616	G	C	9972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr22	51064141	rs762673	G	A	4464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=84;PP=2609;SC=ACGGGGCGGGGCAGGCCCCAA;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=69;TCR=84;TR=153;WE=51064149;WS=51064131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr22	51064818	rs762672	T	C	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=51;PP=1321;SC=GTGCCCAGCATGAGCCCGGCA;SOR=2.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=12;TCR=51;TR=63;WE=51064826;WS=51064808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr22	51113001	.	CCG	C	785.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=39.29;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	51113801	rs34190400	C	CTGTG,CTGTGTGTGTGTGTG	551.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.6689;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=94;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;NF=0;NR=4;PP=471;SC=GGGGTGGAGGCTGTGTGTGTG;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=51113809;WS=51113791;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.23,0.77:13
chr22	51117137	rs9616914	G	A	7139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.219;SC=GAGTGGAGTCGGGGAGGGGCA;SOR=0.661;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=388;TCF=207;TCR=181;TR=285;WE=51117145;WS=51117127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,319:0.74:430
chr22	51117580	rs9616915	T	C	5720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.793;SC=CAGCTGGGGATCACCGACGAG;SOR=0.708;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=313;TCF=163;TCR=150;TR=234;WE=51117588;WS=51117570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,253:0.75:339
chr22	51133518	rs13055562	G	A	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=32.626;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=66;PP=1753;ReadPosRankSum=0.450;SC=TGGGAGGGTGGGGTGCCGGGA;SOR=1.152;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=132;TCF=52;TCR=80;TR=106;WE=51133526;WS=51133508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,106:0.91:117
chr22	51135545	rs9616818	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.113;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=99;ReadPosRankSum=-2.295;SC=AGTGGAGGAGTGAGAGCTCAG;SOR=1.447;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=9;WE=51135553;WS=51135535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr22	51135973	.	T	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.44;QD=62.74;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1:1.00:1
chr22	51135974	.	T	C	62.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.44;QD=62.74;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1:1.00:1
chr22	51135975	.	CGAAT	C	53.70	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.63;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr22	51135980	.	T	C	107.28	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.63;QD=53.64;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr22	51135983	.	A	C	447.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.91;QD=111.94;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	51135984	.	G	GGCCCCGGCCCCGCGCCCGGC	727.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.91;QD=181.93;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	51135986	.	T	C	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.53;QD=50.75;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	51135989	.	GTT	G	897.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.61;QD=40.81;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	51137249	rs1557620	T	C	4632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=89;NR=65;PP=2587;SC=ACCCCACGGCTCCCCGGGCAG;SOR=0.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=89;TCR=65;TR=154;WE=51137257;WS=51137239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr22	51142381	rs12483981	G	A	6014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=105;NR=113;PP=2965;SC=CAGGGACCCTGGCTGGCGGGA;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=106;TCR=115;TR=218;WE=51142389;WS=51142371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr22	51144731	rs9968024	T	C	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=22;PP=623;SC=CAGAGGTGAATGGGTGGGTGC;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=51144739;WS=51144721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	51182485	rs6009961	A	G	3849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=87;NR=51;PP=2566;SC=TGGTCTGACTATAGCCCCCAG;SOR=1.195;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=87;TCR=51;TR=138;WE=51182493;WS=51182475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr22	51183255	rs5771002	A	G	2502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.57;MQRankSum=-2.319;QD=19.40;ReadPosRankSum=0.082;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,104:0.81:129
chrX	2700157	rs5939319	G	A	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chrX	2700202	rs5939320	A	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=21;PP=596;SC=CTCTTTCTCAATCTGGTTTGA;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=32;WE=2700210;WS=2700192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	2715425	rs4484858	A	G	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	2724760	rs3749988	T	C	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=26.44;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	2726396	rs6567645	A	G	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=15;PP=433;SC=GTATGTATATAAAGTAGCTCC;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=2726404;WS=2726386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	2729540	rs11439714	T	TA	773.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=226;ReadPosRankSum=0.112;SC=AAGCCTGATTTAAAAAAAAAA;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=14;WE=2729548;WS=2729530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,41:0.89:46
chrX	2732166	rs5939337	A	T	169.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=111;SC=TCTTTTTTTTAAAATAGATTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=2732174;WS=2732161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	2732356	rs34201156	C	CT	816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.02;ReadPosRankSum=-0.785;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,44:0.92:48
chrX	2748051	rs57068689	T	C	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=52;NR=27;PP=1181;SC=GGGGTGACACTGGCGGGGCCT;SOR=1.153;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=79;WE=2748059;WS=2748041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chrX	2748253	rs6642032	G	C	2597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=36;NR=54;PP=1593;SC=AGCTCAAGCTGCTTCAGTTCA;SOR=1.337;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=90;WE=2748261;WS=2748243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chrX	2748292	rs6641656	C	G	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=34;PP=964;SC=GCTTGGGTGACAGATTGGTCT;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=48;WE=2748300;WS=2748282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	2774478	rs5939132	A	G	3203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=42;PP=1573;SC=CACATCTCGCATTCTTGGAGT;SOR=0.937;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=105;WE=2774486;WS=2774468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chrX	2777985	rs2306734	C	T	3362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=52;PP=1668;SC=CAAGGCTCAGCGTCCAGCAGC;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=114;WE=2777993;WS=2777975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chrX	2779570	rs2306735	A	G	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=4;PP=511;SC=CAGCTTTGCCACAGTGATGTG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=2779578;WS=2779560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	2822944	.	C	CT	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-1.371;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
chrX	2827794	rs61456366	T	TA	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=-0.067;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chrX	2832742	rs211648	G	C	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chrX	2833506	rs211649	G	C	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=267;SC=TTTATTGCAAGTTGGTTCATA;SOR=2.419;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=2833514;WS=2833496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	2833552	rs115030126	C	G	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=6;PP=508;SC=TATGTTCAAACCTGAGGCCGA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=2833560;WS=2833542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	2833856	rs211650	T	C	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=231;SC=CCTTCTGAGTTCATCAGTGGG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=2833864;WS=2833846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	2836037	rs211653	G	C	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=26;PP=966;SC=CGCGGAGACAGAGAAGAAACC;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=2836045;WS=2836027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	2843818	rs2302077	A	G	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chrX	2847133	rs3747394	A	G	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.15;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	2847157	rs3747395	C	G	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	2852951	rs11222	G	A	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=4;PP=152;SC=GTCTCCAGATGTTGCCCAGCC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=2852959;WS=2852941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	2856155	rs35143646	C	T	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=5;PP=308;SC=GGCACCTCGCCGCCCGCCAGC;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=2856163;WS=2856145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	2867424	rs138149353	G	C	3947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=60;PP=2024;SC=GTGATGGTGTGGTTTCTCATC;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=77;TCR=60;TR=136;WE=2867432;WS=2867414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chrX	2942109	rs5939407	T	C	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chrX	2950961	rs5982634	A	G	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	2950998	rs5939411	C	T	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=10;PP=620;SC=ACATCTTTAACGAAAAGAGTC;SOR=1.364;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=2951006;WS=2950988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chrX	2951434	rs5939155	C	G	177.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=142;SC=TGAGACCATGCGGACCACGTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=2951442;WS=2951424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	2986061	.	CTT	C	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=3.022;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chrX	2999141	rs5983001	G	A	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=16;PP=428;SC=TCTTGGAAACGCTGTATTTTA;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=27;WE=2999149;WS=2999131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	3002219	rs5983002	T	C	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=8;PP=627;SC=CTCACATGGTTTTTGCAATGT;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=3002227;WS=3002209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chrX	3002687	rs5983003	A	G	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=23;PP=698;SC=TGGTGAAGGAAGCGATTTCCT;SOR=1.298;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=41;WE=3002695;WS=3002677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	3007480	rs2290453	G	T	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=17;PP=1114;SC=CAAAACAATAGTTTTCACATT;SOR=1.498;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=55;WE=3007488;WS=3007470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chrX	3190121	rs200918211	CGT	C	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=147;ReadPosRankSum=-0.330;SC=GCTTAATGAGCGTGTGTGTGT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=6;WE=3190130;WS=3190111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chrX	3530512	rs7066317	A	C	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=25;PP=578;SC=CATTTATGAAAGCGGCAATCT;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=3530520;WS=3530502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	3592847	rs7880937	C	T	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=22;PP=650;SC=TTAAGTCTTCCGACAAAGGAA;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=3592855;WS=3592837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	3631167	rs3752362	A	G	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	5811807	rs61095217	A	G	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=8;PP=183;SC=TCTGCTCTTCATATATATTTA;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=11;WE=5811815;WS=5811797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chrX	6995315	rs2379206	C	T	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=16;PP=739;SC=GGAAGATGTCCGGGTCTGGCT;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=6995323;WS=6995305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chrX	8138170	rs75657421	CT	GC	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.23;QD=48.43;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	8270615	.	A	AAGAAAGAAAG	2377.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.37;QD=55.30;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chrX	8504773	rs808120	G	T	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=4;PP=545;SC=TGCTGACACCGTAGACCTAGA;SOR=3.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=8504781;WS=8504763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	8504833	rs808119	C	T	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	9050570	rs111872205	CAG	C	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.570;QD=6.83;ReadPosRankSum=1.852;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
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chrX	9859197	rs6640544	A	G	5507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=96;PP=2965;SC=AGCCTTCTGCAGGGAGCGCAC;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=98;TCR=96;TR=194;WE=9859205;WS=9859187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chrX	9866085	rs2073943	T	C	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chrX	9912952	rs200309657	G	A	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=45;PP=1392;ReadPosRankSum=-0.517;SC=CCCGGTGATCGGGTAAATGCA;SOR=0.597;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=74;WE=9912960;WS=9912942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chrX	9935526	rs5934730	G	T	4615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=95;NR=59;PP=2684;SC=AAGACACCTCGCTCTACCCCC;SOR=1.013;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=96;TCR=59;TR=154;WE=9935534;WS=9935516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chrX	9935844	rs5934731	C	T	3656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=58;PP=1868;SC=TCCAGAACTACGATGCCGTCA;SOR=0.917;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=56;TCR=58;TR=114;WE=9935852;WS=9935834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chrX	10085674	rs6530368	T	C	2607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chrX	10090942	rs55888301	T	G	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=154;SC=GGTGATTGGGTTTTAGAAAGA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=10090950;WS=10090932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	10155383	rs2073939	G	A	202.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=163;SC=TAGAAAGCTCGTCGTACCGTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=10155391;WS=10155374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	10491233	.	CA	C	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.482;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-1.735;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chrX	11157535	rs1009758	G	C	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=27;PP=970;SC=GCGTGTCGCTGTCCAGCTCTG;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=11157543;WS=11157525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	11157741	rs12395429	C	A	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	11174565	rs5934967	C	G	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=0;PP=147;SC=CCTGCATGTACTTATGTAAAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=11174573;WS=11174555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	11174799	rs720062	C	A	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	11200260	rs7060317	G	C	4299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chrX	11207252	rs2072125	G	C	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=321;SC=TGACATTTGTGTTAATCAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=11207260;WS=11207242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	11272836	.	CAAA	C	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chrX	11313027	rs946252	T	C	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=36;PP=1207;SC=AAAAATCTGCTCATAGTTGGT;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=70;WE=11313035;WS=11313017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chrX	11316742	rs2106416	C	T	5040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=65;PP=2890;SC=CCCAACAGCACCCCCCGACTC;SOR=1.109;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=98;TCR=65;TR=163;WE=11316750;WS=11316732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chrX	11336936	rs5935005	G	A	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=2;PP=50;SC=TGTTGATCCAGTCCCCAAAGC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=11336944;WS=11336926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	11786839	rs2525868	T	C	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=15;PP=432;SC=ATGGTTCCTTTATTTGTGATT;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=11786847;WS=11786829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	12516777	.	C	CT	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=-0.992;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chrX	12722616	rs4469660	C	G	2899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chrX	12809661	rs1731469	G	A	4200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=64;PP=2099;SC=ATCAGGACCTGTCCCAGCGCG;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=76;TCR=66;TR=139;WE=12809669;WS=12809651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chrX	12837558	rs5935399	C	T	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=141;SC=GCTACATTCCCAAAATACAAC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=12837566;WS=12837548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	12838934	rs917580	A	G	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=35;PP=1178;SC=TACTGTCTATACACCAAAGGC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=70;WE=12838942;WS=12838924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chrX	12939928	rs2109135	T	C	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chrX	12994867	rs138495959	CT	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=6.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=1.448;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chrX	13056654	rs4830483	T	C	140.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=26;SC=GTGATTAAAATTGGGTAAATT;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=13056662;WS=13056644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	13397003	rs112432165	C	T	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=11;PP=403;SC=TTGCGACACACCGGAGACCAG;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=13397011;WS=13396993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	13613061	rs17256423	C	T	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=22;NR=17;PP=599;SC=AGTAAGGTAGCCCAGGGTCAT;SOR=0.866;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=13613069;WS=13613051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	13734539	rs2285633	T	C	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=5;PP=368;SC=GAAACTTACATTTTCACCTGA;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=13734547;WS=13734529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	13734919	rs35084098	C	CTTTG	313.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=266;SC=TGCTTTTATACTTTGTTATTG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=13734927;WS=13734909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	13758375	rs2238908	G	A	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=48;PP=1612;SC=CGTCCAGTGTGACTCTCTGTG;SOR=1.028;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=92;WE=13758383;WS=13758365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chrX	13769593	rs3214141	GA	G	165.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.57;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	13771576	rs3815049	A	G	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	13775752	rs36052228	AT	A	34.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.921;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chrX	13779409	rs112117780	A	AT	281.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=143;ReadPosRankSum=-1.533;SC=TTTTACTGGGATTTTTTTTTT;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=10;WE=13779417;WS=13779399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chrX	13803960	rs5978663	C	T	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	13835096	rs3747420	T	C	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=479;SC=TCCTTTTCTTTTGGACTCCCC;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=13835104;WS=13835086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	14599230	rs2074210	A	G	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=235;SC=AATCAGGGAGAAGAATGAGAG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=14599238;WS=14599220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	14599572	rs2074211	A	G	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	14625399	.	C	CTT	486.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.624;QD=18.03;ReadPosRankSum=-0.029;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chrX	14708781	.	TTCTC	T	56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=20;MQ=57.46;NF=0;NR=3;PP=56;QD=21.0;SC=TAGTCTTTCTTTCTCTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=3;WE=14708792;WS=14708771;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chrX	14708813	.	GTC	G	38	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=57.66;NF=0;NR=3;PP=38;QD=15.6666666667;SC=GTGTGTGTGTGTCTCTCTCTC;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=3;WE=14708822;WS=14708803;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,3:0.20:15
chrX	14877404	rs41309679	C	T	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chrX	15262813	rs112382242	T	TG	843.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.68;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	15262814	rs28628283	T	A	852.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.08;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	15266819	rs1139868	C	T	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=11;PP=621;SC=TACTAGAGCCCCAAGGGATGT;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=36;WE=15266827;WS=15266809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	15301533	rs5935925	G	A	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=13;PP=793;SC=AAAGATACTAGGAGTCTAAGC;SOR=1.203;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=41;WE=15301541;WS=15301523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	15308163	rs6628942	A	T	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	15333842	rs4830529	T	A	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=103;SC=GTTACCGAGATCTCTGTAGGT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=15333850;WS=15333832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	15408419	rs2317326	T	C	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=13;PP=309;SC=GGCTTATTTTTGAAGATCAAA;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=15408427;WS=15408409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	15408516	rs3833896	C	CA	113	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=106;SC=TTCTGTGCAACACTCAATATA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=15408524;WS=15408506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	15415583	rs8094	C	T	4328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=88;NR=54;PP=2283;SC=TGTTCTCCACCTGGACACTGT;SOR=0.918;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=88;TCR=54;TR=142;WE=15415591;WS=15415573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chrX	15415780	rs3829989	C	T	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=16;PP=423;SC=CTTAGTAATTCCCTTGAATCT;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=15415788;WS=15415770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	15498034	rs5935986	T	C	189.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=110;SC=GCAAGCCTCATTGAAAACTAC;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=15498042;WS=15498024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chrX	15552573	rs34879154	G	GA	509.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=383;SC=ATGAAAGTAGGAAAAAATCCT;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=15552581;WS=15552554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chrX	17092152	rs1346246	G	T	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=8;PP=656;SC=ACATTTACCTGTTGATGTGTT;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=17092160;WS=17092142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chrX	18779721	rs2269584	A	G	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=15;PP=530;SC=CTAAATATTAACATTTTTCTT;SOR=0.954;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=18779729;WS=18779711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	18800531	.	CTT	C	175.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=-0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.99;ReadPosRankSum=-0.447;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
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chrX	18844012	rs2273247	G	A	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=11;PP=349;SC=TGTATGTTGGGGATACAAAAT;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=18844020;WS=18844002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	18929128	rs11291764	CT	C	261.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.750;HP=13;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=236;ReadPosRankSum=2.368;SC=AAGAACAACACTTTTTTTTTT;SOR=1.359;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=17;WE=18929136;WS=18929118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chrX	19024426	rs368756788	TA	T	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-1.994;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chrX	19041592	rs5909263	C	T	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	19363863	rs71737866	TC	T	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.319;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
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chrX	19478294	rs5909118	T	A	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=24;PP=667;SC=AAACACAAAATCCTCCAGTCA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=19478302;WS=19478284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chrX	20253004	.	CA	C	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-1.477;SOR=0.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chrX	20284862	rs11276983	GGCGGCA	G	1270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.77;QD=39.71;SOR=3.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	21861434	rs3213451	A	G	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=39;PP=1283;SC=TGCTTTACCAATGGTATTCTT;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=77;WE=21861442;WS=21861424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chrX	21874560	rs730678	C	T	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=7;PP=384;SC=CGTTCTTTTTCCCACGGTCTT;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=21874568;WS=21874550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	21875821	rs11339991	TA	T	120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=126;SC=CTAAGAGTTTTAAAAAAAAAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=21875829;WS=21875811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chrX	21990455	rs7051872	G	C	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=6;PP=567;SC=AGGGATAGTTGGTATGGGAGA;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=21990463;WS=21990445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	22002711	rs2239674	A	G	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=531;SC=CTGCCACTCAATGAGTGAACT;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=22002719;WS=22002701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	22025268	rs140761412	C	A	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=205;SC=ACACAGATTTCTCTTACAGTT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=22025276;WS=22025258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	22244528	rs68100043	ATT	AT,A	492.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.4988,0.5012;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.622;NF=7,7;NR=9,9;PP=16,203;ReadPosRankSum=0.628;SC=ACACGCATTCATTTTTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=16,16;WE=22244537;WS=22244518;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.91:33
chrX	23682877	rs477914	T	C	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=14;PP=458;SC=GCTGGCATCATCTTTTTCATC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=23682885;WS=23682867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	23682929	rs478051	G	A	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.98;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	23682976	rs476316	A	G	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=54;SC=GGAAAGGGGAAATTTTCTATC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=23682984;WS=23682966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	23685964	rs496067	T	C	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=35;PP=1194;SC=GGAGGGGAGATTCCGGAGACA;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=67;WE=23685972;WS=23685954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chrX	23689636	rs513572	AT	TC	3756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=32;PP=2532;SC=CATGTATTTTATTTTCTTAGT;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=76;WE=23689645;WS=23689626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chrX	23697485	rs795493	G	A	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=6;PP=196;SC=TTATGAAATAGAAGAACAAAT;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=23697493;WS=23697475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	23700473	rs552105	G	A	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.48;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	23700693	rs795489	A	G	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=21;PP=544;SC=AGATAGCATAATTAGTTAGGT;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=23700701;WS=23700683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	23701662	rs2665364	G	A	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=50;SC=TCATGTGCTCGGTGGTCTGGA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=23701670;WS=23701652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	23723554	rs580192	C	T	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=18;PP=1095;SC=CAGACTGGTCCGAAATGTTTC;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=62;WE=23723562;WS=23723544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chrX	23724663	rs473128	G	A	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.51;QD=22.86;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	23724984	rs546321	C	A	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	23761122	rs3764883	A	C	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	23801593	rs3764885	A	G	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=5;PP=171;SC=CGTTTCCCAGAGTGGGGTGAT;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=23801601;WS=23801583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	23801702	rs3764884	G	C	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.13;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	23858452	rs8680	G	A	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=6;PP=310;SC=GCAGAGCATGGAGTTTTCTAC;SOR=1.230;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=23858460;WS=23858442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	23928489	rs2707164	C	T	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	23934202	rs2520230	A	G	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=146;SC=TTCATTACCAATTCTTTACAT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=23934210;WS=23934192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chrX	27479339	rs12842916	A	G	3593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=55;PP=2235;SC=TGGCATAACTACTTCTCCTGC;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=60;TCR=56;TR=115;WE=27479347;WS=27479329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chrX	27765399	.	A	AGAGGAGGAG	349.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=43.72;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chrX	29417510	rs4829347	C	A	237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=163;SC=GATATTTTTACTCTCTAAAGA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=29417518;WS=29417500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	30236878	rs2529541	G	A	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=42;NR=30;PP=1205;SC=CATTCCCCAGGAGCCTCAGAG;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=72;WE=30236886;WS=30236868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chrX	30254361	rs2071308	G	A	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=19;PP=770;SC=GTGCAGTCTCGCACAGACCCT;SOR=0.853;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=46;WE=30254369;WS=30254351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chrX	30254376	rs2071309	T	C	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chrX	30254530	rs2071310	A	G	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=15;PP=589;SC=TGGAGGTGGTATTTGGTGTTG;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=38;WE=30254538;WS=30254520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	30261002	rs2071311	A	G	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;SC=AAGATCTGGTACAGGAAAAAT;SOR=1.199;Source=Platypus;TCF=32;WE=30261010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	30261158	rs2856733	G	C	3893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=54;PP=2152;SC=ACTTCCCACTGCTTTATGAAG;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=71;TCR=54;TR=125;WE=30261166;WS=30261148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chrX	30323948	rs3788890	T	G	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=7;PP=214;SC=TTAATGATGATTGCAATCATT;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=30323956;WS=30323938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	30327367	rs6150	G	A	9242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chrX	30577846	rs887369	A	C	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=42;PP=1726;SC=ACTCATTCAGAACTGCATTAG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=62;TCR=43;TR=104;WE=30577854;WS=30577836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chrX	30671896	rs12854653	G	C	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=17;PP=521;SC=GGATGCCCCAGCCAGGCCTGG;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=30671904;WS=30671886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	30695941	.	C	CAA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=1.006;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chrX	30872602	rs5927629	A	G	2816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chrX	30877477	.	CCA	C,CCACA	197	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=22;MMLQ=21;MQ=61.94;NF=2,2;NR=2,2;PP=36,197;QD=9.75;SC=AAATCCTGCTCCACACACACA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4,4;WE=30877486;WS=30877472;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.80:5
chrX	31089930	rs438870	C	T	5470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=100;NR=76;PP=2670;SC=TCTCCAGGGCCACGTCGTCCC;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=100;TCR=76;TR=176;WE=31089938;WS=31089920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chrX	31132797	rs10536600	CGG	C	416.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=1;PP=110;SC=TCTGACAGTTCGGGGGGGGGG;SOR=2.494;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=31132814;WS=31132787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	31132806	rs1269041	G	T	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.71;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	31200832	rs3833412	A	AT	1281.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.635;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=18.05;ReadPosRankSum=1.304;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,65:0.92:71
chrX	31224684	rs2293668	A	G	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=29;PP=1310;SC=TACAGCATTAATATACACGAC;SOR=0.979;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=76;WE=31224692;WS=31224674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chrX	31224881	rs2293667	G	A	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=24;PP=665;SC=GAAAAATAAAGGAGTAAAGTG;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=31224889;WS=31224871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	31496350	rs1800280	C	T	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chrX	31697636	rs1801188	A	G	4263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chrX	31837916	rs17341004	A	G	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=25;SC=AACACTTTGAATCAGAGTCAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=31837924;WS=31837908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	31854782	rs1379871	G	C	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=50;NR=28;PP=1012;SC=GTACAACAGGGGAAGCATAAC;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=78;WE=31854790;WS=31854772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
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chrX	32053662	rs2222852	G	C	2573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
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chrX	32472763	rs5902031	CT	CTT,C	191.82	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.4880,0.5120;FS=2.694;HP=18;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10,10;NR=3,3;PP=8,135;ReadPosRankSum=1.583;SC=CTTAGTTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=2.147;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=13,13;WE=32472771;WS=32472753;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.74:19
chrX	32503194	rs228406	T	C	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=38;PP=1303;SC=AGGTTGAAGATCTGATAGCCG;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=77;WE=32503202;WS=32503184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chrX	32659525	rs372085973	GTATA	G	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9936;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=0;PP=50;SC=TATTTTATACGTATATATATA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=32659536;WS=32659515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	35820265	rs5928990	C	T	3639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chrX	35820425	rs1410961	C	T	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chrX	35820696	rs1410962	G	A	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=21;PP=820;SC=CTGCACAAGTGTCAGATGAAA;SOR=0.754;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=54;WE=35820704;WS=35820686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chrX	35820795	rs5973488	A	G	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=40;NR=26;PP=1014;SC=GCTTCTGAGCACCTAGAGATG;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=66;WE=35820803;WS=35820785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chrX	35821055	rs4829390	AT	GA	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=16;PP=1803;SC=AGAGCCCAGAATGCTCATCAC;SOR=0.994;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=40;WE=35821064;WS=35821045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	35821127	rs4829392	C	T	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chrX	35821302	rs4829393	C	G	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.89;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chrX	35821308	rs4829394	C	T	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.91;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	37655143	rs368345014	ATG	A	125.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=1;PP=171;SC=GCTTGCGCACATGTGTGTGTG;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=37655152;WS=37655142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	37700014	rs5918401	C	A	147.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	37850263	rs17146924	C	T	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=32;PP=1023;SC=TTACCTTGCTCGATTGCCTTG;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=64;WE=37850271;WS=37850253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chrX	37883167	rs145326096	AAAGT	A	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=68;SC=GGTTGGTGTAAAAGTAATTGC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=37883178;WS=37883157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	37883303	rs34578085	G	GA	316.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=80;SC=AAGTTCTGTAGAAAAAAAAAT;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=37883311;WS=37883293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	37953803	rs182236634	T	C	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=108;SC=CTTTGACCTATGGTGGTAGGC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=37953811;WS=37953793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	38080703	rs7877137	G	T	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=29;PP=994;SC=CCATACTACAGATTTTTTGTT;SOR=0.840;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=60;WE=38080711;WS=38080693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chrX	38132628	rs4084271	A	G	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=2;PP=137;SC=AAGACAATTCATTTCACTTAC;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=38132636;WS=38132618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	38160695	rs41311843	C	T	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	38169777	rs35587043	T	TA	1308.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.045;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.337;NF=11;NR=17;PP=790;ReadPosRankSum=-0.528;SC=CTTACCACAATAAAAAAATGA;SOR=1.371;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=28;WE=38169799;WS=38169767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,55:0.93:59
chrX	38177967	rs3810691	T	C	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	38515168	rs5917614	G	T	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=5;PP=266;SC=AAGCCAAATAGGTTCAACATA;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=38515176;WS=38515158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	38535174	rs4826996	A	G	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=24;PP=622;SC=GGGCTTTTTTATTTCCATGAA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=38535182;WS=38535164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	39933339	rs5917933	A	G	5454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=79;PP=2926;SC=GTGAGCTGCCATCTTTTCTGT;SOR=0.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=95;TCR=79;TR=174;WE=39933347;WS=39933329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chrX	40506697	rs6610447	A	G	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chrX	40551599	rs61364519	TAA	T	784.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=20.12;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,32:0.82:39
chrX	40552243	rs7052408	T	C	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.98;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	40556492	rs5918029	C	G	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=6;NR=8;PP=183;SC=TTATCTGTGCCCTATCGATTT;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=40556500;WS=40556482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	40571413	rs4827226	T	C	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=17;PP=1012;SC=CTTACAAATATATGTCTCAAA;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=40571421;WS=40571403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	40573157	rs6520683	G	A	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.96;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chrX	45011340	rs4824527	T	C	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=19;PP=515;SC=CGGTGGCTCATGCCTGTAATC;SOR=0.954;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=45011348;WS=45011330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chrX	45051111	rs1132201	C	T	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chrX	46356713	.	GT	G	65	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=60.6;NF=0;NR=3;PP=65;QD=36.0;SC=TCTATCCCAAGTCCCTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=46356721;WS=46356703;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
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chrX	46388442	rs2003665	G	A	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=552;SC=TGCCCTTTGAGGTCCTTTACA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=46388450;WS=46388432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	46388458	rs5906232	T	G	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=19;PP=536;SC=TTACATGTACTAAAGATTTCA;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=46388466;WS=46388448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	46466775	rs1883255	G	A	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=3;PP=46;SC=AGCCTCTAGCGTGGTAACTGG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=46466783;WS=46466765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	46472666	rs6611276	C	T	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=47;SC=CTTCTTCCTACGTAAGACACT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=46472674;WS=46472656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	46472826	rs3208940	G	A	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chrX	46480537	.	G	T	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=11;PP=406;SC=GTACAAAAGGGATCTCAAAGA;SOR=0.997;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=46480545;WS=46480527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	46618321	rs1056846	C	G	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chrX	46737138	rs58164919	G	GGTGTGT,GGTGT	177.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=61.19;NF=0,0;NR=6,6;PP=127,37;SC=GAATTTTTGGGGTGTGTGTGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6,6;WE=46737146;WS=46737128;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.86:7
chrX	46893249	rs5906311	G	A	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=103;SC=GTTCCCCACAGCATTCAGACT;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=46893257;WS=46893239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	46944155	rs6611328	A	C	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=8;PP=266;SC=GAGTTCGATAACTGCCTGGGC;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=46944163;WS=46944145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	46949403	rs6611330	C	T	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=28;PP=767;SC=ATGTATTTTTCATTATTTGTC;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=46949411;WS=46949393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chrX	46951004	rs5906327	G	T	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=0;PP=35;SC=GAGAGCTCTCGGTTTGATTCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=46951012;WS=46950994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	46952219	rs4480242	A	G	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=2;PP=122;SC=GTATATTACTACAAATCATAA;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=46952227;WS=46952209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	47057647	rs4468050	A	G	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=13;PP=518;SC=TCCCGCCGCCATCCCTGGGAT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=47057655;WS=47057637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	47061018	rs4239964	C	G	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=34;PP=1059;SC=GGGTGAGCTGCGACCATGGGG;SOR=1.355;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=55;WE=47061026;WS=47061008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chrX	47086347	rs6417923	G	A	3065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=48;PP=1788;SC=GGAGACACACGGGGAGGACCT;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=103;WE=47086355;WS=47086337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chrX	47087812	rs41305231	G	T	279.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=171;SC=TTCCCTGGTTGTAGCTGGTTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=47087820;WS=47087802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	47104943	.	CT	C	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=7.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.837;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chrX	47107350	.	GA	G	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.285;QD=3.66;ReadPosRankSum=0.126;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chrX	47229909	rs3810666	G	A	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=17;PP=614;SC=ACATTGTGGCGTGAATGTGGG;SOR=1.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=47229917;WS=47229899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	47229935	rs3810665	T	C	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=25;PP=772;SC=ACTGATGATATGGATACTGTC;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=59;WE=47229943;WS=47229925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chrX	47230204	rs6608713	T	C	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=6;PP=144;SC=TTAGTTAAATTTATATTTTGA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=47230212;WS=47230194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	47269516	rs6608717	A	G	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=8;PP=464;SC=GAGCTGTTCCAGGTACCCCCC;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=29;WE=47269524;WS=47269506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	47306735	.	C	T	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=8;PP=514;SC=ATACCCATTTCCCCCTGTACA;SOR=1.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=28;WE=47306743;WS=47306725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	47430165	rs2858769	C	T	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chrX	47430457	rs2854412	A	T	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=39;PP=1152;SC=TGACTCTGGGATAGAGGAAGA;SOR=2.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=55;WE=47430465;WS=47430447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	47430509	.	A	AGTGT	349.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=4;PP=318;SC=TCAGAGGTATAGTGTGTGTGT;SOR=1.179;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=7;WE=47430517;WS=47430499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	47430614	.	GT	G	2246.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.81;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	47430616	.	GTGTGTGT	G,GGT	2031.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=39.07;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,20,32:0.38,0.62:52
chrX	47430623	.	T	G	885.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.37;ReadPosRankSum=0.946;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chrX	47430625	.	T	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.407;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chrX	47443111	rs55696512	G	A	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=25;PP=710;SC=GCCCACCACAGGATCTGCATG;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=47443119;WS=47443101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	47444879	rs5953060	G	C	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=39;PP=1489;SC=CGGGCCTTTGGCAGCTTGGCA;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=79;WE=47444887;WS=47444869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chrX	47444985	rs4898	T	C	3666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chrX	47445286	rs6609533	A	G	5341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=100;PP=2965;SC=CCGTGTGATCACCTGTCCCTC;SOR=0.933;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=189;TCF=88;TCR=101;TR=187;WE=47445294;WS=47445276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chrX	47466361	rs1142636	A	G	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=7;PP=700;SC=CCTTCACCCCATTCCGAAGAA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=38;WE=47466369;WS=47466351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	47487912	rs11436787	T	TG	3845.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=31;PP=2072;SC=ATTGGAAGGCTGCATGGCCAA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=41;WE=47487920;WS=47487902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chrX	47519465	.	G	GT	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.03;ReadPosRankSum=-0.008;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,13:0.20:65
chrX	47658046	rs723119	C	T	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chrX	47662972	rs909713	T	G	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=26;PP=1258;SC=TCACTGCAAGTAATCAACACC;SOR=0.980;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=66;WE=47662980;WS=47662962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chrX	47663200	rs1207505	G	A	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.81;QD=26.71;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chrX	47695547	rs1207491	T	C	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.87;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	47695742	rs35084954	CT	C	4407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.374;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.206;NF=25;PP=2951;ReadPosRankSum=-0.696;SC=TCCTCCTCCCCTTGTGGTATG;SOR=0.791;Source=Platypus;TCF=25;WE=47695750;WS=47695725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,126:0.98:129
chrX	47755164	rs3949810	C	A	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=167;SC=CTCAGTTCCCCATGAAATGTG;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=47755172;WS=47755154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	47757758	rs5906510	T	G	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	47918205	rs501128	G	A	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	47919623	.	TAC	T	192	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=192;QD=48.75;SC=GAAAATCAAATACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=47919632;WS=47919613;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,4:0.50:8
chrX	47920356	rs727079	A	G	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chrX	47927449	rs2152823	G	A	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	47927554	.	A	AGAAG	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	48049666	rs5906557	C	T	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=38;PP=1079;SC=GCACTCCCTTCGAATCATTTC;SOR=1.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=48049674;WS=48049656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chrX	48053521	rs4239967	T	C	3490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=73;NR=49;PP=2183;SC=TGAAAAGCAGTTGCGCTTGAG;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=73;TCR=49;TR=122;WE=48053529;WS=48053511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
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chrX	48116786	rs7886344	C	G	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.37;QD=26.95;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chrX	48123139	rs56131009	G	A	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=479;SC=GGTAATGCATGTGAAGACGCT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=48123147;WS=48123136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	48158947	rs41310647	T	C	2635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=22;PP=1620;SC=TGGAGCTGGGTGAGCTCCTCA;SOR=1.994;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=63;TCR=22;TR=85;WE=48158955;WS=48158937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chrX	48163105	rs4598385	A	G	7407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=110;NR=137;PP=2965;SC=CCTGTATTACACATGAAAGGT;SOR=1.001;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=247;TCF=110;TCR=137;TR=247;WE=48163113;WS=48163095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chrX	48163717	rs3901052	C	T	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.58;QD=26.52;SOR=1.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chrX	48163886	rs3885827	G	A	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=39;PP=1300;SC=ATGATATTCCGTCCTGGTTGA;SOR=1.211;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=67;WE=48163894;WS=48163876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chrX	48164138	rs5906631	A	G	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=14;PP=881;SC=CAGTATCTCTATCCTCCCCTC;SOR=1.414;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=48164146;WS=48164129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	48382174	rs3048	G	T	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	48418126	rs2293948	A	G	2664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=23;PP=1670;SC=CAGCGAGCGAACCCTGAGGAC;SOR=1.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=77;WE=48418134;WS=48418116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chrX	48418659	rs235836	G	A	3814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=57;PP=2073;SC=AGTGGCAGACGCTGGTTTTGG;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=67;TCR=57;TR=124;WE=48418667;WS=48418649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chrX	48432791	rs2661105	T	C	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=3;PP=373;SC=ACCACTCCGCTCCTGCTGGCC;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=48432799;WS=48432781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	48435402	rs926152	T	C	3675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.95;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	48435405	rs926153	C	T	3747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.08;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chrX	48435928	rs235829	C	T	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=16;PP=540;SC=GGAGCTGCACCGAAGCATCTT;SOR=0.902;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=48435936;WS=48435918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	48459102	rs57467079	C	G	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=40;PP=1216;SC=GGAGGGACAGCCAGGGGGGGC;SOR=2.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=51;WE=48459110;WS=48459092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	48460314	rs235842	A	G	4303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=51;PP=1978;SC=GGTGATGACCATGGCAGTGTC;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=84;TCR=51;TR=135;WE=48460322;WS=48460304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chrX	48460625	rs235841	G	C	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=41;PP=1002;SC=TCCTGGAGACGGAGGACCTGC;SOR=1.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=68;WE=48460633;WS=48460615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chrX	48544650	rs235423	A	G	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=292;SC=ATGGACGAGCAGGTGCATGGA;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=48544658;WS=48544640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	48649426	rs139472040	A	AG	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.04;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	48649449	rs62600348	T	G	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=2.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	48649456	rs66717003	T	G	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.47;SOR=2.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	48661515	.	C	CT	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=4.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=0.719;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,15:0.20:75
chrX	48675926	rs5906712	C	G	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=112;SC=GATGCTCCCCCCAGCCCATTG;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=48675934;WS=48675916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	48690416	rs6520383	G	T	222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=79;SC=GCTGGGCTGCGAGGGCGGCAG;SOR=1.085;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=48690424;WS=48690406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	48694053	.	T	C	56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=52.16;NF=0;NR=3;PP=56;QD=30.2570708491;SC=AGGCCCCCCCTCCCCGCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=48694061;WS=48694043;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	48751471	rs1128363	A	G	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chrX	48755078	rs3027519	A	T	6997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=121;NR=118;PP=2965;SC=CCCAGCGTAGACGCACACCGG;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=121;TCR=118;TR=239;WE=48755086;WS=48755068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chrX	48759204	rs741932	C	T	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chrX	48760793	rs2239453	C	T	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=54;PP=1566;SC=GCTAGGCTGGCAGGCGGGTTT;SOR=1.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=89;WE=48760801;WS=48760783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chrX	48768695	rs370341804	GCA	G	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.810;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,13:0.20:64
chrX	48830606	rs3027479	T	C	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=4;PP=206;SC=TGCAGGTCTTTAGCTGGTTTC;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=48830614;WS=48830596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	48838151	rs3027476	C	T	4381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chrX	48844368	rs71775563	GACAC	G	122.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.56;ReadPosRankSum=1.282;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chrX	48858802	rs28727466	G	A	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=21;PP=529;SC=AAACCGACGAGTCAGGTGAAC;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=48858810;WS=48858792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	48898183	rs7056903	C	G	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=8;PP=201;SC=AGACAGAGAGCGGGGGAGAAC;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=48898191;WS=48898173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chrX	49022293	rs75416104	C	G	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.28;SOR=2.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	49022293	.	CAA	GAG	1106	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=29;MQ=60.0;NF=21;NR=5;PP=1106;QD=44.5949182639;SC=GAACGCCTGTCAAGGGAGATT;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=26;WE=49022319;WS=49022266;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,26:0.70:37
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chrX	49022309	rs73634213	C	A	2675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.87;SOR=1.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chrX	49022309	.	CAA	AAG	890	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=38;NR=15;PP=890;QD=17.8012806578;SC=AGATTTCTCTCAAGGTCAGGG;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=53;WE=49022319;WS=49022266;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,53:0.93:57
chrX	49022311	rs7880193	A	G	2675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.16;SOR=1.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chrX	49022700	rs4824462	T	C	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=13;PP=374;SC=GGCAGCGCAGTTCGCTCAGGA;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=49022708;WS=49022690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	49032208	rs12557970	G	A	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chrX	49056498	rs111279175	G	C	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=10;PP=520;SC=GCCGGGGACCGGGTCTCCGCT;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=49056506;WS=49056488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	49069366	rs2071316	C	T	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=7;PP=545;SC=TAGGGTAATCCGGAGGGATGG;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=49069374;WS=49069356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	49070813	rs2071317	G	A	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=7;PP=135;SC=CTGGGCTGAGGCGAGTCTGGG;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=49070821;WS=49070803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	49071964	rs2075866	A	G	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chrX	49077583	rs2869212	G	A	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=16;PP=521;SC=GGGCTAAGGGGGATCACTACA;SOR=1.547;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=49077591;WS=49077573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	49081291	rs2235127	G	A	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=37;PP=1644;SC=GCTGCATGGCGCCCACCTCCA;SOR=0.903;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=98;WE=49081299;WS=49081281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chrX	49084492	rs6609854	C	T	4028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=46;PP=2184;SC=TGTCTAGGTCCCTCACCCACT;SOR=1.027;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=83;TCR=46;TR=129;WE=49084500;WS=49084482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chrX	49087487	rs5905724	G	A	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.18;QD=26.20;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	49093528	rs2294016	T	C	4125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chrX	49098631	rs2294018	A	G	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chrX	49103097	rs2294019	T	A	188.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=0;PP=64;SC=GTGACTTGTCTGTATACTCTT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=49103105;WS=49103087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	49103224	rs2294020	G	A	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=9;PP=837;SC=AGCGGCTGCAGAAGCAACTGA;SOR=2.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=42;WE=49103232;WS=49103214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	49126656	rs111505885	C	T	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	49458624	.	GAC	G	81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=81;QD=42.0;SC=CAATGCATGAGACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=2;WE=49458633;WS=49458614;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chrX	49767832	rs456615	A	G	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.24;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	49767835	rs456617	A	G	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.46;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	49767904	rs149259	A	G	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=8;PP=230;SC=AAGGGAGGTAAACCCTCTCTT;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=49767912;WS=49767894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	50056814	rs5915179	A	G	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=10;PP=624;SC=TTGAACTATAAGAAGAGTTTA;SOR=1.552;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=35;WE=50056822;WS=50056804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	50118957	rs4074321	C	T	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=7;PP=703;SC=GGCTCCACTTCTTTCCCTTTC;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=50118965;WS=50118947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	50119085	rs4074320	C	T	3559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chrX	50120032	rs4590578	G	A	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=118;SC=ACAGTGGGTAGAGGGGAAGGA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=50120040;WS=50120022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	50121146	rs11415594	A	AG	1103.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=13;PP=688;SC=AATTTTGATAAGCCTGGTCTC;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=50121154;WS=50121136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chrX	50122509	rs4275357	A	C	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=5;PP=520;SC=AGGTTCTCGGACCACCTCCTC;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=50122517;WS=50122499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chrX	50130717	rs67155896	T	C	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=1.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chrX	50134383	rs1934192	G	A	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=8;PP=637;SC=GAGATGATGTGAGTGATGTGG;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=50134391;WS=50134373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	50135327	rs17328222	C	A	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=11;PP=889;SC=ACTGAGTCATCCAGGGACTTA;SOR=1.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=51;WE=50135335;WS=50135317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
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chrX	50146570	rs4143304	C	T	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chrX	50341675	rs2295543	G	C	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=11;PP=282;SC=GGAAACTTGGGCAAGTCATGA;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=50341683;WS=50341665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	50653775	rs3810682	C	G	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chrX	50654091	rs41308602	A	G	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chrX	51076018	rs12846945	C	T	2406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=37;PP=1389;SC=GAGAGGTGTACGAAGAGGCGG;SOR=0.832;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=79;WE=51076026;WS=51076008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chrX	51150441	rs17854399	G	T	4983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=100;NR=54;PP=2604;SC=GGGCTTCTACGTCGAGTCAGG;SOR=1.083;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=100;TCR=54;TR=154;WE=51150449;WS=51150431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chrX	51239295	.	ATCCTCGAGGCAGCC	A	3446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=-0.616;NF=12;NR=50;PP=1715;ReadPosRankSum=0.291;SC=TTTGCACTTCATCCTCGAGGC;SOR=0.840;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=72;TCF=13;TCR=59;TR=62;WE=51239316;WS=51239283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,129:0.98:131
chrX	51637471	rs12837412	C	T	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chrX	51637551	rs12835969	G	A	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NF=14;SC=ACCCTATTTAGTGACTAGACT;SOR=1.493;Source=Platypus;TCF=14;WE=51637559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chrX	51637705	.	AT	A	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.43;ReadPosRankSum=-0.846;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,16:0.22:72
chrX	51641607	rs35559927	C	T	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=331;SC=TCATCTCTGACCTCTGTTCTG;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=51641615;WS=51641597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	51645065	rs35860208	G	C	243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=150;SC=TGGGCAGTTAGGGTCTCTGGG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=51645073;WS=51645055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	52825471	rs2806837	A	G	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chrX	52891492	rs114794367	T	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=91;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=133;ReadPosRankSum=1.443;SC=CCACCACACCTGGCCACCATT;SOR=0.593;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=11;WE=52891500;WS=52891482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chrX	52891512	rs78471253	AC	TT	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.82;ReadPosRankSum=-1.409;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
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chrX	52891542	rs78672295	A	G	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=5;HapScore=2;MGOF=64;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=274;ReadPosRankSum=0.534;SC=ATGAACAAAAAATGTGCAAGA;SOR=1.058;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=15;WE=52891550;WS=52891532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chrX	52891565	rs79831867	A	G	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=249;ReadPosRankSum=1.084;SC=TCTTTGGAGAAAGCTGCAAAA;SOR=0.722;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=16;WE=52891573;WS=52891555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
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chrX	52891619	.	GT	G	826.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.421;HP=4;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=452;ReadPosRankSum=-0.197;SC=GATAAAAACAGTTTTGTGTTG;SOR=0.368;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=16;WE=52891627;WS=52891609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,24:0.33:72
chrX	52891645	rs75808475	A	G	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=-1.340;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,30:0.36:84
chrX	52891653	rs73206488	C	T	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.28;ReadPosRankSum=-1.202;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,32:0.35:92
chrX	52891732	rs201414570	G	A	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.22;ReadPosRankSum=1.682;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,32:0.37:87
chrX	52891736	rs75971120	G	T	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.37;ReadPosRankSum=1.485;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,32:0.37:86
chrX	52891738	rs79449844	CA	TG	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.69;ReadPosRankSum=1.536;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,31:0.37:84
chrX	52891818	rs73488230	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=233;ReadPosRankSum=-1.009;SC=CATTCAGTTAGACCTCTGTAG;SOR=0.418;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=9;WE=52891840;WS=52891808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chrX	52891832	rs66491662	CT	C	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=219;ReadPosRankSum=-1.631;SC=TCTGTAGAGACTTTGAAGATA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=4;WE=52891840;WS=52891808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chrX	52895579	.	GGT	G	852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.65;ReadPosRankSum=-1.020;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chrX	53222043	.	A	AC	280	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;FR=1.0000;HP=8;HapScore=2;MGOF=66;MMLQ=28;MQ=58.68;NF=0;NR=3;PP=280;QD=101.666666667;SC=AGGGATGGCCACCCCCCTACC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=53222051;WS=53222033;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,3:0.43:7
chrX	53225751	rs1536247	A	G	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=8;PP=622;SC=GGGGAGAGTCAATACAGTAAC;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=53225759;WS=53225741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	53228148	rs1977364	C	A	4219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=63;PP=2565;SC=TCCAGAAAGGCCCATGCTCAC;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=78;TCR=64;TR=141;WE=53228156;WS=53228138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chrX	53240649	.	C	G	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=23;PP=952;SC=GCTCACACAGCTGACACGTAA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=57;WE=53240657;WS=53240639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chrX	53265835	rs2296541	T	C	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=7;PP=183;SC=GACCAGCCCTTGTCTCCCCCA;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=53265843;WS=53265825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	53271147	rs2274307	T	G	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=15;PP=414;SC=GCTTCAGGCCTCCTGGCACCT;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=53271155;WS=53271137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	53280421	rs7886988	G	A	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=9;PP=282;SC=AGGGAAGAATGGTGGAAGGTG;SOR=1.426;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=17;WE=53280429;WS=53280411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	53436232	rs1264008	G	T	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=23;PP=1022;SC=GAGTTACTCCGGCTGGTGAGA;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=51;WE=53436240;WS=53436222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	53449336	rs11462431	A	AG	433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=362;SC=GGAACCCGTAAGGTCCGCGAC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=53449344;WS=53449329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	53449568	rs1264011	G	A	3436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=46;PP=1819;SC=CGGCGCCGGCGGCAGTAGGAC;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=61;TCR=46;TR=107;WE=53449576;WS=53449558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chrX	53457622	rs1264013	T	C	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=37;NR=31;PP=1241;SC=AAAGCCAGACTATGAGCTCAG;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=68;WE=53457630;WS=53457612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	53458579	.	CT	C	2161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=26;PP=1222;SC=CTCACCCTTGCTTTCATGATT;SOR=1.270;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=31;WE=53458587;WS=53458569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	53461359	rs1264014	G	C	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=33;PP=973;SC=CCGAGGCGAAGCGGCGGAAGG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=56;WE=53461367;WS=53461349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	53563589	rs426298	A	G	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=10;PP=326;SC=GCAGGAGCCCACCAGCATCCT;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=53563597;WS=53563579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	53601990	rs35473057	A	C	173.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=84;SC=GAGAAAGTTCACTTAGACCAG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=53601998;WS=53601980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	53641647	rs6638360	T	C	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.47;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	53652844	rs198501	G	A	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.51;MQRankSum=0.623;QD=34.32;ReadPosRankSum=1.569;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chrX	53652852	.	T	TGCCGGG	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.692;NF=7;NR=15;PP=1409;ReadPosRankSum=1.396;SC=CCGGGGCCGGTGCCGGGACTG;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=22;WE=53652860;WS=53652834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chrX	53659047	rs6638409	C	T	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	54107692	rs2516098	T	C	4804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chrX	54117740	rs2495797	C	A	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=8;PP=770;SC=GGTACATGAACTCACCTTGAG;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=54117748;WS=54117730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	54161859	rs4826523	C	T	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=2;PP=291;SC=ATATATAGCCCTGACAGTCTA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=54161867;WS=54161849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	54209302	.	G	GGGCGGC	1708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=20;PP=555;SC=GCAGCTGAGGGGGCGGCGGCG;SOR=1.730;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=24;WE=54209313;WS=54209292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	54209387	rs2495783	A	G	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=12;PP=411;SC=ATGGTGCCGAATCGGCCCCGC;SOR=1.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=22;WE=54209395;WS=54209377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	54209518	.	GTGC	G	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=1.138;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,5:0.12:43
chrX	54800637	rs5902529	C	CA	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.873;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chrX	54953647	rs2273138	G	A	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=16;PP=436;SC=AGAGGGATGGGCATCCTGTGT;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=54953655;WS=54953637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	55116466	rs1845444	C	G	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=16;PP=651;SC=GAGTGAGCTTCTAAGAGCAAG;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=55116474;WS=55116456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chrX	55173732	rs11327722	TA	T	4073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=38;PP=2078;SC=GGTCACACAGTAACACTGTCC;SOR=0.711;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=51;WE=55173740;WS=55173722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chrX	55187421	rs5913791	G	A	2646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chrX	55246965	rs5914272	C	T	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	55247030	rs5914273	C	G	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chrX	55651001	rs2375465	T	C	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chrX	55748820	rs1473761	A	G	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=6;PP=143;SC=GAGGTTGGGGAATTTGTTATG;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=55748828;WS=55748810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	55757744	rs5960480	T	G	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=4;PP=200;SC=AGGCTATAAGTAGGAGTGATT;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=55757752;WS=55757734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	56291516	rs1033565	T	G	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=1;PP=231;SC=ATTCCTTCCATGTGAAATGAA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=56291524;WS=56291506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	56295245	rs3747284	T	C	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=16;PP=861;SC=TAATAAGGAATATTTGACAGC;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=56295253;WS=56295235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	56295438	rs59394346	AAC	A	2985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.47;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chrX	56295958	rs200952140	ATG	A	751.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=0;NR=21;PP=962;SC=GTCTTTGTGTATGTGTGTGTG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=21;WE=56295969;WS=56295948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chrX	56296488	rs12862304	G	C	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=355;SC=TTTCTTTTTGGGGGGACCTAG;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=56296496;WS=56296478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	57405163	rs4826543	T	C	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chrX	57474943	rs1821118	A	T	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=6;PP=765;SC=TTGATATATGATATCATTCTG;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=57474951;WS=57474933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	57475132	rs1367830	T	C	4302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chrX	57619648	rs1057328	G	T	3796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=56;PP=2214;SC=ACTTCGAACCGGAGAGGCCTT;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=68;TCR=56;TR=123;WE=57619656;WS=57619638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chrX	63557104	rs41305415	T	C	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=1;PP=215;SC=TTTGTCGCAATCTGTCTCTTA;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=63557112;WS=63557094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	64887865	rs45588031	G	T	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=12;PP=265;SC=GAGGGGACCGGAGTGGGATCC;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=64887873;WS=64887855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	65393658	rs5918591	A	G	3037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=60;PP=1754;SC=AGGTCCCAAGAATAAGCTATG;SOR=1.336;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=103;WE=65393666;WS=65393648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chrX	65420609	rs1264215	A	G	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=7;PP=190;SC=GTGCCTTAGCAGCTGGCCCTA;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=65420617;WS=65420599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	65478922	rs11433175	T	TA	49.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	65486172	rs2054180	C	T	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=14;PP=804;SC=TAAGGACAGGCCTCCTGTCCT;SOR=1.567;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=47;WE=65486180;WS=65486162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	65819223	rs4827499	A	G	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=208;SC=ACTCCTAGTGAATAATACTAT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=65819231;WS=65819213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	65819286	rs11379040	G	GT	792.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=542;SC=TGCTTTTTTTGTTTTTTTCTG;SOR=2.303;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=19;WE=65819294;WS=65819276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	65822607	rs1385698	T	C	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	65824986	rs1385699	C	T	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chrX	66765158	.	TGCAGCA	T	746.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.13;QD=41.49;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	66941597	rs1337076	T	G	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=3;PP=262;SC=TGGCGAGGGATGGCAATCAGA;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=66941605;WS=66941596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	67331930	.	CAG	C	324.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.08;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	67331934	rs5918812	G	C	333.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.09;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	67412906	rs1191948	G	A	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=41;PP=1356;SC=GGTACACTAGGGTCAATTCAG;SOR=1.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=81;WE=67412914;WS=67412896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chrX	67429834	rs57516402	CT	C	482.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.531;QD=11.48;ReadPosRankSum=1.924;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,36:0.86:42
chrX	67431814	rs2225124	A	G	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.12;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	67719085	rs12843249	G	T	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	67938269	rs55927581	G	A	3365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=59;PP=2257;SC=ACATTCAGGCGGGGAACCCAC;SOR=0.820;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=130;TCF=71;TCR=59;TR=125;WE=67938277;WS=67938259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
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chrX	68066095	.	AGT	A	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=84;ReadPosRankSum=0.856;SC=AAAATCCCTGAGTGTGTGTGT;SOR=0.536;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=6;WE=68066106;WS=68066085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
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chrX	69368853	rs650028	T	C	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=6;PP=164;SC=CTGAGGTGGGTGGATCACCTG;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=69368861;WS=69368843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chrX	69510335	rs1199470	C	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=3;PP=193;SC=AGGGAATTCCCGTAAGAGTGG;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=12;WE=69510343;WS=69510325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	69572242	rs1199428	G	A	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=52;SC=TTTTATAAGAGCTACACAATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=69572250;WS=69572235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	69607212	.	CT	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.583;QD=1.44;ReadPosRankSum=0.919;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chrX	69635457	.	C	CAA	53.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chrX	69652762	rs2296542	A	G	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chrX	69749852	rs1536250	AT	GA	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=17;PP=1073;SC=TAGTCTTTCTATAATCCAAGA;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=69749861;WS=69749842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	69774517	rs4844240	A	T	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	69844797	rs1325094	G	A	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=12;PP=356;SC=AATATAATACGTTAAATTACA;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=69844805;WS=69844787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	69898849	.	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.35;MQRankSum=-0.103;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chrX	69960653	.	G	GA	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=0.734;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chrX	69964084	rs5902674	GA	GAA,G	274.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002,0.4998;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=1,1;NR=10,10;PP=197,12;SC=CATTAAAAAGGAAAAAAAATA;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=11,11;WE=69964092;WS=69964074;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.86:14
chrX	70093038	rs5937008	C	T	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=1.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	70146398	rs4360450	A	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=11;PP=351;SC=GGGGAGTGGAACTCTGTGGCT;SOR=0.906;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=70146406;WS=70146388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	70148927	rs5936605	T	A	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=36;PP=1054;SC=AGTCCCTGCCTTTTTCACCTA;SOR=1.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=67;WE=70148935;WS=70148917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chrX	70149360	rs5936606	G	A	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.48;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	70149404	rs5936607	C	T	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chrX	70469182	rs2341539	G	A	2606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.87;SOR=1.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
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chrX	71401614	rs7058353	C	A	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.04;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	71493691	rs7580	C	T	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=37;PP=1743;SC=TGCCAGTCTCCAAATCAATCT;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=61;TCR=38;TR=98;WE=71493699;WS=71493681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chrX	71495344	rs3827426	C	T	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=25;PP=1231;SC=TATTTGGATACCATAGGGCTG;SOR=1.145;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=71;WE=71495352;WS=71495334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chrX	71495388	rs34563981	T	TCTA	6069.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=43;PP=2908;SC=ATTTAAAACTTCTTACCCATG;SOR=0.833;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=62;WE=71495396;WS=71495378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chrX	71495869	rs3747303	A	G	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=389;SC=TTGGAAGTGGAGGACAGCTAG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=71495877;WS=71495859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chrX	71521867	rs3012627	G	C	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=36;NR=47;PP=1536;SC=GTTTCTGCAGGTGCATACTAG;SOR=1.192;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=83;WE=71521875;WS=71521857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chrX	71549512	rs660392	G	C	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chrX	71813191	rs200569284	C	CT	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.42;ReadPosRankSum=-0.538;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chrX	71896110	.	CAT	C	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.4999;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=25;QD=34.0;SC=ACTAATTTGCCATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=1;WE=71896119;WS=71896100;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,1:0.20:5
chrX	71915583	rs138066694	G	A	176.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=141;SC=GGGCTAAGAAGAGCAGGTACA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=71915591;WS=71915573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	71933512	.	TCACACACACA	T,TCA	4362.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=4.206;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.225;QD=35.47;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,30,89:0.24,0.72:123
chrX	73641569	rs6647476	T	C	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chrX	73811695	rs374955178	A	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=11.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-10.752;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.758;SOR=0.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,42:0.24:173
chrX	73811737	rs113198776	T	A	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=-13.890;QD=3.71;ReadPosRankSum=5.267;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,42:0.15:276
chrX	73811739	rs201164156	A	G	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=2.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=-13.917;QD=3.65;ReadPosRankSum=5.145;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,42:0.15:277
chrX	73811755	rs7883332	C	G	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=1.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-14.844;QD=2.67;ReadPosRankSum=3.073;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,42:0.13:323
chrX	73811761	.	G	T	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=0.000;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-15.084;QD=2.52;ReadPosRankSum=1.315;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,42:0.13:333
chrX	73811792	rs201787580	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=4.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=-16.769;QD=1.05;ReadPosRankSum=-4.310;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,32:0.09:368
chrX	73961794	rs41298498	G	T	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=23;PP=1151;SC=CAGAGTCAGAGGATGAGGTGA;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=63;WE=73961802;WS=73961784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	73962790	.	C	T	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=787;ReadPosRankSum=0.414;SC=CAGGGGGCTCCTTACGGGTTA;SOR=0.680;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=198;TCF=107;TCR=91;TR=66;WE=73962798;WS=73962780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,80:0.34:233
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chrX	74332585	rs4148838	G	GT	268.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.93;ReadPosRankSum=1.463;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
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chrX	74375871	rs1039123	G	C	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=7;PP=460;SC=CCCGAGGTCAGGAGGGCAACC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=74375879;WS=74375861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	74376420	rs5981325	C	T	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=19;PP=1042;SC=AACGAATCATCTCTTCGTGCG;SOR=1.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=60;WE=74376428;WS=74376410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chrX	74494470	rs4892396	T	G	3920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chrX	74494483	rs5981831	A	G	3450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=54;NR=68;PP=2060;SC=CAAGTAAGCCAAGAGCGGAAG;SOR=1.119;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=54;TCR=68;TR=122;WE=74494491;WS=74494460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chrX	74511202	rs5981834	G	C	203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.38;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	74523367	rs972561	A	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.55;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	74648816	rs1936915	T	A	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=17;PP=778;SC=CAGTATTAGCTATTTAAAAAT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=48;WE=74648824;WS=74648806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	74961837	rs6647813	A	G	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=37;PP=1344;SC=CTCTGCAGCCACAGCTCTCTG;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=78;WE=74961845;WS=74961827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chrX	75004529	rs1343879	C	A	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	75649060	rs41298484	C	A	13579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FS=2.133;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=23.91;ReadPosRankSum=1.161;SOR=0.369;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,556:0.98:568
chrX	77086467	rs201564456	TTTTTATTTTATTTTATTTTA	T	215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=2;PP=587;SC=ATACTTTCTTTTTTTATTTTA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=2;WE=77086494;WS=77086457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	77295697	rs11324521	GC	G	47.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=43;SC=GTCTCTCTCTGCCCCCCCCCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=77295705;WS=77295687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	77296047	rs5913631	G	C	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=47;NR=22;PP=1133;SC=TCTCCTTTCAGTATATTCCAA;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=69;WE=77296055;WS=77296037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	77298857	rs4826245	G	A	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=20;NR=9;PP=438;SC=CTTATCAAGAGAGACAGTCAA;SOR=1.148;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=77298865;WS=77298847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	77528317	rs320995	G	A	2642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=30;PP=1390;SC=AATGCTTTCTGAATGTAGACA;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=82;WE=77528325;WS=77528307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chrX	78426471	rs3810712	C	T	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=6;PP=612;SC=TTTTGAACCACCATTAGGCAA;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=78426479;WS=78426461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	78426488	rs3810711	T	C	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=8;PP=772;SC=GCAAAGATAGTTTCTCTAGAG;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=42;WE=78426496;WS=78426478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	78426988	rs3827440	T	C	3103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=52;PP=2085;SC=TGATGATACCTCTGGCAATAG;SOR=1.008;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=98;WE=78426996;WS=78426978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chrX	78617053	rs1736662	A	G	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=214;SC=TAAAAGTGCAAGTTTGTTACT;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=78617061;WS=78617043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	78617999	rs1751133	T	C	136.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=108;SC=TTTGGACAAATTCATTATTTT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=78618007;WS=78617989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	78618050	rs1751134	A	G	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=4;PP=459;SC=AAATGCTTATATAAAAATTTG;SOR=1.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=78618058;WS=78618040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	78618841	rs3761590	C	A	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=342;SC=CTAGTCACCACTACAGAATTT;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=78618849;WS=78618831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	79937622	rs376330443	AT	A	486.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.672;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.892;NF=1;NR=19;PP=250;ReadPosRankSum=-0.916;SC=AACAACGAGCATTTTTTTTTT;SOR=2.060;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=20;WE=79937630;WS=79937612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chrX	79941171	rs200361750	G	GAATTGTACATTCGTCATTCTA	407.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=4;PP=2302;SC=TAAGGTGAAGGAATTGTACAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=4;WE=79941179;WS=79941161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	79943569	rs3122407	T	C	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chrX	79989018	rs4240018	C	G	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	79999521	rs55824836	C	G	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=21;PP=1135;SC=AATTTTATCACTTTTCTTACC;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=66;WE=79999529;WS=79999511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	79999796	rs58601634	T	TCAC	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=250;SC=AAGCAGAAATTCACAATACCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=79999804;WS=79999786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	80064635	rs59358158	T	C	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=27;PP=1195;SC=ACCGTTTGACTAGTCAAGGCC;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=57;WE=80064643;WS=80064625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	80457895	.	C	T	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=135;SC=CCCTTTTTTCCCTTTGTTGCA;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=80457903;WS=80457885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chrX	83403148	.	CA	C	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.388;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.313;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chrX	83403178	rs1539517	G	C	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=17;PP=620;SC=CACATTTCTAGTCATTCTTGC;SOR=1.096;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=83403186;WS=83403168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	83442983	rs369957209	CCCG	C	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.166;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
chrX	84189813	rs6623210	A	G	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=56;PP=1754;SC=AGAATAGCTAAAGACTGGACT;SOR=1.241;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=100;WE=84189821;WS=84189803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chrX	84534383	rs2227090	A	C	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.37;ReadPosRankSum=0.359;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,58:0.94:62
chrX	84563135	rs363774	T	A	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chrX	85282415	rs1015148	G	A	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=6;PP=582;SC=CATACGTACAGACATATATGT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=85282423;WS=85282405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	86869103	rs5924064	A	G	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=36;PP=981;SC=TAAATAAGAGATAATGAGTAC;SOR=1.539;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=58;WE=86869111;WS=86869093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chrX	86869348	rs5922464	C	A	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=2;PP=428;SC=AACAGACTCACTAGTGTTACA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=86869356;WS=86869338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	86872866	rs5924069	G	T	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=335;SC=AAAAAAAAATGTCAACTAGTT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=86872874;WS=86872856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	86887244	rs222084	C	T	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=8;PP=592;SC=ACCTCAGGACCAACAGTTGGC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=86887252;WS=86887234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	91066106	rs147052878	G	C	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.99;QD=30.91;SOR=6.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	91066365	rs200537802	G	A	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.66;QD=29.19;SOR=4.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	91147703	rs35310035	A	AT	277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQRankSum=-2.366;QD=8.42;ReadPosRankSum=-1.014;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chrX	91518011	rs5903000	CA	C	141.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=2.090;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chrX	92927634	rs1045686	G	C	3718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=58;NR=61;PP=2144;SC=ATTTCTTTAGGAACTTCCTTT;SOR=0.953;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=58;TCR=61;TR=119;WE=92927642;WS=92927624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chrX	95990839	rs20386	A	T	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=14;PP=412;SC=GTTGCCTTTTAATTAAAATGG;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=95990847;WS=95990829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	95990883	rs5949989	A	G	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=11;PP=288;SC=TGTAAGATACAAAATGTCTGG;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=95990891;WS=95990873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	96013128	rs2297827	C	T	2550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=27;PP=1436;SC=TTATCAATGCCCACAGTAAAT;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=82;WE=96013136;WS=96013118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chrX	96018052	rs11339405	GT	G	1183.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;MQRankSum=0.334;QD=19.73;ReadPosRankSum=-0.896;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chrX	96171423	rs200248619	T	TC	509.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=4.363;HP=17;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=176;ReadPosRankSum=0.704;SC=AAGGTTTTTTTTTTTTTTTTT;SOR=0.190;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=16;WE=96171431;WS=96171412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,28:0.85:33
chrX	96194423	rs20362	C	T	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=163;SC=TAATTTGAATCGGATATTAAA;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=96194431;WS=96194413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	96196880	rs1494130	A	G	112.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	96197175	rs5920973	G	A	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=10;NR=7;PP=239;SC=ATTGTGTTTTGTGCCTTCTGT;SOR=0.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=96197183;WS=96197165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	96197239	rs41310637	G	A	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=6;PP=140;SC=AGTTCTTACTGAACTTCTATT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=96197247;WS=96197229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	96204101	rs5920613	T	C	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=16;PP=442;SC=GAAAATTATCTTGTTATATAG;SOR=1.473;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=26;WE=96204109;WS=96204091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	96328148	rs5921296	G	A	169.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=134;SC=GGCATATTTAGCATCTTCTAG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=96328156;WS=96328138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	96354863	rs5920744	A	G	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chrX	96396659	rs363755	C	T	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	99661969	rs1953337	G	A	6057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=95;PP=2965;SC=TTGCTTTGCAGTGAGGGAAGG;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=106;TCR=95;TR=201;WE=99661977;WS=99661959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chrX	99849017	rs2073162	G	A	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=31;PP=945;SC=CATTGGAAGTGCACGACTTTA;SOR=1.211;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=53;WE=99849025;WS=99849007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chrX	99849051	rs2073163	T	C	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=23;PP=794;SC=GATGTTTTCCTCCTAAGGCTT;SOR=1.251;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=99849059;WS=99849041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	99919733	rs2022475	G	A	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=13;PP=665;SC=CCAGATAGTCGCACAAGCCAC;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=99919741;WS=99919723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	99930886	.	T	TACACACAC	206	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=1;HapScore=4;MGOF=130;MMLQ=27;MQ=45.86;NF=2;NR=1;PP=206;QD=77.3333333333;SC=TACATGTTTGTACACATACAC;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=99930900;WS=99930876;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	99930892	.	T	C	47	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=130;MMLQ=27;MQ=45.86;NF=2;NR=1;PP=47;QD=27.2570708491;SC=TTTGTACACATACACACACAC;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=99930900;WS=99930876;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	99941705	rs2022039	T	C	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=30;PP=1258;SC=AGTGGATTAATAGTGTCCCGC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=71;WE=99941713;WS=99941695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chrX	99943244	rs5921627	G	C	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=12;PP=528;SC=CCTGAAAAGAGTGACTAGGAT;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=99943252;WS=99943234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	99956157	rs5967170	T	C	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=8;PP=410;SC=GTTAAGATGCTACCAGTCAGA;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=99956165;WS=99956147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	100075594	.	A	G	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=36;PP=1319;SC=AGGGCGTCCAACCTGGTGGAC;SOR=1.042;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=66;WE=100075602;WS=100075584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chrX	100212432	rs12842818	C	G	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=29;PP=888;SC=TAAATGAGGCCTCTCGCTCCC;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=62;WE=100212440;WS=100212422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chrX	100229355	.	GTC	G	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.876;QD=2.11;ReadPosRankSum=0.546;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chrX	100242305	rs5921702	G	A	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=0;PP=255;SC=CTCTTTGAATGAGAGTGACTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=100242313;WS=100242295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	100243459	rs3934462	G	T	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=47;PP=1244;SC=CTAGGAGAATGAGAGCTCAGA;SOR=2.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=64;WE=100243467;WS=100243449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chrX	100245606	rs6523438	A	G	3128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chrX	100265552	rs5921705	T	A	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	100268568	.	C	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQRankSum=-1.645;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chrX	100268569	.	T	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQRankSum=-1.645;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chrX	100268595	.	G	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQRankSum=-1.383;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chrX	100268601	.	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQRankSum=-1.383;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chrX	100268841	rs5967226	C	T	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=2;NR=1;PP=22;SC=CTTTGGGAGGCTGAGGTGGGA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=100268849;WS=100268831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	100356021	rs200931377	ATAACT	A	2919.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=17;PP=1952;SC=CTGATTAATGATAACTTAACA;SOR=1.376;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=32;WE=100356033;WS=100356011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chrX	100357194	rs12156858	C	G	320.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.64;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	100357201	rs12156663	T	C	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	100357417	rs59141949	CT	C	51	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=26;SC=TGAGGAAATGCTTTTTTTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=2;WE=100357425;WS=100357407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	100395547	rs2273379	T	G	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=305;SC=GTTCAAAATTTGATGTGGTCA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=100395555;WS=100395540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	100400023	rs2295376	A	G	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=16;PP=821;SC=TTGCTACTCTATATCTGAATG;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=100400031;WS=100400013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	100505617	rs3747280	G	C	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=27;PP=596;SC=GTTGCAGGAAGGGTGGGAAGA;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=100505625;WS=100505607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	100505881	rs4827893	C	G	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.02;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	100511098	rs3213505	C	T	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	100514986	rs5967281	G	A	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.53;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	100530312	rs199961591	GA	G	132.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.612;QD=9.46;ReadPosRankSum=-1.374;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chrX	100531204	rs3761514	T	C	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=7;PP=591;SC=GATAACTTCTTGAGCTTAGCT;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=100531212;WS=100531194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	100531413	rs199759165	TTCATCC	T	5836.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=53;PP=2989;SC=TGTCTTCATCTTCATCCTCAT;SOR=0.722;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=82;TCF=11;TCR=71;TR=64;WE=100531426;WS=100531403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chrX	100532924	rs3788765	A	G	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=13;PP=818;SC=CATTTCAAAGAATCTTAAGTT;SOR=1.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=100532932;WS=100532914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	100532985	rs3788764	T	C	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=33;PP=1051;SC=TTCGTCAGCATGTACAAATGG;SOR=0.947;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=83;WE=100532993;WS=100532975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chrX	100533231	rs140148991	C	A	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=228;SC=AATTCTGATCCAACCAAATTT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=100533239;WS=100533221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chrX	100615478	rs2855259	C	T	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=11;PP=784;SC=ATGCTGATCACGGGAATTATG;SOR=1.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=37;WE=100615486;WS=100615468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	100617372	rs2071222	T	C	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=64;SC=TCACATAGCTTGGAGAGCAGA;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=100617380;WS=100617362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	100626864	rs3027629	C	T	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=47;SC=TACGACCCAACACATACCCAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=100626872;WS=100626854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	100666907	rs372055912	CT	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.972;QD=0.25;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,27:0.18:147
chrX	100742551	rs2361298	G	A	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	100743037	rs963618	C	T	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=8;PP=361;SC=TTAGGGTGTACTGCCAAGAGA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=100743045;WS=100743027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	100743826	rs5951332	A	G	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=26;PP=1025;SC=AAGTGGGCCTAGGGCTGAAGT;SOR=0.831;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=53;WE=100743834;WS=100743816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chrX	100745825	rs5951333	T	C	3542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=46;PP=2157;SC=TCTGCCCGGCTCCAGGCTGTG;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=71;TCR=47;TR=117;WE=100745833;WS=100745815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chrX	100748078	rs5991911	A	G	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.263;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=772;ReadPosRankSum=0.638;SC=TCCTGGGCTGACACTGGGGAC;SOR=0.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=48;WE=100748086;WS=100748068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chrX	100749038	rs34379067	C	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=6.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQRankSum=1.520;QD=9.92;ReadPosRankSum=2.535;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
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chrX	100749065	rs183076981	A	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=7.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQRankSum=0.752;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.905;SOR=2.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,13:0.21:62
chrX	100749071	.	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=9.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.05;MQRankSum=-1.633;QD=3.51;ReadPosRankSum=-2.428;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,12:0.19:64
chrX	100749127	rs5951336	A	G	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.92;QD=24.55;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chrX	100809307	.	T	G	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	100911066	rs3850315	C	T	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=15;PP=687;SC=CAAGCAGGTGCTGGTAGTCAT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=100911074;WS=100911056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	101138792	rs5944882	T	C	3772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chrX	101141776	rs67953349	AC	A	541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=371;SC=TTAGAACTGGACCAAAAATTT;SOR=1.371;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=101141784;WS=101141766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	101141793	rs5944778	G	A	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=223;SC=ATTTATTAGAGACCATCTACT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=101141801;WS=101141783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	101395780	rs11408120	T	TG	2840.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=45;PP=2543;SC=GTTGTCCCCTTGGGCGAATGG;SOR=1.005;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=61;WE=101395788;WS=101395770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chrX	101587709	.	CTCTCTCT	C	50.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	101623586	.	ATGGTGG	A,ATGG	3288.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.98;QD=36.14;SOR=9.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,16,75:0.18,0.82:91
chrX	101858308	rs35168882	A	G	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=29;PP=1056;SC=AGCTGGCTGGACTGAAATTAC;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=68;WE=101858316;WS=101858298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chrX	102320931	.	ATG	A	62.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.74;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	102332171	rs34811257	CT	C	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.104;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chrX	102564583	rs7557	A	G	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.548;NF=42;NR=32;PP=1236;ReadPosRankSum=-0.617;SC=ACTGCCCGCAAACTATGACTC;SOR=0.223;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=74;WE=102564591;WS=102564573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chrX	102831217	rs221946	C	T	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=1;PP=164;SC=GTAAATATTTCAGGCTTTGTG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=102831225;WS=102831207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	102979486	rs4907817	T	C	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=21;PP=591;SC=GTCTTGGTGATGGAGCTGAAA;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=40;WE=102979494;WS=102979476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	103031700	rs11371342	A	AG	515.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.63;QD=30.34;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	103036412	rs521895	A	G	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=9;PP=222;SC=TTGCCCACACAACTTCGTTAT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=103036420;WS=103036402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	103267865	rs553509	C	T	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=22;PP=913;SC=GCGGGCCAGGCGACCAGCCTC;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=58;WE=103267873;WS=103267855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chrX	103268241	rs7885967	G	A	2631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=40;PP=1323;SC=ATGGCTCCACGTCTCGGGCCA;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=81;WE=103268249;WS=103268231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chrX	103274226	rs494006	A	G	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=379;SC=GCAAAAAGTAAACAAATGTGA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=103274234;WS=103274216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	103294760	rs2301384	C	T	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=34;PP=1108;SC=GCAGGTTCACCAGGGCCTCAG;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=68;WE=103294768;WS=103294750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chrX	104464276	rs375033944	CA	C	10188.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.05;NF=26;NR=94;PP=2951;SC=CCACAACCTCCAACATCCCCT;SOR=0.774;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=26;TCR=95;TR=120;WE=104464289;WS=104464266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chrX	104464281	rs367644904	TC	T	10187.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=94;PP=2966;SC=ACCTCCAACATCCCCTCTGCT;SOR=0.794;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=121;TCF=26;TCR=95;TR=118;WE=104464289;WS=104464266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chrX	105153001	rs209372	A	G	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.08;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chrX	105179132	rs209095	C	T	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=16;PP=1050;SC=TAGTAATTTCCCTTATTATCT;SOR=1.532;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=53;WE=105179140;WS=105179122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	105192769	.	C	CT	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,19:0.22:86
chrX	107415825	rs2881142	T	C	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=14;PP=369;SC=CCCTCTTACTTCCTCACCCCT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=107415833;WS=107415815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	107417730	rs5973851	G	A	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chrX	107418906	rs4623610	A	G	3452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chrX	107420287	rs2295915	T	C	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=13;PP=362;SC=CAAGTGAGGCTCTGGCCAGAT;SOR=1.051;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=107420295;WS=107420277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	107423674	rs71926819	TAC	T	1023.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.25;ReadPosRankSum=1.497;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chrX	107450163	rs41298506	G	A	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=79;SC=TCAGGATTGTGGTTGCCTTTG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=107450171;WS=107450153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	107455014	rs1266736	C	T	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=103;SC=CACACACTTACAGTCTTTTTA;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=107455022;WS=107455004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	107819223	rs6622333	T	C	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chrX	107829773	rs2272944	C	T	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=83;SC=TATGTAGCTCCCATAATGTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=107829781;WS=107829763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	107844780	.	A	G	90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MMLQ=23;MQ=59.41;NF=1;NR=4;PP=90;QD=24.9542425094;SC=TTTTTTTGACAGAGTTTCGCT;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=107844788;WS=107844770;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	107976940	rs1801164	G	C	3272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=38;PP=1808;SC=GGGGGCTCATGATCTGAAGGC;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=57;TCR=39;TR=95;WE=107976948;WS=107976930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chrX	107979512	rs2073114	C	T	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.03;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chrX	107979515	rs2073115	C	T	2555.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chrX	108647841	rs374697706	C	T	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=398;SC=CTCTTCTATGCAGGCAAAGTA;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=108647849;WS=108647831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	108708516	rs502209	C	T	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=44;NR=32;PP=1231;SC=CCTTAGGACCCGGTAGGGGGT;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=76;WE=108708524;WS=108708506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chrX	108708552	rs12008095	A	G	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=37;PP=1348;SC=ACTGTAGAGCAGGGCATCATA;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=86;WE=108708560;WS=108708542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chrX	108904729	rs839408	C	T	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	109416688	rs34813944	AT	A	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQRankSum=2.442;QD=1.45;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chrX	109441790	rs140247782	A	G	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=20;PP=715;SC=GCCCAATGCCATTTTGGAAAT;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=109441798;WS=109441780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chrX	110416182	rs372455411	TTC	T	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-1.343;SOR=1.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,14:0.17:84
chrX	110491212	rs144507804	G	A	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=50;PP=1443;SC=CATGTCCAGAGTCAGTTCCCT;SOR=1.289;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=83;WE=110491220;WS=110491202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chrX	110556010	rs113181679	A	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	110925544	.	A	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chrX	111698036	rs6568050	T	C	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=20;PP=1185;SC=ATTCTGCGGCTTCAAATGCAG;SOR=1.240;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=63;WE=111698044;WS=111698026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chrX	111698440	rs7474140	G	T	3056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=50;PP=1542;ReadPosRankSum=1.540;SC=CTCTCAGCAGGACCCTGCTAC;SOR=0.299;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=103;WE=111698448;WS=111698430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chrX	112021649	rs2286064	G	C	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=16;PP=854;SC=TATTACTCAAGTAGTACATTG;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=52;WE=112021657;WS=112021639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chrX	113965679	.	G	GT	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=-1.589;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,15:0.21:70
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chrX	114400318	rs4361922	T	G	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=8;PP=358;SC=TGTAAGAGTTTGCTAAAGACA;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=114400326;WS=114400308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	114425181	.	A	AGAGGCCGCTCGCCCAACGCCCACAGCG	5591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=26;PP=2965;SC=CGAGGAGTACAGAGGCCGCTC;SOR=0.932;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=41;WE=114425189;WS=114425171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chrX	114425400	rs12857270	G	A	4221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=62;PP=2601;ReadPosRankSum=2.898;SC=CGACTGCTGCGGAGGAGGAGG;SOR=0.407;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=86;TCR=63;TR=146;WE=114425408;WS=114425390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,161:0.98:164
chrX	114426171	rs5946294	C	T	5783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.028;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-0.047;NF=107;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=0.565;SC=CAGCGGAGGCCGCTCGCCTGA;SOR=0.111;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=212;TCF=110;TCR=102;TR=204;WE=114426179;WS=114426161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,223:0.99:225
chrX	114426917	rs4911809	C	T	3787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.863;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=68;PP=2315;ReadPosRankSum=7.054;SC=TCAAGAGTTACGGCCTGAGCG;SOR=0.556;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=75;TCR=71;TR=139;WE=114426925;WS=114426907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:22,147:0.87:169
chrX	114468473	.	CCCG	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=9.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.041;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
chrX	114863593	rs140121121	T	A	3496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chrX	117035914	.	TA	T	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=-1.338;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,16:0.24:68
chrX	117117398	rs368634632	GA	G	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=-3.189;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chrX	117520365	.	AAT	A	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.693;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=82;ReadPosRankSum=-1.073;SC=TAACCTCCCAAATATATATAT;SOR=0.764;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=3;WE=117520374;WS=117520355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chrX	117677349	rs1294781	G	T	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=212;SC=CATAAAGGAAGATCCCAGTAC;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=117677357;WS=117677339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	117677642	rs1294780	A	G	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=12;PP=313;SC=GGCCGGGTGCAGTGGCTCACG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=117677650;WS=117677632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	117679234	rs55694052	CT	C	472.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.30;ReadPosRankSum=-0.072;SOR=1.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chrX	117680172	.	G	GC	76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=16;MQ=67.64;NF=2;NR=1;PP=76;QD=39.6666666667;SC=AAGAGCCCTAGCAAAAAAAAA;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=117680180;WS=117680162;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	117718669	rs1781091	TT	AA	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.102;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.04;ReadPosRankSum=-1.164;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chrX	117722176	rs41312765	G	A	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=16;PP=556;SC=AGGTTGAAGAGTTTGTTCCAG;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=117722184;WS=117722166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	117742356	rs5910394	C	T	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chrX	117810831	rs5957040	C	T	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=9;PP=210;SC=AAAGAAAGAACAGGGGCTTTG;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=117810839;WS=117810821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	117817266	rs4372173	C	T	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	117874898	rs2246663	T	C	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=261;SC=TACTGTCTTGTCCTCTAGGAC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=12;WE=117874906;WS=117874888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	118143043	rs2168379	A	G	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	118147233	rs2290514	G	T	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=8;PP=201;SC=AAAGATAGTTGTGAAAGGATT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=118147241;WS=118147223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	118148229	rs2278954	A	G	3119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chrX	118250710	rs5957111	A	C	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.79;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	118281538	rs5910522	C	A	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=7;PP=189;SC=CACTGCAGTGCCACAAAAGCA;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=118281546;WS=118281528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	118281635	rs11405916	G	GC	30.71	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	118533366	rs217976	G	A	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.80;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	118544448	rs16274	T	C	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=7;PP=198;SC=TGACTGCTCATAAATACTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=118544456;WS=118544438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	118560403	rs217997	G	C	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=23;PP=630;SC=AATAAGTACTGTCAATAATGC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=118560411;WS=118560393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	118587003	rs3810755	C	T	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=47;PP=1365;SC=ACGAGAAAACCGAAGCCTAAA;SOR=1.141;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=82;WE=118587011;WS=118586993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
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chrX	118603747	rs141428607	A	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=-6.180;QD=0.90;ReadPosRankSum=1.345;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,6:0.10:61
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chrX	118893054	rs2782223	C	A	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=18;PP=894;SC=GCTGCTGCTGCGGGGCGACCC;SOR=1.078;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=55;WE=118893062;WS=118893044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chrX	118893137	rs2782224	T	C	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chrX	118920809	rs7885997	C	T	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chrX	118925705	rs2240448	C	T	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=304;SC=GGTGCGCTCCCGTGGCGCCGT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=118925713;WS=118925695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	118985711	rs373850121	CT	C	392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.90;ReadPosRankSum=1.337;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,29:0.88:33
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chrX	119065893	rs194302	G	A	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chrX	119068393	.	C	CAAAAA	200	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.9999;HP=20;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=24;MQ=56.99;NF=3;NR=0;PP=200;QD=67.6666666667;SC=GACTCTGTCTCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=3;WE=119068401;WS=119068383;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,3:0.43:7
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chrX	119387833	rs201958171	C	CTGA	4521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=2453;ReadPosRankSum=-1.613;SC=GTTACCGATTCTGATGATGAT;SOR=0.412;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=45;WE=119387841;WS=119387823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,100:0.99:101
chrX	119394904	rs3752341	G	T	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	119402264	rs41300936	A	C	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=7;PP=176;SC=CACAAATTAGAAACAACATAA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=119402272;WS=119402254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	119421163	rs3842485	T	TACACACACACACAC	50.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	119445015	rs3810749	C	T	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=21;NR=4;PP=558;SC=TCCCGCTCTCCGGCTTTTGGG;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=119445023;WS=119445005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	119509541	rs5909706	A	G	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=6;PP=168;SC=CATTTTTCTGACAGTATCATA;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=119509549;WS=119509531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	119510144	rs3213723	C	G	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=353;SC=CCTGAGGAAGCATGACTGGGA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=119510152;WS=119510134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	119669558	.	T	A	51	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=17;MQ=43.04;NF=4;NR=0;PP=51;QD=21.4428031368;SC=AGACTCTGTCTCAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=119669566;WS=119669556;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,4:0.67:6
chrX	119675354	.	C	CA	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=-2.499;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chrX	122318386	rs58044961	A	AG	5699.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=49;PP=2918;SC=TTTTAGGCGTACATGGCCAGG;SOR=0.857;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=62;WE=122318394;WS=122318376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chrX	122319917	rs2269551	T	C	4074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=88;PP=2118;SC=ACTTAGGGTCTGTGTATGTGC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=54;TCR=88;TR=141;WE=122319925;WS=122319907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chrX	122336448	rs2285127	T	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=143;SC=AGGAGACCTATGGCCAGAAGC;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=122336456;WS=122336438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chrX	122338205	rs41312596	T	A	3360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=50;PP=1948;SC=ATGATGTGGCTCATCCATTCA;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=64;TCR=50;TR=114;WE=122338213;WS=122338195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
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chrX	122537418	rs504096	C	T	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chrX	122805421	rs2105889	C	A	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=36;NR=14;PP=787;SC=TTGAGAACCTCGAACCAACCC;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=50;WE=122805429;WS=122805411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	123204978	.	C	CT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=4.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.32;ReadPosRankSum=1.141;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,22:0.20:108
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chrX	123615545	.	G	GTATATATATATATA	323.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.47;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chrX	125953932	rs5931715	A	G	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=51;PP=1520;SC=ACAGGGATGAATGGGTTGGAG;SOR=1.257;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=89;WE=125953940;WS=125953922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chrX	128674631	.	T	TG	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=-1.227;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
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chrX	129147079	rs4830173	T	C	7977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=113;PP=2965;SC=GGCTGAGGGCTTCTTGGTGCC;SOR=0.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=259;TCF=146;TCR=113;TR=259;WE=129147087;WS=129147069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chrX	129150080	rs144988023	C	T	4163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=78;PP=2412;SC=GATGATGTGACGGAATCTCTG;SOR=1.108;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=58;TCR=78;TR=136;WE=129150088;WS=129150070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chrX	129186012	rs12388749	C	T	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	129201179	rs2181440	C	T	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=30;PP=1312;SC=CCCCTGTGACCGTGGGTGGCG;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=80;WE=129201187;WS=129201169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chrX	129269980	rs209998	G	A	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=17;PP=965;SC=CACAGGCTAGGGAGAATGAAT;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=55;WE=129269988;WS=129269970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	129279648	rs12559753	C	T	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=107;SC=CTTTAAGGGACGTTTTCCAAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=129279656;WS=129279638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	129283520	rs1139851	A	G	5424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=108;PP=2965;SC=ATCTTTTTTCATCCTCTTTCA;SOR=1.042;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=201;TCF=93;TCR=108;TR=199;WE=129283528;WS=129283510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chrX	129290699	rs189994	T	C	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=18;PP=506;SC=CGTTAAATGATCAAGAAAAAT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=129290707;WS=129290689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	129349295	rs209238	T	G	3382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=56;PP=1859;SC=ACTTGTGAATTCCCCGACGAC;SOR=1.016;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=107;WE=129349303;WS=129349285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chrX	129354240	rs1160681	C	A	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=590;SC=AGATCTTATTCCTTCTATCCA;SOR=4.332;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=129354263;WS=129354231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	129354254	rs3081123	TAA	T	1263.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=2;PP=452;SC=CTATCCATAATAAAAAAAAAA;SOR=3.981;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=23;WE=129354263;WS=129354231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	129629220	rs41301495	T	C	3346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.98;QD=25.94;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chrX	129751476	.	TTTTCTTTCTTTC	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.24;MQRankSum=0.654;QD=24.45;ReadPosRankSum=-1.359;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,34:0.92:37
chrX	130217020	rs5932835	G	C	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=6;PP=691;SC=TTCGCCCGCTGGGCAGAGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=130217028;WS=130217010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	130408555	rs138128951	G	A	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.33;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	130416958	rs5932877	C	T	7631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=143;NR=119;PP=2965;SC=TCTTACCAGTCACCCAGATTT;SOR=0.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=262;TCF=143;TCR=119;TR=262;WE=130416966;WS=130416948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chrX	130420006	rs5930458	T	C	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=35;PP=984;SC=TCCACAACTCTGGTTGAGGGT;SOR=1.194;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=62;WE=130420014;WS=130419996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chrX	130420415	rs4495600	T	C	3974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chrX	130423543	rs6637830	G	C	6884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=113;NR=123;PP=2965;SC=TCACTGTATTGTGGGGGGGAG;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=114;TCR=124;TR=236;WE=130423552;WS=130423533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chrX	130678467	rs499030	A	G	8684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=144;NR=133;PP=2965;SC=ATGGCCCAGTATGTGTCTGCT;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=277;TCF=144;TCR=133;TR=277;WE=130678475;WS=130678457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chrX	130678596	rs17316625	C	G	11640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=208;NR=196;PP=2965;SC=TTCTCTCCCTCATTAAGCTGA;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=407;TCF=209;TCR=198;TR=404;WE=130678604;WS=130678586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chrX	130678844	rs655415	A	C	7690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=139;PP=2965;SC=TCCAAGTCCTACCCTGACCAG;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=118;TCR=139;TR=257;WE=130678852;WS=130678834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chrX	131189505	rs5933055	C	T	3734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chrX	131203438	.	CATATAT	C	235.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=0;PP=191;SC=CATACATACACATATATATAT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=131203451;WS=131203428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	131212512	rs5977623	A	G	4785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=54;PP=2965;SC=CCTCTGCTCTAATTGGGGACC;SOR=1.080;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=96;TCR=55;TR=150;WE=131212520;WS=131212502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chrX	131212944	rs7051368	A	G	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=29;PP=908;SC=CGTGCACTCCATTCACATTTT;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=61;WE=131212952;WS=131212934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	131231257	rs2064650	G	A	3977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chrX	131231430	rs57806249	T	TAC	334	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=0.693;QD=16.70;ReadPosRankSum=0.738;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chrX	131348510	rs41310444	A	G	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=29;PP=751;SC=GAAAAACATTATGCTGTTTGT;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=131348518;WS=131348500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	131516423	rs5933151	T	C	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=17;PP=327;SC=ATCATAACGATGAATACATCA;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=131516431;WS=131516413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	131518737	rs3736748	C	T	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	131803352	rs10550199	ATC	A	279.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.632;QD=25.44;ReadPosRankSum=0.487;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chrX	132161159	rs35397110	G	A	3996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=72;PP=2479;SC=GCCTTTTTAAGATTCAAGAGT;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=54;TCR=72;TR=126;WE=132161167;WS=132161149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chrX	132888207	.	T	TA	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=1.618;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chrX	133379551	rs2428577	C	T	6457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=118;NR=94;PP=2965;SC=GAACAGAAATCTAAAAGAAGC;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=119;TCR=94;TR=212;WE=133379559;WS=133379541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chrX	133511988	rs5978001	G	A	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=283;SC=GTTTTACTGTGATTAATTTAT;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=133511996;WS=133511978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	133620474	.	G	GT	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.206;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chrX	133680547	rs757309	G	A	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=7;PP=188;SC=GCGAGGACCCGCCGGAAACAG;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=133680555;WS=133680546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	134025421	rs369970722	GA	G	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=7.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.476;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,17:0.27:64
chrX	134155904	rs62599865	G	T	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=19;PP=686;SC=GGCTGAGCTGGCACGAGAGGG;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=134155912;WS=134155894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	134156121	rs2475853	G	C	3634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=48;PP=1687;SC=CCAGAGCACCGGTCCCCAGGC;SOR=0.965;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=72;TCR=48;TR=120;WE=134156129;WS=134156111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chrX	134185997	rs2498776	T	A	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=37;PP=1305;SC=ATGTAGGAGCTCGTCTGCACG;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=66;WE=134186005;WS=134185987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chrX	134421168	rs1129093	C	T	3955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=65;PP=2405;SC=ATAAGCTACACGTATAAGGCT;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=73;TCR=65;TR=138;WE=134421176;WS=134421158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chrX	134493747	rs4829778	A	T	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=21;PP=924;SC=CTGTCCAAGAAATCAGCCTAA;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=59;WE=134493755;WS=134493737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chrX	134703108	rs1937729	T	G	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	134708007	.	CT	C	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=5.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=-0.814;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,24:0.28:85
chrX	134715274	rs3737330	G	A	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=5;PP=130;SC=CATAGCCTCAGGTAGGCTTGG;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=134715282;WS=134715264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	134948034	rs2034920	A	G	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=47;PP=1307;SC=TGCTGGTAACATTTCCTCCCA;SOR=1.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=65;WE=134948042;WS=134948024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chrX	135055694	rs6635201	T	C	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=5;PP=889;SC=CCCTTAGAAGTGCGCCCACAC;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=135055702;WS=135055684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chrX	135080623	rs370833071	C	CT	1153.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.72;ReadPosRankSum=-0.692;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,63:0.91:69
chrX	135252234	rs3215593	AC	A	3691.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=65;PP=2951;SC=CTTTATTTGTACCAGGAGGTT;SOR=1.679;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=6;TCR=68;TR=71;WE=135252242;WS=135252224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chrX	135313185	rs34471049	CT	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.673;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chrX	135390818	rs5930928	T	A	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=4;PP=452;SC=CTTTAAGCAATAGGAAAAAAC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=135390826;WS=135390808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	135426693	rs4829829	A	G	8860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.18;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chrX	135426968	rs5930931	C	A	7153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.83;ReadPosRankSum=-0.873;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,275:0.99:277
chrX	135429503	rs4829830	C	A	5701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=94;PP=2965;SC=GTTGATGAGACCACACCCTCA;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=87;TCR=94;TR=181;WE=135429511;WS=135429493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
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chrX	135572223	rs3030366	A	ACT	3526.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=11;PP=2128;SC=CACTAAGGTCACTTCTCACCC;SOR=2.484;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=45;WE=135572231;WS=135572213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	135730555	rs1126535	T	C	3614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=68;PP=2186;SC=TCATAGAAGGTTGGACAAGGT;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=45;TCR=68;TR=113;WE=135730563;WS=135730545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
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chrX	135829842	rs585356	G	A	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chrX	135956586	rs150079822	T	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=3.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQRankSum=-9.003;QD=0.46;ReadPosRankSum=-2.577;SOR=1.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,7:0.08:93
chrX	135961587	.	G	GT	434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,37:0.37:99
chrX	136112707	rs5931046	A	G	5804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.224;SC=ACTGGGTGGGAGGCTCTCCGG;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=208;TCF=115;TCR=93;TR=206;WE=136112715;WS=136112696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,223:0.99:225
chrX	137749997	rs5976185	A	T	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=7;PP=255;SC=TCTGTTGTGAATCTATGTGGG;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=18;WE=137750005;WS=137749987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	138067202	rs34825181	A	G	8572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=1.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chrX	138067368	rs5974786	G	A	4378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=104;PP=2828;SC=TAAATGTTTCGCAGATTTACA;SOR=1.966;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=44;TCR=105;TR=148;WE=138067376;WS=138067358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chrX	138667452	rs5909018	C	T	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=43;PP=1203;SC=ATGGATTAACCAATCTAATGT;SOR=2.231;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=59;WE=138667460;WS=138667442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chrX	138679712	rs1051619	T	A	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=31;PP=932;SC=ACAGAGCAGATCCTTCACAGT;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=65;WE=138679720;WS=138679702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chrX	138689704	rs41300934	T	A	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=3;PP=257;SC=AGGCTATAGGTTGGCCAGGCC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=138689712;WS=138689694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	138697246	rs2076501	A	C	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=35;PP=1147;SC=GAAATATTTTATGAAATGAGG;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=53;WE=138697254;WS=138697236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chrX	138698652	rs68033160	GA	G	497.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=229;ReadPosRankSum=-0.094;SC=AAATCAAGAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=17;WE=138698673;WS=138698642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,30:0.91:33
chrX	138698665	rs5909056	T	C	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.42;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	138713463	rs56186070	G	GT	2269.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=16;PP=881;SC=GTTTTGTTTTGTTTTTTTCAA;SOR=1.508;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=48;WE=138713471;WS=138713453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chrX	138724725	rs926563	G	A	3475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chrX	138774209	rs4824861	C	T	3771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chrX	138811003	rs2094702	G	A	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=20;PP=1080;SC=AGTGTGTTGCGTATCAAGTAT;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=60;WE=138811011;WS=138810993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chrX	138825675	rs1268015	T	C	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	138864932	rs374315625	GA	G	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=2.545;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,18:0.24:75
chrX	138882172	rs10717380	AC	A	404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=1.655;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chrX	138897130	rs2491014	A	C	2220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.40;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chrX	139099429	rs5907565	T	G	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=11;PP=766;SC=TGGGTATACATAAGGAGGTCA;SOR=1.302;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=139099437;WS=139099419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	139099699	rs5909001	C	T	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=7;PP=445;SC=CTAGCACAACCCCCTTCCTCA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=139099707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	139099828	rs5909002	T	A	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=22;PP=1414;SC=TCATAAAGGTTAAAAAACCCC;SOR=1.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=72;WE=139099836;WS=139099817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chrX	139298295	rs396467	C	T	5166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=117;PP=2965;SC=TAGTTGTACGCTTCTGATCCA;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=216;TCF=99;TCR=117;TR=214;WE=139298303;WS=139298285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chrX	139298612	rs411420	T	C	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=31;PP=795;SC=AGAAGGACATTGGTTAAGGGG;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=52;WE=139298620;WS=139298602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	140008385	rs5907732	G	T	2522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=36;PP=1226;SC=GGGAAGAGAAGGCTTATTGAT;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=82;WE=140008393;WS=140008375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chrX	140008515	rs5907733	C	T	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=431;SC=AGTGAATATACAGACTTTAAT;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=140008523;WS=140008505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	140953078	rs1120947	A	G	92.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=1;PP=26;SC=CCTAATTCCAAGTCATAAGAT;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=140953086;WS=140953068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	140983031	rs176023	A	G	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=35;PP=1778;SC=AGGAGGCCCCACCCCACGCTG;SOR=1.407;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=68;TCR=35;TR=102;WE=140983039;WS=140983021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chrX	140983064	rs176024	G	A	3914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chrX	140983127	rs176026	G	A	6612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chrX	140993150	rs5953637	T	C	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=13;PP=1733;SC=TCCTCCTGTTTTTCTTTCTCA;SOR=2.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=65;WE=140993158;WS=140993140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chrX	140993842	.	CCTGAGAGAACTCAGAGTACTTTTGAGGGTTTTGCCCAGTCTCCTCTCCAGATTCCTGTGAGCCCCTCCTCCTCCTCCACTTTACTGAGTCTTTTCCAGAGTTTCT	C	5917.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.577;ClippingRankSum=0.000;DP=575;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQRankSum=2.115;QD=14.40;ReadPosRankSum=0.309;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,181:0.44:411
chrX	140993859	rs6634333	T	A	6675.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQRankSum=-0.676;QD=15.35;ReadPosRankSum=2.192;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,201:0.46:435
chrX	140993864	rs34836042	T	C	6648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQRankSum=-1.487;QD=15.57;ReadPosRankSum=1.906;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,193:0.45:427
chrX	140993877	rs176039	C	A	6277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQRankSum=-3.242;QD=15.20;ReadPosRankSum=0.664;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,177:0.43:413
chrX	140993905	rs176040	C	T	4416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=0.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.49;MQRankSum=-4.782;QD=12.37;ReadPosRankSum=-1.649;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,124:0.35:357
chrX	140993913	rs176041	C	G	4275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQRankSum=-6.542;QD=12.61;ReadPosRankSum=-1.545;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,106:0.31:339
chrX	140993945	rs145765891	T	C	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=0.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQRankSum=-9.537;QD=6.52;ReadPosRankSum=-3.667;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,67:0.22:300
chrX	140993947	rs148942485	T	C	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQRankSum=-9.924;QD=6.26;ReadPosRankSum=-3.567;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,63:0.21:296
chrX	140993980	rs176042	G	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=13.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQRankSum=-8.836;QD=0.83;ReadPosRankSum=-3.197;SOR=1.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,29:0.09:310
chrX	140994037	rs176045	C	A	9741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=1.319;NF=195;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.775;SC=TTTAGTGAGTCTTTTCCAGAG;SOR=0.935;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=359;TCF=208;TCR=151;TR=325;WE=140994045;WS=140994026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,375:0.99:377
chrX	140994887	rs58318084	A	G	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=7.736;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.41;MQRankSum=3.584;QD=24.96;ReadPosRankSum=1.132;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,85:0.98:87
chrX	141290865	rs3765272	C	T	3564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=50;PP=2025;SC=AATGGGCTCTCGGACCCCACA;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=69;TCR=51;TR=119;WE=141290873;WS=141290855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chrX	142121729	rs4825148	T	C	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.58;SOR=1.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	142795225	rs3859898	G	A	6682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=9.486;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.25;MQRankSum=-0.414;QD=24.48;ReadPosRankSum=1.978;SOR=0.254;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,267:0.98:273
chrX	142803571	rs851092	A	G	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=1;PP=467;SC=GGCATTAAGCAGGTCCCCCAC;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=142803579;WS=142803563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	142967468	rs237520	T	G	4780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.062;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.055;NF=81;NR=64;PP=2965;ReadPosRankSum=1.252;SC=AGAATAAGTTTAGATATTTTG;SOR=0.280;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=147;TCF=81;TCR=66;TR=145;WE=142967476;WS=142967458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,167:0.99:168
chrX	144904882	rs2748588	T	C	6969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=106;PP=2965;SC=GTCCAACTCCTCGAGTGACTG;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=108;TCR=106;TR=214;WE=144904890;WS=144904872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chrX	145075633	rs5919984	T	C	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=5;PP=415;SC=CTCTGAAAAATAGGTATTTCC;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=145075641;WS=145075623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	145701066	rs200640157	G	A	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.81;QD=23.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	146312362	rs5905008	A	G	3799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=48;PP=1868;SC=TGGTGGTGGCACTGACCATCT;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=70;TCR=48;TR=118;WE=146312370;WS=146312352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chrX	146312603	rs144088020	A	AAT	5248.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.09;NF=7;NR=42;PP=2367;SC=CACAGCGGAAAATGTCCCTCA;SOR=0.963;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=49;WE=146312611;WS=146312593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chrX	146312673	rs5905009	G	C	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=32;PP=971;SC=GCAGAATATAGTCAATAGATT;SOR=1.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=146312691;WS=146312663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	146312683	rs375595449	TA	T	473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=324;ReadPosRankSum=-0.499;SC=GTCAATAGATTAAAAAAAAAA;SOR=1.209;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=26;WE=146312691;WS=146312663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chrX	146340338	rs36092315	CT	C	5165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=53;PP=2957;SC=ATGATTGCCACTGTCTGCAGT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=92;WE=146340346;WS=146340328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chrX	146354025	rs5904728	GT	AC	10001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=109;PP=2947;SC=GTAAGTGGCCGTTGGCATTTA;SOR=1.215;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=187;TCF=76;TCR=111;TR=185;WE=146354034;WS=146354015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chrX	146993567	.	CGCG	C	90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MMLQ=22;MQ=40.76;NF=0;NR=2;PP=90;QD=48.5;SC=CGTGCGGCAGCGCGGCGGCGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=146993577;WS=146993557;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,2:0.33:6
chrX	146993599	.	A	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=5.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.98;ReadPosRankSum=1.115;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chrX	147003564	rs1270092	T	C	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=29;PP=875;SC=GCTAATTCTATTCTTCATTTT;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=147003572;WS=147003554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	147014960	rs4824232	C	T	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=11;PP=395;SC=TCTAAAAAGTCCCAAAGCTAG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=26;WE=147014968;WS=147014950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	147015021	rs4824233	C	T	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=16;PP=476;SC=TAGTAATTCTCCATTTTGACT;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=147015029;WS=147015011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	147019192	rs25700	G	A	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=21;PP=517;SC=TATTTTGGATGTTTTCTCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=147019200;WS=147019182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	147026330	rs11293471	AC	A	245.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.72;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	147088249	rs764631	C	T	6129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chrX	147582595	.	CCCG	C	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=3.090;QD=0.88;ReadPosRankSum=-2.347;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,11:0.10:114
chrX	147733265	rs5904246	G	GA	1269.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=13;PP=841;SC=CAAGGGAAGAGATTTTGCTTT;SOR=0.749;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=20;WE=147733273;WS=147733255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	147800748	rs241084	A	G	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=44;PP=1413;SC=TCCTTCTTCAAGATGAAGGTA;SOR=0.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=45;TCR=44;TR=89;WE=147800756;WS=147800738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chrX	147891558	rs11117555	T	C	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=373;SC=GGAATCCTGATATTCTACTTC;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=147891566;WS=147891548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	147919063	rs375432534	CAGTTA	C	1452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=5;PP=1197;SC=AGTATTAGGTCAGTTAAGTTA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=19;WE=147919075;WS=147919053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	148037055	rs16994868	G	C	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=12;PP=1248;SC=GCTTTTAGTAGTAGTCTCTGT;SOR=2.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=62;WE=148037063;WS=148037045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chrX	148048207	.	CTTT	C,CT	1497.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.272;QD=27.23;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,18,36:0.33,0.65:55
chrX	148055144	rs5980615	A	G	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.57;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chrX	148062377	rs12688573	G	A	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chrX	148062498	rs5936462	C	G	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=14;PP=344;SC=AAAAGATGTGCTTCAGAGTTA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=148062506;WS=148062488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	148582699	rs74514769	A	AG	4053.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=48;PP=2269;SC=CATCTACAAAAGTCCCCTCTA;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=49;WE=148582707;WS=148582689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chrX	148615567	.	T	TAGG	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=62.62;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	148619842	rs374287912	AG	A	1230.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=21;PP=903;SC=CGGCAGCCACAGAGTCTTACA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=148619850;WS=148619832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	148622730	rs3747443	G	A	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=38;NR=21;PP=929;SC=GTCTCGGGGAGGCAGAGGACT;SOR=1.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=59;WE=148622738;WS=148622720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chrX	148622745	rs3747442	T	A	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chrX	148627384	rs145921071	A	G	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.86;QD=30.23;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	148628490	.	A	T	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.12;QD=27.88;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	148681299	rs200553350	T	A	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	148685623	rs5936308	G	C	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.24;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	148713418	.	T	TCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGC,TCGCCGCCGCCGC	2912.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.54;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5,5;NR=13,13;PP=51,2984;SC=GCCGTCGCCGTCGCCGCCGCC;SOR=0.776;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=18,18;WE=148713426;WS=148713408;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:48
chrX	149613617	rs6526057	T	C	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=379;SC=AGGAATGTGGTTGACTCCACA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=149613625;WS=149613607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	149630848	rs507156	T	C	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	149637925	rs372916590	CTG	C	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.916;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.005;NF=0;NR=6;PP=187;ReadPosRankSum=1.360;SC=CTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=1.334;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=6;WE=149637936;WS=149637915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
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chrX	149862214	rs222346	A	C	83.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chrX	149883066	rs41304968	C	T	3190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=62;PP=1901;SC=CCATTTCATTCTAGACTTCTA;SOR=1.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=36;TCR=62;TR=98;WE=149883074;WS=149883056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chrX	149887056	rs526164	C	T	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.00;QD=24.40;SOR=1.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chrX	149931106	rs16995747	C	T	3142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chrX	149937479	rs200033765	T	C	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=40;PP=1407;SC=GTGGCACCATTGTGCATGCCT;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=90;WE=149937487;WS=149937469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chrX	149983684	rs146438753	G	A	4431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=66;PP=2591;SC=GCTAGCAGTCGGACCATTTTA;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=86;TCR=67;TR=152;WE=149983692;WS=149983674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chrX	150066984	rs370525175	G	A	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=14;PP=352;SC=CGCGCCCCCCGCCCGCCTTAC;SOR=2.419;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=22;WE=150066992;WS=150066974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	150067038	rs183192693	G	A	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chrX	150349871	rs13440581	A	G	8791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=125;NR=183;PP=2965;SC=TGTCGTGGTTATTGATGTTGA;SOR=1.222;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=308;TCF=125;TCR=183;TR=308;WE=150349879;WS=150349861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chrX	150789334	rs5904324	T	TA	1179.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=10;PP=718;SC=TTAACACAGATAAAAAAGTTT;SOR=1.298;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=22;WE=150789342;WS=150789324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	150789950	rs945815	C	T	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	150840185	rs6627174	T	C	3953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chrX	150844702	rs4553055	G	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=16;PP=400;SC=TTCAAGGTGCGTAAAGTCCCT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=150844710;WS=150844692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	150867387	rs41304962	A	T	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=38;PP=1141;SC=CCTGCCCCCTACCCCCCAAGT;SOR=1.318;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=62;WE=150867395;WS=150867377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chrX	150873651	rs3761541	G	T	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=6;PP=576;SC=ACTCTACTCCGTTATTTATCC;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=150873659;WS=150873641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	150884620	rs3810715	C	T	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	150911512	.	GT	AC	184	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=184;QD=47.4935749724;SC=ACATATATATGTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=150911521;WS=150911502;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chrX	151092220	rs1047248	A	G	3716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=56;PP=2543;SC=TGGTGGGTGCACAGGCTCCTA;SOR=0.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=71;TCR=56;TR=127;WE=151092228;WS=151092210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chrX	151092653	rs1047251	G	A	5779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=109;NR=85;PP=2965;SC=AGTGGACCCCGCCAGCAACAC;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=110;TCR=86;TR=194;WE=151092661;WS=151092643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chrX	151123384	rs45439991	G	A	6683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=125;NR=96;PP=2965;SC=GAGGCTGCGGGGACCCTCAGG;SOR=0.862;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=222;TCF=125;TCR=97;TR=221;WE=151123392;WS=151123374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chrX	151125971	rs763539	A	G	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chrX	151129822	rs2256882	G	A	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	151138179	rs1139916	A	C	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	151303393	rs210586	C	T	5686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=111;NR=87;PP=2965;SC=TCTATGAAGACTATGCTTAGG;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=112;TCR=87;TR=198;WE=151303401;WS=151303383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chrX	151303596	rs210585	C	T	9707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chrX	151560868	rs5970292	G	A	5004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=96;PP=2856;SC=AAATCATGGTGCACAAAATTA;SOR=1.076;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=78;TCR=96;TR=174;WE=151560876;WS=151560858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chrX	151817820	rs6627251	C	T	3128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=66;PP=2038;SC=CTATGGCCCCCTCTTCCGTAC;SOR=1.508;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=36;TCR=67;TR=102;WE=151817828;WS=151817810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chrX	151821277	rs3810651	T	A	10594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=161;NR=215;PP=2965;SC=TGACAGTATTTTTCCTACCGA;SOR=1.128;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=378;TCF=161;TCR=217;TR=376;WE=151821285;WS=151821267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chrX	151899760	rs2515830	A	G	3784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=18;PP=2763;SC=TGGGCCTCATATCACACGAGG;SOR=2.991;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=95;TCR=18;TR=112;WE=151899768;WS=151899750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chrX	151909156	rs2515848	A	G	9493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=154;NR=175;PP=2965;SC=AGACAACCCAAAAGGGAAAAG;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=330;TCF=154;TCR=176;TR=329;WE=151909164;WS=151909146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chrX	151997273	rs2301188	A	C	2960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=58;PP=1832;SC=GTTGGTTACTACTGTCCTGTA;SOR=1.586;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=90;WE=151997281;WS=151997263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chrX	151998340	rs3213467	T	C	3284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=59;PP=1947;SC=CACAATAATATATCATACAGT;SOR=1.052;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=48;TCR=59;TR=107;WE=151998348;WS=151998330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chrX	152018832	rs5969919	T	G	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=7;PP=475;SC=CAGTGATCGGTGGCTCTGGAT;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=152018840;WS=152018822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	152087569	.	CGAG	C	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=-1.260;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,15:0.09:168
chrX	152089039	rs2071258	G	A	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	152090551	rs2071259	T	C	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=19;PP=1190;SC=CAGTATGCTGTCCTTATCCTG;SOR=1.418;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=65;WE=152090559;WS=152090541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chrX	152091153	rs2071261	A	C	3632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chrX	152159254	rs146175766	C	T	3978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chrX	152225379	rs73244173	C	A	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=233;SC=CCTGATCACTCCCCCCAAATT;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=152225387;WS=152225375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	152226542	rs6526155	T	C	4790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=92;NR=65;PP=2471;SC=AGTTTTGATGTGAGGCCTTCC;SOR=0.926;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=160;TCF=93;TCR=67;TR=157;WE=152226550;WS=152226532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chrX	152609450	rs3213462	T	C	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=7;PP=848;SC=TGCCCTGGCTTGTCATTCAGC;SOR=2.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=42;WE=152609458;WS=152609440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	152609668	rs3213463	T	C	3968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=70;PP=2362;SC=GCCAGAGGCCTAGGTGAGCTG;SOR=1.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=55;TCR=70;TR=125;WE=152609676;WS=152609658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chrX	152610051	rs1467880	A	T	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=19;PP=1022;SC=TCACCTCTTGACCCTGGCATT;SOR=1.421;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=56;WE=152610059;WS=152610041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	152610108	rs1467881	G	C	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;QD=25.88;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chrX	152610224	rs35024993	CGTGACCTCT	C	4019.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=36;PP=2957;SC=ATTATGGGAACGTGACCTCTG;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=43;WE=152610240;WS=152610214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chrX	152610294	rs1467882	A	G	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=226;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=29;PP=619;SC=GGGGCAGGGGACACATGGCTA;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=152610302;WS=152610284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	152610947	rs3213465	T	C	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=22;PP=982;SC=CTCTGGCTGTTGCCATAACCA;SOR=1.108;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=66;WE=152610955;WS=152610937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chrX	152611190	.	GGGGGTCCCAGCTGAGCTCTTGGAGTTGAGGTTAGGGTTT	G	1802	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=26;MQ=68.56;NF=1;NR=9;PP=1802;QD=183.3;SC=GGTTAGGGTTGGGGGTCCCAG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=152611236;WS=152611180;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	152613112	rs7066295	C	T	9120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=177;NR=142;PP=2965;SC=CCTACGCCTGCGGCCAGTGCG;SOR=0.917;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=322;TCF=179;TCR=143;TR=319;WE=152613120;WS=152613102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chrX	152727446	rs3020966	T	A	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	152727535	rs138590468	TA	T	983.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=328;SC=TCTTCAGATATAAAAAAAAGA;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=15;WE=152727543;WS=152727525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	152728155	rs2980032	T	C	5697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chrX	152735959	rs2032436	C	T	13755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=233;NR=287;PP=2965;SC=TGCTGTCGCCCTCGTCCTCTG;SOR=1.012;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=544;TCF=255;TCR=289;TR=520;WE=152735967;WS=152735949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,558:1.00:558
chrX	152736686	rs2980037	C	G	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=28;PP=753;SC=CCTCTTTGCCCTCACCTAATG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=152736694;WS=152736676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	152752077	rs62594117	C	A	11700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.03;ReadPosRankSum=1.040;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,480:0.99:487
chrX	152770230	rs4833	G	A	9109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=153;NR=152;PP=2965;SC=CTGACACCTCGGGCGTCCTGG;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=305;TCF=153;TCR=152;TR=305;WE=152770238;WS=152770220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chrX	152770402	rs2980053	A	G	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=35;PP=1077;SC=TCTGAAGGGGACACATGCTGG;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=152770410;WS=152770392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chrX	152771214	rs11363938	GA	G	791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=623;SC=AGCATGGACTGAACCTCCTCG;SOR=3.352;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=152771222;WS=152771208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	152772473	rs2073479	C	T	10573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=158;NR=192;PP=2965;SC=TTACCTCCAGCCTTTGAGTCC;SOR=1.054;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=351;TCF=158;TCR=193;TR=350;WE=152772481;WS=152772463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chrX	152807425	rs762733	G	A	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=34;PP=1074;SC=AAGGAAGCTCGGCTCCTGCTT;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=54;WE=152807433;WS=152807415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chrX	152807665	rs2980012	A	G	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=9;PP=1363;SC=GTTCCCCAGAAGGAGGAGGGC;SOR=3.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=54;WE=152807673;WS=152807655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	152807923	rs2980013	G	C	8541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=136;NR=158;PP=2965;SC=GCCACCCTCCGGGCCAGCCTG;SOR=0.988;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=136;TCR=159;TR=294;WE=152807931;WS=152807913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chrX	152815089	rs3020949	A	G	15685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=285;NR=268;PP=2965;SC=CCTACCTAGGAGACACCCACT;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=558;TCF=286;TCR=272;TR=553;WE=152815097;WS=152815079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,602:1.00:602
chrX	152815886	rs2285035	C	T	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=9;PP=282;SC=TTCACAATATCATGCAACCGT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=152815894;WS=152815876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	152818435	rs2239682	G	A	13771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,530:1.00:530
chrX	152821887	rs3020957	C	T	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=31;PP=859;SC=GTAGCCGAGCCCCCACACCCC;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=152821895;WS=152821877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	152823728	rs2269415	G	C	5001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=86;PP=2918;SC=TGGTGGCTGTGATCGTGGCCT;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=70;TCR=86;TR=156;WE=152823736;WS=152823718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chrX	152825414	rs3020959	G	T	5440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=123;PP=2965;SC=GGCTGGCCAGGGGCACCCGGG;SOR=1.379;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=72;TCR=123;TR=194;WE=152825422;WS=152825404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chrX	152825433	rs2980018	A	G	4259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=98;PP=2965;SC=GGAGGACTTCAGGACACTGTT;SOR=1.625;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=49;TCR=98;TR=147;WE=152825441;WS=152825423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chrX	152830322	rs4243536	A	G	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=28;PP=1351;SC=GGGACCTTACACCAGGCAGAT;SOR=1.288;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=48;TCR=28;TR=75;WE=152830330;WS=152830312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	152834736	rs6643626	T	C	4196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chrX	152834891	rs6643736	G	C	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=9;PP=349;SC=GCTGGCCTCAGTCAGGGCCCT;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=152834899;WS=152834881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	152864477	rs199537978	G	GC	97	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=2;PP=22;SC=GGCGCCGGCTGCCCTCCGGGC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=152864485;WS=152864467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	152914603	rs7883986	C	T	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chrX	152938409	.	TACAC	T,TAC	8447.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.378;QD=28.25;ReadPosRankSum=3.013;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,83,203:0.28,0.68:299
chrX	152954025	rs384573	A	G	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.10;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	153009289	.	C	A	118	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=19;MMLQ=28;MQ=52.66;NF=0;NR=2;PP=118;QD=76.3856062736;SC=CATGCCTGGCCCCTCCTCCTA;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=2;WE=153009322;WS=153009279;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,2:0.17:12
chrX	153034752	rs2266877	C	T	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=560;SC=CTAGGGCCAACGGGTGGTGTG;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=153034760;WS=153034742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	153035798	rs2266879	G	A	8124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=132;NR=125;PP=2965;SC=CCCAGACCACGTCACTGTGCC;SOR=0.877;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=258;TCF=132;TCR=126;TR=257;WE=153035806;WS=153035788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chrX	153037275	rs6643644	C	T	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=14;PP=921;SC=CAGAGTGGAGCGTGGGTGCGG;SOR=1.562;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=47;WE=153037283;WS=153037265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	153037594	rs11156607	C	G	4123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=49;PP=2717;SC=GCTGTCCCCTCCGTCCCTGAG;SOR=1.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=87;TCR=49;TR=136;WE=153037602;WS=153037584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chrX	153037808	rs2266882	G	A	5341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=102;PP=2965;SC=AAGGACAGGCGCCTAGTAAGG;SOR=1.190;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=82;TCR=102;TR=184;WE=153037816;WS=153037798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chrX	153037999	rs2266883	G	C	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=9;PP=380;SC=GAGCAGTGAGGGCAGGGGTGG;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=153038007;WS=153037989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	153038516	rs5945161	C	G	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chrX	153038661	rs2266885	G	C	3491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chrX	153039502	rs6643791	G	C	10531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=197;NR=175;PP=2965;SC=TCAGCCGCGAGGGGCCTGCCC;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=372;TCF=197;TCR=175;TR=372;WE=153039510;WS=153039492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chrX	153039615	rs1543781	A	G	7175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=138;PP=2965;SC=GGGGGCCAGCAGCTTAGGCTC;SOR=0.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=109;TCR=139;TR=246;WE=153039623;WS=153039605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chrX	153041544	rs5987155	T	C	3961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.334;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=72;PP=2309;ReadPosRankSum=0.128;SC=AGCAGCGAGATGCAGCGCGTG;SOR=0.480;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=71;TCR=72;TR=141;WE=153041552;WS=153041534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,152:0.99:153
chrX	153042237	rs1894294	G	A	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=14;NR=0;PP=152;SC=AGGCGAGGCAGGGCAGGGCGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=14;WE=153042245;WS=153042230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	153042419	rs34966902	G	A	4792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=66;PP=2712;SC=TGGCCCAGAGGTGCCCCTTGG;SOR=0.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=98;TCR=66;TR=164;WE=153042427;WS=153042409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chrX	153047809	rs1981439	A	G	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=27;PP=759;SC=CCCCGCCCCCAGGTAACTGTG;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=27;WE=153047817;WS=153047799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	153048647	rs201302475	GT	G	1201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=5.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.85;ReadPosRankSum=1.302;SOR=3.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,47:0.85:55
chrX	153048657	rs2314343	A	C	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.72;ReadPosRankSum=-0.455;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,46:0.81:57
chrX	153050459	.	G	A	12931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=499;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,496:1.00:496
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chrX	153149708	rs77883713	G	GC	5324.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=50;PP=2576;SC=ACTGCCCATCGTGGGATCCTG;SOR=1.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=4;TCR=52;TR=54;WE=153149723;WS=153149698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
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chrX	153151277	rs56026845	C	G	3301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=23;PP=954;SC=CATCTGGGGCCCCGCAGGTTA;SOR=0.836;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=43;WE=153151292;WS=153151267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chrX	153151280	rs143464562	G	GCC	3337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=23;PP=1781;SC=CTGGGGCCCCGCAGGTTACCC;SOR=0.864;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=153151292;WS=153151267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	153151284	rs199975679	GT	G	3418.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=23;PP=1424;SC=GGCCCCGCAGGTTACCCCTCA;SOR=0.948;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=153151292;WS=153151267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chrX	153151423	rs58566947	G	GCGGC	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=329;SC=ACCGGGCCGGGACTCCCTGGT;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=153151431;WS=153151413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	153151456	rs12837217	T	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	153151461	rs12837218	T	G	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.16;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	153151467	rs199929222	CG	C	190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=2;PP=43;SC=GTGGTGTCGCCGGGGGATCGC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=153151475;WS=153151446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	153151491	rs36095229	GT	G	160.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.17;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	153170447	rs55712963	G	GC	1285.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=7;PP=895;SC=TACTGCCACCGACACGTGCAC;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=153170455;WS=153170437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	153170980	rs56689668	T	G	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=30;PP=1522;SC=CCCGACTCCTTCCCAGCTGTG;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=82;WE=153170988;WS=153170970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chrX	153174819	rs11394527	T	TG	23983.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=687;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=163;PP=2936;SC=CCACTCCCACTGGCCAAAGCC;SOR=0.805;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=250;TCF=84;TCR=166;TR=247;WE=153174827;WS=153174809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,676:1.00:676
chrX	153174867	rs11405331	T	TG	21982.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=205;PP=2967;SC=AGCACACGTGTGGCCCCCTGA;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=45;TCR=210;TR=248;WE=153174875;WS=153174857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,631:1.00:631
chrX	153175053	rs56015121	G	GC	2689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=37;PP=2413;SC=AGGGCCAGCAGCTCCGCGCCA;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=50;WE=153175061;WS=153175043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chrX	153178459	rs5904376	G	GC	2746.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=32;PP=1527;SC=CAGGGCCCCAGCCCTCAGGGA;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=37;WE=153178467;WS=153178449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chrX	153186412	rs34153599	A	AG	3743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=17;NR=45;PP=2688;SC=CTAGGGAGAGAGGCCTTTGCC;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=62;WE=153186420;WS=153186401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chrX	153186484	rs11428457	T	TC	5159.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=43;PP=1878;SC=GCGGTGTTCCTCCCCACTGTG;SOR=0.718;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=63;WE=153186494;WS=153186474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chrX	153208197	rs11372702	T	TG	1334.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=2;PP=1398;SC=CTTCCCCAGGTGGGACATCCC;SOR=4.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=34;WE=153208205;WS=153208196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	153210179	rs146096296	T	TG	3311.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=32.15;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chrX	153210195	.	G	GGC	2974.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=43.75;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chrX	153210199	rs377619070	GA	G	2919.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.34;SOR=1.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	153215839	rs3027875	G	A	4698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=101;NR=68;PP=2647;SC=GGCTGGGCCCGCAGTACACCC;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=101;TCR=68;TR=169;WE=153215847;WS=153215829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chrX	153217252	rs41301331	C	T	6763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=109;NR=122;PP=2965;SC=TCCCTGGGTGCCCCCACCACC;SOR=0.918;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=109;TCR=122;TR=231;WE=153217260;WS=153217242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chrX	153277889	rs2239673	C	T	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=309;SC=GGCTGCCCCACGCCCTCAGCG;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=153277897;WS=153277887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	153278829	rs1059703	G	A	4359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chrX	153279822	.	TAAAA	T	1426.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.723;QD=30.36;ReadPosRankSum=-0.560;SOR=0.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,45:0.96:47
chrX	153279858	rs5945174	G	A	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=33;PP=946;SC=ATGGGGTCTCGCTTTGTTGGC;SOR=2.165;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=45;WE=153279866;WS=153279848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	153284192	rs1059702	A	G	7087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=147;PP=2965;SC=GCAAAACGGAAAGGGGCGGGC;SOR=1.526;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=232;TCF=84;TCR=148;TR=231;WE=153284200;WS=153284182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
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chrX	153357614	rs370234827	TA	T	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=1.457;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,15:0.23:64
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chrX	153633953	rs1050094	T	C	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=19;PP=538;SC=TCCAGGCTGCTCCAGGGTGCG;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=153633961;WS=153633943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	153637305	rs2070807	T	C	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=39;NR=10;PP=881;SC=CCAGAGAGAGTGACGGTTCCT;SOR=2.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=49;WE=153637313;WS=153637295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	153657083	rs28497482	A	G	4498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
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chrX	153668022	rs370252579	CA	C	174.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.28;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
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chrX	153714412	.	G	A	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=41;PP=1328;SC=GCGGAGCGCTGCGGCATCCGG;SOR=1.163;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=68;WE=153714420;WS=153714402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chrX	153906377	rs371001859	CA	C	272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=-1.177;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,39:0.34:116
chrX	153994596	rs2728532	G	T	4041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chrX	154009617	rs11318110	AG	A	938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.13;QD=28.45;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	154013483	rs3215184	A	AC	476.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;MQRankSum=0.459;QD=23.84;ReadPosRankSum=-0.868;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
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chrX	154051891	rs6643620	G	A	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=16;PP=1253;SC=AGAAAATGAAGGCAAAGGATG;SOR=1.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=64;WE=154051899;WS=154051881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chrX	154456747	rs572013	A	G	4463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=90;PP=2627;SC=TACCGATAAAATGTGTCTGTG;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=158;TCF=68;TCR=90;TR=155;WE=154456755;WS=154456737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chrX	154578865	.	G	GTT	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.22;MQRankSum=-3.791;QD=4.02;ReadPosRankSum=1.586;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chrX	154721357	rs150926226	G	C	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=33.46;QD=19.35;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	154774663	rs2305517	G	A	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=273;SC=TTCTTACCACGATTTTATCAT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=154774671;WS=154774653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	154774707	rs2305518	C	T	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chrY	13310531	.	CC	AG	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.43;QD=40.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chrY	13310567	rs80348613	T	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.44;QD=39.58;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrY	13310578	rs200185916	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.42;QD=42.65;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chrY	13310602	rs200323052	G	A	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.17;QD=43.24;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chrY	13310610	rs74510459	A	C	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.17;QD=43.24;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrY	13310621	rs74943081	C	A	770.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.99;QD=42.82;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrY	13310622	rs74864464	C	A	770.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.99;QD=42.82;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrY	13310679	rs75367388	A	G	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.38;QD=40.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrY	13310683	rs78176760	T	C	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.38;QD=40.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrY	13310688	.	TG	T	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.18;QD=38.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrY	13310691	.	TC	T	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.18;QD=38.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrY	13310719	rs79308907	G	A	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.52;QD=40.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrY	13310721	rs62599741	C	A	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.52;QD=40.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrY	13310740	rs75526384	G	A	177.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.26;QD=25.40;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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